Date: 2019-12-25 22:50:00 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17514 204
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 2 | 1.000 | 0.957 | 0.983 | ** | |
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.999 | 0.999 | ** | |
| SD:pam | 2 | 1.000 | 0.990 | 0.996 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 1.000 | 0.983 | 0.992 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | |
| MAD:hclust | 2 | 1.000 | 0.964 | 0.984 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.984 | 0.994 | ** | |
| ATC:hclust | 2 | 1.000 | 0.999 | 0.999 | ** | |
| ATC:kmeans | 3 | 1.000 | 0.969 | 0.988 | ** | 2 |
| ATC:mclust | 3 | 0.983 | 0.929 | 0.974 | ** | 2 |
| CV:hclust | 2 | 0.979 | 0.946 | 0.979 | ** | |
| ATC:pam | 6 | 0.971 | 0.922 | 0.967 | ** | 2,3 |
| MAD:NMF | 3 | 0.938 | 0.938 | 0.969 | * | 2 |
| SD:skmeans | 6 | 0.930 | 0.858 | 0.939 | * | 2,3 |
| CV:NMF | 3 | 0.930 | 0.926 | 0.964 | * | 2 |
| SD:NMF | 3 | 0.929 | 0.925 | 0.965 | * | 2 |
| ATC:skmeans | 4 | 0.924 | 0.911 | 0.954 | * | 2,3 |
| MAD:skmeans | 6 | 0.920 | 0.875 | 0.942 | * | 2,4 |
| CV:skmeans | 3 | 0.918 | 0.914 | 0.965 | * | 2 |
| CV:pam | 4 | 0.915 | 0.898 | 0.957 | * | 2,3 |
| MAD:mclust | 3 | 0.907 | 0.900 | 0.955 | * | 2 |
| MAD:pam | 5 | 0.904 | 0.900 | 0.927 | * | 2,3 |
| ATC:NMF | 2 | 0.882 | 0.927 | 0.969 | ||
| CV:mclust | 4 | 0.766 | 0.864 | 0.901 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 0.989 0.995 0.450 0.550 0.550
#> CV:NMF 2 0.990 0.971 0.987 0.447 0.560 0.560
#> MAD:NMF 2 1.000 0.988 0.995 0.450 0.550 0.550
#> ATC:NMF 2 0.882 0.927 0.969 0.489 0.511 0.511
#> SD:skmeans 2 1.000 0.978 0.991 0.459 0.544 0.544
#> CV:skmeans 2 0.990 0.967 0.986 0.456 0.547 0.547
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.973 0.988 0.459 0.541 0.541
#> ATC:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.470 0.530 0.530
#> SD:mclust 2 1.000 0.983 0.992 0.389 0.613 0.613
#> CV:mclust 2 0.808 0.940 0.962 0.423 0.591 0.591
#> MAD:mclust 2 1.000 0.988 0.995 0.382 0.623 0.623
#> ATC:mclust 2 1.000 0.997 0.999 0.405 0.595 0.595
#> SD:kmeans 2 1.000 0.999 0.999 0.410 0.591 0.591
#> CV:kmeans 2 1.000 0.995 0.998 0.412 0.591 0.591
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.984 0.994 0.415 0.587 0.587
#> ATC:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.422 0.579 0.579
#> SD:pam 2 1.000 0.990 0.996 0.406 0.591 0.591
#> CV:pam 2 1.000 0.992 0.997 0.408 0.591 0.591
#> MAD:pam 2 1.000 0.994 0.997 0.410 0.591 0.591
#> ATC:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.422 0.579 0.579
#> SD:hclust 2 1.000 0.957 0.983 0.416 0.591 0.591
#> CV:hclust 2 0.979 0.946 0.979 0.417 0.587 0.587
#> MAD:hclust 2 1.000 0.964 0.984 0.418 0.575 0.575
#> ATC:hclust 2 1.000 0.999 0.999 0.410 0.591 0.591
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.929 0.925 0.965 0.469 0.773 0.593
#> CV:NMF 3 0.930 0.926 0.964 0.463 0.782 0.612
#> MAD:NMF 3 0.938 0.938 0.969 0.480 0.748 0.556
#> ATC:NMF 3 0.667 0.803 0.883 0.285 0.805 0.640
#> SD:skmeans 3 0.957 0.951 0.978 0.430 0.784 0.610
#> CV:skmeans 3 0.918 0.914 0.965 0.445 0.761 0.576
#> MAD:skmeans 3 0.891 0.892 0.957 0.451 0.758 0.566
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.973 0.990 0.306 0.841 0.704
#> SD:mclust 3 0.865 0.911 0.961 0.591 0.767 0.622
#> CV:mclust 3 0.748 0.762 0.902 0.527 0.704 0.518
#> MAD:mclust 3 0.907 0.900 0.955 0.658 0.738 0.579
#> ATC:mclust 3 0.983 0.929 0.974 0.484 0.790 0.651
#> SD:kmeans 3 0.713 0.818 0.890 0.539 0.760 0.594
#> CV:kmeans 3 0.894 0.871 0.935 0.534 0.783 0.633
#> MAD:kmeans 3 0.751 0.905 0.936 0.583 0.740 0.560
#> ATC:kmeans 3 1.000 0.969 0.988 0.573 0.740 0.558
#> SD:pam 3 0.663 0.765 0.852 0.564 0.752 0.581
#> CV:pam 3 0.936 0.924 0.969 0.519 0.795 0.654
#> MAD:pam 3 0.921 0.921 0.957 0.616 0.743 0.565
#> ATC:pam 3 1.000 0.960 0.985 0.578 0.734 0.549
#> SD:hclust 3 0.555 0.499 0.747 0.438 0.753 0.588
#> CV:hclust 3 0.697 0.699 0.891 0.274 0.908 0.843
#> MAD:hclust 3 0.561 0.668 0.834 0.472 0.775 0.609
#> ATC:hclust 3 0.838 0.909 0.951 0.592 0.746 0.570
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.762 0.757 0.893 0.0654 0.908 0.747
#> CV:NMF 4 0.773 0.819 0.908 0.0845 0.925 0.789
#> MAD:NMF 4 0.803 0.743 0.871 0.0679 0.941 0.832
#> ATC:NMF 4 0.671 0.744 0.857 0.0912 0.878 0.705
#> SD:skmeans 4 0.801 0.851 0.899 0.1112 0.875 0.660
#> CV:skmeans 4 0.858 0.847 0.865 0.1211 0.871 0.648
#> MAD:skmeans 4 0.934 0.905 0.959 0.1085 0.835 0.564
#> ATC:skmeans 4 0.924 0.911 0.954 0.0683 0.960 0.896
#> SD:mclust 4 0.739 0.743 0.869 0.1015 0.862 0.673
#> CV:mclust 4 0.766 0.864 0.901 0.1400 0.853 0.603
#> MAD:mclust 4 0.684 0.760 0.858 0.0924 0.924 0.798
#> ATC:mclust 4 0.714 0.845 0.887 0.0650 0.928 0.835
#> SD:kmeans 4 0.762 0.858 0.903 0.1372 0.900 0.726
#> CV:kmeans 4 0.835 0.855 0.920 0.1129 0.902 0.744
#> MAD:kmeans 4 0.783 0.820 0.889 0.1118 0.886 0.681
#> ATC:kmeans 4 0.771 0.786 0.854 0.1027 0.821 0.537
#> SD:pam 4 0.894 0.865 0.938 0.1537 0.890 0.696
#> CV:pam 4 0.915 0.898 0.957 0.1499 0.877 0.693
#> MAD:pam 4 0.810 0.772 0.898 0.1184 0.894 0.699
#> ATC:pam 4 0.819 0.823 0.925 0.1025 0.847 0.591
#> SD:hclust 4 0.562 0.512 0.766 0.1035 0.736 0.500
#> CV:hclust 4 0.692 0.806 0.904 0.1516 0.875 0.753
#> MAD:hclust 4 0.580 0.539 0.752 0.1333 0.812 0.563
#> ATC:hclust 4 0.729 0.772 0.859 0.0851 0.961 0.885
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.821 0.835 0.916 0.0671 0.916 0.730
#> CV:NMF 5 0.753 0.721 0.862 0.0609 0.932 0.772
#> MAD:NMF 5 0.821 0.837 0.915 0.0671 0.904 0.700
#> ATC:NMF 5 0.644 0.642 0.778 0.0693 0.874 0.666
#> SD:skmeans 5 0.891 0.808 0.922 0.0488 0.955 0.837
#> CV:skmeans 5 0.865 0.809 0.912 0.0412 0.951 0.819
#> MAD:skmeans 5 0.883 0.810 0.925 0.0380 0.955 0.832
#> ATC:skmeans 5 0.885 0.810 0.911 0.0778 0.911 0.749
#> SD:mclust 5 0.621 0.570 0.750 0.0906 0.942 0.825
#> CV:mclust 5 0.745 0.616 0.807 0.0421 0.934 0.772
#> MAD:mclust 5 0.684 0.690 0.832 0.0629 0.950 0.846
#> ATC:mclust 5 0.782 0.748 0.849 0.1833 0.855 0.638
#> SD:kmeans 5 0.746 0.612 0.759 0.0639 0.926 0.741
#> CV:kmeans 5 0.731 0.654 0.794 0.0784 0.961 0.870
#> MAD:kmeans 5 0.772 0.710 0.825 0.0571 0.881 0.606
#> ATC:kmeans 5 0.733 0.613 0.804 0.0552 0.905 0.679
#> SD:pam 5 0.859 0.844 0.913 0.0732 0.914 0.699
#> CV:pam 5 0.830 0.806 0.865 0.0755 0.904 0.679
#> MAD:pam 5 0.904 0.900 0.927 0.0602 0.901 0.660
#> ATC:pam 5 0.813 0.739 0.851 0.0526 0.900 0.662
#> SD:hclust 5 0.590 0.545 0.729 0.0797 0.780 0.527
#> CV:hclust 5 0.659 0.743 0.845 0.1183 0.955 0.889
#> MAD:hclust 5 0.636 0.619 0.780 0.0586 0.877 0.651
#> ATC:hclust 5 0.751 0.711 0.806 0.0650 0.915 0.727
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.748 0.703 0.843 0.0363 0.965 0.866
#> CV:NMF 6 0.778 0.663 0.840 0.0346 0.941 0.777
#> MAD:NMF 6 0.745 0.699 0.831 0.0330 0.968 0.871
#> ATC:NMF 6 0.731 0.712 0.847 0.0758 0.869 0.593
#> SD:skmeans 6 0.930 0.858 0.939 0.0309 0.957 0.826
#> CV:skmeans 6 0.814 0.716 0.844 0.0304 0.947 0.791
#> MAD:skmeans 6 0.920 0.875 0.942 0.0310 0.964 0.846
#> ATC:skmeans 6 0.788 0.649 0.814 0.0488 0.960 0.862
#> SD:mclust 6 0.777 0.795 0.857 0.0857 0.808 0.424
#> CV:mclust 6 0.693 0.433 0.720 0.0555 0.898 0.648
#> MAD:mclust 6 0.876 0.824 0.904 0.1086 0.803 0.402
#> ATC:mclust 6 0.844 0.863 0.914 0.0526 0.865 0.542
#> SD:kmeans 6 0.749 0.722 0.823 0.0412 0.908 0.642
#> CV:kmeans 6 0.713 0.574 0.729 0.0471 0.910 0.690
#> MAD:kmeans 6 0.757 0.728 0.825 0.0383 0.955 0.808
#> ATC:kmeans 6 0.738 0.664 0.773 0.0387 0.911 0.678
#> SD:pam 6 0.816 0.798 0.872 0.0299 0.966 0.846
#> CV:pam 6 0.815 0.823 0.891 0.0481 0.959 0.816
#> MAD:pam 6 0.869 0.814 0.906 0.0311 0.977 0.891
#> ATC:pam 6 0.971 0.922 0.967 0.0443 0.924 0.696
#> SD:hclust 6 0.629 0.519 0.710 0.0470 0.846 0.551
#> CV:hclust 6 0.655 0.629 0.804 0.0519 0.969 0.917
#> MAD:hclust 6 0.683 0.613 0.795 0.0403 0.923 0.728
#> ATC:hclust 6 0.712 0.596 0.766 0.0247 0.984 0.935
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.957 0.983 0.4158 0.591 0.591
#> 3 3 0.555 0.499 0.747 0.4378 0.753 0.588
#> 4 4 0.562 0.512 0.766 0.1035 0.736 0.500
#> 5 5 0.590 0.545 0.729 0.0797 0.780 0.527
#> 6 6 0.629 0.519 0.710 0.0470 0.846 0.551
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.2236 0.951 0.964 0.036
#> SRR1408091 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.2603 0.943 0.956 0.044
#> SRR1098146 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.2603 0.943 0.956 0.044
#> SRR1081092 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1446979 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.2603 0.943 0.956 0.044
#> SRR1069166 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.8861 0.553 0.304 0.696
#> SRR1091548 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> SRR1098855 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.2603 0.943 0.956 0.044
#> SRR1471690 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> SRR1417749 1 0.2236 0.951 0.964 0.036
#> SRR1088068 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.9686 0.355 0.604 0.396
#> SRR808542 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.2603 0.943 0.956 0.044
#> SRR1392615 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1329909 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.1414 0.965 0.980 0.020
#> SRR1415355 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.8386 0.637 0.732 0.268
#> SRR1432587 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> SRR814820 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.3879 0.910 0.924 0.076
#> SRR1083191 1 0.2043 0.955 0.968 0.032
#> SRR1468028 1 0.7602 0.719 0.780 0.220
#> SRR1413100 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.5737 0.833 0.136 0.864
#> SRR1081935 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.9850 0.264 0.572 0.428
#> SRR1402772 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.2043 0.955 0.968 0.032
#> SRR1080672 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.9775 0.281 0.412 0.588
#> SRR1441745 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.9850 0.264 0.572 0.428
#> SRR1088878 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> SRR1476255 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.9850 0.264 0.572 0.428
#> SRR1430860 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.685 0.1041 0.568 0.016 0.416
#> SRR1408091 3 0.226 0.4890 0.068 0.000 0.932
#> SRR1437186 3 0.546 0.2743 0.288 0.000 0.712
#> SRR1072700 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.280 0.4629 0.092 0.000 0.908
#> SRR1120711 3 0.263 0.4837 0.084 0.000 0.916
#> SRR1082933 3 0.583 0.0928 0.340 0.000 0.660
#> SRR1350997 3 0.280 0.4629 0.092 0.000 0.908
#> SRR1069714 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 3 0.611 0.1549 0.396 0.000 0.604
#> SRR1478878 3 0.628 -0.4007 0.460 0.000 0.540
#> SRR1399247 3 0.460 0.3936 0.204 0.000 0.796
#> SRR1083262 3 0.620 -0.2790 0.424 0.000 0.576
#> SRR1088680 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.626 0.2560 0.380 0.004 0.616
#> SRR1098146 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.288 0.4847 0.096 0.000 0.904
#> SRR1459889 3 0.556 0.2482 0.300 0.000 0.700
#> SRR1329726 3 0.319 0.4652 0.112 0.000 0.888
#> SRR1098495 1 0.620 -0.0909 0.576 0.000 0.424
#> SRR1081092 3 0.296 0.4695 0.100 0.000 0.900
#> SRR1084252 2 0.186 0.9298 0.052 0.948 0.000
#> SRR1446979 3 0.628 -0.4007 0.460 0.000 0.540
#> SRR1076990 3 0.489 0.3591 0.228 0.000 0.772
#> SRR1346838 3 0.568 0.2046 0.316 0.000 0.684
#> SRR1085450 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1400869 3 0.630 -0.5362 0.476 0.000 0.524
#> SRR1323404 3 0.429 0.4115 0.180 0.000 0.820
#> SRR1364641 3 0.630 -0.5362 0.476 0.000 0.524
#> SRR1476760 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.245 0.4707 0.076 0.000 0.924
#> SRR1465064 3 0.489 0.3591 0.228 0.000 0.772
#> SRR1345178 3 0.626 0.2560 0.380 0.004 0.616
#> SRR1069166 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.576 0.1656 0.328 0.000 0.672
#> SRR1343175 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1455565 2 0.736 0.6775 0.304 0.640 0.056
#> SRR1091548 3 0.536 0.2901 0.276 0.000 0.724
#> SRR1477125 3 0.568 0.2002 0.316 0.000 0.684
#> SRR1394544 3 0.263 0.4837 0.084 0.000 0.916
#> SRR1074066 1 0.568 0.4760 0.684 0.000 0.316
#> SRR1098855 1 0.608 0.6428 0.612 0.000 0.388
#> SRR1377537 3 0.626 0.2560 0.380 0.004 0.616
#> SRR1471690 3 0.611 0.1549 0.396 0.000 0.604
#> SRR1435643 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.196 0.4925 0.056 0.000 0.944
#> SRR1453831 3 0.263 0.4837 0.084 0.000 0.916
#> SRR1470665 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1102369 1 0.623 0.1546 0.564 0.000 0.436
#> SRR1417749 1 0.686 0.1061 0.564 0.016 0.420
#> SRR1088068 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.196 0.4894 0.056 0.000 0.944
#> SRR1098122 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 1 0.999 -0.2274 0.348 0.340 0.312
#> SRR808542 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.280 0.4629 0.092 0.000 0.908
#> SRR1440179 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.627 0.6739 0.548 0.000 0.452
#> SRR1312388 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.489 0.3591 0.228 0.000 0.772
#> SRR812152 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.630 0.6153 0.524 0.000 0.476
#> SRR1096247 1 0.629 0.6450 0.532 0.000 0.468
#> SRR1083408 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1433152 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.627 0.6673 0.544 0.000 0.456
#> SRR1069778 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1081717 3 0.271 0.4646 0.088 0.000 0.912
#> SRR1078090 3 0.630 -0.4907 0.484 0.000 0.516
#> SRR1087101 3 0.514 0.3331 0.252 0.000 0.748
#> SRR815326 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1094555 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.626 0.2560 0.380 0.004 0.616
#> SRR1392615 3 0.280 0.4629 0.092 0.000 0.908
#> SRR1078759 3 0.245 0.4707 0.076 0.000 0.924
#> SRR1083360 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1105513 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.610 0.6540 0.608 0.000 0.392
#> SRR1435090 3 0.568 0.2030 0.316 0.000 0.684
#> SRR1420148 3 0.553 0.2567 0.296 0.000 0.704
#> SRR1309723 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.568 0.4753 0.684 0.000 0.316
#> SRR1071761 3 0.553 0.2581 0.296 0.000 0.704
#> SRR1368815 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1322512 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.271 0.4690 0.088 0.000 0.912
#> SRR1076268 2 0.186 0.9298 0.052 0.948 0.000
#> SRR1329909 3 0.506 0.3408 0.244 0.000 0.756
#> SRR1070549 3 0.304 0.4672 0.104 0.000 0.896
#> SRR811193 1 0.690 0.1412 0.548 0.016 0.436
#> SRR1415355 1 0.610 0.6540 0.608 0.000 0.392
#> SRR1329108 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.362 0.4674 0.136 0.000 0.864
#> SRR1458465 3 0.597 0.0248 0.364 0.000 0.636
#> SRR1405289 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.553 0.2558 0.296 0.000 0.704
#> SRR1396724 3 0.525 0.3102 0.264 0.000 0.736
#> SRR1081235 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.103 0.4930 0.024 0.000 0.976
#> SRR1447124 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1480153 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1316231 1 0.626 0.6791 0.552 0.000 0.448
#> SRR1399156 3 0.576 0.1672 0.328 0.000 0.672
#> SRR1102272 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.280 0.4629 0.092 0.000 0.908
#> SRR1414209 1 0.979 -0.1330 0.384 0.236 0.380
#> SRR1432587 3 0.604 0.1482 0.380 0.000 0.620
#> SRR814820 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.514 0.3331 0.252 0.000 0.748
#> SRR1338705 3 0.562 0.2245 0.308 0.000 0.692
#> SRR1337794 3 0.627 -0.3876 0.456 0.000 0.544
#> SRR1358367 1 0.559 0.4475 0.696 0.000 0.304
#> SRR1083149 1 0.627 0.6739 0.548 0.000 0.452
#> SRR1337953 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1478855 3 0.630 -0.4507 0.472 0.000 0.528
#> SRR1092136 3 0.723 0.2131 0.428 0.028 0.544
#> SRR1083191 3 0.614 0.2296 0.404 0.000 0.596
#> SRR1468028 3 0.943 0.1297 0.392 0.176 0.432
#> SRR1413100 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1379384 3 0.620 -0.2790 0.424 0.000 0.576
#> SRR1076417 3 0.493 0.3551 0.232 0.000 0.768
#> SRR810829 3 0.263 0.4906 0.084 0.000 0.916
#> SRR1468804 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1362688 1 0.630 0.6206 0.520 0.000 0.480
#> SRR1100632 3 0.529 0.3067 0.268 0.000 0.732
#> SRR1365679 3 0.568 0.2032 0.316 0.000 0.684
#> SRR1388891 1 0.628 0.6583 0.540 0.000 0.460
#> SRR1400312 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.226 0.4890 0.068 0.000 0.932
#> SRR1380591 3 0.536 0.2953 0.276 0.000 0.724
#> SRR1088782 3 0.296 0.4695 0.100 0.000 0.900
#> SRR1088117 3 0.553 0.2520 0.296 0.000 0.704
#> SRR1099905 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.624 0.6877 0.560 0.000 0.440
#> SRR1475633 2 0.539 0.8273 0.148 0.808 0.044
#> SRR1081935 3 0.280 0.4629 0.092 0.000 0.908
#> SRR1383984 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 3 0.631 -0.5034 0.488 0.000 0.512
#> SRR819719 1 0.571 0.4700 0.680 0.000 0.320
#> SRR1387516 2 0.988 0.3016 0.368 0.372 0.260
#> SRR1402772 3 0.103 0.4930 0.024 0.000 0.976
#> SRR1466490 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1315309 3 0.254 0.4779 0.080 0.000 0.920
#> SRR1479431 3 0.196 0.4894 0.056 0.000 0.944
#> SRR1432890 1 0.627 0.6738 0.544 0.000 0.456
#> SRR1093390 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.280 0.4629 0.092 0.000 0.908
#> SRR1068953 3 0.304 0.4672 0.104 0.000 0.896
#> SRR1079900 3 0.630 -0.4907 0.484 0.000 0.516
#> SRR1091356 3 0.536 0.2905 0.276 0.000 0.724
#> SRR1384331 3 0.597 0.0248 0.364 0.000 0.636
#> SRR1412928 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.627 0.6031 0.548 0.000 0.452
#> SRR1389199 3 0.196 0.4894 0.056 0.000 0.944
#> SRR1072821 3 0.676 0.2623 0.360 0.020 0.620
#> SRR1080672 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.562 0.2278 0.308 0.000 0.692
#> SRR1404062 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1093504 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1343324 1 0.630 0.6206 0.520 0.000 0.480
#> SRR1092281 3 0.631 -0.5034 0.488 0.000 0.512
#> SRR1340862 3 0.522 0.3172 0.260 0.000 0.740
#> SRR1360545 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.484 0.3933 0.224 0.000 0.776
#> SRR1328360 2 0.895 0.5400 0.320 0.532 0.148
#> SRR1441745 1 0.623 0.6935 0.564 0.000 0.436
#> SRR1404147 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 3 0.617 -0.2068 0.412 0.000 0.588
#> SRR1097618 1 0.630 0.6366 0.528 0.000 0.472
#> SRR1098361 3 0.627 -0.3864 0.456 0.000 0.544
#> SRR1403089 2 0.988 0.3016 0.368 0.372 0.260
#> SRR1088878 3 0.628 -0.3994 0.460 0.000 0.540
#> SRR1070884 3 0.103 0.4930 0.024 0.000 0.976
#> SRR814195 3 0.460 0.3936 0.204 0.000 0.796
#> SRR1436169 1 0.623 0.1546 0.564 0.000 0.436
#> SRR1476255 1 0.603 0.6337 0.624 0.000 0.376
#> SRR1312906 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.615 -0.1872 0.408 0.000 0.592
#> SRR1474440 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.988 0.3016 0.368 0.372 0.260
#> SRR1430860 1 0.628 0.6583 0.540 0.000 0.460
#> SRR1345871 3 0.618 -0.2172 0.416 0.000 0.584
#> SRR1446996 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.245 0.4707 0.076 0.000 0.924
#> SRR1498249 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 3 0.590 0.0664 0.352 0.000 0.648
#> SRR1474396 2 0.000 0.9606 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.7544 0.1785 0.460 0.000 0.200 0.340
#> SRR1408091 1 0.6326 -0.5900 0.556 0.000 0.376 0.068
#> SRR1437186 1 0.2179 0.4718 0.924 0.000 0.064 0.012
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.6843 0.8594 0.440 0.000 0.460 0.100
#> SRR1120711 1 0.6156 -0.3973 0.592 0.000 0.344 0.064
#> SRR1082933 1 0.3706 0.5402 0.848 0.000 0.112 0.040
#> SRR1350997 3 0.6843 0.8594 0.440 0.000 0.460 0.100
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.7459 0.1602 0.476 0.000 0.336 0.188
#> SRR1478878 1 0.3172 0.5917 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1399247 1 0.4174 0.3095 0.816 0.000 0.140 0.044
#> SRR1083262 1 0.2921 0.5826 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.7884 0.0505 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.6079 -0.5823 0.568 0.000 0.380 0.052
#> SRR1459889 1 0.1938 0.4917 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1329726 1 0.4608 -0.1785 0.692 0.000 0.304 0.004
#> SRR1098495 4 0.7799 0.2009 0.348 0.000 0.252 0.400
#> SRR1081092 1 0.5157 -0.1676 0.688 0.000 0.284 0.028
#> SRR1084252 2 0.3942 0.6971 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1446979 1 0.3123 0.5942 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1076990 3 0.6746 0.7033 0.296 0.000 0.580 0.124
#> SRR1346838 1 0.1661 0.5058 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.4866 0.5404 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1400869 1 0.5110 0.5555 0.656 0.000 0.328 0.016
#> SRR1323404 1 0.4420 0.1237 0.748 0.000 0.240 0.012
#> SRR1364641 1 0.5110 0.5555 0.656 0.000 0.328 0.016
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 1 0.6755 -0.8404 0.456 0.000 0.452 0.092
#> SRR1465064 3 0.6746 0.7033 0.296 0.000 0.580 0.124
#> SRR1345178 4 0.7884 0.0505 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.1576 0.5257 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1343175 1 0.4866 0.5404 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1455565 4 0.4454 0.3755 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1091548 1 0.2281 0.4431 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1477125 1 0.1474 0.5132 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1394544 1 0.6156 -0.3973 0.592 0.000 0.344 0.064
#> SRR1074066 1 0.7310 0.4073 0.480 0.000 0.360 0.160
#> SRR1098855 1 0.6121 0.4988 0.552 0.000 0.396 0.052
#> SRR1377537 4 0.7884 0.0505 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1471690 1 0.7459 0.1602 0.476 0.000 0.336 0.188
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.6079 -0.5537 0.568 0.000 0.380 0.052
#> SRR1453831 1 0.6156 -0.3973 0.592 0.000 0.344 0.064
#> SRR1470665 1 0.4866 0.5404 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1102369 1 0.7603 0.2581 0.476 0.000 0.244 0.280
#> SRR1417749 1 0.7559 0.1826 0.460 0.000 0.204 0.336
#> SRR1088068 2 0.0592 0.9752 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1310253 1 0.6253 -0.5106 0.564 0.000 0.372 0.064
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.6133 0.5472 0.132 0.076 0.056 0.736
#> SRR808542 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.6843 0.8594 0.440 0.000 0.460 0.100
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.4040 0.5914 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.6746 0.7033 0.296 0.000 0.580 0.124
#> SRR812152 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.3907 0.5934 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1096247 1 0.4677 0.5788 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR1083408 1 0.4866 0.5404 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.4008 0.5918 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1069778 1 0.4866 0.5404 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1081717 3 0.6843 0.8556 0.440 0.000 0.460 0.100
#> SRR1078090 1 0.3444 0.5956 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1087101 1 0.3144 0.4424 0.884 0.000 0.072 0.044
#> SRR815326 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.4898 0.5307 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.7884 0.0505 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1392615 3 0.6843 0.8594 0.440 0.000 0.460 0.100
#> SRR1078759 1 0.6755 -0.8404 0.456 0.000 0.452 0.092
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.4898 0.5307 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.5989 0.5008 0.556 0.000 0.400 0.044
#> SRR1435090 1 0.1302 0.5123 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1420148 1 0.1824 0.4829 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.7341 0.4052 0.476 0.000 0.360 0.164
#> SRR1071761 1 0.2021 0.4871 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1368815 1 0.4564 0.5717 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.6709 0.8324 0.456 0.000 0.456 0.088
#> SRR1076268 2 0.3942 0.6971 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1329909 1 0.2814 0.3841 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1070549 1 0.5182 -0.1781 0.684 0.000 0.288 0.028
#> SRR811193 1 0.7601 0.2389 0.472 0.000 0.232 0.296
#> SRR1415355 1 0.5989 0.5008 0.556 0.000 0.400 0.044
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.6732 -0.1085 0.612 0.000 0.220 0.168
#> SRR1458465 1 0.1489 0.5485 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.1716 0.4799 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1396724 1 0.2704 0.3981 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 1 0.5582 -0.5447 0.576 0.000 0.400 0.024
#> SRR1447124 1 0.4585 0.5705 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1480153 1 0.4564 0.5717 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1316231 1 0.4134 0.5877 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1399156 1 0.1722 0.5135 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.6845 0.8462 0.448 0.000 0.452 0.100
#> SRR1414209 4 0.4635 0.4663 0.012 0.000 0.268 0.720
#> SRR1432587 1 0.6286 0.4175 0.660 0.000 0.200 0.140
#> SRR814820 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.3144 0.4424 0.884 0.000 0.072 0.044
#> SRR1338705 1 0.1302 0.5000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1337794 1 0.3024 0.5905 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1358367 1 0.7404 0.3922 0.476 0.000 0.348 0.176
#> SRR1083149 1 0.4040 0.5914 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1337953 1 0.4866 0.5404 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1478855 1 0.3311 0.5958 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1092136 4 0.7427 0.2818 0.300 0.000 0.200 0.500
#> SRR1083191 3 0.7245 0.1623 0.164 0.000 0.512 0.324
#> SRR1468028 4 0.7215 0.4670 0.196 0.028 0.152 0.624
#> SRR1413100 1 0.4564 0.5720 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1379384 1 0.2921 0.5826 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1076417 1 0.3123 0.3384 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR810829 1 0.6090 -0.5745 0.564 0.000 0.384 0.052
#> SRR1468804 1 0.4855 0.5424 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1362688 1 0.4072 0.5942 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1100632 1 0.2840 0.4711 0.900 0.000 0.056 0.044
#> SRR1365679 1 0.1661 0.5080 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1388891 1 0.4008 0.5931 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 1 0.6326 -0.5900 0.556 0.000 0.376 0.068
#> SRR1380591 1 0.3071 0.4819 0.888 0.000 0.068 0.044
#> SRR1088782 1 0.5157 -0.1676 0.688 0.000 0.284 0.028
#> SRR1088117 1 0.1637 0.4852 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.4697 0.5616 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1475633 4 0.4992 -0.0857 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1081935 3 0.6843 0.8594 0.440 0.000 0.460 0.100
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.3528 0.5965 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR819719 1 0.7310 0.4053 0.480 0.000 0.360 0.160
#> SRR1387516 4 0.2586 0.5608 0.000 0.040 0.048 0.912
#> SRR1402772 1 0.5571 -0.5331 0.580 0.000 0.396 0.024
#> SRR1466490 1 0.4898 0.5307 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1315309 1 0.6376 -0.7341 0.504 0.000 0.432 0.064
#> SRR1479431 1 0.6253 -0.5106 0.564 0.000 0.372 0.064
#> SRR1432890 1 0.4250 0.5888 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.6843 0.8594 0.440 0.000 0.460 0.100
#> SRR1068953 1 0.5157 -0.1664 0.688 0.000 0.284 0.028
#> SRR1079900 1 0.3444 0.5956 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1091356 1 0.2530 0.4209 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1384331 1 0.1489 0.5485 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.5658 0.5603 0.632 0.000 0.328 0.040
#> SRR1389199 1 0.6253 -0.5106 0.564 0.000 0.372 0.064
#> SRR1072821 1 0.6873 0.0674 0.588 0.000 0.160 0.252
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.1489 0.4968 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1404062 1 0.4866 0.5404 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1093504 1 0.4564 0.5717 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1343324 1 0.4040 0.5950 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1092281 1 0.3528 0.5965 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1340862 1 0.2760 0.3930 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.3836 0.2860 0.816 0.000 0.168 0.016
#> SRR1328360 4 0.4059 0.5317 0.000 0.200 0.012 0.788
#> SRR1441745 1 0.4898 0.5307 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.2530 0.5824 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1097618 1 0.4456 0.5874 0.716 0.000 0.280 0.004
#> SRR1098361 1 0.3074 0.5953 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1403089 4 0.2751 0.5598 0.000 0.040 0.056 0.904
#> SRR1088878 1 0.3024 0.5940 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1070884 1 0.5582 -0.5447 0.576 0.000 0.400 0.024
#> SRR814195 1 0.4174 0.3095 0.816 0.000 0.140 0.044
#> SRR1436169 1 0.7603 0.2581 0.476 0.000 0.244 0.280
#> SRR1476255 1 0.6253 0.4863 0.544 0.000 0.396 0.060
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.2888 0.5857 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR1474440 2 0.0188 0.9868 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447416 4 0.2586 0.5608 0.000 0.040 0.048 0.912
#> SRR1430860 1 0.4008 0.5920 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1345871 1 0.2011 0.5765 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 1 0.6755 -0.8404 0.456 0.000 0.452 0.092
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.2125 0.5458 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.834 -0.28660 0.380 0.000 0.184 0.204 0.232
#> SRR1408091 3 0.465 0.46508 0.068 0.000 0.720 0.000 0.212
#> SRR1437186 3 0.463 0.38204 0.284 0.000 0.684 0.008 0.024
#> SRR1072700 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.401 0.33780 0.004 0.000 0.684 0.000 0.312
#> SRR1120711 3 0.555 0.15611 0.080 0.000 0.564 0.000 0.356
#> SRR1082933 3 0.570 0.00865 0.440 0.000 0.500 0.024 0.036
#> SRR1350997 3 0.403 0.33189 0.004 0.000 0.680 0.000 0.316
#> SRR1069714 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 5 0.711 0.46164 0.324 0.000 0.212 0.024 0.440
#> SRR1478878 1 0.426 0.39232 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.495 0.47108 0.188 0.000 0.732 0.028 0.052
#> SRR1083262 1 0.431 0.25012 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 5 0.672 0.58719 0.024 0.000 0.252 0.184 0.540
#> SRR1098146 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.403 0.46537 0.048 0.000 0.776 0.000 0.176
#> SRR1459889 3 0.474 0.32275 0.324 0.000 0.648 0.008 0.020
#> SRR1329726 3 0.226 0.52369 0.064 0.000 0.908 0.000 0.028
#> SRR1098495 5 0.856 0.40461 0.224 0.000 0.224 0.248 0.304
#> SRR1081092 3 0.417 0.53488 0.112 0.000 0.784 0.000 0.104
#> SRR1084252 2 0.492 0.35332 0.000 0.604 0.000 0.360 0.036
#> SRR1446979 1 0.422 0.42930 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.445 0.01379 0.000 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR1346838 3 0.442 0.31276 0.332 0.000 0.652 0.000 0.016
#> SRR1085450 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.141 0.61685 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR1400869 1 0.546 0.40525 0.552 0.000 0.380 0.000 0.068
#> SRR1323404 3 0.373 0.53068 0.160 0.000 0.800 0.000 0.040
#> SRR1364641 1 0.546 0.40525 0.552 0.000 0.380 0.000 0.068
#> SRR1476760 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.373 0.35722 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1465064 3 0.445 0.01379 0.000 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR1345178 5 0.672 0.58719 0.024 0.000 0.252 0.184 0.540
#> SRR1069166 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.452 0.23997 0.360 0.000 0.624 0.000 0.016
#> SRR1343175 1 0.141 0.61685 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR1455565 4 0.498 0.55085 0.000 0.220 0.000 0.692 0.088
#> SRR1091548 3 0.381 0.41405 0.276 0.000 0.720 0.000 0.004
#> SRR1477125 3 0.413 0.30646 0.340 0.000 0.656 0.000 0.004
#> SRR1394544 3 0.555 0.15611 0.080 0.000 0.564 0.000 0.356
#> SRR1074066 1 0.500 0.36105 0.740 0.000 0.040 0.052 0.168
#> SRR1098855 1 0.288 0.54693 0.880 0.000 0.032 0.008 0.080
#> SRR1377537 5 0.672 0.58719 0.024 0.000 0.252 0.184 0.540
#> SRR1471690 5 0.711 0.46164 0.324 0.000 0.212 0.024 0.440
#> SRR1435643 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.341 0.46596 0.024 0.000 0.816 0.000 0.160
#> SRR1453831 3 0.555 0.15611 0.080 0.000 0.564 0.000 0.356
#> SRR1470665 1 0.149 0.60345 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1102369 1 0.805 -0.18963 0.436 0.000 0.188 0.148 0.228
#> SRR1417749 1 0.832 -0.28119 0.384 0.000 0.184 0.200 0.232
#> SRR1088068 2 0.305 0.82104 0.000 0.852 0.000 0.120 0.028
#> SRR1310253 3 0.408 0.25593 0.004 0.000 0.668 0.000 0.328
#> SRR1098122 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.466 0.46113 0.000 0.004 0.128 0.752 0.116
#> SRR808542 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.403 0.33189 0.004 0.000 0.680 0.000 0.316
#> SRR1440179 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.388 0.56804 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.445 0.01379 0.000 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR812152 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.393 0.55412 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.360 0.61422 0.784 0.000 0.200 0.000 0.016
#> SRR1083408 1 0.149 0.60333 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1433152 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.389 0.56364 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.139 0.60494 0.952 0.000 0.032 0.000 0.016
#> SRR1081717 3 0.382 0.34227 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1078090 1 0.411 0.49254 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.535 0.38537 0.264 0.000 0.664 0.028 0.044
#> SRR815326 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.140 0.58658 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1094555 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 5 0.672 0.58719 0.024 0.000 0.252 0.184 0.540
#> SRR1392615 3 0.401 0.33780 0.004 0.000 0.684 0.000 0.312
#> SRR1078759 3 0.373 0.35722 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1083360 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.140 0.58658 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1105513 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.198 0.55002 0.924 0.000 0.008 0.008 0.060
#> SRR1435090 3 0.412 0.31039 0.336 0.000 0.660 0.000 0.004
#> SRR1420148 3 0.425 0.37939 0.296 0.000 0.688 0.000 0.016
#> SRR1309723 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.508 0.33787 0.728 0.000 0.040 0.048 0.184
#> SRR1071761 3 0.475 0.34320 0.308 0.000 0.660 0.008 0.024
#> SRR1368815 1 0.311 0.63132 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.386 0.35832 0.004 0.000 0.712 0.000 0.284
#> SRR1076268 2 0.492 0.35332 0.000 0.604 0.000 0.360 0.036
#> SRR1329909 3 0.355 0.46116 0.236 0.000 0.760 0.000 0.004
#> SRR1070549 3 0.407 0.53237 0.104 0.000 0.792 0.000 0.104
#> SRR811193 1 0.820 -0.23577 0.412 0.000 0.192 0.168 0.228
#> SRR1415355 1 0.198 0.55002 0.924 0.000 0.008 0.008 0.060
#> SRR1329108 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.670 0.16922 0.068 0.000 0.572 0.096 0.264
#> SRR1458465 3 0.437 0.08538 0.416 0.000 0.580 0.000 0.004
#> SRR1405289 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.397 0.37748 0.304 0.000 0.692 0.000 0.004
#> SRR1396724 3 0.392 0.44460 0.256 0.000 0.732 0.000 0.012
#> SRR1081235 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.263 0.45427 0.004 0.000 0.860 0.000 0.136
#> SRR1447124 1 0.293 0.63619 0.832 0.000 0.164 0.000 0.004
#> SRR1480153 1 0.311 0.63132 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.373 0.58446 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR1399156 3 0.466 0.26128 0.356 0.000 0.624 0.004 0.016
#> SRR1102272 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.421 0.35014 0.012 0.000 0.680 0.000 0.308
#> SRR1414209 4 0.511 0.48451 0.000 0.000 0.048 0.596 0.356
#> SRR1432587 1 0.749 -0.02591 0.416 0.000 0.364 0.072 0.148
#> SRR814820 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.535 0.38537 0.264 0.000 0.664 0.028 0.044
#> SRR1338705 3 0.405 0.34129 0.320 0.000 0.676 0.000 0.004
#> SRR1337794 1 0.427 0.36539 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.557 0.29903 0.696 0.000 0.052 0.064 0.188
#> SRR1083149 1 0.388 0.56804 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.149 0.60345 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1478855 1 0.419 0.44950 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1092136 5 0.740 0.39582 0.036 0.000 0.240 0.312 0.412
#> SRR1083191 5 0.560 0.06423 0.000 0.000 0.328 0.092 0.580
#> SRR1468028 4 0.660 0.03493 0.020 0.000 0.188 0.552 0.240
#> SRR1413100 1 0.311 0.63127 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.431 0.25012 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.441 0.48045 0.232 0.000 0.724 0.000 0.044
#> SRR810829 3 0.373 0.45403 0.032 0.000 0.792 0.000 0.176
#> SRR1468804 1 0.157 0.62816 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR1362688 1 0.393 0.56470 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1100632 3 0.552 0.32859 0.296 0.000 0.632 0.028 0.044
#> SRR1365679 3 0.429 0.30482 0.340 0.000 0.652 0.004 0.004
#> SRR1388891 1 0.393 0.55421 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.465 0.46508 0.068 0.000 0.720 0.000 0.212
#> SRR1380591 3 0.562 0.29525 0.320 0.000 0.608 0.028 0.044
#> SRR1088782 3 0.417 0.53488 0.112 0.000 0.784 0.000 0.104
#> SRR1088117 3 0.386 0.36157 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.234 0.63595 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR1475633 4 0.457 0.45443 0.000 0.280 0.000 0.684 0.036
#> SRR1081935 3 0.401 0.33780 0.004 0.000 0.684 0.000 0.312
#> SRR1383984 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.406 0.51624 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.532 0.31642 0.712 0.000 0.052 0.048 0.188
#> SRR1387516 4 0.252 0.65737 0.012 0.000 0.000 0.880 0.108
#> SRR1402772 3 0.275 0.45795 0.008 0.000 0.856 0.000 0.136
#> SRR1466490 1 0.140 0.58658 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1315309 3 0.337 0.40103 0.004 0.000 0.784 0.000 0.212
#> SRR1479431 3 0.408 0.25593 0.004 0.000 0.668 0.000 0.328
#> SRR1432890 1 0.380 0.58170 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.401 0.33780 0.004 0.000 0.684 0.000 0.312
#> SRR1068953 3 0.407 0.53445 0.108 0.000 0.792 0.000 0.100
#> SRR1079900 1 0.411 0.49254 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1091356 3 0.402 0.42836 0.272 0.000 0.716 0.000 0.012
#> SRR1384331 3 0.437 0.08538 0.416 0.000 0.580 0.000 0.004
#> SRR1412928 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.431 0.62071 0.768 0.000 0.176 0.008 0.048
#> SRR1389199 3 0.408 0.25593 0.004 0.000 0.668 0.000 0.328
#> SRR1072821 3 0.738 -0.02428 0.152 0.000 0.540 0.120 0.188
#> SRR1080672 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.433 0.34683 0.312 0.000 0.672 0.000 0.016
#> SRR1404062 1 0.128 0.60743 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR1093504 1 0.311 0.63132 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.395 0.56117 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.406 0.51624 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.386 0.45113 0.248 0.000 0.740 0.000 0.012
#> SRR1360545 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.479 0.49356 0.224 0.000 0.704 0.000 0.072
#> SRR1328360 4 0.395 0.63211 0.000 0.120 0.000 0.800 0.080
#> SRR1441745 1 0.140 0.58658 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1404147 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.444 0.28607 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR1097618 1 0.404 0.57240 0.724 0.000 0.260 0.000 0.016
#> SRR1098361 1 0.423 0.42204 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.273 0.65536 0.012 0.000 0.004 0.872 0.112
#> SRR1088878 1 0.423 0.41410 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.263 0.45427 0.004 0.000 0.860 0.000 0.136
#> SRR814195 3 0.495 0.47108 0.188 0.000 0.732 0.028 0.052
#> SRR1436169 1 0.805 -0.18963 0.436 0.000 0.188 0.148 0.228
#> SRR1476255 1 0.223 0.52775 0.908 0.000 0.004 0.012 0.076
#> SRR1312906 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.444 0.25319 0.524 0.000 0.472 0.000 0.004
#> SRR1474440 2 0.263 0.86019 0.000 0.884 0.000 0.088 0.028
#> SRR1447416 4 0.252 0.65737 0.012 0.000 0.000 0.880 0.108
#> SRR1430860 1 0.384 0.57409 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1345871 3 0.431 -0.20653 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.373 0.35722 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1498249 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 3 0.455 0.11911 0.400 0.000 0.588 0.000 0.012
#> SRR1474396 2 0.000 0.97954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.6130 0.2534 0.148 0.000 0.000 0.608 0.128 0.116
#> SRR1408091 3 0.4148 0.6027 0.128 0.000 0.772 0.080 0.000 0.020
#> SRR1437186 1 0.6318 0.2091 0.372 0.000 0.296 0.324 0.000 0.008
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0551 0.5722 0.008 0.000 0.984 0.004 0.000 0.004
#> SRR1120711 6 0.6491 0.1887 0.096 0.000 0.388 0.084 0.000 0.432
#> SRR1082933 1 0.6282 0.3524 0.420 0.000 0.220 0.348 0.004 0.008
#> SRR1350997 3 0.0881 0.5659 0.008 0.000 0.972 0.008 0.000 0.012
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 6 0.5688 0.3082 0.176 0.000 0.000 0.328 0.000 0.496
#> SRR1478878 1 0.4613 0.5601 0.688 0.000 0.196 0.116 0.000 0.000
#> SRR1399247 4 0.6638 -0.2540 0.272 0.000 0.344 0.360 0.004 0.020
#> SRR1083262 1 0.5056 0.5365 0.632 0.000 0.220 0.148 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 6 0.6756 0.4189 0.012 0.000 0.092 0.180 0.168 0.548
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.3602 0.6147 0.088 0.000 0.796 0.116 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.6249 0.2964 0.416 0.000 0.272 0.304 0.000 0.008
#> SRR1329726 3 0.5156 0.5007 0.152 0.000 0.616 0.232 0.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.7260 -0.0564 0.128 0.000 0.004 0.440 0.180 0.248
#> SRR1081092 3 0.5202 0.4871 0.192 0.000 0.616 0.192 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.6426 -0.0504 0.000 0.452 0.000 0.056 0.364 0.128
#> SRR1446979 1 0.4466 0.5643 0.708 0.000 0.176 0.116 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.3610 0.2743 0.000 0.000 0.768 0.028 0.004 0.200
#> SRR1346838 1 0.6150 0.3053 0.424 0.000 0.284 0.288 0.000 0.004
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.2605 0.2901 0.864 0.000 0.000 0.108 0.000 0.028
#> SRR1400869 1 0.5704 0.3505 0.580 0.000 0.256 0.020 0.000 0.144
#> SRR1323404 3 0.5682 0.3358 0.248 0.000 0.528 0.224 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.5704 0.3505 0.580 0.000 0.256 0.020 0.000 0.144
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0717 0.5877 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.3610 0.2743 0.000 0.000 0.768 0.028 0.004 0.200
#> SRR1345178 6 0.6756 0.4189 0.012 0.000 0.092 0.180 0.168 0.548
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.6114 0.3753 0.468 0.000 0.252 0.272 0.000 0.008
#> SRR1343175 1 0.2605 0.2901 0.864 0.000 0.000 0.108 0.000 0.028
#> SRR1455565 5 0.4880 0.6542 0.000 0.092 0.000 0.132 0.724 0.052
#> SRR1091548 1 0.6094 0.1291 0.364 0.000 0.356 0.280 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.5994 0.3142 0.440 0.000 0.284 0.276 0.000 0.000
#> SRR1394544 6 0.6491 0.1887 0.096 0.000 0.388 0.084 0.000 0.432
#> SRR1074066 4 0.4800 0.3166 0.468 0.000 0.000 0.492 0.016 0.024
#> SRR1098855 1 0.4445 0.0283 0.656 0.000 0.004 0.296 0.000 0.044
#> SRR1377537 6 0.6756 0.4189 0.012 0.000 0.092 0.180 0.168 0.548
#> SRR1471690 6 0.5688 0.3082 0.176 0.000 0.000 0.328 0.000 0.496
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0458 0.9571 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1457437 3 0.3657 0.6188 0.100 0.000 0.792 0.108 0.000 0.000
#> SRR1453831 6 0.6491 0.1887 0.096 0.000 0.388 0.084 0.000 0.432
#> SRR1470665 1 0.3164 0.2510 0.824 0.000 0.004 0.140 0.000 0.032
#> SRR1102369 4 0.5409 0.3135 0.172 0.000 0.000 0.668 0.056 0.104
#> SRR1417749 4 0.6095 0.2573 0.148 0.000 0.000 0.612 0.124 0.116
#> SRR1088068 2 0.3405 0.7685 0.000 0.812 0.000 0.000 0.112 0.076
#> SRR1310253 3 0.5287 -0.0398 0.040 0.000 0.508 0.032 0.000 0.420
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 5 0.3865 0.6140 0.000 0.000 0.000 0.248 0.720 0.032
#> SRR808542 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0881 0.5592 0.008 0.000 0.972 0.008 0.000 0.012
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.3071 0.5650 0.804 0.000 0.180 0.016 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.3610 0.2743 0.000 0.000 0.768 0.028 0.004 0.200
#> SRR812152 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.3387 0.5690 0.796 0.000 0.164 0.040 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.4820 0.4470 0.704 0.000 0.136 0.144 0.000 0.016
#> SRR1083408 1 0.2909 0.2557 0.836 0.000 0.000 0.136 0.000 0.028
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.3156 0.5660 0.800 0.000 0.180 0.020 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.2868 0.2599 0.840 0.000 0.000 0.132 0.000 0.028
#> SRR1081717 3 0.0508 0.5775 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1078090 1 0.4012 0.5699 0.748 0.000 0.176 0.076 0.000 0.000
#> SRR1087101 4 0.6426 -0.3364 0.356 0.000 0.276 0.356 0.004 0.008
#> SRR815326 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.3387 0.1923 0.796 0.000 0.000 0.164 0.000 0.040
#> SRR1094555 2 0.0458 0.9571 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1101981 6 0.6756 0.4189 0.012 0.000 0.092 0.180 0.168 0.548
#> SRR1392615 3 0.0551 0.5722 0.008 0.000 0.984 0.004 0.000 0.004
#> SRR1078759 3 0.0717 0.5877 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.3387 0.1923 0.796 0.000 0.000 0.164 0.000 0.040
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.3848 0.1375 0.736 0.000 0.000 0.224 0.000 0.040
#> SRR1435090 1 0.6004 0.3136 0.436 0.000 0.280 0.284 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.6307 0.2200 0.384 0.000 0.308 0.300 0.000 0.008
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 4 0.4571 0.3245 0.432 0.000 0.000 0.536 0.004 0.028
#> SRR1071761 1 0.6273 0.2696 0.400 0.000 0.272 0.320 0.000 0.008
#> SRR1368815 1 0.2056 0.4960 0.904 0.000 0.080 0.012 0.000 0.004
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.1851 0.5933 0.024 0.000 0.928 0.036 0.000 0.012
#> SRR1076268 2 0.6426 -0.0504 0.000 0.452 0.000 0.056 0.364 0.128
#> SRR1329909 3 0.6065 0.0108 0.316 0.000 0.404 0.280 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.5122 0.5025 0.180 0.000 0.628 0.192 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.5288 0.3046 0.152 0.000 0.000 0.688 0.076 0.084
#> SRR1415355 1 0.3848 0.1375 0.736 0.000 0.000 0.224 0.000 0.040
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.8078 0.0926 0.104 0.000 0.312 0.240 0.048 0.296
#> SRR1458465 1 0.5738 0.4298 0.516 0.000 0.244 0.240 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.6065 0.2334 0.404 0.000 0.316 0.280 0.000 0.000
#> SRR1396724 3 0.6081 -0.0715 0.340 0.000 0.384 0.276 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.3551 0.6134 0.060 0.000 0.792 0.148 0.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.3033 0.4505 0.856 0.000 0.076 0.056 0.000 0.012
#> SRR1480153 1 0.2056 0.4960 0.904 0.000 0.080 0.012 0.000 0.004
#> SRR1316231 1 0.2558 0.5551 0.840 0.000 0.156 0.004 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.6195 0.3478 0.452 0.000 0.276 0.264 0.004 0.004
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.1251 0.5799 0.024 0.000 0.956 0.012 0.000 0.008
#> SRR1414209 5 0.5888 0.5424 0.000 0.000 0.068 0.080 0.580 0.272
#> SRR1432587 4 0.5270 0.2836 0.252 0.000 0.032 0.656 0.028 0.032
#> SRR814820 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.6426 0.1905 0.356 0.000 0.276 0.356 0.004 0.008
#> SRR1338705 1 0.6040 0.2821 0.420 0.000 0.292 0.288 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.4718 0.5551 0.676 0.000 0.200 0.124 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.5422 0.3329 0.388 0.000 0.000 0.524 0.024 0.064
#> SRR1083149 1 0.3071 0.5650 0.804 0.000 0.180 0.016 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.3164 0.2510 0.824 0.000 0.004 0.140 0.000 0.032
#> SRR1478855 1 0.4358 0.5667 0.716 0.000 0.184 0.100 0.000 0.000
#> SRR1092136 6 0.6480 -0.0542 0.000 0.000 0.020 0.356 0.252 0.372
#> SRR1083191 3 0.6105 -0.1314 0.000 0.000 0.560 0.064 0.108 0.268
#> SRR1468028 5 0.5583 0.3741 0.000 0.000 0.004 0.392 0.480 0.124
#> SRR1413100 1 0.2056 0.4961 0.904 0.000 0.080 0.012 0.000 0.004
#> SRR1379384 1 0.5056 0.5365 0.632 0.000 0.220 0.148 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.5940 0.1273 0.296 0.000 0.456 0.248 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.3396 0.6166 0.072 0.000 0.812 0.116 0.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.2652 0.3130 0.868 0.000 0.008 0.104 0.000 0.020
#> SRR1362688 1 0.3424 0.5622 0.796 0.000 0.168 0.032 0.000 0.004
#> SRR1100632 1 0.6291 0.2583 0.376 0.000 0.252 0.364 0.004 0.004
#> SRR1365679 1 0.6119 0.3109 0.436 0.000 0.292 0.268 0.004 0.000
#> SRR1388891 1 0.3236 0.5673 0.796 0.000 0.180 0.024 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.4148 0.6027 0.128 0.000 0.772 0.080 0.000 0.020
#> SRR1380591 1 0.6335 0.2629 0.380 0.000 0.232 0.376 0.004 0.008
#> SRR1088782 3 0.5202 0.4871 0.192 0.000 0.616 0.192 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.6056 0.2460 0.408 0.000 0.316 0.276 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.3439 0.3969 0.828 0.000 0.060 0.096 0.000 0.016
#> SRR1475633 5 0.5120 0.5485 0.000 0.120 0.000 0.056 0.704 0.120
#> SRR1081935 3 0.0551 0.5722 0.008 0.000 0.984 0.004 0.000 0.004
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.3786 0.5710 0.768 0.000 0.168 0.064 0.000 0.000
#> SRR819719 4 0.5300 0.3326 0.404 0.000 0.000 0.516 0.016 0.064
#> SRR1387516 5 0.2843 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.116 0.848 0.036
#> SRR1402772 3 0.3570 0.6140 0.064 0.000 0.792 0.144 0.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.3387 0.1923 0.796 0.000 0.000 0.164 0.000 0.040
#> SRR1315309 3 0.2218 0.6060 0.012 0.000 0.884 0.104 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.5287 -0.0398 0.040 0.000 0.508 0.032 0.000 0.420
#> SRR1432890 1 0.2809 0.5522 0.824 0.000 0.168 0.004 0.000 0.004
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0551 0.5722 0.008 0.000 0.984 0.004 0.000 0.004
#> SRR1068953 3 0.5202 0.4872 0.188 0.000 0.616 0.196 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.4012 0.5699 0.748 0.000 0.176 0.076 0.000 0.000
#> SRR1091356 3 0.6080 -0.1075 0.352 0.000 0.376 0.272 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.5738 0.4298 0.516 0.000 0.244 0.240 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.4466 0.3664 0.736 0.000 0.060 0.176 0.000 0.028
#> SRR1389199 3 0.5287 -0.0398 0.040 0.000 0.508 0.032 0.000 0.420
#> SRR1072821 4 0.7784 0.0485 0.200 0.000 0.184 0.456 0.088 0.072
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.6188 0.2692 0.404 0.000 0.288 0.304 0.000 0.004
#> SRR1404062 1 0.2790 0.2645 0.844 0.000 0.000 0.132 0.000 0.024
#> SRR1093504 1 0.2056 0.4960 0.904 0.000 0.080 0.012 0.000 0.004
#> SRR1343324 1 0.3494 0.5630 0.792 0.000 0.168 0.036 0.000 0.004
#> SRR1092281 1 0.3786 0.5710 0.768 0.000 0.168 0.064 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.6075 -0.0211 0.324 0.000 0.396 0.280 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.5835 0.1872 0.280 0.000 0.488 0.232 0.000 0.000
#> SRR1328360 5 0.3688 0.7107 0.000 0.040 0.000 0.140 0.800 0.020
#> SRR1441745 1 0.3387 0.1923 0.796 0.000 0.000 0.164 0.000 0.040
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.4964 0.5449 0.648 0.000 0.200 0.152 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.5237 0.4716 0.652 0.000 0.188 0.144 0.000 0.016
#> SRR1098361 1 0.4513 0.5617 0.704 0.000 0.172 0.124 0.000 0.000
#> SRR1403089 5 0.3079 0.7221 0.000 0.000 0.004 0.096 0.844 0.056
#> SRR1088878 1 0.4545 0.5610 0.700 0.000 0.176 0.124 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.3513 0.6138 0.060 0.000 0.796 0.144 0.000 0.000
#> SRR814195 4 0.6638 -0.2540 0.272 0.000 0.344 0.360 0.004 0.020
#> SRR1436169 4 0.5409 0.3135 0.172 0.000 0.000 0.668 0.056 0.104
#> SRR1476255 1 0.4351 0.0493 0.676 0.000 0.000 0.276 0.004 0.044
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.5354 0.5148 0.608 0.000 0.176 0.212 0.000 0.004
#> SRR1474440 2 0.4916 0.6426 0.000 0.724 0.000 0.056 0.112 0.108
#> SRR1447416 5 0.2843 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.116 0.848 0.036
#> SRR1430860 1 0.2981 0.5627 0.820 0.000 0.160 0.020 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.5201 0.5237 0.616 0.000 0.200 0.184 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0458 0.9571 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0717 0.5877 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.5966 0.4308 0.508 0.000 0.232 0.252 0.000 0.008
#> SRR1474396 2 0.0458 0.9571 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.999 0.4095 0.591 0.591
#> 3 3 0.713 0.818 0.890 0.5390 0.760 0.594
#> 4 4 0.762 0.858 0.903 0.1372 0.900 0.726
#> 5 5 0.746 0.612 0.759 0.0639 0.926 0.741
#> 6 6 0.749 0.722 0.823 0.0412 0.908 0.642
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1408091 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.373 0.922 0.072 0.928
#> SRR1091548 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432587 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.358 0.927 0.932 0.068
#> SRR1088878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.000 0.999 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.288 0.607 0.096 0.000 0.904
#> SRR1408091 3 0.455 0.782 0.200 0.000 0.800
#> SRR1437186 1 0.553 0.364 0.704 0.000 0.296
#> SRR1072700 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1120711 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1082933 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1069714 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.583 0.529 0.660 0.000 0.340
#> SRR1478878 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1083262 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098146 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.579 0.829 0.332 0.000 0.668
#> SRR1459889 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.586 0.812 0.344 0.000 0.656
#> SRR1098495 1 0.619 0.421 0.580 0.000 0.420
#> SRR1081092 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1084252 2 0.455 0.807 0.000 0.800 0.200
#> SRR1446979 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.455 0.782 0.200 0.000 0.800
#> SRR1346838 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.514 0.466 0.748 0.000 0.252
#> SRR1364641 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1465064 3 0.553 0.838 0.296 0.000 0.704
#> SRR1345178 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069166 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.506 0.509 0.756 0.000 0.244
#> SRR1343175 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.579 0.662 0.000 0.668 0.332
#> SRR1091548 1 0.506 0.509 0.756 0.000 0.244
#> SRR1477125 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.619 -0.151 0.580 0.000 0.420
#> SRR1074066 1 0.553 0.572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1098855 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471690 1 0.579 0.536 0.668 0.000 0.332
#> SRR1435643 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.579 0.829 0.332 0.000 0.668
#> SRR1453831 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1470665 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.579 0.536 0.668 0.000 0.332
#> SRR1417749 1 0.590 0.517 0.648 0.000 0.352
#> SRR1088068 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1098122 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1440179 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR812152 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1078090 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.571 0.282 0.680 0.000 0.320
#> SRR815326 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392615 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1078759 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1083360 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.418 0.657 0.828 0.000 0.172
#> SRR1309723 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.553 0.572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1071761 1 0.375 0.702 0.856 0.000 0.144
#> SRR1368815 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1076268 2 0.455 0.807 0.000 0.800 0.200
#> SRR1329909 1 0.628 -0.326 0.540 0.000 0.460
#> SRR1070549 3 0.571 0.844 0.320 0.000 0.680
#> SRR811193 1 0.579 0.536 0.668 0.000 0.332
#> SRR1415355 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1458465 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.518 0.478 0.744 0.000 0.256
#> SRR1396724 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1447124 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.465 0.589 0.792 0.000 0.208
#> SRR1102272 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1414209 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 1 0.579 0.536 0.668 0.000 0.332
#> SRR814820 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1338705 1 0.445 0.621 0.808 0.000 0.192
#> SRR1337794 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.579 0.536 0.668 0.000 0.332
#> SRR1083149 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083191 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468028 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.579 0.829 0.332 0.000 0.668
#> SRR810829 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1468804 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.153 0.830 0.960 0.000 0.040
#> SRR1365679 1 0.375 0.702 0.856 0.000 0.144
#> SRR1388891 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1380591 1 0.470 0.584 0.788 0.000 0.212
#> SRR1088782 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1088117 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.568 0.683 0.000 0.684 0.316
#> SRR1081935 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1383984 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.579 0.536 0.668 0.000 0.332
#> SRR1387516 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402772 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1466490 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1479431 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1432890 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1068953 3 0.586 0.812 0.344 0.000 0.656
#> SRR1079900 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.141 0.834 0.964 0.000 0.036
#> SRR1384331 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1072821 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080672 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.369 0.708 0.860 0.000 0.140
#> SRR1404062 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.593 0.140 0.644 0.000 0.356
#> SRR1360545 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.586 0.812 0.344 0.000 0.656
#> SRR1328360 2 0.579 0.662 0.000 0.668 0.332
#> SRR1441745 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR814195 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1436169 1 0.579 0.536 0.668 0.000 0.332
#> SRR1476255 1 0.553 0.572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1312906 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 3 0.000 0.671 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.568 0.849 0.316 0.000 0.684
#> SRR1498249 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.000 0.979 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1410242 4 0.4168 0.830 0.092 0.000 0.080 0.828
#> SRR1408091 3 0.2131 0.908 0.036 0.000 0.932 0.032
#> SRR1437186 1 0.4761 0.395 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1082957 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1120711 3 0.1792 0.948 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1082933 1 0.1716 0.847 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1350997 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1069714 2 0.0188 0.973 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1487867 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1310920 4 0.2999 0.786 0.132 0.000 0.004 0.864
#> SRR1478878 1 0.1867 0.830 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1399247 3 0.1978 0.946 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1083262 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.3486 0.819 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1098146 2 0.0469 0.974 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1443755 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1341321 3 0.2530 0.920 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.3649 0.829 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1098495 4 0.3402 0.785 0.164 0.000 0.004 0.832
#> SRR1081092 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1084252 2 0.5213 0.683 0.000 0.724 0.052 0.224
#> SRR1446979 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.2313 0.895 0.032 0.000 0.924 0.044
#> SRR1346838 1 0.3610 0.718 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1097320 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1400869 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1323404 3 0.4500 0.655 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1364641 1 0.3617 0.828 0.860 0.000 0.076 0.064
#> SRR1476760 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1330609 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1465064 3 0.1970 0.941 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1345178 4 0.3486 0.819 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1069166 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.4679 0.447 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1343175 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1455565 4 0.3142 0.781 0.000 0.132 0.008 0.860
#> SRR1091548 1 0.4776 0.384 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1477125 1 0.2760 0.787 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1394544 1 0.5923 0.402 0.580 0.000 0.376 0.044
#> SRR1074066 1 0.4543 0.555 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1098855 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1377537 4 0.3486 0.819 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1471690 4 0.2999 0.786 0.132 0.000 0.004 0.864
#> SRR1435643 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.1489 0.951 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1457437 3 0.2868 0.899 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1453831 3 0.1970 0.941 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1470665 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1102369 4 0.3982 0.699 0.220 0.000 0.004 0.776
#> SRR1417749 4 0.2831 0.830 0.120 0.000 0.004 0.876
#> SRR1088068 2 0.1743 0.947 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1310253 3 0.1970 0.941 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1098122 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1356725 4 0.2973 0.843 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR808542 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1458789 3 0.1792 0.948 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1440179 2 0.0188 0.973 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0188 0.974 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1092184 2 0.1489 0.951 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1325690 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.1792 0.948 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR812152 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1073459 1 0.1022 0.855 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1096247 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1433152 2 0.0188 0.974 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1081717 3 0.1792 0.948 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.5022 0.645 0.736 0.000 0.220 0.044
#> SRR815326 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1094555 2 0.2840 0.912 0.000 0.900 0.044 0.056
#> SRR1101981 4 0.2868 0.844 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1392615 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1078759 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1083360 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1343456 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1105513 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1435090 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.4103 0.640 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1309723 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1313449 1 0.4713 0.523 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1071761 1 0.2973 0.772 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1368815 1 0.2589 0.835 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1322512 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1473385 3 0.1792 0.948 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1076268 2 0.5288 0.683 0.000 0.720 0.056 0.224
#> SRR1329909 3 0.4008 0.782 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1070549 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR811193 4 0.2542 0.834 0.084 0.000 0.012 0.904
#> SRR1415355 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1329108 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1098588 3 0.2521 0.932 0.064 0.000 0.912 0.024
#> SRR1458465 1 0.2760 0.787 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.4776 0.384 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1396724 1 0.4072 0.647 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1081235 2 0.0707 0.966 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1447124 1 0.2589 0.835 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1480153 1 0.2589 0.835 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1316231 1 0.1022 0.855 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1399156 1 0.4304 0.594 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1102272 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1388190 3 0.1792 0.948 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1414209 4 0.2868 0.844 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1432587 4 0.2831 0.830 0.120 0.000 0.004 0.876
#> SRR814820 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.2921 0.896 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1338705 1 0.4624 0.475 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.2101 0.826 0.060 0.000 0.012 0.928
#> SRR1083149 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1478855 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.3486 0.819 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1083191 3 0.3486 0.674 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1468028 4 0.2868 0.844 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1413100 1 0.2589 0.835 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1379384 1 0.0707 0.853 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1076417 3 0.2647 0.914 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR810829 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1468804 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1362688 1 0.1022 0.855 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1100632 1 0.3123 0.762 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1365679 1 0.4072 0.647 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.1118 0.967 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1120825 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1380591 1 0.4335 0.726 0.796 0.000 0.168 0.036
#> SRR1088782 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1088117 1 0.3311 0.749 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1099905 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1359760 1 0.2589 0.835 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1475633 4 0.4234 0.759 0.000 0.132 0.052 0.816
#> SRR1081935 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 4 0.3402 0.771 0.164 0.000 0.004 0.832
#> SRR1387516 4 0.2973 0.843 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1402772 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1466490 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1315309 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1479431 3 0.1792 0.948 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1473016 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1068953 3 0.3649 0.829 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.4193 0.622 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.1637 0.954 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1089737 1 0.1118 0.853 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1389199 3 0.1792 0.948 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1072821 4 0.3873 0.777 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1080672 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1316553 1 0.4072 0.647 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1404062 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1093504 1 0.2589 0.835 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1343324 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.4008 0.782 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1360545 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR813234 3 0.3649 0.829 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1328360 4 0.3142 0.781 0.000 0.132 0.008 0.860
#> SRR1441745 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1404147 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.2814 0.828 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1098361 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.2868 0.844 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1088878 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR814195 3 0.1978 0.946 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1436169 4 0.4122 0.695 0.236 0.000 0.004 0.760
#> SRR1476255 1 0.4134 0.675 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1312906 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.3009 0.905 0.000 0.892 0.052 0.056
#> SRR1447416 4 0.2921 0.844 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1430860 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.2011 0.823 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1446996 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1459761 2 0.2840 0.912 0.000 0.900 0.044 0.056
#> SRR1355997 2 0.1489 0.951 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1359821 3 0.1867 0.949 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.2840 0.912 0.000 0.900 0.044 0.056
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.1399 0.9116 0.020 0.952 0.028 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.1410 0.8922 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1408091 3 0.1588 0.8546 0.016 0.000 0.948 0.028 0.008
#> SRR1437186 1 0.6388 0.6369 0.508 0.000 0.208 0.000 0.284
#> SRR1072700 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.1830 0.9093 0.040 0.932 0.028 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.1469 0.8944 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1120711 3 0.2299 0.8615 0.052 0.000 0.912 0.004 0.032
#> SRR1082933 5 0.3086 0.3995 0.180 0.000 0.000 0.004 0.816
#> SRR1350997 3 0.1469 0.8944 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1069714 2 0.2424 0.8711 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.1195 0.9131 0.012 0.960 0.028 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.5735 0.7903 0.128 0.000 0.016 0.660 0.196
#> SRR1478878 1 0.5434 0.5942 0.496 0.000 0.048 0.004 0.452
#> SRR1399247 3 0.1646 0.8914 0.020 0.000 0.944 0.004 0.032
#> SRR1083262 5 0.4307 -0.4944 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1088680 2 0.0404 0.9132 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.2889 0.8781 0.084 0.000 0.044 0.872 0.000
#> SRR1098146 2 0.1216 0.9149 0.020 0.960 0.020 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.2325 0.9067 0.068 0.904 0.028 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.2291 0.8741 0.056 0.000 0.908 0.000 0.036
#> SRR1459889 1 0.4594 0.4809 0.508 0.000 0.004 0.004 0.484
#> SRR1329726 3 0.5065 0.2054 0.420 0.000 0.544 0.000 0.036
#> SRR1098495 4 0.4262 0.8522 0.100 0.000 0.000 0.776 0.124
#> SRR1081092 3 0.1568 0.8939 0.020 0.000 0.944 0.000 0.036
#> SRR1084252 2 0.6457 0.5091 0.320 0.512 0.008 0.160 0.000
#> SRR1446979 5 0.4452 -0.4847 0.496 0.000 0.000 0.004 0.500
#> SRR1076990 3 0.2178 0.8331 0.024 0.000 0.920 0.048 0.008
#> SRR1346838 1 0.5915 0.6970 0.508 0.000 0.108 0.000 0.384
#> SRR1085450 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.2325 0.9067 0.068 0.904 0.028 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400869 5 0.3074 0.4066 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1323404 3 0.5815 0.1684 0.356 0.000 0.540 0.000 0.104
#> SRR1364641 5 0.5010 -0.1804 0.392 0.000 0.036 0.000 0.572
#> SRR1476760 2 0.1549 0.9110 0.040 0.944 0.016 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.1469 0.8944 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1465064 3 0.1739 0.8748 0.024 0.000 0.940 0.004 0.032
#> SRR1345178 4 0.2754 0.8811 0.080 0.000 0.040 0.880 0.000
#> SRR1069166 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.6339 0.6643 0.508 0.000 0.188 0.000 0.304
#> SRR1343175 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455565 4 0.2408 0.8685 0.096 0.004 0.008 0.892 0.000
#> SRR1091548 1 0.6416 0.6413 0.500 0.000 0.208 0.000 0.292
#> SRR1477125 1 0.5631 0.6637 0.500 0.000 0.076 0.000 0.424
#> SRR1394544 1 0.8002 0.1262 0.400 0.000 0.148 0.140 0.312
#> SRR1074066 5 0.5060 0.3329 0.092 0.000 0.000 0.224 0.684
#> SRR1098855 5 0.1484 0.4943 0.048 0.000 0.000 0.008 0.944
#> SRR1377537 4 0.2889 0.8781 0.084 0.000 0.044 0.872 0.000
#> SRR1471690 4 0.4851 0.8035 0.092 0.000 0.000 0.712 0.196
#> SRR1435643 2 0.0404 0.9115 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.4360 0.7646 0.300 0.680 0.000 0.020 0.000
#> SRR1457437 3 0.2426 0.8677 0.064 0.000 0.900 0.000 0.036
#> SRR1453831 3 0.2754 0.8421 0.080 0.000 0.884 0.004 0.032
#> SRR1470665 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102369 4 0.4525 0.7824 0.056 0.000 0.000 0.724 0.220
#> SRR1417749 4 0.1478 0.8918 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1088068 2 0.4003 0.7990 0.288 0.704 0.008 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.3163 0.8260 0.092 0.000 0.864 0.012 0.032
#> SRR1098122 2 0.1399 0.9116 0.020 0.952 0.028 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.1106 0.8927 0.024 0.000 0.012 0.964 0.000
#> SRR808542 2 0.1117 0.9121 0.020 0.964 0.016 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.1830 0.9093 0.040 0.932 0.028 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.1568 0.8936 0.020 0.000 0.944 0.000 0.036
#> SRR1440179 2 0.2471 0.8693 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 5 0.4451 -0.4718 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504
#> SRR1312388 2 0.1364 0.9117 0.036 0.952 0.012 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.3661 0.7854 0.276 0.724 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.1202 0.8848 0.004 0.000 0.960 0.004 0.032
#> SRR812152 2 0.1830 0.9093 0.040 0.932 0.028 0.000 0.000
#> SRR1073459 5 0.4321 -0.2028 0.396 0.000 0.000 0.004 0.600
#> SRR1096247 5 0.4448 -0.4368 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR1083408 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433152 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 5 0.4452 -0.4847 0.496 0.000 0.000 0.004 0.500
#> SRR1069778 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081717 3 0.1202 0.8848 0.004 0.000 0.960 0.004 0.032
#> SRR1078090 5 0.4452 -0.4847 0.496 0.000 0.000 0.004 0.500
#> SRR1087101 1 0.7146 0.6132 0.508 0.000 0.100 0.088 0.304
#> SRR815326 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094555 2 0.4445 0.7610 0.300 0.676 0.000 0.024 0.000
#> SRR1101981 4 0.2104 0.8903 0.060 0.000 0.024 0.916 0.000
#> SRR1392615 3 0.1469 0.8944 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1078759 3 0.1469 0.8944 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1083360 2 0.1830 0.9093 0.040 0.932 0.028 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105513 2 0.1544 0.8973 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.1043 0.5057 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1435090 1 0.4452 0.4815 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR1420148 1 0.6132 0.7073 0.508 0.000 0.140 0.000 0.352
#> SRR1309723 2 0.1830 0.9093 0.040 0.932 0.028 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.4665 0.1849 0.048 0.000 0.000 0.260 0.692
#> SRR1071761 1 0.5579 0.6591 0.508 0.000 0.072 0.000 0.420
#> SRR1368815 5 0.1571 0.5031 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1322512 2 0.3527 0.8700 0.172 0.804 0.024 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.1202 0.8848 0.004 0.000 0.960 0.004 0.032
#> SRR1076268 2 0.6372 0.5566 0.312 0.528 0.008 0.152 0.000
#> SRR1329909 3 0.5467 0.1990 0.384 0.000 0.548 0.000 0.068
#> SRR1070549 3 0.1568 0.8939 0.020 0.000 0.944 0.000 0.036
#> SRR811193 4 0.1725 0.8942 0.044 0.000 0.000 0.936 0.020
#> SRR1415355 5 0.0880 0.5106 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1329108 2 0.1216 0.9121 0.020 0.960 0.020 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.6535 0.1951 0.380 0.000 0.492 0.096 0.032
#> SRR1458465 1 0.5587 0.6581 0.500 0.000 0.072 0.000 0.428
#> SRR1405289 2 0.0290 0.9127 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.6416 0.6413 0.500 0.000 0.208 0.000 0.292
#> SRR1396724 1 0.6149 0.7080 0.500 0.000 0.140 0.000 0.360
#> SRR1081235 2 0.2813 0.8531 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0510 0.9124 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.1568 0.8939 0.020 0.000 0.944 0.000 0.036
#> SRR1447124 5 0.1732 0.4906 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1480153 5 0.2020 0.4736 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1316231 5 0.4321 -0.2028 0.396 0.000 0.000 0.004 0.600
#> SRR1399156 1 0.6175 0.7025 0.508 0.000 0.148 0.000 0.344
#> SRR1102272 2 0.1830 0.9093 0.040 0.932 0.028 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.1547 0.8907 0.016 0.000 0.948 0.004 0.032
#> SRR1414209 4 0.2438 0.8860 0.060 0.000 0.040 0.900 0.000
#> SRR1432587 4 0.2388 0.8871 0.072 0.000 0.000 0.900 0.028
#> SRR814820 2 0.0290 0.9127 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.5109 0.0699 0.504 0.000 0.460 0.000 0.036
#> SRR1338705 1 0.6364 0.6671 0.500 0.000 0.188 0.000 0.312
#> SRR1337794 5 0.4450 -0.4474 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1358367 4 0.3723 0.8450 0.044 0.000 0.000 0.804 0.152
#> SRR1083149 5 0.4451 -0.4718 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504
#> SRR1337953 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478855 5 0.4451 -0.4718 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504
#> SRR1092136 4 0.2054 0.8900 0.052 0.000 0.028 0.920 0.000
#> SRR1083191 3 0.3573 0.6972 0.036 0.000 0.812 0.152 0.000
#> SRR1468028 4 0.0955 0.8937 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000
#> SRR1413100 5 0.0162 0.5269 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1379384 1 0.4747 0.5196 0.500 0.000 0.016 0.000 0.484
#> SRR1076417 3 0.1661 0.8926 0.024 0.000 0.940 0.000 0.036
#> SRR810829 3 0.1836 0.8889 0.032 0.000 0.932 0.000 0.036
#> SRR1468804 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362688 5 0.4341 -0.2082 0.404 0.000 0.000 0.004 0.592
#> SRR1100632 1 0.5771 0.6007 0.480 0.000 0.088 0.000 0.432
#> SRR1365679 1 0.6149 0.7080 0.500 0.000 0.140 0.000 0.360
#> SRR1388891 1 0.4452 0.4564 0.500 0.000 0.000 0.004 0.496
#> SRR1400312 2 0.4276 0.8199 0.256 0.716 0.028 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.1918 0.8859 0.036 0.000 0.928 0.000 0.036
#> SRR1380591 1 0.6765 0.5752 0.488 0.000 0.096 0.048 0.368
#> SRR1088782 3 0.1568 0.8939 0.020 0.000 0.944 0.000 0.036
#> SRR1088117 1 0.5861 0.6890 0.500 0.000 0.100 0.000 0.400
#> SRR1099905 2 0.1830 0.9093 0.040 0.932 0.028 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.1341 0.5061 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1475633 4 0.4260 0.7217 0.308 0.004 0.008 0.680 0.000
#> SRR1081935 3 0.1469 0.8944 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1383984 2 0.0404 0.9115 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 5 0.4451 -0.4718 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504
#> SRR819719 4 0.4031 0.8189 0.044 0.000 0.000 0.772 0.184
#> SRR1387516 4 0.0992 0.8934 0.024 0.000 0.008 0.968 0.000
#> SRR1402772 3 0.1469 0.8944 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1466490 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315309 3 0.1568 0.8939 0.020 0.000 0.944 0.000 0.036
#> SRR1479431 3 0.2694 0.8445 0.076 0.000 0.888 0.004 0.032
#> SRR1432890 1 0.4452 0.4560 0.500 0.000 0.000 0.004 0.496
#> SRR1093390 2 0.1216 0.9121 0.020 0.960 0.020 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.1469 0.8944 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1068953 3 0.3214 0.8098 0.120 0.000 0.844 0.000 0.036
#> SRR1079900 5 0.4451 -0.4718 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504
#> SRR1091356 1 0.6149 0.7080 0.500 0.000 0.140 0.000 0.360
#> SRR1384331 1 0.4307 0.4663 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1412928 2 0.3789 0.8445 0.212 0.768 0.020 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.4196 -0.1478 0.356 0.000 0.000 0.004 0.640
#> SRR1389199 3 0.2491 0.8537 0.068 0.000 0.896 0.000 0.036
#> SRR1072821 4 0.2592 0.8820 0.052 0.000 0.056 0.892 0.000
#> SRR1080672 2 0.1830 0.9093 0.040 0.932 0.028 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.6132 0.7073 0.508 0.000 0.140 0.000 0.352
#> SRR1404062 5 0.0000 0.5278 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093504 5 0.1704 0.4982 0.068 0.000 0.000 0.004 0.928
#> SRR1343324 5 0.4449 -0.4489 0.484 0.000 0.000 0.004 0.512
#> SRR1092281 5 0.4452 -0.4847 0.496 0.000 0.000 0.004 0.500
#> SRR1340862 3 0.5524 0.0804 0.416 0.000 0.516 0.000 0.068
#> SRR1360545 2 0.1648 0.9105 0.040 0.940 0.020 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.4990 0.3181 0.384 0.000 0.580 0.000 0.036
#> SRR1328360 4 0.2408 0.8685 0.096 0.004 0.008 0.892 0.000
#> SRR1441745 5 0.0290 0.5238 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1404147 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 5 0.4451 -0.4718 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504
#> SRR1097618 5 0.0703 0.5164 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1098361 5 0.4448 -0.4368 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR1403089 4 0.0955 0.8937 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000
#> SRR1088878 5 0.4448 -0.4368 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR1070884 3 0.1568 0.8939 0.020 0.000 0.944 0.000 0.036
#> SRR814195 3 0.1442 0.8918 0.012 0.000 0.952 0.004 0.032
#> SRR1436169 4 0.4528 0.7880 0.060 0.000 0.000 0.728 0.212
#> SRR1476255 5 0.3130 0.4207 0.048 0.000 0.000 0.096 0.856
#> SRR1312906 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 5 0.4448 -0.4368 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR1474440 2 0.4404 0.7580 0.292 0.684 0.000 0.024 0.000
#> SRR1447416 4 0.0865 0.8937 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR1430860 5 0.4451 -0.4718 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504
#> SRR1345871 1 0.5111 0.5831 0.500 0.000 0.036 0.000 0.464
#> SRR1446996 2 0.1893 0.9109 0.048 0.928 0.024 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.4445 0.7610 0.300 0.676 0.000 0.024 0.000
#> SRR1355997 2 0.3636 0.7869 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.1469 0.8944 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1498249 2 0.0162 0.9120 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.1830 0.9093 0.040 0.932 0.028 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.4307 0.4656 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1474396 2 0.4338 0.7641 0.280 0.696 0.000 0.024 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0790 0.8074 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1410242 4 0.2527 0.7721 0.000 0.000 0.000 0.876 0.040 0.084
#> SRR1408091 3 0.1821 0.8944 0.000 0.000 0.928 0.008 0.024 0.040
#> SRR1437186 1 0.3667 0.7488 0.788 0.000 0.160 0.000 0.008 0.044
#> SRR1072700 2 0.1245 0.8058 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1320203 2 0.1204 0.7998 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1082957 3 0.0748 0.9131 0.016 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR1120711 3 0.3423 0.8366 0.012 0.000 0.828 0.000 0.076 0.084
#> SRR1082933 5 0.4463 0.5329 0.456 0.000 0.000 0.000 0.516 0.028
#> SRR1350997 3 0.0820 0.9132 0.016 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012
#> SRR1069714 2 0.3508 0.5479 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1487867 2 0.0935 0.8086 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1310920 4 0.6457 0.5839 0.020 0.000 0.004 0.428 0.208 0.340
#> SRR1478878 1 0.1196 0.8147 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008
#> SRR1399247 3 0.1952 0.9056 0.016 0.000 0.920 0.000 0.012 0.052
#> SRR1083262 1 0.0146 0.8103 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0909 0.8109 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1348248 4 0.4965 0.6694 0.000 0.000 0.008 0.656 0.104 0.232
#> SRR1098146 2 0.1700 0.8082 0.000 0.928 0.000 0.000 0.024 0.048
#> SRR1443755 2 0.2249 0.7848 0.000 0.900 0.004 0.000 0.064 0.032
#> SRR1341321 3 0.2350 0.8567 0.076 0.000 0.888 0.000 0.000 0.036
#> SRR1459889 1 0.1528 0.8058 0.936 0.000 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR1329726 1 0.4449 0.2765 0.532 0.000 0.440 0.000 0.000 0.028
#> SRR1098495 4 0.5775 0.6799 0.016 0.000 0.004 0.556 0.124 0.300
#> SRR1081092 3 0.1461 0.9075 0.016 0.000 0.940 0.000 0.000 0.044
#> SRR1084252 6 0.5929 0.0995 0.000 0.352 0.004 0.108 0.024 0.512
#> SRR1446979 1 0.0146 0.8103 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.2103 0.8740 0.000 0.000 0.916 0.020 0.040 0.024
#> SRR1346838 1 0.2959 0.7933 0.852 0.000 0.104 0.000 0.008 0.036
#> SRR1085450 2 0.1245 0.8058 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1366473 2 0.2322 0.7825 0.000 0.896 0.004 0.000 0.064 0.036
#> SRR1097320 5 0.3595 0.8995 0.288 0.000 0.000 0.000 0.704 0.008
#> SRR1400869 1 0.5816 -0.4738 0.428 0.000 0.000 0.000 0.388 0.184
#> SRR1323404 1 0.4594 0.1308 0.488 0.000 0.476 0.000 0.000 0.036
#> SRR1364641 1 0.5812 0.3048 0.600 0.000 0.036 0.000 0.152 0.212
#> SRR1476760 2 0.0865 0.8046 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1330609 3 0.0458 0.9134 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.1649 0.8922 0.008 0.000 0.936 0.000 0.040 0.016
#> SRR1345178 4 0.4851 0.6800 0.000 0.000 0.008 0.672 0.100 0.220
#> SRR1069166 2 0.0935 0.8080 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1466728 1 0.3631 0.7528 0.792 0.000 0.156 0.000 0.008 0.044
#> SRR1343175 5 0.3595 0.8995 0.288 0.000 0.000 0.000 0.704 0.008
#> SRR1455565 4 0.2973 0.7115 0.000 0.000 0.004 0.836 0.024 0.136
#> SRR1091548 1 0.3213 0.7580 0.808 0.000 0.160 0.000 0.000 0.032
#> SRR1477125 1 0.2066 0.8077 0.904 0.000 0.072 0.000 0.000 0.024
#> SRR1394544 6 0.8390 -0.3430 0.228 0.000 0.072 0.140 0.224 0.336
#> SRR1074066 5 0.6997 0.3580 0.216 0.000 0.000 0.224 0.460 0.100
#> SRR1098855 5 0.3973 0.8425 0.232 0.000 0.000 0.004 0.728 0.036
#> SRR1377537 4 0.4988 0.6667 0.000 0.000 0.008 0.652 0.104 0.236
#> SRR1471690 4 0.5838 0.6601 0.012 0.000 0.004 0.552 0.152 0.280
#> SRR1435643 2 0.1349 0.8024 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1467680 2 0.3867 0.0496 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1457437 3 0.2333 0.8427 0.092 0.000 0.884 0.000 0.000 0.024
#> SRR1453831 3 0.4875 0.6887 0.008 0.000 0.680 0.004 0.092 0.216
#> SRR1470665 5 0.3489 0.8997 0.288 0.000 0.000 0.000 0.708 0.004
#> SRR1102369 4 0.6050 0.6644 0.056 0.000 0.004 0.604 0.144 0.192
#> SRR1417749 4 0.2595 0.7702 0.000 0.000 0.000 0.872 0.044 0.084
#> SRR1088068 2 0.4756 0.3196 0.000 0.608 0.004 0.000 0.056 0.332
#> SRR1310253 3 0.5827 0.5579 0.008 0.000 0.604 0.036 0.104 0.248
#> SRR1098122 2 0.0790 0.8074 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1356725 4 0.1464 0.7656 0.000 0.000 0.004 0.944 0.016 0.036
#> SRR808542 2 0.0458 0.8081 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1331858 2 0.1245 0.8058 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1354532 2 0.1204 0.7998 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1458789 3 0.1078 0.9137 0.016 0.000 0.964 0.000 0.008 0.012
#> SRR1440179 2 0.3508 0.5479 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1072920 1 0.0000 0.8082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.2451 0.7948 0.000 0.888 0.004 0.000 0.040 0.068
#> SRR1092184 2 0.3996 0.0574 0.000 0.512 0.000 0.000 0.004 0.484
#> SRR1325690 2 0.1245 0.8058 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR815970 3 0.1275 0.9070 0.012 0.000 0.956 0.000 0.016 0.016
#> SRR812152 2 0.1327 0.7978 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1073459 1 0.1367 0.7613 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR1096247 1 0.0891 0.8058 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1083408 5 0.3351 0.8997 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1433152 2 0.1245 0.8058 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1370363 1 0.0146 0.8103 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 5 0.3595 0.8995 0.288 0.000 0.000 0.000 0.704 0.008
#> SRR1081717 3 0.0870 0.9107 0.012 0.000 0.972 0.000 0.012 0.004
#> SRR1078090 1 0.0405 0.8088 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1087101 1 0.3827 0.7824 0.824 0.000 0.080 0.028 0.020 0.048
#> SRR815326 2 0.1245 0.8058 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1072199 5 0.3351 0.8997 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1094555 2 0.3867 0.0496 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1101981 4 0.4013 0.7292 0.000 0.000 0.004 0.756 0.068 0.172
#> SRR1392615 3 0.0862 0.9131 0.016 0.000 0.972 0.000 0.004 0.008
#> SRR1078759 3 0.0603 0.9134 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083360 2 0.1204 0.7998 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1343456 5 0.3351 0.8997 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1105513 2 0.3003 0.7019 0.000 0.812 0.000 0.000 0.016 0.172
#> SRR810689 5 0.3076 0.8675 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1435090 1 0.0891 0.8120 0.968 0.000 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR1420148 1 0.3251 0.7801 0.828 0.000 0.124 0.000 0.008 0.040
#> SRR1309723 2 0.1204 0.7998 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1313449 5 0.6259 0.4232 0.116 0.000 0.000 0.212 0.576 0.096
#> SRR1071761 1 0.2673 0.8037 0.880 0.000 0.064 0.000 0.012 0.044
#> SRR1368815 5 0.3984 0.8103 0.396 0.000 0.000 0.000 0.596 0.008
#> SRR1322512 2 0.4230 0.5779 0.000 0.716 0.004 0.000 0.056 0.224
#> SRR1473385 3 0.0767 0.9114 0.012 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004
#> SRR1076268 2 0.6334 -0.0660 0.000 0.504 0.004 0.108 0.056 0.328
#> SRR1329909 1 0.4739 0.2746 0.516 0.000 0.436 0.000 0.000 0.048
#> SRR1070549 3 0.1168 0.9108 0.016 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028
#> SRR811193 4 0.2762 0.7696 0.000 0.000 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1415355 5 0.3151 0.8776 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR1329108 2 0.0713 0.8079 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1098588 1 0.6911 0.2211 0.444 0.000 0.364 0.088 0.028 0.076
#> SRR1458465 1 0.1444 0.8116 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.1003 0.8076 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1075874 1 0.3062 0.7620 0.816 0.000 0.160 0.000 0.000 0.024
#> SRR1396724 1 0.2624 0.7893 0.856 0.000 0.124 0.000 0.000 0.020
#> SRR1081235 2 0.3601 0.4948 0.000 0.684 0.000 0.000 0.004 0.312
#> SRR1319078 2 0.1462 0.8032 0.000 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR814268 3 0.0820 0.9132 0.016 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012
#> SRR1447124 5 0.4047 0.8133 0.384 0.000 0.000 0.000 0.604 0.012
#> SRR1480153 5 0.4152 0.7357 0.440 0.000 0.000 0.000 0.548 0.012
#> SRR1316231 1 0.1633 0.7529 0.932 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024
#> SRR1399156 1 0.3605 0.7713 0.804 0.000 0.128 0.000 0.008 0.060
#> SRR1102272 2 0.1204 0.7998 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1388190 3 0.1078 0.9114 0.012 0.000 0.964 0.000 0.008 0.016
#> SRR1414209 4 0.3755 0.7335 0.000 0.000 0.044 0.816 0.056 0.084
#> SRR1432587 4 0.3277 0.7643 0.000 0.000 0.000 0.824 0.084 0.092
#> SRR814820 2 0.1003 0.8076 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1383213 1 0.4416 0.6205 0.680 0.000 0.268 0.000 0.008 0.044
#> SRR1338705 1 0.3065 0.7669 0.820 0.000 0.152 0.000 0.000 0.028
#> SRR1337794 1 0.0806 0.8094 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1358367 4 0.4120 0.7237 0.000 0.000 0.000 0.744 0.160 0.096
#> SRR1083149 1 0.0260 0.8059 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337953 5 0.3351 0.8997 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1478855 1 0.0146 0.8077 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092136 4 0.2272 0.7675 0.000 0.000 0.004 0.900 0.040 0.056
#> SRR1083191 3 0.4025 0.7564 0.000 0.000 0.796 0.096 0.048 0.060
#> SRR1468028 4 0.1480 0.7669 0.000 0.000 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1413100 5 0.3707 0.8883 0.312 0.000 0.000 0.000 0.680 0.008
#> SRR1379384 1 0.0458 0.8134 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.1418 0.9070 0.032 0.000 0.944 0.000 0.000 0.024
#> SRR810829 3 0.1793 0.8956 0.036 0.000 0.928 0.000 0.004 0.032
#> SRR1468804 5 0.3595 0.8995 0.288 0.000 0.000 0.000 0.704 0.008
#> SRR1362688 1 0.2070 0.7451 0.908 0.000 0.000 0.000 0.044 0.048
#> SRR1100632 1 0.4178 0.7542 0.788 0.000 0.064 0.000 0.080 0.068
#> SRR1365679 1 0.2726 0.7920 0.856 0.000 0.112 0.000 0.000 0.032
#> SRR1388891 1 0.0806 0.8062 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1400312 2 0.4808 0.3282 0.000 0.604 0.004 0.000 0.060 0.332
#> SRR1120825 3 0.1794 0.8989 0.036 0.000 0.924 0.000 0.000 0.040
#> SRR1380591 1 0.4421 0.7504 0.780 0.000 0.068 0.008 0.084 0.060
#> SRR1088782 3 0.1168 0.9108 0.016 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028
#> SRR1088117 1 0.2510 0.7982 0.872 0.000 0.100 0.000 0.000 0.028
#> SRR1099905 2 0.1204 0.7998 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1359760 5 0.3899 0.8380 0.364 0.000 0.000 0.000 0.628 0.008
#> SRR1475633 4 0.4601 0.2998 0.000 0.000 0.004 0.496 0.028 0.472
#> SRR1081935 3 0.0862 0.9131 0.016 0.000 0.972 0.000 0.004 0.008
#> SRR1383984 2 0.1349 0.8024 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1100776 1 0.0547 0.8015 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR819719 4 0.4846 0.6998 0.036 0.000 0.000 0.716 0.156 0.092
#> SRR1387516 4 0.1257 0.7677 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> SRR1402772 3 0.0914 0.9130 0.016 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016
#> SRR1466490 5 0.3351 0.8997 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1315309 3 0.0993 0.9117 0.024 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1479431 3 0.4604 0.6974 0.008 0.000 0.708 0.000 0.100 0.184
#> SRR1432890 1 0.1333 0.7876 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1093390 2 0.0632 0.8080 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1473016 3 0.0748 0.9131 0.016 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR1068953 3 0.2815 0.8199 0.120 0.000 0.848 0.000 0.000 0.032
#> SRR1079900 1 0.0363 0.8044 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091356 1 0.2909 0.7799 0.836 0.000 0.136 0.000 0.000 0.028
#> SRR1384331 1 0.0146 0.8104 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.4061 0.5688 0.000 0.708 0.000 0.000 0.044 0.248
#> SRR1089737 1 0.3141 0.5559 0.788 0.000 0.000 0.000 0.200 0.012
#> SRR1389199 3 0.4851 0.6794 0.012 0.000 0.680 0.000 0.096 0.212
#> SRR1072821 4 0.3656 0.7628 0.000 0.000 0.020 0.808 0.048 0.124
#> SRR1080672 2 0.1204 0.7998 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1316553 1 0.3075 0.7898 0.844 0.000 0.108 0.000 0.008 0.040
#> SRR1404062 5 0.3595 0.8995 0.288 0.000 0.000 0.000 0.704 0.008
#> SRR1093504 5 0.4002 0.7990 0.404 0.000 0.000 0.000 0.588 0.008
#> SRR1343324 1 0.0547 0.8022 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1092281 1 0.0363 0.8044 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1340862 1 0.4620 0.4417 0.584 0.000 0.368 0.000 0.000 0.048
#> SRR1360545 2 0.1152 0.8035 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044 0.000
#> SRR813234 3 0.4609 0.0981 0.420 0.000 0.540 0.000 0.000 0.040
#> SRR1328360 4 0.3130 0.7049 0.000 0.000 0.004 0.824 0.028 0.144
#> SRR1441745 5 0.3309 0.8957 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1404147 2 0.1245 0.8058 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1445468 1 0.0146 0.8092 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097618 5 0.3445 0.8837 0.260 0.000 0.000 0.000 0.732 0.008
#> SRR1098361 1 0.0405 0.8033 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1403089 4 0.1930 0.7637 0.000 0.000 0.000 0.916 0.036 0.048
#> SRR1088878 1 0.0547 0.8015 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1070884 3 0.0820 0.9132 0.016 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012
#> SRR814195 3 0.1718 0.9087 0.016 0.000 0.932 0.000 0.008 0.044
#> SRR1436169 4 0.6269 0.6299 0.120 0.000 0.004 0.604 0.128 0.144
#> SRR1476255 5 0.4017 0.7600 0.160 0.000 0.000 0.076 0.760 0.004
#> SRR1312906 2 0.1245 0.8058 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1347082 1 0.0458 0.7991 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1474440 6 0.3860 -0.2444 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1447416 4 0.1257 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> SRR1430860 1 0.0146 0.8077 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345871 1 0.1007 0.8158 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.1780 0.7987 0.000 0.924 0.000 0.000 0.048 0.028
#> SRR1459761 2 0.3867 0.0496 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1355997 2 0.3996 0.0574 0.000 0.512 0.000 0.000 0.004 0.484
#> SRR1359821 3 0.0603 0.9133 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498249 2 0.1245 0.8058 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1381306 2 0.1411 0.7977 0.000 0.936 0.004 0.000 0.060 0.000
#> SRR1070382 1 0.0972 0.8100 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1474396 2 0.3867 0.0496 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.978 0.991 0.4592 0.544 0.544
#> 3 3 0.957 0.951 0.978 0.4299 0.784 0.610
#> 4 4 0.801 0.851 0.899 0.1112 0.875 0.660
#> 5 5 0.891 0.808 0.922 0.0488 0.955 0.837
#> 6 6 0.930 0.858 0.939 0.0309 0.957 0.826
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1410242 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1408091 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.9522 0.406 0.628 0.372
#> SRR1098146 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.9710 0.340 0.600 0.400
#> SRR1081092 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1471690 2 0.9754 0.294 0.408 0.592
#> SRR1435643 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.7219 0.751 0.800 0.200
#> SRR1417749 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1101981 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1392615 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.6623 0.791 0.828 0.172
#> SRR1071761 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR811193 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1414209 2 0.0938 0.982 0.012 0.988
#> SRR1432587 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1092136 2 0.1414 0.974 0.020 0.980
#> SRR1083191 1 0.0672 0.982 0.992 0.008
#> SRR1468028 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.7219 0.751 0.800 0.200
#> SRR1387516 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1402772 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1447416 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437186 1 0.4887 0.715 0.772 0.000 0.228
#> SRR1072700 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.4178 0.788 0.828 0.000 0.172
#> SRR1478878 1 0.0592 0.953 0.988 0.000 0.012
#> SRR1399247 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098495 1 0.7228 0.393 0.600 0.364 0.036
#> SRR1081092 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346838 1 0.0592 0.953 0.988 0.000 0.012
#> SRR1085450 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 3 0.6111 0.337 0.396 0.000 0.604
#> SRR1364641 1 0.2261 0.907 0.932 0.000 0.068
#> SRR1476760 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345178 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.4750 0.733 0.784 0.000 0.216
#> SRR1343175 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.4842 0.721 0.776 0.000 0.224
#> SRR1477125 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.4931 0.707 0.768 0.000 0.232
#> SRR1074066 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471690 1 0.6126 0.348 0.600 0.400 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453831 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.4504 0.754 0.804 0.196 0.000
#> SRR1417749 2 0.5098 0.667 0.248 0.752 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.4605 0.746 0.796 0.000 0.204
#> SRR815326 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> SRR1392615 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0592 0.953 0.988 0.000 0.012
#> SRR1309723 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.4346 0.763 0.184 0.000 0.816
#> SRR1070549 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR811193 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.4842 0.721 0.776 0.000 0.224
#> SRR1396724 1 0.0592 0.953 0.988 0.000 0.012
#> SRR1081235 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.2066 0.915 0.940 0.000 0.060
#> SRR1102272 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414209 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338705 1 0.4750 0.733 0.784 0.000 0.216
#> SRR1337794 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.4555 0.747 0.200 0.800 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468028 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR810829 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0592 0.953 0.988 0.000 0.012
#> SRR1388891 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380591 1 0.0592 0.953 0.988 0.000 0.012
#> SRR1088782 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088117 1 0.0592 0.953 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099905 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.4555 0.749 0.800 0.200 0.000
#> SRR1387516 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068953 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0747 0.951 0.984 0.000 0.016
#> SRR1384331 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072821 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0592 0.953 0.988 0.000 0.012
#> SRR1404062 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.4346 0.763 0.184 0.000 0.816
#> SRR1360545 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.1031 0.960 0.024 0.000 0.976
#> SRR1328360 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR814195 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.4900 0.7708 0.016 0.780 0.036 0.168
#> SRR1408091 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1437186 1 0.3266 0.8022 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1120711 3 0.1452 0.9434 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1082933 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1350997 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.1118 0.7218 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1478878 1 0.3074 0.8107 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1399247 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1083262 1 0.0336 0.8351 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.3873 0.7300 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.3444 0.7682 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1459889 1 0.0188 0.8341 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329726 1 0.3873 0.7383 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1098495 4 0.3962 0.5930 0.000 0.028 0.152 0.820
#> SRR1081092 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0188 0.8341 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1076990 3 0.1584 0.9415 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1346838 1 0.3172 0.8080 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1400869 4 0.4855 0.6506 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1323404 1 0.3907 0.7340 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1364641 1 0.6457 0.6241 0.644 0.000 0.156 0.200
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1465064 3 0.1584 0.9415 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1345178 3 0.3873 0.7300 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.3172 0.8080 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1343175 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1455565 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.3172 0.8080 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1477125 1 0.1118 0.8345 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1394544 1 0.6879 0.3044 0.596 0.000 0.216 0.188
#> SRR1074066 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1098855 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1377537 3 0.3873 0.7300 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1471690 4 0.1305 0.7256 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.3444 0.7682 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1453831 3 0.1584 0.9415 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1470665 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1102369 4 0.1584 0.7325 0.012 0.000 0.036 0.952
#> SRR1417749 4 0.5228 0.4056 0.000 0.312 0.024 0.664
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.2816 0.9120 0.036 0.000 0.900 0.064
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.0336 0.9699 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR808542 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.3356 0.6194 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1096247 1 0.1022 0.8014 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1083408 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0188 0.8341 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069778 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1081717 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1078090 1 0.0188 0.8341 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1087101 1 0.0592 0.8353 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 2 0.6420 0.5890 0.000 0.640 0.132 0.228
#> SRR1392615 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1078759 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1435090 1 0.0336 0.8349 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420148 1 0.3172 0.8080 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 4 0.3837 0.8761 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1071761 1 0.0592 0.8353 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1368815 1 0.4855 -0.0492 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.3873 0.7383 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1070549 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR811193 2 0.5435 0.2575 0.000 0.564 0.016 0.420
#> SRR1415355 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.3074 0.8204 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1458465 1 0.0817 0.8353 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.3172 0.8080 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1396724 1 0.3172 0.8080 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1447124 4 0.4898 0.6105 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1480153 1 0.4961 -0.2446 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1316231 1 0.3649 0.5692 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1399156 1 0.3311 0.7991 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1414209 3 0.3400 0.7676 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1432587 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR814820 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.3942 0.7300 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1338705 1 0.3123 0.8098 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.4790 0.3835 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1083149 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1478855 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.3873 0.7300 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1083191 3 0.3074 0.7917 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1468028 2 0.4290 0.7905 0.000 0.800 0.036 0.164
#> SRR1413100 4 0.4454 0.7874 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1379384 1 0.2081 0.8277 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1076417 3 0.2814 0.8434 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR810829 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1468804 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1362688 1 0.3569 0.5815 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1100632 1 0.2589 0.8212 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1365679 1 0.3172 0.8080 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1388891 1 0.0188 0.8341 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1380591 1 0.3074 0.8114 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1088782 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1088117 1 0.3074 0.8114 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 4 0.4898 0.6105 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1475633 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 4 0.2816 0.7626 0.064 0.000 0.036 0.900
#> SRR1387516 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1466490 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1315309 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1479431 3 0.1584 0.9415 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1432890 1 0.0188 0.8302 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1068953 1 0.4040 0.7161 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.3172 0.8080 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.3444 0.6114 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1389199 3 0.1584 0.9415 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1072821 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.3172 0.8080 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1404062 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1093504 1 0.4830 -0.0146 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1343324 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0188 0.8341 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340862 1 0.3873 0.7383 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.3873 0.7383 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441745 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1098361 1 0.1022 0.8014 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1403089 2 0.4466 0.7739 0.000 0.784 0.036 0.180
#> SRR1088878 1 0.1022 0.8014 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1070884 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR814195 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1436169 4 0.1706 0.7351 0.016 0.000 0.036 0.948
#> SRR1476255 4 0.3873 0.8784 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.1022 0.8014 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.3913 0.8155 0.000 0.824 0.028 0.148
#> SRR1430860 1 0.0188 0.8341 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345871 1 0.0336 0.8349 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.1118 0.9467 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.8322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9763 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.6841 0.24024 0.008 0.388 0.004 0.420 0.180
#> SRR1408091 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1082933 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1350997 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.4118 0.32332 0.000 0.000 0.004 0.660 0.336
#> SRR1478878 1 0.0162 0.91411 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0703 0.61907 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1282 0.88876 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.3123 0.71560 0.812 0.000 0.184 0.004 0.000
#> SRR1098495 4 0.3242 0.47229 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1081092 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1400869 1 0.6603 -0.19061 0.400 0.000 0.000 0.212 0.388
#> SRR1323404 1 0.4210 0.27899 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.5203 0.43895 0.620 0.000 0.004 0.324 0.052
#> SRR1476760 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.0703 0.61907 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1343175 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1455565 2 0.4471 0.52876 0.000 0.684 0.004 0.292 0.020
#> SRR1091548 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1477125 1 0.0162 0.91492 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394544 4 0.8087 0.16030 0.220 0.000 0.108 0.376 0.296
#> SRR1074066 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1098855 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1377537 4 0.2813 0.54049 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1471690 4 0.3932 0.33433 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1435643 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.3086 0.69260 0.180 0.000 0.816 0.004 0.000
#> SRR1453831 3 0.3123 0.75385 0.004 0.000 0.812 0.184 0.000
#> SRR1470665 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1102369 5 0.3752 0.55058 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1417749 5 0.6517 0.01465 0.000 0.172 0.004 0.360 0.464
#> SRR1088068 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.4446 0.22629 0.004 0.000 0.520 0.476 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.4512 0.51207 0.000 0.676 0.004 0.300 0.020
#> SRR808542 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.1197 0.87665 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1096247 1 0.0162 0.91273 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083408 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1433152 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1081717 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0162 0.91492 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1094555 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.0162 0.61368 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1392615 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1105513 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1435090 1 0.0162 0.91492 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420148 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.0404 0.85333 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1071761 1 0.0162 0.91492 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368815 1 0.4287 0.05768 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1322512 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.4288 0.35512 0.612 0.000 0.384 0.004 0.000
#> SRR1070549 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR811193 2 0.6211 0.00617 0.000 0.500 0.004 0.128 0.368
#> SRR1415355 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1329108 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.3461 0.63040 0.224 0.000 0.772 0.004 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1396724 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.4201 0.35642 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1480153 1 0.4287 0.05584 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1316231 1 0.1270 0.87347 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1399156 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1414209 4 0.4637 0.03114 0.000 0.000 0.452 0.536 0.012
#> SRR1432587 5 0.0162 0.84360 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR814820 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.2674 0.78102 0.856 0.000 0.140 0.004 0.000
#> SRR1338705 1 0.0162 0.91492 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 5 0.3969 0.35570 0.000 0.304 0.004 0.000 0.692
#> SRR1083149 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1478855 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.0510 0.61664 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1083191 3 0.2329 0.81184 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1468028 4 0.4650 0.04542 0.000 0.468 0.000 0.520 0.012
#> SRR1413100 5 0.3274 0.62858 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1379384 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0955 0.90688 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR1468804 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1362688 1 0.1341 0.86908 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1100632 1 0.0162 0.91492 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365679 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0290 0.92950 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1088782 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0162 0.91492 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.4045 0.44826 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1475633 2 0.4121 0.59506 0.000 0.720 0.004 0.264 0.012
#> SRR1081935 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 5 0.2548 0.74451 0.004 0.000 0.004 0.116 0.876
#> SRR1387516 2 0.4471 0.52876 0.000 0.684 0.004 0.292 0.020
#> SRR1402772 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1315309 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.4276 0.44504 0.004 0.000 0.616 0.380 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.1965 0.83122 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.3932 0.46349 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1389199 3 0.4276 0.44504 0.004 0.000 0.616 0.380 0.000
#> SRR1072821 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0324 0.91366 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1404062 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1093504 1 0.4291 0.04254 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1343324 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.3635 0.62452 0.748 0.000 0.248 0.004 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.3579 0.64561 0.756 0.000 0.240 0.004 0.000
#> SRR1328360 2 0.3556 0.73501 0.000 0.808 0.004 0.168 0.020
#> SRR1441745 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1404147 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 5 0.0609 0.86071 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1098361 1 0.0162 0.91273 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403089 4 0.4783 0.09592 0.000 0.452 0.004 0.532 0.012
#> SRR1088878 1 0.0162 0.91273 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070884 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1436169 5 0.3741 0.59131 0.004 0.000 0.000 0.264 0.732
#> SRR1476255 5 0.0404 0.85333 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1312906 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0162 0.91273 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474440 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.4915 0.19138 0.000 0.556 0.004 0.420 0.020
#> SRR1430860 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.91534 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0162 0.93317 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0162 0.91492 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.95556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.1448 0.855 0.000 0.012 0.000 0.948 0.024 0.016
#> SRR1408091 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0806 0.918 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1072700 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082933 5 0.0291 0.833 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1350997 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 6 0.1219 0.718 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048 0.948
#> SRR1478878 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.0291 0.949 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1083262 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 6 0.0790 0.726 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1098146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.2342 0.809 0.088 0.000 0.888 0.020 0.000 0.004
#> SRR1459889 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1329726 1 0.3455 0.684 0.776 0.000 0.200 0.020 0.000 0.004
#> SRR1098495 6 0.0692 0.724 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020 0.976
#> SRR1081092 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.0146 0.951 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1085450 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1400869 1 0.6174 -0.171 0.400 0.000 0.000 0.004 0.332 0.264
#> SRR1323404 1 0.3765 0.299 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.5344 0.171 0.528 0.000 0.000 0.004 0.100 0.368
#> SRR1476760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0146 0.951 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345178 6 0.0790 0.726 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1069166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0806 0.918 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1343175 5 0.0260 0.833 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1455565 4 0.1124 0.883 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008
#> SRR1091548 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1477125 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1394544 6 0.6616 0.386 0.188 0.000 0.052 0.004 0.256 0.500
#> SRR1074066 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1098855 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1377537 6 0.0891 0.729 0.000 0.000 0.008 0.024 0.000 0.968
#> SRR1471690 6 0.2053 0.671 0.000 0.000 0.000 0.004 0.108 0.888
#> SRR1435643 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.3627 0.570 0.224 0.000 0.752 0.020 0.000 0.004
#> SRR1453831 3 0.2730 0.705 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1470665 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1102369 5 0.4066 0.392 0.000 0.000 0.000 0.012 0.596 0.392
#> SRR1417749 4 0.1320 0.840 0.000 0.000 0.000 0.948 0.036 0.016
#> SRR1088068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 6 0.3101 0.594 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1098122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.1333 0.881 0.000 0.048 0.000 0.944 0.000 0.008
#> SRR808542 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0146 0.951 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.1863 0.826 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1096247 1 0.0653 0.920 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1083408 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0806 0.918 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR815326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 6 0.0865 0.725 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1392615 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1435090 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1420148 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1309723 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.0806 0.816 0.000 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020
#> SRR1071761 1 0.0806 0.918 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1368815 5 0.3810 0.379 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.4353 0.335 0.588 0.000 0.388 0.020 0.000 0.004
#> SRR1070549 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.5132 0.476 0.000 0.072 0.000 0.624 0.284 0.020
#> SRR1415355 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.4345 0.336 0.348 0.000 0.624 0.020 0.000 0.008
#> SRR1458465 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1396724 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1081235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.3765 0.431 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1480153 5 0.3823 0.357 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1316231 1 0.1814 0.831 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1399156 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1102272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414209 4 0.4352 0.616 0.000 0.000 0.128 0.724 0.000 0.148
#> SRR1432587 5 0.1588 0.787 0.000 0.000 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR814820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.2454 0.840 0.884 0.000 0.088 0.020 0.000 0.008
#> SRR1338705 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1337794 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 5 0.4890 0.467 0.000 0.052 0.000 0.288 0.640 0.020
#> SRR1083149 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 6 0.2854 0.536 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1083191 3 0.1082 0.914 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1468028 4 0.2897 0.833 0.000 0.060 0.000 0.852 0.000 0.088
#> SRR1413100 5 0.2597 0.696 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0260 0.946 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.1151 0.906 0.032 0.000 0.956 0.012 0.000 0.000
#> SRR1468804 5 0.0632 0.824 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1362688 1 0.2288 0.805 0.876 0.000 0.000 0.004 0.116 0.004
#> SRR1100632 1 0.0806 0.918 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1365679 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1388891 1 0.0260 0.916 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0260 0.946 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0806 0.918 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1088782 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1099905 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.3531 0.532 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1475633 4 0.1866 0.848 0.000 0.084 0.000 0.908 0.000 0.008
#> SRR1081935 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0260 0.916 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR819719 5 0.3586 0.577 0.000 0.000 0.000 0.268 0.720 0.012
#> SRR1387516 4 0.1049 0.882 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR1402772 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 6 0.3843 0.261 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1432890 1 0.0653 0.910 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR1093390 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.1327 0.875 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1384331 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.2562 0.700 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1389199 6 0.3823 0.302 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1072821 3 0.0146 0.951 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1404062 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1093504 5 0.3804 0.389 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.3780 0.605 0.728 0.000 0.248 0.020 0.000 0.004
#> SRR1360545 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.4328 0.137 0.520 0.000 0.460 0.020 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.1444 0.861 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1441745 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.1789 0.876 0.000 0.044 0.000 0.924 0.000 0.032
#> SRR1088878 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.0291 0.949 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1436169 5 0.3852 0.509 0.000 0.000 0.000 0.012 0.664 0.324
#> SRR1476255 5 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.1075 0.886 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.1049 0.882 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR1430860 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0692 0.919 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1474396 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.996 0.4062 0.591 0.591
#> 3 3 0.663 0.765 0.852 0.5641 0.752 0.581
#> 4 4 0.894 0.865 0.938 0.1537 0.890 0.696
#> 5 5 0.859 0.844 0.913 0.0732 0.914 0.699
#> 6 6 0.816 0.798 0.872 0.0299 0.966 0.846
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1408091 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.996 0.144 0.464 0.536
#> SRR1091548 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432587 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.904 0.534 0.320 0.680
#> SRR1441745 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.000 0.986 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.4504 0.470 0.196 0.000 0.804
#> SRR1408091 3 0.4452 0.725 0.192 0.000 0.808
#> SRR1437186 1 0.6299 -0.419 0.524 0.000 0.476
#> SRR1072700 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1120711 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1082933 1 0.4346 0.733 0.816 0.000 0.184
#> SRR1350997 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1069714 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.4887 0.660 0.772 0.000 0.228
#> SRR1478878 1 0.2537 0.775 0.920 0.000 0.080
#> SRR1399247 3 0.5363 0.719 0.276 0.000 0.724
#> SRR1083262 1 0.1031 0.804 0.976 0.000 0.024
#> SRR1088680 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0424 0.629 0.008 0.000 0.992
#> SRR1098146 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.5621 0.828 0.308 0.000 0.692
#> SRR1459889 1 0.2625 0.774 0.916 0.000 0.084
#> SRR1329726 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1098495 1 0.6154 0.518 0.592 0.000 0.408
#> SRR1081092 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1084252 2 0.4002 0.841 0.000 0.840 0.160
#> SRR1446979 1 0.2448 0.778 0.924 0.000 0.076
#> SRR1076990 3 0.2711 0.696 0.088 0.000 0.912
#> SRR1346838 1 0.2537 0.774 0.920 0.000 0.080
#> SRR1085450 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 3 0.6079 0.721 0.388 0.000 0.612
#> SRR1364641 1 0.1529 0.781 0.960 0.000 0.040
#> SRR1476760 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1465064 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1345178 3 0.1964 0.613 0.056 0.000 0.944
#> SRR1069166 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.6302 -0.427 0.520 0.000 0.480
#> SRR1343175 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.8561 0.406 0.104 0.528 0.368
#> SRR1091548 3 0.6026 0.739 0.376 0.000 0.624
#> SRR1477125 1 0.2625 0.772 0.916 0.000 0.084
#> SRR1394544 1 0.6095 -0.105 0.608 0.000 0.392
#> SRR1074066 1 0.6062 0.547 0.616 0.000 0.384
