Date: 2019-12-25 22:53:56 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17690 361
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.967 | 0.986 | ** | |
| ATC:pam | 2 | 1.000 | 0.979 | 0.992 | ** | |
| ATC:NMF | 2 | 0.982 | 0.954 | 0.982 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 0.971 | 0.947 | 0.978 | ** | |
| CV:kmeans | 5 | 0.962 | 0.921 | 0.959 | ** | |
| MAD:mclust | 2 | 0.959 | 0.951 | 0.979 | ** | |
| SD:skmeans | 4 | 0.954 | 0.927 | 0.969 | ** | 2,3 |
| ATC:skmeans | 3 | 0.950 | 0.929 | 0.972 | * | 2 |
| ATC:mclust | 4 | 0.949 | 0.921 | 0.970 | * | |
| MAD:kmeans | 3 | 0.948 | 0.932 | 0.971 | * | |
| CV:skmeans | 5 | 0.937 | 0.897 | 0.956 | * | 4 |
| MAD:pam | 2 | 0.925 | 0.946 | 0.975 | * | |
| SD:NMF | 4 | 0.925 | 0.897 | 0.956 | * | |
| MAD:skmeans | 5 | 0.902 | 0.883 | 0.937 | * | 2,3 |
| SD:kmeans | 3 | 0.900 | 0.912 | 0.961 | * | |
| MAD:NMF | 2 | 0.876 | 0.920 | 0.967 | ||
| CV:NMF | 3 | 0.844 | 0.861 | 0.944 | ||
| CV:pam | 3 | 0.759 | 0.839 | 0.929 | ||
| SD:pam | 2 | 0.754 | 0.895 | 0.955 | ||
| CV:mclust | 4 | 0.711 | 0.764 | 0.865 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.438 | 0.729 | 0.868 | ||
| SD:hclust | 5 | 0.210 | 0.515 | 0.651 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.155 | 0.660 | 0.818 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.112 | 0.589 | 0.713 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.849 0.901 0.961 0.500 0.500 0.500
#> CV:NMF 2 0.393 0.769 0.875 0.470 0.504 0.504
#> MAD:NMF 2 0.876 0.920 0.967 0.500 0.500 0.500
#> ATC:NMF 2 0.982 0.954 0.982 0.497 0.503 0.503
#> SD:skmeans 2 0.959 0.955 0.981 0.502 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 0.868 0.908 0.963 0.495 0.504 0.504
#> MAD:skmeans 2 0.943 0.938 0.976 0.502 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.963 0.986 0.502 0.499 0.499
#> SD:mclust 2 0.971 0.947 0.978 0.483 0.514 0.514
#> CV:mclust 2 0.329 0.760 0.832 0.461 0.518 0.518
#> MAD:mclust 2 0.959 0.951 0.979 0.482 0.516 0.516
#> ATC:mclust 2 0.685 0.918 0.956 0.491 0.499 0.499
#> SD:kmeans 2 0.867 0.901 0.959 0.499 0.500 0.500
#> CV:kmeans 2 0.539 0.818 0.879 0.376 0.535 0.535
#> MAD:kmeans 2 0.811 0.915 0.959 0.496 0.503 0.503
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.967 0.986 0.500 0.500 0.500
#> SD:pam 2 0.754 0.895 0.955 0.493 0.506 0.506
#> CV:pam 2 0.507 0.836 0.900 0.435 0.530 0.530
#> MAD:pam 2 0.925 0.946 0.975 0.493 0.509 0.509
#> ATC:pam 2 1.000 0.979 0.992 0.489 0.509 0.509
#> SD:hclust 2 0.186 0.764 0.841 0.295 0.811 0.811
#> CV:hclust 2 0.648 0.866 0.935 0.217 0.843 0.843
#> MAD:hclust 2 0.187 0.736 0.842 0.285 0.794 0.794
#> ATC:hclust 2 0.155 0.660 0.818 0.450 0.511 0.511
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.891 0.897 0.957 0.318 0.770 0.571
#> CV:NMF 3 0.844 0.861 0.944 0.348 0.749 0.552
#> MAD:NMF 3 0.870 0.882 0.949 0.319 0.766 0.564
#> ATC:NMF 3 0.775 0.811 0.918 0.320 0.767 0.568
#> SD:skmeans 3 0.927 0.915 0.966 0.317 0.770 0.569
#> CV:skmeans 3 0.811 0.868 0.944 0.325 0.738 0.528
#> MAD:skmeans 3 0.964 0.936 0.974 0.315 0.762 0.557
#> ATC:skmeans 3 0.950 0.929 0.972 0.295 0.791 0.604
#> SD:mclust 3 0.853 0.872 0.949 0.348 0.762 0.566
#> CV:mclust 3 0.615 0.544 0.791 0.368 0.698 0.487
#> MAD:mclust 3 0.859 0.899 0.957 0.359 0.769 0.575
#> ATC:mclust 3 0.758 0.817 0.900 0.267 0.776 0.579
#> SD:kmeans 3 0.900 0.912 0.961 0.317 0.761 0.558
#> CV:kmeans 3 0.501 0.838 0.887 0.436 0.856 0.748
#> MAD:kmeans 3 0.948 0.932 0.971 0.324 0.748 0.540
#> ATC:kmeans 3 0.688 0.831 0.877 0.286 0.781 0.593
#> SD:pam 3 0.736 0.783 0.910 0.308 0.782 0.596
#> CV:pam 3 0.759 0.839 0.929 0.385 0.792 0.629
#> MAD:pam 3 0.794 0.824 0.928 0.300 0.808 0.638
#> ATC:pam 3 0.635 0.766 0.839 0.297 0.809 0.643
#> SD:hclust 3 0.113 0.495 0.703 0.722 0.565 0.482
#> CV:hclust 3 0.438 0.729 0.868 0.563 0.868 0.844
#> MAD:hclust 3 0.112 0.589 0.713 0.836 0.559 0.473
#> ATC:hclust 3 0.287 0.568 0.743 0.371 0.739 0.530
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.925 0.897 0.956 0.0952 0.883 0.683
#> CV:NMF 4 0.819 0.852 0.929 0.1344 0.854 0.631
#> MAD:NMF 4 0.853 0.834 0.926 0.0972 0.876 0.664
#> ATC:NMF 4 0.826 0.833 0.921 0.1194 0.840 0.582
#> SD:skmeans 4 0.954 0.927 0.969 0.1061 0.867 0.641
#> CV:skmeans 4 0.968 0.928 0.971 0.1227 0.860 0.625
#> MAD:skmeans 4 0.802 0.835 0.906 0.1101 0.876 0.664
#> ATC:skmeans 4 0.818 0.867 0.931 0.1066 0.890 0.702
#> SD:mclust 4 0.719 0.631 0.839 0.0944 0.931 0.812
#> CV:mclust 4 0.711 0.764 0.865 0.1410 0.792 0.501
#> MAD:mclust 4 0.645 0.649 0.775 0.0921 0.890 0.708
#> ATC:mclust 4 0.949 0.921 0.970 0.0497 0.894 0.737
#> SD:kmeans 4 0.872 0.860 0.928 0.0864 0.910 0.750
#> CV:kmeans 4 0.694 0.872 0.893 0.2647 0.790 0.565
#> MAD:kmeans 4 0.760 0.809 0.879 0.1006 0.895 0.712
#> ATC:kmeans 4 0.678 0.617 0.825 0.1296 0.887 0.698
#> SD:pam 4 0.776 0.756 0.895 0.0774 0.891 0.719
#> CV:pam 4 0.721 0.791 0.894 0.1391 0.904 0.757
#> MAD:pam 4 0.808 0.823 0.915 0.0774 0.921 0.793
#> ATC:pam 4 0.773 0.721 0.860 0.1256 0.857 0.646
#> SD:hclust 4 0.150 0.415 0.616 0.2082 0.835 0.651
#> CV:hclust 4 0.305 0.660 0.813 0.2793 0.929 0.901
#> MAD:hclust 4 0.174 0.509 0.693 0.2029 0.854 0.695
#> ATC:hclust 4 0.390 0.513 0.721 0.1187 0.859 0.628
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.754 0.744 0.858 0.0580 0.920 0.735
#> CV:NMF 5 0.854 0.836 0.921 0.0578 0.951 0.829
#> MAD:NMF 5 0.748 0.780 0.869 0.0625 0.905 0.685
#> ATC:NMF 5 0.800 0.784 0.891 0.0547 0.894 0.643
#> SD:skmeans 5 0.858 0.838 0.915 0.0828 0.886 0.613
#> CV:skmeans 5 0.937 0.897 0.956 0.0497 0.937 0.773
#> MAD:skmeans 5 0.902 0.883 0.937 0.0815 0.881 0.601
#> ATC:skmeans 5 0.870 0.871 0.929 0.0678 0.879 0.616
#> SD:mclust 5 0.639 0.521 0.753 0.0864 0.837 0.522
#> CV:mclust 5 0.682 0.725 0.855 0.0778 0.909 0.679
#> MAD:mclust 5 0.662 0.661 0.798 0.0833 0.843 0.528
#> ATC:mclust 5 0.721 0.756 0.833 0.1192 0.885 0.689
#> SD:kmeans 5 0.746 0.627 0.797 0.0740 0.953 0.842
#> CV:kmeans 5 0.962 0.921 0.959 0.0917 0.955 0.846
#> MAD:kmeans 5 0.698 0.598 0.739 0.0728 0.899 0.665
#> ATC:kmeans 5 0.704 0.638 0.814 0.0672 0.899 0.667
#> SD:pam 5 0.770 0.585 0.818 0.0921 0.926 0.771
#> CV:pam 5 0.760 0.788 0.899 0.0515 0.958 0.866
#> MAD:pam 5 0.822 0.841 0.913 0.1100 0.888 0.663
#> ATC:pam 5 0.785 0.719 0.863 0.0696 0.936 0.788
#> SD:hclust 5 0.210 0.515 0.651 0.1196 0.869 0.670
#> CV:hclust 5 0.317 0.583 0.754 0.2972 0.746 0.619
#> MAD:hclust 5 0.374 0.483 0.712 0.1085 0.921 0.799
#> ATC:hclust 5 0.477 0.573 0.744 0.0636 0.905 0.695
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.762 0.705 0.840 0.0497 0.917 0.688
#> CV:NMF 6 0.819 0.736 0.867 0.0364 0.966 0.866
#> MAD:NMF 6 0.719 0.609 0.762 0.0489 0.912 0.662
#> ATC:NMF 6 0.765 0.719 0.846 0.0368 0.923 0.690
#> SD:skmeans 6 0.784 0.701 0.848 0.0394 0.936 0.717
#> CV:skmeans 6 0.833 0.731 0.850 0.0486 0.932 0.717
#> MAD:skmeans 6 0.835 0.725 0.863 0.0382 0.956 0.797
#> ATC:skmeans 6 0.862 0.765 0.884 0.0341 0.939 0.753
#> SD:mclust 6 0.669 0.696 0.797 -0.0135 0.855 0.528
#> CV:mclust 6 0.752 0.640 0.816 0.0439 0.959 0.814
#> MAD:mclust 6 0.731 0.700 0.832 -0.0155 0.842 0.491
#> ATC:mclust 6 0.727 0.716 0.842 0.0885 0.858 0.527
#> SD:kmeans 6 0.708 0.668 0.799 0.0539 0.875 0.564
#> CV:kmeans 6 0.819 0.734 0.866 0.0558 0.966 0.869
#> MAD:kmeans 6 0.699 0.652 0.772 0.0418 0.910 0.632
#> ATC:kmeans 6 0.716 0.527 0.704 0.0394 0.928 0.711
#> SD:pam 6 0.725 0.666 0.815 0.0504 0.899 0.640
#> CV:pam 6 0.769 0.784 0.895 0.0374 0.919 0.734
#> MAD:pam 6 0.773 0.686 0.840 0.0468 0.986 0.942
#> ATC:pam 6 0.761 0.537 0.767 0.0597 0.964 0.859
#> SD:hclust 6 0.326 0.467 0.635 0.0585 0.952 0.854
#> CV:hclust 6 0.331 0.611 0.696 0.1387 0.896 0.771
#> MAD:hclust 6 0.441 0.476 0.702 0.0404 0.952 0.858
#> ATC:hclust 6 0.524 0.545 0.722 0.0462 0.960 0.845
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.186 0.764 0.841 0.2954 0.811 0.811
#> 3 3 0.113 0.495 0.703 0.7219 0.565 0.482
#> 4 4 0.150 0.415 0.616 0.2082 0.835 0.651
#> 5 5 0.210 0.515 0.651 0.1196 0.869 0.670
#> 6 6 0.326 0.467 0.635 0.0585 0.952 0.854
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.529 0.8330 0.880 0.120
#> SRR1499543 1 0.506 0.8360 0.888 0.112
#> SRR1443419 1 0.278 0.8401 0.952 0.048
#> SRR657372 1 0.996 0.1635 0.536 0.464
#> SRR661409 1 0.821 0.7386 0.744 0.256
#> SRR1409721 1 0.584 0.8219 0.860 0.140
#> SRR1391678 1 0.388 0.8369 0.924 0.076
#> SRR1392030 1 0.529 0.8359 0.880 0.120
#> SRR1453787 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR654969 1 0.295 0.8301 0.948 0.052
#> SRR1435113 2 0.402 0.7997 0.080 0.920
#> SRR601359 1 0.753 0.7758 0.784 0.216
#> SRR663392 1 0.983 0.3129 0.576 0.424
#> SRR1374716 2 0.327 0.7967 0.060 0.940
#> SRR601157 1 0.722 0.7883 0.800 0.200
#> SRR615347 1 0.402 0.8438 0.920 0.080
#> SRR1329464 1 0.358 0.8366 0.932 0.068
#> SRR1357344 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR1365356 1 0.781 0.7550 0.768 0.232
#> SRR598068 1 0.814 0.7361 0.748 0.252
#> SRR810343 1 0.574 0.8292 0.864 0.136
#> SRR1431991 1 0.373 0.8248 0.928 0.072
#> SRR1312024 1 0.745 0.7861 0.788 0.212
#> SRR1499699 1 0.278 0.8213 0.952 0.048
#> SRR1397861 1 0.373 0.8279 0.928 0.072
#> SRR1479663 1 0.224 0.8304 0.964 0.036
#> SRR1475483 1 0.430 0.8334 0.912 0.088
#> SRR603726 1 0.981 0.3604 0.580 0.420
#> SRR663368 1 0.584 0.8320 0.860 0.140
#> SRR1354225 2 0.760 0.7582 0.220 0.780
#> SRR1089809 1 0.998 0.0606 0.524 0.476
#> SRR1338901 1 0.653 0.8067 0.832 0.168
#> SRR598645 1 0.943 0.5337 0.640 0.360
#> SRR656528 1 0.714 0.8055 0.804 0.196
#> SRR809503 1 0.295 0.8301 0.948 0.052
#> SRR659923 1 0.552 0.8280 0.872 0.128
#> SRR1498226 1 0.311 0.8242 0.944 0.056
#> SRR1319858 1 0.388 0.8369 0.924 0.076
#> SRR1350566 1 0.456 0.8391 0.904 0.096
#> SRR614743 2 0.955 0.4949 0.376 0.624
#> SRR1406307 1 0.416 0.8360 0.916 0.084
#> SRR1348318 1 0.795 0.7499 0.760 0.240
#> SRR1343433 1 0.443 0.8375 0.908 0.092
#> SRR1342088 1 0.788 0.7487 0.764 0.236
#> SRR1404384 1 0.373 0.8452 0.928 0.072
#> SRR655495 1 0.999 0.0423 0.516 0.484
#> SRR812270 2 0.961 0.4800 0.384 0.616
#> SRR821176 1 0.697 0.7966 0.812 0.188
#> SRR807799 1 0.358 0.8365 0.932 0.068
#> SRR814919 1 0.295 0.8406 0.948 0.052
#> SRR1415274 1 0.795 0.7515 0.760 0.240
#> SRR1491275 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR659851 1 0.482 0.8435 0.896 0.104
#> SRR1337364 1 0.634 0.8238 0.840 0.160
#> SRR1414471 1 0.295 0.8270 0.948 0.052
#> SRR1471862 1 0.745 0.7748 0.788 0.212
#> SRR1456208 1 0.913 0.6306 0.672 0.328
#> SRR1393428 1 0.932 0.5207 0.652 0.348
#> SRR1327632 1 0.615 0.8179 0.848 0.152
#> SRR608120 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR607679 2 0.775 0.7530 0.228 0.772
#> SRR1359529 1 0.373 0.8481 0.928 0.072
#> SRR1330305 1 0.260 0.8373 0.956 0.044
#> SRR1436042 1 0.680 0.8174 0.820 0.180
#> SRR656191 1 0.697 0.7966 0.812 0.188
#> SRR1419211 1 0.311 0.8242 0.944 0.056
#> SRR658117 1 0.443 0.8440 0.908 0.092
#> SRR1090770 1 0.373 0.8289 0.928 0.072
#> SRR657420 1 0.615 0.8319 0.848 0.152
#> SRR1398686 1 0.343 0.8264 0.936 0.064
#> SRR821207 1 0.373 0.8297 0.928 0.072
#> SRR1074694 1 0.644 0.8188 0.836 0.164
#> SRR1413851 1 0.242 0.8340 0.960 0.040
#> SRR1319924 1 0.388 0.8365 0.924 0.076
#> SRR1361050 1 0.242 0.8250 0.960 0.040
#> SRR1095792 1 0.738 0.7726 0.792 0.208
#> SRR1476903 1 0.653 0.8085 0.832 0.168
#> SRR1406502 1 0.416 0.8420 0.916 0.084
#> SRR607502 1 0.876 0.6770 0.704 0.296
#> SRR602951 1 0.958 0.4784 0.620 0.380
#> SRR1402922 1 0.327 0.8232 0.940 0.060
#> SRR1314071 1 0.850 0.7014 0.724 0.276
#> SRR1374778 1 0.469 0.8427 0.900 0.100
#> SRR1089926 1 0.689 0.8033 0.816 0.184
#> SRR1437056 1 0.775 0.7567 0.772 0.228
#> SRR1366772 1 0.788 0.7481 0.764 0.236
#> SRR1487465 1 0.981 0.3604 0.580 0.420
#> SRR2166006 1 0.311 0.8449 0.944 0.056
#> SRR1341034 2 0.990 0.2979 0.440 0.560
#> SRR1460235 1 0.416 0.8376 0.916 0.084
#> SRR1368917 1 0.373 0.8370 0.928 0.072
#> SRR1457197 1 0.995 0.1452 0.540 0.460
#> SRR1433311 1 0.781 0.7550 0.768 0.232
#> SRR656373 2 0.541 0.7983 0.124 0.876
#> SRR1454265 1 0.373 0.8304 0.928 0.072
#> SRR1454498 1 0.775 0.7567 0.772 0.228
#> SRR661711 1 0.506 0.8396 0.888 0.112
#> SRR661493 1 0.373 0.8304 0.928 0.072
#> SRR1356120 1 0.327 0.8326 0.940 0.060
#> SRR1381414 1 0.373 0.8396 0.928 0.072
#> SRR1350263 1 0.795 0.7439 0.760 0.240
#> SRR1327349 2 0.952 0.5318 0.372 0.628
#> SRR1476348 1 0.833 0.7152 0.736 0.264
#> SRR656035 1 0.358 0.8259 0.932 0.068
#> SRR2165896 1 0.327 0.8328 0.940 0.060
#> SRR601549 1 0.876 0.6770 0.704 0.296
#> SRR658573 1 0.689 0.7911 0.816 0.184
#> SRR1393470 1 0.861 0.6823 0.716 0.284
#> SRR1381247 1 0.802 0.7412 0.756 0.244
#> SRR1322790 1 0.760 0.7656 0.780 0.220
#> SRR1404044 1 0.416 0.8320 0.916 0.084
#> SRR1487728 1 0.295 0.8303 0.948 0.052
#> SRR1419593 1 0.311 0.8204 0.944 0.056
#> SRR1434689 1 0.644 0.8038 0.836 0.164
#> SRR1349540 1 0.494 0.8422 0.892 0.108
#> SRR1377967 1 0.416 0.8360 0.916 0.084
#> SRR662510 1 0.278 0.8398 0.952 0.048
#> SRR1370151 1 0.839 0.7090 0.732 0.268
#> SRR809043 2 0.881 0.6736 0.300 0.700
#> SRR659578 1 0.224 0.8372 0.964 0.036
#> SRR1339413 1 0.224 0.8304 0.964 0.036
#> SRR1434760 1 0.373 0.8409 0.928 0.072
#> SRR660079 1 0.343 0.8287 0.936 0.064
#> SRR1465153 2 0.402 0.7997 0.080 0.920
#> SRR1340924 1 0.358 0.8366 0.932 0.068
#> SRR1073267 1 0.866 0.6809 0.712 0.288
#> SRR1418688 1 0.745 0.7742 0.788 0.212
#> SRR602338 1 0.388 0.8271 0.924 0.076
#> SRR1323936 2 0.358 0.8002 0.068 0.932
#> SRR1313789 1 0.224 0.8304 0.964 0.036
#> SRR614275 1 0.943 0.5337 0.640 0.360
#> SRR601962 1 0.788 0.7612 0.764 0.236
#> SRR663795 1 0.985 0.3150 0.572 0.428
#> SRR1418650 1 0.584 0.8219 0.860 0.140
#> SRR655780 1 0.402 0.8424 0.920 0.080
#> SRR661794 1 0.388 0.8306 0.924 0.076
#> SRR1339508 1 0.781 0.7526 0.768 0.232
#> SRR1501097 1 0.402 0.8384 0.920 0.080
#> SRR1358459 1 0.574 0.8360 0.864 0.136
#> SRR1333550 1 0.506 0.8409 0.888 0.112
#> SRR821148 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR808658 1 0.295 0.8431 0.948 0.052
#> SRR598100 1 0.788 0.7548 0.764 0.236
#> SRR1475281 1 0.574 0.8360 0.864 0.136
#> SRR1469477 1 0.839 0.7127 0.732 0.268
#> SRR1468184 1 0.653 0.8006 0.832 0.168
#> SRR1415660 2 0.827 0.7226 0.260 0.740
#> SRR816892 1 0.895 0.6302 0.688 0.312
#> SRR1447325 2 0.327 0.7967 0.060 0.940
#> SRR1415980 1 0.745 0.7748 0.788 0.212
#> SRR658021 1 0.242 0.8394 0.960 0.040
#> SRR1356308 1 0.482 0.8321 0.896 0.104
#> SRR1443695 1 0.625 0.8261 0.844 0.156
#> SRR1083031 1 0.358 0.8427 0.932 0.068
#> SRR1466177 1 0.224 0.8304 0.964 0.036
#> SRR1346978 1 0.402 0.8384 0.920 0.080
#> SRR607705 1 0.518 0.8416 0.884 0.116
#> SRR598364 1 0.738 0.7866 0.792 0.208
#> SRR603036 1 0.327 0.8218 0.940 0.060
#> SRR604342 2 0.327 0.7967 0.060 0.940
#> SRR1365850 2 0.987 0.3216 0.432 0.568
#> SRR1335940 1 0.615 0.8200 0.848 0.152
#> SRR1436515 1 0.311 0.8188 0.944 0.056
#> SRR1367612 1 0.615 0.8194 0.848 0.152
#> SRR1411002 1 0.430 0.8406 0.912 0.088
#> SRR1446606 1 0.745 0.7692 0.788 0.212
#> SRR1350936 1 0.278 0.8197 0.952 0.048
#> SRR1351257 1 0.644 0.8188 0.836 0.164
#> SRR1316793 1 0.605 0.8258 0.852 0.148
#> SRR1090815 1 0.402 0.8407 0.920 0.080
#> SRR657845 1 0.343 0.8143 0.936 0.064
#> SRR1408633 2 0.988 0.3060 0.436 0.564
#> SRR1398971 2 0.552 0.7975 0.128 0.872
#> SRR1399457 1 0.402 0.8422 0.920 0.080
#> SRR1073341 1 0.295 0.8214 0.948 0.052
#> SRR810805 1 0.469 0.8396 0.900 0.100
#> SRR1309657 1 0.518 0.8344 0.884 0.116
#> SRR820186 1 0.456 0.8389 0.904 0.096
#> SRR1388913 1 0.949 0.4840 0.632 0.368
#> SRR1396270 1 0.861 0.6906 0.716 0.284
#> SRR613402 1 0.518 0.8317 0.884 0.116
#> SRR614912 1 0.697 0.7966 0.812 0.188
#> SRR1478410 2 0.975 0.4073 0.408 0.592
#> SRR613975 1 0.358 0.8377 0.932 0.068
#> SRR1441631 1 0.738 0.7943 0.792 0.208
#> SRR1088044 1 0.653 0.8067 0.832 0.168
#> SRR1082909 1 0.671 0.8113 0.824 0.176
#> SRR1392007 2 0.895 0.6481 0.312 0.688
#> SRR2166524 1 0.388 0.8439 0.924 0.076
#> SRR1445765 1 0.402 0.8407 0.920 0.080
#> SRR819867 1 0.827 0.7189 0.740 0.260
#> SRR1339675 1 0.584 0.8266 0.860 0.140
#> SRR1085687 1 0.839 0.7069 0.732 0.268
#> SRR597952 1 0.402 0.8438 0.920 0.080
#> SRR1376497 1 0.605 0.8258 0.852 0.148
#> SRR813848 2 0.327 0.7967 0.060 0.940
#> SRR1379471 1 0.402 0.8340 0.920 0.080
#> SRR1070960 1 0.482 0.8426 0.896 0.104
#> SRR615285 1 0.469 0.8427 0.900 0.100
#> SRR1325353 1 0.311 0.8154 0.944 0.056
#> SRR1470682 1 0.760 0.7615 0.780 0.220
#> SRR615886 1 0.343 0.8287 0.936 0.064
#> SRR1397649 1 0.373 0.8363 0.928 0.072
#> SRR819690 1 0.343 0.8381 0.936 0.064
#> SRR1336113 1 0.760 0.7714 0.780 0.220
#> SRR1396570 1 0.416 0.8435 0.916 0.084
#> SRR1327366 2 0.760 0.7582 0.220 0.780
#> SRR1317218 1 0.373 0.8363 0.928 0.072
#> SRR1352001 1 0.373 0.8256 0.928 0.072
#> SRR1469791 1 0.895 0.6298 0.688 0.312
#> SRR1388046 1 0.260 0.8278 0.956 0.044
#> SRR655076 1 0.327 0.8299 0.940 0.060
#> SRR1464353 1 0.563 0.8259 0.868 0.132
#> SRR654754 1 0.494 0.8388 0.892 0.108
#> SRR599412 1 0.634 0.8204 0.840 0.160
#> SRR2166308 1 0.689 0.8033 0.816 0.184
#> SRR655696 1 0.653 0.8085 0.832 0.168
#> SRR602978 1 0.402 0.8414 0.920 0.080
#> SRR1323850 1 0.839 0.7090 0.732 0.268
#> SRR1365512 1 0.821 0.7292 0.744 0.256
#> SRR663380 1 0.343 0.8263 0.936 0.064
#> SRR1410469 1 0.738 0.7726 0.792 0.208
#> SRR659259 2 0.456 0.8021 0.096 0.904
#> SRR1421223 1 0.738 0.7797 0.792 0.208
#> SRR1092567 1 0.827 0.7240 0.740 0.260
#> SRR1472598 1 0.788 0.7487 0.764 0.236
#> SRR1069279 1 0.697 0.7976 0.812 0.188
#> SRR1351624 1 0.706 0.7949 0.808 0.192
#> SRR1342938 1 0.775 0.7567 0.772 0.228
#> SRR599346 1 0.388 0.8423 0.924 0.076
#> SRR1359045 1 0.795 0.7515 0.760 0.240
#> SRR601843 1 0.443 0.8344 0.908 0.092
#> SRR1318898 1 0.634 0.8158 0.840 0.160
#> SRR1455104 1 0.625 0.8394 0.844 0.156
#> SRR598565 1 0.991 0.2450 0.556 0.444
#> SRR1315188 1 0.936 0.5780 0.648 0.352
#> SRR1409875 1 1.000 -0.0114 0.512 0.488
#> SRR1348270 1 0.358 0.8365 0.932 0.068
#> SRR602389 1 0.541 0.8345 0.876 0.124
#> SRR1451857 1 0.722 0.7848 0.800 0.200
#> SRR1436629 1 0.402 0.8384 0.920 0.080
#> SRR1349144 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR615491 2 0.343 0.7990 0.064 0.936
#> SRR1095937 1 0.358 0.8180 0.932 0.068
#> SRR1473295 1 0.327 0.8338 0.940 0.060
#> SRR1457972 1 0.745 0.7724 0.788 0.212
#> SRR1475430 1 0.827 0.7316 0.740 0.260
#> SRR2164562 1 0.443 0.8440 0.908 0.092
#> SRR665490 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR1434182 2 0.981 0.3745 0.420 0.580
#> SRR1458506 1 0.529 0.8330 0.880 0.120
#> SRR808886 1 0.788 0.7487 0.764 0.236
#> SRR1329442 1 0.722 0.7994 0.800 0.200
#> SRR1457925 1 0.595 0.8251 0.856 0.144
#> SRR1434910 1 0.738 0.7767 0.792 0.208
#> SRR614107 1 0.999 0.0358 0.516 0.484
#> SRR1323914 1 0.242 0.8317 0.960 0.040
#> SRR1323065 1 0.494 0.8366 0.892 0.108
#> SRR1309578 1 0.224 0.8304 0.964 0.036
#> SRR1500908 1 0.722 0.7923 0.800 0.200
#> SRR1076753 1 0.388 0.8280 0.924 0.076
#> SRR1327410 1 0.855 0.6935 0.720 0.280
#> SRR608064 1 0.662 0.8069 0.828 0.172
#> SRR608512 1 0.584 0.8321 0.860 0.140
#> SRR2167551 1 0.358 0.8427 0.932 0.068
#> SRR1394872 1 0.430 0.8406 0.912 0.088
#> SRR1345669 1 0.443 0.8371 0.908 0.092
#> SRR1367588 1 0.518 0.8416 0.884 0.116
#> SRR1387724 1 0.795 0.7439 0.760 0.240
#> SRR660438 1 0.388 0.8395 0.924 0.076
#> SRR1310758 1 0.605 0.8332 0.852 0.148
#> SRR601525 1 0.373 0.8424 0.928 0.072
#> SRR818749 1 0.730 0.7816 0.796 0.204
#> SRR604294 1 0.745 0.7824 0.788 0.212
#> SRR1322494 1 0.760 0.7727 0.780 0.220
#> SRR1377949 1 0.730 0.7760 0.796 0.204
#> SRR1317001 1 0.402 0.8361 0.920 0.080
#> SRR1311897 1 0.388 0.8335 0.924 0.076
#> SRR1308715 1 0.224 0.8304 0.964 0.036
#> SRR1415195 2 0.343 0.7989 0.064 0.936
#> SRR1380163 1 0.730 0.7893 0.796 0.204
#> SRR1480611 1 0.388 0.8275 0.924 0.076
#> SRR603834 1 0.327 0.8308 0.940 0.060
#> SRR1341256 1 0.358 0.8394 0.932 0.068
#> SRR613795 1 0.295 0.8301 0.948 0.052
#> SRR659744 1 0.541 0.8304 0.876 0.124
#> SRR1479549 1 0.260 0.8230 0.956 0.044
#> SRR613258 1 0.260 0.8376 0.956 0.044
#> SRR1088808 2 0.552 0.7975 0.128 0.872
#> SRR1329068 1 0.881 0.6606 0.700 0.300
#> SRR1480565 1 0.802 0.7379 0.756 0.244
#> SRR1337137 2 0.760 0.7582 0.220 0.780
#> SRR1099520 1 0.388 0.8330 0.924 0.076
#> SRR603942 1 0.988 0.2825 0.564 0.436
#> SRR1440625 1 0.788 0.7483 0.764 0.236
#> SRR1391700 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR657360 1 0.343 0.8325 0.936 0.064
#> SRR1473443 1 0.730 0.7760 0.796 0.204
#> SRR1498438 1 0.866 0.6842 0.712 0.288
#> SRR1394655 2 0.343 0.7990 0.064 0.936
#> SRR1322437 2 0.443 0.8025 0.092 0.908
#> SRR660236 2 0.327 0.7967 0.060 0.940
#> SRR1466338 1 0.730 0.7760 0.796 0.204
#> SRR604148 1 0.697 0.7994 0.812 0.188
#> SRR1334939 1 0.373 0.8424 0.928 0.072
#> SRR1349497 1 0.506 0.8360 0.888 0.112
#> SRR1360523 1 0.402 0.8351 0.920 0.080
#> SRR1446114 1 1.000 -0.0102 0.500 0.500
#> SRR1339366 1 0.373 0.8368 0.928 0.072
#> SRR656469 1 0.518 0.8416 0.884 0.116
#> SRR1389868 1 0.311 0.8235 0.944 0.056
#> SRR1390265 1 0.373 0.8368 0.928 0.072
#> SRR1364935 2 0.955 0.5057 0.376 0.624
#> SRR1469102 1 0.373 0.8256 0.928 0.072
#> SRR1440584 1 0.430 0.8389 0.912 0.088
#> SRR1459697 1 0.827 0.7227 0.740 0.260
#> SRR1352575 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR613711 1 0.388 0.8386 0.924 0.076
#> SRR614023 1 0.373 0.8261 0.928 0.072
#> SRR1316174 1 0.802 0.7462 0.756 0.244
#> SRR603268 1 0.541 0.8304 0.876 0.124
#> SRR1486044 1 0.802 0.7442 0.756 0.244
#> SRR1441483 1 0.311 0.8417 0.944 0.056
#> SRR1074189 1 0.260 0.8376 0.956 0.044
#> SRR665646 1 0.634 0.8238 0.840 0.160
#> SRR1404931 2 0.866 0.6895 0.288 0.712
#> SRR1431552 2 0.327 0.7967 0.060 0.940
#> SRR1479085 1 0.821 0.7386 0.744 0.256
#> SRR1322711 1 0.615 0.8086 0.848 0.152
#> SRR1404988 2 0.983 0.3649 0.424 0.576
#> SRR1419848 1 0.814 0.7068 0.748 0.252
#> SRR1332713 2 0.343 0.7990 0.064 0.936
#> SRR1070863 1 0.402 0.8342 0.920 0.080
#> SRR659947 1 0.184 0.8421 0.972 0.028
#> SRR1414356 1 0.821 0.7333 0.744 0.256
#> SRR599122 1 0.753 0.7742 0.784 0.216
#> SRR1344100 1 0.518 0.8358 0.884 0.116
#> SRR613018 1 0.995 0.1452 0.540 0.460
#> SRR1456591 1 0.388 0.8265 0.924 0.076
#> SRR1368710 1 0.224 0.8304 0.964 0.036
#> SRR1397885 1 0.760 0.7721 0.780 0.220
#> SRR1319283 1 0.278 0.8300 0.952 0.048
#> SRR1349518 1 0.430 0.8389 0.912 0.088
#> SRR1471267 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR655277 1 0.634 0.8238 0.840 0.160
#> SRR1455436 1 0.881 0.6571 0.700 0.300
#> SRR658009 1 0.494 0.8388 0.892 0.108
#> SRR1331383 2 0.430 0.8023 0.088 0.912
#> SRR1394894 1 0.584 0.8319 0.860 0.140
#> SRR659133 2 0.327 0.7967 0.060 0.940
#> SRR660212 1 0.469 0.8427 0.900 0.100
#> SRR657821 1 0.327 0.8133 0.940 0.060
#> SRR1379279 1 0.584 0.8255 0.860 0.140
#> SRR663149 1 0.311 0.8449 0.944 0.056
#> SRR1413032 1 0.767 0.7627 0.776 0.224
#> SRR1377557 1 0.311 0.8242 0.944 0.056
#> SRR1335296 1 0.358 0.8365 0.932 0.068
#> SRR1407273 1 0.295 0.8453 0.948 0.052
#> SRR657101 1 0.358 0.8364 0.932 0.068
#> SRR1350588 1 0.808 0.7400 0.752 0.248
#> SRR1368486 1 0.224 0.8270 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.733 5.46e-01 0.624 0.328 0.048
#> SRR1499543 1 0.700 5.96e-01 0.664 0.292 0.044
#> SRR1443419 1 0.647 1.58e-01 0.552 0.444 0.004
#> SRR657372 2 0.967 2.96e-01 0.248 0.460 0.292
#> SRR661409 2 0.782 4.73e-01 0.324 0.604 0.072
#> SRR1409721 2 0.645 5.28e-01 0.308 0.672 0.020
#> SRR1391678 1 0.475 6.97e-01 0.816 0.172 0.012
#> SRR1392030 1 0.672 6.35e-01 0.704 0.248 0.048
#> SRR1453787 1 0.103 6.20e-01 0.976 0.024 0.000
#> SRR654969 1 0.417 6.91e-01 0.840 0.156 0.004
#> SRR1435113 3 0.369 8.22e-01 0.000 0.140 0.860
#> SRR601359 1 0.852 2.22e-01 0.468 0.440 0.092
#> SRR663392 2 0.747 5.22e-01 0.100 0.684 0.216
#> SRR1374716 3 0.493 8.00e-01 0.000 0.232 0.768
#> SRR601157 1 0.839 2.76e-01 0.488 0.428 0.084
#> SRR615347 2 0.659 3.18e-01 0.424 0.568 0.008
#> SRR1329464 1 0.511 6.84e-01 0.780 0.212 0.008
#> SRR1357344 1 0.215 5.96e-01 0.948 0.036 0.016
#> SRR1365356 2 0.475 6.07e-01 0.144 0.832 0.024
#> SRR598068 2 0.600 6.00e-01 0.176 0.772 0.052
#> SRR810343 1 0.762 4.45e-01 0.580 0.368 0.052
#> SRR1431991 1 0.369 6.99e-01 0.860 0.140 0.000
#> SRR1312024 2 0.788 3.89e-01 0.336 0.592 0.072
#> SRR1499699 1 0.295 6.57e-01 0.908 0.088 0.004
#> SRR1397861 1 0.334 6.89e-01 0.880 0.120 0.000
#> SRR1479663 1 0.661 1.74e-01 0.560 0.432 0.008
#> SRR1475483 1 0.501 6.85e-01 0.788 0.204 0.008
#> SRR603726 2 0.943 3.11e-01 0.260 0.504 0.236
#> SRR663368 1 0.745 5.27e-01 0.616 0.332 0.052
#> SRR1354225 3 0.627 5.39e-01 0.000 0.452 0.548
#> SRR1089809 2 0.666 4.21e-01 0.052 0.716 0.232
#> SRR1338901 2 0.529 6.00e-01 0.228 0.764 0.008
#> SRR598645 2 0.533 5.80e-01 0.060 0.820 0.120
#> SRR656528 2 0.712 3.91e-01 0.364 0.604 0.032
#> SRR809503 1 0.417 6.91e-01 0.840 0.156 0.004
#> SRR659923 2 0.663 4.99e-01 0.336 0.644 0.020
#> SRR1498226 1 0.288 6.75e-01 0.904 0.096 0.000
#> SRR1319858 1 0.463 6.97e-01 0.824 0.164 0.012
#> SRR1350566 1 0.611 6.52e-01 0.732 0.240 0.028
#> SRR614743 2 0.685 -2.02e-01 0.016 0.568 0.416
#> SRR1406307 1 0.517 6.87e-01 0.784 0.204 0.012
#> SRR1348318 2 0.863 -1.13e-01 0.436 0.464 0.100
#> SRR1343433 1 0.568 6.73e-01 0.764 0.212 0.024
#> SRR1342088 2 0.468 6.21e-01 0.132 0.840 0.028
#> SRR1404384 1 0.693 1.31e-01 0.528 0.456 0.016
#> SRR655495 2 0.662 3.60e-01 0.044 0.708 0.248
#> SRR812270 2 0.682 -1.83e-01 0.016 0.576 0.408
#> SRR821176 2 0.767 5.32e-01 0.300 0.628 0.072
#> SRR807799 2 0.626 4.19e-01 0.380 0.616 0.004
#> SRR814919 1 0.572 6.03e-01 0.704 0.292 0.004
#> SRR1415274 2 0.884 -1.24e-01 0.436 0.448 0.116
#> SRR1491275 1 0.215 5.96e-01 0.948 0.036 0.016
#> SRR659851 1 0.607 6.56e-01 0.728 0.248 0.024
#> SRR1337364 1 0.748 5.04e-01 0.596 0.356 0.048
#> SRR1414471 1 0.327 6.78e-01 0.892 0.104 0.004
#> SRR1471862 1 0.852 2.07e-01 0.468 0.440 0.092
#> SRR1456208 2 0.841 4.02e-01 0.264 0.604 0.132
#> SRR1393428 2 0.745 5.94e-01 0.152 0.700 0.148
#> SRR1327632 1 0.812 3.96e-01 0.552 0.372 0.076
#> SRR608120 1 0.103 6.20e-01 0.976 0.024 0.000
#> SRR607679 3 0.650 5.19e-01 0.004 0.460 0.536
#> SRR1359529 1 0.648 2.81e-01 0.548 0.448 0.004
#> SRR1330305 1 0.663 1.54e-01 0.552 0.440 0.008
#> SRR1436042 1 0.806 3.68e-01 0.532 0.400 0.068
#> SRR656191 2 0.767 5.32e-01 0.300 0.628 0.072
#> SRR1419211 1 0.311 6.73e-01 0.900 0.096 0.004
#> SRR658117 1 0.687 3.86e-01 0.596 0.384 0.020
#> SRR1090770 1 0.357 6.88e-01 0.876 0.120 0.004
#> SRR657420 1 0.690 6.06e-01 0.676 0.280 0.044
#> SRR1398686 1 0.350 6.86e-01 0.880 0.116 0.004
#> SRR821207 1 0.312 6.91e-01 0.892 0.108 0.000
#> SRR1074694 2 0.654 4.58e-01 0.344 0.640 0.016
#> SRR1413851 1 0.667 1.50e-02 0.520 0.472 0.008
#> SRR1319924 2 0.642 4.29e-01 0.376 0.616 0.008
#> SRR1361050 1 0.343 6.73e-01 0.884 0.112 0.004
#> SRR1095792 2 0.505 6.24e-01 0.164 0.812 0.024
#> SRR1476903 1 0.798 4.28e-01 0.556 0.376 0.068
#> SRR1406502 2 0.608 4.00e-01 0.388 0.612 0.000
#> SRR607502 2 0.662 6.19e-01 0.164 0.748 0.088
#> SRR602951 2 0.567 5.67e-01 0.060 0.800 0.140
#> SRR1402922 1 0.593 5.40e-01 0.696 0.296 0.008
#> SRR1314071 2 0.878 2.55e-01 0.368 0.512 0.120
#> SRR1374778 2 0.666 2.70e-02 0.464 0.528 0.008
#> SRR1089926 2 0.577 5.50e-01 0.260 0.728 0.012
#> SRR1437056 2 0.468 6.08e-01 0.140 0.836 0.024
#> SRR1366772 2 0.569 6.17e-01 0.184 0.780 0.036
#> SRR1487465 2 0.943 3.11e-01 0.260 0.504 0.236
#> SRR2166006 1 0.694 9.26e-02 0.520 0.464 0.016
#> SRR1341034 2 0.631 5.78e-02 0.012 0.660 0.328
#> SRR1460235 1 0.447 6.94e-01 0.828 0.164 0.008
#> SRR1368917 1 0.497 6.95e-01 0.800 0.188 0.012
#> SRR1457197 2 0.645 4.66e-01 0.056 0.740 0.204
#> SRR1433311 2 0.475 6.07e-01 0.144 0.832 0.024
#> SRR656373 3 0.528 7.73e-01 0.024 0.180 0.796
#> SRR1454265 1 0.416 6.96e-01 0.848 0.144 0.008
#> SRR1454498 2 0.468 6.08e-01 0.140 0.836 0.024
#> SRR661711 1 0.648 5.97e-01 0.680 0.296 0.024
#> SRR661493 1 0.416 6.96e-01 0.848 0.144 0.008
#> SRR1356120 1 0.355 6.96e-01 0.868 0.132 0.000
#> SRR1381414 2 0.639 3.59e-01 0.412 0.584 0.004
#> SRR1350263 2 0.480 6.08e-01 0.132 0.836 0.032
#> SRR1327349 2 0.684 -1.52e-01 0.016 0.572 0.412
#> SRR1476348 2 0.603 6.25e-01 0.164 0.776 0.060
#> SRR656035 1 0.304 6.86e-01 0.896 0.104 0.000
#> SRR2165896 1 0.550 5.76e-01 0.708 0.292 0.000
#> SRR601549 2 0.662 6.19e-01 0.164 0.748 0.088
#> SRR658573 2 0.569 6.03e-01 0.224 0.756 0.020
#> SRR1393470 2 0.596 6.22e-01 0.136 0.788 0.076
#> SRR1381247 2 0.480 6.13e-01 0.132 0.836 0.032
#> SRR1322790 2 0.454 6.06e-01 0.148 0.836 0.016
#> SRR1404044 1 0.478 6.96e-01 0.820 0.164 0.016
#> SRR1487728 1 0.473 6.43e-01 0.800 0.196 0.004
#> SRR1419593 1 0.268 6.58e-01 0.920 0.076 0.004
#> SRR1434689 2 0.520 5.95e-01 0.236 0.760 0.004
#> SRR1349540 1 0.594 6.56e-01 0.732 0.248 0.020
#> SRR1377967 2 0.638 4.41e-01 0.368 0.624 0.008
#> SRR662510 1 0.618 2.94e-01 0.584 0.416 0.000
#> SRR1370151 2 0.600 6.24e-01 0.156 0.780 0.064
#> SRR809043 2 0.738 -2.72e-01 0.032 0.516 0.452
#> SRR659578 1 0.578 5.97e-01 0.696 0.300 0.004
#> SRR1339413 1 0.662 1.63e-01 0.556 0.436 0.008
#> SRR1434760 1 0.497 6.71e-01 0.800 0.188 0.012
#> SRR660079 1 0.369 6.96e-01 0.860 0.140 0.000
#> SRR1465153 3 0.369 8.22e-01 0.000 0.140 0.860
#> SRR1340924 1 0.486 6.92e-01 0.800 0.192 0.008
#> SRR1073267 2 0.547 6.23e-01 0.112 0.816 0.072
#> SRR1418688 2 0.576 5.72e-01 0.208 0.764 0.028
#> SRR602338 1 0.357 6.90e-01 0.876 0.120 0.004
#> SRR1323936 3 0.455 8.11e-01 0.000 0.200 0.800
#> SRR1313789 1 0.663 1.43e-01 0.552 0.440 0.008
#> SRR614275 2 0.533 5.80e-01 0.060 0.820 0.120
#> SRR601962 2 0.852 -1.72e-01 0.452 0.456 0.092
#> SRR663795 2 0.979 2.56e-01 0.280 0.436 0.284
#> SRR1418650 2 0.645 5.28e-01 0.308 0.672 0.020
#> SRR655780 2 0.707 1.28e-01 0.476 0.504 0.020
#> SRR661794 1 0.429 6.96e-01 0.840 0.152 0.008
#> SRR1339508 2 0.474 6.08e-01 0.136 0.836 0.028
#> SRR1501097 2 0.633 3.94e-01 0.396 0.600 0.004
#> SRR1358459 2 0.662 3.60e-01 0.388 0.600 0.012
#> SRR1333550 2 0.640 4.38e-01 0.372 0.620 0.008
#> SRR821148 1 0.116 6.22e-01 0.972 0.028 0.000
#> SRR808658 1 0.655 3.56e-01 0.580 0.412 0.008
#> SRR598100 2 0.864 -1.40e-01 0.440 0.460 0.100
#> SRR1475281 2 0.662 3.60e-01 0.388 0.600 0.012
#> SRR1469477 2 0.551 6.15e-01 0.136 0.808 0.056
#> SRR1468184 2 0.524 5.93e-01 0.240 0.756 0.004
#> SRR1415660 3 0.652 4.43e-01 0.004 0.496 0.500
#> SRR816892 2 0.610 6.10e-01 0.120 0.784 0.096
#> SRR1447325 3 0.210 8.23e-01 0.004 0.052 0.944
#> SRR1415980 1 0.852 2.07e-01 0.468 0.440 0.092
#> SRR658021 1 0.496 6.72e-01 0.792 0.200 0.008
#> SRR1356308 2 0.606 4.84e-01 0.340 0.656 0.004
#> SRR1443695 1 0.772 4.07e-01 0.552 0.396 0.052
#> SRR1083031 1 0.639 3.30e-01 0.584 0.412 0.004
#> SRR1466177 1 0.665 8.55e-02 0.536 0.456 0.008
#> SRR1346978 2 0.633 3.94e-01 0.396 0.600 0.004
#> SRR607705 1 0.631 8.83e-02 0.504 0.496 0.000
#> SRR598364 1 0.807 2.03e-01 0.472 0.464 0.064
#> SRR603036 1 0.286 6.66e-01 0.912 0.084 0.004
#> SRR604342 3 0.140 8.12e-01 0.004 0.028 0.968
#> SRR1365850 2 0.618 3.82e-02 0.008 0.660 0.332
#> SRR1335940 1 0.775 3.84e-01 0.544 0.404 0.052
#> SRR1436515 1 0.228 6.45e-01 0.940 0.052 0.008
#> SRR1367612 2 0.645 5.52e-01 0.292 0.684 0.024
#> SRR1411002 1 0.625 6.31e-01 0.708 0.268 0.024
#> SRR1446606 2 0.518 6.27e-01 0.164 0.808 0.028
#> SRR1350936 1 0.343 6.65e-01 0.884 0.112 0.004
#> SRR1351257 2 0.654 4.58e-01 0.344 0.640 0.016
#> SRR1316793 2 0.680 3.25e-01 0.368 0.612 0.020
#> SRR1090815 1 0.501 6.91e-01 0.804 0.180 0.016
#> SRR657845 1 0.153 6.41e-01 0.960 0.040 0.000
#> SRR1408633 2 0.615 5.24e-02 0.008 0.664 0.328
#> SRR1398971 3 0.538 7.70e-01 0.024 0.188 0.788
#> SRR1399457 2 0.610 3.97e-01 0.392 0.608 0.000
#> SRR1073341 1 0.296 6.81e-01 0.900 0.100 0.000
#> SRR810805 1 0.642 6.28e-01 0.708 0.260 0.032
#> SRR1309657 1 0.726 5.62e-01 0.636 0.316 0.048
#> SRR820186 1 0.535 6.93e-01 0.796 0.176 0.028
#> SRR1388913 2 0.649 5.85e-01 0.096 0.760 0.144
#> SRR1396270 2 0.585 6.12e-01 0.140 0.792 0.068
#> SRR613402 2 0.682 4.77e-01 0.348 0.628 0.024
#> SRR614912 2 0.767 5.32e-01 0.300 0.628 0.072
#> SRR1478410 2 0.688 -8.52e-05 0.024 0.616 0.360
#> SRR613975 2 0.631 4.03e-01 0.392 0.604 0.004
#> SRR1441631 2 0.577 5.68e-01 0.232 0.748 0.020
#> SRR1088044 2 0.529 6.00e-01 0.228 0.764 0.008
#> SRR1082909 1 0.803 3.81e-01 0.540 0.392 0.068
#> SRR1392007 2 0.627 -3.30e-01 0.000 0.548 0.452
#> SRR2166524 2 0.707 1.03e-01 0.468 0.512 0.020
#> SRR1445765 1 0.495 6.92e-01 0.808 0.176 0.016
#> SRR819867 2 0.604 6.17e-01 0.172 0.772 0.056
#> SRR1339675 1 0.786 4.35e-01 0.572 0.364 0.064
#> SRR1085687 2 0.632 6.15e-01 0.172 0.760 0.068
#> SRR597952 2 0.659 3.18e-01 0.424 0.568 0.008
#> SRR1376497 2 0.680 3.25e-01 0.368 0.612 0.020
#> SRR813848 3 0.153 8.16e-01 0.004 0.032 0.964
#> SRR1379471 1 0.364 6.94e-01 0.872 0.124 0.004
#> SRR1070960 1 0.622 6.36e-01 0.712 0.264 0.024
#> SRR615285 2 0.666 2.70e-02 0.464 0.528 0.008
#> SRR1325353 1 0.129 6.27e-01 0.968 0.032 0.000
#> SRR1470682 2 0.571 6.13e-01 0.204 0.768 0.028
#> SRR615886 1 0.382 6.97e-01 0.852 0.148 0.000
#> SRR1397649 2 0.625 4.26e-01 0.376 0.620 0.004
#> SRR819690 1 0.452 6.94e-01 0.816 0.180 0.004
#> SRR1336113 2 0.764 4.72e-01 0.320 0.616 0.064
#> SRR1396570 2 0.650 3.87e-01 0.396 0.596 0.008
#> SRR1327366 3 0.627 5.39e-01 0.000 0.452 0.548
#> SRR1317218 2 0.625 4.26e-01 0.376 0.620 0.004
#> SRR1352001 1 0.362 6.99e-01 0.864 0.136 0.000
#> SRR1469791 2 0.611 6.19e-01 0.116 0.784 0.100
#> SRR1388046 1 0.507 6.23e-01 0.772 0.224 0.004
#> SRR655076 1 0.605 5.46e-01 0.696 0.292 0.012
#> SRR1464353 2 0.605 5.39e-01 0.292 0.696 0.012
#> SRR654754 1 0.560 6.71e-01 0.756 0.228 0.016
#> SRR599412 1 0.782 4.17e-01 0.564 0.376 0.060
#> SRR2166308 2 0.577 5.50e-01 0.260 0.728 0.012
#> SRR655696 1 0.798 4.28e-01 0.556 0.376 0.068
#> SRR602978 2 0.668 3.74e-01 0.404 0.584 0.012
#> SRR1323850 2 0.600 6.24e-01 0.156 0.780 0.064
#> SRR1365512 2 0.471 6.09e-01 0.120 0.844 0.036
#> SRR663380 1 0.368 6.72e-01 0.876 0.116 0.008
#> SRR1410469 2 0.505 6.24e-01 0.164 0.812 0.024
#> SRR659259 3 0.522 7.77e-01 0.000 0.260 0.740
#> SRR1421223 2 0.583 6.21e-01 0.204 0.764 0.032
#> SRR1092567 2 0.482 6.08e-01 0.120 0.840 0.040
#> SRR1472598 2 0.468 6.21e-01 0.132 0.840 0.028
#> SRR1069279 2 0.536 6.09e-01 0.220 0.768 0.012
#> SRR1351624 2 0.531 6.11e-01 0.216 0.772 0.012
#> SRR1342938 2 0.468 6.08e-01 0.140 0.836 0.024
#> SRR599346 2 0.674 3.13e-01 0.428 0.560 0.012
#> SRR1359045 2 0.884 -1.24e-01 0.436 0.448 0.116
#> SRR601843 1 0.501 6.85e-01 0.788 0.204 0.008
#> SRR1318898 1 0.783 3.87e-01 0.540 0.404 0.056
#> SRR1455104 1 0.682 5.30e-01 0.628 0.348 0.024
#> SRR598565 2 0.962 2.99e-01 0.256 0.472 0.272
#> SRR1315188 2 0.650 5.78e-01 0.100 0.760 0.140
#> SRR1409875 2 0.672 3.90e-01 0.048 0.704 0.248
#> SRR1348270 2 0.626 4.19e-01 0.380 0.616 0.004
#> SRR602389 1 0.716 5.55e-01 0.640 0.316 0.044
#> SRR1451857 2 0.607 5.97e-01 0.236 0.736 0.028
#> SRR1436629 2 0.636 3.77e-01 0.404 0.592 0.004
#> SRR1349144 1 0.103 6.20e-01 0.976 0.024 0.000
#> SRR615491 3 0.230 8.25e-01 0.004 0.060 0.936
#> SRR1095937 1 0.218 5.94e-01 0.948 0.032 0.020
#> SRR1473295 1 0.532 6.62e-01 0.780 0.204 0.016
#> SRR1457972 2 0.536 6.14e-01 0.196 0.784 0.020
#> SRR1475430 2 0.599 6.24e-01 0.168 0.776 0.056
#> SRR2164562 1 0.687 3.86e-01 0.596 0.384 0.020
#> SRR665490 1 0.103 6.20e-01 0.976 0.024 0.000
#> SRR1434182 2 0.661 2.86e-02 0.016 0.628 0.356
#> SRR1458506 1 0.733 5.46e-01 0.624 0.328 0.048
#> SRR808886 2 0.468 6.21e-01 0.132 0.840 0.028
#> SRR1329442 1 0.799 2.54e-01 0.492 0.448 0.060
#> SRR1457925 1 0.756 4.10e-01 0.556 0.400 0.044
#> SRR1434910 2 0.580 6.09e-01 0.212 0.760 0.028
#> SRR614107 2 0.655 3.78e-01 0.044 0.716 0.240
#> SRR1323914 1 0.662 1.55e-01 0.556 0.436 0.008
#> SRR1323065 1 0.694 6.17e-01 0.680 0.272 0.048
#> SRR1309578 1 0.665 8.55e-02 0.536 0.456 0.008
#> SRR1500908 1 0.814 2.19e-01 0.480 0.452 0.068
#> SRR1076753 1 0.312 6.84e-01 0.892 0.108 0.000
#> SRR1327410 2 0.545 6.25e-01 0.116 0.816 0.068
#> SRR608064 1 0.801 4.12e-01 0.548 0.384 0.068
#> SRR608512 1 0.737 4.90e-01 0.604 0.352 0.044
#> SRR2167551 1 0.625 4.27e-01 0.620 0.376 0.004
#> SRR1394872 1 0.625 6.31e-01 0.708 0.268 0.024
#> SRR1345669 1 0.541 6.71e-01 0.764 0.224 0.012
#> SRR1367588 1 0.631 8.83e-02 0.504 0.496 0.000
#> SRR1387724 2 0.480 6.08e-01 0.132 0.836 0.032
#> SRR660438 1 0.631 5.18e-01 0.676 0.308 0.016
#> SRR1310758 2 0.650 4.74e-01 0.336 0.648 0.016
#> SRR601525 2 0.695 1.11e-01 0.480 0.504 0.016
#> SRR818749 1 0.834 2.21e-01 0.476 0.444 0.080
#> SRR604294 2 0.820 2.64e-01 0.356 0.560 0.084
#> SRR1322494 2 0.749 5.72e-01 0.256 0.664 0.080
#> SRR1377949 2 0.511 6.24e-01 0.168 0.808 0.024
#> SRR1317001 1 0.453 6.98e-01 0.824 0.168 0.008
#> SRR1311897 1 0.385 6.96e-01 0.860 0.136 0.004
#> SRR1308715 1 0.662 1.63e-01 0.556 0.436 0.008
#> SRR1415195 3 0.176 8.22e-01 0.004 0.040 0.956
#> SRR1380163 2 0.779 5.47e-01 0.284 0.632 0.084
#> SRR1480611 1 0.312 6.83e-01 0.892 0.108 0.000
#> SRR603834 1 0.400 6.75e-01 0.840 0.160 0.000
#> SRR1341256 2 0.655 3.58e-01 0.412 0.580 0.008
#> SRR613795 1 0.417 6.91e-01 0.840 0.156 0.004
#> SRR659744 2 0.633 5.12e-01 0.332 0.656 0.012
#> SRR1479549 1 0.240 6.45e-01 0.932 0.064 0.004
#> SRR613258 1 0.583 6.04e-01 0.708 0.284 0.008
#> SRR1088808 3 0.538 7.70e-01 0.024 0.188 0.788
#> SRR1329068 2 0.655 6.11e-01 0.148 0.756 0.096
#> SRR1480565 2 0.585 6.20e-01 0.180 0.776 0.044
#> SRR1337137 3 0.627 5.39e-01 0.000 0.452 0.548
#> SRR1099520 1 0.369 6.97e-01 0.860 0.140 0.000
#> SRR603942 2 0.984 2.46e-01 0.280 0.424 0.296
#> SRR1440625 2 0.468 6.19e-01 0.132 0.840 0.028
#> SRR1391700 1 0.103 6.20e-01 0.976 0.024 0.000
#> SRR657360 1 0.319 6.86e-01 0.888 0.112 0.000
#> SRR1473443 2 0.511 6.24e-01 0.168 0.808 0.024
#> SRR1498438 2 0.504 6.12e-01 0.104 0.836 0.060
#> SRR1394655 3 0.220 8.24e-01 0.004 0.056 0.940
#> SRR1322437 3 0.484 8.05e-01 0.000 0.224 0.776
#> SRR660236 3 0.210 8.23e-01 0.004 0.052 0.944
#> SRR1466338 2 0.511 6.24e-01 0.168 0.808 0.024
#> SRR604148 1 0.807 4.19e-01 0.548 0.380 0.072
#> SRR1334939 1 0.653 3.64e-01 0.588 0.404 0.008
#> SRR1349497 1 0.700 5.96e-01 0.664 0.292 0.044
#> SRR1360523 1 0.491 6.93e-01 0.804 0.184 0.012
#> SRR1446114 2 0.748 2.94e-01 0.060 0.632 0.308
#> SRR1339366 2 0.643 4.23e-01 0.380 0.612 0.008
#> SRR656469 1 0.631 8.83e-02 0.504 0.496 0.000
#> SRR1389868 1 0.341 6.94e-01 0.876 0.124 0.000
#> SRR1390265 2 0.643 4.23e-01 0.380 0.612 0.008
#> SRR1364935 2 0.656 -2.47e-01 0.008 0.576 0.416
#> SRR1469102 1 0.355 6.98e-01 0.868 0.132 0.000
#> SRR1440584 2 0.633 3.99e-01 0.396 0.600 0.004
#> SRR1459697 2 0.804 5.70e-01 0.248 0.636 0.116
#> SRR1352575 1 0.164 6.41e-01 0.956 0.044 0.000
#> SRR613711 2 0.634 3.84e-01 0.400 0.596 0.004
#> SRR614023 1 0.385 6.96e-01 0.860 0.136 0.004
#> SRR1316174 2 0.879 -8.53e-02 0.428 0.460 0.112
#> SRR603268 2 0.633 5.12e-01 0.332 0.656 0.012
#> SRR1486044 2 0.805 5.57e-01 0.264 0.628 0.108
#> SRR1441483 2 0.650 2.00e-01 0.464 0.532 0.004
#> SRR1074189 1 0.583 6.04e-01 0.708 0.284 0.008
#> SRR665646 1 0.748 5.04e-01 0.596 0.356 0.048
#> SRR1404931 3 0.706 4.70e-01 0.024 0.404 0.572
#> SRR1431552 3 0.210 8.23e-01 0.004 0.052 0.944
#> SRR1479085 2 0.782 4.73e-01 0.324 0.604 0.072
#> SRR1322711 2 0.540 5.82e-01 0.256 0.740 0.004
#> SRR1404988 2 0.627 1.73e-03 0.008 0.644 0.348
#> SRR1419848 2 0.670 6.20e-01 0.164 0.744 0.092
#> SRR1332713 3 0.220 8.24e-01 0.004 0.056 0.940
#> SRR1070863 1 0.403 6.96e-01 0.856 0.136 0.008
#> SRR659947 1 0.618 5.34e-01 0.660 0.332 0.008
#> SRR1414356 1 0.897 2.05e-01 0.464 0.408 0.128
#> SRR599122 2 0.484 6.06e-01 0.168 0.816 0.016
#> SRR1344100 2 0.775 1.36e-01 0.452 0.500 0.048
#> SRR613018 2 0.645 4.66e-01 0.056 0.740 0.204
#> SRR1456591 1 0.378 6.94e-01 0.864 0.132 0.004
#> SRR1368710 1 0.662 1.63e-01 0.556 0.436 0.008
#> SRR1397885 1 0.856 2.57e-01 0.484 0.420 0.096
#> SRR1319283 1 0.528 6.20e-01 0.796 0.180 0.024
#> SRR1349518 2 0.645 4.22e-01 0.384 0.608 0.008
#> SRR1471267 1 0.103 6.20e-01 0.976 0.024 0.000
#> SRR655277 1 0.748 5.04e-01 0.596 0.356 0.048
#> SRR1455436 2 0.621 6.18e-01 0.136 0.776 0.088
#> SRR658009 1 0.560 6.71e-01 0.756 0.228 0.016
#> SRR1331383 3 0.480 8.07e-01 0.000 0.220 0.780
#> SRR1394894 2 0.729 2.00e-01 0.408 0.560 0.032
#> SRR659133 3 0.210 8.23e-01 0.004 0.052 0.944
#> SRR660212 2 0.666 2.70e-02 0.464 0.528 0.008
#> SRR657821 1 0.215 5.96e-01 0.948 0.036 0.016
#> SRR1379279 2 0.595 5.73e-01 0.280 0.708 0.012
#> SRR663149 1 0.694 9.26e-02 0.520 0.464 0.016
#> SRR1413032 2 0.500 6.24e-01 0.152 0.820 0.028
#> SRR1377557 1 0.288 6.75e-01 0.904 0.096 0.000
#> SRR1335296 2 0.626 4.19e-01 0.380 0.616 0.004
#> SRR1407273 1 0.621 2.93e-01 0.572 0.428 0.000
#> SRR657101 1 0.602 5.61e-01 0.700 0.288 0.012
#> SRR1350588 2 0.590 6.01e-01 0.176 0.776 0.048
#> SRR1368486 1 0.378 6.75e-01 0.864 0.132 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.577 0.56171 0.672 0.032 0.280 0.016
#> SRR1499543 1 0.561 0.59251 0.704 0.036 0.244 0.016
#> SRR1443419 1 0.761 -0.03699 0.476 0.256 0.268 0.000
#> SRR657372 3 0.935 0.26592 0.276 0.124 0.408 0.192
#> SRR661409 3 0.823 0.28444 0.308 0.188 0.472 0.032
#> SRR1409721 2 0.757 0.55516 0.248 0.484 0.268 0.000
#> SRR1391678 1 0.360 0.67021 0.848 0.028 0.124 0.000
#> SRR1392030 1 0.504 0.62168 0.748 0.028 0.212 0.012
#> SRR1453787 1 0.308 0.59807 0.884 0.084 0.032 0.000
#> SRR654969 1 0.401 0.65511 0.836 0.064 0.100 0.000
#> SRR1435113 4 0.384 0.82980 0.000 0.128 0.036 0.836
#> SRR601359 1 0.740 0.35985 0.512 0.056 0.380 0.052
#> SRR663392 2 0.853 0.30728 0.096 0.528 0.228 0.148
#> SRR1374716 4 0.536 0.76732 0.004 0.304 0.024 0.668
#> SRR601157 1 0.711 0.39942 0.536 0.048 0.372 0.044
#> SRR615347 1 0.790 -0.42635 0.368 0.336 0.296 0.000
#> SRR1329464 1 0.396 0.66031 0.820 0.028 0.152 0.000
#> SRR1357344 1 0.486 0.50269 0.768 0.172 0.060 0.000
#> SRR1365356 3 0.293 0.54671 0.108 0.012 0.880 0.000
#> SRR598068 3 0.530 0.53511 0.172 0.048 0.760 0.020
#> SRR810343 1 0.615 0.50747 0.620 0.044 0.324 0.012
#> SRR1431991 1 0.280 0.66834 0.892 0.016 0.092 0.000
#> SRR1312024 3 0.780 0.27638 0.320 0.116 0.524 0.040
#> SRR1499699 1 0.367 0.62785 0.856 0.056 0.088 0.000
#> SRR1397861 1 0.214 0.66161 0.928 0.016 0.056 0.000
#> SRR1479663 1 0.769 -0.17000 0.456 0.280 0.264 0.000
#> SRR1475483 1 0.368 0.66162 0.840 0.016 0.140 0.004
#> SRR603726 3 0.902 0.23578 0.296 0.104 0.440 0.160
#> SRR663368 1 0.599 0.55780 0.656 0.040 0.288 0.016
#> SRR1354225 2 0.685 -0.46857 0.008 0.464 0.076 0.452
#> SRR1089809 3 0.842 0.18880 0.044 0.328 0.452 0.176
#> SRR1338901 3 0.805 -0.30372 0.192 0.388 0.404 0.016
#> SRR598645 3 0.499 0.50439 0.040 0.068 0.808 0.084
#> SRR656528 3 0.643 0.33899 0.336 0.064 0.592 0.008
#> SRR809503 1 0.401 0.65511 0.836 0.064 0.100 0.000
#> SRR659923 2 0.783 0.54793 0.272 0.460 0.264 0.004
#> SRR1498226 1 0.194 0.64791 0.940 0.028 0.032 0.000
#> SRR1319858 1 0.415 0.66117 0.828 0.044 0.124 0.004
#> SRR1350566 1 0.473 0.63178 0.772 0.028 0.192 0.008
#> SRR614743 3 0.808 -0.27524 0.004 0.332 0.336 0.328
#> SRR1406307 1 0.366 0.66216 0.836 0.012 0.148 0.004
#> SRR1348318 1 0.745 0.28851 0.476 0.060 0.416 0.048
#> SRR1343433 1 0.424 0.65144 0.812 0.032 0.152 0.004
#> SRR1342088 3 0.501 0.49760 0.092 0.124 0.780 0.004
#> SRR1404384 1 0.772 0.03032 0.452 0.200 0.344 0.004
#> SRR655495 3 0.772 0.26530 0.020 0.260 0.540 0.180
#> SRR812270 3 0.808 -0.25847 0.004 0.320 0.344 0.332
#> SRR821176 2 0.793 0.54200 0.252 0.512 0.216 0.020
#> SRR807799 2 0.783 0.51723 0.300 0.412 0.288 0.000
#> SRR814919 1 0.571 0.56142 0.712 0.108 0.180 0.000
#> SRR1415274 1 0.784 0.28048 0.468 0.072 0.396 0.064
#> SRR1491275 1 0.486 0.50269 0.768 0.172 0.060 0.000
#> SRR659851 1 0.511 0.63915 0.736 0.052 0.212 0.000
#> SRR1337364 1 0.617 0.53400 0.636 0.052 0.300 0.012
#> SRR1414471 1 0.222 0.65082 0.928 0.032 0.040 0.000
#> SRR1471862 1 0.734 0.36137 0.512 0.056 0.384 0.048
#> SRR1456208 3 0.759 0.31386 0.280 0.064 0.576 0.080
#> SRR1393428 3 0.851 0.34902 0.136 0.228 0.532 0.104
#> SRR1327632 1 0.673 0.47915 0.592 0.044 0.328 0.036
#> SRR608120 1 0.308 0.59807 0.884 0.084 0.032 0.000
#> SRR607679 2 0.696 -0.44626 0.012 0.472 0.076 0.440
#> SRR1359529 1 0.710 0.22038 0.492 0.132 0.376 0.000
#> SRR1330305 1 0.763 -0.07970 0.472 0.268 0.260 0.000
#> SRR1436042 1 0.701 0.45815 0.576 0.060 0.328 0.036
#> SRR656191 2 0.793 0.54220 0.252 0.512 0.216 0.020
#> SRR1419211 1 0.204 0.64655 0.936 0.032 0.032 0.000
#> SRR658117 1 0.674 0.31308 0.556 0.080 0.356 0.008
#> SRR1090770 1 0.282 0.66060 0.900 0.036 0.064 0.000
#> SRR657420 1 0.555 0.59634 0.700 0.036 0.252 0.012
#> SRR1398686 1 0.248 0.65734 0.916 0.032 0.052 0.000
#> SRR821207 1 0.281 0.66603 0.896 0.024 0.080 0.000
#> SRR1074694 3 0.743 0.30152 0.328 0.164 0.504 0.004
#> SRR1413851 1 0.778 -0.30485 0.424 0.312 0.264 0.000
#> SRR1319924 2 0.779 0.52604 0.296 0.424 0.280 0.000
#> SRR1361050 1 0.294 0.64392 0.892 0.032 0.076 0.000
#> SRR1095792 3 0.583 0.44319 0.116 0.164 0.716 0.004
#> SRR1476903 1 0.652 0.49150 0.596 0.040 0.336 0.028
#> SRR1406502 2 0.790 0.41759 0.324 0.368 0.308 0.000
#> SRR607502 3 0.835 0.15373 0.156 0.308 0.484 0.052
#> SRR602951 3 0.539 0.49446 0.040 0.080 0.784 0.096
#> SRR1402922 1 0.690 0.35983 0.584 0.160 0.256 0.000
#> SRR1314071 3 0.884 0.12800 0.364 0.212 0.368 0.056
#> SRR1374778 3 0.659 -0.00172 0.424 0.080 0.496 0.000
#> SRR1089926 3 0.471 0.50513 0.236 0.024 0.740 0.000
#> SRR1437056 3 0.305 0.54621 0.108 0.016 0.876 0.000
#> SRR1366772 2 0.724 0.49157 0.148 0.560 0.284 0.008
#> SRR1487465 3 0.902 0.23578 0.296 0.104 0.440 0.160
#> SRR2166006 1 0.761 0.12371 0.468 0.232 0.300 0.000
#> SRR1341034 2 0.762 0.05286 0.012 0.520 0.172 0.296
#> SRR1460235 1 0.363 0.66426 0.848 0.020 0.128 0.004
#> SRR1368917 1 0.378 0.66767 0.844 0.028 0.124 0.004
#> SRR1457197 3 0.824 0.24528 0.048 0.296 0.500 0.156
#> SRR1433311 3 0.293 0.54671 0.108 0.012 0.880 0.000
#> SRR656373 4 0.739 0.66060 0.036 0.192 0.156 0.616
#> SRR1454265 1 0.286 0.66492 0.888 0.016 0.096 0.000
#> SRR1454498 3 0.305 0.54621 0.108 0.016 0.876 0.000
#> SRR661711 1 0.502 0.60215 0.724 0.036 0.240 0.000
#> SRR661493 1 0.286 0.66492 0.888 0.016 0.096 0.000
#> SRR1356120 1 0.252 0.66608 0.908 0.016 0.076 0.000
#> SRR1381414 2 0.787 0.48310 0.336 0.384 0.280 0.000
#> SRR1350263 3 0.346 0.54870 0.096 0.032 0.868 0.004
#> SRR1327349 2 0.797 -0.17647 0.024 0.480 0.164 0.332
#> SRR1476348 2 0.824 0.37330 0.156 0.464 0.340 0.040
#> SRR656035 1 0.222 0.66052 0.924 0.016 0.060 0.000
#> SRR2165896 1 0.631 0.48407 0.648 0.120 0.232 0.000
#> SRR601549 3 0.836 0.13924 0.156 0.312 0.480 0.052
#> SRR658573 2 0.730 0.52464 0.188 0.524 0.288 0.000
#> SRR1393470 2 0.808 0.19944 0.120 0.444 0.392 0.044
#> SRR1381247 3 0.377 0.54521 0.104 0.040 0.852 0.004
#> SRR1322790 3 0.338 0.54518 0.116 0.024 0.860 0.000
#> SRR1404044 1 0.305 0.66719 0.872 0.012 0.116 0.000
#> SRR1487728 1 0.442 0.60914 0.796 0.044 0.160 0.000
#> SRR1419593 1 0.308 0.63167 0.888 0.048 0.064 0.000
#> SRR1434689 2 0.761 0.52176 0.200 0.492 0.304 0.004
#> SRR1349540 1 0.469 0.63937 0.756 0.032 0.212 0.000
#> SRR1377967 2 0.777 0.53206 0.292 0.432 0.276 0.000
#> SRR662510 1 0.742 0.15948 0.516 0.244 0.240 0.000
#> SRR1370151 2 0.814 0.36797 0.152 0.468 0.344 0.036
#> SRR809043 3 0.801 -0.15983 0.024 0.156 0.412 0.408
#> SRR659578 1 0.588 0.56638 0.700 0.128 0.172 0.000
#> SRR1339413 1 0.769 -0.15819 0.456 0.276 0.268 0.000
#> SRR1434760 1 0.436 0.64116 0.804 0.048 0.148 0.000
#> SRR660079 1 0.311 0.66558 0.884 0.036 0.080 0.000
#> SRR1465153 4 0.384 0.82980 0.000 0.128 0.036 0.836
#> SRR1340924 1 0.386 0.66355 0.832 0.032 0.136 0.000
#> SRR1073267 3 0.788 0.11653 0.108 0.308 0.532 0.052
#> SRR1418688 3 0.447 0.51528 0.172 0.040 0.788 0.000
#> SRR602338 1 0.241 0.66348 0.916 0.020 0.064 0.000
#> SRR1323936 4 0.499 0.79399 0.000 0.260 0.028 0.712
#> SRR1313789 1 0.771 -0.19181 0.448 0.292 0.260 0.000
#> SRR614275 3 0.499 0.50439 0.040 0.068 0.808 0.084
#> SRR601962 1 0.743 0.32178 0.496 0.056 0.396 0.052
#> SRR663795 3 0.930 0.19951 0.300 0.088 0.364 0.248
#> SRR1418650 2 0.757 0.55516 0.248 0.484 0.268 0.000
#> SRR655780 1 0.793 -0.28076 0.416 0.332 0.248 0.004
#> SRR661794 1 0.280 0.66518 0.888 0.012 0.100 0.000
#> SRR1339508 3 0.299 0.54550 0.104 0.016 0.880 0.000
#> SRR1501097 2 0.785 0.50648 0.316 0.400 0.284 0.000
#> SRR1358459 3 0.800 -0.04283 0.332 0.272 0.392 0.004
#> SRR1333550 2 0.806 0.40115 0.316 0.364 0.316 0.004
#> SRR821148 1 0.318 0.59974 0.880 0.084 0.036 0.000
#> SRR808658 1 0.718 0.27599 0.512 0.152 0.336 0.000
#> SRR598100 1 0.756 0.29756 0.484 0.060 0.400 0.056
#> SRR1475281 3 0.800 -0.04283 0.332 0.272 0.392 0.004
#> SRR1469477 3 0.455 0.54932 0.116 0.040 0.820 0.024
#> SRR1468184 2 0.735 0.52916 0.196 0.516 0.288 0.000
#> SRR1415660 2 0.707 -0.37836 0.008 0.480 0.096 0.416
#> SRR816892 2 0.834 0.27935 0.116 0.464 0.352 0.068
#> SRR1447325 4 0.162 0.85132 0.000 0.028 0.020 0.952
#> SRR1415980 1 0.734 0.36137 0.512 0.056 0.384 0.048
#> SRR658021 1 0.440 0.63010 0.800 0.048 0.152 0.000
#> SRR1356308 2 0.773 0.54276 0.272 0.444 0.284 0.000
#> SRR1443695 1 0.622 0.48942 0.588 0.040 0.360 0.012
#> SRR1083031 1 0.675 0.29711 0.540 0.104 0.356 0.000
#> SRR1466177 1 0.774 -0.24099 0.440 0.296 0.264 0.000
#> SRR1346978 2 0.785 0.50648 0.316 0.400 0.284 0.000
#> SRR607705 1 0.640 0.05344 0.472 0.064 0.464 0.000
#> SRR598364 1 0.701 0.33180 0.508 0.056 0.408 0.028
#> SRR603036 1 0.212 0.63972 0.932 0.040 0.028 0.000
#> SRR604342 4 0.292 0.81491 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1365850 2 0.764 0.03868 0.012 0.516 0.172 0.300
#> SRR1335940 1 0.642 0.46915 0.592 0.048 0.344 0.016
#> SRR1436515 1 0.316 0.62406 0.884 0.068 0.048 0.000
#> SRR1367612 2 0.772 0.55136 0.240 0.484 0.272 0.004
#> SRR1411002 1 0.479 0.61921 0.748 0.024 0.224 0.004
#> SRR1446606 3 0.595 0.42818 0.116 0.176 0.704 0.004
#> SRR1350936 1 0.294 0.63830 0.892 0.032 0.076 0.000
#> SRR1351257 3 0.743 0.30152 0.328 0.164 0.504 0.004
#> SRR1316793 3 0.633 0.28720 0.328 0.080 0.592 0.000
#> SRR1090815 1 0.400 0.66336 0.824 0.024 0.148 0.004
#> SRR657845 1 0.248 0.62297 0.916 0.052 0.032 0.000
#> SRR1408633 2 0.765 0.05142 0.012 0.516 0.176 0.296
#> SRR1398971 4 0.744 0.67085 0.036 0.208 0.148 0.608
#> SRR1399457 2 0.792 0.40395 0.328 0.352 0.320 0.000
#> SRR1073341 1 0.249 0.65286 0.916 0.036 0.048 0.000
#> SRR810805 1 0.506 0.62824 0.748 0.036 0.208 0.008
#> SRR1309657 1 0.569 0.57242 0.684 0.032 0.268 0.016
#> SRR820186 1 0.388 0.66572 0.836 0.020 0.136 0.008
#> SRR1388913 2 0.863 0.25743 0.096 0.464 0.324 0.116
#> SRR1396270 3 0.466 0.54986 0.116 0.032 0.816 0.036
#> SRR613402 2 0.787 0.54535 0.280 0.448 0.268 0.004
#> SRR614912 2 0.793 0.54220 0.252 0.512 0.216 0.020
#> SRR1478410 3 0.800 -0.15471 0.004 0.328 0.396 0.272
#> SRR613975 2 0.783 0.51390 0.312 0.408 0.280 0.000
#> SRR1441631 3 0.446 0.52169 0.188 0.032 0.780 0.000
#> SRR1088044 3 0.805 -0.30372 0.192 0.388 0.404 0.016
#> SRR1082909 1 0.664 0.46740 0.580 0.044 0.348 0.028
#> SRR1392007 2 0.703 -0.28100 0.008 0.528 0.100 0.364
#> SRR2166524 1 0.781 -0.25380 0.408 0.332 0.260 0.000
#> SRR1445765 1 0.405 0.66336 0.824 0.028 0.144 0.004
#> SRR819867 2 0.738 0.46917 0.140 0.576 0.264 0.020
#> SRR1339675 1 0.645 0.50010 0.612 0.040 0.320 0.028
#> SRR1085687 2 0.742 0.46370 0.144 0.584 0.248 0.024
#> SRR597952 1 0.790 -0.42635 0.368 0.336 0.296 0.000
#> SRR1376497 3 0.633 0.28720 0.328 0.080 0.592 0.000
#> SRR813848 4 0.140 0.84631 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1379471 1 0.212 0.66279 0.924 0.008 0.068 0.000
#> SRR1070960 1 0.471 0.63042 0.768 0.024 0.200 0.008
#> SRR615285 3 0.659 -0.00172 0.424 0.080 0.496 0.000
#> SRR1325353 1 0.301 0.60400 0.888 0.080 0.032 0.000
#> SRR1470682 2 0.711 0.51389 0.172 0.552 0.276 0.000
#> SRR615886 1 0.324 0.66666 0.876 0.036 0.088 0.000
#> SRR1397649 2 0.779 0.52718 0.296 0.424 0.280 0.000
#> SRR819690 1 0.307 0.66598 0.868 0.004 0.124 0.004
#> SRR1336113 2 0.876 0.22724 0.324 0.328 0.312 0.036
#> SRR1396570 2 0.790 0.41148 0.336 0.364 0.300 0.000
#> SRR1327366 2 0.685 -0.46857 0.008 0.464 0.076 0.452
#> SRR1317218 2 0.779 0.52718 0.296 0.424 0.280 0.000
#> SRR1352001 1 0.292 0.66909 0.884 0.016 0.100 0.000
#> SRR1469791 3 0.804 0.11718 0.112 0.344 0.492 0.052
#> SRR1388046 1 0.531 0.55213 0.748 0.144 0.108 0.000
#> SRR655076 1 0.682 0.37122 0.604 0.212 0.184 0.000
#> SRR1464353 2 0.777 0.55128 0.248 0.472 0.276 0.004
#> SRR654754 1 0.401 0.64864 0.800 0.016 0.184 0.000
#> SRR599412 1 0.695 0.48172 0.592 0.088 0.300 0.020
#> SRR2166308 3 0.471 0.50513 0.236 0.024 0.740 0.000
#> SRR655696 1 0.652 0.49150 0.596 0.040 0.336 0.028
#> SRR602978 2 0.784 0.49098 0.332 0.396 0.272 0.000
#> SRR1323850 2 0.814 0.36797 0.152 0.468 0.344 0.036
#> SRR1365512 3 0.329 0.54450 0.080 0.036 0.880 0.004
#> SRR663380 1 0.301 0.64650 0.888 0.032 0.080 0.000
#> SRR1410469 3 0.583 0.44319 0.116 0.164 0.716 0.004
#> SRR659259 4 0.619 0.74976 0.004 0.288 0.072 0.636
#> SRR1421223 3 0.793 -0.15731 0.172 0.384 0.428 0.016
#> SRR1092567 3 0.347 0.54321 0.080 0.044 0.872 0.004
#> SRR1472598 3 0.501 0.49760 0.092 0.124 0.780 0.004
#> SRR1069279 3 0.799 -0.24800 0.180 0.388 0.416 0.016
#> SRR1351624 3 0.796 -0.24952 0.176 0.388 0.420 0.016
#> SRR1342938 3 0.305 0.54621 0.108 0.016 0.876 0.000
#> SRR599346 2 0.781 0.41977 0.368 0.380 0.252 0.000
#> SRR1359045 1 0.784 0.28048 0.468 0.072 0.396 0.064
#> SRR601843 1 0.368 0.66138 0.840 0.016 0.140 0.004
#> SRR1318898 1 0.652 0.46617 0.588 0.048 0.344 0.020
#> SRR1455104 1 0.552 0.53899 0.652 0.028 0.316 0.004
#> SRR598565 3 0.925 0.25361 0.284 0.120 0.420 0.176
#> SRR1315188 3 0.607 0.47160 0.064 0.116 0.744 0.076
#> SRR1409875 3 0.844 0.19729 0.040 0.320 0.448 0.192
#> SRR1348270 2 0.783 0.51723 0.300 0.412 0.288 0.000
#> SRR602389 1 0.567 0.57323 0.684 0.036 0.268 0.012
#> SRR1451857 2 0.770 0.53305 0.208 0.504 0.280 0.008
#> SRR1436629 2 0.786 0.49828 0.324 0.392 0.284 0.000
#> SRR1349144 1 0.308 0.59807 0.884 0.084 0.032 0.000
#> SRR615491 4 0.250 0.84837 0.004 0.044 0.032 0.920
#> SRR1095937 1 0.465 0.50458 0.796 0.144 0.056 0.004
#> SRR1473295 1 0.519 0.59248 0.752 0.084 0.164 0.000
#> SRR1457972 2 0.729 0.50449 0.160 0.536 0.300 0.004
#> SRR1475430 3 0.735 0.37804 0.156 0.208 0.608 0.028
#> SRR2164562 1 0.674 0.31308 0.556 0.080 0.356 0.008
#> SRR665490 1 0.308 0.59807 0.884 0.084 0.032 0.000
#> SRR1434182 2 0.772 0.02177 0.020 0.528 0.164 0.288
#> SRR1458506 1 0.577 0.56171 0.672 0.032 0.280 0.016
#> SRR808886 3 0.501 0.49760 0.092 0.124 0.780 0.004
#> SRR1329442 1 0.671 0.37033 0.528 0.044 0.404 0.024
#> SRR1457925 1 0.633 0.48129 0.600 0.044 0.340 0.016
#> SRR1434910 2 0.758 0.52450 0.184 0.516 0.292 0.008
#> SRR614107 3 0.749 0.32077 0.020 0.228 0.576 0.176
#> SRR1323914 1 0.770 -0.18655 0.452 0.284 0.264 0.000
#> SRR1323065 1 0.526 0.61525 0.732 0.028 0.224 0.016
#> SRR1309578 1 0.774 -0.24099 0.440 0.296 0.264 0.000
#> SRR1500908 1 0.693 0.37312 0.524 0.048 0.396 0.032
#> SRR1076753 1 0.206 0.65957 0.932 0.016 0.052 0.000
#> SRR1327410 3 0.782 0.09801 0.112 0.316 0.528 0.044
#> SRR608064 1 0.663 0.47849 0.584 0.044 0.344 0.028
#> SRR608512 1 0.659 0.49223 0.616 0.064 0.300 0.020
#> SRR2167551 1 0.670 0.36746 0.564 0.108 0.328 0.000
#> SRR1394872 1 0.479 0.61921 0.748 0.024 0.224 0.004
#> SRR1345669 1 0.404 0.64657 0.804 0.020 0.176 0.000
#> SRR1367588 1 0.640 0.05344 0.472 0.064 0.464 0.000
#> SRR1387724 3 0.346 0.54870 0.096 0.032 0.868 0.004
#> SRR660438 1 0.612 0.44498 0.640 0.084 0.276 0.000
#> SRR1310758 3 0.795 -0.04804 0.292 0.280 0.424 0.004
#> SRR601525 1 0.782 -0.21060 0.448 0.320 0.228 0.004
#> SRR818749 1 0.714 0.36720 0.516 0.056 0.392 0.036
#> SRR604294 3 0.838 0.06085 0.380 0.192 0.396 0.032
#> SRR1322494 2 0.819 0.52429 0.224 0.520 0.216 0.040
#> SRR1377949 3 0.592 0.43221 0.120 0.168 0.708 0.004
#> SRR1317001 1 0.322 0.66928 0.860 0.012 0.128 0.000
#> SRR1311897 1 0.234 0.66457 0.912 0.008 0.080 0.000
#> SRR1308715 1 0.769 -0.15819 0.456 0.276 0.268 0.000
#> SRR1415195 4 0.149 0.84777 0.000 0.044 0.004 0.952
#> SRR1380163 2 0.820 0.53344 0.240 0.508 0.216 0.036
#> SRR1480611 1 0.185 0.65878 0.940 0.012 0.048 0.000
#> SRR603834 1 0.373 0.64523 0.844 0.036 0.120 0.000
#> SRR1341256 2 0.790 0.45931 0.324 0.368 0.308 0.000
#> SRR613795 1 0.401 0.65511 0.836 0.064 0.100 0.000
#> SRR659744 2 0.778 0.51162 0.288 0.428 0.284 0.000
#> SRR1479549 1 0.361 0.61227 0.860 0.080 0.060 0.000
#> SRR613258 1 0.568 0.56079 0.716 0.112 0.172 0.000
#> SRR1088808 4 0.744 0.67085 0.036 0.208 0.148 0.608
#> SRR1329068 2 0.781 0.44062 0.140 0.564 0.252 0.044
#> SRR1480565 2 0.708 0.48990 0.152 0.572 0.272 0.004
#> SRR1337137 2 0.685 -0.46857 0.008 0.464 0.076 0.452
#> SRR1099520 1 0.234 0.66504 0.912 0.008 0.080 0.000
#> SRR603942 3 0.933 0.20050 0.300 0.088 0.352 0.260
#> SRR1440625 3 0.448 0.51975 0.088 0.092 0.816 0.004
#> SRR1391700 1 0.301 0.59982 0.888 0.080 0.032 0.000
#> SRR657360 1 0.238 0.65708 0.920 0.028 0.052 0.000
#> SRR1473443 3 0.592 0.43221 0.120 0.168 0.708 0.004
#> SRR1498438 3 0.492 0.52938 0.080 0.112 0.796 0.012
#> SRR1394655 4 0.211 0.85169 0.004 0.036 0.024 0.936
#> SRR1322437 4 0.532 0.78221 0.004 0.268 0.032 0.696
#> SRR660236 4 0.162 0.85132 0.000 0.028 0.020 0.952
#> SRR1466338 3 0.592 0.43221 0.120 0.168 0.708 0.004
#> SRR604148 1 0.680 0.47668 0.588 0.048 0.328 0.036
#> SRR1334939 1 0.711 0.26045 0.520 0.144 0.336 0.000
#> SRR1349497 1 0.561 0.59251 0.704 0.036 0.244 0.016
#> SRR1360523 1 0.350 0.66542 0.852 0.024 0.124 0.000
#> SRR1446114 2 0.875 0.15795 0.064 0.464 0.228 0.244
#> SRR1339366 2 0.782 0.52102 0.300 0.416 0.284 0.000
#> SRR656469 1 0.640 0.05344 0.472 0.064 0.464 0.000
#> SRR1389868 1 0.252 0.66552 0.912 0.024 0.064 0.000
#> SRR1390265 2 0.782 0.52102 0.300 0.416 0.284 0.000
#> SRR1364935 2 0.762 -0.19113 0.012 0.460 0.144 0.384
#> SRR1469102 1 0.286 0.66894 0.888 0.016 0.096 0.000
#> SRR1440584 2 0.789 0.48480 0.320 0.380 0.300 0.000
#> SRR1459697 2 0.830 0.49876 0.220 0.528 0.196 0.056
#> SRR1352575 1 0.256 0.62109 0.912 0.056 0.032 0.000
#> SRR613711 2 0.786 0.50179 0.320 0.396 0.284 0.000
#> SRR614023 1 0.295 0.66464 0.888 0.024 0.088 0.000
#> SRR1316174 1 0.774 0.23455 0.464 0.072 0.408 0.056
#> SRR603268 2 0.778 0.51162 0.288 0.428 0.284 0.000
#> SRR1486044 2 0.810 0.51003 0.220 0.540 0.196 0.044
#> SRR1441483 1 0.785 -0.45175 0.372 0.360 0.268 0.000
#> SRR1074189 1 0.568 0.56079 0.716 0.112 0.172 0.000
#> SRR665646 1 0.617 0.53400 0.636 0.052 0.300 0.012
#> SRR1404931 4 0.772 0.35132 0.016 0.168 0.304 0.512
#> SRR1431552 4 0.162 0.85132 0.000 0.028 0.020 0.952
#> SRR1479085 3 0.823 0.28444 0.308 0.188 0.472 0.032
#> SRR1322711 2 0.746 0.52737 0.208 0.496 0.296 0.000
#> SRR1404988 2 0.752 0.02426 0.012 0.536 0.164 0.288
#> SRR1419848 2 0.871 0.35993 0.140 0.452 0.324 0.084
#> SRR1332713 4 0.211 0.85169 0.004 0.036 0.024 0.936
#> SRR1070863 1 0.241 0.66518 0.908 0.008 0.084 0.000
#> SRR659947 1 0.655 0.48260 0.636 0.172 0.192 0.000
#> SRR1414356 1 0.805 0.31638 0.504 0.080 0.336 0.080
#> SRR599122 3 0.344 0.54505 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR1344100 1 0.810 -0.27392 0.400 0.364 0.224 0.012
#> SRR613018 3 0.824 0.24528 0.048 0.296 0.500 0.156
#> SRR1456591 1 0.254 0.66733 0.904 0.012 0.084 0.000
#> SRR1368710 1 0.769 -0.15819 0.456 0.276 0.268 0.000
#> SRR1397885 1 0.758 0.36399 0.520 0.072 0.356 0.052
#> SRR1319283 1 0.617 0.47807 0.684 0.188 0.124 0.004
#> SRR1349518 2 0.783 0.51820 0.312 0.408 0.280 0.000
#> SRR1471267 1 0.301 0.59982 0.888 0.080 0.032 0.000
#> SRR655277 1 0.617 0.53400 0.636 0.052 0.300 0.012
#> SRR1455436 2 0.835 0.30038 0.128 0.456 0.356 0.060
#> SRR658009 1 0.401 0.64864 0.800 0.016 0.184 0.000
#> SRR1331383 4 0.529 0.78533 0.004 0.264 0.032 0.700
#> SRR1394894 3 0.684 0.12643 0.392 0.080 0.520 0.008
#> SRR659133 4 0.162 0.85132 0.000 0.028 0.020 0.952
#> SRR660212 3 0.659 -0.00172 0.424 0.080 0.496 0.000
#> SRR657821 1 0.486 0.50269 0.768 0.172 0.060 0.000
#> SRR1379279 2 0.815 0.40917 0.240 0.396 0.352 0.012
#> SRR663149 1 0.761 0.12371 0.468 0.232 0.300 0.000
#> SRR1413032 3 0.563 0.45855 0.108 0.156 0.732 0.004
#> SRR1377557 1 0.194 0.64791 0.940 0.028 0.032 0.000
#> SRR1335296 2 0.783 0.51723 0.300 0.412 0.288 0.000
#> SRR1407273 1 0.713 0.24926 0.512 0.144 0.344 0.000
#> SRR657101 1 0.662 0.43400 0.624 0.156 0.220 0.000
#> SRR1350588 3 0.522 0.53495 0.172 0.044 0.764 0.020
#> SRR1368486 1 0.328 0.64314 0.872 0.032 0.096 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.617 0.586617 0.668 0.052 0.176 0.008 NA
#> SRR1499543 1 0.568 0.615077 0.700 0.048 0.148 0.000 NA
#> SRR1443419 2 0.647 0.438446 0.340 0.532 0.092 0.000 NA
#> SRR657372 3 0.914 0.229328 0.260 0.048 0.336 0.148 NA
#> SRR661409 3 0.866 0.304948 0.256 0.236 0.388 0.064 NA
#> SRR1409721 2 0.422 0.688967 0.132 0.796 0.004 0.060 NA
#> SRR1391678 1 0.420 0.694850 0.816 0.060 0.076 0.000 NA
#> SRR1392030 1 0.546 0.655603 0.736 0.048 0.136 0.012 NA
#> SRR1453787 1 0.454 0.581792 0.784 0.064 0.032 0.000 NA
#> SRR654969 1 0.495 0.651626 0.764 0.104 0.080 0.000 NA
#> SRR1435113 4 0.486 0.662524 0.000 0.040 0.012 0.696 NA
#> SRR601359 1 0.779 0.393528 0.504 0.060 0.268 0.036 NA
#> SRR663392 2 0.653 0.266738 0.052 0.564 0.024 0.324 NA
#> SRR1374716 4 0.328 0.659176 0.000 0.092 0.008 0.856 NA
#> SRR601157 1 0.759 0.430686 0.528 0.060 0.252 0.028 NA
#> SRR615347 2 0.615 0.613783 0.236 0.632 0.060 0.000 NA
#> SRR1329464 1 0.438 0.683847 0.804 0.056 0.088 0.000 NA
#> SRR1357344 1 0.644 0.392193 0.596 0.132 0.036 0.000 NA
#> SRR1365356 3 0.392 0.642757 0.096 0.080 0.816 0.000 NA
#> SRR598068 3 0.560 0.630879 0.168 0.100 0.696 0.000 NA
#> SRR810343 1 0.678 0.535331 0.612 0.052 0.220 0.020 NA
#> SRR1431991 1 0.326 0.690902 0.868 0.056 0.056 0.000 NA
#> SRR1312024 3 0.824 0.411255 0.244 0.212 0.444 0.068 NA
#> SRR1499699 1 0.483 0.626723 0.776 0.068 0.072 0.000 NA
#> SRR1397861 1 0.235 0.686852 0.916 0.032 0.020 0.000 NA
#> SRR1479663 2 0.547 0.572390 0.300 0.628 0.016 0.000 NA
#> SRR1475483 1 0.373 0.689654 0.844 0.044 0.084 0.004 NA
#> SRR603726 3 0.889 0.202058 0.280 0.052 0.372 0.104 NA
#> SRR663368 1 0.629 0.594914 0.656 0.056 0.196 0.012 NA
#> SRR1354225 4 0.507 0.552663 0.000 0.284 0.016 0.664 NA
#> SRR1089809 3 0.825 0.048638 0.024 0.268 0.372 0.280 NA
#> SRR1338901 2 0.724 0.538927 0.124 0.604 0.168 0.036 NA
#> SRR598645 3 0.494 0.551980 0.036 0.064 0.792 0.052 NA
#> SRR656528 3 0.689 0.407768 0.308 0.092 0.544 0.016 NA
#> SRR809503 1 0.495 0.651626 0.764 0.104 0.080 0.000 NA
#> SRR659923 2 0.399 0.692916 0.136 0.808 0.008 0.044 NA
#> SRR1498226 1 0.232 0.675634 0.912 0.024 0.008 0.000 NA
#> SRR1319858 1 0.447 0.673763 0.792 0.072 0.104 0.000 NA
#> SRR1350566 1 0.491 0.654848 0.764 0.044 0.112 0.000 NA
#> SRR614743 4 0.706 0.341741 0.004 0.156 0.320 0.488 NA
#> SRR1406307 1 0.387 0.690713 0.836 0.052 0.084 0.004 NA
#> SRR1348318 1 0.801 0.336703 0.468 0.068 0.292 0.036 NA
#> SRR1343433 1 0.455 0.678084 0.792 0.048 0.092 0.000 NA
#> SRR1342088 3 0.587 0.603663 0.080 0.172 0.692 0.008 NA
#> SRR1404384 2 0.765 0.137150 0.364 0.388 0.196 0.008 NA
#> SRR655495 3 0.710 0.143005 0.012 0.148 0.524 0.284 NA
#> SRR812270 4 0.707 0.327318 0.004 0.156 0.324 0.484 NA
#> SRR821176 2 0.476 0.674336 0.128 0.752 0.004 0.112 NA
#> SRR807799 2 0.325 0.686150 0.168 0.820 0.008 0.000 NA
#> SRR814919 1 0.541 0.536198 0.676 0.232 0.072 0.000 NA
#> SRR1415274 1 0.811 0.326428 0.460 0.064 0.284 0.040 NA
#> SRR1491275 1 0.644 0.392193 0.596 0.132 0.036 0.000 NA
#> SRR659851 1 0.611 0.643859 0.684 0.092 0.148 0.008 NA
#> SRR1337364 1 0.654 0.572247 0.636 0.052 0.192 0.012 NA
#> SRR1414471 1 0.265 0.677762 0.896 0.040 0.008 0.000 NA
#> SRR1471862 1 0.783 0.402721 0.504 0.064 0.264 0.036 NA
#> SRR1456208 3 0.793 0.271349 0.276 0.048 0.476 0.040 NA
#> SRR1393428 3 0.830 0.403942 0.116 0.240 0.456 0.164 NA
#> SRR1327632 1 0.723 0.512084 0.580 0.056 0.224 0.032 NA
#> SRR608120 1 0.454 0.581792 0.784 0.064 0.032 0.000 NA
#> SRR607679 4 0.526 0.538144 0.004 0.292 0.016 0.652 NA
#> SRR1359529 1 0.732 0.045426 0.412 0.268 0.292 0.000 NA
#> SRR1330305 2 0.638 0.475205 0.332 0.548 0.080 0.000 NA
#> SRR1436042 1 0.730 0.491557 0.572 0.068 0.228 0.028 NA
#> SRR656191 2 0.472 0.675665 0.128 0.756 0.004 0.108 NA
#> SRR1419211 1 0.241 0.674382 0.908 0.028 0.008 0.000 NA
#> SRR658117 1 0.708 0.246386 0.500 0.144 0.312 0.004 NA
#> SRR1090770 1 0.291 0.685807 0.888 0.036 0.024 0.000 NA
#> SRR657420 1 0.621 0.623865 0.668 0.060 0.184 0.012 NA
#> SRR1398686 1 0.257 0.682574 0.904 0.032 0.016 0.000 NA
#> SRR821207 1 0.372 0.683916 0.844 0.048 0.036 0.000 NA
#> SRR1074694 3 0.776 0.299470 0.284 0.268 0.400 0.012 NA
#> SRR1413851 2 0.517 0.612614 0.272 0.664 0.012 0.000 NA
#> SRR1319924 2 0.349 0.688168 0.164 0.816 0.008 0.008 NA
#> SRR1361050 1 0.401 0.653197 0.828 0.064 0.064 0.000 NA
#> SRR1095792 3 0.637 0.544727 0.080 0.232 0.628 0.008 NA
#> SRR1476903 1 0.694 0.529683 0.592 0.052 0.232 0.020 NA
#> SRR1406502 2 0.569 0.652777 0.188 0.688 0.060 0.000 NA
#> SRR607502 2 0.842 -0.049062 0.100 0.376 0.372 0.088 NA
#> SRR602951 3 0.539 0.537415 0.040 0.064 0.764 0.076 NA
#> SRR1402922 1 0.768 0.152711 0.456 0.280 0.172 0.000 NA
#> SRR1314071 2 0.932 -0.169960 0.272 0.284 0.260 0.096 NA
#> SRR1374778 3 0.687 0.185989 0.372 0.180 0.432 0.000 NA
#> SRR1089926 3 0.534 0.599904 0.204 0.096 0.688 0.000 NA
#> SRR1437056 3 0.380 0.642318 0.096 0.080 0.820 0.000 NA
#> SRR1366772 2 0.566 0.598532 0.080 0.728 0.028 0.132 NA
#> SRR1487465 3 0.889 0.202058 0.280 0.052 0.372 0.104 NA
#> SRR2166006 2 0.747 0.290574 0.340 0.460 0.140 0.016 NA
#> SRR1341034 2 0.664 -0.195701 0.000 0.452 0.036 0.416 NA
#> SRR1460235 1 0.428 0.680989 0.804 0.052 0.108 0.000 NA
#> SRR1368917 1 0.409 0.695206 0.824 0.056 0.060 0.000 NA
#> SRR1457197 3 0.810 0.170413 0.028 0.264 0.420 0.240 NA
#> SRR1433311 3 0.392 0.642757 0.096 0.080 0.816 0.000 NA
#> SRR656373 4 0.719 0.453662 0.036 0.008 0.136 0.444 NA
#> SRR1454265 1 0.279 0.690982 0.892 0.036 0.056 0.000 NA
#> SRR1454498 3 0.380 0.642318 0.096 0.080 0.820 0.000 NA
#> SRR661711 1 0.572 0.629597 0.708 0.048 0.156 0.008 NA
#> SRR661493 1 0.279 0.690982 0.892 0.036 0.056 0.000 NA
#> SRR1356120 1 0.337 0.687249 0.864 0.060 0.044 0.000 NA
#> SRR1381414 2 0.395 0.679942 0.196 0.776 0.012 0.000 NA
#> SRR1350263 3 0.386 0.635947 0.084 0.068 0.832 0.008 NA
#> SRR1327349 4 0.643 0.379910 0.004 0.368 0.060 0.524 NA
#> SRR1476348 2 0.701 0.587898 0.084 0.648 0.108 0.100 NA
#> SRR656035 1 0.236 0.685853 0.916 0.028 0.032 0.000 NA
#> SRR2165896 1 0.693 0.310755 0.520 0.284 0.156 0.000 NA
#> SRR601549 2 0.838 -0.037002 0.100 0.380 0.372 0.088 NA
#> SRR658573 2 0.539 0.660862 0.104 0.748 0.024 0.096 NA
#> SRR1393470 2 0.784 0.435755 0.060 0.560 0.180 0.112 NA
#> SRR1381247 3 0.464 0.644296 0.092 0.096 0.784 0.004 NA
#> SRR1322790 3 0.402 0.647186 0.104 0.088 0.804 0.000 NA
#> SRR1404044 1 0.301 0.693593 0.880 0.044 0.060 0.000 NA
#> SRR1487728 1 0.524 0.611547 0.732 0.068 0.152 0.000 NA
#> SRR1419593 1 0.415 0.646358 0.820 0.060 0.052 0.000 NA
#> SRR1434689 2 0.524 0.667570 0.112 0.756 0.020 0.084 NA
#> SRR1349540 1 0.560 0.663213 0.720 0.072 0.148 0.008 NA
#> SRR1377967 2 0.366 0.689748 0.160 0.812 0.008 0.016 NA
#> SRR662510 2 0.638 0.334291 0.372 0.516 0.072 0.000 NA
#> SRR1370151 2 0.702 0.580134 0.080 0.648 0.104 0.104 NA
#> SRR809043 4 0.759 0.203181 0.024 0.100 0.356 0.456 NA
#> SRR659578 1 0.598 0.482245 0.620 0.272 0.068 0.000 NA
#> SRR1339413 2 0.562 0.566621 0.300 0.620 0.020 0.000 NA
#> SRR1434760 1 0.499 0.649696 0.756 0.068 0.128 0.000 NA
#> SRR660079 1 0.384 0.681297 0.832 0.088 0.056 0.000 NA
#> SRR1465153 4 0.486 0.662524 0.000 0.040 0.012 0.696 NA
#> SRR1340924 1 0.428 0.686231 0.812 0.056 0.072 0.000 NA
#> SRR1073267 3 0.779 0.012197 0.056 0.396 0.412 0.088 NA
#> SRR1418688 3 0.511 0.637576 0.148 0.124 0.720 0.004 NA
#> SRR602338 1 0.262 0.688230 0.904 0.032 0.036 0.000 NA
#> SRR1323936 4 0.445 0.663230 0.000 0.072 0.024 0.788 NA
#> SRR1313789 2 0.551 0.578987 0.292 0.628 0.012 0.000 NA
#> SRR614275 3 0.488 0.551227 0.036 0.064 0.796 0.052 NA
#> SRR601962 1 0.787 0.364208 0.492 0.060 0.280 0.040 NA
#> SRR663795 3 0.921 0.164180 0.288 0.056 0.296 0.128 NA
#> SRR1418650 2 0.422 0.688967 0.132 0.796 0.004 0.060 NA
#> SRR655780 2 0.644 0.564095 0.284 0.600 0.052 0.024 NA
#> SRR661794 1 0.284 0.691784 0.892 0.036 0.048 0.000 NA
#> SRR1339508 3 0.375 0.640413 0.092 0.080 0.824 0.000 NA
#> SRR1501097 2 0.349 0.685561 0.180 0.804 0.008 0.000 NA
#> SRR1358459 2 0.822 0.244256 0.252 0.412 0.240 0.016 NA
#> SRR1333550 2 0.629 0.640938 0.180 0.660 0.084 0.008 NA
#> SRR821148 1 0.462 0.587887 0.780 0.064 0.036 0.000 NA
#> SRR808658 1 0.735 0.126019 0.424 0.316 0.224 0.000 NA
#> SRR598100 1 0.799 0.337933 0.476 0.060 0.288 0.044 NA
#> SRR1475281 2 0.822 0.244256 0.252 0.412 0.240 0.016 NA
#> SRR1469477 3 0.503 0.646154 0.104 0.092 0.764 0.008 NA
#> SRR1468184 2 0.513 0.668991 0.112 0.764 0.020 0.076 NA
#> SRR1415660 4 0.514 0.496763 0.000 0.332 0.016 0.624 NA
#> SRR816892 2 0.764 0.490987 0.060 0.588 0.116 0.144 NA
#> SRR1447325 4 0.435 0.642895 0.000 0.000 0.008 0.624 NA
#> SRR1415980 1 0.783 0.402721 0.504 0.064 0.264 0.036 NA
#> SRR658021 1 0.525 0.621854 0.736 0.112 0.112 0.000 NA
#> SRR1356308 2 0.452 0.697341 0.152 0.780 0.008 0.036 NA
#> SRR1443695 1 0.720 0.526480 0.568 0.076 0.244 0.020 NA
#> SRR1083031 1 0.717 0.143684 0.460 0.248 0.264 0.000 NA
#> SRR1466177 2 0.528 0.596119 0.280 0.652 0.012 0.000 NA
#> SRR1346978 2 0.349 0.685561 0.180 0.804 0.008 0.000 NA
#> SRR607705 1 0.697 -0.125012 0.412 0.168 0.396 0.000 NA
#> SRR598364 1 0.742 0.365378 0.500 0.060 0.320 0.024 NA
#> SRR603036 1 0.269 0.668113 0.896 0.028 0.016 0.000 NA
#> SRR604342 4 0.533 0.587159 0.000 0.008 0.036 0.532 NA
#> SRR1365850 2 0.668 -0.207309 0.000 0.444 0.036 0.420 NA
#> SRR1335940 1 0.702 0.504241 0.588 0.056 0.228 0.020 NA
#> SRR1436515 1 0.462 0.610783 0.784 0.080 0.036 0.000 NA
#> SRR1367612 2 0.434 0.689529 0.128 0.792 0.012 0.064 NA
#> SRR1411002 1 0.535 0.639103 0.740 0.056 0.124 0.004 NA
#> SRR1446606 3 0.659 0.506220 0.080 0.260 0.596 0.008 NA
#> SRR1350936 1 0.400 0.649552 0.828 0.064 0.068 0.000 NA
#> SRR1351257 3 0.776 0.299470 0.284 0.268 0.400 0.012 NA
#> SRR1316793 3 0.658 0.403754 0.288 0.188 0.516 0.004 NA
#> SRR1090815 1 0.457 0.681723 0.788 0.052 0.108 0.000 NA
#> SRR657845 1 0.360 0.631022 0.848 0.044 0.028 0.000 NA
#> SRR1408633 2 0.664 -0.200614 0.000 0.448 0.036 0.420 NA
#> SRR1398971 4 0.731 0.466475 0.036 0.016 0.128 0.448 NA
#> SRR1399457 2 0.601 0.638112 0.192 0.664 0.076 0.000 NA
#> SRR1073341 1 0.331 0.669404 0.868 0.056 0.040 0.000 NA
#> SRR810805 1 0.546 0.665807 0.728 0.052 0.140 0.004 NA
#> SRR1309657 1 0.610 0.594474 0.676 0.052 0.168 0.008 NA
#> SRR820186 1 0.414 0.694448 0.824 0.044 0.080 0.004 NA
#> SRR1388913 2 0.760 0.426939 0.052 0.568 0.088 0.208 NA
#> SRR1396270 3 0.538 0.644729 0.104 0.088 0.748 0.012 NA
#> SRR613402 2 0.357 0.693020 0.144 0.820 0.004 0.032 NA
#> SRR614912 2 0.472 0.675665 0.128 0.756 0.004 0.108 NA
#> SRR1478410 4 0.719 0.215194 0.004 0.160 0.388 0.416 NA
#> SRR613975 2 0.337 0.686909 0.180 0.808 0.008 0.000 NA
#> SRR1441631 3 0.499 0.627504 0.168 0.092 0.728 0.000 NA
#> SRR1088044 2 0.724 0.538927 0.124 0.604 0.168 0.036 NA
#> SRR1082909 1 0.723 0.504324 0.576 0.064 0.236 0.032 NA
#> SRR1392007 4 0.550 0.424501 0.000 0.372 0.020 0.572 NA
#> SRR2166524 2 0.671 0.537060 0.276 0.588 0.068 0.040 NA
#> SRR1445765 1 0.459 0.682356 0.788 0.056 0.104 0.000 NA
#> SRR819867 2 0.594 0.561854 0.072 0.700 0.028 0.164 NA
#> SRR1339675 1 0.698 0.532212 0.604 0.052 0.212 0.028 NA
#> SRR1085687 2 0.601 0.551650 0.072 0.692 0.028 0.172 NA
#> SRR597952 2 0.615 0.613783 0.236 0.632 0.060 0.000 NA
#> SRR1376497 3 0.658 0.403754 0.288 0.188 0.516 0.004 NA
#> SRR813848 4 0.417 0.645319 0.000 0.000 0.008 0.672 NA
#> SRR1379471 1 0.217 0.689852 0.924 0.020 0.036 0.000 NA
#> SRR1070960 1 0.510 0.663869 0.760 0.048 0.132 0.012 NA
#> SRR615285 3 0.689 0.183988 0.372 0.184 0.428 0.000 NA
#> SRR1325353 1 0.448 0.590884 0.788 0.060 0.032 0.000 NA
#> SRR1470682 2 0.535 0.629832 0.092 0.744 0.020 0.120 NA
#> SRR615886 1 0.396 0.682451 0.824 0.092 0.060 0.000 NA
#> SRR1397649 2 0.349 0.689453 0.164 0.816 0.008 0.008 NA
#> SRR819690 1 0.366 0.692931 0.848 0.044 0.068 0.000 NA
#> SRR1336113 2 0.812 0.495927 0.212 0.524 0.100 0.092 NA
#> SRR1396570 2 0.578 0.646988 0.200 0.676 0.056 0.000 NA
#> SRR1327366 4 0.507 0.552663 0.000 0.284 0.016 0.664 NA
#> SRR1317218 2 0.349 0.689453 0.164 0.816 0.008 0.008 NA
#> SRR1352001 1 0.345 0.693690 0.860 0.052 0.056 0.000 NA
#> SRR1469791 2 0.817 -0.012411 0.060 0.392 0.376 0.116 NA
#> SRR1388046 1 0.604 0.436491 0.640 0.232 0.048 0.000 NA
#> SRR655076 1 0.694 0.039223 0.484 0.360 0.072 0.000 NA
#> SRR1464353 2 0.447 0.690122 0.140 0.780 0.012 0.064 NA
#> SRR654754 1 0.487 0.680109 0.772 0.052 0.120 0.004 NA
#> SRR599412 1 0.757 0.507195 0.560 0.136 0.196 0.028 NA
#> SRR2166308 3 0.534 0.599904 0.204 0.096 0.688 0.000 NA
#> SRR655696 1 0.694 0.529683 0.592 0.052 0.232 0.020 NA
#> SRR602978 2 0.425 0.680020 0.216 0.752 0.020 0.004 NA
#> SRR1323850 2 0.702 0.580134 0.080 0.648 0.104 0.104 NA
#> SRR1365512 3 0.408 0.629326 0.072 0.080 0.824 0.012 NA
#> SRR663380 1 0.392 0.658786 0.832 0.064 0.068 0.000 NA
#> SRR1410469 3 0.637 0.544727 0.080 0.232 0.628 0.008 NA
#> SRR659259 4 0.516 0.647564 0.004 0.092 0.040 0.752 NA
#> SRR1421223 2 0.785 0.366706 0.100 0.520 0.256 0.056 NA
#> SRR1092567 3 0.428 0.626126 0.072 0.080 0.816 0.020 NA
#> SRR1472598 3 0.587 0.603663 0.080 0.172 0.692 0.008 NA
#> SRR1069279 2 0.753 0.453615 0.108 0.560 0.224 0.040 NA
#> SRR1351624 2 0.751 0.463195 0.108 0.564 0.220 0.040 NA
#> SRR1342938 3 0.380 0.642318 0.096 0.080 0.820 0.000 NA
#> SRR599346 2 0.535 0.648741 0.248 0.684 0.028 0.016 NA
#> SRR1359045 1 0.811 0.326428 0.460 0.064 0.284 0.040 NA
#> SRR601843 1 0.371 0.689592 0.844 0.040 0.088 0.004 NA
#> SRR1318898 1 0.704 0.499915 0.584 0.056 0.232 0.020 NA
#> SRR1455104 1 0.590 0.544743 0.644 0.052 0.244 0.000 NA
#> SRR598565 3 0.910 0.217455 0.268 0.052 0.344 0.132 NA
#> SRR1315188 3 0.620 0.518810 0.064 0.080 0.696 0.132 NA
#> SRR1409875 3 0.812 0.043609 0.020 0.252 0.380 0.296 NA
#> SRR1348270 2 0.325 0.686150 0.168 0.820 0.008 0.000 NA
#> SRR602389 1 0.632 0.602676 0.664 0.060 0.180 0.016 NA
#> SRR1451857 2 0.539 0.655732 0.108 0.740 0.012 0.108 NA
#> SRR1436629 2 0.363 0.684533 0.184 0.796 0.008 0.000 NA
#> SRR1349144 1 0.453 0.582822 0.784 0.060 0.032 0.000 NA
#> SRR615491 4 0.482 0.640097 0.008 0.000 0.016 0.608 NA
#> SRR1095937 1 0.580 0.403182 0.644 0.068 0.036 0.000 NA
#> SRR1473295 1 0.584 0.575043 0.688 0.120 0.140 0.000 NA
#> SRR1457972 2 0.536 0.624250 0.084 0.752 0.028 0.108 NA
#> SRR1475430 3 0.724 0.419897 0.128 0.280 0.532 0.036 NA
#> SRR2164562 1 0.708 0.246386 0.500 0.144 0.312 0.004 NA
#> SRR665490 1 0.454 0.583026 0.784 0.064 0.032 0.000 NA
#> SRR1434182 4 0.623 0.208108 0.000 0.436 0.032 0.468 NA
#> SRR1458506 1 0.622 0.584013 0.664 0.052 0.176 0.008 NA
#> SRR808886 3 0.587 0.603663 0.080 0.172 0.692 0.008 NA
#> SRR1329442 1 0.722 0.395288 0.520 0.060 0.308 0.016 NA
#> SRR1457925 1 0.697 0.506652 0.592 0.060 0.232 0.020 NA
#> SRR1434910 2 0.500 0.638416 0.088 0.768 0.012 0.104 NA
#> SRR614107 3 0.678 0.227316 0.012 0.112 0.560 0.284 NA
#> SRR1323914 2 0.545 0.577806 0.296 0.632 0.016 0.000 NA
#> SRR1323065 1 0.555 0.644860 0.724 0.044 0.140 0.008 NA
#> SRR1309578 2 0.528 0.596119 0.280 0.652 0.012 0.000 NA
#> SRR1500908 1 0.763 0.419171 0.516 0.068 0.272 0.028 NA
#> SRR1076753 1 0.226 0.684988 0.920 0.024 0.020 0.000 NA
#> SRR1327410 2 0.776 -0.000109 0.060 0.408 0.404 0.080 NA
#> SRR608064 1 0.708 0.517269 0.580 0.060 0.236 0.020 NA
#> SRR608512 1 0.678 0.509785 0.592 0.084 0.244 0.008 NA
#> SRR2167551 1 0.722 0.212847 0.476 0.244 0.244 0.000 NA
#> SRR1394872 1 0.535 0.639103 0.740 0.056 0.124 0.004 NA
#> SRR1345669 1 0.434 0.667688 0.804 0.044 0.096 0.000 NA
#> SRR1367588 1 0.697 -0.125012 0.412 0.168 0.396 0.000 NA
#> SRR1387724 3 0.386 0.635947 0.084 0.068 0.832 0.008 NA
#> SRR660438 1 0.652 0.400053 0.584 0.124 0.252 0.000 NA
#> SRR1310758 2 0.810 0.250471 0.208 0.444 0.256 0.020 NA
#> SRR601525 2 0.611 0.500043 0.340 0.576 0.028 0.020 NA
#> SRR818749 1 0.776 0.410369 0.508 0.068 0.268 0.032 NA
#> SRR604294 1 0.896 0.028893 0.360 0.220 0.264 0.052 NA
#> SRR1322494 2 0.536 0.645352 0.112 0.716 0.008 0.152 NA
#> SRR1377949 3 0.658 0.508550 0.084 0.260 0.596 0.008 NA
#> SRR1317001 1 0.387 0.692763 0.832 0.056 0.084 0.000 NA
#> SRR1311897 1 0.242 0.690668 0.912 0.032 0.040 0.000 NA
#> SRR1308715 2 0.562 0.566621 0.300 0.620 0.020 0.000 NA
#> SRR1415195 4 0.445 0.647481 0.000 0.008 0.008 0.660 NA
#> SRR1380163 2 0.527 0.667781 0.128 0.720 0.008 0.136 NA
#> SRR1480611 1 0.210 0.684139 0.928 0.024 0.020 0.000 NA
#> SRR603834 1 0.468 0.654189 0.780 0.076 0.104 0.000 NA
#> SRR1341256 2 0.448 0.666075 0.192 0.752 0.048 0.004 NA
#> SRR613795 1 0.495 0.651626 0.764 0.104 0.080 0.000 NA
#> SRR659744 2 0.516 0.687941 0.164 0.744 0.044 0.016 NA
#> SRR1479549 1 0.497 0.589224 0.756 0.088 0.036 0.000 NA
#> SRR613258 1 0.535 0.529564 0.676 0.240 0.064 0.000 NA
#> SRR1088808 4 0.731 0.466475 0.036 0.016 0.128 0.448 NA
#> SRR1329068 2 0.592 0.505871 0.064 0.676 0.016 0.208 NA
#> SRR1480565 2 0.585 0.600956 0.084 0.708 0.020 0.148 NA
#> SRR1337137 4 0.507 0.552663 0.000 0.284 0.016 0.664 NA
#> SRR1099520 1 0.244 0.691895 0.912 0.024 0.036 0.000 NA
#> SRR603942 3 0.925 0.171094 0.288 0.056 0.296 0.140 NA
#> SRR1440625 3 0.555 0.620482 0.076 0.144 0.724 0.008 NA
#> SRR1391700 1 0.448 0.585353 0.788 0.060 0.032 0.000 NA
#> SRR657360 1 0.317 0.682406 0.876 0.048 0.040 0.000 NA
#> SRR1473443 3 0.658 0.508550 0.084 0.260 0.596 0.008 NA
#> SRR1498438 3 0.536 0.612540 0.072 0.128 0.744 0.044 NA
#> SRR1394655 4 0.459 0.642393 0.004 0.000 0.012 0.620 NA
#> SRR1322437 4 0.344 0.667939 0.000 0.080 0.012 0.852 NA
#> SRR660236 4 0.435 0.642895 0.000 0.000 0.008 0.624 NA
#> SRR1466338 3 0.658 0.508550 0.084 0.260 0.596 0.008 NA
#> SRR604148 1 0.706 0.521068 0.588 0.060 0.208 0.016 NA
#> SRR1334939 1 0.753 0.090737 0.420 0.312 0.216 0.000 NA
#> SRR1349497 1 0.568 0.615077 0.700 0.048 0.148 0.000 NA
#> SRR1360523 1 0.395 0.690908 0.836 0.056 0.068 0.004 NA
#> SRR1446114 2 0.772 0.012173 0.028 0.416 0.084 0.392 NA
#> SRR1339366 2 0.341 0.686883 0.168 0.816 0.008 0.004 NA
#> SRR656469 1 0.697 -0.125012 0.412 0.168 0.396 0.000 NA
#> SRR1389868 1 0.332 0.692508 0.868 0.036 0.052 0.000 NA
#> SRR1390265 2 0.341 0.686883 0.168 0.816 0.008 0.004 NA
#> SRR1364935 4 0.661 0.341273 0.000 0.380 0.032 0.484 NA
#> SRR1469102 1 0.338 0.693603 0.864 0.048 0.056 0.000 NA
#> SRR1440584 2 0.448 0.683583 0.176 0.764 0.036 0.000 NA
#> SRR1459697 2 0.571 0.613564 0.112 0.680 0.004 0.184 NA
#> SRR1352575 1 0.368 0.628634 0.844 0.044 0.032 0.000 NA
#> SRR613711 2 0.352 0.684518 0.184 0.800 0.008 0.000 NA
#> SRR614023 1 0.278 0.691392 0.892 0.032 0.060 0.000 NA
#> SRR1316174 1 0.802 0.269870 0.452 0.056 0.308 0.040 NA
#> SRR603268 2 0.516 0.687941 0.164 0.744 0.044 0.016 NA
#> SRR1486044 2 0.532 0.630067 0.112 0.712 0.004 0.160 NA
#> SRR1441483 2 0.492 0.655195 0.224 0.716 0.016 0.004 NA
#> SRR1074189 1 0.533 0.534810 0.680 0.236 0.064 0.000 NA
#> SRR665646 1 0.654 0.572247 0.636 0.052 0.192 0.012 NA
#> SRR1404931 4 0.751 0.380985 0.012 0.096 0.272 0.516 NA
#> SRR1431552 4 0.435 0.642895 0.000 0.000 0.008 0.624 NA
#> SRR1479085 3 0.866 0.304948 0.256 0.236 0.388 0.064 NA
#> SRR1322711 2 0.498 0.675449 0.120 0.772 0.020 0.060 NA
#> SRR1404988 2 0.657 -0.219550 0.000 0.444 0.036 0.432 NA
#> SRR1419848 2 0.708 0.548148 0.068 0.640 0.084 0.132 NA
#> SRR1332713 4 0.459 0.642393 0.004 0.000 0.012 0.620 NA
#> SRR1070863 1 0.251 0.691459 0.908 0.032 0.040 0.000 NA
#> SRR659947 1 0.644 0.318611 0.552 0.340 0.060 0.012 NA
#> SRR1414356 1 0.797 0.340601 0.476 0.052 0.272 0.040 NA
#> SRR599122 3 0.417 0.643420 0.120 0.076 0.796 0.000 NA
#> SRR1344100 2 0.735 0.521558 0.268 0.548 0.068 0.084 NA
#> SRR613018 3 0.810 0.170413 0.028 0.264 0.420 0.240 NA
#> SRR1456591 1 0.251 0.693611 0.904 0.040 0.048 0.000 NA
#> SRR1368710 2 0.562 0.566621 0.300 0.620 0.020 0.000 NA
#> SRR1397885 1 0.767 0.394338 0.500 0.056 0.272 0.024 NA
#> SRR1319283 1 0.708 0.357112 0.548 0.228 0.068 0.000 NA
#> SRR1349518 2 0.410 0.693972 0.172 0.788 0.008 0.012 NA
#> SRR1471267 1 0.448 0.585353 0.788 0.060 0.032 0.000 NA
#> SRR655277 1 0.654 0.572247 0.636 0.052 0.192 0.012 NA
#> SRR1455436 2 0.755 0.522160 0.068 0.600 0.108 0.136 NA
#> SRR658009 1 0.487 0.680109 0.772 0.052 0.120 0.004 NA
#> SRR1331383 4 0.338 0.668124 0.000 0.076 0.012 0.856 NA
#> SRR1394894 3 0.699 0.298366 0.336 0.172 0.468 0.004 NA
#> SRR659133 4 0.435 0.642895 0.000 0.000 0.008 0.624 NA
#> SRR660212 3 0.689 0.183988 0.372 0.184 0.428 0.000 NA
#> SRR657821 1 0.639 0.402355 0.604 0.132 0.036 0.000 NA
#> SRR1379279 2 0.709 0.627094 0.140 0.632 0.096 0.044 NA
#> SRR663149 2 0.747 0.290574 0.340 0.460 0.140 0.016 NA
#> SRR1413032 3 0.621 0.555512 0.076 0.224 0.644 0.008 NA
#> SRR1377557 1 0.232 0.675634 0.912 0.024 0.008 0.000 NA
#> SRR1335296 2 0.325 0.686150 0.168 0.820 0.008 0.000 NA
#> SRR1407273 1 0.730 0.072748 0.412 0.312 0.248 0.000 NA
#> SRR657101 1 0.709 0.323916 0.540 0.256 0.128 0.000 NA
#> SRR1350588 3 0.553 0.631871 0.168 0.100 0.700 0.000 NA
#> SRR1368486 1 0.426 0.651345 0.812 0.068 0.076 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.527 0.50823 0.664 0.020 0.120 0.000 0.192 0.004
#> SRR1499543 1 0.484 0.54136 0.696 0.020 0.092 0.000 0.192 0.000
#> SRR1443419 2 0.590 0.50880 0.276 0.576 0.068 0.000 0.080 0.000
#> SRR657372 5 0.828 0.50915 0.244 0.028 0.244 0.036 0.364 0.084
#> SRR661409 3 0.832 0.23694 0.224 0.200 0.384 0.004 0.088 0.100
#> SRR1409721 2 0.332 0.66036 0.080 0.820 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1391678 1 0.358 0.65249 0.828 0.040 0.052 0.000 0.080 0.000
#> SRR1392030 1 0.479 0.59503 0.732 0.024 0.100 0.000 0.136 0.008
#> SRR1453787 1 0.389 0.51956 0.740 0.036 0.000 0.000 0.220 0.004
#> SRR654969 1 0.462 0.60673 0.748 0.100 0.048 0.000 0.104 0.000
#> SRR1435113 4 0.416 0.65279 0.000 0.016 0.008 0.684 0.004 0.288
#> SRR601359 1 0.673 0.23258 0.492 0.032 0.196 0.004 0.264 0.012
#> SRR663392 2 0.488 -0.06676 0.016 0.540 0.016 0.004 0.004 0.420
#> SRR1374716 6 0.419 0.26684 0.000 0.052 0.000 0.100 0.064 0.784
#> SRR601157 1 0.649 0.29439 0.520 0.024 0.180 0.004 0.260 0.012
#> SRR615347 2 0.611 0.62769 0.188 0.644 0.048 0.004 0.068 0.048
#> SRR1329464 1 0.373 0.63397 0.812 0.024 0.076 0.000 0.088 0.000
#> SRR1357344 1 0.528 0.22215 0.500 0.068 0.000 0.000 0.420 0.012
#> SRR1365356 3 0.287 0.51767 0.076 0.016 0.868 0.000 0.040 0.000
#> SRR598068 3 0.447 0.45786 0.152 0.020 0.752 0.008 0.068 0.000
#> SRR810343 1 0.594 0.44567 0.604 0.024 0.168 0.000 0.192 0.012
#> SRR1431991 1 0.278 0.65137 0.880 0.036 0.048 0.000 0.036 0.000
#> SRR1312024 3 0.784 0.22007 0.220 0.164 0.448 0.000 0.084 0.084
#> SRR1499699 1 0.473 0.57215 0.732 0.064 0.040 0.000 0.160 0.004
#> SRR1397861 1 0.186 0.64404 0.924 0.012 0.012 0.000 0.052 0.000
#> SRR1479663 2 0.481 0.61701 0.220 0.676 0.008 0.000 0.096 0.000
#> SRR1475483 1 0.315 0.64499 0.856 0.020 0.080 0.000 0.040 0.004
#> SRR603726 5 0.812 0.47599 0.264 0.032 0.284 0.028 0.332 0.060
#> SRR663368 1 0.539 0.52846 0.676 0.020 0.148 0.004 0.144 0.008
#> SRR1354225 6 0.446 0.56133 0.000 0.204 0.012 0.012 0.044 0.728
#> SRR1089809 3 0.731 -0.13394 0.012 0.188 0.384 0.012 0.052 0.352
#> SRR1338901 2 0.658 0.47740 0.084 0.592 0.164 0.004 0.016 0.140
#> SRR598645 3 0.419 0.47359 0.020 0.016 0.812 0.020 0.072 0.060
#> SRR656528 3 0.626 0.28226 0.296 0.052 0.552 0.000 0.080 0.020
#> SRR809503 1 0.462 0.60673 0.748 0.100 0.048 0.000 0.104 0.000
#> SRR659923 2 0.303 0.68578 0.092 0.848 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR1498226 1 0.201 0.63208 0.904 0.008 0.004 0.000 0.084 0.000
#> SRR1319858 1 0.443 0.63272 0.776 0.068 0.072 0.000 0.080 0.004
#> SRR1350566 1 0.425 0.59280 0.760 0.020 0.076 0.000 0.144 0.000
#> SRR614743 6 0.639 0.31009 0.000 0.072 0.336 0.060 0.020 0.512
#> SRR1406307 1 0.345 0.64615 0.840 0.028 0.076 0.000 0.052 0.004
#> SRR1348318 1 0.698 0.17198 0.460 0.032 0.212 0.004 0.272 0.020
#> SRR1343433 1 0.361 0.62280 0.816 0.020 0.056 0.000 0.108 0.000
#> SRR1342088 3 0.510 0.53864 0.048 0.132 0.740 0.012 0.020 0.048
#> SRR1404384 2 0.768 0.08813 0.292 0.376 0.212 0.000 0.092 0.028
#> SRR655495 3 0.635 0.08812 0.008 0.068 0.524 0.016 0.048 0.336
#> SRR812270 6 0.671 0.30298 0.000 0.080 0.336 0.068 0.028 0.488
#> SRR821176 2 0.405 0.63369 0.084 0.760 0.004 0.000 0.000 0.152
#> SRR807799 2 0.215 0.69587 0.116 0.880 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR814919 1 0.542 0.49649 0.644 0.228 0.072 0.000 0.056 0.000
#> SRR1415274 1 0.724 0.15915 0.452 0.028 0.220 0.016 0.260 0.024
#> SRR1491275 1 0.528 0.22215 0.500 0.068 0.000 0.000 0.420 0.012
#> SRR659851 1 0.599 0.59083 0.656 0.092 0.120 0.000 0.112 0.020
#> SRR1337364 1 0.565 0.48496 0.632 0.024 0.140 0.000 0.196 0.008
#> SRR1414471 1 0.224 0.63448 0.896 0.020 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR1471862 1 0.677 0.27217 0.504 0.028 0.188 0.008 0.256 0.016
#> SRR1456208 3 0.708 -0.33897 0.280 0.012 0.408 0.012 0.264 0.024
#> SRR1393428 3 0.736 0.31142 0.100 0.172 0.488 0.008 0.016 0.216
#> SRR1327632 1 0.640 0.41084 0.576 0.028 0.172 0.008 0.200 0.016
#> SRR608120 1 0.389 0.51956 0.740 0.036 0.000 0.000 0.220 0.004
#> SRR607679 6 0.454 0.56548 0.000 0.216 0.012 0.012 0.044 0.716
#> SRR1359529 1 0.719 -0.07769 0.348 0.264 0.304 0.000 0.084 0.000
#> SRR1330305 2 0.576 0.53643 0.268 0.592 0.056 0.000 0.084 0.000
#> SRR1436042 1 0.637 0.37223 0.556 0.044 0.188 0.000 0.204 0.008
#> SRR656191 2 0.401 0.63682 0.084 0.764 0.004 0.000 0.000 0.148
#> SRR1419211 1 0.211 0.63135 0.900 0.012 0.004 0.000 0.084 0.000
#> SRR658117 1 0.689 0.16709 0.460 0.144 0.304 0.000 0.088 0.004
#> SRR1090770 1 0.242 0.64018 0.888 0.012 0.016 0.000 0.084 0.000
#> SRR657420 1 0.546 0.57119 0.668 0.040 0.136 0.000 0.152 0.004
#> SRR1398686 1 0.227 0.63822 0.896 0.012 0.012 0.000 0.080 0.000
#> SRR821207 1 0.361 0.63991 0.824 0.032 0.036 0.000 0.104 0.004
#> SRR1074694 3 0.715 0.31251 0.248 0.244 0.440 0.000 0.036 0.032
#> SRR1413851 2 0.438 0.64784 0.200 0.716 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR1319924 2 0.235 0.69534 0.112 0.876 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1361050 1 0.412 0.60617 0.792 0.056 0.040 0.000 0.108 0.004
#> SRR1095792 3 0.570 0.52203 0.048 0.184 0.676 0.012 0.020 0.060
#> SRR1476903 1 0.615 0.43940 0.592 0.032 0.176 0.004 0.188 0.008
#> SRR1406502 2 0.536 0.66857 0.144 0.716 0.048 0.004 0.048 0.040
#> SRR607502 3 0.795 0.14569 0.064 0.336 0.368 0.008 0.072 0.152
#> SRR602951 3 0.470 0.46014 0.024 0.020 0.780 0.024 0.072 0.080
#> SRR1402922 1 0.773 0.01373 0.380 0.272 0.164 0.000 0.168 0.016
#> SRR1314071 1 0.893 -0.20727 0.256 0.256 0.216 0.008 0.144 0.120
#> SRR1374778 3 0.676 0.24684 0.328 0.148 0.444 0.000 0.080 0.000
#> SRR1089926 3 0.443 0.47091 0.184 0.032 0.736 0.000 0.048 0.000
#> SRR1437056 3 0.280 0.51980 0.076 0.016 0.872 0.000 0.036 0.000
#> SRR1366772 2 0.460 0.49120 0.048 0.708 0.020 0.000 0.004 0.220
#> SRR1487465 5 0.812 0.47599 0.264 0.032 0.284 0.028 0.332 0.060
#> SRR2166006 2 0.713 0.31581 0.304 0.468 0.120 0.000 0.076 0.032
#> SRR1341034 6 0.610 0.51576 0.000 0.376 0.024 0.112 0.008 0.480
#> SRR1460235 1 0.426 0.63770 0.784 0.044 0.068 0.000 0.100 0.004
#> SRR1368917 1 0.316 0.64785 0.852 0.024 0.044 0.000 0.080 0.000
#> SRR1457197 3 0.732 0.01815 0.020 0.180 0.428 0.012 0.048 0.312
#> SRR1433311 3 0.293 0.51546 0.076 0.016 0.864 0.000 0.044 0.000
#> SRR656373 5 0.716 0.15710 0.036 0.016 0.020 0.160 0.444 0.324
#> SRR1454265 1 0.217 0.64747 0.912 0.016 0.036 0.000 0.036 0.000
#> SRR1454498 3 0.280 0.51980 0.076 0.016 0.872 0.000 0.036 0.000
#> SRR661711 1 0.477 0.56633 0.724 0.020 0.116 0.000 0.136 0.004
#> SRR661493 1 0.217 0.64747 0.912 0.016 0.036 0.000 0.036 0.000
#> SRR1356120 1 0.316 0.64732 0.856 0.036 0.044 0.000 0.064 0.000
#> SRR1381414 2 0.310 0.69871 0.140 0.832 0.004 0.000 0.016 0.008
#> SRR1350263 3 0.282 0.51035 0.060 0.004 0.876 0.000 0.048 0.012
#> SRR1327349 6 0.567 0.58075 0.004 0.296 0.056 0.028 0.016 0.600
#> SRR1476348 2 0.619 0.46239 0.056 0.640 0.088 0.004 0.036 0.176
#> SRR656035 1 0.167 0.64442 0.936 0.008 0.020 0.000 0.036 0.000
#> SRR2165896 1 0.702 0.22913 0.452 0.292 0.152 0.000 0.100 0.004
#> SRR601549 3 0.793 0.14193 0.064 0.336 0.368 0.008 0.068 0.156
#> SRR658573 2 0.446 0.61034 0.072 0.756 0.016 0.000 0.012 0.144
#> SRR1393470 2 0.694 0.24025 0.040 0.524 0.192 0.004 0.032 0.208
#> SRR1381247 3 0.333 0.53655 0.076 0.024 0.856 0.008 0.028 0.008
#> SRR1322790 3 0.316 0.51880 0.080 0.024 0.852 0.000 0.044 0.000
#> SRR1404044 1 0.255 0.65046 0.892 0.024 0.044 0.000 0.040 0.000
#> SRR1487728 1 0.520 0.57316 0.708 0.064 0.124 0.000 0.100 0.004
#> SRR1419593 1 0.402 0.59390 0.784 0.052 0.020 0.000 0.140 0.004
#> SRR1434689 2 0.434 0.62040 0.076 0.764 0.016 0.000 0.008 0.136
#> SRR1349540 1 0.531 0.61687 0.712 0.056 0.132 0.000 0.080 0.020
#> SRR1377967 2 0.259 0.69431 0.108 0.868 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR662510 2 0.601 0.40335 0.324 0.544 0.048 0.000 0.076 0.008
#> SRR1370151 2 0.624 0.44164 0.052 0.628 0.096 0.004 0.032 0.188
#> SRR809043 6 0.722 0.10677 0.024 0.040 0.360 0.028 0.112 0.436
#> SRR659578 1 0.560 0.46000 0.604 0.280 0.044 0.000 0.068 0.004
#> SRR1339413 2 0.484 0.61139 0.212 0.676 0.008 0.000 0.104 0.000
#> SRR1434760 1 0.485 0.60617 0.732 0.064 0.092 0.000 0.112 0.000
#> SRR660079 1 0.355 0.63531 0.828 0.084 0.032 0.000 0.056 0.000
#> SRR1465153 4 0.416 0.65279 0.000 0.016 0.008 0.684 0.004 0.288
#> SRR1340924 1 0.348 0.63562 0.828 0.020 0.064 0.000 0.088 0.000
#> SRR1073267 3 0.688 0.12348 0.028 0.340 0.440 0.008 0.016 0.168
#> SRR1418688 3 0.429 0.50505 0.124 0.056 0.776 0.000 0.040 0.004
#> SRR602338 1 0.191 0.64450 0.924 0.012 0.020 0.000 0.044 0.000
#> SRR1323936 6 0.530 0.12816 0.000 0.040 0.012 0.156 0.096 0.696
#> SRR1313789 2 0.475 0.62145 0.208 0.680 0.004 0.000 0.108 0.000
#> SRR614275 3 0.413 0.47476 0.020 0.016 0.816 0.020 0.068 0.060
#> SRR601962 1 0.688 0.19684 0.484 0.036 0.208 0.004 0.252 0.016
#> SRR663795 1 0.882 -0.46909 0.280 0.028 0.260 0.180 0.208 0.044
#> SRR1418650 2 0.332 0.66036 0.080 0.820 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR655780 2 0.597 0.58045 0.244 0.616 0.040 0.000 0.056 0.044
#> SRR661794 1 0.215 0.64626 0.912 0.012 0.036 0.000 0.040 0.000
#> SRR1339508 3 0.274 0.52016 0.072 0.016 0.876 0.000 0.036 0.000
#> SRR1501097 2 0.245 0.69734 0.124 0.864 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1358459 2 0.813 0.15370 0.184 0.388 0.264 0.004 0.080 0.080
#> SRR1333550 2 0.596 0.64822 0.136 0.676 0.080 0.004 0.048 0.056
#> SRR821148 1 0.396 0.52636 0.736 0.040 0.000 0.000 0.220 0.004
#> SRR808658 1 0.729 0.02285 0.360 0.308 0.224 0.000 0.108 0.000
#> SRR598100 1 0.701 0.14969 0.464 0.036 0.212 0.004 0.264 0.020
#> SRR1475281 2 0.812 0.16369 0.184 0.392 0.260 0.004 0.080 0.080
#> SRR1469477 3 0.368 0.51867 0.092 0.016 0.832 0.012 0.040 0.008
#> SRR1468184 2 0.424 0.60681 0.068 0.772 0.012 0.000 0.012 0.136
#> SRR1415660 6 0.474 0.56623 0.000 0.260 0.012 0.012 0.040 0.676
#> SRR816892 2 0.649 0.28336 0.036 0.572 0.104 0.004 0.036 0.248
#> SRR1447325 4 0.235 0.81073 0.000 0.000 0.008 0.868 0.000 0.124
#> SRR1415980 1 0.677 0.27217 0.504 0.028 0.188 0.008 0.256 0.016
#> SRR658021 1 0.496 0.58887 0.724 0.080 0.112 0.000 0.084 0.000
#> SRR1356308 2 0.379 0.68666 0.104 0.808 0.004 0.000 0.016 0.068
#> SRR1443695 1 0.628 0.45752 0.576 0.036 0.204 0.004 0.172 0.008
#> SRR1083031 1 0.729 0.04743 0.400 0.236 0.264 0.000 0.096 0.004
#> SRR1466177 2 0.455 0.63534 0.204 0.700 0.004 0.000 0.092 0.000
#> SRR1346978 2 0.245 0.69734 0.124 0.864 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR607705 3 0.668 0.19418 0.368 0.128 0.424 0.000 0.080 0.000
#> SRR598364 1 0.674 0.24541 0.492 0.036 0.244 0.000 0.212 0.016
#> SRR603036 1 0.254 0.62492 0.872 0.020 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR604342 4 0.635 0.37962 0.000 0.012 0.008 0.472 0.220 0.288
#> SRR1365850 6 0.612 0.52410 0.000 0.368 0.024 0.116 0.008 0.484
#> SRR1335940 1 0.598 0.41198 0.588 0.020 0.168 0.000 0.212 0.012
#> SRR1436515 1 0.402 0.54849 0.744 0.044 0.008 0.000 0.204 0.000
#> SRR1367612 2 0.357 0.66973 0.084 0.820 0.008 0.000 0.004 0.084
#> SRR1411002 1 0.458 0.57308 0.736 0.024 0.100 0.000 0.140 0.000
#> SRR1446606 3 0.606 0.50216 0.052 0.216 0.636 0.016 0.020 0.060
#> SRR1350936 1 0.415 0.60748 0.792 0.060 0.044 0.000 0.100 0.004
#> SRR1351257 3 0.715 0.31251 0.248 0.244 0.440 0.000 0.036 0.032
#> SRR1316793 3 0.631 0.36581 0.264 0.160 0.532 0.000 0.040 0.004
#> SRR1090815 1 0.435 0.63733 0.768 0.044 0.072 0.000 0.116 0.000
#> SRR657845 1 0.326 0.58252 0.820 0.040 0.000 0.000 0.136 0.004
#> SRR1408633 6 0.610 0.52007 0.000 0.372 0.024 0.112 0.008 0.484
#> SRR1398971 5 0.728 0.14531 0.036 0.020 0.020 0.164 0.420 0.340
#> SRR1399457 2 0.569 0.65755 0.148 0.692 0.064 0.004 0.048 0.044
#> SRR1073341 1 0.333 0.62870 0.844 0.040 0.024 0.000 0.088 0.004
#> SRR810805 1 0.465 0.61155 0.740 0.024 0.108 0.000 0.124 0.004
#> SRR1309657 1 0.520 0.51573 0.672 0.020 0.116 0.000 0.188 0.004
#> SRR820186 1 0.374 0.64634 0.820 0.032 0.056 0.000 0.088 0.004
#> SRR1388913 2 0.633 0.18375 0.036 0.548 0.072 0.004 0.032 0.308
#> SRR1396270 3 0.403 0.50269 0.092 0.016 0.812 0.012 0.056 0.012
#> SRR613402 2 0.282 0.68714 0.096 0.860 0.004 0.000 0.000 0.040
#> SRR614912 2 0.401 0.63682 0.084 0.764 0.004 0.000 0.000 0.148
#> SRR1478410 6 0.609 0.26778 0.000 0.068 0.404 0.028 0.024 0.476
#> SRR613975 2 0.235 0.69816 0.124 0.868 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441631 3 0.417 0.49264 0.144 0.036 0.776 0.000 0.040 0.004
#> SRR1088044 2 0.658 0.47740 0.084 0.592 0.164 0.004 0.016 0.140
#> SRR1082909 1 0.635 0.41313 0.576 0.028 0.180 0.008 0.196 0.012
#> SRR1392007 6 0.507 0.58171 0.000 0.304 0.016 0.020 0.032 0.628
#> SRR2166524 2 0.618 0.55183 0.240 0.604 0.048 0.000 0.056 0.052
#> SRR1445765 1 0.440 0.63650 0.764 0.048 0.068 0.000 0.120 0.000
#> SRR819867 2 0.471 0.42097 0.040 0.676 0.020 0.000 0.004 0.260
#> SRR1339675 1 0.613 0.44066 0.600 0.024 0.164 0.004 0.192 0.016
#> SRR1085687 2 0.477 0.40252 0.040 0.664 0.020 0.000 0.004 0.272
#> SRR597952 2 0.611 0.62769 0.188 0.644 0.048 0.004 0.068 0.048
#> SRR1376497 3 0.631 0.36581 0.264 0.160 0.532 0.000 0.040 0.004
#> SRR813848 4 0.389 0.75072 0.000 0.000 0.000 0.740 0.048 0.212
#> SRR1379471 1 0.193 0.64677 0.924 0.012 0.032 0.000 0.032 0.000
#> SRR1070960 1 0.455 0.60589 0.756 0.032 0.104 0.000 0.104 0.004
#> SRR615285 3 0.678 0.24503 0.328 0.152 0.440 0.000 0.080 0.000
#> SRR1325353 1 0.381 0.53394 0.756 0.028 0.004 0.000 0.208 0.004
#> SRR1470682 2 0.457 0.53920 0.056 0.724 0.016 0.000 0.008 0.196
#> SRR615886 1 0.363 0.63773 0.824 0.084 0.040 0.000 0.052 0.000
#> SRR1397649 2 0.235 0.69631 0.112 0.876 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR819690 1 0.326 0.64792 0.848 0.028 0.064 0.000 0.060 0.000
#> SRR1336113 2 0.752 0.44416 0.184 0.508 0.100 0.000 0.072 0.136
#> SRR1396570 2 0.555 0.66046 0.152 0.700 0.048 0.004 0.052 0.044
#> SRR1327366 6 0.446 0.56133 0.000 0.204 0.012 0.012 0.044 0.728
#> SRR1317218 2 0.235 0.69631 0.112 0.876 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1352001 1 0.304 0.65311 0.864 0.032 0.052 0.000 0.052 0.000
#> SRR1469791 3 0.747 0.05553 0.028 0.336 0.384 0.012 0.040 0.200
#> SRR1388046 1 0.596 0.37618 0.588 0.252 0.028 0.000 0.120 0.012
#> SRR655076 1 0.698 -0.14874 0.404 0.368 0.056 0.000 0.156 0.016
#> SRR1464353 2 0.375 0.66539 0.092 0.800 0.004 0.000 0.004 0.100
#> SRR654754 1 0.420 0.62811 0.776 0.028 0.100 0.000 0.096 0.000
#> SRR599412 1 0.694 0.42629 0.560 0.104 0.168 0.008 0.144 0.016
#> SRR2166308 3 0.443 0.47091 0.184 0.032 0.736 0.000 0.048 0.000
#> SRR655696 1 0.615 0.43940 0.592 0.032 0.176 0.004 0.188 0.008
#> SRR602978 2 0.360 0.69542 0.164 0.796 0.004 0.000 0.020 0.016
#> SRR1323850 2 0.624 0.44164 0.052 0.628 0.096 0.004 0.032 0.188
#> SRR1365512 3 0.309 0.50920 0.052 0.012 0.868 0.000 0.048 0.020
#> SRR663380 1 0.401 0.61541 0.796 0.060 0.044 0.000 0.100 0.000
#> SRR1410469 3 0.570 0.52203 0.048 0.184 0.676 0.012 0.020 0.060
#> SRR659259 6 0.544 0.22328 0.004 0.064 0.004 0.084 0.156 0.688
#> SRR1421223 2 0.710 0.24934 0.064 0.472 0.280 0.004 0.016 0.164
#> SRR1092567 3 0.325 0.50662 0.052 0.012 0.860 0.000 0.048 0.028
#> SRR1472598 3 0.510 0.53864 0.048 0.132 0.740 0.012 0.020 0.048
#> SRR1069279 2 0.686 0.34862 0.064 0.528 0.236 0.004 0.016 0.152
#> SRR1351624 2 0.687 0.36607 0.068 0.532 0.228 0.004 0.016 0.152
#> SRR1342938 3 0.280 0.51980 0.076 0.016 0.872 0.000 0.036 0.000
#> SRR599346 2 0.451 0.66614 0.204 0.728 0.012 0.000 0.024 0.032
#> SRR1359045 1 0.724 0.15915 0.452 0.028 0.220 0.016 0.260 0.024
#> SRR601843 1 0.316 0.64506 0.856 0.020 0.076 0.000 0.044 0.004
#> SRR1318898 1 0.603 0.40279 0.580 0.020 0.168 0.000 0.220 0.012
#> SRR1455104 1 0.549 0.47759 0.632 0.020 0.216 0.000 0.128 0.004
#> SRR598565 5 0.826 0.50602 0.252 0.028 0.256 0.036 0.352 0.076
#> SRR1315188 3 0.521 0.42830 0.052 0.020 0.724 0.008 0.048 0.148
#> SRR1409875 3 0.724 -0.11604 0.012 0.172 0.388 0.012 0.052 0.364
#> SRR1348270 2 0.229 0.69673 0.116 0.876 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR602389 1 0.535 0.53385 0.680 0.024 0.132 0.000 0.152 0.012
#> SRR1451857 2 0.484 0.58498 0.080 0.708 0.012 0.000 0.012 0.188
#> SRR1436629 2 0.262 0.69694 0.132 0.852 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1349144 1 0.380 0.52317 0.748 0.032 0.000 0.000 0.216 0.004
#> SRR615491 4 0.363 0.79153 0.008 0.000 0.008 0.812 0.048 0.124
#> SRR1095937 1 0.473 0.23781 0.548 0.020 0.000 0.004 0.416 0.012
#> SRR1473295 1 0.593 0.52642 0.648 0.116 0.128 0.000 0.100 0.008
#> SRR1457972 2 0.446 0.53119 0.052 0.732 0.020 0.000 0.004 0.192
#> SRR1475430 3 0.706 0.42508 0.100 0.228 0.544 0.008 0.036 0.084
#> SRR2164562 1 0.689 0.16709 0.460 0.144 0.304 0.000 0.088 0.004
#> SRR665490 1 0.383 0.52294 0.744 0.032 0.000 0.000 0.220 0.004
#> SRR1434182 6 0.546 0.54004 0.000 0.364 0.024 0.052 0.008 0.552
#> SRR1458506 1 0.529 0.50264 0.660 0.020 0.120 0.000 0.196 0.004
#> SRR808886 3 0.510 0.53864 0.048 0.132 0.740 0.012 0.020 0.048
#> SRR1329442 1 0.652 0.27599 0.508 0.028 0.244 0.000 0.208 0.012
#> SRR1457925 1 0.604 0.41542 0.588 0.024 0.180 0.000 0.196 0.012
#> SRR1434910 2 0.448 0.56215 0.060 0.732 0.012 0.000 0.008 0.188
#> SRR614107 3 0.568 0.19985 0.004 0.040 0.588 0.012 0.044 0.312
#> SRR1323914 2 0.476 0.61961 0.220 0.680 0.008 0.000 0.092 0.000
#> SRR1323065 1 0.475 0.58251 0.728 0.024 0.096 0.000 0.148 0.004
#> SRR1309578 2 0.455 0.63534 0.204 0.700 0.004 0.000 0.092 0.000
#> SRR1500908 1 0.667 0.30617 0.508 0.036 0.200 0.000 0.240 0.016
#> SRR1076753 1 0.152 0.64130 0.940 0.008 0.008 0.000 0.044 0.000
#> SRR1327410 3 0.685 0.11887 0.028 0.352 0.436 0.008 0.016 0.160
#> SRR608064 1 0.630 0.42707 0.580 0.040 0.180 0.004 0.188 0.008
#> SRR608512 1 0.629 0.43555 0.580 0.056 0.216 0.004 0.140 0.004
#> SRR2167551 1 0.737 0.09442 0.408 0.244 0.240 0.000 0.100 0.008
#> SRR1394872 1 0.458 0.57308 0.736 0.024 0.100 0.000 0.140 0.000
#> SRR1345669 1 0.384 0.61125 0.800 0.020 0.076 0.000 0.104 0.000
#> SRR1367588 3 0.668 0.19418 0.368 0.128 0.424 0.000 0.080 0.000
#> SRR1387724 3 0.282 0.51035 0.060 0.004 0.876 0.000 0.048 0.012
#> SRR660438 1 0.664 0.34746 0.536 0.124 0.244 0.000 0.088 0.008
#> SRR1310758 2 0.806 0.13599 0.152 0.400 0.276 0.004 0.072 0.096
#> SRR601525 2 0.546 0.54181 0.300 0.608 0.016 0.000 0.044 0.032
#> SRR818749 1 0.675 0.27786 0.504 0.032 0.196 0.004 0.248 0.016
#> SRR604294 1 0.851 -0.04949 0.344 0.216 0.200 0.004 0.168 0.068
#> SRR1322494 2 0.429 0.56957 0.068 0.720 0.004 0.000 0.000 0.208
#> SRR1377949 3 0.595 0.50932 0.052 0.212 0.644 0.012 0.020 0.060
#> SRR1317001 1 0.349 0.65245 0.836 0.044 0.056 0.000 0.064 0.000
#> SRR1311897 1 0.219 0.64784 0.912 0.020 0.036 0.000 0.032 0.000
#> SRR1308715 2 0.484 0.61139 0.212 0.676 0.008 0.000 0.104 0.000
#> SRR1415195 4 0.402 0.74993 0.000 0.004 0.000 0.732 0.044 0.220
#> SRR1380163 2 0.431 0.61143 0.084 0.728 0.004 0.000 0.000 0.184
#> SRR1480611 1 0.138 0.64041 0.948 0.008 0.008 0.000 0.036 0.000
#> SRR603834 1 0.459 0.61204 0.756 0.072 0.084 0.000 0.088 0.000
#> SRR1341256 2 0.360 0.69199 0.140 0.808 0.036 0.000 0.008 0.008
#> SRR613795 1 0.462 0.60673 0.748 0.100 0.048 0.000 0.104 0.000
#> SRR659744 2 0.463 0.68955 0.128 0.760 0.040 0.004 0.008 0.060
#> SRR1479549 1 0.442 0.52794 0.716 0.056 0.008 0.000 0.216 0.004
#> SRR613258 1 0.535 0.49349 0.644 0.236 0.072 0.000 0.048 0.000
#> SRR1088808 5 0.728 0.14531 0.036 0.020 0.020 0.164 0.420 0.340
#> SRR1329068 2 0.464 0.33722 0.032 0.644 0.012 0.000 0.004 0.308
#> SRR1480565 2 0.473 0.50687 0.052 0.696 0.016 0.000 0.008 0.228
#> SRR1337137 6 0.446 0.56133 0.000 0.204 0.012 0.012 0.044 0.728
#> SRR1099520 1 0.215 0.64790 0.912 0.012 0.036 0.000 0.040 0.000
#> SRR603942 1 0.882 -0.46659 0.280 0.028 0.260 0.192 0.196 0.044
#> SRR1440625 3 0.464 0.54536 0.048 0.100 0.780 0.012 0.024 0.036
#> SRR1391700 1 0.370 0.52862 0.756 0.028 0.000 0.000 0.212 0.004
#> SRR657360 1 0.261 0.64192 0.884 0.032 0.016 0.000 0.068 0.000
#> SRR1473443 3 0.595 0.50932 0.052 0.212 0.644 0.012 0.020 0.060
#> SRR1498438 3 0.452 0.51149 0.052 0.044 0.792 0.004 0.040 0.068
#> SRR1394655 4 0.318 0.80696 0.004 0.000 0.008 0.836 0.028 0.124
#> SRR1322437 6 0.516 -0.00327 0.000 0.044 0.008 0.304 0.024 0.620
#> SRR660236 4 0.235 0.81073 0.000 0.000 0.008 0.868 0.000 0.124
#> SRR1466338 3 0.595 0.50932 0.052 0.212 0.644 0.012 0.020 0.060
#> SRR604148 1 0.614 0.40545 0.580 0.028 0.152 0.004 0.228 0.008
#> SRR1334939 1 0.768 -0.02612 0.356 0.276 0.240 0.000 0.112 0.016
#> SRR1349497 1 0.484 0.54136 0.696 0.020 0.092 0.000 0.192 0.000
#> SRR1360523 1 0.306 0.64285 0.860 0.024 0.048 0.000 0.068 0.000
#> SRR1446114 6 0.681 0.35772 0.012 0.372 0.072 0.052 0.028 0.464
#> SRR1339366 2 0.229 0.69584 0.116 0.876 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR656469 3 0.668 0.19418 0.368 0.128 0.424 0.000 0.080 0.000
#> SRR1389868 1 0.305 0.64909 0.856 0.024 0.032 0.000 0.088 0.000
#> SRR1390265 2 0.229 0.69584 0.116 0.876 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1364935 6 0.639 0.49945 0.000 0.304 0.020 0.188 0.008 0.480
#> SRR1469102 1 0.297 0.65264 0.868 0.032 0.048 0.000 0.052 0.000
#> SRR1440584 2 0.382 0.70179 0.132 0.804 0.032 0.000 0.012 0.020
#> SRR1459697 2 0.456 0.51665 0.068 0.676 0.004 0.000 0.000 0.252
#> SRR1352575 1 0.330 0.58028 0.816 0.040 0.000 0.000 0.140 0.004
#> SRR613711 2 0.263 0.69813 0.128 0.856 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR614023 1 0.229 0.65049 0.904 0.012 0.040 0.000 0.044 0.000
#> SRR1316174 1 0.710 0.05809 0.440 0.024 0.240 0.008 0.264 0.024
#> SRR603268 2 0.463 0.68955 0.128 0.760 0.040 0.004 0.008 0.060
#> SRR1486044 2 0.437 0.54763 0.068 0.708 0.004 0.000 0.000 0.220
#> SRR1441483 2 0.411 0.67539 0.168 0.764 0.008 0.000 0.052 0.008
#> SRR1074189 1 0.533 0.49737 0.648 0.232 0.072 0.000 0.048 0.000
#> SRR665646 1 0.565 0.48496 0.632 0.024 0.140 0.000 0.196 0.008
#> SRR1404931 4 0.768 0.05813 0.008 0.036 0.260 0.332 0.044 0.320
#> SRR1431552 4 0.235 0.81073 0.000 0.000 0.008 0.868 0.000 0.124
#> SRR1479085 3 0.832 0.23694 0.224 0.200 0.384 0.004 0.088 0.100
#> SRR1322711 2 0.410 0.63026 0.076 0.788 0.012 0.000 0.012 0.112
#> SRR1404988 6 0.603 0.53082 0.000 0.372 0.024 0.104 0.008 0.492
#> SRR1419848 2 0.626 0.38899 0.052 0.600 0.068 0.016 0.016 0.248
#> SRR1332713 4 0.318 0.80696 0.004 0.000 0.008 0.836 0.028 0.124
#> SRR1070863 1 0.226 0.64821 0.908 0.020 0.036 0.000 0.036 0.000
#> SRR659947 1 0.601 0.31391 0.536 0.344 0.040 0.000 0.060 0.020
#> SRR1414356 1 0.702 0.14694 0.464 0.032 0.192 0.008 0.284 0.020
#> SRR599122 3 0.319 0.51769 0.096 0.016 0.844 0.000 0.044 0.000
#> SRR1344100 2 0.681 0.51460 0.236 0.552 0.052 0.000 0.056 0.104
#> SRR613018 3 0.732 0.01815 0.020 0.180 0.428 0.012 0.048 0.312
#> SRR1456591 1 0.212 0.65184 0.916 0.024 0.032 0.000 0.028 0.000
#> SRR1368710 2 0.484 0.61139 0.212 0.676 0.008 0.000 0.104 0.000
#> SRR1397885 1 0.684 0.23750 0.488 0.036 0.188 0.004 0.268 0.016
#> SRR1319283 1 0.709 0.22449 0.472 0.200 0.048 0.000 0.252 0.028
#> SRR1349518 2 0.298 0.70193 0.116 0.848 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1471267 1 0.370 0.52862 0.756 0.028 0.000 0.000 0.212 0.004
#> SRR655277 1 0.565 0.48496 0.632 0.024 0.140 0.000 0.196 0.008
#> SRR1455436 2 0.643 0.33501 0.044 0.584 0.096 0.004 0.032 0.240
#> SRR658009 1 0.420 0.62811 0.776 0.028 0.100 0.000 0.096 0.000
#> SRR1331383 6 0.517 -0.01816 0.000 0.044 0.008 0.308 0.024 0.616
#> SRR1394894 3 0.674 0.29204 0.308 0.124 0.484 0.000 0.076 0.008
#> SRR659133 4 0.235 0.81073 0.000 0.000 0.008 0.868 0.000 0.124
#> SRR660212 3 0.678 0.24503 0.328 0.152 0.440 0.000 0.080 0.000
#> SRR657821 1 0.527 0.24579 0.516 0.068 0.000 0.000 0.404 0.012
#> SRR1379279 2 0.653 0.58252 0.104 0.628 0.076 0.008 0.040 0.144
#> SRR663149 2 0.713 0.31581 0.304 0.468 0.120 0.000 0.076 0.032
#> SRR1413032 3 0.553 0.52436 0.044 0.176 0.692 0.012 0.020 0.056
#> SRR1377557 1 0.201 0.63208 0.904 0.008 0.004 0.000 0.084 0.000
#> SRR1335296 2 0.215 0.69587 0.116 0.880 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1407273 1 0.724 -0.03396 0.348 0.308 0.252 0.000 0.092 0.000
#> SRR657101 1 0.723 0.21658 0.468 0.260 0.112 0.000 0.144 0.016
#> SRR1350588 3 0.441 0.46143 0.152 0.020 0.756 0.008 0.064 0.000
#> SRR1368486 1 0.427 0.60938 0.784 0.060 0.052 0.000 0.100 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.867 0.901 0.959 0.4988 0.500 0.500
#> 3 3 0.900 0.912 0.961 0.3172 0.761 0.558
#> 4 4 0.872 0.860 0.928 0.0864 0.910 0.750
#> 5 5 0.746 0.627 0.797 0.0740 0.953 0.842
#> 6 6 0.708 0.668 0.799 0.0539 0.875 0.564
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR661409 1 0.3584 0.8923 0.932 0.068
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0376 0.9604 0.004 0.996
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.9286 0.4943 0.656 0.344
#> SRR598068 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR598645 1 0.0376 0.9474 0.996 0.004
#> SRR656528 1 0.0376 0.9474 0.996 0.004
#> SRR809503 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.1184 0.9533 0.016 0.984
#> SRR1404384 2 0.7056 0.7581 0.192 0.808
#> SRR655495 2 0.0376 0.9604 0.004 0.996
#> SRR812270 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR814919 2 0.9970 0.0954 0.468 0.532
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0376 0.9604 0.004 0.996
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1359529 1 0.9815 0.3054 0.580 0.420
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.5178 0.8615 0.116 0.884
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.4161 0.8935 0.084 0.916
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR607502 1 0.7883 0.6752 0.764 0.236
#> SRR602951 2 0.3879 0.9031 0.076 0.924
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1314071 2 0.9795 0.2688 0.416 0.584
#> SRR1374778 1 0.9815 0.3074 0.580 0.420
#> SRR1089926 1 0.9358 0.4775 0.648 0.352
#> SRR1437056 1 0.9795 0.3166 0.584 0.416
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.0672 0.9444 0.992 0.008
#> SRR2166006 2 0.9881 0.2025 0.436 0.564
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0376 0.9604 0.004 0.996
#> SRR1433311 1 0.3274 0.9007 0.940 0.060
#> SRR656373 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.9795 0.3166 0.584 0.416
#> SRR661711 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.9922 0.1637 0.448 0.552
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.9460 0.4564 0.636 0.364
#> SRR601549 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR658573 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1381247 1 0.3274 0.9012 0.940 0.060
#> SRR1322790 1 0.9815 0.3074 0.580 0.420
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR809043 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR659578 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1418688 2 0.1843 0.9439 0.028 0.972
#> SRR602338 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.9000 0.5307 0.316 0.684
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.3584 0.9094 0.068 0.932
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.9460 0.4508 0.636 0.364
#> SRR598100 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.2043 0.9411 0.032 0.968
#> SRR1469477 1 0.8608 0.6106 0.716 0.284
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0672 0.9583 0.008 0.992
#> SRR1447325 2 0.5519 0.8410 0.128 0.872
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.8443 0.6320 0.728 0.272
#> SRR598364 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.9881 0.2473 0.564 0.436
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.4298 0.8894 0.088 0.912
#> SRR1316793 1 0.9795 0.3169 0.584 0.416
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.9866 0.2578 0.568 0.432
#> SRR1399457 2 0.2948 0.9249 0.052 0.948
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.3431 0.8975 0.936 0.064
#> SRR613402 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.8327 0.6376 0.264 0.736
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.9608 0.3742 0.384 0.616
#> SRR1376497 2 0.6623 0.7801 0.172 0.828
#> SRR813848 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.4431 0.8704 0.908 0.092
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1396570 2 0.5737 0.8329 0.136 0.864
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.5519 0.8313 0.872 0.128
#> SRR655696 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.6048 0.8190 0.148 0.852
#> SRR663380 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.4298 0.8894 0.088 0.912
#> SRR659259 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1342938 1 0.9795 0.3166 0.584 0.416
#> SRR599346 2 0.5946 0.8209 0.144 0.856
#> SRR1359045 1 0.0376 0.9474 0.996 0.004
#> SRR601843 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0376 0.9604 0.004 0.996
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.5519 0.8410 0.128 0.872
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.9909 0.1817 0.444 0.556
#> SRR2164562 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.2778 0.9274 0.048 0.952
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0376 0.9603 0.004 0.996
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.9460 0.4505 0.636 0.364
#> SRR1387724 1 0.4431 0.8708 0.908 0.092
