Date: 2019-12-25 22:50:32 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 18664 203
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:kmeans | 3 | 1.000 | 0.973 | 0.990 | ** | |
| SD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.984 | 0.993 | ** | |
| CV:kmeans | 4 | 1.000 | 0.960 | 0.975 | ** | 2,3 |
| CV:skmeans | 2 | 1.000 | 0.985 | 0.994 | ** | |
| MAD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.978 | 0.991 | ** | |
| ATC:skmeans | 2 | 1.000 | 0.984 | 0.993 | ** | |
| ATC:pam | 4 | 1.000 | 0.962 | 0.985 | ** | 2 |
| ATC:kmeans | 4 | 0.993 | 0.950 | 0.982 | ** | 2,3 |
| CV:NMF | 2 | 0.969 | 0.941 | 0.977 | ** | |
| MAD:NMF | 3 | 0.949 | 0.927 | 0.973 | * | |
| SD:pam | 4 | 0.945 | 0.919 | 0.970 | * | |
| MAD:pam | 4 | 0.939 | 0.921 | 0.970 | * | |
| ATC:mclust | 2 | 0.939 | 0.937 | 0.974 | * | |
| MAD:kmeans | 4 | 0.928 | 0.934 | 0.959 | * | 3 |
| SD:mclust | 2 | 0.918 | 0.929 | 0.971 | * | |
| CV:mclust | 2 | 0.908 | 0.911 | 0.965 | * | |
| CV:pam | 3 | 0.906 | 0.920 | 0.968 | * | |
| MAD:mclust | 2 | 0.861 | 0.948 | 0.973 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.854 | 0.884 | 0.949 | ||
| ATC:NMF | 3 | 0.761 | 0.744 | 0.905 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.722 | 0.905 | 0.940 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.655 | 0.890 | 0.931 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.592 | 0.778 | 0.892 | ||
| SD:NMF | 4 | 0.501 | 0.674 | 0.840 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.824 0.874 0.949 0.285 0.707 0.707
#> CV:NMF 2 0.969 0.941 0.977 0.336 0.659 0.659
#> MAD:NMF 2 0.842 0.896 0.957 0.346 0.642 0.642
#> ATC:NMF 2 0.796 0.875 0.949 0.299 0.694 0.694
#> SD:skmeans 2 1.000 0.984 0.993 0.447 0.556 0.556
#> CV:skmeans 2 1.000 0.985 0.994 0.448 0.552 0.552
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.978 0.991 0.455 0.543 0.543
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.984 0.993 0.452 0.549 0.549
#> SD:mclust 2 0.918 0.929 0.971 0.417 0.594 0.594
#> CV:mclust 2 0.908 0.911 0.965 0.430 0.574 0.574
#> MAD:mclust 2 0.861 0.948 0.973 0.383 0.608 0.608
#> ATC:mclust 2 0.939 0.937 0.974 0.395 0.617 0.617
#> SD:kmeans 2 0.756 0.910 0.948 0.336 0.617 0.617
#> CV:kmeans 2 1.000 0.975 0.990 0.385 0.612 0.612
#> MAD:kmeans 2 0.799 0.933 0.965 0.379 0.603 0.603
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.981 0.991 0.406 0.590 0.590
#> SD:pam 2 0.764 0.876 0.946 0.290 0.761 0.761
#> CV:pam 2 0.791 0.847 0.936 0.313 0.754 0.754
#> MAD:pam 2 0.723 0.849 0.940 0.304 0.733 0.733
#> ATC:pam 2 1.000 0.979 0.992 0.410 0.594 0.594
#> SD:hclust 2 0.676 0.836 0.902 0.319 0.594 0.594
#> CV:hclust 2 0.655 0.890 0.931 0.379 0.578 0.578
#> MAD:hclust 2 0.739 0.830 0.925 0.280 0.798 0.798
#> ATC:hclust 2 0.722 0.905 0.940 0.363 0.590 0.590
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.830 0.867 0.949 0.305 0.878 0.830
#> CV:NMF 3 0.816 0.864 0.942 0.386 0.848 0.779
#> MAD:NMF 3 0.949 0.927 0.973 0.194 0.882 0.824
#> ATC:NMF 3 0.761 0.744 0.905 0.480 0.844 0.780
#> SD:skmeans 3 0.895 0.926 0.966 0.286 0.875 0.775
#> CV:skmeans 3 0.823 0.875 0.945 0.336 0.853 0.735
#> MAD:skmeans 3 0.788 0.785 0.914 0.303 0.865 0.754
#> ATC:skmeans 3 0.885 0.846 0.943 0.277 0.875 0.774
#> SD:mclust 3 0.697 0.736 0.871 0.119 0.879 0.803
#> CV:mclust 3 0.465 0.646 0.785 0.348 0.811 0.684
#> MAD:mclust 3 0.629 0.724 0.875 0.148 0.935 0.897
#> ATC:mclust 3 0.785 0.834 0.916 0.155 0.869 0.798
#> SD:kmeans 3 1.000 0.973 0.990 0.465 0.846 0.759
#> CV:kmeans 3 1.000 0.963 0.987 0.260 0.868 0.791
#> MAD:kmeans 3 0.930 0.953 0.983 0.342 0.836 0.739
#> ATC:kmeans 3 1.000 0.994 0.998 0.226 0.878 0.799
#> SD:pam 3 0.681 0.847 0.920 0.984 0.613 0.499
#> CV:pam 3 0.906 0.920 0.968 0.899 0.644 0.531
#> MAD:pam 3 0.752 0.870 0.935 0.933 0.623 0.502
#> ATC:pam 3 0.647 0.792 0.908 0.391 0.666 0.500
#> SD:hclust 3 0.854 0.884 0.949 0.517 0.904 0.842
#> CV:hclust 3 0.748 0.845 0.930 0.319 0.907 0.842
#> MAD:hclust 3 0.592 0.778 0.892 0.832 0.700 0.626
#> ATC:hclust 3 0.794 0.877 0.929 0.352 0.926 0.877
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.501 0.674 0.840 0.3523 0.907 0.850
#> CV:NMF 4 0.590 0.709 0.854 0.2384 0.841 0.728
#> MAD:NMF 4 0.471 0.641 0.824 0.3347 0.873 0.790
#> ATC:NMF 4 0.473 0.654 0.807 0.3287 0.832 0.715
#> SD:skmeans 4 0.731 0.786 0.871 0.1659 0.872 0.708
#> CV:skmeans 4 0.844 0.815 0.921 0.1189 0.896 0.756
#> MAD:skmeans 4 0.804 0.749 0.885 0.1487 0.872 0.704
#> ATC:skmeans 4 0.841 0.852 0.927 0.1509 0.877 0.717
#> SD:mclust 4 0.639 0.716 0.856 0.2549 0.866 0.749
#> CV:mclust 4 0.347 0.436 0.680 0.1150 0.834 0.654
#> MAD:mclust 4 0.521 0.636 0.824 0.2636 0.798 0.677
#> ATC:mclust 4 0.654 0.824 0.881 0.3139 0.777 0.615
#> SD:kmeans 4 0.897 0.914 0.936 0.3956 0.755 0.532
#> CV:kmeans 4 1.000 0.960 0.975 0.4510 0.747 0.524
#> MAD:kmeans 4 0.928 0.934 0.959 0.3777 0.748 0.514
#> ATC:kmeans 4 0.993 0.950 0.982 0.4215 0.747 0.518
#> SD:pam 4 0.945 0.919 0.970 0.2400 0.740 0.449
#> CV:pam 4 0.858 0.881 0.953 0.1827 0.841 0.629
#> MAD:pam 4 0.939 0.921 0.970 0.2163 0.739 0.451
#> ATC:pam 4 1.000 0.962 0.985 0.2352 0.739 0.460
#> SD:hclust 4 0.798 0.809 0.914 0.0618 0.978 0.959
#> CV:hclust 4 0.679 0.790 0.893 0.0816 0.969 0.939
#> MAD:hclust 4 0.568 0.695 0.836 0.1018 0.978 0.957
#> ATC:hclust 4 0.583 0.679 0.825 0.3125 0.798 0.623
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.316 0.583 0.735 0.2271 0.883 0.787
#> CV:NMF 5 0.502 0.515 0.751 0.1503 0.827 0.653
#> MAD:NMF 5 0.410 0.557 0.751 0.1519 0.911 0.825
#> ATC:NMF 5 0.527 0.559 0.786 0.1411 0.894 0.770
#> SD:skmeans 5 0.714 0.713 0.845 0.0667 0.946 0.833
#> CV:skmeans 5 0.788 0.761 0.877 0.0552 0.954 0.864
#> MAD:skmeans 5 0.760 0.695 0.846 0.0628 0.958 0.872
#> ATC:skmeans 5 0.764 0.770 0.881 0.0621 0.954 0.862
#> SD:mclust 5 0.458 0.534 0.731 0.1246 0.941 0.862
#> CV:mclust 5 0.435 0.762 0.784 0.1133 0.782 0.467
#> MAD:mclust 5 0.428 0.653 0.755 0.1504 0.935 0.858
#> ATC:mclust 5 0.633 0.699 0.815 0.2428 0.825 0.557
#> SD:kmeans 5 0.700 0.583 0.774 0.1039 0.973 0.910
#> CV:kmeans 5 0.761 0.709 0.783 0.0722 0.916 0.719
#> MAD:kmeans 5 0.702 0.655 0.768 0.0840 0.866 0.583
#> ATC:kmeans 5 0.741 0.744 0.843 0.0891 0.831 0.506
#> SD:pam 5 0.916 0.888 0.945 0.0135 0.993 0.976
#> CV:pam 5 0.879 0.859 0.938 0.0230 0.985 0.948
#> MAD:pam 5 0.933 0.902 0.958 0.0101 0.992 0.973
#> ATC:pam 5 0.840 0.892 0.930 0.0754 0.873 0.616
#> SD:hclust 5 0.676 0.774 0.871 0.0756 0.991 0.982
#> CV:hclust 5 0.617 0.740 0.860 0.0362 0.995 0.989
#> MAD:hclust 5 0.567 0.623 0.779 0.0820 0.958 0.915
#> ATC:hclust 5 0.579 0.605 0.798 0.0642 0.879 0.679
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.386 0.539 0.692 0.1065 0.932 0.853
#> CV:NMF 6 0.491 0.568 0.758 0.1038 0.853 0.632
#> MAD:NMF 6 0.442 0.551 0.749 0.0880 0.900 0.775
#> ATC:NMF 6 0.473 0.403 0.700 0.0866 0.908 0.774
#> SD:skmeans 6 0.741 0.657 0.823 0.0462 0.979 0.926
#> CV:skmeans 6 0.783 0.630 0.825 0.0431 0.964 0.883
#> MAD:skmeans 6 0.725 0.607 0.783 0.0438 0.941 0.807
#> ATC:skmeans 6 0.721 0.759 0.862 0.0458 0.962 0.870
#> SD:mclust 6 0.477 0.499 0.732 0.1182 0.812 0.528
#> CV:mclust 6 0.579 0.731 0.800 0.0598 0.983 0.929
#> MAD:mclust 6 0.504 0.523 0.714 0.1376 0.814 0.543
#> ATC:mclust 6 0.641 0.602 0.764 0.0427 0.908 0.656
#> SD:kmeans 6 0.673 0.538 0.729 0.0494 0.882 0.617
#> CV:kmeans 6 0.713 0.679 0.790 0.0499 0.923 0.703
#> MAD:kmeans 6 0.678 0.568 0.746 0.0509 0.921 0.690
#> ATC:kmeans 6 0.742 0.695 0.794 0.0509 0.857 0.476
#> SD:pam 6 0.756 0.746 0.828 0.0508 0.964 0.875
#> CV:pam 6 0.788 0.814 0.888 0.0303 0.990 0.966
#> MAD:pam 6 0.721 0.640 0.811 0.0628 0.966 0.882
#> ATC:pam 6 0.821 0.825 0.879 0.0460 0.958 0.831
#> SD:hclust 6 0.568 0.618 0.801 0.1310 0.890 0.780
#> CV:hclust 6 0.574 0.624 0.814 0.1235 0.889 0.772
#> MAD:hclust 6 0.600 0.728 0.821 0.0791 0.811 0.605
#> ATC:hclust 6 0.573 0.540 0.747 0.0570 0.878 0.641
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.676 0.836 0.902 0.3193 0.594 0.594
#> 3 3 0.854 0.884 0.949 0.5168 0.904 0.842
#> 4 4 0.798 0.809 0.914 0.0618 0.978 0.959
#> 5 5 0.676 0.774 0.871 0.0756 0.991 0.982
#> 6 6 0.568 0.618 0.801 0.1310 0.890 0.780
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR1390331 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.9954 0.640 0.540 0.460
#> SRR810899 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.9933 0.649 0.548 0.452
#> SRR1474159 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.9933 0.649 0.548 0.452
#> SRR817512 2 0.3879 0.861 0.076 0.924
#> SRR815588 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.9833 0.669 0.576 0.424
#> SRR1364953 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR2165379 2 0.9970 -0.479 0.468 0.532
#> SRR1348202 2 0.4022 0.854 0.080 0.920
#> SRR1465938 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.9954 0.640 0.540 0.460
#> SRR1335536 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.9635 0.681 0.612 0.388
#> SRR1094287 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.3733 0.867 0.072 0.928
#> SRR1458955 1 0.9922 0.653 0.552 0.448
#> SRR1080811 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.9815 -0.309 0.420 0.580
#> SRR1078612 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR814943 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.9963 0.635 0.536 0.464
#> SRR1420791 1 0.9922 0.653 0.552 0.448
#> SRR1394855 1 0.9850 0.667 0.572 0.428
#> SRR1459232 2 0.6801 0.654 0.180 0.820
#> SRR1103118 1 0.9977 0.624 0.528 0.472
#> SRR1441505 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.8144 0.685 0.748 0.252
#> SRR1070479 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR1352069 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.3879 0.861 0.076 0.924
#> SRR1476784 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.9460 0.685 0.636 0.364
#> SRR809667 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR2164975 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.2778 0.903 0.048 0.952
#> SRR1478593 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.4022 0.854 0.080 0.920
#> SRR1488812 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.9732 0.677 0.596 0.404
#> SRR1355304 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR1321204 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.7056 0.624 0.192 0.808
#> SRR1081449 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 1.0000 -0.560 0.496 0.504
#> SRR1399009 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR2166114 2 0.0938 0.950 0.012 0.988
#> SRR812912 1 0.9460 0.685 0.636 0.364
#> SRR810531 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.7139 0.614 0.196 0.804
#> SRR1319608 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.9909 0.656 0.556 0.444
#> SRR1400419 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR820839 1 0.9933 0.649 0.548 0.452
#> SRR1456733 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.9896 -0.384 0.440 0.560
#> SRR1399271 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.9963 0.635 0.536 0.464
#> SRR1466260 1 0.8608 0.686 0.716 0.284
#> SRR1079612 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.9732 0.677 0.596 0.404
#> SRR1442509 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.9850 0.667 0.572 0.428
#> SRR1102852 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR1342995 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0938 0.665 0.988 0.012
#> SRR1090722 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 1.0000 0.571 0.504 0.496
#> SRR1455236 1 0.9998 0.582 0.508 0.492
#> SRR1465289 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.9983 0.618 0.524 0.476
#> SRR1347100 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1314014 1 0.9998 0.582 0.508 0.492
#> SRR1317238 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.3733 0.867 0.072 0.928
#> SRR1380139 2 0.3733 0.867 0.072 0.928
#> SRR1308288 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.9552 0.683 0.624 0.376
#> SRR1319322 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0938 0.950 0.012 0.988
#> SRR1437012 1 0.8016 0.684 0.756 0.244
#> SRR1343919 2 0.7219 0.603 0.200 0.800
#> SRR1081614 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.7056 0.624 0.192 0.808
#> SRR1088241 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.664 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.9850 0.667 0.572 0.428
#> SRR1079455 1 0.9993 0.600 0.516 0.484
#> SRR1328821 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.1411 0.9443 0.036 0.964 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.2066 0.9253 0.060 0.940 0.000
#> SRR1081357 2 0.1289 0.9460 0.032 0.968 0.000
#> SRR1321112 1 0.1919 0.8649 0.956 0.020 0.024
#> SRR810899 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.1015 0.8619 0.980 0.008 0.012
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.0592 0.9563 0.012 0.988 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.2176 0.8627 0.948 0.020 0.032
#> SRR817512 2 0.5560 0.5963 0.300 0.700 0.000
#> SRR815588 2 0.2959 0.8883 0.100 0.900 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1346957 1 0.2845 0.8405 0.920 0.012 0.068
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.1753 0.9355 0.048 0.952 0.000
#> SRR1080859 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR2165379 1 0.2448 0.8097 0.924 0.076 0.000
#> SRR1348202 2 0.5529 0.6048 0.296 0.704 0.000
#> SRR1465938 2 0.0592 0.9562 0.012 0.988 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.3267 0.8711 0.116 0.884 0.000
#> SRR1441614 1 0.1919 0.8649 0.956 0.020 0.024
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1486907 1 0.2590 0.8282 0.924 0.004 0.072
#> SRR1094287 2 0.1289 0.9461 0.032 0.968 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.0892 0.9524 0.020 0.980 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 2 0.5465 0.6208 0.288 0.712 0.000
#> SRR1458955 1 0.1170 0.8615 0.976 0.008 0.016
#> SRR1080811 2 0.2066 0.9264 0.060 0.940 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.5431 0.5104 0.716 0.284 0.000
#> SRR1078612 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.0424 0.8616 0.992 0.008 0.000
#> SRR1420791 1 0.1482 0.8632 0.968 0.012 0.020
#> SRR1394855 1 0.1832 0.8531 0.956 0.008 0.036
#> SRR1459232 2 0.5988 0.4371 0.368 0.632 0.000
#> SRR1103118 1 0.1129 0.8665 0.976 0.020 0.004
#> SRR1441505 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1470379 2 0.1964 0.9287 0.056 0.944 0.000
#> SRR1334762 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1338766 2 0.1289 0.9465 0.032 0.968 0.000
#> SRR1458619 1 0.5882 0.4015 0.652 0.000 0.348
#> SRR1070479 2 0.1289 0.9465 0.032 0.968 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 2 0.6204 0.2854 0.424 0.576 0.000
#> SRR1476784 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1075607 2 0.2959 0.8883 0.100 0.900 0.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.3267 0.7878 0.884 0.000 0.116
#> SRR809667 2 0.2959 0.8886 0.100 0.900 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.3686 0.8419 0.140 0.860 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.0892 0.9524 0.020 0.980 0.000
#> SRR1097549 2 0.0892 0.9524 0.020 0.980 0.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419166 2 0.5560 0.5960 0.300 0.700 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.1860 0.9319 0.052 0.948 0.000
#> SRR1312288 2 0.0592 0.9562 0.012 0.988 0.000
#> SRR1455946 1 0.3043 0.8269 0.908 0.008 0.084
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.0892 0.9525 0.020 0.980 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.1643 0.9381 0.044 0.956 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.6295 0.0796 0.528 0.472 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.1163 0.9483 0.028 0.972 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.1860 0.8412 0.948 0.052 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR2166114 2 0.4062 0.8155 0.164 0.836 0.000
#> SRR812912 1 0.2796 0.8078 0.908 0.000 0.092
#> SRR810531 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.6215 0.2377 0.572 0.428 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.2165 0.9220 0.064 0.936 0.000
#> SRR1464394 1 0.1315 0.8609 0.972 0.008 0.020
#> SRR1400419 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR820839 1 0.1015 0.8619 0.980 0.008 0.012
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.1289 0.9460 0.032 0.968 0.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.4178 0.6724 0.828 0.172 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0424 0.8616 0.992 0.008 0.000
#> SRR1466260 1 0.5591 0.4906 0.696 0.000 0.304
#> SRR1079612 2 0.1163 0.9483 0.028 0.972 0.000
#> SRR1315821 3 0.5327 0.6399 0.272 0.000 0.728
#> SRR1417248 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 3 0.5327 0.6399 0.272 0.000 0.728
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.1031 0.9503 0.024 0.976 0.000
#> SRR1081401 2 0.2959 0.8883 0.100 0.900 0.000
#> SRR1477820 1 0.3043 0.8269 0.908 0.008 0.084
#> SRR1442509 2 0.2959 0.8883 0.100 0.900 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.1832 0.8531 0.956 0.008 0.036
#> SRR1102852 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1486439 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.5560 0.5881 0.300 0.000 0.700
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0592 0.9563 0.012 0.988 0.000
#> SRR1101348 1 0.1643 0.8499 0.956 0.044 0.000
#> SRR1455236 1 0.1529 0.8534 0.960 0.040 0.000
#> SRR1465289 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR813431 1 0.0892 0.8665 0.980 0.020 0.000
#> SRR1347100 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1373921 2 0.3752 0.8403 0.144 0.856 0.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.1529 0.8534 0.960 0.040 0.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 2 0.5216 0.6697 0.260 0.740 0.000
#> SRR1380139 2 0.5706 0.5561 0.320 0.680 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.1031 0.9506 0.024 0.976 0.000
#> SRR1404421 1 0.2537 0.8179 0.920 0.000 0.080
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 2 0.1289 0.9461 0.032 0.968 0.000
#> SRR2185137 2 0.4062 0.8155 0.164 0.836 0.000
#> SRR1437012 1 0.6140 0.2523 0.596 0.000 0.404
#> SRR1343919 1 0.6204 0.2508 0.576 0.424 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.6305 0.0716 0.484 0.516 0.000
#> SRR1088241 2 0.1529 0.9405 0.040 0.960 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9486 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.1832 0.8531 0.956 0.008 0.036
#> SRR1079455 1 0.1289 0.8603 0.968 0.032 0.000
#> SRR1328821 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.0188 0.9489 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480675 1 0.0188 0.6618 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390331 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1084347 2 0.2111 0.9243 0.044 0.932 0.000 0.024
#> SRR1352597 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1089643 2 0.2670 0.9018 0.072 0.904 0.000 0.024
#> SRR1081357 2 0.1820 0.9296 0.036 0.944 0.000 0.020
#> SRR1321112 1 0.1637 0.6310 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR810899 3 0.0592 0.9120 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1105489 1 0.3764 0.4552 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1474159 2 0.0927 0.9446 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1387308 2 0.0336 0.9493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR808065 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1073531 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1081688 2 0.1284 0.9458 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR1471029 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR811447 1 0.2589 0.5849 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR817512 2 0.5343 0.5439 0.316 0.656 0.000 0.028
#> SRR815588 2 0.3166 0.8651 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR1380847 2 0.0376 0.9481 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1327327 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1322355 2 0.0336 0.9493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1333370 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1432476 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1345200 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1398293 2 0.0524 0.9476 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1346957 1 0.3893 0.4472 0.796 0.000 0.008 0.196
#> SRR1364953 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1347998 2 0.0469 0.9494 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1069734 2 0.2363 0.9148 0.056 0.920 0.000 0.024
#> SRR1080859 1 0.0000 0.6624 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.2589 0.5799 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1348202 2 0.5322 0.5545 0.312 0.660 0.000 0.028
#> SRR1465938 2 0.1411 0.9377 0.020 0.960 0.000 0.020
#> SRR1381327 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1375658 2 0.0188 0.9491 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1379220 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1457148 2 0.3764 0.8446 0.116 0.844 0.000 0.040
#> SRR1441614 1 0.1637 0.6310 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1335536 2 0.0188 0.9491 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083554 2 0.0376 0.9494 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1486907 4 0.4972 0.3975 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1094287 2 0.2021 0.9254 0.040 0.936 0.000 0.024
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9489 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1380569 2 0.0524 0.9474 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1337977 2 0.0524 0.9490 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1398775 2 0.0804 0.9458 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1090604 2 0.1510 0.9355 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1419361 2 0.0376 0.9481 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9160 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337052 3 0.1302 0.8930 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1489075 2 0.5277 0.5704 0.304 0.668 0.000 0.028
#> SRR1458955 1 0.3356 0.5181 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1080811 2 0.2489 0.9079 0.068 0.912 0.000 0.020
#> SRR1407734 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1454568 1 0.4706 0.3006 0.732 0.248 0.000 0.020
#> SRR1078612 2 0.0524 0.9476 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9160 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0592 0.9120 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1446911 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR818850 1 0.0188 0.6618 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814943 2 0.0188 0.9491 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347481 3 0.0592 0.9120 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1384668 1 0.3486 0.4976 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1420791 1 0.3311 0.5222 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1394855 1 0.4661 0.1844 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1459232 2 0.5428 0.3909 0.380 0.600 0.000 0.020
#> SRR1103118 1 0.0336 0.6597 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441505 2 0.0672 0.9466 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1470379 2 0.2596 0.9052 0.068 0.908 0.000 0.024
#> SRR1334762 2 0.0672 0.9466 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1338766 2 0.1929 0.9279 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR1458619 4 0.7088 0.6103 0.228 0.000 0.204 0.568
#> SRR1070479 2 0.2021 0.9258 0.040 0.936 0.000 0.024
#> SRR1077753 2 0.0188 0.9491 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087055 1 0.0000 0.6624 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9160 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.5750 0.1989 0.440 0.532 0.000 0.028
#> SRR1476784 2 0.0672 0.9466 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1075607 2 0.3166 0.8651 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR1458066 2 0.0804 0.9458 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1078299 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1387685 4 0.3975 0.6954 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR809667 2 0.3166 0.8654 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR1322334 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1419518 1 0.0000 0.6624 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1081663 2 0.3813 0.8213 0.148 0.828 0.000 0.024
#> SRR1478593 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1432145 2 0.0188 0.9491 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1409153 2 0.1510 0.9355 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1097549 2 0.1510 0.9355 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1082307 2 0.0804 0.9458 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1419166 2 0.5322 0.5518 0.312 0.660 0.000 0.028
#> SRR1488812 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1381229 2 0.2521 0.9086 0.064 0.912 0.000 0.024
#> SRR1312288 2 0.1042 0.9427 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1455946 1 0.5024 0.1013 0.632 0.000 0.008 0.360
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9160 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1444264 2 0.1510 0.9359 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1332733 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1460279 1 0.0921 0.6567 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1321204 3 0.0592 0.9120 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1351033 2 0.0524 0.9490 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1409022 3 0.1302 0.8930 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1311329 2 0.0336 0.9493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1101304 2 0.2197 0.9201 0.048 0.928 0.000 0.024
#> SRR1096900 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1431535 2 0.0336 0.9492 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1432980 1 0.5564 0.1606 0.544 0.436 0.000 0.020
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9160 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.1929 0.9275 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR1093290 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1380699 1 0.1284 0.6458 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1399009 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1101931 1 0.0000 0.6624 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.5050 0.7475 0.152 0.764 0.000 0.084
#> SRR812912 4 0.4500 0.6623 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR810531 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1500052 1 0.5376 0.2075 0.588 0.396 0.000 0.016
#> SRR1319608 3 0.0592 0.9120 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1464960 2 0.0657 0.9468 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1076490 2 0.0779 0.9456 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1370528 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1068788 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1457637 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR821518 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1378660 2 0.0672 0.9484 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1430468 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9160 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.2742 0.8982 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1464394 1 0.4008 0.4049 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1400419 1 0.0188 0.6618 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820839 1 0.3610 0.4741 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1456733 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1360218 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1080022 2 0.1724 0.9314 0.032 0.948 0.000 0.020
#> SRR1093885 2 0.0524 0.9490 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1072845 1 0.3554 0.4559 0.844 0.136 0.000 0.020
#> SRR1399271 2 0.0336 0.9493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1361264 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR814082 1 0.3123 0.5387 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1466260 4 0.7113 0.6625 0.276 0.000 0.172 0.552
#> SRR1079612 2 0.1929 0.9275 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR1315821 3 0.6514 0.4295 0.152 0.000 0.636 0.212
#> SRR1417248 2 0.0376 0.9494 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR807517 3 0.6514 0.4295 0.152 0.000 0.636 0.212
#> SRR1120961 2 0.0336 0.9492 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1457661 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1420368 2 0.0336 0.9492 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1071429 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1378971 2 0.0672 0.9485 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1120847 2 0.1833 0.9296 0.032 0.944 0.000 0.024
#> SRR1081401 2 0.3278 0.8621 0.116 0.864 0.000 0.020
#> SRR1477820 1 0.5024 0.1013 0.632 0.000 0.008 0.360
#> SRR1442509 2 0.3166 0.8651 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR1443070 2 0.0336 0.9493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1435923 1 0.4661 0.1844 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1102852 2 0.0376 0.9494 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1486439 1 0.0921 0.6567 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1342995 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1314788 3 0.7031 0.2525 0.152 0.000 0.552 0.296
#> SRR1090722 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1356421 2 0.0895 0.9445 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1101348 1 0.1059 0.6524 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1455236 1 0.0895 0.6549 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1465289 2 0.0376 0.9494 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR813431 1 0.0000 0.6624 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0376 0.9483 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1373921 2 0.3900 0.8078 0.164 0.816 0.000 0.020
#> SRR1341142 2 0.0779 0.9456 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1343053 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1408494 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1095213 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1314014 1 0.0895 0.6549 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1317238 2 0.0804 0.9490 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9160 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.5105 0.6238 0.276 0.696 0.000 0.028
#> SRR1380139 2 0.5442 0.5007 0.336 0.636 0.000 0.028
#> SRR1308288 2 0.0188 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389018 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1399501 2 0.0804 0.9458 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1358260 2 0.0469 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1096946 2 0.1833 0.9298 0.032 0.944 0.000 0.024
#> SRR1404421 4 0.4564 0.6516 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9489 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9160 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.2021 0.9255 0.040 0.936 0.000 0.024
#> SRR2185137 2 0.5003 0.7513 0.148 0.768 0.000 0.084
#> SRR1437012 4 0.6845 0.5036 0.168 0.000 0.236 0.596
#> SRR1343919 1 0.5453 0.2113 0.592 0.388 0.000 0.020
#> SRR1081614 2 0.0188 0.9491 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1352256 2 0.0779 0.9456 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1499156 1 0.5606 -0.0103 0.500 0.480 0.000 0.020
#> SRR1088241 2 0.1576 0.9301 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9160 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.4661 0.1844 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1079455 1 0.0469 0.6599 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0804 0.9478 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1357367 2 0.0188 0.9491 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 2 0.1197 0.90773 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1480675 1 0.0703 0.67145 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1390331 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1084347 2 0.3309 0.86313 0.036 0.836 0.000 0.128 0.000
#> SRR1352597 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1089643 2 0.4049 0.82061 0.056 0.780 0.000 0.164 0.000
#> SRR1081357 2 0.3238 0.86142 0.028 0.836 0.000 0.136 0.000
#> SRR1321112 1 0.1800 0.64612 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR810899 3 0.0609 0.94468 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1105489 1 0.4127 0.28150 0.680 0.000 0.000 0.312 0.008
#> SRR1474159 2 0.2011 0.89634 0.004 0.908 0.000 0.088 0.000
#> SRR1387308 2 0.0771 0.90838 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR808065 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1073531 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1081688 2 0.2466 0.89900 0.012 0.900 0.000 0.076 0.012
#> SRR1471029 2 0.0609 0.90734 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR811447 1 0.2983 0.60082 0.868 0.000 0.000 0.056 0.076
#> SRR817512 2 0.6287 0.39443 0.276 0.528 0.000 0.196 0.000
#> SRR815588 2 0.4322 0.79768 0.088 0.768 0.000 0.144 0.000
#> SRR1380847 2 0.0865 0.91006 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR1327327 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1322355 2 0.0912 0.91033 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1333370 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1432476 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1345200 2 0.0609 0.90734 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1398293 2 0.1443 0.90879 0.004 0.948 0.000 0.044 0.004
#> SRR1346957 1 0.4461 0.39926 0.728 0.000 0.000 0.052 0.220
#> SRR1364953 2 0.0865 0.90752 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1347998 2 0.1018 0.91067 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1069734 2 0.3452 0.84870 0.032 0.820 0.000 0.148 0.000
#> SRR1080859 1 0.0162 0.67543 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2165379 1 0.3255 0.58593 0.848 0.000 0.000 0.100 0.052
#> SRR1348202 2 0.6271 0.41752 0.272 0.532 0.000 0.196 0.000
#> SRR1465938 2 0.2522 0.88458 0.012 0.880 0.000 0.108 0.000
#> SRR1381327 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1375658 2 0.0693 0.91064 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1379220 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1457148 2 0.4683 0.78529 0.104 0.748 0.000 0.144 0.004
#> SRR1441614 1 0.1800 0.64612 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR1335536 2 0.0566 0.90935 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1083554 2 0.0865 0.91028 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR1486907 4 0.6093 0.60145 0.192 0.000 0.000 0.568 0.240
#> SRR1094287 2 0.3276 0.86116 0.032 0.836 0.000 0.132 0.000
#> SRR1464577 2 0.0579 0.90997 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1429579 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1380569 2 0.1952 0.89758 0.004 0.912 0.000 0.084 0.000
#> SRR1337977 2 0.1205 0.90906 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR1398775 2 0.2011 0.89665 0.004 0.908 0.000 0.088 0.000
#> SRR1090604 2 0.2236 0.89559 0.024 0.908 0.000 0.068 0.000
#> SRR1419361 2 0.1124 0.90905 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.94772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.1626 0.90901 0.000 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR1337052 3 0.1544 0.91107 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1489075 2 0.6246 0.42598 0.272 0.536 0.000 0.192 0.000
#> SRR1458955 1 0.3750 0.44241 0.756 0.000 0.000 0.232 0.012
#> SRR1080811 2 0.3437 0.85562 0.048 0.832 0.000 0.120 0.000
#> SRR1407734 2 0.0671 0.90934 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1454568 1 0.5258 0.35472 0.680 0.180 0.000 0.140 0.000
#> SRR1078612 2 0.1591 0.90804 0.004 0.940 0.000 0.052 0.004
#> SRR1345347 3 0.2462 0.88618 0.000 0.000 0.880 0.112 0.008
#> SRR1381613 3 0.0609 0.94468 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1446911 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR818850 1 0.0290 0.67553 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR814943 2 0.0693 0.91049 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1347481 3 0.0609 0.94468 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1384668 1 0.4003 0.34937 0.704 0.000 0.000 0.288 0.008
#> SRR1420791 1 0.3803 0.51565 0.804 0.000 0.000 0.140 0.056
#> SRR1394855 4 0.5509 0.67894 0.360 0.000 0.000 0.564 0.076
#> SRR1459232 2 0.6268 0.24539 0.360 0.484 0.000 0.156 0.000
#> SRR1103118 1 0.0290 0.67264 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441505 2 0.1408 0.90714 0.008 0.948 0.000 0.044 0.000
#> SRR1470379 2 0.3944 0.82748 0.052 0.788 0.000 0.160 0.000
#> SRR1334762 2 0.1764 0.90311 0.008 0.928 0.000 0.064 0.000
#> SRR1338766 2 0.2879 0.87831 0.032 0.868 0.000 0.100 0.000
#> SRR1458619 5 0.4753 0.52530 0.164 0.000 0.020 0.064 0.752
#> SRR1070479 2 0.3238 0.86181 0.028 0.836 0.000 0.136 0.000
#> SRR1077753 2 0.0404 0.90874 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1087055 1 0.0162 0.67543 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1352069 3 0.2179 0.89020 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1405182 2 0.6478 0.00986 0.396 0.420 0.000 0.184 0.000
#> SRR1476784 2 0.1764 0.90311 0.008 0.928 0.000 0.064 0.000
#> SRR1075607 2 0.4322 0.79768 0.088 0.768 0.000 0.144 0.000
#> SRR1458066 2 0.2179 0.89275 0.004 0.896 0.000 0.100 0.000
#> SRR1078299 2 0.0771 0.90848 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1387685 5 0.5519 -0.22616 0.068 0.000 0.000 0.412 0.520
#> SRR809667 2 0.4309 0.79849 0.084 0.768 0.000 0.148 0.000
#> SRR1322334 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1419518 1 0.0000 0.67561 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.1701 0.90918 0.000 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1081663 2 0.4926 0.74526 0.132 0.716 0.000 0.152 0.000
#> SRR1478593 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1432145 2 0.0566 0.90935 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1409153 2 0.2171 0.89701 0.024 0.912 0.000 0.064 0.000
#> SRR1097549 2 0.2171 0.89701 0.024 0.912 0.000 0.064 0.000
#> SRR1082307 2 0.2179 0.89275 0.004 0.896 0.000 0.100 0.000
#> SRR1419166 2 0.6287 0.39991 0.276 0.528 0.000 0.196 0.000
#> SRR1488812 2 0.0898 0.90912 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1381229 2 0.3904 0.83090 0.052 0.792 0.000 0.156 0.000
#> SRR1312288 2 0.2361 0.89031 0.012 0.892 0.000 0.096 0.000
#> SRR1455946 1 0.6155 0.04088 0.548 0.000 0.000 0.176 0.276
#> SRR1355304 3 0.0000 0.94772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0771 0.90840 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1444264 2 0.2921 0.87309 0.020 0.856 0.000 0.124 0.000
#> SRR1332733 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1460279 1 0.1732 0.65449 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1321204 3 0.0609 0.94468 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1351033 2 0.1571 0.90478 0.004 0.936 0.000 0.060 0.000
#> SRR1409022 3 0.1544 0.91107 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1311329 2 0.0771 0.90838 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1101304 2 0.3452 0.85165 0.032 0.820 0.000 0.148 0.000
#> SRR1096900 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1431535 2 0.0609 0.90758 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1432980 1 0.6432 0.20103 0.492 0.304 0.000 0.204 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.94772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.3238 0.86080 0.028 0.836 0.000 0.136 0.000
#> SRR1093290 2 0.0771 0.90848 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1380699 1 0.1725 0.65885 0.936 0.020 0.000 0.044 0.000
#> SRR1399009 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1101931 1 0.0000 0.67561 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.5867 0.67504 0.124 0.656 0.000 0.196 0.024
#> SRR812912 4 0.5405 0.40329 0.064 0.000 0.000 0.556 0.380
#> SRR810531 2 0.0771 0.90848 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1500052 1 0.6216 0.22732 0.536 0.284 0.000 0.180 0.000
#> SRR1319608 3 0.0609 0.94468 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1464960 2 0.1571 0.90475 0.004 0.936 0.000 0.060 0.000
#> SRR1076490 2 0.1831 0.90027 0.004 0.920 0.000 0.076 0.000
#> SRR1370528 2 0.0865 0.90752 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1068788 2 0.0609 0.90736 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1457637 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR821518 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1378660 2 0.0693 0.91068 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000
#> SRR1430468 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1443847 3 0.0000 0.94772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.4114 0.81673 0.060 0.776 0.000 0.164 0.000
#> SRR1464394 1 0.4592 0.17299 0.644 0.000 0.000 0.332 0.024
#> SRR1400419 1 0.0290 0.67553 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR820839 1 0.3934 0.34640 0.716 0.000 0.000 0.276 0.008
#> SRR1456733 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1360218 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1080022 2 0.2795 0.87934 0.028 0.872 0.000 0.100 0.000
#> SRR1093885 2 0.0955 0.90992 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1072845 1 0.4069 0.50589 0.788 0.076 0.000 0.136 0.000
#> SRR1399271 2 0.1300 0.91070 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR1361264 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR814082 1 0.3563 0.47628 0.780 0.000 0.000 0.208 0.012
#> SRR1466260 5 0.5572 0.42791 0.224 0.000 0.020 0.088 0.668
#> SRR1079612 2 0.3238 0.86080 0.028 0.836 0.000 0.136 0.000
#> SRR1315821 5 0.7577 0.53590 0.100 0.000 0.272 0.148 0.480
#> SRR1417248 2 0.1341 0.90601 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR807517 5 0.7577 0.53590 0.100 0.000 0.272 0.148 0.480
#> SRR1120961 2 0.0510 0.90822 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1457661 2 0.0671 0.90929 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1420368 2 0.0609 0.90758 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1071429 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1378971 2 0.1704 0.90294 0.004 0.928 0.000 0.068 0.000
#> SRR1120847 2 0.2964 0.87192 0.024 0.856 0.000 0.120 0.000
#> SRR1081401 2 0.4404 0.79126 0.088 0.760 0.000 0.152 0.000
#> SRR1477820 1 0.6155 0.04088 0.548 0.000 0.000 0.176 0.276
#> SRR1442509 2 0.4322 0.79768 0.088 0.768 0.000 0.144 0.000
#> SRR1443070 2 0.0912 0.91033 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1435923 4 0.5509 0.67894 0.360 0.000 0.000 0.564 0.076
#> SRR1102852 2 0.0566 0.91067 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1486439 1 0.1732 0.65449 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1342995 2 0.0609 0.90734 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1314788 5 0.6938 0.60275 0.100 0.000 0.160 0.148 0.592
#> SRR1090722 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1356421 2 0.2248 0.89422 0.012 0.900 0.000 0.088 0.000
#> SRR1101348 1 0.1106 0.67111 0.964 0.012 0.000 0.024 0.000
#> SRR1455236 1 0.1410 0.66713 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1465289 2 0.0566 0.91067 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.67561 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.1124 0.90867 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR1373921 2 0.5184 0.71154 0.136 0.688 0.000 0.176 0.000
#> SRR1341142 2 0.1704 0.90252 0.004 0.928 0.000 0.068 0.000
#> SRR1343053 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1408494 2 0.0609 0.90736 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1095213 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1314014 1 0.1410 0.66713 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1317238 2 0.1901 0.90801 0.004 0.928 0.000 0.056 0.012
#> SRR1071379 3 0.0000 0.94772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.6087 0.49787 0.244 0.568 0.000 0.188 0.000
#> SRR1380139 2 0.6394 0.34609 0.292 0.504 0.000 0.204 0.000
#> SRR1308288 2 0.0693 0.91008 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1389018 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1399501 2 0.2179 0.89275 0.004 0.896 0.000 0.100 0.000
#> SRR1358260 2 0.0703 0.90633 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1096946 2 0.3106 0.86572 0.024 0.844 0.000 0.132 0.000
#> SRR1404421 4 0.5530 0.43297 0.076 0.000 0.000 0.556 0.368
#> SRR1319322 2 0.0693 0.90988 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1309425 3 0.2462 0.88618 0.000 0.000 0.880 0.112 0.008
#> SRR1087535 2 0.3241 0.85892 0.024 0.832 0.000 0.144 0.000
#> SRR2185137 2 0.6036 0.64092 0.124 0.632 0.000 0.220 0.024
#> SRR1437012 5 0.4452 0.55694 0.100 0.000 0.040 0.064 0.796
#> SRR1343919 1 0.6193 0.23412 0.544 0.272 0.000 0.184 0.000
#> SRR1081614 2 0.0566 0.90935 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1352256 2 0.1831 0.90027 0.004 0.920 0.000 0.076 0.000
#> SRR1499156 1 0.6532 0.16602 0.448 0.348 0.000 0.204 0.000
#> SRR1088241 2 0.2570 0.88650 0.028 0.888 0.000 0.084 0.000
#> SRR1328125 3 0.2462 0.88618 0.000 0.000 0.880 0.112 0.008
#> SRR1339130 4 0.5509 0.67894 0.360 0.000 0.000 0.564 0.076
#> SRR1079455 1 0.0807 0.67447 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR1328821 2 0.1764 0.90341 0.008 0.928 0.000 0.064 0.000
#> SRR1357367 2 0.0807 0.91038 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.2854 0.6694 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.2278 0.7005 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004 0.000
#> SRR1390331 2 0.0547 0.7511 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.4228 0.2219 0.020 0.588 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1352597 2 0.0363 0.7589 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.4246 -0.0402 0.016 0.532 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.4159 0.2111 0.016 0.588 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.2164 0.6985 0.908 0.000 0.000 0.008 0.056 0.028
#> SRR810899 3 0.0547 0.9189 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1105489 1 0.5364 0.4612 0.572 0.000 0.000 0.152 0.000 0.276
#> SRR1474159 2 0.3244 0.5912 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0790 0.7659 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0713 0.7461 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0260 0.7601 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.3230 0.6338 0.012 0.776 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0260 0.7626 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.3140 0.6656 0.844 0.000 0.000 0.008 0.056 0.092
#> SRR817512 4 0.4907 0.6876 0.100 0.248 0.000 0.648 0.000 0.004
#> SRR815588 4 0.4262 0.3541 0.016 0.476 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.2219 0.7313 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.1327 0.7612 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0146 0.7615 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0260 0.7601 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0458 0.7648 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.2631 0.7003 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.5103 0.4030 0.640 0.000 0.000 0.040 0.272 0.048
#> SRR1364953 2 0.0632 0.7536 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.1610 0.7552 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.4234 -0.0450 0.016 0.544 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.1444 0.7310 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.4329 0.5270 0.700 0.000 0.000 0.240 0.056 0.004
#> SRR1348202 4 0.5030 0.6859 0.108 0.256 0.000 0.632 0.000 0.004
#> SRR1465938 2 0.3668 0.4647 0.004 0.668 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1381327 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.1765 0.7598 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0363 0.7595 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.4403 -0.1263 0.008 0.520 0.000 0.460 0.012 0.000
#> SRR1441614 1 0.2164 0.6985 0.908 0.000 0.000 0.008 0.056 0.028
#> SRR1335536 2 0.0937 0.7610 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.1814 0.7501 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1486907 6 0.2701 0.6571 0.104 0.000 0.000 0.028 0.004 0.864
#> SRR1094287 2 0.4002 0.2247 0.008 0.588 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.1141 0.7655 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.2969 0.6573 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.2219 0.7339 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.3371 0.5533 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.3695 0.5398 0.016 0.712 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.2378 0.7217 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.1714 0.7528 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.1501 0.8823 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1489075 4 0.4885 0.6835 0.092 0.260 0.000 0.644 0.000 0.004
#> SRR1458955 1 0.4955 0.5762 0.660 0.000 0.000 0.132 0.004 0.204
#> SRR1080811 2 0.4205 0.0508 0.016 0.564 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.0937 0.7664 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.5688 0.3086 0.504 0.112 0.000 0.372 0.004 0.008
#> SRR1078612 2 0.2697 0.6946 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.2883 0.7920 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1381613 3 0.0547 0.9189 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1446911 2 0.0363 0.7611 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.2053 0.7299 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004 0.000
#> SRR814943 2 0.1141 0.7655 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0547 0.9189 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1384668 1 0.5208 0.5148 0.604 0.000 0.000 0.148 0.000 0.248
#> SRR1420791 1 0.3549 0.6334 0.776 0.000 0.000 0.028 0.004 0.192
#> SRR1394855 6 0.4823 0.6639 0.216 0.000 0.000 0.124 0.000 0.660
#> SRR1459232 4 0.5867 0.6492 0.216 0.272 0.000 0.508 0.000 0.004
#> SRR1103118 1 0.0665 0.7246 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1441505 2 0.2912 0.6636 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.4238 0.0021 0.016 0.540 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1334762 2 0.3050 0.6411 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR1338766 2 0.4118 0.3258 0.020 0.628 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1458619 5 0.5370 0.5260 0.104 0.000 0.000 0.008 0.564 0.324
#> SRR1070479 2 0.4002 0.2252 0.008 0.588 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.1007 0.7602 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.1444 0.7310 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.2793 0.7992 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1405182 4 0.4723 0.5169 0.180 0.140 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.3050 0.6411 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR1075607 4 0.4262 0.3541 0.016 0.476 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.3428 0.5316 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0547 0.7642 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1387685 6 0.3341 0.2861 0.012 0.000 0.000 0.004 0.208 0.776
#> SRR809667 4 0.4262 0.3524 0.016 0.476 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0713 0.7315 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.2664 0.6856 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.4930 0.3848 0.052 0.448 0.000 0.496 0.000 0.004
#> SRR1478593 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.1007 0.7589 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.3674 0.5482 0.016 0.716 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.3674 0.5482 0.016 0.716 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1082307 2 0.3428 0.5316 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1419166 4 0.4929 0.6875 0.100 0.252 0.000 0.644 0.000 0.004
#> SRR1488812 2 0.0547 0.7647 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.4234 0.0255 0.016 0.544 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.3489 0.5516 0.004 0.708 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.6187 0.1064 0.484 0.000 0.000 0.016 0.272 0.228
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0547 0.7596 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.3830 0.3297 0.004 0.620 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.3014 0.7145 0.832 0.000 0.000 0.132 0.000 0.036
#> SRR1321204 3 0.0547 0.9189 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1351033 2 0.2631 0.7026 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.1444 0.8851 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1311329 2 0.0713 0.7658 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.4229 0.0217 0.016 0.548 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0713 0.7518 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.4955 0.2873 0.284 0.088 0.000 0.624 0.000 0.004
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.3993 0.2363 0.008 0.592 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.0547 0.7642 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.3151 0.6600 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0713 0.7315 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.4740 0.4294 0.012 0.416 0.000 0.544 0.028 0.000
#> SRR812912 6 0.0405 0.5643 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR810531 2 0.0547 0.7642 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1500052 4 0.4886 0.1821 0.312 0.072 0.000 0.612 0.000 0.004
#> SRR1319608 3 0.0547 0.9189 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1464960 2 0.2969 0.6538 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.3198 0.6027 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0363 0.7620 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0363 0.7642 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.2048 0.7408 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.1075 0.7449 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.4250 -0.0643 0.016 0.528 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.5096 0.4061 0.576 0.000 0.000 0.100 0.000 0.324
#> SRR1400419 1 0.2053 0.7299 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004 0.000
#> SRR820839 1 0.5061 0.5385 0.620 0.000 0.000 0.128 0.000 0.252
#> SRR1456733 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0146 0.7615 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.4039 0.3363 0.016 0.632 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.2454 0.7167 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.4731 0.4597 0.572 0.028 0.000 0.388 0.004 0.008
#> SRR1399271 2 0.1610 0.7565 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.4824 0.5983 0.680 0.000 0.000 0.136 0.004 0.180
#> SRR1466260 5 0.6122 0.3776 0.192 0.000 0.000 0.012 0.448 0.348
#> SRR1079612 2 0.3993 0.2363 0.008 0.592 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1315821 5 0.2872 0.6413 0.024 0.000 0.140 0.000 0.836 0.000
#> SRR1417248 2 0.2092 0.7375 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR807517 5 0.2872 0.6413 0.024 0.000 0.140 0.000 0.836 0.000
#> SRR1120961 2 0.0865 0.7653 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0790 0.7659 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0547 0.7565 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.2912 0.6649 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.3923 0.3190 0.008 0.620 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1081401 4 0.4258 0.3730 0.016 0.468 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.6187 0.1064 0.484 0.000 0.000 0.016 0.272 0.228
#> SRR1442509 4 0.4262 0.3541 0.016 0.476 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.1204 0.7630 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1435923 6 0.4823 0.6639 0.216 0.000 0.000 0.124 0.000 0.660
#> SRR1102852 2 0.1556 0.7574 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.3014 0.7145 0.832 0.000 0.000 0.132 0.000 0.036
#> SRR1342995 2 0.0260 0.7626 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1314788 5 0.1341 0.6513 0.024 0.000 0.028 0.000 0.948 0.000
#> SRR1090722 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.3309 0.5658 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.2340 0.7093 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.3152 0.7017 0.792 0.000 0.000 0.196 0.004 0.008
#> SRR1465289 2 0.1556 0.7574 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0547 0.7276 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.2562 0.7055 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1373921 4 0.4310 0.5253 0.024 0.396 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.3126 0.6195 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0260 0.7601 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0260 0.7606 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.3152 0.7017 0.792 0.000 0.000 0.196 0.004 0.008
#> SRR1317238 2 0.2597 0.7035 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9216 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.4945 0.6645 0.084 0.292 0.000 0.620 0.000 0.004
#> SRR1380139 4 0.4681 0.6817 0.112 0.212 0.000 0.676 0.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.0937 0.7666 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.1007 0.7349 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.3428 0.5316 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0632 0.7490 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.3975 0.2661 0.008 0.600 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1404421 6 0.0520 0.5788 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984
#> SRR1319322 2 0.1556 0.7585 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.2883 0.7920 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1087535 2 0.4010 0.2068 0.008 0.584 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR2185137 4 0.4697 0.4813 0.012 0.392 0.000 0.568 0.028 0.000
#> SRR1437012 5 0.4728 0.5646 0.024 0.000 0.020 0.004 0.628 0.324
#> SRR1343919 4 0.4929 0.1496 0.324 0.072 0.000 0.600 0.000 0.004
#> SRR1081614 2 0.1007 0.7589 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.3126 0.6211 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1499156 4 0.5288 0.4210 0.264 0.132 0.000 0.600 0.000 0.004
#> SRR1088241 2 0.3672 0.4823 0.008 0.688 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.2883 0.7920 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1339130 6 0.4823 0.6639 0.216 0.000 0.000 0.124 0.000 0.660
#> SRR1079455 1 0.2048 0.7287 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.2697 0.6946 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.1007 0.7663 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.756 0.910 0.948 0.3356 0.617 0.617
#> 3 3 1.000 0.973 0.990 0.4650 0.846 0.759
#> 4 4 0.897 0.914 0.936 0.3956 0.755 0.532
#> 5 5 0.700 0.583 0.774 0.1039 0.973 0.910
#> 6 6 0.673 0.538 0.729 0.0494 0.882 0.617
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.971 0.593 0.600 0.400
#> SRR1390331 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.781 0.773 0.768 0.232
#> SRR810899 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.991 0.509 0.556 0.444
#> SRR1474159 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.781 0.773 0.768 0.232
#> SRR817512 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.795 0.769 0.760 0.240
#> SRR1364953 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.991 0.509 0.556 0.444
#> SRR2165379 1 0.795 0.769 0.760 0.240
#> SRR1348202 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.781 0.773 0.768 0.232
#> SRR1335536 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.722 0.784 0.800 0.200
#> SRR1094287 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.795 0.769 0.760 0.240
#> SRR1080811 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.971 0.593 0.600 0.400
#> SRR814943 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.991 0.509 0.556 0.444
#> SRR1420791 1 0.795 0.769 0.760 0.240
#> SRR1394855 1 0.971 0.593 0.600 0.400
#> SRR1459232 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.795 0.769 0.760 0.240
#> SRR1441505 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.991 0.509 0.556 0.444
#> SRR1352069 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1476784 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.881 0.422 0.300 0.700
#> SRR2164975 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.722 0.784 0.800 0.200
#> SRR1355304 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.991 0.509 0.556 0.444
#> SRR1321204 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.644 0.748 0.164 0.836
#> SRR1399009 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.821 0.756 0.744 0.256
#> SRR2166114 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.795 0.769 0.760 0.240
#> SRR1400419 2 0.644 0.748 0.164 0.836
#> SRR820839 1 0.991 0.509 0.556 0.444
#> SRR1456733 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.430 0.873 0.088 0.912
#> SRR1399271 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.991 0.509 0.556 0.444
#> SRR1466260 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.745 0.781 0.788 0.212
#> SRR1442509 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.971 0.593 0.600 0.400
#> SRR1102852 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.991 0.509 0.556 0.444
#> SRR1342995 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1101348 2 0.745 0.652 0.212 0.788
#> SRR1455236 2 0.730 0.669 0.204 0.796
#> SRR1465289 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.971 0.593 0.600 0.400
#> SRR1347100 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.653 0.741 0.168 0.832
#> SRR1317238 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.722 0.784 0.800 0.200
#> SRR1319322 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.644 0.748 0.164 0.836
#> SRR1081614 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.000 0.810 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.971 0.593 0.600 0.400
#> SRR1079455 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1328821 2 0.000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.000 0.988 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.0237 0.992 0.004 0.996 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0237 0.992 0.004 0.996 0.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.4062 0.802 0.164 0.836 0.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 1 0.3038 0.811 0.896 0.104 0.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.4555 0.645 0.800 0.200 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0237 0.992 0.004 0.996 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.0237 0.992 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458619 1 0.6126 0.295 0.600 0.000 0.400
#> SRR1070479 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0237 0.963 0.996 0.000 0.004
#> SRR809667 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0237 0.992 0.004 0.996 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419166 2 0.1964 0.938 0.056 0.944 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.0237 0.992 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.3038 0.810 0.896 0.104 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.1964 0.938 0.056 0.944 0.000
#> SRR812912 3 0.6026 0.398 0.376 0.000 0.624
#> SRR810531 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 2 0.4062 0.802 0.164 0.836 0.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.1031 0.958 0.024 0.000 0.976
#> SRR1090722 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.1964 0.938 0.056 0.944 0.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 2 0.1964 0.938 0.056 0.944 0.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 1 0.0237 0.963 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319322 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437012 3 0.0892 0.962 0.020 0.000 0.980
#> SRR1343919 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 1 0.4605 0.638 0.796 0.204 0.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1084347 4 0.0188 0.945 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1352597 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1089643 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081357 4 0.0188 0.945 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1321112 1 0.0188 0.945 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0817 0.945 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1105489 1 0.0188 0.945 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR808065 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1073531 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1081688 4 0.3486 0.753 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1471029 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR811447 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0336 0.942 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR815588 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380847 4 0.3400 0.763 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1327327 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1322355 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1333370 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1432476 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1345200 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1398293 4 0.4134 0.628 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1346957 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1347998 4 0.3486 0.753 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1069734 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0336 0.943 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.0921 0.922 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1465938 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1375658 4 0.3837 0.695 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1379220 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1457148 4 0.0336 0.943 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1441614 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1083554 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0921 0.935 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1429579 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1380569 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337977 4 0.0188 0.945 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1398775 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090604 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419361 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.4961 0.310 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1337052 3 0.0336 0.949 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1489075 4 0.2281 0.836 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1458955 1 0.0336 0.944 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1080811 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.5000 0.122 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1454568 4 0.4888 0.240 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1078612 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345347 3 0.0336 0.949 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1381613 3 0.0817 0.945 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1446911 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR818850 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1347481 3 0.0817 0.945 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0817 0.936 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0188 0.945 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1103118 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470379 4 0.0188 0.945 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1334762 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338766 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.4188 0.754 0.812 0.040 0.148 0.000
#> SRR1070479 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1087055 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.4955 0.214 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1476784 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075607 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1387685 1 0.1637 0.912 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR809667 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1419518 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.2216 0.977 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1081663 4 0.0188 0.945 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1478593 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1432145 2 0.2408 0.972 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1409153 4 0.3444 0.758 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1097549 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082307 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419166 4 0.0592 0.935 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1488812 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1381229 4 0.0188 0.945 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1312288 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0469 0.942 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1444264 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1460279 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0817 0.945 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1351033 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409022 3 0.0336 0.949 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1311329 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1101304 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1431535 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1432980 4 0.2281 0.836 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1081449 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1380699 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1101931 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.0657 0.936 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR812912 3 0.6489 0.376 0.372 0.080 0.548 0.000
#> SRR810531 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1500052 1 0.3907 0.656 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1319608 3 0.0817 0.945 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1464960 4 0.0188 0.945 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1076490 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1068788 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1457637 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR821518 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1378660 4 0.3764 0.709 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1430468 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1443847 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0817 0.936 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1360218 4 0.3486 0.753 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1080022 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093885 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072845 1 0.3726 0.687 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1399271 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1361264 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR814082 1 0.0188 0.945 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.1211 0.924 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315821 3 0.0921 0.944 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1417248 4 0.0336 0.943 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR807517 3 0.0592 0.947 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1120961 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1457661 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1420368 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1071429 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1378971 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120847 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081401 4 0.0817 0.926 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1477820 1 0.0188 0.945 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443070 4 0.4776 0.339 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1435923 1 0.0817 0.936 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1102852 4 0.3444 0.758 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1486439 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1314788 3 0.5052 0.658 0.244 0.036 0.720 0.000
#> SRR1090722 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1356421 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.2647 0.813 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1465289 4 0.3444 0.758 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR813431 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.3444 0.758 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1373921 4 0.0188 0.945 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1341142 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1408494 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1095213 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1314014 1 0.3123 0.766 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1317238 4 0.0469 0.940 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1071379 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0592 0.935 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1380139 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1389018 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1399501 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1096946 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.1022 0.932 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.2469 0.968 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1309425 3 0.0921 0.944 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1087535 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185137 4 0.0469 0.939 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1437012 3 0.4511 0.770 0.176 0.040 0.784 0.000
#> SRR1343919 1 0.1474 0.895 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1081614 2 0.2408 0.972 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1352256 4 0.0188 0.945 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1499156 4 0.2011 0.858 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1088241 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328125 3 0.0921 0.944 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1339130 1 0.0817 0.936 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 4 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.2281 0.982 0.000 0.904 0.000 0.096
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.3508 0.6197 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1480675 1 0.0609 0.8596 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1390331 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.2074 0.6504 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1352597 2 0.1671 0.6842 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1089643 4 0.1341 0.6530 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1081357 4 0.3177 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1321112 1 0.2732 0.8537 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR810899 3 0.0880 0.9275 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1105489 1 0.0404 0.8575 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1474159 4 0.3895 0.1524 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1387308 2 0.4196 0.6173 0.000 0.640 0.000 0.004 0.356
#> SRR808065 2 0.0404 0.6790 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1073531 2 0.4242 0.5538 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1081688 4 0.5849 -0.3360 0.000 0.100 0.000 0.508 0.392
#> SRR1471029 2 0.4227 0.5656 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR811447 1 0.2732 0.8537 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR817512 4 0.3210 0.6101 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR815588 4 0.2929 0.6249 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1380847 4 0.5024 -0.4844 0.000 0.032 0.000 0.528 0.440
#> SRR1327327 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.4497 0.5432 0.000 0.568 0.000 0.008 0.424
#> SRR1333370 2 0.4235 0.5572 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1432476 2 0.4201 0.5815 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1345200 2 0.4088 0.6130 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1398293 5 0.6220 0.7774 0.000 0.140 0.000 0.428 0.432
#> SRR1346957 1 0.2732 0.8537 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1364953 2 0.3636 0.6599 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1347998 4 0.6132 -0.7958 0.000 0.128 0.000 0.440 0.432
#> SRR1069734 4 0.2020 0.6506 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1080859 1 0.2605 0.8588 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2165379 1 0.2561 0.8564 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1348202 4 0.3274 0.6052 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1465938 4 0.0290 0.6484 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1381327 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 4 0.5385 -0.5727 0.000 0.056 0.000 0.512 0.432
#> SRR1379220 2 0.1908 0.6849 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1457148 4 0.1410 0.6327 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1441614 1 0.2732 0.8537 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1335536 2 0.4249 0.5434 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1083554 4 0.4268 -0.3223 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1486907 1 0.3366 0.8262 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1094287 4 0.0000 0.6502 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.4497 0.5432 0.000 0.568 0.000 0.008 0.424
#> SRR1429579 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.2891 0.5000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1337977 4 0.4249 -0.3368 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1398775 4 0.2813 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1090604 4 0.3508 0.6182 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1419361 4 0.3661 0.3020 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1090650 3 0.0162 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1068905 5 0.6690 0.6287 0.000 0.300 0.000 0.268 0.432
#> SRR1337052 3 0.0290 0.9332 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1489075 4 0.5312 0.5096 0.116 0.000 0.000 0.664 0.220
#> SRR1458955 1 0.1478 0.8606 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1080811 4 0.3039 0.6209 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1407734 5 0.6685 0.6889 0.000 0.280 0.000 0.284 0.436
#> SRR1454568 4 0.6392 0.3051 0.268 0.000 0.000 0.512 0.220
#> SRR1078612 4 0.4242 -0.3127 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1345347 3 0.0290 0.9332 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1381613 3 0.0880 0.9275 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1446911 2 0.4415 0.5901 0.000 0.604 0.000 0.008 0.388
#> SRR818850 1 0.2020 0.8637 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR814943 2 0.4497 0.5432 0.000 0.568 0.000 0.008 0.424
#> SRR1347481 3 0.0880 0.9275 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1384668 1 0.0404 0.8553 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1420791 1 0.2690 0.8546 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1394855 1 0.2230 0.8471 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1459232 4 0.3210 0.6101 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1103118 1 0.2690 0.8546 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1441505 4 0.3837 0.1981 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1470379 4 0.1478 0.6510 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1334762 4 0.1792 0.6073 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1338766 4 0.3480 0.6138 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1458619 1 0.4451 0.7812 0.712 0.000 0.040 0.000 0.248
#> SRR1070479 4 0.0000 0.6502 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.3612 0.6631 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1087055 1 0.2605 0.8588 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9336 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.6252 0.2109 0.328 0.000 0.000 0.508 0.164
#> SRR1476784 4 0.2966 0.4800 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1075607 4 0.2966 0.6243 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1458066 4 0.0290 0.6517 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1078299 2 0.4219 0.5693 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1387685 1 0.3730 0.7936 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR809667 4 0.2377 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1322334 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0609 0.8565 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2164975 2 0.0290 0.6726 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081663 4 0.2230 0.6440 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1478593 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.5599 0.4655 0.000 0.580 0.000 0.092 0.328
#> SRR1409153 4 0.5771 0.0813 0.000 0.088 0.000 0.480 0.432
#> SRR1097549 4 0.3210 0.6237 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1082307 4 0.1043 0.6377 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1419166 4 0.3336 0.6017 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1488812 2 0.2329 0.6844 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1381229 4 0.0963 0.6532 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1312288 4 0.4088 -0.0707 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1455946 1 0.3109 0.8404 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9336 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.1965 0.6849 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1444264 4 0.2280 0.5765 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1332733 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0162 0.8564 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321204 3 0.0880 0.9275 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1351033 4 0.3636 0.2820 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1409022 3 0.0290 0.9332 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311329 2 0.4464 0.5673 0.000 0.584 0.000 0.008 0.408
#> SRR1101304 4 0.0162 0.6494 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096900 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.4138 0.6016 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1432980 4 0.5396 0.5018 0.124 0.000 0.000 0.656 0.220
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9336 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0000 0.6502 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.4497 0.5432 0.000 0.568 0.000 0.008 0.424
#> SRR1380699 1 0.1740 0.8330 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1399009 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.2280 0.8609 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2166114 4 0.2230 0.6517 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR812912 3 0.6536 0.3400 0.220 0.000 0.468 0.000 0.312
#> SRR810531 2 0.5893 0.1947 0.000 0.464 0.000 0.100 0.436
#> SRR1500052 1 0.6516 0.2504 0.472 0.000 0.000 0.312 0.216
#> SRR1319608 3 0.0880 0.9275 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1464960 4 0.4249 -0.3368 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1076490 4 0.3612 0.3192 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1370528 2 0.3636 0.6599 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1068788 2 0.4171 0.5909 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1457637 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 5 0.6132 0.7631 0.000 0.128 0.000 0.428 0.444
#> SRR1430468 2 0.3895 0.6382 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9336 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0162 0.6509 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464394 1 0.3242 0.8340 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1400419 1 0.1704 0.8381 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR820839 1 0.0162 0.8574 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456733 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 5 0.5850 0.6862 0.000 0.096 0.000 0.428 0.476
#> SRR1080022 4 0.3480 0.6152 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1093885 4 0.3210 0.4872 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1072845 1 0.5159 0.5984 0.692 0.000 0.000 0.164 0.144
#> SRR1399271 2 0.5687 0.2930 0.000 0.484 0.000 0.080 0.436
#> SRR1361264 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0912 0.8545 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1466260 1 0.3452 0.8179 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1079612 4 0.0510 0.6461 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1315821 3 0.0963 0.9264 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1417248 4 0.4256 -0.3446 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR807517 3 0.0880 0.9280 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1120961 2 0.5385 0.3889 0.000 0.512 0.000 0.056 0.432
#> SRR1457661 2 0.3684 0.6563 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1420368 2 0.2929 0.6790 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1071429 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.1792 0.6145 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1120847 4 0.3636 0.3088 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1081401 4 0.3210 0.6101 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1477820 1 0.2966 0.8462 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1442509 4 0.2966 0.6243 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1443070 5 0.6523 0.8038 0.000 0.196 0.000 0.372 0.432
#> SRR1435923 1 0.2230 0.8471 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1102852 4 0.4886 -0.4583 0.000 0.024 0.000 0.528 0.448
#> SRR1486439 1 0.0162 0.8564 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342995 2 0.3999 0.6316 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1314788 3 0.5771 0.3695 0.316 0.000 0.572 0.000 0.112
#> SRR1090722 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.3452 0.3794 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1101348 1 0.0963 0.8481 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1455236 1 0.3749 0.7336 0.816 0.000 0.000 0.080 0.104
#> SRR1465289 4 0.4718 -0.4217 0.000 0.016 0.000 0.540 0.444
#> SRR813431 1 0.0510 0.8599 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1347100 4 0.5014 -0.4742 0.000 0.032 0.000 0.536 0.432
#> SRR1373921 4 0.3210 0.6101 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1341142 4 0.3661 0.2974 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1343053 2 0.4242 0.5538 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1408494 2 0.4171 0.5927 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1095213 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.4127 0.7059 0.784 0.000 0.000 0.080 0.136
#> SRR1317238 4 0.4397 -0.3538 0.000 0.004 0.000 0.564 0.432
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9336 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.3242 0.6077 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1380139 4 0.0880 0.6529 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1308288 2 0.4497 0.5432 0.000 0.568 0.000 0.008 0.424
#> SRR1389018 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0963 0.6424 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1358260 2 0.0000 0.6778 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0290 0.6519 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404421 1 0.3424 0.8225 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1319322 2 0.6113 0.2771 0.000 0.524 0.000 0.144 0.332
#> SRR1309425 3 0.0880 0.9279 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1087535 4 0.0290 0.6505 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2185137 4 0.2127 0.5987 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1437012 3 0.4933 0.6861 0.076 0.000 0.688 0.000 0.236
#> SRR1343919 1 0.5086 0.6087 0.700 0.000 0.000 0.156 0.144
#> SRR1081614 2 0.6001 0.1632 0.000 0.456 0.000 0.112 0.432
#> SRR1352256 4 0.4249 -0.3368 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1499156 4 0.4708 0.5523 0.068 0.000 0.000 0.712 0.220
#> SRR1088241 4 0.2179 0.6213 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1328125 3 0.0880 0.9279 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1339130 1 0.2020 0.8475 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1079455 1 0.4914 0.6319 0.712 0.000 0.000 0.108 0.180
#> SRR1328821 4 0.2230 0.5821 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1357367 2 0.4235 0.5580 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 6 0.5397 0.240177 0.000 0.424 0.000 0.064 0.020 0.492
#> SRR1480675 1 0.1572 0.784192 0.936 0.000 0.000 0.000 0.028 0.036
#> SRR1390331 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1084347 2 0.2631 0.458295 0.000 0.840 0.000 0.008 0.000 0.152
#> SRR1352597 4 0.4072 -0.601779 0.000 0.000 0.000 0.544 0.448 0.008
#> SRR1089643 2 0.1863 0.509449 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1081357 2 0.4161 -0.000676 0.000 0.608 0.000 0.004 0.012 0.376
#> SRR1321112 1 0.4200 0.761908 0.740 0.000 0.000 0.000 0.120 0.140
#> SRR810899 3 0.1575 0.918573 0.000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> SRR1105489 1 0.2688 0.763989 0.868 0.000 0.000 0.000 0.064 0.068
#> SRR1474159 2 0.3217 0.438900 0.000 0.768 0.000 0.224 0.000 0.008
#> SRR1387308 4 0.2520 0.538415 0.000 0.012 0.000 0.872 0.108 0.008
#> SRR808065 5 0.3995 0.761426 0.000 0.000 0.000 0.480 0.516 0.004
#> SRR1073531 4 0.1590 0.648342 0.000 0.008 0.000 0.936 0.008 0.048
#> SRR1081688 4 0.5877 0.201324 0.000 0.316 0.000 0.488 0.004 0.192
#> SRR1471029 4 0.1410 0.644300 0.000 0.004 0.000 0.944 0.008 0.044
#> SRR811447 1 0.4200 0.761908 0.740 0.000 0.000 0.000 0.120 0.140
#> SRR817512 2 0.3862 -0.095280 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR815588 2 0.3782 -0.022864 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1380847 4 0.4543 0.440334 0.000 0.356 0.000 0.604 0.004 0.036
#> SRR1327327 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1322355 4 0.0837 0.658369 0.000 0.020 0.000 0.972 0.004 0.004
#> SRR1333370 4 0.1036 0.646839 0.000 0.004 0.000 0.964 0.008 0.024
#> SRR1432476 4 0.1297 0.636216 0.000 0.000 0.000 0.948 0.012 0.040
#> SRR1345200 4 0.1138 0.632037 0.000 0.004 0.000 0.960 0.024 0.012
#> SRR1398293 4 0.4072 0.242357 0.000 0.448 0.000 0.544 0.000 0.008
#> SRR1346957 1 0.4117 0.764360 0.748 0.000 0.000 0.000 0.112 0.140
#> SRR1364953 4 0.3189 0.358234 0.000 0.000 0.000 0.796 0.184 0.020
#> SRR1347998 4 0.3684 0.530449 0.000 0.300 0.000 0.692 0.004 0.004
#> SRR1069734 2 0.3756 0.192524 0.000 0.676 0.000 0.004 0.004 0.316
#> SRR1080859 1 0.3770 0.775931 0.776 0.000 0.000 0.000 0.076 0.148
#> SRR2165379 1 0.4393 0.759420 0.720 0.000 0.000 0.000 0.140 0.140
#> SRR1348202 2 0.3565 0.248177 0.004 0.692 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1465938 2 0.0692 0.541939 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1381327 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1375658 4 0.3847 0.452369 0.000 0.348 0.000 0.644 0.000 0.008
#> SRR1379220 4 0.3828 -0.568706 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR1457148 2 0.3072 0.510299 0.000 0.856 0.000 0.084 0.036 0.024
#> SRR1441614 1 0.4200 0.761908 0.740 0.000 0.000 0.000 0.120 0.140
#> SRR1335536 4 0.1857 0.662629 0.000 0.044 0.000 0.924 0.004 0.028
#> SRR1083554 4 0.5628 0.368188 0.000 0.296 0.000 0.540 0.004 0.160
#> SRR1486907 1 0.5778 0.656422 0.484 0.000 0.000 0.000 0.196 0.320
#> SRR1094287 2 0.1219 0.538609 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1464577 4 0.0951 0.655226 0.000 0.020 0.000 0.968 0.004 0.008
#> SRR1429579 5 0.3795 0.986237 0.000 0.000 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1380569 2 0.2814 0.475398 0.000 0.820 0.000 0.172 0.000 0.008
#> SRR1337977 4 0.3965 0.377096 0.000 0.388 0.000 0.604 0.000 0.008
#> SRR1398775 2 0.2930 0.497773 0.000 0.840 0.000 0.124 0.000 0.036
#> SRR1090604 6 0.5283 0.236602 0.000 0.440 0.000 0.048 0.024 0.488
#> SRR1419361 2 0.3518 0.399542 0.000 0.732 0.000 0.256 0.000 0.012
#> SRR1090650 3 0.0000 0.934561 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 4 0.3755 0.613863 0.000 0.244 0.000 0.732 0.004 0.020
#> SRR1337052 3 0.0260 0.934104 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1489075 2 0.5386 -0.194670 0.096 0.468 0.000 0.000 0.004 0.432
#> SRR1458955 1 0.3068 0.782298 0.840 0.000 0.000 0.000 0.088 0.072
#> SRR1080811 2 0.4224 -0.107055 0.000 0.552 0.000 0.000 0.016 0.432
#> SRR1407734 4 0.3825 0.627827 0.000 0.220 0.000 0.744 0.004 0.032
#> SRR1454568 6 0.5987 0.162488 0.176 0.372 0.000 0.000 0.008 0.444
#> SRR1078612 2 0.5252 0.092374 0.000 0.480 0.000 0.424 0.000 0.096
#> SRR1345347 3 0.0858 0.929536 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1381613 3 0.1575 0.918573 0.000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> SRR1446911 4 0.2186 0.636286 0.000 0.012 0.000 0.908 0.024 0.056
#> SRR818850 1 0.2190 0.785537 0.900 0.000 0.000 0.000 0.040 0.060
#> SRR814943 4 0.1116 0.656388 0.000 0.028 0.000 0.960 0.004 0.008
#> SRR1347481 3 0.1575 0.918573 0.000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> SRR1384668 1 0.1418 0.777990 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR1420791 1 0.4200 0.761908 0.740 0.000 0.000 0.000 0.120 0.140
#> SRR1394855 1 0.4461 0.712155 0.704 0.000 0.000 0.000 0.104 0.192
#> SRR1459232 2 0.3797 -0.001188 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1103118 1 0.4200 0.761908 0.740 0.000 0.000 0.000 0.120 0.140
#> SRR1441505 2 0.4360 0.381847 0.000 0.680 0.000 0.260 0.000 0.060
#> SRR1470379 2 0.1910 0.506133 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1334762 2 0.2499 0.528719 0.000 0.880 0.000 0.072 0.000 0.048
#> SRR1338766 2 0.4866 -0.181559 0.000 0.536 0.000 0.036 0.012 0.416
#> SRR1458619 1 0.6070 0.680113 0.588 0.000 0.056 0.000 0.168 0.188
#> SRR1070479 2 0.0790 0.540034 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1077753 4 0.2979 0.492236 0.000 0.000 0.000 0.840 0.116 0.044
#> SRR1087055 1 0.3806 0.775201 0.772 0.000 0.000 0.000 0.076 0.152
#> SRR1352069 3 0.0146 0.934409 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405182 2 0.6197 -0.146124 0.352 0.428 0.000 0.000 0.012 0.208
#> SRR1476784 2 0.3860 0.468220 0.000 0.764 0.000 0.164 0.000 0.072
#> SRR1075607 2 0.3930 -0.053314 0.000 0.576 0.000 0.000 0.004 0.420
#> SRR1458066 2 0.1444 0.525798 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1078299 4 0.0622 0.644828 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1387685 1 0.5870 0.629459 0.460 0.000 0.000 0.000 0.212 0.328
#> SRR809667 2 0.3835 0.178035 0.000 0.668 0.000 0.012 0.000 0.320
#> SRR1322334 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1419518 1 0.1219 0.771377 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2164975 5 0.3672 0.982392 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1081663 2 0.2793 0.412347 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1478593 5 0.3795 0.986237 0.000 0.000 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1432145 4 0.4376 0.596936 0.000 0.112 0.000 0.760 0.100 0.028
#> SRR1409153 6 0.6475 0.153585 0.000 0.264 0.000 0.280 0.024 0.432
#> SRR1097549 6 0.5067 0.216199 0.000 0.456 0.000 0.032 0.024 0.488
#> SRR1082307 2 0.0820 0.541955 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1419166 2 0.3997 -0.131076 0.004 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1488812 4 0.3468 0.006771 0.000 0.000 0.000 0.712 0.284 0.004
#> SRR1381229 2 0.1663 0.518886 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1312288 2 0.3883 0.320670 0.000 0.656 0.000 0.332 0.000 0.012
#> SRR1455946 1 0.4631 0.744249 0.692 0.000 0.000 0.000 0.140 0.168
#> SRR1355304 3 0.0000 0.934561 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 4 0.3930 -0.524796 0.000 0.000 0.000 0.576 0.420 0.004
#> SRR1444264 2 0.2446 0.508211 0.000 0.864 0.000 0.124 0.000 0.012
#> SRR1332733 5 0.3795 0.986237 0.000 0.000 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1460279 1 0.1297 0.774904 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1321204 3 0.1575 0.918573 0.000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> SRR1351033 2 0.3487 0.431229 0.000 0.756 0.000 0.224 0.000 0.020
#> SRR1409022 3 0.0260 0.934104 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311329 4 0.0820 0.656133 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR1101304 2 0.1838 0.529754 0.000 0.916 0.000 0.016 0.000 0.068
#> SRR1096900 5 0.3795 0.986237 0.000 0.000 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1431535 4 0.1713 0.622219 0.000 0.000 0.000 0.928 0.028 0.044
#> SRR1432980 2 0.5448 -0.188241 0.104 0.472 0.000 0.000 0.004 0.420
#> SRR1081449 3 0.0000 0.934561 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.1152 0.539600 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1093290 4 0.0862 0.657702 0.000 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR1380699 1 0.2312 0.749103 0.876 0.000 0.000 0.000 0.012 0.112
#> SRR1399009 5 0.3795 0.986237 0.000 0.000 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1101931 1 0.2744 0.785477 0.864 0.000 0.000 0.000 0.072 0.064
#> SRR2166114 2 0.2724 0.485589 0.000 0.864 0.000 0.000 0.052 0.084
#> SRR812912 6 0.7381 -0.397318 0.120 0.000 0.304 0.000 0.232 0.344
#> SRR810531 4 0.2651 0.662970 0.000 0.112 0.000 0.860 0.000 0.028
#> SRR1500052 1 0.5776 -0.002975 0.448 0.152 0.000 0.000 0.004 0.396
#> SRR1319608 3 0.1575 0.918573 0.000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> SRR1464960 2 0.4129 0.071299 0.000 0.564 0.000 0.424 0.000 0.012
#> SRR1076490 2 0.2848 0.481069 0.000 0.816 0.000 0.176 0.000 0.008
#> SRR1370528 4 0.3269 0.350177 0.000 0.000 0.000 0.792 0.184 0.024
#> SRR1068788 4 0.1078 0.645142 0.000 0.008 0.000 0.964 0.016 0.012
#> SRR1457637 5 0.3795 0.986237 0.000 0.000 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR821518 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1378660 4 0.4756 0.522352 0.000 0.292 0.000 0.636 0.004 0.068
#> SRR1430468 4 0.3062 0.500714 0.000 0.000 0.000 0.836 0.112 0.052
#> SRR1443847 3 0.0000 0.934561 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.1327 0.533833 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1464394 1 0.5533 0.688806 0.544 0.000 0.000 0.000 0.172 0.284
#> SRR1400419 1 0.1806 0.755714 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR820839 1 0.1856 0.775771 0.920 0.000 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1456733 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1360218 4 0.5408 0.472158 0.000 0.212 0.000 0.600 0.004 0.184
#> SRR1080022 2 0.5326 -0.249290 0.000 0.492 0.000 0.064 0.016 0.428
#> SRR1093885 2 0.5413 0.217192 0.000 0.600 0.000 0.196 0.004 0.200
#> SRR1072845 1 0.4554 0.536620 0.668 0.052 0.000 0.000 0.008 0.272
#> SRR1399271 4 0.2954 0.654809 0.000 0.108 0.000 0.844 0.000 0.048
#> SRR1361264 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR814082 1 0.2852 0.761151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.064 0.080
#> SRR1466260 1 0.4977 0.725878 0.648 0.000 0.000 0.000 0.164 0.188
#> SRR1079612 2 0.0806 0.542485 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR1315821 3 0.1700 0.915500 0.000 0.000 0.928 0.000 0.048 0.024
#> SRR1417248 4 0.4886 0.183968 0.000 0.468 0.000 0.480 0.004 0.048
#> SRR807517 3 0.1528 0.919531 0.000 0.000 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1120961 4 0.1958 0.663547 0.000 0.100 0.000 0.896 0.000 0.004
#> SRR1457661 4 0.3424 0.291078 0.000 0.000 0.000 0.772 0.204 0.024
#> SRR1420368 4 0.3189 0.211168 0.000 0.000 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR1071429 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1378971 2 0.1500 0.536761 0.000 0.936 0.000 0.012 0.000 0.052
#> SRR1120847 2 0.2912 0.479357 0.000 0.816 0.000 0.172 0.000 0.012
#> SRR1081401 2 0.3838 -0.084109 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1477820 1 0.4390 0.755258 0.720 0.000 0.000 0.000 0.132 0.148
#> SRR1442509 2 0.3797 -0.043126 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1443070 4 0.3634 0.541457 0.000 0.296 0.000 0.696 0.000 0.008
#> SRR1435923 1 0.4461 0.712155 0.704 0.000 0.000 0.000 0.104 0.192
#> SRR1102852 4 0.5372 0.459645 0.000 0.268 0.000 0.588 0.004 0.140
#> SRR1486439 1 0.1297 0.774904 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1342995 4 0.2201 0.591005 0.000 0.000 0.000 0.900 0.048 0.052
#> SRR1314788 3 0.6111 0.297641 0.316 0.000 0.528 0.000 0.096 0.060
#> SRR1090722 5 0.3795 0.986237 0.000 0.000 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1356421 2 0.2692 0.495281 0.000 0.840 0.000 0.148 0.000 0.012
#> SRR1101348 1 0.2019 0.760067 0.900 0.000 0.000 0.000 0.012 0.088
#> SRR1455236 1 0.3593 0.682902 0.784 0.016 0.000 0.000 0.020 0.180
#> SRR1465289 4 0.5357 0.449527 0.000 0.280 0.000 0.584 0.004 0.132
#> SRR813431 1 0.0891 0.785092 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1347100 2 0.4263 -0.098672 0.000 0.504 0.000 0.480 0.000 0.016
#> SRR1373921 2 0.3823 -0.037097 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1341142 2 0.2980 0.468205 0.000 0.800 0.000 0.192 0.000 0.008
#> SRR1343053 4 0.1434 0.637701 0.000 0.000 0.000 0.940 0.012 0.048
#> SRR1408494 4 0.1297 0.622492 0.000 0.000 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR1095213 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1314014 1 0.4006 0.602055 0.716 0.012 0.000 0.000 0.020 0.252
#> SRR1317238 4 0.4066 0.367170 0.000 0.392 0.000 0.596 0.000 0.012
#> SRR1071379 3 0.0000 0.934561 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.3828 -0.026183 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1380139 2 0.1714 0.519010 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1308288 4 0.0951 0.655226 0.000 0.020 0.000 0.968 0.004 0.008
#> SRR1389018 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1399501 2 0.1398 0.533169 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000 0.052
#> SRR1358260 5 0.3659 0.987264 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1096946 2 0.1285 0.537383 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1404421 1 0.5844 0.647888 0.468 0.000 0.000 0.000 0.208 0.324
#> SRR1319322 4 0.5110 0.582464 0.000 0.092 0.000 0.712 0.088 0.108
#> SRR1309425 3 0.1320 0.924284 0.000 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR1087535 2 0.1765 0.511303 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2185137 2 0.3481 0.505895 0.000 0.836 0.000 0.068 0.044 0.052
#> SRR1437012 3 0.5228 0.633650 0.012 0.000 0.648 0.000 0.168 0.172
#> SRR1343919 1 0.4305 0.598199 0.712 0.044 0.000 0.000 0.012 0.232
#> SRR1081614 4 0.3248 0.657415 0.000 0.116 0.000 0.828 0.004 0.052
#> SRR1352256 2 0.4406 -0.086284 0.000 0.500 0.000 0.476 0.000 0.024
#> SRR1499156 2 0.5080 -0.166404 0.056 0.484 0.000 0.000 0.008 0.452
#> SRR1088241 2 0.4025 0.388306 0.000 0.720 0.000 0.048 0.000 0.232
#> SRR1328125 3 0.1320 0.924284 0.000 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR1339130 1 0.4389 0.712498 0.712 0.000 0.000 0.000 0.100 0.188
#> SRR1079455 1 0.4615 0.508048 0.676 0.076 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1328821 2 0.2660 0.510790 0.000 0.868 0.000 0.084 0.000 0.048
#> SRR1357367 4 0.1065 0.651822 0.000 0.020 0.000 0.964 0.008 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.984 0.993 0.4466 0.556 0.556
#> 3 3 0.895 0.926 0.966 0.2856 0.875 0.775
#> 4 4 0.731 0.786 0.871 0.1659 0.872 0.708
#> 5 5 0.714 0.713 0.845 0.0667 0.946 0.833
#> 6 6 0.741 0.657 0.823 0.0462 0.979 0.926
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.9286 0.481 0.344 0.656
#> SRR1465938 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.2603 0.950 0.956 0.044
#> SRR1458955 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1454568 1 0.7219 0.751 0.800 0.200
#> SRR1078612 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.4815 0.883 0.104 0.896
#> SRR1488812 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432980 1 0.0938 0.982 0.988 0.012
#> SRR1081449 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.4939 0.878 0.108 0.892
#> SRR812912 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.8144 0.667 0.252 0.748
#> SRR1477820 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.5178 0.869 0.116 0.884
#> SRR1341142 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.4431 0.897 0.092 0.908
#> SRR1380139 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499156 1 0.7219 0.751 0.800 0.200
#> SRR1088241 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 3 0.4504 0.774 0.000 0.196 0.804
#> SRR1480675 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.4452 0.758 0.000 0.808 0.192
#> SRR1352597 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.4796 0.724 0.000 0.780 0.220
#> SRR1081357 3 0.4654 0.747 0.000 0.208 0.792
#> SRR1321112 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1387308 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.6008 0.383 0.000 0.628 0.372
#> SRR1471029 2 0.0424 0.957 0.000 0.992 0.008
#> SRR811447 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 3 0.0892 0.884 0.000 0.020 0.980
#> SRR1380847 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 3 0.3482 0.828 0.000 0.128 0.872
#> SRR1080859 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0892 0.950 0.000 0.980 0.020
#> SRR1381327 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1441614 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.6204 0.243 0.000 0.576 0.424
#> SRR1486907 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.1031 0.947 0.000 0.976 0.024
#> SRR1464577 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> SRR1337977 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398775 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 3 0.4235 0.798 0.000 0.176 0.824
#> SRR1419361 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.6235 0.165 0.564 0.000 0.436
#> SRR1458955 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 3 0.0424 0.881 0.000 0.008 0.992
#> SRR1407734 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 3 0.6045 0.402 0.380 0.000 0.620
#> SRR1078612 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347481 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 3 0.4121 0.794 0.000 0.168 0.832
#> SRR1103118 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.4346 0.766 0.000 0.816 0.184
#> SRR1470379 2 0.1860 0.924 0.000 0.948 0.052
#> SRR1334762 2 0.4605 0.738 0.000 0.796 0.204
#> SRR1338766 3 0.4399 0.774 0.000 0.188 0.812
#> SRR1458619 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0892 0.950 0.000 0.980 0.020
#> SRR1077753 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.4605 0.738 0.000 0.796 0.204
#> SRR1075607 3 0.0892 0.884 0.000 0.020 0.980
#> SRR1458066 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR809667 3 0.4346 0.786 0.000 0.184 0.816
#> SRR1322334 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.4452 0.758 0.000 0.808 0.192
#> SRR1478593 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 3 0.1031 0.883 0.000 0.024 0.976
#> SRR1097549 3 0.1031 0.883 0.000 0.024 0.976
#> SRR1082307 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419166 3 0.0424 0.881 0.000 0.008 0.992
#> SRR1488812 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.1860 0.924 0.000 0.948 0.052
#> SRR1312288 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1455946 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1332733 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.5016 0.689 0.000 0.760 0.240
#> SRR1096900 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 3 0.5058 0.653 0.244 0.000 0.756
#> SRR1081449 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.1031 0.947 0.000 0.976 0.024
#> SRR1093290 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.3784 0.803 0.132 0.864 0.004
#> SRR812912 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.0424 0.984 0.992 0.000 0.008
#> SRR1319608 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1076490 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1370528 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.1031 0.948 0.000 0.976 0.024
#> SRR1464394 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.2959 0.867 0.000 0.900 0.100
#> SRR1080022 3 0.0892 0.884 0.000 0.020 0.980
#> SRR1093885 2 0.5254 0.639 0.000 0.736 0.264
#> SRR1072845 1 0.0592 0.979 0.988 0.000 0.012
#> SRR1399271 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1315821 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1081401 3 0.0475 0.879 0.004 0.004 0.992
#> SRR1477820 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 3 0.0892 0.884 0.000 0.020 0.980
#> SRR1443070 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1101348 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> SRR1373921 3 0.0424 0.881 0.000 0.008 0.992
#> SRR1341142 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343053 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1071379 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.4796 0.724 0.000 0.780 0.220
#> SRR1308288 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.1753 0.928 0.000 0.952 0.048
#> SRR1404421 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.5058 0.678 0.000 0.756 0.244
#> SRR2185137 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437012 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0424 0.958 0.000 0.992 0.008
#> SRR1499156 3 0.5529 0.573 0.296 0.000 0.704
#> SRR1088241 2 0.6225 0.217 0.000 0.568 0.432
#> SRR1328125 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 3 0.7798 0.4355 0.000 0.320 0.416 0.264
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.7463 0.6643 0.000 0.384 0.176 0.440
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.4782 0.5389 0.000 0.152 0.068 0.780
#> SRR1081357 3 0.6240 0.5692 0.000 0.200 0.664 0.136
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.4164 0.7892 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1474159 4 0.4643 0.7996 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.3806 0.6724 0.000 0.824 0.156 0.020
#> SRR1471029 2 0.2831 0.7459 0.000 0.876 0.004 0.120
#> SRR811447 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 3 0.4382 0.8048 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR815588 3 0.4543 0.8065 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.1022 0.8869 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 4 0.4500 -0.4229 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.4500 -0.4623 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1465938 4 0.4661 0.8000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.4697 0.7937 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.6374 0.2307 0.000 0.592 0.084 0.324
#> SRR1486907 1 0.4164 0.7892 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1094287 4 0.4661 0.8000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.4961 -0.4157 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1337977 2 0.3801 0.4986 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1398775 2 0.0817 0.8971 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1090604 3 0.7611 0.5476 0.000 0.256 0.476 0.268
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.6658 0.4401 0.532 0.000 0.376 0.092
#> SRR1458955 1 0.4164 0.7892 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1080811 3 0.4193 0.7965 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 3 0.6308 0.4863 0.232 0.000 0.648 0.120
#> SRR1078612 2 0.2408 0.7906 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0188 0.9123 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818850 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.4193 0.3425 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.4164 0.7892 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.4164 0.7892 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1459232 3 0.6279 0.6114 0.000 0.180 0.664 0.156
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.5155 0.3122 0.000 0.468 0.004 0.528
#> SRR1470379 4 0.4643 0.7996 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1334762 4 0.5112 0.4122 0.000 0.436 0.004 0.560
#> SRR1338766 3 0.6429 0.5954 0.000 0.192 0.648 0.160
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.4661 0.8000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.4422 0.7899 0.736 0.000 0.256 0.008
#> SRR1476784 4 0.5277 0.3560 0.000 0.460 0.008 0.532
#> SRR1075607 3 0.4543 0.8065 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1458066 2 0.2345 0.8036 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 3 0.5000 0.6658 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0188 0.9184 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.6270 0.7242 0.000 0.404 0.060 0.536
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 3 0.5953 0.7725 0.000 0.076 0.656 0.268
#> SRR1097549 3 0.5825 0.7762 0.000 0.068 0.664 0.268
#> SRR1082307 2 0.0592 0.9032 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1419166 3 0.4164 0.7967 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.4643 0.7996 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1312288 4 0.4776 0.7753 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.4661 0.8000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.2530 0.8732 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0469 0.9052 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.1182 0.1823 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 3 0.6832 0.5027 0.296 0.000 0.572 0.132
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.4661 0.8000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.1557 0.8983 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.4679 0.0230 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR812912 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.4040 0.7694 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.4679 0.7976 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1076490 4 0.4830 0.7516 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0188 0.9124 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.4103 0.7180 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1464394 1 0.4040 0.7993 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.4164 0.7892 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.3863 0.6679 0.000 0.828 0.028 0.144
#> SRR1080022 3 0.4564 0.8063 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1093885 2 0.4897 0.3635 0.000 0.660 0.008 0.332
#> SRR1072845 1 0.4585 0.7255 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1399271 2 0.1474 0.8569 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.4543 0.7344 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.4961 0.6637 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.1302 0.8649 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR807517 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.2216 0.8072 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1120847 4 0.4661 0.8000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1081401 3 0.4543 0.8065 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 3 0.4543 0.8065 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.4164 0.7892 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1102852 2 0.0336 0.9084 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1486439 1 0.4164 0.7892 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1342995 2 0.0336 0.9084 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.4661 0.8000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1101348 1 0.0707 0.9121 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1455236 1 0.4564 0.7300 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1465289 2 0.0707 0.8956 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR813431 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.4730 -0.0757 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1373921 3 0.4605 0.8036 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1341142 4 0.4643 0.7996 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.4193 0.7805 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1317238 4 0.4730 0.7880 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 3 0.4500 0.8065 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1380139 4 0.2760 0.5031 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.2345 0.8011 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.4661 0.8000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1404421 1 0.3907 0.8088 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.5252 0.1733 0.000 0.336 0.020 0.644
#> SRR2185137 2 0.4916 -0.1776 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.3123 0.8496 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 4 0.4866 0.7403 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1499156 3 0.6750 0.6034 0.180 0.000 0.612 0.208
#> SRR1088241 2 0.6374 0.2307 0.000 0.592 0.084 0.324
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.4164 0.7892 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1079455 1 0.0188 0.9183 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328821 2 0.0188 0.9125 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357367 2 0.4304 0.2851 0.000 0.716 0.000 0.284
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 5 0.2610 0.7905 0.028 0.076 0.000 0.004 0.892
#> SRR1480675 3 0.1478 0.8238 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.6983 0.5896 0.172 0.304 0.000 0.492 0.032
#> SRR1352597 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.4371 0.5339 0.028 0.032 0.000 0.776 0.164
#> SRR1081357 5 0.4056 0.5842 0.024 0.200 0.000 0.008 0.768
#> SRR1321112 3 0.0290 0.8532 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.1851 0.7693 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.4273 0.6622 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.3209 0.7829 0.008 0.180 0.000 0.812 0.000
#> SRR1387308 2 0.0162 0.8919 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1073531 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081688 2 0.2763 0.7489 0.000 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR1471029 2 0.2344 0.8188 0.000 0.904 0.000 0.032 0.064
#> SRR811447 3 0.0963 0.8436 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR817512 5 0.4054 0.7929 0.224 0.000 0.000 0.028 0.748
#> SRR815588 5 0.2580 0.8301 0.044 0.000 0.000 0.064 0.892
#> SRR1380847 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.3016 0.7709 0.020 0.848 0.000 0.132 0.000
#> SRR1346957 3 0.1792 0.7996 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 5 0.4251 0.4751 0.004 0.000 0.000 0.372 0.624
#> SRR1080859 3 0.1908 0.7924 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2165379 3 0.0404 0.8529 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.6226 -0.1317 0.376 0.004 0.000 0.492 0.128
#> SRR1465938 4 0.3123 0.7836 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1381327 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375658 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.3942 0.7524 0.012 0.260 0.000 0.728 0.000
#> SRR1441614 3 0.0963 0.8436 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083554 2 0.5396 0.2414 0.000 0.560 0.000 0.064 0.376
#> SRR1486907 1 0.4273 0.6622 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.3086 0.7831 0.004 0.180 0.000 0.816 0.000
#> SRR1464577 2 0.0162 0.8919 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1380569 2 0.4517 -0.1455 0.008 0.556 0.000 0.436 0.000
#> SRR1337977 2 0.4045 0.2578 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1398775 2 0.2305 0.8180 0.012 0.896 0.000 0.092 0.000
#> SRR1090604 5 0.2075 0.8124 0.032 0.040 0.000 0.004 0.924
#> SRR1419361 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0162 0.8523 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0609 0.8843 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1337052 3 0.0162 0.8523 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.5822 0.1571 0.636 0.000 0.152 0.008 0.204
#> SRR1458955 3 0.4305 -0.5733 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1080811 5 0.0566 0.8239 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984
#> SRR1407734 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454568 1 0.5279 0.0714 0.696 0.000 0.096 0.012 0.196
#> SRR1078612 2 0.3613 0.7235 0.016 0.812 0.000 0.160 0.012
#> SRR1345347 3 0.0290 0.8510 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.1851 0.7693 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0162 0.8924 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR818850 3 0.2230 0.7677 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.3750 0.5519 0.012 0.756 0.000 0.232 0.000
#> SRR1347481 3 0.1851 0.7693 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.4287 0.6516 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1420791 3 0.0609 0.8505 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.4273 0.6622 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1459232 5 0.5764 0.7045 0.188 0.120 0.000 0.024 0.668
#> SRR1103118 3 0.0703 0.8494 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.6609 -0.1234 0.016 0.472 0.000 0.372 0.140
#> SRR1470379 4 0.3319 0.7669 0.020 0.160 0.000 0.820 0.000
#> SRR1334762 4 0.6304 0.2296 0.024 0.408 0.000 0.484 0.084
#> SRR1338766 5 0.5610 0.6063 0.180 0.180 0.000 0.000 0.640
#> SRR1458619 3 0.0510 0.8517 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.2891 0.7809 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1077753 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1087055 3 0.1851 0.7950 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0290 0.8510 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.4599 0.5707 0.600 0.000 0.384 0.016 0.000
#> SRR1476784 2 0.6786 -0.2152 0.016 0.436 0.000 0.384 0.164
#> SRR1075607 5 0.2580 0.8301 0.044 0.000 0.000 0.064 0.892
#> SRR1458066 2 0.3691 0.7181 0.028 0.804 0.000 0.164 0.004
#> SRR1078299 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387685 3 0.1851 0.7693 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR809667 5 0.3086 0.8150 0.040 0.004 0.000 0.092 0.864
#> SRR1322334 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 3 0.1341 0.8305 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0451 0.8880 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081663 4 0.6412 0.5870 0.156 0.360 0.000 0.480 0.004
#> SRR1478593 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432145 2 0.1478 0.8446 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1409153 5 0.1117 0.8244 0.016 0.020 0.000 0.000 0.964
#> SRR1097549 5 0.1442 0.8189 0.032 0.012 0.000 0.004 0.952
#> SRR1082307 2 0.2573 0.7995 0.016 0.880 0.000 0.104 0.000
#> SRR1419166 5 0.3910 0.7718 0.272 0.000 0.000 0.008 0.720
#> SRR1488812 2 0.0451 0.8906 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381229 4 0.3053 0.7710 0.008 0.164 0.000 0.828 0.000
#> SRR1312288 4 0.3756 0.7639 0.008 0.248 0.000 0.744 0.000
#> SRR1455946 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0290 0.8510 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.3003 0.7847 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1332733 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1460279 3 0.3999 0.0375 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.1851 0.7693 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.2574 0.7992 0.012 0.876 0.000 0.112 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.4330 0.3840 0.016 0.016 0.000 0.736 0.232
#> SRR1096900 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431535 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432980 1 0.7631 0.0962 0.460 0.000 0.296 0.140 0.104
#> SRR1081449 3 0.0290 0.8510 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.3246 0.7831 0.008 0.184 0.000 0.808 0.000
#> SRR1093290 2 0.0451 0.8906 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1380699 3 0.3109 0.6072 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 3 0.0963 0.8436 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.7689 -0.0949 0.080 0.468 0.004 0.276 0.172
#> SRR812912 3 0.3039 0.5814 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0609 0.8840 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1500052 3 0.5036 -0.0334 0.452 0.000 0.520 0.004 0.024
#> SRR1319608 3 0.1851 0.7693 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.3671 0.7732 0.008 0.236 0.000 0.756 0.000
#> SRR1076490 4 0.4173 0.6385 0.012 0.300 0.000 0.688 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR821518 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378660 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430468 2 0.0451 0.8906 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1443847 3 0.0290 0.8510 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0833 0.5825 0.004 0.016 0.000 0.976 0.004
#> SRR1464394 1 0.4287 0.6448 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1400419 3 0.2732 0.7016 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.4273 0.6622 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360218 2 0.3596 0.6483 0.000 0.776 0.000 0.012 0.212
#> SRR1080022 5 0.1043 0.8285 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1093885 2 0.5320 0.5613 0.008 0.696 0.000 0.152 0.144
#> SRR1072845 1 0.4726 0.5638 0.644 0.000 0.328 0.004 0.024
#> SRR1399271 2 0.2199 0.8362 0.016 0.916 0.000 0.060 0.008
#> SRR1361264 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR814082 1 0.4150 0.6568 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1466260 3 0.0703 0.8494 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.4101 0.6873 0.004 0.332 0.000 0.664 0.000
#> SRR1315821 3 0.0162 0.8532 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.3039 0.6736 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457661 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420368 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1071429 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378971 2 0.3421 0.7353 0.016 0.824 0.000 0.152 0.008
#> SRR1120847 4 0.2891 0.7811 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1081401 5 0.4360 0.8041 0.184 0.000 0.000 0.064 0.752
#> SRR1477820 3 0.0404 0.8527 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1442509 5 0.2580 0.8301 0.044 0.000 0.000 0.064 0.892
#> SRR1443070 2 0.0290 0.8902 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.4273 0.6622 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0451 0.8908 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1486439 1 0.4307 0.5293 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0404 0.8866 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1314788 3 0.0703 0.8494 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356421 4 0.3398 0.7819 0.004 0.216 0.000 0.780 0.000
#> SRR1101348 3 0.2852 0.6982 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.5064 0.5988 0.552 0.000 0.416 0.004 0.028
#> SRR1465289 2 0.1830 0.8533 0.000 0.932 0.000 0.040 0.028
#> SRR813431 3 0.0963 0.8436 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.4430 0.1730 0.012 0.628 0.000 0.360 0.000
#> SRR1373921 5 0.5538 0.7581 0.212 0.000 0.000 0.144 0.644
#> SRR1341142 4 0.3388 0.7837 0.008 0.200 0.000 0.792 0.000
#> SRR1343053 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408494 2 0.1121 0.8644 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1095213 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314014 3 0.5056 0.0175 0.336 0.000 0.620 0.004 0.040
#> SRR1317238 4 0.3521 0.7746 0.004 0.232 0.000 0.764 0.000
#> SRR1071379 3 0.0290 0.8510 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1092612 5 0.4959 0.7700 0.240 0.000 0.000 0.076 0.684
#> SRR1380139 4 0.2728 0.4863 0.040 0.004 0.000 0.888 0.068
#> SRR1308288 2 0.0290 0.8902 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1399501 2 0.3525 0.7311 0.024 0.816 0.000 0.156 0.004
#> SRR1358260 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.3209 0.7821 0.008 0.180 0.000 0.812 0.000
#> SRR1404421 1 0.4307 0.5722 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0451 0.8906 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1309425 3 0.0162 0.8523 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.6967 0.1119 0.008 0.276 0.000 0.412 0.304
#> SRR2185137 2 0.5764 -0.0326 0.028 0.504 0.000 0.432 0.036
#> SRR1437012 3 0.0290 0.8510 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1343919 3 0.4235 -0.2184 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0162 0.8932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1352256 4 0.4473 0.5636 0.008 0.412 0.000 0.580 0.000
#> SRR1499156 1 0.5069 0.0373 0.740 0.000 0.024 0.108 0.128
#> SRR1088241 2 0.5844 0.0301 0.012 0.492 0.000 0.064 0.432
#> SRR1328125 3 0.0290 0.8510 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.4273 0.6622 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1079455 3 0.2179 0.7736 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0771 0.8838 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1357367 2 0.3890 0.5053 0.012 0.736 0.000 0.252 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 5 0.2570 0.57192 0.008 0.084 0.000 0.016 0.884 0.008
#> SRR1480675 3 0.3150 0.75194 0.104 0.000 0.844 0.016 0.000 0.036
#> SRR1390331 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.6359 0.35773 0.028 0.256 0.000 0.508 0.004 0.204
#> SRR1352597 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.3771 0.55849 0.012 0.008 0.000 0.796 0.148 0.036
#> SRR1081357 5 0.4485 0.36721 0.012 0.200 0.000 0.000 0.716 0.072
#> SRR1321112 3 0.1353 0.83282 0.024 0.000 0.952 0.012 0.000 0.012
#> SRR810899 3 0.2969 0.62687 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.2883 0.76845 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.2744 0.70812 0.000 0.064 0.000 0.864 0.000 0.072
#> SRR1387308 2 0.0508 0.87769 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR808065 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.2070 0.80428 0.000 0.892 0.000 0.000 0.100 0.008
#> SRR1471029 2 0.1864 0.83491 0.000 0.924 0.000 0.004 0.040 0.032
#> SRR811447 3 0.1007 0.82873 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 5 0.4741 0.47655 0.040 0.000 0.000 0.004 0.536 0.420
#> SRR815588 5 0.3337 0.58708 0.000 0.000 0.000 0.004 0.736 0.260
#> SRR1380847 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.4270 0.50217 0.000 0.652 0.000 0.028 0.004 0.316
#> SRR1346957 3 0.1007 0.82552 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0146 0.88206 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069734 5 0.5565 0.33172 0.000 0.000 0.000 0.240 0.552 0.208
#> SRR1080859 3 0.1584 0.81507 0.064 0.000 0.928 0.000 0.000 0.008
#> SRR2165379 3 0.1462 0.82291 0.056 0.000 0.936 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348202 6 0.4824 0.16096 0.076 0.000 0.004 0.168 0.032 0.720
#> SRR1465938 4 0.1757 0.72321 0.000 0.076 0.000 0.916 0.000 0.008
#> SRR1381327 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0146 0.88215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379220 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.4874 0.61893 0.008 0.168 0.000 0.684 0.000 0.140
#> SRR1441614 3 0.1726 0.82021 0.044 0.000 0.932 0.012 0.000 0.012
#> SRR1335536 2 0.0260 0.88033 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.5719 0.09783 0.000 0.524 0.000 0.004 0.300 0.172
#> SRR1486907 1 0.2883 0.76845 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.1531 0.72052 0.000 0.068 0.000 0.928 0.000 0.004
#> SRR1464577 2 0.0632 0.87254 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1429579 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.4879 0.01020 0.000 0.544 0.000 0.392 0.000 0.064
#> SRR1337977 2 0.3979 0.00410 0.000 0.540 0.000 0.456 0.000 0.004
#> SRR1398775 2 0.3511 0.68994 0.004 0.776 0.000 0.016 0.004 0.200
#> SRR1090604 5 0.2170 0.60283 0.008 0.044 0.000 0.016 0.916 0.016
#> SRR1419361 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0547 0.83715 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.1007 0.85863 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0547 0.83715 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.7947 -0.04451 0.348 0.000 0.132 0.028 0.232 0.260
#> SRR1458955 1 0.4373 0.66676 0.640 0.000 0.328 0.016 0.000 0.016
#> SRR1080811 5 0.1285 0.62861 0.004 0.000 0.000 0.000 0.944 0.052
#> SRR1407734 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.7169 -0.03878 0.460 0.000 0.072 0.024 0.156 0.288
#> SRR1078612 2 0.4077 0.55578 0.000 0.692 0.000 0.012 0.016 0.280
#> SRR1345347 3 0.0632 0.83606 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.2969 0.62687 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0146 0.88234 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR818850 3 0.3134 0.72746 0.144 0.000 0.820 0.000 0.000 0.036
#> SRR814943 2 0.4120 0.60172 0.000 0.744 0.000 0.160 0.000 0.096
#> SRR1347481 3 0.2969 0.62687 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.3050 0.76561 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 3 0.0260 0.83762 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.2883 0.76845 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 5 0.5789 0.47113 0.028 0.068 0.000 0.036 0.628 0.240
#> SRR1103118 3 0.1528 0.83062 0.028 0.000 0.944 0.012 0.000 0.016
#> SRR1441505 2 0.7255 -0.39144 0.000 0.328 0.000 0.260 0.092 0.320
#> SRR1470379 4 0.1863 0.71244 0.004 0.060 0.000 0.920 0.000 0.016
#> SRR1334762 6 0.6651 0.02807 0.000 0.216 0.000 0.264 0.052 0.468
#> SRR1338766 5 0.6288 0.31556 0.036 0.168 0.000 0.008 0.552 0.236
#> SRR1458619 3 0.0260 0.83844 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.1643 0.72278 0.000 0.068 0.000 0.924 0.000 0.008
#> SRR1077753 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 3 0.1398 0.82008 0.052 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352069 3 0.0937 0.83024 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.5008 0.57939 0.628 0.000 0.268 0.004 0.000 0.100
#> SRR1476784 2 0.7506 -0.41688 0.000 0.312 0.000 0.264 0.136 0.288
#> SRR1075607 5 0.3314 0.59395 0.000 0.000 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR1458066 2 0.4564 0.23073 0.004 0.540 0.000 0.020 0.004 0.432
#> SRR1078299 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.2969 0.62687 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 5 0.4064 0.48920 0.000 0.000 0.000 0.016 0.624 0.360
#> SRR1322334 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 3 0.2955 0.76994 0.088 0.000 0.860 0.016 0.000 0.036
#> SRR2164975 2 0.1858 0.81888 0.000 0.904 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1081663 4 0.6574 0.32542 0.024 0.292 0.000 0.484 0.016 0.184
#> SRR1478593 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.1714 0.81525 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1409153 5 0.1180 0.61843 0.000 0.016 0.000 0.012 0.960 0.012
#> SRR1097549 5 0.1317 0.61110 0.008 0.004 0.000 0.016 0.956 0.016
#> SRR1082307 2 0.3753 0.64753 0.004 0.748 0.000 0.028 0.000 0.220
#> SRR1419166 5 0.4828 0.46311 0.052 0.000 0.000 0.016 0.640 0.292
#> SRR1488812 2 0.0458 0.87692 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1381229 4 0.1838 0.71750 0.000 0.068 0.000 0.916 0.000 0.016
#> SRR1312288 4 0.3637 0.68544 0.000 0.164 0.000 0.780 0.000 0.056
#> SRR1455946 3 0.0458 0.83781 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0937 0.83024 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0260 0.88050 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444264 4 0.2568 0.72532 0.004 0.088 0.000 0.880 0.004 0.024
#> SRR1332733 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.3706 0.54541 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.2969 0.62687 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.3916 0.65254 0.004 0.752 0.000 0.048 0.000 0.196
#> SRR1409022 3 0.0260 0.83857 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.5579 0.25827 0.000 0.000 0.000 0.544 0.192 0.264
#> SRR1096900 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 6 0.6662 0.13868 0.172 0.000 0.144 0.028 0.076 0.580
#> SRR1081449 3 0.0937 0.83024 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.2288 0.72146 0.004 0.072 0.000 0.896 0.000 0.028
#> SRR1093290 2 0.0458 0.87705 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1380699 3 0.3984 0.57089 0.224 0.000 0.736 0.012 0.000 0.028
#> SRR1399009 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 3 0.1578 0.82144 0.048 0.000 0.936 0.004 0.000 0.012
#> SRR2166114 2 0.7827 -0.32810 0.036 0.364 0.004 0.100 0.164 0.332
#> SRR812912 3 0.3823 0.02945 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0458 0.87641 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1500052 3 0.7279 0.00700 0.216 0.000 0.448 0.040 0.044 0.252
#> SRR1319608 3 0.2969 0.62687 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.4094 0.66958 0.000 0.180 0.000 0.740 0.000 0.080
#> SRR1076490 4 0.5579 0.38715 0.000 0.248 0.000 0.548 0.000 0.204