#> SRR1098855 1 0.5178 0.640 0.744 0.000 0.256
#> SRR1377537 3 0.0237 0.629 0.004 0.000 0.996
#> SRR1471690 1 0.5905 0.558 0.648 0.000 0.352
#> SRR1435643 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1453831 3 0.5621 0.828 0.308 0.000 0.692
#> SRR1470665 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.6062 0.547 0.616 0.000 0.384
#> SRR1417749 1 0.6062 0.547 0.616 0.000 0.384
#> SRR1088068 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1098122 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 3 0.4002 0.524 0.160 0.000 0.840
#> SRR808542 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1440179 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR812152 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.2537 0.774 0.920 0.000 0.080
#> SRR1083408 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.2066 0.787 0.940 0.000 0.060
#> SRR1069778 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1078090 1 0.0237 0.809 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087101 3 0.6126 0.434 0.400 0.000 0.600
#> SRR815326 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.2537 0.600 0.080 0.000 0.920
#> SRR1392615 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1078759 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1083360 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.4605 0.667 0.796 0.000 0.204
#> SRR1435090 1 0.2537 0.774 0.920 0.000 0.080
#> SRR1420148 1 0.2537 0.774 0.920 0.000 0.080
#> SRR1309723 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.5591 0.563 0.696 0.000 0.304
#> SRR1071761 1 0.2537 0.774 0.920 0.000 0.080
#> SRR1368815 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1076268 2 0.2625 0.910 0.000 0.916 0.084
#> SRR1329909 3 0.5859 0.786 0.344 0.000 0.656
#> SRR1070549 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR811193 1 0.6062 0.547 0.616 0.000 0.384
#> SRR1415355 1 0.3116 0.749 0.892 0.000 0.108
#> SRR1329108 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.5560 0.829 0.300 0.000 0.700
#> SRR1458465 1 0.5948 -0.112 0.640 0.000 0.360
#> SRR1405289 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.6291 -0.390 0.532 0.000 0.468
#> SRR1396724 1 0.5706 0.176 0.680 0.000 0.320
#> SRR1081235 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1447124 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.6307 -0.452 0.512 0.000 0.488
#> SRR1102272 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1414209 3 0.0000 0.630 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 1 0.6062 0.547 0.616 0.000 0.384
#> SRR814820 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.5760 0.808 0.328 0.000 0.672
#> SRR1338705 1 0.6302 -0.427 0.520 0.000 0.480
#> SRR1337794 1 0.2537 0.774 0.920 0.000 0.080
#> SRR1358367 1 0.6062 0.547 0.616 0.000 0.384
#> SRR1083149 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.0000 0.630 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083191 3 0.0424 0.636 0.008 0.000 0.992
#> SRR1468028 3 0.3551 0.555 0.132 0.000 0.868
#> SRR1413100 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0237 0.809 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076417 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR810829 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1468804 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.4504 0.724 0.804 0.000 0.196
#> SRR1365679 1 0.2625 0.772 0.916 0.000 0.084
#> SRR1388891 1 0.2066 0.787 0.940 0.000 0.060
#> SRR1400312 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.6126 0.709 0.400 0.000 0.600
#> SRR1380591 1 0.4654 0.715 0.792 0.000 0.208
#> SRR1088782 3 0.5678 0.821 0.316 0.000 0.684
#> SRR1088117 1 0.2537 0.774 0.920 0.000 0.080
#> SRR1099905 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.5591 0.683 0.000 0.696 0.304
#> SRR1081935 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1383984 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.6062 0.547 0.616 0.000 0.384
#> SRR1387516 3 0.3038 0.582 0.104 0.000 0.896
#> SRR1402772 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1466490 1 0.2796 0.761 0.908 0.000 0.092
#> SRR1315309 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1479431 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1432890 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1068953 3 0.5706 0.818 0.320 0.000 0.680
#> SRR1079900 1 0.0237 0.809 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091356 1 0.3752 0.708 0.856 0.000 0.144
#> SRR1384331 1 0.0237 0.809 0.996 0.000 0.004
#> SRR1412928 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.4002 0.749 0.840 0.000 0.160
#> SRR1389199 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1072821 3 0.3551 0.555 0.132 0.000 0.868
#> SRR1080672 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.4796 0.539 0.780 0.000 0.220
#> SRR1404062 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0237 0.809 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092281 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.6008 0.746 0.372 0.000 0.628
#> SRR1360545 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.6215 0.653 0.428 0.000 0.572
#> SRR1328360 2 0.8065 0.553 0.092 0.604 0.304
#> SRR1441745 1 0.3038 0.752 0.896 0.000 0.104
#> SRR1404147 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1411 0.799 0.964 0.000 0.036
#> SRR1097618 1 0.4346 0.733 0.816 0.000 0.184
#> SRR1098361 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.1031 0.625 0.024 0.000 0.976
#> SRR1088878 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR814195 3 0.4931 0.755 0.232 0.000 0.768
#> SRR1436169 1 0.6062 0.547 0.616 0.000 0.384
#> SRR1476255 1 0.5591 0.563 0.696 0.000 0.304
#> SRR1312906 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.811 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 3 0.4346 0.491 0.184 0.000 0.816
#> SRR1430860 1 0.0237 0.810 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345871 1 0.2066 0.787 0.940 0.000 0.060
#> SRR1446996 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.5591 0.831 0.304 0.000 0.696
#> SRR1498249 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.2537 0.774 0.920 0.000 0.080
#> SRR1474396 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0817 0.886 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1408091 3 0.0188 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1437186 3 0.6247 0.178 0.428 0.000 0.516 0.056
#> SRR1072700 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.5127 0.422 0.632 0.000 0.012 0.356
#> SRR1350997 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.4925 0.122 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1478878 1 0.0804 0.895 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1399247 3 0.4957 0.538 0.016 0.000 0.684 0.300
#> SRR1083262 1 0.1706 0.885 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1088680 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.1637 0.862 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1098146 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1059 0.917 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1459889 1 0.3324 0.798 0.852 0.000 0.012 0.136
#> SRR1329726 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.1557 0.880 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1081092 3 0.0188 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1084252 2 0.3649 0.740 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1446979 1 0.1610 0.886 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1076990 3 0.0188 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1346838 1 0.1706 0.883 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1085450 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0817 0.891 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1400869 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1323404 3 0.4290 0.746 0.164 0.000 0.800 0.036
#> SRR1364641 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1476760 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.1302 0.872 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1069166 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.5881 0.232 0.420 0.000 0.544 0.036
#> SRR1343175 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1455565 4 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1091548 3 0.5052 0.638 0.244 0.000 0.720 0.036
#> SRR1477125 1 0.1706 0.885 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1394544 1 0.5728 0.359 0.600 0.000 0.364 0.036
#> SRR1074066 4 0.4992 0.108 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1098855 1 0.4925 0.229 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1377537 3 0.3569 0.727 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1471690 4 0.3726 0.719 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1435643 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.0188 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1470665 1 0.0817 0.891 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1102369 4 0.3975 0.709 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1417749 4 0.0817 0.886 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1088068 2 0.0188 0.991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310253 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0817 0.886 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR808542 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0524 0.896 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1312388 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1096247 1 0.1584 0.884 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1083408 1 0.0817 0.891 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1433152 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0336 0.895 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1069778 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1081717 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1087101 4 0.4748 0.606 0.268 0.000 0.016 0.716
#> SRR815326 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0817 0.891 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1094555 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.1389 0.870 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1392615 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0817 0.891 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1105513 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.4585 0.471 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1435090 1 0.1706 0.885 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1420148 1 0.1584 0.884 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1309723 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 4 0.4866 0.346 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1071761 1 0.1820 0.882 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1368815 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1322512 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.1867 0.919 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1329909 3 0.1118 0.909 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1070549 3 0.0469 0.923 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR811193 4 0.0817 0.886 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1415355 1 0.3528 0.719 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1329108 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.1109 0.913 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1458465 1 0.5632 0.415 0.624 0.000 0.340 0.036
#> SRR1405289 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.5742 0.352 0.596 0.000 0.368 0.036
#> SRR1396724 1 0.4332 0.718 0.792 0.000 0.176 0.032
#> SRR1081235 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1480153 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1316231 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 3 0.4781 0.686 0.212 0.000 0.752 0.036
#> SRR1102272 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0188 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1414209 3 0.2408 0.843 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1432587 4 0.0817 0.886 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR814820 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0921 0.914 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1338705 1 0.5756 0.341 0.592 0.000 0.372 0.036
#> SRR1337794 1 0.1584 0.884 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1358367 4 0.0188 0.881 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1083149 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337953 1 0.0817 0.891 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1478855 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092136 4 0.2216 0.838 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1083191 3 0.0592 0.917 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1468028 4 0.1913 0.876 0.020 0.000 0.040 0.940
#> SRR1413100 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0524 0.896 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1076417 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0921 0.914 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1468804 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1362688 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1100632 4 0.6785 0.580 0.208 0.000 0.184 0.608
#> SRR1365679 1 0.1706 0.885 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1388891 1 0.0336 0.895 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400312 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0469 0.924 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1380591 4 0.4012 0.737 0.184 0.000 0.016 0.800
#> SRR1088782 3 0.0188 0.927 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1088117 1 0.1706 0.885 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1099905 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1475633 4 0.1637 0.855 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1081935 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR819719 4 0.0921 0.886 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1387516 4 0.1022 0.876 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1402772 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0817 0.891 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1315309 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.1867 0.868 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1079900 1 0.0524 0.896 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1091356 1 0.2032 0.878 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1384331 1 0.0657 0.895 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1412928 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.1767 0.882 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1389199 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072821 4 0.1004 0.885 0.024 0.000 0.004 0.972
#> SRR1080672 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.5256 0.588 0.692 0.000 0.272 0.036
#> SRR1404062 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1093504 1 0.1004 0.891 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1343324 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092281 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340862 3 0.3372 0.822 0.096 0.000 0.868 0.036
#> SRR1360545 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.4399 0.674 0.224 0.000 0.760 0.016
#> SRR1328360 4 0.1022 0.874 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1441745 1 0.2760 0.802 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1404147 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1706 0.885 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1097618 1 0.4999 0.526 0.660 0.000 0.012 0.328
#> SRR1098361 1 0.0336 0.895 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1403089 4 0.1637 0.862 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1088878 1 0.1209 0.888 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1070884 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814195 3 0.1209 0.911 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1436169 4 0.1557 0.880 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1476255 1 0.4925 0.206 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1312906 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.1305 0.894 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1474440 2 0.0188 0.991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447416 4 0.0817 0.886 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1430860 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.1584 0.884 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1446996 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.1584 0.884 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1474396 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.1792 0.868 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1437186 1 0.5961 0.680 0.596 0.000 0.108 0.012 0.284
#> SRR1072700 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082933 5 0.0162 0.638 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1350997 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.3527 0.683 0.792 0.000 0.000 0.016 0.192
#> SRR1478878 1 0.3300 0.797 0.792 0.000 0.004 0.000 0.204
#> SRR1399247 3 0.4360 0.684 0.020 0.000 0.680 0.000 0.300
#> SRR1083262 1 0.1544 0.783 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1088680 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.3630 0.775 0.016 0.000 0.780 0.000 0.204
#> SRR1459889 1 0.3707 0.769 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1329726 3 0.0324 0.914 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1098495 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081092 3 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084252 2 0.4182 0.344 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1446979 1 0.2966 0.799 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1076990 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.3707 0.769 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1085450 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1400869 1 0.4242 -0.354 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1323404 1 0.5867 0.640 0.604 0.000 0.216 0.000 0.180
#> SRR1364641 1 0.0703 0.748 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1476760 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.4735 0.747 0.672 0.000 0.044 0.000 0.284
#> SRR1343175 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1455565 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.3779 0.791 0.776 0.000 0.024 0.000 0.200
#> SRR1477125 1 0.3109 0.797 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1394544 1 0.3635 0.789 0.748 0.000 0.004 0.000 0.248
#> SRR1074066 4 0.4266 0.729 0.120 0.000 0.000 0.776 0.104
#> SRR1098855 5 0.2424 0.794 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1377537 3 0.3305 0.704 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1471690 4 0.0162 0.925 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1435643 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.2795 0.850 0.028 0.000 0.872 0.000 0.100
#> SRR1453831 3 0.1043 0.902 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1470665 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1102369 4 0.2813 0.746 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1417749 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.0880 0.958 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1310253 3 0.0290 0.913 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312388 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096247 5 0.3480 0.164 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1083408 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1433152 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.3395 0.792 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1069778 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1081717 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1087101 4 0.6361 0.273 0.176 0.000 0.000 0.484 0.340
#> SRR815326 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1094555 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1105513 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.3109 0.847 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1435090 1 0.3177 0.796 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1420148 1 0.3707 0.769 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1309723 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.3983 0.354 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1071761 1 0.3707 0.769 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1368815 1 0.2648 0.569 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1322512 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.3074 0.756 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1329909 3 0.6071 0.386 0.236 0.000 0.572 0.000 0.192
#> SRR1070549 3 0.1168 0.901 0.008 0.000 0.960 0.000 0.032
#> SRR811193 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 5 0.3109 0.847 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1329108 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.3196 0.791 0.004 0.000 0.804 0.000 0.192
#> SRR1458465 1 0.0000 0.767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.3109 0.797 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1396724 1 0.0510 0.773 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1081235 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.3913 0.854 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1480153 1 0.3816 0.120 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1316231 1 0.0290 0.762 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1399156 1 0.4928 0.740 0.660 0.000 0.056 0.000 0.284
#> SRR1102272 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.4161 0.418 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1432587 4 0.1608 0.878 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR814820 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.4237 0.746 0.048 0.000 0.752 0.000 0.200
#> SRR1338705 1 0.3109 0.797 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1337794 1 0.4060 0.731 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1358367 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337953 5 0.3210 0.855 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1478855 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092136 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083191 3 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468028 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.2471 0.620 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1379384 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076417 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.3649 0.812 0.088 0.000 0.824 0.000 0.088
#> SRR1468804 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1362688 1 0.0510 0.757 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1100632 1 0.5904 0.625 0.528 0.000 0.000 0.112 0.360
#> SRR1365679 1 0.3109 0.797 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1388891 1 0.3534 0.782 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1400312 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.2970 0.820 0.004 0.000 0.828 0.000 0.168
#> SRR1380591 4 0.6114 0.300 0.128 0.000 0.000 0.472 0.400
#> SRR1088782 3 0.0963 0.900 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1088117 1 0.3109 0.797 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1099905 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1475633 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819719 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387516 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1315309 3 0.0162 0.914 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1093390 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.2974 0.850 0.052 0.000 0.868 0.000 0.080
#> SRR1079900 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091356 1 0.3109 0.797 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1384331 1 0.0000 0.767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.4201 0.690 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1389199 3 0.0162 0.914 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1072821 4 0.1764 0.879 0.000 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1080672 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.3707 0.769 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1404062 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1093504 5 0.3857 0.865 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1343324 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092281 1 0.0162 0.765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340862 1 0.6102 0.602 0.568 0.000 0.232 0.000 0.200
#> SRR1360545 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.5467 0.605 0.100 0.000 0.624 0.000 0.276
#> SRR1328360 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441745 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1404147 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.2329 0.797 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1097618 5 0.0162 0.638 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1098361 1 0.1043 0.769 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1403089 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.2561 0.738 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1070884 3 0.0510 0.909 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.3967 0.727 0.012 0.000 0.724 0.000 0.264
#> SRR1436169 4 0.1478 0.882 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1476255 5 0.3388 0.846 0.200 0.000 0.000 0.008 0.792
#> SRR1312906 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 5 0.3707 0.889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1474440 2 0.0703 0.966 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1447416 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.1792 0.770 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1345871 1 0.3395 0.789 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1446996 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.3707 0.769 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1474396 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0000 0.8898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.2179 0.8527 0.064 0.000 0.900 0.000 0.000 0.036
#> SRR1437186 1 0.3190 0.6886 0.844 0.000 0.088 0.012 0.000 0.056
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1082957 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082933 5 0.3691 0.6049 0.260 0.000 0.000 0.008 0.724 0.008
#> SRR1350997 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.5539 0.6609 0.620 0.000 0.000 0.032 0.236 0.112
#> SRR1478878 1 0.2034 0.7919 0.912 0.000 0.004 0.000 0.060 0.024
#> SRR1399247 3 0.4810 0.6455 0.288 0.000 0.644 0.000 0.016 0.052
#> SRR1083262 1 0.3081 0.7649 0.776 0.000 0.000 0.000 0.220 0.004
#> SRR1088680 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1348248 4 0.1957 0.8582 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1098146 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1443755 2 0.1610 0.8556 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1341321 3 0.3925 0.7188 0.236 0.000 0.724 0.000 0.000 0.040
#> SRR1459889 1 0.1204 0.7622 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1329726 3 0.0363 0.8964 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.1957 0.8582 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1081092 3 0.0146 0.8977 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.4932 0.2432 0.000 0.556 0.000 0.372 0.000 0.072
#> SRR1446979 1 0.1700 0.7940 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1076990 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.1204 0.7622 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.3695 0.2132 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1097320 5 0.0000 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400869 5 0.3565 0.3698 0.304 0.000 0.000 0.000 0.692 0.004
#> SRR1323404 1 0.2994 0.6653 0.788 0.000 0.208 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364641 1 0.3528 0.7262 0.700 0.000 0.000 0.000 0.296 0.004
#> SRR1476760 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1330609 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.1957 0.8582 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1069166 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1466728 1 0.2197 0.7374 0.900 0.000 0.044 0.000 0.000 0.056
#> SRR1343175 5 0.0000 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455565 4 0.0632 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1091548 1 0.1826 0.7918 0.924 0.000 0.020 0.000 0.052 0.004
#> SRR1477125 1 0.1563 0.7927 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR1394544 1 0.1988 0.7915 0.920 0.000 0.004 0.004 0.048 0.024
#> SRR1074066 4 0.3594 0.7216 0.184 0.000 0.000 0.780 0.008 0.028
#> SRR1098855 5 0.2699 0.7765 0.124 0.000 0.000 0.012 0.856 0.008
#> SRR1377537 3 0.3878 0.7453 0.000 0.000 0.772 0.112 0.000 0.116
#> SRR1471690 4 0.1082 0.8834 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1435643 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1467680 6 0.2823 0.9225 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1457437 3 0.2667 0.8264 0.128 0.000 0.852 0.000 0.000 0.020
#> SRR1453831 3 0.1245 0.8859 0.032 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR1470665 5 0.0000 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102369 4 0.3284 0.7111 0.168 0.000 0.000 0.800 0.000 0.032
#> SRR1417749 4 0.0000 0.8898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.2088 0.8640 0.000 0.904 0.000 0.028 0.000 0.068
#> SRR1310253 3 0.2312 0.8350 0.012 0.000 0.876 0.000 0.000 0.112
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0632 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR808542 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0363 0.8967 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440179 2 0.0458 0.9130 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1072920 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 6 0.3151 0.8984 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1096247 1 0.4095 -0.1826 0.512 0.000 0.000 0.000 0.480 0.008
#> SRR1083408 5 0.0000 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.1007 0.9046 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1370363 1 0.2263 0.7807 0.896 0.000 0.000 0.000 0.048 0.056
#> SRR1069778 5 0.0000 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1087101 4 0.5714 0.3220 0.412 0.000 0.000 0.484 0.048 0.056
#> SRR815326 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0260 0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1094555 6 0.2823 0.9225 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1101981 4 0.2178 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1392615 3 0.0363 0.8967 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1078759 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0260 0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.1820 0.8375 0.056 0.000 0.000 0.012 0.924 0.008
#> SRR1435090 1 0.1500 0.7917 0.936 0.000 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR1420148 1 0.1204 0.7622 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.4960 0.3576 0.044 0.000 0.000 0.336 0.600 0.020
#> SRR1071761 1 0.1204 0.7622 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1368815 1 0.3930 0.5384 0.576 0.000 0.000 0.000 0.420 0.004
#> SRR1322512 2 0.3765 0.1014 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1473385 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.3470 0.6770 0.000 0.796 0.000 0.152 0.000 0.052
#> SRR1329909 3 0.3955 0.3568 0.436 0.000 0.560 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070549 3 0.0937 0.8860 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.0000 0.8898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415355 5 0.1462 0.8442 0.056 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.2762 0.7751 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.3405 0.7474 0.724 0.000 0.000 0.000 0.272 0.004
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.1625 0.7922 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR1396724 1 0.3314 0.7542 0.740 0.000 0.000 0.000 0.256 0.004
#> SRR1081235 6 0.3499 0.7776 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1319078 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR814268 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.1152 0.8495 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR1480153 5 0.3930 -0.0678 0.420 0.000 0.000 0.000 0.576 0.004
#> SRR1316231 1 0.3448 0.7424 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.004
#> SRR1399156 1 0.1845 0.7528 0.920 0.000 0.028 0.000 0.000 0.052
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.1151 0.8861 0.012 0.000 0.956 0.000 0.000 0.032
#> SRR1414209 3 0.4493 0.4684 0.000 0.000 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR1432587 4 0.1890 0.8606 0.044 0.000 0.000 0.924 0.008 0.024
#> SRR814820 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.4024 0.6909 0.264 0.000 0.700 0.000 0.000 0.036
#> SRR1338705 1 0.1657 0.7914 0.928 0.000 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR1337794 1 0.2129 0.7458 0.904 0.000 0.000 0.000 0.040 0.056
#> SRR1358367 4 0.0458 0.8893 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1083149 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1337953 5 0.1398 0.8474 0.052 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR1478855 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1092136 4 0.1444 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1083191 3 0.0146 0.8971 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.0146 0.8899 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413100 1 0.4292 0.6283 0.588 0.000 0.000 0.000 0.388 0.024
#> SRR1379384 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1076417 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.3422 0.7832 0.176 0.000 0.788 0.000 0.000 0.036
#> SRR1468804 5 0.0146 0.8762 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1362688 1 0.3468 0.7393 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1100632 1 0.3880 0.6557 0.800 0.000 0.000 0.112 0.032 0.056
#> SRR1365679 1 0.1984 0.7885 0.912 0.000 0.000 0.000 0.056 0.032
#> SRR1388891 1 0.2342 0.7774 0.904 0.000 0.000 0.024 0.040 0.032
#> SRR1400312 6 0.2823 0.9225 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1120825 3 0.3637 0.7773 0.164 0.000 0.780 0.000 0.000 0.056
#> SRR1380591 4 0.5939 0.3249 0.400 0.000 0.000 0.476 0.068 0.056
#> SRR1088782 3 0.1088 0.8843 0.024 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016
#> SRR1088117 1 0.1657 0.7914 0.928 0.000 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.0508 0.8703 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1475633 6 0.2912 0.5555 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1081935 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1100776 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR819719 4 0.0146 0.8900 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387516 4 0.0632 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1402772 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0260 0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1315309 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.2868 0.8225 0.132 0.000 0.840 0.000 0.000 0.028
#> SRR1079900 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1091356 1 0.1625 0.7922 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR1384331 1 0.3405 0.7474 0.724 0.000 0.000 0.000 0.272 0.004
#> SRR1412928 6 0.3050 0.8988 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1089737 1 0.2784 0.7134 0.848 0.000 0.000 0.000 0.124 0.028
#> SRR1389199 3 0.0363 0.8968 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1072821 4 0.1820 0.8635 0.044 0.000 0.012 0.928 0.000 0.016
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.1204 0.7622 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1404062 5 0.0405 0.8726 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1093504 5 0.1010 0.8554 0.036 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004
#> SRR1343324 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1092281 1 0.3426 0.7452 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1340862 1 0.3409 0.6459 0.780 0.000 0.192 0.000 0.000 0.028
#> SRR1360545 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR813234 3 0.4621 0.6069 0.332 0.000 0.612 0.000 0.000 0.056
#> SRR1328360 4 0.0632 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1441745 5 0.0260 0.8766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.2482 0.7865 0.848 0.000 0.000 0.000 0.148 0.004
#> SRR1097618 5 0.3405 0.5985 0.272 0.000 0.000 0.004 0.724 0.000
#> SRR1098361 1 0.3743 0.7487 0.724 0.000 0.000 0.000 0.252 0.024
#> SRR1403089 4 0.0632 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1088878 1 0.3617 0.7259 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1070884 3 0.0547 0.8914 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.4332 0.6720 0.276 0.000 0.672 0.000 0.000 0.052
#> SRR1436169 4 0.1549 0.8659 0.044 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020
#> SRR1476255 5 0.2101 0.8338 0.052 0.000 0.000 0.028 0.912 0.008
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 5 0.0000 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474440 6 0.3586 0.8879 0.000 0.216 0.000 0.028 0.000 0.756
#> SRR1447416 4 0.0632 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1430860 1 0.3835 0.7574 0.748 0.000 0.000 0.000 0.204 0.048
#> SRR1345871 1 0.2066 0.7869 0.908 0.000 0.000 0.000 0.052 0.040
#> SRR1446996 2 0.3789 0.0468 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1459761 6 0.2823 0.9225 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1355997 6 0.3126 0.9022 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1359821 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.1141 0.9007 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1070382 1 0.1204 0.7622 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1474396 6 0.2823 0.9225 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.992 0.3895 0.613 0.613
#> 3 3 0.865 0.911 0.961 0.5910 0.767 0.622
#> 4 4 0.739 0.743 0.869 0.1015 0.862 0.673
#> 5 5 0.621 0.570 0.750 0.0906 0.942 0.825
#> 6 6 0.777 0.795 0.857 0.0857 0.808 0.424
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.0938 0.982 0.988 0.012
#> SRR1408091 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1084252 1 0.8144 0.669 0.748 0.252
#> SRR1446979 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1455565 1 0.2948 0.944 0.948 0.052
#> SRR1091548 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.6247 0.817 0.156 0.844
#> SRR1310253 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.2778 0.948 0.952 0.048
#> SRR808542 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1076268 1 0.8144 0.669 0.748 0.252
#> SRR1329909 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.0672 0.986 0.992 0.008
#> SRR1415355 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1432587 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1468028 1 0.2423 0.956 0.960 0.040
#> SRR1413100 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1475633 1 0.7674 0.716 0.776 0.224
#> SRR1081935 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.2948 0.944 0.948 0.052
#> SRR1402772 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.5178 0.868 0.116 0.884
#> SRR1089737 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1328360 1 0.2948 0.944 0.948 0.052
#> SRR1441745 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.2423 0.956 0.960 0.040
#> SRR1088878 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.7602 0.719 0.220 0.780
#> SRR1447416 1 0.2423 0.956 0.960 0.040
#> SRR1430860 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408091 1 0.6225 0.289 0.568 0.000 0.432
#> SRR1437186 1 0.0592 0.946 0.988 0.000 0.012
#> SRR1072700 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0424 0.949 0.008 0.000 0.992
#> SRR1082933 1 0.4346 0.786 0.816 0.000 0.184
#> SRR1350997 1 0.1529 0.927 0.960 0.000 0.040
#> SRR1069714 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.5058 0.703 0.756 0.000 0.244
#> SRR1083262 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.3267 0.860 0.884 0.000 0.116
#> SRR1329726 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098495 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081092 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.1411 0.924 0.036 0.000 0.964
#> SRR1346838 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 3 0.3192 0.844 0.112 0.000 0.888
#> SRR1323404 1 0.3412 0.848 0.876 0.000 0.124
#> SRR1364641 3 0.5948 0.429 0.360 0.000 0.640
#> SRR1476760 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.1411 0.924 0.036 0.000 0.964
#> SRR1345178 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 3 0.0237 0.952 0.004 0.000 0.996
#> SRR1074066 3 0.5397 0.591 0.280 0.000 0.720
#> SRR1098855 1 0.4702 0.752 0.788 0.000 0.212
#> SRR1377537 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471690 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.0424 0.949 0.008 0.000 0.992
#> SRR1470665 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417749 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088068 3 0.0747 0.942 0.000 0.016 0.984
#> SRR1310253 3 0.0237 0.952 0.004 0.000 0.996
#> SRR1098122 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 1 0.4555 0.746 0.800 0.000 0.200
#> SRR1440179 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 1 0.4121 0.805 0.832 0.000 0.168
#> SRR812152 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0592 0.946 0.988 0.000 0.012
#> SRR1078090 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.4605 0.761 0.796 0.000 0.204
#> SRR815326 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.5948 0.490 0.000 0.640 0.360
#> SRR1101981 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392615 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.3941 0.819 0.844 0.000 0.156
#> SRR1435090 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 1 0.3941 0.809 0.844 0.000 0.156
#> SRR1076268 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR811193 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.3686 0.840 0.860 0.000 0.140
#> SRR1329108 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.5431 0.593 0.284 0.000 0.716
#> SRR1458465 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.5948 0.490 0.000 0.640 0.360
#> SRR1319078 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 1 0.4235 0.796 0.824 0.000 0.176
#> SRR1414209 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 3 0.0592 0.946 0.012 0.000 0.988
#> SRR814820 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.0592 0.946 0.988 0.000 0.012
#> SRR1338705 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468028 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.2165 0.906 0.936 0.000 0.064
#> SRR1362688 1 0.6252 0.189 0.556 0.000 0.444
#> SRR1100632 1 0.4178 0.800 0.828 0.000 0.172
#> SRR1365679 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.4605 0.742 0.796 0.000 0.204
#> SRR1400312 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 1 0.1411 0.929 0.964 0.000 0.036
#> SRR1380591 1 0.4931 0.722 0.768 0.000 0.232
#> SRR1088782 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387516 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402772 1 0.4062 0.803 0.836 0.000 0.164
#> SRR1466490 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0424 0.949 0.008 0.000 0.992
#> SRR1432890 1 0.6274 0.152 0.544 0.000 0.456
#> SRR1093390 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.4346 0.758 0.000 0.816 0.184
#> SRR1089737 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.0592 0.946 0.012 0.000 0.988
#> SRR1072821 3 0.0592 0.946 0.012 0.000 0.988
#> SRR1080672 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0892 0.940 0.980 0.000 0.020
#> SRR1092281 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328360 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.2711 0.886 0.912 0.000 0.088
#> SRR1098361 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR814195 1 0.4750 0.744 0.784 0.000 0.216
#> SRR1436169 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476255 3 0.5926 0.416 0.356 0.000 0.644
#> SRR1312906 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 3 0.0747 0.942 0.000 0.016 0.984
#> SRR1447416 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.5948 0.490 0.000 0.640 0.360
#> SRR1355997 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.5948 0.490 0.000 0.640 0.360
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.2408 0.8598 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1410242 3 0.2081 0.6810 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1408091 3 0.3525 0.6714 0.100 0.000 0.860 0.040
#> SRR1437186 1 0.6179 0.1521 0.552 0.000 0.392 0.056
#> SRR1072700 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.2408 0.8598 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1082957 1 0.0895 0.9087 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1120711 3 0.1118 0.6974 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1082933 3 0.6409 0.4440 0.364 0.000 0.560 0.076
#> SRR1350997 1 0.4158 0.6761 0.768 0.000 0.224 0.008
#> SRR1069714 2 0.3123 0.7789 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1487867 2 0.2345 0.8619 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1310920 3 0.1118 0.6982 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1478878 1 0.0188 0.9120 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1399247 3 0.6276 0.4247 0.380 0.000 0.556 0.064
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0469 0.7026 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1098146 2 0.1474 0.8679 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1443755 2 0.2408 0.8598 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1341321 1 0.0779 0.9108 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1459889 3 0.6389 0.2364 0.448 0.000 0.488 0.064
#> SRR1329726 1 0.0188 0.9112 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098495 3 0.0469 0.7026 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1081092 1 0.3399 0.8423 0.868 0.000 0.092 0.040
#> SRR1084252 4 0.4040 0.6940 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.1576 0.7019 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1346838 1 0.1706 0.9061 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1085450 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.4761 0.4545 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1097320 1 0.2345 0.8796 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1400869 3 0.2660 0.6772 0.056 0.000 0.908 0.036
#> SRR1323404 1 0.3160 0.8174 0.872 0.000 0.108 0.020
#> SRR1364641 3 0.4781 0.5168 0.212 0.000 0.752 0.036
#> SRR1476760 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 1 0.1004 0.9071 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1465064 3 0.0817 0.7045 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1345178 3 0.0469 0.7026 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1069166 2 0.1867 0.8577 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1466728 1 0.2021 0.9019 0.936 0.000 0.024 0.040
#> SRR1343175 1 0.2011 0.8890 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1455565 4 0.4843 0.5929 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1091548 1 0.0188 0.9112 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 3 0.1118 0.6974 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1074066 3 0.1854 0.7020 0.012 0.000 0.940 0.048
#> SRR1098855 3 0.6548 0.5242 0.304 0.000 0.592 0.104
#> SRR1377537 3 0.0469 0.7026 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1471690 3 0.0707 0.7023 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1435643 2 0.1792 0.8600 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1467680 4 0.4843 0.3909 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1457437 1 0.0779 0.9098 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1453831 3 0.1118 0.6974 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1470665 1 0.2081 0.8887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1102369 3 0.0592 0.7026 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1417749 3 0.1940 0.6877 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1088068 4 0.4040 0.6940 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1310253 3 0.1118 0.6974 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1098122 2 0.1557 0.8766 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1356725 4 0.4996 0.4242 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR808542 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.2216 0.8653 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1458789 3 0.5119 0.3421 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1440179 2 0.2281 0.8388 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1072920 1 0.1022 0.9088 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312388 2 0.0188 0.8872 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092184 2 0.4843 0.2995 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1325690 2 0.1022 0.8773 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR815970 3 0.5597 0.2670 0.464 0.000 0.516 0.020
#> SRR812152 2 0.2408 0.8598 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.1211 0.9064 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1083408 1 0.2281 0.8811 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1433152 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0817 0.9101 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1069778 1 0.1792 0.8923 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1081717 1 0.4632 0.4833 0.688 0.000 0.308 0.004
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.6276 0.4247 0.380 0.000 0.556 0.064
#> SRR815326 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.2530 0.8774 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1094555 4 0.5007 0.4858 0.000 0.356 0.008 0.636
#> SRR1101981 3 0.0592 0.7004 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1392615 1 0.3539 0.7440 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1078759 1 0.0895 0.9087 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1083360 2 0.2408 0.8598 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1343456 1 0.2530 0.8774 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1105513 2 0.4477 0.5169 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR810689 3 0.6567 0.5158 0.308 0.000 0.588 0.104
#> SRR1435090 1 0.1022 0.9088 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1420148 1 0.1913 0.9035 0.940 0.000 0.020 0.040
#> SRR1309723 2 0.2408 0.8598 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1313449 3 0.1022 0.7023 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1071761 1 0.4706 0.6092 0.732 0.000 0.248 0.020
#> SRR1368815 1 0.1474 0.9034 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1322512 2 0.4977 0.0600 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1473385 3 0.5503 0.1930 0.468 0.000 0.516 0.016
#> SRR1076268 4 0.4040 0.6940 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1329909 1 0.0779 0.9098 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1070549 1 0.0779 0.9098 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR811193 3 0.2011 0.6812 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1415355 3 0.6820 0.4161 0.364 0.000 0.528 0.108
#> SRR1329108 2 0.2281 0.8635 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1098588 3 0.2473 0.6880 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1458465 1 0.1211 0.9086 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1405289 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0188 0.9112 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396724 1 0.0188 0.9112 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081235 4 0.4872 0.4853 0.000 0.356 0.004 0.640
#> SRR1319078 2 0.1867 0.8577 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR814268 1 0.0779 0.9098 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1447124 1 0.0921 0.9100 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1480153 1 0.0592 0.9093 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1316231 1 0.0707 0.9082 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1399156 1 0.4049 0.6851 0.780 0.000 0.212 0.008
#> SRR1102272 2 0.2408 0.8598 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1388190 3 0.6179 0.4128 0.392 0.000 0.552 0.056
#> SRR1414209 3 0.1637 0.6885 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1432587 3 0.2469 0.6883 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR814820 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.5512 -0.1728 0.496 0.000 0.488 0.016
#> SRR1338705 1 0.0707 0.9121 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1337794 1 0.1913 0.9035 0.940 0.000 0.020 0.040
#> SRR1358367 3 0.1867 0.6866 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1083149 1 0.1022 0.9088 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1337953 1 0.2197 0.8893 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.0469 0.7026 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1083191 3 0.1302 0.6988 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1468028 3 0.4072 0.3760 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1413100 1 0.1557 0.9020 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1379384 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0779 0.9098 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR810829 1 0.3647 0.7746 0.832 0.000 0.152 0.016
#> SRR1468804 1 0.3367 0.7975 0.864 0.000 0.108 0.028
#> SRR1362688 1 0.5847 0.1910 0.560 0.000 0.404 0.036
#> SRR1100632 3 0.6286 0.4157 0.384 0.000 0.552 0.064
#> SRR1365679 1 0.0592 0.9105 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1388891 3 0.4327 0.5870 0.216 0.000 0.768 0.016
#> SRR1400312 4 0.4855 0.3966 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1120825 1 0.5636 0.0867 0.552 0.000 0.424 0.024
#> SRR1380591 3 0.6264 0.4323 0.376 0.000 0.560 0.064
#> SRR1088782 1 0.0779 0.9098 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.2408 0.8598 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1359760 1 0.1211 0.9071 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1475633 4 0.4382 0.6608 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1081935 1 0.0592 0.9105 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1383984 2 0.1792 0.8600 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1100776 1 0.0707 0.9082 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR819719 3 0.1716 0.6922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1387516 4 0.4888 0.5644 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1402772 1 0.4635 0.5974 0.720 0.000 0.268 0.012
#> SRR1466490 1 0.2530 0.8774 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1315309 1 0.0779 0.9098 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1479431 3 0.1022 0.6985 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1432890 1 0.5917 0.0393 0.520 0.000 0.444 0.036
#> SRR1093390 2 0.2149 0.8667 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1473016 1 0.0895 0.9087 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1068953 1 0.0188 0.9112 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0188 0.9112 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384331 1 0.1118 0.9075 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1412928 4 0.6401 0.6827 0.000 0.172 0.176 0.652
#> SRR1089737 1 0.5623 0.4851 0.660 0.000 0.292 0.048
#> SRR1389199 3 0.1706 0.6987 0.016 0.000 0.948 0.036
#> SRR1072821 3 0.1557 0.6954 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1080672 2 0.2408 0.8598 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1316553 1 0.1182 0.9105 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1404062 1 0.2081 0.8865 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1093504 1 0.1557 0.9026 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1343324 1 0.2111 0.8743 0.932 0.000 0.044 0.024
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0376 0.9115 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1360545 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.4843 0.5929 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1441745 1 0.2675 0.8762 0.892 0.000 0.008 0.100
#> SRR1404147 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1211 0.9064 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1097618 3 0.6380 0.2709 0.436 0.000 0.500 0.064
#> SRR1098361 1 0.1118 0.9075 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1403089 3 0.2408 0.6547 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1088878 1 0.0188 0.9116 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070884 1 0.1042 0.9084 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR814195 3 0.6276 0.4247 0.380 0.000 0.556 0.064
#> SRR1436169 3 0.1022 0.7019 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1476255 3 0.3047 0.6813 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR1312906 2 0.0000 0.8876 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.1211 0.9064 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1474440 4 0.6050 0.7156 0.000 0.100 0.232 0.668
#> SRR1447416 3 0.4008 0.3970 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9117 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0592 0.9105 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1446996 2 0.4624 0.4422 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1459761 4 0.4973 0.4980 0.000 0.348 0.008 0.644
#> SRR1355997 2 0.2647 0.8185 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1359821 1 0.2466 0.8467 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1498249 2 0.1211 0.8744 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1381306 2 0.2530 0.8388 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1070382 1 0.1798 0.9047 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR1474396 4 0.4872 0.4853 0.000 0.356 0.004 0.640
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0404 0.8112 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.4953 0.6418 0.000 0.000 0.088 0.696 0.216
#> SRR1408091 4 0.5413 0.2439 0.068 0.000 0.012 0.648 0.272
#> SRR1437186 5 0.5821 0.3649 0.312 0.000 0.004 0.104 0.580
#> SRR1072700 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0579 0.8104 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1082957 1 0.4030 0.5552 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1120711 4 0.1478 0.6758 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1082933 5 0.7158 0.5571 0.268 0.000 0.016 0.328 0.388
#> SRR1350997 1 0.4871 0.5751 0.704 0.000 0.000 0.084 0.212
#> SRR1069714 2 0.4227 0.5817 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0609 0.8182 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.2389 0.6835 0.000 0.000 0.004 0.880 0.116
#> SRR1478878 1 0.2179 0.6820 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1399247 5 0.6742 0.5638 0.188 0.000 0.008 0.388 0.416
#> SRR1083262 1 0.0000 0.6849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.2891 0.8425 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.1012 0.7011 0.000 0.000 0.012 0.968 0.020
#> SRR1098146 2 0.3210 0.8214 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.1106 0.8017 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1341321 1 0.4306 0.5754 0.660 0.000 0.000 0.012 0.328
#> SRR1459889 5 0.6182 0.5329 0.296 0.000 0.008 0.136 0.560
#> SRR1329726 1 0.2605 0.6624 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1098495 4 0.2136 0.6954 0.000 0.000 0.008 0.904 0.088
#> SRR1081092 1 0.4610 0.4714 0.556 0.000 0.000 0.012 0.432
#> SRR1084252 3 0.4765 0.5186 0.000 0.000 0.704 0.228 0.068
#> SRR1446979 1 0.0000 0.6849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 4 0.2864 0.6833 0.000 0.000 0.012 0.852 0.136
#> SRR1346838 1 0.4088 0.5748 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1085450 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.4470 0.2888 0.000 0.616 0.372 0.000 0.012
#> SRR1097320 1 0.3662 0.5152 0.744 0.000 0.004 0.000 0.252
#> SRR1400869 4 0.5720 0.1906 0.276 0.000 0.000 0.600 0.124
#> SRR1323404 1 0.3507 0.6607 0.828 0.000 0.000 0.052 0.120
#> SRR1364641 4 0.6042 -0.0945 0.396 0.000 0.000 0.484 0.120
#> SRR1476760 2 0.2773 0.8468 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1330609 1 0.4030 0.5552 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1465064 4 0.1901 0.6989 0.004 0.000 0.012 0.928 0.056
#> SRR1345178 4 0.0404 0.7007 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1069166 2 0.4101 0.6610 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.4604 0.4969 0.560 0.000 0.000 0.012 0.428
#> SRR1343175 1 0.3109 0.5721 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1455565 3 0.5691 0.2499 0.000 0.000 0.536 0.376 0.088
#> SRR1091548 1 0.3612 0.6225 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1477125 1 0.1544 0.6871 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1394544 4 0.2280 0.6827 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1074066 4 0.4731 0.6445 0.012 0.000 0.036 0.708 0.244
#> SRR1098855 5 0.6889 0.1466 0.156 0.000 0.028 0.336 0.480
#> SRR1377537 4 0.0807 0.6979 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1471690 4 0.2304 0.6914 0.000 0.000 0.008 0.892 0.100
#> SRR1435643 2 0.4114 0.6548 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR1467680 3 0.2424 0.5461 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.3661 0.6134 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1453831 4 0.1410 0.6773 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1470665 1 0.3766 0.5122 0.728 0.000 0.004 0.000 0.268
#> SRR1102369 4 0.2305 0.6946 0.000 0.000 0.012 0.896 0.092
#> SRR1417749 4 0.4958 0.6393 0.000 0.000 0.084 0.692 0.224
#> SRR1088068 3 0.4497 0.5464 0.000 0.000 0.732 0.208 0.060
#> SRR1310253 4 0.1478 0.6758 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1098122 2 0.1341 0.8302 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.6097 0.0100 0.000 0.000 0.420 0.456 0.124
#> SRR808542 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0807 0.8110 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1458789 1 0.6497 -0.3529 0.420 0.000 0.000 0.392 0.188
#> SRR1440179 2 0.4045 0.6763 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.1671 0.6659 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1312388 2 0.2329 0.8453 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1092184 3 0.3561 0.3218 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.2891 0.8417 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR815970 4 0.6805 -0.5632 0.312 0.000 0.000 0.372 0.316
#> SRR812152 2 0.0807 0.8060 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1073459 1 0.0404 0.6826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096247 1 0.2966 0.6409 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1083408 1 0.3561 0.5185 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1433152 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.1544 0.6695 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1069778 1 0.3039 0.5732 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1081717 1 0.6206 0.2272 0.528 0.000 0.000 0.168 0.304
#> SRR1078090 1 0.0162 0.6843 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1087101 5 0.6825 0.6162 0.208 0.000 0.012 0.312 0.468
#> SRR815326 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.3990 0.4590 0.688 0.000 0.004 0.000 0.308
#> SRR1094555 3 0.1364 0.6308 0.000 0.036 0.952 0.012 0.000
#> SRR1101981 4 0.0671 0.7029 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1392615 1 0.4812 0.4934 0.600 0.000 0.000 0.028 0.372
#> SRR1078759 1 0.4045 0.5517 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1083360 2 0.0451 0.8123 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1343456 1 0.3814 0.5010 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1105513 3 0.4060 0.0237 0.000 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.6846 0.2967 0.172 0.000 0.028 0.284 0.516
#> SRR1435090 1 0.1732 0.6747 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1420148 1 0.4497 0.5015 0.568 0.000 0.000 0.008 0.424
#> SRR1309723 2 0.1195 0.7995 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1313449 4 0.4073 0.6694 0.000 0.000 0.032 0.752 0.216
#> SRR1071761 1 0.5216 0.3832 0.520 0.000 0.000 0.044 0.436
#> SRR1368815 1 0.2424 0.6353 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1322512 3 0.3395 0.3857 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1473385 1 0.6790 -0.2985 0.364 0.000 0.000 0.352 0.284
#> SRR1076268 3 0.4707 0.5221 0.000 0.000 0.708 0.228 0.064
#> SRR1329909 1 0.3837 0.5914 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1070549 1 0.3999 0.5627 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR811193 4 0.4879 0.6420 0.000 0.000 0.076 0.696 0.228
#> SRR1415355 5 0.6262 0.3634 0.184 0.000 0.012 0.216 0.588
#> SRR1329108 2 0.0290 0.8131 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1098588 4 0.4611 0.3570 0.084 0.000 0.012 0.764 0.140
#> SRR1458465 1 0.2280 0.6690 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1405289 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.2690 0.6696 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1396724 1 0.1608 0.6891 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1081235 3 0.1638 0.6181 0.000 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1319078 2 0.4126 0.6490 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR814268 1 0.3934 0.6198 0.740 0.000 0.000 0.016 0.244
#> SRR1447124 1 0.1608 0.6686 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1480153 1 0.0794 0.6773 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1316231 1 0.1251 0.6717 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1399156 1 0.4990 0.4942 0.600 0.000 0.000 0.040 0.360
#> SRR1102272 2 0.0807 0.8060 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1388190 4 0.6659 -0.6062 0.228 0.000 0.000 0.396 0.376
#> SRR1414209 4 0.3432 0.6821 0.000 0.000 0.040 0.828 0.132
#> SRR1432587 4 0.5163 0.5530 0.000 0.000 0.068 0.636 0.296
#> SRR814820 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.6353 0.0333 0.480 0.000 0.000 0.172 0.348
#> SRR1338705 1 0.2605 0.6830 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1337794 1 0.3707 0.5881 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1358367 4 0.4850 0.6417 0.000 0.000 0.072 0.696 0.232
#> SRR1083149 1 0.1792 0.6662 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1337953 1 0.3636 0.5140 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1478855 1 0.0000 0.6849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.0566 0.6997 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1083191 4 0.2824 0.6887 0.000 0.000 0.020 0.864 0.116
#> SRR1468028 4 0.5408 0.5552 0.000 0.000 0.228 0.652 0.120
#> SRR1413100 1 0.2471 0.6403 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1379384 1 0.0000 0.6849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.3796 0.5994 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR810829 1 0.4599 0.5198 0.600 0.000 0.000 0.016 0.384
#> SRR1468804 1 0.2927 0.5786 0.868 0.000 0.000 0.092 0.040
#> SRR1362688 1 0.5308 0.1089 0.620 0.000 0.000 0.304 0.076
#> SRR1100632 5 0.6791 0.6480 0.236 0.000 0.012 0.260 0.492
#> SRR1365679 1 0.3305 0.6491 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1388891 4 0.6068 -0.1459 0.308 0.000 0.000 0.544 0.148
#> SRR1400312 3 0.3300 0.5080 0.000 0.204 0.792 0.000 0.004
#> SRR1120825 5 0.6721 0.3645 0.352 0.000 0.000 0.252 0.396
#> SRR1380591 5 0.6811 0.5815 0.184 0.000 0.016 0.324 0.476
#> SRR1088782 1 0.4030 0.5556 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1088117 1 0.1792 0.6841 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1099905 2 0.0693 0.8084 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1359760 1 0.2020 0.6554 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1475633 3 0.5500 0.2697 0.000 0.000 0.552 0.376 0.072
#> SRR1081935 1 0.4151 0.5588 0.652 0.000 0.000 0.004 0.344
#> SRR1383984 2 0.4045 0.6820 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0963 0.6778 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR819719 4 0.4701 0.6436 0.000 0.000 0.060 0.704 0.236
#> SRR1387516 3 0.6192 -0.0322 0.000 0.000 0.432 0.432 0.136
#> SRR1402772 1 0.5250 0.5391 0.668 0.000 0.000 0.108 0.224
#> SRR1466490 1 0.4029 0.4454 0.680 0.000 0.004 0.000 0.316
#> SRR1315309 1 0.3949 0.5741 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1479431 4 0.1478 0.6758 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1432890 1 0.5861 -0.1432 0.520 0.000 0.000 0.376 0.104
#> SRR1093390 2 0.0404 0.8181 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1473016 1 0.4030 0.5552 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1068953 1 0.2732 0.6613 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1079900 1 0.0510 0.6814 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1091356 1 0.2020 0.6800 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1384331 1 0.1732 0.6636 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1412928 3 0.4466 0.6180 0.000 0.028 0.780 0.144 0.048
#> SRR1089737 1 0.5765 -0.1398 0.488 0.000 0.000 0.088 0.424
#> SRR1389199 4 0.3381 0.5172 0.016 0.000 0.000 0.808 0.176
#> SRR1072821 4 0.4238 0.6668 0.000 0.000 0.052 0.756 0.192
#> SRR1080672 2 0.0807 0.8060 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1316553 1 0.4392 0.5526 0.612 0.000 0.000 0.008 0.380
#> SRR1404062 1 0.3274 0.5526 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1093504 1 0.2561 0.6291 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1343324 1 0.1992 0.6451 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1092281 1 0.0404 0.6826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1340862 1 0.3707 0.6116 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1360545 2 0.2773 0.8479 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.2773 0.6614 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1328360 3 0.5645 0.2552 0.000 0.000 0.540 0.376 0.084
#> SRR1441745 1 0.4594 0.2257 0.508 0.000 0.004 0.004 0.484
#> SRR1404147 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.3242 0.6399 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1097618 5 0.6594 0.4748 0.404 0.000 0.008 0.160 0.428
#> SRR1098361 1 0.1792 0.6638 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1403089 4 0.4394 0.6623 0.000 0.000 0.100 0.764 0.136
#> SRR1088878 1 0.0510 0.6817 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070884 1 0.3849 0.6279 0.752 0.000 0.000 0.016 0.232
#> SRR814195 5 0.6571 0.5790 0.204 0.000 0.000 0.392 0.404
#> SRR1436169 4 0.2189 0.6969 0.000 0.000 0.012 0.904 0.084
#> SRR1476255 4 0.5224 0.4033 0.004 0.000 0.036 0.532 0.428
#> SRR1312906 2 0.2732 0.8481 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.2020 0.6591 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1474440 3 0.3971 0.6010 0.000 0.008 0.804 0.136 0.052
#> SRR1447416 4 0.5444 0.6042 0.000 0.000 0.180 0.660 0.160
#> SRR1430860 1 0.0162 0.6843 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345871 1 0.2516 0.6812 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1446996 3 0.4015 0.0876 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1459761 3 0.2206 0.6253 0.000 0.068 0.912 0.016 0.004
#> SRR1355997 2 0.4171 0.6238 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1359821 1 0.4088 0.5381 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1498249 2 0.3395 0.8067 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.3582 0.6926 0.000 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR1070382 1 0.3636 0.6106 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1474396 3 0.1704 0.6147 0.000 0.068 0.928 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0363 0.8479 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1410242 4 0.1262 0.8925 0.000 0.000 0.020 0.956 0.008 0.016
#> SRR1408091 3 0.4500 0.6840 0.068 0.000 0.700 0.224 0.008 0.000
#> SRR1437186 1 0.2772 0.8270 0.864 0.000 0.092 0.004 0.040 0.000
#> SRR1072700 2 0.2823 0.8187 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1320203 2 0.0508 0.8467 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1082957 3 0.2664 0.9251 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 4 0.3967 0.6460 0.000 0.000 0.316 0.668 0.008 0.008
#> SRR1082933 1 0.4560 0.7101 0.748 0.000 0.068 0.136 0.048 0.000
#> SRR1350997 3 0.2378 0.9128 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 6 0.1663 0.8087 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1487867 2 0.0000 0.8499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.1625 0.8740 0.000 0.000 0.060 0.928 0.012 0.000
#> SRR1478878 1 0.0865 0.8560 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.5745 0.5989 0.116 0.000 0.600 0.244 0.040 0.000
#> SRR1083262 1 0.0547 0.8574 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.3446 0.7053 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1348248 4 0.0622 0.8948 0.000 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1098146 2 0.3851 0.3527 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1443755 2 0.1218 0.8375 0.000 0.956 0.004 0.000 0.012 0.028
#> SRR1341321 3 0.2882 0.9262 0.180 0.000 0.812 0.000 0.008 0.000
#> SRR1459889 1 0.2728 0.8310 0.872 0.000 0.080 0.008 0.040 0.000
#> SRR1329726 1 0.3428 0.4782 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.0665 0.8944 0.000 0.000 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR1081092 3 0.2869 0.9065 0.148 0.000 0.832 0.000 0.020 0.000
#> SRR1084252 6 0.3868 0.0448 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1446979 1 0.0146 0.8588 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 4 0.1606 0.8793 0.000 0.000 0.056 0.932 0.008 0.004
#> SRR1346838 1 0.1890 0.8492 0.916 0.000 0.060 0.000 0.024 0.000
#> SRR1085450 2 0.2941 0.8072 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1366473 2 0.2946 0.8157 0.000 0.824 0.004 0.000 0.012 0.160
#> SRR1097320 5 0.1141 0.9185 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1400869 4 0.7388 0.0127 0.204 0.000 0.144 0.384 0.268 0.000
#> SRR1323404 1 0.2006 0.8367 0.892 0.000 0.104 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.7374 0.0745 0.388 0.000 0.144 0.200 0.268 0.000
#> SRR1476760 2 0.3266 0.7521 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1330609 3 0.2631 0.9254 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 4 0.2292 0.8464 0.004 0.000 0.104 0.884 0.004 0.004
#> SRR1345178 4 0.0622 0.8948 0.000 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1069166 6 0.2135 0.7696 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1466728 1 0.2106 0.8463 0.904 0.000 0.064 0.000 0.032 0.000
#> SRR1343175 5 0.1444 0.9200 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1455565 4 0.1536 0.8856 0.000 0.000 0.016 0.940 0.004 0.040
#> SRR1091548 1 0.0363 0.8583 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0146 0.8588 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 4 0.2748 0.8361 0.008 0.000 0.120 0.856 0.016 0.000
#> SRR1074066 4 0.1148 0.8948 0.000 0.000 0.020 0.960 0.016 0.004
#> SRR1098855 4 0.5448 0.0591 0.056 0.000 0.028 0.476 0.440 0.000
#> SRR1377537 4 0.0767 0.8943 0.000 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> SRR1471690 4 0.0717 0.8937 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1435643 6 0.1663 0.8087 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1467680 6 0.0547 0.8270 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1457437 3 0.2697 0.9223 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 4 0.3030 0.8046 0.000 0.000 0.168 0.816 0.008 0.008
#> SRR1470665 5 0.1082 0.9149 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000
#> SRR1102369 4 0.0622 0.8945 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR1417749 4 0.1173 0.8922 0.000 0.000 0.016 0.960 0.008 0.016
#> SRR1088068 6 0.3547 0.5418 0.000 0.004 0.000 0.300 0.000 0.696
#> SRR1310253 4 0.2726 0.8309 0.000 0.000 0.136 0.848 0.008 0.008
#> SRR1098122 2 0.0458 0.8526 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356725 4 0.0865 0.8911 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR808542 2 0.2631 0.8299 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1331858 2 0.2996 0.8003 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1354532 2 0.0653 0.8483 0.000 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR1458789 3 0.2695 0.9216 0.144 0.000 0.844 0.008 0.000 0.004
#> SRR1440179 6 0.1957 0.7913 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1072920 1 0.0777 0.8615 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR1312388 2 0.1327 0.8534 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1092184 6 0.0547 0.8270 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1325690 2 0.3797 0.4844 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR815970 3 0.3615 0.8880 0.140 0.000 0.796 0.060 0.004 0.000
#> SRR812152 2 0.0508 0.8467 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1073459 1 0.3834 0.5564 0.708 0.000 0.024 0.000 0.268 0.000
#> SRR1096247 1 0.1649 0.8543 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036 0.000
#> SRR1083408 5 0.1387 0.9195 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1433152 2 0.2823 0.8186 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1370363 1 0.0632 0.8613 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1069778 5 0.1663 0.9149 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1081717 3 0.2300 0.9226 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0632 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.6269 0.2152 0.496 0.000 0.316 0.148 0.040 0.000
#> SRR815326 2 0.3050 0.7926 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1072199 5 0.1092 0.9044 0.020 0.000 0.020 0.000 0.960 0.000
#> SRR1094555 6 0.0405 0.8215 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988
#> SRR1101981 4 0.0622 0.8948 0.000 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1392615 3 0.2491 0.9269 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.2527 0.9275 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0508 0.8467 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1343456 5 0.1007 0.9159 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1105513 6 0.0790 0.8276 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR810689 5 0.5178 0.4808 0.064 0.000 0.028 0.284 0.624 0.000
#> SRR1435090 1 0.0603 0.8618 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR1420148 1 0.2308 0.8411 0.892 0.000 0.068 0.000 0.040 0.000
#> SRR1309723 2 0.1296 0.8351 0.000 0.952 0.004 0.000 0.012 0.032
#> SRR1313449 4 0.0622 0.8966 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1071761 1 0.1867 0.8498 0.916 0.000 0.064 0.000 0.020 0.000
#> SRR1368815 5 0.2006 0.9149 0.080 0.000 0.016 0.000 0.904 0.000
#> SRR1322512 6 0.0865 0.8273 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1473385 3 0.2954 0.8804 0.096 0.000 0.852 0.048 0.000 0.004
#> SRR1076268 6 0.3847 0.1702 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1329909 1 0.1075 0.8487 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.2883 0.9050 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.0951 0.8944 0.000 0.000 0.008 0.968 0.004 0.020
#> SRR1415355 5 0.2146 0.8557 0.008 0.000 0.024 0.060 0.908 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.8499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 4 0.4203 0.6336 0.056 0.000 0.220 0.720 0.004 0.000
#> SRR1458465 1 0.1320 0.8568 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036 0.000
#> SRR1405289 2 0.2793 0.8210 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1075874 1 0.0790 0.8581 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0146 0.8588 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 6 0.0405 0.8250 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1319078 6 0.1610 0.8111 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR814268 3 0.2416 0.9148 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.2482 0.8705 0.148 0.000 0.004 0.000 0.848 0.000
#> SRR1480153 5 0.3490 0.8277 0.176 0.000 0.040 0.000 0.784 0.000
#> SRR1316231 1 0.4878 0.0669 0.516 0.000 0.060 0.000 0.424 0.000
#> SRR1399156 1 0.1588 0.8439 0.924 0.000 0.072 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102272 2 0.0653 0.8483 0.000 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR1388190 3 0.3273 0.8888 0.120 0.000 0.832 0.024 0.024 0.000
#> SRR1414209 4 0.0665 0.8957 0.000 0.000 0.008 0.980 0.004 0.008
#> SRR1432587 4 0.1657 0.8793 0.000 0.000 0.012 0.936 0.040 0.012
#> SRR814820 2 0.2664 0.8283 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1383213 3 0.3287 0.8666 0.220 0.000 0.768 0.012 0.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0820 0.8623 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR1337794 1 0.2308 0.8407 0.892 0.000 0.068 0.000 0.040 0.000
#> SRR1358367 4 0.1180 0.8930 0.000 0.000 0.012 0.960 0.012 0.016
#> SRR1083149 1 0.1531 0.8488 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000
#> SRR1337953 5 0.1261 0.9061 0.024 0.000 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR1478855 1 0.0547 0.8574 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.0767 0.8943 0.000 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> SRR1083191 4 0.0870 0.8960 0.000 0.000 0.012 0.972 0.004 0.012
#> SRR1468028 4 0.0713 0.8932 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1413100 5 0.1714 0.9140 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1379384 1 0.0632 0.8562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.2912 0.9045 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.2595 0.9249 0.160 0.000 0.836 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468804 5 0.3922 0.8447 0.124 0.000 0.096 0.004 0.776 0.000
#> SRR1362688 1 0.6924 0.2236 0.472 0.000 0.132 0.132 0.264 0.000
#> SRR1100632 1 0.3483 0.7988 0.832 0.000 0.088 0.044 0.036 0.000
#> SRR1365679 1 0.0363 0.8583 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.6361 0.2998 0.500 0.000 0.036 0.200 0.264 0.000
#> SRR1400312 6 0.1462 0.8176 0.000 0.056 0.000 0.000 0.008 0.936
#> SRR1120825 3 0.2695 0.9102 0.144 0.000 0.844 0.004 0.008 0.000
#> SRR1380591 1 0.5862 0.4716 0.592 0.000 0.108 0.256 0.040 0.004
#> SRR1088782 3 0.2562 0.9272 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0146 0.8588 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0508 0.8467 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1359760 5 0.2613 0.8724 0.140 0.000 0.012 0.000 0.848 0.000
#> SRR1475633 4 0.1411 0.8786 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1081935 3 0.2664 0.9251 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 6 0.2340 0.7434 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1100776 1 0.4388 0.5066 0.668 0.000 0.056 0.000 0.276 0.000
#> SRR819719 4 0.0984 0.8940 0.000 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR1387516 4 0.1390 0.8882 0.000 0.000 0.016 0.948 0.004 0.032
#> SRR1402772 3 0.2402 0.9088 0.140 0.000 0.856 0.004 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.1176 0.9066 0.024 0.000 0.020 0.000 0.956 0.000
#> SRR1315309 3 0.2664 0.9251 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 4 0.3967 0.6453 0.000 0.000 0.316 0.668 0.008 0.008
#> SRR1432890 1 0.7120 0.1846 0.440 0.000 0.140 0.152 0.268 0.000
#> SRR1093390 2 0.0146 0.8508 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473016 3 0.2664 0.9251 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0937 0.8515 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0993 0.8542 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012 0.000
#> SRR1091356 1 0.0363 0.8583 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0692 0.8616 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1412928 6 0.1644 0.7867 0.000 0.004 0.000 0.076 0.000 0.920
#> SRR1089737 1 0.2697 0.8333 0.876 0.000 0.048 0.008 0.068 0.000
#> SRR1389199 4 0.4074 0.6000 0.000 0.000 0.344 0.640 0.008 0.008
#> SRR1072821 4 0.1251 0.8942 0.000 0.000 0.024 0.956 0.008 0.012
#> SRR1080672 2 0.0508 0.8467 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1316553 1 0.1686 0.8496 0.924 0.000 0.064 0.000 0.012 0.000
#> SRR1404062 5 0.1444 0.9199 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1093504 5 0.1806 0.9157 0.088 0.000 0.004 0.000 0.908 0.000
#> SRR1343324 1 0.3994 0.6931 0.768 0.000 0.092 0.004 0.136 0.000
#> SRR1092281 1 0.0777 0.8558 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340862 1 0.1141 0.8470 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.2941 0.8099 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR813234 1 0.2473 0.7717 0.856 0.000 0.136 0.000 0.008 0.000
#> SRR1328360 4 0.1536 0.8856 0.000 0.000 0.016 0.940 0.004 0.040
#> SRR1441745 5 0.0891 0.8917 0.008 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000
#> SRR1404147 2 0.2178 0.8433 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1445468 1 0.1049 0.8601 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR1097618 1 0.2675 0.8326 0.876 0.000 0.076 0.008 0.040 0.000
#> SRR1098361 1 0.0937 0.8599 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1403089 4 0.0777 0.8941 0.000 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1088878 1 0.1074 0.8538 0.960 0.000 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1070884 3 0.2340 0.9100 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.4867 0.7627 0.104 0.000 0.720 0.136 0.040 0.000
#> SRR1436169 4 0.0622 0.8945 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR1476255 4 0.3702 0.6401 0.000 0.000 0.004 0.720 0.264 0.012
#> SRR1312906 2 0.2730 0.8248 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1347082 1 0.1151 0.8590 0.956 0.000 0.012 0.000 0.032 0.000
#> SRR1474440 6 0.3547 0.5230 0.000 0.004 0.000 0.300 0.000 0.696
#> SRR1447416 4 0.1138 0.8924 0.000 0.000 0.012 0.960 0.004 0.024
#> SRR1430860 1 0.3103 0.6693 0.784 0.000 0.008 0.000 0.208 0.000
#> SRR1345871 1 0.0363 0.8598 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 6 0.1075 0.8237 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1459761 6 0.0405 0.8250 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1355997 6 0.1610 0.8111 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1359821 3 0.2416 0.9261 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 6 0.3860 -0.2026 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1381306 2 0.2110 0.8523 0.000 0.900 0.004 0.000 0.012 0.084
#> SRR1070382 1 0.1644 0.8547 0.932 0.000 0.040 0.000 0.028 0.000
#> SRR1474396 6 0.0405 0.8250 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.995 0.4499 0.550 0.550
#> 3 3 0.929 0.925 0.965 0.4693 0.773 0.593
#> 4 4 0.762 0.757 0.893 0.0654 0.908 0.747
#> 5 5 0.821 0.835 0.916 0.0671 0.916 0.730
#> 6 6 0.748 0.703 0.843 0.0363 0.965 0.866
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410242 2 0.6623 0.798 0.172 0.828
#> SRR1408091 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.2603 0.952 0.956 0.044
#> SRR1081092 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1471690 2 0.0672 0.985 0.008 0.992
#> SRR1435643 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR1417749 2 0.6887 0.781 0.184 0.816
#> SRR1088068 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1101981 2 0.5946 0.836 0.144 0.856
#> SRR1392615 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR811193 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.9248 0.477 0.660 0.340
#> SRR1432587 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.2423 0.956 0.960 0.040
#> SRR1387516 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1402772 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.1414 0.974 0.020 0.980
#> SRR1088878 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1447416 2 0.2236 0.959 0.036 0.964
#> SRR1430860 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.0592 0.9768 0.012 0.988 0.000
#> SRR1408091 3 0.2261 0.9230 0.068 0.000 0.932
#> SRR1437186 1 0.5138 0.6575 0.748 0.000 0.252
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1120711 3 0.0424 0.9526 0.008 0.000 0.992
#> SRR1082933 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 3 0.1289 0.9466 0.032 0.000 0.968
#> SRR1478878 1 0.1031 0.9395 0.976 0.000 0.024
#> SRR1399247 3 0.4555 0.7647 0.200 0.000 0.800
#> SRR1083262 1 0.0424 0.9504 0.992 0.000 0.008
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0747 0.9545 0.016 0.000 0.984
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1289 0.9475 0.032 0.000 0.968
#> SRR1459889 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.0747 0.9545 0.016 0.000 0.984
#> SRR1098495 2 0.3715 0.8446 0.128 0.868 0.004
#> SRR1081092 3 0.3116 0.8858 0.108 0.000 0.892
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.0424 0.9526 0.008 0.000 0.992
#> SRR1346838 1 0.0592 0.9482 0.988 0.000 0.012
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 3 0.2165 0.9241 0.064 0.000 0.936
#> SRR1323404 3 0.0747 0.9545 0.016 0.000 0.984
#> SRR1364641 3 0.0747 0.9545 0.016 0.000 0.984
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1465064 3 0.0424 0.9526 0.008 0.000 0.992
#> SRR1345178 3 0.6313 0.5424 0.016 0.308 0.676
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343175 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455565 2 0.0661 0.9812 0.004 0.988 0.008
#> SRR1091548 3 0.3752 0.8473 0.144 0.000 0.856
#> SRR1477125 1 0.5678 0.5360 0.684 0.000 0.316
#> SRR1394544 3 0.3267 0.8772 0.116 0.000 0.884
#> SRR1074066 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 3 0.0592 0.9539 0.012 0.000 0.988
#> SRR1471690 2 0.0475 0.9830 0.004 0.992 0.004
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0424 0.9832 0.000 0.992 0.008
#> SRR1457437 3 0.0747 0.9545 0.016 0.000 0.984
#> SRR1453831 3 0.0592 0.9539 0.012 0.000 0.988
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.1753 0.9097 0.952 0.048 0.000
#> SRR1417749 2 0.6565 0.2691 0.416 0.576 0.008
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0424 0.9526 0.008 0.000 0.992
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0424 0.9526 0.008 0.000 0.992
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0424 0.9526 0.008 0.000 0.992
#> SRR812152 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069778 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081717 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1078090 1 0.0592 0.9482 0.988 0.000 0.012
#> SRR1087101 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0424 0.9832 0.000 0.992 0.008
#> SRR1101981 2 0.0475 0.9804 0.004 0.992 0.004
#> SRR1392615 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1078759 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0237 0.9490 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435090 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420148 1 0.4291 0.7675 0.820 0.000 0.180
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368815 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0747 0.9545 0.016 0.000 0.984
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.1031 0.9516 0.024 0.000 0.976
#> SRR1070549 3 0.0747 0.9543 0.016 0.000 0.984
#> SRR811193 2 0.0592 0.9784 0.012 0.988 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.3816 0.8122 0.852 0.000 0.148
#> SRR1458465 1 0.6274 0.1447 0.544 0.000 0.456
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.2625 0.9090 0.084 0.000 0.916
#> SRR1396724 3 0.3752 0.8473 0.144 0.000 0.856
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0747 0.9545 0.016 0.000 0.984
#> SRR1447124 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480153 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316231 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1399156 1 0.3192 0.8556 0.888 0.000 0.112
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1414209 3 0.0000 0.9463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 1 0.0424 0.9459 0.992 0.000 0.008
#> SRR814820 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.4605 0.7397 0.796 0.000 0.204
#> SRR1338705 1 0.6008 0.4029 0.628 0.000 0.372
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.0661 0.9812 0.004 0.988 0.008
#> SRR1083149 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092136 2 0.3375 0.8768 0.008 0.892 0.100
#> SRR1083191 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1468028 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.6204 0.2631 0.576 0.000 0.424
#> SRR1076417 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR810829 3 0.1289 0.9475 0.032 0.000 0.968
#> SRR1468804 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362688 1 0.0592 0.9482 0.988 0.000 0.012
#> SRR1100632 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.1411 0.9299 0.964 0.000 0.036
#> SRR1388891 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.5835 0.5148 0.340 0.000 0.660
#> SRR1380591 1 0.0424 0.9459 0.992 0.000 0.008
#> SRR1088782 3 0.0892 0.9529 0.020 0.000 0.980
#> SRR1088117 1 0.0592 0.9482 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475633 2 0.0424 0.9832 0.000 0.992 0.008
#> SRR1081935 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR819719 1 0.3412 0.8269 0.876 0.124 0.000
#> SRR1387516 2 0.0661 0.9812 0.004 0.988 0.008
#> SRR1402772 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1479431 3 0.0424 0.9526 0.008 0.000 0.992
#> SRR1432890 1 0.1643 0.9233 0.956 0.000 0.044
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1068953 3 0.0747 0.9545 0.016 0.000 0.984
#> SRR1079900 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091356 3 0.1753 0.9380 0.048 0.000 0.952
#> SRR1384331 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.0424 0.9526 0.008 0.000 0.992
#> SRR1072821 1 0.6307 0.0147 0.512 0.000 0.488
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0424 0.9504 0.992 0.000 0.008
#> SRR1404062 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1093504 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343324 3 0.6274 0.1722 0.456 0.000 0.544
#> SRR1092281 1 0.0747 0.9455 0.984 0.000 0.016
#> SRR1340862 3 0.0892 0.9529 0.020 0.000 0.980
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.2796 0.9027 0.092 0.000 0.908
#> SRR1328360 2 0.0661 0.9812 0.004 0.988 0.008
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1403089 2 0.1015 0.9699 0.008 0.980 0.012
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0747 0.9545 0.016 0.000 0.984
#> SRR814195 3 0.2625 0.9060 0.084 0.000 0.916
#> SRR1436169 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0424 0.9459 0.992 0.000 0.008
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9517 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0424 0.9832 0.000 0.992 0.008
#> SRR1447416 2 0.2486 0.9246 0.060 0.932 0.008
#> SRR1430860 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345871 1 0.0424 0.9504 0.992 0.000 0.008
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0424 0.9832 0.000 0.992 0.008
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0592 0.9545 0.012 0.000 0.988
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0237 0.9523 0.996 0.000 0.004
#> SRR1474396 2 0.0424 0.9832 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.4761 0.0857 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.0592 0.8570 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1437186 3 0.5400 0.3634 0.372 0.000 0.608 0.020
#> SRR1072700 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.4761 0.5537 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1082933 1 0.4382 0.5698 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1350997 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0336 0.8894 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1487867 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.8097 -0.1689 0.028 0.160 0.372 0.440
#> SRR1478878 1 0.2973 0.8138 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1399247 4 0.5478 -0.0651 0.016 0.000 0.444 0.540
#> SRR1083262 1 0.0817 0.9076 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.3024 0.7801 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1098146 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.1151 0.9068 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1329726 3 0.0188 0.8591 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1098495 2 0.6429 0.3072 0.144 0.644 0.000 0.212
#> SRR1081092 3 0.1059 0.8515 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR1084252 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0707 0.9078 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1076990 3 0.0469 0.8579 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1346838 1 0.3123 0.8020 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 3 0.7559 0.2771 0.336 0.000 0.460 0.204
#> SRR1323404 3 0.1302 0.8422 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1364641 3 0.5058 0.7036 0.104 0.000 0.768 0.128
#> SRR1476760 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0469 0.8564 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1345178 3 0.7516 0.4616 0.044 0.156 0.612 0.188
#> SRR1069166 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.4483 0.6173 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 4 0.5236 0.5546 0.008 0.432 0.000 0.560
#> SRR1091548 3 0.1302 0.8348 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1477125 3 0.4730 0.4184 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1394544 3 0.7202 0.3622 0.140 0.000 0.464 0.396
#> SRR1074066 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0336 0.9065 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1377537 3 0.3074 0.7734 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1471690 2 0.6052 0.1839 0.048 0.556 0.000 0.396
#> SRR1435643 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 4 0.4972 0.5297 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1457437 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.4948 0.4644 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1470665 1 0.0188 0.9072 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102369 1 0.5807 0.3458 0.636 0.312 0.000 0.052
#> SRR1417749 1 0.4012 0.6644 0.800 0.184 0.000 0.016
#> SRR1088068 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.4277 0.6566 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1098122 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.3444 0.5976 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR808542 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.1211 0.8993 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0188 0.8935 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1325690 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0336 0.8581 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR812152 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0336 0.9089 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1096247 1 0.1510 0.9039 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.2408 0.8506 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0336 0.8581 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1078090 1 0.0817 0.9075 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1087101 1 0.1042 0.9058 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR815326 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0336 0.9065 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1094555 4 0.4972 0.5297 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1101981 2 0.3688 0.5992 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1392615 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0336 0.8581 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1083360 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0592 0.9037 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1435090 1 0.2281 0.8577 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1420148 3 0.5345 0.2028 0.428 0.000 0.560 0.012
#> SRR1309723 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0188 0.9072 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0469 0.9092 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1368815 1 0.0336 0.9089 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0336 0.8584 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1076268 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0336 0.8581 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR811193 2 0.2011 0.7703 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.0592 0.9037 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1329108 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.3117 0.8381 0.880 0.000 0.092 0.028
#> SRR1458465 3 0.3837 0.6445 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.2011 0.8033 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1396724 3 0.1022 0.8442 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1081235 2 0.0336 0.8895 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1319078 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0469 0.9092 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1480153 1 0.0336 0.9089 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.3486 0.7654 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0188 0.8594 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1414209 3 0.0336 0.8581 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1432587 1 0.5386 0.3753 0.612 0.020 0.000 0.368
#> SRR814820 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.4994 0.0914 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1338705 3 0.4605 0.4786 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1337794 1 0.0469 0.9092 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1358367 2 0.6897 -0.2516 0.124 0.544 0.000 0.332
#> SRR1083149 1 0.1022 0.9033 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1337953 1 0.0469 0.9052 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1478855 1 0.0707 0.9080 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1092136 2 0.6083 0.2422 0.012 0.588 0.032 0.368
#> SRR1083191 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0188 0.8919 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 3 0.4948 0.2126 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.1211 0.8907 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1362688 1 0.1867 0.8687 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1100632 1 0.7012 0.1859 0.504 0.000 0.124 0.372
#> SRR1365679 1 0.2973 0.8141 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1388891 1 0.0469 0.9092 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.3539 0.7074 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1380591 4 0.6809 0.2059 0.332 0.000 0.116 0.552
#> SRR1088782 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.3444 0.7677 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0921 0.9049 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1475633 4 0.4977 0.5210 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1081935 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0336 0.9089 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR819719 1 0.3528 0.6619 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR1387516 4 0.5236 0.5546 0.008 0.432 0.000 0.560
#> SRR1402772 3 0.0707 0.8531 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1466490 1 0.0592 0.9037 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1315309 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.2921 0.7822 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1432890 1 0.1398 0.8892 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1093390 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0469 0.9092 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1091356 3 0.0188 0.8591 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1384331 1 0.2868 0.8193 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0336 0.9065 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389199 3 0.3356 0.7539 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1072821 3 0.5444 0.2799 0.424 0.000 0.560 0.016
#> SRR1080672 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.2589 0.8399 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0336 0.9089 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343324 1 0.4820 0.5170 0.692 0.000 0.296 0.012
#> SRR1092281 1 0.1118 0.9013 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1340862 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.0592 0.8533 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1328360 4 0.4948 0.5485 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1441745 1 0.0592 0.9037 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1404147 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0707 0.9078 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1097618 1 0.1305 0.8955 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1098361 1 0.0707 0.9078 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1403089 2 0.7640 -0.2930 0.000 0.432 0.356 0.212
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0469 0.8564 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR814195 3 0.3982 0.6554 0.004 0.000 0.776 0.220
#> SRR1436169 1 0.0336 0.9059 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1476255 4 0.4961 0.0176 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1312906 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.3810 0.7518 0.804 0.000 0.188 0.008
#> SRR1474440 2 0.4981 -0.3675 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1447416 4 0.6808 0.5442 0.120 0.320 0.000 0.560
#> SRR1430860 1 0.0469 0.9092 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1345871 1 0.1389 0.8945 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 4 0.4972 0.5297 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1355997 2 0.0469 0.8852 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1359821 3 0.0000 0.8604 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.8976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0336 0.9089 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1474396 2 0.4998 -0.4382 0.000 0.512 0.000 0.488
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.1408 0.9219 0.044 0.948 0.000 0.008 0.000
#> SRR1408091 3 0.2674 0.7907 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004
#> SRR1437186 3 0.1557 0.8795 0.052 0.000 0.940 0.008 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.8984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 5 0.2513 0.7593 0.000 0.000 0.116 0.008 0.876
#> SRR1082933 4 0.4084 0.4408 0.328 0.000 0.000 0.668 0.004
#> SRR1350997 3 0.0324 0.8965 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1069714 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487867 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310920 5 0.0486 0.7612 0.004 0.000 0.004 0.004 0.988
#> SRR1478878 1 0.2929 0.7607 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1399247 4 0.1908 0.6431 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1083262 1 0.2411 0.8327 0.884 0.000 0.108 0.008 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 5 0.5091 0.6907 0.000 0.000 0.112 0.196 0.692
#> SRR1098146 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0609 0.8971 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.1195 0.8934 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1329726 3 0.1043 0.8889 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1098495 5 0.5973 0.4754 0.164 0.256 0.000 0.000 0.580
#> SRR1081092 3 0.0955 0.8890 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1084252 2 0.0324 0.9846 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1446979 1 0.0963 0.8885 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.1753 0.8672 0.000 0.000 0.936 0.032 0.032
#> SRR1346838 1 0.4029 0.5651 0.680 0.000 0.316 0.004 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1097320 1 0.1502 0.8788 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1400869 5 0.3257 0.7232 0.124 0.000 0.004 0.028 0.844
#> SRR1323404 3 0.2753 0.7708 0.000 0.000 0.856 0.008 0.136
#> SRR1364641 5 0.5272 0.7006 0.064 0.000 0.228 0.020 0.688
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0290 0.8990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.1281 0.8772 0.000 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1345178 5 0.6278 0.7124 0.088 0.048 0.164 0.024 0.676
#> SRR1069166 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466728 1 0.4294 0.0878 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0865 0.8912 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1455565 4 0.1557 0.7282 0.008 0.052 0.000 0.940 0.000
#> SRR1091548 3 0.1197 0.8847 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1477125 3 0.2377 0.8050 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1394544 5 0.1743 0.7603 0.028 0.000 0.004 0.028 0.940
#> SRR1074066 1 0.0703 0.8900 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1098855 1 0.1704 0.8732 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1377537 5 0.4209 0.7234 0.016 0.000 0.244 0.008 0.732
#> SRR1471690 5 0.1743 0.7584 0.028 0.004 0.000 0.028 0.940
#> SRR1435643 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467680 4 0.2424 0.7146 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1457437 3 0.0880 0.8929 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1453831 5 0.1117 0.7648 0.000 0.000 0.016 0.020 0.964
#> SRR1470665 1 0.1704 0.8732 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1102369 1 0.2583 0.7846 0.864 0.132 0.000 0.004 0.000
#> SRR1417749 1 0.2504 0.8498 0.896 0.040 0.000 0.064 0.000
#> SRR1088068 2 0.0162 0.9867 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310253 5 0.1638 0.7821 0.004 0.000 0.064 0.000 0.932
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4150 0.4684 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0324 0.8965 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1440179 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072920 1 0.1908 0.8539 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092184 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0865 0.8905 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR812152 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0162 0.8949 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.2813 0.8703 0.876 0.000 0.040 0.084 0.000
#> SRR1083408 1 0.1502 0.8788 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.3048 0.7669 0.820 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR1069778 1 0.0865 0.8896 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1081717 3 0.0451 0.8955 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1078090 1 0.1121 0.8847 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0693 0.8958 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.1357 0.8817 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1094555 4 0.2329 0.7189 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1101981 5 0.3911 0.7186 0.036 0.116 0.004 0.020 0.824
#> SRR1392615 3 0.0000 0.8984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0566 0.8946 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.1043 0.8855 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1105513 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810689 1 0.2124 0.8556 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1435090 1 0.2970 0.7804 0.828 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR1420148 3 0.1282 0.8847 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.1205 0.8846 0.956 0.004 0.000 0.040 0.000
#> SRR1071761 1 0.0693 0.8959 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1368815 1 0.0290 0.8944 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473385 3 0.0404 0.8984 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.0451 0.8987 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1070549 3 0.0566 0.8963 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR811193 2 0.1661 0.9148 0.036 0.940 0.000 0.024 0.000
#> SRR1415355 1 0.1638 0.8753 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.2172 0.8629 0.908 0.000 0.000 0.016 0.076
#> SRR1458465 3 0.1732 0.8598 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.1851 0.8508 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1396724 3 0.1270 0.8823 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319078 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR814268 3 0.0451 0.8994 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1447124 1 0.0693 0.8955 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1480153 1 0.0404 0.8942 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.8940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.2286 0.8450 0.888 0.000 0.108 0.004 0.000
#> SRR1102272 2 0.0510 0.9751 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1388190 3 0.0162 0.8978 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414209 3 0.4437 0.2008 0.000 0.000 0.532 0.464 0.004
#> SRR1432587 4 0.4118 0.4331 0.336 0.004 0.000 0.660 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.3876 0.5179 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1338705 3 0.1851 0.8519 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0807 0.8960 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1358367 4 0.6353 0.4539 0.200 0.252 0.000 0.544 0.004
#> SRR1083149 1 0.1908 0.8541 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.1892 0.8655 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1478855 1 0.0880 0.8901 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1092136 5 0.5164 0.6473 0.072 0.176 0.016 0.008 0.728
#> SRR1083191 3 0.0162 0.8975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468028 2 0.0955 0.9526 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413100 1 0.0404 0.8934 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1379384 3 0.2852 0.7489 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0451 0.8992 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR810829 3 0.0703 0.8960 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.4817 0.4899 0.656 0.000 0.000 0.044 0.300
#> SRR1362688 1 0.4166 0.4134 0.648 0.000 0.000 0.004 0.348
#> SRR1100632 4 0.3430 0.5539 0.220 0.000 0.000 0.776 0.004
#> SRR1365679 1 0.3857 0.5683 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0880 0.8899 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.3452 0.6233 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1120825 3 0.2136 0.8430 0.088 0.000 0.904 0.008 0.000
#> SRR1380591 4 0.0703 0.6967 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1088782 3 0.0404 0.8967 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1088117 3 0.4242 0.2607 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.2054 0.8829 0.920 0.000 0.052 0.028 0.000
#> SRR1475633 4 0.1908 0.7278 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.8984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1100776 1 0.0451 0.8949 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR819719 1 0.3419 0.6992 0.804 0.180 0.000 0.016 0.000
#> SRR1387516 4 0.0963 0.7204 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1402772 3 0.1329 0.8798 0.004 0.000 0.956 0.008 0.032
#> SRR1466490 1 0.1892 0.8655 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1315309 3 0.0794 0.8941 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1479431 5 0.3461 0.7369 0.000 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR1432890 1 0.3456 0.7029 0.788 0.000 0.004 0.004 0.204
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0162 0.8975 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1068953 3 0.0324 0.8965 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1079900 1 0.0510 0.8940 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1091356 3 0.0880 0.8934 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1384331 3 0.4305 0.0744 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089737 1 0.0963 0.8867 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1389199 5 0.4061 0.7267 0.016 0.000 0.240 0.004 0.740
#> SRR1072821 3 0.5902 0.3312 0.344 0.004 0.560 0.088 0.004
#> SRR1080672 2 0.0290 0.9825 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1316553 1 0.3123 0.7613 0.812 0.000 0.184 0.004 0.000
#> SRR1404062 1 0.0566 0.8933 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1093504 1 0.0290 0.8944 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0579 0.8956 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1092281 1 0.1341 0.8790 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.0324 0.8965 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.0794 0.8940 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.2020 0.7275 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1441745 1 0.1952 0.8630 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0880 0.8901 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.3662 0.6778 0.744 0.000 0.000 0.252 0.004
#> SRR1098361 1 0.0693 0.8955 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1403089 4 0.3419 0.6649 0.000 0.024 0.036 0.856 0.084
#> SRR1088878 1 0.0451 0.8946 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1070884 3 0.0579 0.8987 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR814195 3 0.1608 0.8654 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1436169 1 0.0566 0.8933 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476255 4 0.1768 0.6809 0.072 0.000 0.000 0.924 0.004
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.4765 0.6539 0.704 0.000 0.228 0.068 0.000
#> SRR1474440 4 0.4307 0.1777 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1447416 4 0.0671 0.7090 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR1430860 1 0.0693 0.8955 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1345871 1 0.2286 0.8432 0.888 0.000 0.108 0.004 0.000
#> SRR1446996 2 0.0162 0.9874 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1459761 4 0.2329 0.7189 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1355997 2 0.0510 0.9771 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1359821 3 0.0290 0.8990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0290 0.9826 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1070382 1 0.0451 0.8953 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1474396 4 0.3534 0.6113 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.2562 0.7140 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.4655 0.6419 0.020 0.000 0.708 0.072 0.200 0.000
#> SRR1437186 3 0.3888 0.5996 0.224 0.000 0.740 0.000 0.028 0.008
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0146 0.9397 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082957 3 0.0914 0.7367 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000
#> SRR1120711 5 0.4955 0.6878 0.000 0.000 0.136 0.000 0.644 0.220
#> SRR1082933 4 0.5897 0.3545 0.252 0.000 0.000 0.536 0.200 0.012
#> SRR1350997 3 0.2793 0.6846 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1069714 2 0.0146 0.9397 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 6 0.0865 0.5869 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1478878 1 0.3748 0.6621 0.760 0.000 0.204 0.000 0.028 0.008
#> SRR1399247 4 0.5497 0.2811 0.000 0.000 0.172 0.596 0.224 0.008
#> SRR1083262 1 0.3168 0.7624 0.820 0.000 0.028 0.004 0.148 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 6 0.3998 0.6074 0.012 0.000 0.064 0.072 0.040 0.812
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0146 0.9396 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341321 3 0.2988 0.6731 0.152 0.000 0.824 0.000 0.024 0.000
#> SRR1459889 1 0.1765 0.7845 0.924 0.000 0.052 0.000 0.024 0.000
#> SRR1329726 3 0.2393 0.7074 0.092 0.000 0.884 0.000 0.020 0.004
#> SRR1098495 6 0.3874 0.4664 0.012 0.164 0.000 0.004 0.040 0.780
#> SRR1081092 3 0.3855 0.6578 0.024 0.000 0.748 0.012 0.216 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.1088 0.7984 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016 0.000
#> SRR1076990 3 0.3376 0.6609 0.000 0.000 0.764 0.016 0.220 0.000
#> SRR1346838 1 0.4538 0.3816 0.600 0.000 0.364 0.000 0.028 0.008
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.3547 0.5481 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR1097320 1 0.3696 0.7309 0.764 0.000 0.000 0.016 0.204 0.016
#> SRR1400869 6 0.2846 0.5920 0.016 0.000 0.008 0.004 0.116 0.856
#> SRR1323404 3 0.3081 0.6722 0.004 0.000 0.776 0.000 0.220 0.000
#> SRR1364641 6 0.4298 0.6002 0.024 0.000 0.116 0.000 0.096 0.764
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.1983 0.7399 0.020 0.000 0.908 0.000 0.072 0.000
#> SRR1465064 3 0.2730 0.6866 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1345178 6 0.4266 0.6212 0.040 0.012 0.080 0.000 0.076 0.792
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.2983 0.7488 0.832 0.000 0.136 0.000 0.032 0.000
#> SRR1343175 1 0.3770 0.7323 0.760 0.000 0.000 0.012 0.204 0.024
#> SRR1455565 4 0.1096 0.7164 0.004 0.008 0.000 0.964 0.020 0.004
#> SRR1091548 3 0.3348 0.6215 0.216 0.000 0.768 0.000 0.016 0.000
#> SRR1477125 3 0.4029 0.5414 0.292 0.000 0.680 0.000 0.028 0.000
#> SRR1394544 6 0.4386 -0.4332 0.016 0.000 0.000 0.004 0.464 0.516
#> SRR1074066 1 0.2814 0.7596 0.820 0.000 0.000 0.008 0.172 0.000
#> SRR1098855 1 0.3780 0.7283 0.760 0.000 0.000 0.020 0.204 0.016
#> SRR1377537 6 0.3183 0.5724 0.016 0.000 0.164 0.000 0.008 0.812
#> SRR1471690 6 0.1757 0.5909 0.000 0.000 0.000 0.008 0.076 0.916
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 4 0.1204 0.7070 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.2871 0.6848 0.116 0.000 0.852 0.000 0.024 0.008
#> SRR1453831 5 0.4237 0.6052 0.000 0.000 0.020 0.000 0.584 0.396
#> SRR1470665 1 0.3780 0.7283 0.760 0.000 0.000 0.020 0.204 0.016
#> SRR1102369 1 0.5441 0.5846 0.680 0.152 0.000 0.004 0.060 0.104
#> SRR1417749 1 0.3906 0.7423 0.788 0.012 0.000 0.112 0.088 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 6 0.1983 0.6008 0.000 0.000 0.072 0.000 0.020 0.908
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4283 0.4604 0.000 0.252 0.000 0.696 0.048 0.004
#> SRR808542 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.1765 0.7233 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1440179 2 0.0146 0.9397 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.3367 0.7093 0.804 0.000 0.164 0.000 0.020 0.012
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0146 0.9397 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.2664 0.6931 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.1075 0.7970 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1096247 1 0.5563 0.7167 0.672 0.000 0.108 0.028 0.168 0.024
#> SRR1083408 1 0.3725 0.7287 0.760 0.000 0.000 0.016 0.208 0.016
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.3673 0.6697 0.764 0.000 0.204 0.000 0.024 0.008
#> SRR1069778 1 0.3539 0.7342 0.768 0.000 0.000 0.008 0.208 0.016
#> SRR1081717 3 0.2883 0.6771 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1078090 1 0.2136 0.7883 0.908 0.000 0.064 0.000 0.016 0.012
#> SRR1087101 1 0.2152 0.7778 0.904 0.000 0.068 0.004 0.024 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.3231 0.7420 0.784 0.000 0.000 0.016 0.200 0.000
#> SRR1094555 4 0.1152 0.7127 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR1101981 6 0.2302 0.6255 0.016 0.024 0.036 0.000 0.012 0.912
#> SRR1392615 3 0.0622 0.7323 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000
#> SRR1078759 3 0.2883 0.6771 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.2805 0.7632 0.828 0.000 0.000 0.012 0.160 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.4020 0.7178 0.744 0.000 0.000 0.044 0.204 0.008
#> SRR1435090 1 0.3364 0.6844 0.780 0.000 0.196 0.000 0.024 0.000
#> SRR1420148 3 0.3979 0.5678 0.256 0.000 0.712 0.000 0.028 0.004
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.3593 0.7459 0.788 0.028 0.000 0.012 0.172 0.000
#> SRR1071761 1 0.2231 0.7751 0.900 0.000 0.068 0.000 0.028 0.004
#> SRR1368815 1 0.0935 0.7996 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1322512 2 0.0146 0.9397 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.2790 0.6843 0.132 0.000 0.844 0.000 0.024 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.3896 0.6894 0.052 0.000 0.744 0.000 0.204 0.000
#> SRR1070549 3 0.3190 0.6746 0.008 0.000 0.772 0.000 0.220 0.000
#> SRR811193 2 0.1065 0.9067 0.020 0.964 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1415355 1 0.3062 0.7596 0.816 0.000 0.000 0.024 0.160 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.2723 0.7603 0.852 0.000 0.016 0.004 0.128 0.000
#> SRR1458465 3 0.2402 0.7082 0.120 0.000 0.868 0.000 0.012 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.3966 0.5897 0.236 0.000 0.728 0.000 0.028 0.008
#> SRR1396724 3 0.3158 0.6647 0.164 0.000 0.812 0.000 0.020 0.004
#> SRR1081235 2 0.0146 0.9397 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.1723 0.7430 0.036 0.000 0.928 0.000 0.036 0.000
#> SRR1447124 1 0.1124 0.8013 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036 0.000
#> SRR1480153 1 0.1251 0.8022 0.956 0.000 0.012 0.000 0.024 0.008
#> SRR1316231 1 0.0520 0.8001 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1399156 1 0.2760 0.7773 0.868 0.000 0.076 0.000 0.052 0.004
#> SRR1102272 2 0.0632 0.9258 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1388190 3 0.1333 0.7379 0.008 0.000 0.944 0.000 0.048 0.000
#> SRR1414209 4 0.3344 0.6003 0.000 0.000 0.044 0.804 0.152 0.000
#> SRR1432587 4 0.5530 0.3713 0.292 0.000 0.000 0.572 0.124 0.012
#> SRR814820 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.4607 0.3763 0.604 0.000 0.356 0.000 0.028 0.012
#> SRR1338705 3 0.3807 0.6014 0.228 0.000 0.740 0.000 0.028 0.004
#> SRR1337794 1 0.0603 0.7996 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1358367 2 0.7852 -0.3633 0.204 0.304 0.000 0.276 0.208 0.008
#> SRR1083149 1 0.3386 0.6955 0.788 0.000 0.188 0.000 0.016 0.008
#> SRR1337953 1 0.3809 0.7259 0.756 0.000 0.000 0.020 0.208 0.016
#> SRR1478855 1 0.2558 0.7548 0.868 0.000 0.104 0.000 0.028 0.000
#> SRR1092136 6 0.6284 0.2480 0.140 0.220 0.004 0.000 0.064 0.572
#> SRR1083191 3 0.1958 0.7279 0.004 0.000 0.896 0.000 0.100 0.000
#> SRR1468028 2 0.0547 0.9208 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.1152 0.7968 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1379384 3 0.4301 0.4124 0.392 0.000 0.584 0.000 0.024 0.000
#> SRR1076417 3 0.2669 0.7118 0.008 0.000 0.836 0.000 0.156 0.000
#> SRR810829 3 0.2317 0.7104 0.064 0.000 0.900 0.000 0.020 0.016
#> SRR1468804 1 0.5943 0.3989 0.528 0.000 0.000 0.012 0.212 0.248
#> SRR1362688 6 0.3695 0.4209 0.272 0.000 0.000 0.000 0.016 0.712
#> SRR1100632 4 0.5017 0.5234 0.132 0.000 0.000 0.672 0.184 0.012
#> SRR1365679 1 0.3888 0.6386 0.740 0.000 0.224 0.000 0.028 0.008
#> SRR1388891 1 0.1952 0.7860 0.920 0.000 0.052 0.000 0.016 0.012
#> SRR1400312 2 0.6117 -0.2533 0.000 0.352 0.000 0.348 0.300 0.000
#> SRR1120825 3 0.4650 0.6287 0.220 0.000 0.676 0.000 0.104 0.000
#> SRR1380591 4 0.2302 0.6892 0.012 0.000 0.004 0.900 0.072 0.012
#> SRR1088782 3 0.2912 0.6751 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1088117 3 0.4527 0.4181 0.360 0.000 0.604 0.000 0.028 0.008
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.5379 0.6979 0.656 0.000 0.136 0.000 0.176 0.032
#> SRR1475633 4 0.0937 0.7162 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.1152 0.7378 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.1364 0.7938 0.952 0.000 0.016 0.000 0.020 0.012
#> SRR819719 1 0.5827 0.3974 0.532 0.268 0.000 0.008 0.192 0.000
#> SRR1387516 4 0.2053 0.6747 0.000 0.004 0.000 0.888 0.108 0.000
#> SRR1402772 3 0.2969 0.6677 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1466490 1 0.3888 0.7231 0.752 0.000 0.000 0.024 0.208 0.016
#> SRR1315309 3 0.1082 0.7303 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479431 6 0.2553 0.5530 0.000 0.000 0.144 0.000 0.008 0.848
#> SRR1432890 6 0.4086 0.2293 0.464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.1434 0.7378 0.012 0.000 0.940 0.000 0.048 0.000
#> SRR1068953 3 0.3200 0.6934 0.016 0.000 0.788 0.000 0.196 0.000
#> SRR1079900 1 0.2265 0.7753 0.900 0.000 0.068 0.000 0.024 0.008
#> SRR1091356 3 0.2528 0.7061 0.056 0.000 0.892 0.000 0.028 0.024
#> SRR1384331 3 0.4051 0.3501 0.432 0.000 0.560 0.000 0.008 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.2121 0.7844 0.892 0.000 0.000 0.012 0.096 0.000
#> SRR1389199 6 0.3087 0.5587 0.012 0.000 0.176 0.000 0.004 0.808
#> SRR1072821 1 0.6283 0.2176 0.452 0.000 0.184 0.016 0.344 0.004
#> SRR1080672 2 0.0260 0.9373 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1316553 1 0.3758 0.6398 0.740 0.000 0.232 0.000 0.024 0.004
#> SRR1404062 1 0.3673 0.7346 0.764 0.000 0.000 0.008 0.204 0.024
#> SRR1093504 1 0.0551 0.7985 0.984 0.000 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR1343324 1 0.1401 0.7989 0.948 0.000 0.004 0.000 0.028 0.020
#> SRR1092281 1 0.3182 0.7308 0.828 0.000 0.136 0.000 0.024 0.012
#> SRR1340862 3 0.1333 0.7379 0.000 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.1398 0.7308 0.052 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000
#> SRR1328360 4 0.0547 0.7144 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.3963 0.7204 0.748 0.000 0.000 0.028 0.208 0.016
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1950 0.7795 0.912 0.000 0.064 0.000 0.024 0.000
#> SRR1097618 1 0.6141 -0.0430 0.404 0.000 0.000 0.396 0.188 0.012
#> SRR1098361 1 0.0458 0.7976 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.5721 -0.0264 0.000 0.000 0.128 0.460 0.404 0.008
#> SRR1088878 1 0.0748 0.8008 0.976 0.000 0.000 0.004 0.016 0.004
#> SRR1070884 3 0.3043 0.6857 0.008 0.000 0.792 0.000 0.200 0.000
#> SRR814195 3 0.3635 0.6332 0.012 0.000 0.788 0.176 0.016 0.008
#> SRR1436169 1 0.2463 0.7849 0.888 0.024 0.000 0.004 0.080 0.004
#> SRR1476255 4 0.3425 0.6254 0.028 0.000 0.000 0.800 0.164 0.008
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.6800 -0.0354 0.376 0.000 0.400 0.028 0.176 0.020
#> SRR1474440 2 0.3684 0.3984 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.0146 0.7103 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1430860 1 0.0820 0.7964 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR1345871 1 0.1333 0.7919 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446996 2 0.4075 0.6320 0.000 0.712 0.000 0.048 0.240 0.000
#> SRR1459761 4 0.1075 0.7118 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.2790 0.7236 0.020 0.000 0.840 0.000 0.140 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.3578 0.5368 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1070382 1 0.1152 0.7988 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1474396 4 0.1863 0.6659 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.979 0.946 0.979 0.4172 0.587 0.587
#> 3 3 0.697 0.699 0.891 0.2741 0.908 0.843
#> 4 4 0.692 0.806 0.904 0.1516 0.875 0.753
#> 5 5 0.659 0.743 0.845 0.1183 0.955 0.889
#> 6 6 0.655 0.629 0.804 0.0519 0.969 0.917
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.5946 0.8265 0.856 0.144
#> SRR1408091 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0376 0.9777 0.996 0.004
#> SRR1350997 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.1843 0.9571 0.972 0.028
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.2603 0.9317 0.044 0.956
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.1843 0.9571 0.972 0.028
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.9580 0.3843 0.380 0.620
#> SRR1091548 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.1184 0.9676 0.984 0.016
#> SRR1471690 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.2423 0.9450 0.960 0.040
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.9998 0.0161 0.508 0.492
#> SRR808542 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.1843 0.9571 0.972 0.028