#> SRR660438 1 0.0376 0.9474 0.996 0.004
#> SRR1310758 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR601525 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0376 0.9474 0.996 0.004
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.3879 0.9016 0.076 0.924
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.2423 0.9344 0.040 0.960
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1498438 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1394655 1 0.9427 0.4455 0.640 0.360
#> SRR1322437 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.8713 0.5923 0.292 0.708
#> SRR1466338 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR604148 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0376 0.9604 0.004 0.996
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR656469 1 0.8443 0.6320 0.728 0.272
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1074189 1 0.9491 0.4405 0.632 0.368
#> SRR665646 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1431552 2 0.0938 0.9560 0.012 0.988
#> SRR1479085 1 0.3431 0.8958 0.936 0.064
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.4562 0.8663 0.904 0.096
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0376 0.9604 0.004 0.996
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.5408 0.8311 0.876 0.124
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0672 0.9583 0.008 0.992
#> SRR658009 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1394894 2 0.9323 0.4506 0.348 0.652
#> SRR659133 1 0.9286 0.4932 0.656 0.344
#> SRR660212 2 0.2236 0.9374 0.036 0.964
#> SRR657821 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.0672 0.9583 0.008 0.992
#> SRR1413032 2 0.4298 0.8894 0.088 0.912
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000
#> SRR657101 1 0.4298 0.8713 0.912 0.088
#> SRR1350588 1 0.3274 0.9007 0.940 0.060
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9503 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR657372 3 0.5529 0.5912 0.296 0.000 0.704
#> SRR661409 3 0.0661 0.9374 0.008 0.004 0.988
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR601359 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0592 0.9356 0.000 0.012 0.988
#> SRR601157 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.1585 0.9255 0.028 0.964 0.008
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0475 0.9716 0.992 0.004 0.004
#> SRR1365356 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR598068 3 0.0592 0.9355 0.012 0.000 0.988
#> SRR810343 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.0592 0.9355 0.012 0.000 0.988
#> SRR663368 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.1289 0.9281 0.000 0.032 0.968
#> SRR1338901 2 0.3340 0.8464 0.000 0.880 0.120
#> SRR598645 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR656528 3 0.6442 0.2450 0.432 0.004 0.564
#> SRR809503 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.4750 0.7238 0.784 0.000 0.216
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1404384 3 0.8633 0.0372 0.100 0.436 0.464
#> SRR655495 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR821176 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR814919 3 0.8801 0.4823 0.284 0.152 0.564
#> SRR1415274 1 0.2261 0.9150 0.932 0.000 0.068
#> SRR1491275 1 0.0475 0.9716 0.992 0.004 0.004
#> SRR659851 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.4291 0.7699 0.180 0.000 0.820
#> SRR1393428 3 0.1163 0.9280 0.000 0.028 0.972
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.7001 0.3540 0.388 0.024 0.588
#> SRR1330305 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.1163 0.9280 0.000 0.028 0.972
#> SRR1413851 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1319924 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR607502 3 0.0475 0.9392 0.004 0.004 0.992
#> SRR602951 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1402922 2 0.6252 0.2348 0.000 0.556 0.444
#> SRR1314071 3 0.4861 0.7536 0.192 0.008 0.800
#> SRR1374778 3 0.0892 0.9331 0.000 0.020 0.980
#> SRR1089926 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1437056 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1366772 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487465 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR2166006 3 0.6651 0.5266 0.320 0.024 0.656
#> SRR1341034 2 0.0424 0.9439 0.000 0.992 0.008
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.2066 0.9078 0.000 0.940 0.060
#> SRR1433311 3 0.0592 0.9355 0.012 0.000 0.988
#> SRR656373 1 0.3267 0.8622 0.884 0.000 0.116
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR661711 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1350263 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1327349 2 0.2537 0.8835 0.000 0.920 0.080
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.8394 0.3803 0.576 0.316 0.108
#> SRR601549 3 0.1163 0.9280 0.000 0.028 0.972
#> SRR658573 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.1529 0.9218 0.000 0.040 0.960
#> SRR1381247 3 0.0475 0.9392 0.004 0.004 0.992
#> SRR1322790 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370151 2 0.4555 0.7403 0.000 0.800 0.200
#> SRR809043 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR659578 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.4702 0.7099 0.000 0.212 0.788
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0592 0.9392 0.000 0.012 0.988
#> SRR1418688 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR602338 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1313789 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR614275 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR601962 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.0424 0.9371 0.008 0.000 0.992
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR661794 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1501097 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1358459 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1333550 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR821148 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.4411 0.8161 0.844 0.016 0.140
#> SRR598100 1 0.1860 0.9322 0.948 0.000 0.052
#> SRR1475281 3 0.1163 0.9280 0.000 0.028 0.972
#> SRR1469477 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR1468184 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.6305 0.0732 0.000 0.516 0.484
#> SRR1447325 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0237 0.9750 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356308 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.3551 0.8328 0.000 0.868 0.132
#> SRR1466177 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR598364 1 0.3340 0.8559 0.880 0.000 0.120
#> SRR603036 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1365850 2 0.0424 0.9439 0.000 0.992 0.008
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1316793 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0424 0.9439 0.000 0.992 0.008
#> SRR1398971 3 0.6033 0.5049 0.336 0.004 0.660
#> SRR1399457 2 0.4784 0.7417 0.200 0.796 0.004
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0237 0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1396270 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR613402 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0592 0.9392 0.000 0.012 0.988
#> SRR613975 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1441631 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1088044 2 0.2537 0.8876 0.000 0.920 0.080
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0424 0.9439 0.000 0.992 0.008
#> SRR2166524 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.5785 0.5823 0.300 0.696 0.004
#> SRR1376497 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR813848 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.4702 0.7284 0.788 0.000 0.212
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR615886 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR819690 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.4172 0.7938 0.156 0.840 0.004
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.0592 0.9392 0.000 0.012 0.988
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0424 0.9469 0.000 0.992 0.008
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.4504 0.7513 0.804 0.000 0.196
#> SRR2166308 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR655696 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323850 2 0.0237 0.9472 0.000 0.996 0.004
#> SRR1365512 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR663380 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR659259 3 0.6225 0.2266 0.000 0.432 0.568
#> SRR1421223 3 0.1289 0.9281 0.000 0.032 0.968
#> SRR1092567 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1069279 3 0.3941 0.7923 0.000 0.156 0.844
#> SRR1351624 3 0.1163 0.9280 0.000 0.028 0.972
#> SRR1342938 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR599346 2 0.0747 0.9378 0.016 0.984 0.000
#> SRR1359045 1 0.5363 0.6168 0.724 0.000 0.276
#> SRR601843 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0892 0.9616 0.980 0.000 0.020
#> SRR1315188 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1409875 2 0.5968 0.4258 0.000 0.636 0.364
#> SRR1348270 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR602389 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436629 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1475430 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR2164562 1 0.1411 0.9482 0.964 0.000 0.036
#> SRR665490 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0237 0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR614107 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1323914 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0592 0.9392 0.000 0.012 0.988
#> SRR608064 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.4399 0.7636 0.812 0.000 0.188
#> SRR2167551 2 0.5216 0.6581 0.000 0.740 0.260
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0747 0.9358 0.000 0.016 0.984
#> SRR1387724 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR660438 1 0.5325 0.6611 0.748 0.004 0.248
#> SRR1310758 2 0.6062 0.3934 0.000 0.616 0.384
#> SRR601525 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415195 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR613795 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.3349 0.8709 0.888 0.004 0.108
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.5254 0.6453 0.264 0.000 0.736
#> SRR1440625 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1498438 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1394655 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1322437 3 0.5058 0.6610 0.000 0.244 0.756
#> SRR660236 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1466338 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR604148 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.4291 0.7738 0.000 0.820 0.180
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.4842 0.6923 0.000 0.224 0.776
#> SRR1339366 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR656469 3 0.0747 0.9358 0.000 0.016 0.984
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1364935 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR614023 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.5431 0.5993 0.716 0.000 0.284
#> SRR603268 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1074189 2 0.5115 0.7047 0.228 0.768 0.004
#> SRR665646 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1431552 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1479085 1 0.1129 0.9600 0.976 0.004 0.020
#> SRR1322711 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404988 2 0.0424 0.9439 0.000 0.992 0.008
#> SRR1419848 2 0.0424 0.9439 0.000 0.992 0.008
#> SRR1332713 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.1753 0.9357 0.952 0.000 0.048
#> SRR599122 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9486 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.1289 0.9263 0.000 0.032 0.968
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.5244 0.6745 0.756 0.004 0.240
#> SRR1349518 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.6302 0.0780 0.000 0.520 0.480
#> SRR658009 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR1394894 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR659133 3 0.0237 0.9384 0.000 0.004 0.996
#> SRR660212 2 0.6260 0.2127 0.000 0.552 0.448
#> SRR657821 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.2066 0.9059 0.000 0.940 0.060
#> SRR663149 3 0.5591 0.5495 0.000 0.304 0.696
#> SRR1413032 3 0.0424 0.9396 0.000 0.008 0.992
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0237 0.9489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407273 2 0.3686 0.8235 0.000 0.860 0.140
#> SRR657101 1 0.0475 0.9716 0.992 0.004 0.004
#> SRR1350588 3 0.0424 0.9379 0.008 0.000 0.992
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9784 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1499543 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1443419 2 0.0817 0.932 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR657372 4 0.5550 0.232 0.428 0.000 0.020 0.552
#> SRR661409 4 0.6916 0.509 0.280 0.000 0.148 0.572
#> SRR1409721 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1391678 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392030 1 0.1557 0.935 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1453787 1 0.0524 0.950 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR654969 1 0.0657 0.948 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1435113 4 0.1940 0.771 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR601359 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR663392 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1374716 4 0.2089 0.779 0.000 0.020 0.048 0.932
#> SRR601157 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR615347 2 0.3770 0.821 0.040 0.852 0.104 0.004
#> SRR1329464 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.4604 0.674 0.756 0.012 0.224 0.008
#> SRR1365356 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR598068 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR810343 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1431991 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1499699 1 0.1356 0.935 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1397861 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479663 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 4 0.6688 0.360 0.368 0.000 0.096 0.536
#> SRR663368 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1354225 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1089809 3 0.4781 0.474 0.000 0.004 0.660 0.336
#> SRR1338901 2 0.3873 0.689 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR598645 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR656528 3 0.4212 0.610 0.216 0.000 0.772 0.012
#> SRR809503 1 0.0804 0.948 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR659923 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498226 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319858 1 0.0524 0.951 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1350566 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.1867 0.773 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1406307 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348318 1 0.3569 0.783 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1343433 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1404384 3 0.1262 0.885 0.008 0.016 0.968 0.008
#> SRR655495 3 0.1792 0.898 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR812270 4 0.4522 0.468 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR821176 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR807799 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.7242 0.312 0.300 0.096 0.576 0.028
#> SRR1415274 1 0.4643 0.504 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1491275 1 0.5694 0.106 0.516 0.012 0.464 0.008
#> SRR659851 1 0.1389 0.939 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1337364 1 0.1302 0.940 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1414471 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471862 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1456208 3 0.5874 0.552 0.192 0.000 0.696 0.112
#> SRR1393428 3 0.0592 0.903 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1327632 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR608120 1 0.0524 0.950 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR607679 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1359529 3 0.1486 0.883 0.024 0.008 0.960 0.008
#> SRR1330305 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1436042 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR656191 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1419211 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658117 3 0.1474 0.882 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1090770 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398686 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0376 0.951 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1074694 3 0.0895 0.905 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1413851 2 0.0188 0.944 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.1042 0.944 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1095792 3 0.1118 0.908 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1476903 1 0.0921 0.946 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1406502 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 3 0.2647 0.826 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR602951 3 0.4941 0.279 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1402922 3 0.0804 0.892 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1314071 4 0.7479 0.424 0.244 0.000 0.252 0.504
#> SRR1374778 3 0.0592 0.902 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1089926 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1437056 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1366772 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1487465 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2166006 3 0.2099 0.861 0.040 0.004 0.936 0.020
#> SRR1341034 2 0.3569 0.750 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1460235 1 0.0672 0.949 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1368917 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.2742 0.877 0.000 0.900 0.076 0.024
#> SRR1433311 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR656373 4 0.4967 0.152 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1454265 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454498 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR661711 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356120 1 0.0336 0.951 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1381414 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1327349 2 0.2408 0.863 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1476348 2 0.0657 0.943 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR656035 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165896 3 0.2186 0.858 0.048 0.012 0.932 0.008
#> SRR601549 3 0.0376 0.897 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR658573 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1393470 4 0.7716 0.207 0.000 0.224 0.380 0.396
#> SRR1381247 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1322790 3 0.0921 0.907 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1404044 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.1356 0.935 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1419593 1 0.0524 0.950 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1434689 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0672 0.949 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1377967 2 0.0336 0.945 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR662510 2 0.0592 0.938 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1370151 2 0.4364 0.770 0.000 0.808 0.056 0.136
#> SRR809043 3 0.4855 0.380 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR659578 1 0.0524 0.950 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1339413 2 0.0707 0.935 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1434760 1 0.1004 0.943 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR660079 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.2319 0.776 0.000 0.036 0.040 0.924
#> SRR1340924 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.2868 0.825 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1418688 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR602338 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323936 4 0.1867 0.773 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1313789 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR614275 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR601962 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR663795 4 0.3708 0.699 0.148 0.000 0.020 0.832
#> SRR1418650 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR655780 2 0.0469 0.941 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR661794 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339508 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1501097 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0376 0.900 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1333550 2 0.0921 0.930 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR821148 1 0.0657 0.948 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR808658 3 0.4218 0.666 0.184 0.012 0.796 0.008
#> SRR598100 1 0.4331 0.625 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1475281 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1469477 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1468184 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415660 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR816892 4 0.5602 0.273 0.000 0.408 0.024 0.568
#> SRR1447325 4 0.1557 0.780 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1415980 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR658021 1 0.4123 0.696 0.772 0.000 0.220 0.008
#> SRR1356308 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1083031 3 0.2973 0.765 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1466177 2 0.0817 0.932 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1346978 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR607705 3 0.0592 0.902 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR598364 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR603036 1 0.0376 0.951 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR604342 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1365850 2 0.4730 0.436 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1335940 1 0.1389 0.937 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1436515 1 0.0376 0.951 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1367612 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1411002 1 0.1118 0.942 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1446606 4 0.4382 0.535 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1350936 1 0.0804 0.948 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1351257 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1316793 3 0.0817 0.906 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1090815 1 0.0804 0.951 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR657845 1 0.0657 0.948 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1408633 2 0.3688 0.732 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1398971 4 0.1302 0.764 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1399457 2 0.5239 0.628 0.200 0.744 0.048 0.008
#> SRR1073341 1 0.1639 0.930 0.952 0.004 0.036 0.008
#> SRR810805 1 0.0336 0.951 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1309657 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR820186 1 0.0336 0.951 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1388913 2 0.4770 0.565 0.000 0.700 0.012 0.288
#> SRR1396270 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR613402 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614912 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1478410 3 0.4164 0.665 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR613975 2 0.0188 0.944 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1441631 3 0.0469 0.901 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1088044 2 0.2589 0.844 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1082909 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1392007 4 0.4331 0.530 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR2166524 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1445765 1 0.0657 0.949 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR819867 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1339675 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1085687 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR597952 2 0.5887 0.474 0.284 0.660 0.048 0.008
#> SRR1376497 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR813848 4 0.2081 0.767 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1379471 1 0.0336 0.951 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1070960 1 0.1302 0.940 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR615285 3 0.1798 0.872 0.040 0.000 0.944 0.016
#> SRR1325353 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470682 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615886 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336113 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1396570 2 0.4860 0.667 0.184 0.768 0.044 0.004
#> SRR1327366 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1317218 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1352001 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.4661 0.447 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1388046 1 0.1732 0.927 0.948 0.004 0.040 0.008
#> SRR655076 2 0.3494 0.775 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1464353 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR654754 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR599412 1 0.3828 0.848 0.848 0.000 0.084 0.068
#> SRR2166308 3 0.1022 0.907 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR655696 1 0.0672 0.951 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR602978 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0657 0.943 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1365512 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR663380 1 0.1256 0.938 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1410469 3 0.1211 0.908 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR659259 4 0.1975 0.770 0.000 0.048 0.016 0.936
#> SRR1421223 3 0.1305 0.902 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1092567 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1472598 3 0.1211 0.908 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1069279 3 0.1182 0.897 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR1351624 3 0.0895 0.905 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1342938 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR599346 2 0.2010 0.880 0.060 0.932 0.004 0.004
#> SRR1359045 4 0.4543 0.488 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR601843 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1455104 1 0.0707 0.947 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR598565 1 0.1940 0.922 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1315188 3 0.4817 0.401 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1409875 2 0.5408 0.244 0.000 0.576 0.016 0.408
#> SRR1348270 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1451857 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436629 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0524 0.950 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR615491 4 0.1022 0.782 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1095937 1 0.0657 0.949 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1473295 1 0.1356 0.935 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1457972 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475430 3 0.1118 0.908 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2164562 3 0.3450 0.719 0.156 0.000 0.836 0.008
#> SRR665490 1 0.0657 0.948 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1434182 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1458506 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR808886 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1329442 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1457925 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1434910 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614107 3 0.4730 0.461 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1323914 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1323065 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1309578 2 0.0188 0.944 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1500908 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1076753 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.1302 0.906 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR608064 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR608512 1 0.3948 0.835 0.840 0.000 0.096 0.064
#> SRR2167551 3 0.1151 0.885 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1394872 1 0.0707 0.947 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1345669 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0592 0.902 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1387724 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR660438 3 0.2310 0.836 0.068 0.004 0.920 0.008
#> SRR1310758 3 0.2342 0.833 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR601525 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818749 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR604294 1 0.2255 0.923 0.920 0.000 0.012 0.068
#> SRR1322494 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1377949 3 0.0376 0.897 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1317001 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1415195 4 0.1940 0.771 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1380163 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1480611 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603834 1 0.1151 0.941 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1341256 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0804 0.948 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR659744 2 0.0469 0.941 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1479549 1 0.0657 0.948 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR613258 1 0.0376 0.951 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1088808 4 0.1557 0.759 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1329068 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1480565 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337137 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099520 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.3852 0.679 0.180 0.000 0.012 0.808
#> SRR1440625 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1391700 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657360 1 0.0672 0.949 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1473443 3 0.0707 0.905 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1498438 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1394655 4 0.0779 0.779 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1322437 4 0.2222 0.769 0.000 0.060 0.016 0.924
#> SRR660236 4 0.1557 0.780 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1466338 3 0.1118 0.908 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR604148 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1334939 3 0.1305 0.877 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1349497 1 0.0707 0.947 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1360523 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.2816 0.773 0.000 0.036 0.064 0.900
#> SRR1339366 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0592 0.902 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1389868 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390265 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.2081 0.772 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1469102 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0188 0.944 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459697 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1352575 1 0.0657 0.948 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR613711 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316174 1 0.4916 0.274 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR603268 2 0.0937 0.940 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1486044 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1441483 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.6738 0.473 0.208 0.628 0.160 0.004
#> SRR665646 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1404931 4 0.1557 0.780 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1431552 4 0.2081 0.767 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1479085 1 0.3548 0.886 0.864 0.000 0.068 0.068
#> SRR1322711 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.2760 0.731 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1419848 4 0.5360 0.173 0.000 0.436 0.012 0.552
#> SRR1332713 4 0.0779 0.779 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1070863 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.1792 0.929 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1414356 1 0.2149 0.912 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR599122 3 0.1022 0.907 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1344100 2 0.0469 0.944 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR613018 4 0.6950 0.479 0.000 0.156 0.272 0.572
#> SRR1456591 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368710 2 0.0707 0.935 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1397885 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1319283 1 0.4690 0.601 0.720 0.004 0.268 0.008
#> SRR1349518 2 0.0469 0.941 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1471267 1 0.0524 0.950 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR655277 1 0.1716 0.929 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1455436 4 0.5478 0.171 0.000 0.444 0.016 0.540
#> SRR658009 1 0.0804 0.948 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1331383 4 0.1716 0.777 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1394894 3 0.2589 0.857 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR659133 4 0.1557 0.780 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR660212 3 0.1854 0.872 0.000 0.048 0.940 0.012
#> SRR657821 1 0.1305 0.934 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1379279 2 0.3107 0.857 0.000 0.884 0.080 0.036
#> SRR663149 3 0.1938 0.868 0.000 0.052 0.936 0.012
#> SRR1413032 3 0.1118 0.908 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1377557 1 0.0188 0.951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335296 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.2149 0.839 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR657101 1 0.2433 0.903 0.920 0.012 0.060 0.008
#> SRR1350588 3 0.1389 0.908 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1368486 1 0.1356 0.935 0.960 0.000 0.032 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.4597 0.4148 0.564 0.000 0.000 0.012 0.424
#> SRR1499543 1 0.4444 0.4628 0.624 0.000 0.000 0.012 0.364
#> SRR1443419 2 0.2852 0.7944 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR657372 5 0.6601 -0.0424 0.380 0.000 0.036 0.096 0.488
#> SRR661409 5 0.3700 0.2983 0.060 0.000 0.020 0.080 0.840
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0609 0.7100 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1392030 1 0.4597 0.4271 0.564 0.000 0.000 0.012 0.424
#> SRR1453787 1 0.0963 0.6995 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR654969 1 0.1768 0.6862 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1435113 4 0.0671 0.7928 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR601359 1 0.4708 0.4025 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR663392 2 0.0162 0.9042 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374716 4 0.2026 0.7784 0.000 0.008 0.012 0.924 0.056
#> SRR601157 1 0.4708 0.4084 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR615347 2 0.5999 0.2329 0.064 0.464 0.012 0.004 0.456
#> SRR1329464 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357344 1 0.4988 0.0780 0.556 0.004 0.024 0.000 0.416
#> SRR1365356 3 0.0566 0.8033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR598068 3 0.0833 0.8031 0.004 0.000 0.976 0.004 0.016
#> SRR810343 1 0.4696 0.4102 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428
#> SRR1431991 1 0.0404 0.7117 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312024 3 0.0693 0.8031 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1499699 1 0.3074 0.5557 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1397861 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479663 2 0.1341 0.8906 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1475483 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603726 5 0.7394 0.1786 0.264 0.000 0.156 0.080 0.500
#> SRR663368 1 0.4708 0.4075 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR1354225 2 0.0703 0.8953 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1089809 3 0.5025 0.6774 0.000 0.020 0.664 0.028 0.288
#> SRR1338901 2 0.6055 0.2567 0.000 0.472 0.120 0.000 0.408
#> SRR598645 3 0.2753 0.7813 0.000 0.000 0.856 0.008 0.136
#> SRR656528 3 0.6428 0.3101 0.176 0.000 0.440 0.000 0.384
#> SRR809503 1 0.2674 0.6759 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140
#> SRR659923 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1319858 1 0.1965 0.6908 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1350566 1 0.2561 0.6562 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR614743 4 0.1372 0.7896 0.000 0.004 0.016 0.956 0.024
#> SRR1406307 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348318 5 0.5375 -0.2459 0.452 0.000 0.004 0.044 0.500
#> SRR1343433 1 0.2179 0.6739 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1342088 3 0.1041 0.8060 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1404384 3 0.4341 0.6110 0.000 0.004 0.592 0.000 0.404
#> SRR655495 3 0.2344 0.8023 0.000 0.000 0.904 0.032 0.064
#> SRR812270 4 0.6261 0.2354 0.000 0.000 0.296 0.524 0.180
#> SRR821176 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0162 0.9054 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814919 3 0.7698 -0.0396 0.248 0.072 0.440 0.000 0.240
#> SRR1415274 5 0.5920 -0.2366 0.444 0.000 0.004 0.088 0.464
#> SRR1491275 1 0.6411 -0.0374 0.492 0.000 0.196 0.000 0.312
#> SRR659851 1 0.4415 0.4344 0.552 0.000 0.000 0.004 0.444
#> SRR1337364 1 0.4242 0.4332 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1414471 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471862 1 0.4708 0.4075 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR1456208 3 0.5861 -0.0905 0.052 0.000 0.488 0.020 0.440
#> SRR1393428 3 0.4030 0.6720 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1327632 1 0.4708 0.4075 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR608120 1 0.0880 0.7037 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR607679 2 0.1628 0.8689 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1359529 3 0.3398 0.7320 0.004 0.000 0.780 0.000 0.216
#> SRR1330305 2 0.1341 0.8906 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1436042 1 0.4696 0.4038 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428
#> SRR656191 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658117 5 0.5249 -0.4002 0.024 0.000 0.456 0.012 0.508
#> SRR1090770 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR657420 1 0.0963 0.7107 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1398686 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR821207 1 0.1608 0.6865 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1074694 3 0.2929 0.7640 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1413851 2 0.1608 0.8843 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1319924 2 0.0404 0.9045 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1361050 1 0.2377 0.6393 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1095792 3 0.3003 0.7604 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1476903 1 0.4341 0.4561 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR1406502 2 0.1851 0.8758 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR607502 5 0.4514 0.1568 0.020 0.000 0.220 0.024 0.736
#> SRR602951 3 0.4252 0.7358 0.000 0.000 0.764 0.064 0.172
#> SRR1402922 3 0.4249 0.5770 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1314071 5 0.6126 0.2884 0.124 0.000 0.152 0.060 0.664
#> SRR1374778 3 0.2773 0.7597 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1089926 3 0.0290 0.8055 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1437056 3 0.0566 0.8033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.4557 0.2895 0.000 0.000 0.008 0.516 0.476
#> SRR2166006 3 0.5446 0.5296 0.028 0.012 0.524 0.004 0.432
#> SRR1341034 4 0.4557 0.1079 0.000 0.476 0.000 0.516 0.008
#> SRR1460235 1 0.1608 0.6865 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1368917 1 0.0404 0.7120 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457197 2 0.5211 0.3564 0.000 0.524 0.028 0.008 0.440
#> SRR1433311 3 0.0693 0.8025 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR656373 5 0.6176 -0.0686 0.388 0.000 0.004 0.120 0.488
#> SRR1454265 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1454498 3 0.0566 0.8033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR661711 1 0.0290 0.7130 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR661493 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356120 1 0.0794 0.7104 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1381414 2 0.0880 0.9009 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1350263 3 0.0566 0.8042 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1327349 2 0.2264 0.8524 0.000 0.912 0.004 0.024 0.060
#> SRR1476348 2 0.3875 0.7214 0.000 0.756 0.004 0.012 0.228
#> SRR656035 1 0.0000 0.7120 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.3990 0.6574 0.000 0.000 0.688 0.004 0.308
#> SRR601549 3 0.4449 0.5319 0.000 0.000 0.512 0.004 0.484
#> SRR658573 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 5 0.7406 -0.1328 0.000 0.192 0.332 0.048 0.428
#> SRR1381247 3 0.0955 0.8059 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1322790 3 0.0510 0.8041 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1404044 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487728 1 0.3508 0.5596 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1419593 1 0.0510 0.7082 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1434689 2 0.0290 0.9050 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1349540 1 0.2424 0.6799 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.2389 0.8495 0.000 0.880 0.000 0.004 0.116
#> SRR1370151 2 0.4940 0.5905 0.000 0.656 0.020 0.020 0.304
#> SRR809043 3 0.4020 0.7322 0.000 0.000 0.796 0.108 0.096
#> SRR659578 1 0.2646 0.6323 0.868 0.000 0.004 0.004 0.124
#> SRR1339413 2 0.1851 0.8746 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1434760 1 0.2929 0.6441 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR660079 1 0.0451 0.7117 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1465153 4 0.0771 0.7912 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR1340924 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1073267 3 0.3849 0.7248 0.000 0.000 0.752 0.016 0.232
#> SRR1418688 3 0.0566 0.8033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR602338 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323936 4 0.1943 0.7765 0.000 0.000 0.020 0.924 0.056
#> SRR1313789 2 0.1671 0.8821 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR614275 3 0.1012 0.8043 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR601962 1 0.4718 0.4004 0.540 0.000 0.000 0.016 0.444
#> SRR663795 4 0.5853 0.1842 0.084 0.000 0.004 0.500 0.412
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3489 0.7547 0.000 0.784 0.004 0.004 0.208
#> SRR661794 1 0.0000 0.7120 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0566 0.8033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.3586 0.7281 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1333550 2 0.4086 0.6578 0.000 0.704 0.012 0.000 0.284
#> SRR821148 1 0.1430 0.6907 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR808658 1 0.6738 -0.1851 0.408 0.004 0.212 0.000 0.376
#> SRR598100 1 0.5648 0.2774 0.484 0.000 0.004 0.064 0.448
#> SRR1475281 3 0.4171 0.6311 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1469477 3 0.0566 0.8033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.1628 0.8689 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR816892 5 0.6445 0.0213 0.000 0.396 0.016 0.116 0.472
#> SRR1447325 4 0.0451 0.7937 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1415980 1 0.4708 0.4075 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR658021 1 0.5083 0.4372 0.696 0.000 0.120 0.000 0.184
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.4538 0.4085 0.540 0.000 0.000 0.008 0.452
#> SRR1083031 3 0.6605 0.3367 0.000 0.252 0.460 0.000 0.288
#> SRR1466177 2 0.2561 0.8269 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.2813 0.7581 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR598364 1 0.4843 0.3985 0.552 0.000 0.004 0.016 0.428
#> SRR603036 1 0.0510 0.7107 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR604342 4 0.0510 0.7909 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1365850 4 0.3728 0.6039 0.000 0.244 0.000 0.748 0.008
#> SRR1335940 1 0.4235 0.4349 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1436515 1 0.0510 0.7082 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.4030 0.4852 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1446606 4 0.5427 0.5087 0.000 0.000 0.104 0.636 0.260
#> SRR1350936 1 0.1608 0.6865 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1351257 3 0.1205 0.8056 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1316793 3 0.0324 0.8049 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1090815 1 0.4300 0.4059 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR657845 1 0.1544 0.6873 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1408633 4 0.4446 0.1192 0.000 0.476 0.000 0.520 0.004
#> SRR1398971 4 0.4450 0.2790 0.004 0.000 0.000 0.508 0.488
#> SRR1399457 5 0.6307 -0.1523 0.108 0.420 0.012 0.000 0.460
#> SRR1073341 1 0.3305 0.5148 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR810805 1 0.3274 0.6207 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1309657 1 0.4235 0.4295 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR820186 1 0.3932 0.5288 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1388913 2 0.4465 0.6855 0.000 0.732 0.000 0.056 0.212
#> SRR1396270 3 0.0566 0.8033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR613402 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.2554 0.7731 0.000 0.000 0.892 0.036 0.072
#> SRR613975 2 0.1341 0.8913 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1441631 3 0.3336 0.7239 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1088044 2 0.5028 0.4367 0.000 0.564 0.036 0.000 0.400
#> SRR1082909 1 0.4708 0.4075 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR1392007 4 0.4780 0.5854 0.000 0.248 0.000 0.692 0.060
#> SRR2166524 2 0.0451 0.9051 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1445765 1 0.3461 0.6389 0.772 0.000 0.000 0.004 0.224
#> SRR819867 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.4708 0.4075 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR1085687 2 0.0324 0.9029 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR597952 5 0.6778 0.1166 0.216 0.316 0.008 0.000 0.460
#> SRR1376497 3 0.0566 0.8033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR813848 4 0.0898 0.7917 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1379471 1 0.1410 0.6933 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1070960 1 0.4235 0.4373 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR615285 3 0.3266 0.7360 0.004 0.000 0.796 0.000 0.200
#> SRR1325353 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397649 2 0.0404 0.9045 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR819690 1 0.1851 0.6921 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1336113 2 0.1732 0.8699 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1396570 5 0.6587 -0.1247 0.144 0.412 0.012 0.000 0.432
#> SRR1327366 2 0.1697 0.8662 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469791 3 0.4748 0.6748 0.000 0.000 0.660 0.040 0.300
#> SRR1388046 1 0.3999 0.2924 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR655076 2 0.5028 0.3683 0.000 0.524 0.032 0.000 0.444
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR599412 5 0.5096 -0.1167 0.400 0.000 0.016 0.016 0.568
#> SRR2166308 3 0.0771 0.8039 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR655696 1 0.4201 0.5501 0.664 0.000 0.000 0.008 0.328
#> SRR602978 2 0.1121 0.8971 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1323850 2 0.2674 0.8148 0.000 0.856 0.004 0.000 0.140
#> SRR1365512 3 0.0404 0.8039 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR663380 1 0.3143 0.6225 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1410469 3 0.1478 0.8032 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR659259 4 0.2362 0.7641 0.000 0.024 0.000 0.900 0.076
#> SRR1421223 3 0.4893 0.6393 0.000 0.016 0.612 0.012 0.360
#> SRR1092567 3 0.0404 0.8039 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1472598 3 0.1638 0.8030 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1069279 3 0.4855 0.5821 0.000 0.016 0.544 0.004 0.436
#> SRR1351624 3 0.3752 0.7083 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1342938 3 0.0693 0.8036 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR599346 2 0.5206 0.6214 0.096 0.684 0.004 0.000 0.216
#> SRR1359045 5 0.6455 0.1538 0.204 0.000 0.000 0.312 0.484
#> SRR601843 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1318898 1 0.4689 0.4099 0.560 0.000 0.000 0.016 0.424
#> SRR1455104 1 0.2561 0.6545 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR598565 1 0.4945 0.3712 0.536 0.000 0.004 0.020 0.440
#> SRR1315188 3 0.2708 0.7699 0.000 0.000 0.884 0.044 0.072
#> SRR1409875 2 0.4832 0.6448 0.000 0.708 0.004 0.064 0.224
#> SRR1348270 2 0.0404 0.9045 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR602389 1 0.4590 0.4227 0.568 0.000 0.000 0.012 0.420
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0794 0.9017 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1349144 1 0.0794 0.7032 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR615491 4 0.0566 0.7925 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1095937 1 0.3210 0.5152 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1473295 1 0.2891 0.5833 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.2966 0.7607 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR2164562 1 0.6949 -0.2476 0.352 0.000 0.340 0.004 0.304
#> SRR665490 1 0.1270 0.6908 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1434182 2 0.0451 0.9013 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1458506 1 0.4689 0.4099 0.560 0.000 0.000 0.016 0.424
#> SRR808886 3 0.0955 0.8059 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1329442 1 0.4640 0.4301 0.584 0.000 0.000 0.016 0.400
#> SRR1457925 1 0.4702 0.4090 0.552 0.000 0.000 0.016 0.432
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.2569 0.7709 0.000 0.000 0.892 0.040 0.068
#> SRR1323914 2 0.1341 0.8906 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1323065 1 0.4249 0.4330 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1309578 2 0.1608 0.8843 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1500908 1 0.4723 0.4001 0.536 0.000 0.000 0.016 0.448
#> SRR1076753 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1327410 3 0.3863 0.7179 0.000 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR608064 1 0.4723 0.3935 0.536 0.000 0.000 0.016 0.448
#> SRR608512 1 0.5552 0.4026 0.584 0.000 0.048 0.016 0.352
#> SRR2167551 3 0.4118 0.6378 0.000 0.000 0.660 0.004 0.336
#> SRR1394872 1 0.3109 0.6177 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1345669 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367588 3 0.2813 0.7581 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1387724 3 0.0566 0.8033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR660438 5 0.6391 -0.3005 0.148 0.000 0.384 0.004 0.464
#> SRR1310758 5 0.5984 -0.3979 0.004 0.096 0.416 0.000 0.484
#> SRR601525 2 0.1121 0.8949 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR818749 1 0.4731 0.3902 0.528 0.000 0.000 0.016 0.456
#> SRR604294 5 0.4500 0.1452 0.316 0.000 0.004 0.016 0.664
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.4045 0.6617 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1317001 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311897 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1308715 2 0.1270 0.8921 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1415195 4 0.0609 0.7915 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603834 1 0.2966 0.6402 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1341256 2 0.0404 0.9045 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR613795 1 0.2068 0.6881 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR659744 2 0.4040 0.6661 0.000 0.712 0.012 0.000 0.276
#> SRR1479549 1 0.1608 0.6865 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR613258 1 0.2439 0.6230 0.876 0.000 0.004 0.000 0.120
#> SRR1088808 4 0.4559 0.2755 0.008 0.000 0.000 0.512 0.480
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.1764 0.8635 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1099520 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603942 4 0.5826 0.1781 0.096 0.000 0.000 0.500 0.404
#> SRR1440625 3 0.1041 0.8060 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1391700 1 0.0404 0.7113 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR657360 1 0.1608 0.6865 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1473443 3 0.4114 0.6490 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1498438 3 0.0865 0.8064 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1394655 4 0.0510 0.7909 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1322437 4 0.0771 0.7912 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR660236 4 0.0451 0.7937 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1466338 3 0.3242 0.7471 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR604148 1 0.4702 0.4087 0.552 0.000 0.000 0.016 0.432
#> SRR1334939 3 0.4674 0.5824 0.000 0.016 0.568 0.000 0.416
#> SRR1349497 1 0.3452 0.5844 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1360523 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446114 4 0.3047 0.7523 0.000 0.024 0.012 0.868 0.096
#> SRR1339366 2 0.0794 0.9010 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR656469 3 0.2813 0.7581 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1389868 1 0.0000 0.7120 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0404 0.9045 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1364935 4 0.0671 0.7928 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1469102 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440584 2 0.2286 0.8578 0.000 0.888 0.004 0.000 0.108
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.1544 0.6873 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR613711 2 0.0963 0.8996 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR614023 1 0.0404 0.7114 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1316174 1 0.6145 0.1733 0.444 0.000 0.004 0.112 0.440
#> SRR603268 2 0.4173 0.6311 0.000 0.688 0.012 0.000 0.300
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9055 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0404 0.9045 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1074189 1 0.6339 -0.0702 0.496 0.148 0.004 0.000 0.352
#> SRR665646 1 0.4702 0.4090 0.552 0.000 0.000 0.016 0.432
#> SRR1404931 4 0.0324 0.7941 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1431552 4 0.0898 0.7917 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1479085 5 0.2967 0.3576 0.104 0.000 0.016 0.012 0.868
#> SRR1322711 2 0.0794 0.9010 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1404988 4 0.0955 0.7871 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1419848 4 0.5528 0.5599 0.000 0.112 0.012 0.672 0.204
#> SRR1332713 4 0.0510 0.7909 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1070863 1 0.0404 0.7114 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR659947 1 0.4798 0.3795 0.540 0.000 0.000 0.020 0.440
#> SRR1414356 1 0.5024 0.3629 0.532 0.000 0.004 0.024 0.440
#> SRR599122 3 0.0671 0.8035 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1344100 2 0.0290 0.9050 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR613018 5 0.6851 0.2022 0.000 0.192 0.132 0.084 0.592
#> SRR1456591 1 0.0000 0.7120 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.1732 0.8797 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1397885 1 0.4696 0.4038 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428
#> SRR1319283 5 0.5238 0.0689 0.472 0.000 0.044 0.000 0.484
#> SRR1349518 2 0.1544 0.8862 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1471267 1 0.0703 0.7083 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR655277 1 0.4696 0.4087 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428
#> SRR1455436 5 0.6316 0.1160 0.000 0.352 0.012 0.120 0.516
#> SRR658009 1 0.1908 0.6898 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1331383 4 0.0566 0.7940 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1394894 3 0.0955 0.8015 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR659133 4 0.0451 0.7937 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR660212 3 0.3662 0.7049 0.000 0.004 0.744 0.000 0.252
#> SRR657821 1 0.3452 0.4848 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1379279 2 0.5258 0.4538 0.000 0.564 0.020 0.020 0.396
#> SRR663149 3 0.5218 0.5446 0.000 0.036 0.536 0.004 0.424
#> SRR1413032 3 0.3086 0.7609 0.000 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1377557 1 0.0290 0.7120 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335296 2 0.0794 0.9010 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1407273 3 0.5935 0.5454 0.000 0.152 0.580 0.000 0.268
#> SRR657101 5 0.4637 0.0585 0.452 0.000 0.012 0.000 0.536
#> SRR1350588 3 0.0566 0.8037 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1368486 1 0.2813 0.5917 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 5 0.3126 0.8310 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR1499543 5 0.3672 0.6804 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1443419 2 0.4766 0.4903 0.000 0.616 0.000 0.004 0.060 0.320
#> SRR657372 5 0.3827 0.7866 0.124 0.000 0.016 0.032 0.808 0.020
#> SRR661409 5 0.4614 0.3095 0.028 0.000 0.000 0.016 0.624 0.332
#> SRR1409721 2 0.0717 0.8408 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1391678 1 0.1528 0.8286 0.936 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR1392030 5 0.4002 0.8099 0.260 0.000 0.000 0.000 0.704 0.036
#> SRR1453787 1 0.0363 0.8307 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR654969 1 0.1889 0.8179 0.920 0.000 0.000 0.004 0.020 0.056
#> SRR1435113 4 0.0405 0.8425 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR601359 5 0.3109 0.8380 0.224 0.000 0.000 0.000 0.772 0.004
#> SRR663392 2 0.1845 0.8121 0.000 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1374716 4 0.3560 0.7728 0.000 0.012 0.008 0.828 0.064 0.088
#> SRR601157 5 0.2969 0.8385 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR615347 6 0.3807 0.5438 0.032 0.184 0.000 0.004 0.008 0.772
#> SRR1329464 1 0.1267 0.8279 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1357344 1 0.5543 0.0450 0.456 0.008 0.000 0.004 0.088 0.444
#> SRR1365356 3 0.0000 0.7937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0508 0.7935 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR810343 5 0.3076 0.8345 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1431991 1 0.1524 0.8307 0.932 0.000 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1312024 3 0.0291 0.7931 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1499699 1 0.3983 0.6809 0.736 0.000 0.000 0.000 0.056 0.208
#> SRR1397861 1 0.0937 0.8346 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1479663 2 0.3558 0.7558 0.000 0.792 0.000 0.004 0.044 0.160
#> SRR1475483 1 0.1327 0.8278 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR603726 5 0.3837 0.7662 0.092 0.000 0.044 0.024 0.820 0.020
#> SRR663368 5 0.3740 0.8308 0.228 0.000 0.000 0.000 0.740 0.032
#> SRR1354225 2 0.2190 0.7989 0.000 0.900 0.000 0.000 0.040 0.060
#> SRR1089809 6 0.6220 -0.0016 0.000 0.024 0.392 0.016 0.104 0.464
#> SRR1338901 6 0.3915 0.5066 0.000 0.228 0.028 0.000 0.008 0.736
#> SRR598645 3 0.4549 0.5593 0.000 0.000 0.680 0.000 0.088 0.232
#> SRR656528 6 0.6735 0.3817 0.176 0.000 0.164 0.000 0.132 0.528
#> SRR809503 1 0.4060 0.7057 0.764 0.000 0.000 0.004 0.112 0.120
#> SRR659923 2 0.0891 0.8447 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1498226 1 0.1563 0.8306 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR1319858 1 0.3013 0.7787 0.844 0.000 0.000 0.000 0.068 0.088
#> SRR1350566 1 0.3244 0.5223 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR614743 4 0.2505 0.8021 0.000 0.000 0.008 0.888 0.040 0.064
#> SRR1406307 1 0.1908 0.8263 0.916 0.000 0.000 0.000 0.056 0.028
#> SRR1348318 5 0.3268 0.8259 0.164 0.000 0.000 0.008 0.808 0.020
#> SRR1343433 1 0.2883 0.6378 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1342088 3 0.2119 0.7703 0.000 0.000 0.904 0.000 0.036 0.060
#> SRR1404384 6 0.5672 0.2767 0.032 0.000 0.324 0.004 0.076 0.564
#> SRR655495 3 0.3858 0.6909 0.000 0.000 0.792 0.048 0.024 0.136
#> SRR812270 4 0.6903 0.1660 0.000 0.000 0.168 0.440 0.088 0.304
#> SRR821176 2 0.0717 0.8408 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR807799 2 0.1265 0.8406 0.000 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR814919 5 0.8260 -0.2139 0.128 0.052 0.276 0.000 0.284 0.260
#> SRR1415274 5 0.3578 0.8153 0.140 0.000 0.000 0.044 0.804 0.012
#> SRR1491275 1 0.6272 0.0549 0.464 0.000 0.064 0.004 0.080 0.388
#> SRR659851 5 0.4929 0.6869 0.324 0.000 0.000 0.004 0.600 0.072
#> SRR1337364 5 0.3791 0.8302 0.236 0.000 0.000 0.000 0.732 0.032
#> SRR1414471 1 0.1563 0.8306 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR1471862 5 0.3645 0.8330 0.236 0.000 0.000 0.000 0.740 0.024
#> SRR1456208 5 0.3690 0.5040 0.000 0.000 0.288 0.000 0.700 0.012
#> SRR1393428 6 0.4823 0.1124 0.000 0.000 0.388 0.000 0.060 0.552
#> SRR1327632 5 0.3884 0.8268 0.240 0.000 0.000 0.000 0.724 0.036
#> SRR608120 1 0.0725 0.8319 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR607679 2 0.2660 0.7704 0.000 0.868 0.000 0.000 0.048 0.084
#> SRR1359529 3 0.4756 0.3985 0.000 0.000 0.628 0.004 0.064 0.304
#> SRR1330305 2 0.3558 0.7558 0.000 0.792 0.000 0.004 0.044 0.160
#> SRR1436042 5 0.3189 0.8355 0.236 0.000 0.000 0.000 0.760 0.004
#> SRR656191 2 0.0717 0.8408 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1419211 1 0.1563 0.8306 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR658117 6 0.6094 0.3929 0.032 0.000 0.148 0.000 0.296 0.524
#> SRR1090770 1 0.1204 0.8296 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR657420 1 0.2537 0.8006 0.872 0.000 0.000 0.000 0.096 0.032
#> SRR1398686 1 0.1267 0.8279 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR821207 1 0.1418 0.8225 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR1074694 3 0.4151 0.5422 0.000 0.000 0.692 0.000 0.044 0.264
#> SRR1413851 2 0.3456 0.7517 0.000 0.788 0.000 0.000 0.040 0.172
#> SRR1319924 2 0.1398 0.8381 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR1361050 1 0.3417 0.7347 0.796 0.000 0.000 0.000 0.044 0.160
#> SRR1095792 3 0.4524 0.4125 0.000 0.000 0.616 0.000 0.048 0.336
#> SRR1476903 5 0.4291 0.7598 0.292 0.000 0.000 0.000 0.664 0.044
#> SRR1406502 2 0.3738 0.6602 0.000 0.704 0.000 0.000 0.016 0.280
#> SRR607502 6 0.5133 0.2437 0.020 0.000 0.044 0.000 0.412 0.524
#> SRR602951 3 0.5419 0.3896 0.000 0.000 0.572 0.020 0.084 0.324
#> SRR1402922 6 0.5477 0.3202 0.028 0.000 0.300 0.004 0.072 0.596
#> SRR1314071 5 0.4927 0.5230 0.040 0.004 0.032 0.012 0.708 0.204
#> SRR1374778 3 0.3883 0.5933 0.000 0.000 0.752 0.004 0.044 0.200
#> SRR1089926 3 0.0000 0.7937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.7937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0820 0.8400 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1487465 5 0.3735 0.5309 0.000 0.000 0.008 0.224 0.748 0.020
#> SRR2166006 6 0.5739 0.5162 0.044 0.032 0.180 0.004 0.068 0.672
#> SRR1341034 4 0.4308 0.1431 0.000 0.452 0.000 0.532 0.008 0.008
#> SRR1460235 1 0.1984 0.8093 0.912 0.000 0.000 0.000 0.032 0.056
#> SRR1368917 1 0.1714 0.8075 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1457197 6 0.4633 0.4961 0.000 0.200 0.000 0.012 0.084 0.704
#> SRR1433311 3 0.0146 0.7931 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656373 5 0.3391 0.8133 0.148 0.000 0.000 0.024 0.812 0.016
#> SRR1454265 1 0.1285 0.8314 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1454498 3 0.0000 0.7937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.1700 0.8200 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR661493 1 0.1349 0.8300 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1356120 1 0.2237 0.8173 0.896 0.000 0.000 0.000 0.068 0.036
#> SRR1381414 2 0.2692 0.7976 0.000 0.840 0.000 0.000 0.012 0.148
#> SRR1350263 3 0.0363 0.7928 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1327349 2 0.3404 0.7373 0.000 0.832 0.000 0.020 0.052 0.096
#> SRR1476348 2 0.5303 0.2879 0.000 0.548 0.000 0.000 0.120 0.332
#> SRR656035 1 0.1010 0.8350 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR2165896 3 0.6110 0.0278 0.048 0.000 0.472 0.008 0.072 0.400
#> SRR601549 6 0.3625 0.5052 0.012 0.000 0.132 0.000 0.052 0.804
#> SRR658573 2 0.0820 0.8400 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1393470 6 0.6500 0.4529 0.000 0.096 0.100 0.024 0.184 0.596
#> SRR1381247 3 0.1930 0.7752 0.000 0.000 0.916 0.000 0.036 0.048
#> SRR1322790 3 0.0291 0.7929 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1404044 1 0.1267 0.8279 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1487728 1 0.4655 0.6231 0.680 0.000 0.000 0.000 0.112 0.208
#> SRR1419593 1 0.0363 0.8353 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1434689 2 0.0777 0.8447 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1349540 1 0.4162 0.6822 0.744 0.000 0.000 0.000 0.136 0.120
#> SRR1377967 2 0.0717 0.8408 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR662510 2 0.4293 0.7027 0.020 0.736 0.000 0.008 0.028 0.208
#> SRR1370151 2 0.5619 0.0806 0.000 0.492 0.008 0.004 0.100 0.396
#> SRR809043 3 0.4783 0.6226 0.000 0.000 0.724 0.040 0.084 0.152
#> SRR659578 1 0.2238 0.7983 0.900 0.004 0.000 0.004 0.016 0.076
#> SRR1339413 2 0.4206 0.6838 0.000 0.724 0.000 0.004 0.060 0.212
#> SRR1434760 1 0.4482 0.6508 0.708 0.000 0.000 0.000 0.124 0.168
#> SRR660079 1 0.1728 0.8277 0.924 0.000 0.000 0.004 0.064 0.008
#> SRR1465153 4 0.0405 0.8425 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1340924 1 0.1267 0.8279 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1073267 3 0.5364 0.3166 0.000 0.000 0.544 0.016 0.076 0.364
#> SRR1418688 3 0.0000 0.7937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.1563 0.8306 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR1323936 4 0.2817 0.7915 0.000 0.000 0.008 0.868 0.052 0.072
#> SRR1313789 2 0.4005 0.7137 0.000 0.748 0.000 0.004 0.056 0.192
#> SRR614275 3 0.1720 0.7806 0.000 0.000 0.928 0.000 0.032 0.040
#> SRR601962 5 0.3201 0.8409 0.208 0.000 0.000 0.000 0.780 0.012
#> SRR663795 5 0.4689 0.5447 0.040 0.000 0.004 0.256 0.680 0.020
#> SRR1418650 2 0.0508 0.8425 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR655780 2 0.4256 0.3355 0.000 0.564 0.000 0.004 0.012 0.420
#> SRR661794 1 0.1010 0.8350 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1339508 3 0.0000 0.7937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.1225 0.8416 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1358459 3 0.4712 0.3296 0.000 0.000 0.564 0.000 0.052 0.384
#> SRR1333550 6 0.3955 0.1885 0.000 0.384 0.000 0.000 0.008 0.608
#> SRR821148 1 0.1155 0.8249 0.956 0.000 0.000 0.004 0.004 0.036
#> SRR808658 6 0.6485 0.1949 0.388 0.004 0.072 0.004 0.080 0.452
#> SRR598100 5 0.3574 0.8306 0.188 0.000 0.000 0.016 0.780 0.016
#> SRR1475281 6 0.4985 0.1331 0.000 0.000 0.376 0.000 0.076 0.548
#> SRR1469477 3 0.0000 0.7937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0603 0.8445 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1415660 2 0.2660 0.7704 0.000 0.868 0.000 0.000 0.048 0.084
#> SRR816892 6 0.6550 0.2884 0.000 0.232 0.000 0.032 0.304 0.432
#> SRR1447325 4 0.0767 0.8428 0.000 0.000 0.008 0.976 0.012 0.004
#> SRR1415980 5 0.3314 0.8396 0.224 0.000 0.000 0.000 0.764 0.012
#> SRR658021 1 0.5995 0.4358 0.576 0.000 0.100 0.000 0.064 0.260
#> SRR1356308 2 0.0692 0.8443 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1443695 5 0.3938 0.8225 0.228 0.000 0.000 0.000 0.728 0.044
#> SRR1083031 6 0.6960 0.3559 0.000 0.240 0.236 0.004 0.068 0.452
#> SRR1466177 2 0.4592 0.5902 0.000 0.664 0.000 0.004 0.064 0.268
#> SRR1346978 2 0.0858 0.8438 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR607705 3 0.3854 0.5983 0.000 0.000 0.760 0.004 0.048 0.188
#> SRR598364 5 0.3298 0.8355 0.236 0.000 0.000 0.000 0.756 0.008
#> SRR603036 1 0.1686 0.8305 0.924 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR604342 4 0.1218 0.8319 0.000 0.000 0.004 0.956 0.028 0.012
#> SRR1365850 4 0.3665 0.6434 0.000 0.212 0.000 0.760 0.016 0.012
#> SRR1335940 5 0.3770 0.8325 0.244 0.000 0.000 0.000 0.728 0.028
#> SRR1436515 1 0.0725 0.8334 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1367612 2 0.0520 0.8447 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1411002 5 0.3857 0.4534 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1446606 6 0.6057 0.0195 0.000 0.000 0.064 0.384 0.072 0.480
#> SRR1350936 1 0.2609 0.7826 0.868 0.000 0.000 0.000 0.036 0.096
#> SRR1351257 3 0.2164 0.7684 0.000 0.000 0.900 0.000 0.032 0.068
#> SRR1316793 3 0.0713 0.7890 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1090815 5 0.4771 0.7568 0.248 0.000 0.000 0.000 0.652 0.100
#> SRR657845 1 0.1176 0.8244 0.956 0.000 0.000 0.000 0.020 0.024
#> SRR1408633 2 0.4394 -0.0577 0.000 0.496 0.000 0.484 0.016 0.004
#> SRR1398971 5 0.3595 0.5507 0.000 0.004 0.000 0.180 0.780 0.036
#> SRR1399457 6 0.3564 0.5551 0.040 0.136 0.000 0.000 0.016 0.808
#> SRR1073341 1 0.3807 0.6929 0.756 0.000 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR810805 1 0.4508 0.0768 0.568 0.000 0.000 0.000 0.396 0.036
#> SRR1309657 5 0.3126 0.8310 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR820186 5 0.4500 0.5839 0.392 0.000 0.000 0.000 0.572 0.036
#> SRR1388913 2 0.5778 0.1356 0.000 0.496 0.000 0.024 0.100 0.380
#> SRR1396270 3 0.0260 0.7935 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR613402 2 0.0146 0.8439 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614912 2 0.0820 0.8400 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1478410 3 0.4600 0.6431 0.000 0.016 0.756 0.020 0.088 0.120
#> SRR613975 2 0.2983 0.7854 0.000 0.832 0.000 0.000 0.032 0.136
#> SRR1441631 3 0.4486 0.4458 0.000 0.000 0.656 0.004 0.048 0.292
#> SRR1088044 6 0.3704 0.5045 0.000 0.232 0.008 0.000 0.016 0.744
#> SRR1082909 5 0.3645 0.8330 0.236 0.000 0.000 0.000 0.740 0.024
#> SRR1392007 4 0.6075 0.3264 0.000 0.384 0.000 0.476 0.052 0.088
#> SRR2166524 2 0.1296 0.8410 0.000 0.952 0.000 0.004 0.012 0.032
#> SRR1445765 1 0.4972 0.3886 0.620 0.000 0.000 0.000 0.272 0.108
#> SRR819867 2 0.0909 0.8386 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1339675 5 0.3884 0.8268 0.240 0.000 0.000 0.000 0.724 0.036
#> SRR1085687 2 0.1908 0.8091 0.000 0.916 0.000 0.000 0.028 0.056
#> SRR597952 6 0.4744 0.5221 0.124 0.116 0.000 0.000 0.032 0.728
#> SRR1376497 3 0.0603 0.7916 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR813848 4 0.0665 0.8436 0.000 0.000 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR1379471 1 0.1995 0.8151 0.912 0.000 0.000 0.000 0.036 0.052
#> SRR1070960 5 0.3884 0.8268 0.240 0.000 0.000 0.000 0.724 0.036
#> SRR615285 3 0.4326 0.5281 0.004 0.000 0.708 0.004 0.048 0.236
#> SRR1325353 1 0.1500 0.8317 0.936 0.000 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR1470682 2 0.0508 0.8425 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR615886 1 0.1501 0.8248 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1397649 2 0.1434 0.8382 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR819690 1 0.3283 0.7236 0.804 0.000 0.000 0.000 0.160 0.036
#> SRR1336113 2 0.3253 0.6786 0.000 0.788 0.000 0.000 0.020 0.192
#> SRR1396570 6 0.5269 0.4684 0.088 0.232 0.000 0.000 0.032 0.648
#> SRR1327366 2 0.2918 0.7596 0.000 0.856 0.000 0.004 0.052 0.088
#> SRR1317218 2 0.0603 0.8445 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1352001 1 0.1462 0.8321 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR1469791 6 0.5554 0.1007 0.000 0.000 0.364 0.024 0.080 0.532
#> SRR1388046 1 0.4721 0.3113 0.532 0.000 0.000 0.000 0.048 0.420
#> SRR655076 6 0.5189 0.4454 0.028 0.248 0.000 0.004 0.068 0.652
#> SRR1464353 2 0.0405 0.8444 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR654754 1 0.1152 0.8350 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR599412 5 0.4634 0.7480 0.144 0.000 0.000 0.000 0.692 0.164
#> SRR2166308 3 0.0858 0.7826 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR655696 5 0.5278 0.3601 0.440 0.000 0.000 0.004 0.472 0.084
#> SRR602978 2 0.2988 0.7788 0.000 0.824 0.000 0.000 0.024 0.152
#> SRR1323850 2 0.4045 0.4786 0.000 0.664 0.000 0.000 0.024 0.312
#> SRR1365512 3 0.0458 0.7934 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR663380 1 0.4319 0.6580 0.724 0.000 0.000 0.000 0.108 0.168
#> SRR1410469 3 0.2706 0.7433 0.000 0.000 0.860 0.000 0.036 0.104
#> SRR659259 4 0.6570 0.4854 0.000 0.140 0.000 0.540 0.108 0.212
#> SRR1421223 6 0.5415 0.3446 0.000 0.016 0.244 0.016 0.084 0.640
#> SRR1092567 3 0.0458 0.7934 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1472598 3 0.2775 0.7407 0.000 0.000 0.856 0.000 0.040 0.104
#> SRR1069279 6 0.4916 0.4113 0.000 0.016 0.208 0.012 0.068 0.696
#> SRR1351624 6 0.4879 0.1076 0.000 0.000 0.392 0.000 0.064 0.544
#> SRR1342938 3 0.0000 0.7937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599346 2 0.5524 0.1723 0.044 0.480 0.000 0.000 0.044 0.432
#> SRR1359045 5 0.4394 0.7465 0.096 0.000 0.000 0.088 0.768 0.048
#> SRR601843 1 0.1644 0.8236 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR1318898 5 0.3126 0.8310 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR1455104 1 0.3489 0.4568 0.708 0.000 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR598565 5 0.3430 0.8335 0.208 0.000 0.000 0.004 0.772 0.016
#> SRR1315188 3 0.3256 0.7114 0.000 0.000 0.840 0.016 0.048 0.096
#> SRR1409875 2 0.5689 0.2745 0.000 0.552 0.000 0.016 0.128 0.304
#> SRR1348270 2 0.1265 0.8406 0.000 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR602389 5 0.3719 0.8323 0.248 0.000 0.000 0.000 0.728 0.024
#> SRR1451857 2 0.0260 0.8434 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436629 2 0.2121 0.8187 0.000 0.892 0.000 0.000 0.012 0.096
#> SRR1349144 1 0.0508 0.8318 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR615491 4 0.0984 0.8409 0.000 0.000 0.008 0.968 0.012 0.012
#> SRR1095937 1 0.3493 0.7170 0.796 0.000 0.000 0.000 0.056 0.148
#> SRR1473295 1 0.3585 0.7188 0.780 0.000 0.000 0.000 0.048 0.172
#> SRR1457972 2 0.0260 0.8444 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1475430 3 0.4420 0.4603 0.000 0.000 0.644 0.000 0.048 0.308
#> SRR2164562 1 0.6688 0.0650 0.432 0.000 0.116 0.004 0.076 0.372
#> SRR665490 1 0.0692 0.8269 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1434182 2 0.2164 0.8189 0.000 0.912 0.000 0.016 0.028 0.044
#> SRR1458506 5 0.3076 0.8337 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR808886 3 0.1713 0.7795 0.000 0.000 0.928 0.000 0.028 0.044
#> SRR1329442 5 0.3405 0.8125 0.272 0.000 0.000 0.000 0.724 0.004
#> SRR1457925 5 0.3323 0.8369 0.240 0.000 0.000 0.000 0.752 0.008
#> SRR1434910 2 0.0405 0.8431 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR614107 3 0.3448 0.7003 0.000 0.000 0.828 0.016 0.064 0.092
#> SRR1323914 2 0.3558 0.7558 0.000 0.792 0.000 0.004 0.044 0.160
#> SRR1323065 5 0.3514 0.8365 0.228 0.000 0.000 0.000 0.752 0.020
#> SRR1309578 2 0.3695 0.7411 0.000 0.776 0.000 0.004 0.044 0.176
#> SRR1500908 5 0.3834 0.8265 0.232 0.000 0.000 0.000 0.732 0.036
#> SRR1076753 1 0.1267 0.8279 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1327410 3 0.5326 0.1705 0.000 0.000 0.492 0.016 0.064 0.428
#> SRR608064 5 0.3773 0.8365 0.204 0.000 0.000 0.000 0.752 0.044
#> SRR608512 5 0.4778 0.6300 0.360 0.000 0.044 0.000 0.588 0.008
#> SRR2167551 6 0.5968 0.0219 0.036 0.000 0.436 0.008 0.072 0.448
#> SRR1394872 1 0.3684 0.1823 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1345669 1 0.1267 0.8279 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1367588 3 0.3854 0.5983 0.000 0.000 0.760 0.004 0.048 0.188
#> SRR1387724 3 0.0363 0.7928 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR660438 6 0.5813 0.4391 0.192 0.000 0.120 0.000 0.064 0.624
#> SRR1310758 6 0.3549 0.5520 0.024 0.036 0.080 0.000 0.020 0.840
#> SRR601525 2 0.2450 0.7872 0.000 0.868 0.000 0.000 0.016 0.116
#> SRR818749 5 0.3794 0.8293 0.216 0.000 0.000 0.000 0.744 0.040
#> SRR604294 5 0.4673 0.5284 0.080 0.000 0.000 0.000 0.648 0.272
#> SRR1322494 2 0.0820 0.8400 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1377949 6 0.4649 0.1753 0.000 0.000 0.380 0.000 0.048 0.572
#> SRR1317001 1 0.1584 0.8297 0.928 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1311897 1 0.1327 0.8278 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1308715 2 0.3558 0.7558 0.000 0.792 0.000 0.004 0.044 0.160
#> SRR1415195 4 0.0405 0.8434 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1380163 2 0.0508 0.8425 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1480611 1 0.1500 0.8317 0.936 0.000 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR603834 1 0.4328 0.6697 0.724 0.000 0.000 0.000 0.112 0.164
#> SRR1341256 2 0.1196 0.8415 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR613795 1 0.2944 0.7779 0.856 0.000 0.000 0.004 0.068 0.072
#> SRR659744 6 0.4141 0.0422 0.000 0.432 0.000 0.000 0.012 0.556
#> SRR1479549 1 0.1257 0.8234 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028
#> SRR613258 1 0.4478 0.6168 0.700 0.016 0.000 0.000 0.048 0.236
#> SRR1088808 5 0.3546 0.5853 0.012 0.000 0.000 0.196 0.776 0.016
#> SRR1329068 2 0.0820 0.8400 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1480565 2 0.0820 0.8400 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1337137 2 0.2979 0.7566 0.000 0.852 0.000 0.004 0.056 0.088
#> SRR1099520 1 0.1643 0.8298 0.924 0.000 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR603942 5 0.4636 0.5513 0.044 0.000 0.000 0.260 0.676 0.020
#> SRR1440625 3 0.2179 0.7684 0.000 0.000 0.900 0.000 0.036 0.064
#> SRR1391700 1 0.1074 0.8321 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR657360 1 0.1633 0.8191 0.932 0.000 0.000 0.000 0.024 0.044
#> SRR1473443 6 0.4725 0.2561 0.000 0.000 0.332 0.000 0.064 0.604
#> SRR1498438 3 0.1564 0.7864 0.000 0.000 0.936 0.000 0.024 0.040
#> SRR1394655 4 0.0964 0.8393 0.000 0.000 0.004 0.968 0.016 0.012
#> SRR1322437 4 0.0976 0.8387 0.000 0.000 0.008 0.968 0.016 0.008
#> SRR660236 4 0.0767 0.8428 0.000 0.000 0.008 0.976 0.012 0.004
#> SRR1466338 3 0.4899 0.2438 0.000 0.000 0.532 0.000 0.064 0.404
#> SRR604148 5 0.3163 0.8366 0.232 0.000 0.000 0.000 0.764 0.004
#> SRR1334939 6 0.5957 0.3979 0.024 0.040 0.248 0.004 0.068 0.616
#> SRR1349497 1 0.3695 0.1564 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1360523 1 0.1267 0.8279 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1446114 4 0.5722 0.5537 0.000 0.080 0.000 0.624 0.076 0.220
#> SRR1339366 2 0.1913 0.8256 0.000 0.908 0.000 0.000 0.012 0.080
#> SRR656469 3 0.3854 0.5983 0.000 0.000 0.760 0.004 0.048 0.188
#> SRR1389868 1 0.0363 0.8353 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1390265 2 0.1196 0.8415 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1364935 4 0.0436 0.8418 0.000 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1469102 1 0.1285 0.8329 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1440584 2 0.3898 0.6289 0.000 0.684 0.000 0.000 0.020 0.296
#> SRR1459697 2 0.0909 0.8386 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1352575 1 0.1092 0.8249 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR613711 2 0.2266 0.8124 0.000 0.880 0.000 0.000 0.012 0.108
#> SRR614023 1 0.1616 0.8344 0.932 0.000 0.000 0.000 0.048 0.020
#> SRR1316174 5 0.3882 0.8123 0.156 0.000 0.000 0.048 0.780 0.016
#> SRR603268 6 0.4873 0.1565 0.000 0.420 0.000 0.000 0.060 0.520
#> SRR1486044 2 0.0820 0.8400 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1441483 2 0.1265 0.8406 0.000 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1074189 1 0.6623 -0.1952 0.408 0.116 0.000 0.004 0.068 0.404
#> SRR665646 5 0.3745 0.8330 0.240 0.000 0.000 0.000 0.732 0.028
#> SRR1404931 4 0.0665 0.8436 0.000 0.000 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR1431552 4 0.0665 0.8436 0.000 0.000 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR1479085 6 0.4443 0.3103 0.036 0.000 0.000 0.000 0.368 0.596
#> SRR1322711 2 0.1913 0.8256 0.000 0.908 0.000 0.000 0.012 0.080
#> SRR1404988 4 0.1434 0.8308 0.000 0.008 0.000 0.948 0.024 0.020
#> SRR1419848 4 0.5955 0.2323 0.000 0.088 0.000 0.496 0.044 0.372
#> SRR1332713 4 0.1218 0.8319 0.000 0.000 0.004 0.956 0.028 0.012
#> SRR1070863 1 0.1285 0.8340 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR659947 5 0.4742 0.7893 0.184 0.000 0.000 0.004 0.688 0.124
#> SRR1414356 5 0.3480 0.8316 0.200 0.000 0.000 0.008 0.776 0.016
#> SRR599122 3 0.0146 0.7934 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1344100 2 0.0909 0.8415 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR613018 6 0.5370 0.4543 0.000 0.112 0.008 0.016 0.216 0.648
#> SRR1456591 1 0.1219 0.8334 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1368710 2 0.3916 0.7171 0.000 0.752 0.000 0.004 0.048 0.196
#> SRR1397885 5 0.3245 0.8349 0.228 0.000 0.000 0.000 0.764 0.008
#> SRR1319283 6 0.4422 0.4365 0.252 0.000 0.000 0.000 0.068 0.680
#> SRR1349518 2 0.2805 0.7875 0.000 0.828 0.000 0.000 0.012 0.160
#> SRR1471267 1 0.0993 0.8326 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR655277 5 0.3215 0.8348 0.240 0.000 0.000 0.000 0.756 0.004
#> SRR1455436 6 0.6432 0.2877 0.000 0.204 0.000 0.028 0.332 0.436
#> SRR658009 1 0.3396 0.7461 0.812 0.000 0.000 0.000 0.072 0.116
#> SRR1331383 4 0.0551 0.8435 0.000 0.000 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR1394894 3 0.1434 0.7829 0.000 0.000 0.948 0.012 0.012 0.028
#> SRR659133 4 0.0767 0.8428 0.000 0.000 0.008 0.976 0.012 0.004
#> SRR660212 3 0.4851 0.2738 0.000 0.000 0.576 0.004 0.056 0.364
#> SRR657821 1 0.3297 0.7211 0.820 0.000 0.000 0.000 0.068 0.112
#> SRR1379279 6 0.4020 0.4511 0.000 0.260 0.004 0.012 0.012 0.712
#> SRR663149 6 0.5571 0.5253 0.012 0.076 0.180 0.004 0.052 0.676
#> SRR1413032 3 0.4463 0.4796 0.000 0.000 0.652 0.000 0.056 0.292
#> SRR1377557 1 0.1349 0.8300 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1335296 2 0.2094 0.8232 0.000 0.900 0.000 0.000 0.020 0.080
#> SRR1407273 6 0.7057 0.2097 0.000 0.216 0.352 0.004 0.064 0.364
#> SRR657101 6 0.3790 0.5036 0.156 0.000 0.000 0.000 0.072 0.772
#> SRR1350588 3 0.0146 0.7941 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368486 1 0.3551 0.7193 0.784 0.000 0.000 0.000 0.048 0.168
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.959 0.955 0.981 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.927 0.915 0.966 0.3171 0.770 0.569
#> 4 4 0.954 0.927 0.969 0.1061 0.867 0.641
#> 5 5 0.858 0.838 0.915 0.0828 0.886 0.613
#> 6 6 0.784 0.701 0.848 0.0394 0.936 0.717
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR661409 1 0.3274 0.924 0.940 0.060
#> SRR1409721 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.8608 0.605 0.716 0.284
#> SRR598068 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR598645 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR656528 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR809503 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR655495 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR814919 2 0.5408 0.857 0.124 0.876
#> SRR1415274 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1359529 2 0.0376 0.976 0.004 0.996
#> SRR1330305 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.2236 0.949 0.036 0.964
#> SRR1413851 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR607502 1 0.7602 0.719 0.780 0.220
#> SRR602951 2 0.4022 0.905 0.080 0.920
#> SRR1402922 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1314071 2 0.7745 0.712 0.228 0.772
#> SRR1374778 2 0.6801 0.784 0.180 0.820
#> SRR1089926 1 0.9732 0.322 0.596 0.404
#> SRR1437056 2 0.9552 0.410 0.376 0.624
#> SRR1366772 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR2166006 2 0.4161 0.902 0.084 0.916
#> SRR1341034 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1454498 2 0.9358 0.470 0.352 0.648
#> SRR661711 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.2423 0.945 0.040 0.960
#> SRR1327349 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.9775 0.299 0.588 0.412
#> SRR601549 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1381247 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1322790 2 0.8386 0.644 0.268 0.732
#> SRR1404044 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR809043 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1418688 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR808658 2 0.3584 0.920 0.068 0.932
#> SRR598100 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1469477 1 0.7299 0.742 0.796 0.204
#> SRR1468184 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.7139 0.757 0.196 0.804
#> SRR1415980 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.9209 0.496 0.664 0.336
#> SRR598364 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.3879 0.907 0.924 0.076
#> SRR1365850 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1316793 2 0.2778 0.938 0.048 0.952
#> SRR1090815 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.1184 0.967 0.984 0.016
#> SRR1399457 2 0.2236 0.949 0.036 0.964
#> SRR1073341 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.9286 0.479 0.344 0.656
#> SRR1376497 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR813848 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.2603 0.940 0.956 0.044
#> SRR1325353 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1396570 2 0.4431 0.892 0.092 0.908
#> SRR1327366 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.5178 0.861 0.884 0.116
#> SRR655696 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1342938 2 0.9358 0.470 0.352 0.648
#> SRR599346 2 0.3274 0.928 0.060 0.940
#> SRR1359045 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.7139 0.757 0.196 0.804
#> SRR1095937 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.5294 0.862 0.120 0.880
#> SRR2164562 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.5059 0.872 0.112 0.888
#> SRR1387724 1 0.1184 0.967 0.984 0.016
#> SRR660438 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR601525 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1394655 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR660236 1 0.8713 0.596 0.708 0.292
#> SRR1466338 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR656469 1 0.9209 0.496 0.664 0.336
#> SRR1389868 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1074189 2 0.5946 0.832 0.144 0.856
#> SRR665646 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.5294 0.857 0.880 0.120
#> SRR1322711 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.1414 0.963 0.980 0.020
#> SRR1344100 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.7056 0.762 0.808 0.192
#> SRR1349518 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1394894 2 0.4161 0.902 0.084 0.916
#> SRR659133 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR660212 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1413032 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR657101 1 0.7056 0.762 0.808 0.192
#> SRR1350588 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 3 0.6140 0.3233 0.404 0.000 0.596
#> SRR661409 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0892 0.9330 0.000 0.020 0.980
#> SRR601157 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.4504 0.7488 0.804 0.196 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.6026 0.4093 0.376 0.000 0.624
#> SRR809503 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.3412 0.8478 0.876 0.000 0.124
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.6008 0.4259 0.000 0.628 0.372
#> SRR655495 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 2 0.6045 0.4091 0.000 0.620 0.380
#> SRR1415274 1 0.0747 0.9649 0.984 0.000 0.016
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.3038 0.8501 0.104 0.000 0.896
#> SRR1393428 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.5678 0.5111 0.000 0.316 0.684
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 2 0.6299 0.1144 0.000 0.524 0.476
#> SRR1314071 3 0.4915 0.7956 0.132 0.036 0.832
#> SRR1374778 3 0.3412 0.8233 0.000 0.124 0.876
#> SRR1089926 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 3 0.6274 0.1125 0.000 0.456 0.544
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.1643 0.9199 0.000 0.956 0.044
#> SRR1433311 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR656373 1 0.0424 0.9721 0.992 0.000 0.008
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.1753 0.9163 0.000 0.952 0.048
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.8836 0.2178 0.124 0.508 0.368
#> SRR601549 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.3340 0.8259 0.000 0.120 0.880
#> SRR1381247 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.1411 0.9272 0.000 0.964 0.036
#> SRR809043 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0237 0.9753 0.996 0.004 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.4974 0.6645 0.000 0.236 0.764
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 2 0.2116 0.9173 0.012 0.948 0.040
#> SRR598100 1 0.0592 0.9686 0.988 0.000 0.012
#> SRR1475281 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469477 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.4605 0.7364 0.000 0.796 0.204
#> SRR1447325 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR598364 1 0.2959 0.8769 0.900 0.000 0.100
#> SRR603036 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.6489 0.1360 0.540 0.004 0.456
#> SRR1399457 2 0.0892 0.9385 0.020 0.980 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.0892 0.9384 0.020 0.980 0.000
#> SRR1376497 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR813848 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.5882 0.4705 0.348 0.000 0.652
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.4555 0.7421 0.800 0.000 0.200
#> SRR2166308 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.3551 0.8307 0.000 0.868 0.132
#> SRR1421223 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092567 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.6299 0.1091 0.000 0.524 0.476
#> SRR1351624 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR599346 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.2711 0.8916 0.912 0.000 0.088
#> SRR601843 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0592 0.9686 0.988 0.000 0.012
#> SRR1315188 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.2165 0.9026 0.000 0.936 0.064
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164562 1 0.6244 0.1876 0.560 0.000 0.440
#> SRR665490 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.4931 0.6907 0.768 0.000 0.232
#> SRR2167551 2 0.4121 0.7839 0.000 0.832 0.168
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.1031 0.9292 0.000 0.024 0.976
#> SRR1387724 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 3 0.6252 0.2208 0.444 0.000 0.556
#> SRR1310758 2 0.4796 0.7146 0.000 0.780 0.220
#> SRR601525 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.6026 0.4016 0.624 0.376 0.000
#> SRR1088808 1 0.0237 0.9755 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.5968 0.4270 0.364 0.000 0.636
#> SRR1440625 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498438 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 2 0.6305 0.0803 0.000 0.516 0.484
#> SRR660236 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.1411 0.9278 0.000 0.964 0.036
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.6180 0.2419 0.000 0.416 0.584
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0747 0.9363 0.000 0.016 0.984
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.4605 0.7366 0.796 0.000 0.204
#> SRR603268 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.2959 0.8754 0.900 0.000 0.100
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332713 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0592 0.9680 0.988 0.012 0.000
#> SRR1414356 1 0.1289 0.9498 0.968 0.000 0.032
#> SRR599122 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.2448 0.8790 0.000 0.076 0.924
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.6267 0.1956 0.452 0.000 0.548
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.4346 0.7636 0.000 0.816 0.184
#> SRR658009 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 2 0.6154 0.3201 0.000 0.592 0.408
#> SRR657821 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR663149 2 0.6299 0.1280 0.000 0.524 0.476
#> SRR1413032 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9564 0.000 1.000 0.000
#> SRR657101 1 0.5431 0.5988 0.716 0.284 0.000
#> SRR1350588 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1499543 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443419 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661409 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0188 0.986 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453787 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR601359 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR663392 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR601157 1 0.0707 0.975 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR615347 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 3 0.3528 0.732 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1431991 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663368 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354225 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 4 0.1118 0.918 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1338901 2 0.1118 0.937 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR598645 4 0.4977 0.169 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR656528 3 0.3528 0.729 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1406307 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404384 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655495 3 0.3569 0.734 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR812270 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR821176 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 2 0.5311 0.465 0.000 0.648 0.328 0.024
#> SRR1415274 4 0.3569 0.726 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1491275 3 0.1211 0.910 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR659851 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337364 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414471 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1456208 3 0.3937 0.749 0.012 0.000 0.800 0.188
#> SRR1393428 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1327632 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR608120 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656191 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.1940 0.884 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1090770 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 4 0.0592 0.928 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR602951 4 0.1118 0.918 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1402922 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314071 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374778 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 3 0.5535 0.527 0.000 0.304 0.656 0.040
#> SRR1341034 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.4907 0.242 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1433311 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656373 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.4961 0.151 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1476348 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601549 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1381247 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.3610 0.735 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR809043 4 0.1474 0.906 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR659578 1 0.0188 0.985 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.2011 0.876 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1340924 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.1118 0.918 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1418688 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1313789 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0469 0.982 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR663795 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.0336 0.939 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR598100 4 0.3764 0.701 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1475281 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469477 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.0336 0.930 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1447325 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1415980 1 0.0921 0.968 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR658021 3 0.4500 0.548 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083031 3 0.3074 0.793 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.3356 0.795 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR603036 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0188 0.967 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335940 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436515 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446606 4 0.1792 0.891 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1350936 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399457 2 0.0592 0.954 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR820186 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 4 0.1637 0.894 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1396270 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 4 0.1557 0.903 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR613975 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392007 4 0.3688 0.731 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR2166524 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1085687 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.0707 0.949 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1379471 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615285 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0188 0.967 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.2973 0.809 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1317218 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.0817 0.925 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1388046 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0336 0.964 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.3978 0.759 0.796 0.000 0.012 0.192
#> SRR2166308 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659259 4 0.0336 0.930 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1421223 4 0.4382 0.590 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1092567 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472598 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069279 3 0.7164 0.385 0.000 0.204 0.556 0.240
#> SRR1351624 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599346 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359045 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455104 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.3907 0.710 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1315188 4 0.0921 0.923 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1409875 4 0.0336 0.930 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1348270 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0188 0.986 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1451857 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164562 3 0.0921 0.921 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR808886 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457925 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434910 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.0707 0.926 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1323914 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1309578 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076753 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.4164 0.647 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR608064 1 0.1792 0.927 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR608512 1 0.4469 0.793 0.808 0.000 0.080 0.112
#> SRR2167551 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660438 3 0.0336 0.939 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1310758 3 0.4605 0.496 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR601525 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818749 1 0.2011 0.915 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR604294 4 0.1716 0.880 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1322494 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1380163 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 2 0.4776 0.395 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR1088808 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 4 0.4977 0.167 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1099520 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440625 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.1118 0.918 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1498438 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 4 0.0707 0.923 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR660236 4 0.0188 0.931 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1466338 3 0.1118 0.918 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR604148 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1334939 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0336 0.930 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1339366 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0336 0.930 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1469102 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 4 0.4222 0.616 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR603268 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.0804 0.954 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR665646 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404931 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1431552 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1479085 4 0.2530 0.831 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1322711 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.2149 0.869 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1419848 4 0.4543 0.527 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1332713 4 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.1406 0.957 0.960 0.024 0.000 0.016
#> SRR1414356 4 0.2814 0.805 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR599122 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1456591 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1319283 3 0.4746 0.573 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1349518 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0336 0.984 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455436 4 0.0336 0.930 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR658009 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 4 0.0336 0.931 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1394894 3 0.4817 0.368 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR659133 4 0.0188 0.931 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR660212 3 0.2216 0.860 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663149 2 0.5971 0.160 0.000 0.532 0.428 0.040
#> SRR1413032 3 0.1118 0.918 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1377557 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.0707 0.929 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR657101 1 0.4477 0.540 0.688 0.312 0.000 0.000
#> SRR1350588 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1499543 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1443419 2 0.0404 0.9426 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR657372 5 0.1732 0.8411 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR661409 4 0.1908 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0963 0.9303 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1392030 5 0.3857 0.6196 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1453787 1 0.0794 0.9346 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR654969 1 0.0609 0.9324 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1435113 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601359 5 0.1410 0.8975 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR663392 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601157 5 0.1478 0.8974 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR615347 2 0.1597 0.9099 0.012 0.940 0.000 0.000 0.048
#> SRR1329464 1 0.1341 0.9309 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1357344 1 0.1628 0.8803 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1365356 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810343 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1431991 1 0.0963 0.9324 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1312024 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0609 0.9195 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1397861 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1479663 2 0.0162 0.9465 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475483 1 0.1410 0.9292 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR603726 5 0.2074 0.8166 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR663368 5 0.2127 0.8841 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 4 0.1741 0.8622 0.000 0.000 0.024 0.936 0.040
#> SRR1338901 2 0.3126 0.8451 0.000 0.868 0.076 0.008 0.048
#> SRR598645 3 0.4310 0.3358 0.000 0.000 0.604 0.392 0.004
#> SRR656528 3 0.6723 0.4292 0.288 0.000 0.536 0.144 0.032
#> SRR809503 1 0.0510 0.9250 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR659923 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1319858 1 0.0162 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350566 5 0.3636 0.6615 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR614743 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.0880 0.9344 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1348318 5 0.1544 0.8514 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1343433 5 0.4256 0.2622 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1342088 3 0.0162 0.8995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404384 3 0.1121 0.8855 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR655495 4 0.2439 0.8096 0.000 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR812270 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 2 0.5535 0.0560 0.004 0.500 0.452 0.012 0.032
#> SRR1415274 5 0.1697 0.8581 0.008 0.000 0.000 0.060 0.932
#> SRR1491275 1 0.3757 0.7015 0.772 0.000 0.208 0.000 0.020
#> SRR659851 1 0.4297 -0.0840 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1337364 5 0.1608 0.8966 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1414471 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1471862 5 0.1792 0.8931 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1456208 5 0.2074 0.8148 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1393428 3 0.5296 -0.0252 0.000 0.000 0.480 0.472 0.048
#> SRR1327632 5 0.1965 0.8879 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR608120 1 0.1121 0.9328 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR607679 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0290 0.8981 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330305 2 0.0162 0.9465 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436042 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR656191 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR658117 3 0.5001 0.6998 0.028 0.000 0.744 0.148 0.080
#> SRR1090770 1 0.1341 0.9309 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR657420 1 0.1410 0.9261 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1398686 1 0.1410 0.9292 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR821207 1 0.0162 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074694 3 0.0794 0.8905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0404 0.9241 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1095792 3 0.1043 0.8846 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1476903 5 0.4307 0.1337 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607502 4 0.4594 0.6060 0.036 0.000 0.000 0.680 0.284