#> SRR1370528 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0363 0.87876 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457637 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0806 0.86909 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1443847 3 0.0937 0.83024 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.2101 0.61720 0.004 0.000 0.000 0.892 0.004 0.100
#> SRR1464394 1 0.2912 0.76799 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 3 0.3566 0.69289 0.156 0.000 0.788 0.000 0.000 0.056
#> SRR820839 1 0.3381 0.76678 0.772 0.000 0.212 0.008 0.000 0.008
#> SRR1456733 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.3141 0.67777 0.000 0.788 0.000 0.000 0.200 0.012
#> SRR1080022 5 0.1806 0.62556 0.000 0.000 0.000 0.004 0.908 0.088
#> SRR1093885 2 0.4471 0.48744 0.000 0.660 0.000 0.008 0.040 0.292
#> SRR1072845 1 0.5603 0.50200 0.624 0.000 0.248 0.020 0.016 0.092
#> SRR1399271 2 0.3056 0.75808 0.000 0.832 0.000 0.016 0.012 0.140
#> SRR1361264 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.2695 0.71112 0.844 0.000 0.144 0.004 0.000 0.008
#> SRR1466260 3 0.0547 0.83522 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.4047 0.58946 0.004 0.244 0.000 0.716 0.000 0.036
#> SRR1315821 3 0.0260 0.83867 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.3684 0.49293 0.004 0.692 0.000 0.300 0.000 0.004
#> SRR807517 3 0.0260 0.83857 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.3861 0.51203 0.000 0.672 0.000 0.008 0.004 0.316
#> SRR1120847 4 0.2380 0.72177 0.004 0.068 0.000 0.892 0.000 0.036
#> SRR1081401 5 0.4495 0.51623 0.028 0.000 0.000 0.004 0.580 0.388
#> SRR1477820 3 0.0260 0.83886 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 5 0.3337 0.58817 0.000 0.000 0.000 0.004 0.736 0.260
#> SRR1443070 2 0.0632 0.87265 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1435923 1 0.2883 0.76845 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0291 0.88080 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1486439 1 0.4110 0.56799 0.608 0.000 0.376 0.000 0.000 0.016
#> SRR1342995 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.0790 0.83253 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.3662 0.70112 0.004 0.156 0.000 0.792 0.004 0.044
#> SRR1101348 3 0.2491 0.77578 0.112 0.000 0.868 0.000 0.000 0.020
#> SRR1455236 1 0.6120 0.57201 0.584 0.000 0.272 0.040 0.032 0.072
#> SRR1465289 2 0.2026 0.83975 0.004 0.924 0.000 0.028 0.020 0.024
#> SRR813431 3 0.1726 0.82021 0.044 0.000 0.932 0.012 0.000 0.012
#> SRR1347100 2 0.5184 0.22164 0.000 0.584 0.000 0.296 0.000 0.120
#> SRR1373921 6 0.4490 -0.34224 0.032 0.000 0.000 0.004 0.360 0.604
#> SRR1341142 4 0.3384 0.70731 0.000 0.120 0.000 0.812 0.000 0.068
#> SRR1343053 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.1584 0.83755 0.000 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR1095213 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 3 0.7036 -0.00358 0.292 0.000 0.496 0.044 0.088 0.080
#> SRR1317238 4 0.2948 0.67647 0.000 0.188 0.000 0.804 0.000 0.008
#> SRR1071379 3 0.0937 0.83024 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 5 0.5974 0.39447 0.048 0.000 0.000 0.092 0.524 0.336
#> SRR1380139 4 0.4415 0.24123 0.004 0.000 0.000 0.556 0.020 0.420
#> SRR1308288 2 0.0713 0.87007 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1389018 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.4169 0.41961 0.004 0.620 0.000 0.008 0.004 0.364
#> SRR1358260 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.1843 0.72488 0.004 0.080 0.000 0.912 0.000 0.004
#> SRR1404421 1 0.3023 0.76203 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0806 0.86909 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1309425 3 0.0547 0.83715 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.7732 -0.12570 0.004 0.176 0.000 0.320 0.244 0.256
#> SRR2185137 6 0.6809 0.00593 0.008 0.360 0.000 0.208 0.036 0.388
#> SRR1437012 3 0.0937 0.83024 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 3 0.4331 -0.27718 0.464 0.000 0.516 0.000 0.000 0.020
#> SRR1081614 2 0.0000 0.88353 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 4 0.4967 0.31184 0.000 0.420 0.000 0.512 0.000 0.068
#> SRR1499156 6 0.5318 0.02241 0.452 0.000 0.020 0.000 0.056 0.472
#> SRR1088241 5 0.6342 0.01590 0.004 0.340 0.000 0.004 0.368 0.284
#> SRR1328125 3 0.0937 0.83024 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.2883 0.76845 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 3 0.3563 0.71992 0.132 0.000 0.808 0.012 0.000 0.048
#> SRR1328821 2 0.0405 0.87903 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1357367 2 0.4344 0.54460 0.000 0.716 0.000 0.188 0.000 0.096
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.764 0.876 0.946 0.2895 0.761 0.761
#> 3 3 0.681 0.847 0.920 0.9842 0.613 0.499
#> 4 4 0.945 0.919 0.970 0.2400 0.740 0.449
#> 5 5 0.916 0.888 0.945 0.0135 0.993 0.976
#> 6 6 0.756 0.746 0.828 0.0508 0.964 0.875
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1480675 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1390331 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1321112 2 0.9427 0.497 0.360 0.640
#> SRR810899 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1105489 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1474159 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR811447 2 0.9661 0.425 0.392 0.608
#> SRR817512 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1346957 2 0.9710 0.406 0.400 0.600
#> SRR1364953 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1080859 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR2165379 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1348202 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1441614 2 0.9608 0.444 0.384 0.616
#> SRR1335536 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.7219 0.733 0.800 0.200
#> SRR1094287 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1458955 2 0.9661 0.425 0.392 0.608
#> SRR1080811 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR818850 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR814943 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1384668 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1420791 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1394855 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1459232 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1103118 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1441505 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1087055 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1352069 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.0376 0.934 0.004 0.996
#> SRR1476784 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR2164975 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.7219 0.733 0.800 0.200
#> SRR1355304 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1460279 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1321204 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1399009 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1101931 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR2166114 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1464394 2 0.9522 0.471 0.372 0.628
#> SRR1400419 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR820839 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1456733 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.0376 0.934 0.004 0.996
#> SRR1399271 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR814082 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1466260 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.9710 0.259 0.600 0.400
#> SRR1442509 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1435923 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1102852 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1342995 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1101348 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1455236 2 0.2948 0.894 0.052 0.948
#> SRR1465289 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR813431 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1347100 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.0376 0.934 0.004 0.996
#> SRR1317238 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.7219 0.733 0.800 0.200
#> SRR1319322 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.6438 0.782 0.164 0.836
#> SRR1081614 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.958 1.000 0.000
#> SRR1339130 2 0.9170 0.553 0.332 0.668
#> SRR1079455 2 0.2236 0.908 0.036 0.964
#> SRR1328821 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 1 0.5968 0.631 0.636 0.364 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 1 0.4654 0.797 0.792 0.208 0.000
#> SRR1081357 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.2261 0.889 0.068 0.932 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.5529 0.454 0.296 0.704 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR815588 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1465938 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 1 0.5905 0.655 0.648 0.352 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.1031 0.939 0.024 0.976 0.000
#> SRR1486907 1 0.2356 0.726 0.928 0.000 0.072
#> SRR1094287 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.5529 0.454 0.296 0.704 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.6295 -0.210 0.472 0.528 0.000
#> SRR1090604 1 0.5882 0.658 0.652 0.348 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.1411 0.794 0.964 0.036 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.2066 0.898 0.060 0.940 0.000
#> SRR1470379 1 0.4887 0.795 0.772 0.228 0.000
#> SRR1334762 2 0.5810 0.348 0.336 0.664 0.000
#> SRR1338766 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1458619 3 0.4796 0.794 0.220 0.000 0.780
#> SRR1070479 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.4291 0.720 0.180 0.820 0.000
#> SRR1075607 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1458066 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.5650 0.688 0.312 0.000 0.688
#> SRR809667 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.1753 0.912 0.048 0.952 0.000
#> SRR1097549 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1082307 2 0.0592 0.951 0.012 0.988 0.000
#> SRR1419166 1 0.5058 0.793 0.756 0.244 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1312288 1 0.6192 0.516 0.580 0.420 0.000
#> SRR1455946 1 0.4062 0.608 0.836 0.000 0.164
#> SRR1355304 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 1 0.6126 0.559 0.600 0.400 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 1 0.5327 0.765 0.728 0.272 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.1411 0.794 0.964 0.036 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 1 0.5016 0.793 0.760 0.240 0.000
#> SRR812912 3 0.4654 0.804 0.208 0.000 0.792
#> SRR810531 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 1 0.2711 0.797 0.912 0.088 0.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 1 0.5216 0.779 0.740 0.260 0.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 3 0.6192 0.503 0.420 0.000 0.580
#> SRR1079612 1 0.5968 0.631 0.636 0.364 0.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 1 0.5968 0.631 0.636 0.364 0.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 1 0.4605 0.796 0.796 0.204 0.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.4555 0.683 0.200 0.800 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1341142 1 0.6308 0.311 0.508 0.492 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1380139 1 0.4399 0.797 0.812 0.188 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 1 0.5968 0.631 0.636 0.364 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 1 0.5098 0.792 0.752 0.248 0.000
#> SRR1404421 3 0.6154 0.520 0.408 0.000 0.592
#> SRR1319322 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 1 0.5968 0.631 0.636 0.364 0.000
#> SRR2185137 2 0.2711 0.862 0.088 0.912 0.000
#> SRR1437012 3 0.1289 0.924 0.032 0.000 0.968
#> SRR1343919 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 1 0.3038 0.797 0.896 0.104 0.000
#> SRR1088241 2 0.5785 0.360 0.332 0.668 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.790 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.5785 0.360 0.332 0.668 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471029 4 0.4564 0.5368 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR811447 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380847 4 0.3801 0.7063 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0188 0.9712 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465938 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.1118 0.9416 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.1118 0.9317 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1337977 4 0.2647 0.8353 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1398775 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090604 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419361 4 0.0817 0.9435 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.2704 0.8384 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0817 0.9433 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.4999 0.0256 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1078612 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0336 0.9374 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470379 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334762 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338766 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458619 3 0.4877 0.3290 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1070479 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0592 0.9291 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1476784 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075607 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0469 0.9645 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1387685 1 0.4981 0.0506 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR809667 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.1022 0.9457 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1409153 4 0.1022 0.9362 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1097549 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082307 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419166 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312288 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.2647 0.8434 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1380699 1 0.0188 0.9406 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812912 3 0.4730 0.4394 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR810531 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1500052 1 0.0336 0.9374 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.4679 0.4579 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1076490 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.3837 0.7013 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1430468 2 0.0817 0.9534 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 4 0.0336 0.9587 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1080022 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093885 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072845 1 0.0707 0.9234 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1399271 4 0.4877 0.3104 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0188 0.9406 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417248 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0921 0.9496 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120847 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081401 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0336 0.9374 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465289 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.4817 0.3668 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1373921 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341142 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0336 0.9374 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1317238 4 0.4790 0.3884 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.4855 0.2631 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1319322 2 0.2921 0.8170 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185137 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1437012 3 0.1211 0.9252 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1343919 1 0.0336 0.9374 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081614 2 0.2469 0.8585 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1352256 2 0.3610 0.7314 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1499156 1 0.4898 0.2773 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1088241 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0188 0.9406 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328821 4 0.0000 0.9656 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9746 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.2966 0.8268 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.3074 0.8212 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR810899 5 0.3143 1.0000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1105489 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471029 4 0.3932 0.4910 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR811447 1 0.3074 0.8212 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR817512 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 4 0.3274 0.6701 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0162 0.9683 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.3143 0.8161 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.2127 0.8581 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2165379 1 0.2471 0.8484 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1348202 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1465938 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0963 0.9353 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1441614 1 0.3074 0.8212 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486907 1 0.0404 0.8836 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1094287 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.0963 0.9255 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1337977 4 0.2280 0.8182 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1398775 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 4 0.0703 0.9386 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1090650 3 0.2813 0.6987 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1068905 2 0.2329 0.8191 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0880 0.9327 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1458955 1 0.2020 0.8595 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1080811 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.4219 0.2971 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1078612 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 5 0.3143 1.0000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.2127 0.8582 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR814943 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347481 5 0.3143 1.0000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1384668 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.3074 0.8212 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1394855 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1103118 1 0.3074 0.8212 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1441505 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334762 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338766 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1458619 3 0.3143 0.6575 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1070479 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.3039 0.8226 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1352069 3 0.1410 0.7758 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1405182 1 0.0290 0.8795 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476784 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0404 0.9608 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1387685 3 0.5197 0.5324 0.116 0.000 0.680 0.000 0.204
#> SRR809667 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0880 0.9399 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1409153 4 0.0880 0.9306 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1097549 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1082307 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419166 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312288 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.3143 0.8161 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1355304 3 0.3143 0.6621 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 5 0.3143 1.0000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1351033 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1081449 3 0.3109 0.6666 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1100440 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.2280 0.8247 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0162 0.8843 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166114 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR812912 3 0.4278 0.3284 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR810531 4 0.0162 0.9588 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1500052 1 0.0703 0.8696 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1319608 5 0.3143 1.0000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1464960 4 0.4030 0.4400 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1076490 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.3305 0.6643 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1430468 2 0.0703 0.9484 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1443847 3 0.3109 0.6666 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1098026 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.0162 0.8843 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400419 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 4 0.0290 0.9551 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1080022 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 4 0.4201 0.3111 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.5958 0.5756 0.592 0.000 0.204 0.000 0.204
#> SRR1079612 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.0162 0.8001 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417248 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 3 0.0162 0.8001 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1120961 2 0.0794 0.9442 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.3074 0.8212 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1442509 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.2179 0.7368 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0162 0.8843 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347100 2 0.4150 0.3543 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1373921 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341142 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 4 0.4126 0.3889 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1071379 3 0.3143 0.6621 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1092612 4 0.0162 0.9598 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 1 0.6536 -0.0135 0.408 0.000 0.396 0.000 0.196
#> SRR1319322 2 0.2516 0.7945 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185137 4 0.0162 0.9588 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1437012 3 0.3143 0.6575 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1343919 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.2127 0.8418 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1352256 2 0.3109 0.6962 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1499156 1 0.4219 0.2974 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1088241 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.8851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 4 0.0000 0.9618 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9721 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.0146 0.8487 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480675 5 0.0363 0.6640 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1390331 4 0.0146 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084347 2 0.3714 0.6964 0.340 0.656 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352597 4 0.0146 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089643 2 0.0146 0.8487 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.0837 0.8447 0.004 0.972 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1321112 5 0.2092 0.5486 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR810899 6 0.0937 1.0000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1105489 1 0.3672 0.9522 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1474159 2 0.3867 0.6949 0.328 0.660 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1387308 4 0.2520 0.8627 0.152 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR808065 4 0.1151 0.8548 0.032 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012
#> SRR1073531 4 0.3175 0.8519 0.164 0.000 0.000 0.808 0.000 0.028
#> SRR1081688 2 0.2547 0.8010 0.112 0.868 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1471029 2 0.4301 0.3929 0.000 0.584 0.000 0.392 0.000 0.024
#> SRR811447 5 0.0000 0.6697 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0603 0.8456 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR815588 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380847 2 0.6414 0.3955 0.332 0.440 0.000 0.200 0.000 0.028
#> SRR1327327 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1322355 4 0.2821 0.8594 0.152 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016
#> SRR1333370 4 0.3658 0.8297 0.192 0.008 0.000 0.772 0.000 0.028
#> SRR1432476 4 0.0820 0.8663 0.012 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1345200 4 0.2631 0.8611 0.152 0.000 0.000 0.840 0.000 0.008
#> SRR1398293 4 0.3953 0.6953 0.328 0.000 0.000 0.656 0.000 0.016
#> SRR1346957 5 0.0146 0.6691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1364953 4 0.0291 0.8642 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1347998 4 0.3953 0.6953 0.328 0.000 0.000 0.656 0.000 0.016
#> SRR1069734 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080859 5 0.1765 0.5930 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2165379 5 0.3862 -0.6130 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1348202 2 0.0692 0.8451 0.020 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465938 2 0.2912 0.7731 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381327 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1375658 4 0.3734 0.8312 0.164 0.040 0.000 0.784 0.000 0.012
#> SRR1379220 4 0.2520 0.8627 0.152 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR1457148 2 0.3804 0.6960 0.336 0.656 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441614 5 0.0000 0.6697 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335536 4 0.2536 0.8682 0.116 0.000 0.000 0.864 0.000 0.020
#> SRR1083554 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486907 1 0.3727 0.9244 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1094287 2 0.2664 0.7859 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464577 4 0.2669 0.8602 0.156 0.000 0.000 0.836 0.000 0.008
#> SRR1429579 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1380569 2 0.4981 0.6421 0.332 0.600 0.000 0.052 0.000 0.016
#> SRR1337977 2 0.4647 0.6641 0.328 0.624 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1398775 2 0.0146 0.8489 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090604 2 0.0146 0.8487 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.3594 0.7586 0.152 0.800 0.000 0.024 0.000 0.024
#> SRR1090650 3 0.3531 0.6456 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1068905 4 0.5662 0.5286 0.328 0.116 0.000 0.540 0.000 0.016
#> SRR1337052 3 0.2454 0.7528 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1489075 2 0.1010 0.8373 0.036 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458955 5 0.3862 -0.6293 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1080811 2 0.0260 0.8482 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407734 4 0.2743 0.8573 0.164 0.000 0.000 0.828 0.000 0.008
#> SRR1454568 1 0.6137 0.3087 0.392 0.240 0.000 0.000 0.364 0.004
#> SRR1078612 2 0.0363 0.8481 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0632 0.7658 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1381613 6 0.0937 1.0000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1446911 4 0.3102 0.8554 0.156 0.000 0.000 0.816 0.000 0.028
#> SRR818850 5 0.2378 0.5159 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR814943 4 0.2743 0.8573 0.164 0.000 0.000 0.828 0.000 0.008
#> SRR1347481 6 0.0937 1.0000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1384668 1 0.3672 0.9522 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1420791 5 0.0000 0.6697 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.3684 0.9487 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1459232 2 0.0363 0.8474 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1103118 5 0.0000 0.6697 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.2597 0.7883 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.0363 0.8483 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334762 2 0.2772 0.7885 0.180 0.816 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338766 2 0.3342 0.7618 0.228 0.760 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1458619 3 0.3950 0.3665 0.000 0.000 0.564 0.000 0.432 0.004
#> SRR1070479 2 0.2597 0.7883 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077753 4 0.0260 0.8642 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1087055 5 0.0260 0.6667 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1352069 3 0.2527 0.7481 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1405182 1 0.3979 0.9310 0.628 0.012 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1476784 2 0.2597 0.7883 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.0146 0.8487 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1078299 4 0.3590 0.8479 0.152 0.020 0.000 0.800 0.000 0.028
#> SRR1387685 5 0.3930 -0.0573 0.004 0.000 0.364 0.000 0.628 0.004
#> SRR809667 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322334 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1419518 1 0.3684 0.9523 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR2164975 4 0.2362 0.8678 0.136 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR1081663 2 0.3592 0.6976 0.344 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478593 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1432145 4 0.1930 0.8486 0.012 0.036 0.000 0.924 0.000 0.028
#> SRR1409153 2 0.4475 0.7196 0.192 0.728 0.000 0.052 0.000 0.028
#> SRR1097549 2 0.0909 0.8429 0.020 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1082307 2 0.0692 0.8460 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1419166 2 0.0692 0.8451 0.020 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488812 4 0.2520 0.8627 0.152 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR1381229 2 0.2260 0.8076 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.4388 0.6790 0.332 0.636 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1455946 5 0.0146 0.6691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1355304 3 0.3647 0.6140 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1447437 4 0.2520 0.8627 0.152 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR1444264 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332733 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1460279 1 0.3684 0.9523 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1321204 6 0.0937 1.0000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1351033 2 0.3748 0.7154 0.300 0.688 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.2454 0.7528 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1311329 4 0.2730 0.8605 0.152 0.000 0.000 0.836 0.000 0.012
#> SRR1101304 2 0.0547 0.8482 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096900 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1431535 4 0.0632 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1432980 2 0.0692 0.8451 0.020 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081449 3 0.3647 0.6140 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1100440 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093290 4 0.5146 0.7151 0.196 0.104 0.000 0.672 0.000 0.028
#> SRR1380699 1 0.3684 0.9523 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1399009 4 0.0508 0.8599 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1101931 1 0.3717 0.9344 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR2166114 2 0.4227 0.6862 0.344 0.632 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR812912 5 0.6056 -0.3283 0.004 0.000 0.212 0.000 0.396 0.388
#> SRR810531 2 0.1180 0.8436 0.012 0.960 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1500052 5 0.4486 -0.2760 0.384 0.028 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1319608 6 0.0937 1.0000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1464960 2 0.5109 0.5941 0.328 0.572 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.4034 0.6937 0.336 0.648 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1370528 4 0.2730 0.8617 0.152 0.000 0.000 0.836 0.000 0.012
#> SRR1068788 4 0.2730 0.8609 0.152 0.000 0.000 0.836 0.000 0.012
#> SRR1457637 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR821518 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1378660 2 0.5292 0.5454 0.108 0.652 0.000 0.212 0.000 0.028
#> SRR1430468 4 0.1421 0.8560 0.000 0.028 0.000 0.944 0.000 0.028
#> SRR1443847 3 0.3647 0.6140 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1098026 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464394 5 0.3867 -0.6331 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1400419 5 0.3659 -0.1547 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR820839 1 0.3672 0.9522 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1456733 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1360218 2 0.3670 0.7564 0.152 0.796 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR1080022 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1093885 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072845 1 0.3807 0.9479 0.628 0.004 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1399271 2 0.5693 0.4899 0.148 0.572 0.000 0.264 0.000 0.016
#> SRR1361264 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR814082 1 0.3672 0.9522 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1466260 5 0.0146 0.6691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1079612 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.0146 0.7622 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807517 3 0.0146 0.7622 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1120961 4 0.3778 0.8363 0.164 0.028 0.000 0.784 0.000 0.024
#> SRR1457661 4 0.2491 0.8593 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1420368 4 0.0458 0.8643 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1071429 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1378971 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1120847 2 0.0632 0.8474 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081401 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477820 5 0.0000 0.6697 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443070 4 0.2743 0.8573 0.164 0.000 0.000 0.828 0.000 0.008
#> SRR1435923 1 0.3672 0.9522 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1102852 2 0.0603 0.8451 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1486439 1 0.3684 0.9523 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1342995 4 0.1257 0.8672 0.020 0.000 0.000 0.952 0.000 0.028
#> SRR1314788 3 0.2520 0.6390 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1090722 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1356421 2 0.2491 0.7943 0.164 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.3695 0.9476 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1455236 1 0.3684 0.9523 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813431 5 0.2854 0.3906 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1347100 2 0.6464 0.1728 0.328 0.368 0.000 0.288 0.000 0.016
#> SRR1373921 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341142 2 0.3668 0.7009 0.328 0.668 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343053 4 0.1633 0.8700 0.044 0.000 0.000 0.932 0.000 0.024
#> SRR1408494 4 0.3175 0.8519 0.164 0.000 0.000 0.808 0.000 0.028
#> SRR1095213 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1314014 1 0.3684 0.9523 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1317238 2 0.5034 0.6179 0.328 0.588 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1071379 3 0.3647 0.6140 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1092612 2 0.0547 0.8461 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380139 2 0.0405 0.8473 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308288 4 0.2491 0.8593 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1389018 4 0.0935 0.8553 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1399501 2 0.2011 0.8268 0.064 0.912 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1358260 4 0.0508 0.8599 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1096946 2 0.0260 0.8495 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404421 5 0.4155 -0.0498 0.020 0.000 0.364 0.000 0.616 0.000
#> SRR1319322 4 0.2651 0.7760 0.000 0.112 0.000 0.860 0.000 0.028
#> SRR1309425 3 0.0000 0.7627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185137 2 0.4468 0.6817 0.332 0.632 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1437012 3 0.1082 0.7390 0.000 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1343919 1 0.3795 0.9433 0.632 0.004 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1081614 4 0.2815 0.7925 0.012 0.096 0.000 0.864 0.000 0.028
#> SRR1352256 4 0.5823 0.3892 0.332 0.200 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.6123 -0.2436 0.236 0.400 0.000 0.000 0.360 0.004
#> SRR1088241 2 0.0291 0.8484 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328125 3 0.0000 0.7627 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.3672 0.9522 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1079455 1 0.3672 0.9486 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1328821 2 0.1584 0.8352 0.064 0.928 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1357367 4 0.2597 0.8545 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.918 0.929 0.971 0.417 0.594 0.594
#> 3 3 0.697 0.736 0.871 0.119 0.879 0.803
#> 4 4 0.639 0.716 0.856 0.255 0.866 0.749
#> 5 5 0.458 0.534 0.731 0.125 0.941 0.862
#> 6 6 0.477 0.499 0.732 0.118 0.812 0.528
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.8327 0.6450 0.264 0.736
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1069734 1 0.8955 0.5461 0.688 0.312
#> SRR1080859 1 0.0672 0.9651 0.992 0.008
#> SRR2165379 1 0.2948 0.9242 0.948 0.052
#> SRR1348202 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.9661 0.3734 0.392 0.608
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.7815 0.6979 0.232 0.768
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.7219 0.7443 0.800 0.200
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.6048 0.8128 0.148 0.852
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.8207 0.6573 0.256 0.744
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR809667 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.7219 0.7411 0.800 0.200
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1409153 1 0.9933 0.1446 0.548 0.452
#> SRR1097549 2 0.9522 0.4236 0.372 0.628
#> SRR1082307 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.0938 0.9617 0.988 0.012
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.3733 0.9003 0.072 0.928
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.6801 0.7759 0.180 0.820
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR820839 1 0.1843 0.9473 0.972 0.028
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.7453 0.7276 0.212 0.788
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.9286 0.4814 0.344 0.656
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0672 0.9617 0.008 0.992
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.7219 0.7445 0.200 0.800
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 0.9522 0.4232 0.372 0.628
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.8144 0.6562 0.748 0.252
#> SRR1455236 2 0.9710 0.3523 0.400 0.600
#> SRR1465289 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.9988 0.0959 0.480 0.520
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.0672 0.9617 0.008 0.992
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000
#> SRR1079455 2 0.9775 0.3190 0.412 0.588
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.6008 0.3660 0.332 0.664 0.004
#> SRR1480675 1 0.0000 0.3116 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.1643 0.9241 0.000 0.956 0.044
#> SRR1084347 2 0.0661 0.9413 0.004 0.988 0.008
#> SRR1352597 2 0.0424 0.9418 0.000 0.992 0.008
#> SRR1089643 2 0.1267 0.9316 0.024 0.972 0.004
#> SRR1081357 2 0.2584 0.8911 0.064 0.928 0.008
#> SRR1321112 1 0.0475 0.3158 0.992 0.004 0.004
#> SRR810899 3 0.1964 0.6139 0.056 0.000 0.944
#> SRR1105489 1 0.8250 0.4252 0.628 0.232 0.140
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.1289 0.9353 0.000 0.968 0.032
#> SRR1073531 2 0.0592 0.9411 0.000 0.988 0.012
#> SRR1081688 2 0.0592 0.9416 0.000 0.988 0.012
#> SRR1471029 2 0.0661 0.9414 0.008 0.988 0.004
#> SRR811447 1 0.0237 0.3101 0.996 0.000 0.004
#> SRR817512 2 0.4099 0.7935 0.140 0.852 0.008
#> SRR815588 2 0.3983 0.7911 0.144 0.852 0.004
#> SRR1380847 2 0.0661 0.9412 0.004 0.988 0.008
#> SRR1327327 2 0.0592 0.9401 0.000 0.988 0.012
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0237 0.9416 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432476 2 0.0592 0.9411 0.000 0.988 0.012
#> SRR1345200 2 0.0237 0.9414 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398293 2 0.0592 0.9396 0.012 0.988 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.3116 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.1411 0.9303 0.000 0.964 0.036
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.6521 -0.2787 0.496 0.500 0.004
#> SRR1080859 1 0.0237 0.3160 0.996 0.004 0.000
#> SRR2165379 1 0.3941 0.4127 0.844 0.156 0.000
#> SRR1348202 2 0.1399 0.9286 0.028 0.968 0.004
#> SRR1465938 2 0.0661 0.9413 0.004 0.988 0.008
#> SRR1381327 2 0.1643 0.9241 0.000 0.956 0.044
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0892 0.9375 0.000 0.980 0.020
#> SRR1457148 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1441614 1 0.0237 0.3101 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335536 2 0.0661 0.9420 0.004 0.988 0.008
#> SRR1083554 2 0.1585 0.9282 0.028 0.964 0.008
#> SRR1486907 3 0.6509 0.3192 0.472 0.004 0.524
#> SRR1094287 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1464577 2 0.0424 0.9412 0.000 0.992 0.008
#> SRR1429579 2 0.1643 0.9241 0.000 0.956 0.044
#> SRR1380569 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1337977 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.6282 0.1717 0.384 0.612 0.004
#> SRR1419361 2 0.0237 0.9414 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090650 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1068905 2 0.1015 0.9410 0.008 0.980 0.012
#> SRR1337052 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1489075 2 0.3715 0.8165 0.128 0.868 0.004
#> SRR1458955 1 0.8924 0.3568 0.560 0.268 0.172
#> SRR1080811 2 0.4291 0.7767 0.152 0.840 0.008
#> SRR1407734 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1454568 2 0.6421 0.0262 0.424 0.572 0.004
#> SRR1078612 2 0.1267 0.9319 0.024 0.972 0.004
#> SRR1345347 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1381613 3 0.1964 0.6139 0.056 0.000 0.944
#> SRR1446911 2 0.1031 0.9385 0.000 0.976 0.024
#> SRR818850 1 0.0237 0.3101 0.996 0.000 0.004
#> SRR814943 2 0.0892 0.9369 0.000 0.980 0.020
#> SRR1347481 3 0.1964 0.6139 0.056 0.000 0.944
#> SRR1384668 1 0.6421 0.4905 0.572 0.424 0.004
#> SRR1420791 1 0.0000 0.3116 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 3 0.6509 0.3192 0.472 0.004 0.524
#> SRR1459232 2 0.0829 0.9398 0.012 0.984 0.004
#> SRR1103118 1 0.0000 0.3116 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.1129 0.9347 0.020 0.976 0.004
#> SRR1470379 2 0.0661 0.9413 0.004 0.988 0.008
#> SRR1334762 2 0.1289 0.9266 0.032 0.968 0.000
#> SRR1338766 2 0.5896 0.4758 0.292 0.700 0.008
#> SRR1458619 1 0.3116 0.1265 0.892 0.000 0.108
#> SRR1070479 2 0.0237 0.9412 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077753 2 0.1765 0.9245 0.004 0.956 0.040
#> SRR1087055 1 0.0237 0.3160 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352069 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1405182 1 0.6489 0.4214 0.540 0.456 0.004
#> SRR1476784 2 0.1289 0.9266 0.032 0.968 0.000
#> SRR1075607 2 0.3755 0.8256 0.120 0.872 0.008
#> SRR1458066 2 0.0592 0.9402 0.012 0.988 0.000
#> SRR1078299 2 0.1411 0.9323 0.000 0.964 0.036
#> SRR1387685 3 0.6299 0.3208 0.476 0.000 0.524
#> SRR809667 1 0.7036 0.4319 0.536 0.444 0.020
#> SRR1322334 2 0.0892 0.9375 0.000 0.980 0.020
#> SRR1419518 1 0.5560 0.4929 0.700 0.300 0.000
#> SRR2164975 2 0.0892 0.9375 0.000 0.980 0.020
#> SRR1081663 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1478593 2 0.1643 0.9241 0.000 0.956 0.044
#> SRR1432145 2 0.0475 0.9415 0.004 0.992 0.004
#> SRR1409153 1 0.6252 0.4450 0.556 0.444 0.000
#> SRR1097549 2 0.6282 0.1717 0.384 0.612 0.004
#> SRR1082307 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419166 2 0.5292 0.6374 0.228 0.764 0.008
#> SRR1488812 2 0.1529 0.9265 0.000 0.960 0.040
#> SRR1381229 2 0.0237 0.9412 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312288 2 0.0237 0.9412 0.000 0.996 0.004
#> SRR1455946 1 0.0747 0.2893 0.984 0.000 0.016
#> SRR1355304 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1447437 2 0.0747 0.9390 0.000 0.984 0.016
#> SRR1444264 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1332733 2 0.1529 0.9265 0.000 0.960 0.040
#> SRR1460279 1 0.6189 0.5179 0.632 0.364 0.004
#> SRR1321204 3 0.1964 0.6139 0.056 0.000 0.944
#> SRR1351033 2 0.3644 0.8050 0.124 0.872 0.004
#> SRR1409022 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.0747 0.9375 0.016 0.984 0.000
#> SRR1096900 2 0.1643 0.9258 0.000 0.956 0.044
#> SRR1431535 2 0.1289 0.9337 0.000 0.968 0.032
#> SRR1432980 2 0.2301 0.9035 0.060 0.936 0.004
#> SRR1081449 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1100440 2 0.0237 0.9412 0.000 0.996 0.004
#> SRR1093290 2 0.1289 0.9347 0.000 0.968 0.032
#> SRR1380699 1 0.6468 0.4497 0.552 0.444 0.004
#> SRR1399009 2 0.1643 0.9241 0.000 0.956 0.044
#> SRR1101931 1 0.0237 0.3101 0.996 0.000 0.004
#> SRR2166114 2 0.0661 0.9410 0.008 0.988 0.004
#> SRR812912 3 0.6299 0.3208 0.476 0.000 0.524
#> SRR810531 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500052 1 0.6460 0.4570 0.556 0.440 0.004
#> SRR1319608 3 0.1964 0.6139 0.056 0.000 0.944
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.1529 0.9301 0.000 0.960 0.040
#> SRR1068788 2 0.0747 0.9394 0.000 0.984 0.016
#> SRR1457637 2 0.1643 0.9241 0.000 0.956 0.044
#> SRR821518 2 0.1643 0.9241 0.000 0.956 0.044
#> SRR1378660 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1430468 2 0.1031 0.9386 0.000 0.976 0.024
#> SRR1443847 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1098026 2 0.1399 0.9286 0.028 0.968 0.004
#> SRR1464394 3 0.6509 0.3192 0.472 0.004 0.524
#> SRR1400419 1 0.1031 0.3261 0.976 0.024 0.000
#> SRR820839 1 0.6912 0.5097 0.628 0.344 0.028
#> SRR1456733 2 0.1411 0.9294 0.000 0.964 0.036
#> SRR1360218 2 0.0661 0.9412 0.004 0.988 0.008
#> SRR1080022 2 0.5327 0.5418 0.272 0.728 0.000
#> SRR1093885 2 0.1170 0.9361 0.016 0.976 0.008
#> SRR1072845 1 0.6260 0.4348 0.552 0.448 0.000
#> SRR1399271 2 0.0237 0.9414 0.004 0.996 0.000
#> SRR1361264 2 0.1643 0.9241 0.000 0.956 0.044
#> SRR814082 1 0.7660 -0.0830 0.548 0.048 0.404
#> SRR1466260 1 0.0592 0.2961 0.988 0.000 0.012
#> SRR1079612 2 0.0237 0.9412 0.000 0.996 0.004
#> SRR1315821 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1417248 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR807517 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0829 0.9417 0.004 0.984 0.012
#> SRR1420368 2 0.0424 0.9411 0.000 0.992 0.008
#> SRR1071429 2 0.1643 0.9258 0.000 0.956 0.044
#> SRR1378971 2 0.1031 0.9342 0.024 0.976 0.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 2 0.5420 0.6091 0.240 0.752 0.008
#> SRR1477820 1 0.0237 0.3047 0.996 0.000 0.004
#> SRR1442509 2 0.5138 0.5852 0.252 0.748 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 3 0.6509 0.3192 0.472 0.004 0.524
#> SRR1102852 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1486439 1 0.6451 0.4650 0.560 0.436 0.004
#> SRR1342995 2 0.0475 0.9416 0.004 0.992 0.004
#> SRR1314788 1 0.6192 -0.5119 0.580 0.000 0.420
#> SRR1090722 2 0.1643 0.9258 0.000 0.956 0.044
#> SRR1356421 2 0.0237 0.9412 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101348 1 0.6442 0.4730 0.564 0.432 0.004
#> SRR1455236 1 0.6225 0.4774 0.568 0.432 0.000
#> SRR1465289 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR813431 1 0.0661 0.3192 0.988 0.008 0.004
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.2682 0.8824 0.076 0.920 0.004
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.1031 0.9385 0.000 0.976 0.024
#> SRR1408494 2 0.0237 0.9412 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095213 2 0.1643 0.9241 0.000 0.956 0.044
#> SRR1314014 1 0.6215 0.4845 0.572 0.428 0.000
#> SRR1317238 2 0.0237 0.9412 0.000 0.996 0.004
#> SRR1071379 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1092612 2 0.2945 0.8648 0.088 0.908 0.004
#> SRR1380139 2 0.1529 0.9210 0.040 0.960 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.1878 0.9215 0.004 0.952 0.044
#> SRR1399501 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0592 0.9401 0.000 0.988 0.012
#> SRR1096946 2 0.0424 0.9414 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404421 3 0.6509 0.3192 0.472 0.004 0.524
#> SRR1319322 2 0.2152 0.9262 0.016 0.948 0.036
#> SRR1309425 3 0.6154 0.6797 0.408 0.000 0.592
#> SRR1087535 2 0.0424 0.9410 0.008 0.992 0.000
#> SRR2185137 2 0.0892 0.9352 0.020 0.980 0.000
#> SRR1437012 1 0.5254 -0.2661 0.736 0.000 0.264
#> SRR1343919 1 0.6476 0.4409 0.548 0.448 0.004
#> SRR1081614 2 0.0237 0.9415 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.3619 0.8057 0.136 0.864 0.000
#> SRR1088241 2 0.1989 0.9126 0.048 0.948 0.004
#> SRR1328125 3 0.6168 0.6770 0.412 0.000 0.588
#> SRR1339130 3 0.6509 0.3192 0.472 0.004 0.524
#> SRR1079455 1 0.6204 0.4899 0.576 0.424 0.000
#> SRR1328821 2 0.0424 0.9412 0.008 0.992 0.000
#> SRR1357367 2 0.0237 0.9414 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.5291 0.4817 0.180 0.080 0.000 0.740
#> SRR1480675 1 0.0336 0.7351 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.4998 0.6450 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1084347 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1352597 4 0.3688 0.6065 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1089643 4 0.0592 0.8494 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1081357 4 0.2282 0.8304 0.024 0.052 0.000 0.924
#> SRR1321112 1 0.0188 0.7349 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810899 3 0.1576 0.9498 0.004 0.048 0.948 0.000
#> SRR1105489 1 0.6437 0.6297 0.648 0.268 0.060 0.024
#> SRR1474159 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387308 4 0.2281 0.8060 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR808065 4 0.4800 -0.1336 0.000 0.340 0.004 0.656
#> SRR1073531 4 0.1489 0.8468 0.000 0.044 0.004 0.952
#> SRR1081688 4 0.1305 0.8468 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1471029 4 0.2480 0.8086 0.008 0.088 0.000 0.904
#> SRR811447 1 0.0188 0.7349 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817512 4 0.3706 0.7079 0.112 0.040 0.000 0.848
#> SRR815588 4 0.4780 0.6374 0.116 0.096 0.000 0.788
#> SRR1380847 4 0.0376 0.8505 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1327327 4 0.4477 0.1028 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1322355 4 0.1211 0.8275 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1333370 4 0.1867 0.8304 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1432476 4 0.1824 0.8383 0.000 0.060 0.004 0.936
#> SRR1345200 4 0.1867 0.8304 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1398293 4 0.1557 0.8414 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1346957 1 0.0188 0.7349 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1364953 4 0.3764 0.5944 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1347998 4 0.1211 0.8466 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1069734 1 0.6292 0.0520 0.524 0.060 0.000 0.416
#> SRR1080859 1 0.0188 0.7353 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0707 0.7374 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1348202 4 0.3554 0.6886 0.136 0.020 0.000 0.844
#> SRR1465938 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1381327 2 0.4790 0.9603 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1375658 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1379220 4 0.4679 0.0805 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1457148 4 0.0707 0.8451 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1441614 1 0.0188 0.7349 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335536 4 0.1118 0.8310 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1083554 4 0.1824 0.8388 0.000 0.060 0.004 0.936
#> SRR1486907 1 0.8191 0.1659 0.344 0.312 0.336 0.008
#> SRR1094287 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464577 4 0.1118 0.8467 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1429579 2 0.4790 0.9603 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1380569 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337977 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1398775 4 0.1118 0.8467 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1090604 4 0.6080 0.3707 0.236 0.100 0.000 0.664
#> SRR1419361 4 0.0336 0.8513 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1090650 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1068905 4 0.0336 0.8513 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1337052 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1489075 4 0.3441 0.6956 0.120 0.024 0.000 0.856
#> SRR1458955 1 0.5363 0.6704 0.772 0.068 0.136 0.024
#> SRR1080811 4 0.4426 0.6826 0.096 0.092 0.000 0.812
#> SRR1407734 4 0.0336 0.8496 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1454568 1 0.6023 0.2834 0.612 0.060 0.000 0.328
#> SRR1078612 4 0.1824 0.8378 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR1345347 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1381613 3 0.1576 0.9498 0.004 0.048 0.948 0.000
#> SRR1446911 4 0.1978 0.8323 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR818850 1 0.0000 0.7351 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 4 0.1489 0.8473 0.004 0.044 0.000 0.952
#> SRR1347481 3 0.1576 0.9498 0.004 0.048 0.948 0.000
#> SRR1384668 1 0.5226 0.5852 0.744 0.076 0.000 0.180
#> SRR1420791 1 0.0000 0.7351 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.8194 0.1654 0.340 0.316 0.336 0.008
#> SRR1459232 4 0.0376 0.8513 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1103118 1 0.0188 0.7351 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.1637 0.8398 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1470379 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334762 4 0.1637 0.8398 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1338766 4 0.5560 0.0309 0.392 0.024 0.000 0.584
#> SRR1458619 1 0.3975 0.5488 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1070479 4 0.0188 0.8513 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1077753 4 0.3172 0.6421 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1087055 1 0.0188 0.7353 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1405182 1 0.5668 0.3467 0.652 0.048 0.000 0.300
#> SRR1476784 4 0.1637 0.8398 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1075607 4 0.3279 0.7745 0.032 0.096 0.000 0.872
#> SRR1458066 4 0.0657 0.8500 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1078299 4 0.1576 0.8461 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR1387685 1 0.7650 0.1806 0.424 0.212 0.364 0.000
#> SRR809667 1 0.8209 0.4686 0.540 0.180 0.056 0.224
#> SRR1322334 2 0.4817 0.9546 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1419518 1 0.0895 0.7377 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2164975 2 0.4925 0.8940 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1081663 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.4697 0.9335 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1432145 4 0.4372 0.2432 0.004 0.268 0.000 0.728
#> SRR1409153 1 0.6332 -0.0278 0.488 0.060 0.000 0.452
#> SRR1097549 4 0.5833 0.4356 0.212 0.096 0.000 0.692
#> SRR1082307 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419166 4 0.6067 0.0712 0.376 0.052 0.000 0.572
#> SRR1488812 4 0.4564 0.1852 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1381229 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312288 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455946 1 0.0707 0.7314 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1355304 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1447437 4 0.4697 0.0838 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1444264 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.4790 0.9566 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1460279 1 0.3104 0.7266 0.892 0.060 0.004 0.044
#> SRR1321204 3 0.1576 0.9498 0.004 0.048 0.948 0.000
#> SRR1351033 4 0.0804 0.8496 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR1409022 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1311329 4 0.1940 0.8270 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1101304 4 0.1557 0.8421 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1096900 2 0.4643 0.9232 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1431535 4 0.0336 0.8498 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1432980 4 0.4307 0.5433 0.192 0.024 0.000 0.784
#> SRR1081449 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1100440 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093290 4 0.1489 0.8468 0.000 0.044 0.004 0.952
#> SRR1380699 1 0.2926 0.7224 0.896 0.056 0.000 0.048
#> SRR1399009 2 0.4817 0.9547 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1101931 1 0.0376 0.7350 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2166114 4 0.0376 0.8513 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR812912 1 0.7824 0.1640 0.400 0.264 0.336 0.000
#> SRR810531 4 0.1211 0.8466 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1500052 1 0.2443 0.7290 0.916 0.060 0.000 0.024
#> SRR1319608 3 0.1576 0.9498 0.004 0.048 0.948 0.000
#> SRR1464960 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1076490 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370528 4 0.3583 0.6738 0.000 0.180 0.004 0.816
#> SRR1068788 4 0.2081 0.8193 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1457637 2 0.4790 0.9603 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR821518 2 0.4790 0.9603 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1378660 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1430468 4 0.0895 0.8524 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1443847 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1098026 4 0.0817 0.8459 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1464394 1 0.6385 0.6086 0.640 0.268 0.084 0.008
#> SRR1400419 1 0.1743 0.7236 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR820839 1 0.6046 0.6414 0.668 0.268 0.044 0.020
#> SRR1456733 2 0.4790 0.9603 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1360218 4 0.1305 0.8468 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1080022 4 0.5376 0.5199 0.176 0.088 0.000 0.736
#> SRR1093885 4 0.1743 0.8405 0.000 0.056 0.004 0.940
#> SRR1072845 1 0.5742 0.3921 0.664 0.060 0.000 0.276
#> SRR1399271 4 0.1557 0.8414 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1361264 2 0.4790 0.9603 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR814082 1 0.6365 0.6278 0.648 0.272 0.060 0.020
#> SRR1466260 1 0.0524 0.7339 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1079612 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315821 3 0.3172 0.8239 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1417248 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR807517 3 0.2408 0.8917 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1120961 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1457661 4 0.3219 0.6334 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1420368 4 0.2216 0.7654 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1071429 2 0.4643 0.9207 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1378971 4 0.1004 0.8452 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR1120847 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081401 4 0.6306 0.0214 0.392 0.064 0.000 0.544
#> SRR1477820 1 0.0336 0.7337 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442509 4 0.5610 0.4991 0.176 0.104 0.000 0.720
#> SRR1443070 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435923 1 0.8194 0.1654 0.340 0.316 0.336 0.008
#> SRR1102852 4 0.1305 0.8468 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1486439 1 0.5219 0.5236 0.728 0.056 0.000 0.216
#> SRR1342995 4 0.1118 0.8467 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1314788 1 0.5151 0.0142 0.532 0.004 0.464 0.000
#> SRR1090722 4 0.4985 -0.5376 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1356421 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0927 0.7382 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1455236 1 0.5109 0.5595 0.744 0.060 0.000 0.196
#> SRR1465289 4 0.1305 0.8468 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR813431 1 0.0376 0.7350 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1347100 4 0.1118 0.8467 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1373921 4 0.1970 0.8367 0.008 0.060 0.000 0.932
#> SRR1341142 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343053 4 0.1489 0.8468 0.000 0.044 0.004 0.952
#> SRR1408494 4 0.2345 0.7507 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1095213 2 0.4790 0.9603 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1314014 1 0.2089 0.7346 0.932 0.048 0.000 0.020
#> SRR1317238 4 0.0188 0.8505 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1071379 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1092612 4 0.2300 0.7954 0.064 0.016 0.000 0.920
#> SRR1380139 4 0.1004 0.8448 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR1308288 4 0.1716 0.8079 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1389018 2 0.4790 0.9603 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1399501 4 0.1389 0.8449 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1358260 4 0.3486 0.6506 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1096946 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.7856 0.1650 0.388 0.276 0.336 0.000
#> SRR1319322 4 0.4836 -0.0519 0.008 0.320 0.000 0.672
#> SRR1309425 3 0.0592 0.9694 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1087535 4 0.1474 0.8439 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2185137 4 0.0707 0.8479 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1437012 1 0.5281 0.0512 0.528 0.008 0.464 0.000
#> SRR1343919 1 0.2494 0.7297 0.916 0.048 0.000 0.036
#> SRR1081614 4 0.1557 0.8097 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1352256 4 0.0188 0.8521 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1499156 4 0.5349 0.2357 0.336 0.024 0.000 0.640
#> SRR1088241 4 0.1902 0.8360 0.004 0.064 0.000 0.932
#> SRR1328125 3 0.0895 0.9659 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR1339130 1 0.8194 0.1654 0.340 0.316 0.336 0.008
#> SRR1079455 1 0.0804 0.7379 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1328821 4 0.0524 0.8507 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1357367 4 0.1474 0.8383 0.000 0.052 0.000 0.948
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.7325 0.51165 0.112 0.388 0.000 0.420 0.080
#> SRR1480675 1 0.0510 0.73543 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1390331 2 0.5236 -0.28008 0.000 0.544 0.000 0.048 0.408
#> SRR1084347 2 0.4813 0.52674 0.048 0.724 0.000 0.212 0.016
#> SRR1352597 2 0.3953 0.53631 0.000 0.784 0.000 0.048 0.168
#> SRR1089643 2 0.3752 0.50585 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1081357 2 0.4126 0.27760 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1321112 1 0.0963 0.73393 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.4457 0.80802 0.000 0.000 0.756 0.092 0.152
#> SRR1105489 1 0.6703 0.59724 0.532 0.060 0.020 0.348 0.040
#> SRR1474159 2 0.3143 0.59573 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1387308 2 0.2661 0.59107 0.000 0.888 0.000 0.056 0.056
#> SRR808065 2 0.3861 0.33513 0.000 0.728 0.000 0.008 0.264
#> SRR1073531 2 0.2522 0.58989 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR1081688 2 0.3997 0.59074 0.004 0.804 0.000 0.116 0.076
#> SRR1471029 2 0.3607 0.54082 0.000 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR811447 1 0.0510 0.73631 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR817512 2 0.6846 -0.35518 0.116 0.468 0.000 0.376 0.040
#> SRR815588 4 0.5296 0.31399 0.048 0.472 0.000 0.480 0.000
#> SRR1380847 2 0.2050 0.61349 0.008 0.920 0.000 0.064 0.008
#> SRR1327327 5 0.5109 0.44392 0.000 0.460 0.000 0.036 0.504
#> SRR1322355 2 0.2067 0.61199 0.000 0.920 0.000 0.032 0.048
#> SRR1333370 2 0.2378 0.59481 0.000 0.904 0.000 0.048 0.048
#> SRR1432476 2 0.2378 0.59622 0.000 0.904 0.000 0.048 0.048
#> SRR1345200 2 0.2378 0.59487 0.000 0.904 0.000 0.048 0.048
#> SRR1398293 2 0.3550 0.56054 0.004 0.760 0.000 0.236 0.000
#> SRR1346957 1 0.0510 0.73631 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.3130 0.56450 0.000 0.856 0.000 0.048 0.096
#> SRR1347998 2 0.1544 0.61476 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1069734 4 0.8212 0.42192 0.320 0.188 0.000 0.352 0.140
#> SRR1080859 1 0.0000 0.73736 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.1492 0.73479 0.948 0.040 0.008 0.004 0.000
#> SRR1348202 2 0.7073 0.12662 0.132 0.540 0.000 0.256 0.072
#> SRR1465938 2 0.3873 0.57924 0.008 0.768 0.000 0.212 0.012
#> SRR1381327 5 0.3305 0.84412 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1375658 2 0.0510 0.62100 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1379220 2 0.5044 -0.34324 0.000 0.504 0.000 0.032 0.464
#> SRR1457148 2 0.5376 0.55263 0.016 0.692 0.000 0.196 0.096
#> SRR1441614 1 0.0510 0.73631 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.2142 0.60990 0.004 0.920 0.000 0.048 0.028
#> SRR1083554 2 0.3861 0.49710 0.004 0.712 0.000 0.284 0.000
#> SRR1486907 1 0.8217 0.33738 0.376 0.000 0.140 0.284 0.200
#> SRR1094287 2 0.3797 0.56857 0.004 0.756 0.000 0.232 0.008
#> SRR1464577 2 0.2228 0.59783 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR1429579 5 0.3424 0.85761 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1380569 2 0.3402 0.60027 0.004 0.804 0.000 0.184 0.008
#> SRR1337977 2 0.2899 0.61750 0.004 0.872 0.000 0.096 0.028
#> SRR1398775 2 0.4555 0.58401 0.000 0.720 0.000 0.224 0.056
#> SRR1090604 4 0.6210 0.56241 0.124 0.388 0.000 0.484 0.004
#> SRR1419361 2 0.2280 0.62714 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1090650 3 0.0703 0.91994 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.3626 0.60956 0.012 0.816 0.000 0.152 0.020
#> SRR1337052 3 0.0703 0.91994 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.5751 -0.12432 0.096 0.540 0.000 0.364 0.000
#> SRR1458955 1 0.6284 0.65573 0.648 0.080 0.092 0.180 0.000
#> SRR1080811 2 0.5280 -0.23600 0.048 0.512 0.000 0.440 0.000
#> SRR1407734 2 0.1412 0.61725 0.004 0.952 0.000 0.036 0.008
#> SRR1454568 4 0.7920 0.57203 0.296 0.284 0.000 0.348 0.072
#> SRR1078612 2 0.3932 0.44186 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1345347 3 0.0703 0.91994 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.4457 0.80802 0.000 0.000 0.756 0.092 0.152
#> SRR1446911 2 0.2592 0.58750 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR818850 1 0.0451 0.73678 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR814943 2 0.3617 0.54767 0.008 0.836 0.000 0.060 0.096
#> SRR1347481 3 0.4457 0.80802 0.000 0.000 0.756 0.092 0.152
#> SRR1384668 1 0.4987 0.35512 0.684 0.236 0.000 0.080 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.73736 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.8165 0.33472 0.368 0.000 0.136 0.312 0.184
#> SRR1459232 2 0.4232 0.44390 0.012 0.676 0.000 0.312 0.000
#> SRR1103118 1 0.0290 0.73654 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441505 2 0.3949 0.43591 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1470379 2 0.3920 0.53430 0.004 0.724 0.000 0.268 0.004
#> SRR1334762 2 0.3949 0.43591 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1338766 2 0.8016 -0.51694 0.228 0.380 0.000 0.296 0.096
#> SRR1458619 1 0.2690 0.67410 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.3661 0.52623 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1077753 2 0.3462 0.46734 0.000 0.792 0.000 0.012 0.196
#> SRR1087055 1 0.0000 0.73736 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0703 0.91994 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.5304 -0.24478 0.560 0.384 0.000 0.056 0.000
#> SRR1476784 2 0.3707 0.50551 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1075607 2 0.4907 -0.30368 0.024 0.492 0.000 0.484 0.000
#> SRR1458066 2 0.3966 0.42123 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1078299 2 0.3102 0.56712 0.000 0.860 0.000 0.056 0.084
#> SRR1387685 1 0.7781 0.40494 0.444 0.000 0.184 0.276 0.096
#> SRR809667 4 0.8197 0.18917 0.316 0.244 0.024 0.364 0.052
#> SRR1322334 5 0.4161 0.84621 0.000 0.280 0.000 0.016 0.704
#> SRR1419518 1 0.2221 0.72617 0.912 0.052 0.000 0.036 0.000
#> SRR2164975 5 0.3983 0.79945 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR1081663 2 0.3790 0.55621 0.004 0.744 0.000 0.248 0.004
#> SRR1478593 5 0.4288 0.80293 0.000 0.324 0.000 0.012 0.664
#> SRR1432145 2 0.5261 -0.04302 0.012 0.600 0.000 0.036 0.352
#> SRR1409153 4 0.7987 0.57928 0.268 0.316 0.000 0.336 0.080
#> SRR1097549 2 0.6030 -0.49675 0.116 0.464 0.000 0.420 0.000
#> SRR1082307 2 0.3039 0.60058 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1419166 2 0.7803 -0.57534 0.216 0.360 0.000 0.352 0.072
#> SRR1488812 2 0.4288 0.45390 0.004 0.764 0.000 0.052 0.180
#> SRR1381229 2 0.3730 0.50959 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1312288 2 0.3441 0.61163 0.004 0.824 0.000 0.148 0.024
#> SRR1455946 1 0.1270 0.72864 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0703 0.91994 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.5535 -0.27478 0.004 0.504 0.000 0.056 0.436
#> SRR1444264 2 0.3583 0.59956 0.004 0.792 0.000 0.192 0.012
#> SRR1332733 5 0.3561 0.81062 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1460279 1 0.3992 0.68205 0.796 0.080 0.000 0.124 0.000
#> SRR1321204 3 0.4457 0.80802 0.000 0.000 0.756 0.092 0.152
#> SRR1351033 2 0.4790 0.56168 0.024 0.748 0.000 0.172 0.056
#> SRR1409022 3 0.0703 0.91994 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.1502 0.60389 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1101304 2 0.3949 0.43202 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1096900 5 0.4677 0.77724 0.000 0.300 0.000 0.036 0.664
#> SRR1431535 2 0.2079 0.59823 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR1432980 2 0.6569 -0.17690 0.212 0.496 0.000 0.288 0.004
#> SRR1081449 3 0.0703 0.91994 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.3461 0.57616 0.004 0.772 0.000 0.224 0.000
#> SRR1093290 2 0.2795 0.58019 0.000 0.880 0.000 0.056 0.064
#> SRR1380699 1 0.3321 0.63817 0.832 0.136 0.000 0.032 0.000
#> SRR1399009 5 0.3857 0.82963 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1101931 1 0.0798 0.73605 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR2166114 2 0.3790 0.52812 0.004 0.724 0.000 0.272 0.000
#> SRR812912 1 0.8307 0.30447 0.360 0.000 0.156 0.284 0.200
#> SRR810531 2 0.2149 0.60046 0.000 0.916 0.000 0.048 0.036
#> SRR1500052 1 0.3691 0.63767 0.820 0.076 0.000 0.104 0.000
#> SRR1319608 3 0.4457 0.80802 0.000 0.000 0.756 0.092 0.152
#> SRR1464960 2 0.2798 0.61969 0.000 0.852 0.000 0.140 0.008
#> SRR1076490 2 0.4243 0.61497 0.004 0.772 0.000 0.168 0.056
#> SRR1370528 2 0.3593 0.54215 0.000 0.824 0.000 0.060 0.116
#> SRR1068788 2 0.2580 0.58698 0.000 0.892 0.000 0.044 0.064
#> SRR1457637 5 0.3424 0.85750 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR821518 5 0.3480 0.85831 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1378660 2 0.1356 0.61685 0.004 0.956 0.000 0.028 0.012
#> SRR1430468 2 0.2580 0.59232 0.000 0.892 0.000 0.044 0.064
#> SRR1443847 3 0.0703 0.91994 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.3838 0.51236 0.004 0.716 0.000 0.280 0.000
#> SRR1464394 1 0.6699 0.46590 0.444 0.000 0.084 0.424 0.048
#> SRR1400419 1 0.3716 0.61349 0.812 0.152 0.012 0.024 0.000
#> SRR820839 1 0.5912 0.62100 0.580 0.060 0.004 0.336 0.020
#> SRR1456733 5 0.3461 0.84462 0.000 0.224 0.000 0.004 0.772
#> SRR1360218 2 0.3579 0.55654 0.000 0.756 0.000 0.240 0.004
#> SRR1080022 4 0.6158 0.38379 0.076 0.432 0.000 0.472 0.020
#> SRR1093885 2 0.4735 0.52242 0.000 0.680 0.000 0.272 0.048
#> SRR1072845 1 0.7452 -0.25927 0.484 0.268 0.000 0.176 0.072
#> SRR1399271 2 0.3707 0.50644 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1361264 5 0.3305 0.84374 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR814082 1 0.7463 0.56472 0.488 0.060 0.056 0.344 0.052
#> SRR1466260 1 0.1197 0.73061 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.3231 0.59557 0.004 0.800 0.000 0.196 0.000
#> SRR1315821 3 0.1270 0.90182 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.4041 0.59225 0.004 0.780 0.000 0.176 0.040
#> SRR807517 3 0.0880 0.91633 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.2079 0.60222 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR1457661 2 0.2536 0.60634 0.004 0.900 0.000 0.052 0.044
#> SRR1420368 2 0.3321 0.55025 0.000 0.832 0.000 0.032 0.136
#> SRR1071429 5 0.4697 0.77282 0.000 0.304 0.000 0.036 0.660
#> SRR1378971 2 0.3983 0.40143 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1120847 2 0.2971 0.61810 0.000 0.836 0.000 0.156 0.008
#> SRR1081401 4 0.7278 0.52719 0.180 0.376 0.000 0.404 0.040
#> SRR1477820 1 0.0703 0.73478 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.5562 0.51004 0.072 0.408 0.000 0.520 0.000
#> SRR1443070 2 0.0771 0.62071 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1435923 1 0.8211 0.32946 0.368 0.000 0.136 0.296 0.200
#> SRR1102852 2 0.2793 0.61756 0.000 0.876 0.000 0.088 0.036
#> SRR1486439 1 0.4599 0.27081 0.688 0.272 0.000 0.040 0.000
#> SRR1342995 2 0.2011 0.60039 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1314788 3 0.3586 0.64859 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.4597 0.37920 0.000 0.696 0.000 0.044 0.260
#> SRR1356421 2 0.3143 0.59303 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1101348 1 0.2208 0.71844 0.908 0.072 0.000 0.020 0.000
#> SRR1455236 1 0.5035 0.30811 0.672 0.252 0.000 0.076 0.000
#> SRR1465289 2 0.3165 0.61886 0.000 0.848 0.000 0.116 0.036
#> SRR813431 1 0.0798 0.73605 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1347100 2 0.2389 0.61458 0.000 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR1373921 2 0.4757 0.26620 0.024 0.596 0.000 0.380 0.000
#> SRR1341142 2 0.2929 0.60616 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1343053 2 0.2729 0.58172 0.000 0.884 0.000 0.056 0.060
#> SRR1408494 2 0.1560 0.61601 0.004 0.948 0.000 0.020 0.028
#> SRR1095213 5 0.3796 0.84224 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1314014 1 0.3493 0.67116 0.832 0.108 0.000 0.060 0.000
#> SRR1317238 2 0.2460 0.61569 0.004 0.900 0.000 0.072 0.024
#> SRR1071379 3 0.0703 0.91994 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.6516 -0.00606 0.068 0.528 0.000 0.348 0.056
#> SRR1380139 2 0.3906 0.49929 0.004 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1308288 2 0.1205 0.61234 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1389018 5 0.3109 0.80272 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1399501 2 0.4989 0.49712 0.000 0.648 0.000 0.296 0.056
#> SRR1358260 2 0.3835 0.51803 0.000 0.796 0.000 0.048 0.156
#> SRR1096946 2 0.3855 0.55972 0.004 0.748 0.000 0.240 0.008
#> SRR1404421 1 0.8217 0.33738 0.376 0.000 0.140 0.284 0.200
#> SRR1319322 2 0.6025 -0.10771 0.020 0.552 0.000 0.076 0.352
#> SRR1309425 3 0.0794 0.91844 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.3796 0.48723 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR2185137 2 0.3790 0.51372 0.004 0.724 0.000 0.272 0.000
#> SRR1437012 1 0.4885 0.51486 0.668 0.000 0.276 0.056 0.000
#> SRR1343919 1 0.3214 0.66093 0.844 0.120 0.000 0.036 0.000
#> SRR1081614 2 0.3194 0.54170 0.000 0.832 0.000 0.020 0.148
#> SRR1352256 2 0.3284 0.62475 0.000 0.828 0.000 0.148 0.024
#> SRR1499156 2 0.6433 -0.42711 0.188 0.472 0.000 0.340 0.000
#> SRR1088241 2 0.4507 0.16887 0.004 0.580 0.000 0.412 0.004
#> SRR1328125 3 0.0794 0.91844 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.8165 0.33472 0.368 0.000 0.136 0.312 0.184
#> SRR1079455 1 0.2291 0.72639 0.908 0.056 0.000 0.036 0.000
#> SRR1328821 2 0.4275 0.51233 0.000 0.696 0.000 0.284 0.020
#> SRR1357367 2 0.2130 0.59040 0.000 0.908 0.000 0.012 0.080
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 6 0.7865 0.19566 0.116 0.316 0.000 0.112 0.068 0.388
#> SRR1480675 1 0.0717 0.67442 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1390331 2 0.3774 0.24127 0.000 0.664 0.000 0.328 0.000 0.008
#> SRR1084347 6 0.4814 0.41107 0.008 0.404 0.000 0.020 0.012 0.556
#> SRR1352597 2 0.3018 0.58483 0.000 0.816 0.000 0.168 0.004 0.012
#> SRR1089643 6 0.4158 0.54518 0.032 0.240 0.000 0.000 0.012 0.716
#> SRR1081357 6 0.4510 0.43779 0.008 0.416 0.000 0.000 0.020 0.556
#> SRR1321112 1 0.0146 0.68005 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.4107 0.74588 0.000 0.000 0.684 0.000 0.280 0.036
#> SRR1105489 1 0.5964 -0.14685 0.592 0.000 0.008 0.048 0.256 0.096
#> SRR1474159 6 0.4217 0.33220 0.000 0.464 0.000 0.008 0.004 0.524
#> SRR1387308 2 0.1078 0.64883 0.000 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR808065 2 0.4640 0.11028 0.000 0.592 0.000 0.368 0.028 0.012
#> SRR1073531 2 0.1268 0.65055 0.000 0.952 0.000 0.004 0.036 0.008
#> SRR1081688 2 0.4160 0.25845 0.008 0.684 0.000 0.024 0.000 0.284
#> SRR1471029 2 0.4601 0.32924 0.004 0.680 0.000 0.020 0.032 0.264
#> SRR811447 1 0.0000 0.68070 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 6 0.6440 0.48976 0.112 0.288 0.000 0.004 0.072 0.524
#> SRR815588 6 0.5223 0.42736 0.024 0.240 0.000 0.020 0.052 0.664
#> SRR1380847 2 0.3287 0.49519 0.000 0.768 0.000 0.012 0.000 0.220
#> SRR1327327 4 0.4341 0.55777 0.000 0.356 0.000 0.616 0.004 0.024
#> SRR1322355 2 0.0837 0.64893 0.000 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1333370 2 0.1078 0.64970 0.000 0.964 0.000 0.016 0.012 0.008
#> SRR1432476 2 0.1448 0.64931 0.000 0.948 0.000 0.024 0.012 0.016
#> SRR1345200 2 0.0881 0.64843 0.000 0.972 0.000 0.008 0.008 0.012
#> SRR1398293 2 0.4521 -0.23283 0.012 0.532 0.000 0.008 0.004 0.444
#> SRR1346957 1 0.0146 0.68015 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.1410 0.65060 0.000 0.944 0.000 0.044 0.004 0.008
#> SRR1347998 2 0.1588 0.62137 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1069734 6 0.7569 0.20373 0.320 0.100 0.000 0.072 0.084 0.424
#> SRR1080859 1 0.0260 0.67993 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0363 0.68113 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1348202 6 0.6189 0.50478 0.192 0.240 0.000 0.008 0.020 0.540
#> SRR1465938 6 0.5398 0.39279 0.004 0.396 0.000 0.056 0.020 0.524
#> SRR1381327 4 0.2006 0.80611 0.000 0.104 0.000 0.892 0.000 0.004
#> SRR1375658 2 0.1333 0.63883 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR1379220 2 0.3915 -0.00315 0.000 0.584 0.000 0.412 0.000 0.004
#> SRR1457148 6 0.5817 0.39153 0.040 0.420 0.000 0.036 0.020 0.484
#> SRR1441614 1 0.0000 0.68070 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.3947 0.52526 0.000 0.764 0.000 0.100 0.000 0.136
#> SRR1083554 2 0.5039 -0.08261 0.012 0.540 0.000 0.004 0.040 0.404
#> SRR1486907 5 0.4379 0.90108 0.396 0.000 0.028 0.000 0.576 0.000
#> SRR1094287 6 0.4606 0.42365 0.004 0.396 0.000 0.008 0.020 0.572
#> SRR1464577 2 0.0520 0.64800 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1429579 4 0.2278 0.82576 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR1380569 6 0.4899 0.33213 0.000 0.448 0.000 0.036 0.012 0.504
#> SRR1337977 2 0.4462 0.34626 0.000 0.660 0.000 0.060 0.000 0.280
#> SRR1398775 2 0.4344 -0.21608 0.000 0.556 0.000 0.016 0.004 0.424
#> SRR1090604 6 0.7172 0.22477 0.124 0.344 0.000 0.028 0.076 0.428
#> SRR1419361 2 0.3515 0.29417 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1090650 3 0.0146 0.89620 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.5317 0.30050 0.028 0.620 0.000 0.080 0.000 0.272
#> SRR1337052 3 0.0603 0.89368 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000
#> SRR1489075 6 0.5283 0.52953 0.136 0.164 0.000 0.004 0.024 0.672
#> SRR1458955 1 0.4227 0.58859 0.796 0.012 0.008 0.040 0.032 0.112
#> SRR1080811 6 0.5251 0.45672 0.020 0.344 0.000 0.000 0.064 0.572
#> SRR1407734 2 0.2706 0.57406 0.000 0.832 0.000 0.008 0.000 0.160
#> SRR1454568 1 0.7036 0.15260 0.476 0.160 0.000 0.012 0.084 0.268
#> SRR1078612 2 0.4284 -0.09471 0.000 0.544 0.000 0.004 0.012 0.440
#> SRR1345347 3 0.0363 0.89571 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.4107 0.74588 0.000 0.000 0.684 0.000 0.280 0.036
#> SRR1446911 2 0.1483 0.64694 0.000 0.944 0.000 0.008 0.036 0.012
#> SRR818850 1 0.0000 0.68070 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.2731 0.62036 0.000 0.876 0.000 0.044 0.012 0.068
#> SRR1347481 3 0.4107 0.74588 0.000 0.000 0.684 0.000 0.280 0.036
#> SRR1384668 1 0.4488 0.55945 0.780 0.088 0.000 0.020 0.040 0.072
#> SRR1420791 1 0.0260 0.67993 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1394855 5 0.4675 0.90673 0.376 0.000 0.016 0.000 0.584 0.024
#> SRR1459232 6 0.3693 0.53531 0.004 0.280 0.000 0.000 0.008 0.708
#> SRR1103118 1 0.0260 0.67993 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1441505 6 0.4284 0.42757 0.000 0.392 0.000 0.004 0.016 0.588
#> SRR1470379 6 0.4570 0.44678 0.004 0.380 0.000 0.008 0.020 0.588
#> SRR1334762 6 0.3975 0.44061 0.000 0.392 0.000 0.000 0.008 0.600
#> SRR1338766 6 0.7069 0.41868 0.288 0.196 0.000 0.028 0.040 0.448
#> SRR1458619 1 0.3099 0.54684 0.848 0.000 0.060 0.008 0.084 0.000
#> SRR1070479 6 0.4228 0.45207 0.000 0.392 0.000 0.000 0.020 0.588
#> SRR1077753 2 0.3349 0.48203 0.000 0.748 0.000 0.244 0.000 0.008
#> SRR1087055 1 0.0260 0.67993 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0291 0.89626 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.5702 0.32419 0.616 0.140 0.000 0.008 0.020 0.216
#> SRR1476784 2 0.3999 -0.30849 0.000 0.500 0.000 0.000 0.004 0.496
#> SRR1075607 6 0.5052 0.45691 0.016 0.300 0.000 0.004 0.056 0.624
#> SRR1458066 6 0.3601 0.51916 0.000 0.312 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1078299 2 0.1616 0.64899 0.000 0.940 0.000 0.028 0.012 0.020
#> SRR1387685 1 0.5929 -0.58406 0.468 0.000 0.072 0.028 0.420 0.012
#> SRR809667 1 0.8013 -0.13063 0.328 0.096 0.000 0.048 0.232 0.296
#> SRR1322334 4 0.2595 0.82678 0.000 0.160 0.000 0.836 0.000 0.004
#> SRR1419518 1 0.1774 0.67694 0.936 0.020 0.000 0.004 0.016 0.024
#> SRR2164975 4 0.3802 0.67277 0.000 0.312 0.000 0.676 0.000 0.012
#> SRR1081663 6 0.4622 0.42184 0.004 0.404 0.000 0.008 0.020 0.564
#> SRR1478593 4 0.3499 0.68203 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1432145 4 0.4393 0.28966 0.000 0.452 0.000 0.524 0.000 0.024
#> SRR1409153 6 0.7587 0.31350 0.308 0.152 0.000 0.036 0.096 0.408
#> SRR1097549 2 0.7031 -0.27943 0.124 0.412 0.000 0.020 0.072 0.372
#> SRR1082307 6 0.4370 0.38882 0.000 0.444 0.000 0.004 0.016 0.536
#> SRR1419166 6 0.7088 0.45477 0.244 0.192 0.000 0.016 0.072 0.476
#> SRR1488812 2 0.2393 0.63009 0.000 0.884 0.000 0.092 0.004 0.020
#> SRR1381229 6 0.4155 0.47539 0.000 0.364 0.000 0.000 0.020 0.616
#> SRR1312288 2 0.5063 -0.18403 0.000 0.500 0.000 0.064 0.004 0.432
#> SRR1455946 1 0.0622 0.67550 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0146 0.89620 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.4512 0.01997 0.004 0.572 0.000 0.400 0.004 0.020
#> SRR1444264 6 0.4622 0.38891 0.000 0.432 0.000 0.012 0.020 0.536
#> SRR1332733 4 0.2320 0.78047 0.000 0.132 0.000 0.864 0.000 0.004
#> SRR1460279 1 0.3556 0.61486 0.824 0.004 0.004 0.024 0.024 0.120
#> SRR1321204 3 0.4107 0.74588 0.000 0.000 0.684 0.000 0.280 0.036
#> SRR1351033 2 0.5522 0.19021 0.028 0.576 0.000 0.084 0.000 0.312
#> SRR1409022 3 0.0508 0.89529 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.1194 0.64539 0.000 0.956 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR1101304 6 0.3911 0.45818 0.000 0.368 0.000 0.000 0.008 0.624
#> SRR1096900 4 0.2969 0.79928 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.1138 0.65130 0.000 0.960 0.000 0.024 0.012 0.004
#> SRR1432980 6 0.5134 0.51243 0.172 0.128 0.000 0.012 0.008 0.680
#> SRR1081449 3 0.0291 0.89626 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1100440 6 0.4489 0.41956 0.000 0.404 0.000 0.008 0.020 0.568
#> SRR1093290 2 0.2001 0.64154 0.000 0.920 0.000 0.016 0.044 0.020
#> SRR1380699 1 0.3750 0.59943 0.808 0.036 0.000 0.008 0.020 0.128
#> SRR1399009 4 0.2933 0.81092 0.000 0.200 0.000 0.796 0.000 0.004
#> SRR1101931 1 0.0000 0.68070 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 6 0.4579 0.47780 0.028 0.380 0.000 0.000 0.008 0.584
#> SRR812912 5 0.4878 0.77990 0.296 0.000 0.068 0.000 0.628 0.008
#> SRR810531 2 0.0622 0.64687 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1500052 1 0.3994 0.57256 0.788 0.024 0.000 0.016 0.024 0.148
#> SRR1319608 3 0.4107 0.74588 0.000 0.000 0.684 0.000 0.280 0.036
#> SRR1464960 2 0.4635 0.20757 0.000 0.608 0.000 0.056 0.000 0.336
#> SRR1076490 2 0.4716 -0.28476 0.000 0.520 0.000 0.020 0.016 0.444
#> SRR1370528 2 0.3140 0.61296 0.000 0.848 0.000 0.096 0.036 0.020
#> SRR1068788 2 0.0862 0.64999 0.000 0.972 0.000 0.008 0.016 0.004
#> SRR1457637 4 0.2048 0.82142 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR821518 4 0.2092 0.82370 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.2020 0.61484 0.000 0.896 0.000 0.008 0.000 0.096
#> SRR1430468 2 0.1350 0.64912 0.000 0.952 0.000 0.020 0.020 0.008
#> SRR1443847 3 0.0291 0.89626 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098026 6 0.4273 0.49094 0.012 0.348 0.000 0.000 0.012 0.628
#> SRR1464394 1 0.6390 -0.67701 0.444 0.000 0.012 0.048 0.404 0.092
#> SRR1400419 1 0.3547 0.54387 0.828 0.108 0.000 0.012 0.016 0.036
#> SRR820839 1 0.5308 0.33479 0.696 0.000 0.008 0.048 0.144 0.104
#> SRR1456733 4 0.2100 0.81637 0.000 0.112 0.000 0.884 0.000 0.004
#> SRR1360218 2 0.3921 0.27632 0.000 0.676 0.000 0.004 0.012 0.308
#> SRR1080022 6 0.6364 0.44362 0.072 0.332 0.000 0.008 0.080 0.508
#> SRR1093885 2 0.4411 -0.03632 0.000 0.576 0.000 0.012 0.012 0.400
#> SRR1072845 1 0.5828 0.37149 0.656 0.152 0.000 0.024 0.040 0.128
#> SRR1399271 2 0.4004 0.22810 0.000 0.656 0.000 0.004 0.012 0.328
#> SRR1361264 4 0.1957 0.81353 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.6157 -0.06209 0.596 0.008 0.008 0.052 0.244 0.092
#> SRR1466260 1 0.2203 0.60355 0.896 0.000 0.016 0.004 0.084 0.000
#> SRR1079612 6 0.4516 0.40400 0.000 0.420 0.000 0.008 0.020 0.552
#> SRR1315821 3 0.0777 0.88810 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.4680 0.34546 0.000 0.652 0.000 0.084 0.000 0.264
#> SRR807517 3 0.0603 0.89368 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.1528 0.64347 0.000 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> SRR1457661 2 0.4203 0.52097 0.000 0.740 0.000 0.124 0.000 0.136
#> SRR1420368 2 0.3319 0.55533 0.000 0.800 0.000 0.164 0.000 0.036
#> SRR1071429 4 0.3109 0.79712 0.000 0.224 0.000 0.772 0.000 0.004
#> SRR1378971 2 0.4253 -0.15139 0.004 0.516 0.000 0.004 0.004 0.472
#> SRR1120847 2 0.4361 -0.25895 0.000 0.544 0.000 0.004 0.016 0.436
#> SRR1081401 6 0.7022 0.46456 0.172 0.244 0.000 0.012 0.084 0.488
#> SRR1477820 1 0.0520 0.67711 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1442509 6 0.5816 0.42569 0.032 0.276 0.000 0.016 0.080 0.596
#> SRR1443070 2 0.2234 0.57527 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR1435923 5 0.4300 0.91157 0.364 0.000 0.028 0.000 0.608 0.000
#> SRR1102852 2 0.1882 0.63397 0.000 0.920 0.000 0.008 0.012 0.060
#> SRR1486439 1 0.3922 0.56647 0.808 0.100 0.000 0.008 0.028 0.056
#> SRR1342995 2 0.2723 0.58257 0.000 0.856 0.000 0.020 0.004 0.120
#> SRR1314788 3 0.4428 0.51897 0.220 0.000 0.696 0.000 0.084 0.000
#> SRR1090722 2 0.2969 0.55660 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1356421 6 0.4389 0.34900 0.000 0.468 0.000 0.004 0.016 0.512
#> SRR1101348 1 0.2301 0.66632 0.908 0.016 0.000 0.008 0.016 0.052
#> SRR1455236 1 0.4271 0.54963 0.788 0.104 0.000 0.016 0.028 0.064
#> SRR1465289 2 0.1719 0.63697 0.000 0.928 0.000 0.008 0.008 0.056
#> SRR813431 1 0.0000 0.68070 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.2915 0.45498 0.000 0.808 0.000 0.000 0.008 0.184
#> SRR1373921 6 0.4833 0.46621 0.020 0.356 0.000 0.004 0.024 0.596
#> SRR1341142 6 0.4535 0.39719 0.000 0.424 0.000 0.012 0.016 0.548
#> SRR1343053 2 0.1737 0.64691 0.000 0.932 0.000 0.020 0.040 0.008
#> SRR1408494 2 0.3277 0.57918 0.000 0.824 0.000 0.084 0.000 0.092
#> SRR1095213 4 0.2597 0.82812 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.3324 0.64506 0.852 0.028 0.000 0.012 0.032 0.076
#> SRR1317238 2 0.4382 0.41843 0.000 0.696 0.000 0.076 0.000 0.228
#> SRR1071379 3 0.0291 0.89626 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1092612 6 0.6067 0.50087 0.216 0.220 0.000 0.012 0.008 0.544
#> SRR1380139 6 0.3775 0.54490 0.012 0.228 0.000 0.000 0.016 0.744
#> SRR1308288 2 0.0622 0.64798 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1389018 4 0.1806 0.77890 0.000 0.088 0.000 0.908 0.000 0.004
#> SRR1399501 6 0.4390 0.33679 0.000 0.472 0.000 0.016 0.004 0.508
#> SRR1358260 2 0.2361 0.62866 0.000 0.880 0.000 0.104 0.004 0.012
#> SRR1096946 6 0.4496 0.41847 0.000 0.408 0.000 0.008 0.020 0.564
#> SRR1404421 5 0.4491 0.90394 0.388 0.000 0.036 0.000 0.576 0.000
#> SRR1319322 4 0.5742 0.37027 0.000 0.352 0.000 0.528 0.032 0.088
#> SRR1309425 3 0.0508 0.89529 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR1087535 6 0.3989 0.35585 0.000 0.468 0.000 0.000 0.004 0.528
#> SRR2185137 6 0.4176 0.45698 0.000 0.404 0.000 0.000 0.016 0.580
#> SRR1437012 1 0.5600 0.00364 0.588 0.000 0.296 0.020 0.088 0.008
#> SRR1343919 1 0.3947 0.56947 0.780 0.028 0.000 0.008 0.020 0.164
#> SRR1081614 2 0.3122 0.56761 0.000 0.804 0.000 0.176 0.000 0.020
#> SRR1352256 2 0.4100 -0.03553 0.000 0.600 0.000 0.008 0.004 0.388
#> SRR1499156 6 0.6193 0.48503 0.224 0.188 0.000 0.004 0.032 0.552
#> SRR1088241 6 0.4969 0.23011 0.000 0.380 0.000 0.024 0.032 0.564
#> SRR1328125 3 0.0405 0.89570 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339130 5 0.4675 0.90673 0.376 0.000 0.016 0.000 0.584 0.024
#> SRR1079455 1 0.2290 0.66801 0.912 0.012 0.000 0.016 0.020 0.040
#> SRR1328821 2 0.4972 0.16615 0.000 0.580 0.000 0.060 0.008 0.352
#> SRR1357367 2 0.1391 0.65030 0.000 0.944 0.000 0.040 0.000 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.824 0.874 0.949 0.285 0.707 0.707
#> 3 3 0.830 0.867 0.949 0.305 0.878 0.830
#> 4 4 0.501 0.674 0.840 0.352 0.907 0.850
#> 5 5 0.316 0.583 0.735 0.227 0.883 0.787
#> 6 6 0.386 0.539 0.692 0.106 0.932 0.853
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1480675 2 0.8016 0.596448 0.244 0.756
#> SRR1390331 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.9866 0.454961 0.568 0.432
#> SRR810899 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1105489 2 0.9460 0.280457 0.364 0.636
#> SRR1474159 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.9710 0.533758 0.600 0.400
#> SRR817512 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.9754 0.516108 0.592 0.408
#> SRR1364953 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1080859 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR2165379 2 0.9686 0.168648 0.396 0.604
#> SRR1348202 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.9732 0.525192 0.596 0.404
#> SRR1335536 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.7376 0.753837 0.792 0.208
#> SRR1094287 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.9710 0.533758 0.600 0.400
#> SRR1080811 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR818850 2 0.9393 0.306060 0.356 0.644
#> SRR814943 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1384668 2 0.9661 0.183523 0.392 0.608
#> SRR1420791 2 0.9795 0.089051 0.416 0.584
#> SRR1394855 1 0.9815 0.486824 0.580 0.420
#> SRR1459232 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1103118 2 0.9881 0.000821 0.436 0.564
#> SRR1441505 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.7219 0.759839 0.800 0.200
#> SRR1070479 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1087055 2 0.2778 0.910329 0.048 0.952
#> SRR1352069 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.7219 0.759839 0.800 0.200
#> SRR809667 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.9686 0.540280 0.604 0.396
#> SRR1355304 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1460279 2 0.4161 0.865179 0.084 0.916
#> SRR1321204 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1101931 2 0.9732 0.137904 0.404 0.596
#> SRR2166114 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.2423 0.821363 0.960 0.040
#> SRR810531 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.9710 0.533758 0.600 0.400
#> SRR1400419 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR820839 2 0.8499 0.524704 0.276 0.724
#> SRR1456733 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.0672 0.954518 0.008 0.992
#> SRR1399271 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR814082 2 0.9608 0.212437 0.384 0.616
#> SRR1466260 1 0.8909 0.658153 0.692 0.308
#> SRR1079612 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.9710 0.533758 0.600 0.400
#> SRR1442509 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.9710 0.533758 0.600 0.400
#> SRR1102852 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 0.7815 0.621282 0.232 0.768
#> SRR1342995 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.7219 0.759839 0.800 0.200
#> SRR1090722 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1101348 2 0.2423 0.919510 0.040 0.960
#> SRR1455236 2 0.3114 0.900705 0.056 0.944
#> SRR1465289 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR813431 2 0.9732 0.137904 0.404 0.596
#> SRR1347100 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.7219 0.759839 0.800 0.200
#> SRR1319322 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.1633 0.937430 0.024 0.976
#> SRR1081614 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.831341 1.000 0.000
#> SRR1339130 2 0.9933 -0.071391 0.452 0.548
#> SRR1079455 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.962745 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1480675 1 0.5621 0.531 0.692 0.308 0.000
#> SRR1390331 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1084347 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.4291 0.653 0.820 0.180 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 2 0.5179 0.777 0.088 0.832 0.080
#> SRR1474159 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0747 0.626 0.984 0.016 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR1346957 1 0.0592 0.621 0.988 0.012 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1080859 1 0.3116 0.634 0.892 0.108 0.000
#> SRR2165379 1 0.4750 0.633 0.784 0.216 0.000
#> SRR1348202 2 0.0424 0.980 0.008 0.992 0.000
#> SRR1465938 2 0.0424 0.980 0.008 0.992 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441614 1 0.4399 0.649 0.812 0.188 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486907 3 0.4346 0.498 0.000 0.184 0.816
#> SRR1094287 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.2261 0.911 0.068 0.932 0.000
#> SRR1337052 3 0.6168 0.218 0.412 0.000 0.588
#> SRR1489075 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458955 3 0.7083 0.208 0.028 0.380 0.592
#> SRR1080811 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 2 0.0747 0.973 0.016 0.984 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.6140 0.235 0.404 0.000 0.596
#> SRR1381613 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.3619 0.660 0.864 0.136 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 2 0.0424 0.980 0.008 0.992 0.000
#> SRR1420791 1 0.5291 0.576 0.732 0.268 0.000
#> SRR1394855 3 0.6451 0.222 0.008 0.384 0.608
#> SRR1459232 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.6095 0.434 0.608 0.392 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338766 2 0.0424 0.980 0.008 0.992 0.000
#> SRR1458619 1 0.1337 0.624 0.972 0.016 0.012
#> SRR1070479 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.1031 0.631 0.976 0.024 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 2 0.5363 0.557 0.276 0.724 0.000
#> SRR1476784 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.6473 0.480 0.332 0.016 0.652
#> SRR809667 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.6215 0.389 0.572 0.428 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1097549 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.2682 0.656 0.920 0.076 0.004
#> SRR1355304 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 2 0.0424 0.980 0.008 0.992 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.2625 0.891 0.084 0.916 0.000
#> SRR1409022 3 0.6168 0.218 0.412 0.000 0.588
#> SRR1311329 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 2 0.1860 0.935 0.052 0.948 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 2 0.0892 0.970 0.020 0.980 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.4605 0.641 0.796 0.204 0.000
#> SRR2166114 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR812912 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 2 0.0424 0.980 0.008 0.992 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.2959 0.869 0.100 0.900 0.000
#> SRR1464394 3 0.8132 0.435 0.284 0.104 0.612
#> SRR1400419 1 0.1643 0.645 0.956 0.044 0.000
#> SRR820839 2 0.0848 0.973 0.008 0.984 0.008
#> SRR1456733 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 2 0.2959 0.868 0.100 0.900 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 2 0.6027 0.539 0.016 0.712 0.272
#> SRR1466260 1 0.0747 0.626 0.984 0.016 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315821 1 0.3551 0.545 0.868 0.000 0.132
#> SRR1417248 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 1 0.4605 0.488 0.796 0.000 0.204
#> SRR1120961 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1477820 1 0.6062 0.443 0.616 0.384 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 3 0.6062 0.229 0.000 0.384 0.616
#> SRR1102852 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 2 0.6126 0.123 0.400 0.600 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.0747 0.599 0.984 0.000 0.016
#> SRR1090722 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.6192 0.299 0.580 0.420 0.000
#> SRR1455236 2 0.0892 0.969 0.020 0.980 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.4887 0.622 0.772 0.228 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 2 0.0892 0.969 0.020 0.980 0.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 2 0.0592 0.977 0.012 0.988 0.000
#> SRR1380139 2 0.0424 0.980 0.008 0.992 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1404421 3 0.3472 0.672 0.056 0.040 0.904
#> SRR1319322 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.3619 0.539 0.864 0.000 0.136
#> SRR1087535 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185137 2 0.0424 0.980 0.008 0.992 0.000
#> SRR1437012 1 0.4346 0.432 0.816 0.000 0.184
#> SRR1343919 2 0.0747 0.973 0.016 0.984 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1328125 3 0.5431 0.515 0.284 0.000 0.716
#> SRR1339130 3 0.6244 0.151 0.000 0.440 0.560
#> SRR1079455 2 0.2066 0.922 0.060 0.940 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.4522 0.5298 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.6299 0.2028 0.600 0.080 0.000 0.320
#> SRR1390331 2 0.0817 0.8912 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.2011 0.8719 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1352597 2 0.0336 0.8921 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.3266 0.7921 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.3356 0.7953 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.3088 0.2132 0.864 0.008 0.000 0.128
#> SRR810899 3 0.0000 0.7310 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.7495 0.2179 0.448 0.184 0.368 0.000
#> SRR1474159 2 0.2345 0.8421 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.1022 0.8894 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.1792 0.8773 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.1118 0.8893 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0707 0.8918 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.2011 0.1932 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR817512 2 0.2921 0.8301 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR815588 2 0.1474 0.8860 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.1302 0.8912 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0188 0.8920 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.1118 0.8915 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.1389 0.8860 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1346957 4 0.5465 0.3753 0.392 0.020 0.000 0.588
#> SRR1364953 2 0.0469 0.8923 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0188 0.8920 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.4477 0.5660 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.7150 -0.0361 0.480 0.136 0.000 0.384
#> SRR2165379 1 0.5397 0.2630 0.720 0.068 0.000 0.212
#> SRR1348202 2 0.3764 0.7426 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1465938 2 0.3625 0.7859 0.160 0.828 0.000 0.012
#> SRR1381327 2 0.0469 0.8917 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.1211 0.8887 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.4761 0.3966 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR1441614 1 0.3444 0.1857 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1335536 2 0.1118 0.8886 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.1211 0.8894 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1486907 3 0.4990 0.4983 0.184 0.060 0.756 0.000
#> SRR1094287 2 0.1389 0.8788 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.0336 0.8925 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.1557 0.8850 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0469 0.8922 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.0707 0.8931 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.4454 0.5173 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.0336 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.3801 0.4605 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1068905 2 0.2469 0.8518 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1337052 4 0.4961 0.3642 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1489075 2 0.1474 0.8884 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.6673 0.1084 0.616 0.036 0.300 0.048
#> SRR1080811 2 0.1557 0.8809 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.1716 0.8809 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1454568 2 0.5000 0.0125 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.0188 0.8919 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.4933 -0.0267 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1381613 3 0.0000 0.7310 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.1557 0.8822 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.7043 0.1049 0.456 0.120 0.000 0.424
#> SRR814943 2 0.2081 0.8607 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.7310 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 2 0.5543 0.1686 0.424 0.556 0.000 0.020
#> SRR1420791 1 0.6552 -0.0814 0.484 0.076 0.000 0.440
#> SRR1394855 3 0.7427 0.0828 0.328 0.164 0.504 0.004
#> SRR1459232 2 0.2081 0.8677 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.6466 0.2566 0.608 0.104 0.000 0.288
#> SRR1441505 2 0.2081 0.8598 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.3400 0.8017 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1334762 2 0.3123 0.7914 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1338766 2 0.4522 0.5125 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR1458619 1 0.5070 -0.1080 0.580 0.000 0.004 0.416
#> SRR1070479 2 0.1637 0.8718 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.2281 0.8604 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1087055 4 0.5901 0.3712 0.280 0.068 0.000 0.652
#> SRR1352069 3 0.0657 0.7273 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1405182 1 0.7075 0.2862 0.488 0.384 0.000 0.128
#> SRR1476784 2 0.1637 0.8735 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.1716 0.8873 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.2149 0.8642 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0469 0.8922 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.5956 0.4168 0.220 0.000 0.680 0.100
#> SRR809667 2 0.2814 0.8234 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0188 0.8919 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.5217 0.3630 0.756 0.108 0.000 0.136
#> SRR2164975 2 0.1557 0.8824 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0817 0.8904 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.4679 0.4194 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.4746 0.3745 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1082307 2 0.2868 0.8285 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1419166 2 0.3649 0.7518 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.0469 0.8915 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.3024 0.8006 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.2281 0.8560 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.5085 -0.0488 0.616 0.000 0.008 0.376
#> SRR1355304 3 0.0188 0.7303 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447437 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.2469 0.8669 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0336 0.8921 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.5165 0.0769 0.512 0.484 0.000 0.004
#> SRR1321204 3 0.0000 0.7310 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.3024 0.7999 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1409022 4 0.4967 0.3577 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR1311329 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.1557 0.8748 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.1022 0.8894 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0469 0.8927 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1432980 2 0.4936 0.4227 0.372 0.624 0.000 0.004
#> SRR1081449 3 0.0188 0.7303 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1100440 2 0.2149 0.8610 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.0921 0.8905 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.4857 0.3741 0.668 0.324 0.000 0.008
#> SRR1399009 2 0.0188 0.8928 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.4524 0.2432 0.768 0.028 0.000 0.204
#> SRR2166114 2 0.4830 0.3462 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR812912 3 0.1302 0.7132 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR810531 2 0.0469 0.8922 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1500052 2 0.4477 0.5584 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.7310 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.1792 0.8680 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.1867 0.8709 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.1557 0.8829 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0188 0.8919 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0336 0.8922 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.1792 0.8780 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.3074 0.7786 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.2921 0.5909 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1098026 2 0.4605 0.5138 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.8093 -0.1774 0.424 0.060 0.420 0.096
#> SRR1400419 1 0.5592 0.2272 0.680 0.056 0.000 0.264
#> SRR820839 1 0.7218 0.2486 0.444 0.416 0.140 0.000
#> SRR1456733 2 0.0336 0.8922 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0921 0.8909 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.3356 0.7794 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.2868 0.8378 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.6546 0.3577 0.524 0.396 0.000 0.080
#> SRR1399271 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.7146 0.3192 0.548 0.176 0.276 0.000
#> SRR1466260 1 0.4967 -0.2968 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1079612 2 0.1557 0.8794 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1315821 4 0.4804 0.6173 0.148 0.000 0.072 0.780
#> SRR1417248 2 0.2921 0.8440 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR807517 4 0.4337 0.6399 0.052 0.000 0.140 0.808
#> SRR1120961 2 0.0188 0.8919 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0592 0.8926 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0188 0.8920 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0188 0.8920 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.1940 0.8738 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.0336 0.8927 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1081401 2 0.3123 0.8123 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.6741 0.1152 0.484 0.092 0.000 0.424
#> SRR1442509 2 0.0817 0.8916 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 3 0.5102 0.3561 0.048 0.220 0.732 0.000
#> SRR1102852 2 0.1940 0.8789 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.6613 0.3684 0.628 0.200 0.000 0.172
#> SRR1342995 2 0.0336 0.8922 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1314788 4 0.4605 0.4199 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1090722 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.2704 0.8513 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.7430 0.1970 0.512 0.228 0.000 0.260
#> SRR1455236 1 0.4761 0.3888 0.664 0.332 0.000 0.004
#> SRR1465289 2 0.1637 0.8884 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR813431 1 0.5558 0.3208 0.712 0.080 0.000 0.208
#> SRR1347100 2 0.2408 0.8384 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.2216 0.8715 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.3172 0.7873 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.1792 0.8769 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0188 0.8921 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0188 0.8920 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1314014 2 0.5000 -0.0611 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.0592 0.8927 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0188 0.7303 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1092612 2 0.3528 0.7860 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1380139 2 0.5016 0.3460 0.396 0.600 0.000 0.004
#> SRR1308288 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0188 0.8919 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.2589 0.8499 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.8917 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.2149 0.8715 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1404421 3 0.2814 0.6385 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1319322 2 0.1022 0.8918 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1309425 4 0.5732 0.5665 0.064 0.000 0.264 0.672
#> SRR1087535 2 0.1389 0.8844 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR2185137 2 0.4877 0.2820 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1437012 1 0.7896 -0.3585 0.356 0.000 0.352 0.292
#> SRR1343919 2 0.3208 0.8173 0.148 0.848 0.000 0.004
#> SRR1081614 2 0.0336 0.8927 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.1716 0.8785 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.3024 0.8257 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.2647 0.8448 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.2973 0.6648 0.020 0.000 0.884 0.096
#> SRR1339130 3 0.6845 0.0277 0.128 0.308 0.564 0.000
#> SRR1079455 1 0.6087 0.2792 0.540 0.412 0.000 0.048
#> SRR1328821 2 0.0336 0.8936 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.2469 0.8441 0.108 0.892 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 1 0.5242 0.3382 0.548 0.412 0.000 0.032 0.008
#> SRR1480675 1 0.4707 0.3428 0.748 0.040 0.000 0.028 0.184
#> SRR1390331 2 0.3616 0.7526 0.032 0.804 0.000 0.164 0.000
#> SRR1084347 2 0.4408 0.7477 0.104 0.784 0.000 0.100 0.012
#> SRR1352597 2 0.2570 0.7908 0.028 0.888 0.000 0.084 0.000
#> SRR1089643 2 0.5523 0.2063 0.348 0.572 0.000 0.080 0.000
#> SRR1081357 2 0.4541 0.7249 0.172 0.744 0.000 0.084 0.000
#> SRR1321112 4 0.4974 -0.1023 0.464 0.000 0.000 0.508 0.028
#> SRR810899 3 0.0000 0.7416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 3 0.7525 0.1520 0.252 0.052 0.440 0.256 0.000
#> SRR1474159 2 0.4157 0.6814 0.020 0.716 0.000 0.264 0.000
#> SRR1387308 2 0.3359 0.7544 0.020 0.816 0.000 0.164 0.000
#> SRR808065 2 0.2228 0.7826 0.048 0.912 0.000 0.040 0.000
#> SRR1073531 2 0.3535 0.7703 0.088 0.832 0.000 0.080 0.000
#> SRR1081688 2 0.1872 0.7933 0.052 0.928 0.000 0.020 0.000
#> SRR1471029 2 0.1661 0.7950 0.036 0.940 0.000 0.024 0.000
#> SRR811447 1 0.3759 0.2680 0.764 0.000 0.000 0.220 0.016
#> SRR817512 2 0.4134 0.6742 0.196 0.760 0.000 0.044 0.000
#> SRR815588 2 0.3181 0.7912 0.072 0.856 0.000 0.072 0.000
#> SRR1380847 2 0.2520 0.7993 0.056 0.896 0.000 0.048 0.000
#> SRR1327327 2 0.2270 0.7934 0.020 0.904 0.000 0.076 0.000
#> SRR1322355 2 0.2077 0.7905 0.008 0.908 0.000 0.084 0.000
#> SRR1333370 2 0.1774 0.7982 0.016 0.932 0.000 0.052 0.000
#> SRR1432476 2 0.2438 0.7977 0.060 0.900 0.000 0.040 0.000
#> SRR1345200 2 0.3053 0.7598 0.008 0.828 0.000 0.164 0.000
#> SRR1398293 2 0.4527 0.6518 0.036 0.692 0.000 0.272 0.000
#> SRR1346957 5 0.7089 0.4076 0.260 0.024 0.000 0.248 0.468
#> SRR1364953 2 0.2012 0.7949 0.020 0.920 0.000 0.060 0.000
#> SRR1347998 2 0.3449 0.7671 0.024 0.812 0.000 0.164 0.000
#> SRR1069734 2 0.6114 0.0514 0.376 0.492 0.000 0.132 0.000
#> SRR1080859 4 0.8172 -0.1265 0.208 0.124 0.000 0.364 0.304
#> SRR2165379 4 0.6012 0.2728 0.156 0.068 0.000 0.676 0.100
#> SRR1348202 2 0.5616 0.2466 0.076 0.512 0.000 0.412 0.000
#> SRR1465938 2 0.5203 0.5690 0.080 0.648 0.000 0.272 0.000
#> SRR1381327 2 0.2491 0.7876 0.036 0.896 0.000 0.068 0.000
#> SRR1375658 2 0.3226 0.7794 0.060 0.852 0.000 0.088 0.000
#> SRR1379220 2 0.2707 0.7728 0.008 0.860 0.000 0.132 0.000
#> SRR1457148 4 0.5353 0.3775 0.072 0.328 0.000 0.600 0.000
#> SRR1441614 1 0.5117 0.2429 0.616 0.008 0.000 0.340 0.036
#> SRR1335536 2 0.2914 0.7834 0.052 0.872 0.000 0.076 0.000
#> SRR1083554 2 0.2735 0.7807 0.084 0.880 0.000 0.036 0.000
#> SRR1486907 3 0.5038 0.5705 0.052 0.040 0.736 0.172 0.000
#> SRR1094287 2 0.3267 0.7778 0.044 0.844 0.000 0.112 0.000
#> SRR1464577 2 0.3229 0.7749 0.032 0.840 0.000 0.128 0.000
#> SRR1429579 2 0.3197 0.7864 0.024 0.836 0.000 0.140 0.000
#> SRR1380569 2 0.4385 0.7445 0.068 0.752 0.000 0.180 0.000
#> SRR1337977 2 0.3303 0.7680 0.076 0.848 0.000 0.076 0.000
#> SRR1398775 2 0.3821 0.7535 0.052 0.800 0.000 0.148 0.000
#> SRR1090604 1 0.4912 0.3792 0.572 0.404 0.000 0.016 0.008
#> SRR1419361 2 0.2171 0.7975 0.024 0.912 0.000 0.064 0.000
#> SRR1090650 3 0.3534 0.4547 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1068905 2 0.4888 0.7182 0.096 0.724 0.000 0.176 0.004
#> SRR1337052 5 0.4425 0.3397 0.000 0.000 0.392 0.008 0.600
#> SRR1489075 2 0.2426 0.7887 0.064 0.900 0.000 0.036 0.000
#> SRR1458955 1 0.4941 0.3195 0.752 0.028 0.156 0.060 0.004
#> SRR1080811 2 0.4854 0.4832 0.260 0.680 0.000 0.060 0.000
#> SRR1407734 2 0.2790 0.7972 0.068 0.880 0.000 0.052 0.000
#> SRR1454568 1 0.4823 0.4057 0.644 0.316 0.000 0.040 0.000
#> SRR1078612 2 0.3863 0.7288 0.012 0.740 0.000 0.248 0.000
#> SRR1345347 3 0.4015 0.3859 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1381613 3 0.0000 0.7416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.4255 0.7488 0.128 0.776 0.000 0.096 0.000
#> SRR818850 1 0.5903 0.3004 0.644 0.060 0.000 0.052 0.244
#> SRR814943 2 0.4455 0.6541 0.036 0.704 0.000 0.260 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.7416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 4 0.5681 0.4198 0.108 0.244 0.004 0.640 0.004
#> SRR1420791 1 0.7783 -0.2095 0.384 0.064 0.000 0.256 0.296
#> SRR1394855 3 0.7041 0.2858 0.092 0.056 0.500 0.344 0.008
#> SRR1459232 2 0.3955 0.7467 0.084 0.800 0.000 0.116 0.000
#> SRR1103118 1 0.5765 0.3987 0.704 0.084 0.000 0.088 0.124
#> SRR1441505 2 0.4337 0.7015 0.052 0.744 0.000 0.204 0.000
#> SRR1470379 2 0.4901 0.6690 0.116 0.716 0.000 0.168 0.000
#> SRR1334762 2 0.5056 0.4470 0.044 0.596 0.000 0.360 0.000
#> SRR1338766 1 0.5440 0.2345 0.480 0.468 0.000 0.048 0.004
#> SRR1458619 1 0.4495 0.1708 0.712 0.000 0.000 0.044 0.244
#> SRR1070479 2 0.3099 0.7822 0.028 0.848 0.000 0.124 0.000
#> SRR1077753 2 0.4083 0.7456 0.080 0.788 0.000 0.132 0.000
#> SRR1087055 5 0.8021 0.1418 0.216 0.100 0.000 0.304 0.380
#> SRR1352069 3 0.0865 0.7357 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR1405182 4 0.4232 0.3560 0.052 0.104 0.000 0.808 0.036
#> SRR1476784 2 0.3238 0.7754 0.028 0.836 0.000 0.136 0.000
#> SRR1075607 2 0.3362 0.7807 0.080 0.844 0.000 0.076 0.000
#> SRR1458066 2 0.5088 0.6214 0.080 0.668 0.000 0.252 0.000
#> SRR1078299 2 0.3159 0.7761 0.056 0.856 0.000 0.088 0.000
#> SRR1387685 3 0.5856 0.5155 0.076 0.000 0.652 0.232 0.040
#> SRR809667 2 0.5240 0.4485 0.056 0.584 0.000 0.360 0.000
#> SRR1322334 2 0.2616 0.7854 0.020 0.880 0.000 0.100 0.000
#> SRR1419518 1 0.6134 0.1059 0.496 0.048 0.000 0.416 0.040
#> SRR2164975 2 0.4644 0.6291 0.040 0.680 0.000 0.280 0.000
#> SRR1081663 2 0.1549 0.8010 0.016 0.944 0.000 0.040 0.000
#> SRR1478593 2 0.3710 0.7744 0.024 0.784 0.000 0.192 0.000
#> SRR1432145 2 0.3110 0.7738 0.080 0.860 0.000 0.060 0.000
#> SRR1409153 1 0.4871 0.3923 0.604 0.368 0.000 0.024 0.004
#> SRR1097549 1 0.4594 0.4120 0.620 0.364 0.000 0.012 0.004
#> SRR1082307 2 0.5277 0.6141 0.108 0.664 0.000 0.228 0.000
#> SRR1419166 2 0.5075 0.3902 0.324 0.628 0.000 0.044 0.004
#> SRR1488812 2 0.2964 0.7828 0.024 0.856 0.000 0.120 0.000
#> SRR1381229 2 0.5069 0.4482 0.052 0.620 0.000 0.328 0.000
#> SRR1312288 2 0.4707 0.7070 0.072 0.716 0.000 0.212 0.000
#> SRR1455946 1 0.4700 0.2781 0.752 0.004 0.004 0.084 0.156
#> SRR1355304 3 0.0000 0.7416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.3098 0.7632 0.016 0.836 0.000 0.148 0.000
#> SRR1444264 2 0.4468 0.7261 0.104 0.768 0.000 0.124 0.004
#> SRR1332733 2 0.2983 0.7907 0.040 0.864 0.000 0.096 0.000
#> SRR1460279 4 0.4787 0.4385 0.088 0.152 0.000 0.748 0.012
#> SRR1321204 3 0.0000 0.7416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.5963 0.4194 0.128 0.580 0.000 0.288 0.004
#> SRR1409022 5 0.4455 0.3211 0.000 0.000 0.404 0.008 0.588
#> SRR1311329 2 0.1956 0.7896 0.008 0.916 0.000 0.076 0.000
#> SRR1101304 2 0.4062 0.7385 0.040 0.764 0.000 0.196 0.000
#> SRR1096900 2 0.3130 0.7832 0.048 0.856 0.000 0.096 0.000
#> SRR1431535 2 0.2409 0.7861 0.068 0.900 0.000 0.032 0.000
#> SRR1432980 2 0.6550 0.2648 0.260 0.524 0.000 0.208 0.008
#> SRR1081449 3 0.0000 0.7416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.4493 0.7101 0.108 0.756 0.000 0.136 0.000
#> SRR1093290 2 0.3590 0.7706 0.080 0.828 0.000 0.092 0.000
#> SRR1380699 4 0.6124 0.2105 0.332 0.128 0.000 0.536 0.004
#> SRR1399009 2 0.3061 0.7921 0.020 0.844 0.000 0.136 0.000
#> SRR1101931 1 0.6086 0.2360 0.584 0.024 0.000 0.304 0.088
#> SRR2166114 4 0.5856 0.2491 0.100 0.396 0.000 0.504 0.000
#> SRR812912 3 0.1661 0.7277 0.024 0.000 0.940 0.036 0.000
#> SRR810531 2 0.1915 0.7965 0.032 0.928 0.000 0.040 0.000
#> SRR1500052 1 0.6470 0.2942 0.468 0.420 0.000 0.048 0.064
#> SRR1319608 3 0.0000 0.7416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.3238 0.7845 0.028 0.836 0.000 0.136 0.000
#> SRR1076490 2 0.4777 0.6295 0.052 0.680 0.000 0.268 0.000
#> SRR1370528 2 0.3301 0.7891 0.072 0.848 0.000 0.080 0.000
#> SRR1068788 2 0.2450 0.7912 0.028 0.896 0.000 0.076 0.000
#> SRR1457637 2 0.1914 0.7928 0.016 0.924 0.000 0.060 0.000
#> SRR821518 2 0.1741 0.7958 0.024 0.936 0.000 0.040 0.000
#> SRR1378660 2 0.3176 0.7809 0.080 0.856 0.000 0.064 0.000
#> SRR1430468 2 0.5002 0.2151 0.364 0.596 0.000 0.040 0.000
#> SRR1443847 3 0.2230 0.6522 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1098026 4 0.6312 0.1895 0.156 0.392 0.000 0.452 0.000
#> SRR1464394 4 0.7196 -0.2498 0.080 0.036 0.408 0.444 0.032
#> SRR1400419 1 0.6224 0.2624 0.612 0.020 0.000 0.184 0.184
#> SRR820839 1 0.8541 0.1106 0.352 0.224 0.244 0.176 0.004
#> SRR1456733 2 0.1809 0.7951 0.012 0.928 0.000 0.060 0.000
#> SRR1360218 2 0.1992 0.7933 0.044 0.924 0.000 0.032 0.000
#> SRR1080022 2 0.4938 0.4070 0.312 0.640 0.000 0.048 0.000
#> SRR1093885 2 0.5544 0.6186 0.168 0.648 0.000 0.184 0.000
#> SRR1072845 1 0.6572 0.4045 0.592 0.212 0.000 0.156 0.040
#> SRR1399271 2 0.3391 0.7415 0.012 0.800 0.000 0.188 0.000
#> SRR1361264 2 0.1670 0.7935 0.012 0.936 0.000 0.052 0.000
#> SRR814082 1 0.5793 0.4550 0.708 0.120 0.104 0.064 0.004
#> SRR1466260 4 0.5595 -0.2292 0.124 0.000 0.000 0.624 0.252
#> SRR1079612 2 0.3966 0.7595 0.072 0.796 0.000 0.132 0.000
#> SRR1315821 5 0.5645 0.5650 0.124 0.000 0.040 0.136 0.700
#> SRR1417248 2 0.4826 0.6971 0.144 0.736 0.000 0.116 0.004
#> SRR807517 5 0.4500 0.5473 0.020 0.000 0.096 0.100 0.784
#> SRR1120961 2 0.2344 0.7908 0.032 0.904 0.000 0.064 0.000
#> SRR1457661 2 0.2012 0.7982 0.020 0.920 0.000 0.060 0.000
#> SRR1420368 2 0.2595 0.7841 0.032 0.888 0.000 0.080 0.000
#> SRR1071429 2 0.2362 0.7966 0.024 0.900 0.000 0.076 0.000
#> SRR1378971 2 0.4394 0.7002 0.048 0.732 0.000 0.220 0.000
#> SRR1120847 2 0.3051 0.7807 0.060 0.864 0.000 0.076 0.000
#> SRR1081401 2 0.4738 0.7299 0.140 0.744 0.000 0.112 0.004
#> SRR1477820 5 0.7439 0.1080 0.364 0.056 0.004 0.148 0.428
#> SRR1442509 2 0.2535 0.7968 0.032 0.892 0.000 0.076 0.000
#> SRR1443070 2 0.3326 0.7590 0.024 0.824 0.000 0.152 0.000
#> SRR1435923 3 0.5537 0.4310 0.008 0.112 0.660 0.220 0.000
#> SRR1102852 2 0.4057 0.7368 0.120 0.792 0.000 0.088 0.000
#> SRR1486439 4 0.6149 0.3719 0.144 0.112 0.000 0.668 0.076
#> SRR1342995 2 0.1626 0.7945 0.016 0.940 0.000 0.044 0.000
#> SRR1314788 5 0.5876 0.3476 0.100 0.000 0.000 0.412 0.488
#> SRR1090722 2 0.2012 0.7856 0.020 0.920 0.000 0.060 0.000
#> SRR1356421 2 0.3916 0.7670 0.092 0.804 0.000 0.104 0.000
#> SRR1101348 4 0.7950 0.0601 0.204 0.140 0.000 0.456 0.200
#> SRR1455236 1 0.5506 0.4298 0.676 0.152 0.000 0.164 0.008
#> SRR1465289 2 0.4221 0.7420 0.112 0.780 0.000 0.108 0.000
#> SRR813431 4 0.6977 -0.0201 0.380 0.044 0.000 0.452 0.124
#> SRR1347100 2 0.4925 0.5660 0.044 0.632 0.000 0.324 0.000
#> SRR1373921 2 0.4489 0.7179 0.068 0.740 0.000 0.192 0.000
#> SRR1341142 2 0.5203 0.4259 0.060 0.608 0.000 0.332 0.000
#> SRR1343053 2 0.2511 0.7881 0.080 0.892 0.000 0.028 0.000
#> SRR1408494 2 0.3216 0.7780 0.044 0.848 0.000 0.108 0.000
#> SRR1095213 2 0.2208 0.7983 0.020 0.908 0.000 0.072 0.000
#> SRR1314014 1 0.4173 0.4812 0.748 0.224 0.000 0.016 0.012
#> SRR1317238 2 0.3307 0.7704 0.052 0.844 0.000 0.104 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.7416 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.5337 0.5839 0.228 0.668 0.000 0.100 0.004
#> SRR1380139 4 0.5888 0.3491 0.124 0.316 0.000 0.560 0.000
#> SRR1308288 2 0.3452 0.7612 0.032 0.820 0.000 0.148 0.000
#> SRR1389018 2 0.1399 0.7974 0.020 0.952 0.000 0.028 0.000
#> SRR1399501 2 0.5051 0.6255 0.072 0.664 0.000 0.264 0.000
#> SRR1358260 2 0.2248 0.7879 0.012 0.900 0.000 0.088 0.000
#> SRR1096946 2 0.3967 0.7536 0.088 0.808 0.000 0.100 0.004
#> SRR1404421 3 0.2491 0.7019 0.036 0.000 0.896 0.068 0.000
#> SRR1319322 2 0.2959 0.7771 0.100 0.864 0.000 0.036 0.000
#> SRR1309425 5 0.6418 0.4518 0.088 0.000 0.248 0.060 0.604
#> SRR1087535 2 0.3648 0.7668 0.084 0.824 0.000 0.092 0.000
#> SRR2185137 4 0.5491 0.3726 0.088 0.312 0.000 0.600 0.000
#> SRR1437012 3 0.7908 0.0901 0.096 0.000 0.424 0.256 0.224
#> SRR1343919 2 0.6177 0.4410 0.092 0.548 0.000 0.340 0.020
#> SRR1081614 2 0.2409 0.7908 0.068 0.900 0.000 0.032 0.000
#> SRR1352256 2 0.3825 0.7630 0.060 0.804 0.000 0.136 0.000
#> SRR1499156 2 0.5385 0.5584 0.088 0.624 0.000 0.288 0.000
#> SRR1088241 2 0.4624 0.7251 0.112 0.744 0.000 0.144 0.000
#> SRR1328125 3 0.3340 0.6912 0.048 0.000 0.864 0.024 0.064
#> SRR1339130 3 0.5758 0.4533 0.044 0.136 0.692 0.128 0.000
#> SRR1079455 1 0.6349 0.3339 0.576 0.292 0.000 0.096 0.036
#> SRR1328821 2 0.3321 0.7909 0.032 0.832 0.000 0.136 0.000
#> SRR1357367 2 0.4712 0.6292 0.048 0.684 0.000 0.268 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 1 0.4607 0.50470 0.660 0.292 0.000 0.028 0.008 0.012
#> SRR1480675 1 0.2957 0.52203 0.872 0.024 0.000 0.004 0.056 0.044
#> SRR1390331 2 0.4674 0.68908 0.016 0.728 0.000 0.148 0.004 0.104
#> SRR1084347 2 0.5449 0.65569 0.048 0.680 0.000 0.188 0.020 0.064
#> SRR1352597 2 0.3293 0.73579 0.008 0.824 0.000 0.040 0.000 0.128
#> SRR1089643 1 0.5852 0.35624 0.496 0.384 0.000 0.044 0.000 0.076
#> SRR1081357 2 0.5492 0.69614 0.124 0.676 0.000 0.100 0.000 0.100
#> SRR1321112 6 0.5795 0.30978 0.232 0.000 0.000 0.136 0.036 0.596
#> SRR810899 3 0.0000 0.74026 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 3 0.7196 0.11090 0.288 0.024 0.452 0.168 0.000 0.068
#> SRR1474159 2 0.4873 0.50581 0.000 0.600 0.000 0.080 0.000 0.320
#> SRR1387308 2 0.3870 0.71258 0.012 0.788 0.000 0.072 0.000 0.128
#> SRR808065 2 0.2452 0.74414 0.044 0.892 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR1073531 2 0.3883 0.73382 0.032 0.804 0.000 0.080 0.000 0.084
#> SRR1081688 2 0.2172 0.75017 0.024 0.912 0.000 0.044 0.000 0.020
#> SRR1471029 2 0.2755 0.75098 0.036 0.880 0.000 0.028 0.000 0.056
#> SRR811447 1 0.4121 0.42075 0.768 0.000 0.000 0.128 0.012 0.092
#> SRR817512 2 0.5879 -0.02483 0.384 0.492 0.000 0.040 0.000 0.084
#> SRR815588 2 0.4267 0.72295 0.020 0.764 0.000 0.112 0.000 0.104
#> SRR1380847 2 0.3789 0.75277 0.060 0.816 0.000 0.056 0.000 0.068
#> SRR1327327 2 0.2863 0.74492 0.012 0.864 0.000 0.036 0.000 0.088
#> SRR1322355 2 0.3208 0.73848 0.008 0.832 0.000 0.040 0.000 0.120
#> SRR1333370 2 0.2333 0.75537 0.004 0.896 0.000 0.040 0.000 0.060
#> SRR1432476 2 0.3106 0.75642 0.056 0.860 0.000 0.048 0.000 0.036
#> SRR1345200 2 0.4185 0.70697 0.012 0.752 0.000 0.068 0.000 0.168
#> SRR1398293 2 0.5614 0.54541 0.012 0.600 0.000 0.108 0.012 0.268
#> SRR1346957 5 0.6977 0.05036 0.184 0.020 0.000 0.340 0.416 0.040
#> SRR1364953 2 0.2838 0.74885 0.016 0.872 0.000 0.056 0.000 0.056
#> SRR1347998 2 0.4057 0.71038 0.012 0.756 0.000 0.052 0.000 0.180
#> SRR1069734 1 0.6269 0.38062 0.496 0.316 0.000 0.040 0.000 0.148
#> SRR1080859 4 0.4936 0.40497 0.068 0.064 0.000 0.748 0.100 0.020
#> SRR2165379 6 0.3662 0.42089 0.068 0.020 0.000 0.064 0.016 0.832
#> SRR1348202 6 0.6427 0.03293 0.044 0.384 0.000 0.148 0.000 0.424
#> SRR1465938 2 0.6139 0.36791 0.020 0.532 0.000 0.156 0.008 0.284
#> SRR1381327 2 0.3050 0.74232 0.016 0.848 0.000 0.108 0.000 0.028
#> SRR1375658 2 0.3956 0.72768 0.028 0.788 0.000 0.132 0.000 0.052
#> SRR1379220 2 0.3395 0.72653 0.012 0.824 0.000 0.048 0.000 0.116
#> SRR1457148 6 0.3762 0.40403 0.008 0.124 0.000 0.064 0.004 0.800
#> SRR1441614 1 0.5623 0.27525 0.580 0.008 0.000 0.108 0.012 0.292
#> SRR1335536 2 0.3110 0.73871 0.016 0.836 0.000 0.128 0.000 0.020
#> SRR1083554 2 0.4432 0.69065 0.052 0.756 0.000 0.140 0.000 0.052
#> SRR1486907 3 0.4590 0.45989 0.024 0.028 0.660 0.000 0.000 0.288
#> SRR1094287 2 0.4269 0.71227 0.016 0.760 0.000 0.108 0.000 0.116
#> SRR1464577 2 0.3050 0.74162 0.004 0.832 0.000 0.028 0.000 0.136
#> SRR1429579 2 0.3528 0.74267 0.008 0.816 0.000 0.092 0.000 0.084
#> SRR1380569 2 0.5157 0.69586 0.044 0.684 0.000 0.068 0.004 0.200
#> SRR1337977 2 0.3997 0.71058 0.020 0.780 0.000 0.140 0.000 0.060
#> SRR1398775 2 0.4413 0.71936 0.024 0.752 0.000 0.132 0.000 0.092
#> SRR1090604 1 0.4039 0.55032 0.720 0.248 0.000 0.012 0.016 0.004
#> SRR1419361 2 0.2377 0.75583 0.008 0.892 0.000 0.024 0.000 0.076
#> SRR1090650 3 0.4332 0.30770 0.052 0.000 0.672 0.000 0.276 0.000
#> SRR1068905 2 0.5324 0.59932 0.016 0.620 0.000 0.292 0.020 0.052
#> SRR1337052 5 0.5291 0.43527 0.068 0.000 0.372 0.000 0.544 0.016
#> SRR1489075 2 0.3737 0.72575 0.064 0.816 0.000 0.084 0.000 0.036
#> SRR1458955 1 0.3713 0.50390 0.832 0.024 0.008 0.084 0.008 0.044
#> SRR1080811 1 0.5216 0.30017 0.488 0.444 0.000 0.048 0.000 0.020
#> SRR1407734 2 0.2668 0.75800 0.028 0.884 0.000 0.028 0.000 0.060
#> SRR1454568 1 0.4877 0.53580 0.696 0.196 0.000 0.028 0.000 0.080
#> SRR1078612 2 0.5177 0.67857 0.020 0.684 0.000 0.112 0.008 0.176
#> SRR1345347 3 0.4084 0.60521 0.056 0.000 0.756 0.012 0.176 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.74026 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.4619 0.71019 0.060 0.748 0.000 0.068 0.000 0.124
#> SRR818850 1 0.3913 0.47032 0.804 0.024 0.000 0.040 0.120 0.012
#> SRR814943 2 0.4425 0.52770 0.004 0.608 0.000 0.020 0.004 0.364
#> SRR1347481 3 0.0000 0.74026 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 6 0.4273 0.40985 0.044 0.076 0.000 0.092 0.004 0.784
#> SRR1420791 4 0.7757 0.00349 0.196 0.052 0.000 0.344 0.340 0.068
#> SRR1394855 6 0.5653 -0.24631 0.028 0.016 0.460 0.032 0.004 0.460
#> SRR1459232 2 0.4191 0.70044 0.016 0.736 0.000 0.216 0.008 0.024
#> SRR1103118 1 0.5538 0.49607 0.704 0.088 0.000 0.104 0.028 0.076
#> SRR1441505 2 0.4110 0.64689 0.008 0.712 0.000 0.032 0.000 0.248
#> SRR1470379 2 0.6572 0.40274 0.064 0.540 0.000 0.228 0.008 0.160
#> SRR1334762 6 0.5627 0.00148 0.008 0.416 0.000 0.088 0.008 0.480
#> SRR1338766 2 0.5939 0.33523 0.312 0.564 0.000 0.068 0.016 0.040
#> SRR1458619 1 0.4081 0.39144 0.772 0.000 0.000 0.092 0.124 0.012
#> SRR1070479 2 0.4488 0.69461 0.008 0.728 0.000 0.128 0.000 0.136
#> SRR1077753 2 0.3897 0.71284 0.020 0.772 0.000 0.180 0.004 0.024
#> SRR1087055 4 0.5694 0.31607 0.044 0.052 0.000 0.628 0.252 0.024
#> SRR1352069 3 0.1410 0.73400 0.044 0.000 0.944 0.004 0.000 0.008
#> SRR1405182 6 0.4870 0.34075 0.028 0.028 0.000 0.220 0.024 0.700
#> SRR1476784 2 0.5286 0.47828 0.020 0.628 0.000 0.068 0.008 0.276
#> SRR1075607 2 0.4264 0.71476 0.044 0.776 0.000 0.108 0.000 0.072
#> SRR1458066 2 0.5825 0.56804 0.016 0.596 0.000 0.236 0.012 0.140
#> SRR1078299 2 0.3127 0.73658 0.020 0.852 0.000 0.084 0.000 0.044
#> SRR1387685 3 0.5729 0.51648 0.060 0.000 0.664 0.148 0.012 0.116
#> SRR809667 6 0.5447 -0.09449 0.024 0.424 0.000 0.044 0.008 0.500
#> SRR1322334 2 0.3514 0.73578 0.016 0.824 0.000 0.084 0.000 0.076
#> SRR1419518 6 0.5229 0.33643 0.276 0.032 0.000 0.036 0.016 0.640
#> SRR2164975 2 0.5616 0.43357 0.024 0.536 0.000 0.064 0.008 0.368
#> SRR1081663 2 0.2651 0.75644 0.016 0.880 0.000 0.084 0.004 0.016
#> SRR1478593 2 0.4409 0.72848 0.004 0.744 0.000 0.144 0.008 0.100
#> SRR1432145 2 0.3824 0.70448 0.016 0.780 0.000 0.164 0.000 0.040
#> SRR1409153 1 0.4576 0.52717 0.692 0.244 0.000 0.012 0.004 0.048
#> SRR1097549 1 0.4243 0.55519 0.720 0.236 0.000 0.008 0.020 0.016
#> SRR1082307 2 0.6129 0.47164 0.036 0.540 0.000 0.304 0.008 0.112
#> SRR1419166 2 0.5799 0.09865 0.360 0.508 0.000 0.116 0.008 0.008
#> SRR1488812 2 0.3223 0.75327 0.008 0.836 0.000 0.052 0.000 0.104
#> SRR1381229 2 0.5982 0.02401 0.036 0.460 0.000 0.084 0.004 0.416
#> SRR1312288 2 0.5229 0.62106 0.012 0.636 0.000 0.124 0.000 0.228
#> SRR1455946 1 0.4724 0.41668 0.740 0.000 0.004 0.144 0.052 0.060
#> SRR1355304 3 0.0777 0.73263 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1447437 2 0.3837 0.72049 0.008 0.784 0.000 0.068 0.000 0.140
#> SRR1444264 2 0.6194 0.37284 0.072 0.516 0.000 0.324 0.000 0.088
#> SRR1332733 2 0.3731 0.74044 0.012 0.808 0.000 0.124 0.008 0.048
#> SRR1460279 6 0.4575 0.40573 0.052 0.024 0.000 0.160 0.016 0.748
#> SRR1321204 3 0.0000 0.74026 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.6699 0.11527 0.028 0.420 0.000 0.396 0.032 0.124
#> SRR1409022 5 0.5282 0.43872 0.068 0.000 0.368 0.000 0.548 0.016
#> SRR1311329 2 0.2765 0.74333 0.008 0.872 0.000 0.056 0.000 0.064
#> SRR1101304 2 0.4051 0.68246 0.004 0.728 0.000 0.044 0.000 0.224
#> SRR1096900 2 0.3043 0.74471 0.008 0.832 0.000 0.140 0.000 0.020
#> SRR1431535 2 0.3217 0.72752 0.024 0.840 0.000 0.108 0.000 0.028
#> SRR1432980 4 0.7521 0.29960 0.176 0.280 0.000 0.432 0.056 0.056
#> SRR1081449 3 0.1633 0.71419 0.044 0.000 0.932 0.000 0.024 0.000
#> SRR1100440 2 0.4933 0.55909 0.024 0.612 0.000 0.324 0.000 0.040
#> SRR1093290 2 0.3597 0.73380 0.028 0.824 0.000 0.068 0.000 0.080
#> SRR1380699 4 0.6736 0.21799 0.348 0.036 0.000 0.396 0.004 0.216
#> SRR1399009 2 0.3742 0.74360 0.004 0.792 0.000 0.116 0.000 0.088
#> SRR1101931 6 0.5912 0.20845 0.368 0.020 0.000 0.048 0.040 0.524
#> SRR2166114 6 0.5267 0.29434 0.048 0.224 0.000 0.060 0.004 0.664
#> SRR812912 3 0.1457 0.73397 0.016 0.000 0.948 0.004 0.004 0.028
#> SRR810531 2 0.2862 0.73935 0.020 0.872 0.000 0.056 0.000 0.052
#> SRR1500052 1 0.6846 0.19962 0.428 0.372 0.000 0.108 0.080 0.012
#> SRR1319608 3 0.0000 0.74026 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.4366 0.66092 0.008 0.720 0.000 0.068 0.000 0.204
#> SRR1076490 2 0.5720 0.50329 0.020 0.576 0.000 0.088 0.012 0.304
#> SRR1370528 2 0.3940 0.73030 0.040 0.796 0.000 0.048 0.000 0.116
#> SRR1068788 2 0.2237 0.75238 0.000 0.896 0.000 0.036 0.000 0.068
#> SRR1457637 2 0.2586 0.74987 0.008 0.880 0.000 0.080 0.000 0.032
#> SRR821518 2 0.1977 0.75170 0.008 0.920 0.000 0.040 0.000 0.032
#> SRR1378660 2 0.3150 0.73960 0.036 0.844 0.000 0.104 0.000 0.016
#> SRR1430468 2 0.4907 -0.19374 0.464 0.488 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1443847 3 0.2488 0.67773 0.044 0.000 0.880 0.000 0.076 0.000
#> SRR1098026 4 0.6832 0.23083 0.032 0.220 0.000 0.508 0.032 0.208
#> SRR1464394 3 0.7239 0.25293 0.056 0.012 0.484 0.252 0.020 0.176
#> SRR1400419 1 0.4289 0.43179 0.784 0.016 0.000 0.088 0.092 0.020
#> SRR820839 1 0.8269 0.07050 0.412 0.080 0.204 0.164 0.004 0.136
#> SRR1456733 2 0.2772 0.74674 0.016 0.876 0.000 0.060 0.000 0.048
#> SRR1360218 2 0.1773 0.75098 0.016 0.932 0.000 0.036 0.000 0.016
#> SRR1080022 2 0.5909 0.13048 0.356 0.516 0.000 0.052 0.000 0.076
#> SRR1093885 2 0.6377 0.48342 0.176 0.564 0.000 0.176 0.000 0.084
#> SRR1072845 1 0.5281 0.53272 0.724 0.084 0.000 0.032 0.052 0.108
#> SRR1399271 2 0.3925 0.71571 0.004 0.776 0.000 0.064 0.004 0.152
#> SRR1361264 2 0.2146 0.75189 0.008 0.908 0.000 0.024 0.000 0.060
#> SRR814082 1 0.4339 0.55564 0.792 0.096 0.012 0.028 0.008 0.064
#> SRR1466260 6 0.6586 0.04129 0.068 0.000 0.000 0.328 0.140 0.464
#> SRR1079612 2 0.4213 0.70244 0.016 0.724 0.000 0.224 0.000 0.036
#> SRR1315821 5 0.6064 0.47733 0.208 0.000 0.008 0.096 0.612 0.076
#> SRR1417248 2 0.5623 0.55362 0.072 0.612 0.000 0.256 0.000 0.060
#> SRR807517 5 0.6226 0.46451 0.056 0.000 0.072 0.212 0.616 0.044
#> SRR1120961 2 0.2648 0.75441 0.008 0.876 0.000 0.092 0.004 0.020
#> SRR1457661 2 0.2553 0.75103 0.012 0.888 0.000 0.056 0.000 0.044
#> SRR1420368 2 0.2726 0.74268 0.000 0.856 0.000 0.112 0.000 0.032
#> SRR1071429 2 0.2966 0.74938 0.008 0.856 0.000 0.048 0.000 0.088
#> SRR1378971 2 0.5779 0.60554 0.028 0.616 0.000 0.216 0.008 0.132
#> SRR1120847 2 0.4108 0.70299 0.008 0.756 0.000 0.164 0.000 0.072
#> SRR1081401 2 0.5854 0.62740 0.092 0.636 0.000 0.124 0.000 0.148
#> SRR1477820 5 0.7754 0.09220 0.128 0.052 0.024 0.264 0.468 0.064
#> SRR1442509 2 0.3140 0.74870 0.020 0.848 0.000 0.036 0.000 0.096
#> SRR1443070 2 0.4062 0.71142 0.016 0.772 0.000 0.068 0.000 0.144
#> SRR1435923 3 0.5307 0.46222 0.012 0.052 0.672 0.036 0.004 0.224
#> SRR1102852 2 0.4422 0.67140 0.036 0.728 0.000 0.200 0.000 0.036
#> SRR1486439 6 0.5169 0.38690 0.092 0.020 0.000 0.128 0.040 0.720
#> SRR1342995 2 0.2341 0.74923 0.012 0.900 0.000 0.056 0.000 0.032
#> SRR1314788 6 0.6847 -0.15578 0.104 0.000 0.000 0.124 0.356 0.416
#> SRR1090722 2 0.2778 0.74490 0.016 0.872 0.000 0.080 0.000 0.032
#> SRR1356421 2 0.5634 0.60438 0.056 0.644 0.000 0.176 0.000 0.124
#> SRR1101348 4 0.5052 0.39111 0.060 0.064 0.000 0.744 0.100 0.032
#> SRR1455236 1 0.4429 0.54257 0.748 0.068 0.000 0.004 0.020 0.160
#> SRR1465289 2 0.5231 0.61268 0.048 0.656 0.000 0.232 0.000 0.064
#> SRR813431 6 0.5055 0.39266 0.172 0.020 0.000 0.080 0.020 0.708
#> SRR1347100 2 0.5160 0.16859 0.000 0.476 0.000 0.072 0.004 0.448