#> SRR1392615 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.3584 0.9075 0.068 0.932
#> SRR1329909 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.5178 0.8617 0.884 0.116
#> SRR1415355 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0672 0.9744 0.992 0.008
#> SRR1458465 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.6973 0.7630 0.812 0.188
#> SRR1432587 1 0.0672 0.9744 0.992 0.008
#> SRR814820 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.5178 0.8617 0.884 0.116
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.2778 0.9374 0.952 0.048
#> SRR1083191 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1468028 1 0.8207 0.6559 0.744 0.256
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0376 0.9777 0.996 0.004
#> SRR1365679 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.6343 0.7965 0.160 0.840
#> SRR1081935 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.5629 0.8421 0.868 0.132
#> SRR1387516 2 0.9996 0.0418 0.488 0.512
#> SRR1402772 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.1414 0.9643 0.980 0.020
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.9795 0.2849 0.416 0.584
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 1.0000 -0.0197 0.500 0.500
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.9983 0.0772 0.524 0.476
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9809 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.5428 0.5483 0.816 0.120 0.064
#> SRR1408091 1 0.6111 -0.1675 0.604 0.000 0.396
#> SRR1437186 1 0.1529 0.7995 0.960 0.000 0.040
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.6291 0.5967 0.468 0.000 0.532
#> SRR1120711 1 0.2959 0.7308 0.900 0.000 0.100
#> SRR1082933 1 0.2066 0.7909 0.940 0.000 0.060
#> SRR1350997 1 0.6154 -0.2343 0.592 0.000 0.408
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1478878 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.6299 0.4944 0.476 0.000 0.524
#> SRR1083262 1 0.0424 0.8156 0.992 0.000 0.008
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 1 0.3755 0.7111 0.872 0.008 0.120
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.2537 0.7630 0.920 0.000 0.080
#> SRR1459889 1 0.1163 0.8094 0.972 0.000 0.028
#> SRR1329726 1 0.2356 0.7688 0.928 0.000 0.072
#> SRR1098495 1 0.0424 0.8157 0.992 0.000 0.008
#> SRR1081092 1 0.5650 0.1958 0.688 0.000 0.312
#> SRR1084252 2 0.3551 0.8658 0.000 0.868 0.132
#> SRR1446979 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.5560 0.6346 0.300 0.000 0.700
#> SRR1346838 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1400869 1 0.0592 0.8138 0.988 0.000 0.012
#> SRR1323404 1 0.3412 0.6859 0.876 0.000 0.124
#> SRR1364641 1 0.0592 0.8138 0.988 0.000 0.012
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 1 0.6267 -0.3778 0.548 0.000 0.452
#> SRR1465064 3 0.5882 0.6585 0.348 0.000 0.652
#> SRR1345178 1 0.3454 0.7265 0.888 0.008 0.104
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0237 0.8167 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455565 2 0.9614 0.1406 0.208 0.436 0.356
#> SRR1091548 1 0.2448 0.7675 0.924 0.000 0.076
#> SRR1477125 1 0.0424 0.8160 0.992 0.000 0.008
#> SRR1394544 1 0.1529 0.8028 0.960 0.000 0.040
#> SRR1074066 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1098855 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1377537 1 0.3425 0.7328 0.884 0.004 0.112
#> SRR1471690 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.2261 0.7760 0.932 0.000 0.068
#> SRR1453831 1 0.2959 0.7308 0.900 0.000 0.100
#> SRR1470665 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1102369 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1417749 1 0.2689 0.7611 0.932 0.036 0.032
#> SRR1088068 2 0.0237 0.9681 0.000 0.996 0.004
#> SRR1310253 1 0.2537 0.7663 0.920 0.000 0.080
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 1 0.9998 -0.3513 0.340 0.336 0.324
#> SRR808542 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 1 0.6267 -0.3824 0.548 0.000 0.452
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.5882 0.6585 0.348 0.000 0.652
#> SRR812152 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0237 0.8172 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083408 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1081717 1 0.6252 -0.3534 0.556 0.000 0.444
#> SRR1078090 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.1529 0.8014 0.960 0.000 0.040
#> SRR815326 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 1 0.3454 0.7265 0.888 0.008 0.104
#> SRR1392615 3 0.6295 0.5895 0.472 0.000 0.528
#> SRR1078759 1 0.6267 -0.3778 0.548 0.000 0.452
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1435090 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.1860 0.7948 0.948 0.000 0.052
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1071761 1 0.0237 0.8172 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368815 1 0.0237 0.8167 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.6295 0.5895 0.472 0.000 0.528
#> SRR1076268 2 0.4483 0.8435 0.024 0.848 0.128
#> SRR1329909 1 0.2796 0.7414 0.908 0.000 0.092
#> SRR1070549 1 0.5650 0.1958 0.688 0.000 0.312
#> SRR811193 1 0.4790 0.6158 0.848 0.096 0.056
#> SRR1415355 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.1031 0.8108 0.976 0.000 0.024
#> SRR1458465 1 0.5363 0.3176 0.724 0.000 0.276
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0592 0.8147 0.988 0.000 0.012
#> SRR1396724 1 0.1964 0.7854 0.944 0.000 0.056
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 1 0.5650 0.1926 0.688 0.000 0.312
#> SRR1447124 1 0.0237 0.8167 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480153 1 0.0237 0.8167 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316231 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.6291 0.5967 0.468 0.000 0.532
#> SRR1414209 3 0.5785 0.4345 0.300 0.004 0.696
#> SRR1432587 1 0.2486 0.7796 0.932 0.008 0.060
#> SRR814820 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.1289 0.8056 0.968 0.000 0.032
#> SRR1338705 1 0.0237 0.8168 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337794 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.4790 0.6158 0.848 0.096 0.056
#> SRR1083149 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1478855 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.3193 0.7340 0.896 0.004 0.100
#> SRR1083191 3 0.5882 0.6585 0.348 0.000 0.652
#> SRR1468028 1 0.8026 0.1371 0.656 0.180 0.164
#> SRR1413100 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.2796 0.7376 0.908 0.000 0.092
#> SRR1076417 1 0.6079 -0.1489 0.612 0.000 0.388
#> SRR810829 1 0.6299 -0.4976 0.524 0.000 0.476
#> SRR1468804 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1362688 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.1964 0.7928 0.944 0.000 0.056
#> SRR1365679 1 0.0892 0.8112 0.980 0.000 0.020
#> SRR1388891 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 1 0.6111 -0.1675 0.604 0.000 0.396
#> SRR1380591 1 0.3116 0.7411 0.892 0.000 0.108
#> SRR1088782 1 0.5560 0.2418 0.700 0.000 0.300
#> SRR1088117 1 0.0747 0.8131 0.984 0.000 0.016
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0237 0.8167 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475633 2 0.5835 0.6521 0.000 0.660 0.340
#> SRR1081935 3 0.6295 0.5895 0.472 0.000 0.528
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.5229 0.5759 0.828 0.104 0.068
#> SRR1387516 3 0.9989 0.1365 0.316 0.328 0.356
#> SRR1402772 1 0.6252 -0.3534 0.556 0.000 0.444
#> SRR1466490 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1315309 1 0.5760 0.1316 0.672 0.000 0.328
#> SRR1479431 1 0.6252 -0.3590 0.556 0.000 0.444
#> SRR1432890 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.6291 0.5967 0.468 0.000 0.532
#> SRR1068953 1 0.5529 0.2564 0.704 0.000 0.296
#> SRR1079900 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.1964 0.7870 0.944 0.000 0.056
#> SRR1384331 1 0.5363 0.3176 0.724 0.000 0.276
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1389199 1 0.2537 0.7663 0.920 0.000 0.080
#> SRR1072821 1 0.2711 0.7628 0.912 0.000 0.088
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0237 0.8171 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404062 1 0.0237 0.8167 0.996 0.000 0.004
#> SRR1093504 1 0.0237 0.8167 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343324 1 0.1964 0.7813 0.944 0.000 0.056
#> SRR1092281 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.1964 0.7868 0.944 0.000 0.056
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 1 0.5431 0.2909 0.716 0.000 0.284
#> SRR1328360 2 0.9816 0.0122 0.244 0.400 0.356
#> SRR1441745 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0237 0.8168 0.996 0.000 0.004
#> SRR1097618 1 0.0424 0.8157 0.992 0.000 0.008
#> SRR1098361 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.9899 0.1458 0.280 0.320 0.400
#> SRR1088878 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.6267 -0.3778 0.548 0.000 0.452
#> SRR814195 3 0.6299 0.4944 0.476 0.000 0.524
#> SRR1436169 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1476255 1 0.0592 0.8146 0.988 0.000 0.012
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.5363 0.3176 0.724 0.000 0.276
#> SRR1474440 2 0.0237 0.9683 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447416 1 0.9989 -0.3448 0.356 0.324 0.320
#> SRR1430860 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0892 0.8103 0.980 0.000 0.020
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 1 0.6267 -0.3778 0.548 0.000 0.452
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.8172 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.4841 0.5969 0.712 0.012 0.004 0.272
#> SRR1408091 3 0.4730 0.6645 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1437186 1 0.2011 0.8527 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.2760 0.6844 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1120711 1 0.3948 0.7607 0.828 0.000 0.136 0.036
#> SRR1082933 1 0.2908 0.8514 0.896 0.000 0.064 0.040
#> SRR1350997 3 0.4277 0.7259 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.1824 0.8663 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1478878 1 0.0336 0.8838 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1399247 3 0.7028 0.3868 0.280 0.000 0.560 0.160
#> SRR1083262 1 0.0592 0.8841 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 1 0.5574 0.6495 0.728 0.000 0.124 0.148
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.2704 0.8131 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1459889 1 0.1398 0.8801 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1329726 1 0.2921 0.7926 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1098495 1 0.1743 0.8690 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1081092 3 0.4992 0.4181 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1084252 2 0.4304 0.5826 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1446979 1 0.0469 0.8837 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1076990 3 0.2334 0.3807 0.004 0.000 0.908 0.088
#> SRR1346838 1 0.0336 0.8838 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0779 0.8817 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1400869 1 0.0657 0.8852 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1323404 1 0.3400 0.7174 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1364641 1 0.0657 0.8852 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.4053 0.7443 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR1465064 3 0.0376 0.4593 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1345178 1 0.5496 0.6575 0.732 0.000 0.108 0.160
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0469 0.8835 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1343175 1 0.0188 0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455565 4 0.2053 0.7960 0.004 0.072 0.000 0.924
#> SRR1091548 1 0.2647 0.8174 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1477125 1 0.0817 0.8834 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1394544 1 0.2596 0.8607 0.908 0.000 0.068 0.024
#> SRR1074066 1 0.1824 0.8656 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1098855 1 0.1489 0.8733 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1377537 1 0.5647 0.6301 0.720 0.000 0.164 0.116
#> SRR1471690 1 0.1824 0.8663 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.2704 0.8134 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1453831 1 0.3948 0.7607 0.828 0.000 0.136 0.036
#> SRR1470665 1 0.0779 0.8817 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1102369 1 0.1824 0.8656 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1417749 1 0.2976 0.8148 0.872 0.000 0.008 0.120
#> SRR1088068 2 0.0188 0.9835 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310253 1 0.3257 0.7850 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.3495 0.7822 0.100 0.020 0.012 0.868
#> SRR808542 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.3688 0.7369 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0376 0.4593 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR812152 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0336 0.8846 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1096247 1 0.0707 0.8836 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1083408 1 0.0779 0.8817 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0336 0.8838 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1069778 1 0.0779 0.8817 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1081717 3 0.4220 0.7402 0.248 0.000 0.748 0.004
#> SRR1078090 1 0.0188 0.8841 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1087101 1 0.2021 0.8689 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR815326 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.1004 0.8801 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 1 0.5496 0.6575 0.732 0.000 0.108 0.160
#> SRR1392615 3 0.2868 0.6929 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1078759 3 0.4053 0.7443 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.1004 0.8801 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.1004 0.8801 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1435090 1 0.0592 0.8835 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1420148 1 0.2480 0.8469 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.1824 0.8656 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1071761 1 0.0895 0.8845 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1368815 1 0.0336 0.8838 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.2868 0.6929 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1076268 2 0.4406 0.5495 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1329909 1 0.2868 0.7977 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1070549 3 0.4992 0.4181 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR811193 1 0.4198 0.6850 0.768 0.004 0.004 0.224
#> SRR1415355 1 0.1004 0.8801 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.1545 0.8770 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1458465 1 0.4916 -0.0562 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.1389 0.8720 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1396724 1 0.2530 0.8258 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1081235 2 0.0188 0.9839 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 1 0.5168 -0.3332 0.500 0.000 0.496 0.004
#> SRR1447124 1 0.0336 0.8838 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480153 1 0.0336 0.8838 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316231 1 0.0188 0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1399156 1 0.0469 0.8837 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.2760 0.6844 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1414209 4 0.6007 0.5807 0.056 0.000 0.340 0.604
#> SRR1432587 1 0.3873 0.8139 0.844 0.000 0.060 0.096
#> SRR814820 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.1722 0.8720 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR1338705 1 0.0707 0.8829 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1337794 1 0.0188 0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358367 1 0.4198 0.6850 0.768 0.004 0.004 0.224
#> SRR1083149 1 0.0000 0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.1004 0.8801 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1478855 1 0.0469 0.8837 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1092136 1 0.5394 0.6145 0.712 0.000 0.060 0.228
#> SRR1083191 3 0.0376 0.4593 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1468028 1 0.7028 0.1013 0.492 0.056 0.028 0.424
#> SRR1413100 1 0.0188 0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379384 1 0.3123 0.7466 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1076417 3 0.4661 0.6709 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR810829 3 0.3528 0.7023 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1468804 1 0.1004 0.8801 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1362688 1 0.0376 0.8847 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1100632 1 0.2830 0.8522 0.900 0.000 0.060 0.040
#> SRR1365679 1 0.1557 0.8675 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1388891 1 0.0336 0.8838 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.4730 0.6645 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1380591 1 0.4359 0.7700 0.816 0.000 0.100 0.084
#> SRR1088782 3 0.5000 0.3493 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1088117 1 0.1474 0.8701 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0376 0.8847 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1475633 4 0.4431 0.5414 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1081935 3 0.2868 0.6929 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.4372 0.6239 0.728 0.000 0.004 0.268
#> SRR1387516 4 0.1743 0.8111 0.056 0.004 0.000 0.940
#> SRR1402772 3 0.4220 0.7402 0.248 0.000 0.748 0.004
#> SRR1466490 1 0.1004 0.8801 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1315309 3 0.4941 0.5074 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1479431 3 0.4428 0.7226 0.276 0.000 0.720 0.004
#> SRR1432890 1 0.0376 0.8847 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.2760 0.6844 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1068953 1 0.4994 -0.2886 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1079900 1 0.0188 0.8841 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1091356 1 0.2408 0.8336 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1384331 1 0.4916 -0.0562 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1412928 2 0.0188 0.9839 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089737 1 0.1004 0.8801 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1389199 1 0.3257 0.7850 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1072821 1 0.4920 0.7177 0.768 0.000 0.068 0.164
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0469 0.8846 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1404062 1 0.0336 0.8838 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1093504 1 0.0336 0.8838 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1343324 1 0.2081 0.8428 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.2408 0.8332 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.4998 -0.3120 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1328360 4 0.2722 0.8160 0.032 0.064 0.000 0.904
#> SRR1441745 1 0.1004 0.8801 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0469 0.8842 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1097618 1 0.0524 0.8833 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1098361 1 0.0000 0.8838 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.2197 0.7947 0.024 0.000 0.048 0.928
#> SRR1088878 1 0.0188 0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070884 3 0.4053 0.7443 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR814195 3 0.7028 0.3868 0.280 0.000 0.560 0.160
#> SRR1436169 1 0.1824 0.8656 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1476255 1 0.1398 0.8758 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.4916 -0.0562 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1474440 2 0.1022 0.9556 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1447416 4 0.3504 0.7599 0.116 0.012 0.012 0.860
#> SRR1430860 1 0.0188 0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345871 1 0.1118 0.8797 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.3873 0.7443 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0469 0.8835 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1410242 1 0.5888 0.4644 0.576 0.000 0.000 0.288 NA
#> SRR1408091 3 0.3752 0.6781 0.140 0.000 0.812 0.004 NA
#> SRR1437186 1 0.4073 0.6641 0.752 0.000 0.216 0.000 NA
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1082957 3 0.3002 0.6533 0.028 0.000 0.856 0.000 NA
#> SRR1120711 1 0.5844 0.4657 0.612 0.000 0.264 0.008 NA
#> SRR1082933 1 0.5490 0.7105 0.708 0.000 0.088 0.040 NA
#> SRR1350997 3 0.2959 0.7013 0.100 0.000 0.864 0.000 NA
#> SRR1069714 2 0.0162 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1310920 1 0.3891 0.7612 0.808 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1478878 1 0.1041 0.8011 0.964 0.000 0.032 0.000 NA
#> SRR1399247 3 0.8137 0.2153 0.176 0.000 0.368 0.136 NA
#> SRR1083262 1 0.1597 0.8005 0.940 0.000 0.048 0.000 NA
#> SRR1088680 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1348248 1 0.8185 0.0698 0.388 0.000 0.216 0.132 NA
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1341321 1 0.4640 0.5955 0.696 0.000 0.256 0.000 NA
#> SRR1459889 1 0.3873 0.7627 0.820 0.000 0.088 0.008 NA
#> SRR1329726 1 0.4498 0.5683 0.688 0.000 0.280 0.000 NA
#> SRR1098495 1 0.3413 0.7736 0.832 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR1081092 3 0.4292 0.6129 0.272 0.000 0.704 0.000 NA
#> SRR1084252 2 0.6359 0.1900 0.000 0.520 0.000 0.260 NA
#> SRR1446979 1 0.1121 0.7980 0.956 0.000 0.044 0.000 NA
#> SRR1076990 3 0.5255 0.3977 0.000 0.000 0.624 0.072 NA
#> SRR1346838 1 0.0963 0.7992 0.964 0.000 0.036 0.000 NA
#> SRR1085450 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1097320 1 0.2777 0.7812 0.864 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1400869 1 0.4252 0.7049 0.764 0.000 0.064 0.000 NA
#> SRR1323404 1 0.4503 0.5864 0.696 0.000 0.268 0.000 NA
#> SRR1364641 1 0.4252 0.7049 0.764 0.000 0.064 0.000 NA
#> SRR1476760 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1330609 3 0.2054 0.7009 0.052 0.000 0.920 0.000 NA
#> SRR1465064 3 0.3707 0.4881 0.000 0.000 0.716 0.000 NA
#> SRR1345178 1 0.8202 0.0904 0.392 0.000 0.212 0.140 NA
#> SRR1069166 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1466728 1 0.1544 0.7905 0.932 0.000 0.068 0.000 NA
#> SRR1343175 1 0.1671 0.7953 0.924 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1455565 4 0.2299 0.7579 0.004 0.052 0.000 0.912 NA
#> SRR1091548 1 0.4547 0.6047 0.704 0.000 0.252 0.000 NA
#> SRR1477125 1 0.1952 0.7880 0.912 0.000 0.084 0.000 NA
#> SRR1394544 1 0.5587 0.6355 0.672 0.000 0.212 0.020 NA
#> SRR1074066 1 0.3803 0.7528 0.804 0.000 0.000 0.056 NA
#> SRR1098855 1 0.3595 0.7623 0.816 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR1377537 1 0.8040 -0.0466 0.368 0.000 0.280 0.092 NA
#> SRR1471690 1 0.3891 0.7612 0.808 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1435643 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1467680 2 0.0771 0.9604 0.000 0.976 0.000 0.004 NA
#> SRR1457437 1 0.4397 0.5830 0.696 0.000 0.276 0.000 NA
#> SRR1453831 1 0.5844 0.4657 0.612 0.000 0.264 0.008 NA
#> SRR1470665 1 0.2825 0.7799 0.860 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1102369 1 0.3868 0.7504 0.800 0.000 0.000 0.060 NA
#> SRR1417749 1 0.4751 0.7060 0.732 0.000 0.000 0.116 NA
#> SRR1088068 2 0.0451 0.9690 0.000 0.988 0.000 0.008 NA
#> SRR1310253 1 0.6385 0.2645 0.504 0.000 0.296 0.000 NA
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1356725 4 0.2619 0.7617 0.052 0.004 0.004 0.900 NA
#> SRR808542 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1331858 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1458789 3 0.1981 0.6806 0.028 0.000 0.924 0.000 NA
#> SRR1440179 2 0.0162 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1072920 1 0.0671 0.8021 0.980 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1092184 2 0.0162 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR815970 3 0.3707 0.4881 0.000 0.000 0.716 0.000 NA
#> SRR812152 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1073459 1 0.0880 0.8005 0.968 0.000 0.032 0.000 NA
#> SRR1096247 1 0.2819 0.7990 0.884 0.000 0.060 0.004 NA
#> SRR1083408 1 0.2825 0.7799 0.860 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1433152 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1370363 1 0.0963 0.7992 0.964 0.000 0.036 0.000 NA
#> SRR1069778 1 0.2825 0.7799 0.860 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1081717 3 0.2491 0.7000 0.068 0.000 0.896 0.000 NA
#> SRR1078090 1 0.0510 0.8019 0.984 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1087101 1 0.4342 0.7420 0.796 0.000 0.092 0.020 NA
#> SRR815326 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1072199 1 0.3061 0.7738 0.844 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1094555 2 0.0771 0.9604 0.000 0.976 0.000 0.004 NA
#> SRR1101981 1 0.8202 0.0904 0.392 0.000 0.212 0.140 NA
#> SRR1392615 3 0.2984 0.6598 0.032 0.000 0.860 0.000 NA
#> SRR1078759 3 0.2054 0.7009 0.052 0.000 0.920 0.000 NA
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1343456 1 0.3061 0.7738 0.844 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR810689 1 0.3061 0.7738 0.844 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1435090 1 0.1792 0.7854 0.916 0.000 0.084 0.000 NA
#> SRR1420148 1 0.4438 0.6504 0.732 0.000 0.224 0.004 NA
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1313449 1 0.3803 0.7528 0.804 0.000 0.000 0.056 NA
#> SRR1071761 1 0.2521 0.7936 0.900 0.000 0.068 0.008 NA
#> SRR1368815 1 0.1831 0.7947 0.920 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1322512 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1473385 3 0.2984 0.6598 0.032 0.000 0.860 0.000 NA
#> SRR1076268 2 0.6172 0.2485 0.000 0.544 0.000 0.280 NA
#> SRR1329909 1 0.4425 0.6333 0.716 0.000 0.244 0.000 NA
#> SRR1070549 3 0.4292 0.6129 0.272 0.000 0.704 0.000 NA
#> SRR811193 1 0.5693 0.5556 0.620 0.000 0.000 0.236 NA
#> SRR1415355 1 0.3061 0.7738 0.844 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1329108 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1098588 1 0.2838 0.7899 0.884 0.000 0.072 0.008 NA
#> SRR1458465 3 0.4686 0.4162 0.384 0.000 0.596 0.000 NA
#> SRR1405289 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1075874 1 0.3132 0.7227 0.820 0.000 0.172 0.000 NA
#> SRR1396724 1 0.4083 0.6528 0.744 0.000 0.228 0.000 NA
#> SRR1081235 2 0.0162 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1319078 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR814268 3 0.4836 0.5061 0.336 0.000 0.628 0.000 NA
#> SRR1447124 1 0.1831 0.7947 0.920 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1480153 1 0.1831 0.7947 0.920 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1316231 1 0.0854 0.8033 0.976 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1399156 1 0.1197 0.7972 0.952 0.000 0.048 0.000 NA
#> SRR1102272 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1388190 3 0.3002 0.6533 0.028 0.000 0.856 0.000 NA
#> SRR1414209 4 0.5989 0.5686 0.016 0.000 0.072 0.516 NA
#> SRR1432587 1 0.6281 0.6633 0.656 0.000 0.092 0.096 NA
#> SRR814820 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1383213 1 0.3908 0.7507 0.824 0.000 0.088 0.016 NA
#> SRR1338705 1 0.1851 0.7840 0.912 0.000 0.088 0.000 NA
#> SRR1337794 1 0.0960 0.8035 0.972 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR1358367 1 0.5693 0.5556 0.620 0.000 0.000 0.236 NA
#> SRR1083149 1 0.0671 0.8021 0.980 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1337953 1 0.3061 0.7738 0.844 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1478855 1 0.0963 0.7994 0.964 0.000 0.036 0.000 NA
#> SRR1092136 1 0.7195 0.4363 0.544 0.000 0.076 0.184 NA
#> SRR1083191 3 0.3707 0.4881 0.000 0.000 0.716 0.000 NA
#> SRR1468028 4 0.7117 0.0544 0.400 0.028 0.012 0.432 NA
#> SRR1413100 1 0.1074 0.8037 0.968 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR1379384 1 0.3727 0.6607 0.768 0.000 0.216 0.000 NA
#> SRR1076417 3 0.3454 0.6674 0.156 0.000 0.816 0.000 NA
#> SRR810829 3 0.3962 0.6617 0.088 0.000 0.800 0.000 NA
#> SRR1468804 1 0.3061 0.7738 0.844 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1362688 1 0.0960 0.8048 0.972 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR1100632 1 0.5246 0.7208 0.732 0.000 0.084 0.040 NA
#> SRR1365679 1 0.3132 0.7226 0.820 0.000 0.172 0.000 NA
#> SRR1388891 1 0.1041 0.8011 0.964 0.000 0.032 0.000 NA
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1120825 3 0.3752 0.6781 0.140 0.000 0.812 0.004 NA
#> SRR1380591 1 0.6149 0.6171 0.664 0.000 0.112 0.068 NA
#> SRR1088782 3 0.4404 0.5951 0.292 0.000 0.684 0.000 NA
#> SRR1088117 1 0.3132 0.7226 0.820 0.000 0.172 0.000 NA
#> SRR1099905 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1359760 1 0.1544 0.7973 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1475633 4 0.5233 0.6421 0.000 0.148 0.000 0.684 NA
#> SRR1081935 3 0.2984 0.6598 0.032 0.000 0.860 0.000 NA
#> SRR1383984 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1100776 1 0.0798 0.8027 0.976 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR819719 1 0.5886 0.4854 0.584 0.000 0.000 0.272 NA
#> SRR1387516 4 0.1774 0.7727 0.016 0.000 0.000 0.932 NA
#> SRR1402772 3 0.2491 0.7000 0.068 0.000 0.896 0.000 NA
#> SRR1466490 1 0.3061 0.7738 0.844 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1315309 3 0.4276 0.6337 0.244 0.000 0.724 0.000 NA
#> SRR1479431 3 0.3695 0.6532 0.036 0.000 0.800 0.000 NA
#> SRR1432890 1 0.0833 0.8035 0.976 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR1093390 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1473016 3 0.3002 0.6533 0.028 0.000 0.856 0.000 NA
#> SRR1068953 3 0.4522 0.5597 0.316 0.000 0.660 0.000 NA
#> SRR1079900 1 0.0510 0.8019 0.984 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1091356 1 0.4114 0.6344 0.732 0.000 0.244 0.000 NA
#> SRR1384331 3 0.4686 0.4162 0.384 0.000 0.596 0.000 NA
#> SRR1412928 2 0.0162 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1089737 1 0.3061 0.7738 0.844 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1389199 1 0.6385 0.2645 0.504 0.000 0.296 0.000 NA
#> SRR1072821 1 0.6742 0.5485 0.592 0.000 0.068 0.128 NA
#> SRR1080672 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1316553 1 0.1251 0.8007 0.956 0.000 0.036 0.000 NA
#> SRR1404062 1 0.1952 0.7927 0.912 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1093504 1 0.1768 0.7957 0.924 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1343324 1 0.2597 0.7782 0.884 0.000 0.092 0.000 NA
#> SRR1092281 1 0.0798 0.8027 0.976 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1340862 1 0.4114 0.6325 0.732 0.000 0.244 0.000 NA
#> SRR1360545 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR813234 3 0.4484 0.5726 0.308 0.000 0.668 0.000 NA
#> SRR1328360 4 0.2152 0.7739 0.012 0.032 0.000 0.924 NA
#> SRR1441745 1 0.3061 0.7738 0.844 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1445468 1 0.1410 0.7946 0.940 0.000 0.060 0.000 NA
#> SRR1097618 1 0.2894 0.7864 0.860 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1098361 1 0.0807 0.8032 0.976 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1403089 4 0.3146 0.7410 0.000 0.000 0.028 0.844 NA
#> SRR1088878 1 0.0960 0.8035 0.972 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR1070884 3 0.2054 0.7009 0.052 0.000 0.920 0.000 NA
#> SRR814195 3 0.8137 0.2153 0.176 0.000 0.368 0.136 NA
#> SRR1436169 1 0.3868 0.7504 0.800 0.000 0.000 0.060 NA
#> SRR1476255 1 0.3489 0.7639 0.820 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1312906 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1347082 3 0.4686 0.4162 0.384 0.000 0.596 0.000 NA
#> SRR1474440 2 0.3165 0.8247 0.000 0.848 0.000 0.036 NA
#> SRR1447416 4 0.2813 0.7498 0.064 0.000 0.004 0.884 NA
#> SRR1430860 1 0.0854 0.8033 0.976 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1345871 1 0.1894 0.7941 0.920 0.000 0.072 0.000 NA
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1459761 2 0.0771 0.9604 0.000 0.976 0.000 0.004 NA
#> SRR1355997 2 0.0162 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1359821 3 0.1965 0.7013 0.052 0.000 0.924 0.000 NA
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1381306 2 0.0162 0.9761 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1070382 1 0.1410 0.7940 0.940 0.000 0.060 0.000 NA
#> SRR1474396 2 0.0510 0.9666 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0146 0.9743 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410242 1 0.5807 0.2424 0.440 0.000 0.000 0.184 0.000 0.376
#> SRR1408091 3 0.4330 0.5812 0.136 0.000 0.764 0.000 0.044 0.056
#> SRR1437186 1 0.3953 0.4419 0.744 0.000 0.196 0.000 0.000 0.060
#> SRR1072700 2 0.0146 0.9743 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.2547 0.5778 0.016 0.000 0.868 0.000 0.112 0.004
#> SRR1120711 1 0.6165 0.1329 0.580 0.000 0.232 0.004 0.060 0.124
#> SRR1082933 1 0.5097 0.4144 0.572 0.000 0.036 0.012 0.012 0.368
#> SRR1350997 3 0.3045 0.6292 0.100 0.000 0.840 0.000 0.060 0.000
#> SRR1069714 2 0.0508 0.9697 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1487867 2 0.0146 0.9743 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310920 1 0.3955 0.5714 0.648 0.000 0.000 0.004 0.008 0.340
#> SRR1478878 1 0.0725 0.6816 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1399247 5 0.8133 0.2247 0.124 0.000 0.288 0.052 0.340 0.196
#> SRR1083262 1 0.1693 0.6722 0.936 0.000 0.032 0.000 0.012 0.020
#> SRR1088680 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1348248 6 0.6722 0.7790 0.248 0.000 0.056 0.060 0.080 0.556
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0260 0.9717 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341321 1 0.4703 0.3518 0.684 0.000 0.236 0.000 0.016 0.064
#> SRR1459889 1 0.3495 0.5830 0.792 0.000 0.028 0.000 0.008 0.172
#> SRR1329726 1 0.4738 0.3008 0.660 0.000 0.268 0.000 0.012 0.060
#> SRR1098495 1 0.4106 0.5766 0.664 0.000 0.000 0.004 0.020 0.312
#> SRR1081092 3 0.4152 0.5044 0.268 0.000 0.696 0.000 0.028 0.008
#> SRR1084252 5 0.6640 -0.0942 0.000 0.352 0.000 0.244 0.372 0.032
#> SRR1446979 1 0.0891 0.6746 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076990 3 0.4610 0.2051 0.000 0.000 0.580 0.024 0.384 0.012
#> SRR1346838 1 0.0692 0.6736 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1085450 2 0.0291 0.9740 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1366473 2 0.0260 0.9717 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097320 1 0.3309 0.6258 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1400869 1 0.5364 0.0524 0.616 0.000 0.044 0.000 0.060 0.280
#> SRR1323404 1 0.4669 0.4093 0.680 0.000 0.252 0.000 0.024 0.044
#> SRR1364641 1 0.5364 0.0524 0.616 0.000 0.044 0.000 0.060 0.280
#> SRR1476760 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.2408 0.6286 0.052 0.000 0.892 0.000 0.052 0.004
#> SRR1465064 3 0.3619 0.3479 0.000 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR1345178 6 0.6599 0.7819 0.252 0.000 0.052 0.060 0.072 0.564
#> SRR1069166 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.1219 0.6606 0.948 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343175 1 0.2454 0.6700 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1455565 4 0.1861 0.6134 0.000 0.020 0.000 0.928 0.016 0.036
#> SRR1091548 1 0.4592 0.3599 0.692 0.000 0.232 0.000 0.012 0.064
#> SRR1477125 1 0.1942 0.6481 0.916 0.000 0.064 0.000 0.008 0.012
#> SRR1394544 1 0.5588 0.3234 0.604 0.000 0.180 0.000 0.016 0.200
#> SRR1074066 1 0.3861 0.5692 0.640 0.000 0.000 0.008 0.000 0.352
#> SRR1098855 1 0.3578 0.5888 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1377537 6 0.7661 0.7012 0.240 0.000 0.168 0.048 0.096 0.448
#> SRR1471690 1 0.3955 0.5714 0.648 0.000 0.000 0.004 0.008 0.340
#> SRR1435643 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.1679 0.9263 0.000 0.936 0.000 0.016 0.036 0.012
#> SRR1457437 1 0.4581 0.3011 0.672 0.000 0.256 0.000 0.004 0.068
#> SRR1453831 1 0.6165 0.1329 0.580 0.000 0.232 0.004 0.060 0.124
#> SRR1470665 1 0.3330 0.6238 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1102369 1 0.3874 0.5653 0.636 0.000 0.000 0.008 0.000 0.356
#> SRR1417749 1 0.4475 0.4793 0.556 0.000 0.000 0.032 0.000 0.412
#> SRR1088068 2 0.0820 0.9591 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR1310253 1 0.6932 -0.7197 0.368 0.000 0.192 0.000 0.072 0.368
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.3312 0.6447 0.028 0.000 0.000 0.792 0.000 0.180
#> SRR808542 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0291 0.9740 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.1890 0.6124 0.024 0.000 0.916 0.000 0.060 0.000
#> SRR1440179 2 0.0508 0.9697 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1072920 1 0.0508 0.6823 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1312388 2 0.0363 0.9716 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1092184 2 0.0508 0.9697 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1325690 2 0.0146 0.9743 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR815970 3 0.3619 0.3479 0.000 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR812152 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0717 0.6775 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1096247 1 0.3235 0.6551 0.824 0.000 0.032 0.000 0.008 0.136
#> SRR1083408 1 0.3330 0.6238 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1433152 2 0.0291 0.9740 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1370363 1 0.0692 0.6736 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069778 1 0.3330 0.6238 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1081717 3 0.2981 0.6217 0.064 0.000 0.864 0.000 0.052 0.020
#> SRR1078090 1 0.0458 0.6826 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1087101 1 0.4030 0.5151 0.728 0.000 0.024 0.004 0.008 0.236
#> SRR815326 2 0.0291 0.9740 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1072199 1 0.3482 0.6055 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1094555 2 0.1679 0.9263 0.000 0.936 0.000 0.016 0.036 0.012
#> SRR1101981 6 0.6599 0.7819 0.252 0.000 0.052 0.060 0.072 0.564
#> SRR1392615 3 0.2540 0.5840 0.020 0.000 0.872 0.000 0.104 0.004
#> SRR1078759 3 0.2408 0.6286 0.052 0.000 0.892 0.000 0.052 0.004
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.3482 0.6055 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1105513 2 0.0146 0.9743 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR810689 1 0.3482 0.6055 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1435090 1 0.1471 0.6519 0.932 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420148 1 0.4258 0.4175 0.724 0.000 0.204 0.004 0.000 0.068
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.3861 0.5692 0.640 0.000 0.000 0.008 0.000 0.352
#> SRR1071761 1 0.2728 0.6460 0.872 0.000 0.040 0.000 0.008 0.080
#> SRR1368815 1 0.2340 0.6720 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1322512 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.2540 0.5840 0.020 0.000 0.872 0.000 0.104 0.004
#> SRR1076268 2 0.6657 -0.2868 0.000 0.396 0.000 0.280 0.292 0.032
#> SRR1329909 1 0.4651 0.4144 0.692 0.000 0.232 0.000 0.020 0.056
#> SRR1070549 3 0.4152 0.5044 0.268 0.000 0.696 0.000 0.028 0.008
#> SRR811193 1 0.5533 0.2951 0.448 0.000 0.000 0.132 0.000 0.420
#> SRR1415355 1 0.3482 0.6055 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1329108 2 0.0291 0.9740 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1098588 1 0.3182 0.6318 0.832 0.000 0.036 0.000 0.008 0.124
#> SRR1458465 3 0.4636 0.3256 0.376 0.000 0.584 0.000 0.032 0.008
#> SRR1405289 2 0.0291 0.9740 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1075874 1 0.3048 0.5500 0.824 0.000 0.152 0.000 0.004 0.020
#> SRR1396724 1 0.4148 0.4201 0.724 0.000 0.208 0.000 0.000 0.068
#> SRR1081235 2 0.0405 0.9703 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1319078 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.5078 0.3509 0.332 0.000 0.596 0.000 0.048 0.024
#> SRR1447124 1 0.2340 0.6720 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1480153 1 0.2340 0.6720 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1316231 1 0.1007 0.6856 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1399156 1 0.0972 0.6731 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102272 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.2501 0.5771 0.016 0.000 0.872 0.000 0.108 0.004
#> SRR1414209 5 0.6163 -0.2492 0.004 0.000 0.032 0.416 0.436 0.112
#> SRR1432587 1 0.5322 0.2319 0.496 0.000 0.020 0.028 0.016 0.440
#> SRR814820 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.3550 0.5413 0.780 0.000 0.024 0.000 0.008 0.188
#> SRR1338705 1 0.1787 0.6445 0.920 0.000 0.068 0.000 0.004 0.008
#> SRR1337794 1 0.0790 0.6870 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1358367 1 0.5533 0.2951 0.448 0.000 0.000 0.132 0.000 0.420
#> SRR1083149 1 0.0508 0.6823 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1337953 1 0.3464 0.6083 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1478855 1 0.0837 0.6760 0.972 0.000 0.020 0.000 0.004 0.004
#> SRR1092136 1 0.7367 0.0284 0.436 0.000 0.040 0.128 0.080 0.316
#> SRR1083191 3 0.3619 0.3479 0.000 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR1468028 4 0.6976 -0.0863 0.312 0.008 0.000 0.344 0.036 0.300
#> SRR1413100 1 0.0865 0.6862 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1379384 1 0.3780 0.5116 0.760 0.000 0.204 0.000 0.020 0.016
#> SRR1076417 3 0.3549 0.5829 0.140 0.000 0.808 0.000 0.020 0.032
#> SRR810829 3 0.3591 0.5679 0.064 0.000 0.816 0.000 0.104 0.016
#> SRR1468804 1 0.3446 0.6110 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1362688 1 0.1049 0.6866 0.960 0.000 0.008 0.000 0.000 0.032
#> SRR1100632 1 0.5062 0.4307 0.608 0.000 0.036 0.012 0.016 0.328
#> SRR1365679 1 0.2988 0.5503 0.824 0.000 0.152 0.000 0.000 0.024
#> SRR1388891 1 0.0725 0.6816 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1400312 2 0.0260 0.9717 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1120825 3 0.4330 0.5812 0.136 0.000 0.764 0.000 0.044 0.056
#> SRR1380591 1 0.5947 0.1186 0.540 0.000 0.036 0.028 0.048 0.348
#> SRR1088782 3 0.4283 0.4745 0.288 0.000 0.672 0.000 0.036 0.004
#> SRR1088117 1 0.3048 0.5499 0.824 0.000 0.152 0.000 0.004 0.020
#> SRR1099905 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.2442 0.6767 0.852 0.000 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1475633 4 0.4619 0.4122 0.000 0.056 0.000 0.712 0.204 0.028
#> SRR1081935 3 0.2540 0.5840 0.020 0.000 0.872 0.000 0.104 0.004
#> SRR1383984 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0632 0.6837 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR819719 1 0.5737 0.2557 0.440 0.000 0.000 0.168 0.000 0.392
#> SRR1387516 4 0.3239 0.6531 0.004 0.000 0.000 0.808 0.024 0.164
#> SRR1402772 3 0.2981 0.6217 0.064 0.000 0.864 0.000 0.052 0.020
#> SRR1466490 1 0.3482 0.6055 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1315309 3 0.4113 0.5376 0.244 0.000 0.712 0.000 0.040 0.004
#> SRR1479431 3 0.5167 0.3863 0.020 0.000 0.664 0.000 0.124 0.192
#> SRR1432890 1 0.0777 0.6853 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1093390 2 0.0291 0.9740 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1473016 3 0.2592 0.5771 0.016 0.000 0.864 0.000 0.116 0.004
#> SRR1068953 3 0.4388 0.4382 0.312 0.000 0.648 0.000 0.036 0.004
#> SRR1079900 1 0.0458 0.6826 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1091356 1 0.4286 0.3831 0.712 0.000 0.224 0.000 0.004 0.060
#> SRR1384331 3 0.4636 0.3256 0.376 0.000 0.584 0.000 0.032 0.008
#> SRR1412928 2 0.0405 0.9703 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1089737 1 0.3482 0.6055 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1389199 6 0.6932 0.5925 0.368 0.000 0.192 0.000 0.072 0.368
#> SRR1072821 1 0.6593 0.1300 0.480 0.000 0.024 0.064 0.076 0.356
#> SRR1080672 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0951 0.6747 0.968 0.000 0.020 0.000 0.008 0.004
#> SRR1404062 1 0.2491 0.6675 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1093504 1 0.2300 0.6732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1343324 1 0.3208 0.6455 0.848 0.000 0.084 0.000 0.024 0.044
#> SRR1092281 1 0.0632 0.6837 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1340862 1 0.4286 0.3802 0.712 0.000 0.224 0.000 0.004 0.060
#> SRR1360545 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.4306 0.4491 0.308 0.000 0.656 0.000 0.032 0.004
#> SRR1328360 4 0.3135 0.6472 0.000 0.012 0.000 0.836 0.028 0.124
#> SRR1441745 1 0.3482 0.6055 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1404147 2 0.0146 0.9743 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445468 1 0.1340 0.6670 0.948 0.000 0.040 0.000 0.004 0.008
#> SRR1097618 1 0.3288 0.6293 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1098361 1 0.0790 0.6849 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1403089 4 0.3677 0.5497 0.000 0.000 0.024 0.816 0.088 0.072
#> SRR1088878 1 0.0790 0.6870 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1070884 3 0.2278 0.6303 0.052 0.000 0.900 0.000 0.044 0.004
#> SRR814195 5 0.8133 0.2247 0.124 0.000 0.288 0.052 0.340 0.196
#> SRR1436169 1 0.3874 0.5653 0.636 0.000 0.000 0.008 0.000 0.356
#> SRR1476255 1 0.3714 0.5842 0.656 0.000 0.000 0.004 0.000 0.340
#> SRR1312906 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.4636 0.3256 0.376 0.000 0.584 0.000 0.032 0.008
#> SRR1474440 2 0.3726 0.7444 0.000 0.796 0.000 0.040 0.144 0.020
#> SRR1447416 4 0.3580 0.6359 0.028 0.000 0.000 0.772 0.004 0.196
#> SRR1430860 1 0.1007 0.6856 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1345871 1 0.2039 0.6557 0.916 0.000 0.052 0.000 0.012 0.020
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.1679 0.9263 0.000 0.936 0.000 0.016 0.036 0.012
#> SRR1355997 2 0.0508 0.9697 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1359821 3 0.2344 0.6297 0.052 0.000 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR1498249 2 0.0146 0.9743 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381306 2 0.0146 0.9746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.1297 0.6663 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1474396 2 0.1003 0.9521 0.000 0.964 0.000 0.004 0.028 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.4116 0.591 0.591
#> 3 3 0.894 0.871 0.935 0.5335 0.783 0.633
#> 4 4 0.835 0.855 0.920 0.1129 0.902 0.744
#> 5 5 0.731 0.654 0.794 0.0784 0.961 0.870
#> 6 6 0.713 0.574 0.729 0.0471 0.910 0.690
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1410242 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1408091 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1437186 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1072700 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1320203 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1082957 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1120711 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1082933 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1350997 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1069714 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1487867 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1310920 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1478878 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1399247 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1083262 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1088680 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1348248 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1098146 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1443755 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1341321 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1459889 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1329726 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1098495 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1081092 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1084252 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1446979 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1076990 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1346838 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1085450 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1366473 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1097320 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1400869 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1323404 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1364641 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1476760 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1330609 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1465064 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1345178 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1069166 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1466728 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1343175 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1455565 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1091548 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1477125 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1394544 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1074066 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1098855 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1377537 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1471690 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1435643 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1467680 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1457437 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1453831 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1470665 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1102369 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1417749 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1088068 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1310253 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1098122 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1356725 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR808542 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1331858 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1354532 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1458789 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1440179 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1072920 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1312388 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1092184 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1325690 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR815970 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR812152 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1073459 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1096247 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1083408 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1433152 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1370363 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1069778 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1081717 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1078090 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1087101 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR815326 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1072199 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1094555 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1101981 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1392615 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1078759 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1083360 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1343456 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1105513 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR810689 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1435090 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1420148 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1309723 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1313449 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1071761 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1368815 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1322512 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1473385 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1076268 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1329909 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1070549 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR811193 1 0.634 0.812 0.84 0.16
#> SRR1415355 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1329108 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1098588 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1458465 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1405289 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1075874 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1396724 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1081235 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1319078 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR814268 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1447124 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1480153 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1316231 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1399156 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1102272 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1388190 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1414209 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1432587 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR814820 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1383213 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1338705 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1337794 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1358367 1 0.722 0.753 0.80 0.20
#> SRR1083149 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1337953 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1478855 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1092136 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1083191 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1468028 1 0.584 0.839 0.86 0.14
#> SRR1413100 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1379384 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1076417 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR810829 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1468804 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1362688 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1100632 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1365679 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1388891 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1400312 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1120825 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1380591 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1088782 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1088117 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1099905 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1359760 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1475633 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1081935 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1383984 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1100776 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR819719 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1387516 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1402772 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1466490 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1315309 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1479431 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1432890 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1093390 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1473016 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1068953 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1079900 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1091356 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1384331 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1412928 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1089737 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1389199 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1072821 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1080672 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1316553 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1404062 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1093504 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1343324 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1092281 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1340862 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1360545 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR813234 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1328360 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1441745 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1404147 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1445468 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1097618 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1098361 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1403089 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1088878 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1070884 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR814195 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1436169 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1476255 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1312906 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1347082 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1474440 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1447416 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1430860 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1345871 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1446996 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1459761 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1355997 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1359821 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1498249 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1381306 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR1070382 1 0.000 0.997 1.00 0.00
#> SRR1474396 2 0.000 1.000 0.00 1.00
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.1411 0.8830 0.964 0.000 0.036
#> SRR1408091 3 0.1860 0.9411 0.052 0.000 0.948
#> SRR1437186 1 0.5785 0.4682 0.668 0.000 0.332
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1120711 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1082933 1 0.0237 0.9044 0.996 0.000 0.004
#> SRR1350997 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1069714 2 0.1163 0.9829 0.000 0.972 0.028
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.1031 0.8920 0.976 0.000 0.024
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.1753 0.9384 0.048 0.000 0.952
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.1643 0.9348 0.044 0.000 0.956
#> SRR1098146 2 0.0237 0.9891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443755 2 0.0592 0.9875 0.000 0.988 0.012
#> SRR1341321 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1459889 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.6305 -0.0487 0.516 0.000 0.484
#> SRR1098495 1 0.1163 0.8891 0.972 0.000 0.028
#> SRR1081092 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1084252 2 0.1643 0.9768 0.000 0.956 0.044
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.1753 0.9384 0.048 0.000 0.952
#> SRR1346838 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0237 0.9891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.6274 0.0604 0.544 0.000 0.456
#> SRR1364641 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1465064 3 0.1860 0.9411 0.052 0.000 0.948
#> SRR1345178 1 0.6062 0.4011 0.616 0.000 0.384
#> SRR1069166 2 0.0237 0.9891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466728 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.2537 0.9516 0.000 0.920 0.080
#> SRR1091548 3 0.6154 0.3670 0.408 0.000 0.592
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0424 0.9021 0.992 0.000 0.008
#> SRR1377537 3 0.5882 0.4590 0.348 0.000 0.652
#> SRR1471690 1 0.1163 0.8891 0.972 0.000 0.028
#> SRR1435643 2 0.0237 0.9891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467680 2 0.1643 0.9768 0.000 0.956 0.044
#> SRR1457437 3 0.6225 0.2940 0.432 0.000 0.568
#> SRR1453831 3 0.2625 0.9504 0.084 0.000 0.916
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.1031 0.8920 0.976 0.000 0.024
#> SRR1417749 1 0.1411 0.8830 0.964 0.000 0.036
#> SRR1088068 2 0.1529 0.9786 0.000 0.960 0.040
#> SRR1310253 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 1 0.6062 0.4011 0.616 0.000 0.384
#> SRR808542 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1440179 2 0.0747 0.9866 0.000 0.984 0.016
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0747 0.9866 0.000 0.984 0.016
#> SRR1092184 2 0.1529 0.9786 0.000 0.960 0.040
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.1860 0.9411 0.052 0.000 0.948
#> SRR812152 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.2448 0.9520 0.076 0.000 0.924
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.2711 0.8329 0.912 0.000 0.088
#> SRR815326 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.1643 0.9768 0.000 0.956 0.044
#> SRR1101981 1 0.6062 0.4011 0.616 0.000 0.384
#> SRR1392615 3 0.2356 0.9502 0.072 0.000 0.928
#> SRR1078759 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0237 0.9891 0.000 0.996 0.004
#> SRR810689 1 0.0237 0.9044 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435090 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.6140 0.2854 0.596 0.000 0.404
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0424 0.9021 0.992 0.000 0.008
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.1289 0.9817 0.000 0.968 0.032
#> SRR1473385 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1076268 2 0.0747 0.9860 0.000 0.984 0.016
#> SRR1329909 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1070549 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR811193 1 0.1411 0.8830 0.964 0.000 0.036
#> SRR1415355 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.1411 0.8808 0.964 0.000 0.036
#> SRR1458465 1 0.6286 0.0299 0.536 0.000 0.464
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.4931 0.6331 0.768 0.000 0.232
#> SRR1081235 2 0.1031 0.9844 0.000 0.976 0.024
#> SRR1319078 2 0.0237 0.9891 0.000 0.996 0.004
#> SRR814268 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.1860 0.9411 0.052 0.000 0.948
#> SRR1414209 3 0.1643 0.9348 0.044 0.000 0.956
#> SRR1432587 1 0.3879 0.7847 0.848 0.000 0.152
#> SRR814820 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.4504 0.7059 0.804 0.000 0.196
#> SRR1338705 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.1647 0.8812 0.960 0.004 0.036
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.6252 0.2340 0.556 0.000 0.444
#> SRR1083191 3 0.1753 0.9384 0.048 0.000 0.952
#> SRR1468028 1 0.6228 0.4236 0.624 0.004 0.372
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.5733 0.4476 0.676 0.000 0.324
#> SRR1076417 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR810829 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.4504 0.7059 0.804 0.000 0.196
#> SRR1365679 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.1411 0.9802 0.000 0.964 0.036
#> SRR1120825 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1380591 1 0.6252 0.2340 0.556 0.000 0.444
#> SRR1088782 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.2448 0.9550 0.000 0.924 0.076
#> SRR1081935 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1383984 2 0.0237 0.9891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.1163 0.8891 0.972 0.000 0.028
#> SRR1387516 1 0.6308 0.1034 0.508 0.000 0.492
#> SRR1402772 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1479431 3 0.1860 0.9411 0.052 0.000 0.948
#> SRR1432890 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1068953 3 0.4291 0.8374 0.180 0.000 0.820
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0237 0.9043 0.996 0.000 0.004
#> SRR1384331 1 0.6045 0.3059 0.620 0.000 0.380
#> SRR1412928 2 0.1163 0.9831 0.000 0.972 0.028
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.2711 0.9471 0.088 0.000 0.912
#> SRR1072821 1 0.6168 0.3283 0.588 0.000 0.412
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.4346 0.8318 0.184 0.000 0.816
#> SRR1328360 2 0.2537 0.9516 0.000 0.920 0.080
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.1643 0.9348 0.044 0.000 0.956
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR814195 3 0.1753 0.9384 0.048 0.000 0.952
#> SRR1436169 1 0.0592 0.8998 0.988 0.000 0.012
#> SRR1476255 1 0.1031 0.8920 0.976 0.000 0.024
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.6026 0.3169 0.624 0.000 0.376
#> SRR1474440 2 0.1643 0.9768 0.000 0.956 0.044
#> SRR1447416 1 0.6008 0.4291 0.628 0.000 0.372
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0892 0.9853 0.000 0.980 0.020
#> SRR1459761 2 0.1643 0.9768 0.000 0.956 0.044
#> SRR1355997 2 0.1529 0.9786 0.000 0.960 0.040
#> SRR1359821 3 0.2537 0.9535 0.080 0.000 0.920
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9067 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.1643 0.9768 0.000 0.956 0.044
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0524 0.9649 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1410242 4 0.4040 0.7467 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1408091 3 0.1151 0.9244 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1437186 1 0.4158 0.6184 0.768 0.000 0.224 0.008
#> SRR1072700 2 0.0524 0.9649 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1320203 2 0.0188 0.9645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082957 3 0.0927 0.9248 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1120711 3 0.0804 0.9245 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1082933 1 0.0592 0.9173 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1350997 3 0.0524 0.9251 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1069714 2 0.2281 0.9342 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1487867 2 0.0524 0.9649 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1310920 1 0.4250 0.5352 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.2271 0.8905 0.008 0.000 0.916 0.076
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.1004 0.9617 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1348248 4 0.3681 0.6623 0.008 0.000 0.176 0.816
#> SRR1098146 2 0.1004 0.9639 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1443755 2 0.1305 0.9598 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1341321 3 0.1510 0.9156 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR1459889 1 0.0336 0.9178 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329726 3 0.5738 0.1772 0.432 0.000 0.540 0.028
#> SRR1098495 4 0.4992 0.3059 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1081092 3 0.0927 0.9235 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1084252 2 0.2921 0.9037 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1446979 1 0.0376 0.9179 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1076990 3 0.1970 0.8941 0.008 0.000 0.932 0.060
#> SRR1346838 1 0.0524 0.9163 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1085450 2 0.0524 0.9649 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1366473 2 0.1209 0.9593 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1097320 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400869 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323404 1 0.5673 0.1368 0.528 0.000 0.448 0.024
#> SRR1364641 1 0.0592 0.9160 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1476760 2 0.0188 0.9645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330609 3 0.0336 0.9253 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1465064 3 0.1151 0.9200 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1345178 4 0.4753 0.7892 0.128 0.000 0.084 0.788
#> SRR1069166 2 0.1004 0.9639 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1466728 1 0.0524 0.9163 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1343175 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455565 4 0.1867 0.6792 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1091548 3 0.5650 0.1827 0.432 0.000 0.544 0.024
#> SRR1477125 1 0.1297 0.8987 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1394544 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1074066 1 0.3219 0.7470 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1098855 1 0.3219 0.7470 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1377537 4 0.4477 0.7618 0.084 0.000 0.108 0.808
#> SRR1471690 4 0.4996 0.2936 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1435643 2 0.1004 0.9639 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1467680 2 0.3219 0.8951 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1457437 3 0.5409 0.0221 0.492 0.000 0.496 0.012
#> SRR1453831 3 0.2032 0.8953 0.036 0.000 0.936 0.028
#> SRR1470665 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102369 1 0.4406 0.4764 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1417749 4 0.4040 0.7467 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1088068 2 0.2053 0.9437 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1310253 3 0.1452 0.9202 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1098122 2 0.0376 0.9645 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1356725 4 0.4458 0.7920 0.116 0.000 0.076 0.808
#> SRR808542 2 0.0376 0.9645 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1331858 2 0.0524 0.9649 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1354532 2 0.0376 0.9645 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1458789 3 0.0672 0.9257 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1440179 2 0.2334 0.9373 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.1109 0.9638 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1092184 2 0.2921 0.9094 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1325690 2 0.0657 0.9649 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR815970 3 0.1151 0.9200 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR812152 2 0.0188 0.9645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1073459 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1096247 1 0.0188 0.9193 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083408 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1433152 2 0.0657 0.9649 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081717 3 0.1042 0.9215 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.3711 0.7421 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR815326 2 0.0657 0.9649 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1072199 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1094555 2 0.3219 0.8951 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1101981 4 0.4458 0.7917 0.116 0.000 0.076 0.808
#> SRR1392615 3 0.1151 0.9200 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1078759 3 0.0336 0.9253 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1083360 2 0.0376 0.9645 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1343456 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1105513 2 0.0657 0.9649 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR810689 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435090 1 0.0376 0.9179 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1420148 1 0.4295 0.5888 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1309723 2 0.0188 0.9645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313449 1 0.3219 0.7470 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1071761 1 0.0524 0.9163 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1368815 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322512 2 0.2266 0.9369 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR1473385 3 0.0672 0.9243 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1076268 2 0.1209 0.9559 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1329909 3 0.1406 0.9169 0.016 0.000 0.960 0.024
#> SRR1070549 3 0.0927 0.9235 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR811193 4 0.3975 0.7554 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1415355 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329108 2 0.0376 0.9645 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1098588 1 0.0672 0.9143 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1458465 1 0.5503 0.0795 0.516 0.000 0.468 0.016
#> SRR1405289 2 0.0188 0.9654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1075874 1 0.1256 0.8994 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1396724 1 0.2670 0.8407 0.904 0.000 0.072 0.024
#> SRR1081235 2 0.1902 0.9489 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1319078 2 0.1004 0.9639 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR814268 3 0.0779 0.9233 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1447124 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480153 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316231 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1399156 1 0.0524 0.9163 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1102272 2 0.0188 0.9645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1388190 3 0.1151 0.9200 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1414209 4 0.4936 0.4164 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR1432587 4 0.4204 0.7826 0.192 0.000 0.020 0.788
#> SRR814820 2 0.0376 0.9645 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1383213 1 0.3545 0.7233 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1338705 1 0.0524 0.9163 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.3942 0.7579 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.4764 0.7879 0.124 0.000 0.088 0.788
#> SRR1083191 3 0.1151 0.9200 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1468028 4 0.4401 0.7907 0.112 0.000 0.076 0.812
#> SRR1413100 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379384 1 0.3853 0.7202 0.820 0.000 0.160 0.020
#> SRR1076417 3 0.1182 0.9199 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR810829 3 0.1356 0.9211 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1468804 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362688 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1100632 1 0.1584 0.8854 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1365679 1 0.0524 0.9163 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1388891 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400312 2 0.2831 0.9194 0.000 0.876 0.004 0.120
#> SRR1120825 3 0.0927 0.9235 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1380591 4 0.6462 0.6106 0.332 0.000 0.088 0.580
#> SRR1088782 3 0.0927 0.9235 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1088117 1 0.0524 0.9163 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1099905 2 0.0188 0.9645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359760 1 0.0188 0.9207 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475633 4 0.3801 0.4712 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1081935 3 0.0672 0.9243 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1383984 2 0.1004 0.9639 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1100776 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR819719 4 0.4992 0.3189 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1387516 4 0.4235 0.7798 0.092 0.000 0.084 0.824
#> SRR1402772 3 0.0524 0.9253 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1466490 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1315309 3 0.0927 0.9235 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1479431 3 0.1256 0.9195 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1432890 1 0.0188 0.9207 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1093390 2 0.0188 0.9650 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473016 3 0.0804 0.9236 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1068953 3 0.1706 0.9022 0.036 0.000 0.948 0.016
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.1767 0.8805 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR1384331 1 0.5364 0.3116 0.592 0.000 0.392 0.016
#> SRR1412928 2 0.2053 0.9471 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1089737 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389199 3 0.2742 0.8460 0.076 0.000 0.900 0.024
#> SRR1072821 4 0.6112 0.7118 0.128 0.000 0.196 0.676
#> SRR1080672 2 0.0188 0.9645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316553 1 0.0524 0.9163 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1404062 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1093504 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1343324 1 0.1411 0.8933 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0937 0.9101 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1360545 2 0.1004 0.9617 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR813234 3 0.1706 0.9022 0.036 0.000 0.948 0.016
#> SRR1328360 4 0.1867 0.6792 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1441745 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404147 2 0.0524 0.9649 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098361 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1403089 4 0.3539 0.6596 0.004 0.000 0.176 0.820
#> SRR1088878 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1070884 3 0.0336 0.9253 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR814195 3 0.2198 0.8940 0.008 0.000 0.920 0.072
#> SRR1436169 1 0.3400 0.7223 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1476255 1 0.4304 0.5161 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1312906 2 0.0657 0.9649 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1347082 1 0.5364 0.3116 0.592 0.000 0.392 0.016
#> SRR1474440 2 0.3219 0.8951 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1447416 4 0.4458 0.7920 0.116 0.000 0.076 0.808
#> SRR1430860 1 0.0336 0.9209 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345871 1 0.0927 0.9089 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1446996 2 0.1398 0.9586 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1459761 2 0.3219 0.8951 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1355997 2 0.2921 0.9094 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1359821 3 0.0672 0.9245 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1498249 2 0.0657 0.9649 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1381306 2 0.0895 0.9614 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9203 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.3024 0.9036 0.000 0.852 0.000 0.148
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0703 0.9116 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1410242 4 0.3056 0.7296 0.068 0.000 0.000 0.864 0.068
#> SRR1408091 3 0.2110 0.8607 0.000 0.000 0.912 0.016 0.072
#> SRR1437186 1 0.2758 0.5306 0.888 0.000 0.076 0.012 0.024
#> SRR1072700 2 0.0703 0.9111 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1320203 2 0.0794 0.9089 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1082957 3 0.2233 0.8622 0.000 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR1120711 3 0.2609 0.8649 0.048 0.000 0.896 0.004 0.052
#> SRR1082933 1 0.4369 0.3521 0.740 0.000 0.000 0.052 0.208
#> SRR1350997 3 0.2520 0.8612 0.048 0.000 0.896 0.000 0.056
#> SRR1069714 2 0.3882 0.8412 0.000 0.756 0.000 0.020 0.224
#> SRR1487867 2 0.0794 0.9114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1310920 5 0.6659 0.7743 0.248 0.000 0.000 0.316 0.436
#> SRR1478878 1 0.1908 0.6157 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1399247 3 0.2984 0.8394 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR1083262 1 0.2020 0.6172 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1088680 2 0.2248 0.8993 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1348248 4 0.2580 0.7646 0.000 0.000 0.044 0.892 0.064
#> SRR1098146 2 0.1965 0.9075 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1443755 2 0.3282 0.8788 0.000 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR1341321 3 0.5884 0.5164 0.352 0.000 0.536 0.000 0.112
#> SRR1459889 1 0.1251 0.6152 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1329726 1 0.5787 0.0756 0.564 0.000 0.340 0.004 0.092
#> SRR1098495 4 0.5952 -0.0820 0.128 0.000 0.000 0.548 0.324
#> SRR1081092 3 0.2719 0.8585 0.048 0.000 0.884 0.000 0.068
#> SRR1084252 2 0.5004 0.7898 0.000 0.692 0.000 0.092 0.216
#> SRR1446979 1 0.0000 0.6164 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.2540 0.8431 0.000 0.000 0.888 0.024 0.088
#> SRR1346838 1 0.0162 0.6153 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1085450 2 0.0963 0.9109 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1366473 2 0.2624 0.8928 0.000 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR1097320 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1400869 1 0.4321 0.2129 0.600 0.000 0.000 0.004 0.396
#> SRR1323404 1 0.5953 -0.0123 0.504 0.000 0.384 0.000 0.112
#> SRR1364641 1 0.3920 0.4961 0.724 0.000 0.004 0.004 0.268
#> SRR1476760 2 0.1121 0.9076 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1330609 3 0.1443 0.8687 0.044 0.000 0.948 0.004 0.004
#> SRR1465064 3 0.2390 0.8459 0.000 0.000 0.896 0.020 0.084
#> SRR1345178 4 0.2807 0.7776 0.032 0.000 0.020 0.892 0.056
#> SRR1069166 2 0.1908 0.9059 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1466728 1 0.0613 0.6121 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1343175 1 0.4045 0.3090 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1455565 4 0.1768 0.7474 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR1091548 1 0.4698 0.2990 0.708 0.000 0.244 0.008 0.040
#> SRR1477125 1 0.1485 0.5937 0.948 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR1394544 1 0.4798 -0.0369 0.540 0.000 0.000 0.020 0.440
#> SRR1074066 1 0.6318 -0.5973 0.444 0.000 0.000 0.156 0.400
#> SRR1098855 5 0.6554 0.7362 0.392 0.000 0.000 0.200 0.408
#> SRR1377537 4 0.4171 0.7391 0.020 0.000 0.076 0.808 0.096
#> SRR1471690 4 0.6186 -0.4027 0.136 0.000 0.000 0.452 0.412
#> SRR1435643 2 0.1908 0.9069 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1467680 2 0.4797 0.7914 0.000 0.660 0.000 0.044 0.296
#> SRR1457437 1 0.4529 0.3327 0.732 0.000 0.220 0.008 0.040
#> SRR1453831 3 0.5366 0.7629 0.112 0.000 0.716 0.028 0.144
#> SRR1470665 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1102369 5 0.6779 0.8252 0.284 0.000 0.000 0.332 0.384
#> SRR1417749 4 0.3056 0.7303 0.068 0.000 0.000 0.864 0.068
#> SRR1088068 2 0.3724 0.8610 0.000 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1310253 3 0.5283 0.7713 0.112 0.000 0.720 0.024 0.144
#> SRR1098122 2 0.0794 0.9089 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1356725 4 0.1710 0.7822 0.024 0.000 0.020 0.944 0.012
#> SRR808542 2 0.0404 0.9095 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1331858 2 0.0963 0.9109 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1354532 2 0.0794 0.9089 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1458789 3 0.1197 0.8658 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1440179 2 0.3628 0.8482 0.000 0.772 0.000 0.012 0.216
#> SRR1072920 1 0.2020 0.6129 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1312388 2 0.2732 0.8839 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1092184 2 0.4276 0.8241 0.000 0.724 0.000 0.032 0.244
#> SRR1325690 2 0.1043 0.9106 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR815970 3 0.2390 0.8459 0.000 0.000 0.896 0.020 0.084
#> SRR812152 2 0.1121 0.9078 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1073459 1 0.3003 0.5565 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1096247 1 0.1124 0.6201 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1083408 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1433152 2 0.1043 0.9106 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1370363 1 0.1851 0.6168 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1069778 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1081717 3 0.2077 0.8517 0.000 0.000 0.908 0.008 0.084
#> SRR1078090 1 0.1732 0.6185 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1087101 1 0.2908 0.5467 0.884 0.000 0.016 0.068 0.032
#> SRR815326 2 0.1043 0.9106 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1072199 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1094555 2 0.4863 0.7888 0.000 0.656 0.000 0.048 0.296
#> SRR1101981 4 0.2170 0.7813 0.020 0.000 0.020 0.924 0.036
#> SRR1392615 3 0.2077 0.8525 0.000 0.000 0.908 0.008 0.084
#> SRR1078759 3 0.1331 0.8620 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1083360 2 0.0794 0.9089 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1343456 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1105513 2 0.1671 0.9087 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR810689 1 0.4341 0.1650 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR1435090 1 0.0451 0.6137 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1420148 1 0.2992 0.5105 0.872 0.000 0.092 0.012 0.024
#> SRR1309723 2 0.0794 0.9089 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1313449 5 0.6630 0.7816 0.376 0.000 0.000 0.220 0.404
#> SRR1071761 1 0.1455 0.6122 0.952 0.000 0.008 0.008 0.032
#> SRR1368815 1 0.3684 0.4593 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1322512 2 0.3519 0.8617 0.000 0.776 0.000 0.008 0.216
#> SRR1473385 3 0.1764 0.8598 0.000 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1076268 2 0.3476 0.8400 0.000 0.836 0.000 0.088 0.076
#> SRR1329909 3 0.5379 0.5609 0.324 0.000 0.612 0.008 0.056
#> SRR1070549 3 0.2719 0.8585 0.048 0.000 0.884 0.000 0.068
#> SRR811193 4 0.3102 0.7273 0.056 0.000 0.000 0.860 0.084
#> SRR1415355 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1329108 2 0.0290 0.9097 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098588 1 0.1756 0.5876 0.940 0.000 0.008 0.036 0.016
#> SRR1458465 1 0.5948 -0.0818 0.484 0.000 0.408 0.000 0.108
#> SRR1405289 2 0.0609 0.9123 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1075874 1 0.1306 0.6016 0.960 0.000 0.016 0.008 0.016
#> SRR1396724 1 0.2424 0.5580 0.908 0.000 0.052 0.008 0.032
#> SRR1081235 2 0.3242 0.8826 0.000 0.816 0.000 0.012 0.172
#> SRR1319078 2 0.1908 0.9069 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR814268 3 0.2720 0.8483 0.096 0.000 0.880 0.004 0.020
#> SRR1447124 1 0.3636 0.4683 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1480153 1 0.3612 0.4739 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1316231 1 0.3684 0.4593 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1399156 1 0.0613 0.6122 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1102272 2 0.0794 0.9089 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1388190 3 0.2390 0.8461 0.000 0.000 0.896 0.020 0.084
#> SRR1414209 4 0.5490 0.5098 0.000 0.000 0.248 0.636 0.116
#> SRR1432587 4 0.2774 0.7615 0.048 0.000 0.012 0.892 0.048
#> SRR814820 2 0.0290 0.9097 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383213 1 0.2253 0.5668 0.920 0.000 0.036 0.028 0.016
#> SRR1338705 1 0.1074 0.6055 0.968 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR1337794 1 0.2127 0.6136 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1358367 4 0.2853 0.7436 0.052 0.000 0.000 0.876 0.072
#> SRR1083149 1 0.2020 0.6129 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1337953 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1478855 1 0.1671 0.6191 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1092136 4 0.2269 0.7802 0.032 0.000 0.020 0.920 0.028
#> SRR1083191 3 0.2390 0.8459 0.000 0.000 0.896 0.020 0.084
#> SRR1468028 4 0.1503 0.7818 0.020 0.000 0.020 0.952 0.008
#> SRR1413100 1 0.3932 0.3779 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1379384 1 0.4548 0.3984 0.752 0.000 0.120 0.000 0.128
#> SRR1076417 3 0.3704 0.8255 0.092 0.000 0.820 0.000 0.088
#> SRR810829 3 0.2612 0.8597 0.000 0.000 0.868 0.008 0.124
#> SRR1468804 1 0.4182 0.1909 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1362688 1 0.3730 0.4478 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1100632 1 0.3312 0.5428 0.864 0.000 0.020 0.048 0.068
#> SRR1365679 1 0.0451 0.6132 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1388891 1 0.3534 0.4892 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1400312 2 0.4063 0.8182 0.000 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR1120825 3 0.2843 0.8575 0.048 0.000 0.876 0.000 0.076
#> SRR1380591 4 0.6601 0.1399 0.360 0.000 0.064 0.512 0.064
#> SRR1088782 3 0.2719 0.8585 0.048 0.000 0.884 0.000 0.068
#> SRR1088117 1 0.0867 0.6097 0.976 0.000 0.008 0.008 0.008
#> SRR1099905 2 0.0794 0.9089 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1359760 1 0.3177 0.5413 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1475633 4 0.5599 0.5170 0.000 0.120 0.000 0.620 0.260
#> SRR1081935 3 0.1956 0.8550 0.000 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR1383984 2 0.1908 0.9059 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1100776 1 0.3143 0.5481 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR819719 4 0.5834 -0.0319 0.136 0.000 0.000 0.588 0.276
#> SRR1387516 4 0.1721 0.7803 0.016 0.000 0.020 0.944 0.020
#> SRR1402772 3 0.1960 0.8674 0.048 0.000 0.928 0.004 0.020
#> SRR1466490 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1315309 3 0.2719 0.8585 0.048 0.000 0.884 0.000 0.068
#> SRR1479431 3 0.2561 0.8430 0.000 0.000 0.884 0.020 0.096
#> SRR1432890 1 0.2648 0.5907 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9106 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.1764 0.8570 0.000 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1068953 3 0.3620 0.8255 0.108 0.000 0.824 0.000 0.068
#> SRR1079900 1 0.1792 0.6177 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1091356 1 0.1588 0.5944 0.948 0.000 0.016 0.008 0.028
#> SRR1384331 1 0.5996 0.1109 0.524 0.000 0.352 0.000 0.124
#> SRR1412928 2 0.3381 0.8809 0.000 0.808 0.000 0.016 0.176
#> SRR1089737 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1389199 3 0.5976 0.6131 0.252 0.000 0.604 0.008 0.136
#> SRR1072821 4 0.5252 0.6311 0.172 0.000 0.032 0.720 0.076
#> SRR1080672 2 0.0794 0.9089 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1316553 1 0.0854 0.6097 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR1404062 1 0.4088 0.2822 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1093504 1 0.3684 0.4593 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1343324 1 0.3165 0.5288 0.848 0.000 0.036 0.000 0.116
#> SRR1092281 1 0.2074 0.6113 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1340862 1 0.1588 0.5944 0.948 0.000 0.016 0.008 0.028
#> SRR1360545 2 0.2248 0.8993 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR813234 3 0.4335 0.7689 0.168 0.000 0.760 0.000 0.072
#> SRR1328360 4 0.2763 0.7071 0.000 0.004 0.000 0.848 0.148
#> SRR1441745 1 0.4171 0.2045 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1404147 2 0.0703 0.9111 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1445468 1 0.1197 0.6195 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1097618 1 0.4341 0.1798 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR1098361 1 0.3143 0.5481 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1403089 4 0.2304 0.7652 0.000 0.000 0.044 0.908 0.048
#> SRR1088878 1 0.3274 0.5349 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1070884 3 0.1484 0.8685 0.048 0.000 0.944 0.000 0.008
#> SRR814195 3 0.2984 0.8394 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR1436169 5 0.6706 0.8442 0.328 0.000 0.000 0.256 0.416
#> SRR1476255 5 0.6751 0.8510 0.296 0.000 0.000 0.296 0.408
#> SRR1312906 2 0.1043 0.9106 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1347082 1 0.5964 0.1127 0.536 0.000 0.340 0.000 0.124
#> SRR1474440 2 0.4863 0.7888 0.000 0.656 0.000 0.048 0.296
#> SRR1447416 4 0.1710 0.7822 0.024 0.000 0.020 0.944 0.012
#> SRR1430860 1 0.3143 0.5481 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1345871 1 0.1560 0.5941 0.948 0.000 0.020 0.004 0.028
#> SRR1446996 2 0.2909 0.8904 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1459761 2 0.4863 0.7888 0.000 0.656 0.000 0.048 0.296
#> SRR1355997 2 0.4276 0.8241 0.000 0.724 0.000 0.032 0.244
#> SRR1359821 3 0.2588 0.8602 0.048 0.000 0.892 0.000 0.060
#> SRR1498249 2 0.0963 0.9110 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1381306 2 0.2130 0.8959 0.000 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR1070382 1 0.1478 0.6205 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1474396 2 0.4455 0.8133 0.000 0.704 0.000 0.036 0.260
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0777 0.84716 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1410242 4 0.3423 0.79450 0.028 0.000 0.000 0.836 0.080 0.056
#> SRR1408091 3 0.3969 0.59938 0.000 0.000 0.652 0.016 0.000 0.332
#> SRR1437186 1 0.2245 0.57013 0.908 0.000 0.052 0.004 0.008 0.028
#> SRR1072700 2 0.0692 0.84671 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1320203 2 0.2473 0.84071 0.000 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1082957 3 0.1444 0.65298 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1120711 3 0.5354 0.52891 0.052 0.000 0.588 0.000 0.040 0.320
#> SRR1082933 1 0.5409 -0.11009 0.568 0.000 0.000 0.056 0.340 0.036
#> SRR1350997 3 0.4548 0.55709 0.056 0.000 0.632 0.000 0.000 0.312
#> SRR1069714 2 0.5151 0.71502 0.000 0.648 0.000 0.008 0.152 0.192
#> SRR1487867 2 0.0777 0.84716 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1310920 5 0.6567 0.20929 0.088 0.000 0.000 0.308 0.488 0.116
#> SRR1478878 1 0.2883 0.48879 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1399247 3 0.3270 0.58280 0.000 0.000 0.840 0.024 0.036 0.100
#> SRR1083262 1 0.3271 0.46680 0.760 0.000 0.000 0.000 0.232 0.008
#> SRR1088680 2 0.3356 0.83141 0.000 0.808 0.000 0.000 0.052 0.140
#> SRR1348248 4 0.3563 0.77956 0.000 0.000 0.024 0.820 0.048 0.108
#> SRR1098146 2 0.2633 0.83815 0.000 0.864 0.000 0.000 0.032 0.104
#> SRR1443755 2 0.4657 0.79735 0.000 0.672 0.000 0.000 0.100 0.228
#> SRR1341321 1 0.5715 -0.48178 0.552 0.000 0.264 0.000 0.008 0.176
#> SRR1459889 1 0.1503 0.61683 0.944 0.000 0.000 0.008 0.032 0.016
#> SRR1329726 1 0.5837 -0.69748 0.488 0.000 0.156 0.000 0.008 0.348
#> SRR1098495 4 0.5977 0.45008 0.040 0.000 0.000 0.544 0.300 0.116
#> SRR1081092 3 0.4567 0.54614 0.052 0.000 0.616 0.000 0.000 0.332
#> SRR1084252 2 0.6711 0.62232 0.000 0.504 0.000 0.096 0.152 0.248
#> SRR1446979 1 0.0146 0.62637 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1076990 3 0.1245 0.64005 0.000 0.000 0.952 0.016 0.000 0.032
#> SRR1346838 1 0.0000 0.62710 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.84584 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.3982 0.82331 0.000 0.740 0.000 0.000 0.060 0.200
#> SRR1097320 5 0.3695 0.71765 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1400869 5 0.4945 0.54505 0.412 0.000 0.000 0.004 0.528 0.056
#> SRR1323404 6 0.6844 0.77497 0.364 0.000 0.200 0.000 0.060 0.376
#> SRR1364641 1 0.5200 0.26192 0.588 0.000 0.000 0.004 0.304 0.104
#> SRR1476760 2 0.2830 0.83875 0.000 0.836 0.000 0.000 0.020 0.144
#> SRR1330609 3 0.3699 0.62717 0.036 0.000 0.752 0.000 0.000 0.212
#> SRR1465064 3 0.1245 0.64005 0.000 0.000 0.952 0.016 0.000 0.032
#> SRR1345178 4 0.3067 0.80334 0.008 0.000 0.008 0.856 0.036 0.092
#> SRR1069166 2 0.2487 0.83645 0.000 0.876 0.000 0.000 0.032 0.092
#> SRR1466728 1 0.0622 0.62796 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1343175 5 0.3782 0.64686 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1455565 4 0.2740 0.77193 0.000 0.000 0.000 0.864 0.076 0.060
#> SRR1091548 1 0.3836 0.31761 0.788 0.000 0.124 0.000 0.008 0.080
#> SRR1477125 1 0.1515 0.59863 0.944 0.000 0.020 0.000 0.008 0.028
#> SRR1394544 5 0.5671 0.64745 0.312 0.000 0.000 0.032 0.564 0.092
#> SRR1074066 5 0.5984 0.63848 0.220 0.000 0.000 0.132 0.592 0.056
#> SRR1098855 5 0.6015 0.61876 0.184 0.000 0.000 0.164 0.596 0.056
#> SRR1377537 4 0.5691 0.68350 0.000 0.000 0.148 0.640 0.056 0.156
#> SRR1471690 5 0.6117 -0.06456 0.040 0.000 0.000 0.376 0.472 0.112
#> SRR1435643 2 0.2537 0.83693 0.000 0.872 0.000 0.000 0.032 0.096
#> SRR1467680 2 0.6068 0.64331 0.000 0.516 0.000 0.016 0.236 0.232
#> SRR1457437 1 0.3558 0.36248 0.812 0.000 0.108 0.000 0.008 0.072
#> SRR1453831 3 0.6259 0.24146 0.072 0.000 0.436 0.012 0.052 0.428
#> SRR1470665 5 0.3695 0.71765 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1102369 5 0.6218 0.39579 0.116 0.000 0.000 0.308 0.520 0.056
#> SRR1417749 4 0.3526 0.79198 0.028 0.000 0.000 0.828 0.088 0.056
#> SRR1088068 2 0.4979 0.77310 0.000 0.640 0.000 0.000 0.136 0.224
#> SRR1310253 3 0.6689 0.08502 0.108 0.000 0.424 0.016 0.056 0.396
#> SRR1098122 2 0.2118 0.84377 0.000 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1356725 4 0.1140 0.81382 0.008 0.000 0.008 0.964 0.012 0.008
#> SRR808542 2 0.1584 0.84541 0.000 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1331858 2 0.0000 0.84584 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.2302 0.84305 0.000 0.872 0.000 0.000 0.008 0.120
#> SRR1458789 3 0.3337 0.62998 0.004 0.000 0.736 0.000 0.000 0.260
#> SRR1440179 2 0.4952 0.72757 0.000 0.672 0.000 0.008 0.132 0.188
#> SRR1072920 1 0.3050 0.45651 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1312388 2 0.3558 0.80411 0.000 0.800 0.000 0.000 0.088 0.112
#> SRR1092184 2 0.5563 0.69134 0.000 0.608 0.000 0.016 0.180 0.196
#> SRR1325690 2 0.0000 0.84584 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.1245 0.64005 0.000 0.000 0.952 0.016 0.000 0.032
#> SRR812152 2 0.2830 0.83964 0.000 0.836 0.000 0.000 0.020 0.144
#> SRR1073459 1 0.3371 0.34451 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR1096247 1 0.1434 0.61013 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR1083408 5 0.3684 0.72280 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.84584 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.2996 0.46889 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1069778 5 0.3695 0.71765 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1081717 3 0.0603 0.65163 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1078090 1 0.2793 0.50278 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1087101 1 0.2452 0.60208 0.904 0.000 0.012 0.040 0.028 0.016
#> SRR815326 2 0.0000 0.84584 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.3672 0.72593 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1094555 2 0.6068 0.64331 0.000 0.516 0.000 0.016 0.236 0.232
#> SRR1101981 4 0.2747 0.80904 0.008 0.000 0.008 0.880 0.036 0.068
#> SRR1392615 3 0.0790 0.64588 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1078759 3 0.2520 0.65391 0.004 0.000 0.844 0.000 0.000 0.152
#> SRR1083360 2 0.2346 0.84235 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR1343456 5 0.3672 0.72593 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1105513 2 0.1951 0.83951 0.000 0.908 0.000 0.000 0.016 0.076
#> SRR810689 5 0.4671 0.70840 0.344 0.000 0.000 0.008 0.608 0.040
#> SRR1435090 1 0.0260 0.62861 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.2375 0.54911 0.896 0.000 0.068 0.004 0.004 0.028
#> SRR1309723 2 0.2431 0.84111 0.000 0.860 0.000 0.000 0.008 0.132
#> SRR1313449 5 0.6018 0.61571 0.180 0.000 0.000 0.168 0.596 0.056
#> SRR1071761 1 0.1520 0.62109 0.948 0.000 0.008 0.008 0.020 0.016
#> SRR1368815 1 0.3864 -0.33960 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR1322512 2 0.5214 0.76192 0.000 0.584 0.000 0.004 0.104 0.308
#> SRR1473385 3 0.1124 0.65704 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1076268 2 0.4880 0.74027 0.000 0.700 0.000 0.116 0.020 0.164
#> SRR1329909 1 0.6093 -0.61699 0.480 0.000 0.304 0.000 0.012 0.204
#> SRR1070549 3 0.4621 0.54068 0.056 0.000 0.612 0.000 0.000 0.332
#> SRR811193 4 0.3594 0.78608 0.024 0.000 0.000 0.820 0.100 0.056
#> SRR1415355 5 0.3782 0.72681 0.360 0.000 0.000 0.000 0.636 0.004
#> SRR1329108 2 0.1333 0.84546 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1098588 1 0.1914 0.60065 0.928 0.000 0.008 0.040 0.012 0.012
#> SRR1458465 6 0.6893 0.75647 0.332 0.000 0.252 0.000 0.052 0.364
#> SRR1405289 2 0.0891 0.84961 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1075874 1 0.1003 0.61786 0.964 0.000 0.020 0.000 0.000 0.016
#> SRR1396724 1 0.2401 0.53390 0.892 0.000 0.028 0.000 0.008 0.072
#> SRR1081235 2 0.4518 0.80834 0.000 0.696 0.000 0.000 0.104 0.200
#> SRR1319078 2 0.2537 0.83693 0.000 0.872 0.000 0.000 0.032 0.096
#> SRR814268 3 0.4851 0.50919 0.096 0.000 0.632 0.000 0.000 0.272
#> SRR1447124 1 0.3838 -0.23222 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1480153 1 0.3838 -0.23222 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1316231 1 0.3864 -0.33960 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR1399156 1 0.0405 0.62846 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102272 2 0.2473 0.84071 0.000 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1388190 3 0.1088 0.64221 0.000 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR1414209 4 0.5748 0.36818 0.000 0.000 0.380 0.508 0.040 0.072
#> SRR1432587 4 0.2768 0.81068 0.008 0.000 0.008 0.880 0.060 0.044
#> SRR814820 2 0.1124 0.84583 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1383213 1 0.1862 0.59666 0.932 0.000 0.024 0.020 0.004 0.020
#> SRR1338705 1 0.0909 0.62051 0.968 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012
#> SRR1337794 1 0.3244 0.41166 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1358367 4 0.3594 0.78608 0.024 0.000 0.000 0.820 0.100 0.056
#> SRR1083149 1 0.3050 0.45651 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1337953 5 0.3684 0.72280 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1478855 1 0.2793 0.50278 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1092136 4 0.2775 0.81389 0.004 0.000 0.012 0.876 0.032 0.076
#> SRR1083191 3 0.1245 0.64005 0.000 0.000 0.952 0.016 0.000 0.032
#> SRR1468028 4 0.1026 0.81606 0.008 0.000 0.008 0.968 0.012 0.004
#> SRR1413100 5 0.3843 0.54118 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1379384 1 0.5770 -0.34701 0.532 0.000 0.040 0.000 0.080 0.348
#> SRR1076417 3 0.5319 0.39065 0.088 0.000 0.540 0.000 0.008 0.364
#> SRR810829 3 0.2163 0.63037 0.000 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092
#> SRR1468804 5 0.3684 0.72280 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1362688 1 0.3864 -0.33934 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR1100632 1 0.3660 0.54245 0.828 0.000 0.012 0.044 0.092 0.024
#> SRR1365679 1 0.0405 0.62846 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388891 1 0.3789 -0.10365 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1400312 2 0.5701 0.69659 0.000 0.492 0.000 0.004 0.148 0.356
#> SRR1120825 3 0.4621 0.54068 0.056 0.000 0.612 0.000 0.000 0.332
#> SRR1380591 1 0.6766 -0.00538 0.492 0.000 0.064 0.328 0.036 0.080
#> SRR1088782 3 0.4621 0.54068 0.056 0.000 0.612 0.000 0.000 0.332
#> SRR1088117 1 0.0405 0.62846 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099905 2 0.2431 0.84111 0.000 0.860 0.000 0.000 0.008 0.132
#> SRR1359760 1 0.3789 0.23551 0.660 0.000 0.000 0.000 0.332 0.008
#> SRR1475633 4 0.6640 0.45439 0.000 0.060 0.000 0.488 0.244 0.208
#> SRR1081935 3 0.0260 0.65270 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383984 2 0.2487 0.83645 0.000 0.876 0.000 0.000 0.032 0.092
#> SRR1100776 1 0.3464 0.30408 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR819719 4 0.5132 0.52928 0.036 0.000 0.000 0.640 0.268 0.056
#> SRR1387516 4 0.1578 0.81252 0.004 0.000 0.012 0.944 0.028 0.012
#> SRR1402772 3 0.4484 0.58849 0.056 0.000 0.672 0.000 0.004 0.268
#> SRR1466490 5 0.3672 0.72593 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1315309 3 0.4567 0.54614 0.052 0.000 0.616 0.000 0.000 0.332
#> SRR1479431 3 0.2367 0.60824 0.000 0.000 0.888 0.016 0.008 0.088
#> SRR1432890 1 0.3409 0.33703 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1093390 2 0.0891 0.84648 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1473016 3 0.0632 0.65922 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1068953 3 0.5065 0.44584 0.092 0.000 0.568 0.000 0.000 0.340
#> SRR1079900 1 0.2854 0.49375 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1091356 1 0.1938 0.58369 0.920 0.000 0.020 0.000 0.008 0.052
#> SRR1384331 6 0.6973 0.75493 0.360 0.000 0.204 0.000 0.072 0.364
#> SRR1412928 2 0.4640 0.80402 0.000 0.680 0.000 0.000 0.108 0.212
#> SRR1089737 5 0.3659 0.72702 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1389199 6 0.6919 0.27600 0.216 0.000 0.332 0.004 0.052 0.396
#> SRR1072821 4 0.5468 0.68420 0.156 0.000 0.008 0.684 0.072 0.080
#> SRR1080672 2 0.2431 0.84111 0.000 0.860 0.000 0.000 0.008 0.132
#> SRR1316553 1 0.0520 0.62840 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404062 5 0.3756 0.67137 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1093504 1 0.3864 -0.33960 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR1343324 1 0.4638 0.47851 0.704 0.000 0.004 0.000 0.144 0.148
#> SRR1092281 1 0.3050 0.45651 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1340862 1 0.1873 0.58534 0.924 0.000 0.020 0.000 0.008 0.048
#> SRR1360545 2 0.3332 0.83131 0.000 0.808 0.000 0.000 0.048 0.144
#> SRR813234 3 0.5519 0.24832 0.144 0.000 0.512 0.000 0.000 0.344
#> SRR1328360 4 0.3963 0.69728 0.000 0.000 0.000 0.756 0.164 0.080
#> SRR1441745 5 0.3659 0.72702 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1404147 2 0.0508 0.84590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1445468 1 0.1327 0.59896 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1097618 5 0.4730 0.69921 0.364 0.000 0.000 0.008 0.588 0.040
#> SRR1098361 1 0.3482 0.29297 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1403089 4 0.2633 0.79093 0.000 0.000 0.028 0.888 0.040 0.044
#> SRR1088878 1 0.3737 0.03379 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1070884 3 0.4007 0.61290 0.052 0.000 0.728 0.000 0.000 0.220
#> SRR814195 3 0.3222 0.58473 0.000 0.000 0.844 0.024 0.036 0.096
#> SRR1436169 5 0.6157 0.51511 0.136 0.000 0.000 0.248 0.560 0.056
#> SRR1476255 5 0.5862 0.49049 0.108 0.000 0.000 0.248 0.592 0.052
#> SRR1312906 2 0.0000 0.84584 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.6949 -0.77534 0.384 0.000 0.188 0.000 0.076 0.352
#> SRR1474440 2 0.6103 0.63393 0.000 0.508 0.000 0.016 0.240 0.236
#> SRR1447416 4 0.1210 0.81565 0.008 0.000 0.008 0.960 0.020 0.004
#> SRR1430860 1 0.3428 0.32056 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1345871 1 0.1592 0.59563 0.940 0.000 0.020 0.000 0.008 0.032
#> SRR1446996 2 0.4455 0.81530 0.000 0.684 0.000 0.000 0.076 0.240
#> SRR1459761 2 0.6068 0.64331 0.000 0.516 0.000 0.016 0.236 0.232
#> SRR1355997 2 0.5563 0.69134 0.000 0.608 0.000 0.016 0.180 0.196
#> SRR1359821 3 0.4563 0.55355 0.056 0.000 0.628 0.000 0.000 0.316
#> SRR1498249 2 0.0000 0.84584 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.3456 0.82621 0.000 0.788 0.000 0.000 0.040 0.172
#> SRR1070382 1 0.1663 0.59105 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1474396 2 0.5808 0.66925 0.000 0.568 0.000 0.016 0.208 0.208
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.990 0.967 0.986 0.4556 0.547 0.547
#> 3 3 0.918 0.914 0.965 0.4447 0.761 0.576
#> 4 4 0.858 0.847 0.865 0.1211 0.871 0.648
#> 5 5 0.865 0.809 0.912 0.0412 0.951 0.819
#> 6 6 0.814 0.716 0.844 0.0304 0.947 0.791
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1410242 2 0.506 0.866 0.112 0.888
#> SRR1408091 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.973 0.311 0.596 0.404
#> SRR1098146 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.722 0.755 0.800 0.200
#> SRR1081092 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.722 0.755 0.800 0.200
#> SRR1069166 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1471690 2 0.983 0.250 0.424 0.576
#> SRR1435643 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.722 0.755 0.800 0.200
#> SRR1417749 2 0.671 0.781 0.176 0.824
#> SRR1088068 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1356725 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1101981 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1392615 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.722 0.755 0.800 0.200
#> SRR1071761 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR811193 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1414209 2 0.871 0.591 0.292 0.708
#> SRR1432587 1 0.722 0.755 0.800 0.200
#> SRR814820 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.722 0.755 0.800 0.200
#> SRR1083191 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.722 0.755 0.800 0.200
#> SRR1387516 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1402772 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1447416 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.000 0.985 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.4702 0.7223 0.788 0.212 0.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437186 3 0.6309 0.0659 0.496 0.000 0.504
#> SRR1072700 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098146 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.5216 0.6258 0.260 0.000 0.740
#> SRR1098495 1 0.2959 0.8541 0.900 0.100 0.000
#> SRR1081092 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 3 0.6140 0.3057 0.404 0.000 0.596
#> SRR1364641 1 0.1529 0.9186 0.960 0.000 0.040
#> SRR1476760 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345178 3 0.4555 0.7171 0.000 0.200 0.800
#> SRR1069166 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091548 3 0.1411 0.9004 0.036 0.000 0.964
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471690 1 0.4796 0.7119 0.780 0.220 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.5058 0.6669 0.244 0.000 0.756
#> SRR1453831 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098122 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0592 0.9431 0.988 0.000 0.012
#> SRR815326 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 3 0.6126 0.3634 0.400 0.000 0.600
#> SRR1309723 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070549 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR811193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.1163 0.9292 0.972 0.000 0.028
#> SRR1458465 1 0.6154 0.3108 0.592 0.000 0.408
#> SRR1405289 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0747 0.9397 0.984 0.000 0.016
#> SRR1396724 3 0.4931 0.6817 0.232 0.000 0.768
#> SRR1081235 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414209 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.5859 0.4336 0.656 0.000 0.344
#> SRR1338705 1 0.0592 0.9431 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.3619 0.7993 0.000 0.136 0.864
#> SRR1083191 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468028 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.6045 0.3838 0.620 0.000 0.380
#> SRR1076417 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR810829 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.5733 0.4812 0.676 0.000 0.324
#> SRR1365679 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380591 3 0.6126 0.3634 0.400 0.000 0.600
#> SRR1088782 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.4555 0.7371 0.800 0.200 0.000
#> SRR1387516 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068953 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 3 0.6192 0.3139 0.420 0.000 0.580
#> SRR1384331 1 0.6126 0.3328 0.600 0.000 0.400
#> SRR1412928 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072821 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.5465 0.5829 0.712 0.000 0.288
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.4346 0.7551 0.816 0.000 0.184
#> SRR1360545 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328360 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.5835 0.4663 0.000 0.340 0.660
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR814195 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.6126 0.3328 0.600 0.000 0.400
#> SRR1474440 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.9284 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9527 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.5221 0.6760 0.060 0.208 0.000 0.732
#> SRR1408091 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.1211 0.8034 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0188 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1120711 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1082933 4 0.4994 0.1933 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1350997 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.1389 0.9136 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1478878 1 0.2011 0.7977 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1399247 3 0.0921 0.9369 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1083262 1 0.2149 0.7946 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.1474 0.9232 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.5000 -0.0452 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1459889 1 0.0188 0.8152 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329726 1 0.4164 0.5824 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1098495 4 0.1576 0.9120 0.048 0.004 0.000 0.948
#> SRR1081092 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0188 0.8152 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.0921 0.9369 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1346838 1 0.0000 0.8156 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1400869 4 0.4643 0.4800 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1323404 1 0.6192 0.1731 0.512 0.000 0.436 0.052
#> SRR1364641 1 0.4222 0.6269 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 3 0.5177 0.6807 0.004 0.200 0.744 0.052
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0188 0.8156 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343175 4 0.4356 0.6038 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1455565 2 0.1389 0.9506 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1091548 1 0.1474 0.7972 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1477125 1 0.0336 0.8150 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1394544 4 0.1716 0.9079 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1074066 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1098855 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1377537 3 0.1474 0.9232 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1471690 4 0.1389 0.9136 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.1389 0.7987 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1453831 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1470665 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1102369 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1417749 4 0.0921 0.8947 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0188 0.9487 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.1389 0.9506 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR808542 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0188 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.2149 0.7946 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.4193 0.6273 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1096247 1 0.0336 0.8146 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083408 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.2149 0.7946 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1069778 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1081717 3 0.0188 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1078090 1 0.1867 0.8005 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1087101 1 0.0592 0.8122 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR815326 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 2 0.2060 0.9341 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR1392615 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0592 0.9501 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1435090 1 0.0000 0.8156 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.1474 0.7972 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1071761 1 0.0188 0.8156 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368815 1 0.4855 0.3688 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0188 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.4907 0.3081 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1070549 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR811193 2 0.4967 0.1516 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1415355 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.0707 0.8119 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1458465 1 0.5882 0.4322 0.608 0.000 0.344 0.048
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0707 0.8119 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1396724 1 0.1389 0.7987 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1447124 1 0.4866 0.3586 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1480153 1 0.4866 0.3586 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1316231 1 0.4866 0.3586 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1399156 1 0.0000 0.8156 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.1389 0.9251 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1432587 4 0.4690 0.5566 0.260 0.000 0.016 0.724
#> SRR814820 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.1022 0.8072 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1338705 1 0.0707 0.8119 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1337794 1 0.2149 0.7946 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1358367 2 0.0817 0.9654 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1083149 1 0.2149 0.7946 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1337953 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1478855 1 0.1792 0.8019 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1092136 3 0.4666 0.7478 0.004 0.152 0.792 0.052
#> SRR1083191 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 4 0.4746 0.4127 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1379384 1 0.4874 0.6792 0.764 0.000 0.180 0.056
#> SRR1076417 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR810829 3 0.0188 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468804 4 0.1557 0.9139 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1362688 1 0.4454 0.5636 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1100632 1 0.1118 0.8054 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.8156 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.4817 0.3985 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1380591 1 0.5848 0.4233 0.616 0.000 0.336 0.048
#> SRR1088782 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.8156 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.3873 0.6763 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1475633 2 0.1389 0.9506 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1081935 3 0.0188 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.4164 0.6329 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR819719 4 0.2060 0.9039 0.052 0.016 0.000 0.932
#> SRR1387516 2 0.1389 0.9506 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1402772 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1466490 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1315309 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.9496 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.3569 0.7104 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0188 0.9505 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1068953 3 0.3172 0.8017 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1079900 1 0.1940 0.7991 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1091356 1 0.1389 0.7987 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1384331 1 0.5619 0.5773 0.676 0.000 0.268 0.056
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1389199 3 0.2053 0.9049 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1072821 3 0.0592 0.9501 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0188 0.8156 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404062 4 0.4134 0.6628 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1093504 1 0.4843 0.3790 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1343324 1 0.3958 0.7473 0.836 0.000 0.112 0.052
#> SRR1092281 1 0.2149 0.7946 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1340862 1 0.1211 0.8036 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.4543 0.5296 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441745 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0707 0.8121 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1097618 4 0.2216 0.8822 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1098361 1 0.4164 0.6329 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1403089 3 0.1389 0.9251 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1088878 1 0.4103 0.6432 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1070884 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR814195 3 0.0921 0.9369 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1436169 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1476255 4 0.1474 0.9164 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.5898 0.4824 0.628 0.000 0.316 0.056
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.3355 0.8280 0.000 0.836 0.004 0.160
#> SRR1430860 1 0.4193 0.6275 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1345871 1 0.0336 0.8150 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0707 0.9497 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0707 0.8121 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 5 0.4621 0.59796 0.012 0.192 0.000 0.052 0.744
#> SRR1408091 3 0.0404 0.90624 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0510 0.90538 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1120711 3 0.0162 0.90738 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1082933 1 0.4278 0.15875 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1350997 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 5 0.3857 0.65621 0.000 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1478878 1 0.1851 0.81996 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1399247 3 0.4045 0.48660 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1083262 1 0.1908 0.81835 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1088680 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0290 0.64548 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.4171 0.38971 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.3949 0.44451 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR1098495 5 0.3932 0.63954 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1081092 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.3210 0.72538 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400869 5 0.5516 0.60498 0.128 0.000 0.000 0.232 0.640
#> SRR1323404 3 0.5529 0.08054 0.420 0.000 0.512 0.000 0.068
#> SRR1364641 1 0.6132 0.50351 0.564 0.000 0.000 0.224 0.212
#> SRR1476760 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.1197 0.89110 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1345178 4 0.0000 0.64393 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 5 0.3177 0.69400 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1455565 4 0.4088 0.52334 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1091548 1 0.0162 0.83436 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 5 0.0854 0.89546 0.012 0.000 0.008 0.004 0.976
#> SRR1074066 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098855 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377537 4 0.1197 0.64162 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1471690 5 0.3109 0.76799 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1435643 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.0162 0.83432 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.0162 0.90738 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1470665 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102369 5 0.1544 0.87322 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1417749 5 0.2280 0.80473 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1088068 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.3707 0.62080 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4074 0.52981 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.1851 0.81996 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1312388 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.1197 0.89110 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2966 0.75637 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1096247 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.1851 0.81996 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1069778 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081717 3 0.0609 0.90458 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1078090 1 0.1732 0.82213 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1087101 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.0162 0.64519 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1392615 3 0.0963 0.89732 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.4227 0.36978 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1322512 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0510 0.90538 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.3508 0.60681 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811193 2 0.4878 0.12056 0.000 0.536 0.000 0.024 0.440
#> SRR1415355 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.5216 0.16921 0.520 0.000 0.436 0.000 0.044
#> SRR1405289 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0162 0.90738 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1447124 1 0.4302 0.19755 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1480153 1 0.4302 0.19755 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1316231 1 0.4305 0.17039 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1399156 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.1043 0.89517 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1414209 4 0.3983 0.31232 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1432587 4 0.4885 0.24680 0.028 0.000 0.000 0.572 0.400
#> SRR814820 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.1851 0.81996 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1358367 2 0.2482 0.84678 0.000 0.892 0.000 0.024 0.084
#> SRR1083149 1 0.1851 0.81996 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1337953 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478855 1 0.0510 0.83449 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1092136 4 0.1732 0.62694 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1083191 3 0.1197 0.89110 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1468028 2 0.0290 0.97812 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1413100 5 0.3774 0.50823 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1379384 1 0.5064 0.59018 0.672 0.000 0.248 0.000 0.080
#> SRR1076417 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0963 0.89732 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1468804 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362688 1 0.3796 0.61257 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1100632 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.3983 0.54421 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1400312 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 4 0.4297 -0.00608 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1088782 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.3177 0.73298 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1475633 4 0.4114 0.50858 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1081935 3 0.0510 0.90538 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.2966 0.75629 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR819719 5 0.0912 0.89149 0.000 0.012 0.000 0.016 0.972
#> SRR1387516 4 0.4074 0.53000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1402772 3 0.0162 0.90738 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1466490 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.1270 0.88975 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1432890 1 0.2230 0.80707 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1093390 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0162 0.90747 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1068953 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.1732 0.82213 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1091356 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.5680 0.18914 0.492 0.000 0.428 0.000 0.080
#> SRR1412928 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.0609 0.89255 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1389199 3 0.3934 0.63533 0.016 0.000 0.740 0.244 0.000
#> SRR1072821 3 0.0703 0.90251 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 5 0.2732 0.75280 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1093504 1 0.4171 0.42787 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1343324 1 0.4581 0.65366 0.732 0.000 0.196 0.000 0.072
#> SRR1092281 1 0.1851 0.81996 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1340862 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.0703 0.89051 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.0963 0.94680 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1441745 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 5 0.1121 0.87156 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1098361 1 0.3143 0.73736 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1403089 4 0.3876 0.36112 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1088878 1 0.2891 0.76341 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1070884 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.4045 0.48660 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1436169 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476255 5 0.0000 0.90538 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.5684 0.17587 0.488 0.000 0.432 0.000 0.080
#> SRR1474440 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.5500 0.59838 0.000 0.236 0.000 0.640 0.124
#> SRR1430860 1 0.3177 0.73315 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1345871 1 0.0000 0.83628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.90752 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0290 0.83551 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1474396 2 0.0000 0.98649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.5713 0.362285 0.000 0.060 0.000 0.576 0.300 0.064
#> SRR1408091 3 0.2212 0.751851 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000 0.112