#> SRR602951 4 0.3086 0.7430 0.000 0.000 0.180 0.816 0.004
#> SRR1402922 3 0.1341 0.8794 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1314071 5 0.4307 0.0394 0.000 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1374778 3 0.0290 0.8981 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1089926 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.3143 0.6880 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR2166006 3 0.6569 0.4979 0.000 0.192 0.600 0.164 0.044
#> SRR1341034 2 0.2329 0.8405 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1460235 1 0.0162 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368917 1 0.2852 0.8107 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1457197 4 0.5069 0.4915 0.000 0.328 0.000 0.620 0.052
#> SRR1433311 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656373 5 0.1608 0.8486 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1454265 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1454498 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.2690 0.8126 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR661493 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1356120 1 0.0510 0.9312 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327349 4 0.4235 0.2912 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0963 0.9343 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2165896 3 0.0290 0.8981 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR601549 4 0.5896 0.3505 0.024 0.000 0.352 0.564 0.060
#> SRR658573 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.1043 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1381247 3 0.0162 0.8995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322790 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.1341 0.9309 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1487728 1 0.0794 0.9200 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1419593 1 0.0794 0.9346 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0510 0.9250 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.3636 0.6362 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR809043 4 0.3210 0.7055 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR659578 1 0.1197 0.9325 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1339413 2 0.0290 0.9448 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434760 1 0.0794 0.9219 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR660079 1 0.1341 0.9309 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1465153 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.1410 0.9292 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1073267 4 0.3321 0.7782 0.000 0.000 0.136 0.832 0.032
#> SRR1418688 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1323936 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.0290 0.9448 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR614275 3 0.0162 0.8995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR601962 5 0.1410 0.8975 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR663795 4 0.3561 0.5992 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0510 0.9385 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661794 1 0.0963 0.9343 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1339508 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.1270 0.8798 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1333550 2 0.1043 0.9225 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR821148 1 0.0510 0.9327 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR808658 3 0.5037 0.4132 0.352 0.012 0.612 0.000 0.024
#> SRR598100 5 0.1478 0.8540 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1475281 3 0.1410 0.8784 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1469477 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447325 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415980 5 0.1732 0.8945 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR658021 1 0.4574 0.2716 0.576 0.000 0.412 0.000 0.012
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 5 0.2127 0.8808 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1083031 3 0.4585 0.4291 0.000 0.352 0.628 0.000 0.020
#> SRR1466177 2 0.0404 0.9426 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0290 0.8981 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR598364 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR603036 1 0.1197 0.9325 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR604342 4 0.2852 0.7289 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1365850 4 0.3242 0.6963 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1335940 5 0.1732 0.8950 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1436515 1 0.0794 0.9346 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 5 0.1732 0.8915 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1446606 4 0.1121 0.8673 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1350936 1 0.0162 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351257 3 0.0162 0.8995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316793 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090815 5 0.3707 0.7025 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR657845 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.3452 0.6805 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1398971 5 0.4227 0.2924 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1399457 2 0.4333 0.6891 0.212 0.740 0.000 0.000 0.048
#> SRR1073341 1 0.0703 0.9169 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR810805 1 0.4273 0.1127 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1309657 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR820186 1 0.4262 0.0931 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1388913 4 0.0162 0.8800 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1396270 3 0.0162 0.8995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613402 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 4 0.1357 0.8644 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004
#> SRR613975 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0609 0.8943 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1088044 2 0.4509 0.6397 0.000 0.716 0.000 0.236 0.048
#> SRR1082909 5 0.1792 0.8931 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1392007 4 0.1965 0.8215 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.3143 0.7010 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR819867 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 5 0.1851 0.8913 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.5107 0.4339 0.356 0.596 0.000 0.000 0.048
#> SRR1376497 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.0162 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070960 5 0.2813 0.8239 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR615285 3 0.0290 0.8981 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1325353 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.1478 0.9280 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.1197 0.9278 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.4337 0.6937 0.204 0.744 0.000 0.000 0.052
#> SRR1327366 2 0.1544 0.8923 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0880 0.9333 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1469791 4 0.1626 0.8634 0.000 0.000 0.016 0.940 0.044
#> SRR1388046 1 0.1270 0.8918 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR655076 2 0.1270 0.9162 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0880 0.9347 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR599412 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2166308 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.4045 0.3583 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR602978 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.1410 0.9040 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0703 0.9227 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1410469 3 0.0703 0.8923 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR659259 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421223 4 0.4133 0.7150 0.000 0.000 0.180 0.768 0.052
#> SRR1092567 3 0.0162 0.8995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472598 3 0.0162 0.8995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069279 4 0.6335 0.3931 0.000 0.064 0.324 0.560 0.052
#> SRR1351624 3 0.4237 0.6728 0.000 0.000 0.752 0.200 0.048
#> SRR1342938 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599346 2 0.1179 0.9262 0.004 0.964 0.000 0.016 0.016
#> SRR1359045 4 0.3796 0.5253 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR601843 1 0.1544 0.9247 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1318898 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1455104 5 0.3177 0.7661 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR598565 5 0.1628 0.8948 0.056 0.000 0.000 0.008 0.936
#> SRR1315188 4 0.1410 0.8597 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1409875 4 0.0404 0.8771 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 5 0.2329 0.8674 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0794 0.9346 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR615491 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095937 1 0.1270 0.9315 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1473295 1 0.0404 0.9241 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0404 0.8973 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2164562 3 0.3992 0.6247 0.268 0.000 0.720 0.000 0.012
#> SRR665490 1 0.0510 0.9327 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1434182 2 0.0162 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458506 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR808886 3 0.0162 0.8995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329442 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1457925 5 0.1671 0.8955 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.1121 0.8670 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1323914 2 0.0162 0.9465 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323065 5 0.1478 0.8974 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1309578 2 0.0290 0.9448 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1500908 5 0.2020 0.8856 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1076753 1 0.1341 0.9309 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1327410 4 0.4129 0.6925 0.000 0.000 0.204 0.756 0.040
#> SRR608064 5 0.1608 0.8963 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR608512 5 0.3812 0.8136 0.092 0.000 0.096 0.000 0.812
#> SRR2167551 3 0.0510 0.8958 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1394872 5 0.2424 0.8552 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1345669 1 0.1410 0.9292 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1367588 3 0.0290 0.8981 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1387724 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660438 3 0.4639 0.6473 0.236 0.000 0.708 0.000 0.056
#> SRR1310758 2 0.7470 -0.0823 0.024 0.420 0.408 0.088 0.060
#> SRR601525 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818749 5 0.2074 0.8831 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR604294 5 0.3796 0.5623 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.1270 0.8798 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1317001 1 0.1197 0.9320 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1311897 1 0.1410 0.9292 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1308715 2 0.0162 0.9465 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415195 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR603834 1 0.0510 0.9250 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0510 0.9281 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR659744 2 0.0963 0.9248 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.2221 0.9085 0.912 0.036 0.000 0.000 0.052
#> SRR1088808 5 0.2813 0.7528 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.3109 0.7333 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1099520 1 0.1410 0.9292 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR603942 5 0.4300 0.1142 0.000 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR1440625 3 0.0162 0.8995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391700 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR657360 1 0.0290 0.9289 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473443 4 0.4965 0.5076 0.000 0.000 0.304 0.644 0.052
#> SRR1498438 3 0.0324 0.8983 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1394655 4 0.0162 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322437 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.4503 0.5888 0.000 0.000 0.704 0.256 0.040
#> SRR604148 5 0.1410 0.8975 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1334939 3 0.1740 0.8735 0.000 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1349497 5 0.1792 0.8894 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1360523 1 0.1341 0.9309 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1446114 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0290 0.8981 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1389868 1 0.0880 0.9344 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0880 0.9342 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0703 0.9343 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1316174 5 0.1764 0.8555 0.008 0.000 0.000 0.064 0.928
#> SRR603268 2 0.4021 0.7026 0.000 0.764 0.000 0.200 0.036
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.4173 0.5760 0.300 0.688 0.000 0.000 0.012
#> SRR665646 5 0.1608 0.8966 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1404931 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479085 4 0.5396 0.2053 0.056 0.000 0.000 0.500 0.444
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.1408 0.8647 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044
#> SRR1332713 4 0.2966 0.7137 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1070863 1 0.0609 0.9332 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR659947 5 0.1894 0.8935 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920
#> SRR1414356 5 0.1628 0.8605 0.008 0.000 0.000 0.056 0.936
#> SRR599122 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.0290 0.8799 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1456591 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1368710 2 0.0290 0.9448 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397885 5 0.1478 0.8972 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1319283 1 0.3888 0.7351 0.800 0.000 0.000 0.136 0.064
#> SRR1349518 2 0.0404 0.9415 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1471267 1 0.1043 0.9336 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR655277 5 0.1410 0.8975 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1455436 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658009 1 0.0162 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331383 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.4201 0.2879 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.8811 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660212 3 0.3519 0.6751 0.000 0.216 0.776 0.000 0.008
#> SRR657821 1 0.0510 0.9210 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1379279 2 0.4394 0.6759 0.000 0.732 0.000 0.220 0.048
#> SRR663149 3 0.7153 0.2497 0.000 0.344 0.452 0.164 0.040
#> SRR1413032 3 0.3810 0.7218 0.000 0.000 0.792 0.168 0.040
#> SRR1377557 1 0.1270 0.9320 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.2416 0.8127 0.000 0.100 0.888 0.000 0.012
#> SRR657101 1 0.2193 0.8636 0.912 0.000 0.000 0.028 0.060
#> SRR1350588 3 0.0000 0.8999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0404 0.9241 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 5 0.1556 0.8275 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1499543 5 0.2416 0.7766 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1443419 2 0.2823 0.7522 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR657372 5 0.1910 0.7919 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR661409 4 0.3247 0.7063 0.000 0.000 0.000 0.808 0.156 0.036
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.2412 0.8150 0.880 0.000 0.000 0.000 0.092 0.028
#> SRR1392030 5 0.2805 0.7633 0.160 0.000 0.000 0.000 0.828 0.012
#> SRR1453787 1 0.0458 0.8530 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR654969 1 0.1092 0.8468 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR1435113 4 0.0405 0.8226 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR601359 5 0.0632 0.8461 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0291 0.8233 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR601157 5 0.0713 0.8479 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR615347 6 0.3499 0.3945 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1329464 1 0.1007 0.8509 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1357344 6 0.4237 0.1969 0.356 0.004 0.004 0.000 0.012 0.624
#> SRR1365356 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0713 0.7715 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR810343 5 0.0937 0.8441 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1431991 1 0.1967 0.8272 0.904 0.000 0.000 0.000 0.084 0.012
#> SRR1312024 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.4435 0.6235 0.672 0.000 0.000 0.000 0.064 0.264
#> SRR1397861 1 0.0937 0.8511 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1479663 2 0.2003 0.8524 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1475483 1 0.1007 0.8509 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR603726 5 0.2191 0.7806 0.000 0.000 0.004 0.120 0.876 0.000
#> SRR663368 5 0.1461 0.8366 0.044 0.000 0.000 0.000 0.940 0.016
#> SRR1354225 2 0.0146 0.9144 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1089809 4 0.3980 0.6172 0.000 0.000 0.052 0.732 0.000 0.216
#> SRR1338901 6 0.3565 0.4211 0.000 0.304 0.000 0.004 0.000 0.692
#> SRR598645 3 0.4992 0.4170 0.000 0.000 0.620 0.268 0.000 0.112
#> SRR656528 6 0.6438 0.3042 0.228 0.000 0.232 0.032 0.004 0.504
#> SRR809503 1 0.4640 0.6482 0.680 0.000 0.000 0.000 0.108 0.212
#> SRR659923 2 0.0547 0.9087 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1498226 1 0.0937 0.8511 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1319858 1 0.4172 0.6856 0.724 0.000 0.000 0.000 0.072 0.204
#> SRR1350566 5 0.3810 0.3396 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.8233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.1398 0.8450 0.940 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1348318 5 0.1141 0.8302 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1343433 1 0.3659 0.3705 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1342088 3 0.2003 0.7361 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1404384 3 0.3823 0.3144 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR655495 4 0.3383 0.5809 0.000 0.000 0.268 0.728 0.000 0.004
#> SRR812270 4 0.0000 0.8233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.6646 0.0460 0.092 0.336 0.492 0.000 0.048 0.032
#> SRR1415274 5 0.1644 0.8169 0.004 0.000 0.000 0.076 0.920 0.000
#> SRR1491275 6 0.5896 0.1261 0.376 0.000 0.204 0.000 0.000 0.420
#> SRR659851 5 0.5074 0.4467 0.296 0.000 0.000 0.000 0.596 0.108
#> SRR1337364 5 0.1434 0.8439 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940 0.012
#> SRR1414471 1 0.1007 0.8497 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1471862 5 0.1367 0.8389 0.044 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR1456208 5 0.2482 0.7442 0.000 0.000 0.148 0.004 0.848 0.000
#> SRR1393428 6 0.6033 0.0700 0.000 0.000 0.364 0.248 0.000 0.388
#> SRR1327632 5 0.1391 0.8369 0.040 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016
#> SRR608120 1 0.0865 0.8511 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR607679 2 0.0291 0.9127 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1359529 3 0.2340 0.6811 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1330305 2 0.1863 0.8621 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1436042 5 0.1327 0.8358 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.1007 0.8497 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR658117 6 0.4837 -0.0122 0.000 0.000 0.428 0.028 0.016 0.528
#> SRR1090770 1 0.1007 0.8509 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR657420 1 0.2165 0.8208 0.884 0.000 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR1398686 1 0.1075 0.8493 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR821207 1 0.1970 0.8250 0.912 0.000 0.000 0.000 0.060 0.028
#> SRR1074694 3 0.2762 0.6626 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1413851 2 0.1957 0.8557 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.4255 0.6688 0.708 0.000 0.000 0.000 0.068 0.224
#> SRR1095792 3 0.3482 0.4997 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1476903 5 0.4425 0.6437 0.152 0.000 0.000 0.000 0.716 0.132
#> SRR1406502 2 0.2416 0.8231 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR607502 6 0.5540 0.2743 0.008 0.000 0.000 0.140 0.284 0.568
#> SRR602951 4 0.5153 0.3887 0.000 0.000 0.288 0.592 0.000 0.120
#> SRR1402922 6 0.2969 0.3777 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1314071 4 0.4546 0.3451 0.000 0.000 0.008 0.572 0.396 0.024
#> SRR1374778 3 0.2300 0.6842 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1089926 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.1957 0.7624 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR2166006 3 0.6718 -0.0211 0.060 0.060 0.440 0.028 0.008 0.404
#> SRR1341034 2 0.4278 0.4443 0.000 0.632 0.000 0.336 0.000 0.032
#> SRR1460235 1 0.3426 0.7618 0.808 0.000 0.000 0.000 0.068 0.124
#> SRR1368917 1 0.2003 0.8075 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1457197 6 0.6023 0.2630 0.000 0.336 0.000 0.252 0.000 0.412
#> SRR1433311 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656373 5 0.1957 0.7891 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1454265 1 0.0937 0.8511 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.1957 0.8214 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR661493 1 0.0937 0.8511 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1356120 1 0.2527 0.8154 0.876 0.000 0.000 0.000 0.084 0.040
#> SRR1381414 2 0.2092 0.8514 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1350263 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327349 4 0.3986 0.1552 0.000 0.464 0.000 0.532 0.000 0.004
#> SRR1476348 2 0.1327 0.8833 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR656035 1 0.0458 0.8532 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2165896 3 0.3820 0.4443 0.000 0.004 0.660 0.000 0.004 0.332
#> SRR601549 6 0.2846 0.4785 0.000 0.000 0.060 0.084 0.000 0.856
#> SRR658573 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.3464 0.5320 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1381247 3 0.1957 0.7381 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1322790 3 0.0146 0.7763 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404044 1 0.1007 0.8509 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1487728 1 0.5010 0.5829 0.632 0.000 0.004 0.000 0.104 0.260
#> SRR1419593 1 0.0363 0.8523 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.4666 0.6421 0.676 0.000 0.000 0.000 0.108 0.216
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.1644 0.8819 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1370151 2 0.4769 0.5000 0.000 0.656 0.000 0.240 0.000 0.104
#> SRR809043 4 0.3784 0.5014 0.000 0.000 0.308 0.680 0.000 0.012
#> SRR659578 1 0.2697 0.7898 0.864 0.000 0.000 0.000 0.044 0.092
#> SRR1339413 2 0.2527 0.7983 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1434760 1 0.5098 0.5935 0.632 0.000 0.004 0.000 0.124 0.240
#> SRR660079 1 0.1387 0.8454 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1465153 4 0.0405 0.8226 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1340924 1 0.1075 0.8493 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1073267 4 0.5865 0.1831 0.000 0.000 0.296 0.476 0.000 0.228
#> SRR1418688 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.1007 0.8497 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1323936 4 0.0146 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313789 2 0.2378 0.8165 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR614275 3 0.1387 0.7564 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR601962 5 0.0547 0.8465 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR663795 4 0.2340 0.7313 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.2706 0.8002 0.000 0.832 0.000 0.008 0.000 0.160
#> SRR661794 1 0.0458 0.8532 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.3854 0.2377 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1333550 2 0.3050 0.6766 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR821148 1 0.0520 0.8503 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR808658 6 0.6327 0.1624 0.304 0.008 0.324 0.000 0.000 0.364
#> SRR598100 5 0.1563 0.8268 0.012 0.000 0.000 0.056 0.932 0.000
#> SRR1475281 6 0.3782 -0.0453 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1469477 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0291 0.9127 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR816892 4 0.0692 0.8195 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1447325 4 0.0146 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1415980 5 0.1124 0.8427 0.036 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008
#> SRR658021 1 0.6359 0.0874 0.452 0.000 0.332 0.000 0.028 0.188
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 5 0.2488 0.7996 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880 0.076
#> SRR1083031 6 0.6100 0.1527 0.000 0.284 0.356 0.000 0.000 0.360
#> SRR1466177 2 0.2793 0.7571 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.2416 0.6742 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR598364 5 0.1501 0.8275 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR603036 1 0.1007 0.8497 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR604342 4 0.1663 0.7803 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1365850 4 0.3161 0.5853 0.000 0.216 0.000 0.776 0.000 0.008
#> SRR1335940 5 0.1434 0.8439 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940 0.012
#> SRR1436515 1 0.0363 0.8530 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 5 0.3782 0.3747 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1446606 4 0.3684 0.4397 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1350936 1 0.4305 0.6706 0.708 0.000 0.000 0.000 0.076 0.216
#> SRR1351257 3 0.2003 0.7361 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1316793 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090815 5 0.4144 0.6494 0.072 0.000 0.000 0.000 0.728 0.200
#> SRR657845 1 0.0914 0.8455 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1408633 2 0.4032 0.2838 0.000 0.572 0.000 0.420 0.000 0.008
#> SRR1398971 4 0.3563 0.4863 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR1399457 6 0.3202 0.5372 0.024 0.176 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1073341 1 0.3455 0.7339 0.784 0.000 0.000 0.000 0.036 0.180
#> SRR810805 5 0.4587 0.0821 0.456 0.000 0.000 0.000 0.508 0.036
#> SRR1309657 5 0.1327 0.8375 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR820186 5 0.4274 0.5696 0.276 0.000 0.000 0.000 0.676 0.048
#> SRR1388913 4 0.2462 0.7526 0.000 0.096 0.000 0.876 0.000 0.028
#> SRR1396270 3 0.0363 0.7757 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR613402 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 4 0.2558 0.7232 0.000 0.000 0.156 0.840 0.000 0.004
#> SRR613975 2 0.1267 0.8914 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1441631 3 0.3854 0.1930 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1088044 6 0.4659 0.4824 0.000 0.260 0.000 0.084 0.000 0.656
#> SRR1082909 5 0.1391 0.8369 0.040 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016
#> SRR1392007 4 0.3023 0.6223 0.000 0.212 0.000 0.784 0.000 0.004
#> SRR2166524 2 0.0146 0.9149 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445765 1 0.5813 0.3629 0.488 0.000 0.000 0.000 0.296 0.216
#> SRR819867 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 5 0.1391 0.8369 0.040 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016
#> SRR1085687 2 0.0363 0.9102 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR597952 6 0.4193 0.5335 0.076 0.168 0.000 0.000 0.008 0.748
#> SRR1376497 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0146 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1379471 1 0.2318 0.8160 0.892 0.000 0.000 0.000 0.064 0.044
#> SRR1070960 5 0.1563 0.8405 0.056 0.000 0.000 0.000 0.932 0.012
#> SRR615285 3 0.2527 0.6635 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1325353 1 0.0937 0.8511 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.1556 0.8406 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1397649 2 0.0146 0.9152 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819690 1 0.2942 0.7932 0.836 0.000 0.000 0.000 0.132 0.032
#> SRR1336113 2 0.1765 0.8563 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1396570 6 0.4511 0.3659 0.048 0.332 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1327366 2 0.1908 0.8270 0.000 0.900 0.000 0.096 0.000 0.004
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.1204 0.8445 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1469791 4 0.4018 0.4931 0.000 0.000 0.020 0.656 0.000 0.324
#> SRR1388046 1 0.4841 0.3078 0.508 0.000 0.000 0.000 0.056 0.436
#> SRR655076 6 0.3756 0.1876 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0260 0.8526 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR599412 5 0.2987 0.8020 0.080 0.000 0.000 0.008 0.856 0.056
#> SRR2166308 3 0.0146 0.7769 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR655696 5 0.5423 0.4369 0.240 0.000 0.000 0.000 0.576 0.184
#> SRR602978 2 0.1141 0.8954 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1323850 2 0.2309 0.8452 0.000 0.888 0.000 0.028 0.000 0.084
#> SRR1365512 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663380 1 0.5041 0.5766 0.624 0.000 0.000 0.000 0.128 0.248
#> SRR1410469 3 0.2378 0.7081 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR659259 4 0.0146 0.8228 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1421223 6 0.5768 0.2219 0.000 0.000 0.200 0.308 0.000 0.492
#> SRR1092567 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472598 3 0.2048 0.7334 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1069279 6 0.5316 0.3789 0.000 0.012 0.148 0.208 0.000 0.632
#> SRR1351624 3 0.5209 0.1648 0.000 0.000 0.492 0.092 0.000 0.416
#> SRR1342938 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599346 2 0.4183 0.7328 0.028 0.776 0.000 0.016 0.028 0.152
#> SRR1359045 4 0.2883 0.6654 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR601843 1 0.1007 0.8518 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1318898 5 0.1204 0.8388 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1455104 1 0.3607 0.4234 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR598565 5 0.1471 0.8347 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR1315188 4 0.3584 0.5353 0.000 0.000 0.308 0.688 0.000 0.004
#> SRR1409875 4 0.1625 0.7896 0.000 0.060 0.000 0.928 0.000 0.012
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 5 0.1913 0.8350 0.080 0.000 0.000 0.000 0.908 0.012
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0865 0.9031 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1349144 1 0.0458 0.8531 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR615491 4 0.0146 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1095937 1 0.3240 0.7649 0.812 0.000 0.000 0.000 0.040 0.148
#> SRR1473295 1 0.4091 0.6782 0.720 0.000 0.000 0.000 0.056 0.224
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.2378 0.7097 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2164562 6 0.6157 0.1604 0.248 0.000 0.364 0.000 0.004 0.384
#> SRR665490 1 0.0000 0.8515 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0865 0.8942 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1458506 5 0.1444 0.8318 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR808886 3 0.0937 0.7693 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1329442 5 0.1610 0.8258 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1457925 5 0.1367 0.8426 0.044 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.2805 0.7205 0.000 0.000 0.160 0.828 0.000 0.012
#> SRR1323914 2 0.1957 0.8553 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1323065 5 0.1074 0.8478 0.028 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012
#> SRR1309578 2 0.2178 0.8372 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1500908 5 0.1367 0.8364 0.044 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR1076753 1 0.1075 0.8493 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1327410 3 0.6126 -0.0596 0.000 0.000 0.352 0.332 0.000 0.316
#> SRR608064 5 0.0964 0.8469 0.012 0.000 0.000 0.004 0.968 0.016
#> SRR608512 1 0.6313 -0.1089 0.372 0.000 0.288 0.008 0.332 0.000
#> SRR2167551 3 0.3971 0.2249 0.000 0.000 0.548 0.000 0.004 0.448
#> SRR1394872 1 0.3828 0.1349 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR1345669 1 0.1007 0.8509 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1367588 3 0.2416 0.6742 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1387724 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660438 6 0.4415 0.4336 0.124 0.000 0.144 0.000 0.004 0.728
#> SRR1310758 6 0.0767 0.5081 0.000 0.012 0.008 0.004 0.000 0.976
#> SRR601525 2 0.1753 0.8639 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR818749 5 0.1391 0.8337 0.040 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016
#> SRR604294 5 0.3333 0.7037 0.000 0.000 0.000 0.192 0.784 0.024
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 6 0.3955 -0.0495 0.000 0.000 0.436 0.004 0.000 0.560
#> SRR1317001 1 0.1908 0.8309 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1311897 1 0.1075 0.8518 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1308715 2 0.2003 0.8524 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1415195 4 0.0146 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0937 0.8511 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR603834 1 0.4809 0.6110 0.652 0.000 0.000 0.000 0.108 0.240
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.3167 0.7856 0.832 0.000 0.000 0.000 0.096 0.072
#> SRR659744 2 0.3823 0.2602 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1479549 1 0.1341 0.8405 0.948 0.000 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR613258 1 0.3127 0.7684 0.844 0.012 0.000 0.000 0.040 0.104
#> SRR1088808 5 0.3727 0.3406 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.3163 0.6295 0.000 0.764 0.000 0.232 0.000 0.004
#> SRR1099520 1 0.1141 0.8528 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR603942 4 0.3244 0.6061 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1440625 3 0.2003 0.7361 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1391700 1 0.0937 0.8511 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR657360 1 0.1563 0.8329 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR1473443 6 0.5288 0.3473 0.000 0.000 0.156 0.252 0.000 0.592
#> SRR1498438 3 0.2053 0.7397 0.000 0.000 0.888 0.004 0.000 0.108
#> SRR1394655 4 0.0458 0.8200 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1322437 4 0.0260 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR660236 4 0.0146 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1466338 3 0.5290 0.2809 0.000 0.000 0.544 0.116 0.000 0.340
#> SRR604148 5 0.0972 0.8480 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR1334939 6 0.3647 0.1650 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1349497 5 0.3854 0.2231 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1360523 1 0.1007 0.8509 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1446114 4 0.0260 0.8225 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.2416 0.6742 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1389868 1 0.0363 0.8523 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0260 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1469102 1 0.1141 0.8466 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1440584 2 0.1141 0.8954 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.1168 0.8424 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR613711 2 0.1204 0.8946 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR614023 1 0.0363 0.8533 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1316174 5 0.1594 0.8286 0.016 0.000 0.000 0.052 0.932 0.000
#> SRR603268 2 0.5216 -0.0303 0.000 0.484 0.000 0.092 0.000 0.424
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 6 0.6053 0.1623 0.256 0.368 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR665646 5 0.1297 0.8442 0.040 0.000 0.000 0.000 0.948 0.012
#> SRR1404931 4 0.0000 0.8233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0146 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1479085 6 0.4602 0.2578 0.012 0.000 0.000 0.036 0.316 0.636
#> SRR1322711 2 0.1075 0.8973 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1404988 4 0.0260 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1419848 4 0.3974 0.5166 0.000 0.024 0.000 0.680 0.000 0.296
#> SRR1332713 4 0.1663 0.7803 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1070863 1 0.0777 0.8513 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR659947 5 0.4365 0.7085 0.132 0.024 0.000 0.000 0.756 0.088
#> SRR1414356 5 0.1970 0.8257 0.060 0.000 0.000 0.028 0.912 0.000
#> SRR599122 3 0.0000 0.7779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.0935 0.8141 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1456591 1 0.0865 0.8521 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1368710 2 0.2454 0.8083 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1397885 5 0.1501 0.8295 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1319283 6 0.3254 0.4885 0.172 0.000 0.000 0.016 0.008 0.804
#> SRR1349518 2 0.0865 0.9035 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1471267 1 0.0865 0.8511 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR655277 5 0.0692 0.8474 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1455436 4 0.0547 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR658009 1 0.4251 0.6789 0.716 0.000 0.000 0.000 0.076 0.208
#> SRR1331383 4 0.0146 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1394894 3 0.3747 0.2668 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR659133 4 0.0146 0.8235 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR660212 3 0.5351 0.2764 0.000 0.208 0.592 0.000 0.000 0.200
#> SRR657821 1 0.2653 0.7797 0.844 0.000 0.000 0.000 0.012 0.144
#> SRR1379279 6 0.4855 0.3614 0.000 0.328 0.000 0.076 0.000 0.596
#> SRR663149 6 0.6559 0.2160 0.000 0.168 0.344 0.032 0.008 0.448
#> SRR1413032 3 0.4616 0.4169 0.000 0.000 0.624 0.060 0.000 0.316
#> SRR1377557 1 0.0937 0.8511 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1335296 2 0.0865 0.9031 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1407273 3 0.4924 0.4247 0.000 0.144 0.652 0.000 0.000 0.204
#> SRR657101 6 0.2493 0.5125 0.076 0.004 0.000 0.000 0.036 0.884
#> SRR1350588 3 0.0547 0.7738 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1368486 1 0.4478 0.6377 0.680 0.000 0.000 0.000 0.076 0.244
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.754 0.895 0.955 0.4928 0.506 0.506
#> 3 3 0.736 0.783 0.910 0.3083 0.782 0.596
#> 4 4 0.776 0.756 0.895 0.0774 0.891 0.719
#> 5 5 0.770 0.585 0.818 0.0921 0.926 0.771
#> 6 6 0.725 0.666 0.815 0.0504 0.899 0.640
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0376 0.93935 0.004 0.996
#> SRR657372 1 0.0672 0.95330 0.992 0.008
#> SRR661409 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.7376 0.73056 0.208 0.792
#> SRR1329464 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.7528 0.71465 0.784 0.216
#> SRR598068 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.9580 0.35829 0.380 0.620
#> SRR1499699 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR598645 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR656528 1 0.8386 0.60168 0.732 0.268
#> SRR809503 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.9922 0.26508 0.448 0.552
#> SRR655495 2 0.5946 0.83345 0.144 0.856
#> SRR812270 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR814919 2 1.0000 -0.05832 0.500 0.500
#> SRR1415274 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.5408 0.85229 0.124 0.876
#> SRR1327632 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1359529 1 0.9866 0.28166 0.568 0.432
#> SRR1330305 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.6887 0.78736 0.184 0.816
#> SRR1413851 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR607502 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR602951 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1402922 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 0.8207 0.64891 0.744 0.256
#> SRR1374778 1 0.1843 0.93652 0.972 0.028
#> SRR1089926 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.9686 0.33301 0.604 0.396
#> SRR1366772 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.9044 0.52258 0.680 0.320
#> SRR2166006 1 0.1414 0.94318 0.980 0.020
#> SRR1341034 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.6048 0.82940 0.148 0.852
#> SRR1433311 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.9635 0.37734 0.612 0.388
#> SRR661711 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.9944 0.24108 0.456 0.544
#> SRR1327349 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.5294 0.84439 0.880 0.120
#> SRR601549 2 0.9963 0.21755 0.464 0.536
#> SRR658573 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.2778 0.91111 0.048 0.952
#> SRR1381247 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1322790 1 0.9323 0.49733 0.652 0.348
#> SRR1404044 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR662510 1 0.6712 0.78109 0.824 0.176
#> SRR1370151 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR809043 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR659578 1 0.2948 0.91461 0.948 0.052
#> SRR1339413 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1418688 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.3431 0.90326 0.936 0.064
#> SRR601962 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.3733 0.89564 0.072 0.928
#> SRR1501097 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.8386 0.66701 0.268 0.732
#> SRR1333550 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.5737 0.82584 0.864 0.136
#> SRR598100 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1469477 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.5178 0.85914 0.116 0.884
#> SRR1447325 1 0.7139 0.74385 0.804 0.196
#> SRR1415980 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.8763 0.57320 0.704 0.296
#> SRR1365850 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.5842 0.83756 0.140 0.860
#> SRR1316793 1 0.5737 0.82472 0.864 0.136
#> SRR1090815 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.9044 0.52258 0.680 0.320
#> SRR1399457 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1073341 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1441631 1 0.0672 0.95321 0.992 0.008
#> SRR1088044 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR597952 1 0.3274 0.90702 0.940 0.060
#> SRR1376497 2 0.9833 0.24081 0.424 0.576
#> SRR813848 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1379471 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.7219 0.73228 0.200 0.800
#> SRR1396570 2 0.8713 0.58920 0.292 0.708
#> SRR1327366 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.5629 0.84504 0.132 0.868
#> SRR1388046 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.6148 0.82507 0.152 0.848
#> SRR663380 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.5519 0.84871 0.128 0.872
#> SRR659259 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1472598 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0376 0.93952 0.004 0.996
#> SRR1351624 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1342938 1 0.9460 0.44111 0.636 0.364
#> SRR599346 1 0.9896 0.25772 0.560 0.440
#> SRR1359045 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1409875 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR615491 1 0.9998 -0.00961 0.508 0.492
#> SRR1095937 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.5178 0.86088 0.116 0.884
#> SRR2164562 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0938 0.93459 0.012 0.988
#> SRR1329442 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1323914 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR2167551 1 0.6148 0.80972 0.848 0.152
#> SRR1394872 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.5294 0.85068 0.880 0.120
#> SRR1387724 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR660438 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1310758 2 0.9944 0.24259 0.456 0.544
#> SRR601525 2 0.9993 0.00599 0.484 0.516
#> SRR818749 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.3114 0.90570 0.056 0.944
#> SRR1317001 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.5737 0.82584 0.864 0.136
#> SRR1088808 1 0.7883 0.68149 0.764 0.236
#> SRR1329068 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.5519 0.85049 0.128 0.872
#> SRR1498438 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1394655 1 0.8144 0.65409 0.748 0.252
#> SRR1322437 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR660236 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1466338 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1339366 1 0.9460 0.46347 0.636 0.364
#> SRR656469 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1074189 2 1.0000 -0.04256 0.496 0.504
#> SRR665646 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1431552 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1479085 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0938 0.95001 0.988 0.012
#> SRR1414356 1 0.4022 0.88703 0.920 0.080
#> SRR599122 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.6148 0.82519 0.152 0.848
#> SRR1456591 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0376 0.93952 0.004 0.996
#> SRR658009 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1394894 1 0.6712 0.78423 0.824 0.176
#> SRR659133 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR660212 1 0.7745 0.71061 0.772 0.228
#> SRR657821 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR663149 1 0.7950 0.69510 0.760 0.240
#> SRR1413032 2 0.5737 0.84126 0.136 0.864
#> SRR1377557 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.94186 0.000 1.000
#> SRR657101 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1350588 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.95963 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.6154 0.2843 0.592 0.000 0.408
#> SRR661409 1 0.6302 -0.0541 0.520 0.000 0.480
#> SRR1409721 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.6235 0.2423 0.000 0.564 0.436
#> SRR601359 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 2 0.6235 0.2423 0.000 0.564 0.436
#> SRR601157 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.5650 0.4714 0.312 0.688 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.3141 0.8633 0.912 0.020 0.068
#> SRR1365356 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR598068 3 0.6140 0.3110 0.404 0.000 0.596
#> SRR810343 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.6079 0.3373 0.388 0.000 0.612
#> SRR663368 1 0.0237 0.9357 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354225 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.3816 0.7626 0.000 0.852 0.148
#> SRR1338901 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.6587 0.3385 0.424 0.008 0.568
#> SRR809503 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.6045 0.3304 0.000 0.380 0.620
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.2959 0.8417 0.900 0.000 0.100
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404384 3 0.8842 0.4024 0.144 0.308 0.548
#> SRR655495 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.6062 0.3211 0.000 0.384 0.616
#> SRR821176 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 3 0.7263 0.3301 0.400 0.032 0.568
#> SRR1415274 1 0.3941 0.7794 0.844 0.000 0.156
#> SRR1491275 1 0.2537 0.8665 0.920 0.000 0.080
#> SRR659851 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.4002 0.7220 0.160 0.000 0.840
#> SRR1393428 2 0.6307 0.0440 0.000 0.512 0.488
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.9206 0.1926 0.524 0.188 0.288
#> SRR1330305 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.5988 0.4745 0.368 0.000 0.632
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0237 0.9356 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.7756 0.2999 0.056 0.380 0.564
#> SRR1413851 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.6302 0.0656 0.000 0.480 0.520
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.6286 0.2421 0.464 0.000 0.536
#> SRR602951 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 3 0.5706 0.4741 0.000 0.320 0.680
#> SRR1314071 3 0.4346 0.7143 0.184 0.000 0.816
#> SRR1374778 3 0.3965 0.7464 0.132 0.008 0.860
#> SRR1089926 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 3 0.0747 0.7947 0.016 0.000 0.984
#> SRR1341034 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.1860 0.8480 0.052 0.948 0.000
#> SRR1433311 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR656373 1 0.4654 0.7058 0.792 0.000 0.208
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.5138 0.6444 0.252 0.000 0.748
#> SRR601549 3 0.8371 0.5662 0.164 0.212 0.624
#> SRR658573 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0237 0.8962 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381247 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 1 0.3551 0.7961 0.868 0.132 0.000
#> SRR1370151 2 0.6235 0.2423 0.000 0.564 0.436
#> SRR809043 3 0.4931 0.5991 0.000 0.232 0.768
#> SRR659578 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.1860 0.8938 0.948 0.000 0.052
#> SRR660079 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.6235 0.2423 0.000 0.564 0.436
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0237 0.7959 0.000 0.004 0.996
#> SRR1418688 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.5968 0.3638 0.000 0.364 0.636
#> SRR1313789 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.5529 0.5779 0.296 0.000 0.704
#> SRR1418650 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.5948 0.4212 0.000 0.640 0.360
#> SRR661794 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.2356 0.7604 0.000 0.072 0.928
#> SRR1333550 2 0.0747 0.8882 0.000 0.984 0.016
#> SRR821148 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 3 0.6291 0.1076 0.000 0.468 0.532
#> SRR1469477 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447325 3 0.5903 0.6592 0.232 0.024 0.744
#> SRR1415980 1 0.0237 0.9356 0.996 0.000 0.004
#> SRR658021 1 0.3686 0.7935 0.860 0.000 0.140
#> SRR1356308 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0237 0.9356 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083031 2 0.3116 0.8023 0.000 0.892 0.108
#> SRR1466177 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 3 0.5560 0.5530 0.300 0.000 0.700
#> SRR598364 1 0.5621 0.5307 0.692 0.000 0.308
#> SRR603036 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0892 0.7931 0.020 0.000 0.980
#> SRR1365850 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.1964 0.8566 0.000 0.944 0.056
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.8042 0.4531 0.636 0.248 0.116
#> SRR1399457 2 0.0237 0.8956 0.004 0.996 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0424 0.8938 0.000 0.992 0.008
#> SRR1396270 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.6026 0.3402 0.000 0.376 0.624
#> SRR613975 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.4654 0.6949 0.208 0.000 0.792
#> SRR1088044 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.5835 0.4574 0.000 0.660 0.340
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.2384 0.7738 0.008 0.056 0.936
#> SRR813848 3 0.1529 0.7798 0.000 0.040 0.960
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.6267 0.1330 0.548 0.000 0.452
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.3879 0.7200 0.152 0.848 0.000
#> SRR1396570 2 0.5968 0.3858 0.364 0.636 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.6215 0.2151 0.000 0.428 0.572
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.5497 0.5596 0.708 0.000 0.292
#> SRR2166308 3 0.3192 0.7539 0.112 0.000 0.888
#> SRR655696 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.5591 0.5327 0.000 0.696 0.304
#> SRR1421223 2 0.2066 0.8537 0.000 0.940 0.060
#> SRR1092567 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 3 0.6299 0.0878 0.000 0.476 0.524
#> SRR1069279 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.5178 0.6084 0.000 0.744 0.256
#> SRR1342938 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR599346 1 0.6026 0.4085 0.624 0.376 0.000
#> SRR1359045 1 0.3267 0.8203 0.884 0.000 0.116
#> SRR601843 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.1411 0.9102 0.964 0.000 0.036
#> SRR598565 1 0.3619 0.7990 0.864 0.000 0.136
#> SRR1315188 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.4002 0.7567 0.000 0.840 0.160
#> SRR1348270 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.7144 0.6507 0.220 0.080 0.700
#> SRR1095937 1 0.2066 0.8864 0.940 0.000 0.060
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.3879 0.6943 0.000 0.152 0.848
#> SRR2164562 3 0.5706 0.5646 0.320 0.000 0.680
#> SRR665490 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.1163 0.9169 0.972 0.000 0.028
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.1753 0.8975 0.952 0.000 0.048
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.5178 0.5687 0.000 0.256 0.744
#> SRR608064 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.5835 0.4710 0.660 0.000 0.340
#> SRR2167551 3 0.5291 0.6265 0.268 0.000 0.732
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.6235 0.2225 0.436 0.000 0.564
#> SRR1387724 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 1 0.6309 -0.0830 0.504 0.000 0.496
#> SRR1310758 2 0.6062 0.3561 0.384 0.616 0.000
#> SRR601525 1 0.6286 0.1566 0.536 0.464 0.000
#> SRR818749 1 0.1753 0.8969 0.952 0.000 0.048
#> SRR604294 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.8270 0.1796 0.084 0.540 0.376
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.5968 0.3638 0.000 0.364 0.636
#> SRR1380163 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0237 0.9353 0.996 0.004 0.000
#> SRR1088808 1 0.5067 0.7668 0.832 0.052 0.116
#> SRR1329068 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.1529 0.8699 0.000 0.960 0.040
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.5291 0.6060 0.732 0.000 0.268
#> SRR1440625 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.5220 0.6767 0.012 0.780 0.208
#> SRR1498438 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 3 0.6855 0.5335 0.316 0.032 0.652
#> SRR1322437 2 0.6235 0.2423 0.000 0.564 0.436
#> SRR660236 1 0.6307 -0.0788 0.512 0.000 0.488
#> SRR1466338 3 0.5216 0.5738 0.000 0.260 0.740
#> SRR604148 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.3752 0.7566 0.000 0.856 0.144
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.6235 0.2423 0.000 0.564 0.436
#> SRR1339366 1 0.5968 0.4395 0.636 0.364 0.000
#> SRR656469 3 0.3941 0.7336 0.156 0.000 0.844
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 2 0.6062 0.3733 0.000 0.616 0.384
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.5760 0.4878 0.672 0.000 0.328
#> SRR603268 2 0.1964 0.8566 0.000 0.944 0.056
#> SRR1486044 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.6252 0.2222 0.556 0.444 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.5178 0.5637 0.000 0.256 0.744
#> SRR1431552 3 0.2356 0.7622 0.000 0.072 0.928
#> SRR1479085 1 0.1289 0.9108 0.968 0.000 0.032
#> SRR1322711 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.6111 0.3359 0.000 0.604 0.396
#> SRR1419848 2 0.6154 0.3149 0.000 0.592 0.408
#> SRR1332713 3 0.6260 0.2590 0.448 0.000 0.552
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0829 0.9265 0.984 0.004 0.012
#> SRR1414356 1 0.5956 0.4905 0.672 0.004 0.324
#> SRR599122 3 0.1860 0.7819 0.052 0.000 0.948
#> SRR1344100 2 0.5621 0.5156 0.000 0.692 0.308
#> SRR613018 2 0.7885 0.3254 0.068 0.580 0.352
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.1964 0.8452 0.056 0.944 0.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.6260 0.2086 0.000 0.552 0.448
#> SRR1394894 3 0.0237 0.7959 0.000 0.004 0.996
#> SRR659133 3 0.6008 0.4512 0.372 0.000 0.628
#> SRR660212 3 0.8334 0.5474 0.136 0.248 0.616
#> SRR657821 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0424 0.8938 0.000 0.992 0.008
#> SRR663149 3 0.3713 0.7597 0.032 0.076 0.892
#> SRR1413032 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.8990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.3237 0.8278 0.056 0.912 0.032
#> SRR657101 1 0.2537 0.8645 0.920 0.000 0.080
#> SRR1350588 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9386 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.4679 0.548866 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1499543 1 0.4585 0.573355 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1443419 2 0.0188 0.927900 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.4961 -0.041694 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR661409 4 0.4284 0.517833 0.224 0.000 0.012 0.764
#> SRR1409721 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0707 0.868593 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1453787 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.4855 0.440753 0.000 0.352 0.004 0.644
#> SRR601359 1 0.4713 0.537043 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR663392 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.4872 0.433996 0.000 0.356 0.004 0.640
#> SRR601157 1 0.4713 0.537043 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR615347 2 0.4790 0.298844 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.1209 0.848243 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598068 3 0.3545 0.704467 0.008 0.000 0.828 0.164
#> SRR810343 1 0.3610 0.736632 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1431991 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.7842 -0.082562 0.264 0.000 0.376 0.360
#> SRR663368 1 0.2473 0.830790 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR1354225 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.4633 0.697156 0.000 0.780 0.172 0.048
#> SRR1338901 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.3356 0.702183 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR656528 1 0.7225 0.329782 0.612 0.072 0.260 0.056
#> SRR809503 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0592 0.869955 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR614743 4 0.6439 0.458348 0.000 0.172 0.180 0.648
#> SRR1406307 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.4889 0.531176 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1343433 1 0.0469 0.871012 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1342088 3 0.0921 0.825794 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1404384 3 0.6851 0.336850 0.300 0.132 0.568 0.000
#> SRR655495 3 0.1867 0.806258 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR812270 2 0.5861 0.482144 0.000 0.644 0.296 0.060
#> SRR821176 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.9393 0.000851 0.432 0.168 0.228 0.172
#> SRR1415274 1 0.4889 0.531176 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1491275 1 0.2281 0.792897 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.1867 0.843480 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1414471 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.1557 0.853101 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1456208 3 0.4624 0.472986 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1393428 2 0.5947 0.452631 0.000 0.628 0.312 0.060
#> SRR1327632 1 0.0707 0.868726 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR608120 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.6763 0.253263 0.320 0.116 0.564 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.4697 0.543178 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR656191 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.7571 0.192134 0.484 0.000 0.244 0.272
#> SRR1090770 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.3048 0.811495 0.876 0.000 0.016 0.108
#> SRR1398686 1 0.2868 0.797685 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR821207 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.3143 0.761172 0.000 0.100 0.876 0.024
#> SRR1413851 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.3172 0.697250 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1476903 1 0.1867 0.841044 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1406502 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 1 0.6523 0.458423 0.628 0.000 0.236 0.136
#> SRR602951 4 0.1474 0.615469 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1402922 3 0.6247 0.202397 0.000 0.428 0.516 0.056
#> SRR1314071 4 0.7683 0.062957 0.384 0.000 0.216 0.400
#> SRR1374778 3 0.1938 0.816838 0.012 0.000 0.936 0.052
#> SRR1089926 3 0.0188 0.832195 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437056 3 0.0188 0.832266 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1366772 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0000 0.630756 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 3 0.4071 0.737795 0.064 0.000 0.832 0.104
#> SRR1341034 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.1474 0.852066 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1457197 2 0.1938 0.868074 0.052 0.936 0.000 0.012
#> SRR1433311 3 0.4193 0.584332 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR656373 4 0.4933 0.013930 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1454265 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.1557 0.812748 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1327349 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.1302 0.810560 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR601549 1 0.9000 -0.150206 0.384 0.268 0.288 0.060
#> SRR658573 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0336 0.925721 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1381247 3 0.0188 0.832195 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322790 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0469 0.868079 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 1 0.1940 0.805795 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.1824 0.881371 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR809043 2 0.6951 0.306360 0.000 0.556 0.304 0.140
#> SRR659578 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.2281 0.789149 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.4872 0.433996 0.000 0.356 0.004 0.640
#> SRR1340924 1 0.0592 0.870057 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1073267 3 0.3533 0.762607 0.000 0.080 0.864 0.056
#> SRR1418688 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.4234 0.556917 0.000 0.052 0.132 0.816
#> SRR1313789 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.3528 0.682338 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR601962 1 0.4679 0.548866 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR663795 4 0.2999 0.582058 0.132 0.000 0.004 0.864
#> SRR1418650 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3168 0.831604 0.000 0.884 0.060 0.056
#> SRR661794 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0188 0.832195 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333550 2 0.0592 0.920396 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR821148 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.4713 0.537043 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1475281 3 0.4134 0.562294 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1469477 3 0.0336 0.831605 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1468184 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0336 0.925510 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1447325 4 0.0817 0.626414 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1415980 1 0.4713 0.537043 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR658021 1 0.0817 0.860071 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.1302 0.856643 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1083031 2 0.2921 0.787895 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0188 0.832040 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR598364 1 0.7534 0.105225 0.448 0.000 0.192 0.360
#> SRR603036 1 0.0188 0.873946 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR604342 4 0.0188 0.631517 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1365850 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0188 0.873886 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436515 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0469 0.871012 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446606 2 0.1716 0.880569 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1350936 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0469 0.830707 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1090815 1 0.1867 0.841044 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR657845 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.4961 -0.041694 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1399457 2 0.0188 0.928029 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.2814 0.796165 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR820186 1 0.0592 0.869791 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388913 2 0.0592 0.920348 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1396270 3 0.1792 0.795665 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR613402 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.5814 0.480797 0.000 0.644 0.300 0.056
#> SRR613975 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.1520 0.824393 0.020 0.000 0.956 0.024
#> SRR1088044 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.3528 0.744436 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1392007 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.2647 0.805958 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1445765 1 0.1557 0.850139 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR819867 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0592 0.869955 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1085687 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597952 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.1004 0.823546 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR813848 4 0.1637 0.612629 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1379471 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.1474 0.803141 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.3024 0.710493 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1396570 1 0.4998 -0.009608 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.5332 0.639576 0.000 0.736 0.184 0.080
#> SRR1388046 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.5306 0.524495 0.632 0.000 0.020 0.348
#> SRR2166308 3 0.0188 0.832040 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR655696 1 0.1867 0.841044 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR602978 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0707 0.828571 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR663380 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659259 4 0.4790 0.386068 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1421223 2 0.2256 0.870836 0.000 0.924 0.020 0.056
#> SRR1092567 3 0.1557 0.812748 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1472598 3 0.4356 0.504039 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1069279 2 0.0469 0.922823 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1351624 2 0.5148 0.635998 0.000 0.736 0.208 0.056
#> SRR1342938 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599346 2 0.4996 -0.019848 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.3831 0.728925 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR601843 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.4697 0.543178 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1455104 1 0.5898 0.473490 0.604 0.000 0.048 0.348
#> SRR598565 1 0.4713 0.537043 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1315188 3 0.1557 0.812748 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1409875 2 0.4055 0.771784 0.000 0.832 0.108 0.060
#> SRR1348270 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3569 0.742129 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1451857 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0336 0.630868 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1095937 1 0.0188 0.873158 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.5371 0.607026 0.000 0.188 0.732 0.080
#> SRR2164562 3 0.6319 0.188948 0.436 0.000 0.504 0.060
#> SRR665490 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.4543 0.582656 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR808886 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.4872 0.537684 0.640 0.000 0.004 0.356
#> SRR1457925 1 0.2266 0.834440 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1434910 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.1716 0.811360 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1323914 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.2081 0.835675 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1309578 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.3711 0.777281 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR1076753 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.5478 0.552867 0.000 0.248 0.696 0.056
#> SRR608064 1 0.4643 0.556740 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR608512 1 0.7647 0.086870 0.444 0.000 0.220 0.336
#> SRR2167551 3 0.6158 0.284841 0.384 0.000 0.560 0.056
#> SRR1394872 1 0.0336 0.872635 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345669 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0188 0.832040 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1387724 3 0.0188 0.832195 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660438 1 0.5378 0.070629 0.540 0.000 0.448 0.012
#> SRR1310758 1 0.4933 0.149851 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR601525 2 0.4941 0.101826 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR818749 1 0.3674 0.792944 0.852 0.000 0.044 0.104
#> SRR604294 1 0.1867 0.841861 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1322494 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.5394 0.527243 0.024 0.268 0.696 0.012
#> SRR1317001 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.6475 0.456476 0.000 0.172 0.184 0.644
#> SRR1380163 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0188 0.873248 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1088808 4 0.2469 0.596111 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1329068 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.1389 0.893603 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1099520 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.2473 0.608861 0.080 0.000 0.012 0.908
#> SRR1440625 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.5019 0.746138 0.040 0.804 0.100 0.056
#> SRR1498438 3 0.1557 0.812748 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1394655 4 0.0188 0.631517 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1322437 4 0.5097 0.266152 0.000 0.428 0.004 0.568
#> SRR660236 4 0.3176 0.603185 0.084 0.000 0.036 0.880
#> SRR1466338 3 0.3074 0.705952 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR604148 1 0.4543 0.585259 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1334939 2 0.2011 0.859716 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1349497 1 0.4564 0.577762 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1360523 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.1824 0.880698 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1339366 1 0.4925 0.214179 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0336 0.830993 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.4855 0.440753 0.000 0.352 0.004 0.644
#> SRR1469102 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 4 0.4961 -0.041694 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR603268 2 0.1557 0.886231 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1486044 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.4948 0.093436 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR665646 1 0.3123 0.779436 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1404931 4 0.5632 0.474572 0.000 0.092 0.196 0.712
#> SRR1431552 4 0.3497 0.569353 0.000 0.024 0.124 0.852
#> SRR1479085 1 0.2149 0.834120 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1322711 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0779 0.917931 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1419848 2 0.1824 0.880698 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1332713 4 0.0188 0.631517 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1070863 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.3047 0.797337 0.872 0.012 0.000 0.116
#> SRR1414356 1 0.6088 0.461496 0.596 0.024 0.020 0.360
#> SRR599122 3 0.0188 0.832195 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1344100 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.6837 0.483714 0.016 0.268 0.100 0.616
#> SRR1456591 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.4697 0.542065 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1319283 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.4697 0.543178 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1455436 2 0.4130 0.734609 0.064 0.828 0.000 0.108
#> SRR658009 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 4 0.5149 0.461783 0.000 0.336 0.016 0.648
#> SRR1394894 3 0.1792 0.809765 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR659133 4 0.1284 0.629029 0.012 0.000 0.024 0.964
#> SRR660212 3 0.6795 0.454692 0.188 0.184 0.624 0.004
#> SRR657821 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0188 0.928731 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663149 3 0.6599 0.571533 0.144 0.048 0.700 0.108
#> SRR1413032 3 0.4188 0.742442 0.000 0.040 0.812 0.148
#> SRR1377557 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.931440 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.2179 0.851160 0.064 0.924 0.012 0.000
#> SRR657101 1 0.0927 0.860485 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1350588 3 0.0000 0.832659 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.875144 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1499543 1 0.4302 -0.39882 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1443419 2 0.0727 0.93358 0.004 0.980 0.004 0.000 0.012
#> SRR657372 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR661409 5 0.3969 -0.08986 0.004 0.000 0.000 0.304 0.692
#> SRR1409721 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1392030 1 0.3452 0.02654 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1453787 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR654969 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1435113 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601359 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR663392 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601157 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR615347 2 0.4138 0.35250 0.384 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1365356 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.2516 0.78801 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR810343 1 0.4306 -0.41408 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1431991 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1312024 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1397861 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 5 0.6219 0.26221 0.212 0.000 0.240 0.000 0.548
#> SRR663368 1 0.3809 -0.00975 0.736 0.000 0.008 0.000 0.256
#> SRR1354225 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.2909 0.80547 0.000 0.848 0.140 0.012 0.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.2732 0.76969 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR656528 1 0.5224 0.41341 0.532 0.000 0.036 0.004 0.428
#> SRR809503 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR659923 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1350566 1 0.3480 0.01823 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR614743 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1348318 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1343433 1 0.3480 0.01823 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1342088 3 0.0404 0.88677 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1404384 5 0.6637 -0.14686 0.280 0.000 0.268 0.000 0.452
#> SRR655495 3 0.0963 0.87632 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR812270 2 0.3278 0.78184 0.000 0.824 0.156 0.020 0.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.7236 -0.35487 0.452 0.024 0.184 0.008 0.332
#> SRR1415274 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1491275 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR659851 1 0.0162 0.40063 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337364 1 0.3480 0.19183 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1414471 1 0.2280 0.24486 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1471862 1 0.3932 -0.13930 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1456208 3 0.4262 0.41578 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1393428 2 0.3086 0.76714 0.000 0.816 0.180 0.004 0.000
#> SRR1327632 1 0.3336 0.05734 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR608120 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR607679 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.6069 0.07362 0.432 0.120 0.448 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR656191 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 5 0.5866 -0.02988 0.240 0.000 0.144 0.004 0.612
#> SRR1090770 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 5 0.4192 -0.27191 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1398686 1 0.2891 0.16552 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR821207 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1074694 3 0.2377 0.76344 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1095792 3 0.1197 0.85779 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.2561 0.21769 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1406502 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607502 5 0.5692 -0.20316 0.352 0.000 0.064 0.012 0.572
#> SRR602951 4 0.3695 0.76079 0.000 0.000 0.036 0.800 0.164
#> SRR1402922 2 0.4375 0.26341 0.000 0.576 0.420 0.004 0.000
#> SRR1314071 5 0.5623 0.44008 0.444 0.000 0.036 0.020 0.500
#> SRR1374778 3 0.0566 0.88448 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.4305 0.43035 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR2166006 3 0.5510 0.47533 0.040 0.000 0.588 0.020 0.352
#> SRR1341034 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1368917 1 0.2074 0.27834 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1457197 2 0.1484 0.89712 0.048 0.944 0.000 0.000 0.008
#> SRR1433311 3 0.2773 0.76662 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR656373 5 0.4708 0.45980 0.436 0.000 0.000 0.016 0.548
#> SRR1454265 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR661493 1 0.0609 0.38038 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1356120 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0162 0.88893 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR2165896 3 0.3164 0.75807 0.044 0.000 0.852 0.000 0.104
#> SRR601549 5 0.6638 -0.25626 0.396 0.000 0.168 0.008 0.428
#> SRR658573 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0290 0.94308 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1381247 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1419593 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1434689 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1377967 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 1 0.4713 0.43469 0.544 0.016 0.000 0.000 0.440
#> SRR1370151 2 0.1648 0.90386 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> SRR809043 2 0.5236 0.60883 0.000 0.692 0.228 0.024 0.056
#> SRR659578 1 0.1965 0.41082 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1339413 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR660079 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.2966 0.72079 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1340924 1 0.3612 -0.02246 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1073267 3 0.1117 0.87753 0.000 0.016 0.964 0.020 0.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.2605 0.41391 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1323936 4 0.0703 0.87613 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.2813 0.76268 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR601962 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR663795 4 0.5987 0.44572 0.180 0.000 0.000 0.584 0.236
#> SRR1418650 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0671 0.93480 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.0162 0.94582 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR821148 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR808658 1 0.3612 0.41861 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR598100 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1475281 3 0.3752 0.52187 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1469477 3 0.0566 0.88615 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1468184 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.1410 0.89856 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1447325 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415980 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR658021 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1356308 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 5 0.4278 -0.34217 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1083031 2 0.2377 0.82931 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598364 5 0.4425 0.46320 0.452 0.000 0.004 0.000 0.544
#> SRR603036 1 0.0609 0.38113 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR604342 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.1851 0.39475 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1436515 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1367612 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.3480 0.01823 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1446606 2 0.0404 0.94110 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1350936 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1351257 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090815 5 0.4192 -0.27109 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR657845 1 0.4201 0.43600 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1408633 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.6129 -0.40561 0.452 0.000 0.000 0.128 0.420
#> SRR1399457 2 0.0162 0.94523 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR810805 1 0.0703 0.37679 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1309657 1 0.4171 -0.27169 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR820186 1 0.0963 0.36470 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1388913 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.2561 0.78376 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR613402 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.3399 0.76652 0.000 0.812 0.168 0.020 0.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.1041 0.86816 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.4219 -0.31162 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1392007 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.0609 0.93349 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1445765 5 0.4256 -0.31534 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR819867 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 5 0.3796 -0.17434 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1085687 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 1 0.4256 0.44297 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1376497 3 0.0404 0.88483 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.0162 0.40058 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070960 1 0.3796 0.42028 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR615285 3 0.0963 0.86413 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0510 0.38453 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1397649 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1336113 2 0.3003 0.70833 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 1 0.5381 0.13635 0.516 0.428 0.000 0.000 0.056
#> SRR1327366 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.4611 0.71420 0.000 0.764 0.160 0.024 0.052
#> SRR1388046 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR655076 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR599412 5 0.4800 0.40775 0.368 0.000 0.028 0.000 0.604
#> SRR2166308 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 5 0.4210 -0.27188 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR602978 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0290 0.88800 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR663380 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1410469 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659259 4 0.1121 0.86288 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1421223 2 0.0162 0.94582 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092567 3 0.0609 0.88350 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1472598 3 0.3395 0.60733 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1069279 2 0.0794 0.92856 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.3333 0.73265 0.000 0.788 0.208 0.004 0.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599346 2 0.4306 0.08978 0.492 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.3622 0.17121 0.816 0.000 0.000 0.048 0.136
#> SRR601843 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1455104 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR598565 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1315188 3 0.0609 0.88350 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1409875 2 0.2445 0.84511 0.000 0.884 0.108 0.004 0.004
#> SRR1348270 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.4074 -0.20447 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1451857 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR615491 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095937 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1473295 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1457972 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.3400 0.78333 0.004 0.040 0.840 0.000 0.116
#> SRR2164562 5 0.6486 -0.23371 0.376 0.000 0.188 0.000 0.436
#> SRR665490 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1434182 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.4287 -0.36913 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR808886 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1457925 5 0.2929 -0.00764 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1434910 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.1012 0.88043 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1323914 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.4101 -0.21672 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1309578 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.2966 0.15379 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1076753 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.3151 0.74212 0.000 0.144 0.836 0.020 0.000
#> SRR608064 1 0.3949 -0.11322 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR608512 1 0.6706 -0.36639 0.452 0.000 0.188 0.008 0.352
#> SRR2167551 5 0.6413 -0.25681 0.396 0.000 0.172 0.000 0.432
#> SRR1394872 1 0.3003 0.12832 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1345669 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660438 1 0.4297 0.42404 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1310758 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR601525 2 0.4268 0.21708 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR818749 1 0.4161 -0.24990 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR604294 1 0.2329 0.25076 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1322494 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.3901 0.66586 0.024 0.196 0.776 0.000 0.004
#> SRR1317001 1 0.4268 0.44466 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1311897 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1341256 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR659744 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR613258 1 0.1124 0.35887 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> SRR1088808 4 0.5697 0.37946 0.084 0.000 0.000 0.512 0.404
#> SRR1329068 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.0794 0.87342 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1440625 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR657360 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1473443 2 0.3196 0.83548 0.040 0.868 0.080 0.004 0.008
#> SRR1498438 3 0.0609 0.88350 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.4138 0.38362 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.1043 0.86450 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR604148 5 0.2852 0.05754 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1334939 2 0.1908 0.86949 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.4305 -0.40955 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1360523 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0609 0.93483 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1339366 1 0.4192 -0.07365 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0290 0.88663 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1390265 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.1341 0.85311 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1469102 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1440584 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR613711 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.2020 0.41197 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1316174 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR603268 2 0.0162 0.94582 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.4273 0.20674 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR665646 5 0.4182 -0.27204 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1404931 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479085 5 0.4192 -0.27109 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1322711 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0510 0.93754 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1419848 2 0.0510 0.93793 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1332713 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.4288 -0.25862 0.612 0.004 0.000 0.000 0.384
#> SRR1414356 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR599122 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.3507 0.77427 0.000 0.120 0.000 0.828 0.052
#> SRR1456591 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1368710 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 5 0.4278 0.46549 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1319283 1 0.3336 0.41690 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1349518 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR655277 5 0.3983 0.39766 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR1455436 2 0.3462 0.72894 0.012 0.792 0.000 0.000 0.196
#> SRR658009 1 0.3003 0.41559 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1331383 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.0771 0.88286 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.89189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660212 3 0.7940 0.21328 0.184 0.140 0.456 0.000 0.220
#> SRR657821 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1379279 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663149 3 0.7109 0.36585 0.240 0.036 0.560 0.020 0.144
#> SRR1413032 3 0.3170 0.79705 0.000 0.012 0.852 0.016 0.120
#> SRR1377557 1 0.0000 0.39965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.94834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.0693 0.93530 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR657101 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1350588 3 0.0000 0.88998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.4278 0.44685 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 5 0.2454 0.5301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1499543 6 0.4467 0.3954 0.028 0.000 0.000 0.000 0.464 0.508
#> SRR1443419 2 0.1578 0.8578 0.012 0.936 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR657372 5 0.0146 0.6219 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661409 5 0.6481 -0.0827 0.328 0.000 0.000 0.304 0.352 0.016
#> SRR1409721 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1391678 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 5 0.6034 -0.5611 0.248 0.000 0.000 0.000 0.384 0.368
#> SRR1453787 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601359 5 0.1075 0.6066 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR663392 2 0.0547 0.8651 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1374716 4 0.0363 0.9108 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR601157 5 0.0000 0.6219 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.5375 0.4900 0.208 0.588 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1329464 6 0.5867 0.7427 0.280 0.000 0.000 0.000 0.240 0.480
#> SRR1357344 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 3 0.0405 0.8698 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR598068 3 0.2805 0.7592 0.000 0.000 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR810343 5 0.4666 -0.2790 0.044 0.000 0.000 0.000 0.536 0.420
#> SRR1431991 1 0.0603 0.8071 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1312024 3 0.0000 0.8700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 6 0.5930 0.7229 0.304 0.000 0.000 0.000 0.240 0.456
#> SRR1479663 2 0.1007 0.8610 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1475483 6 0.5867 0.7465 0.280 0.000 0.000 0.000 0.240 0.480
#> SRR603726 5 0.1327 0.6000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR663368 6 0.5571 0.5697 0.100 0.000 0.012 0.000 0.392 0.496
#> SRR1354225 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1089809 2 0.2838 0.7989 0.000 0.852 0.116 0.004 0.000 0.028
#> SRR1338901 2 0.2378 0.8034 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR598645 3 0.3265 0.6891 0.000 0.000 0.748 0.000 0.248 0.004
#> SRR656528 1 0.2678 0.7309 0.860 0.000 0.116 0.000 0.004 0.020
#> SRR809503 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1498226 6 0.5770 0.7587 0.252 0.000 0.000 0.000 0.240 0.508
#> SRR1319858 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 6 0.5474 0.5902 0.128 0.000 0.000 0.000 0.384 0.488
#> SRR614743 4 0.0363 0.9108 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1406307 1 0.0260 0.8103 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348318 5 0.2178 0.5271 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1343433 6 0.5794 0.5850 0.180 0.000 0.000 0.000 0.384 0.436
#> SRR1342088 3 0.1049 0.8684 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1404384 1 0.3629 0.5373 0.712 0.000 0.276 0.000 0.000 0.012
#> SRR655495 3 0.2526 0.8381 0.000 0.000 0.876 0.024 0.004 0.096
#> SRR812270 2 0.3740 0.7076 0.000 0.764 0.200 0.012 0.000 0.024
#> SRR821176 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.2969 0.7836 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR814919 5 0.6773 0.0269 0.000 0.032 0.232 0.008 0.424 0.304
#> SRR1415274 5 0.3198 0.3129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1491275 1 0.1444 0.7783 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR659851 1 0.6004 -0.6453 0.408 0.000 0.000 0.000 0.240 0.352
#> SRR1337364 5 0.6039 -0.3832 0.260 0.000 0.000 0.000 0.408 0.332
#> SRR1414471 6 0.5770 0.7535 0.240 0.000 0.000 0.000 0.252 0.508
#> SRR1471862 6 0.5186 0.5092 0.088 0.000 0.000 0.000 0.436 0.476
#> SRR1456208 5 0.3601 0.2176 0.000 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004
#> SRR1393428 2 0.4354 0.6519 0.000 0.704 0.216 0.000 0.000 0.080
#> SRR1327632 6 0.5592 0.6320 0.148 0.000 0.000 0.000 0.368 0.484
#> SRR608120 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1359529 6 0.6734 0.1147 0.000 0.048 0.312 0.000 0.220 0.420
#> SRR1330305 2 0.1007 0.8610 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1436042 5 0.2941 0.3932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR656191 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1419211 6 0.5770 0.7587 0.252 0.000 0.000 0.000 0.240 0.508
#> SRR658117 5 0.6632 0.2398 0.280 0.000 0.212 0.000 0.460 0.048
#> SRR1090770 6 0.5770 0.7587 0.252 0.000 0.000 0.000 0.240 0.508
#> SRR657420 1 0.2178 0.7424 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1398686 6 0.5716 0.7021 0.192 0.000 0.000 0.000 0.304 0.504
#> SRR821207 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.2643 0.7707 0.000 0.128 0.856 0.000 0.008 0.008
#> SRR1413851 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.2793 0.7927 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1361050 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.3104 0.7887 0.000 0.084 0.844 0.000 0.004 0.068
#> SRR1476903 6 0.5784 0.5534 0.176 0.000 0.000 0.000 0.408 0.416
#> SRR1406502 2 0.1863 0.8301 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR607502 1 0.5357 0.5638 0.676 0.000 0.092 0.000 0.168 0.064
#> SRR602951 4 0.5731 0.4553 0.000 0.000 0.060 0.560 0.320 0.060
#> SRR1402922 2 0.5983 -0.1100 0.000 0.388 0.384 0.000 0.000 0.228
#> SRR1314071 5 0.2291 0.6013 0.000 0.000 0.040 0.012 0.904 0.044
#> SRR1374778 3 0.2113 0.8396 0.008 0.000 0.896 0.000 0.004 0.092
#> SRR1089926 3 0.0146 0.8698 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437056 3 0.0000 0.8700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0146 0.8665 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487465 5 0.3608 0.2738 0.000 0.000 0.004 0.248 0.736 0.012
#> SRR2166006 3 0.6372 0.5190 0.164 0.000 0.564 0.004 0.064 0.204
#> SRR1341034 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 6 0.5671 0.6876 0.180 0.000 0.000 0.000 0.312 0.508
#> SRR1457197 2 0.2946 0.7888 0.012 0.824 0.000 0.000 0.004 0.160
#> SRR1433311 3 0.3975 0.3229 0.000 0.000 0.544 0.000 0.452 0.004
#> SRR656373 5 0.0146 0.6220 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1454265 6 0.5770 0.7587 0.252 0.000 0.000 0.000 0.240 0.508
#> SRR1454498 3 0.0000 0.8700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.2260 0.7089 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR661493 6 0.5770 0.7587 0.252 0.000 0.000 0.000 0.240 0.508
#> SRR1356120 1 0.6015 -0.6774 0.388 0.000 0.000 0.000 0.240 0.372
#> SRR1381414 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0363 0.8702 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1327349 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0713 0.8021 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2165896 3 0.4693 0.6474 0.176 0.000 0.684 0.000 0.000 0.140
#> SRR601549 1 0.4893 0.5590 0.660 0.000 0.112 0.000 0.004 0.224
#> SRR658573 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.1196 0.8585 0.000 0.952 0.008 0.000 0.000 0.040
#> SRR1381247 3 0.0632 0.8691 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1322790 3 0.0865 0.8637 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1404044 6 0.5770 0.7587 0.252 0.000 0.000 0.000 0.240 0.508
#> SRR1487728 1 0.0146 0.8114 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419593 1 0.2092 0.7265 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1434689 2 0.0260 0.8663 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1349540 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR662510 1 0.3422 0.6779 0.788 0.036 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1370151 2 0.3876 0.7699 0.000 0.728 0.000 0.012 0.016 0.244
#> SRR809043 2 0.6499 0.2709 0.000 0.504 0.288 0.008 0.160 0.040
#> SRR659578 6 0.5826 0.3411 0.376 0.000 0.000 0.000 0.188 0.436
#> SRR1339413 2 0.1075 0.8603 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1434760 1 0.0146 0.8114 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR660079 6 0.6015 0.6255 0.372 0.000 0.000 0.000 0.240 0.388
#> SRR1465153 4 0.2697 0.7137 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1340924 6 0.5284 0.5804 0.104 0.000 0.000 0.000 0.388 0.508
#> SRR1073267 3 0.2529 0.8419 0.000 0.028 0.892 0.012 0.004 0.064
#> SRR1418688 3 0.0000 0.8700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.4608 0.2350 0.680 0.000 0.000 0.000 0.220 0.100
#> SRR1323936 4 0.1297 0.8837 0.000 0.000 0.040 0.948 0.000 0.012
#> SRR1313789 2 0.1007 0.8610 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR614275 3 0.3534 0.6534 0.000 0.000 0.716 0.000 0.276 0.008
#> SRR601962 5 0.0000 0.6219 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663795 5 0.3629 0.3985 0.000 0.000 0.000 0.276 0.712 0.012
#> SRR1418650 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3046 0.7813 0.000 0.800 0.012 0.000 0.000 0.188
#> SRR661794 6 0.5815 0.7556 0.264 0.000 0.000 0.000 0.240 0.496
#> SRR1339508 3 0.0000 0.8700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0865 0.8680 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1333550 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.4253 0.5558 0.732 0.000 0.000 0.000 0.160 0.108
#> SRR598100 5 0.0000 0.6219 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475281 3 0.5415 0.4422 0.004 0.304 0.564 0.000 0.000 0.128
#> SRR1469477 3 0.0622 0.8703 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1468184 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR816892 2 0.2762 0.8105 0.000 0.860 0.000 0.000 0.092 0.048
#> SRR1447325 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415980 5 0.2562 0.4703 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR658021 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0363 0.8660 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1443695 1 0.3229 0.7052 0.816 0.000 0.000 0.000 0.140 0.044
#> SRR1083031 2 0.2218 0.8208 0.000 0.884 0.104 0.000 0.000 0.012
#> SRR1466177 2 0.1007 0.8610 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1346978 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.1444 0.8517 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR598364 5 0.1333 0.6087 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR603036 6 0.5721 0.7539 0.240 0.000 0.000 0.000 0.240 0.520
#> SRR604342 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.6073 -0.5579 0.400 0.000 0.000 0.000 0.284 0.316
#> SRR1436515 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 6 0.5474 0.5996 0.128 0.000 0.000 0.000 0.384 0.488
#> SRR1446606 2 0.2793 0.7741 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1350936 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0146 0.8698 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316793 3 0.0146 0.8704 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090815 1 0.2527 0.7060 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR657845 1 0.1082 0.7831 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1408633 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 5 0.2586 0.5796 0.000 0.000 0.000 0.100 0.868 0.032
#> SRR1399457 2 0.2632 0.7950 0.000 0.832 0.000 0.000 0.004 0.164
#> SRR1073341 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 6 0.6074 0.6259 0.356 0.000 0.000 0.000 0.268 0.376
#> SRR1309657 6 0.5136 0.5324 0.084 0.000 0.000 0.000 0.420 0.496
#> SRR820186 1 0.6117 -0.6927 0.356 0.000 0.000 0.000 0.300 0.344
#> SRR1388913 2 0.0713 0.8624 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1396270 3 0.2706 0.7733 0.000 0.000 0.832 0.000 0.160 0.008
#> SRR613402 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR614912 2 0.0146 0.8665 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478410 2 0.3946 0.6909 0.000 0.748 0.208 0.012 0.000 0.032
#> SRR613975 2 0.2883 0.7990 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1441631 3 0.3123 0.7784 0.040 0.000 0.824 0.000 0.000 0.136
#> SRR1088044 2 0.2378 0.8032 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1082909 5 0.5527 -0.4831 0.132 0.000 0.000 0.000 0.460 0.408
#> SRR1392007 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2166524 2 0.4855 0.6502 0.000 0.596 0.076 0.000 0.000 0.328
#> SRR1445765 1 0.1501 0.7725 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.2300 0.7032 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 1 0.2623 0.7326 0.852 0.000 0.000 0.000 0.016 0.132
#> SRR1376497 3 0.1003 0.8633 0.000 0.020 0.964 0.000 0.000 0.016
#> SRR813848 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.6015 -0.6651 0.384 0.000 0.000 0.000 0.240 0.376
#> SRR1070960 1 0.2664 0.6421 0.848 0.000 0.000 0.000 0.136 0.016
#> SRR615285 3 0.1663 0.8457 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1325353 6 0.5770 0.7587 0.252 0.000 0.000 0.000 0.240 0.508
#> SRR1470682 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 6 0.5911 0.7265 0.296 0.000 0.000 0.000 0.240 0.464
#> SRR1397649 2 0.0937 0.8617 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR819690 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.3136 0.7800 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004 0.228
#> SRR1396570 1 0.5554 0.0864 0.456 0.408 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1327366 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1317218 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 6 0.5879 0.7434 0.284 0.000 0.000 0.000 0.240 0.476
#> SRR1469791 2 0.5963 0.5866 0.000 0.648 0.144 0.012 0.100 0.096
#> SRR1388046 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.2854 0.7763 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1464353 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 5 0.2169 0.5951 0.008 0.000 0.012 0.000 0.900 0.080
#> SRR2166308 3 0.0000 0.8700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.2968 0.6982 0.816 0.000 0.000 0.000 0.168 0.016
#> SRR602978 2 0.0937 0.8617 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1323850 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0363 0.8702 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR663380 1 0.0146 0.8114 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410469 3 0.0937 0.8647 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR659259 4 0.1265 0.8792 0.000 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR1421223 2 0.1219 0.8574 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR1092567 3 0.0993 0.8667 0.000 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1472598 3 0.3518 0.5890 0.000 0.256 0.732 0.000 0.000 0.012
#> SRR1069279 2 0.3062 0.7889 0.000 0.816 0.024 0.000 0.000 0.160
#> SRR1351624 2 0.3776 0.7094 0.000 0.756 0.196 0.000 0.000 0.048
#> SRR1342938 3 0.0000 0.8700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599346 2 0.6325 -0.3016 0.016 0.404 0.000 0.000 0.220 0.360
#> SRR1359045 5 0.6778 -0.4724 0.184 0.000 0.000 0.060 0.400 0.356
#> SRR601843 1 0.6007 -0.6522 0.404 0.000 0.000 0.000 0.240 0.356
#> SRR1318898 5 0.2631 0.5083 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1455104 5 0.0865 0.6151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR598565 5 0.0000 0.6219 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0993 0.8661 0.000 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1409875 2 0.2110 0.8317 0.000 0.900 0.084 0.000 0.004 0.012
#> SRR1348270 2 0.3050 0.7788 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR602389 6 0.4592 0.4109 0.036 0.000 0.000 0.000 0.468 0.496
#> SRR1451857 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0458 0.8658 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349144 1 0.1007 0.7963 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR615491 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095937 1 0.0363 0.8087 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1473295 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.3565 0.7642 0.000 0.008 0.796 0.000 0.156 0.040
#> SRR2164562 1 0.3354 0.6172 0.752 0.000 0.240 0.000 0.004 0.004
#> SRR665490 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 5 0.2826 0.5290 0.052 0.000 0.000 0.000 0.856 0.092
#> SRR808886 3 0.0146 0.8698 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329442 5 0.0547 0.6195 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1457925 1 0.4277 0.5532 0.700 0.000 0.000 0.000 0.236 0.064
#> SRR1434910 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.1536 0.8614 0.000 0.000 0.944 0.012 0.024 0.020
#> SRR1323914 2 0.1007 0.8610 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1323065 6 0.4802 0.4607 0.052 0.000 0.000 0.000 0.452 0.496
#> SRR1309578 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 5 0.5862 -0.4229 0.212 0.000 0.000 0.000 0.464 0.324
#> SRR1076753 6 0.5842 0.7498 0.272 0.000 0.000 0.000 0.240 0.488
#> SRR1327410 3 0.4290 0.6876 0.000 0.168 0.744 0.012 0.000 0.076
#> SRR608064 5 0.5697 -0.4426 0.140 0.000 0.000 0.004 0.464 0.392
#> SRR608512 5 0.2703 0.5695 0.000 0.000 0.116 0.008 0.860 0.016
#> SRR2167551 1 0.4941 0.5353 0.648 0.000 0.140 0.000 0.000 0.212
#> SRR1394872 6 0.5809 0.7442 0.232 0.000 0.000 0.000 0.272 0.496
#> SRR1345669 6 0.5786 0.7582 0.256 0.000 0.000 0.000 0.240 0.504