#> SRR1373921 2 0.5885 0.59095 0.040 0.620 0.000 0.196 0.008 0.136
#> SRR1341142 2 0.5044 0.21186 0.028 0.520 0.000 0.020 0.004 0.428
#> SRR1343053 2 0.3201 0.74801 0.072 0.852 0.000 0.032 0.000 0.044
#> SRR1408494 2 0.3438 0.73102 0.004 0.816 0.000 0.112 0.000 0.068
#> SRR1095213 2 0.2854 0.75238 0.004 0.860 0.000 0.048 0.000 0.088
#> SRR1314014 1 0.3140 0.58172 0.852 0.096 0.000 0.004 0.024 0.024
#> SRR1317238 2 0.3969 0.71662 0.016 0.780 0.000 0.140 0.000 0.064
#> SRR1071379 3 0.1633 0.71419 0.044 0.000 0.932 0.000 0.024 0.000
#> SRR1092612 2 0.6766 0.16764 0.260 0.456 0.000 0.224 0.000 0.060
#> SRR1380139 6 0.6535 -0.06938 0.028 0.152 0.000 0.384 0.012 0.424
#> SRR1308288 2 0.3463 0.73827 0.008 0.816 0.000 0.056 0.000 0.120
#> SRR1389018 2 0.1976 0.75107 0.008 0.916 0.000 0.060 0.000 0.016
#> SRR1399501 2 0.6588 0.46577 0.052 0.524 0.000 0.236 0.008 0.180
#> SRR1358260 2 0.2407 0.74803 0.004 0.892 0.000 0.056 0.000 0.048
#> SRR1096946 2 0.4970 0.67091 0.060 0.704 0.000 0.176 0.000 0.060
#> SRR1404421 3 0.2006 0.70083 0.016 0.000 0.904 0.080 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.3911 0.70294 0.092 0.788 0.000 0.108 0.000 0.012
#> SRR1309425 5 0.6787 0.50437 0.096 0.000 0.268 0.068 0.532 0.036
#> SRR1087535 2 0.4853 0.63326 0.024 0.672 0.000 0.244 0.000 0.060
#> SRR2185137 6 0.4513 0.35492 0.028 0.152 0.000 0.068 0.004 0.748
#> SRR1437012 3 0.7714 0.17471 0.088 0.000 0.464 0.236 0.128 0.084
#> SRR1343919 2 0.7064 0.26018 0.036 0.460 0.000 0.328 0.068 0.108
#> SRR1081614 2 0.3633 0.73588 0.036 0.824 0.000 0.076 0.000 0.064
#> SRR1352256 2 0.3813 0.71171 0.016 0.768 0.000 0.028 0.000 0.188
#> SRR1499156 2 0.6784 0.31529 0.056 0.488 0.000 0.308 0.020 0.128
#> SRR1088241 2 0.6020 0.53664 0.056 0.580 0.000 0.240 0.000 0.124
#> SRR1328125 3 0.2595 0.71696 0.048 0.000 0.896 0.020 0.012 0.024
#> SRR1339130 3 0.4887 0.52517 0.020 0.092 0.732 0.020 0.000 0.136
#> SRR1079455 1 0.6658 0.35691 0.536 0.216 0.000 0.176 0.012 0.060
#> SRR1328821 2 0.3735 0.74640 0.004 0.792 0.000 0.120 0.000 0.084
#> SRR1357367 2 0.4691 0.50933 0.016 0.600 0.000 0.028 0.000 0.356
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.655 0.890 0.931 0.3785 0.578 0.578
#> 3 3 0.748 0.845 0.930 0.3191 0.907 0.842
#> 4 4 0.679 0.790 0.893 0.0816 0.969 0.939
#> 5 5 0.617 0.740 0.860 0.0362 0.995 0.989
#> 6 6 0.574 0.624 0.814 0.1235 0.889 0.772
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.8763 0.786 0.704 0.296
#> SRR1390331 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.1414 0.951 0.020 0.980
#> SRR1352597 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.1184 0.955 0.016 0.984
#> SRR1081357 2 0.1184 0.955 0.016 0.984
#> SRR1321112 1 0.8443 0.809 0.728 0.272
#> SRR810899 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.9248 0.722 0.660 0.340
#> SRR1474159 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.8327 0.814 0.736 0.264
#> SRR817512 2 0.1414 0.952 0.020 0.980
#> SRR815588 2 0.6712 0.741 0.176 0.824
#> SRR1380847 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.7602 0.829 0.780 0.220
#> SRR1364953 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.1633 0.948 0.024 0.976
#> SRR1080859 1 0.8386 0.812 0.732 0.268
#> SRR2165379 1 0.8386 0.812 0.732 0.268
#> SRR1348202 2 0.9129 0.376 0.328 0.672
#> SRR1465938 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.8386 0.812 0.732 0.268
#> SRR1335536 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.6048 0.839 0.852 0.148
#> SRR1094287 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0672 0.962 0.008 0.992
#> SRR1090604 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.4298 0.874 0.088 0.912
#> SRR1458955 1 0.8144 0.819 0.748 0.252
#> SRR1080811 2 0.1843 0.944 0.028 0.972
#> SRR1407734 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1454568 1 0.9635 0.630 0.612 0.388
#> SRR1078612 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.8909 0.771 0.692 0.308
#> SRR814943 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.9286 0.716 0.656 0.344
#> SRR1420791 1 0.7745 0.827 0.772 0.228
#> SRR1394855 1 0.6048 0.839 0.852 0.148
#> SRR1459232 2 0.7528 0.662 0.216 0.784
#> SRR1103118 1 0.8443 0.809 0.728 0.272
#> SRR1441505 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.1184 0.955 0.016 0.984
#> SRR1334762 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.1843 0.820 0.972 0.028
#> SRR1070479 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.8386 0.812 0.732 0.268
#> SRR1352069 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.9522 0.222 0.372 0.628
#> SRR1476784 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.2603 0.927 0.044 0.956
#> SRR1458066 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1078299 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.4815 0.834 0.896 0.104
#> SRR809667 2 0.7056 0.713 0.192 0.808
#> SRR1322334 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.8608 0.799 0.716 0.284
#> SRR2164975 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.4022 0.884 0.080 0.920
#> SRR1478593 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1419166 2 0.4431 0.868 0.092 0.908
#> SRR1488812 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.1184 0.955 0.016 0.984
#> SRR1312288 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.7528 0.830 0.784 0.216
#> SRR1355304 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.8661 0.795 0.712 0.288
#> SRR1321204 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0672 0.962 0.008 0.992
#> SRR1409022 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.1633 0.948 0.024 0.976
#> SRR1096900 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.8327 0.555 0.264 0.736
#> SRR1081449 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1380699 1 0.8713 0.791 0.708 0.292
#> SRR1399009 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.8499 0.805 0.724 0.276
#> SRR2166114 2 0.1184 0.955 0.016 0.984
#> SRR812912 1 0.5842 0.838 0.860 0.140
#> SRR810531 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.8081 0.594 0.248 0.752
#> SRR1319608 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.6623 0.837 0.828 0.172
#> SRR1400419 1 0.8909 0.771 0.692 0.308
#> SRR820839 1 0.9286 0.716 0.656 0.344
#> SRR1456733 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1093885 2 0.1633 0.948 0.024 0.976
#> SRR1072845 1 0.9608 0.639 0.616 0.384
#> SRR1399271 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.8443 0.809 0.728 0.272
#> SRR1466260 1 0.3114 0.825 0.944 0.056
#> SRR1079612 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1120847 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.4562 0.864 0.096 0.904
#> SRR1477820 1 0.7674 0.828 0.776 0.224
#> SRR1442509 2 0.5629 0.812 0.132 0.868
#> SRR1443070 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.6048 0.839 0.852 0.148
#> SRR1102852 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.8661 0.795 0.712 0.288
#> SRR1342995 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.1414 0.818 0.980 0.020
#> SRR1090722 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.8555 0.802 0.720 0.280
#> SRR1455236 1 0.9044 0.755 0.680 0.320
#> SRR1465289 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.8327 0.814 0.736 0.264
#> SRR1347100 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.3274 0.909 0.060 0.940
#> SRR1341142 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1314014 1 0.9044 0.755 0.680 0.320
#> SRR1317238 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.2236 0.936 0.036 0.964
#> SRR1380139 2 0.9248 0.337 0.340 0.660
#> SRR1308288 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0672 0.962 0.008 0.992
#> SRR1358260 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.5842 0.838 0.860 0.140
#> SRR1319322 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR2185137 2 0.1633 0.948 0.024 0.976
#> SRR1437012 1 0.0938 0.816 0.988 0.012
#> SRR1343919 2 0.9087 0.392 0.324 0.676
#> SRR1081614 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.8443 0.536 0.272 0.728
#> SRR1088241 2 0.1843 0.944 0.028 0.972
#> SRR1328125 1 0.0000 0.813 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.6048 0.839 0.852 0.148
#> SRR1079455 1 0.9323 0.711 0.652 0.348
#> SRR1328821 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1357367 2 0.0000 0.967 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.1529 0.8187 0.960 0.040 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.2796 0.8951 0.092 0.908 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.3686 0.8542 0.140 0.860 0.000
#> SRR1081357 2 0.4346 0.8001 0.184 0.816 0.000
#> SRR1321112 1 0.0983 0.8178 0.980 0.016 0.004
#> SRR810899 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.2945 0.7867 0.908 0.088 0.004
#> SRR1474159 2 0.0892 0.9355 0.020 0.980 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.1774 0.8141 0.960 0.016 0.024
#> SRR817512 2 0.3941 0.8379 0.156 0.844 0.000
#> SRR815588 2 0.6192 0.3196 0.420 0.580 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0892 0.9355 0.020 0.980 0.000
#> SRR1346957 1 0.2096 0.7894 0.944 0.004 0.052
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.3551 0.8636 0.132 0.868 0.000
#> SRR1080859 1 0.1170 0.8172 0.976 0.016 0.008
#> SRR2165379 1 0.1170 0.8178 0.976 0.016 0.008
#> SRR1348202 1 0.6204 0.2632 0.576 0.424 0.000
#> SRR1465938 2 0.1643 0.9249 0.044 0.956 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0237 0.9392 0.004 0.996 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.1411 0.9292 0.036 0.964 0.000
#> SRR1441614 1 0.1170 0.8172 0.976 0.016 0.008
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.1753 0.9245 0.048 0.952 0.000
#> SRR1486907 1 0.3267 0.7253 0.884 0.000 0.116
#> SRR1094287 2 0.2261 0.9127 0.068 0.932 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.2625 0.8983 0.084 0.916 0.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0892 0.9349 0.020 0.980 0.000
#> SRR1337052 3 0.0237 0.9276 0.004 0.000 0.996
#> SRR1489075 2 0.5327 0.6696 0.272 0.728 0.000
#> SRR1458955 1 0.0829 0.8059 0.984 0.004 0.012
#> SRR1080811 2 0.4121 0.8252 0.168 0.832 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.3551 0.7395 0.868 0.132 0.000
#> SRR1078612 2 0.1163 0.9329 0.028 0.972 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.1860 0.8140 0.948 0.052 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.3030 0.7829 0.904 0.092 0.004
#> SRR1420791 1 0.1765 0.7947 0.956 0.004 0.040
#> SRR1394855 1 0.3267 0.7253 0.884 0.000 0.116
#> SRR1459232 2 0.6192 0.2896 0.420 0.580 0.000
#> SRR1103118 1 0.0983 0.8178 0.980 0.016 0.004
#> SRR1441505 2 0.1031 0.9339 0.024 0.976 0.000
#> SRR1470379 2 0.3686 0.8542 0.140 0.860 0.000
#> SRR1334762 2 0.2878 0.8933 0.096 0.904 0.000
#> SRR1338766 2 0.0747 0.9370 0.016 0.984 0.000
#> SRR1458619 3 0.6026 0.4778 0.376 0.000 0.624
#> SRR1070479 2 0.2448 0.9073 0.076 0.924 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.1170 0.8172 0.976 0.016 0.008
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.6008 0.4051 0.628 0.372 0.000
#> SRR1476784 2 0.2878 0.8933 0.096 0.904 0.000
#> SRR1075607 2 0.4346 0.8039 0.184 0.816 0.000
#> SRR1458066 2 0.2959 0.8906 0.100 0.900 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.5178 0.5201 0.744 0.000 0.256
#> SRR809667 2 0.6244 0.2550 0.440 0.560 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.1163 0.8208 0.972 0.028 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.5098 0.7089 0.248 0.752 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082307 2 0.3192 0.8807 0.112 0.888 0.000
#> SRR1419166 2 0.5098 0.7080 0.248 0.752 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.3686 0.8542 0.140 0.860 0.000
#> SRR1312288 2 0.1031 0.9336 0.024 0.976 0.000
#> SRR1455946 1 0.2200 0.7859 0.940 0.004 0.056
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.1643 0.9249 0.044 0.956 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.1289 0.8209 0.968 0.032 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.2796 0.8972 0.092 0.908 0.000
#> SRR1409022 3 0.0237 0.9276 0.004 0.000 0.996
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.3412 0.8708 0.124 0.876 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.6302 0.0512 0.520 0.480 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.2261 0.9127 0.068 0.932 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.1411 0.8202 0.964 0.036 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.1129 0.8192 0.976 0.020 0.004
#> SRR2166114 2 0.4346 0.8001 0.184 0.816 0.000
#> SRR812912 1 0.3412 0.7157 0.876 0.000 0.124
#> SRR810531 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 2 0.6299 0.1073 0.476 0.524 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0747 0.9366 0.016 0.984 0.000
#> SRR1076490 2 0.0592 0.9377 0.012 0.988 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.2261 0.9123 0.068 0.932 0.000
#> SRR1464394 1 0.2796 0.7481 0.908 0.000 0.092
#> SRR1400419 1 0.1860 0.8140 0.948 0.052 0.000
#> SRR820839 1 0.3030 0.7829 0.904 0.092 0.004
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.1289 0.9311 0.032 0.968 0.000
#> SRR1093885 2 0.4796 0.7528 0.220 0.780 0.000
#> SRR1072845 1 0.3482 0.7444 0.872 0.128 0.000
#> SRR1399271 2 0.0592 0.9379 0.012 0.988 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.1129 0.8178 0.976 0.020 0.004
#> SRR1466260 3 0.6286 0.2679 0.464 0.000 0.536
#> SRR1079612 2 0.2066 0.9171 0.060 0.940 0.000
#> SRR1315821 3 0.0237 0.9276 0.004 0.000 0.996
#> SRR1417248 2 0.0747 0.9363 0.016 0.984 0.000
#> SRR807517 3 0.0237 0.9276 0.004 0.000 0.996
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.2796 0.8972 0.092 0.908 0.000
#> SRR1120847 2 0.2066 0.9167 0.060 0.940 0.000
#> SRR1081401 2 0.5291 0.6752 0.268 0.732 0.000
#> SRR1477820 1 0.1878 0.7928 0.952 0.004 0.044
#> SRR1442509 2 0.5968 0.4730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.3267 0.7253 0.884 0.000 0.116
#> SRR1102852 2 0.1289 0.9308 0.032 0.968 0.000
#> SRR1486439 1 0.1289 0.8209 0.968 0.032 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.5760 0.5669 0.328 0.000 0.672
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0892 0.9355 0.020 0.980 0.000
#> SRR1101348 1 0.1399 0.8209 0.968 0.028 0.004
#> SRR1455236 1 0.2165 0.8071 0.936 0.064 0.000
#> SRR1465289 2 0.1163 0.9328 0.028 0.972 0.000
#> SRR813431 1 0.1015 0.8141 0.980 0.012 0.008
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.4452 0.7885 0.192 0.808 0.000
#> SRR1341142 2 0.0592 0.9375 0.012 0.988 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.2165 0.8071 0.936 0.064 0.000
#> SRR1317238 2 0.0237 0.9392 0.004 0.996 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 2 0.3879 0.8421 0.152 0.848 0.000
#> SRR1380139 1 0.6168 0.3002 0.588 0.412 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.3412 0.8690 0.124 0.876 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.2356 0.9096 0.072 0.928 0.000
#> SRR1404421 1 0.3412 0.7157 0.876 0.000 0.124
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 2 0.2537 0.9050 0.080 0.920 0.000
#> SRR2185137 2 0.4796 0.7528 0.220 0.780 0.000
#> SRR1437012 3 0.5178 0.6732 0.256 0.000 0.744
#> SRR1343919 1 0.6192 0.2680 0.580 0.420 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 1 0.6302 0.0546 0.520 0.480 0.000
#> SRR1088241 2 0.3941 0.8381 0.156 0.844 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9291 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.3267 0.7253 0.884 0.000 0.116
#> SRR1079455 1 0.2796 0.7837 0.908 0.092 0.000
#> SRR1328821 2 0.1860 0.9224 0.052 0.948 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.0927 0.9191 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1480675 1 0.1022 0.6389 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1390331 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084347 2 0.3497 0.8586 0.124 0.852 0.000 0.024
#> SRR1352597 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089643 2 0.4323 0.7982 0.184 0.788 0.000 0.028
#> SRR1081357 2 0.4764 0.7410 0.220 0.748 0.000 0.032
#> SRR1321112 1 0.2216 0.6356 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR810899 3 0.0336 0.9013 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1105489 1 0.4741 0.3561 0.668 0.004 0.000 0.328
#> SRR1474159 2 0.1452 0.9153 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR1387308 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR808065 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1073531 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081688 2 0.1297 0.9174 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR1471029 2 0.0469 0.9208 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.2924 0.6255 0.884 0.000 0.016 0.100
#> SRR817512 2 0.4800 0.7654 0.196 0.760 0.000 0.044
#> SRR815588 2 0.6503 0.0977 0.448 0.480 0.000 0.072
#> SRR1380847 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1327327 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322355 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333370 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432476 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345200 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398293 2 0.1677 0.9127 0.040 0.948 0.000 0.012
#> SRR1346957 1 0.4718 0.3956 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR1364953 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347998 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069734 2 0.4238 0.8108 0.176 0.796 0.000 0.028
#> SRR1080859 1 0.2345 0.6287 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2165379 1 0.2647 0.6206 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1348202 1 0.5936 0.3712 0.620 0.324 0.000 0.056
#> SRR1465938 2 0.2635 0.8918 0.076 0.904 0.000 0.020
#> SRR1381327 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375658 2 0.0524 0.9206 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1379220 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457148 2 0.2048 0.9047 0.064 0.928 0.000 0.008
#> SRR1441614 1 0.2281 0.6324 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1335536 2 0.0524 0.9202 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1083554 2 0.2742 0.8960 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1486907 4 0.2469 0.9213 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1094287 2 0.3037 0.8782 0.100 0.880 0.000 0.020
#> SRR1464577 2 0.0376 0.9200 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1429579 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1380569 2 0.0657 0.9206 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1337977 2 0.0336 0.9205 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.3638 0.8527 0.120 0.848 0.000 0.032
#> SRR1090604 2 0.0895 0.9194 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1419361 2 0.0524 0.9202 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.1452 0.9141 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR1337052 3 0.1022 0.8942 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1489075 2 0.5364 0.5809 0.320 0.652 0.000 0.028
#> SRR1458955 1 0.4304 0.3716 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1080811 2 0.4994 0.7468 0.208 0.744 0.000 0.048
#> SRR1407734 2 0.0376 0.9201 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1454568 1 0.2125 0.5971 0.920 0.076 0.000 0.004
#> SRR1078612 2 0.1854 0.9100 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR1345347 3 0.0336 0.9003 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1381613 3 0.0336 0.9013 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446911 2 0.0657 0.9201 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR818850 1 0.0592 0.6354 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR814943 2 0.0376 0.9200 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1347481 3 0.0336 0.9013 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1384668 1 0.4836 0.3697 0.672 0.008 0.000 0.320
#> SRR1420791 1 0.4155 0.4641 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1394855 4 0.2469 0.9213 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1459232 2 0.6268 0.1085 0.448 0.496 0.000 0.056
#> SRR1103118 1 0.2149 0.6369 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1441505 2 0.1576 0.9125 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1470379 2 0.4323 0.7982 0.184 0.788 0.000 0.028
#> SRR1334762 2 0.3271 0.8598 0.132 0.856 0.000 0.012
#> SRR1338766 2 0.1635 0.9132 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR1458619 3 0.6654 0.3645 0.296 0.000 0.588 0.116
#> SRR1070479 2 0.3160 0.8728 0.108 0.872 0.000 0.020
#> SRR1077753 2 0.0804 0.9204 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1087055 1 0.2345 0.6287 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.5646 0.4032 0.672 0.272 0.000 0.056
#> SRR1476784 2 0.2999 0.8645 0.132 0.864 0.000 0.004
#> SRR1075607 2 0.5179 0.7212 0.220 0.728 0.000 0.052
#> SRR1458066 2 0.3606 0.8521 0.132 0.844 0.000 0.024
#> SRR1078299 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387685 4 0.6946 0.6524 0.252 0.000 0.168 0.580
#> SRR809667 1 0.6506 -0.0483 0.468 0.460 0.000 0.072
#> SRR1322334 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419518 1 0.2342 0.6438 0.912 0.008 0.000 0.080
#> SRR2164975 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081663 2 0.5137 0.6339 0.296 0.680 0.000 0.024
#> SRR1478593 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432145 2 0.0524 0.9202 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1409153 2 0.0895 0.9194 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1097549 2 0.0895 0.9194 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1082307 2 0.3763 0.8411 0.144 0.832 0.000 0.024
#> SRR1419166 2 0.5207 0.6348 0.292 0.680 0.000 0.028
#> SRR1488812 2 0.0376 0.9200 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1381229 2 0.4323 0.7982 0.184 0.788 0.000 0.028
#> SRR1312288 2 0.1888 0.9089 0.044 0.940 0.000 0.016
#> SRR1455946 1 0.4770 0.3755 0.700 0.000 0.012 0.288
#> SRR1355304 3 0.0336 0.9013 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1447437 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444264 2 0.2635 0.8918 0.076 0.904 0.000 0.020
#> SRR1332733 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1460279 1 0.2271 0.6453 0.916 0.008 0.000 0.076
#> SRR1321204 3 0.0336 0.9013 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1351033 2 0.3335 0.8654 0.120 0.860 0.000 0.020
#> SRR1409022 3 0.1022 0.8942 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1311329 2 0.0376 0.9201 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1101304 2 0.4149 0.8190 0.168 0.804 0.000 0.028
#> SRR1096900 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1431535 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432980 1 0.6276 0.2768 0.556 0.380 0.000 0.064
#> SRR1081449 3 0.0336 0.9013 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1100440 2 0.3037 0.8782 0.100 0.880 0.000 0.020
#> SRR1093290 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1380699 1 0.2271 0.6444 0.916 0.008 0.000 0.076
#> SRR1399009 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101931 1 0.2081 0.6380 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2166114 2 0.4764 0.7410 0.220 0.748 0.000 0.032
#> SRR812912 4 0.2345 0.9166 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR810531 2 0.0188 0.9202 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500052 1 0.6371 0.1144 0.508 0.428 0.000 0.064
#> SRR1319608 3 0.0336 0.9013 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1464960 2 0.1256 0.9173 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1076490 2 0.1388 0.9162 0.028 0.960 0.000 0.012
#> SRR1370528 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1068788 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457637 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR821518 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378660 2 0.0804 0.9204 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1430468 2 0.0779 0.9195 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.3143 0.8754 0.100 0.876 0.000 0.024
#> SRR1464394 4 0.4283 0.7498 0.256 0.000 0.004 0.740
#> SRR1400419 1 0.0592 0.6354 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR820839 1 0.4836 0.3697 0.672 0.008 0.000 0.320
#> SRR1456733 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360218 2 0.0376 0.9201 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1080022 2 0.1807 0.9114 0.052 0.940 0.000 0.008
#> SRR1093885 2 0.4855 0.6798 0.268 0.712 0.000 0.020
#> SRR1072845 1 0.2053 0.6005 0.924 0.072 0.000 0.004
#> SRR1399271 2 0.1209 0.9175 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1361264 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR814082 1 0.4040 0.4184 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1466260 3 0.6743 0.1801 0.392 0.000 0.512 0.096
#> SRR1079612 2 0.3015 0.8808 0.092 0.884 0.000 0.024
#> SRR1315821 3 0.1022 0.8942 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1417248 2 0.1584 0.9134 0.036 0.952 0.000 0.012
#> SRR807517 3 0.1022 0.8942 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1120961 2 0.0524 0.9202 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1457661 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420368 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071429 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378971 2 0.3523 0.8630 0.112 0.856 0.000 0.032
#> SRR1120847 2 0.2662 0.8897 0.084 0.900 0.000 0.016
#> SRR1081401 2 0.5929 0.5662 0.296 0.640 0.000 0.064
#> SRR1477820 1 0.4252 0.4480 0.744 0.000 0.004 0.252
#> SRR1442509 2 0.6262 0.2979 0.400 0.540 0.000 0.060
#> SRR1443070 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435923 4 0.2469 0.9213 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1102852 2 0.2363 0.9047 0.056 0.920 0.000 0.024
#> SRR1486439 1 0.2271 0.6453 0.916 0.008 0.000 0.076
#> SRR1342995 2 0.0779 0.9197 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1314788 3 0.6182 0.4601 0.276 0.000 0.636 0.088
#> SRR1090722 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356421 2 0.1584 0.9143 0.036 0.952 0.000 0.012
#> SRR1101348 1 0.2149 0.6353 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1455236 1 0.1059 0.6362 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1465289 2 0.2282 0.9069 0.052 0.924 0.000 0.024
#> SRR813431 1 0.2589 0.6213 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1347100 2 0.0524 0.9204 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1373921 2 0.5219 0.7136 0.216 0.728 0.000 0.056
#> SRR1341142 2 0.1151 0.9183 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1343053 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408494 2 0.0188 0.9202 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314014 1 0.1059 0.6362 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1317238 2 0.0592 0.9203 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0336 0.9013 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1092612 2 0.4365 0.7908 0.188 0.784 0.000 0.028
#> SRR1380139 1 0.5878 0.3792 0.632 0.312 0.000 0.056
#> SRR1308288 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389018 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1399501 2 0.4152 0.8172 0.160 0.808 0.000 0.032
#> SRR1358260 2 0.0188 0.9196 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096946 2 0.3099 0.8753 0.104 0.876 0.000 0.020
#> SRR1404421 4 0.2345 0.9166 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1319322 2 0.0927 0.9191 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1309425 3 0.0707 0.8981 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1087535 2 0.3427 0.8651 0.112 0.860 0.000 0.028
#> SRR2185137 2 0.4855 0.6798 0.268 0.712 0.000 0.020
#> SRR1437012 3 0.5910 0.5906 0.104 0.000 0.688 0.208
#> SRR1343919 1 0.6197 0.3667 0.604 0.324 0.000 0.072
#> SRR1081614 2 0.0524 0.9202 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1352256 2 0.0672 0.9202 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1499156 1 0.6286 0.2628 0.552 0.384 0.000 0.064
#> SRR1088241 2 0.4800 0.7660 0.196 0.760 0.000 0.044
#> SRR1328125 3 0.0707 0.8981 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1339130 4 0.2530 0.9189 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1079455 1 0.3370 0.6285 0.872 0.048 0.000 0.080
#> SRR1328821 2 0.2706 0.8917 0.080 0.900 0.000 0.020
#> SRR1357367 2 0.0524 0.9202 0.008 0.988 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 2 0.1106 0.8987 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1480675 1 0.1956 0.6673 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1390331 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1084347 2 0.3575 0.8350 0.120 0.824 0.000 0.056 0.000
#> SRR1352597 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1089643 2 0.4325 0.7673 0.180 0.756 0.000 0.064 0.000
#> SRR1081357 2 0.4707 0.7087 0.212 0.716 0.000 0.072 0.000
#> SRR1321112 1 0.2659 0.6661 0.888 0.000 0.000 0.052 0.060
#> SRR810899 3 0.0000 0.7275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.5211 0.4327 0.664 0.004 0.000 0.076 0.256
#> SRR1474159 2 0.1836 0.8929 0.036 0.932 0.000 0.032 0.000
#> SRR1387308 2 0.0609 0.8991 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR808065 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1073531 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1081688 2 0.1300 0.8987 0.016 0.956 0.000 0.028 0.000
#> SRR1471029 2 0.1012 0.9015 0.012 0.968 0.000 0.020 0.000
#> SRR811447 1 0.3055 0.6584 0.864 0.000 0.000 0.072 0.064
#> SRR817512 2 0.4681 0.7338 0.188 0.728 0.000 0.084 0.000
#> SRR815588 2 0.6145 0.0120 0.440 0.444 0.000 0.112 0.004
#> SRR1380847 2 0.0162 0.9007 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327327 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1322355 2 0.0609 0.8991 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1333370 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1432476 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1345200 2 0.0609 0.8992 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1398293 2 0.2077 0.8886 0.040 0.920 0.000 0.040 0.000
#> SRR1346957 1 0.5336 0.3933 0.648 0.000 0.000 0.100 0.252
#> SRR1364953 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1347998 2 0.0609 0.8991 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1069734 2 0.4297 0.7808 0.164 0.764 0.000 0.072 0.000
#> SRR1080859 1 0.2726 0.6612 0.884 0.000 0.000 0.052 0.064
#> SRR2165379 1 0.4317 0.5875 0.764 0.000 0.000 0.160 0.076
#> SRR1348202 1 0.5488 0.4074 0.608 0.300 0.000 0.092 0.000
#> SRR1465938 2 0.2782 0.8678 0.072 0.880 0.000 0.048 0.000
#> SRR1381327 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1375658 2 0.0992 0.9023 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000
#> SRR1379220 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1457148 2 0.2438 0.8802 0.060 0.900 0.000 0.040 0.000
#> SRR1441614 1 0.2726 0.6633 0.884 0.000 0.000 0.052 0.064
#> SRR1335536 2 0.0865 0.9005 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR1083554 2 0.2983 0.8759 0.076 0.868 0.000 0.056 0.000
#> SRR1486907 5 0.0290 0.8927 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1094287 2 0.3130 0.8544 0.096 0.856 0.000 0.048 0.000
#> SRR1464577 2 0.0865 0.8992 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR1429579 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1380569 2 0.0807 0.9015 0.012 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1337977 2 0.0693 0.9021 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000
#> SRR1398775 2 0.3477 0.8341 0.112 0.832 0.000 0.056 0.000
#> SRR1090604 2 0.1117 0.8993 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000
#> SRR1419361 2 0.0451 0.9010 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090650 3 0.3949 0.4478 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1068905 2 0.1750 0.8955 0.036 0.936 0.000 0.028 0.000
#> SRR1337052 4 0.4302 -0.1992 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1489075 2 0.5197 0.5419 0.316 0.620 0.000 0.064 0.000
#> SRR1458955 1 0.4297 0.4228 0.692 0.000 0.000 0.020 0.288
#> SRR1080811 2 0.4832 0.7141 0.200 0.712 0.000 0.088 0.000
#> SRR1407734 2 0.0324 0.9011 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454568 1 0.2504 0.6330 0.896 0.064 0.000 0.040 0.000
#> SRR1078612 2 0.2228 0.8860 0.048 0.912 0.000 0.040 0.000
#> SRR1345347 3 0.4161 0.3318 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.7275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.1082 0.9018 0.008 0.964 0.000 0.028 0.000
#> SRR818850 1 0.0992 0.6649 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR814943 2 0.0671 0.9016 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.7275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.5216 0.4422 0.668 0.004 0.000 0.080 0.248
#> SRR1420791 1 0.4964 0.4920 0.700 0.000 0.000 0.096 0.204
#> SRR1394855 5 0.0290 0.8927 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1459232 2 0.5966 0.0354 0.432 0.460 0.000 0.108 0.000
#> SRR1103118 1 0.2522 0.6677 0.896 0.000 0.000 0.052 0.052
#> SRR1441505 2 0.1800 0.8929 0.048 0.932 0.000 0.020 0.000
#> SRR1470379 2 0.4325 0.7673 0.180 0.756 0.000 0.064 0.000
#> SRR1334762 2 0.3532 0.8320 0.128 0.824 0.000 0.048 0.000
#> SRR1338766 2 0.1992 0.8905 0.044 0.924 0.000 0.032 0.000
#> SRR1458619 4 0.5032 0.4629 0.224 0.000 0.016 0.704 0.056
#> SRR1070479 2 0.3237 0.8490 0.104 0.848 0.000 0.048 0.000
#> SRR1077753 2 0.1106 0.9021 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1087055 1 0.2726 0.6612 0.884 0.000 0.000 0.052 0.064
#> SRR1352069 3 0.2966 0.6466 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1405182 1 0.5240 0.4452 0.660 0.244 0.000 0.096 0.000
#> SRR1476784 2 0.3386 0.8374 0.128 0.832 0.000 0.040 0.000
#> SRR1075607 2 0.5024 0.6826 0.212 0.692 0.000 0.096 0.000
#> SRR1458066 2 0.3578 0.8291 0.132 0.820 0.000 0.048 0.000
#> SRR1078299 2 0.0404 0.9003 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1387685 5 0.6315 0.5332 0.164 0.000 0.020 0.220 0.596
#> SRR809667 1 0.6141 0.0406 0.460 0.424 0.000 0.112 0.004
#> SRR1322334 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1419518 1 0.2536 0.6735 0.900 0.004 0.000 0.044 0.052
#> SRR2164975 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1081663 2 0.4969 0.6024 0.292 0.652 0.000 0.056 0.000
#> SRR1478593 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1432145 2 0.0955 0.9011 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1409153 2 0.1117 0.8993 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000
#> SRR1097549 2 0.1117 0.8993 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000
#> SRR1082307 2 0.3710 0.8180 0.144 0.808 0.000 0.048 0.000
#> SRR1419166 2 0.5159 0.5915 0.284 0.644 0.000 0.072 0.000
#> SRR1488812 2 0.0566 0.9013 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1381229 2 0.4325 0.7673 0.180 0.756 0.000 0.064 0.000
#> SRR1312288 2 0.2074 0.8870 0.044 0.920 0.000 0.036 0.000
#> SRR1455946 1 0.5427 0.3698 0.636 0.000 0.000 0.104 0.260
#> SRR1355304 3 0.0703 0.7301 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1447437 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1444264 2 0.2782 0.8678 0.072 0.880 0.000 0.048 0.000
#> SRR1332733 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1460279 1 0.2464 0.6748 0.904 0.004 0.000 0.044 0.048
#> SRR1321204 3 0.0000 0.7275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.3291 0.8452 0.120 0.840 0.000 0.040 0.000
#> SRR1409022 3 0.4294 0.1718 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> SRR1311329 2 0.0771 0.9000 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> SRR1101304 2 0.4199 0.7888 0.160 0.772 0.000 0.068 0.000
#> SRR1096900 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1431535 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1432980 1 0.5834 0.3252 0.544 0.348 0.000 0.108 0.000
#> SRR1081449 3 0.0703 0.7300 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1100440 2 0.3130 0.8544 0.096 0.856 0.000 0.048 0.000
#> SRR1093290 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1380699 1 0.2032 0.6741 0.924 0.004 0.000 0.020 0.052
#> SRR1399009 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1101931 1 0.2376 0.6689 0.904 0.000 0.000 0.044 0.052
#> SRR2166114 2 0.4707 0.7087 0.212 0.716 0.000 0.072 0.000
#> SRR812912 5 0.0579 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR810531 2 0.0703 0.9012 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1500052 1 0.5934 0.1670 0.496 0.396 0.000 0.108 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.7275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.1399 0.8982 0.028 0.952 0.000 0.020 0.000
#> SRR1076490 2 0.1582 0.8961 0.028 0.944 0.000 0.028 0.000
#> SRR1370528 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1068788 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1457637 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR821518 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1378660 2 0.0912 0.9015 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000
#> SRR1430468 2 0.1195 0.9019 0.012 0.960 0.000 0.028 0.000
#> SRR1443847 3 0.2929 0.6496 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1098026 2 0.3269 0.8492 0.096 0.848 0.000 0.056 0.000
#> SRR1464394 5 0.4177 0.6848 0.164 0.000 0.000 0.064 0.772
#> SRR1400419 1 0.0992 0.6649 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR820839 1 0.5216 0.4422 0.668 0.004 0.000 0.080 0.248
#> SRR1456733 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1360218 2 0.0865 0.8993 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR1080022 2 0.2149 0.8891 0.048 0.916 0.000 0.036 0.000
#> SRR1093885 2 0.4878 0.6390 0.264 0.676 0.000 0.060 0.000
#> SRR1072845 1 0.2438 0.6359 0.900 0.060 0.000 0.040 0.000
#> SRR1399271 2 0.1386 0.8984 0.032 0.952 0.000 0.016 0.000
#> SRR1361264 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR814082 1 0.4014 0.4633 0.728 0.000 0.000 0.016 0.256
#> SRR1466260 4 0.4695 0.3999 0.260 0.000 0.016 0.700 0.024
#> SRR1079612 2 0.3159 0.8548 0.088 0.856 0.000 0.056 0.000
#> SRR1315821 3 0.4297 0.1586 0.000 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR1417248 2 0.1750 0.8924 0.036 0.936 0.000 0.028 0.000
#> SRR807517 3 0.4294 0.1718 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> SRR1120961 2 0.0955 0.9011 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1457661 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1420368 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1071429 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1378971 2 0.3477 0.8402 0.112 0.832 0.000 0.056 0.000
#> SRR1120847 2 0.2830 0.8661 0.080 0.876 0.000 0.044 0.000
#> SRR1081401 2 0.5570 0.5267 0.288 0.608 0.000 0.104 0.000
#> SRR1477820 1 0.5268 0.4549 0.668 0.000 0.000 0.112 0.220
#> SRR1442509 2 0.5922 0.2297 0.388 0.504 0.000 0.108 0.000
#> SRR1443070 2 0.0609 0.8991 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1435923 5 0.0290 0.8927 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1102852 2 0.2592 0.8857 0.056 0.892 0.000 0.052 0.000
#> SRR1486439 1 0.2464 0.6748 0.904 0.004 0.000 0.044 0.048
#> SRR1342995 2 0.1211 0.9019 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR1314788 4 0.3649 0.5057 0.152 0.000 0.040 0.808 0.000
#> SRR1090722 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1356421 2 0.1918 0.8913 0.036 0.928 0.000 0.036 0.000
#> SRR1101348 1 0.2079 0.6677 0.916 0.000 0.000 0.020 0.064
#> SRR1455236 1 0.1243 0.6637 0.960 0.004 0.000 0.028 0.008
#> SRR1465289 2 0.2450 0.8867 0.052 0.900 0.000 0.048 0.000
#> SRR813431 1 0.3033 0.6545 0.864 0.000 0.000 0.052 0.084
#> SRR1347100 2 0.0898 0.9006 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000
#> SRR1373921 2 0.4994 0.6817 0.208 0.696 0.000 0.096 0.000
#> SRR1341142 2 0.1403 0.8982 0.024 0.952 0.000 0.024 0.000
#> SRR1343053 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1408494 2 0.0566 0.9016 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1095213 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1314014 1 0.1243 0.6637 0.960 0.004 0.000 0.028 0.008
#> SRR1317238 2 0.1117 0.9009 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000
#> SRR1071379 3 0.0609 0.7302 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1092612 2 0.4360 0.7618 0.184 0.752 0.000 0.064 0.000
#> SRR1380139 1 0.5433 0.4167 0.620 0.288 0.000 0.092 0.000
#> SRR1308288 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1389018 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1399501 2 0.4119 0.7909 0.152 0.780 0.000 0.068 0.000
#> SRR1358260 2 0.0703 0.8982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1096946 2 0.3184 0.8515 0.100 0.852 0.000 0.048 0.000
#> SRR1404421 5 0.0579 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1319322 2 0.1106 0.8987 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1309425 4 0.4304 -0.1063 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR1087535 2 0.3493 0.8389 0.108 0.832 0.000 0.060 0.000
#> SRR2185137 2 0.4878 0.6390 0.264 0.676 0.000 0.060 0.000
#> SRR1437012 4 0.5890 0.4170 0.028 0.000 0.148 0.664 0.160
#> SRR1343919 1 0.5919 0.4097 0.592 0.288 0.000 0.112 0.008
#> SRR1081614 2 0.0955 0.9011 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1352256 2 0.0898 0.9008 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000
#> SRR1499156 1 0.5873 0.3171 0.540 0.348 0.000 0.112 0.000
#> SRR1088241 2 0.4681 0.7330 0.188 0.728 0.000 0.084 0.000
#> SRR1328125 4 0.4304 -0.1063 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR1339130 5 0.0404 0.8908 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1079455 1 0.3595 0.6647 0.852 0.040 0.000 0.064 0.044
#> SRR1328821 2 0.2754 0.8705 0.080 0.880 0.000 0.040 0.000
#> SRR1357367 2 0.0579 0.9013 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.2340 0.7713 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1480675 1 0.3259 0.7920 0.836 0.000 0.000 0.048 0.104 0.012
#> SRR1390331 2 0.0260 0.7982 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1084347 2 0.4319 0.4334 0.032 0.620 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1352597 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1089643 2 0.3979 0.1369 0.004 0.540 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1081357 5 0.3854 0.2241 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1321112 1 0.0622 0.8201 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR810899 3 0.0713 0.7176 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1105489 5 0.6195 -0.4360 0.364 0.000 0.000 0.008 0.400 0.228
#> SRR1474159 2 0.2854 0.7287 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1387308 2 0.0260 0.8012 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR808065 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1073531 2 0.0260 0.7981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1081688 2 0.2416 0.7706 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1471029 2 0.0790 0.8050 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR811447 1 0.0951 0.8154 0.968 0.000 0.000 0.020 0.004 0.008
#> SRR817512 5 0.3986 0.2045 0.004 0.464 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR815588 5 0.3178 0.5941 0.016 0.176 0.000 0.000 0.804 0.004
#> SRR1380847 2 0.1007 0.8069 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1327327 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1322355 2 0.0363 0.8029 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1333370 2 0.0632 0.8034 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1432476 2 0.0363 0.8000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1345200 2 0.0260 0.8014 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1398293 2 0.3076 0.6932 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1346957 1 0.5294 0.5773 0.672 0.000 0.000 0.144 0.036 0.148
#> SRR1364953 2 0.0260 0.7982 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1347998 2 0.0363 0.8029 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1069734 2 0.3862 0.0750 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1080859 1 0.0508 0.8195 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2165379 1 0.3892 0.7126 0.784 0.000 0.000 0.144 0.056 0.016
#> SRR1348202 5 0.3927 0.3994 0.172 0.072 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1465938 2 0.3409 0.6006 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1381327 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1375658 2 0.1387 0.8063 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1379220 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1457148 2 0.3221 0.6617 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1441614 1 0.0725 0.8197 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1335536 2 0.1075 0.8071 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1083554 2 0.3101 0.6858 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1486907 6 0.0363 0.8800 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1094287 2 0.3531 0.5495 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1464577 2 0.0632 0.8063 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1429579 2 0.0547 0.8002 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1380569 2 0.1444 0.8048 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1337977 2 0.1204 0.8077 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1398775 2 0.3647 0.4530 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1090604 2 0.2340 0.7717 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1419361 2 0.1267 0.8059 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1090650 3 0.3728 0.3236 0.000 0.000 0.652 0.344 0.004 0.000
#> SRR1068905 2 0.2664 0.7497 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1337052 4 0.3950 0.1130 0.000 0.000 0.432 0.564 0.004 0.000
#> SRR1489075 5 0.4420 0.4656 0.036 0.360 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1458955 1 0.6368 0.5367 0.564 0.000 0.000 0.100 0.124 0.212
#> SRR1080811 5 0.3982 0.2179 0.004 0.460 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1407734 2 0.1075 0.8071 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1454568 1 0.4576 0.5675 0.592 0.004 0.000 0.036 0.368 0.000
#> SRR1078612 2 0.3151 0.6797 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1345347 3 0.3907 0.1525 0.000 0.000 0.588 0.408 0.004 0.000
#> SRR1381613 3 0.0713 0.7176 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1446911 2 0.1444 0.8051 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR818850 1 0.3756 0.7719 0.788 0.000 0.000 0.048 0.152 0.012
#> SRR814943 2 0.1444 0.8045 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1347481 3 0.0713 0.7176 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1384668 5 0.6171 -0.4350 0.368 0.000 0.000 0.008 0.404 0.220
#> SRR1420791 1 0.3719 0.6911 0.800 0.000 0.000 0.064 0.012 0.124
#> SRR1394855 6 0.0363 0.8800 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1459232 5 0.4186 0.5939 0.080 0.192 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1103118 1 0.0458 0.8213 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1441505 2 0.2883 0.7256 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1470379 2 0.3979 0.1369 0.004 0.540 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1334762 2 0.3684 0.4434 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1338766 2 0.3052 0.7192 0.004 0.780 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1458619 4 0.3459 0.4623 0.172 0.000 0.000 0.792 0.032 0.004
#> SRR1070479 2 0.3578 0.5237 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1077753 2 0.1327 0.8062 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1087055 1 0.0508 0.8195 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1352069 3 0.2762 0.6046 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1405182 5 0.3500 0.2633 0.204 0.028 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR1476784 2 0.3647 0.4738 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1075607 5 0.3979 0.2397 0.004 0.456 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1458066 2 0.3923 0.4277 0.008 0.620 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1078299 2 0.0632 0.8041 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1387685 6 0.6164 0.4800 0.224 0.000 0.012 0.232 0.008 0.524
#> SRR809667 5 0.3000 0.5781 0.016 0.156 0.000 0.000 0.824 0.004
#> SRR1322334 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1419518 1 0.1007 0.8232 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2164975 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1081663 5 0.4555 0.3307 0.036 0.424 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1478593 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1432145 2 0.1075 0.8070 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1409153 2 0.2340 0.7717 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1097549 2 0.2340 0.7717 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1082307 2 0.4026 0.4058 0.012 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1419166 5 0.4282 0.3562 0.020 0.420 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1488812 2 0.1141 0.8067 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1381229 2 0.3979 0.1369 0.004 0.540 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1312288 2 0.3101 0.6861 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1455946 1 0.5295 0.5617 0.668 0.000 0.000 0.148 0.032 0.152
#> SRR1355304 3 0.0713 0.7217 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0260 0.7982 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1444264 2 0.3409 0.6006 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1332733 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1460279 1 0.1075 0.8235 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1321204 3 0.0713 0.7176 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1351033 2 0.3867 0.5347 0.012 0.660 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1409022 3 0.3999 -0.1189 0.000 0.000 0.500 0.496 0.004 0.000
#> SRR1311329 2 0.0363 0.8027 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1101304 2 0.3847 0.1661 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1096900 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1431535 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1432980 5 0.3735 0.4983 0.124 0.092 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1081449 3 0.0790 0.7206 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.3547 0.5418 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR1093290 2 0.0260 0.7981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1380699 1 0.2340 0.7978 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1399009 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1101931 1 0.0790 0.8225 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2166114 5 0.3854 0.2241 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR812912 6 0.0622 0.8779 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980
#> SRR810531 2 0.0790 0.8076 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1500052 5 0.3815 0.5564 0.092 0.132 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1319608 3 0.0713 0.7176 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1464960 2 0.2378 0.7732 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1076490 2 0.2664 0.7505 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1370528 2 0.0458 0.7984 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1068788 2 0.0260 0.7981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457637 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR821518 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1378660 2 0.1610 0.8041 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1430468 2 0.1957 0.7895 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1443847 3 0.2730 0.6087 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.3592 0.5147 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR1464394 6 0.4447 0.6405 0.224 0.000 0.000 0.064 0.008 0.704
#> SRR1400419 1 0.3756 0.7719 0.788 0.000 0.000 0.048 0.152 0.012
#> SRR820839 5 0.6171 -0.4350 0.368 0.000 0.000 0.008 0.404 0.220
#> SRR1456733 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360218 2 0.0632 0.8032 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1080022 2 0.3221 0.6681 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1093885 5 0.4147 0.3146 0.012 0.436 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1072845 1 0.4554 0.5772 0.600 0.004 0.000 0.036 0.360 0.000
#> SRR1399271 2 0.2697 0.7481 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1361264 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR814082 1 0.6528 0.5468 0.548 0.000 0.000 0.104 0.148 0.200
#> SRR1466260 4 0.4056 0.3985 0.264 0.000 0.000 0.704 0.024 0.008
#> SRR1079612 2 0.3531 0.5488 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1315821 4 0.3999 -0.0609 0.000 0.000 0.496 0.500 0.004 0.000
#> SRR1417248 2 0.2664 0.7466 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR807517 3 0.3999 -0.1189 0.000 0.000 0.500 0.496 0.004 0.000
#> SRR1120961 2 0.1007 0.8074 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1457661 2 0.0458 0.7986 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1420368 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1071429 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1378971 2 0.3695 0.4390 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1120847 2 0.3409 0.6009 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1081401 5 0.3804 0.5015 0.008 0.336 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR1477820 1 0.4449 0.6433 0.752 0.000 0.000 0.092 0.028 0.128
#> SRR1442509 5 0.3368 0.6012 0.012 0.232 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1443070 2 0.0363 0.8044 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1435923 6 0.0363 0.8800 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1102852 2 0.2912 0.7166 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1486439 1 0.1075 0.8235 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1342995 2 0.1663 0.8030 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1314788 4 0.2909 0.4899 0.136 0.000 0.000 0.836 0.028 0.000
#> SRR1090722 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1356421 2 0.2941 0.7139 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1101348 1 0.1908 0.8109 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1455236 1 0.4028 0.7558 0.756 0.000 0.000 0.048 0.184 0.012
#> SRR1465289 2 0.2793 0.7331 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR813431 1 0.1251 0.8156 0.956 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR1347100 2 0.1957 0.7918 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1373921 5 0.3971 0.2825 0.004 0.448 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1341142 2 0.2664 0.7505 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1343053 2 0.0713 0.8028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1408494 2 0.1327 0.8060 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1095213 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1314014 1 0.4028 0.7558 0.756 0.000 0.000 0.048 0.184 0.012
#> SRR1317238 2 0.1863 0.7964 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1071379 3 0.0632 0.7219 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.4529 -0.0203 0.032 0.508 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1380139 5 0.3861 0.3701 0.184 0.060 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1308288 2 0.0146 0.7996 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389018 2 0.0363 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1399501 2 0.4032 0.2549 0.008 0.572 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1358260 2 0.0260 0.7982 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1096946 2 0.3547 0.5399 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR1404421 6 0.0622 0.8779 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980
#> SRR1319322 2 0.2340 0.7713 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1309425 4 0.3975 0.1571 0.004 0.000 0.452 0.544 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.3659 0.4684 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR2185137 5 0.4147 0.3146 0.012 0.436 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1437012 4 0.4853 0.4457 0.020 0.000 0.120 0.704 0.000 0.156
#> SRR1343919 5 0.3714 0.3461 0.196 0.044 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1081614 2 0.1075 0.8070 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1352256 2 0.2092 0.7869 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1499156 5 0.3361 0.4933 0.108 0.076 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1088241 2 0.3868 -0.0554 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1328125 4 0.3975 0.1571 0.004 0.000 0.452 0.544 0.000 0.000
#> SRR1339130 6 0.0458 0.8787 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1079455 1 0.2218 0.7900 0.884 0.012 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1328821 2 0.3351 0.6233 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1357367 2 0.1501 0.8028 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.975 0.990 0.3847 0.612 0.612
#> 3 3 1.000 0.963 0.987 0.2595 0.868 0.791
#> 4 4 1.000 0.960 0.975 0.4510 0.747 0.524
#> 5 5 0.761 0.709 0.783 0.0722 0.916 0.719
#> 6 6 0.713 0.679 0.790 0.0499 0.923 0.703
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.9775 0.328 0.588 0.412
#> SRR1390331 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.7139 0.754 0.804 0.196
#> SRR1420791 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.0672 0.988 0.008 0.992
#> SRR2164975 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.9460 0.451 0.636 0.364
#> SRR1321204 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.2603 0.949 0.044 0.956
#> SRR1399009 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1400419 2 0.6623 0.785 0.172 0.828
#> SRR820839 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.0376 0.970 0.996 0.004
#> SRR1466260 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.9608 0.402 0.616 0.384
#> SRR1342995 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0376 0.970 0.996 0.004
#> SRR1455236 2 0.9775 0.263 0.412 0.588
#> SRR1465289 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.0376 0.992 0.004 0.996
#> SRR1081614 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1079455 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.1163 0.9631 0.028 0.972 0.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 2 0.3412 0.8528 0.124 0.876 0.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458619 1 0.1643 0.9157 0.956 0.000 0.044
#> SRR1070479 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.2261 0.8915 0.932 0.000 0.068
#> SRR809667 2 0.6045 0.3815 0.380 0.620 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.6295 0.0965 0.528 0.472 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR812912 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.5058 0.5544 0.756 0.244 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.0747 0.9752 0.016 0.984 0.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 2 0.3551 0.8426 0.132 0.868 0.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.6244 0.2184 0.560 0.000 0.440
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.1411 0.9037 0.964 0.036 0.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380139 2 0.1163 0.9631 0.028 0.972 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 1 0.3879 0.7945 0.848 0.000 0.152
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437012 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.6274 0.1448 0.456 0.544 0.000
#> SRR1088241 2 0.1163 0.9631 0.028 0.972 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1081357 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0336 0.9931 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1105489 1 0.0336 0.9657 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1474159 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 4 0.4072 0.6757 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR815588 4 0.1004 0.9758 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR1380847 2 0.0469 0.9743 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.2216 0.8786 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.1059 0.9682 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR1465938 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0469 0.9744 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1486907 1 0.0469 0.9637 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1094287 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398775 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1090604 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1419361 4 0.1302 0.9621 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1090650 3 0.0469 0.9940 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1068905 2 0.1022 0.9517 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1337052 3 0.0469 0.9940 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1489075 4 0.1059 0.9637 0.016 0.012 0.000 0.972
#> SRR1458955 1 0.0336 0.9657 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1080811 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 4 0.0921 0.9492 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1078612 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1345347 3 0.0469 0.9940 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1381613 3 0.0336 0.9931 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0336 0.9931 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0336 0.9657 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1459232 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1470379 4 0.1004 0.9758 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR1334762 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1338766 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1458619 1 0.0937 0.9529 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1070479 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.4164 0.6016 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1476784 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1075607 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1458066 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0927 0.9553 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR809667 4 0.1059 0.9682 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.3873 0.6806 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1097549 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1082307 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1419166 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1312288 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0188 0.9939 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0336 0.9931 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1351033 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1409022 3 0.0469 0.9940 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0921 0.9492 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR812912 3 0.0592 0.9896 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR810531 2 0.0592 0.9702 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1500052 4 0.0921 0.9492 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1319608 3 0.0336 0.9931 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1464960 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1076490 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.5000 0.0395 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.1042 0.9722 0.008 0.020 0.000 0.972
#> SRR1464394 1 0.0336 0.9657 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080022 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1093885 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1072845 1 0.0921 0.9387 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1399271 2 0.4454 0.5449 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0336 0.9645 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1079612 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1315821 3 0.0469 0.9940 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1417248 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR807517 3 0.0469 0.9940 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1120847 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1081401 4 0.1059 0.9637 0.016 0.012 0.000 0.972
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0469 0.9637 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1102852 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.5256 0.3296 0.596 0.000 0.392 0.012
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR813431 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.1637 0.9188 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1373921 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1341142 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 4 0.4382 0.5731 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0188 0.9939 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1092612 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1380139 4 0.1042 0.9722 0.008 0.020 0.000 0.972
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1404421 1 0.0779 0.9583 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0469 0.9940 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1087535 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR2185137 4 0.1004 0.9758 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR1437012 3 0.0469 0.9940 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9688 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0707 0.9658 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1499156 4 0.1004 0.9542 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR1088241 4 0.1042 0.9722 0.008 0.020 0.000 0.972
#> SRR1328125 3 0.0469 0.9940 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1339130 1 0.0336 0.9657 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1079455 1 0.3873 0.6585 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1328821 4 0.0921 0.9791 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.3318 0.7722 0.000 0.012 0.000 0.808 0.180
#> SRR1480675 1 0.0609 0.8806 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1390331 2 0.1121 0.7304 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1084347 4 0.3690 0.7494 0.000 0.012 0.000 0.764 0.224
#> SRR1352597 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.2574 0.8456 0.000 0.012 0.000 0.876 0.112
#> SRR1081357 4 0.2416 0.8457 0.000 0.012 0.000 0.888 0.100
#> SRR1321112 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0955 0.9675 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1105489 1 0.3274 0.8038 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1474159 5 0.4641 0.4076 0.000 0.012 0.000 0.456 0.532
#> SRR1387308 2 0.3774 0.6680 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR808065 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.3752 0.6689 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1081688 5 0.6229 0.5013 0.000 0.144 0.000 0.392 0.464
#> SRR1471029 2 0.4060 0.6206 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR811447 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0566 0.8609 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR815588 4 0.0693 0.8607 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1380847 5 0.4894 -0.0758 0.000 0.456 0.000 0.024 0.520
#> SRR1327327 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.3612 0.6795 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1333370 2 0.4074 0.6067 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1432476 2 0.4045 0.6286 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1345200 2 0.3999 0.6309 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1398293 5 0.6154 0.3125 0.000 0.348 0.000 0.144 0.508
#> SRR1346957 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.1341 0.7294 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1347998 2 0.4138 0.5734 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1069734 4 0.1364 0.8659 0.000 0.012 0.000 0.952 0.036
#> SRR1080859 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0290 0.8846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348202 4 0.0807 0.8584 0.012 0.000 0.000 0.976 0.012
#> SRR1465938 4 0.3720 0.7423 0.000 0.012 0.000 0.760 0.228
#> SRR1381327 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 5 0.5337 0.0301 0.000 0.440 0.000 0.052 0.508
#> SRR1379220 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.3596 0.7766 0.000 0.012 0.000 0.776 0.212
#> SRR1441614 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.4126 0.5819 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1083554 5 0.4655 0.3955 0.000 0.012 0.000 0.476 0.512
#> SRR1486907 1 0.3636 0.7731 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1094287 4 0.3659 0.7497 0.000 0.012 0.000 0.768 0.220
#> SRR1464577 2 0.3999 0.6307 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1429579 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 5 0.4641 0.4083 0.000 0.012 0.000 0.456 0.532
#> SRR1337977 5 0.4306 -0.2195 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1398775 4 0.3596 0.7574 0.000 0.012 0.000 0.776 0.212
#> SRR1090604 4 0.3081 0.7505 0.000 0.012 0.000 0.832 0.156
#> SRR1419361 5 0.4821 0.4161 0.000 0.020 0.000 0.464 0.516
#> SRR1090650 3 0.0798 0.9742 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1068905 5 0.4894 -0.0725 0.000 0.456 0.000 0.024 0.520
#> SRR1337052 3 0.0798 0.9742 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1489075 4 0.0693 0.8586 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1458955 1 0.2605 0.8386 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1080811 4 0.1195 0.8585 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1407734 2 0.4150 0.5652 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1454568 4 0.1907 0.8178 0.044 0.000 0.000 0.928 0.028
#> SRR1078612 4 0.1670 0.8629 0.000 0.012 0.000 0.936 0.052
#> SRR1345347 3 0.0798 0.9742 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1381613 3 0.0955 0.9675 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1446911 2 0.3983 0.6436 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR818850 1 0.0609 0.8806 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR814943 2 0.4227 0.4868 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1347481 3 0.0955 0.9675 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1384668 1 0.2813 0.8303 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1420791 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.3612 0.7758 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1459232 4 0.1522 0.8648 0.000 0.012 0.000 0.944 0.044
#> SRR1103118 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 5 0.4659 0.3680 0.000 0.012 0.000 0.492 0.496
#> SRR1470379 4 0.2818 0.8372 0.000 0.012 0.000 0.856 0.132
#> SRR1334762 4 0.2723 0.8407 0.000 0.012 0.000 0.864 0.124
#> SRR1338766 4 0.3081 0.7991 0.000 0.012 0.000 0.832 0.156
#> SRR1458619 1 0.1673 0.8610 0.944 0.000 0.032 0.008 0.016
#> SRR1070479 4 0.3391 0.7911 0.000 0.012 0.000 0.800 0.188
#> SRR1077753 2 0.4088 0.6013 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1087055 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9742 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.4392 0.4192 0.612 0.000 0.000 0.380 0.008
#> SRR1476784 4 0.4251 0.4427 0.000 0.012 0.000 0.672 0.316
#> SRR1075607 4 0.0693 0.8620 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1458066 4 0.1444 0.8652 0.000 0.012 0.000 0.948 0.040
#> SRR1078299 2 0.3684 0.6741 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1387685 1 0.3612 0.7758 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR809667 4 0.0833 0.8576 0.004 0.004 0.000 0.976 0.016
#> SRR1322334 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.1012 0.8762 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR2164975 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.2909 0.8327 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR1478593 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.4088 0.6013 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1409153 5 0.6579 0.1784 0.000 0.308 0.000 0.232 0.460
#> SRR1097549 4 0.3123 0.7500 0.000 0.012 0.000 0.828 0.160
#> SRR1082307 4 0.2953 0.8301 0.000 0.012 0.000 0.844 0.144
#> SRR1419166 4 0.0807 0.8583 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR1488812 2 0.3949 0.6426 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1381229 4 0.2771 0.8387 0.000 0.012 0.000 0.860 0.128
#> SRR1312288 5 0.4644 0.4061 0.000 0.012 0.000 0.460 0.528
#> SRR1455946 1 0.0404 0.8838 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1355304 3 0.0290 0.9732 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1447437 2 0.0290 0.7364 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444264 4 0.3720 0.7423 0.000 0.012 0.000 0.760 0.228
#> SRR1332733 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0955 0.9675 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1351033 4 0.3807 0.7060 0.000 0.012 0.000 0.748 0.240
#> SRR1409022 3 0.0798 0.9742 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1311329 2 0.3932 0.6457 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1101304 4 0.2771 0.8435 0.000 0.012 0.000 0.860 0.128
#> SRR1096900 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0912 0.8551 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9742 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.3242 0.8085 0.000 0.012 0.000 0.816 0.172
#> SRR1093290 2 0.3636 0.6773 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1380699 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.1809 0.8479 0.000 0.012 0.000 0.928 0.060
#> SRR812912 3 0.4339 0.7288 0.020 0.000 0.684 0.000 0.296
#> SRR810531 5 0.5216 0.0243 0.000 0.436 0.000 0.044 0.520
#> SRR1500052 4 0.2130 0.8077 0.012 0.000 0.000 0.908 0.080
#> SRR1319608 3 0.0955 0.9675 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1464960 5 0.4644 0.4058 0.000 0.012 0.000 0.460 0.528
#> SRR1076490 5 0.4650 0.4007 0.000 0.012 0.000 0.468 0.520
#> SRR1370528 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.3366 0.6898 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1457637 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 5 0.6259 0.5272 0.000 0.212 0.000 0.248 0.540
#> SRR1430468 2 0.4262 0.5251 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9742 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.2911 0.8374 0.008 0.004 0.000 0.852 0.136
#> SRR1464394 1 0.3612 0.7758 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1400419 1 0.0992 0.8761 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR820839 1 0.2471 0.8433 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1456733 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.4196 0.6268 0.000 0.640 0.000 0.004 0.356
#> SRR1080022 4 0.2953 0.8014 0.000 0.012 0.000 0.844 0.144
#> SRR1093885 4 0.2006 0.8556 0.000 0.012 0.000 0.916 0.072
#> SRR1072845 1 0.4976 0.1722 0.504 0.000 0.000 0.468 0.028
#> SRR1399271 5 0.6349 0.5100 0.000 0.232 0.000 0.244 0.524
#> SRR1361264 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.2561 0.8470 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1466260 1 0.0290 0.8842 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1079612 4 0.3123 0.8192 0.000 0.012 0.000 0.828 0.160
#> SRR1315821 3 0.0798 0.9742 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1417248 5 0.4655 0.3368 0.000 0.012 0.000 0.476 0.512
#> SRR807517 3 0.0798 0.9742 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1120961 2 0.4150 0.5661 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1457661 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.1444 0.8647 0.000 0.012 0.000 0.948 0.040
#> SRR1120847 5 0.4659 0.3270 0.000 0.012 0.000 0.488 0.500
#> SRR1081401 4 0.0566 0.8577 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1477820 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.0693 0.8607 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1443070 2 0.4126 0.5808 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1435923 1 0.3636 0.7731 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1102852 5 0.4627 0.4201 0.000 0.012 0.000 0.444 0.544
#> SRR1486439 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.3999 0.6405 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1314788 1 0.4817 0.3544 0.608 0.000 0.368 0.008 0.016
#> SRR1090722 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.3835 0.7121 0.000 0.012 0.000 0.744 0.244
#> SRR1101348 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0865 0.8781 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1465289 5 0.4632 0.4174 0.000 0.012 0.000 0.448 0.540
#> SRR813431 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 5 0.5538 0.0781 0.000 0.428 0.000 0.068 0.504
#> SRR1373921 4 0.0693 0.8607 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1341142 5 0.4644 0.4058 0.000 0.012 0.000 0.460 0.528
#> SRR1343053 2 0.3966 0.6465 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1408494 2 0.4074 0.6071 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1095213 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 4 0.5635 0.4290 0.252 0.000 0.000 0.620 0.128
#> SRR1317238 5 0.4304 -0.1829 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1071379 3 0.0290 0.9732 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1092612 4 0.1364 0.8651 0.000 0.012 0.000 0.952 0.036
#> SRR1380139 4 0.2054 0.8597 0.008 0.004 0.000 0.916 0.072
#> SRR1308288 2 0.4045 0.6178 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1389018 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.1195 0.8648 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1358260 2 0.0000 0.7375 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.3039 0.8257 0.000 0.012 0.000 0.836 0.152
#> SRR1404421 1 0.3636 0.7731 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1319322 2 0.4287 0.4579 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1309425 3 0.0798 0.9742 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1087535 4 0.2818 0.8389 0.000 0.012 0.000 0.856 0.132
#> SRR2185137 4 0.2069 0.8564 0.000 0.012 0.000 0.912 0.076
#> SRR1437012 3 0.0798 0.9742 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1343919 1 0.0451 0.8831 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1081614 2 0.4138 0.5747 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1352256 5 0.5337 0.0320 0.000 0.440 0.000 0.052 0.508
#> SRR1499156 4 0.0566 0.8566 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1088241 4 0.0693 0.8623 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1328125 3 0.0693 0.9744 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1339130 1 0.3612 0.7758 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1079455 1 0.4893 0.3226 0.568 0.000 0.000 0.404 0.028
#> SRR1328821 4 0.3123 0.8255 0.000 0.012 0.000 0.828 0.160
#> SRR1357367 5 0.4452 -0.2239 0.000 0.496 0.000 0.004 0.500
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.5051 0.574 0.000 0.596 0.000 0.104 0.000 0.300
#> SRR1480675 1 0.1265 0.785 0.948 0.000 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR1390331 5 0.1863 0.789 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1084347 2 0.5205 0.663 0.000 0.596 0.000 0.268 0.000 0.136
#> SRR1352597 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1089643 2 0.3782 0.774 0.000 0.780 0.000 0.124 0.000 0.096
#> SRR1081357 2 0.3916 0.737 0.000 0.752 0.000 0.064 0.000 0.184
#> SRR1321112 1 0.0363 0.799 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.1719 0.866 0.000 0.004 0.932 0.032 0.000 0.032
#> SRR1105489 1 0.4052 0.548 0.628 0.000 0.000 0.016 0.000 0.356
#> SRR1474159 4 0.4675 0.403 0.000 0.224 0.000 0.672 0.000 0.104
#> SRR1387308 4 0.4062 0.473 0.000 0.000 0.000 0.552 0.440 0.008
#> SRR808065 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1073531 4 0.4406 0.387 0.000 0.000 0.000 0.500 0.476 0.024
#> SRR1081688 4 0.5376 0.594 0.000 0.240 0.000 0.640 0.072 0.048
#> SRR1471029 4 0.4252 0.575 0.000 0.000 0.000 0.604 0.372 0.024
#> SRR811447 1 0.0363 0.799 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR817512 2 0.1152 0.778 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR815588 2 0.1471 0.775 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1380847 4 0.3419 0.673 0.000 0.028 0.000 0.792 0.176 0.004
#> SRR1327327 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1322355 4 0.4183 0.389 0.000 0.000 0.000 0.508 0.480 0.012
#> SRR1333370 4 0.3940 0.608 0.000 0.000 0.000 0.640 0.348 0.012
#> SRR1432476 4 0.4682 0.520 0.000 0.000 0.000 0.556 0.396 0.048
#> SRR1345200 4 0.3945 0.572 0.000 0.000 0.000 0.612 0.380 0.008
#> SRR1398293 4 0.4113 0.664 0.000 0.088 0.000 0.768 0.132 0.012
#> SRR1346957 1 0.0363 0.799 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1364953 5 0.3265 0.533 0.000 0.000 0.000 0.248 0.748 0.004
#> SRR1347998 4 0.3940 0.608 0.000 0.000 0.000 0.640 0.348 0.012
#> SRR1069734 2 0.3172 0.793 0.000 0.832 0.000 0.076 0.000 0.092
#> SRR1080859 1 0.0363 0.799 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0458 0.799 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.1738 0.791 0.004 0.928 0.000 0.016 0.000 0.052
#> SRR1465938 2 0.5173 0.653 0.000 0.596 0.000 0.276 0.000 0.128
#> SRR1381327 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1375658 4 0.3756 0.670 0.000 0.052 0.000 0.784 0.156 0.008
#> SRR1379220 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457148 2 0.5123 0.694 0.000 0.616 0.000 0.244 0.000 0.140
#> SRR1441614 1 0.0363 0.799 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1335536 4 0.3601 0.637 0.000 0.000 0.000 0.684 0.312 0.004
#> SRR1083554 4 0.3420 0.525 0.000 0.240 0.000 0.748 0.000 0.012
#> SRR1486907 1 0.3991 0.393 0.524 0.000 0.000 0.004 0.000 0.472
#> SRR1094287 2 0.5156 0.658 0.000 0.600 0.000 0.272 0.000 0.128
#> SRR1464577 4 0.3934 0.578 0.000 0.000 0.000 0.616 0.376 0.008
#> SRR1429579 5 0.0405 0.902 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1380569 4 0.4520 0.422 0.000 0.220 0.000 0.688 0.000 0.092
#> SRR1337977 4 0.3301 0.667 0.000 0.004 0.000 0.772 0.216 0.008
#> SRR1398775 2 0.4614 0.732 0.000 0.676 0.000 0.228 0.000 0.096
#> SRR1090604 2 0.4814 0.553 0.000 0.616 0.000 0.080 0.000 0.304
#> SRR1419361 4 0.3713 0.492 0.000 0.224 0.000 0.744 0.000 0.032
#> SRR1090650 3 0.1633 0.902 0.000 0.000 0.932 0.044 0.000 0.024
#> SRR1068905 4 0.5445 0.619 0.000 0.048 0.000 0.660 0.176 0.116
#> SRR1337052 3 0.1844 0.900 0.000 0.000 0.924 0.048 0.004 0.024
#> SRR1489075 2 0.1268 0.782 0.004 0.952 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1458955 1 0.3314 0.678 0.764 0.000 0.000 0.012 0.000 0.224
#> SRR1080811 2 0.2277 0.779 0.000 0.892 0.000 0.032 0.000 0.076
#> SRR1407734 4 0.3531 0.628 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1454568 2 0.3524 0.678 0.064 0.832 0.000 0.036 0.000 0.068
#> SRR1078612 2 0.2451 0.789 0.000 0.884 0.000 0.056 0.000 0.060
#> SRR1345347 3 0.1633 0.902 0.000 0.000 0.932 0.044 0.000 0.024
#> SRR1381613 3 0.1719 0.866 0.000 0.004 0.932 0.032 0.000 0.032
#> SRR1446911 4 0.5368 0.438 0.000 0.000 0.000 0.488 0.400 0.112
#> SRR818850 1 0.0972 0.791 0.964 0.000 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR814943 4 0.3595 0.649 0.000 0.000 0.000 0.704 0.288 0.008
#> SRR1347481 3 0.1719 0.866 0.000 0.004 0.932 0.032 0.000 0.032
#> SRR1384668 1 0.3875 0.641 0.716 0.008 0.000 0.016 0.000 0.260
#> SRR1420791 1 0.0363 0.799 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.3860 0.401 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1459232 2 0.2786 0.789 0.000 0.860 0.000 0.056 0.000 0.084
#> SRR1103118 1 0.0146 0.799 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.3420 0.534 0.000 0.240 0.000 0.748 0.000 0.012
#> SRR1470379 2 0.4207 0.764 0.004 0.748 0.000 0.144 0.000 0.104
#> SRR1334762 2 0.3534 0.787 0.000 0.800 0.000 0.124 0.000 0.076
#> SRR1338766 2 0.4548 0.700 0.000 0.672 0.000 0.080 0.000 0.248
#> SRR1458619 1 0.3083 0.720 0.864 0.000 0.048 0.060 0.004 0.024
#> SRR1070479 2 0.4783 0.728 0.000 0.668 0.000 0.204 0.000 0.128
#> SRR1077753 4 0.3714 0.621 0.000 0.000 0.000 0.656 0.340 0.004
#> SRR1087055 1 0.0363 0.799 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.4915 0.285 0.552 0.396 0.000 0.016 0.000 0.036
#> SRR1476784 2 0.4903 0.441 0.000 0.552 0.000 0.380 0.000 0.068
#> SRR1075607 2 0.1719 0.781 0.000 0.924 0.000 0.016 0.000 0.060
#> SRR1458066 2 0.2003 0.794 0.000 0.912 0.000 0.044 0.000 0.044
#> SRR1078299 5 0.4407 -0.376 0.000 0.000 0.000 0.480 0.496 0.024
#> SRR1387685 1 0.4374 0.409 0.532 0.000 0.000 0.016 0.004 0.448
#> SRR809667 2 0.1983 0.762 0.000 0.908 0.000 0.020 0.000 0.072
#> SRR1322334 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1419518 1 0.1959 0.777 0.924 0.024 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR2164975 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1081663 2 0.4218 0.762 0.000 0.736 0.000 0.156 0.000 0.108
#> SRR1478593 5 0.0405 0.902 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1432145 4 0.3684 0.627 0.000 0.000 0.000 0.664 0.332 0.004
#> SRR1409153 4 0.7289 0.279 0.000 0.192 0.000 0.400 0.132 0.276
#> SRR1097549 2 0.4814 0.553 0.000 0.616 0.000 0.080 0.000 0.304
#> SRR1082307 2 0.4165 0.766 0.000 0.740 0.000 0.160 0.000 0.100
#> SRR1419166 2 0.1616 0.777 0.000 0.932 0.000 0.020 0.000 0.048
#> SRR1488812 4 0.3923 0.526 0.000 0.000 0.000 0.580 0.416 0.004
#> SRR1381229 2 0.3985 0.768 0.000 0.760 0.000 0.140 0.000 0.100
#> SRR1312288 4 0.4967 0.358 0.000 0.228 0.000 0.640 0.000 0.132
#> SRR1455946 1 0.0508 0.799 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1355304 3 0.0806 0.891 0.000 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1447437 5 0.0717 0.893 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1444264 2 0.5173 0.653 0.000 0.596 0.000 0.276 0.000 0.128
#> SRR1332733 5 0.0291 0.903 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1460279 1 0.0603 0.797 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.1719 0.866 0.000 0.004 0.932 0.032 0.000 0.032
#> SRR1351033 2 0.5009 0.679 0.000 0.624 0.000 0.256 0.000 0.120
#> SRR1409022 3 0.1700 0.902 0.000 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024
#> SRR1311329 4 0.3993 0.545 0.000 0.000 0.000 0.592 0.400 0.008
#> SRR1101304 2 0.4243 0.769 0.000 0.736 0.000 0.132 0.000 0.132
#> SRR1096900 5 0.0405 0.902 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1431535 5 0.2019 0.806 0.000 0.000 0.000 0.088 0.900 0.012
#> SRR1432980 2 0.2043 0.776 0.012 0.912 0.000 0.012 0.000 0.064
#> SRR1081449 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.4672 0.738 0.000 0.684 0.000 0.188 0.000 0.128
#> SRR1093290 5 0.4325 -0.295 0.000 0.000 0.000 0.456 0.524 0.020
#> SRR1380699 1 0.0603 0.797 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1399009 5 0.0405 0.902 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1101931 1 0.0146 0.798 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.3417 0.717 0.000 0.796 0.000 0.044 0.000 0.160
#> SRR812912 6 0.4719 0.000 0.024 0.000 0.464 0.012 0.000 0.500
#> SRR810531 4 0.3790 0.673 0.000 0.024 0.000 0.772 0.184 0.020
#> SRR1500052 2 0.3076 0.720 0.004 0.840 0.000 0.044 0.000 0.112
#> SRR1319608 3 0.1719 0.866 0.000 0.004 0.932 0.032 0.000 0.032
#> SRR1464960 4 0.4650 0.407 0.000 0.220 0.000 0.676 0.000 0.104
#> SRR1076490 4 0.4662 0.398 0.000 0.236 0.000 0.668 0.000 0.096
#> SRR1370528 5 0.2176 0.811 0.000 0.000 0.000 0.080 0.896 0.024
#> SRR1068788 5 0.4334 -0.128 0.000 0.000 0.000 0.408 0.568 0.024
#> SRR1457637 5 0.0291 0.903 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR821518 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1378660 4 0.3852 0.650 0.000 0.116 0.000 0.788 0.088 0.008
#> SRR1430468 4 0.5584 0.479 0.000 0.000 0.000 0.520 0.316 0.164
#> SRR1443847 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.4339 0.762 0.004 0.736 0.000 0.140 0.000 0.120
#> SRR1464394 1 0.3860 0.401 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1400419 1 0.2314 0.750 0.900 0.056 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR820839 1 0.3401 0.690 0.776 0.004 0.000 0.016 0.000 0.204
#> SRR1456733 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1360218 4 0.5146 0.468 0.000 0.000 0.000 0.516 0.396 0.088
#> SRR1080022 2 0.4145 0.687 0.000 0.700 0.000 0.048 0.000 0.252
#> SRR1093885 2 0.2971 0.773 0.000 0.844 0.000 0.052 0.000 0.104
#> SRR1072845 1 0.5797 0.234 0.500 0.384 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1399271 4 0.4225 0.658 0.000 0.116 0.000 0.764 0.104 0.016
#> SRR1361264 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR814082 1 0.3905 0.688 0.744 0.004 0.000 0.040 0.000 0.212
#> SRR1466260 1 0.0837 0.795 0.972 0.000 0.000 0.020 0.004 0.004
#> SRR1079612 2 0.4583 0.746 0.000 0.696 0.000 0.176 0.000 0.128
#> SRR1315821 3 0.1844 0.900 0.000 0.000 0.924 0.048 0.004 0.024
#> SRR1417248 4 0.5268 0.170 0.000 0.300 0.000 0.572 0.000 0.128
#> SRR807517 3 0.1700 0.902 0.000 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024
#> SRR1120961 4 0.3725 0.634 0.000 0.000 0.000 0.676 0.316 0.008
#> SRR1457661 5 0.0260 0.902 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1420368 5 0.0405 0.902 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1071429 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1378971 2 0.1794 0.791 0.000 0.924 0.000 0.036 0.000 0.040
#> SRR1120847 4 0.5268 0.164 0.000 0.300 0.000 0.572 0.000 0.128
#> SRR1081401 2 0.2002 0.775 0.004 0.908 0.000 0.012 0.000 0.076
#> SRR1477820 1 0.0363 0.799 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.1584 0.777 0.000 0.928 0.000 0.008 0.000 0.064
#> SRR1443070 4 0.3847 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.348 0.008
#> SRR1435923 1 0.3862 0.394 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1102852 4 0.3582 0.533 0.000 0.196 0.000 0.768 0.000 0.036
#> SRR1486439 1 0.0603 0.797 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1342995 4 0.5157 0.465 0.000 0.000 0.000 0.508 0.404 0.088
#> SRR1314788 1 0.5173 0.293 0.632 0.000 0.280 0.060 0.004 0.024
#> SRR1090722 5 0.0405 0.902 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1356421 2 0.5222 0.636 0.000 0.584 0.000 0.288 0.000 0.128
#> SRR1101348 1 0.0632 0.799 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.2190 0.773 0.908 0.008 0.000 0.040 0.000 0.044
#> SRR1465289 4 0.4849 0.357 0.000 0.240 0.000 0.648 0.000 0.112
#> SRR813431 1 0.0146 0.799 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.3893 0.673 0.000 0.040 0.000 0.772 0.172 0.016
#> SRR1373921 2 0.1584 0.777 0.000 0.928 0.000 0.008 0.000 0.064
#> SRR1341142 4 0.4614 0.410 0.000 0.228 0.000 0.676 0.000 0.096
#> SRR1343053 4 0.5087 0.458 0.000 0.000 0.000 0.508 0.412 0.080
#> SRR1408494 4 0.4099 0.590 0.000 0.000 0.000 0.612 0.372 0.016
#> SRR1095213 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1314014 2 0.7016 0.122 0.260 0.436 0.000 0.088 0.000 0.216
#> SRR1317238 4 0.4171 0.657 0.000 0.004 0.000 0.736 0.192 0.068
#> SRR1071379 3 0.0806 0.891 0.000 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1092612 2 0.2822 0.793 0.000 0.852 0.000 0.040 0.000 0.108
#> SRR1380139 2 0.2998 0.786 0.004 0.852 0.000 0.076 0.000 0.068
#> SRR1308288 4 0.3887 0.600 0.000 0.000 0.000 0.632 0.360 0.008
#> SRR1389018 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1399501 2 0.1649 0.793 0.000 0.932 0.000 0.036 0.000 0.032
#> SRR1358260 5 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1096946 2 0.4605 0.743 0.000 0.692 0.000 0.184 0.000 0.124
#> SRR1404421 1 0.3991 0.393 0.524 0.000 0.000 0.004 0.000 0.472
#> SRR1319322 4 0.4819 0.614 0.000 0.000 0.000 0.628 0.284 0.088
#> SRR1309425 3 0.1844 0.900 0.000 0.000 0.924 0.048 0.004 0.024
#> SRR1087535 2 0.4124 0.767 0.000 0.748 0.000 0.132 0.000 0.120
#> SRR2185137 2 0.3045 0.766 0.000 0.840 0.000 0.060 0.000 0.100
#> SRR1437012 3 0.1909 0.897 0.000 0.000 0.920 0.052 0.004 0.024
#> SRR1343919 1 0.1542 0.785 0.944 0.024 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1081614 4 0.3672 0.641 0.000 0.000 0.000 0.688 0.304 0.008
#> SRR1352256 4 0.3631 0.670 0.000 0.044 0.000 0.792 0.156 0.008
#> SRR1499156 2 0.2069 0.764 0.004 0.908 0.000 0.020 0.000 0.068
#> SRR1088241 2 0.1493 0.779 0.004 0.936 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1328125 3 0.1633 0.902 0.000 0.000 0.932 0.044 0.000 0.024
#> SRR1339130 1 0.3860 0.401 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1079455 1 0.5018 0.436 0.648 0.260 0.000 0.020 0.000 0.072
#> SRR1328821 2 0.4125 0.762 0.000 0.736 0.000 0.184 0.000 0.080
#> SRR1357367 4 0.3273 0.668 0.000 0.004 0.000 0.776 0.212 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.4479 0.552 0.552
#> 3 3 0.823 0.875 0.945 0.3359 0.853 0.735
#> 4 4 0.844 0.815 0.921 0.1189 0.896 0.756
#> 5 5 0.788 0.761 0.877 0.0552 0.954 0.864
#> 6 6 0.783 0.630 0.825 0.0431 0.964 0.883
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.141 0.976 0.020 0.980
#> SRR1465938 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.615 0.820 0.848 0.152
#> SRR1458955 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1454568 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR814943 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR809667 1 0.963 0.365 0.612 0.388
#> SRR1322334 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432980 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1081449 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380699 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1500052 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1319608 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR820839 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1072845 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.988 0.212 0.436 0.564
#> SRR1477820 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314014 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.482 0.881 0.104 0.896
#> SRR1308288 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1499156 1 0.552 0.852 0.872 0.128
#> SRR1088241 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.5497 0.5435 0.000 0.708 0.292
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.0424 0.9253 0.000 0.992 0.008
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.5178 0.6568 0.000 0.744 0.256
#> SRR1081357 2 0.6286 0.0258 0.000 0.536 0.464
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0424 0.9253 0.000 0.992 0.008
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.1411 0.9017 0.000 0.964 0.036
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 3 0.0000 0.8230 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 3 0.0424 0.8273 0.000 0.008 0.992
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 3 0.0424 0.8266 0.000 0.008 0.992
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 3 0.0000 0.8230 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.3267 0.8311 0.000 0.884 0.116
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.0592 0.9237 0.000 0.988 0.012
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 3 0.6305 0.1502 0.000 0.484 0.516
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.3038 0.8431 0.000 0.896 0.104
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.4346 0.7595 0.000 0.816 0.184
#> SRR1090604 3 0.4654 0.7571 0.000 0.208 0.792
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 3 0.4931 0.6062 0.232 0.000 0.768
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 3 0.0747 0.8295 0.000 0.016 0.984
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.5835 0.4855 0.660 0.000 0.340
#> SRR1078612 3 0.5216 0.7047 0.000 0.260 0.740
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.6079 0.3465 0.000 0.612 0.388
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.3752 0.7808 0.000 0.856 0.144
#> SRR1470379 2 0.5098 0.6683 0.000 0.752 0.248
#> SRR1334762 2 0.6309 -0.2228 0.000 0.504 0.496
#> SRR1338766 2 0.5016 0.6279 0.000 0.760 0.240
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.4346 0.7553 0.000 0.816 0.184
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.5216 0.5759 0.000 0.740 0.260
#> SRR1075607 3 0.0747 0.8295 0.000 0.016 0.984
#> SRR1458066 2 0.3879 0.7739 0.000 0.848 0.152
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR809667 3 0.0424 0.8273 0.000 0.008 0.992
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0747 0.9202 0.000 0.984 0.016
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.5016 0.6244 0.000 0.760 0.240
#> SRR1097549 3 0.6215 0.4063 0.000 0.428 0.572
#> SRR1082307 2 0.1163 0.9100 0.000 0.972 0.028
#> SRR1419166 3 0.0424 0.8273 0.000 0.008 0.992
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.5098 0.6683 0.000 0.752 0.248
#> SRR1312288 2 0.0424 0.9253 0.000 0.992 0.008
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.4750 0.7159 0.000 0.784 0.216
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0237 0.9277 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 3 0.4974 0.6958 0.000 0.236 0.764
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.4555 0.7445 0.800 0.000 0.200
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.4931 0.6930 0.000 0.768 0.232
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.5988 0.3037 0.000 0.632 0.368
#> SRR812912 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.1411 0.9553 0.964 0.000 0.036
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0424 0.9253 0.000 0.992 0.008
#> SRR1076490 2 0.0424 0.9253 0.000 0.992 0.008
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 3 0.5178 0.6539 0.000 0.256 0.744
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0237 0.9275 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080022 3 0.5363 0.6942 0.000 0.276 0.724
#> SRR1093885 3 0.4555 0.7594 0.000 0.200 0.800
#> SRR1072845 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.0237 0.9275 0.000 0.996 0.004
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.4887 0.6990 0.000 0.772 0.228
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.4796 0.7106 0.000 0.780 0.220
#> SRR807517 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 3 0.6252 0.3773 0.000 0.444 0.556
#> SRR1120847 2 0.3192 0.8352 0.000 0.888 0.112
#> SRR1081401 3 0.0000 0.8230 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 3 0.0592 0.8285 0.000 0.012 0.988
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.2878 0.8500 0.000 0.904 0.096
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.4654 0.7267 0.000 0.792 0.208
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.4796 0.7106 0.000 0.780 0.220
#> SRR813431 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 3 0.0592 0.8285 0.000 0.012 0.988
#> SRR1341142 2 0.0424 0.9253 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.1031 0.9674 0.976 0.000 0.024
#> SRR1317238 2 0.0424 0.9253 0.000 0.992 0.008
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 3 0.3116 0.8026 0.000 0.108 0.892
#> SRR1380139 3 0.1753 0.8244 0.000 0.048 0.952
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 3 0.4702 0.7550 0.000 0.212 0.788
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.5733 0.5302 0.000 0.676 0.324
#> SRR1404421 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 3 0.2448 0.8197 0.000 0.076 0.924
#> SRR2185137 3 0.5397 0.6848 0.000 0.280 0.720
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 3 0.5810 0.4253 0.336 0.000 0.664
#> SRR1088241 3 0.0424 0.8273 0.000 0.008 0.992
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9300 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.6454 -0.0493 0.000 0.544 0.380 0.076
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.4730 0.3949 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.3390 0.7405 0.000 0.132 0.016 0.852
#> SRR1081357 3 0.5602 0.4435 0.000 0.408 0.568 0.024
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1474159 2 0.4477 0.5045 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.1211 0.8812 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 3 0.2216 0.6125 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR815588 3 0.0188 0.6335 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0188 0.9129 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 4 0.2216 0.7310 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.4866 0.3769 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1465938 4 0.1716 0.8362 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.4817 0.3221 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.1970 0.8560 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR1486907 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1094287 4 0.1716 0.8362 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0188 0.9130 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.2124 0.8609 0.000 0.932 0.028 0.040
#> SRR1090604 3 0.5664 0.5757 0.000 0.228 0.696 0.076
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.4697 0.4175 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 3 0.7269 0.2754 0.200 0.000 0.536 0.264
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 3 0.5106 0.5224 0.000 0.040 0.720 0.240
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.5075 0.4827 0.644 0.000 0.344 0.012
#> SRR1078612 3 0.4697 0.5663 0.000 0.296 0.696 0.008
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1459232 3 0.5938 0.2539 0.000 0.476 0.488 0.036
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.1398 0.8785 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1470379 4 0.3448 0.7463 0.000 0.168 0.004 0.828
#> SRR1334762 2 0.5155 -0.1018 0.000 0.528 0.468 0.004
#> SRR1338766 2 0.7481 -0.1903 0.000 0.484 0.316 0.200
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.1637 0.8346 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.3286 0.7907 0.000 0.876 0.080 0.044
#> SRR1075607 3 0.2032 0.6375 0.000 0.028 0.936 0.036
#> SRR1458066 2 0.5189 0.2278 0.000 0.616 0.372 0.012
#> SRR1078299 2 0.1118 0.8864 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 3 0.0188 0.6335 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.4933 0.1551 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.6449 -0.2773 0.000 0.480 0.452 0.068
#> SRR1097549 3 0.6234 0.4894 0.000 0.348 0.584 0.068
#> SRR1082307 2 0.1970 0.8587 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1419166 3 0.1792 0.6245 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.3806 0.7531 0.000 0.156 0.020 0.824
#> SRR1312288 4 0.4992 0.1343 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.1867 0.8339 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.4122 0.6434 0.000 0.760 0.004 0.236
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.3082 0.7856 0.000 0.032 0.084 0.884
#> SRR1096900 2 0.0188 0.9130 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.6597 0.3784 0.588 0.000 0.108 0.304
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.1716 0.8362 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 3 0.4770 0.5767 0.000 0.288 0.700 0.012
#> SRR812912 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.3894 0.8246 0.844 0.000 0.088 0.068
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.4977 0.0487 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1076490 2 0.2944 0.7841 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0469 0.9060 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.1706 0.7976 0.000 0.016 0.036 0.948
#> SRR1464394 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0657 0.9032 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1080022 3 0.6690 0.5362 0.000 0.192 0.620 0.188
#> SRR1093885 3 0.5078 0.5681 0.000 0.272 0.700 0.028
#> SRR1072845 1 0.0937 0.9635 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.2760 0.7942 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 4 0.2011 0.8298 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR807517 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 3 0.5138 0.4796 0.000 0.392 0.600 0.008
#> SRR1120847 4 0.1716 0.8362 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1081401 3 0.3266 0.5454 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 3 0.0188 0.6335 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1102852 2 0.0336 0.9105 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.2647 0.8037 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0188 0.9792 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465289 4 0.3975 0.6302 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR813431 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373921 3 0.0188 0.6326 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341142 2 0.4817 0.3034 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0188 0.9130 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.2797 0.8894 0.900 0.000 0.032 0.068
#> SRR1317238 2 0.4746 0.3794 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0592 0.7739 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1380139 4 0.4790 0.4190 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 3 0.5423 0.5242 0.000 0.332 0.640 0.028
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.1557 0.8326 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1404421 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1319322 2 0.0188 0.9127 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.1724 0.8033 0.000 0.020 0.032 0.948
#> SRR2185137 3 0.4877 0.5352 0.000 0.328 0.664 0.008
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499156 3 0.2198 0.5983 0.072 0.000 0.920 0.008
#> SRR1088241 3 0.2867 0.5890 0.000 0.012 0.884 0.104
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0469 0.9753 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0469 0.9073 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1357367 2 0.0336 0.9102 0.000 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 5 0.4153 0.4743 0.000 0.192 0.032 0.008 0.768
#> SRR1480675 1 0.2848 0.7910 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.4415 0.1587 0.000 0.552 0.000 0.444 0.004
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.4283 0.4749 0.000 0.008 0.000 0.644 0.348
#> SRR1081357 5 0.6653 0.1603 0.000 0.328 0.240 0.000 0.432
#> SRR1321112 1 0.0703 0.8843 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR810899 1 0.2624 0.8761 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR1105489 1 0.3691 0.8463 0.804 0.000 0.164 0.004 0.028
#> SRR1474159 2 0.3932 0.4928 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.1638 0.8785 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0880 0.8818 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR817512 3 0.5171 0.1717 0.000 0.000 0.504 0.040 0.456
#> SRR815588 3 0.3395 0.4686 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0865 0.9195 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1346957 1 0.0290 0.8902 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 4 0.3391 0.6746 0.000 0.000 0.012 0.800 0.188
#> SRR1080859 1 0.0880 0.8818 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2165379 1 0.0609 0.8855 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1348202 3 0.4538 0.3179 0.000 0.000 0.620 0.364 0.016
#> SRR1465938 4 0.0703 0.8229 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.4446 0.2905 0.000 0.592 0.008 0.400 0.000
#> SRR1441614 1 0.0880 0.8818 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.1914 0.8833 0.000 0.932 0.032 0.004 0.032
#> SRR1486907 1 0.3651 0.8487 0.808 0.000 0.160 0.004 0.028
#> SRR1094287 4 0.0880 0.8232 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0162 0.9369 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.3012 0.8041 0.000 0.860 0.104 0.036 0.000
#> SRR1090604 5 0.2284 0.4668 0.000 0.028 0.056 0.004 0.912
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090650 1 0.0162 0.8898 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.4473 0.2654 0.000 0.580 0.008 0.412 0.000
#> SRR1337052 1 0.0162 0.8898 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1489075 5 0.4613 0.4076 0.092 0.000 0.072 0.048 0.788
#> SRR1458955 1 0.3073 0.8734 0.856 0.000 0.116 0.004 0.024
#> SRR1080811 5 0.4947 0.3703 0.000 0.016 0.176 0.076 0.732
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.6974 -0.0767 0.408 0.000 0.276 0.008 0.308
#> SRR1078612 3 0.5118 0.4601 0.000 0.240 0.684 0.008 0.068
#> SRR1345347 1 0.1043 0.8912 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.2624 0.8761 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR1446911 2 0.0404 0.9316 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR818850 1 0.2763 0.7989 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR814943 2 0.0162 0.9369 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347481 1 0.2624 0.8761 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR1384668 1 0.3730 0.8438 0.800 0.000 0.168 0.004 0.028
#> SRR1420791 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.3730 0.8438 0.800 0.000 0.168 0.004 0.028
#> SRR1459232 5 0.6651 0.1821 0.000 0.420 0.104 0.032 0.444
#> SRR1103118 1 0.0880 0.8818 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1441505 2 0.1978 0.8796 0.000 0.928 0.044 0.004 0.024
#> SRR1470379 4 0.2610 0.7770 0.000 0.076 0.004 0.892 0.028
#> SRR1334762 3 0.5192 0.1682 0.000 0.472 0.492 0.004 0.032
#> SRR1338766 5 0.6745 0.3277 0.000 0.296 0.052 0.108 0.544
#> SRR1458619 1 0.0510 0.8865 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070479 4 0.0955 0.8235 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0880 0.8818 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1352069 1 0.2248 0.8845 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1405182 1 0.2464 0.8732 0.904 0.000 0.048 0.004 0.044
#> SRR1476784 2 0.3673 0.7681 0.000 0.836 0.060 0.012 0.092
#> SRR1075607 3 0.6172 0.4292 0.000 0.064 0.628 0.068 0.240
#> SRR1458066 3 0.5144 0.2673 0.000 0.384 0.580 0.020 0.016
#> SRR1078299 2 0.0880 0.9163 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1387685 1 0.2624 0.8761 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR809667 3 0.3366 0.4712 0.000 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.1638 0.8647 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.5161 0.2093 0.000 0.568 0.024 0.396 0.012
#> SRR1478593 2 0.0162 0.9368 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 5 0.4290 0.4703 0.000 0.196 0.044 0.004 0.756
#> SRR1097549 5 0.2464 0.4802 0.000 0.044 0.048 0.004 0.904
#> SRR1082307 2 0.4316 0.7046 0.000 0.784 0.128 0.080 0.008
#> SRR1419166 5 0.4108 0.1890 0.000 0.000 0.308 0.008 0.684
#> SRR1488812 2 0.0162 0.9369 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381229 4 0.3018 0.7745 0.000 0.068 0.004 0.872 0.056
#> SRR1312288 4 0.4210 0.2603 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1455946 1 0.1942 0.8880 0.920 0.000 0.068 0.000 0.012
#> SRR1355304 1 0.2248 0.8845 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0794 0.8236 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.3007 0.8816 0.864 0.000 0.104 0.004 0.028
#> SRR1321204 1 0.2624 0.8761 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR1351033 2 0.5030 0.5666 0.000 0.696 0.104 0.200 0.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.3049 0.7516 0.000 0.012 0.064 0.876 0.048
#> SRR1096900 2 0.0162 0.9368 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.8042 -0.0794 0.420 0.000 0.176 0.136 0.268
#> SRR1081449 1 0.2248 0.8845 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1100440 4 0.0865 0.8225 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0963 0.8835 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0880 0.8818 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2166114 3 0.6198 0.3364 0.000 0.152 0.588 0.012 0.248
#> SRR812912 1 0.3527 0.8551 0.820 0.000 0.148 0.004 0.028
#> SRR810531 2 0.0404 0.9322 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1500052 5 0.4655 0.3275 0.312 0.000 0.024 0.004 0.660
#> SRR1319608 1 0.2624 0.8761 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR1464960 4 0.4307 0.0428 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1076490 2 0.2351 0.8473 0.000 0.896 0.016 0.088 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.2648 0.7780 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1443847 1 0.2248 0.8845 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1098026 4 0.0451 0.7969 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1464394 1 0.3527 0.8551 0.820 0.000 0.148 0.004 0.028
#> SRR1400419 1 0.2763 0.7989 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR820839 1 0.3691 0.8463 0.804 0.000 0.164 0.004 0.028
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0865 0.9170 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1080022 5 0.6885 0.2960 0.000 0.112 0.220 0.088 0.580
#> SRR1093885 3 0.5647 0.4721 0.000 0.184 0.676 0.020 0.120
#> SRR1072845 1 0.4380 0.6150 0.692 0.000 0.012 0.008 0.288
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.4733 0.8176 0.748 0.000 0.152 0.008 0.092
#> SRR1466260 1 0.0703 0.8843 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1079612 4 0.1934 0.8024 0.000 0.052 0.016 0.928 0.004
#> SRR1315821 1 0.0404 0.8873 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1417248 4 0.1041 0.8236 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR807517 1 0.0000 0.8892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 3 0.4782 0.4333 0.000 0.264 0.692 0.012 0.032
#> SRR1120847 4 0.0794 0.8239 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1081401 3 0.6066 0.3253 0.000 0.000 0.572 0.188 0.240
#> SRR1477820 1 0.0703 0.8910 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1442509 3 0.3521 0.4708 0.000 0.000 0.764 0.004 0.232
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.3730 0.8438 0.800 0.000 0.168 0.004 0.028
#> SRR1102852 2 0.0566 0.9297 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1486439 1 0.1710 0.8855 0.940 0.000 0.016 0.004 0.040
#> SRR1342995 2 0.0162 0.9366 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1314788 1 0.0794 0.8832 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.1851 0.7794 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1101348 1 0.0880 0.8818 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1455236 1 0.4216 0.6602 0.720 0.000 0.012 0.008 0.260
#> SRR1465289 4 0.3242 0.5858 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR813431 1 0.0703 0.8843 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347100 2 0.0162 0.9369 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1373921 3 0.3209 0.4916 0.000 0.000 0.812 0.008 0.180
#> SRR1341142 2 0.4138 0.3358 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0510 0.9299 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 5 0.4178 0.3303 0.292 0.000 0.004 0.008 0.696
#> SRR1317238 2 0.4268 0.1664 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1071379 1 0.2248 0.8845 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1092612 4 0.2605 0.7159 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1380139 3 0.4560 0.0471 0.000 0.000 0.508 0.484 0.008
#> SRR1308288 2 0.0162 0.9369 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 3 0.4922 0.4758 0.000 0.220 0.716 0.036 0.028
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0865 0.8225 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1404421 1 0.3527 0.8551 0.820 0.000 0.148 0.004 0.028
#> SRR1319322 2 0.1851 0.8587 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1309425 1 0.0703 0.8910 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.1200 0.8054 0.000 0.008 0.012 0.964 0.016
#> SRR2185137 3 0.5503 0.4719 0.000 0.200 0.680 0.016 0.104
#> SRR1437012 1 0.2248 0.8845 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1343919 1 0.2037 0.8897 0.920 0.000 0.064 0.004 0.012
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0162 0.9369 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1499156 3 0.1617 0.4496 0.020 0.000 0.948 0.012 0.020
#> SRR1088241 3 0.4732 0.4908 0.000 0.004 0.736 0.084 0.176
#> SRR1328125 1 0.2248 0.8845 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1339130 1 0.3730 0.8438 0.800 0.000 0.168 0.004 0.028
#> SRR1079455 1 0.2536 0.8176 0.868 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR1328821 2 0.1095 0.9180 0.000 0.968 0.012 0.012 0.008
#> SRR1357367 2 0.0404 0.9323 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 4 0.2020 0.56169 0.000 0.096 0.008 0.896 0.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.4373 0.27051 0.688 0.000 0.008 0.044 0.260 0.000
#> SRR1390331 2 0.0520 0.92904 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1084347 6 0.5004 0.13548 0.000 0.472 0.024 0.020 0.004 0.480
#> SRR1352597 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 6 0.4840 0.34579 0.000 0.000 0.012 0.316 0.052 0.620
#> SRR1081357 4 0.6179 0.17572 0.000 0.304 0.148 0.512 0.036 0.000
#> SRR1321112 1 0.1007 0.68692 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR810899 1 0.2664 0.66475 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1105489 1 0.3989 0.26983 0.528 0.000 0.004 0.000 0.468 0.000
#> SRR1474159 2 0.3894 0.45058 0.000 0.664 0.004 0.000 0.008 0.324
#> SRR1387308 2 0.0146 0.93327 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.1219 0.89573 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.1141 0.68169 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR817512 4 0.6563 -0.01770 0.000 0.000 0.344 0.416 0.204 0.036
#> SRR815588 3 0.5814 0.24914 0.000 0.000 0.452 0.160 0.384 0.004
#> SRR1380847 2 0.0146 0.93327 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.3290 0.62721 0.000 0.744 0.252 0.000 0.004 0.000
#> SRR1346957 1 0.0865 0.70773 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1364953 2 0.0146 0.93327 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 6 0.4180 0.49192 0.000 0.000 0.028 0.216 0.024 0.732
#> SRR1080859 1 0.1075 0.68494 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2165379 1 0.0547 0.70075 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1348202 3 0.4335 0.37843 0.000 0.000 0.736 0.012 0.072 0.180
#> SRR1465938 6 0.0146 0.72857 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1381327 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0520 0.92904 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.5291 0.17180 0.000 0.552 0.088 0.000 0.008 0.352
#> SRR1441614 1 0.1075 0.68437 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1335536 2 0.0291 0.93237 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083554 2 0.3286 0.79067 0.000 0.848 0.040 0.068 0.044 0.000
#> SRR1486907 1 0.3851 0.29494 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1094287 6 0.0291 0.72840 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR1464577 2 0.0291 0.93201 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429579 2 0.0146 0.93315 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1380569 2 0.0632 0.92052 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1337977 2 0.0405 0.92998 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1398775 2 0.4493 0.42136 0.000 0.644 0.312 0.000 0.008 0.036
#> SRR1090604 4 0.0653 0.55757 0.000 0.004 0.004 0.980 0.012 0.000
#> SRR1419361 2 0.0291 0.93201 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090650 1 0.0790 0.70718 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1068905 2 0.4658 0.24220 0.000 0.580 0.040 0.000 0.004 0.376
#> SRR1337052 1 0.0363 0.70555 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1489075 4 0.5559 0.47505 0.064 0.000 0.060 0.692 0.152 0.032
#> SRR1458955 1 0.3607 0.48140 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1080811 4 0.4910 0.46870 0.000 0.004 0.088 0.736 0.104 0.068
#> SRR1407734 2 0.0146 0.93327 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 5 0.6043 0.29913 0.260 0.000 0.056 0.116 0.568 0.000
#> SRR1078612 3 0.5376 0.41798 0.000 0.204 0.656 0.044 0.096 0.000
#> SRR1345347 1 0.1204 0.70681 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1381613 1 0.2697 0.66247 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1446911 2 0.0547 0.92350 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.4456 0.23631 0.672 0.000 0.008 0.044 0.276 0.000
#> SRR814943 2 0.0508 0.92843 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347481 1 0.2664 0.66475 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1384668 1 0.3997 0.22425 0.508 0.000 0.004 0.000 0.488 0.000
#> SRR1420791 1 0.0632 0.70546 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1394855 1 0.3998 0.21502 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492 0.000
#> SRR1459232 4 0.6093 0.14163 0.000 0.388 0.076 0.488 0.020 0.028
#> SRR1103118 1 0.1075 0.68437 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1441505 2 0.3839 0.75075 0.000 0.816 0.052 0.032 0.092 0.008
#> SRR1470379 6 0.3465 0.67284 0.000 0.044 0.064 0.020 0.024 0.848
#> SRR1334762 2 0.6620 -0.26448 0.000 0.440 0.356 0.040 0.156 0.008
#> SRR1338766 4 0.5206 0.40971 0.000 0.192 0.044 0.676 0.000 0.088
#> SRR1458619 1 0.0713 0.69459 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1070479 6 0.0291 0.72840 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR1077753 2 0.0146 0.93315 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1087055 1 0.1075 0.68494 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1352069 1 0.2178 0.69340 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1405182 1 0.4270 0.41719 0.684 0.000 0.052 0.000 0.264 0.000
#> SRR1476784 2 0.4609 0.66446 0.000 0.756 0.092 0.104 0.044 0.004
#> SRR1075607 3 0.7819 0.21854 0.000 0.096 0.416 0.180 0.256 0.052
#> SRR1458066 3 0.3568 0.41109 0.000 0.212 0.764 0.016 0.008 0.000
#> SRR1078299 2 0.0632 0.92036 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1387685 1 0.2664 0.66475 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR809667 5 0.5420 -0.43597 0.000 0.000 0.428 0.116 0.456 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.3411 0.41373 0.756 0.000 0.008 0.004 0.232 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.5567 0.00517 0.000 0.512 0.076 0.012 0.008 0.392
#> SRR1478593 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0291 0.93237 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409153 4 0.2070 0.55904 0.000 0.100 0.008 0.892 0.000 0.000
#> SRR1097549 4 0.0767 0.56262 0.000 0.012 0.004 0.976 0.008 0.000
#> SRR1082307 3 0.5192 0.19054 0.000 0.428 0.508 0.008 0.008 0.048
#> SRR1419166 4 0.4193 0.42884 0.000 0.000 0.188 0.736 0.072 0.004
#> SRR1488812 2 0.0405 0.93056 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381229 6 0.3503 0.66330 0.000 0.020 0.084 0.040 0.016 0.840
#> SRR1312288 6 0.3954 0.31799 0.000 0.372 0.004 0.000 0.004 0.620
#> SRR1455946 1 0.2135 0.69453 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1355304 1 0.2178 0.69340 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 6 0.0291 0.72815 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR1332733 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.3371 0.55260 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR1321204 1 0.2697 0.66247 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1351033 3 0.5672 0.20614 0.000 0.384 0.484 0.000 0.008 0.124
#> SRR1409022 1 0.0000 0.70334 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0146 0.93327 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 6 0.3667 0.61030 0.000 0.004 0.088 0.028 0.056 0.824
#> SRR1096900 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.7800 -0.35728 0.340 0.000 0.260 0.088 0.280 0.032
#> SRR1081449 1 0.2178 0.69340 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1100440 6 0.0146 0.72857 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1093290 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.1387 0.68100 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.1075 0.68437 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2166114 3 0.5851 0.25910 0.000 0.124 0.564 0.280 0.032 0.000
#> SRR812912 1 0.3838 0.31854 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR810531 2 0.0363 0.92943 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1500052 4 0.4802 0.38996 0.136 0.000 0.012 0.700 0.152 0.000
#> SRR1319608 1 0.2697 0.66247 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1464960 6 0.4580 0.11319 0.000 0.484 0.016 0.000 0.012 0.488
#> SRR1076490 2 0.4002 0.71479 0.000 0.780 0.112 0.000 0.012 0.096
#> SRR1370528 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.2562 0.75996 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1443847 1 0.2178 0.69340 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1098026 6 0.0363 0.72343 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1464394 1 0.3843 0.31070 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1400419 1 0.4456 0.23631 0.672 0.000 0.008 0.044 0.276 0.000
#> SRR820839 1 0.3989 0.26983 0.528 0.000 0.004 0.000 0.468 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.1007 0.90298 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1080022 4 0.5697 0.45855 0.000 0.080 0.092 0.700 0.052 0.076
#> SRR1093885 3 0.3941 0.37303 0.000 0.044 0.744 0.208 0.000 0.004
#> SRR1072845 5 0.5944 0.22166 0.404 0.000 0.008 0.164 0.424 0.000
#> SRR1399271 2 0.0405 0.93024 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 5 0.4314 -0.27376 0.444 0.000 0.000 0.020 0.536 0.000
#> SRR1466260 1 0.0937 0.68895 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1079612 6 0.2544 0.68609 0.000 0.044 0.060 0.004 0.004 0.888
#> SRR1315821 1 0.0632 0.69623 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1417248 6 0.0653 0.72775 0.000 0.012 0.004 0.000 0.004 0.980
#> SRR807517 1 0.0000 0.70334 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 3 0.3888 0.43980 0.000 0.200 0.756 0.012 0.032 0.000
#> SRR1120847 6 0.0405 0.72868 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR1081401 3 0.7365 0.17752 0.000 0.000 0.372 0.164 0.304 0.160
#> SRR1477820 1 0.1141 0.70702 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1442509 3 0.5825 0.29522 0.000 0.004 0.524 0.168 0.300 0.004
#> SRR1443070 2 0.0146 0.93327 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.3998 0.21502 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492 0.000
#> SRR1102852 2 0.0653 0.92543 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004 0.000
#> SRR1486439 1 0.3126 0.52461 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1342995 2 0.0260 0.93119 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.1075 0.68437 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 6 0.2013 0.68654 0.000 0.076 0.008 0.000 0.008 0.908
#> SRR1101348 1 0.1141 0.68716 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1455236 1 0.5757 -0.35343 0.440 0.000 0.008 0.132 0.420 0.000
#> SRR1465289 6 0.3521 0.44381 0.000 0.268 0.004 0.000 0.004 0.724
#> SRR813431 1 0.0937 0.68912 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1347100 2 0.0405 0.92993 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1373921 3 0.4616 0.38400 0.000 0.000 0.684 0.084 0.228 0.004
#> SRR1341142 2 0.4403 0.21348 0.000 0.580 0.012 0.000 0.012 0.396
#> SRR1343053 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0748 0.92253 0.000 0.976 0.004 0.000 0.004 0.016
#> SRR1095213 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 4 0.5765 0.16255 0.184 0.000 0.008 0.544 0.264 0.000
#> SRR1317238 6 0.4129 0.07309 0.000 0.496 0.004 0.000 0.004 0.496
#> SRR1071379 1 0.2219 0.69180 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1092612 6 0.2726 0.62861 0.000 0.000 0.008 0.136 0.008 0.848
#> SRR1380139 3 0.4588 0.29859 0.000 0.000 0.620 0.004 0.044 0.332
#> SRR1308288 2 0.0291 0.93201 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 3 0.2793 0.47105 0.000 0.112 0.856 0.028 0.000 0.004
#> SRR1358260 2 0.0000 0.93423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 6 0.0291 0.72815 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR1404421 1 0.3838 0.31854 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1319322 2 0.1387 0.88117 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.1075 0.70713 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1087535 6 0.1350 0.70865 0.000 0.000 0.020 0.008 0.020 0.952
#> SRR2185137 3 0.3763 0.40557 0.000 0.060 0.768 0.172 0.000 0.000
#> SRR1437012 1 0.2300 0.68801 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1343919 1 0.2491 0.68074 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1081614 2 0.0291 0.93237 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1352256 2 0.0870 0.92128 0.000 0.972 0.012 0.000 0.004 0.012
#> SRR1499156 3 0.3650 0.40470 0.004 0.000 0.756 0.024 0.216 0.000
#> SRR1088241 3 0.6294 0.29664 0.000 0.000 0.492 0.132 0.328 0.048
#> SRR1328125 1 0.2178 0.69340 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1339130 1 0.3998 0.21502 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492 0.000
#> SRR1079455 1 0.4395 0.26425 0.684 0.000 0.008 0.044 0.264 0.000
#> SRR1328821 2 0.0810 0.92222 0.000 0.976 0.008 0.004 0.008 0.004
#> SRR1357367 2 0.1616 0.89657 0.000 0.940 0.020 0.000 0.012 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.791 0.847 0.936 0.3134 0.754 0.754
#> 3 3 0.906 0.920 0.968 0.8991 0.644 0.531
#> 4 4 0.858 0.881 0.953 0.1827 0.841 0.629
#> 5 5 0.879 0.859 0.938 0.0230 0.985 0.948
#> 6 6 0.788 0.814 0.888 0.0303 0.990 0.966
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1480675 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1390331 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1321112 2 0.9775 0.398 0.412 0.588
#> SRR810899 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1105489 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1474159 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR811447 2 0.9998 0.174 0.492 0.508
#> SRR817512 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.9866 0.080 0.568 0.432
#> SRR1364953 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1080859 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR2165379 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1348202 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1441614 2 0.9795 0.389 0.416 0.584
#> SRR1335536 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1458955 2 1.0000 0.161 0.496 0.504
#> SRR1080811 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR818850 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR814943 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1384668 2 0.9710 0.424 0.400 0.600
#> SRR1420791 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1394855 2 0.9775 0.398 0.412 0.588
#> SRR1459232 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1103118 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1441505 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1087055 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1352069 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.9580 0.461 0.380 0.620
#> SRR1476784 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR2164975 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0938 0.968 0.988 0.012
#> SRR1355304 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1460279 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1321204 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1399009 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1101931 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR2166114 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.2603 0.932 0.956 0.044
#> SRR1400419 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR820839 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1456733 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.3733 0.861 0.072 0.928
#> SRR1399271 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR814082 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1466260 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1477820 2 0.9866 0.350 0.432 0.568
#> SRR1442509 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1435923 2 0.9866 0.350 0.432 0.568
#> SRR1102852 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 0.9710 0.424 0.400 0.600
#> SRR1342995 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1101348 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1455236 2 0.9635 0.447 0.388 0.612
#> SRR1465289 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR813431 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1347100 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.9635 0.447 0.388 0.612
#> SRR1081614 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1339130 2 0.9732 0.416 0.404 0.596
#> SRR1079455 2 0.4022 0.854 0.080 0.920
#> SRR1328821 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081357 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 1 0.6267 0.155 0.548 0.452 0.000
#> SRR1471029 2 0.5138 0.663 0.252 0.748 0.000
#> SRR811447 1 0.2537 0.887 0.920 0.000 0.080
#> SRR817512 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR815588 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.5810 0.517 0.336 0.664 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.2878 0.857 0.096 0.904 0.000
#> SRR1346957 1 0.3686 0.819 0.860 0.000 0.140
#> SRR1364953 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465938 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.4974 0.669 0.236 0.764 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 1 0.4452 0.752 0.808 0.192 0.000
#> SRR1486907 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094287 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> SRR1337977 2 0.6291 0.117 0.468 0.532 0.000
#> SRR1398775 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090604 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419361 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.4887 0.695 0.228 0.772 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.6299 0.130 0.524 0.000 0.476
#> SRR1080811 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078612 1 0.5988 0.408 0.632 0.368 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 1 0.0424 0.955 0.992 0.008 0.000
#> SRR1470379 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334762 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338766 1 0.2448 0.891 0.924 0.076 0.000
#> SRR1458619 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070479 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.2261 0.886 0.068 0.932 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> SRR1075607 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458066 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.1163 0.924 0.028 0.972 0.000
#> SRR1387685 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR809667 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.3116 0.844 0.108 0.892 0.000
#> SRR1097549 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082307 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419166 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312288 1 0.6140 0.295 0.596 0.404 0.000
#> SRR1455946 3 0.0592 0.984 0.012 0.000 0.988
#> SRR1355304 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 1 0.4346 0.760 0.816 0.184 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR812912 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR810531 1 0.0747 0.948 0.984 0.016 0.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> SRR1076490 1 0.1289 0.934 0.968 0.032 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 1 0.3941 0.802 0.844 0.156 0.000
#> SRR1430468 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464394 3 0.1643 0.945 0.044 0.000 0.956
#> SRR1400419 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1080022 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093885 1 0.0424 0.955 0.992 0.008 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 1 0.5706 0.523 0.680 0.320 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079612 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417248 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120847 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081401 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR1442509 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.5465 0.604 0.712 0.000 0.288
#> SRR1102852 1 0.4399 0.757 0.812 0.188 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0237 0.944 0.004 0.996 0.000
#> SRR1314788 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 1 0.0424 0.955 0.992 0.008 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.3551 0.819 0.132 0.868 0.000
#> SRR1373921 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341142 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 1 0.5835 0.466 0.660 0.340 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380139 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404421 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319322 2 0.4062 0.778 0.164 0.836 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185137 1 0.0592 0.952 0.988 0.012 0.000
#> SRR1437012 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.4002 0.781 0.160 0.840 0.000
#> SRR1352256 2 0.5178 0.660 0.256 0.744 0.000