#> SRR1437186 1 0.1333 0.728052 0.944 0.000 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR1072700 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.2778 0.735847 0.000 0.000 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR1120711 3 0.1007 0.761550 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.4885 -0.066208 0.484 0.000 0.000 0.004 0.464 0.048
#> SRR1350997 3 0.0000 0.760952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 6 0.4449 0.000183 0.000 0.000 0.000 0.028 0.440 0.532
#> SRR1478878 1 0.4077 0.707558 0.752 0.000 0.000 0.060 0.180 0.008
#> SRR1399247 3 0.4797 0.577745 0.000 0.000 0.580 0.064 0.000 0.356
#> SRR1083262 1 0.4394 0.692849 0.716 0.000 0.000 0.068 0.208 0.008
#> SRR1088680 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 6 0.2883 0.429214 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1098146 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.5430 -0.136829 0.500 0.000 0.412 0.020 0.000 0.068
#> SRR1459889 1 0.1152 0.731408 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1329726 3 0.5540 0.108179 0.404 0.000 0.504 0.072 0.012 0.008
#> SRR1098495 6 0.4458 0.212095 0.000 0.000 0.000 0.040 0.352 0.608
#> SRR1081092 3 0.0000 0.760952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0146 0.751230 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.4481 0.648221 0.000 0.000 0.656 0.060 0.000 0.284
#> SRR1346838 1 0.0405 0.751280 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1085450 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0000 0.856252 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400869 5 0.6088 0.169386 0.088 0.000 0.000 0.056 0.496 0.360
#> SRR1323404 3 0.5696 0.388493 0.216 0.000 0.640 0.064 0.072 0.008
#> SRR1364641 6 0.7167 -0.103017 0.312 0.000 0.000 0.080 0.264 0.344
#> SRR1476760 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0777 0.763344 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1465064 3 0.4091 0.695222 0.000 0.000 0.720 0.056 0.000 0.224
#> SRR1345178 6 0.2823 0.439090 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1069166 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0146 0.750289 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343175 5 0.3660 0.620929 0.160 0.000 0.000 0.060 0.780 0.000
#> SRR1455565 4 0.3747 0.593714 0.000 0.112 0.000 0.784 0.000 0.104
#> SRR1091548 1 0.1594 0.722615 0.932 0.000 0.000 0.016 0.000 0.052
#> SRR1477125 1 0.0363 0.748526 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1394544 5 0.3841 0.723031 0.012 0.000 0.072 0.068 0.820 0.028
#> SRR1074066 5 0.0717 0.853140 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR1098855 5 0.1320 0.832667 0.000 0.000 0.000 0.016 0.948 0.036
#> SRR1377537 6 0.2020 0.457253 0.000 0.000 0.008 0.096 0.000 0.896
#> SRR1471690 5 0.4737 0.290312 0.000 0.000 0.000 0.056 0.572 0.372
#> SRR1435643 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.0508 0.747521 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1453831 3 0.1176 0.755297 0.000 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR1470665 5 0.0000 0.856252 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102369 5 0.3270 0.743803 0.000 0.000 0.000 0.060 0.820 0.120
#> SRR1417749 4 0.4149 0.433886 0.000 0.000 0.000 0.720 0.216 0.064
#> SRR1088068 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 6 0.4105 0.193002 0.000 0.000 0.348 0.020 0.000 0.632
#> SRR1098122 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.3658 0.593923 0.000 0.104 0.000 0.792 0.000 0.104
#> SRR808542 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.760952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.4139 0.704632 0.744 0.000 0.000 0.060 0.188 0.008
#> SRR1312388 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.4091 0.695222 0.000 0.000 0.720 0.056 0.000 0.224
#> SRR812152 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.4740 0.618333 0.644 0.000 0.000 0.060 0.288 0.008
#> SRR1096247 1 0.0858 0.739101 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1083408 5 0.0405 0.858359 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1433152 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.4139 0.704632 0.744 0.000 0.000 0.060 0.188 0.008
#> SRR1069778 5 0.0000 0.856252 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.3954 0.708796 0.000 0.000 0.740 0.056 0.000 0.204
#> SRR1078090 1 0.3965 0.714317 0.768 0.000 0.000 0.064 0.160 0.008
#> SRR1087101 1 0.1152 0.731408 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR815326 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0520 0.857476 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1094555 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 6 0.3592 0.255311 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1392615 3 0.3755 0.706373 0.000 0.000 0.744 0.036 0.000 0.220
#> SRR1078759 3 0.1219 0.762071 0.000 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR1083360 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0405 0.858359 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1105513 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0520 0.857476 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1435090 1 0.0260 0.750967 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.1462 0.723057 0.936 0.000 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1309723 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.2511 0.786544 0.000 0.000 0.000 0.056 0.880 0.064
#> SRR1071761 1 0.1152 0.731408 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1368815 1 0.5129 0.318060 0.472 0.000 0.000 0.060 0.460 0.008
#> SRR1322512 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.3377 0.725147 0.000 0.000 0.784 0.028 0.000 0.188
#> SRR1076268 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.3658 0.595034 0.216 0.000 0.752 0.032 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0000 0.760952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.6477 0.446732 0.000 0.188 0.000 0.528 0.220 0.064
#> SRR1415355 5 0.0520 0.857476 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1329108 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.0458 0.746841 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1458465 3 0.5842 0.367374 0.224 0.000 0.624 0.068 0.076 0.008
#> SRR1405289 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0146 0.750289 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0363 0.748526 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0937 0.762106 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.5128 0.326762 0.476 0.000 0.000 0.060 0.456 0.008
#> SRR1480153 1 0.5126 0.345845 0.484 0.000 0.000 0.060 0.448 0.008
#> SRR1316231 1 0.5129 0.307850 0.468 0.000 0.000 0.060 0.464 0.008
#> SRR1399156 1 0.0000 0.750514 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.3713 0.704923 0.000 0.000 0.744 0.032 0.000 0.224
#> SRR1414209 3 0.6029 0.292631 0.000 0.000 0.412 0.256 0.000 0.332
#> SRR1432587 4 0.4092 0.488242 0.012 0.000 0.000 0.768 0.080 0.140
#> SRR814820 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.1152 0.731408 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1338705 1 0.0146 0.750289 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.4229 0.699178 0.732 0.000 0.000 0.060 0.200 0.008
#> SRR1358367 4 0.6173 0.456657 0.000 0.276 0.000 0.548 0.112 0.064
#> SRR1083149 1 0.4139 0.704632 0.744 0.000 0.000 0.060 0.188 0.008
#> SRR1337953 5 0.0000 0.856252 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.2994 0.733723 0.856 0.000 0.000 0.060 0.076 0.008
#> SRR1092136 6 0.3062 0.439155 0.000 0.000 0.052 0.112 0.000 0.836
#> SRR1083191 3 0.4091 0.695222 0.000 0.000 0.720 0.056 0.000 0.224
#> SRR1468028 2 0.1267 0.918475 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1413100 5 0.3646 0.651305 0.132 0.000 0.000 0.060 0.800 0.008
#> SRR1379384 3 0.6573 -0.203037 0.412 0.000 0.416 0.072 0.092 0.008
#> SRR1076417 3 0.0146 0.759877 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.3713 0.707134 0.000 0.000 0.744 0.032 0.000 0.224
#> SRR1468804 5 0.1075 0.822636 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1362688 1 0.5089 0.437394 0.524 0.000 0.000 0.060 0.408 0.008
#> SRR1100632 1 0.1974 0.718183 0.920 0.000 0.000 0.012 0.020 0.048
#> SRR1365679 1 0.0146 0.750289 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.5023 0.502561 0.560 0.000 0.000 0.060 0.372 0.008
#> SRR1400312 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.760952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.4909 0.355383 0.588 0.000 0.008 0.056 0.000 0.348
#> SRR1088782 3 0.0000 0.760952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0146 0.750289 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.5106 0.542999 0.572 0.000 0.000 0.072 0.348 0.008
#> SRR1475633 4 0.5300 0.341049 0.000 0.400 0.000 0.496 0.000 0.104
#> SRR1081935 3 0.3470 0.719736 0.000 0.000 0.772 0.028 0.000 0.200
#> SRR1383984 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.4824 0.594967 0.624 0.000 0.000 0.060 0.308 0.008
#> SRR819719 5 0.4797 0.377679 0.000 0.000 0.000 0.356 0.580 0.064
#> SRR1387516 4 0.3703 0.594008 0.000 0.108 0.000 0.788 0.000 0.104
#> SRR1402772 3 0.1152 0.761838 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> SRR1466490 5 0.0405 0.858359 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1315309 3 0.0000 0.760952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.4167 0.689743 0.000 0.000 0.708 0.056 0.000 0.236
#> SRR1432890 1 0.4560 0.655496 0.680 0.000 0.000 0.060 0.252 0.008
#> SRR1093390 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.2480 0.752602 0.000 0.000 0.872 0.024 0.000 0.104
#> SRR1068953 3 0.0260 0.758121 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1079900 1 0.3978 0.711520 0.764 0.000 0.000 0.060 0.168 0.008
#> SRR1091356 1 0.1003 0.739499 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1384331 3 0.6042 0.334535 0.228 0.000 0.604 0.068 0.092 0.008
#> SRR1412928 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.1957 0.794848 0.024 0.000 0.000 0.048 0.920 0.008
#> SRR1389199 3 0.4849 -0.111432 0.012 0.000 0.484 0.032 0.000 0.472
#> SRR1072821 3 0.3892 0.715070 0.000 0.000 0.752 0.060 0.000 0.188
#> SRR1080672 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0146 0.750289 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1404062 5 0.2794 0.734570 0.080 0.000 0.000 0.060 0.860 0.000
#> SRR1093504 1 0.5128 0.328911 0.476 0.000 0.000 0.060 0.456 0.008
#> SRR1343324 1 0.6599 0.395843 0.508 0.000 0.296 0.072 0.116 0.008
#> SRR1092281 1 0.4139 0.704632 0.744 0.000 0.000 0.060 0.188 0.008
#> SRR1340862 1 0.0363 0.748526 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.0806 0.749181 0.020 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR1328360 2 0.3737 0.216551 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1441745 5 0.0405 0.858359 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1404147 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0622 0.751808 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1097618 5 0.1321 0.834105 0.024 0.000 0.000 0.004 0.952 0.020
#> SRR1098361 1 0.4961 0.541390 0.584 0.000 0.000 0.060 0.348 0.008
#> SRR1403089 4 0.4691 0.237219 0.000 0.000 0.196 0.680 0.000 0.124
#> SRR1088878 1 0.4949 0.549903 0.588 0.000 0.000 0.060 0.344 0.008
#> SRR1070884 3 0.0547 0.762660 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.4684 0.588240 0.000 0.000 0.592 0.056 0.000 0.352
#> SRR1436169 5 0.2571 0.784303 0.000 0.000 0.000 0.060 0.876 0.064
#> SRR1476255 5 0.1572 0.825773 0.000 0.000 0.000 0.028 0.936 0.036
#> SRR1312906 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.6009 0.352929 0.208 0.000 0.616 0.068 0.100 0.008
#> SRR1474440 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.3717 0.566628 0.000 0.056 0.000 0.812 0.028 0.104
#> SRR1430860 1 0.4870 0.580107 0.612 0.000 0.000 0.060 0.320 0.008
#> SRR1345871 1 0.1553 0.746970 0.944 0.000 0.012 0.032 0.004 0.008
#> SRR1446996 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.760952 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.2822 0.735380 0.868 0.000 0.000 0.056 0.068 0.008
#> SRR1474396 2 0.0000 0.990659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.992 0.997 0.4076 0.591 0.591
#> 3 3 0.936 0.924 0.969 0.5194 0.795 0.654
#> 4 4 0.915 0.898 0.957 0.1499 0.877 0.693
#> 5 5 0.830 0.806 0.865 0.0755 0.904 0.679
#> 6 6 0.815 0.823 0.891 0.0481 0.959 0.816
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1408091 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.9998 0.0303 0.492 0.508
#> SRR1091548 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1432587 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.2236 0.9623 0.964 0.036
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1468028 1 0.0376 0.9957 0.996 0.004
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1402772 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9913 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.0424 0.9308 0.008 0.000 0.992
#> SRR1437186 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.1964 0.8984 0.056 0.000 0.944
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.5706 0.5460 0.320 0.000 0.680
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.6308 -0.0132 0.508 0.000 0.492
#> SRR1459889 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.6299 0.0942 0.476 0.000 0.524
#> SRR1098495 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081092 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.4796 0.7065 0.780 0.000 0.220
#> SRR1364641 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345178 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.2448 0.8951 0.076 0.924 0.000
#> SRR1091548 1 0.2066 0.9080 0.940 0.000 0.060
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.4750 0.7219 0.784 0.000 0.216
#> SRR1471690 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.5327 0.6269 0.728 0.000 0.272
#> SRR1453831 3 0.6079 0.3975 0.388 0.000 0.612
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.5016 0.6845 0.760 0.000 0.240
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 1 0.4346 0.7622 0.816 0.000 0.184
#> SRR808542 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.5785 0.5196 0.332 0.000 0.668
#> SRR1070549 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR811193 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.6215 0.2261 0.572 0.000 0.428
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.3116 0.8606 0.892 0.000 0.108
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414209 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.1964 0.9101 0.944 0.000 0.056
#> SRR1338705 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.2448 0.8830 0.924 0.076 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.2537 0.8896 0.920 0.000 0.080
#> SRR1083191 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468028 1 0.6434 0.3478 0.612 0.008 0.380
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR810829 3 0.0592 0.9287 0.012 0.000 0.988
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.2066 0.9070 0.940 0.000 0.060
#> SRR1365679 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.2625 0.8751 0.084 0.000 0.916
#> SRR1380591 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088782 3 0.0424 0.9308 0.008 0.000 0.992
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387516 3 0.5216 0.6554 0.260 0.000 0.740
#> SRR1402772 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068953 3 0.1163 0.9183 0.028 0.000 0.972
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.5882 0.4565 0.652 0.000 0.348
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.4702 0.7279 0.788 0.000 0.212
#> SRR1072821 1 0.4346 0.7713 0.816 0.000 0.184
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.3038 0.8576 0.104 0.000 0.896
#> SRR1328360 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.1163 0.9185 0.028 0.000 0.972
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR814195 3 0.2066 0.8951 0.060 0.000 0.940
#> SRR1436169 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.4931 0.6915 0.768 0.000 0.232
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 1 0.4796 0.7077 0.780 0.000 0.220
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.9344 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408091 3 0.0188 0.971 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437186 1 0.1118 0.921 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1072700 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082933 4 0.2530 0.791 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1350997 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.0336 0.931 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478878 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 4 0.2921 0.761 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1083262 1 0.0469 0.932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1088680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0188 0.865 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1098146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.5506 0.112 0.512 0.000 0.472 0.016
#> SRR1459889 1 0.1118 0.921 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1329726 1 0.4605 0.518 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1098495 1 0.4843 0.327 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1081092 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446979 1 0.0469 0.932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1076990 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1085450 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.4663 0.638 0.716 0.000 0.272 0.012
#> SRR1364641 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.1059 0.927 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1343175 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 4 0.0336 0.862 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1091548 1 0.1109 0.921 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1477125 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1394544 1 0.0469 0.932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1074066 1 0.2760 0.835 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1098855 4 0.4977 0.124 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1377537 4 0.0188 0.865 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1471690 4 0.4830 0.367 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1435643 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 1 0.3933 0.732 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR1453831 3 0.3978 0.693 0.192 0.000 0.796 0.012
#> SRR1470665 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.4331 0.580 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1417749 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.0817 0.922 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1083408 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0469 0.932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1069778 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 4 0.4977 0.184 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR815326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 4 0.3486 0.726 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1435090 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1420148 1 0.3569 0.737 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1309723 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.4790 0.369 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1071761 1 0.1022 0.923 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1368815 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.4328 0.603 0.244 0.000 0.748 0.008
#> SRR1070549 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811193 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.3266 0.766 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1329108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.1059 0.927 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1458465 1 0.5290 0.356 0.584 0.000 0.404 0.012
#> SRR1405289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1396724 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0779 0.931 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1102272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414209 4 0.4916 0.230 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1432587 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.2773 0.868 0.900 0.000 0.072 0.028
#> SRR1338705 1 0.0779 0.931 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1337794 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1358367 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0469 0.932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1478855 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.0188 0.865 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1083191 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0336 0.933 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076417 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 4 0.4730 0.444 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1365679 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388891 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0469 0.963 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1380591 4 0.0592 0.860 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1088782 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1099905 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 4 0.2281 0.795 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1081935 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 4 0.3837 0.680 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1387516 4 0.0336 0.863 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1402772 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.0804 0.955 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1079900 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1384331 1 0.4718 0.626 0.708 0.000 0.280 0.012
#> SRR1412928 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0469 0.932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1389199 1 0.2334 0.868 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1072821 4 0.1637 0.833 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1080672 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.1059 0.927 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1404062 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0469 0.932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1360545 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.2101 0.889 0.060 0.000 0.928 0.012
#> SRR1328360 4 0.0592 0.856 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1441745 1 0.3311 0.762 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1404147 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1097618 1 0.4697 0.455 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1098361 1 0.0469 0.932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1403089 4 0.0592 0.858 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1088878 1 0.0469 0.932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1070884 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814195 4 0.3123 0.742 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1436169 1 0.2469 0.857 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1476255 4 0.0707 0.860 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1312906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.2402 0.877 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR1474440 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.934 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0592 0.932 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1474396 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0510 0.9361 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0609 0.8373 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1408091 3 0.1270 0.9119 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.4354 0.9043 0.624 0.000 0.000 0.008 0.368
#> SRR1072700 2 0.0510 0.9361 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0609 0.9370 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.1121 0.9144 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082933 4 0.4909 0.3602 0.032 0.000 0.000 0.588 0.380
#> SRR1350997 3 0.0963 0.9160 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.3779 0.7877 0.236 0.752 0.000 0.012 0.000
#> SRR1487867 2 0.0510 0.9361 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 5 0.0162 0.8086 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1478878 1 0.4242 0.8962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1399247 4 0.4464 0.5217 0.028 0.000 0.288 0.684 0.000
#> SRR1083262 1 0.4161 0.9101 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1088680 2 0.1341 0.9271 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0566 0.8393 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.1732 0.9212 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.6761 -0.2292 0.388 0.000 0.412 0.008 0.192
#> SRR1459889 1 0.4537 0.8883 0.592 0.000 0.000 0.012 0.396
#> SRR1329726 1 0.6725 0.4196 0.420 0.000 0.288 0.000 0.292
#> SRR1098495 4 0.6291 0.0213 0.344 0.000 0.000 0.492 0.164
#> SRR1081092 3 0.1197 0.9132 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0798 0.9340 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446979 1 0.4299 0.9103 0.608 0.000 0.000 0.004 0.388
#> SRR1076990 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.4354 0.9043 0.624 0.000 0.000 0.008 0.368
#> SRR1085450 2 0.0290 0.9368 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.1478 0.9257 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0404 0.8050 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1400869 5 0.1043 0.7737 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1323404 1 0.6180 0.4843 0.556 0.000 0.224 0.000 0.220
#> SRR1364641 1 0.4227 0.9017 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1476760 2 0.1478 0.9257 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.0404 0.8400 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.4354 0.9043 0.624 0.000 0.000 0.008 0.368
#> SRR1343175 5 0.0404 0.8017 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1455565 4 0.0290 0.8319 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1091548 1 0.4974 0.8970 0.604 0.000 0.024 0.008 0.364
#> SRR1477125 1 0.4354 0.9043 0.624 0.000 0.000 0.008 0.368
#> SRR1394544 5 0.4310 -0.4763 0.392 0.000 0.000 0.004 0.604
#> SRR1074066 5 0.2830 0.7471 0.044 0.000 0.000 0.080 0.876
#> SRR1098855 5 0.4104 0.5341 0.032 0.000 0.000 0.220 0.748
#> SRR1377537 4 0.0865 0.8359 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR1471690 4 0.4294 0.1720 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.4232 0.7524 0.312 0.676 0.000 0.012 0.000
#> SRR1457437 1 0.5998 0.7608 0.544 0.000 0.112 0.004 0.340
#> SRR1453831 3 0.4219 0.7173 0.104 0.000 0.780 0.000 0.116
#> SRR1470665 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102369 5 0.6764 0.2210 0.268 0.000 0.000 0.360 0.372
#> SRR1417749 4 0.0609 0.8373 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1088068 2 0.0162 0.9372 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.4666 0.9002 0.572 0.000 0.016 0.000 0.412
#> SRR1098122 2 0.0510 0.9361 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0404 0.8400 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR808542 2 0.0404 0.9366 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0510 0.9374 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.1197 0.9132 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0794 0.9314 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.4219 0.9037 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1312388 2 0.1270 0.9206 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.3916 0.7722 0.256 0.732 0.000 0.012 0.000
#> SRR1325690 2 0.0290 0.9368 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.1478 0.9257 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.4219 0.9037 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1096247 1 0.4510 0.8387 0.560 0.000 0.000 0.008 0.432
#> SRR1083408 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.4201 0.9068 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1069778 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.4219 0.9037 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1087101 4 0.6289 -0.0536 0.152 0.000 0.000 0.452 0.396
#> SRR815326 2 0.0290 0.9368 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094555 2 0.4232 0.7524 0.312 0.676 0.000 0.012 0.000
#> SRR1101981 4 0.0404 0.8400 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.1410 0.9295 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105513 2 0.0290 0.9368 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.4552 0.4161 0.040 0.000 0.000 0.264 0.696
#> SRR1435090 1 0.4354 0.9043 0.624 0.000 0.000 0.008 0.368
#> SRR1420148 1 0.5053 0.8479 0.624 0.000 0.000 0.052 0.324
#> SRR1309723 2 0.0404 0.9374 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.3305 0.5411 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1071761 1 0.4354 0.9043 0.624 0.000 0.000 0.008 0.368
#> SRR1368815 5 0.0404 0.8015 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1322512 2 0.4016 0.7898 0.272 0.716 0.000 0.012 0.000
#> SRR1473385 3 0.0162 0.9207 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.1216 0.9283 0.020 0.960 0.000 0.020 0.000
#> SRR1329909 3 0.5679 0.4323 0.216 0.000 0.640 0.004 0.140
#> SRR1070549 3 0.1197 0.9132 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.0404 0.8400 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1415355 5 0.0290 0.8074 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1329108 2 0.0510 0.9379 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.4354 0.9043 0.624 0.000 0.000 0.008 0.368
#> SRR1458465 1 0.6581 0.2419 0.432 0.000 0.356 0.000 0.212
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.4354 0.9043 0.624 0.000 0.000 0.008 0.368
#> SRR1396724 1 0.4341 0.9080 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR1081235 2 0.0162 0.9377 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0510 0.9372 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.1121 0.7686 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1480153 1 0.4287 0.8579 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1316231 5 0.0963 0.7777 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1399156 1 0.4392 0.9088 0.612 0.000 0.000 0.008 0.380
#> SRR1102272 2 0.1608 0.9250 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0609 0.9188 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.4302 0.0155 0.000 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1432587 4 0.0404 0.8400 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.4852 0.8878 0.624 0.000 0.016 0.012 0.348
#> SRR1338705 1 0.4392 0.9088 0.612 0.000 0.000 0.008 0.380
#> SRR1337794 1 0.4455 0.8806 0.588 0.000 0.000 0.008 0.404
#> SRR1358367 4 0.0404 0.8400 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1083149 1 0.4242 0.8962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1337953 5 0.0880 0.7932 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1478855 1 0.4242 0.8962 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1092136 4 0.0566 0.8393 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.0404 0.8400 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1413100 1 0.4302 0.8353 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1379384 1 0.4192 0.9084 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1076417 3 0.1197 0.9137 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.2141 0.8799 0.064 0.000 0.916 0.004 0.016
#> SRR1468804 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362688 1 0.4249 0.8941 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1100632 4 0.5739 0.2933 0.100 0.000 0.000 0.556 0.344
#> SRR1365679 1 0.4415 0.9102 0.604 0.000 0.000 0.008 0.388
#> SRR1388891 1 0.4249 0.8938 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1400312 2 0.4270 0.7501 0.320 0.668 0.000 0.012 0.000
#> SRR1120825 3 0.1671 0.8976 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1380591 4 0.2914 0.7747 0.052 0.000 0.000 0.872 0.076
#> SRR1088782 3 0.1197 0.9132 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.4415 0.9102 0.604 0.000 0.000 0.008 0.388
#> SRR1099905 2 0.1121 0.9308 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.1270 0.7578 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1475633 4 0.5210 0.6086 0.264 0.084 0.000 0.652 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.4192 0.9066 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR819719 4 0.4297 0.5294 0.020 0.000 0.000 0.692 0.288
#> SRR1387516 4 0.0510 0.8339 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315309 3 0.1197 0.9132 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.4219 0.9037 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1093390 2 0.0290 0.9368 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.1638 0.9027 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004
#> SRR1079900 1 0.4219 0.9037 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1091356 1 0.4392 0.9088 0.612 0.000 0.000 0.008 0.380
#> SRR1384331 1 0.6247 0.4773 0.544 0.000 0.228 0.000 0.228
#> SRR1412928 2 0.1544 0.9244 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.1124 0.7871 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1389199 1 0.5102 0.8701 0.580 0.000 0.044 0.000 0.376
#> SRR1072821 4 0.1597 0.8193 0.012 0.000 0.048 0.940 0.000
#> SRR1080672 2 0.1478 0.9257 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.4354 0.9043 0.624 0.000 0.000 0.008 0.368
#> SRR1404062 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093504 5 0.0963 0.7778 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1343324 1 0.4219 0.9037 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1092281 1 0.4210 0.9055 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1340862 1 0.4310 0.9107 0.604 0.000 0.000 0.004 0.392
#> SRR1360545 2 0.1341 0.9271 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.3090 0.8284 0.104 0.000 0.856 0.000 0.040
#> SRR1328360 4 0.0290 0.8319 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1441745 5 0.0609 0.8019 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1404147 2 0.0290 0.9368 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.4403 0.9099 0.608 0.000 0.000 0.008 0.384
#> SRR1097618 5 0.3736 0.6818 0.052 0.000 0.000 0.140 0.808
#> SRR1098361 1 0.4138 0.9081 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1403089 4 0.0609 0.8319 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1088878 1 0.4283 0.8244 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1070884 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814195 4 0.4788 0.5690 0.064 0.000 0.240 0.696 0.000
#> SRR1436169 5 0.5993 0.4637 0.172 0.000 0.000 0.248 0.580
#> SRR1476255 5 0.4659 -0.2198 0.012 0.000 0.000 0.492 0.496
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 5 0.5484 -0.1251 0.392 0.000 0.068 0.000 0.540
#> SRR1474440 2 0.4090 0.7658 0.268 0.716 0.000 0.016 0.000
#> SRR1447416 4 0.0404 0.8400 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1430860 1 0.4249 0.8941 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1345871 1 0.4392 0.9088 0.612 0.000 0.000 0.008 0.380
#> SRR1446996 2 0.1792 0.9222 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.4232 0.7524 0.312 0.676 0.000 0.012 0.000
#> SRR1355997 2 0.3916 0.7722 0.256 0.732 0.000 0.012 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.9211 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0290 0.9368 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.1608 0.9250 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.4436 0.9044 0.596 0.000 0.000 0.008 0.396
#> SRR1474396 2 0.3916 0.7722 0.256 0.732 0.000 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0508 0.9395 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1410242 4 0.0547 0.7853 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.2451 0.8924 0.004 0.000 0.888 0.000 0.068 0.040
#> SRR1437186 1 0.0937 0.8787 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1072700 2 0.0508 0.9395 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1320203 2 0.1471 0.9442 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1082957 3 0.2384 0.8948 0.000 0.000 0.888 0.000 0.064 0.048
#> SRR1120711 3 0.0146 0.9108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082933 4 0.5255 0.0910 0.096 0.000 0.000 0.476 0.428 0.000
#> SRR1350997 3 0.2250 0.8947 0.000 0.000 0.896 0.000 0.064 0.040
#> SRR1069714 6 0.2416 0.8986 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1487867 2 0.0603 0.9394 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1310920 5 0.2003 0.8788 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1478878 1 0.1714 0.8755 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1399247 4 0.5599 0.3505 0.012 0.000 0.320 0.576 0.072 0.020
#> SRR1083262 1 0.1141 0.8890 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1088680 2 0.2006 0.9240 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR1348248 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.1152 0.9441 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1443755 2 0.2632 0.8768 0.000 0.832 0.000 0.000 0.004 0.164
#> SRR1341321 1 0.4844 0.3571 0.596 0.000 0.344 0.000 0.052 0.008
#> SRR1459889 1 0.1588 0.8702 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000
#> SRR1329726 1 0.4330 0.6556 0.696 0.000 0.236 0.000 0.068 0.000
#> SRR1098495 4 0.4141 0.1702 0.432 0.000 0.000 0.556 0.012 0.000
#> SRR1081092 3 0.2308 0.8934 0.000 0.000 0.892 0.000 0.068 0.040
#> SRR1084252 2 0.0767 0.9359 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR1446979 1 0.0937 0.8914 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1076990 3 0.0260 0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1346838 1 0.0790 0.8818 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1085450 2 0.0146 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1366473 2 0.2146 0.9218 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR1097320 5 0.1501 0.8616 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1400869 5 0.2823 0.8307 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1323404 1 0.5009 0.6604 0.704 0.000 0.152 0.000 0.104 0.040
#> SRR1364641 1 0.1663 0.8777 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1476760 2 0.2146 0.9218 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR1330609 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0260 0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345178 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.1007 0.9439 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1466728 1 0.0937 0.8787 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1343175 5 0.2562 0.8553 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1455565 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.1480 0.8775 0.940 0.000 0.020 0.000 0.040 0.000
#> SRR1477125 1 0.0937 0.8787 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1394544 1 0.3446 0.5185 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1074066 5 0.2350 0.8280 0.076 0.000 0.000 0.036 0.888 0.000
#> SRR1098855 5 0.2462 0.7644 0.028 0.000 0.000 0.096 0.876 0.000
#> SRR1377537 4 0.1901 0.7569 0.028 0.000 0.000 0.924 0.040 0.008
#> SRR1471690 5 0.3804 0.2482 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1435643 2 0.1007 0.9439 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1467680 6 0.1267 0.9167 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1457437 1 0.1787 0.8538 0.920 0.000 0.068 0.000 0.008 0.004
#> SRR1453831 3 0.4071 0.8190 0.080 0.000 0.792 0.000 0.088 0.040
#> SRR1470665 5 0.2003 0.8788 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1102369 4 0.5957 0.1319 0.344 0.000 0.000 0.428 0.228 0.000
#> SRR1417749 4 0.0547 0.7853 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.0790 0.9446 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1310253 1 0.1802 0.8838 0.916 0.000 0.012 0.000 0.072 0.000
#> SRR1098122 2 0.0508 0.9395 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1356725 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0291 0.9414 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1331858 2 0.1007 0.9439 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1354532 2 0.1524 0.9455 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR1458789 3 0.2308 0.8934 0.000 0.000 0.892 0.000 0.068 0.040
#> SRR1440179 2 0.1814 0.9064 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1072920 1 0.1556 0.8814 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1312388 2 0.3330 0.6070 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1092184 6 0.2135 0.9179 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1325690 2 0.0146 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR815970 3 0.0260 0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR812152 2 0.1858 0.9242 0.000 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR1073459 1 0.1501 0.8828 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1096247 1 0.2135 0.8279 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1083408 5 0.2003 0.8788 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1433152 2 0.1007 0.9439 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1370363 1 0.1387 0.8860 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1069778 5 0.2003 0.8788 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.1501 0.8828 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1087101 4 0.5983 0.1049 0.384 0.000 0.000 0.388 0.228 0.000
#> SRR815326 2 0.0146 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072199 5 0.2003 0.8788 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1094555 6 0.1267 0.9167 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1101981 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0260 0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1078759 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.1462 0.9282 0.000 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR1343456 5 0.2003 0.8788 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1105513 2 0.0291 0.9414 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR810689 5 0.3123 0.7476 0.076 0.000 0.000 0.088 0.836 0.000
#> SRR1435090 1 0.0937 0.8787 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1420148 1 0.0937 0.8787 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1309723 2 0.1285 0.9437 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1313449 5 0.2048 0.7651 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1071761 1 0.0937 0.8787 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1368815 5 0.2454 0.8620 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1322512 6 0.3360 0.6633 0.000 0.264 0.000 0.000 0.004 0.732
#> SRR1473385 3 0.0405 0.9106 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1076268 2 0.0717 0.9389 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1329909 3 0.4442 0.2030 0.440 0.000 0.536 0.000 0.020 0.004
#> SRR1070549 3 0.2308 0.8934 0.000 0.000 0.892 0.000 0.068 0.040
#> SRR811193 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415355 5 0.2003 0.8788 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1329108 2 0.0632 0.9461 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1098588 1 0.0937 0.8787 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1458465 1 0.5915 0.3887 0.556 0.000 0.292 0.000 0.112 0.040
#> SRR1405289 2 0.1007 0.9439 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1075874 1 0.0937 0.8787 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1396724 1 0.0632 0.8908 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1081235 2 0.1075 0.9444 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1319078 2 0.1327 0.9429 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR814268 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.2854 0.8268 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1480153 1 0.2219 0.8406 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1316231 5 0.2793 0.8344 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1399156 1 0.0260 0.8910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1102272 2 0.1588 0.9193 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1388190 3 0.1320 0.9066 0.000 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR1414209 3 0.4067 0.1135 0.000 0.000 0.548 0.444 0.000 0.008
#> SRR1432587 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814820 2 0.1007 0.9439 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1383213 1 0.1082 0.8779 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.8893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.1714 0.8591 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1358367 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.1610 0.8803 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1337953 5 0.1765 0.8534 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1478855 1 0.1714 0.8755 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1092136 4 0.0146 0.7930 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.2631 0.8135 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1379384 1 0.1327 0.8864 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1076417 3 0.2860 0.8850 0.032 0.000 0.872 0.000 0.068 0.028
#> SRR810829 3 0.3495 0.7956 0.136 0.000 0.812 0.000 0.036 0.016
#> SRR1468804 5 0.2003 0.8788 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1362688 1 0.1765 0.8741 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1100632 4 0.5935 0.1892 0.244 0.000 0.000 0.456 0.300 0.000
#> SRR1365679 1 0.0363 0.8912 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1388891 1 0.1765 0.8739 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1400312 6 0.1219 0.9082 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR1120825 3 0.3475 0.8608 0.056 0.000 0.836 0.000 0.068 0.040
#> SRR1380591 4 0.4270 0.6367 0.100 0.000 0.000 0.748 0.144 0.008
#> SRR1088782 3 0.2451 0.8924 0.004 0.000 0.888 0.000 0.068 0.040
#> SRR1088117 1 0.0260 0.8904 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099905 2 0.1806 0.9327 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1359760 5 0.2969 0.8113 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1475633 6 0.2837 0.8477 0.000 0.056 0.000 0.088 0.000 0.856
#> SRR1081935 3 0.0260 0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383984 2 0.1007 0.9439 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1100776 1 0.1957 0.8865 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR819719 4 0.3898 0.4264 0.020 0.000 0.000 0.684 0.296 0.000
#> SRR1387516 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.2003 0.8788 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1315309 3 0.2308 0.8934 0.000 0.000 0.892 0.000 0.068 0.040
#> SRR1479431 3 0.0260 0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1432890 1 0.1501 0.8828 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1093390 2 0.0146 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473016 3 0.0146 0.9109 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1068953 3 0.2842 0.8841 0.020 0.000 0.872 0.000 0.068 0.040
#> SRR1079900 1 0.1501 0.8828 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.8893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.5324 0.6306 0.668 0.000 0.176 0.000 0.116 0.040
#> SRR1412928 2 0.2234 0.9119 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR1089737 5 0.2416 0.8441 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1389199 1 0.1779 0.8893 0.920 0.000 0.016 0.000 0.064 0.000
#> SRR1072821 4 0.1838 0.7631 0.020 0.000 0.040 0.928 0.012 0.000
#> SRR1080672 2 0.2146 0.9218 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR1316553 1 0.0937 0.8787 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1404062 5 0.2260 0.8710 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1093504 5 0.3050 0.7922 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR1343324 1 0.1501 0.8828 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1092281 1 0.1556 0.8844 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1340862 1 0.0363 0.8913 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360545 2 0.2006 0.9240 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR813234 3 0.4100 0.8132 0.104 0.000 0.788 0.000 0.068 0.040
#> SRR1328360 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441745 5 0.2100 0.8768 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR1404147 2 0.0146 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445468 1 0.0363 0.8915 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1097618 5 0.3083 0.7819 0.132 0.000 0.000 0.040 0.828 0.000
#> SRR1098361 1 0.1714 0.8868 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1403089 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.2527 0.8352 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1070884 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814195 4 0.6464 0.4180 0.096 0.000 0.244 0.568 0.072 0.020
#> SRR1436169 5 0.6023 0.1103 0.244 0.000 0.000 0.364 0.392 0.000
#> SRR1476255 5 0.3695 0.6179 0.024 0.000 0.000 0.244 0.732 0.000
#> SRR1312906 2 0.1007 0.9439 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1347082 1 0.5670 0.0184 0.460 0.000 0.060 0.000 0.440 0.040
#> SRR1474440 6 0.2053 0.9221 0.000 0.108 0.000 0.004 0.000 0.888
#> SRR1447416 4 0.0000 0.7944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.1765 0.8741 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.8893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.2070 0.9094 0.000 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1459761 6 0.1267 0.9167 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1355997 6 0.2048 0.9202 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1359821 3 0.0000 0.9104 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0146 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381306 2 0.1644 0.9206 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1070382 1 0.0713 0.8859 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1474396 6 0.2048 0.9202 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.808 0.940 0.962 0.4231 0.591 0.591
#> 3 3 0.748 0.762 0.902 0.5269 0.704 0.518
#> 4 4 0.766 0.864 0.901 0.1400 0.853 0.603
#> 5 5 0.745 0.616 0.807 0.0421 0.934 0.772
#> 6 6 0.693 0.433 0.720 0.0555 0.898 0.648
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.7376 0.808 0.792 0.208
#> SRR1408091 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1437186 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1120711 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1082933 1 0.1184 0.947 0.984 0.016
#> SRR1350997 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1069714 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.6887 0.834 0.816 0.184
#> SRR1478878 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.5946 0.871 0.856 0.144
#> SRR1083262 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.6973 0.831 0.812 0.188
#> SRR1098146 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.1184 0.950 0.984 0.016
#> SRR1459889 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0376 0.950 0.996 0.004
#> SRR1098495 1 0.7219 0.817 0.800 0.200
#> SRR1081092 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1084252 2 0.4431 0.895 0.092 0.908
#> SRR1446979 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1346838 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0938 0.950 0.988 0.012
#> SRR1364641 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1465064 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1345178 1 0.7376 0.808 0.792 0.208
#> SRR1069166 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.4562 0.890 0.096 0.904
#> SRR1091548 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0376 0.950 0.996 0.004
#> SRR1394544 1 0.2043 0.947 0.968 0.032
#> SRR1074066 1 0.6712 0.842 0.824 0.176
#> SRR1098855 1 0.6247 0.861 0.844 0.156
#> SRR1377537 1 0.6973 0.831 0.812 0.188
#> SRR1471690 1 0.7139 0.822 0.804 0.196
#> SRR1435643 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1470665 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.7139 0.822 0.804 0.196
#> SRR1417749 1 0.7056 0.826 0.808 0.192
#> SRR1088068 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1310253 1 0.2236 0.945 0.964 0.036
#> SRR1098122 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.7528 0.799 0.784 0.216
#> SRR808542 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1440179 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR812152 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1078090 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.1184 0.947 0.984 0.016
#> SRR815326 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.7528 0.799 0.784 0.216
#> SRR1392615 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1078759 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1083360 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.7056 0.826 0.808 0.192
#> SRR1071761 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.2043 0.946 0.968 0.032
#> SRR1076268 2 0.4298 0.900 0.088 0.912
#> SRR1329909 1 0.1184 0.950 0.984 0.016
#> SRR1070549 1 0.1843 0.947 0.972 0.028
#> SRR811193 1 0.7528 0.799 0.784 0.216
#> SRR1415355 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.1633 0.948 0.976 0.024
#> SRR1458465 1 0.1633 0.948 0.976 0.024
#> SRR1405289 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1447124 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1414209 1 0.6343 0.857 0.840 0.160
#> SRR1432587 1 0.7056 0.826 0.808 0.192
#> SRR814820 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.7528 0.799 0.784 0.216
#> SRR1083149 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.7453 0.804 0.788 0.212
#> SRR1083191 1 0.2603 0.942 0.956 0.044
#> SRR1468028 1 0.7528 0.799 0.784 0.216
#> SRR1413100 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0672 0.950 0.992 0.008
#> SRR1076417 1 0.1843 0.947 0.972 0.028
#> SRR810829 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1468804 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.1633 0.948 0.976 0.024
#> SRR1365679 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.1184 0.950 0.984 0.016
#> SRR1400312 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1380591 1 0.6048 0.867 0.852 0.148
#> SRR1088782 1 0.1843 0.947 0.972 0.028
#> SRR1088117 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0376 0.950 0.996 0.004
#> SRR1475633 2 0.4431 0.895 0.092 0.908
#> SRR1081935 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1383984 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.7376 0.808 0.792 0.208
#> SRR1387516 1 0.7528 0.799 0.784 0.216
#> SRR1402772 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1466490 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.2043 0.946 0.968 0.032
#> SRR1479431 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1432890 1 0.1184 0.950 0.984 0.016
#> SRR1093390 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1068953 1 0.1633 0.948 0.976 0.024
#> SRR1079900 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.1633 0.948 0.976 0.024
#> SRR1412928 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1089737 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.6531 0.850 0.832 0.168
#> SRR1080672 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0376 0.950 0.996 0.004
#> SRR1092281 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.1633 0.948 0.976 0.024
#> SRR1328360 2 0.4562 0.890 0.096 0.904
#> SRR1441745 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.6438 0.854 0.836 0.164
#> SRR1088878 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR814195 1 0.5946 0.871 0.856 0.144
#> SRR1436169 1 0.6973 0.830 0.812 0.188
#> SRR1476255 1 0.6343 0.857 0.840 0.160
#> SRR1312906 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.1633 0.948 0.976 0.024
#> SRR1474440 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.7528 0.799 0.784 0.216
#> SRR1430860 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0376 0.950 0.996 0.004
#> SRR1446996 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.2423 0.944 0.960 0.040
#> SRR1498249 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408091 3 0.2625 0.7406 0.084 0.000 0.916
#> SRR1437186 1 0.0892 0.8819 0.980 0.000 0.020
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1120711 3 0.4399 0.6756 0.188 0.000 0.812
#> SRR1082933 3 0.5760 0.4313 0.328 0.000 0.672
#> SRR1350997 3 0.6295 0.3077 0.472 0.000 0.528
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083262 1 0.0237 0.8949 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.6192 0.0967 0.580 0.000 0.420
#> SRR1459889 1 0.2537 0.8183 0.920 0.000 0.080
#> SRR1329726 1 0.6140 0.1379 0.596 0.000 0.404
#> SRR1098495 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081092 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1084252 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.6062 0.2111 0.616 0.000 0.384
#> SRR1364641 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1465064 3 0.3267 0.7254 0.116 0.000 0.884
#> SRR1345178 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.3192 0.7836 0.888 0.000 0.112
#> SRR1394544 3 0.4974 0.6285 0.236 0.000 0.764
#> SRR1074066 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098855 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377537 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471690 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.1411 0.9689 0.000 0.964 0.036
#> SRR1457437 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.2959 0.7336 0.100 0.000 0.900
#> SRR1470665 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417749 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088068 3 0.5016 0.4955 0.000 0.240 0.760
#> SRR1310253 3 0.3551 0.7163 0.132 0.000 0.868
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.5810 0.5202 0.336 0.000 0.664
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.3412 0.7209 0.124 0.000 0.876
#> SRR812152 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0592 0.8885 0.988 0.000 0.012
#> SRR1083408 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1078090 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.6235 0.1671 0.436 0.000 0.564
#> SRR815326 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.2165 0.9420 0.000 0.936 0.064
#> SRR1101981 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392615 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1078759 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.6252 0.1222 0.556 0.000 0.444
#> SRR1435090 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0747 0.8852 0.984 0.000 0.016
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071761 1 0.0592 0.8887 0.988 0.000 0.012
#> SRR1368815 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.1411 0.9689 0.000 0.964 0.036
#> SRR1473385 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1076268 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.6062 0.2111 0.616 0.000 0.384
#> SRR1070549 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR811193 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.6252 0.1222 0.556 0.000 0.444
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.6302 0.1127 0.480 0.000 0.520
#> SRR1458465 1 0.5882 0.3259 0.652 0.000 0.348
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.1964 0.8480 0.944 0.000 0.056
#> SRR1081235 2 0.1529 0.9657 0.000 0.960 0.040
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1447124 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.3412 0.7209 0.124 0.000 0.876
#> SRR1414209 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.1411 0.8666 0.964 0.000 0.036
#> SRR1338705 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468028 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.4974 0.5919 0.764 0.000 0.236
#> SRR1076417 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR810829 3 0.6267 0.3389 0.452 0.000 0.548
#> SRR1468804 1 0.0237 0.8950 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362688 1 0.0237 0.8950 0.996 0.000 0.004
#> SRR1100632 3 0.1753 0.7552 0.048 0.000 0.952
#> SRR1365679 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.4796 0.6381 0.780 0.000 0.220
#> SRR1400312 2 0.1411 0.9689 0.000 0.964 0.036
#> SRR1120825 3 0.6291 0.3125 0.468 0.000 0.532
#> SRR1380591 3 0.1163 0.7559 0.028 0.000 0.972
#> SRR1088782 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1088117 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081935 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387516 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402772 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1466490 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1479431 3 0.6095 0.4395 0.392 0.000 0.608
#> SRR1432890 1 0.1643 0.8602 0.956 0.000 0.044
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1068953 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1079900 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.5327 0.5201 0.728 0.000 0.272
#> SRR1412928 2 0.2625 0.9185 0.000 0.916 0.084
#> SRR1089737 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389199 1 0.6045 0.2218 0.620 0.000 0.380
#> SRR1072821 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.5363 0.5102 0.724 0.000 0.276
#> SRR1092281 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 1 0.6274 -0.0800 0.544 0.000 0.456
#> SRR1328360 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.2448 0.8228 0.924 0.000 0.076
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.6045 0.2793 0.620 0.000 0.380
#> SRR1098361 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR814195 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436169 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476255 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.5327 0.5202 0.728 0.000 0.272
#> SRR1474440 3 0.5810 0.3052 0.000 0.336 0.664
#> SRR1447416 3 0.0000 0.7720 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.3267 0.7785 0.884 0.000 0.116
#> SRR1446996 2 0.1411 0.9689 0.000 0.964 0.036
#> SRR1459761 2 0.1411 0.9689 0.000 0.964 0.036
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.6299 0.3001 0.476 0.000 0.524
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.8975 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.1411 0.9689 0.000 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0469 0.947 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1410242 4 0.3219 0.870 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1408091 3 0.2944 0.786 0.004 0.000 0.868 0.128
#> SRR1437186 1 0.4713 0.750 0.776 0.000 0.052 0.172
#> SRR1072700 2 0.0469 0.947 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1320203 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1082957 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1120711 3 0.1488 0.902 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1082933 4 0.5250 0.704 0.196 0.000 0.068 0.736
#> SRR1350997 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1069714 2 0.1302 0.937 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1487867 2 0.0469 0.947 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1310920 4 0.3123 0.868 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1478878 1 0.0469 0.945 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1399247 4 0.4103 0.796 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1083262 1 0.1936 0.929 0.940 0.000 0.032 0.028
#> SRR1088680 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1348248 4 0.3266 0.865 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1098146 2 0.0707 0.945 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1443755 2 0.0469 0.948 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341321 3 0.3919 0.838 0.104 0.000 0.840 0.056
#> SRR1459889 1 0.4633 0.778 0.780 0.000 0.048 0.172
#> SRR1329726 3 0.2999 0.837 0.132 0.000 0.864 0.004
#> SRR1098495 4 0.3172 0.868 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1081092 3 0.1256 0.903 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1084252 4 0.2918 0.855 0.000 0.008 0.116 0.876
#> SRR1446979 1 0.0672 0.945 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1076990 3 0.2868 0.770 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1346838 1 0.0672 0.945 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1085450 2 0.0188 0.948 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1366473 2 0.1474 0.939 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1097320 1 0.0921 0.942 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1400869 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323404 3 0.2334 0.870 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1364641 1 0.2125 0.905 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1476760 2 0.0188 0.948 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330609 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1465064 3 0.1174 0.897 0.020 0.000 0.968 0.012
#> SRR1345178 4 0.3024 0.871 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1069166 2 0.0707 0.945 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1466728 1 0.1489 0.930 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1343175 1 0.1022 0.943 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1455565 4 0.3196 0.865 0.000 0.008 0.136 0.856
#> SRR1091548 1 0.4632 0.546 0.688 0.000 0.308 0.004
#> SRR1477125 1 0.2596 0.904 0.908 0.000 0.068 0.024
#> SRR1394544 4 0.5209 0.793 0.104 0.000 0.140 0.756
#> SRR1074066 4 0.2921 0.868 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1098855 4 0.3205 0.855 0.024 0.000 0.104 0.872
#> SRR1377537 4 0.3569 0.859 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1471690 4 0.2921 0.868 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1435643 2 0.1022 0.941 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1467680 2 0.4313 0.711 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR1457437 3 0.5292 0.111 0.480 0.000 0.512 0.008
#> SRR1453831 3 0.3307 0.830 0.028 0.000 0.868 0.104
#> SRR1470665 1 0.1151 0.942 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1102369 4 0.2921 0.868 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1417749 4 0.2760 0.868 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1088068 4 0.3842 0.751 0.000 0.128 0.036 0.836
#> SRR1310253 3 0.2965 0.860 0.036 0.000 0.892 0.072
#> SRR1098122 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1356725 4 0.3074 0.869 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR808542 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1331858 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354532 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1458789 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1440179 2 0.1022 0.941 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1072920 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312388 2 0.0817 0.944 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1092184 2 0.1389 0.935 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1325690 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.1174 0.897 0.020 0.000 0.968 0.012
#> SRR812152 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1073459 1 0.0188 0.945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096247 1 0.3301 0.876 0.876 0.000 0.048 0.076
#> SRR1083408 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1433152 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370363 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1069778 1 0.0921 0.942 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1081717 3 0.1209 0.904 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1078090 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1087101 4 0.5307 0.724 0.188 0.000 0.076 0.736
#> SRR815326 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072199 1 0.1389 0.934 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1094555 4 0.4986 0.628 0.000 0.216 0.044 0.740
#> SRR1101981 4 0.3074 0.871 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1392615 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1078759 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1083360 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1343456 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1105513 2 0.1022 0.941 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR810689 4 0.5878 0.502 0.312 0.000 0.056 0.632
#> SRR1435090 1 0.0524 0.945 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1420148 1 0.4171 0.821 0.824 0.000 0.060 0.116
#> SRR1309723 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1313449 4 0.2921 0.868 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1071761 1 0.3505 0.866 0.864 0.000 0.048 0.088
#> SRR1368815 1 0.0469 0.945 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322512 2 0.4697 0.653 0.000 0.696 0.008 0.296
#> SRR1473385 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1076268 4 0.2918 0.855 0.000 0.008 0.116 0.876
#> SRR1329909 3 0.2859 0.860 0.112 0.000 0.880 0.008
#> SRR1070549 3 0.1452 0.902 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR811193 4 0.3074 0.872 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1415355 4 0.5837 0.300 0.400 0.000 0.036 0.564
#> SRR1329108 2 0.0469 0.947 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1098588 4 0.6883 0.595 0.260 0.000 0.156 0.584
#> SRR1458465 3 0.4011 0.768 0.208 0.000 0.784 0.008
#> SRR1405289 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1075874 1 0.1488 0.937 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1396724 3 0.4220 0.712 0.248 0.000 0.748 0.004
#> SRR1081235 2 0.5125 0.448 0.000 0.604 0.008 0.388
#> SRR1319078 2 0.0921 0.942 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR814268 3 0.1209 0.904 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1447124 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480153 1 0.0672 0.945 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1316231 1 0.0469 0.945 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1399156 1 0.1302 0.930 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1102272 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1388190 3 0.2342 0.841 0.008 0.000 0.912 0.080
#> SRR1414209 4 0.3486 0.857 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1432587 4 0.2704 0.870 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR814820 2 0.0469 0.947 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1383213 1 0.3521 0.866 0.864 0.000 0.052 0.084
#> SRR1338705 1 0.1356 0.938 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1337794 1 0.1388 0.942 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1358367 4 0.2973 0.872 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1083149 1 0.0469 0.945 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1337953 1 0.1151 0.942 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1478855 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092136 4 0.3219 0.868 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1083191 3 0.3486 0.694 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1468028 4 0.3074 0.869 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1413100 1 0.0469 0.945 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1379384 3 0.4978 0.453 0.384 0.000 0.612 0.004
#> SRR1076417 3 0.1209 0.902 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR810829 3 0.2565 0.869 0.032 0.000 0.912 0.056
#> SRR1468804 1 0.0376 0.946 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1362688 1 0.0376 0.946 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1100632 4 0.6096 0.693 0.184 0.000 0.136 0.680
#> SRR1365679 1 0.0804 0.945 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1388891 1 0.4786 0.772 0.788 0.000 0.104 0.108
#> SRR1400312 2 0.4372 0.713 0.000 0.728 0.004 0.268
#> SRR1120825 3 0.2565 0.874 0.032 0.000 0.912 0.056
#> SRR1380591 4 0.4374 0.836 0.068 0.000 0.120 0.812
#> SRR1088782 3 0.1256 0.903 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1088117 1 0.0672 0.945 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1099905 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1359760 1 0.1406 0.940 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1475633 4 0.3142 0.864 0.000 0.008 0.132 0.860
#> SRR1081935 3 0.0921 0.903 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1383984 2 0.0707 0.945 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1100776 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR819719 4 0.3311 0.867 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1387516 4 0.2921 0.867 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1402772 3 0.1209 0.904 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1466490 1 0.1209 0.939 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1315309 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1479431 3 0.1209 0.904 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1432890 1 0.1174 0.933 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1093390 2 0.0469 0.947 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1473016 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1068953 3 0.1807 0.894 0.052 0.000 0.940 0.008
#> SRR1079900 1 0.0469 0.945 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091356 1 0.1824 0.921 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1384331 3 0.4877 0.581 0.328 0.000 0.664 0.008
#> SRR1412928 4 0.5036 0.512 0.000 0.280 0.024 0.696
#> SRR1089737 1 0.3088 0.901 0.888 0.000 0.052 0.060
#> SRR1389199 3 0.2530 0.866 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR1072821 4 0.3311 0.862 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1080672 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1316553 1 0.1489 0.930 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1404062 1 0.0707 0.944 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1093504 1 0.0469 0.945 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1343324 3 0.4372 0.693 0.268 0.000 0.728 0.004
#> SRR1092281 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1340862 1 0.1209 0.937 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1360545 2 0.0592 0.947 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR813234 3 0.2480 0.871 0.088 0.000 0.904 0.008
#> SRR1328360 4 0.3196 0.865 0.000 0.008 0.136 0.856
#> SRR1441745 1 0.4669 0.784 0.780 0.000 0.052 0.168
#> SRR1404147 2 0.0469 0.947 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1445468 1 0.0672 0.945 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1097618 4 0.6079 0.344 0.380 0.000 0.052 0.568
#> SRR1098361 1 0.0817 0.944 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1403089 4 0.3074 0.866 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1088878 1 0.0672 0.946 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1070884 3 0.1109 0.903 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR814195 4 0.4250 0.779 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1436169 4 0.2921 0.868 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1476255 4 0.2868 0.867 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1312906 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347082 1 0.5161 0.238 0.592 0.000 0.400 0.008
#> SRR1474440 4 0.4642 0.597 0.000 0.240 0.020 0.740
#> SRR1447416 4 0.3074 0.869 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1430860 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.2635 0.898 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1446996 2 0.4372 0.713 0.000 0.728 0.004 0.268
#> SRR1459761 2 0.4372 0.704 0.000 0.728 0.004 0.268
#> SRR1355997 2 0.1389 0.935 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1359821 3 0.0921 0.903 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1498249 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381306 2 0.1211 0.940 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1070382 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1474396 2 0.4313 0.711 0.000 0.736 0.004 0.260
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.4390 0.8072 0.000 0.568 0.000 0.004 0.428
#> SRR1410242 4 0.4555 0.4915 0.000 0.000 0.020 0.636 0.344
#> SRR1408091 3 0.2806 0.6800 0.000 0.000 0.844 0.152 0.004
#> SRR1437186 1 0.5557 0.2988 0.652 0.000 0.032 0.052 0.264
#> SRR1072700 2 0.4242 0.8075 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1320203 2 0.4242 0.8063 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1082957 3 0.0162 0.8078 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1120711 3 0.0794 0.7971 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1082933 1 0.6519 -0.3159 0.500 0.000 0.024 0.112 0.364
#> SRR1350997 3 0.0671 0.8051 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1069714 2 0.0794 0.6826 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1487867 2 0.4210 0.8090 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1310920 4 0.4630 0.4576 0.000 0.000 0.016 0.588 0.396
#> SRR1478878 1 0.0162 0.7871 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1399247 4 0.3430 0.5263 0.000 0.000 0.220 0.776 0.004
#> SRR1083262 1 0.2877 0.6876 0.848 0.000 0.144 0.004 0.004
#> SRR1088680 2 0.3266 0.7531 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> SRR1348248 4 0.1485 0.6664 0.000 0.000 0.032 0.948 0.020
#> SRR1098146 2 0.3774 0.8006 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1443755 2 0.3857 0.7998 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1341321 3 0.4639 0.3623 0.368 0.000 0.612 0.020 0.000
#> SRR1459889 1 0.5570 0.1526 0.612 0.000 0.020 0.052 0.316
#> SRR1329726 3 0.3949 0.4978 0.300 0.000 0.696 0.000 0.004
#> SRR1098495 4 0.4651 0.4784 0.000 0.000 0.020 0.608 0.372
#> SRR1081092 3 0.0324 0.8083 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1084252 4 0.5880 0.2957 0.000 0.364 0.012 0.548 0.076
#> SRR1446979 1 0.0794 0.7852 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1076990 4 0.4390 0.1934 0.000 0.000 0.428 0.568 0.004
#> SRR1346838 1 0.1195 0.7844 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1085450 2 0.4219 0.8087 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1366473 2 0.1768 0.6828 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1097320 1 0.1197 0.7745 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1400869 1 0.0510 0.7869 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1323404 3 0.4166 0.4210 0.348 0.000 0.648 0.000 0.004
#> SRR1364641 1 0.2929 0.6909 0.840 0.000 0.152 0.000 0.008
#> SRR1476760 2 0.4367 0.8093 0.000 0.580 0.000 0.004 0.416
#> SRR1330609 3 0.0451 0.8082 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1465064 3 0.4211 0.3647 0.000 0.000 0.636 0.360 0.004
#> SRR1345178 4 0.1800 0.6696 0.000 0.000 0.020 0.932 0.048
#> SRR1069166 2 0.4030 0.8085 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1466728 1 0.1828 0.7772 0.936 0.000 0.032 0.004 0.028
#> SRR1343175 1 0.0671 0.7849 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1455565 4 0.2275 0.6514 0.000 0.012 0.012 0.912 0.064
#> SRR1091548 1 0.4380 0.3447 0.616 0.000 0.376 0.000 0.008
#> SRR1477125 1 0.3855 0.5672 0.748 0.000 0.240 0.004 0.008
#> SRR1394544 4 0.6484 -0.0676 0.136 0.000 0.012 0.484 0.368
#> SRR1074066 4 0.4547 0.4425 0.000 0.000 0.012 0.588 0.400
#> SRR1098855 5 0.7002 0.0000 0.296 0.000 0.008 0.300 0.396
#> SRR1377537 4 0.1399 0.6674 0.000 0.000 0.028 0.952 0.020
#> SRR1471690 4 0.4527 0.4514 0.000 0.000 0.012 0.596 0.392
#> SRR1435643 2 0.0609 0.7032 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1467680 2 0.1836 0.6497 0.000 0.932 0.000 0.032 0.036
#> SRR1457437 1 0.4679 0.3110 0.596 0.000 0.388 0.008 0.008
#> SRR1453831 3 0.5127 0.1785 0.016 0.000 0.552 0.416 0.016
#> SRR1470665 1 0.3512 0.6895 0.816 0.000 0.012 0.012 0.160
#> SRR1102369 4 0.4537 0.4541 0.000 0.000 0.012 0.592 0.396
#> SRR1417749 4 0.4470 0.4637 0.000 0.000 0.012 0.616 0.372
#> SRR1088068 2 0.5605 -0.1555 0.000 0.464 0.000 0.464 0.072
#> SRR1310253 3 0.4272 0.6012 0.016 0.000 0.752 0.212 0.020
#> SRR1098122 2 0.4278 0.8038 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1356725 4 0.0912 0.6699 0.000 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR808542 2 0.4249 0.8058 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1331858 2 0.4210 0.8088 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1354532 2 0.4249 0.8058 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1458789 3 0.0510 0.8015 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1440179 2 0.0162 0.6950 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072920 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.3534 0.7918 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1092184 2 0.0451 0.6886 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1325690 2 0.4219 0.8090 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR815970 3 0.4211 0.3647 0.000 0.000 0.636 0.360 0.004
#> SRR812152 2 0.4268 0.8054 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1073459 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.5663 0.1730 0.620 0.000 0.028 0.052 0.300
#> SRR1083408 1 0.1557 0.7698 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR1433152 2 0.4192 0.8091 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1370363 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.1197 0.7745 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1081717 3 0.0510 0.8038 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.6413 -0.2737 0.528 0.000 0.016 0.128 0.328
#> SRR815326 2 0.4201 0.8086 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1072199 1 0.3994 0.6162 0.772 0.000 0.000 0.040 0.188
#> SRR1094555 2 0.5571 -0.0621 0.000 0.516 0.004 0.420 0.060
#> SRR1101981 4 0.1300 0.6691 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1392615 3 0.0162 0.8078 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1078759 3 0.0451 0.8082 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1083360 2 0.4249 0.8058 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1343456 1 0.2046 0.7598 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR1105513 2 0.0510 0.6967 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR810689 1 0.6617 -0.4513 0.464 0.000 0.020 0.128 0.388
#> SRR1435090 1 0.1041 0.7842 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1420148 1 0.5408 0.5434 0.724 0.000 0.092 0.048 0.136
#> SRR1309723 2 0.4425 0.8037 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR1313449 4 0.4547 0.4425 0.000 0.000 0.012 0.588 0.400
#> SRR1071761 1 0.4634 0.5733 0.760 0.000 0.028 0.044 0.168
#> SRR1368815 1 0.0404 0.7857 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322512 2 0.3281 0.5970 0.000 0.848 0.000 0.092 0.060
#> SRR1473385 3 0.0162 0.8078 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1076268 4 0.5880 0.2957 0.000 0.364 0.012 0.548 0.076
#> SRR1329909 3 0.4151 0.4338 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR1070549 3 0.0162 0.8074 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.4457 0.4808 0.000 0.000 0.012 0.620 0.368
#> SRR1415355 1 0.6107 -0.3722 0.496 0.000 0.000 0.132 0.372
#> SRR1329108 2 0.4249 0.8077 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1098588 1 0.6368 -0.1989 0.548 0.000 0.032 0.092 0.328
#> SRR1458465 3 0.4101 0.3825 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.4367 0.8093 0.000 0.580 0.000 0.004 0.416
#> SRR1075874 1 0.2605 0.6994 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1396724 3 0.4510 0.2173 0.432 0.000 0.560 0.000 0.008
#> SRR1081235 2 0.4252 0.4989 0.000 0.764 0.000 0.172 0.064
#> SRR1319078 2 0.3074 0.7745 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR814268 3 0.0451 0.8082 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0404 0.7871 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0290 0.7865 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1399156 1 0.1106 0.7857 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR1102272 2 0.4256 0.8066 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1388190 3 0.1205 0.7891 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1414209 4 0.1943 0.6530 0.000 0.000 0.056 0.924 0.020
#> SRR1432587 4 0.3916 0.5676 0.000 0.000 0.012 0.732 0.256
#> SRR814820 2 0.4256 0.8070 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1383213 1 0.4638 0.5842 0.764 0.000 0.032 0.044 0.160
#> SRR1338705 1 0.2583 0.7134 0.864 0.000 0.132 0.000 0.004
#> SRR1337794 1 0.1630 0.7851 0.944 0.000 0.016 0.004 0.036
#> SRR1358367 4 0.4086 0.5546 0.000 0.000 0.012 0.704 0.284
#> SRR1083149 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.4118 0.6426 0.780 0.000 0.012 0.032 0.176
#> SRR1478855 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.1774 0.6679 0.000 0.000 0.016 0.932 0.052
#> SRR1083191 4 0.3055 0.5927 0.000 0.000 0.144 0.840 0.016
#> SRR1468028 4 0.0912 0.6690 0.000 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1413100 1 0.1121 0.7763 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1379384 3 0.4489 0.2627 0.420 0.000 0.572 0.000 0.008
#> SRR1076417 3 0.0162 0.8074 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.1731 0.7863 0.012 0.000 0.940 0.040 0.008
#> SRR1468804 1 0.1153 0.7864 0.964 0.000 0.008 0.004 0.024
#> SRR1362688 1 0.0162 0.7861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1100632 1 0.6707 -0.3446 0.508 0.000 0.032 0.124 0.336
#> SRR1365679 1 0.0794 0.7852 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.5466 0.3095 0.676 0.000 0.012 0.104 0.208
#> SRR1400312 2 0.2149 0.6677 0.000 0.916 0.000 0.036 0.048
#> SRR1120825 3 0.1202 0.7915 0.004 0.000 0.960 0.032 0.004
#> SRR1380591 4 0.4127 0.4902 0.120 0.000 0.044 0.808 0.028
#> SRR1088782 3 0.0162 0.8074 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.1041 0.7847 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1099905 2 0.4256 0.8056 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1359760 1 0.1443 0.7754 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004
#> SRR1475633 4 0.1864 0.6468 0.000 0.004 0.004 0.924 0.068
#> SRR1081935 3 0.0162 0.8078 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1383984 2 0.3966 0.8070 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1100776 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 4 0.4555 0.4915 0.000 0.000 0.020 0.636 0.344
#> SRR1387516 4 0.1300 0.6669 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1402772 3 0.0566 0.8071 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR1466490 1 0.3527 0.6594 0.804 0.000 0.000 0.024 0.172
#> SRR1315309 3 0.0324 0.8083 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1479431 3 0.0671 0.8009 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1432890 1 0.0865 0.7762 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1093390 2 0.4242 0.8081 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1473016 3 0.0162 0.8078 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1068953 3 0.0162 0.8074 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.3093 0.6717 0.824 0.000 0.168 0.000 0.008
#> SRR1384331 3 0.4341 0.3118 0.404 0.000 0.592 0.000 0.004
#> SRR1412928 2 0.5197 0.2277 0.000 0.620 0.000 0.316 0.064
#> SRR1089737 1 0.4103 0.6566 0.792 0.000 0.016 0.036 0.156
#> SRR1389199 3 0.2047 0.7744 0.040 0.000 0.928 0.020 0.012
#> SRR1072821 4 0.2920 0.6327 0.000 0.000 0.016 0.852 0.132
#> SRR1080672 2 0.4510 0.8039 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1316553 1 0.3164 0.7331 0.872 0.000 0.040 0.020 0.068
#> SRR1404062 1 0.1121 0.7764 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1093504 1 0.1043 0.7775 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1343324 3 0.4637 0.2503 0.420 0.000 0.568 0.004 0.008
#> SRR1092281 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.1894 0.7634 0.920 0.000 0.072 0.000 0.008
#> SRR1360545 2 0.3635 0.7700 0.000 0.748 0.000 0.004 0.248
#> SRR813234 3 0.3612 0.5413 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.2166 0.6478 0.000 0.012 0.004 0.912 0.072
#> SRR1441745 1 0.5931 0.2367 0.616 0.000 0.020 0.096 0.268
#> SRR1404147 2 0.4242 0.8075 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1445468 1 0.0771 0.7869 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1097618 1 0.6384 -0.2450 0.520 0.000 0.024 0.100 0.356
#> SRR1098361 1 0.0162 0.7863 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403089 4 0.0955 0.6683 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1088878 1 0.1012 0.7877 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1070884 3 0.0451 0.8082 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR814195 4 0.3612 0.5151 0.000 0.000 0.228 0.764 0.008
#> SRR1436169 4 0.4537 0.4475 0.000 0.000 0.012 0.592 0.396
#> SRR1476255 4 0.4829 0.4229 0.016 0.000 0.008 0.604 0.372
#> SRR1312906 2 0.4101 0.8090 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1347082 1 0.4440 0.0543 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR1474440 2 0.5271 -0.0657 0.000 0.520 0.000 0.432 0.048
#> SRR1447416 4 0.1117 0.6701 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR1430860 1 0.0000 0.7864 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.2770 0.7104 0.864 0.000 0.124 0.004 0.008
#> SRR1446996 2 0.2473 0.6571 0.000 0.896 0.000 0.032 0.072
#> SRR1459761 2 0.2291 0.6338 0.000 0.908 0.000 0.056 0.036
#> SRR1355997 2 0.0955 0.6773 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1359821 3 0.0324 0.8083 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1498249 2 0.4192 0.8088 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1381306 2 0.4803 0.7993 0.000 0.536 0.000 0.020 0.444
#> SRR1070382 1 0.0865 0.7862 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR1474396 2 0.1753 0.6522 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.2838 0.7898 0.000 0.808 0.000 0.000 0.004 0.188
#> SRR1410242 4 0.0881 0.7499 0.000 0.000 0.008 0.972 0.012 0.008
#> SRR1408091 3 0.3459 0.7398 0.004 0.000 0.832 0.072 0.080 0.012
#> SRR1437186 1 0.4025 0.1772 0.720 0.000 0.000 0.232 0.048 0.000
#> SRR1072700 2 0.1501 0.8238 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1320203 2 0.2703 0.7913 0.000 0.824 0.000 0.000 0.004 0.172
#> SRR1082957 3 0.0291 0.8543 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1120711 3 0.0405 0.8539 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1082933 1 0.5595 0.0631 0.536 0.000 0.004 0.312 0.148 0.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.8546 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 6 0.2911 0.6803 0.000 0.144 0.000 0.000 0.024 0.832
#> SRR1487867 2 0.3126 0.7455 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1310920 4 0.1149 0.7456 0.000 0.000 0.008 0.960 0.024 0.008
#> SRR1478878 1 0.3390 -0.1476 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1399247 4 0.5976 0.6163 0.000 0.000 0.188 0.508 0.292 0.012
#> SRR1083262 1 0.4996 0.0436 0.652 0.000 0.128 0.000 0.216 0.004
#> SRR1088680 2 0.4124 0.3778 0.000 0.648 0.000 0.008 0.012 0.332
#> SRR1348248 4 0.4217 0.7389 0.000 0.000 0.016 0.700 0.260 0.024
#> SRR1098146 2 0.4381 0.4240 0.000 0.536 0.000 0.000 0.024 0.440
#> SRR1443755 2 0.4099 0.4927 0.000 0.612 0.000 0.000 0.016 0.372
#> SRR1341321 1 0.5737 -0.2494 0.460 0.000 0.444 0.032 0.056 0.008
#> SRR1459889 1 0.4986 0.1004 0.612 0.000 0.000 0.284 0.104 0.000
#> SRR1329726 3 0.4165 0.4065 0.420 0.000 0.568 0.000 0.008 0.004
#> SRR1098495 4 0.1382 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.948 0.036 0.008
#> SRR1081092 3 0.0363 0.8522 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1084252 6 0.5521 0.4269 0.000 0.000 0.000 0.136 0.376 0.488
#> SRR1446979 1 0.0547 0.2939 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1076990 4 0.5990 0.4287 0.004 0.000 0.324 0.496 0.168 0.008
#> SRR1346838 1 0.0622 0.2969 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1085450 2 0.1204 0.8172 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1366473 6 0.4283 0.5901 0.000 0.288 0.000 0.004 0.036 0.672
#> SRR1097320 1 0.3862 -0.4648 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1400869 1 0.4278 -0.3021 0.632 0.000 0.000 0.032 0.336 0.000
#> SRR1323404 3 0.4126 0.2615 0.480 0.000 0.512 0.000 0.004 0.004
#> SRR1364641 1 0.3735 0.2075 0.792 0.000 0.084 0.000 0.120 0.004
#> SRR1476760 2 0.1908 0.7894 0.000 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR1330609 3 0.0000 0.8546 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 4 0.5152 0.1676 0.004 0.000 0.440 0.492 0.060 0.004
#> SRR1345178 4 0.3965 0.7447 0.000 0.000 0.008 0.720 0.248 0.024
#> SRR1069166 2 0.4334 0.4982 0.000 0.568 0.000 0.000 0.024 0.408
#> SRR1466728 1 0.0146 0.3005 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343175 1 0.3695 -0.2447 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1455565 4 0.3916 0.6902 0.000 0.000 0.000 0.680 0.300 0.020
#> SRR1091548 1 0.4582 0.1312 0.604 0.000 0.356 0.000 0.032 0.008
#> SRR1477125 1 0.3692 0.2778 0.736 0.000 0.244 0.000 0.012 0.008
#> SRR1394544 4 0.3936 0.5665 0.140 0.000 0.004 0.772 0.084 0.000
#> SRR1074066 4 0.0951 0.7454 0.000 0.000 0.008 0.968 0.020 0.004
#> SRR1098855 4 0.2631 0.6727 0.068 0.000 0.008 0.880 0.044 0.000
#> SRR1377537 4 0.4130 0.7410 0.000 0.000 0.012 0.704 0.260 0.024
#> SRR1471690 4 0.0622 0.7457 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1435643 6 0.3424 0.6066 0.000 0.204 0.000 0.000 0.024 0.772
#> SRR1467680 6 0.3678 0.7188 0.000 0.128 0.000 0.000 0.084 0.788
#> SRR1457437 1 0.4450 0.2139 0.632 0.000 0.328 0.000 0.036 0.004
#> SRR1453831 4 0.4664 0.1312 0.004 0.000 0.468 0.500 0.024 0.004
#> SRR1470665 5 0.5309 0.7633 0.408 0.000 0.000 0.104 0.488 0.000
#> SRR1102369 4 0.1036 0.7462 0.000 0.000 0.008 0.964 0.024 0.004
#> SRR1417749 4 0.0622 0.7459 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1088068 6 0.5040 0.6324 0.000 0.044 0.000 0.032 0.300 0.624
#> SRR1310253 3 0.4504 0.5196 0.004 0.000 0.692 0.248 0.048 0.008
#> SRR1098122 2 0.1285 0.8108 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1356725 4 0.3788 0.7422 0.000 0.000 0.008 0.740 0.232 0.020
#> SRR808542 2 0.2146 0.8056 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR1331858 2 0.2300 0.8070 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1354532 2 0.2191 0.8056 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1458789 3 0.0146 0.8543 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440179 6 0.3301 0.6304 0.000 0.188 0.000 0.000 0.024 0.788
#> SRR1072920 1 0.3695 -0.2335 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1312388 6 0.4393 -0.2046 0.000 0.452 0.000 0.000 0.024 0.524
#> SRR1092184 6 0.3041 0.7108 0.000 0.128 0.000 0.000 0.040 0.832
#> SRR1325690 2 0.1141 0.8168 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR815970 4 0.5158 0.1337 0.004 0.000 0.452 0.480 0.060 0.004
#> SRR812152 2 0.0777 0.8138 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1073459 1 0.3695 -0.2335 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1096247 1 0.3989 0.1689 0.720 0.000 0.000 0.236 0.044 0.000
#> SRR1083408 1 0.4407 -0.5708 0.492 0.000 0.000 0.024 0.484 0.000
#> SRR1433152 2 0.2631 0.7930 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1370363 1 0.3647 -0.2124 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1069778 1 0.3862 -0.4616 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1081717 3 0.0291 0.8535 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1078090 1 0.0713 0.2893 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1087101 1 0.5347 0.0887 0.572 0.000 0.000 0.304 0.120 0.004
#> SRR815326 2 0.2135 0.8139 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1072199 5 0.5721 0.7710 0.344 0.000 0.000 0.176 0.480 0.000
#> SRR1094555 6 0.4846 0.6813 0.000 0.052 0.000 0.040 0.216 0.692
#> SRR1101981 4 0.3989 0.7430 0.000 0.000 0.008 0.716 0.252 0.024
#> SRR1392615 3 0.0837 0.8497 0.004 0.000 0.972 0.000 0.020 0.004
#> SRR1078759 3 0.0291 0.8535 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1083360 2 0.2191 0.8056 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1343456 5 0.5110 0.6785 0.440 0.000 0.000 0.080 0.480 0.000
#> SRR1105513 6 0.3457 0.6255 0.000 0.232 0.000 0.000 0.016 0.752
#> SRR810689 4 0.5979 -0.4244 0.252 0.000 0.000 0.440 0.308 0.000
#> SRR1435090 1 0.0508 0.3053 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420148 1 0.4529 0.2353 0.748 0.000 0.056 0.144 0.052 0.000
#> SRR1309723 2 0.1219 0.8106 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1313449 4 0.0806 0.7436 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1071761 1 0.3861 0.1916 0.756 0.000 0.000 0.184 0.060 0.000
#> SRR1368815 1 0.3717 -0.2510 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1322512 6 0.3068 0.7110 0.000 0.120 0.000 0.008 0.032 0.840
#> SRR1473385 3 0.0146 0.8547 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 6 0.5515 0.4290 0.000 0.000 0.000 0.136 0.372 0.492
#> SRR1329909 3 0.4624 0.3070 0.452 0.000 0.516 0.000 0.024 0.008
#> SRR1070549 3 0.1003 0.8477 0.016 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020
#> SRR811193 4 0.0520 0.7468 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1415355 4 0.5952 -0.4729 0.224 0.000 0.000 0.424 0.352 0.000
#> SRR1329108 2 0.1141 0.8225 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1098588 1 0.5105 0.1079 0.600 0.000 0.004 0.320 0.068 0.008
#> SRR1458465 3 0.4227 0.2297 0.492 0.000 0.496 0.000 0.004 0.008
#> SRR1405289 2 0.1858 0.7967 0.000 0.904 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1075874 1 0.2809 0.3088 0.848 0.000 0.128 0.000 0.020 0.004
#> SRR1396724 1 0.4386 -0.1763 0.516 0.000 0.464 0.000 0.016 0.004
#> SRR1081235 6 0.5254 0.6746 0.000 0.164 0.000 0.028 0.140 0.668
#> SRR1319078 6 0.4366 -0.1040 0.000 0.428 0.000 0.000 0.024 0.548
#> SRR814268 3 0.0146 0.8543 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1447124 1 0.3695 -0.2335 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1480153 1 0.3695 -0.2335 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1316231 1 0.3727 -0.2606 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1399156 1 0.0146 0.2980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102272 2 0.2738 0.7911 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR1388190 3 0.3751 0.6763 0.004 0.000 0.788 0.152 0.052 0.004
#> SRR1414209 4 0.4574 0.7336 0.000 0.000 0.040 0.680 0.260 0.020
#> SRR1432587 4 0.1900 0.7587 0.000 0.000 0.008 0.916 0.068 0.008
#> SRR814820 2 0.0713 0.8176 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1383213 1 0.3679 0.2063 0.772 0.000 0.000 0.176 0.052 0.000
#> SRR1338705 1 0.2575 0.3124 0.872 0.000 0.100 0.000 0.024 0.004
#> SRR1337794 1 0.2668 0.1203 0.828 0.000 0.000 0.004 0.168 0.000
#> SRR1358367 4 0.2174 0.7596 0.000 0.000 0.008 0.896 0.088 0.008
#> SRR1083149 1 0.3647 -0.2124 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1337953 5 0.5488 0.8016 0.396 0.000 0.000 0.128 0.476 0.000
#> SRR1478855 1 0.3659 -0.2176 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1092136 4 0.4062 0.7453 0.000 0.000 0.008 0.720 0.240 0.032
#> SRR1083191 4 0.5346 0.7033 0.000 0.000 0.096 0.612 0.272 0.020
#> SRR1468028 4 0.3838 0.7434 0.000 0.000 0.008 0.732 0.240 0.020
#> SRR1413100 1 0.3843 -0.4097 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1379384 1 0.4370 -0.0702 0.552 0.000 0.428 0.000 0.012 0.008
#> SRR1076417 3 0.0603 0.8511 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR810829 3 0.5497 0.6575 0.112 0.000 0.684 0.116 0.084 0.004
#> SRR1468804 1 0.4189 -0.4012 0.552 0.000 0.004 0.008 0.436 0.000
#> SRR1362688 1 0.3721 -0.2018 0.684 0.000 0.004 0.004 0.308 0.000
#> SRR1100632 1 0.5779 0.0740 0.536 0.000 0.008 0.324 0.124 0.008
#> SRR1365679 1 0.0458 0.2958 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1388891 1 0.6249 -0.6074 0.384 0.000 0.000 0.248 0.360 0.008
#> SRR1400312 6 0.2678 0.7134 0.000 0.116 0.000 0.004 0.020 0.860
#> SRR1120825 3 0.4526 0.7511 0.108 0.000 0.772 0.040 0.064 0.016
#> SRR1380591 4 0.5924 0.6556 0.088 0.000 0.032 0.540 0.332 0.008
#> SRR1088782 3 0.0547 0.8491 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1088117 1 0.0665 0.2997 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008 0.000
#> SRR1099905 2 0.2100 0.8065 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR1359760 1 0.3886 -0.1206 0.708 0.000 0.028 0.000 0.264 0.000
#> SRR1475633 4 0.4285 0.6700 0.000 0.000 0.000 0.644 0.320 0.036
#> SRR1081935 3 0.0748 0.8512 0.004 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004
#> SRR1383984 2 0.4355 0.4756 0.000 0.556 0.000 0.000 0.024 0.420
#> SRR1100776 1 0.3695 -0.2335 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR819719 4 0.0976 0.7507 0.000 0.000 0.008 0.968 0.016 0.008
#> SRR1387516 4 0.3838 0.7397 0.000 0.000 0.008 0.732 0.240 0.020
#> SRR1402772 3 0.0146 0.8541 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466490 5 0.5560 0.8051 0.384 0.000 0.000 0.140 0.476 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.8546 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0837 0.8472 0.004 0.000 0.972 0.000 0.020 0.004
#> SRR1432890 1 0.4321 -0.2504 0.652 0.000 0.012 0.020 0.316 0.000
#> SRR1093390 2 0.1444 0.8228 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1473016 3 0.0653 0.8521 0.004 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004
#> SRR1068953 3 0.2536 0.7943 0.116 0.000 0.864 0.000 0.000 0.020
#> SRR1079900 1 0.3446 -0.1538 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1091356 1 0.3389 0.2983 0.800 0.000 0.164 0.000 0.032 0.004
#> SRR1384331 1 0.4297 -0.1463 0.532 0.000 0.452 0.000 0.004 0.012
#> SRR1412928 6 0.5100 0.6722 0.000 0.072 0.000 0.036 0.224 0.668
#> SRR1089737 1 0.5257 -0.7318 0.472 0.000 0.000 0.096 0.432 0.000
#> SRR1389199 3 0.3642 0.6854 0.236 0.000 0.744 0.000 0.012 0.008
#> SRR1072821 4 0.3457 0.7593 0.000 0.000 0.016 0.800 0.164 0.020
#> SRR1080672 2 0.2593 0.8038 0.000 0.844 0.000 0.000 0.008 0.148
#> SRR1316553 1 0.1888 0.2720 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012 0.000
#> SRR1404062 1 0.3833 -0.3930 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1093504 1 0.3823 -0.3719 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR1343324 1 0.4357 -0.0459 0.560 0.000 0.420 0.000 0.012 0.008
#> SRR1092281 1 0.3659 -0.2173 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1340862 1 0.2203 0.3134 0.896 0.000 0.084 0.000 0.016 0.004
#> SRR1360545 2 0.4009 0.4498 0.000 0.676 0.000 0.008 0.012 0.304
#> SRR813234 3 0.4303 0.4380 0.392 0.000 0.588 0.000 0.008 0.012
#> SRR1328360 4 0.4011 0.6844 0.000 0.000 0.000 0.672 0.304 0.024
#> SRR1441745 5 0.5927 0.5746 0.272 0.000 0.000 0.264 0.464 0.000
#> SRR1404147 2 0.1141 0.8208 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1445468 1 0.1814 0.2134 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1097618 1 0.5408 0.0687 0.560 0.000 0.000 0.312 0.124 0.004
#> SRR1098361 1 0.3684 -0.2360 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1403089 4 0.4047 0.7397 0.000 0.000 0.020 0.720 0.244 0.016
#> SRR1088878 1 0.3797 -0.3375 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1070884 3 0.0000 0.8546 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814195 4 0.6134 0.5671 0.000 0.000 0.220 0.476 0.292 0.012
#> SRR1436169 4 0.0622 0.7457 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1476255 4 0.0806 0.7449 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1312906 2 0.3531 0.6676 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1347082 1 0.4138 0.0962 0.616 0.000 0.368 0.000 0.004 0.012
#> SRR1474440 6 0.5330 0.6428 0.000 0.068 0.000 0.032 0.292 0.608
#> SRR1447416 4 0.3680 0.7458 0.000 0.000 0.008 0.756 0.216 0.020
#> SRR1430860 1 0.3684 -0.2336 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1345871 1 0.2656 0.3047 0.860 0.000 0.120 0.000 0.012 0.008
#> SRR1446996 6 0.2631 0.7087 0.000 0.128 0.000 0.004 0.012 0.856
#> SRR1459761 6 0.3479 0.7221 0.000 0.084 0.000 0.008 0.088 0.820
#> SRR1355997 6 0.3254 0.7157 0.000 0.124 0.000 0.000 0.056 0.820
#> SRR1359821 3 0.0000 0.8546 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.1444 0.8158 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1381306 2 0.3479 0.7556 0.000 0.768 0.000 0.012 0.008 0.212
#> SRR1070382 1 0.0713 0.2843 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1474396 6 0.3637 0.7189 0.000 0.124 0.000 0.000 0.084 0.792
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.990 0.971 0.987 0.4470 0.560 0.560
#> 3 3 0.930 0.926 0.964 0.4625 0.782 0.612
#> 4 4 0.773 0.819 0.908 0.0845 0.925 0.789
#> 5 5 0.753 0.721 0.862 0.0609 0.932 0.772
#> 6 6 0.778 0.663 0.840 0.0346 0.941 0.777
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.8327 0.664 0.736 0.264
#> SRR1408091 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0672 0.975 0.992 0.008
#> SRR1478878 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR1081092 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.4815 0.881 0.896 0.104
#> SRR1069166 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> SRR1098855 1 0.1633 0.961 0.976 0.024
#> SRR1377537 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1471690 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1435643 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR1417749 1 0.8144 0.684 0.748 0.252
#> SRR1088068 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101981 2 0.7745 0.692 0.228 0.772
#> SRR1392615 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR1071761 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR811193 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1432587 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR814820 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.1843 0.958 0.972 0.028
#> SRR1083191 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR1387516 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1402772 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.9323 0.471 0.652 0.348
#> SRR1088878 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR1476255 1 0.7056 0.775 0.808 0.192
#> SRR1312906 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1447416 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.5560 0.583 0.700 0.300 0.000
#> SRR1408091 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1437186 1 0.4504 0.735 0.804 0.000 0.196
#> SRR1072700 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1120711 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1082933 1 0.0592 0.950 0.988 0.000 0.012
#> SRR1350997 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1069714 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478878 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.0424 0.940 0.008 0.000 0.992
#> SRR1083262 1 0.0424 0.955 0.992 0.000 0.008
#> SRR1088680 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.1453 0.921 0.008 0.024 0.968
#> SRR1098146 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1860 0.931 0.052 0.000 0.948
#> SRR1459889 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.1411 0.942 0.036 0.000 0.964
#> SRR1098495 1 0.0424 0.953 0.992 0.008 0.000
#> SRR1081092 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1084252 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.0747 0.946 0.016 0.000 0.984
#> SRR1346838 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1085450 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 3 0.1411 0.942 0.036 0.000 0.964
#> SRR1364641 1 0.4291 0.762 0.820 0.000 0.180
#> SRR1476760 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1465064 3 0.0747 0.946 0.016 0.000 0.984
#> SRR1345178 1 0.3500 0.847 0.880 0.116 0.004
#> SRR1069166 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343175 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455565 2 0.0983 0.977 0.004 0.980 0.016
#> SRR1091548 3 0.5178 0.694 0.256 0.000 0.744
#> SRR1477125 1 0.0424 0.955 0.992 0.000 0.008
#> SRR1394544 1 0.0747 0.949 0.984 0.000 0.016
#> SRR1074066 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 3 0.4842 0.736 0.224 0.000 0.776
#> SRR1471690 2 0.5621 0.541 0.308 0.692 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0592 0.981 0.000 0.988 0.012
#> SRR1457437 3 0.6192 0.349 0.420 0.000 0.580
#> SRR1453831 3 0.1163 0.946 0.028 0.000 0.972
#> SRR1470665 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.1989 0.917 0.948 0.048 0.004
#> SRR1417749 1 0.3771 0.843 0.876 0.112 0.012
#> SRR1088068 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1098122 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> SRR808542 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1440179 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312388 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0747 0.946 0.016 0.000 0.984
#> SRR812152 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096247 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069778 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1078090 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087101 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0592 0.981 0.000 0.988 0.012
#> SRR1101981 2 0.5580 0.641 0.256 0.736 0.008
#> SRR1392615 3 0.0747 0.946 0.016 0.000 0.984
#> SRR1078759 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1083360 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0592 0.950 0.988 0.000 0.012
#> SRR1435090 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420148 1 0.5058 0.649 0.756 0.000 0.244
#> SRR1309723 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.4555 0.746 0.800 0.200 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1076268 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.1163 0.946 0.028 0.000 0.972
#> SRR1070549 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR811193 2 0.1031 0.966 0.024 0.976 0.000
#> SRR1415355 1 0.0424 0.953 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329108 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458465 3 0.5363 0.650 0.276 0.000 0.724
#> SRR1405289 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1396724 3 0.4605 0.770 0.204 0.000 0.796
#> SRR1081235 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.1163 0.946 0.028 0.000 0.972
#> SRR1447124 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316231 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1102272 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0747 0.946 0.016 0.000 0.984
#> SRR1414209 3 0.0592 0.943 0.012 0.000 0.988
#> SRR1432587 1 0.1170 0.942 0.976 0.008 0.016
#> SRR814820 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338705 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337794 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.0983 0.977 0.004 0.980 0.016
#> SRR1083149 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337953 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092136 1 0.6540 0.319 0.584 0.408 0.008
#> SRR1083191 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1468028 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.5431 0.584 0.716 0.000 0.284
#> SRR1076417 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR810829 3 0.0747 0.946 0.016 0.000 0.984
#> SRR1468804 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362688 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1388891 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400312 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.1411 0.942 0.036 0.000 0.964
#> SRR1380591 1 0.4062 0.801 0.836 0.000 0.164
#> SRR1088782 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1088117 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099905 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475633 2 0.0892 0.977 0.000 0.980 0.020
#> SRR1081935 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1383984 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.5178 0.661 0.744 0.256 0.000
#> SRR1387516 2 0.1129 0.974 0.004 0.976 0.020
#> SRR1402772 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1466490 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1479431 3 0.0747 0.946 0.016 0.000 0.984
#> SRR1432890 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1068953 3 0.1163 0.946 0.028 0.000 0.972
#> SRR1079900 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091356 3 0.6286 0.214 0.464 0.000 0.536
#> SRR1384331 1 0.6095 0.321 0.608 0.000 0.392
#> SRR1412928 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.1411 0.942 0.036 0.000 0.964
#> SRR1072821 3 0.1289 0.944 0.032 0.000 0.968
#> SRR1080672 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404062 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1092281 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1340862 3 0.6192 0.349 0.420 0.000 0.580
#> SRR1360545 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.1411 0.942 0.036 0.000 0.964
#> SRR1328360 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> SRR1441745 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0592 0.950 0.988 0.000 0.012
#> SRR1098361 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1403089 3 0.2651 0.895 0.012 0.060 0.928
#> SRR1088878 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR814195 3 0.0592 0.939 0.012 0.000 0.988
#> SRR1436169 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0892 0.944 0.980 0.000 0.020
#> SRR1312906 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.2796 0.895 0.092 0.000 0.908
#> SRR1474440 2 0.0747 0.979 0.000 0.984 0.016
#> SRR1447416 2 0.1636 0.964 0.016 0.964 0.020
#> SRR1430860 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446996 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0592 0.981 0.000 0.988 0.012
#> SRR1355997 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR1359821 3 0.0892 0.948 0.020 0.000 0.980
#> SRR1498249 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0592 0.981 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.4040 0.603 0.752 0.248 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.1716 0.863 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1437186 1 0.4318 0.751 0.816 0.000 0.116 0.068
#> SRR1072700 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.2814 0.830 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1082933 4 0.4222 0.496 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1350997 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.4248 0.749 0.768 0.012 0.000 0.220
#> SRR1478878 1 0.0469 0.901 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1399247 4 0.4996 -0.159 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1083262 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.4522 0.513 0.008 0.032 0.164 0.796
#> SRR1098146 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1913 0.873 0.040 0.000 0.940 0.020
#> SRR1459889 1 0.2281 0.870 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1329726 3 0.3441 0.801 0.120 0.000 0.856 0.024
#> SRR1098495 1 0.4356 0.763 0.812 0.124 0.000 0.064
#> SRR1081092 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0188 0.903 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0707 0.898 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1085450 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.1211 0.895 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1400869 1 0.2469 0.862 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1323404 3 0.1209 0.883 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1364641 1 0.5790 0.527 0.684 0.000 0.236 0.080
#> SRR1476760 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.2197 0.863 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR1069166 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 4 0.3726 0.663 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1091548 3 0.5222 0.587 0.280 0.000 0.688 0.032
#> SRR1477125 1 0.1356 0.888 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1394544 1 0.4406 0.694 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1074066 1 0.2032 0.886 0.936 0.028 0.000 0.036
#> SRR1098855 1 0.3528 0.789 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1377537 3 0.6449 0.603 0.152 0.000 0.644 0.204
#> SRR1471690 2 0.6357 0.357 0.124 0.644 0.000 0.232
#> SRR1435643 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 4 0.5000 0.261 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1457437 3 0.5728 0.445 0.364 0.000 0.600 0.036
#> SRR1453831 3 0.3356 0.798 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1470665 1 0.2530 0.858 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1102369 1 0.2593 0.851 0.904 0.080 0.000 0.016
#> SRR1417749 1 0.4904 0.716 0.744 0.040 0.000 0.216
#> SRR1088068 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.3505 0.836 0.048 0.000 0.864 0.088
#> SRR1098122 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.3726 0.664 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR808542 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0336 0.902 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312388 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0188 0.895 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR812152 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0188 0.903 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096247 1 0.1302 0.897 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1083408 1 0.2647 0.853 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1433152 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0707 0.901 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1081717 3 0.0188 0.895 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1078090 1 0.0469 0.901 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1087101 1 0.2647 0.854 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR815326 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.2868 0.841 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1094555 4 0.4955 0.388 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1101981 1 0.6523 0.282 0.564 0.348 0.000 0.088
#> SRR1392615 3 0.0469 0.893 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1078759 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.2589 0.855 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1105513 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.4008 0.726 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1435090 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.5371 0.639 0.732 0.000 0.188 0.080
#> SRR1309723 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.4552 0.753 0.800 0.128 0.000 0.072
#> SRR1071761 1 0.1211 0.895 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1368815 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0336 0.894 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1076268 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811193 2 0.0707 0.939 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.3569 0.784 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1329108 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.1022 0.898 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1458465 3 0.2281 0.823 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.1388 0.889 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1396724 3 0.5105 0.598 0.276 0.000 0.696 0.028
#> SRR1081235 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319078 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0469 0.893 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1447124 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0188 0.902 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316231 1 0.0336 0.903 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1399156 1 0.0188 0.903 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102272 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0188 0.895 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1414209 3 0.2868 0.822 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1432587 4 0.4175 0.586 0.212 0.012 0.000 0.776
#> SRR814820 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.0336 0.902 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1338705 1 0.1004 0.895 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1337794 1 0.2011 0.877 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1358367 4 0.4543 0.583 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1083149 1 0.0707 0.898 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1337953 1 0.3172 0.821 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1478855 1 0.0188 0.902 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092136 2 0.6883 0.278 0.212 0.596 0.000 0.192
#> SRR1083191 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0817 0.900 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1379384 1 0.2921 0.786 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810829 3 0.1584 0.881 0.012 0.000 0.952 0.036
#> SRR1468804 1 0.2814 0.860 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1362688 1 0.1940 0.887 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1100632 4 0.4933 0.102 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1365679 1 0.0707 0.898 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1388891 1 0.0188 0.902 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400312 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0188 0.894 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380591 4 0.3933 0.590 0.200 0.000 0.008 0.792
#> SRR1088782 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0817 0.896 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1099905 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0469 0.901 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1475633 4 0.4356 0.610 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1081935 3 0.0469 0.893 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1383984 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.5848 0.551 0.684 0.228 0.000 0.088
#> SRR1387516 4 0.3610 0.667 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1402772 3 0.0188 0.895 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466490 1 0.3444 0.796 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1315309 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.2011 0.866 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1432890 1 0.0817 0.902 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1093390 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0188 0.902 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091356 3 0.5842 0.255 0.448 0.000 0.520 0.032
#> SRR1384331 1 0.4776 0.427 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1412928 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089737 1 0.3074 0.828 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1389199 3 0.3903 0.816 0.076 0.000 0.844 0.080
#> SRR1072821 3 0.3176 0.841 0.036 0.000 0.880 0.084
#> SRR1080672 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 3 0.1557 0.866 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1092281 1 0.0469 0.901 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1340862 3 0.5856 0.369 0.408 0.000 0.556 0.036
#> SRR1360545 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.4585 0.569 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1441745 1 0.3569 0.784 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1404147 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0188 0.902 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097618 4 0.4998 -0.105 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1098361 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.5645 0.411 0.000 0.032 0.604 0.364
#> SRR1088878 1 0.0817 0.900 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1070884 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814195 3 0.4193 0.661 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1436169 1 0.2198 0.862 0.920 0.072 0.000 0.008
#> SRR1476255 4 0.3610 0.593 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1312906 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.2469 0.806 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1474440 4 0.5000 0.260 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1447416 4 0.4237 0.677 0.040 0.152 0.000 0.808
#> SRR1430860 1 0.0188 0.903 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345871 1 0.0895 0.900 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1446996 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 4 0.4972 0.362 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1355997 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0469 0.902 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1474396 2 0.4972 -0.158 0.000 0.544 0.000 0.456
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.3612 0.53033 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.1851 0.74095 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1437186 1 0.6653 -0.06463 0.516 0.000 0.140 0.024 0.320
#> SRR1072700 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0162 0.98988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082957 3 0.2074 0.76315 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1120711 5 0.4278 0.09420 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1082933 4 0.3391 0.46743 0.188 0.000 0.000 0.800 0.012
#> SRR1350997 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0162 0.99051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 5 0.5051 0.51081 0.172 0.016 0.048 0.020 0.744
#> SRR1478878 1 0.0703 0.84429 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1399247 4 0.5409 0.27357 0.000 0.000 0.316 0.604 0.080
#> SRR1083262 1 0.0162 0.85179 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1088680 2 0.0162 0.99051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348248 5 0.6526 0.14162 0.004 0.028 0.088 0.380 0.500
#> SRR1098146 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0162 0.99011 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341321 3 0.4809 0.52067 0.036 0.000 0.664 0.004 0.296
#> SRR1459889 1 0.2583 0.80108 0.864 0.000 0.000 0.132 0.004
#> SRR1329726 3 0.5778 0.28320 0.132 0.000 0.596 0.000 0.272
#> SRR1098495 5 0.6756 0.35578 0.344 0.268 0.000 0.000 0.388
#> SRR1081092 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0510 0.84898 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1076990 3 0.0290 0.80408 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1346838 1 0.2280 0.76799 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1085450 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0162 0.98988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097320 1 0.1638 0.83686 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1400869 5 0.4588 0.43899 0.380 0.000 0.016 0.000 0.604
#> SRR1323404 3 0.1544 0.75011 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1364641 5 0.5778 0.55172 0.272 0.000 0.132 0.000 0.596
#> SRR1476760 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0290 0.80482 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1465064 3 0.0510 0.80219 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1345178 5 0.5935 0.50527 0.336 0.032 0.016 0.028 0.588
#> SRR1069166 2 0.0162 0.99051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466728 1 0.0579 0.85248 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1343175 1 0.0162 0.85179 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455565 4 0.0963 0.61860 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1091548 3 0.6804 -0.11483 0.232 0.000 0.404 0.004 0.360
#> SRR1477125 1 0.1701 0.82425 0.936 0.000 0.016 0.000 0.048
#> SRR1394544 5 0.7437 0.29694 0.324 0.000 0.112 0.100 0.464
#> SRR1074066 1 0.1525 0.84508 0.948 0.012 0.000 0.036 0.004
#> SRR1098855 1 0.3366 0.72791 0.784 0.000 0.000 0.212 0.004
#> SRR1377537 5 0.5923 0.49047 0.112 0.000 0.084 0.112 0.692
#> SRR1471690 5 0.6743 0.13295 0.068 0.356 0.000 0.072 0.504
#> SRR1435643 2 0.0162 0.99051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467680 4 0.4088 0.47222 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1457437 5 0.6771 0.16947 0.272 0.000 0.356 0.000 0.372
#> SRR1453831 5 0.4709 0.22446 0.000 0.000 0.364 0.024 0.612
#> SRR1470665 1 0.2536 0.80049 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR1102369 1 0.1831 0.81056 0.920 0.076 0.000 0.004 0.000
#> SRR1417749 1 0.3790 0.66014 0.724 0.000 0.000 0.272 0.004
#> SRR1088068 2 0.0162 0.99051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310253 5 0.5215 0.45874 0.088 0.000 0.256 0.000 0.656
#> SRR1098122 2 0.0162 0.98988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356725 4 0.1331 0.61855 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR808542 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0162 0.80460 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440179 2 0.0290 0.98824 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1072920 1 0.0794 0.84255 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1312388 2 0.0290 0.98824 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1092184 2 0.0404 0.98520 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.2074 0.76694 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR812152 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.85147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.1809 0.84347 0.928 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR1083408 1 0.2798 0.79036 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> SRR1433152 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0162 0.85079 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069778 1 0.0671 0.85074 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1081717 3 0.2230 0.76259 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1078090 1 0.1121 0.83419 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1087101 1 0.2605 0.79103 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.3053 0.77073 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR1094555 4 0.3796 0.52610 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1101981 5 0.6900 0.39328 0.152 0.188 0.000 0.076 0.584
#> SRR1392615 3 0.3966 0.52218 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1078759 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.2753 0.79303 0.856 0.000 0.000 0.136 0.008
#> SRR1105513 2 0.0162 0.99051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810689 1 0.4088 0.60814 0.688 0.000 0.000 0.304 0.008
#> SRR1435090 1 0.0510 0.84810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1420148 1 0.7417 -0.18721 0.460 0.000 0.176 0.060 0.304
#> SRR1309723 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.4123 0.73880 0.796 0.092 0.000 0.108 0.004
#> SRR1071761 1 0.2300 0.83492 0.904 0.000 0.000 0.072 0.024
#> SRR1368815 1 0.0290 0.85178 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1322512 2 0.0290 0.98824 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473385 3 0.3741 0.61505 0.004 0.000 0.732 0.000 0.264
#> SRR1076268 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.2127 0.76270 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1070549 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811193 2 0.1638 0.89384 0.064 0.932 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415355 1 0.3642 0.70114 0.760 0.000 0.000 0.232 0.008
#> SRR1329108 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.1195 0.84868 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR1458465 3 0.0880 0.78434 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.4435 0.35144 0.648 0.000 0.016 0.000 0.336
#> SRR1396724 3 0.6707 -0.15629 0.244 0.000 0.388 0.000 0.368
#> SRR1081235 2 0.0510 0.98226 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1319078 2 0.0162 0.99051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR814268 3 0.1478 0.78133 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1447124 1 0.0162 0.85079 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480153 1 0.0162 0.85079 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316231 1 0.0290 0.85178 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1399156 1 0.0404 0.85151 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1102272 2 0.0162 0.98988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388190 3 0.1544 0.78067 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1414209 4 0.6665 0.03444 0.000 0.000 0.312 0.436 0.252