#> SRR1367588 3 0.1204 0.8584 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1387724 3 0.0260 0.8700 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR660438 1 0.2178 0.7339 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1310758 1 0.2260 0.7295 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR601525 6 0.5002 -0.1434 0.000 0.412 0.000 0.000 0.072 0.516
#> SRR818749 5 0.5152 -0.2831 0.092 0.000 0.000 0.000 0.532 0.376
#> SRR604294 6 0.6031 0.5342 0.248 0.000 0.000 0.000 0.360 0.392
#> SRR1322494 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1377949 3 0.5187 0.6348 0.004 0.128 0.652 0.000 0.008 0.208
#> SRR1317001 1 0.2631 0.6590 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1311897 6 0.5815 0.7556 0.264 0.000 0.000 0.000 0.240 0.496
#> SRR1308715 2 0.1007 0.8610 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1415195 4 0.0363 0.9108 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1380163 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1480611 1 0.6001 -0.6385 0.412 0.000 0.000 0.000 0.240 0.348
#> SRR603834 1 0.0146 0.8114 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341256 2 0.2883 0.7881 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR613795 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.2491 0.7969 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1479549 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 6 0.5316 0.5702 0.168 0.000 0.000 0.000 0.240 0.592
#> SRR1088808 5 0.3547 0.2413 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1329068 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1480565 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1099520 6 0.5842 0.7516 0.272 0.000 0.000 0.000 0.240 0.488
#> SRR603942 4 0.1007 0.8763 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1440625 3 0.0458 0.8707 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1391700 1 0.2378 0.7008 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR657360 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.3941 0.7243 0.004 0.744 0.044 0.000 0.000 0.208
#> SRR1498438 3 0.1225 0.8633 0.000 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1394655 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.4057 0.3309 0.000 0.388 0.000 0.600 0.000 0.012
#> SRR660236 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.4293 0.6985 0.000 0.084 0.716 0.000 0.000 0.200
#> SRR604148 5 0.3634 0.2809 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1334939 2 0.3520 0.7651 0.000 0.776 0.036 0.000 0.000 0.188
#> SRR1349497 5 0.4366 -0.2290 0.024 0.000 0.000 0.000 0.548 0.428
#> SRR1360523 6 0.5801 0.7572 0.260 0.000 0.000 0.000 0.240 0.500
#> SRR1446114 2 0.1367 0.8563 0.000 0.944 0.000 0.012 0.000 0.044
#> SRR1339366 6 0.5975 0.0762 0.052 0.348 0.000 0.000 0.084 0.516
#> SRR656469 3 0.1204 0.8584 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1389868 1 0.0458 0.8080 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1390265 2 0.2762 0.7941 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1364935 4 0.1807 0.8607 0.000 0.060 0.000 0.920 0.000 0.020
#> SRR1469102 1 0.0363 0.8088 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440584 2 0.0146 0.8665 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459697 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1352575 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0632 0.8647 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR614023 1 0.4944 0.0858 0.644 0.000 0.000 0.000 0.224 0.132
#> SRR1316174 5 0.0000 0.6219 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.2631 0.7874 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1486044 2 0.2730 0.7956 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1441483 2 0.3023 0.7810 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1074189 2 0.5982 -0.2254 0.000 0.428 0.000 0.000 0.240 0.332
#> SRR665646 1 0.2491 0.7493 0.868 0.000 0.000 0.000 0.112 0.020
#> SRR1404931 4 0.0363 0.9108 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1431552 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479085 1 0.3876 0.6750 0.772 0.000 0.000 0.000 0.120 0.108
#> SRR1322711 2 0.0937 0.8617 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1404988 2 0.0622 0.8646 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1419848 2 0.2838 0.7811 0.000 0.808 0.000 0.004 0.000 0.188
#> SRR1332713 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 6 0.5815 0.7556 0.264 0.000 0.000 0.000 0.240 0.496
#> SRR659947 6 0.4574 0.2677 0.036 0.000 0.000 0.000 0.440 0.524
#> SRR1414356 5 0.2003 0.5656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR599122 3 0.0865 0.8637 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1344100 2 0.2823 0.7907 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR613018 4 0.5515 0.6544 0.000 0.116 0.000 0.672 0.084 0.128
#> SRR1456591 1 0.0547 0.8056 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1368710 2 0.1075 0.8603 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1397885 5 0.3769 0.0328 0.004 0.000 0.000 0.000 0.640 0.356
#> SRR1319283 1 0.4882 0.4643 0.660 0.000 0.000 0.000 0.188 0.152
#> SRR1349518 2 0.0000 0.8666 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0790 0.7997 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR655277 5 0.2658 0.5681 0.100 0.000 0.000 0.000 0.864 0.036
#> SRR1455436 2 0.3529 0.7082 0.000 0.764 0.000 0.000 0.208 0.028
#> SRR658009 1 0.3952 0.3946 0.736 0.000 0.000 0.000 0.212 0.052
#> SRR1331383 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.0964 0.8676 0.000 0.004 0.968 0.012 0.000 0.016
#> SRR659133 4 0.0000 0.9139 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660212 3 0.7109 0.2719 0.304 0.088 0.420 0.000 0.004 0.184
#> SRR657821 1 0.0632 0.8042 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1379279 2 0.2562 0.7986 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR663149 3 0.5679 0.3778 0.000 0.000 0.552 0.004 0.208 0.236
#> SRR1413032 3 0.4052 0.7615 0.000 0.004 0.772 0.008 0.148 0.068
#> SRR1377557 6 0.5770 0.7587 0.252 0.000 0.000 0.000 0.240 0.508
#> SRR1335296 2 0.3050 0.7788 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1407273 2 0.2183 0.8497 0.000 0.912 0.028 0.000 0.020 0.040
#> SRR657101 1 0.2135 0.7371 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1350588 3 0.1471 0.8467 0.000 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1368486 1 0.0000 0.8122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.971 0.947 0.978 0.4827 0.514 0.514
#> 3 3 0.853 0.872 0.949 0.3475 0.762 0.566
#> 4 4 0.719 0.631 0.839 0.0944 0.931 0.812
#> 5 5 0.639 0.521 0.753 0.0864 0.837 0.522
#> 6 6 0.669 0.696 0.797 -0.0135 0.855 0.528
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR661409 1 0.8608 0.6184 0.716 0.284
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1365356 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR598068 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR810343 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1499699 1 0.9661 0.3842 0.608 0.392
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.1184 0.9494 0.984 0.016
#> SRR663368 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR598645 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR656528 2 0.8081 0.6621 0.248 0.752
#> SRR809503 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1404384 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR655495 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR814919 2 0.4431 0.8945 0.092 0.908
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1491275 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR659851 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1456208 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1393428 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1359529 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR658117 2 0.3431 0.9276 0.064 0.936
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR607502 2 0.6048 0.8215 0.148 0.852
#> SRR602951 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 0.9896 0.2505 0.560 0.440
#> SRR1374778 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1089926 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1437056 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.9896 0.2446 0.560 0.440
#> SRR2166006 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1433311 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR656373 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1454498 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR661711 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR601549 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1381247 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1322790 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.9661 0.3842 0.608 0.392
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR809043 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.7219 0.7487 0.800 0.200
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.9635 0.3944 0.612 0.388
#> SRR660079 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1418688 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR602338 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR614275 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR601962 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.8955 0.5623 0.688 0.312
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR808658 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR598100 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1469477 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.1184 0.9776 0.016 0.984
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR658021 2 0.9970 0.0704 0.468 0.532
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR607705 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR598364 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.9881 0.2574 0.564 0.436
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1316793 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.0376 0.9586 0.996 0.004
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1073341 1 0.9795 0.3190 0.584 0.416
#> SRR810805 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1396270 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR613402 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1376497 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR813848 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR615285 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.9686 0.3738 0.604 0.396
#> SRR655076 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.1843 0.9392 0.972 0.028
#> SRR2166308 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR655696 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR663380 1 0.7056 0.7606 0.808 0.192
#> SRR1410469 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR659259 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1342938 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR599346 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1359045 1 0.0376 0.9586 0.996 0.004
#> SRR601843 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.6973 0.7599 0.188 0.812
#> SRR1095937 1 0.7299 0.7436 0.796 0.204
#> SRR1473295 1 0.2778 0.9220 0.952 0.048
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR2164562 2 0.2043 0.9619 0.032 0.968
#> SRR665490 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0938 0.9527 0.988 0.012
#> SRR2167551 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1387724 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR660438 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR601525 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0672 0.9556 0.992 0.008
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.7056 0.7606 0.808 0.192
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR613258 2 0.8955 0.5295 0.312 0.688
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.1184 0.9493 0.984 0.016
#> SRR1440625 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1394655 1 0.8763 0.5954 0.704 0.296
#> SRR1322437 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.2603 0.9494 0.044 0.956
#> SRR1466338 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR656469 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1074189 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR665646 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1479085 2 0.9358 0.4395 0.352 0.648
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.3431 0.9064 0.936 0.064
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.1414 0.9461 0.980 0.020
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR599122 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.3584 0.9230 0.068 0.932
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1394894 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR659133 2 0.1184 0.9776 0.016 0.984
#> SRR660212 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR657821 1 0.7602 0.7239 0.780 0.220
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1413032 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9876 0.000 1.000
#> SRR657101 2 0.1184 0.9769 0.016 0.984
#> SRR1350588 2 0.0672 0.9843 0.008 0.992
#> SRR1368486 1 0.5059 0.8572 0.888 0.112
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.3340 0.8361 0.000 0.880 0.120
#> SRR657372 1 0.5948 0.4232 0.640 0.000 0.360
#> SRR661409 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.6126 0.4198 0.000 0.600 0.400
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499699 3 0.6299 0.0543 0.476 0.000 0.524
#> SRR1397861 1 0.4346 0.7516 0.816 0.000 0.184
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.1964 0.8840 0.056 0.000 0.944
#> SRR663368 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338901 3 0.1289 0.9115 0.000 0.032 0.968
#> SRR598645 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404384 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR655495 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 3 0.4555 0.7253 0.200 0.000 0.800
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393428 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.1411 0.9278 0.964 0.000 0.036
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.4555 0.7567 0.000 0.800 0.200
#> SRR607502 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314071 3 0.5733 0.5267 0.324 0.000 0.676
#> SRR1374778 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 3 0.1860 0.8916 0.052 0.000 0.948
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.1163 0.9149 0.000 0.028 0.972
#> SRR1433311 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR656373 1 0.5948 0.4381 0.640 0.000 0.360
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.2959 0.8524 0.000 0.900 0.100
#> SRR1350263 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.6045 0.4096 0.000 0.620 0.380
#> SRR1476348 2 0.6180 0.3794 0.000 0.584 0.416
#> SRR656035 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR601549 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381247 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.6307 0.0704 0.512 0.000 0.488
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.2711 0.8612 0.000 0.912 0.088
#> SRR1370151 3 0.5835 0.4243 0.000 0.340 0.660
#> SRR809043 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.5810 0.4728 0.664 0.000 0.336
#> SRR1339413 2 0.0237 0.9139 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434760 3 0.6305 0.0237 0.484 0.000 0.516
#> SRR660079 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.1860 0.8911 0.000 0.052 0.948
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.4931 0.7185 0.000 0.768 0.232
#> SRR661794 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.5497 0.6327 0.000 0.708 0.292
#> SRR821148 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469477 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 3 0.4555 0.7073 0.000 0.200 0.800
#> SRR1447325 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 3 0.1163 0.9146 0.028 0.000 0.972
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.2165 0.9000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1083031 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.4654 0.7499 0.000 0.792 0.208
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR598364 1 0.2066 0.9016 0.940 0.000 0.060
#> SRR603036 1 0.1289 0.9306 0.968 0.000 0.032
#> SRR604342 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.5178 0.6801 0.000 0.744 0.256
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 3 0.4062 0.7707 0.164 0.000 0.836
#> SRR1399457 3 0.4504 0.7136 0.000 0.196 0.804
#> SRR1073341 3 0.2537 0.8651 0.080 0.000 0.920
#> SRR810805 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.6008 0.4838 0.000 0.628 0.372
#> SRR1396270 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0424 0.9120 0.000 0.992 0.008
#> SRR1441631 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088044 3 0.5835 0.4177 0.000 0.340 0.660
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.4291 0.7719 0.000 0.820 0.180
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 3 0.6299 -0.0306 0.000 0.476 0.524
#> SRR1376497 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR813848 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.6154 0.4006 0.000 0.592 0.408
#> SRR1396570 2 0.6126 0.4198 0.000 0.600 0.400
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388046 3 0.6309 -0.0259 0.500 0.000 0.500
#> SRR655076 3 0.4796 0.6724 0.000 0.220 0.780
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.6079 0.3409 0.612 0.000 0.388
#> SRR2166308 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.5733 0.5786 0.000 0.676 0.324
#> SRR1365512 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.6045 0.3995 0.620 0.000 0.380
#> SRR1410469 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR659259 3 0.0424 0.9317 0.000 0.008 0.992
#> SRR1421223 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092567 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069279 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351624 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR599346 3 0.6143 0.5844 0.024 0.256 0.720
#> SRR1359045 3 0.4796 0.7019 0.220 0.000 0.780
#> SRR601843 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 3 0.3551 0.8031 0.000 0.132 0.868
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.2878 0.8554 0.000 0.904 0.096
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 3 0.6286 0.1580 0.464 0.000 0.536
#> SRR1473295 3 0.1529 0.9037 0.040 0.000 0.960
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164562 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.5810 0.4729 0.664 0.000 0.336
#> SRR2167551 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310758 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR601525 2 0.6286 0.2366 0.000 0.536 0.464
#> SRR818749 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.3619 0.8228 0.864 0.000 0.136
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.4452 0.7526 0.808 0.000 0.192
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.4605 0.7523 0.000 0.796 0.204
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 3 0.6295 0.1308 0.472 0.000 0.528
#> SRR1088808 1 0.6252 0.1932 0.556 0.000 0.444
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.2625 0.8621 0.000 0.916 0.084
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.6126 0.3497 0.400 0.000 0.600
#> SRR1440625 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498438 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 3 0.0592 0.9275 0.012 0.000 0.988
#> SRR1322437 3 0.4178 0.7454 0.000 0.172 0.828
#> SRR660236 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.0237 0.9348 0.000 0.004 0.996
#> SRR1339366 2 0.3619 0.8218 0.000 0.864 0.136
#> SRR656469 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.4555 0.7567 0.000 0.800 0.200
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0747 0.9462 0.984 0.000 0.016
#> SRR603268 2 0.5650 0.5996 0.000 0.688 0.312
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 3 0.1753 0.8960 0.000 0.048 0.952
#> SRR665646 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 3 0.6308 -0.0174 0.000 0.492 0.508
#> SRR1419848 2 0.6126 0.4212 0.000 0.600 0.400
#> SRR1332713 3 0.4842 0.6986 0.224 0.000 0.776
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.5785 0.4823 0.668 0.000 0.332
#> SRR1414356 1 0.1163 0.9346 0.972 0.000 0.028
#> SRR599122 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349518 2 0.0237 0.9141 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 3 0.5138 0.6166 0.000 0.252 0.748
#> SRR658009 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR657821 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379279 2 0.6154 0.4002 0.000 0.592 0.408
#> SRR663149 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413032 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9162 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR657101 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350588 3 0.0000 0.9379 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368486 1 0.5058 0.6732 0.756 0.000 0.244
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.1637 0.914075 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1499543 1 0.1118 0.920114 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1443419 2 0.4932 0.591697 0.000 0.728 0.240 0.032
#> SRR657372 4 0.7545 0.299997 0.368 0.000 0.192 0.440
#> SRR661409 4 0.5943 0.695638 0.048 0.000 0.360 0.592
#> SRR1409721 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.924200 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0921 0.922494 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1453787 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR654969 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1435113 3 0.4776 -0.135854 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR601359 1 0.1867 0.909243 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR663392 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.4948 -0.272364 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR601157 1 0.1940 0.907896 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR615347 2 0.5607 0.104535 0.000 0.496 0.484 0.020
#> SRR1329464 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357344 3 0.0921 0.561421 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1365356 3 0.4454 0.485148 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR598068 3 0.4679 0.417610 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR810343 1 0.1474 0.918367 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1431991 1 0.0469 0.923978 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312024 3 0.0592 0.564797 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1499699 3 0.6261 -0.074954 0.440 0.000 0.504 0.056
#> SRR1397861 1 0.3377 0.833180 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1479663 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603726 4 0.6477 0.677722 0.100 0.000 0.300 0.600
#> SRR663368 1 0.2011 0.905470 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1354225 2 0.0188 0.881155 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089809 3 0.2216 0.515747 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1338901 3 0.6033 0.113184 0.000 0.316 0.620 0.064
#> SRR598645 3 0.3610 0.450519 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR656528 3 0.4426 0.347039 0.024 0.000 0.772 0.204
#> SRR809503 1 0.0000 0.924200 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319858 1 0.1211 0.918170 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1350566 1 0.1118 0.920114 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR614743 3 0.4830 -0.161183 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1406307 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348318 1 0.4040 0.750655 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1343433 1 0.0336 0.924000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1342088 3 0.4431 0.487542 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1404384 3 0.0707 0.563867 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR655495 3 0.1716 0.566313 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR812270 3 0.1389 0.548053 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR821176 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.6774 -0.192359 0.312 0.000 0.568 0.120
#> SRR1415274 1 0.4103 0.740199 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1491275 3 0.1022 0.568087 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR659851 1 0.1211 0.920319 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1337364 1 0.0000 0.924200 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471862 1 0.1867 0.909243 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1456208 3 0.5137 -0.239750 0.004 0.000 0.544 0.452
#> SRR1393428 3 0.0921 0.560151 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1327632 1 0.2011 0.906261 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR608120 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR607679 2 0.0188 0.881155 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359529 3 0.0188 0.568590 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330305 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.2011 0.905470 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR656191 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658117 3 0.4228 0.364242 0.008 0.000 0.760 0.232
#> SRR1090770 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657420 1 0.2342 0.902722 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR1398686 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR821207 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074694 3 0.1557 0.569672 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1413851 2 0.1109 0.864812 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1319924 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.1118 0.918815 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1095792 3 0.4134 0.507295 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1476903 1 0.1637 0.913271 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1406502 2 0.3306 0.728412 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR607502 3 0.4053 0.333101 0.004 0.000 0.768 0.228
#> SRR602951 3 0.4222 0.404835 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1402922 3 0.0592 0.565791 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1314071 3 0.7494 -0.266224 0.352 0.000 0.460 0.188
#> SRR1374778 3 0.0707 0.572884 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1089926 3 0.4431 0.487542 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1437056 3 0.4406 0.489524 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1366772 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.5159 0.686331 0.012 0.000 0.364 0.624
#> SRR2166006 3 0.5964 0.019639 0.228 0.000 0.676 0.096
#> SRR1341034 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0921 0.920755 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1368917 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457197 3 0.5436 0.278095 0.000 0.176 0.732 0.092
#> SRR1433311 3 0.4605 0.439795 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR656373 4 0.6260 0.559651 0.192 0.000 0.144 0.664
#> SRR1454265 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454498 3 0.4431 0.487542 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR661711 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661493 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356120 1 0.0707 0.922336 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1381414 2 0.0657 0.875058 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1350263 3 0.4431 0.487542 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1327349 2 0.7453 0.027632 0.000 0.484 0.324 0.192
#> SRR1476348 2 0.5780 0.106470 0.000 0.496 0.476 0.028
#> SRR656035 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165896 3 0.0592 0.569355 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR601549 3 0.0707 0.569211 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR658573 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.6295 0.105045 0.000 0.132 0.656 0.212
#> SRR1381247 3 0.4543 0.473098 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1322790 3 0.3764 0.529739 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1404044 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487728 3 0.6393 -0.072436 0.456 0.000 0.480 0.064
#> SRR1419593 1 0.1118 0.918842 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1434689 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.1305 0.918067 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1377967 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.1256 0.863509 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1370151 3 0.6919 -0.000142 0.000 0.368 0.516 0.116
#> SRR809043 3 0.3649 0.414922 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR659578 1 0.5546 0.427775 0.664 0.000 0.292 0.044
#> SRR1339413 2 0.3485 0.767595 0.000 0.856 0.116 0.028
#> SRR1434760 3 0.6271 -0.078824 0.452 0.000 0.492 0.056
#> SRR660079 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465153 3 0.7524 -0.467605 0.000 0.184 0.408 0.408
#> SRR1340924 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073267 3 0.2216 0.557646 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1418688 3 0.4277 0.499763 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR602338 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323936 3 0.4888 -0.248663 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1313789 2 0.0188 0.881666 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614275 3 0.4898 0.370239 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR601962 1 0.2281 0.897278 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR663795 4 0.6988 0.607973 0.120 0.000 0.380 0.500
#> SRR1418650 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.5322 0.503398 0.000 0.660 0.312 0.028
#> SRR661794 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339508 3 0.4431 0.487542 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1501097 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.4250 0.499067 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1333550 2 0.5853 0.165569 0.000 0.508 0.460 0.032
#> SRR821148 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR808658 3 0.1118 0.555926 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR598100 1 0.3907 0.770286 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1475281 3 0.0921 0.569170 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1469477 3 0.4522 0.476532 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1468184 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0188 0.881155 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816892 3 0.6876 -0.210846 0.000 0.116 0.532 0.352
#> SRR1447325 4 0.4972 0.503572 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1415980 1 0.2589 0.883731 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR658021 3 0.6280 -0.056057 0.304 0.000 0.612 0.084
#> SRR1356308 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.2125 0.905879 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1083031 3 0.0921 0.560151 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1466177 2 0.5367 0.459655 0.000 0.664 0.304 0.032
#> SRR1346978 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.3486 0.540459 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR598364 1 0.4283 0.733902 0.740 0.000 0.004 0.256
#> SRR603036 1 0.3099 0.867973 0.876 0.000 0.020 0.104
#> SRR604342 4 0.5204 0.678464 0.012 0.000 0.376 0.612
#> SRR1365850 2 0.5847 0.387583 0.000 0.628 0.320 0.052
#> SRR1335940 1 0.1557 0.915331 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1436515 1 0.0469 0.924185 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1367612 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0707 0.923338 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1446606 3 0.1867 0.534988 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1350936 1 0.1305 0.918067 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1351257 3 0.4406 0.489481 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1316793 3 0.1474 0.569131 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1090815 1 0.2342 0.901412 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR657845 1 0.0000 0.924200 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0336 0.879249 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1398971 4 0.5859 0.693643 0.064 0.000 0.284 0.652
#> SRR1399457 3 0.5997 0.073720 0.000 0.376 0.576 0.048
#> SRR1073341 1 0.7344 -0.198087 0.460 0.000 0.380 0.160
#> SRR810805 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309657 1 0.1474 0.916484 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR820186 1 0.0707 0.922336 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1388913 2 0.5984 0.334204 0.000 0.580 0.372 0.048
#> SRR1396270 3 0.4776 0.425732 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR613402 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.1637 0.541840 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR613975 2 0.0188 0.881282 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1441631 3 0.2760 0.559288 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1088044 3 0.5775 0.060451 0.000 0.408 0.560 0.032
#> SRR1082909 1 0.1792 0.910856 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1392007 2 0.7902 -0.314197 0.000 0.364 0.300 0.336
#> SRR2166524 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.1867 0.909154 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR819867 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.1389 0.917886 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1085687 2 0.0592 0.874995 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR597952 3 0.5682 0.011013 0.000 0.456 0.520 0.024
#> SRR1376497 3 0.0469 0.567962 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR813848 3 0.4996 -0.322463 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1379471 1 0.0188 0.924207 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070960 1 0.0469 0.923867 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR615285 3 0.1557 0.569708 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1325353 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470682 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397649 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336113 2 0.5678 0.192359 0.000 0.524 0.452 0.024
#> SRR1396570 2 0.5364 0.359166 0.000 0.592 0.392 0.016
#> SRR1327366 2 0.2021 0.844181 0.000 0.936 0.040 0.024
#> SRR1317218 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469791 3 0.2281 0.552789 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1388046 1 0.5266 0.676709 0.752 0.000 0.140 0.108
#> SRR655076 3 0.5312 0.216893 0.000 0.268 0.692 0.040
#> SRR1464353 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR599412 1 0.6420 0.505853 0.640 0.000 0.132 0.228
#> SRR2166308 3 0.3873 0.525532 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR655696 1 0.1716 0.912344 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR602978 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.5298 0.396465 0.000 0.612 0.372 0.016
#> SRR1365512 3 0.4431 0.487542 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR663380 1 0.5489 0.457378 0.664 0.000 0.296 0.040
#> SRR1410469 3 0.4431 0.487542 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR659259 3 0.5366 -0.282291 0.000 0.012 0.548 0.440
#> SRR1421223 3 0.1389 0.549539 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1092567 3 0.4477 0.486453 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1472598 3 0.0592 0.568335 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1069279 3 0.1211 0.553915 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1351624 3 0.0921 0.560151 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1342938 3 0.4406 0.489524 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR599346 3 0.7760 -0.086884 0.016 0.248 0.528 0.208
#> SRR1359045 1 0.7866 -0.360879 0.388 0.000 0.284 0.328
#> SRR601843 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318898 1 0.1867 0.910181 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1455104 1 0.0592 0.924683 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR598565 1 0.3942 0.765419 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1315188 3 0.2408 0.554690 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1409875 3 0.7190 -0.034517 0.000 0.260 0.548 0.192
#> SRR1348270 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.1022 0.920747 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1451857 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0895 0.869814 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1349144 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR615491 4 0.4978 0.667584 0.004 0.000 0.384 0.612
#> SRR1095937 1 0.7694 -0.192055 0.448 0.000 0.308 0.244
#> SRR1473295 3 0.7064 -0.141944 0.220 0.000 0.572 0.208
#> SRR1457972 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.1545 0.568008 0.008 0.000 0.952 0.040
#> SRR2164562 3 0.4262 0.367882 0.008 0.000 0.756 0.236
#> SRR665490 1 0.0592 0.923103 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1434182 2 0.0921 0.869175 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1458506 1 0.1637 0.914075 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR808886 3 0.4406 0.489524 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1329442 1 0.3486 0.819058 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1457925 1 0.1867 0.909243 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1434910 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.2469 0.556632 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1323914 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.1389 0.918097 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1309578 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.1792 0.910856 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1076753 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327410 3 0.0707 0.568070 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR608064 1 0.2647 0.880910 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR608512 1 0.6267 0.536149 0.648 0.000 0.112 0.240
#> SRR2167551 3 0.0592 0.565188 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1394872 1 0.0336 0.924000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345669 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367588 3 0.2345 0.566000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1387724 3 0.4522 0.476532 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR660438 3 0.2530 0.540790 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1310758 3 0.2036 0.538385 0.000 0.032 0.936 0.032
#> SRR601525 3 0.6911 -0.012691 0.000 0.384 0.504 0.112
#> SRR818749 1 0.2530 0.886708 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR604294 1 0.4881 0.753310 0.756 0.000 0.048 0.196
#> SRR1322494 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.1118 0.570824 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1317001 1 0.0921 0.921497 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1311897 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308715 2 0.0188 0.881524 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415195 3 0.4907 -0.253155 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1380163 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603834 1 0.2399 0.890050 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR1341256 2 0.0469 0.877350 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR613795 1 0.0592 0.923097 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR659744 2 0.4453 0.620174 0.000 0.744 0.244 0.012
#> SRR1479549 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613258 3 0.6607 -0.196422 0.400 0.000 0.516 0.084
#> SRR1088808 4 0.6278 0.649500 0.120 0.000 0.228 0.652
#> SRR1329068 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.6064 0.510540 0.000 0.672 0.220 0.108
#> SRR1099520 1 0.0336 0.924031 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR603942 1 0.7676 -0.124706 0.452 0.000 0.240 0.308
#> SRR1440625 3 0.4431 0.487542 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1391700 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657360 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473443 3 0.1389 0.571593 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1498438 3 0.4431 0.487542 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1394655 4 0.5253 0.691776 0.016 0.000 0.360 0.624
#> SRR1322437 4 0.7583 0.439812 0.000 0.196 0.384 0.420
#> SRR660236 4 0.5167 0.445046 0.004 0.000 0.488 0.508
#> SRR1466338 3 0.1118 0.570824 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR604148 1 0.1637 0.914075 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1334939 3 0.0921 0.560151 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1349497 1 0.1118 0.920114 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1360523 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446114 3 0.5353 -0.265172 0.000 0.012 0.556 0.432
#> SRR1339366 2 0.1677 0.853769 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR656469 3 0.3486 0.540497 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1389868 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390265 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.4898 -0.219941 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1469102 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440584 2 0.4353 0.635468 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR1459697 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613711 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.924200 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.4331 0.695131 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR603268 2 0.5217 0.392010 0.000 0.608 0.380 0.012
#> SRR1486044 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 3 0.6679 0.148239 0.016 0.204 0.656 0.124
#> SRR665646 1 0.1474 0.916669 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1404931 3 0.2216 0.554751 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1431552 3 0.4543 0.206755 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1479085 3 0.5773 -0.114300 0.044 0.000 0.620 0.336
#> SRR1322711 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.7841 -0.289543 0.000 0.380 0.356 0.264
#> SRR1419848 3 0.6371 0.015815 0.000 0.428 0.508 0.064
#> SRR1332713 4 0.5721 0.706502 0.056 0.000 0.284 0.660
#> SRR1070863 1 0.0000 0.924200 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.6515 0.485488 0.624 0.000 0.128 0.248
#> SRR1414356 1 0.4220 0.744979 0.748 0.000 0.004 0.248
#> SRR599122 3 0.4477 0.482492 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1344100 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613018 3 0.3873 0.298848 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1456591 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368710 2 0.1406 0.861140 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1397885 1 0.1637 0.914075 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1319283 3 0.2944 0.496075 0.004 0.000 0.868 0.128
#> SRR1349518 2 0.0376 0.880074 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1471267 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655277 1 0.1302 0.918184 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1455436 3 0.7355 -0.141846 0.000 0.204 0.520 0.276
#> SRR658009 1 0.1118 0.918842 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1331383 3 0.4933 -0.254531 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1394894 3 0.1118 0.568123 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR659133 4 0.4972 0.490592 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR660212 3 0.0592 0.567123 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR657821 3 0.4586 0.412658 0.068 0.000 0.796 0.136
#> SRR1379279 3 0.5850 -0.001570 0.000 0.456 0.512 0.032
#> SRR663149 3 0.3627 0.426351 0.008 0.008 0.840 0.144
#> SRR1413032 3 0.4522 0.478266 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1377557 1 0.0188 0.924040 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335296 2 0.0000 0.883268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.1356 0.554880 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR657101 3 0.1940 0.541094 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1350588 3 0.4543 0.473098 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1368486 1 0.3821 0.791431 0.840 0.000 0.120 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.4306 0.07633 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1499543 1 0.4101 0.37549 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1443419 2 0.4317 0.52378 0.000 0.668 0.008 0.320 0.004
#> SRR657372 5 0.5379 0.54458 0.076 0.000 0.016 0.232 0.676
#> SRR661409 5 0.7141 0.53593 0.104 0.000 0.156 0.172 0.568
#> SRR1409721 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1391678 1 0.2230 0.75121 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1392030 1 0.3730 0.56605 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1453787 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR654969 1 0.0404 0.77855 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1435113 4 0.3362 0.41908 0.000 0.000 0.076 0.844 0.080
#> SRR601359 5 0.4262 0.14664 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR663392 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374716 4 0.2511 0.44392 0.000 0.000 0.028 0.892 0.080
#> SRR601157 5 0.4088 0.34910 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR615347 2 0.5045 0.09929 0.000 0.508 0.024 0.464 0.004
#> SRR1329464 1 0.1544 0.76487 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1357344 4 0.4481 0.20355 0.000 0.000 0.416 0.576 0.008
#> SRR1365356 3 0.0794 0.68695 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR598068 3 0.1041 0.67829 0.004 0.000 0.964 0.032 0.000
#> SRR810343 1 0.4182 0.32809 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1431991 1 0.2516 0.71301 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1312024 4 0.4297 0.04527 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1499699 5 0.7447 0.38660 0.292 0.000 0.300 0.032 0.376
#> SRR1397861 1 0.5127 0.30917 0.644 0.000 0.024 0.024 0.308
#> SRR1479663 2 0.0955 0.86141 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1475483 1 0.0794 0.77662 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR603726 5 0.5262 0.58885 0.100 0.000 0.028 0.148 0.724
#> SRR663368 5 0.4150 0.33537 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1354225 2 0.2583 0.76967 0.000 0.864 0.000 0.132 0.004
#> SRR1089809 4 0.3093 0.42379 0.000 0.000 0.168 0.824 0.008
#> SRR1338901 4 0.5426 0.41692 0.000 0.276 0.084 0.636 0.004
#> SRR598645 3 0.3459 0.62460 0.000 0.000 0.832 0.116 0.052
#> SRR656528 3 0.6086 0.34462 0.004 0.000 0.548 0.128 0.320
#> SRR809503 1 0.1809 0.76210 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR659923 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1319858 1 0.3563 0.61665 0.780 0.000 0.000 0.012 0.208
#> SRR1350566 1 0.3003 0.67999 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR614743 4 0.2830 0.43809 0.000 0.000 0.044 0.876 0.080
#> SRR1406307 1 0.0609 0.77816 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1348318 5 0.3299 0.60897 0.152 0.000 0.016 0.004 0.828
#> SRR1343433 1 0.1544 0.76498 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1342088 3 0.1478 0.69314 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1404384 4 0.4403 0.15660 0.000 0.000 0.436 0.560 0.004
#> SRR655495 3 0.4029 0.47277 0.000 0.000 0.680 0.316 0.004
#> SRR812270 4 0.3741 0.33020 0.000 0.000 0.264 0.732 0.004
#> SRR821176 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR807799 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 4 0.7551 0.24403 0.104 0.000 0.184 0.508 0.204
#> SRR1415274 5 0.3500 0.60466 0.172 0.000 0.016 0.004 0.808
#> SRR1491275 4 0.4450 0.03838 0.000 0.000 0.488 0.508 0.004
#> SRR659851 1 0.3949 0.48798 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1337364 1 0.3480 0.62224 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1414471 1 0.1106 0.77279 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR1471862 5 0.4235 0.20639 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1456208 3 0.6410 0.28245 0.024 0.000 0.508 0.100 0.368
#> SRR1393428 4 0.4367 0.20488 0.000 0.000 0.416 0.580 0.004
#> SRR1327632 5 0.4680 0.18960 0.448 0.000 0.008 0.004 0.540
#> SRR608120 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR607679 2 0.2068 0.80612 0.000 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR1359529 4 0.4410 0.14546 0.000 0.000 0.440 0.556 0.004
#> SRR1330305 2 0.0671 0.86778 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1436042 5 0.3857 0.46225 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR656191 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419211 1 0.0566 0.77806 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR658117 3 0.5733 0.43507 0.008 0.000 0.632 0.116 0.244
#> SRR1090770 1 0.0807 0.77856 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR657420 5 0.6251 0.50319 0.296 0.000 0.144 0.008 0.552
#> SRR1398686 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR821207 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1074694 4 0.4430 0.10377 0.000 0.000 0.456 0.540 0.004
#> SRR1413851 2 0.1952 0.82174 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1319924 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.4173 0.40191 0.688 0.000 0.000 0.012 0.300
#> SRR1095792 3 0.3395 0.60222 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1476903 5 0.4210 0.32420 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1406502 2 0.2970 0.70885 0.000 0.828 0.004 0.168 0.000
#> SRR607502 3 0.6353 0.35271 0.004 0.000 0.544 0.200 0.252
#> SRR602951 3 0.5067 0.27273 0.000 0.000 0.648 0.288 0.064
#> SRR1402922 4 0.4403 0.16026 0.000 0.000 0.436 0.560 0.004
#> SRR1314071 5 0.7060 0.42844 0.104 0.000 0.092 0.260 0.544
#> SRR1374778 3 0.4397 0.19001 0.000 0.000 0.564 0.432 0.004
#> SRR1089926 3 0.1608 0.69366 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1437056 3 0.2127 0.67928 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 5 0.6917 -0.06200 0.012 0.000 0.212 0.352 0.424
#> SRR2166006 4 0.7142 0.20054 0.104 0.000 0.304 0.508 0.084
#> SRR1341034 2 0.0324 0.87323 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1460235 1 0.3530 0.60784 0.784 0.000 0.000 0.012 0.204
#> SRR1368917 1 0.1121 0.77431 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1457197 4 0.5818 0.40617 0.000 0.196 0.172 0.628 0.004
#> SRR1433311 3 0.0703 0.66933 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR656373 5 0.5677 0.53176 0.084 0.000 0.016 0.264 0.636
#> SRR1454265 1 0.0404 0.77866 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1454498 3 0.1478 0.69314 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR661711 1 0.1671 0.76072 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR661493 1 0.1608 0.76454 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1356120 1 0.2464 0.74241 0.892 0.000 0.004 0.012 0.092
#> SRR1381414 2 0.0324 0.87195 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1350263 3 0.1270 0.69326 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1327349 4 0.3796 0.30409 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1476348 2 0.5083 0.06357 0.000 0.492 0.020 0.480 0.008
#> SRR656035 1 0.0162 0.77827 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2165896 4 0.4425 0.13763 0.000 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR601549 4 0.4434 0.08763 0.000 0.000 0.460 0.536 0.004
#> SRR658573 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1393470 4 0.3455 0.47328 0.000 0.068 0.084 0.844 0.004
#> SRR1381247 3 0.0510 0.68110 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1322790 3 0.3491 0.58034 0.000 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR1404044 1 0.0290 0.77857 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487728 5 0.7236 0.39761 0.244 0.000 0.324 0.024 0.408
#> SRR1419593 1 0.4444 0.24001 0.624 0.000 0.000 0.012 0.364
#> SRR1434689 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.4434 0.40981 0.640 0.000 0.004 0.008 0.348
#> SRR1377967 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662510 2 0.1628 0.84284 0.000 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1370151 4 0.5028 0.15458 0.000 0.420 0.020 0.552 0.008
#> SRR809043 4 0.5689 -0.06541 0.000 0.000 0.440 0.480 0.080
#> SRR659578 1 0.6883 -0.10641 0.488 0.000 0.016 0.244 0.252
#> SRR1339413 2 0.3928 0.57656 0.000 0.700 0.000 0.296 0.004
#> SRR1434760 5 0.7262 0.43771 0.244 0.000 0.300 0.028 0.428
#> SRR660079 1 0.0510 0.77886 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1465153 4 0.4390 0.39931 0.000 0.156 0.000 0.760 0.084
#> SRR1340924 1 0.0794 0.77684 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1073267 3 0.4627 0.26263 0.000 0.000 0.544 0.444 0.012
#> SRR1418688 3 0.2852 0.62795 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR602338 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1323936 4 0.3697 0.40027 0.000 0.000 0.100 0.820 0.080
#> SRR1313789 2 0.1043 0.85516 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR614275 3 0.0290 0.67253 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR601962 5 0.3336 0.56141 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR663795 5 0.6972 0.52378 0.100 0.000 0.156 0.156 0.588
#> SRR1418650 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.4818 0.13786 0.000 0.520 0.020 0.460 0.000
#> SRR661794 1 0.0510 0.78122 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1339508 3 0.1544 0.69274 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.2690 0.65901 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1333550 2 0.4897 0.12136 0.000 0.516 0.024 0.460 0.000
#> SRR821148 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR808658 4 0.4557 0.21985 0.000 0.000 0.404 0.584 0.012
#> SRR598100 5 0.2921 0.60769 0.148 0.000 0.004 0.004 0.844
#> SRR1475281 4 0.4446 0.02964 0.000 0.000 0.476 0.520 0.004
#> SRR1469477 3 0.0609 0.68314 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.2719 0.75277 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR816892 4 0.3575 0.46896 0.000 0.180 0.016 0.800 0.004
#> SRR1447325 4 0.6300 -0.05683 0.000 0.000 0.420 0.428 0.152
#> SRR1415980 5 0.4101 0.42666 0.332 0.000 0.000 0.004 0.664
#> SRR658021 5 0.8262 -0.02505 0.124 0.000 0.308 0.240 0.328
#> SRR1356308 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 5 0.4763 0.43827 0.336 0.000 0.032 0.000 0.632
#> SRR1083031 4 0.4359 0.21241 0.000 0.000 0.412 0.584 0.004
#> SRR1466177 2 0.4689 0.34848 0.000 0.592 0.008 0.392 0.008
#> SRR1346978 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.3884 0.51355 0.000 0.000 0.708 0.288 0.004
#> SRR598364 5 0.3461 0.60612 0.168 0.000 0.016 0.004 0.812
#> SRR603036 1 0.5003 -0.14390 0.512 0.000 0.012 0.012 0.464
#> SRR604342 4 0.6505 0.11312 0.004 0.000 0.164 0.440 0.392
#> SRR1365850 4 0.4494 0.13572 0.000 0.380 0.000 0.608 0.012
#> SRR1335940 5 0.4278 0.13108 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1436515 1 0.2305 0.74849 0.896 0.000 0.000 0.012 0.092
#> SRR1367612 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1411002 1 0.3366 0.60851 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1446606 4 0.3333 0.38724 0.000 0.000 0.208 0.788 0.004
#> SRR1350936 1 0.4371 0.31272 0.644 0.000 0.000 0.012 0.344
#> SRR1351257 3 0.1410 0.69521 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1316793 3 0.4264 0.35414 0.000 0.000 0.620 0.376 0.004
#> SRR1090815 5 0.6310 0.48205 0.324 0.000 0.128 0.012 0.536
#> SRR657845 1 0.1942 0.75737 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR1408633 2 0.2563 0.79998 0.000 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR1398971 5 0.6445 0.50088 0.080 0.000 0.060 0.272 0.588
#> SRR1399457 4 0.5230 0.33482 0.000 0.348 0.048 0.600 0.004
#> SRR1073341 5 0.8448 0.30545 0.200 0.000 0.220 0.228 0.352
#> SRR810805 1 0.2074 0.74904 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1309657 1 0.4268 0.21330 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR820186 1 0.2966 0.69823 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1388913 4 0.4363 0.40893 0.000 0.268 0.016 0.708 0.008
#> SRR1396270 3 0.0162 0.67042 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR613402 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614912 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478410 4 0.2358 0.44209 0.000 0.000 0.104 0.888 0.008
#> SRR613975 2 0.0162 0.87297 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.3928 0.50240 0.000 0.000 0.700 0.296 0.004
#> SRR1088044 4 0.5036 0.27807 0.000 0.372 0.032 0.592 0.004
#> SRR1082909 5 0.4302 0.01656 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1392007 4 0.4127 0.26487 0.000 0.312 0.000 0.680 0.008
#> SRR2166524 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 5 0.4804 0.25376 0.460 0.000 0.008 0.008 0.524
#> SRR819867 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339675 1 0.4074 0.43300 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1085687 2 0.0865 0.86432 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR597952 2 0.4972 0.07717 0.000 0.500 0.020 0.476 0.004
#> SRR1376497 4 0.4390 0.17633 0.000 0.000 0.428 0.568 0.004
#> SRR813848 4 0.5677 -0.02434 0.000 0.000 0.424 0.496 0.080
#> SRR1379471 1 0.2006 0.75548 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> SRR1070960 1 0.3424 0.60873 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR615285 3 0.4211 0.37702 0.000 0.000 0.636 0.360 0.004
#> SRR1325353 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.3210 0.63784 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1397649 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.1121 0.77502 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1336113 2 0.5081 0.08745 0.000 0.500 0.020 0.472 0.008
#> SRR1396570 2 0.4949 0.16303 0.000 0.532 0.020 0.444 0.004
#> SRR1327366 2 0.4375 0.38231 0.000 0.576 0.000 0.420 0.004
#> SRR1317218 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0162 0.77842 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1469791 4 0.4452 -0.18257 0.000 0.000 0.496 0.500 0.004
#> SRR1388046 5 0.7779 0.35944 0.360 0.000 0.188 0.080 0.372
#> SRR655076 4 0.6106 0.39227 0.000 0.236 0.176 0.584 0.004
#> SRR1464353 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR654754 1 0.1908 0.74948 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR599412 5 0.5415 0.60058 0.212 0.000 0.076 0.024 0.688
#> SRR2166308 3 0.2179 0.68563 0.000 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR655696 5 0.4561 0.11895 0.488 0.000 0.008 0.000 0.504
#> SRR602978 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.4940 0.19355 0.000 0.540 0.020 0.436 0.004
#> SRR1365512 3 0.0880 0.68856 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR663380 5 0.6846 0.47144 0.280 0.000 0.232 0.012 0.476
#> SRR1410469 3 0.1478 0.69314 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR659259 4 0.3169 0.47230 0.000 0.140 0.016 0.840 0.004
#> SRR1421223 4 0.4047 0.30990 0.000 0.004 0.320 0.676 0.000
#> SRR1092567 3 0.1270 0.69326 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1472598 3 0.4273 0.22318 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1069279 4 0.4917 0.25512 0.000 0.024 0.384 0.588 0.004
#> SRR1351624 4 0.4383 0.18965 0.000 0.000 0.424 0.572 0.004
#> SRR1342938 3 0.1608 0.69176 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR599346 4 0.7311 0.28767 0.032 0.316 0.020 0.492 0.140
#> SRR1359045 5 0.4687 0.61580 0.136 0.000 0.044 0.048 0.772
#> SRR601843 1 0.1908 0.75279 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1318898 5 0.4268 0.15871 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1455104 1 0.4235 0.21705 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR598565 5 0.2646 0.60794 0.124 0.000 0.004 0.004 0.868
#> SRR1315188 3 0.4890 0.20955 0.000 0.000 0.524 0.452 0.024
#> SRR1409875 4 0.3805 0.46958 0.000 0.192 0.016 0.784 0.008
#> SRR1348270 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3966 0.45384 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1451857 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0579 0.86927 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1349144 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR615491 4 0.6351 0.14190 0.000 0.000 0.184 0.500 0.316
#> SRR1095937 5 0.6187 0.56698 0.252 0.000 0.120 0.024 0.604
#> SRR1473295 5 0.6968 0.50694 0.204 0.000 0.284 0.024 0.488
#> SRR1457972 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.5434 0.32322 0.060 0.000 0.580 0.356 0.004
#> SRR2164562 3 0.5572 0.40000 0.004 0.000 0.612 0.088 0.296
#> SRR665490 1 0.2909 0.69563 0.848 0.000 0.000 0.012 0.140
#> SRR1434182 2 0.3013 0.77139 0.000 0.832 0.000 0.160 0.008
#> SRR1458506 1 0.4297 0.15039 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR808886 3 0.1544 0.69274 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1329442 5 0.2930 0.60514 0.164 0.000 0.000 0.004 0.832
#> SRR1457925 5 0.4201 0.27508 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1434910 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.4533 0.23493 0.000 0.000 0.544 0.448 0.008
#> SRR1323914 2 0.0451 0.87147 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1323065 1 0.4088 0.42095 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1309578 2 0.1124 0.85708 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1500908 5 0.4161 0.31644 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1076753 1 0.0162 0.77827 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327410 4 0.4278 0.04571 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR608064 5 0.3074 0.58406 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR608512 5 0.4967 0.60768 0.188 0.000 0.064 0.020 0.728
#> SRR2167551 4 0.4367 0.20488 0.000 0.000 0.416 0.580 0.004
#> SRR1394872 1 0.3336 0.61383 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1345669 1 0.0162 0.77841 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367588 3 0.4066 0.45364 0.000 0.000 0.672 0.324 0.004
#> SRR1387724 3 0.0510 0.68110 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR660438 3 0.4639 0.53033 0.000 0.000 0.708 0.236 0.056
#> SRR1310758 4 0.4927 0.24773 0.000 0.024 0.388 0.584 0.004
#> SRR601525 2 0.5118 0.06203 0.004 0.492 0.020 0.480 0.004
#> SRR818749 5 0.3534 0.53288 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR604294 5 0.4002 0.60565 0.184 0.000 0.008 0.028 0.780
#> SRR1322494 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1377949 3 0.4425 0.19951 0.000 0.000 0.544 0.452 0.004
#> SRR1317001 1 0.3395 0.61441 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1311897 1 0.1341 0.77196 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1308715 2 0.0324 0.87281 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1415195 4 0.4212 0.37749 0.000 0.000 0.144 0.776 0.080
#> SRR1380163 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480611 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR603834 1 0.5904 0.33239 0.636 0.000 0.156 0.012 0.196
#> SRR1341256 2 0.0162 0.87355 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613795 1 0.2909 0.69886 0.848 0.000 0.000 0.012 0.140
#> SRR659744 2 0.4338 0.52129 0.000 0.696 0.024 0.280 0.000
#> SRR1479549 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR613258 4 0.7614 -0.09427 0.304 0.024 0.020 0.432 0.220
#> SRR1088808 5 0.5669 0.52737 0.080 0.000 0.016 0.272 0.632
#> SRR1329068 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480565 2 0.0162 0.87371 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337137 4 0.4287 -0.09266 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1099520 1 0.3010 0.69962 0.824 0.000 0.000 0.004 0.172
#> SRR603942 5 0.3809 0.60866 0.100 0.000 0.032 0.036 0.832
#> SRR1440625 3 0.1478 0.69314 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1391700 1 0.0566 0.77806 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR657360 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1473443 3 0.4397 0.26101 0.000 0.000 0.564 0.432 0.004
#> SRR1498438 3 0.1410 0.69332 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1394655 5 0.6220 0.00758 0.004 0.000 0.124 0.396 0.476
#> SRR1322437 4 0.4714 0.37779 0.000 0.192 0.000 0.724 0.084
#> SRR660236 4 0.6507 -0.01192 0.000 0.000 0.376 0.432 0.192
#> SRR1466338 3 0.4383 0.28362 0.000 0.000 0.572 0.424 0.004
#> SRR604148 5 0.4256 0.17338 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1334939 4 0.4359 0.21241 0.000 0.000 0.412 0.584 0.004
#> SRR1349497 1 0.2966 0.68516 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1360523 1 0.0510 0.77824 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446114 4 0.2673 0.46695 0.000 0.072 0.028 0.892 0.008
#> SRR1339366 2 0.2249 0.81014 0.000 0.896 0.008 0.096 0.000
#> SRR656469 3 0.3861 0.51441 0.000 0.000 0.712 0.284 0.004
#> SRR1389868 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.2937 0.45959 0.000 0.044 0.032 0.888 0.036
#> SRR1469102 1 0.0579 0.77969 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1440584 2 0.4206 0.54384 0.000 0.708 0.020 0.272 0.000
#> SRR1459697 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352575 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.2006 0.75548 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> SRR1316174 5 0.3070 0.60857 0.112 0.000 0.016 0.012 0.860
#> SRR603268 2 0.4964 0.12895 0.000 0.516 0.020 0.460 0.004
#> SRR1486044 2 0.0162 0.87395 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1441483 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 4 0.7643 0.28411 0.072 0.060 0.296 0.512 0.060
#> SRR665646 1 0.4291 0.18252 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1404931 4 0.5474 0.09477 0.000 0.000 0.348 0.576 0.076
#> SRR1431552 3 0.5584 0.17760 0.000 0.000 0.532 0.392 0.076
#> SRR1479085 5 0.7259 0.22923 0.056 0.000 0.324 0.152 0.468
#> SRR1322711 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.4088 0.28453 0.000 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1419848 4 0.4773 0.37521 0.000 0.312 0.024 0.656 0.008
#> SRR1332713 5 0.5662 0.52551 0.076 0.000 0.020 0.264 0.640
#> SRR1070863 1 0.1942 0.75737 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR659947 5 0.5577 0.60468 0.168 0.000 0.040 0.092 0.700
#> SRR1414356 5 0.3538 0.60303 0.176 0.000 0.016 0.004 0.804
#> SRR599122 3 0.0880 0.68865 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.2585 0.46440 0.000 0.024 0.072 0.896 0.008
#> SRR1456591 1 0.0693 0.77825 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1368710 2 0.2848 0.76756 0.000 0.840 0.000 0.156 0.004
#> SRR1397885 1 0.4297 0.16031 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1319283 3 0.5762 0.25833 0.000 0.000 0.548 0.352 0.100
#> SRR1349518 2 0.0451 0.87118 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1471267 1 0.0404 0.77715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR655277 1 0.4227 0.27878 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1455436 4 0.4453 0.46461 0.000 0.212 0.024 0.744 0.020
#> SRR658009 1 0.3519 0.61247 0.776 0.000 0.000 0.008 0.216
#> SRR1331383 4 0.2903 0.43608 0.000 0.000 0.048 0.872 0.080
#> SRR1394894 3 0.4390 0.21442 0.000 0.000 0.568 0.428 0.004
#> SRR659133 4 0.6603 -0.03766 0.000 0.000 0.392 0.396 0.212
#> SRR660212 4 0.4350 0.21519 0.000 0.000 0.408 0.588 0.004
#> SRR657821 5 0.8038 0.12113 0.124 0.000 0.348 0.168 0.360
#> SRR1379279 4 0.5318 0.07554 0.000 0.460 0.040 0.496 0.004
#> SRR663149 4 0.6588 0.24499 0.068 0.008 0.324 0.552 0.048
#> SRR1413032 3 0.0703 0.68479 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1377557 1 0.1106 0.77978 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR1335296 2 0.0000 0.87434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 4 0.4856 0.24483 0.000 0.020 0.392 0.584 0.004
#> SRR657101 4 0.5123 0.21820 0.000 0.000 0.384 0.572 0.044
#> SRR1350588 3 0.0703 0.68479 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1368486 1 0.6342 -0.08662 0.516 0.000 0.124 0.012 0.348
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.3290 0.7813 0.744 0.000 0.000 0.252 0.004 0.000
#> SRR1499543 1 0.3558 0.7837 0.736 0.000 0.000 0.248 0.016 0.000
#> SRR1443419 2 0.2773 0.7170 0.000 0.828 0.000 0.004 0.004 0.164
#> SRR657372 5 0.4545 0.4350 0.224 0.000 0.000 0.092 0.684 0.000
#> SRR661409 1 0.6406 0.4075 0.548 0.000 0.104 0.056 0.276 0.016
#> SRR1409721 2 0.2003 0.8290 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1391678 1 0.1477 0.8281 0.940 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008
#> SRR1392030 1 0.2848 0.8102 0.816 0.000 0.000 0.176 0.008 0.000
#> SRR1453787 1 0.1616 0.8074 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020 0.000
#> SRR654969 1 0.1707 0.8144 0.928 0.000 0.000 0.056 0.012 0.004
#> SRR1435113 4 0.5311 0.7239 0.000 0.000 0.012 0.636 0.164 0.188
#> SRR601359 1 0.3373 0.7814 0.744 0.000 0.000 0.248 0.008 0.000
#> SRR663392 2 0.2989 0.8230 0.000 0.848 0.004 0.016 0.012 0.120
#> SRR1374716 4 0.5276 0.7202 0.000 0.004 0.004 0.636 0.164 0.192
#> SRR601157 1 0.3641 0.7755 0.732 0.000 0.000 0.248 0.020 0.000
#> SRR615347 2 0.4304 0.5025 0.000 0.636 0.008 0.020 0.000 0.336
#> SRR1329464 1 0.1707 0.8239 0.928 0.000 0.000 0.056 0.012 0.004
#> SRR1357344 6 0.2593 0.7840 0.000 0.000 0.148 0.008 0.000 0.844
#> SRR1365356 3 0.0363 0.7986 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR598068 3 0.2272 0.7508 0.040 0.000 0.912 0.008 0.024 0.016
#> SRR810343 1 0.3290 0.7813 0.744 0.000 0.000 0.252 0.004 0.000
#> SRR1431991 1 0.1503 0.8267 0.944 0.000 0.000 0.032 0.016 0.008
#> SRR1312024 6 0.3604 0.7716 0.000 0.000 0.168 0.036 0.008 0.788
#> SRR1499699 1 0.5133 0.6006 0.688 0.000 0.204 0.008 0.048 0.052
#> SRR1397861 1 0.2152 0.8210 0.904 0.000 0.000 0.004 0.068 0.024
#> SRR1479663 2 0.0436 0.8281 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1475483 1 0.1769 0.8138 0.924 0.000 0.000 0.060 0.012 0.004
#> SRR603726 5 0.5914 0.4166 0.272 0.000 0.020 0.132 0.568 0.008
#> SRR663368 1 0.3480 0.7972 0.776 0.000 0.000 0.200 0.016 0.008
#> SRR1354225 2 0.3236 0.8196 0.000 0.824 0.004 0.016 0.012 0.144
#> SRR1089809 6 0.6260 -0.1587 0.000 0.004 0.104 0.404 0.044 0.444
#> SRR1338901 6 0.4723 0.6322 0.000 0.132 0.132 0.012 0.004 0.720
#> SRR598645 3 0.3058 0.7105 0.000 0.000 0.840 0.012 0.124 0.024
#> SRR656528 6 0.7433 0.2600 0.208 0.000 0.236 0.020 0.096 0.440
#> SRR809503 1 0.1515 0.8186 0.944 0.000 0.000 0.020 0.028 0.008
#> SRR659923 2 0.1957 0.8296 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1498226 1 0.1867 0.8102 0.924 0.000 0.000 0.036 0.036 0.004
#> SRR1319858 1 0.1970 0.8288 0.920 0.000 0.000 0.044 0.028 0.008
#> SRR1350566 1 0.2062 0.8259 0.900 0.000 0.000 0.088 0.008 0.004
#> SRR614743 4 0.5215 0.7231 0.000 0.000 0.008 0.640 0.160 0.192
#> SRR1406307 1 0.1769 0.8106 0.924 0.000 0.000 0.060 0.012 0.004
#> SRR1348318 1 0.4965 0.6937 0.644 0.000 0.000 0.216 0.140 0.000
#> SRR1343433 1 0.2162 0.8200 0.896 0.000 0.000 0.088 0.012 0.004
#> SRR1342088 3 0.0692 0.8018 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1404384 6 0.2558 0.7864 0.000 0.000 0.156 0.004 0.000 0.840
#> SRR655495 3 0.2920 0.6640 0.000 0.000 0.820 0.008 0.004 0.168
#> SRR812270 4 0.6111 0.5241 0.000 0.000 0.108 0.540 0.056 0.296
#> SRR821176 2 0.2445 0.8269 0.000 0.868 0.004 0.000 0.008 0.120
#> SRR807799 2 0.0000 0.8296 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 6 0.5856 0.2671 0.276 0.000 0.064 0.080 0.000 0.580
#> SRR1415274 1 0.4513 0.7429 0.692 0.000 0.000 0.212 0.096 0.000
#> SRR1491275 6 0.2969 0.7565 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR659851 1 0.2805 0.8088 0.812 0.000 0.000 0.184 0.004 0.000
#> SRR1337364 1 0.2668 0.8154 0.828 0.000 0.000 0.168 0.000 0.004
#> SRR1414471 1 0.1693 0.8206 0.932 0.000 0.000 0.020 0.044 0.004
#> SRR1471862 1 0.3314 0.7910 0.764 0.000 0.000 0.224 0.012 0.000
#> SRR1456208 5 0.5171 0.0409 0.024 0.000 0.428 0.016 0.516 0.016
#> SRR1393428 6 0.2482 0.7854 0.000 0.000 0.148 0.004 0.000 0.848
#> SRR1327632 1 0.3529 0.7925 0.764 0.000 0.000 0.208 0.028 0.000
#> SRR608120 1 0.1760 0.8071 0.928 0.000 0.000 0.048 0.020 0.004
#> SRR607679 2 0.3197 0.8202 0.000 0.828 0.004 0.016 0.012 0.140
#> SRR1359529 6 0.2378 0.7867 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1330305 2 0.0436 0.8281 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1436042 1 0.3514 0.7848 0.752 0.000 0.000 0.228 0.020 0.000
#> SRR656191 2 0.2048 0.8284 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1419211 1 0.1693 0.8153 0.932 0.000 0.000 0.020 0.044 0.004
#> SRR658117 6 0.6886 0.2533 0.024 0.000 0.324 0.020 0.224 0.408
#> SRR1090770 1 0.1605 0.8211 0.936 0.000 0.000 0.016 0.044 0.004
#> SRR657420 1 0.4481 0.7602 0.772 0.000 0.096 0.044 0.080 0.008
#> SRR1398686 1 0.1401 0.8146 0.948 0.000 0.000 0.028 0.020 0.004
#> SRR821207 1 0.1616 0.8074 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020 0.000
#> SRR1074694 6 0.2558 0.7858 0.000 0.004 0.156 0.000 0.000 0.840
#> SRR1413851 2 0.0653 0.8279 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR1319924 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361050 1 0.1477 0.8223 0.940 0.000 0.000 0.004 0.048 0.008
#> SRR1095792 3 0.3747 0.2311 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1476903 1 0.3688 0.7960 0.768 0.000 0.000 0.196 0.028 0.008
#> SRR1406502 2 0.2048 0.7720 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR607502 6 0.6821 0.3937 0.036 0.000 0.180 0.024 0.272 0.488
#> SRR602951 3 0.4988 0.4007 0.000 0.000 0.688 0.104 0.184 0.024
#> SRR1402922 6 0.2773 0.7856 0.000 0.000 0.152 0.008 0.004 0.836
#> SRR1314071 1 0.7870 0.1971 0.444 0.000 0.064 0.136 0.132 0.224
#> SRR1374778 6 0.3330 0.7022 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1089926 3 0.0713 0.8016 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1437056 3 0.1700 0.7677 0.000 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR1366772 2 0.2003 0.8290 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1487465 5 0.2799 0.4349 0.032 0.000 0.036 0.028 0.888 0.016
#> SRR2166006 6 0.5305 0.3755 0.284 0.000 0.140 0.000 0.000 0.576
#> SRR1341034 2 0.3032 0.8229 0.000 0.844 0.004 0.016 0.012 0.124
#> SRR1460235 1 0.1590 0.8224 0.936 0.000 0.000 0.008 0.048 0.008
#> SRR1368917 1 0.1644 0.8272 0.932 0.000 0.000 0.052 0.012 0.004
#> SRR1457197 6 0.5413 0.5424 0.000 0.172 0.124 0.028 0.008 0.668
#> SRR1433311 3 0.1313 0.7897 0.000 0.000 0.952 0.004 0.028 0.016
#> SRR656373 5 0.5149 -0.0790 0.440 0.000 0.000 0.084 0.476 0.000
#> SRR1454265 1 0.1801 0.8084 0.924 0.000 0.000 0.056 0.016 0.004
#> SRR1454498 3 0.0692 0.8018 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR661711 1 0.1829 0.8239 0.920 0.000 0.000 0.064 0.012 0.004
#> SRR661493 1 0.2214 0.8209 0.892 0.000 0.000 0.092 0.012 0.004
#> SRR1356120 1 0.1346 0.8260 0.952 0.000 0.000 0.016 0.024 0.008
#> SRR1381414 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350263 3 0.0692 0.8018 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1327349 2 0.5141 0.6791 0.000 0.704 0.004 0.044 0.144 0.104
#> SRR1476348 2 0.4669 0.5085 0.000 0.532 0.004 0.020 0.008 0.436
#> SRR656035 1 0.1594 0.8107 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016 0.000
#> SRR2165896 6 0.2730 0.7787 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR601549 6 0.2595 0.7859 0.000 0.000 0.160 0.004 0.000 0.836
#> SRR658573 2 0.2989 0.8230 0.000 0.848 0.004 0.016 0.012 0.120
#> SRR1393470 6 0.3909 0.7070 0.000 0.012 0.084 0.036 0.052 0.816
#> SRR1381247 3 0.0806 0.7961 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1322790 3 0.2854 0.6043 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1404044 1 0.1707 0.8122 0.928 0.000 0.000 0.056 0.012 0.004
#> SRR1487728 1 0.5647 0.5377 0.640 0.000 0.236 0.020 0.056 0.048
#> SRR1419593 1 0.2302 0.8217 0.900 0.000 0.000 0.032 0.060 0.008
#> SRR1434689 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349540 1 0.2955 0.8190 0.816 0.000 0.000 0.172 0.004 0.008
#> SRR1377967 2 0.2003 0.8290 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR662510 2 0.0547 0.8280 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1370151 2 0.5335 0.4051 0.000 0.492 0.008 0.020 0.040 0.440
#> SRR809043 4 0.6791 0.3826 0.000 0.000 0.340 0.420 0.172 0.068
#> SRR659578 1 0.4125 0.6619 0.752 0.000 0.004 0.016 0.036 0.192
#> SRR1339413 2 0.2615 0.7397 0.000 0.852 0.000 0.008 0.004 0.136
#> SRR1434760 1 0.5741 0.5504 0.640 0.000 0.224 0.020 0.064 0.052
#> SRR660079 1 0.1829 0.8110 0.920 0.000 0.000 0.064 0.012 0.004
#> SRR1465153 4 0.5612 0.5330 0.000 0.080 0.008 0.656 0.196 0.060
#> SRR1340924 1 0.1946 0.8254 0.912 0.000 0.000 0.072 0.012 0.004
#> SRR1073267 3 0.5809 0.1482 0.000 0.000 0.564 0.304 0.080 0.052
#> SRR1418688 3 0.2805 0.6746 0.000 0.000 0.828 0.012 0.000 0.160
#> SRR602338 1 0.1769 0.8106 0.924 0.000 0.000 0.060 0.012 0.004
#> SRR1323936 4 0.5467 0.7188 0.000 0.000 0.024 0.636 0.164 0.176
#> SRR1313789 2 0.0508 0.8285 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR614275 3 0.1168 0.7912 0.000 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR601962 1 0.4000 0.7675 0.724 0.000 0.000 0.228 0.048 0.000
#> SRR663795 5 0.6476 0.4092 0.276 0.000 0.068 0.096 0.544 0.016
#> SRR1418650 2 0.2003 0.8290 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR655780 2 0.4266 0.6371 0.000 0.628 0.008 0.016 0.000 0.348
#> SRR661794 1 0.1707 0.8173 0.928 0.000 0.000 0.056 0.012 0.004
#> SRR1339508 3 0.0858 0.8010 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1501097 2 0.0000 0.8296 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.3684 0.4755 0.000 0.000 0.692 0.004 0.004 0.300
#> SRR1333550 2 0.4103 0.5770 0.000 0.684 0.008 0.020 0.000 0.288
#> SRR821148 1 0.1713 0.8085 0.928 0.000 0.000 0.044 0.028 0.000
#> SRR808658 6 0.2402 0.7841 0.000 0.000 0.140 0.004 0.000 0.856
#> SRR598100 1 0.4834 0.7120 0.660 0.000 0.000 0.212 0.128 0.000
#> SRR1475281 6 0.2454 0.7856 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1469477 3 0.0405 0.7983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1468184 2 0.0000 0.8296 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.3236 0.8196 0.000 0.824 0.004 0.016 0.012 0.144
#> SRR816892 2 0.6151 0.2764 0.000 0.468 0.004 0.024 0.132 0.372
#> SRR1447325 5 0.6506 -0.1105 0.000 0.000 0.300 0.260 0.416 0.024
#> SRR1415980 1 0.3920 0.7772 0.736 0.000 0.000 0.216 0.048 0.000
#> SRR658021 1 0.5673 0.3993 0.584 0.000 0.140 0.000 0.020 0.256
#> SRR1356308 2 0.0260 0.8306 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443695 1 0.3594 0.7936 0.768 0.000 0.000 0.204 0.020 0.008
#> SRR1083031 6 0.2442 0.7837 0.000 0.000 0.144 0.004 0.000 0.852
#> SRR1466177 2 0.3061 0.7098 0.000 0.816 0.004 0.008 0.004 0.168
#> SRR1346978 2 0.1387 0.8334 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR607705 3 0.3634 0.2831 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR598364 1 0.4983 0.6918 0.644 0.000 0.000 0.208 0.148 0.000
#> SRR603036 1 0.2741 0.8173 0.868 0.000 0.000 0.032 0.092 0.008
#> SRR604342 5 0.2290 0.4042 0.012 0.000 0.040 0.020 0.912 0.016
#> SRR1365850 2 0.5803 0.6857 0.000 0.652 0.008 0.144 0.064 0.132
#> SRR1335940 1 0.3394 0.7868 0.752 0.000 0.000 0.236 0.012 0.000
#> SRR1436515 1 0.1334 0.8252 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032 0.000
#> SRR1367612 2 0.2989 0.8230 0.000 0.848 0.004 0.016 0.012 0.120
#> SRR1411002 1 0.3201 0.8105 0.780 0.000 0.000 0.208 0.012 0.000
#> SRR1446606 4 0.6180 0.2435 0.000 0.000 0.104 0.448 0.048 0.400
#> SRR1350936 1 0.2113 0.8245 0.912 0.000 0.000 0.048 0.032 0.008
#> SRR1351257 3 0.1957 0.7506 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1316793 6 0.3309 0.7072 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1090815 1 0.4373 0.7877 0.784 0.000 0.060 0.072 0.076 0.008
#> SRR657845 1 0.1624 0.8147 0.936 0.000 0.000 0.044 0.012 0.008
#> SRR1408633 2 0.3990 0.8082 0.000 0.792 0.008 0.032 0.032 0.136
#> SRR1398971 1 0.5424 0.3114 0.528 0.000 0.012 0.056 0.392 0.012
#> SRR1399457 6 0.3938 0.5327 0.000 0.184 0.032 0.020 0.000 0.764
#> SRR1073341 1 0.4834 0.7023 0.740 0.000 0.108 0.004 0.056 0.092
#> SRR810805 1 0.2588 0.8227 0.860 0.000 0.000 0.124 0.012 0.004
#> SRR1309657 1 0.3398 0.7791 0.740 0.000 0.000 0.252 0.008 0.000
#> SRR820186 1 0.2346 0.8281 0.868 0.000 0.000 0.124 0.000 0.008
#> SRR1388913 2 0.4961 0.6342 0.000 0.632 0.004 0.020 0.044 0.300
#> SRR1396270 3 0.1088 0.7921 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR613402 2 0.2048 0.8284 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR614912 2 0.2544 0.8263 0.000 0.864 0.004 0.000 0.012 0.120
#> SRR1478410 4 0.5782 0.6593 0.000 0.000 0.032 0.572 0.116 0.280
#> SRR613975 2 0.0260 0.8289 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441631 3 0.3756 0.1162 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1088044 6 0.5566 0.2613 0.000 0.344 0.120 0.008 0.000 0.528
#> SRR1082909 1 0.3479 0.7940 0.768 0.000 0.000 0.212 0.012 0.008
#> SRR1392007 2 0.4695 0.7063 0.000 0.732 0.008 0.056 0.172 0.032
#> SRR2166524 2 0.1556 0.8331 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1445765 1 0.2872 0.8128 0.864 0.000 0.000 0.052 0.076 0.008
#> SRR819867 2 0.2989 0.8230 0.000 0.848 0.004 0.016 0.012 0.120
#> SRR1339675 1 0.3103 0.7987 0.784 0.000 0.000 0.208 0.008 0.000
#> SRR1085687 2 0.3032 0.8229 0.000 0.844 0.004 0.016 0.012 0.124
#> SRR597952 2 0.4382 0.5025 0.000 0.636 0.012 0.020 0.000 0.332
#> SRR1376497 6 0.2632 0.7855 0.000 0.000 0.164 0.004 0.000 0.832
#> SRR813848 4 0.6591 0.3056 0.000 0.000 0.360 0.396 0.208 0.036
#> SRR1379471 1 0.1523 0.8158 0.940 0.000 0.000 0.044 0.008 0.008
#> SRR1070960 1 0.3110 0.8121 0.792 0.000 0.000 0.196 0.012 0.000
#> SRR615285 6 0.3706 0.5586 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR1325353 1 0.1867 0.8102 0.924 0.000 0.000 0.036 0.036 0.004
#> SRR1470682 2 0.1007 0.8334 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR615886 1 0.3219 0.8131 0.792 0.000 0.000 0.192 0.012 0.004
#> SRR1397649 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819690 1 0.2056 0.8173 0.904 0.000 0.000 0.080 0.012 0.004
#> SRR1336113 2 0.4309 0.6386 0.000 0.624 0.004 0.016 0.004 0.352
#> SRR1396570 2 0.3977 0.5826 0.000 0.692 0.004 0.020 0.000 0.284
#> SRR1327366 2 0.4125 0.8029 0.000 0.788 0.008 0.024 0.060 0.120
#> SRR1317218 2 0.1910 0.8302 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1352001 1 0.1738 0.8069 0.928 0.000 0.000 0.052 0.016 0.004
#> SRR1469791 3 0.6657 -0.1419 0.000 0.000 0.368 0.252 0.032 0.348
#> SRR1388046 1 0.3943 0.7600 0.800 0.000 0.108 0.004 0.064 0.024
#> SRR655076 6 0.2889 0.6707 0.000 0.096 0.044 0.004 0.000 0.856
#> SRR1464353 2 0.2003 0.8290 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR654754 1 0.2039 0.8274 0.908 0.000 0.000 0.072 0.016 0.004
#> SRR599412 1 0.5325 0.7464 0.704 0.000 0.028 0.136 0.104 0.028
#> SRR2166308 3 0.0790 0.8020 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR655696 1 0.3457 0.8125 0.808 0.000 0.004 0.152 0.028 0.008
#> SRR602978 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323850 2 0.4470 0.5568 0.000 0.568 0.008 0.012 0.004 0.408
#> SRR1365512 3 0.0405 0.7987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR663380 1 0.4189 0.7633 0.788 0.000 0.112 0.032 0.060 0.008
#> SRR1410469 3 0.0777 0.8016 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR659259 2 0.6364 0.3266 0.000 0.492 0.004 0.040 0.140 0.324
#> SRR1421223 6 0.5475 0.5349 0.000 0.008 0.148 0.228 0.004 0.612
#> SRR1092567 3 0.0603 0.8017 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1472598 6 0.5331 0.2972 0.000 0.000 0.408 0.092 0.004 0.496
#> SRR1069279 6 0.2673 0.7785 0.000 0.012 0.132 0.004 0.000 0.852
#> SRR1351624 6 0.2909 0.7837 0.000 0.000 0.156 0.012 0.004 0.828
#> SRR1342938 3 0.1082 0.7954 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR599346 2 0.7442 0.1683 0.100 0.420 0.044 0.104 0.000 0.332
#> SRR1359045 1 0.4741 0.7470 0.700 0.000 0.004 0.176 0.116 0.004
#> SRR601843 1 0.2544 0.8212 0.864 0.000 0.000 0.120 0.012 0.004
#> SRR1318898 1 0.3582 0.7753 0.732 0.000 0.000 0.252 0.016 0.000
#> SRR1455104 1 0.3656 0.8090 0.784 0.000 0.000 0.164 0.048 0.004
#> SRR598565 1 0.4896 0.7045 0.652 0.000 0.000 0.216 0.132 0.000
#> SRR1315188 3 0.6283 -0.0813 0.000 0.000 0.504 0.312 0.136 0.048
#> SRR1409875 2 0.5976 0.3838 0.000 0.504 0.004 0.028 0.104 0.360
#> SRR1348270 2 0.0146 0.8302 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602389 1 0.3342 0.7951 0.760 0.000 0.000 0.228 0.012 0.000
#> SRR1451857 2 0.0865 0.8333 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1436629 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349144 1 0.1320 0.8160 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036 0.000
#> SRR615491 5 0.4933 0.2122 0.020 0.000 0.036 0.260 0.668 0.016
#> SRR1095937 1 0.5956 0.7174 0.672 0.000 0.048 0.124 0.092 0.064
#> SRR1473295 1 0.4818 0.7309 0.740 0.000 0.120 0.024 0.100 0.016
#> SRR1457972 2 0.0632 0.8324 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1475430 6 0.4785 0.6391 0.120 0.000 0.216 0.000 0.000 0.664
#> SRR2164562 3 0.7561 -0.0809 0.136 0.000 0.384 0.016 0.152 0.312
#> SRR665490 1 0.1590 0.8224 0.936 0.000 0.000 0.008 0.048 0.008
#> SRR1434182 2 0.3312 0.8207 0.000 0.828 0.008 0.020 0.012 0.132
#> SRR1458506 1 0.3290 0.7813 0.744 0.000 0.000 0.252 0.004 0.000
#> SRR808886 3 0.1219 0.7918 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1329442 1 0.4625 0.7345 0.680 0.000 0.000 0.216 0.104 0.000
#> SRR1457925 1 0.3431 0.7882 0.756 0.000 0.000 0.228 0.016 0.000
#> SRR1434910 2 0.1814 0.8311 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR614107 3 0.3918 0.5864 0.000 0.000 0.788 0.020 0.132 0.060
#> SRR1323914 2 0.0551 0.8279 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1323065 1 0.2793 0.8080 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0436 0.8281 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1500908 1 0.3673 0.7919 0.764 0.000 0.000 0.204 0.024 0.008
#> SRR1076753 1 0.1738 0.8069 0.928 0.000 0.000 0.052 0.016 0.004
#> SRR1327410 6 0.3734 0.7649 0.000 0.000 0.164 0.040 0.012 0.784
#> SRR608064 1 0.4337 0.7689 0.724 0.000 0.000 0.200 0.068 0.008
#> SRR608512 1 0.5688 0.6938 0.652 0.000 0.020 0.156 0.148 0.024
#> SRR2167551 6 0.2340 0.7854 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1394872 1 0.3230 0.8093 0.776 0.000 0.000 0.212 0.012 0.000
#> SRR1345669 1 0.1769 0.8089 0.924 0.000 0.000 0.060 0.012 0.004
#> SRR1367588 6 0.3828 0.4089 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1387724 3 0.0806 0.7960 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR660438 6 0.5111 0.5511 0.016 0.000 0.324 0.000 0.064 0.596
#> SRR1310758 6 0.2673 0.7780 0.000 0.012 0.132 0.004 0.000 0.852
#> SRR601525 2 0.4896 0.6315 0.000 0.628 0.004 0.024 0.032 0.312
#> SRR818749 1 0.4084 0.7820 0.744 0.000 0.000 0.196 0.052 0.008
#> SRR604294 1 0.4230 0.7708 0.728 0.000 0.000 0.200 0.068 0.004
#> SRR1322494 2 0.2587 0.8263 0.000 0.864 0.004 0.004 0.008 0.120
#> SRR1377949 6 0.2491 0.7851 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1317001 1 0.1882 0.8268 0.920 0.000 0.000 0.060 0.012 0.008
#> SRR1311897 1 0.2056 0.8172 0.904 0.000 0.000 0.080 0.012 0.004
#> SRR1308715 2 0.0551 0.8272 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1415195 4 0.5734 0.6999 0.000 0.000 0.048 0.628 0.168 0.156
#> SRR1380163 2 0.2989 0.8230 0.000 0.848 0.004 0.016 0.012 0.120
#> SRR1480611 1 0.1760 0.8071 0.928 0.000 0.000 0.048 0.020 0.004
#> SRR603834 1 0.3085 0.7975 0.860 0.000 0.084 0.016 0.032 0.008
#> SRR1341256 2 0.0260 0.8292 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613795 1 0.1340 0.8226 0.948 0.000 0.000 0.004 0.040 0.008
#> SRR659744 2 0.3401 0.6816 0.000 0.776 0.004 0.016 0.000 0.204
#> SRR1479549 1 0.1633 0.8095 0.932 0.000 0.000 0.044 0.024 0.000
#> SRR613258 1 0.5303 0.4818 0.624 0.004 0.020 0.064 0.004 0.284
#> SRR1088808 1 0.4945 0.5084 0.588 0.000 0.000 0.084 0.328 0.000
#> SRR1329068 2 0.2897 0.8240 0.000 0.852 0.004 0.012 0.012 0.120
#> SRR1480565 2 0.2945 0.8259 0.000 0.852 0.004 0.016 0.012 0.116
#> SRR1337137 2 0.3957 0.7656 0.000 0.788 0.004 0.020 0.140 0.048
#> SRR1099520 1 0.2389 0.8265 0.864 0.000 0.000 0.128 0.000 0.008
#> SRR603942 1 0.5998 0.2938 0.468 0.000 0.000 0.188 0.336 0.008
#> SRR1440625 3 0.0692 0.8018 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1391700 1 0.1367 0.8187 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044 0.000
#> SRR657360 1 0.1793 0.8108 0.928 0.000 0.000 0.036 0.032 0.004
#> SRR1473443 6 0.2933 0.7704 0.000 0.000 0.200 0.004 0.000 0.796
#> SRR1498438 3 0.0692 0.8018 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1394655 5 0.2551 0.4363 0.028 0.000 0.016 0.052 0.896 0.008
#> SRR1322437 4 0.5706 0.4753 0.000 0.116 0.008 0.640 0.196 0.040
#> SRR660236 5 0.6130 0.0956 0.008 0.000 0.168 0.244 0.556 0.024
#> SRR1466338 6 0.3608 0.7280 0.000 0.000 0.248 0.012 0.004 0.736
#> SRR604148 1 0.3470 0.7802 0.740 0.000 0.000 0.248 0.012 0.000
#> SRR1334939 6 0.2482 0.7852 0.000 0.000 0.148 0.004 0.000 0.848
#> SRR1349497 1 0.2794 0.8233 0.840 0.000 0.000 0.144 0.012 0.004
#> SRR1360523 1 0.1888 0.8119 0.916 0.000 0.000 0.068 0.012 0.004
#> SRR1446114 4 0.6650 0.6098 0.000 0.112 0.004 0.548 0.140 0.196
#> SRR1339366 2 0.0632 0.8274 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR656469 3 0.3390 0.4308 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1389868 1 0.1391 0.8118 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.8296 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.5460 0.7164 0.000 0.016 0.004 0.636 0.148 0.196
#> SRR1469102 1 0.1461 0.8129 0.940 0.000 0.000 0.044 0.016 0.000
#> SRR1440584 2 0.2664 0.7164 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1459697 2 0.2989 0.8230 0.000 0.848 0.004 0.016 0.012 0.120
#> SRR1352575 1 0.1938 0.8097 0.920 0.000 0.000 0.040 0.036 0.004
#> SRR613711 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614023 1 0.1333 0.8174 0.944 0.000 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR1316174 1 0.5662 0.4612 0.524 0.000 0.000 0.196 0.280 0.000
#> SRR603268 2 0.4426 0.5828 0.000 0.580 0.004 0.016 0.004 0.396
#> SRR1486044 2 0.2989 0.8230 0.000 0.848 0.004 0.016 0.012 0.120
#> SRR1441483 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074189 6 0.4796 0.6428 0.112 0.036 0.100 0.004 0.004 0.744
#> SRR665646 1 0.3136 0.7916 0.768 0.000 0.000 0.228 0.004 0.000
#> SRR1404931 4 0.7341 0.4297 0.000 0.000 0.320 0.364 0.152 0.164
#> SRR1431552 3 0.5681 0.2282 0.000 0.000 0.612 0.184 0.176 0.028
#> SRR1479085 1 0.7139 0.2438 0.500 0.000 0.148 0.024 0.092 0.236
#> SRR1322711 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404988 2 0.6479 0.2437 0.000 0.492 0.008 0.296 0.172 0.032
#> SRR1419848 2 0.5703 0.5729 0.000 0.572 0.008 0.072 0.032 0.316
#> SRR1332713 5 0.3055 0.4612 0.072 0.000 0.000 0.068 0.852 0.008
#> SRR1070863 1 0.1477 0.8160 0.940 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008
#> SRR659947 1 0.5385 0.7298 0.684 0.000 0.004 0.160 0.064 0.088
#> SRR1414356 1 0.4640 0.7317 0.680 0.000 0.000 0.212 0.108 0.000
#> SRR599122 3 0.0458 0.8007 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1344100 2 0.2945 0.8243 0.000 0.852 0.004 0.016 0.012 0.116
#> SRR613018 6 0.4537 0.5007 0.000 0.000 0.032 0.108 0.112 0.748
#> SRR1456591 1 0.1565 0.8155 0.940 0.000 0.000 0.028 0.028 0.004
#> SRR1368710 2 0.2163 0.7713 0.000 0.892 0.000 0.008 0.004 0.096
#> SRR1397885 1 0.3298 0.7862 0.756 0.000 0.000 0.236 0.008 0.000
#> SRR1319283 6 0.5124 0.6637 0.052 0.000 0.160 0.004 0.080 0.704
#> SRR1349518 2 0.0458 0.8284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1471267 1 0.1723 0.8102 0.928 0.000 0.000 0.036 0.036 0.000
#> SRR655277 1 0.3290 0.7813 0.744 0.000 0.000 0.252 0.004 0.000
#> SRR1455436 2 0.5897 0.3222 0.000 0.472 0.004 0.020 0.104 0.400
#> SRR658009 1 0.2113 0.8245 0.912 0.000 0.000 0.048 0.032 0.008
#> SRR1331383 4 0.5311 0.7239 0.000 0.000 0.012 0.636 0.164 0.188
#> SRR1394894 6 0.3586 0.7070 0.000 0.000 0.280 0.004 0.004 0.712
#> SRR659133 5 0.5045 0.2332 0.000 0.000 0.192 0.104 0.680 0.024
#> SRR660212 6 0.2340 0.7854 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR657821 1 0.5389 0.6231 0.680 0.000 0.140 0.000 0.068 0.112
#> SRR1379279 2 0.4344 0.3550 0.000 0.568 0.012 0.008 0.000 0.412
#> SRR663149 6 0.3757 0.7084 0.084 0.000 0.136 0.000 0.000 0.780
#> SRR1413032 3 0.0909 0.7982 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1377557 1 0.1738 0.8110 0.928 0.000 0.000 0.052 0.016 0.004
#> SRR1335296 2 0.0146 0.8288 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407273 6 0.2504 0.7817 0.000 0.004 0.136 0.004 0.000 0.856
#> SRR657101 6 0.3347 0.7755 0.012 0.000 0.144 0.008 0.016 0.820
#> SRR1350588 3 0.1121 0.7935 0.008 0.000 0.964 0.004 0.016 0.008
#> SRR1368486 1 0.3070 0.8002 0.860 0.000 0.072 0.008 0.052 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.849 0.901 0.961 0.5001 0.500 0.500
#> 3 3 0.891 0.897 0.957 0.3177 0.770 0.571
#> 4 4 0.925 0.897 0.956 0.0952 0.883 0.683
#> 5 5 0.754 0.744 0.858 0.0580 0.920 0.735
#> 6 6 0.762 0.705 0.840 0.0497 0.917 0.688
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR661409 2 0.9358 0.4663 0.352 0.648
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1365356 2 0.9732 0.3359 0.404 0.596
#> SRR598068 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR598645 2 0.9815 0.2864 0.420 0.580
#> SRR656528 1 0.7056 0.7433 0.808 0.192
#> SRR809503 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1404384 1 0.9963 0.1548 0.536 0.464
#> SRR655495 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR814919 1 0.9922 0.1805 0.552 0.448
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1359529 1 0.8861 0.5661 0.696 0.304
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.3274 0.9018 0.940 0.060
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1074694 1 0.9970 0.1097 0.532 0.468
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0938 0.9499 0.012 0.988
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR607502 1 0.9833 0.2561 0.576 0.424
#> SRR602951 2 0.7056 0.7571 0.192 0.808
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 1.0000 -0.0263 0.500 0.500
#> SRR1374778 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1089926 2 0.9896 0.2240 0.440 0.560
#> SRR1437056 2 0.0376 0.9559 0.004 0.996
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1487465 2 0.7745 0.7045 0.228 0.772
#> SRR2166006 2 0.8016 0.6689 0.244 0.756
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0376 0.9535 0.996 0.004
#> SRR656373 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1454498 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.9909 0.1876 0.444 0.556
#> SRR601549 2 0.2603 0.9225 0.044 0.956
#> SRR658573 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1381247 1 0.8763 0.5697 0.704 0.296
#> SRR1322790 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0376 0.9559 0.004 0.996
#> SRR1370151 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR809043 2 0.1184 0.9466 0.016 0.984
#> SRR659578 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1418688 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR614275 2 0.9850 0.2623 0.428 0.572
#> SRR601962 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.2236 0.9256 0.964 0.036
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.6048 0.8143 0.148 0.852
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.9552 0.4055 0.624 0.376
#> SRR598100 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1469477 2 0.5737 0.8289 0.136 0.864
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.1414 0.9435 0.020 0.980
#> SRR1447325 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.7950 0.6766 0.760 0.240
#> SRR598364 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR604342 2 0.1184 0.9466 0.016 0.984
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.5842 0.8238 0.140 0.860
#> SRR1316793 2 0.9170 0.5046 0.332 0.668
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1398971 2 0.5294 0.8470 0.120 0.880
#> SRR1399457 2 0.4298 0.8809 0.088 0.912
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1396270 2 0.9922 0.1982 0.448 0.552
#> SRR613402 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.6973 0.7618 0.188 0.812
#> SRR1376497 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR813848 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.1414 0.9398 0.980 0.020
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1396570 1 0.9815 0.2880 0.580 0.420
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.2423 0.9217 0.960 0.040
#> SRR655696 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1342938 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR599346 2 0.8443 0.6192 0.272 0.728
#> SRR1359045 2 0.8267 0.6590 0.260 0.740
#> SRR601843 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.4939 0.8512 0.892 0.108
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.7056 0.7601 0.192 0.808
#> SRR2164562 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.9087 0.5147 0.324 0.676
#> SRR1387724 2 0.7883 0.6926 0.236 0.764
#> SRR660438 1 0.1843 0.9328 0.972 0.028
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR601525 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.8443 0.6146 0.728 0.272
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.1184 0.9468 0.016 0.984
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0376 0.9535 0.996 0.004
#> SRR1088808 1 0.9977 0.0900 0.528 0.472
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0376 0.9535 0.996 0.004
#> SRR1440625 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1394655 2 0.6438 0.7945 0.164 0.836
#> SRR1322437 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1466338 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.9977 0.0893 0.472 0.528
#> SRR656469 1 0.9686 0.3653 0.604 0.396
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1074189 1 0.8327 0.6355 0.736 0.264
#> SRR665646 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.9896 0.2064 0.560 0.440
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1332713 2 0.7674 0.7134 0.224 0.776
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.2043 0.9294 0.968 0.032
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.9815 0.2686 0.580 0.420
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0938 0.9500 0.012 0.988
#> SRR658009 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR1394894 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR659133 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR660212 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.0376 0.9559 0.004 0.996
#> SRR1413032 2 0.6148 0.8093 0.152 0.848
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.4690 0.8655 0.100 0.900
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000
#> SRR657101 1 0.7219 0.7321 0.800 0.200
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9567 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 3 0.2066 0.8987 0.060 0.000 0.940
#> SRR661409 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0237 0.9572 0.996 0.000 0.004
#> SRR615347 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.5291 0.6288 0.268 0.732 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR598068 3 0.5988 0.4342 0.368 0.000 0.632
#> SRR810343 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0892 0.9434 0.980 0.020 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.0747 0.9310 0.016 0.000 0.984
#> SRR663368 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0237 0.9541 0.000 0.996 0.004
#> SRR1089809 3 0.1860 0.9069 0.000 0.052 0.948
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 1 0.5291 0.6240 0.732 0.000 0.268
#> SRR809503 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0237 0.9378 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.2625 0.8834 0.916 0.000 0.084
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR655495 3 0.0424 0.9359 0.000 0.008 0.992
#> SRR812270 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 1 0.8462 0.3932 0.588 0.124 0.288
#> SRR1415274 1 0.3038 0.8606 0.896 0.000 0.104
#> SRR1491275 2 0.5560 0.5652 0.300 0.700 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.5016 0.6843 0.240 0.000 0.760
#> SRR1393428 2 0.3752 0.8187 0.000 0.856 0.144
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0424 0.9513 0.000 0.992 0.008
#> SRR1359529 2 0.1411 0.9251 0.036 0.964 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.6244 0.2003 0.440 0.000 0.560
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 1 0.6495 0.1447 0.536 0.460 0.004
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.1860 0.9072 0.000 0.052 0.948
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0592 0.9336 0.012 0.000 0.988
#> SRR602951 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314071 3 0.3340 0.8408 0.120 0.000 0.880
#> SRR1374778 2 0.4605 0.7281 0.000 0.796 0.204
#> SRR1089926 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 2 0.9568 0.1311 0.208 0.456 0.336
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0237 0.9541 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433311 3 0.0424 0.9355 0.008 0.000 0.992
#> SRR656373 3 0.1289 0.9209 0.032 0.000 0.968
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.5497 0.5741 0.000 0.708 0.292
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.0237 0.9536 0.004 0.996 0.000
#> SRR601549 2 0.6154 0.3058 0.000 0.592 0.408
#> SRR658573 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.2959 0.8615 0.000 0.100 0.900
#> SRR1381247 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.6095 0.3549 0.000 0.392 0.608
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.3340 0.8444 0.000 0.880 0.120
#> SRR809043 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.1411 0.9300 0.964 0.036 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.2625 0.8780 0.000 0.084 0.916
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.0592 0.9333 0.012 0.000 0.988
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.6280 0.1419 0.000 0.460 0.540
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 2 0.1163 0.9327 0.028 0.972 0.000
#> SRR598100 3 0.5327 0.6317 0.272 0.000 0.728
#> SRR1475281 2 0.3112 0.8679 0.004 0.900 0.096
#> SRR1469477 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0424 0.9513 0.000 0.992 0.008
#> SRR816892 3 0.0237 0.9378 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447325 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 1 0.5268 0.7162 0.776 0.212 0.012
#> SRR598364 1 0.2261 0.8984 0.932 0.000 0.068
#> SRR603036 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0747 0.9453 0.000 0.984 0.016
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.2261 0.8937 0.000 0.068 0.932
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316793 3 0.1860 0.9050 0.052 0.000 0.948
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0237 0.9541 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398971 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399457 2 0.0747 0.9438 0.016 0.984 0.000
#> SRR1073341 1 0.3116 0.8558 0.892 0.108 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.1411 0.9287 0.000 0.964 0.036
#> SRR1396270 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.1529 0.9162 0.000 0.040 0.960
#> SRR613975 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 2 0.4452 0.7523 0.000 0.808 0.192
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 3 0.6140 0.3320 0.000 0.404 0.596
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0237 0.9541 0.000 0.996 0.004
#> SRR597952 2 0.0237 0.9537 0.004 0.996 0.000
#> SRR1376497 3 0.0592 0.9339 0.000 0.012 0.988
#> SRR813848 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0424 0.9538 0.992 0.008 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.1753 0.9176 0.952 0.048 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0237 0.9537 0.004 0.996 0.000
#> SRR1327366 2 0.4346 0.7585 0.000 0.816 0.184
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.0592 0.9339 0.000 0.012 0.988
#> SRR1388046 1 0.5291 0.6285 0.732 0.268 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 3 0.4121 0.7868 0.168 0.000 0.832
#> SRR655696 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR659259 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.5138 0.6621 0.000 0.748 0.252
#> SRR1092567 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 3 0.2356 0.8905 0.000 0.072 0.928
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.4931 0.6933 0.000 0.768 0.232
#> SRR1342938 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR599346 2 0.0892 0.9401 0.020 0.980 0.000
#> SRR1359045 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.1643 0.9231 0.956 0.000 0.044
#> SRR1315188 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 3 0.4178 0.7798 0.000 0.172 0.828
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.6513 0.0351 0.520 0.004 0.476
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0592 0.9337 0.012 0.000 0.988
#> SRR2164562 1 0.0237 0.9571 0.996 0.000 0.004
#> SRR665490 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0237 0.9541 0.000 0.996 0.004
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0237 0.9378 0.000 0.004 0.996
#> SRR608064 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.1411 0.9295 0.964 0.000 0.036
#> SRR2167551 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.0424 0.9505 0.008 0.992 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 1 0.5058 0.6699 0.756 0.244 0.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR601525 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.5291 0.6231 0.732 0.000 0.268
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.0829 0.9458 0.012 0.984 0.004
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.4702 0.7215 0.788 0.212 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.6291 0.1251 0.532 0.468 0.000
#> SRR1088808 3 0.1964 0.9006 0.056 0.000 0.944
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.6280 0.1257 0.000 0.540 0.460
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.1289 0.9204 0.032 0.000 0.968
#> SRR1440625 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.5733 0.5133 0.000 0.324 0.676
#> SRR1498438 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 3 0.1860 0.9062 0.000 0.052 0.948
#> SRR660236 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.0747 0.9317 0.000 0.016 0.984
#> SRR604148 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.0747 0.9317 0.000 0.016 0.984
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR656469 2 0.5138 0.6514 0.252 0.748 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.0892 0.9296 0.000 0.020 0.980
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 3 0.5905 0.4710 0.352 0.000 0.648
#> SRR603268 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.1031 0.9362 0.024 0.976 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.7582 0.3193 0.572 0.380 0.048
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 3 0.5465 0.5974 0.000 0.288 0.712
#> SRR1419848 2 0.1289 0.9331 0.000 0.968 0.032
#> SRR1332713 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0424 0.9538 0.992 0.008 0.000
#> SRR1414356 1 0.3038 0.8615 0.896 0.000 0.104
#> SRR599122 1 0.6295 0.0700 0.528 0.000 0.472
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.1289 0.9218 0.000 0.032 0.968
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.6168 0.3014 0.588 0.412 0.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 3 0.1031 0.9272 0.000 0.024 0.976
#> SRR658009 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0747 0.9471 0.984 0.016 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR663149 2 0.3816 0.8099 0.000 0.852 0.148
#> SRR1413032 3 0.0000 0.9393 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000 0.000
#> SRR657101 2 0.6291 0.1076 0.468 0.532 0.000
#> SRR1350588 3 0.5465 0.6026 0.288 0.000 0.712
#> SRR1368486 1 0.0237 0.9570 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.1211 0.8876 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR661409 4 0.0188 0.9079 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR601359 1 0.0188 0.9686 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663392 2 0.0336 0.9561 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1374716 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR601157 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.5445 0.6902 0.108 0.748 0.140 0.004
#> SRR1365356 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR598068 3 0.0376 0.9243 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR810343 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0921 0.9136 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1499699 1 0.4114 0.7355 0.788 0.008 0.200 0.004
#> SRR1397861 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 4 0.1305 0.8892 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR663368 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.2011 0.8898 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1089809 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.1211 0.9053 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR656528 3 0.3764 0.6561 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0188 0.9692 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319858 1 0.0188 0.9692 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0592 0.9594 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404384 3 0.0376 0.9225 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR655495 3 0.1022 0.9119 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR812270 4 0.1302 0.8835 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR821176 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.7746 0.1480 0.376 0.232 0.392 0.000
#> SRR1415274 1 0.3837 0.6956 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1491275 3 0.4587 0.7101 0.028 0.192 0.776 0.004
#> SRR659851 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0188 0.9692 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.2742 0.8607 0.024 0.000 0.900 0.076