#> SRR1499156 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088241 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0592 0.938 0.012 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.4500 0.517 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1387308 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 4 0.1389 0.914 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1471029 2 0.4103 0.664 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR811447 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.4679 0.487 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1327327 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.2345 0.851 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1346957 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465938 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 4 0.4916 0.252 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1379220 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.3074 0.742 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1094287 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.0188 0.959 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337977 2 0.4977 0.149 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1398775 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090604 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419361 4 0.0188 0.959 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1090650 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.3907 0.696 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1337052 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 4 0.3074 0.790 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1078612 4 0.0188 0.959 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1345347 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.3486 0.736 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1420791 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470379 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334762 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338766 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.4898 0.233 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1070479 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.1792 0.882 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1087055 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.4193 0.594 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1476784 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075607 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0921 0.918 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1387685 1 0.4955 0.145 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR809667 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.2921 0.776 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2164975 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.2530 0.838 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1097549 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082307 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419166 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.4981 0.185 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1455946 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.3486 0.736 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1321204 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0592 0.947 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1081449 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.4564 0.568 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1399009 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812912 3 0.3444 0.779 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR810531 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500052 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.0188 0.959 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1076490 4 0.4679 0.432 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1370528 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.2469 0.846 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1430468 2 0.0707 0.924 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1443847 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0188 0.874 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820839 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0817 0.919 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1080022 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093885 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072845 1 0.4103 0.662 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1399271 4 0.3837 0.694 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1361264 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417248 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120847 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081401 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0707 0.864 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1102852 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.3356 0.747 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1342995 2 0.0188 0.936 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314788 1 0.3074 0.737 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0336 0.872 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455236 1 0.3444 0.740 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1465289 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.2408 0.847 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1373921 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341142 4 0.1867 0.888 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1343053 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.4250 0.639 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1317238 2 0.4985 0.172 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1071379 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404421 3 0.4406 0.587 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1319322 2 0.3219 0.779 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1309425 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185137 4 0.4331 0.573 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1437012 3 0.0469 0.965 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1343919 1 0.4406 0.609 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1081614 2 0.3219 0.779 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1352256 2 0.3569 0.741 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1499156 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088241 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.4713 0.522 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1328821 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0188 0.936 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352597 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.3752 0.768 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1105489 5 0.4256 0.560 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1474159 4 0.4029 0.510 0.000 0.316 0.000 0.680 0.004
#> SRR1387308 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 4 0.1197 0.908 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1471029 2 0.3662 0.642 0.000 0.744 0.000 0.252 0.004
#> SRR811447 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.4166 0.492 0.000 0.648 0.000 0.348 0.004
#> SRR1327327 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432476 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398293 2 0.2179 0.840 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR1346957 1 0.3336 0.548 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1364953 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069734 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465938 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381327 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 4 0.4235 0.261 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1441614 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486907 5 0.4871 0.765 0.212 0.000 0.084 0.000 0.704
#> SRR1094287 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464577 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429579 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.0324 0.953 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1337977 2 0.4434 0.137 0.000 0.536 0.000 0.460 0.004
#> SRR1398775 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 4 0.0324 0.953 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1090650 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.3491 0.676 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004
#> SRR1337052 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458955 5 0.4268 0.547 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1080811 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 4 0.2690 0.774 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1078612 4 0.0162 0.954 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.3752 0.768 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1446911 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347481 3 0.3752 0.768 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1384668 1 0.0451 0.876 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1420791 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 5 0.3774 0.772 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1459232 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470379 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334762 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338766 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458619 1 0.3752 0.469 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.1704 0.873 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1087055 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0510 0.906 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1405182 4 0.4201 0.277 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1476784 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1458066 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0955 0.911 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1387685 5 0.4503 0.547 0.036 0.000 0.268 0.000 0.696
#> SRR809667 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0404 0.873 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1478593 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409153 2 0.2179 0.828 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1097549 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1082307 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419166 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.4434 0.198 0.000 0.536 0.000 0.460 0.004
#> SRR1455946 1 0.1341 0.834 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1355304 3 0.0703 0.904 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1447437 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0404 0.873 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1321204 3 0.3752 0.768 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1351033 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0510 0.943 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1081449 3 0.0794 0.904 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1100440 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.3274 0.512 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR812912 5 0.0162 0.552 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR810531 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1500052 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.3752 0.768 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1464960 4 0.0162 0.954 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1076490 4 0.4182 0.425 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004
#> SRR1370528 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.2127 0.835 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1430468 2 0.0771 0.918 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1443847 3 0.0794 0.904 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1098026 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464394 5 0.3774 0.772 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1400419 1 0.0162 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR820839 1 0.3039 0.629 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1456733 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0703 0.915 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1080022 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.1544 0.804 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1399271 4 0.3461 0.664 0.000 0.224 0.000 0.772 0.004
#> SRR1361264 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.4219 -0.144 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1466260 1 0.0880 0.857 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457661 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443070 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1435923 5 0.4229 0.777 0.276 0.000 0.020 0.000 0.704
#> SRR1102852 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0404 0.873 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1342995 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314788 1 0.2966 0.653 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101348 1 0.0798 0.869 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1455236 1 0.0290 0.876 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1465289 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.2233 0.836 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1373921 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341142 4 0.1768 0.877 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1343053 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095213 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.2561 0.665 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1317238 2 0.4437 0.185 0.000 0.532 0.000 0.464 0.004
#> SRR1071379 3 0.0880 0.903 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1092612 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.935 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 5 0.4455 0.558 0.036 0.000 0.260 0.000 0.704
#> SRR1319322 2 0.2930 0.762 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1309425 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185137 4 0.3730 0.562 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1437012 3 0.2516 0.781 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1343919 1 0.2074 0.746 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1081614 2 0.2930 0.761 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1352256 2 0.3196 0.726 0.000 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1499156 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088241 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 5 0.3774 0.772 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1079455 1 0.2891 0.603 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1328821 4 0.0162 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1357367 2 0.0162 0.933 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 4 0.0146 0.8802 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1084347 2 0.2988 0.8305 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152 0.000
#> SRR1352597 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1089643 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 5 0.3159 1.0000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.832 0.068
#> SRR1105489 6 0.2912 0.7705 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1474159 2 0.5383 0.4688 0.000 0.576 0.000 0.260 0.164 0.000
#> SRR1387308 4 0.0146 0.8802 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR808065 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1073531 4 0.0790 0.8792 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1081688 2 0.2331 0.8555 0.000 0.888 0.000 0.080 0.032 0.000
#> SRR1471029 4 0.4704 0.6716 0.000 0.160 0.000 0.684 0.156 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380847 4 0.5356 0.5207 0.000 0.248 0.000 0.584 0.168 0.000
#> SRR1327327 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1322355 4 0.0632 0.8796 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1333370 4 0.2491 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1432476 4 0.0713 0.8792 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1345200 4 0.2048 0.8577 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1398293 4 0.3551 0.7985 0.000 0.048 0.000 0.784 0.168 0.000
#> SRR1346957 1 0.3737 0.2119 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1364953 4 0.0260 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1347998 4 0.2454 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465938 2 0.2092 0.8679 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1381327 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1375658 2 0.5330 0.2145 0.000 0.496 0.000 0.396 0.108 0.000
#> SRR1379220 4 0.0146 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457148 2 0.2331 0.8740 0.000 0.888 0.000 0.032 0.080 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 4 0.1714 0.8669 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1083554 2 0.1075 0.9054 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1486907 6 0.1908 0.8405 0.096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.900
#> SRR1094287 2 0.2219 0.8597 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1464577 4 0.2378 0.8419 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1429579 4 0.1245 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR1380569 2 0.3354 0.8068 0.000 0.796 0.000 0.036 0.168 0.000
#> SRR1337977 4 0.5709 0.1448 0.000 0.384 0.000 0.452 0.164 0.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.2609 0.8611 0.000 0.868 0.000 0.036 0.096 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.7806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 4 0.4535 0.6978 0.000 0.144 0.000 0.704 0.152 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.7806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458955 6 0.2941 0.7681 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1080811 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407734 4 0.1714 0.8669 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1454568 2 0.1765 0.8562 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.1152 0.9073 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.7806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 5 0.3159 1.0000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.832 0.068
#> SRR1446911 4 0.0713 0.8799 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 4 0.2527 0.8338 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1347481 5 0.3159 1.0000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.832 0.068
#> SRR1384668 1 0.0146 0.9005 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 6 0.1814 0.8415 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1459232 2 0.0547 0.9123 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.2872 0.8399 0.000 0.836 0.000 0.024 0.140 0.000
#> SRR1470379 2 0.0632 0.9134 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1334762 2 0.1950 0.8852 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064 0.000
#> SRR1338766 2 0.1575 0.8984 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032 0.000
#> SRR1458619 3 0.1863 0.6672 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.1267 0.8975 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1077753 4 0.3693 0.7789 0.000 0.120 0.000 0.788 0.092 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.2994 0.6102 0.000 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR1405182 2 0.3647 0.4671 0.360 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.1327 0.8954 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1075607 2 0.1327 0.8978 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1458066 2 0.0146 0.9167 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1078299 4 0.3181 0.8435 0.000 0.012 0.000 0.824 0.144 0.020
#> SRR1387685 6 0.2006 0.7321 0.004 0.000 0.104 0.000 0.000 0.892
#> SRR809667 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322334 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1419518 1 0.0146 0.9002 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1081663 2 0.2513 0.8538 0.000 0.852 0.000 0.008 0.140 0.000
#> SRR1478593 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1432145 4 0.2491 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1409153 4 0.3449 0.8137 0.000 0.076 0.000 0.808 0.116 0.000
#> SRR1097549 2 0.1765 0.8860 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1082307 2 0.0146 0.9163 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488812 4 0.1327 0.8722 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1381229 2 0.0146 0.9164 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312288 4 0.5651 0.3208 0.000 0.344 0.000 0.492 0.164 0.000
#> SRR1455946 1 0.1444 0.8467 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1355304 3 0.3810 0.2227 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1447437 4 0.0146 0.8802 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332733 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1460279 1 0.0146 0.9002 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 5 0.3159 1.0000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.832 0.068
#> SRR1351033 2 0.0146 0.9167 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.7806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 4 0.0937 0.8783 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096900 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1431535 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1432980 2 0.0458 0.9107 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081449 3 0.3955 0.1964 0.000 0.000 0.560 0.000 0.436 0.004
#> SRR1100440 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093290 4 0.0993 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1380699 1 0.3076 0.5104 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.1334 0.9043 0.000 0.948 0.000 0.032 0.020 0.000
#> SRR812912 6 0.3446 0.3476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR810531 2 0.2260 0.8586 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 5 0.3159 1.0000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.832 0.068
#> SRR1464960 2 0.2361 0.8729 0.000 0.884 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1076490 2 0.5364 0.4059 0.000 0.560 0.000 0.300 0.140 0.000
#> SRR1370528 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1068788 4 0.0260 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1457637 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR821518 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1378660 2 0.3694 0.7517 0.000 0.784 0.000 0.140 0.076 0.000
#> SRR1430468 4 0.2743 0.8319 0.000 0.008 0.000 0.828 0.164 0.000
#> SRR1443847 3 0.3668 0.4399 0.000 0.000 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR1098026 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464394 6 0.1814 0.8415 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1400419 1 0.0146 0.9000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.3309 0.5248 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1456733 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1360218 4 0.1686 0.8712 0.000 0.012 0.000 0.924 0.064 0.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.1007 0.8584 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.5229 0.5209 0.000 0.604 0.000 0.240 0.156 0.000
#> SRR1361264 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR814082 6 0.3706 0.4982 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1466260 1 0.3867 0.0604 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.7806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0713 0.9119 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.7806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 4 0.2454 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1457661 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1420368 4 0.1049 0.8775 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1071429 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1378971 2 0.0291 0.9166 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1120847 2 0.1327 0.8954 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.1204 0.9015 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1443070 4 0.2092 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1435923 6 0.1908 0.8405 0.096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.900
#> SRR1102852 2 0.0520 0.9146 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1486439 1 0.0146 0.9002 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 4 0.1780 0.8657 0.000 0.048 0.000 0.924 0.028 0.000
#> SRR1314788 3 0.3797 0.1949 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1356421 2 0.2260 0.8573 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1101348 1 0.1663 0.8292 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9022 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.3487 0.8024 0.000 0.044 0.000 0.788 0.168 0.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.3394 0.8115 0.000 0.804 0.000 0.052 0.144 0.000
#> SRR1343053 4 0.1176 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR1408494 4 0.2706 0.8402 0.000 0.000 0.000 0.832 0.160 0.008
#> SRR1095213 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1314014 1 0.1910 0.7688 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 4 0.5659 0.3088 0.000 0.348 0.000 0.488 0.164 0.000
#> SRR1071379 3 0.3996 0.0349 0.000 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004
#> SRR1092612 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308288 4 0.1814 0.8650 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1389018 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1399501 2 0.0146 0.9163 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1358260 4 0.0790 0.8765 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1096946 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404421 6 0.1908 0.7386 0.004 0.000 0.096 0.000 0.000 0.900
#> SRR1319322 4 0.3860 0.7778 0.000 0.072 0.000 0.764 0.164 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.7806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185137 2 0.4325 0.5946 0.000 0.692 0.000 0.244 0.064 0.000
#> SRR1437012 3 0.0146 0.7779 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343919 1 0.1610 0.8021 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 4 0.4520 0.7062 0.000 0.128 0.000 0.704 0.168 0.000
#> SRR1352256 4 0.4141 0.7517 0.000 0.092 0.000 0.740 0.168 0.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.7806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 6 0.1814 0.8415 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1079455 1 0.1957 0.7658 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.2301 0.8715 0.000 0.884 0.000 0.020 0.096 0.000
#> SRR1357367 4 0.1644 0.8699 0.000 0.004 0.000 0.920 0.076 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.908 0.911 0.965 0.4303 0.574 0.574
#> 3 3 0.465 0.646 0.785 0.3482 0.811 0.684
#> 4 4 0.347 0.436 0.680 0.1150 0.834 0.654
#> 5 5 0.435 0.762 0.784 0.1133 0.782 0.467
#> 6 6 0.579 0.731 0.800 0.0598 0.983 0.929
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.6887 0.7644 0.184 0.816
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0672 0.9617 0.008 0.992
#> SRR1081357 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR815588 1 0.9909 0.2038 0.556 0.444
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1069734 1 0.0672 0.9450 0.992 0.008
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.9988 0.0656 0.480 0.520
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.0938 0.9417 0.988 0.012
#> SRR1080811 2 0.3431 0.9092 0.064 0.936
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1454568 1 0.9983 0.0912 0.524 0.476
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0376 0.9650 0.004 0.996
#> SRR818850 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.9087 0.5163 0.324 0.676
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.3879 0.8970 0.076 0.924
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR809667 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.9963 0.1753 0.536 0.464
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.9970 0.1111 0.468 0.532
#> SRR1097549 2 0.9833 0.2580 0.424 0.576
#> SRR1082307 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.1184 0.9548 0.016 0.984
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.3114 0.9044 0.944 0.056
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.2423 0.9332 0.040 0.960
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.6343 0.7977 0.160 0.840
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.5737 0.8282 0.136 0.864
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.7219 0.7415 0.200 0.800
#> SRR1093885 2 0.6973 0.7568 0.188 0.812
#> SRR1072845 2 0.9954 0.1403 0.460 0.540
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.8499 0.6053 0.276 0.724
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1442509 1 0.9580 0.3889 0.620 0.380
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.9248 0.5060 0.660 0.340
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.4431 0.8660 0.908 0.092
#> SRR1455236 1 0.9427 0.4388 0.640 0.360
#> SRR1465289 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.1414 0.9515 0.020 0.980
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.9963 0.1251 0.464 0.536
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.2236 0.9368 0.036 0.964
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.7376 0.7262 0.792 0.208
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9512 1.000 0.000
#> SRR1079455 2 0.5737 0.8286 0.136 0.864
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9683 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.8896 0.4179 0.292 0.552 0.156
#> SRR1480675 1 0.6180 0.0894 0.584 0.000 0.416
#> SRR1390331 2 0.1163 0.7818 0.028 0.972 0.000
#> SRR1084347 2 0.3879 0.7866 0.152 0.848 0.000
#> SRR1352597 2 0.0747 0.7864 0.016 0.984 0.000
#> SRR1089643 2 0.6244 0.5664 0.440 0.560 0.000
#> SRR1081357 2 0.6267 0.5573 0.452 0.548 0.000
#> SRR1321112 1 0.6079 0.1432 0.612 0.000 0.388
#> SRR810899 3 0.0000 0.8893 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 3 0.4047 0.8602 0.148 0.004 0.848
#> SRR1474159 2 0.1529 0.7961 0.040 0.960 0.000
#> SRR1387308 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR808065 2 0.4974 0.7611 0.236 0.764 0.000
#> SRR1073531 2 0.5733 0.7044 0.324 0.676 0.000
#> SRR1081688 2 0.6180 0.6057 0.416 0.584 0.000
#> SRR1471029 2 0.6168 0.6122 0.412 0.588 0.000
#> SRR811447 1 0.6553 0.1232 0.580 0.008 0.412
#> SRR817512 1 0.6373 -0.1762 0.588 0.408 0.004
#> SRR815588 1 0.8061 0.5562 0.652 0.192 0.156
#> SRR1380847 2 0.0237 0.7893 0.004 0.996 0.000
#> SRR1327327 2 0.0747 0.7829 0.016 0.984 0.000
#> SRR1322355 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1333370 2 0.2165 0.7971 0.064 0.936 0.000
#> SRR1432476 2 0.6062 0.6432 0.384 0.616 0.000
#> SRR1345200 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1398293 2 0.1860 0.7929 0.052 0.948 0.000
#> SRR1346957 1 0.6215 0.0268 0.572 0.000 0.428
#> SRR1364953 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1347998 2 0.1031 0.7794 0.024 0.976 0.000
#> SRR1069734 1 0.6950 0.1332 0.572 0.020 0.408
#> SRR1080859 1 0.6180 0.0661 0.584 0.000 0.416
#> SRR2165379 1 0.5591 0.2974 0.696 0.000 0.304
#> SRR1348202 2 0.6286 0.5256 0.464 0.536 0.000
#> SRR1465938 2 0.4346 0.7775 0.184 0.816 0.000
#> SRR1381327 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1375658 2 0.0747 0.7901 0.016 0.984 0.000
#> SRR1379220 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1457148 2 0.4235 0.7818 0.176 0.824 0.000
#> SRR1441614 1 0.6140 0.1030 0.596 0.000 0.404
#> SRR1335536 2 0.0424 0.7909 0.008 0.992 0.000
#> SRR1083554 2 0.6204 0.5963 0.424 0.576 0.000
#> SRR1486907 3 0.0892 0.8922 0.020 0.000 0.980
#> SRR1094287 2 0.3816 0.7876 0.148 0.852 0.000
#> SRR1464577 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1429579 2 0.1031 0.7814 0.024 0.976 0.000
#> SRR1380569 2 0.1163 0.7950 0.028 0.972 0.000
#> SRR1337977 2 0.0592 0.7919 0.012 0.988 0.000
#> SRR1398775 2 0.6140 0.6172 0.404 0.596 0.000
#> SRR1090604 1 0.9491 0.4840 0.488 0.220 0.292
#> SRR1419361 2 0.0747 0.7924 0.016 0.984 0.000
#> SRR1090650 3 0.2066 0.9034 0.060 0.000 0.940
#> SRR1068905 2 0.3752 0.7893 0.144 0.856 0.000
#> SRR1337052 3 0.2959 0.8907 0.100 0.000 0.900
#> SRR1489075 2 0.6126 0.6166 0.400 0.600 0.000
#> SRR1458955 3 0.3045 0.8877 0.064 0.020 0.916
#> SRR1080811 1 0.6520 -0.4212 0.508 0.488 0.004
#> SRR1407734 2 0.3752 0.7894 0.144 0.856 0.000
#> SRR1454568 1 0.8657 0.5321 0.592 0.164 0.244
#> SRR1078612 2 0.6204 0.5929 0.424 0.576 0.000
#> SRR1345347 3 0.2066 0.9034 0.060 0.000 0.940
#> SRR1381613 3 0.0000 0.8893 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.5291 0.7380 0.268 0.732 0.000
#> SRR818850 1 0.6451 0.1876 0.608 0.008 0.384
#> SRR814943 2 0.1031 0.7937 0.024 0.976 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.8893 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 3 0.6386 0.4002 0.412 0.004 0.584
#> SRR1420791 1 0.6267 -0.0636 0.548 0.000 0.452
#> SRR1394855 3 0.0892 0.8922 0.020 0.000 0.980
#> SRR1459232 2 0.5591 0.7069 0.304 0.696 0.000
#> SRR1103118 1 0.5431 0.3417 0.716 0.000 0.284
#> SRR1441505 2 0.5968 0.6667 0.364 0.636 0.000
#> SRR1470379 2 0.5529 0.7111 0.296 0.704 0.000
#> SRR1334762 2 0.5926 0.6730 0.356 0.644 0.000
#> SRR1338766 1 0.8549 0.0748 0.516 0.384 0.100
#> SRR1458619 3 0.4002 0.8450 0.160 0.000 0.840
#> SRR1070479 2 0.3879 0.7878 0.152 0.848 0.000
#> SRR1077753 2 0.0747 0.7918 0.016 0.984 0.000
#> SRR1087055 1 0.6244 -0.0151 0.560 0.000 0.440
#> SRR1352069 3 0.2066 0.9034 0.060 0.000 0.940
#> SRR1405182 1 0.4521 0.5012 0.816 0.180 0.004
#> SRR1476784 2 0.5650 0.7124 0.312 0.688 0.000
#> SRR1075607 2 0.6215 0.5868 0.428 0.572 0.000
#> SRR1458066 2 0.4062 0.7853 0.164 0.836 0.000
#> SRR1078299 2 0.5785 0.6983 0.332 0.668 0.000
#> SRR1387685 3 0.2537 0.9012 0.080 0.000 0.920
#> SRR809667 3 0.5858 0.7148 0.240 0.020 0.740
#> SRR1322334 2 0.1289 0.7774 0.032 0.968 0.000
#> SRR1419518 1 0.2773 0.5566 0.928 0.048 0.024
#> SRR2164975 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1081663 2 0.3752 0.7884 0.144 0.856 0.000
#> SRR1478593 2 0.1289 0.7774 0.032 0.968 0.000
#> SRR1432145 2 0.0237 0.7869 0.004 0.996 0.000
#> SRR1409153 1 0.9636 0.4819 0.468 0.248 0.284
#> SRR1097549 1 0.9701 0.4808 0.456 0.260 0.284
#> SRR1082307 2 0.3941 0.7860 0.156 0.844 0.000
#> SRR1419166 1 0.6012 0.4453 0.748 0.220 0.032
#> SRR1488812 2 0.1031 0.7898 0.024 0.976 0.000
#> SRR1381229 2 0.4931 0.7573 0.232 0.768 0.000
#> SRR1312288 2 0.2537 0.7964 0.080 0.920 0.000
#> SRR1455946 3 0.5948 0.5340 0.360 0.000 0.640
#> SRR1355304 3 0.0237 0.8905 0.004 0.000 0.996
#> SRR1447437 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1444264 2 0.6244 0.5705 0.440 0.560 0.000
#> SRR1332733 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1460279 1 0.4397 0.5215 0.856 0.028 0.116
#> SRR1321204 3 0.0000 0.8893 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.3686 0.7894 0.140 0.860 0.000
#> SRR1409022 3 0.2959 0.8907 0.100 0.000 0.900
#> SRR1311329 2 0.1031 0.7794 0.024 0.976 0.000
#> SRR1101304 2 0.6140 0.6130 0.404 0.596 0.000
#> SRR1096900 2 0.1411 0.7918 0.036 0.964 0.000
#> SRR1431535 2 0.1753 0.7910 0.048 0.952 0.000
#> SRR1432980 1 0.6168 -0.1750 0.588 0.412 0.000
#> SRR1081449 3 0.2066 0.9034 0.060 0.000 0.940
#> SRR1100440 2 0.4121 0.7836 0.168 0.832 0.000
#> SRR1093290 2 0.5760 0.7017 0.328 0.672 0.000
#> SRR1380699 1 0.4514 0.5323 0.832 0.156 0.012
#> SRR1399009 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1101931 1 0.4504 0.4470 0.804 0.000 0.196
#> SRR2166114 2 0.6140 0.6130 0.404 0.596 0.000
#> SRR812912 3 0.0892 0.8922 0.020 0.000 0.980
#> SRR810531 2 0.5098 0.7451 0.248 0.752 0.000
#> SRR1500052 1 0.5619 0.3955 0.744 0.244 0.012
#> SRR1319608 3 0.0000 0.8893 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0592 0.7917 0.012 0.988 0.000
#> SRR1076490 2 0.1031 0.7941 0.024 0.976 0.000
#> SRR1370528 2 0.5431 0.7309 0.284 0.716 0.000
#> SRR1068788 2 0.3267 0.7956 0.116 0.884 0.000
#> SRR1457637 2 0.1289 0.7774 0.032 0.968 0.000
#> SRR821518 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1378660 2 0.3686 0.7914 0.140 0.860 0.000
#> SRR1430468 2 0.6465 0.7312 0.232 0.724 0.044
#> SRR1443847 3 0.2066 0.9034 0.060 0.000 0.940
#> SRR1098026 2 0.6192 0.5924 0.420 0.580 0.000
#> SRR1464394 3 0.2448 0.9017 0.076 0.000 0.924
#> SRR1400419 1 0.6126 0.1330 0.600 0.000 0.400
#> SRR820839 3 0.6737 0.4360 0.384 0.016 0.600
#> SRR1456733 2 0.1289 0.7774 0.032 0.968 0.000
#> SRR1360218 2 0.6126 0.6247 0.400 0.600 0.000
#> SRR1080022 1 0.7841 0.1257 0.576 0.360 0.064
#> SRR1093885 1 0.7770 0.3373 0.628 0.292 0.080
#> SRR1072845 1 0.8941 0.4832 0.548 0.160 0.292
#> SRR1399271 2 0.5810 0.6935 0.336 0.664 0.000
#> SRR1361264 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR814082 3 0.4209 0.8636 0.128 0.016 0.856
#> SRR1466260 1 0.6308 -0.1746 0.508 0.000 0.492
#> SRR1079612 2 0.5988 0.6488 0.368 0.632 0.000
#> SRR1315821 3 0.3267 0.8809 0.116 0.000 0.884
#> SRR1417248 2 0.6215 0.5823 0.428 0.572 0.000
#> SRR807517 3 0.2959 0.8907 0.100 0.000 0.900
#> SRR1120961 2 0.0892 0.7810 0.020 0.980 0.000
#> SRR1457661 2 0.1411 0.7966 0.036 0.964 0.000
#> SRR1420368 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1071429 2 0.1289 0.7774 0.032 0.968 0.000
#> SRR1378971 2 0.5621 0.7118 0.308 0.692 0.000
#> SRR1120847 2 0.3619 0.7916 0.136 0.864 0.000
#> SRR1081401 1 0.7102 0.5742 0.724 0.144 0.132
#> SRR1477820 1 0.6302 -0.1503 0.520 0.000 0.480
#> SRR1442509 1 0.8260 0.5513 0.636 0.192 0.172
#> SRR1443070 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1435923 3 0.0892 0.8922 0.020 0.000 0.980
#> SRR1102852 2 0.6267 0.5571 0.452 0.548 0.000
#> SRR1486439 1 0.2926 0.5531 0.924 0.040 0.036
#> SRR1342995 2 0.6045 0.6486 0.380 0.620 0.000
#> SRR1314788 3 0.4887 0.7634 0.228 0.000 0.772
#> SRR1090722 2 0.4346 0.7812 0.184 0.816 0.000
#> SRR1356421 2 0.5621 0.7123 0.308 0.692 0.000
#> SRR1101348 1 0.3237 0.5483 0.912 0.032 0.056
#> SRR1455236 1 0.6570 0.3323 0.668 0.024 0.308
#> SRR1465289 2 0.6252 0.5668 0.444 0.556 0.000
#> SRR813431 1 0.5327 0.3569 0.728 0.000 0.272
#> SRR1347100 2 0.1753 0.7969 0.048 0.952 0.000
#> SRR1373921 1 0.5497 0.2766 0.708 0.292 0.000
#> SRR1341142 2 0.1964 0.7964 0.056 0.944 0.000
#> SRR1343053 2 0.5706 0.7077 0.320 0.680 0.000
#> SRR1408494 2 0.1411 0.7957 0.036 0.964 0.000
#> SRR1095213 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1314014 1 0.8702 0.4665 0.568 0.140 0.292
#> SRR1317238 2 0.2448 0.7963 0.076 0.924 0.000
#> SRR1071379 3 0.0237 0.8905 0.004 0.000 0.996
#> SRR1092612 2 0.6244 0.5664 0.440 0.560 0.000
#> SRR1380139 2 0.6204 0.5914 0.424 0.576 0.000
#> SRR1308288 2 0.1163 0.7773 0.028 0.972 0.000
#> SRR1389018 2 0.1289 0.7774 0.032 0.968 0.000
#> SRR1399501 2 0.6235 0.5778 0.436 0.564 0.000
#> SRR1358260 2 0.1289 0.7774 0.032 0.968 0.000
#> SRR1096946 2 0.6180 0.6008 0.416 0.584 0.000
#> SRR1404421 3 0.0892 0.8922 0.020 0.000 0.980
#> SRR1319322 2 0.4062 0.7834 0.164 0.836 0.000
#> SRR1309425 3 0.2959 0.8907 0.100 0.000 0.900
#> SRR1087535 2 0.6274 0.5506 0.456 0.544 0.000
#> SRR2185137 2 0.6881 0.6101 0.388 0.592 0.020
#> SRR1437012 3 0.2165 0.9033 0.064 0.000 0.936
#> SRR1343919 1 0.3583 0.5528 0.900 0.056 0.044
#> SRR1081614 2 0.3482 0.7943 0.128 0.872 0.000
#> SRR1352256 2 0.1031 0.7942 0.024 0.976 0.000
#> SRR1499156 1 0.5591 0.2654 0.696 0.304 0.000
#> SRR1088241 1 0.5859 0.0957 0.656 0.344 0.000
#> SRR1328125 3 0.2066 0.9034 0.060 0.000 0.940
#> SRR1339130 3 0.0892 0.8922 0.020 0.000 0.980
#> SRR1079455 1 0.4094 0.5710 0.872 0.100 0.028
#> SRR1328821 2 0.4504 0.7723 0.196 0.804 0.000
#> SRR1357367 2 0.0424 0.7892 0.008 0.992 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.8100 0.107704 0.388 0.148 0.032 0.432
#> SRR1480675 1 0.3585 0.420093 0.828 0.004 0.164 0.004
#> SRR1390331 4 0.4994 -0.692628 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1084347 4 0.1890 0.531779 0.008 0.056 0.000 0.936
#> SRR1352597 2 0.4989 0.735233 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1089643 4 0.5473 0.465186 0.324 0.032 0.000 0.644
#> SRR1081357 4 0.6548 0.507149 0.188 0.176 0.000 0.636
#> SRR1321112 1 0.3710 0.415552 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR810899 3 0.0469 0.805565 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1105489 1 0.7901 0.152684 0.476 0.120 0.368 0.036
#> SRR1474159 4 0.2345 0.425411 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1387308 4 0.4989 -0.795596 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR808065 4 0.4720 0.418132 0.016 0.264 0.000 0.720
#> SRR1073531 4 0.4364 0.553725 0.016 0.220 0.000 0.764
#> SRR1081688 4 0.5144 0.553466 0.052 0.216 0.000 0.732
#> SRR1471029 4 0.5977 0.536434 0.104 0.216 0.000 0.680
#> SRR811447 1 0.4711 0.408760 0.740 0.000 0.236 0.024
#> SRR817512 4 0.7371 -0.031333 0.416 0.160 0.000 0.424
#> SRR815588 1 0.8481 0.388210 0.452 0.244 0.036 0.268
#> SRR1380847 4 0.2469 0.409754 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1327327 2 0.4977 0.900670 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1322355 4 0.4996 -0.809964 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1333370 4 0.4343 0.476778 0.004 0.264 0.000 0.732
#> SRR1432476 4 0.4801 0.559087 0.048 0.188 0.000 0.764
#> SRR1345200 4 0.4941 -0.711578 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1398293 4 0.4406 -0.119946 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1346957 1 0.3907 0.362111 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1364953 4 0.5000 -0.836377 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1347998 4 0.4790 -0.547940 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1069734 1 0.6364 0.576697 0.700 0.024 0.116 0.160
#> SRR1080859 1 0.3764 0.386036 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR2165379 1 0.4985 0.476760 0.768 0.000 0.152 0.080
#> SRR1348202 4 0.6212 0.303995 0.380 0.060 0.000 0.560
#> SRR1465938 4 0.2944 0.544066 0.128 0.004 0.000 0.868
#> SRR1381327 2 0.4916 0.913739 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1375658 4 0.2760 0.419253 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1379220 2 0.4967 0.912190 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1457148 4 0.1356 0.532639 0.008 0.032 0.000 0.960
#> SRR1441614 1 0.3569 0.407898 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1335536 4 0.3074 0.314540 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1083554 4 0.6475 0.512767 0.172 0.184 0.000 0.644
#> SRR1486907 3 0.6810 0.493148 0.248 0.156 0.596 0.000
#> SRR1094287 4 0.1743 0.529941 0.004 0.056 0.000 0.940
#> SRR1464577 4 0.4941 -0.704664 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1429579 2 0.4998 0.826609 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1380569 4 0.2704 0.423355 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1337977 4 0.3219 0.269970 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1398775 4 0.5811 0.536606 0.116 0.180 0.000 0.704
#> SRR1090604 1 0.8141 0.499315 0.552 0.140 0.068 0.240
#> SRR1419361 4 0.2281 0.429448 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1090650 3 0.1716 0.818851 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1068905 4 0.1022 0.516113 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1337052 3 0.3219 0.800564 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1489075 4 0.5083 0.500400 0.248 0.036 0.000 0.716
#> SRR1458955 1 0.7832 0.341704 0.436 0.020 0.400 0.144
#> SRR1080811 4 0.7602 0.016211 0.380 0.200 0.000 0.420
#> SRR1407734 4 0.1743 0.495501 0.004 0.056 0.000 0.940
#> SRR1454568 1 0.8059 0.509274 0.540 0.080 0.096 0.284
#> SRR1078612 4 0.6440 0.518403 0.148 0.208 0.000 0.644
#> SRR1345347 3 0.1637 0.818750 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1381613 3 0.1118 0.803456 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1446911 4 0.4072 0.550831 0.052 0.120 0.000 0.828
#> SRR818850 1 0.3575 0.444554 0.844 0.008 0.140 0.008
#> SRR814943 4 0.3801 0.338369 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1347481 3 0.1118 0.803456 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1384668 1 0.7633 0.232142 0.528 0.112 0.328 0.032
#> SRR1420791 1 0.4360 0.351339 0.744 0.000 0.248 0.008
#> SRR1394855 3 0.7225 0.261551 0.328 0.160 0.512 0.000
#> SRR1459232 4 0.3323 0.573082 0.060 0.064 0.000 0.876
#> SRR1103118 1 0.3691 0.527392 0.856 0.000 0.068 0.076
#> SRR1441505 4 0.5033 0.562723 0.072 0.168 0.000 0.760
#> SRR1470379 4 0.3266 0.560267 0.108 0.024 0.000 0.868
#> SRR1334762 4 0.4673 0.568507 0.076 0.132 0.000 0.792
#> SRR1338766 1 0.6935 0.193144 0.516 0.100 0.004 0.380
#> SRR1458619 1 0.4741 0.129550 0.668 0.004 0.328 0.000
#> SRR1070479 4 0.1109 0.521241 0.004 0.028 0.000 0.968
#> SRR1077753 4 0.3801 0.396317 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1087055 1 0.3907 0.363053 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1352069 3 0.1389 0.819558 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1405182 1 0.5669 0.389278 0.620 0.028 0.004 0.348
#> SRR1476784 4 0.4591 0.571652 0.084 0.116 0.000 0.800
#> SRR1075607 4 0.7247 0.415397 0.216 0.240 0.000 0.544
#> SRR1458066 4 0.2675 0.533406 0.008 0.100 0.000 0.892
#> SRR1078299 4 0.4599 0.555486 0.028 0.212 0.000 0.760
#> SRR1387685 3 0.4880 0.775874 0.188 0.052 0.760 0.000
#> SRR809667 1 0.8368 0.165173 0.440 0.172 0.348 0.040
#> SRR1322334 2 0.4907 0.913149 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1419518 1 0.3863 0.592820 0.812 0.008 0.004 0.176
#> SRR2164975 2 0.4972 0.909162 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1081663 4 0.0817 0.534197 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1478593 2 0.4888 0.900235 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1432145 4 0.3764 0.113642 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1409153 1 0.8050 0.442922 0.536 0.108 0.068 0.288
#> SRR1097549 1 0.8288 0.428616 0.516 0.132 0.068 0.284
#> SRR1082307 4 0.2813 0.521808 0.024 0.080 0.000 0.896
#> SRR1419166 1 0.6726 0.267656 0.536 0.100 0.000 0.364
#> SRR1488812 4 0.4193 -0.054966 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1381229 4 0.3182 0.563444 0.096 0.028 0.000 0.876
#> SRR1312288 4 0.1474 0.493552 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1455946 1 0.4564 0.206223 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1355304 3 0.0707 0.813913 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1447437 4 0.5000 -0.841018 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1444264 4 0.5883 0.481303 0.288 0.064 0.000 0.648
#> SRR1332733 2 0.4925 0.915708 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1460279 1 0.5628 0.600444 0.704 0.000 0.080 0.216
#> SRR1321204 3 0.1118 0.803456 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1351033 4 0.0895 0.530061 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR1409022 3 0.3074 0.804994 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1311329 4 0.4916 -0.675427 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1101304 4 0.5722 0.532578 0.148 0.136 0.000 0.716
#> SRR1096900 4 0.4985 -0.102817 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1431535 2 0.4992 0.405373 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1432980 1 0.5660 0.275280 0.576 0.028 0.000 0.396
#> SRR1081449 3 0.1389 0.819558 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1100440 4 0.0188 0.533627 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1093290 4 0.4974 0.552842 0.040 0.224 0.000 0.736
#> SRR1380699 1 0.4804 0.528011 0.708 0.016 0.000 0.276
#> SRR1399009 2 0.4972 0.909162 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1101931 1 0.2813 0.537827 0.896 0.000 0.024 0.080
#> SRR2166114 4 0.4667 0.562530 0.096 0.108 0.000 0.796
#> SRR812912 3 0.3577 0.769422 0.012 0.156 0.832 0.000
#> SRR810531 4 0.4122 0.553601 0.004 0.236 0.000 0.760
#> SRR1500052 4 0.5577 -0.081252 0.492 0.012 0.004 0.492
#> SRR1319608 3 0.1118 0.803456 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1464960 4 0.2469 0.400617 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1076490 4 0.2216 0.434452 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1370528 4 0.4903 0.516676 0.028 0.248 0.000 0.724
#> SRR1068788 4 0.4699 -0.393196 0.004 0.320 0.000 0.676
#> SRR1457637 2 0.4898 0.910009 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR821518 2 0.4925 0.915708 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1378660 4 0.1610 0.539213 0.016 0.032 0.000 0.952
#> SRR1430468 4 0.5649 0.534165 0.116 0.148 0.004 0.732
#> SRR1443847 3 0.1389 0.819558 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1098026 4 0.5282 0.490287 0.276 0.036 0.000 0.688
#> SRR1464394 3 0.7297 0.176142 0.392 0.152 0.456 0.000
#> SRR1400419 1 0.3710 0.411108 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR820839 1 0.8441 0.423366 0.536 0.116 0.236 0.112
#> SRR1456733 2 0.4933 0.917824 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1360218 4 0.5923 0.537493 0.100 0.216 0.000 0.684
#> SRR1080022 1 0.7771 -0.018087 0.400 0.200 0.004 0.396
#> SRR1093885 1 0.7125 0.139633 0.476 0.132 0.000 0.392
#> SRR1072845 1 0.6776 0.591401 0.668 0.044 0.084 0.204
#> SRR1399271 4 0.5288 0.553449 0.068 0.200 0.000 0.732
#> SRR1361264 2 0.4955 0.916243 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR814082 1 0.7955 0.389564 0.568 0.128 0.240 0.064
#> SRR1466260 1 0.4843 -0.042586 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1079612 4 0.4590 0.561815 0.148 0.060 0.000 0.792
#> SRR1315821 3 0.3311 0.795556 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1417248 4 0.5648 0.502024 0.252 0.064 0.000 0.684
#> SRR807517 3 0.3219 0.800564 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1120961 4 0.3942 -0.000923 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1457661 4 0.4477 -0.340773 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1420368 2 0.4985 0.896626 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1071429 2 0.4898 0.908803 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1378971 4 0.2928 0.560631 0.012 0.108 0.000 0.880
#> SRR1120847 4 0.0592 0.524095 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1081401 1 0.6779 0.357292 0.560 0.116 0.000 0.324
#> SRR1477820 1 0.4500 0.227237 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1442509 1 0.9316 0.469070 0.420 0.244 0.116 0.220
#> SRR1443070 4 0.4543 -0.391358 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1435923 3 0.6810 0.493148 0.248 0.156 0.596 0.000
#> SRR1102852 4 0.5160 0.555567 0.072 0.180 0.000 0.748
#> SRR1486439 1 0.4508 0.583926 0.744 0.004 0.008 0.244
#> SRR1342995 4 0.5035 0.553751 0.052 0.204 0.000 0.744
#> SRR1314788 3 0.4008 0.729461 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1090722 4 0.4837 0.279275 0.004 0.348 0.000 0.648
#> SRR1356421 4 0.3828 0.567276 0.068 0.084 0.000 0.848
#> SRR1101348 1 0.4267 0.606771 0.772 0.004 0.008 0.216
#> SRR1455236 1 0.6039 0.588612 0.716 0.016 0.104 0.164
#> SRR1465289 4 0.6115 0.529507 0.148 0.172 0.000 0.680
#> SRR813431 1 0.4100 0.509387 0.832 0.000 0.092 0.076
#> SRR1347100 4 0.2647 0.388364 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1373921 4 0.7324 0.390405 0.228 0.240 0.000 0.532
#> SRR1341142 4 0.2345 0.440806 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1343053 4 0.5328 0.546356 0.064 0.212 0.000 0.724
#> SRR1408494 4 0.3123 0.291180 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1095213 2 0.4961 0.915147 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1314014 1 0.6681 0.592820 0.676 0.036 0.096 0.192
#> SRR1317238 4 0.1867 0.465007 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1071379 3 0.0707 0.813913 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1092612 4 0.6324 0.233547 0.400 0.064 0.000 0.536
#> SRR1380139 4 0.4867 0.509254 0.232 0.032 0.000 0.736
#> SRR1308288 4 0.4989 -0.797801 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1389018 2 0.4916 0.915389 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1399501 4 0.6686 0.492206 0.200 0.180 0.000 0.620
#> SRR1358260 2 0.4994 0.843631 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1096946 4 0.5807 0.462179 0.312 0.052 0.000 0.636
#> SRR1404421 3 0.6731 0.516627 0.236 0.156 0.608 0.000
#> SRR1319322 4 0.3176 0.484231 0.036 0.084 0.000 0.880
#> SRR1309425 3 0.3172 0.801397 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1087535 4 0.6808 0.473037 0.236 0.164 0.000 0.600
#> SRR2185137 4 0.6504 0.477089 0.216 0.148 0.000 0.636
#> SRR1437012 3 0.3978 0.788207 0.192 0.012 0.796 0.000
#> SRR1343919 1 0.5496 0.603143 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR1081614 4 0.2081 0.518506 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1352256 4 0.2408 0.408189 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1499156 4 0.6112 0.493150 0.248 0.096 0.000 0.656
#> SRR1088241 4 0.7627 -0.022862 0.388 0.204 0.000 0.408
#> SRR1328125 3 0.2868 0.809793 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1339130 3 0.7067 0.388742 0.288 0.160 0.552 0.000
#> SRR1079455 1 0.5295 0.541292 0.688 0.012 0.016 0.284
#> SRR1328821 4 0.2111 0.556675 0.024 0.044 0.000 0.932
#> SRR1357367 4 0.2973 0.344209 0.000 0.144 0.000 0.856
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.5457 0.7911 0.136 0.144 0.000 0.700 0.020
#> SRR1480675 1 0.1314 0.7512 0.960 0.000 0.012 0.016 0.012
#> SRR1390331 2 0.2848 0.7215 0.000 0.840 0.000 0.004 0.156
#> SRR1084347 4 0.3838 0.8193 0.004 0.280 0.000 0.716 0.000
#> SRR1352597 2 0.2929 0.6583 0.000 0.840 0.000 0.008 0.152
#> SRR1089643 4 0.3503 0.8571 0.016 0.140 0.000 0.828 0.016
#> SRR1081357 4 0.2964 0.8656 0.004 0.152 0.000 0.840 0.004
#> SRR1321112 1 0.3779 0.7852 0.816 0.004 0.056 0.124 0.000
#> SRR810899 3 0.2006 0.8755 0.000 0.000 0.916 0.012 0.072
#> SRR1105489 1 0.5785 0.7403 0.704 0.000 0.096 0.088 0.112
#> SRR1474159 2 0.0671 0.7825 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1387308 2 0.2136 0.7319 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR808065 2 0.4878 0.7063 0.004 0.732 0.000 0.132 0.132
#> SRR1073531 2 0.4293 0.7181 0.004 0.772 0.000 0.160 0.064
#> SRR1081688 4 0.4617 0.8336 0.000 0.224 0.000 0.716 0.060
#> SRR1471029 4 0.5274 0.6090 0.000 0.336 0.000 0.600 0.064
#> SRR811447 1 0.4266 0.7799 0.800 0.020 0.108 0.072 0.000
#> SRR817512 4 0.3453 0.8548 0.012 0.136 0.000 0.832 0.020
#> SRR815588 4 0.5680 0.6248 0.104 0.036 0.036 0.736 0.088
#> SRR1380847 2 0.0404 0.7788 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1327327 5 0.4067 0.9629 0.000 0.300 0.000 0.008 0.692
#> SRR1322355 2 0.1851 0.7308 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1333370 2 0.2124 0.7797 0.000 0.916 0.000 0.028 0.056
#> SRR1432476 4 0.5492 0.4560 0.004 0.404 0.000 0.536 0.056
#> SRR1345200 2 0.2127 0.7473 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1398293 2 0.3107 0.7690 0.000 0.864 0.008 0.032 0.096
#> SRR1346957 1 0.3239 0.7734 0.852 0.000 0.080 0.068 0.000
#> SRR1364953 2 0.2377 0.6896 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1347998 2 0.1704 0.7515 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1069734 1 0.4410 0.7302 0.800 0.072 0.004 0.100 0.024
#> SRR1080859 1 0.3039 0.7271 0.836 0.000 0.152 0.012 0.000
#> SRR2165379 1 0.3284 0.7752 0.828 0.000 0.024 0.148 0.000
#> SRR1348202 4 0.3053 0.8636 0.008 0.164 0.000 0.828 0.000
#> SRR1465938 4 0.3551 0.8473 0.008 0.220 0.000 0.772 0.000
#> SRR1381327 5 0.3689 0.9485 0.000 0.256 0.000 0.004 0.740
#> SRR1375658 2 0.1740 0.7815 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR1379220 5 0.3838 0.9762 0.000 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR1457148 4 0.3837 0.8022 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1441614 1 0.3743 0.7819 0.824 0.004 0.076 0.096 0.000
#> SRR1335536 2 0.0451 0.7795 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1083554 4 0.2806 0.8650 0.000 0.152 0.000 0.844 0.004
#> SRR1486907 1 0.6095 0.6383 0.588 0.000 0.224 0.004 0.184
#> SRR1094287 4 0.3928 0.8069 0.004 0.296 0.000 0.700 0.000
#> SRR1464577 2 0.1608 0.7447 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1429579 2 0.4084 0.2931 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1380569 2 0.1197 0.7755 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1337977 2 0.1074 0.7805 0.004 0.968 0.000 0.016 0.012
#> SRR1398775 4 0.3177 0.8605 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1090604 4 0.7620 0.3530 0.380 0.124 0.008 0.412 0.076
#> SRR1419361 2 0.3730 0.3920 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1090650 3 0.1894 0.9090 0.072 0.000 0.920 0.008 0.000
#> SRR1068905 2 0.2179 0.7619 0.004 0.896 0.000 0.100 0.000
#> SRR1337052 3 0.2124 0.9064 0.096 0.000 0.900 0.004 0.000
#> SRR1489075 4 0.2971 0.8624 0.008 0.156 0.000 0.836 0.000
#> SRR1458955 1 0.5058 0.7644 0.764 0.028 0.100 0.096 0.012
#> SRR1080811 4 0.4512 0.8509 0.016 0.132 0.000 0.776 0.076
#> SRR1407734 2 0.2513 0.7593 0.008 0.876 0.000 0.116 0.000
#> SRR1454568 1 0.5527 0.6891 0.704 0.128 0.004 0.144 0.020
#> SRR1078612 4 0.3911 0.8547 0.000 0.144 0.000 0.796 0.060
#> SRR1345347 3 0.1894 0.9090 0.072 0.000 0.920 0.008 0.000
#> SRR1381613 3 0.2006 0.8755 0.000 0.000 0.916 0.012 0.072
#> SRR1446911 2 0.3398 0.7415 0.004 0.828 0.000 0.144 0.024
#> SRR818850 1 0.2499 0.7593 0.904 0.004 0.012 0.068 0.012
#> SRR814943 2 0.2270 0.7781 0.000 0.904 0.000 0.020 0.076
#> SRR1347481 3 0.2006 0.8755 0.000 0.000 0.916 0.012 0.072
#> SRR1384668 1 0.5736 0.7372 0.708 0.000 0.100 0.084 0.108
#> SRR1420791 1 0.3749 0.7641 0.816 0.000 0.104 0.080 0.000
#> SRR1394855 1 0.6158 0.6789 0.620 0.000 0.192 0.020 0.168
#> SRR1459232 4 0.3039 0.8664 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1103118 1 0.3648 0.7735 0.792 0.004 0.016 0.188 0.000
#> SRR1441505 4 0.4325 0.8497 0.000 0.180 0.000 0.756 0.064
#> SRR1470379 4 0.3421 0.8614 0.008 0.204 0.000 0.788 0.000
#> SRR1334762 4 0.4252 0.8547 0.000 0.172 0.000 0.764 0.064
#> SRR1338766 4 0.5192 0.8277 0.080 0.168 0.000 0.724 0.028
#> SRR1458619 1 0.1717 0.7475 0.936 0.000 0.052 0.004 0.008
#> SRR1070479 4 0.3969 0.8039 0.004 0.304 0.000 0.692 0.000
#> SRR1077753 2 0.1981 0.7789 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1087055 1 0.3224 0.7200 0.824 0.000 0.160 0.016 0.000
#> SRR1352069 3 0.1831 0.9091 0.076 0.000 0.920 0.004 0.000
#> SRR1405182 1 0.5967 0.6524 0.640 0.140 0.012 0.204 0.004
#> SRR1476784 4 0.4725 0.8501 0.004 0.188 0.000 0.732 0.076
#> SRR1075607 4 0.3798 0.8502 0.000 0.128 0.000 0.808 0.064
#> SRR1458066 4 0.4801 0.8016 0.000 0.284 0.000 0.668 0.048
#> SRR1078299 2 0.4910 0.6660 0.004 0.712 0.000 0.204 0.080
#> SRR1387685 3 0.5080 0.1996 0.448 0.000 0.524 0.012 0.016
#> SRR809667 1 0.6389 0.7481 0.668 0.008 0.096 0.112 0.116
#> SRR1322334 5 0.3906 0.9786 0.000 0.292 0.000 0.004 0.704
#> SRR1419518 1 0.4944 0.7155 0.700 0.092 0.000 0.208 0.000
#> SRR2164975 5 0.3928 0.9772 0.000 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR1081663 4 0.3949 0.8055 0.004 0.300 0.000 0.696 0.000
#> SRR1478593 5 0.3910 0.9627 0.000 0.272 0.000 0.008 0.720
#> SRR1432145 2 0.0451 0.7795 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1409153 4 0.7675 0.5753 0.276 0.160 0.008 0.480 0.076
#> SRR1097549 4 0.7525 0.5823 0.284 0.136 0.008 0.496 0.076
#> SRR1082307 4 0.3796 0.7997 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1419166 4 0.4207 0.8275 0.056 0.124 0.000 0.800 0.020
#> SRR1488812 2 0.2304 0.7793 0.004 0.908 0.000 0.020 0.068
#> SRR1381229 4 0.3246 0.8648 0.008 0.184 0.000 0.808 0.000
#> SRR1312288 2 0.4430 -0.3066 0.004 0.540 0.000 0.456 0.000
#> SRR1455946 1 0.3693 0.7304 0.808 0.000 0.156 0.032 0.004
#> SRR1355304 3 0.0798 0.8883 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1447437 2 0.2561 0.6728 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1444264 4 0.3039 0.8626 0.012 0.152 0.000 0.836 0.000
#> SRR1332733 5 0.3838 0.9784 0.000 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR1460279 1 0.5183 0.7355 0.692 0.080 0.004 0.220 0.004
#> SRR1321204 3 0.2006 0.8755 0.000 0.000 0.916 0.012 0.072
#> SRR1351033 4 0.4182 0.7464 0.004 0.352 0.000 0.644 0.000
#> SRR1409022 3 0.2179 0.9054 0.100 0.000 0.896 0.004 0.000
#> SRR1311329 2 0.1908 0.7479 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1101304 4 0.4114 0.8571 0.000 0.164 0.000 0.776 0.060
#> SRR1096900 2 0.3575 0.7079 0.004 0.800 0.000 0.016 0.180
#> SRR1431535 2 0.3365 0.7574 0.000 0.836 0.000 0.044 0.120
#> SRR1432980 4 0.4197 0.8317 0.076 0.148 0.000 0.776 0.000
#> SRR1081449 3 0.1831 0.9091 0.076 0.000 0.920 0.004 0.000
#> SRR1100440 4 0.3928 0.8104 0.004 0.296 0.000 0.700 0.000
#> SRR1093290 2 0.4393 0.7077 0.004 0.764 0.000 0.164 0.068
#> SRR1380699 1 0.5487 0.6632 0.664 0.132 0.004 0.200 0.000
#> SRR1399009 5 0.3928 0.9772 0.000 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR1101931 1 0.3422 0.7690 0.792 0.004 0.004 0.200 0.000
#> SRR2166114 4 0.3995 0.8564 0.000 0.152 0.000 0.788 0.060
#> SRR812912 3 0.4199 0.7823 0.040 0.000 0.772 0.008 0.180
#> SRR810531 2 0.4805 0.4279 0.000 0.648 0.000 0.312 0.040
#> SRR1500052 4 0.4885 0.8192 0.084 0.148 0.000 0.748 0.020
#> SRR1319608 3 0.2006 0.8755 0.000 0.000 0.916 0.012 0.072
#> SRR1464960 2 0.0703 0.7800 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1076490 2 0.4249 -0.2493 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1370528 2 0.3752 0.7418 0.004 0.812 0.000 0.140 0.044
#> SRR1068788 2 0.2775 0.7824 0.004 0.884 0.000 0.076 0.036
#> SRR1457637 5 0.3992 0.9755 0.004 0.280 0.000 0.004 0.712
#> SRR821518 5 0.3838 0.9784 0.000 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR1378660 2 0.3962 0.5830 0.004 0.744 0.000 0.240 0.012
#> SRR1430468 2 0.4909 0.6233 0.052 0.716 0.000 0.216 0.016
#> SRR1443847 3 0.1831 0.9091 0.076 0.000 0.920 0.004 0.000
#> SRR1098026 4 0.3355 0.8625 0.012 0.184 0.000 0.804 0.000
#> SRR1464394 1 0.6149 0.7105 0.668 0.000 0.144 0.076 0.112
#> SRR1400419 1 0.1960 0.7598 0.928 0.004 0.048 0.020 0.000
#> SRR820839 1 0.5301 0.7764 0.712 0.008 0.036 0.204 0.040
#> SRR1456733 5 0.3928 0.9758 0.000 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR1360218 4 0.5598 0.4775 0.000 0.376 0.000 0.544 0.080
#> SRR1080022 4 0.5261 0.8369 0.048 0.132 0.000 0.736 0.084
#> SRR1093885 4 0.3906 0.8467 0.032 0.128 0.000 0.816 0.024
#> SRR1072845 1 0.4764 0.7078 0.772 0.132 0.008 0.068 0.020
#> SRR1399271 2 0.4701 0.6426 0.000 0.704 0.000 0.236 0.060
#> SRR1361264 5 0.3906 0.9787 0.000 0.292 0.000 0.004 0.704
#> SRR814082 1 0.4106 0.7482 0.824 0.008 0.024 0.092 0.052
#> SRR1466260 1 0.3250 0.7145 0.820 0.000 0.168 0.008 0.004
#> SRR1079612 4 0.3391 0.8625 0.012 0.188 0.000 0.800 0.000
#> SRR1315821 3 0.2674 0.8905 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> SRR1417248 4 0.3194 0.8634 0.020 0.148 0.000 0.832 0.000
#> SRR807517 3 0.2179 0.9054 0.100 0.000 0.896 0.004 0.000
#> SRR1120961 2 0.0671 0.7739 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1457661 2 0.2204 0.7803 0.008 0.920 0.000 0.036 0.036
#> SRR1420368 2 0.4219 -0.2082 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1071429 5 0.3838 0.9784 0.000 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR1378971 4 0.4584 0.8376 0.000 0.228 0.000 0.716 0.056
#> SRR1120847 4 0.4182 0.7483 0.004 0.352 0.000 0.644 0.000
#> SRR1081401 1 0.6160 0.5436 0.576 0.128 0.000 0.284 0.012
#> SRR1477820 1 0.3615 0.7291 0.808 0.000 0.156 0.036 0.000
#> SRR1442509 4 0.6093 0.5889 0.104 0.036 0.048 0.708 0.104
#> SRR1443070 2 0.0865 0.7701 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1435923 1 0.6095 0.6383 0.588 0.000 0.224 0.004 0.184
#> SRR1102852 4 0.3317 0.8629 0.004 0.188 0.000 0.804 0.004
#> SRR1486439 1 0.4982 0.7201 0.692 0.088 0.000 0.220 0.000
#> SRR1342995 2 0.4237 0.7111 0.000 0.772 0.000 0.152 0.076
#> SRR1314788 3 0.2798 0.8894 0.140 0.000 0.852 0.008 0.000
#> SRR1090722 2 0.4567 0.7272 0.004 0.760 0.000 0.120 0.116
#> SRR1356421 4 0.3689 0.8344 0.004 0.256 0.000 0.740 0.000
#> SRR1101348 1 0.4946 0.7348 0.704 0.076 0.004 0.216 0.000
#> SRR1455236 1 0.4306 0.7544 0.808 0.080 0.008 0.088 0.016
#> SRR1465289 4 0.3365 0.8668 0.008 0.180 0.000 0.808 0.004
#> SRR813431 1 0.2771 0.7774 0.860 0.000 0.012 0.128 0.000
#> SRR1347100 2 0.1444 0.7869 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1373921 4 0.3862 0.8467 0.004 0.120 0.000 0.812 0.064
#> SRR1341142 2 0.4321 -0.0625 0.004 0.600 0.000 0.396 0.000
#> SRR1343053 2 0.4197 0.7160 0.000 0.776 0.000 0.148 0.076
#> SRR1408494 2 0.1026 0.7841 0.004 0.968 0.000 0.024 0.004
#> SRR1095213 5 0.3928 0.9772 0.000 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR1314014 1 0.4765 0.7244 0.776 0.112 0.008 0.084 0.020
#> SRR1317238 2 0.1430 0.7810 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR1071379 3 0.0798 0.8883 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1092612 4 0.3106 0.8584 0.020 0.140 0.000 0.840 0.000
#> SRR1380139 4 0.3003 0.8652 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1308288 2 0.1851 0.7308 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1389018 5 0.3838 0.9784 0.000 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR1399501 4 0.3086 0.8673 0.000 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR1358260 2 0.3010 0.6466 0.000 0.824 0.000 0.004 0.172
#> SRR1096946 4 0.3039 0.8613 0.012 0.152 0.000 0.836 0.000
#> SRR1404421 1 0.6095 0.6383 0.588 0.000 0.224 0.004 0.184
#> SRR1319322 2 0.3080 0.7525 0.004 0.852 0.000 0.124 0.020
#> SRR1309425 3 0.2179 0.9054 0.100 0.000 0.896 0.004 0.000
#> SRR1087535 4 0.2753 0.8600 0.008 0.136 0.000 0.856 0.000
#> SRR2185137 4 0.4550 0.8525 0.024 0.168 0.000 0.764 0.044
#> SRR1437012 3 0.3360 0.8637 0.168 0.000 0.816 0.012 0.004
#> SRR1343919 1 0.4297 0.7534 0.764 0.072 0.000 0.164 0.000
#> SRR1081614 2 0.2654 0.7685 0.000 0.884 0.000 0.084 0.032
#> SRR1352256 2 0.0609 0.7826 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1499156 4 0.4380 0.8508 0.016 0.128 0.004 0.792 0.060
#> SRR1088241 4 0.4103 0.8563 0.012 0.132 0.000 0.800 0.056
#> SRR1328125 3 0.2520 0.9039 0.096 0.000 0.888 0.012 0.004
#> SRR1339130 1 0.6158 0.6789 0.620 0.000 0.192 0.020 0.168
#> SRR1079455 1 0.5605 0.6993 0.676 0.108 0.004 0.200 0.012
#> SRR1328821 4 0.4558 0.8459 0.000 0.216 0.000 0.724 0.060
#> SRR1357367 2 0.0579 0.7785 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.5364 0.7720 0.140 0.696 0.000 0.112 0.032 0.020
#> SRR1480675 1 0.2544 0.6769 0.896 0.004 0.044 0.000 0.036 0.020
#> SRR1390331 4 0.2946 0.6914 0.000 0.012 0.000 0.812 0.000 0.176
#> SRR1084347 2 0.5269 0.6862 0.000 0.632 0.000 0.264 0.068 0.036
#> SRR1352597 4 0.3619 0.6292 0.000 0.024 0.000 0.744 0.000 0.232
#> SRR1089643 2 0.3050 0.8415 0.048 0.864 0.000 0.068 0.008 0.012
#> SRR1081357 2 0.2631 0.8435 0.044 0.880 0.000 0.068 0.008 0.000
#> SRR1321112 1 0.2951 0.7555 0.844 0.128 0.020 0.004 0.004 0.000
#> SRR810899 3 0.2680 0.8716 0.000 0.000 0.860 0.000 0.108 0.032
#> SRR1105489 1 0.5757 0.2057 0.508 0.016 0.064 0.000 0.392 0.020
#> SRR1474159 4 0.1401 0.7697 0.000 0.028 0.000 0.948 0.004 0.020
#> SRR1387308 4 0.3318 0.6925 0.000 0.032 0.000 0.796 0.000 0.172
#> SRR808065 4 0.4226 0.6943 0.000 0.152 0.000 0.736 0.000 0.112
#> SRR1073531 4 0.3012 0.7201 0.000 0.196 0.000 0.796 0.000 0.008
#> SRR1081688 2 0.2734 0.8302 0.000 0.840 0.000 0.148 0.004 0.008
#> SRR1471029 2 0.3450 0.7380 0.000 0.772 0.000 0.208 0.008 0.012
#> SRR811447 1 0.2860 0.7153 0.876 0.020 0.076 0.004 0.020 0.004
#> SRR817512 2 0.3423 0.8393 0.056 0.844 0.000 0.072 0.012 0.016
#> SRR815588 2 0.3492 0.7486 0.036 0.836 0.020 0.000 0.096 0.012
#> SRR1380847 4 0.1341 0.7684 0.000 0.024 0.000 0.948 0.000 0.028
#> SRR1327327 6 0.2730 0.9636 0.000 0.012 0.000 0.152 0.000 0.836
#> SRR1322355 4 0.3200 0.6871 0.000 0.016 0.000 0.788 0.000 0.196
#> SRR1333370 4 0.1807 0.7739 0.000 0.060 0.000 0.920 0.000 0.020
#> SRR1432476 2 0.4069 0.4176 0.000 0.612 0.000 0.376 0.008 0.004
#> SRR1345200 4 0.3387 0.7010 0.000 0.040 0.000 0.796 0.000 0.164
#> SRR1398293 4 0.3787 0.7282 0.000 0.100 0.000 0.780 0.000 0.120
#> SRR1346957 1 0.3482 0.7491 0.812 0.116 0.068 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364953 4 0.3403 0.6580 0.000 0.020 0.000 0.768 0.000 0.212
#> SRR1347998 4 0.3122 0.7068 0.000 0.020 0.000 0.804 0.000 0.176
#> SRR1069734 1 0.6237 0.3879 0.584 0.284 0.040 0.020 0.040 0.032
#> SRR1080859 1 0.3201 0.6456 0.780 0.012 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.3441 0.7506 0.812 0.136 0.044 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348202 2 0.3016 0.8440 0.048 0.852 0.000 0.092 0.008 0.000
#> SRR1465938 2 0.4357 0.8103 0.008 0.764 0.000 0.140 0.068 0.020
#> SRR1381327 6 0.2482 0.9589 0.000 0.004 0.000 0.148 0.000 0.848
#> SRR1375658 4 0.1167 0.7734 0.000 0.012 0.000 0.960 0.008 0.020
#> SRR1379220 6 0.3017 0.9500 0.000 0.020 0.000 0.164 0.000 0.816
#> SRR1457148 2 0.4804 0.7153 0.000 0.660 0.000 0.264 0.060 0.016
#> SRR1441614 1 0.2940 0.7558 0.848 0.112 0.036 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335536 4 0.0993 0.7668 0.000 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> SRR1083554 2 0.2600 0.8461 0.036 0.876 0.000 0.084 0.004 0.000
#> SRR1486907 5 0.3275 0.8616 0.144 0.000 0.036 0.000 0.816 0.004
#> SRR1094287 2 0.5307 0.6888 0.000 0.624 0.000 0.272 0.068 0.036
#> SRR1464577 4 0.3136 0.6941 0.000 0.016 0.000 0.796 0.000 0.188
#> SRR1429579 4 0.3961 0.1131 0.000 0.004 0.000 0.556 0.000 0.440
#> SRR1380569 4 0.3742 0.6847 0.000 0.080 0.000 0.816 0.068 0.036
#> SRR1337977 4 0.0806 0.7668 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR1398775 2 0.3985 0.8120 0.040 0.744 0.000 0.208 0.008 0.000
#> SRR1090604 2 0.6093 0.4876 0.312 0.564 0.004 0.044 0.048 0.028
#> SRR1419361 4 0.4994 0.1273 0.000 0.360 0.000 0.572 0.060 0.008
#> SRR1090650 3 0.0260 0.9205 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1068905 4 0.2201 0.7504 0.000 0.076 0.000 0.896 0.000 0.028
#> SRR1337052 3 0.0508 0.9197 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489075 2 0.2573 0.8432 0.044 0.884 0.000 0.064 0.008 0.000
#> SRR1458955 1 0.5725 0.4281 0.640 0.032 0.048 0.004 0.240 0.036
#> SRR1080811 2 0.2876 0.8367 0.012 0.880 0.000 0.056 0.020 0.032
#> SRR1407734 4 0.2255 0.7663 0.000 0.080 0.000 0.892 0.000 0.028
#> SRR1454568 1 0.4737 0.6599 0.756 0.132 0.004 0.060 0.024 0.024
#> SRR1078612 2 0.2375 0.8412 0.000 0.896 0.000 0.068 0.020 0.016
#> SRR1345347 3 0.0260 0.9205 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1381613 3 0.2858 0.8639 0.000 0.000 0.844 0.000 0.124 0.032
#> SRR1446911 4 0.3529 0.7139 0.000 0.208 0.000 0.764 0.000 0.028
#> SRR818850 1 0.1841 0.6903 0.932 0.004 0.004 0.004 0.036 0.020
#> SRR814943 4 0.1498 0.7741 0.000 0.028 0.000 0.940 0.000 0.032
#> SRR1347481 3 0.2858 0.8639 0.000 0.000 0.844 0.000 0.124 0.032
#> SRR1384668 1 0.5970 0.4548 0.576 0.044 0.064 0.000 0.296 0.020
#> SRR1420791 1 0.3708 0.7460 0.800 0.112 0.080 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394855 5 0.3206 0.8566 0.152 0.000 0.028 0.000 0.816 0.004
#> SRR1459232 2 0.3470 0.8264 0.020 0.792 0.000 0.176 0.012 0.000
#> SRR1103118 1 0.2615 0.7506 0.852 0.136 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.3018 0.8326 0.000 0.848 0.000 0.112 0.024 0.016
#> SRR1470379 2 0.3779 0.8382 0.040 0.792 0.000 0.152 0.008 0.008
#> SRR1334762 2 0.2780 0.8387 0.000 0.868 0.000 0.092 0.024 0.016
#> SRR1338766 2 0.4605 0.8164 0.076 0.764 0.000 0.112 0.020 0.028
#> SRR1458619 1 0.3427 0.6437 0.828 0.004 0.116 0.000 0.036 0.016
#> SRR1070479 2 0.4621 0.7315 0.000 0.676 0.000 0.256 0.056 0.012
#> SRR1077753 4 0.0806 0.7703 0.000 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR1087055 1 0.3136 0.6254 0.768 0.004 0.228 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0777 0.9204 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1405182 1 0.4052 0.7001 0.760 0.184 0.008 0.040 0.008 0.000
#> SRR1476784 2 0.2699 0.8245 0.000 0.864 0.000 0.108 0.008 0.020
#> SRR1075607 2 0.1932 0.8329 0.000 0.924 0.000 0.040 0.020 0.016
#> SRR1458066 2 0.3231 0.8084 0.000 0.800 0.000 0.180 0.012 0.008
#> SRR1078299 4 0.3541 0.6682 0.000 0.260 0.000 0.728 0.000 0.012
#> SRR1387685 3 0.5081 0.4572 0.180 0.000 0.676 0.000 0.124 0.020
#> SRR809667 1 0.6109 0.2097 0.508 0.064 0.052 0.000 0.364 0.012
#> SRR1322334 6 0.2869 0.9687 0.000 0.020 0.000 0.148 0.000 0.832
#> SRR1419518 1 0.3269 0.7378 0.808 0.168 0.000 0.012 0.008 0.004
#> SRR2164975 6 0.2613 0.9686 0.000 0.012 0.000 0.140 0.000 0.848
#> SRR1081663 2 0.4823 0.7332 0.000 0.668 0.000 0.256 0.048 0.028
#> SRR1478593 6 0.2669 0.9636 0.000 0.008 0.000 0.156 0.000 0.836
#> SRR1432145 4 0.1003 0.7687 0.000 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1409153 2 0.6176 0.6297 0.236 0.604 0.004 0.092 0.036 0.028
#> SRR1097549 2 0.5874 0.6325 0.248 0.624 0.004 0.056 0.040 0.028
#> SRR1082307 2 0.4870 0.7519 0.036 0.664 0.000 0.268 0.024 0.008
#> SRR1419166 2 0.3642 0.8162 0.092 0.824 0.000 0.060 0.016 0.008
#> SRR1488812 4 0.1003 0.7706 0.000 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1381229 2 0.3310 0.8441 0.028 0.824 0.000 0.132 0.016 0.000
#> SRR1312288 4 0.5584 -0.3369 0.000 0.440 0.000 0.464 0.068 0.028
#> SRR1455946 1 0.3958 0.7291 0.792 0.080 0.112 0.000 0.008 0.008
#> SRR1355304 3 0.1391 0.9030 0.000 0.000 0.944 0.000 0.040 0.016
#> SRR1447437 4 0.3564 0.5943 0.000 0.012 0.000 0.724 0.000 0.264
#> SRR1444264 2 0.2737 0.8420 0.056 0.876 0.000 0.060 0.004 0.004
#> SRR1332733 6 0.2744 0.9676 0.000 0.016 0.000 0.144 0.000 0.840
#> SRR1460279 1 0.3352 0.7341 0.796 0.180 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR1321204 3 0.2858 0.8639 0.000 0.000 0.844 0.000 0.124 0.032
#> SRR1351033 2 0.5522 0.6087 0.000 0.568 0.000 0.328 0.068 0.036
#> SRR1409022 3 0.0508 0.9197 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311329 4 0.3585 0.6906 0.000 0.048 0.000 0.780 0.000 0.172
#> SRR1101304 2 0.1942 0.8415 0.000 0.916 0.000 0.064 0.008 0.012
#> SRR1096900 4 0.3053 0.6970 0.000 0.020 0.000 0.812 0.000 0.168
#> SRR1431535 4 0.2680 0.7680 0.000 0.056 0.000 0.868 0.000 0.076
#> SRR1432980 2 0.4663 0.7048 0.184 0.720 0.000 0.076 0.012 0.008
#> SRR1081449 3 0.0777 0.9204 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1100440 2 0.4548 0.7483 0.000 0.676 0.000 0.260 0.056 0.008
#> SRR1093290 4 0.3376 0.6966 0.000 0.220 0.000 0.764 0.000 0.016
#> SRR1380699 1 0.3460 0.7186 0.796 0.164 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1399009 6 0.2653 0.9690 0.000 0.012 0.000 0.144 0.000 0.844
#> SRR1101931 1 0.2402 0.7477 0.856 0.140 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.1900 0.8424 0.000 0.916 0.000 0.068 0.008 0.008
#> SRR812912 5 0.4955 0.2739 0.060 0.000 0.388 0.000 0.548 0.004
#> SRR810531 4 0.3693 0.4996 0.000 0.280 0.000 0.708 0.008 0.004
#> SRR1500052 2 0.3963 0.7815 0.080 0.824 0.032 0.024 0.008 0.032
#> SRR1319608 3 0.2858 0.8639 0.000 0.000 0.844 0.000 0.124 0.032
#> SRR1464960 4 0.1442 0.7541 0.000 0.012 0.000 0.944 0.040 0.004
#> SRR1076490 4 0.5299 -0.3360 0.000 0.440 0.000 0.480 0.068 0.012
#> SRR1370528 4 0.3714 0.7166 0.000 0.196 0.000 0.760 0.000 0.044
#> SRR1068788 4 0.2971 0.7699 0.000 0.104 0.000 0.844 0.000 0.052
#> SRR1457637 6 0.2841 0.9541 0.000 0.012 0.000 0.164 0.000 0.824
#> SRR821518 6 0.2750 0.9691 0.000 0.020 0.000 0.136 0.000 0.844
#> SRR1378660 4 0.4105 0.5581 0.000 0.216 0.000 0.732 0.044 0.008
#> SRR1430468 4 0.4763 0.6491 0.024 0.248 0.000 0.684 0.008 0.036
#> SRR1443847 3 0.0777 0.9204 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1098026 2 0.3393 0.8468 0.048 0.828 0.000 0.112 0.004 0.008
#> SRR1464394 5 0.5175 0.4971 0.320 0.000 0.064 0.000 0.596 0.020
#> SRR1400419 1 0.2644 0.6843 0.892 0.004 0.056 0.004 0.028 0.016
#> SRR820839 1 0.6279 0.6496 0.608 0.164 0.056 0.000 0.152 0.020
#> SRR1456733 6 0.2593 0.9697 0.000 0.008 0.000 0.148 0.000 0.844
#> SRR1360218 2 0.4078 0.5920 0.000 0.700 0.000 0.268 0.008 0.024
#> SRR1080022 2 0.3101 0.8276 0.024 0.872 0.000 0.044 0.024 0.036
#> SRR1093885 2 0.3735 0.8361 0.056 0.828 0.000 0.076 0.016 0.024
#> SRR1072845 1 0.3093 0.6908 0.876 0.024 0.004 0.040 0.036 0.020
#> SRR1399271 4 0.4480 0.5162 0.000 0.360 0.000 0.608 0.016 0.016
#> SRR1361264 6 0.2783 0.9678 0.000 0.016 0.000 0.148 0.000 0.836
#> SRR814082 1 0.5351 0.4083 0.656 0.024 0.036 0.000 0.244 0.040
#> SRR1466260 1 0.3445 0.6090 0.744 0.000 0.244 0.000 0.012 0.000
#> SRR1079612 2 0.3698 0.8309 0.044 0.788 0.000 0.160 0.004 0.004
#> SRR1315821 3 0.0837 0.9173 0.020 0.000 0.972 0.000 0.004 0.004
#> SRR1417248 2 0.3025 0.8431 0.068 0.860 0.000 0.060 0.008 0.004
#> SRR807517 3 0.0508 0.9197 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1120961 4 0.0909 0.7709 0.000 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> SRR1457661 4 0.2860 0.7515 0.000 0.048 0.000 0.852 0.000 0.100
#> SRR1420368 4 0.4179 0.0188 0.000 0.012 0.000 0.516 0.000 0.472
#> SRR1071429 6 0.2704 0.9709 0.000 0.016 0.000 0.140 0.000 0.844
#> SRR1378971 2 0.2996 0.8264 0.000 0.832 0.000 0.144 0.016 0.008
#> SRR1120847 2 0.5113 0.6142 0.000 0.572 0.000 0.352 0.064 0.012
#> SRR1081401 2 0.5705 -0.2041 0.448 0.468 0.008 0.036 0.032 0.008
#> SRR1477820 1 0.3471 0.6595 0.784 0.020 0.188 0.000 0.000 0.008
#> SRR1442509 2 0.4101 0.7000 0.044 0.784 0.020 0.000 0.140 0.012
#> SRR1443070 4 0.2282 0.7502 0.000 0.024 0.000 0.888 0.000 0.088
#> SRR1435923 5 0.3275 0.8616 0.144 0.000 0.036 0.000 0.816 0.004
#> SRR1102852 2 0.3334 0.8430 0.040 0.820 0.000 0.132 0.008 0.000
#> SRR1486439 1 0.3649 0.7357 0.784 0.180 0.000 0.016 0.016 0.004
#> SRR1342995 4 0.3566 0.6953 0.000 0.236 0.000 0.744 0.000 0.020
#> SRR1314788 3 0.1411 0.8809 0.060 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090722 4 0.3367 0.7475 0.000 0.104 0.000 0.816 0.000 0.080
#> SRR1356421 2 0.4177 0.7893 0.040 0.720 0.000 0.232 0.004 0.004
#> SRR1101348 1 0.3144 0.7369 0.808 0.172 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1455236 1 0.3006 0.6930 0.880 0.040 0.004 0.016 0.036 0.024
#> SRR1465289 2 0.2954 0.8487 0.048 0.844 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR813431 1 0.3190 0.7517 0.820 0.136 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.1444 0.7737 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.2016 0.8293 0.000 0.920 0.000 0.040 0.024 0.016
#> SRR1341142 4 0.5628 -0.1785 0.000 0.412 0.000 0.488 0.068 0.032
#> SRR1343053 4 0.3558 0.7079 0.000 0.212 0.000 0.760 0.000 0.028
#> SRR1408494 4 0.0725 0.7687 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012
#> SRR1095213 6 0.2783 0.9678 0.000 0.016 0.000 0.148 0.000 0.836
#> SRR1314014 1 0.3319 0.6867 0.864 0.040 0.004 0.036 0.036 0.020
#> SRR1317238 4 0.0993 0.7652 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1071379 3 0.1391 0.9030 0.000 0.000 0.944 0.000 0.040 0.016
#> SRR1092612 2 0.2579 0.8390 0.048 0.884 0.000 0.060 0.008 0.000
#> SRR1380139 2 0.3160 0.8454 0.048 0.840 0.000 0.104 0.008 0.000
#> SRR1308288 4 0.3168 0.6915 0.000 0.016 0.000 0.792 0.000 0.192
#> SRR1389018 6 0.2750 0.9673 0.000 0.020 0.000 0.136 0.000 0.844
#> SRR1399501 2 0.3206 0.8477 0.048 0.836 0.000 0.108 0.008 0.000
#> SRR1358260 4 0.3686 0.6400 0.000 0.032 0.000 0.748 0.000 0.220
#> SRR1096946 2 0.2554 0.8428 0.048 0.876 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1404421 5 0.3275 0.8616 0.144 0.000 0.036 0.000 0.816 0.004
#> SRR1319322 4 0.3387 0.7357 0.000 0.164 0.000 0.796 0.000 0.040
#> SRR1309425 3 0.0508 0.9197 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1087535 2 0.2753 0.8427 0.048 0.872 0.000 0.072 0.008 0.000
#> SRR2185137 2 0.2740 0.8392 0.008 0.884 0.000 0.056 0.012 0.040
#> SRR1437012 3 0.1624 0.9001 0.040 0.000 0.936 0.000 0.004 0.020
#> SRR1343919 1 0.4090 0.7458 0.772 0.164 0.036 0.020 0.000 0.008
#> SRR1081614 4 0.1349 0.7747 0.000 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004
#> SRR1352256 4 0.0820 0.7698 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR1499156 2 0.2526 0.8415 0.016 0.896 0.000 0.060 0.016 0.012
#> SRR1088241 2 0.1975 0.8413 0.016 0.924 0.000 0.044 0.008 0.008
#> SRR1328125 3 0.0909 0.9172 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR1339130 5 0.3206 0.8566 0.152 0.000 0.028 0.000 0.816 0.004
#> SRR1079455 1 0.4505 0.7031 0.740 0.188 0.004 0.040 0.012 0.016
#> SRR1328821 2 0.3219 0.8170 0.000 0.808 0.000 0.168 0.016 0.008
#> SRR1357367 4 0.1176 0.7702 0.000 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.969 0.941 0.977 0.336 0.659 0.659
#> 3 3 0.816 0.864 0.942 0.386 0.848 0.779
#> 4 4 0.590 0.709 0.854 0.238 0.841 0.728
#> 5 5 0.502 0.515 0.751 0.150 0.827 0.653
#> 6 6 0.491 0.568 0.758 0.104 0.853 0.632
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1480675 2 0.1843 0.958 0.028 0.972
#> SRR1390331 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0376 0.932 0.996 0.004
#> SRR810899 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1080859 2 0.0672 0.979 0.008 0.992
#> SRR2165379 2 0.9922 0.105 0.448 0.552
#> SRR1348202 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR818850 2 0.9850 0.178 0.428 0.572
#> SRR814943 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.9970 0.194 0.532 0.468
#> SRR1420791 1 0.9775 0.360 0.588 0.412
#> SRR1394855 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.9988 0.152 0.520 0.480
#> SRR1441505 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1087055 2 0.0672 0.979 0.008 0.992
#> SRR1352069 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1460279 2 0.6801 0.761 0.180 0.820
#> SRR1321204 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1101931 2 0.9635 0.307 0.388 0.612
#> SRR2166114 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1400419 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR820839 1 0.9427 0.481 0.640 0.360
#> SRR1456733 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.8713 0.608 0.708 0.292
#> SRR1466260 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.8608 0.621 0.716 0.284
#> SRR1442509 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 0.7219 0.729 0.200 0.800
#> SRR1342995 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1101348 2 0.5059 0.859 0.112 0.888
#> SRR1455236 2 0.6531 0.780 0.168 0.832
#> SRR1465289 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.9710 0.390 0.600 0.400
#> SRR1347100 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> SRR1081614 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.935 1.000 0.000
#> SRR1079455 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.5560 0.5885 0.300 0.700 0.000
#> SRR1480675 1 0.1289 0.8184 0.968 0.032 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.0747 0.9457 0.016 0.984 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.3340 0.8524 0.120 0.880 0.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.8276 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 3 0.6126 0.2899 0.400 0.000 0.600
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0237 0.9521 0.004 0.996 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.8276 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0424 0.9505 0.008 0.992 0.000
#> SRR815588 2 0.0237 0.9522 0.004 0.996 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0424 0.9503 0.008 0.992 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.8276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.5905 0.5007 0.352 0.648 0.000
#> SRR1080859 1 0.0237 0.8287 0.996 0.004 0.000
#> SRR2165379 1 0.6954 0.0502 0.500 0.484 0.016
#> SRR1348202 2 0.1860 0.9213 0.052 0.948 0.000
#> SRR1465938 2 0.3482 0.8524 0.128 0.872 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0237 0.9521 0.004 0.996 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.0892 0.9430 0.020 0.980 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.8276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486907 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.0237 0.9521 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090604 2 0.5882 0.4940 0.348 0.652 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.2261 0.8851 0.068 0.000 0.932
#> SRR1068905 2 0.0747 0.9458 0.016 0.984 0.000
#> SRR1337052 1 0.6286 0.1649 0.536 0.000 0.464
#> SRR1489075 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.1860 0.8053 0.948 0.000 0.052
#> SRR1080811 2 0.0237 0.9521 0.004 0.996 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 2 0.6286 0.2166 0.464 0.536 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.5178 0.5995 0.256 0.000 0.744
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0592 0.8260 0.988 0.000 0.012
#> SRR814943 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 2 0.7636 0.2854 0.048 0.556 0.396
#> SRR1420791 1 0.3434 0.7984 0.904 0.032 0.064
#> SRR1394855 3 0.0237 0.9410 0.004 0.000 0.996
#> SRR1459232 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.2527 0.8117 0.936 0.044 0.020
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.0592 0.9484 0.012 0.988 0.000
#> SRR1334762 2 0.0424 0.9505 0.008 0.992 0.000
#> SRR1338766 2 0.5431 0.6289 0.284 0.716 0.000
#> SRR1458619 1 0.0424 0.8267 0.992 0.000 0.008
#> SRR1070479 2 0.0424 0.9503 0.008 0.992 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0424 0.8288 0.992 0.008 0.000
#> SRR1352069 3 0.0237 0.9413 0.004 0.000 0.996
#> SRR1405182 2 0.3816 0.8300 0.148 0.852 0.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.0424 0.9503 0.008 0.992 0.000
#> SRR1078299 2 0.0237 0.9521 0.004 0.996 0.000
#> SRR1387685 3 0.0892 0.9335 0.020 0.000 0.980
#> SRR809667 2 0.0424 0.9505 0.008 0.992 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.2165 0.7947 0.936 0.064 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.5465 0.6090 0.288 0.712 0.000
#> SRR1097549 2 0.5560 0.5874 0.300 0.700 0.000
#> SRR1082307 2 0.0424 0.9503 0.008 0.992 0.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.0237 0.9522 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312288 2 0.0237 0.9521 0.004 0.996 0.000
#> SRR1455946 1 0.0747 0.8254 0.984 0.000 0.016
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.3192 0.8675 0.112 0.888 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 2 0.5216 0.6573 0.260 0.740 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.0424 0.9503 0.008 0.992 0.000
#> SRR1409022 1 0.6299 0.1285 0.524 0.000 0.476
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.0237 0.9522 0.004 0.996 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 2 0.6260 0.2605 0.448 0.552 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.2066 0.9139 0.060 0.940 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 2 0.6291 0.1649 0.468 0.532 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.2796 0.7530 0.908 0.092 0.000
#> SRR2166114 2 0.0424 0.9503 0.008 0.992 0.000
#> SRR812912 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 2 0.3412 0.8451 0.124 0.876 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0237 0.9521 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.1964 0.9129 0.056 0.944 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.2959 0.8796 0.100 0.900 0.000
#> SRR1464394 3 0.1289 0.9201 0.032 0.000 0.968
#> SRR1400419 1 0.0000 0.8276 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 2 0.9357 0.1853 0.196 0.500 0.304
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.0892 0.9433 0.020 0.980 0.000
#> SRR1093885 2 0.4605 0.7509 0.204 0.796 0.000
#> SRR1072845 1 0.0592 0.8281 0.988 0.012 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.8821 0.3259 0.552 0.144 0.304
#> SRR1466260 1 0.0000 0.8276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0237 0.9522 0.004 0.996 0.000
#> SRR1315821 1 0.5465 0.5443 0.712 0.000 0.288
#> SRR1417248 2 0.1031 0.9406 0.024 0.976 0.000
#> SRR807517 1 0.6180 0.2929 0.584 0.000 0.416
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.0424 0.9503 0.008 0.992 0.000
#> SRR1120847 2 0.0592 0.9482 0.012 0.988 0.000
#> SRR1081401 2 0.3412 0.8566 0.124 0.876 0.000
#> SRR1477820 1 0.5167 0.7039 0.804 0.024 0.172
#> SRR1442509 2 0.0237 0.9522 0.004 0.996 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.4346 0.6230 0.816 0.184 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.0592 0.8260 0.988 0.000 0.012
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.1411 0.9318 0.036 0.964 0.000
#> SRR1101348 1 0.0424 0.8282 0.992 0.008 0.000
#> SRR1455236 1 0.2096 0.8037 0.944 0.052 0.004
#> SRR1465289 2 0.0892 0.9433 0.020 0.980 0.000
#> SRR813431 1 0.2229 0.8120 0.944 0.012 0.044
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.0424 0.9505 0.008 0.992 0.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.3340 0.7278 0.880 0.120 0.000
#> SRR1317238 2 0.0424 0.9504 0.008 0.992 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 2 0.3116 0.8712 0.108 0.892 0.000
#> SRR1380139 2 0.1411 0.9331 0.036 0.964 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.0892 0.9441 0.020 0.980 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.2448 0.9002 0.076 0.924 0.000
#> SRR1404421 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.6225 0.2537 0.568 0.000 0.432
#> SRR1087535 2 0.1964 0.9168 0.056 0.944 0.000
#> SRR2185137 2 0.2537 0.8958 0.080 0.920 0.000
#> SRR1437012 3 0.4654 0.6800 0.208 0.000 0.792
#> SRR1343919 2 0.3116 0.8665 0.108 0.892 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.0592 0.9484 0.012 0.988 0.000
#> SRR1088241 2 0.1643 0.9273 0.044 0.956 0.000
#> SRR1328125 3 0.1529 0.9155 0.040 0.000 0.960
#> SRR1339130 3 0.0424 0.9385 0.008 0.000 0.992
#> SRR1079455 1 0.1031 0.8250 0.976 0.024 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9536 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.7140 0.27374 0.236 0.560 0.000 0.204
#> SRR1480675 4 0.4675 0.60476 0.244 0.020 0.000 0.736
#> SRR1390331 2 0.1302 0.87493 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.3243 0.83508 0.088 0.876 0.000 0.036
#> SRR1352597 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.5291 0.65500 0.180 0.740 0.000 0.080
#> SRR1081357 2 0.1452 0.87998 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR1321112 1 0.1211 0.55070 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR810899 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.3464 0.49443 0.860 0.000 0.108 0.032
#> SRR1474159 2 0.2048 0.86671 0.064 0.928 0.000 0.008
#> SRR1387308 2 0.0469 0.88551 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0524 0.88549 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1073531 2 0.0524 0.88549 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1081688 2 0.0376 0.88584 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1471029 2 0.0336 0.88659 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.2149 0.51135 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR817512 2 0.3208 0.79481 0.148 0.848 0.000 0.004
#> SRR815588 2 0.1389 0.87696 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.0336 0.88612 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.88628 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.88628 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0188 0.88617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0336 0.88668 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.1716 0.86460 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.4164 0.34645 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1364953 2 0.0336 0.88612 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.88628 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 1 0.4843 0.52871 0.784 0.104 0.000 0.112
#> SRR1080859 1 0.4212 0.53854 0.772 0.012 0.000 0.216
#> SRR2165379 1 0.6880 0.51737 0.664 0.096 0.044 0.196
#> SRR1348202 1 0.4277 0.55199 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1465938 1 0.5942 0.37250 0.548 0.412 0.000 0.040
#> SRR1381327 2 0.0000 0.88628 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0921 0.88173 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.4989 -0.00298 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR1441614 1 0.2408 0.51924 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1335536 2 0.0469 0.88564 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0592 0.88676 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1486907 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.3427 0.81738 0.112 0.860 0.000 0.028
#> SRR1464577 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0672 0.88570 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1398775 2 0.2281 0.84582 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.7416 0.17761 0.240 0.516 0.000 0.244
#> SRR1419361 2 0.0469 0.88569 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1090650 4 0.4989 0.19568 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1068905 2 0.3763 0.79848 0.144 0.832 0.000 0.024
#> SRR1337052 4 0.4250 0.53620 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1489075 2 0.1767 0.87450 0.044 0.944 0.000 0.012
#> SRR1458955 1 0.4959 0.39424 0.752 0.000 0.052 0.196
#> SRR1080811 2 0.3243 0.83237 0.088 0.876 0.000 0.036
#> SRR1407734 2 0.0336 0.88612 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.2796 0.52149 0.892 0.016 0.000 0.092
#> SRR1078612 2 0.1389 0.87484 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1345347 4 0.4624 0.46607 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1381613 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.1297 0.88117 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR818850 4 0.4492 0.60575 0.260 0.004 0.004 0.732
#> SRR814943 2 0.0817 0.88480 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.6181 0.54108 0.668 0.204 0.128 0.000
#> SRR1420791 1 0.4175 0.50377 0.844 0.016 0.056 0.084
#> SRR1394855 3 0.1211 0.90273 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1459232 2 0.2060 0.86575 0.052 0.932 0.000 0.016
#> SRR1103118 1 0.5598 0.44444 0.700 0.024 0.024 0.252
#> SRR1441505 2 0.0592 0.88628 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1470379 1 0.4985 0.27673 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1334762 2 0.1474 0.87419 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1338766 2 0.7474 0.14154 0.292 0.496 0.000 0.212
#> SRR1458619 4 0.4737 0.62141 0.252 0.000 0.020 0.728
#> SRR1070479 2 0.4678 0.67189 0.232 0.744 0.000 0.024
#> SRR1077753 2 0.0921 0.88308 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.4621 0.50041 0.708 0.008 0.000 0.284
#> SRR1352069 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.4164 0.55966 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.1211 0.88319 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.1792 0.86892 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.2530 0.83124 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.2443 0.85416 0.060 0.916 0.000 0.024
#> SRR1387685 3 0.2401 0.82064 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR809667 2 0.5949 0.45114 0.288 0.644 0.068 0.000
#> SRR1322334 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.3421 0.56226 0.868 0.044 0.000 0.088
#> SRR2164975 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0707 0.88538 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.2142 0.86023 0.056 0.928 0.000 0.016
#> SRR1432145 2 0.0188 0.88617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.7140 0.27245 0.236 0.560 0.000 0.204
#> SRR1097549 2 0.7247 0.23943 0.240 0.544 0.000 0.216
#> SRR1082307 2 0.3172 0.78476 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1419166 2 0.4194 0.72245 0.172 0.800 0.000 0.028
#> SRR1488812 2 0.0188 0.88617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.4661 0.40364 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.3606 0.80696 0.132 0.844 0.000 0.024
#> SRR1455946 1 0.6640 -0.11795 0.552 0.000 0.096 0.352
#> SRR1355304 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1444264 1 0.5924 0.39068 0.556 0.404 0.000 0.040
#> SRR1332733 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.5081 0.57514 0.756 0.192 0.008 0.044
#> SRR1321204 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.3311 0.77095 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1409022 4 0.4277 0.53050 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1311329 2 0.0336 0.88606 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.4035 0.75946 0.176 0.804 0.000 0.020
#> SRR1096900 2 0.2142 0.86134 0.056 0.928 0.000 0.016
#> SRR1431535 2 0.0376 0.88584 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1432980 1 0.5628 0.44325 0.724 0.144 0.000 0.132
#> SRR1081449 3 0.1557 0.88891 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1100440 2 0.5686 0.30595 0.376 0.592 0.000 0.032
#> SRR1093290 2 0.1059 0.88171 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1380699 1 0.1151 0.57837 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1399009 2 0.1635 0.87081 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR1101931 1 0.4744 0.51355 0.736 0.024 0.000 0.240
#> SRR2166114 2 0.1118 0.87902 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR812912 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0336 0.88659 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1500052 2 0.6432 0.41731 0.236 0.636 0.000 0.128
#> SRR1319608 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.2868 0.80766 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.2921 0.80912 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0657 0.88495 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1068788 2 0.0376 0.88584 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1457637 2 0.0376 0.88584 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR821518 2 0.0000 0.88628 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0592 0.88629 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.5536 0.58781 0.180 0.724 0.000 0.096
#> SRR1443847 3 0.4790 0.19559 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1098026 1 0.5055 0.55503 0.712 0.256 0.000 0.032
#> SRR1464394 1 0.4996 0.05548 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1400419 1 0.3942 0.38914 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR820839 1 0.2775 0.56477 0.896 0.020 0.084 0.000
#> SRR1456733 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0376 0.88584 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1080022 2 0.3958 0.79739 0.112 0.836 0.000 0.052
#> SRR1093885 2 0.6953 0.03391 0.412 0.476 0.000 0.112
#> SRR1072845 1 0.4800 0.24124 0.656 0.004 0.000 0.340
#> SRR1399271 2 0.0188 0.88617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0188 0.88617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR814082 4 0.6569 0.58533 0.284 0.020 0.068 0.628
#> SRR1466260 1 0.4391 0.49602 0.740 0.000 0.008 0.252
#> SRR1079612 2 0.4464 0.72739 0.208 0.768 0.000 0.024
#> SRR1315821 4 0.3768 0.59347 0.008 0.000 0.184 0.808
#> SRR1417248 2 0.4808 0.66631 0.236 0.736 0.000 0.028
#> SRR807517 4 0.4072 0.55093 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1120961 2 0.0000 0.88628 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.88628 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0524 0.88562 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1071429 2 0.0188 0.88617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.2281 0.84333 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.4267 0.73677 0.188 0.788 0.000 0.024
#> SRR1081401 1 0.4744 0.56413 0.736 0.240 0.000 0.024
#> SRR1477820 1 0.6781 0.26363 0.620 0.012 0.108 0.260
#> SRR1442509 2 0.1211 0.87931 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0336 0.88612 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1435923 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.2450 0.85966 0.072 0.912 0.000 0.016
#> SRR1486439 1 0.4644 0.53170 0.764 0.024 0.004 0.208
#> SRR1342995 2 0.0000 0.88628 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314788 4 0.4576 0.46877 0.232 0.000 0.020 0.748
#> SRR1090722 2 0.2089 0.86266 0.048 0.932 0.000 0.020
#> SRR1356421 1 0.4964 0.46305 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR1101348 1 0.2216 0.55894 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1455236 4 0.5467 0.46455 0.364 0.024 0.000 0.612
#> SRR1465289 2 0.4855 0.60324 0.268 0.712 0.000 0.020
#> SRR813431 1 0.5206 0.50796 0.756 0.012 0.048 0.184
#> SRR1347100 2 0.0376 0.88584 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1373921 2 0.3444 0.75992 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.3172 0.76874 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0188 0.88709 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408494 2 0.1807 0.86648 0.052 0.940 0.000 0.008
#> SRR1095213 2 0.0376 0.88584 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1314014 4 0.5687 0.55092 0.248 0.068 0.000 0.684
#> SRR1317238 2 0.2521 0.85150 0.064 0.912 0.000 0.024
#> SRR1071379 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 1 0.5827 0.27040 0.532 0.436 0.000 0.032
#> SRR1380139 1 0.4356 0.54439 0.708 0.292 0.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.0336 0.88612 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0188 0.88617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.4431 0.55580 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0188 0.88613 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1096946 1 0.5815 0.30778 0.540 0.428 0.000 0.032
#> SRR1404421 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0804 0.88479 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1309425 4 0.4855 0.34536 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1087535 1 0.5744 0.27617 0.536 0.436 0.000 0.028
#> SRR2185137 2 0.4630 0.71731 0.196 0.768 0.000 0.036
#> SRR1437012 3 0.2647 0.78509 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1343919 2 0.5290 0.67284 0.204 0.736 0.004 0.056
#> SRR1081614 2 0.0336 0.88659 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0592 0.88606 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.3074 0.79521 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.4981 0.06126 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.94326 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 3 0.0921 0.91722 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1079455 1 0.4685 0.53194 0.784 0.060 0.000 0.156
#> SRR1328821 2 0.1767 0.86919 0.044 0.944 0.000 0.012
#> SRR1357367 2 0.2281 0.84686 0.096 0.904 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.5204 0.296155 0.052 0.368 0.000 0.580 0.000
#> SRR1480675 4 0.0880 0.281119 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1390331 2 0.3876 0.524362 0.316 0.684 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.5731 0.519116 0.236 0.628 0.000 0.004 0.132
#> SRR1352597 2 0.0794 0.830113 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.5887 0.460005 0.048 0.640 0.000 0.252 0.060
#> SRR1081357 2 0.3441 0.752326 0.148 0.824 0.000 0.004 0.024
#> SRR1321112 1 0.5146 -0.038474 0.540 0.000 0.016 0.016 0.428
#> SRR810899 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.5556 0.152991 0.680 0.000 0.220 0.056 0.044
#> SRR1474159 2 0.3593 0.761394 0.060 0.824 0.000 0.000 0.116
#> SRR1387308 2 0.0880 0.829180 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0613 0.832203 0.004 0.984 0.000 0.004 0.008
#> SRR1073531 2 0.0510 0.831497 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1081688 2 0.0693 0.831890 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1471029 2 0.0727 0.831872 0.004 0.980 0.000 0.004 0.012
#> SRR811447 1 0.5827 -0.060297 0.596 0.000 0.000 0.144 0.260
#> SRR817512 2 0.6842 0.346576 0.208 0.580 0.000 0.064 0.148
#> SRR815588 2 0.3233 0.783838 0.112 0.852 0.008 0.000 0.028
#> SRR1380847 2 0.1282 0.826509 0.044 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327327 2 0.0162 0.830583 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0290 0.831251 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.1364 0.828781 0.012 0.952 0.000 0.000 0.036
#> SRR1432476 2 0.0955 0.832196 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345200 2 0.0880 0.829173 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.3876 0.524238 0.316 0.684 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.5354 0.126661 0.664 0.000 0.000 0.128 0.208
#> SRR1364953 2 0.0880 0.829178 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0703 0.831114 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 5 0.8239 0.105491 0.212 0.140 0.000 0.272 0.376
#> SRR1080859 1 0.3305 0.225667 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2165379 1 0.4937 -0.000489 0.576 0.016 0.004 0.004 0.400
#> SRR1348202 1 0.4024 0.220026 0.752 0.028 0.000 0.000 0.220
#> SRR1465938 2 0.6330 0.348637 0.180 0.540 0.000 0.004 0.276
#> SRR1381327 2 0.0609 0.831410 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.2011 0.806073 0.088 0.908 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379220 2 0.0404 0.830489 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.6731 -0.131254 0.304 0.416 0.000 0.000 0.280
#> SRR1441614 1 0.5586 -0.079049 0.556 0.000 0.004 0.068 0.372
#> SRR1335536 2 0.3521 0.673451 0.232 0.764 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083554 2 0.2550 0.806282 0.084 0.892 0.000 0.004 0.020
#> SRR1486907 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.3960 0.741986 0.044 0.800 0.000 0.008 0.148
#> SRR1464577 2 0.0162 0.830945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429579 2 0.1270 0.823344 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0566 0.832230 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337977 2 0.0963 0.829433 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1398775 2 0.4238 0.411472 0.368 0.628 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090604 4 0.4661 0.301763 0.016 0.356 0.000 0.624 0.004
#> SRR1419361 2 0.0404 0.830489 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090650 4 0.6725 -0.043063 0.000 0.000 0.256 0.400 0.344
#> SRR1068905 1 0.6367 0.146682 0.464 0.388 0.000 0.004 0.144
#> SRR1337052 4 0.6586 -0.053246 0.000 0.000 0.208 0.408 0.384
#> SRR1489075 2 0.2251 0.817632 0.052 0.916 0.000 0.008 0.024
#> SRR1458955 4 0.6388 0.042076 0.360 0.000 0.036 0.524 0.080
#> SRR1080811 2 0.5244 0.626699 0.012 0.708 0.000 0.164 0.116
#> SRR1407734 2 0.0703 0.830824 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.6206 -0.023243 0.532 0.000 0.000 0.172 0.296
#> SRR1078612 2 0.3932 0.506029 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345347 4 0.6758 -0.046253 0.000 0.000 0.272 0.392 0.336
#> SRR1381613 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.1547 0.829407 0.016 0.948 0.000 0.032 0.004
#> SRR818850 4 0.0912 0.273030 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012
#> SRR814943 2 0.2209 0.811924 0.056 0.912 0.000 0.000 0.032
#> SRR1347481 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.6991 -0.160377 0.412 0.028 0.160 0.000 0.400
#> SRR1420791 1 0.4186 0.229462 0.804 0.008 0.032 0.020 0.136
#> SRR1394855 3 0.3169 0.747418 0.060 0.000 0.856 0.000 0.084
#> SRR1459232 2 0.4904 0.595470 0.240 0.688 0.000 0.000 0.072
#> SRR1103118 5 0.6893 0.338392 0.284 0.008 0.016 0.176 0.516
#> SRR1441505 2 0.2451 0.801937 0.056 0.904 0.000 0.004 0.036
#> SRR1470379 1 0.6705 0.142834 0.428 0.292 0.000 0.000 0.280
#> SRR1334762 2 0.3058 0.783150 0.096 0.860 0.000 0.000 0.044
#> SRR1338766 4 0.6816 0.253281 0.220 0.244 0.000 0.516 0.020
#> SRR1458619 4 0.1569 0.260988 0.008 0.000 0.012 0.948 0.032
#> SRR1070479 2 0.5106 0.623094 0.088 0.692 0.000 0.004 0.216
#> SRR1077753 2 0.4118 0.496387 0.336 0.660 0.000 0.000 0.004
#> SRR1087055 1 0.3949 0.176375 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1352069 3 0.0162 0.908519 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1405182 1 0.3861 0.175087 0.728 0.008 0.000 0.000 0.264
#> SRR1476784 2 0.3548 0.758975 0.112 0.836 0.000 0.008 0.044
#> SRR1075607 2 0.4023 0.728120 0.096 0.804 0.000 0.004 0.096
#> SRR1458066 1 0.4210 0.242363 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.2694 0.790409 0.008 0.876 0.000 0.008 0.108
#> SRR1387685 3 0.3456 0.706876 0.184 0.000 0.800 0.000 0.016
#> SRR809667 1 0.8072 0.141979 0.432 0.292 0.140 0.008 0.128
#> SRR1322334 2 0.0404 0.830489 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.4962 -0.047952 0.544 0.008 0.000 0.016 0.432
#> SRR2164975 2 0.1205 0.831264 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081663 2 0.2329 0.782385 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.3309 0.766351 0.036 0.836 0.000 0.000 0.128
#> SRR1432145 2 0.0566 0.832539 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1409153 4 0.4658 0.286160 0.016 0.408 0.000 0.576 0.000
#> SRR1097549 4 0.4769 0.294431 0.016 0.392 0.000 0.588 0.004
#> SRR1082307 1 0.4401 0.328822 0.656 0.328 0.000 0.000 0.016
#> SRR1419166 2 0.5964 0.373221 0.180 0.588 0.000 0.232 0.000
#> SRR1488812 2 0.0566 0.831915 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381229 2 0.6009 0.331886 0.240 0.580 0.000 0.000 0.180
#> SRR1312288 2 0.4139 0.727702 0.052 0.780 0.000 0.004 0.164
#> SRR1455946 1 0.8446 -0.187448 0.340 0.000 0.256 0.180 0.224
#> SRR1355304 3 0.0290 0.907116 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1447437 2 0.0880 0.829477 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.6941 -0.204313 0.324 0.368 0.000 0.004 0.304
#> SRR1332733 2 0.0609 0.832331 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.4531 0.029736 0.568 0.004 0.000 0.004 0.424
#> SRR1321204 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 1 0.4540 0.330162 0.656 0.320 0.000 0.000 0.024
#> SRR1409022 4 0.6602 -0.054586 0.000 0.000 0.212 0.404 0.384
#> SRR1311329 2 0.0703 0.830081 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.5704 0.549699 0.152 0.652 0.000 0.008 0.188
#> SRR1096900 2 0.4064 0.735365 0.092 0.792 0.000 0.000 0.116
#> SRR1431535 2 0.0451 0.831556 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1432980 1 0.5007 0.195903 0.704 0.036 0.000 0.232 0.028
#> SRR1081449 3 0.1478 0.867245 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1100440 2 0.6615 -0.048959 0.388 0.424 0.000 0.004 0.184
#> SRR1093290 2 0.1168 0.829490 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1380699 1 0.2338 0.246267 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR1399009 2 0.2388 0.809469 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> SRR1101931 5 0.4547 0.143786 0.400 0.000 0.000 0.012 0.588
#> SRR2166114 2 0.4231 0.647611 0.232 0.740 0.000 0.012 0.016
#> SRR812912 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.1471 0.826400 0.024 0.952 0.000 0.004 0.020
#> SRR1500052 4 0.6056 0.247459 0.132 0.348 0.000 0.520 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.3409 0.754123 0.112 0.836 0.000 0.000 0.052
#> SRR1076490 2 0.4096 0.697625 0.200 0.760 0.000 0.000 0.040
#> SRR1370528 2 0.0451 0.832197 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1068788 2 0.0404 0.831315 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457637 2 0.0898 0.831207 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> SRR821518 2 0.0404 0.830489 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.3177 0.700167 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.4744 0.179699 0.020 0.572 0.000 0.408 0.000
#> SRR1443847 3 0.4452 0.618057 0.000 0.000 0.696 0.272 0.032
#> SRR1098026 1 0.5002 0.067916 0.548 0.024 0.000 0.004 0.424
#> SRR1464394 1 0.4101 0.083868 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1400419 4 0.6292 -0.177505 0.400 0.000 0.000 0.448 0.152
#> SRR820839 1 0.6202 0.033039 0.572 0.000 0.196 0.004 0.228
#> SRR1456733 2 0.0290 0.830544 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0404 0.832160 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1080022 2 0.5623 0.568342 0.024 0.672 0.000 0.212 0.092
#> SRR1093885 1 0.6109 0.113737 0.532 0.148 0.000 0.320 0.000
#> SRR1072845 4 0.6011 -0.105340 0.116 0.008 0.000 0.576 0.300
#> SRR1399271 2 0.0794 0.832607 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0162 0.830695 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814082 4 0.4065 0.248468 0.168 0.008 0.012 0.792 0.020
#> SRR1466260 1 0.4359 -0.038758 0.584 0.000 0.000 0.004 0.412
#> SRR1079612 1 0.5638 0.263537 0.552 0.372 0.000 0.004 0.072
#> SRR1315821 5 0.6158 -0.074625 0.000 0.000 0.132 0.416 0.452
#> SRR1417248 2 0.6252 0.438105 0.224 0.588 0.000 0.012 0.176
#> SRR807517 4 0.6571 -0.058631 0.000 0.000 0.204 0.404 0.392
#> SRR1120961 2 0.0404 0.831513 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0404 0.830489 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.1648 0.825976 0.020 0.940 0.000 0.000 0.040
#> SRR1071429 2 0.0162 0.830619 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 1 0.4273 0.132610 0.552 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.5101 0.631893 0.108 0.704 0.000 0.004 0.184
#> SRR1081401 1 0.5568 0.088068 0.568 0.040 0.000 0.020 0.372
#> SRR1477820 1 0.6092 0.075862 0.576 0.000 0.040 0.060 0.324
#> SRR1442509 2 0.1981 0.818429 0.048 0.924 0.000 0.000 0.028
#> SRR1443070 2 0.0794 0.830094 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.3714 0.745706 0.132 0.812 0.000 0.000 0.056
#> SRR1486439 1 0.4440 -0.039392 0.528 0.000 0.000 0.004 0.468
#> SRR1342995 2 0.1830 0.816552 0.068 0.924 0.000 0.008 0.000
#> SRR1314788 5 0.5358 0.214249 0.064 0.000 0.024 0.228 0.684
#> SRR1090722 2 0.1990 0.812541 0.008 0.920 0.000 0.004 0.068
#> SRR1356421 1 0.6585 0.056182 0.428 0.212 0.000 0.000 0.360
#> SRR1101348 1 0.2806 0.256005 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152
#> SRR1455236 4 0.5173 0.125677 0.068 0.032 0.000 0.724 0.176
#> SRR1465289 2 0.6401 0.338662 0.244 0.552 0.000 0.008 0.196
#> SRR813431 1 0.4906 -0.131931 0.496 0.000 0.024 0.000 0.480
#> SRR1347100 2 0.1386 0.831005 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR1373921 2 0.4425 0.179504 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341142 2 0.4002 0.708091 0.120 0.796 0.000 0.000 0.084
#> SRR1343053 2 0.0898 0.831734 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000
#> SRR1408494 2 0.2193 0.804621 0.008 0.900 0.000 0.000 0.092
#> SRR1095213 2 0.0451 0.831369 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1314014 4 0.2284 0.311018 0.004 0.096 0.000 0.896 0.004
#> SRR1317238 2 0.2881 0.778933 0.012 0.860 0.000 0.004 0.124
#> SRR1071379 3 0.0162 0.908746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1092612 2 0.7749 -0.207612 0.284 0.364 0.000 0.056 0.296
#> SRR1380139 1 0.3789 0.212646 0.768 0.020 0.000 0.000 0.212
#> SRR1308288 2 0.0404 0.830489 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0162 0.830695 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1399501 1 0.3906 0.340389 0.704 0.292 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358260 2 0.1043 0.826791 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.6836 -0.001550 0.288 0.428 0.000 0.004 0.280
#> SRR1404421 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0981 0.832629 0.008 0.972 0.000 0.012 0.008
#> SRR1309425 3 0.6725 0.135340 0.004 0.000 0.404 0.208 0.384
#> SRR1087535 1 0.6639 0.142463 0.476 0.216 0.000 0.004 0.304
#> SRR2185137 1 0.5861 0.214834 0.520 0.408 0.000 0.044 0.028
#> SRR1437012 3 0.3932 0.686331 0.064 0.000 0.796 0.000 0.140
#> SRR1343919 1 0.5915 0.314607 0.624 0.284 0.008 0.028 0.056
#> SRR1081614 2 0.0613 0.832249 0.004 0.984 0.000 0.004 0.008
#> SRR1352256 2 0.1386 0.825180 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR1499156 1 0.4126 0.311406 0.620 0.380 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088241 1 0.6462 0.188431 0.544 0.220 0.000 0.008 0.228
#> SRR1328125 3 0.0000 0.910106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 3 0.0579 0.896794 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1079455 5 0.6548 0.269721 0.288 0.032 0.000 0.124 0.556
#> SRR1328821 2 0.1774 0.822752 0.016 0.932 0.000 0.000 0.052
#> SRR1357367 2 0.4199 0.688698 0.180 0.764 0.000 0.000 0.056
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 5 0.3916 0.6288 0.000 0.196 0.000 0.048 0.752 0.004
#> SRR1480675 5 0.1261 0.5379 0.000 0.000 0.000 0.024 0.952 0.024
#> SRR1390331 4 0.4681 0.2078 0.020 0.448 0.000 0.520 0.008 0.004
#> SRR1084347 4 0.6471 0.1670 0.032 0.408 0.000 0.408 0.008 0.144
#> SRR1352597 2 0.2051 0.7525 0.004 0.896 0.000 0.096 0.004 0.000
#> SRR1089643 2 0.6126 -0.0120 0.328 0.452 0.000 0.004 0.212 0.004
#> SRR1081357 2 0.4750 0.3894 0.012 0.608 0.000 0.340 0.000 0.040
#> SRR1321112 1 0.1836 0.6204 0.928 0.000 0.004 0.048 0.008 0.012
#> SRR810899 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 4 0.6330 0.0939 0.160 0.000 0.380 0.428 0.032 0.000
#> SRR1474159 2 0.4832 0.5048 0.296 0.640 0.000 0.028 0.000 0.036
#> SRR1387308 2 0.2121 0.7557 0.012 0.892 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0717 0.7732 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1073531 2 0.0603 0.7706 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1081688 2 0.2186 0.7655 0.008 0.908 0.000 0.048 0.000 0.036
#> SRR1471029 2 0.1462 0.7657 0.056 0.936 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.5278 0.4345 0.632 0.000 0.000 0.188 0.172 0.008
#> SRR817512 1 0.4220 0.5908 0.752 0.168 0.000 0.016 0.064 0.000
#> SRR815588 2 0.5064 0.6447 0.096 0.704 0.008 0.164 0.000 0.028
#> SRR1380847 2 0.3304 0.7210 0.004 0.820 0.000 0.144 0.008 0.024
#> SRR1327327 2 0.0363 0.7698 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0405 0.7702 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1333370 2 0.2194 0.7724 0.004 0.912 0.000 0.040 0.008 0.036
#> SRR1432476 2 0.1636 0.7715 0.004 0.936 0.000 0.036 0.024 0.000
#> SRR1345200 2 0.2292 0.7462 0.004 0.884 0.000 0.104 0.004 0.004
#> SRR1398293 4 0.5547 0.3220 0.076 0.392 0.000 0.512 0.016 0.004
#> SRR1346957 4 0.4048 0.3325 0.020 0.000 0.004 0.728 0.012 0.236
#> SRR1364953 2 0.2062 0.7608 0.000 0.900 0.000 0.088 0.004 0.008
#> SRR1347998 2 0.1674 0.7667 0.004 0.924 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1069734 1 0.4496 0.5583 0.740 0.012 0.000 0.024 0.184 0.040
#> SRR1080859 4 0.4488 0.3876 0.128 0.000 0.000 0.708 0.000 0.164
#> SRR2165379 1 0.4286 0.5787 0.748 0.020 0.000 0.192 0.024 0.016
#> SRR1348202 1 0.4578 0.4131 0.636 0.024 0.000 0.320 0.020 0.000
#> SRR1465938 2 0.7342 0.1823 0.220 0.436 0.000 0.144 0.004 0.196
#> SRR1381327 2 0.1765 0.7614 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.3727 0.6548 0.036 0.748 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0508 0.7698 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1457148 1 0.5363 0.5020 0.636 0.240 0.000 0.100 0.020 0.004
#> SRR1441614 1 0.7254 0.0480 0.376 0.000 0.012 0.288 0.060 0.264
#> SRR1335536 2 0.4486 0.2808 0.004 0.584 0.000 0.384 0.000 0.028
#> SRR1083554 2 0.4428 0.6873 0.108 0.756 0.000 0.116 0.008 0.012
#> SRR1486907 3 0.0363 0.8911 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.5279 0.5639 0.212 0.656 0.000 0.032 0.000 0.100
#> SRR1464577 2 0.0653 0.7714 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1429579 2 0.3488 0.6115 0.008 0.744 0.000 0.244 0.004 0.000
#> SRR1380569 2 0.1484 0.7708 0.004 0.944 0.000 0.040 0.004 0.008
#> SRR1337977 2 0.1562 0.7697 0.004 0.940 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR1398775 4 0.5797 0.2709 0.128 0.392 0.000 0.468 0.012 0.000
#> SRR1090604 5 0.2757 0.6384 0.008 0.136 0.000 0.004 0.848 0.004
#> SRR1419361 2 0.0951 0.7735 0.008 0.968 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1090650 6 0.5437 0.8407 0.004 0.000 0.196 0.000 0.204 0.596
#> SRR1068905 4 0.5554 0.4750 0.020 0.252 0.000 0.600 0.000 0.128
#> SRR1337052 6 0.4950 0.8523 0.000 0.000 0.164 0.000 0.184 0.652
#> SRR1489075 2 0.4196 0.6452 0.208 0.736 0.000 0.032 0.024 0.000
#> SRR1458955 5 0.4294 0.5112 0.060 0.000 0.000 0.248 0.692 0.000
#> SRR1080811 2 0.6712 0.3230 0.076 0.536 0.000 0.028 0.268 0.092
#> SRR1407734 2 0.1442 0.7701 0.012 0.944 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1454568 1 0.3992 0.5611 0.756 0.004 0.000 0.064 0.176 0.000
#> SRR1078612 4 0.5164 0.2854 0.052 0.412 0.000 0.520 0.016 0.000
#> SRR1345347 6 0.5544 0.6671 0.000 0.000 0.356 0.000 0.144 0.500
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.2456 0.7563 0.008 0.892 0.000 0.048 0.052 0.000
#> SRR818850 5 0.1297 0.5189 0.012 0.000 0.000 0.000 0.948 0.040
#> SRR814943 2 0.3957 0.6405 0.200 0.752 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.1972 0.6173 0.916 0.004 0.024 0.056 0.000 0.000
#> SRR1420791 4 0.2669 0.5108 0.036 0.012 0.000 0.888 0.008 0.056
#> SRR1394855 3 0.3843 0.0879 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.5567 0.2669 0.012 0.540 0.000 0.336 0.000 0.112
#> SRR1103118 1 0.4977 0.5230 0.712 0.000 0.000 0.044 0.132 0.112
#> SRR1441505 2 0.3645 0.6167 0.236 0.740 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1470379 1 0.5554 0.5064 0.596 0.228 0.000 0.164 0.000 0.012
#> SRR1334762 2 0.4828 0.3218 0.380 0.568 0.000 0.044 0.008 0.000
#> SRR1338766 5 0.6172 0.2940 0.012 0.096 0.000 0.340 0.516 0.036
#> SRR1458619 5 0.1327 0.4867 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1070479 1 0.6505 0.0662 0.404 0.400 0.000 0.052 0.000 0.144
#> SRR1077753 4 0.4366 0.1918 0.004 0.440 0.000 0.540 0.000 0.016
#> SRR1087055 4 0.3630 0.3994 0.032 0.000 0.000 0.756 0.000 0.212
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.3840 0.4949 0.696 0.000 0.000 0.284 0.020 0.000
#> SRR1476784 2 0.4317 0.2852 0.408 0.572 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1075607 2 0.5049 0.1143 0.440 0.504 0.000 0.044 0.008 0.004
#> SRR1458066 4 0.4088 0.5541 0.044 0.200 0.000 0.744 0.012 0.000
#> SRR1078299 2 0.3867 0.7104 0.080 0.812 0.000 0.032 0.004 0.072
#> SRR1387685 3 0.3189 0.6385 0.000 0.000 0.796 0.184 0.000 0.020
#> SRR809667 1 0.6531 0.5376 0.604 0.128 0.128 0.116 0.024 0.000
#> SRR1322334 2 0.1644 0.7636 0.004 0.920 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.1850 0.6252 0.924 0.000 0.000 0.052 0.016 0.008
#> SRR2164975 2 0.3714 0.6863 0.044 0.804 0.000 0.128 0.024 0.000
#> SRR1081663 2 0.3240 0.6103 0.004 0.752 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.4902 0.6197 0.020 0.700 0.000 0.144 0.000 0.136
#> SRR1432145 2 0.2972 0.7467 0.024 0.852 0.000 0.108 0.000 0.016
#> SRR1409153 5 0.3590 0.6322 0.004 0.188 0.000 0.032 0.776 0.000
#> SRR1097549 5 0.3313 0.6424 0.000 0.160 0.000 0.024 0.808 0.008
#> SRR1082307 4 0.2658 0.5662 0.016 0.112 0.000 0.864 0.000 0.008
#> SRR1419166 2 0.6214 -0.2376 0.004 0.388 0.000 0.308 0.300 0.000
#> SRR1488812 2 0.1552 0.7707 0.036 0.940 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1381229 1 0.3885 0.4747 0.684 0.300 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1312288 2 0.5190 0.5918 0.068 0.692 0.000 0.076 0.000 0.164
#> SRR1455946 4 0.6999 -0.3708 0.008 0.000 0.336 0.348 0.040 0.268
#> SRR1355304 3 0.0508 0.8920 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1447437 2 0.2418 0.7549 0.008 0.884 0.000 0.096 0.008 0.004
#> SRR1444264 1 0.7477 0.3852 0.412 0.224 0.000 0.176 0.004 0.184
#> SRR1332733 2 0.2655 0.7340 0.000 0.848 0.000 0.140 0.004 0.008
#> SRR1460279 1 0.1674 0.6311 0.924 0.000 0.000 0.068 0.004 0.004
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 4 0.2467 0.5629 0.008 0.100 0.000 0.880 0.008 0.004
#> SRR1409022 6 0.5226 0.8507 0.004 0.000 0.172 0.000 0.196 0.628
#> SRR1311329 2 0.2431 0.7331 0.008 0.860 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1101304 1 0.5547 0.4067 0.580 0.320 0.000 0.044 0.004 0.052
#> SRR1096900 2 0.5740 0.4002 0.020 0.572 0.000 0.264 0.000 0.144
#> SRR1431535 2 0.0891 0.7726 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1432980 4 0.3555 0.5162 0.044 0.040 0.000 0.844 0.056 0.016
#> SRR1081449 3 0.0405 0.8950 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1100440 4 0.7617 0.0380 0.168 0.308 0.000 0.332 0.004 0.188
#> SRR1093290 2 0.1478 0.7707 0.020 0.944 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1380699 4 0.4389 -0.1738 0.448 0.000 0.000 0.528 0.024 0.000
#> SRR1399009 2 0.3406 0.7192 0.012 0.828 0.000 0.064 0.000 0.096
#> SRR1101931 1 0.2266 0.5882 0.880 0.000 0.000 0.012 0.000 0.108
#> SRR2166114 2 0.5935 -0.1385 0.092 0.464 0.000 0.412 0.028 0.004
#> SRR812912 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.2673 0.7242 0.132 0.852 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1500052 5 0.5450 0.4749 0.000 0.240 0.000 0.132 0.612 0.016
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.4246 0.3188 0.408 0.576 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1076490 2 0.5734 0.3498 0.296 0.544 0.000 0.148 0.012 0.000
#> SRR1370528 2 0.0891 0.7700 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0862 0.7728 0.008 0.972 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1457637 2 0.2201 0.7634 0.004 0.904 0.000 0.056 0.000 0.036
#> SRR821518 2 0.0790 0.7712 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.4010 0.2470 0.000 0.584 0.000 0.408 0.000 0.008
#> SRR1430468 5 0.4641 0.3419 0.004 0.396 0.000 0.036 0.564 0.000
#> SRR1443847 3 0.3261 0.6735 0.000 0.000 0.824 0.000 0.072 0.104
#> SRR1098026 1 0.4767 0.5843 0.676 0.000 0.000 0.168 0.000 0.156
#> SRR1464394 4 0.4465 -0.0811 0.028 0.000 0.460 0.512 0.000 0.000
#> SRR1400419 5 0.6557 0.4128 0.144 0.000 0.000 0.204 0.544 0.108
#> SRR820839 1 0.5885 0.1174 0.456 0.000 0.428 0.088 0.012 0.016
#> SRR1456733 2 0.0632 0.7706 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0603 0.7732 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1080022 5 0.6889 0.3368 0.052 0.316 0.000 0.052 0.492 0.088
#> SRR1093885 4 0.5422 0.2698 0.068 0.040 0.000 0.608 0.284 0.000
#> SRR1072845 5 0.4434 0.0374 0.460 0.004 0.000 0.004 0.520 0.012
#> SRR1399271 2 0.2966 0.7456 0.088 0.856 0.000 0.048 0.008 0.000
#> SRR1361264 2 0.0291 0.7700 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR814082 5 0.2588 0.5796 0.024 0.000 0.000 0.092 0.876 0.008
#> SRR1466260 1 0.3927 0.4991 0.756 0.000 0.000 0.172 0.000 0.072
#> SRR1079612 4 0.4488 0.5386 0.040 0.200 0.000 0.724 0.000 0.036
#> SRR1315821 6 0.5784 0.8096 0.088 0.000 0.108 0.000 0.164 0.640
#> SRR1417248 2 0.7592 0.0689 0.176 0.392 0.000 0.276 0.012 0.144
#> SRR807517 6 0.4974 0.8500 0.008 0.000 0.148 0.000 0.172 0.672
#> SRR1120961 2 0.1285 0.7704 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1457661 2 0.1082 0.7694 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.2573 0.7525 0.008 0.884 0.000 0.044 0.000 0.064
#> SRR1071429 2 0.0748 0.7701 0.004 0.976 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1378971 4 0.3429 0.5390 0.004 0.252 0.000 0.740 0.004 0.000
#> SRR1120847 2 0.6433 0.0808 0.364 0.460 0.000 0.092 0.000 0.084
#> SRR1081401 1 0.4611 0.6215 0.752 0.004 0.000 0.096 0.036 0.112
#> SRR1477820 4 0.3384 0.3554 0.004 0.000 0.000 0.760 0.008 0.228
#> SRR1442509 2 0.3394 0.6297 0.236 0.752 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.1750 0.7704 0.004 0.928 0.000 0.056 0.008 0.004
#> SRR1435923 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.5030 0.5414 0.020 0.660 0.000 0.236 0.000 0.084
#> SRR1486439 1 0.0891 0.6242 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1342995 2 0.3938 0.4802 0.004 0.672 0.000 0.312 0.012 0.000
#> SRR1314788 6 0.5207 0.6907 0.148 0.000 0.028 0.028 0.084 0.712
#> SRR1090722 2 0.3220 0.7349 0.016 0.844 0.000 0.088 0.000 0.052
#> SRR1356421 1 0.4437 0.6378 0.760 0.116 0.000 0.096 0.004 0.024
#> SRR1101348 4 0.2954 0.4864 0.096 0.004 0.000 0.852 0.000 0.048
#> SRR1455236 5 0.3135 0.5550 0.164 0.008 0.000 0.004 0.816 0.008
#> SRR1465289 1 0.7179 0.3696 0.436 0.284 0.000 0.180 0.008 0.092
#> SRR813431 1 0.2939 0.6098 0.868 0.000 0.004 0.076 0.016 0.036
#> SRR1347100 2 0.3056 0.7323 0.084 0.856 0.000 0.048 0.004 0.008
#> SRR1373921 4 0.5317 0.4591 0.096 0.332 0.000 0.564 0.008 0.000
#> SRR1341142 2 0.4726 0.2769 0.404 0.556 0.000 0.032 0.004 0.004
#> SRR1343053 2 0.1401 0.7725 0.004 0.948 0.000 0.020 0.028 0.000
#> SRR1408494 2 0.2954 0.7527 0.044 0.868 0.000 0.028 0.000 0.060
#> SRR1095213 2 0.0520 0.7719 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1314014 5 0.2724 0.6064 0.032 0.064 0.000 0.000 0.880 0.024
#> SRR1317238 2 0.3801 0.6816 0.036 0.800 0.000 0.036 0.000 0.128
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 1 0.7832 0.4136 0.432 0.180 0.000 0.204 0.040 0.144
#> SRR1380139 1 0.4194 0.5397 0.664 0.020 0.000 0.308 0.008 0.000
#> SRR1308288 2 0.0692 0.7696 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0865 0.7705 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.2898 0.5463 0.060 0.056 0.000 0.868 0.016 0.000
#> SRR1358260 2 0.2558 0.7132 0.004 0.840 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1096946 1 0.7145 0.3893 0.452 0.220 0.000 0.192 0.000 0.136
#> SRR1404421 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.2814 0.7561 0.008 0.872 0.000 0.088 0.016 0.016
#> SRR1309425 6 0.4835 0.6067 0.000 0.000 0.380 0.024 0.024 0.572
#> SRR1087535 1 0.6225 0.5415 0.584 0.088 0.000 0.224 0.004 0.100
#> SRR2185137 4 0.5989 0.4086 0.180 0.164 0.000 0.600 0.056 0.000
#> SRR1437012 3 0.3104 0.6265 0.204 0.000 0.788 0.004 0.000 0.004
#> SRR1343919 4 0.3780 0.5015 0.008 0.048 0.000 0.808 0.016 0.120
#> SRR1081614 2 0.2173 0.7629 0.064 0.904 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1352256 2 0.2892 0.7175 0.136 0.840 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1499156 4 0.3047 0.5651 0.012 0.144 0.000 0.832 0.008 0.004
#> SRR1088241 1 0.5196 0.5637 0.644 0.116 0.000 0.228 0.008 0.004
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9030 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 3 0.0713 0.8713 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.6049 0.5618 0.628 0.016 0.000 0.140 0.052 0.164
#> SRR1328821 2 0.2510 0.7663 0.008 0.884 0.000 0.080 0.000 0.028
#> SRR1357367 2 0.4935 0.3882 0.344 0.592 0.000 0.052 0.012 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.739 0.830 0.925 0.2805 0.798 0.798
#> 3 3 0.592 0.778 0.892 0.8320 0.700 0.626
#> 4 4 0.568 0.695 0.836 0.1018 0.978 0.957
#> 5 5 0.567 0.623 0.779 0.0820 0.958 0.915
#> 6 6 0.600 0.728 0.821 0.0791 0.811 0.605
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1480675 2 0.9129 0.576 0.328 0.672
#> SRR1390331 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1321112 2 0.9552 0.492 0.376 0.624
#> SRR810899 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1105489 2 0.9323 0.544 0.348 0.652
#> SRR1474159 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR811447 2 0.9732 0.432 0.404 0.596
#> SRR817512 2 0.0376 0.909 0.004 0.996
#> SRR815588 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1346957 2 0.9850 0.375 0.428 0.572
#> SRR1364953 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1080859 2 0.9323 0.544 0.348 0.652
#> SRR2165379 2 0.8443 0.655 0.272 0.728
#> SRR1348202 2 0.0938 0.904 0.012 0.988
#> SRR1465938 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.1184 0.901 0.016 0.984
#> SRR1441614 2 0.9552 0.492 0.376 0.624
#> SRR1335536 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1486907 2 0.9944 0.300 0.456 0.544
#> SRR1094287 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0376 0.909 0.004 0.996
#> SRR1458955 2 0.9491 0.508 0.368 0.632
#> SRR1080811 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.8443 0.654 0.272 0.728
#> SRR1078612 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR818850 2 0.9087 0.582 0.324 0.676
#> SRR814943 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1384668 2 0.9323 0.544 0.348 0.652
#> SRR1420791 2 0.9608 0.476 0.384 0.616
#> SRR1394855 2 0.9944 0.300 0.456 0.544
#> SRR1459232 2 0.2603 0.881 0.044 0.956
#> SRR1103118 2 0.9209 0.563 0.336 0.664
#> SRR1441505 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.4022 0.881 0.920 0.080
#> SRR1070479 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1087055 2 0.9323 0.544 0.348 0.652
#> SRR1352069 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.0938 0.903 0.012 0.988
#> SRR1476784 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 1.0000 -0.184 0.504 0.496
#> SRR809667 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.9209 0.563 0.336 0.664
#> SRR2164975 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0376 0.909 0.004 0.996
#> SRR1478593 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0376 0.909 0.004 0.996
#> SRR1488812 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1455946 2 0.9896 0.344 0.440 0.560
#> SRR1355304 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1460279 2 0.9209 0.563 0.336 0.664
#> SRR1321204 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.4298 0.847 0.088 0.912
#> SRR1081449 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.8909 0.606 0.308 0.692
#> SRR1399009 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1101931 2 0.9209 0.563 0.336 0.664
#> SRR2166114 2 0.2423 0.884 0.040 0.960
#> SRR812912 2 0.9944 0.300 0.456 0.544
#> SRR810531 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.4298 0.847 0.088 0.912
#> SRR1319608 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1464394 2 0.9522 0.500 0.372 0.628
#> SRR1400419 2 0.9087 0.582 0.324 0.676
#> SRR820839 2 0.9286 0.550 0.344 0.656
#> SRR1456733 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.8713 0.628 0.292 0.708
#> SRR1399271 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR814082 2 0.9460 0.515 0.364 0.636
#> SRR1466260 1 0.6712 0.746 0.824 0.176
#> SRR1079612 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1477820 2 0.9881 0.354 0.436 0.564
#> SRR1442509 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1435923 2 0.9944 0.300 0.456 0.544
#> SRR1102852 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 0.9248 0.557 0.340 0.660
#> SRR1342995 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.2778 0.916 0.952 0.048
#> SRR1090722 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1101348 2 0.9286 0.550 0.344 0.656
#> SRR1455236 2 0.8713 0.628 0.292 0.708
#> SRR1465289 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR813431 2 0.9209 0.563 0.336 0.664
#> SRR1347100 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.8713 0.628 0.292 0.708
#> SRR1317238 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0376 0.909 0.004 0.996
#> SRR1380139 2 0.0938 0.903 0.012 0.988
#> SRR1308288 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1404421 2 0.9944 0.300 0.456 0.544
#> SRR1319322 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.2423 0.884 0.040 0.960
#> SRR1437012 1 0.2948 0.912 0.948 0.052
#> SRR1343919 2 0.4431 0.843 0.092 0.908
#> SRR1081614 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.4298 0.847 0.088 0.912
#> SRR1088241 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1339130 2 0.9944 0.300 0.456 0.544
#> SRR1079455 2 0.9209 0.563 0.336 0.664
#> SRR1328821 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.911 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.1753 0.86516 0.048 0.952 0.000
#> SRR1480675 1 0.1643 0.83273 0.956 0.044 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.5560 0.66734 0.300 0.700 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.5431 0.68659 0.284 0.716 0.000
#> SRR1081357 2 0.5291 0.70672 0.268 0.732 0.000
#> SRR1321112 1 0.2926 0.82458 0.924 0.036 0.040
#> SRR810899 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.1031 0.83200 0.976 0.024 0.000
#> SRR1474159 2 0.3752 0.81661 0.144 0.856 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.4002 0.80409 0.160 0.840 0.000
#> SRR1471029 2 0.0237 0.87243 0.004 0.996 0.000
#> SRR811447 1 0.2229 0.80436 0.944 0.012 0.044
#> SRR817512 2 0.6291 0.27649 0.468 0.532 0.000
#> SRR815588 2 0.6045 0.51814 0.380 0.620 0.000
#> SRR1380847 2 0.1411 0.86792 0.036 0.964 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.2165 0.85994 0.064 0.936 0.000
#> SRR1346957 1 0.3550 0.78391 0.896 0.024 0.080
#> SRR1364953 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0424 0.87221 0.008 0.992 0.000
#> SRR1069734 2 0.5706 0.63342 0.320 0.680 0.000
#> SRR1080859 1 0.1031 0.83194 0.976 0.024 0.000
#> SRR2165379 1 0.3038 0.78792 0.896 0.104 0.000
#> SRR1348202 1 0.6274 0.00111 0.544 0.456 0.000
#> SRR1465938 2 0.5363 0.69635 0.276 0.724 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0237 0.87235 0.004 0.996 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.5905 0.56901 0.352 0.648 0.000
#> SRR1441614 1 0.2926 0.82458 0.924 0.036 0.040
#> SRR1335536 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0892 0.87088 0.020 0.980 0.000
#> SRR1486907 1 0.2625 0.75410 0.916 0.000 0.084
#> SRR1094287 2 0.5363 0.69635 0.276 0.724 0.000
#> SRR1464577 2 0.0424 0.87231 0.008 0.992 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.3267 0.83446 0.116 0.884 0.000
#> SRR1337977 2 0.1163 0.87000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1398775 2 0.3340 0.83358 0.120 0.880 0.000
#> SRR1090604 2 0.1860 0.86396 0.052 0.948 0.000
#> SRR1419361 2 0.2448 0.85493 0.076 0.924 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 2 0.6267 0.33399 0.452 0.548 0.000
#> SRR1458955 1 0.1636 0.82573 0.964 0.020 0.016
#> SRR1080811 2 0.5397 0.68837 0.280 0.720 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.3412 0.76889 0.876 0.124 0.000
#> SRR1078612 2 0.2448 0.85555 0.076 0.924 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.1753 0.83112 0.952 0.048 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.1031 0.83200 0.976 0.024 0.000
#> SRR1420791 1 0.2176 0.81689 0.948 0.020 0.032
#> SRR1394855 1 0.2625 0.75410 0.916 0.000 0.084
#> SRR1459232 2 0.6299 0.25018 0.476 0.524 0.000
#> SRR1103118 1 0.1411 0.83514 0.964 0.036 0.000
#> SRR1441505 2 0.2711 0.84974 0.088 0.912 0.000
#> SRR1470379 2 0.5431 0.68659 0.284 0.716 0.000
#> SRR1334762 2 0.2878 0.84589 0.096 0.904 0.000
#> SRR1338766 2 0.5760 0.62347 0.328 0.672 0.000
#> SRR1458619 3 0.5948 0.58201 0.360 0.000 0.640
#> SRR1070479 2 0.5431 0.68694 0.284 0.716 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.1031 0.83194 0.976 0.024 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.6244 0.07486 0.560 0.440 0.000
#> SRR1476784 2 0.2878 0.84589 0.096 0.904 0.000
#> SRR1075607 2 0.6008 0.53558 0.372 0.628 0.000
#> SRR1458066 2 0.3267 0.83569 0.116 0.884 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.3551 0.69955 0.868 0.000 0.132