#> SRR1432587 4 0.1792 0.57503 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.1965 0.79562 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1338705 1 0.4086 0.48649 0.704 0.000 0.012 0.000 0.284
#> SRR1337794 1 0.2179 0.81230 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1358367 4 0.3333 0.58581 0.004 0.208 0.000 0.788 0.000
#> SRR1083149 1 0.1478 0.82102 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1337953 1 0.3160 0.75080 0.808 0.000 0.000 0.188 0.004
#> SRR1478855 1 0.0510 0.84748 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1092136 5 0.4909 0.35407 0.052 0.204 0.000 0.020 0.724
#> SRR1083191 3 0.0290 0.80408 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1468028 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0955 0.84901 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1379384 1 0.3086 0.68852 0.816 0.000 0.180 0.004 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.4620 0.44110 0.012 0.000 0.612 0.004 0.372
#> SRR1468804 1 0.4583 0.43193 0.672 0.000 0.000 0.032 0.296
#> SRR1362688 1 0.3496 0.64533 0.788 0.000 0.000 0.012 0.200
#> SRR1100632 4 0.3957 0.34693 0.280 0.000 0.000 0.712 0.008
#> SRR1365679 1 0.2966 0.68453 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1388891 1 0.0162 0.85079 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400312 2 0.0671 0.98025 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1120825 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 4 0.2889 0.56064 0.044 0.000 0.000 0.872 0.084
#> SRR1088782 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.3707 0.51021 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1099905 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.3795 0.62548 0.780 0.000 0.028 0.000 0.192
#> SRR1475633 4 0.2561 0.60291 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1081935 3 0.3774 0.57792 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1383984 2 0.0162 0.99051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1100776 1 0.0162 0.85079 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819719 1 0.4995 0.56490 0.704 0.208 0.000 0.084 0.004
#> SRR1387516 4 0.1299 0.60796 0.012 0.008 0.000 0.960 0.020
#> SRR1402772 3 0.1124 0.79434 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR1466490 1 0.3582 0.70991 0.768 0.000 0.000 0.224 0.008
#> SRR1315309 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 5 0.4192 0.19161 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1432890 1 0.0404 0.85193 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1093390 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0404 0.84894 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091356 5 0.6918 0.28631 0.344 0.000 0.280 0.004 0.372
#> SRR1384331 3 0.4420 0.00172 0.448 0.000 0.548 0.004 0.000
#> SRR1412928 2 0.0609 0.97804 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1089737 1 0.3048 0.76261 0.820 0.000 0.000 0.176 0.004
#> SRR1389199 5 0.5569 0.49832 0.136 0.000 0.228 0.000 0.636
#> SRR1072821 3 0.6722 0.40092 0.080 0.000 0.596 0.108 0.216
#> SRR1080672 2 0.0162 0.98988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316553 1 0.0162 0.85179 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404062 1 0.0290 0.85178 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1093504 1 0.0162 0.85079 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343324 3 0.4339 0.32700 0.296 0.000 0.684 0.000 0.020
#> SRR1092281 1 0.0880 0.84070 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1340862 5 0.6805 0.24983 0.316 0.000 0.312 0.000 0.372
#> SRR1360545 2 0.0162 0.99051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813234 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.2929 0.59290 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1441745 1 0.3671 0.69665 0.756 0.000 0.000 0.236 0.008
#> SRR1404147 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1792 0.80818 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1097618 4 0.4126 0.20410 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR1098361 1 0.0290 0.85178 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1403089 4 0.4410 0.15047 0.000 0.000 0.440 0.556 0.004
#> SRR1088878 1 0.1041 0.84840 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1070884 3 0.0290 0.80408 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR814195 3 0.6728 0.12605 0.000 0.000 0.416 0.308 0.276
#> SRR1436169 1 0.1894 0.81398 0.920 0.072 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476255 4 0.0898 0.60480 0.020 0.000 0.000 0.972 0.008
#> SRR1312906 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.1638 0.73935 0.064 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR1474440 4 0.4138 0.44317 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1447416 4 0.0771 0.60567 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1430860 1 0.0162 0.85179 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345871 1 0.1281 0.84442 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> SRR1446996 2 0.1282 0.95001 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1459761 4 0.3816 0.52351 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1355997 2 0.1410 0.93123 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.80487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.99178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0963 0.96152 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1070382 1 0.0451 0.85228 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1474396 4 0.4291 0.24534 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.3593 0.5876 0.748 0.228 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1408091 3 0.0458 0.8143 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1437186 6 0.7164 0.2218 0.160 0.000 0.068 0.020 0.328 0.424
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1082957 3 0.3202 0.6476 0.000 0.000 0.800 0.000 0.176 0.024
#> SRR1120711 3 0.5536 0.2129 0.000 0.000 0.536 0.000 0.164 0.300
#> SRR1082933 4 0.3883 0.2404 0.332 0.000 0.000 0.656 0.012 0.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0363 0.9565 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 6 0.5342 -0.0863 0.072 0.004 0.012 0.008 0.284 0.620
#> SRR1478878 1 0.2263 0.8220 0.884 0.000 0.000 0.000 0.016 0.100
#> SRR1399247 4 0.5862 0.0446 0.000 0.000 0.204 0.528 0.260 0.008
#> SRR1083262 1 0.0146 0.8769 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0146 0.9616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348248 6 0.4127 -0.0927 0.000 0.008 0.004 0.400 0.000 0.588
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0458 0.9544 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1341321 6 0.6315 0.1933 0.008 0.000 0.292 0.000 0.328 0.372
#> SRR1459889 1 0.0405 0.8774 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1329726 3 0.5915 -0.1394 0.024 0.000 0.436 0.000 0.112 0.428
#> SRR1098495 6 0.4747 -0.0447 0.060 0.356 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1081092 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.1010 0.8707 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1076990 3 0.0436 0.8216 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1346838 1 0.4482 0.3807 0.600 0.000 0.000 0.000 0.040 0.360
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097320 1 0.0458 0.8730 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1400869 6 0.2136 0.2561 0.064 0.000 0.000 0.012 0.016 0.908
#> SRR1323404 3 0.0260 0.8200 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1364641 6 0.1563 0.2860 0.056 0.000 0.012 0.000 0.000 0.932
#> SRR1476760 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0806 0.8131 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1345178 6 0.1741 0.2886 0.036 0.012 0.000 0.008 0.008 0.936
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0458 0.8760 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1343175 1 0.0291 0.8773 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1455565 4 0.0146 0.6107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1091548 6 0.6560 0.2706 0.048 0.000 0.172 0.000 0.336 0.444
#> SRR1477125 1 0.4702 0.6289 0.728 0.000 0.072 0.000 0.040 0.160
#> SRR1394544 6 0.6389 -0.1435 0.264 0.000 0.016 0.020 0.180 0.520
#> SRR1074066 1 0.0653 0.8728 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1098855 1 0.1141 0.8571 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1377537 6 0.1750 0.2916 0.012 0.000 0.000 0.016 0.040 0.932
#> SRR1471690 6 0.7234 -0.1430 0.156 0.112 0.000 0.036 0.172 0.524
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 4 0.3126 0.4735 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1457437 6 0.6559 0.2799 0.052 0.000 0.168 0.000 0.320 0.460
#> SRR1453831 6 0.4739 -0.1764 0.000 0.000 0.048 0.000 0.436 0.516
#> SRR1470665 1 0.0632 0.8702 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.1858 0.8111 0.904 0.092 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1417749 1 0.3042 0.7648 0.836 0.004 0.000 0.128 0.032 0.000
#> SRR1088068 2 0.0891 0.9436 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1310253 6 0.1296 0.2777 0.004 0.000 0.032 0.000 0.012 0.952
#> SRR1098122 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356725 4 0.0912 0.6074 0.008 0.004 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR808542 2 0.0146 0.9616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0146 0.9616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0547 0.9518 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.2581 0.7995 0.856 0.000 0.000 0.000 0.016 0.128
#> SRR1312388 2 0.0458 0.9544 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0713 0.9461 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.4151 0.4885 0.000 0.000 0.684 0.000 0.276 0.040
#> SRR812152 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1073459 1 0.0363 0.8766 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096247 1 0.3065 0.8252 0.852 0.000 0.000 0.048 0.012 0.088
#> SRR1083408 1 0.0935 0.8655 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.1007 0.8684 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1069778 1 0.0260 0.8749 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1081717 6 0.6125 0.1449 0.000 0.000 0.336 0.000 0.312 0.352
#> SRR1078090 1 0.2613 0.7913 0.848 0.000 0.000 0.000 0.012 0.140
#> SRR1087101 1 0.1265 0.8681 0.948 0.000 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR815326 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0935 0.8655 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1094555 4 0.2748 0.5661 0.000 0.128 0.000 0.848 0.024 0.000
#> SRR1101981 6 0.3373 0.1611 0.004 0.044 0.000 0.116 0.008 0.828
#> SRR1392615 6 0.6039 0.2197 0.000 0.000 0.264 0.000 0.324 0.412
#> SRR1078759 3 0.0146 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083360 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343456 1 0.0858 0.8672 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1105513 2 0.0260 0.9585 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.2703 0.7406 0.824 0.000 0.000 0.172 0.004 0.000
#> SRR1435090 1 0.2730 0.7824 0.836 0.000 0.000 0.000 0.012 0.152
#> SRR1420148 6 0.6953 0.1514 0.244 0.000 0.040 0.008 0.336 0.372
#> SRR1309723 2 0.0146 0.9616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1313449 1 0.2968 0.6918 0.816 0.168 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0508 0.8775 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1368815 1 0.0146 0.8767 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322512 2 0.0858 0.9457 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1473385 3 0.6202 -0.1579 0.004 0.000 0.396 0.000 0.304 0.296
#> SRR1076268 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329909 3 0.5561 0.2279 0.000 0.000 0.528 0.000 0.308 0.164
#> SRR1070549 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811193 2 0.2092 0.8027 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.1434 0.8534 0.940 0.000 0.000 0.048 0.012 0.000
#> SRR1329108 2 0.0146 0.9616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098588 1 0.0405 0.8774 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1458465 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0146 0.9616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1075874 6 0.6669 0.2104 0.216 0.000 0.048 0.000 0.288 0.448
#> SRR1396724 6 0.6650 0.2763 0.056 0.000 0.176 0.000 0.320 0.448
#> SRR1081235 2 0.1498 0.9253 0.000 0.940 0.000 0.032 0.028 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.3606 0.5444 0.000 0.000 0.728 0.000 0.016 0.256
#> SRR1447124 1 0.1007 0.8688 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1480153 1 0.0790 0.8726 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1316231 1 0.0146 0.8767 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1399156 1 0.0632 0.8746 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1102272 2 0.0632 0.9520 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1388190 3 0.0622 0.8144 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1414209 4 0.4260 0.0785 0.000 0.000 0.000 0.512 0.472 0.016
#> SRR1432587 4 0.1349 0.5838 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000
#> SRR814820 2 0.0146 0.9616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383213 1 0.3587 0.7209 0.792 0.000 0.000 0.000 0.068 0.140
#> SRR1338705 6 0.6584 0.1540 0.276 0.000 0.028 0.000 0.288 0.408
#> SRR1337794 1 0.0363 0.8743 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.4400 0.3297 0.032 0.376 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.3541 0.6653 0.748 0.000 0.000 0.000 0.020 0.232
#> SRR1337953 1 0.1075 0.8594 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.2218 0.8226 0.884 0.000 0.000 0.000 0.012 0.104
#> SRR1092136 5 0.4963 -0.0416 0.008 0.056 0.000 0.000 0.568 0.368
#> SRR1083191 3 0.0146 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468028 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0146 0.8758 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379384 3 0.3647 0.2099 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810829 6 0.6069 0.2467 0.004 0.000 0.236 0.000 0.316 0.444
#> SRR1468804 1 0.4488 -0.0124 0.508 0.000 0.000 0.016 0.008 0.468
#> SRR1362688 1 0.3528 0.4758 0.700 0.000 0.000 0.000 0.004 0.296
#> SRR1100632 4 0.3819 0.1844 0.372 0.000 0.000 0.624 0.004 0.000
#> SRR1365679 1 0.4880 0.4186 0.620 0.000 0.000 0.000 0.092 0.288
#> SRR1388891 1 0.0865 0.8713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1400312 2 0.3189 0.6731 0.000 0.760 0.000 0.236 0.004 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 4 0.3651 0.3819 0.016 0.000 0.000 0.752 0.224 0.008
#> SRR1088782 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 6 0.5723 0.0584 0.408 0.000 0.000 0.000 0.164 0.428
#> SRR1099905 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1359760 1 0.6250 0.1128 0.516 0.000 0.072 0.000 0.096 0.316
#> SRR1475633 4 0.0790 0.6118 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.6123 -0.2309 0.000 0.000 0.360 0.000 0.320 0.320
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0632 0.8750 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR819719 1 0.3261 0.6308 0.780 0.204 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1387516 4 0.1663 0.5868 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1402772 3 0.4148 0.6132 0.000 0.000 0.744 0.000 0.108 0.148
#> SRR1466490 1 0.1411 0.8498 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 6 0.2258 0.2718 0.000 0.000 0.060 0.000 0.044 0.896
#> SRR1432890 1 0.0146 0.8761 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1093390 2 0.0146 0.9616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473016 3 0.0146 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1068953 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.1204 0.8628 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1091356 6 0.6536 0.2804 0.052 0.000 0.164 0.000 0.320 0.464
#> SRR1384331 3 0.1814 0.6952 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.1418 0.9276 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024 0.000
#> SRR1089737 1 0.0935 0.8655 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1389199 6 0.1555 0.2793 0.008 0.000 0.040 0.000 0.012 0.940
#> SRR1072821 5 0.5570 0.0767 0.336 0.000 0.048 0.028 0.572 0.016
#> SRR1080672 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1316553 1 0.0937 0.8710 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1404062 1 0.0000 0.8762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0632 0.8747 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1343324 1 0.4368 0.2839 0.592 0.000 0.384 0.000 0.008 0.016
#> SRR1092281 1 0.2191 0.8180 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1340862 6 0.6770 0.2630 0.112 0.000 0.112 0.000 0.320 0.456
#> SRR1360545 2 0.0146 0.9616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR813234 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.1765 0.6046 0.000 0.052 0.000 0.924 0.024 0.000
#> SRR1441745 1 0.2100 0.8093 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.3261 0.7615 0.824 0.000 0.000 0.000 0.072 0.104
#> SRR1097618 4 0.3810 0.1065 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0146 0.8767 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403089 3 0.3565 0.4631 0.000 0.000 0.692 0.304 0.004 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.8762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0146 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814195 5 0.7428 -0.1340 0.000 0.000 0.160 0.324 0.340 0.176
#> SRR1436169 1 0.0790 0.8646 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 4 0.0508 0.6063 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 4 0.3833 0.1930 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.0363 0.6078 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1430860 1 0.0260 0.8766 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345871 1 0.0146 0.8763 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.3975 0.6548 0.000 0.716 0.000 0.040 0.244 0.000
#> SRR1459761 4 0.2664 0.5327 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.2135 0.8397 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.8253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.2793 0.7718 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1070382 1 0.0260 0.8768 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1474396 2 0.3862 0.0360 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.964 0.984 0.4177 0.575 0.575
#> 3 3 0.561 0.668 0.834 0.4717 0.775 0.609
#> 4 4 0.580 0.539 0.752 0.1333 0.812 0.563
#> 5 5 0.636 0.619 0.780 0.0586 0.877 0.651
#> 6 6 0.683 0.613 0.795 0.0403 0.923 0.728
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.2603 0.955 0.956 0.044
#> SRR1408091 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1350997 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.1184 0.982 0.984 0.016
#> SRR1478878 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1083262 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.2778 0.952 0.952 0.048
#> SRR1098146 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.1633 0.975 0.976 0.024
#> SRR1081092 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.6438 0.804 0.164 0.836
#> SRR1446979 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1346838 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1345178 1 0.2778 0.952 0.952 0.048
#> SRR1069166 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.8955 0.586 0.312 0.688
#> SRR1091548 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.2778 0.952 0.952 0.048
#> SRR1471690 1 0.1184 0.982 0.984 0.016
#> SRR1435643 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1417749 1 0.5178 0.869 0.884 0.116
#> SRR1088068 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1356725 2 0.9170 0.545 0.332 0.668
#> SRR808542 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR812152 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR815326 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.2778 0.952 0.952 0.048
#> SRR1392615 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1071761 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.6438 0.804 0.164 0.836
#> SRR1329909 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.1414 0.978 0.980 0.020
#> SRR1415355 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.1184 0.982 0.984 0.016
#> SRR1458465 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.4022 0.915 0.920 0.080
#> SRR1432587 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR814820 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1338705 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1083149 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.2423 0.960 0.960 0.040
#> SRR1083191 1 0.2778 0.952 0.952 0.048
#> SRR1468028 1 0.3879 0.921 0.924 0.076
#> SRR1413100 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1365679 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1088782 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.5946 0.826 0.144 0.856
#> SRR1081935 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1387516 2 0.8955 0.586 0.312 0.688
#> SRR1402772 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.1633 0.975 0.976 0.024
#> SRR1080672 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.8955 0.586 0.312 0.688
#> SRR1441745 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.9970 0.180 0.468 0.532
#> SRR1088878 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1436169 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR1476255 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1447416 2 0.8955 0.586 0.312 0.688
#> SRR1430860 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.7240 0.1701 0.540 0.028 0.432
#> SRR1408091 3 0.5016 0.6618 0.240 0.000 0.760
#> SRR1437186 1 0.6267 0.2585 0.548 0.000 0.452
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1120711 3 0.5431 0.6320 0.284 0.000 0.716
#> SRR1082933 1 0.6008 0.4599 0.628 0.000 0.372
#> SRR1350997 3 0.3038 0.7117 0.104 0.000 0.896
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.5560 0.5327 0.700 0.000 0.300
#> SRR1478878 1 0.5254 0.6263 0.736 0.000 0.264
#> SRR1399247 3 0.6302 0.0101 0.480 0.000 0.520
#> SRR1083262 1 0.5397 0.6140 0.720 0.000 0.280
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.5202 0.6505 0.220 0.008 0.772
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.4346 0.7010 0.184 0.000 0.816
#> SRR1459889 1 0.6026 0.4708 0.624 0.000 0.376
#> SRR1329726 3 0.5988 0.4769 0.368 0.000 0.632
#> SRR1098495 1 0.5956 0.4930 0.672 0.004 0.324
#> SRR1081092 3 0.5905 0.5126 0.352 0.000 0.648
#> SRR1084252 2 0.4555 0.7973 0.000 0.800 0.200
#> SRR1446979 1 0.5254 0.6263 0.736 0.000 0.264
#> SRR1076990 3 0.1411 0.6735 0.036 0.000 0.964
#> SRR1346838 1 0.6180 0.3733 0.584 0.000 0.416
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.4452 0.6661 0.808 0.000 0.192
#> SRR1323404 3 0.6095 0.4166 0.392 0.000 0.608
#> SRR1364641 1 0.4452 0.6661 0.808 0.000 0.192
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1465064 3 0.1411 0.6735 0.036 0.000 0.964
#> SRR1345178 3 0.5202 0.6505 0.220 0.008 0.772
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.6079 0.4434 0.612 0.000 0.388
#> SRR1343175 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.6448 0.6107 0.016 0.656 0.328
#> SRR1091548 1 0.6192 0.3662 0.580 0.000 0.420
#> SRR1477125 1 0.6126 0.4177 0.600 0.000 0.400
#> SRR1394544 3 0.5431 0.6320 0.284 0.000 0.716
#> SRR1074066 1 0.1411 0.6843 0.964 0.000 0.036
#> SRR1098855 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 3 0.5202 0.6505 0.220 0.008 0.772
#> SRR1471690 1 0.5560 0.5327 0.700 0.000 0.300
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.4605 0.6975 0.204 0.000 0.796
#> SRR1453831 3 0.5431 0.6320 0.284 0.000 0.716
#> SRR1470665 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.3686 0.6522 0.860 0.000 0.140
#> SRR1417749 1 0.8439 0.1714 0.536 0.096 0.368
#> SRR1088068 2 0.0592 0.9572 0.000 0.988 0.012
#> SRR1310253 3 0.5905 0.5165 0.352 0.000 0.648
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.7037 0.5759 0.036 0.636 0.328
#> SRR808542 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.3116 0.6979 0.892 0.000 0.108
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.1411 0.6735 0.036 0.000 0.964
#> SRR812152 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.3551 0.6963 0.868 0.000 0.132
#> SRR1096247 1 0.0892 0.6828 0.980 0.000 0.020
#> SRR1083408 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.3116 0.6979 0.892 0.000 0.108
#> SRR1069778 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1078090 1 0.4235 0.6830 0.824 0.000 0.176
#> SRR1087101 1 0.6302 0.1503 0.520 0.000 0.480
#> SRR815326 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.5202 0.6505 0.220 0.008 0.772
#> SRR1392615 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1078759 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.6140 0.4079 0.596 0.000 0.404
#> SRR1420148 1 0.6045 0.4591 0.620 0.000 0.380
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.1031 0.6653 0.976 0.000 0.024
#> SRR1071761 1 0.6252 0.2865 0.556 0.000 0.444
#> SRR1368815 1 0.0592 0.6799 0.988 0.000 0.012
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1076268 2 0.4555 0.7973 0.000 0.800 0.200
#> SRR1329909 1 0.6154 0.4029 0.592 0.000 0.408
#> SRR1070549 3 0.5835 0.5391 0.340 0.000 0.660
#> SRR811193 1 0.4897 0.6160 0.812 0.016 0.172
#> SRR1415355 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.6192 0.2965 0.420 0.000 0.580
#> SRR1458465 1 0.5882 0.5180 0.652 0.000 0.348
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.6309 0.0670 0.500 0.000 0.500
#> SRR1396724 1 0.6215 0.3434 0.572 0.000 0.428
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.5465 0.6267 0.288 0.000 0.712
#> SRR1447124 1 0.0592 0.6799 0.988 0.000 0.012
#> SRR1480153 1 0.0592 0.6799 0.988 0.000 0.012
#> SRR1316231 1 0.3038 0.6990 0.896 0.000 0.104
#> SRR1399156 1 0.6140 0.4148 0.596 0.000 0.404
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1414209 3 0.1529 0.6127 0.000 0.040 0.960
#> SRR1432587 1 0.5835 0.4738 0.660 0.000 0.340
#> SRR814820 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.6308 0.0982 0.508 0.000 0.492
#> SRR1338705 1 0.6168 0.3908 0.588 0.000 0.412
#> SRR1337794 1 0.5291 0.6229 0.732 0.000 0.268
#> SRR1358367 1 0.1031 0.6653 0.976 0.000 0.024
#> SRR1083149 1 0.3116 0.6979 0.892 0.000 0.108
#> SRR1337953 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.5098 0.6407 0.752 0.000 0.248
#> SRR1092136 3 0.6416 0.4008 0.376 0.008 0.616
#> SRR1083191 3 0.0829 0.6351 0.004 0.012 0.984
#> SRR1468028 3 0.7406 0.3951 0.360 0.044 0.596
#> SRR1413100 1 0.1289 0.6869 0.968 0.000 0.032
#> SRR1379384 1 0.5465 0.6050 0.712 0.000 0.288
#> SRR1076417 1 0.6302 0.1593 0.520 0.000 0.480
#> SRR810829 3 0.4504 0.7034 0.196 0.000 0.804
#> SRR1468804 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.3038 0.6987 0.896 0.000 0.104
#> SRR1100632 1 0.6095 0.4227 0.608 0.000 0.392
#> SRR1365679 1 0.6192 0.3662 0.580 0.000 0.420
#> SRR1388891 1 0.3482 0.6968 0.872 0.000 0.128
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.5016 0.6618 0.240 0.000 0.760
#> SRR1380591 1 0.6095 0.4227 0.608 0.000 0.392
#> SRR1088782 3 0.5905 0.5126 0.352 0.000 0.648
#> SRR1088117 1 0.6235 0.3185 0.564 0.000 0.436
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.4002 0.8307 0.000 0.840 0.160
#> SRR1081935 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.4178 0.6846 0.828 0.000 0.172
#> SRR819719 1 0.1289 0.6603 0.968 0.000 0.032
#> SRR1387516 2 0.6448 0.6107 0.016 0.656 0.328
#> SRR1402772 3 0.5465 0.6260 0.288 0.000 0.712
#> SRR1466490 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.3686 0.7125 0.140 0.000 0.860
#> SRR1479431 3 0.5905 0.5165 0.352 0.000 0.648
#> SRR1432890 1 0.2959 0.6979 0.900 0.000 0.100
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1068953 3 0.5882 0.5231 0.348 0.000 0.652
#> SRR1079900 1 0.4235 0.6830 0.824 0.000 0.176
#> SRR1091356 1 0.6267 0.2658 0.548 0.000 0.452
#> SRR1384331 1 0.5882 0.5180 0.652 0.000 0.348
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.2448 0.6910 0.924 0.000 0.076
#> SRR1389199 3 0.5905 0.5165 0.352 0.000 0.648
#> SRR1072821 3 0.6641 0.1837 0.448 0.008 0.544
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.6192 0.3639 0.580 0.000 0.420
#> SRR1404062 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0592 0.6799 0.988 0.000 0.012
#> SRR1343324 1 0.3038 0.6987 0.896 0.000 0.104
#> SRR1092281 1 0.4178 0.6846 0.828 0.000 0.172
#> SRR1340862 1 0.6291 0.2076 0.532 0.000 0.468
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.6235 0.2436 0.436 0.000 0.564
#> SRR1328360 2 0.6448 0.6107 0.016 0.656 0.328
#> SRR1441745 1 0.0000 0.6738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.5650 0.5742 0.688 0.000 0.312
#> SRR1097618 1 0.4235 0.6789 0.824 0.000 0.176
#> SRR1098361 1 0.5291 0.6229 0.732 0.000 0.268
#> SRR1403089 3 0.6683 -0.2637 0.008 0.492 0.500
#> SRR1088878 1 0.5216 0.6301 0.740 0.000 0.260
#> SRR1070884 3 0.5465 0.6260 0.288 0.000 0.712
#> SRR814195 3 0.6302 0.0101 0.480 0.000 0.520
#> SRR1436169 1 0.3686 0.6522 0.860 0.000 0.140
#> SRR1476255 1 0.0892 0.6683 0.980 0.000 0.020
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.2066 0.6931 0.940 0.000 0.060
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.6448 0.6107 0.016 0.656 0.328
#> SRR1430860 1 0.3551 0.6958 0.868 0.000 0.132
#> SRR1345871 1 0.5431 0.6120 0.716 0.000 0.284
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.2625 0.7100 0.084 0.000 0.916
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.5859 0.5265 0.656 0.000 0.344
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.8446 0.04310 0.368 0.020 0.308 0.304
#> SRR1408091 3 0.6733 0.26705 0.112 0.000 0.564 0.324
#> SRR1437186 3 0.4284 0.53699 0.224 0.000 0.764 0.012
#> SRR1072700 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1120711 3 0.5750 0.37332 0.088 0.000 0.696 0.216
#> SRR1082933 3 0.5713 0.35386 0.340 0.000 0.620 0.040
#> SRR1350997 3 0.5039 -0.32916 0.004 0.000 0.592 0.404
#> SRR1069714 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.7167 0.10156 0.468 0.000 0.396 0.136
#> SRR1478878 1 0.5268 0.20062 0.540 0.000 0.452 0.008
#> SRR1399247 3 0.4949 0.56220 0.180 0.000 0.760 0.060
#> SRR1083262 3 0.5147 0.05280 0.460 0.000 0.536 0.004
#> SRR1088680 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.5364 -0.03706 0.016 0.000 0.592 0.392
#> SRR1098146 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.6136 -0.06105 0.060 0.000 0.584 0.356
#> SRR1459889 3 0.4655 0.44030 0.312 0.000 0.684 0.004
#> SRR1329726 3 0.3820 0.50147 0.088 0.000 0.848 0.064
#> SRR1098495 1 0.7314 0.22750 0.488 0.000 0.348 0.164
#> SRR1081092 3 0.5209 0.48240 0.104 0.000 0.756 0.140
#> SRR1084252 2 0.4304 0.66896 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1446979 1 0.5268 0.20062 0.540 0.000 0.452 0.008
#> SRR1076990 4 0.4996 0.54261 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1346838 3 0.4343 0.50623 0.264 0.000 0.732 0.004
#> SRR1085450 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400869 1 0.5435 0.37553 0.564 0.000 0.420 0.016
#> SRR1323404 3 0.4834 0.51867 0.120 0.000 0.784 0.096
#> SRR1364641 1 0.5435 0.37553 0.564 0.000 0.420 0.016
#> SRR1476760 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1465064 4 0.4996 0.54261 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1345178 3 0.5364 -0.03706 0.016 0.000 0.592 0.392
#> SRR1069166 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.4722 0.46033 0.300 0.000 0.692 0.008
#> SRR1343175 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455565 2 0.5678 0.38375 0.012 0.532 0.008 0.448
#> SRR1091548 3 0.4134 0.51060 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1477125 3 0.4594 0.48890 0.280 0.000 0.712 0.008
#> SRR1394544 3 0.5750 0.37332 0.088 0.000 0.696 0.216
#> SRR1074066 1 0.2675 0.72857 0.892 0.000 0.100 0.008
#> SRR1098855 1 0.0376 0.73677 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1377537 3 0.5364 -0.03706 0.016 0.000 0.592 0.392
#> SRR1471690 1 0.7167 0.10156 0.468 0.000 0.396 0.136
#> SRR1435643 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.5200 0.16947 0.036 0.000 0.700 0.264
#> SRR1453831 3 0.5750 0.37332 0.088 0.000 0.696 0.216
#> SRR1470665 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102369 1 0.5458 0.54033 0.704 0.000 0.236 0.060
#> SRR1417749 1 0.9113 0.10109 0.372 0.068 0.272 0.288
#> SRR1088068 2 0.1211 0.91682 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1310253 3 0.3266 0.41529 0.024 0.000 0.868 0.108
#> SRR1098122 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.6272 0.33907 0.016 0.512 0.028 0.444
#> SRR808542 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.4907 -0.37129 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1440179 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.4188 0.64059 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR1312388 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 4 0.4996 0.54261 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR812152 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.4539 0.60700 0.720 0.000 0.272 0.008
#> SRR1096247 1 0.1902 0.73716 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1083408 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433152 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.4188 0.64059 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR1069778 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081717 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1078090 1 0.4917 0.50242 0.656 0.000 0.336 0.008
#> SRR1087101 3 0.4707 0.54506 0.204 0.000 0.760 0.036
#> SRR815326 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1094555 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.5364 -0.03706 0.016 0.000 0.592 0.392
#> SRR1392615 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1078759 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1083360 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1105513 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1435090 3 0.4718 0.49016 0.280 0.000 0.708 0.012
#> SRR1420148 3 0.4477 0.44174 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.1256 0.72240 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1071761 3 0.4387 0.52758 0.236 0.000 0.752 0.012
#> SRR1368815 1 0.2466 0.73143 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1322512 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1076268 2 0.4304 0.66896 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1329909 3 0.4908 0.48461 0.292 0.000 0.692 0.016
#> SRR1070549 3 0.5140 0.46884 0.096 0.000 0.760 0.144
#> SRR811193 1 0.6502 0.49950 0.664 0.016 0.220 0.100
#> SRR1415355 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329108 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.7203 0.37357 0.176 0.000 0.536 0.288
#> SRR1458465 3 0.4819 0.38294 0.344 0.000 0.652 0.004
#> SRR1405289 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.5361 0.55661 0.224 0.000 0.716 0.060
#> SRR1396724 3 0.4283 0.51802 0.256 0.000 0.740 0.004
#> SRR1081235 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.4274 0.38182 0.044 0.000 0.808 0.148
#> SRR1447124 1 0.1661 0.73844 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1480153 1 0.2466 0.73143 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1316231 1 0.4228 0.65205 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR1399156 3 0.5184 0.46761 0.304 0.000 0.672 0.024
#> SRR1102272 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1414209 4 0.3400 0.56010 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1432587 3 0.6101 0.23721 0.388 0.000 0.560 0.052
#> SRR814820 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.4590 0.55328 0.192 0.000 0.772 0.036
#> SRR1338705 3 0.4776 0.50050 0.272 0.000 0.712 0.016
#> SRR1337794 3 0.5161 0.00667 0.476 0.000 0.520 0.004
#> SRR1358367 1 0.1356 0.72139 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1083149 1 0.4188 0.64059 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR1337953 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478855 1 0.5163 0.12097 0.516 0.000 0.480 0.004
#> SRR1092136 3 0.7253 0.24056 0.152 0.000 0.484 0.364
#> SRR1083191 4 0.4222 0.58880 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1468028 3 0.8123 0.17256 0.152 0.032 0.436 0.380
#> SRR1413100 1 0.2831 0.72258 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1379384 3 0.5137 0.08252 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1076417 3 0.4538 0.55278 0.216 0.000 0.760 0.024
#> SRR810829 3 0.4855 0.08186 0.020 0.000 0.712 0.268
#> SRR1468804 1 0.0672 0.73672 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1362688 1 0.4228 0.65155 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR1100632 3 0.5691 0.40382 0.304 0.000 0.648 0.048
#> SRR1365679 3 0.4164 0.50694 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1388891 1 0.4422 0.62613 0.736 0.000 0.256 0.008
#> SRR1400312 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.6733 0.26705 0.112 0.000 0.564 0.324
#> SRR1380591 3 0.5691 0.40382 0.304 0.000 0.648 0.048
#> SRR1088782 3 0.5209 0.48240 0.104 0.000 0.756 0.140
#> SRR1088117 3 0.4283 0.51988 0.256 0.000 0.740 0.004
#> SRR1099905 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0779 0.73798 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1475633 2 0.4391 0.69804 0.000 0.740 0.008 0.252
#> SRR1081935 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1383984 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.4877 0.51706 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR819719 1 0.1545 0.71503 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1387516 2 0.5678 0.38375 0.012 0.532 0.008 0.448
#> SRR1402772 3 0.4405 0.38369 0.048 0.000 0.800 0.152
#> SRR1466490 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315309 3 0.5167 -0.14855 0.016 0.000 0.644 0.340
#> SRR1479431 3 0.3266 0.41529 0.024 0.000 0.868 0.108
#> SRR1432890 1 0.4194 0.65387 0.764 0.000 0.228 0.008
#> SRR1093390 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1068953 3 0.5042 0.47749 0.096 0.000 0.768 0.136
#> SRR1079900 1 0.4897 0.50992 0.660 0.000 0.332 0.008
#> SRR1091356 3 0.4088 0.53878 0.232 0.000 0.764 0.004
#> SRR1384331 3 0.4819 0.38294 0.344 0.000 0.652 0.004
#> SRR1412928 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.3494 0.69282 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR1389199 3 0.3266 0.41529 0.024 0.000 0.868 0.108
#> SRR1072821 3 0.7249 0.40383 0.200 0.000 0.540 0.260
#> SRR1080672 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.4482 0.50759 0.264 0.000 0.728 0.008
#> SRR1404062 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1093504 1 0.2466 0.73143 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1343324 1 0.4228 0.65155 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR1092281 1 0.4877 0.51706 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR1340862 3 0.4248 0.54796 0.220 0.000 0.768 0.012
#> SRR1360545 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.4852 0.56394 0.152 0.000 0.776 0.072
#> SRR1328360 2 0.5678 0.38375 0.012 0.532 0.008 0.448
#> SRR1441745 1 0.0188 0.73590 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404147 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 3 0.5236 0.17111 0.432 0.000 0.560 0.008
#> SRR1097618 1 0.4795 0.57119 0.696 0.000 0.292 0.012
#> SRR1098361 3 0.5161 0.00667 0.476 0.000 0.520 0.004
#> SRR1403089 4 0.6130 -0.11176 0.004 0.388 0.044 0.564
#> SRR1088878 3 0.5165 -0.02151 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR1070884 3 0.4405 0.38369 0.048 0.000 0.800 0.152
#> SRR814195 3 0.4949 0.56220 0.180 0.000 0.760 0.060
#> SRR1436169 1 0.5458 0.54033 0.704 0.000 0.236 0.060
#> SRR1476255 1 0.0921 0.72388 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1312906 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.2944 0.71792 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR1474440 2 0.0336 0.94163 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1447416 2 0.5678 0.38375 0.012 0.532 0.008 0.448
#> SRR1430860 1 0.4452 0.62087 0.732 0.000 0.260 0.008
#> SRR1345871 3 0.5478 0.11143 0.444 0.000 0.540 0.016
#> SRR1446996 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.4907 -0.36931 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1498249 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 3 0.4990 0.37073 0.352 0.000 0.640 0.008
#> SRR1474396 2 0.0000 0.94743 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 1 0.8406 0.1790 0.392 0.004 0.180 0.188 0.236
#> SRR1408091 1 0.4632 -0.2870 0.540 0.000 0.448 0.012 0.000
#> SRR1437186 1 0.2419 0.6083 0.904 0.000 0.028 0.004 0.064
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.3480 0.8557 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.4883 0.1809 0.600 0.000 0.372 0.004 0.024
#> SRR1082933 1 0.4373 0.5363 0.760 0.000 0.020 0.028 0.192
#> SRR1350997 3 0.3586 0.8401 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.7294 0.0988 0.436 0.000 0.148 0.056 0.360
#> SRR1478878 1 0.4446 0.1158 0.592 0.000 0.008 0.000 0.400
#> SRR1399247 1 0.3071 0.5790 0.880 0.000 0.056 0.032 0.032
#> SRR1083262 1 0.4029 0.3561 0.680 0.000 0.004 0.000 0.316
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 1 0.6342 -0.0230 0.464 0.000 0.392 0.140 0.004
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.4403 0.6522 0.384 0.000 0.608 0.000 0.008
#> SRR1459889 1 0.3129 0.5982 0.832 0.000 0.008 0.004 0.156
#> SRR1329726 1 0.4817 0.2639 0.656 0.000 0.300 0.000 0.044
#> SRR1098495 1 0.7666 0.0182 0.388 0.000 0.164 0.080 0.368
#> SRR1081092 1 0.3999 0.1438 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.4744 0.2128 0.000 0.572 0.020 0.408 0.000
#> SRR1446979 1 0.4446 0.1158 0.592 0.000 0.008 0.000 0.400
#> SRR1076990 3 0.3193 0.7593 0.132 0.000 0.840 0.028 0.000
#> SRR1346838 1 0.2358 0.6232 0.888 0.000 0.008 0.000 0.104
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1400869 1 0.5818 -0.2047 0.460 0.000 0.092 0.000 0.448
#> SRR1323404 1 0.4425 0.2692 0.680 0.000 0.296 0.000 0.024
#> SRR1364641 1 0.5818 -0.2047 0.460 0.000 0.092 0.000 0.448
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.3452 0.8579 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.3193 0.7593 0.132 0.000 0.840 0.028 0.000
#> SRR1345178 1 0.6342 -0.0230 0.464 0.000 0.392 0.140 0.004
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.3326 0.6043 0.824 0.000 0.024 0.000 0.152
#> SRR1343175 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1455565 4 0.1731 0.9094 0.012 0.040 0.000 0.940 0.008
#> SRR1091548 1 0.2951 0.6190 0.860 0.000 0.028 0.000 0.112
#> SRR1477125 1 0.3016 0.6186 0.848 0.000 0.020 0.000 0.132
#> SRR1394544 1 0.4883 0.1809 0.600 0.000 0.372 0.004 0.024
#> SRR1074066 5 0.3402 0.6997 0.140 0.000 0.012 0.016 0.832
#> SRR1098855 5 0.1082 0.7353 0.028 0.000 0.008 0.000 0.964
#> SRR1377537 1 0.6342 -0.0230 0.464 0.000 0.392 0.140 0.004
#> SRR1471690 1 0.7294 0.0988 0.436 0.000 0.148 0.056 0.360
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.1043 0.9418 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1457437 3 0.4291 0.4542 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.4883 0.1809 0.600 0.000 0.372 0.004 0.024
#> SRR1470665 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1102369 5 0.5705 0.4044 0.264 0.000 0.044 0.048 0.644
#> SRR1417749 1 0.8301 0.1006 0.368 0.004 0.116 0.276 0.236
#> SRR1088068 2 0.1732 0.8963 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1310253 1 0.4339 0.2469 0.652 0.000 0.336 0.012 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.2361 0.8945 0.032 0.040 0.004 0.916 0.008
#> SRR808542 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.3452 0.8548 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 5 0.4138 0.5202 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.3193 0.7593 0.132 0.000 0.840 0.028 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 5 0.4210 0.4702 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1096247 5 0.2806 0.7150 0.152 0.000 0.004 0.000 0.844
#> SRR1083408 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 5 0.4138 0.5202 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1069778 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1081717 3 0.3452 0.8579 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1078090 5 0.4302 0.2993 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1087101 1 0.2737 0.6001 0.896 0.000 0.032 0.020 0.052
#> SRR815326 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1094555 2 0.0963 0.9452 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1101981 1 0.6342 -0.0230 0.464 0.000 0.392 0.140 0.004
#> SRR1392615 3 0.3480 0.8557 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.3452 0.8579 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1435090 1 0.3193 0.6188 0.840 0.000 0.028 0.000 0.132
#> SRR1420148 1 0.3264 0.5945 0.820 0.000 0.016 0.000 0.164
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.2617 0.6923 0.036 0.000 0.028 0.032 0.904
#> SRR1071761 1 0.2429 0.6150 0.900 0.000 0.020 0.004 0.076
#> SRR1368815 5 0.3177 0.6937 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.3452 0.8579 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.4744 0.2128 0.000 0.572 0.020 0.408 0.000
#> SRR1329909 1 0.4010 0.6185 0.784 0.000 0.056 0.000 0.160
#> SRR1070549 1 0.4045 0.1098 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR811193 5 0.6718 0.2940 0.288 0.004 0.048 0.100 0.560
#> SRR1415355 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.6078 0.3181 0.620 0.000 0.240 0.116 0.024
#> SRR1458465 1 0.3246 0.5691 0.808 0.000 0.008 0.000 0.184
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.3992 0.5726 0.796 0.000 0.124 0.000 0.080
#> SRR1396724 1 0.2932 0.6154 0.864 0.000 0.032 0.000 0.104
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 1 0.4219 -0.1115 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.2377 0.7237 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1480153 5 0.3177 0.6937 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1316231 5 0.4101 0.5417 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1399156 1 0.3764 0.6100 0.800 0.000 0.044 0.000 0.156
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.3452 0.8579 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.4908 0.2113 0.044 0.000 0.664 0.288 0.004
#> SRR1432587 1 0.5252 0.4155 0.660 0.000 0.020 0.044 0.276
#> SRR814820 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.2901 0.5930 0.888 0.000 0.044 0.020 0.048
#> SRR1338705 1 0.3386 0.6223 0.832 0.000 0.040 0.000 0.128
#> SRR1337794 1 0.3966 0.3191 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1358367 5 0.1673 0.7028 0.016 0.000 0.008 0.032 0.944
#> SRR1083149 5 0.4138 0.5202 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1337953 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1478855 1 0.4126 0.1949 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1092136 1 0.6681 0.2383 0.544 0.000 0.256 0.176 0.024
#> SRR1083191 3 0.4492 0.4165 0.056 0.000 0.744 0.196 0.004
#> SRR1468028 1 0.7062 0.2035 0.504 0.004 0.240 0.228 0.024
#> SRR1413100 5 0.3336 0.6796 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1379384 1 0.3990 0.3744 0.688 0.000 0.004 0.000 0.308
#> SRR1076417 1 0.3865 0.5795 0.808 0.000 0.100 0.000 0.092
#> SRR810829 3 0.4481 0.5711 0.416 0.000 0.576 0.000 0.008
#> SRR1468804 5 0.1270 0.7364 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1362688 5 0.4101 0.5413 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1100632 1 0.4119 0.5629 0.792 0.000 0.020 0.032 0.156
#> SRR1365679 1 0.3002 0.6203 0.856 0.000 0.028 0.000 0.116
#> SRR1388891 5 0.4171 0.5018 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 1 0.4632 -0.2870 0.540 0.000 0.448 0.012 0.000
#> SRR1380591 1 0.4119 0.5629 0.792 0.000 0.020 0.032 0.156
#> SRR1088782 1 0.3999 0.1438 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.3141 0.6154 0.852 0.000 0.040 0.000 0.108
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.1608 0.7338 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1475633 4 0.3992 0.6548 0.012 0.268 0.000 0.720 0.000
#> SRR1081935 3 0.3480 0.8557 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 5 0.4297 0.3223 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR819719 5 0.1854 0.7012 0.020 0.000 0.008 0.036 0.936
#> SRR1387516 4 0.1731 0.9094 0.012 0.040 0.000 0.940 0.008
#> SRR1402772 1 0.4219 -0.1092 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1315309 3 0.4151 0.7337 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR1479431 1 0.4339 0.2469 0.652 0.000 0.336 0.012 0.000
#> SRR1432890 5 0.4088 0.5459 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.3452 0.8579 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.4015 0.1355 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1079900 5 0.4300 0.3110 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1091356 1 0.3146 0.6060 0.856 0.000 0.052 0.000 0.092
#> SRR1384331 1 0.3246 0.5691 0.808 0.000 0.008 0.000 0.184
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.3768 0.6499 0.228 0.000 0.004 0.008 0.760
#> SRR1389199 1 0.4339 0.2469 0.652 0.000 0.336 0.012 0.000
#> SRR1072821 1 0.6586 0.3746 0.616 0.000 0.184 0.132 0.068
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.2470 0.6228 0.884 0.000 0.012 0.000 0.104
#> SRR1404062 5 0.0609 0.7352 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1093504 5 0.3177 0.6937 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1343324 5 0.4101 0.5413 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1092281 5 0.4297 0.3223 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1340862 1 0.3648 0.5901 0.824 0.000 0.084 0.000 0.092
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.4525 0.4517 0.724 0.000 0.220 0.000 0.056
#> SRR1328360 4 0.1731 0.9094 0.012 0.040 0.000 0.940 0.008
#> SRR1441745 5 0.0510 0.7347 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.4046 0.4118 0.696 0.000 0.008 0.000 0.296
#> SRR1097618 5 0.4670 0.3930 0.440 0.000 0.008 0.004 0.548
#> SRR1098361 1 0.3966 0.3191 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1403089 4 0.3592 0.7513 0.020 0.004 0.156 0.816 0.004
#> SRR1088878 1 0.3999 0.3032 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1070884 1 0.4219 -0.1092 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR814195 1 0.3071 0.5790 0.880 0.000 0.056 0.032 0.032
#> SRR1436169 5 0.5705 0.4044 0.264 0.000 0.044 0.048 0.644
#> SRR1476255 5 0.1153 0.7171 0.008 0.000 0.004 0.024 0.964
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 5 0.3398 0.6740 0.216 0.000 0.004 0.000 0.780
#> SRR1474440 2 0.2127 0.8679 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1447416 4 0.1731 0.9094 0.012 0.040 0.000 0.940 0.008
#> SRR1430860 5 0.4182 0.4940 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1345871 1 0.4419 0.3774 0.668 0.000 0.020 0.000 0.312
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.1043 0.9418 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.3452 0.8579 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9761 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.3563 0.5509 0.780 0.000 0.012 0.000 0.208
#> SRR1474396 2 0.1043 0.9418 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 6 0.7820 0.2983 0.288 0.000 0.024 0.124 0.208 0.356
#> SRR1408091 3 0.4721 0.2833 0.472 0.000 0.492 0.012 0.000 0.024
#> SRR1437186 1 0.1933 0.6198 0.924 0.000 0.032 0.000 0.012 0.032
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.2178 0.7872 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.6398 -0.2076 0.412 0.000 0.304 0.000 0.016 0.268
#> SRR1082933 1 0.4404 0.5420 0.764 0.000 0.012 0.032 0.148 0.044
#> SRR1350997 3 0.2416 0.7711 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 6 0.4646 0.2865 0.028 0.000 0.008 0.008 0.324 0.632
#> SRR1478878 1 0.3728 0.2849 0.652 0.000 0.004 0.000 0.344 0.000
#> SRR1399247 1 0.3176 0.5619 0.860 0.000 0.060 0.036 0.004 0.040
#> SRR1083262 1 0.3560 0.4852 0.732 0.000 0.008 0.000 0.256 0.004
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 6 0.6069 0.4811 0.148 0.000 0.180 0.072 0.000 0.600
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.3428 0.6292 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.2588 0.6515 0.876 0.000 0.008 0.000 0.092 0.024
#> SRR1329726 1 0.4312 0.1646 0.604 0.000 0.368 0.000 0.028 0.000
#> SRR1098495 6 0.6956 0.3221 0.196 0.000 0.020 0.036 0.324 0.424
#> SRR1081092 1 0.4026 0.1519 0.612 0.000 0.376 0.000 0.000 0.012
#> SRR1084252 2 0.4310 0.1665 0.000 0.540 0.000 0.440 0.000 0.020
#> SRR1446979 1 0.3728 0.2849 0.652 0.000 0.004 0.000 0.344 0.000
#> SRR1076990 3 0.1976 0.6303 0.016 0.000 0.916 0.000 0.008 0.060
#> SRR1346838 1 0.2231 0.6468 0.908 0.000 0.016 0.000 0.048 0.028
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1400869 5 0.6806 0.3159 0.300 0.000 0.056 0.000 0.424 0.220
#> SRR1323404 1 0.4026 0.2328 0.636 0.000 0.348 0.000 0.016 0.000
#> SRR1364641 5 0.6806 0.3159 0.300 0.000 0.056 0.000 0.424 0.220
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.2135 0.7879 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.1976 0.6303 0.016 0.000 0.916 0.000 0.008 0.060
#> SRR1345178 6 0.6069 0.4811 0.148 0.000 0.180 0.072 0.000 0.600
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.2255 0.6581 0.892 0.000 0.016 0.000 0.088 0.004
#> SRR1343175 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1455565 4 0.0363 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1091548 1 0.2119 0.6572 0.904 0.000 0.036 0.000 0.060 0.000
#> SRR1477125 1 0.2331 0.6602 0.888 0.000 0.032 0.000 0.080 0.000
#> SRR1394544 1 0.6398 -0.2076 0.412 0.000 0.304 0.000 0.016 0.268
#> SRR1074066 5 0.3662 0.6731 0.148 0.000 0.004 0.012 0.800 0.036
#> SRR1098855 5 0.1528 0.7110 0.048 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016
#> SRR1377537 6 0.6069 0.4811 0.148 0.000 0.180 0.072 0.000 0.600
#> SRR1471690 6 0.4646 0.2865 0.028 0.000 0.008 0.008 0.324 0.632
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.1075 0.9340 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.3695 0.5197 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.6398 -0.2076 0.412 0.000 0.304 0.000 0.016 0.268
#> SRR1470665 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1102369 5 0.5925 0.3059 0.184 0.000 0.012 0.028 0.612 0.164
#> SRR1417749 1 0.7904 -0.4088 0.288 0.000 0.008 0.228 0.220 0.256
#> SRR1088068 2 0.1858 0.8808 0.000 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1310253 6 0.5935 0.3106 0.188 0.000 0.308 0.000 0.008 0.496
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.1198 0.8578 0.020 0.000 0.004 0.960 0.012 0.004
#> SRR808542 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.2135 0.7830 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 5 0.3971 0.3924 0.448 0.000 0.000 0.000 0.548 0.004
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.1976 0.6303 0.016 0.000 0.916 0.000 0.008 0.060
#> SRR812152 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 5 0.3989 0.3224 0.468 0.000 0.000 0.000 0.528 0.004
#> SRR1096247 5 0.2805 0.7020 0.184 0.000 0.000 0.000 0.812 0.004
#> SRR1083408 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 5 0.3971 0.3924 0.448 0.000 0.000 0.000 0.548 0.004
#> SRR1069778 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1081717 3 0.2135 0.7879 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.3982 -0.1137 0.536 0.000 0.000 0.000 0.460 0.004
#> SRR1087101 1 0.2372 0.5991 0.908 0.000 0.024 0.024 0.008 0.036
#> SRR815326 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1094555 2 0.1007 0.9373 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1101981 6 0.6069 0.4811 0.148 0.000 0.180 0.072 0.000 0.600
#> SRR1392615 3 0.2178 0.7872 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.2135 0.7879 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1435090 1 0.2344 0.6598 0.892 0.000 0.028 0.000 0.076 0.004
#> SRR1420148 1 0.2617 0.6578 0.872 0.000 0.012 0.000 0.100 0.016
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.2819 0.6500 0.036 0.000 0.004 0.024 0.880 0.056
#> SRR1071761 1 0.1699 0.6237 0.936 0.000 0.016 0.000 0.016 0.032
#> SRR1368815 5 0.3314 0.6543 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.2135 0.7879 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.4310 0.1665 0.000 0.540 0.000 0.440 0.000 0.020
#> SRR1329909 1 0.3215 0.6547 0.828 0.000 0.072 0.000 0.100 0.000
#> SRR1070549 1 0.3899 0.0771 0.592 0.000 0.404 0.000 0.000 0.004
#> SRR811193 5 0.6645 0.0961 0.252 0.000 0.004 0.080 0.520 0.144
#> SRR1415355 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 6 0.6128 0.3484 0.424 0.000 0.072 0.068 0.000 0.436
#> SRR1458465 1 0.2445 0.6441 0.868 0.000 0.008 0.000 0.120 0.004
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.3023 0.6127 0.828 0.000 0.140 0.000 0.032 0.000
#> SRR1396724 1 0.2066 0.6539 0.908 0.000 0.040 0.000 0.052 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 1 0.3996 -0.2114 0.512 0.000 0.484 0.000 0.000 0.004
#> SRR1447124 5 0.2632 0.7093 0.164 0.000 0.000 0.000 0.832 0.004
#> SRR1480153 5 0.3314 0.6543 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> SRR1316231 5 0.3944 0.4236 0.428 0.000 0.000 0.000 0.568 0.004
#> SRR1399156 1 0.3369 0.6601 0.836 0.000 0.040 0.000 0.096 0.028
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.2135 0.7879 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.5851 0.0357 0.000 0.000 0.532 0.208 0.008 0.252
#> SRR1432587 1 0.5459 0.3212 0.652 0.000 0.012 0.048 0.232 0.056
#> SRR814820 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.2671 0.5904 0.892 0.000 0.040 0.024 0.008 0.036
#> SRR1338705 1 0.2507 0.6603 0.884 0.000 0.040 0.000 0.072 0.004
#> SRR1337794 1 0.3383 0.4580 0.728 0.000 0.000 0.000 0.268 0.004
#> SRR1358367 5 0.2032 0.6717 0.020 0.000 0.000 0.024 0.920 0.036
#> SRR1083149 5 0.3971 0.3924 0.448 0.000 0.000 0.000 0.548 0.004
#> SRR1337953 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1478855 1 0.3601 0.3629 0.684 0.000 0.000 0.000 0.312 0.004
#> SRR1092136 6 0.6140 0.3941 0.364 0.000 0.048 0.104 0.000 0.484
#> SRR1083191 3 0.5294 0.2177 0.004 0.000 0.632 0.124 0.008 0.232
#> SRR1468028 6 0.6471 0.3537 0.352 0.000 0.048 0.152 0.000 0.448
#> SRR1413100 5 0.3448 0.6319 0.280 0.000 0.000 0.000 0.716 0.004
#> SRR1379384 1 0.3608 0.5001 0.736 0.000 0.012 0.000 0.248 0.004
#> SRR1076417 1 0.3096 0.6266 0.840 0.000 0.108 0.000 0.048 0.004
#> SRR810829 3 0.3499 0.5911 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468804 5 0.1327 0.7142 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1362688 5 0.4199 0.4355 0.416 0.000 0.000 0.000 0.568 0.016
#> SRR1100632 1 0.4113 0.5529 0.796 0.000 0.012 0.036 0.112 0.044
#> SRR1365679 1 0.2046 0.6577 0.908 0.000 0.032 0.000 0.060 0.000
#> SRR1388891 5 0.3975 0.3676 0.452 0.000 0.000 0.000 0.544 0.004
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.4721 0.2833 0.472 0.000 0.492 0.012 0.000 0.024
#> SRR1380591 1 0.4113 0.5529 0.796 0.000 0.012 0.036 0.112 0.044
#> SRR1088782 1 0.4026 0.1519 0.612 0.000 0.376 0.000 0.000 0.012
#> SRR1088117 1 0.2197 0.6551 0.900 0.000 0.044 0.000 0.056 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.1765 0.7156 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1475633 4 0.3109 0.5509 0.000 0.224 0.000 0.772 0.000 0.004
#> SRR1081935 3 0.2178 0.7872 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.3989 -0.1428 0.528 0.000 0.000 0.000 0.468 0.004
#> SRR819719 5 0.2322 0.6678 0.024 0.000 0.000 0.024 0.904 0.048
#> SRR1387516 4 0.0363 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1402772 1 0.3996 -0.2088 0.512 0.000 0.484 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466490 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1315309 3 0.3126 0.6947 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 6 0.5935 0.3106 0.188 0.000 0.308 0.000 0.008 0.496
#> SRR1432890 5 0.4192 0.4422 0.412 0.000 0.000 0.000 0.572 0.016
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.2135 0.7879 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.3862 0.1287 0.608 0.000 0.388 0.000 0.000 0.004
#> SRR1079900 1 0.3986 -0.1289 0.532 0.000 0.000 0.000 0.464 0.004
#> SRR1091356 1 0.2384 0.6460 0.888 0.000 0.064 0.000 0.048 0.000
#> SRR1384331 1 0.2445 0.6441 0.868 0.000 0.008 0.000 0.120 0.004
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.3887 0.6348 0.248 0.000 0.000 0.008 0.724 0.020
#> SRR1389199 6 0.5935 0.3106 0.188 0.000 0.308 0.000 0.008 0.496
#> SRR1072821 1 0.6696 -0.1423 0.528 0.000 0.056 0.088 0.040 0.288
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.2307 0.6457 0.904 0.000 0.016 0.000 0.048 0.032
#> SRR1404062 5 0.0865 0.7108 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1093504 5 0.3314 0.6543 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> SRR1343324 5 0.4199 0.4355 0.416 0.000 0.000 0.000 0.568 0.016
#> SRR1092281 1 0.3989 -0.1428 0.528 0.000 0.000 0.000 0.468 0.004
#> SRR1340862 1 0.2812 0.6343 0.856 0.000 0.096 0.000 0.048 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.3855 0.4290 0.704 0.000 0.272 0.000 0.024 0.000
#> SRR1328360 4 0.0363 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1441745 5 0.0790 0.7098 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.3163 0.5251 0.764 0.000 0.000 0.000 0.232 0.004
#> SRR1097618 5 0.4903 0.3119 0.452 0.000 0.004 0.004 0.500 0.040
#> SRR1098361 1 0.3383 0.4580 0.728 0.000 0.000 0.000 0.268 0.004
#> SRR1403089 4 0.3534 0.6773 0.000 0.000 0.024 0.772 0.004 0.200
#> SRR1088878 1 0.3426 0.4449 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1070884 1 0.3996 -0.2088 0.512 0.000 0.484 0.000 0.000 0.004
#> SRR814195 1 0.3176 0.5619 0.860 0.000 0.060 0.036 0.004 0.040
#> SRR1436169 5 0.5925 0.3059 0.184 0.000 0.012 0.028 0.612 0.164
#> SRR1476255 5 0.1148 0.6884 0.016 0.000 0.000 0.020 0.960 0.004
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 5 0.3290 0.6511 0.252 0.000 0.000 0.000 0.744 0.004
#> SRR1474440 2 0.2402 0.8283 0.000 0.856 0.000 0.140 0.000 0.004
#> SRR1447416 4 0.0363 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1430860 5 0.3979 0.3569 0.456 0.000 0.000 0.000 0.540 0.004
#> SRR1345871 1 0.3780 0.4974 0.728 0.000 0.020 0.000 0.248 0.004
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.1075 0.9340 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.2135 0.7879 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.2584 0.6299 0.848 0.000 0.004 0.000 0.144 0.004
#> SRR1474396 2 0.1075 0.9340 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.984 0.994 0.4147 0.587 0.587
#> 3 3 0.751 0.905 0.936 0.5828 0.740 0.560
#> 4 4 0.783 0.820 0.889 0.1118 0.886 0.681
#> 5 5 0.772 0.710 0.825 0.0571 0.881 0.606
#> 6 6 0.757 0.728 0.825 0.0383 0.955 0.808
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1408091 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 1.000 -0.0159 0.500 0.500
#> SRR808542 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1432587 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1468028 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1387516 2 0.994 0.1558 0.456 0.544
#> SRR1402772 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.722 0.7455 0.800 0.200
#> SRR1088878 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.000 0.9951 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.000 0.9921 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.4702 0.8024 0.212 0.000 0.788
#> SRR1408091 3 0.2448 0.8713 0.076 0.000 0.924
#> SRR1437186 3 0.1163 0.9109 0.028 0.000 0.972
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1120711 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082933 1 0.2625 0.9408 0.916 0.000 0.084
#> SRR1350997 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.1031 0.8647 0.976 0.000 0.024
#> SRR1478878 1 0.3412 0.9251 0.876 0.000 0.124
#> SRR1399247 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083262 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.2711 0.8638 0.088 0.000 0.912
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1031 0.9125 0.024 0.000 0.976
#> SRR1459889 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1329726 3 0.1031 0.9125 0.024 0.000 0.976
#> SRR1098495 1 0.2066 0.8459 0.940 0.000 0.060
#> SRR1081092 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1084252 2 0.2625 0.9271 0.084 0.916 0.000
#> SRR1446979 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1076990 3 0.2537 0.8687 0.080 0.000 0.920
#> SRR1346838 1 0.6309 0.1544 0.504 0.000 0.496
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1400869 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1323404 3 0.6154 0.1828 0.408 0.000 0.592
#> SRR1364641 1 0.4504 0.8522 0.804 0.000 0.196
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1465064 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345178 3 0.2711 0.8638 0.088 0.000 0.912
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.3816 0.8113 0.148 0.000 0.852
#> SRR1343175 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1455565 2 0.4045 0.8893 0.104 0.872 0.024
#> SRR1091548 3 0.3879 0.8070 0.152 0.000 0.848
#> SRR1477125 1 0.4291 0.8678 0.820 0.000 0.180
#> SRR1394544 3 0.5497 0.5886 0.292 0.000 0.708
#> SRR1074066 1 0.0000 0.8803 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.2625 0.9408 0.916 0.000 0.084
#> SRR1377537 3 0.2711 0.8638 0.088 0.000 0.912
#> SRR1471690 1 0.1031 0.8647 0.976 0.000 0.024
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.1031 0.9125 0.024 0.000 0.976
#> SRR1453831 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470665 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1102369 1 0.1031 0.8647 0.976 0.000 0.024
#> SRR1417749 1 0.1529 0.8590 0.960 0.000 0.040
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 3 0.6752 0.7243 0.104 0.152 0.744
#> SRR808542 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1096247 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1083408 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1069778 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1081717 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078090 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1087101 3 0.4796 0.7200 0.220 0.000 0.780
#> SRR815326 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.2625 0.9408 0.916 0.000 0.084
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.2878 0.8593 0.096 0.000 0.904
#> SRR1392615 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078759 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.2625 0.9408 0.916 0.000 0.084
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.2537 0.9388 0.920 0.000 0.080
#> SRR1435090 1 0.3116 0.9377 0.892 0.000 0.108
#> SRR1420148 3 0.3879 0.8070 0.152 0.000 0.848
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.8803 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 3 0.5706 0.5288 0.320 0.000 0.680
#> SRR1368815 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076268 2 0.2625 0.9271 0.084 0.916 0.000
#> SRR1329909 3 0.1031 0.9125 0.024 0.000 0.976
#> SRR1070549 3 0.1031 0.9125 0.024 0.000 0.976
#> SRR811193 1 0.1031 0.8647 0.976 0.000 0.024
#> SRR1415355 1 0.2537 0.9388 0.920 0.000 0.080
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458465 1 0.4654 0.8371 0.792 0.000 0.208
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.3267 0.8430 0.116 0.000 0.884
#> SRR1396724 1 0.5560 0.6935 0.700 0.000 0.300
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1447124 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1480153 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1316231 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1399156 3 0.2796 0.8662 0.092 0.000 0.908
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414209 3 0.2711 0.8638 0.088 0.000 0.912
#> SRR1432587 1 0.0892 0.8669 0.980 0.000 0.020
#> SRR814820 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1338705 3 0.3879 0.8070 0.152 0.000 0.848
#> SRR1337794 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1358367 1 0.1031 0.8647 0.976 0.000 0.024
#> SRR1083149 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1337953 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1478855 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1092136 3 0.2711 0.8638 0.088 0.000 0.912
#> SRR1083191 3 0.2625 0.8661 0.084 0.000 0.916
#> SRR1468028 3 0.3038 0.8565 0.104 0.000 0.896
#> SRR1413100 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1379384 1 0.3116 0.9377 0.892 0.000 0.108
#> SRR1076417 3 0.1031 0.9125 0.024 0.000 0.976
#> SRR810829 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1468804 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1362688 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1100632 1 0.6309 0.0738 0.504 0.000 0.496
#> SRR1365679 3 0.3879 0.8070 0.152 0.000 0.848
#> SRR1388891 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0424 0.9135 0.008 0.000 0.992
#> SRR1380591 3 0.4887 0.7118 0.228 0.000 0.772
#> SRR1088782 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1088117 1 0.5363 0.7346 0.724 0.000 0.276
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1475633 2 0.3587 0.9066 0.088 0.892 0.020
#> SRR1081935 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR819719 1 0.1031 0.8647 0.976 0.000 0.024
#> SRR1387516 3 0.6752 0.7243 0.104 0.152 0.744
#> SRR1402772 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1466490 1 0.2625 0.9408 0.916 0.000 0.084
#> SRR1315309 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1479431 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432890 1 0.2959 0.9418 0.900 0.000 0.100
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1068953 3 0.1031 0.9125 0.024 0.000 0.976
#> SRR1079900 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1091356 3 0.5988 0.3632 0.368 0.000 0.632
#> SRR1384331 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.2625 0.9408 0.916 0.000 0.084
#> SRR1389199 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072821 3 0.3038 0.8565 0.104 0.000 0.896
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.4002 0.7973 0.160 0.000 0.840
#> SRR1404062 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1093504 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1343324 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1092281 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1340862 3 0.1031 0.9125 0.024 0.000 0.976
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.1031 0.9125 0.024 0.000 0.976
#> SRR1328360 2 0.3886 0.8962 0.096 0.880 0.024
#> SRR1441745 1 0.2625 0.9408 0.916 0.000 0.084
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1097618 1 0.2711 0.9422 0.912 0.000 0.088
#> SRR1098361 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1403089 3 0.2878 0.8593 0.096 0.000 0.904
#> SRR1088878 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1070884 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR814195 3 0.0000 0.9128 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436169 1 0.1031 0.8647 0.976 0.000 0.024
#> SRR1476255 1 0.0000 0.8803 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 3 0.4452 0.8151 0.192 0.000 0.808
#> SRR1430860 1 0.3038 0.9402 0.896 0.000 0.104
#> SRR1345871 1 0.5560 0.6799 0.700 0.000 0.300
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0892 0.9139 0.020 0.000 0.980
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.2878 0.9433 0.904 0.000 0.096
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9921 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.4171 0.759 0.116 0.000 0.060 0.824
#> SRR1408091 3 0.0707 0.837 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1437186 3 0.4098 0.793 0.204 0.000 0.784 0.012
#> SRR1072700 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1120711 3 0.0707 0.859 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1082933 1 0.2011 0.844 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1350997 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1069714 2 0.0469 0.978 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.3764 0.598 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1478878 1 0.1042 0.832 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1399247 3 0.1004 0.860 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1083262 1 0.1151 0.825 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1088680 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1348248 4 0.3528 0.787 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1098146 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1302 0.858 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1459889 1 0.0469 0.841 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329726 3 0.3569 0.801 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1098495 4 0.3908 0.605 0.212 0.000 0.004 0.784
#> SRR1081092 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1084252 2 0.4964 0.356 0.000 0.616 0.004 0.380
#> SRR1446979 1 0.0336 0.844 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076990 3 0.2408 0.754 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1346838 3 0.4868 0.723 0.304 0.000 0.684 0.012
#> SRR1085450 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1400869 1 0.3311 0.832 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1323404 3 0.3933 0.796 0.200 0.000 0.792 0.008
#> SRR1364641 1 0.5874 0.662 0.700 0.000 0.176 0.124
#> SRR1476760 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1465064 3 0.0707 0.859 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1345178 4 0.3400 0.792 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1069166 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1466728 3 0.4795 0.734 0.292 0.000 0.696 0.012
#> SRR1343175 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1455565 4 0.3539 0.697 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR1091548 3 0.4718 0.744 0.280 0.000 0.708 0.012
#> SRR1477125 1 0.5329 -0.106 0.568 0.000 0.420 0.012
#> SRR1394544 3 0.5959 0.315 0.388 0.000 0.568 0.044
#> SRR1074066 1 0.3873 0.763 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1098855 1 0.3400 0.827 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1377537 4 0.3528 0.787 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1471690 4 0.3764 0.598 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1435643 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1467680 2 0.0707 0.974 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1457437 3 0.1302 0.858 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1453831 3 0.0779 0.855 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1470665 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1102369 4 0.4331 0.474 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1417749 4 0.2647 0.751 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1088068 2 0.0707 0.974 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1310253 3 0.0895 0.857 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1098122 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.3311 0.794 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR808542 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0707 0.859 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1440179 2 0.0469 0.978 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0707 0.974 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0707 0.859 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2081 0.847 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1096247 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1433152 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1081717 3 0.0707 0.859 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.5452 0.503 0.428 0.000 0.556 0.016
#> SRR815326 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1094555 2 0.0895 0.971 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1101981 4 0.3356 0.793 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1392615 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1078759 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1105513 2 0.0469 0.978 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR810689 1 0.3400 0.827 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1435090 1 0.2101 0.785 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR1420148 3 0.4844 0.727 0.300 0.000 0.688 0.012
#> SRR1309723 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.4072 0.744 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1071761 1 0.5396 -0.262 0.524 0.000 0.464 0.012
#> SRR1368815 1 0.3219 0.834 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1322512 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1473385 3 0.0707 0.859 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1076268 2 0.4905 0.398 0.000 0.632 0.004 0.364
#> SRR1329909 3 0.4019 0.796 0.196 0.000 0.792 0.012
#> SRR1070549 3 0.1022 0.860 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR811193 4 0.0921 0.761 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1415355 1 0.3400 0.827 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1329108 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.1174 0.857 0.020 0.000 0.968 0.012
#> SRR1458465 1 0.5244 -0.144 0.556 0.000 0.436 0.008
#> SRR1405289 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.4248 0.784 0.220 0.000 0.768 0.012
#> SRR1396724 3 0.4647 0.741 0.288 0.000 0.704 0.008
#> SRR1081235 2 0.0469 0.978 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1319078 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR814268 3 0.0921 0.861 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1447124 1 0.3311 0.832 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1480153 1 0.3266 0.833 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1316231 1 0.2149 0.847 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1399156 3 0.4770 0.738 0.288 0.000 0.700 0.012
#> SRR1102272 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0707 0.859 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1414209 4 0.3486 0.789 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1432587 4 0.2647 0.751 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR814820 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.1388 0.858 0.028 0.000 0.960 0.012
#> SRR1338705 3 0.4795 0.734 0.292 0.000 0.696 0.012
#> SRR1337794 1 0.0469 0.841 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1358367 4 0.3764 0.598 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1083149 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1478855 1 0.0336 0.844 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092136 4 0.3400 0.792 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1083191 3 0.0817 0.834 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1468028 4 0.3356 0.793 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1413100 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1379384 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.2530 0.835 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR810829 3 0.0921 0.861 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1468804 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1362688 1 0.2149 0.847 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1100632 3 0.5512 0.326 0.492 0.000 0.492 0.016
#> SRR1365679 3 0.4844 0.727 0.300 0.000 0.688 0.012
#> SRR1388891 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1120825 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1380591 3 0.5543 0.502 0.424 0.000 0.556 0.020
#> SRR1088782 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1088117 3 0.4891 0.718 0.308 0.000 0.680 0.012
#> SRR1099905 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.3311 0.832 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1475633 4 0.3810 0.680 0.000 0.188 0.008 0.804
#> SRR1081935 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1383984 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 4 0.4304 0.482 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1387516 4 0.3311 0.794 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1402772 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1466490 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1315309 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1479431 3 0.0707 0.859 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1068953 3 0.3569 0.801 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 3 0.4546 0.762 0.256 0.000 0.732 0.012
#> SRR1384331 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1089737 1 0.1022 0.847 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1389199 3 0.0707 0.859 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1072821 4 0.4746 0.538 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1080672 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.4891 0.718 0.308 0.000 0.680 0.012
#> SRR1404062 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1093504 1 0.3219 0.834 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1343324 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.4019 0.796 0.196 0.000 0.792 0.012
#> SRR1360545 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.3569 0.801 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1328360 4 0.3583 0.691 0.000 0.180 0.004 0.816
#> SRR1441745 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1404147 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0336 0.844 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1097618 1 0.3356 0.831 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1098361 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.3486 0.789 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1088878 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0921 0.861 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR814195 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1436169 4 0.4331 0.474 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1476255 1 0.4072 0.744 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1312906 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0895 0.971 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1447416 4 0.3311 0.794 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1430860 1 0.0000 0.848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.4635 0.419 0.720 0.000 0.268 0.012
#> SRR1446996 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1459761 2 0.0895 0.971 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1355997 2 0.0707 0.974 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1359821 3 0.0817 0.861 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1498249 2 0.0336 0.979 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.2255 0.776 0.920 0.000 0.068 0.012
#> SRR1474396 2 0.0895 0.971 0.000 0.976 0.020 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0771 0.92932 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1410242 4 0.2313 0.77429 0.040 0.000 0.012 0.916 0.032
#> SRR1408091 3 0.1568 0.85481 0.000 0.000 0.944 0.036 0.020
#> SRR1437186 1 0.4126 0.43939 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0609 0.92955 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1320203 2 0.0955 0.92787 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1082957 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.2541 0.83345 0.012 0.000 0.900 0.020 0.068
#> SRR1082933 1 0.4219 -0.51914 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1350997 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.3177 0.84908 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1487867 2 0.0865 0.93090 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1310920 4 0.5632 0.46283 0.080 0.000 0.000 0.528 0.392
#> SRR1478878 1 0.0703 0.65875 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.0693 0.88507 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1083262 1 0.0703 0.66110 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0566 0.93183 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1348248 4 0.2632 0.77730 0.000 0.000 0.040 0.888 0.072
#> SRR1098146 2 0.1502 0.92656 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1443755 2 0.1364 0.92791 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1341321 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0510 0.66004 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.4297 -0.02544 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.5238 0.60066 0.088 0.000 0.000 0.652 0.260
#> SRR1081092 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1084252 4 0.6581 0.07814 0.000 0.356 0.000 0.432 0.212
#> SRR1446979 1 0.0290 0.65799 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.2464 0.79871 0.000 0.000 0.888 0.096 0.016
#> SRR1346838 1 0.4060 0.48299 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0609 0.92955 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1366473 2 0.1364 0.92791 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1097320 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1400869 5 0.4304 0.78375 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1323404 3 0.4306 -0.09307 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.5488 -0.06196 0.608 0.000 0.092 0.000 0.300
#> SRR1476760 2 0.0955 0.92844 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1330609 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.1518 0.87038 0.012 0.000 0.952 0.020 0.016
#> SRR1345178 4 0.2632 0.77730 0.000 0.000 0.040 0.888 0.072
#> SRR1069166 2 0.1041 0.92898 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1466728 1 0.4074 0.47561 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1343175 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1455565 4 0.1478 0.77884 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1091548 1 0.4074 0.47561 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.3336 0.63914 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1394544 3 0.8590 -0.21067 0.216 0.000 0.272 0.264 0.248
#> SRR1074066 5 0.5281 0.81622 0.400 0.000 0.000 0.052 0.548
#> SRR1098855 5 0.4101 0.93409 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1377537 4 0.3301 0.76000 0.000 0.000 0.080 0.848 0.072
#> SRR1471690 4 0.5636 0.46233 0.084 0.000 0.000 0.544 0.372
#> SRR1435643 2 0.1430 0.92442 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052
#> SRR1467680 2 0.4573 0.77719 0.000 0.700 0.000 0.044 0.256
#> SRR1457437 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.3002 0.80596 0.008 0.000 0.876 0.048 0.068
#> SRR1470665 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1102369 4 0.6021 0.36548 0.128 0.000 0.000 0.524 0.348
#> SRR1417749 4 0.2139 0.77318 0.052 0.000 0.000 0.916 0.032
#> SRR1088068 2 0.3209 0.87378 0.000 0.812 0.008 0.000 0.180
#> SRR1310253 3 0.3807 0.76594 0.012 0.000 0.828 0.088 0.072
#> SRR1098122 2 0.0771 0.92932 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1356725 4 0.0794 0.78408 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR808542 2 0.0510 0.92946 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1331858 2 0.0609 0.92955 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1354532 2 0.0955 0.92787 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1458789 3 0.0693 0.88507 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1440179 2 0.3177 0.84908 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1072920 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.1628 0.92779 0.000 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1092184 2 0.3424 0.82535 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1325690 2 0.0703 0.92941 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR815970 3 0.0981 0.88175 0.012 0.000 0.972 0.008 0.008
#> SRR812152 2 0.0955 0.92787 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1073459 1 0.1965 0.49725 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1096247 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1433152 2 0.0609 0.92955 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1370363 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1081717 3 0.0854 0.88365 0.012 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR1078090 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.3707 0.58587 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0609 0.92955 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1072199 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1094555 2 0.4793 0.76986 0.000 0.692 0.004 0.048 0.256
#> SRR1101981 4 0.2632 0.77730 0.000 0.000 0.040 0.888 0.072
#> SRR1392615 3 0.0566 0.88616 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1078759 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0955 0.92787 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1343456 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1105513 2 0.2929 0.86646 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR810689 5 0.4088 0.93050 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1435090 1 0.1671 0.66064 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.4060 0.48299 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0955 0.92787 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1313449 5 0.5063 0.86132 0.312 0.000 0.000 0.056 0.632
#> SRR1071761 1 0.3452 0.63081 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.4273 -0.69559 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1322512 2 0.2929 0.88846 0.000 0.840 0.008 0.000 0.152
#> SRR1473385 3 0.0854 0.88365 0.012 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR1076268 4 0.6499 -0.00735 0.000 0.396 0.000 0.416 0.188
#> SRR1329909 1 0.4161 0.41063 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.2446 0.76942 0.044 0.000 0.000 0.900 0.056
#> SRR1415355 5 0.4138 0.94430 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1329108 2 0.0771 0.92932 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1098588 3 0.1623 0.87101 0.016 0.000 0.948 0.020 0.016
#> SRR1458465 1 0.3305 0.63932 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0404 0.93040 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1075874 1 0.4126 0.43939 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.4030 0.49493 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.2966 0.86395 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1319078 2 0.1357 0.92532 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR814268 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.4291 -0.73438 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1480153 1 0.4273 -0.69559 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1316231 1 0.2020 0.48865 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1399156 1 0.4088 0.46709 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0955 0.92787 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1388190 3 0.0693 0.88507 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1414209 4 0.3695 0.69529 0.000 0.000 0.164 0.800 0.036
#> SRR1432587 4 0.4489 0.67964 0.068 0.000 0.000 0.740 0.192
#> SRR814820 2 0.0290 0.93042 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383213 3 0.2179 0.79099 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.4074 0.47561 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0290 0.65799 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.5759 0.43210 0.108 0.000 0.000 0.568 0.324
#> SRR1083149 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1478855 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.2376 0.77948 0.000 0.000 0.044 0.904 0.052
#> SRR1083191 3 0.2110 0.82766 0.000 0.000 0.912 0.072 0.016
#> SRR1468028 4 0.0162 0.78524 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413100 5 0.4256 0.90813 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1379384 1 0.0404 0.65909 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1468804 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1362688 1 0.2020 0.48865 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1100632 1 0.4260 0.62471 0.736 0.000 0.236 0.012 0.016
#> SRR1365679 1 0.4074 0.47561 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.3203 0.87802 0.000 0.820 0.012 0.000 0.168
#> SRR1120825 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.4296 0.60467 0.720 0.000 0.256 0.012 0.012
#> SRR1088782 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.3999 0.50769 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0955 0.92787 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1359760 5 0.4300 0.84641 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1475633 4 0.3010 0.73309 0.000 0.004 0.000 0.824 0.172
#> SRR1081935 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.1357 0.92532 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR1100776 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 4 0.5952 0.38767 0.128 0.000 0.000 0.548 0.324
#> SRR1387516 4 0.0963 0.78379 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1402772 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1315309 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.2604 0.83002 0.012 0.000 0.896 0.020 0.072
#> SRR1432890 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0771 0.92932 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1473016 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.4268 0.07186 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.4088 0.46732 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0290 0.65799 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.2193 0.91826 0.000 0.900 0.008 0.000 0.092
#> SRR1089737 1 0.2690 0.38987 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1389199 3 0.2507 0.83531 0.016 0.000 0.900 0.012 0.072
#> SRR1072821 4 0.3085 0.74967 0.000 0.000 0.116 0.852 0.032
#> SRR1080672 2 0.0955 0.92787 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1316553 1 0.4030 0.49602 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1404062 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1093504 1 0.4268 -0.68589 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1343324 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.4300 -0.03970 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0955 0.92844 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR813234 3 0.4304 -0.06910 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.1792 0.77363 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1441745 5 0.4182 0.95421 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1404147 2 0.0609 0.92955 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1445468 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 5 0.4161 0.94982 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1098361 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.1205 0.78375 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR1088878 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.0693 0.88507 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1436169 4 0.6047 0.38640 0.136 0.000 0.000 0.532 0.332
#> SRR1476255 5 0.5019 0.86745 0.316 0.000 0.000 0.052 0.632
#> SRR1312906 2 0.0609 0.92955 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1347082 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.4615 0.76944 0.000 0.700 0.000 0.048 0.252
#> SRR1447416 4 0.0794 0.78460 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1430860 1 0.0000 0.65465 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.2471 0.65257 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.1571 0.92638 0.000 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR1459761 2 0.4665 0.76865 0.000 0.692 0.000 0.048 0.260
#> SRR1355997 2 0.3395 0.82854 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1359821 3 0.0404 0.88717 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0703 0.92941 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1381306 2 0.1082 0.92773 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR1070382 1 0.1341 0.66135 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.4615 0.76944 0.000 0.700 0.000 0.048 0.252
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0993 0.8930 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR1410242 4 0.3855 0.3521 0.032 0.000 0.000 0.788 0.032 0.148
#> SRR1408091 3 0.2070 0.8812 0.000 0.000 0.892 0.000 0.008 0.100
#> SRR1437186 1 0.4351 0.7580 0.720 0.000 0.172 0.000 0.000 0.108
#> SRR1072700 2 0.0291 0.8926 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1320203 2 0.1644 0.8885 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1082957 3 0.0146 0.9056 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1120711 3 0.2311 0.8524 0.000 0.000 0.880 0.000 0.016 0.104
#> SRR1082933 5 0.4815 0.4809 0.384 0.000 0.000 0.000 0.556 0.060
#> SRR1350997 3 0.0632 0.9034 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1069714 2 0.4173 0.7510 0.000 0.688 0.000 0.000 0.044 0.268
#> SRR1487867 2 0.0891 0.8932 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1310920 6 0.6212 0.6668 0.016 0.000 0.000 0.292 0.220 0.472
#> SRR1478878 1 0.1168 0.8232 0.956 0.000 0.028 0.000 0.000 0.016
#> SRR1399247 3 0.1765 0.8797 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1083262 1 0.0260 0.8164 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1088680 2 0.0806 0.8945 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1348248 4 0.4904 0.0230 0.000 0.000 0.024 0.568 0.028 0.380
#> SRR1098146 2 0.2384 0.8828 0.000 0.884 0.000 0.000 0.032 0.084
#> SRR1443755 2 0.2325 0.8839 0.000 0.892 0.000 0.000 0.060 0.048
#> SRR1341321 3 0.2070 0.8600 0.008 0.000 0.892 0.000 0.000 0.100
#> SRR1459889 1 0.2617 0.8098 0.872 0.000 0.016 0.000 0.012 0.100
#> SRR1329726 1 0.4847 0.4975 0.560 0.000 0.376 0.000 0.000 0.064
#> SRR1098495 6 0.6327 0.5919 0.036 0.000 0.000 0.364 0.152 0.448
#> SRR1081092 3 0.1501 0.8893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1084252 4 0.6353 0.1331 0.000 0.280 0.000 0.468 0.024 0.228
#> SRR1446979 1 0.0291 0.8165 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.1781 0.8734 0.000 0.000 0.924 0.008 0.008 0.060
#> SRR1346838 1 0.3978 0.7798 0.756 0.000 0.160 0.000 0.000 0.084
#> SRR1085450 2 0.0291 0.8926 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1366473 2 0.2258 0.8844 0.000 0.896 0.000 0.000 0.060 0.044
#> SRR1097320 5 0.2562 0.8702 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1400869 5 0.5400 0.5740 0.264 0.000 0.000 0.000 0.572 0.164
#> SRR1323404 1 0.4736 0.5993 0.620 0.000 0.308 0.000 0.000 0.072
#> SRR1364641 1 0.7034 -0.1773 0.404 0.000 0.076 0.000 0.284 0.236
#> SRR1476760 2 0.1049 0.8931 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1330609 3 0.0000 0.9058 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.1462 0.8814 0.000 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1345178 4 0.4904 0.0230 0.000 0.000 0.024 0.568 0.028 0.380
#> SRR1069166 2 0.1367 0.8895 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1466728 1 0.4253 0.7686 0.732 0.000 0.160 0.000 0.000 0.108
#> SRR1343175 5 0.2703 0.8698 0.172 0.000 0.000 0.000 0.824 0.004
#> SRR1455565 4 0.1204 0.4774 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1091548 1 0.4026 0.7785 0.752 0.000 0.160 0.000 0.000 0.088
#> SRR1477125 1 0.2776 0.8192 0.860 0.000 0.088 0.000 0.000 0.052
#> SRR1394544 6 0.7820 0.4131 0.096 0.000 0.144 0.128 0.148 0.484
#> SRR1074066 5 0.5779 0.5295 0.248 0.000 0.000 0.032 0.588 0.132
#> SRR1098855 5 0.2988 0.8354 0.144 0.000 0.000 0.000 0.828 0.028
#> SRR1377537 4 0.5475 -0.0274 0.000 0.000 0.064 0.528 0.028 0.380
#> SRR1471690 6 0.6355 0.6217 0.016 0.000 0.000 0.348 0.232 0.404
#> SRR1435643 2 0.1895 0.8805 0.000 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR1467680 2 0.5330 0.6820 0.000 0.596 0.000 0.044 0.048 0.312
#> SRR1457437 3 0.0937 0.8956 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1453831 3 0.4465 0.5298 0.000 0.000 0.628 0.004 0.036 0.332
#> SRR1470665 5 0.2562 0.8702 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1102369 4 0.6919 -0.4185 0.060 0.000 0.000 0.388 0.320 0.232
#> SRR1417749 4 0.3956 0.3440 0.032 0.000 0.000 0.784 0.040 0.144
#> SRR1088068 2 0.4151 0.8265 0.000 0.744 0.000 0.004 0.076 0.176
#> SRR1310253 3 0.5367 0.2686 0.000 0.000 0.532 0.060 0.024 0.384
#> SRR1098122 2 0.0891 0.8932 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1356725 4 0.0000 0.4848 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0520 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1331858 2 0.0405 0.8924 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1354532 2 0.1644 0.8885 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1458789 3 0.0260 0.9049 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440179 2 0.4193 0.7481 0.000 0.684 0.000 0.000 0.044 0.272
#> SRR1072920 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312388 2 0.2030 0.8904 0.000 0.908 0.000 0.000 0.064 0.028
#> SRR1092184 2 0.4386 0.7226 0.000 0.652 0.000 0.000 0.048 0.300
#> SRR1325690 2 0.0520 0.8925 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR815970 3 0.0806 0.8989 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR812152 2 0.1794 0.8876 0.000 0.924 0.000 0.000 0.036 0.040
#> SRR1073459 1 0.1196 0.7760 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008
#> SRR1096247 1 0.1075 0.8166 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1083408 5 0.2527 0.8701 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1433152 2 0.0291 0.8926 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1370363 1 0.0291 0.8165 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069778 5 0.2703 0.8698 0.172 0.000 0.000 0.000 0.824 0.004
#> SRR1081717 3 0.0508 0.9034 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1078090 1 0.0405 0.8156 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1087101 1 0.3932 0.7959 0.776 0.000 0.112 0.004 0.000 0.108
#> SRR815326 2 0.0291 0.8926 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1072199 5 0.2527 0.8701 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1094555 2 0.5330 0.6820 0.000 0.596 0.000 0.044 0.048 0.312
#> SRR1101981 4 0.4864 0.0445 0.000 0.000 0.024 0.584 0.028 0.364
#> SRR1392615 3 0.0146 0.9056 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1078759 3 0.0000 0.9058 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.1644 0.8885 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1343456 5 0.2527 0.8701 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1105513 2 0.3776 0.8014 0.000 0.760 0.000 0.000 0.052 0.188
#> SRR810689 5 0.2300 0.8513 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1435090 1 0.2058 0.8226 0.908 0.000 0.036 0.000 0.000 0.056
#> SRR1420148 1 0.4253 0.7686 0.732 0.000 0.160 0.000 0.000 0.108
#> SRR1309723 2 0.1644 0.8885 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1313449 5 0.4514 0.6928 0.116 0.000 0.000 0.036 0.752 0.096
#> SRR1071761 1 0.3514 0.8054 0.804 0.000 0.088 0.000 0.000 0.108
#> SRR1368815 5 0.3911 0.6950 0.368 0.000 0.000 0.000 0.624 0.008
#> SRR1322512 2 0.4254 0.8061 0.000 0.712 0.000 0.000 0.072 0.216
#> SRR1473385 3 0.0508 0.9034 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1076268 4 0.6247 0.1195 0.000 0.332 0.000 0.456 0.020 0.192
#> SRR1329909 1 0.4668 0.7241 0.680 0.000 0.204 0.000 0.000 0.116
#> SRR1070549 3 0.1501 0.8892 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR811193 4 0.3991 0.3151 0.012 0.000 0.000 0.772 0.064 0.152
#> SRR1415355 5 0.2340 0.8553 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1329108 2 0.0909 0.8932 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1098588 3 0.3812 0.7959 0.036 0.000 0.776 0.008 0.004 0.176
#> SRR1458465 1 0.2624 0.8119 0.856 0.000 0.124 0.000 0.000 0.020
#> SRR1405289 2 0.0291 0.8926 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1075874 1 0.3860 0.7817 0.764 0.000 0.164 0.000 0.000 0.072
#> SRR1396724 1 0.3566 0.7910 0.788 0.000 0.156 0.000 0.000 0.056
#> SRR1081235 2 0.3896 0.7922 0.000 0.744 0.000 0.000 0.052 0.204
#> SRR1319078 2 0.1838 0.8815 0.000 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR814268 3 0.0790 0.9028 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1447124 5 0.3619 0.7465 0.316 0.000 0.000 0.000 0.680 0.004
#> SRR1480153 5 0.3955 0.6692 0.384 0.000 0.000 0.000 0.608 0.008
#> SRR1316231 1 0.1196 0.7760 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008
#> SRR1399156 1 0.4328 0.7625 0.724 0.000 0.164 0.000 0.000 0.112
#> SRR1102272 2 0.1720 0.8881 0.000 0.928 0.000 0.000 0.032 0.040
#> SRR1388190 3 0.0363 0.9045 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414209 4 0.3752 0.3661 0.000 0.000 0.116 0.796 0.008 0.080
#> SRR1432587 4 0.5259 0.1894 0.032 0.000 0.000 0.672 0.140 0.156
#> SRR814820 2 0.0291 0.8926 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1383213 3 0.3509 0.7544 0.084 0.000 0.804 0.000 0.000 0.112
#> SRR1338705 1 0.3825 0.7846 0.768 0.000 0.160 0.000 0.000 0.072
#> SRR1337794 1 0.0632 0.8171 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1358367 4 0.6097 -0.2913 0.024 0.000 0.000 0.444 0.392 0.140
#> SRR1083149 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337953 5 0.2527 0.8701 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1478855 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092136 4 0.3550 0.3824 0.000 0.000 0.024 0.800 0.020 0.156
#> SRR1083191 3 0.2009 0.8620 0.000 0.000 0.904 0.004 0.008 0.084
#> SRR1468028 4 0.1049 0.4788 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1413100 5 0.3349 0.8218 0.244 0.000 0.000 0.000 0.748 0.008
#> SRR1379384 1 0.0806 0.8201 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076417 3 0.2212 0.8626 0.008 0.000 0.880 0.000 0.000 0.112
#> SRR810829 3 0.1501 0.8810 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1468804 5 0.2703 0.8698 0.172 0.000 0.000 0.000 0.824 0.004
#> SRR1362688 1 0.1391 0.7711 0.944 0.000 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR1100632 1 0.3877 0.8004 0.792 0.000 0.072 0.000 0.016 0.120
#> SRR1365679 1 0.3825 0.7846 0.768 0.000 0.160 0.000 0.000 0.072
#> SRR1388891 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400312 2 0.4525 0.7858 0.000 0.684 0.000 0.000 0.088 0.228
#> SRR1120825 3 0.1267 0.8918 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1380591 1 0.4087 0.7960 0.776 0.000 0.092 0.000 0.016 0.116
#> SRR1088782 3 0.1387 0.8927 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1088117 1 0.3754 0.7892 0.776 0.000 0.152 0.000 0.000 0.072
#> SRR1099905 2 0.1644 0.8885 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1359760 5 0.3215 0.8216 0.240 0.000 0.000 0.000 0.756 0.004
#> SRR1475633 4 0.3154 0.3948 0.000 0.004 0.000 0.800 0.012 0.184
#> SRR1081935 3 0.0146 0.9056 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383984 2 0.1838 0.8815 0.000 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR1100776 1 0.0260 0.8129 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR819719 4 0.6290 -0.2976 0.036 0.000 0.000 0.444 0.376 0.144
#> SRR1387516 4 0.0000 0.4848 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0547 0.9037 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1466490 5 0.2527 0.8701 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.9058 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.4105 0.5153 0.000 0.000 0.632 0.000 0.020 0.348
#> SRR1432890 1 0.0260 0.8129 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1093390 2 0.0806 0.8932 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1473016 3 0.0260 0.9052 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1068953 1 0.5044 0.4458 0.536 0.000 0.384 0.000 0.000 0.080
#> SRR1079900 1 0.0260 0.8129 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1091356 1 0.3825 0.7846 0.768 0.000 0.160 0.000 0.000 0.072
#> SRR1384331 1 0.0260 0.8141 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1412928 2 0.3193 0.8667 0.000 0.824 0.000 0.000 0.052 0.124
#> SRR1089737 1 0.3200 0.6003 0.788 0.000 0.000 0.000 0.196 0.016
#> SRR1389199 3 0.4278 0.4902 0.004 0.000 0.616 0.000 0.020 0.360
#> SRR1072821 4 0.5198 0.2270 0.016 0.000 0.048 0.676 0.036 0.224
#> SRR1080672 2 0.1720 0.8881 0.000 0.928 0.000 0.000 0.032 0.040
#> SRR1316553 1 0.4253 0.7686 0.732 0.000 0.160 0.000 0.000 0.108
#> SRR1404062 5 0.2703 0.8698 0.172 0.000 0.000 0.000 0.824 0.004
#> SRR1093504 5 0.3934 0.6845 0.376 0.000 0.000 0.000 0.616 0.008
#> SRR1343324 1 0.0260 0.8129 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092281 1 0.0291 0.8165 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340862 1 0.5232 0.5568 0.564 0.000 0.320 0.000 0.000 0.116
#> SRR1360545 2 0.1418 0.8923 0.000 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR813234 1 0.4905 0.5545 0.580 0.000 0.344 0.000 0.000 0.076
#> SRR1328360 4 0.1327 0.4744 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1441745 5 0.2491 0.8678 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1404147 2 0.0291 0.8926 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1445468 1 0.0146 0.8159 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097618 5 0.2520 0.8583 0.152 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004
#> SRR1098361 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403089 4 0.1692 0.4791 0.000 0.000 0.012 0.932 0.008 0.048
#> SRR1088878 1 0.0260 0.8129 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1070884 3 0.0632 0.9036 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR814195 3 0.1663 0.8837 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1436169 4 0.7260 -0.4235 0.108 0.000 0.000 0.388 0.272 0.232
#> SRR1476255 5 0.2536 0.8140 0.116 0.000 0.000 0.020 0.864 0.000
#> SRR1312906 2 0.0291 0.8926 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1347082 1 0.0260 0.8141 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1474440 2 0.5285 0.6837 0.000 0.608 0.000 0.044 0.048 0.300
#> SRR1447416 4 0.0000 0.4848 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0146 0.8143 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345871 1 0.1549 0.8252 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR1446996 2 0.2510 0.8810 0.000 0.872 0.000 0.000 0.028 0.100
#> SRR1459761 2 0.5330 0.6820 0.000 0.596 0.000 0.044 0.048 0.312
#> SRR1355997 2 0.4386 0.7226 0.000 0.652 0.000 0.000 0.048 0.300
#> SRR1359821 3 0.0000 0.9058 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0622 0.8926 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1381306 2 0.1865 0.8871 0.000 0.920 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR1070382 1 0.1838 0.8198 0.916 0.000 0.016 0.000 0.000 0.068
#> SRR1474396 2 0.5315 0.6820 0.000 0.600 0.000 0.044 0.048 0.308
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.973 0.988 0.459 0.541 0.541
#> 3 3 0.891 0.892 0.957 0.451 0.758 0.566
#> 4 4 0.934 0.905 0.959 0.108 0.835 0.564
#> 5 5 0.883 0.810 0.925 0.038 0.955 0.832
#> 6 6 0.920 0.875 0.942 0.031 0.964 0.846
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4
There is also optional best \(k\) = 2 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1410242 2 0.242 0.945 0.040 0.960
#> SRR1408091 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1348248 2 0.973 0.331 0.404 0.596
#> SRR1098146 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.738 0.739 0.792 0.208
#> SRR1081092 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.706 0.761 0.808 0.192
#> SRR1346838 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1471690 2 0.971 0.336 0.400 0.600
#> SRR1435643 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.343 0.926 0.936 0.064
#> SRR1417749 2 0.714 0.753 0.196 0.804
#> SRR1088068 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1356725 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1101981 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1392615 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.563 0.847 0.868 0.132
#> SRR1071761 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR811193 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1414209 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1432587 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1092136 2 0.595 0.826 0.144 0.856
#> SRR1083191 1 0.714 0.755 0.804 0.196
#> SRR1468028 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.722 0.752 0.800 0.200
#> SRR1387516 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1402772 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.706 0.764 0.808 0.192
#> SRR1312906 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1447416 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.000 0.983 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.6079 0.360 0.388 0.612 0.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437186 3 0.0747 0.917 0.016 0.000 0.984
#> SRR1072700 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.0747 0.938 0.984 0.000 0.016
#> SRR1478878 1 0.1031 0.931 0.976 0.000 0.024
#> SRR1399247 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098495 1 0.5558 0.755 0.800 0.152 0.048
#> SRR1081092 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346838 3 0.6079 0.438 0.388 0.000 0.612
#> SRR1085450 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 3 0.4555 0.735 0.200 0.000 0.800
#> SRR1364641 1 0.4555 0.719 0.800 0.000 0.200
#> SRR1476760 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345178 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.4452 0.762 0.192 0.000 0.808
#> SRR1343175 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091548 3 0.4452 0.762 0.192 0.000 0.808
#> SRR1477125 1 0.6154 0.218 0.592 0.000 0.408
#> SRR1394544 1 0.6215 0.170 0.572 0.000 0.428
#> SRR1074066 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471690 1 0.6062 0.350 0.616 0.384 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453831 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417749 2 0.6140 0.318 0.404 0.596 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.5835 0.537 0.340 0.000 0.660
#> SRR815326 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 2 0.5327 0.623 0.000 0.728 0.272
#> SRR1392615 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 3 0.6026 0.465 0.376 0.000 0.624
#> SRR1309723 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.6192 0.178 0.580 0.000 0.420
#> SRR1368815 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.1163 0.909 0.028 0.000 0.972
#> SRR1070549 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR811193 2 0.6126 0.329 0.400 0.600 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458465 1 0.6111 0.261 0.604 0.000 0.396
#> SRR1405289 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.2261 0.880 0.068 0.000 0.932
#> SRR1396724 3 0.6095 0.429 0.392 0.000 0.608
#> SRR1081235 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 3 0.3686 0.817 0.140 0.000 0.860
#> SRR1102272 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414209 3 0.0747 0.915 0.000 0.016 0.984
#> SRR1432587 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338705 3 0.4452 0.762 0.192 0.000 0.808
#> SRR1337794 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.6126 0.307 0.600 0.400 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468028 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR810829 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.3482 0.811 0.872 0.000 0.128
#> SRR1365679 3 0.4452 0.762 0.192 0.000 0.808
#> SRR1388891 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380591 3 0.6307 0.147 0.488 0.000 0.512
#> SRR1088782 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088117 3 0.6095 0.429 0.392 0.000 0.608
#> SRR1099905 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387516 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068953 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 3 0.6008 0.473 0.372 0.000 0.628
#> SRR1384331 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072821 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.6045 0.456 0.380 0.000 0.620
#> SRR1404062 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR814195 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.1031 0.930 0.976 0.000 0.024
#> SRR1446996 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.927 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.5193 0.29778 0.412 0.580 0.000 0.008
#> SRR1408091 3 0.0188 0.94768 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1437186 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.94662 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082933 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1350997 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.0469 0.91812 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1478878 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1399247 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1083262 1 0.0188 0.93647 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1088680 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0188 0.94508 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098146 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.3726 0.74328 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1459889 1 0.0188 0.93647 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329726 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098495 4 0.3978 0.73506 0.000 0.012 0.192 0.796
#> SRR1081092 3 0.0707 0.94688 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0188 0.93647 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.0000 0.94662 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.93645 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1400869 4 0.4661 0.45443 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1323404 1 0.2704 0.80789 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1364641 1 0.4866 0.32494 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1476760 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.94662 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 3 0.0188 0.94508 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1069166 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343175 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1455565 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477125 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394544 3 0.7674 0.16270 0.340 0.000 0.436 0.224
#> SRR1074066 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1098855 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1377537 3 0.0188 0.94508 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471690 4 0.1109 0.90538 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR1435643 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.2868 0.83257 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1453831 3 0.0188 0.94508 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470665 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1102369 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1417749 4 0.4372 0.64091 0.004 0.268 0.000 0.728
#> SRR1088068 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0188 0.94508 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098122 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0336 0.94866 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312388 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0188 0.94768 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.3942 0.67851 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1096247 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083408 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1433152 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1069778 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1081717 3 0.0188 0.94768 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1078090 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1087101 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1094555 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.4936 0.38924 0.000 0.372 0.624 0.004
#> SRR1392615 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1078759 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1105513 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1435090 1 0.0000 0.93645 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1071761 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368815 1 0.4907 0.28278 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1322512 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0188 0.94768 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070549 3 0.2081 0.88756 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR811193 4 0.3945 0.71990 0.004 0.216 0.000 0.780
#> SRR1415355 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1329108 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0469 0.94912 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1458465 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.93645 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1447124 4 0.4804 0.36659 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1480153 1 0.5000 -0.00228 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1316231 1 0.3764 0.70904 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1399156 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0469 0.94922 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1414209 3 0.0000 0.94662 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432587 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR814820 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.3726 0.74328 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1338705 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337794 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1358367 4 0.2266 0.86138 0.004 0.084 0.000 0.912
#> SRR1083149 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337953 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1478855 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092136 3 0.0188 0.94508 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1083191 3 0.0000 0.94662 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0188 0.98671 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1413100 4 0.3688 0.70372 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1379384 1 0.0188 0.93647 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076417 3 0.3726 0.74328 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR810829 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1468804 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1362688 1 0.4855 0.33843 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1100632 1 0.0000 0.93645 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388891 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400312 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.93645 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088782 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.93645 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 4 0.4804 0.36659 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1475633 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR819719 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1387516 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1466490 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1315309 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1479431 3 0.0188 0.94508 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432890 1 0.3311 0.76812 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1093390 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1068953 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1079900 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1091356 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1384331 1 0.0188 0.93647 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1412928 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.3801 0.69593 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1389199 3 0.0188 0.94508 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1072821 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404062 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1093504 1 0.4907 0.28278 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1343324 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092281 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1340862 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.0188 0.93558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441745 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1404147 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1097618 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1098361 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1403089 2 0.2589 0.86237 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1088878 1 0.0592 0.92950 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070884 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR814195 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1436169 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1476255 4 0.0188 0.92824 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1312906 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1474440 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0336 0.93574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345871 1 0.0376 0.93634 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1446996 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0592 0.94953 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0188 0.93647 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474396 2 0.0000 0.99044 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.8390 0.1495 0.152 0.236 0.000 0.328 0.284
#> SRR1408091 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0162 0.9420 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1082933 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.4045 0.2531 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.1544 0.5698 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.3999 0.4643 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.3534 0.3800 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1081092 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.0290 0.9388 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400869 5 0.6712 0.0843 0.260 0.000 0.000 0.324 0.416
#> SRR1323404 1 0.3837 0.5239 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1364641 4 0.6907 0.0980 0.392 0.000 0.012 0.392 0.204
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0290 0.9388 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1345178 4 0.1410 0.5685 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455565 2 0.3636 0.6374 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 3 0.7587 -0.1469 0.052 0.000 0.404 0.316 0.228
#> SRR1074066 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098855 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377537 4 0.2966 0.5008 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1471690 4 0.5454 0.0310 0.000 0.060 0.000 0.488 0.452
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.2471 0.7932 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1470665 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102369 5 0.3177 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1417749 5 0.6108 0.2398 0.000 0.224 0.000 0.208 0.568
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 4 0.4138 0.1680 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.3636 0.6374 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2929 0.7216 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.0000 0.5466 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 5 0.4307 0.1211 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.2648 0.7567 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811193 5 0.3909 0.5037 0.000 0.216 0.000 0.024 0.760
#> SRR1415355 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.4101 0.4250 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1480153 5 0.4235 0.3533 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1316231 1 0.2280 0.8020 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1399156 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414209 4 0.4305 -0.0561 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1432587 5 0.0162 0.8196 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR814820 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0609 0.9192 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 5 0.2280 0.6749 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.3661 0.3946 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1083191 3 0.1908 0.8467 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1468028 4 0.4307 -0.1158 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1413100 5 0.3480 0.5651 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1379384 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468804 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362688 1 0.3395 0.6243 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1100632 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088782 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.4030 0.4483 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1475633 2 0.3636 0.6374 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387516 2 0.3636 0.6374 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.4306 0.1144 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR1432890 1 0.1410 0.8694 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.4307 0.0685 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.4219 0.3116 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1389199 3 0.4306 0.1144 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR1072821 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093504 1 0.4307 -0.1481 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1343324 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.4015 0.4572 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.3966 0.4786 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.2891 0.7765 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1441745 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.4304 -0.0781 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436169 5 0.1043 0.7950 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1476255 5 0.0000 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.3636 0.6374 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9292 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.1448 0.7982 0.000 0.012 0.000 0.948 0.016 0.024
#> SRR1408091 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0837 0.9292 0.972 0.000 0.004 0.020 0.000 0.004
#> SRR1072700 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0405 0.9685 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1082933 5 0.0146 0.8349 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1350997 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 6 0.1649 0.7134 0.000 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.0146 0.9714 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 6 0.1297 0.7273 0.000 0.000 0.012 0.040 0.000 0.948
#> SRR1098146 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0458 0.9623 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0260 0.9343 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.4209 0.3790 0.596 0.000 0.384 0.020 0.000 0.000
#> SRR1098495 6 0.1780 0.7123 0.000 0.000 0.000 0.048 0.028 0.924
#> SRR1081092 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.1010 0.9401 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1346838 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400869 5 0.5627 0.0643 0.104 0.000 0.000 0.012 0.472 0.412
#> SRR1323404 1 0.3782 0.4327 0.636 0.000 0.360 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364641 6 0.6129 0.1523 0.260 0.000 0.000 0.004 0.308 0.428