#> SRR1393428 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.1867 0.8982 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1359529 3 0.0524 0.9206 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR658117 3 0.0779 0.9155 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1090770 1 0.0188 0.9691 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR657420 1 0.0188 0.9687 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1095792 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0804 0.9181 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR602951 4 0.4933 0.2241 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1402922 3 0.1305 0.9003 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1314071 4 0.1833 0.8846 0.032 0.000 0.024 0.944
#> SRR1374778 3 0.0592 0.9171 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1089926 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437056 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2166006 2 0.5310 0.6945 0.152 0.768 0.020 0.060
#> SRR1341034 2 0.0336 0.9561 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1460235 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0188 0.9581 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433311 3 0.1022 0.9108 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR656373 4 0.0469 0.9052 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661711 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1327349 2 0.4730 0.4150 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1476348 2 0.0188 0.9586 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656035 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.4483 0.6061 0.000 0.284 0.712 0.004
#> SRR601549 3 0.0376 0.9245 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR658573 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.4155 0.6675 0.000 0.240 0.004 0.756
#> SRR1381247 3 0.0000 0.9250 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.4679 0.4611 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1419593 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.2081 0.8881 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR809043 4 0.4500 0.5135 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR659578 1 0.1211 0.9333 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.5039 0.3241 0.592 0.000 0.404 0.004
#> SRR660079 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0817 0.8988 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.1867 0.8798 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1418688 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR602338 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.1022 0.9108 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR601962 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 4 0.1109 0.8950 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 2 0.1661 0.9118 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR598100 4 0.2647 0.8109 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1475281 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1469477 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.2081 0.8857 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR816892 4 0.0524 0.9064 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1447325 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658021 3 0.3105 0.7661 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.4855 0.4346 0.000 0.644 0.352 0.004
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR598364 1 0.0188 0.9687 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603036 1 0.0524 0.9644 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR604342 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1365850 2 0.0817 0.9440 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0188 0.9692 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.5517 0.6941 0.000 0.184 0.092 0.724
#> SRR1350936 1 0.0188 0.9691 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1351257 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1316793 3 0.0000 0.9250 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0336 0.9669 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR657845 1 0.0188 0.9691 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408633 2 0.0336 0.9561 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1398971 4 0.0336 0.9067 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1399457 2 0.0376 0.9551 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1073341 1 0.2665 0.8726 0.900 0.088 0.008 0.004
#> SRR810805 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 4 0.2814 0.8146 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1396270 3 0.0336 0.9242 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR613402 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.3796 0.8196 0.000 0.056 0.848 0.096
#> SRR613975 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 4 0.3172 0.7846 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR819867 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0188 0.9586 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR597952 2 0.0188 0.9575 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR813848 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1325353 1 0.0188 0.9692 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0188 0.9586 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.4776 0.3834 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.1474 0.8979 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1388046 1 0.3306 0.7884 0.840 0.156 0.004 0.000
#> SRR655076 2 0.0657 0.9489 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0188 0.9692 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166308 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655696 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663380 1 0.3448 0.7851 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR1410469 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR659259 4 0.0336 0.9064 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1421223 3 0.2593 0.8354 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1092567 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472598 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1069279 3 0.4941 0.2550 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1351624 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1342938 3 0.0000 0.9250 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599346 2 0.0921 0.9328 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1359045 4 0.0336 0.9067 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR601843 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0817 0.9526 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1315188 3 0.2589 0.8374 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1409875 4 0.2216 0.8509 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR615491 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1095937 4 0.5151 0.1627 0.464 0.004 0.000 0.532
#> SRR1473295 1 0.2334 0.8852 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2164562 3 0.0376 0.9221 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR665490 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1434182 2 0.0336 0.9561 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.4406 0.5769 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.3356 0.7621 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR608064 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0592 0.9592 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2167551 3 0.4088 0.6790 0.000 0.232 0.764 0.004
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1387724 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660438 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1310758 2 0.4855 0.4422 0.000 0.644 0.352 0.004
#> SRR601525 2 0.0376 0.9562 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR818749 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604294 4 0.4955 0.2130 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1322494 2 0.0188 0.9586 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1377949 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.2011 0.8880 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0188 0.9691 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR613258 1 0.3873 0.6842 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1088808 4 0.0336 0.9067 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1329068 2 0.0188 0.9586 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 4 0.4624 0.4786 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.1004 0.8977 0.024 0.000 0.004 0.972
#> SRR1440625 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1391700 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR657360 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1473443 3 0.0376 0.9245 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1498438 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394655 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1322437 4 0.0188 0.9078 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR660236 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1466338 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR604148 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 3 0.5097 0.2465 0.000 0.428 0.568 0.004
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0188 0.9238 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR613711 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 4 0.4431 0.5683 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR603268 2 0.0336 0.9561 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1486044 2 0.0188 0.9586 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.1082 0.9397 0.004 0.972 0.020 0.004
#> SRR665646 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 4 0.0592 0.9029 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1431552 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1479085 1 0.6079 0.3133 0.568 0.380 0.000 0.052
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.2081 0.8572 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1419848 2 0.2469 0.8596 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1332713 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.1792 0.9091 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1414356 1 0.1867 0.9052 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR599122 3 0.0000 0.9250 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.0336 0.9069 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.7502 -0.0302 0.436 0.156 0.404 0.004
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0376 0.9671 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR655277 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 4 0.0592 0.9031 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR658009 1 0.0188 0.9691 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331383 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1394894 3 0.4543 0.5255 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR659133 4 0.0188 0.9087 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR660212 3 0.4907 0.2995 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR657821 1 0.1697 0.9349 0.952 0.016 0.028 0.004
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663149 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413032 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9710 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.5137 0.1395 0.000 0.544 0.452 0.004
#> SRR657101 2 0.5978 0.1912 0.424 0.540 0.032 0.004
#> SRR1350588 3 0.0188 0.9257 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1368486 1 0.1109 0.9469 0.968 0.000 0.028 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.3143 0.7935 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1499543 1 0.2020 0.8714 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1443419 2 0.0963 0.8898 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR657372 1 0.6332 0.3072 0.524 0.000 0.000 0.264 0.212
#> SRR661409 4 0.4521 0.6882 0.088 0.000 0.000 0.748 0.164
#> SRR1409721 2 0.0510 0.8924 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1391678 1 0.1121 0.8883 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1392030 1 0.1704 0.8786 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR1453787 1 0.2074 0.8676 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR654969 1 0.1341 0.8870 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1435113 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR601359 1 0.3656 0.7689 0.784 0.000 0.000 0.020 0.196
#> SRR663392 2 0.1357 0.8772 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1374716 4 0.4155 0.7093 0.000 0.024 0.004 0.744 0.228
#> SRR601157 1 0.3929 0.7473 0.764 0.000 0.000 0.028 0.208
#> SRR615347 5 0.4114 0.4310 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1329464 1 0.1121 0.8896 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1357344 5 0.5622 0.5940 0.140 0.148 0.024 0.000 0.688
#> SRR1365356 3 0.0693 0.8546 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR598068 3 0.1153 0.8474 0.004 0.000 0.964 0.008 0.024
#> SRR810343 1 0.2011 0.8653 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1431991 1 0.0880 0.8905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312024 3 0.1106 0.8491 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR1499699 5 0.4975 0.4908 0.316 0.012 0.028 0.000 0.644
#> SRR1397861 1 0.1851 0.8758 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1479663 2 0.1043 0.8882 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1475483 1 0.0880 0.8900 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR603726 4 0.6370 0.3375 0.340 0.000 0.004 0.500 0.156
#> SRR663368 1 0.1981 0.8811 0.920 0.000 0.000 0.016 0.064
#> SRR1354225 2 0.2074 0.8362 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1089809 3 0.6619 0.3166 0.000 0.012 0.520 0.276 0.192
#> SRR1338901 5 0.4210 0.3560 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR598645 3 0.4108 0.5559 0.000 0.000 0.684 0.308 0.008
#> SRR656528 5 0.6110 0.2194 0.128 0.000 0.396 0.000 0.476
#> SRR809503 1 0.1731 0.8842 0.932 0.004 0.000 0.004 0.060
#> SRR659923 2 0.0963 0.8895 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1498226 1 0.2074 0.8666 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1319858 1 0.2020 0.8717 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1350566 1 0.1341 0.8858 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR614743 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406307 1 0.0566 0.8912 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1348318 1 0.3291 0.8271 0.840 0.000 0.000 0.040 0.120
#> SRR1343433 1 0.0880 0.8915 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1342088 3 0.0290 0.8569 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1404384 3 0.2753 0.7569 0.000 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR655495 3 0.6193 0.3213 0.000 0.000 0.548 0.192 0.260
#> SRR812270 4 0.0510 0.7948 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR821176 2 0.0162 0.8953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR807799 2 0.0290 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR814919 2 0.6964 -0.0429 0.096 0.444 0.400 0.000 0.060
#> SRR1415274 1 0.3427 0.8286 0.836 0.000 0.000 0.056 0.108
#> SRR1491275 5 0.6310 0.5996 0.144 0.092 0.108 0.000 0.656
#> SRR659851 1 0.1628 0.8846 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR1337364 1 0.1502 0.8810 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1414471 1 0.2280 0.8566 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1471862 1 0.2358 0.8614 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1456208 3 0.2087 0.8237 0.020 0.000 0.928 0.020 0.032
#> SRR1393428 3 0.5028 0.2369 0.000 0.036 0.564 0.000 0.400
#> SRR1327632 1 0.2513 0.8557 0.876 0.000 0.000 0.008 0.116
#> SRR608120 1 0.2377 0.8511 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR607679 2 0.2127 0.8327 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1359529 3 0.0566 0.8552 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1330305 2 0.0794 0.8925 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1436042 1 0.2127 0.8670 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR656191 2 0.0404 0.8934 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1419211 1 0.2424 0.8479 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR658117 5 0.6845 0.4181 0.128 0.000 0.288 0.048 0.536
#> SRR1090770 1 0.1608 0.8815 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR657420 1 0.0807 0.8938 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1398686 1 0.1671 0.8803 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR821207 1 0.1197 0.8879 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1074694 3 0.0609 0.8541 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1413851 2 0.1608 0.8737 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1319924 2 0.0162 0.8948 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361050 1 0.3999 0.5187 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1095792 3 0.2513 0.7968 0.000 0.000 0.876 0.008 0.116
#> SRR1476903 1 0.1430 0.8871 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1406502 2 0.2424 0.8188 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR607502 5 0.6394 0.1971 0.028 0.000 0.388 0.088 0.496
#> SRR602951 4 0.4350 0.2022 0.000 0.000 0.408 0.588 0.004
#> SRR1402922 5 0.5396 0.3673 0.000 0.072 0.340 0.000 0.588
#> SRR1314071 4 0.6355 0.4931 0.224 0.012 0.096 0.632 0.036
#> SRR1374778 3 0.1386 0.8391 0.000 0.032 0.952 0.000 0.016
#> SRR1089926 3 0.0000 0.8569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0324 0.8574 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1366772 2 0.0880 0.8872 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1487465 4 0.1857 0.7828 0.004 0.000 0.008 0.928 0.060
#> SRR2166006 2 0.5571 0.6661 0.048 0.740 0.020 0.100 0.092
#> SRR1341034 2 0.4326 0.5996 0.000 0.708 0.000 0.264 0.028
#> SRR1460235 1 0.1671 0.8810 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1368917 1 0.1544 0.8829 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1457197 5 0.4719 0.2270 0.004 0.452 0.004 0.004 0.536
#> SRR1433311 3 0.0912 0.8528 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR656373 4 0.6630 0.4322 0.236 0.004 0.000 0.488 0.272
#> SRR1454265 1 0.1341 0.8861 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1454498 3 0.0324 0.8574 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR661711 1 0.0794 0.8888 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR661493 1 0.1043 0.8894 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1356120 1 0.0771 0.8911 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1381414 2 0.1608 0.8717 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1350263 3 0.0703 0.8517 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1327349 2 0.3767 0.7433 0.000 0.812 0.000 0.120 0.068
#> SRR1476348 2 0.1764 0.8658 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR656035 1 0.0963 0.8890 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2165896 3 0.4054 0.4990 0.000 0.248 0.732 0.000 0.020
#> SRR601549 5 0.5667 0.3476 0.000 0.024 0.336 0.048 0.592
#> SRR658573 2 0.0609 0.8912 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1393470 4 0.6195 0.4569 0.012 0.260 0.004 0.596 0.128
#> SRR1381247 3 0.0510 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1322790 3 0.0162 0.8574 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404044 1 0.0290 0.8916 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487728 5 0.5425 0.3207 0.420 0.000 0.060 0.000 0.520
#> SRR1419593 1 0.1410 0.8851 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1434689 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.3461 0.7042 0.772 0.000 0.000 0.004 0.224
#> SRR1377967 2 0.0609 0.8912 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR662510 2 0.0703 0.8931 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1370151 2 0.1836 0.8775 0.000 0.932 0.000 0.032 0.036
#> SRR809043 3 0.5425 0.1977 0.000 0.000 0.520 0.420 0.060
#> SRR659578 1 0.5049 0.6159 0.704 0.148 0.000 0.000 0.148
#> SRR1339413 2 0.1410 0.8792 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1434760 1 0.5708 0.1437 0.556 0.000 0.096 0.000 0.348
#> SRR660079 1 0.0794 0.8921 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1465153 4 0.0451 0.7975 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1340924 1 0.1121 0.8899 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1073267 3 0.3210 0.6968 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1418688 3 0.0162 0.8574 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR602338 1 0.1908 0.8737 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1323936 4 0.0671 0.7961 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1313789 2 0.2179 0.8443 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR614275 3 0.0703 0.8526 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR601962 1 0.2193 0.8640 0.900 0.000 0.000 0.008 0.092
#> SRR663795 4 0.0566 0.7961 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR1418650 2 0.0162 0.8953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655780 2 0.1750 0.8813 0.000 0.936 0.000 0.036 0.028
#> SRR661794 1 0.1121 0.8879 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1339508 3 0.0290 0.8568 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1501097 2 0.0404 0.8947 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1358459 3 0.4030 0.4146 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1333550 2 0.3039 0.7256 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR821148 1 0.1544 0.8837 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR808658 5 0.6359 0.2632 0.096 0.416 0.020 0.000 0.468
#> SRR598100 1 0.5850 0.3676 0.564 0.000 0.000 0.316 0.120
#> SRR1475281 3 0.4138 0.3529 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1469477 3 0.0290 0.8568 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1468184 2 0.0162 0.8953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415660 2 0.2286 0.8298 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR816892 4 0.5808 0.6460 0.064 0.044 0.000 0.652 0.240
#> SRR1447325 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1415980 1 0.2338 0.8555 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR658021 3 0.2605 0.6772 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0162 0.8953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443695 1 0.2971 0.8356 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR1083031 2 0.6144 0.0799 0.000 0.520 0.332 0.000 0.148
#> SRR1466177 2 0.1410 0.8802 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1346978 2 0.1270 0.8836 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR607705 3 0.0963 0.8480 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR598364 1 0.2367 0.8811 0.904 0.000 0.020 0.004 0.072
#> SRR603036 1 0.2561 0.8364 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR604342 4 0.2338 0.7707 0.000 0.000 0.004 0.884 0.112
#> SRR1365850 4 0.4321 0.2395 0.000 0.396 0.000 0.600 0.004
#> SRR1335940 1 0.2011 0.8690 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1436515 1 0.1121 0.8879 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1367612 2 0.0609 0.8937 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1411002 1 0.1043 0.8903 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1446606 4 0.3627 0.6790 0.000 0.016 0.032 0.832 0.120
#> SRR1350936 1 0.1671 0.8805 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1351257 3 0.0324 0.8577 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1316793 3 0.0404 0.8554 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1090815 1 0.1484 0.8865 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR657845 1 0.1732 0.8806 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1408633 2 0.1831 0.8639 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1398971 4 0.6114 0.5629 0.140 0.008 0.000 0.580 0.272
#> SRR1399457 5 0.4786 0.5269 0.040 0.308 0.000 0.000 0.652
#> SRR1073341 5 0.4830 0.4647 0.316 0.032 0.004 0.000 0.648
#> SRR810805 1 0.0671 0.8911 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1309657 1 0.1892 0.8697 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR820186 1 0.0865 0.8907 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1388913 4 0.5836 0.2818 0.000 0.384 0.000 0.516 0.100
#> SRR1396270 3 0.0290 0.8568 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR613402 2 0.0404 0.8934 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614912 2 0.0324 0.8955 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1478410 3 0.3353 0.7402 0.000 0.104 0.852 0.020 0.024
#> SRR613975 2 0.0880 0.8904 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1441631 3 0.4219 0.2659 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1088044 5 0.4380 0.4292 0.000 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1082909 1 0.2011 0.8690 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1392007 2 0.5778 0.3820 0.000 0.592 0.000 0.280 0.128
#> SRR2166524 2 0.0609 0.8912 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1445765 1 0.2179 0.8643 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR819867 2 0.1197 0.8788 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1339675 1 0.3160 0.8015 0.808 0.000 0.000 0.004 0.188
#> SRR1085687 2 0.1211 0.8863 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR597952 5 0.4565 0.3716 0.012 0.408 0.000 0.000 0.580
#> SRR1376497 3 0.1471 0.8427 0.000 0.020 0.952 0.004 0.024
#> SRR813848 4 0.0290 0.7987 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1379471 1 0.1792 0.8773 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1070960 1 0.1357 0.8843 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR615285 3 0.0404 0.8554 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1325353 1 0.2127 0.8641 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1470682 2 0.0290 0.8943 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615886 1 0.0000 0.8917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0880 0.8904 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR819690 1 0.0955 0.8901 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1336113 2 0.1197 0.8919 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1396570 5 0.5449 0.4102 0.068 0.376 0.000 0.000 0.556
#> SRR1327366 2 0.3123 0.7676 0.000 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1317218 2 0.0162 0.8953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352001 1 0.0404 0.8918 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1469791 4 0.6703 0.0239 0.000 0.000 0.296 0.428 0.276
#> SRR1388046 5 0.4623 0.5157 0.304 0.032 0.000 0.000 0.664
#> SRR655076 5 0.5536 0.2477 0.048 0.440 0.008 0.000 0.504
#> SRR1464353 2 0.0703 0.8937 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR654754 1 0.1043 0.8890 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR599412 1 0.2660 0.8472 0.864 0.000 0.008 0.000 0.128
#> SRR2166308 3 0.0000 0.8569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.2068 0.8731 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR602978 2 0.1341 0.8808 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1323850 2 0.1768 0.8712 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1365512 3 0.0290 0.8567 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR663380 1 0.4613 0.3388 0.620 0.000 0.020 0.000 0.360
#> SRR1410469 3 0.0510 0.8549 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR659259 4 0.4613 0.6879 0.000 0.072 0.000 0.728 0.200
#> SRR1421223 5 0.6136 0.2166 0.000 0.064 0.404 0.028 0.504
#> SRR1092567 3 0.0404 0.8561 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1472598 3 0.0404 0.8560 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1069279 5 0.6076 0.4997 0.000 0.320 0.144 0.000 0.536
#> SRR1351624 3 0.4227 0.2586 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1342938 3 0.0162 0.8570 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR599346 2 0.6991 0.3355 0.104 0.580 0.000 0.120 0.196
#> SRR1359045 4 0.0510 0.7941 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.8917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.2890 0.8180 0.836 0.000 0.000 0.004 0.160
#> SRR1455104 1 0.1357 0.8905 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR598565 1 0.3565 0.8088 0.816 0.000 0.000 0.040 0.144
#> SRR1315188 3 0.1522 0.8409 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> SRR1409875 2 0.6444 0.0943 0.000 0.488 0.000 0.308 0.204
#> SRR1348270 2 0.0404 0.8959 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR602389 1 0.1768 0.8768 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1451857 2 0.0162 0.8948 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436629 2 0.1197 0.8851 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1349144 1 0.2074 0.8660 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR615491 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1095937 4 0.4928 0.4231 0.284 0.000 0.000 0.660 0.056
#> SRR1473295 5 0.4930 0.2139 0.424 0.000 0.028 0.000 0.548
#> SRR1457972 2 0.0162 0.8948 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475430 3 0.1124 0.8435 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR2164562 5 0.5861 0.2998 0.104 0.000 0.376 0.000 0.520
#> SRR665490 1 0.3003 0.7899 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1434182 2 0.1872 0.8753 0.000 0.928 0.000 0.052 0.020
#> SRR1458506 1 0.2806 0.8276 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152
#> SRR808886 3 0.0000 0.8569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.2068 0.8790 0.904 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1457925 1 0.2233 0.8586 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR1434910 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.4696 0.4251 0.000 0.000 0.616 0.360 0.024
#> SRR1323914 2 0.0290 0.8950 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323065 1 0.2011 0.8660 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1309578 2 0.1851 0.8608 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1500908 1 0.1430 0.8845 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1076753 1 0.1478 0.8845 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1327410 3 0.3123 0.7234 0.000 0.000 0.812 0.184 0.004
#> SRR608064 1 0.1106 0.8924 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR608512 1 0.3593 0.8074 0.828 0.000 0.084 0.000 0.088
#> SRR2167551 3 0.5577 0.4116 0.000 0.172 0.644 0.000 0.184
#> SRR1394872 1 0.1341 0.8858 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1345669 1 0.1478 0.8839 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1367588 3 0.0404 0.8560 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1387724 3 0.0290 0.8562 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR660438 5 0.4414 0.2869 0.004 0.004 0.376 0.000 0.616
#> SRR1310758 5 0.5758 0.5979 0.020 0.204 0.116 0.000 0.660
#> SRR601525 2 0.1012 0.8919 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR818749 1 0.2798 0.8428 0.852 0.000 0.000 0.008 0.140
#> SRR604294 4 0.5197 0.4354 0.316 0.000 0.000 0.620 0.064
#> SRR1322494 2 0.0880 0.8867 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1377949 5 0.4565 0.2109 0.000 0.012 0.408 0.000 0.580
#> SRR1317001 1 0.0880 0.8897 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1311897 1 0.0162 0.8917 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308715 2 0.1043 0.8879 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1415195 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1380163 2 0.0162 0.8958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480611 1 0.1908 0.8742 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR603834 1 0.4211 0.4201 0.636 0.004 0.000 0.000 0.360
#> SRR1341256 2 0.0703 0.8905 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR613795 1 0.1357 0.8891 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR659744 2 0.3999 0.4343 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1479549 1 0.2471 0.8424 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR613258 1 0.6036 -0.0527 0.452 0.432 0.000 0.000 0.116
#> SRR1088808 4 0.5046 0.6303 0.140 0.000 0.000 0.704 0.156
#> SRR1329068 2 0.1043 0.8829 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1480565 2 0.0609 0.8912 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1337137 2 0.3970 0.7207 0.000 0.788 0.000 0.056 0.156
#> SRR1099520 1 0.0000 0.8917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.0671 0.7942 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000
#> SRR1440625 3 0.0162 0.8571 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1391700 1 0.2179 0.8626 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR657360 1 0.1851 0.8750 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1473443 5 0.6248 0.3250 0.000 0.000 0.176 0.300 0.524
#> SRR1498438 3 0.1732 0.8162 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1394655 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1322437 4 0.0671 0.7951 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR660236 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1466338 3 0.2879 0.7913 0.000 0.000 0.868 0.032 0.100
#> SRR604148 1 0.1638 0.8780 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1334939 5 0.5970 0.5104 0.000 0.184 0.228 0.000 0.588
#> SRR1349497 1 0.1792 0.8826 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1360523 1 0.0404 0.8921 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446114 4 0.0566 0.7967 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR1339366 2 0.0609 0.8951 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR656469 3 0.0404 0.8558 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1389868 1 0.1121 0.8879 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1390265 2 0.0609 0.8947 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1364935 4 0.0324 0.7984 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1469102 1 0.0510 0.8920 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440584 2 0.1732 0.8689 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1459697 2 0.1197 0.8788 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1352575 1 0.2280 0.8588 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR613711 2 0.1544 0.8738 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR614023 1 0.1270 0.8877 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1316174 1 0.4520 0.7582 0.764 0.000 0.004 0.116 0.116
#> SRR603268 2 0.4370 0.6209 0.000 0.724 0.000 0.236 0.040
#> SRR1486044 2 0.0794 0.8884 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1441483 2 0.0162 0.8948 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074189 2 0.5666 0.3412 0.096 0.604 0.004 0.000 0.296
#> SRR665646 1 0.1768 0.8764 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1404931 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1431552 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1479085 5 0.5503 0.3855 0.212 0.052 0.000 0.048 0.688
#> SRR1322711 2 0.0609 0.8937 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1404988 4 0.1544 0.7547 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1419848 4 0.5140 0.4337 0.000 0.084 0.000 0.664 0.252
#> SRR1332713 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1070863 1 0.1043 0.8896 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR659947 1 0.4529 0.7139 0.732 0.008 0.000 0.040 0.220
#> SRR1414356 1 0.2729 0.8682 0.884 0.000 0.000 0.056 0.060
#> SRR599122 3 0.0162 0.8570 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1344100 2 0.0609 0.8912 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR613018 4 0.6640 0.5721 0.032 0.136 0.004 0.576 0.252
#> SRR1456591 1 0.0404 0.8921 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1368710 2 0.2020 0.8496 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1397885 1 0.2017 0.8819 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1319283 5 0.6210 0.5075 0.112 0.024 0.032 0.156 0.676
#> SRR1349518 2 0.0794 0.8926 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1471267 1 0.2230 0.8594 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR655277 1 0.2124 0.8611 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1455436 4 0.4023 0.7380 0.020 0.048 0.000 0.812 0.120
#> SRR658009 1 0.2690 0.8182 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1331383 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1394894 3 0.1612 0.8419 0.000 0.024 0.948 0.016 0.012
#> SRR659133 4 0.0162 0.7996 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660212 2 0.5708 0.0776 0.000 0.504 0.412 0.000 0.084
#> SRR657821 5 0.4747 0.5159 0.284 0.036 0.004 0.000 0.676
#> SRR1379279 5 0.6475 0.4214 0.000 0.304 0.000 0.212 0.484
#> SRR663149 2 0.2976 0.8424 0.000 0.880 0.012 0.044 0.064
#> SRR1413032 3 0.2726 0.8096 0.000 0.000 0.884 0.052 0.064
#> SRR1377557 1 0.1270 0.8883 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1335296 2 0.0609 0.8951 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1407273 3 0.5112 0.0260 0.000 0.468 0.496 0.000 0.036
#> SRR657101 5 0.5380 0.5597 0.232 0.072 0.012 0.004 0.680
#> SRR1350588 3 0.0794 0.8498 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1368486 1 0.4630 0.2670 0.588 0.000 0.016 0.000 0.396
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.3360 0.5341 0.732 0.000 0.000 0.000 0.264 0.004
#> SRR1499543 1 0.1141 0.7621 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1443419 2 0.1434 0.9090 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR657372 5 0.5193 0.6503 0.284 0.000 0.008 0.088 0.616 0.004
#> SRR661409 5 0.6203 0.4795 0.072 0.000 0.004 0.148 0.596 0.180
#> SRR1409721 2 0.0547 0.9112 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1391678 1 0.0972 0.7630 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1392030 1 0.3445 0.5353 0.732 0.000 0.000 0.000 0.260 0.008
#> SRR1453787 1 0.2121 0.7234 0.892 0.000 0.000 0.000 0.096 0.012
#> SRR654969 1 0.2190 0.7471 0.900 0.000 0.000 0.000 0.060 0.040
#> SRR1435113 4 0.0146 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR601359 5 0.3652 0.6225 0.324 0.000 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR663392 2 0.1701 0.8965 0.000 0.920 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR1374716 5 0.5182 0.0994 0.000 0.092 0.000 0.304 0.596 0.008
#> SRR601157 5 0.3784 0.6368 0.308 0.000 0.000 0.012 0.680 0.000
#> SRR615347 6 0.2404 0.7245 0.000 0.112 0.000 0.000 0.016 0.872
#> SRR1329464 1 0.0363 0.7640 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1357344 6 0.3520 0.7292 0.028 0.064 0.004 0.000 0.068 0.836
#> SRR1365356 3 0.0291 0.8932 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR598068 3 0.0291 0.8933 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR810343 1 0.3309 0.5106 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1431991 1 0.1196 0.7596 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008
#> SRR1312024 3 0.0291 0.8933 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1499699 6 0.1826 0.7340 0.052 0.000 0.004 0.000 0.020 0.924
#> SRR1397861 1 0.1982 0.7354 0.912 0.004 0.000 0.000 0.068 0.016
#> SRR1479663 2 0.1856 0.9048 0.000 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1475483 1 0.0146 0.7646 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603726 5 0.6006 0.6471 0.260 0.000 0.048 0.124 0.568 0.000
#> SRR663368 1 0.5014 0.3682 0.636 0.000 0.000 0.020 0.280 0.064
#> SRR1354225 2 0.2006 0.8776 0.000 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1089809 6 0.5633 0.5811 0.000 0.020 0.236 0.040 0.064 0.640
#> SRR1338901 6 0.3915 0.6545 0.000 0.188 0.004 0.000 0.052 0.756
#> SRR598645 3 0.4394 0.7074 0.000 0.000 0.740 0.180 0.032 0.048
#> SRR656528 6 0.3278 0.7266 0.032 0.000 0.064 0.000 0.056 0.848
#> SRR809503 1 0.5940 -0.0989 0.460 0.000 0.000 0.000 0.272 0.268
#> SRR659923 2 0.1092 0.9097 0.000 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR1498226 1 0.1946 0.7347 0.912 0.004 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1319858 1 0.4715 0.1420 0.536 0.000 0.000 0.000 0.048 0.416
#> SRR1350566 1 0.1204 0.7569 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.2932 0.6647 0.820 0.000 0.000 0.000 0.164 0.016
#> SRR1348318 5 0.3872 0.5238 0.392 0.000 0.000 0.004 0.604 0.000
#> SRR1343433 1 0.0937 0.7622 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1342088 3 0.0458 0.8914 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1404384 3 0.4510 0.6010 0.000 0.024 0.712 0.000 0.048 0.216
#> SRR655495 6 0.4606 0.6402 0.000 0.000 0.208 0.064 0.020 0.708
#> SRR812270 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821176 2 0.1003 0.9112 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR807799 2 0.0508 0.9108 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR814919 2 0.7369 -0.0502 0.164 0.360 0.352 0.000 0.116 0.008
#> SRR1415274 1 0.4689 -0.1623 0.516 0.000 0.000 0.044 0.440 0.000
#> SRR1491275 6 0.5835 0.5567 0.204 0.084 0.016 0.000 0.056 0.640
#> SRR659851 5 0.5324 0.3495 0.428 0.000 0.000 0.000 0.468 0.104
#> SRR1337364 1 0.3555 0.4973 0.712 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008
#> SRR1414471 1 0.2313 0.7127 0.884 0.004 0.000 0.000 0.100 0.012
#> SRR1471862 1 0.4318 -0.0883 0.532 0.000 0.000 0.000 0.448 0.020
#> SRR1456208 3 0.0436 0.8926 0.004 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR1393428 6 0.3588 0.7097 0.000 0.032 0.144 0.000 0.020 0.804
#> SRR1327632 5 0.4018 0.6168 0.324 0.000 0.000 0.000 0.656 0.020
#> SRR608120 1 0.2679 0.7141 0.864 0.000 0.000 0.000 0.096 0.040
#> SRR607679 2 0.2302 0.8683 0.000 0.872 0.000 0.000 0.120 0.008
#> SRR1359529 3 0.1549 0.8763 0.004 0.024 0.944 0.000 0.004 0.024
#> SRR1330305 2 0.1480 0.9069 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR1436042 1 0.2260 0.7008 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR656191 2 0.1010 0.9102 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1419211 1 0.2418 0.7130 0.884 0.008 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR658117 6 0.3709 0.7392 0.024 0.000 0.056 0.052 0.032 0.836
#> SRR1090770 1 0.1462 0.7483 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR657420 1 0.1930 0.7487 0.916 0.000 0.048 0.000 0.036 0.000
#> SRR1398686 1 0.1668 0.7444 0.928 0.004 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR821207 1 0.1391 0.7589 0.944 0.000 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR1074694 3 0.0405 0.8925 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1413851 2 0.2527 0.8797 0.000 0.876 0.000 0.000 0.084 0.040
#> SRR1319924 2 0.0717 0.9112 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1361050 6 0.3454 0.5806 0.208 0.000 0.000 0.000 0.024 0.768
#> SRR1095792 3 0.3351 0.8142 0.000 0.004 0.840 0.020 0.096 0.040
#> SRR1476903 1 0.4360 0.4660 0.680 0.000 0.000 0.000 0.260 0.060
#> SRR1406502 2 0.2365 0.8818 0.000 0.888 0.000 0.000 0.040 0.072
#> SRR607502 6 0.2278 0.7399 0.004 0.000 0.052 0.000 0.044 0.900
#> SRR602951 3 0.4569 0.4598 0.000 0.000 0.616 0.344 0.028 0.012
#> SRR1402922 6 0.2434 0.7448 0.000 0.032 0.056 0.000 0.016 0.896
#> SRR1314071 1 0.7275 -0.0908 0.392 0.008 0.212 0.316 0.068 0.004
#> SRR1374778 3 0.2335 0.8524 0.000 0.044 0.904 0.000 0.028 0.024
#> SRR1089926 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0291 0.8932 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1366772 2 0.1564 0.9034 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR1487465 4 0.0632 0.9077 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2166006 2 0.5931 0.6573 0.072 0.688 0.104 0.016 0.096 0.024
#> SRR1341034 4 0.4600 0.1566 0.000 0.416 0.000 0.552 0.020 0.012
#> SRR1460235 1 0.1649 0.7649 0.932 0.000 0.000 0.000 0.036 0.032
#> SRR1368917 1 0.0777 0.7621 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1457197 6 0.4148 0.6252 0.000 0.068 0.000 0.000 0.208 0.724
#> SRR1433311 3 0.0291 0.8932 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR656373 5 0.3871 0.6423 0.148 0.000 0.000 0.084 0.768 0.000
#> SRR1454265 1 0.0632 0.7621 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1454498 3 0.0291 0.8932 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR661711 1 0.2003 0.7201 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR661493 1 0.0363 0.7653 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1356120 1 0.2480 0.7177 0.872 0.000 0.000 0.000 0.104 0.024
#> SRR1381414 2 0.2001 0.8946 0.000 0.912 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR1350263 3 0.1563 0.8677 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR1327349 2 0.2796 0.8678 0.000 0.864 0.000 0.016 0.100 0.020
#> SRR1476348 2 0.2308 0.8784 0.000 0.880 0.000 0.004 0.108 0.008
#> SRR656035 1 0.0363 0.7640 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2165896 3 0.5323 0.1869 0.000 0.404 0.520 0.000 0.044 0.032
#> SRR601549 6 0.1367 0.7449 0.000 0.000 0.044 0.000 0.012 0.944
#> SRR658573 2 0.1074 0.9092 0.000 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR1393470 6 0.6179 0.5552 0.000 0.056 0.004 0.172 0.180 0.588
#> SRR1381247 3 0.0508 0.8920 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1322790 3 0.0964 0.8850 0.000 0.004 0.968 0.000 0.012 0.016
#> SRR1404044 1 0.1007 0.7600 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1487728 6 0.2328 0.7195 0.056 0.000 0.000 0.000 0.052 0.892
#> SRR1419593 1 0.0858 0.7610 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1434689 2 0.1341 0.9093 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR1349540 6 0.4792 0.4302 0.200 0.000 0.000 0.000 0.132 0.668
#> SRR1377967 2 0.0937 0.9092 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR662510 2 0.1176 0.9124 0.000 0.956 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1370151 2 0.1528 0.9096 0.000 0.944 0.000 0.012 0.028 0.016
#> SRR809043 3 0.5069 0.5749 0.000 0.000 0.628 0.112 0.256 0.004
#> SRR659578 1 0.3972 0.6031 0.792 0.080 0.000 0.000 0.104 0.024
#> SRR1339413 2 0.2487 0.8831 0.000 0.876 0.000 0.000 0.032 0.092
#> SRR1434760 6 0.3894 0.6105 0.168 0.000 0.000 0.000 0.072 0.760
#> SRR660079 1 0.1007 0.7662 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.1219 0.7532 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1073267 3 0.1857 0.8656 0.000 0.000 0.924 0.044 0.028 0.004
#> SRR1418688 3 0.0622 0.8919 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR602338 1 0.1327 0.7487 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1323936 4 0.1958 0.8258 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR1313789 2 0.3002 0.8540 0.004 0.848 0.000 0.000 0.100 0.048
#> SRR614275 3 0.0363 0.8929 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR601962 5 0.3999 0.2398 0.496 0.000 0.000 0.000 0.500 0.004
#> SRR663795 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0405 0.9121 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR655780 2 0.1723 0.9109 0.000 0.928 0.000 0.000 0.036 0.036
#> SRR661794 1 0.0458 0.7635 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1339508 3 0.0146 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1501097 2 0.0909 0.9104 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1358459 6 0.4829 0.2188 0.000 0.000 0.424 0.000 0.056 0.520
#> SRR1333550 2 0.2784 0.8481 0.000 0.848 0.000 0.000 0.028 0.124
#> SRR821148 1 0.1563 0.7591 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR808658 1 0.7376 -0.0617 0.376 0.360 0.020 0.000 0.148 0.096
#> SRR598100 5 0.5011 0.5622 0.368 0.000 0.000 0.080 0.552 0.000
#> SRR1475281 3 0.5624 0.0802 0.000 0.020 0.492 0.000 0.088 0.400
#> SRR1469477 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.1088 0.9109 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1415660 2 0.2450 0.8646 0.000 0.868 0.000 0.000 0.116 0.016
#> SRR816892 5 0.4682 0.4036 0.012 0.080 0.000 0.180 0.720 0.008
#> SRR1447325 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415980 5 0.3944 0.4384 0.428 0.000 0.000 0.000 0.568 0.004
#> SRR658021 3 0.3195 0.7566 0.116 0.000 0.836 0.000 0.012 0.036
#> SRR1356308 2 0.0508 0.9106 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1443695 5 0.5093 0.5925 0.192 0.000 0.000 0.000 0.632 0.176
#> SRR1083031 2 0.5146 0.6302 0.000 0.676 0.164 0.000 0.024 0.136
#> SRR1466177 2 0.2201 0.8962 0.000 0.900 0.000 0.000 0.052 0.048
#> SRR1346978 2 0.1723 0.8989 0.000 0.928 0.000 0.000 0.036 0.036
#> SRR607705 3 0.1757 0.8717 0.000 0.012 0.928 0.000 0.008 0.052
#> SRR598364 1 0.1816 0.7545 0.928 0.000 0.048 0.004 0.016 0.004
#> SRR603036 1 0.1779 0.7420 0.920 0.000 0.000 0.000 0.064 0.016
#> SRR604342 4 0.2260 0.8069 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1365850 4 0.2588 0.8097 0.000 0.092 0.000 0.876 0.024 0.008
#> SRR1335940 1 0.3899 0.1593 0.592 0.000 0.000 0.000 0.404 0.004
#> SRR1436515 1 0.0146 0.7652 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367612 2 0.1088 0.9091 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1411002 1 0.0865 0.7622 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1446606 4 0.2973 0.8389 0.000 0.012 0.012 0.872 0.056 0.048
#> SRR1350936 6 0.4778 0.0847 0.424 0.000 0.000 0.000 0.052 0.524
#> SRR1351257 3 0.0363 0.8922 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1316793 3 0.0622 0.8902 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1090815 6 0.6141 -0.1333 0.348 0.000 0.012 0.000 0.196 0.444
#> SRR657845 1 0.2019 0.7413 0.900 0.000 0.000 0.000 0.012 0.088
#> SRR1408633 2 0.3319 0.7937 0.000 0.800 0.000 0.164 0.036 0.000
#> SRR1398971 5 0.4277 0.5968 0.112 0.012 0.000 0.108 0.764 0.004
#> SRR1399457 6 0.3743 0.6931 0.004 0.136 0.000 0.000 0.072 0.788
#> SRR1073341 6 0.4760 0.0509 0.464 0.008 0.000 0.000 0.032 0.496
#> SRR810805 1 0.3136 0.6372 0.796 0.000 0.000 0.000 0.188 0.016
#> SRR1309657 1 0.3390 0.4764 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR820186 1 0.3202 0.6439 0.800 0.000 0.000 0.000 0.176 0.024
#> SRR1388913 2 0.5125 0.5482 0.000 0.612 0.000 0.108 0.276 0.004
#> SRR1396270 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0820 0.9106 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR614912 2 0.1867 0.9018 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR1478410 3 0.2996 0.8271 0.000 0.064 0.872 0.012 0.032 0.020
#> SRR613975 2 0.1010 0.9077 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1441631 6 0.2790 0.7192 0.000 0.000 0.140 0.000 0.020 0.840
#> SRR1088044 6 0.2282 0.7332 0.000 0.088 0.000 0.000 0.024 0.888
#> SRR1082909 5 0.4076 0.3810 0.452 0.000 0.000 0.000 0.540 0.008
#> SRR1392007 2 0.3576 0.8119 0.000 0.800 0.000 0.060 0.136 0.004
#> SRR2166524 2 0.1152 0.9079 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1445765 1 0.3555 0.6383 0.780 0.000 0.000 0.000 0.044 0.176
#> SRR819867 2 0.1686 0.8974 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR1339675 5 0.3758 0.6493 0.284 0.000 0.000 0.000 0.700 0.016
#> SRR1085687 2 0.1829 0.8980 0.000 0.920 0.000 0.000 0.056 0.024
#> SRR597952 6 0.1858 0.7390 0.000 0.076 0.000 0.000 0.012 0.912
#> SRR1376497 3 0.1718 0.8729 0.000 0.020 0.936 0.000 0.024 0.020
#> SRR813848 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.3738 0.5714 0.752 0.000 0.000 0.000 0.040 0.208
#> SRR1070960 1 0.4064 0.2793 0.624 0.000 0.000 0.000 0.360 0.016
#> SRR615285 3 0.1773 0.8761 0.000 0.016 0.932 0.000 0.016 0.036
#> SRR1325353 1 0.1895 0.7349 0.912 0.000 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR1470682 2 0.0993 0.9107 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR615886 1 0.1075 0.7607 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1397649 2 0.1092 0.9089 0.000 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR819690 1 0.3053 0.6598 0.812 0.000 0.000 0.000 0.168 0.020
#> SRR1336113 2 0.1780 0.9024 0.000 0.924 0.000 0.000 0.048 0.028
#> SRR1396570 6 0.5579 0.4735 0.016 0.292 0.000 0.000 0.120 0.572
#> SRR1327366 2 0.3158 0.8263 0.000 0.812 0.000 0.004 0.164 0.020
#> SRR1317218 2 0.0717 0.9110 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1352001 1 0.0937 0.7613 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1469791 6 0.5278 0.6044 0.000 0.000 0.084 0.192 0.052 0.672
#> SRR1388046 6 0.1536 0.7435 0.040 0.016 0.000 0.000 0.004 0.940
#> SRR655076 6 0.5810 0.3426 0.012 0.332 0.000 0.000 0.144 0.512
#> SRR1464353 2 0.1341 0.9071 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR654754 1 0.2001 0.7525 0.912 0.000 0.000 0.000 0.048 0.040
#> SRR599412 1 0.4258 0.6159 0.764 0.000 0.040 0.000 0.048 0.148
#> SRR2166308 3 0.0146 0.8936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR655696 1 0.5992 -0.3241 0.396 0.000 0.000 0.000 0.372 0.232
#> SRR602978 2 0.1498 0.9051 0.000 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR1323850 2 0.2070 0.8913 0.000 0.908 0.000 0.000 0.048 0.044
#> SRR1365512 3 0.0260 0.8928 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR663380 6 0.3123 0.6728 0.112 0.000 0.000 0.000 0.056 0.832
#> SRR1410469 3 0.1010 0.8842 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR659259 5 0.5325 0.2154 0.000 0.212 0.000 0.192 0.596 0.000
#> SRR1421223 6 0.2822 0.7439 0.000 0.012 0.060 0.004 0.048 0.876
#> SRR1092567 3 0.0622 0.8905 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1472598 3 0.0458 0.8929 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1069279 6 0.2649 0.7436 0.000 0.052 0.016 0.000 0.048 0.884
#> SRR1351624 3 0.4498 0.4875 0.000 0.000 0.644 0.000 0.056 0.300
#> SRR1342938 3 0.0146 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR599346 2 0.7592 0.2705 0.180 0.460 0.000 0.184 0.148 0.028
#> SRR1359045 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601843 1 0.1556 0.7446 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1318898 1 0.3843 -0.0487 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1455104 1 0.1851 0.7487 0.924 0.004 0.012 0.000 0.056 0.004
#> SRR598565 1 0.3221 0.5981 0.772 0.000 0.000 0.004 0.220 0.004
#> SRR1315188 3 0.0405 0.8931 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1409875 5 0.4530 0.1422 0.000 0.356 0.000 0.044 0.600 0.000
#> SRR1348270 2 0.0458 0.9116 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR602389 1 0.3668 0.4033 0.668 0.000 0.000 0.000 0.328 0.004
#> SRR1451857 2 0.0993 0.9093 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR1436629 2 0.1700 0.8986 0.000 0.928 0.000 0.000 0.048 0.024
#> SRR1349144 1 0.1895 0.7349 0.912 0.000 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR615491 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095937 4 0.5415 0.6489 0.056 0.012 0.000 0.696 0.108 0.128
#> SRR1473295 1 0.4465 0.0814 0.504 0.000 0.004 0.000 0.020 0.472
#> SRR1457972 2 0.1168 0.9093 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1475430 3 0.1429 0.8788 0.000 0.004 0.940 0.000 0.052 0.004
#> SRR2164562 6 0.3235 0.7261 0.020 0.000 0.124 0.000 0.024 0.832
#> SRR665490 1 0.2333 0.7146 0.884 0.000 0.000 0.000 0.092 0.024
#> SRR1434182 2 0.2002 0.9042 0.000 0.920 0.000 0.040 0.012 0.028
#> SRR1458506 1 0.3592 0.3565 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR808886 3 0.0146 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329442 1 0.0993 0.7658 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024 0.000
#> SRR1457925 1 0.3578 0.3848 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1434910 2 0.1168 0.9093 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR614107 3 0.5433 0.4264 0.000 0.000 0.548 0.064 0.360 0.028
#> SRR1323914 2 0.1334 0.9095 0.000 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR1323065 1 0.3852 0.2218 0.612 0.000 0.000 0.000 0.384 0.004
#> SRR1309578 2 0.2579 0.8758 0.000 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1500908 1 0.4206 0.2899 0.620 0.000 0.000 0.000 0.356 0.024
#> SRR1076753 1 0.1285 0.7517 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1327410 3 0.3504 0.7922 0.000 0.000 0.820 0.112 0.052 0.016
#> SRR608064 1 0.4955 0.4032 0.644 0.000 0.000 0.000 0.220 0.136
#> SRR608512 1 0.2971 0.6978 0.864 0.004 0.040 0.000 0.080 0.012
#> SRR2167551 3 0.6811 -0.0506 0.000 0.324 0.344 0.000 0.040 0.292
#> SRR1394872 1 0.0865 0.7631 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1345669 1 0.0777 0.7614 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1367588 3 0.1390 0.8787 0.000 0.016 0.948 0.000 0.004 0.032
#> SRR1387724 3 0.0508 0.8912 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR660438 6 0.1745 0.7459 0.000 0.000 0.068 0.000 0.012 0.920
#> SRR1310758 6 0.2307 0.7478 0.000 0.016 0.032 0.000 0.048 0.904
#> SRR601525 2 0.0603 0.9122 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR818749 5 0.4711 0.6368 0.280 0.000 0.000 0.000 0.640 0.080
#> SRR604294 5 0.6251 0.5136 0.108 0.000 0.000 0.232 0.568 0.092
#> SRR1322494 2 0.1010 0.9090 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1377949 6 0.4673 0.6717 0.000 0.016 0.164 0.000 0.104 0.716
#> SRR1317001 1 0.0790 0.7632 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1311897 1 0.1007 0.7600 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1308715 2 0.1480 0.9098 0.000 0.940 0.000 0.000 0.020 0.040
#> SRR1415195 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0458 0.9109 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1480611 1 0.1615 0.7447 0.928 0.004 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR603834 6 0.4625 0.4815 0.104 0.000 0.000 0.000 0.216 0.680
#> SRR1341256 2 0.0914 0.9093 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR613795 1 0.2822 0.7162 0.852 0.000 0.000 0.000 0.108 0.040
#> SRR659744 2 0.4666 0.6351 0.000 0.676 0.000 0.000 0.108 0.216
#> SRR1479549 1 0.2263 0.7433 0.896 0.000 0.000 0.000 0.056 0.048
#> SRR613258 1 0.5587 0.1443 0.532 0.344 0.000 0.000 0.112 0.012
#> SRR1088808 5 0.5164 0.4830 0.116 0.000 0.000 0.300 0.584 0.000
#> SRR1329068 2 0.1349 0.9049 0.000 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1480565 2 0.1492 0.9045 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR1337137 2 0.3304 0.8132 0.000 0.804 0.000 0.008 0.168 0.020
#> SRR1099520 1 0.1556 0.7438 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR603942 4 0.0260 0.9170 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1440625 3 0.0458 0.8914 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1391700 1 0.2214 0.7198 0.892 0.004 0.000 0.000 0.092 0.012
#> SRR657360 1 0.2433 0.7457 0.884 0.000 0.000 0.000 0.044 0.072
#> SRR1473443 6 0.4362 0.6963 0.000 0.000 0.060 0.100 0.068 0.772
#> SRR1498438 3 0.2446 0.8107 0.000 0.000 0.864 0.000 0.012 0.124
#> SRR1394655 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.2897 0.8346 0.000 0.000 0.872 0.028 0.048 0.052
#> SRR604148 1 0.3940 0.3302 0.640 0.000 0.000 0.000 0.348 0.012
#> SRR1334939 6 0.4682 0.6838 0.000 0.136 0.060 0.000 0.064 0.740
#> SRR1349497 1 0.0777 0.7648 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1360523 1 0.0632 0.7640 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1446114 4 0.0405 0.9183 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.1124 0.9083 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR656469 3 0.1313 0.8804 0.000 0.016 0.952 0.000 0.004 0.028
#> SRR1389868 1 0.0260 0.7643 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1390265 2 0.1007 0.9088 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1364935 4 0.0603 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1469102 1 0.0363 0.7651 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1440584 2 0.2457 0.8758 0.000 0.880 0.000 0.000 0.084 0.036
#> SRR1459697 2 0.1657 0.9008 0.000 0.928 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR1352575 1 0.1930 0.7487 0.916 0.000 0.000 0.000 0.048 0.036
#> SRR613711 2 0.1921 0.8957 0.000 0.916 0.000 0.000 0.032 0.052
#> SRR614023 1 0.2070 0.7509 0.908 0.000 0.000 0.000 0.048 0.044
#> SRR1316174 1 0.4587 0.4730 0.688 0.000 0.000 0.108 0.204 0.000
#> SRR603268 2 0.4073 0.8045 0.000 0.796 0.000 0.072 0.068 0.064
#> SRR1486044 2 0.0363 0.9111 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1441483 2 0.1003 0.9096 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1074189 1 0.6328 -0.0766 0.416 0.400 0.000 0.000 0.148 0.036
#> SRR665646 5 0.4592 0.2953 0.468 0.000 0.000 0.000 0.496 0.036
#> SRR1404931 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479085 6 0.3394 0.6691 0.016 0.008 0.004 0.000 0.172 0.800
#> SRR1322711 2 0.0806 0.9111 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1404988 4 0.0547 0.9089 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.3072 0.8184 0.000 0.024 0.000 0.856 0.036 0.084
#> SRR1332713 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.1151 0.7631 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR659947 5 0.5594 0.5727 0.296 0.120 0.000 0.016 0.568 0.000
#> SRR1414356 1 0.2008 0.7504 0.920 0.000 0.004 0.040 0.032 0.004
#> SRR599122 3 0.0146 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1344100 2 0.1245 0.9084 0.000 0.952 0.000 0.000 0.032 0.016
#> SRR613018 5 0.6042 0.2829 0.012 0.056 0.004 0.060 0.576 0.292
#> SRR1456591 1 0.1387 0.7514 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1368710 2 0.3083 0.8474 0.000 0.828 0.000 0.000 0.040 0.132
#> SRR1397885 1 0.1267 0.7649 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1319283 6 0.2536 0.7299 0.004 0.000 0.004 0.092 0.020 0.880
#> SRR1349518 2 0.1572 0.9078 0.000 0.936 0.000 0.000 0.028 0.036
#> SRR1471267 1 0.2356 0.7129 0.884 0.004 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR655277 1 0.3578 0.3797 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1455436 4 0.5501 0.1489 0.004 0.084 0.000 0.472 0.432 0.008
#> SRR658009 6 0.4437 0.1963 0.392 0.000 0.000 0.000 0.032 0.576
#> SRR1331383 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.2042 0.8654 0.000 0.032 0.920 0.000 0.024 0.024
#> SRR659133 4 0.0000 0.9242 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660212 2 0.6248 0.4013 0.000 0.544 0.208 0.000 0.044 0.204
#> SRR657821 1 0.5000 0.5045 0.704 0.040 0.000 0.000 0.100 0.156
#> SRR1379279 6 0.5503 0.5911 0.000 0.200 0.000 0.072 0.076 0.652
#> SRR663149 2 0.3506 0.8388 0.020 0.840 0.028 0.000 0.088 0.024
#> SRR1413032 3 0.4156 0.7292 0.000 0.000 0.760 0.164 0.056 0.020
#> SRR1377557 1 0.0935 0.7595 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1335296 2 0.1010 0.9077 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1407273 2 0.5396 0.2173 0.004 0.508 0.404 0.000 0.076 0.008
#> SRR657101 6 0.1210 0.7438 0.020 0.008 0.004 0.000 0.008 0.960
#> SRR1350588 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 6 0.2923 0.6909 0.100 0.000 0.000 0.000 0.052 0.848
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.648 0.866 0.935 0.217 0.843 0.843
#> 3 3 0.438 0.729 0.868 0.563 0.868 0.844
#> 4 4 0.305 0.660 0.813 0.279 0.929 0.901
#> 5 5 0.317 0.583 0.754 0.297 0.746 0.619
#> 6 6 0.331 0.611 0.696 0.139 0.896 0.771
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0938 0.9331 0.988 0.012
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1443419 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.9608 0.4155 0.616 0.384
#> SRR661409 1 0.8443 0.6657 0.728 0.272
#> SRR1409721 1 0.1843 0.9287 0.972 0.028
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.1633 0.9301 0.976 0.024
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.5408 0.8560 0.876 0.124
#> SRR663392 1 0.8267 0.6875 0.740 0.260
#> SRR1374716 2 0.6973 0.7230 0.188 0.812
#> SRR601157 1 0.5178 0.8637 0.884 0.116
#> SRR615347 1 0.1633 0.9308 0.976 0.024
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0672 0.9339 0.992 0.008
#> SRR810343 1 0.4431 0.8863 0.908 0.092
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1479663 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.8207 0.6895 0.744 0.256
#> SRR663368 1 0.4161 0.8922 0.916 0.084
#> SRR1354225 1 0.8555 0.6529 0.720 0.280
#> SRR1089809 1 0.6973 0.7921 0.812 0.188
#> SRR1338901 1 0.0938 0.9341 0.988 0.012
#> SRR598645 1 0.4939 0.8747 0.892 0.108
#> SRR656528 1 0.7674 0.7421 0.776 0.224
#> SRR809503 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR659923 1 0.1843 0.9289 0.972 0.028
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.4298 0.8193 0.088 0.912
#> SRR1406307 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1348318 1 0.8386 0.6701 0.732 0.268
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1342088 1 0.0672 0.9344 0.992 0.008
#> SRR1404384 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR655495 1 0.9427 0.4285 0.640 0.360
#> SRR812270 1 0.9833 0.2608 0.576 0.424
#> SRR821176 1 0.1843 0.9292 0.972 0.028
#> SRR807799 1 0.0672 0.9341 0.992 0.008
#> SRR814919 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1415274 1 0.9896 0.1978 0.560 0.440
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.4690 0.8803 0.900 0.100
#> SRR1456208 1 0.4022 0.8929 0.920 0.080
#> SRR1393428 1 0.2778 0.9176 0.952 0.048
#> SRR1327632 1 0.4690 0.8803 0.900 0.100
#> SRR608120 1 0.6801 0.7989 0.820 0.180
#> SRR607679 1 0.8555 0.6529 0.720 0.280
#> SRR1359529 1 0.0376 0.9347 0.996 0.004
#> SRR1330305 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.5178 0.8652 0.884 0.116
#> SRR656191 1 0.1633 0.9300 0.976 0.024
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.7674 0.7421 0.776 0.224
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0376 0.9347 0.996 0.004
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1074694 1 0.0938 0.9338 0.988 0.012
#> SRR1413851 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1319924 1 0.0938 0.9333 0.988 0.012
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1095792 1 0.0938 0.9337 0.988 0.012
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1406502 1 0.0938 0.9340 0.988 0.012
#> SRR607502 1 0.4939 0.8743 0.892 0.108
#> SRR602951 1 0.5737 0.8469 0.864 0.136
#> SRR1402922 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1314071 1 0.9129 0.5496 0.672 0.328
#> SRR1374778 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1089926 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1366772 1 0.2603 0.9214 0.956 0.044
#> SRR1487465 1 0.9427 0.4609 0.640 0.360
#> SRR2166006 1 0.0672 0.9346 0.992 0.008
#> SRR1341034 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1457197 1 0.0376 0.9346 0.996 0.004
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.9686 0.3822 0.604 0.396
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.7299 0.7686 0.796 0.204
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1381414 1 0.1184 0.9330 0.984 0.016
#> SRR1350263 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1327349 1 0.8386 0.6741 0.732 0.268
#> SRR1476348 1 0.7219 0.7791 0.800 0.200
#> SRR656035 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR601549 1 0.4022 0.8963 0.920 0.080
#> SRR658573 1 0.3274 0.9124 0.940 0.060
#> SRR1393470 1 0.4161 0.8963 0.916 0.084
#> SRR1381247 1 0.0376 0.9346 0.996 0.004
#> SRR1322790 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1434689 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1377967 1 0.1414 0.9323 0.980 0.020
#> SRR662510 1 0.1633 0.9300 0.976 0.024
#> SRR1370151 1 0.5629 0.8537 0.868 0.132
#> SRR809043 1 0.9552 0.4394 0.624 0.376
#> SRR659578 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1339413 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1073267 1 0.1414 0.9321 0.980 0.020
#> SRR1418688 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR602338 1 0.6801 0.7989 0.820 0.180
#> SRR1323936 2 0.9580 0.3815 0.380 0.620
#> SRR1313789 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR614275 1 0.5737 0.8469 0.864 0.136
#> SRR601962 1 0.5294 0.8603 0.880 0.120
#> SRR663795 1 0.9970 0.0848 0.532 0.468
#> SRR1418650 1 0.1843 0.9287 0.972 0.028
#> SRR655780 1 0.2423 0.9244 0.960 0.040
#> SRR661794 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1339508 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1501097 1 0.1414 0.9312 0.980 0.020
#> SRR1358459 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1333550 1 0.1184 0.9331 0.984 0.016
#> SRR821148 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR598100 1 0.5408 0.8564 0.876 0.124
#> SRR1475281 1 0.0938 0.9337 0.988 0.012
#> SRR1469477 1 0.0938 0.9328 0.988 0.012
#> SRR1468184 1 0.1184 0.9328 0.984 0.016
#> SRR1415660 1 0.8443 0.6673 0.728 0.272
#> SRR816892 1 0.7219 0.7791 0.800 0.200
#> SRR1447325 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.4690 0.8803 0.900 0.100
#> SRR658021 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1356308 1 0.1184 0.9323 0.984 0.016
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1083031 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1466177 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1346978 1 0.1414 0.9312 0.980 0.020
#> SRR607705 1 0.4690 0.8785 0.900 0.100
#> SRR598364 1 0.6973 0.7889 0.812 0.188
#> SRR603036 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR604342 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1367612 1 0.1843 0.9289 0.972 0.028
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1446606 1 0.7745 0.6905 0.772 0.228
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1351257 1 0.1184 0.9327 0.984 0.016
#> SRR1316793 1 0.0938 0.9329 0.988 0.012
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1398971 2 0.9993 0.0519 0.484 0.516
#> SRR1399457 1 0.0376 0.9346 0.996 0.004
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0672 0.9339 0.992 0.008
#> SRR820186 1 0.0938 0.9338 0.988 0.012
#> SRR1388913 1 0.6343 0.8270 0.840 0.160
#> SRR1396270 1 0.1184 0.9319 0.984 0.016
#> SRR613402 1 0.1633 0.9300 0.976 0.024
#> SRR614912 1 0.1633 0.9300 0.976 0.024
#> SRR1478410 1 0.7674 0.7442 0.776 0.224
#> SRR613975 1 0.0938 0.9335 0.988 0.012
#> SRR1441631 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1088044 1 0.0938 0.9341 0.988 0.012
#> SRR1082909 1 0.4562 0.8838 0.904 0.096
#> SRR1392007 2 0.5059 0.7997 0.112 0.888
#> SRR2166524 1 0.3274 0.9124 0.940 0.060
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR819867 1 0.3584 0.9077 0.932 0.068
#> SRR1339675 1 0.1633 0.9301 0.976 0.024
#> SRR1085687 1 0.4022 0.8994 0.920 0.080
#> SRR597952 1 0.0376 0.9346 0.996 0.004
#> SRR1376497 1 0.0938 0.9329 0.988 0.012
#> SRR813848 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.1633 0.9301 0.976 0.024
#> SRR615285 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1470682 1 0.2423 0.9233 0.960 0.040
#> SRR615886 1 0.0672 0.9341 0.992 0.008
#> SRR1397649 1 0.1843 0.9286 0.972 0.028
#> SRR819690 1 0.0938 0.9338 0.988 0.012
#> SRR1336113 1 0.5946 0.8436 0.856 0.144
#> SRR1396570 1 0.0376 0.9346 0.996 0.004
#> SRR1327366 1 0.8555 0.6529 0.720 0.280
#> SRR1317218 1 0.1843 0.9286 0.972 0.028
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1469791 1 0.4562 0.8865 0.904 0.096
#> SRR1388046 1 0.0376 0.9346 0.996 0.004
#> SRR655076 1 0.7674 0.7421 0.776 0.224
#> SRR1464353 1 0.1843 0.9287 0.972 0.028
#> SRR654754 1 0.6801 0.7989 0.820 0.180
#> SRR599412 1 0.7528 0.7534 0.784 0.216
#> SRR2166308 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR602978 1 0.2603 0.9220 0.956 0.044
#> SRR1323850 1 0.5629 0.8537 0.868 0.132
#> SRR1365512 1 0.2043 0.9243 0.968 0.032
#> SRR663380 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1410469 1 0.0938 0.9337 0.988 0.012
#> SRR659259 2 0.9993 0.0555 0.484 0.516
#> SRR1421223 1 0.3879 0.9021 0.924 0.076
#> SRR1092567 1 0.2236 0.9220 0.964 0.036
#> SRR1472598 1 0.0938 0.9337 0.988 0.012
#> SRR1069279 1 0.1184 0.9327 0.984 0.016
#> SRR1351624 1 0.2778 0.9192 0.952 0.048
#> SRR1342938 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR599346 1 0.2948 0.9181 0.948 0.052
#> SRR1359045 1 0.9896 0.1978 0.560 0.440
#> SRR601843 1 0.1184 0.9328 0.984 0.016
#> SRR1318898 1 0.0672 0.9339 0.992 0.008
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.6712 0.7998 0.824 0.176
#> SRR1315188 1 0.2236 0.9220 0.964 0.036
#> SRR1409875 1 0.6973 0.7921 0.812 0.188
#> SRR1348270 1 0.1414 0.9315 0.980 0.020
#> SRR602389 1 0.2236 0.9241 0.964 0.036
#> SRR1451857 1 0.1414 0.9318 0.980 0.020
#> SRR1436629 1 0.0938 0.9333 0.988 0.012
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1457972 1 0.2603 0.9214 0.956 0.044
#> SRR1475430 1 0.1184 0.9329 0.984 0.016
#> SRR2164562 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.7674 0.6801 0.224 0.776
#> SRR1458506 1 0.5737 0.8463 0.864 0.136
#> SRR808886 1 0.0672 0.9344 0.992 0.008
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.1414 0.9310 0.980 0.020
#> SRR1434910 1 0.1414 0.9318 0.980 0.020
#> SRR614107 1 0.8713 0.6027 0.708 0.292
#> SRR1323914 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1309578 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1327410 1 0.1184 0.9329 0.984 0.016
#> SRR608064 1 0.7674 0.7421 0.776 0.224
#> SRR608512 1 0.7528 0.7534 0.784 0.216
#> SRR2167551 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1387724 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR660438 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1310758 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR601525 1 0.2423 0.9244 0.960 0.040
#> SRR818749 1 0.1843 0.9285 0.972 0.028
#> SRR604294 1 0.3431 0.9107 0.936 0.064
#> SRR1322494 1 0.7299 0.7706 0.796 0.204
#> SRR1377949 1 0.0938 0.9337 0.988 0.012
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1308715 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1415195 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1380163 1 0.2043 0.9276 0.968 0.032
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1341256 1 0.0938 0.9336 0.988 0.012
#> SRR613795 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR659744 1 0.2236 0.9258 0.964 0.036
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1088808 2 0.9993 0.0519 0.484 0.516
#> SRR1329068 1 0.6712 0.8064 0.824 0.176
#> SRR1480565 1 0.2423 0.9233 0.960 0.040
#> SRR1337137 1 0.8555 0.6529 0.720 0.280
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR603942 2 0.5178 0.7998 0.116 0.884
#> SRR1440625 1 0.0938 0.9337 0.988 0.012
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.6973 0.7886 0.812 0.188
#> SRR1473443 1 0.1184 0.9333 0.984 0.016
#> SRR1498438 1 0.1633 0.9302 0.976 0.024
#> SRR1394655 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1466338 1 0.1184 0.9333 0.984 0.016
#> SRR604148 1 0.5519 0.8560 0.872 0.128
#> SRR1334939 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1446114 1 0.9833 0.2608 0.576 0.424
#> SRR1339366 1 0.0938 0.9333 0.988 0.012
#> SRR656469 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1390265 1 0.0938 0.9333 0.988 0.012
#> SRR1364935 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1440584 1 0.0938 0.9334 0.988 0.012
#> SRR1459697 1 0.7299 0.7706 0.796 0.204
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR613711 1 0.1414 0.9312 0.980 0.020
#> SRR614023 1 0.6801 0.7989 0.820 0.180
#> SRR1316174 1 0.9833 0.2482 0.576 0.424
#> SRR603268 1 0.2423 0.9241 0.960 0.040
#> SRR1486044 1 0.3879 0.8975 0.924 0.076
#> SRR1441483 1 0.0672 0.9344 0.992 0.008
#> SRR1074189 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR665646 1 0.6887 0.7943 0.816 0.184
#> SRR1404931 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.0376 0.9346 0.996 0.004
#> SRR1322711 1 0.1184 0.9323 0.984 0.016
#> SRR1404988 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.9983 0.1793 0.476 0.524
#> SRR1332713 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.5294 0.8664 0.880 0.120
#> SRR1414356 1 0.7528 0.7550 0.784 0.216
#> SRR599122 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1344100 1 0.4298 0.8929 0.912 0.088
#> SRR613018 2 0.9993 0.0555 0.484 0.516
#> SRR1456591 1 0.5294 0.8631 0.880 0.120
#> SRR1368710 1 0.0376 0.9345 0.996 0.004
#> SRR1397885 1 0.7139 0.7785 0.804 0.196
#> SRR1319283 1 0.1633 0.9275 0.976 0.024
#> SRR1349518 1 0.0938 0.9333 0.988 0.012
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.1843 0.9274 0.972 0.028
#> SRR1455436 1 0.5946 0.8436 0.856 0.144
#> SRR658009 1 0.6801 0.7989 0.820 0.180
#> SRR1331383 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR1394894 1 0.8144 0.6584 0.748 0.252
#> SRR659133 2 0.0000 0.8677 0.000 1.000
#> SRR660212 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1379279 1 0.5178 0.8681 0.884 0.116
#> SRR663149 1 0.0672 0.9346 0.992 0.008
#> SRR1413032 1 0.0938 0.9337 0.988 0.012
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR1335296 1 0.0672 0.9341 0.992 0.008
#> SRR1407273 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
#> SRR657101 1 0.7674 0.7421 0.776 0.224
#> SRR1350588 1 0.1843 0.9261 0.972 0.028
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9348 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.1129 0.85424 0.976 0.020 0.004
#> SRR1499543 1 0.0592 0.85653 0.988 0.012 0.000
#> SRR1443419 1 0.1753 0.84992 0.952 0.048 0.000
#> SRR657372 2 0.7949 0.66421 0.308 0.608 0.084
#> SRR661409 2 0.5873 0.67896 0.312 0.684 0.004
#> SRR1409721 1 0.4178 0.76982 0.828 0.172 0.000
#> SRR1391678 1 0.0424 0.85709 0.992 0.008 0.000
#> SRR1392030 1 0.1753 0.84651 0.952 0.048 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0424 0.85733 0.992 0.008 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.5178 0.68794 0.808 0.164 0.028
#> SRR663392 1 0.7299 0.03953 0.556 0.412 0.032
#> SRR1374716 2 0.6897 -0.38598 0.016 0.548 0.436
#> SRR601157 1 0.4934 0.71096 0.820 0.156 0.024
#> SRR615347 1 0.3619 0.80602 0.864 0.136 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0424 0.85538 0.992 0.008 0.000
#> SRR598068 1 0.0848 0.85490 0.984 0.008 0.008
#> SRR810343 1 0.4063 0.78160 0.868 0.112 0.020
#> SRR1431991 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR1312024 1 0.0237 0.85619 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 1 0.2448 0.83864 0.924 0.076 0.000
#> SRR1475483 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR603726 1 0.7671 -0.06954 0.568 0.380 0.052
#> SRR663368 1 0.3846 0.79024 0.876 0.108 0.016
#> SRR1354225 1 0.7591 -0.04147 0.544 0.412 0.044
#> SRR1089809 1 0.7013 0.36011 0.640 0.324 0.036
#> SRR1338901 1 0.3340 0.81733 0.880 0.120 0.000
#> SRR598645 1 0.5236 0.68215 0.804 0.168 0.028
#> SRR656528 2 0.6079 0.67772 0.388 0.612 0.000
#> SRR809503 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR659923 1 0.4629 0.75179 0.808 0.188 0.004
#> SRR1498226 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1350566 1 0.0237 0.85613 0.996 0.004 0.000
#> SRR614743 3 0.5982 0.64929 0.004 0.328 0.668
#> SRR1406307 1 0.0747 0.85530 0.984 0.016 0.000
#> SRR1348318 1 0.7727 0.03795 0.600 0.336 0.064
#> SRR1343433 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR1342088 1 0.1289 0.85605 0.968 0.032 0.000
#> SRR1404384 1 0.0237 0.85738 0.996 0.004 0.000
#> SRR655495 1 0.9468 -0.39628 0.488 0.300 0.212
#> SRR812270 2 0.8255 0.59042 0.252 0.620 0.128
#> SRR821176 1 0.4291 0.76333 0.820 0.180 0.000
#> SRR807799 1 0.3551 0.80432 0.868 0.132 0.000
#> SRR814919 1 0.2066 0.85221 0.940 0.060 0.000
#> SRR1415274 2 0.9133 0.61650 0.304 0.524 0.172
#> SRR1491275 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0892 0.85388 0.980 0.020 0.000
#> SRR1337364 1 0.1031 0.85312 0.976 0.024 0.000
#> SRR1414471 1 0.0237 0.85749 0.996 0.004 0.000
#> SRR1471862 1 0.4063 0.77687 0.868 0.112 0.020
#> SRR1456208 1 0.5008 0.66404 0.804 0.180 0.016
#> SRR1393428 1 0.4164 0.79324 0.848 0.144 0.008
#> SRR1327632 1 0.4063 0.77549 0.868 0.112 0.020
#> SRR608120 2 0.6252 0.60035 0.444 0.556 0.000
#> SRR607679 1 0.7558 0.01096 0.556 0.400 0.044
#> SRR1359529 1 0.0747 0.85843 0.984 0.016 0.000
#> SRR1330305 1 0.2165 0.84530 0.936 0.064 0.000
#> SRR1436042 1 0.4618 0.74322 0.840 0.136 0.024
#> SRR656191 1 0.4235 0.76575 0.824 0.176 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 2 0.5948 0.70106 0.360 0.640 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0983 0.85785 0.980 0.016 0.004
#> SRR1398686 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 1 0.1765 0.85579 0.956 0.040 0.004
#> SRR1413851 1 0.2066 0.84674 0.940 0.060 0.000
#> SRR1319924 1 0.3752 0.79442 0.856 0.144 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 1 0.2537 0.84405 0.920 0.080 0.000
#> SRR1476903 1 0.0424 0.85733 0.992 0.008 0.000
#> SRR1406502 1 0.3340 0.81732 0.880 0.120 0.000
#> SRR607502 1 0.6307 -0.39528 0.512 0.488 0.000
#> SRR602951 1 0.6779 -0.34895 0.544 0.444 0.012
#> SRR1402922 1 0.1289 0.85524 0.968 0.032 0.000
#> SRR1314071 2 0.7820 0.56672 0.400 0.544 0.056
#> SRR1374778 1 0.0592 0.85616 0.988 0.012 0.000
#> SRR1089926 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0237 0.85595 0.996 0.004 0.000
#> SRR1366772 1 0.4452 0.74902 0.808 0.192 0.000
#> SRR1487465 2 0.8848 0.63206 0.372 0.504 0.124
#> SRR2166006 1 0.2625 0.84350 0.916 0.084 0.000
#> SRR1341034 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 1 0.2625 0.83758 0.916 0.084 0.000
#> SRR1433311 1 0.0424 0.85538 0.992 0.008 0.000
#> SRR656373 2 0.7944 0.65819 0.296 0.616 0.088
#> SRR1454265 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1454498 1 0.0237 0.85595 0.996 0.004 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 2 0.6062 0.68607 0.384 0.616 0.000
#> SRR1356120 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381414 1 0.3551 0.80770 0.868 0.132 0.000
#> SRR1350263 1 0.0237 0.85595 0.996 0.004 0.000
#> SRR1327349 1 0.7570 0.00154 0.552 0.404 0.044
#> SRR1476348 1 0.6794 0.40358 0.648 0.324 0.028
#> SRR656035 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR601549 1 0.5845 0.43132 0.688 0.308 0.004
#> SRR658573 1 0.4842 0.70735 0.776 0.224 0.000
#> SRR1393470 1 0.5318 0.71622 0.780 0.204 0.016
#> SRR1381247 1 0.0592 0.85531 0.988 0.012 0.000
#> SRR1322790 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0424 0.85686 0.992 0.008 0.000
#> SRR1487728 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 1 0.2066 0.84674 0.940 0.060 0.000
#> SRR1349540 1 0.0237 0.85617 0.996 0.004 0.000
#> SRR1377967 1 0.3879 0.78920 0.848 0.152 0.000
#> SRR662510 1 0.4291 0.76367 0.820 0.180 0.000
#> SRR1370151 1 0.5977 0.61828 0.728 0.252 0.020
#> SRR809043 2 0.8608 0.62337 0.384 0.512 0.104
#> SRR659578 1 0.0747 0.85826 0.984 0.016 0.000
#> SRR1339413 1 0.2625 0.84167 0.916 0.084 0.000
#> SRR1434760 1 0.0424 0.85709 0.992 0.008 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 1 0.2711 0.84010 0.912 0.088 0.000
#> SRR1418688 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR602338 2 0.6267 0.58248 0.452 0.548 0.000
#> SRR1323936 2 0.7951 0.14982 0.104 0.636 0.260
#> SRR1313789 1 0.1753 0.84989 0.952 0.048 0.000
#> SRR614275 1 0.6779 -0.34895 0.544 0.444 0.012
#> SRR601962 1 0.4551 0.74500 0.844 0.132 0.024
#> SRR663795 2 0.9589 0.60076 0.316 0.464 0.220
#> SRR1418650 1 0.4178 0.76982 0.828 0.172 0.000
#> SRR655780 1 0.4452 0.75459 0.808 0.192 0.000
#> SRR661794 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR1339508 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 1 0.3879 0.78710 0.848 0.152 0.000
#> SRR1358459 1 0.1031 0.85716 0.976 0.024 0.000
#> SRR1333550 1 0.3482 0.81440 0.872 0.128 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.5053 0.69644 0.812 0.164 0.024
#> SRR1475281 1 0.1289 0.85661 0.968 0.032 0.000
#> SRR1469477 1 0.1832 0.84898 0.956 0.036 0.008
#> SRR1468184 1 0.2711 0.83363 0.912 0.088 0.000
#> SRR1415660 1 0.7476 0.02304 0.556 0.404 0.040
#> SRR816892 1 0.6794 0.40358 0.648 0.324 0.028
#> SRR1447325 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.4136 0.77144 0.864 0.116 0.020
#> SRR658021 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1356308 1 0.3686 0.79825 0.860 0.140 0.000
#> SRR1443695 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR1083031 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466177 1 0.1753 0.84989 0.952 0.048 0.000
#> SRR1346978 1 0.4062 0.77668 0.836 0.164 0.000
#> SRR607705 1 0.6267 -0.36970 0.548 0.452 0.000
#> SRR598364 1 0.6956 0.35600 0.660 0.300 0.040
#> SRR603036 1 0.0424 0.85562 0.992 0.008 0.000
#> SRR604342 3 0.0237 0.92092 0.000 0.004 0.996
#> SRR1365850 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0747 0.85530 0.984 0.016 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 1 0.4682 0.74739 0.804 0.192 0.004
#> SRR1411002 1 0.0424 0.85696 0.992 0.008 0.000
#> SRR1446606 1 0.8474 0.13707 0.604 0.252 0.144
#> SRR1350936 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1351257 1 0.2096 0.85179 0.944 0.052 0.004
#> SRR1316793 1 0.2496 0.84624 0.928 0.068 0.004
#> SRR1090815 1 0.0424 0.85709 0.992 0.008 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398971 2 0.8608 0.50010 0.204 0.604 0.192
#> SRR1399457 1 0.3192 0.82313 0.888 0.112 0.000
#> SRR1073341 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0829 0.85669 0.984 0.012 0.004
#> SRR820186 1 0.0829 0.85736 0.984 0.012 0.004
#> SRR1388913 1 0.6284 0.50800 0.680 0.304 0.016
#> SRR1396270 1 0.1832 0.84978 0.956 0.036 0.008
#> SRR613402 1 0.4002 0.78044 0.840 0.160 0.000
#> SRR614912 1 0.4235 0.76575 0.824 0.176 0.000
#> SRR1478410 1 0.7107 0.28225 0.624 0.340 0.036
#> SRR613975 1 0.3686 0.79890 0.860 0.140 0.000
#> SRR1441631 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088044 1 0.3412 0.81538 0.876 0.124 0.000
#> SRR1082909 1 0.4063 0.77741 0.868 0.112 0.020
#> SRR1392007 3 0.6483 0.48734 0.004 0.452 0.544
#> SRR2166524 1 0.4842 0.70735 0.776 0.224 0.000
#> SRR1445765 1 0.0424 0.85709 0.992 0.008 0.000
#> SRR819867 1 0.4931 0.71753 0.784 0.212 0.004
#> SRR1339675 1 0.1753 0.84651 0.952 0.048 0.000
#> SRR1085687 1 0.5461 0.66206 0.748 0.244 0.008
#> SRR597952 1 0.2796 0.83293 0.908 0.092 0.000
#> SRR1376497 1 0.2496 0.84624 0.928 0.068 0.004
#> SRR813848 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070960 1 0.2448 0.82799 0.924 0.076 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 1 0.4346 0.75717 0.816 0.184 0.000
#> SRR615886 1 0.1163 0.85190 0.972 0.028 0.000
#> SRR1397649 1 0.4235 0.76545 0.824 0.176 0.000
#> SRR819690 1 0.1267 0.85686 0.972 0.024 0.004
#> SRR1336113 1 0.6126 0.58572 0.712 0.268 0.020
#> SRR1396570 1 0.3116 0.82505 0.892 0.108 0.000
#> SRR1327366 1 0.7591 -0.04147 0.544 0.412 0.044
#> SRR1317218 1 0.4235 0.76545 0.824 0.176 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 1 0.5899 0.64034 0.736 0.244 0.020
#> SRR1388046 1 0.2711 0.83561 0.912 0.088 0.000
#> SRR655076 2 0.5948 0.70106 0.360 0.640 0.000
#> SRR1464353 1 0.4178 0.76982 0.828 0.172 0.000
#> SRR654754 2 0.6260 0.59143 0.448 0.552 0.000
#> SRR599412 2 0.6079 0.68064 0.388 0.612 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0424 0.85733 0.992 0.008 0.000
#> SRR602978 1 0.4452 0.75228 0.808 0.192 0.000
#> SRR1323850 1 0.5977 0.61828 0.728 0.252 0.020
#> SRR1365512 1 0.2584 0.83035 0.928 0.064 0.008
#> SRR663380 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1410469 1 0.2537 0.84405 0.920 0.080 0.000
#> SRR659259 2 0.4288 0.21779 0.068 0.872 0.060
#> SRR1421223 1 0.5167 0.73479 0.792 0.192 0.016
#> SRR1092567 1 0.2774 0.82271 0.920 0.072 0.008
#> SRR1472598 1 0.2261 0.84891 0.932 0.068 0.000
#> SRR1069279 1 0.3112 0.83504 0.900 0.096 0.004
#> SRR1351624 1 0.4195 0.79820 0.852 0.136 0.012
#> SRR1342938 1 0.0237 0.85595 0.996 0.004 0.000
#> SRR599346 1 0.5098 0.66814 0.752 0.248 0.000
#> SRR1359045 2 0.9133 0.61650 0.304 0.524 0.172
#> SRR601843 1 0.1647 0.84940 0.960 0.036 0.004
#> SRR1318898 1 0.0983 0.85557 0.980 0.016 0.004
#> SRR1455104 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.6490 0.46002 0.708 0.256 0.036
#> SRR1315188 1 0.2774 0.82271 0.920 0.072 0.008
#> SRR1409875 1 0.7013 0.36494 0.640 0.324 0.036
#> SRR1348270 1 0.4121 0.77350 0.832 0.168 0.000
#> SRR602389 1 0.2486 0.83376 0.932 0.060 0.008
#> SRR1451857 1 0.4062 0.77813 0.836 0.164 0.000
#> SRR1436629 1 0.3686 0.79724 0.860 0.140 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.5098 0.78594 0.000 0.248 0.752
#> SRR1095937 1 0.1860 0.84197 0.948 0.052 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 1 0.4346 0.75879 0.816 0.184 0.000
#> SRR1475430 1 0.2448 0.84517 0.924 0.076 0.000
#> SRR2164562 1 0.0592 0.85732 0.988 0.012 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.7610 -0.29027 0.044 0.536 0.420
#> SRR1458506 1 0.5060 0.70094 0.816 0.156 0.028
#> SRR808886 1 0.1031 0.85670 0.976 0.024 0.000
#> SRR1329442 1 0.0592 0.85715 0.988 0.012 0.000
#> SRR1457925 1 0.1289 0.85575 0.968 0.032 0.000
#> SRR1434910 1 0.2959 0.82857 0.900 0.100 0.000
#> SRR614107 1 0.8777 -0.10155 0.564 0.288 0.148
#> SRR1323914 1 0.2448 0.83864 0.924 0.076 0.000
#> SRR1323065 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR1309578 1 0.2066 0.84674 0.940 0.060 0.000
#> SRR1500908 1 0.0892 0.85410 0.980 0.020 0.000
#> SRR1076753 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR1327410 1 0.2448 0.84517 0.924 0.076 0.000
#> SRR608064 2 0.5948 0.70106 0.360 0.640 0.000
#> SRR608512 2 0.6079 0.68064 0.388 0.612 0.000
#> SRR2167551 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0424 0.85696 0.992 0.008 0.000
#> SRR1345669 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR1367588 1 0.0237 0.85747 0.996 0.004 0.000
#> SRR1387724 1 0.0237 0.85595 0.996 0.004 0.000
#> SRR660438 1 0.0592 0.85732 0.988 0.012 0.000
#> SRR1310758 1 0.1643 0.85370 0.956 0.044 0.000
#> SRR601525 1 0.4452 0.75459 0.808 0.192 0.000
#> SRR818749 1 0.1860 0.84471 0.948 0.052 0.000
#> SRR604294 1 0.4228 0.79607 0.844 0.148 0.008
#> SRR1322494 1 0.6738 0.32870 0.624 0.356 0.020
#> SRR1377949 1 0.2448 0.84518 0.924 0.076 0.000
#> SRR1317001 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 1 0.2066 0.84674 0.940 0.060 0.000
#> SRR1415195 3 0.0237 0.92113 0.000 0.004 0.996
#> SRR1380163 1 0.4521 0.75872 0.816 0.180 0.004
#> SRR1480611 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR603834 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341256 1 0.3619 0.80224 0.864 0.136 0.000
#> SRR613795 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR659744 1 0.4062 0.78106 0.836 0.164 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.1860 0.85281 0.948 0.052 0.000
#> SRR1088808 2 0.8608 0.50010 0.204 0.604 0.192
#> SRR1329068 1 0.6543 0.39427 0.640 0.344 0.016
#> SRR1480565 1 0.4452 0.74787 0.808 0.192 0.000
#> SRR1337137 1 0.7570 -0.00739 0.552 0.404 0.044
#> SRR1099520 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
#> SRR603942 2 0.6641 -0.46224 0.008 0.544 0.448
#> SRR1440625 1 0.1289 0.85588 0.968 0.032 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 2 0.6204 0.63522 0.424 0.576 0.000
#> SRR1473443 1 0.2625 0.84190 0.916 0.084 0.000
#> SRR1498438 1 0.2384 0.84517 0.936 0.056 0.008
#> SRR1394655 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 1 0.2625 0.84190 0.916 0.084 0.000
#> SRR604148 1 0.5595 0.58984 0.756 0.228 0.016
#> SRR1334939 1 0.0237 0.85738 0.996 0.004 0.000
#> SRR1349497 1 0.0592 0.85653 0.988 0.012 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.8255 0.59042 0.252 0.620 0.128
#> SRR1339366 1 0.3686 0.79724 0.860 0.140 0.000
#> SRR656469 1 0.0237 0.85747 0.996 0.004 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 1 0.3686 0.79724 0.860 0.140 0.000
#> SRR1364935 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0237 0.85652 0.996 0.004 0.000
#> SRR1440584 1 0.3619 0.80214 0.864 0.136 0.000
#> SRR1459697 1 0.6738 0.32870 0.624 0.356 0.020
#> SRR1352575 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 1 0.4062 0.77668 0.836 0.164 0.000
#> SRR614023 2 0.6252 0.60035 0.444 0.556 0.000
#> SRR1316174 2 0.9207 0.62141 0.320 0.508 0.172
#> SRR603268 1 0.4233 0.78164 0.836 0.160 0.004
#> SRR1486044 1 0.5977 0.61690 0.728 0.252 0.020
#> SRR1441483 1 0.3619 0.80114 0.864 0.136 0.000
#> SRR1074189 1 0.0747 0.85796 0.984 0.016 0.000
#> SRR665646 2 0.6192 0.64162 0.420 0.580 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.2625 0.84042 0.916 0.084 0.000
#> SRR1322711 1 0.3686 0.79825 0.860 0.140 0.000
#> SRR1404988 3 0.0237 0.92113 0.000 0.004 0.996
#> SRR1419848 3 0.9674 -0.44536 0.336 0.224 0.440
#> SRR1332713 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.5659 0.63913 0.740 0.248 0.012
#> SRR1414356 1 0.7400 0.29734 0.664 0.264 0.072
#> SRR599122 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 1 0.6148 0.62256 0.728 0.244 0.028
#> SRR613018 2 0.4288 0.21779 0.068 0.872 0.060
#> SRR1456591 1 0.5058 0.58173 0.756 0.244 0.000
#> SRR1368710 1 0.2066 0.84674 0.940 0.060 0.000
#> SRR1397885 1 0.6668 0.41411 0.696 0.264 0.040
#> SRR1319283 1 0.2796 0.80753 0.908 0.092 0.000
#> SRR1349518 1 0.3752 0.79585 0.856 0.144 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.2496 0.83077 0.928 0.068 0.004
#> SRR1455436 1 0.6195 0.56833 0.704 0.276 0.020
#> SRR658009 2 0.6267 0.58206 0.452 0.548 0.000
#> SRR1331383 3 0.0237 0.92113 0.000 0.004 0.996
#> SRR1394894 1 0.8311 0.07905 0.616 0.252 0.132
#> SRR659133 3 0.0000 0.92275 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 1 0.6183 0.63192 0.732 0.236 0.032
#> SRR663149 1 0.2625 0.84350 0.916 0.084 0.000
#> SRR1413032 1 0.2537 0.84466 0.920 0.080 0.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 1 0.3551 0.80432 0.868 0.132 0.000
#> SRR1407273 1 0.0000 0.85631 1.000 0.000 0.000
#> SRR657101 2 0.5948 0.70106 0.360 0.640 0.000
#> SRR1350588 1 0.2446 0.83670 0.936 0.052 0.012
#> SRR1368486 1 0.0237 0.85681 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.1913 0.79800 0.940 0.040 0.020 0.000
#> SRR1499543 1 0.1488 0.79946 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR1443419 1 0.3367 0.77383 0.864 0.108 0.028 0.000
#> SRR657372 2 0.6065 0.38174 0.148 0.712 0.128 0.012
#> SRR661409 3 0.4920 0.67089 0.164 0.068 0.768 0.000
#> SRR1409721 1 0.4882 0.62569 0.708 0.272 0.020 0.000
#> SRR1391678 1 0.1109 0.80213 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1392030 1 0.2830 0.78590 0.900 0.060 0.040 0.000
#> SRR1453787 1 0.0779 0.79958 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR654969 1 0.1174 0.80209 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.90716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.5361 0.60151 0.724 0.208 0.068 0.000
#> SRR663392 2 0.5984 0.37976 0.404 0.560 0.028 0.008
#> SRR1374716 2 0.6882 -0.28878 0.000 0.548 0.124 0.328
#> SRR601157 1 0.5250 0.62659 0.736 0.196 0.068 0.000
#> SRR615347 1 0.4644 0.68792 0.748 0.228 0.024 0.000
#> SRR1329464 1 0.0895 0.79926 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1357344 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1365356 1 0.2060 0.79428 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR598068 1 0.2101 0.79278 0.928 0.060 0.012 0.000
#> SRR810343 1 0.4388 0.72677 0.808 0.132 0.060 0.000
#> SRR1431991 1 0.1256 0.79966 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1312024 1 0.1677 0.79892 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1499699 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1397861 1 0.1004 0.79933 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1479663 1 0.4104 0.74105 0.808 0.164 0.028 0.000
#> SRR1475483 1 0.0707 0.80081 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.7062 -0.27218 0.456 0.448 0.084 0.012
#> SRR663368 1 0.4388 0.72535 0.808 0.132 0.060 0.000
#> SRR1354225 2 0.6251 0.36899 0.416 0.536 0.040 0.008
#> SRR1089809 1 0.6419 0.07289 0.516 0.432 0.036 0.016
#> SRR1338901 1 0.4253 0.71026 0.776 0.208 0.016 0.000
#> SRR598645 1 0.5690 0.57182 0.708 0.196 0.096 0.000
#> SRR656528 3 0.5631 0.75740 0.232 0.072 0.696 0.000
#> SRR809503 1 0.1042 0.80156 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR659923 1 0.5233 0.53307 0.648 0.332 0.020 0.000
#> SRR1498226 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1319858 1 0.1004 0.80120 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1350566 1 0.0779 0.80016 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR614743 4 0.6433 0.59506 0.004 0.300 0.084 0.612
#> SRR1406307 1 0.1677 0.79997 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1348318 1 0.7106 -0.15152 0.488 0.404 0.100 0.008
#> SRR1343433 1 0.1388 0.79994 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR1342088 1 0.2796 0.79195 0.892 0.092 0.016 0.000
#> SRR1404384 1 0.1406 0.80232 0.960 0.024 0.016 0.000
#> SRR655495 2 0.8435 0.21736 0.368 0.420 0.044 0.168
#> SRR812270 2 0.5738 0.36152 0.088 0.768 0.072 0.072
#> SRR821176 1 0.5108 0.57226 0.672 0.308 0.020 0.000
#> SRR807799 1 0.4576 0.67482 0.748 0.232 0.020 0.000
#> SRR814919 1 0.2831 0.78733 0.876 0.120 0.004 0.000
#> SRR1415274 2 0.7602 0.37586 0.160 0.632 0.108 0.100
#> SRR1491275 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR659851 1 0.1913 0.79301 0.940 0.040 0.020 0.000
#> SRR1337364 1 0.1938 0.79683 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1414471 1 0.0707 0.80159 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.4337 0.71986 0.808 0.140 0.052 0.000
#> SRR1456208 1 0.5169 0.50041 0.696 0.272 0.032 0.000
#> SRR1393428 1 0.4692 0.70764 0.756 0.212 0.032 0.000
#> SRR1327632 1 0.4364 0.72024 0.808 0.136 0.056 0.000
#> SRR608120 3 0.5883 0.73556 0.288 0.064 0.648 0.000
#> SRR607679 2 0.6368 0.25868 0.452 0.496 0.044 0.008
#> SRR1359529 1 0.1510 0.80577 0.956 0.028 0.016 0.000
#> SRR1330305 1 0.3760 0.75816 0.836 0.136 0.028 0.000
#> SRR1436042 1 0.4964 0.67199 0.764 0.168 0.068 0.000
#> SRR656191 1 0.5038 0.59012 0.684 0.296 0.020 0.000
#> SRR1419211 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR658117 3 0.5292 0.74249 0.208 0.064 0.728 0.000
#> SRR1090770 1 0.0779 0.79945 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR657420 1 0.1389 0.80366 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR821207 1 0.0707 0.79994 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1074694 1 0.2775 0.79829 0.896 0.084 0.020 0.000
#> SRR1413851 1 0.3653 0.76266 0.844 0.128 0.028 0.000
#> SRR1319924 1 0.4642 0.66486 0.740 0.240 0.020 0.000
#> SRR1361050 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1095792 1 0.3946 0.75185 0.812 0.168 0.020 0.000
#> SRR1476903 1 0.1042 0.80379 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1406502 1 0.4290 0.70727 0.772 0.212 0.016 0.000
#> SRR607502 3 0.6778 0.55407 0.336 0.112 0.552 0.000
#> SRR602951 3 0.6474 0.52235 0.388 0.076 0.536 0.000
#> SRR1402922 1 0.2335 0.80038 0.920 0.060 0.020 0.000
#> SRR1314071 2 0.6651 0.39162 0.248 0.636 0.104 0.012
#> SRR1374778 1 0.2060 0.79758 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR1089926 1 0.1584 0.79905 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1437056 1 0.1767 0.79717 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR1366772 1 0.5038 0.59233 0.684 0.296 0.020 0.000
#> SRR1487465 2 0.7382 0.39163 0.196 0.632 0.112 0.060
#> SRR2166006 1 0.3529 0.76861 0.836 0.152 0.012 0.000
#> SRR1341034 4 0.0000 0.90716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.1004 0.80120 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1368917 1 0.0657 0.79981 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1457197 1 0.3790 0.75186 0.820 0.164 0.016 0.000
#> SRR1433311 1 0.2060 0.79428 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR656373 2 0.5807 0.36723 0.132 0.720 0.144 0.004
#> SRR1454265 1 0.0707 0.80081 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.1767 0.79717 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR661711 1 0.0817 0.79975 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR661493 3 0.5464 0.75759 0.228 0.064 0.708 0.000
#> SRR1356120 1 0.0817 0.80095 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1381414 1 0.4542 0.68669 0.752 0.228 0.020 0.000
#> SRR1350263 1 0.1767 0.79717 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR1327349 2 0.6731 0.27526 0.432 0.500 0.048 0.020
#> SRR1476348 1 0.6201 0.10578 0.532 0.420 0.044 0.004
#> SRR656035 1 0.0592 0.79997 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.1488 0.79958 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR601549 1 0.7007 0.15464 0.548 0.144 0.308 0.000
#> SRR658573 1 0.5298 0.44917 0.612 0.372 0.016 0.000
#> SRR1393470 1 0.5565 0.49455 0.624 0.344 0.032 0.000
#> SRR1381247 1 0.2222 0.79678 0.924 0.060 0.016 0.000
#> SRR1322790 1 0.1584 0.80077 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1404044 1 0.1256 0.79861 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1487728 1 0.1151 0.80247 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1419593 1 0.0592 0.79997 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1434689 1 0.3653 0.76266 0.844 0.128 0.028 0.000
#> SRR1349540 1 0.1109 0.80232 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1377967 1 0.4797 0.64318 0.720 0.260 0.020 0.000
#> SRR662510 1 0.5193 0.54618 0.656 0.324 0.020 0.000
#> SRR1370151 1 0.5599 0.44498 0.616 0.352 0.032 0.000
#> SRR809043 2 0.7953 0.31898 0.284 0.508 0.184 0.024
#> SRR659578 1 0.1743 0.80326 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1339413 1 0.4281 0.73354 0.792 0.180 0.028 0.000
#> SRR1434760 1 0.1452 0.80183 0.956 0.036 0.008 0.000
#> SRR660079 1 0.0895 0.80237 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.90716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0895 0.79926 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1073267 1 0.4012 0.74737 0.800 0.184 0.016 0.000
#> SRR1418688 1 0.1584 0.79917 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR602338 3 0.5993 0.70159 0.308 0.064 0.628 0.000
#> SRR1323936 2 0.6148 0.00957 0.016 0.708 0.112 0.164
#> SRR1313789 1 0.3542 0.76583 0.852 0.120 0.028 0.000
#> SRR614275 3 0.6474 0.52235 0.388 0.076 0.536 0.000
#> SRR601962 1 0.4656 0.68895 0.784 0.160 0.056 0.000
#> SRR663795 2 0.8088 0.37979 0.168 0.588 0.100 0.144
#> SRR1418650 1 0.4882 0.62569 0.708 0.272 0.020 0.000
#> SRR655780 1 0.5161 0.59401 0.676 0.300 0.024 0.000
#> SRR661794 1 0.1406 0.79771 0.960 0.024 0.016 0.000
#> SRR1339508 1 0.1677 0.79832 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1501097 1 0.4737 0.65035 0.728 0.252 0.020 0.000
#> SRR1358459 1 0.2376 0.79922 0.916 0.068 0.016 0.000
#> SRR1333550 1 0.4711 0.68575 0.740 0.236 0.024 0.000
#> SRR821148 1 0.0779 0.79958 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR808658 1 0.1284 0.80245 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR598100 1 0.5361 0.60282 0.724 0.208 0.068 0.000
#> SRR1475281 1 0.2730 0.79605 0.896 0.088 0.016 0.000
#> SRR1469477 1 0.2949 0.77865 0.888 0.088 0.024 0.000
#> SRR1468184 1 0.4238 0.73360 0.796 0.176 0.028 0.000
#> SRR1415660 2 0.6109 0.34776 0.424 0.536 0.032 0.008
#> SRR816892 1 0.6201 0.10578 0.532 0.420 0.044 0.004
#> SRR1447325 4 0.0657 0.90722 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1415980 1 0.4415 0.71635 0.804 0.140 0.056 0.000
#> SRR658021 1 0.1042 0.80411 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1356308 1 0.4610 0.67076 0.744 0.236 0.020 0.000
#> SRR1443695 1 0.1256 0.79966 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1083031 1 0.1174 0.80274 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR1466177 1 0.3542 0.76583 0.852 0.120 0.028 0.000
#> SRR1346978 1 0.5038 0.59436 0.684 0.296 0.020 0.000
#> SRR607705 3 0.5613 0.59676 0.380 0.028 0.592 0.000
#> SRR598364 1 0.6680 0.08483 0.536 0.380 0.080 0.004
#> SRR603036 1 0.1724 0.79302 0.948 0.032 0.020 0.000
#> SRR604342 4 0.1520 0.89802 0.000 0.020 0.024 0.956
#> SRR1365850 4 0.0000 0.90716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.1584 0.79885 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1436515 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1367612 1 0.5233 0.53343 0.648 0.332 0.020 0.000
#> SRR1411002 1 0.1356 0.79913 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1446606 1 0.7628 -0.21171 0.464 0.400 0.024 0.112
#> SRR1350936 1 0.0895 0.79985 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1351257 1 0.3099 0.78979 0.876 0.104 0.020 0.000
#> SRR1316793 1 0.3335 0.78215 0.860 0.120 0.020 0.000
#> SRR1090815 1 0.1256 0.80067 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR657845 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.90716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398971 2 0.6256 0.30855 0.060 0.732 0.112 0.096
#> SRR1399457 1 0.4175 0.71816 0.784 0.200 0.016 0.000
#> SRR1073341 1 0.0707 0.80049 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0779 0.80102 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1309657 1 0.1888 0.79612 0.940 0.044 0.016 0.000
#> SRR820186 1 0.1677 0.80189 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1388913 1 0.5815 0.18712 0.540 0.428 0.032 0.000
#> SRR1396270 1 0.2949 0.77952 0.888 0.088 0.024 0.000
#> SRR613402 1 0.4855 0.63015 0.712 0.268 0.020 0.000
#> SRR614912 1 0.5038 0.59012 0.684 0.296 0.020 0.000
#> SRR1478410 1 0.6536 0.09310 0.528 0.412 0.044 0.016
#> SRR613975 1 0.4642 0.66702 0.740 0.240 0.020 0.000
#> SRR1441631 1 0.1677 0.79990 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1088044 1 0.4436 0.70176 0.764 0.216 0.020 0.000
#> SRR1082909 1 0.4337 0.72033 0.808 0.140 0.052 0.000
#> SRR1392007 4 0.6797 0.40203 0.000 0.436 0.096 0.468
#> SRR2166524 1 0.5298 0.44917 0.612 0.372 0.016 0.000
#> SRR1445765 1 0.1256 0.80067 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR819867 1 0.5306 0.55680 0.664 0.312 0.020 0.004
#> SRR1339675 1 0.2830 0.78590 0.900 0.060 0.040 0.000
#> SRR1085687 1 0.5669 0.41825 0.600 0.372 0.024 0.004
#> SRR597952 1 0.3881 0.74602 0.812 0.172 0.016 0.000
#> SRR1376497 1 0.3392 0.78123 0.856 0.124 0.020 0.000
#> SRR813848 4 0.1406 0.89979 0.000 0.016 0.024 0.960
#> SRR1379471 1 0.0707 0.80127 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.3754 0.74626 0.852 0.064 0.084 0.000
#> SRR615285 1 0.1488 0.80089 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR1325353 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1470682 1 0.4963 0.60947 0.696 0.284 0.020 0.000
#> SRR615886 1 0.2111 0.79016 0.932 0.044 0.024 0.000
#> SRR1397649 1 0.5130 0.56691 0.668 0.312 0.020 0.000
#> SRR819690 1 0.1677 0.80303 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1336113 1 0.5971 0.36185 0.584 0.368 0.048 0.000
#> SRR1396570 1 0.4136 0.72071 0.788 0.196 0.016 0.000
#> SRR1327366 2 0.6251 0.36899 0.416 0.536 0.040 0.008
#> SRR1317218 1 0.5130 0.56691 0.668 0.312 0.020 0.000
#> SRR1352001 1 0.0707 0.79994 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1469791 1 0.5980 0.41508 0.592 0.364 0.040 0.004
#> SRR1388046 1 0.3597 0.76203 0.836 0.148 0.016 0.000
#> SRR655076 3 0.5257 0.74766 0.212 0.060 0.728 0.000
#> SRR1464353 1 0.4882 0.62569 0.708 0.272 0.020 0.000
#> SRR654754 3 0.5906 0.72978 0.292 0.064 0.644 0.000
#> SRR599412 3 0.5386 0.75996 0.236 0.056 0.708 0.000
#> SRR2166308 1 0.1584 0.79905 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR655696 1 0.1042 0.80379 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR602978 1 0.5520 0.63016 0.696 0.244 0.060 0.000
#> SRR1323850 1 0.5599 0.44498 0.616 0.352 0.032 0.000
#> SRR1365512 1 0.3441 0.75140 0.856 0.120 0.024 0.000
#> SRR663380 1 0.1256 0.80026 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1410469 1 0.3946 0.75185 0.812 0.168 0.020 0.000
#> SRR659259 3 0.2589 0.23596 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1421223 1 0.5411 0.56753 0.656 0.312 0.032 0.000
#> SRR1092567 1 0.3606 0.73808 0.844 0.132 0.024 0.000
#> SRR1472598 1 0.3606 0.77259 0.840 0.140 0.020 0.000
#> SRR1069279 1 0.4485 0.72623 0.772 0.200 0.028 0.000
#> SRR1351624 1 0.4833 0.69123 0.740 0.228 0.032 0.000
#> SRR1342938 1 0.1767 0.79717 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR599346 1 0.6362 0.47098 0.616 0.288 0.096 0.000
#> SRR1359045 2 0.7602 0.37586 0.160 0.632 0.108 0.100
#> SRR601843 1 0.2256 0.79166 0.924 0.056 0.020 0.000
#> SRR1318898 1 0.1913 0.79636 0.940 0.040 0.020 0.000
#> SRR1455104 1 0.0817 0.80114 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.6367 0.24036 0.584 0.336 0.080 0.000
#> SRR1315188 1 0.3606 0.73808 0.844 0.132 0.024 0.000
#> SRR1409875 1 0.6424 0.05355 0.512 0.436 0.036 0.016
#> SRR1348270 1 0.5062 0.58701 0.680 0.300 0.020 0.000
#> SRR602389 1 0.3117 0.77199 0.880 0.092 0.028 0.000
#> SRR1451857 1 0.4910 0.62123 0.704 0.276 0.020 0.000
#> SRR1436629 1 0.4675 0.66087 0.736 0.244 0.020 0.000
#> SRR1349144 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR615491 4 0.5989 0.71810 0.000 0.080 0.264 0.656
#> SRR1095937 1 0.4428 0.69142 0.808 0.068 0.124 0.000
#> SRR1473295 1 0.0895 0.79946 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1457972 1 0.4963 0.61129 0.696 0.284 0.020 0.000
#> SRR1475430 1 0.3925 0.75246 0.808 0.176 0.016 0.000
#> SRR2164562 1 0.1398 0.80468 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR665490 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1434182 2 0.6483 -0.23205 0.000 0.584 0.092 0.324
#> SRR1458506 1 0.5292 0.61059 0.728 0.208 0.064 0.000
#> SRR808886 1 0.2522 0.79584 0.908 0.076 0.016 0.000
#> SRR1329442 1 0.1356 0.79955 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1457925 1 0.2111 0.80161 0.932 0.044 0.024 0.000
#> SRR1434910 1 0.4307 0.72323 0.784 0.192 0.024 0.000
#> SRR614107 1 0.7969 -0.32214 0.440 0.408 0.044 0.108
#> SRR1323914 1 0.4057 0.74290 0.812 0.160 0.028 0.000
#> SRR1323065 1 0.1388 0.79994 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR1309578 1 0.3653 0.76266 0.844 0.128 0.028 0.000
#> SRR1500908 1 0.1677 0.79993 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1076753 1 0.0817 0.80090 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1327410 1 0.3925 0.75246 0.808 0.176 0.016 0.000
#> SRR608064 3 0.5257 0.74766 0.212 0.060 0.728 0.000
#> SRR608512 3 0.5354 0.75946 0.232 0.056 0.712 0.000
#> SRR2167551 1 0.1174 0.80274 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR1394872 1 0.1256 0.79907 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1345669 1 0.1151 0.79939 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1367588 1 0.1706 0.80254 0.948 0.036 0.016 0.000
#> SRR1387724 1 0.1767 0.79717 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR660438 1 0.1398 0.80468 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR1310758 1 0.2909 0.79595 0.888 0.092 0.020 0.000
#> SRR601525 1 0.5161 0.59401 0.676 0.300 0.024 0.000
#> SRR818749 1 0.2908 0.78382 0.896 0.064 0.040 0.000
#> SRR604294 1 0.4994 0.69743 0.744 0.208 0.048 0.000
#> SRR1322494 2 0.5864 0.09767 0.480 0.492 0.024 0.004
#> SRR1377949 1 0.3900 0.75450 0.816 0.164 0.020 0.000
#> SRR1317001 1 0.1356 0.80018 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1311897 1 0.0817 0.79975 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1308715 1 0.3653 0.76266 0.844 0.128 0.028 0.000
#> SRR1415195 4 0.0707 0.90176 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1380163 1 0.5193 0.54585 0.656 0.324 0.020 0.000
#> SRR1480611 1 0.1109 0.80020 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR603834 1 0.1042 0.80054 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1341256 1 0.4576 0.67512 0.748 0.232 0.020 0.000