#> SRR809667 2 0.6062 0.50797 0.384 0.616 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.1411 0.83514 0.964 0.036 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.6154 0.45818 0.408 0.592 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.1860 0.86396 0.052 0.948 0.000
#> SRR1097549 2 0.1860 0.86396 0.052 0.948 0.000
#> SRR1082307 2 0.3267 0.83569 0.116 0.884 0.000
#> SRR1419166 2 0.6291 0.28402 0.468 0.532 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.5431 0.68659 0.284 0.716 0.000
#> SRR1312288 2 0.4121 0.79838 0.168 0.832 0.000
#> SRR1455946 1 0.3359 0.77112 0.900 0.016 0.084
#> SRR1355304 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.5327 0.70099 0.272 0.728 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.1411 0.83514 0.964 0.036 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.2066 0.86090 0.060 0.940 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.5591 0.65896 0.304 0.696 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.5948 0.36300 0.640 0.360 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.5363 0.69635 0.276 0.724 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.2448 0.81362 0.924 0.076 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.1411 0.83514 0.964 0.036 0.000
#> SRR2166114 2 0.6008 0.48634 0.372 0.628 0.000
#> SRR812912 1 0.2625 0.75410 0.916 0.000 0.084
#> SRR810531 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.6062 0.29150 0.616 0.384 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.2625 0.85110 0.084 0.916 0.000
#> SRR1076490 2 0.4702 0.76269 0.212 0.788 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0424 0.87219 0.008 0.992 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.5363 0.69635 0.276 0.724 0.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.80995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.1753 0.83112 0.952 0.048 0.000
#> SRR820839 1 0.1163 0.83365 0.972 0.028 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0424 0.87231 0.008 0.992 0.000
#> SRR1080022 2 0.5178 0.71956 0.256 0.744 0.000
#> SRR1093885 2 0.2448 0.85544 0.076 0.924 0.000
#> SRR1072845 1 0.2878 0.79807 0.904 0.096 0.000
#> SRR1399271 2 0.0592 0.87206 0.012 0.988 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.1482 0.82716 0.968 0.020 0.012
#> SRR1466260 3 0.6302 0.32325 0.480 0.000 0.520
#> SRR1079612 2 0.5327 0.70105 0.272 0.728 0.000
#> SRR1315821 3 0.4121 0.81385 0.168 0.000 0.832
#> SRR1417248 2 0.0237 0.87235 0.004 0.996 0.000
#> SRR807517 3 0.4121 0.81385 0.168 0.000 0.832
#> SRR1120961 2 0.0424 0.87238 0.008 0.992 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.2356 0.85716 0.072 0.928 0.000
#> SRR1120847 2 0.5363 0.69635 0.276 0.724 0.000
#> SRR1081401 2 0.5988 0.54488 0.368 0.632 0.000
#> SRR1477820 1 0.3502 0.77545 0.896 0.020 0.084
#> SRR1442509 2 0.6045 0.51814 0.380 0.620 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.2625 0.75410 0.916 0.000 0.084
#> SRR1102852 2 0.0892 0.87088 0.020 0.980 0.000
#> SRR1486439 1 0.1289 0.83463 0.968 0.032 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.5098 0.74119 0.248 0.000 0.752
#> SRR1090722 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.4796 0.75425 0.220 0.780 0.000
#> SRR1101348 1 0.1163 0.83377 0.972 0.028 0.000
#> SRR1455236 1 0.2878 0.79807 0.904 0.096 0.000
#> SRR1465289 2 0.1031 0.87039 0.024 0.976 0.000
#> SRR813431 1 0.1411 0.83514 0.964 0.036 0.000
#> SRR1347100 2 0.2066 0.86153 0.060 0.940 0.000
#> SRR1373921 2 0.6140 0.45954 0.404 0.596 0.000
#> SRR1341142 2 0.3482 0.82635 0.128 0.872 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.2878 0.79807 0.904 0.096 0.000
#> SRR1317238 2 0.1163 0.86990 0.028 0.972 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 2 0.6026 0.52960 0.376 0.624 0.000
#> SRR1380139 1 0.6244 0.07486 0.560 0.440 0.000
#> SRR1308288 2 0.0237 0.87250 0.004 0.996 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.3340 0.83358 0.120 0.880 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.5363 0.69635 0.276 0.724 0.000
#> SRR1404421 1 0.2625 0.75410 0.916 0.000 0.084
#> SRR1319322 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 2 0.5397 0.69209 0.280 0.720 0.000
#> SRR2185137 2 0.6307 0.10456 0.488 0.512 0.000
#> SRR1437012 3 0.5397 0.70711 0.280 0.000 0.720
#> SRR1343919 1 0.5926 0.37316 0.644 0.356 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.3619 0.82119 0.136 0.864 0.000
#> SRR1499156 1 0.5948 0.36300 0.640 0.360 0.000
#> SRR1088241 2 0.4605 0.76353 0.204 0.796 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.92109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.2625 0.75410 0.916 0.000 0.084
#> SRR1079455 1 0.1411 0.83514 0.964 0.036 0.000
#> SRR1328821 2 0.1031 0.87039 0.024 0.976 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.87249 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.2408 0.8343 0.044 0.920 0.000 0.036
#> SRR1480675 1 0.1022 0.5927 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1390331 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084347 2 0.6630 0.5874 0.252 0.612 0.000 0.136
#> SRR1352597 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089643 2 0.6478 0.6159 0.236 0.632 0.000 0.132
#> SRR1081357 2 0.6265 0.6426 0.220 0.656 0.000 0.124
#> SRR1321112 1 0.2198 0.5205 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR810899 3 0.1022 0.8724 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1105489 1 0.2814 0.4451 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1474159 2 0.4773 0.7657 0.120 0.788 0.000 0.092
#> SRR1387308 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR808065 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1073531 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081688 2 0.4605 0.7709 0.108 0.800 0.000 0.092
#> SRR1471029 2 0.0376 0.8473 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR811447 1 0.3636 0.3546 0.820 0.000 0.008 0.172
#> SRR817512 2 0.7283 0.1360 0.420 0.432 0.000 0.148
#> SRR815588 2 0.7096 0.3955 0.344 0.516 0.000 0.140
#> SRR1380847 2 0.1520 0.8436 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR1327327 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322355 2 0.0188 0.8473 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333370 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432476 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345200 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398293 2 0.2996 0.8260 0.044 0.892 0.000 0.064
#> SRR1346957 1 0.4098 0.2981 0.784 0.000 0.012 0.204
#> SRR1364953 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347998 2 0.0672 0.8473 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1069734 2 0.6770 0.5514 0.268 0.592 0.000 0.140
#> SRR1080859 1 0.1389 0.5700 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2165379 1 0.4155 0.4717 0.756 0.004 0.000 0.240
#> SRR1348202 1 0.7180 0.1498 0.504 0.348 0.000 0.148
#> SRR1465938 2 0.6390 0.6307 0.224 0.644 0.000 0.132
#> SRR1381327 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375658 2 0.0336 0.8472 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1379220 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457148 2 0.6971 0.5129 0.276 0.568 0.000 0.156
#> SRR1441614 1 0.2124 0.5248 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1335536 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083554 2 0.1510 0.8441 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1486907 4 0.4843 0.9787 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1094287 2 0.6390 0.6307 0.224 0.644 0.000 0.132
#> SRR1464577 2 0.0336 0.8476 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1380569 2 0.4093 0.7935 0.096 0.832 0.000 0.072
#> SRR1337977 2 0.1724 0.8425 0.020 0.948 0.000 0.032
#> SRR1398775 2 0.3778 0.8037 0.100 0.848 0.000 0.052
#> SRR1090604 2 0.2670 0.8301 0.052 0.908 0.000 0.040
#> SRR1419361 2 0.2816 0.8275 0.064 0.900 0.000 0.036
#> SRR1090650 3 0.0000 0.8793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0469 0.8470 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337052 3 0.0592 0.8757 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1489075 2 0.7251 0.1755 0.416 0.440 0.000 0.144
#> SRR1458955 1 0.3801 0.2498 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1080811 2 0.6055 0.6391 0.240 0.664 0.000 0.096
#> SRR1407734 2 0.0336 0.8471 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1454568 1 0.3004 0.5697 0.892 0.060 0.000 0.048
#> SRR1078612 2 0.3239 0.8215 0.052 0.880 0.000 0.068
#> SRR1345347 3 0.0000 0.8793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.1022 0.8724 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1446911 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818850 1 0.1389 0.5907 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR814943 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347481 3 0.1022 0.8724 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1384668 1 0.2345 0.4960 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1420791 1 0.3479 0.4096 0.840 0.000 0.012 0.148
#> SRR1394855 4 0.4866 0.9775 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1459232 1 0.7253 -0.1463 0.428 0.428 0.000 0.144
#> SRR1103118 1 0.0336 0.5929 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441505 2 0.3796 0.8058 0.056 0.848 0.000 0.096
#> SRR1470379 2 0.6478 0.6159 0.236 0.632 0.000 0.132
#> SRR1334762 2 0.3948 0.8017 0.064 0.840 0.000 0.096
#> SRR1338766 2 0.6814 0.5376 0.276 0.584 0.000 0.140
#> SRR1458619 3 0.7289 0.3628 0.192 0.000 0.528 0.280
#> SRR1070479 2 0.6449 0.6210 0.232 0.636 0.000 0.132
#> SRR1077753 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087055 1 0.1389 0.5700 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1352069 3 0.0000 0.8793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.7072 0.2002 0.524 0.336 0.000 0.140
#> SRR1476784 2 0.3948 0.8017 0.064 0.840 0.000 0.096
#> SRR1075607 2 0.7072 0.4152 0.336 0.524 0.000 0.140
#> SRR1458066 2 0.3652 0.8077 0.092 0.856 0.000 0.052
#> SRR1078299 2 0.0000 0.8472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387685 4 0.5984 0.9190 0.372 0.000 0.048 0.580
#> SRR809667 2 0.7108 0.3835 0.348 0.512 0.000 0.140
#> SRR1322334 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419518 1 0.0188 0.5937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2164975 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081663 2 0.7200 0.3156 0.372 0.484 0.000 0.144
#> SRR1478593 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432145 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1409153 2 0.2670 0.8301 0.052 0.908 0.000 0.040
#> SRR1097549 2 0.2670 0.8301 0.052 0.908 0.000 0.040
#> SRR1082307 2 0.3652 0.8077 0.092 0.856 0.000 0.052
#> SRR1419166 2 0.7284 0.1289 0.424 0.428 0.000 0.148
#> SRR1488812 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381229 2 0.6478 0.6159 0.236 0.632 0.000 0.132
#> SRR1312288 2 0.5092 0.7466 0.140 0.764 0.000 0.096
#> SRR1455946 1 0.4663 0.1038 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR1355304 3 0.0000 0.8793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444264 2 0.6265 0.6430 0.220 0.656 0.000 0.124
#> SRR1332733 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1460279 1 0.0592 0.5905 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1321204 3 0.1022 0.8724 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1351033 2 0.2300 0.8352 0.048 0.924 0.000 0.028
#> SRR1409022 3 0.0592 0.8757 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1311329 2 0.0000 0.8472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.6656 0.5795 0.256 0.608 0.000 0.136
#> SRR1096900 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1431535 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432980 1 0.6756 0.4060 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1081449 3 0.0000 0.8793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.6390 0.6307 0.224 0.644 0.000 0.132
#> SRR1093290 2 0.0000 0.8472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.1356 0.5982 0.960 0.032 0.000 0.008
#> SRR1399009 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101931 1 0.0188 0.5937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166114 2 0.7241 0.4308 0.264 0.540 0.000 0.196
#> SRR812912 4 0.4843 0.9787 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR810531 2 0.0000 0.8472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.6895 0.3796 0.576 0.276 0.000 0.148
#> SRR1319608 3 0.1022 0.8724 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1464960 2 0.3088 0.8233 0.060 0.888 0.000 0.052
#> SRR1076490 2 0.5462 0.7228 0.152 0.736 0.000 0.112
#> SRR1370528 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1068788 2 0.0000 0.8472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR821518 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378660 2 0.0804 0.8466 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1430468 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443847 3 0.0000 0.8793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.6390 0.6307 0.224 0.644 0.000 0.132
#> SRR1464394 1 0.4500 -0.1754 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1400419 1 0.1389 0.5907 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR820839 1 0.1867 0.5407 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1456733 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360218 2 0.0524 0.8475 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1080022 2 0.6050 0.6627 0.212 0.676 0.000 0.112
#> SRR1093885 2 0.3107 0.8214 0.080 0.884 0.000 0.036
#> SRR1072845 1 0.2565 0.5888 0.912 0.032 0.000 0.056
#> SRR1399271 2 0.0895 0.8471 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1361264 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR814082 1 0.3649 0.3056 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1466260 3 0.7714 -0.0557 0.316 0.000 0.440 0.244
#> SRR1079612 2 0.6359 0.6358 0.220 0.648 0.000 0.132
#> SRR1315821 3 0.5716 0.6835 0.088 0.000 0.700 0.212
#> SRR1417248 2 0.0469 0.8473 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR807517 3 0.5716 0.6835 0.088 0.000 0.700 0.212
#> SRR1120961 2 0.0524 0.8473 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1457661 2 0.0469 0.8470 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1420368 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071429 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378971 2 0.2739 0.8295 0.060 0.904 0.000 0.036
#> SRR1120847 2 0.6344 0.6341 0.224 0.648 0.000 0.128
#> SRR1081401 2 0.7059 0.4232 0.332 0.528 0.000 0.140
#> SRR1477820 1 0.4606 0.1240 0.724 0.000 0.012 0.264
#> SRR1442509 2 0.7096 0.3955 0.344 0.516 0.000 0.140
#> SRR1443070 2 0.0188 0.8473 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435923 4 0.4866 0.9775 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1102852 2 0.1510 0.8441 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1486439 1 0.1389 0.5633 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1342995 2 0.0336 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1314788 3 0.6393 0.5837 0.100 0.000 0.616 0.284
#> SRR1090722 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356421 2 0.5742 0.7010 0.168 0.712 0.000 0.120
#> SRR1101348 1 0.1302 0.5746 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1455236 1 0.2644 0.5886 0.908 0.032 0.000 0.060
#> SRR1465289 2 0.1610 0.8435 0.032 0.952 0.000 0.016
#> SRR813431 1 0.0336 0.5929 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347100 2 0.2797 0.8278 0.032 0.900 0.000 0.068
#> SRR1373921 2 0.7120 0.3401 0.368 0.496 0.000 0.136
#> SRR1341142 2 0.4487 0.7789 0.100 0.808 0.000 0.092
#> SRR1343053 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408494 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1095213 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314014 1 0.2644 0.5886 0.908 0.032 0.000 0.060
#> SRR1317238 2 0.1837 0.8413 0.028 0.944 0.000 0.028
#> SRR1071379 3 0.0000 0.8793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.7039 0.4482 0.316 0.540 0.000 0.144
#> SRR1380139 1 0.7072 0.2002 0.524 0.336 0.000 0.140
#> SRR1308288 2 0.0376 0.8474 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1389018 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1399501 2 0.3716 0.8057 0.096 0.852 0.000 0.052
#> SRR1358260 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096946 2 0.6390 0.6307 0.224 0.644 0.000 0.132
#> SRR1404421 4 0.4843 0.9787 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1319322 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1309425 3 0.0000 0.8793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.6374 0.6299 0.228 0.644 0.000 0.128
#> SRR2185137 2 0.7644 0.0200 0.380 0.412 0.000 0.208
#> SRR1437012 3 0.6592 0.5437 0.116 0.000 0.600 0.284
#> SRR1343919 1 0.6715 0.4062 0.604 0.252 0.000 0.144
#> SRR1081614 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1352256 2 0.4424 0.7810 0.100 0.812 0.000 0.088
#> SRR1499156 1 0.6756 0.4060 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1088241 2 0.5147 0.7139 0.200 0.740 0.000 0.060
#> SRR1328125 3 0.0000 0.8793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 4 0.4877 0.9728 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1079455 1 0.0000 0.5943 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.1488 0.8432 0.032 0.956 0.000 0.012
#> SRR1357367 2 0.0188 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 2 0.3241 0.7643 0.024 0.832 0.000 0.144 0.000
#> SRR1480675 1 0.1106 0.6126 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR1390331 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1084347 2 0.6564 0.3646 0.224 0.460 0.000 0.316 0.000
#> SRR1352597 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1089643 2 0.6444 0.4223 0.204 0.488 0.000 0.308 0.000
#> SRR1081357 2 0.6339 0.4505 0.188 0.508 0.000 0.304 0.000
#> SRR1321112 1 0.2278 0.5603 0.908 0.000 0.000 0.032 0.060
#> SRR810899 3 0.1908 0.8539 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1105489 1 0.3365 0.5190 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR1474159 2 0.5004 0.6689 0.092 0.692 0.000 0.216 0.000
#> SRR1387308 2 0.0290 0.8049 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR808065 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1073531 2 0.0290 0.8049 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1081688 2 0.4951 0.6736 0.100 0.704 0.000 0.196 0.000
#> SRR1471029 2 0.0404 0.8061 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR811447 1 0.3844 0.4719 0.804 0.000 0.000 0.064 0.132
#> SRR817512 1 0.6762 0.1776 0.376 0.268 0.000 0.356 0.000
#> SRR815588 2 0.6810 0.0681 0.300 0.352 0.000 0.348 0.000
#> SRR1380847 2 0.1809 0.8002 0.012 0.928 0.000 0.060 0.000
#> SRR1327327 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1322355 2 0.0794 0.8066 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1333370 2 0.0162 0.8057 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432476 2 0.0162 0.8057 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345200 2 0.0162 0.8046 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398293 2 0.3304 0.7728 0.028 0.840 0.000 0.128 0.004
#> SRR1346957 1 0.4602 0.3437 0.708 0.000 0.000 0.052 0.240
#> SRR1364953 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1347998 2 0.1251 0.8053 0.008 0.956 0.000 0.036 0.000
#> SRR1069734 2 0.6622 0.3096 0.232 0.440 0.000 0.328 0.000
#> SRR1080859 1 0.1399 0.5980 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR2165379 1 0.4730 0.4624 0.688 0.000 0.000 0.260 0.052
#> SRR1348202 1 0.6416 0.2843 0.464 0.180 0.000 0.356 0.000
#> SRR1465938 2 0.6337 0.4595 0.192 0.512 0.000 0.296 0.000
#> SRR1381327 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1375658 2 0.0671 0.8065 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1379220 2 0.0162 0.8046 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457148 2 0.6864 0.3442 0.216 0.460 0.000 0.312 0.012
#> SRR1441614 1 0.2209 0.5613 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056
#> SRR1335536 2 0.0451 0.8049 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1083554 2 0.1740 0.8002 0.012 0.932 0.000 0.056 0.000
#> SRR1486907 4 0.6158 0.4098 0.316 0.000 0.000 0.528 0.156
#> SRR1094287 2 0.6363 0.4489 0.192 0.504 0.000 0.304 0.000
#> SRR1464577 2 0.0794 0.8072 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1429579 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1380569 2 0.4541 0.7093 0.084 0.744 0.000 0.172 0.000
#> SRR1337977 2 0.2077 0.7958 0.008 0.908 0.000 0.084 0.000
#> SRR1398775 2 0.4226 0.7331 0.084 0.776 0.000 0.140 0.000
#> SRR1090604 2 0.3412 0.7580 0.028 0.820 0.000 0.152 0.000
#> SRR1419361 2 0.3307 0.7704 0.052 0.844 0.000 0.104 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.8903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0794 0.8064 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1337052 3 0.1043 0.8667 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1489075 1 0.6761 0.1735 0.380 0.268 0.000 0.352 0.000
#> SRR1458955 1 0.4373 0.4153 0.760 0.000 0.000 0.160 0.080
#> SRR1080811 2 0.6250 0.4712 0.204 0.540 0.000 0.256 0.000
#> SRR1407734 2 0.0510 0.8066 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1454568 1 0.3010 0.5853 0.860 0.016 0.000 0.116 0.008
#> SRR1078612 2 0.3523 0.7662 0.032 0.824 0.000 0.140 0.004
#> SRR1345347 3 0.0000 0.8903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.1908 0.8539 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1446911 2 0.0162 0.8057 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR818850 1 0.1386 0.6123 0.952 0.000 0.000 0.032 0.016
#> SRR814943 2 0.0324 0.8057 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1347481 3 0.1908 0.8539 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1384668 1 0.2927 0.5521 0.868 0.000 0.000 0.092 0.040
#> SRR1420791 1 0.3593 0.4962 0.824 0.000 0.000 0.060 0.116
#> SRR1394855 4 0.6096 0.4105 0.316 0.000 0.000 0.536 0.148
#> SRR1459232 1 0.6732 0.1916 0.392 0.256 0.000 0.352 0.000
#> SRR1103118 1 0.0290 0.6113 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441505 2 0.3966 0.7420 0.036 0.784 0.000 0.176 0.004
#> SRR1470379 2 0.6444 0.4223 0.204 0.488 0.000 0.308 0.000
#> SRR1334762 2 0.4078 0.7374 0.040 0.776 0.000 0.180 0.004
#> SRR1338766 2 0.6673 0.2747 0.244 0.424 0.000 0.332 0.000
#> SRR1458619 5 0.5163 0.7755 0.116 0.000 0.128 0.024 0.732
#> SRR1070479 2 0.6410 0.4357 0.200 0.496 0.000 0.304 0.000
#> SRR1077753 2 0.0451 0.8049 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1087055 1 0.1399 0.5980 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR1352069 3 0.0000 0.8903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.6335 0.2990 0.480 0.168 0.000 0.352 0.000
#> SRR1476784 2 0.4078 0.7374 0.040 0.776 0.000 0.180 0.004
#> SRR1075607 2 0.6801 0.0970 0.292 0.360 0.000 0.348 0.000
#> SRR1458066 2 0.4113 0.7381 0.076 0.784 0.000 0.140 0.000
#> SRR1078299 2 0.0324 0.8058 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1387685 4 0.7002 0.2023 0.304 0.000 0.008 0.396 0.292
#> SRR809667 2 0.6813 0.0621 0.304 0.356 0.000 0.340 0.000
#> SRR1322334 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1419518 1 0.0162 0.6119 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2164975 2 0.0771 0.8060 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1081663 4 0.6823 -0.2197 0.336 0.320 0.000 0.344 0.000
#> SRR1478593 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1432145 2 0.0451 0.8049 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1409153 2 0.3412 0.7580 0.028 0.820 0.000 0.152 0.000
#> SRR1097549 2 0.3412 0.7580 0.028 0.820 0.000 0.152 0.000
#> SRR1082307 2 0.4113 0.7381 0.076 0.784 0.000 0.140 0.000
#> SRR1419166 1 0.6734 0.1916 0.388 0.256 0.000 0.356 0.000
#> SRR1488812 2 0.0324 0.8057 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1381229 2 0.6444 0.4223 0.204 0.488 0.000 0.308 0.000
#> SRR1312288 2 0.5268 0.6467 0.112 0.668 0.000 0.220 0.000
#> SRR1455946 1 0.5144 0.2186 0.640 0.000 0.000 0.068 0.292
#> SRR1355304 3 0.0000 0.8903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0162 0.8046 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1444264 2 0.6313 0.4647 0.188 0.516 0.000 0.296 0.000
#> SRR1332733 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1460279 1 0.0898 0.6135 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1321204 3 0.1908 0.8539 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1351033 2 0.2278 0.7931 0.032 0.908 0.000 0.060 0.000
#> SRR1409022 3 0.1043 0.8667 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1311329 2 0.0404 0.8060 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1101304 2 0.6536 0.3734 0.220 0.468 0.000 0.312 0.000
#> SRR1096900 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1431535 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1432980 1 0.5630 0.3822 0.560 0.088 0.000 0.352 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.8903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.6376 0.4432 0.192 0.500 0.000 0.308 0.000
#> SRR1093290 2 0.0324 0.8058 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1380699 1 0.1670 0.6121 0.936 0.012 0.000 0.052 0.000
#> SRR1399009 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1101931 1 0.0162 0.6119 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2166114 2 0.6729 0.2829 0.196 0.456 0.000 0.340 0.008
#> SRR812912 4 0.6158 0.4098 0.316 0.000 0.000 0.528 0.156
#> SRR810531 2 0.0324 0.8058 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1500052 1 0.5845 0.3644 0.540 0.108 0.000 0.352 0.000
#> SRR1319608 3 0.1908 0.8539 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1464960 2 0.3570 0.7643 0.044 0.828 0.000 0.124 0.004
#> SRR1076490 2 0.5642 0.6008 0.136 0.624 0.000 0.240 0.000
#> SRR1370528 2 0.0162 0.8057 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1068788 2 0.0451 0.8062 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1457637 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR821518 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1378660 2 0.1205 0.8049 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR1430468 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1443847 3 0.0000 0.8903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.6376 0.4432 0.192 0.500 0.000 0.308 0.000
#> SRR1464394 1 0.5177 0.2299 0.676 0.000 0.000 0.220 0.104
#> SRR1400419 1 0.1386 0.6123 0.952 0.000 0.000 0.032 0.016
#> SRR820839 1 0.2325 0.5829 0.904 0.000 0.000 0.068 0.028
#> SRR1456733 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1360218 2 0.0451 0.8071 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1080022 2 0.6234 0.4781 0.176 0.528 0.000 0.296 0.000
#> SRR1093885 2 0.3390 0.7680 0.060 0.840 0.000 0.100 0.000
#> SRR1072845 1 0.2305 0.6032 0.896 0.000 0.000 0.092 0.012
#> SRR1399271 2 0.1043 0.8057 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1361264 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR814082 1 0.4212 0.4434 0.776 0.000 0.000 0.144 0.080
#> SRR1466260 5 0.6381 0.5266 0.292 0.000 0.068 0.060 0.580
#> SRR1079612 2 0.6352 0.4502 0.188 0.504 0.000 0.308 0.000
#> SRR1315821 3 0.4907 -0.1927 0.024 0.000 0.492 0.000 0.484
#> SRR1417248 2 0.0510 0.8066 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR807517 3 0.4907 -0.1927 0.024 0.000 0.492 0.000 0.484
#> SRR1120961 2 0.1124 0.8060 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR1457661 2 0.0703 0.8068 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1420368 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1071429 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1378971 2 0.2813 0.7837 0.040 0.876 0.000 0.084 0.000
#> SRR1120847 2 0.6363 0.4477 0.192 0.504 0.000 0.304 0.000
#> SRR1081401 2 0.6800 0.1060 0.292 0.364 0.000 0.344 0.000
#> SRR1477820 1 0.5067 0.2289 0.648 0.000 0.000 0.064 0.288
#> SRR1442509 2 0.6810 0.0681 0.300 0.352 0.000 0.348 0.000
#> SRR1443070 2 0.0794 0.8066 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1435923 4 0.6096 0.4105 0.316 0.000 0.000 0.536 0.148
#> SRR1102852 2 0.1740 0.8002 0.012 0.932 0.000 0.056 0.000
#> SRR1486439 1 0.1836 0.5977 0.932 0.000 0.000 0.036 0.032
#> SRR1342995 2 0.0404 0.8067 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1314788 5 0.4021 0.7372 0.036 0.000 0.200 0.000 0.764
#> SRR1090722 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1356421 2 0.5901 0.5515 0.148 0.584 0.000 0.268 0.000
#> SRR1101348 1 0.1300 0.6007 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1455236 1 0.2248 0.6059 0.900 0.000 0.000 0.088 0.012
#> SRR1465289 2 0.1845 0.7994 0.016 0.928 0.000 0.056 0.000
#> SRR813431 1 0.0290 0.6113 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1347100 2 0.3174 0.7713 0.020 0.844 0.000 0.132 0.004
#> SRR1373921 4 0.6824 -0.2084 0.324 0.332 0.000 0.344 0.000
#> SRR1341142 2 0.4693 0.6919 0.080 0.724 0.000 0.196 0.000
#> SRR1343053 2 0.0162 0.8057 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408494 2 0.0324 0.8057 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1095213 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1314014 1 0.2248 0.6059 0.900 0.000 0.000 0.088 0.012
#> SRR1317238 2 0.2289 0.7949 0.012 0.904 0.000 0.080 0.004
#> SRR1071379 3 0.0000 0.8903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.6779 0.1571 0.284 0.384 0.000 0.332 0.000
#> SRR1380139 1 0.6335 0.2990 0.480 0.168 0.000 0.352 0.000
#> SRR1308288 2 0.0510 0.8068 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1389018 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1399501 2 0.4170 0.7356 0.080 0.780 0.000 0.140 0.000
#> SRR1358260 2 0.0324 0.8035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1096946 2 0.6337 0.4595 0.192 0.512 0.000 0.296 0.000
#> SRR1404421 4 0.6158 0.4098 0.316 0.000 0.000 0.528 0.156
#> SRR1319322 2 0.0451 0.8049 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1309425 3 0.0000 0.8903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.6399 0.4361 0.196 0.496 0.000 0.308 0.000
#> SRR2185137 2 0.7297 -0.1613 0.316 0.332 0.000 0.332 0.020
#> SRR1437012 5 0.4583 0.7635 0.044 0.000 0.192 0.016 0.748
#> SRR1343919 1 0.5618 0.3831 0.564 0.088 0.000 0.348 0.000
#> SRR1081614 2 0.0451 0.8049 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1352256 2 0.4681 0.6941 0.084 0.728 0.000 0.188 0.000
#> SRR1499156 1 0.5630 0.3822 0.560 0.088 0.000 0.352 0.000
#> SRR1088241 2 0.5444 0.6213 0.160 0.660 0.000 0.180 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.8903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 4 0.6121 0.4061 0.324 0.000 0.000 0.528 0.148
#> SRR1079455 1 0.0162 0.6140 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328821 2 0.1981 0.7982 0.016 0.920 0.000 0.064 0.000
#> SRR1357367 2 0.0324 0.8057 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.3351 0.5626 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1480675 1 0.2103 0.8251 0.912 0.000 0.000 0.020 0.056 0.012
#> SRR1390331 2 0.0146 0.8491 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084347 5 0.3852 0.7274 0.012 0.324 0.000 0.000 0.664 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.8473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 5 0.3833 0.7149 0.008 0.344 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR1081357 5 0.3647 0.6949 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1321112 1 0.2901 0.8060 0.872 0.000 0.000 0.056 0.040 0.032
#> SRR810899 3 0.1714 0.9124 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.4196 0.7495 0.740 0.000 0.000 0.000 0.116 0.144
#> SRR1474159 2 0.3937 0.0014 0.004 0.572 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1387308 2 0.0363 0.8511 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.8473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0547 0.8525 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1081688 2 0.3789 0.0329 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1471029 2 0.0790 0.8545 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR811447 1 0.4241 0.7446 0.776 0.000 0.000 0.104 0.036 0.084
#> SRR817512 5 0.3923 0.6895 0.080 0.144 0.000 0.004 0.772 0.000
#> SRR815588 5 0.3043 0.7536 0.008 0.200 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1380847 2 0.2048 0.8095 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1327327 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1322355 2 0.1007 0.8525 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1333370 2 0.0937 0.8524 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1432476 2 0.0790 0.8531 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1345200 2 0.0260 0.8507 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1398293 2 0.3050 0.6566 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1346957 1 0.4220 0.5827 0.708 0.000 0.000 0.244 0.008 0.040
#> SRR1364953 2 0.0000 0.8473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.1556 0.8382 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1069734 5 0.3351 0.7441 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1080859 1 0.2279 0.8239 0.904 0.000 0.000 0.016 0.056 0.024
#> SRR2165379 1 0.6066 0.2201 0.524 0.000 0.000 0.060 0.328 0.088
#> SRR1348202 5 0.3495 0.5641 0.128 0.060 0.000 0.004 0.808 0.000
#> SRR1465938 5 0.3807 0.6850 0.004 0.368 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1381327 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1375658 2 0.0937 0.8529 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1379220 2 0.0260 0.8507 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457148 5 0.5678 0.5871 0.060 0.348 0.000 0.012 0.552 0.028
#> SRR1441614 1 0.2825 0.8064 0.876 0.000 0.000 0.056 0.040 0.028
#> SRR1335536 2 0.0713 0.8539 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1083554 2 0.2260 0.7928 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1486907 6 0.1714 0.9542 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1094287 5 0.3782 0.6961 0.004 0.360 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1464577 2 0.1267 0.8466 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1429579 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1380569 2 0.3659 0.2855 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1337977 2 0.2340 0.7812 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1398775 2 0.3531 0.4515 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1090604 2 0.3446 0.5144 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1419361 2 0.2969 0.6717 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.1501 0.8387 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1337052 3 0.1049 0.9232 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1489075 5 0.3377 0.6961 0.056 0.136 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1458955 1 0.4787 0.6946 0.692 0.000 0.000 0.020 0.076 0.212
#> SRR1080811 5 0.3890 0.5903 0.004 0.400 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1407734 2 0.1141 0.8493 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1454568 1 0.3938 0.6306 0.660 0.000 0.000 0.016 0.324 0.000
#> SRR1078612 2 0.3151 0.6285 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.1714 0.9124 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0632 0.8529 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR818850 1 0.2449 0.8217 0.888 0.000 0.000 0.020 0.080 0.012
#> SRR814943 2 0.0865 0.8539 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1347481 3 0.1714 0.9124 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.3834 0.7789 0.776 0.000 0.000 0.000 0.116 0.108
#> SRR1420791 1 0.4209 0.7560 0.780 0.000 0.000 0.112 0.052 0.056
#> SRR1394855 6 0.2020 0.9519 0.096 0.000 0.000 0.000 0.008 0.896
#> SRR1459232 5 0.4153 0.6891 0.096 0.148 0.000 0.004 0.752 0.000
#> SRR1103118 1 0.1584 0.8276 0.928 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1441505 2 0.3428 0.4938 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1470379 5 0.3833 0.7149 0.008 0.344 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR1334762 2 0.3499 0.4519 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1338766 5 0.3956 0.7413 0.024 0.292 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR1458619 4 0.3396 0.5763 0.112 0.000 0.040 0.828 0.000 0.020
#> SRR1070479 5 0.3607 0.7100 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1077753 2 0.0632 0.8537 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1087055 1 0.2279 0.8239 0.904 0.000 0.000 0.016 0.056 0.024
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 5 0.2909 0.5221 0.136 0.028 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1476784 2 0.3499 0.4519 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1075607 5 0.3103 0.7548 0.008 0.208 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1458066 2 0.3499 0.4713 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1078299 2 0.0713 0.8541 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1387685 6 0.4548 0.7476 0.120 0.000 0.004 0.164 0.000 0.712
#> SRR809667 5 0.3073 0.7515 0.008 0.204 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR1322334 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1419518 1 0.1471 0.8276 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2164975 2 0.1700 0.8185 0.000 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1081663 5 0.3488 0.7440 0.036 0.184 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1478593 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1432145 2 0.0547 0.8534 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1409153 2 0.3446 0.5144 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1097549 2 0.3446 0.5144 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1082307 2 0.3499 0.4713 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1419166 5 0.3454 0.6769 0.060 0.124 0.000 0.004 0.812 0.000
#> SRR1488812 2 0.0790 0.8542 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1381229 5 0.3833 0.7149 0.008 0.344 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR1312288 2 0.3847 -0.1487 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1455946 1 0.4825 0.4880 0.640 0.000 0.000 0.284 0.008 0.068
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0260 0.8507 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1444264 5 0.3819 0.6805 0.004 0.372 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1332733 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1460279 1 0.2250 0.8277 0.888 0.000 0.000 0.000 0.092 0.020
#> SRR1321204 3 0.1714 0.9124 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.2416 0.7746 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1409022 3 0.1049 0.9232 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1311329 2 0.0713 0.8548 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1101304 5 0.3499 0.7316 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1096900 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1431535 2 0.0146 0.8495 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432980 5 0.3301 0.3734 0.216 0.008 0.000 0.004 0.772 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 5 0.3782 0.6990 0.004 0.360 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1093290 2 0.0713 0.8541 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1380699 1 0.2597 0.7869 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1399009 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1101931 1 0.1471 0.8276 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2166114 5 0.6572 0.3847 0.088 0.356 0.000 0.008 0.468 0.080
#> SRR812912 6 0.1714 0.9542 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR810531 2 0.0790 0.8541 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1500052 5 0.3564 0.4166 0.204 0.024 0.000 0.004 0.768 0.000
#> SRR1319608 3 0.1714 0.9124 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.3126 0.6206 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1076490 5 0.3867 0.3656 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1370528 2 0.0632 0.8529 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1068788 2 0.0865 0.8540 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1457637 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR821518 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1378660 2 0.1863 0.8223 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1430468 2 0.0146 0.8487 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 5 0.3769 0.7011 0.004 0.356 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1464394 1 0.4909 0.5456 0.612 0.000 0.000 0.012 0.056 0.320
#> SRR1400419 1 0.2449 0.8217 0.888 0.000 0.000 0.020 0.080 0.012
#> SRR820839 1 0.3449 0.8000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.116 0.076
#> SRR1456733 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1360218 2 0.1204 0.8489 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1080022 5 0.3706 0.6570 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR1093885 2 0.3050 0.6782 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1072845 1 0.3627 0.7417 0.752 0.000 0.000 0.020 0.224 0.004
#> SRR1399271 2 0.1610 0.8350 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1361264 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR814082 1 0.4726 0.7058 0.704 0.000 0.000 0.020 0.080 0.196
#> SRR1466260 4 0.5065 0.2898 0.280 0.000 0.000 0.632 0.020 0.068
#> SRR1079612 5 0.3795 0.6940 0.004 0.364 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1315821 4 0.4566 0.2962 0.020 0.000 0.484 0.488 0.008 0.000
#> SRR1417248 2 0.1327 0.8438 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR807517 4 0.4566 0.2962 0.020 0.000 0.484 0.488 0.008 0.000
#> SRR1120961 2 0.1387 0.8434 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1457661 2 0.1267 0.8469 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1420368 2 0.0146 0.8495 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1071429 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1378971 2 0.2793 0.7248 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1120847 5 0.3782 0.6982 0.004 0.360 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1081401 5 0.3161 0.7554 0.008 0.216 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1477820 1 0.4722 0.4945 0.648 0.000 0.000 0.284 0.008 0.060
#> SRR1442509 5 0.3043 0.7536 0.008 0.200 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1443070 2 0.1007 0.8525 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1435923 6 0.1970 0.9523 0.092 0.000 0.000 0.000 0.008 0.900
#> SRR1102852 2 0.2260 0.7928 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1486439 1 0.2937 0.8176 0.848 0.000 0.000 0.000 0.096 0.056
#> SRR1342995 2 0.1204 0.8486 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1314788 4 0.2812 0.6285 0.028 0.000 0.104 0.860 0.008 0.000
#> SRR1090722 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1356421 5 0.3833 0.5232 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1101348 1 0.2400 0.8258 0.896 0.000 0.000 0.016 0.064 0.024
#> SRR1455236 1 0.3471 0.7699 0.784 0.000 0.000 0.020 0.188 0.008
#> SRR1465289 2 0.2300 0.7896 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR813431 1 0.1584 0.8276 0.928 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1347100 2 0.3076 0.6363 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1373921 5 0.3520 0.7463 0.036 0.188 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1341142 2 0.3747 0.1521 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1343053 2 0.0713 0.8534 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1408494 2 0.0458 0.8521 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1095213 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1314014 1 0.3471 0.7699 0.784 0.000 0.000 0.020 0.188 0.008
#> SRR1317238 2 0.2219 0.7850 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 5 0.4182 0.7538 0.040 0.256 0.000 0.004 0.700 0.000
#> SRR1380139 5 0.2909 0.5221 0.136 0.028 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1308288 2 0.0790 0.8546 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1389018 2 0.0291 0.8436 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1399501 2 0.3515 0.4628 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR1358260 2 0.0146 0.8491 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1096946 5 0.3807 0.6850 0.004 0.368 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1404421 6 0.1714 0.9542 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1319322 2 0.0547 0.8534 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 5 0.3607 0.7106 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2185137 5 0.6900 0.2894 0.132 0.252 0.000 0.020 0.516 0.080
#> SRR1437012 4 0.3150 0.6300 0.036 0.000 0.104 0.844 0.000 0.016
#> SRR1343919 5 0.3357 0.3683 0.224 0.008 0.000 0.004 0.764 0.000
#> SRR1081614 2 0.0547 0.8534 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1352256 2 0.3727 0.1842 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1499156 5 0.3273 0.3774 0.212 0.008 0.000 0.004 0.776 0.000
#> SRR1088241 2 0.3950 0.0914 0.004 0.564 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 6 0.2118 0.9442 0.104 0.000 0.000 0.000 0.008 0.888
#> SRR1079455 1 0.1387 0.8285 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1328821 2 0.2416 0.7767 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1357367 2 0.0865 0.8539 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.799 0.933 0.965 0.3786 0.603 0.603
#> 3 3 0.930 0.953 0.983 0.3424 0.836 0.739
#> 4 4 0.928 0.934 0.959 0.3777 0.748 0.514
#> 5 5 0.702 0.655 0.768 0.0840 0.866 0.583
#> 6 6 0.678 0.568 0.746 0.0509 0.921 0.690
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.753 0.826 0.784 0.216
#> SRR1390331 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.373 0.894 0.928 0.072
#> SRR810899 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.730 0.838 0.796 0.204
#> SRR1474159 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.118 0.902 0.984 0.016
#> SRR817512 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.311 0.897 0.944 0.056
#> SRR1364953 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.697 0.853 0.812 0.188
#> SRR2165379 1 0.697 0.853 0.812 0.188
#> SRR1348202 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.494 0.885 0.892 0.108
#> SRR1335536 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.671 0.860 0.824 0.176
#> SRR1080811 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.697 0.853 0.812 0.188
#> SRR814943 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.753 0.826 0.784 0.216
#> SRR1420791 1 0.671 0.860 0.824 0.176
#> SRR1394855 1 0.689 0.855 0.816 0.184
#> SRR1459232 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.671 0.860 0.824 0.176
#> SRR1441505 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.697 0.853 0.812 0.188
#> SRR1352069 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476784 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.975 0.460 0.592 0.408
#> SRR2164975 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.753 0.826 0.784 0.216
#> SRR1321204 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.978 0.162 0.412 0.588
#> SRR1399009 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.697 0.853 0.812 0.188
#> SRR2166114 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.295 0.898 0.948 0.052
#> SRR1400419 1 0.795 0.793 0.760 0.240
#> SRR820839 1 0.753 0.826 0.784 0.216
#> SRR1456733 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.955 0.286 0.376 0.624
#> SRR1399271 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.753 0.826 0.784 0.216
#> SRR1466260 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.518 0.882 0.884 0.116
#> SRR1442509 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.689 0.855 0.816 0.184
#> SRR1102852 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.753 0.826 0.784 0.216
#> SRR1342995 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.738 0.834 0.792 0.208
#> SRR1455236 2 0.998 -0.101 0.476 0.524
#> SRR1465289 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.697 0.853 0.812 0.188
#> SRR1347100 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.917 0.415 0.332 0.668
#> SRR1317238 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.973 0.191 0.404 0.596
#> SRR1081614 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.697 0.853 0.812 0.188
#> SRR1079455 2 0.430 0.879 0.088 0.912
#> SRR1328821 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.000 0.984 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.3879 0.8219 0.152 0.848 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 2 0.4062 0.8063 0.164 0.836 0.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 1 0.2878 0.8013 0.904 0.096 0.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.4062 0.8063 0.164 0.836 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.4062 0.8063 0.164 0.836 0.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458619 3 0.6168 0.3562 0.412 0.000 0.588
#> SRR1070479 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR809667 2 0.0747 0.9732 0.016 0.984 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.4062 0.8063 0.164 0.836 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419166 1 0.6305 0.0653 0.516 0.484 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.4062 0.8063 0.164 0.836 0.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.4062 0.8063 0.164 0.836 0.000
#> SRR812912 3 0.5706 0.5574 0.320 0.000 0.680
#> SRR810531 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 1 0.6154 0.3147 0.592 0.408 0.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.4062 0.8063 0.164 0.836 0.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 1 0.6168 0.3037 0.588 0.412 0.000
#> SRR1380139 2 0.0237 0.9851 0.004 0.996 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437012 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9651 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9505 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9890 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1480675 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390331 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1084347 4 0.0188 0.941 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1352597 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1089643 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081357 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1321112 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR810899 3 0.1004 0.963 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR1105489 1 0.0376 0.963 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1474159 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1387308 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR808065 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1073531 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1081688 4 0.1867 0.896 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1471029 2 0.1389 0.980 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR811447 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR817512 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR815588 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380847 4 0.3649 0.769 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1327327 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1322355 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1333370 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1432476 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1345200 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1398293 4 0.1302 0.918 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1346957 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364953 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1347998 4 0.3610 0.774 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1069734 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165379 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348202 4 0.1118 0.910 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1465938 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1375658 4 0.3837 0.742 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1379220 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1457148 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335536 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1083554 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1486907 1 0.0336 0.958 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1429579 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1380569 4 0.2814 0.844 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1337977 4 0.3610 0.774 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1398775 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1090604 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419361 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1090650 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 4 0.4746 0.471 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1337052 3 0.0188 0.970 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1489075 4 0.1118 0.910 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1458955 1 0.0376 0.963 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1080811 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407734 4 0.4843 0.399 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1454568 1 0.4304 0.580 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1078612 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1345347 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.1004 0.963 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR1446911 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR818850 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814943 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1347481 3 0.1004 0.963 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR1384668 1 0.0376 0.963 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1420791 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394855 1 0.0524 0.961 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1459232 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1103118 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1441505 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1470379 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1334762 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1338766 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.4905 0.393 0.632 0.004 0.364 0.000
#> SRR1070479 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1087055 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352069 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476784 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1075607 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1387685 1 0.0657 0.955 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR809667 4 0.0336 0.942 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1322334 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1419518 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2164975 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1081663 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1478593 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1432145 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1409153 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1097549 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1082307 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419166 4 0.0707 0.927 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1488812 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1381229 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1312288 4 0.3444 0.791 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1455946 1 0.0376 0.959 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1444264 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1332733 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1460279 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321204 3 0.1004 0.963 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR1351033 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1409022 3 0.0188 0.970 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311329 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1101304 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1096900 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1431535 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1432980 4 0.1118 0.910 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1081449 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1380699 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1399009 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1101931 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166114 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR812912 3 0.5827 0.324 0.396 0.036 0.568 0.000
#> SRR810531 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1500052 1 0.4072 0.631 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1319608 3 0.1004 0.963 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR1464960 4 0.3528 0.783 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1076490 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1370528 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1068788 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1457637 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR821518 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1378660 4 0.3764 0.753 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1430468 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1443847 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0524 0.961 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1400419 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820839 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456733 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1360218 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1080022 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1093885 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1072845 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1399271 2 0.3907 0.707 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1361264 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR814082 1 0.0376 0.963 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1466260 1 0.0376 0.959 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1079612 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1315821 3 0.0188 0.970 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1417248 4 0.2921 0.836 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR807517 3 0.0188 0.970 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1120961 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1457661 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1420368 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1071429 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1378971 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1120847 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1081401 4 0.0817 0.923 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1477820 1 0.0376 0.959 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1442509 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443070 4 0.4697 0.499 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1435923 1 0.0336 0.958 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1102852 4 0.1867 0.896 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1486439 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342995 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1314788 3 0.1978 0.909 0.068 0.004 0.928 0.000
#> SRR1090722 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1356421 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1101348 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455236 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465289 4 0.0336 0.942 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR813431 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347100 4 0.2345 0.873 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1373921 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1341142 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1343053 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1408494 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1095213 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1314014 1 0.3649 0.702 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1317238 4 0.3764 0.753 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1071379 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0817 0.923 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1380139 4 0.0188 0.941 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1308288 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1389018 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1399501 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1358260 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1096946 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0469 0.956 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1309425 3 0.0188 0.970 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1087535 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2185137 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1437012 3 0.0188 0.970 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1343919 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081614 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1352256 4 0.3024 0.828 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1499156 4 0.1302 0.904 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1088241 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1328125 3 0.0188 0.970 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1339130 1 0.0524 0.961 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1079455 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328821 4 0.0188 0.944 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357367 2 0.1118 0.995 0.000 0.964 0.000 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.3521 0.6746 0.000 0.232 0.000 0.764 0.004
#> SRR1480675 1 0.0912 0.9140 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR1390331 5 0.0880 0.7525 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1084347 4 0.2806 0.8097 0.004 0.152 0.000 0.844 0.000
#> SRR1352597 5 0.1544 0.7359 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1089643 4 0.2124 0.8155 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR1081357 4 0.1430 0.8064 0.004 0.052 0.000 0.944 0.000
#> SRR1321112 1 0.0703 0.9140 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.1124 0.9468 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1105489 1 0.1792 0.9102 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.4451 0.2457 0.000 0.492 0.000 0.504 0.004
#> SRR1387308 2 0.4302 0.0806 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR808065 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073531 5 0.4307 -0.0455 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1081688 2 0.5000 0.2480 0.000 0.576 0.000 0.388 0.036
#> SRR1471029 2 0.4522 0.1978 0.000 0.552 0.000 0.008 0.440
#> SRR811447 1 0.0703 0.9140 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0771 0.7887 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR815588 4 0.1041 0.8009 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1380847 2 0.4788 0.5588 0.000 0.696 0.000 0.240 0.064
#> SRR1327327 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.4283 0.1618 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1333370 2 0.4268 0.1961 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1432476 5 0.4307 -0.0296 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1345200 5 0.4307 -0.0455 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1398293 2 0.4067 0.4644 0.000 0.692 0.000 0.300 0.008
#> SRR1346957 1 0.0510 0.9147 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 5 0.4287 0.1161 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1347998 2 0.4597 0.5365 0.000 0.696 0.000 0.260 0.044
#> SRR1069734 4 0.1357 0.8080 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1080859 1 0.0992 0.9155 0.968 0.024 0.000 0.008 0.000
#> SRR2165379 1 0.0510 0.9165 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.0771 0.7854 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1465938 4 0.2970 0.8009 0.000 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1381327 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.4847 0.5609 0.000 0.692 0.000 0.240 0.068
#> SRR1379220 5 0.2929 0.6508 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1457148 4 0.3635 0.7585 0.000 0.248 0.000 0.748 0.004
#> SRR1441614 1 0.0510 0.9147 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.4307 0.0192 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1083554 2 0.4367 0.1608 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004
#> SRR1486907 1 0.3109 0.8625 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.2848 0.8066 0.000 0.156 0.000 0.840 0.004
#> SRR1464577 2 0.4249 0.2267 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1429579 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380569 4 0.4969 0.4504 0.000 0.376 0.000 0.588 0.036
#> SRR1337977 2 0.4622 0.5358 0.000 0.692 0.000 0.264 0.044
#> SRR1398775 4 0.3123 0.7958 0.000 0.184 0.000 0.812 0.004
#> SRR1090604 4 0.3461 0.6769 0.000 0.224 0.000 0.772 0.004
#> SRR1419361 2 0.4264 0.2533 0.000 0.620 0.000 0.376 0.004
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.5532 0.5828 0.000 0.648 0.000 0.196 0.156
#> SRR1337052 3 0.0162 0.9561 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0898 0.7828 0.008 0.020 0.000 0.972 0.000
#> SRR1458955 1 0.1732 0.9129 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 4 0.1124 0.7978 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR1407734 2 0.5399 0.5843 0.000 0.664 0.000 0.188 0.148
#> SRR1454568 4 0.4933 0.3844 0.236 0.076 0.000 0.688 0.000
#> SRR1078612 2 0.4375 0.0774 0.000 0.576 0.000 0.420 0.004
#> SRR1345347 3 0.0162 0.9561 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.1124 0.9468 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1446911 2 0.4305 0.0558 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR818850 1 0.0510 0.9157 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.4219 0.2613 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1347481 3 0.1124 0.9468 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1384668 1 0.1544 0.9119 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0404 0.9150 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.3039 0.8651 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0955 0.7955 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR1103118 1 0.0404 0.9150 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.4451 -0.2469 0.000 0.504 0.000 0.492 0.004
#> SRR1470379 4 0.2233 0.8130 0.004 0.104 0.000 0.892 0.000
#> SRR1334762 4 0.3838 0.7147 0.000 0.280 0.000 0.716 0.004
#> SRR1338766 4 0.1205 0.7998 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1458619 1 0.3051 0.8502 0.864 0.060 0.076 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.2719 0.8104 0.000 0.144 0.000 0.852 0.004
#> SRR1077753 5 0.3774 0.5194 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1087055 1 0.0992 0.9155 0.968 0.024 0.000 0.008 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.5203 0.6188 0.648 0.080 0.000 0.272 0.000
#> SRR1476784 4 0.4390 0.4086 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004
#> SRR1075607 4 0.1041 0.8009 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1458066 4 0.2488 0.8139 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004
#> SRR1078299 2 0.4306 0.0301 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1387685 1 0.2690 0.8580 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 4 0.1430 0.8084 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR1322334 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.1211 0.9119 0.960 0.024 0.000 0.016 0.000
#> SRR2164975 5 0.0290 0.7600 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1081663 4 0.2338 0.8151 0.004 0.112 0.000 0.884 0.000
#> SRR1478593 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432145 5 0.3707 0.5413 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1409153 4 0.4047 0.5065 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> SRR1097549 4 0.3398 0.6970 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004
#> SRR1082307 4 0.3048 0.7979 0.000 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1419166 4 0.0955 0.7843 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR1488812 5 0.4060 0.4073 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1381229 4 0.2233 0.8130 0.004 0.104 0.000 0.892 0.000
#> SRR1312288 2 0.4817 0.4712 0.000 0.656 0.000 0.300 0.044
#> SRR1455946 1 0.0794 0.9131 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 5 0.3366 0.5980 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1444264 4 0.3461 0.7698 0.000 0.224 0.000 0.772 0.004
#> SRR1332733 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.1478 0.9119 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.1124 0.9468 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1351033 4 0.4449 0.2667 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR1409022 3 0.0162 0.9561 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.4268 0.1979 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1101304 4 0.2629 0.8143 0.000 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR1096900 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431535 5 0.4256 0.1986 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1432980 4 0.1750 0.7598 0.036 0.028 0.000 0.936 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.2848 0.8066 0.000 0.156 0.000 0.840 0.004
#> SRR1093290 2 0.4227 0.2551 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1380699 1 0.2388 0.9025 0.900 0.072 0.000 0.028 0.000
#> SRR1399009 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.0162 0.9161 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.3010 0.8052 0.004 0.172 0.000 0.824 0.000
#> SRR812912 3 0.6474 0.2413 0.328 0.200 0.472 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.4313 0.3550 0.000 0.636 0.000 0.008 0.356
#> SRR1500052 4 0.4933 0.3956 0.236 0.076 0.000 0.688 0.000
#> SRR1319608 3 0.1124 0.9468 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1464960 2 0.4622 0.5358 0.000 0.692 0.000 0.264 0.044
#> SRR1076490 4 0.3838 0.7116 0.000 0.280 0.000 0.716 0.004
#> SRR1370528 5 0.4235 0.2192 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1068788 2 0.4307 0.0151 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1457637 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821518 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.4865 0.5517 0.000 0.684 0.000 0.252 0.064
#> SRR1430468 5 0.4242 0.2392 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.2338 0.8147 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR1464394 1 0.3109 0.8634 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.1485 0.9064 0.948 0.020 0.000 0.032 0.000
#> SRR820839 1 0.1544 0.9121 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.3928 0.4606 0.000 0.700 0.000 0.296 0.004
#> SRR1080022 4 0.1638 0.8045 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1093885 4 0.3990 0.6589 0.000 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR1072845 1 0.4038 0.8238 0.792 0.080 0.000 0.128 0.000
#> SRR1399271 2 0.5245 0.3659 0.000 0.608 0.000 0.064 0.328
#> SRR1361264 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.2074 0.9067 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.1410 0.9043 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.3048 0.7979 0.000 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1315821 3 0.0290 0.9553 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.4576 0.5213 0.000 0.692 0.000 0.268 0.040
#> SRR807517 3 0.0290 0.9553 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.4235 0.2446 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1457661 5 0.4227 0.2202 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1420368 5 0.1908 0.7220 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1071429 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378971 4 0.3741 0.7338 0.000 0.264 0.000 0.732 0.004
#> SRR1120847 4 0.4299 0.5401 0.000 0.388 0.000 0.608 0.004
#> SRR1081401 4 0.0771 0.7887 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1477820 1 0.0609 0.9143 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.1041 0.8009 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1443070 2 0.5136 0.5950 0.000 0.688 0.000 0.196 0.116
#> SRR1435923 1 0.3039 0.8651 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.4498 0.5059 0.000 0.688 0.000 0.280 0.032
#> SRR1486439 1 0.1544 0.9117 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.4307 0.0130 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1314788 3 0.3877 0.7220 0.212 0.024 0.764 0.000 0.000
#> SRR1090722 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356421 4 0.4101 0.6438 0.000 0.332 0.000 0.664 0.004
#> SRR1101348 1 0.1697 0.9126 0.932 0.060 0.000 0.008 0.000
#> SRR1455236 1 0.3644 0.8528 0.824 0.080 0.000 0.096 0.000
#> SRR1465289 2 0.4067 0.4529 0.000 0.692 0.000 0.300 0.008
#> SRR813431 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.4527 0.5224 0.000 0.692 0.000 0.272 0.036
#> SRR1373921 4 0.0771 0.7887 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1341142 4 0.4449 0.2753 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR1343053 2 0.4297 0.1078 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1408494 5 0.4278 0.1290 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1095213 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314014 1 0.5652 0.4823 0.552 0.088 0.000 0.360 0.000
#> SRR1317238 2 0.4706 0.5455 0.000 0.692 0.000 0.256 0.052
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0771 0.7876 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1380139 4 0.2179 0.8151 0.000 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR1308288 2 0.4273 0.1857 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1389018 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399501 4 0.2674 0.8116 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1358260 5 0.0000 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096946 4 0.2763 0.8090 0.000 0.148 0.000 0.848 0.004
#> SRR1404421 1 0.3177 0.8591 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 5 0.3876 0.4981 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1309425 3 0.0290 0.9553 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.2488 0.8152 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004
#> SRR2185137 4 0.3741 0.7458 0.000 0.264 0.000 0.732 0.004
#> SRR1437012 3 0.1410 0.9294 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.2694 0.8959 0.884 0.076 0.000 0.040 0.000
#> SRR1081614 2 0.4256 0.2178 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1352256 2 0.4622 0.5358 0.000 0.692 0.000 0.264 0.044
#> SRR1499156 4 0.2450 0.7214 0.028 0.076 0.000 0.896 0.000
#> SRR1088241 4 0.3990 0.6394 0.000 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR1328125 3 0.0162 0.9561 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.3039 0.8651 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.3323 0.8590 0.844 0.056 0.000 0.100 0.000
#> SRR1328821 4 0.4425 0.3961 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1357367 2 0.4262 0.2073 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 6 0.5503 0.4822 0.000 0.372 0.000 0.096 0.012 0.520
#> SRR1480675 1 0.1124 0.8632 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1390331 5 0.3747 0.7814 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1084347 2 0.3794 0.3373 0.000 0.744 0.000 0.040 0.000 0.216
#> SRR1352597 5 0.3860 0.6239 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1089643 2 0.1444 0.4956 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1081357 2 0.4265 -0.0281 0.000 0.596 0.000 0.016 0.004 0.384
#> SRR1321112 1 0.1074 0.8627 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR810899 3 0.1657 0.9145 0.000 0.000 0.928 0.000 0.056 0.016
#> SRR1105489 1 0.2786 0.8467 0.860 0.000 0.000 0.000 0.056 0.084
#> SRR1474159 2 0.4386 0.3731 0.000 0.684 0.000 0.260 0.004 0.052
#> SRR1387308 4 0.2074 0.6365 0.000 0.004 0.000 0.912 0.048 0.036
#> SRR808065 5 0.3371 0.9355 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1073531 4 0.2136 0.6280 0.000 0.000 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR1081688 4 0.5973 0.0370 0.000 0.308 0.000 0.472 0.004 0.216
#> SRR1471029 4 0.2485 0.6386 0.000 0.012 0.000 0.892 0.040 0.056
#> SRR811447 1 0.1074 0.8627 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR817512 2 0.3797 -0.0962 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR815588 2 0.4046 -0.0345 0.000 0.620 0.000 0.008 0.004 0.368
#> SRR1380847 4 0.4592 0.5369 0.000 0.240 0.000 0.680 0.004 0.076
#> SRR1327327 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1322355 4 0.1116 0.6550 0.000 0.004 0.000 0.960 0.028 0.008
#> SRR1333370 4 0.0993 0.6573 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1432476 4 0.2136 0.6281 0.000 0.000 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR1345200 4 0.1995 0.6304 0.000 0.000 0.000 0.912 0.052 0.036
#> SRR1398293 4 0.5102 0.1696 0.000 0.428 0.000 0.508 0.012 0.052
#> SRR1346957 1 0.0622 0.8646 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1364953 4 0.2263 0.5889 0.000 0.000 0.000 0.884 0.100 0.016
#> SRR1347998 4 0.4026 0.5401 0.000 0.252 0.000 0.712 0.004 0.032
#> SRR1069734 2 0.3357 0.2948 0.000 0.764 0.000 0.008 0.004 0.224
#> SRR1080859 1 0.1196 0.8634 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR2165379 1 0.1649 0.8559 0.932 0.000 0.000 0.000 0.036 0.032
#> SRR1348202 2 0.3578 0.0830 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1465938 2 0.1367 0.5243 0.000 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> SRR1381327 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1375658 4 0.4151 0.5249 0.000 0.276 0.000 0.684 0.000 0.040
#> SRR1379220 4 0.4129 -0.3644 0.000 0.000 0.000 0.564 0.424 0.012
#> SRR1457148 2 0.4596 0.4410 0.000 0.748 0.000 0.128 0.052 0.072
#> SRR1441614 1 0.0725 0.8647 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1335536 4 0.2772 0.6014 0.000 0.004 0.000 0.864 0.092 0.040
#> SRR1083554 4 0.6020 0.0233 0.000 0.372 0.000 0.420 0.004 0.204
#> SRR1486907 1 0.5076 0.6969 0.620 0.000 0.000 0.000 0.132 0.248
#> SRR1094287 2 0.1074 0.5249 0.000 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1464577 4 0.1082 0.6593 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> SRR1429579 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1380569 2 0.4168 0.3490 0.000 0.696 0.000 0.256 0.000 0.048
#> SRR1337977 4 0.4065 0.5038 0.000 0.300 0.000 0.672 0.000 0.028
#> SRR1398775 2 0.2144 0.5200 0.000 0.908 0.000 0.040 0.004 0.048
#> SRR1090604 6 0.5554 0.4724 0.000 0.404 0.000 0.088 0.016 0.492
#> SRR1419361 2 0.4794 0.0767 0.000 0.508 0.000 0.440 0.000 0.052
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 4 0.5361 0.5663 0.000 0.248 0.000 0.636 0.072 0.044
#> SRR1337052 3 0.0146 0.9347 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489075 2 0.3950 -0.1230 0.004 0.564 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1458955 1 0.1682 0.8650 0.928 0.000 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR1080811 2 0.4158 -0.1575 0.000 0.572 0.000 0.008 0.004 0.416
#> SRR1407734 4 0.4195 0.6045 0.000 0.188 0.000 0.740 0.008 0.064
#> SRR1454568 6 0.6017 0.3673 0.204 0.368 0.000 0.000 0.004 0.424
#> SRR1078612 2 0.5773 0.1169 0.000 0.456 0.000 0.416 0.016 0.112
#> SRR1345347 3 0.0146 0.9347 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381613 3 0.1657 0.9145 0.000 0.000 0.928 0.000 0.056 0.016
#> SRR1446911 4 0.3079 0.6037 0.000 0.008 0.000 0.848 0.092 0.052
#> SRR818850 1 0.0790 0.8649 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR814943 4 0.2190 0.6626 0.000 0.044 0.000 0.908 0.008 0.040
#> SRR1347481 3 0.1657 0.9145 0.000 0.000 0.928 0.000 0.056 0.016
#> SRR1384668 1 0.1333 0.8636 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1420791 1 0.0508 0.8647 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1394855 1 0.5041 0.7009 0.624 0.000 0.000 0.000 0.128 0.248
#> SRR1459232 2 0.3782 -0.0741 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1103118 1 0.0508 0.8647 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1441505 2 0.5137 0.2946 0.000 0.588 0.000 0.328 0.012 0.072
#> SRR1470379 2 0.1700 0.4825 0.000 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1334762 2 0.4133 0.4524 0.000 0.768 0.000 0.120 0.012 0.100
#> SRR1338766 2 0.4051 -0.1354 0.000 0.560 0.000 0.000 0.008 0.432
#> SRR1458619 1 0.3850 0.7930 0.808 0.000 0.080 0.000 0.036 0.076
#> SRR1070479 2 0.0891 0.5250 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1077753 4 0.4202 0.3284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.224 0.064
#> SRR1087055 1 0.1124 0.8634 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.5386 0.4071 0.588 0.264 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1476784 2 0.4684 0.3915 0.000 0.704 0.000 0.188 0.012 0.096
#> SRR1075607 2 0.4058 -0.0406 0.000 0.616 0.000 0.008 0.004 0.372
#> SRR1458066 2 0.1010 0.5150 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1078299 4 0.1865 0.6407 0.000 0.000 0.000 0.920 0.040 0.040
#> SRR1387685 1 0.5059 0.6890 0.628 0.000 0.000 0.000 0.140 0.232
#> SRR809667 2 0.3692 0.2861 0.000 0.736 0.000 0.008 0.012 0.244
#> SRR1322334 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1419518 1 0.1267 0.8606 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2164975 5 0.3748 0.9039 0.000 0.000 0.000 0.300 0.688 0.012
#> SRR1081663 2 0.2553 0.4172 0.000 0.848 0.000 0.008 0.000 0.144
#> SRR1478593 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1432145 4 0.4167 0.3019 0.000 0.000 0.000 0.708 0.236 0.056
#> SRR1409153 6 0.6120 0.4224 0.000 0.268 0.000 0.216 0.016 0.500
#> SRR1097549 6 0.5505 0.4800 0.000 0.396 0.000 0.084 0.016 0.504
#> SRR1082307 2 0.1549 0.5231 0.000 0.936 0.000 0.044 0.000 0.020
#> SRR1419166 2 0.3854 -0.1835 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1488812 4 0.2858 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.844 0.124 0.032
#> SRR1381229 2 0.1411 0.4949 0.000 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR1312288 2 0.4886 0.0221 0.000 0.508 0.000 0.432 0.000 0.060
#> SRR1455946 1 0.1151 0.8621 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 4 0.3953 -0.0176 0.000 0.000 0.000 0.656 0.328 0.016
#> SRR1444264 2 0.2595 0.5054 0.000 0.872 0.000 0.084 0.000 0.044
#> SRR1332733 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1460279 1 0.1152 0.8632 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1321204 3 0.1657 0.9145 0.000 0.000 0.928 0.000 0.056 0.016
#> SRR1351033 2 0.4278 0.3972 0.000 0.712 0.000 0.212 0.000 0.076
#> SRR1409022 3 0.0146 0.9347 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311329 4 0.1053 0.6631 0.000 0.004 0.000 0.964 0.012 0.020
#> SRR1101304 2 0.2195 0.5033 0.000 0.904 0.000 0.016 0.012 0.068
#> SRR1096900 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1431535 4 0.3206 0.5720 0.000 0.000 0.000 0.828 0.104 0.068
#> SRR1432980 2 0.4648 -0.1760 0.044 0.548 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.1168 0.5248 0.000 0.956 0.000 0.028 0.000 0.016
#> SRR1093290 4 0.1367 0.6653 0.000 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044
#> SRR1380699 1 0.1958 0.8478 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR1399009 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1101931 1 0.0146 0.8651 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166114 2 0.3914 0.4628 0.000 0.800 0.000 0.040 0.052 0.108
#> SRR812912 3 0.7586 0.1067 0.248 0.000 0.336 0.000 0.172 0.244
#> SRR810531 4 0.2660 0.6711 0.000 0.084 0.000 0.868 0.000 0.048
#> SRR1500052 6 0.6053 0.3818 0.224 0.332 0.000 0.000 0.004 0.440
#> SRR1319608 3 0.1657 0.9145 0.000 0.000 0.928 0.000 0.056 0.016
#> SRR1464960 4 0.4988 0.1477 0.000 0.448 0.000 0.484 0.000 0.068
#> SRR1076490 2 0.3551 0.4578 0.000 0.784 0.000 0.168 0.000 0.048
#> SRR1370528 4 0.3168 0.4707 0.000 0.000 0.000 0.804 0.172 0.024
#> SRR1068788 4 0.2128 0.6311 0.000 0.004 0.000 0.908 0.056 0.032
#> SRR1457637 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR821518 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1378660 4 0.5235 0.4860 0.000 0.260 0.000 0.608 0.004 0.128
#> SRR1430468 4 0.3412 0.5357 0.000 0.000 0.000 0.808 0.128 0.064
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0692 0.5176 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1464394 1 0.5102 0.6968 0.620 0.000 0.000 0.000 0.140 0.240
#> SRR1400419 1 0.1610 0.8485 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR820839 1 0.1863 0.8611 0.920 0.000 0.000 0.000 0.036 0.044
#> SRR1456733 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1360218 4 0.5223 0.4875 0.000 0.200 0.000 0.628 0.004 0.168
#> SRR1080022 2 0.4274 -0.1922 0.000 0.552 0.000 0.012 0.004 0.432
#> SRR1093885 2 0.5228 0.1311 0.000 0.620 0.000 0.120 0.008 0.252
#> SRR1072845 1 0.3987 0.7083 0.732 0.040 0.000 0.000 0.004 0.224
#> SRR1399271 4 0.2351 0.6635 0.000 0.036 0.000 0.900 0.012 0.052
#> SRR1361264 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR814082 1 0.3055 0.8422 0.840 0.000 0.000 0.000 0.064 0.096
#> SRR1466260 1 0.2350 0.8415 0.888 0.000 0.000 0.000 0.036 0.076
#> SRR1079612 2 0.1367 0.5243 0.000 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> SRR1315821 3 0.0405 0.9330 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1417248 4 0.4993 0.4846 0.000 0.304 0.000 0.608 0.004 0.084
#> SRR807517 3 0.0260 0.9340 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1120961 4 0.1088 0.6691 0.000 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024
#> SRR1457661 4 0.3440 0.4204 0.000 0.000 0.000 0.776 0.196 0.028
#> SRR1420368 5 0.3868 0.5626 0.000 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1071429 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1378971 2 0.3722 0.4476 0.000 0.800 0.000 0.092 0.008 0.100
#> SRR1120847 2 0.3773 0.4289 0.000 0.752 0.000 0.204 0.000 0.044
#> SRR1081401 2 0.3782 -0.0923 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1477820 1 0.0622 0.8646 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1442509 2 0.4079 -0.0575 0.000 0.608 0.000 0.008 0.004 0.380
#> SRR1443070 4 0.4190 0.5432 0.000 0.260 0.000 0.692 0.000 0.048
#> SRR1435923 1 0.5041 0.7009 0.624 0.000 0.000 0.000 0.128 0.248
#> SRR1102852 4 0.5363 0.4685 0.000 0.240 0.000 0.600 0.004 0.156
#> SRR1486439 1 0.1349 0.8623 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1342995 4 0.2883 0.6136 0.000 0.008 0.000 0.864 0.060 0.068
#> SRR1314788 3 0.4243 0.5925 0.264 0.000 0.696 0.000 0.020 0.020
#> SRR1090722 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1356421 2 0.3874 0.4375 0.000 0.760 0.000 0.172 0.000 0.068
#> SRR1101348 1 0.1471 0.8593 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1455236 1 0.3503 0.7723 0.788 0.020 0.000 0.000 0.012 0.180
#> SRR1465289 4 0.5284 0.4708 0.000 0.256 0.000 0.604 0.004 0.136
#> SRR813431 1 0.0146 0.8651 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347100 4 0.5036 0.2004 0.000 0.416 0.000 0.524 0.012 0.048
#> SRR1373921 2 0.3774 -0.0650 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1341142 2 0.4390 0.3670 0.000 0.676 0.000 0.272 0.004 0.048
#> SRR1343053 4 0.2030 0.6355 0.000 0.000 0.000 0.908 0.028 0.064
#> SRR1408494 4 0.3566 0.4971 0.000 0.000 0.000 0.788 0.156 0.056
#> SRR1095213 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1314014 1 0.5780 0.1774 0.480 0.116 0.000 0.000 0.016 0.388
#> SRR1317238 4 0.4481 0.4930 0.000 0.296 0.000 0.648 0.000 0.056
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.3782 -0.0834 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1380139 2 0.1219 0.5071 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1308288 4 0.1442 0.6552 0.000 0.004 0.000 0.944 0.012 0.040
#> SRR1389018 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1399501 2 0.1644 0.5141 0.000 0.932 0.000 0.012 0.004 0.052
#> SRR1358260 5 0.3266 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1096946 2 0.1088 0.5236 0.000 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR1404421 1 0.5123 0.6936 0.616 0.000 0.000 0.000 0.140 0.244
#> SRR1319322 4 0.4686 0.2924 0.000 0.004 0.000 0.676 0.232 0.088
#> SRR1309425 3 0.0405 0.9330 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1087535 2 0.1913 0.4839 0.000 0.908 0.000 0.012 0.000 0.080
#> SRR2185137 2 0.4970 0.4244 0.000 0.716 0.000 0.132 0.052 0.100
#> SRR1437012 3 0.2350 0.8731 0.000 0.000 0.888 0.000 0.036 0.076
#> SRR1343919 1 0.2846 0.8142 0.840 0.016 0.000 0.000 0.004 0.140
#> SRR1081614 4 0.2422 0.6502 0.000 0.012 0.000 0.892 0.024 0.072
#> SRR1352256 4 0.4967 0.2142 0.000 0.420 0.000 0.512 0.000 0.068
#> SRR1499156 2 0.4289 -0.1741 0.012 0.540 0.000 0.000 0.004 0.444
#> SRR1088241 2 0.5014 0.2140 0.000 0.660 0.000 0.124 0.008 0.208
#> SRR1328125 3 0.0260 0.9340 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1339130 1 0.5041 0.7009 0.624 0.000 0.000 0.000 0.128 0.248
#> SRR1079455 1 0.4422 0.6651 0.720 0.096 0.000 0.000 0.004 0.180
#> SRR1328821 2 0.4965 0.3404 0.000 0.672 0.000 0.180 0.008 0.140
#> SRR1357367 4 0.1536 0.6505 0.000 0.004 0.000 0.940 0.016 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.978 0.991 0.4552 0.543 0.543
#> 3 3 0.788 0.785 0.914 0.3028 0.865 0.754
#> 4 4 0.804 0.749 0.885 0.1487 0.872 0.704
#> 5 5 0.760 0.695 0.846 0.0628 0.958 0.872
#> 6 6 0.725 0.607 0.783 0.0438 0.941 0.807
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.563 0.847 0.132 0.868
#> SRR815588 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1348202 1 0.184 0.955 0.972 0.028
#> SRR1465938 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1454568 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR814943 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.184 0.968 0.028 0.972
#> SRR1334762 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.311 0.939 0.056 0.944
#> SRR1478593 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419166 1 0.973 0.334 0.596 0.404
#> SRR1488812 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432980 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1081449 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380699 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.494 0.878 0.108 0.892
#> SRR812912 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1500052 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1319608 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR820839 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1072845 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081401 1 0.975 0.323 0.592 0.408
#> SRR1477820 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.714 0.754 0.196 0.804
#> SRR1341142 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314014 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1092612 1 0.971 0.345 0.600 0.400
#> SRR1380139 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1499156 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.613 0.00577 0.000 0.600 0.400
#> SRR1480675 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 3 0.630 0.12261 0.000 0.484 0.516
#> SRR1352597 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 3 0.571 0.49531 0.000 0.320 0.680
#> SRR1081357 3 0.543 0.59222 0.000 0.284 0.716
#> SRR1321112 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.226 0.83087 0.000 0.932 0.068
#> SRR1387308 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.319 0.77486 0.000 0.888 0.112
#> SRR1471029 2 0.129 0.85443 0.000 0.968 0.032
#> SRR811447 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 3 0.000 0.66250 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 3 0.610 0.50556 0.000 0.392 0.608
#> SRR1380847 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 3 0.000 0.66250 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 3 0.196 0.63965 0.056 0.000 0.944
#> SRR1465938 2 0.629 0.01198 0.000 0.532 0.468
#> SRR1381327 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.565 0.45590 0.000 0.688 0.312
#> SRR1441614 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.522 0.46338 0.000 0.740 0.260
#> SRR1486907 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.630 -0.00218 0.000 0.528 0.472
#> SRR1464577 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.362 0.75867 0.000 0.864 0.136
#> SRR1337977 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.480 0.60161 0.000 0.780 0.220
#> SRR1090604 2 0.631 -0.28410 0.000 0.512 0.488
#> SRR1419361 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 3 0.631 -0.18016 0.492 0.000 0.508
#> SRR1458955 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 3 0.236 0.68705 0.000 0.072 0.928
#> SRR1407734 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.613 0.40298 0.600 0.000 0.400
#> SRR1078612 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.207 0.83704 0.000 0.940 0.060
#> SRR1347481 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 3 0.375 0.67780 0.000 0.144 0.856
#> SRR1103118 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.514 0.55964 0.000 0.748 0.252
#> SRR1470379 2 0.630 -0.04758 0.000 0.516 0.484
#> SRR1334762 2 0.525 0.53264 0.000 0.736 0.264
#> SRR1338766 3 0.440 0.65969 0.000 0.188 0.812
#> SRR1458619 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.630 -0.03057 0.000 0.520 0.480
#> SRR1077753 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.525 0.53264 0.000 0.736 0.264
#> SRR1075607 3 0.599 0.53805 0.000 0.368 0.632
#> SRR1458066 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR809667 3 0.586 0.53617 0.000 0.344 0.656
#> SRR1322334 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 3 0.630 0.16013 0.000 0.472 0.528
#> SRR1478593 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 3 0.630 0.35441 0.000 0.472 0.528
#> SRR1097549 3 0.630 0.34500 0.000 0.476 0.524
#> SRR1082307 2 0.502 0.56307 0.000 0.760 0.240
#> SRR1419166 3 0.228 0.68291 0.008 0.052 0.940
#> SRR1488812 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 3 0.625 0.23296 0.000 0.444 0.556
#> SRR1312288 2 0.207 0.83704 0.000 0.940 0.060
#> SRR1455946 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.571 0.43926 0.000 0.680 0.320
#> SRR1332733 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 3 0.608 0.45398 0.000 0.388 0.612
#> SRR1096900 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.375 0.82958 0.856 0.000 0.144
#> SRR1081449 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.630 -0.00218 0.000 0.528 0.472
#> SRR1093290 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.497 0.66938 0.012 0.800 0.188
#> SRR812912 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.207 0.83704 0.000 0.940 0.060
#> SRR1076490 2 0.576 0.41944 0.000 0.672 0.328
#> SRR1370528 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.629 0.01198 0.000 0.532 0.468
#> SRR1464394 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.186 0.83353 0.000 0.948 0.052
#> SRR1080022 3 0.608 0.51160 0.000 0.388 0.612
#> SRR1093885 2 0.455 0.59829 0.000 0.800 0.200
#> SRR1072845 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.588 0.37098 0.000 0.652 0.348
#> SRR1315821 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.440 0.68947 0.000 0.812 0.188
#> SRR1081401 3 0.207 0.63449 0.060 0.000 0.940
#> SRR1477820 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 3 0.599 0.53805 0.000 0.368 0.632
#> SRR1443070 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.216 0.83401 0.000 0.936 0.064
#> SRR1101348 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.207 0.83704 0.000 0.940 0.060
#> SRR1373921 3 0.228 0.68291 0.008 0.052 0.940
#> SRR1341142 2 0.226 0.83087 0.000 0.932 0.068
#> SRR1343053 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.502 0.68849 0.760 0.000 0.240
#> SRR1317238 2 0.207 0.83704 0.000 0.940 0.060
#> SRR1071379 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 3 0.153 0.64762 0.040 0.000 0.960
#> SRR1380139 3 0.576 0.48398 0.000 0.328 0.672
#> SRR1308288 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.510 0.55048 0.000 0.752 0.248
#> SRR1358260 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.630 -0.00218 0.000 0.528 0.472
#> SRR1404421 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 3 0.543 0.57602 0.000 0.284 0.716
#> SRR2185137 2 0.207 0.83704 0.000 0.940 0.060
#> SRR1437012 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.207 0.83704 0.000 0.940 0.060
#> SRR1499156 1 0.615 0.38601 0.592 0.000 0.408
#> SRR1088241 2 0.581 0.24033 0.000 0.664 0.336
#> SRR1328125 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.000 0.98131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.000 0.88300 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.207 0.83704 0.000 0.940 0.060
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.5657 0.0672 0.000 0.540 0.436 0.024
#> SRR1480675 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.3356 0.1890 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.5406 0.5300 0.000 0.012 0.480 0.508
#> SRR1081357 3 0.7534 0.4062 0.000 0.188 0.432 0.380
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1474159 4 0.7179 0.7124 0.000 0.140 0.380 0.480
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.2021 0.8796 0.000 0.936 0.040 0.024
#> SRR1471029 2 0.2469 0.8200 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR811447 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR817512 3 0.4855 0.5387 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR815588 3 0.5174 0.5420 0.000 0.012 0.620 0.368
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.2256 0.8770 0.000 0.924 0.056 0.020
#> SRR1346957 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 3 0.2589 0.0291 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1080859 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.3710 -0.1898 0.004 0.000 0.192 0.804
#> SRR1465938 4 0.7106 0.7128 0.000 0.132 0.380 0.488
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.7106 0.7128 0.000 0.132 0.380 0.488
#> SRR1441614 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.3837 0.6579 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1486907 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1094287 4 0.7106 0.7128 0.000 0.132 0.380 0.488
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.7325 -0.2570 0.000 0.472 0.368 0.160
#> SRR1337977 2 0.2973 0.7861 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1398775 2 0.1411 0.9043 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1090604 3 0.5602 0.2898 0.000 0.408 0.568 0.024
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.7818 -0.2383 0.324 0.000 0.268 0.408
#> SRR1458955 1 0.2081 0.9274 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1080811 3 0.4866 0.5374 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 4 0.7752 -0.2818 0.264 0.000 0.300 0.436
#> SRR1078612 2 0.1406 0.9026 0.000 0.960 0.024 0.016
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814943 2 0.5217 0.2229 0.000 0.608 0.380 0.012
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.2081 0.9274 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1459232 3 0.5915 0.5308 0.000 0.040 0.560 0.400
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 3 0.5708 -0.1040 0.000 0.416 0.556 0.028
#> SRR1470379 4 0.6867 0.6960 0.000 0.108 0.384 0.508
#> SRR1334762 3 0.6223 -0.1152 0.000 0.384 0.556 0.060
#> SRR1338766 3 0.6621 0.5016 0.000 0.084 0.508 0.408
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.6599 0.6524 0.000 0.080 0.432 0.488
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.2081 0.9274 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1476784 3 0.5735 -0.0964 0.000 0.392 0.576 0.032
#> SRR1075607 3 0.4950 0.5419 0.000 0.004 0.620 0.376
#> SRR1458066 2 0.2335 0.8749 0.000 0.920 0.060 0.020
#> SRR1078299 2 0.1118 0.9050 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 3 0.0188 0.1763 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.5448 0.2902 0.000 0.196 0.080 0.724
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0188 0.9281 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1409153 3 0.6367 0.3603 0.000 0.336 0.584 0.080
#> SRR1097549 3 0.6249 0.3495 0.000 0.352 0.580 0.068
#> SRR1082307 2 0.1411 0.9062 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1419166 3 0.4877 0.5369 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.6638 0.6636 0.000 0.084 0.420 0.496
#> SRR1312288 4 0.7281 0.7057 0.000 0.152 0.380 0.468
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.7214 0.7109 0.000 0.144 0.380 0.476
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0707 0.9172 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 3 0.5137 -0.5248 0.000 0.004 0.544 0.452
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.5756 0.3420 0.568 0.000 0.032 0.400
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.7106 0.7128 0.000 0.132 0.380 0.488
#> SRR1093290 2 0.1302 0.8984 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1380699 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166114 2 0.6766 -0.0533 0.000 0.520 0.380 0.100
#> SRR812912 1 0.1940 0.9303 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR810531 2 0.1474 0.8911 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1500052 1 0.5294 0.3188 0.508 0.000 0.008 0.484
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.7716 0.6230 0.000 0.224 0.380 0.396
#> SRR1076490 4 0.7581 0.6420 0.000 0.196 0.380 0.424
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.6791 0.6873 0.000 0.100 0.392 0.508
#> SRR1464394 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1400419 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820839 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.2011 0.8560 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1080022 3 0.4790 0.5407 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1093885 2 0.2973 0.8195 0.000 0.884 0.096 0.020
#> SRR1072845 1 0.2469 0.9116 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1399271 2 0.1022 0.9076 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.7344 0.6994 0.000 0.160 0.380 0.460
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.2216 0.8507 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR807517 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.1520 0.8991 0.000 0.956 0.024 0.020
#> SRR1120847 4 0.7179 0.7124 0.000 0.140 0.380 0.480
#> SRR1081401 3 0.4790 0.5407 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 3 0.4790 0.5407 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.2081 0.9274 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1342995 2 0.0188 0.9279 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.7558 0.6631 0.000 0.192 0.380 0.428
#> SRR1101348 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455236 1 0.2469 0.9116 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1465289 2 0.1398 0.9001 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR813431 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347100 2 0.6212 0.0616 0.000 0.560 0.380 0.060
#> SRR1373921 3 0.4855 0.5356 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1341142 4 0.7214 0.7111 0.000 0.144 0.380 0.476
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.1302 0.8984 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.5458 0.6888 0.720 0.000 0.204 0.076
#> SRR1317238 4 0.7681 0.6277 0.000 0.216 0.380 0.404
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 3 0.4967 0.5206 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1380139 3 0.5168 -0.5297 0.000 0.004 0.504 0.492
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.1624 0.8967 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.7106 0.7128 0.000 0.132 0.380 0.488
#> SRR1404421 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 3 0.5938 -0.3146 0.000 0.092 0.676 0.232
#> SRR2185137 2 0.6783 -0.0675 0.000 0.512 0.388 0.100
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.0336 0.9589 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 3 0.7849 -0.5849 0.000 0.268 0.380 0.352
#> SRR1499156 4 0.7441 -0.3378 0.192 0.000 0.320 0.488
#> SRR1088241 2 0.4193 0.5795 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.2011 0.9284 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1079455 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.5326 0.2103 0.000 0.604 0.380 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 5 0.4210 0.5171 0.000 0.224 0.036 0.000 0.740
#> SRR1480675 1 0.2732 0.6789 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084347 4 0.7951 0.2122 0.000 0.140 0.252 0.444 0.164
#> SRR1352597 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089643 4 0.3120 0.6811 0.000 0.004 0.048 0.864 0.084
#> SRR1081357 5 0.4324 0.5283 0.000 0.184 0.052 0.004 0.760
#> SRR1321112 1 0.0510 0.7569 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.2377 0.6882 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.4182 0.4170 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.2569 0.7758 0.000 0.068 0.040 0.892 0.000
#> SRR1387308 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.3333 0.7114 0.000 0.788 0.000 0.004 0.208
#> SRR1471029 2 0.3264 0.7584 0.000 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR811447 1 0.2377 0.7074 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR817512 5 0.4152 0.5615 0.000 0.000 0.296 0.012 0.692
#> SRR815588 5 0.1179 0.6559 0.000 0.004 0.016 0.016 0.964
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322355 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345200 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398293 2 0.3636 0.8040 0.000 0.832 0.084 0.080 0.004
#> SRR1346957 1 0.2074 0.7238 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347998 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069734 5 0.4977 0.0976 0.000 0.000 0.028 0.472 0.500
#> SRR1080859 1 0.1671 0.7396 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.1478 0.7457 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1348202 3 0.6535 0.2651 0.028 0.000 0.576 0.236 0.160
#> SRR1465938 4 0.1830 0.7775 0.000 0.068 0.008 0.924 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1379220 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457148 4 0.2719 0.7754 0.000 0.068 0.048 0.884 0.000
#> SRR1441614 1 0.2230 0.7166 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.4789 0.2347 0.000 0.580 0.004 0.016 0.400
#> SRR1486907 1 0.4182 0.4170 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.1830 0.7775 0.000 0.068 0.008 0.924 0.000
#> SRR1464577 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.5175 -0.2126 0.000 0.496 0.040 0.464 0.000
#> SRR1337977 2 0.3508 0.6199 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1398775 2 0.3056 0.8429 0.000 0.876 0.056 0.056 0.012
#> SRR1090604 5 0.3847 0.5598 0.000 0.180 0.036 0.000 0.784
#> SRR1419361 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090650 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0451 0.9189 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1337052 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1489075 3 0.5116 0.6197 0.188 0.000 0.692 0.000 0.120
#> SRR1458955 1 0.4161 0.3967 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1080811 5 0.0794 0.6469 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 3 0.4335 0.6331 0.168 0.000 0.760 0.000 0.072
#> SRR1078612 2 0.2993 0.8482 0.000 0.884 0.044 0.048 0.024
#> SRR1345347 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.2377 0.6882 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.2852 0.6662 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.4957 0.2877 0.000 0.624 0.044 0.332 0.000
#> SRR1347481 1 0.2377 0.6882 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.4249 0.3472 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.1043 0.7526 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.4182 0.4170 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1459232 5 0.4516 0.5775 0.000 0.024 0.264 0.008 0.704
#> SRR1103118 1 0.1121 0.7519 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.7534 0.2685 0.000 0.336 0.056 0.412 0.196
#> SRR1470379 4 0.1800 0.7644 0.000 0.048 0.020 0.932 0.000
#> SRR1334762 4 0.7621 0.3077 0.000 0.292 0.076 0.448 0.184
#> SRR1338766 5 0.5458 0.5157 0.000 0.076 0.304 0.004 0.616
#> SRR1458619 1 0.0963 0.7533 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.1948 0.7533 0.000 0.036 0.008 0.932 0.024
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.1671 0.7393 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.4262 0.3128 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1476784 4 0.7541 0.2718 0.000 0.316 0.052 0.416 0.216
#> SRR1075607 5 0.1074 0.6561 0.000 0.004 0.012 0.016 0.968
#> SRR1458066 2 0.4207 0.7796 0.000 0.808 0.092 0.076 0.024
#> SRR1078299 2 0.1357 0.8919 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1387685 1 0.2377 0.6882 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR809667 5 0.4133 0.5457 0.000 0.000 0.052 0.180 0.768
#> SRR1322334 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419518 1 0.2732 0.6789 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.1522 0.8897 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR1081663 4 0.7418 0.3566 0.000 0.184 0.272 0.480 0.064
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0510 0.9146 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1409153 5 0.2616 0.6443 0.000 0.076 0.036 0.000 0.888
#> SRR1097549 5 0.2793 0.6380 0.000 0.088 0.036 0.000 0.876
#> SRR1082307 2 0.3237 0.8179 0.000 0.848 0.048 0.104 0.000
#> SRR1419166 5 0.3932 0.5325 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1488812 2 0.0898 0.9090 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1381229 4 0.2026 0.7631 0.000 0.044 0.016 0.928 0.012
#> SRR1312288 4 0.2905 0.7720 0.000 0.096 0.036 0.868 0.000
#> SRR1455946 1 0.0703 0.7552 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.2077 0.7790 0.000 0.084 0.008 0.908 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.4114 0.4466 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.2377 0.6882 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.1997 0.8758 0.000 0.924 0.040 0.036 0.000
#> SRR1409022 1 0.0290 0.7563 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1101304 4 0.4168 0.5639 0.000 0.000 0.044 0.756 0.200
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 3 0.6915 0.4589 0.384 0.000 0.432 0.024 0.160
#> SRR1081449 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.1942 0.7767 0.000 0.068 0.012 0.920 0.000
#> SRR1093290 2 0.1628 0.8838 0.000 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1380699 1 0.3003 0.6700 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.2424 0.7043 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.7664 -0.3089 0.000 0.392 0.104 0.376 0.128
#> SRR812912 1 0.4138 0.4375 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.1410 0.8824 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1500052 3 0.5375 0.6011 0.320 0.000 0.604 0.000 0.076
#> SRR1319608 1 0.2377 0.6882 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.4062 0.6968 0.000 0.196 0.040 0.764 0.000
#> SRR1076490 4 0.4036 0.6877 0.000 0.144 0.068 0.788 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0324 0.9200 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0912 0.7336 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR1464394 1 0.4182 0.4170 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.2929 0.6567 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.4182 0.4170 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.2536 0.8216 0.000 0.868 0.000 0.004 0.128
#> SRR1080022 5 0.0566 0.6560 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR1093885 2 0.3806 0.8072 0.000 0.840 0.040 0.064 0.056
#> SRR1072845 3 0.4283 -0.0648 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.1913 0.8923 0.000 0.936 0.024 0.020 0.020
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.4306 0.2708 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.1043 0.7529 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.2408 0.7770 0.000 0.092 0.016 0.892 0.000
#> SRR1315821 1 0.0162 0.7566 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.3039 0.7289 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR807517 1 0.0162 0.7565 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.2937 0.8450 0.000 0.884 0.040 0.060 0.016
#> SRR1120847 4 0.1704 0.7782 0.000 0.068 0.004 0.928 0.000
#> SRR1081401 5 0.3906 0.5875 0.000 0.000 0.240 0.016 0.744
#> SRR1477820 1 0.1043 0.7526 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1442509 5 0.0912 0.6541 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1443070 2 0.0898 0.9107 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1435923 1 0.4182 0.4170 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0290 0.9204 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1486439 1 0.4235 0.3477 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314788 1 0.1410 0.7471 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.2612 0.7630 0.000 0.124 0.008 0.868 0.000
#> SRR1101348 1 0.2471 0.7016 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.4306 0.1605 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.2124 0.8701 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> SRR813431 1 0.2516 0.6976 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.5234 -0.1946 0.000 0.496 0.044 0.460 0.000
#> SRR1373921 5 0.5162 0.5096 0.000 0.000 0.308 0.064 0.628
#> SRR1341142 4 0.2491 0.7766 0.000 0.068 0.036 0.896 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.1892 0.8647 0.000 0.916 0.004 0.080 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.6024 -0.0720 0.472 0.000 0.412 0.000 0.116
#> SRR1317238 4 0.2997 0.7430 0.000 0.148 0.012 0.840 0.000
#> SRR1071379 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1092612 5 0.4941 0.5071 0.000 0.000 0.328 0.044 0.628
#> SRR1380139 4 0.3226 0.6490 0.000 0.000 0.088 0.852 0.060
#> SRR1308288 2 0.1012 0.9082 0.000 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.4207 0.7867 0.000 0.816 0.064 0.072 0.048
#> SRR1358260 2 0.0162 0.9224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1096946 4 0.1942 0.7767 0.000 0.068 0.012 0.920 0.000
#> SRR1404421 1 0.4182 0.4170 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1087535 5 0.5943 0.0350 0.000 0.064 0.016 0.456 0.464
#> SRR2185137 4 0.6196 0.2742 0.000 0.416 0.088 0.480 0.016
#> SRR1437012 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.2516 0.7053 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 4 0.4398 0.6445 0.000 0.240 0.040 0.720 0.000
#> SRR1499156 3 0.4941 0.5178 0.076 0.000 0.744 0.024 0.156
#> SRR1088241 5 0.5179 0.1311 0.000 0.460 0.016 0.016 0.508
#> SRR1328125 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.4182 0.4170 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.2891 0.6616 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0162 0.9220 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357367 2 0.4957 0.2887 0.000 0.624 0.044 0.332 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 6 0.5649 0.2693 0.008 0.192 0.000 0.000 0.228 0.572
#> SRR1480675 3 0.2572 0.6841 0.136 0.000 0.852 0.000 0.012 0.000
#> SRR1390331 2 0.0260 0.8805 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 5 0.5547 0.0643 0.004 0.116 0.000 0.424 0.456 0.000
#> SRR1352597 2 0.0260 0.8805 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.2933 0.6501 0.012 0.000 0.000 0.848 0.120 0.020
#> SRR1081357 6 0.5915 0.2125 0.016 0.152 0.000 0.000 0.320 0.512
#> SRR1321112 3 0.1152 0.7602 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR810899 3 0.3515 0.2783 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.3499 0.7693 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.4908 0.6563 0.076 0.020 0.000 0.724 0.020 0.160
#> SRR1387308 2 0.1616 0.8564 0.020 0.940 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR808065 2 0.0146 0.8807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073531 2 0.0146 0.8807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081688 2 0.3275 0.7393 0.008 0.820 0.000 0.000 0.140 0.032
#> SRR1471029 2 0.2362 0.7777 0.004 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR811447 3 0.1814 0.7242 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 5 0.3817 0.2142 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR815588 6 0.2979 0.3143 0.004 0.004 0.000 0.000 0.188 0.804
#> SRR1380847 2 0.0260 0.8805 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0146 0.8811 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0260 0.8805 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0405 0.8795 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398293 2 0.7748 0.1550 0.148 0.456 0.000 0.044 0.160 0.192
#> SRR1346957 3 0.1141 0.7503 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0260 0.8805 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0717 0.8758 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1069734 4 0.4856 0.0388 0.000 0.000 0.000 0.472 0.056 0.472
#> SRR1080859 3 0.1141 0.7515 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 3 0.1471 0.7433 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348202 5 0.6540 0.4196 0.156 0.000 0.028 0.132 0.600 0.084
#> SRR1465938 4 0.1514 0.7276 0.004 0.016 0.000 0.948 0.016 0.016
#> SRR1381327 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0146 0.8811 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0146 0.8811 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.4986 0.6563 0.076 0.020 0.000 0.720 0.024 0.160
#> SRR1441614 3 0.1858 0.7282 0.092 0.000 0.904 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.3727 0.3238 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1486907 1 0.3531 0.7705 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.1109 0.7254 0.004 0.016 0.000 0.964 0.012 0.004
#> SRR1464577 2 0.1180 0.8688 0.016 0.960 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1429579 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.6754 0.1498 0.064 0.520 0.000 0.268 0.020 0.128
#> SRR1337977 2 0.2805 0.7155 0.000 0.812 0.000 0.184 0.000 0.004
#> SRR1398775 2 0.6420 0.4879 0.088 0.620 0.000 0.056 0.172 0.064
#> SRR1090604 6 0.5252 0.2932 0.008 0.132 0.000 0.000 0.236 0.624
#> SRR1419361 2 0.0725 0.8752 0.012 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1090650 3 0.1387 0.7395 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.1890 0.8443 0.008 0.924 0.000 0.044 0.024 0.000
#> SRR1337052 3 0.1204 0.7461 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 5 0.6150 0.3806 0.256 0.000 0.160 0.000 0.544 0.040
#> SRR1458955 3 0.4080 -0.2395 0.456 0.000 0.536 0.000 0.008 0.000
#> SRR1080811 6 0.3894 0.2642 0.008 0.004 0.000 0.000 0.324 0.664
#> SRR1407734 2 0.0260 0.8805 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.6098 -0.1481 0.464 0.000 0.172 0.000 0.348 0.016
#> SRR1078612 2 0.5181 0.6317 0.072 0.720 0.000 0.016 0.132 0.060
#> SRR1345347 3 0.1610 0.7292 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.3515 0.2783 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0146 0.8812 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818850 3 0.2730 0.6698 0.152 0.000 0.836 0.000 0.012 0.000
#> SRR814943 2 0.6812 0.2622 0.080 0.548 0.000 0.188 0.020 0.164
#> SRR1347481 3 0.3515 0.2783 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.4067 0.3986 0.548 0.000 0.444 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420791 3 0.0458 0.7602 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.3531 0.7705 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 5 0.3827 0.2655 0.000 0.008 0.000 0.004 0.680 0.308
#> SRR1103118 3 0.1010 0.7559 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000
#> SRR1441505 6 0.7425 -0.0949 0.076 0.216 0.000 0.260 0.024 0.424
#> SRR1470379 4 0.1647 0.7136 0.008 0.016 0.000 0.940 0.032 0.004
#> SRR1334762 6 0.7980 -0.1031 0.092 0.152 0.000 0.248 0.088 0.420
#> SRR1338766 5 0.3539 0.3600 0.000 0.016 0.000 0.008 0.768 0.208
#> SRR1458619 3 0.0632 0.7602 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.1333 0.7220 0.008 0.000 0.000 0.944 0.000 0.048
#> SRR1077753 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 3 0.0865 0.7556 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.1610 0.7292 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 3 0.4407 -0.2366 0.484 0.000 0.492 0.000 0.024 0.000
#> SRR1476784 6 0.7472 -0.0859 0.076 0.212 0.000 0.260 0.028 0.424
#> SRR1075607 6 0.3121 0.3144 0.004 0.008 0.000 0.000 0.192 0.796
#> SRR1458066 2 0.7810 0.1587 0.140 0.460 0.000 0.056 0.176 0.168
#> SRR1078299 2 0.0862 0.8737 0.004 0.972 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1387685 3 0.3515 0.2783 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 6 0.2709 0.2697 0.044 0.000 0.000 0.040 0.032 0.884
#> SRR1322334 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 3 0.2473 0.6880 0.136 0.000 0.856 0.000 0.008 0.000
#> SRR2164975 2 0.4423 0.6650 0.076 0.756 0.000 0.012 0.012 0.144
#> SRR1081663 5 0.6099 0.0652 0.024 0.140 0.000 0.396 0.440 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0405 0.8781 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1409153 6 0.4596 0.2719 0.008 0.036 0.000 0.000 0.340 0.616
#> SRR1097549 6 0.4631 0.2762 0.008 0.040 0.000 0.000 0.332 0.620
#> SRR1082307 2 0.7291 0.2291 0.088 0.500 0.000 0.208 0.168 0.036
#> SRR1419166 5 0.3103 0.3782 0.008 0.000 0.000 0.000 0.784 0.208
#> SRR1488812 2 0.2592 0.8083 0.020 0.884 0.000 0.012 0.004 0.080
#> SRR1381229 4 0.1776 0.7171 0.008 0.008 0.000 0.936 0.024 0.024
#> SRR1312288 4 0.5688 0.6200 0.064 0.116 0.000 0.664 0.008 0.148
#> SRR1455946 3 0.0458 0.7581 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.1610 0.7292 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0717 0.8747 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1444264 4 0.1785 0.7247 0.008 0.048 0.000 0.928 0.000 0.016
#> SRR1332733 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.3797 0.6443 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.3515 0.2783 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.4299 0.6935 0.072 0.772 0.000 0.028 0.124 0.004
#> SRR1409022 3 0.1204 0.7461 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0260 0.8805 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.5210 0.4409 0.072 0.000 0.000 0.524 0.008 0.396
#> SRR1096900 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0146 0.8807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432980 5 0.5460 0.2419 0.116 0.000 0.356 0.004 0.524 0.000
#> SRR1081449 3 0.1610 0.7292 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.1262 0.7174 0.008 0.016 0.000 0.956 0.020 0.000
#> SRR1093290 2 0.2402 0.8267 0.012 0.896 0.000 0.032 0.000 0.060
#> SRR1380699 3 0.2946 0.6483 0.176 0.000 0.812 0.000 0.012 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 3 0.2006 0.7192 0.104 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000
#> SRR2166114 6 0.8847 -0.0174 0.164 0.216 0.000 0.156 0.184 0.280
#> SRR812912 1 0.3607 0.7461 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0935 0.8646 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1500052 5 0.5522 0.3298 0.188 0.000 0.256 0.000 0.556 0.000
#> SRR1319608 3 0.3515 0.2783 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.6908 0.4304 0.076 0.236 0.000 0.520 0.020 0.148
#> SRR1076490 4 0.7697 0.4531 0.112 0.132 0.000 0.500 0.100 0.156
#> SRR1370528 2 0.0146 0.8812 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.1225 0.8595 0.012 0.952 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1457637 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0146 0.8807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443847 3 0.1610 0.7292 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0984 0.7079 0.012 0.000 0.000 0.968 0.012 0.008
#> SRR1464394 1 0.3547 0.7680 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 3 0.3062 0.6497 0.160 0.000 0.816 0.000 0.024 0.000
#> SRR820839 1 0.3499 0.7695 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.2425 0.8064 0.004 0.884 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR1080022 6 0.3380 0.3081 0.004 0.004 0.000 0.000 0.244 0.748
#> SRR1093885 2 0.5394 0.5875 0.072 0.696 0.000 0.016 0.156 0.060
#> SRR1072845 1 0.5414 0.2521 0.468 0.000 0.416 0.000 0.116 0.000
#> SRR1399271 2 0.3750 0.7469 0.036 0.808 0.000 0.008 0.020 0.128
#> SRR1361264 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.3298 0.7132 0.756 0.000 0.236 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466260 3 0.0547 0.7604 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.2757 0.7013 0.024 0.052 0.000 0.884 0.036 0.004
#> SRR1315821 3 0.0790 0.7545 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.2933 0.6974 0.000 0.796 0.000 0.200 0.000 0.004
#> SRR807517 3 0.1141 0.7477 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0146 0.8812 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.5132 0.6231 0.076 0.720 0.000 0.016 0.140 0.048
#> SRR1120847 4 0.1320 0.7312 0.000 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1081401 6 0.3971 -0.1230 0.004 0.000 0.000 0.000 0.448 0.548
#> SRR1477820 3 0.0632 0.7602 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 6 0.2979 0.3143 0.004 0.004 0.000 0.000 0.188 0.804
#> SRR1443070 2 0.2605 0.8177 0.032 0.888 0.000 0.004 0.012 0.064
#> SRR1435923 1 0.3531 0.7705 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0632 0.8726 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1486439 3 0.4091 -0.2165 0.472 0.000 0.520 0.000 0.008 0.000
#> SRR1342995 2 0.0291 0.8807 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314788 3 0.0713 0.7597 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.3815 0.6561 0.000 0.136 0.000 0.792 0.016 0.056
#> SRR1101348 3 0.1806 0.7325 0.088 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455236 1 0.4892 0.2889 0.500 0.000 0.440 0.000 0.060 0.000
#> SRR1465289 2 0.1594 0.8471 0.000 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> SRR813431 3 0.2146 0.7092 0.116 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347100 2 0.7275 -0.0523 0.080 0.456 0.000 0.272 0.024 0.168
#> SRR1373921 5 0.4127 0.2751 0.012 0.000 0.000 0.004 0.620 0.364
#> SRR1341142 4 0.5580 0.6419 0.076 0.056 0.000 0.684 0.024 0.160
#> SRR1343053 2 0.0146 0.8807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408494 2 0.1890 0.8463 0.008 0.924 0.000 0.044 0.000 0.024
#> SRR1095213 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 3 0.6629 -0.1558 0.300 0.000 0.452 0.000 0.200 0.048
#> SRR1317238 4 0.4852 0.4867 0.016 0.244 0.000 0.668 0.000 0.072
#> SRR1071379 3 0.1610 0.7292 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 5 0.4529 0.4070 0.008 0.000 0.000 0.096 0.716 0.180
#> SRR1380139 4 0.5996 0.4680 0.084 0.000 0.000 0.616 0.164 0.136
#> SRR1308288 2 0.2775 0.8072 0.032 0.876 0.000 0.004 0.012 0.076
#> SRR1389018 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.6978 0.3731 0.096 0.560 0.000 0.068 0.200 0.076
#> SRR1358260 2 0.0146 0.8811 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.1262 0.7174 0.008 0.016 0.000 0.956 0.020 0.000
#> SRR1404421 1 0.3547 0.7680 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0146 0.8807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309425 3 0.1204 0.7461 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 6 0.4782 -0.1283 0.012 0.020 0.000 0.476 0.004 0.488
#> SRR2185137 2 0.8895 -0.3787 0.148 0.252 0.000 0.220 0.180 0.200
#> SRR1437012 3 0.1610 0.7292 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 3 0.2869 0.6545 0.148 0.000 0.832 0.000 0.020 0.000
#> SRR1081614 2 0.0146 0.8807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352256 4 0.7204 0.3649 0.080 0.264 0.000 0.472 0.024 0.160
#> SRR1499156 5 0.5310 0.3376 0.404 0.000 0.072 0.000 0.512 0.012
#> SRR1088241 6 0.4157 0.1625 0.000 0.444 0.000 0.000 0.012 0.544
#> SRR1328125 3 0.1610 0.7292 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.3531 0.7705 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 3 0.2730 0.6701 0.152 0.000 0.836 0.000 0.012 0.000
#> SRR1328821 2 0.0146 0.8807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357367 2 0.6859 0.2371 0.080 0.540 0.000 0.196 0.020 0.164
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.723 0.849 0.940 0.3037 0.733 0.733
#> 3 3 0.752 0.870 0.935 0.9332 0.623 0.502
#> 4 4 0.939 0.921 0.970 0.2163 0.739 0.451
#> 5 5 0.933 0.902 0.958 0.0101 0.992 0.973
#> 6 6 0.721 0.640 0.811 0.0628 0.966 0.882
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1480675 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1321112 2 0.9754 0.3331 0.408 0.592
#> SRR810899 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1105489 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.8955 0.5338 0.688 0.312
#> SRR817512 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.9286 0.4660 0.656 0.344
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1080859 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR2165379 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1348202 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 1.0000 -0.0230 0.504 0.496
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.8955 0.5338 0.688 0.312
#> SRR1094287 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1458955 2 0.9896 0.2337 0.440 0.560
#> SRR1080811 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR818850 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR814943 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1384668 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1420791 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1394855 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1459232 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1103118 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1087055 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.6531 0.7644 0.168 0.832
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.4939 0.8172 0.892 0.108
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1460279 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1101931 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR2166114 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.9996 0.0097 0.512 0.488
#> SRR1400419 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR820839 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.6623 0.7595 0.172 0.828
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR814082 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.9608 0.3656 0.616 0.384
#> SRR1442509 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1435923 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1101348 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1455236 2 0.7883 0.6740 0.236 0.764
#> SRR1465289 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR813431 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.6148 0.7832 0.152 0.848
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0376 0.9074 0.996 0.004
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.8555 0.6060 0.280 0.720
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9101 1.000 0.000
#> SRR1339130 2 0.9358 0.4769 0.352 0.648
#> SRR1079455 2 0.7219 0.7242 0.200 0.800
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.6111 0.4879 0.396 0.604 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1081357 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.5706 0.6341 0.320 0.680 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.4931 0.7533 0.232 0.768 0.000
#> SRR1471029 2 0.4002 0.8192 0.160 0.840 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 1 0.0892 0.9417 0.980 0.020 0.000
#> SRR815588 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1380847 2 0.0237 0.8811 0.004 0.996 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465938 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 1 0.4291 0.7732 0.820 0.180 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.4605 0.7819 0.204 0.796 0.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR1337977 2 0.3619 0.8340 0.136 0.864 0.000
#> SRR1398775 2 0.6111 0.4879 0.396 0.604 0.000
#> SRR1090604 2 0.6126 0.4785 0.400 0.600 0.000
#> SRR1419361 2 0.2796 0.8517 0.092 0.908 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.4555 0.7858 0.200 0.800 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.5497 0.6764 0.292 0.708 0.000
#> SRR1470379 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1334762 2 0.5835 0.6004 0.340 0.660 0.000
#> SRR1338766 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1458619 3 0.2066 0.9519 0.060 0.000 0.940
#> SRR1070479 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.5706 0.6341 0.320 0.680 0.000
#> SRR1075607 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1458066 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.2066 0.9519 0.060 0.000 0.940
#> SRR809667 1 0.1964 0.9306 0.944 0.056 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.3941 0.8230 0.156 0.844 0.000
#> SRR1097549 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1082307 2 0.5216 0.7203 0.260 0.740 0.000
#> SRR1419166 1 0.1411 0.9371 0.964 0.036 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1312288 2 0.5882 0.5843 0.348 0.652 0.000
#> SRR1455946 1 0.0237 0.9434 0.996 0.000 0.004
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.6111 0.4879 0.396 0.604 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.4346 0.8004 0.184 0.816 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 1 0.3816 0.8232 0.852 0.148 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1093290 2 0.3879 0.8245 0.152 0.848 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 1 0.2261 0.9224 0.932 0.068 0.000
#> SRR812912 3 0.0424 0.9852 0.008 0.000 0.992
#> SRR810531 2 0.4002 0.8192 0.160 0.840 0.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.3619 0.8337 0.136 0.864 0.000
#> SRR1076490 2 0.4062 0.8164 0.164 0.836 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.2537 0.8559 0.080 0.920 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.4002 0.8192 0.160 0.840 0.000
#> SRR1080022 1 0.5431 0.5665 0.716 0.284 0.000
#> SRR1093885 2 0.5678 0.6404 0.316 0.684 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.4002 0.8192 0.160 0.840 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 3 0.2066 0.9519 0.060 0.000 0.940
#> SRR1079612 2 0.6111 0.4879 0.396 0.604 0.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417248 2 0.4062 0.8164 0.164 0.836 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.6111 0.4879 0.396 0.604 0.000
#> SRR1120847 2 0.4702 0.7740 0.212 0.788 0.000
#> SRR1081401 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.4235 0.8071 0.176 0.824 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.1289 0.8725 0.032 0.968 0.000
#> SRR1314788 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.5948 0.5635 0.360 0.640 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.4291 0.8038 0.180 0.820 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.3941 0.8220 0.156 0.844 0.000
#> SRR1373921 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1341142 2 0.6111 0.4879 0.396 0.604 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.4002 0.8192 0.160 0.840 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 1 0.0237 0.9458 0.996 0.004 0.000
#> SRR1380139 1 0.1964 0.9305 0.944 0.056 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 1 0.6260 0.0329 0.552 0.448 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 1 0.2066 0.9290 0.940 0.060 0.000
#> SRR1404421 3 0.3038 0.9055 0.104 0.000 0.896
#> SRR1319322 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 1 0.6244 0.0641 0.560 0.440 0.000
#> SRR2185137 2 0.5397 0.6931 0.280 0.720 0.000