#> SRR1476760 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0632 0.9548 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1345178 6 0.1124 0.7270 0.000 0.000 0.008 0.036 0.000 0.956
#> SRR1069166 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1343175 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455565 4 0.2218 0.8869 0.000 0.104 0.000 0.884 0.000 0.012
#> SRR1091548 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1394544 6 0.6374 0.3967 0.012 0.000 0.340 0.016 0.168 0.464
#> SRR1074066 5 0.0547 0.8293 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1098855 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377537 6 0.1320 0.7289 0.000 0.000 0.016 0.036 0.000 0.948
#> SRR1471690 6 0.5185 0.2989 0.000 0.016 0.000 0.064 0.348 0.572
#> SRR1435643 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0458 0.9623 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.3240 0.6231 0.000 0.000 0.752 0.004 0.000 0.244
#> SRR1470665 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102369 5 0.4349 0.6085 0.000 0.000 0.000 0.084 0.708 0.208
#> SRR1417749 4 0.2880 0.7153 0.000 0.012 0.000 0.856 0.108 0.024
#> SRR1088068 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 6 0.1152 0.7297 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000 0.952
#> SRR1098122 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.2218 0.8869 0.000 0.104 0.000 0.884 0.000 0.012
#> SRR808542 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2793 0.6897 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1096247 1 0.0260 0.9343 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1083408 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0837 0.9295 0.972 0.000 0.004 0.020 0.000 0.004
#> SRR815326 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 6 0.1141 0.7173 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1392615 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.1398 0.8078 0.000 0.000 0.000 0.052 0.940 0.008
#> SRR1071761 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1368815 5 0.3774 0.4109 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.3201 0.6832 0.780 0.000 0.208 0.012 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR811193 5 0.4628 0.3978 0.000 0.012 0.000 0.392 0.572 0.024
#> SRR1415355 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0363 0.9655 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0260 0.9343 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.3371 0.5544 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1480153 5 0.3765 0.4158 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1316231 1 0.1910 0.8240 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1399156 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414209 4 0.4121 0.6344 0.000 0.000 0.136 0.748 0.000 0.116
#> SRR1432587 5 0.0891 0.8218 0.000 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR814820 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.1321 0.9269 0.024 0.000 0.952 0.020 0.000 0.004
#> SRR1338705 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 5 0.3250 0.7072 0.000 0.004 0.000 0.196 0.788 0.012
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 6 0.3508 0.6286 0.000 0.000 0.068 0.132 0.000 0.800
#> SRR1083191 3 0.1265 0.9278 0.000 0.000 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR1468028 4 0.2948 0.8431 0.000 0.060 0.000 0.848 0.000 0.092
#> SRR1413100 5 0.2219 0.7318 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0458 0.9623 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1468804 5 0.0291 0.8336 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1362688 1 0.3512 0.5820 0.740 0.000 0.000 0.004 0.248 0.008
#> SRR1100632 1 0.0692 0.9313 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1365679 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0692 0.9313 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1088782 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.2664 0.6804 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1475633 4 0.2266 0.8829 0.000 0.108 0.000 0.880 0.000 0.012
#> SRR1081935 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 5 0.3110 0.7105 0.000 0.000 0.000 0.196 0.792 0.012
#> SRR1387516 4 0.2218 0.8869 0.000 0.104 0.000 0.884 0.000 0.012
#> SRR1402772 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 6 0.2996 0.6074 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1432890 1 0.1116 0.9050 0.960 0.000 0.000 0.004 0.028 0.008
#> SRR1093390 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.3189 0.5887 0.236 0.000 0.760 0.004 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 5 0.3592 0.4221 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR1389199 6 0.2969 0.6110 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1072821 3 0.0291 0.9709 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1080672 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1404062 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093504 5 0.3774 0.4109 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.4219 0.3725 0.592 0.000 0.388 0.020 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.4228 0.3586 0.588 0.000 0.392 0.020 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.2300 0.8327 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1441745 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.2437 0.8379 0.000 0.036 0.004 0.888 0.000 0.072
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0146 0.9724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.0146 0.9714 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436169 5 0.3492 0.7145 0.000 0.000 0.000 0.076 0.804 0.120
#> SRR1476255 5 0.0000 0.8365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0790 0.9112 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.2218 0.8869 0.000 0.104 0.000 0.884 0.000 0.012
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9346 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.9727 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0547 0.9329 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.997 0.4100 0.591 0.591
#> 3 3 0.921 0.921 0.957 0.6160 0.743 0.565
#> 4 4 0.810 0.772 0.898 0.1184 0.894 0.699
#> 5 5 0.904 0.900 0.927 0.0602 0.901 0.660
#> 6 6 0.869 0.814 0.906 0.0311 0.977 0.891
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1408091 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.697 0.768 0.188 0.812
#> SRR1091548 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.722 0.750 0.800 0.200
#> SRR808542 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1432587 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468028 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.625 0.815 0.844 0.156
#> SRR1402772 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.260 0.952 0.044 0.956
#> SRR1441745 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.2165 0.9089 0.064 0.000 0.936
#> SRR1408091 3 0.0424 0.9278 0.008 0.000 0.992
#> SRR1437186 3 0.3619 0.8561 0.136 0.000 0.864
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1120711 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1082933 1 0.0000 0.9506 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.0424 0.9475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1478878 1 0.1643 0.9363 0.956 0.000 0.044
#> SRR1399247 3 0.1643 0.9294 0.044 0.000 0.956
#> SRR1083262 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0747 0.9206 0.016 0.000 0.984
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1031 0.9362 0.024 0.000 0.976
#> SRR1459889 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1329726 3 0.1031 0.9362 0.024 0.000 0.976
#> SRR1098495 1 0.4291 0.7879 0.820 0.000 0.180
#> SRR1081092 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1084252 2 0.0892 0.9823 0.000 0.980 0.020
#> SRR1446979 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1076990 3 0.0592 0.9228 0.012 0.000 0.988
#> SRR1346838 3 0.5560 0.6217 0.300 0.000 0.700
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1400869 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1323404 3 0.4974 0.7055 0.236 0.000 0.764
#> SRR1364641 1 0.2066 0.9221 0.940 0.000 0.060
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1465064 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1345178 3 0.0747 0.9206 0.016 0.000 0.984
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.3551 0.8600 0.132 0.000 0.868
#> SRR1343175 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1455565 2 0.2443 0.9476 0.032 0.940 0.028
#> SRR1091548 3 0.1860 0.9231 0.052 0.000 0.948
#> SRR1477125 1 0.5098 0.6591 0.752 0.000 0.248
#> SRR1394544 3 0.6168 0.3703 0.412 0.000 0.588
#> SRR1074066 1 0.0892 0.9385 0.980 0.000 0.020
#> SRR1098855 1 0.0237 0.9486 0.996 0.000 0.004
#> SRR1377537 3 0.0747 0.9206 0.016 0.000 0.984
#> SRR1471690 1 0.1031 0.9372 0.976 0.000 0.024
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.1031 0.9362 0.024 0.000 0.976
#> SRR1453831 3 0.1031 0.9356 0.024 0.000 0.976
#> SRR1470665 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1102369 1 0.1031 0.9372 0.976 0.000 0.024
#> SRR1417749 1 0.2165 0.9140 0.936 0.000 0.064
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 3 0.7640 0.3649 0.052 0.372 0.576
#> SRR808542 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR812152 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1096247 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1083408 1 0.0237 0.9521 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1069778 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1081717 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1078090 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1087101 3 0.3941 0.8524 0.156 0.000 0.844
#> SRR815326 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9506 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.1163 0.9210 0.028 0.000 0.972
#> SRR1392615 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1078759 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0424 0.9464 0.992 0.000 0.008
#> SRR1435090 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1420148 1 0.3116 0.8742 0.892 0.000 0.108
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0892 0.9385 0.980 0.000 0.020
#> SRR1071761 1 0.6225 0.1813 0.568 0.000 0.432
#> SRR1368815 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1076268 2 0.0747 0.9854 0.000 0.984 0.016
#> SRR1329909 3 0.1529 0.9298 0.040 0.000 0.960
#> SRR1070549 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR811193 1 0.1031 0.9372 0.976 0.000 0.024
#> SRR1415355 1 0.0237 0.9486 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1458465 3 0.6154 0.3790 0.408 0.000 0.592
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.4178 0.8173 0.172 0.000 0.828
#> SRR1396724 3 0.6299 0.1380 0.476 0.000 0.524
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1447124 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1480153 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1316231 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1399156 3 0.2165 0.9154 0.064 0.000 0.936
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1414209 3 0.0747 0.9206 0.016 0.000 0.984
#> SRR1432587 1 0.1031 0.9372 0.976 0.000 0.024
#> SRR814820 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1338705 3 0.3816 0.8443 0.148 0.000 0.852
#> SRR1337794 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1358367 1 0.1031 0.9372 0.976 0.000 0.024
#> SRR1083149 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1337953 1 0.0592 0.9551 0.988 0.000 0.012
#> SRR1478855 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1092136 3 0.0747 0.9206 0.016 0.000 0.984
#> SRR1083191 3 0.0000 0.9283 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468028 3 0.1643 0.9176 0.044 0.000 0.956
#> SRR1413100 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1379384 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1076417 3 0.1031 0.9362 0.024 0.000 0.976
#> SRR810829 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1468804 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1362688 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1100632 1 0.5905 0.4006 0.648 0.000 0.352
#> SRR1365679 3 0.4555 0.7835 0.200 0.000 0.800
#> SRR1388891 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.1163 0.9353 0.028 0.000 0.972
#> SRR1380591 1 0.2261 0.9039 0.932 0.000 0.068
#> SRR1088782 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1088117 1 0.4796 0.7130 0.780 0.000 0.220
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1475633 2 0.1774 0.9659 0.016 0.960 0.024
#> SRR1081935 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR819719 1 0.1031 0.9372 0.976 0.000 0.024
#> SRR1387516 3 0.5239 0.7741 0.032 0.160 0.808
#> SRR1402772 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9506 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1479431 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1432890 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1068953 3 0.1031 0.9362 0.024 0.000 0.976
#> SRR1079900 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1091356 1 0.6309 -0.0646 0.504 0.000 0.496
#> SRR1384331 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9506 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1072821 3 0.1643 0.9176 0.044 0.000 0.956
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.3686 0.8522 0.140 0.000 0.860
#> SRR1404062 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1093504 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1343324 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1092281 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1340862 3 0.1529 0.9298 0.040 0.000 0.960
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.1411 0.9321 0.036 0.000 0.964
#> SRR1328360 2 0.1905 0.9628 0.016 0.956 0.028
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9506 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9506 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1403089 3 0.0747 0.9206 0.016 0.000 0.984
#> SRR1088878 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1070884 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR814195 3 0.1411 0.9312 0.036 0.000 0.964
#> SRR1436169 1 0.1031 0.9372 0.976 0.000 0.024
#> SRR1476255 1 0.0892 0.9385 0.980 0.000 0.020
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 3 0.3619 0.8524 0.136 0.000 0.864
#> SRR1430860 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1345871 1 0.4750 0.7146 0.784 0.000 0.216
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0892 0.9374 0.020 0.000 0.980
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0747 0.9564 0.984 0.000 0.016
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9973 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0000 0.7687 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437186 3 0.4964 0.6767 0.032 0.000 0.724 0.244
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082933 4 0.4761 0.1587 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1350997 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.4624 0.4344 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1478878 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1399247 4 0.4933 0.0234 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1083262 1 0.4008 0.6499 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.4981 0.1925 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0188 0.8695 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1459889 1 0.4679 0.4347 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1329726 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.3688 0.6639 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1081092 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.3837 0.6948 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1446979 1 0.1557 0.8018 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1076990 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346838 3 0.6784 0.5204 0.156 0.000 0.600 0.244
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 3 0.5520 0.6478 0.060 0.000 0.696 0.244
#> SRR1364641 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 3 0.4855 0.2190 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.4872 0.6808 0.028 0.000 0.728 0.244
#> SRR1343175 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 4 0.1211 0.7595 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1091548 3 0.6167 0.6153 0.124 0.000 0.668 0.208
#> SRR1477125 1 0.5787 0.5708 0.680 0.000 0.076 0.244
#> SRR1394544 1 0.7716 -0.0316 0.396 0.000 0.380 0.224
#> SRR1074066 1 0.4996 0.0707 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1098855 1 0.4713 0.3026 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1377537 3 0.0707 0.8583 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1471690 4 0.4134 0.6344 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 4 0.4746 0.4105 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1417749 4 0.0000 0.7687 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0000 0.7687 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1096247 1 0.4008 0.6499 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1083408 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1069778 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1087101 4 0.1452 0.7483 0.036 0.000 0.008 0.956
#> SRR815326 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.4008 0.6290 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1392615 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.4713 0.3026 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1435090 1 0.4008 0.6499 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1420148 1 0.7571 0.2850 0.484 0.000 0.272 0.244
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.4790 0.2505 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1071761 1 0.7685 0.2384 0.456 0.000 0.288 0.256
#> SRR1368815 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0921 0.9663 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1329909 3 0.3801 0.7271 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1070549 3 0.2589 0.8041 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR811193 4 0.3486 0.6814 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1415355 1 0.4250 0.4783 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.7659 0.2257 0.460 0.000 0.296 0.244
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.7563 0.3294 0.280 0.000 0.484 0.236
#> SRR1396724 1 0.7372 0.3378 0.524 0.000 0.236 0.240
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1399156 3 0.4008 0.7053 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.0817 0.8554 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1432587 4 0.0000 0.7687 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.3688 0.7362 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1338705 3 0.7035 0.4773 0.184 0.000 0.572 0.244
#> SRR1337794 1 0.4008 0.6499 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1358367 4 0.4008 0.6489 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1083149 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1337953 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1092136 3 0.4843 0.2300 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1083191 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.4008 0.6290 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1413100 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1379384 1 0.1302 0.8080 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1076417 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810829 3 0.3486 0.7525 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1468804 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1100632 4 0.1624 0.7515 0.028 0.000 0.020 0.952
#> SRR1365679 3 0.7683 0.2577 0.304 0.000 0.452 0.244
#> SRR1388891 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380591 4 0.0707 0.7595 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1088782 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.5298 0.6032 0.708 0.000 0.048 0.244
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 4 0.4008 0.5904 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1081935 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR819719 4 0.3486 0.6814 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1387516 4 0.1118 0.7623 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1402772 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.1940 0.7493 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1315309 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.0817 0.8562 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1079900 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1091356 1 0.7646 0.2498 0.464 0.000 0.292 0.244
#> SRR1384331 1 0.1211 0.8093 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 4 0.4855 0.0515 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1389199 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072821 4 0.0000 0.7687 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.6578 0.5491 0.136 0.000 0.620 0.244
#> SRR1404062 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1092281 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1340862 3 0.3837 0.7238 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.4188 0.7023 0.004 0.000 0.752 0.244
#> SRR1328360 4 0.1118 0.7613 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1441745 1 0.4250 0.4783 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.4008 0.6499 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1097618 1 0.4790 0.2780 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1098361 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1403089 4 0.4008 0.6290 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1088878 1 0.1557 0.8018 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1070884 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814195 3 0.3688 0.7362 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1436169 4 0.3688 0.6639 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1476255 1 0.4804 0.2412 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.8057 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.0000 0.7687 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.1118 0.8107 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1345871 1 0.4008 0.6499 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.8713 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.4008 0.6499 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9950 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437186 3 0.2773 0.834 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082933 5 0.2249 0.844 0.096 0.000 0.000 0.008 0.896
#> SRR1350997 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.3675 0.829 0.788 0.000 0.000 0.024 0.188
#> SRR1478878 1 0.1043 0.909 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1399247 3 0.2575 0.882 0.100 0.000 0.884 0.004 0.012
#> SRR1083262 1 0.1341 0.911 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1088680 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.1341 0.876 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1197 0.925 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0404 0.892 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329726 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081092 3 0.1121 0.925 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.4201 0.315 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1446979 1 0.1197 0.911 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1076990 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0794 0.880 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1400869 5 0.3796 0.540 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1323404 1 0.3586 0.630 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.2471 0.887 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1476760 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.0290 0.917 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.3661 0.700 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1343175 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1455565 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.0794 0.889 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.5826 0.445 0.556 0.000 0.332 0.000 0.112
#> SRR1074066 4 0.2230 0.820 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1098855 5 0.0290 0.918 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1377537 3 0.1851 0.877 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1471690 4 0.3109 0.720 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1435643 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.0404 0.941 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1470665 5 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102369 4 0.3612 0.624 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR1417749 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1312388 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1096247 1 0.4101 0.339 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1083408 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1433152 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.1121 0.909 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1069778 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1081717 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1087101 4 0.4086 0.643 0.284 0.000 0.000 0.704 0.012
#> SRR815326 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1094555 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1105513 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0290 0.918 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1435090 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0404 0.891 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.2690 0.761 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1071761 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.3561 0.724 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1322512 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.3109 0.744 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1329909 3 0.4262 0.316 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.1197 0.923 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 5 0.0162 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1329108 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0404 0.940 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1405289 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0290 0.896 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.1270 0.912 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1081235 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.1965 0.855 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1480153 5 0.4161 0.296 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1316231 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1399156 3 0.3508 0.730 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.2929 0.773 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1432587 4 0.0404 0.915 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR814820 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.1341 0.920 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0290 0.893 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.0404 0.915 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1083149 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1337953 5 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478855 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1092136 4 0.0290 0.916 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.2929 0.852 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1379384 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1076417 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.1478 0.914 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1468804 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1362688 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1100632 4 0.7410 0.364 0.328 0.000 0.108 0.464 0.100
#> SRR1365679 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.1965 0.913 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1400312 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0290 0.942 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1380591 4 0.5382 0.584 0.252 0.000 0.000 0.644 0.104
#> SRR1088782 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1475633 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR819719 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387516 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1093390 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.2773 0.805 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1091356 1 0.0162 0.895 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1412928 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.3430 0.759 0.776 0.000 0.000 0.004 0.220
#> SRR1389199 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072821 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0404 0.891 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1404062 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1093504 5 0.2424 0.824 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1343324 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1092281 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1340862 3 0.4074 0.536 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.1341 0.919 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441745 5 0.0162 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404147 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1270 0.911 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1097618 5 0.2124 0.834 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900
#> SRR1098361 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1403089 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1070884 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.2020 0.890 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1436169 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476255 5 0.2020 0.819 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1312906 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 5 0.0404 0.924 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1474440 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.0000 0.922 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.1965 0.913 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1345871 1 0.2416 0.906 0.888 0.000 0.012 0.000 0.100
#> SRR1446996 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0000 0.8830 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437186 3 0.2857 0.8402 0.072 0.000 0.856 0.000 0.000 0.072
#> SRR1072700 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.2912 0.6930 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1082957 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082933 5 0.0748 0.8857 0.016 0.000 0.000 0.004 0.976 0.004
#> SRR1350997 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.1714 0.7813 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1487867 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.2843 0.8239 0.848 0.000 0.000 0.036 0.000 0.116
#> SRR1478878 1 0.1075 0.9230 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1399247 3 0.1732 0.9000 0.004 0.000 0.920 0.004 0.000 0.072
#> SRR1083262 1 0.0508 0.9266 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1088680 2 0.2912 0.6930 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1348248 4 0.3014 0.8158 0.000 0.000 0.036 0.832 0.000 0.132
#> SRR1098146 2 0.2912 0.6930 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1443755 2 0.0458 0.8087 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1341321 3 0.1124 0.9231 0.008 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036
#> SRR1459889 1 0.1501 0.9160 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1329726 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.1957 0.8412 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1081092 3 0.0260 0.9403 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1084252 2 0.5642 -0.0226 0.000 0.460 0.000 0.388 0.000 0.152
#> SRR1446979 1 0.0937 0.9233 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1076990 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.1983 0.9034 0.908 0.000 0.020 0.000 0.000 0.072
#> SRR1085450 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.3634 0.3981 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1097320 5 0.1387 0.8953 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1400869 5 0.3872 0.4616 0.392 0.000 0.000 0.000 0.604 0.004
#> SRR1323404 1 0.3978 0.6195 0.700 0.000 0.268 0.000 0.000 0.032
#> SRR1364641 1 0.1082 0.9020 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1476760 2 0.2912 0.6930 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1330609 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.2178 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1069166 2 0.2912 0.6930 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1466728 3 0.4172 0.6793 0.204 0.000 0.724 0.000 0.000 0.072
#> SRR1343175 5 0.1387 0.8953 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1455565 4 0.0547 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1091548 1 0.1657 0.9147 0.928 0.000 0.016 0.000 0.000 0.056
#> SRR1477125 1 0.1327 0.9184 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1394544 1 0.4931 0.4154 0.612 0.000 0.332 0.020 0.028 0.008
#> SRR1074066 4 0.3341 0.7659 0.116 0.000 0.000 0.816 0.068 0.000
#> SRR1098855 5 0.0146 0.8918 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1377537 3 0.2868 0.8264 0.000 0.000 0.840 0.028 0.000 0.132
#> SRR1471690 4 0.2838 0.7231 0.000 0.000 0.000 0.808 0.188 0.004
#> SRR1435643 2 0.2912 0.6930 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1467680 6 0.2854 0.7785 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1457437 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.0806 0.9310 0.000 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1470665 5 0.1387 0.8953 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1102369 4 0.3244 0.5942 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1417749 4 0.0000 0.8830 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.2912 0.6939 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1310253 3 0.1957 0.8668 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1098122 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0547 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR808542 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.3531 0.0473 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1072920 1 0.0146 0.9260 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312388 2 0.0547 0.8053 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1092184 6 0.3797 0.6202 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1325690 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1096247 1 0.4978 0.2798 0.532 0.000 0.000 0.000 0.396 0.072
#> SRR1083408 5 0.1387 0.8953 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1433152 2 0.1075 0.8032 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1370363 1 0.1267 0.9190 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1069778 5 0.1387 0.8953 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1087101 4 0.4357 0.6148 0.224 0.000 0.000 0.700 0.000 0.076
#> SRR815326 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0000 0.8935 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094555 6 0.2854 0.7785 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1101981 4 0.2178 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1392615 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0000 0.8935 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.0146 0.8918 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1435090 1 0.1444 0.9154 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1420148 1 0.1444 0.9154 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1309723 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 5 0.1863 0.8189 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1071761 1 0.1501 0.9160 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1368815 1 0.2632 0.7488 0.832 0.000 0.000 0.000 0.164 0.004
#> SRR1322512 2 0.3867 -0.1521 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1473385 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.5198 0.3857 0.000 0.616 0.000 0.180 0.000 0.204
#> SRR1329909 3 0.4630 0.3466 0.372 0.000 0.580 0.000 0.000 0.048
#> SRR1070549 3 0.0622 0.9356 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR811193 4 0.0000 0.8830 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415355 5 0.0146 0.8918 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0146 0.9419 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458465 1 0.0146 0.9260 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.1387 0.9165 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1396724 1 0.0935 0.9250 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1081235 6 0.3864 0.2213 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1319078 2 0.2912 0.6930 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR814268 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.2871 0.7757 0.192 0.000 0.000 0.000 0.804 0.004
#> SRR1480153 5 0.3996 0.2031 0.484 0.000 0.000 0.000 0.512 0.004
#> SRR1316231 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1399156 3 0.3739 0.7276 0.176 0.000 0.768 0.000 0.000 0.056
#> SRR1102272 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.2981 0.7848 0.000 0.000 0.820 0.160 0.000 0.020
#> SRR1432587 4 0.1501 0.8515 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.1082 0.9227 0.004 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR1338705 1 0.1444 0.9154 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1337794 1 0.1444 0.9154 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1358367 4 0.1643 0.8548 0.000 0.000 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR1083149 1 0.0146 0.9260 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337953 5 0.0000 0.8935 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0146 0.9260 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092136 4 0.0146 0.8827 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083191 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.0146 0.8827 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413100 1 0.2191 0.8289 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004
#> SRR1379384 1 0.0146 0.9260 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.1010 0.9250 0.004 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1468804 5 0.1387 0.8953 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1362688 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1100632 4 0.7738 0.3803 0.244 0.000 0.108 0.456 0.120 0.072
#> SRR1365679 1 0.1387 0.9165 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1388891 1 0.0603 0.9268 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1400312 6 0.2854 0.7785 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1120825 3 0.0146 0.9419 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380591 4 0.5761 0.5961 0.156 0.000 0.000 0.640 0.132 0.072
#> SRR1088782 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.1444 0.9154 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1099905 2 0.1663 0.7832 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1359760 5 0.1387 0.8953 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1475633 6 0.3330 0.3273 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1081935 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.2912 0.6930 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1100776 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR819719 4 0.0000 0.8830 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387516 4 0.0547 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1402772 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0000 0.8935 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1093390 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.2631 0.7942 0.152 0.000 0.840 0.000 0.000 0.008
#> SRR1079900 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1091356 1 0.1444 0.9154 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1384331 1 0.0146 0.9260 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1412928 6 0.3782 0.4493 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1089737 1 0.3499 0.6701 0.728 0.000 0.000 0.004 0.264 0.004
#> SRR1389199 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072821 4 0.0000 0.8830 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.1663 0.7832 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1316553 1 0.1444 0.9154 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1404062 5 0.1387 0.8953 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1093504 5 0.3052 0.7532 0.216 0.000 0.000 0.000 0.780 0.004
#> SRR1343324 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1092281 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1340862 3 0.4597 0.5548 0.276 0.000 0.652 0.000 0.000 0.072
#> SRR1360545 2 0.2135 0.7503 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR813234 3 0.1471 0.9071 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.064
#> SRR1328360 4 0.0547 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1441745 5 0.0146 0.8918 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0603 0.9266 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1097618 5 0.0291 0.8916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1098361 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1403089 4 0.0547 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1088878 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1070884 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.1471 0.9075 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.064
#> SRR1436169 4 0.0000 0.8830 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 5 0.0146 0.8918 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312906 2 0.1663 0.7832 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1347082 5 0.1387 0.8953 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1474440 6 0.3804 0.6143 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1447416 4 0.0547 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1430860 1 0.0291 0.9256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1345871 1 0.0508 0.9211 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446996 2 0.3810 0.1343 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1459761 6 0.2854 0.7785 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1355997 6 0.3547 0.7036 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1359821 3 0.0000 0.9434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.8210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.2912 0.6930 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1070382 1 0.1444 0.9154 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1474396 6 0.2854 0.7785 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.988 0.995 0.3817 0.623 0.623
#> 3 3 0.907 0.900 0.955 0.6585 0.738 0.579
#> 4 4 0.684 0.760 0.858 0.0924 0.924 0.798
#> 5 5 0.684 0.690 0.832 0.0629 0.950 0.846
#> 6 6 0.876 0.824 0.904 0.1086 0.803 0.402
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1408091 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1084252 1 0.0938 0.982 0.988 0.012
#> SRR1446979 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1455565 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1088068 1 0.9850 0.257 0.572 0.428
#> SRR1310253 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1076268 1 0.0938 0.982 0.988 0.012
#> SRR1329909 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1432587 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1468028 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1475633 1 0.0938 0.982 0.988 0.012
#> SRR1081935 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1402772 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1089737 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1328360 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1474440 1 0.9881 0.232 0.564 0.436
#> SRR1447416 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.0747 0.9062 0.016 0.000 0.984
#> SRR1408091 3 0.2448 0.8747 0.076 0.000 0.924
#> SRR1437186 1 0.3038 0.8561 0.896 0.000 0.104
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 1 0.0237 0.9550 0.996 0.000 0.004
#> SRR1120711 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1082933 3 0.6154 0.4137 0.408 0.000 0.592
#> SRR1350997 1 0.6079 0.3053 0.612 0.000 0.388
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.5905 0.5302 0.352 0.000 0.648
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.3816 0.7958 0.852 0.000 0.148
#> SRR1329726 1 0.0237 0.9550 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098495 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1081092 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.1289 0.9054 0.032 0.000 0.968
#> SRR1346838 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0237 0.9907 0.000 0.996 0.004
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 3 0.1529 0.9010 0.040 0.000 0.960
#> SRR1323404 1 0.4399 0.7397 0.812 0.000 0.188
#> SRR1364641 3 0.2165 0.8847 0.064 0.000 0.936
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 1 0.0237 0.9550 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465064 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1345178 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1091548 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1074066 3 0.1643 0.8986 0.044 0.000 0.956
#> SRR1098855 3 0.6095 0.4545 0.392 0.000 0.608
#> SRR1377537 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1471690 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0747 0.9849 0.000 0.984 0.016
#> SRR1457437 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1417749 3 0.0747 0.9062 0.016 0.000 0.984
#> SRR1088068 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1310253 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR808542 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.6062 0.4631 0.384 0.000 0.616
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.1031 0.9802 0.000 0.976 0.024
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 1 0.5733 0.4616 0.676 0.000 0.324
#> SRR812152 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0892 0.9423 0.980 0.000 0.020
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.6095 0.4509 0.392 0.000 0.608
#> SRR815326 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0237 0.9550 0.996 0.000 0.004
#> SRR1094555 2 0.1529 0.9686 0.000 0.960 0.040
#> SRR1101981 3 0.0747 0.9062 0.016 0.000 0.984
#> SRR1392615 1 0.0424 0.9520 0.992 0.000 0.008
#> SRR1078759 1 0.0237 0.9550 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0237 0.9550 0.996 0.000 0.004
#> SRR1105513 2 0.0892 0.9826 0.000 0.980 0.020
#> SRR810689 3 0.6180 0.3978 0.416 0.000 0.584
#> SRR1435090 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 3 0.1289 0.9054 0.032 0.000 0.968
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0237 0.9907 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473385 1 0.1860 0.9131 0.948 0.000 0.052
#> SRR1076268 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1329909 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR811193 3 0.0747 0.9062 0.016 0.000 0.984
#> SRR1415355 1 0.6204 0.1524 0.576 0.000 0.424
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.2356 0.8790 0.072 0.000 0.928
#> SRR1458465 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.1529 0.9686 0.000 0.960 0.040
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.6274 0.2818 0.456 0.000 0.544
#> SRR1414209 3 0.0747 0.9062 0.016 0.000 0.984
#> SRR1432587 3 0.1031 0.9081 0.024 0.000 0.976
#> SRR814820 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.3267 0.8410 0.884 0.000 0.116
#> SRR1338705 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 3 0.0747 0.9062 0.016 0.000 0.984
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1083191 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1468028 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.2261 0.8956 0.932 0.000 0.068
#> SRR1362688 1 0.5859 0.4380 0.656 0.000 0.344
#> SRR1100632 3 0.6286 0.2625 0.464 0.000 0.536
#> SRR1365679 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0237 0.9907 0.000 0.996 0.004
#> SRR1120825 1 0.0747 0.9461 0.984 0.000 0.016
#> SRR1380591 3 0.5968 0.5080 0.364 0.000 0.636
#> SRR1088782 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1081935 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1387516 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1402772 1 0.4291 0.7604 0.820 0.000 0.180
#> SRR1466490 1 0.0237 0.9550 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315309 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1432890 1 0.5905 0.4197 0.648 0.000 0.352
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.4605 0.7700 0.000 0.796 0.204
#> SRR1089737 1 0.3752 0.8017 0.856 0.000 0.144
#> SRR1389199 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1072821 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.4062 0.7707 0.836 0.000 0.164
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328360 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1441745 1 0.0237 0.9550 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.6299 -0.0664 0.524 0.000 0.476
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0592 0.9493 0.988 0.000 0.012
#> SRR814195 3 0.6062 0.4682 0.384 0.000 0.616
#> SRR1436169 3 0.1031 0.9089 0.024 0.000 0.976
#> SRR1476255 3 0.1411 0.9036 0.036 0.000 0.964
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 3 0.0000 0.8908 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447416 3 0.0592 0.9038 0.012 0.000 0.988
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0237 0.9907 0.000 0.996 0.004
#> SRR1459761 2 0.1529 0.9686 0.000 0.960 0.040
#> SRR1355997 2 0.0424 0.9888 0.000 0.992 0.008
#> SRR1359821 1 0.0424 0.9520 0.992 0.000 0.008
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.1529 0.9686 0.000 0.960 0.040
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1410242 3 0.2814 0.7194 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1408091 3 0.3015 0.7387 0.024 0.000 0.884 0.092
#> SRR1437186 3 0.6795 0.1428 0.432 0.000 0.472 0.096
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1082957 1 0.2831 0.8266 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1120711 3 0.0188 0.7371 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1082933 3 0.6651 0.6016 0.236 0.000 0.616 0.148
#> SRR1350997 1 0.4730 0.4451 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1069714 2 0.2011 0.9007 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1487867 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1310920 3 0.0592 0.7352 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1478878 1 0.1398 0.8629 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1399247 3 0.6422 0.6048 0.248 0.000 0.632 0.120
#> SRR1083262 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0336 0.9607 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1348248 3 0.0817 0.7360 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1098146 2 0.0336 0.9607 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1443755 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341321 1 0.2401 0.8450 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR1459889 3 0.6894 0.3309 0.376 0.000 0.512 0.112
#> SRR1329726 1 0.1302 0.8623 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1098495 3 0.0592 0.7352 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1081092 1 0.4295 0.6905 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1084252 4 0.4356 0.6915 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1446979 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.2675 0.7325 0.008 0.000 0.892 0.100
#> SRR1346838 1 0.2466 0.8613 0.916 0.000 0.056 0.028
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.1211 0.9458 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1097320 1 0.3764 0.7408 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1400869 3 0.1824 0.7333 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1323404 1 0.2530 0.8456 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1364641 3 0.2944 0.6995 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR1476760 2 0.0188 0.9621 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330609 1 0.3208 0.8021 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR1465064 3 0.1118 0.7405 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1345178 3 0.0707 0.7353 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1069166 2 0.1022 0.9467 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1466728 1 0.4015 0.8282 0.832 0.000 0.116 0.052
#> SRR1343175 1 0.3649 0.7532 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1455565 4 0.4406 0.6861 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1091548 1 0.1576 0.8614 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1477125 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 3 0.0188 0.7371 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1074066 3 0.3969 0.7201 0.016 0.000 0.804 0.180
#> SRR1098855 3 0.6123 0.5912 0.064 0.000 0.600 0.336
#> SRR1377537 3 0.0817 0.7343 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1471690 3 0.0592 0.7352 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1435643 2 0.0817 0.9522 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467680 4 0.4992 0.1876 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1457437 1 0.1716 0.8574 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1453831 3 0.0188 0.7371 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470665 1 0.3688 0.7523 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1102369 3 0.0592 0.7352 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1417749 3 0.3024 0.7165 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1088068 4 0.4477 0.6895 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1310253 3 0.0336 0.7366 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1098122 2 0.0188 0.9625 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356725 4 0.4564 0.6582 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR808542 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1458789 3 0.4522 0.5421 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1440179 2 0.1792 0.9139 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1072920 1 0.1118 0.8593 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 4 0.4697 0.4753 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1325690 2 0.0336 0.9607 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR815970 3 0.6067 0.4336 0.376 0.000 0.572 0.052
#> SRR812152 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1073459 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.1661 0.8560 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1083408 1 0.4542 0.7197 0.752 0.000 0.020 0.228
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.1022 0.8601 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1069778 1 0.3801 0.7371 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1081717 1 0.5016 0.3372 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1078090 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.6436 0.5456 0.292 0.000 0.608 0.100
#> SRR815326 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.5055 0.6779 0.712 0.000 0.032 0.256
#> SRR1094555 4 0.5972 0.5866 0.000 0.304 0.064 0.632
#> SRR1101981 3 0.0707 0.7353 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1392615 1 0.3908 0.7311 0.784 0.000 0.212 0.004
#> SRR1078759 1 0.3208 0.8035 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR1083360 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1343456 1 0.4807 0.6945 0.728 0.000 0.024 0.248
#> SRR1105513 2 0.4356 0.5580 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR810689 3 0.6135 0.6001 0.068 0.000 0.608 0.324
#> SRR1435090 1 0.0921 0.8609 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1420148 1 0.3716 0.8418 0.852 0.000 0.096 0.052
#> SRR1309723 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1313449 3 0.3311 0.7208 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1071761 1 0.4323 0.7666 0.788 0.000 0.184 0.028
#> SRR1368815 1 0.1474 0.8549 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1322512 2 0.4790 0.2922 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1473385 1 0.5263 0.1559 0.544 0.000 0.448 0.008
#> SRR1076268 4 0.4477 0.6895 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1329909 1 0.1978 0.8555 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1070549 1 0.2593 0.8380 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR811193 3 0.2921 0.7204 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1415355 3 0.7613 0.4050 0.212 0.000 0.448 0.340
#> SRR1329108 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1098588 3 0.4466 0.6748 0.180 0.000 0.784 0.036
#> SRR1458465 1 0.1211 0.8597 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.1211 0.8629 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 4 0.5791 0.6068 0.000 0.284 0.060 0.656
#> SRR1319078 2 0.1022 0.9467 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR814268 1 0.2281 0.8437 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1447124 1 0.2081 0.8409 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1480153 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.3945 0.7274 0.780 0.000 0.216 0.004
#> SRR1102272 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1388190 3 0.5971 0.4524 0.368 0.000 0.584 0.048
#> SRR1414209 3 0.3219 0.6580 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1432587 3 0.3528 0.7186 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR814820 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.5212 0.2580 0.572 0.000 0.420 0.008
#> SRR1338705 1 0.0188 0.8635 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337794 1 0.3164 0.8556 0.884 0.000 0.064 0.052
#> SRR1358367 3 0.3528 0.7144 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1083149 1 0.1389 0.8574 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1337953 1 0.3249 0.8073 0.852 0.000 0.008 0.140
#> SRR1478855 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.0707 0.7353 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1083191 3 0.2281 0.7283 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1468028 3 0.3975 0.5431 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1413100 1 0.2011 0.8456 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1379384 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.2125 0.8524 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR810829 1 0.3448 0.7862 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR1468804 1 0.1022 0.8612 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1362688 1 0.4843 0.3779 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1100632 3 0.6566 0.5493 0.288 0.000 0.600 0.112
#> SRR1365679 1 0.1661 0.8604 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1388891 1 0.3356 0.7915 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1400312 4 0.4972 0.2741 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1120825 1 0.5060 0.2879 0.584 0.000 0.412 0.004
#> SRR1380591 3 0.6452 0.5964 0.260 0.000 0.624 0.116
#> SRR1088782 1 0.2773 0.8310 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR1088117 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1359760 1 0.1389 0.8557 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1475633 4 0.4431 0.6853 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR1081935 1 0.2401 0.8450 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR1383984 2 0.0817 0.9522 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1100776 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 3 0.3444 0.7181 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1387516 4 0.4477 0.6782 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1402772 1 0.4776 0.4291 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1466490 1 0.5025 0.6828 0.716 0.000 0.032 0.252
#> SRR1315309 1 0.2334 0.8470 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1479431 3 0.0188 0.7371 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432890 1 0.4800 0.4566 0.656 0.000 0.340 0.004
#> SRR1093390 2 0.0336 0.9617 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1473016 1 0.2334 0.8470 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1068953 1 0.1474 0.8607 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.1118 0.8592 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1412928 4 0.6907 0.6530 0.000 0.240 0.172 0.588
#> SRR1089737 1 0.6797 0.0218 0.468 0.000 0.436 0.096
#> SRR1389199 3 0.1305 0.7390 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR1072821 3 0.2647 0.7204 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1080672 2 0.0469 0.9607 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1316553 1 0.2843 0.8497 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR1404062 1 0.3873 0.7291 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1093504 1 0.1474 0.8549 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1343324 1 0.1716 0.8370 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.1743 0.8594 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.0188 0.8632 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328360 4 0.4406 0.6861 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1441745 1 0.6301 0.5705 0.636 0.000 0.104 0.260
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1474 0.8560 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1097618 3 0.6779 0.4737 0.324 0.000 0.560 0.116
#> SRR1098361 1 0.1389 0.8557 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1403089 3 0.3873 0.5697 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1088878 1 0.0188 0.8631 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070884 1 0.2589 0.8310 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR814195 3 0.6488 0.5443 0.292 0.000 0.604 0.104
#> SRR1436169 3 0.1118 0.7344 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1476255 3 0.4643 0.6186 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9629 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.1474 0.8560 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1474440 4 0.4134 0.6953 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1447416 4 0.4888 0.4887 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1430860 1 0.0000 0.8629 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.1474 0.8607 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1446996 2 0.2921 0.8240 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1459761 4 0.5791 0.6068 0.000 0.284 0.060 0.656
#> SRR1355997 2 0.1792 0.9138 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1359821 1 0.3710 0.7554 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1498249 2 0.0592 0.9569 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1381306 2 0.0188 0.9623 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070382 1 0.3164 0.8549 0.884 0.000 0.064 0.052
#> SRR1474396 4 0.5767 0.6109 0.000 0.280 0.060 0.660
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.1628 0.9190 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1410242 3 0.5993 0.4305 0.000 0.000 0.580 0.172 0.248
#> SRR1408091 3 0.3454 0.6646 0.044 0.000 0.856 0.024 0.076
#> SRR1437186 1 0.6539 0.3567 0.556 0.000 0.216 0.016 0.212
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.1628 0.9190 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1082957 1 0.2964 0.8089 0.840 0.000 0.004 0.004 0.152
#> SRR1120711 3 0.0290 0.6922 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1082933 3 0.6675 0.1788 0.108 0.000 0.500 0.036 0.356
#> SRR1350997 1 0.5119 0.3113 0.592 0.000 0.360 0.000 0.048
#> SRR1069714 2 0.3210 0.7056 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1487867 2 0.1502 0.9205 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1310920 3 0.0671 0.6919 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1478878 1 0.1792 0.8473 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1399247 3 0.6448 0.3024 0.112 0.000 0.564 0.032 0.292
#> SRR1083262 1 0.0162 0.8463 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1088680 2 0.0162 0.9331 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348248 3 0.0671 0.6960 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1098146 2 0.0290 0.9318 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443755 2 0.1914 0.9142 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1341321 1 0.2919 0.8259 0.868 0.000 0.024 0.004 0.104
#> SRR1459889 5 0.7446 0.2685 0.260 0.000 0.304 0.036 0.400
#> SRR1329726 1 0.0162 0.8472 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098495 3 0.0566 0.6933 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1081092 1 0.4077 0.7753 0.780 0.000 0.044 0.004 0.172
#> SRR1084252 4 0.3888 0.7082 0.000 0.000 0.136 0.800 0.064
#> SRR1446979 1 0.0162 0.8463 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.3096 0.6733 0.008 0.000 0.860 0.024 0.108
#> SRR1346838 1 0.2439 0.8357 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.4384 0.5419 0.000 0.660 0.000 0.324 0.016
#> SRR1097320 1 0.4201 0.2459 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1400869 3 0.3386 0.5487 0.128 0.000 0.832 0.000 0.040
#> SRR1323404 1 0.1364 0.8503 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR1364641 3 0.5174 0.0435 0.340 0.000 0.604 0.000 0.056
#> SRR1476760 2 0.0162 0.9331 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330609 1 0.3006 0.8062 0.836 0.000 0.004 0.004 0.156
#> SRR1465064 3 0.1638 0.6892 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1345178 3 0.0324 0.6959 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1069166 2 0.1851 0.8762 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1466728 1 0.3394 0.8166 0.824 0.000 0.020 0.004 0.152
#> SRR1343175 1 0.3013 0.7511 0.832 0.000 0.000 0.008 0.160
#> SRR1455565 4 0.4098 0.6919 0.000 0.000 0.156 0.780 0.064
#> SRR1091548 1 0.0955 0.8493 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1477125 1 0.0290 0.8466 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394544 3 0.0510 0.6927 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1074066 3 0.5341 0.3632 0.004 0.000 0.580 0.052 0.364
#> SRR1098855 5 0.4121 0.4088 0.004 0.000 0.264 0.012 0.720
#> SRR1377537 3 0.0000 0.6938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471690 3 0.1018 0.6931 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR1435643 2 0.1121 0.9118 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1467680 4 0.4327 0.4711 0.000 0.360 0.000 0.632 0.008
#> SRR1457437 1 0.2074 0.8344 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1453831 3 0.0290 0.6922 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1470665 1 0.4307 -0.0810 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1102369 3 0.0693 0.6938 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1417749 3 0.6109 0.3957 0.000 0.000 0.556 0.172 0.272
#> SRR1088068 4 0.3835 0.7123 0.000 0.000 0.156 0.796 0.048
#> SRR1310253 3 0.0290 0.6922 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1098122 2 0.0955 0.9288 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1356725 4 0.5051 0.5598 0.000 0.000 0.264 0.664 0.072
#> SRR808542 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.1809 0.9157 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR1458789 3 0.3934 0.3196 0.276 0.000 0.716 0.000 0.008
#> SRR1440179 2 0.2074 0.8594 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1072920 1 0.1341 0.8349 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1312388 2 0.0162 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092184 4 0.2707 0.7155 0.000 0.132 0.000 0.860 0.008
#> SRR1325690 2 0.0290 0.9324 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR815970 3 0.6207 0.2426 0.272 0.000 0.588 0.020 0.120
#> SRR812152 2 0.1914 0.9142 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1073459 1 0.1043 0.8349 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1096247 1 0.1831 0.8274 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1083408 1 0.4803 -0.1046 0.496 0.000 0.012 0.004 0.488
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.1121 0.8407 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1069778 1 0.3642 0.6564 0.760 0.000 0.000 0.008 0.232
#> SRR1081717 1 0.4791 0.6794 0.740 0.000 0.132 0.004 0.124
#> SRR1078090 1 0.0404 0.8453 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1087101 3 0.6605 0.1545 0.176 0.000 0.532 0.016 0.276
#> SRR815326 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.4540 0.5245 0.300 0.000 0.016 0.008 0.676
#> SRR1094555 4 0.3456 0.6970 0.000 0.204 0.004 0.788 0.004
#> SRR1101981 3 0.0324 0.6959 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1392615 1 0.3632 0.7814 0.800 0.000 0.020 0.004 0.176
#> SRR1078759 1 0.3088 0.8014 0.828 0.000 0.004 0.004 0.164
#> SRR1083360 2 0.1628 0.9190 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1343456 5 0.4967 0.2459 0.436 0.000 0.016 0.008 0.540
#> SRR1105513 4 0.4560 0.0823 0.000 0.484 0.000 0.508 0.008
#> SRR810689 5 0.4236 0.4302 0.008 0.000 0.248 0.016 0.728
#> SRR1435090 1 0.0703 0.8463 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1420148 1 0.2970 0.8199 0.828 0.000 0.000 0.004 0.168
#> SRR1309723 2 0.1914 0.9142 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1313449 5 0.5059 0.0349 0.000 0.000 0.416 0.036 0.548
#> SRR1071761 1 0.3678 0.7967 0.816 0.000 0.040 0.004 0.140
#> SRR1368815 1 0.1908 0.8152 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1322512 4 0.4291 0.2166 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1473385 1 0.5728 0.4088 0.612 0.000 0.272 0.004 0.112
#> SRR1076268 4 0.3844 0.7089 0.000 0.000 0.164 0.792 0.044
#> SRR1329909 1 0.2179 0.8338 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR1070549 1 0.2806 0.8103 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152
#> SRR811193 3 0.6008 0.3947 0.000 0.000 0.560 0.148 0.292
#> SRR1415355 5 0.3900 0.4796 0.020 0.000 0.180 0.012 0.788
#> SRR1329108 2 0.1502 0.9205 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1098588 3 0.3350 0.6057 0.112 0.000 0.844 0.004 0.040
#> SRR1458465 1 0.0963 0.8456 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0703 0.8486 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1396724 1 0.0162 0.8472 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081235 4 0.2707 0.7155 0.000 0.132 0.000 0.860 0.008
#> SRR1319078 2 0.1197 0.9092 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR814268 1 0.2300 0.8365 0.904 0.000 0.024 0.000 0.072
#> SRR1447124 1 0.1908 0.8161 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1480153 1 0.1043 0.8349 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1316231 1 0.1121 0.8345 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1399156 1 0.3689 0.7933 0.820 0.000 0.048 0.004 0.128
#> SRR1102272 2 0.1809 0.9157 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR1388190 3 0.6553 0.0848 0.336 0.000 0.512 0.020 0.132
#> SRR1414209 3 0.3164 0.6683 0.000 0.000 0.852 0.044 0.104
#> SRR1432587 3 0.5697 0.4263 0.000 0.000 0.596 0.116 0.288
#> SRR814820 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.5169 0.6175 0.700 0.000 0.176 0.004 0.120
#> SRR1338705 1 0.0404 0.8483 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1337794 1 0.3123 0.8091 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184
#> SRR1358367 3 0.6182 0.3299 0.000 0.000 0.520 0.156 0.324
#> SRR1083149 1 0.1197 0.8398 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1337953 1 0.4448 -0.0307 0.516 0.000 0.000 0.004 0.480
#> SRR1478855 1 0.0290 0.8460 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092136 3 0.0324 0.6959 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1083191 3 0.2597 0.6777 0.000 0.000 0.884 0.024 0.092
#> SRR1468028 3 0.5409 0.4337 0.000 0.000 0.604 0.316 0.080
#> SRR1413100 1 0.2338 0.7981 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR1379384 1 0.0162 0.8463 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076417 1 0.2286 0.8307 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR810829 1 0.3513 0.8016 0.828 0.000 0.036 0.004 0.132
#> SRR1468804 1 0.1907 0.8249 0.928 0.000 0.028 0.000 0.044
#> SRR1362688 1 0.4925 0.3506 0.632 0.000 0.324 0.000 0.044
#> SRR1100632 3 0.6914 0.0363 0.132 0.000 0.456 0.036 0.376
#> SRR1365679 1 0.1502 0.8441 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1388891 1 0.4247 0.7371 0.776 0.000 0.132 0.000 0.092
#> SRR1400312 4 0.4182 0.4976 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004
#> SRR1120825 1 0.5005 0.6059 0.708 0.000 0.196 0.004 0.092
#> SRR1380591 3 0.6606 0.2656 0.112 0.000 0.536 0.036 0.316
#> SRR1088782 1 0.2890 0.8059 0.836 0.000 0.000 0.004 0.160
#> SRR1088117 1 0.0324 0.8482 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1099905 2 0.1914 0.9142 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1359760 1 0.2280 0.7989 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1475633 4 0.4177 0.6930 0.000 0.000 0.164 0.772 0.064
#> SRR1081935 1 0.2964 0.8087 0.840 0.000 0.004 0.004 0.152
#> SRR1383984 2 0.1121 0.9118 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1100776 1 0.1043 0.8349 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR819719 3 0.5765 0.4121 0.000 0.000 0.580 0.116 0.304
#> SRR1387516 4 0.4455 0.6602 0.000 0.000 0.188 0.744 0.068
#> SRR1402772 1 0.4394 0.6365 0.732 0.000 0.220 0.000 0.048
#> SRR1466490 5 0.4499 0.5273 0.292 0.000 0.016 0.008 0.684
#> SRR1315309 1 0.2848 0.8081 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156
#> SRR1479431 3 0.0290 0.6922 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1432890 1 0.4441 0.5387 0.720 0.000 0.236 0.000 0.044
#> SRR1093390 2 0.1430 0.9219 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1473016 1 0.3006 0.8062 0.836 0.000 0.004 0.004 0.156
#> SRR1068953 1 0.0162 0.8472 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1079900 1 0.0404 0.8453 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091356 1 0.0162 0.8472 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384331 1 0.1197 0.8388 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1412928 4 0.4576 0.7265 0.000 0.068 0.132 0.776 0.024
#> SRR1089737 5 0.7169 0.3393 0.276 0.000 0.280 0.020 0.424
#> SRR1389199 3 0.1195 0.6806 0.028 0.000 0.960 0.000 0.012
#> SRR1072821 3 0.3301 0.6632 0.000 0.000 0.848 0.080 0.072
#> SRR1080672 2 0.1914 0.9142 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1316553 1 0.2536 0.8307 0.868 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR1404062 1 0.3671 0.6502 0.756 0.000 0.000 0.008 0.236
#> SRR1093504 1 0.2179 0.8047 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1343324 1 0.2376 0.8019 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1092281 1 0.0404 0.8453 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1340862 1 0.2179 0.8338 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.0404 0.8485 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1328360 4 0.4098 0.6919 0.000 0.000 0.156 0.780 0.064
#> SRR1441745 5 0.4665 0.5409 0.156 0.000 0.084 0.008 0.752
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1892 0.8424 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1097618 5 0.7218 0.1288 0.168 0.000 0.384 0.040 0.408
#> SRR1098361 1 0.1851 0.8207 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1403089 3 0.4914 0.5585 0.000 0.000 0.712 0.180 0.108
#> SRR1088878 1 0.0510 0.8457 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070884 1 0.2144 0.8394 0.912 0.000 0.020 0.000 0.068
#> SRR814195 3 0.6459 0.2415 0.136 0.000 0.548 0.020 0.296
#> SRR1436169 3 0.0912 0.6940 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1476255 5 0.4677 0.3260 0.000 0.000 0.300 0.036 0.664
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.1638 0.8333 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1474440 4 0.2484 0.7134 0.000 0.004 0.068 0.900 0.028
#> SRR1447416 4 0.6091 0.2445 0.000 0.000 0.336 0.524 0.140
#> SRR1430860 1 0.1043 0.8349 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1345871 1 0.1410 0.8455 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1446996 2 0.4171 0.2580 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1459761 4 0.2707 0.7155 0.000 0.132 0.000 0.860 0.008
#> SRR1355997 2 0.2179 0.8618 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR1359821 1 0.3088 0.8014 0.828 0.000 0.004 0.004 0.164
#> SRR1498249 2 0.0404 0.9302 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1381306 2 0.1484 0.9176 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR1070382 1 0.2536 0.8341 0.868 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR1474396 4 0.2707 0.7155 0.000 0.132 0.000 0.860 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410242 4 0.0767 0.9034 0.000 0.000 0.004 0.976 0.008 0.012
#> SRR1408091 4 0.3937 0.2638 0.004 0.000 0.424 0.572 0.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.4281 0.5813 0.688 0.000 0.272 0.024 0.016 0.000
#> SRR1072700 2 0.1814 0.8898 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1320203 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082957 3 0.1007 0.9194 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 4 0.1141 0.8943 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.4384 0.5577 0.680 0.000 0.008 0.280 0.024 0.008
#> SRR1350997 3 0.1196 0.9182 0.040 0.000 0.952 0.008 0.000 0.000
#> SRR1069714 6 0.1444 0.9107 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1487867 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310920 4 0.0692 0.9047 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1478878 1 0.0632 0.9052 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.4266 0.5809 0.012 0.000 0.696 0.268 0.012 0.012
#> SRR1083262 1 0.0260 0.9045 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.3050 0.7642 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1348248 4 0.0458 0.9054 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.3706 0.4737 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1443755 2 0.0146 0.9091 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1285 0.9167 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000
#> SRR1459889 1 0.2341 0.8634 0.908 0.000 0.024 0.044 0.016 0.008
#> SRR1329726 1 0.3390 0.5656 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.0692 0.9047 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1081092 3 0.2772 0.7886 0.180 0.000 0.816 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084252 4 0.4571 0.2568 0.000 0.000 0.004 0.536 0.028 0.432
#> SRR1446979 1 0.0260 0.9045 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 4 0.1075 0.8959 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.1010 0.8994 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1085450 2 0.2730 0.8183 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1366473 2 0.0508 0.9051 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1097320 5 0.1349 0.8710 0.056 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000
#> SRR1400869 4 0.5138 0.1772 0.036 0.000 0.028 0.536 0.400 0.000
#> SRR1323404 1 0.1285 0.8938 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364641 4 0.6058 -0.0677 0.108 0.000 0.036 0.448 0.408 0.000
#> SRR1476760 2 0.2793 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1330609 3 0.1007 0.9194 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 4 0.1075 0.8960 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.0547 0.9052 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1069166 6 0.1444 0.9107 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1466728 1 0.1196 0.8984 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343175 5 0.1387 0.8713 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1455565 4 0.2052 0.8789 0.000 0.000 0.004 0.912 0.028 0.056
#> SRR1091548 1 0.0632 0.9046 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0260 0.9057 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 4 0.0692 0.9047 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1074066 4 0.1555 0.8812 0.000 0.000 0.004 0.932 0.060 0.004
#> SRR1098855 5 0.2300 0.7550 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1377537 4 0.0547 0.9052 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1471690 4 0.0692 0.9047 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1435643 6 0.1444 0.9107 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1467680 6 0.0713 0.9137 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1457437 3 0.1204 0.9142 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 4 0.0865 0.9029 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1470665 5 0.1219 0.8693 0.048 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000
#> SRR1102369 4 0.0692 0.9047 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1417749 4 0.0767 0.9034 0.000 0.000 0.004 0.976 0.008 0.012
#> SRR1088068 6 0.3740 0.5714 0.000 0.000 0.008 0.252 0.012 0.728
#> SRR1310253 4 0.0865 0.9000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0363 0.9116 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356725 4 0.1989 0.8798 0.000 0.000 0.004 0.916 0.028 0.052
#> SRR808542 2 0.1204 0.9053 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1331858 2 0.2416 0.8520 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1354532 2 0.0146 0.9091 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.2164 0.8779 0.032 0.000 0.900 0.068 0.000 0.000
#> SRR1440179 6 0.1444 0.9107 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1072920 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312388 2 0.0713 0.9105 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1092184 6 0.0458 0.9103 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1325690 2 0.3810 0.3685 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR815970 3 0.2011 0.8706 0.020 0.000 0.912 0.064 0.004 0.000
#> SRR812152 2 0.0146 0.9091 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.4067 -0.0147 0.548 0.000 0.008 0.000 0.444 0.000
#> SRR1096247 1 0.0520 0.9033 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1083408 5 0.1124 0.8671 0.036 0.000 0.008 0.000 0.956 0.000
#> SRR1433152 2 0.1957 0.8834 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1370363 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069778 5 0.1327 0.8712 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1081717 3 0.1226 0.9177 0.040 0.000 0.952 0.004 0.004 0.000
#> SRR1078090 1 0.0260 0.9045 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.6053 0.3364 0.352 0.000 0.488 0.140 0.012 0.008
#> SRR815326 2 0.2631 0.8305 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1072199 5 0.1036 0.8597 0.024 0.000 0.004 0.008 0.964 0.000
#> SRR1094555 6 0.0632 0.9130 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1101981 4 0.0547 0.9052 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0937 0.9189 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.1007 0.9194 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0291 0.9105 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343456 5 0.0935 0.8629 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000
#> SRR1105513 6 0.0865 0.9147 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR810689 5 0.1806 0.8090 0.004 0.000 0.000 0.088 0.908 0.000
#> SRR1435090 1 0.0291 0.9046 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420148 1 0.1196 0.8984 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008 0.000
#> SRR1309723 2 0.0146 0.9091 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 4 0.1082 0.8993 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR1071761 1 0.1124 0.8978 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008 0.000
#> SRR1368815 5 0.1753 0.8652 0.084 0.000 0.004 0.000 0.912 0.000
#> SRR1322512 6 0.1007 0.9150 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1473385 3 0.1268 0.9155 0.036 0.000 0.952 0.008 0.004 0.000
#> SRR1076268 4 0.4604 0.2555 0.000 0.000 0.008 0.536 0.024 0.432
#> SRR1329909 1 0.1075 0.8983 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.2883 0.7419 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.0767 0.9034 0.000 0.000 0.004 0.976 0.008 0.012
#> SRR1415355 5 0.1398 0.8324 0.008 0.000 0.000 0.052 0.940 0.000
#> SRR1329108 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098588 4 0.4261 0.2748 0.020 0.000 0.408 0.572 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405289 2 0.2003 0.8813 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1075874 1 0.0713 0.9040 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0458 0.9055 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 6 0.0458 0.9103 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1319078 6 0.1501 0.9080 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR814268 3 0.1219 0.9186 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.3081 0.7709 0.220 0.000 0.004 0.000 0.776 0.000
#> SRR1480153 5 0.3349 0.7378 0.244 0.000 0.008 0.000 0.748 0.000
#> SRR1316231 5 0.3887 0.5490 0.360 0.000 0.008 0.000 0.632 0.000
#> SRR1399156 1 0.1285 0.8952 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102272 2 0.0146 0.9091 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.1788 0.9019 0.040 0.000 0.928 0.028 0.004 0.000
#> SRR1414209 4 0.0603 0.9050 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1432587 4 0.0870 0.9023 0.004 0.000 0.000 0.972 0.012 0.012
#> SRR814820 2 0.1714 0.8933 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1383213 3 0.1728 0.9086 0.064 0.000 0.924 0.004 0.008 0.000
#> SRR1338705 1 0.0547 0.9046 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0806 0.9036 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR1358367 4 0.0767 0.9034 0.000 0.000 0.004 0.976 0.008 0.012
#> SRR1083149 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337953 5 0.1219 0.8695 0.048 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000
#> SRR1478855 1 0.0260 0.9045 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.0547 0.9052 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1083191 4 0.0713 0.9031 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.0767 0.9045 0.000 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> SRR1413100 5 0.1588 0.8691 0.072 0.000 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR1379384 1 0.0260 0.9045 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.3737 0.3928 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.1285 0.9167 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468804 5 0.1913 0.8621 0.080 0.000 0.012 0.000 0.908 0.000
#> SRR1362688 5 0.6363 0.3828 0.348 0.000 0.028 0.184 0.440 0.000
#> SRR1100632 1 0.2756 0.8327 0.880 0.000 0.016 0.076 0.016 0.012
#> SRR1365679 1 0.1007 0.8999 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.4606 0.0665 0.548 0.000 0.020 0.012 0.420 0.000
#> SRR1400312 6 0.2048 0.8573 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1120825 3 0.1477 0.9146 0.048 0.000 0.940 0.004 0.008 0.000
#> SRR1380591 1 0.5687 0.4591 0.588 0.000 0.112 0.276 0.012 0.012
#> SRR1088782 3 0.1007 0.9194 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0547 0.9056 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0146 0.9091 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.2969 0.7717 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1475633 4 0.1908 0.8799 0.000 0.000 0.000 0.916 0.028 0.056
#> SRR1081935 3 0.1007 0.9194 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 6 0.1444 0.9107 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1100776 1 0.4076 0.1737 0.592 0.000 0.012 0.000 0.396 0.000
#> SRR819719 4 0.0767 0.9034 0.000 0.000 0.004 0.976 0.008 0.012
#> SRR1387516 4 0.2052 0.8789 0.000 0.000 0.004 0.912 0.028 0.056
#> SRR1402772 3 0.1196 0.9182 0.040 0.000 0.952 0.008 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0935 0.8629 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000
#> SRR1315309 3 0.1007 0.9194 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 4 0.1141 0.8918 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1432890 5 0.6089 0.2824 0.408 0.000 0.028 0.128 0.436 0.000
#> SRR1093390 2 0.0146 0.9113 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473016 3 0.1007 0.9194 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0713 0.9040 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0260 0.9045 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0632 0.9046 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1412928 6 0.1262 0.9028 0.000 0.016 0.008 0.020 0.000 0.956
#> SRR1089737 1 0.2278 0.8505 0.900 0.000 0.004 0.044 0.052 0.000
#> SRR1389199 4 0.1610 0.8717 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1072821 4 0.0767 0.9034 0.000 0.000 0.004 0.976 0.008 0.012
#> SRR1080672 2 0.0146 0.9091 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.1010 0.8994 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404062 5 0.1267 0.8711 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1093504 5 0.1663 0.8658 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1343324 1 0.3629 0.5476 0.724 0.000 0.016 0.000 0.260 0.000
#> SRR1092281 1 0.0260 0.9045 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.1075 0.8977 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.2048 0.8788 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR813234 1 0.3023 0.6787 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.2052 0.8789 0.000 0.000 0.004 0.912 0.028 0.056
#> SRR1441745 5 0.0820 0.8525 0.016 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> SRR1404147 2 0.1204 0.9053 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1445468 1 0.0405 0.9044 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1097618 1 0.2928 0.8046 0.860 0.000 0.004 0.100 0.024 0.012
#> SRR1098361 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403089 4 0.1173 0.9025 0.000 0.000 0.016 0.960 0.016 0.008
#> SRR1088878 1 0.0405 0.9036 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070884 3 0.1219 0.9186 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.2766 0.8403 0.028 0.000 0.868 0.092 0.012 0.000
#> SRR1436169 4 0.0692 0.9047 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1476255 4 0.1700 0.8717 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1312906 2 0.1714 0.8938 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1347082 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474440 6 0.2848 0.7616 0.000 0.000 0.004 0.124 0.024 0.848
#> SRR1447416 4 0.1296 0.8984 0.000 0.000 0.004 0.952 0.012 0.032
#> SRR1430860 1 0.0806 0.8943 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1345871 1 0.0458 0.9053 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 6 0.1267 0.9135 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1459761 6 0.0458 0.9103 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1355997 6 0.1387 0.9118 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1359821 3 0.0937 0.9189 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 6 0.3828 0.0808 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1381306 2 0.0458 0.9117 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070382 1 0.0777 0.9037 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474396 6 0.0458 0.9103 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.988 0.995 0.4500 0.550 0.550
#> 3 3 0.938 0.938 0.969 0.4802 0.748 0.556
#> 4 4 0.803 0.743 0.871 0.0679 0.941 0.832
#> 5 5 0.821 0.837 0.915 0.0671 0.904 0.700
#> 6 6 0.745 0.699 0.831 0.0330 0.968 0.871
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.9775 0.288 0.588 0.412
#> SRR1408091 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR1098146 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR1081092 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1471690 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1417749 2 0.4939 0.878 0.108 0.892
#> SRR1088068 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101981 2 0.7056 0.765 0.192 0.808
#> SRR1392615 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR811193 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1414209 2 0.8443 0.632 0.272 0.728
#> SRR1432587 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> SRR1083191 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR1387516 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1402772 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.0376 0.988 0.004 0.996
#> SRR1088878 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.2236 0.960 0.964 0.036
#> SRR1312906 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1447416 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.3686 0.8343 0.140 0.860 0.000
#> SRR1408091 3 0.1289 0.9478 0.032 0.000 0.968
#> SRR1437186 3 0.3619 0.8612 0.136 0.000 0.864
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1120711 3 0.0237 0.9501 0.004 0.000 0.996
#> SRR1082933 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 3 0.0661 0.9469 0.008 0.004 0.988
#> SRR1478878 1 0.2625 0.8947 0.916 0.000 0.084
#> SRR1399247 3 0.2066 0.9306 0.060 0.000 0.940
#> SRR1083262 1 0.3551 0.8348 0.868 0.000 0.132
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.1163 0.9496 0.028 0.000 0.972
#> SRR1459889 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.0747 0.9528 0.016 0.000 0.984
#> SRR1098495 2 0.5733 0.5198 0.324 0.676 0.000
#> SRR1081092 3 0.1411 0.9457 0.036 0.000 0.964
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0237 0.9653 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1346838 1 0.2796 0.8852 0.908 0.000 0.092
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 3 0.3038 0.8872 0.104 0.000 0.896
#> SRR1323404 3 0.0592 0.9531 0.012 0.000 0.988
#> SRR1364641 3 0.0747 0.9528 0.016 0.000 0.984
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0592 0.9531 0.012 0.000 0.988
#> SRR1465064 3 0.0237 0.9501 0.004 0.000 0.996
#> SRR1345178 3 0.1781 0.9426 0.020 0.020 0.960
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.1163 0.9470 0.972 0.000 0.028
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091548 3 0.1529 0.9433 0.040 0.000 0.960
#> SRR1477125 3 0.4346 0.8041 0.184 0.000 0.816
#> SRR1394544 3 0.4235 0.8031 0.176 0.000 0.824
#> SRR1074066 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1471690 2 0.0424 0.9825 0.000 0.992 0.008
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0592 0.9531 0.012 0.000 0.988
#> SRR1453831 3 0.0237 0.9501 0.004 0.000 0.996
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.6026 0.3869 0.624 0.376 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0000 0.9471 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR812152 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1078090 1 0.2448 0.9019 0.924 0.000 0.076
#> SRR1087101 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 2 0.0424 0.9792 0.008 0.992 0.000
#> SRR1392615 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1078759 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.1031 0.9498 0.976 0.000 0.024
#> SRR1420148 3 0.6095 0.4205 0.392 0.000 0.608
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0592 0.9531 0.012 0.000 0.988
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.1163 0.9496 0.028 0.000 0.972
#> SRR1070549 3 0.0892 0.9521 0.020 0.000 0.980
#> SRR811193 2 0.4504 0.7563 0.196 0.804 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.5397 0.5962 0.720 0.000 0.280
#> SRR1458465 3 0.2356 0.9206 0.072 0.000 0.928
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.1031 0.9510 0.024 0.000 0.976
#> SRR1396724 3 0.1289 0.9479 0.032 0.000 0.968
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0592 0.9531 0.012 0.000 0.988
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 3 0.6095 0.4232 0.392 0.000 0.608
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0592 0.9531 0.012 0.000 0.988
#> SRR1414209 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1432587 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.3038 0.8933 0.104 0.000 0.896
#> SRR1338705 3 0.2625 0.9109 0.084 0.000 0.916
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.0237 0.9653 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 2 0.4121 0.8473 0.024 0.868 0.108
#> SRR1083191 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1468028 2 0.0237 0.9834 0.004 0.996 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 3 0.4121 0.8232 0.168 0.000 0.832
#> SRR1076417 3 0.0747 0.9528 0.016 0.000 0.984
#> SRR810829 3 0.1031 0.9510 0.024 0.000 0.976
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 3 0.5216 0.6910 0.260 0.000 0.740
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.2625 0.9111 0.084 0.000 0.916
#> SRR1380591 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088782 3 0.0892 0.9521 0.020 0.000 0.980
#> SRR1088117 1 0.4750 0.7160 0.784 0.000 0.216
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0424 0.9602 0.992 0.008 0.000
#> SRR1387516 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0592 0.9531 0.012 0.000 0.988
#> SRR1479431 3 0.0237 0.9501 0.004 0.000 0.996
#> SRR1432890 1 0.0237 0.9653 0.996 0.000 0.004
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1068953 3 0.0592 0.9531 0.012 0.000 0.988
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 3 0.1163 0.9498 0.028 0.000 0.972
#> SRR1384331 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR1072821 1 0.6793 0.0565 0.536 0.012 0.452
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0892 0.9531 0.980 0.000 0.020
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 3 0.6168 0.3681 0.412 0.000 0.588
#> SRR1092281 1 0.3412 0.8477 0.876 0.000 0.124
#> SRR1340862 3 0.0892 0.9521 0.020 0.000 0.980
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 3 0.1163 0.9496 0.028 0.000 0.972
#> SRR1328360 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.0661 0.9760 0.008 0.988 0.004
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0424 0.9525 0.008 0.000 0.992
#> SRR814195 3 0.1163 0.9496 0.028 0.000 0.972
#> SRR1436169 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0424 0.9597 0.992 0.008 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.2796 0.8824 0.908 0.000 0.092
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0592 0.9531 0.012 0.000 0.988
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1410242 2 0.5161 0.22177 0.400 0.592 0.000 0.008
#> SRR1408091 3 0.0188 0.84543 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437186 3 0.0927 0.83424 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1072700 2 0.0188 0.85368 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320203 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1082957 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.4992 0.10017 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR1082933 1 0.4283 0.65438 0.740 0.000 0.004 0.256
#> SRR1350997 3 0.0336 0.84358 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1069714 2 0.1716 0.82698 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1487867 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1310920 4 0.6840 0.53914 0.008 0.312 0.100 0.580
#> SRR1478878 1 0.2868 0.79466 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1399247 3 0.4817 0.32956 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1083262 1 0.2704 0.81005 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1088680 2 0.0188 0.85404 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348248 3 0.4331 0.52800 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1098146 2 0.0469 0.85261 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1443755 2 0.1022 0.84091 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1341321 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0672 0.90921 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1329726 3 0.0188 0.84560 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098495 4 0.6678 0.42398 0.088 0.412 0.000 0.500
#> SRR1081092 3 0.0188 0.84543 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1084252 2 0.1211 0.84171 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1446979 1 0.0336 0.91010 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1076990 3 0.0188 0.84513 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1346838 3 0.5000 -0.00821 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.85407 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0817 0.84651 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1097320 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.7654 -0.02939 0.464 0.000 0.252 0.284
#> SRR1323404 3 0.4040 0.58979 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1364641 3 0.6317 0.37023 0.096 0.000 0.624 0.280
#> SRR1476760 2 0.0188 0.85404 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330609 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0469 0.84101 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1345178 3 0.6146 0.30624 0.044 0.008 0.596 0.352
#> SRR1069166 2 0.0707 0.85017 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1466728 3 0.5112 0.19982 0.436 0.000 0.560 0.004
#> SRR1343175 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.4907 0.46683 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1091548 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477125 3 0.1211 0.81440 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1394544 4 0.6302 0.18731 0.068 0.000 0.368 0.564
#> SRR1074066 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0336 0.90905 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1377537 3 0.4304 0.53465 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1471690 4 0.5080 0.42004 0.004 0.420 0.000 0.576
#> SRR1435643 2 0.1022 0.84553 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1467680 2 0.4866 0.48779 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1457437 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453831 4 0.5243 0.09379 0.004 0.004 0.416 0.576
#> SRR1470665 1 0.0188 0.91022 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102369 1 0.4428 0.74024 0.808 0.068 0.000 0.124
#> SRR1417749 1 0.2999 0.76503 0.864 0.132 0.000 0.004
#> SRR1088068 2 0.0707 0.84898 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1310253 3 0.4898 0.26358 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1098122 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1356725 2 0.3024 0.75200 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR808542 2 0.0188 0.85368 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1331858 2 0.0188 0.85404 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354532 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1458789 3 0.0336 0.84358 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1440179 2 0.1302 0.83950 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1072920 1 0.0817 0.90256 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1312388 2 0.0188 0.85368 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092184 2 0.1867 0.82129 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1325690 2 0.0188 0.85404 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR815970 3 0.0188 0.84513 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR812152 2 0.0817 0.84651 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1073459 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.1854 0.88412 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR1083408 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0188 0.85404 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370363 1 0.2216 0.84511 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0188 0.84513 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1078090 1 0.0336 0.91034 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1087101 1 0.2676 0.84933 0.896 0.000 0.012 0.092
#> SRR815326 2 0.0188 0.85404 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072199 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.4877 0.48292 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1101981 2 0.5277 -0.24844 0.000 0.532 0.008 0.460
#> SRR1392615 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1343456 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.1022 0.84553 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR810689 1 0.0469 0.90760 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1435090 1 0.4304 0.56452 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1420148 3 0.2402 0.76326 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR1309723 2 0.0817 0.84651 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1313449 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0188 0.91094 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368815 1 0.0188 0.91094 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322512 2 0.0921 0.84727 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1473385 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0469 0.85191 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1329909 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811193 2 0.4855 0.12660 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.0336 0.90905 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329108 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1098588 1 0.2589 0.85725 0.912 0.000 0.044 0.044
#> SRR1458465 3 0.0469 0.84081 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1405289 2 0.0188 0.85368 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1075874 3 0.0336 0.84334 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1396724 3 0.0336 0.84334 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1081235 2 0.0921 0.84764 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1319078 2 0.0817 0.84875 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR814268 3 0.0469 0.84215 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1447124 1 0.0336 0.91010 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 3 0.4996 0.08277 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1102272 2 0.0817 0.84651 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1388190 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.0376 0.84306 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1432587 1 0.5530 0.47734 0.632 0.032 0.000 0.336
#> SRR814820 2 0.0000 0.85407 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0469 0.84057 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1338705 3 0.0469 0.84057 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1337794 1 0.0188 0.91094 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1358367 2 0.6575 0.41272 0.092 0.560 0.000 0.348
#> SRR1083149 1 0.2011 0.85682 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1337953 1 0.0336 0.90905 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478855 1 0.0336 0.91010 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1092136 4 0.6010 0.44525 0.008 0.416 0.028 0.548
#> SRR1083191 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0657 0.84909 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1413100 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 3 0.4643 0.37160 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.2921 0.79809 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1362688 1 0.4008 0.66681 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1100632 1 0.6516 0.42977 0.592 0.000 0.100 0.308
#> SRR1365679 3 0.4250 0.49415 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1388891 1 0.0188 0.91094 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400312 2 0.0188 0.85404 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1120825 3 0.0188 0.84515 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1380591 4 0.7717 -0.09107 0.384 0.000 0.224 0.392
#> SRR1088782 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088117 3 0.4877 0.26198 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1099905 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1359760 1 0.0707 0.90483 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1475633 2 0.4898 0.47235 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1081935 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0707 0.85017 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1100776 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0804 0.90320 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1387516 2 0.4907 0.46683 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1402772 3 0.1118 0.82489 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1466490 1 0.0336 0.90905 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1315309 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 3 0.4304 0.53465 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1432890 1 0.3873 0.69215 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1093390 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1473016 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 3 0.0188 0.84560 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1079900 1 0.0188 0.91094 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1091356 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.3123 0.77244 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1412928 2 0.0188 0.85404 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089737 1 0.0188 0.91022 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389199 3 0.4382 0.51434 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1072821 3 0.5548 0.15782 0.448 0.004 0.536 0.012
#> SRR1080672 2 0.0707 0.84884 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1316553 1 0.3801 0.67634 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0188 0.91094 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343324 1 0.5484 0.61369 0.732 0.000 0.164 0.104
#> SRR1092281 1 0.0592 0.90715 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1340862 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.85407 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.4907 0.46683 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1441745 1 0.0336 0.90905 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404147 2 0.0336 0.85292 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1445468 1 0.0336 0.91010 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097618 1 0.0817 0.90216 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1098361 1 0.0336 0.91010 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1403089 2 0.6765 0.19646 0.000 0.576 0.300 0.124
#> SRR1088878 1 0.0000 0.91073 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0592 0.83964 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR814195 3 0.2704 0.73543 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1436169 1 0.0524 0.90630 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1476255 1 0.4866 0.40975 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1312906 2 0.0000 0.85407 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.3401 0.77591 0.840 0.000 0.152 0.008
#> SRR1474440 2 0.4830 0.50138 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1447416 2 0.6332 0.37879 0.064 0.532 0.000 0.404
#> SRR1430860 1 0.0188 0.91094 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345871 1 0.0817 0.90252 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1446996 2 0.0188 0.85404 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1459761 2 0.4877 0.48292 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1355997 2 0.2647 0.78325 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1359821 3 0.0000 0.84673 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0336 0.85350 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1381306 2 0.0592 0.85083 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1070382 1 0.0188 0.91094 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474396 2 0.4866 0.48779 0.000 0.596 0.000 0.404
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410242 2 0.4181 0.4448 0.316 0.676 0.004 0.004 0.000
#> SRR1408091 3 0.1216 0.8900 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1437186 3 0.1831 0.8850 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0162 0.9005 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1120711 5 0.3849 0.6326 0.000 0.000 0.232 0.016 0.752
#> SRR1082933 4 0.3508 0.5606 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR1350997 3 0.0404 0.8981 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1069714 2 0.0880 0.9563 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1487867 2 0.0162 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310920 5 0.1282 0.8056 0.000 0.004 0.000 0.044 0.952
#> SRR1478878 1 0.3123 0.7327 0.812 0.000 0.184 0.000 0.004
#> SRR1399247 4 0.2286 0.7045 0.000 0.000 0.108 0.888 0.004
#> SRR1083262 1 0.4169 0.6405 0.732 0.000 0.240 0.028 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 5 0.3575 0.7843 0.000 0.000 0.056 0.120 0.824
#> SRR1098146 2 0.0404 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1443755 2 0.0324 0.9711 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1341321 3 0.1270 0.8957 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0794 0.8790 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1329726 3 0.1809 0.8917 0.060 0.000 0.928 0.000 0.012
#> SRR1098495 5 0.3481 0.7550 0.100 0.056 0.000 0.004 0.840
#> SRR1081092 3 0.0324 0.8992 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1084252 2 0.1300 0.9446 0.000 0.956 0.028 0.016 0.000
#> SRR1446979 1 0.1608 0.8554 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.0865 0.8922 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1346838 3 0.4321 0.4075 0.396 0.000 0.600 0.000 0.004
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0162 0.9716 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097320 1 0.1851 0.8534 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1400869 5 0.2408 0.7955 0.016 0.000 0.000 0.092 0.892
#> SRR1323404 3 0.4151 0.4348 0.000 0.000 0.652 0.004 0.344
#> SRR1364641 5 0.2674 0.8058 0.000 0.000 0.120 0.012 0.868
#> SRR1476760 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330609 3 0.1205 0.8986 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1465064 3 0.1571 0.8669 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1345178 5 0.3130 0.8175 0.016 0.000 0.072 0.040 0.872
#> SRR1069166 2 0.0290 0.9705 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466728 3 0.3424 0.7212 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.1608 0.8640 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1455565 4 0.1270 0.7897 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1091548 3 0.1671 0.8848 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1477125 3 0.2690 0.8208 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1394544 5 0.1924 0.8084 0.004 0.000 0.008 0.064 0.924
#> SRR1074066 1 0.0880 0.8765 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1098855 1 0.2471 0.8212 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1377537 5 0.2522 0.8105 0.000 0.000 0.108 0.012 0.880
#> SRR1471690 5 0.2052 0.8012 0.004 0.004 0.000 0.080 0.912
#> SRR1435643 2 0.0510 0.9669 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1467680 4 0.3010 0.7605 0.000 0.172 0.000 0.824 0.004
#> SRR1457437 3 0.0992 0.9014 0.024 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR1453831 5 0.1818 0.8138 0.000 0.000 0.024 0.044 0.932
#> SRR1470665 1 0.2329 0.8301 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1102369 1 0.1492 0.8635 0.948 0.040 0.000 0.004 0.008
#> SRR1417749 1 0.2850 0.8010 0.872 0.092 0.000 0.036 0.000
#> SRR1088068 2 0.0771 0.9620 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1310253 5 0.1952 0.8165 0.000 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.3728 0.6701 0.008 0.244 0.000 0.748 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0703 0.8958 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440179 2 0.0963 0.9532 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1072920 1 0.1544 0.8570 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0566 0.9679 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1092184 2 0.1270 0.9388 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0451 0.8975 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR812152 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1073459 1 0.0162 0.8827 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.3736 0.8140 0.808 0.000 0.052 0.140 0.000
#> SRR1083408 1 0.2127 0.8402 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.2424 0.7986 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.1043 0.8742 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1081717 3 0.0451 0.8975 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1078090 1 0.0510 0.8828 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.1310 0.8810 0.956 0.000 0.020 0.024 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.1792 0.8551 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1094555 4 0.3053 0.7649 0.000 0.164 0.000 0.828 0.008
#> SRR1101981 5 0.2674 0.7623 0.008 0.084 0.000 0.020 0.888
#> SRR1392615 3 0.0162 0.9005 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1078759 3 0.0451 0.8975 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.1478 0.8647 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1105513 2 0.0703 0.9622 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR810689 1 0.2648 0.8067 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1435090 1 0.4235 0.2198 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR1420148 3 0.1965 0.8737 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1313449 1 0.1638 0.8637 0.932 0.004 0.000 0.064 0.000
#> SRR1071761 1 0.0404 0.8829 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0290 0.8830 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0703 0.9622 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1473385 3 0.1211 0.9018 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 3 0.1043 0.8997 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0955 0.8892 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR811193 2 0.3535 0.7151 0.164 0.808 0.000 0.028 0.000
#> SRR1415355 1 0.1671 0.8594 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1329108 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098588 1 0.1914 0.8579 0.924 0.000 0.016 0.000 0.060
#> SRR1458465 3 0.2233 0.8663 0.104 0.000 0.892 0.000 0.004
#> SRR1405289 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1075874 3 0.2389 0.8562 0.116 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR1396724 3 0.2124 0.8731 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR1081235 2 0.0609 0.9648 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1319078 2 0.0510 0.9669 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR814268 3 0.1942 0.8886 0.068 0.000 0.920 0.000 0.012
#> SRR1447124 1 0.0404 0.8829 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0290 0.8830 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.8822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.4262 0.1452 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388190 3 0.0162 0.8997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414209 3 0.1106 0.8902 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR1432587 4 0.3607 0.5738 0.244 0.004 0.000 0.752 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.2629 0.8392 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR1338705 3 0.2286 0.8630 0.108 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1337794 1 0.0290 0.8833 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.3942 0.5860 0.232 0.020 0.000 0.748 0.000
#> SRR1083149 1 0.2286 0.8207 0.888 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR1337953 1 0.2605 0.8100 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1478855 1 0.0963 0.8757 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1092136 5 0.5330 0.4621 0.072 0.288 0.004 0.000 0.636
#> SRR1083191 3 0.0162 0.9013 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.1608 0.8825 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.8822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 3 0.3424 0.7212 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.0162 0.8997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810829 3 0.0324 0.9012 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1468804 5 0.5630 0.4360 0.324 0.000 0.000 0.096 0.580
#> SRR1362688 5 0.4367 0.4628 0.372 0.000 0.000 0.008 0.620
#> SRR1100632 4 0.1638 0.7450 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1365679 3 0.3300 0.7655 0.204 0.000 0.792 0.000 0.004
#> SRR1388891 1 0.0510 0.8823 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.1544 0.9219 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1120825 3 0.1410 0.8929 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1380591 4 0.0963 0.7597 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1088782 3 0.0324 0.8992 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1088117 3 0.3906 0.6413 0.292 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.1579 0.8807 0.944 0.000 0.032 0.024 0.000
#> SRR1475633 4 0.2230 0.7870 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1081935 3 0.0162 0.8997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1383984 2 0.0510 0.9669 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1100776 1 0.0290 0.8830 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.2676 0.8350 0.884 0.036 0.000 0.080 0.000
#> SRR1387516 4 0.1697 0.7901 0.000 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1402772 3 0.2286 0.8203 0.000 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1466490 1 0.2605 0.8100 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1315309 3 0.0955 0.9008 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR1479431 5 0.2249 0.8130 0.000 0.000 0.096 0.008 0.896
#> SRR1432890 1 0.3895 0.4568 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1093390 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473016 3 0.0404 0.8986 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1068953 3 0.0324 0.8992 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1079900 1 0.0404 0.8829 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1091356 3 0.0671 0.9023 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1384331 1 0.4307 -0.0933 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0290 0.9705 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1089737 1 0.1341 0.8681 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1389199 5 0.2286 0.8100 0.000 0.000 0.108 0.004 0.888
#> SRR1072821 3 0.6440 0.1113 0.380 0.004 0.476 0.136 0.004
#> SRR1080672 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1316553 1 0.3534 0.6411 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0794 0.8785 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1093504 1 0.0290 0.8830 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.1943 0.8561 0.924 0.000 0.020 0.000 0.056
#> SRR1092281 1 0.1430 0.8664 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1340862 3 0.0566 0.8988 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1360545 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813234 3 0.1357 0.8965 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR1328360 4 0.2563 0.7853 0.000 0.120 0.000 0.872 0.008
#> SRR1441745 1 0.2690 0.8031 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0794 0.8790 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.3684 0.6518 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1098361 1 0.0510 0.8823 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.3730 0.6996 0.000 0.016 0.048 0.832 0.104
#> SRR1088878 1 0.0000 0.8822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.0955 0.8912 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR814195 3 0.2612 0.8203 0.000 0.000 0.868 0.124 0.008
#> SRR1436169 1 0.0404 0.8809 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476255 4 0.1043 0.7596 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.4444 0.7769 0.760 0.000 0.104 0.136 0.000
#> SRR1474440 4 0.3636 0.6520 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1447416 4 0.0290 0.7682 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1430860 1 0.0290 0.8830 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.1792 0.8457 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0162 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1459761 4 0.2970 0.7632 0.000 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1355997 2 0.2516 0.8323 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1359821 3 0.0880 0.9006 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0162 0.9718 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381306 2 0.0162 0.9715 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070382 1 0.0609 0.8820 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1474396 4 0.2852 0.7612 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0146 0.9480 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410242 2 0.3476 0.5936 0.260 0.732 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.3469 0.6238 0.004 0.000 0.788 0.020 0.184 0.004
#> SRR1437186 3 0.3403 0.6621 0.212 0.000 0.768 0.000 0.020 0.000
#> SRR1072700 2 0.0405 0.9485 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1320203 2 0.0551 0.9457 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1082957 3 0.0260 0.7175 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 5 0.5037 0.4917 0.000 0.000 0.188 0.000 0.640 0.172
#> SRR1082933 4 0.5695 0.4293 0.168 0.000 0.000 0.552 0.272 0.008
#> SRR1350997 3 0.2805 0.6334 0.000 0.000 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR1069714 2 0.0547 0.9450 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0291 0.9484 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1310920 6 0.1176 0.7345 0.000 0.000 0.000 0.020 0.024 0.956
#> SRR1478878 1 0.2859 0.6535 0.828 0.000 0.156 0.000 0.016 0.000
#> SRR1399247 4 0.5447 0.2486 0.000 0.000 0.220 0.604 0.168 0.008
#> SRR1083262 1 0.4704 0.5548 0.664 0.000 0.100 0.000 0.236 0.000
#> SRR1088680 2 0.0363 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1348248 6 0.3448 0.7324 0.000 0.000 0.024 0.088 0.056 0.832
#> SRR1098146 2 0.0363 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0862 0.9428 0.000 0.972 0.000 0.004 0.016 0.008
#> SRR1341321 3 0.2234 0.7171 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000
#> SRR1459889 1 0.1049 0.7710 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329726 3 0.2491 0.7138 0.112 0.000 0.868 0.000 0.020 0.000
#> SRR1098495 6 0.3029 0.7447 0.012 0.024 0.004 0.012 0.080 0.868
#> SRR1081092 3 0.3928 0.5416 0.016 0.000 0.712 0.004 0.264 0.004
#> SRR1084252 2 0.1707 0.9014 0.000 0.928 0.056 0.012 0.004 0.000
#> SRR1446979 1 0.1320 0.7732 0.948 0.000 0.036 0.000 0.016 0.000
#> SRR1076990 3 0.3584 0.5714 0.000 0.000 0.740 0.012 0.244 0.004
#> SRR1346838 3 0.4045 0.5812 0.312 0.000 0.664 0.000 0.024 0.000
#> SRR1085450 2 0.0146 0.9484 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.3323 0.7048 0.000 0.752 0.000 0.000 0.240 0.008
#> SRR1097320 1 0.4476 0.6387 0.668 0.000 0.000 0.044 0.280 0.008
#> SRR1400869 6 0.3086 0.7320 0.008 0.000 0.008 0.040 0.088 0.856
#> SRR1323404 3 0.4888 0.4554 0.016 0.000 0.656 0.000 0.260 0.068
#> SRR1364641 6 0.3864 0.7387 0.008 0.000 0.092 0.016 0.076 0.808
#> SRR1476760 2 0.0260 0.9477 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.1320 0.7245 0.036 0.000 0.948 0.000 0.016 0.000
#> SRR1465064 3 0.2743 0.6389 0.000 0.000 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1345178 6 0.4136 0.7385 0.012 0.000 0.064 0.036 0.088 0.800
#> SRR1069166 2 0.0363 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.4093 0.3002 0.476 0.000 0.516 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343175 1 0.4456 0.6418 0.672 0.000 0.000 0.044 0.276 0.008
#> SRR1455565 4 0.1572 0.6833 0.000 0.036 0.000 0.936 0.028 0.000
#> SRR1091548 3 0.2706 0.7036 0.160 0.000 0.832 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477125 3 0.4012 0.5592 0.344 0.000 0.640 0.000 0.016 0.000
#> SRR1394544 5 0.4436 0.3421 0.000 0.000 0.020 0.008 0.592 0.380
#> SRR1074066 1 0.2520 0.7528 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152 0.000
#> SRR1098855 1 0.4574 0.6338 0.664 0.000 0.000 0.052 0.276 0.008
#> SRR1377537 6 0.2837 0.6957 0.004 0.000 0.144 0.004 0.008 0.840
#> SRR1471690 6 0.2213 0.7365 0.000 0.004 0.000 0.044 0.048 0.904
#> SRR1435643 2 0.0363 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1467680 4 0.1806 0.6678 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004 0.000
#> SRR1457437 3 0.2350 0.7172 0.100 0.000 0.880 0.000 0.020 0.000
#> SRR1453831 5 0.4638 0.3785 0.000 0.000 0.040 0.004 0.588 0.368
#> SRR1470665 1 0.4536 0.6346 0.664 0.000 0.000 0.048 0.280 0.008
#> SRR1102369 1 0.5815 0.4977 0.644 0.124 0.000 0.008 0.056 0.168
#> SRR1417749 1 0.3461 0.7329 0.804 0.036 0.000 0.008 0.152 0.000
#> SRR1088068 2 0.1296 0.9251 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1310253 6 0.1327 0.7292 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1098122 2 0.0405 0.9464 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1356725 4 0.3899 0.6293 0.004 0.132 0.000 0.788 0.068 0.008
#> SRR808542 2 0.0146 0.9479 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0260 0.9481 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0551 0.9457 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1458789 3 0.1075 0.7038 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1440179 2 0.0547 0.9450 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.3037 0.6328 0.808 0.000 0.176 0.000 0.016 0.000
#> SRR1312388 2 0.0653 0.9480 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1092184 2 0.1908 0.8785 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004 0.000
#> SRR1325690 2 0.0363 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.2092 0.6711 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR812152 2 0.0665 0.9441 0.000 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1073459 1 0.1556 0.7734 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1096247 1 0.6501 0.4614 0.556 0.000 0.204 0.064 0.168 0.008
#> SRR1083408 1 0.4495 0.6349 0.664 0.000 0.000 0.044 0.284 0.008
#> SRR1433152 2 0.0260 0.9481 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.3674 0.4942 0.716 0.000 0.268 0.000 0.016 0.000
#> SRR1069778 1 0.3404 0.7022 0.744 0.000 0.000 0.004 0.248 0.004
#> SRR1081717 3 0.2772 0.6378 0.000 0.000 0.816 0.000 0.180 0.004
#> SRR1078090 1 0.0820 0.7795 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000
#> SRR1087101 1 0.3357 0.6872 0.832 0.000 0.064 0.092 0.012 0.000
#> SRR815326 2 0.0260 0.9481 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.3582 0.6902 0.732 0.000 0.000 0.016 0.252 0.000
#> SRR1094555 4 0.1802 0.6735 0.000 0.072 0.000 0.916 0.012 0.000
#> SRR1101981 6 0.2713 0.7585 0.012 0.004 0.012 0.032 0.048 0.892
#> SRR1392615 3 0.0508 0.7182 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1078759 3 0.2969 0.6038 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1083360 2 0.0405 0.9464 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1343456 1 0.2902 0.7322 0.800 0.000 0.000 0.004 0.196 0.000
#> SRR1105513 2 0.0458 0.9466 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.4464 0.6456 0.676 0.000 0.000 0.056 0.264 0.004
#> SRR1435090 3 0.4218 0.4431 0.428 0.000 0.556 0.000 0.016 0.000
#> SRR1420148 3 0.3558 0.6442 0.248 0.000 0.736 0.000 0.016 0.000
#> SRR1309723 2 0.0665 0.9441 0.000 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1313449 1 0.2913 0.7383 0.812 0.004 0.000 0.004 0.180 0.000