#> SRR613795 1 0.1256 0.80342 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR659744 1 0.4955 0.64081 0.708 0.268 0.024 0.000
#> SRR1479549 1 0.1004 0.79850 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR613258 1 0.2654 0.78738 0.888 0.108 0.004 0.000
#> SRR1088808 2 0.6256 0.30855 0.060 0.732 0.112 0.096
#> SRR1329068 1 0.5607 -0.05860 0.492 0.488 0.020 0.000
#> SRR1480565 1 0.5130 0.57102 0.668 0.312 0.020 0.000
#> SRR1337137 2 0.6264 0.34854 0.424 0.528 0.040 0.008
#> SRR1099520 1 0.0707 0.80081 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.6783 -0.39937 0.000 0.100 0.512 0.388
#> SRR1440625 1 0.2909 0.78969 0.888 0.092 0.020 0.000
#> SRR1391700 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR657360 3 0.5851 0.74499 0.272 0.068 0.660 0.000
#> SRR1473443 1 0.3991 0.74857 0.808 0.172 0.020 0.000
#> SRR1498438 1 0.3441 0.77370 0.856 0.120 0.024 0.000
#> SRR1394655 4 0.0657 0.90722 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1322437 4 0.0000 0.90716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 4 0.0657 0.90722 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1466338 1 0.3991 0.74857 0.808 0.172 0.020 0.000
#> SRR604148 1 0.6181 0.49050 0.668 0.128 0.204 0.000
#> SRR1334939 1 0.1406 0.80354 0.960 0.024 0.016 0.000
#> SRR1349497 1 0.1488 0.79946 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR1360523 1 0.0817 0.80001 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.5738 0.36152 0.088 0.768 0.072 0.072
#> SRR1339366 1 0.4642 0.66501 0.740 0.240 0.020 0.000
#> SRR656469 1 0.1706 0.80254 0.948 0.036 0.016 0.000
#> SRR1389868 1 0.0817 0.80092 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1390265 1 0.4642 0.66501 0.740 0.240 0.020 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.90716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.1004 0.80077 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1440584 1 0.4576 0.67573 0.748 0.232 0.020 0.000
#> SRR1459697 2 0.5864 0.09767 0.480 0.492 0.024 0.004
#> SRR1352575 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR613711 1 0.4910 0.61946 0.704 0.276 0.020 0.000
#> SRR614023 3 0.5883 0.73556 0.288 0.064 0.648 0.000
#> SRR1316174 2 0.7702 0.37164 0.176 0.620 0.104 0.100
#> SRR603268 1 0.4882 0.64111 0.708 0.272 0.020 0.000
#> SRR1486044 1 0.5543 0.27281 0.556 0.424 0.020 0.000
#> SRR1441483 1 0.4642 0.66599 0.740 0.240 0.020 0.000
#> SRR1074189 1 0.1635 0.80384 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR665646 3 0.5907 0.75585 0.252 0.080 0.668 0.000
#> SRR1404931 4 0.0657 0.90722 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1431552 4 0.0657 0.90722 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1479085 1 0.3695 0.76038 0.828 0.156 0.016 0.000
#> SRR1322711 1 0.4610 0.67076 0.744 0.236 0.020 0.000
#> SRR1404988 4 0.0707 0.90176 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1419848 4 0.8547 -0.34954 0.236 0.300 0.036 0.428
#> SRR1332713 4 0.0657 0.90722 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1070863 1 0.0469 0.80017 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.5677 0.47582 0.628 0.332 0.040 0.000
#> SRR1414356 1 0.6883 0.04334 0.544 0.364 0.080 0.012
#> SRR599122 1 0.1798 0.79824 0.944 0.040 0.016 0.000
#> SRR1344100 1 0.5928 0.29293 0.560 0.408 0.020 0.012
#> SRR613018 3 0.2530 0.23712 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1456591 1 0.5546 0.44861 0.680 0.052 0.268 0.000
#> SRR1368710 1 0.3653 0.76266 0.844 0.128 0.028 0.000
#> SRR1397885 1 0.6382 0.21753 0.580 0.340 0.080 0.000
#> SRR1319283 1 0.4057 0.69484 0.812 0.160 0.028 0.000
#> SRR1349518 1 0.4706 0.65779 0.732 0.248 0.020 0.000
#> SRR1471267 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR655277 1 0.3342 0.76728 0.868 0.100 0.032 0.000
#> SRR1455436 1 0.5947 0.31568 0.572 0.384 0.044 0.000
#> SRR658009 3 0.5951 0.71736 0.300 0.064 0.636 0.000
#> SRR1331383 4 0.0707 0.90176 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1394894 1 0.7806 -0.18377 0.492 0.368 0.048 0.092
#> SRR659133 4 0.0657 0.90722 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR660212 1 0.1488 0.80089 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR657821 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1379279 1 0.6333 0.42882 0.604 0.336 0.040 0.020
#> SRR663149 1 0.3529 0.76861 0.836 0.152 0.012 0.000
#> SRR1413032 1 0.3991 0.75065 0.808 0.172 0.020 0.000
#> SRR1377557 1 0.0895 0.79825 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1335296 1 0.4576 0.67482 0.748 0.232 0.020 0.000
#> SRR1407273 1 0.1174 0.80274 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR657101 3 0.5257 0.74766 0.212 0.060 0.728 0.000
#> SRR1350588 1 0.3335 0.76157 0.860 0.120 0.020 0.000
#> SRR1368486 1 0.0895 0.79985 0.976 0.020 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.2006 0.7532 0.932 0.024 0.024 0.000 0.020
#> SRR1499543 1 0.1716 0.7585 0.944 0.016 0.024 0.000 0.016
#> SRR1443419 1 0.4418 0.1061 0.652 0.332 0.016 0.000 0.000
#> SRR657372 3 0.6132 0.7012 0.068 0.260 0.624 0.004 0.044
#> SRR661409 5 0.1764 0.7038 0.012 0.012 0.036 0.000 0.940
#> SRR1409721 2 0.4288 0.7440 0.384 0.612 0.004 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.1518 0.7594 0.952 0.016 0.020 0.000 0.012
#> SRR1392030 1 0.3245 0.7331 0.872 0.036 0.048 0.000 0.044
#> SRR1453787 1 0.1195 0.7594 0.960 0.012 0.028 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.1997 0.7587 0.932 0.028 0.024 0.000 0.016
#> SRR1435113 4 0.0162 0.9002 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR601359 1 0.5908 0.4859 0.652 0.084 0.224 0.000 0.040
#> SRR663392 2 0.5339 0.3524 0.176 0.672 0.152 0.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.7012 0.2324 0.000 0.340 0.376 0.276 0.008
#> SRR601157 1 0.5825 0.5075 0.664 0.084 0.212 0.000 0.040
#> SRR615347 2 0.4656 0.5645 0.480 0.508 0.012 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0613 0.7590 0.984 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR1357344 1 0.0955 0.7562 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.3068 0.7269 0.876 0.020 0.072 0.000 0.032
#> SRR598068 1 0.2581 0.7483 0.904 0.028 0.048 0.000 0.020
#> SRR810343 1 0.4713 0.6459 0.772 0.064 0.128 0.000 0.036
#> SRR1431991 1 0.1314 0.7593 0.960 0.012 0.016 0.000 0.012
#> SRR1312024 1 0.2629 0.7370 0.896 0.008 0.064 0.000 0.032
#> SRR1499699 1 0.0794 0.7564 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.1648 0.7479 0.940 0.040 0.020 0.000 0.000
#> SRR1479663 1 0.4650 -0.4560 0.520 0.468 0.012 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0693 0.7604 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.7599 -0.2416 0.376 0.204 0.376 0.012 0.032
#> SRR663368 1 0.4682 0.6490 0.772 0.052 0.136 0.000 0.040
#> SRR1354225 2 0.5852 0.3517 0.192 0.624 0.180 0.000 0.004
#> SRR1089809 2 0.7575 0.3427 0.356 0.388 0.216 0.012 0.028
#> SRR1338901 1 0.4818 -0.4424 0.520 0.460 0.020 0.000 0.000
#> SRR598645 1 0.6472 0.4045 0.612 0.080 0.228 0.000 0.080
#> SRR656528 5 0.2312 0.7625 0.060 0.012 0.016 0.000 0.912
#> SRR809503 1 0.1569 0.7587 0.948 0.032 0.012 0.000 0.008
#> SRR659923 2 0.4047 0.7592 0.320 0.676 0.004 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0609 0.7562 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.1059 0.7594 0.968 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1350566 1 0.1095 0.7604 0.968 0.008 0.012 0.000 0.012
#> SRR614743 4 0.5990 0.4181 0.000 0.180 0.212 0.604 0.004
#> SRR1406307 1 0.1989 0.7529 0.932 0.032 0.020 0.000 0.016
#> SRR1348318 1 0.7430 -0.1240 0.400 0.152 0.392 0.004 0.052
#> SRR1343433 1 0.1280 0.7582 0.960 0.008 0.008 0.000 0.024
#> SRR1342088 1 0.4967 0.6298 0.756 0.120 0.088 0.000 0.036
#> SRR1404384 1 0.2901 0.7383 0.888 0.048 0.044 0.000 0.020
#> SRR655495 2 0.9190 -0.3997 0.272 0.328 0.208 0.136 0.056
#> SRR812270 3 0.6138 0.6421 0.016 0.436 0.480 0.060 0.008
#> SRR821176 2 0.4151 0.7614 0.344 0.652 0.004 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.4227 0.7022 0.420 0.580 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.4163 0.4950 0.740 0.228 0.032 0.000 0.000
#> SRR1415274 3 0.8052 0.7198 0.116 0.312 0.456 0.076 0.040
#> SRR1491275 1 0.0955 0.7562 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.2585 0.7459 0.904 0.024 0.048 0.000 0.024
#> SRR1337364 1 0.2492 0.7520 0.908 0.020 0.048 0.000 0.024
#> SRR1414471 1 0.0960 0.7601 0.972 0.008 0.016 0.000 0.004
#> SRR1471862 1 0.4674 0.6484 0.772 0.056 0.136 0.000 0.036
#> SRR1456208 1 0.6266 0.3869 0.604 0.104 0.256 0.000 0.036
#> SRR1393428 1 0.6084 0.2573 0.612 0.272 0.076 0.000 0.040
#> SRR1327632 1 0.4674 0.6470 0.772 0.056 0.136 0.000 0.036
#> SRR608120 5 0.3759 0.7414 0.148 0.012 0.028 0.000 0.812
#> SRR607679 2 0.6126 0.4306 0.220 0.596 0.176 0.000 0.008
#> SRR1359529 1 0.2825 0.7409 0.892 0.040 0.048 0.000 0.020
#> SRR1330305 1 0.4590 -0.3075 0.568 0.420 0.012 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.5325 0.5854 0.724 0.084 0.152 0.000 0.040
#> SRR656191 2 0.4196 0.7579 0.356 0.640 0.004 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0609 0.7562 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR658117 5 0.1651 0.7427 0.036 0.012 0.008 0.000 0.944
#> SRR1090770 1 0.0510 0.7572 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.1605 0.7611 0.944 0.012 0.040 0.000 0.004
#> SRR1398686 1 0.0609 0.7562 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0898 0.7598 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR1074694 1 0.4402 0.6444 0.780 0.148 0.052 0.000 0.020
#> SRR1413851 1 0.4674 -0.2987 0.568 0.416 0.016 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.4235 0.7052 0.424 0.576 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0955 0.7566 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000
#> SRR1095792 1 0.6161 0.1810 0.588 0.300 0.072 0.000 0.040
#> SRR1476903 1 0.1787 0.7637 0.940 0.016 0.032 0.000 0.012
#> SRR1406502 2 0.4659 0.5314 0.488 0.500 0.012 0.000 0.000
#> SRR607502 5 0.5533 0.5268 0.120 0.152 0.028 0.000 0.700
#> SRR602951 5 0.5465 0.5626 0.172 0.032 0.092 0.000 0.704
#> SRR1402922 1 0.3950 0.6233 0.796 0.152 0.048 0.000 0.004
#> SRR1314071 3 0.7296 0.5831 0.128 0.364 0.448 0.004 0.056
#> SRR1374778 1 0.3378 0.7263 0.864 0.048 0.056 0.000 0.032
#> SRR1089926 1 0.2379 0.7470 0.912 0.012 0.048 0.000 0.028
#> SRR1437056 1 0.2908 0.7300 0.884 0.016 0.068 0.000 0.032
#> SRR1366772 2 0.4341 0.7569 0.364 0.628 0.008 0.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.7813 0.7031 0.128 0.280 0.496 0.056 0.040
#> SRR2166006 1 0.4602 0.2284 0.656 0.316 0.028 0.000 0.000
#> SRR1341034 4 0.0162 0.9002 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1460235 1 0.1059 0.7594 0.968 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1368917 1 0.0510 0.7580 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1457197 1 0.4625 0.1637 0.652 0.324 0.020 0.000 0.004
#> SRR1433311 1 0.3068 0.7269 0.876 0.020 0.072 0.000 0.032
#> SRR656373 3 0.5933 0.6939 0.060 0.260 0.632 0.000 0.048
#> SRR1454265 1 0.0671 0.7590 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.2908 0.7300 0.884 0.016 0.068 0.000 0.032
#> SRR661711 1 0.0968 0.7604 0.972 0.012 0.012 0.000 0.004
#> SRR661493 5 0.2100 0.7549 0.048 0.012 0.016 0.000 0.924
#> SRR1356120 1 0.1117 0.7579 0.964 0.016 0.020 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.4641 0.6217 0.456 0.532 0.012 0.000 0.000
#> SRR1350263 1 0.2908 0.7300 0.884 0.016 0.068 0.000 0.032
#> SRR1327349 2 0.6909 0.4056 0.268 0.520 0.188 0.016 0.008
#> SRR1476348 2 0.5905 0.6043 0.276 0.600 0.116 0.000 0.008
#> SRR656035 1 0.0771 0.7573 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.2193 0.7500 0.920 0.008 0.044 0.000 0.028
#> SRR601549 5 0.7408 -0.0160 0.308 0.228 0.040 0.000 0.424
#> SRR658573 2 0.4425 0.7394 0.296 0.680 0.024 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.5898 0.6954 0.328 0.580 0.072 0.000 0.020
#> SRR1381247 1 0.3823 0.7081 0.836 0.040 0.084 0.000 0.040
#> SRR1322790 1 0.2899 0.7366 0.888 0.024 0.056 0.000 0.032
#> SRR1404044 1 0.1419 0.7564 0.956 0.016 0.012 0.000 0.016
#> SRR1487728 1 0.1461 0.7615 0.952 0.016 0.028 0.000 0.004
#> SRR1419593 1 0.0932 0.7588 0.972 0.004 0.020 0.000 0.004
#> SRR1434689 1 0.4689 -0.3299 0.560 0.424 0.016 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.1518 0.7610 0.952 0.012 0.020 0.000 0.016
#> SRR1377967 2 0.4321 0.7342 0.396 0.600 0.004 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.3949 0.7595 0.332 0.668 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.5855 0.6858 0.340 0.564 0.088 0.000 0.008
#> SRR809043 3 0.8505 0.4739 0.212 0.244 0.400 0.016 0.128
#> SRR659578 1 0.2707 0.7041 0.876 0.100 0.024 0.000 0.000
#> SRR1339413 1 0.4743 -0.4402 0.512 0.472 0.016 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.1721 0.7574 0.944 0.020 0.020 0.000 0.016
#> SRR660079 1 0.0960 0.7610 0.972 0.008 0.016 0.000 0.004
#> SRR1465153 4 0.0162 0.9002 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340924 1 0.0613 0.7590 0.984 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR1073267 1 0.6223 0.3067 0.612 0.252 0.096 0.000 0.040
#> SRR1418688 1 0.3048 0.7314 0.880 0.024 0.060 0.000 0.036
#> SRR602338 5 0.4004 0.7157 0.164 0.012 0.032 0.000 0.792
#> SRR1323936 3 0.6053 0.5203 0.000 0.276 0.576 0.144 0.004
#> SRR1313789 1 0.4597 -0.3179 0.564 0.424 0.012 0.000 0.000
#> SRR614275 5 0.5465 0.5626 0.172 0.032 0.092 0.000 0.704
#> SRR601962 1 0.5141 0.6072 0.736 0.076 0.152 0.000 0.036
#> SRR663795 3 0.8499 0.7035 0.128 0.316 0.400 0.120 0.036
#> SRR1418650 2 0.4288 0.7440 0.384 0.612 0.004 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.4444 0.7505 0.364 0.624 0.012 0.000 0.000
#> SRR661794 1 0.1507 0.7561 0.952 0.012 0.012 0.000 0.024
#> SRR1339508 1 0.2844 0.7313 0.888 0.016 0.064 0.000 0.032
#> SRR1501097 2 0.4182 0.7254 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 1 0.4440 0.6623 0.792 0.108 0.072 0.000 0.028
#> SRR1333550 1 0.4974 -0.5272 0.488 0.488 0.020 0.000 0.004
#> SRR821148 1 0.1195 0.7594 0.960 0.012 0.028 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.2772 0.7441 0.896 0.032 0.044 0.000 0.028
#> SRR598100 1 0.5953 0.4847 0.652 0.092 0.216 0.000 0.040
#> SRR1475281 1 0.4877 0.6182 0.760 0.132 0.072 0.000 0.036
#> SRR1469477 1 0.3965 0.6990 0.824 0.036 0.100 0.000 0.040
#> SRR1468184 1 0.4561 -0.5080 0.504 0.488 0.008 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.5638 0.3761 0.192 0.636 0.172 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.5905 0.6043 0.276 0.600 0.116 0.000 0.008
#> SRR1447325 4 0.0703 0.9002 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1415980 1 0.4716 0.6439 0.768 0.056 0.140 0.000 0.036
#> SRR658021 1 0.1978 0.7594 0.932 0.012 0.032 0.000 0.024
#> SRR1356308 2 0.4235 0.6991 0.424 0.576 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.1314 0.7593 0.960 0.012 0.016 0.000 0.012
#> SRR1083031 1 0.2515 0.7470 0.908 0.020 0.040 0.000 0.032
#> SRR1466177 1 0.4557 -0.2368 0.584 0.404 0.012 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.4030 0.7576 0.352 0.648 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 5 0.4235 0.6474 0.184 0.008 0.040 0.000 0.768
#> SRR598364 1 0.7315 0.0447 0.456 0.160 0.336 0.004 0.044
#> SRR603036 1 0.1728 0.7605 0.940 0.004 0.036 0.000 0.020
#> SRR604342 4 0.1591 0.8868 0.000 0.004 0.052 0.940 0.004
#> SRR1365850 4 0.0162 0.9002 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1335940 1 0.1716 0.7544 0.944 0.024 0.016 0.000 0.016
#> SRR1436515 1 0.0794 0.7564 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.4047 0.7598 0.320 0.676 0.004 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.1419 0.7582 0.956 0.016 0.012 0.000 0.016
#> SRR1446606 2 0.7443 0.0895 0.192 0.580 0.104 0.092 0.032
#> SRR1350936 1 0.0865 0.7575 0.972 0.004 0.024 0.000 0.000
#> SRR1351257 1 0.4697 0.6296 0.760 0.152 0.068 0.000 0.020
#> SRR1316793 1 0.5138 0.6018 0.736 0.156 0.068 0.000 0.040
#> SRR1090815 1 0.1314 0.7584 0.960 0.012 0.012 0.000 0.016
#> SRR657845 1 0.0794 0.7564 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1408633 4 0.0162 0.9002 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1398971 3 0.6918 0.6954 0.024 0.336 0.528 0.068 0.044
#> SRR1399457 1 0.4738 -0.4388 0.520 0.464 0.016 0.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.1211 0.7572 0.960 0.016 0.024 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0960 0.7604 0.972 0.004 0.008 0.000 0.016
#> SRR1309657 1 0.2095 0.7512 0.928 0.028 0.020 0.000 0.024
#> SRR820186 1 0.2095 0.7560 0.928 0.024 0.028 0.000 0.020
#> SRR1388913 2 0.5191 0.6296 0.244 0.672 0.080 0.000 0.004
#> SRR1396270 1 0.3912 0.7032 0.828 0.036 0.096 0.000 0.040
#> SRR613402 2 0.4150 0.7422 0.388 0.612 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.4196 0.7579 0.356 0.640 0.004 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.7576 0.4217 0.372 0.400 0.180 0.016 0.032
#> SRR613975 2 0.4242 0.6958 0.428 0.572 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 1 0.2640 0.7398 0.900 0.016 0.052 0.000 0.032
#> SRR1088044 1 0.4830 -0.5224 0.492 0.488 0.020 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.4630 0.6521 0.776 0.056 0.132 0.000 0.036
#> SRR1392007 4 0.6750 0.0275 0.000 0.244 0.300 0.452 0.004
#> SRR2166524 2 0.4425 0.7394 0.296 0.680 0.024 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.1314 0.7584 0.960 0.012 0.012 0.000 0.016
#> SRR819867 2 0.4570 0.7606 0.348 0.632 0.020 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.3323 0.7309 0.868 0.040 0.048 0.000 0.044
#> SRR1085687 2 0.4708 0.7319 0.292 0.668 0.040 0.000 0.000
#> SRR597952 1 0.4737 -0.1191 0.600 0.380 0.016 0.000 0.004
#> SRR1376497 1 0.5177 0.5951 0.732 0.160 0.068 0.000 0.040
#> SRR813848 4 0.1357 0.8901 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004
#> SRR1379471 1 0.0798 0.7590 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.4666 0.6435 0.784 0.048 0.072 0.000 0.096
#> SRR615285 1 0.2758 0.7403 0.896 0.024 0.048 0.000 0.032
#> SRR1325353 1 0.0609 0.7562 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.4380 0.7506 0.376 0.616 0.008 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.2722 0.7420 0.896 0.020 0.056 0.000 0.028
#> SRR1397649 2 0.3966 0.7601 0.336 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.1982 0.7577 0.932 0.028 0.028 0.000 0.012
#> SRR1336113 2 0.6303 0.6100 0.276 0.576 0.128 0.000 0.020
#> SRR1396570 1 0.4656 -0.4865 0.508 0.480 0.012 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.5852 0.3517 0.192 0.624 0.180 0.000 0.004
#> SRR1317218 2 0.3966 0.7601 0.336 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0898 0.7598 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.6625 0.6323 0.332 0.524 0.116 0.004 0.024
#> SRR1388046 1 0.4337 0.3260 0.696 0.284 0.016 0.000 0.004
#> SRR655076 5 0.1492 0.7486 0.040 0.008 0.004 0.000 0.948
#> SRR1464353 2 0.4288 0.7440 0.384 0.612 0.004 0.000 0.000
#> SRR654754 5 0.3883 0.7350 0.152 0.012 0.032 0.000 0.804
#> SRR599412 5 0.2420 0.7706 0.088 0.008 0.008 0.000 0.896
#> SRR2166308 1 0.2379 0.7470 0.912 0.012 0.048 0.000 0.028
#> SRR655696 1 0.1787 0.7637 0.940 0.016 0.032 0.000 0.012
#> SRR602978 2 0.5255 0.7264 0.388 0.560 0.000 0.000 0.052
#> SRR1323850 2 0.5855 0.6858 0.340 0.564 0.088 0.000 0.008
#> SRR1365512 1 0.4646 0.6619 0.780 0.052 0.120 0.000 0.048
#> SRR663380 1 0.1173 0.7614 0.964 0.012 0.020 0.000 0.004
#> SRR1410469 1 0.6161 0.1810 0.588 0.300 0.072 0.000 0.040
#> SRR659259 5 0.4297 0.5390 0.000 0.036 0.236 0.000 0.728
#> SRR1421223 2 0.6172 0.5733 0.400 0.500 0.080 0.000 0.020
#> SRR1092567 1 0.4781 0.6489 0.768 0.052 0.132 0.000 0.048
#> SRR1472598 1 0.5912 0.3675 0.640 0.244 0.080 0.000 0.036
#> SRR1069279 1 0.5133 -0.1376 0.568 0.388 0.044 0.000 0.000
#> SRR1351624 1 0.6567 0.1267 0.552 0.284 0.136 0.000 0.028
#> SRR1342938 1 0.2908 0.7300 0.884 0.016 0.068 0.000 0.032
#> SRR599346 2 0.5947 0.7114 0.324 0.576 0.016 0.000 0.084
#> SRR1359045 3 0.8052 0.7198 0.116 0.312 0.456 0.076 0.040
#> SRR601843 1 0.2523 0.7439 0.908 0.024 0.040 0.000 0.028
#> SRR1318898 1 0.2006 0.7524 0.932 0.024 0.020 0.000 0.024
#> SRR1455104 1 0.1116 0.7597 0.964 0.004 0.028 0.000 0.004
#> SRR598565 1 0.6929 0.1825 0.500 0.140 0.320 0.000 0.040
#> SRR1315188 1 0.4781 0.6489 0.768 0.052 0.132 0.000 0.048
#> SRR1409875 2 0.7439 0.4059 0.360 0.416 0.184 0.012 0.028
#> SRR1348270 2 0.4015 0.7589 0.348 0.652 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3448 0.7169 0.856 0.036 0.080 0.000 0.028
#> SRR1451857 2 0.4264 0.7491 0.376 0.620 0.004 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.4219 0.7107 0.416 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0609 0.7562 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.5633 0.6608 0.000 0.032 0.256 0.652 0.060
#> SRR1095937 1 0.6802 0.2572 0.552 0.052 0.124 0.000 0.272
#> SRR1473295 1 0.0955 0.7589 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.4380 0.7503 0.376 0.616 0.008 0.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.6155 0.2386 0.604 0.276 0.080 0.000 0.040
#> SRR2164562 1 0.2234 0.7598 0.916 0.036 0.044 0.000 0.004
#> SRR665490 1 0.0794 0.7564 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.7006 -0.6897 0.000 0.376 0.344 0.272 0.008
#> SRR1458506 1 0.5832 0.5221 0.676 0.096 0.184 0.000 0.044
#> SRR808886 1 0.4360 0.6834 0.804 0.072 0.084 0.000 0.040
#> SRR1329442 1 0.1200 0.7599 0.964 0.008 0.016 0.000 0.012
#> SRR1457925 1 0.2151 0.7545 0.924 0.020 0.040 0.000 0.016
#> SRR1434910 1 0.4562 -0.5295 0.500 0.492 0.008 0.000 0.000
#> SRR614107 2 0.8836 -0.1919 0.324 0.348 0.180 0.092 0.056
#> SRR1323914 1 0.4648 -0.4455 0.524 0.464 0.012 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.1280 0.7582 0.960 0.008 0.008 0.000 0.024
#> SRR1309578 1 0.4682 -0.3142 0.564 0.420 0.016 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.2151 0.7571 0.924 0.016 0.040 0.000 0.020
#> SRR1076753 1 0.0854 0.7594 0.976 0.008 0.012 0.000 0.004
#> SRR1327410 1 0.6155 0.2386 0.604 0.276 0.080 0.000 0.040
#> SRR608064 5 0.1492 0.7486 0.040 0.008 0.004 0.000 0.948
#> SRR608512 5 0.2362 0.7707 0.084 0.008 0.008 0.000 0.900
#> SRR2167551 1 0.2515 0.7470 0.908 0.020 0.040 0.000 0.032
#> SRR1394872 1 0.1200 0.7586 0.964 0.012 0.008 0.000 0.016
#> SRR1345669 1 0.1200 0.7575 0.964 0.012 0.008 0.000 0.016
#> SRR1367588 1 0.3036 0.7420 0.880 0.028 0.064 0.000 0.028
#> SRR1387724 1 0.2908 0.7300 0.884 0.016 0.068 0.000 0.032
#> SRR660438 1 0.2152 0.7608 0.920 0.032 0.044 0.000 0.004
#> SRR1310758 1 0.4749 0.5477 0.736 0.192 0.060 0.000 0.012
#> SRR601525 2 0.4444 0.7505 0.364 0.624 0.012 0.000 0.000
#> SRR818749 1 0.3323 0.7307 0.868 0.040 0.048 0.000 0.044
#> SRR604294 1 0.6163 0.0510 0.572 0.312 0.092 0.000 0.024
#> SRR1322494 2 0.5434 0.5556 0.232 0.648 0.120 0.000 0.000
#> SRR1377949 1 0.6103 0.1380 0.584 0.312 0.064 0.000 0.040
#> SRR1317001 1 0.1815 0.7548 0.940 0.020 0.024 0.000 0.016
#> SRR1311897 1 0.0854 0.7597 0.976 0.012 0.008 0.000 0.004
#> SRR1308715 1 0.4682 -0.3142 0.564 0.420 0.016 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.1493 0.8813 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> SRR1380163 2 0.3913 0.7604 0.324 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0865 0.7602 0.972 0.004 0.024 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.1267 0.7601 0.960 0.012 0.024 0.000 0.004
#> SRR1341256 2 0.4397 0.6919 0.432 0.564 0.004 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.1653 0.7606 0.944 0.024 0.028 0.000 0.004
#> SRR659744 2 0.4547 0.7220 0.400 0.588 0.012 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.1082 0.7609 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.3999 0.4613 0.740 0.240 0.020 0.000 0.000
#> SRR1088808 3 0.6918 0.6954 0.024 0.336 0.528 0.068 0.044
#> SRR1329068 2 0.5164 0.5819 0.232 0.672 0.096 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.4525 0.7596 0.360 0.624 0.016 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.5909 0.3745 0.200 0.616 0.180 0.000 0.004
#> SRR1099520 1 0.0566 0.7593 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.7405 0.2326 0.000 0.036 0.228 0.384 0.352
#> SRR1440625 1 0.4967 0.6256 0.756 0.120 0.088 0.000 0.036
#> SRR1391700 1 0.0703 0.7570 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.3272 0.7590 0.120 0.016 0.016 0.000 0.848
#> SRR1473443 1 0.6172 0.1164 0.576 0.316 0.068 0.000 0.040
#> SRR1498438 1 0.4733 0.6684 0.776 0.076 0.108 0.000 0.040
#> SRR1394655 4 0.0703 0.9002 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1322437 4 0.0162 0.9002 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660236 4 0.0703 0.9002 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1466338 1 0.6172 0.1164 0.576 0.316 0.068 0.000 0.040
#> SRR604148 1 0.6633 0.2776 0.548 0.048 0.100 0.000 0.304
#> SRR1334939 1 0.2897 0.7368 0.888 0.052 0.040 0.000 0.020
#> SRR1349497 1 0.1716 0.7585 0.944 0.016 0.024 0.000 0.016
#> SRR1360523 1 0.0451 0.7588 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.6138 0.6421 0.016 0.436 0.480 0.060 0.008
#> SRR1339366 2 0.4256 0.6841 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 1 0.3036 0.7420 0.880 0.028 0.064 0.000 0.028
#> SRR1389868 1 0.1116 0.7590 0.964 0.004 0.028 0.000 0.004
#> SRR1390265 2 0.4219 0.7055 0.416 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0162 0.9002 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1469102 1 0.0981 0.7595 0.972 0.008 0.012 0.000 0.008
#> SRR1440584 2 0.4242 0.6941 0.428 0.572 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.5434 0.5556 0.232 0.648 0.120 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0880 0.7564 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.4101 0.7490 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 5 0.3759 0.7414 0.148 0.012 0.028 0.000 0.812
#> SRR1316174 3 0.8158 0.7038 0.128 0.316 0.440 0.076 0.040
#> SRR603268 2 0.4640 0.7218 0.400 0.584 0.016 0.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.3461 0.6174 0.224 0.772 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.4383 0.7013 0.424 0.572 0.004 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.2522 0.6950 0.880 0.108 0.012 0.000 0.000
#> SRR665646 5 0.2887 0.7667 0.072 0.016 0.028 0.000 0.884
#> SRR1404931 4 0.0703 0.9002 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1431552 4 0.0703 0.9002 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1479085 1 0.4556 0.3010 0.680 0.292 0.024 0.000 0.004
#> SRR1322711 2 0.4235 0.6991 0.424 0.576 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.1493 0.8813 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> SRR1419848 2 0.5810 -0.3324 0.040 0.516 0.028 0.416 0.000
#> SRR1332713 4 0.0703 0.9002 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1070863 1 0.0932 0.7587 0.972 0.004 0.020 0.000 0.004
#> SRR659947 2 0.6238 0.5169 0.420 0.476 0.084 0.000 0.020
#> SRR1414356 1 0.6988 0.0206 0.464 0.124 0.372 0.004 0.036
#> SRR599122 1 0.2925 0.7299 0.884 0.016 0.064 0.000 0.036
#> SRR1344100 2 0.4328 0.6611 0.248 0.724 0.020 0.008 0.000
#> SRR613018 5 0.4240 0.5425 0.000 0.036 0.228 0.000 0.736
#> SRR1456591 1 0.5694 0.2912 0.584 0.024 0.048 0.000 0.344
#> SRR1368710 1 0.4666 -0.2847 0.572 0.412 0.016 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.6875 0.1762 0.496 0.120 0.340 0.000 0.044
#> SRR1319283 1 0.4947 0.5959 0.744 0.068 0.160 0.000 0.028
#> SRR1349518 2 0.4375 0.7024 0.420 0.576 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0703 0.7570 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.3833 0.7053 0.832 0.040 0.096 0.000 0.032
#> SRR1455436 2 0.6207 0.6230 0.272 0.588 0.120 0.000 0.020
#> SRR658009 5 0.3964 0.7238 0.160 0.012 0.032 0.000 0.796
#> SRR1331383 4 0.1493 0.8813 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> SRR1394894 1 0.8558 -0.2794 0.368 0.348 0.152 0.080 0.052
#> SRR659133 4 0.0703 0.9002 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR660212 1 0.2758 0.7403 0.896 0.024 0.048 0.000 0.032
#> SRR657821 1 0.0794 0.7564 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.5354 0.7060 0.296 0.640 0.044 0.020 0.000
#> SRR663149 1 0.4602 0.2284 0.656 0.316 0.028 0.000 0.000
#> SRR1413032 1 0.6391 0.1670 0.576 0.292 0.088 0.000 0.044
#> SRR1377557 1 0.0609 0.7562 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.4227 0.7022 0.420 0.580 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 1 0.2599 0.7477 0.904 0.024 0.044 0.000 0.028
#> SRR657101 5 0.1492 0.7486 0.040 0.008 0.004 0.000 0.948
#> SRR1350588 1 0.4569 0.6730 0.788 0.056 0.108 0.000 0.048
#> SRR1368486 1 0.0865 0.7575 0.972 0.004 0.024 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.2381 0.77426 0.908 0.028 0.016 0.000 0.036 0.012
#> SRR1499543 1 0.2214 0.77884 0.916 0.032 0.012 0.000 0.028 0.012
#> SRR1443419 1 0.4481 0.00572 0.572 0.400 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR657372 5 0.3587 0.45109 0.040 0.064 0.036 0.004 0.844 0.012
#> SRR661409 6 0.1621 0.62157 0.004 0.004 0.048 0.000 0.008 0.936
#> SRR1409721 2 0.3190 0.76467 0.220 0.772 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1391678 1 0.1743 0.78019 0.936 0.028 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1392030 1 0.3551 0.75432 0.844 0.040 0.020 0.000 0.064 0.032
#> SRR1453787 1 0.1237 0.77980 0.956 0.020 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR654969 1 0.2635 0.77644 0.892 0.056 0.016 0.000 0.024 0.012
#> SRR1435113 4 0.0405 0.87375 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR601359 1 0.5907 0.49770 0.592 0.064 0.044 0.000 0.280 0.020
#> SRR663392 2 0.5362 0.36762 0.072 0.656 0.044 0.004 0.224 0.000
#> SRR1374716 5 0.6964 -0.00207 0.000 0.104 0.312 0.152 0.432 0.000
#> SRR601157 1 0.5855 0.52262 0.604 0.064 0.044 0.000 0.268 0.020
#> SRR615347 2 0.4350 0.70344 0.328 0.640 0.024 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329464 1 0.0924 0.78029 0.972 0.008 0.008 0.000 0.004 0.008
#> SRR1357344 1 0.1225 0.77359 0.952 0.012 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.5292 0.66920 0.704 0.056 0.164 0.000 0.052 0.024
#> SRR598068 1 0.4050 0.74240 0.808 0.032 0.096 0.000 0.040 0.024
#> SRR810343 1 0.4844 0.68470 0.728 0.048 0.032 0.000 0.172 0.020
#> SRR1431991 1 0.1877 0.77977 0.932 0.024 0.024 0.000 0.008 0.012
#> SRR1312024 1 0.4988 0.69155 0.728 0.048 0.156 0.000 0.044 0.024
#> SRR1499699 1 0.0935 0.77438 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.2145 0.75190 0.900 0.072 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.4148 0.69831 0.344 0.636 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475483 1 0.0922 0.78211 0.968 0.024 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR603726 5 0.6410 0.40263 0.316 0.096 0.048 0.004 0.524 0.012
#> SRR663368 1 0.4904 0.68635 0.728 0.056 0.024 0.000 0.164 0.028
#> SRR1354225 2 0.5738 0.34797 0.088 0.604 0.044 0.004 0.260 0.000
#> SRR1089809 2 0.7496 -0.04891 0.232 0.348 0.104 0.000 0.308 0.008
#> SRR1338901 2 0.4771 0.59511 0.388 0.568 0.028 0.000 0.016 0.000
#> SRR598645 1 0.7435 0.23639 0.484 0.064 0.136 0.000 0.244 0.072
#> SRR656528 6 0.1261 0.68572 0.028 0.004 0.004 0.000 0.008 0.956
#> SRR809503 1 0.1881 0.77705 0.928 0.044 0.008 0.000 0.012 0.008
#> SRR659923 2 0.2768 0.73544 0.156 0.832 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0972 0.77481 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.1116 0.77980 0.960 0.008 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350566 1 0.1533 0.78288 0.948 0.016 0.012 0.000 0.016 0.008
#> SRR614743 4 0.6441 -0.06218 0.000 0.052 0.168 0.504 0.276 0.000
#> SRR1406307 1 0.2107 0.77188 0.920 0.036 0.008 0.000 0.024 0.012
#> SRR1348318 5 0.6509 0.30716 0.340 0.076 0.044 0.004 0.508 0.028
#> SRR1343433 1 0.1439 0.78112 0.952 0.008 0.016 0.000 0.012 0.012
#> SRR1342088 1 0.6472 0.51720 0.584 0.164 0.176 0.000 0.052 0.024
#> SRR1404384 1 0.3513 0.75514 0.840 0.068 0.060 0.000 0.020 0.012
#> SRR655495 5 0.9104 0.38774 0.176 0.184 0.240 0.088 0.284 0.028
#> SRR812270 5 0.5109 0.34027 0.004 0.244 0.040 0.040 0.668 0.004
#> SRR821176 2 0.3104 0.75116 0.184 0.800 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.3175 0.76523 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.4810 0.39465 0.632 0.308 0.036 0.000 0.024 0.000
#> SRR1415274 5 0.6639 0.50396 0.084 0.092 0.104 0.052 0.644 0.024
#> SRR1491275 1 0.1225 0.77359 0.952 0.012 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.3158 0.76697 0.864 0.056 0.016 0.000 0.048 0.016
#> SRR1337364 1 0.2691 0.77271 0.892 0.028 0.024 0.000 0.044 0.012
#> SRR1414471 1 0.1148 0.77940 0.960 0.016 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1471862 1 0.4726 0.68912 0.736 0.040 0.028 0.000 0.172 0.024
#> SRR1456208 1 0.6792 0.24485 0.492 0.056 0.120 0.000 0.308 0.024
#> SRR1393428 1 0.7050 0.07816 0.460 0.316 0.088 0.000 0.116 0.020
#> SRR1327632 1 0.4747 0.68500 0.732 0.044 0.024 0.000 0.176 0.024
#> SRR608120 6 0.2940 0.66450 0.108 0.004 0.020 0.000 0.012 0.856
#> SRR607679 2 0.5991 0.39861 0.112 0.584 0.036 0.004 0.260 0.004
#> SRR1359529 1 0.3786 0.74554 0.820 0.060 0.084 0.000 0.028 0.008
#> SRR1330305 2 0.4293 0.62121 0.396 0.584 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436042 1 0.5332 0.61989 0.672 0.060 0.032 0.000 0.216 0.020
#> SRR656191 2 0.3012 0.75679 0.196 0.796 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0972 0.77481 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 6 0.0436 0.65440 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR1090770 1 0.1138 0.77805 0.960 0.012 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR657420 1 0.2088 0.78497 0.920 0.024 0.036 0.000 0.016 0.004
#> SRR1398686 1 0.1218 0.77714 0.956 0.012 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR821207 1 0.1148 0.77936 0.960 0.016 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074694 1 0.5502 0.62016 0.672 0.180 0.092 0.000 0.044 0.012
#> SRR1413851 2 0.4489 0.60416 0.404 0.568 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR1319924 2 0.3198 0.76666 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.1049 0.77439 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 1 0.6953 0.00147 0.424 0.364 0.140 0.000 0.040 0.032
#> SRR1476903 1 0.2045 0.78242 0.920 0.024 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1406502 2 0.4195 0.70027 0.328 0.648 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR607502 6 0.5043 0.43727 0.056 0.164 0.036 0.000 0.024 0.720
#> SRR602951 6 0.5222 0.48732 0.056 0.012 0.136 0.000 0.084 0.712
#> SRR1402922 1 0.5111 0.57473 0.672 0.212 0.092 0.000 0.020 0.004
#> SRR1314071 5 0.6260 0.41156 0.048 0.224 0.072 0.004 0.612 0.040
#> SRR1374778 1 0.5498 0.66840 0.696 0.100 0.132 0.000 0.048 0.024
#> SRR1089926 1 0.4057 0.73613 0.800 0.032 0.116 0.000 0.032 0.020
#> SRR1437056 1 0.5116 0.67822 0.716 0.048 0.164 0.000 0.048 0.024
#> SRR1366772 2 0.3345 0.76061 0.204 0.776 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1487465 5 0.5908 0.50674 0.084 0.096 0.060 0.040 0.700 0.020
#> SRR2166006 1 0.4962 -0.01229 0.532 0.416 0.032 0.000 0.020 0.000
#> SRR1341034 4 0.0405 0.87375 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1460235 1 0.1218 0.77866 0.956 0.012 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368917 1 0.1053 0.78052 0.964 0.012 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457197 1 0.4866 -0.09926 0.544 0.412 0.028 0.000 0.012 0.004
#> SRR1433311 1 0.5292 0.66920 0.704 0.056 0.164 0.000 0.052 0.024
#> SRR656373 5 0.3454 0.43442 0.036 0.060 0.044 0.000 0.848 0.012
#> SRR1454265 1 0.0935 0.78030 0.964 0.032 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.5116 0.67822 0.716 0.048 0.164 0.000 0.048 0.024
#> SRR661711 1 0.1282 0.78048 0.956 0.024 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR661493 6 0.1015 0.66603 0.012 0.004 0.012 0.000 0.004 0.968
#> SRR1356120 1 0.1313 0.78060 0.952 0.028 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381414 2 0.4147 0.72777 0.316 0.660 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1350263 1 0.5116 0.67822 0.716 0.048 0.164 0.000 0.048 0.024
#> SRR1327349 2 0.6543 0.26177 0.148 0.500 0.056 0.004 0.292 0.000
#> SRR1476348 2 0.5980 0.52042 0.172 0.588 0.032 0.000 0.204 0.004
#> SRR656035 1 0.1074 0.77586 0.960 0.012 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.3408 0.75329 0.840 0.020 0.100 0.000 0.024 0.016
#> SRR601549 6 0.7416 0.03297 0.176 0.276 0.056 0.000 0.048 0.444
#> SRR658573 2 0.3612 0.71483 0.148 0.800 0.016 0.000 0.036 0.000
#> SRR1393470 2 0.5641 0.60658 0.192 0.656 0.068 0.000 0.076 0.008
#> SRR1381247 1 0.5846 0.61574 0.652 0.068 0.192 0.000 0.060 0.028
#> SRR1322790 1 0.5035 0.69328 0.728 0.068 0.144 0.000 0.036 0.024
#> SRR1404044 1 0.1705 0.77722 0.940 0.024 0.008 0.000 0.016 0.012
#> SRR1487728 1 0.1457 0.78229 0.948 0.016 0.028 0.000 0.004 0.004
#> SRR1419593 1 0.1036 0.77787 0.964 0.008 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434689 2 0.4379 0.61864 0.400 0.576 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1349540 1 0.1692 0.78179 0.940 0.020 0.008 0.000 0.024 0.008
#> SRR1377967 2 0.3163 0.76784 0.232 0.764 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR662510 2 0.2946 0.74815 0.176 0.812 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.5705 0.59283 0.216 0.600 0.016 0.000 0.164 0.004
#> SRR809043 5 0.7067 0.43091 0.148 0.084 0.080 0.004 0.580 0.104
#> SRR659578 1 0.2976 0.72065 0.844 0.124 0.020 0.000 0.012 0.000
#> SRR1339413 2 0.4399 0.66265 0.352 0.616 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434760 1 0.1989 0.78224 0.928 0.020 0.024 0.000 0.016 0.012
#> SRR660079 1 0.1452 0.78394 0.948 0.020 0.020 0.000 0.012 0.000
#> SRR1465153 4 0.0405 0.87375 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1340924 1 0.0924 0.78029 0.972 0.008 0.008 0.000 0.004 0.008
#> SRR1073267 1 0.7301 0.10811 0.432 0.308 0.160 0.000 0.072 0.028
#> SRR1418688 1 0.5290 0.67958 0.708 0.064 0.156 0.000 0.044 0.028
#> SRR602338 6 0.3210 0.63559 0.124 0.004 0.020 0.000 0.016 0.836
#> SRR1323936 5 0.4650 0.21672 0.000 0.060 0.080 0.112 0.748 0.000
#> SRR1313789 2 0.4218 0.62354 0.400 0.584 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR614275 6 0.5222 0.48732 0.056 0.012 0.136 0.000 0.084 0.712
#> SRR601962 1 0.4861 0.65102 0.704 0.040 0.028 0.000 0.212 0.016
#> SRR663795 5 0.7265 0.48958 0.084 0.108 0.124 0.080 0.584 0.020
#> SRR1418650 2 0.3190 0.76467 0.220 0.772 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR655780 2 0.3834 0.75334 0.200 0.760 0.020 0.000 0.020 0.000
#> SRR661794 1 0.1635 0.77808 0.944 0.016 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1339508 1 0.5116 0.67818 0.716 0.048 0.164 0.000 0.048 0.024
#> SRR1501097 2 0.3050 0.76549 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 1 0.5428 0.63927 0.696 0.124 0.120 0.000 0.040 0.020
#> SRR1333550 2 0.4559 0.65546 0.344 0.620 0.020 0.000 0.012 0.004
#> SRR821148 1 0.1237 0.77980 0.956 0.020 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR808658 1 0.4115 0.73629 0.796 0.068 0.100 0.000 0.024 0.012
#> SRR598100 1 0.5880 0.50045 0.596 0.068 0.040 0.000 0.276 0.020
#> SRR1475281 1 0.6217 0.51027 0.612 0.160 0.160 0.000 0.044 0.024
#> SRR1469477 1 0.5900 0.61740 0.656 0.052 0.164 0.000 0.100 0.028
#> SRR1468184 2 0.4004 0.72016 0.328 0.656 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415660 2 0.5620 0.37648 0.088 0.620 0.040 0.004 0.248 0.000
#> SRR816892 2 0.5980 0.52042 0.172 0.588 0.032 0.000 0.204 0.004
#> SRR1447325 4 0.1313 0.87254 0.000 0.004 0.028 0.952 0.016 0.000
#> SRR1415980 1 0.4822 0.68256 0.728 0.044 0.028 0.000 0.176 0.024
#> SRR658021 1 0.2520 0.77818 0.896 0.020 0.060 0.000 0.012 0.012
#> SRR1356308 2 0.3198 0.76482 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.1877 0.77977 0.932 0.024 0.024 0.000 0.008 0.012
#> SRR1083031 1 0.3631 0.74865 0.828 0.036 0.100 0.000 0.020 0.016
#> SRR1466177 2 0.4338 0.57291 0.420 0.560 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1346978 2 0.2631 0.75064 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 6 0.3867 0.59220 0.104 0.000 0.072 0.000 0.024 0.800
#> SRR598364 5 0.6636 0.15155 0.396 0.096 0.048 0.000 0.436 0.024
#> SRR603036 1 0.2565 0.78368 0.900 0.016 0.032 0.000 0.032 0.020
#> SRR604342 4 0.2278 0.83152 0.000 0.004 0.052 0.900 0.044 0.000
#> SRR1365850 4 0.0405 0.87375 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1335940 1 0.1957 0.77554 0.928 0.028 0.008 0.000 0.024 0.012
#> SRR1436515 1 0.1268 0.77559 0.952 0.008 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367612 2 0.2768 0.73536 0.156 0.832 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.1895 0.77878 0.932 0.024 0.012 0.000 0.020 0.012
#> SRR1446606 2 0.7654 0.09775 0.072 0.528 0.180 0.084 0.116 0.020
#> SRR1350936 1 0.0972 0.77546 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 1 0.6003 0.55445 0.620 0.204 0.108 0.000 0.056 0.012
#> SRR1316793 1 0.6534 0.49922 0.580 0.200 0.124 0.000 0.076 0.020
#> SRR1090815 1 0.1439 0.78059 0.952 0.012 0.016 0.000 0.008 0.012
#> SRR657845 1 0.0858 0.77564 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 4 0.0405 0.87375 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1398971 5 0.5077 0.42081 0.016 0.092 0.084 0.048 0.748 0.012
#> SRR1399457 2 0.4528 0.62289 0.380 0.588 0.020 0.000 0.012 0.000
#> SRR1073341 1 0.1232 0.77882 0.956 0.016 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR810805 1 0.1140 0.78235 0.964 0.012 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR1309657 1 0.2401 0.77363 0.908 0.028 0.016 0.000 0.032 0.016
#> SRR820186 1 0.2457 0.77451 0.904 0.032 0.016 0.000 0.036 0.012
#> SRR1388913 2 0.5118 0.59148 0.132 0.684 0.028 0.000 0.156 0.000
#> SRR1396270 1 0.5794 0.63003 0.668 0.052 0.156 0.000 0.096 0.028
#> SRR613402 2 0.3050 0.76828 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.3012 0.75679 0.196 0.796 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.7450 0.16469 0.252 0.384 0.072 0.004 0.276 0.012
#> SRR613975 2 0.3371 0.75534 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 1 0.4302 0.72121 0.780 0.032 0.132 0.000 0.032 0.024
#> SRR1088044 2 0.4556 0.69023 0.336 0.624 0.024 0.000 0.016 0.000
#> SRR1082909 1 0.4757 0.68831 0.736 0.044 0.028 0.000 0.168 0.024
#> SRR1392007 5 0.6980 -0.21752 0.000 0.076 0.196 0.352 0.376 0.000
#> SRR2166524 2 0.3612 0.71483 0.148 0.800 0.016 0.000 0.036 0.000
#> SRR1445765 1 0.1439 0.78059 0.952 0.012 0.016 0.000 0.008 0.012
#> SRR819867 2 0.3819 0.75468 0.200 0.756 0.000 0.004 0.040 0.000
#> SRR1339675 1 0.3689 0.75184 0.836 0.040 0.024 0.000 0.068 0.032
#> SRR1085687 2 0.4074 0.69913 0.140 0.776 0.012 0.004 0.068 0.000
#> SRR597952 2 0.4779 0.41026 0.464 0.500 0.020 0.000 0.012 0.004
#> SRR1376497 1 0.6523 0.49633 0.580 0.204 0.120 0.000 0.076 0.020
#> SRR813848 4 0.1864 0.85239 0.000 0.004 0.032 0.924 0.040 0.000
#> SRR1379471 1 0.0820 0.77970 0.972 0.012 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.5453 0.65502 0.720 0.076 0.052 0.000 0.068 0.084
#> SRR615285 1 0.4528 0.71298 0.768 0.056 0.124 0.000 0.032 0.020
#> SRR1325353 1 0.0972 0.77481 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.3230 0.76321 0.212 0.776 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR615886 1 0.3261 0.76359 0.860 0.044 0.024 0.000 0.056 0.016
#> SRR1397649 2 0.2668 0.74182 0.168 0.828 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.2337 0.77697 0.908 0.036 0.012 0.000 0.036 0.008
#> SRR1336113 2 0.6221 0.50690 0.168 0.588 0.036 0.000 0.192 0.016
#> SRR1396570 2 0.4337 0.64696 0.372 0.604 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1327366 2 0.5738 0.34797 0.088 0.604 0.044 0.004 0.260 0.000
#> SRR1317218 2 0.2668 0.74182 0.168 0.828 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.1148 0.77936 0.960 0.016 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1469791 2 0.6361 0.43718 0.200 0.588 0.072 0.000 0.128 0.012
#> SRR1388046 1 0.4518 0.27785 0.632 0.332 0.020 0.000 0.012 0.004
#> SRR655076 6 0.0436 0.65354 0.004 0.000 0.004 0.000 0.004 0.988
#> SRR1464353 2 0.3190 0.76467 0.220 0.772 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR654754 6 0.3097 0.65717 0.112 0.008 0.020 0.000 0.012 0.848
#> SRR599412 6 0.1621 0.69840 0.048 0.004 0.004 0.000 0.008 0.936
#> SRR2166308 1 0.4057 0.73613 0.800 0.032 0.116 0.000 0.032 0.020
#> SRR655696 1 0.2045 0.78242 0.920 0.024 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR602978 2 0.4395 0.75262 0.212 0.720 0.008 0.000 0.004 0.056
#> SRR1323850 2 0.5705 0.59283 0.216 0.600 0.016 0.000 0.164 0.004
#> SRR1365512 1 0.6421 0.55934 0.612 0.068 0.156 0.000 0.132 0.032
#> SRR663380 1 0.1377 0.78163 0.952 0.016 0.024 0.000 0.004 0.004
#> SRR1410469 1 0.6953 0.00147 0.424 0.364 0.140 0.000 0.040 0.032
#> SRR659259 6 0.4053 0.18705 0.000 0.004 0.300 0.000 0.020 0.676
#> SRR1421223 2 0.6053 0.50192 0.256 0.588 0.068 0.000 0.080 0.008
#> SRR1092567 1 0.6521 0.54009 0.600 0.068 0.156 0.000 0.144 0.032
#> SRR1472598 1 0.6824 0.24323 0.492 0.288 0.152 0.000 0.040 0.028
#> SRR1069279 2 0.5454 0.33663 0.428 0.488 0.052 0.000 0.032 0.000
#> SRR1351624 1 0.7218 0.05261 0.420 0.324 0.104 0.000 0.140 0.012
#> SRR1342938 1 0.5116 0.67822 0.716 0.048 0.164 0.000 0.048 0.024
#> SRR599346 2 0.5164 0.67181 0.164 0.704 0.024 0.000 0.020 0.088
#> SRR1359045 5 0.6639 0.50396 0.084 0.092 0.104 0.052 0.644 0.024
#> SRR601843 1 0.2714 0.76782 0.888 0.028 0.012 0.000 0.056 0.016
#> SRR1318898 1 0.2308 0.77300 0.912 0.028 0.012 0.000 0.032 0.016
#> SRR1455104 1 0.1296 0.78236 0.952 0.012 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR598565 1 0.6348 0.07145 0.456 0.064 0.044 0.000 0.408 0.028
#> SRR1315188 1 0.6521 0.54009 0.600 0.068 0.156 0.000 0.144 0.032
#> SRR1409875 2 0.7383 0.08764 0.236 0.384 0.092 0.000 0.280 0.008
#> SRR1348270 2 0.2772 0.74968 0.180 0.816 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3858 0.74457 0.816 0.040 0.028 0.000 0.100 0.016
#> SRR1451857 2 0.2994 0.76176 0.208 0.788 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436629 2 0.3151 0.76616 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0972 0.77481 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.4628 0.11259 0.000 0.000 0.344 0.608 0.044 0.004
#> SRR1095937 1 0.7902 -0.34104 0.336 0.052 0.228 0.000 0.076 0.308
#> SRR1473295 1 0.1296 0.77832 0.952 0.012 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457972 2 0.3432 0.76557 0.216 0.764 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1475430 1 0.6968 0.03936 0.444 0.340 0.140 0.000 0.048 0.028
#> SRR2164562 1 0.2895 0.77493 0.876 0.052 0.044 0.000 0.024 0.004
#> SRR665490 1 0.1124 0.77410 0.956 0.008 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 5 0.7182 0.02201 0.000 0.140 0.308 0.148 0.404 0.000
#> SRR1458506 1 0.5509 0.55522 0.632 0.048 0.032 0.000 0.264 0.024
#> SRR808886 1 0.6168 0.58807 0.628 0.104 0.180 0.000 0.060 0.028
#> SRR1329442 1 0.1723 0.78120 0.940 0.020 0.012 0.000 0.016 0.012
#> SRR1457925 1 0.2479 0.77827 0.900 0.024 0.012 0.000 0.052 0.012
#> SRR1434910 2 0.4000 0.72886 0.324 0.660 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR614107 5 0.8870 0.38411 0.200 0.228 0.240 0.044 0.260 0.028
#> SRR1323914 2 0.4161 0.69358 0.348 0.632 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323065 1 0.1439 0.78112 0.952 0.008 0.016 0.000 0.012 0.012
#> SRR1309578 2 0.4387 0.61004 0.404 0.572 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1500908 1 0.2598 0.77495 0.896 0.032 0.024 0.000 0.040 0.008
#> SRR1076753 1 0.1282 0.78140 0.956 0.024 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1327410 1 0.6968 0.03936 0.444 0.340 0.140 0.000 0.048 0.028
#> SRR608064 6 0.0436 0.65354 0.004 0.000 0.004 0.000 0.004 0.988
#> SRR608512 6 0.1477 0.69807 0.048 0.000 0.004 0.000 0.008 0.940
#> SRR2167551 1 0.3631 0.74865 0.828 0.036 0.100 0.000 0.020 0.016
#> SRR1394872 1 0.1611 0.77928 0.944 0.024 0.008 0.000 0.012 0.012
#> SRR1345669 1 0.1621 0.77906 0.944 0.020 0.008 0.000 0.016 0.012
#> SRR1367588 1 0.4695 0.71417 0.752 0.052 0.140 0.000 0.036 0.020
#> SRR1387724 1 0.5116 0.67822 0.716 0.048 0.164 0.000 0.048 0.024
#> SRR660438 1 0.2527 0.77789 0.896 0.044 0.040 0.000 0.016 0.004
#> SRR1310758 1 0.5681 0.47858 0.620 0.240 0.092 0.000 0.044 0.004
#> SRR601525 2 0.3863 0.75374 0.204 0.756 0.020 0.000 0.020 0.000
#> SRR818749 1 0.3756 0.75191 0.832 0.044 0.024 0.000 0.068 0.032
#> SRR604294 1 0.6128 0.04715 0.492 0.360 0.020 0.000 0.116 0.012
#> SRR1322494 2 0.5193 0.53402 0.116 0.676 0.032 0.000 0.176 0.000
#> SRR1377949 1 0.6827 -0.06410 0.424 0.376 0.136 0.000 0.032 0.032
#> SRR1317001 1 0.2228 0.77862 0.916 0.016 0.032 0.000 0.024 0.012
#> SRR1311897 1 0.1296 0.78053 0.952 0.032 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308715 2 0.4387 0.61004 0.404 0.572 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415195 4 0.2036 0.81719 0.000 0.008 0.048 0.916 0.028 0.000
#> SRR1380163 2 0.2805 0.73628 0.160 0.828 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.1053 0.77985 0.964 0.012 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR603834 1 0.1313 0.78155 0.952 0.016 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341256 2 0.3405 0.76473 0.272 0.724 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.1995 0.77976 0.924 0.036 0.024 0.000 0.012 0.004
#> SRR659744 2 0.3947 0.75398 0.256 0.716 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR1479549 1 0.1245 0.78149 0.952 0.016 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.4211 0.34890 0.660 0.312 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR1088808 5 0.5077 0.42081 0.016 0.092 0.084 0.048 0.748 0.012
#> SRR1329068 2 0.4924 0.55756 0.112 0.704 0.028 0.000 0.156 0.000
#> SRR1480565 2 0.3309 0.75531 0.192 0.788 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR1337137 2 0.5822 0.36413 0.096 0.596 0.044 0.004 0.260 0.000
#> SRR1099520 1 0.1116 0.78212 0.960 0.028 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR603942 3 0.6481 0.00000 0.000 0.000 0.344 0.340 0.016 0.300
#> SRR1440625 1 0.6624 0.50138 0.572 0.160 0.180 0.000 0.064 0.024
#> SRR1391700 1 0.1049 0.77502 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 6 0.2520 0.68772 0.076 0.008 0.024 0.000 0.004 0.888
#> SRR1473443 1 0.6939 -0.08090 0.412 0.380 0.136 0.000 0.040 0.032
#> SRR1498438 1 0.6289 0.60975 0.632 0.096 0.136 0.000 0.108 0.028
#> SRR1394655 4 0.1313 0.87254 0.000 0.004 0.028 0.952 0.016 0.000
#> SRR1322437 4 0.0405 0.87375 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR660236 4 0.1313 0.87254 0.000 0.004 0.028 0.952 0.016 0.000
#> SRR1466338 1 0.6939 -0.08090 0.412 0.380 0.136 0.000 0.040 0.032
#> SRR604148 1 0.6550 0.28521 0.512 0.040 0.024 0.000 0.116 0.308
#> SRR1334939 1 0.3427 0.75183 0.844 0.068 0.060 0.000 0.016 0.012
#> SRR1349497 1 0.2214 0.77884 0.916 0.032 0.012 0.000 0.028 0.012
#> SRR1360523 1 0.0767 0.77993 0.976 0.012 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446114 5 0.5109 0.34027 0.004 0.244 0.040 0.040 0.668 0.004
#> SRR1339366 2 0.3547 0.75152 0.300 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 1 0.4695 0.71417 0.752 0.052 0.140 0.000 0.036 0.020
#> SRR1389868 1 0.1210 0.77955 0.960 0.008 0.020 0.000 0.008 0.004
#> SRR1390265 2 0.3265 0.76674 0.248 0.748 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0405 0.87375 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1469102 1 0.1490 0.78089 0.948 0.024 0.016 0.000 0.004 0.008
#> SRR1440584 2 0.3221 0.76422 0.264 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.5193 0.53402 0.116 0.676 0.032 0.000 0.176 0.000
#> SRR1352575 1 0.1010 0.77432 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.2854 0.76168 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 6 0.2940 0.66450 0.108 0.004 0.020 0.000 0.012 0.856
#> SRR1316174 5 0.6894 0.49966 0.096 0.100 0.108 0.052 0.620 0.024
#> SRR603268 2 0.4029 0.75319 0.256 0.712 0.012 0.000 0.020 0.000
#> SRR1486044 2 0.3686 0.64932 0.100 0.812 0.068 0.000 0.020 0.000
#> SRR1441483 2 0.3360 0.76662 0.264 0.732 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.2830 0.68913 0.836 0.144 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR665646 6 0.2030 0.69219 0.036 0.008 0.016 0.000 0.016 0.924
#> SRR1404931 4 0.1313 0.87254 0.000 0.004 0.028 0.952 0.016 0.000
#> SRR1431552 4 0.1313 0.87254 0.000 0.004 0.028 0.952 0.016 0.000
#> SRR1479085 1 0.4776 0.24282 0.612 0.340 0.028 0.000 0.016 0.004
#> SRR1322711 2 0.3198 0.76482 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.2036 0.81719 0.000 0.008 0.048 0.916 0.028 0.000
#> SRR1419848 2 0.5416 -0.13719 0.000 0.512 0.028 0.404 0.056 0.000
#> SRR1332713 4 0.1313 0.87254 0.000 0.004 0.028 0.952 0.016 0.000
#> SRR1070863 1 0.1053 0.78012 0.964 0.012 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR659947 2 0.6185 0.49456 0.328 0.500 0.020 0.000 0.144 0.008
#> SRR1414356 5 0.6399 0.15941 0.404 0.056 0.056 0.004 0.460 0.020
#> SRR599122 1 0.5129 0.67500 0.716 0.044 0.164 0.000 0.048 0.028
#> SRR1344100 2 0.4114 0.66969 0.124 0.784 0.064 0.004 0.024 0.000
#> SRR613018 6 0.3835 0.19740 0.000 0.000 0.300 0.000 0.016 0.684
#> SRR1456591 1 0.5930 0.24796 0.524 0.032 0.048 0.000 0.028 0.368
#> SRR1368710 2 0.4561 0.59020 0.404 0.564 0.024 0.000 0.008 0.000
#> SRR1397885 1 0.6343 0.04691 0.444 0.068 0.040 0.000 0.420 0.028
#> SRR1319283 1 0.5538 0.62692 0.688 0.076 0.048 0.000 0.160 0.028
#> SRR1349518 2 0.3314 0.76778 0.256 0.740 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1471267 1 0.1049 0.77502 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.3983 0.73143 0.804 0.044 0.024 0.000 0.112 0.016
#> SRR1455436 2 0.5862 0.54083 0.172 0.600 0.012 0.000 0.200 0.016
#> SRR658009 6 0.3186 0.64413 0.120 0.008 0.020 0.000 0.012 0.840
#> SRR1331383 4 0.1970 0.82126 0.000 0.008 0.044 0.920 0.028 0.000
#> SRR1394894 1 0.8756 -0.46938 0.264 0.216 0.232 0.032 0.228 0.028
#> SRR659133 4 0.1313 0.87254 0.000 0.004 0.028 0.952 0.016 0.000
#> SRR660212 1 0.4528 0.71298 0.768 0.056 0.124 0.000 0.032 0.020
#> SRR657821 1 0.1124 0.77410 0.956 0.008 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.4904 0.64171 0.156 0.728 0.040 0.012 0.064 0.000
#> SRR663149 1 0.4962 -0.01229 0.532 0.416 0.032 0.000 0.020 0.000
#> SRR1413032 1 0.7184 -0.00384 0.412 0.352 0.148 0.000 0.056 0.032
#> SRR1377557 1 0.0972 0.77481 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.3175 0.76523 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 1 0.3740 0.74928 0.820 0.048 0.100 0.000 0.020 0.012
#> SRR657101 6 0.0436 0.65354 0.004 0.000 0.004 0.000 0.004 0.988
#> SRR1350588 1 0.6363 0.57121 0.616 0.072 0.160 0.000 0.124 0.028
#> SRR1368486 1 0.0858 0.77694 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.539 0.818 0.879 0.3760 0.535 0.535
#> 3 3 0.501 0.838 0.887 0.4365 0.856 0.748
#> 4 4 0.694 0.872 0.893 0.2647 0.790 0.565
#> 5 5 0.962 0.921 0.959 0.0917 0.955 0.846
#> 6 6 0.819 0.734 0.866 0.0558 0.966 0.869
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1443419 1 0.6623 0.67421 0.828 0.172
#> SRR657372 1 0.2043 0.90862 0.968 0.032
#> SRR661409 2 0.8955 0.77493 0.312 0.688
#> SRR1409721 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1391678 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.8861 0.77184 0.304 0.696
#> SRR1374716 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.9998 0.53489 0.492 0.508
#> SRR1329464 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1475483 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR1089809 2 0.9661 0.74731 0.392 0.608
#> SRR1338901 2 0.9996 0.54587 0.488 0.512
#> SRR598645 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR656528 1 0.7056 0.63109 0.808 0.192
#> SRR809503 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR1498226 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1342088 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1404384 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR655495 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR807799 2 0.9580 0.76569 0.380 0.620
#> SRR814919 1 0.0376 0.94454 0.996 0.004
#> SRR1415274 2 0.1633 0.65927 0.024 0.976
#> SRR1491275 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1393428 1 0.9491 0.01482 0.632 0.368
#> SRR1327632 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.9427 0.78102 0.360 0.640
#> SRR1359529 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.9635 0.75374 0.388 0.612
#> SRR1436042 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.9460 0.77960 0.364 0.636
#> SRR1419211 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1074694 1 0.7139 0.62135 0.804 0.196
#> SRR1413851 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1319924 1 0.9393 0.07574 0.644 0.356
#> SRR1361050 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1095792 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR607502 1 0.7376 0.59353 0.792 0.208
#> SRR602951 1 0.6048 0.72730 0.852 0.148
#> SRR1402922 1 0.7139 0.62135 0.804 0.196
#> SRR1314071 2 0.9358 0.78282 0.352 0.648
#> SRR1374778 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1089926 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1487465 2 0.9522 0.28341 0.372 0.628
#> SRR2166006 1 0.2603 0.89331 0.956 0.044
#> SRR1341034 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1457197 1 0.9491 0.01491 0.632 0.368
#> SRR1433311 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.2043 0.90862 0.968 0.032
#> SRR1454265 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1350263 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.9170 0.78037 0.332 0.668
#> SRR1476348 2 0.9580 0.76569 0.380 0.620
#> SRR656035 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR601549 1 0.7674 0.55283 0.776 0.224
#> SRR658573 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR1393470 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1381247 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1322790 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1349540 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR662510 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1370151 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR809043 1 0.9983 -0.43991 0.524 0.476
#> SRR659578 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.9580 0.76624 0.380 0.620
#> SRR1434760 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.9881 0.66486 0.436 0.564
#> SRR1418688 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1313789 1 0.8813 0.31455 0.700 0.300
#> SRR614275 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR663795 2 0.9552 0.27547 0.376 0.624
#> SRR1418650 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR655780 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR661794 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1339508 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.9580 0.76569 0.380 0.620
#> SRR1358459 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1333550 1 0.9286 0.13262 0.656 0.344
#> SRR821148 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1475281 1 0.0938 0.93514 0.988 0.012
#> SRR1469477 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1415660 2 0.9170 0.78037 0.332 0.668
#> SRR816892 2 0.9248 0.78176 0.340 0.660
#> SRR1447325 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1443695 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1083031 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1466177 1 0.9129 0.20353 0.672 0.328
#> SRR1346978 2 0.9491 0.77801 0.368 0.632
#> SRR607705 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR604342 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR1411002 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1351257 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1316793 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1398971 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1399457 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.8955 0.77492 0.312 0.688
#> SRR1396270 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR614912 2 0.9393 0.78197 0.356 0.644
#> SRR1478410 2 0.9323 0.78272 0.348 0.652
#> SRR613975 2 0.9635 0.75376 0.388 0.612
#> SRR1441631 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.9580 0.76569 0.380 0.620
#> SRR1082909 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR1445765 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.9491 0.77801 0.368 0.632
#> SRR1339675 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.8909 0.77344 0.308 0.692
#> SRR597952 1 0.6048 0.72263 0.852 0.148
#> SRR1376497 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR813848 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR615886 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR819690 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1396570 1 0.0938 0.93514 0.988 0.012
#> SRR1327366 2 0.9323 0.78272 0.348 0.652
#> SRR1317218 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR1352001 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.9129 0.77941 0.328 0.672
#> SRR1388046 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.9963 0.60611 0.464 0.536
#> SRR1464353 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR654754 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.9580 0.76569 0.380 0.620
#> SRR1323850 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1365512 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1410469 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR659259 2 0.7299 0.73175 0.204 0.796
#> SRR1421223 2 0.9993 0.55647 0.484 0.516
#> SRR1092567 2 0.9209 0.77425 0.336 0.664
#> SRR1472598 1 0.8763 0.32958 0.704 0.296
#> SRR1069279 1 0.8081 0.48662 0.752 0.248
#> SRR1351624 2 0.9996 0.54587 0.488 0.512
#> SRR1342938 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR599346 2 0.9427 0.78102 0.360 0.640
#> SRR1359045 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.9209 0.78114 0.336 0.664
#> SRR1409875 2 0.9491 0.77801 0.368 0.632
#> SRR1348270 2 0.9427 0.78102 0.360 0.640
#> SRR602389 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1436629 2 0.9998 0.53489 0.492 0.508
#> SRR1349144 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1475430 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR2164562 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR808886 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR614107 2 0.8955 0.77497 0.312 0.688
#> SRR1323914 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1323065 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1500908 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1327410 1 0.7815 0.53140 0.768 0.232
#> SRR608064 1 0.0672 0.93993 0.992 0.008
#> SRR608512 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR2167551 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1387724 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR660438 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1310758 1 0.0938 0.93514 0.988 0.012
#> SRR601525 2 0.9427 0.78102 0.360 0.640
#> SRR818749 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0672 0.93989 0.992 0.008
#> SRR1322494 2 0.9427 0.78102 0.360 0.640
#> SRR1377949 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1415195 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR1480611 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.9970 0.59669 0.468 0.532
#> SRR613795 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.9977 0.58690 0.472 0.528
#> SRR1479549 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1088808 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1329068 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR1480565 2 0.9491 0.77801 0.368 0.632
#> SRR1337137 2 0.9323 0.78272 0.348 0.652
#> SRR1099520 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR603942 2 0.8909 0.39727 0.308 0.692
#> SRR1440625 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1473443 1 0.8081 0.48662 0.752 0.248
#> SRR1498438 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1394655 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1466338 1 0.8081 0.48662 0.752 0.248
#> SRR604148 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1334939 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1339366 1 0.9393 0.07574 0.644 0.356
#> SRR656469 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.9580 0.76569 0.380 0.620
#> SRR1364935 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1440584 1 0.9427 0.05625 0.640 0.360
#> SRR1459697 2 0.9358 0.78280 0.352 0.648
#> SRR1352575 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR614023 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1316174 2 0.9635 0.25084 0.388 0.612
#> SRR603268 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1486044 2 0.9209 0.78154 0.336 0.664
#> SRR1441483 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1074189 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1404988 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1332713 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR659947 2 0.9954 0.61528 0.460 0.540
#> SRR1414356 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.3879 0.68859 0.076 0.924
#> SRR613018 2 0.8955 0.77493 0.312 0.688
#> SRR1456591 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.9522 0.77592 0.372 0.628
#> SRR1397885 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1349518 1 0.9522 -0.00652 0.628 0.372
#> SRR1471267 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.9286 0.78243 0.344 0.656
#> SRR658009 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR1394894 1 0.9993 -0.10985 0.516 0.484
#> SRR659133 2 0.0000 0.66701 0.000 1.000
#> SRR660212 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.9491 0.77801 0.368 0.632
#> SRR663149 1 0.8555 0.38581 0.720 0.280
#> SRR1413032 1 0.0938 0.93514 0.988 0.012
#> SRR1377557 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1335296 1 0.8327 0.43771 0.736 0.264
#> SRR1407273 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR657101 1 0.7602 0.56475 0.780 0.220
#> SRR1350588 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.94906 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.5625 0.8678 0.116 0.808 0.076
#> SRR657372 1 0.6807 0.6934 0.736 0.092 0.172
#> SRR661409 1 0.9529 0.1937 0.448 0.196 0.356
#> SRR1409721 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1391678 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR601359 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.3454 0.9398 0.104 0.888 0.008
#> SRR1374716 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR601157 1 0.1031 0.8845 0.976 0.024 0.000
#> SRR615347 2 0.3845 0.9306 0.116 0.872 0.012
#> SRR1329464 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0661 0.8906 0.988 0.004 0.008
#> SRR1365356 1 0.4838 0.8389 0.848 0.076 0.076
#> SRR598068 1 0.4165 0.8538 0.876 0.048 0.076
#> SRR810343 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.8054 0.3905 0.568 0.356 0.076
#> SRR1499699 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.1905 0.8824 0.956 0.028 0.016
#> SRR663368 1 0.1163 0.8826 0.972 0.028 0.000
#> SRR1354225 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1089809 2 0.7147 0.6807 0.228 0.696 0.076
#> SRR1338901 2 0.4999 0.8777 0.152 0.820 0.028
#> SRR598645 1 0.5253 0.8356 0.828 0.096 0.076
#> SRR656528 1 0.5757 0.8060 0.792 0.152 0.056
#> SRR809503 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1498226 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1406307 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.1163 0.8837 0.972 0.028 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 1 0.5625 0.8099 0.808 0.116 0.076
#> SRR1404384 1 0.4469 0.8436 0.864 0.060 0.076
#> SRR655495 3 0.1031 0.9022 0.000 0.024 0.976
#> SRR812270 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR821176 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR807799 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR814919 1 0.7379 0.4354 0.616 0.336 0.048
#> SRR1415274 3 0.3875 0.8930 0.068 0.044 0.888
#> SRR1491275 1 0.2527 0.8753 0.936 0.020 0.044
#> SRR659851 1 0.0237 0.8917 0.996 0.004 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.2947 0.8712 0.920 0.020 0.060
#> SRR1393428 1 0.8271 0.0825 0.480 0.444 0.076
#> SRR1327632 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.3375 0.8232 0.892 0.100 0.008
#> SRR607679 2 0.2400 0.8879 0.064 0.932 0.004
#> SRR1359529 1 0.5331 0.8151 0.824 0.100 0.076
#> SRR1330305 2 0.3532 0.9385 0.108 0.884 0.008
#> SRR1436042 1 0.0237 0.8921 0.996 0.004 0.000
#> SRR656191 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1419211 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.6208 0.7947 0.772 0.152 0.076
#> SRR1090770 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 1 0.8037 0.3644 0.572 0.352 0.076
#> SRR1413851 2 0.3349 0.9408 0.108 0.888 0.004
#> SRR1319924 2 0.3845 0.9306 0.116 0.872 0.012
#> SRR1361050 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 1 0.4925 0.8347 0.844 0.080 0.076
#> SRR1476903 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR607502 1 0.6083 0.7970 0.772 0.168 0.060
#> SRR602951 1 0.8528 0.5985 0.604 0.156 0.240
#> SRR1402922 1 0.8268 0.0814 0.484 0.440 0.076
#> SRR1314071 1 0.8592 0.3838 0.532 0.360 0.108
#> SRR1374778 1 0.5481 0.8087 0.816 0.108 0.076
#> SRR1089926 1 0.4565 0.8430 0.860 0.064 0.076
#> SRR1437056 1 0.5331 0.8203 0.824 0.100 0.076
#> SRR1366772 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1487465 3 0.0983 0.8959 0.004 0.016 0.980
#> SRR2166006 1 0.7683 0.4370 0.608 0.328 0.064
#> SRR1341034 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1460235 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.7395 0.4733 0.380 0.580 0.040
#> SRR1433311 1 0.5010 0.8340 0.840 0.084 0.076
#> SRR656373 1 0.5473 0.7589 0.808 0.052 0.140
#> SRR1454265 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.5625 0.8099 0.808 0.116 0.076
#> SRR661711 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.3454 0.8227 0.888 0.104 0.008
#> SRR1356120 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1350263 1 0.5481 0.8138 0.816 0.108 0.076
#> SRR1327349 2 0.3375 0.9371 0.100 0.892 0.008
#> SRR1476348 2 0.4047 0.9035 0.148 0.848 0.004
#> SRR656035 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.5253 0.8162 0.828 0.096 0.076
#> SRR601549 1 0.7826 0.5622 0.612 0.312 0.076
#> SRR658573 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1393470 2 0.3715 0.9278 0.128 0.868 0.004
#> SRR1381247 1 0.4469 0.8476 0.864 0.060 0.076
#> SRR1322790 1 0.5407 0.8145 0.820 0.104 0.076
#> SRR1404044 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1349540 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR662510 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1370151 2 0.3851 0.9184 0.136 0.860 0.004
#> SRR809043 1 0.8494 0.6119 0.608 0.156 0.236
#> SRR659578 1 0.0892 0.8859 0.980 0.020 0.000
#> SRR1339413 2 0.3987 0.9308 0.108 0.872 0.020
#> SRR1434760 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1340924 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 1 0.8548 0.4328 0.568 0.312 0.120
#> SRR1418688 1 0.6324 0.7686 0.764 0.160 0.076
#> SRR602338 1 0.3213 0.8266 0.900 0.092 0.008
#> SRR1323936 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1313789 2 0.3845 0.9306 0.116 0.872 0.012
#> SRR614275 1 0.6372 0.7912 0.764 0.152 0.084
#> SRR601962 1 0.0424 0.8909 0.992 0.008 0.000
#> SRR663795 3 0.1751 0.8933 0.028 0.012 0.960
#> SRR1418650 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR655780 2 0.2496 0.8983 0.068 0.928 0.004
#> SRR661794 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 1 0.5554 0.8132 0.812 0.112 0.076
#> SRR1501097 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1358459 1 0.4749 0.8398 0.852 0.072 0.076
#> SRR1333550 2 0.4209 0.9165 0.128 0.856 0.016
#> SRR821148 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.5407 0.8119 0.820 0.104 0.076
#> SRR598100 1 0.0424 0.8909 0.992 0.008 0.000
#> SRR1475281 1 0.7775 0.5130 0.620 0.304 0.076
#> SRR1469477 1 0.4838 0.8389 0.848 0.076 0.076
#> SRR1468184 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1415660 2 0.3454 0.9398 0.104 0.888 0.008
#> SRR816892 2 0.3573 0.9034 0.120 0.876 0.004
#> SRR1447325 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1415980 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0237 0.8925 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356308 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1443695 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 1 0.8271 0.0249 0.480 0.444 0.076
#> SRR1466177 2 0.5357 0.8811 0.116 0.820 0.064
#> SRR1346978 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR607705 1 0.6488 0.7872 0.756 0.160 0.084
#> SRR598364 1 0.0747 0.8886 0.984 0.016 0.000
#> SRR603036 1 0.0592 0.8900 0.988 0.012 0.000
#> SRR604342 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1365850 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1335940 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1411002 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1350936 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 1 0.5010 0.8338 0.840 0.084 0.076
#> SRR1316793 1 0.5481 0.8138 0.816 0.108 0.076
#> SRR1090815 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1398971 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1399457 1 0.4589 0.7429 0.820 0.172 0.008
#> SRR1073341 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.3454 0.9398 0.104 0.888 0.008
#> SRR1396270 1 0.4925 0.8364 0.844 0.080 0.076
#> SRR613402 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR614912 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1478410 2 0.3129 0.9249 0.088 0.904 0.008
#> SRR613975 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1441631 1 0.3713 0.8589 0.892 0.032 0.076
#> SRR1088044 2 0.3482 0.9266 0.128 0.872 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR2166524 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1445765 1 0.0424 0.8909 0.992 0.008 0.000
#> SRR819867 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1339675 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.3454 0.9398 0.104 0.888 0.008
#> SRR597952 1 0.6235 0.0372 0.564 0.436 0.000
#> SRR1376497 1 0.6266 0.7695 0.768 0.156 0.076
#> SRR813848 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1379471 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.1860 0.8654 0.948 0.052 0.000
#> SRR615285 1 0.4749 0.8362 0.852 0.072 0.076
#> SRR1325353 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR615886 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR819690 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1396570 1 0.6669 -0.1015 0.524 0.468 0.008
#> SRR1327366 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1317218 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1352001 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 1 0.9758 0.2231 0.440 0.256 0.304
#> SRR1388046 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.2663 0.7829 0.024 0.932 0.044
#> SRR1464353 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR654754 1 0.3375 0.8232 0.892 0.100 0.008
#> SRR599412 1 0.5393 0.8125 0.808 0.148 0.044
#> SRR2166308 1 0.3947 0.8561 0.884 0.040 0.076
#> SRR655696 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.1753 0.8641 0.048 0.952 0.000
#> SRR1323850 2 0.3784 0.9231 0.132 0.864 0.004
#> SRR1365512 1 0.5093 0.8314 0.836 0.088 0.076
#> SRR663380 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 1 0.5093 0.8290 0.836 0.088 0.076
#> SRR659259 2 0.6404 0.1027 0.012 0.644 0.344
#> SRR1421223 2 0.6476 0.7629 0.184 0.748 0.068
#> SRR1092567 1 0.8932 0.2564 0.456 0.124 0.420
#> SRR1472598 2 0.7775 0.5335 0.304 0.620 0.076
#> SRR1069279 2 0.8277 0.0769 0.456 0.468 0.076
#> SRR1351624 2 0.8180 0.2618 0.392 0.532 0.076
#> SRR1342938 1 0.5481 0.8138 0.816 0.108 0.076
#> SRR599346 2 0.1315 0.7961 0.020 0.972 0.008
#> SRR1359045 3 0.2772 0.9539 0.004 0.080 0.916
#> SRR601843 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.1163 0.8837 0.972 0.028 0.000
#> SRR1315188 1 0.8665 0.4968 0.552 0.124 0.324
#> SRR1409875 2 0.3112 0.9330 0.096 0.900 0.004
#> SRR1348270 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR602389 1 0.0424 0.8909 0.992 0.008 0.000
#> SRR1451857 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1436629 2 0.3267 0.9375 0.116 0.884 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.2448 0.9520 0.000 0.076 0.924
#> SRR1095937 1 0.3921 0.8460 0.884 0.080 0.036
#> SRR1473295 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1475430 1 0.4565 0.8450 0.860 0.064 0.076
#> SRR2164562 1 0.3325 0.8645 0.904 0.020 0.076
#> SRR665490 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 3 0.5926 0.5482 0.000 0.356 0.644
#> SRR1458506 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 1 0.5481 0.8168 0.816 0.108 0.076
#> SRR1329442 1 0.0592 0.8900 0.988 0.012 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR614107 3 0.9666 0.0933 0.316 0.232 0.452
#> SRR1323914 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 1 0.7850 0.4896 0.608 0.316 0.076
#> SRR608064 1 0.5330 0.8135 0.812 0.144 0.044
#> SRR608512 1 0.5330 0.8135 0.812 0.144 0.044
#> SRR2167551 1 0.5331 0.8130 0.824 0.100 0.076
#> SRR1394872 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.4838 0.8355 0.848 0.076 0.076
#> SRR1387724 1 0.4749 0.8396 0.852 0.072 0.076
#> SRR660438 1 0.3183 0.8656 0.908 0.016 0.076
#> SRR1310758 1 0.7411 0.5976 0.668 0.256 0.076
#> SRR601525 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR818749 1 0.0424 0.8909 0.992 0.008 0.000
#> SRR604294 1 0.0892 0.8857 0.980 0.020 0.000
#> SRR1322494 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1377949 1 0.4165 0.8512 0.876 0.048 0.076
#> SRR1317001 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1415195 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1380163 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1480611 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.4270 0.9212 0.116 0.860 0.024
#> SRR613795 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.3192 0.9405 0.112 0.888 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.3941 0.7558 0.844 0.156 0.000
#> SRR1088808 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1329068 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1480565 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1337137 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1099520 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.4371 0.8643 0.032 0.108 0.860
#> SRR1440625 1 0.5174 0.8283 0.832 0.092 0.076
#> SRR1391700 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.3454 0.8227 0.888 0.104 0.008
#> SRR1473443 1 0.7411 0.6107 0.668 0.256 0.076
#> SRR1498438 1 0.5625 0.8099 0.808 0.116 0.076
#> SRR1394655 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1322437 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR660236 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1466338 1 0.7749 0.5208 0.624 0.300 0.076
#> SRR604148 1 0.1860 0.8684 0.948 0.052 0.000
#> SRR1334939 1 0.7576 0.5601 0.648 0.276 0.076
#> SRR1349497 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1339366 2 0.3267 0.9375 0.116 0.884 0.000
#> SRR656469 1 0.4838 0.8371 0.848 0.076 0.076
#> SRR1389868 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1364935 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1469102 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.3995 0.9276 0.116 0.868 0.016
#> SRR1459697 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1352575 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR614023 1 0.3375 0.8232 0.892 0.100 0.008
#> SRR1316174 3 0.3129 0.8608 0.088 0.008 0.904
#> SRR603268 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1486044 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR1441483 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1074189 1 0.3293 0.8491 0.900 0.088 0.012
#> SRR665646 1 0.3375 0.8232 0.892 0.100 0.008
#> SRR1404931 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1431552 3 0.2165 0.9404 0.000 0.064 0.936
#> SRR1479085 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1404988 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1419848 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1332713 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1070863 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.6505 -0.0864 0.528 0.468 0.004
#> SRR1414356 1 0.0424 0.8909 0.992 0.008 0.000
#> SRR599122 1 0.4469 0.8476 0.864 0.060 0.076
#> SRR1344100 2 0.3875 0.8497 0.044 0.888 0.068
#> SRR613018 2 0.6138 0.5294 0.060 0.768 0.172
#> SRR1456591 1 0.0592 0.8883 0.988 0.012 0.000
#> SRR1368710 2 0.3116 0.9426 0.108 0.892 0.000
#> SRR1397885 1 0.0424 0.8909 0.992 0.008 0.000
#> SRR1319283 1 0.2743 0.8746 0.928 0.020 0.052
#> SRR1349518 2 0.3845 0.9306 0.116 0.872 0.012
#> SRR1471267 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.4575 0.8226 0.184 0.812 0.004
#> SRR658009 1 0.3375 0.8232 0.892 0.100 0.008
#> SRR1331383 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR1394894 1 0.7760 0.4822 0.580 0.060 0.360
#> SRR659133 3 0.2625 0.9574 0.000 0.084 0.916
#> SRR660212 1 0.5010 0.8242 0.840 0.084 0.076
#> SRR657821 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.3349 0.9429 0.108 0.888 0.004
#> SRR663149 1 0.7793 0.1454 0.524 0.424 0.052
#> SRR1413032 1 0.4925 0.8365 0.844 0.080 0.076
#> SRR1377557 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.3845 0.9306 0.116 0.872 0.012
#> SRR1407273 1 0.5331 0.8151 0.824 0.100 0.076
#> SRR657101 1 0.5956 0.7926 0.768 0.188 0.044
#> SRR1350588 1 0.4658 0.8435 0.856 0.068 0.076
#> SRR1368486 1 0.0000 0.8932 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR657372 3 0.5427 0.21185 0.444 0.004 0.544 0.008
#> SRR661409 3 0.3279 0.50252 0.024 0.008 0.880 0.088
#> SRR1409721 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0592 0.93631 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR663392 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1374716 4 0.0188 0.95319 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR601157 1 0.1792 0.89243 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR615347 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 3 0.5810 0.84682 0.256 0.072 0.672 0.000
#> SRR598068 3 0.5359 0.81644 0.288 0.036 0.676 0.000
#> SRR810343 1 0.0592 0.93631 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.6251 0.83872 0.196 0.140 0.664 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.4193 0.51524 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR663368 1 0.1792 0.89258 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1354225 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1089809 3 0.5744 0.70213 0.068 0.256 0.676 0.000
#> SRR1338901 2 0.4010 0.74372 0.028 0.816 0.156 0.000
#> SRR598645 3 0.3801 0.79166 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR656528 3 0.1356 0.59988 0.032 0.008 0.960 0.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.3219 0.76996 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.5964 0.85299 0.228 0.096 0.676 0.000
#> SRR1404384 3 0.5807 0.80086 0.312 0.052 0.636 0.000
#> SRR655495 4 0.2216 0.86591 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR812270 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR807799 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.7344 0.66959 0.188 0.300 0.512 0.000
#> SRR1415274 4 0.4054 0.71824 0.188 0.000 0.016 0.796
#> SRR1491275 1 0.2125 0.85261 0.920 0.004 0.076 0.000
#> SRR659851 1 0.0817 0.92957 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.4713 0.72548 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1393428 3 0.6181 0.78330 0.128 0.204 0.668 0.000
#> SRR1327632 1 0.0336 0.94248 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR608120 1 0.5161 0.45158 0.592 0.008 0.400 0.000
#> SRR607679 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1359529 3 0.6214 0.83660 0.272 0.092 0.636 0.000
#> SRR1330305 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0592 0.93631 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR656191 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0672 0.60625 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.6390 0.83831 0.224 0.132 0.644 0.000
#> SRR1413851 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.5900 0.84539 0.260 0.076 0.664 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0672 0.60625 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR602951 3 0.0524 0.60600 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1402922 3 0.6215 0.79659 0.140 0.192 0.668 0.000
#> SRR1314071 3 0.4215 0.73669 0.104 0.072 0.824 0.000
#> SRR1374778 3 0.6074 0.85212 0.228 0.104 0.668 0.000
#> SRR1089926 3 0.5754 0.79598 0.316 0.048 0.636 0.000
#> SRR1437056 3 0.5970 0.85209 0.244 0.088 0.668 0.000
#> SRR1366772 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1487465 4 0.0592 0.94603 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR2166006 3 0.6790 0.79869 0.192 0.200 0.608 0.000
#> SRR1341034 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.6095 0.48200 0.224 0.668 0.108 0.000
#> SRR1433311 3 0.5817 0.85064 0.248 0.076 0.676 0.000
#> SRR656373 1 0.3052 0.81378 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR1454265 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.6019 0.85265 0.228 0.100 0.672 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.5161 0.45158 0.592 0.008 0.400 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.6025 0.85274 0.236 0.096 0.668 0.000
#> SRR1327349 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1476348 2 0.1902 0.90533 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.6301 0.84252 0.260 0.104 0.636 0.000
#> SRR601549 3 0.4491 0.79716 0.140 0.060 0.800 0.000
#> SRR658573 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1393470 2 0.3525 0.81686 0.040 0.860 0.100 0.000
#> SRR1381247 3 0.5524 0.82918 0.276 0.048 0.676 0.000
#> SRR1322790 3 0.6167 0.84990 0.248 0.100 0.652 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR662510 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.3182 0.84730 0.028 0.876 0.096 0.000
#> SRR809043 3 0.3770 0.75871 0.104 0.040 0.852 0.004
#> SRR659578 1 0.0592 0.93273 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.5798 0.84110 0.184 0.112 0.704 0.000
#> SRR1418688 3 0.6181 0.84364 0.204 0.128 0.668 0.000
#> SRR602338 1 0.4917 0.54782 0.656 0.008 0.336 0.000
#> SRR1323936 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0524 0.60600 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 4 0.0469 0.94869 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1418650 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.2124 0.90609 0.008 0.924 0.068 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.6019 0.85265 0.228 0.100 0.672 0.000
#> SRR1501097 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.5759 0.83865 0.268 0.064 0.668 0.000
#> SRR1333550 2 0.1022 0.94170 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.6074 0.85212 0.228 0.104 0.668 0.000
#> SRR598100 1 0.0921 0.92777 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1475281 3 0.6098 0.84439 0.200 0.124 0.676 0.000
#> SRR1469477 3 0.5781 0.84838 0.252 0.072 0.676 0.000
#> SRR1468184 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR816892 2 0.3404 0.84651 0.032 0.864 0.104 0.000
#> SRR1447325 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0592 0.93631 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 3 0.6397 0.81001 0.164 0.184 0.652 0.000
#> SRR1466177 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0524 0.60600 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR598364 1 0.1022 0.91951 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR603036 1 0.0336 0.93944 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR604342 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.5850 0.85184 0.244 0.080 0.676 0.000
#> SRR1316793 3 0.5998 0.85259 0.240 0.092 0.668 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398971 4 0.0707 0.94487 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1399457 1 0.3610 0.67602 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1396270 3 0.5817 0.85064 0.248 0.076 0.676 0.000
#> SRR613402 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1478410 3 0.4866 0.43213 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR613975 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.5511 0.74784 0.352 0.028 0.620 0.000
#> SRR1088044 2 0.0921 0.94613 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 4 0.0188 0.95319 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2166524 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1339675 1 0.0469 0.93948 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1085687 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR597952 1 0.4999 -0.00359 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.6194 0.84137 0.200 0.132 0.668 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.1637 0.89771 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR615285 3 0.5879 0.85134 0.248 0.080 0.672 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0469 0.93948 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1397649 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0707 0.95626 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.4898 0.30767 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1317218 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.5888 0.77849 0.096 0.120 0.748 0.036
#> SRR1388046 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655076 3 0.2973 0.50700 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1464353 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.5024 0.51570 0.632 0.008 0.360 0.000
#> SRR599412 3 0.2976 0.56638 0.120 0.008 0.872 0.000
#> SRR2166308 3 0.5511 0.77462 0.332 0.032 0.636 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0927 0.95613 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR1323850 2 0.2546 0.89094 0.028 0.912 0.060 0.000
#> SRR1365512 3 0.5881 0.85252 0.240 0.084 0.676 0.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.5998 0.85271 0.240 0.092 0.668 0.000
#> SRR659259 4 0.7279 0.47473 0.000 0.148 0.408 0.444
#> SRR1421223 3 0.5690 0.68482 0.060 0.268 0.672 0.000
#> SRR1092567 3 0.6908 0.79609 0.132 0.096 0.688 0.084
#> SRR1472598 3 0.5970 0.73062 0.088 0.244 0.668 0.000
#> SRR1069279 3 0.6656 0.80755 0.220 0.160 0.620 0.000
#> SRR1351624 3 0.6084 0.77880 0.120 0.204 0.676 0.000
#> SRR1342938 3 0.6025 0.85274 0.236 0.096 0.668 0.000
#> SRR599346 2 0.4877 0.48069 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR1359045 4 0.0469 0.94869 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR601843 1 0.0336 0.94249 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.1389 0.91075 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1315188 3 0.6430 0.83988 0.184 0.096 0.692 0.028
#> SRR1409875 2 0.2271 0.89975 0.008 0.916 0.076 0.000
#> SRR1348270 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 3 0.4313 0.63880 0.260 0.004 0.736 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.5764 0.80836 0.304 0.052 0.644 0.000
#> SRR2164562 3 0.4817 0.68784 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 4 0.5070 0.26731 0.000 0.416 0.004 0.580
#> SRR1458506 1 0.0592 0.93631 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR808886 3 0.5938 0.85316 0.232 0.092 0.676 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.6655 0.71223 0.052 0.152 0.696 0.100
#> SRR1323914 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.6112 0.84269 0.196 0.128 0.676 0.000
#> SRR608064 3 0.2976 0.56638 0.120 0.008 0.872 0.000
#> SRR608512 3 0.2976 0.56638 0.120 0.008 0.872 0.000
#> SRR2167551 3 0.6127 0.85152 0.228 0.108 0.664 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.5907 0.84975 0.252 0.080 0.668 0.000
#> SRR1387724 3 0.5672 0.83214 0.276 0.056 0.668 0.000
#> SRR660438 3 0.4877 0.65230 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1310758 3 0.6134 0.84903 0.216 0.116 0.668 0.000
#> SRR601525 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR818749 1 0.0592 0.93631 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR604294 1 0.1940 0.88366 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1322494 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1377949 3 0.5878 0.79981 0.312 0.056 0.632 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.1042 0.95122 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.1867 0.86790 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1088808 4 0.0469 0.94869 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1329068 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1480565 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1337137 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.4814 0.71406 0.000 0.008 0.316 0.676
#> SRR1440625 3 0.5881 0.85252 0.240 0.084 0.676 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.5161 0.45158 0.592 0.008 0.400 0.000
#> SRR1473443 3 0.5910 0.84892 0.208 0.104 0.688 0.000
#> SRR1498438 3 0.5964 0.85299 0.228 0.096 0.676 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.5678 0.83529 0.172 0.112 0.716 0.000
#> SRR604148 1 0.2197 0.87327 0.916 0.004 0.080 0.000
#> SRR1334939 3 0.6366 0.84555 0.240 0.120 0.640 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.5845 0.84926 0.252 0.076 0.672 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.5161 0.45158 0.592 0.008 0.400 0.000
#> SRR1316174 4 0.3166 0.81716 0.116 0.000 0.016 0.868
#> SRR603268 2 0.0927 0.95470 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1486044 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.2589 0.79444 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR665646 1 0.5161 0.45158 0.592 0.008 0.400 0.000
#> SRR1404931 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419848 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332713 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.5219 0.60598 0.728 0.216 0.056 0.000
#> SRR1414356 1 0.2868 0.78280 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR599122 3 0.5524 0.82918 0.276 0.048 0.676 0.000
#> SRR1344100 2 0.0524 0.96638 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR613018 3 0.4957 0.18214 0.000 0.320 0.668 0.012
#> SRR1456591 1 0.2530 0.83749 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1368710 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0592 0.93631 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1319283 3 0.4907 0.61898 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1349518 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.5489 0.60189 0.060 0.700 0.240 0.000
#> SRR658009 1 0.5070 0.49730 0.620 0.008 0.372 0.000
#> SRR1331383 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.7382 0.65107 0.148 0.024 0.592 0.236
#> SRR659133 4 0.0000 0.95504 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 3 0.6832 0.79798 0.296 0.132 0.572 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR663149 3 0.6844 0.72740 0.152 0.260 0.588 0.000
#> SRR1413032 3 0.5664 0.85023 0.228 0.076 0.696 0.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0336 0.96756 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.6373 0.84501 0.248 0.116 0.636 0.000
#> SRR657101 3 0.1635 0.60179 0.044 0.008 0.948 0.000
#> SRR1350588 3 0.5619 0.83646 0.268 0.056 0.676 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.94822 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0404 0.9359 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR657372 1 0.5506 0.3915 0.616 0.000 0.100 0.000 0.284
#> SRR661409 5 0.1043 0.9154 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1409721 2 0.0404 0.9366 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR654969 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR601359 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0955 0.9286 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1374716 4 0.1041 0.9295 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR601157 1 0.0671 0.9659 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR615347 2 0.1522 0.9058 0.000 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0404 0.9722 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1365356 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0324 0.9556 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397861 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479663 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.2920 0.8091 0.852 0.000 0.132 0.000 0.016
#> SRR663368 1 0.0671 0.9659 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1354225 2 0.0703 0.9322 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1089809 3 0.1444 0.9436 0.000 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1338901 2 0.5206 0.1887 0.000 0.528 0.428 0.000 0.044
#> SRR598645 3 0.1430 0.9401 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> SRR656528 5 0.1341 0.9167 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR809503 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659923 2 0.0324 0.9371 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1498226 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.1992 0.9099 0.924 0.000 0.044 0.000 0.032
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1404384 3 0.0968 0.9536 0.012 0.004 0.972 0.000 0.012
#> SRR655495 4 0.2970 0.7425 0.000 0.000 0.168 0.828 0.004
#> SRR812270 4 0.1012 0.9332 0.000 0.000 0.012 0.968 0.020
#> SRR821176 2 0.0510 0.9354 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR807799 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.4109 0.7409 0.004 0.168 0.780 0.000 0.048
#> SRR1415274 4 0.4441 0.5234 0.252 0.000 0.008 0.716 0.024
#> SRR1491275 1 0.4800 0.0362 0.508 0.004 0.476 0.000 0.012
#> SRR659851 1 0.0324 0.9743 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1337364 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471862 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.1638 0.8973 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004
#> SRR1393428 3 0.0807 0.9529 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1327632 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR608120 5 0.2130 0.8949 0.080 0.000 0.012 0.000 0.908
#> SRR607679 2 0.0703 0.9322 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1359529 3 0.0960 0.9518 0.016 0.004 0.972 0.000 0.008
#> SRR1330305 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436042 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0703 0.9322 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1419211 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658117 5 0.1341 0.9167 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR821207 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074694 3 0.1682 0.9427 0.004 0.012 0.940 0.000 0.044
#> SRR1413851 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319924 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361050 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1095792 3 0.1605 0.9469 0.012 0.004 0.944 0.000 0.040
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR607502 5 0.1341 0.9167 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR602951 5 0.1341 0.9167 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1402922 3 0.1444 0.9482 0.000 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1314071 3 0.4315 0.7602 0.004 0.068 0.772 0.000 0.156
#> SRR1374778 3 0.0613 0.9561 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR1089926 3 0.0833 0.9531 0.016 0.004 0.976 0.000 0.004
#> SRR1437056 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0510 0.9354 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1487465 4 0.0992 0.9333 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR2166006 3 0.3248 0.8573 0.004 0.088 0.856 0.000 0.052
#> SRR1341034 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.6311 0.5067 0.192 0.632 0.128 0.000 0.048
#> SRR1433311 3 0.0324 0.9556 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0955 0.9571 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 5 0.2069 0.8974 0.076 0.000 0.012 0.000 0.912
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350263 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.0794 0.9308 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1476348 2 0.3445 0.8355 0.060 0.860 0.048 0.000 0.032
#> SRR656035 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165896 3 0.1074 0.9511 0.016 0.004 0.968 0.000 0.012
#> SRR601549 3 0.1357 0.9446 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR658573 2 0.0510 0.9354 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1393470 2 0.5492 0.2755 0.000 0.536 0.396 0.000 0.068
#> SRR1381247 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0613 0.9561 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1419593 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0404 0.9366 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662510 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370151 2 0.4302 0.6758 0.000 0.744 0.208 0.000 0.048
#> SRR809043 3 0.1430 0.9401 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> SRR659578 1 0.0693 0.9658 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1339413 2 0.0290 0.9376 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.1443 0.9459 0.004 0.004 0.948 0.000 0.044
#> SRR1418688 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR602338 5 0.2068 0.8802 0.092 0.000 0.004 0.000 0.904
#> SRR1323936 4 0.0566 0.9405 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1313789 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614275 5 0.1792 0.9035 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR601962 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR663795 4 0.0771 0.9375 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0865 0.9276 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR661794 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.1492 0.9472 0.008 0.004 0.948 0.000 0.040
#> SRR1333550 2 0.2149 0.8834 0.000 0.916 0.036 0.000 0.048
#> SRR821148 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR808658 3 0.0740 0.9553 0.008 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR598100 1 0.0566 0.9691 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1475281 3 0.1569 0.9451 0.004 0.008 0.944 0.000 0.044
#> SRR1469477 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0703 0.9322 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR816892 2 0.4577 0.6953 0.000 0.740 0.176 0.000 0.084
#> SRR1447325 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415980 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083031 3 0.0981 0.9539 0.008 0.008 0.972 0.000 0.012
#> SRR1466177 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 5 0.1908 0.8973 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR598364 1 0.0451 0.9721 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR603036 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR604342 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1365850 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.1430 0.9061 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR1350936 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351257 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408633 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.1484 0.9197 0.000 0.000 0.008 0.944 0.048
#> SRR1399457 1 0.4139 0.7073 0.780 0.164 0.004 0.000 0.052
#> SRR1073341 1 0.0404 0.9722 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR810805 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.1768 0.9030 0.000 0.924 0.004 0.000 0.072
#> SRR1396270 3 0.0324 0.9556 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0510 0.9354 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1478410 3 0.2632 0.8794 0.000 0.072 0.888 0.000 0.040
#> SRR613975 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1441631 3 0.0960 0.9518 0.016 0.004 0.972 0.000 0.008
#> SRR1088044 2 0.3437 0.7915 0.000 0.832 0.120 0.000 0.048
#> SRR1082909 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1392007 4 0.1202 0.9265 0.000 0.004 0.004 0.960 0.032
#> SRR2166524 2 0.0510 0.9354 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0510 0.9354 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1339675 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0955 0.9286 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR597952 2 0.5344 0.1479 0.448 0.500 0.000 0.000 0.052
#> SRR1376497 3 0.0324 0.9556 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.0740 0.9553 0.008 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR1325353 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0898 0.9268 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> SRR1396570 2 0.5193 0.3452 0.364 0.584 0.000 0.000 0.052
#> SRR1327366 2 0.0703 0.9322 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.1443 0.9443 0.000 0.004 0.948 0.004 0.044
#> SRR1388046 1 0.0963 0.9483 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR655076 5 0.1357 0.9163 0.000 0.004 0.048 0.000 0.948
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 5 0.2077 0.8897 0.084 0.000 0.008 0.000 0.908
#> SRR599412 5 0.1270 0.9167 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2166308 3 0.0960 0.9518 0.016 0.004 0.972 0.000 0.008
#> SRR655696 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323850 2 0.4100 0.6994 0.000 0.764 0.192 0.000 0.044
#> SRR1365512 3 0.0324 0.9556 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410469 3 0.1492 0.9472 0.008 0.004 0.948 0.000 0.040
#> SRR659259 5 0.0854 0.9013 0.000 0.004 0.008 0.012 0.976
#> SRR1421223 3 0.1444 0.9436 0.000 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1092567 3 0.0451 0.9529 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1472598 3 0.1195 0.9492 0.000 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR1069279 3 0.1883 0.9419 0.008 0.012 0.932 0.000 0.048
#> SRR1351624 3 0.1444 0.9436 0.000 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1342938 3 0.0613 0.9561 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR599346 5 0.1041 0.8946 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964
#> SRR1359045 4 0.0992 0.9333 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR601843 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598565 1 0.0671 0.9659 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1315188 3 0.0486 0.9553 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1409875 2 0.3012 0.8318 0.000 0.860 0.104 0.000 0.036
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR615491 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095937 5 0.4238 0.6998 0.192 0.000 0.052 0.000 0.756
#> SRR1473295 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.1605 0.9454 0.012 0.004 0.944 0.000 0.040
#> SRR2164562 3 0.2079 0.9042 0.064 0.000 0.916 0.000 0.020
#> SRR665490 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434182 4 0.5143 0.2045 0.000 0.420 0.004 0.544 0.032
#> SRR1458506 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0771 0.9455 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1323914 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500908 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.1443 0.9459 0.004 0.004 0.948 0.000 0.044
#> SRR608064 5 0.1341 0.9167 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR608512 5 0.2124 0.9154 0.028 0.000 0.056 0.000 0.916
#> SRR2167551 3 0.0854 0.9548 0.008 0.004 0.976 0.000 0.012
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0740 0.9553 0.008 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR1387724 3 0.0613 0.9561 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR660438 3 0.1915 0.9353 0.032 0.000 0.928 0.000 0.040
#> SRR1310758 3 0.1644 0.9464 0.008 0.004 0.940 0.000 0.048
#> SRR601525 2 0.0290 0.9378 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR818749 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.1502 0.9281 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1322494 2 0.0510 0.9354 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1377949 3 0.1787 0.9455 0.016 0.004 0.936 0.000 0.044
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415195 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603834 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613795 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659744 2 0.1626 0.9028 0.000 0.940 0.016 0.000 0.044
#> SRR1479549 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613258 1 0.2423 0.8707 0.896 0.080 0.000 0.000 0.024
#> SRR1088808 4 0.0798 0.9363 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR1329068 2 0.0703 0.9322 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1480565 2 0.0404 0.9366 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1337137 2 0.0794 0.9308 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 5 0.1965 0.8558 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1440625 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0162 0.9766 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657360 5 0.2130 0.8949 0.080 0.000 0.012 0.000 0.908
#> SRR1473443 3 0.1443 0.9459 0.004 0.004 0.948 0.000 0.044
#> SRR1498438 3 0.0324 0.9556 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322437 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466338 3 0.1365 0.9464 0.004 0.004 0.952 0.000 0.040
#> SRR604148 1 0.0566 0.9688 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1334939 3 0.0968 0.9536 0.012 0.004 0.972 0.000 0.012
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0865 0.9359 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1339366 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656469 3 0.0740 0.9553 0.008 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0290 0.9380 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1459697 2 0.0703 0.9322 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1352575 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613711 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614023 5 0.2130 0.8949 0.080 0.000 0.012 0.000 0.908
#> SRR1316174 4 0.3622 0.6700 0.172 0.000 0.008 0.804 0.016
#> SRR603268 2 0.2946 0.8307 0.000 0.868 0.088 0.000 0.044
#> SRR1486044 2 0.0162 0.9377 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.3572 0.8118 0.844 0.068 0.076 0.000 0.012
#> SRR665646 5 0.2130 0.8949 0.080 0.000 0.012 0.000 0.908
#> SRR1404931 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1431552 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1479085 1 0.1205 0.9425 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1322711 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404988 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.0000 0.9453 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332713 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.4215 0.6916 0.772 0.172 0.004 0.000 0.052