#> SRR1437012 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.5882 0.5861 0.348 0.652 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9895 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.5706 0.6341 0.320 0.680 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.8822 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0188 0.9637 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081688 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471029 4 0.4977 0.1493 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR811447 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.4977 0.1221 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0336 0.9607 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0336 0.9607 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1069734 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465938 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.1474 0.9169 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.3726 0.7155 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1337977 4 0.4277 0.6173 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1398775 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090604 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419361 4 0.2081 0.8779 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.2530 0.8475 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0336 0.9573 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.1474 0.9169 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1454568 1 0.1716 0.8828 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1078612 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470379 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334762 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338766 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458619 3 0.4697 0.4830 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1070479 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075607 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0336 0.9607 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1387685 3 0.4855 0.3806 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR809667 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 4 0.2973 0.8118 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1097549 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082307 4 0.0188 0.9611 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419166 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312288 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0336 0.9573 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.3528 0.7346 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812912 3 0.4250 0.6357 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR810531 4 0.0188 0.9610 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1500052 1 0.3764 0.6695 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.4250 0.6248 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1076490 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.2973 0.8083 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 4 0.3311 0.7765 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1080022 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093885 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.4855 0.3258 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417248 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0336 0.9607 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120847 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081401 4 0.0336 0.9573 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.1302 0.9253 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.1118 0.9332 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1314788 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.3688 0.7121 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1373921 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341142 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.3764 0.6693 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1317238 4 0.4713 0.4391 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.4996 -0.0565 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185137 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437012 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.1716 0.9051 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1499156 1 0.3837 0.6582 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1088241 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9618 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 4 0.0000 0.9645 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.1341 0.9296 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.1410 0.9273 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR810899 5 0.1792 0.9037 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0162 0.9597 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081688 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471029 4 0.4287 0.1491 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR811447 1 0.1792 0.9120 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR817512 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.4287 0.1220 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0290 0.9564 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.1792 0.9120 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0290 0.9564 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1069734 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.1043 0.9365 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465938 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.1270 0.9072 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441614 1 0.1410 0.9273 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.3210 0.6774 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1337977 4 0.3684 0.5716 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1398775 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 4 0.1792 0.8644 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1090650 3 0.2230 0.7924 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1068905 2 0.2179 0.8281 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0290 0.9534 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1458955 1 0.1270 0.9307 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1080811 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.1270 0.9072 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1454568 1 0.0703 0.9249 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1078612 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 5 0.1792 0.9037 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.1410 0.9273 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR814943 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347481 5 0.1792 0.9037 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0404 0.9455 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334762 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338766 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458619 3 0.1792 0.8085 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1070479 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0703 0.9423 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1352069 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0290 0.9564 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1387685 3 0.3754 0.6999 0.100 0.000 0.816 0.000 0.084
#> SRR809667 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 4 0.2561 0.7894 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1097549 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082307 4 0.0162 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1419166 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312288 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.1792 0.9120 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1355304 3 0.3424 0.6442 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 5 0.1792 0.9037 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1351033 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0290 0.9534 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1081449 3 0.2230 0.7924 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1100440 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.3039 0.6973 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812912 5 0.5870 0.3381 0.140 0.000 0.276 0.000 0.584
#> SRR810531 4 0.0162 0.9573 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1500052 1 0.3274 0.6258 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1319608 5 0.1792 0.9037 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1464960 4 0.3661 0.5811 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1076490 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.2561 0.7852 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.2230 0.7924 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1098026 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.1270 0.9307 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1400419 1 0.1410 0.9273 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR820839 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 4 0.2852 0.7488 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1080022 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.4182 0.3239 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.5091 0.5904 0.672 0.000 0.244 0.000 0.084
#> SRR1079612 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.0510 0.8462 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1417248 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0290 0.9564 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 4 0.0290 0.9534 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1477820 1 0.0290 0.9461 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1442509 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.1121 0.9167 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0963 0.9256 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1314788 3 0.1792 0.8085 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.0609 0.9432 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.3177 0.6709 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1373921 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341142 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.3109 0.6621 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1317238 4 0.4060 0.4241 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1071379 3 0.3424 0.6442 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1092612 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 3 0.5351 0.0997 0.464 0.000 0.484 0.000 0.052
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185137 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437012 3 0.1792 0.8085 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.1478 0.8939 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1499156 1 0.3109 0.6529 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1088241 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9479 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 4 0.0000 0.9611 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.0146 0.84223 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.3937 -0.34613 0.572 0.000 0.000 0.000 0.004 0.424
#> SRR1390331 4 0.2912 0.71872 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1084347 2 0.4745 0.70678 0.000 0.716 0.000 0.172 0.028 0.084
#> SRR1352597 4 0.3371 0.68951 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1089643 2 0.1176 0.83838 0.000 0.956 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1081357 2 0.0717 0.83727 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1321112 1 0.2933 0.46021 0.796 0.000 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR810899 5 0.1501 0.92484 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.6099 0.44621 0.000 0.492 0.000 0.360 0.048 0.100
#> SRR1387308 4 0.0260 0.73951 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR808065 4 0.3684 0.64984 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1073531 4 0.1082 0.73543 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1081688 2 0.3710 0.74226 0.000 0.776 0.000 0.184 0.020 0.020
#> SRR1471029 2 0.6513 -0.05087 0.000 0.392 0.000 0.376 0.032 0.200
#> SRR811447 6 0.3999 0.53292 0.496 0.000 0.000 0.000 0.004 0.500
#> SRR817512 2 0.0000 0.84172 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815588 2 0.0260 0.84112 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1380847 4 0.4467 0.49431 0.000 0.184 0.000 0.724 0.012 0.080
#> SRR1327327 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1322355 4 0.0146 0.73913 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333370 4 0.2897 0.69065 0.000 0.028 0.000 0.872 0.052 0.048
#> SRR1432476 4 0.2697 0.72780 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1345200 4 0.0146 0.73883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398293 4 0.2527 0.68378 0.000 0.000 0.000 0.876 0.040 0.084
#> SRR1346957 6 0.3999 0.53292 0.496 0.000 0.000 0.000 0.004 0.500
#> SRR1364953 4 0.2664 0.72951 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1347998 4 0.3435 0.64793 0.000 0.028 0.000 0.832 0.044 0.096
#> SRR1069734 2 0.0000 0.84172 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.3727 -0.17176 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR2165379 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.0806 0.83580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1465938 2 0.2890 0.80659 0.000 0.860 0.000 0.012 0.032 0.096
#> SRR1381327 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1375658 4 0.1863 0.71325 0.000 0.004 0.000 0.920 0.016 0.060
#> SRR1379220 4 0.0790 0.74123 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1457148 2 0.5482 0.65686 0.000 0.652 0.000 0.196 0.052 0.100
#> SRR1441614 1 0.3971 -0.43713 0.548 0.000 0.000 0.000 0.004 0.448
#> SRR1335536 4 0.1970 0.73207 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1083554 2 0.2260 0.76844 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1486907 1 0.0146 0.71329 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1094287 2 0.2939 0.80489 0.000 0.856 0.000 0.012 0.032 0.100
#> SRR1464577 4 0.0405 0.73799 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1429579 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1380569 4 0.5680 -0.26888 0.000 0.444 0.000 0.448 0.024 0.084
#> SRR1337977 4 0.6025 0.08945 0.000 0.308 0.000 0.540 0.052 0.100
#> SRR1398775 2 0.1562 0.83977 0.000 0.940 0.000 0.004 0.032 0.024
#> SRR1090604 2 0.0146 0.84223 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.5233 0.46828 0.000 0.544 0.000 0.384 0.032 0.040
#> SRR1090650 3 0.0937 0.83370 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1068905 4 0.3637 0.63829 0.000 0.032 0.000 0.820 0.052 0.096
#> SRR1337052 3 0.0000 0.84732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.1262 0.82967 0.016 0.956 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1458955 1 0.3023 0.41859 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1080811 2 0.0000 0.84172 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407734 4 0.1204 0.72305 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1454568 1 0.1267 0.63689 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.3761 0.70861 0.000 0.764 0.000 0.196 0.032 0.008
#> SRR1345347 3 0.0000 0.84732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 5 0.1501 0.92484 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1446911 4 0.0935 0.73249 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR818850 1 0.3890 -0.25679 0.596 0.000 0.000 0.000 0.004 0.400
#> SRR814943 4 0.1367 0.72493 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012 0.044
#> SRR1347481 5 0.1501 0.92484 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.3782 -0.06060 0.636 0.000 0.000 0.000 0.004 0.360
#> SRR1394855 1 0.0146 0.71329 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459232 2 0.0508 0.83965 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1103118 1 0.3175 0.33637 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1441505 2 0.3987 0.77374 0.000 0.796 0.000 0.068 0.036 0.100
#> SRR1470379 2 0.0000 0.84172 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334762 2 0.3319 0.80059 0.000 0.836 0.000 0.016 0.052 0.096
#> SRR1338766 2 0.3295 0.75471 0.000 0.800 0.000 0.176 0.012 0.012
#> SRR1458619 3 0.3999 0.21896 0.000 0.000 0.500 0.000 0.004 0.496
#> SRR1070479 2 0.1858 0.82349 0.000 0.912 0.000 0.012 0.000 0.076
#> SRR1077753 4 0.2805 0.72652 0.000 0.000 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1087055 1 0.3807 -0.09914 0.628 0.000 0.000 0.000 0.004 0.368
#> SRR1352069 3 0.0000 0.84732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0508 0.70266 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476784 2 0.1951 0.82382 0.000 0.908 0.000 0.016 0.000 0.076
#> SRR1075607 2 0.0000 0.84172 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.1065 0.83788 0.000 0.964 0.000 0.008 0.020 0.008
#> SRR1078299 4 0.2195 0.70693 0.000 0.028 0.000 0.912 0.036 0.024
#> SRR1387685 6 0.4392 -0.36392 0.016 0.000 0.476 0.000 0.004 0.504
#> SRR809667 2 0.0806 0.83580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1322334 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1419518 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 4 0.3515 0.66441 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1081663 2 0.5192 0.69926 0.000 0.688 0.000 0.168 0.052 0.092
#> SRR1478593 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1432145 4 0.3284 0.72688 0.000 0.000 0.000 0.784 0.020 0.196
#> SRR1409153 2 0.5281 0.47586 0.000 0.540 0.000 0.384 0.028 0.048
#> SRR1097549 2 0.1555 0.83894 0.000 0.940 0.000 0.008 0.040 0.012
#> SRR1082307 2 0.0993 0.83787 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR1419166 2 0.0806 0.83580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1488812 4 0.0260 0.73931 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1381229 2 0.2237 0.82324 0.000 0.896 0.000 0.000 0.036 0.068
#> SRR1312288 2 0.6174 0.41022 0.000 0.472 0.000 0.376 0.052 0.100
#> SRR1455946 6 0.3999 0.53292 0.496 0.000 0.000 0.000 0.004 0.500
#> SRR1355304 3 0.1075 0.82860 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1447437 4 0.0790 0.74123 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1444264 2 0.0820 0.83962 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1332733 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1460279 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 5 0.1501 0.92484 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1351033 2 0.6368 0.41134 0.000 0.452 0.000 0.380 0.072 0.096
#> SRR1409022 3 0.0000 0.84732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 4 0.0665 0.73932 0.000 0.008 0.000 0.980 0.004 0.008
#> SRR1101304 2 0.1442 0.83808 0.000 0.944 0.000 0.012 0.004 0.040
#> SRR1096900 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1431535 4 0.2933 0.72508 0.000 0.000 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1432980 2 0.0806 0.83580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1081449 3 0.0937 0.83370 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1100440 2 0.0820 0.83962 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1093290 4 0.4619 0.55603 0.000 0.112 0.000 0.748 0.048 0.092
#> SRR1380699 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1101931 1 0.0146 0.71316 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166114 2 0.5506 0.66632 0.000 0.652 0.000 0.196 0.060 0.092
#> SRR812912 5 0.5547 0.56931 0.036 0.000 0.096 0.000 0.612 0.256
#> SRR810531 2 0.3915 0.76070 0.000 0.796 0.000 0.120 0.048 0.036
#> SRR1500052 1 0.5795 0.00755 0.544 0.204 0.000 0.000 0.008 0.244
#> SRR1319608 5 0.1501 0.92484 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1464960 4 0.6183 -0.19486 0.000 0.384 0.000 0.464 0.052 0.100
#> SRR1076490 2 0.5722 0.62064 0.000 0.612 0.000 0.236 0.052 0.100
#> SRR1370528 4 0.0865 0.74131 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1068788 4 0.0000 0.73840 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR821518 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1378660 2 0.4699 0.36758 0.000 0.536 0.000 0.428 0.020 0.016
#> SRR1430468 4 0.2668 0.73045 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR1443847 3 0.0937 0.83370 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1098026 2 0.0260 0.84212 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1464394 1 0.3634 -0.02825 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1400419 1 0.3923 -0.31803 0.580 0.000 0.000 0.000 0.004 0.416
#> SRR820839 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1360218 2 0.5531 0.44976 0.000 0.516 0.000 0.392 0.040 0.052
#> SRR1080022 2 0.0000 0.84172 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.0951 0.83643 0.000 0.968 0.000 0.004 0.020 0.008
#> SRR1072845 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 4 0.4436 0.08273 0.000 0.380 0.000 0.592 0.020 0.008
#> SRR1361264 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR814082 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 6 0.4828 0.52473 0.452 0.000 0.044 0.000 0.004 0.500
#> SRR1079612 2 0.0820 0.83962 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1315821 3 0.0260 0.84357 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1417248 2 0.2123 0.82969 0.000 0.912 0.000 0.012 0.052 0.024
#> SRR807517 3 0.0000 0.84732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 4 0.3063 0.67123 0.000 0.024 0.000 0.860 0.052 0.064
#> SRR1457661 4 0.1204 0.73725 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1420368 4 0.2964 0.72225 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR1071429 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1378971 2 0.0951 0.83643 0.000 0.968 0.000 0.004 0.020 0.008
#> SRR1120847 2 0.1713 0.83254 0.000 0.928 0.000 0.000 0.044 0.028
#> SRR1081401 2 0.0547 0.83670 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.3782 -0.06172 0.636 0.000 0.000 0.000 0.004 0.360
#> SRR1442509 2 0.0260 0.84112 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443070 4 0.1204 0.72305 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1435923 1 0.0146 0.71329 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102852 2 0.0837 0.84333 0.000 0.972 0.000 0.020 0.004 0.004
#> SRR1486439 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 4 0.3377 0.73158 0.000 0.028 0.000 0.812 0.012 0.148
#> SRR1314788 3 0.3955 0.35689 0.000 0.000 0.560 0.000 0.004 0.436
#> SRR1090722 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1356421 2 0.2828 0.81179 0.000 0.868 0.000 0.012 0.040 0.080
#> SRR1101348 1 0.1863 0.62544 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1455236 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0146 0.84223 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR813431 1 0.3126 0.35554 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1347100 4 0.4970 0.51824 0.000 0.132 0.000 0.716 0.052 0.100
#> SRR1373921 2 0.0806 0.83580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1341142 2 0.5576 0.63759 0.000 0.632 0.000 0.220 0.048 0.100
#> SRR1343053 4 0.2738 0.72879 0.000 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1408494 4 0.1719 0.71581 0.000 0.000 0.000 0.924 0.016 0.060
#> SRR1095213 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1314014 1 0.2562 0.45142 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 4 0.6203 -0.29167 0.000 0.416 0.000 0.432 0.052 0.100
#> SRR1071379 3 0.1075 0.82860 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.84172 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380139 2 0.0993 0.83787 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR1308288 4 0.0937 0.72966 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1389018 4 0.3727 0.64057 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1399501 2 0.2790 0.79697 0.000 0.856 0.000 0.116 0.020 0.008
#> SRR1358260 4 0.3706 0.64424 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1096946 2 0.1245 0.83895 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1404421 3 0.5962 -0.06969 0.188 0.000 0.416 0.000 0.004 0.392
#> SRR1319322 4 0.3315 0.72621 0.000 0.000 0.000 0.780 0.020 0.200
#> SRR1309425 3 0.0000 0.84732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.84172 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185137 2 0.6279 0.42003 0.000 0.464 0.000 0.376 0.064 0.096
#> SRR1437012 3 0.2595 0.71865 0.000 0.000 0.836 0.000 0.004 0.160
#> SRR1343919 1 0.0405 0.70913 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1081614 4 0.3374 0.72864 0.000 0.000 0.000 0.772 0.020 0.208
#> SRR1352256 4 0.3657 0.64274 0.000 0.028 0.000 0.816 0.052 0.104
#> SRR1499156 1 0.3652 0.34317 0.760 0.212 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1088241 2 0.0146 0.84223 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.84732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0146 0.71329 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1079455 1 0.0000 0.71493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.4303 0.69824 0.000 0.732 0.000 0.204 0.024 0.040
#> SRR1357367 4 0.1779 0.71280 0.000 0.000 0.000 0.920 0.016 0.064
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.861 0.948 0.973 0.383 0.608 0.608
#> 3 3 0.629 0.724 0.875 0.148 0.935 0.897
#> 4 4 0.521 0.636 0.824 0.264 0.798 0.677
#> 5 5 0.428 0.653 0.755 0.150 0.935 0.858
#> 6 6 0.504 0.523 0.714 0.138 0.814 0.543
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.7219 0.807 0.800 0.200
#> SRR1390331 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1474159 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.5294 0.871 0.880 0.120
#> SRR817512 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1069734 1 0.9248 0.570 0.660 0.340
#> SRR1080859 1 0.7219 0.807 0.800 0.200
#> SRR2165379 1 0.7056 0.815 0.808 0.192
#> SRR1348202 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.6887 0.823 0.816 0.184
#> SRR1335536 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.4022 0.905 0.080 0.920
#> SRR1419361 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.5294 0.860 0.880 0.120
#> SRR1080811 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.5946 0.823 0.144 0.856
#> SRR1078612 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.7219 0.807 0.800 0.200
#> SRR814943 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1384668 2 0.3879 0.913 0.076 0.924
#> SRR1420791 1 0.7056 0.815 0.808 0.192
#> SRR1394855 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.6801 0.826 0.820 0.180
#> SRR1441505 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.5519 0.845 0.128 0.872
#> SRR1458619 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.7219 0.807 0.800 0.200
#> SRR1352069 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.0938 0.976 0.012 0.988
#> SRR1476784 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR809667 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.7453 0.706 0.212 0.788
#> SRR2164975 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.9732 0.256 0.404 0.596
#> SRR1097549 2 0.2043 0.956 0.032 0.968
#> SRR1082307 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.3114 0.906 0.944 0.056
#> SRR1321204 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.7056 0.815 0.808 0.192
#> SRR2166114 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.7219 0.807 0.800 0.200
#> SRR820839 1 0.6531 0.814 0.832 0.168
#> SRR1456733 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.3733 0.915 0.072 0.928
#> SRR1093885 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.5946 0.823 0.144 0.856
#> SRR1399271 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.5737 0.846 0.864 0.136
#> SRR1466260 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.1184 0.972 0.016 0.984
#> SRR1443070 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.6048 0.852 0.852 0.148
#> SRR1090722 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.9000 0.619 0.684 0.316
#> SRR1455236 2 0.3431 0.924 0.064 0.936
#> SRR1465289 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.7056 0.815 0.808 0.192
#> SRR1347100 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.5408 0.851 0.124 0.876
#> SRR1317238 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.8661 0.567 0.288 0.712
#> SRR1081614 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1079455 2 0.3584 0.919 0.068 0.932
#> SRR1328821 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.1289 0.9078 0.032 0.968 0.000
#> SRR1480675 1 0.5734 0.5343 0.788 0.164 0.048
#> SRR1390331 2 0.0829 0.9148 0.004 0.984 0.012
#> SRR1084347 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1352597 2 0.1315 0.9107 0.020 0.972 0.008
#> SRR1089643 2 0.1015 0.9156 0.008 0.980 0.012
#> SRR1081357 2 0.0747 0.9135 0.016 0.984 0.000
#> SRR1321112 1 0.4744 0.5379 0.836 0.136 0.028
#> SRR810899 3 0.1529 0.7727 0.040 0.000 0.960
#> SRR1105489 1 0.8530 0.2827 0.548 0.344 0.108
#> SRR1474159 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1387308 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR808065 2 0.1482 0.9093 0.020 0.968 0.012
#> SRR1073531 2 0.0592 0.9153 0.000 0.988 0.012
#> SRR1081688 2 0.0237 0.9162 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471029 2 0.1289 0.9112 0.032 0.968 0.000
#> SRR811447 1 0.3941 0.5405 0.844 0.156 0.000
#> SRR817512 2 0.4589 0.7735 0.172 0.820 0.008
#> SRR815588 2 0.1643 0.9071 0.044 0.956 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0892 0.9122 0.020 0.980 0.000
#> SRR1322355 2 0.1337 0.9113 0.016 0.972 0.012
#> SRR1333370 2 0.1482 0.9093 0.020 0.968 0.012
#> SRR1432476 2 0.1315 0.9107 0.020 0.972 0.008
#> SRR1345200 2 0.1031 0.9153 0.000 0.976 0.024
#> SRR1398293 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1346957 1 0.1529 0.4733 0.960 0.040 0.000
#> SRR1364953 2 0.1482 0.9093 0.020 0.968 0.012
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.6600 0.4249 0.384 0.604 0.012
#> SRR1080859 1 0.4521 0.5293 0.816 0.180 0.004
#> SRR2165379 1 0.4293 0.5377 0.832 0.164 0.004
#> SRR1348202 2 0.2550 0.8898 0.056 0.932 0.012
#> SRR1465938 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1381327 2 0.1636 0.9081 0.020 0.964 0.016
#> SRR1375658 2 0.0237 0.9162 0.000 0.996 0.004
#> SRR1379220 2 0.0983 0.9156 0.004 0.980 0.016
#> SRR1457148 2 0.0829 0.9152 0.012 0.984 0.004
#> SRR1441614 1 0.4121 0.5383 0.832 0.168 0.000
#> SRR1335536 2 0.0892 0.9122 0.020 0.980 0.000
#> SRR1083554 2 0.1529 0.9095 0.040 0.960 0.000
#> SRR1486907 3 0.3816 0.7781 0.148 0.000 0.852
#> SRR1094287 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1464577 2 0.0237 0.9162 0.000 0.996 0.004
#> SRR1429579 2 0.1337 0.9121 0.012 0.972 0.016
#> SRR1380569 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1337977 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1398775 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1090604 2 0.4842 0.7311 0.224 0.776 0.000
#> SRR1419361 2 0.0237 0.9160 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090650 1 0.6309 -0.2141 0.500 0.000 0.500
#> SRR1068905 2 0.1267 0.9131 0.024 0.972 0.004
#> SRR1337052 1 0.6309 -0.2141 0.500 0.000 0.500
#> SRR1489075 2 0.1170 0.9138 0.016 0.976 0.008
#> SRR1458955 1 0.7438 0.0974 0.536 0.428 0.036
#> SRR1080811 2 0.2625 0.8667 0.084 0.916 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 2 0.6318 0.4858 0.356 0.636 0.008
#> SRR1078612 2 0.0592 0.9148 0.012 0.988 0.000
#> SRR1345347 1 0.6309 -0.2141 0.500 0.000 0.500
#> SRR1381613 3 0.1529 0.7727 0.040 0.000 0.960
#> SRR1446911 2 0.0592 0.9153 0.000 0.988 0.012
#> SRR818850 1 0.5581 0.5362 0.792 0.168 0.040
#> SRR814943 2 0.1267 0.9143 0.004 0.972 0.024
#> SRR1347481 3 0.1529 0.7727 0.040 0.000 0.960
#> SRR1384668 2 0.7589 0.3830 0.360 0.588 0.052
#> SRR1420791 1 0.1529 0.4733 0.960 0.040 0.000
#> SRR1394855 3 0.3816 0.7781 0.148 0.000 0.852
#> SRR1459232 2 0.0747 0.9135 0.016 0.984 0.000
#> SRR1103118 1 0.1529 0.4733 0.960 0.040 0.000
#> SRR1441505 2 0.1482 0.9130 0.020 0.968 0.012
#> SRR1470379 2 0.2116 0.9012 0.040 0.948 0.012
#> SRR1334762 2 0.1482 0.9130 0.020 0.968 0.012
#> SRR1338766 2 0.5327 0.6409 0.272 0.728 0.000
#> SRR1458619 1 0.2711 0.3813 0.912 0.000 0.088
#> SRR1070479 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.4062 0.5373 0.836 0.164 0.000
#> SRR1352069 3 0.6309 0.1363 0.500 0.000 0.500
#> SRR1405182 2 0.6566 0.4504 0.376 0.612 0.012
#> SRR1476784 2 0.1182 0.9152 0.012 0.976 0.012
#> SRR1075607 2 0.1411 0.9099 0.036 0.964 0.000
#> SRR1458066 2 0.0747 0.9135 0.016 0.984 0.000
#> SRR1078299 2 0.1453 0.9144 0.008 0.968 0.024
#> SRR1387685 3 0.5058 0.7313 0.244 0.000 0.756
#> SRR809667 2 0.8872 0.2327 0.324 0.536 0.140
#> SRR1322334 2 0.1129 0.9120 0.020 0.976 0.004
#> SRR1419518 2 0.6252 0.2936 0.444 0.556 0.000
#> SRR2164975 2 0.1129 0.9155 0.004 0.976 0.020
#> SRR1081663 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1478593 2 0.1267 0.9149 0.004 0.972 0.024
#> SRR1432145 2 0.0892 0.9122 0.020 0.980 0.000
#> SRR1409153 2 0.6095 0.4394 0.392 0.608 0.000
#> SRR1097549 2 0.4346 0.7807 0.184 0.816 0.000
#> SRR1082307 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1419166 2 0.4346 0.7606 0.184 0.816 0.000
#> SRR1488812 2 0.1267 0.9143 0.004 0.972 0.024
#> SRR1381229 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1312288 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1455946 1 0.1751 0.4437 0.960 0.012 0.028
#> SRR1355304 1 0.6309 -0.2141 0.500 0.000 0.500
#> SRR1447437 2 0.0983 0.9156 0.004 0.980 0.016
#> SRR1444264 2 0.1337 0.9139 0.016 0.972 0.012
#> SRR1332733 2 0.1482 0.9093 0.020 0.968 0.012
#> SRR1460279 2 0.7184 0.1531 0.472 0.504 0.024
#> SRR1321204 3 0.1529 0.7727 0.040 0.000 0.960
#> SRR1351033 2 0.1711 0.9054 0.032 0.960 0.008
#> SRR1409022 1 0.6309 -0.2116 0.504 0.000 0.496
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.1482 0.9130 0.020 0.968 0.012
#> SRR1096900 2 0.1482 0.9093 0.020 0.968 0.012
#> SRR1431535 2 0.1482 0.9093 0.020 0.968 0.012
#> SRR1432980 2 0.4887 0.7041 0.228 0.772 0.000
#> SRR1081449 1 0.6309 -0.2141 0.500 0.000 0.500
#> SRR1100440 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1093290 2 0.1453 0.9144 0.008 0.968 0.024
#> SRR1380699 2 0.6451 0.4253 0.384 0.608 0.008
#> SRR1399009 2 0.1482 0.9093 0.020 0.968 0.012
#> SRR1101931 1 0.4178 0.5360 0.828 0.172 0.000
#> SRR2166114 2 0.1482 0.9130 0.020 0.968 0.012
#> SRR812912 3 0.3551 0.7811 0.132 0.000 0.868
#> SRR810531 2 0.0661 0.9160 0.004 0.988 0.008
#> SRR1500052 2 0.6026 0.4463 0.376 0.624 0.000
#> SRR1319608 3 0.1529 0.7727 0.040 0.000 0.960
#> SRR1464960 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1076490 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1370528 2 0.2550 0.8978 0.056 0.932 0.012
#> SRR1068788 2 0.1267 0.9143 0.004 0.972 0.024
#> SRR1457637 2 0.1636 0.9081 0.020 0.964 0.016
#> SRR821518 2 0.1636 0.9081 0.020 0.964 0.016
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0592 0.9153 0.000 0.988 0.012
#> SRR1443847 3 0.6309 0.1363 0.500 0.000 0.500
#> SRR1098026 2 0.2116 0.9012 0.040 0.948 0.012
#> SRR1464394 3 0.5431 0.6899 0.284 0.000 0.716
#> SRR1400419 1 0.6027 0.5301 0.776 0.164 0.060
#> SRR820839 1 0.7192 0.2527 0.588 0.380 0.032
#> SRR1456733 2 0.1482 0.9099 0.020 0.968 0.012
#> SRR1360218 2 0.1031 0.9124 0.024 0.976 0.000
#> SRR1080022 2 0.5529 0.6252 0.296 0.704 0.000
#> SRR1093885 2 0.2711 0.8752 0.088 0.912 0.000
#> SRR1072845 2 0.6143 0.5897 0.304 0.684 0.012
#> SRR1399271 2 0.0747 0.9135 0.016 0.984 0.000
#> SRR1361264 2 0.1636 0.9081 0.020 0.964 0.016
#> SRR814082 1 0.8009 -0.0217 0.524 0.064 0.412
#> SRR1466260 1 0.5662 0.4901 0.808 0.092 0.100
#> SRR1079612 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1315821 1 0.6308 -0.2038 0.508 0.000 0.492
#> SRR1417248 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 1 0.6308 -0.2038 0.508 0.000 0.492
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.1031 0.9129 0.024 0.976 0.000
#> SRR1420368 2 0.0892 0.9122 0.020 0.980 0.000
#> SRR1071429 2 0.1482 0.9093 0.020 0.968 0.012
#> SRR1378971 2 0.1411 0.9099 0.036 0.964 0.000
#> SRR1120847 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1081401 2 0.5733 0.5450 0.324 0.676 0.000
#> SRR1477820 1 0.1751 0.4437 0.960 0.012 0.028
#> SRR1442509 2 0.2448 0.8860 0.076 0.924 0.000
#> SRR1443070 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1435923 3 0.3752 0.7794 0.144 0.000 0.856
#> SRR1102852 2 0.0747 0.9156 0.016 0.984 0.000
#> SRR1486439 2 0.6095 0.4280 0.392 0.608 0.000
#> SRR1342995 2 0.1031 0.9124 0.024 0.976 0.000
#> SRR1314788 1 0.8587 0.3881 0.592 0.148 0.260
#> SRR1090722 2 0.0592 0.9153 0.000 0.988 0.012
#> SRR1356421 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1101348 2 0.6647 0.2506 0.452 0.540 0.008
#> SRR1455236 2 0.6753 0.4068 0.388 0.596 0.016
#> SRR1465289 2 0.0592 0.9149 0.012 0.988 0.000
#> SRR813431 1 0.4121 0.5383 0.832 0.168 0.000
#> SRR1347100 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1373921 2 0.0747 0.9135 0.016 0.984 0.000
#> SRR1341142 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1343053 2 0.1482 0.9093 0.020 0.968 0.012
#> SRR1408494 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1095213 2 0.1636 0.9081 0.020 0.964 0.016
#> SRR1314014 2 0.6026 0.4456 0.376 0.624 0.000
#> SRR1317238 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1071379 3 0.6309 0.1363 0.500 0.000 0.500
#> SRR1092612 2 0.4634 0.7821 0.164 0.824 0.012
#> SRR1380139 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1308288 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1389018 2 0.1636 0.9081 0.020 0.964 0.016
#> SRR1399501 2 0.1337 0.9140 0.016 0.972 0.012
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9159 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1404421 3 0.3752 0.7794 0.144 0.000 0.856
#> SRR1319322 2 0.1999 0.9069 0.036 0.952 0.012
#> SRR1309425 1 0.6308 -0.2038 0.508 0.000 0.492
#> SRR1087535 2 0.0661 0.9165 0.004 0.988 0.008
#> SRR2185137 2 0.1620 0.9121 0.024 0.964 0.012
#> SRR1437012 1 0.6215 -0.1642 0.572 0.000 0.428
#> SRR1343919 2 0.6111 0.3990 0.396 0.604 0.000
#> SRR1081614 2 0.0892 0.9122 0.020 0.980 0.000
#> SRR1352256 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
#> SRR1499156 2 0.0892 0.9126 0.020 0.980 0.000
#> SRR1088241 2 0.1411 0.9099 0.036 0.964 0.000
#> SRR1328125 1 0.6308 -0.2038 0.508 0.000 0.492
#> SRR1339130 3 0.3816 0.7781 0.148 0.000 0.852
#> SRR1079455 2 0.6483 0.4073 0.392 0.600 0.008
#> SRR1328821 2 0.1411 0.9099 0.036 0.964 0.000
#> SRR1357367 2 0.0829 0.9156 0.004 0.984 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.3280 0.70287 0.016 0.860 0.000 0.124
#> SRR1480675 1 0.1256 0.66030 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1390331 2 0.2831 0.69750 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1084347 2 0.1174 0.79358 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1352597 2 0.2530 0.74275 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1089643 2 0.0937 0.79651 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1081357 2 0.2610 0.75741 0.012 0.900 0.000 0.088
#> SRR1321112 1 0.4200 0.70566 0.840 0.088 0.012 0.060
#> SRR810899 3 0.1474 0.80565 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1105489 1 0.6926 0.48770 0.528 0.048 0.032 0.392
#> SRR1474159 2 0.0188 0.79950 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387308 2 0.0921 0.79650 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR808065 2 0.4941 -0.59793 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1073531 2 0.1824 0.78756 0.004 0.936 0.000 0.060
#> SRR1081688 2 0.2266 0.76043 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR1471029 2 0.3355 0.67623 0.004 0.836 0.000 0.160
#> SRR811447 1 0.0000 0.63421 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 2 0.2973 0.62091 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR815588 2 0.4104 0.63310 0.028 0.808 0.000 0.164
#> SRR1380847 2 0.2125 0.76113 0.004 0.920 0.000 0.076
#> SRR1327327 2 0.3123 0.69886 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1322355 2 0.2011 0.76354 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1333370 2 0.2281 0.75225 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1432476 2 0.2469 0.74509 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1345200 2 0.0817 0.79654 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1398293 2 0.0524 0.79931 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1346957 1 0.0376 0.63171 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1364953 2 0.2831 0.73906 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1347998 2 0.0524 0.79958 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1069734 1 0.5366 0.22861 0.548 0.440 0.000 0.012
#> SRR1080859 1 0.2868 0.74056 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.3743 0.74429 0.824 0.160 0.000 0.016
#> SRR1348202 2 0.4343 0.28651 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR1465938 2 0.1174 0.79626 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1381327 4 0.4992 0.82975 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1375658 2 0.0657 0.80083 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1379220 2 0.3052 0.66288 0.004 0.860 0.000 0.136
#> SRR1457148 2 0.0592 0.79940 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1441614 1 0.3088 0.73701 0.864 0.128 0.000 0.008
#> SRR1335536 2 0.2466 0.75806 0.004 0.900 0.000 0.096
#> SRR1083554 2 0.2149 0.75401 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1486907 3 0.5884 0.67879 0.044 0.000 0.592 0.364
#> SRR1094287 2 0.0804 0.79750 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1464577 2 0.0707 0.79871 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1429579 4 0.4998 0.80935 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1380569 2 0.0657 0.79817 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1337977 2 0.0657 0.79817 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1398775 2 0.0524 0.79985 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1090604 2 0.6162 0.32677 0.168 0.676 0.000 0.156
#> SRR1419361 2 0.1389 0.79296 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1090650 3 0.3219 0.83153 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1068905 2 0.2714 0.73862 0.004 0.884 0.000 0.112
#> SRR1337052 3 0.3219 0.83153 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1489075 2 0.1677 0.77815 0.040 0.948 0.000 0.012
#> SRR1458955 1 0.3961 0.67516 0.848 0.096 0.008 0.048
#> SRR1080811 2 0.2739 0.74314 0.060 0.904 0.000 0.036
#> SRR1407734 2 0.2266 0.75969 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR1454568 1 0.4977 0.15575 0.540 0.460 0.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.1824 0.78998 0.004 0.936 0.000 0.060
#> SRR1345347 3 0.3219 0.83153 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1381613 3 0.1474 0.80565 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1446911 2 0.1661 0.79313 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR818850 1 0.3300 0.74450 0.848 0.144 0.000 0.008
#> SRR814943 2 0.0817 0.79974 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1347481 3 0.1474 0.80565 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1384668 1 0.6057 0.41407 0.588 0.364 0.004 0.044
#> SRR1420791 1 0.0188 0.63358 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394855 3 0.5884 0.67879 0.044 0.000 0.592 0.364
#> SRR1459232 2 0.2610 0.75815 0.012 0.900 0.000 0.088
#> SRR1103118 1 0.0336 0.63582 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441505 2 0.1151 0.79653 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR1470379 2 0.0937 0.79666 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1334762 2 0.1256 0.79461 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR1338766 2 0.5386 0.00516 0.368 0.612 0.000 0.020
#> SRR1458619 1 0.2647 0.50267 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1070479 2 0.0657 0.79810 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1077753 2 0.4072 0.37478 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1087055 1 0.1624 0.66786 0.952 0.020 0.000 0.028
#> SRR1352069 3 0.3402 0.83146 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1405182 1 0.5004 0.38123 0.604 0.392 0.000 0.004
#> SRR1476784 2 0.0927 0.79873 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1075607 2 0.3913 0.66265 0.028 0.824 0.000 0.148
#> SRR1458066 2 0.0927 0.79803 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1078299 2 0.1118 0.79486 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1387685 3 0.6617 0.66742 0.128 0.000 0.608 0.264
#> SRR809667 2 0.8517 -0.27158 0.352 0.452 0.088 0.108
#> SRR1322334 2 0.5000 -0.79561 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1419518 1 0.3710 0.73001 0.804 0.192 0.000 0.004
#> SRR2164975 2 0.4804 -0.46810 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1081663 2 0.0804 0.79750 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1478593 2 0.4967 -0.65487 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1432145 2 0.4907 -0.53022 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1409153 2 0.6532 -0.17444 0.420 0.504 0.000 0.076
#> SRR1097549 2 0.5226 0.53436 0.116 0.756 0.000 0.128
#> SRR1082307 2 0.0524 0.79890 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1419166 2 0.6182 0.09027 0.308 0.616 0.000 0.076
#> SRR1488812 2 0.1389 0.78766 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1381229 2 0.0672 0.79814 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1312288 2 0.0657 0.79817 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1455946 1 0.0524 0.62767 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1355304 3 0.3219 0.83153 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1447437 2 0.1890 0.78369 0.008 0.936 0.000 0.056
#> SRR1444264 2 0.0469 0.80020 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.4989 -0.70482 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1460279 1 0.4452 0.73941 0.796 0.156 0.000 0.048
#> SRR1321204 3 0.1474 0.80565 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1351033 2 0.0657 0.79817 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1409022 3 0.3219 0.83153 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1311329 2 0.1211 0.79597 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1101304 2 0.1042 0.79712 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1096900 4 0.4998 0.80059 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1431535 2 0.2469 0.74523 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1432980 2 0.6615 -0.14501 0.404 0.512 0.000 0.084
#> SRR1081449 3 0.3402 0.83146 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1100440 2 0.0779 0.79814 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1093290 2 0.0921 0.79855 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1380699 1 0.3636 0.74316 0.820 0.172 0.000 0.008
#> SRR1399009 2 0.4972 -0.66969 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1101931 1 0.3300 0.74419 0.848 0.144 0.000 0.008
#> SRR2166114 2 0.1174 0.79295 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR812912 3 0.5807 0.68139 0.040 0.000 0.596 0.364
#> SRR810531 2 0.0469 0.79916 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1500052 1 0.5535 0.61793 0.720 0.192 0.000 0.088
#> SRR1319608 3 0.1474 0.80565 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1464960 2 0.0592 0.79981 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1076490 2 0.0376 0.79896 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1370528 2 0.2271 0.77161 0.008 0.916 0.000 0.076
#> SRR1068788 2 0.1302 0.79320 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1457637 4 0.4992 0.82975 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR821518 4 0.4992 0.82975 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1378660 2 0.2197 0.76067 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR1430468 2 0.0707 0.79793 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1443847 3 0.3219 0.83153 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1098026 2 0.0937 0.79651 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1464394 4 0.7392 -0.49278 0.372 0.000 0.168 0.460
#> SRR1400419 1 0.3916 0.74309 0.816 0.168 0.008 0.008
#> SRR820839 1 0.6924 0.57870 0.588 0.092 0.016 0.304
#> SRR1456733 4 0.4994 0.81927 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1360218 2 0.2530 0.75019 0.004 0.896 0.000 0.100
#> SRR1080022 2 0.6338 0.04235 0.316 0.600 0.000 0.084
#> SRR1093885 2 0.2775 0.75753 0.020 0.896 0.000 0.084
#> SRR1072845 1 0.4977 0.15575 0.540 0.460 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.0927 0.79970 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1361264 4 0.4992 0.82975 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR814082 1 0.7795 0.42104 0.468 0.064 0.068 0.400
#> SRR1466260 1 0.1635 0.59949 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR1079612 2 0.0657 0.79817 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1315821 3 0.3402 0.83146 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1417248 2 0.2197 0.76572 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR807517 3 0.3219 0.83153 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1120961 2 0.1109 0.79931 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1457661 2 0.2466 0.75534 0.004 0.900 0.000 0.096
#> SRR1420368 2 0.2647 0.73478 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1071429 4 0.4999 0.80740 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1378971 2 0.3300 0.69591 0.008 0.848 0.000 0.144
#> SRR1120847 2 0.0376 0.79982 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1081401 2 0.4730 0.03356 0.364 0.636 0.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.0376 0.63171 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1442509 2 0.4544 0.59838 0.048 0.788 0.000 0.164
#> SRR1443070 2 0.0779 0.80073 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1435923 3 0.5884 0.67879 0.044 0.000 0.592 0.364
#> SRR1102852 2 0.2334 0.75885 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR1486439 1 0.4800 0.50099 0.656 0.340 0.000 0.004
#> SRR1342995 2 0.2647 0.73384 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1314788 1 0.7130 0.03022 0.464 0.100 0.428 0.008
#> SRR1090722 2 0.2408 0.72541 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1356421 2 0.0188 0.80026 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101348 1 0.3577 0.74553 0.832 0.156 0.000 0.012
#> SRR1455236 1 0.5784 0.28185 0.556 0.412 0.000 0.032
#> SRR1465289 2 0.2197 0.76354 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR813431 1 0.3300 0.74419 0.848 0.144 0.000 0.008
#> SRR1347100 2 0.0672 0.79946 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1373921 2 0.3279 0.74053 0.032 0.872 0.000 0.096
#> SRR1341142 2 0.0000 0.79922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.2408 0.74819 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1408494 2 0.0895 0.79803 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1095213 4 0.4992 0.82975 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1314014 1 0.6245 0.48750 0.648 0.244 0.000 0.108
#> SRR1317238 2 0.0657 0.79817 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1071379 3 0.3219 0.83153 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1092612 2 0.3444 0.53615 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1380139 2 0.0804 0.79733 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1308288 2 0.0592 0.79868 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1389018 4 0.4981 0.81288 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1399501 2 0.0672 0.80047 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1358260 2 0.1118 0.79301 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1096946 2 0.0937 0.79731 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1404421 3 0.5884 0.67879 0.044 0.000 0.592 0.364
#> SRR1319322 2 0.5290 -0.61933 0.008 0.516 0.000 0.476
#> SRR1309425 3 0.3219 0.83153 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1087535 2 0.0524 0.79970 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR2185137 2 0.1174 0.79399 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR1437012 3 0.6211 0.51923 0.460 0.000 0.488 0.052
#> SRR1343919 1 0.3757 0.74638 0.828 0.152 0.000 0.020
#> SRR1081614 2 0.3266 0.63108 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1352256 2 0.0657 0.80005 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1499156 2 0.4799 0.36814 0.224 0.744 0.000 0.032
#> SRR1088241 2 0.3672 0.65256 0.012 0.824 0.000 0.164
#> SRR1328125 3 0.3790 0.82990 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR1339130 3 0.5884 0.67879 0.044 0.000 0.592 0.364
#> SRR1079455 1 0.3448 0.74457 0.828 0.168 0.000 0.004
#> SRR1328821 2 0.2401 0.75597 0.004 0.904 0.000 0.092
#> SRR1357367 2 0.0707 0.79827 0.000 0.980 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 4 0.5423 0.4367 0.020 0.284 0.000 0.644 0.052
#> SRR1480675 1 0.2268 0.7134 0.924 0.028 0.028 0.008 0.012
#> SRR1390331 4 0.4329 0.6062 0.000 0.312 0.000 0.672 0.016
#> SRR1084347 4 0.4286 0.6914 0.096 0.084 0.000 0.800 0.020
#> SRR1352597 4 0.4066 0.6112 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> SRR1089643 4 0.2800 0.6983 0.016 0.052 0.000 0.892 0.040
#> SRR1081357 4 0.3617 0.7177 0.060 0.088 0.000 0.840 0.012
#> SRR1321112 1 0.1314 0.7116 0.960 0.008 0.024 0.004 0.004
#> SRR810899 3 0.3863 0.7548 0.000 0.028 0.772 0.000 0.200
#> SRR1105489 1 0.6292 -0.0267 0.504 0.040 0.012 0.036 0.408
#> SRR1474159 4 0.1686 0.7185 0.008 0.028 0.000 0.944 0.020
#> SRR1387308 4 0.2997 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.840 0.012
#> SRR808065 2 0.4182 0.4527 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1073531 4 0.3814 0.6590 0.000 0.276 0.000 0.720 0.004
#> SRR1081688 4 0.3197 0.7067 0.012 0.152 0.000 0.832 0.004
#> SRR1471029 4 0.3916 0.6844 0.012 0.204 0.000 0.772 0.012
#> SRR811447 1 0.1442 0.7127 0.952 0.004 0.032 0.000 0.012
#> SRR817512 4 0.3441 0.6581 0.140 0.004 0.000 0.828 0.028
#> SRR815588 4 0.5565 0.5749 0.164 0.072 0.004 0.712 0.048
#> SRR1380847 4 0.4244 0.6752 0.004 0.268 0.000 0.712 0.016
#> SRR1327327 4 0.5857 0.3192 0.004 0.300 0.000 0.584 0.112
#> SRR1322355 4 0.3783 0.6700 0.000 0.252 0.000 0.740 0.008
#> SRR1333370 4 0.4157 0.6585 0.000 0.264 0.000 0.716 0.020
#> SRR1432476 4 0.4086 0.6517 0.000 0.284 0.000 0.704 0.012
#> SRR1345200 4 0.3278 0.7017 0.000 0.156 0.000 0.824 0.020
#> SRR1398293 4 0.3190 0.7162 0.012 0.140 0.000 0.840 0.008
#> SRR1346957 1 0.1630 0.7099 0.944 0.004 0.036 0.000 0.016
#> SRR1364953 4 0.4338 0.6407 0.000 0.280 0.000 0.696 0.024
#> SRR1347998 4 0.3491 0.6948 0.000 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR1069734 1 0.5979 0.4045 0.596 0.052 0.000 0.308 0.044
#> SRR1080859 1 0.1794 0.7267 0.944 0.008 0.012 0.024 0.012
#> SRR2165379 1 0.1334 0.7256 0.960 0.004 0.004 0.020 0.012
#> SRR1348202 4 0.4626 0.4790 0.224 0.020 0.000 0.728 0.028
#> SRR1465938 4 0.2390 0.7087 0.008 0.060 0.000 0.908 0.024
#> SRR1381327 2 0.5195 0.7972 0.000 0.676 0.000 0.216 0.108
#> SRR1375658 4 0.3878 0.6924 0.000 0.236 0.000 0.748 0.016
#> SRR1379220 4 0.3849 0.6580 0.000 0.232 0.000 0.752 0.016
#> SRR1457148 4 0.3757 0.6785 0.156 0.024 0.000 0.808 0.012
#> SRR1441614 1 0.1074 0.7241 0.968 0.000 0.004 0.016 0.012
#> SRR1335536 4 0.4422 0.6696 0.004 0.300 0.000 0.680 0.016
#> SRR1083554 4 0.4110 0.6841 0.012 0.184 0.000 0.776 0.028
#> SRR1486907 5 0.5414 0.8838 0.140 0.000 0.200 0.000 0.660
#> SRR1094287 4 0.1885 0.7104 0.004 0.044 0.000 0.932 0.020
#> SRR1464577 4 0.4193 0.6658 0.000 0.256 0.000 0.720 0.024
#> SRR1429579 2 0.5379 0.8090 0.000 0.648 0.000 0.244 0.108
#> SRR1380569 4 0.3061 0.7173 0.000 0.136 0.000 0.844 0.020
#> SRR1337977 4 0.3596 0.7146 0.000 0.200 0.000 0.784 0.016
#> SRR1398775 4 0.1173 0.7229 0.004 0.020 0.000 0.964 0.012
#> SRR1090604 4 0.5989 0.4938 0.232 0.076 0.000 0.644 0.048
#> SRR1419361 4 0.2835 0.7247 0.004 0.112 0.000 0.868 0.016
#> SRR1090650 3 0.0162 0.8698 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1068905 4 0.4579 0.6641 0.008 0.308 0.000 0.668 0.016
#> SRR1337052 3 0.0162 0.8698 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.4596 0.6549 0.148 0.036 0.000 0.772 0.044
#> SRR1458955 1 0.3188 0.7105 0.884 0.024 0.036 0.040 0.016
#> SRR1080811 4 0.4937 0.6171 0.184 0.040 0.000 0.736 0.040
#> SRR1407734 4 0.4181 0.6742 0.000 0.268 0.000 0.712 0.020
#> SRR1454568 1 0.5087 0.3634 0.624 0.008 0.000 0.332 0.036
#> SRR1078612 4 0.2989 0.7175 0.072 0.060 0.000 0.868 0.000
#> SRR1345347 3 0.0162 0.8698 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.3863 0.7548 0.000 0.028 0.772 0.000 0.200
#> SRR1446911 4 0.4268 0.6519 0.000 0.268 0.000 0.708 0.024
#> SRR818850 1 0.1997 0.7247 0.936 0.024 0.008 0.020 0.012
#> SRR814943 4 0.3807 0.6732 0.004 0.176 0.000 0.792 0.028
#> SRR1347481 3 0.3863 0.7548 0.000 0.028 0.772 0.000 0.200
#> SRR1384668 1 0.4368 0.5788 0.764 0.016 0.000 0.184 0.036
#> SRR1420791 1 0.1549 0.7100 0.944 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR1394855 5 0.5414 0.8838 0.140 0.000 0.200 0.000 0.660
#> SRR1459232 4 0.3674 0.7059 0.016 0.156 0.000 0.812 0.016
#> SRR1103118 1 0.1549 0.7100 0.944 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR1441505 4 0.3141 0.7072 0.096 0.040 0.000 0.860 0.004
#> SRR1470379 4 0.2546 0.7019 0.012 0.048 0.000 0.904 0.036
#> SRR1334762 4 0.3601 0.6826 0.136 0.032 0.000 0.824 0.008
#> SRR1338766 4 0.6984 0.0317 0.344 0.168 0.000 0.460 0.028
#> SRR1458619 1 0.3611 0.4806 0.780 0.008 0.208 0.000 0.004
#> SRR1070479 4 0.1728 0.7150 0.004 0.036 0.000 0.940 0.020
#> SRR1077753 4 0.4201 0.4150 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1087055 1 0.1813 0.7213 0.944 0.020 0.012 0.012 0.012
#> SRR1352069 3 0.0960 0.8613 0.004 0.016 0.972 0.000 0.008
#> SRR1405182 1 0.4970 0.4710 0.672 0.016 0.000 0.280 0.032
#> SRR1476784 4 0.2152 0.7192 0.032 0.032 0.000 0.924 0.012
#> SRR1075607 4 0.5150 0.6121 0.156 0.064 0.000 0.736 0.044
#> SRR1458066 4 0.3803 0.6935 0.088 0.036 0.000 0.836 0.040
#> SRR1078299 4 0.3488 0.6806 0.000 0.168 0.000 0.808 0.024
#> SRR1387685 5 0.7030 0.7706 0.176 0.040 0.272 0.000 0.512
#> SRR809667 1 0.8008 0.0687 0.328 0.036 0.020 0.316 0.300
#> SRR1322334 2 0.5744 0.7565 0.000 0.572 0.000 0.320 0.108
#> SRR1419518 1 0.1982 0.7247 0.932 0.004 0.004 0.036 0.024
#> SRR2164975 4 0.5682 -0.0716 0.004 0.280 0.000 0.612 0.104
#> SRR1081663 4 0.2124 0.7094 0.012 0.044 0.000 0.924 0.020
#> SRR1478593 2 0.5423 0.6510 0.000 0.548 0.000 0.388 0.064
#> SRR1432145 2 0.3424 0.7374 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1409153 4 0.7134 0.0789 0.344 0.144 0.000 0.464 0.048
#> SRR1097549 4 0.5377 0.6419 0.080 0.180 0.000 0.708 0.032
#> SRR1082307 4 0.1485 0.7156 0.000 0.032 0.000 0.948 0.020
#> SRR1419166 4 0.6089 0.4928 0.216 0.132 0.000 0.628 0.024
#> SRR1488812 4 0.3866 0.6541 0.004 0.192 0.000 0.780 0.024
#> SRR1381229 4 0.2379 0.7053 0.012 0.048 0.000 0.912 0.028
#> SRR1312288 4 0.3278 0.7098 0.000 0.156 0.000 0.824 0.020
#> SRR1455946 1 0.2060 0.7022 0.924 0.008 0.052 0.000 0.016
#> SRR1355304 3 0.0162 0.8698 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1447437 4 0.3756 0.6862 0.000 0.248 0.000 0.744 0.008
#> SRR1444264 4 0.2204 0.7136 0.008 0.036 0.000 0.920 0.036
#> SRR1332733 2 0.4879 0.7373 0.000 0.716 0.000 0.176 0.108
#> SRR1460279 1 0.3738 0.6262 0.824 0.024 0.000 0.024 0.128
#> SRR1321204 3 0.3863 0.7548 0.000 0.028 0.772 0.000 0.200
#> SRR1351033 4 0.3961 0.7205 0.004 0.184 0.000 0.780 0.032
#> SRR1409022 3 0.0162 0.8698 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1311329 4 0.3835 0.6714 0.000 0.260 0.000 0.732 0.008
#> SRR1101304 4 0.3938 0.6798 0.104 0.032 0.000 0.824 0.040
#> SRR1096900 2 0.4734 0.5892 0.000 0.604 0.000 0.372 0.024
#> SRR1431535 4 0.3884 0.6428 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR1432980 4 0.6323 0.2306 0.384 0.076 0.000 0.508 0.032
#> SRR1081449 3 0.1372 0.8489 0.004 0.016 0.956 0.000 0.024
#> SRR1100440 4 0.1725 0.7115 0.000 0.044 0.000 0.936 0.020
#> SRR1093290 4 0.3002 0.7132 0.000 0.116 0.000 0.856 0.028
#> SRR1380699 1 0.2390 0.7184 0.912 0.012 0.000 0.044 0.032
#> SRR1399009 2 0.5884 0.5832 0.000 0.480 0.000 0.420 0.100
#> SRR1101931 1 0.1428 0.7277 0.956 0.004 0.004 0.024 0.012
#> SRR2166114 4 0.4021 0.6747 0.148 0.036 0.000 0.800 0.016
#> SRR812912 5 0.5191 0.7915 0.088 0.000 0.252 0.000 0.660
#> SRR810531 4 0.2909 0.7101 0.000 0.140 0.000 0.848 0.012
#> SRR1500052 1 0.3440 0.6882 0.856 0.024 0.004 0.092 0.024
#> SRR1319608 3 0.3863 0.7548 0.000 0.028 0.772 0.000 0.200
#> SRR1464960 4 0.3219 0.7134 0.004 0.136 0.000 0.840 0.020
#> SRR1076490 4 0.1026 0.7244 0.004 0.024 0.000 0.968 0.004
#> SRR1370528 4 0.4709 0.4915 0.000 0.364 0.000 0.612 0.024
#> SRR1068788 4 0.3284 0.6973 0.000 0.148 0.000 0.828 0.024
#> SRR1457637 2 0.5277 0.8070 0.000 0.664 0.000 0.228 0.108
#> SRR821518 2 0.5403 0.8074 0.000 0.644 0.000 0.248 0.108
#> SRR1378660 4 0.4244 0.6752 0.004 0.268 0.000 0.712 0.016
#> SRR1430468 4 0.3861 0.6589 0.000 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1443847 3 0.0162 0.8698 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.2464 0.7032 0.012 0.048 0.000 0.908 0.032
#> SRR1464394 5 0.6198 0.3420 0.424 0.040 0.052 0.000 0.484
#> SRR1400419 1 0.4459 0.6227 0.788 0.052 0.016 0.136 0.008
#> SRR820839 1 0.5948 0.3023 0.608 0.040 0.012 0.032 0.308
#> SRR1456733 2 0.4948 0.7607 0.000 0.708 0.000 0.184 0.108
#> SRR1360218 4 0.3360 0.7006 0.012 0.168 0.000 0.816 0.004
#> SRR1080022 4 0.5743 0.4335 0.296 0.064 0.000 0.616 0.024
#> SRR1093885 4 0.3689 0.7053 0.016 0.140 0.000 0.820 0.024
#> SRR1072845 1 0.5183 0.4003 0.640 0.016 0.000 0.308 0.036
#> SRR1399271 4 0.4605 0.7044 0.108 0.132 0.000 0.756 0.004
#> SRR1361264 2 0.4948 0.7580 0.000 0.708 0.000 0.184 0.108
#> SRR814082 1 0.7000 -0.1528 0.456 0.044 0.040 0.044 0.416
#> SRR1466260 1 0.1626 0.7071 0.940 0.016 0.044 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.1725 0.7115 0.000 0.044 0.000 0.936 0.020
#> SRR1315821 3 0.1331 0.8351 0.040 0.000 0.952 0.000 0.008
#> SRR1417248 4 0.3821 0.6977 0.000 0.216 0.000 0.764 0.020
#> SRR807517 3 0.0162 0.8698 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1120961 4 0.4040 0.6736 0.000 0.260 0.000 0.724 0.016
#> SRR1457661 4 0.4462 0.6653 0.004 0.308 0.000 0.672 0.016
#> SRR1420368 4 0.4166 0.5855 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> SRR1071429 2 0.5834 0.7146 0.000 0.544 0.000 0.348 0.108
#> SRR1378971 4 0.4636 0.6800 0.036 0.152 0.000 0.768 0.044
#> SRR1120847 4 0.0671 0.7231 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1081401 4 0.5407 0.2852 0.392 0.020 0.000 0.560 0.028
#> SRR1477820 1 0.1787 0.7059 0.936 0.004 0.044 0.000 0.016
#> SRR1442509 4 0.5734 0.5345 0.220 0.068 0.000 0.668 0.044
#> SRR1443070 4 0.2563 0.7169 0.000 0.120 0.000 0.872 0.008
#> SRR1435923 5 0.5414 0.8838 0.140 0.000 0.200 0.000 0.660
#> SRR1102852 4 0.2848 0.7053 0.000 0.156 0.000 0.840 0.004
#> SRR1486439 1 0.3673 0.6367 0.820 0.012 0.000 0.140 0.028
#> SRR1342995 4 0.4220 0.6588 0.008 0.300 0.000 0.688 0.004
#> SRR1314788 3 0.4796 0.0878 0.468 0.004 0.516 0.012 0.000
#> SRR1090722 4 0.4118 0.5749 0.000 0.336 0.000 0.660 0.004
#> SRR1356421 4 0.1310 0.7173 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020
#> SRR1101348 1 0.0955 0.7289 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1455236 1 0.4975 0.4741 0.676 0.012 0.000 0.272 0.040
#> SRR1465289 4 0.2843 0.7086 0.000 0.144 0.000 0.848 0.008
#> SRR813431 1 0.1334 0.7266 0.960 0.004 0.004 0.020 0.012
#> SRR1347100 4 0.3053 0.7204 0.012 0.128 0.000 0.852 0.008
#> SRR1373921 4 0.4774 0.6367 0.152 0.052 0.000 0.760 0.036
#> SRR1341142 4 0.1686 0.7161 0.008 0.028 0.000 0.944 0.020
#> SRR1343053 4 0.4292 0.6472 0.000 0.272 0.000 0.704 0.024
#> SRR1408494 4 0.2864 0.7139 0.000 0.136 0.000 0.852 0.012
#> SRR1095213 2 0.5811 0.7308 0.000 0.552 0.000 0.340 0.108
#> SRR1314014 1 0.5023 0.5345 0.708 0.028 0.000 0.224 0.040
#> SRR1317238 4 0.3055 0.7109 0.000 0.144 0.000 0.840 0.016
#> SRR1071379 3 0.0671 0.8647 0.004 0.016 0.980 0.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.3519 0.6512 0.136 0.008 0.000 0.828 0.028
#> SRR1380139 4 0.2654 0.7036 0.016 0.044 0.000 0.900 0.040
#> SRR1308288 4 0.2488 0.7133 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004
#> SRR1389018 2 0.4734 0.7144 0.000 0.732 0.000 0.160 0.108
#> SRR1399501 4 0.1356 0.7211 0.004 0.012 0.000 0.956 0.028
#> SRR1358260 4 0.3884 0.6486 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR1096946 4 0.2299 0.7074 0.004 0.052 0.000 0.912 0.032
#> SRR1404421 5 0.5375 0.8813 0.136 0.000 0.200 0.000 0.664
#> SRR1319322 2 0.3318 0.7352 0.008 0.800 0.000 0.192 0.000
#> SRR1309425 3 0.0451 0.8668 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1087535 4 0.1997 0.7147 0.016 0.028 0.000 0.932 0.024
#> SRR2185137 4 0.3774 0.6847 0.140 0.028 0.000 0.816 0.016
#> SRR1437012 1 0.6138 -0.1194 0.528 0.028 0.376 0.000 0.068
#> SRR1343919 1 0.1949 0.7251 0.932 0.012 0.000 0.040 0.016
#> SRR1081614 4 0.4416 0.5377 0.000 0.356 0.000 0.632 0.012
#> SRR1352256 4 0.1124 0.7315 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR1499156 4 0.5416 0.4719 0.288 0.032 0.000 0.644 0.036
#> SRR1088241 4 0.5240 0.5915 0.152 0.068 0.000 0.732 0.048
#> SRR1328125 3 0.1787 0.8308 0.004 0.016 0.936 0.000 0.044
#> SRR1339130 5 0.5414 0.8838 0.140 0.000 0.200 0.000 0.660
#> SRR1079455 1 0.2413 0.7237 0.916 0.016 0.004 0.036 0.028
#> SRR1328821 4 0.4368 0.6817 0.016 0.168 0.000 0.772 0.044
#> SRR1357367 4 0.3342 0.7064 0.008 0.136 0.000 0.836 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.6104 0.058949 0.004 0.452 0.000 0.384 0.144 0.016
#> SRR1480675 1 0.0291 0.664725 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.1788 0.641872 0.000 0.928 0.000 0.004 0.040 0.028
#> SRR1084347 4 0.4340 0.717600 0.016 0.288 0.000 0.676 0.004 0.016
#> SRR1352597 2 0.2113 0.631271 0.000 0.908 0.000 0.004 0.060 0.028
#> SRR1089643 4 0.3875 0.726436 0.004 0.280 0.000 0.700 0.000 0.016
#> SRR1081357 4 0.4568 0.667525 0.004 0.392 0.000 0.576 0.004 0.024
#> SRR1321112 1 0.1346 0.649599 0.952 0.000 0.008 0.016 0.000 0.024
#> SRR810899 3 0.5435 0.704819 0.000 0.000 0.640 0.104 0.036 0.220
#> SRR1105489 1 0.5668 -0.223255 0.512 0.004 0.004 0.084 0.012 0.384
#> SRR1474159 4 0.3592 0.708575 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.1168 0.654117 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR808065 2 0.4318 0.047379 0.000 0.632 0.000 0.008 0.340 0.020
#> SRR1073531 2 0.0603 0.653176 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1081688 4 0.4300 0.563616 0.000 0.456 0.000 0.528 0.004 0.012
#> SRR1471029 2 0.4488 0.433422 0.000 0.692 0.000 0.248 0.044 0.016
#> SRR811447 1 0.0146 0.664668 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.6827 0.528617 0.076 0.324 0.000 0.432 0.000 0.168
#> SRR815588 4 0.6318 0.270565 0.032 0.356 0.000 0.484 0.012 0.116
#> SRR1380847 2 0.3915 0.344490 0.000 0.680 0.000 0.304 0.008 0.008
#> SRR1327327 5 0.4751 0.539266 0.000 0.312 0.000 0.072 0.616 0.000
#> SRR1322355 2 0.2001 0.652281 0.000 0.912 0.000 0.048 0.000 0.040
#> SRR1333370 2 0.0748 0.650159 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR1432476 2 0.1585 0.641949 0.000 0.940 0.000 0.012 0.036 0.012
#> SRR1345200 2 0.1074 0.652076 0.000 0.960 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR1398293 2 0.3081 0.465624 0.000 0.776 0.000 0.220 0.000 0.004
#> SRR1346957 1 0.0436 0.663921 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> SRR1364953 2 0.1585 0.649525 0.000 0.940 0.000 0.012 0.012 0.036
#> SRR1347998 2 0.3043 0.505184 0.000 0.792 0.000 0.200 0.000 0.008
#> SRR1069734 1 0.8076 -0.039948 0.304 0.108 0.000 0.256 0.044 0.288
#> SRR1080859 1 0.0291 0.664725 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0436 0.663333 0.988 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1348202 4 0.7109 0.480066 0.140 0.236 0.000 0.456 0.000 0.168
#> SRR1465938 4 0.3778 0.723912 0.000 0.288 0.000 0.696 0.000 0.016
#> SRR1381327 5 0.2053 0.741876 0.000 0.108 0.000 0.004 0.888 0.000
#> SRR1375658 2 0.2278 0.598863 0.000 0.868 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR1379220 2 0.1599 0.651561 0.000 0.940 0.000 0.008 0.024 0.028
#> SRR1457148 4 0.4931 0.707024 0.028 0.340 0.000 0.600 0.000 0.032
#> SRR1441614 1 0.0146 0.664668 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.4183 0.428307 0.000 0.696 0.000 0.268 0.016 0.020
#> SRR1083554 2 0.4346 0.174385 0.000 0.632 0.000 0.336 0.004 0.028
#> SRR1486907 6 0.4822 0.733740 0.308 0.000 0.068 0.000 0.004 0.620
#> SRR1094287 4 0.3797 0.724735 0.000 0.292 0.000 0.692 0.000 0.016
#> SRR1464577 2 0.0692 0.649900 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1429579 5 0.2402 0.752496 0.000 0.140 0.000 0.004 0.856 0.000
#> SRR1380569 4 0.3838 0.465487 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.4010 -0.000423 0.000 0.584 0.000 0.408 0.000 0.008
#> SRR1398775 4 0.4047 0.678865 0.000 0.384 0.000 0.604 0.000 0.012
#> SRR1090604 2 0.6852 0.002522 0.040 0.432 0.000 0.360 0.024 0.144
#> SRR1419361 4 0.4080 0.555317 0.000 0.456 0.000 0.536 0.000 0.008
#> SRR1090650 3 0.0146 0.876240 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.4401 0.240596 0.008 0.624 0.000 0.348 0.016 0.004
#> SRR1337052 3 0.0405 0.874896 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489075 4 0.6491 0.561773 0.080 0.240 0.000 0.532 0.000 0.148
#> SRR1458955 1 0.4469 0.556370 0.752 0.004 0.008 0.156 0.012 0.068
#> SRR1080811 2 0.6458 -0.321996 0.040 0.440 0.000 0.352 0.000 0.168
#> SRR1407734 2 0.3840 0.368737 0.000 0.696 0.000 0.288 0.008 0.008
#> SRR1454568 1 0.6459 0.299218 0.556 0.180 0.000 0.172 0.000 0.092
#> SRR1078612 2 0.4295 0.062376 0.004 0.604 0.000 0.376 0.004 0.012
#> SRR1345347 3 0.0146 0.876240 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.5435 0.704819 0.000 0.000 0.640 0.104 0.036 0.220
#> SRR1446911 2 0.1341 0.652840 0.000 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024
#> SRR818850 1 0.0000 0.664048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.2039 0.640280 0.000 0.908 0.000 0.072 0.004 0.016
#> SRR1347481 3 0.5435 0.704819 0.000 0.000 0.640 0.104 0.036 0.220
#> SRR1384668 1 0.4743 0.543414 0.732 0.048 0.000 0.168 0.008 0.044
#> SRR1420791 1 0.0436 0.663823 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> SRR1394855 6 0.4698 0.725158 0.316 0.000 0.056 0.004 0.000 0.624
#> SRR1459232 4 0.4058 0.722507 0.004 0.308 0.000 0.672 0.004 0.012
#> SRR1103118 1 0.0582 0.664939 0.984 0.000 0.004 0.004 0.004 0.004
#> SRR1441505 4 0.4621 0.418832 0.004 0.476 0.000 0.496 0.008 0.016
#> SRR1470379 4 0.3840 0.723742 0.000 0.284 0.000 0.696 0.000 0.020
#> SRR1334762 4 0.4706 0.450873 0.008 0.448 0.000 0.520 0.008 0.016
#> SRR1338766 4 0.8201 0.361398 0.180 0.224 0.000 0.376 0.056 0.164
#> SRR1458619 1 0.3054 0.451051 0.808 0.000 0.180 0.004 0.004 0.004
#> SRR1070479 4 0.3428 0.726487 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.4020 0.542924 0.000 0.764 0.000 0.048 0.172 0.016
#> SRR1087055 1 0.0551 0.664083 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004 0.000
#> SRR1352069 3 0.0146 0.876240 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.5521 0.408467 0.652 0.120 0.000 0.188 0.004 0.036
#> SRR1476784 4 0.4357 0.434211 0.004 0.484 0.000 0.500 0.004 0.008
#> SRR1075607 2 0.6433 -0.299565 0.024 0.416 0.000 0.404 0.012 0.144
#> SRR1458066 4 0.3844 0.711905 0.004 0.312 0.000 0.676 0.000 0.008
#> SRR1078299 2 0.1088 0.652459 0.000 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR1387685 6 0.5904 0.623370 0.328 0.000 0.192 0.000 0.004 0.476
#> SRR809667 6 0.7586 -0.190358 0.108 0.196 0.004 0.284 0.012 0.396
#> SRR1322334 5 0.3104 0.749547 0.000 0.184 0.000 0.016 0.800 0.000
#> SRR1419518 1 0.2689 0.647886 0.884 0.012 0.000 0.060 0.004 0.040
#> SRR2164975 2 0.4212 -0.015169 0.000 0.592 0.000 0.008 0.392 0.008
#> SRR1081663 4 0.3915 0.724612 0.004 0.288 0.000 0.692 0.000 0.016
#> SRR1478593 5 0.4429 0.517395 0.000 0.424 0.000 0.000 0.548 0.028
#> SRR1432145 5 0.4812 0.554486 0.000 0.372 0.000 0.028 0.580 0.020
#> SRR1409153 2 0.7660 -0.117099 0.128 0.364 0.000 0.220 0.012 0.276
#> SRR1097549 2 0.6450 -0.309170 0.044 0.440 0.000 0.380 0.004 0.132
#> SRR1082307 4 0.3499 0.718222 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1419166 4 0.7183 0.495237 0.112 0.284 0.000 0.432 0.004 0.168
#> SRR1488812 2 0.1275 0.650482 0.000 0.956 0.000 0.016 0.012 0.016
#> SRR1381229 4 0.3797 0.727033 0.000 0.292 0.000 0.692 0.000 0.016
#> SRR1312288 2 0.3868 -0.319413 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.0767 0.659967 0.976 0.000 0.012 0.008 0.004 0.000
#> SRR1355304 3 0.0291 0.876137 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1447437 2 0.2202 0.652274 0.000 0.908 0.000 0.052 0.012 0.028
#> SRR1444264 4 0.3446 0.723313 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1332733 5 0.1349 0.679758 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR1460279 1 0.4909 0.277435 0.660 0.000 0.000 0.084 0.012 0.244
#> SRR1321204 3 0.5435 0.704819 0.000 0.000 0.640 0.104 0.036 0.220
#> SRR1351033 2 0.4226 -0.304356 0.000 0.504 0.000 0.484 0.008 0.004
#> SRR1409022 3 0.0436 0.875093 0.004 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR1311329 2 0.1225 0.649616 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1101304 4 0.4598 0.489819 0.008 0.440 0.000 0.532 0.004 0.016
#> SRR1096900 5 0.4434 0.510582 0.000 0.428 0.000 0.000 0.544 0.028
#> SRR1431535 2 0.2152 0.645082 0.000 0.912 0.000 0.040 0.036 0.012
#> SRR1432980 4 0.7485 0.125696 0.324 0.160 0.000 0.352 0.004 0.160
#> SRR1081449 3 0.0291 0.876137 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1100440 4 0.3508 0.723691 0.000 0.292 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1093290 2 0.2006 0.641814 0.000 0.904 0.000 0.080 0.000 0.016
#> SRR1380699 1 0.3589 0.595225 0.800 0.012 0.000 0.148 0.000 0.040
#> SRR1399009 5 0.4376 0.627178 0.000 0.368 0.000 0.004 0.604 0.024
#> SRR1101931 1 0.0291 0.663624 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166114 4 0.4663 0.714814 0.024 0.328 0.000 0.628 0.004 0.016
#> SRR812912 6 0.5645 0.664024 0.248 0.000 0.176 0.000 0.008 0.568
#> SRR810531 2 0.1701 0.631739 0.000 0.920 0.000 0.072 0.000 0.008
#> SRR1500052 1 0.5577 0.455355 0.640 0.028 0.000 0.180 0.004 0.148
#> SRR1319608 3 0.5435 0.704819 0.000 0.000 0.640 0.104 0.036 0.220
#> SRR1464960 2 0.3937 -0.086943 0.000 0.572 0.000 0.424 0.000 0.004
#> SRR1076490 4 0.3979 0.710969 0.000 0.360 0.000 0.628 0.000 0.012
#> SRR1370528 2 0.2979 0.610374 0.000 0.848 0.000 0.032 0.112 0.008
#> SRR1068788 2 0.1564 0.650840 0.000 0.936 0.000 0.040 0.000 0.024
#> SRR1457637 5 0.2278 0.750791 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR821518 5 0.1908 0.732032 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1378660 2 0.3133 0.561009 0.000 0.804 0.000 0.180 0.008 0.008
#> SRR1430468 2 0.1453 0.651204 0.000 0.944 0.000 0.040 0.008 0.008
#> SRR1443847 3 0.0146 0.876240 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.3650 0.726230 0.000 0.280 0.000 0.708 0.000 0.012
#> SRR1464394 1 0.5676 -0.368933 0.488 0.000 0.016 0.068 0.012 0.416
#> SRR1400419 1 0.4353 0.460224 0.760 0.128 0.000 0.084 0.000 0.028
#> SRR820839 1 0.5613 -0.102829 0.540 0.004 0.004 0.084 0.012 0.356
#> SRR1456733 5 0.1908 0.734528 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1360218 2 0.3940 0.182835 0.000 0.652 0.000 0.336 0.008 0.004
#> SRR1080022 2 0.7289 -0.349731 0.072 0.352 0.000 0.320 0.008 0.248
#> SRR1093885 2 0.5025 -0.115458 0.000 0.560 0.000 0.356 0.000 0.084
#> SRR1072845 1 0.6225 0.331763 0.588 0.164 0.000 0.180 0.004 0.064
#> SRR1399271 2 0.2841 0.609366 0.004 0.852 0.000 0.124 0.008 0.012
#> SRR1361264 5 0.1411 0.689931 0.000 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> SRR814082 6 0.5437 0.307579 0.460 0.004 0.008 0.056 0.008 0.464
#> SRR1466260 1 0.0632 0.658143 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.3371 0.722581 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1315821 3 0.1261 0.852955 0.028 0.000 0.956 0.004 0.004 0.008
#> SRR1417248 2 0.4234 0.052685 0.000 0.576 0.000 0.408 0.012 0.004
#> SRR807517 3 0.0696 0.871190 0.008 0.000 0.980 0.004 0.004 0.004
#> SRR1120961 2 0.1958 0.629411 0.000 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004
#> SRR1457661 2 0.4117 0.446655 0.000 0.708 0.000 0.256 0.016 0.020
#> SRR1420368 2 0.4110 0.582094 0.000 0.772 0.000 0.052 0.148 0.028
#> SRR1071429 5 0.3489 0.701448 0.000 0.288 0.000 0.004 0.708 0.000
#> SRR1378971 4 0.4647 0.440880 0.000 0.452 0.000 0.516 0.016 0.016
#> SRR1120847 4 0.3578 0.714373 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1081401 4 0.7320 0.432254 0.144 0.292 0.000 0.388 0.000 0.176
#> SRR1477820 1 0.0551 0.663248 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000
#> SRR1442509 2 0.6823 -0.266598 0.052 0.408 0.000 0.368 0.008 0.164
#> SRR1443070 2 0.3103 0.515789 0.000 0.784 0.000 0.208 0.000 0.008
#> SRR1435923 6 0.4822 0.733740 0.308 0.000 0.068 0.000 0.004 0.620
#> SRR1102852 2 0.3741 0.203010 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008 0.000
#> SRR1486439 1 0.4764 0.505670 0.728 0.088 0.000 0.152 0.004 0.028
#> SRR1342995 2 0.3048 0.628404 0.000 0.848 0.000 0.100 0.044 0.008
#> SRR1314788 3 0.3967 0.309735 0.356 0.000 0.632 0.000 0.000 0.012
#> SRR1090722 2 0.3537 0.527005 0.000 0.796 0.000 0.016 0.164 0.024
#> SRR1356421 4 0.3563 0.716597 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.1757 0.656401 0.928 0.008 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR1455236 1 0.5720 0.468141 0.648 0.068 0.000 0.180 0.004 0.100
#> SRR1465289 2 0.3615 0.281290 0.000 0.700 0.000 0.292 0.000 0.008
#> SRR813431 1 0.0405 0.665562 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347100 2 0.3890 0.240460 0.004 0.692 0.000 0.292 0.004 0.008
#> SRR1373921 4 0.6039 0.548554 0.020 0.384 0.000 0.468 0.004 0.124
#> SRR1341142 4 0.3499 0.719991 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0984 0.651830 0.000 0.968 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR1408494 2 0.2673 0.604113 0.000 0.852 0.000 0.132 0.004 0.012
#> SRR1095213 5 0.3265 0.737236 0.000 0.248 0.000 0.004 0.748 0.000
#> SRR1314014 1 0.5580 0.457393 0.632 0.040 0.000 0.208 0.000 0.120
#> SRR1317238 2 0.3653 0.359562 0.000 0.692 0.000 0.300 0.000 0.008
#> SRR1071379 3 0.0291 0.876137 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092612 4 0.6821 0.541288 0.088 0.280 0.000 0.468 0.000 0.164
#> SRR1380139 4 0.4109 0.720817 0.004 0.268 0.000 0.700 0.004 0.024
#> SRR1308288 2 0.1757 0.637203 0.000 0.916 0.000 0.076 0.000 0.008
#> SRR1389018 5 0.1462 0.682242 0.000 0.056 0.000 0.008 0.936 0.000
#> SRR1399501 4 0.4758 0.688415 0.000 0.360 0.000 0.580 0.000 0.060
#> SRR1358260 2 0.2122 0.645403 0.000 0.916 0.000 0.024 0.032 0.028
#> SRR1096946 4 0.3797 0.724735 0.000 0.292 0.000 0.692 0.000 0.016
#> SRR1404421 6 0.4943 0.731042 0.300 0.000 0.072 0.000 0.008 0.620
#> SRR1319322 5 0.4591 0.552107 0.000 0.376 0.000 0.024 0.588 0.012
#> SRR1309425 3 0.0405 0.874896 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1087535 4 0.4220 0.506007 0.004 0.468 0.000 0.520 0.000 0.008
#> SRR2185137 4 0.4608 0.693175 0.020 0.360 0.000 0.604 0.004 0.012
#> SRR1437012 1 0.4512 -0.025150 0.540 0.000 0.436 0.008 0.004 0.012
#> SRR1343919 1 0.2959 0.616426 0.844 0.008 0.000 0.124 0.000 0.024
#> SRR1081614 2 0.3959 0.544670 0.000 0.760 0.000 0.064 0.172 0.004
#> SRR1352256 4 0.3852 0.679680 0.000 0.384 0.000 0.612 0.000 0.004
#> SRR1499156 4 0.7223 0.464570 0.144 0.264 0.000 0.424 0.000 0.168
#> SRR1088241 4 0.5319 -0.007331 0.000 0.456 0.000 0.468 0.020 0.056
#> SRR1328125 3 0.0405 0.874672 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1339130 6 0.4698 0.725158 0.316 0.000 0.056 0.004 0.000 0.624
#> SRR1079455 1 0.3252 0.623221 0.832 0.008 0.000 0.112 0.000 0.048
#> SRR1328821 4 0.5031 0.445789 0.000 0.412 0.000 0.528 0.048 0.012
#> SRR1357367 2 0.1584 0.643345 0.000 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.842 0.896 0.957 0.346 0.642 0.642
#> 3 3 0.949 0.927 0.973 0.194 0.882 0.824
#> 4 4 0.471 0.641 0.824 0.335 0.873 0.790
#> 5 5 0.410 0.557 0.751 0.152 0.911 0.825
#> 6 6 0.442 0.551 0.749 0.088 0.900 0.775
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1480675 2 0.9833 0.130 0.424 0.576
#> SRR1390331 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.4298 0.840 0.912 0.088
#> SRR810899 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.9866 0.382 0.568 0.432
#> SRR1474159 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.6712 0.776 0.824 0.176
#> SRR1364953 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1080859 2 0.8608 0.545 0.284 0.716
#> SRR2165379 1 0.9815 0.415 0.580 0.420
#> SRR1348202 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.6438 0.786 0.836 0.164
#> SRR1335536 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.2948 0.860 0.948 0.052
#> SRR1080811 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.9661 0.479 0.608 0.392
#> SRR814943 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.9795 0.425 0.584 0.416
#> SRR1420791 1 0.9170 0.590 0.668 0.332
#> SRR1394855 1 0.4690 0.833 0.900 0.100
#> SRR1459232 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.9129 0.597 0.672 0.328
#> SRR1441505 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1087055 2 0.9358 0.372 0.352 0.648
#> SRR1352069 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.7674 0.667 0.224 0.776
#> SRR2164975 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1460279 2 0.9358 0.372 0.352 0.648
#> SRR1321204 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.6247 0.779 0.156 0.844
#> SRR1399009 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.9710 0.462 0.600 0.400
#> SRR2166114 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1400419 2 0.7815 0.652 0.232 0.768
#> SRR820839 2 0.9988 -0.105 0.480 0.520
#> SRR1456733 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.7950 0.637 0.240 0.760
#> SRR1399271 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.9795 0.425 0.584 0.416
#> SRR1466260 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.7139 0.758 0.804 0.196
#> SRR1442509 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.1184 0.876 0.984 0.016
#> SRR1102852 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.9988 0.233 0.520 0.480
#> SRR1342995 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1101348 2 0.9491 0.324 0.368 0.632
#> SRR1455236 2 0.8386 0.580 0.268 0.732
#> SRR1465289 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.9358 0.556 0.648 0.352
#> SRR1347100 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.4161 0.877 0.084 0.916
#> SRR1317238 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.8081 0.621 0.248 0.752
#> SRR1081614 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.882 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.8813 0.637 0.700 0.300
#> SRR1079455 2 0.0672 0.964 0.008 0.992
#> SRR1328821 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.0237 0.986 0.004 0.996 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.0237 0.825 0.996 0.000 0.004
#> SRR810899 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 2 0.4883 0.732 0.004 0.788 0.208
#> SRR1474159 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.0424 0.823 0.992 0.008 0.000
#> SRR2165379 1 0.0424 0.823 0.992 0.008 0.000
#> SRR1348202 2 0.0424 0.982 0.008 0.992 0.000
#> SRR1465938 2 0.2066 0.929 0.060 0.940 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.0237 0.986 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486907 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 1 0.6126 0.325 0.600 0.000 0.400
#> SRR1489075 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458955 3 0.4504 0.761 0.196 0.000 0.804
#> SRR1080811 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 2 0.0237 0.986 0.004 0.996 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 1 0.6225 0.243 0.568 0.000 0.432
#> SRR1381613 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 2 0.4974 0.666 0.236 0.764 0.000
#> SRR1420791 1 0.0747 0.818 0.984 0.016 0.000
#> SRR1394855 3 0.1411 0.903 0.000 0.036 0.964
#> SRR1459232 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.5058 0.537 0.756 0.244 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 2 0.3116 0.872 0.108 0.892 0.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.1964 0.916 0.056 0.000 0.944
#> SRR809667 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.3482 0.696 0.872 0.128 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.0424 0.982 0.008 0.992 0.000
#> SRR1082307 2 0.0237 0.986 0.004 0.996 0.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 2 0.1411 0.955 0.036 0.964 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.0237 0.986 0.004 0.996 0.000
#> SRR1409022 1 0.6126 0.325 0.600 0.000 0.400
#> SRR1311329 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 2 0.1643 0.948 0.044 0.956 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 2 0.3619 0.833 0.136 0.864 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR812912 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464394 3 0.0892 0.944 0.020 0.000 0.980
#> SRR1400419 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 2 0.2384 0.927 0.008 0.936 0.056
#> SRR1456733 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.6280 0.199 0.540 0.460 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 2 0.7793 0.119 0.052 0.524 0.424
#> SRR1466260 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315821 1 0.0424 0.823 0.992 0.000 0.008
#> SRR1417248 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR807517 1 0.4974 0.613 0.764 0.000 0.236
#> SRR1120961 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.1860 0.784 0.948 0.052 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.4974 0.548 0.764 0.236 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.3752 0.667 0.856 0.144 0.000
#> SRR1455236 2 0.1964 0.934 0.056 0.944 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 2 0.1643 0.946 0.044 0.956 0.000
#> SRR1317238 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.0237 0.986 0.004 0.996 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 1 0.1753 0.799 0.952 0.000 0.048
#> SRR1087535 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437012 1 0.1163 0.810 0.972 0.000 0.028
#> SRR1343919 2 0.1643 0.947 0.044 0.956 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.0424 0.982 0.008 0.992 0.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.4605 0.730 0.204 0.000 0.796
#> SRR1339130 3 0.3619 0.708 0.000 0.136 0.864
#> SRR1079455 1 0.6286 0.189 0.536 0.464 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.3400 0.7567 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1480675 4 0.6253 0.5055 0.372 0.064 0.000 0.564
#> SRR1390331 2 0.1637 0.8505 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1084347 2 0.4134 0.6429 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1352597 2 0.1211 0.8580 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.4643 0.4650 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.2704 0.8109 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.4053 0.3079 0.768 0.000 0.004 0.228
#> SRR810899 3 0.0000 0.8006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.5452 0.1257 0.616 0.024 0.360 0.000
#> SRR1474159 2 0.4454 0.5505 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.1716 0.8492 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0469 0.8571 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.1022 0.8579 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.1557 0.8476 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1471029 2 0.0469 0.8579 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.2081 0.2654 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR817512 2 0.2868 0.8112 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR815588 2 0.1118 0.8580 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.1716 0.8449 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0336 0.8571 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0336 0.8578 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0592 0.8567 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.1637 0.8499 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.1118 0.8568 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.3400 0.7685 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1346957 4 0.4972 0.5355 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1364953 2 0.1211 0.8587 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0921 0.8591 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.4855 0.3457 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.4988 0.0442 0.728 0.036 0.000 0.236
#> SRR2165379 1 0.5003 0.2854 0.676 0.016 0.000 0.308
#> SRR1348202 1 0.4933 0.1878 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR1465938 2 0.5320 0.2151 0.416 0.572 0.000 0.012
#> SRR1381327 2 0.0336 0.8571 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.1389 0.8539 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.1022 0.8566 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1457148 1 0.5097 0.2657 0.568 0.428 0.000 0.004
#> SRR1441614 1 0.3400 0.3001 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1335536 2 0.1389 0.8530 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0921 0.8600 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1486907 3 0.4564 0.4557 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1094287 2 0.3311 0.7663 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.1211 0.8581 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0469 0.8575 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.1637 0.8580 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.1022 0.8559 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.2149 0.8384 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1090604 2 0.3400 0.7577 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.1118 0.8585 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.4866 0.2943 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1068905 2 0.4277 0.6075 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1337052 4 0.3569 0.5056 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1489075 2 0.2281 0.8348 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.7166 -0.2426 0.600 0.012 0.216 0.172
#> SRR1080811 2 0.1867 0.8504 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.2011 0.8415 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.4877 0.2050 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.2216 0.8431 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.5000 0.0826 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1381613 3 0.0000 0.8006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0592 0.8571 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR818850 4 0.5183 0.5385 0.408 0.008 0.000 0.584
#> SRR814943 2 0.3726 0.7259 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.8006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.7082 0.4296 0.612 0.244 0.020 0.124
#> SRR1420791 4 0.5933 0.4969 0.464 0.036 0.000 0.500
#> SRR1394855 1 0.5407 -0.1116 0.504 0.012 0.484 0.000
#> SRR1459232 2 0.3311 0.7674 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.7507 -0.2846 0.508 0.128 0.016 0.348
#> SRR1441505 2 0.3907 0.6925 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.4428 0.6442 0.276 0.720 0.000 0.004
#> SRR1334762 2 0.4776 0.3913 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR1338766 2 0.4632 0.5417 0.308 0.688 0.000 0.004
#> SRR1458619 1 0.5000 -0.5242 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1070479 2 0.3172 0.7755 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.2704 0.8118 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1087055 4 0.6182 0.5257 0.428 0.052 0.000 0.520
#> SRR1352069 3 0.0469 0.7986 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1405182 1 0.5026 0.4429 0.672 0.312 0.000 0.016
#> SRR1476784 2 0.3873 0.7044 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.1211 0.8612 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.3024 0.7973 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.1389 0.8569 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.5475 0.4608 0.308 0.000 0.656 0.036
#> SRR809667 2 0.4877 0.3006 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0817 0.8575 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.5219 0.3380 0.712 0.044 0.000 0.244
#> SRR2164975 2 0.2081 0.8449 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0895 0.8607 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1478593 2 0.1389 0.8553 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0592 0.8570 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.3444 0.7521 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.3873 0.6960 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR1082307 2 0.3528 0.7532 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1419166 2 0.4356 0.5830 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.1716 0.8502 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.4972 0.1056 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.3528 0.7478 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.4713 -0.3344 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1355304 3 0.0188 0.7999 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447437 2 0.0469 0.8593 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.3610 0.7572 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.8567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.5546 0.4459 0.680 0.268 0.000 0.052
#> SRR1321204 3 0.0000 0.8006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.3172 0.7845 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1409022 4 0.3688 0.4937 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1311329 2 0.1118 0.8563 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.3074 0.7934 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.1211 0.8574 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0336 0.8569 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1432980 2 0.5602 0.2961 0.408 0.568 0.000 0.024
#> SRR1081449 3 0.0592 0.7971 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1100440 2 0.2011 0.8496 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1093290 2 0.1302 0.8577 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.2216 0.3875 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.1118 0.8551 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.4679 0.2090 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2166114 2 0.4999 -0.0140 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR812912 3 0.0000 0.8006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.1302 0.8587 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1500052 2 0.5003 0.5270 0.308 0.676 0.000 0.016
#> SRR1319608 3 0.0000 0.8006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.3688 0.7063 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.3610 0.7413 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.1022 0.8586 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0817 0.8570 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0707 0.8563 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0469 0.8574 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.2149 0.8254 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.2345 0.8248 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.3444 0.6366 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1098026 1 0.4907 0.2987 0.580 0.420 0.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.5592 0.0293 0.572 0.000 0.404 0.024
#> SRR1400419 1 0.3356 0.1834 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR820839 1 0.7172 0.2639 0.536 0.168 0.296 0.000
#> SRR1456733 2 0.0336 0.8571 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0336 0.8568 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.1716 0.8539 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.4356 0.6475 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.6719 0.4033 0.616 0.180 0.000 0.204
#> SRR1399271 2 0.1940 0.8464 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.8567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 3 0.7444 0.0516 0.420 0.080 0.468 0.032
#> SRR1466260 1 0.4356 0.2079 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1079612 2 0.1867 0.8536 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1315821 4 0.0657 0.6203 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1417248 2 0.2281 0.8420 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR807517 4 0.2281 0.5872 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1120961 2 0.0469 0.8571 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.2281 0.8258 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.1211 0.8544 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0336 0.8574 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.2589 0.8176 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1120847 2 0.2011 0.8457 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1081401 2 0.3610 0.7791 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1477820 4 0.6079 0.5451 0.408 0.048 0.000 0.544
#> SRR1442509 2 0.1637 0.8523 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0707 0.8591 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1435923 3 0.2011 0.7455 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1102852 2 0.2011 0.8412 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.5536 0.3140 0.680 0.032 0.008 0.280
#> SRR1342995 2 0.0336 0.8571 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1314788 4 0.4008 0.4443 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1090722 2 0.0817 0.8564 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.3569 0.7473 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR1101348 1 0.3876 0.2690 0.836 0.040 0.000 0.124
#> SRR1455236 1 0.5947 0.4301 0.628 0.312 0.000 0.060
#> SRR1465289 2 0.1211 0.8574 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR813431 1 0.4008 0.2897 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1347100 2 0.4331 0.5864 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.4134 0.6754 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.4697 0.4121 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.1302 0.8539 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.1118 0.8562 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0188 0.8569 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1314014 2 0.5025 0.6190 0.252 0.716 0.000 0.032
#> SRR1317238 2 0.1792 0.8520 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0469 0.7984 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1092612 2 0.4222 0.6625 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1380139 1 0.4888 0.3389 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.1474 0.8540 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0188 0.8568 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.3801 0.7266 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.1022 0.8566 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.2281 0.8424 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1404421 3 0.1474 0.7715 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1319322 2 0.0336 0.8568 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1309425 4 0.2987 0.5944 0.016 0.000 0.104 0.880
#> SRR1087535 2 0.1792 0.8513 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR2185137 1 0.4843 0.3555 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1437012 1 0.6634 -0.0698 0.592 0.000 0.292 0.116
#> SRR1343919 2 0.6299 0.1920 0.420 0.520 0.000 0.060
#> SRR1081614 2 0.0469 0.8579 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.2149 0.8342 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.5174 0.4329 0.368 0.620 0.000 0.012
#> SRR1088241 2 0.1940 0.8564 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1328125 3 0.1489 0.7804 0.004 0.000 0.952 0.044
#> SRR1339130 3 0.5698 0.3953 0.320 0.044 0.636 0.000
#> SRR1079455 1 0.7251 0.1275 0.440 0.416 0.000 0.144
#> SRR1328821 2 0.1022 0.8557 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.4431 0.5680 0.304 0.696 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 1 0.4696 0.227508 0.556 0.428 0.000 0.016 0.000
#> SRR1480675 1 0.6218 0.130236 0.552 0.032 0.000 0.076 0.340
#> SRR1390331 2 0.3806 0.745024 0.084 0.812 0.000 0.104 0.000
#> SRR1084347 2 0.4282 0.738312 0.108 0.804 0.000 0.052 0.036
#> SRR1352597 2 0.1981 0.792979 0.028 0.924 0.000 0.048 0.000
#> SRR1089643 1 0.6602 0.190374 0.424 0.360 0.000 0.216 0.000
#> SRR1081357 2 0.3911 0.750746 0.144 0.796 0.000 0.060 0.000
#> SRR1321112 4 0.4779 0.333173 0.340 0.000 0.000 0.628 0.032
#> SRR810899 3 0.0000 0.809204 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.6596 0.077664 0.492 0.004 0.284 0.220 0.000
#> SRR1474159 2 0.4173 0.604989 0.012 0.688 0.000 0.300 0.000
#> SRR1387308 2 0.2905 0.777098 0.036 0.868 0.000 0.096 0.000
#> SRR808065 2 0.2208 0.784108 0.072 0.908 0.000 0.020 0.000
#> SRR1073531 2 0.2078 0.789127 0.036 0.924 0.000 0.036 0.004
#> SRR1081688 2 0.1364 0.798851 0.036 0.952 0.000 0.012 0.000
#> SRR1471029 2 0.1310 0.796973 0.024 0.956 0.000 0.020 0.000
#> SRR811447 1 0.3890 0.116728 0.736 0.000 0.000 0.252 0.012
#> SRR817512 2 0.5626 0.206662 0.336 0.572 0.000 0.092 0.000
#> SRR815588 2 0.2423 0.789973 0.080 0.896 0.000 0.024 0.000
#> SRR1380847 2 0.2676 0.784358 0.080 0.884 0.000 0.036 0.000
#> SRR1327327 2 0.1106 0.797318 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1322355 2 0.1568 0.796470 0.020 0.944 0.000 0.036 0.000
#> SRR1333370 2 0.1205 0.795507 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR1432476 2 0.1918 0.799884 0.036 0.928 0.000 0.036 0.000
#> SRR1345200 2 0.2236 0.789454 0.024 0.908 0.000 0.068 0.000
#> SRR1398293 2 0.5112 0.609679 0.076 0.680 0.000 0.240 0.004
#> SRR1346957 5 0.6467 0.469308 0.324 0.004 0.000 0.176 0.496
#> SRR1364953 2 0.2304 0.791013 0.048 0.908 0.000 0.044 0.000
#> SRR1347998 2 0.2325 0.793273 0.028 0.904 0.000 0.068 0.000
#> SRR1069734 1 0.6785 0.107167 0.376 0.340 0.000 0.284 0.000
#> SRR1080859 1 0.6846 -0.160135 0.456 0.024 0.000 0.368 0.152
#> SRR2165379 4 0.2872 0.500211 0.060 0.008 0.000 0.884 0.048
#> SRR1348202 4 0.6050 0.227327 0.148 0.268 0.000 0.580 0.004
#> SRR1465938 2 0.5229 0.162796 0.028 0.500 0.000 0.464 0.008
#> SRR1381327 2 0.2694 0.786913 0.076 0.884 0.000 0.040 0.000
#> SRR1375658 2 0.3410 0.771659 0.092 0.840 0.000 0.068 0.000
#> SRR1379220 2 0.1877 0.792318 0.012 0.924 0.000 0.064 0.000
#> SRR1457148 4 0.3880 0.413559 0.020 0.204 0.000 0.772 0.004
#> SRR1441614 4 0.5024 0.210799 0.440 0.000 0.000 0.528 0.032
#> SRR1335536 2 0.2959 0.778092 0.100 0.864 0.000 0.036 0.000
#> SRR1083554 2 0.3327 0.752577 0.144 0.828 0.000 0.028 0.000
#> SRR1486907 3 0.4295 0.561438 0.044 0.000 0.740 0.216 0.000
#> SRR1094287 2 0.3308 0.762120 0.020 0.832 0.000 0.144 0.004
#> SRR1464577 2 0.1357 0.795359 0.004 0.948 0.000 0.048 0.000
#> SRR1429579 2 0.1661 0.799103 0.024 0.940 0.000 0.036 0.000
#> SRR1380569 2 0.2390 0.794027 0.020 0.896 0.000 0.084 0.000
#> SRR1337977 2 0.2504 0.783830 0.064 0.900 0.000 0.032 0.004
#> SRR1398775 2 0.4599 0.707848 0.100 0.744 0.000 0.156 0.000
#> SRR1090604 1 0.5096 0.216318 0.520 0.444 0.000 0.036 0.000
#> SRR1419361 2 0.1626 0.797567 0.016 0.940 0.000 0.044 0.000
#> SRR1090650 5 0.4900 0.028033 0.000 0.000 0.464 0.024 0.512
#> SRR1068905 2 0.5226 0.685020 0.160 0.724 0.000 0.088 0.028
#> SRR1337052 5 0.2595 0.676794 0.000 0.000 0.080 0.032 0.888
#> SRR1489075 2 0.2905 0.778322 0.096 0.868 0.000 0.036 0.000
#> SRR1458955 1 0.5698 0.235940 0.692 0.000 0.160 0.108 0.040
#> SRR1080811 2 0.4890 0.380550 0.332 0.628 0.000 0.040 0.000
#> SRR1407734 2 0.1996 0.797739 0.036 0.928 0.000 0.032 0.004
#> SRR1454568 1 0.6166 0.254866 0.592 0.192 0.000 0.208 0.008
#> SRR1078612 2 0.3432 0.770733 0.040 0.828 0.000 0.132 0.000
#> SRR1345347 3 0.4235 0.202101 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1381613 3 0.0000 0.809204 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.2139 0.795639 0.032 0.916 0.000 0.052 0.000
#> SRR818850 1 0.5414 0.012435 0.528 0.000 0.000 0.060 0.412
#> SRR814943 2 0.3934 0.635131 0.008 0.716 0.000 0.276 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.809204 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 4 0.4047 0.474109 0.016 0.132 0.032 0.812 0.008
#> SRR1420791 5 0.6795 0.392792 0.372 0.024 0.000 0.144 0.460
#> SRR1394855 4 0.4704 -0.104837 0.000 0.008 0.480 0.508 0.004
#> SRR1459232 2 0.4513 0.695989 0.200 0.744 0.000 0.048 0.008
#> SRR1103118 1 0.5767 0.280782 0.712 0.072 0.004 0.116 0.096
#> SRR1441505 2 0.3741 0.645835 0.004 0.732 0.000 0.264 0.000
#> SRR1470379 2 0.6475 0.256237 0.212 0.484 0.000 0.304 0.000
#> SRR1334762 2 0.4359 0.394035 0.004 0.584 0.000 0.412 0.000
#> SRR1338766 2 0.5102 0.517903 0.288 0.660 0.000 0.032 0.020
#> SRR1458619 1 0.5394 -0.128300 0.540 0.000 0.000 0.060 0.400
#> SRR1070479 2 0.3575 0.734737 0.016 0.800 0.000 0.180 0.004
#> SRR1077753 2 0.3995 0.723338 0.180 0.776 0.000 0.044 0.000
#> SRR1087055 1 0.7261 -0.370605 0.400 0.040 0.000 0.176 0.384
#> SRR1352069 3 0.0510 0.806556 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1405182 4 0.3561 0.492048 0.068 0.052 0.000 0.852 0.028
#> SRR1476784 2 0.4252 0.607666 0.020 0.700 0.000 0.280 0.000
#> SRR1075607 2 0.2735 0.784307 0.084 0.880 0.000 0.036 0.000
#> SRR1458066 2 0.5871 0.510405 0.212 0.604 0.000 0.184 0.000
#> SRR1078299 2 0.2214 0.789975 0.028 0.916 0.000 0.052 0.004
#> SRR1387685 3 0.5714 0.488250 0.188 0.000 0.664 0.132 0.016
#> SRR809667 2 0.4689 0.319724 0.016 0.560 0.000 0.424 0.000
#> SRR1322334 2 0.2139 0.793746 0.032 0.916 0.000 0.052 0.000
#> SRR1419518 4 0.4886 0.354397 0.312 0.004 0.000 0.648 0.036
#> SRR2164975 2 0.3055 0.767962 0.016 0.840 0.000 0.144 0.000
#> SRR1081663 2 0.2588 0.787942 0.048 0.892 0.000 0.060 0.000
#> SRR1478593 2 0.2144 0.797781 0.020 0.912 0.000 0.068 0.000
#> SRR1432145 2 0.2707 0.776333 0.100 0.876 0.000 0.024 0.000
#> SRR1409153 2 0.5042 -0.096860 0.460 0.508 0.000 0.032 0.000
#> SRR1097549 1 0.4904 0.181961 0.504 0.472 0.000 0.024 0.000
#> SRR1082307 2 0.6347 0.331203 0.324 0.524 0.000 0.144 0.008
#> SRR1419166 2 0.5594 0.171687 0.432 0.512 0.000 0.040 0.016
#> SRR1488812 2 0.1764 0.795412 0.008 0.928 0.000 0.064 0.000
#> SRR1381229 4 0.5088 0.234953 0.032 0.352 0.000 0.608 0.008
#> SRR1312288 2 0.3866 0.718875 0.024 0.780 0.000 0.192 0.004
#> SRR1455946 1 0.5557 0.074766 0.624 0.000 0.000 0.116 0.260
#> SRR1355304 3 0.0794 0.803436 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1447437 2 0.1965 0.795820 0.024 0.924 0.000 0.052 0.000
#> SRR1444264 2 0.6141 0.432122 0.260 0.572 0.000 0.164 0.004
#> SRR1332733 2 0.1697 0.793425 0.060 0.932 0.000 0.008 0.000
#> SRR1460279 4 0.2848 0.511381 0.036 0.040 0.004 0.896 0.024
#> SRR1321204 3 0.0000 0.809204 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.6338 0.373603 0.292 0.532 0.000 0.172 0.004
#> SRR1409022 5 0.2850 0.671455 0.000 0.000 0.092 0.036 0.872
#> SRR1311329 2 0.2491 0.787365 0.036 0.896 0.000 0.068 0.000
#> SRR1101304 2 0.3630 0.725182 0.016 0.780 0.000 0.204 0.000
#> SRR1096900 2 0.2124 0.795935 0.056 0.916 0.000 0.028 0.000
#> SRR1431535 2 0.2390 0.783325 0.084 0.896 0.000 0.020 0.000
#> SRR1432980 1 0.7645 0.082855 0.432 0.328 0.000 0.148 0.092
#> SRR1081449 3 0.1043 0.797594 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1100440 2 0.4696 0.696300 0.184 0.740 0.000 0.068 0.008
#> SRR1093290 2 0.1965 0.791888 0.024 0.924 0.000 0.052 0.000
#> SRR1380699 4 0.5272 0.169100 0.432 0.032 0.000 0.528 0.008
#> SRR1399009 2 0.1943 0.796171 0.020 0.924 0.000 0.056 0.000
#> SRR1101931 4 0.5803 0.229462 0.368 0.000 0.000 0.532 0.100
#> SRR2166114 4 0.5032 0.033602 0.032 0.448 0.000 0.520 0.000
#> SRR812912 3 0.0162 0.808645 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR810531 2 0.2139 0.795185 0.032 0.916 0.000 0.052 0.000
#> SRR1500052 2 0.7289 -0.239490 0.356 0.400 0.000 0.032 0.212
#> SRR1319608 3 0.0000 0.809204 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.3863 0.660130 0.012 0.740 0.000 0.248 0.000
#> SRR1076490 2 0.4668 0.620925 0.044 0.684 0.000 0.272 0.000
#> SRR1370528 2 0.1661 0.793930 0.024 0.940 0.000 0.036 0.000
#> SRR1068788 2 0.1845 0.793343 0.016 0.928 0.000 0.056 0.000
#> SRR1457637 2 0.1310 0.794421 0.020 0.956 0.000 0.024 0.000
#> SRR821518 2 0.1582 0.796607 0.028 0.944 0.000 0.028 0.000
#> SRR1378660 2 0.3023 0.775254 0.112 0.860 0.000 0.024 0.004
#> SRR1430468 2 0.4654 0.308282 0.348 0.628 0.000 0.024 0.000
#> SRR1443847 3 0.3741 0.516192 0.000 0.000 0.732 0.004 0.264
#> SRR1098026 4 0.5641 0.338026 0.200 0.148 0.000 0.648 0.004
#> SRR1464394 3 0.7356 -0.000011 0.284 0.012 0.348 0.348 0.008
#> SRR1400419 1 0.6388 0.015850 0.496 0.000 0.000 0.312 0.192
#> SRR820839 1 0.7052 0.062591 0.488 0.044 0.148 0.320 0.000
#> SRR1456733 2 0.1018 0.797452 0.016 0.968 0.000 0.016 0.000
#> SRR1360218 2 0.0865 0.795852 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1080022 2 0.3489 0.718923 0.144 0.820 0.000 0.036 0.000
#> SRR1093885 2 0.5921 0.421665 0.296 0.568 0.000 0.136 0.000
#> SRR1072845 4 0.6727 0.074781 0.428 0.072 0.000 0.440 0.060
#> SRR1399271 2 0.2519 0.786839 0.016 0.884 0.000 0.100 0.000
#> SRR1361264 2 0.0566 0.794476 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR814082 1 0.6791 0.203198 0.536 0.056 0.304 0.104 0.000
#> SRR1466260 4 0.4934 0.306147 0.188 0.000 0.000 0.708 0.104
#> SRR1079612 2 0.4957 0.697991 0.184 0.716 0.000 0.096 0.004
#> SRR1315821 5 0.3612 0.668842 0.064 0.000 0.004 0.100 0.832
#> SRR1417248 2 0.5155 0.554235 0.276 0.660 0.000 0.056 0.008
#> SRR807517 5 0.1804 0.690300 0.012 0.000 0.024 0.024 0.940
#> SRR1120961 2 0.1216 0.795955 0.020 0.960 0.000 0.020 0.000
#> SRR1457661 2 0.1267 0.800716 0.024 0.960 0.000 0.012 0.004
#> SRR1420368 2 0.1808 0.791920 0.020 0.936 0.000 0.040 0.004
#> SRR1071429 2 0.0955 0.795017 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1378971 2 0.5006 0.650480 0.156 0.708 0.000 0.136 0.000
#> SRR1120847 2 0.2676 0.792116 0.036 0.884 0.000 0.080 0.000
#> SRR1081401 2 0.4961 0.678419 0.140 0.724 0.000 0.132 0.004
#> SRR1477820 5 0.6527 0.541999 0.240 0.024 0.012 0.124 0.600
#> SRR1442509 2 0.1522 0.801609 0.012 0.944 0.000 0.044 0.000
#> SRR1443070 2 0.2260 0.789255 0.028 0.908 0.000 0.064 0.000
#> SRR1435923 3 0.1282 0.785166 0.000 0.004 0.952 0.044 0.000
#> SRR1102852 2 0.4028 0.704874 0.192 0.768 0.000 0.040 0.000
#> SRR1486439 4 0.2605 0.496291 0.044 0.004 0.000 0.896 0.056
#> SRR1342995 2 0.0955 0.799066 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314788 4 0.5420 -0.116890 0.060 0.000 0.000 0.524 0.416
#> SRR1090722 2 0.1741 0.791206 0.024 0.936 0.000 0.040 0.000
#> SRR1356421 2 0.5526 0.598741 0.152 0.648 0.000 0.200 0.000
#> SRR1101348 1 0.6264 -0.163179 0.452 0.028 0.000 0.448 0.072
#> SRR1455236 1 0.5922 -0.082237 0.476 0.104 0.000 0.420 0.000
#> SRR1465289 2 0.4168 0.700958 0.184 0.764 0.000 0.052 0.000
#> SRR813431 4 0.4486 0.454214 0.172 0.000 0.000 0.748 0.080
#> SRR1347100 2 0.4086 0.623763 0.012 0.704 0.000 0.284 0.000
#> SRR1373921 2 0.5755 0.543012 0.212 0.648 0.000 0.128 0.012
#> SRR1341142 2 0.4151 0.507180 0.004 0.652 0.000 0.344 0.000
#> SRR1343053 2 0.1597 0.795405 0.048 0.940 0.000 0.012 0.000
#> SRR1408494 2 0.2141 0.791106 0.016 0.916 0.000 0.064 0.004
#> SRR1095213 2 0.0771 0.794414 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> SRR1314014 1 0.6210 0.297265 0.548 0.348 0.000 0.068 0.036
#> SRR1317238 2 0.2460 0.788003 0.024 0.900 0.000 0.072 0.004
#> SRR1071379 3 0.0963 0.799813 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1092612 2 0.5708 0.149376 0.408 0.516 0.000 0.072 0.004
#> SRR1380139 4 0.5610 0.340629 0.236 0.120 0.000 0.640 0.004
#> SRR1308288 2 0.2233 0.790111 0.016 0.904 0.000 0.080 0.000
#> SRR1389018 2 0.0566 0.795439 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1399501 2 0.6060 0.489614 0.228 0.592 0.000 0.176 0.004
#> SRR1358260 2 0.2012 0.792162 0.020 0.920 0.000 0.060 0.000
#> SRR1096946 2 0.4166 0.739474 0.116 0.792 0.000 0.088 0.004
#> SRR1404421 3 0.0510 0.805007 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1319322 2 0.2305 0.782748 0.092 0.896 0.000 0.012 0.000
#> SRR1309425 5 0.4081 0.675798 0.080 0.000 0.092 0.016 0.812
#> SRR1087535 2 0.4444 0.710333 0.180 0.748 0.000 0.072 0.000
#> SRR2185137 4 0.4028 0.431413 0.048 0.176 0.000 0.776 0.000
#> SRR1437012 3 0.7069 0.283553 0.136 0.000 0.520 0.284 0.060
#> SRR1343919 2 0.8179 -0.010265 0.260 0.400 0.000 0.192 0.148
#> SRR1081614 2 0.2012 0.792951 0.060 0.920 0.000 0.020 0.000
#> SRR1352256 2 0.2470 0.780686 0.012 0.884 0.000 0.104 0.000
#> SRR1499156 2 0.6838 0.263956 0.316 0.500 0.000 0.156 0.028
#> SRR1088241 2 0.5375 0.616936 0.220 0.668 0.000 0.108 0.004
#> SRR1328125 3 0.1828 0.785413 0.028 0.000 0.936 0.004 0.032
#> SRR1339130 3 0.3476 0.639255 0.000 0.020 0.804 0.176 0.000
#> SRR1079455 1 0.6030 0.292085 0.636 0.228 0.000 0.104 0.032
#> SRR1328821 2 0.2067 0.794861 0.032 0.920 0.000 0.048 0.000
#> SRR1357367 2 0.3969 0.600323 0.004 0.692 0.000 0.304 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 1 0.2920 0.6054 0.820 0.168 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1480675 1 0.3140 0.5277 0.848 0.008 0.000 0.032 0.104 0.008
#> SRR1390331 2 0.3721 0.6635 0.016 0.752 0.000 0.012 0.000 0.220
#> SRR1084347 2 0.4988 0.6707 0.020 0.732 0.000 0.088 0.032 0.128
#> SRR1352597 2 0.2006 0.7566 0.016 0.904 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1089643 1 0.5180 0.5043 0.664 0.216 0.000 0.096 0.004 0.020
#> SRR1081357 2 0.5158 0.6410 0.128 0.696 0.000 0.048 0.000 0.128
#> SRR1321112 4 0.4936 0.4274 0.236 0.000 0.000 0.668 0.020 0.076
#> SRR810899 3 0.0000 0.8347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 3 0.6993 0.0149 0.228 0.012 0.384 0.040 0.000 0.336
#> SRR1474159 2 0.4860 0.3084 0.024 0.560 0.000 0.392 0.000 0.024
#> SRR1387308 2 0.3101 0.7380 0.024 0.852 0.000 0.032 0.000 0.092
#> SRR808065 2 0.2119 0.7613 0.044 0.912 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1073531 2 0.2709 0.7535 0.040 0.884 0.000 0.032 0.000 0.044
#> SRR1081688 2 0.1913 0.7740 0.016 0.924 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR1471029 2 0.1448 0.7665 0.024 0.948 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR811447 1 0.4907 0.4148 0.644 0.000 0.000 0.096 0.004 0.256
#> SRR817512 1 0.5661 0.3038 0.488 0.400 0.000 0.092 0.000 0.020
#> SRR815588 2 0.3469 0.7362 0.032 0.828 0.000 0.036 0.000 0.104
#> SRR1380847 2 0.2892 0.7382 0.020 0.840 0.000 0.004 0.000 0.136
#> SRR1327327 2 0.1367 0.7635 0.012 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1322355 2 0.1268 0.7653 0.004 0.952 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1333370 2 0.1364 0.7681 0.012 0.952 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1432476 2 0.2001 0.7706 0.040 0.912 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1345200 2 0.2151 0.7579 0.008 0.904 0.000 0.016 0.000 0.072
#> SRR1398293 2 0.5291 0.5486 0.032 0.664 0.000 0.120 0.000 0.184
#> SRR1346957 6 0.4454 -0.1674 0.012 0.008 0.000 0.004 0.400 0.576
#> SRR1364953 2 0.2112 0.7568 0.016 0.896 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1347998 2 0.2602 0.7497 0.020 0.884 0.000 0.024 0.000 0.072
#> SRR1069734 1 0.5443 0.3736 0.580 0.128 0.000 0.284 0.000 0.008
#> SRR1080859 6 0.2755 0.2764 0.012 0.016 0.000 0.064 0.024 0.884
#> SRR2165379 4 0.3085 0.5344 0.060 0.016 0.000 0.868 0.016 0.040
#> SRR1348202 4 0.6370 0.3048 0.060 0.196 0.000 0.544 0.000 0.200
#> SRR1465938 4 0.4985 0.2329 0.024 0.388 0.000 0.560 0.004 0.024
#> SRR1381327 2 0.2553 0.7376 0.008 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1375658 2 0.3023 0.7247 0.008 0.808 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1379220 2 0.1793 0.7626 0.012 0.928 0.000 0.012 0.000 0.048
#> SRR1457148 4 0.3757 0.5468 0.052 0.120 0.000 0.804 0.000 0.024
#> SRR1441614 1 0.5241 0.1608 0.528 0.000 0.000 0.400 0.024 0.048
#> SRR1335536 2 0.2703 0.7231 0.000 0.824 0.000 0.004 0.000 0.172
#> SRR1083554 2 0.4655 0.6586 0.100 0.732 0.000 0.028 0.000 0.140
#> SRR1486907 3 0.4167 0.5104 0.056 0.000 0.708 0.236 0.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.4112 0.6683 0.016 0.744 0.000 0.200 0.000 0.040
#> SRR1464577 2 0.1871 0.7670 0.016 0.928 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR1429579 2 0.2114 0.7623 0.012 0.904 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR1380569 2 0.2798 0.7536 0.020 0.876 0.000 0.048 0.000 0.056
#> SRR1337977 2 0.3282 0.7434 0.036 0.848 0.000 0.048 0.000 0.068
#> SRR1398775 2 0.3883 0.6930 0.020 0.760 0.000 0.024 0.000 0.196
#> SRR1090604 1 0.2669 0.6063 0.836 0.156 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.1194 0.7673 0.008 0.956 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1090650 5 0.4456 0.1215 0.020 0.000 0.456 0.004 0.520 0.000
#> SRR1068905 2 0.5260 0.5112 0.028 0.616 0.000 0.056 0.004 0.296
#> SRR1337052 5 0.2535 0.7592 0.036 0.000 0.064 0.012 0.888 0.000
#> SRR1489075 2 0.3547 0.7404 0.088 0.828 0.000 0.048 0.000 0.036
#> SRR1458955 1 0.3619 0.5293 0.816 0.000 0.028 0.016 0.012 0.128
#> SRR1080811 1 0.5160 0.3674 0.552 0.380 0.000 0.040 0.000 0.028
#> SRR1407734 2 0.1950 0.7648 0.024 0.912 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1454568 1 0.4943 0.5668 0.732 0.076 0.000 0.116 0.004 0.072
#> SRR1078612 2 0.4403 0.6865 0.024 0.748 0.000 0.076 0.000 0.152
#> SRR1345347 3 0.3656 0.5946 0.012 0.000 0.728 0.000 0.256 0.004
#> SRR1381613 3 0.0000 0.8347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.3219 0.7491 0.060 0.852 0.000 0.056 0.000 0.032
#> SRR818850 1 0.3304 0.4662 0.804 0.000 0.000 0.020 0.168 0.008
#> SRR814943 2 0.4522 0.5575 0.028 0.684 0.000 0.260 0.000 0.028
#> SRR1347481 3 0.0000 0.8347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 4 0.2757 0.5325 0.032 0.016 0.012 0.896 0.016 0.028
#> SRR1420791 6 0.4950 0.0528 0.012 0.040 0.000 0.012 0.304 0.632
#> SRR1394855 4 0.4756 0.0468 0.028 0.000 0.428 0.532 0.000 0.012
#> SRR1459232 2 0.4928 0.6452 0.032 0.704 0.000 0.072 0.004 0.188
#> SRR1103118 1 0.4546 0.5521 0.776 0.020 0.000 0.096 0.060 0.048
#> SRR1441505 2 0.4312 0.5541 0.028 0.692 0.000 0.264 0.000 0.016
#> SRR1470379 2 0.7221 -0.2231 0.088 0.352 0.000 0.268 0.000 0.292
#> SRR1334762 4 0.4788 0.2625 0.016 0.396 0.000 0.560 0.000 0.028
#> SRR1338766 2 0.5578 0.3228 0.308 0.568 0.000 0.004 0.012 0.108
#> SRR1458619 1 0.4620 0.3833 0.696 0.000 0.000 0.012 0.220 0.072
#> SRR1070479 2 0.4259 0.6794 0.028 0.744 0.000 0.188 0.000 0.040
#> SRR1077753 2 0.4222 0.6278 0.028 0.708 0.000 0.016 0.000 0.248
#> SRR1087055 6 0.4438 0.1987 0.008 0.020 0.000 0.056 0.168 0.748
#> SRR1352069 3 0.0547 0.8304 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1405182 4 0.4319 0.5132 0.040 0.028 0.000 0.736 0.000 0.196
#> SRR1476784 2 0.4989 0.1897 0.040 0.540 0.000 0.404 0.000 0.016
#> SRR1075607 2 0.4394 0.7057 0.096 0.768 0.000 0.048 0.000 0.088
#> SRR1458066 2 0.5126 0.2779 0.016 0.544 0.000 0.052 0.000 0.388
#> SRR1078299 2 0.3308 0.7398 0.048 0.848 0.000 0.056 0.000 0.048
#> SRR1387685 3 0.4254 0.4886 0.004 0.000 0.656 0.028 0.000 0.312
#> SRR809667 4 0.5663 0.2900 0.064 0.376 0.004 0.524 0.000 0.032
#> SRR1322334 2 0.2257 0.7511 0.008 0.876 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1419518 4 0.4868 0.4392 0.232 0.020 0.000 0.692 0.028 0.028
#> SRR2164975 2 0.5089 0.5778 0.036 0.680 0.000 0.200 0.000 0.084
#> SRR1081663 2 0.2518 0.7524 0.016 0.880 0.000 0.012 0.000 0.092
#> SRR1478593 2 0.2961 0.7595 0.012 0.860 0.000 0.080 0.000 0.048
#> SRR1432145 2 0.3930 0.7000 0.056 0.780 0.000 0.016 0.000 0.148
#> SRR1409153 1 0.3281 0.5669 0.784 0.200 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1097549 1 0.2882 0.5917 0.812 0.180 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1082307 6 0.4758 0.1860 0.020 0.416 0.000 0.020 0.000 0.544
#> SRR1419166 1 0.6149 0.0832 0.428 0.356 0.000 0.004 0.004 0.208
#> SRR1488812 2 0.2084 0.7675 0.024 0.916 0.000 0.044 0.000 0.016
#> SRR1381229 4 0.5491 0.3989 0.052 0.296 0.000 0.596 0.000 0.056
#> SRR1312288 2 0.4337 0.6225 0.016 0.704 0.000 0.244 0.000 0.036
#> SRR1455946 1 0.5411 0.4412 0.672 0.000 0.000 0.060 0.108 0.160
#> SRR1355304 3 0.1285 0.8163 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR1447437 2 0.2570 0.7510 0.024 0.888 0.000 0.024 0.000 0.064
#> SRR1444264 2 0.7264 0.0941 0.132 0.420 0.000 0.216 0.000 0.232
#> SRR1332733 2 0.2957 0.7428 0.016 0.836 0.000 0.008 0.000 0.140
#> SRR1460279 4 0.3508 0.5224 0.052 0.004 0.000 0.828 0.016 0.100
#> SRR1321204 3 0.0000 0.8347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 6 0.4970 0.1023 0.016 0.436 0.000 0.036 0.000 0.512
#> SRR1409022 5 0.2912 0.7467 0.028 0.000 0.104 0.012 0.856 0.000
#> SRR1311329 2 0.2239 0.7563 0.020 0.900 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR1101304 2 0.4586 0.5867 0.036 0.680 0.000 0.260 0.000 0.024
#> SRR1096900 2 0.3044 0.7490 0.000 0.836 0.000 0.048 0.000 0.116
#> SRR1431535 2 0.2787 0.7519 0.044 0.872 0.000 0.012 0.000 0.072
#> SRR1432980 6 0.5112 0.4376 0.052 0.208 0.000 0.004 0.052 0.684
#> SRR1081449 3 0.1753 0.7977 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084 0.000
#> SRR1100440 2 0.5609 0.5456 0.048 0.632 0.000 0.108 0.000 0.212
#> SRR1093290 2 0.3181 0.7475 0.048 0.856 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1380699 6 0.6345 -0.0287 0.316 0.008 0.000 0.224 0.008 0.444
#> SRR1399009 2 0.2152 0.7616 0.004 0.904 0.000 0.068 0.000 0.024
#> SRR1101931 4 0.6120 0.2424 0.300 0.004 0.000 0.532 0.132 0.032
#> SRR2166114 4 0.6218 0.2741 0.056 0.308 0.000 0.520 0.000 0.116
#> SRR812912 3 0.0000 0.8347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.3049 0.7447 0.052 0.864 0.000 0.040 0.000 0.044
#> SRR1500052 2 0.7513 -0.3626 0.320 0.320 0.000 0.000 0.188 0.172
#> SRR1319608 3 0.0000 0.8347 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.4388 0.4457 0.016 0.636 0.000 0.332 0.000 0.016
#> SRR1076490 2 0.5401 0.5118 0.036 0.632 0.000 0.244 0.000 0.088
#> SRR1370528 2 0.2032 0.7697 0.024 0.920 0.000 0.020 0.000 0.036
#> SRR1068788 2 0.1642 0.7643 0.004 0.936 0.000 0.028 0.000 0.032
#> SRR1457637 2 0.1498 0.7658 0.000 0.940 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR821518 2 0.1471 0.7641 0.004 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1378660 2 0.3304 0.7179 0.020 0.804 0.000 0.008 0.000 0.168
#> SRR1430468 1 0.4010 0.3030 0.584 0.408 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443847 3 0.2980 0.6852 0.008 0.000 0.800 0.000 0.192 0.000
#> SRR1098026 4 0.6093 0.2250 0.056 0.068 0.000 0.516 0.008 0.352
#> SRR1464394 6 0.5307 -0.0742 0.004 0.004 0.384 0.080 0.000 0.528
#> SRR1400419 1 0.6024 0.4038 0.620 0.000 0.000 0.136 0.136 0.108
#> SRR820839 1 0.7854 0.1691 0.380 0.020 0.168 0.224 0.000 0.208
#> SRR1456733 2 0.1124 0.7646 0.008 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1360218 2 0.1148 0.7684 0.020 0.960 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1080022 2 0.4383 0.5397 0.276 0.680 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1093885 2 0.6223 0.0774 0.220 0.468 0.000 0.016 0.000 0.296
#> SRR1072845 1 0.5303 0.3632 0.604 0.024 0.000 0.296 0.076 0.000
#> SRR1399271 2 0.2471 0.7627 0.020 0.896 0.000 0.040 0.000 0.044
#> SRR1361264 2 0.0520 0.7665 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR814082 1 0.2898 0.5677 0.884 0.012 0.048 0.036 0.012 0.008
#> SRR1466260 4 0.5829 0.1789 0.052 0.000 0.000 0.520 0.068 0.360
#> SRR1079612 2 0.4811 0.5886 0.012 0.652 0.000 0.064 0.000 0.272
#> SRR1315821 5 0.3515 0.7300 0.032 0.000 0.004 0.080 0.836 0.048
#> SRR1417248 2 0.6405 0.4242 0.132 0.564 0.000 0.104 0.000 0.200
#> SRR807517 5 0.3486 0.7414 0.020 0.000 0.016 0.028 0.836 0.100
#> SRR1120961 2 0.1225 0.7681 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR1457661 2 0.1760 0.7677 0.020 0.928 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1420368 2 0.1633 0.7610 0.000 0.932 0.000 0.044 0.000 0.024
#> SRR1071429 2 0.1426 0.7673 0.008 0.948 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1378971 2 0.4382 0.4374 0.020 0.612 0.000 0.008 0.000 0.360
#> SRR1120847 2 0.3615 0.7387 0.024 0.820 0.000 0.092 0.000 0.064
#> SRR1081401 2 0.5794 0.5617 0.160 0.632 0.000 0.144 0.000 0.064
#> SRR1477820 5 0.5830 0.3208 0.032 0.028 0.004 0.032 0.536 0.368
#> SRR1442509 2 0.1777 0.7710 0.012 0.932 0.000 0.032 0.000 0.024
#> SRR1443070 2 0.2224 0.7556 0.020 0.904 0.000 0.012 0.000 0.064
#> SRR1435923 3 0.0363 0.8327 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.4835 0.6300 0.080 0.712 0.000 0.036 0.000 0.172
#> SRR1486439 4 0.2278 0.5323 0.052 0.000 0.000 0.904 0.012 0.032
#> SRR1342995 2 0.1701 0.7620 0.008 0.920 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1314788 4 0.5680 -0.1957 0.016 0.000 0.000 0.456 0.428 0.100
#> SRR1090722 2 0.1906 0.7613 0.008 0.924 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1356421 2 0.6756 0.3378 0.104 0.512 0.000 0.208 0.000 0.176
#> SRR1101348 6 0.1995 0.3052 0.004 0.024 0.000 0.036 0.012 0.924
#> SRR1455236 1 0.3455 0.5144 0.776 0.020 0.000 0.200 0.004 0.000
#> SRR1465289 2 0.5778 0.5595 0.096 0.640 0.000 0.096 0.000 0.168
#> SRR813431 4 0.4262 0.5020 0.148 0.000 0.000 0.760 0.068 0.024
#> SRR1347100 2 0.4576 0.2121 0.008 0.556 0.000 0.412 0.000 0.024
#> SRR1373921 2 0.4863 0.4457 0.032 0.620 0.000 0.028 0.000 0.320
#> SRR1341142 2 0.4847 -0.0614 0.032 0.492 0.000 0.464 0.000 0.012
#> SRR1343053 2 0.1777 0.7695 0.044 0.928 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1408494 2 0.2437 0.7549 0.004 0.888 0.000 0.072 0.000 0.036
#> SRR1095213 2 0.0964 0.7655 0.004 0.968 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1314014 1 0.3031 0.5929 0.860 0.072 0.000 0.020 0.048 0.000
#> SRR1317238 2 0.3872 0.7164 0.036 0.800 0.000 0.116 0.000 0.048
#> SRR1071379 3 0.1531 0.8077 0.004 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000
#> SRR1092612 1 0.6830 0.1997 0.404 0.372 0.000 0.120 0.000 0.104
#> SRR1380139 6 0.5908 -0.1325 0.056 0.068 0.000 0.376 0.000 0.500
#> SRR1308288 2 0.2262 0.7627 0.020 0.908 0.000 0.036 0.000 0.036
#> SRR1389018 2 0.1007 0.7683 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1399501 2 0.5411 0.0457 0.032 0.480 0.000 0.048 0.000 0.440
#> SRR1358260 2 0.1942 0.7580 0.012 0.916 0.000 0.008 0.000 0.064
#> SRR1096946 2 0.4997 0.6621 0.092 0.720 0.000 0.116 0.000 0.072
#> SRR1404421 3 0.0508 0.8321 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1319322 2 0.3548 0.7244 0.068 0.812 0.000 0.008 0.000 0.112
#> SRR1309425 5 0.4219 0.7326 0.012 0.000 0.104 0.000 0.760 0.124
#> SRR1087535 2 0.6195 0.4857 0.092 0.588 0.000 0.124 0.000 0.196
#> SRR2185137 4 0.5383 0.4770 0.076 0.120 0.000 0.684 0.000 0.120
#> SRR1437012 3 0.5470 0.4983 0.008 0.000 0.640 0.128 0.016 0.208
#> SRR1343919 6 0.6602 0.3802 0.024 0.340 0.000 0.032 0.128 0.476
#> SRR1081614 2 0.3000 0.7522 0.048 0.864 0.000 0.024 0.000 0.064
#> SRR1352256 2 0.2658 0.7424 0.016 0.864 0.000 0.112 0.000 0.008
#> SRR1499156 6 0.4871 0.2168 0.020 0.404 0.000 0.020 0.004 0.552
#> SRR1088241 2 0.6908 0.1661 0.128 0.460 0.000 0.124 0.000 0.288
#> SRR1328125 3 0.1674 0.8009 0.000 0.000 0.924 0.004 0.004 0.068
#> SRR1339130 3 0.1700 0.7800 0.000 0.004 0.916 0.080 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.7074 0.4556 0.560 0.140 0.000 0.132 0.048 0.120
#> SRR1328821 2 0.2786 0.7535 0.000 0.860 0.000 0.084 0.000 0.056
#> SRR1357367 2 0.5169 0.4180 0.040 0.604 0.000 0.316 0.000 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.722 0.905 0.940 0.3633 0.590 0.590
#> 3 3 0.794 0.877 0.929 0.3525 0.926 0.877
#> 4 4 0.583 0.679 0.825 0.3125 0.798 0.623
#> 5 5 0.579 0.605 0.798 0.0642 0.879 0.679
#> 6 6 0.573 0.540 0.747 0.0570 0.878 0.641
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.8207 0.8168 0.744 0.256
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0376 0.9758 0.004 0.996
#> SRR1081357 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.8144 0.8186 0.748 0.252
#> SRR810899 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.9044 0.7611 0.680 0.320
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.8081 0.8196 0.752 0.248
#> SRR817512 2 0.1414 0.9599 0.020 0.980
#> SRR815588 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.8016 0.8203 0.756 0.244
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.9323 0.7181 0.652 0.348
#> SRR2165379 1 0.8081 0.8196 0.752 0.248
#> SRR1348202 2 0.1414 0.9599 0.020 0.980
#> SRR1465938 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.2423 0.9370 0.040 0.960
#> SRR1441614 1 0.8144 0.8186 0.748 0.252
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.8207 0.8168 0.744 0.256
#> SRR1094287 2 0.0376 0.9758 0.004 0.996
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.1414 0.9599 0.020 0.980
#> SRR1458955 1 0.8144 0.8186 0.748 0.252
#> SRR1080811 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.5294 0.8252 0.120 0.880
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.9393 0.7047 0.644 0.356
#> SRR814943 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.8813 0.7842 0.700 0.300
#> SRR1420791 1 0.8386 0.8097 0.732 0.268
#> SRR1394855 1 0.8813 0.7842 0.700 0.300
#> SRR1459232 2 0.1414 0.9599 0.020 0.980
#> SRR1103118 1 0.8327 0.8124 0.736 0.264
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0672 0.9722 0.008 0.992
#> SRR1334762 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.9323 0.7181 0.652 0.348
#> SRR1352069 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.3584 0.9020 0.068 0.932
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0672 0.8136 0.992 0.008
#> SRR809667 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.8327 0.8124 0.736 0.264
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0938 0.9681 0.012 0.988
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0376 0.9758 0.004 0.996
#> SRR1312288 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.8016 0.8203 0.756 0.244
#> SRR1355304 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.8909 0.7758 0.692 0.308
#> SRR1321204 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.6623 0.7350 0.172 0.828
#> SRR1081449 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1380699 1 0.9427 0.6978 0.640 0.360
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.8327 0.8124 0.736 0.264
#> SRR2166114 2 0.2948 0.9225 0.052 0.948
#> SRR812912 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.9170 0.3292 0.332 0.668
#> SRR1319608 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0376 0.9758 0.004 0.996
#> SRR1464394 1 0.8861 0.7799 0.696 0.304
#> SRR1400419 1 0.9393 0.7047 0.644 0.356
#> SRR820839 1 0.9044 0.7611 0.680 0.320
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.9661 0.0964 0.392 0.608
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.8813 0.7842 0.700 0.300
#> SRR1466260 1 0.4939 0.8201 0.892 0.108
#> SRR1079612 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.8016 0.8203 0.756 0.244
#> SRR1442509 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.8207 0.8168 0.744 0.256
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.8909 0.7758 0.692 0.308
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.9358 0.7117 0.648 0.352
#> SRR1455236 1 0.9000 0.7664 0.684 0.316
#> SRR1465289 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.8144 0.8186 0.748 0.252
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.1414 0.9599 0.020 0.980
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1314014 1 0.9000 0.7664 0.684 0.316
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.1414 0.9599 0.020 0.980
#> SRR1380139 2 0.3114 0.9177 0.056 0.944
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.5519 0.8209 0.872 0.128
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.2948 0.9225 0.052 0.948
#> SRR1437012 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.9881 -0.1073 0.436 0.564
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.5294 0.8252 0.120 0.880
#> SRR1088241 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.8129 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.8813 0.7842 0.700 0.300
#> SRR1079455 2 0.9491 0.1978 0.368 0.632
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9794 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.1031 0.937 0.024 0.976 0.000
#> SRR1480675 1 0.2356 0.867 0.928 0.000 0.072
#> SRR1390331 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1084347 2 0.3192 0.902 0.112 0.888 0.000
#> SRR1352597 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1089643 2 0.3941 0.865 0.156 0.844 0.000
#> SRR1081357 2 0.3340 0.896 0.120 0.880 0.000
#> SRR1321112 1 0.2448 0.866 0.924 0.000 0.076
#> SRR810899 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1105489 1 0.2050 0.870 0.952 0.020 0.028
#> SRR1474159 2 0.1860 0.932 0.052 0.948 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1073531 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.2261 0.927 0.068 0.932 0.000
#> SRR1471029 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR811447 1 0.2537 0.864 0.920 0.000 0.080
#> SRR817512 2 0.4931 0.782 0.232 0.768 0.000
#> SRR815588 2 0.3267 0.899 0.116 0.884 0.000
#> SRR1380847 2 0.1411 0.936 0.036 0.964 0.000
#> SRR1327327 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322355 2 0.0237 0.936 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1345200 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0592 0.937 0.012 0.988 0.000
#> SRR1346957 1 0.2625 0.861 0.916 0.000 0.084
#> SRR1364953 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347998 2 0.1031 0.937 0.024 0.976 0.000
#> SRR1069734 2 0.2711 0.918 0.088 0.912 0.000
#> SRR1080859 1 0.1585 0.852 0.964 0.028 0.008
#> SRR2165379 1 0.2537 0.864 0.920 0.000 0.080
#> SRR1348202 2 0.4974 0.777 0.236 0.764 0.000
#> SRR1465938 2 0.3192 0.902 0.112 0.888 0.000
#> SRR1381327 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1375658 2 0.1031 0.937 0.024 0.976 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.5254 0.739 0.264 0.736 0.000
#> SRR1441614 1 0.2448 0.866 0.924 0.000 0.076
#> SRR1335536 2 0.0475 0.936 0.004 0.992 0.004
#> SRR1083554 2 0.0592 0.937 0.012 0.988 0.000
#> SRR1486907 1 0.2356 0.867 0.928 0.000 0.072
#> SRR1094287 2 0.3941 0.865 0.156 0.844 0.000
#> SRR1464577 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1429579 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380569 2 0.3192 0.902 0.112 0.888 0.000
#> SRR1337977 2 0.1163 0.936 0.028 0.972 0.000
#> SRR1398775 2 0.2356 0.925 0.072 0.928 0.000
#> SRR1090604 2 0.1964 0.932 0.056 0.944 0.000
#> SRR1419361 2 0.1529 0.935 0.040 0.960 0.000
#> SRR1090650 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1068905 2 0.1031 0.937 0.024 0.976 0.000
#> SRR1337052 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1489075 2 0.4931 0.782 0.232 0.768 0.000
#> SRR1458955 1 0.2448 0.866 0.924 0.000 0.076
#> SRR1080811 2 0.3192 0.902 0.112 0.888 0.000
#> SRR1407734 2 0.1411 0.936 0.036 0.964 0.000
#> SRR1454568 2 0.6154 0.455 0.408 0.592 0.000
#> SRR1078612 2 0.0592 0.937 0.012 0.988 0.000
#> SRR1345347 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1381613 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1446911 2 0.0237 0.936 0.004 0.996 0.000
#> SRR818850 1 0.1163 0.846 0.972 0.028 0.000
#> SRR814943 2 0.0424 0.937 0.008 0.992 0.000
#> SRR1347481 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1384668 1 0.2383 0.875 0.940 0.016 0.044
#> SRR1420791 1 0.2066 0.870 0.940 0.000 0.060
#> SRR1394855 1 0.2383 0.875 0.940 0.016 0.044
#> SRR1459232 2 0.4605 0.817 0.204 0.796 0.000
#> SRR1103118 1 0.2165 0.870 0.936 0.000 0.064
#> SRR1441505 2 0.1529 0.935 0.040 0.960 0.000
#> SRR1470379 2 0.4121 0.854 0.168 0.832 0.000
#> SRR1334762 2 0.1643 0.934 0.044 0.956 0.000
#> SRR1338766 2 0.2448 0.923 0.076 0.924 0.000
#> SRR1458619 3 0.4974 0.704 0.236 0.000 0.764
#> SRR1070479 2 0.3192 0.902 0.112 0.888 0.000
#> SRR1077753 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1087055 1 0.1585 0.852 0.964 0.028 0.008
#> SRR1352069 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1405182 2 0.6111 0.487 0.396 0.604 0.000
#> SRR1476784 2 0.1529 0.935 0.040 0.960 0.000
#> SRR1075607 2 0.3038 0.908 0.104 0.896 0.000
#> SRR1458066 2 0.2356 0.925 0.072 0.928 0.000
#> SRR1078299 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1387685 3 0.5948 0.474 0.360 0.000 0.640
#> SRR809667 2 0.2711 0.918 0.088 0.912 0.000
#> SRR1322334 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1419518 1 0.2165 0.870 0.936 0.000 0.064
#> SRR2164975 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1081663 2 0.4399 0.834 0.188 0.812 0.000
#> SRR1478593 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432145 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409153 2 0.1753 0.934 0.048 0.952 0.000
#> SRR1097549 2 0.1964 0.932 0.056 0.944 0.000
#> SRR1082307 2 0.2356 0.925 0.072 0.928 0.000
#> SRR1419166 2 0.3038 0.907 0.104 0.896 0.000
#> SRR1488812 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381229 2 0.4002 0.861 0.160 0.840 0.000
#> SRR1312288 2 0.2878 0.912 0.096 0.904 0.000
#> SRR1455946 1 0.2711 0.859 0.912 0.000 0.088
#> SRR1355304 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1447437 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444264 2 0.2356 0.925 0.072 0.928 0.000
#> SRR1332733 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1460279 1 0.2152 0.874 0.948 0.016 0.036
#> SRR1321204 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1351033 2 0.1643 0.935 0.044 0.956 0.000
#> SRR1409022 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1311329 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.2711 0.918 0.088 0.912 0.000
#> SRR1096900 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1431535 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432980 2 0.6309 0.184 0.496 0.504 0.000
#> SRR1081449 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1100440 2 0.3482 0.891 0.128 0.872 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.1647 0.844 0.960 0.036 0.004
#> SRR1399009 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101931 1 0.2165 0.870 0.936 0.000 0.064
#> SRR2166114 2 0.5529 0.689 0.296 0.704 0.000
#> SRR812912 3 0.5560 0.599 0.300 0.000 0.700
#> SRR810531 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.5835 0.403 0.660 0.340 0.000
#> SRR1319608 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1464960 2 0.1964 0.931 0.056 0.944 0.000
#> SRR1076490 2 0.1964 0.931 0.056 0.944 0.000
#> SRR1370528 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1068788 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR821518 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1378660 2 0.1529 0.935 0.040 0.960 0.000
#> SRR1430468 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443847 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1098026 2 0.3816 0.873 0.148 0.852 0.000