#> SRR1071761 1 0.1983 0.7368 0.908 0.000 0.072 0.000 0.020 0.000
#> SRR1368815 1 0.0806 0.7813 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1322512 2 0.0692 0.9441 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1473385 3 0.1644 0.7260 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000
#> SRR1076268 2 0.0291 0.9473 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1329909 3 0.2740 0.7084 0.060 0.000 0.864 0.000 0.076 0.000
#> SRR1070549 3 0.4088 0.4883 0.020 0.000 0.668 0.000 0.308 0.004
#> SRR811193 2 0.4264 0.6033 0.184 0.732 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR1415355 1 0.2980 0.7321 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192 0.000
#> SRR1329108 2 0.0520 0.9451 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1098588 1 0.2146 0.7596 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116 0.000
#> SRR1458465 3 0.3053 0.6995 0.168 0.000 0.812 0.000 0.020 0.000
#> SRR1405289 2 0.0146 0.9479 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.3799 0.6138 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020 0.000
#> SRR1396724 3 0.3189 0.6796 0.184 0.000 0.796 0.000 0.020 0.000
#> SRR1081235 2 0.0458 0.9466 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0363 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.2446 0.7184 0.124 0.000 0.864 0.000 0.012 0.000
#> SRR1447124 1 0.1334 0.7819 0.948 0.000 0.020 0.000 0.032 0.000
#> SRR1480153 1 0.0909 0.7803 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020 0.000
#> SRR1316231 1 0.0632 0.7797 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1399156 1 0.2706 0.7321 0.860 0.000 0.104 0.000 0.036 0.000
#> SRR1102272 2 0.0964 0.9387 0.000 0.968 0.000 0.016 0.012 0.004
#> SRR1388190 3 0.0146 0.7152 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1414209 3 0.5536 0.2365 0.000 0.000 0.544 0.312 0.140 0.004
#> SRR1432587 4 0.4868 0.5553 0.120 0.000 0.000 0.680 0.192 0.008
#> SRR814820 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.4092 0.5533 0.344 0.000 0.636 0.000 0.020 0.000
#> SRR1338705 3 0.3665 0.6377 0.252 0.000 0.728 0.000 0.020 0.000
#> SRR1337794 1 0.0603 0.7802 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR1358367 4 0.6029 0.4395 0.156 0.020 0.000 0.560 0.256 0.008
#> SRR1083149 1 0.3812 0.5066 0.712 0.000 0.264 0.000 0.024 0.000
#> SRR1337953 1 0.4703 0.6212 0.652 0.000 0.000 0.060 0.280 0.008
#> SRR1478855 1 0.1807 0.7450 0.920 0.000 0.060 0.000 0.020 0.000
#> SRR1092136 6 0.5599 0.2781 0.092 0.292 0.000 0.000 0.032 0.584
#> SRR1083191 3 0.1141 0.7037 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1468028 2 0.2101 0.8480 0.100 0.892 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1413100 1 0.1501 0.7740 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1379384 3 0.4093 0.3020 0.476 0.000 0.516 0.000 0.008 0.000
#> SRR1076417 3 0.1765 0.6889 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR810829 3 0.2587 0.7129 0.108 0.000 0.868 0.000 0.020 0.004
#> SRR1468804 1 0.5170 0.6032 0.628 0.000 0.000 0.024 0.276 0.072
#> SRR1362688 6 0.3470 0.5119 0.248 0.000 0.000 0.000 0.012 0.740
#> SRR1100632 4 0.4489 0.5544 0.040 0.000 0.000 0.656 0.296 0.008
#> SRR1365679 3 0.4206 0.5366 0.356 0.000 0.620 0.000 0.024 0.000
#> SRR1388891 1 0.1074 0.7676 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012 0.000
#> SRR1400312 2 0.5618 0.2262 0.000 0.500 0.000 0.160 0.340 0.000
#> SRR1120825 3 0.3023 0.7188 0.120 0.000 0.836 0.000 0.044 0.000
#> SRR1380591 4 0.2587 0.6552 0.004 0.000 0.004 0.864 0.120 0.008
#> SRR1088782 3 0.3189 0.5864 0.000 0.000 0.760 0.000 0.236 0.004
#> SRR1088117 3 0.4045 0.5810 0.312 0.000 0.664 0.000 0.024 0.000
#> SRR1099905 2 0.0405 0.9464 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1359760 1 0.5919 0.5852 0.616 0.000 0.140 0.040 0.196 0.008
#> SRR1475633 4 0.1349 0.6808 0.000 0.056 0.000 0.940 0.004 0.000
#> SRR1081935 3 0.0790 0.7101 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1383984 2 0.0363 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0665 0.7766 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR819719 1 0.4721 0.6349 0.664 0.036 0.000 0.028 0.272 0.000
#> SRR1387516 4 0.3320 0.5844 0.000 0.016 0.000 0.772 0.212 0.000
#> SRR1402772 3 0.3934 0.4669 0.000 0.000 0.676 0.000 0.304 0.020
#> SRR1466490 1 0.4774 0.6117 0.644 0.000 0.000 0.064 0.284 0.008
#> SRR1315309 3 0.1588 0.7232 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479431 6 0.2425 0.7133 0.000 0.000 0.088 0.004 0.024 0.884
#> SRR1432890 6 0.4109 0.3098 0.392 0.000 0.004 0.000 0.008 0.596
#> SRR1093390 2 0.0405 0.9464 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1473016 3 0.0146 0.7153 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1068953 3 0.3215 0.5851 0.004 0.000 0.756 0.000 0.240 0.000
#> SRR1079900 1 0.1074 0.7678 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012 0.000
#> SRR1091356 3 0.2393 0.7173 0.092 0.000 0.884 0.000 0.020 0.004
#> SRR1384331 3 0.4098 0.3062 0.496 0.000 0.496 0.000 0.008 0.000
#> SRR1412928 2 0.0363 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.2340 0.7533 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1389199 6 0.2734 0.6910 0.004 0.000 0.148 0.000 0.008 0.840
#> SRR1072821 5 0.6383 -0.1977 0.408 0.004 0.112 0.032 0.436 0.008
#> SRR1080672 2 0.0767 0.9426 0.000 0.976 0.000 0.012 0.008 0.004
#> SRR1316553 1 0.4219 0.1148 0.592 0.000 0.388 0.000 0.020 0.000
#> SRR1404062 1 0.3911 0.6839 0.720 0.000 0.000 0.020 0.252 0.008
#> SRR1093504 1 0.0520 0.7761 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343324 1 0.2290 0.7529 0.892 0.000 0.004 0.000 0.020 0.084
#> SRR1092281 1 0.2723 0.6846 0.852 0.000 0.128 0.000 0.016 0.004
#> SRR1340862 3 0.1812 0.6944 0.000 0.000 0.912 0.008 0.080 0.000
#> SRR1360545 2 0.0291 0.9474 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR813234 3 0.2070 0.7217 0.092 0.000 0.896 0.000 0.012 0.000
#> SRR1328360 4 0.1584 0.6809 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008 0.000
#> SRR1441745 1 0.4774 0.6117 0.644 0.000 0.000 0.064 0.284 0.008
#> SRR1404147 2 0.0291 0.9484 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1445468 1 0.1010 0.7675 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1097618 4 0.5961 0.3518 0.224 0.000 0.000 0.508 0.260 0.008
#> SRR1098361 1 0.0858 0.7712 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403089 5 0.5933 0.4150 0.000 0.000 0.208 0.192 0.572 0.028
#> SRR1088878 1 0.0458 0.7801 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1070884 3 0.2703 0.6412 0.000 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR814195 3 0.3724 0.4697 0.000 0.000 0.716 0.268 0.012 0.004
#> SRR1436169 1 0.2721 0.7569 0.868 0.040 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1476255 4 0.3897 0.5894 0.016 0.000 0.000 0.712 0.264 0.008
#> SRR1312906 2 0.0260 0.9481 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.7098 0.0527 0.280 0.000 0.412 0.060 0.240 0.008
#> SRR1474440 4 0.3862 0.3223 0.000 0.388 0.000 0.608 0.004 0.000
#> SRR1447416 4 0.1700 0.6694 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1430860 1 0.0725 0.7747 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR1345871 1 0.1333 0.7604 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446996 2 0.1245 0.9307 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR1459761 4 0.1701 0.6736 0.000 0.072 0.000 0.920 0.008 0.000
#> SRR1355997 2 0.3215 0.6861 0.000 0.756 0.000 0.240 0.004 0.000
#> SRR1359821 3 0.1549 0.7169 0.020 0.000 0.936 0.000 0.044 0.000
#> SRR1498249 2 0.0363 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.2841 0.8037 0.000 0.824 0.000 0.012 0.164 0.000
#> SRR1070382 1 0.1588 0.7766 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072 0.000
#> SRR1474396 4 0.1958 0.6612 0.000 0.100 0.000 0.896 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.999 0.4098 0.591 0.591
#> 3 3 0.838 0.909 0.951 0.5922 0.746 0.570
#> 4 4 0.729 0.772 0.859 0.0851 0.961 0.885
#> 5 5 0.751 0.711 0.806 0.0650 0.915 0.727
#> 6 6 0.712 0.596 0.766 0.0247 0.984 0.935
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1408091 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1437186 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1082933 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1083262 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1346838 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1345178 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1074066 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1470665 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR808542 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1440179 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR812152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR815326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1076268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1458465 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1414209 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1432587 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1338705 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1468028 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1413100 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1468804 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1380591 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1402772 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1068953 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1328360 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1441745 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1436169 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1430860 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1446996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1410242 3 0.1163 0.8771 0.028 0 0.972
#> SRR1408091 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1437186 3 0.5327 0.7137 0.272 0 0.728
#> SRR1072700 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1082957 3 0.1289 0.8785 0.032 0 0.968
#> SRR1120711 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1082933 1 0.3482 0.8478 0.872 0 0.128
#> SRR1350997 3 0.4002 0.8206 0.160 0 0.840
#> SRR1069714 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1310920 1 0.1163 0.9510 0.972 0 0.028
#> SRR1478878 1 0.0747 0.9561 0.984 0 0.016
#> SRR1399247 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1083262 1 0.1964 0.9326 0.944 0 0.056
#> SRR1088680 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1348248 3 0.1411 0.8766 0.036 0 0.964
#> SRR1098146 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1341321 3 0.3619 0.8357 0.136 0 0.864
#> SRR1459889 1 0.4796 0.7016 0.780 0 0.220
#> SRR1329726 1 0.0237 0.9606 0.996 0 0.004
#> SRR1098495 1 0.2165 0.9224 0.936 0 0.064
#> SRR1081092 3 0.4346 0.8038 0.184 0 0.816
#> SRR1084252 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1446979 1 0.0747 0.9561 0.984 0 0.016
#> SRR1076990 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1346838 1 0.1753 0.9382 0.952 0 0.048
#> SRR1085450 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1330609 3 0.1289 0.8785 0.032 0 0.968
#> SRR1465064 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1345178 3 0.1411 0.8766 0.036 0 0.964
#> SRR1069166 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1466728 3 0.6079 0.5096 0.388 0 0.612
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1091548 3 0.5016 0.7521 0.240 0 0.760
#> SRR1477125 1 0.1753 0.9382 0.952 0 0.048
#> SRR1394544 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1074066 1 0.1031 0.9527 0.976 0 0.024
#> SRR1098855 1 0.4842 0.6905 0.776 0 0.224
#> SRR1377537 3 0.1411 0.8766 0.036 0 0.964
#> SRR1471690 1 0.1289 0.9485 0.968 0 0.032
#> SRR1435643 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1457437 3 0.4887 0.7642 0.228 0 0.772
#> SRR1453831 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1102369 1 0.2165 0.9224 0.936 0 0.064
#> SRR1417749 3 0.1163 0.8771 0.028 0 0.972
#> SRR1088068 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1310253 1 0.1031 0.9532 0.976 0 0.024
#> SRR1098122 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1356725 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR815970 3 0.0237 0.8794 0.004 0 0.996
#> SRR812152 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1081717 3 0.0424 0.8797 0.008 0 0.992
#> SRR1078090 1 0.0237 0.9606 0.996 0 0.004
#> SRR1087101 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR815326 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1101981 3 0.1411 0.8766 0.036 0 0.964
#> SRR1392615 3 0.1289 0.8785 0.032 0 0.968
#> SRR1078759 3 0.4291 0.8068 0.180 0 0.820
#> SRR1083360 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1435090 1 0.1860 0.9352 0.948 0 0.052
#> SRR1420148 1 0.3619 0.8392 0.864 0 0.136
#> SRR1309723 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1071761 3 0.5327 0.7137 0.272 0 0.728
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1329909 1 0.3619 0.8392 0.864 0 0.136
#> SRR1070549 3 0.3619 0.8357 0.136 0 0.864
#> SRR811193 3 0.1163 0.8771 0.028 0 0.972
#> SRR1415355 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1458465 1 0.0237 0.9606 0.996 0 0.004
#> SRR1405289 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1075874 3 0.4887 0.7642 0.228 0 0.772
#> SRR1396724 1 0.0237 0.9606 0.996 0 0.004
#> SRR1081235 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR814268 3 0.5733 0.6395 0.324 0 0.676
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1399156 3 0.5733 0.6395 0.324 0 0.676
#> SRR1102272 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1414209 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1432587 3 0.6026 0.4779 0.376 0 0.624
#> SRR814820 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1383213 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1338705 1 0.2165 0.9254 0.936 0 0.064
#> SRR1337794 1 0.1860 0.9353 0.948 0 0.052
#> SRR1358367 3 0.6079 0.4524 0.388 0 0.612
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1478855 1 0.0892 0.9551 0.980 0 0.020
#> SRR1092136 3 0.1163 0.8771 0.028 0 0.972
#> SRR1083191 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1468028 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1379384 1 0.0237 0.9606 0.996 0 0.004
#> SRR1076417 3 0.5760 0.6328 0.328 0 0.672
#> SRR810829 3 0.1163 0.8789 0.028 0 0.972
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1100632 1 0.3482 0.8478 0.872 0 0.128
#> SRR1365679 3 0.5058 0.7480 0.244 0 0.756
#> SRR1388891 1 0.4002 0.8021 0.840 0 0.160
#> SRR1400312 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1380591 1 0.6299 -0.0565 0.524 0 0.476
#> SRR1088782 3 0.4121 0.8154 0.168 0 0.832
#> SRR1088117 1 0.1753 0.9382 0.952 0 0.048
#> SRR1099905 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1081935 3 0.3619 0.8357 0.136 0 0.864
#> SRR1383984 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR819719 3 0.6079 0.4524 0.388 0 0.612
#> SRR1387516 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1402772 3 0.5733 0.6395 0.324 0 0.676
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1315309 3 0.2448 0.8645 0.076 0 0.924
#> SRR1479431 1 0.1031 0.9532 0.976 0 0.024
#> SRR1432890 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1473016 3 0.1163 0.8789 0.028 0 0.972
#> SRR1068953 3 0.5968 0.5642 0.364 0 0.636
#> SRR1079900 1 0.0237 0.9606 0.996 0 0.004
#> SRR1091356 1 0.1753 0.9382 0.952 0 0.048
#> SRR1384331 1 0.0237 0.9606 0.996 0 0.004
#> SRR1412928 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1089737 1 0.3267 0.8646 0.884 0 0.116
#> SRR1389199 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1072821 3 0.4346 0.7925 0.184 0 0.816
#> SRR1080672 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1316553 3 0.5926 0.5797 0.356 0 0.644
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1092281 1 0.0237 0.9606 0.996 0 0.004
#> SRR1340862 1 0.0892 0.9546 0.980 0 0.020
#> SRR1360545 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR813234 1 0.0892 0.9546 0.980 0 0.020
#> SRR1328360 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1445468 1 0.1753 0.9382 0.952 0 0.048
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1070884 3 0.5948 0.5722 0.360 0 0.640
#> SRR814195 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1436169 1 0.2165 0.9224 0.936 0 0.064
#> SRR1476255 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9612 1.000 0 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1447416 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1430860 1 0.0237 0.9604 0.996 0 0.004
#> SRR1345871 3 0.0000 0.8790 0.000 0 1.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1359821 3 0.1411 0.8777 0.036 0 0.964
#> SRR1498249 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1070382 1 0.2356 0.9180 0.928 0 0.072
#> SRR1474396 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.4866 0.4053 0.000 0 0.596 0.404
#> SRR1408091 3 0.4454 0.4854 0.000 0 0.692 0.308
#> SRR1437186 3 0.2222 0.5813 0.060 0 0.924 0.016
#> SRR1072700 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.3801 0.5599 0.000 0 0.780 0.220
#> SRR1120711 3 0.4967 0.0985 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1082933 1 0.5193 0.7431 0.656 0 0.324 0.020
#> SRR1350997 3 0.1867 0.6141 0.000 0 0.928 0.072
#> SRR1069714 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.4767 0.8240 0.724 0 0.256 0.020
#> SRR1478878 1 0.3528 0.8611 0.808 0 0.192 0.000
#> SRR1399247 3 0.4994 0.0788 0.000 0 0.520 0.480
#> SRR1083262 1 0.4072 0.8374 0.748 0 0.252 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.4746 0.4518 0.000 0 0.632 0.368
#> SRR1098146 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.2345 0.6129 0.000 0 0.900 0.100
#> SRR1459889 1 0.5564 0.5553 0.544 0 0.436 0.020
#> SRR1329726 1 0.3074 0.8723 0.848 0 0.152 0.000
#> SRR1098495 1 0.5393 0.7963 0.688 0 0.268 0.044
#> SRR1081092 3 0.2222 0.6144 0.016 0 0.924 0.060
#> SRR1084252 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.3528 0.8611 0.808 0 0.192 0.000
#> SRR1076990 4 0.1716 0.7968 0.000 0 0.064 0.936
#> SRR1346838 1 0.4040 0.8374 0.752 0 0.248 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1400869 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1323404 1 0.1474 0.8702 0.948 0 0.052 0.000
#> SRR1364641 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1476760 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.4008 0.5466 0.000 0 0.756 0.244
#> SRR1465064 4 0.4643 0.5274 0.000 0 0.344 0.656
#> SRR1345178 3 0.4746 0.4518 0.000 0 0.632 0.368
#> SRR1069166 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.3969 0.4719 0.180 0 0.804 0.016
#> SRR1343175 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1455565 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1091548 3 0.1724 0.5987 0.032 0 0.948 0.020
#> SRR1477125 1 0.4040 0.8374 0.752 0 0.248 0.000
#> SRR1394544 3 0.4967 0.0985 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1074066 1 0.3764 0.8524 0.784 0 0.216 0.000
#> SRR1098855 1 0.6038 0.5370 0.532 0 0.424 0.044
#> SRR1377537 3 0.4746 0.4518 0.000 0 0.632 0.368
#> SRR1471690 1 0.4797 0.8208 0.720 0 0.260 0.020
#> SRR1435643 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.1411 0.6024 0.020 0 0.960 0.020
#> SRR1453831 3 0.4967 0.0985 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1470665 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1102369 1 0.5393 0.7963 0.688 0 0.268 0.044
#> SRR1417749 3 0.4776 0.4491 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1088068 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.4706 0.8297 0.732 0 0.248 0.020
#> SRR1098122 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4382 0.6051 0.000 0 0.296 0.704
#> SRR808542 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.4967 0.0985 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1440179 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1312388 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR815970 4 0.4804 0.4387 0.000 0 0.384 0.616
#> SRR812152 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2814 0.8740 0.868 0 0.132 0.000
#> SRR1096247 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1083408 1 0.0657 0.8628 0.984 0 0.012 0.004
#> SRR1433152 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1069778 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1081717 4 0.4855 0.3917 0.000 0 0.400 0.600
#> SRR1078090 1 0.2973 0.8734 0.856 0 0.144 0.000
#> SRR1087101 3 0.4994 0.0788 0.000 0 0.520 0.480
#> SRR815326 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1094555 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.4746 0.4518 0.000 0 0.632 0.368
#> SRR1392615 3 0.3801 0.5599 0.000 0 0.780 0.220
#> SRR1078759 3 0.2101 0.6146 0.012 0 0.928 0.060
#> SRR1083360 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1105513 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1435090 1 0.4103 0.8324 0.744 0 0.256 0.000
#> SRR1420148 1 0.4955 0.7316 0.648 0 0.344 0.008
#> SRR1309723 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.1398 0.8667 0.956 0 0.040 0.004
#> SRR1071761 3 0.2222 0.5813 0.060 0 0.924 0.016
#> SRR1368815 1 0.2647 0.8747 0.880 0 0.120 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.4907 0.2732 0.000 0 0.580 0.420
#> SRR1076268 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.4955 0.7316 0.648 0 0.344 0.008
#> SRR1070549 3 0.2345 0.6129 0.000 0 0.900 0.100
#> SRR811193 3 0.4866 0.4053 0.000 0 0.596 0.404
#> SRR1415355 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1329108 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.4454 0.4854 0.000 0 0.692 0.308
#> SRR1458465 1 0.3074 0.8723 0.848 0 0.152 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.1411 0.6024 0.020 0 0.960 0.020
#> SRR1396724 1 0.3024 0.8729 0.852 0 0.148 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.2530 0.5464 0.100 0 0.896 0.004
#> SRR1447124 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1480153 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1316231 1 0.2814 0.8740 0.868 0 0.132 0.000
#> SRR1399156 3 0.2530 0.5464 0.100 0 0.896 0.004
#> SRR1102272 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1388190 4 0.2589 0.7883 0.000 0 0.116 0.884
#> SRR1414209 4 0.1389 0.7955 0.000 0 0.048 0.952
#> SRR1432587 3 0.7114 0.3300 0.252 0 0.560 0.188
#> SRR814820 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.4985 0.1234 0.000 0 0.532 0.468
#> SRR1338705 1 0.4193 0.8252 0.732 0 0.268 0.000
#> SRR1337794 1 0.4103 0.8335 0.744 0 0.256 0.000
#> SRR1358367 3 0.7073 0.3272 0.256 0 0.564 0.180
#> SRR1083149 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1337953 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1478855 1 0.3649 0.8579 0.796 0 0.204 0.000
#> SRR1092136 3 0.4855 0.4097 0.000 0 0.600 0.400
#> SRR1083191 4 0.1389 0.7955 0.000 0 0.048 0.952
#> SRR1468028 4 0.1389 0.7955 0.000 0 0.048 0.952
#> SRR1413100 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1379384 1 0.3074 0.8723 0.848 0 0.152 0.000
#> SRR1076417 3 0.2345 0.5434 0.100 0 0.900 0.000
#> SRR810829 3 0.4040 0.5425 0.000 0 0.752 0.248
#> SRR1468804 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1362688 1 0.2647 0.8747 0.880 0 0.120 0.000
#> SRR1100632 1 0.5193 0.7431 0.656 0 0.324 0.020
#> SRR1365679 3 0.1820 0.5972 0.036 0 0.944 0.020
#> SRR1388891 1 0.5313 0.6725 0.608 0 0.376 0.016
#> SRR1400312 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1120825 4 0.2589 0.7883 0.000 0 0.116 0.884
#> SRR1380591 3 0.7070 0.1838 0.348 0 0.516 0.136
#> SRR1088782 3 0.1902 0.6146 0.004 0 0.932 0.064
#> SRR1088117 1 0.4072 0.8350 0.748 0 0.252 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1475633 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.2345 0.6129 0.000 0 0.900 0.100
#> SRR1383984 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.2647 0.8747 0.880 0 0.120 0.000
#> SRR819719 3 0.7073 0.3272 0.256 0 0.564 0.180
#> SRR1387516 4 0.1389 0.7955 0.000 0 0.048 0.952
#> SRR1402772 3 0.2530 0.5464 0.100 0 0.896 0.004
#> SRR1466490 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1315309 3 0.3852 0.5883 0.012 0 0.808 0.180
#> SRR1479431 1 0.4706 0.8297 0.732 0 0.248 0.020
#> SRR1432890 1 0.2647 0.8747 0.880 0 0.120 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.4040 0.5425 0.000 0 0.752 0.248
#> SRR1068953 3 0.2921 0.5017 0.140 0 0.860 0.000
#> SRR1079900 1 0.3024 0.8729 0.852 0 0.148 0.000
#> SRR1091356 1 0.4040 0.8374 0.752 0 0.248 0.000
#> SRR1384331 1 0.3024 0.8729 0.852 0 0.148 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.4814 0.7651 0.676 0 0.316 0.008
#> SRR1389199 1 0.3554 0.8716 0.844 0 0.136 0.020
#> SRR1072821 3 0.5723 0.5058 0.072 0 0.684 0.244
#> SRR1080672 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.3547 0.5108 0.144 0 0.840 0.016
#> SRR1404062 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1093504 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1343324 1 0.1474 0.8702 0.948 0 0.052 0.000
#> SRR1092281 1 0.2973 0.8734 0.856 0 0.144 0.000
#> SRR1340862 1 0.3688 0.8554 0.792 0 0.208 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.3688 0.8554 0.792 0 0.208 0.000
#> SRR1328360 4 0.1389 0.7955 0.000 0 0.048 0.952
#> SRR1441745 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1404147 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.4072 0.8350 0.748 0 0.252 0.000
#> SRR1097618 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1098361 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1403089 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.1474 0.8702 0.948 0 0.052 0.000
#> SRR1070884 3 0.2814 0.5091 0.132 0 0.868 0.000
#> SRR814195 3 0.4994 0.0788 0.000 0 0.520 0.480
#> SRR1436169 1 0.5393 0.7963 0.688 0 0.268 0.044
#> SRR1476255 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1312906 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0188 0.8601 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1474440 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.4382 0.6051 0.000 0 0.296 0.704
#> SRR1430860 1 0.3123 0.8719 0.844 0 0.156 0.000
#> SRR1345871 3 0.4222 0.5067 0.000 0 0.728 0.272
#> SRR1446996 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.3942 0.5527 0.000 0 0.764 0.236
#> SRR1498249 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.4250 0.8183 0.724 0 0.276 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0404 0.9884 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1410242 3 0.4788 0.4984 0.000 0.000 0.696 0.240 0.064
#> SRR1408091 3 0.2193 0.6261 0.000 0.000 0.900 0.092 0.008
#> SRR1437186 3 0.4250 0.6320 0.252 0.000 0.720 0.000 0.028
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.1372 0.6617 0.024 0.000 0.956 0.016 0.004
#> SRR1120711 3 0.3430 0.4592 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1082933 1 0.3201 0.6182 0.852 0.000 0.096 0.000 0.052
#> SRR1350997 3 0.3106 0.6790 0.132 0.000 0.844 0.000 0.024
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0404 0.9884 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1310920 1 0.4500 0.5092 0.664 0.000 0.004 0.016 0.316
#> SRR1478878 1 0.1282 0.6289 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1399247 3 0.4003 0.4089 0.000 0.000 0.704 0.288 0.008
#> SRR1083262 1 0.1626 0.6479 0.940 0.000 0.044 0.000 0.016
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.4618 0.5406 0.000 0.000 0.724 0.208 0.068
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0162 0.9919 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341321 3 0.2677 0.6816 0.112 0.000 0.872 0.000 0.016
#> SRR1459889 1 0.4558 0.5299 0.740 0.000 0.180 0.000 0.080
#> SRR1329726 1 0.2930 0.4794 0.832 0.000 0.004 0.000 0.164
#> SRR1098495 1 0.4711 0.4845 0.640 0.000 0.012 0.012 0.336
#> SRR1081092 3 0.3319 0.6745 0.160 0.000 0.820 0.000 0.020
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.1282 0.6289 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1076990 4 0.1043 0.8704 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1346838 1 0.1331 0.6533 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0162 0.9919 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097320 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1400869 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1323404 1 0.3966 -0.2753 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1364641 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.1901 0.6565 0.024 0.000 0.932 0.040 0.004
#> SRR1465064 3 0.4443 -0.1640 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR1345178 3 0.4618 0.5406 0.000 0.000 0.724 0.208 0.068
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.4812 0.5140 0.372 0.000 0.600 0.000 0.028
#> SRR1343175 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1455565 2 0.0963 0.9729 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1091548 3 0.3877 0.6558 0.212 0.000 0.764 0.000 0.024
#> SRR1477125 1 0.1331 0.6533 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR1394544 3 0.3430 0.4592 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1074066 1 0.0992 0.6440 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1098855 1 0.4959 0.4816 0.712 0.000 0.160 0.000 0.128
#> SRR1377537 3 0.4618 0.5406 0.000 0.000 0.724 0.208 0.068
#> SRR1471690 1 0.4598 0.5098 0.664 0.000 0.008 0.016 0.312
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.1043 0.9707 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1457437 3 0.3779 0.6608 0.200 0.000 0.776 0.000 0.024
#> SRR1453831 3 0.3430 0.4592 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1470665 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1102369 1 0.4711 0.4845 0.640 0.000 0.012 0.012 0.336
#> SRR1417749 3 0.4863 0.5322 0.008 0.000 0.716 0.212 0.064
#> SRR1088068 2 0.0671 0.9842 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1310253 1 0.4329 0.5125 0.672 0.000 0.000 0.016 0.312
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4457 0.4547 0.000 0.000 0.368 0.620 0.012
#> SRR808542 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0404 0.9884 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1458789 3 0.3430 0.4592 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 5 0.4300 0.9011 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1312388 2 0.0671 0.9842 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.4670 -0.0400 0.004 0.000 0.548 0.440 0.008
#> SRR812152 2 0.0404 0.9884 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1073459 1 0.3003 0.4250 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1096247 5 0.4294 0.9110 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1083408 5 0.4307 0.8601 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 5 0.4300 0.9011 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1069778 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1081717 3 0.4645 0.0153 0.004 0.000 0.564 0.424 0.008
#> SRR1078090 1 0.3086 0.4467 0.816 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1087101 3 0.4003 0.4089 0.000 0.000 0.704 0.288 0.008
#> SRR815326 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1094555 2 0.1043 0.9707 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1101981 3 0.4618 0.5406 0.000 0.000 0.724 0.208 0.068
#> SRR1392615 3 0.1372 0.6617 0.024 0.000 0.956 0.016 0.004
#> SRR1078759 3 0.3278 0.6754 0.156 0.000 0.824 0.000 0.020
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.4283 0.9180 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1435090 1 0.1121 0.6539 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.3002 0.6181 0.856 0.000 0.116 0.000 0.028
#> SRR1309723 2 0.0404 0.9884 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1313449 1 0.4291 -0.7087 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1071761 3 0.4250 0.6320 0.252 0.000 0.720 0.000 0.028
#> SRR1368815 1 0.3395 0.2606 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.3582 0.5076 0.000 0.000 0.768 0.224 0.008
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.3002 0.6181 0.856 0.000 0.116 0.000 0.028
#> SRR1070549 3 0.2677 0.6816 0.112 0.000 0.872 0.000 0.016
#> SRR811193 3 0.4788 0.4984 0.000 0.000 0.696 0.240 0.064
#> SRR1415355 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.2193 0.6261 0.000 0.000 0.900 0.092 0.008
#> SRR1458465 1 0.2930 0.4794 0.832 0.000 0.004 0.000 0.164
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.3779 0.6608 0.200 0.000 0.776 0.000 0.024
#> SRR1396724 1 0.2970 0.4719 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1081235 2 0.0162 0.9919 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.4484 0.5957 0.308 0.000 0.668 0.000 0.024
#> SRR1447124 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1480153 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1316231 1 0.3003 0.4250 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1399156 3 0.4484 0.5957 0.308 0.000 0.668 0.000 0.024
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 4 0.2389 0.8336 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR1414209 4 0.0703 0.8740 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1432587 3 0.6947 0.3845 0.300 0.000 0.520 0.052 0.128
#> SRR814820 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.3934 0.4297 0.000 0.000 0.716 0.276 0.008
#> SRR1338705 1 0.1341 0.6517 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.1522 0.6547 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> SRR1358367 3 0.6855 0.3826 0.308 0.000 0.520 0.044 0.128
#> SRR1083149 5 0.4300 0.9011 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1337953 5 0.4294 0.9110 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1478855 1 0.1444 0.6373 0.948 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR1092136 3 0.4762 0.5024 0.000 0.000 0.700 0.236 0.064
#> SRR1083191 4 0.0703 0.8740 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1468028 4 0.0703 0.8740 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1413100 5 0.4297 0.9068 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1379384 1 0.2930 0.4794 0.832 0.000 0.004 0.000 0.164
#> SRR1076417 3 0.4503 0.5927 0.312 0.000 0.664 0.000 0.024
#> SRR810829 3 0.2053 0.6546 0.024 0.000 0.924 0.048 0.004
#> SRR1468804 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1362688 1 0.3242 0.3308 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1100632 1 0.3201 0.6182 0.852 0.000 0.096 0.000 0.052
#> SRR1365679 3 0.3909 0.6542 0.216 0.000 0.760 0.000 0.024
#> SRR1388891 1 0.3888 0.5882 0.804 0.000 0.120 0.000 0.076
#> SRR1400312 2 0.0290 0.9906 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1120825 4 0.2389 0.8336 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR1380591 1 0.6985 -0.2091 0.444 0.000 0.388 0.044 0.124
#> SRR1088782 3 0.3197 0.6779 0.140 0.000 0.836 0.000 0.024
#> SRR1088117 1 0.1205 0.6540 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1475633 2 0.1205 0.9679 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1081935 3 0.2677 0.6816 0.112 0.000 0.872 0.000 0.016
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.3242 0.3308 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR819719 3 0.6855 0.3826 0.308 0.000 0.520 0.044 0.128
#> SRR1387516 4 0.0703 0.8740 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1402772 3 0.4484 0.5957 0.308 0.000 0.668 0.000 0.024
#> SRR1466490 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1315309 3 0.1942 0.6750 0.068 0.000 0.920 0.012 0.000
#> SRR1479431 1 0.4329 0.5125 0.672 0.000 0.000 0.016 0.312
#> SRR1432890 1 0.3242 0.3308 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.2053 0.6546 0.024 0.000 0.924 0.048 0.004
#> SRR1068953 3 0.4668 0.5553 0.352 0.000 0.624 0.000 0.024
#> SRR1079900 1 0.3010 0.4640 0.824 0.000 0.004 0.000 0.172
#> SRR1091356 1 0.1331 0.6533 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR1384331 1 0.2970 0.4719 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.2597 0.6302 0.884 0.000 0.092 0.000 0.024
#> SRR1389199 1 0.4375 0.4462 0.576 0.000 0.000 0.004 0.420
#> SRR1072821 3 0.6159 0.5698 0.124 0.000 0.672 0.096 0.108
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.4763 0.5640 0.336 0.000 0.632 0.000 0.032
#> SRR1404062 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1093504 5 0.4297 0.9068 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1343324 1 0.3966 -0.2753 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1092281 1 0.3086 0.4467 0.816 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1340862 1 0.1331 0.6306 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.1331 0.6306 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR1328360 4 0.0703 0.8740 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1441745 5 0.4297 0.9073 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1043 0.6540 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1097618 5 0.4294 0.9110 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1098361 5 0.4302 0.8935 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1403089 2 0.0703 0.9797 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1088878 1 0.3966 -0.2753 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1070884 3 0.4639 0.5616 0.344 0.000 0.632 0.000 0.024
#> SRR814195 3 0.4003 0.4089 0.000 0.000 0.704 0.288 0.008
#> SRR1436169 1 0.4711 0.4845 0.640 0.000 0.012 0.012 0.336
#> SRR1476255 5 0.4192 0.9350 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 5 0.4294 0.9110 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1474440 2 0.1205 0.9679 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1447416 4 0.4457 0.4547 0.000 0.000 0.368 0.620 0.012
#> SRR1430860 1 0.2329 0.5409 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1345871 3 0.1205 0.6379 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.1043 0.9707 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.1750 0.6595 0.028 0.000 0.936 0.036 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.1571 0.6501 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR1474396 2 0.1205 0.9679 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.1387 0.80083 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1410242 3 0.5469 0.41370 0.000 0.000 0.600 0.224 0.008 0.168
#> SRR1408091 3 0.2618 0.60718 0.000 0.000 0.872 0.076 0.000 0.052
#> SRR1437186 3 0.3863 0.62520 0.244 0.000 0.728 0.000 0.020 0.008
#> SRR1072700 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.1204 0.81368 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1082957 3 0.1666 0.64301 0.020 0.000 0.936 0.008 0.000 0.036
#> SRR1120711 3 0.4340 0.44330 0.000 0.000 0.712 0.088 0.000 0.200
#> SRR1082933 1 0.3171 0.58205 0.844 0.000 0.104 0.000 0.024 0.028
#> SRR1350997 3 0.2680 0.66617 0.124 0.000 0.856 0.000 0.016 0.004
#> SRR1069714 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.2135 0.70821 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1310920 1 0.5037 0.30895 0.524 0.000 0.000 0.004 0.408 0.064
#> SRR1478878 1 0.1010 0.59693 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR1399247 3 0.4348 0.40057 0.000 0.000 0.676 0.268 0.000 0.056
#> SRR1083262 1 0.1434 0.61512 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012 0.000
#> SRR1088680 2 0.0146 0.85952 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348248 3 0.5364 0.46070 0.000 0.000 0.628 0.164 0.012 0.196
#> SRR1098146 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0458 0.85435 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1341321 3 0.2473 0.66771 0.104 0.000 0.876 0.000 0.008 0.012
#> SRR1459889 1 0.4465 0.49254 0.732 0.000 0.188 0.000 0.040 0.040
#> SRR1329726 1 0.2558 0.45678 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156 0.000
#> SRR1098495 1 0.5466 0.35695 0.556 0.000 0.020 0.000 0.340 0.084
#> SRR1081092 3 0.2821 0.66319 0.152 0.000 0.832 0.000 0.016 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.1010 0.59693 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR1076990 4 0.0806 0.87486 0.000 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1346838 1 0.1152 0.62038 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0458 0.85435 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1097320 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1400869 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1323404 1 0.3531 -0.24848 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1364641 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.2172 0.63660 0.020 0.000 0.912 0.024 0.000 0.044
#> SRR1465064 3 0.5521 -0.13942 0.000 0.000 0.468 0.400 0.000 0.132
#> SRR1345178 3 0.5364 0.46070 0.000 0.000 0.628 0.164 0.012 0.196
#> SRR1069166 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.4407 0.51131 0.364 0.000 0.608 0.000 0.016 0.012
#> SRR1343175 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1455565 2 0.3607 -0.30131 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1091548 3 0.3510 0.64697 0.204 0.000 0.772 0.000 0.016 0.008
#> SRR1477125 1 0.1152 0.62038 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394544 3 0.4340 0.44330 0.000 0.000 0.712 0.088 0.000 0.200
#> SRR1074066 1 0.1088 0.61119 0.960 0.000 0.016 0.000 0.024 0.000
#> SRR1098855 1 0.5015 0.44083 0.704 0.000 0.168 0.000 0.064 0.064
#> SRR1377537 3 0.5364 0.46070 0.000 0.000 0.628 0.164 0.012 0.196
#> SRR1471690 1 0.5101 0.33345 0.540 0.000 0.008 0.004 0.396 0.052
#> SRR1435643 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.2762 0.49915 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1457437 3 0.3418 0.65096 0.192 0.000 0.784 0.000 0.016 0.008
#> SRR1453831 3 0.4340 0.44330 0.000 0.000 0.712 0.088 0.000 0.200
#> SRR1470665 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1102369 1 0.5466 0.35695 0.556 0.000 0.020 0.000 0.340 0.084
#> SRR1417749 3 0.5540 0.45112 0.008 0.000 0.620 0.196 0.008 0.168
#> SRR1088068 2 0.3838 -0.71452 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1310253 1 0.4976 0.32647 0.536 0.000 0.000 0.004 0.400 0.060
#> SRR1098122 2 0.0363 0.85642 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356725 4 0.5049 0.53938 0.000 0.000 0.268 0.624 0.004 0.104
#> SRR808542 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.2135 0.70821 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1458789 3 0.4340 0.44330 0.000 0.000 0.712 0.088 0.000 0.200
#> SRR1440179 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 5 0.3866 0.85911 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1312388 2 0.3838 -0.71452 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1092184 2 0.0713 0.84674 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1325690 2 0.0363 0.85642 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR815970 3 0.5379 -0.00814 0.004 0.000 0.508 0.388 0.000 0.100
#> SRR812152 2 0.3620 -0.32052 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1073459 1 0.2631 0.40556 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1096247 5 0.3862 0.86997 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1083408 1 0.3868 -0.82507 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 5 0.3866 0.85911 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1069778 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1081717 3 0.5322 0.03753 0.004 0.000 0.524 0.376 0.000 0.096
#> SRR1078090 1 0.2703 0.42698 0.824 0.000 0.004 0.000 0.172 0.000
#> SRR1087101 3 0.4348 0.40057 0.000 0.000 0.676 0.268 0.000 0.056
#> SRR815326 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1094555 2 0.2762 0.49915 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1101981 3 0.5364 0.46070 0.000 0.000 0.628 0.164 0.012 0.196
#> SRR1392615 3 0.1666 0.64301 0.020 0.000 0.936 0.008 0.000 0.036
#> SRR1078759 3 0.2783 0.66381 0.148 0.000 0.836 0.000 0.016 0.000
#> SRR1083360 2 0.0790 0.84316 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1343456 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1105513 2 0.0363 0.85642 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR810689 5 0.3854 0.87849 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1435090 1 0.1141 0.62058 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.2890 0.58315 0.848 0.000 0.124 0.000 0.016 0.012
#> SRR1309723 2 0.3620 -0.32052 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1313449 1 0.3975 -0.67688 0.544 0.000 0.004 0.000 0.452 0.000
#> SRR1071761 3 0.3863 0.62520 0.244 0.000 0.728 0.000 0.020 0.008
#> SRR1368815 1 0.2996 0.25005 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.3924 0.49059 0.000 0.000 0.740 0.208 0.000 0.052
#> SRR1076268 2 0.2527 0.58521 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1329909 1 0.2890 0.58315 0.848 0.000 0.124 0.000 0.016 0.012
#> SRR1070549 3 0.2473 0.66771 0.104 0.000 0.876 0.000 0.008 0.012
#> SRR811193 3 0.5469 0.41370 0.000 0.000 0.600 0.224 0.008 0.168
#> SRR1415355 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.2618 0.60718 0.000 0.000 0.872 0.076 0.000 0.052
#> SRR1458465 1 0.2558 0.45678 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.3418 0.65096 0.192 0.000 0.784 0.000 0.016 0.008
#> SRR1396724 1 0.2595 0.45006 0.836 0.000 0.004 0.000 0.160 0.000
#> SRR1081235 2 0.1863 0.74252 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1319078 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.4078 0.59316 0.300 0.000 0.676 0.000 0.016 0.008
#> SRR1447124 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1480153 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1316231 1 0.2631 0.40556 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1399156 3 0.4078 0.59316 0.300 0.000 0.676 0.000 0.016 0.008
#> SRR1102272 2 0.1075 0.82265 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1388190 4 0.2301 0.83205 0.000 0.000 0.096 0.884 0.000 0.020
#> SRR1414209 4 0.0146 0.87983 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1432587 3 0.7020 0.31511 0.292 0.000 0.436 0.008 0.064 0.200
#> SRR814820 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.4284 0.41939 0.000 0.000 0.688 0.256 0.000 0.056
#> SRR1338705 1 0.1327 0.61798 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.1333 0.62134 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008 0.000
#> SRR1358367 3 0.6814 0.31459 0.300 0.000 0.436 0.000 0.064 0.200
#> SRR1083149 5 0.3866 0.85911 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1337953 5 0.3862 0.86997 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1478855 1 0.1151 0.60493 0.956 0.000 0.012 0.000 0.032 0.000
#> SRR1092136 3 0.5447 0.41854 0.000 0.000 0.604 0.220 0.008 0.168
#> SRR1083191 4 0.0146 0.87983 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.0146 0.87983 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1413100 5 0.3864 0.86536 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1379384 1 0.2558 0.45678 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156 0.000
#> SRR1076417 3 0.4096 0.59019 0.304 0.000 0.672 0.000 0.016 0.008
#> SRR810829 3 0.2328 0.63447 0.020 0.000 0.904 0.032 0.000 0.044
#> SRR1468804 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1362688 1 0.2854 0.31672 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1100632 1 0.3171 0.58205 0.844 0.000 0.104 0.000 0.024 0.028
#> SRR1365679 3 0.3539 0.64566 0.208 0.000 0.768 0.000 0.016 0.008
#> SRR1388891 1 0.3869 0.55141 0.796 0.000 0.128 0.000 0.036 0.040
#> SRR1400312 2 0.1610 0.76836 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1120825 4 0.2301 0.83205 0.000 0.000 0.096 0.884 0.000 0.020
#> SRR1380591 1 0.6735 -0.14640 0.436 0.000 0.320 0.000 0.060 0.184
#> SRR1088782 3 0.2765 0.66545 0.132 0.000 0.848 0.000 0.016 0.004
#> SRR1088117 1 0.1219 0.62078 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099905 2 0.1007 0.82664 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1359760 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1475633 6 0.3843 1.00000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1081935 3 0.2473 0.66771 0.104 0.000 0.876 0.000 0.008 0.012
#> SRR1383984 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.2854 0.31672 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR819719 3 0.6814 0.31459 0.300 0.000 0.436 0.000 0.064 0.200
#> SRR1387516 4 0.0146 0.87983 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.4078 0.59316 0.300 0.000 0.676 0.000 0.016 0.008
#> SRR1466490 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1315309 3 0.1976 0.65795 0.060 0.000 0.916 0.008 0.000 0.016
#> SRR1479431 1 0.4976 0.32647 0.536 0.000 0.000 0.004 0.400 0.060
#> SRR1432890 1 0.2854 0.31672 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.2328 0.63447 0.020 0.000 0.904 0.032 0.000 0.044
#> SRR1068953 3 0.4252 0.55551 0.344 0.000 0.632 0.000 0.016 0.008
#> SRR1079900 1 0.2632 0.44258 0.832 0.000 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1091356 1 0.1152 0.62038 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR1384331 1 0.2595 0.45006 0.836 0.000 0.004 0.000 0.160 0.000
#> SRR1412928 2 0.0713 0.84601 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1089737 1 0.2525 0.59525 0.876 0.000 0.100 0.000 0.012 0.012
#> SRR1389199 5 0.4468 -0.37461 0.484 0.000 0.000 0.004 0.492 0.020
#> SRR1072821 3 0.6559 0.49401 0.116 0.000 0.588 0.052 0.044 0.200
#> SRR1080672 2 0.1075 0.82265 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1316553 3 0.4368 0.56481 0.328 0.000 0.640 0.000 0.020 0.012
#> SRR1404062 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1093504 5 0.3864 0.86536 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1343324 1 0.3531 -0.24848 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1092281 1 0.2703 0.42698 0.824 0.000 0.004 0.000 0.172 0.000
#> SRR1340862 1 0.1049 0.59906 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.1049 0.59906 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR1328360 4 0.0146 0.87983 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1441745 5 0.3864 0.86577 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1404147 2 0.0363 0.85642 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1445468 1 0.1075 0.62081 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 5 0.3862 0.86997 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1098361 5 0.3867 0.85110 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1403089 2 0.2135 0.67234 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1088878 1 0.3531 -0.24848 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1070884 3 0.4224 0.56157 0.336 0.000 0.640 0.000 0.016 0.008
#> SRR814195 3 0.4348 0.40057 0.000 0.000 0.676 0.268 0.000 0.056
#> SRR1436169 1 0.5466 0.35695 0.556 0.000 0.020 0.000 0.340 0.084
#> SRR1476255 5 0.3782 0.90041 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.86061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 5 0.3862 0.86997 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1474440 6 0.3843 1.00000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1447416 4 0.5049 0.53938 0.000 0.000 0.268 0.624 0.004 0.104
#> SRR1430860 1 0.2003 0.51407 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1345871 3 0.1913 0.61722 0.000 0.000 0.908 0.012 0.000 0.080
#> SRR1446996 2 0.0146 0.85931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459761 2 0.2762 0.49915 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1355997 2 0.0458 0.85276 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1359821 3 0.2042 0.64090 0.024 0.000 0.920 0.024 0.000 0.032
#> SRR1498249 2 0.0363 0.85642 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1381306 2 0.3198 0.21333 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1070382 1 0.1531 0.61635 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474396 6 0.3843 1.00000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4220 0.579 0.579
#> 3 3 1.000 0.969 0.988 0.5730 0.740 0.558
#> 4 4 0.771 0.786 0.854 0.1027 0.821 0.537
#> 5 5 0.733 0.613 0.804 0.0552 0.905 0.679
#> 6 6 0.738 0.664 0.773 0.0387 0.911 0.678
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1408091 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.26 0.954 0.956 0.044
#> SRR1346838 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1414209 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.00 1.000 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.00 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1410242 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1437186 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1072700 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1310920 1 0.2711 0.896 0.912 0 0.088
#> SRR1478878 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1399247 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1348248 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1098146 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1341321 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1459889 1 0.0424 0.974 0.992 0 0.008
#> SRR1329726 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1098495 1 0.5678 0.543 0.684 0 0.316
#> SRR1081092 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1076990 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1345178 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1466728 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1091548 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1394544 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1098855 1 0.1529 0.946 0.960 0 0.040
#> SRR1377537 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1471690 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1457437 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1453831 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1417749 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1088068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1356725 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1087101 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR815326 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1101981 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1420148 1 0.0424 0.974 0.992 0 0.008
#> SRR1309723 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1071761 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1070549 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR811193 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1075874 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1399156 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1414209 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1432587 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1383213 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1338705 1 0.4842 0.708 0.776 0 0.224
#> SRR1337794 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1358367 3 0.3482 0.841 0.128 0 0.872
#> SRR1083149 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1092136 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1468028 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1076417 3 0.1031 0.959 0.024 0 0.976
#> SRR810829 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1100632 1 0.2165 0.922 0.936 0 0.064
#> SRR1365679 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1388891 1 0.1643 0.942 0.956 0 0.044
#> SRR1400312 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1380591 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1088782 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR819719 3 0.6126 0.319 0.400 0 0.600
#> SRR1387516 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1072821 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1316553 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1328360 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1070884 3 0.6267 0.161 0.452 0 0.548
#> SRR814195 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1436169 1 0.5678 0.543 0.684 0 0.316
#> SRR1476255 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1447416 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1345871 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.983 0.000 0 1.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1070382 1 0.5988 0.419 0.632 0 0.368
#> SRR1474396 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.3610 0.9384 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1408091 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1437186 3 0.1022 0.6608 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.4994 -0.4504 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1120711 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1082933 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1350997 3 0.3444 0.4527 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1069714 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 3 0.3837 0.7031 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1478878 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1399247 4 0.3975 0.9431 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1083262 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.3610 0.9384 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1098146 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1443755 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341321 3 0.3688 0.4041 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1459889 3 0.3764 0.7065 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1329726 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1098495 3 0.3908 0.7081 0.212 0.000 0.784 0.004
#> SRR1081092 3 0.2921 0.5260 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1084252 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1446979 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1076990 4 0.3219 0.9204 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1346838 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.2868 0.8209 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 4 0.4250 0.9208 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1465064 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1345178 4 0.4164 0.8851 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1069166 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1466728 3 0.1022 0.6608 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.3791 0.8535 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1091548 3 0.0188 0.6809 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477125 3 0.4072 0.6857 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1394544 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1074066 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1098855 3 0.3837 0.7031 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1377537 4 0.4164 0.8851 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1471690 3 0.4477 0.6102 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1435643 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1467680 2 0.2401 0.9277 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1457437 3 0.2921 0.5260 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1453831 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1417749 4 0.3610 0.9384 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1088068 2 0.3266 0.8789 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1310253 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.3266 0.9229 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR808542 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1331858 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354532 2 0.0336 0.9718 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1458789 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1440179 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1072920 1 0.1716 0.8744 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1312388 2 0.0817 0.9653 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1092184 2 0.1576 0.9521 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR812152 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2814 0.8248 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1096247 1 0.2281 0.8536 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.1792 0.8720 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1078090 1 0.3486 0.7580 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1087101 4 0.3975 0.9431 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR815326 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.2401 0.9277 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1101981 4 0.3610 0.9384 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1392615 3 0.4998 -0.4717 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1078759 3 0.3172 0.4947 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1420148 3 0.3444 0.7127 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1309723 2 0.0469 0.9703 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1313449 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 3 0.1022 0.6608 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473385 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1076268 2 0.0188 0.9733 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329909 3 0.3764 0.7062 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1070549 3 0.4994 -0.4504 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR811193 4 0.3610 0.9384 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1415355 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1458465 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1405289 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1075874 3 0.1022 0.6608 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1396724 1 0.3486 0.7580 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1081235 2 0.2408 0.9217 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.1118 0.6569 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.4996 -0.0193 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1399156 3 0.0188 0.6809 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 4 0.3801 0.9388 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1414209 4 0.0000 0.7690 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 4 0.3610 0.9384 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR814820 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 4 0.4072 0.9416 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1338705 3 0.1557 0.7119 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1337794 3 0.3975 0.6941 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1358367 3 0.5808 -0.0685 0.032 0.000 0.544 0.424
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1092136 4 0.3610 0.9384 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1083191 4 0.3266 0.9229 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1468028 4 0.0188 0.7731 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.4866 0.2806 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1076417 3 0.0188 0.6809 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR810829 3 0.4994 -0.4504 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.2868 0.8209 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1100632 3 0.3688 0.7092 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1365679 3 0.1022 0.6608 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1388891 3 0.3726 0.7080 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1400312 2 0.2530 0.9236 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1120825 4 0.4040 0.9423 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1380591 3 0.0336 0.6810 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1088782 3 0.3024 0.5137 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1088117 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.3791 0.8535 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1081935 3 0.3907 0.3501 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1383984 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1100776 1 0.4989 0.0331 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR819719 3 0.3695 0.7140 0.156 0.000 0.828 0.016
#> SRR1387516 4 0.3219 0.9204 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1402772 3 0.1022 0.6608 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.2921 0.5260 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1479431 3 0.3975 0.6941 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1432890 1 0.2647 0.8354 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 4 0.4277 0.9165 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1068953 3 0.3528 0.7094 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1079900 3 0.4855 0.4001 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1091356 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1384331 1 0.4804 0.3412 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1412928 2 0.0657 0.9699 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1089737 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072821 3 0.4933 -0.2681 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.0188 0.6809 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.2589 0.8387 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1092281 1 0.2868 0.8209 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1340862 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1360545 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR813234 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1328360 4 0.0000 0.7690 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.3791 0.8535 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1088878 1 0.3688 0.7282 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1070884 3 0.0188 0.6836 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR814195 4 0.3975 0.9431 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1436169 3 0.3831 0.7101 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR1476255 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.3610 0.8540 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1447416 4 0.3266 0.9229 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1430860 3 0.4103 0.6832 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1345871 4 0.4304 0.9119 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1446996 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459761 2 0.3402 0.8813 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1355997 2 0.0188 0.9741 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1359821 3 0.4998 -0.4717 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0188 0.9733 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070382 3 0.0469 0.6887 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1474396 2 0.3448 0.8784 0.000 0.828 0.004 0.168
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0451 0.9006 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1410242 3 0.4663 -0.3578 0.020 0.000 0.604 0.376 0.000
#> SRR1408091 3 0.1965 0.3742 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1437186 1 0.4015 0.4383 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.1914 0.8900 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1082957 3 0.2648 0.4227 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.1478 0.4101 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1082933 1 0.1082 0.8106 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1350997 3 0.4138 0.2951 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0451 0.9011 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487867 2 0.1638 0.8896 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1310920 1 0.3453 0.7512 0.832 0.000 0.012 0.136 0.020
#> SRR1478878 1 0.1818 0.7994 0.932 0.000 0.000 0.024 0.044
#> SRR1399247 3 0.2329 0.3337 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1083262 1 0.0865 0.8121 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1088680 2 0.0798 0.8994 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1348248 3 0.4736 -0.4069 0.020 0.000 0.576 0.404 0.000
#> SRR1098146 2 0.0613 0.9015 0.004 0.984 0.000 0.008 0.004
#> SRR1443755 2 0.2141 0.8910 0.004 0.916 0.000 0.064 0.016
#> SRR1341321 3 0.4114 0.2995 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0833 0.8115 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR1329726 1 0.1626 0.8009 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR1098495 1 0.3453 0.7512 0.832 0.000 0.012 0.136 0.020
#> SRR1081092 3 0.4256 0.1762 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0451 0.9011 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446979 1 0.1725 0.8001 0.936 0.000 0.000 0.020 0.044
#> SRR1076990 3 0.4161 -0.3638 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1346838 1 0.0703 0.8123 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.4096 0.8060 0.004 0.744 0.000 0.232 0.020
#> SRR1097320 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1400869 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1323404 5 0.4696 0.4489 0.428 0.000 0.000 0.016 0.556
#> SRR1364641 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1476760 2 0.0798 0.8994 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1330609 3 0.0404 0.4641 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.2020 0.3698 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1345178 4 0.5687 0.5422 0.080 0.000 0.436 0.484 0.000
#> SRR1069166 2 0.0451 0.9011 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466728 1 0.4015 0.4383 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1343175 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1455565 2 0.4549 0.6030 0.000 0.528 0.000 0.464 0.008
#> SRR1091548 1 0.3837 0.5181 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0865 0.8121 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1394544 3 0.0162 0.4633 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.1205 0.8080 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1098855 1 0.1764 0.8062 0.940 0.000 0.012 0.036 0.012
#> SRR1377537 4 0.5687 0.5422 0.080 0.000 0.436 0.484 0.000
#> SRR1471690 1 0.4069 0.7010 0.788 0.000 0.000 0.136 0.076
#> SRR1435643 2 0.0451 0.9011 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467680 2 0.4260 0.7490 0.004 0.680 0.000 0.308 0.008
#> SRR1457437 3 0.4287 0.1076 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.0000 0.4629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470665 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1102369 1 0.3238 0.7474 0.836 0.000 0.000 0.136 0.028
#> SRR1417749 3 0.4917 -0.4388 0.028 0.000 0.556 0.416 0.000
#> SRR1088068 2 0.4798 0.6645 0.000 0.580 0.000 0.396 0.024
#> SRR1310253 1 0.3283 0.7457 0.832 0.000 0.000 0.140 0.028
#> SRR1098122 2 0.0290 0.9020 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356725 3 0.4774 -0.4506 0.020 0.000 0.556 0.424 0.000
#> SRR808542 2 0.0451 0.9011 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1331858 2 0.0324 0.9013 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354532 2 0.2293 0.8823 0.000 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR1458789 3 0.0000 0.4629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0451 0.9011 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1072920 5 0.4482 0.5907 0.348 0.000 0.000 0.016 0.636
#> SRR1312388 2 0.4173 0.7597 0.000 0.688 0.000 0.300 0.012
#> SRR1092184 2 0.4317 0.7415 0.004 0.668 0.000 0.320 0.008
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0404 0.4540 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR812152 2 0.1981 0.8909 0.000 0.924 0.000 0.048 0.028
#> SRR1073459 5 0.4708 0.4286 0.436 0.000 0.000 0.016 0.548
#> SRR1096247 5 0.4658 0.4925 0.408 0.000 0.000 0.016 0.576
#> SRR1083408 5 0.3819 0.7372 0.228 0.000 0.000 0.016 0.756
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 5 0.4525 0.5721 0.360 0.000 0.000 0.016 0.624
#> SRR1069778 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1081717 3 0.0000 0.4629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.4738 -0.1988 0.520 0.000 0.000 0.016 0.464
#> SRR1087101 3 0.2377 0.3279 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR815326 2 0.0324 0.9013 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072199 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1094555 2 0.4317 0.7415 0.004 0.668 0.000 0.320 0.008
#> SRR1101981 3 0.4793 -0.4657 0.020 0.000 0.544 0.436 0.000
#> SRR1392615 3 0.2561 0.4268 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.4210 0.2425 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.1018 0.8992 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1343456 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 5 0.3789 0.7415 0.224 0.000 0.000 0.016 0.760
#> SRR1435090 1 0.0865 0.8121 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1420148 1 0.0771 0.8111 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1309723 2 0.2848 0.8702 0.000 0.868 0.000 0.104 0.028
#> SRR1313449 5 0.3882 0.7398 0.224 0.000 0.000 0.020 0.756
#> SRR1071761 1 0.4015 0.4383 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1368815 5 0.2677 0.8174 0.112 0.000 0.000 0.016 0.872
#> SRR1322512 2 0.0740 0.9016 0.004 0.980 0.000 0.008 0.008
#> SRR1473385 3 0.0000 0.4629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.2511 0.8797 0.000 0.892 0.000 0.080 0.028
#> SRR1329909 1 0.0451 0.8127 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1070549 3 0.2605 0.4250 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR811193 3 0.4736 -0.4069 0.020 0.000 0.576 0.404 0.000
#> SRR1415355 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1329108 2 0.0798 0.8994 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1098588 3 0.0000 0.4629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0992 0.8115 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1405289 2 0.0451 0.9011 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1075874 1 0.4015 0.4423 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.4735 -0.1849 0.524 0.000 0.000 0.016 0.460
#> SRR1081235 2 0.4193 0.7517 0.000 0.684 0.000 0.304 0.012
#> SRR1319078 2 0.0912 0.9004 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR814268 1 0.4219 0.2683 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1480153 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1316231 1 0.3877 0.5851 0.764 0.000 0.000 0.024 0.212
#> SRR1399156 1 0.3561 0.5918 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0798 0.8994 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1388190 3 0.2471 0.3152 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1414209 4 0.4610 0.5928 0.000 0.000 0.432 0.556 0.012
#> SRR1432587 3 0.4885 -0.4126 0.028 0.000 0.572 0.400 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0000 0.4629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.1410 0.7888 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0510 0.8129 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1358367 4 0.6598 0.3262 0.304 0.000 0.208 0.484 0.004
#> SRR1083149 5 0.0963 0.8385 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1337953 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1478855 1 0.1549 0.8028 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR1092136 3 0.4639 -0.3437 0.020 0.000 0.612 0.368 0.000
#> SRR1083191 3 0.4138 -0.3416 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1468028 4 0.4650 0.5623 0.000 0.000 0.468 0.520 0.012
#> SRR1413100 5 0.1774 0.8356 0.052 0.000 0.000 0.016 0.932
#> SRR1379384 1 0.3988 0.5103 0.732 0.000 0.000 0.016 0.252
#> SRR1076417 1 0.2929 0.6951 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.2891 0.4088 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1468804 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1362688 5 0.4811 0.3812 0.452 0.000 0.000 0.020 0.528
#> SRR1100632 1 0.0510 0.8100 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.4015 0.4383 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0960 0.8116 0.972 0.000 0.016 0.008 0.004
#> SRR1400312 2 0.4570 0.7364 0.004 0.648 0.000 0.332 0.016
#> SRR1120825 3 0.2329 0.3348 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1380591 1 0.3909 0.6256 0.760 0.000 0.216 0.024 0.000
#> SRR1088782 3 0.4242 0.1992 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0865 0.8121 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1099905 2 0.0798 0.8994 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1359760 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1475633 2 0.4549 0.6030 0.000 0.528 0.000 0.464 0.008
#> SRR1081935 3 0.4045 0.3088 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0451 0.9011 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1100776 1 0.3909 0.5773 0.760 0.000 0.000 0.024 0.216
#> SRR819719 1 0.3909 0.7348 0.808 0.000 0.064 0.124 0.004
#> SRR1387516 3 0.4464 -0.4099 0.008 0.000 0.584 0.408 0.000
#> SRR1402772 1 0.4201 0.2924 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1315309 3 0.4256 0.1762 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.3127 0.7575 0.848 0.000 0.004 0.128 0.020
#> SRR1432890 5 0.4760 0.4705 0.416 0.000 0.000 0.020 0.564
#> SRR1093390 2 0.0290 0.9008 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473016 3 0.0404 0.4641 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.1041 0.8090 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1079900 1 0.2573 0.7483 0.880 0.000 0.000 0.016 0.104
#> SRR1091356 1 0.0992 0.8115 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1384331 1 0.4184 0.4388 0.700 0.000 0.000 0.016 0.284
#> SRR1412928 2 0.3211 0.8493 0.004 0.824 0.000 0.164 0.008
#> SRR1089737 1 0.0703 0.8123 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1389199 5 0.1914 0.8342 0.060 0.000 0.000 0.016 0.924
#> SRR1072821 3 0.6584 -0.0472 0.260 0.000 0.468 0.272 0.000
#> SRR1080672 2 0.1117 0.8989 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1316553 1 0.3039 0.6816 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1404062 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1093504 5 0.0963 0.8385 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1343324 5 0.4588 0.5377 0.380 0.000 0.000 0.016 0.604
#> SRR1092281 5 0.4723 0.3991 0.448 0.000 0.000 0.016 0.536
#> SRR1340862 1 0.0992 0.8115 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1360545 2 0.1074 0.9009 0.004 0.968 0.000 0.016 0.012
#> SRR813234 1 0.0865 0.8121 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1328360 4 0.4527 0.5850 0.000 0.000 0.392 0.596 0.012
#> SRR1441745 5 0.1701 0.8359 0.048 0.000 0.000 0.016 0.936
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0992 0.8115 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1097618 5 0.2677 0.8172 0.112 0.000 0.000 0.016 0.872
#> SRR1098361 5 0.1774 0.8356 0.052 0.000 0.000 0.016 0.932
#> SRR1403089 2 0.4555 0.6016 0.000 0.520 0.000 0.472 0.008
#> SRR1088878 1 0.4708 -0.0939 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR1070884 1 0.2516 0.7322 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.2424 0.3218 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1436169 1 0.2984 0.7564 0.856 0.000 0.016 0.124 0.004
#> SRR1476255 5 0.1568 0.8394 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1312906 2 0.0451 0.9011 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1347082 5 0.2408 0.8249 0.092 0.000 0.000 0.016 0.892
#> SRR1474440 2 0.4803 0.6044 0.000 0.536 0.000 0.444 0.020
#> SRR1447416 3 0.4717 -0.4023 0.020 0.000 0.584 0.396 0.000
#> SRR1430860 1 0.1818 0.7994 0.932 0.000 0.000 0.024 0.044
#> SRR1345871 3 0.0510 0.4635 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.1372 0.9005 0.004 0.956 0.000 0.024 0.016
#> SRR1459761 2 0.4595 0.6721 0.004 0.588 0.000 0.400 0.008
#> SRR1355997 2 0.1443 0.8934 0.004 0.948 0.000 0.044 0.004
#> SRR1359821 3 0.2561 0.4268 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.2511 0.8797 0.000 0.892 0.000 0.080 0.028
#> SRR1070382 1 0.1608 0.7829 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.4651 0.6431 0.004 0.560 0.000 0.428 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0713 0.8522 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1410242 4 0.2933 0.8201 0.004 0.000 0.200 0.796 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.4331 0.3223 0.000 0.000 0.704 0.220 0.000 0.076
#> SRR1437186 3 0.4874 0.2459 0.456 0.000 0.496 0.008 0.000 0.040
#> SRR1072700 2 0.0665 0.8504 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1320203 2 0.3017 0.8289 0.000 0.816 0.000 0.020 0.000 0.164
#> SRR1082957 3 0.1082 0.6662 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.4311 0.3520 0.000 0.000 0.716 0.196 0.000 0.088
#> SRR1082933 1 0.1364 0.7497 0.944 0.000 0.004 0.000 0.004 0.048
#> SRR1350997 3 0.2714 0.6535 0.136 0.000 0.848 0.004 0.000 0.012
#> SRR1069714 2 0.0951 0.8495 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1487867 2 0.3003 0.8263 0.000 0.812 0.000 0.016 0.000 0.172
#> SRR1310920 1 0.5334 0.5676 0.568 0.000 0.020 0.072 0.000 0.340
#> SRR1478878 1 0.1644 0.7358 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1399247 3 0.4626 0.2077 0.000 0.000 0.652 0.272 0.000 0.076
#> SRR1083262 1 0.0436 0.7490 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1088680 2 0.2006 0.8445 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1348248 4 0.3245 0.8268 0.004 0.000 0.184 0.796 0.000 0.016
#> SRR1098146 2 0.1644 0.8541 0.000 0.932 0.000 0.012 0.004 0.052
#> SRR1443755 2 0.2872 0.8442 0.000 0.832 0.000 0.012 0.004 0.152
#> SRR1341321 3 0.2695 0.6524 0.144 0.000 0.844 0.008 0.000 0.004
#> SRR1459889 1 0.2907 0.6845 0.828 0.000 0.020 0.000 0.000 0.152
#> SRR1329726 1 0.1897 0.7317 0.908 0.000 0.004 0.000 0.004 0.084
#> SRR1098495 1 0.5724 0.5181 0.532 0.000 0.020 0.112 0.000 0.336
#> SRR1081092 3 0.3777 0.6155 0.208 0.000 0.756 0.008 0.000 0.028
#> SRR1084252 2 0.0951 0.8495 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1446979 1 0.1471 0.7375 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1076990 4 0.4996 0.6669 0.000 0.000 0.296 0.604 0.000 0.100
#> SRR1346838 1 0.1155 0.7428 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR1085450 2 0.0000 0.8509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.4157 0.6987 0.000 0.544 0.000 0.012 0.000 0.444
#> SRR1097320 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1400869 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1323404 1 0.4913 0.3656 0.612 0.000 0.000 0.000 0.296 0.092
#> SRR1364641 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1476760 2 0.2006 0.8445 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1330609 3 0.0984 0.6548 0.012 0.000 0.968 0.008 0.000 0.012
#> SRR1465064 3 0.4500 0.2965 0.000 0.000 0.688 0.224 0.000 0.088
#> SRR1345178 4 0.5515 0.6588 0.020 0.000 0.128 0.608 0.000 0.244
#> SRR1069166 2 0.0951 0.8495 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1466728 3 0.4816 0.2522 0.456 0.000 0.500 0.008 0.000 0.036
#> SRR1343175 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1455565 2 0.5671 0.5868 0.000 0.472 0.000 0.100 0.016 0.412
#> SRR1091548 3 0.4762 0.2130 0.472 0.000 0.488 0.008 0.000 0.032
#> SRR1477125 1 0.0436 0.7490 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1394544 3 0.1367 0.6326 0.000 0.000 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1074066 1 0.2261 0.7395 0.884 0.000 0.000 0.008 0.004 0.104
#> SRR1098855 1 0.3742 0.6766 0.772 0.000 0.020 0.020 0.000 0.188
#> SRR1377537 4 0.5535 0.6568 0.020 0.000 0.128 0.604 0.000 0.248
#> SRR1471690 1 0.5197 0.5742 0.568 0.000 0.000 0.072 0.012 0.348
#> SRR1435643 2 0.1036 0.8503 0.000 0.964 0.000 0.008 0.004 0.024
#> SRR1467680 2 0.5025 0.6669 0.000 0.548 0.000 0.044 0.016 0.392
#> SRR1457437 3 0.3651 0.6121 0.224 0.000 0.752 0.008 0.000 0.016
#> SRR1453831 3 0.1367 0.6326 0.000 0.000 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1470665 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1102369 1 0.4823 0.5845 0.584 0.000 0.000 0.068 0.000 0.348
#> SRR1417749 4 0.3568 0.8210 0.008 0.000 0.172 0.788 0.000 0.032
#> SRR1088068 2 0.4644 0.6464 0.000 0.504 0.000 0.040 0.000 0.456
#> SRR1310253 1 0.4774 0.5912 0.600 0.000 0.000 0.068 0.000 0.332
#> SRR1098122 2 0.1951 0.8481 0.000 0.908 0.000 0.016 0.000 0.076
#> SRR1356725 4 0.3263 0.8276 0.004 0.000 0.176 0.800 0.000 0.020
#> SRR808542 2 0.0951 0.8495 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1331858 2 0.0665 0.8504 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1354532 2 0.3374 0.8141 0.000 0.772 0.000 0.020 0.000 0.208
#> SRR1458789 3 0.1434 0.6305 0.000 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1440179 2 0.0951 0.8495 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1072920 1 0.5117 0.1965 0.548 0.000 0.000 0.000 0.360 0.092
#> SRR1312388 2 0.4300 0.6827 0.000 0.548 0.000 0.020 0.000 0.432
#> SRR1092184 2 0.4975 0.6624 0.000 0.548 0.000 0.040 0.016 0.396
#> SRR1325690 2 0.0000 0.8509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.2442 0.5834 0.000 0.000 0.884 0.048 0.000 0.068
#> SRR812152 2 0.2988 0.8313 0.000 0.824 0.000 0.024 0.000 0.152
#> SRR1073459 1 0.4922 0.3810 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1096247 1 0.4929 0.3543 0.608 0.000 0.000 0.000 0.300 0.092
#> SRR1083408 5 0.5259 0.2019 0.436 0.000 0.000 0.000 0.468 0.096
#> SRR1433152 2 0.0146 0.8513 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.5098 0.2215 0.556 0.000 0.000 0.000 0.352 0.092
#> SRR1069778 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1081717 3 0.1434 0.6305 0.000 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1078090 1 0.4594 0.4899 0.676 0.000 0.000 0.000 0.232 0.092
#> SRR1087101 3 0.4645 0.1972 0.000 0.000 0.648 0.276 0.000 0.076
#> SRR815326 2 0.0665 0.8504 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1072199 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1094555 2 0.5045 0.6589 0.000 0.536 0.000 0.044 0.016 0.404
#> SRR1101981 4 0.3351 0.8154 0.004 0.000 0.152 0.808 0.000 0.036
#> SRR1392615 3 0.1010 0.6655 0.036 0.000 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.3288 0.6372 0.176 0.000 0.800 0.008 0.000 0.016
#> SRR1083360 2 0.2398 0.8414 0.000 0.876 0.000 0.020 0.000 0.104
#> SRR1343456 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1105513 2 0.0551 0.8505 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR810689 5 0.5116 0.4529 0.344 0.000 0.000 0.000 0.560 0.096
#> SRR1435090 1 0.0436 0.7490 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1420148 1 0.2078 0.7160 0.912 0.000 0.044 0.004 0.000 0.040
#> SRR1309723 2 0.3529 0.8109 0.000 0.764 0.000 0.028 0.000 0.208
#> SRR1313449 5 0.5498 0.4615 0.320 0.000 0.000 0.004 0.544 0.132
#> SRR1071761 3 0.4874 0.2459 0.456 0.000 0.496 0.008 0.000 0.040
#> SRR1368815 5 0.5127 0.4146 0.364 0.000 0.000 0.000 0.544 0.092
#> SRR1322512 2 0.1578 0.8539 0.000 0.936 0.000 0.012 0.004 0.048
#> SRR1473385 3 0.1625 0.6230 0.000 0.000 0.928 0.012 0.000 0.060
#> SRR1076268 2 0.3377 0.8184 0.000 0.784 0.000 0.028 0.000 0.188
#> SRR1329909 1 0.1391 0.7353 0.944 0.000 0.016 0.000 0.000 0.040
#> SRR1070549 3 0.1196 0.6660 0.040 0.000 0.952 0.008 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.3212 0.8265 0.004 0.000 0.180 0.800 0.000 0.016
#> SRR1415355 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1329108 2 0.0692 0.8515 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1098588 3 0.0717 0.6462 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1458465 1 0.1080 0.7460 0.960 0.000 0.004 0.000 0.004 0.032
#> SRR1405289 2 0.0951 0.8495 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1075874 3 0.4726 0.3370 0.424 0.000 0.536 0.008 0.000 0.032
#> SRR1396724 1 0.4594 0.4899 0.676 0.000 0.000 0.000 0.232 0.092
#> SRR1081235 2 0.4361 0.6819 0.000 0.552 0.000 0.024 0.000 0.424
#> SRR1319078 2 0.2070 0.8460 0.000 0.896 0.000 0.012 0.000 0.092
#> SRR814268 3 0.4616 0.4461 0.368 0.000 0.592 0.008 0.000 0.032
#> SRR1447124 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1480153 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1316231 1 0.3103 0.6885 0.836 0.000 0.000 0.000 0.064 0.100
#> SRR1399156 1 0.4842 -0.0159 0.532 0.000 0.420 0.008 0.000 0.040
#> SRR1102272 2 0.2006 0.8445 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1388190 3 0.4783 0.1750 0.000 0.000 0.636 0.276 0.000 0.088
#> SRR1414209 4 0.4200 0.7662 0.000 0.000 0.140 0.740 0.000 0.120
#> SRR1432587 4 0.3667 0.8218 0.008 0.000 0.184 0.776 0.000 0.032
#> SRR814820 2 0.0260 0.8508 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0717 0.6462 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1338705 1 0.2630 0.6802 0.872 0.000 0.092 0.004 0.000 0.032
#> SRR1337794 1 0.1297 0.7374 0.948 0.000 0.012 0.000 0.000 0.040
#> SRR1358367 4 0.5723 0.5780 0.096 0.000 0.052 0.608 0.000 0.244
#> SRR1083149 5 0.1713 0.8409 0.028 0.000 0.000 0.000 0.928 0.044
#> SRR1337953 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1478855 1 0.0837 0.7476 0.972 0.000 0.004 0.000 0.004 0.020
#> SRR1092136 4 0.2964 0.8190 0.004 0.000 0.204 0.792 0.000 0.000
#> SRR1083191 4 0.4897 0.6812 0.000 0.000 0.292 0.616 0.000 0.092
#> SRR1468028 4 0.4074 0.7756 0.000 0.000 0.140 0.752 0.000 0.108
#> SRR1413100 5 0.4108 0.7374 0.164 0.000 0.000 0.000 0.744 0.092
#> SRR1379384 1 0.3277 0.6746 0.824 0.000 0.000 0.000 0.084 0.092
#> SRR1076417 1 0.4483 0.2993 0.636 0.000 0.320 0.004 0.000 0.040
#> SRR810829 3 0.1477 0.6647 0.048 0.000 0.940 0.008 0.000 0.004
#> SRR1468804 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1362688 1 0.4905 0.3900 0.620 0.000 0.000 0.000 0.284 0.096
#> SRR1100632 1 0.2822 0.6981 0.856 0.000 0.032 0.004 0.000 0.108
#> SRR1365679 3 0.4748 0.2871 0.444 0.000 0.516 0.008 0.000 0.032
#> SRR1388891 1 0.3053 0.6764 0.812 0.000 0.020 0.000 0.000 0.168
#> SRR1400312 2 0.5122 0.6548 0.000 0.516 0.000 0.048 0.016 0.420
#> SRR1120825 3 0.4783 0.1750 0.000 0.000 0.636 0.276 0.000 0.088
#> SRR1380591 1 0.6191 0.3299 0.560 0.000 0.200 0.048 0.000 0.192
#> SRR1088782 3 0.3594 0.6289 0.184 0.000 0.780 0.008 0.000 0.028
#> SRR1088117 1 0.0436 0.7490 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1099905 2 0.2006 0.8445 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1359760 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1475633 2 0.5671 0.5868 0.000 0.472 0.000 0.100 0.016 0.412
#> SRR1081935 3 0.2377 0.6576 0.124 0.000 0.868 0.004 0.000 0.004
#> SRR1383984 2 0.0951 0.8495 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1100776 1 0.3103 0.6885 0.836 0.000 0.000 0.000 0.064 0.100
#> SRR819719 1 0.6709 0.3486 0.460 0.000 0.064 0.180 0.000 0.296
#> SRR1387516 4 0.3543 0.8101 0.000 0.000 0.200 0.768 0.000 0.032
#> SRR1402772 3 0.4655 0.4154 0.384 0.000 0.576 0.008 0.000 0.032
#> SRR1466490 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1315309 3 0.3418 0.6303 0.192 0.000 0.784 0.008 0.000 0.016
#> SRR1479431 1 0.4962 0.5921 0.596 0.000 0.008 0.064 0.000 0.332
#> SRR1432890 1 0.4971 0.3522 0.604 0.000 0.000 0.000 0.300 0.096
#> SRR1093390 2 0.0260 0.8510 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473016 3 0.0984 0.6548 0.012 0.000 0.968 0.008 0.000 0.012
#> SRR1068953 1 0.1649 0.7267 0.932 0.000 0.036 0.000 0.000 0.032
#> SRR1079900 1 0.2230 0.7223 0.892 0.000 0.000 0.000 0.024 0.084
#> SRR1091356 1 0.0653 0.7484 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR1384331 1 0.3637 0.6424 0.792 0.000 0.000 0.000 0.124 0.084
#> SRR1412928 2 0.3921 0.7796 0.000 0.676 0.000 0.012 0.004 0.308
#> SRR1089737 1 0.1155 0.7460 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR1389199 5 0.3782 0.7669 0.124 0.000 0.000 0.000 0.780 0.096
#> SRR1072821 4 0.7524 0.1989 0.148 0.000 0.252 0.336 0.000 0.264
#> SRR1080672 2 0.2398 0.8414 0.000 0.876 0.000 0.020 0.000 0.104
#> SRR1316553 1 0.4671 0.2250 0.608 0.000 0.344 0.008 0.000 0.040
#> SRR1404062 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1093504 5 0.1780 0.8395 0.028 0.000 0.000 0.000 0.924 0.048
#> SRR1343324 1 0.5065 0.2617 0.568 0.000 0.000 0.000 0.340 0.092
#> SRR1092281 1 0.4827 0.4091 0.632 0.000 0.000 0.000 0.276 0.092
#> SRR1340862 1 0.0436 0.7490 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1360545 2 0.1442 0.8525 0.000 0.944 0.000 0.012 0.004 0.040
#> SRR813234 1 0.0436 0.7490 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1328360 4 0.3520 0.7683 0.000 0.000 0.096 0.804 0.000 0.100
#> SRR1441745 5 0.3943 0.7498 0.156 0.000 0.000 0.000 0.760 0.084
#> SRR1404147 2 0.0000 0.8509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0653 0.7484 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR1097618 5 0.4617 0.6423 0.252 0.000 0.000 0.000 0.664 0.084
#> SRR1098361 5 0.4468 0.6883 0.212 0.000 0.000 0.000 0.696 0.092
#> SRR1403089 2 0.5674 0.5864 0.000 0.468 0.000 0.100 0.016 0.416
#> SRR1088878 1 0.4545 0.5029 0.684 0.000 0.000 0.000 0.224 0.092
#> SRR1070884 1 0.4339 0.3184 0.648 0.000 0.316 0.004 0.000 0.032
#> SRR814195 3 0.4801 0.1627 0.000 0.000 0.632 0.280 0.000 0.088
#> SRR1436169 1 0.5182 0.5665 0.612 0.000 0.020 0.072 0.000 0.296
#> SRR1476255 5 0.0547 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1312906 2 0.0951 0.8495 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1347082 5 0.4618 0.6573 0.236 0.000 0.000 0.000 0.672 0.092
#> SRR1474440 2 0.5796 0.5954 0.000 0.488 0.000 0.120 0.016 0.376
#> SRR1447416 4 0.3074 0.8197 0.004 0.000 0.200 0.792 0.000 0.004
#> SRR1430860 1 0.1908 0.7293 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1345871 3 0.0984 0.6548 0.012 0.000 0.968 0.008 0.000 0.012
#> SRR1446996 2 0.2544 0.8493 0.000 0.864 0.000 0.012 0.004 0.120
#> SRR1459761 2 0.5329 0.6141 0.000 0.488 0.000 0.064 0.016 0.432
#> SRR1355997 2 0.1668 0.8446 0.000 0.928 0.000 0.008 0.004 0.060
#> SRR1359821 3 0.1265 0.6650 0.044 0.000 0.948 0.008 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.8509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.3333 0.8183 0.000 0.784 0.000 0.024 0.000 0.192
#> SRR1070382 1 0.2964 0.6608 0.848 0.000 0.108 0.004 0.000 0.040
#> SRR1474396 2 0.5558 0.6023 0.000 0.488 0.000 0.088 0.016 0.408
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4703 0.530 0.530
#> 3 3 1.000 0.973 0.990 0.3062 0.841 0.704
#> 4 4 0.924 0.911 0.954 0.0683 0.960 0.896
#> 5 5 0.885 0.810 0.911 0.0778 0.911 0.749
#> 6 6 0.788 0.649 0.814 0.0488 0.960 0.862
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0 1 0 1
#> SRR1410242 2 0 1 0 1
#> SRR1408091 1 0 1 1 0
#> SRR1437186 1 0 1 1 0
#> SRR1072700 2 0 1 0 1
#> SRR1320203 2 0 1 0 1
#> SRR1082957 1 0 1 1 0
#> SRR1120711 2 0 1 0 1
#> SRR1082933 1 0 1 1 0
#> SRR1350997 1 0 1 1 0
#> SRR1069714 2 0 1 0 1
#> SRR1487867 2 0 1 0 1
#> SRR1310920 1 0 1 1 0
#> SRR1478878 1 0 1 1 0
#> SRR1399247 1 0 1 1 0
#> SRR1083262 1 0 1 1 0
#> SRR1088680 2 0 1 0 1
#> SRR1348248 2 0 1 0 1
#> SRR1098146 2 0 1 0 1
#> SRR1443755 2 0 1 0 1
#> SRR1341321 1 0 1 1 0
#> SRR1459889 1 0 1 1 0
#> SRR1329726 1 0 1 1 0
#> SRR1098495 1 0 1 1 0
#> SRR1081092 1 0 1 1 0
#> SRR1084252 2 0 1 0 1
#> SRR1446979 1 0 1 1 0
#> SRR1076990 2 0 1 0 1
#> SRR1346838 1 0 1 1 0
#> SRR1085450 2 0 1 0 1
#> SRR1366473 2 0 1 0 1
#> SRR1097320 1 0 1 1 0
#> SRR1400869 1 0 1 1 0
#> SRR1323404 1 0 1 1 0
#> SRR1364641 1 0 1 1 0
#> SRR1476760 2 0 1 0 1
#> SRR1330609 1 0 1 1 0
#> SRR1465064 2 0 1 0 1
#> SRR1345178 1 0 1 1 0
#> SRR1069166 2 0 1 0 1
#> SRR1466728 1 0 1 1 0
#> SRR1343175 1 0 1 1 0
#> SRR1455565 2 0 1 0 1
#> SRR1091548 1 0 1 1 0
#> SRR1477125 1 0 1 1 0
#> SRR1394544 1 0 1 1 0
#> SRR1074066 1 0 1 1 0
#> SRR1098855 1 0 1 1 0
#> SRR1377537 1 0 1 1 0
#> SRR1471690 1 0 1 1 0
#> SRR1435643 2 0 1 0 1
#> SRR1467680 2 0 1 0 1
#> SRR1457437 1 0 1 1 0
#> SRR1453831 1 0 1 1 0
#> SRR1470665 1 0 1 1 0
#> SRR1102369 1 0 1 1 0
#> SRR1417749 1 0 1 1 0
#> SRR1088068 2 0 1 0 1
#> SRR1310253 1 0 1 1 0
#> SRR1098122 2 0 1 0 1
#> SRR1356725 2 0 1 0 1
#> SRR808542 2 0 1 0 1
#> SRR1331858 2 0 1 0 1
#> SRR1354532 2 0 1 0 1
#> SRR1458789 1 0 1 1 0
#> SRR1440179 2 0 1 0 1
#> SRR1072920 1 0 1 1 0
#> SRR1312388 2 0 1 0 1
#> SRR1092184 2 0 1 0 1
#> SRR1325690 2 0 1 0 1
#> SRR815970 1 0 1 1 0
#> SRR812152 2 0 1 0 1
#> SRR1073459 1 0 1 1 0
#> SRR1096247 1 0 1 1 0
#> SRR1083408 1 0 1 1 0
#> SRR1433152 2 0 1 0 1
#> SRR1370363 1 0 1 1 0
#> SRR1069778 1 0 1 1 0
#> SRR1081717 1 0 1 1 0
#> SRR1078090 1 0 1 1 0
#> SRR1087101 1 0 1 1 0
#> SRR815326 2 0 1 0 1
#> SRR1072199 1 0 1 1 0
#> SRR1094555 2 0 1 0 1
#> SRR1101981 2 0 1 0 1
#> SRR1392615 1 0 1 1 0
#> SRR1078759 1 0 1 1 0
#> SRR1083360 2 0 1 0 1
#> SRR1343456 1 0 1 1 0
#> SRR1105513 2 0 1 0 1
#> SRR810689 1 0 1 1 0
#> SRR1435090 1 0 1 1 0
#> SRR1420148 1 0 1 1 0
#> SRR1309723 2 0 1 0 1
#> SRR1313449 1 0 1 1 0
#> SRR1071761 1 0 1 1 0
#> SRR1368815 1 0 1 1 0
#> SRR1322512 2 0 1 0 1
#> SRR1473385 1 0 1 1 0
#> SRR1076268 2 0 1 0 1
#> SRR1329909 1 0 1 1 0
#> SRR1070549 1 0 1 1 0
#> SRR811193 2 0 1 0 1
#> SRR1415355 1 0 1 1 0
#> SRR1329108 2 0 1 0 1
#> SRR1098588 1 0 1 1 0
#> SRR1458465 1 0 1 1 0
#> SRR1405289 2 0 1 0 1
#> SRR1075874 1 0 1 1 0
#> SRR1396724 1 0 1 1 0
#> SRR1081235 2 0 1 0 1
#> SRR1319078 2 0 1 0 1
#> SRR814268 1 0 1 1 0
#> SRR1447124 1 0 1 1 0
#> SRR1480153 1 0 1 1 0
#> SRR1316231 1 0 1 1 0
#> SRR1399156 1 0 1 1 0
#> SRR1102272 2 0 1 0 1
#> SRR1388190 2 0 1 0 1
#> SRR1414209 2 0 1 0 1
#> SRR1432587 1 0 1 1 0
#> SRR814820 2 0 1 0 1
#> SRR1383213 1 0 1 1 0
#> SRR1338705 1 0 1 1 0
#> SRR1337794 1 0 1 1 0
#> SRR1358367 1 0 1 1 0
#> SRR1083149 1 0 1 1 0
#> SRR1337953 1 0 1 1 0
#> SRR1478855 1 0 1 1 0
#> SRR1092136 2 0 1 0 1
#> SRR1083191 2 0 1 0 1
#> SRR1468028 2 0 1 0 1
#> SRR1413100 1 0 1 1 0
#> SRR1379384 1 0 1 1 0
#> SRR1076417 1 0 1 1 0
#> SRR810829 1 0 1 1 0
#> SRR1468804 1 0 1 1 0
#> SRR1362688 1 0 1 1 0
#> SRR1100632 1 0 1 1 0
#> SRR1365679 1 0 1 1 0
#> SRR1388891 1 0 1 1 0
#> SRR1400312 2 0 1 0 1
#> SRR1120825 2 0 1 0 1
#> SRR1380591 1 0 1 1 0
#> SRR1088782 1 0 1 1 0
#> SRR1088117 1 0 1 1 0
#> SRR1099905 2 0 1 0 1
#> SRR1359760 1 0 1 1 0
#> SRR1475633 2 0 1 0 1
#> SRR1081935 1 0 1 1 0
#> SRR1383984 2 0 1 0 1
#> SRR1100776 1 0 1 1 0
#> SRR819719 1 0 1 1 0
#> SRR1387516 2 0 1 0 1
#> SRR1402772 1 0 1 1 0
#> SRR1466490 1 0 1 1 0
#> SRR1315309 1 0 1 1 0
#> SRR1479431 1 0 1 1 0
#> SRR1432890 1 0 1 1 0
#> SRR1093390 2 0 1 0 1
#> SRR1473016 1 0 1 1 0
#> SRR1068953 1 0 1 1 0
#> SRR1079900 1 0 1 1 0
#> SRR1091356 1 0 1 1 0
#> SRR1384331 1 0 1 1 0
#> SRR1412928 2 0 1 0 1
#> SRR1089737 1 0 1 1 0
#> SRR1389199 1 0 1 1 0
#> SRR1072821 1 0 1 1 0
#> SRR1080672 2 0 1 0 1
#> SRR1316553 1 0 1 1 0
#> SRR1404062 1 0 1 1 0
#> SRR1093504 1 0 1 1 0
#> SRR1343324 1 0 1 1 0
#> SRR1092281 1 0 1 1 0
#> SRR1340862 1 0 1 1 0
#> SRR1360545 2 0 1 0 1
#> SRR813234 1 0 1 1 0
#> SRR1328360 2 0 1 0 1
#> SRR1441745 1 0 1 1 0
#> SRR1404147 2 0 1 0 1
#> SRR1445468 1 0 1 1 0
#> SRR1097618 1 0 1 1 0
#> SRR1098361 1 0 1 1 0
#> SRR1403089 2 0 1 0 1
#> SRR1088878 1 0 1 1 0
#> SRR1070884 1 0 1 1 0
#> SRR814195 2 0 1 0 1
#> SRR1436169 1 0 1 1 0
#> SRR1476255 1 0 1 1 0
#> SRR1312906 2 0 1 0 1
#> SRR1347082 1 0 1 1 0
#> SRR1474440 2 0 1 0 1
#> SRR1447416 2 0 1 0 1
#> SRR1430860 1 0 1 1 0
#> SRR1345871 1 0 1 1 0
#> SRR1446996 2 0 1 0 1
#> SRR1459761 2 0 1 0 1
#> SRR1355997 2 0 1 0 1
#> SRR1359821 1 0 1 1 0
#> SRR1498249 2 0 1 0 1
#> SRR1381306 2 0 1 0 1
#> SRR1070382 1 0 1 1 0
#> SRR1474396 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437186 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120711 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082933 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069714 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083262 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459889 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081092 3 0.611 0.373 0.396 0.000 0.604
#> SRR1084252 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465064 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345178 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074066 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453831 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470665 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440179 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR812152 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078090 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR815326 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101981 2 0.164 0.942 0.044 0.956 0.000
#> SRR1392615 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078759 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083360 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076268 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR811193 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458465 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.622 0.189 0.568 0.000 0.432
#> SRR1396724 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 1 0.610 0.314 0.608 0.000 0.392
#> SRR1447124 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414209 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432587 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR814820 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338705 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083191 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468804 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380591 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088782 3 0.608 0.392 0.388 0.000 0.612
#> SRR1088117 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383984 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387516 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.611 0.373 0.396 0.000 0.604
#> SRR1466490 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479431 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068953 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436169 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447416 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446996 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.000 0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498249 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.000 0.999 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.4996 -0.238 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1408091 3 0.2281 0.884 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1437186 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1072700 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.904 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1082933 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0592 0.900 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1069714 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.4008 0.677 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1478878 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1083262 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1088680 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.2589 0.690 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1098146 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0592 0.900 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1459889 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1098495 1 0.4008 0.677 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1081092 3 0.5269 0.340 0.364 0.000 0.620 0.016
#> SRR1084252 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0188 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076990 2 0.0469 0.975 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1346838 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1085450 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.904 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1345178 4 0.2589 0.708 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1069166 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0779 0.955 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1343175 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.2924 0.855 0.884 0.000 0.100 0.016
#> SRR1477125 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1394544 3 0.0188 0.904 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1074066 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 4 0.2589 0.708 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1471690 1 0.4008 0.677 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1435643 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0592 0.900 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1453831 3 0.0188 0.904 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470665 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.3764 0.720 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1417749 4 0.2589 0.708 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1088068 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.4008 0.677 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1098122 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4961 0.374 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR808542 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0336 0.904 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1440179 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR812152 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.1557 0.895 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1078090 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR815326 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.2867 0.695 0.012 0.104 0.000 0.884
#> SRR1392615 3 0.0000 0.904 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0779 0.897 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1083360 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420148 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1309723 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0817 0.946 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1071761 1 0.0779 0.955 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1368815 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1076268 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1070549 3 0.0000 0.904 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811193 4 0.4955 0.383 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1415355 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0336 0.903 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1458465 1 0.0779 0.955 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1405289 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.5478 0.151 0.540 0.000 0.444 0.016
#> SRR1396724 1 0.0336 0.961 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081235 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814268 1 0.5408 0.271 0.576 0.000 0.408 0.016
#> SRR1447124 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1102272 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1414209 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432587 4 0.3688 0.620 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR814820 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.1867 0.891 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1338705 1 0.0779 0.955 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1337794 1 0.0336 0.961 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1358367 4 0.2589 0.708 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1083149 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1092136 2 0.0188 0.986 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083191 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1076417 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR810829 3 0.0592 0.900 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1468804 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.2796 0.864 0.892 0.000 0.092 0.016
#> SRR1388891 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1380591 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088782 3 0.5167 0.376 0.340 0.000 0.644 0.016
#> SRR1088117 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1099905 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0336 0.903 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1383984 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.4008 0.677 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1387516 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.5269 0.340 0.364 0.000 0.620 0.016
#> SRR1466490 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0592 0.900 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1479431 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.904 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1079900 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091356 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1384331 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1412928 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1404062 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1360545 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1328360 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1097618 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.2924 0.855 0.884 0.000 0.100 0.016
#> SRR814195 3 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1436169 1 0.1474 0.920 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1476255 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.4961 0.374 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1430860 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 3 0.0000 0.904 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0336 0.903 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1498249 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1474396 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 2 0.4555 -0.154 0.000 0.520 0.000 0.472 0.008
#> SRR1408091 3 0.4249 0.628 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1437186 5 0.4291 0.476 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1072700 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.1341 0.589 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1120711 3 0.4273 0.625 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1082933 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 5 0.4300 0.366 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1069714 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.3196 0.722 0.804 0.000 0.000 0.192 0.004
#> SRR1478878 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.4420 0.624 0.000 0.000 0.548 0.004 0.448
#> SRR1083262 5 0.4306 0.418 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1088680 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0324 0.724 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1098146 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 5 0.4287 0.398 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1459889 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.3707 0.447 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1098495 1 0.3231 0.716 0.800 0.000 0.000 0.196 0.004
#> SRR1081092 5 0.4287 0.398 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1084252 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0162 0.959 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.6728 0.120 0.000 0.368 0.380 0.000 0.252
#> SRR1346838 1 0.1410 0.911 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1085450 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.1043 0.604 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1465064 3 0.4273 0.625 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1345178 4 0.0451 0.724 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1069166 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 5 0.4287 0.482 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1343175 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091548 5 0.4632 0.409 0.012 0.000 0.448 0.000 0.540
#> SRR1477125 5 0.4306 0.418 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1394544 3 0.0290 0.630 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1074066 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 4 0.0451 0.724 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1471690 1 0.3196 0.722 0.804 0.000 0.000 0.192 0.004
#> SRR1435643 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 5 0.4287 0.398 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1453831 3 0.0290 0.630 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1470665 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.1732 0.880 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1417749 4 0.0451 0.723 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1088068 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.3196 0.722 0.804 0.000 0.000 0.192 0.004
#> SRR1098122 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4392 0.501 0.000 0.380 0.000 0.612 0.008
#> SRR808542 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0703 0.637 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440179 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.4273 0.625 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR812152 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.3932 0.640 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1078090 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.4420 0.624 0.000 0.000 0.548 0.004 0.448
#> SRR815326 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.0324 0.724 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1392615 3 0.1608 0.571 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1078759 5 0.4287 0.398 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1083360 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.1608 0.898 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1420148 1 0.1544 0.903 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1309723 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071761 5 0.4291 0.476 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1368815 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.4415 0.626 0.000 0.000 0.552 0.004 0.444
#> SRR1076268 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.1608 0.898 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1070549 3 0.1043 0.604 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR811193 4 0.4415 0.484 0.000 0.388 0.000 0.604 0.008
#> SRR1415355 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.3774 0.163 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1458465 5 0.4291 0.476 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1405289 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 5 0.4430 0.403 0.004 0.000 0.456 0.000 0.540
#> SRR1396724 1 0.0162 0.959 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081235 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 5 0.4430 0.403 0.004 0.000 0.456 0.000 0.540
#> SRR1447124 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 5 0.4727 0.491 0.452 0.000 0.016 0.000 0.532
#> SRR1102272 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.4420 0.624 0.000 0.000 0.548 0.004 0.448
#> SRR1414209 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432587 4 0.2929 0.539 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.4251 0.637 0.000 0.000 0.624 0.004 0.372
#> SRR1338705 5 0.4291 0.476 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1337794 1 0.1410 0.911 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1358367 4 0.0880 0.708 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.1608 0.898 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1092136 2 0.1281 0.942 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1083191 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.1410 0.911 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1076417 5 0.4723 0.495 0.448 0.000 0.016 0.000 0.536
#> SRR810829 5 0.4287 0.398 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1468804 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 5 0.5394 0.426 0.060 0.000 0.400 0.000 0.540
#> SRR1388891 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.4420 0.624 0.000 0.000 0.548 0.004 0.448
#> SRR1380591 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088782 5 0.4287 0.398 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1088117 1 0.1608 0.898 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1099905 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.4304 -0.324 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1383984 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819719 1 0.2127 0.845 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1387516 2 0.0579 0.973 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1402772 5 0.4287 0.398 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1466490 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 5 0.4287 0.398 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1479431 1 0.0671 0.946 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1432890 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0162 0.628 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1068953 5 0.4448 0.445 0.480 0.000 0.004 0.000 0.516
#> SRR1079900 1 0.1478 0.907 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1091356 1 0.1410 0.911 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1384331 1 0.1544 0.903 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1412928 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 5 0.4307 0.407 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1404062 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.1544 0.903 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1360545 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 5 0.4307 0.407 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1328360 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1478 0.907 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1097618 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.0162 0.959 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070884 5 0.4718 0.412 0.016 0.000 0.444 0.000 0.540
#> SRR814195 3 0.4420 0.624 0.000 0.000 0.548 0.004 0.448
#> SRR1436169 1 0.0404 0.952 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.4392 0.501 0.000 0.380 0.000 0.612 0.008
#> SRR1430860 1 0.0162 0.959 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345871 3 0.0290 0.626 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1446996 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.4304 -0.324 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1498249 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 5 0.4306 0.418 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1474396 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.3672 0.4851 0.000 0.304 0.000 0.688 0.000 0.008
#> SRR1408091 5 0.4729 0.6981 0.000 0.000 0.128 0.000 0.676 0.196
#> SRR1437186 6 0.6122 0.9494 0.312 0.000 0.328 0.000 0.000 0.360
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.3776 0.4913 0.000 0.000 0.756 0.000 0.196 0.048
#> SRR1120711 5 0.4490 0.7182 0.000 0.000 0.104 0.000 0.700 0.196
#> SRR1082933 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0717 0.6696 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.4726 0.0274 0.528 0.000 0.000 0.048 0.000 0.424
#> SRR1478878 1 0.2631 0.5959 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1399247 5 0.0547 0.7999 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1083262 6 0.6113 0.9224 0.344 0.000 0.296 0.000 0.000 0.360
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.3221 0.4432 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0458 0.6778 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1459889 1 0.2048 0.6362 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1329726 1 0.5703 -0.5075 0.472 0.000 0.168 0.000 0.000 0.360
#> SRR1098495 1 0.4774 0.0240 0.528 0.000 0.000 0.052 0.000 0.420
#> SRR1081092 3 0.1075 0.6721 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.3563 0.3658 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1076990 5 0.3428 0.2618 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1346838 1 0.4218 0.2262 0.616 0.000 0.024 0.000 0.000 0.360
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.2912 0.5647 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1364641 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.4166 0.4580 0.000 0.000 0.728 0.000 0.196 0.076
#> SRR1465064 5 0.4358 0.7262 0.000 0.000 0.092 0.000 0.712 0.196
#> SRR1345178 4 0.5575 0.3818 0.140 0.000 0.000 0.460 0.000 0.400
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 6 0.6105 0.9328 0.288 0.000 0.352 0.000 0.000 0.360
#> SRR1343175 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091548 3 0.3592 0.1632 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1477125 6 0.6116 0.9277 0.340 0.000 0.300 0.000 0.000 0.360
#> SRR1394544 3 0.5602 0.2079 0.000 0.000 0.540 0.000 0.264 0.196
#> SRR1074066 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 4 0.5602 0.3799 0.144 0.000 0.000 0.456 0.000 0.400
#> SRR1471690 1 0.4648 0.0689 0.548 0.000 0.000 0.044 0.000 0.408
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0790 0.6751 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1453831 3 0.5648 0.1795 0.000 0.000 0.528 0.000 0.276 0.196
#> SRR1470665 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.2772 0.5064 0.816 0.000 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1417749 4 0.2432 0.4500 0.024 0.000 0.000 0.876 0.000 0.100
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.4736 0.0887 0.552 0.000 0.000 0.052 0.000 0.396
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.2969 0.5292 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.5748 0.0929 0.000 0.000 0.496 0.000 0.308 0.196
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.3198 0.5127 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 5 0.3585 0.7374 0.000 0.000 0.172 0.000 0.780 0.048
#> SRR812152 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2631 0.5963 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1096247 1 0.0146 0.6679 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083408 1 0.1501 0.6523 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.3151 0.5240 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1069778 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 5 0.4703 0.3310 0.000 0.000 0.408 0.000 0.544 0.048
#> SRR1078090 1 0.3330 0.4743 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1087101 5 0.0547 0.7999 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.2941 0.4502 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1392615 3 0.2980 0.5340 0.000 0.000 0.800 0.000 0.192 0.008
#> SRR1078759 3 0.0458 0.6778 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.4289 0.2113 0.612 0.000 0.028 0.000 0.000 0.360
#> SRR1420148 1 0.4289 0.2113 0.612 0.000 0.028 0.000 0.000 0.360
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.2491 0.5264 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1071761 6 0.6120 0.9505 0.308 0.000 0.332 0.000 0.000 0.360
#> SRR1368815 1 0.3023 0.5483 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 5 0.0632 0.8001 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.4289 0.2113 0.612 0.000 0.028 0.000 0.000 0.360
#> SRR1070549 3 0.3320 0.5044 0.000 0.000 0.772 0.000 0.212 0.016
#> SRR811193 4 0.3445 0.5170 0.000 0.260 0.000 0.732 0.000 0.008
#> SRR1415355 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.2704 0.5969 0.000 0.000 0.844 0.000 0.140 0.016
#> SRR1458465 6 0.6116 0.9484 0.300 0.000 0.340 0.000 0.000 0.360
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.3409 0.2968 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1396724 1 0.3607 0.3347 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.2300 0.6036 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1447124 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.3076 0.5393 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1399156 3 0.6089 -0.9228 0.276 0.000 0.364 0.000 0.000 0.360
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 5 0.0000 0.7953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414209 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432587 4 0.5498 0.2550 0.408 0.000 0.000 0.464 0.000 0.128
#> SRR814820 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 5 0.2092 0.7545 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1338705 6 0.6116 0.9482 0.300 0.000 0.340 0.000 0.000 0.360
#> SRR1337794 1 0.4206 0.2399 0.620 0.000 0.024 0.000 0.000 0.356
#> SRR1358367 1 0.5948 -0.2866 0.428 0.000 0.000 0.348 0.000 0.224
#> SRR1083149 1 0.3050 0.5442 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1337953 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.4289 0.2113 0.612 0.000 0.028 0.000 0.000 0.360
#> SRR1092136 2 0.6148 -0.2253 0.000 0.484 0.000 0.360 0.044 0.112
#> SRR1083191 2 0.1643 0.8947 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1468028 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 1 0.2135 0.6306 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1379384 1 0.4218 0.2262 0.616 0.000 0.024 0.000 0.000 0.360
#> SRR1076417 6 0.6105 0.9325 0.288 0.000 0.352 0.000 0.000 0.360
#> SRR810829 3 0.0717 0.6765 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1468804 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.2219 0.6260 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1100632 1 0.1663 0.6492 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1365679 3 0.4786 -0.1975 0.064 0.000 0.584 0.000 0.000 0.352
#> SRR1388891 1 0.3126 0.5295 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 5 0.0146 0.7947 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380591 1 0.0713 0.6647 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1088782 3 0.0865 0.6758 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1088117 1 0.4289 0.2113 0.612 0.000 0.028 0.000 0.000 0.360
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0935 0.6651 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.3050 0.5438 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR819719 1 0.3312 0.4797 0.792 0.000 0.000 0.028 0.000 0.180
#> SRR1387516 4 0.3854 0.2321 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.1075 0.6721 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1466490 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0458 0.6778 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1479431 1 0.3659 0.3110 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1432890 1 0.1610 0.6499 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.4750 0.3502 0.000 0.000 0.656 0.000 0.244 0.100
#> SRR1068953 6 0.6113 0.9426 0.296 0.000 0.344 0.000 0.000 0.360
#> SRR1079900 1 0.4218 0.2262 0.616 0.000 0.024 0.000 0.000 0.360
#> SRR1091356 1 0.4218 0.2262 0.616 0.000 0.024 0.000 0.000 0.360
#> SRR1384331 1 0.4289 0.2113 0.612 0.000 0.028 0.000 0.000 0.360
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.3244 0.5016 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1389199 1 0.0937 0.6408 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1072821 1 0.1663 0.5994 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.6089 -0.8781 0.364 0.000 0.276 0.000 0.000 0.360
#> SRR1404062 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.2416 0.6145 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1343324 1 0.3244 0.5007 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1092281 1 0.3351 0.4671 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1340862 1 0.4289 0.2113 0.612 0.000 0.028 0.000 0.000 0.360
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 6 0.6113 0.9224 0.344 0.000 0.296 0.000 0.000 0.360
#> SRR1328360 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.4218 0.2262 0.616 0.000 0.024 0.000 0.000 0.360
#> SRR1097618 1 0.0000 0.6682 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.2491 0.6089 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1403089 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.3515 0.3943 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1070884 3 0.3952 0.2032 0.020 0.000 0.672 0.000 0.000 0.308
#> SRR814195 5 0.0458 0.7995 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1436169 1 0.2597 0.5147 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1476255 1 0.1814 0.5884 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0458 0.6666 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.2941 0.5293 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.3499 0.4031 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1345871 3 0.5423 0.2863 0.000 0.000 0.576 0.000 0.240 0.184
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.1088 0.6612 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 6 0.6113 0.9224 0.344 0.000 0.296 0.000 0.000 0.360
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4218 0.579 0.579
#> 3 3 1.000 0.960 0.985 0.5785 0.734 0.549
#> 4 4 0.819 0.823 0.925 0.1025 0.847 0.591
#> 5 5 0.813 0.739 0.851 0.0526 0.900 0.662
#> 6 6 0.971 0.922 0.967 0.0443 0.924 0.696
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1408091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1377537 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1417749 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392615 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1071761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1414209 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468028 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR1413100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387516 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1402772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476255 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1410242 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1437186 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1072700 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1310920 1 0.6252 0.173 0.556 0 0.444
#> SRR1478878 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1399247 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1348248 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1098146 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1341321 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1459889 3 0.6126 0.348 0.400 0 0.600
#> SRR1329726 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1098495 1 0.6140 0.299 0.596 0 0.404
#> SRR1081092 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1076990 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1346838 1 0.3412 0.847 0.876 0 0.124
#> SRR1085450 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1345178 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1466728 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1091548 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1477125 1 0.2959 0.878 0.900 0 0.100
#> SRR1394544 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1074066 1 0.1163 0.955 0.972 0 0.028
#> SRR1098855 3 0.5560 0.578 0.300 0 0.700
#> SRR1377537 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1471690 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1457437 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1453831 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1417749 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1088068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1356725 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1087101 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR815326 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1101981 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1420148 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1309723 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1313449 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1071761 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1329909 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1070549 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR811193 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1415355 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1458465 1 0.2796 0.888 0.908 0 0.092
#> SRR1405289 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1075874 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1399156 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1414209 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1432587 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1383213 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1338705 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1337794 3 0.4605 0.741 0.204 0 0.796