#> SRR1414356 1 0.3224 0.7678 0.824 0.000 0.160 0.000 0.016
#> SRR599122 3 0.0613 0.9561 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR1344100 2 0.0955 0.9286 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR613018 5 0.0955 0.9107 0.000 0.004 0.028 0.000 0.968
#> SRR1456591 1 0.0162 0.9764 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368710 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397885 1 0.0671 0.9659 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1319283 3 0.4815 0.5599 0.244 0.000 0.692 0.000 0.064
#> SRR1349518 2 0.0290 0.9380 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471267 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR655277 1 0.0162 0.9765 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.5158 0.6475 0.012 0.704 0.200 0.000 0.084
#> SRR658009 5 0.2513 0.8496 0.116 0.000 0.008 0.000 0.876
#> SRR1331383 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394894 3 0.3548 0.7325 0.004 0.000 0.796 0.188 0.012
#> SRR659133 4 0.0162 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660212 3 0.3875 0.7642 0.124 0.048 0.816 0.000 0.012
#> SRR657821 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379279 2 0.1270 0.9105 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR663149 3 0.3146 0.8524 0.000 0.092 0.856 0.000 0.052
#> SRR1413032 3 0.1443 0.9459 0.004 0.004 0.948 0.000 0.044
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0162 0.9389 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407273 3 0.0981 0.9539 0.008 0.008 0.972 0.000 0.012
#> SRR657101 5 0.1270 0.9167 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1350588 3 0.0451 0.9565 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0290 0.9749 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.2070 0.8225 0.896 0.000 0.000 0.000 0.092 0.012
#> SRR1499543 1 0.2692 0.7792 0.840 0.000 0.000 0.000 0.148 0.012
#> SRR1443419 2 0.1951 0.8331 0.000 0.908 0.016 0.000 0.076 0.000
#> SRR657372 5 0.6251 0.2748 0.352 0.000 0.068 0.000 0.488 0.092
#> SRR661409 6 0.0458 0.9560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1409721 2 0.1765 0.8555 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.3342 0.6933 0.760 0.000 0.000 0.000 0.228 0.012
#> SRR1453787 1 0.0363 0.8686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR654969 1 0.1267 0.8494 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601359 1 0.3710 0.5987 0.696 0.000 0.000 0.000 0.292 0.012
#> SRR663392 2 0.2743 0.8130 0.000 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR1374716 4 0.3398 0.7068 0.000 0.000 0.000 0.740 0.252 0.008
#> SRR601157 1 0.4292 0.3749 0.588 0.000 0.000 0.000 0.388 0.024
#> SRR615347 2 0.4155 0.4348 0.000 0.616 0.020 0.000 0.364 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.2043 0.8068 0.912 0.012 0.012 0.000 0.064 0.000
#> SRR1365356 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR598068 3 0.0508 0.7867 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR810343 1 0.3586 0.6359 0.720 0.000 0.000 0.000 0.268 0.012
#> SRR1431991 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0260 0.7870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1499699 1 0.0790 0.8565 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1397861 1 0.0632 0.8631 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1479663 2 0.0458 0.8808 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 5 0.5603 0.0277 0.444 0.000 0.076 0.000 0.456 0.024
#> SRR663368 1 0.4301 0.3645 0.584 0.000 0.000 0.000 0.392 0.024
#> SRR1354225 2 0.2706 0.8132 0.000 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> SRR1089809 3 0.4012 0.5993 0.000 0.000 0.640 0.000 0.344 0.016
#> SRR1338901 3 0.6074 0.1701 0.000 0.268 0.376 0.000 0.356 0.000
#> SRR598645 3 0.4534 0.5165 0.000 0.000 0.580 0.000 0.380 0.040
#> SRR656528 6 0.0458 0.9560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR809503 1 0.0865 0.8603 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR659923 2 0.0547 0.8834 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0363 0.8645 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1406307 1 0.0146 0.8729 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348318 1 0.5126 0.1004 0.496 0.000 0.032 0.000 0.444 0.028
#> SRR1343433 1 0.0291 0.8720 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1342088 3 0.0692 0.7863 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1404384 3 0.1471 0.7774 0.004 0.000 0.932 0.000 0.064 0.000
#> SRR655495 4 0.3709 0.6525 0.000 0.000 0.204 0.756 0.040 0.000
#> SRR812270 4 0.3541 0.7052 0.000 0.000 0.020 0.748 0.232 0.000
#> SRR821176 2 0.2048 0.8456 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR807799 2 0.0260 0.8828 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR814919 3 0.5498 0.4210 0.000 0.148 0.528 0.000 0.324 0.000
#> SRR1415274 5 0.6220 0.1737 0.204 0.000 0.000 0.272 0.500 0.024
#> SRR1491275 3 0.5260 0.0771 0.400 0.008 0.516 0.000 0.076 0.000
#> SRR659851 1 0.3710 0.5995 0.696 0.000 0.000 0.000 0.292 0.012
#> SRR1337364 1 0.1563 0.8456 0.932 0.000 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR1414471 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.3014 0.7427 0.804 0.000 0.000 0.000 0.184 0.012
#> SRR1456208 3 0.4395 0.1898 0.008 0.000 0.580 0.000 0.396 0.016
#> SRR1393428 3 0.1411 0.7863 0.000 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1327632 1 0.3710 0.5978 0.696 0.000 0.000 0.000 0.292 0.012
#> SRR608120 6 0.0632 0.9499 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR607679 2 0.2706 0.8132 0.000 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> SRR1359529 3 0.1429 0.7794 0.004 0.004 0.940 0.000 0.052 0.000
#> SRR1330305 2 0.0458 0.8808 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1436042 1 0.3629 0.6244 0.712 0.000 0.000 0.000 0.276 0.012
#> SRR656191 2 0.2300 0.8393 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 6 0.0547 0.9551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1090770 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.4009 0.6334 0.000 0.008 0.676 0.000 0.304 0.012
#> SRR1413851 2 0.0260 0.8824 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1319924 2 0.0363 0.8815 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1361050 1 0.0937 0.8504 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1095792 3 0.3797 0.6399 0.000 0.000 0.692 0.000 0.292 0.016
#> SRR1476903 1 0.0790 0.8653 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1406502 2 0.0363 0.8825 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR607502 6 0.0547 0.9551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR602951 6 0.0547 0.9551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1402922 3 0.2573 0.7654 0.000 0.024 0.864 0.000 0.112 0.000
#> SRR1314071 5 0.4145 0.3045 0.000 0.004 0.220 0.000 0.724 0.052
#> SRR1374778 3 0.1615 0.7769 0.000 0.004 0.928 0.000 0.064 0.004
#> SRR1089926 3 0.0713 0.7857 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1437056 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1366772 2 0.2003 0.8465 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1487465 5 0.4804 -0.3023 0.000 0.000 0.020 0.468 0.492 0.020
#> SRR2166006 3 0.5367 0.4045 0.000 0.084 0.484 0.000 0.424 0.008
#> SRR1341034 4 0.0260 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1460235 1 0.0260 0.8703 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 5 0.7270 0.2121 0.140 0.312 0.164 0.000 0.384 0.000
#> SRR1433311 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR656373 5 0.4535 -0.1166 0.484 0.000 0.000 0.000 0.484 0.032
#> SRR1454265 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR661711 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 6 0.0603 0.9514 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1356120 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0363 0.8825 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1350263 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1327349 2 0.2706 0.8132 0.000 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> SRR1476348 2 0.5067 0.4661 0.040 0.572 0.012 0.000 0.368 0.008
#> SRR656035 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.2002 0.7681 0.004 0.012 0.908 0.000 0.076 0.000
#> SRR601549 3 0.4076 0.5984 0.000 0.000 0.620 0.000 0.364 0.016
#> SRR658573 2 0.2048 0.8471 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1393470 5 0.3636 0.4283 0.000 0.064 0.108 0.000 0.812 0.016
#> SRR1381247 3 0.0260 0.7876 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1322790 3 0.1364 0.7801 0.000 0.004 0.944 0.000 0.048 0.004
#> SRR1404044 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0713 0.8593 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.8831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0790 0.8641 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1377967 2 0.1863 0.8520 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR662510 2 0.0363 0.8825 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1370151 5 0.4887 0.3762 0.000 0.280 0.096 0.000 0.624 0.000
#> SRR809043 3 0.3745 0.6221 0.000 0.000 0.732 0.000 0.240 0.028
#> SRR659578 1 0.2169 0.8059 0.900 0.012 0.008 0.000 0.080 0.000
#> SRR1339413 2 0.0937 0.8710 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.4159 0.5327 0.000 0.000 0.588 0.000 0.396 0.016
#> SRR1418688 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR602338 6 0.0865 0.9367 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1323936 4 0.2920 0.7706 0.000 0.000 0.004 0.820 0.168 0.008
#> SRR1313789 2 0.1141 0.8618 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR614275 6 0.0713 0.9459 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR601962 1 0.3110 0.7326 0.792 0.000 0.000 0.000 0.196 0.012
#> SRR663795 4 0.3017 0.7681 0.000 0.000 0.000 0.816 0.164 0.020
#> SRR1418650 2 0.0260 0.8834 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR655780 2 0.2219 0.8004 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR661794 1 0.0777 0.8663 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1339508 3 0.0260 0.7870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1501097 2 0.0260 0.8828 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1358459 3 0.3766 0.6448 0.000 0.000 0.684 0.000 0.304 0.012
#> SRR1333550 2 0.4620 0.3738 0.000 0.584 0.048 0.000 0.368 0.000
#> SRR821148 1 0.0363 0.8686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR808658 3 0.1674 0.7748 0.004 0.004 0.924 0.000 0.068 0.000
#> SRR598100 1 0.4205 0.3090 0.564 0.000 0.000 0.000 0.420 0.016
#> SRR1475281 3 0.3922 0.6392 0.000 0.000 0.664 0.000 0.320 0.016
#> SRR1469477 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1468184 2 0.0363 0.8837 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1415660 2 0.2706 0.8132 0.000 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> SRR816892 5 0.3718 0.4259 0.000 0.124 0.052 0.000 0.804 0.020
#> SRR1447325 4 0.0632 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1415980 1 0.3710 0.5945 0.696 0.000 0.000 0.000 0.292 0.012
#> SRR658021 1 0.1657 0.8243 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056 0.000
#> SRR1356308 2 0.0363 0.8825 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1443695 1 0.1686 0.8415 0.924 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR1083031 3 0.1838 0.7719 0.000 0.016 0.916 0.000 0.068 0.000
#> SRR1466177 2 0.1152 0.8636 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044 0.000
#> SRR1346978 2 0.0458 0.8837 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR607705 6 0.0632 0.9468 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR598364 1 0.4199 0.3264 0.568 0.000 0.000 0.000 0.416 0.016
#> SRR603036 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 4 0.0713 0.8637 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1365850 4 0.0260 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1335940 1 0.1625 0.8432 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR1436515 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0458 0.8830 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1411002 1 0.2489 0.7959 0.860 0.000 0.000 0.000 0.128 0.012
#> SRR1446606 4 0.4356 0.3327 0.000 0.000 0.004 0.548 0.432 0.016
#> SRR1350936 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0363 0.7869 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1316793 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1090815 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 4 0.0260 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1398971 5 0.4439 -0.3264 0.000 0.000 0.000 0.432 0.540 0.028
#> SRR1399457 1 0.6026 -0.1608 0.464 0.172 0.012 0.000 0.352 0.000
#> SRR1073341 1 0.0865 0.8535 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.2402 0.8025 0.868 0.000 0.000 0.000 0.120 0.012
#> SRR820186 1 0.0146 0.8729 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388913 5 0.3245 0.3291 0.000 0.228 0.000 0.000 0.764 0.008
#> SRR1396270 3 0.0508 0.7867 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR613402 2 0.0458 0.8832 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR614912 2 0.2219 0.8443 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1478410 3 0.5808 0.3050 0.000 0.200 0.540 0.000 0.252 0.008
#> SRR613975 2 0.0458 0.8820 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1441631 3 0.1531 0.7764 0.004 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000
#> SRR1088044 2 0.4945 0.3579 0.000 0.588 0.084 0.000 0.328 0.000
#> SRR1082909 1 0.2877 0.7595 0.820 0.000 0.000 0.000 0.168 0.012
#> SRR1392007 4 0.2948 0.7439 0.000 0.000 0.000 0.804 0.188 0.008
#> SRR2166524 2 0.2048 0.8471 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1445765 1 0.0363 0.8711 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR819867 2 0.2135 0.8404 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1339675 1 0.3171 0.7200 0.784 0.000 0.000 0.000 0.204 0.012
#> SRR1085687 2 0.2340 0.8302 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR597952 5 0.6322 0.2758 0.340 0.292 0.008 0.000 0.360 0.000
#> SRR1376497 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR813848 4 0.0547 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.2572 0.7897 0.852 0.000 0.000 0.000 0.136 0.012
#> SRR615285 3 0.1901 0.7711 0.000 0.008 0.912 0.000 0.076 0.004
#> SRR1325353 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0260 0.8834 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR615886 1 0.2613 0.7900 0.848 0.000 0.000 0.000 0.140 0.012
#> SRR1397649 2 0.0458 0.8830 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR819690 1 0.0547 0.8689 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1336113 2 0.3659 0.4761 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1396570 1 0.6243 -0.2827 0.396 0.248 0.008 0.000 0.348 0.000
#> SRR1327366 2 0.2706 0.8132 0.000 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> SRR1317218 2 0.0458 0.8830 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 5 0.4264 -0.3857 0.000 0.000 0.488 0.000 0.496 0.016
#> SRR1388046 1 0.2996 0.6073 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR655076 6 0.0547 0.9551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1464353 2 0.0260 0.8834 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR654754 6 0.0603 0.9514 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR599412 6 0.0547 0.9551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2166308 3 0.1285 0.7807 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR655696 1 0.0790 0.8653 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR602978 2 0.0458 0.8812 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1323850 2 0.5636 0.1680 0.000 0.516 0.176 0.000 0.308 0.000
#> SRR1365512 3 0.0508 0.7867 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR663380 1 0.0146 0.8720 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410469 3 0.3564 0.6625 0.000 0.000 0.724 0.000 0.264 0.012
#> SRR659259 6 0.0713 0.9513 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1421223 3 0.3969 0.6071 0.000 0.000 0.652 0.000 0.332 0.016
#> SRR1092567 3 0.1349 0.7666 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1472598 3 0.3541 0.6654 0.000 0.000 0.728 0.000 0.260 0.012
#> SRR1069279 3 0.4315 0.6060 0.000 0.008 0.612 0.000 0.364 0.016
#> SRR1351624 3 0.3871 0.6270 0.000 0.000 0.676 0.000 0.308 0.016
#> SRR1342938 3 0.0291 0.7872 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR599346 6 0.1700 0.9061 0.000 0.004 0.000 0.000 0.080 0.916
#> SRR1359045 4 0.4167 0.5071 0.000 0.000 0.000 0.612 0.368 0.020
#> SRR601843 1 0.1297 0.8545 0.948 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR1318898 1 0.2692 0.7786 0.840 0.000 0.000 0.000 0.148 0.012
#> SRR1455104 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.4348 0.2977 0.560 0.000 0.000 0.000 0.416 0.024
#> SRR1315188 3 0.2146 0.7280 0.000 0.000 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR1409875 2 0.4635 0.2596 0.000 0.492 0.024 0.000 0.476 0.008
#> SRR1348270 2 0.0260 0.8836 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR602389 1 0.2946 0.7545 0.812 0.000 0.000 0.000 0.176 0.012
#> SRR1451857 2 0.0363 0.8837 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1436629 2 0.0260 0.8828 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0713 0.8637 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1095937 6 0.3901 0.6785 0.136 0.000 0.000 0.000 0.096 0.768
#> SRR1473295 1 0.1219 0.8406 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048 0.000
#> SRR1457972 2 0.0146 0.8835 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475430 3 0.3784 0.6400 0.000 0.000 0.680 0.000 0.308 0.012
#> SRR2164562 3 0.5133 0.4395 0.212 0.000 0.624 0.000 0.164 0.000
#> SRR665490 1 0.0363 0.8686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1434182 4 0.6073 0.0411 0.000 0.388 0.000 0.412 0.192 0.008
#> SRR1458506 1 0.3748 0.5850 0.688 0.000 0.000 0.000 0.300 0.012
#> SRR808886 3 0.0146 0.7875 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329442 1 0.2019 0.8267 0.900 0.000 0.000 0.000 0.088 0.012
#> SRR1457925 1 0.2312 0.8083 0.876 0.000 0.000 0.000 0.112 0.012
#> SRR1434910 2 0.0260 0.8838 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR614107 3 0.3784 0.4819 0.000 0.000 0.680 0.000 0.308 0.012
#> SRR1323914 2 0.0458 0.8808 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1323065 1 0.0909 0.8639 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1309578 2 0.0363 0.8820 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1500908 1 0.2730 0.7751 0.836 0.000 0.000 0.000 0.152 0.012
#> SRR1076753 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.3938 0.6234 0.000 0.000 0.660 0.000 0.324 0.016
#> SRR608064 6 0.0000 0.9560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608512 6 0.0260 0.9564 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2167551 3 0.1838 0.7719 0.000 0.016 0.916 0.000 0.068 0.000
#> SRR1394872 1 0.0891 0.8642 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1345669 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.1674 0.7757 0.000 0.004 0.924 0.000 0.068 0.004
#> SRR1387724 3 0.0405 0.7867 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR660438 3 0.5219 0.5434 0.120 0.000 0.604 0.000 0.272 0.004
#> SRR1310758 3 0.4174 0.6173 0.000 0.004 0.628 0.000 0.352 0.016
#> SRR601525 2 0.1663 0.8581 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR818749 1 0.3729 0.5921 0.692 0.000 0.000 0.000 0.296 0.012
#> SRR604294 5 0.3917 0.4377 0.284 0.000 0.000 0.000 0.692 0.024
#> SRR1322494 2 0.2135 0.8404 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1377949 3 0.3998 0.6274 0.000 0.000 0.644 0.000 0.340 0.016
#> SRR1317001 1 0.0146 0.8730 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0260 0.8824 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1415195 4 0.0260 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1380163 2 0.0547 0.8828 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1480611 1 0.0146 0.8720 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603834 1 0.0458 0.8666 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1341256 2 0.0458 0.8808 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR613795 1 0.0547 0.8688 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR659744 2 0.4228 0.4898 0.000 0.656 0.020 0.000 0.316 0.008
#> SRR1479549 1 0.0260 0.8703 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR613258 1 0.5221 0.3397 0.640 0.168 0.008 0.000 0.184 0.000
#> SRR1088808 4 0.4322 0.5052 0.000 0.000 0.000 0.600 0.372 0.028
#> SRR1329068 2 0.2178 0.8382 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1480565 2 0.1910 0.8506 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1337137 2 0.2743 0.8099 0.000 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR1099520 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 6 0.1176 0.9415 0.000 0.000 0.000 0.020 0.024 0.956
#> SRR1440625 3 0.0692 0.7863 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1391700 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 6 0.0603 0.9514 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1473443 3 0.4039 0.6001 0.000 0.000 0.632 0.000 0.352 0.016
#> SRR1498438 3 0.0363 0.7869 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1394655 4 0.0632 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1322437 4 0.0260 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR660236 4 0.0713 0.8637 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1466338 3 0.3938 0.6234 0.000 0.000 0.660 0.000 0.324 0.016
#> SRR604148 1 0.3454 0.7065 0.768 0.000 0.000 0.000 0.208 0.024
#> SRR1334939 3 0.1838 0.7719 0.000 0.016 0.916 0.000 0.068 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.3713 0.6619 0.000 0.000 0.004 0.704 0.284 0.008
#> SRR1339366 2 0.0632 0.8791 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR656469 3 0.1674 0.7757 0.000 0.004 0.924 0.000 0.068 0.004
#> SRR1389868 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0146 0.8833 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.3073 0.7112 0.000 0.788 0.008 0.000 0.204 0.000
#> SRR1459697 2 0.2178 0.8382 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1352575 1 0.0260 0.8703 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR613711 2 0.0363 0.8825 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR614023 6 0.0603 0.9514 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1316174 4 0.6039 0.1748 0.148 0.000 0.000 0.476 0.356 0.020
#> SRR603268 2 0.4769 0.2285 0.000 0.520 0.028 0.000 0.440 0.012
#> SRR1486044 2 0.0632 0.8822 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.8831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.5164 0.4410 0.688 0.172 0.048 0.000 0.092 0.000
#> SRR665646 6 0.0603 0.9514 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1404931 4 0.0632 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1431552 4 0.0547 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1479085 1 0.3986 0.1751 0.532 0.000 0.004 0.000 0.464 0.000
#> SRR1322711 2 0.0363 0.8825 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1404988 4 0.0260 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1419848 4 0.0260 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1332713 4 0.0632 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 5 0.4769 0.2705 0.356 0.020 0.000 0.000 0.596 0.028
#> SRR1414356 1 0.5720 -0.0826 0.448 0.000 0.096 0.000 0.436 0.020
#> SRR599122 3 0.0935 0.7841 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1344100 2 0.2219 0.8368 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR613018 6 0.0547 0.9551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1456591 1 0.1196 0.8585 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1368710 2 0.0363 0.8815 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1397885 1 0.4246 0.3503 0.580 0.000 0.000 0.000 0.400 0.020
#> SRR1319283 5 0.5223 0.2070 0.072 0.000 0.272 0.000 0.628 0.028
#> SRR1349518 2 0.3271 0.6703 0.000 0.760 0.008 0.000 0.232 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.3650 0.6183 0.708 0.000 0.000 0.000 0.280 0.012
#> SRR1455436 5 0.4047 0.4455 0.012 0.092 0.076 0.000 0.800 0.020
#> SRR658009 6 0.1845 0.8957 0.028 0.000 0.000 0.000 0.052 0.920
#> SRR1331383 4 0.0260 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1394894 3 0.4357 0.5662 0.000 0.000 0.732 0.108 0.156 0.004
#> SRR659133 4 0.0632 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR660212 3 0.4085 0.6489 0.088 0.044 0.792 0.000 0.076 0.000
#> SRR657821 1 0.1285 0.8370 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052 0.000
#> SRR1379279 2 0.3482 0.5380 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR663149 3 0.5446 0.3826 0.000 0.092 0.472 0.000 0.428 0.008
#> SRR1413032 3 0.3969 0.6092 0.000 0.000 0.652 0.000 0.332 0.016
#> SRR1377557 1 0.0000 0.8735 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0865 0.8728 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1407273 3 0.1745 0.7734 0.000 0.012 0.920 0.000 0.068 0.000
#> SRR657101 6 0.0547 0.9551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1350588 3 0.0508 0.7867 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1368486 1 0.1285 0.8370 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.868 0.908 0.963 0.4954 0.504 0.504
#> 3 3 0.811 0.868 0.944 0.3251 0.738 0.528
#> 4 4 0.968 0.928 0.971 0.1227 0.860 0.625
#> 5 5 0.937 0.897 0.956 0.0497 0.937 0.773
#> 6 6 0.833 0.731 0.850 0.0486 0.932 0.717
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 4
There is also optional best \(k\) = 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.6801 0.77886 0.180 0.820
#> SRR657372 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR661409 2 0.0938 0.94343 0.012 0.988
#> SRR1409721 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.4690 0.86802 0.100 0.900
#> SRR1329464 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.3733 0.89430 0.072 0.928
#> SRR598645 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR656528 1 0.9993 -0.01061 0.516 0.484
#> SRR809503 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1342088 1 0.7453 0.72582 0.788 0.212
#> SRR1404384 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR655495 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR814919 2 0.1184 0.94074 0.016 0.984
#> SRR1415274 2 0.0376 0.94907 0.004 0.996
#> SRR1491275 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1359529 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0376 0.96493 0.996 0.004
#> SRR1090770 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.9775 0.35027 0.412 0.588
#> SRR1413851 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1095792 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR607502 2 0.7376 0.72830 0.208 0.792
#> SRR602951 2 0.9427 0.46835 0.360 0.640
#> SRR1402922 2 0.9754 0.35430 0.408 0.592
#> SRR1314071 2 0.0376 0.94918 0.004 0.996
#> SRR1374778 1 0.6148 0.81021 0.848 0.152
#> SRR1089926 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1487465 2 0.9909 0.18519 0.444 0.556
#> SRR2166006 2 0.1184 0.94067 0.016 0.984
#> SRR1341034 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.9491 0.45866 0.368 0.632
#> SRR1433311 1 0.4298 0.88543 0.912 0.088
#> SRR656373 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.7602 0.71346 0.780 0.220
#> SRR661711 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0376 0.96493 0.996 0.004
#> SRR1356120 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1350263 1 0.5629 0.83491 0.868 0.132
#> SRR1327349 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.5059 0.85595 0.112 0.888
#> SRR656035 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR601549 2 0.9686 0.39178 0.396 0.604
#> SRR658573 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1381247 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1322790 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR809043 2 0.7745 0.71424 0.228 0.772
#> SRR659578 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1418688 1 1.0000 0.00901 0.500 0.500
#> SRR602338 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.9922 0.19643 0.552 0.448
#> SRR1418650 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1339508 1 0.7139 0.74945 0.804 0.196
#> SRR1501097 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1358459 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.0672 0.94647 0.008 0.992
#> SRR821148 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.6438 0.79440 0.836 0.164
#> SRR598100 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.9815 0.32851 0.420 0.580
#> SRR1469477 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.9754 0.36141 0.408 0.592
#> SRR1466177 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.2948 0.92232 0.948 0.052
#> SRR598364 1 0.2236 0.93750 0.964 0.036
#> SRR603036 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR604342 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1351257 1 0.0938 0.95850 0.988 0.012
#> SRR1316793 1 0.2778 0.92621 0.952 0.048
#> SRR1090815 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1398971 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1399457 1 0.7219 0.72562 0.800 0.200
#> SRR1073341 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.0938 0.95837 0.988 0.012
#> SRR613402 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1441631 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.0376 0.94918 0.004 0.996
#> SRR1082909 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR597952 1 0.9963 0.06885 0.536 0.464
#> SRR1376497 2 0.9996 0.02782 0.488 0.512
#> SRR813848 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1396570 1 0.9866 0.18277 0.568 0.432
#> SRR1327366 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0938 0.95878 0.988 0.012
#> SRR2166308 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1365512 1 0.5946 0.82021 0.856 0.144
#> SRR663380 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1410469 1 0.0376 0.96494 0.996 0.004
#> SRR659259 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.9710 0.38161 0.400 0.600
#> SRR1351624 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1342938 1 0.1414 0.95148 0.980 0.020
#> SRR599346 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1359045 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.7056 0.76348 0.192 0.808
#> SRR1349144 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1475430 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR2164562 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR808886 1 0.2236 0.93730 0.964 0.036
#> SRR1329442 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.2948 0.91166 0.052 0.948
#> SRR608064 1 0.4431 0.87980 0.908 0.092
#> SRR608512 1 0.5294 0.84940 0.880 0.120
#> SRR2167551 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1387724 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR660438 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1310758 1 0.9909 0.14174 0.556 0.444
#> SRR601525 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR604294 2 0.9970 0.17955 0.468 0.532
#> SRR1322494 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1377949 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.1414 0.93748 0.020 0.980
#> SRR1479549 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1088808 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR603942 2 0.8207 0.64267 0.256 0.744
#> SRR1440625 1 0.2423 0.93375 0.960 0.040
#> SRR1391700 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0376 0.94918 0.004 0.996
#> SRR1498438 1 0.7139 0.75018 0.804 0.196
#> SRR1394655 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1466338 2 0.8555 0.63243 0.280 0.720
#> SRR604148 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1334939 1 0.2236 0.93563 0.964 0.036
#> SRR1349497 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.7139 0.75822 0.196 0.804
#> SRR656469 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.9710 0.33788 0.600 0.400
#> SRR603268 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1074189 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1332713 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR659947 2 0.6343 0.80330 0.160 0.840
#> SRR1414356 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1349518 2 0.5294 0.84767 0.120 0.880
#> SRR1471267 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR1394894 2 0.8608 0.59134 0.284 0.716
#> SRR659133 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR660212 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.95187 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.1414 0.93762 0.020 0.980
#> SRR1413032 1 0.9983 0.04333 0.524 0.476
#> SRR1377557 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.6531 0.79367 0.168 0.832
#> SRR1407273 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR657101 2 0.3879 0.88989 0.076 0.924
#> SRR1350588 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.96812 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR661409 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.6308 0.0037 0.508 0.000 0.492
#> SRR615347 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.5899 0.6455 0.736 0.020 0.244
#> SRR598068 1 0.4399 0.7488 0.812 0.000 0.188
#> SRR810343 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.4842 0.6650 0.000 0.776 0.224
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR663368 3 0.5431 0.5988 0.284 0.000 0.716
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.5178 0.6549 0.000 0.256 0.744
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.3038 0.8303 0.104 0.000 0.896
#> SRR809503 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 3 0.1289 0.8895 0.032 0.000 0.968
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404384 1 0.0237 0.9530 0.996 0.004 0.000
#> SRR655495 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415274 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.4555 0.7229 0.200 0.000 0.800
#> SRR1393428 2 0.6095 0.3109 0.000 0.608 0.392
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.4555 0.7388 0.800 0.200 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.5363 0.6289 0.276 0.724 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.6641 0.1827 0.448 0.008 0.544
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314071 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374778 2 0.7974 0.1127 0.436 0.504 0.060
#> SRR1089926 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.8765 0.4568 0.588 0.200 0.212
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341034 3 0.4654 0.7098 0.000 0.208 0.792
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.4555 0.7288 0.200 0.800 0.000
#> SRR1433311 3 0.1411 0.8861 0.036 0.000 0.964
#> SRR656373 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.4784 0.7245 0.004 0.200 0.796
#> SRR661711 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 3 0.5016 0.6701 0.240 0.000 0.760
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 1 0.9573 0.0393 0.436 0.200 0.364
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.4555 0.7388 0.800 0.200 0.000
#> SRR601549 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381247 1 0.4654 0.7198 0.792 0.000 0.208
#> SRR1322790 1 0.4555 0.7388 0.800 0.200 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.3879 0.7804 0.000 0.848 0.152
#> SRR809043 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0747 0.9426 0.984 0.016 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.5678 0.5497 0.000 0.316 0.684
#> SRR602338 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3879 0.7782 0.000 0.848 0.152
#> SRR661794 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.5406 0.7153 0.020 0.200 0.780
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 1 0.5178 0.6436 0.744 0.000 0.256
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.4555 0.7388 0.800 0.200 0.000
#> SRR598100 3 0.5948 0.4443 0.360 0.000 0.640
#> SRR1475281 2 0.1643 0.8973 0.044 0.956 0.000
#> SRR1469477 3 0.4062 0.7703 0.164 0.000 0.836
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 3 0.4235 0.7515 0.000 0.176 0.824
#> SRR1447325 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0592 0.9036 0.000 0.012 0.988
#> SRR598364 1 0.6244 0.1915 0.560 0.000 0.440
#> SRR603036 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 3 0.4504 0.7262 0.000 0.196 0.804
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316793 1 0.7078 0.6550 0.712 0.200 0.088
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 3 0.4002 0.7704 0.000 0.160 0.840
#> SRR1398971 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399457 1 0.6225 0.2001 0.568 0.432 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.5254 0.6105 0.000 0.736 0.264
#> SRR1396270 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.5560 0.5813 0.000 0.300 0.700
#> SRR613975 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 3 0.6307 0.0510 0.000 0.488 0.512
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.5363 0.6286 0.276 0.724 0.000
#> SRR1376497 3 0.5968 0.4513 0.000 0.364 0.636
#> SRR813848 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.4291 0.7663 0.820 0.180 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.4842 0.7031 0.224 0.776 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR655076 3 0.5363 0.6068 0.000 0.276 0.724
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.8668 0.5172 0.224 0.180 0.596
#> SRR659259 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.6267 0.1201 0.000 0.548 0.452
#> SRR1092567 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.6111 0.2993 0.000 0.604 0.396
#> SRR1069279 2 0.4605 0.7259 0.204 0.796 0.000
#> SRR1351624 3 0.5327 0.6269 0.000 0.272 0.728
#> SRR1342938 1 0.8689 0.4730 0.596 0.200 0.204
#> SRR599346 3 0.4654 0.7098 0.000 0.208 0.792
#> SRR1359045 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 3 0.0592 0.9029 0.012 0.000 0.988
#> SRR1315188 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.1860 0.8917 0.000 0.948 0.052
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.1031 0.9361 0.976 0.000 0.024
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.5016 0.6705 0.760 0.000 0.240
#> SRR2164562 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.5760 0.4860 0.000 0.672 0.328
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.7816 0.6059 0.132 0.200 0.668
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.6140 0.3533 0.000 0.404 0.596
#> SRR608064 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR608512 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167551 2 0.3879 0.7834 0.152 0.848 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.4291 0.7664 0.820 0.180 0.000
#> SRR1387724 1 0.1753 0.9129 0.952 0.000 0.048
#> SRR660438 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310758 2 0.5926 0.4609 0.356 0.644 0.000
#> SRR601525 2 0.1753 0.8941 0.000 0.952 0.048
#> SRR818749 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 1 0.4605 0.7272 0.796 0.000 0.204
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 2 0.5138 0.6676 0.252 0.748 0.000
#> SRR1088808 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440625 3 0.0424 0.9060 0.000 0.008 0.992
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498438 3 0.1529 0.8842 0.000 0.040 0.960
#> SRR1394655 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.7865 0.5959 0.124 0.216 0.660
#> SRR604148 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0424 0.9292 0.008 0.992 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR656469 1 0.4178 0.7769 0.828 0.172 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.4887 0.6963 0.228 0.772 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419848 3 0.4504 0.7262 0.000 0.196 0.804
#> SRR1332713 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 2 0.7181 0.4839 0.048 0.648 0.304
#> SRR1414356 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 3 0.6180 0.2992 0.416 0.000 0.584
#> SRR1319283 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 3 0.3038 0.8289 0.000 0.104 0.896
#> SRR658009 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 2 0.5650 0.5379 0.312 0.688 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR663149 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413032 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9360 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 1 0.6154 0.3226 0.592 0.408 0.000
#> SRR657101 3 0.0000 0.9107 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350588 3 0.5216 0.6421 0.260 0.000 0.740
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9564 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661409 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.4981 0.1038 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR615347 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0188 0.9837 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663368 4 0.1211 0.9074 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.0336 0.9722 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1338901 2 0.4564 0.5285 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR598645 3 0.4776 0.3862 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR656528 4 0.4224 0.7669 0.144 0.000 0.044 0.812
#> SRR809503 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 4 0.3074 0.7861 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404384 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655495 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 2 0.4866 0.3563 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1415274 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491275 3 0.3569 0.7304 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.1824 0.9197 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR1393428 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 4 0.0469 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.1557 0.9228 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 4 0.3610 0.7269 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1402922 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314071 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374778 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 2 0.4933 0.2784 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1341034 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.3610 0.7342 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1433311 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656373 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 4 0.0188 0.9392 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601549 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.1118 0.9143 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1381247 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.4643 0.4650 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR809043 4 0.4522 0.5142 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR659578 1 0.1474 0.9321 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0469 0.9690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1418688 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.1716 0.8988 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR661794 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598100 4 0.4730 0.4313 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1475281 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469477 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447325 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.4941 0.1990 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR603036 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398971 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399457 1 0.5277 0.0789 0.532 0.460 0.008 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 4 0.4994 0.0635 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1396270 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.7677 0.2054 0.000 0.456 0.296 0.248
#> SRR613975 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.4500 0.5536 0.316 0.684 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.0817 0.9569 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.0188 0.9752 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.3764 0.7143 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.3486 0.7437 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655076 4 0.4332 0.7621 0.000 0.160 0.040 0.800
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 4 0.0469 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2166308 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.1557 0.9086 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659259 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421223 3 0.1022 0.9484 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1092567 3 0.2149 0.8901 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1472598 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069279 3 0.0188 0.9752 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1351624 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599346 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359045 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 4 0.1022 0.9154 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1315188 3 0.2814 0.8361 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1409875 2 0.1022 0.9285 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0707 0.9678 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164562 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 4 0.4916 0.2484 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608064 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608512 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167551 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660438 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310758 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601525 2 0.0188 0.9535 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818749 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604294 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 2 0.4331 0.6071 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1088808 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440625 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498438 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.2125 0.8783 0.076 0.920 0.004 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419848 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332713 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 4 0.4671 0.6772 0.028 0.220 0.000 0.752
#> SRR1414356 4 0.0188 0.9392 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR599122 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0188 0.9535 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613018 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 4 0.4933 0.2494 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1319283 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 4 0.4933 0.2435 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR659133 4 0.0000 0.9422 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 3 0.5630 0.3919 0.032 0.360 0.608 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663149 2 0.4776 0.4247 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1413032 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657101 4 0.0469 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1350588 3 0.0000 0.9785 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9877 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.3210 0.69624 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR661409 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1409721 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601157 5 0.3480 0.65278 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR615347 2 0.0963 0.93408 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1329464 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.1410 0.91234 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 4 0.0162 0.89401 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663368 5 0.1106 0.93856 0.012 0.000 0.000 0.024 0.964
#> SRR1354225 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.4908 0.38741 0.000 0.000 0.608 0.356 0.036
#> SRR1338901 2 0.4934 0.36781 0.000 0.600 0.364 0.000 0.036
#> SRR598645 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR656528 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR809503 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.2329 0.84601 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 4 0.3848 0.67895 0.172 0.000 0.000 0.788 0.040
#> SRR1343433 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404384 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655495 4 0.0510 0.88732 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR812270 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 2 0.4297 0.09748 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1415274 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.2929 0.70606 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.4283 0.13026 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1337364 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.4010 0.73123 0.072 0.000 0.792 0.136 0.000
#> SRR1393428 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 5 0.0963 0.92819 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR607679 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1090770 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.2959 0.83012 0.000 0.100 0.864 0.000 0.036
#> SRR1413851 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1476903 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607502 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR602951 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1402922 3 0.0510 0.93661 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1314071 4 0.3143 0.70622 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1374778 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166006 3 0.4990 0.33240 0.000 0.384 0.580 0.000 0.036
#> SRR1341034 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.3863 0.69061 0.200 0.772 0.000 0.000 0.028
#> SRR1433311 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656373 4 0.3210 0.69624 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1454265 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1356120 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.0963 0.92960 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1476348 2 0.0162 0.95654 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601549 5 0.0000 0.92413 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.0963 0.87543 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1381247 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 4 0.4622 0.18689 0.000 0.440 0.012 0.548 0.000
#> SRR809043 4 0.4437 0.10959 0.000 0.000 0.004 0.532 0.464
#> SRR659578 1 0.0963 0.93758 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.4550 0.57891 0.000 0.000 0.276 0.688 0.036
#> SRR1418688 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602338 5 0.0963 0.92819 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1323936 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 5 0.0963 0.92263 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR601962 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3586 0.63919 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR661794 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1333550 2 0.0963 0.93408 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR821148 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598100 4 0.3932 0.47362 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1475281 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1469477 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.1341 0.85890 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1447325 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.1410 0.91475 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 5 0.0963 0.92263 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR598364 1 0.4262 0.20336 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365850 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.0963 0.87543 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1350936 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399457 1 0.5118 0.29148 0.584 0.376 0.004 0.000 0.036
#> SRR1073341 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 4 0.3051 0.76916 0.000 0.120 0.000 0.852 0.028
#> SRR1396270 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 4 0.4648 0.69021 0.000 0.156 0.104 0.740 0.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.1124 0.93150 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1082909 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 4 0.0703 0.87936 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.4527 0.56979 0.272 0.692 0.000 0.000 0.036
#> SRR1376497 3 0.0510 0.93096 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.4235 0.23567 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR615285 3 0.3109 0.71080 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1325353 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0609 0.95753 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1397649 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.4119 0.66616 0.212 0.752 0.000 0.000 0.036
#> SRR1327366 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.3919 0.71109 0.000 0.000 0.188 0.776 0.036
#> SRR1388046 1 0.0963 0.94132 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR655076 5 0.1082 0.93748 0.000 0.008 0.000 0.028 0.964
#> SRR1464353 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 5 0.0963 0.92819 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR599412 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR2166308 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.2377 0.83680 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1323850 2 0.2280 0.84175 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR659259 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1421223 3 0.4861 0.70521 0.000 0.168 0.748 0.048 0.036
#> SRR1092567 4 0.4287 0.21283 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR1472598 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1069279 3 0.2554 0.86242 0.000 0.072 0.892 0.000 0.036
#> SRR1351624 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1342938 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599346 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1359045 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 4 0.4730 0.53999 0.260 0.000 0.000 0.688 0.052
#> SRR1315188 4 0.3508 0.66686 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1409875 2 0.1430 0.91183 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1348270 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095937 5 0.0798 0.93724 0.008 0.000 0.000 0.016 0.976
#> SRR1473295 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2164562 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR665490 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 4 0.4161 0.33795 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.0162 0.89413 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR608064 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR608512 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR2167551 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660438 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1310758 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR601525 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0162 0.97293 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR604294 5 0.0794 0.91593 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1322494 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1317001 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0963 0.93408 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1479549 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 5 0.4420 0.15369 0.004 0.448 0.000 0.000 0.548
#> SRR1088808 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 5 0.2329 0.85677 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1440625 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.0963 0.92819 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1473443 3 0.1750 0.91245 0.000 0.000 0.936 0.028 0.036
#> SRR1498438 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR604148 5 0.0963 0.92819 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1334939 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 5 0.0963 0.92819 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1316174 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0963 0.93408 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1486044 2 0.0162 0.95726 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.3460 0.77800 0.128 0.828 0.044 0.000 0.000
#> SRR665646 5 0.0963 0.92819 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1404931 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479085 1 0.0963 0.94132 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1322711 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.0609 0.88560 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1332713 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 5 0.2054 0.90024 0.000 0.052 0.000 0.028 0.920
#> SRR1414356 4 0.0609 0.88080 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR599122 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.2690 0.81008 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR613018 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1456591 5 0.2424 0.81393 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1368710 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.4533 0.14816 0.544 0.000 0.000 0.448 0.008
#> SRR1319283 4 0.0404 0.89156 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1349518 2 0.0162 0.95733 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471267 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 4 0.1908 0.83244 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR658009 5 0.0963 0.92819 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1331383 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394894 4 0.3661 0.61834 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.89603 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660212 3 0.4306 0.50526 0.012 0.328 0.660 0.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.3214 0.82557 0.000 0.844 0.000 0.120 0.036
#> SRR663149 3 0.5115 0.00953 0.000 0.480 0.484 0.000 0.036
#> SRR1413032 3 0.0963 0.92918 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1377557 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.95998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657101 5 0.0963 0.94001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1350588 3 0.0000 0.94187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.97655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 5 0.3847 0.4849 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR1499543 5 0.3833 0.4979 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1443419 2 0.0790 0.9209 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR657372 5 0.5571 0.0667 0.000 0.000 0.000 0.356 0.496 0.148
#> SRR661409 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1391678 1 0.1610 0.8036 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1392030 5 0.3868 0.4112 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1453787 1 0.0713 0.8311 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR654969 1 0.2454 0.6801 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601359 5 0.3828 0.4963 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR663392 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1374716 4 0.0363 0.8866 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR601157 5 0.5462 0.0970 0.124 0.000 0.000 0.000 0.476 0.400
#> SRR615347 2 0.3830 0.5633 0.004 0.620 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1329464 1 0.0937 0.8365 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1357344 1 0.2361 0.7360 0.884 0.000 0.028 0.000 0.088 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 5 0.3828 0.5012 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1431991 1 0.0547 0.8445 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0260 0.8435 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.8451 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0458 0.8452 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR603726 4 0.4262 0.1384 0.000 0.000 0.000 0.508 0.476 0.016
#> SRR663368 6 0.3937 0.3676 0.004 0.000 0.000 0.000 0.424 0.572
#> SRR1354225 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1089809 3 0.5197 0.6177 0.000 0.000 0.568 0.112 0.320 0.000
#> SRR1338901 5 0.6099 -0.3264 0.000 0.328 0.292 0.000 0.380 0.000
#> SRR598645 6 0.0146 0.9064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR656528 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809503 1 0.1327 0.8030 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR659923 2 0.2092 0.8360 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0865 0.8385 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.8451 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.2260 0.7430 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.2730 0.6632 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1348318 5 0.5417 0.2612 0.068 0.000 0.000 0.336 0.568 0.028
#> SRR1343433 1 0.2378 0.7266 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1342088 3 0.1075 0.8364 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1404384 3 0.0547 0.8420 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR655495 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812270 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.5611 0.1376 0.000 0.420 0.436 0.000 0.144 0.000
#> SRR1415274 4 0.1714 0.8203 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1491275 1 0.5047 0.1995 0.564 0.000 0.348 0.000 0.088 0.000
#> SRR659851 5 0.5836 0.4700 0.320 0.000 0.000 0.000 0.472 0.208
#> SRR1337364 1 0.3765 -0.0696 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1414471 1 0.0632 0.8438 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1471862 5 0.3843 0.4890 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1456208 5 0.4076 0.1070 0.004 0.000 0.428 0.004 0.564 0.000
#> SRR1393428 3 0.0363 0.8417 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1327632 5 0.3838 0.4940 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR608120 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607679 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1359529 3 0.0458 0.8425 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 5 0.3823 0.5036 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR656191 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1419211 1 0.0865 0.8384 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR658117 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.1714 0.7965 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR657420 1 0.0363 0.8459 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1398686 1 0.0713 0.8421 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR821207 1 0.0146 0.8444 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074694 3 0.4377 0.6857 0.000 0.044 0.644 0.000 0.312 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0547 0.8379 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1095792 3 0.3563 0.7028 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1476903 1 0.3023 0.5277 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607502 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 6 0.0146 0.9064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1402922 3 0.1349 0.8384 0.000 0.004 0.940 0.000 0.056 0.000
#> SRR1314071 4 0.3786 0.6887 0.000 0.000 0.000 0.768 0.064 0.168
#> SRR1374778 3 0.0603 0.8421 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1089926 3 0.0260 0.8445 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1487465 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166006 5 0.5991 -0.4541 0.004 0.196 0.380 0.000 0.420 0.000
#> SRR1341034 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0146 0.8444 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368917 1 0.1765 0.7928 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1457197 2 0.4871 0.6222 0.132 0.656 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1433311 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656373 5 0.5144 0.1431 0.000 0.000 0.000 0.340 0.560 0.100
#> SRR1454265 1 0.0632 0.8436 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0260 0.8457 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR661493 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356120 1 0.0363 0.8455 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.1913 0.8670 0.000 0.908 0.000 0.080 0.012 0.000
#> SRR1476348 2 0.2302 0.8416 0.008 0.872 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR656035 1 0.0260 0.8430 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2165896 3 0.2282 0.8040 0.024 0.000 0.888 0.000 0.088 0.000
#> SRR601549 6 0.3482 0.6179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR658573 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1393470 4 0.3578 0.5928 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1381247 3 0.0260 0.8442 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1322790 3 0.0547 0.8422 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1404044 1 0.0713 0.8421 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1487728 1 0.1007 0.8183 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.8451 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.2527 0.7037 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1377967 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 4 0.6086 0.0725 0.000 0.428 0.064 0.436 0.072 0.000
#> SRR809043 6 0.4815 0.1781 0.000 0.000 0.032 0.424 0.012 0.532
#> SRR659578 1 0.1814 0.7580 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1339413 2 0.0146 0.9371 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434760 1 0.1814 0.7878 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR660079 1 0.0547 0.8456 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0713 0.8421 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1073267 3 0.6122 0.2017 0.000 0.000 0.360 0.316 0.324 0.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602338 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323936 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.0146 0.9371 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614275 6 0.0146 0.9064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR601962 1 0.3862 -0.3536 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR663795 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3175 0.6586 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR661794 1 0.2219 0.7491 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.3515 0.7100 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1333550 2 0.3659 0.5821 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR821148 1 0.1007 0.8175 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR808658 3 0.1075 0.8353 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR598100 5 0.5736 0.3597 0.180 0.000 0.000 0.340 0.480 0.000
#> SRR1475281 3 0.3499 0.7145 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1469477 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR816892 4 0.2575 0.8230 0.000 0.004 0.000 0.880 0.072 0.044
#> SRR1447325 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415980 5 0.3838 0.4940 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR658021 1 0.4114 0.4739 0.732 0.000 0.196 0.000 0.072 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.3797 -0.1276 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1083031 3 0.1075 0.8353 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1466177 2 0.0260 0.9353 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR598364 5 0.5984 0.4624 0.276 0.000 0.000 0.280 0.444 0.000
#> SRR603036 1 0.0260 0.8434 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR604342 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 5 0.3866 0.4285 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.8451 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 5 0.3860 0.4520 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1446606 4 0.3499 0.6090 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR1350936 1 0.0146 0.8459 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1351257 3 0.0363 0.8439 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.2048 0.7695 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR657845 1 0.0146 0.8444 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.0146 0.8911 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1399457 1 0.5087 0.1211 0.508 0.080 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR1073341 1 0.0363 0.8420 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR810805 1 0.1501 0.8136 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1309657 5 0.3851 0.4759 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR820186 1 0.2048 0.7659 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1388913 4 0.2706 0.7959 0.000 0.024 0.000 0.852 0.124 0.000
#> SRR1396270 3 0.0146 0.8443 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1478410 4 0.5364 0.5345 0.000 0.244 0.120 0.620 0.016 0.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.2147 0.8076 0.020 0.000 0.896 0.000 0.084 0.000
#> SRR1088044 2 0.3390 0.6568 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1082909 5 0.3854 0.4686 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1392007 4 0.0363 0.8866 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2166524 2 0.0146 0.9377 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445765 1 0.1910 0.7781 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR819867 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1339675 5 0.3843 0.4890 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1085687 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR597952 2 0.6067 0.1254 0.324 0.400 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1376497 3 0.0363 0.8404 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.8451 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 5 0.5971 0.4597 0.304 0.000 0.000 0.000 0.444 0.252
#> SRR615285 3 0.4324 0.6837 0.032 0.000 0.764 0.000 0.076 0.128
#> SRR1325353 1 0.0146 0.8457 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.4263 -0.3945 0.504 0.000 0.000 0.000 0.480 0.016
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.2048 0.7697 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1336113 2 0.2378 0.8307 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1396570 5 0.6033 0.0716 0.336 0.256 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1327366 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0260 0.8457 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1469791 4 0.5807 0.2673 0.000 0.000 0.200 0.476 0.324 0.000
#> SRR1388046 1 0.2854 0.5814 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR655076 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR654754 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599412 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166308 3 0.1812 0.8165 0.008 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000
#> SRR655696 1 0.2969 0.5334 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR602978 2 0.2793 0.7420 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1323850 2 0.3134 0.7598 0.000 0.808 0.168 0.000 0.024 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0363 0.8413 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1410469 3 0.3464 0.7149 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR659259 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421223 3 0.5168 0.6246 0.000 0.004 0.564 0.088 0.344 0.000
#> SRR1092567 3 0.3647 0.3421 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1472598 3 0.3464 0.7149 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1069279 3 0.4688 0.6405 0.020 0.016 0.544 0.000 0.420 0.000
#> SRR1351624 3 0.3515 0.7078 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599346 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359045 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601843 1 0.3446 0.2809 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1318898 5 0.3843 0.4890 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1455104 1 0.0547 0.8447 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR598565 5 0.5751 0.3955 0.128 0.000 0.000 0.280 0.568 0.024
#> SRR1315188 4 0.3797 0.2818 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1409875 2 0.1391 0.9039 0.000 0.944 0.000 0.040 0.016 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 5 0.3838 0.4922 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0146 0.8444 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095937 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473295 1 0.0632 0.8353 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.3765 0.6723 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2164562 3 0.5937 0.2880 0.340 0.000 0.436 0.000 0.224 0.000
#> SRR665490 1 0.0547 0.8369 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1434182 4 0.3819 0.5084 0.000 0.316 0.000 0.672 0.012 0.000
#> SRR1458506 5 0.3817 0.5056 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR808886 3 0.0146 0.8443 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329442 5 0.3868 0.3993 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1457925 5 0.3860 0.4523 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.0146 0.8911 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.3221 0.4985 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 5 0.3851 0.4763 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1076753 1 0.0632 0.8435 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1327410 3 0.3706 0.6846 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR608064 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608512 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167551 3 0.1700 0.8204 0.004 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000
#> SRR1394872 1 0.3634 0.1841 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1345669 1 0.1910 0.7805 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1367588 3 0.1075 0.8353 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.8442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660438 5 0.6109 -0.2609 0.316 0.000 0.308 0.000 0.376 0.000
#> SRR1310758 3 0.3592 0.7054 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR601525 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR818749 5 0.3817 0.5056 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR604294 5 0.4388 -0.2734 0.000 0.000 0.000 0.028 0.572 0.400
#> SRR1322494 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1377949 3 0.4348 0.6528 0.024 0.000 0.560 0.000 0.416 0.000
#> SRR1317001 1 0.2378 0.7274 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1311897 1 0.0632 0.8436 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0260 0.8430 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR603834 1 0.1204 0.8046 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.1075 0.8196 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR659744 2 0.3965 0.5395 0.000 0.604 0.000 0.000 0.388 0.008
#> SRR1479549 1 0.0363 0.8413 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR613258 6 0.6935 0.3396 0.204 0.240 0.000 0.000 0.092 0.464
#> SRR1088808 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1480565 2 0.0260 0.9368 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1337137 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1099520 1 0.0790 0.8408 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR603942 6 0.1765 0.8233 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1440625 3 0.0865 0.8396 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1391700 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR657360 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473443 3 0.5118 0.6076 0.000 0.000 0.512 0.084 0.404 0.000
#> SRR1498438 3 0.0260 0.8442 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.3899 0.6696 0.000 0.000 0.592 0.000 0.404 0.004
#> SRR604148 6 0.3647 0.4931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1334939 3 0.1075 0.8353 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1349497 1 0.3446 0.3738 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1360523 1 0.1765 0.7928 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1446114 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.1075 0.8353 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1389868 1 0.0146 0.8457 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0632 0.8440 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1440584 2 0.1267 0.9015 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1459697 2 0.0363 0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1352575 1 0.0363 0.8413 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316174 4 0.1814 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR603268 2 0.3797 0.5158 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1486044 2 0.0146 0.9371 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.5037 0.2514 0.616 0.304 0.016 0.000 0.064 0.000
#> SRR665646 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404931 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479085 5 0.3634 0.3295 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332713 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0547 0.8445 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR659947 6 0.4546 0.3257 0.000 0.020 0.000 0.008 0.444 0.528
#> SRR1414356 5 0.4798 0.0876 0.032 0.000 0.012 0.412 0.544 0.000
#> SRR599122 3 0.0260 0.8439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1344100 2 0.2805 0.7884 0.000 0.828 0.000 0.160 0.012 0.000
#> SRR613018 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456591 6 0.2506 0.7901 0.068 0.000 0.000 0.000 0.052 0.880
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9384 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 5 0.5366 0.5136 0.284 0.000 0.000 0.148 0.568 0.000
#> SRR1319283 4 0.2094 0.8386 0.020 0.000 0.000 0.900 0.080 0.000
#> SRR1349518 2 0.1714 0.8772 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1471267 1 0.0146 0.8444 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR655277 5 0.3817 0.5056 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1455436 4 0.4095 0.6994 0.000 0.000 0.000 0.724 0.216 0.060
#> SRR658009 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331383 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394894 4 0.3531 0.5115 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660212 3 0.5905 0.5283 0.116 0.176 0.624 0.000 0.084 0.000
#> SRR657821 1 0.1663 0.7703 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1379279 2 0.5335 0.4885 0.000 0.568 0.000 0.140 0.292 0.000
#> SRR663149 5 0.5956 -0.4204 0.000 0.224 0.356 0.000 0.420 0.000
#> SRR1413032 3 0.3547 0.7032 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1377557 1 0.0547 0.8447 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1335296 2 0.0632 0.9253 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1407273 3 0.1075 0.8353 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR657101 6 0.0000 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350588 3 0.0146 0.8443 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368486 1 0.1556 0.7797 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.507 0.836 0.900 0.4350 0.530 0.530
#> 3 3 0.759 0.839 0.929 0.3854 0.792 0.629
#> 4 4 0.721 0.791 0.894 0.1391 0.904 0.757
#> 5 5 0.760 0.788 0.899 0.0515 0.958 0.866
#> 6 6 0.769 0.784 0.895 0.0374 0.919 0.734
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1443419 1 0.6531 0.712 0.832 0.168
#> SRR657372 1 0.8713 0.583 0.708 0.292
#> SRR661409 1 0.8661 0.589 0.712 0.288
#> SRR1409721 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1391678 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.9393 0.733 0.356 0.644
#> SRR1329464 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.2948 0.891 0.948 0.052
#> SRR598068 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.9323 0.334 0.652 0.348
#> SRR1499699 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.3114 0.797 0.056 0.944
#> SRR1475483 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.5294 0.814 0.880 0.120
#> SRR663368 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.7883 0.811 0.236 0.764
#> SRR1089809 2 0.8499 0.801 0.276 0.724
#> SRR1338901 2 0.9323 0.743 0.348 0.652
#> SRR598645 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR656528 1 0.0938 0.928 0.988 0.012
#> SRR809503 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.6801 0.703 0.180 0.820
#> SRR1404384 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR655495 1 0.9635 0.430 0.612 0.388
#> SRR812270 2 0.0376 0.784 0.004 0.996
#> SRR821176 2 0.1414 0.790 0.020 0.980
#> SRR807799 2 0.8861 0.788 0.304 0.696
#> SRR814919 1 0.4431 0.835 0.908 0.092
#> SRR1415274 1 0.9248 0.512 0.660 0.340
#> SRR1491275 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.4690 0.838 0.900 0.100
#> SRR1393428 1 0.6048 0.740 0.852 0.148
#> SRR1327632 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.7674 0.813 0.224 0.776
#> SRR1359529 1 0.1414 0.921 0.980 0.020
#> SRR1330305 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1436042 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1419211 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.9580 0.696 0.380 0.620
#> SRR1413851 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1319924 1 0.8555 0.446 0.720 0.280
#> SRR1361050 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.9661 0.675 0.392 0.608
#> SRR1476903 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.9286 0.748 0.344 0.656
#> SRR607502 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR602951 2 0.8499 0.774 0.276 0.724
#> SRR1402922 1 0.9427 0.153 0.640 0.360
#> SRR1314071 2 0.2948 0.784 0.052 0.948
#> SRR1374778 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1089926 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1487465 1 0.9427 0.481 0.640 0.360
#> SRR2166006 1 0.2043 0.911 0.968 0.032
#> SRR1341034 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1457197 1 0.9944 -0.282 0.544 0.456
#> SRR1433311 1 0.8813 0.573 0.700 0.300
#> SRR656373 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1454265 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.7056 0.739 0.808 0.192
#> SRR661711 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.9286 0.748 0.344 0.656
#> SRR1350263 1 0.0938 0.931 0.988 0.012
#> SRR1327349 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.8955 0.782 0.312 0.688
#> SRR656035 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR601549 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR658573 2 0.0376 0.785 0.004 0.996
#> SRR1393470 2 0.8909 0.785 0.308 0.692
#> SRR1381247 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1322790 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> SRR1404044 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1349540 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.8861 0.788 0.304 0.696
#> SRR662510 1 0.5629 0.778 0.868 0.132
#> SRR1370151 2 0.7299 0.812 0.204 0.796
#> SRR809043 2 0.8327 0.793 0.264 0.736
#> SRR659578 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1339413 1 0.8081 0.547 0.752 0.248
#> SRR1434760 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.3114 0.783 0.056 0.944
#> SRR1418688 1 0.7602 0.648 0.780 0.220
#> SRR602338 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0376 0.784 0.004 0.996
#> SRR1313789 2 0.9358 0.738 0.352 0.648
#> SRR614275 1 0.4815 0.833 0.896 0.104
#> SRR601962 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.9248 0.512 0.660 0.340
#> SRR1418650 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR655780 2 0.6531 0.816 0.168 0.832
#> SRR661794 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1339508 1 0.5294 0.818 0.880 0.120
#> SRR1501097 2 0.8861 0.788 0.304 0.696
#> SRR1358459 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1333550 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> SRR821148 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.9358 0.738 0.352 0.648
#> SRR1469477 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1415660 2 0.5294 0.811 0.120 0.880
#> SRR816892 2 0.7219 0.814 0.200 0.800
#> SRR1447325 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.8861 0.788 0.304 0.696
#> SRR1443695 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1083031 1 0.1843 0.913 0.972 0.028
#> SRR1466177 2 0.9129 0.765 0.328 0.672
#> SRR1346978 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR607705 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.8763 0.577 0.704 0.296
#> SRR603036 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR604342 2 0.6343 0.695 0.160 0.840
#> SRR1365850 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1351257 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1316793 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> SRR1090815 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1398971 2 0.5294 0.734 0.120 0.880
#> SRR1399457 1 0.4161 0.842 0.916 0.084
#> SRR1073341 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.6048 0.815 0.148 0.852
#> SRR1396270 1 0.3733 0.872 0.928 0.072
#> SRR613402 2 0.8861 0.788 0.304 0.696
#> SRR614912 2 0.8016 0.809 0.244 0.756
#> SRR1478410 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1441631 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.9286 0.748 0.344 0.656
#> SRR1082909 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.1843 0.792 0.028 0.972
#> SRR1445765 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.8713 0.795 0.292 0.708
#> SRR1339675 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR597952 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1376497 1 0.4562 0.840 0.904 0.096
#> SRR813848 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR615886 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR819690 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.9248 0.753 0.340 0.660
#> SRR1396570 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.6887 0.816 0.184 0.816
#> SRR1317218 2 0.5946 0.815 0.144 0.856
#> SRR1352001 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.6623 0.811 0.172 0.828
#> SRR1388046 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.9248 0.752 0.340 0.660
#> SRR1464353 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR654754 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1323850 2 0.7139 0.814 0.196 0.804
#> SRR1365512 1 0.7950 0.662 0.760 0.240
#> SRR663380 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1410469 1 0.9954 -0.294 0.540 0.460
#> SRR659259 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.9358 0.738 0.352 0.648
#> SRR1092567 2 0.8267 0.558 0.260 0.740
#> SRR1472598 2 0.9286 0.748 0.344 0.656
#> SRR1069279 2 0.9460 0.722 0.364 0.636
#> SRR1351624 2 0.6973 0.815 0.188 0.812
#> SRR1342938 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> SRR599346 1 0.7950 0.661 0.760 0.240
#> SRR1359045 1 0.9248 0.512 0.660 0.340
#> SRR601843 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0672 0.784 0.008 0.992
#> SRR1409875 2 0.8813 0.791 0.300 0.700
#> SRR1348270 2 0.5946 0.805 0.144 0.856
#> SRR602389 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1436629 2 0.9323 0.744 0.348 0.652
#> SRR1349144 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1475430 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR2164562 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR808886 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> SRR1329442 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR614107 2 0.0672 0.784 0.008 0.992
#> SRR1323914 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1323065 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.8813 0.791 0.300 0.700
#> SRR1500908 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.9248 0.752 0.340 0.660
#> SRR608064 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.5946 0.787 0.856 0.144
#> SRR2167551 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1387724 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR660438 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1310758 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR601525 2 0.6887 0.816 0.184 0.816
#> SRR818749 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1377949 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1415195 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.9209 0.757 0.336 0.664
#> SRR613795 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.9286 0.748 0.344 0.656
#> SRR1479549 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1088808 2 0.9552 0.301 0.376 0.624
#> SRR1329068 2 0.5519 0.813 0.128 0.872
#> SRR1480565 2 0.6623 0.816 0.172 0.828
#> SRR1337137 2 0.6247 0.816 0.156 0.844
#> SRR1099520 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.9323 0.499 0.652 0.348
#> SRR1440625 2 0.6531 0.806 0.168 0.832
#> SRR1391700 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.9358 0.738 0.352 0.648
#> SRR1498438 1 0.5737 0.803 0.864 0.136
#> SRR1394655 2 0.0376 0.784 0.004 0.996
#> SRR1322437 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR660236 1 0.9866 0.334 0.568 0.432
#> SRR1466338 2 0.9393 0.733 0.356 0.644
#> SRR604148 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1334939 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.9795 0.625 0.416 0.584
#> SRR656469 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1364935 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.9323 0.744 0.348 0.652
#> SRR1459697 2 0.6887 0.816 0.184 0.816
#> SRR1352575 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.9129 0.765 0.328 0.672
#> SRR614023 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.8955 0.555 0.688 0.312
#> SRR603268 2 0.7528 0.813 0.216 0.784
#> SRR1486044 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1074189 1 0.1633 0.917 0.976 0.024
#> SRR665646 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0376 0.784 0.004 0.996
#> SRR1431552 2 0.0376 0.784 0.004 0.996
#> SRR1479085 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1404988 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.9608 0.438 0.616 0.384
#> SRR1070863 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.1184 0.925 0.984 0.016
#> SRR1414356 1 0.4939 0.828 0.892 0.108
#> SRR599122 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.6438 0.816 0.164 0.836
#> SRR1456591 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.8763 0.794 0.296 0.704
#> SRR1397885 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.8327 0.625 0.736 0.264
#> SRR1349518 2 0.9358 0.738 0.352 0.648
#> SRR1471267 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.7602 0.808 0.220 0.780
#> SRR658009 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1394894 1 0.9358 0.493 0.648 0.352
#> SRR659133 1 0.9775 0.381 0.588 0.412
#> SRR660212 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.1843 0.792 0.028 0.972
#> SRR663149 1 0.2423 0.905 0.960 0.040
#> SRR1413032 2 0.3431 0.786 0.064 0.936
#> SRR1377557 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1335296 1 0.7745 0.587 0.772 0.228
#> SRR1407273 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> SRR657101 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
#> SRR1350588 1 0.3431 0.878 0.936 0.064
#> SRR1368486 1 0.0000 0.939 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 1 0.6295 0.0472 0.528 0.472 0.000
#> SRR657372 3 0.3412 0.8056 0.124 0.000 0.876
#> SRR661409 3 0.3845 0.8100 0.116 0.012 0.872
#> SRR1409721 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.3412 0.8056 0.000 0.124 0.876
#> SRR601157 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.4796 0.6569 0.220 0.780 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 3 0.5591 0.6366 0.304 0.000 0.696
#> SRR598068 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.6994 0.4988 0.028 0.360 0.612
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.4504 0.7528 0.196 0.000 0.804
#> SRR663368 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.1525 0.8578 0.032 0.964 0.004
#> SRR1338901 2 0.1411 0.8553 0.036 0.964 0.000
#> SRR598645 1 0.6095 0.2532 0.608 0.000 0.392
#> SRR656528 1 0.0592 0.9518 0.988 0.012 0.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.4504 0.7038 0.000 0.804 0.196
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.3989 0.8076 0.012 0.124 0.864
#> SRR1404384 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR655495 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.2878 0.8174 0.000 0.096 0.904
#> SRR821176 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 3 0.7901 0.2983 0.440 0.056 0.504
#> SRR1415274 3 0.3412 0.8056 0.124 0.000 0.876
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.5905 0.3862 0.648 0.000 0.352
#> SRR1393428 1 0.4796 0.6991 0.780 0.220 0.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.2878 0.8615 0.904 0.096 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0424 0.9554 0.992 0.000 0.008
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.5835 0.4924 0.340 0.660 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.6026 0.4155 0.376 0.624 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.5327 0.5928 0.272 0.728 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0237 0.8762 0.004 0.996 0.000
#> SRR607502 1 0.5859 0.3957 0.656 0.000 0.344
#> SRR602951 3 0.4555 0.7489 0.200 0.000 0.800
#> SRR1402922 2 0.6267 0.2332 0.452 0.548 0.000
#> SRR1314071 3 0.4146 0.8266 0.044 0.080 0.876
#> SRR1374778 1 0.3192 0.8408 0.888 0.112 0.000
#> SRR1089926 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.4702 0.6863 0.788 0.000 0.212
#> SRR1366772 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.4015 0.8194 0.096 0.028 0.876
#> SRR2166006 3 0.5835 0.5723 0.340 0.000 0.660
#> SRR1341034 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.6309 0.0971 0.496 0.504 0.000
#> SRR1433311 3 0.4527 0.8226 0.052 0.088 0.860
#> SRR656373 3 0.6154 0.4228 0.408 0.000 0.592
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.5507 0.7932 0.056 0.136 0.808
#> SRR661711 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.2711 0.8090 0.088 0.912 0.000
#> SRR1350263 1 0.5413 0.7255 0.800 0.036 0.164
#> SRR1327349 2 0.0747 0.8688 0.000 0.984 0.016
#> SRR1476348 2 0.0237 0.8760 0.004 0.996 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR601549 1 0.6154 0.1994 0.592 0.000 0.408
#> SRR658573 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.4504 0.6923 0.196 0.804 0.000
#> SRR1381247 1 0.0237 0.9587 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322790 1 0.2959 0.8548 0.900 0.100 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 1 0.5678 0.5109 0.684 0.316 0.000
#> SRR1370151 3 0.5958 0.6082 0.008 0.300 0.692
#> SRR809043 3 0.8512 0.6025 0.212 0.176 0.612
#> SRR659578 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.6299 0.1430 0.476 0.524 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.4092 0.8245 0.036 0.088 0.876
#> SRR1418688 3 0.8671 0.2809 0.104 0.416 0.480
#> SRR602338 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.3038 0.8143 0.000 0.104 0.896
#> SRR1313789 2 0.0424 0.8739 0.008 0.992 0.000
#> SRR614275 3 0.4702 0.7385 0.212 0.000 0.788
#> SRR601962 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.5058 0.5866 0.000 0.756 0.244
#> SRR661794 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.5406 0.7450 0.020 0.200 0.780
#> SRR1501097 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333550 1 0.1453 0.9348 0.968 0.008 0.024
#> SRR821148 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.1031 0.9395 0.976 0.024 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.4842 0.6576 0.224 0.776 0.000
#> SRR1469477 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.2165 0.8336 0.000 0.936 0.064
#> SRR1447325 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 1 0.4654 0.7144 0.792 0.208 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 1 0.2959 0.8546 0.900 0.100 0.000
#> SRR598364 3 0.6215 0.3476 0.428 0.000 0.572
#> SRR603036 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.3340 0.8077 0.000 0.120 0.880
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 1 0.4931 0.6497 0.768 0.000 0.232
#> SRR1316793 1 0.1411 0.9270 0.964 0.036 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398971 3 0.3412 0.8056 0.124 0.000 0.876
#> SRR1399457 1 0.2625 0.8762 0.916 0.084 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.4342 0.7746 0.024 0.856 0.120
#> SRR1396270 3 0.6678 0.7121 0.216 0.060 0.724
#> SRR613402 2 0.0592 0.8711 0.012 0.988 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.5497 0.5295 0.000 0.708 0.292
#> SRR613975 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.3267 0.7807 0.116 0.884 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.6126 0.4102 0.000 0.600 0.400
#> SRR2166524 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 2 0.9930 -0.1960 0.276 0.364 0.360
#> SRR813848 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0424 0.8740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1396570 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.5153 0.8098 0.068 0.100 0.832
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.2356 0.8213 0.072 0.928 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.1860 0.8425 0.052 0.948 0.000
#> SRR1365512 3 0.4636 0.8167 0.044 0.104 0.852
#> SRR663380 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.9569 0.0997 0.384 0.420 0.196
#> SRR659259 3 0.4796 0.7211 0.000 0.220 0.780
#> SRR1421223 2 0.1964 0.8409 0.056 0.944 0.000
#> SRR1092567 3 0.3412 0.8056 0.000 0.124 0.876
#> SRR1472598 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069279 2 0.5810 0.4999 0.336 0.664 0.000
#> SRR1351624 3 0.5216 0.6725 0.000 0.260 0.740
#> SRR1342938 1 0.1860 0.9103 0.948 0.052 0.000
#> SRR599346 3 0.4974 0.7153 0.236 0.000 0.764
#> SRR1359045 3 0.2959 0.8173 0.100 0.000 0.900
#> SRR601843 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.3412 0.8056 0.000 0.124 0.876
#> SRR1409875 2 0.1411 0.8559 0.036 0.964 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.2165 0.8289 0.064 0.936 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.2400 0.8950 0.932 0.004 0.064
#> SRR2164562 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.5138 0.6251 0.000 0.748 0.252
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 1 0.9506 -0.1539 0.448 0.192 0.360
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.3412 0.8056 0.000 0.124 0.876
#> SRR1323914 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.9692 0.2714 0.224 0.344 0.432
#> SRR608064 1 0.0424 0.9555 0.992 0.000 0.008
#> SRR608512 1 0.6215 0.1414 0.572 0.000 0.428
#> SRR2167551 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387724 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR660438 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310758 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR601525 2 0.3412 0.7674 0.000 0.876 0.124
#> SRR818749 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.2537 0.8184 0.080 0.920 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440625 3 0.4859 0.8105 0.044 0.116 0.840
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.4842 0.6584 0.224 0.776 0.000
#> SRR1498438 3 0.4861 0.7539 0.008 0.192 0.800
#> SRR1394655 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 2 0.5497 0.5612 0.292 0.708 0.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 1 0.1289 0.9332 0.968 0.032 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.3412 0.8056 0.000 0.124 0.876
#> SRR1339366 2 0.4346 0.7083 0.184 0.816 0.000
#> SRR656469 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 3 0.0592 0.8369 0.012 0.000 0.988
#> SRR603268 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0237 0.8761 0.000 0.996 0.004
#> SRR1441483 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.3192 0.8448 0.888 0.112 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419848 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332713 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.6500 -0.0286 0.532 0.004 0.464
#> SRR1414356 3 0.4750 0.7349 0.216 0.000 0.784
#> SRR599122 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.5016 0.6239 0.000 0.760 0.240
#> SRR613018 2 0.7039 0.4318 0.040 0.648 0.312
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.3816 0.7912 0.148 0.000 0.852
#> SRR1349518 2 0.0000 0.8781 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.7211 0.6249 0.156 0.716 0.128
#> SRR658009 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.3412 0.8056 0.000 0.124 0.876
#> SRR659133 3 0.0000 0.8369 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 1 0.1964 0.9083 0.944 0.056 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.5826 0.6702 0.032 0.764 0.204
#> SRR663149 3 0.5882 0.5574 0.348 0.000 0.652
#> SRR1413032 3 0.4137 0.8217 0.032 0.096 0.872
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.6235 0.2668 0.436 0.564 0.000
#> SRR1407273 1 0.5591 0.5362 0.696 0.304 0.000
#> SRR657101 1 0.0237 0.9588 0.996 0.004 0.000
#> SRR1350588 3 0.6260 0.3190 0.448 0.000 0.552
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9625 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0592 0.9111 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 1 0.4998 0.0523 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.4222 0.7239 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR661409 4 0.4277 0.7228 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1409721 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0707 0.9088 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.4164 0.6456 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR601157 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR615347 2 0.4852 0.6769 0.152 0.776 0.072 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 3 0.2266 0.8083 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR598068 3 0.2149 0.8083 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR810343 1 0.1557 0.8852 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.2149 0.7727 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0336 0.9153 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.5907 0.4722 0.080 0.000 0.668 0.252
#> SRR663368 1 0.1209 0.9003 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1354225 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.2342 0.8409 0.000 0.912 0.080 0.008
#> SRR1338901 2 0.3808 0.7456 0.012 0.812 0.176 0.000
#> SRR598645 3 0.2149 0.8083 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR656528 1 0.3718 0.7924 0.820 0.012 0.168 0.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.3074 0.7767 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.3751 0.7484 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.3080 0.7600 0.000 0.096 0.880 0.024
#> SRR1404384 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655495 4 0.0469 0.7864 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR812270 4 0.4804 0.7251 0.000 0.160 0.064 0.776
#> SRR821176 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 4 0.8111 0.3190 0.308 0.040 0.152 0.500
#> SRR1415274 4 0.5212 0.7013 0.068 0.000 0.192 0.740
#> SRR1491275 1 0.0188 0.9168 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.2342 0.8073 0.080 0.000 0.912 0.008
#> SRR1393428 1 0.3873 0.6498 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.2149 0.8511 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.5003 0.6724 0.768 0.084 0.148 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.4621 0.6560 0.708 0.000 0.284 0.008
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0707 0.9088 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.4591 0.7510 0.084 0.116 0.800 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.4730 0.3806 0.364 0.636 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.2730 0.7830 0.016 0.088 0.896 0.000
#> SRR1476903 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1406502 2 0.0469 0.8882 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR607502 1 0.7880 -0.2386 0.372 0.000 0.284 0.344
#> SRR602951 4 0.4331 0.7176 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1402922 2 0.7546 -0.2082 0.188 0.412 0.400 0.000
#> SRR1314071 4 0.4452 0.7280 0.000 0.008 0.260 0.732
#> SRR1374778 1 0.6500 0.1941 0.580 0.092 0.328 0.000
#> SRR1089926 3 0.4222 0.6772 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1437056 3 0.3726 0.7323 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.5479 0.7129 0.052 0.016 0.192 0.740
#> SRR2166006 4 0.6524 0.4896 0.264 0.000 0.120 0.616
#> SRR1341034 4 0.0188 0.7851 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.6741 0.1332 0.424 0.484 0.092 0.000
#> SRR1433311 3 0.2599 0.7772 0.004 0.064 0.912 0.020
#> SRR656373 4 0.7028 0.4782 0.228 0.000 0.196 0.576
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.3109 0.7644 0.004 0.100 0.880 0.016
#> SRR661711 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.2921 0.8237 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.2345 0.8129 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.3335 0.8010 0.120 0.020 0.860 0.000
#> SRR1327349 2 0.0469 0.8887 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1476348 2 0.0817 0.8798 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.4830 0.1875 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR601549 4 0.7629 0.1970 0.392 0.000 0.204 0.404
#> SRR658573 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.5386 0.7090 0.096 0.776 0.104 0.024
#> SRR1381247 3 0.2266 0.8102 0.084 0.004 0.912 0.000
#> SRR1322790 3 0.5572 0.6982 0.196 0.088 0.716 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 1 0.4679 0.4549 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR1370151 4 0.5612 0.5632 0.008 0.308 0.028 0.656
#> SRR809043 4 0.6912 0.4959 0.012 0.076 0.400 0.512
#> SRR659578 1 0.2081 0.8630 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1339413 2 0.4941 0.2041 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0336 0.9154 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1073267 4 0.5360 0.7227 0.004 0.064 0.196 0.736
#> SRR1418688 3 0.2530 0.7616 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR602338 1 0.1211 0.8923 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1323936 4 0.4362 0.7557 0.000 0.088 0.096 0.816
#> SRR1313789 2 0.0336 0.8899 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.7515 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR663795 4 0.3123 0.7604 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1418650 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.6897 0.3937 0.000 0.592 0.180 0.228
#> SRR661794 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.2342 0.7738 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR1501097 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.2530 0.8030 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1333550 1 0.1151 0.8999 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR821148 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0817 0.9032 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1475281 2 0.5328 0.6430 0.064 0.724 0.212 0.000
#> SRR1469477 3 0.2149 0.8083 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.2983 0.8405 0.016 0.896 0.012 0.076
#> SRR1447325 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0188 0.9171 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0188 0.9173 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083031 1 0.4387 0.6946 0.776 0.200 0.024 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.6310 0.4611 0.352 0.072 0.576 0.000
#> SRR598364 4 0.7573 0.2205 0.372 0.000 0.196 0.432
#> SRR603036 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR604342 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 4 0.0336 0.7832 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.4155 0.6656 0.000 0.240 0.004 0.756
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.4304 0.6642 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1316793 3 0.4964 0.6836 0.256 0.028 0.716 0.000
#> SRR1090815 1 0.0336 0.9156 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398971 4 0.5846 0.6731 0.164 0.044 0.052 0.740
#> SRR1399457 3 0.6213 0.2697 0.464 0.052 0.484 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.4888 0.7233 0.004 0.784 0.072 0.140
#> SRR1396270 3 0.2652 0.8088 0.056 0.028 0.912 0.004
#> SRR613402 2 0.0336 0.8900 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.4277 0.5827 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR613975 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 1 0.3649 0.6802 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1088044 2 0.3278 0.7850 0.116 0.864 0.020 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.4661 0.5254 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR2166524 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597952 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.3831 0.6821 0.004 0.204 0.792 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.3356 0.7823 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.1474 0.8884 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.1833 0.8708 0.024 0.944 0.000 0.032
#> SRR1396570 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.5568 0.7190 0.008 0.068 0.196 0.728
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.3492 0.8160 0.036 0.868 0.092 0.004
#> SRR1464353 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.3219 0.8057 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR599412 1 0.4304 0.6666 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR2166308 3 0.4250 0.6731 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR655696 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR602978 2 0.1576 0.8692 0.004 0.948 0.048 0.000
#> SRR1323850 2 0.2174 0.8523 0.052 0.928 0.020 0.000
#> SRR1365512 3 0.2489 0.7729 0.000 0.068 0.912 0.020