#> SRR1464394 1 0.1399 0.872 0.968 0.004 0.028
#> SRR1400419 1 0.1163 0.846 0.972 0.028 0.000
#> SRR820839 1 0.2050 0.870 0.952 0.020 0.028
#> SRR1456733 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360218 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.1753 0.934 0.048 0.952 0.000
#> SRR1093885 2 0.1163 0.936 0.028 0.972 0.000
#> SRR1072845 1 0.5397 0.502 0.720 0.280 0.000
#> SRR1399271 2 0.0424 0.937 0.008 0.992 0.000
#> SRR1361264 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR814082 1 0.2383 0.875 0.940 0.016 0.044
#> SRR1466260 1 0.6140 0.290 0.596 0.000 0.404
#> SRR1079612 2 0.2356 0.925 0.072 0.928 0.000
#> SRR1315821 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1417248 2 0.1031 0.937 0.024 0.976 0.000
#> SRR807517 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1120961 2 0.0475 0.936 0.004 0.992 0.004
#> SRR1457661 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420368 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1071429 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1378971 2 0.1529 0.935 0.040 0.960 0.000
#> SRR1120847 2 0.2165 0.928 0.064 0.936 0.000
#> SRR1081401 2 0.3412 0.893 0.124 0.876 0.000
#> SRR1477820 1 0.2711 0.859 0.912 0.000 0.088
#> SRR1442509 2 0.3116 0.905 0.108 0.892 0.000
#> SRR1443070 2 0.1163 0.937 0.028 0.972 0.000
#> SRR1435923 1 0.2356 0.867 0.928 0.000 0.072
#> SRR1102852 2 0.0592 0.937 0.012 0.988 0.000
#> SRR1486439 1 0.2152 0.874 0.948 0.016 0.036
#> SRR1342995 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1314788 3 0.3192 0.847 0.112 0.000 0.888
#> SRR1090722 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1356421 2 0.2356 0.925 0.072 0.928 0.000
#> SRR1101348 1 0.1399 0.850 0.968 0.028 0.004
#> SRR1455236 1 0.1905 0.872 0.956 0.016 0.028
#> SRR1465289 2 0.0592 0.937 0.012 0.988 0.000
#> SRR813431 1 0.2448 0.866 0.924 0.000 0.076
#> SRR1347100 2 0.0592 0.937 0.012 0.988 0.000
#> SRR1373921 2 0.4974 0.777 0.236 0.764 0.000
#> SRR1341142 2 0.1964 0.931 0.056 0.944 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095213 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1314014 1 0.1905 0.872 0.956 0.016 0.028
#> SRR1317238 2 0.1289 0.936 0.032 0.968 0.000
#> SRR1071379 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1092612 2 0.4931 0.782 0.232 0.768 0.000
#> SRR1380139 2 0.6062 0.515 0.384 0.616 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1399501 2 0.2356 0.925 0.072 0.928 0.000
#> SRR1358260 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096946 2 0.3192 0.902 0.112 0.888 0.000
#> SRR1404421 1 0.5882 0.433 0.652 0.000 0.348
#> SRR1319322 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1309425 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1087535 2 0.2356 0.925 0.072 0.928 0.000
#> SRR2185137 2 0.5529 0.689 0.296 0.704 0.000
#> SRR1437012 3 0.4974 0.704 0.236 0.000 0.764
#> SRR1343919 1 0.5244 0.557 0.756 0.240 0.004
#> SRR1081614 2 0.0475 0.936 0.004 0.992 0.004
#> SRR1352256 2 0.1529 0.935 0.040 0.960 0.000
#> SRR1499156 2 0.6154 0.455 0.408 0.592 0.000
#> SRR1088241 2 0.1753 0.933 0.048 0.952 0.000
#> SRR1328125 3 0.0237 0.938 0.004 0.000 0.996
#> SRR1339130 1 0.2383 0.875 0.940 0.016 0.044
#> SRR1079455 1 0.5591 0.469 0.696 0.304 0.000
#> SRR1328821 2 0.1860 0.932 0.052 0.948 0.000
#> SRR1357367 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.4222 0.6232 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1480675 1 0.0336 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1390331 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.4277 0.6791 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1352597 2 0.0188 0.7770 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089643 4 0.4123 0.7236 0.008 0.220 0.000 0.772
#> SRR1081357 4 0.4283 0.7015 0.004 0.256 0.000 0.740
#> SRR1321112 1 0.0469 0.8842 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR810899 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.2760 0.8728 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1474159 2 0.4843 0.4006 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1387308 2 0.1118 0.7811 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR808065 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.1716 0.7775 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1081688 2 0.5168 -0.0228 0.004 0.504 0.000 0.492
#> SRR1471029 2 0.0188 0.7770 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR811447 1 0.0592 0.8822 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR817512 4 0.3659 0.7250 0.024 0.136 0.000 0.840
#> SRR815588 4 0.4372 0.6919 0.004 0.268 0.000 0.728
#> SRR1380847 2 0.4605 0.5278 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1327327 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.2216 0.7670 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1333370 2 0.1474 0.7798 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1432476 2 0.0817 0.7815 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1345200 2 0.1118 0.7818 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1398293 2 0.3311 0.7200 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1346957 1 0.1109 0.8849 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1364953 2 0.0188 0.7770 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347998 2 0.3726 0.6865 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1069734 4 0.4933 0.2632 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1080859 1 0.3649 0.8215 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2165379 1 0.1302 0.8665 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1348202 4 0.3653 0.7226 0.028 0.128 0.000 0.844
#> SRR1465938 4 0.4304 0.6739 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1381327 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.3688 0.6901 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1379220 2 0.0817 0.7808 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1457148 4 0.2198 0.6922 0.008 0.072 0.000 0.920
#> SRR1441614 1 0.0469 0.8842 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1335536 2 0.1716 0.7753 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1083554 2 0.3024 0.7348 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1486907 1 0.0336 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1094287 4 0.4123 0.7236 0.008 0.220 0.000 0.772
#> SRR1464577 2 0.0817 0.7815 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1429579 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.4477 0.6289 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1337977 2 0.4103 0.6438 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1398775 2 0.4992 0.1222 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1090604 2 0.4933 0.2910 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1419361 2 0.4697 0.4908 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.3873 0.6734 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.3659 0.7250 0.024 0.136 0.000 0.840
#> SRR1458955 1 0.0469 0.8840 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1080811 4 0.4632 0.6353 0.004 0.308 0.000 0.688
#> SRR1407734 2 0.4585 0.5347 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1454568 4 0.4188 0.5454 0.148 0.040 0.000 0.812
#> SRR1078612 2 0.3311 0.7200 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.1716 0.7769 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR818850 1 0.3907 0.8053 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR814943 2 0.2216 0.7659 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.2408 0.8808 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1420791 1 0.0707 0.8874 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1394855 1 0.2408 0.8808 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1459232 4 0.3718 0.7287 0.012 0.168 0.000 0.820
#> SRR1103118 1 0.0592 0.8872 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1441505 2 0.4679 0.4985 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1470379 4 0.4399 0.7267 0.020 0.212 0.000 0.768
#> SRR1334762 2 0.4790 0.4418 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1338766 4 0.4830 0.4322 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1458619 3 0.4722 0.6020 0.300 0.000 0.692 0.008
#> SRR1070479 4 0.4277 0.6791 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1077753 2 0.0188 0.7769 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087055 1 0.3649 0.8215 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.3441 0.5258 0.120 0.024 0.000 0.856
#> SRR1476784 2 0.4713 0.4849 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1075607 4 0.4761 0.5863 0.004 0.332 0.000 0.664
#> SRR1458066 2 0.4996 0.0857 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1078299 2 0.0336 0.7783 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1387685 3 0.5345 0.3338 0.428 0.000 0.560 0.012
#> SRR809667 4 0.4933 0.2632 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1322334 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0592 0.8884 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2164975 2 0.0336 0.7772 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1081663 4 0.4098 0.7277 0.012 0.204 0.000 0.784
#> SRR1478593 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0817 0.7803 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1409153 2 0.4761 0.4507 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1097549 2 0.4933 0.2910 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1082307 2 0.4996 0.0857 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1419166 4 0.4584 0.6544 0.004 0.300 0.000 0.696
#> SRR1488812 2 0.0336 0.7783 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1381229 4 0.4212 0.7253 0.012 0.216 0.000 0.772
#> SRR1312288 4 0.4830 0.4317 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1455946 1 0.0927 0.8791 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0336 0.7783 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1444264 2 0.4948 0.2648 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1332733 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.2530 0.8790 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.4605 0.5304 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.1637 0.7778 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1101304 4 0.4916 0.2955 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1096900 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0817 0.7811 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1432980 4 0.4319 0.3607 0.228 0.012 0.000 0.760
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.4454 0.6353 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1093290 2 0.1474 0.7800 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1380699 1 0.3801 0.8200 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1399009 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0592 0.8872 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2166114 4 0.1151 0.6461 0.008 0.024 0.000 0.968
#> SRR812912 3 0.5070 0.4768 0.372 0.000 0.620 0.008
#> SRR810531 2 0.1474 0.7800 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1500052 4 0.4888 -0.1580 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.4877 0.3676 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1076490 2 0.4866 0.3784 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1370528 2 0.0188 0.7770 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1068788 2 0.1022 0.7813 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1457637 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.4454 0.5752 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1430468 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.4420 0.7148 0.012 0.240 0.000 0.748
#> SRR1464394 1 0.1867 0.8866 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1400419 1 0.3907 0.8053 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR820839 1 0.2868 0.8698 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1456733 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.1474 0.7798 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1080022 2 0.4790 0.4345 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1093885 2 0.4304 0.6085 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1072845 4 0.4981 -0.3233 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1399271 2 0.2216 0.7659 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1361264 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.2345 0.8818 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1466260 1 0.5090 0.4138 0.660 0.000 0.324 0.016
#> SRR1079612 2 0.4996 0.0857 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1315821 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.4222 0.6232 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR807517 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.1302 0.7818 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1457661 2 0.0336 0.7783 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420368 2 0.0707 0.7809 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1071429 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.4679 0.5023 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1120847 2 0.4933 0.2920 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1081401 4 0.4252 0.7046 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR1477820 1 0.0927 0.8791 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1442509 4 0.4655 0.6287 0.004 0.312 0.000 0.684
#> SRR1443070 2 0.3975 0.6594 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1435923 1 0.0188 0.8859 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102852 2 0.3024 0.7348 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1486439 1 0.2530 0.8790 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1342995 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.3196 0.8053 0.136 0.000 0.856 0.008
#> SRR1090722 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.4948 0.2648 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1101348 1 0.3801 0.8141 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1455236 1 0.2814 0.8741 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1465289 2 0.3024 0.7348 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR813431 1 0.0336 0.8852 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347100 2 0.3528 0.7039 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1373921 4 0.3653 0.7226 0.028 0.128 0.000 0.844
#> SRR1341142 2 0.4877 0.3676 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1343053 2 0.1474 0.7798 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1408494 2 0.0336 0.7783 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1095213 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.2814 0.8741 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1317238 2 0.4382 0.5931 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.3659 0.7250 0.024 0.136 0.000 0.840
#> SRR1380139 4 0.3523 0.5455 0.112 0.032 0.000 0.856
#> SRR1308288 2 0.0921 0.7819 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1389018 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.4996 0.0857 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1358260 2 0.0000 0.7752 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.4277 0.6791 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1404421 1 0.4635 0.5408 0.720 0.000 0.268 0.012
#> SRR1319322 2 0.0817 0.7803 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.4992 0.1222 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR2185137 4 0.1151 0.6461 0.008 0.024 0.000 0.968
#> SRR1437012 3 0.4722 0.6020 0.300 0.000 0.692 0.008
#> SRR1343919 1 0.4994 0.4243 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1081614 2 0.0592 0.7800 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1352256 2 0.4697 0.4908 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1499156 4 0.4188 0.5454 0.148 0.040 0.000 0.812
#> SRR1088241 2 0.4713 0.4840 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9248 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.2408 0.8808 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1079455 4 0.4985 -0.2941 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1328821 2 0.4761 0.4581 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1357367 2 0.1118 0.7821 0.000 0.964 0.000 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 2 0.4403 0.3642 0.000 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR1480675 1 0.3074 0.6632 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1390331 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1084347 4 0.2763 0.7017 0.000 0.148 0.000 0.848 0.004
#> SRR1352597 2 0.1018 0.7656 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1089643 4 0.2464 0.6987 0.004 0.092 0.000 0.892 0.012
#> SRR1081357 4 0.2660 0.7025 0.000 0.128 0.000 0.864 0.008
#> SRR1321112 1 0.3177 0.6570 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR810899 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.1997 0.7033 0.924 0.000 0.000 0.036 0.040
#> SRR1474159 4 0.4448 0.1276 0.000 0.480 0.000 0.516 0.004
#> SRR1387308 2 0.1851 0.7701 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR808065 2 0.1012 0.7662 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1073531 2 0.2471 0.7514 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1081688 4 0.4276 0.4450 0.000 0.380 0.000 0.616 0.004
#> SRR1471029 2 0.1018 0.7656 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR811447 1 0.3837 0.5698 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR817512 4 0.2818 0.6224 0.020 0.036 0.000 0.892 0.052
#> SRR815588 4 0.2674 0.7025 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1380847 2 0.4533 0.1556 0.000 0.544 0.000 0.448 0.008
#> SRR1327327 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1322355 2 0.2605 0.7414 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1333370 2 0.2127 0.7647 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1432476 2 0.1502 0.7744 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1345200 2 0.1732 0.7728 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1398293 2 0.3910 0.5977 0.000 0.720 0.000 0.272 0.008
#> SRR1346957 1 0.3452 0.6113 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1364953 2 0.1124 0.7719 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1347998 2 0.4127 0.5346 0.000 0.680 0.000 0.312 0.008
#> SRR1069734 4 0.4193 0.5443 0.000 0.304 0.000 0.684 0.012
#> SRR1080859 1 0.3946 0.6271 0.800 0.000 0.000 0.080 0.120
#> SRR2165379 1 0.4264 0.4585 0.620 0.000 0.000 0.004 0.376
#> SRR1348202 4 0.2899 0.6129 0.024 0.032 0.000 0.888 0.056
#> SRR1465938 4 0.2806 0.7007 0.000 0.152 0.000 0.844 0.004
#> SRR1381327 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1375658 2 0.4108 0.5317 0.000 0.684 0.000 0.308 0.008
#> SRR1379220 2 0.1341 0.7740 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1457148 4 0.2919 0.5617 0.004 0.024 0.000 0.868 0.104
#> SRR1441614 1 0.3177 0.6570 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1335536 2 0.2843 0.7371 0.000 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR1083554 2 0.3700 0.6394 0.000 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1486907 1 0.3612 0.6107 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1094287 4 0.2464 0.6987 0.004 0.092 0.000 0.892 0.012
#> SRR1464577 2 0.1502 0.7744 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1429579 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1380569 4 0.2966 0.6878 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1337977 2 0.4354 0.4070 0.000 0.624 0.000 0.368 0.008
#> SRR1398775 4 0.4425 0.4123 0.000 0.392 0.000 0.600 0.008
#> SRR1090604 4 0.4533 0.2272 0.000 0.448 0.000 0.544 0.008
#> SRR1419361 2 0.4549 0.0791 0.000 0.528 0.000 0.464 0.008
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.4235 0.4808 0.000 0.656 0.000 0.336 0.008
#> SRR1337052 3 0.0162 0.9333 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489075 4 0.2818 0.6224 0.020 0.036 0.000 0.892 0.052
#> SRR1458955 1 0.3876 0.5606 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1080811 4 0.3086 0.6898 0.000 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR1407734 2 0.4528 0.1706 0.000 0.548 0.000 0.444 0.008
#> SRR1454568 4 0.4878 0.3613 0.164 0.004 0.000 0.728 0.104
#> SRR1078612 2 0.3910 0.5977 0.000 0.720 0.000 0.272 0.008
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.2179 0.7630 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR818850 1 0.4002 0.6122 0.796 0.000 0.000 0.084 0.120
#> SRR814943 2 0.3209 0.7099 0.000 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.2795 0.6997 0.872 0.000 0.000 0.028 0.100
#> SRR1420791 1 0.2648 0.6827 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1394855 1 0.2951 0.6948 0.860 0.000 0.000 0.028 0.112
#> SRR1459232 4 0.3086 0.6674 0.020 0.068 0.000 0.876 0.036
#> SRR1103118 1 0.2773 0.6783 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1441505 2 0.4552 0.0620 0.000 0.524 0.000 0.468 0.008
#> SRR1470379 4 0.2747 0.6958 0.012 0.088 0.000 0.884 0.016
#> SRR1334762 4 0.4562 0.0374 0.000 0.496 0.000 0.496 0.008
#> SRR1338766 4 0.3835 0.6236 0.000 0.260 0.000 0.732 0.008
#> SRR1458619 5 0.5053 0.6038 0.052 0.000 0.324 0.000 0.624
#> SRR1070479 4 0.2763 0.7017 0.000 0.148 0.000 0.848 0.004
#> SRR1077753 2 0.1956 0.7703 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR1087055 1 0.3946 0.6271 0.800 0.000 0.000 0.080 0.120
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.4890 0.3067 0.140 0.000 0.000 0.720 0.140
#> SRR1476784 2 0.4557 0.0294 0.000 0.516 0.000 0.476 0.008
#> SRR1075607 4 0.3300 0.6756 0.000 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR1458066 4 0.4392 0.4395 0.000 0.380 0.000 0.612 0.008
#> SRR1078299 2 0.1106 0.7690 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1387685 5 0.4660 0.6892 0.080 0.000 0.192 0.000 0.728
#> SRR809667 4 0.4193 0.5443 0.000 0.304 0.000 0.684 0.012
#> SRR1322334 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1419518 1 0.2230 0.6972 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2164975 2 0.0798 0.7604 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1081663 4 0.2844 0.6945 0.004 0.092 0.000 0.876 0.028
#> SRR1478593 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1432145 2 0.2304 0.7626 0.000 0.892 0.000 0.100 0.008
#> SRR1409153 2 0.4655 0.0335 0.000 0.512 0.000 0.476 0.012
#> SRR1097549 4 0.4533 0.2272 0.000 0.448 0.000 0.544 0.008
#> SRR1082307 4 0.4392 0.4395 0.000 0.380 0.000 0.612 0.008
#> SRR1419166 4 0.2813 0.6962 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1488812 2 0.0798 0.7627 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1381229 4 0.2511 0.6970 0.004 0.088 0.000 0.892 0.016
#> SRR1312288 4 0.3741 0.6215 0.000 0.264 0.000 0.732 0.004
#> SRR1455946 1 0.4030 0.5178 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0798 0.7627 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1444264 4 0.4383 0.3316 0.000 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR1332733 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1460279 1 0.1750 0.7074 0.936 0.000 0.000 0.028 0.036
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.4538 0.1377 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.2230 0.7609 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1101304 4 0.4152 0.5568 0.000 0.296 0.000 0.692 0.012
#> SRR1096900 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1431535 2 0.2304 0.7632 0.000 0.892 0.000 0.100 0.008
#> SRR1432980 4 0.5726 0.1201 0.248 0.000 0.000 0.612 0.140
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.3048 0.6873 0.000 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1093290 2 0.2179 0.7632 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1380699 1 0.3464 0.6563 0.836 0.000 0.000 0.096 0.068
#> SRR1399009 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1101931 1 0.2773 0.6783 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2166114 4 0.2723 0.5017 0.012 0.000 0.000 0.864 0.124
#> SRR812912 5 0.4923 0.6760 0.068 0.000 0.252 0.000 0.680
#> SRR810531 2 0.2179 0.7632 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1500052 1 0.6217 0.2197 0.444 0.000 0.000 0.416 0.140
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.4440 0.1789 0.000 0.468 0.000 0.528 0.004
#> SRR1076490 4 0.4443 0.1632 0.000 0.472 0.000 0.524 0.004
#> SRR1370528 2 0.1018 0.7656 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1068788 2 0.1732 0.7718 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1457637 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR821518 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1378660 2 0.4481 0.2658 0.000 0.576 0.000 0.416 0.008
#> SRR1430468 2 0.0510 0.7618 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.2784 0.7018 0.004 0.108 0.000 0.872 0.016
#> SRR1464394 1 0.0771 0.7078 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1400419 1 0.4002 0.6122 0.796 0.000 0.000 0.084 0.120
#> SRR820839 1 0.1997 0.7010 0.924 0.000 0.000 0.040 0.036
#> SRR1456733 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360218 2 0.2127 0.7647 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1080022 2 0.4659 -0.0219 0.000 0.500 0.000 0.488 0.012
#> SRR1093885 2 0.4436 0.3295 0.000 0.596 0.000 0.396 0.008
#> SRR1072845 1 0.6171 0.2822 0.488 0.000 0.000 0.372 0.140
#> SRR1399271 2 0.3209 0.7099 0.000 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR1361264 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR814082 1 0.2628 0.7017 0.884 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR1466260 5 0.5922 0.2480 0.388 0.000 0.108 0.000 0.504
#> SRR1079612 4 0.4392 0.4395 0.000 0.380 0.000 0.612 0.008
#> SRR1315821 3 0.3508 0.6173 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1417248 2 0.4403 0.3642 0.000 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR807517 3 0.3534 0.6104 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1120961 2 0.2612 0.7549 0.000 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR1457661 2 0.1282 0.7731 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1420368 2 0.1430 0.7744 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1071429 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1378971 2 0.4555 0.0534 0.000 0.520 0.000 0.472 0.008
#> SRR1120847 4 0.4410 0.2821 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1081401 4 0.2612 0.7026 0.000 0.124 0.000 0.868 0.008
#> SRR1477820 1 0.4030 0.5178 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1442509 4 0.3123 0.6885 0.000 0.184 0.000 0.812 0.004
#> SRR1443070 2 0.3932 0.4996 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1435923 1 0.3109 0.6555 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1102852 2 0.3700 0.6394 0.000 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1486439 1 0.1830 0.7055 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1342995 2 0.0671 0.7610 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1314788 3 0.4425 0.2157 0.008 0.000 0.600 0.000 0.392
#> SRR1090722 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356421 4 0.4383 0.3316 0.000 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR1101348 1 0.3857 0.6216 0.808 0.000 0.000 0.084 0.108
#> SRR1455236 1 0.2228 0.7011 0.912 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR1465289 2 0.3700 0.6394 0.000 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR813431 1 0.2690 0.6835 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1347100 2 0.4025 0.5636 0.000 0.700 0.000 0.292 0.008
#> SRR1373921 4 0.2899 0.6129 0.024 0.032 0.000 0.888 0.056
#> SRR1341142 4 0.4440 0.1789 0.000 0.468 0.000 0.528 0.004
#> SRR1343053 2 0.2127 0.7647 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1408494 2 0.1106 0.7690 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1095213 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1314014 1 0.2228 0.7011 0.912 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR1317238 2 0.4464 0.2906 0.000 0.584 0.000 0.408 0.008
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.2818 0.6224 0.020 0.036 0.000 0.892 0.052
#> SRR1380139 4 0.4764 0.3235 0.128 0.000 0.000 0.732 0.140
#> SRR1308288 2 0.1544 0.7742 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1389018 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1399501 4 0.4392 0.4395 0.000 0.380 0.000 0.612 0.008
#> SRR1358260 2 0.0510 0.7590 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1096946 4 0.2763 0.7017 0.000 0.148 0.000 0.848 0.004
#> SRR1404421 5 0.5652 0.3144 0.344 0.000 0.092 0.000 0.564
#> SRR1319322 2 0.2304 0.7626 0.000 0.892 0.000 0.100 0.008
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.4425 0.4123 0.000 0.392 0.000 0.600 0.008
#> SRR2185137 4 0.2723 0.5017 0.012 0.000 0.000 0.864 0.124
#> SRR1437012 5 0.5053 0.6038 0.052 0.000 0.324 0.000 0.624
#> SRR1343919 1 0.5952 0.3477 0.548 0.000 0.000 0.324 0.128
#> SRR1081614 2 0.2193 0.7662 0.000 0.900 0.000 0.092 0.008
#> SRR1352256 2 0.4549 0.0791 0.000 0.528 0.000 0.464 0.008
#> SRR1499156 4 0.4878 0.3613 0.164 0.004 0.000 0.728 0.104
#> SRR1088241 2 0.4557 0.0312 0.000 0.516 0.000 0.476 0.008
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.2951 0.6948 0.860 0.000 0.000 0.028 0.112
#> SRR1079455 1 0.6081 0.2823 0.496 0.000 0.000 0.376 0.128
#> SRR1328821 2 0.4561 -0.0281 0.000 0.504 0.000 0.488 0.008
#> SRR1357367 2 0.1638 0.7744 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.4141 0.2434 0.000 0.556 0.000 0.432 0.000 0.012
#> SRR1480675 1 0.3792 0.6631 0.780 0.000 0.000 0.000 0.108 0.112
#> SRR1390331 4 0.0622 0.7759 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1084347 2 0.1806 0.2825 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1352597 4 0.0777 0.7825 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1089643 2 0.2454 0.1015 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1081357 2 0.2100 0.2302 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112
#> SRR1321112 1 0.3940 0.6536 0.764 0.000 0.000 0.000 0.140 0.096
#> SRR810899 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.1983 0.7055 0.916 0.012 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1474159 2 0.3905 0.5281 0.000 0.668 0.000 0.316 0.000 0.016
#> SRR1387308 4 0.2778 0.7571 0.000 0.168 0.000 0.824 0.000 0.008
#> SRR808065 4 0.1967 0.7842 0.000 0.084 0.000 0.904 0.000 0.012
#> SRR1073531 4 0.3494 0.6855 0.000 0.252 0.000 0.736 0.000 0.012
#> SRR1081688 2 0.4091 0.5788 0.000 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1471029 4 0.0777 0.7825 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR811447 1 0.4812 0.5542 0.640 0.000 0.000 0.000 0.264 0.096
#> SRR817512 2 0.3564 -0.2776 0.012 0.724 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR815588 2 0.2214 0.2844 0.000 0.888 0.000 0.016 0.000 0.096
#> SRR1380847 2 0.4630 0.3800 0.000 0.580 0.000 0.372 0.000 0.048
#> SRR1327327 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1322355 4 0.3470 0.6852 0.000 0.248 0.000 0.740 0.000 0.012
#> SRR1333370 4 0.3245 0.7136 0.000 0.228 0.000 0.764 0.000 0.008
#> SRR1432476 4 0.2092 0.7808 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1345200 4 0.2558 0.7665 0.000 0.156 0.000 0.840 0.000 0.004
#> SRR1398293 4 0.4093 0.3412 0.000 0.404 0.000 0.584 0.000 0.012
#> SRR1346957 1 0.4181 0.5835 0.700 0.000 0.000 0.000 0.248 0.052
#> SRR1364953 4 0.1610 0.7865 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1347998 4 0.4629 0.1707 0.000 0.436 0.000 0.524 0.000 0.040
#> SRR1069734 2 0.4575 0.5282 0.000 0.696 0.000 0.180 0.000 0.124
#> SRR1080859 1 0.3328 0.6287 0.788 0.012 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR2165379 1 0.5696 0.3558 0.524 0.000 0.000 0.000 0.220 0.256
#> SRR1348202 2 0.3695 -0.3090 0.016 0.712 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1465938 2 0.1970 0.2868 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.092
#> SRR1381327 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1375658 4 0.4093 0.0889 0.000 0.476 0.000 0.516 0.000 0.008
#> SRR1379220 4 0.2234 0.7785 0.000 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR1457148 2 0.4535 -0.5151 0.000 0.548 0.000 0.012 0.016 0.424
#> SRR1441614 1 0.3940 0.6536 0.764 0.000 0.000 0.000 0.140 0.096
#> SRR1335536 4 0.3653 0.6128 0.000 0.300 0.000 0.692 0.000 0.008
#> SRR1083554 4 0.4010 0.3538 0.000 0.408 0.000 0.584 0.000 0.008
#> SRR1486907 1 0.4655 0.5961 0.680 0.000 0.000 0.000 0.208 0.112
#> SRR1094287 2 0.2454 0.1015 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1464577 4 0.1957 0.7824 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1429579 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1380569 2 0.2420 0.3855 0.000 0.884 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1337977 2 0.4072 0.1808 0.000 0.544 0.000 0.448 0.000 0.008
#> SRR1398775 2 0.3245 0.6045 0.000 0.764 0.000 0.228 0.000 0.008
#> SRR1090604 2 0.4408 0.5469 0.000 0.664 0.000 0.280 0.000 0.056
#> SRR1419361 2 0.4470 0.4347 0.000 0.604 0.000 0.356 0.000 0.040
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.4096 0.0254 0.000 0.508 0.000 0.484 0.000 0.008
#> SRR1337052 3 0.0458 0.9275 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1489075 2 0.3564 -0.2776 0.012 0.724 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1458955 1 0.4801 0.5452 0.632 0.000 0.000 0.000 0.280 0.088
#> SRR1080811 2 0.2563 0.3952 0.000 0.876 0.000 0.052 0.000 0.072
#> SRR1407734 2 0.4640 0.3704 0.000 0.576 0.000 0.376 0.000 0.048
#> SRR1454568 2 0.5502 -0.7114 0.136 0.500 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1078612 4 0.4093 0.3412 0.000 0.404 0.000 0.584 0.000 0.012
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 4 0.3190 0.7183 0.000 0.220 0.000 0.772 0.000 0.008
#> SRR818850 1 0.3459 0.6148 0.768 0.016 0.000 0.000 0.004 0.212
#> SRR814943 4 0.3802 0.5766 0.000 0.312 0.000 0.676 0.000 0.012
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.2988 0.6982 0.852 0.004 0.000 0.000 0.084 0.060
#> SRR1420791 1 0.3221 0.6826 0.828 0.000 0.000 0.000 0.076 0.096
#> SRR1394855 1 0.3233 0.6897 0.832 0.004 0.000 0.000 0.104 0.060
#> SRR1459232 2 0.3479 -0.1056 0.012 0.768 0.000 0.008 0.000 0.212
#> SRR1103118 1 0.3375 0.6779 0.816 0.000 0.000 0.000 0.088 0.096
#> SRR1441505 2 0.4193 0.4612 0.000 0.624 0.000 0.352 0.000 0.024
#> SRR1470379 2 0.2915 0.0364 0.008 0.808 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1334762 2 0.4094 0.5070 0.000 0.652 0.000 0.324 0.000 0.024
#> SRR1338766 2 0.2934 0.5045 0.000 0.844 0.000 0.112 0.000 0.044
#> SRR1458619 5 0.2362 0.6839 0.004 0.000 0.136 0.000 0.860 0.000
#> SRR1070479 2 0.1806 0.2825 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1077753 4 0.3190 0.7165 0.000 0.220 0.000 0.772 0.000 0.008
#> SRR1087055 1 0.3328 0.6287 0.788 0.012 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 6 0.5385 0.7237 0.112 0.420 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1476784 2 0.4167 0.4742 0.000 0.632 0.000 0.344 0.000 0.024
#> SRR1075607 2 0.2801 0.4310 0.000 0.860 0.000 0.072 0.000 0.068
#> SRR1458066 2 0.3052 0.5997 0.000 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004
#> SRR1078299 4 0.1267 0.7869 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1387685 5 0.1237 0.7035 0.020 0.000 0.020 0.000 0.956 0.004
#> SRR809667 2 0.4575 0.5282 0.000 0.696 0.000 0.180 0.000 0.124
#> SRR1322334 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1419518 1 0.2511 0.7011 0.880 0.000 0.000 0.000 0.064 0.056
#> SRR2164975 4 0.0777 0.7673 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1081663 2 0.2738 0.0427 0.000 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176
#> SRR1478593 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1432145 4 0.3421 0.6775 0.000 0.256 0.000 0.736 0.000 0.008
#> SRR1409153 2 0.4724 0.4333 0.000 0.592 0.000 0.348 0.000 0.060
#> SRR1097549 2 0.4408 0.5469 0.000 0.664 0.000 0.280 0.000 0.056
#> SRR1082307 2 0.3052 0.5997 0.000 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004
#> SRR1419166 2 0.2201 0.3385 0.000 0.896 0.000 0.028 0.000 0.076
#> SRR1488812 4 0.0993 0.7811 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1381229 2 0.2562 0.0743 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1312288 2 0.2860 0.4943 0.000 0.852 0.000 0.100 0.000 0.048
#> SRR1455946 1 0.5012 0.4717 0.576 0.000 0.000 0.000 0.336 0.088
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 4 0.0909 0.7799 0.000 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> SRR1444264 2 0.3541 0.5926 0.000 0.728 0.000 0.260 0.000 0.012
#> SRR1332733 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1460279 1 0.1707 0.7083 0.928 0.004 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.4088 0.4260 0.000 0.616 0.000 0.368 0.000 0.016
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 4 0.3161 0.7218 0.000 0.216 0.000 0.776 0.000 0.008
#> SRR1101304 2 0.4513 0.5212 0.000 0.704 0.000 0.172 0.000 0.124
#> SRR1096900 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1431535 4 0.3421 0.6765 0.000 0.256 0.000 0.736 0.000 0.008
#> SRR1432980 6 0.5922 0.6117 0.220 0.340 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.3449 0.3495 0.000 0.808 0.000 0.076 0.000 0.116
#> SRR1093290 4 0.3271 0.7104 0.000 0.232 0.000 0.760 0.000 0.008
#> SRR1380699 1 0.2946 0.6651 0.824 0.012 0.000 0.000 0.004 0.160
#> SRR1399009 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1101931 1 0.3327 0.6799 0.820 0.000 0.000 0.000 0.088 0.092
#> SRR2166114 6 0.4338 0.5745 0.000 0.484 0.000 0.000 0.020 0.496
#> SRR812912 5 0.1584 0.7091 0.008 0.000 0.064 0.000 0.928 0.000
#> SRR810531 4 0.3271 0.7104 0.000 0.232 0.000 0.760 0.000 0.008
#> SRR1500052 1 0.5912 -0.1485 0.416 0.208 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.3853 0.5447 0.000 0.680 0.000 0.304 0.000 0.016
#> SRR1076490 2 0.3952 0.5393 0.000 0.672 0.000 0.308 0.000 0.020
#> SRR1370528 4 0.1010 0.7845 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1068788 4 0.2558 0.7653 0.000 0.156 0.000 0.840 0.000 0.004
#> SRR1457637 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR821518 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1378660 2 0.4319 0.3301 0.000 0.576 0.000 0.400 0.000 0.024
#> SRR1430468 4 0.1265 0.7842 0.000 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.2320 0.1741 0.000 0.864 0.000 0.004 0.000 0.132
#> SRR1464394 1 0.0964 0.7129 0.968 0.004 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1400419 1 0.3459 0.6148 0.768 0.016 0.000 0.000 0.004 0.212
#> SRR820839 1 0.1901 0.7028 0.912 0.008 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1456733 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1360218 4 0.3245 0.7136 0.000 0.228 0.000 0.764 0.000 0.008
#> SRR1080022 2 0.4687 0.4567 0.000 0.604 0.000 0.336 0.000 0.060
#> SRR1093885 2 0.4032 0.2780 0.000 0.572 0.000 0.420 0.000 0.008
#> SRR1072845 1 0.5662 0.0870 0.460 0.156 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1399271 4 0.3802 0.5766 0.000 0.312 0.000 0.676 0.000 0.012
#> SRR1361264 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR814082 1 0.2866 0.6986 0.860 0.004 0.000 0.000 0.084 0.052
#> SRR1466260 5 0.4115 0.1433 0.360 0.000 0.004 0.000 0.624 0.012
#> SRR1079612 2 0.3052 0.5997 0.000 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004
#> SRR1315821 3 0.3782 0.2703 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1417248 2 0.4141 0.2434 0.000 0.556 0.000 0.432 0.000 0.012
#> SRR807517 3 0.3789 0.2596 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1120961 4 0.3575 0.6461 0.000 0.284 0.000 0.708 0.000 0.008
#> SRR1457661 4 0.2092 0.7808 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1420368 4 0.2178 0.7786 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1071429 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1378971 2 0.3940 0.4670 0.000 0.640 0.000 0.348 0.000 0.012
#> SRR1120847 2 0.3717 0.5756 0.000 0.708 0.000 0.276 0.000 0.016
#> SRR1081401 2 0.2146 0.2191 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116
#> SRR1477820 1 0.5012 0.4717 0.576 0.000 0.000 0.000 0.336 0.088
#> SRR1442509 2 0.2506 0.4003 0.000 0.880 0.000 0.052 0.000 0.068
#> SRR1443070 4 0.4494 0.2060 0.000 0.424 0.000 0.544 0.000 0.032
#> SRR1435923 1 0.3763 0.6514 0.768 0.000 0.000 0.000 0.172 0.060
#> SRR1102852 4 0.4010 0.3538 0.000 0.408 0.000 0.584 0.000 0.008
#> SRR1486439 1 0.1801 0.7065 0.924 0.004 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR1342995 4 0.0725 0.7775 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012
#> SRR1314788 5 0.4681 0.0746 0.000 0.000 0.432 0.000 0.524 0.044
#> SRR1090722 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1356421 2 0.3541 0.5926 0.000 0.728 0.000 0.260 0.000 0.012
#> SRR1101348 1 0.3371 0.6233 0.780 0.016 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR1455236 1 0.1806 0.7040 0.908 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1465289 4 0.4010 0.3538 0.000 0.408 0.000 0.584 0.000 0.008
#> SRR813431 1 0.3107 0.6868 0.832 0.000 0.000 0.000 0.116 0.052
#> SRR1347100 4 0.4136 0.2525 0.000 0.428 0.000 0.560 0.000 0.012
#> SRR1373921 2 0.3674 -0.3010 0.016 0.716 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1341142 2 0.3853 0.5447 0.000 0.680 0.000 0.304 0.000 0.016
#> SRR1343053 4 0.3245 0.7136 0.000 0.228 0.000 0.764 0.000 0.008
#> SRR1408494 4 0.1327 0.7869 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1095213 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1314014 1 0.1806 0.7040 0.908 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1317238 2 0.4101 0.3227 0.000 0.580 0.000 0.408 0.000 0.012
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.3564 -0.2776 0.012 0.724 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1380139 6 0.5292 0.7261 0.100 0.432 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1308288 4 0.2219 0.7769 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1389018 4 0.0547 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1399501 2 0.3052 0.5997 0.000 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004
#> SRR1358260 4 0.0717 0.7745 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1096946 2 0.1806 0.2825 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1404421 5 0.5139 0.3240 0.256 0.000 0.020 0.000 0.640 0.084
#> SRR1319322 4 0.3421 0.6775 0.000 0.256 0.000 0.736 0.000 0.008
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.3245 0.6045 0.000 0.764 0.000 0.228 0.000 0.008
#> SRR2185137 6 0.4338 0.5745 0.000 0.484 0.000 0.000 0.020 0.496
#> SRR1437012 5 0.2362 0.6839 0.004 0.000 0.136 0.000 0.860 0.000
#> SRR1343919 1 0.5371 0.2757 0.520 0.120 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1081614 4 0.3373 0.6869 0.000 0.248 0.000 0.744 0.000 0.008
#> SRR1352256 2 0.4470 0.4347 0.000 0.604 0.000 0.356 0.000 0.040
#> SRR1499156 2 0.5502 -0.7114 0.136 0.500 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1088241 2 0.4012 0.4770 0.000 0.640 0.000 0.344 0.000 0.016
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.3233 0.6897 0.832 0.004 0.000 0.000 0.104 0.060
#> SRR1079455 1 0.5879 0.0730 0.468 0.180 0.000 0.000 0.004 0.348
#> SRR1328821 2 0.4109 0.4914 0.000 0.648 0.000 0.328 0.000 0.024
#> SRR1357367 4 0.2003 0.7826 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.991 0.4058 0.590 0.590
#> 3 3 1.000 0.994 0.998 0.2261 0.878 0.799
#> 4 4 0.993 0.950 0.982 0.4215 0.747 0.518
#> 5 5 0.741 0.744 0.843 0.0891 0.831 0.506
#> 6 6 0.742 0.695 0.794 0.0509 0.857 0.476
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR1474159 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR814943 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR1420791 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.242 0.953 0.960 0.040
#> SRR1459232 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1476784 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.242 0.953 0.960 0.040
#> SRR2164975 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR1321204 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1380699 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR1399009 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR820839 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR1456733 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1399271 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR1466260 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.242 0.953 0.960 0.040
#> SRR1102852 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR1342995 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR1455236 1 0.767 0.734 0.776 0.224
#> SRR1465289 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1314014 1 0.971 0.369 0.600 0.400
#> SRR1317238 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.971 0.295 0.400 0.600
#> SRR1081614 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.358 0.934 0.932 0.068
#> SRR1079455 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1328821 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.000 0.997 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1480675 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1390331 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1084347 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1352597 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1089643 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1081357 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1321112 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR810899 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1105489 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1474159 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1387308 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR808065 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1073531 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1081688 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1471029 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR811447 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR817512 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR815588 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1380847 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1327327 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1322355 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1333370 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1432476 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1345200 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1398293 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1346957 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1364953 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1347998 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1069734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1080859 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR2165379 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1348202 2 0.4399 0.762 0.188 0.812 0
#> SRR1465938 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1381327 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1375658 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1379220 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1457148 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1441614 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1335536 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1083554 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1486907 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1094287 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1464577 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1429579 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1380569 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1337977 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1398775 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1090604 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1419361 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1090650 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1068905 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1337052 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1489075 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1458955 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1080811 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1407734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1454568 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1078612 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1345347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1381613 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1446911 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR818850 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR814943 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1347481 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1384668 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1420791 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1394855 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1459232 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1103118 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1441505 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1470379 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1334762 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1338766 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1458619 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1070479 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1077753 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1087055 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1352069 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1405182 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1476784 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1075607 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1458066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1078299 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1387685 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR809667 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1322334 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1419518 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR2164975 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1081663 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1478593 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1432145 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1409153 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1097549 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1082307 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1419166 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1488812 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1381229 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1312288 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1455946 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1355304 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1447437 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1444264 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1332733 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1460279 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1321204 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1351033 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1409022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1311329 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1101304 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1096900 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1431535 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1432980 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1081449 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1100440 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1093290 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1380699 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1399009 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1101931 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR2166114 1 0.4605 0.637 0.796 0.204 0
#> SRR812912 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR810531 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1500052 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1319608 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1464960 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1076490 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1370528 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1068788 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1457637 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR821518 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1378660 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1430468 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1443847 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1098026 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1464394 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1400419 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR820839 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1456733 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1360218 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1080022 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1093885 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1072845 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1399271 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1361264 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR814082 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1466260 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1079612 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1315821 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1417248 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR807517 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1120961 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1457661 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1420368 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1071429 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1378971 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1120847 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1081401 2 0.0237 0.994 0.004 0.996 0
#> SRR1477820 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1442509 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1443070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1435923 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1102852 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1486439 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1342995 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1314788 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1090722 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1356421 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1101348 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1455236 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1465289 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR813431 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1347100 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1373921 2 0.0237 0.994 0.004 0.996 0
#> SRR1341142 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1343053 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1408494 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1095213 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1314014 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1317238 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1071379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1092612 2 0.0237 0.994 0.004 0.996 0
#> SRR1380139 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1308288 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1389018 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1399501 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1358260 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1096946 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1404421 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1319322 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1309425 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1087535 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR2185137 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1437012 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1343919 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1081614 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1352256 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1499156 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1088241 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1328125 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1339130 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1079455 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0
#> SRR1328821 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
#> SRR1357367 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380847 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.4761 0.3904 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 4 0.1022 0.9325 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1069734 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465938 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0707 0.9538 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1083554 2 0.3356 0.7464 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337977 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398775 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090604 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419361 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 4 0.2647 0.8329 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407734 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454568 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078612 4 0.4624 0.4919 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.2408 0.8475 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR818850 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470379 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334762 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338766 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458619 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.4406 0.5520 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1476784 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075607 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 4 0.4585 0.5091 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1097549 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082307 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419166 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312288 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.0336 0.9576 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR812912 3 0.0921 0.9713 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076490 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.4761 0.3901 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1080022 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093885 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072845 1 0.4250 0.5776 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417248 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120847 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081401 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443070 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 4 0.4994 0.0837 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 4 0.4948 0.2199 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR813431 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.4564 0.5172 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1373921 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341142 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185137 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437012 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499156 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088241 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 4 0.0000 0.9653 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9769 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 2 0.3999 0.49297 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1480675 1 0.2773 0.88128 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1390331 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1084347 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352597 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1089643 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.2852 0.87882 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR810899 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1387308 2 0.2852 0.45347 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR808065 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1073531 2 0.0880 0.61614 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1081688 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1471029 5 0.3752 0.93431 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR811447 1 0.2773 0.88128 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR817512 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.3508 0.64185 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1327327 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1322355 2 0.0510 0.65153 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1333370 2 0.3210 0.37337 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1432476 2 0.3210 0.37337 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1345200 2 0.2852 0.45347 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1398293 2 0.2464 0.69168 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016
#> SRR1346957 1 0.2891 0.87745 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1364953 5 0.3452 0.98142 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1347998 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1069734 4 0.3636 0.63386 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.2929 0.87701 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1348202 4 0.0290 0.84089 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1465938 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381327 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1375658 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1379220 5 0.3752 0.93431 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1457148 4 0.1740 0.83219 0.000 0.056 0.000 0.932 0.012
#> SRR1441614 1 0.2852 0.87882 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1335536 2 0.1544 0.68224 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1083554 2 0.3003 0.67664 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1486907 1 0.3003 0.87209 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1094287 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.2424 0.51202 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1429579 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1380569 4 0.0609 0.84241 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1337977 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1398775 4 0.3983 0.50873 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1090604 2 0.4307 -0.00368 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1419361 2 0.3480 0.64658 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.2773 0.71715 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1458955 1 0.2891 0.87745 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1080811 4 0.0609 0.84241 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1407734 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1454568 4 0.2852 0.70789 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1078612 2 0.3305 0.66435 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.1818 0.63042 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR818850 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.2329 0.52304 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1347481 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.2773 0.88128 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1394855 1 0.0290 0.89573 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1459232 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.2773 0.88128 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1441505 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1470379 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334762 4 0.3366 0.68774 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1338766 4 0.2280 0.79780 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1458619 3 0.3336 0.80689 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1070479 4 0.0290 0.84458 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1077753 5 0.3837 0.90642 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1087055 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.3550 0.60664 0.236 0.000 0.000 0.760 0.004
#> SRR1476784 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1075607 4 0.1544 0.82625 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1458066 4 0.0290 0.84458 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1078299 2 0.3636 0.22229 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1387685 1 0.3336 0.85013 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR809667 4 0.3177 0.72011 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1322334 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1419518 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 5 0.3796 0.92332 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1081663 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478593 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1432145 2 0.4242 -0.34024 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1409153 2 0.2813 0.68073 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1097549 4 0.3707 0.61279 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1082307 4 0.2179 0.80312 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1419166 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488812 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1381229 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312288 4 0.3876 0.54091 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1455946 1 0.3336 0.85013 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1355304 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1444264 4 0.4088 0.42860 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1332733 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1460279 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.4242 0.27878 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.2329 0.52304 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1101304 4 0.2605 0.77648 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1096900 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1431535 2 0.3774 0.14324 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1432980 4 0.2773 0.71715 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0510 0.84352 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1093290 2 0.0880 0.61614 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1380699 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1101931 1 0.2773 0.88128 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2166114 4 0.2522 0.76233 0.108 0.000 0.000 0.880 0.012
#> SRR812912 3 0.5644 0.59341 0.144 0.000 0.628 0.000 0.228
#> SRR810531 2 0.0404 0.64867 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1500052 4 0.3452 0.59863 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1076490 2 0.3932 0.51656 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1370528 5 0.3752 0.93431 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1068788 2 0.2852 0.45347 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1457637 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR821518 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1378660 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1430468 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1443847 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.0703 0.89560 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1400419 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1360218 2 0.2179 0.69137 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1080022 4 0.3774 0.59357 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1093885 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1072845 4 0.3480 0.59366 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR1399271 2 0.2516 0.50305 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1361264 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR814082 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.3336 0.85013 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1079612 4 0.2074 0.80795 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1315821 3 0.0609 0.95660 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1417248 2 0.3983 0.50117 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR807517 3 0.0609 0.95660 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1120961 2 0.0000 0.63924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.4242 -0.33372 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1420368 2 0.4297 -0.45040 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1071429 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1378971 4 0.3480 0.66591 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1120847 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1081401 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.3336 0.85013 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1442509 4 0.2127 0.80562 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1443070 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1435923 1 0.0880 0.89519 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1102852 2 0.3366 0.66089 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 5 0.3661 0.95180 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1314788 3 0.1965 0.91488 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1090722 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1356421 4 0.4287 0.13988 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.3366 0.66089 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR813431 1 0.2773 0.88128 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1347100 2 0.3177 0.67022 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1373921 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341142 4 0.4242 0.25323 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1343053 2 0.3636 0.22000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1408494 2 0.3305 0.34574 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1095213 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1314014 1 0.0162 0.89326 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317238 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.1410 0.59106 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1389018 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1399501 4 0.2605 0.77648 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1358260 5 0.3424 0.98472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1096946 4 0.0000 0.84533 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 1 0.3336 0.85013 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1319322 2 0.4235 -0.32772 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1309425 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.2773 0.76235 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR2185137 4 0.2006 0.82574 0.000 0.072 0.000 0.916 0.012
#> SRR1437012 3 0.2966 0.84750 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1343919 1 0.3561 0.61393 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
#> SRR1081614 2 0.2471 0.50662 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1352256 2 0.3424 0.65615 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1499156 4 0.2773 0.71715 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1088241 2 0.4242 0.27878 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.96464 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.89554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.4249 0.22713 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR1328821 4 0.4242 0.25560 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1357367 2 0.2773 0.46465 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.3398 0.6187 0.000 0.740 0.000 0.252 0.008 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1084347 5 0.3578 0.8139 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1352597 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1089643 5 0.3717 0.7847 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> SRR1081357 5 0.3499 0.8222 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1321112 1 0.0891 0.8494 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR810899 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.3259 0.8769 0.772 0.000 0.000 0.000 0.216 0.012
#> SRR1474159 2 0.3446 0.5756 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1387308 4 0.1418 0.7955 0.000 0.032 0.000 0.944 0.000 0.024
#> SRR808065 6 0.2048 0.9686 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1073531 4 0.1204 0.7850 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.3448 0.5952 0.000 0.716 0.000 0.280 0.004 0.000
#> SRR1471029 4 0.3309 0.5379 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR811447 1 0.0260 0.8595 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR817512 5 0.3563 0.8163 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> SRR815588 5 0.3737 0.7565 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1380847 2 0.3528 0.5740 0.000 0.700 0.000 0.296 0.004 0.000
#> SRR1327327 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1322355 4 0.1663 0.7691 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1333370 4 0.1075 0.7863 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1432476 4 0.1327 0.7802 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1345200 4 0.1418 0.7955 0.000 0.032 0.000 0.944 0.000 0.024
#> SRR1398293 4 0.2491 0.7005 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0508 0.8580 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1364953 4 0.3499 0.4581 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1347998 2 0.3823 0.3867 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.2263 0.5301 0.000 0.884 0.000 0.016 0.100 0.000
#> SRR1080859 1 0.3342 0.8733 0.760 0.000 0.000 0.000 0.228 0.012
#> SRR2165379 1 0.1226 0.8481 0.952 0.000 0.000 0.004 0.040 0.004
#> SRR1348202 5 0.3565 0.8206 0.000 0.304 0.000 0.000 0.692 0.004
#> SRR1465938 5 0.3737 0.7760 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1381327 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1375658 2 0.3714 0.5168 0.000 0.656 0.000 0.340 0.004 0.000
#> SRR1379220 4 0.3426 0.5456 0.000 0.004 0.000 0.720 0.000 0.276
#> SRR1457148 2 0.5141 -0.1956 0.000 0.556 0.000 0.044 0.376 0.024
#> SRR1441614 1 0.0260 0.8595 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335536 4 0.4071 0.4747 0.000 0.304 0.000 0.672 0.004 0.020
#> SRR1083554 2 0.3975 0.2975 0.000 0.544 0.000 0.452 0.004 0.000
#> SRR1486907 1 0.1124 0.8499 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1094287 5 0.3737 0.7760 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1464577 4 0.1152 0.7960 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1429579 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1380569 2 0.3647 -0.1207 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1337977 2 0.3547 0.5669 0.000 0.696 0.000 0.300 0.004 0.000
#> SRR1398775 2 0.1391 0.5828 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040 0.000
#> SRR1090604 2 0.1257 0.6068 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR1419361 2 0.2631 0.6528 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.3854 0.3103 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0260 0.9397 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1489075 5 0.3215 0.7917 0.004 0.240 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1458955 1 0.0260 0.8592 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1080811 2 0.3515 0.0965 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR1407734 2 0.3620 0.5140 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1454568 5 0.2994 0.7717 0.004 0.208 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR1078612 4 0.3198 0.5255 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0146 0.9405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 4 0.1644 0.7825 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR818850 1 0.3287 0.8757 0.768 0.000 0.000 0.000 0.220 0.012
#> SRR814943 4 0.1219 0.7955 0.000 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.3348 0.8777 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR1420791 1 0.0260 0.8595 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394855 1 0.3290 0.8788 0.776 0.000 0.000 0.000 0.208 0.016
#> SRR1459232 5 0.3578 0.8146 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1103118 1 0.0260 0.8595 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441505 2 0.3531 0.5536 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1470379 5 0.3515 0.8228 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1334762 2 0.2586 0.5355 0.000 0.868 0.000 0.032 0.100 0.000
#> SRR1338766 2 0.3298 0.3405 0.000 0.756 0.000 0.008 0.236 0.000
#> SRR1458619 3 0.5359 0.7194 0.196 0.000 0.672 0.004 0.060 0.068
#> SRR1070479 2 0.3756 -0.2533 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1077753 4 0.4135 0.2588 0.000 0.008 0.000 0.584 0.004 0.404
#> SRR1087055 1 0.3342 0.8733 0.760 0.000 0.000 0.000 0.228 0.012
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 5 0.2610 0.6552 0.012 0.088 0.000 0.004 0.880 0.016
#> SRR1476784 2 0.3547 0.5504 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR1075607 2 0.2854 0.4021 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1458066 2 0.3727 -0.2173 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1078299 4 0.1501 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1387685 1 0.2714 0.8017 0.872 0.000 0.000 0.004 0.060 0.064
#> SRR809667 2 0.3780 0.3147 0.000 0.744 0.000 0.028 0.224 0.004
#> SRR1322334 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1419518 1 0.3261 0.8786 0.780 0.000 0.000 0.000 0.204 0.016
#> SRR2164975 4 0.3766 0.4937 0.000 0.012 0.000 0.684 0.000 0.304
#> SRR1081663 5 0.3515 0.8224 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1478593 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1432145 4 0.5049 0.5168 0.000 0.104 0.000 0.624 0.004 0.268
#> SRR1409153 4 0.3309 0.4725 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.1584 0.5741 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064 0.000
#> SRR1082307 2 0.2697 0.4141 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1419166 5 0.3864 0.5716 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1488812 4 0.3989 0.0124 0.000 0.004 0.000 0.528 0.000 0.468
#> SRR1381229 5 0.3531 0.8217 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1312288 2 0.2510 0.5566 0.000 0.872 0.000 0.028 0.100 0.000
#> SRR1455946 1 0.2401 0.8062 0.892 0.000 0.000 0.004 0.060 0.044
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 4 0.3961 0.1186 0.000 0.004 0.000 0.556 0.000 0.440
#> SRR1444264 2 0.1168 0.5988 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028 0.000
#> SRR1332733 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1460279 1 0.3320 0.8778 0.772 0.000 0.000 0.000 0.212 0.016
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.2581 0.6461 0.000 0.856 0.000 0.128 0.016 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 4 0.1333 0.7963 0.000 0.048 0.000 0.944 0.000 0.008
#> SRR1101304 2 0.3593 0.3126 0.000 0.748 0.000 0.024 0.228 0.000
#> SRR1096900 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1431535 4 0.2333 0.7696 0.000 0.040 0.000 0.896 0.004 0.060
#> SRR1432980 5 0.2738 0.7464 0.004 0.176 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.2941 0.3527 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1093290 4 0.1644 0.7831 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR1380699 1 0.3394 0.8693 0.752 0.000 0.000 0.000 0.236 0.012
#> SRR1399009 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1101931 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 5 0.4182 0.7644 0.000 0.228 0.000 0.020 0.724 0.028
#> SRR812912 3 0.6102 0.3567 0.388 0.000 0.480 0.004 0.060 0.068
#> SRR810531 4 0.1610 0.7697 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1500052 5 0.2492 0.6249 0.048 0.048 0.000 0.000 0.892 0.012
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.3409 0.5816 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.2744 0.6365 0.000 0.840 0.000 0.144 0.016 0.000
#> SRR1370528 4 0.3288 0.5454 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1068788 4 0.1418 0.7955 0.000 0.032 0.000 0.944 0.000 0.024
#> SRR1457637 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR821518 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1378660 2 0.3699 0.5206 0.000 0.660 0.000 0.336 0.004 0.000
#> SRR1430468 6 0.3797 0.3430 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 5 0.3717 0.7845 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> SRR1464394 1 0.3231 0.8794 0.784 0.000 0.000 0.000 0.200 0.016
#> SRR1400419 1 0.3518 0.8564 0.732 0.000 0.000 0.000 0.256 0.012
#> SRR820839 1 0.3259 0.8769 0.772 0.000 0.000 0.000 0.216 0.012
#> SRR1456733 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1360218 4 0.2092 0.7167 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.2536 0.5345 0.000 0.864 0.000 0.020 0.116 0.000
#> SRR1093885 2 0.3531 0.5411 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1072845 5 0.2587 0.5934 0.068 0.028 0.000 0.004 0.888 0.012
#> SRR1399271 4 0.1391 0.7965 0.000 0.040 0.000 0.944 0.000 0.016
#> SRR1361264 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR814082 1 0.3348 0.8777 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR1466260 1 0.2714 0.8017 0.872 0.000 0.000 0.004 0.060 0.064
#> SRR1079612 2 0.2730 0.4070 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1315821 3 0.1549 0.9171 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020 0.044
#> SRR1417248 2 0.3398 0.6187 0.000 0.740 0.000 0.252 0.008 0.000
#> SRR807517 3 0.1765 0.9116 0.000 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052
#> SRR1120961 4 0.1714 0.7718 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1457661 4 0.2346 0.7337 0.000 0.008 0.000 0.868 0.000 0.124
#> SRR1420368 4 0.3755 0.5972 0.000 0.020 0.000 0.732 0.004 0.244
#> SRR1071429 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1378971 2 0.0858 0.5897 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1120847 2 0.3101 0.6092 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1081401 5 0.3499 0.8222 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1477820 1 0.2052 0.8199 0.912 0.000 0.000 0.004 0.056 0.028
#> SRR1442509 2 0.3266 0.2643 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1443070 2 0.3804 0.4218 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.3290 0.8791 0.776 0.000 0.000 0.000 0.208 0.016
#> SRR1102852 2 0.3979 0.2860 0.000 0.540 0.000 0.456 0.004 0.000
#> SRR1486439 1 0.3320 0.8778 0.772 0.000 0.000 0.000 0.212 0.016
#> SRR1342995 4 0.3634 0.3859 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1314788 3 0.3988 0.8434 0.064 0.000 0.808 0.004 0.056 0.068
#> SRR1090722 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1356421 2 0.1461 0.6165 0.000 0.940 0.000 0.044 0.016 0.000
#> SRR1101348 1 0.3445 0.8646 0.744 0.000 0.000 0.000 0.244 0.012
#> SRR1455236 1 0.3348 0.8777 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR1465289 2 0.3975 0.2975 0.000 0.544 0.000 0.452 0.004 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.3244 0.5110 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1373921 5 0.3619 0.8226 0.000 0.316 0.000 0.000 0.680 0.004
#> SRR1341142 2 0.2433 0.6110 0.000 0.884 0.000 0.072 0.044 0.000
#> SRR1343053 4 0.1444 0.7745 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1408494 4 0.1196 0.7897 0.000 0.008 0.000 0.952 0.000 0.040
#> SRR1095213 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1314014 1 0.3342 0.8714 0.760 0.000 0.000 0.000 0.228 0.012
#> SRR1317238 2 0.3769 0.5074 0.000 0.640 0.000 0.356 0.004 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 5 0.3464 0.8223 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1380139 5 0.3807 0.7975 0.000 0.368 0.000 0.000 0.628 0.004
#> SRR1308288 4 0.1588 0.7862 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> SRR1389018 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1399501 2 0.2778 0.4385 0.000 0.824 0.000 0.008 0.168 0.000
#> SRR1358260 6 0.1957 0.9784 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1096946 5 0.3659 0.7999 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1404421 1 0.2052 0.8199 0.912 0.000 0.000 0.004 0.056 0.028
#> SRR1319322 4 0.5030 0.5338 0.000 0.108 0.000 0.632 0.004 0.256
#> SRR1309425 3 0.0260 0.9397 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1087535 2 0.2320 0.4937 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000
#> SRR2185137 2 0.5234 -0.1028 0.000 0.572 0.000 0.056 0.348 0.024
#> SRR1437012 3 0.5183 0.7447 0.172 0.000 0.696 0.004 0.060 0.068
#> SRR1343919 5 0.4102 -0.2021 0.356 0.000 0.000 0.004 0.628 0.012
#> SRR1081614 4 0.3196 0.7404 0.000 0.136 0.000 0.824 0.004 0.036
#> SRR1352256 2 0.3717 0.4852 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1499156 5 0.3240 0.7937 0.004 0.244 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR1088241 2 0.2513 0.6472 0.000 0.852 0.000 0.140 0.008 0.000
#> SRR1328125 3 0.0260 0.9397 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1339130 1 0.3348 0.8777 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR1079455 5 0.3226 0.4031 0.168 0.012 0.000 0.000 0.808 0.012
#> SRR1328821 2 0.1168 0.6078 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016 0.000
#> SRR1357367 4 0.1225 0.7961 0.000 0.036 0.000 0.952 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.984 0.993 0.4519 0.549 0.549
#> 3 3 0.885 0.846 0.943 0.2773 0.875 0.774
#> 4 4 0.841 0.852 0.927 0.1509 0.877 0.717
#> 5 5 0.764 0.770 0.881 0.0621 0.954 0.862
#> 6 6 0.721 0.759 0.862 0.0458 0.962 0.870
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.242 0.954 0.040 0.960
#> SRR1321112 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1348202 1 0.973 0.317 0.596 0.404
#> SRR1465938 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1454568 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR814943 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1432980 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1081449 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1380699 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2166114 1 0.697 0.764 0.812 0.188
#> SRR812912 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1500052 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1319608 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR820839 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1072845 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.866 0.596 0.288 0.712
#> SRR1477820 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.722 0.749 0.200 0.800
#> SRR1341142 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1314014 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.767 0.711 0.224 0.776
#> SRR1380139 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1499156 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.000 0.994 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.1860 0.8676 0.000 0.948 0.052
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 3 0.6126 0.4734 0.000 0.400 0.600
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 3 0.6309 0.1128 0.000 0.500 0.500
#> SRR1081357 3 0.0424 0.7150 0.000 0.008 0.992
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.3879 0.7102 0.000 0.848 0.152
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 3 0.0000 0.7133 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 3 0.0000 0.7133 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.6154 0.1553 0.000 0.592 0.408
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 3 0.0000 0.7133 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.1964 0.8648 0.000 0.944 0.056
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.6286 -0.0396 0.000 0.536 0.464
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1083554 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 3 0.6274 0.2481 0.000 0.456 0.544
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.3879 0.7295 0.000 0.848 0.152
#> SRR1337977 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398775 2 0.5733 0.3910 0.000 0.676 0.324
#> SRR1090604 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 3 0.3116 0.7103 0.000 0.108 0.892
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 3 0.0000 0.7133 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 3 0.6309 0.1265 0.000 0.496 0.504
#> SRR1334762 2 0.5760 0.3819 0.000 0.672 0.328
#> SRR1338766 3 0.6225 0.4305 0.000 0.432 0.568
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 3 0.6267 0.2648 0.000 0.452 0.548
#> SRR1077753 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 3 0.6244 0.4127 0.000 0.440 0.560
#> SRR1458066 2 0.5760 0.3817 0.000 0.672 0.328
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR809667 2 0.6295 -0.0674 0.000 0.528 0.472
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 3 0.0237 0.7142 0.000 0.004 0.996
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409153 2 0.0592 0.9134 0.000 0.988 0.012
#> SRR1097549 3 0.6295 0.3536 0.000 0.472 0.528
#> SRR1082307 2 0.5760 0.3817 0.000 0.672 0.328
#> SRR1419166 3 0.6204 0.4390 0.000 0.424 0.576
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 3 0.5733 0.5067 0.000 0.324 0.676
#> SRR1312288 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.6295 -0.0674 0.000 0.528 0.472
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432980 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.1643 0.8804 0.000 0.956 0.044
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 1 0.6451 0.4405 0.608 0.008 0.384
#> SRR812912 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.6309 -0.1450 0.000 0.504 0.496
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 3 0.6295 0.3547 0.000 0.472 0.528
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.5785 0.3764 0.000 0.668 0.332
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR807517 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1120847 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081401 3 0.0237 0.7142 0.000 0.004 0.996
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 3 0.3340 0.7061 0.000 0.120 0.880
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR813431 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 3 0.0237 0.7142 0.000 0.004 0.996
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 3 0.0000 0.7133 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.6295 -0.0609 0.000 0.528 0.472
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.5760 0.3817 0.000 0.672 0.328
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 3 0.0000 0.7133 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.5926 0.3085 0.000 0.644 0.356
#> SRR2185137 2 0.6252 0.0355 0.000 0.556 0.444
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.0237 0.9226 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9253 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 2 0.3668 0.7081 0.000 0.808 0.188 0.004
#> SRR1480675 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 3 0.4440 0.7872 0.000 0.136 0.804 0.060
#> SRR1352597 2 0.0336 0.9326 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1089643 4 0.3398 0.6070 0.000 0.068 0.060 0.872
#> SRR1081357 3 0.1389 0.8752 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.4933 0.5771 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1387308 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR808065 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0336 0.9326 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1081688 2 0.4722 0.4912 0.000 0.692 0.300 0.008
#> SRR1471029 2 0.0336 0.9326 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR811447 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 3 0.0188 0.8865 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR815588 3 0.0000 0.8863 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1333370 2 0.0336 0.9326 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1398293 4 0.4898 0.6002 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0188 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347998 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1069734 4 0.3768 0.6864 0.000 0.184 0.008 0.808
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 3 0.4040 0.7718 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1465938 4 0.2704 0.6537 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.1398 0.9033 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1379220 2 0.0188 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457148 4 0.1209 0.5797 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.1398 0.9033 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1083554 2 0.1398 0.9033 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.4203 0.5911 0.000 0.068 0.108 0.824
#> SRR1464577 2 0.0336 0.9326 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.3873 0.6904 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1337977 2 0.1398 0.9033 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1398775 4 0.5060 0.6055 0.000 0.412 0.004 0.584
#> SRR1090604 2 0.0657 0.9272 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1419361 2 0.0336 0.9326 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0336 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.0336 0.9879 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 3 0.1042 0.8821 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1407734 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1454568 1 0.3196 0.8444 0.856 0.000 0.136 0.008
#> SRR1078612 2 0.4804 0.0701 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR818850 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 4 0.4967 0.5313 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0336 0.9879 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0188 0.9903 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459232 3 0.0188 0.8865 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.4933 0.5708 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1470379 4 0.2089 0.5548 0.000 0.020 0.048 0.932
#> SRR1334762 4 0.3356 0.6826 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1338766 3 0.4758 0.7546 0.000 0.156 0.780 0.064
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.5083 0.6850 0.000 0.248 0.036 0.716
#> SRR1077753 2 0.1398 0.9033 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.0336 0.9879 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1476784 4 0.4907 0.5983 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1075607 3 0.0524 0.8854 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1458066 4 0.3908 0.6933 0.000 0.212 0.004 0.784
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 4 0.1356 0.5795 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.2921 0.7640 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1081663 4 0.4500 0.0945 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1478593 2 0.0188 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432145 2 0.1398 0.9033 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1409153 2 0.0937 0.9247 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1097549 3 0.3569 0.7190 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1082307 4 0.5212 0.5979 0.000 0.420 0.008 0.572
#> SRR1419166 3 0.0188 0.8865 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1488812 2 0.0188 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381229 4 0.0469 0.5517 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1312288 2 0.1211 0.9115 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1444264 2 0.5884 0.0435 0.000 0.592 0.044 0.364
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.2919 0.8502 0.000 0.896 0.044 0.060
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1101304 4 0.1398 0.5888 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0779 0.9227 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1432980 1 0.2814 0.8550 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.5745 0.3504 0.000 0.656 0.056 0.288
#> SRR1093290 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0188 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.6028 -0.1882 0.476 0.004 0.032 0.488
#> SRR812912 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1500052 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.4967 0.5445 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1076490 4 0.4406 0.6977 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1370528 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1068788 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.2385 0.5660 0.000 0.028 0.052 0.920
#> SRR1464394 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1080022 3 0.4706 0.6539 0.000 0.224 0.748 0.028
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.0336 0.9879 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1399271 2 0.4564 0.2983 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0336 0.9879 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.5550 0.5687 0.000 0.428 0.020 0.552
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.2654 0.8259 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR807517 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0188 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378971 2 0.1042 0.9189 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1120847 2 0.3024 0.7496 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1081401 3 0.1389 0.8752 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 3 0.1302 0.8681 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1443070 2 0.4877 -0.0467 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1435923 1 0.0336 0.9879 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102852 2 0.1489 0.8999 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0188 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.3821 0.7594 0.000 0.840 0.040 0.120
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0336 0.9879 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465289 2 0.1398 0.9033 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR813431 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.4431 0.6971 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1373921 3 0.2589 0.8535 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1341142 4 0.4193 0.7002 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.0524 0.9280 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 3 0.0188 0.8865 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380139 4 0.2385 0.5660 0.000 0.028 0.052 0.920
#> SRR1308288 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.5070 0.6001 0.000 0.416 0.004 0.580
#> SRR1358260 2 0.0188 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096946 3 0.3444 0.7392 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1404421 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.1398 0.9033 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.5203 0.6038 0.000 0.416 0.008 0.576
#> SRR2185137 4 0.1209 0.5797 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.0336 0.9879 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081614 2 0.0376 0.9303 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1352256 2 0.0469 0.9310 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1499156 1 0.3142 0.8493 0.860 0.000 0.132 0.008
#> SRR1088241 2 0.1398 0.9033 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0336 0.9879 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1079455 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9341 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.4817 0.0541 0.000 0.612 0.000 0.388
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 2 0.3399 0.74532 0.000 0.812 0.012 0.004 0.172
#> SRR1480675 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 5 0.4751 0.78942 0.000 0.016 0.188 0.056 0.740
#> SRR1352597 2 0.0404 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1089643 4 0.5064 0.46521 0.000 0.016 0.248 0.688 0.048
#> SRR1081357 5 0.1800 0.87839 0.000 0.000 0.020 0.048 0.932
#> SRR1321112 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.1544 0.83605 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.3816 0.71215 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1387308 2 0.2230 0.83715 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR808065 2 0.0324 0.92636 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1073531 2 0.0404 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1081688 2 0.4251 0.48221 0.000 0.672 0.000 0.012 0.316
#> SRR1471029 2 0.0404 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 5 0.0000 0.89911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 5 0.0000 0.89911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0324 0.92851 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.1410 0.89588 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1333370 2 0.0404 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.2230 0.83715 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1398293 4 0.3612 0.72421 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1346957 1 0.0609 0.88065 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0290 0.92738 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1347998 2 0.0703 0.92106 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1069734 4 0.2612 0.69385 0.000 0.124 0.008 0.868 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.1121 0.86006 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1348202 3 0.4548 0.00287 0.000 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR1465938 4 0.4982 0.59144 0.000 0.088 0.220 0.692 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.1757 0.89331 0.000 0.936 0.012 0.004 0.048
#> SRR1379220 2 0.0404 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1457148 4 0.3977 0.55202 0.000 0.032 0.204 0.764 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.1757 0.89331 0.000 0.936 0.012 0.004 0.048
#> SRR1083554 2 0.1757 0.89331 0.000 0.936 0.012 0.004 0.048
#> SRR1486907 1 0.2377 0.74835 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.5143 0.47520 0.000 0.012 0.228 0.692 0.068
#> SRR1464577 2 0.0510 0.92491 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.4763 0.66967 0.000 0.212 0.076 0.712 0.000
#> SRR1337977 2 0.1757 0.89331 0.000 0.936 0.012 0.004 0.048
#> SRR1398775 4 0.3885 0.72450 0.000 0.268 0.008 0.724 0.000
#> SRR1090604 2 0.2116 0.87803 0.000 0.912 0.008 0.004 0.076
#> SRR1419361 2 0.0404 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.1341 0.89348 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.4088 0.04042 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.1608 0.83198 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1080811 5 0.0981 0.89416 0.000 0.008 0.008 0.012 0.972
#> SRR1407734 2 0.0510 0.92491 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1454568 3 0.5375 0.70801 0.368 0.000 0.568 0.000 0.064
#> SRR1078612 4 0.4060 0.64019 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.2127 0.84675 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR818850 1 0.0794 0.87483 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR814943 4 0.4060 0.64511 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.4249 -0.25525 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.4150 -0.06020 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1459232 5 0.0000 0.89911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.3913 0.69411 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1470379 4 0.5051 0.41030 0.000 0.012 0.316 0.640 0.032
#> SRR1334762 4 0.2561 0.70759 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1338766 5 0.3745 0.81336 0.000 0.088 0.012 0.068 0.832
#> SRR1458619 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.5113 0.69162 0.000 0.176 0.064 0.728 0.032
#> SRR1077753 2 0.1605 0.89933 0.000 0.944 0.012 0.004 0.040
#> SRR1087055 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 3 0.3752 0.71215 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1476784 4 0.3508 0.72691 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1075607 5 0.0162 0.89824 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1458066 4 0.3355 0.72469 0.000 0.184 0.012 0.804 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 4 0.2554 0.61460 0.000 0.036 0.072 0.892 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.3774 0.47797 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR1081663 4 0.6742 -0.12785 0.000 0.000 0.292 0.412 0.296
#> SRR1478593 2 0.0404 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1432145 2 0.1757 0.89331 0.000 0.936 0.012 0.004 0.048
#> SRR1409153 2 0.2790 0.85130 0.000 0.880 0.000 0.068 0.052
#> SRR1097549 5 0.2548 0.79675 0.000 0.116 0.004 0.004 0.876
#> SRR1082307 4 0.4339 0.71644 0.000 0.296 0.020 0.684 0.000
#> SRR1419166 5 0.0000 0.89911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.1043 0.91130 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1381229 4 0.3876 0.41498 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1312288 2 0.3454 0.74880 0.000 0.816 0.028 0.156 0.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.1851 0.86938 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1444264 2 0.6018 0.04273 0.000 0.556 0.040 0.356 0.048
#> SRR1332733 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0963 0.86702 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.4954 0.57825 0.000 0.712 0.032 0.224 0.032
#> SRR1409022 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.2179 0.84188 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1101304 4 0.1992 0.62871 0.000 0.044 0.032 0.924 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.1682 0.89660 0.000 0.940 0.012 0.004 0.044
#> SRR1432980 1 0.3692 0.62723 0.812 0.000 0.136 0.000 0.052
#> SRR1081449 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.7607 0.38974 0.000 0.352 0.224 0.372 0.052
#> SRR1093290 2 0.2471 0.81145 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1380699 1 0.1544 0.83608 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0290 0.92738 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 3 0.5507 0.56083 0.188 0.000 0.652 0.160 0.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0703 0.92200 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.3932 0.70473 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1076490 4 0.2966 0.72358 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1370528 2 0.0703 0.92106 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1068788 2 0.1544 0.88888 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0740 0.92132 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1430468 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.5161 0.45892 0.000 0.016 0.264 0.672 0.048
#> SRR1464394 1 0.1197 0.85655 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.1851 0.81480 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.1270 0.85275 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0703 0.92106 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1080022 5 0.4254 0.69834 0.000 0.156 0.004 0.064 0.776
#> SRR1093885 2 0.0162 0.92756 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1072845 3 0.4256 0.61391 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1399271 4 0.4242 0.50977 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.4305 -0.45843 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.4954 0.68160 0.000 0.336 0.028 0.628 0.008
#> SRR1315821 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.2407 0.85385 0.000 0.896 0.012 0.004 0.088
#> SRR807517 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0324 0.92636 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1071429 2 0.0290 0.92738 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1378971 2 0.1278 0.91560 0.000 0.960 0.004 0.020 0.016
#> SRR1120847 2 0.3838 0.47558 0.000 0.716 0.004 0.280 0.000
#> SRR1081401 5 0.1701 0.87924 0.000 0.000 0.016 0.048 0.936
#> SRR1477820 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 5 0.0865 0.89029 0.000 0.024 0.000 0.004 0.972
#> SRR1443070 4 0.4235 0.52294 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1435923 1 0.4291 -0.37627 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.1830 0.89033 0.000 0.932 0.012 0.004 0.052
#> SRR1486439 1 0.3837 0.29649 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0162 0.92804 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.4179 0.73485 0.000 0.796 0.020 0.140 0.044
#> SRR1101348 1 0.1908 0.81147 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.4297 -0.40423 0.528 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.1757 0.89331 0.000 0.936 0.012 0.004 0.048
#> SRR813431 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.3109 0.72665 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1373921 5 0.3169 0.84480 0.000 0.000 0.084 0.060 0.856
#> SRR1341142 4 0.2690 0.71282 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1343053 2 0.0162 0.92804 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0162 0.89207 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.1356 0.90766 0.000 0.956 0.012 0.004 0.028
#> SRR1071379 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 5 0.0703 0.89521 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1380139 4 0.5469 0.41381 0.000 0.028 0.384 0.564 0.024
#> SRR1308288 2 0.1341 0.89938 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.92839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.3910 0.72344 0.000 0.272 0.008 0.720 0.000
#> SRR1358260 2 0.0404 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1096946 5 0.4502 0.74501 0.000 0.000 0.180 0.076 0.744
#> SRR1404421 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.1757 0.89331 0.000 0.936 0.012 0.004 0.048
#> SRR1309425 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.4194 0.72586 0.000 0.260 0.016 0.720 0.004
#> SRR2185137 4 0.3977 0.55288 0.000 0.032 0.204 0.764 0.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 3 0.4262 0.60518 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.1442 0.90494 0.000 0.952 0.012 0.004 0.032
#> SRR1352256 2 0.0703 0.92208 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1499156 3 0.5375 0.70801 0.368 0.000 0.568 0.000 0.064
#> SRR1088241 2 0.1605 0.89932 0.000 0.944 0.012 0.004 0.040
#> SRR1328125 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.4278 -0.33236 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.89492 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.0324 0.92650 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1357367 4 0.4262 0.47584 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.4823 0.6241 0.004 0.712 0.000 0.032 0.188 0.064
#> SRR1480675 3 0.0790 0.8948 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0508 0.8698 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1084347 5 0.4245 0.5171 0.008 0.004 0.000 0.012 0.648 0.328
#> SRR1352597 2 0.0790 0.8625 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1089643 6 0.3023 0.8067 0.004 0.000 0.000 0.212 0.000 0.784
#> SRR1081357 5 0.1787 0.8573 0.016 0.000 0.000 0.032 0.932 0.020
#> SRR1321112 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 3 0.2762 0.6914 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.3221 0.7765 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1387308 2 0.3515 0.4014 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.1401 0.8574 0.004 0.948 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR1073531 2 0.0935 0.8699 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1081688 2 0.4237 0.3412 0.000 0.584 0.000 0.020 0.396 0.000
#> SRR1471029 2 0.0547 0.8669 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR811447 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 5 0.0458 0.8715 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR815588 5 0.0260 0.8713 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1380847 2 0.1232 0.8605 0.004 0.956 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR1327327 2 0.0000 0.8706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.2454 0.7369 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0713 0.8642 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0458 0.8679 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.3446 0.4475 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1398293 4 0.3276 0.7840 0.004 0.228 0.000 0.764 0.000 0.004
#> SRR1346957 3 0.1556 0.8528 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0547 0.8669 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.1501 0.8336 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1069734 4 0.2615 0.7167 0.000 0.136 0.000 0.852 0.004 0.008
#> SRR1080859 3 0.0458 0.9040 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 3 0.2219 0.7842 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 1 0.5810 0.0328 0.628 0.000 0.000 0.072 0.112 0.188
#> SRR1465938 6 0.4827 0.6055 0.004 0.052 0.000 0.376 0.000 0.568
#> SRR1381327 2 0.0146 0.8707 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375658 2 0.2504 0.8296 0.004 0.892 0.000 0.032 0.008 0.064
#> SRR1379220 2 0.0790 0.8624 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.4717 0.2480 0.096 0.028 0.000 0.724 0.000 0.152
#> SRR1441614 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.2504 0.8296 0.004 0.892 0.000 0.032 0.008 0.064
#> SRR1083554 2 0.2504 0.8296 0.004 0.892 0.000 0.032 0.008 0.064
#> SRR1486907 3 0.3446 0.4231 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 6 0.3507 0.8057 0.000 0.008 0.000 0.216 0.012 0.764
#> SRR1464577 2 0.1327 0.8430 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0146 0.8707 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380569 4 0.4940 0.4099 0.004 0.112 0.000 0.652 0.000 0.232
#> SRR1337977 2 0.2504 0.8296 0.004 0.892 0.000 0.032 0.008 0.064
#> SRR1398775 4 0.3837 0.7775 0.016 0.212 0.000 0.752 0.000 0.020
#> SRR1090604 2 0.3713 0.7770 0.008 0.824 0.000 0.032 0.092 0.044
#> SRR1419361 2 0.0632 0.8655 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.1462 0.8557 0.000 0.936 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.3854 0.4378 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458955 3 0.3101 0.6040 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 5 0.1317 0.8575 0.004 0.016 0.000 0.016 0.956 0.008
#> SRR1407734 2 0.1152 0.8582 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR1454568 1 0.2998 0.5811 0.856 0.000 0.096 0.000 0.024 0.024
#> SRR1078612 4 0.3606 0.7664 0.004 0.284 0.000 0.708 0.000 0.004
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.3330 0.5019 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR818850 3 0.1663 0.8454 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 4 0.3428 0.7515 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.3765 0.6047 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.3838 0.5031 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 5 0.0603 0.8714 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR1103118 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.3309 0.7690 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1470379 6 0.2668 0.7857 0.004 0.000 0.000 0.168 0.000 0.828
#> SRR1334762 4 0.2624 0.7325 0.004 0.148 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR1338766 5 0.3232 0.7661 0.008 0.056 0.000 0.088 0.844 0.004
#> SRR1458619 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070479 4 0.5114 0.5884 0.004 0.136 0.000 0.700 0.032 0.128
#> SRR1077753 2 0.2249 0.8344 0.004 0.900 0.000 0.032 0.000 0.064
#> SRR1087055 3 0.0458 0.9040 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.2733 0.4695 0.864 0.000 0.056 0.000 0.000 0.080
#> SRR1476784 4 0.3189 0.7830 0.000 0.236 0.000 0.760 0.000 0.004
#> SRR1075607 5 0.0924 0.8643 0.004 0.008 0.000 0.008 0.972 0.008
#> SRR1458066 4 0.4317 0.6964 0.016 0.144 0.000 0.752 0.000 0.088
#> SRR1078299 2 0.0547 0.8679 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 4 0.1950 0.4813 0.016 0.028 0.000 0.924 0.000 0.032
#> SRR1322334 2 0.0000 0.8706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 3 0.1141 0.8775 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 4 0.3756 0.6109 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1081663 6 0.5675 0.5113 0.004 0.000 0.000 0.204 0.240 0.552
#> SRR1478593 2 0.0632 0.8655 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.2504 0.8296 0.004 0.892 0.000 0.032 0.008 0.064
#> SRR1409153 2 0.4540 0.5758 0.004 0.712 0.000 0.168 0.116 0.000
#> SRR1097549 5 0.2280 0.7964 0.004 0.064 0.000 0.016 0.904 0.012
#> SRR1082307 4 0.5006 0.6984 0.016 0.216 0.000 0.668 0.000 0.100
#> SRR1419166 5 0.0458 0.8715 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1488812 2 0.1910 0.8087 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1381229 6 0.3383 0.7581 0.004 0.000 0.000 0.268 0.000 0.728
#> SRR1312288 2 0.3812 0.5302 0.004 0.712 0.000 0.268 0.000 0.016
#> SRR1455946 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.3175 0.5730 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.5906 0.2992 0.016 0.560 0.000 0.256 0.004 0.164
#> SRR1332733 2 0.0291 0.8705 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1460279 3 0.2003 0.8116 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.5645 0.3536 0.012 0.560 0.000 0.140 0.000 0.288
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.3390 0.4743 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.2007 0.4998 0.004 0.036 0.000 0.916 0.000 0.044
#> SRR1096900 2 0.0806 0.8660 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1431535 2 0.2445 0.8317 0.004 0.896 0.000 0.032 0.008 0.060
#> SRR1432980 3 0.4769 0.1649 0.356 0.000 0.596 0.000 0.020 0.028
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 6 0.4307 0.6975 0.012 0.080 0.000 0.164 0.000 0.744
#> SRR1093290 2 0.3446 0.4492 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1380699 3 0.2996 0.6385 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0458 0.8679 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1101931 3 0.0458 0.9061 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 1 0.6559 0.2644 0.552 0.000 0.092 0.208 0.004 0.144
#> SRR812912 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.1610 0.8297 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1500052 3 0.0547 0.9013 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.4110 0.6264 0.000 0.376 0.000 0.608 0.000 0.016
#> SRR1076490 4 0.2883 0.7802 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1370528 2 0.1444 0.8368 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.2883 0.6583 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.8706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0993 0.8635 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR1378660 2 0.1933 0.8455 0.004 0.920 0.000 0.032 0.000 0.044
#> SRR1430468 2 0.0146 0.8707 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 6 0.3859 0.7791 0.020 0.000 0.000 0.288 0.000 0.692
#> SRR1464394 3 0.2092 0.7976 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 3 0.3217 0.6264 0.224 0.000 0.768 0.000 0.000 0.008
#> SRR820839 3 0.2912 0.6621 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0146 0.8707 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360218 2 0.1387 0.8405 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1080022 5 0.3956 0.6540 0.008 0.096 0.000 0.104 0.788 0.004
#> SRR1093885 2 0.1074 0.8682 0.000 0.960 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR1072845 1 0.2692 0.6401 0.840 0.000 0.148 0.000 0.000 0.012
#> SRR1399271 4 0.3409 0.7548 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.8706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.3446 0.6917 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.5507 0.5412 0.016 0.292 0.000 0.580 0.000 0.112
#> SRR1315821 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.3703 0.7647 0.004 0.824 0.000 0.032 0.076 0.064
#> SRR807517 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0146 0.8707 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457661 2 0.0260 0.8706 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420368 2 0.1401 0.8574 0.004 0.948 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR1071429 2 0.0363 0.8689 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.2265 0.8458 0.008 0.908 0.000 0.040 0.004 0.040
#> SRR1120847 2 0.4402 0.5136 0.008 0.696 0.000 0.244 0.000 0.052
#> SRR1081401 5 0.1434 0.8649 0.020 0.000 0.000 0.024 0.948 0.008
#> SRR1477820 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 5 0.0146 0.8701 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1443070 4 0.3515 0.7281 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.3727 0.6300 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.2605 0.8267 0.004 0.888 0.000 0.032 0.012 0.064
#> SRR1486439 3 0.3828 -0.1441 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0547 0.8669 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0146 0.8707 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356421 2 0.4667 0.6225 0.016 0.712 0.000 0.180 0.000 0.092
#> SRR1101348 3 0.3245 0.6341 0.228 0.000 0.764 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455236 1 0.3695 0.6430 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.2504 0.8296 0.004 0.892 0.000 0.032 0.008 0.064
#> SRR813431 3 0.0790 0.8948 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.2996 0.7832 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1373921 5 0.4254 0.7505 0.068 0.000 0.000 0.112 0.776 0.044
#> SRR1341142 4 0.2805 0.7652 0.000 0.184 0.000 0.812 0.000 0.004
#> SRR1343053 2 0.0405 0.8700 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1408494 2 0.0146 0.8710 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.8706 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 3 0.2003 0.8102 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.2065 0.8436 0.004 0.912 0.000 0.032 0.000 0.052
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 5 0.1367 0.8604 0.044 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR1380139 6 0.5135 0.7165 0.144 0.004 0.000 0.216 0.000 0.636
#> SRR1308288 2 0.2178 0.7786 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0291 0.8705 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1399501 4 0.3916 0.7768 0.016 0.212 0.000 0.748 0.000 0.024
#> SRR1358260 2 0.0713 0.8642 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1096946 5 0.4245 0.4939 0.004 0.000 0.000 0.024 0.644 0.328
#> SRR1404421 3 0.0146 0.9134 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.2504 0.8296 0.004 0.892 0.000 0.032 0.008 0.064
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.4636 0.7083 0.016 0.176 0.000 0.716 0.000 0.092
#> SRR2185137 4 0.4682 0.2604 0.096 0.028 0.000 0.728 0.000 0.148
#> SRR1437012 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.2946 0.6591 0.812 0.000 0.176 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081614 2 0.2249 0.8344 0.004 0.900 0.000 0.032 0.000 0.064
#> SRR1352256 2 0.1327 0.8460 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1499156 1 0.2925 0.5921 0.856 0.000 0.104 0.000 0.016 0.024
#> SRR1088241 2 0.2437 0.8288 0.004 0.888 0.000 0.036 0.000 0.072
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.3747 0.6186 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 3 0.0146 0.9130 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.1864 0.8477 0.004 0.924 0.000 0.032 0.000 0.040
#> SRR1357367 4 0.3428 0.7515 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.979 0.992 0.4101 0.594 0.594
#> 3 3 0.647 0.792 0.908 0.3910 0.666 0.500
#> 4 4 1.000 0.962 0.985 0.2352 0.739 0.460
#> 5 5 0.840 0.892 0.930 0.0754 0.873 0.616
#> 6 6 0.821 0.825 0.879 0.0460 0.958 0.831
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1348202 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1094287 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.3733 0.916 0.072 0.928
#> SRR1476784 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1321204 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.8327 0.643 0.264 0.736
#> SRR1399271 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR814082 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR1466260 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.9710 0.316 0.600 0.400
#> SRR1465289 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.8955 0.551 0.312 0.688
#> SRR1317238 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.9608 0.383 0.384 0.616
#> SRR1081614 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1079455 2 0.8443 0.629 0.272 0.728
#> SRR1328821 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.5178 0.6640 0.256 0.744 0.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084347 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 1 0.5810 0.5903 0.664 0.336 0.000
#> SRR1081357 1 0.4605 0.7085 0.796 0.204 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.5138 0.6697 0.252 0.748 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.2356 0.8579 0.072 0.928 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR817512 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR815588 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1380847 2 0.5098 0.6752 0.248 0.752 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 1 0.5988 0.5281 0.632 0.368 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 1 0.0237 0.7881 0.996 0.004 0.000
#> SRR1465938 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486907 1 0.2711 0.7119 0.912 0.000 0.088
#> SRR1094287 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1337977 2 0.5098 0.6752 0.248 0.752 0.000
#> SRR1398775 2 0.5138 0.6697 0.252 0.748 0.000
#> SRR1090604 2 0.5178 0.6637 0.256 0.744 0.000
#> SRR1419361 2 0.5138 0.6697 0.252 0.748 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 1 0.0237 0.7881 0.996 0.004 0.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1407734 2 0.1529 0.8830 0.040 0.960 0.000
#> SRR1454568 1 0.0237 0.7881 0.996 0.004 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 1 0.1411 0.7779 0.964 0.036 0.000
#> SRR1334762 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1338766 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1458619 3 0.0237 0.9822 0.004 0.000 0.996
#> SRR1070479 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075607 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1458066 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.5835 0.5796 0.340 0.000 0.660
#> SRR809667 1 0.5859 0.5792 0.656 0.344 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 1 0.5327 0.6530 0.728 0.272 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097549 1 0.5968 0.5366 0.636 0.364 0.000
#> SRR1082307 2 0.5327 0.6348 0.272 0.728 0.000
#> SRR1419166 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 1 0.0237 0.7881 0.996 0.004 0.000
#> SRR1312288 2 0.6244 0.1355 0.440 0.560 0.000
#> SRR1455946 1 0.6244 -0.0579 0.560 0.000 0.440
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 1 0.5859 0.5792 0.656 0.344 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 1 0.0237 0.7881 0.996 0.004 0.000
#> SRR812912 3 0.0237 0.9822 0.004 0.000 0.996
#> SRR810531 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.4974 0.6904 0.236 0.764 0.000
#> SRR1076490 2 0.5138 0.6697 0.252 0.748 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 1 0.6309 0.1257 0.504 0.496 0.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072845 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.6299 -0.1808 0.524 0.000 0.476
#> SRR1079612 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417248 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1120847 2 0.5138 0.6697 0.252 0.748 0.000
#> SRR1081401 1 0.0237 0.7881 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477820 1 0.5397 0.4272 0.720 0.000 0.280
#> SRR1442509 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1341142 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317238 2 0.4504 0.7373 0.196 0.804 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 1 0.0237 0.7881 0.996 0.004 0.000
#> SRR1380139 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 1 0.5835 0.5859 0.660 0.340 0.000
#> SRR1404421 1 0.5397 0.4272 0.720 0.000 0.280
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR2185137 1 0.5926 0.5553 0.644 0.356 0.000
#> SRR1437012 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343919 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.4504 0.7373 0.196 0.804 0.000
#> SRR1499156 1 0.0237 0.7881 0.996 0.004 0.000
#> SRR1088241 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.0000 0.7883 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.5216 0.6577 0.260 0.740 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9117 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084347 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089643 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081688 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380847 4 0.0336 0.968 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1327327 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0336 0.974 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1346957 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.1792 0.905 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1069734 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348202 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465938 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375658 4 0.4564 0.513 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1379220 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457148 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380569 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337977 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398775 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090604 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419361 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.3726 0.702 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1337052 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407734 4 0.3486 0.745 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1454568 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.1302 0.935 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1345347 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.0707 0.956 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1470379 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334762 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338766 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458619 3 0.2704 0.855 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1070479 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.0188 0.973 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1476784 4 0.0707 0.956 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1075607 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809667 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081663 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.3610 0.716 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1097549 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082307 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419166 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381229 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312288 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444264 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101304 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432980 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.4855 0.324 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500052 4 0.0188 0.973 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1319608 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076490 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.4888 0.300 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1430468 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400419 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080022 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093885 4 0.1716 0.907 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1072845 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079612 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315821 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417248 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807517 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378971 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120847 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081401 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.4406 0.566 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1435923 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486439 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356421 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465289 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.1867 0.900 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1373921 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341142 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314014 4 0.3726 0.728 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1317238 4 0.2011 0.888 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1071379 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399501 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096946 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185137 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437012 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343919 1 0.1118 0.938 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1081614 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 4 0.0188 0.972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1499156 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088241 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 4 0.3569 0.751 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1328821 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 2 0.4101 0.4725 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1480675 1 0.0404 0.9468 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1390331 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1084347 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352597 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1089643 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081357 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.2424 0.8984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR810899 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 2 0.3612 0.6471 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1387308 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR808065 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1073531 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1081688 4 0.1197 0.9324 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1471029 2 0.0880 0.8728 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR811447 1 0.2424 0.8984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR817512 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815588 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.4307 0.0952 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1327327 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1322355 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1333370 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1432476 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1345200 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1398293 2 0.0404 0.8772 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1346957 1 0.2424 0.8984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1364953 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347998 2 0.0000 0.8754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069734 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1080859 1 0.0162 0.9486 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165379 1 0.0162 0.9485 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348202 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465938 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381327 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1375658 2 0.2648 0.7810 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1379220 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1457148 4 0.0290 0.9545 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1441614 1 0.2424 0.8984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1335536 2 0.0290 0.8732 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1083554 2 0.0404 0.8716 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1486907 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094287 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464577 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1429579 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1380569 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.2648 0.7810 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1398775 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1090604 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1419361 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.2605 0.7842 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 4 0.0404 0.9476 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1458955 1 0.0162 0.9486 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080811 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407734 2 0.2648 0.7810 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1454568 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.0404 0.8716 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR818850 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 1 0.2424 0.8984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.1197 0.9343 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1441505 4 0.4201 0.2791 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1470379 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334762 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1338766 4 0.0609 0.9523 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1458619 3 0.4840 0.7334 0.124 0.000 0.724 0.000 0.152