#> SRR1358367 3 0.0747 0.959 0.016 0 0.984
#> SRR1083149 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1092136 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1468028 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1076417 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR810829 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1100632 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1365679 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1388891 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1380591 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1088782 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR819719 3 0.4555 0.746 0.200 0 0.800
#> SRR1387516 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1479431 3 0.6244 0.213 0.440 0 0.560
#> SRR1432890 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1068953 3 0.0237 0.970 0.004 0 0.996
#> SRR1079900 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1072821 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1316553 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1328360 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1403089 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1070884 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR814195 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1436169 3 0.6126 0.348 0.400 0 0.600
#> SRR1476255 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1447416 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.981 1.000 0 0.000
#> SRR1345871 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1070382 3 0.0000 0.973 0.000 0 1.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.4661 0.3575 0.652 0 0.348 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0336 0.8206 0.992 0 0.000 0.008
#> SRR1399247 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0336 0.8206 0.992 0 0.000 0.008
#> SRR1098495 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1081092 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0188 0.8227 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1076990 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1097320 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1400869 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1323404 1 0.4454 0.4756 0.692 0 0.000 0.308
#> SRR1364641 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1345178 3 0.1557 0.8774 0.056 0 0.944 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.4661 0.3575 0.652 0 0.348 0.000
#> SRR1343175 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1455565 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.4972 0.0102 0.544 0 0.456 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1394544 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1377537 3 0.0592 0.9058 0.016 0 0.984 0.000
#> SRR1471690 1 0.0336 0.8213 0.992 0 0.000 0.008
#> SRR1435643 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1453831 3 0.0188 0.9135 0.004 0 0.996 0.000
#> SRR1470665 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1417749 3 0.1474 0.8805 0.052 0 0.948 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.0336 0.8206 0.992 0 0.000 0.008
#> SRR1098122 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1356725 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0188 0.9135 0.004 0 0.996 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1072920 4 0.4992 0.2547 0.476 0 0.000 0.524
#> SRR1312388 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.4222 0.5528 0.728 0 0.000 0.272
#> SRR1096247 1 0.3311 0.6894 0.828 0 0.000 0.172
#> SRR1083408 4 0.4661 0.5649 0.348 0 0.000 0.652
#> SRR1433152 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.4477 0.4432 0.688 0 0.000 0.312
#> SRR1069778 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1081717 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1078090 1 0.4356 0.4904 0.708 0 0.000 0.292
#> SRR1087101 3 0.0188 0.9135 0.004 0 0.996 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1072199 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1101981 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1078759 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1343456 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.4522 0.4584 0.680 0 0.000 0.320
#> SRR1435090 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.4855 0.2334 0.600 0 0.000 0.400
#> SRR1071761 1 0.4661 0.3575 0.652 0 0.348 0.000
#> SRR1368815 4 0.4661 0.5649 0.348 0 0.000 0.652
#> SRR1322512 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR811193 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1415355 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.4817 0.4674 0.388 0 0.612 0.000
#> SRR1396724 1 0.4250 0.5255 0.724 0 0.000 0.276
#> SRR1081235 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1447124 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1480153 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1316231 1 0.3311 0.6894 0.828 0 0.000 0.172
#> SRR1399156 3 0.4008 0.7288 0.244 0 0.756 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1432587 3 0.0336 0.9104 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1338705 1 0.4564 0.4049 0.672 0 0.328 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.3688 0.6322 0.792 0 0.208 0.000
#> SRR1083149 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1337953 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1468028 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1413100 4 0.4643 0.5701 0.344 0 0.000 0.656
#> SRR1379384 1 0.3311 0.6894 0.828 0 0.000 0.172
#> SRR1076417 1 0.4661 0.3575 0.652 0 0.348 0.000
#> SRR810829 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1468804 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1362688 1 0.4103 0.5800 0.744 0 0.000 0.256
#> SRR1100632 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1365679 3 0.3837 0.7551 0.224 0 0.776 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.4661 0.3575 0.652 0 0.348 0.000
#> SRR1088782 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1359760 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1475633 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.3311 0.6894 0.828 0 0.000 0.172
#> SRR819719 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1387516 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1466490 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1315309 3 0.3801 0.7602 0.220 0 0.780 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1432890 4 0.4948 0.3597 0.440 0 0.000 0.560
#> SRR1093390 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.1302 0.7968 0.956 0 0.000 0.044
#> SRR1091356 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.3311 0.6894 0.828 0 0.000 0.172
#> SRR1412928 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1389199 4 0.4661 0.5649 0.348 0 0.000 0.652
#> SRR1072821 3 0.4948 0.2724 0.440 0 0.560 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.4661 0.3575 0.652 0 0.348 0.000
#> SRR1404062 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1093504 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1343324 4 0.4898 0.4228 0.416 0 0.000 0.584
#> SRR1092281 1 0.4898 0.1292 0.584 0 0.000 0.416
#> SRR1340862 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1328360 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1441745 4 0.3688 0.7091 0.208 0 0.000 0.792
#> SRR1404147 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.4406 0.5038 0.700 0 0.000 0.300
#> SRR1098361 4 0.4643 0.5701 0.344 0 0.000 0.656
#> SRR1403089 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.3311 0.6894 0.828 0 0.000 0.172
#> SRR1070884 3 0.4933 0.3540 0.432 0 0.568 0.000
#> SRR814195 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.8245 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1476255 4 0.0000 0.8468 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1347082 4 0.4661 0.5649 0.348 0 0.000 0.652
#> SRR1474440 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1447416 3 0.0000 0.9132 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.0336 0.8206 0.992 0 0.000 0.008
#> SRR1345871 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0336 0.9135 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.4008 0.5735 0.756 0 0.244 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437186 4 0.6669 -0.0443 0.232 0 0.368 0.400 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.4182 0.6060 0.600 0 0.000 0.400 0.000
#> SRR1350997 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.4958 0.5733 0.568 0 0.032 0.400 0.000
#> SRR1478878 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1399247 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1459889 1 0.4808 0.5824 0.576 0 0.024 0.400 0.000
#> SRR1329726 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1098495 1 0.5345 0.5373 0.540 0 0.056 0.404 0.000
#> SRR1081092 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1076990 4 0.4201 0.5551 0.000 0 0.408 0.592 0.000
#> SRR1346838 1 0.4182 0.6060 0.600 0 0.000 0.400 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400869 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323404 1 0.2020 0.6441 0.900 0 0.000 0.000 0.100
#> SRR1364641 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.2424 0.4949 0.000 0 0.132 0.868 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 4 0.6669 -0.0443 0.232 0 0.368 0.400 0.000
#> SRR1343175 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455565 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091548 3 0.6225 0.3509 0.200 0 0.544 0.256 0.000
#> SRR1477125 1 0.3074 0.7246 0.804 0 0.000 0.196 0.000
#> SRR1394544 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.4171 0.6093 0.604 0 0.000 0.396 0.000
#> SRR1098855 1 0.5095 0.5632 0.560 0 0.040 0.400 0.000
#> SRR1377537 4 0.3534 0.3436 0.000 0 0.256 0.744 0.000
#> SRR1471690 1 0.0703 0.6961 0.976 0 0.000 0.024 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1453831 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470665 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102369 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1417749 4 0.3109 0.5068 0.000 0 0.200 0.800 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 1 0.0000 0.6910 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.3109 0.5334 0.800 0 0.000 0.000 0.200
#> SRR1312388 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.2329 0.6230 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1096247 1 0.1478 0.6647 0.936 0 0.000 0.000 0.064
#> SRR1083408 1 0.3366 0.4848 0.768 0 0.000 0.000 0.232
#> SRR1433152 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.2280 0.6262 0.880 0 0.000 0.000 0.120
#> SRR1069778 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.2179 0.6334 0.888 0 0.000 0.000 0.112
#> SRR1087101 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1392615 3 0.1478 0.7617 0.000 0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1078759 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 1 0.2424 0.6152 0.868 0 0.000 0.000 0.132
#> SRR1435090 1 0.4182 0.6060 0.600 0 0.000 0.400 0.000
#> SRR1420148 1 0.4885 0.5776 0.572 0 0.028 0.400 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 1 0.2648 0.5929 0.848 0 0.000 0.000 0.152
#> SRR1071761 3 0.6264 0.1421 0.148 0 0.452 0.400 0.000
#> SRR1368815 1 0.3452 0.4657 0.756 0 0.000 0.000 0.244
#> SRR1322512 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.4182 0.6060 0.600 0 0.000 0.400 0.000
#> SRR1070549 3 0.3143 0.7578 0.000 0 0.796 0.204 0.000
#> SRR811193 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1415355 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329108 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.5354 0.5853 0.128 0 0.664 0.208 0.000
#> SRR1396724 1 0.2127 0.6370 0.892 0 0.000 0.000 0.108
#> SRR1081235 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1447124 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480153 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316231 1 0.1478 0.6647 0.936 0 0.000 0.000 0.064
#> SRR1399156 3 0.3809 0.6846 0.008 0 0.736 0.256 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.3074 0.4336 0.000 0 0.804 0.196 0.000
#> SRR1414209 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1432587 4 0.2891 0.4402 0.000 0 0.176 0.824 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.3143 0.7576 0.000 0 0.796 0.204 0.000
#> SRR1338705 4 0.6757 -0.0764 0.320 0 0.280 0.400 0.000
#> SRR1337794 1 0.4182 0.6060 0.600 0 0.000 0.400 0.000
#> SRR1358367 4 0.0000 0.4310 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083149 5 0.4126 0.5417 0.380 0 0.000 0.000 0.620
#> SRR1337953 5 0.3039 0.7980 0.192 0 0.000 0.000 0.808
#> SRR1478855 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1092136 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1083191 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1468028 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1413100 1 0.3452 0.4657 0.756 0 0.000 0.000 0.244
#> SRR1379384 1 0.4429 0.7247 0.744 0 0.000 0.192 0.064
#> SRR1076417 4 0.6669 -0.0443 0.232 0 0.368 0.400 0.000
#> SRR810829 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1468804 5 0.3039 0.7980 0.192 0 0.000 0.000 0.808
#> SRR1362688 1 0.2020 0.6439 0.900 0 0.000 0.000 0.100
#> SRR1100632 1 0.5394 0.5359 0.540 0 0.060 0.400 0.000
#> SRR1365679 3 0.3563 0.7453 0.012 0 0.780 0.208 0.000
#> SRR1388891 1 0.5394 0.5359 0.540 0 0.060 0.400 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 4 0.6657 -0.0508 0.228 0 0.372 0.400 0.000
#> SRR1088782 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1088117 1 0.4161 0.6122 0.608 0 0.000 0.392 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475633 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.1478 0.6647 0.936 0 0.000 0.000 0.064
#> SRR819719 1 0.4555 0.5218 0.520 0 0.008 0.472 0.000
#> SRR1387516 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1402772 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1466490 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315309 3 0.3177 0.7567 0.000 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1479431 1 0.3366 0.7102 0.768 0 0.000 0.232 0.000
#> SRR1432890 1 0.3210 0.5156 0.788 0 0.000 0.000 0.212
#> SRR1093390 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1079900 1 0.4028 0.7264 0.768 0 0.000 0.192 0.040
#> SRR1091356 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1384331 1 0.4429 0.7247 0.744 0 0.000 0.192 0.064
#> SRR1412928 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.4182 0.6060 0.600 0 0.000 0.400 0.000
#> SRR1389199 1 0.3452 0.4657 0.756 0 0.000 0.000 0.244
#> SRR1072821 4 0.1851 0.3859 0.000 0 0.088 0.912 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 4 0.6669 -0.0443 0.232 0 0.368 0.400 0.000
#> SRR1404062 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093504 5 0.4101 0.5473 0.372 0 0.000 0.000 0.628
#> SRR1343324 1 0.3395 0.4797 0.764 0 0.000 0.000 0.236
#> SRR1092281 1 0.2424 0.6144 0.868 0 0.000 0.000 0.132
#> SRR1340862 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1328360 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1441745 1 0.4227 -0.0182 0.580 0 0.000 0.000 0.420
#> SRR1404147 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1097618 1 0.2179 0.6340 0.888 0 0.000 0.000 0.112
#> SRR1098361 1 0.3452 0.4657 0.756 0 0.000 0.000 0.244
#> SRR1403089 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088878 1 0.4429 0.7247 0.744 0 0.000 0.192 0.064
#> SRR1070884 3 0.5687 0.5272 0.164 0 0.628 0.208 0.000
#> SRR814195 3 0.0880 0.7233 0.000 0 0.968 0.032 0.000
#> SRR1436169 1 0.5394 0.5359 0.540 0 0.060 0.400 0.000
#> SRR1476255 5 0.0000 0.9314 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.3366 0.4848 0.768 0 0.000 0.000 0.232
#> SRR1474440 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.4182 0.5646 0.000 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1430860 1 0.3039 0.7259 0.808 0 0.000 0.192 0.000
#> SRR1345871 3 0.0000 0.7575 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.3003 0.7598 0.000 0 0.812 0.188 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.6146 0.3987 0.468 0 0.132 0.400 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350997 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.3076 0.715 0.760 0 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1088680 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.3390 0.634 0.704 0 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1098495 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081092 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.1387 0.881 0.932 0 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1076990 4 0.2793 0.729 0.000 0 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097320 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400869 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323404 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364641 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345178 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091548 1 0.3309 0.576 0.720 0 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098855 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377537 4 0.1714 0.881 0.000 0 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1471690 1 0.3756 0.293 0.600 0 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1435643 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457437 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470665 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417749 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310253 6 0.3647 0.384 0.360 0 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1098122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072920 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312388 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096247 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083408 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433152 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069778 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087101 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101981 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810689 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 6 0.2883 0.696 0.212 0 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1071761 1 0.2340 0.790 0.852 0 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322512 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473385 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811193 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415355 5 0.1444 0.914 0.000 0 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1329108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.3023 0.725 0.768 0 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1405289 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.3765 0.355 0.404 0 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081235 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480153 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316231 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399156 3 0.1204 0.902 0.056 0 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.2793 0.736 0.000 0 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR1414209 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432587 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083149 6 0.1075 0.890 0.000 0 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1337953 6 0.3409 0.543 0.000 0 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1478855 1 0.2793 0.762 0.800 0 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1092136 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083191 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468028 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413100 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379384 1 0.3810 0.354 0.572 0 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1076417 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468804 6 0.3851 0.163 0.000 0 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR1362688 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365679 3 0.0547 0.945 0.020 0 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120825 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0363 0.907 0.988 0 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088782 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081935 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819719 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387516 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402772 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432890 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093390 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.1387 0.881 0.932 0 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1079900 1 0.3409 0.627 0.700 0 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1091356 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.3804 0.365 0.576 0 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1412928 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072821 4 0.1663 0.886 0.000 0 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093504 6 0.0363 0.923 0.000 0 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1343324 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092281 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340862 1 0.0790 0.900 0.968 0 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1360545 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813234 1 0.1387 0.881 0.932 0 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1328360 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441745 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404147 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1007 0.894 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1097618 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098361 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403089 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088878 6 0.2941 0.659 0.220 0 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1070884 3 0.3851 0.191 0.460 0 0.540 0.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.0790 0.936 0.000 0 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 5 0.0000 0.994 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 6 0.0000 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474440 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447416 4 0.0000 0.973 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.2597 0.788 0.824 0 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1345871 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355997 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359821 3 0.0000 0.963 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.914 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.4047 0.595 0.595
#> 3 3 0.983 0.929 0.974 0.4841 0.790 0.651
#> 4 4 0.714 0.845 0.887 0.0650 0.928 0.835
#> 5 5 0.782 0.748 0.849 0.1833 0.855 0.638
#> 6 6 0.844 0.863 0.914 0.0526 0.865 0.542
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1410242 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1408091 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1350997 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1310920 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1478878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1348248 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1098146 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1098495 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1081092 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1345178 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1069166 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1455565 2 0.6887 0.774 0.184 0.816
#> SRR1091548 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1098855 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1377537 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1471690 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1435643 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1102369 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1417749 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1088068 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1098122 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1356725 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR808542 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1101981 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1392615 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1435090 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1313449 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1071761 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR811193 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1415355 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1329108 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1414209 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1432587 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR814820 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1358367 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1083149 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1092136 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1083191 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1468028 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1413100 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1088782 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1475633 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR819719 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1387516 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1402772 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1072821 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1080672 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1328360 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR1441745 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1403089 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1088878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1436169 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1476255 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1447416 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> SRR1430860 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410242 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408091 1 0.5810 0.4543 0.664 0.000 0.336
#> SRR1437186 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0592 0.9722 0.988 0.000 0.012
#> SRR1082933 1 0.5810 0.4521 0.664 0.000 0.336
#> SRR1350997 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.6295 0.1660 0.472 0.000 0.528
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348248 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459889 3 0.6305 0.1228 0.484 0.000 0.516
#> SRR1329726 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098495 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081092 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.2448 0.8391 0.076 0.000 0.924
#> SRR1346838 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097320 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0424 0.9759 0.992 0.000 0.008
#> SRR1345178 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455565 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091548 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0592 0.9722 0.988 0.000 0.012
#> SRR1074066 3 0.0892 0.8894 0.020 0.000 0.980
#> SRR1098855 3 0.0424 0.8987 0.008 0.000 0.992
#> SRR1377537 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471690 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467680 2 0.1163 0.9622 0.000 0.972 0.028
#> SRR1457437 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0592 0.9722 0.988 0.000 0.012
#> SRR1470665 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102369 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417749 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310253 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 1 0.0592 0.9722 0.988 0.000 0.012
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.6295 0.1660 0.472 0.000 0.528
#> SRR815326 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094555 2 0.2711 0.9010 0.000 0.912 0.088
#> SRR1101981 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392615 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR810689 1 0.4399 0.7462 0.812 0.000 0.188
#> SRR1435090 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313449 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.1529 0.9491 0.000 0.960 0.040
#> SRR1329909 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR811193 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.1163 0.9552 0.972 0.000 0.028
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098588 1 0.6308 -0.0619 0.508 0.000 0.492
#> SRR1458465 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414209 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432587 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358367 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092136 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083191 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468028 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.5138 0.6346 0.748 0.000 0.252
#> SRR1365679 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 3 0.1860 0.8625 0.052 0.000 0.948
#> SRR1400312 2 0.0237 0.9833 0.000 0.996 0.004
#> SRR1120825 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380591 3 0.6295 0.1660 0.472 0.000 0.528
#> SRR1088782 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475633 3 0.3482 0.7724 0.000 0.128 0.872
#> SRR1081935 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR819719 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387516 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402772 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315309 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0592 0.9722 0.988 0.000 0.012
#> SRR1432890 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072821 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR813234 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328360 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403089 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR814195 3 0.6295 0.1660 0.472 0.000 0.528
#> SRR1436169 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476255 3 0.0237 0.9015 0.004 0.000 0.996
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474440 3 0.5178 0.5777 0.000 0.256 0.744
#> SRR1447416 3 0.0000 0.9040 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459761 2 0.3192 0.8735 0.000 0.888 0.112
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.6225 0.2848 0.000 0.568 0.432
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.0336 0.9005 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1410242 4 0.0000 0.9055 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408091 1 0.1890 0.8715 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1437186 1 0.0592 0.8942 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 1 0.2011 0.8977 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1120711 1 0.1936 0.8778 0.940 0.000 0.028 0.032
#> SRR1082933 1 0.4274 0.8675 0.808 0.000 0.148 0.044
#> SRR1350997 1 0.0927 0.8974 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1069714 2 0.3172 0.6945 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.0336 0.9054 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1478878 1 0.2868 0.8894 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1399247 1 0.3312 0.8289 0.876 0.000 0.072 0.052
#> SRR1083262 1 0.2149 0.8967 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0188 0.9051 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0469 0.8962 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1341321 1 0.1867 0.8988 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1459889 1 0.4791 0.8548 0.784 0.000 0.136 0.080
#> SRR1329726 1 0.2149 0.8976 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1098495 4 0.0336 0.9054 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1081092 1 0.0188 0.8949 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084252 2 0.4916 -0.2051 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1446979 1 0.1792 0.9021 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1076990 1 0.5522 0.6666 0.732 0.000 0.120 0.148
#> SRR1346838 1 0.2973 0.8875 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 3 0.5127 0.8201 0.000 0.356 0.632 0.012
#> SRR1097320 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1400869 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1323404 1 0.3837 0.8802 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1364641 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1476760 2 0.0188 0.9026 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330609 1 0.0188 0.8949 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465064 1 0.1256 0.8861 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1345178 4 0.0000 0.9055 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 1 0.0592 0.8942 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1343175 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1455565 4 0.3764 0.7339 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1091548 1 0.2081 0.8971 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1477125 1 0.2081 0.8971 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1394544 1 0.1837 0.8799 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR1074066 4 0.6135 0.3357 0.324 0.000 0.068 0.608
#> SRR1098855 4 0.6845 -0.1932 0.448 0.000 0.100 0.452
#> SRR1377537 4 0.0336 0.9054 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1471690 4 0.0336 0.9054 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1435643 2 0.0188 0.9026 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1467680 3 0.4983 0.8405 0.000 0.272 0.704 0.024
#> SRR1457437 1 0.2081 0.8971 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1453831 1 0.1936 0.8778 0.940 0.000 0.028 0.032
#> SRR1470665 1 0.4008 0.8768 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1102369 4 0.0336 0.9054 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1417749 4 0.0000 0.9055 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088068 2 0.4382 0.3727 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1310253 4 0.1151 0.8903 0.008 0.000 0.024 0.968
#> SRR1098122 2 0.0336 0.9005 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1356725 4 0.0921 0.8932 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR808542 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 1 0.1837 0.8799 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR1440179 3 0.4925 0.6819 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1072920 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1312388 2 0.0188 0.9026 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1092184 3 0.4677 0.8366 0.000 0.316 0.680 0.004
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815970 1 0.0592 0.8927 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR812152 2 0.0188 0.9026 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1073459 1 0.3311 0.8890 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1096247 1 0.3024 0.8863 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1083408 1 0.3907 0.8787 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1069778 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1081717 1 0.0469 0.8936 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1078090 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1087101 1 0.3464 0.8213 0.868 0.000 0.076 0.056
#> SRR815326 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.4072 0.8722 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1094555 3 0.5500 0.8210 0.000 0.224 0.708 0.068
#> SRR1101981 4 0.0000 0.9055 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392615 1 0.0188 0.8968 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1078759 1 0.0336 0.8974 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1105513 2 0.4164 0.4667 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR810689 1 0.3907 0.8778 0.828 0.000 0.140 0.032
#> SRR1435090 1 0.2149 0.8975 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1420148 1 0.1211 0.8992 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 4 0.0336 0.9054 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1071761 1 0.0592 0.8942 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1368815 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1322512 2 0.4406 0.3594 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1473385 1 0.0592 0.8927 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1076268 3 0.5028 0.7484 0.000 0.400 0.596 0.004
#> SRR1329909 1 0.0000 0.8959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.2081 0.8971 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR811193 4 0.0000 0.9055 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.3863 0.8788 0.828 0.000 0.144 0.028
#> SRR1329108 2 0.0336 0.9005 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1098588 1 0.1902 0.8671 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1458465 1 0.2011 0.8977 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 1 0.2081 0.8971 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1396724 1 0.2647 0.8985 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1081235 3 0.5007 0.8190 0.000 0.356 0.636 0.008
#> SRR1319078 2 0.0336 0.9005 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR814268 1 0.0336 0.8954 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1447124 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1480153 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1316231 1 0.2814 0.8919 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1399156 1 0.0188 0.8949 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102272 2 0.0188 0.9026 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388190 1 0.0779 0.8917 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1414209 4 0.2814 0.8153 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR1432587 4 0.0188 0.9051 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR814820 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.0707 0.8933 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1338705 1 0.2149 0.8975 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1337794 1 0.2868 0.8891 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1358367 4 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1083149 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1337953 1 0.3074 0.8858 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1478855 1 0.2149 0.8976 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1092136 4 0.0000 0.9055 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083191 4 0.1940 0.8634 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1468028 4 0.0592 0.9010 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1413100 1 0.3907 0.8787 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1379384 1 0.2408 0.8970 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1076417 1 0.0188 0.8963 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810829 1 0.0469 0.8936 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1468804 1 0.4008 0.8742 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1362688 1 0.3024 0.8879 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1100632 1 0.4100 0.8719 0.816 0.000 0.148 0.036
#> SRR1365679 1 0.0336 0.8954 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1388891 1 0.6159 0.7442 0.672 0.000 0.132 0.196
#> SRR1400312 3 0.5289 0.8299 0.000 0.344 0.636 0.020
#> SRR1120825 1 0.0779 0.8917 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1380591 1 0.4514 0.8592 0.800 0.000 0.136 0.064
#> SRR1088782 1 0.0336 0.8945 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1088117 1 0.2149 0.8975 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1475633 4 0.5673 0.2685 0.000 0.024 0.448 0.528
#> SRR1081935 1 0.2081 0.8971 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1383984 2 0.0188 0.9026 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1100776 1 0.2921 0.8888 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR819719 4 0.0336 0.9054 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1387516 4 0.0921 0.8932 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1402772 1 0.0336 0.8954 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466490 1 0.4008 0.8750 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1315309 1 0.2011 0.8977 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1479431 1 0.3205 0.8926 0.872 0.000 0.104 0.024
#> SRR1432890 1 0.2973 0.8873 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 1 0.2011 0.8977 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1068953 1 0.0336 0.8972 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1079900 1 0.2408 0.8970 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1091356 1 0.2704 0.9063 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1384331 1 0.2216 0.8961 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1412928 2 0.4877 -0.1281 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR1089737 1 0.3024 0.8863 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1389199 1 0.2868 0.8888 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1072821 4 0.0469 0.9046 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.0592 0.8942 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1404062 1 0.4040 0.8723 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1093504 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1343324 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1092281 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1340862 1 0.2081 0.8971 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1360545 2 0.1716 0.8428 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR813234 1 0.2081 0.8971 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1328360 4 0.1022 0.8924 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1441745 1 0.3024 0.8863 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.2921 0.8998 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1097618 1 0.3351 0.8842 0.844 0.000 0.148 0.008
#> SRR1098361 1 0.3907 0.8787 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1403089 4 0.2921 0.8076 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1088878 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1070884 1 0.2081 0.8978 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR814195 1 0.3239 0.8327 0.880 0.000 0.068 0.052
#> SRR1436169 4 0.0336 0.9054 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1476255 4 0.1624 0.8723 0.028 0.000 0.020 0.952
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.3873 0.8794 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1474440 3 0.5770 0.7459 0.000 0.148 0.712 0.140
#> SRR1447416 4 0.1022 0.8932 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1430860 1 0.2760 0.8922 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1345871 1 0.0657 0.8949 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1446996 2 0.4304 0.4102 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR1459761 3 0.5343 0.8316 0.000 0.240 0.708 0.052
#> SRR1355997 2 0.4843 -0.0736 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR1359821 1 0.0188 0.8949 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.2216 0.8046 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1070382 1 0.0469 0.8936 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1474396 3 0.5763 0.7558 0.000 0.156 0.712 0.132
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.0404 0.91678 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1410242 4 0.0000 0.96175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1437186 3 0.0703 0.70573 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1072700 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1120711 3 0.4152 0.77244 0.012 0.000 0.692 0.000 0.296
#> SRR1082933 3 0.4437 -0.51110 0.464 0.000 0.532 0.004 0.000
#> SRR1350997 3 0.4086 0.77716 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1069714 2 0.0404 0.91556 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1487867 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.1043 0.95216 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1478878 3 0.4291 -0.48891 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1399247 3 0.4152 0.77003 0.000 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR1083262 3 0.0671 0.68892 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1088680 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0162 0.96147 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098146 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0794 0.90298 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1341321 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1459889 3 0.4430 -0.20915 0.360 0.000 0.628 0.012 0.000
#> SRR1329726 3 0.0794 0.68404 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1098495 4 0.1043 0.95216 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1081092 3 0.3707 0.77884 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1084252 2 0.4268 -0.27238 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1446979 3 0.1043 0.67471 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1076990 3 0.5064 0.73334 0.000 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR1346838 3 0.2516 0.51098 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 5 0.4894 0.79466 0.000 0.352 0.000 0.036 0.612
#> SRR1097320 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1400869 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1323404 1 0.4171 0.74989 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1476760 2 0.0162 0.92172 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330609 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1465064 3 0.3752 0.77766 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1345178 4 0.0000 0.96175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.2690 0.75417 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1343175 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1455565 4 0.2020 0.90815 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1091548 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1477125 3 0.0693 0.69409 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1394544 3 0.4152 0.77244 0.012 0.000 0.692 0.000 0.296
#> SRR1074066 4 0.1862 0.91203 0.048 0.000 0.016 0.932 0.004
#> SRR1098855 4 0.1970 0.90107 0.060 0.000 0.012 0.924 0.004
#> SRR1377537 4 0.0000 0.96175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471690 4 0.1043 0.95216 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 5 0.5149 0.84219 0.000 0.216 0.000 0.104 0.680
#> SRR1457437 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1453831 3 0.4152 0.77244 0.012 0.000 0.692 0.000 0.296
#> SRR1470665 1 0.1197 0.75140 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1102369 4 0.1043 0.95216 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1417749 4 0.0000 0.96175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.3612 0.48199 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1310253 4 0.1704 0.92741 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000
#> SRR1098122 2 0.0404 0.91678 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356725 4 0.0404 0.96032 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR808542 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.4152 0.77244 0.012 0.000 0.692 0.000 0.296
#> SRR1440179 5 0.4242 0.65895 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1072920 1 0.4138 0.76651 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0404 0.91678 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1092184 5 0.4030 0.78373 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1325690 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR812152 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.4262 0.67705 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.4114 0.77787 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.4074 0.78199 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.4101 0.77683 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1081717 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1078090 1 0.4249 0.69239 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1087101 3 0.4152 0.77003 0.000 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR815326 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1094555 5 0.5222 0.83483 0.000 0.196 0.000 0.124 0.680
#> SRR1101981 4 0.0000 0.96175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.3707 0.77884 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1078759 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1083360 2 0.0162 0.92172 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343456 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.2230 0.79325 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR810689 1 0.3421 0.79292 0.788 0.000 0.204 0.008 0.000
#> SRR1435090 3 0.0880 0.67404 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1420148 3 0.0290 0.68708 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0162 0.92172 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313449 4 0.1043 0.95216 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1071761 3 0.1908 0.73306 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1368815 1 0.4101 0.77104 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.3684 0.44823 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1473385 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1076268 5 0.4114 0.75777 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1329909 3 0.0290 0.68708 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1070549 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR811193 4 0.0000 0.96175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.3543 0.69658 0.828 0.000 0.060 0.112 0.000
#> SRR1329108 2 0.0290 0.91923 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098588 3 0.3884 0.77847 0.000 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR1458465 3 0.4063 0.77914 0.012 0.000 0.708 0.000 0.280
#> SRR1405289 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1396724 3 0.3143 0.40224 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1081235 5 0.4457 0.77482 0.000 0.368 0.000 0.012 0.620
#> SRR1319078 2 0.0290 0.91957 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR814268 3 0.4086 0.77716 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1447124 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0794 0.74760 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1316231 3 0.4210 -0.31671 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1399156 3 0.0880 0.70795 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1102272 2 0.0162 0.92172 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388190 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1414209 4 0.0794 0.95615 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1432587 4 0.0000 0.96175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1338705 3 0.3863 0.77576 0.012 0.000 0.740 0.000 0.248
#> SRR1337794 3 0.2852 0.44504 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1358367 4 0.0000 0.96175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.4074 0.78199 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.3143 0.79473 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1478855 3 0.0880 0.68115 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1092136 4 0.0000 0.96175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083191 4 0.0609 0.95845 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1468028 4 0.0794 0.95615 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1413100 1 0.4045 0.78316 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1379384 3 0.1478 0.64931 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1076417 3 0.1041 0.70946 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR810829 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1468804 1 0.0963 0.75156 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.4249 0.69226 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1100632 3 0.3990 0.00589 0.308 0.000 0.688 0.004 0.000
#> SRR1365679 3 0.3861 0.77888 0.004 0.000 0.712 0.000 0.284
#> SRR1388891 3 0.4796 0.45719 0.152 0.000 0.728 0.120 0.000
#> SRR1400312 5 0.5335 0.83838 0.000 0.260 0.000 0.096 0.644
#> SRR1120825 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1380591 3 0.4069 0.55761 0.112 0.000 0.792 0.096 0.000
#> SRR1088782 3 0.3707 0.77884 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1088117 3 0.0794 0.67698 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1475633 4 0.4446 0.21651 0.000 0.004 0.000 0.520 0.476
#> SRR1081935 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1383984 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 3 0.4306 -0.53993 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR819719 4 0.0290 0.96099 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1387516 4 0.0404 0.96032 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1402772 3 0.4086 0.77716 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1466490 1 0.0880 0.74111 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1315309 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1479431 3 0.2233 0.58446 0.104 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1432890 1 0.4060 0.77958 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.4086 0.77886 0.012 0.000 0.704 0.000 0.284
#> SRR1068953 3 0.3318 0.75924 0.012 0.000 0.808 0.000 0.180
#> SRR1079900 3 0.0963 0.66973 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1091356 3 0.1544 0.63466 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1384331 3 0.0880 0.67349 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.4138 0.02167 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1089737 3 0.4182 -0.32627 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.3480 0.80108 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1072821 4 0.0290 0.96099 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 3 0.0162 0.68985 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0703 0.74519 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.4045 0.78498 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.4171 0.74587 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.4201 0.73491 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1340862 3 0.1043 0.66564 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.2230 0.79468 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR813234 3 0.0510 0.68602 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.0794 0.95551 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1441745 1 0.3143 0.79473 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 3 0.1608 0.62937 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.3366 0.79387 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> SRR1098361 1 0.4060 0.78278 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1403089 4 0.0794 0.95615 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1088878 1 0.4249 0.70685 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1070884 3 0.4360 0.77562 0.024 0.000 0.692 0.000 0.284
#> SRR814195 3 0.4152 0.77003 0.000 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR1436169 4 0.0290 0.96099 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1476255 4 0.1792 0.91574 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.4074 0.78199 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1474440 5 0.5079 0.80658 0.000 0.164 0.000 0.136 0.700
#> SRR1447416 4 0.0290 0.96117 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1430860 3 0.3561 0.22582 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1345871 3 0.4003 0.77744 0.008 0.000 0.704 0.000 0.288
#> SRR1446996 2 0.3480 0.53606 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1459761 5 0.5210 0.83745 0.000 0.200 0.000 0.120 0.680
#> SRR1355997 2 0.3586 0.48796 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1359821 3 0.3730 0.77865 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1498249 2 0.0000 0.92329 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.1410 0.86784 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1070382 3 0.0162 0.68985 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1474396 5 0.5102 0.81960 0.000 0.176 0.000 0.128 0.696
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410242 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408091 3 0.0508 0.9447 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1437186 1 0.4128 0.1487 0.500 0.000 0.492 0.000 0.004 0.004
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1120711 3 0.1257 0.9165 0.000 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR1082933 1 0.3171 0.8410 0.856 0.000 0.060 0.000 0.044 0.040
#> SRR1350997 3 0.0622 0.9454 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310920 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.3135 0.8509 0.856 0.000 0.068 0.000 0.028 0.048
#> SRR1399247 3 0.2282 0.8918 0.012 0.000 0.900 0.000 0.068 0.020
#> SRR1083262 1 0.2631 0.8241 0.856 0.000 0.128 0.000 0.004 0.012
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348248 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341321 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1459889 1 0.3150 0.8482 0.856 0.000 0.068 0.000 0.036 0.040
#> SRR1329726 1 0.2653 0.8248 0.844 0.000 0.144 0.000 0.000 0.012
#> SRR1098495 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081092 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084252 6 0.3828 0.3497 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1446979 1 0.2402 0.8441 0.868 0.000 0.120 0.000 0.000 0.012
#> SRR1076990 3 0.2928 0.8312 0.000 0.000 0.856 0.084 0.056 0.004
#> SRR1346838 1 0.1349 0.8696 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366473 6 0.3312 0.8186 0.000 0.180 0.000 0.028 0.000 0.792
#> SRR1097320 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1400869 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1323404 1 0.0405 0.8612 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364641 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330609 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465064 3 0.1401 0.9198 0.004 0.000 0.948 0.000 0.020 0.028
#> SRR1345178 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.1753 0.8911 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343175 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1455565 4 0.2378 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1091548 3 0.0820 0.9436 0.016 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012
#> SRR1477125 1 0.3219 0.7706 0.792 0.000 0.192 0.000 0.004 0.012
#> SRR1394544 3 0.1257 0.9165 0.000 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR1074066 4 0.3181 0.8308 0.040 0.000 0.024 0.868 0.028 0.040
#> SRR1098855 4 0.3273 0.8088 0.080 0.000 0.012 0.852 0.016 0.040
#> SRR1377537 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471690 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467680 6 0.2744 0.8190 0.000 0.072 0.000 0.064 0.000 0.864
#> SRR1457437 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1453831 3 0.1257 0.9165 0.000 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR1470665 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1102369 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417749 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.3684 0.2948 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1310253 4 0.1750 0.8945 0.040 0.000 0.016 0.932 0.000 0.012
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.1257 0.9165 0.000 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR1440179 6 0.3288 0.7167 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1072920 1 0.0260 0.8537 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092184 6 0.2697 0.8107 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073459 1 0.1882 0.8648 0.928 0.000 0.028 0.000 0.024 0.020
#> SRR1096247 1 0.2945 0.8296 0.868 0.000 0.028 0.000 0.064 0.040
#> SRR1083408 1 0.0865 0.8498 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.0363 0.8512 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1069778 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1081717 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0820 0.8614 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1087101 3 0.2282 0.8918 0.012 0.000 0.900 0.000 0.068 0.020
#> SRR815326 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1094555 6 0.2745 0.8162 0.000 0.068 0.000 0.068 0.000 0.864
#> SRR1101981 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392615 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1078759 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1105513 2 0.0363 0.9359 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR810689 1 0.4420 0.6687 0.728 0.000 0.032 0.000 0.200 0.040
#> SRR1435090 1 0.2613 0.8337 0.848 0.000 0.140 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420148 1 0.2730 0.8270 0.836 0.000 0.152 0.000 0.000 0.012
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313449 4 0.0146 0.9500 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1071761 3 0.2805 0.7646 0.184 0.000 0.812 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368815 1 0.0603 0.8639 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322512 2 0.3647 0.3324 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1473385 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076268 6 0.3050 0.7696 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1329909 1 0.2841 0.8164 0.824 0.000 0.164 0.000 0.000 0.012
#> SRR1070549 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR811193 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415355 4 0.7197 -0.0510 0.304 0.000 0.032 0.420 0.204 0.040
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098588 3 0.0508 0.9447 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458465 3 0.1588 0.8988 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075874 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1396724 1 0.1297 0.8628 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081235 6 0.2882 0.8162 0.000 0.180 0.000 0.008 0.000 0.812
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814268 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447124 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1480153 5 0.2178 0.9946 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1316231 1 0.2283 0.8681 0.904 0.000 0.056 0.000 0.020 0.020
#> SRR1399156 3 0.3868 -0.1667 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388190 3 0.0508 0.9447 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1414209 4 0.1296 0.9304 0.000 0.000 0.004 0.952 0.032 0.012
#> SRR1432587 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814820 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338705 3 0.2048 0.8463 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.1728 0.8690 0.924 0.000 0.064 0.000 0.004 0.008
#> SRR1358367 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083149 1 0.0632 0.8497 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1337953 1 0.4448 0.6622 0.724 0.000 0.032 0.000 0.204 0.040
#> SRR1478855 1 0.2489 0.8277 0.860 0.000 0.128 0.000 0.000 0.012
#> SRR1092136 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083191 4 0.1194 0.9327 0.000 0.000 0.004 0.956 0.032 0.008
#> SRR1468028 4 0.0405 0.9473 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1413100 1 0.1807 0.8341 0.920 0.000 0.000 0.000 0.060 0.020
#> SRR1379384 1 0.1367 0.8623 0.944 0.000 0.044 0.000 0.000 0.012
#> SRR1076417 1 0.3774 0.4594 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000
#> SRR810829 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468804 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1362688 1 0.2112 0.8642 0.916 0.000 0.036 0.000 0.028 0.020
#> SRR1100632 1 0.3034 0.8452 0.864 0.000 0.060 0.000 0.036 0.040
#> SRR1365679 3 0.0547 0.9429 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.5494 0.6385 0.668 0.000 0.072 0.200 0.016 0.044
#> SRR1400312 6 0.2923 0.8242 0.000 0.100 0.000 0.052 0.000 0.848
#> SRR1120825 3 0.0508 0.9447 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1380591 1 0.3781 0.8333 0.832 0.000 0.064 0.028 0.036 0.040
#> SRR1088782 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.2455 0.8349 0.872 0.000 0.112 0.000 0.004 0.012
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1475633 6 0.3838 0.0718 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1081935 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.2183 0.8656 0.912 0.000 0.040 0.000 0.028 0.020
#> SRR819719 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387516 4 0.0260 0.9487 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1402772 3 0.0508 0.9455 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466490 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1315309 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1479431 1 0.2972 0.8540 0.852 0.000 0.108 0.000 0.016 0.024
#> SRR1432890 1 0.2342 0.8484 0.904 0.000 0.024 0.000 0.040 0.032
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473016 3 0.0725 0.9451 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1068953 3 0.3351 0.5463 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.2218 0.8406 0.884 0.000 0.104 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091356 1 0.1500 0.8656 0.936 0.000 0.052 0.000 0.000 0.012
#> SRR1384331 1 0.2402 0.8306 0.868 0.000 0.120 0.000 0.000 0.012
#> SRR1412928 2 0.3838 0.0041 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1089737 1 0.2507 0.8585 0.892 0.000 0.056 0.000 0.016 0.036
#> SRR1389199 1 0.3320 0.8058 0.840 0.000 0.028 0.000 0.092 0.040
#> SRR1072821 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316553 1 0.2933 0.7926 0.796 0.000 0.200 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404062 5 0.2135 0.9996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1093504 1 0.2039 0.8237 0.904 0.000 0.000 0.000 0.076 0.020
#> SRR1343324 1 0.0363 0.8618 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0725 0.8607 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1340862 1 0.2110 0.8498 0.900 0.000 0.084 0.000 0.004 0.012
#> SRR1360545 2 0.1663 0.8526 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR813234 1 0.2631 0.8241 0.856 0.000 0.128 0.000 0.004 0.012
#> SRR1328360 4 0.1204 0.9208 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1441745 1 0.4448 0.6622 0.724 0.000 0.032 0.000 0.204 0.040
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445468 1 0.1370 0.8629 0.948 0.000 0.036 0.000 0.004 0.012
#> SRR1097618 1 0.4420 0.6687 0.728 0.000 0.032 0.000 0.200 0.040
#> SRR1098361 1 0.1219 0.8429 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1403089 4 0.1642 0.9200 0.000 0.000 0.004 0.936 0.032 0.028
#> SRR1088878 1 0.0291 0.8585 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070884 3 0.0603 0.9448 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR814195 3 0.2282 0.8918 0.012 0.000 0.900 0.000 0.068 0.020
#> SRR1436169 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476255 4 0.0993 0.9287 0.012 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 1 0.0858 0.8491 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1474440 6 0.2740 0.8084 0.000 0.060 0.000 0.076 0.000 0.864
#> SRR1447416 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430860 1 0.2542 0.8642 0.884 0.000 0.080 0.000 0.016 0.020
#> SRR1345871 3 0.1168 0.9195 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1446996 2 0.2730 0.7037 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1459761 6 0.2744 0.8190 0.000 0.072 0.000 0.064 0.000 0.864
#> SRR1355997 2 0.3592 0.3772 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1359821 3 0.0363 0.9454 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0260 0.9397 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1070382 1 0.2980 0.8053 0.808 0.000 0.180 0.000 0.000 0.012
#> SRR1474396 6 0.2740 0.8084 0.000 0.060 0.000 0.076 0.000 0.864
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17514 rows and 204 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.882 0.927 0.969 0.4888 0.511 0.511
#> 3 3 0.667 0.803 0.883 0.2854 0.805 0.640
#> 4 4 0.671 0.744 0.857 0.0912 0.878 0.705
#> 5 5 0.644 0.642 0.778 0.0693 0.874 0.666
#> 6 6 0.731 0.712 0.847 0.0758 0.869 0.593
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1453591 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1410242 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1408091 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1437186 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1082957 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1120711 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1082933 1 0.0672 0.9624 0.992 0.008
#> SRR1350997 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1069714 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1310920 2 0.9909 0.1924 0.444 0.556
#> SRR1478878 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1399247 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1083262 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1088680 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1348248 2 0.0672 0.9589 0.008 0.992
#> SRR1098146 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1443755 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1341321 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1459889 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1329726 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1098495 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1081092 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1084252 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1446979 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1076990 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1346838 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1085450 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1366473 2 0.2603 0.9284 0.044 0.956
#> SRR1097320 1 0.7219 0.7557 0.800 0.200
#> SRR1400869 1 0.7219 0.7557 0.800 0.200
#> SRR1323404 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1364641 1 0.7219 0.7557 0.800 0.200
#> SRR1476760 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1330609 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1465064 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1345178 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1466728 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1343175 1 0.5408 0.8482 0.876 0.124
#> SRR1455565 2 0.1414 0.9493 0.020 0.980
#> SRR1091548 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1477125 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1394544 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1074066 1 0.9686 0.3661 0.604 0.396
#> SRR1098855 2 0.9983 0.0599 0.476 0.524
#> SRR1377537 2 0.0672 0.9589 0.008 0.992
#> SRR1471690 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1435643 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1467680 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1457437 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1453831 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1470665 1 0.7219 0.7557 0.800 0.200
#> SRR1102369 2 0.0376 0.9618 0.004 0.996
#> SRR1417749 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1088068 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1310253 1 0.2603 0.9304 0.956 0.044
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1356725 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1458789 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1440179 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1072920 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1312388 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1092184 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR815970 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR812152 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1073459 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1096247 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1083408 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1433152 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1370363 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1069778 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1081717 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1078090 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1087101 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1072199 1 0.7376 0.7446 0.792 0.208
#> SRR1094555 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1101981 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1392615 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1078759 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1343456 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1105513 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR810689 1 0.9635 0.3935 0.612 0.388
#> SRR1435090 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1420148 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1309723 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1313449 2 0.7528 0.7146 0.216 0.784
#> SRR1071761 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1368815 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1322512 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1473385 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1329909 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1070549 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR811193 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1415355 1 0.9710 0.3613 0.600 0.400
#> SRR1329108 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1098588 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1458465 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1405289 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1075874 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1396724 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1081235 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1319078 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR814268 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1447124 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1480153 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1316231 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1399156 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1102272 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1388190 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1414209 2 0.7219 0.7501 0.200 0.800
#> SRR1432587 2 0.0672 0.9592 0.008 0.992
#> SRR814820 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1383213 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1338705 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1337794 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1358367 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1083149 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1337953 1 0.7219 0.7557 0.800 0.200
#> SRR1478855 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1092136 2 0.6531 0.7928 0.168 0.832
#> SRR1083191 2 0.7815 0.7069 0.232 0.768
#> SRR1468028 2 0.2778 0.9247 0.048 0.952
#> SRR1413100 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1379384 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1076417 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR810829 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1468804 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1362688 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1100632 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1365679 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1388891 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1400312 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1120825 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1380591 1 0.2603 0.9296 0.956 0.044
#> SRR1088782 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1088117 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1359760 1 0.7056 0.7660 0.808 0.192
#> SRR1475633 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1081935 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1383984 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1100776 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR819719 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1387516 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1402772 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1466490 1 0.8661 0.6138 0.712 0.288
#> SRR1315309 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1479431 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1432890 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1093390 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1473016 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1068953 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1079900 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1091356 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1384331 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1412928 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1089737 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1389199 1 0.0672 0.9625 0.992 0.008
#> SRR1072821 2 0.9358 0.4703 0.352 0.648
#> SRR1080672 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1316553 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1404062 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1093504 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1343324 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1092281 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1340862 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1360545 2 0.0376 0.9618 0.004 0.996
#> SRR813234 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1328360 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1441745 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1404147 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1445468 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1097618 1 0.9552 0.4242 0.624 0.376
#> SRR1098361 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1403089 2 0.7219 0.7501 0.200 0.800
#> SRR1088878 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1070884 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR814195 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1436169 2 0.8608 0.5947 0.284 0.716
#> SRR1476255 2 0.4690 0.8694 0.100 0.900
#> SRR1312906 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1347082 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1474440 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1447416 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1430860 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1345871 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1446996 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1459761 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1355997 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1359821 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1498249 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1381306 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
#> SRR1070382 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000
#> SRR1474396 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1453591 2 0.2959 0.882 0.100 0.900 0.000
#> SRR1410242 2 0.5070 0.643 0.004 0.772 0.224
#> SRR1408091 3 0.2537 0.834 0.080 0.000 0.920
#> SRR1437186 3 0.2448 0.838 0.076 0.000 0.924
#> SRR1072700 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.1529 0.925 0.040 0.960 0.000
#> SRR1082957 3 0.0747 0.854 0.016 0.000 0.984
#> SRR1120711 3 0.3192 0.815 0.112 0.000 0.888
#> SRR1082933 3 0.7392 -0.279 0.468 0.032 0.500
#> SRR1350997 3 0.1289 0.851 0.032 0.000 0.968
#> SRR1069714 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1487867 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310920 3 0.7308 0.555 0.296 0.056 0.648
#> SRR1478878 3 0.5254 0.674 0.264 0.000 0.736
#> SRR1399247 3 0.2448 0.838 0.076 0.000 0.924
#> SRR1083262 3 0.2878 0.822 0.096 0.000 0.904
#> SRR1088680 2 0.1411 0.927 0.036 0.964 0.000
#> SRR1348248 2 0.6710 0.706 0.196 0.732 0.072
#> SRR1098146 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443755 2 0.4677 0.834 0.132 0.840 0.028
#> SRR1341321 3 0.2066 0.844 0.060 0.000 0.940
#> SRR1459889 3 0.2711 0.839 0.088 0.000 0.912
#> SRR1329726 3 0.2066 0.846 0.060 0.000 0.940
#> SRR1098495 2 0.4235 0.812 0.176 0.824 0.000
#> SRR1081092 3 0.0000 0.856 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084252 2 0.0237 0.940 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446979 3 0.3412 0.809 0.124 0.000 0.876
#> SRR1076990 3 0.0592 0.856 0.012 0.000 0.988
#> SRR1346838 3 0.3038 0.816 0.104 0.000 0.896
#> SRR1085450 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366473 2 0.8111 0.471 0.112 0.624 0.264
#> SRR1097320 1 0.6576 0.740 0.740 0.192 0.068
#> SRR1400869 1 0.1774 0.726 0.960 0.024 0.016
#> SRR1323404 3 0.4291 0.747 0.180 0.000 0.820
#> SRR1364641 1 0.3572 0.752 0.900 0.040 0.060
#> SRR1476760 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> SRR1330609 3 0.1753 0.847 0.048 0.000 0.952
#> SRR1465064 3 0.1411 0.850 0.036 0.000 0.964
#> SRR1345178 2 0.4121 0.820 0.168 0.832 0.000
#> SRR1069166 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.2878 0.823 0.096 0.000 0.904
#> SRR1343175 1 0.4189 0.761 0.876 0.056 0.068
#> SRR1455565 2 0.1950 0.907 0.008 0.952 0.040
#> SRR1091548 3 0.1289 0.857 0.032 0.000 0.968
#> SRR1477125 3 0.1860 0.848 0.052 0.000 0.948
#> SRR1394544 3 0.2448 0.836 0.076 0.000 0.924
#> SRR1074066 1 0.9364 0.523 0.484 0.332 0.184
#> SRR1098855 3 0.6888 0.235 0.016 0.432 0.552
#> SRR1377537 2 0.8948 0.419 0.224 0.568 0.208
#> SRR1471690 2 0.4399 0.800 0.188 0.812 0.000
#> SRR1435643 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1467680 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457437 3 0.1163 0.855 0.028 0.000 0.972
#> SRR1453831 3 0.4974 0.703 0.236 0.000 0.764
#> SRR1470665 1 0.6402 0.727 0.744 0.200 0.056
#> SRR1102369 2 0.4235 0.812 0.176 0.824 0.000
#> SRR1417749 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1088068 2 0.4002 0.828 0.160 0.840 0.000
#> SRR1310253 3 0.5785 0.624 0.300 0.004 0.696
#> SRR1098122 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356725 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR808542 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458789 3 0.2796 0.828 0.092 0.000 0.908
#> SRR1440179 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1072920 1 0.5591 0.740 0.696 0.000 0.304
#> SRR1312388 2 0.0592 0.938 0.012 0.988 0.000
#> SRR1092184 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1325690 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR815970 3 0.0747 0.857 0.016 0.000 0.984
#> SRR812152 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> SRR1073459 3 0.6302 0.114 0.480 0.000 0.520
#> SRR1096247 1 0.5690 0.749 0.708 0.004 0.288
#> SRR1083408 1 0.5016 0.762 0.760 0.000 0.240
#> SRR1433152 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.5926 0.674 0.644 0.000 0.356
#> SRR1069778 1 0.5138 0.764 0.748 0.000 0.252
#> SRR1081717 3 0.0747 0.856 0.016 0.000 0.984
#> SRR1078090 3 0.5948 0.294 0.360 0.000 0.640
#> SRR1087101 3 0.2878 0.823 0.096 0.000 0.904
#> SRR815326 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072199 1 0.5986 0.678 0.736 0.240 0.024
#> SRR1094555 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1101981 2 0.1753 0.920 0.048 0.952 0.000
#> SRR1392615 3 0.0747 0.856 0.016 0.000 0.984
#> SRR1078759 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1083360 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343456 1 0.4654 0.766 0.792 0.000 0.208
#> SRR1105513 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR810689 1 0.6373 0.647 0.704 0.268 0.028
#> SRR1435090 3 0.3116 0.813 0.108 0.000 0.892
#> SRR1420148 3 0.1411 0.853 0.036 0.000 0.964
#> SRR1309723 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1313449 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1071761 3 0.1860 0.848 0.052 0.000 0.948
#> SRR1368815 1 0.6095 0.529 0.608 0.000 0.392
#> SRR1322512 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1473385 3 0.1163 0.855 0.028 0.000 0.972
#> SRR1076268 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1329909 3 0.1289 0.855 0.032 0.000 0.968
#> SRR1070549 3 0.1643 0.851 0.044 0.000 0.956
#> SRR811193 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.5905 0.480 0.648 0.352 0.000
#> SRR1329108 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1098588 3 0.1529 0.849 0.040 0.000 0.960
#> SRR1458465 3 0.0892 0.857 0.020 0.000 0.980
#> SRR1405289 2 0.2866 0.897 0.076 0.916 0.008
#> SRR1075874 3 0.1411 0.853 0.036 0.000 0.964
#> SRR1396724 3 0.2878 0.848 0.096 0.000 0.904
#> SRR1081235 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1319078 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR814268 3 0.2261 0.839 0.068 0.000 0.932
#> SRR1447124 1 0.2796 0.753 0.908 0.000 0.092
#> SRR1480153 1 0.4002 0.766 0.840 0.000 0.160
#> SRR1316231 3 0.5327 0.665 0.272 0.000 0.728
#> SRR1399156 3 0.2796 0.828 0.092 0.000 0.908
#> SRR1102272 2 0.2356 0.904 0.072 0.928 0.000
#> SRR1388190 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1414209 3 0.2879 0.828 0.052 0.024 0.924
#> SRR1432587 2 0.2486 0.885 0.008 0.932 0.060
#> SRR814820 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383213 3 0.1529 0.853 0.040 0.000 0.960
#> SRR1338705 3 0.2711 0.827 0.088 0.000 0.912
#> SRR1337794 3 0.2448 0.836 0.076 0.000 0.924
#> SRR1358367 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1083149 1 0.5529 0.743 0.704 0.000 0.296
#> SRR1337953 1 0.7273 0.757 0.712 0.156 0.132
#> SRR1478855 3 0.2448 0.853 0.076 0.000 0.924
#> SRR1092136 3 0.7796 0.541 0.228 0.112 0.660
#> SRR1083191 3 0.3879 0.785 0.152 0.000 0.848
#> SRR1468028 2 0.6235 0.184 0.000 0.564 0.436
#> SRR1413100 1 0.5327 0.759 0.728 0.000 0.272
#> SRR1379384 3 0.1860 0.848 0.052 0.000 0.948
#> SRR1076417 3 0.1964 0.844 0.056 0.000 0.944
#> SRR810829 3 0.0747 0.856 0.016 0.000 0.984
#> SRR1468804 1 0.2537 0.749 0.920 0.000 0.080
#> SRR1362688 3 0.6302 0.189 0.480 0.000 0.520
#> SRR1100632 3 0.3116 0.814 0.108 0.000 0.892
#> SRR1365679 3 0.2625 0.832 0.084 0.000 0.916
#> SRR1388891 3 0.5327 0.661 0.272 0.000 0.728
#> SRR1400312 2 0.1170 0.932 0.008 0.976 0.016
#> SRR1120825 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1380591 3 0.2680 0.843 0.068 0.008 0.924
#> SRR1088782 3 0.1031 0.855 0.024 0.000 0.976
#> SRR1088117 3 0.2959 0.819 0.100 0.000 0.900
#> SRR1099905 2 0.1643 0.923 0.044 0.956 0.000
#> SRR1359760 1 0.6788 0.766 0.744 0.136 0.120
#> SRR1475633 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1081935 3 0.2066 0.845 0.060 0.000 0.940
#> SRR1383984 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1100776 3 0.5098 0.692 0.248 0.000 0.752
#> SRR819719 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1387516 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1402772 3 0.2537 0.836 0.080 0.000 0.920
#> SRR1466490 1 0.5775 0.650 0.728 0.260 0.012
#> SRR1315309 3 0.0592 0.855 0.012 0.000 0.988
#> SRR1479431 3 0.5529 0.633 0.296 0.000 0.704
#> SRR1432890 1 0.5138 0.636 0.748 0.000 0.252
#> SRR1093390 2 0.0424 0.940 0.008 0.992 0.000
#> SRR1473016 3 0.1753 0.847 0.048 0.000 0.952
#> SRR1068953 3 0.2878 0.827 0.096 0.000 0.904
#> SRR1079900 3 0.2448 0.850 0.076 0.000 0.924
#> SRR1091356 3 0.2356 0.838 0.072 0.000 0.928
#> SRR1384331 3 0.2625 0.833 0.084 0.000 0.916
#> SRR1412928 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089737 3 0.3619 0.783 0.136 0.000 0.864
#> SRR1389199 1 0.4409 0.612 0.824 0.004 0.172
#> SRR1072821 3 0.6498 0.312 0.008 0.396 0.596
#> SRR1080672 2 0.0592 0.938 0.012 0.988 0.000
#> SRR1316553 3 0.1860 0.848 0.052 0.000 0.948
#> SRR1404062 1 0.4750 0.765 0.784 0.000 0.216
#> SRR1093504 1 0.5529 0.743 0.704 0.000 0.296
#> SRR1343324 3 0.5363 0.525 0.276 0.000 0.724
#> SRR1092281 1 0.6302 0.350 0.520 0.000 0.480
#> SRR1340862 3 0.2625 0.833 0.084 0.000 0.916
#> SRR1360545 2 0.4261 0.783 0.012 0.848 0.140
#> SRR813234 3 0.2878 0.823 0.096 0.000 0.904
#> SRR1328360 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441745 1 0.5797 0.754 0.712 0.008 0.280
#> SRR1404147 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445468 3 0.3192 0.807 0.112 0.000 0.888
#> SRR1097618 1 0.7180 0.738 0.708 0.196 0.096
#> SRR1098361 1 0.5529 0.746 0.704 0.000 0.296
#> SRR1403089 3 0.3995 0.802 0.116 0.016 0.868
#> SRR1088878 1 0.5988 0.646 0.632 0.000 0.368
#> SRR1070884 3 0.2448 0.837 0.076 0.000 0.924
#> SRR814195 3 0.1643 0.852 0.044 0.000 0.956
#> SRR1436169 2 0.4399 0.857 0.092 0.864 0.044
#> SRR1476255 2 0.4235 0.749 0.176 0.824 0.000
#> SRR1312906 2 0.0592 0.938 0.012 0.988 0.000
#> SRR1347082 1 0.5529 0.743 0.704 0.000 0.296
#> SRR1474440 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1447416 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430860 3 0.5098 0.692 0.248 0.000 0.752
#> SRR1345871 3 0.4555 0.740 0.200 0.000 0.800
#> SRR1446996 2 0.1031 0.933 0.024 0.976 0.000
#> SRR1459761 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1355997 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1359821 3 0.1031 0.852 0.024 0.000 0.976
#> SRR1498249 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381306 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
#> SRR1070382 3 0.2959 0.820 0.100 0.000 0.900
#> SRR1474396 2 0.0237 0.941 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1453591 2 0.2775 0.8675 0.020 0.896 0.000 0.084
#> SRR1410242 2 0.1284 0.9169 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR1408091 3 0.5396 0.7442 0.104 0.000 0.740 0.156
#> SRR1437186 3 0.1174 0.8446 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR1072700 2 0.0524 0.9194 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1320203 2 0.1545 0.9055 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1082957 3 0.1722 0.8482 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR1120711 3 0.6714 0.4299 0.100 0.000 0.540 0.360
#> SRR1082933 3 0.4936 0.7031 0.048 0.084 0.812 0.056
#> SRR1350997 3 0.3074 0.8088 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1069714 2 0.1406 0.9125 0.016 0.960 0.000 0.024
#> SRR1487867 2 0.0469 0.9192 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1310920 4 0.2131 0.6065 0.008 0.040 0.016 0.936
#> SRR1478878 4 0.7498 0.3022 0.292 0.000 0.216 0.492
#> SRR1399247 3 0.1798 0.8342 0.016 0.000 0.944 0.040
#> SRR1083262 3 0.0779 0.8523 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1088680 2 0.1722 0.9009 0.008 0.944 0.000 0.048
#> SRR1348248 4 0.4814 0.4515 0.008 0.316 0.000 0.676
#> SRR1098146 2 0.0188 0.9203 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443755 2 0.2976 0.8402 0.008 0.872 0.000 0.120
#> SRR1341321 3 0.0376 0.8507 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1459889 3 0.5727 0.6951 0.228 0.000 0.692 0.080
#> SRR1329726 3 0.3978 0.7694 0.012 0.000 0.796 0.192
#> SRR1098495 4 0.4485 0.5459 0.012 0.248 0.000 0.740
#> SRR1081092 3 0.1545 0.8493 0.008 0.000 0.952 0.040
#> SRR1084252 2 0.0895 0.9199 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1446979 3 0.7193 0.4829 0.208 0.000 0.552 0.240
#> SRR1076990 3 0.1182 0.8462 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR1346838 3 0.1174 0.8446 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR1085450 2 0.0779 0.9175 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1366473 2 0.2888 0.8430 0.004 0.872 0.000 0.124
#> SRR1097320 1 0.3681 0.5880 0.816 0.176 0.008 0.000
#> SRR1400869 1 0.4737 0.5130 0.728 0.020 0.000 0.252
#> SRR1323404 3 0.4244 0.7561 0.160 0.000 0.804 0.036
#> SRR1364641 1 0.4576 0.5315 0.748 0.020 0.000 0.232
#> SRR1476760 2 0.0779 0.9175 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1330609 3 0.4605 0.7902 0.108 0.000 0.800 0.092
#> SRR1465064 3 0.3266 0.8040 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1345178 2 0.4996 0.0813 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1069166 2 0.0657 0.9207 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1466728 3 0.0927 0.8474 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1343175 1 0.4698 0.6066 0.804 0.068 0.008 0.120
#> SRR1455565 2 0.4083 0.8272 0.032 0.856 0.056 0.056
#> SRR1091548 3 0.3013 0.8321 0.080 0.000 0.888 0.032
#> SRR1477125 3 0.0895 0.8526 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1394544 3 0.5233 0.5876 0.020 0.000 0.648 0.332
#> SRR1074066 2 0.6926 0.1844 0.032 0.528 0.392 0.048
#> SRR1098855 2 0.5908 0.6600 0.084 0.744 0.136 0.036
#> SRR1377537 4 0.3591 0.5872 0.008 0.168 0.000 0.824
#> SRR1471690 4 0.3688 0.5696 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1435643 2 0.0672 0.9196 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1467680 2 0.1936 0.9036 0.028 0.940 0.000 0.032
#> SRR1457437 3 0.0895 0.8526 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1453831 4 0.4283 0.4547 0.004 0.000 0.256 0.740
#> SRR1470665 1 0.4282 0.6014 0.808 0.160 0.024 0.008
#> SRR1102369 4 0.4770 0.5060 0.012 0.288 0.000 0.700
#> SRR1417749 2 0.0469 0.9198 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1088068 2 0.5055 0.4087 0.008 0.624 0.000 0.368
#> SRR1310253 4 0.2424 0.6030 0.020 0.032 0.020 0.928
#> SRR1098122 2 0.0376 0.9207 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1356725 2 0.1388 0.9133 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR808542 2 0.0804 0.9185 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1331858 2 0.0336 0.9205 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0779 0.9193 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1458789 3 0.4564 0.6224 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1440179 2 0.1624 0.9092 0.020 0.952 0.000 0.028
#> SRR1072920 3 0.4564 0.6327 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1312388 2 0.1635 0.9088 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR1092184 2 0.1733 0.9078 0.024 0.948 0.000 0.028
#> SRR1325690 2 0.0657 0.9185 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR815970 3 0.0524 0.8503 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR812152 2 0.2149 0.8755 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1073459 1 0.7289 0.0556 0.528 0.000 0.192 0.280
#> SRR1096247 3 0.4554 0.7397 0.132 0.016 0.812 0.040
#> SRR1083408 1 0.3447 0.5771 0.852 0.000 0.128 0.020
#> SRR1433152 2 0.0188 0.9203 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370363 3 0.3052 0.7988 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR1069778 1 0.1151 0.6312 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1081717 3 0.0657 0.8522 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1078090 3 0.4699 0.5778 0.320 0.000 0.676 0.004
#> SRR1087101 3 0.2131 0.8335 0.032 0.000 0.932 0.036
#> SRR815326 2 0.0376 0.9200 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1072199 1 0.3626 0.5794 0.812 0.184 0.004 0.000
#> SRR1094555 2 0.2124 0.8989 0.028 0.932 0.000 0.040
#> SRR1101981 2 0.3401 0.8125 0.008 0.840 0.000 0.152
#> SRR1392615 3 0.0779 0.8526 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1078759 3 0.1305 0.8513 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1083360 2 0.0469 0.9192 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1343456 1 0.1394 0.6258 0.964 0.008 0.012 0.016
#> SRR1105513 2 0.1151 0.9153 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR810689 1 0.5941 0.3599 0.616 0.340 0.008 0.036
#> SRR1435090 3 0.1182 0.8483 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR1420148 3 0.2675 0.8313 0.100 0.000 0.892 0.008
#> SRR1309723 2 0.2530 0.8537 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1313449 2 0.0804 0.9211 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1071761 3 0.2412 0.8381 0.084 0.000 0.908 0.008
#> SRR1368815 1 0.4993 0.3906 0.712 0.000 0.260 0.028
#> SRR1322512 2 0.0937 0.9179 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1473385 3 0.0524 0.8514 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1076268 2 0.0524 0.9204 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1329909 3 0.4332 0.7978 0.112 0.000 0.816 0.072
#> SRR1070549 3 0.0524 0.8521 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR811193 2 0.0592 0.9206 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1415355 1 0.4328 0.5105 0.748 0.244 0.000 0.008
#> SRR1329108 2 0.1807 0.8983 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1098588 3 0.4488 0.7953 0.096 0.000 0.808 0.096
#> SRR1458465 3 0.3279 0.8248 0.096 0.000 0.872 0.032
#> SRR1405289 2 0.2483 0.8860 0.032 0.916 0.000 0.052
#> SRR1075874 3 0.1004 0.8524 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1396724 3 0.5030 0.7672 0.188 0.000 0.752 0.060
#> SRR1081235 2 0.1406 0.9125 0.016 0.960 0.000 0.024
#> SRR1319078 2 0.0657 0.9193 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR814268 3 0.6016 0.6771 0.112 0.000 0.680 0.208
#> SRR1447124 1 0.1394 0.6258 0.964 0.008 0.012 0.016
#> SRR1480153 1 0.1411 0.6271 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1316231 4 0.6980 0.4010 0.300 0.004 0.128 0.568
#> SRR1399156 3 0.6426 0.5937 0.108 0.000 0.620 0.272
#> SRR1102272 2 0.2342 0.8777 0.008 0.912 0.000 0.080
#> SRR1388190 3 0.0469 0.8533 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1414209 3 0.2639 0.8341 0.024 0.024 0.920 0.032
#> SRR1432587 2 0.4744 0.7802 0.036 0.820 0.088 0.056
#> SRR814820 2 0.0188 0.9203 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1383213 3 0.0927 0.8482 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1338705 3 0.0376 0.8507 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1337794 3 0.0592 0.8521 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1358367 2 0.2032 0.9013 0.028 0.936 0.000 0.036
#> SRR1083149 1 0.4998 0.1676 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1337953 1 0.5317 0.6327 0.776 0.060 0.136 0.028
#> SRR1478855 3 0.6289 0.6485 0.236 0.000 0.648 0.116
#> SRR1092136 4 0.3973 0.5843 0.004 0.200 0.004 0.792
#> SRR1083191 3 0.4899 0.6631 0.008 0.004 0.688 0.300
#> SRR1468028 2 0.0524 0.9208 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1413100 1 0.3907 0.5959 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1379384 3 0.2494 0.8459 0.048 0.000 0.916 0.036
#> SRR1076417 3 0.5011 0.7624 0.076 0.000 0.764 0.160
#> SRR810829 3 0.0592 0.8537 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1468804 1 0.3837 0.5565 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1362688 4 0.6809 0.2865 0.360 0.000 0.108 0.532
#> SRR1100632 3 0.2764 0.8112 0.036 0.004 0.908 0.052
#> SRR1365679 3 0.6761 0.5787 0.168 0.000 0.608 0.224
#> SRR1388891 4 0.7083 0.4691 0.176 0.020 0.176 0.628
#> SRR1400312 2 0.0804 0.9187 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1120825 3 0.2861 0.8288 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR1380591 3 0.5592 0.6922 0.060 0.112 0.772 0.056
#> SRR1088782 3 0.0779 0.8526 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1088117 3 0.0937 0.8475 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR1099905 2 0.1356 0.9098 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1359760 1 0.4123 0.6388 0.820 0.044 0.136 0.000
#> SRR1475633 2 0.2399 0.8915 0.032 0.920 0.000 0.048
#> SRR1081935 3 0.0376 0.8507 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1383984 2 0.0188 0.9203 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1100776 1 0.7692 -0.0439 0.456 0.000 0.276 0.268
#> SRR819719 2 0.1182 0.9159 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR1387516 2 0.2399 0.8915 0.032 0.920 0.000 0.048
#> SRR1402772 3 0.4483 0.6741 0.004 0.000 0.712 0.284
#> SRR1466490 1 0.3892 0.5700 0.800 0.192 0.004 0.004
#> SRR1315309 3 0.1389 0.8491 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1479431 4 0.2282 0.5888 0.024 0.000 0.052 0.924
#> SRR1432890 1 0.5102 0.4265 0.748 0.000 0.064 0.188
#> SRR1093390 2 0.1042 0.9152 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1473016 3 0.4227 0.7983 0.120 0.000 0.820 0.060
#> SRR1068953 3 0.6347 0.5935 0.100 0.000 0.624 0.276
#> SRR1079900 3 0.5106 0.7269 0.240 0.000 0.720 0.040
#> SRR1091356 3 0.0592 0.8530 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1384331 3 0.2081 0.8447 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1412928 2 0.0336 0.9204 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1089737 3 0.2319 0.8281 0.036 0.000 0.924 0.040
#> SRR1389199 4 0.3070 0.5780 0.068 0.016 0.020 0.896
#> SRR1072821 2 0.5844 0.3134 0.016 0.616 0.348 0.020
#> SRR1080672 2 0.0921 0.9145 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1316553 3 0.1356 0.8528 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR1404062 1 0.1284 0.6299 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1093504 1 0.3942 0.5930 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1343324 3 0.4399 0.7072 0.212 0.000 0.768 0.020
#> SRR1092281 3 0.4343 0.6341 0.264 0.000 0.732 0.004
#> SRR1340862 3 0.1059 0.8524 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1360545 2 0.0779 0.9175 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR813234 3 0.0657 0.8498 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1328360 2 0.2124 0.8989 0.028 0.932 0.000 0.040
#> SRR1441745 1 0.4485 0.6215 0.792 0.012 0.176 0.020
#> SRR1404147 2 0.0188 0.9203 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1445468 3 0.0937 0.8475 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR1097618 1 0.8891 0.2531 0.388 0.300 0.260 0.052
#> SRR1098361 1 0.4605 0.4916 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1403089 3 0.4468 0.7746 0.164 0.020 0.800 0.016
#> SRR1088878 3 0.1975 0.8375 0.048 0.000 0.936 0.016
#> SRR1070884 3 0.5288 0.7308 0.068 0.000 0.732 0.200
#> SRR814195 3 0.1724 0.8450 0.032 0.000 0.948 0.020
#> SRR1436169 2 0.5404 0.0658 0.012 0.512 0.000 0.476
#> SRR1476255 2 0.2142 0.8951 0.056 0.928 0.000 0.016
#> SRR1312906 2 0.0927 0.9175 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1347082 3 0.3659 0.7684 0.136 0.000 0.840 0.024
#> SRR1474440 2 0.1798 0.9064 0.016 0.944 0.000 0.040
#> SRR1447416 2 0.2483 0.8885 0.032 0.916 0.000 0.052
#> SRR1430860 4 0.8020 0.1480 0.360 0.004 0.272 0.364
#> SRR1345871 3 0.7608 0.2597 0.184 0.004 0.472 0.340
#> SRR1446996 2 0.0657 0.9206 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1459761 2 0.1837 0.9058 0.028 0.944 0.000 0.028
#> SRR1355997 2 0.1520 0.9113 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR1359821 3 0.2546 0.8427 0.028 0.000 0.912 0.060
#> SRR1498249 2 0.0524 0.9194 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1381306 2 0.0804 0.9208 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1070382 3 0.0804 0.8485 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1474396 2 0.2124 0.8989 0.028 0.932 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1453591 2 0.1095 0.8677 0.000 0.968 0.012 0.012 0.008
#> SRR1410242 2 0.0290 0.8772 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1408091 1 0.5858 0.6810 0.692 0.000 0.072 0.092 0.144
#> SRR1437186 1 0.4047 0.5208 0.676 0.000 0.004 0.320 0.000
#> SRR1072700 2 0.0000 0.8777 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320203 2 0.0451 0.8766 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1082957 1 0.1153 0.7596 0.964 0.000 0.008 0.024 0.004
#> SRR1120711 1 0.6952 0.5720 0.588 0.000 0.116 0.184 0.112
#> SRR1082933 4 0.4449 0.4381 0.288 0.020 0.000 0.688 0.004
#> SRR1350997 1 0.1653 0.7567 0.944 0.000 0.028 0.024 0.004
#> SRR1069714 2 0.1908 0.8211 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1487867 2 0.0566 0.8764 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1310920 3 0.0162 0.7904 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1478878 1 0.7615 0.4135 0.460 0.000 0.072 0.248 0.220
#> SRR1399247 1 0.4210 0.3345 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR1083262 1 0.1211 0.7583 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1088680 2 0.0854 0.8717 0.000 0.976 0.012 0.008 0.004
#> SRR1348248 3 0.3365 0.6565 0.004 0.008 0.808 0.180 0.000
#> SRR1098146 2 0.1124 0.8658 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1443755 2 0.0992 0.8737 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1341321 1 0.0963 0.7552 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1459889 1 0.7121 0.4011 0.440 0.000 0.020 0.260 0.280
#> SRR1329726 1 0.2390 0.7506 0.912 0.000 0.044 0.032 0.012
#> SRR1098495 2 0.4919 0.3003 0.000 0.604 0.368 0.016 0.012
#> SRR1081092 1 0.0613 0.7593 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1084252 2 0.0510 0.8750 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1446979 1 0.7099 0.4839 0.504 0.000 0.040 0.264 0.192
#> SRR1076990 1 0.4874 0.2098 0.528 0.000 0.016 0.452 0.004
#> SRR1346838 1 0.3242 0.6403 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1085450 2 0.0404 0.8754 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1366473 2 0.2230 0.8476 0.000 0.912 0.044 0.044 0.000
#> SRR1097320 5 0.3906 0.6005 0.000 0.068 0.000 0.132 0.800
#> SRR1400869 5 0.4171 0.3227 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1323404 1 0.2228 0.7535 0.920 0.000 0.028 0.012 0.040
#> SRR1364641 5 0.4088 0.3682 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1476760 2 0.0290 0.8763 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1330609 1 0.5867 0.6366 0.656 0.000 0.020 0.168 0.156
#> SRR1465064 1 0.3829 0.6896 0.776 0.000 0.196 0.028 0.000
#> SRR1345178 3 0.2685 0.7107 0.000 0.092 0.880 0.028 0.000
#> SRR1069166 2 0.0510 0.8750 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1466728 1 0.1732 0.7447 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1343175 5 0.4137 0.6021 0.004 0.028 0.092 0.056 0.820
#> SRR1455565 4 0.4064 0.6482 0.008 0.272 0.000 0.716 0.004
#> SRR1091548 1 0.4091 0.7216 0.796 0.000 0.004 0.124 0.076
#> SRR1477125 1 0.0955 0.7604 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1394544 1 0.4638 0.6848 0.760 0.000 0.124 0.108 0.008
#> SRR1074066 2 0.5354 0.1730 0.372 0.576 0.000 0.008 0.044
#> SRR1098855 4 0.7110 0.3906 0.032 0.356 0.004 0.456 0.152
#> SRR1377537 3 0.0613 0.7913 0.008 0.004 0.984 0.004 0.000
#> SRR1471690 3 0.1942 0.7498 0.000 0.068 0.920 0.012 0.000
#> SRR1435643 2 0.1478 0.8454 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1467680 4 0.4138 0.5714 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1457437 1 0.1502 0.7544 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR1453831 3 0.3489 0.4867 0.208 0.000 0.784 0.004 0.004
#> SRR1470665 5 0.3795 0.5959 0.000 0.028 0.000 0.192 0.780
#> SRR1102369 2 0.3922 0.6812 0.000 0.796 0.164 0.028 0.012
#> SRR1417749 2 0.1704 0.8436 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR1088068 2 0.2575 0.7956 0.000 0.884 0.100 0.012 0.004
#> SRR1310253 3 0.0162 0.7904 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1098122 2 0.0000 0.8777 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4446 0.3319 0.000 0.476 0.004 0.520 0.000
#> SRR808542 2 0.0162 0.8778 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331858 2 0.0000 0.8777 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354532 2 0.0566 0.8764 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1458789 1 0.3299 0.7202 0.828 0.000 0.152 0.016 0.004
#> SRR1440179 2 0.3274 0.6336 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1072920 1 0.5772 0.4984 0.564 0.000 0.000 0.108 0.328
#> SRR1312388 2 0.2110 0.8389 0.000 0.912 0.016 0.072 0.000
#> SRR1092184 2 0.3966 0.3518 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1325690 2 0.0290 0.8763 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR815970 1 0.3264 0.6800 0.820 0.000 0.016 0.164 0.000
#> SRR812152 2 0.1186 0.8627 0.000 0.964 0.020 0.008 0.008
#> SRR1073459 5 0.7645 -0.1349 0.324 0.000 0.048 0.264 0.364
#> SRR1096247 4 0.5521 0.3682 0.272 0.008 0.000 0.636 0.084
#> SRR1083408 5 0.5475 0.4084 0.124 0.000 0.000 0.232 0.644
#> SRR1433152 2 0.0000 0.8777 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370363 1 0.2771 0.7258 0.860 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR1069778 5 0.0798 0.6198 0.008 0.000 0.000 0.016 0.976
#> SRR1081717 1 0.1121 0.7538 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1078090 1 0.4593 0.6731 0.748 0.000 0.000 0.124 0.128
#> SRR1087101 1 0.4481 0.3554 0.576 0.000 0.000 0.416 0.008
#> SRR815326 2 0.0000 0.8777 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.3946 0.5722 0.000 0.120 0.000 0.080 0.800
#> SRR1094555 4 0.4060 0.6051 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1101981 3 0.6178 0.0234 0.000 0.376 0.484 0.140 0.000
#> SRR1392615 1 0.2189 0.7409 0.904 0.000 0.012 0.084 0.000
#> SRR1078759 1 0.0703 0.7573 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1083360 2 0.0162 0.8777 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.2046 0.6145 0.016 0.068 0.000 0.000 0.916
#> SRR1105513 2 0.0290 0.8772 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR810689 4 0.5163 0.4646 0.008 0.136 0.000 0.712 0.144
#> SRR1435090 1 0.3381 0.7090 0.808 0.000 0.000 0.176 0.016
#> SRR1420148 1 0.5920 0.5692 0.580 0.000 0.004 0.296 0.120
#> SRR1309723 2 0.1538 0.8525 0.000 0.948 0.036 0.008 0.008
#> SRR1313449 2 0.0807 0.8759 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1071761 1 0.5598 0.6449 0.636 0.000 0.004 0.248 0.112
#> SRR1368815 1 0.6863 0.3893 0.452 0.000 0.008 0.268 0.272
#> SRR1322512 2 0.2516 0.7674 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1473385 1 0.2338 0.7353 0.884 0.000 0.004 0.112 0.000
#> SRR1076268 2 0.0162 0.8774 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329909 1 0.6099 0.6037 0.620 0.000 0.016 0.196 0.168
#> SRR1070549 1 0.0880 0.7562 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR811193 2 0.0162 0.8777 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1415355 5 0.4793 0.4600 0.000 0.216 0.000 0.076 0.708
#> SRR1329108 2 0.1200 0.8632 0.000 0.964 0.008 0.016 0.012
#> SRR1098588 1 0.5114 0.6795 0.716 0.000 0.012 0.176 0.096
#> SRR1458465 1 0.4025 0.7164 0.796 0.000 0.004 0.140 0.060
#> SRR1405289 2 0.0807 0.8730 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR1075874 1 0.0162 0.7592 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1396724 1 0.4642 0.6948 0.752 0.000 0.004 0.140 0.104
#> SRR1081235 2 0.2424 0.7761 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1319078 2 0.0794 0.8706 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR814268 1 0.5179 0.6677 0.712 0.000 0.024 0.196 0.068
#> SRR1447124 5 0.0867 0.6220 0.008 0.008 0.000 0.008 0.976
#> SRR1480153 5 0.1483 0.6240 0.028 0.008 0.000 0.012 0.952
#> SRR1316231 1 0.8044 0.3108 0.396 0.000 0.104 0.264 0.236
#> SRR1399156 1 0.6904 0.5618 0.580 0.000 0.072 0.196 0.152
#> SRR1102272 2 0.0807 0.8723 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR1388190 1 0.3752 0.7277 0.812 0.000 0.004 0.140 0.044
#> SRR1414209 4 0.4742 0.3984 0.324 0.020 0.008 0.648 0.000
#> SRR1432587 4 0.4241 0.6450 0.012 0.264 0.000 0.716 0.008
#> SRR814820 2 0.0000 0.8777 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383213 1 0.3963 0.6177 0.732 0.000 0.004 0.256 0.008
#> SRR1338705 1 0.1430 0.7568 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1337794 1 0.1012 0.7587 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1358367 2 0.4306 -0.2701 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1083149 1 0.3969 0.4964 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1337953 5 0.5269 0.2062 0.020 0.016 0.000 0.480 0.484
#> SRR1478855 1 0.6305 0.5441 0.564 0.000 0.008 0.252 0.176
#> SRR1092136 2 0.5840 0.4795 0.064 0.664 0.232 0.028 0.012
#> SRR1083191 1 0.3164 0.7470 0.868 0.000 0.076 0.044 0.012
#> SRR1468028 2 0.0955 0.8696 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1413100 5 0.3910 0.4979 0.272 0.000 0.000 0.008 0.720
#> SRR1379384 1 0.1818 0.7549 0.932 0.000 0.000 0.044 0.024
#> SRR1076417 1 0.2844 0.7548 0.892 0.000 0.024 0.044 0.040
#> SRR810829 1 0.5016 0.6664 0.704 0.000 0.004 0.204 0.088
#> SRR1468804 5 0.3647 0.5175 0.004 0.000 0.228 0.004 0.764
#> SRR1362688 5 0.8202 0.1120 0.160 0.000 0.292 0.168 0.380
#> SRR1100632 4 0.4066 0.3999 0.324 0.004 0.000 0.672 0.000
#> SRR1365679 1 0.6811 0.5174 0.532 0.000 0.028 0.256 0.184
#> SRR1388891 1 0.8478 0.3526 0.428 0.084 0.040 0.260 0.188
#> SRR1400312 4 0.4287 0.3881 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1120825 1 0.5242 0.6786 0.704 0.000 0.008 0.148 0.140
#> SRR1380591 4 0.4158 0.4441 0.224 0.020 0.000 0.748 0.008
#> SRR1088782 1 0.0703 0.7573 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1088117 1 0.1357 0.7579 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1099905 2 0.0290 0.8774 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.3787 0.6083 0.020 0.012 0.000 0.168 0.800
#> SRR1475633 4 0.4025 0.6513 0.008 0.292 0.000 0.700 0.000
#> SRR1081935 1 0.1121 0.7538 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1383984 2 0.0880 0.8674 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1100776 1 0.7197 0.4253 0.468 0.000 0.032 0.260 0.240
#> SRR819719 2 0.1908 0.8230 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1387516 4 0.3969 0.6507 0.004 0.304 0.000 0.692 0.000
#> SRR1402772 1 0.3117 0.7362 0.860 0.000 0.100 0.036 0.004
#> SRR1466490 5 0.4113 0.5898 0.000 0.076 0.000 0.140 0.784
#> SRR1315309 1 0.1106 0.7598 0.964 0.000 0.012 0.024 0.000
#> SRR1479431 3 0.0404 0.7874 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1432890 5 0.5416 0.4341 0.068 0.000 0.024 0.228 0.680
#> SRR1093390 2 0.0566 0.8737 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1473016 1 0.5554 0.6822 0.692 0.000 0.024 0.116 0.168
#> SRR1068953 1 0.5042 0.6820 0.736 0.000 0.044 0.172 0.048
#> SRR1079900 1 0.6120 0.5601 0.580 0.000 0.004 0.244 0.172
#> SRR1091356 1 0.1626 0.7605 0.940 0.000 0.000 0.044 0.016
#> SRR1384331 1 0.2238 0.7552 0.912 0.000 0.004 0.064 0.020
#> SRR1412928 2 0.2124 0.8175 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1089737 1 0.4313 0.4847 0.636 0.000 0.000 0.356 0.008
#> SRR1389199 3 0.0451 0.7892 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1072821 2 0.5969 -0.0611 0.428 0.484 0.004 0.080 0.004
#> SRR1080672 2 0.0566 0.8765 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1316553 1 0.5098 0.6755 0.696 0.000 0.004 0.208 0.092
#> SRR1404062 5 0.0992 0.6217 0.008 0.000 0.000 0.024 0.968
#> SRR1093504 5 0.4306 0.4382 0.328 0.000 0.000 0.012 0.660
#> SRR1343324 1 0.1943 0.7501 0.924 0.000 0.000 0.020 0.056
#> SRR1092281 1 0.2723 0.7221 0.864 0.000 0.000 0.012 0.124
#> SRR1340862 1 0.1956 0.7454 0.916 0.000 0.008 0.076 0.000
#> SRR1360545 2 0.0162 0.8774 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813234 1 0.1043 0.7553 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1328360 4 0.4138 0.5708 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1441745 5 0.5472 0.3433 0.036 0.016 0.000 0.396 0.552
#> SRR1404147 2 0.0162 0.8774 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445468 1 0.1549 0.7571 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR1097618 4 0.5296 0.4892 0.196 0.060 0.000 0.708 0.036
#> SRR1098361 1 0.4403 0.3499 0.608 0.000 0.000 0.008 0.384
#> SRR1403089 4 0.6570 -0.1494 0.340 0.024 0.004 0.524 0.108
#> SRR1088878 1 0.2075 0.7517 0.924 0.004 0.000 0.032 0.040
#> SRR1070884 1 0.3455 0.7447 0.860 0.000 0.040 0.060 0.040
#> SRR814195 1 0.5095 0.3708 0.560 0.000 0.000 0.400 0.040
#> SRR1436169 2 0.3710 0.7415 0.008 0.840 0.100 0.040 0.012
#> SRR1476255 2 0.5421 0.1334 0.000 0.584 0.004 0.352 0.060
#> SRR1312906 2 0.0162 0.8778 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347082 1 0.6215 0.2088 0.508 0.000 0.000 0.336 0.156
#> SRR1474440 2 0.4262 -0.0486 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1447416 4 0.4455 0.6441 0.036 0.260 0.000 0.704 0.000
#> SRR1430860 1 0.7259 0.4209 0.464 0.000 0.036 0.264 0.236
#> SRR1345871 1 0.7418 0.4552 0.480 0.000 0.064 0.272 0.184
#> SRR1446996 2 0.2011 0.8251 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR1459761 4 0.4251 0.5896 0.000 0.372 0.000 0.624 0.004
#> SRR1355997 2 0.3039 0.6880 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1359821 1 0.1885 0.7630 0.936 0.000 0.012 0.020 0.032
#> SRR1498249 2 0.0162 0.8774 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381306 2 0.0960 0.8740 0.000 0.972 0.008 0.016 0.004
#> SRR1070382 1 0.1026 0.7598 0.968 0.000 0.004 0.024 0.004
#> SRR1474396 4 0.4126 0.5781 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1453591 2 0.0713 0.9108 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1410242 2 0.0146 0.9173 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408091 1 0.5567 0.5792 0.592 0.000 0.236 0.012 0.000 0.160
#> SRR1437186 4 0.6042 0.0479 0.068 0.000 0.416 0.452 0.064 0.000
#> SRR1072700 2 0.0260 0.9176 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1320203 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082957 3 0.0767 0.8432 0.012 0.000 0.976 0.008 0.004 0.000
#> SRR1120711 1 0.5397 0.3251 0.524 0.000 0.388 0.000 0.020 0.068
#> SRR1082933 4 0.1720 0.6477 0.000 0.000 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1350997 3 0.0665 0.8415 0.004 0.000 0.980 0.000 0.008 0.008
#> SRR1069714 2 0.2234 0.8385 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR1487867 2 0.0146 0.9173 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310920 6 0.1387 0.8256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1478878 1 0.2322 0.7371 0.896 0.000 0.008 0.000 0.072 0.024
#> SRR1399247 4 0.5052 0.1700 0.016 0.000 0.408 0.532 0.044 0.000
#> SRR1083262 3 0.0777 0.8426 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1088680 2 0.0547 0.9143 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1348248 6 0.3151 0.6180 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1098146 2 0.1196 0.8995 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008 0.000
#> SRR1443755 2 0.1364 0.9022 0.004 0.944 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1341321 3 0.0717 0.8434 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1459889 1 0.2025 0.7685 0.924 0.004 0.008 0.040 0.020 0.004
#> SRR1329726 3 0.0777 0.8389 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098495 2 0.4422 0.5605 0.000 0.680 0.000 0.000 0.068 0.252
#> SRR1081092 3 0.1307 0.8413 0.032 0.000 0.952 0.008 0.008 0.000
#> SRR1084252 2 0.0146 0.9180 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446979 1 0.0748 0.7753 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004 0.000
#> SRR1076990 4 0.5113 0.4800 0.024 0.000 0.268 0.652 0.016 0.040
#> SRR1346838 3 0.4161 0.6973 0.028 0.000 0.752 0.184 0.036 0.000
#> SRR1085450 2 0.0632 0.9127 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1366473 2 0.3060 0.8527 0.004 0.864 0.000 0.020 0.064 0.048
#> SRR1097320 5 0.3277 0.7371 0.000 0.084 0.000 0.092 0.824 0.000
#> SRR1400869 6 0.3823 0.0462 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1323404 3 0.0806 0.8426 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR1364641 5 0.3838 0.2240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1476760 2 0.0291 0.9166 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1330609 1 0.2946 0.7388 0.824 0.000 0.160 0.012 0.000 0.004
#> SRR1465064 3 0.2587 0.8027 0.004 0.000 0.864 0.008 0.004 0.120
#> SRR1345178 6 0.0520 0.8434 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1069166 2 0.0146 0.9180 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466728 3 0.2502 0.8246 0.020 0.000 0.884 0.084 0.012 0.000
#> SRR1343175 5 0.3852 0.7539 0.028 0.032 0.048 0.048 0.836 0.008
#> SRR1455565 4 0.1167 0.6548 0.020 0.012 0.000 0.960 0.008 0.000
#> SRR1091548 1 0.5103 0.3846 0.572 0.000 0.360 0.024 0.044 0.000
#> SRR1477125 3 0.2528 0.8348 0.056 0.000 0.892 0.028 0.024 0.000
#> SRR1394544 3 0.4258 0.6871 0.172 0.000 0.752 0.000 0.028 0.048
#> SRR1074066 3 0.2706 0.7043 0.000 0.160 0.832 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098855 1 0.3029 0.7074 0.852 0.052 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR1377537 6 0.0146 0.8465 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1471690 6 0.2066 0.8096 0.000 0.024 0.000 0.000 0.072 0.904
#> SRR1435643 2 0.1124 0.9012 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1467680 4 0.2636 0.6179 0.004 0.120 0.000 0.860 0.016 0.000
#> SRR1457437 3 0.3657 0.7925 0.056 0.000 0.828 0.076 0.036 0.004
#> SRR1453831 6 0.2883 0.7018 0.012 0.000 0.132 0.000 0.012 0.844
#> SRR1470665 5 0.3394 0.6916 0.000 0.012 0.000 0.236 0.752 0.000
#> SRR1102369 2 0.1777 0.8913 0.012 0.932 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR1417749 2 0.1779 0.8800 0.000 0.920 0.000 0.064 0.016 0.000
#> SRR1088068 2 0.2034 0.8770 0.004 0.912 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR1310253 6 0.0146 0.8465 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1098122 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356725 4 0.4245 0.3912 0.004 0.328 0.000 0.644 0.024 0.000
#> SRR808542 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331858 2 0.0146 0.9179 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354532 2 0.0291 0.9163 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1458789 3 0.1555 0.8341 0.012 0.000 0.940 0.000 0.008 0.040
#> SRR1440179 2 0.3421 0.6746 0.000 0.736 0.000 0.256 0.008 0.000
#> SRR1072920 1 0.6317 0.2315 0.440 0.000 0.172 0.028 0.360 0.000
#> SRR1312388 2 0.0922 0.9145 0.004 0.968 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1092184 2 0.4057 0.4140 0.000 0.600 0.000 0.388 0.012 0.000
#> SRR1325690 2 0.0632 0.9127 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR815970 3 0.1391 0.8429 0.000 0.000 0.944 0.040 0.000 0.016
#> SRR812152 2 0.1010 0.9057 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1073459 1 0.0810 0.7723 0.976 0.000 0.004 0.008 0.008 0.004
#> SRR1096247 4 0.3394 0.5971 0.036 0.000 0.028 0.832 0.104 0.000
#> SRR1083408 1 0.3412 0.7203 0.808 0.000 0.000 0.064 0.128 0.000
#> SRR1433152 2 0.0146 0.9173 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370363 3 0.4964 0.4167 0.048 0.000 0.592 0.016 0.344 0.000
#> SRR1069778 5 0.2913 0.7231 0.180 0.000 0.004 0.004 0.812 0.000
#> SRR1081717 3 0.0458 0.8433 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1078090 3 0.5268 0.5366 0.116 0.000 0.608 0.008 0.268 0.000
#> SRR1087101 4 0.5585 0.4784 0.100 0.000 0.212 0.636 0.052 0.000
#> SRR815326 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072199 5 0.3227 0.7152 0.000 0.116 0.000 0.060 0.824 0.000
#> SRR1094555 4 0.2848 0.6129 0.004 0.124 0.000 0.848 0.024 0.000
#> SRR1101981 6 0.3472 0.6899 0.000 0.096 0.000 0.076 0.008 0.820
#> SRR1392615 3 0.1573 0.8404 0.004 0.000 0.936 0.052 0.004 0.004
#> SRR1078759 3 0.0551 0.8433 0.004 0.000 0.984 0.008 0.004 0.000
#> SRR1083360 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343456 5 0.2773 0.7363 0.152 0.004 0.008 0.000 0.836 0.000
#> SRR1105513 2 0.0260 0.9176 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810689 4 0.2954 0.6331 0.084 0.012 0.000 0.864 0.036 0.004
#> SRR1435090 3 0.6944 0.1617 0.176 0.000 0.432 0.304 0.088 0.000
#> SRR1420148 1 0.4840 0.4264 0.580 0.000 0.056 0.360 0.000 0.004
#> SRR1309723 2 0.1285 0.8964 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1313449 2 0.1471 0.8967 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR1071761 1 0.5977 0.4570 0.548 0.000 0.068 0.308 0.076 0.000
#> SRR1368815 1 0.0551 0.7721 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008 0.000
#> SRR1322512 2 0.3534 0.6838 0.000 0.740 0.000 0.244 0.016 0.000
#> SRR1473385 3 0.4514 0.7171 0.032 0.000 0.744 0.148 0.076 0.000
#> SRR1076268 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329909 1 0.2505 0.7713 0.880 0.000 0.092 0.020 0.008 0.000
#> SRR1070549 3 0.1434 0.8441 0.008 0.000 0.948 0.024 0.020 0.000
#> SRR811193 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415355 5 0.3908 0.6752 0.000 0.132 0.000 0.100 0.768 0.000
#> SRR1329108 2 0.0363 0.9168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1098588 1 0.4133 0.6647 0.720 0.000 0.236 0.012 0.032 0.000
#> SRR1458465 3 0.3337 0.6363 0.260 0.000 0.736 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405289 2 0.1074 0.9087 0.012 0.960 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1075874 3 0.2183 0.8383 0.040 0.000 0.912 0.020 0.028 0.000
#> SRR1396724 3 0.4801 0.5083 0.280 0.000 0.632 0.000 0.088 0.000
#> SRR1081235 2 0.2668 0.7894 0.000 0.828 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR1319078 2 0.0508 0.9138 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR814268 3 0.3782 0.4189 0.360 0.000 0.636 0.000 0.004 0.000
#> SRR1447124 5 0.2979 0.7240 0.188 0.004 0.000 0.004 0.804 0.000
#> SRR1480153 5 0.2909 0.7352 0.136 0.000 0.028 0.000 0.836 0.000
#> SRR1316231 1 0.0665 0.7693 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1399156 1 0.3860 0.6981 0.756 0.000 0.200 0.000 0.008 0.036
#> SRR1102272 2 0.0458 0.9156 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1388190 3 0.6386 0.3705 0.156 0.000 0.520 0.268 0.056 0.000
#> SRR1414209 4 0.2220 0.6413 0.016 0.000 0.012 0.908 0.004 0.060
#> SRR1432587 4 0.1624 0.6527 0.044 0.012 0.000 0.936 0.008 0.000
#> SRR814820 2 0.0146 0.9179 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383213 4 0.6867 0.0521 0.176 0.000 0.364 0.388 0.072 0.000
#> SRR1338705 3 0.3106 0.8126 0.048 0.000 0.860 0.056 0.036 0.000
#> SRR1337794 3 0.1426 0.8453 0.028 0.000 0.948 0.016 0.008 0.000
#> SRR1358367 4 0.4147 0.0759 0.000 0.436 0.000 0.552 0.012 0.000
#> SRR1083149 3 0.2100 0.8209 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1337953 4 0.4192 0.1611 0.000 0.000 0.016 0.572 0.412 0.000
#> SRR1478855 1 0.2128 0.7767 0.908 0.000 0.056 0.004 0.032 0.000
#> SRR1092136 2 0.4037 0.7560 0.004 0.792 0.020 0.000 0.084 0.100
#> SRR1083191 3 0.1194 0.8358 0.032 0.000 0.956 0.000 0.008 0.004
#> SRR1468028 2 0.1296 0.9025 0.012 0.952 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1413100 5 0.2803 0.7081 0.012 0.000 0.064 0.052 0.872 0.000
#> SRR1379384 3 0.0777 0.8410 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1076417 3 0.2994 0.7426 0.164 0.000 0.820 0.000 0.008 0.008
#> SRR810829 3 0.6041 0.0355 0.312 0.000 0.416 0.272 0.000 0.000
#> SRR1468804 5 0.2597 0.6350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1362688 1 0.5349 0.4634 0.608 0.000 0.004 0.000 0.172 0.216
#> SRR1100632 4 0.2036 0.6456 0.008 0.000 0.064 0.912 0.016 0.000
#> SRR1365679 1 0.1204 0.7719 0.960 0.000 0.004 0.016 0.016 0.004
#> SRR1388891 1 0.0508 0.7692 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1400312 4 0.4130 0.4284 0.004 0.300 0.000 0.672 0.024 0.000
#> SRR1120825 1 0.3241 0.7525 0.824 0.000 0.112 0.064 0.000 0.000
#> SRR1380591 4 0.1956 0.6493 0.060 0.008 0.004 0.920 0.004 0.004
#> SRR1088782 3 0.0146 0.8417 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1088117 3 0.2556 0.8312 0.048 0.000 0.892 0.032 0.028 0.000
#> SRR1099905 2 0.0000 0.9177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359760 5 0.3236 0.7428 0.000 0.036 0.004 0.140 0.820 0.000
#> SRR1475633 4 0.1788 0.6524 0.004 0.052 0.000 0.928 0.012 0.004
#> SRR1081935 3 0.0717 0.8434 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1383984 2 0.0717 0.9106 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1100776 1 0.0717 0.7725 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016 0.000
#> SRR819719 2 0.2218 0.8506 0.000 0.884 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR1387516 4 0.2520 0.6401 0.004 0.076 0.000 0.888 0.024 0.008
#> SRR1402772 3 0.1503 0.8352 0.016 0.000 0.944 0.000 0.008 0.032
#> SRR1466490 5 0.3321 0.7369 0.000 0.080 0.000 0.100 0.820 0.000
#> SRR1315309 3 0.0806 0.8438 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1479431 6 0.0146 0.8465 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1432890 1 0.3183 0.6668 0.788 0.000 0.000 0.008 0.200 0.004
#> SRR1093390 2 0.0713 0.9108 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1473016 1 0.4593 0.6790 0.700 0.000 0.208 0.084 0.000 0.008
#> SRR1068953 3 0.3454 0.6580 0.224 0.000 0.760 0.000 0.012 0.004
#> SRR1079900 1 0.1983 0.7742 0.908 0.000 0.072 0.000 0.020 0.000
#> SRR1091356 3 0.3726 0.7842 0.092 0.000 0.812 0.072 0.024 0.000
#> SRR1384331 3 0.1471 0.8347 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000
#> SRR1412928 2 0.2845 0.8046 0.008 0.836 0.000 0.148 0.008 0.000
#> SRR1089737 4 0.5971 0.4322 0.148 0.000 0.180 0.608 0.064 0.000
#> SRR1389199 6 0.0146 0.8465 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1072821 3 0.3538 0.6142 0.000 0.216 0.764 0.004 0.012 0.004
#> SRR1080672 2 0.0508 0.9139 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1316553 1 0.5746 0.3863 0.528 0.000 0.076 0.356 0.040 0.000
#> SRR1404062 5 0.2776 0.7415 0.088 0.000 0.000 0.052 0.860 0.000
#> SRR1093504 5 0.4985 0.4052 0.016 0.000 0.280 0.068 0.636 0.000
#> SRR1343324 3 0.1340 0.8426 0.004 0.000 0.948 0.008 0.040 0.000
#> SRR1092281 3 0.2425 0.8254 0.012 0.000 0.880 0.008 0.100 0.000
#> SRR1340862 3 0.0909 0.8435 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR1360545 2 0.0363 0.9167 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR813234 3 0.0146 0.8429 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1328360 4 0.3564 0.5356 0.004 0.204 0.000 0.768 0.024 0.000
#> SRR1441745 4 0.4246 0.2057 0.000 0.000 0.020 0.580 0.400 0.000
#> SRR1404147 2 0.0547 0.9143 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1445468 3 0.3291 0.8121 0.036 0.000 0.848 0.060 0.056 0.000
#> SRR1097618 4 0.1602 0.6558 0.004 0.016 0.016 0.944 0.020 0.000
#> SRR1098361 3 0.2234 0.8024 0.004 0.000 0.872 0.000 0.124 0.000
#> SRR1403089 4 0.4114 -0.0341 0.460 0.000 0.000 0.532 0.004 0.004
#> SRR1088878 3 0.1720 0.8384 0.000 0.000 0.928 0.032 0.040 0.000
#> SRR1070884 3 0.2766 0.7693 0.140 0.000 0.844 0.000 0.008 0.008
#> SRR814195 4 0.5682 0.4752 0.112 0.000 0.196 0.640 0.048 0.004
#> SRR1436169 2 0.1946 0.8741 0.012 0.912 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1476255 2 0.5161 0.0736 0.004 0.472 0.000 0.452 0.072 0.000
#> SRR1312906 2 0.0146 0.9180 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347082 3 0.5939 -0.0803 0.000 0.000 0.412 0.372 0.216 0.000
#> SRR1474440 2 0.3984 0.4033 0.000 0.596 0.000 0.396 0.008 0.000
#> SRR1447416 4 0.2244 0.6480 0.008 0.048 0.004 0.912 0.024 0.004
#> SRR1430860 1 0.0405 0.7737 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345871 1 0.0653 0.7682 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1446996 2 0.3892 0.7095 0.020 0.752 0.000 0.208 0.020 0.000
#> SRR1459761 4 0.2537 0.6327 0.008 0.088 0.000 0.880 0.024 0.000
#> SRR1355997 2 0.3672 0.5959 0.000 0.688 0.000 0.304 0.008 0.000
#> SRR1359821 3 0.2655 0.7850 0.140 0.000 0.848 0.008 0.004 0.000
#> SRR1498249 2 0.0146 0.9178 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381306 2 0.0862 0.9123 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008 0.004
#> SRR1070382 3 0.2183 0.8392 0.020 0.000 0.912 0.028 0.040 0.000
#> SRR1474396 4 0.3158 0.5784 0.004 0.164 0.000 0.812 0.020 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0