#> SRR1070479 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1087055 1 0.0162 0.9486 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.1043 0.9244 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1476784 2 0.2561 0.7871 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1075607 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078299 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1387685 1 0.2648 0.8856 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR809667 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1322334 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1419518 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.3274 0.6427 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1081663 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478593 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1432145 2 0.0000 0.8754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.4592 0.4347 0.000 0.644 0.000 0.332 0.024
#> SRR1097549 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1082307 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1419166 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.3305 0.6357 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1381229 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312288 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.2424 0.8984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.3366 0.6208 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1444264 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1332733 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.2852 0.7625 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1101304 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1096900 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1431535 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1432980 4 0.0510 0.9448 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.0609 0.9523 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1093290 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1380699 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1101931 1 0.0290 0.9478 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2166114 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812912 1 0.6292 0.0995 0.448 0.000 0.400 0.000 0.152
#> SRR810531 2 0.0000 0.8754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500052 4 0.2424 0.8253 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.2648 0.7810 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1076490 4 0.4297 0.0321 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1370528 2 0.2690 0.7407 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1068788 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1457637 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR821518 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1378660 2 0.2648 0.7810 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1430468 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.0162 0.9486 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400419 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1360218 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1080022 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1093885 2 0.2648 0.7810 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1072845 4 0.2280 0.8391 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1399271 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1361264 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR814082 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 1 0.2648 0.8856 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1079612 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1315821 3 0.0609 0.9636 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1417248 4 0.3707 0.5788 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR807517 3 0.1121 0.9507 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1120961 2 0.0000 0.8754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457661 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1420368 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1071429 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1378971 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1120847 2 0.2648 0.7810 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1081401 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.2424 0.8984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1442509 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.2179 0.8092 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 2 0.0566 0.8733 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 2 0.1197 0.8609 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1314788 3 0.2605 0.8788 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1090722 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1356421 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0404 0.9411 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1465289 2 0.0404 0.8716 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR813431 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.8754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373921 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341142 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1343053 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1408494 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1095213 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1314014 4 0.2852 0.7792 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1317238 2 0.2648 0.7810 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380139 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308288 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1389018 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1399501 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1358260 5 0.2648 1.0000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1096946 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 1 0.2424 0.8984 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1319322 2 0.0290 0.8767 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1309425 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2185137 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1437012 3 0.2605 0.8788 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1343919 1 0.0880 0.9250 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1081614 2 0.0000 0.8754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.2648 0.7810 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1499156 4 0.0000 0.9556 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.4114 0.4640 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.9728 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 4 0.2891 0.7739 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1328821 4 0.0703 0.9513 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1357367 2 0.0703 0.8778 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 4 0.5662 0.3771 0.000 0.280 0.000 0.524 0.000 0.196
#> SRR1480675 1 0.0547 0.8980 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1390331 5 0.1572 0.9312 0.000 0.000 0.000 0.028 0.936 0.036
#> SRR1084347 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352597 5 0.1649 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.032 0.932 0.036
#> SRR1089643 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321112 6 0.3499 0.8326 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR810899 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474159 4 0.4765 0.6638 0.000 0.132 0.000 0.672 0.000 0.196
#> SRR1387308 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR808065 5 0.0632 0.9684 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1073531 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1081688 2 0.5254 0.6176 0.000 0.608 0.000 0.196 0.000 0.196
#> SRR1471029 4 0.2798 0.7859 0.000 0.000 0.000 0.852 0.112 0.036
#> SRR811447 6 0.3499 0.8326 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR817512 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.5872 0.0351 0.000 0.404 0.000 0.400 0.000 0.196
#> SRR1327327 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 4 0.1610 0.8078 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1333370 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1432476 4 0.4046 0.8032 0.000 0.000 0.000 0.748 0.084 0.168
#> SRR1345200 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1398293 4 0.1616 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.932 0.048 0.020
#> SRR1346957 6 0.3515 0.8298 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1364953 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1347998 4 0.0777 0.8091 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1069734 2 0.2527 0.8546 0.000 0.868 0.000 0.108 0.000 0.024
#> SRR1080859 1 0.0260 0.9050 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2165379 1 0.0363 0.9030 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1348202 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381327 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 4 0.3110 0.7743 0.000 0.012 0.000 0.792 0.000 0.196
#> SRR1379220 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1457148 2 0.0632 0.8839 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1441614 6 0.3499 0.8326 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1335536 4 0.3023 0.7859 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1083554 4 0.3023 0.7859 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1486907 1 0.1075 0.8641 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1094287 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464577 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1429579 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337977 4 0.3110 0.7743 0.000 0.012 0.000 0.792 0.000 0.196
#> SRR1398775 2 0.4532 0.7206 0.000 0.696 0.000 0.108 0.000 0.196
#> SRR1090604 2 0.4653 0.7093 0.000 0.684 0.000 0.120 0.000 0.196
#> SRR1419361 2 0.3078 0.8383 0.000 0.836 0.000 0.108 0.000 0.056
#> SRR1090650 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 4 0.3110 0.7743 0.000 0.012 0.000 0.792 0.000 0.196
#> SRR1337052 3 0.1204 0.9471 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1489075 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458955 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080811 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407734 4 0.3110 0.7743 0.000 0.012 0.000 0.792 0.000 0.196
#> SRR1454568 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078612 4 0.0993 0.8097 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1345347 3 0.1204 0.9471 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1381613 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 4 0.1610 0.8078 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR818850 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 4 0.1610 0.8078 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420791 6 0.3499 0.8326 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1394855 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459232 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1103118 1 0.1814 0.7975 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1441505 4 0.3794 0.5221 0.000 0.248 0.000 0.724 0.000 0.028
#> SRR1470379 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334762 2 0.2527 0.8546 0.000 0.868 0.000 0.108 0.000 0.024
#> SRR1338766 2 0.1563 0.8748 0.000 0.932 0.000 0.056 0.000 0.012
#> SRR1458619 6 0.3023 0.5565 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1070479 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077753 4 0.4300 0.7943 0.000 0.000 0.000 0.712 0.080 0.208
#> SRR1087055 1 0.1556 0.8250 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1352069 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.1267 0.8457 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476784 4 0.1858 0.8039 0.000 0.012 0.000 0.912 0.000 0.076
#> SRR1075607 2 0.0790 0.8794 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1458066 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078299 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1387685 6 0.3371 0.8268 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR809667 2 0.2527 0.8546 0.000 0.868 0.000 0.108 0.000 0.024
#> SRR1322334 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.0146 0.9072 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2164975 4 0.4344 0.4890 0.000 0.000 0.000 0.628 0.336 0.036
#> SRR1081663 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478593 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 4 0.2912 0.7900 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1409153 4 0.4402 0.6286 0.000 0.196 0.000 0.716 0.084 0.004
#> SRR1097549 2 0.2384 0.8629 0.000 0.884 0.000 0.084 0.000 0.032
#> SRR1082307 2 0.2066 0.8670 0.000 0.904 0.000 0.072 0.000 0.024
#> SRR1419166 2 0.2300 0.8072 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1488812 4 0.4357 0.4808 0.000 0.000 0.000 0.624 0.340 0.036
#> SRR1381229 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.0858 0.8817 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1455946 6 0.3499 0.8326 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1355304 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 4 0.4384 0.4632 0.000 0.000 0.000 0.616 0.348 0.036
#> SRR1444264 2 0.4532 0.7206 0.000 0.696 0.000 0.108 0.000 0.196
#> SRR1332733 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460279 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 4 0.4358 0.7167 0.000 0.092 0.000 0.712 0.000 0.196
#> SRR1409022 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1101304 2 0.2527 0.8546 0.000 0.868 0.000 0.108 0.000 0.024
#> SRR1096900 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 4 0.4200 0.7941 0.000 0.000 0.000 0.720 0.072 0.208
#> SRR1432980 2 0.0363 0.8811 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.4344 0.7350 0.000 0.716 0.000 0.096 0.000 0.188
#> SRR1093290 4 0.1610 0.8078 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1380699 1 0.0146 0.9062 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399009 5 0.0909 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.012 0.968 0.020
#> SRR1101931 1 0.0547 0.8980 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2166114 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812912 6 0.3483 0.5910 0.024 0.000 0.212 0.000 0.000 0.764
#> SRR810531 4 0.2902 0.7814 0.000 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1500052 2 0.2996 0.6291 0.228 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.3110 0.7743 0.000 0.012 0.000 0.792 0.000 0.196
#> SRR1076490 2 0.4444 0.2857 0.000 0.536 0.000 0.436 0.000 0.028
#> SRR1370528 4 0.3834 0.6638 0.000 0.000 0.000 0.732 0.232 0.036
#> SRR1068788 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1457637 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 4 0.3110 0.7743 0.000 0.012 0.000 0.792 0.000 0.196
#> SRR1430468 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1443847 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464394 1 0.0260 0.9050 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400419 1 0.0713 0.8803 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456733 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 4 0.1610 0.8078 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1080022 2 0.2527 0.8546 0.000 0.868 0.000 0.108 0.000 0.024
#> SRR1093885 4 0.3110 0.7743 0.000 0.012 0.000 0.792 0.000 0.196
#> SRR1072845 1 0.3717 0.3817 0.616 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399271 4 0.1610 0.8078 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1361264 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466260 6 0.3351 0.8269 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1079612 2 0.2039 0.8673 0.000 0.904 0.000 0.076 0.000 0.020
#> SRR1315821 3 0.2048 0.8961 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1417248 2 0.5416 0.5478 0.000 0.580 0.000 0.224 0.000 0.196
#> SRR807517 3 0.3076 0.7379 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1120961 4 0.2762 0.7793 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1457661 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1420368 4 0.4174 0.8005 0.000 0.000 0.000 0.732 0.084 0.184
#> SRR1071429 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.3138 0.8359 0.000 0.832 0.000 0.108 0.000 0.060
#> SRR1120847 4 0.3200 0.7721 0.000 0.016 0.000 0.788 0.000 0.196
#> SRR1081401 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477820 6 0.3499 0.8326 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1442509 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443070 4 0.0993 0.8057 0.000 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> SRR1435923 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102852 4 0.3109 0.7895 0.000 0.000 0.000 0.772 0.004 0.224
#> SRR1486439 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342995 4 0.3388 0.7361 0.000 0.000 0.000 0.792 0.172 0.036
#> SRR1314788 6 0.3076 0.5450 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1090722 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.4653 0.7093 0.000 0.684 0.000 0.120 0.000 0.196
#> SRR1101348 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 1 0.0603 0.8955 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465289 4 0.2912 0.7839 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR813431 1 0.0146 0.9072 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347100 4 0.0993 0.8097 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1373921 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.2527 0.8546 0.000 0.868 0.000 0.108 0.000 0.024
#> SRR1343053 4 0.2457 0.8009 0.000 0.000 0.000 0.880 0.084 0.036
#> SRR1408494 4 0.2660 0.8040 0.000 0.000 0.000 0.868 0.084 0.048
#> SRR1095213 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 1 0.3584 0.4711 0.688 0.308 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317238 4 0.3110 0.7743 0.000 0.012 0.000 0.792 0.000 0.196
#> SRR1071379 3 0.0000 0.9684 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308288 4 0.1700 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1389018 5 0.0000 0.9860 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.3017 0.8406 0.000 0.840 0.000 0.108 0.000 0.052
#> SRR1358260 5 0.0790 0.9626 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1096946 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404421 6 0.3515 0.8298 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1319322 4 0.3483 0.7952 0.000 0.000 0.000 0.764 0.024 0.212
#> SRR1309425 3 0.1204 0.9471 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1087535 2 0.3017 0.8406 0.000 0.840 0.000 0.108 0.000 0.052
#> SRR2185137 2 0.2527 0.8546 0.000 0.868 0.000 0.108 0.000 0.024
#> SRR1437012 6 0.3076 0.5456 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1343919 1 0.1444 0.8298 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081614 4 0.3023 0.7859 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1352256 4 0.3284 0.7699 0.000 0.020 0.000 0.784 0.000 0.196
#> SRR1499156 2 0.0000 0.8862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088241 4 0.5758 0.3028 0.000 0.312 0.000 0.492 0.000 0.196
#> SRR1328125 3 0.1204 0.9471 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1339130 1 0.0000 0.9085 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079455 1 0.3672 0.3923 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328821 2 0.3514 0.8167 0.000 0.804 0.000 0.108 0.000 0.088
#> SRR1357367 4 0.1610 0.8078 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.939 0.937 0.974 0.3954 0.617 0.617
#> 3 3 0.785 0.834 0.916 0.1553 0.869 0.798
#> 4 4 0.654 0.824 0.881 0.3139 0.777 0.615
#> 5 5 0.633 0.699 0.815 0.2428 0.825 0.557
#> 6 6 0.641 0.602 0.764 0.0427 0.908 0.656
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.0376 0.9733 0.996 0.004
#> SRR1390331 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR810899 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1105489 2 0.7745 0.7047 0.228 0.772
#> SRR1474159 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR817512 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.1184 0.9661 0.984 0.016
#> SRR1348202 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1457148 1 0.1843 0.9571 0.972 0.028
#> SRR1441614 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.4562 0.8884 0.904 0.096
#> SRR1094287 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1458955 2 0.9129 0.5242 0.328 0.672
#> SRR1080811 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR818850 1 0.0376 0.9733 0.996 0.004
#> SRR814943 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.8608 0.6088 0.716 0.284
#> SRR1420791 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.8016 0.6837 0.756 0.244
#> SRR1459232 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1103118 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1352069 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.9993 0.0669 0.484 0.516
#> SRR1476784 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR809667 2 0.9795 0.2898 0.416 0.584
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1419518 1 0.2236 0.9493 0.964 0.036
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1355304 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1460279 1 0.1184 0.9661 0.984 0.016
#> SRR1321204 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.7219 0.7444 0.200 0.800
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR2166114 1 0.1633 0.9602 0.976 0.024
#> SRR812912 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1464394 1 0.0376 0.9733 0.996 0.004
#> SRR1400419 1 0.0938 0.9688 0.988 0.012
#> SRR820839 2 0.9044 0.5405 0.320 0.680
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.7219 0.7444 0.200 0.800
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR814082 2 0.9087 0.5325 0.324 0.676
#> SRR1466260 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1079612 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.7528 0.7297 0.784 0.216
#> SRR1102852 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 1.0000 0.0266 0.496 0.504
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1101348 1 0.6973 0.7753 0.812 0.188
#> SRR1455236 2 0.9087 0.5325 0.324 0.676
#> SRR1465289 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.1184 0.9661 0.984 0.016
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.7376 0.7334 0.208 0.792
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR2185137 1 0.1633 0.9602 0.976 0.024
#> SRR1437012 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.7219 0.7444 0.200 0.800
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.0000 0.9751 1.000 0.000
#> SRR1339130 2 0.9044 0.5405 0.320 0.680
#> SRR1079455 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.2625 0.91278 0.000 0.916 0.084
#> SRR1480675 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.2261 0.91938 0.000 0.932 0.068
#> SRR1084347 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352597 2 0.2261 0.92125 0.000 0.932 0.068
#> SRR1089643 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1081357 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321112 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1105489 1 0.4796 0.63617 0.780 0.220 0.000
#> SRR1474159 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1387308 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1073531 2 0.0237 0.93728 0.000 0.996 0.004
#> SRR1081688 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471029 2 0.2261 0.92125 0.000 0.932 0.068
#> SRR811447 1 0.0892 0.69945 0.980 0.000 0.020
#> SRR817512 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR815588 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1322355 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333370 2 0.1643 0.92727 0.000 0.956 0.044
#> SRR1432476 2 0.2165 0.92080 0.000 0.936 0.064
#> SRR1345200 2 0.0237 0.93728 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398293 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346957 1 0.2448 0.67537 0.924 0.000 0.076
#> SRR1364953 2 0.2261 0.91938 0.000 0.932 0.068
#> SRR1347998 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1069734 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.2448 0.67941 0.924 0.000 0.076
#> SRR2165379 1 0.5968 0.14734 0.636 0.000 0.364
#> SRR1348202 2 0.2448 0.89113 0.076 0.924 0.000
#> SRR1465938 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381327 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1375658 2 0.1964 0.92354 0.000 0.944 0.056
#> SRR1379220 2 0.2261 0.91938 0.000 0.932 0.068
#> SRR1457148 2 0.7378 0.14177 0.404 0.560 0.036
#> SRR1441614 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1083554 2 0.2625 0.91278 0.000 0.916 0.084
#> SRR1486907 1 0.4291 0.66329 0.820 0.180 0.000
#> SRR1094287 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464577 2 0.0237 0.93728 0.000 0.996 0.004
#> SRR1429579 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1380569 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.2625 0.91278 0.000 0.916 0.084
#> SRR1398775 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1090604 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1068905 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1337052 3 0.3752 0.98074 0.144 0.000 0.856
#> SRR1489075 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458955 2 0.6308 -0.09068 0.492 0.508 0.000
#> SRR1080811 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407734 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1454568 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078612 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.3752 0.98074 0.144 0.000 0.856
#> SRR1381613 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1446911 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR818850 1 0.1031 0.69828 0.976 0.000 0.024
#> SRR814943 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347481 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1384668 1 0.4654 0.64639 0.792 0.208 0.000
#> SRR1420791 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.4605 0.64955 0.796 0.204 0.000
#> SRR1459232 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1103118 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441505 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334762 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338766 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458619 1 0.3038 0.64991 0.896 0.000 0.104
#> SRR1070479 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.2625 0.91278 0.000 0.916 0.084
#> SRR1087055 1 0.2448 0.67941 0.924 0.000 0.076
#> SRR1352069 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1405182 2 0.8195 -0.14230 0.436 0.492 0.072
#> SRR1476784 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1075607 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458066 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1078299 2 0.2356 0.91790 0.000 0.928 0.072
#> SRR1387685 1 0.2796 0.66277 0.908 0.000 0.092
#> SRR809667 2 0.5016 0.65312 0.240 0.760 0.000
#> SRR1322334 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1419518 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164975 2 0.2269 0.90322 0.016 0.944 0.040
#> SRR1081663 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478593 2 0.2356 0.91790 0.000 0.928 0.072
#> SRR1432145 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1409153 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1097549 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082307 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1419166 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488812 2 0.2356 0.91790 0.000 0.928 0.072
#> SRR1381229 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312288 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455946 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1447437 2 0.0424 0.93666 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444264 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332733 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1460279 1 0.4235 0.66539 0.824 0.176 0.000
#> SRR1321204 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1351033 2 0.0661 0.93337 0.008 0.988 0.004
#> SRR1409022 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1311329 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101304 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1431535 2 0.2625 0.91278 0.000 0.916 0.084
#> SRR1432980 2 0.0661 0.93337 0.008 0.988 0.004
#> SRR1081449 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1100440 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1093290 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380699 1 0.4974 0.62290 0.764 0.236 0.000
#> SRR1399009 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1101931 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166114 2 0.7460 0.00331 0.440 0.524 0.036
#> SRR812912 1 0.2711 0.66629 0.912 0.000 0.088
#> SRR810531 2 0.0237 0.93728 0.000 0.996 0.004
#> SRR1500052 1 0.6180 0.45442 0.584 0.416 0.000
#> SRR1319608 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1464960 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1076490 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370528 2 0.0424 0.93732 0.000 0.992 0.008
#> SRR1068788 2 0.0424 0.93732 0.000 0.992 0.008
#> SRR1457637 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR821518 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1378660 2 0.0237 0.93728 0.000 0.996 0.004
#> SRR1430468 2 0.2625 0.91278 0.000 0.916 0.084
#> SRR1443847 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1098026 2 0.0661 0.93337 0.008 0.988 0.004
#> SRR1464394 1 0.5810 0.66319 0.796 0.132 0.072
#> SRR1400419 1 0.2590 0.68123 0.924 0.004 0.072
#> SRR820839 2 0.6307 -0.07947 0.488 0.512 0.000
#> SRR1456733 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1360218 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080022 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1072845 2 0.6045 0.30245 0.380 0.620 0.000
#> SRR1399271 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR814082 2 0.6307 -0.07947 0.488 0.512 0.000
#> SRR1466260 1 0.2796 0.66277 0.908 0.000 0.092
#> SRR1079612 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1315821 3 0.3752 0.98074 0.144 0.000 0.856
#> SRR1417248 2 0.2625 0.91278 0.000 0.916 0.084
#> SRR807517 3 0.3752 0.98074 0.144 0.000 0.856
#> SRR1120961 2 0.2066 0.92220 0.000 0.940 0.060
#> SRR1457661 2 0.2537 0.91530 0.000 0.920 0.080
#> SRR1420368 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1071429 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1378971 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1120847 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1081401 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477820 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442509 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 1 0.4654 0.64639 0.792 0.208 0.000
#> SRR1102852 2 0.2625 0.91278 0.000 0.916 0.084
#> SRR1486439 1 0.4452 0.65658 0.808 0.192 0.000
#> SRR1342995 2 0.2261 0.91938 0.000 0.932 0.068
#> SRR1314788 3 0.5591 0.72520 0.304 0.000 0.696
#> SRR1090722 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1356421 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101348 1 0.6696 0.63948 0.736 0.188 0.076
#> SRR1455236 1 0.5926 0.47998 0.644 0.356 0.000
#> SRR1465289 2 0.2537 0.91459 0.000 0.920 0.080
#> SRR813431 1 0.0000 0.70353 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347100 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.2261 0.89828 0.068 0.932 0.000
#> SRR1341142 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1343053 2 0.2625 0.91278 0.000 0.916 0.084
#> SRR1408494 2 0.2448 0.91632 0.000 0.924 0.076
#> SRR1095213 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1314014 1 0.6286 0.24031 0.536 0.464 0.000
#> SRR1317238 2 0.2448 0.91673 0.000 0.924 0.076
#> SRR1071379 3 0.3619 0.98396 0.136 0.000 0.864
#> SRR1092612 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380139 2 0.0661 0.93337 0.008 0.988 0.004
#> SRR1308288 2 0.0237 0.93728 0.000 0.996 0.004
#> SRR1389018 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1399501 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358260 2 0.2356 0.91790 0.000 0.928 0.072
#> SRR1096946 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404421 1 0.2066 0.68441 0.940 0.000 0.060
#> SRR1319322 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1309425 3 0.3752 0.98074 0.144 0.000 0.856
#> SRR1087535 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR2185137 2 0.7400 0.11549 0.412 0.552 0.036
#> SRR1437012 1 0.3116 0.64571 0.892 0.000 0.108
#> SRR1343919 1 0.6252 0.31850 0.556 0.444 0.000
#> SRR1081614 2 0.2878 0.90652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1352256 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.1753 0.91409 0.048 0.952 0.000
#> SRR1088241 2 0.0237 0.93701 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328125 3 0.3752 0.98074 0.144 0.000 0.856
#> SRR1339130 1 0.6286 0.23702 0.536 0.464 0.000
#> SRR1079455 1 0.5591 0.55192 0.696 0.304 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.93753 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0237 0.93728 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.4790 0.262 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1480675 1 0.0592 0.868 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1390331 2 0.5105 0.683 0.000 0.564 0.004 0.432
#> SRR1084347 4 0.0707 0.872 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1352597 4 0.4673 0.482 0.000 0.292 0.008 0.700
#> SRR1089643 4 0.0469 0.876 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1081357 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1321112 1 0.0336 0.868 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810899 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1105489 1 0.3307 0.839 0.868 0.028 0.000 0.104
#> SRR1474159 4 0.0188 0.877 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1387308 4 0.1743 0.877 0.000 0.056 0.004 0.940
#> SRR808065 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1073531 4 0.1256 0.881 0.000 0.028 0.008 0.964
#> SRR1081688 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1471029 4 0.3300 0.800 0.000 0.144 0.008 0.848
#> SRR811447 1 0.0707 0.867 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR817512 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR815588 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1380847 4 0.0804 0.876 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1327327 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1322355 4 0.1661 0.879 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1333370 4 0.1890 0.876 0.000 0.056 0.008 0.936
#> SRR1432476 4 0.3300 0.800 0.000 0.144 0.008 0.848
#> SRR1345200 4 0.1576 0.880 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR1398293 4 0.1389 0.879 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1346957 1 0.0469 0.867 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1364953 4 0.4973 0.228 0.000 0.348 0.008 0.644
#> SRR1347998 4 0.1576 0.878 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR1069734 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1080859 1 0.0707 0.867 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.5470 0.705 0.732 0.100 0.168 0.000
#> SRR1348202 4 0.2610 0.796 0.088 0.012 0.000 0.900
#> SRR1465938 4 0.0336 0.876 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1381327 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1375658 4 0.1970 0.872 0.000 0.060 0.008 0.932
#> SRR1379220 4 0.2412 0.854 0.000 0.084 0.008 0.908
#> SRR1457148 1 0.4877 0.773 0.752 0.204 0.000 0.044
#> SRR1441614 1 0.0336 0.868 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1335536 2 0.4543 0.922 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1083554 4 0.4746 0.297 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1486907 1 0.3013 0.857 0.888 0.032 0.000 0.080
#> SRR1094287 4 0.0469 0.876 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1464577 4 0.0524 0.877 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1429579 2 0.4477 0.931 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1380569 4 0.0336 0.876 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1337977 4 0.3945 0.566 0.000 0.216 0.004 0.780
#> SRR1398775 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1090604 4 0.2198 0.873 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR1419361 4 0.0524 0.876 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1090650 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1068905 4 0.0657 0.873 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1337052 3 0.3123 0.855 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1489075 4 0.0469 0.876 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1458955 1 0.5808 0.703 0.720 0.136 0.004 0.140
#> SRR1080811 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1407734 4 0.0376 0.878 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1454568 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1078612 4 0.1474 0.879 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1345347 3 0.3123 0.855 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1381613 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1446911 4 0.1824 0.876 0.000 0.060 0.004 0.936
#> SRR818850 1 0.0469 0.868 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR814943 4 0.0376 0.877 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1347481 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1384668 1 0.3978 0.835 0.836 0.056 0.000 0.108
#> SRR1420791 1 0.0592 0.868 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1394855 1 0.3745 0.835 0.852 0.060 0.000 0.088
#> SRR1459232 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1103118 1 0.0817 0.868 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1441505 4 0.1474 0.878 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1470379 4 0.0336 0.876 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1334762 4 0.0188 0.877 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1338766 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1458619 1 0.1488 0.858 0.956 0.012 0.032 0.000
#> SRR1070479 4 0.0469 0.876 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1077753 2 0.4277 0.938 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1087055 1 0.0817 0.867 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1405182 1 0.3443 0.817 0.848 0.016 0.000 0.136
#> SRR1476784 4 0.0188 0.877 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1075607 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1458066 4 0.0336 0.876 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1078299 4 0.3681 0.722 0.000 0.176 0.008 0.816
#> SRR1387685 1 0.1297 0.864 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR809667 4 0.6474 0.162 0.388 0.076 0.000 0.536
#> SRR1322334 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1419518 1 0.0707 0.868 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2164975 4 0.4494 0.648 0.056 0.132 0.004 0.808
#> SRR1081663 4 0.0469 0.876 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1478593 4 0.5168 -0.627 0.000 0.496 0.004 0.500
#> SRR1432145 2 0.4522 0.921 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1409153 4 0.2053 0.874 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR1097549 4 0.2198 0.873 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR1082307 4 0.0707 0.881 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1419166 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1488812 4 0.1305 0.863 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1381229 4 0.0469 0.876 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1312288 4 0.0469 0.875 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1455946 1 0.0336 0.868 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1355304 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1447437 4 0.0376 0.878 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1444264 4 0.0188 0.878 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1332733 2 0.4522 0.924 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1460279 1 0.2489 0.861 0.912 0.020 0.000 0.068
#> SRR1321204 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1351033 4 0.3529 0.674 0.152 0.012 0.000 0.836
#> SRR1409022 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1311329 4 0.1743 0.877 0.000 0.056 0.004 0.940
#> SRR1101304 4 0.1211 0.881 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1096900 2 0.4222 0.946 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1431535 2 0.4277 0.938 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1432980 4 0.3529 0.689 0.152 0.012 0.000 0.836
#> SRR1081449 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1100440 4 0.1022 0.858 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1093290 4 0.1807 0.879 0.000 0.052 0.008 0.940
#> SRR1380699 1 0.3324 0.817 0.852 0.012 0.000 0.136
#> SRR1399009 2 0.4456 0.949 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1101931 1 0.0469 0.868 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2166114 1 0.4574 0.774 0.756 0.220 0.000 0.024
#> SRR812912 1 0.0927 0.866 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR810531 4 0.1722 0.877 0.000 0.048 0.008 0.944
#> SRR1500052 4 0.4804 0.452 0.276 0.016 0.000 0.708
#> SRR1319608 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1464960 4 0.0188 0.877 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1076490 4 0.0188 0.877 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1370528 4 0.1722 0.877 0.000 0.048 0.008 0.944
#> SRR1068788 4 0.1722 0.877 0.000 0.048 0.008 0.944
#> SRR1457637 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR821518 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1378660 4 0.2124 0.875 0.000 0.068 0.008 0.924
#> SRR1430468 2 0.4761 0.920 0.000 0.664 0.004 0.332
#> SRR1443847 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1098026 4 0.3142 0.720 0.132 0.008 0.000 0.860
#> SRR1464394 1 0.2179 0.862 0.924 0.012 0.000 0.064
#> SRR1400419 1 0.0469 0.868 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR820839 1 0.5160 0.652 0.748 0.072 0.000 0.180
#> SRR1456733 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1360218 4 0.2198 0.873 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR1080022 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1093885 4 0.1792 0.875 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1072845 1 0.4934 0.629 0.720 0.028 0.000 0.252
#> SRR1399271 4 0.1661 0.879 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1361264 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR814082 1 0.5470 0.700 0.736 0.116 0.000 0.148
#> SRR1466260 1 0.0657 0.867 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1079612 4 0.0336 0.876 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1315821 3 0.3123 0.855 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1417248 4 0.4500 0.280 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR807517 3 0.3306 0.852 0.156 0.004 0.840 0.000
#> SRR1120961 4 0.0524 0.877 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1457661 2 0.5285 0.681 0.000 0.524 0.008 0.468
#> SRR1420368 2 0.4543 0.922 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1071429 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1378971 4 0.0336 0.876 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1120847 4 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081401 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1477820 1 0.0469 0.868 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1442509 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1443070 4 0.0188 0.877 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435923 1 0.5072 0.778 0.740 0.208 0.000 0.052
#> SRR1102852 4 0.4746 0.297 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1486439 1 0.3082 0.855 0.884 0.032 0.000 0.084
#> SRR1342995 4 0.3351 0.795 0.000 0.148 0.008 0.844
#> SRR1314788 3 0.4576 0.740 0.232 0.020 0.748 0.000
#> SRR1090722 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1356421 4 0.0188 0.878 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1101348 1 0.2706 0.857 0.900 0.020 0.000 0.080
#> SRR1455236 1 0.4234 0.813 0.816 0.052 0.000 0.132
#> SRR1465289 4 0.4936 0.380 0.000 0.340 0.008 0.652
#> SRR813431 1 0.0817 0.866 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1347100 4 0.0469 0.875 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1373921 4 0.2376 0.870 0.016 0.068 0.000 0.916
#> SRR1341142 4 0.0336 0.876 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1343053 4 0.4422 0.568 0.000 0.256 0.008 0.736
#> SRR1408494 4 0.2675 0.785 0.000 0.100 0.008 0.892
#> SRR1095213 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1314014 1 0.4775 0.666 0.740 0.028 0.000 0.232
#> SRR1317238 4 0.0524 0.877 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1071379 3 0.0336 0.926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1092612 4 0.1867 0.875 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1380139 4 0.3498 0.673 0.160 0.008 0.000 0.832
#> SRR1308288 4 0.0524 0.877 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1389018 2 0.4250 0.951 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1399501 4 0.1792 0.875 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1358260 4 0.4401 0.523 0.000 0.272 0.004 0.724
#> SRR1096946 4 0.0469 0.876 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1404421 1 0.2945 0.863 0.904 0.032 0.012 0.052
#> SRR1319322 2 0.4522 0.921 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1309425 3 0.3123 0.855 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1087535 4 0.1716 0.877 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR2185137 1 0.4781 0.773 0.752 0.212 0.000 0.036
#> SRR1437012 1 0.2255 0.833 0.920 0.012 0.068 0.000
#> SRR1343919 1 0.3694 0.825 0.844 0.032 0.000 0.124
#> SRR1081614 2 0.4543 0.922 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1352256 4 0.0524 0.877 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1499156 4 0.2376 0.870 0.016 0.068 0.000 0.916
#> SRR1088241 4 0.1389 0.879 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1328125 3 0.3123 0.855 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1339130 1 0.4718 0.779 0.792 0.116 0.000 0.092
#> SRR1079455 4 0.5110 0.349 0.328 0.016 0.000 0.656
#> SRR1328821 4 0.0336 0.876 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1357367 4 0.0524 0.877 0.000 0.004 0.008 0.988
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 5 0.5807 0.2663 0.000 0.424 0.000 0.092 0.484
#> SRR1480675 1 0.0290 0.9119 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1390331 2 0.2470 0.8364 0.000 0.884 0.000 0.104 0.012
#> SRR1084347 4 0.4045 0.3680 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1352597 2 0.6275 0.2484 0.000 0.520 0.000 0.300 0.180
#> SRR1089643 4 0.2020 0.6590 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1081357 5 0.4360 0.6991 0.000 0.064 0.000 0.184 0.752
#> SRR1321112 1 0.1121 0.9080 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR810899 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.1300 0.9074 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1474159 4 0.0290 0.7161 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1387308 4 0.3980 0.7044 0.000 0.076 0.000 0.796 0.128
#> SRR808065 2 0.0771 0.8871 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1073531 4 0.5027 0.6418 0.000 0.112 0.000 0.700 0.188
#> SRR1081688 5 0.4587 0.7023 0.000 0.068 0.000 0.204 0.728
#> SRR1471029 5 0.6130 0.4590 0.000 0.180 0.000 0.264 0.556
#> SRR811447 1 0.1043 0.9089 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR817512 5 0.5182 0.6794 0.000 0.068 0.000 0.300 0.632
#> SRR815588 5 0.4765 0.7015 0.000 0.068 0.000 0.228 0.704
#> SRR1380847 4 0.3550 0.7094 0.000 0.020 0.000 0.796 0.184
#> SRR1327327 2 0.1310 0.8847 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1322355 4 0.3921 0.7043 0.000 0.044 0.000 0.784 0.172
#> SRR1333370 4 0.5004 0.6336 0.000 0.092 0.000 0.692 0.216
#> SRR1432476 5 0.6693 0.3935 0.000 0.240 0.000 0.364 0.396
#> SRR1345200 4 0.2519 0.7350 0.000 0.016 0.000 0.884 0.100
#> SRR1398293 4 0.2953 0.6460 0.144 0.012 0.000 0.844 0.000
#> SRR1346957 1 0.1121 0.9080 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1364953 2 0.5744 0.3366 0.000 0.564 0.000 0.332 0.104
#> SRR1347998 4 0.4385 0.6808 0.000 0.068 0.000 0.752 0.180
#> SRR1069734 5 0.5144 0.5660 0.000 0.068 0.000 0.292 0.640
#> SRR1080859 1 0.1121 0.9080 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2165379 1 0.3825 0.8451 0.828 0.020 0.048 0.000 0.104
#> SRR1348202 5 0.6974 0.4371 0.208 0.016 0.000 0.344 0.432
#> SRR1465938 4 0.1043 0.7058 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1381327 2 0.1310 0.8847 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1375658 4 0.5657 0.3870 0.000 0.256 0.000 0.616 0.128
#> SRR1379220 4 0.4845 0.6575 0.000 0.128 0.000 0.724 0.148
#> SRR1457148 1 0.2969 0.8638 0.852 0.020 0.000 0.000 0.128
#> SRR1441614 1 0.1121 0.9080 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1335536 2 0.2017 0.8563 0.000 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR1083554 5 0.5765 0.2753 0.000 0.424 0.000 0.088 0.488
#> SRR1486907 1 0.1043 0.9107 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1094287 4 0.2605 0.5964 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1464577 4 0.4280 0.6941 0.000 0.088 0.000 0.772 0.140
#> SRR1429579 2 0.1310 0.8847 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1380569 4 0.3143 0.7088 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1337977 4 0.4990 0.4436 0.000 0.324 0.000 0.628 0.048
#> SRR1398775 5 0.5553 0.5343 0.000 0.068 0.000 0.448 0.484
#> SRR1090604 5 0.4948 0.6383 0.000 0.068 0.000 0.256 0.676
#> SRR1419361 4 0.2773 0.7162 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1090650 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 4 0.2462 0.6762 0.112 0.008 0.000 0.880 0.000
#> SRR1337052 3 0.3513 0.8108 0.180 0.000 0.800 0.000 0.020
#> SRR1489075 4 0.4610 -0.2868 0.012 0.000 0.000 0.556 0.432
#> SRR1458955 1 0.2295 0.8886 0.900 0.004 0.000 0.008 0.088
#> SRR1080811 5 0.5284 0.6659 0.000 0.068 0.000 0.324 0.608
#> SRR1407734 4 0.4455 0.6785 0.000 0.068 0.000 0.744 0.188
#> SRR1454568 5 0.5648 0.6835 0.024 0.060 0.000 0.288 0.628
#> SRR1078612 4 0.0324 0.7219 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1345347 3 0.3513 0.8108 0.180 0.000 0.800 0.000 0.020
#> SRR1381613 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 4 0.5233 0.5334 0.000 0.076 0.000 0.636 0.288
#> SRR818850 1 0.0290 0.9118 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR814943 4 0.2909 0.7245 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR1347481 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.1830 0.8981 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1420791 1 0.1121 0.9080 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1394855 1 0.1251 0.9074 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1459232 5 0.4909 0.6148 0.000 0.032 0.000 0.380 0.588
#> SRR1103118 1 0.0880 0.9103 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1441505 4 0.3888 0.7146 0.000 0.064 0.000 0.800 0.136
#> SRR1470379 4 0.1732 0.6791 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1334762 4 0.0510 0.7148 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1338766 5 0.5040 0.6007 0.000 0.068 0.000 0.272 0.660
#> SRR1458619 1 0.1792 0.8951 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1070479 4 0.2929 0.7070 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1077753 2 0.1281 0.8816 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1087055 1 0.1197 0.9075 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1352069 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.1872 0.8882 0.928 0.000 0.000 0.052 0.020
#> SRR1476784 4 0.0290 0.7161 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1075607 5 0.4455 0.7014 0.000 0.068 0.000 0.188 0.744
#> SRR1458066 4 0.1043 0.7058 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1078299 4 0.4856 0.3540 0.000 0.388 0.000 0.584 0.028
#> SRR1387685 1 0.1638 0.9036 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR809667 1 0.5929 0.5100 0.680 0.064 0.000 0.092 0.164
#> SRR1322334 2 0.1310 0.8847 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1419518 1 0.0162 0.9115 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2164975 1 0.6965 -0.0359 0.448 0.028 0.000 0.364 0.160
#> SRR1081663 4 0.3424 0.4826 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1478593 2 0.2563 0.8143 0.000 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR1432145 2 0.1205 0.8851 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1409153 5 0.4455 0.6963 0.000 0.068 0.000 0.188 0.744
#> SRR1097549 5 0.4385 0.6993 0.000 0.068 0.000 0.180 0.752
#> SRR1082307 4 0.3388 0.4953 0.000 0.008 0.000 0.792 0.200
#> SRR1419166 5 0.5235 0.6733 0.000 0.068 0.000 0.312 0.620
#> SRR1488812 4 0.3700 0.5895 0.000 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR1381229 4 0.3109 0.4880 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1312288 4 0.2813 0.7162 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1455946 1 0.1121 0.9080 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1355304 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 4 0.3085 0.7313 0.000 0.032 0.000 0.852 0.116
#> SRR1444264 4 0.1740 0.7051 0.000 0.012 0.000 0.932 0.056
#> SRR1332733 2 0.1403 0.8846 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR1460279 1 0.0898 0.9092 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1321204 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 4 0.3814 0.5830 0.192 0.012 0.000 0.784 0.012
#> SRR1409022 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 4 0.4335 0.6872 0.000 0.072 0.000 0.760 0.168
#> SRR1101304 4 0.3969 0.5675 0.000 0.004 0.000 0.692 0.304
#> SRR1096900 2 0.1310 0.8862 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1431535 2 0.2130 0.8493 0.000 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR1432980 5 0.6296 0.5452 0.180 0.004 0.000 0.268 0.548
#> SRR1081449 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.5635 0.1401 0.080 0.012 0.000 0.624 0.284
#> SRR1093290 4 0.4096 0.6976 0.000 0.052 0.000 0.772 0.176
#> SRR1380699 1 0.1579 0.9011 0.944 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR1399009 2 0.0771 0.8871 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1101931 1 0.0703 0.9117 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2166114 1 0.3106 0.8547 0.840 0.020 0.000 0.000 0.140
#> SRR812912 1 0.1478 0.9040 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR810531 4 0.4409 0.6839 0.000 0.072 0.000 0.752 0.176
#> SRR1500052 5 0.6551 0.2838 0.384 0.000 0.000 0.200 0.416
#> SRR1319608 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.0290 0.7161 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1076490 4 0.0324 0.7197 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1370528 4 0.4752 0.6646 0.000 0.092 0.000 0.724 0.184
#> SRR1068788 4 0.4409 0.6839 0.000 0.072 0.000 0.752 0.176
#> SRR1457637 2 0.1310 0.8847 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR821518 2 0.1310 0.8862 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1378660 5 0.5783 0.3838 0.000 0.100 0.000 0.360 0.540
#> SRR1430468 2 0.1251 0.8836 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1443847 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.3309 0.6456 0.128 0.000 0.000 0.836 0.036
#> SRR1464394 1 0.1270 0.9121 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1400419 1 0.0579 0.9118 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR820839 1 0.2451 0.8763 0.904 0.004 0.000 0.056 0.036
#> SRR1456733 2 0.1310 0.8847 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1360218 5 0.5271 0.5568 0.000 0.076 0.000 0.296 0.628
#> SRR1080022 5 0.4385 0.6993 0.000 0.068 0.000 0.180 0.752
#> SRR1093885 4 0.5499 -0.3723 0.000 0.068 0.000 0.532 0.400
#> SRR1072845 1 0.1211 0.9083 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1399271 4 0.2519 0.7349 0.000 0.016 0.000 0.884 0.100
#> SRR1361264 2 0.1310 0.8847 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR814082 1 0.2237 0.8901 0.904 0.004 0.000 0.008 0.084
#> SRR1466260 1 0.1478 0.9040 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1079612 4 0.1043 0.7058 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1315821 3 0.3513 0.8108 0.180 0.000 0.800 0.000 0.020
#> SRR1417248 2 0.5880 0.2142 0.000 0.568 0.000 0.128 0.304
#> SRR807517 3 0.3513 0.8108 0.180 0.000 0.800 0.000 0.020
#> SRR1120961 4 0.3093 0.6639 0.000 0.168 0.000 0.824 0.008
#> SRR1457661 2 0.2997 0.7902 0.000 0.840 0.000 0.148 0.012
#> SRR1420368 2 0.1331 0.8840 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1071429 2 0.0898 0.8866 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1378971 4 0.0510 0.7145 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1120847 4 0.2236 0.7009 0.000 0.068 0.000 0.908 0.024
#> SRR1081401 5 0.4385 0.6993 0.000 0.068 0.000 0.180 0.752
#> SRR1477820 1 0.1043 0.9089 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1442509 5 0.4385 0.6993 0.000 0.068 0.000 0.180 0.752
#> SRR1443070 4 0.2068 0.7346 0.000 0.004 0.000 0.904 0.092
#> SRR1435923 1 0.2517 0.8857 0.884 0.004 0.000 0.008 0.104
#> SRR1102852 5 0.5761 0.2845 0.000 0.420 0.000 0.088 0.492
#> SRR1486439 1 0.1168 0.9080 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1342995 5 0.6571 0.2058 0.000 0.204 0.000 0.396 0.400
#> SRR1314788 3 0.5016 0.4852 0.348 0.000 0.608 0.000 0.044
#> SRR1090722 2 0.0609 0.8870 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1356421 4 0.2378 0.7020 0.000 0.048 0.000 0.904 0.048
#> SRR1101348 1 0.0898 0.9110 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1455236 1 0.1942 0.8967 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR1465289 5 0.5867 0.3265 0.000 0.404 0.000 0.100 0.496
#> SRR813431 1 0.0290 0.9119 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347100 4 0.2338 0.7322 0.000 0.004 0.000 0.884 0.112
#> SRR1373921 5 0.7429 0.5288 0.268 0.068 0.000 0.180 0.484
#> SRR1341142 4 0.0162 0.7184 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1343053 2 0.4907 0.5026 0.000 0.656 0.000 0.292 0.052
#> SRR1408494 4 0.5019 0.4561 0.000 0.316 0.000 0.632 0.052
#> SRR1095213 2 0.1216 0.8854 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1314014 1 0.3953 0.7606 0.792 0.000 0.000 0.060 0.148
#> SRR1317238 4 0.3630 0.6275 0.000 0.204 0.000 0.780 0.016
#> SRR1071379 3 0.0000 0.8968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 5 0.5315 0.6551 0.000 0.068 0.000 0.332 0.600
#> SRR1380139 4 0.3954 0.5723 0.192 0.000 0.000 0.772 0.036
#> SRR1308288 4 0.2997 0.7236 0.000 0.012 0.000 0.840 0.148
#> SRR1389018 2 0.1310 0.8847 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1399501 4 0.5519 -0.3843 0.000 0.068 0.000 0.520 0.412
#> SRR1358260 2 0.3779 0.6459 0.000 0.752 0.000 0.236 0.012
#> SRR1096946 4 0.4171 0.3336 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1404421 1 0.1197 0.9092 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1319322 2 0.1205 0.8851 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1309425 3 0.3513 0.8108 0.180 0.000 0.800 0.000 0.020
#> SRR1087535 4 0.5551 -0.4630 0.000 0.068 0.000 0.488 0.444
#> SRR2185137 1 0.3106 0.8547 0.840 0.020 0.000 0.000 0.140
#> SRR1437012 1 0.1792 0.8951 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1343919 1 0.1124 0.9080 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1081614 2 0.1484 0.8802 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR1352256 4 0.2773 0.7162 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1499156 5 0.5229 0.5965 0.044 0.004 0.000 0.368 0.584
#> SRR1088241 4 0.3732 0.5196 0.000 0.032 0.000 0.792 0.176
#> SRR1328125 3 0.3513 0.8108 0.180 0.000 0.800 0.000 0.020
#> SRR1339130 1 0.1952 0.8933 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR1079455 1 0.6368 -0.1591 0.436 0.000 0.000 0.164 0.400
#> SRR1328821 4 0.0162 0.7209 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1357367 4 0.2189 0.7355 0.000 0.012 0.000 0.904 0.084
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 2 0.5167 0.15098 0.004 0.520 0.000 0.012 0.048 0.416
#> SRR1480675 1 0.1398 0.85904 0.940 0.052 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1390331 6 0.2614 0.83861 0.000 0.024 0.000 0.052 0.036 0.888
#> SRR1084347 2 0.4333 0.27349 0.000 0.596 0.000 0.380 0.020 0.004
#> SRR1352597 6 0.4717 0.53178 0.000 0.020 0.000 0.320 0.032 0.628
#> SRR1089643 2 0.4985 -0.17036 0.000 0.472 0.000 0.468 0.056 0.004
#> SRR1081357 2 0.4266 0.55598 0.004 0.668 0.000 0.300 0.004 0.024
#> SRR1321112 1 0.1844 0.84774 0.924 0.048 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR810899 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.0777 0.85830 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474159 4 0.3673 0.55976 0.000 0.244 0.000 0.736 0.016 0.004
#> SRR1387308 4 0.1838 0.64132 0.000 0.020 0.000 0.928 0.012 0.040
#> SRR808065 6 0.1666 0.86959 0.000 0.020 0.000 0.008 0.036 0.936
#> SRR1073531 4 0.3876 0.55790 0.000 0.072 0.000 0.804 0.032 0.092
#> SRR1081688 2 0.4354 0.56378 0.004 0.668 0.000 0.296 0.008 0.024
#> SRR1471029 2 0.6224 0.44221 0.000 0.488 0.000 0.324 0.032 0.156
#> SRR811447 1 0.1738 0.85160 0.928 0.052 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR817512 2 0.2946 0.58854 0.004 0.848 0.000 0.120 0.004 0.024
#> SRR815588 2 0.3658 0.59392 0.004 0.780 0.000 0.184 0.008 0.024
#> SRR1380847 4 0.4681 0.38650 0.000 0.220 0.000 0.700 0.032 0.048
#> SRR1327327 6 0.1760 0.85762 0.000 0.020 0.000 0.004 0.048 0.928
#> SRR1322355 4 0.1296 0.64013 0.000 0.012 0.000 0.952 0.004 0.032
#> SRR1333370 4 0.2918 0.58089 0.000 0.020 0.000 0.864 0.032 0.084
#> SRR1432476 2 0.6236 0.46214 0.000 0.516 0.000 0.264 0.032 0.188
#> SRR1345200 4 0.1409 0.65028 0.000 0.032 0.000 0.948 0.008 0.012
#> SRR1398293 4 0.4631 0.51322 0.180 0.056 0.000 0.732 0.020 0.012
#> SRR1346957 1 0.1844 0.84774 0.924 0.048 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1364953 6 0.4683 0.62663 0.000 0.036 0.000 0.240 0.036 0.688
#> SRR1347998 4 0.3641 0.40544 0.000 0.224 0.000 0.748 0.000 0.028
#> SRR1069734 2 0.4782 0.45526 0.004 0.544 0.000 0.416 0.008 0.028
#> SRR1080859 1 0.2979 0.80017 0.852 0.056 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR2165379 5 0.4110 0.62102 0.376 0.000 0.016 0.000 0.608 0.000
#> SRR1348202 2 0.6143 0.41026 0.284 0.524 0.000 0.168 0.016 0.008
#> SRR1465938 4 0.4879 0.21557 0.000 0.448 0.000 0.500 0.048 0.004
#> SRR1381327 6 0.1760 0.85762 0.000 0.020 0.000 0.004 0.048 0.928
#> SRR1375658 2 0.6685 0.34155 0.000 0.424 0.000 0.280 0.040 0.256
#> SRR1379220 4 0.2848 0.57661 0.000 0.004 0.000 0.856 0.036 0.104
#> SRR1457148 5 0.4234 0.59709 0.408 0.012 0.000 0.000 0.576 0.004
#> SRR1441614 1 0.1760 0.84939 0.928 0.048 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1335536 6 0.4583 0.54428 0.004 0.256 0.000 0.012 0.044 0.684
#> SRR1083554 2 0.5167 0.15098 0.004 0.520 0.000 0.012 0.048 0.416
#> SRR1486907 1 0.1285 0.85356 0.944 0.004 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1094287 2 0.4930 -0.10200 0.000 0.496 0.000 0.448 0.052 0.004
#> SRR1464577 4 0.2189 0.61566 0.000 0.004 0.000 0.904 0.032 0.060
#> SRR1429579 6 0.1672 0.85883 0.000 0.016 0.000 0.004 0.048 0.932
#> SRR1380569 4 0.4167 0.40992 0.000 0.236 0.000 0.708 0.056 0.000
#> SRR1337977 4 0.6864 -0.13332 0.000 0.320 0.000 0.368 0.048 0.264
#> SRR1398775 2 0.3529 0.52327 0.000 0.764 0.000 0.208 0.000 0.028
#> SRR1090604 2 0.4523 0.51671 0.000 0.592 0.000 0.372 0.004 0.032
#> SRR1419361 4 0.2762 0.50233 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 4 0.4724 0.54451 0.124 0.044 0.000 0.752 0.068 0.012
#> SRR1337052 3 0.3508 0.82905 0.068 0.000 0.800 0.000 0.132 0.000
#> SRR1489075 2 0.4462 0.50894 0.064 0.728 0.000 0.188 0.020 0.000
#> SRR1458955 1 0.1498 0.84483 0.940 0.032 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1080811 2 0.2701 0.58465 0.004 0.864 0.000 0.104 0.000 0.028
#> SRR1407734 4 0.4108 0.37578 0.000 0.232 0.000 0.724 0.012 0.032
#> SRR1454568 2 0.3766 0.58788 0.064 0.804 0.000 0.112 0.000 0.020
#> SRR1078612 4 0.3788 0.56300 0.000 0.244 0.000 0.732 0.012 0.012
#> SRR1345347 3 0.3508 0.82905 0.068 0.000 0.800 0.000 0.132 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 4 0.2000 0.62975 0.000 0.048 0.000 0.916 0.004 0.032
#> SRR818850 1 0.0146 0.86125 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814943 4 0.1693 0.64355 0.000 0.032 0.000 0.936 0.020 0.012
#> SRR1347481 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.1074 0.85312 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1420791 1 0.1972 0.84933 0.916 0.056 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1394855 1 0.0820 0.85692 0.972 0.012 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1459232 2 0.2631 0.57513 0.004 0.860 0.000 0.124 0.004 0.008
#> SRR1103118 1 0.1542 0.85436 0.936 0.052 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1441505 4 0.2702 0.64004 0.000 0.092 0.000 0.868 0.004 0.036
#> SRR1470379 4 0.4983 0.18598 0.000 0.456 0.000 0.484 0.056 0.004
#> SRR1334762 4 0.3965 0.55276 0.000 0.248 0.000 0.720 0.024 0.008
#> SRR1338766 2 0.4580 0.52460 0.004 0.596 0.000 0.368 0.004 0.028
#> SRR1458619 1 0.3758 0.65367 0.772 0.048 0.000 0.004 0.176 0.000
#> SRR1070479 4 0.4939 0.23876 0.000 0.408 0.000 0.532 0.056 0.004
#> SRR1077753 6 0.2951 0.80555 0.004 0.128 0.000 0.004 0.020 0.844
#> SRR1087055 1 0.3030 0.79819 0.848 0.056 0.000 0.004 0.092 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.2294 0.80362 0.896 0.020 0.000 0.008 0.076 0.000
#> SRR1476784 4 0.3584 0.56128 0.000 0.244 0.000 0.740 0.012 0.004
#> SRR1075607 2 0.4406 0.55811 0.004 0.656 0.000 0.308 0.008 0.024
#> SRR1458066 4 0.4928 0.22187 0.000 0.444 0.000 0.500 0.052 0.004
#> SRR1078299 4 0.5128 0.04494 0.000 0.024 0.000 0.476 0.036 0.464
#> SRR1387685 1 0.3395 0.73502 0.812 0.048 0.000 0.004 0.136 0.000
#> SRR809667 1 0.7232 -0.14218 0.484 0.252 0.000 0.108 0.132 0.024
#> SRR1322334 6 0.1760 0.85762 0.000 0.020 0.000 0.004 0.048 0.928
#> SRR1419518 1 0.0692 0.86060 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2164975 5 0.5686 -0.04633 0.052 0.032 0.000 0.436 0.472 0.008
#> SRR1081663 2 0.4985 -0.14311 0.000 0.476 0.000 0.464 0.056 0.004
#> SRR1478593 6 0.2349 0.83671 0.000 0.008 0.000 0.080 0.020 0.892
#> SRR1432145 6 0.1606 0.85835 0.000 0.056 0.000 0.004 0.008 0.932
#> SRR1409153 2 0.4585 0.54407 0.004 0.624 0.000 0.336 0.008 0.028
#> SRR1097549 2 0.4439 0.54979 0.004 0.648 0.000 0.316 0.008 0.024
#> SRR1082307 2 0.4153 0.32409 0.000 0.640 0.000 0.340 0.008 0.012
#> SRR1419166 2 0.3114 0.58928 0.004 0.832 0.000 0.136 0.004 0.024
#> SRR1488812 4 0.3986 0.52391 0.000 0.012 0.000 0.748 0.036 0.204
#> SRR1381229 2 0.4885 -0.16209 0.000 0.484 0.000 0.464 0.048 0.004
#> SRR1312288 4 0.2265 0.63566 0.000 0.076 0.000 0.896 0.024 0.004
#> SRR1455946 1 0.1844 0.84774 0.924 0.048 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1355304 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 4 0.1777 0.64520 0.000 0.024 0.000 0.932 0.032 0.012
#> SRR1444264 2 0.4246 0.05298 0.000 0.532 0.000 0.452 0.000 0.016
#> SRR1332733 6 0.1726 0.86535 0.000 0.012 0.000 0.012 0.044 0.932
#> SRR1460279 1 0.0692 0.85863 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1321204 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 4 0.6995 0.29694 0.140 0.216 0.000 0.524 0.100 0.020
#> SRR1409022 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 4 0.1297 0.63873 0.000 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040
#> SRR1101304 4 0.5748 0.28652 0.116 0.284 0.000 0.576 0.016 0.008
#> SRR1096900 6 0.1624 0.86831 0.000 0.020 0.000 0.004 0.040 0.936
#> SRR1431535 6 0.3648 0.78261 0.004 0.124 0.000 0.016 0.044 0.812
#> SRR1432980 2 0.5689 0.52345 0.144 0.640 0.000 0.160 0.056 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.5755 0.49905 0.072 0.604 0.000 0.268 0.048 0.008
#> SRR1093290 4 0.1296 0.64027 0.000 0.012 0.000 0.952 0.004 0.032
#> SRR1380699 1 0.1053 0.85476 0.964 0.020 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1399009 6 0.0551 0.86960 0.000 0.004 0.000 0.008 0.004 0.984
#> SRR1101931 1 0.1265 0.85775 0.948 0.044 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2166114 5 0.3747 0.62089 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR812912 1 0.2279 0.83573 0.900 0.048 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR810531 4 0.1666 0.63414 0.000 0.008 0.000 0.936 0.020 0.036
#> SRR1500052 2 0.5469 0.16472 0.408 0.468 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 4 0.3673 0.55976 0.000 0.244 0.000 0.736 0.016 0.004
#> SRR1076490 4 0.3838 0.56045 0.000 0.240 0.000 0.732 0.020 0.008
#> SRR1370528 4 0.2474 0.59631 0.000 0.004 0.000 0.884 0.032 0.080
#> SRR1068788 4 0.1716 0.63028 0.000 0.004 0.000 0.932 0.028 0.036
#> SRR1457637 6 0.1760 0.85762 0.000 0.020 0.000 0.004 0.048 0.928
#> SRR821518 6 0.1624 0.86726 0.000 0.012 0.000 0.008 0.044 0.936
#> SRR1378660 2 0.5648 0.44618 0.000 0.504 0.000 0.392 0.032 0.072
#> SRR1430468 6 0.1458 0.86369 0.000 0.016 0.000 0.016 0.020 0.948
#> SRR1443847 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 4 0.6904 0.21873 0.124 0.264 0.000 0.488 0.120 0.004
#> SRR1464394 1 0.0520 0.86203 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400419 1 0.1779 0.81922 0.920 0.016 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR820839 1 0.1401 0.84215 0.948 0.028 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1456733 6 0.1760 0.85762 0.000 0.020 0.000 0.004 0.048 0.928
#> SRR1360218 2 0.4637 0.48108 0.000 0.556 0.000 0.408 0.008 0.028
#> SRR1080022 2 0.4511 0.54886 0.004 0.644 0.000 0.316 0.008 0.028
#> SRR1093885 2 0.4228 0.51666 0.000 0.704 0.000 0.252 0.012 0.032
#> SRR1072845 1 0.1088 0.85582 0.960 0.024 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1399271 4 0.1644 0.64898 0.000 0.052 0.000 0.932 0.004 0.012
#> SRR1361264 6 0.1760 0.85762 0.000 0.020 0.000 0.004 0.048 0.928
#> SRR814082 1 0.1575 0.84209 0.936 0.032 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1466260 1 0.3621 0.68526 0.788 0.048 0.000 0.004 0.160 0.000
#> SRR1079612 4 0.4818 0.19739 0.000 0.460 0.000 0.496 0.036 0.008
#> SRR1315821 3 0.3508 0.82905 0.068 0.000 0.800 0.000 0.132 0.000
#> SRR1417248 2 0.5184 0.11234 0.004 0.504 0.000 0.012 0.048 0.432
#> SRR807517 3 0.3508 0.82905 0.068 0.000 0.800 0.000 0.132 0.000
#> SRR1120961 4 0.4337 0.54627 0.000 0.040 0.000 0.744 0.036 0.180
#> SRR1457661 6 0.3373 0.80915 0.000 0.048 0.000 0.080 0.032 0.840
#> SRR1420368 6 0.1555 0.86283 0.000 0.040 0.000 0.008 0.012 0.940
#> SRR1071429 6 0.0767 0.86902 0.000 0.004 0.000 0.012 0.008 0.976
#> SRR1378971 4 0.4080 0.24220 0.000 0.456 0.000 0.536 0.000 0.008
#> SRR1120847 4 0.4381 0.22377 0.000 0.440 0.000 0.536 0.000 0.024
#> SRR1081401 2 0.4764 0.56663 0.036 0.668 0.000 0.268 0.004 0.024
#> SRR1477820 1 0.1672 0.85096 0.932 0.048 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1442509 2 0.4439 0.54979 0.004 0.648 0.000 0.316 0.008 0.024
#> SRR1443070 4 0.2454 0.64020 0.000 0.088 0.000 0.884 0.020 0.008
#> SRR1435923 1 0.3383 0.43934 0.728 0.004 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1102852 2 0.5313 0.17026 0.004 0.520 0.000 0.020 0.048 0.408
#> SRR1486439 1 0.1003 0.85521 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1342995 4 0.5953 0.14726 0.000 0.196 0.000 0.576 0.032 0.196
#> SRR1314788 5 0.5680 -0.03908 0.164 0.000 0.360 0.000 0.476 0.000
#> SRR1090722 6 0.0551 0.86936 0.000 0.004 0.000 0.008 0.004 0.984
#> SRR1356421 2 0.4468 -0.05549 0.000 0.492 0.000 0.484 0.004 0.020
#> SRR1101348 1 0.1745 0.81708 0.920 0.012 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1455236 1 0.1245 0.84991 0.952 0.016 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1465289 2 0.5610 0.22511 0.004 0.516 0.000 0.040 0.048 0.392
#> SRR813431 1 0.0820 0.86145 0.972 0.012 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1347100 4 0.2247 0.64381 0.000 0.060 0.000 0.904 0.024 0.012
#> SRR1373921 2 0.5746 0.40612 0.300 0.568 0.000 0.104 0.004 0.024
#> SRR1341142 4 0.3834 0.55529 0.000 0.244 0.000 0.728 0.024 0.004
#> SRR1343053 6 0.3975 0.76817 0.000 0.044 0.000 0.132 0.036 0.788
#> SRR1408494 6 0.4821 -0.00832 0.000 0.008 0.000 0.472 0.036 0.484
#> SRR1095213 6 0.1296 0.86324 0.000 0.004 0.000 0.004 0.044 0.948
#> SRR1314014 1 0.2122 0.78961 0.912 0.040 0.000 0.040 0.008 0.000
#> SRR1317238 4 0.6064 0.29522 0.000 0.200 0.000 0.564 0.036 0.200
#> SRR1071379 3 0.0000 0.92312 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.2492 0.57993 0.004 0.876 0.000 0.100 0.000 0.020
#> SRR1380139 4 0.6963 0.21372 0.140 0.248 0.000 0.488 0.120 0.004
#> SRR1308288 4 0.1485 0.63816 0.000 0.004 0.000 0.944 0.028 0.024
#> SRR1389018 6 0.1760 0.85762 0.000 0.020 0.000 0.004 0.048 0.928
#> SRR1399501 2 0.4014 0.42390 0.000 0.696 0.000 0.276 0.004 0.024
#> SRR1358260 6 0.2685 0.83130 0.000 0.016 0.000 0.068 0.036 0.880
#> SRR1096946 2 0.4616 0.30795 0.000 0.576 0.000 0.384 0.036 0.004
#> SRR1404421 1 0.1826 0.85131 0.924 0.052 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1319322 6 0.1606 0.85835 0.000 0.056 0.000 0.004 0.008 0.932
#> SRR1309425 3 0.3508 0.82905 0.068 0.000 0.800 0.000 0.132 0.000
#> SRR1087535 2 0.3558 0.52008 0.000 0.760 0.000 0.212 0.000 0.028
#> SRR2185137 5 0.3756 0.62059 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1437012 1 0.3994 0.63067 0.756 0.048 0.004 0.004 0.188 0.000
#> SRR1343919 1 0.1003 0.85701 0.964 0.020 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1081614 6 0.2209 0.84924 0.000 0.052 0.000 0.004 0.040 0.904
#> SRR1352256 4 0.0777 0.64694 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1499156 2 0.4085 0.55181 0.128 0.752 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1088241 2 0.3970 0.50504 0.000 0.712 0.000 0.260 0.016 0.012
#> SRR1328125 3 0.3508 0.82905 0.068 0.000 0.800 0.000 0.132 0.000
#> SRR1339130 1 0.1168 0.85195 0.956 0.016 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1079455 1 0.5120 0.11864 0.600 0.280 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1328821 4 0.3782 0.34904 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1357367 4 0.1757 0.65126 0.000 0.052 0.000 0.928 0.008 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 18664 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.796 0.875 0.949 0.2986 0.694 0.694
#> 3 3 0.761 0.744 0.905 0.4802 0.844 0.780
#> 4 4 0.473 0.654 0.807 0.3287 0.832 0.715
#> 5 5 0.527 0.559 0.786 0.1411 0.894 0.770
#> 6 6 0.473 0.403 0.700 0.0866 0.908 0.774
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1335338 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1480675 1 0.999 0.2581 0.516 0.484
#> SRR1390331 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1084347 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1352597 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1089643 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1081357 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1321112 1 0.971 0.4879 0.600 0.400
#> SRR810899 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1105489 2 0.745 0.6790 0.212 0.788
#> SRR1474159 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1387308 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR808065 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1073531 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1081688 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1471029 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR811447 1 0.992 0.3717 0.552 0.448
#> SRR817512 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR815588 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1380847 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1327327 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1322355 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1333370 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1432476 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1345200 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1398293 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1346957 1 0.969 0.4957 0.604 0.396
#> SRR1364953 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1347998 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1069734 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1080859 2 0.615 0.7774 0.152 0.848
#> SRR2165379 1 0.921 0.5941 0.664 0.336
#> SRR1348202 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1465938 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1381327 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1375658 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1379220 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1457148 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1441614 1 0.971 0.4879 0.600 0.400
#> SRR1335536 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1083554 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1486907 1 0.891 0.6314 0.692 0.308
#> SRR1094287 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1464577 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1429579 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1380569 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1337977 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1398775 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1090604 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1419361 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1090650 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1337052 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1458955 1 0.958 0.5248 0.620 0.380
#> SRR1080811 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1407734 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1454568 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1078612 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1345347 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1381613 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR818850 2 0.963 0.2316 0.388 0.612
#> SRR814943 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1347481 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1384668 2 0.939 0.3369 0.356 0.644
#> SRR1420791 2 0.987 0.0603 0.432 0.568
#> SRR1394855 2 0.980 0.1268 0.416 0.584
#> SRR1459232 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1103118 2 0.981 0.1107 0.420 0.580
#> SRR1441505 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1470379 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1334762 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1338766 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1458619 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1070479 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1077753 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1087055 2 0.662 0.7467 0.172 0.828
#> SRR1352069 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1405182 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1476784 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1075607 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1458066 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1078299 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1387685 1 0.118 0.8395 0.984 0.016
#> SRR809667 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1322334 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1419518 2 0.697 0.7208 0.188 0.812
#> SRR2164975 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1081663 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1478593 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1432145 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1409153 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1097549 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1082307 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1419166 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1488812 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1381229 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1312288 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1455946 1 0.722 0.7433 0.800 0.200
#> SRR1355304 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1444264 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1332733 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1460279 2 0.706 0.7141 0.192 0.808
#> SRR1321204 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1409022 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1101304 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1096900 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1431535 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1432980 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1081449 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1100440 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1093290 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1380699 2 0.260 0.9162 0.044 0.956
#> SRR1399009 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1101931 1 0.988 0.4043 0.564 0.436
#> SRR2166114 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR812912 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR810531 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1500052 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1319608 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1076490 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1370528 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1068788 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1457637 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR821518 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1378660 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1430468 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1443847 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1464394 2 0.995 -0.0651 0.460 0.540
#> SRR1400419 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR820839 2 0.745 0.6790 0.212 0.788
#> SRR1456733 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1360218 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1080022 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1093885 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1072845 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1399271 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1361264 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR814082 2 0.900 0.4505 0.316 0.684
#> SRR1466260 1 0.625 0.7722 0.844 0.156
#> SRR1079612 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1315821 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1417248 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR807517 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1120961 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1457661 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1420368 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1071429 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1378971 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1120847 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1081401 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1477820 1 0.730 0.7400 0.796 0.204
#> SRR1442509 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1443070 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1435923 1 0.987 0.4145 0.568 0.432
#> SRR1102852 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1486439 2 0.876 0.5012 0.296 0.704
#> SRR1342995 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1314788 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1090722 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1356421 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1101348 2 0.456 0.8544 0.096 0.904
#> SRR1455236 2 0.775 0.6490 0.228 0.772
#> SRR1465289 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR813431 1 0.996 0.3241 0.536 0.464
#> SRR1347100 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1373921 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1341142 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1343053 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1408494 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1095213 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1314014 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1317238 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1071379 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1092612 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1380139 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1308288 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1389018 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1399501 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1358260 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1096946 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1404421 1 0.722 0.7433 0.800 0.200
#> SRR1319322 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1309425 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR2185137 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1437012 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1343919 2 0.541 0.8174 0.124 0.876
#> SRR1081614 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1352256 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1499156 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1088241 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1328125 1 0.000 0.8451 1.000 0.000
#> SRR1339130 2 0.946 0.3119 0.364 0.636
#> SRR1079455 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1328821 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
#> SRR1357367 2 0.000 0.9626 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1335338 2 0.2165 0.8837 0.064 0.936 0.000
#> SRR1480675 2 0.8561 -0.2115 0.420 0.484 0.096
#> SRR1390331 2 0.0592 0.9269 0.012 0.988 0.000
#> SRR1084347 2 0.0592 0.9267 0.012 0.988 0.000
#> SRR1352597 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089643 2 0.1753 0.9006 0.048 0.952 0.000
#> SRR1081357 2 0.0237 0.9302 0.004 0.996 0.000
#> SRR1321112 1 0.7824 0.2392 0.564 0.060 0.376
#> SRR810899 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105489 1 0.9880 0.2306 0.400 0.332 0.268
#> SRR1474159 2 0.0424 0.9287 0.008 0.992 0.000
#> SRR1387308 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR808065 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073531 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081688 2 0.0237 0.9302 0.004 0.996 0.000
#> SRR1471029 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR811447 1 0.3816 0.4729 0.852 0.000 0.148
#> SRR817512 2 0.0747 0.9255 0.016 0.984 0.000
#> SRR815588 2 0.0237 0.9302 0.004 0.996 0.000
#> SRR1380847 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327327 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322355 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333370 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432476 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345200 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398293 2 0.0424 0.9287 0.008 0.992 0.000
#> SRR1346957 1 0.5016 0.3991 0.760 0.000 0.240
#> SRR1364953 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069734 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080859 1 0.0000 0.5293 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165379 1 0.9865 0.3052 0.416 0.292 0.292
#> SRR1348202 2 0.3619 0.8036 0.136 0.864 0.000
#> SRR1465938 2 0.3879 0.7659 0.152 0.848 0.000
#> SRR1381327 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375658 2 0.0424 0.9287 0.008 0.992 0.000
#> SRR1379220 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457148 2 0.6168 0.1326 0.412 0.588 0.000
#> SRR1441614 1 0.7476 0.1742 0.556 0.040 0.404
#> SRR1335536 2 0.0424 0.9295 0.008 0.992 0.000
#> SRR1083554 2 0.0424 0.9284 0.008 0.992 0.000
#> SRR1486907 3 0.4660 0.6292 0.072 0.072 0.856
#> SRR1094287 2 0.0592 0.9276 0.012 0.988 0.000
#> SRR1464577 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429579 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337977 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398775 2 0.0424 0.9287 0.008 0.992 0.000
#> SRR1090604 2 0.0237 0.9302 0.004 0.996 0.000
#> SRR1419361 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090650 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1068905 2 0.4842 0.6567 0.224 0.776 0.000
#> SRR1337052 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489075 2 0.0747 0.9260 0.016 0.984 0.000
#> SRR1458955 3 0.6585 0.3736 0.064 0.200 0.736
#> SRR1080811 2 0.0237 0.9302 0.004 0.996 0.000
#> SRR1407734 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454568 2 0.2448 0.8732 0.076 0.924 0.000
#> SRR1078612 2 0.0424 0.9287 0.008 0.992 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446911 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR818850 1 0.3272 0.5055 0.892 0.004 0.104
#> SRR814943 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347481 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384668 2 0.9431 -0.3890 0.400 0.424 0.176
#> SRR1420791 1 0.8055 0.3714 0.612 0.096 0.292
#> SRR1394855 3 0.7851 0.2052 0.100 0.256 0.644
#> SRR1459232 2 0.1529 0.9087 0.040 0.960 0.000
#> SRR1103118 3 0.8624 -0.0618 0.100 0.424 0.476
#> SRR1441505 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470379 2 0.3752 0.7932 0.144 0.856 0.000
#> SRR1334762 2 0.0424 0.9287 0.008 0.992 0.000
#> SRR1338766 2 0.0424 0.9284 0.008 0.992 0.000
#> SRR1458619 3 0.3816 0.6575 0.148 0.000 0.852
#> SRR1070479 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077753 2 0.1289 0.9161 0.032 0.968 0.000
#> SRR1087055 1 0.0000 0.5293 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352069 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405182 1 0.1529 0.5339 0.960 0.040 0.000
#> SRR1476784 2 0.0892 0.9219 0.020 0.980 0.000
#> SRR1075607 2 0.0592 0.9265 0.012 0.988 0.000
#> SRR1458066 2 0.2165 0.8829 0.064 0.936 0.000
#> SRR1078299 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387685 3 0.4346 0.6031 0.184 0.000 0.816
#> SRR809667 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322334 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419518 2 0.7807 -0.1088 0.432 0.516 0.052
#> SRR2164975 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081663 2 0.0237 0.9301 0.004 0.996 0.000
#> SRR1478593 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432145 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409153 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097549 2 0.0237 0.9302 0.004 0.996 0.000
#> SRR1082307 2 0.1529 0.9062 0.040 0.960 0.000
#> SRR1419166 2 0.2261 0.8796 0.068 0.932 0.000
#> SRR1488812 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381229 2 0.0592 0.9276 0.012 0.988 0.000
#> SRR1312288 2 0.1753 0.8918 0.048 0.952 0.000
#> SRR1455946 3 0.2165 0.7263 0.064 0.000 0.936
#> SRR1355304 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447437 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444264 2 0.1163 0.9189 0.028 0.972 0.000
#> SRR1332733 2 0.1163 0.9158 0.028 0.972 0.000
#> SRR1460279 2 0.9152 -0.3658 0.424 0.432 0.144
#> SRR1321204 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351033 2 0.6308 -0.0610 0.492 0.508 0.000
#> SRR1409022 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311329 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101304 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096900 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431535 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432980 1 0.6260 0.1831 0.552 0.448 0.000
#> SRR1081449 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100440 2 0.6307 -0.0239 0.488 0.512 0.000
#> SRR1093290 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380699 1 0.7190 0.4282 0.636 0.320 0.044
#> SRR1399009 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101931 1 0.9547 0.3115 0.416 0.392 0.192
#> SRR2166114 2 0.6140 0.1584 0.404 0.596 0.000
#> SRR812912 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR810531 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500052 2 0.2165 0.8812 0.064 0.936 0.000
#> SRR1319608 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464960 2 0.0592 0.9269 0.012 0.988 0.000
#> SRR1076490 2 0.0424 0.9287 0.008 0.992 0.000
#> SRR1370528 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068788 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457637 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR821518 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378660 2 0.0237 0.9302 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430468 2 0.0237 0.9303 0.004 0.996 0.000
#> SRR1443847 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098026 2 0.6274 0.0698 0.456 0.544 0.000
#> SRR1464394 1 0.5835 0.2277 0.660 0.000 0.340
#> SRR1400419 1 0.0000 0.5293 1.000 0.000 0.000
#> SRR820839 2 0.8456 0.1211 0.108 0.564 0.328
#> SRR1456733 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080022 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093885 2 0.0747 0.9259 0.016 0.984 0.000
#> SRR1072845 2 0.4390 0.7586 0.148 0.840 0.012
#> SRR1399271 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361264 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR814082 3 0.6955 -0.0624 0.016 0.492 0.492
#> SRR1466260 1 0.5138 0.3871 0.748 0.000 0.252
#> SRR1079612 2 0.1031 0.9196 0.024 0.976 0.000
#> SRR1315821 3 0.5785 0.3338 0.332 0.000 0.668
#> SRR1417248 2 0.0747 0.9241 0.016 0.984 0.000
#> SRR807517 3 0.6215 0.1518 0.428 0.000 0.572
#> SRR1120961 2 0.0424 0.9287 0.008 0.992 0.000
#> SRR1457661 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420368 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071429 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378971 2 0.1529 0.9062 0.040 0.960 0.000
#> SRR1120847 2 0.0747 0.9246 0.016 0.984 0.000
#> SRR1081401 2 0.0424 0.9284 0.008 0.992 0.000
#> SRR1477820 3 0.2269 0.7093 0.016 0.040 0.944
#> SRR1442509 2 0.0237 0.9302 0.004 0.996 0.000
#> SRR1443070 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435923 3 0.5754 0.2268 0.004 0.296 0.700
#> SRR1102852 2 0.1289 0.9117 0.032 0.968 0.000
#> SRR1486439 1 0.9336 0.3113 0.424 0.412 0.164
#> SRR1342995 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314788 3 0.6252 0.1063 0.444 0.000 0.556
#> SRR1090722 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356421 2 0.0592 0.9272 0.012 0.988 0.000
#> SRR1101348 1 0.0000 0.5293 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455236 2 0.8619 -0.2318 0.420 0.480 0.100
#> SRR1465289 2 0.0747 0.9255 0.016 0.984 0.000
#> SRR813431 1 0.9820 0.3066 0.428 0.276 0.296
#> SRR1347100 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373921 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341142 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343053 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408494 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095213 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314014 2 0.0848 0.9243 0.008 0.984 0.008
#> SRR1317238 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071379 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092612 2 0.2959 0.8504 0.100 0.900 0.000
#> SRR1380139 1 0.4750 0.4742 0.784 0.216 0.000
#> SRR1308288 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389018 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399501 2 0.0424 0.9287 0.008 0.992 0.000
#> SRR1358260 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.0424 0.9284 0.008 0.992 0.000
#> SRR1404421 3 0.2066 0.7250 0.060 0.000 0.940
#> SRR1319322 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309425 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087535 2 0.1289 0.9129 0.032 0.968 0.000
#> SRR2185137 2 0.6154 0.1451 0.408 0.592 0.000
#> SRR1437012 3 0.4605 0.5989 0.204 0.000 0.796
#> SRR1343919 2 0.8950 0.1088 0.272 0.556 0.172
#> SRR1081614 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352256 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499156 2 0.1753 0.9040 0.048 0.952 0.000
#> SRR1088241 2 0.3267 0.8247 0.116 0.884 0.000
#> SRR1328125 3 0.0000 0.7587 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339130 3 0.7379 0.0498 0.040 0.376 0.584
#> SRR1079455 2 0.3340 0.8233 0.120 0.880 0.000
#> SRR1328821 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357367 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1335338 4 0.5673 0.2758 0.024 0.448 0.000 0.528
#> SRR1480675 1 0.6848 0.4036 0.484 0.044 0.028 0.444
#> SRR1390331 2 0.1677 0.8568 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1084347 4 0.5564 0.2638 0.020 0.436 0.000 0.544
#> SRR1352597 2 0.1284 0.8534 0.024 0.964 0.000 0.012
#> SRR1089643 2 0.5392 0.6182 0.040 0.680 0.000 0.280
#> SRR1081357 2 0.4576 0.7193 0.020 0.748 0.000 0.232
#> SRR1321112 1 0.5766 0.4807 0.692 0.012 0.048 0.248
#> SRR810899 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105489 4 0.7958 0.1759 0.192 0.044 0.204 0.560
#> SRR1474159 2 0.0804 0.8592 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1387308 2 0.1151 0.8542 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR808065 2 0.1022 0.8571 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1073531 2 0.2805 0.8422 0.012 0.888 0.000 0.100
#> SRR1081688 2 0.3257 0.7990 0.004 0.844 0.000 0.152
#> SRR1471029 2 0.1004 0.8593 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR811447 4 0.7007 0.1048 0.280 0.020 0.100 0.600
#> SRR817512 4 0.5132 0.2405 0.004 0.448 0.000 0.548
#> SRR815588 2 0.3668 0.7692 0.004 0.808 0.000 0.188
#> SRR1380847 2 0.3300 0.8191 0.008 0.848 0.000 0.144
#> SRR1327327 2 0.1059 0.8555 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1322355 2 0.0804 0.8586 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1333370 2 0.0376 0.8582 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1432476 2 0.1389 0.8536 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1345200 2 0.1854 0.8477 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR1398293 2 0.1938 0.8455 0.052 0.936 0.000 0.012
#> SRR1346957 4 0.7818 -0.0772 0.332 0.000 0.264 0.404
#> SRR1364953 2 0.0657 0.8592 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1347998 2 0.1284 0.8601 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR1069734 2 0.4365 0.7432 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR1080859 4 0.5577 0.0890 0.328 0.036 0.000 0.636
#> SRR2165379 1 0.6738 0.5494 0.696 0.116 0.128 0.060
#> SRR1348202 2 0.6234 0.3364 0.068 0.584 0.000 0.348
#> SRR1465938 1 0.7268 0.2529 0.516 0.312 0.000 0.172
#> SRR1381327 2 0.0927 0.8588 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1375658 2 0.2921 0.8125 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1379220 2 0.1151 0.8542 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1457148 1 0.5078 0.4397 0.700 0.272 0.000 0.028
#> SRR1441614 1 0.6560 0.3872 0.596 0.012 0.068 0.324
#> SRR1335536 2 0.3402 0.7897 0.004 0.832 0.000 0.164
#> SRR1083554 2 0.3751 0.7565 0.004 0.800 0.000 0.196
#> SRR1486907 3 0.5443 0.6168 0.232 0.024 0.720 0.024
#> SRR1094287 2 0.4584 0.6166 0.004 0.696 0.000 0.300
#> SRR1464577 2 0.0937 0.8582 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1429579 2 0.0592 0.8567 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1380569 2 0.4839 0.7092 0.044 0.756 0.000 0.200
#> SRR1337977 2 0.2888 0.8198 0.004 0.872 0.000 0.124
#> SRR1398775 2 0.1807 0.8594 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1090604 2 0.2675 0.8358 0.008 0.892 0.000 0.100
#> SRR1419361 2 0.1256 0.8591 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR1090650 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.4541 0.7297 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1337052 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489075 2 0.5085 0.4371 0.008 0.616 0.000 0.376
#> SRR1458955 4 0.6596 -0.0861 0.036 0.024 0.424 0.516
#> SRR1080811 2 0.3257 0.8038 0.004 0.844 0.000 0.152
#> SRR1407734 2 0.2198 0.8518 0.008 0.920 0.000 0.072
#> SRR1454568 4 0.4976 0.4210 0.020 0.260 0.004 0.716
#> SRR1078612 2 0.1389 0.8509 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.1284 0.8534 0.024 0.964 0.000 0.012
#> SRR818850 1 0.6550 0.1799 0.504 0.008 0.056 0.432
#> SRR814943 2 0.2759 0.8310 0.044 0.904 0.000 0.052
#> SRR1347481 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384668 1 0.8779 0.4647 0.496 0.100 0.240 0.164
#> SRR1420791 4 0.7487 0.1371 0.244 0.032 0.136 0.588
#> SRR1394855 3 0.6720 0.5351 0.228 0.044 0.660 0.068
#> SRR1459232 2 0.3356 0.7847 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1103118 4 0.6011 0.2717 0.036 0.068 0.168 0.728
#> SRR1441505 2 0.1174 0.8570 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1470379 4 0.5921 0.1465 0.036 0.448 0.000 0.516
#> SRR1334762 2 0.1722 0.8525 0.048 0.944 0.000 0.008
#> SRR1338766 2 0.4576 0.7000 0.020 0.748 0.000 0.232
#> SRR1458619 3 0.6324 0.4452 0.076 0.000 0.584 0.340
#> SRR1070479 2 0.2412 0.8500 0.008 0.908 0.000 0.084
#> SRR1077753 2 0.3539 0.7812 0.004 0.820 0.000 0.176
#> SRR1087055 4 0.5860 0.0367 0.380 0.040 0.000 0.580
#> SRR1352069 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405182 1 0.2256 0.4838 0.924 0.020 0.000 0.056
#> SRR1476784 2 0.1629 0.8576 0.024 0.952 0.000 0.024
#> SRR1075607 2 0.4567 0.6485 0.008 0.716 0.000 0.276
#> SRR1458066 2 0.2413 0.8514 0.020 0.916 0.000 0.064
#> SRR1078299 2 0.0592 0.8600 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1387685 3 0.4049 0.6975 0.212 0.000 0.780 0.008
#> SRR809667 2 0.3245 0.8208 0.064 0.880 0.000 0.056
#> SRR1322334 2 0.0469 0.8573 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1419518 1 0.6178 0.4296 0.544 0.044 0.004 0.408
#> SRR2164975 2 0.3474 0.8039 0.064 0.868 0.000 0.068
#> SRR1081663 2 0.4966 0.7463 0.076 0.768 0.000 0.156
#> SRR1478593 2 0.1584 0.8490 0.036 0.952 0.000 0.012
#> SRR1432145 2 0.2944 0.8171 0.004 0.868 0.000 0.128
#> SRR1409153 2 0.3117 0.8269 0.028 0.880 0.000 0.092
#> SRR1097549 2 0.3498 0.8004 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR1082307 2 0.2918 0.8268 0.008 0.876 0.000 0.116
#> SRR1419166 4 0.5220 0.3511 0.008 0.424 0.000 0.568
#> SRR1488812 2 0.1109 0.8542 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1381229 2 0.5564 0.5871 0.216 0.708 0.000 0.076
#> SRR1312288 2 0.6950 0.2927 0.272 0.572 0.000 0.156
#> SRR1455946 3 0.7299 0.3459 0.176 0.000 0.512 0.312
#> SRR1355304 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.1888 0.8460 0.044 0.940 0.000 0.016
#> SRR1444264 2 0.4897 0.5698 0.008 0.660 0.000 0.332
#> SRR1332733 2 0.1938 0.8531 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR1460279 1 0.6642 0.5661 0.696 0.088 0.056 0.160
#> SRR1321204 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.7363 0.1213 0.208 0.520 0.000 0.272
#> SRR1409022 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.1388 0.8536 0.028 0.960 0.000 0.012
#> SRR1101304 2 0.3323 0.8170 0.060 0.876 0.000 0.064
#> SRR1096900 2 0.1557 0.8510 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1431535 2 0.2401 0.8382 0.004 0.904 0.000 0.092
#> SRR1432980 4 0.5560 0.3509 0.116 0.156 0.000 0.728
#> SRR1081449 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100440 4 0.6691 0.3643 0.152 0.236 0.000 0.612
#> SRR1093290 2 0.2596 0.8342 0.024 0.908 0.000 0.068
#> SRR1380699 4 0.6253 0.1106 0.308 0.048 0.016 0.628
#> SRR1399009 2 0.1004 0.8549 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1101931 4 0.6913 -0.3918 0.440 0.028 0.048 0.484
#> SRR2166114 1 0.5814 0.3902 0.644 0.300 0.000 0.056
#> SRR812912 3 0.0188 0.8283 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR810531 2 0.1388 0.8565 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR1500052 4 0.6006 0.4227 0.012 0.328 0.036 0.624
#> SRR1319608 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.2124 0.8620 0.028 0.932 0.000 0.040
#> SRR1076490 2 0.1807 0.8505 0.052 0.940 0.000 0.008
#> SRR1370528 2 0.2759 0.8291 0.044 0.904 0.000 0.052
#> SRR1068788 2 0.1837 0.8515 0.028 0.944 0.000 0.028
#> SRR1457637 2 0.0336 0.8576 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR821518 2 0.1209 0.8569 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1378660 2 0.2466 0.8346 0.004 0.900 0.000 0.096
#> SRR1430468 2 0.0927 0.8585 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1443847 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098026 2 0.7780 -0.1797 0.300 0.428 0.000 0.272
#> SRR1464394 3 0.7393 0.2418 0.400 0.000 0.436 0.164
#> SRR1400419 1 0.4978 0.2578 0.612 0.004 0.000 0.384
#> SRR820839 4 0.7401 0.2842 0.044 0.112 0.236 0.608
#> SRR1456733 2 0.0336 0.8576 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1360218 2 0.0672 0.8595 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1080022 2 0.3757 0.8066 0.020 0.828 0.000 0.152
#> SRR1093885 2 0.2799 0.8370 0.008 0.884 0.000 0.108
#> SRR1072845 1 0.7539 0.3756 0.556 0.272 0.020 0.152
#> SRR1399271 2 0.1854 0.8461 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR1361264 2 0.0779 0.8562 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR814082 3 0.7717 0.1833 0.076 0.052 0.476 0.396
#> SRR1466260 1 0.6757 0.2233 0.524 0.000 0.100 0.376
#> SRR1079612 2 0.2737 0.8360 0.008 0.888 0.000 0.104
#> SRR1315821 3 0.0188 0.8285 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1417248 2 0.5281 0.0915 0.008 0.528 0.000 0.464
#> SRR807517 3 0.4647 0.6232 0.288 0.000 0.704 0.008
#> SRR1120961 2 0.1545 0.8574 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1457661 2 0.1635 0.8564 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR1420368 2 0.1209 0.8580 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1071429 2 0.0937 0.8569 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1378971 2 0.2737 0.8321 0.008 0.888 0.000 0.104
#> SRR1120847 2 0.2345 0.8365 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1081401 2 0.5660 0.3634 0.028 0.576 0.000 0.396
#> SRR1477820 3 0.6061 0.3703 0.048 0.000 0.552 0.400
#> SRR1442509 2 0.3249 0.8120 0.008 0.852 0.000 0.140
#> SRR1443070 2 0.2586 0.8351 0.048 0.912 0.000 0.040
#> SRR1435923 3 0.7041 0.4315 0.196 0.128 0.644 0.032
#> SRR1102852 2 0.4250 0.6328 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1486439 1 0.6812 0.5410 0.644 0.052 0.056 0.248
#> SRR1342995 2 0.0524 0.8580 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1314788 1 0.4522 0.2915 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1090722 2 0.0524 0.8580 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1356421 2 0.4018 0.7319 0.004 0.772 0.000 0.224
#> SRR1101348 4 0.6027 -0.0833 0.472 0.032 0.004 0.492
#> SRR1455236 1 0.7174 0.5436 0.620 0.072 0.056 0.252
#> SRR1465289 2 0.4252 0.6879 0.004 0.744 0.000 0.252
#> SRR813431 1 0.6881 0.5176 0.612 0.028 0.076 0.284
#> SRR1347100 2 0.4875 0.6972 0.160 0.772 0.000 0.068
#> SRR1373921 2 0.2142 0.8550 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1341142 2 0.4756 0.7229 0.144 0.784 0.000 0.072
#> SRR1343053 2 0.1356 0.8595 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1408494 2 0.1635 0.8533 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR1095213 2 0.0524 0.8575 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1314014 4 0.6280 0.3175 0.044 0.308 0.020 0.628
#> SRR1317238 2 0.2654 0.8379 0.004 0.888 0.000 0.108
#> SRR1071379 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092612 4 0.5184 0.4302 0.024 0.304 0.000 0.672
#> SRR1380139 1 0.5470 0.4002 0.736 0.148 0.000 0.116
#> SRR1308288 2 0.2500 0.8439 0.040 0.916 0.000 0.044
#> SRR1389018 2 0.1151 0.8585 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR1399501 2 0.2949 0.8444 0.024 0.888 0.000 0.088
#> SRR1358260 2 0.0707 0.8563 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1096946 2 0.4673 0.6303 0.008 0.700 0.000 0.292
#> SRR1404421 3 0.4104 0.7341 0.080 0.000 0.832 0.088
#> SRR1319322 2 0.2831 0.8205 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1309425 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.3196 0.8198 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR2185137 1 0.4635 0.4477 0.720 0.268 0.000 0.012
#> SRR1437012 3 0.4378 0.7186 0.164 0.000 0.796 0.040
#> SRR1343919 2 0.8567 -0.2726 0.104 0.404 0.400 0.092
#> SRR1081614 2 0.1867 0.8457 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1352256 2 0.2563 0.8376 0.020 0.908 0.000 0.072
#> SRR1499156 2 0.5314 0.5911 0.024 0.676 0.004 0.296
#> SRR1088241 2 0.3668 0.7752 0.004 0.808 0.000 0.188
#> SRR1328125 3 0.0000 0.8301 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339130 3 0.6472 0.5644 0.092 0.044 0.704 0.160
#> SRR1079455 4 0.5223 0.4169 0.040 0.216 0.008 0.736
#> SRR1328821 2 0.1004 0.8586 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1357367 2 0.3547 0.8096 0.064 0.864 0.000 0.072
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1335338 1 0.3432 0.5772 0.828 0.132 0.000 0.000 0.040
#> SRR1480675 4 0.6164 0.2675 0.412 0.004 0.004 0.480 0.100
#> SRR1390331 2 0.2127 0.6602 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1084347 1 0.3737 0.5595 0.816 0.144 0.000 0.020 0.020
#> SRR1352597 2 0.2136 0.7168 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1089643 2 0.7671 -0.5281 0.376 0.392 0.000 0.116 0.116
#> SRR1081357 2 0.6488 0.2370 0.220 0.564 0.000 0.016 0.200
#> SRR1321112 4 0.4972 0.4189 0.336 0.000 0.000 0.620 0.044
#> SRR810899 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.6159 0.4327 0.656 0.004 0.196 0.052 0.092
#> SRR1474159 2 0.1557 0.7244 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1387308 2 0.2305 0.7087 0.000 0.896 0.000 0.012 0.092
#> SRR808065 2 0.1493 0.7135 0.028 0.948 0.000 0.000 0.024
#> SRR1073531 2 0.5036 0.5603 0.060 0.708 0.000 0.016 0.216
#> SRR1081688 2 0.3575 0.6233 0.120 0.824 0.000 0.000 0.056
#> SRR1471029 2 0.0566 0.7266 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR811447 1 0.3648 0.5345 0.832 0.004 0.012 0.028 0.124
#> SRR817512 1 0.3489 0.5700 0.820 0.144 0.000 0.000 0.036
#> SRR815588 2 0.3888 0.5909 0.148 0.796 0.000 0.000 0.056
#> SRR1380847 2 0.5289 0.5302 0.128 0.688 0.000 0.004 0.180
#> SRR1327327 2 0.1043 0.7234 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1322355 2 0.2077 0.7180 0.000 0.908 0.000 0.008 0.084
#> SRR1333370 2 0.1571 0.7256 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1432476 2 0.1753 0.7085 0.032 0.936 0.000 0.000 0.032
#> SRR1345200 2 0.3655 0.6389 0.000 0.804 0.000 0.036 0.160
#> SRR1398293 2 0.3804 0.6319 0.000 0.796 0.000 0.044 0.160
#> SRR1346957 1 0.8300 0.1957 0.404 0.004 0.244 0.144 0.204
#> SRR1364953 2 0.0000 0.7240 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347998 2 0.2789 0.7168 0.020 0.880 0.000 0.008 0.092
#> SRR1069734 2 0.7043 0.2743 0.176 0.544 0.000 0.056 0.224
#> SRR1080859 1 0.5271 0.4616 0.652 0.016 0.000 0.048 0.284
#> SRR2165379 4 0.3553 0.6801 0.004 0.028 0.004 0.828 0.136
#> SRR1348202 1 0.7047 -0.2101 0.452 0.384 0.000 0.096 0.068
#> SRR1465938 4 0.4886 0.6712 0.116 0.040 0.000 0.764 0.080
#> SRR1381327 2 0.1197 0.7105 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1375658 2 0.3239 0.6471 0.080 0.852 0.000 0.000 0.068
#> SRR1379220 2 0.1430 0.7262 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1457148 4 0.3165 0.6836 0.000 0.036 0.000 0.848 0.116
#> SRR1441614 1 0.5199 0.3017 0.636 0.000 0.000 0.292 0.072
#> SRR1335536 2 0.4111 0.5699 0.120 0.788 0.000 0.000 0.092
#> SRR1083554 2 0.4449 0.5119 0.168 0.752 0.000 0.000 0.080
#> SRR1486907 3 0.5111 0.3810 0.004 0.012 0.544 0.428 0.012
#> SRR1094287 1 0.6094 -0.1975 0.496 0.412 0.000 0.020 0.072
#> SRR1464577 2 0.2464 0.7131 0.004 0.892 0.000 0.012 0.092
#> SRR1429579 2 0.1197 0.7194 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1380569 2 0.7770 0.0260 0.132 0.468 0.000 0.144 0.256
#> SRR1337977 2 0.3575 0.6173 0.120 0.824 0.000 0.000 0.056
#> SRR1398775 2 0.1772 0.7208 0.020 0.940 0.000 0.008 0.032
#> SRR1090604 2 0.2171 0.7013 0.064 0.912 0.000 0.000 0.024
#> SRR1419361 2 0.3010 0.7042 0.016 0.860 0.000 0.008 0.116
#> SRR1090650 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068905 2 0.4037 0.1228 0.004 0.704 0.000 0.004 0.288
#> SRR1337052 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489075 1 0.4149 0.5042 0.768 0.188 0.000 0.004 0.040
#> SRR1458955 1 0.4205 0.5199 0.808 0.008 0.124 0.040 0.020
#> SRR1080811 2 0.3578 0.6213 0.132 0.820 0.000 0.000 0.048
#> SRR1407734 2 0.4489 0.6360 0.084 0.780 0.000 0.016 0.120
#> SRR1454568 1 0.2228 0.5748 0.920 0.044 0.000 0.016 0.020
#> SRR1078612 2 0.3355 0.6635 0.000 0.832 0.000 0.036 0.132
#> SRR1345347 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.2612 0.7019 0.000 0.868 0.000 0.008 0.124
#> SRR818850 1 0.6099 0.3989 0.620 0.000 0.016 0.168 0.196
#> SRR814943 2 0.4701 0.5151 0.000 0.704 0.000 0.060 0.236
#> SRR1347481 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 4 0.4365 0.6587 0.028 0.020 0.104 0.812 0.036
#> SRR1420791 1 0.3004 0.5446 0.860 0.004 0.008 0.008 0.120
#> SRR1394855 3 0.5056 0.5027 0.004 0.016 0.604 0.364 0.012
#> SRR1459232 2 0.3946 0.5850 0.120 0.800 0.000 0.000 0.080
#> SRR1103118 1 0.2232 0.5644 0.924 0.020 0.004 0.016 0.036
#> SRR1441505 2 0.2707 0.6919 0.000 0.860 0.000 0.008 0.132
#> SRR1470379 1 0.5964 0.4634 0.660 0.184 0.000 0.036 0.120
#> SRR1334762 2 0.4136 0.6047 0.000 0.764 0.000 0.048 0.188
#> SRR1338766 1 0.7386 -0.2078 0.400 0.364 0.000 0.044 0.192
#> SRR1458619 3 0.4968 0.0676 0.456 0.000 0.516 0.028 0.000
#> SRR1070479 2 0.4288 0.6697 0.088 0.788 0.000 0.008 0.116
#> SRR1077753 2 0.4168 0.4456 0.052 0.764 0.000 0.000 0.184
#> SRR1087055 1 0.6228 0.3711 0.548 0.008 0.000 0.136 0.308
#> SRR1352069 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.3106 0.6277 0.020 0.000 0.000 0.840 0.140
#> SRR1476784 2 0.2358 0.6897 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1075607 2 0.4663 0.4219 0.236 0.712 0.000 0.004 0.048
#> SRR1458066 2 0.2305 0.6946 0.000 0.896 0.000 0.012 0.092
#> SRR1078299 2 0.0671 0.7250 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387685 3 0.4651 0.6534 0.008 0.000 0.708 0.248 0.036
#> SRR809667 2 0.5076 0.5042 0.000 0.692 0.000 0.108 0.200
#> SRR1322334 2 0.1197 0.7188 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1419518 4 0.4570 0.4580 0.348 0.000 0.000 0.632 0.020
#> SRR2164975 2 0.6031 0.2091 0.000 0.568 0.000 0.164 0.268
#> SRR1081663 2 0.7564 -0.1997 0.220 0.484 0.000 0.216 0.080
#> SRR1478593 2 0.2824 0.6861 0.000 0.864 0.000 0.020 0.116
#> SRR1432145 2 0.2983 0.6599 0.056 0.868 0.000 0.000 0.076
#> SRR1409153 2 0.5997 0.3363 0.048 0.612 0.000 0.056 0.284
#> SRR1097549 2 0.5120 0.4431 0.164 0.696 0.000 0.000 0.140
#> SRR1082307 2 0.2946 0.6566 0.044 0.868 0.000 0.000 0.088
#> SRR1419166 1 0.4744 0.3627 0.692 0.252 0.000 0.000 0.056
#> SRR1488812 2 0.2723 0.6893 0.000 0.864 0.000 0.012 0.124
#> SRR1381229 4 0.6927 -0.2833 0.056 0.376 0.000 0.468 0.100
#> SRR1312288 4 0.6935 0.0858 0.028 0.280 0.000 0.504 0.188
#> SRR1455946 1 0.5579 0.4093 0.672 0.000 0.204 0.108 0.016
#> SRR1355304 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.3844 0.6288 0.000 0.792 0.000 0.044 0.164
#> SRR1444264 1 0.4924 -0.1714 0.552 0.420 0.000 0.000 0.028
#> SRR1332733 2 0.2732 0.5894 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1460279 4 0.2342 0.6913 0.024 0.020 0.000 0.916 0.040
#> SRR1321204 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 5 0.5961 0.8383 0.048 0.460 0.000 0.028 0.464
#> SRR1409022 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311329 2 0.2674 0.6942 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR1101304 2 0.4525 0.5531 0.000 0.724 0.000 0.056 0.220
#> SRR1096900 2 0.1485 0.7117 0.020 0.948 0.000 0.000 0.032
#> SRR1431535 2 0.2905 0.6677 0.096 0.868 0.000 0.000 0.036
#> SRR1432980 1 0.3556 0.5608 0.828 0.032 0.000 0.008 0.132
#> SRR1081449 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 1 0.6732 -0.0331 0.480 0.292 0.000 0.008 0.220
#> SRR1093290 2 0.4076 0.6072 0.012 0.768 0.000 0.020 0.200
#> SRR1380699 1 0.3012 0.5397 0.860 0.000 0.000 0.036 0.104
#> SRR1399009 2 0.1484 0.7235 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1101931 1 0.5000 0.0726 0.576 0.000 0.000 0.388 0.036
#> SRR2166114 4 0.3731 0.6653 0.000 0.040 0.000 0.800 0.160
#> SRR812912 3 0.0451 0.8392 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR810531 2 0.3197 0.6710 0.004 0.832 0.000 0.012 0.152
#> SRR1500052 1 0.3543 0.5816 0.828 0.128 0.004 0.000 0.040
#> SRR1319608 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.2640 0.7302 0.016 0.900 0.000 0.032 0.052
#> SRR1076490 2 0.4088 0.6068 0.000 0.776 0.000 0.056 0.168
#> SRR1370528 2 0.4347 0.5803 0.004 0.744 0.000 0.040 0.212
#> SRR1068788 2 0.3163 0.6640 0.000 0.824 0.000 0.012 0.164
#> SRR1457637 2 0.1043 0.7208 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR821518 2 0.1403 0.7149 0.024 0.952 0.000 0.000 0.024
#> SRR1378660 2 0.2843 0.6734 0.076 0.876 0.000 0.000 0.048
#> SRR1430468 2 0.1341 0.7067 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1443847 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 5 0.6561 0.8484 0.048 0.412 0.000 0.072 0.468
#> SRR1464394 3 0.7378 0.4185 0.080 0.000 0.504 0.260 0.156
#> SRR1400419 1 0.6349 0.2839 0.520 0.000 0.000 0.268 0.212
#> SRR820839 1 0.3685 0.5446 0.832 0.024 0.124 0.008 0.012
#> SRR1456733 2 0.1341 0.7166 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1360218 2 0.1591 0.7291 0.004 0.940 0.000 0.004 0.052
#> SRR1080022 2 0.5704 0.4990 0.128 0.664 0.000 0.016 0.192
#> SRR1093885 2 0.2522 0.6865 0.052 0.896 0.000 0.000 0.052
#> SRR1072845 4 0.5052 0.5503 0.228 0.028 0.000 0.704 0.040
#> SRR1399271 2 0.3771 0.6350 0.000 0.796 0.000 0.040 0.164
#> SRR1361264 2 0.0880 0.7242 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR814082 1 0.6288 0.2448 0.552 0.000 0.312 0.120 0.016
#> SRR1466260 1 0.7340 0.2972 0.500 0.000 0.060 0.212 0.228
#> SRR1079612 2 0.2616 0.6798 0.036 0.888 0.000 0.000 0.076
#> SRR1315821 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417248 1 0.4513 0.4844 0.748 0.192 0.000 0.008 0.052
#> SRR807517 3 0.5898 0.6021 0.016 0.000 0.644 0.192 0.148
#> SRR1120961 2 0.2017 0.6915 0.008 0.912 0.000 0.000 0.080
#> SRR1457661 2 0.1408 0.7101 0.008 0.948 0.000 0.000 0.044
#> SRR1420368 2 0.1750 0.7247 0.028 0.936 0.000 0.000 0.036
#> SRR1071429 2 0.1831 0.7217 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1378971 2 0.2625 0.6550 0.016 0.876 0.000 0.000 0.108
#> SRR1120847 2 0.2927 0.6581 0.040 0.868 0.000 0.000 0.092
#> SRR1081401 1 0.6189 0.1359 0.580 0.296 0.000 0.024 0.100
#> SRR1477820 1 0.4592 0.4543 0.728 0.000 0.224 0.036 0.012
#> SRR1442509 2 0.3485 0.6482 0.124 0.828 0.000 0.000 0.048
#> SRR1443070 2 0.4201 0.5902 0.000 0.752 0.000 0.044 0.204
#> SRR1435923 3 0.6514 0.3770 0.000 0.032 0.564 0.280 0.124
#> SRR1102852 2 0.4558 0.4382 0.216 0.724 0.000 0.000 0.060
#> SRR1486439 4 0.3320 0.6639 0.152 0.008 0.000 0.828 0.012
#> SRR1342995 2 0.0404 0.7215 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1314788 4 0.4098 0.5669 0.000 0.000 0.156 0.780 0.064
#> SRR1090722 2 0.0510 0.7225 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356421 2 0.4190 0.5376 0.172 0.768 0.000 0.000 0.060
#> SRR1101348 1 0.7022 0.2148 0.412 0.016 0.000 0.216 0.356
#> SRR1455236 4 0.3265 0.6944 0.088 0.012 0.000 0.860 0.040
#> SRR1465289 2 0.4593 0.4776 0.184 0.736 0.000 0.000 0.080
#> SRR813431 4 0.3652 0.6257 0.200 0.000 0.004 0.784 0.012
#> SRR1347100 2 0.6263 0.1171 0.000 0.540 0.000 0.244 0.216
#> SRR1373921 2 0.2438 0.7314 0.044 0.908 0.000 0.008 0.040
#> SRR1341142 2 0.6308 0.0519 0.004 0.528 0.000 0.308 0.160
#> SRR1343053 2 0.2236 0.7285 0.024 0.908 0.000 0.000 0.068
#> SRR1408494 2 0.3768 0.6620 0.020 0.808 0.000 0.016 0.156
#> SRR1095213 2 0.0404 0.7254 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1314014 1 0.4347 0.5282 0.804 0.040 0.000 0.064 0.092
#> SRR1317238 2 0.3759 0.6390 0.136 0.808 0.000 0.000 0.056
#> SRR1071379 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092612 1 0.3459 0.5845 0.832 0.116 0.000 0.000 0.052
#> SRR1380139 4 0.6629 0.4321 0.052 0.116 0.000 0.580 0.252
#> SRR1308288 2 0.3730 0.6423 0.004 0.800 0.000 0.028 0.168
#> SRR1389018 2 0.1121 0.7143 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1399501 2 0.2777 0.7289 0.036 0.896 0.000 0.028 0.040
#> SRR1358260 2 0.0880 0.7241 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1096946 1 0.5573 -0.0745 0.548 0.388 0.000 0.008 0.056
#> SRR1404421 3 0.3928 0.7039 0.176 0.000 0.788 0.008 0.028
#> SRR1319322 2 0.3216 0.6500 0.108 0.848 0.000 0.000 0.044
#> SRR1309425 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087535 2 0.2863 0.6726 0.060 0.876 0.000 0.000 0.064
#> SRR2185137 4 0.1997 0.6960 0.000 0.036 0.000 0.924 0.040
#> SRR1437012 3 0.4943 0.7133 0.060 0.000 0.764 0.112 0.064
#> SRR1343919 3 0.7051 -0.0675 0.048 0.308 0.536 0.020 0.088
#> SRR1081614 2 0.2077 0.6996 0.040 0.920 0.000 0.000 0.040
#> SRR1352256 2 0.4755 0.5836 0.032 0.732 0.000 0.028 0.208
#> SRR1499156 2 0.5172 0.0343 0.356 0.600 0.000 0.008 0.036
#> SRR1088241 2 0.3814 0.5885 0.068 0.808 0.000 0.000 0.124
#> SRR1328125 3 0.0000 0.8447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339130 3 0.4811 0.6843 0.116 0.004 0.748 0.128 0.004
#> SRR1079455 1 0.2040 0.5786 0.928 0.032 0.000 0.008 0.032
#> SRR1328821 2 0.0566 0.7218 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1357367 2 0.4923 0.5141 0.000 0.700 0.000 0.088 0.212
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1335338 1 0.5282 0.42351 0.632 0.104 0.000 0.004 0.248 0.012
#> SRR1480675 4 0.6206 0.13201 0.328 0.000 0.008 0.520 0.100 0.044
#> SRR1390331 2 0.3800 0.54163 0.012 0.780 0.000 0.000 0.164 0.044
#> SRR1084347 1 0.5475 0.51762 0.704 0.092 0.000 0.020 0.108 0.076
#> SRR1352597 2 0.2826 0.60206 0.000 0.856 0.000 0.092 0.052 0.000
#> SRR1089643 6 0.7789 -0.07643 0.268 0.096 0.000 0.028 0.260 0.348
#> SRR1081357 2 0.6496 0.12284 0.088 0.560 0.000 0.144 0.204 0.004
#> SRR1321112 1 0.6765 0.08815 0.404 0.000 0.000 0.300 0.044 0.252
#> SRR810899 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105489 1 0.5200 0.47351 0.724 0.012 0.156 0.024 0.036 0.048
#> SRR1474159 2 0.2644 0.61595 0.000 0.880 0.000 0.052 0.060 0.008
#> SRR1387308 2 0.2122 0.60685 0.000 0.900 0.000 0.076 0.024 0.000
#> SRR808065 2 0.3847 0.23222 0.000 0.644 0.000 0.000 0.348 0.008
#> SRR1073531 2 0.6001 -0.02257 0.016 0.512 0.000 0.144 0.324 0.004
#> SRR1081688 2 0.3707 0.54921 0.044 0.796 0.000 0.000 0.144 0.016
#> SRR1471029 2 0.1845 0.60341 0.008 0.916 0.000 0.004 0.072 0.000
#> SRR811447 1 0.2094 0.55214 0.912 0.000 0.004 0.004 0.020 0.060
#> SRR817512 1 0.5163 0.41680 0.652 0.120 0.000 0.008 0.216 0.004
#> SRR815588 2 0.4695 -0.29755 0.028 0.504 0.000 0.000 0.460 0.008
#> SRR1380847 2 0.5422 0.14933 0.012 0.584 0.000 0.092 0.308 0.004
#> SRR1327327 2 0.1053 0.61482 0.004 0.964 0.000 0.012 0.020 0.000
#> SRR1322355 2 0.3141 0.58809 0.004 0.848 0.000 0.072 0.072 0.004
#> SRR1333370 2 0.1908 0.60964 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> SRR1432476 2 0.3563 0.58994 0.048 0.828 0.000 0.012 0.100 0.012
#> SRR1345200 2 0.3276 0.57967 0.000 0.816 0.000 0.132 0.052 0.000
#> SRR1398293 2 0.4364 0.53452 0.004 0.732 0.000 0.112 0.152 0.000
#> SRR1346957 1 0.7852 0.17129 0.432 0.036 0.260 0.040 0.040 0.192
#> SRR1364953 2 0.1554 0.61237 0.008 0.940 0.000 0.004 0.044 0.004
#> SRR1347998 2 0.2801 0.59990 0.000 0.860 0.000 0.072 0.068 0.000
#> SRR1069734 4 0.7760 -0.03679 0.136 0.328 0.000 0.336 0.180 0.020
#> SRR1080859 1 0.5109 0.35844 0.548 0.004 0.000 0.000 0.076 0.372
#> SRR2165379 4 0.2358 0.35026 0.000 0.016 0.000 0.900 0.028 0.056
#> SRR1348202 2 0.7908 -0.19538 0.320 0.384 0.000 0.108 0.096 0.092
#> SRR1465938 4 0.6698 0.15092 0.120 0.068 0.000 0.496 0.012 0.304
#> SRR1381327 2 0.2152 0.59839 0.004 0.904 0.000 0.000 0.068 0.024
#> SRR1375658 2 0.4585 0.31070 0.008 0.644 0.000 0.000 0.304 0.044
#> SRR1379220 2 0.2474 0.59797 0.000 0.884 0.000 0.032 0.080 0.004
#> SRR1457148 4 0.2511 0.38514 0.000 0.056 0.000 0.880 0.000 0.064
#> SRR1441614 1 0.4318 0.51853 0.772 0.000 0.004 0.124 0.032 0.068
#> SRR1335536 2 0.4796 -0.02223 0.020 0.560 0.000 0.000 0.396 0.024
#> SRR1083554 2 0.4831 0.11125 0.028 0.596 0.000 0.000 0.352 0.024
#> SRR1486907 3 0.4989 0.47295 0.000 0.000 0.592 0.316 0.000 0.092
#> SRR1094287 5 0.8064 0.22078 0.252 0.232 0.000 0.016 0.264 0.236
#> SRR1464577 2 0.2474 0.60196 0.004 0.884 0.000 0.080 0.032 0.000
#> SRR1429579 2 0.1285 0.61049 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1380569 2 0.7084 -0.39939 0.056 0.340 0.000 0.268 0.332 0.004
#> SRR1337977 5 0.4658 0.27264 0.016 0.476 0.000 0.000 0.492 0.016
#> SRR1398775 2 0.3642 0.59055 0.032 0.824 0.000 0.024 0.108 0.012
#> SRR1090604 2 0.3840 0.37018 0.008 0.696 0.000 0.000 0.288 0.008
#> SRR1419361 2 0.3266 0.58961 0.004 0.832 0.000 0.084 0.080 0.000
#> SRR1090650 3 0.0291 0.87600 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1068905 2 0.6506 0.35267 0.068 0.620 0.000 0.068 0.156 0.088
#> SRR1337052 3 0.1578 0.84803 0.000 0.000 0.936 0.004 0.012 0.048
#> SRR1489075 1 0.6354 0.19702 0.540 0.140 0.000 0.016 0.272 0.032
#> SRR1458955 1 0.3552 0.55465 0.844 0.004 0.068 0.048 0.024 0.012
#> SRR1080811 2 0.4993 0.15304 0.044 0.608 0.000 0.000 0.324 0.024
#> SRR1407734 2 0.5632 0.29459 0.024 0.612 0.000 0.168 0.196 0.000
#> SRR1454568 1 0.1592 0.56708 0.940 0.020 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1078612 2 0.3854 0.56268 0.000 0.772 0.000 0.092 0.136 0.000
#> SRR1345347 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381613 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446911 2 0.2860 0.60492 0.000 0.852 0.000 0.100 0.048 0.000
#> SRR818850 1 0.5840 0.44233 0.664 0.024 0.052 0.016 0.048 0.196
#> SRR814943 2 0.4952 0.44265 0.000 0.652 0.000 0.252 0.084 0.012
#> SRR1347481 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384668 4 0.5023 0.28669 0.032 0.012 0.124 0.740 0.012 0.080
#> SRR1420791 1 0.3918 0.55549 0.796 0.004 0.008 0.008 0.052 0.132
#> SRR1394855 3 0.4951 0.61211 0.012 0.000 0.676 0.196 0.000 0.116
#> SRR1459232 2 0.4823 0.30947 0.028 0.652 0.000 0.000 0.280 0.040
#> SRR1103118 1 0.4540 0.52568 0.736 0.008 0.004 0.028 0.192 0.032
#> SRR1441505 2 0.3813 0.57325 0.000 0.792 0.000 0.108 0.092 0.008
#> SRR1470379 1 0.7561 0.21804 0.432 0.124 0.000 0.028 0.144 0.272
#> SRR1334762 2 0.4682 0.50094 0.000 0.692 0.000 0.224 0.068 0.016
#> SRR1338766 2 0.7231 -0.15374 0.240 0.376 0.000 0.300 0.080 0.004
#> SRR1458619 1 0.4853 0.21377 0.536 0.000 0.420 0.004 0.008 0.032
#> SRR1070479 2 0.5506 0.25436 0.008 0.600 0.000 0.116 0.268 0.008
#> SRR1077753 2 0.4710 0.43710 0.020 0.700 0.000 0.000 0.208 0.072
#> SRR1087055 1 0.5720 0.32529 0.548 0.016 0.000 0.016 0.076 0.344
#> SRR1352069 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405182 4 0.7684 -0.07259 0.104 0.100 0.000 0.416 0.068 0.312
#> SRR1476784 2 0.4137 0.57582 0.004 0.788 0.000 0.028 0.104 0.076
#> SRR1075607 2 0.5310 -0.14145 0.088 0.544 0.000 0.000 0.360 0.008
#> SRR1458066 2 0.4421 0.53731 0.016 0.752 0.000 0.016 0.168 0.048
#> SRR1078299 2 0.2848 0.56897 0.004 0.828 0.000 0.008 0.160 0.000
#> SRR1387685 3 0.4166 0.69072 0.000 0.000 0.728 0.076 0.000 0.196
#> SRR809667 2 0.5188 0.35722 0.000 0.600 0.000 0.304 0.084 0.012
#> SRR1322334 2 0.1349 0.61081 0.000 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1419518 4 0.7133 0.07421 0.308 0.000 0.000 0.408 0.116 0.168
#> SRR2164975 4 0.4994 0.25297 0.000 0.360 0.000 0.572 0.060 0.008
#> SRR1081663 2 0.8414 -0.49055 0.152 0.360 0.000 0.160 0.236 0.092
#> SRR1478593 2 0.3172 0.59131 0.000 0.832 0.000 0.092 0.076 0.000
#> SRR1432145 2 0.4353 0.16638 0.004 0.612 0.000 0.000 0.360 0.024
#> SRR1409153 2 0.6161 0.15479 0.028 0.524 0.000 0.296 0.148 0.004
#> SRR1097549 5 0.5987 0.47650 0.084 0.428 0.000 0.036 0.448 0.004
#> SRR1082307 2 0.4235 0.52143 0.020 0.756 0.000 0.000 0.160 0.064
#> SRR1419166 1 0.4319 0.44200 0.756 0.152 0.000 0.000 0.064 0.028
#> SRR1488812 2 0.2737 0.60783 0.000 0.868 0.000 0.084 0.044 0.004
#> SRR1381229 6 0.7180 -0.16493 0.032 0.200 0.000 0.348 0.036 0.384
#> SRR1312288 4 0.5432 0.33257 0.012 0.240 0.000 0.640 0.088 0.020
#> SRR1455946 1 0.4606 0.49852 0.732 0.000 0.172 0.072 0.008 0.016
#> SRR1355304 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447437 2 0.3784 0.56224 0.000 0.776 0.000 0.144 0.080 0.000
#> SRR1444264 1 0.7538 0.05887 0.420 0.188 0.000 0.008 0.184 0.200
#> SRR1332733 2 0.3779 0.54897 0.008 0.784 0.000 0.000 0.152 0.056
#> SRR1460279 6 0.5795 -0.05969 0.044 0.000 0.000 0.408 0.068 0.480
#> SRR1321204 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351033 2 0.6456 0.15408 0.052 0.508 0.000 0.000 0.260 0.180
#> SRR1409022 3 0.0653 0.87170 0.000 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1311329 2 0.2848 0.59390 0.000 0.856 0.000 0.104 0.036 0.004
#> SRR1101304 2 0.4677 0.45046 0.000 0.664 0.000 0.264 0.064 0.008
#> SRR1096900 2 0.2804 0.56753 0.004 0.852 0.000 0.000 0.120 0.024
#> SRR1431535 2 0.4184 -0.31409 0.012 0.500 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR1432980 1 0.4626 0.48107 0.744 0.048 0.000 0.000 0.076 0.132
#> SRR1081449 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100440 1 0.7505 -0.05252 0.352 0.280 0.000 0.000 0.164 0.204
#> SRR1093290 2 0.5784 0.25583 0.004 0.580 0.000 0.188 0.216 0.012
#> SRR1380699 1 0.3662 0.53915 0.824 0.000 0.000 0.056 0.048 0.072
#> SRR1399009 2 0.1707 0.61277 0.004 0.928 0.000 0.056 0.012 0.000
#> SRR1101931 1 0.6768 0.18508 0.452 0.000 0.000 0.320 0.140 0.088
#> SRR2166114 4 0.2661 0.39216 0.000 0.096 0.000 0.872 0.016 0.016
#> SRR812912 3 0.0603 0.86919 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000
#> SRR810531 2 0.4367 0.50057 0.000 0.736 0.000 0.096 0.160 0.008
#> SRR1500052 1 0.4642 0.54280 0.748 0.060 0.000 0.000 0.116 0.076
#> SRR1319608 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464960 2 0.6515 0.18754 0.016 0.584 0.000 0.112 0.192 0.096
#> SRR1076490 2 0.4070 0.54505 0.004 0.760 0.000 0.144 0.092 0.000
#> SRR1370528 2 0.4473 0.49772 0.000 0.708 0.000 0.212 0.072 0.008
#> SRR1068788 2 0.4060 0.53243 0.000 0.764 0.000 0.112 0.120 0.004
#> SRR1457637 2 0.1511 0.60742 0.004 0.940 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR821518 2 0.3420 0.45895 0.000 0.748 0.000 0.000 0.240 0.012
#> SRR1378660 2 0.3866 0.44939 0.008 0.736 0.000 0.000 0.232 0.024
#> SRR1430468 2 0.3044 0.58100 0.000 0.836 0.000 0.000 0.116 0.048
#> SRR1443847 3 0.0000 0.87769 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098026 6 0.7134 0.00262 0.040 0.352 0.000 0.036 0.164 0.408
#> SRR1464394 3 0.7587 0.23958 0.244 0.016 0.476 0.068 0.036 0.160
#> SRR1400419 1 0.4763 0.42179 0.684 0.008 0.000 0.036 0.024 0.248
#> SRR820839 1 0.4525 0.54667 0.764 0.004 0.088 0.012 0.116 0.016
#> SRR1456733 2 0.1500 0.60450 0.000 0.936 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR1360218 2 0.2493 0.59992 0.004 0.884 0.000 0.036 0.076 0.000
#> SRR1080022 2 0.5262 0.46739 0.044 0.680 0.000 0.160 0.116 0.000
#> SRR1093885 2 0.5225 0.47535 0.048 0.696 0.000 0.020 0.188 0.048
#> SRR1072845 1 0.7618 -0.04806 0.388 0.160 0.000 0.324 0.036 0.092
#> SRR1399271 2 0.3865 0.56625 0.000 0.784 0.000 0.132 0.076 0.008
#> SRR1361264 2 0.1296 0.60945 0.004 0.948 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR814082 1 0.7361 0.26673 0.516 0.040 0.228 0.148 0.040 0.028
#> SRR1466260 6 0.5954 -0.15396 0.384 0.000 0.072 0.032 0.012 0.500
#> SRR1079612 2 0.4063 0.53467 0.020 0.768 0.000 0.000 0.160 0.052
#> SRR1315821 3 0.2884 0.79432 0.004 0.000 0.848 0.008 0.012 0.128
#> SRR1417248 5 0.6668 0.43372 0.296 0.216 0.000 0.020 0.452 0.016
#> SRR807517 6 0.5587 -0.19113 0.024 0.000 0.400 0.044 0.016 0.516
#> SRR1120961 2 0.3578 0.53817 0.000 0.784 0.000 0.000 0.164 0.052
#> SRR1457661 2 0.3022 0.58600 0.020 0.848 0.000 0.000 0.112 0.020
#> SRR1420368 2 0.3508 0.35646 0.000 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR1071429 2 0.2705 0.59717 0.004 0.872 0.000 0.072 0.052 0.000
#> SRR1378971 2 0.4197 0.52353 0.020 0.752 0.000 0.000 0.176 0.052
#> SRR1120847 2 0.4388 0.51644 0.020 0.748 0.000 0.000 0.148 0.084
#> SRR1081401 1 0.6685 0.21602 0.500 0.108 0.000 0.076 0.304 0.012
#> SRR1477820 1 0.4688 0.52943 0.756 0.000 0.136 0.044 0.028 0.036
#> SRR1442509 2 0.3774 0.28806 0.008 0.664 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1443070 2 0.3895 0.54629 0.000 0.768 0.000 0.172 0.052 0.008
#> SRR1435923 3 0.5547 0.26093 0.000 0.060 0.516 0.396 0.008 0.020
#> SRR1102852 2 0.5937 -0.44484 0.108 0.460 0.000 0.000 0.404 0.028
#> SRR1486439 4 0.6485 0.12834 0.180 0.000 0.000 0.500 0.052 0.268
#> SRR1342995 2 0.1668 0.60650 0.004 0.928 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1314788 6 0.5631 0.00714 0.004 0.000 0.048 0.408 0.040 0.500
#> SRR1090722 2 0.1745 0.60086 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1356421 2 0.6658 -0.04926 0.124 0.532 0.000 0.008 0.248 0.088
#> SRR1101348 6 0.6857 -0.08150 0.372 0.072 0.000 0.012 0.120 0.424
#> SRR1455236 4 0.5081 0.27528 0.128 0.000 0.000 0.704 0.048 0.120
#> SRR1465289 2 0.5390 -0.14464 0.052 0.536 0.000 0.000 0.380 0.032
#> SRR813431 4 0.4985 0.14281 0.336 0.000 0.000 0.600 0.032 0.032
#> SRR1347100 4 0.5446 0.17196 0.004 0.384 0.000 0.528 0.068 0.016
#> SRR1373921 2 0.4677 0.57026 0.032 0.772 0.012 0.088 0.084 0.012
#> SRR1341142 4 0.6227 0.16632 0.012 0.356 0.000 0.504 0.052 0.076
#> SRR1343053 2 0.3526 0.52710 0.004 0.792 0.000 0.028 0.172 0.004
#> SRR1408494 2 0.4937 0.42936 0.004 0.684 0.000 0.116 0.188 0.008
#> SRR1095213 2 0.1932 0.59869 0.004 0.912 0.000 0.004 0.076 0.004
#> SRR1314014 1 0.5716 0.42599 0.600 0.012 0.000 0.132 0.244 0.012
#> SRR1317238 5 0.5659 0.49034 0.068 0.412 0.000 0.020 0.492 0.008
#> SRR1071379 3 0.0146 0.87699 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092612 1 0.4237 0.54484 0.780 0.072 0.000 0.000 0.100 0.048
#> SRR1380139 6 0.8628 0.12289 0.112 0.260 0.000 0.176 0.148 0.304
#> SRR1308288 2 0.4158 0.54030 0.004 0.764 0.000 0.148 0.076 0.008
#> SRR1389018 2 0.2454 0.59373 0.008 0.884 0.000 0.000 0.088 0.020
#> SRR1399501 2 0.5598 0.49381 0.052 0.688 0.000 0.056 0.160 0.044
#> SRR1358260 2 0.1218 0.61562 0.004 0.956 0.000 0.012 0.028 0.000
#> SRR1096946 5 0.6688 0.54880 0.276 0.264 0.000 0.024 0.428 0.008
#> SRR1404421 3 0.2896 0.74166 0.160 0.000 0.824 0.000 0.000 0.016
#> SRR1319322 2 0.4222 -0.24534 0.008 0.516 0.000 0.000 0.472 0.004
#> SRR1309425 3 0.0291 0.87600 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1087535 2 0.4429 0.49632 0.016 0.736 0.000 0.000 0.168 0.080
#> SRR2185137 4 0.3977 0.36597 0.000 0.084 0.000 0.792 0.024 0.100
#> SRR1437012 3 0.3501 0.73992 0.116 0.000 0.804 0.000 0.000 0.080
#> SRR1343919 2 0.8329 -0.24450 0.096 0.360 0.348 0.056 0.060 0.080
#> SRR1081614 2 0.4105 0.25853 0.004 0.648 0.000 0.000 0.332 0.016
#> SRR1352256 2 0.5521 0.32703 0.004 0.612 0.000 0.196 0.180 0.008
#> SRR1499156 2 0.6222 -0.06935 0.376 0.468 0.000 0.000 0.100 0.056
#> SRR1088241 2 0.5141 0.42993 0.028 0.668 0.000 0.000 0.208 0.096
#> SRR1328125 3 0.0146 0.87664 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339130 3 0.3965 0.74539 0.108 0.000 0.796 0.060 0.000 0.036
#> SRR1079455 1 0.4141 0.54890 0.764 0.008 0.000 0.016 0.172 0.040
#> SRR1328821 2 0.2882 0.53372 0.000 0.812 0.000 0.000 0.180 0.008
#> SRR1357367 2 0.4894 0.46269 0.004 0.656 0.000 0.260 0.072 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0