#> SRR663380 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.2644 0.7994 0.032 0.060 0.908 0.000
#> SRR659259 4 0.6300 0.6169 0.000 0.252 0.108 0.640
#> SRR1421223 2 0.3668 0.8241 0.024 0.872 0.072 0.032
#> SRR1092567 4 0.5250 0.7219 0.000 0.068 0.196 0.736
#> SRR1472598 2 0.4464 0.6817 0.024 0.768 0.208 0.000
#> SRR1069279 3 0.7706 0.3171 0.228 0.348 0.424 0.000
#> SRR1351624 4 0.6784 0.5515 0.000 0.244 0.156 0.600
#> SRR1342938 3 0.2489 0.8115 0.068 0.020 0.912 0.000
#> SRR599346 4 0.6301 0.5338 0.260 0.000 0.104 0.636
#> SRR1359045 4 0.4956 0.7159 0.056 0.000 0.188 0.756
#> SRR601843 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0469 0.9132 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR598565 1 0.3751 0.7484 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1315188 4 0.5250 0.7219 0.000 0.068 0.196 0.736
#> SRR1409875 2 0.1943 0.8673 0.016 0.944 0.032 0.008
#> SRR1348270 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.1940 0.8350 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.1211 0.8923 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.2266 0.8102 0.084 0.004 0.912 0.000
#> SRR2164562 1 0.3172 0.7919 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.2973 0.7859 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.5637 0.6884 0.112 0.168 0.720 0.000
#> SRR1329442 1 0.1302 0.8919 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.5423 0.7270 0.000 0.116 0.144 0.740
#> SRR1323914 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0592 0.8854 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.2011 0.8653 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.2578 0.8082 0.052 0.036 0.912 0.000
#> SRR608064 1 0.4621 0.6562 0.708 0.000 0.284 0.008
#> SRR608512 1 0.7861 -0.1547 0.392 0.000 0.284 0.324
#> SRR2167551 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.4304 0.6642 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1387724 3 0.2149 0.8083 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR660438 1 0.3356 0.7748 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1310758 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601525 2 0.5747 0.5985 0.000 0.704 0.196 0.100
#> SRR818749 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.2469 0.8050 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.2334 0.8242 0.088 0.908 0.004 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0188 0.9171 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1088808 4 0.2081 0.7779 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1329068 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.4250 0.7243 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1440625 3 0.2561 0.7776 0.004 0.068 0.912 0.016
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.2149 0.8511 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1473443 2 0.6220 0.5686 0.200 0.692 0.092 0.016
#> SRR1498438 3 0.2457 0.7781 0.004 0.076 0.912 0.008
#> SRR1394655 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.2737 0.8083 0.104 0.008 0.888 0.000
#> SRR604148 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1334939 1 0.0895 0.9055 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.5021 0.7075 0.000 0.180 0.064 0.756
#> SRR1339366 2 0.3486 0.7012 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.4008 0.7047 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0592 0.8863 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.2216 0.8588 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1316174 4 0.4095 0.7397 0.016 0.000 0.192 0.792
#> SRR603268 2 0.3450 0.7547 0.000 0.836 0.156 0.008
#> SRR1486044 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.2408 0.8295 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR665646 1 0.4304 0.6666 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1404931 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419848 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332713 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.6336 -0.1527 0.480 0.000 0.060 0.460
#> SRR1414356 4 0.5851 0.6462 0.084 0.000 0.236 0.680
#> SRR599122 3 0.1637 0.8022 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1344100 2 0.3764 0.6882 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR613018 2 0.7382 0.2367 0.000 0.520 0.220 0.260
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1319283 4 0.5594 0.6797 0.092 0.000 0.192 0.716
#> SRR1349518 2 0.0921 0.8782 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.3569 0.7521 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1455436 2 0.7499 0.4952 0.052 0.620 0.188 0.140
#> SRR658009 1 0.0592 0.9112 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1331383 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 4 0.6116 0.6742 0.000 0.112 0.220 0.668
#> SRR659133 4 0.0000 0.7867 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 1 0.1302 0.8866 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.4804 0.7208 0.064 0.776 0.000 0.160
#> SRR663149 4 0.6656 0.5340 0.220 0.000 0.160 0.620
#> SRR1413032 3 0.3239 0.7526 0.000 0.068 0.880 0.052
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.4866 0.3082 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.4579 0.6822 0.032 0.200 0.768 0.000
#> SRR657101 1 0.3569 0.7754 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1350588 3 0.2266 0.8083 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9191 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.1877 0.873 0.924 0.000 0.012 0.000 0.064
#> SRR1499543 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 1 0.4273 0.187 0.552 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.5434 0.670 0.000 0.000 0.208 0.656 0.136
#> SRR661409 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0703 0.909 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601359 1 0.4237 0.703 0.752 0.000 0.200 0.000 0.048
#> SRR663392 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.4135 0.524 0.000 0.340 0.000 0.656 0.004
#> SRR601157 1 0.4495 0.685 0.736 0.000 0.200 0.000 0.064
#> SRR615347 2 0.4247 0.714 0.132 0.776 0.092 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.2376 0.862 0.904 0.000 0.044 0.000 0.052
#> SRR1431991 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0290 0.835 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0290 0.918 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.5968 0.300 0.048 0.000 0.632 0.256 0.064
#> SRR663368 1 0.1836 0.884 0.932 0.000 0.036 0.000 0.032
#> SRR1354225 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.2798 0.799 0.000 0.852 0.140 0.008 0.000
#> SRR1338901 2 0.3395 0.697 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.1478 0.794 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR656528 5 0.0404 0.838 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR809503 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.2516 0.783 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.4495 0.685 0.736 0.000 0.200 0.000 0.064
#> SRR1343433 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.1270 0.815 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1404384 1 0.1197 0.886 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR655495 4 0.1928 0.744 0.004 0.000 0.072 0.920 0.004
#> SRR812270 4 0.5436 0.669 0.000 0.180 0.048 0.708 0.064
#> SRR821176 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 4 0.7877 0.309 0.292 0.036 0.208 0.436 0.028
#> SRR1415274 4 0.6067 0.662 0.080 0.000 0.200 0.656 0.064
#> SRR1491275 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.2171 0.782 0.024 0.000 0.912 0.000 0.064
#> SRR1393428 1 0.3242 0.667 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 5 0.4287 0.179 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR607679 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.4617 0.604 0.716 0.060 0.224 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.4495 0.685 0.736 0.000 0.200 0.000 0.064
#> SRR656191 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0794 0.906 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.2727 0.741 0.016 0.116 0.868 0.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.4210 0.298 0.412 0.588 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.1043 0.823 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.3109 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0794 0.876 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR607502 5 0.1478 0.795 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR602951 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 3 0.6409 0.303 0.180 0.352 0.468 0.000 0.000
#> SRR1314071 4 0.5623 0.658 0.000 0.008 0.128 0.656 0.208
#> SRR1374778 1 0.5688 0.261 0.572 0.100 0.328 0.000 0.000
#> SRR1089926 3 0.3039 0.681 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.2516 0.742 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.5694 0.664 0.036 0.000 0.244 0.656 0.064
#> SRR2166006 4 0.6243 0.427 0.284 0.000 0.184 0.532 0.000
#> SRR1341034 4 0.0162 0.750 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.5591 0.191 0.432 0.496 0.072 0.000 0.000
#> SRR1433311 3 0.0963 0.817 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR656373 4 0.7263 0.488 0.216 0.000 0.200 0.520 0.064
#> SRR1454265 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.1270 0.815 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 5 0.0162 0.840 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1356120 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.2471 0.778 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.1830 0.809 0.068 0.008 0.924 0.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.0609 0.881 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1476348 2 0.1571 0.851 0.060 0.936 0.004 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.4235 0.172 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR601549 1 0.6966 -0.199 0.412 0.000 0.224 0.352 0.012
#> SRR658573 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.4740 0.698 0.128 0.760 0.096 0.016 0.000
#> SRR1381247 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.3794 0.703 0.152 0.048 0.800 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 1 0.4171 0.359 0.604 0.396 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 4 0.5835 0.539 0.016 0.296 0.084 0.604 0.000
#> SRR809043 4 0.7172 0.445 0.000 0.044 0.336 0.460 0.160
#> SRR659578 1 0.2074 0.849 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.4268 0.174 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0290 0.918 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.4135 0.620 0.000 0.004 0.340 0.656 0.000
#> SRR1418688 3 0.1043 0.825 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.2074 0.843 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1323936 4 0.4943 0.726 0.000 0.064 0.112 0.764 0.060
#> SRR1313789 2 0.0290 0.887 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 5 0.1341 0.788 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR601962 1 0.4495 0.685 0.736 0.000 0.200 0.000 0.064
#> SRR663795 4 0.4355 0.715 0.000 0.000 0.164 0.760 0.076
#> SRR1418650 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.6892 0.362 0.000 0.572 0.072 0.228 0.128
#> SRR661794 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0963 0.830 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1333550 1 0.0865 0.905 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0404 0.914 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.4495 0.685 0.736 0.000 0.200 0.000 0.064
#> SRR1475281 2 0.4800 0.580 0.052 0.676 0.272 0.000 0.000
#> SRR1469477 3 0.0162 0.836 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.3325 0.815 0.056 0.856 0.008 0.080 0.000
#> SRR1447325 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.1043 0.897 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR658021 1 0.0162 0.920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0290 0.918 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1083031 1 0.3885 0.711 0.784 0.176 0.040 0.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 5 0.1571 0.798 0.004 0.000 0.060 0.000 0.936
#> SRR598364 4 0.7664 0.271 0.336 0.000 0.204 0.396 0.064
#> SRR603036 1 0.3109 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR604342 4 0.1478 0.739 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1365850 4 0.0290 0.747 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.4546 0.567 0.000 0.304 0.028 0.668 0.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.3109 0.670 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.3492 0.680 0.188 0.016 0.796 0.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0290 0.918 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.6728 0.637 0.140 0.104 0.036 0.656 0.064
#> SRR1399457 3 0.5381 0.285 0.428 0.056 0.516 0.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.4192 0.719 0.004 0.784 0.068 0.144 0.000
#> SRR1396270 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0162 0.889 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.3752 0.550 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 1 0.3612 0.601 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.3326 0.748 0.152 0.824 0.024 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0290 0.917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392007 2 0.3837 0.576 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.3039 0.760 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.3109 0.671 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.3210 0.747 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.1270 0.891 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.2409 0.845 0.060 0.908 0.012 0.020 0.000
#> SRR1396570 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.5240 0.658 0.000 0.092 0.252 0.656 0.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655076 5 0.1478 0.783 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1464353 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 5 0.4397 0.265 0.432 0.000 0.004 0.000 0.564
#> SRR599412 5 0.0609 0.834 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2166308 3 0.3109 0.674 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.3109 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.2424 0.804 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1323850 2 0.2770 0.829 0.044 0.880 0.076 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659259 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.4119 0.761 0.036 0.800 0.140 0.024 0.000
#> SRR1092567 4 0.3999 0.618 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR1472598 2 0.4550 0.575 0.036 0.688 0.276 0.000 0.000
#> SRR1069279 3 0.6300 0.305 0.164 0.348 0.488 0.000 0.000
#> SRR1351624 4 0.6337 0.436 0.000 0.192 0.296 0.512 0.000
#> SRR1342938 3 0.0671 0.837 0.016 0.004 0.980 0.000 0.000
#> SRR599346 4 0.6544 0.481 0.184 0.000 0.032 0.588 0.196
#> SRR1359045 4 0.5899 0.674 0.072 0.000 0.192 0.672 0.064
#> SRR601843 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.1478 0.878 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1455104 1 0.0510 0.913 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.4495 0.685 0.736 0.000 0.200 0.000 0.064
#> SRR1315188 4 0.4602 0.636 0.000 0.000 0.316 0.656 0.028
#> SRR1409875 2 0.2036 0.858 0.028 0.928 0.036 0.008 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.4370 0.694 0.744 0.000 0.200 0.000 0.056
#> SRR1451857 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.1851 0.828 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095937 1 0.1908 0.854 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1473295 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164562 1 0.2930 0.788 0.832 0.000 0.164 0.000 0.004
#> SRR665490 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.2516 0.783 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1458506 1 0.1478 0.878 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR808886 3 0.3962 0.711 0.088 0.112 0.800 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.2504 0.852 0.896 0.000 0.040 0.000 0.064
#> SRR1457925 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.5610 0.666 0.000 0.124 0.212 0.656 0.008
#> SRR1323914 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.1582 0.864 0.028 0.944 0.028 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.1478 0.881 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0290 0.837 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR608064 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608512 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167551 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.3424 0.624 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660438 1 0.3109 0.753 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1310758 1 0.1197 0.886 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR601525 2 0.5285 0.580 0.000 0.692 0.192 0.108 0.008
#> SRR818749 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.3388 0.744 0.792 0.000 0.200 0.000 0.008
#> SRR1322494 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0794 0.834 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.2707 0.808 0.100 0.876 0.024 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0162 0.920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1088808 4 0.3941 0.739 0.016 0.012 0.072 0.836 0.064
#> SRR1329068 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440625 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.4201 0.335 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1473443 2 0.5649 0.571 0.192 0.664 0.132 0.012 0.000
#> SRR1498438 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.1341 0.819 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR604148 1 0.4495 0.685 0.736 0.000 0.200 0.000 0.064
#> SRR1334939 1 0.1740 0.873 0.932 0.012 0.056 0.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.4924 0.600 0.000 0.272 0.060 0.668 0.000
#> SRR1339366 2 0.3242 0.669 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.3177 0.670 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0794 0.876 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.3231 0.729 0.800 0.000 0.004 0.000 0.196
#> SRR1316174 4 0.5388 0.693 0.036 0.000 0.200 0.700 0.064
#> SRR603268 2 0.3770 0.724 0.016 0.788 0.188 0.008 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.1908 0.843 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR665646 5 0.0000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404931 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479085 1 0.3039 0.760 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332713 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.6460 -0.107 0.480 0.000 0.048 0.408 0.064
#> SRR1414356 4 0.6411 0.613 0.076 0.000 0.264 0.596 0.064
#> SRR599122 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.3274 0.676 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR613018 5 0.1341 0.792 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1456591 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.4495 0.685 0.736 0.000 0.200 0.000 0.064
#> SRR1319283 4 0.5780 0.634 0.120 0.000 0.228 0.640 0.012
#> SRR1349518 2 0.1478 0.849 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.3109 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.6562 0.475 0.048 0.604 0.196 0.152 0.000
#> SRR658009 1 0.0510 0.914 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1331383 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394894 4 0.5772 0.597 0.004 0.104 0.300 0.592 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660212 1 0.1341 0.876 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.4509 0.717 0.056 0.772 0.020 0.152 0.000
#> SRR663149 4 0.6278 0.463 0.284 0.004 0.168 0.544 0.000
#> SRR1413032 3 0.0794 0.818 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.4268 0.198 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.2920 0.736 0.016 0.132 0.852 0.000 0.000
#> SRR657101 5 0.1478 0.795 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1350588 3 0.0000 0.836 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 5 0.3872 0.5319 0.392 0.000 0.004 0.000 0.604 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 1 0.4756 0.2339 0.540 0.408 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR657372 5 0.1845 0.6540 0.000 0.000 0.052 0.000 0.920 0.028
#> SRR661409 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0146 0.8827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0806 0.9016 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601359 5 0.4736 0.4480 0.396 0.000 0.052 0.000 0.552 0.000
#> SRR663392 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1374716 2 0.3411 0.7370 0.000 0.756 0.008 0.004 0.232 0.000
#> SRR601157 5 0.3712 0.6951 0.180 0.000 0.052 0.000 0.768 0.000
#> SRR615347 2 0.4232 0.7306 0.132 0.772 0.044 0.000 0.052 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0632 0.9045 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 3 0.1327 0.7985 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR598068 3 0.2491 0.7276 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR810343 5 0.4096 0.3048 0.484 0.000 0.008 0.000 0.508 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0520 0.8085 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0260 0.9149 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1479663 2 0.0405 0.8836 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 5 0.2404 0.6782 0.036 0.000 0.080 0.000 0.884 0.000
#> SRR663368 1 0.2623 0.7817 0.852 0.000 0.016 0.000 0.132 0.000
#> SRR1354225 2 0.0260 0.8836 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.2814 0.7870 0.000 0.820 0.172 0.000 0.008 0.000
#> SRR1338901 2 0.3619 0.7090 0.000 0.744 0.232 0.000 0.024 0.000
#> SRR598645 5 0.3050 0.5438 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR656528 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.3078 0.7769 0.000 0.796 0.012 0.000 0.192 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.2969 0.7626 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 5 0.3712 0.6951 0.180 0.000 0.052 0.000 0.768 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.1334 0.7984 0.000 0.032 0.948 0.000 0.020 0.000
#> SRR1404384 1 0.2178 0.8088 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR655495 3 0.6044 0.3110 0.008 0.000 0.472 0.208 0.312 0.000
#> SRR812270 5 0.3020 0.5001 0.000 0.156 0.012 0.008 0.824 0.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0146 0.8829 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.6513 0.0370 0.500 0.052 0.252 0.000 0.196 0.000
#> SRR1415274 5 0.0405 0.6454 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1491275 1 0.1141 0.8835 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 5 0.3454 0.5860 0.024 0.000 0.208 0.000 0.768 0.000
#> SRR1393428 1 0.3807 0.6266 0.756 0.192 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 6 0.3838 0.1833 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR607679 2 0.0146 0.8833 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.4206 0.4319 0.620 0.024 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0260 0.8823 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 5 0.3744 0.6928 0.184 0.000 0.052 0.000 0.764 0.000
#> SRR656191 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0692 0.9050 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.4717 0.6320 0.012 0.120 0.708 0.000 0.160 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.4550 0.2261 0.420 0.544 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.1572 0.8082 0.000 0.028 0.936 0.000 0.036 0.000
#> SRR1476903 1 0.3578 0.6984 0.784 0.000 0.052 0.000 0.164 0.000
#> SRR1406502 2 0.1261 0.8712 0.024 0.952 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR607502 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 3 0.5240 0.4505 0.136 0.276 0.588 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314071 5 0.3220 0.5881 0.000 0.000 0.056 0.004 0.832 0.108
#> SRR1374778 1 0.5198 0.1618 0.524 0.096 0.380 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089926 3 0.1765 0.7608 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.1204 0.7881 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487465 5 0.0405 0.6454 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR2166006 1 0.4787 0.3330 0.596 0.000 0.336 0.000 0.068 0.000
#> SRR1341034 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.5132 0.1978 0.412 0.512 0.004 0.000 0.072 0.000
#> SRR1433311 3 0.3864 0.1152 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR656373 5 0.3394 0.6987 0.144 0.000 0.052 0.000 0.804 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0790 0.8027 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.2416 0.7639 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.1116 0.8051 0.028 0.008 0.960 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327349 2 0.0603 0.8804 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1476348 2 0.1970 0.8541 0.028 0.912 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.3860 0.0988 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR601549 1 0.4179 0.6913 0.760 0.000 0.144 0.000 0.084 0.012
#> SRR658573 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1393470 2 0.4440 0.6864 0.140 0.752 0.032 0.000 0.076 0.000
#> SRR1381247 3 0.0363 0.8080 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1322790 3 0.1572 0.7943 0.036 0.028 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 1 0.4284 0.3418 0.596 0.384 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1370151 2 0.4544 0.7272 0.004 0.724 0.152 0.004 0.116 0.000
#> SRR809043 5 0.4332 0.5273 0.000 0.000 0.228 0.000 0.700 0.072
#> SRR659578 1 0.2318 0.8334 0.892 0.000 0.044 0.000 0.064 0.000
#> SRR1339413 2 0.4486 0.0599 0.464 0.512 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0260 0.9148 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1073267 3 0.3215 0.6830 0.000 0.000 0.756 0.004 0.240 0.000
#> SRR1418688 3 0.1010 0.8033 0.000 0.036 0.960 0.000 0.004 0.000
#> SRR602338 1 0.1957 0.8304 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1323936 5 0.2095 0.5876 0.000 0.016 0.004 0.076 0.904 0.000
#> SRR1313789 2 0.0260 0.8827 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 6 0.1807 0.7736 0.000 0.000 0.020 0.000 0.060 0.920
#> SRR601962 5 0.4508 0.5763 0.316 0.000 0.052 0.000 0.632 0.000
#> SRR663795 5 0.0937 0.6257 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3578 0.7894 0.000 0.812 0.008 0.000 0.092 0.088
#> SRR661794 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0363 0.8086 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1501097 2 0.0713 0.8769 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0692 0.8083 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333550 1 0.0260 0.9153 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.1398 0.8779 0.940 0.008 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR598100 5 0.3712 0.6951 0.180 0.000 0.052 0.000 0.768 0.000
#> SRR1475281 2 0.3840 0.6343 0.020 0.696 0.284 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469477 3 0.2234 0.7603 0.004 0.000 0.872 0.000 0.124 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR816892 2 0.3107 0.8210 0.072 0.844 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR1447325 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.3592 0.3043 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR658021 1 0.0146 0.9171 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356308 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443695 1 0.0146 0.9171 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083031 1 0.3858 0.7061 0.780 0.132 0.084 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466177 2 0.0937 0.8727 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0291 0.8836 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR607705 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR598364 5 0.1204 0.6539 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR603036 1 0.3578 0.6984 0.784 0.000 0.052 0.000 0.164 0.000
#> SRR604342 5 0.3634 0.2995 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1365850 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0405 0.8836 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.4080 0.7124 0.000 0.724 0.036 0.008 0.232 0.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.1765 0.7608 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.1584 0.7834 0.064 0.008 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0260 0.9151 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 5 0.2653 0.5829 0.028 0.080 0.008 0.004 0.880 0.000
#> SRR1399457 3 0.4824 0.2284 0.420 0.056 0.524 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.3213 0.8031 0.004 0.832 0.036 0.004 0.124 0.000
#> SRR1396270 3 0.2730 0.7041 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR613402 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR614912 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1478410 2 0.2355 0.8287 0.000 0.876 0.008 0.004 0.112 0.000
#> SRR613975 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441631 1 0.3717 0.4069 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.3315 0.7461 0.156 0.804 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.2454 0.7385 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1392007 2 0.3840 0.7234 0.000 0.740 0.008 0.024 0.228 0.000
#> SRR2166524 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1445765 1 0.3453 0.7104 0.792 0.000 0.044 0.000 0.164 0.000
#> SRR819867 2 0.0291 0.8836 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR597952 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.2743 0.7064 0.000 0.164 0.828 0.000 0.008 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.3918 0.6945 0.768 0.000 0.124 0.000 0.108 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0405 0.8836 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR615886 1 0.1391 0.8806 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040 0.000
#> SRR1397649 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.1951 0.8388 0.076 0.908 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317218 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.5249 0.5658 0.000 0.600 0.156 0.000 0.244 0.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655076 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0363 0.8816 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 6 0.3937 0.2562 0.424 0.000 0.004 0.000 0.000 0.572
#> SRR599412 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166308 3 0.2048 0.7378 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.3578 0.6984 0.784 0.000 0.052 0.000 0.164 0.000
#> SRR602978 2 0.2402 0.8137 0.000 0.856 0.004 0.000 0.000 0.140
#> SRR1323850 2 0.2613 0.8114 0.012 0.848 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.1814 0.7785 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0632 0.8084 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR659259 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.3023 0.7244 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092567 3 0.3652 0.5970 0.000 0.000 0.672 0.004 0.324 0.000
#> SRR1472598 2 0.3695 0.4710 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069279 3 0.5182 0.3411 0.104 0.340 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351624 3 0.3765 0.2422 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342938 3 0.0653 0.8094 0.012 0.004 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR599346 1 0.5088 0.4895 0.648 0.000 0.000 0.004 0.168 0.180
#> SRR1359045 5 0.0665 0.6450 0.004 0.000 0.008 0.008 0.980 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 5 0.3765 0.5189 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1455104 1 0.0547 0.9067 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR598565 5 0.3712 0.6951 0.180 0.000 0.052 0.000 0.768 0.000
#> SRR1315188 5 0.3907 0.0769 0.000 0.000 0.408 0.004 0.588 0.000
#> SRR1409875 2 0.2706 0.8394 0.028 0.880 0.024 0.000 0.068 0.000
#> SRR1348270 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR602389 5 0.4110 0.6567 0.236 0.000 0.052 0.000 0.712 0.000
#> SRR1451857 2 0.0260 0.8823 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.1765 0.8263 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095937 1 0.1644 0.8620 0.920 0.000 0.004 0.000 0.000 0.076
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.1501 0.7914 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2164562 1 0.3557 0.7284 0.800 0.000 0.056 0.000 0.140 0.004
#> SRR665490 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.3384 0.7413 0.000 0.760 0.008 0.004 0.228 0.000
#> SRR1458506 5 0.3747 0.5269 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR808886 3 0.1471 0.7868 0.004 0.064 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 5 0.3684 0.5550 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0713 0.8770 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.5158 0.4560 0.000 0.084 0.556 0.004 0.356 0.000
#> SRR1323914 2 0.0937 0.8727 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.1663 0.8489 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.1524 0.8694 0.932 0.000 0.008 0.000 0.060 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.1398 0.8033 0.008 0.000 0.940 0.000 0.052 0.000
#> SRR608064 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608512 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167551 1 0.1204 0.8810 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.2135 0.7238 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0937 0.8066 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR660438 1 0.3645 0.7031 0.784 0.000 0.064 0.000 0.152 0.000
#> SRR1310758 1 0.1814 0.8382 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR601525 2 0.3925 0.6917 0.000 0.744 0.056 0.000 0.200 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.4110 0.5768 0.712 0.000 0.052 0.000 0.236 0.000
#> SRR1322494 2 0.0405 0.8836 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1377949 3 0.1633 0.8028 0.024 0.000 0.932 0.000 0.044 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0363 0.8820 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.2300 0.8396 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1380163 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0790 0.8755 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.2711 0.8009 0.116 0.860 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0260 0.9150 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 5 0.1863 0.5687 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1329068 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480565 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1337137 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 6 0.0790 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1440625 3 0.1204 0.8007 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 6 0.3737 0.3172 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1473443 2 0.5367 0.6196 0.152 0.680 0.100 0.000 0.068 0.000
#> SRR1498438 3 0.1714 0.7818 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.1789 0.8029 0.032 0.000 0.924 0.000 0.044 0.000
#> SRR604148 5 0.4158 0.6496 0.244 0.000 0.052 0.000 0.704 0.000
#> SRR1334939 1 0.2744 0.7828 0.840 0.016 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.3692 0.7209 0.000 0.736 0.012 0.008 0.244 0.000
#> SRR1339366 2 0.3076 0.6455 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.2357 0.7336 0.116 0.000 0.872 0.000 0.012 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0972 0.8736 0.028 0.964 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR614023 1 0.2772 0.7506 0.816 0.000 0.004 0.000 0.000 0.180
#> SRR1316174 5 0.0405 0.6454 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR603268 2 0.3412 0.7709 0.000 0.808 0.064 0.000 0.128 0.000
#> SRR1486044 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441483 2 0.0146 0.8830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.2309 0.8249 0.888 0.084 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR665646 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404931 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479085 1 0.3506 0.7104 0.792 0.000 0.052 0.000 0.156 0.000
#> SRR1322711 2 0.0520 0.8833 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.2826 0.8318 0.000 0.028 0.000 0.844 0.128 0.000
#> SRR1332713 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 5 0.3728 0.5780 0.344 0.000 0.004 0.000 0.652 0.000
#> SRR1414356 5 0.2775 0.6730 0.040 0.000 0.104 0.000 0.856 0.000
#> SRR599122 3 0.0458 0.8086 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1344100 2 0.2308 0.8359 0.000 0.880 0.008 0.004 0.108 0.000
#> SRR613018 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.1075 0.8694 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 5 0.3712 0.6951 0.180 0.000 0.052 0.000 0.768 0.000
#> SRR1319283 1 0.4960 0.1007 0.516 0.000 0.056 0.004 0.424 0.000
#> SRR1349518 2 0.1856 0.8563 0.032 0.920 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.3612 0.6929 0.780 0.000 0.052 0.000 0.168 0.000
#> SRR1455436 2 0.5132 0.5935 0.036 0.640 0.056 0.000 0.268 0.000
#> SRR658009 1 0.0458 0.9100 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1331383 4 0.0146 0.9681 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1394894 3 0.4955 0.5496 0.000 0.088 0.624 0.004 0.284 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.9713 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660212 1 0.1327 0.8609 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.3660 0.7745 0.000 0.780 0.060 0.000 0.160 0.000
#> SRR663149 1 0.4515 0.6118 0.716 0.004 0.120 0.000 0.160 0.000
#> SRR1413032 3 0.2048 0.7647 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.4531 0.0613 0.464 0.504 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.1219 0.7990 0.000 0.048 0.948 0.000 0.004 0.000
#> SRR657101 6 0.0000 0.8580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350588 3 0.1327 0.7968 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.329 0.760 0.832 0.4612 0.518 0.518
#> 3 3 0.615 0.544 0.791 0.3682 0.698 0.487
#> 4 4 0.711 0.764 0.865 0.1410 0.792 0.501
#> 5 5 0.682 0.725 0.855 0.0778 0.909 0.679
#> 6 6 0.752 0.640 0.816 0.0439 0.959 0.814
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1499543 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1443419 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.8386 0.4747 0.732 0.268
#> SRR661409 1 0.7453 0.5477 0.788 0.212
#> SRR1409721 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1392030 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1453787 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR654969 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1435113 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR601359 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR663392 2 0.0376 0.8264 0.004 0.996
#> SRR1374716 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR601157 1 0.9580 0.6719 0.620 0.380
#> SRR615347 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1329464 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1357344 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1365356 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR598068 2 0.7602 0.6852 0.220 0.780
#> SRR810343 1 0.7056 0.8730 0.808 0.192
#> SRR1431991 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1312024 2 0.5059 0.7728 0.112 0.888
#> SRR1499699 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1397861 1 0.7139 0.8688 0.804 0.196
#> SRR1479663 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR603726 1 0.9732 0.5584 0.596 0.404
#> SRR663368 1 0.7950 0.6233 0.760 0.240
#> SRR1354225 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.2043 0.8162 0.032 0.968
#> SRR1338901 2 0.1633 0.8196 0.024 0.976
#> SRR598645 2 0.9732 0.6390 0.404 0.596
#> SRR656528 1 0.7453 0.5477 0.788 0.212
#> SRR809503 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR659923 2 0.5059 0.7702 0.112 0.888
#> SRR1498226 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1319858 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1350566 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR614743 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1406307 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1348318 1 0.8016 0.8319 0.756 0.244
#> SRR1343433 1 0.8267 0.6366 0.740 0.260
#> SRR1342088 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1404384 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR655495 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR812270 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR821176 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR814919 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1415274 1 0.9732 0.1719 0.596 0.404
#> SRR1491275 2 0.7528 0.6908 0.216 0.784
#> SRR659851 1 0.9358 0.7206 0.648 0.352
#> SRR1337364 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1414471 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1471862 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1456208 2 0.6247 0.7436 0.156 0.844
#> SRR1393428 2 0.1414 0.8216 0.020 0.980
#> SRR1327632 1 0.8016 0.8344 0.756 0.244
#> SRR608120 1 0.7376 0.5525 0.792 0.208
#> SRR607679 2 0.6887 0.7275 0.184 0.816
#> SRR1359529 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1330305 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR656191 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR658117 1 0.7602 0.5390 0.780 0.220
#> SRR1090770 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR657420 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1398686 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR821207 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1074694 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1413851 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1095792 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1476903 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1406502 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR607502 1 0.9710 0.1674 0.600 0.400
#> SRR602951 2 0.7674 0.7047 0.224 0.776
#> SRR1402922 2 0.7056 0.7159 0.192 0.808
#> SRR1314071 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1374778 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1089926 2 0.7453 0.6961 0.212 0.788
#> SRR1437056 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1366772 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1487465 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR2166006 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1341034 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1460235 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1368917 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1457197 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1433311 2 0.7219 0.7088 0.200 0.800
#> SRR656373 1 0.7453 0.5477 0.788 0.212
#> SRR1454265 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1454498 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR661711 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR661493 1 0.7453 0.5477 0.788 0.212
#> SRR1356120 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1381414 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1350263 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1327349 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR656035 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR2165896 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR601549 2 0.8207 0.7287 0.256 0.744
#> SRR658573 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.1414 0.8215 0.020 0.980
#> SRR1381247 2 0.7528 0.6908 0.216 0.784
#> SRR1322790 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1404044 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1487728 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1419593 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1434689 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1377967 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1370151 2 0.0672 0.8258 0.008 0.992
#> SRR809043 2 0.7219 0.7249 0.200 0.800
#> SRR659578 1 0.9775 0.4982 0.588 0.412
#> SRR1339413 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR660079 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1465153 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1340924 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1073267 2 0.5059 0.7728 0.112 0.888
#> SRR1418688 2 0.6887 0.7221 0.184 0.816
#> SRR602338 1 0.7299 0.5649 0.796 0.204
#> SRR1323936 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1313789 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR614275 2 0.8909 0.6779 0.308 0.692
#> SRR601962 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR663795 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1418650 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.6887 0.7275 0.184 0.816
#> SRR661794 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1339508 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1501097 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1333550 2 0.4161 0.7896 0.084 0.916
#> SRR821148 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR808658 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR598100 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1475281 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1469477 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1468184 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1447325 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1415980 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR658021 1 0.9998 0.2231 0.508 0.492
#> SRR1356308 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1083031 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1466177 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR607705 2 0.9460 0.5313 0.364 0.636
#> SRR598364 1 0.7950 0.7122 0.760 0.240
#> SRR603036 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR604342 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1365850 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1335940 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1436515 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1367612 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1446606 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1350936 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1351257 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1316793 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1090815 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR657845 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1408633 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1398971 1 0.9754 0.1594 0.592 0.408
#> SRR1399457 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1073341 2 0.8763 0.5450 0.296 0.704
#> SRR810805 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1309657 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR820186 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1388913 2 0.6801 0.7301 0.180 0.820
#> SRR1396270 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR613402 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1088044 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1082909 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1392007 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR2166524 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR819867 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.9358 0.7184 0.648 0.352
#> SRR1085687 2 0.0376 0.8264 0.004 0.996
#> SRR597952 2 0.3114 0.8047 0.056 0.944
#> SRR1376497 2 0.5737 0.7572 0.136 0.864
#> SRR813848 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1379471 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1070960 1 0.7219 0.5917 0.800 0.200
#> SRR615285 2 0.9000 0.6887 0.316 0.684
#> SRR1325353 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1470682 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1397649 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1336113 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1396570 2 0.7056 0.7158 0.192 0.808
#> SRR1327366 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1469791 2 0.0376 0.8264 0.004 0.996
#> SRR1388046 2 0.9977 -0.0912 0.472 0.528
#> SRR655076 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1464353 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.7219 0.5617 0.800 0.200
#> SRR599412 1 0.7453 0.5477 0.788 0.212
#> SRR2166308 2 0.7602 0.6852 0.220 0.780
#> SRR655696 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR602978 2 0.6887 0.7275 0.184 0.816
#> SRR1323850 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1365512 2 0.7219 0.7088 0.200 0.800
#> SRR663380 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1410469 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR659259 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1421223 2 0.1184 0.8229 0.016 0.984
#> SRR1092567 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1472598 2 0.4939 0.7754 0.108 0.892
#> SRR1069279 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1351624 2 0.7056 0.7159 0.192 0.808
#> SRR1342938 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR599346 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1359045 2 0.9552 0.4943 0.376 0.624
#> SRR601843 1 0.8144 0.8256 0.748 0.252
#> SRR1318898 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1455104 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR598565 1 0.8909 0.7705 0.692 0.308
#> SRR1315188 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1348270 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1451857 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR615491 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1095937 1 0.6712 0.5865 0.824 0.176
#> SRR1473295 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1457972 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR2164562 2 0.8267 0.6201 0.260 0.740
#> SRR665490 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1434182 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1458506 1 0.8081 0.8283 0.752 0.248
#> SRR808886 2 0.8763 0.7040 0.296 0.704
#> SRR1329442 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1457925 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1434910 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.6887 0.7277 0.184 0.816
#> SRR1323914 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.7528 0.8556 0.784 0.216
#> SRR1309578 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1076753 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1327410 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR608064 1 0.7453 0.5477 0.788 0.212
#> SRR608512 1 0.7299 0.5572 0.796 0.204
#> SRR2167551 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1394872 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1345669 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1367588 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1387724 2 0.7453 0.6961 0.212 0.788
#> SRR660438 2 0.7950 0.6547 0.240 0.760
#> SRR1310758 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR601525 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR818749 1 0.8327 0.8131 0.736 0.264
#> SRR604294 1 0.9248 0.7375 0.660 0.340
#> SRR1322494 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1317001 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1311897 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1308715 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1380163 2 0.0376 0.8264 0.004 0.996
#> SRR1480611 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR603834 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1341256 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR659744 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1479549 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR613258 2 0.2423 0.8042 0.040 0.960
#> SRR1088808 1 0.9732 0.1719 0.596 0.404
#> SRR1329068 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR603942 1 0.9635 0.2158 0.612 0.388
#> SRR1440625 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1391700 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR657360 1 0.7453 0.5477 0.788 0.212
#> SRR1473443 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1498438 2 0.7376 0.7012 0.208 0.792
#> SRR1394655 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1322437 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR660236 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1466338 2 0.4022 0.7922 0.080 0.920
#> SRR604148 1 0.7376 0.6856 0.792 0.208
#> SRR1334939 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1349497 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1360523 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1446114 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1339366 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR656469 2 0.7602 0.6852 0.220 0.780
#> SRR1389868 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1390265 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1469102 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1440584 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1459697 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR613711 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.7219 0.5617 0.800 0.200
#> SRR1316174 1 0.9833 0.1063 0.576 0.424
#> SRR603268 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1486044 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1441483 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1074189 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR665646 1 0.7376 0.5525 0.792 0.208
#> SRR1404931 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1431552 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1479085 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1322711 2 0.1184 0.8211 0.016 0.984
#> SRR1404988 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1419848 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1332713 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1070863 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR659947 2 0.9775 -0.2286 0.412 0.588
#> SRR1414356 1 0.9552 0.5824 0.624 0.376
#> SRR599122 2 0.9977 0.5433 0.472 0.528
#> SRR1344100 2 0.6623 0.7351 0.172 0.828
#> SRR613018 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1456591 1 0.7453 0.5557 0.788 0.212
#> SRR1368710 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.8661 0.7898 0.712 0.288
#> SRR1319283 2 0.7299 0.7056 0.204 0.796
#> SRR1349518 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR1471267 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR655277 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1455436 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR658009 1 0.7139 0.5735 0.804 0.196
#> SRR1331383 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR1394894 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR659133 2 0.6973 0.7251 0.188 0.812
#> SRR660212 2 0.0376 0.8271 0.004 0.996
#> SRR657821 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1379279 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1413032 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR1377557 1 0.6973 0.8758 0.812 0.188
#> SRR1335296 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.7299 0.7053 0.204 0.796
#> SRR657101 1 0.8713 0.4324 0.708 0.292
#> SRR1350588 2 0.7453 0.6961 0.212 0.788
#> SRR1368486 1 0.7139 0.8682 0.804 0.196
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1499543 1 0.7114 0.72895 0.584 0.028 0.388
#> SRR1443419 2 0.5882 0.64980 0.348 0.652 0.000
#> SRR657372 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR661409 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1409721 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1392030 1 0.7001 0.73205 0.588 0.024 0.388
#> SRR1453787 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR654969 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1435113 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR601359 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR663392 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR601157 3 0.8382 -0.58826 0.424 0.084 0.492
#> SRR615347 2 0.1753 0.69805 0.048 0.952 0.000
#> SRR1329464 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1357344 1 0.6252 -0.59683 0.556 0.444 0.000
#> SRR1365356 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR598068 1 0.6140 -0.53707 0.596 0.404 0.000
#> SRR810343 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1431991 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1312024 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1499699 1 0.8936 0.63439 0.484 0.128 0.388
#> SRR1397861 1 0.9544 0.56216 0.420 0.192 0.388
#> SRR1479663 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR603726 1 0.6142 -0.34841 0.748 0.040 0.212
#> SRR663368 3 0.7793 -0.57272 0.424 0.052 0.524
#> SRR1354225 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1338901 2 0.6180 0.64079 0.416 0.584 0.000
#> SRR598645 1 0.6949 -0.30709 0.732 0.112 0.156
#> SRR656528 3 0.5560 0.43098 0.300 0.000 0.700
#> SRR809503 1 0.7784 0.70616 0.556 0.056 0.388
#> SRR659923 2 0.1529 0.68879 0.000 0.960 0.040
#> SRR1498226 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1319858 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1350566 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR614743 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1406307 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1348318 1 0.6769 0.73594 0.592 0.016 0.392
#> SRR1343433 3 0.8055 -0.38644 0.292 0.096 0.612
#> SRR1342088 2 0.6505 0.61449 0.468 0.528 0.004
#> SRR1404384 2 0.6305 0.60373 0.484 0.516 0.000
#> SRR655495 3 0.7610 0.67842 0.388 0.048 0.564
#> SRR812270 3 0.6753 0.71707 0.388 0.016 0.596
#> SRR821176 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1415274 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1491275 1 0.6307 -0.65535 0.512 0.488 0.000
#> SRR659851 1 0.8191 0.68326 0.528 0.076 0.396
#> SRR1337364 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1414471 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1471862 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1456208 1 0.8525 -0.45899 0.600 0.148 0.252
#> SRR1393428 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1327632 1 0.8730 0.64548 0.500 0.112 0.388
#> SRR608120 3 0.3941 0.00785 0.156 0.000 0.844
#> SRR607679 2 0.5058 0.44245 0.000 0.756 0.244
#> SRR1359529 2 0.6280 0.62448 0.460 0.540 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR656191 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR658117 3 0.6280 0.48073 0.460 0.000 0.540
#> SRR1090770 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR657420 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1398686 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR821207 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1074694 2 0.6274 0.62712 0.456 0.544 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.6753 0.73664 0.596 0.016 0.388
#> SRR1095792 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR1476903 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1406502 2 0.1411 0.70038 0.036 0.964 0.000
#> SRR607502 1 0.6295 -0.65292 0.528 0.000 0.472
#> SRR602951 3 0.6180 0.72545 0.416 0.000 0.584
#> SRR1402922 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1314071 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1374778 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1089926 2 0.6307 0.59894 0.488 0.512 0.000
#> SRR1437056 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR2166006 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1341034 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1460235 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1368917 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1457197 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1433311 1 0.6521 -0.66694 0.500 0.496 0.004
#> SRR656373 3 0.6126 0.72976 0.400 0.000 0.600
#> SRR1454265 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1454498 2 0.6280 0.62448 0.460 0.540 0.000
#> SRR661711 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR661493 3 0.2448 0.23916 0.076 0.000 0.924
#> SRR1356120 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1381414 2 0.1411 0.70038 0.036 0.964 0.000
#> SRR1350263 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR1327349 2 0.6111 0.63661 0.396 0.604 0.000
#> SRR1476348 2 0.6617 0.62429 0.436 0.556 0.008
#> SRR656035 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR2165896 2 0.6299 0.61159 0.476 0.524 0.000
#> SRR601549 1 0.9594 -0.51934 0.436 0.360 0.204
#> SRR658573 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.7013 0.61337 0.432 0.548 0.020
#> SRR1381247 1 0.6192 -0.56314 0.580 0.420 0.000
#> SRR1322790 2 0.6286 0.62149 0.464 0.536 0.000
#> SRR1404044 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1487728 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1419593 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1434689 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1377967 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR809043 3 0.6204 0.71999 0.424 0.000 0.576
#> SRR659578 2 0.9302 0.43670 0.236 0.524 0.240
#> SRR1339413 2 0.6079 0.61917 0.388 0.612 0.000
#> SRR1434760 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR660079 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1465153 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1340924 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1073267 2 0.6664 0.61423 0.464 0.528 0.008
#> SRR1418688 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR602338 3 0.4842 -0.14976 0.224 0.000 0.776
#> SRR1323936 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1313789 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 1 0.6703 -0.44904 0.692 0.040 0.268
#> SRR601962 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR663795 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1418650 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.6168 0.48634 0.036 0.740 0.224
#> SRR661794 1 0.7424 0.71916 0.572 0.040 0.388
#> SRR1339508 2 0.6299 0.61168 0.476 0.524 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 2 0.6307 0.59894 0.488 0.512 0.000
#> SRR1333550 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR821148 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR808658 2 0.6280 0.62448 0.460 0.540 0.000
#> SRR598100 1 0.7114 0.72911 0.584 0.028 0.388
#> SRR1475281 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1469477 1 0.6299 -0.64147 0.524 0.476 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 1 0.9460 -0.57256 0.424 0.180 0.396
#> SRR1447325 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1415980 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR658021 1 0.5486 -0.05266 0.780 0.196 0.024
#> SRR1356308 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1083031 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1466177 2 0.4002 0.68107 0.160 0.840 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 1 0.7591 -0.59989 0.544 0.044 0.412
#> SRR598364 1 0.7378 0.53397 0.560 0.036 0.404
#> SRR603036 1 0.6467 0.74168 0.604 0.008 0.388
#> SRR604342 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1365850 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1335940 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1436515 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1367612 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1446606 3 0.6753 0.71707 0.388 0.016 0.596
#> SRR1350936 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1351257 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR1316793 2 0.6299 0.61168 0.476 0.524 0.000
#> SRR1090815 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR657845 1 0.8887 0.63859 0.488 0.124 0.388
#> SRR1408633 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1398971 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1399457 2 0.6280 0.62448 0.460 0.540 0.000
#> SRR1073341 1 0.5016 -0.23125 0.760 0.240 0.000
#> SRR810805 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1309657 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR820186 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1388913 3 0.9599 0.37815 0.388 0.200 0.412
#> SRR1396270 1 0.6302 -0.64614 0.520 0.480 0.000
#> SRR613402 2 0.0424 0.70268 0.008 0.992 0.000
#> SRR614912 2 0.0424 0.70273 0.008 0.992 0.000
#> SRR1478410 2 0.6824 0.61454 0.408 0.576 0.016
#> SRR613975 2 0.0237 0.70276 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441631 2 0.6307 0.59894 0.488 0.512 0.000
#> SRR1088044 2 0.2448 0.69764 0.076 0.924 0.000
#> SRR1082909 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1392007 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR2166524 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR819867 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.6111 0.73946 0.604 0.000 0.396
#> SRR1085687 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1376497 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR813848 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1379471 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1070960 3 0.7551 -0.48749 0.372 0.048 0.580
#> SRR615285 1 0.7755 -0.62996 0.492 0.460 0.048
#> SRR1325353 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1470682 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.7424 0.71922 0.572 0.040 0.388
#> SRR1397649 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1336113 2 0.2356 0.69995 0.072 0.928 0.000
#> SRR1396570 2 0.5882 0.65460 0.348 0.652 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1469791 3 0.8983 0.49503 0.428 0.128 0.444
#> SRR1388046 1 0.6372 0.10018 0.764 0.152 0.084
#> SRR655076 3 0.7712 0.67324 0.392 0.052 0.556
#> SRR1464353 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 3 0.3941 0.00785 0.156 0.000 0.844
#> SRR599412 3 0.4504 -0.08625 0.196 0.000 0.804
#> SRR2166308 2 0.6309 0.58303 0.500 0.500 0.000
#> SRR655696 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR602978 2 0.4555 0.50727 0.000 0.800 0.200
#> SRR1323850 2 0.1964 0.69748 0.056 0.944 0.000
#> SRR1365512 2 0.6516 0.60291 0.480 0.516 0.004
#> SRR663380 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1410469 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR659259 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1421223 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1092567 3 0.9454 0.43504 0.388 0.180 0.432
#> SRR1472598 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1069279 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1351624 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1342938 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR599346 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1359045 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR601843 1 0.9030 0.62550 0.476 0.136 0.388
#> SRR1318898 1 0.7222 0.72601 0.580 0.032 0.388
#> SRR1455104 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR598565 1 0.7480 0.64292 0.508 0.036 0.456
#> SRR1315188 1 0.9797 -0.48058 0.424 0.324 0.252
#> SRR1409875 2 0.8382 0.52596 0.424 0.492 0.084
#> SRR1348270 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.8169 0.68690 0.536 0.076 0.388
#> SRR1451857 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.1031 0.70163 0.024 0.976 0.000
#> SRR1349144 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR615491 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1095937 3 0.6566 -0.38544 0.376 0.012 0.612
#> SRR1473295 1 0.5926 0.71944 0.644 0.000 0.356
#> SRR1457972 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR2164562 1 0.4605 -0.14204 0.796 0.204 0.000
#> SRR665490 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1434182 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1458506 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR808886 2 0.7819 0.56409 0.440 0.508 0.052
#> SRR1329442 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1457925 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1434910 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.8887 0.55312 0.388 0.124 0.488
#> SRR1323914 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.8499 0.66751 0.516 0.096 0.388
#> SRR1309578 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1076753 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1327410 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR608064 3 0.2796 0.21330 0.092 0.000 0.908
#> SRR608512 3 0.4974 -0.17593 0.236 0.000 0.764
#> SRR2167551 2 0.6274 0.62712 0.456 0.544 0.000
#> SRR1394872 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1345669 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1367588 2 0.6305 0.60373 0.484 0.516 0.000
#> SRR1387724 2 0.6308 0.59428 0.492 0.508 0.000
#> SRR660438 1 0.5948 -0.46257 0.640 0.360 0.000
#> SRR1310758 2 0.6274 0.62712 0.456 0.544 0.000
#> SRR601525 1 0.9460 -0.56561 0.424 0.396 0.180
#> SRR818749 1 0.6881 0.73439 0.592 0.020 0.388
#> SRR604294 1 0.8460 0.59357 0.472 0.088 0.440
#> SRR1322494 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR1317001 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1311897 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1308715 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1380163 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR603834 1 0.8784 0.64737 0.496 0.116 0.388
#> SRR1341256 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.6753 0.73704 0.596 0.016 0.388
#> SRR659744 2 0.1529 0.69969 0.040 0.960 0.000
#> SRR1479549 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR613258 2 0.7392 0.57482 0.468 0.500 0.032
#> SRR1088808 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1329068 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.4702 0.67628 0.212 0.788 0.000
#> SRR1099520 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR603942 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1440625 2 0.6295 0.61517 0.472 0.528 0.000
#> SRR1391700 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR657360 3 0.3879 0.03552 0.152 0.000 0.848
#> SRR1473443 2 0.6274 0.62712 0.456 0.544 0.000
#> SRR1498438 2 0.6302 0.60788 0.480 0.520 0.000
#> SRR1394655 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1322437 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR660236 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1466338 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR604148 3 0.8393 -0.55035 0.396 0.088 0.516
#> SRR1334939 2 0.6274 0.62712 0.456 0.544 0.000
#> SRR1349497 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1360523 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1446114 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1339366 2 0.1411 0.70038 0.036 0.964 0.000
#> SRR656469 1 0.6252 -0.59691 0.556 0.444 0.000
#> SRR1389868 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1390265 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1469102 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1440584 2 0.1411 0.70038 0.036 0.964 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR613711 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 3 0.4796 -0.14053 0.220 0.000 0.780
#> SRR1316174 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR603268 2 0.1860 0.69710 0.052 0.948 0.000
#> SRR1486044 2 0.4178 0.52612 0.000 0.828 0.172
#> SRR1441483 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR665646 3 0.3941 0.02674 0.156 0.000 0.844
#> SRR1404931 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1431552 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1479085 1 0.6045 0.74059 0.620 0.000 0.380
#> SRR1322711 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1419848 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1332713 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1070863 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR659947 3 0.9008 0.40591 0.296 0.164 0.540
#> SRR1414356 1 0.7072 -0.14672 0.724 0.160 0.116
#> SRR599122 1 0.8263 -0.38461 0.636 0.176 0.188
#> SRR1344100 2 0.2959 0.61107 0.000 0.900 0.100
#> SRR613018 3 0.6140 0.73097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1456591 3 0.4371 0.11782 0.108 0.032 0.860
#> SRR1368710 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.6769 0.73598 0.592 0.016 0.392
#> SRR1319283 1 0.7164 -0.42393 0.640 0.316 0.044
#> SRR1349518 2 0.1411 0.70038 0.036 0.964 0.000
#> SRR1471267 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR655277 1 0.6298 0.74415 0.608 0.004 0.388
#> SRR1455436 1 0.9111 -0.61021 0.436 0.140 0.424
#> SRR658009 3 0.6608 -0.43067 0.356 0.016 0.628
#> SRR1331383 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR1394894 1 0.9866 -0.53963 0.388 0.256 0.356
#> SRR659133 3 0.6079 0.73033 0.388 0.000 0.612
#> SRR660212 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR657821 1 0.6608 0.71006 0.628 0.016 0.356
#> SRR1379279 2 0.2448 0.69764 0.076 0.924 0.000
#> SRR663149 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR1413032 1 0.6680 -0.65746 0.508 0.484 0.008
#> SRR1377557 1 0.6079 0.74631 0.612 0.000 0.388
#> SRR1335296 2 0.0000 0.70279 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.6267 0.62929 0.452 0.548 0.000
#> SRR657101 3 0.6111 0.70133 0.396 0.000 0.604
#> SRR1350588 1 0.6299 -0.64101 0.524 0.476 0.000
#> SRR1368486 1 0.8269 0.58148 0.584 0.100 0.316
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0707 0.8965 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1499543 1 0.1297 0.8936 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1443419 2 0.4406 0.5721 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR657372 4 0.2530 0.8159 0.004 0.000 0.100 0.896
#> SRR661409 4 0.2048 0.8217 0.008 0.000 0.064 0.928
#> SRR1409721 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.2909 0.8481 0.888 0.000 0.092 0.020
#> SRR1453787 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0592 0.8965 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1435113 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR601359 1 0.1820 0.8870 0.944 0.000 0.036 0.020
#> SRR663392 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR601157 1 0.5174 0.7690 0.756 0.000 0.152 0.092
#> SRR615347 2 0.4817 0.4313 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 3 0.2843 0.8244 0.088 0.020 0.892 0.000
#> SRR1365356 3 0.2872 0.8200 0.084 0.012 0.896 0.008
#> SRR598068 3 0.4769 0.6185 0.308 0.008 0.684 0.000
#> SRR810343 1 0.2335 0.8750 0.920 0.000 0.060 0.020
#> SRR1431991 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1499699 1 0.0779 0.8946 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1397861 1 0.4599 0.6359 0.736 0.016 0.248 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0524 0.8985 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR603726 4 0.7684 0.0932 0.388 0.000 0.216 0.396
#> SRR663368 1 0.5369 0.7549 0.744 0.000 0.144 0.112
#> SRR1354225 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1338901 3 0.5590 0.0942 0.020 0.456 0.524 0.000
#> SRR598645 3 0.7536 0.2393 0.284 0.000 0.488 0.228
#> SRR656528 1 0.6504 0.1433 0.476 0.000 0.072 0.452
#> SRR809503 1 0.1762 0.8772 0.944 0.004 0.048 0.004
#> SRR659923 2 0.4046 0.7840 0.000 0.828 0.048 0.124
#> SRR1498226 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0188 0.8990 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614743 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1406307 1 0.1411 0.8928 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1348318 1 0.4462 0.8071 0.804 0.000 0.132 0.064
#> SRR1343433 1 0.6341 0.6093 0.652 0.000 0.136 0.212
#> SRR1342088 3 0.3016 0.7837 0.040 0.004 0.896 0.060
#> SRR1404384 3 0.2335 0.8299 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR655495 4 0.4605 0.5527 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR812270 4 0.1940 0.8501 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR821176 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.5903 0.7458 0.052 0.076 0.752 0.120
#> SRR1415274 4 0.3485 0.8004 0.028 0.000 0.116 0.856
#> SRR1491275 3 0.2706 0.8275 0.080 0.020 0.900 0.000
#> SRR659851 1 0.3958 0.8198 0.824 0.000 0.144 0.032
#> SRR1337364 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.1411 0.8917 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1456208 4 0.7293 0.4011 0.216 0.000 0.248 0.536
#> SRR1393428 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1327632 1 0.3850 0.8174 0.840 0.000 0.116 0.044
#> SRR608120 1 0.6392 0.2776 0.528 0.000 0.068 0.404
#> SRR607679 2 0.3764 0.6873 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1359529 3 0.2282 0.8293 0.052 0.024 0.924 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.1411 0.8917 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR656191 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.6700 0.1393 0.480 0.000 0.088 0.432
#> SRR1090770 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1413851 2 0.0188 0.8890 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319924 2 0.1867 0.8514 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.2335 0.8300 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.4164 0.6538 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR607502 4 0.6178 0.6184 0.228 0.000 0.112 0.660
#> SRR602951 4 0.3626 0.8014 0.004 0.000 0.184 0.812
#> SRR1402922 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1314071 4 0.4501 0.7429 0.024 0.000 0.212 0.764
#> SRR1374778 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1089926 3 0.2413 0.8299 0.064 0.020 0.916 0.000
#> SRR1437056 3 0.2335 0.8300 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.2125 0.8528 0.004 0.000 0.076 0.920
#> SRR2166006 3 0.3711 0.8220 0.052 0.076 0.864 0.008
#> SRR1341034 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1460235 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.6139 0.2802 0.052 0.404 0.544 0.000
#> SRR1433311 3 0.5998 0.5708 0.108 0.000 0.680 0.212
#> SRR656373 4 0.4206 0.7664 0.048 0.000 0.136 0.816
#> SRR1454265 1 0.0188 0.8988 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454498 3 0.2335 0.8300 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 4 0.6419 0.0508 0.420 0.000 0.068 0.512
#> SRR1356120 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.3569 0.7387 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1350263 3 0.2365 0.8266 0.064 0.012 0.920 0.004
#> SRR1327349 2 0.5267 0.6522 0.000 0.740 0.076 0.184
#> SRR1476348 2 0.7065 0.1478 0.000 0.472 0.404 0.124
#> SRR656035 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.2256 0.8294 0.056 0.020 0.924 0.000
#> SRR601549 3 0.6877 0.5318 0.064 0.056 0.652 0.228
#> SRR658573 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.6625 0.6717 0.052 0.076 0.688 0.184
#> SRR1381247 3 0.5085 0.6220 0.292 0.004 0.688 0.016
#> SRR1322790 3 0.2174 0.8285 0.052 0.020 0.928 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0336 0.8978 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1419593 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.1510 0.8901 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR1377967 2 0.1557 0.8607 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR662510 2 0.1118 0.8737 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1370151 3 0.8072 0.5025 0.052 0.240 0.548 0.160
#> SRR809043 4 0.4436 0.7625 0.020 0.000 0.216 0.764
#> SRR659578 3 0.6546 0.2366 0.432 0.076 0.492 0.000
#> SRR1339413 2 0.3907 0.6610 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0707 0.8965 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1465153 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1340924 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.2565 0.8073 0.056 0.000 0.912 0.032
#> SRR1418688 3 0.2844 0.8274 0.052 0.048 0.900 0.000
#> SRR602338 1 0.6324 0.4241 0.584 0.000 0.076 0.340
#> SRR1323936 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1313789 2 0.1867 0.8487 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR614275 4 0.7193 0.5114 0.208 0.000 0.240 0.552
#> SRR601962 1 0.0937 0.8965 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR663795 4 0.1661 0.8594 0.004 0.000 0.052 0.944
#> SRR1418650 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.6763 0.3969 0.000 0.564 0.116 0.320
#> SRR661794 1 0.2909 0.8474 0.888 0.000 0.092 0.020
#> SRR1339508 3 0.2335 0.8300 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR1501097 2 0.1211 0.8711 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1358459 3 0.2563 0.8290 0.072 0.020 0.908 0.000
#> SRR1333550 3 0.5573 0.5907 0.052 0.272 0.676 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.2174 0.8285 0.052 0.020 0.928 0.000
#> SRR598100 1 0.4590 0.7858 0.792 0.000 0.148 0.060
#> SRR1475281 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1469477 3 0.5022 0.6691 0.220 0.000 0.736 0.044
#> SRR1468184 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.5127 0.5411 0.000 0.012 0.356 0.632
#> SRR1447325 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1415980 1 0.2413 0.8709 0.916 0.000 0.064 0.020
#> SRR658021 1 0.4677 0.5093 0.680 0.004 0.316 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0188 0.8989 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083031 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1466177 2 0.1211 0.8656 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.7438 -0.0474 0.188 0.000 0.484 0.328
#> SRR598364 1 0.5410 0.7063 0.728 0.000 0.192 0.080
#> SRR603036 1 0.0657 0.8966 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR604342 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1365850 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1335940 1 0.0592 0.8974 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1436515 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0672 0.8981 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1446606 4 0.1557 0.8589 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1350936 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.2473 0.8237 0.080 0.012 0.908 0.000
#> SRR1316793 3 0.2256 0.8294 0.056 0.020 0.924 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.1489 0.8789 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1408633 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1398971 4 0.1661 0.8436 0.004 0.000 0.052 0.944
#> SRR1399457 3 0.5417 0.6453 0.056 0.240 0.704 0.000
#> SRR1073341 1 0.5250 0.4134 0.660 0.024 0.316 0.000
#> SRR810805 1 0.0188 0.8990 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309657 1 0.1042 0.8956 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR820186 1 0.0592 0.8965 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1388913 4 0.5496 0.7023 0.000 0.160 0.108 0.732
#> SRR1396270 3 0.4907 0.7027 0.176 0.000 0.764 0.060
#> SRR613402 2 0.0817 0.8802 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR614912 2 0.0188 0.8889 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1478410 3 0.7290 0.3596 0.000 0.328 0.504 0.168
#> SRR613975 2 0.0336 0.8875 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1441631 3 0.2413 0.8296 0.064 0.020 0.916 0.000
#> SRR1088044 2 0.5119 0.2711 0.004 0.556 0.440 0.000
#> SRR1082909 1 0.1182 0.8944 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1392007 4 0.1635 0.8578 0.000 0.008 0.044 0.948
#> SRR2166524 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0592 0.8965 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.2489 0.8716 0.912 0.000 0.068 0.020
#> SRR1085687 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597952 3 0.7304 0.3220 0.052 0.368 0.528 0.052
#> SRR1376497 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR813848 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1379471 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.5962 0.6690 0.692 0.000 0.128 0.180
#> SRR615285 3 0.5390 0.7590 0.136 0.028 0.772 0.064
#> SRR1325353 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0921 0.8780 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR615886 1 0.3160 0.8423 0.872 0.000 0.108 0.020
#> SRR1397649 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0895 0.8950 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1336113 2 0.4991 0.4252 0.000 0.608 0.388 0.004
#> SRR1396570 3 0.6192 0.1774 0.052 0.436 0.512 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.5510 0.4643 0.024 0.000 0.376 0.600
#> SRR1388046 1 0.4253 0.6845 0.776 0.016 0.208 0.000
#> SRR655076 4 0.7474 0.4014 0.000 0.292 0.212 0.496
#> SRR1464353 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.6392 0.2776 0.528 0.000 0.068 0.404
#> SRR599412 1 0.6417 0.3242 0.540 0.000 0.072 0.388
#> SRR2166308 3 0.2706 0.8275 0.080 0.020 0.900 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.5394 0.6409 0.000 0.712 0.060 0.228
#> SRR1323850 2 0.4830 0.4218 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1365512 3 0.2774 0.7918 0.044 0.004 0.908 0.044
#> SRR663380 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.2335 0.8300 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR659259 4 0.2593 0.8463 0.000 0.004 0.104 0.892
#> SRR1421223 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1092567 3 0.4994 -0.1812 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1472598 3 0.4756 0.7557 0.052 0.176 0.772 0.000
#> SRR1069279 3 0.3453 0.8220 0.052 0.080 0.868 0.000
#> SRR1351624 3 0.3088 0.8271 0.052 0.060 0.888 0.000
#> SRR1342938 3 0.2256 0.8294 0.056 0.020 0.924 0.000
#> SRR599346 4 0.3626 0.8013 0.000 0.004 0.184 0.812
#> SRR1359045 4 0.2714 0.8257 0.004 0.000 0.112 0.884
#> SRR601843 1 0.3335 0.8344 0.860 0.000 0.120 0.020
#> SRR1318898 1 0.1624 0.8904 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1455104 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.5676 0.7265 0.720 0.000 0.136 0.144
#> SRR1315188 3 0.3958 0.6671 0.024 0.000 0.816 0.160
#> SRR1409875 2 0.7818 0.0194 0.000 0.388 0.356 0.256
#> SRR1348270 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3441 0.8394 0.856 0.000 0.120 0.024
#> SRR1451857 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.2589 0.8162 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1095937 1 0.6167 0.6190 0.664 0.000 0.116 0.220
#> SRR1473295 1 0.0921 0.8879 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1457972 2 0.0188 0.8891 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1475430 3 0.2413 0.8299 0.064 0.020 0.916 0.000
#> SRR2164562 3 0.5070 0.4192 0.416 0.004 0.580 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 4 0.2759 0.8283 0.000 0.052 0.044 0.904
#> SRR1458506 1 0.2489 0.8715 0.912 0.000 0.068 0.020
#> SRR808886 3 0.4549 0.7530 0.056 0.016 0.820 0.108
#> SRR1329442 1 0.1174 0.8954 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1457925 1 0.0469 0.8974 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.4804 0.5076 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1323914 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.3172 0.8485 0.872 0.004 0.112 0.012
#> SRR1309578 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0895 0.8950 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1076753 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.2282 0.8293 0.052 0.024 0.924 0.000
#> SRR608064 4 0.6366 0.0437 0.424 0.000 0.064 0.512
#> SRR608512 1 0.6362 0.3834 0.560 0.000 0.072 0.368
#> SRR2167551 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1394872 1 0.0336 0.8983 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.2256 0.8294 0.056 0.020 0.924 0.000
#> SRR1387724 3 0.3160 0.8129 0.108 0.020 0.872 0.000
#> SRR660438 3 0.4769 0.6228 0.308 0.008 0.684 0.000
#> SRR1310758 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR601525 4 0.6806 0.3295 0.000 0.112 0.344 0.544
#> SRR818749 1 0.3501 0.8335 0.848 0.000 0.132 0.020
#> SRR604294 1 0.5423 0.7491 0.740 0.000 0.144 0.116
#> SRR1322494 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.2335 0.8299 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR1317001 1 0.0336 0.8983 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1380163 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0657 0.8967 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1341256 2 0.0188 0.8891 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR613795 1 0.1118 0.8861 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR659744 2 0.4761 0.5394 0.000 0.664 0.332 0.004
#> SRR1479549 1 0.0469 0.8977 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR613258 3 0.8359 0.1385 0.388 0.032 0.392 0.188
#> SRR1088808 4 0.0895 0.8455 0.004 0.000 0.020 0.976
#> SRR1329068 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.2565 0.8433 0.000 0.912 0.032 0.056
#> SRR1099520 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.1743 0.8463 0.004 0.000 0.056 0.940
#> SRR1440625 3 0.2433 0.8222 0.060 0.008 0.920 0.012
#> SRR1391700 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.6400 0.2662 0.524 0.000 0.068 0.408
#> SRR1473443 3 0.2335 0.8300 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR1498438 3 0.2515 0.8251 0.072 0.012 0.912 0.004
#> SRR1394655 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1322437 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR660236 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1466338 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR604148 1 0.5578 0.7212 0.728 0.000 0.128 0.144
#> SRR1334939 3 0.3383 0.8239 0.052 0.076 0.872 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0188 0.8990 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446114 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1339366 2 0.3569 0.7394 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR656469 3 0.2843 0.8256 0.088 0.020 0.892 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0336 0.8876 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1364935 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1469102 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.3801 0.7107 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.6277 0.3895 0.572 0.000 0.068 0.360
#> SRR1316174 4 0.1576 0.8499 0.004 0.000 0.048 0.948
#> SRR603268 2 0.4817 0.4313 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1486044 2 0.2647 0.8002 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1441483 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 3 0.5441 0.6984 0.052 0.200 0.736 0.012
#> SRR665646 1 0.6400 0.2662 0.524 0.000 0.068 0.408
#> SRR1404931 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1431552 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1479085 1 0.1929 0.8838 0.940 0.000 0.036 0.024
#> SRR1322711 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1419848 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1332713 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1070863 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.7586 0.1394 0.436 0.000 0.200 0.364
#> SRR1414356 1 0.6275 0.5388 0.640 0.000 0.256 0.104
#> SRR599122 3 0.7001 0.4746 0.244 0.000 0.576 0.180
#> SRR1344100 2 0.1022 0.8750 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR613018 4 0.2654 0.8448 0.000 0.004 0.108 0.888
#> SRR1456591 1 0.6686 0.2832 0.520 0.000 0.092 0.388
#> SRR1368710 2 0.0000 0.8902 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.4234 0.8151 0.816 0.000 0.132 0.052
#> SRR1319283 3 0.5070 0.6726 0.192 0.000 0.748 0.060
#> SRR1349518 2 0.4250 0.6353 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.1411 0.8920 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1455436 4 0.5696 0.6489 0.052 0.004 0.264 0.680
#> SRR658009 1 0.6134 0.6212 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1331383 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1394894 3 0.4584 0.3900 0.004 0.000 0.696 0.300
#> SRR659133 4 0.1302 0.8617 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR660212 3 0.3333 0.8154 0.040 0.088 0.872 0.000
#> SRR657821 1 0.0817 0.8905 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1379279 2 0.6240 0.4839 0.000 0.604 0.320 0.076
#> SRR663149 3 0.5586 0.7052 0.052 0.192 0.736 0.020
#> SRR1413032 3 0.4149 0.7245 0.152 0.000 0.812 0.036
#> SRR1377557 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.1867 0.8482 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1407273 3 0.2928 0.8283 0.052 0.052 0.896 0.000
#> SRR657101 4 0.6494 0.3491 0.340 0.000 0.088 0.572
#> SRR1350588 3 0.3870 0.7156 0.208 0.004 0.788 0.000
#> SRR1368486 1 0.3495 0.7780 0.844 0.016 0.140 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.4974 -0.14640 0.508 0.000 0.028 0.000 0.464
#> SRR1499543 5 0.5896 0.68887 0.236 0.000 0.168 0.000 0.596
#> SRR1443419 2 0.3508 0.67918 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.5652 0.53020 0.000 0.000 0.088 0.552 0.360
#> SRR661409 4 0.4283 0.54135 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1409721 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 5 0.5373 0.75831 0.112 0.000 0.236 0.000 0.652
#> SRR1453787 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 5 0.6631 0.54661 0.324 0.000 0.236 0.000 0.440
#> SRR1435113 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601359 5 0.5464 0.76124 0.128 0.000 0.224 0.000 0.648
#> SRR663392 2 0.2377 0.79898 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601157 5 0.4201 0.74841 0.044 0.000 0.204 0.000 0.752
#> SRR615347 2 0.3424 0.70093 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0162 0.85399 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357344 3 0.0162 0.85092 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1365356 3 0.0510 0.84646 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.3346 0.73710 0.092 0.000 0.844 0.000 0.064
#> SRR810343 5 0.5348 0.76060 0.112 0.000 0.232 0.000 0.656
#> SRR1431991 1 0.2424 0.73642 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.1768 0.78872 0.924 0.000 0.072 0.000 0.004
#> SRR1397861 1 0.4114 0.36972 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.6006 -0.07742 0.520 0.000 0.124 0.000 0.356
#> SRR603726 5 0.6351 0.66654 0.044 0.000 0.232 0.112 0.612
#> SRR663368 5 0.4240 0.74002 0.036 0.000 0.228 0.000 0.736
#> SRR1354225 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338901 3 0.4302 0.06479 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.5870 0.35476 0.024 0.000 0.624 0.084 0.268
#> SRR656528 5 0.1544 0.53539 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR809503 1 0.6229 -0.08689 0.516 0.000 0.164 0.000 0.320
#> SRR659923 2 0.0290 0.91616 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.2248 0.78729 0.900 0.000 0.012 0.000 0.088
#> SRR614743 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406307 5 0.6008 0.63511 0.292 0.000 0.148 0.000 0.560
#> SRR1348318 5 0.4413 0.74263 0.044 0.000 0.232 0.000 0.724
#> SRR1343433 5 0.4707 0.76059 0.072 0.000 0.212 0.000 0.716
#> SRR1342088 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404384 3 0.0162 0.85092 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR655495 4 0.3242 0.66085 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR812270 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.3053 0.70784 0.000 0.164 0.828 0.008 0.000
#> SRR1415274 4 0.3602 0.72829 0.000 0.000 0.024 0.796 0.180
#> SRR1491275 3 0.0290 0.84943 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR659851 5 0.5164 0.75947 0.096 0.000 0.232 0.000 0.672
#> SRR1337364 1 0.4482 0.28986 0.636 0.000 0.016 0.000 0.348
#> SRR1414471 1 0.0880 0.83702 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1471862 5 0.6091 0.65687 0.268 0.000 0.172 0.000 0.560
#> SRR1456208 4 0.7515 0.08214 0.044 0.000 0.348 0.380 0.228
#> SRR1393428 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327632 5 0.5379 0.75352 0.108 0.000 0.244 0.000 0.648
#> SRR608120 5 0.2927 0.58241 0.060 0.000 0.000 0.068 0.872
#> SRR607679 2 0.1831 0.86244 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1359529 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 5 0.6120 0.67839 0.256 0.000 0.184 0.000 0.560
#> SRR656191 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 5 0.1908 0.50770 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1090770 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.1341 0.81872 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.1197 0.82435 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.3099 0.72589 0.848 0.000 0.124 0.000 0.028
#> SRR1406502 2 0.2690 0.80822 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR607502 5 0.3452 0.20393 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR602951 4 0.5019 0.51418 0.000 0.000 0.032 0.532 0.436
#> SRR1402922 3 0.0794 0.83711 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1314071 4 0.6458 0.32355 0.000 0.000 0.224 0.496 0.280
#> SRR1374778 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089926 3 0.0290 0.84977 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.1121 0.82406 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2166006 3 0.2280 0.75946 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1341034 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.4182 0.32243 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1433311 3 0.2611 0.78706 0.016 0.000 0.896 0.016 0.072
#> SRR656373 4 0.5607 0.52463 0.000 0.000 0.080 0.540 0.380
#> SRR1454265 1 0.0162 0.85399 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454498 3 0.0510 0.84527 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 5 0.3160 0.35786 0.004 0.000 0.000 0.188 0.808
#> SRR1356120 1 0.0290 0.85192 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.2516 0.82324 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.1502 0.87720 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR1476348 2 0.5942 0.45701 0.000 0.580 0.292 0.124 0.004
#> SRR656035 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601549 3 0.2669 0.76889 0.000 0.000 0.876 0.020 0.104
#> SRR658573 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.5164 0.49422 0.000 0.084 0.660 0.256 0.000
#> SRR1381247 3 0.3590 0.71798 0.092 0.000 0.828 0.000 0.080
#> SRR1322790 3 0.0290 0.84932 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 5 0.6124 0.70238 0.200 0.000 0.236 0.000 0.564
#> SRR1377967 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 3 0.4969 0.34078 0.000 0.376 0.588 0.036 0.000
#> SRR809043 4 0.6309 0.33407 0.000 0.000 0.288 0.520 0.192
#> SRR659578 3 0.4074 0.38343 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.4045 0.43095 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.3837 0.42466 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1465153 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.1410 0.81566 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1418688 3 0.1965 0.77850 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR602338 5 0.5355 0.69703 0.060 0.000 0.144 0.068 0.728
#> SRR1323936 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.6599 -0.00215 0.000 0.000 0.436 0.220 0.344
#> SRR601962 5 0.6268 0.50725 0.360 0.000 0.156 0.000 0.484
#> SRR663795 4 0.0794 0.82942 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1418650 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.5090 0.69582 0.000 0.732 0.160 0.084 0.024
#> SRR661794 5 0.5391 0.76028 0.116 0.000 0.232 0.000 0.652
#> SRR1339508 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0404 0.84874 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1333550 3 0.3774 0.54875 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598100 5 0.4441 0.74078 0.044 0.000 0.236 0.000 0.720
#> SRR1475281 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469477 3 0.2871 0.75316 0.040 0.000 0.872 0.000 0.088
#> SRR1468184 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.6610 0.41778 0.000 0.016 0.300 0.520 0.164
#> SRR1447325 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415980 5 0.5391 0.76077 0.116 0.000 0.232 0.000 0.652
#> SRR658021 3 0.4235 0.25770 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.5940 0.12595 0.572 0.000 0.144 0.000 0.284
#> SRR1083031 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.2516 0.79500 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 5 0.5534 -0.05064 0.000 0.000 0.424 0.068 0.508
#> SRR598364 5 0.4441 0.74078 0.044 0.000 0.236 0.000 0.720
#> SRR603036 1 0.3058 0.75288 0.860 0.000 0.096 0.000 0.044
#> SRR604342 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365850 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 5 0.5956 0.62407 0.296 0.000 0.140 0.000 0.564
#> SRR1436515 1 0.0162 0.85388 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367612 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 5 0.6175 0.55999 0.332 0.000 0.152 0.000 0.516
#> SRR1446606 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.1121 0.82763 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1316793 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0290 0.85194 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.3359 0.71275 0.840 0.000 0.108 0.000 0.052
#> SRR1408633 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.2230 0.79123 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1399457 3 0.3109 0.67105 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.4273 0.18734 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.4161 0.19593 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1309657 5 0.5729 0.69279 0.236 0.000 0.148 0.000 0.616
#> SRR820186 1 0.6324 -0.36163 0.432 0.000 0.156 0.000 0.412
#> SRR1388913 4 0.5972 0.41474 0.000 0.300 0.140 0.560 0.000
#> SRR1396270 3 0.2729 0.76973 0.028 0.000 0.884 0.004 0.084
#> SRR613402 2 0.0162 0.91825 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.5812 0.24584 0.000 0.528 0.372 0.100 0.000
#> SRR613975 2 0.0162 0.91825 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0510 0.84506 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.3876 0.55246 0.000 0.684 0.316 0.000 0.000
#> SRR1082909 5 0.6272 0.54098 0.348 0.000 0.160 0.000 0.492
#> SRR1392007 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.4595 0.57077 0.740 0.000 0.172 0.000 0.088
#> SRR819867 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 5 0.5874 0.72417 0.208 0.000 0.188 0.000 0.604
#> SRR1085687 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 3 0.4446 0.31358 0.000 0.400 0.592 0.000 0.008
#> SRR1376497 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 5 0.4773 0.75617 0.064 0.000 0.216 0.004 0.716
#> SRR615285 3 0.0566 0.84713 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1325353 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 5 0.5303 0.76045 0.108 0.000 0.232 0.000 0.660
#> SRR1397649 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 5 0.6342 0.52283 0.356 0.000 0.168 0.000 0.476
#> SRR1336113 2 0.3143 0.75000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1396570 3 0.4182 0.32243 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.5584 0.26689 0.000 0.000 0.392 0.532 0.076
#> SRR1388046 3 0.6869 -0.34920 0.208 0.000 0.448 0.012 0.332
#> SRR655076 2 0.6603 0.02595 0.000 0.396 0.000 0.212 0.392
#> SRR1464353 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 5 0.2927 0.58241 0.060 0.000 0.000 0.068 0.872
#> SRR599412 5 0.1544 0.53539 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR2166308 3 0.0703 0.84059 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.2777 0.74160 0.864 0.000 0.120 0.000 0.016
#> SRR602978 2 0.3002 0.83084 0.000 0.872 0.004 0.076 0.048
#> SRR1323850 2 0.3143 0.75076 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0510 0.84500 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR663380 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659259 4 0.3966 0.64938 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1421223 3 0.0290 0.84949 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1092567 3 0.4305 -0.02096 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1472598 3 0.2966 0.69062 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1069279 3 0.0162 0.85088 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1351624 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599346 4 0.6465 0.28774 0.000 0.000 0.208 0.484 0.308
#> SRR1359045 4 0.1410 0.81785 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR601843 5 0.5348 0.76060 0.112 0.000 0.232 0.000 0.656
#> SRR1318898 5 0.5526 0.72197 0.200 0.000 0.152 0.000 0.648
#> SRR1455104 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 5 0.4384 0.74391 0.044 0.000 0.228 0.000 0.728
#> SRR1315188 3 0.2625 0.76289 0.000 0.000 0.876 0.108 0.016
#> SRR1409875 2 0.6453 0.43502 0.000 0.556 0.268 0.160 0.016
#> SRR1348270 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 5 0.5303 0.76045 0.108 0.000 0.232 0.000 0.660
#> SRR1451857 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.1341 0.88711 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095937 5 0.4096 0.71753 0.004 0.000 0.232 0.020 0.744
#> SRR1473295 1 0.1671 0.80696 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164562 3 0.3305 0.59746 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 5 0.5605 0.72983 0.192 0.000 0.168 0.000 0.640
#> SRR808886 3 0.0404 0.84771 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1329442 1 0.6204 0.00287 0.524 0.000 0.164 0.000 0.312
#> SRR1457925 5 0.6282 0.49727 0.368 0.000 0.156 0.000 0.476
#> SRR1434910 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.4219 0.31596 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 5 0.5348 0.76060 0.112 0.000 0.232 0.000 0.656
#> SRR1309578 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 5 0.6349 0.39773 0.412 0.000 0.160 0.000 0.428
#> SRR1076753 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608064 5 0.3395 0.23995 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR608512 5 0.1544 0.53539 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR2167551 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394872 5 0.6178 0.48227 0.376 0.000 0.140 0.000 0.484
#> SRR1345669 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0404 0.84739 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0703 0.84145 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR660438 3 0.3508 0.58329 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1310758 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601525 4 0.7161 0.19018 0.000 0.344 0.216 0.416 0.024
#> SRR818749 5 0.4960 0.75642 0.080 0.000 0.232 0.000 0.688
#> SRR604294 5 0.4413 0.74263 0.044 0.000 0.232 0.000 0.724
#> SRR1322494 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0162 0.85092 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.2561 0.72065 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.1544 0.81147 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.3123 0.69436 0.828 0.000 0.160 0.000 0.012
#> SRR659744 2 0.3074 0.76106 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.2471 0.73494 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR613258 3 0.7728 -0.12843 0.060 0.036 0.492 0.112 0.300
#> SRR1088808 4 0.2127 0.79593 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1329068 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.3829 0.61960 0.776 0.000 0.028 0.000 0.196
#> SRR603942 4 0.3177 0.73813 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1440625 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.2927 0.58241 0.060 0.000 0.000 0.068 0.872
#> SRR1473443 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498438 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604148 5 0.4986 0.75971 0.084 0.000 0.228 0.000 0.688
#> SRR1334939 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.2563 0.74701 0.872 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR1360523 1 0.3074 0.65535 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1446114 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.2179 0.84620 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.1341 0.81205 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.1478 0.88223 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 5 0.2927 0.58241 0.060 0.000 0.000 0.068 0.872
#> SRR1316174 4 0.1851 0.80637 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR603268 2 0.3424 0.69935 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.2471 0.81759 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 3 0.1792 0.79459 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR665646 5 0.2927 0.58241 0.060 0.000 0.000 0.068 0.872
#> SRR1404931 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479085 5 0.6257 0.56536 0.320 0.000 0.168 0.000 0.512
#> SRR1322711 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332713 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 5 0.3508 0.70140 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1414356 5 0.5501 0.67144 0.052 0.000 0.300 0.020 0.628
#> SRR599122 3 0.5865 0.51861 0.220 0.000 0.660 0.068 0.052
#> SRR1344100 2 0.0794 0.90409 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR613018 4 0.4101 0.61502 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1456591 5 0.4228 0.66816 0.060 0.000 0.088 0.040 0.812
#> SRR1368710 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 5 0.4481 0.74475 0.048 0.000 0.232 0.000 0.720
#> SRR1319283 3 0.3161 0.74095 0.044 0.000 0.860 0.004 0.092
#> SRR1349518 2 0.2230 0.84405 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.5602 0.72582 0.196 0.000 0.164 0.000 0.640
#> SRR1455436 4 0.7444 0.33817 0.020 0.032 0.232 0.508 0.208
#> SRR658009 5 0.4646 0.75009 0.060 0.000 0.180 0.012 0.748
#> SRR1331383 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.3109 0.67440 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.83803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660212 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657821 1 0.2377 0.75059 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.2852 0.79137 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR663149 3 0.3074 0.67585 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR1413032 3 0.2719 0.76211 0.048 0.000 0.884 0.000 0.068
#> SRR1377557 1 0.0000 0.85589 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.92022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.0000 0.85188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657101 5 0.1908 0.50808 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1350588 3 0.2504 0.77489 0.040 0.000 0.896 0.000 0.064
#> SRR1368486 1 0.4201 0.31205 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.3961 0.05313 0.556 0.000 0.000 0.000 0.440 0.004
#> SRR1499543 5 0.2234 0.60978 0.124 0.000 0.000 0.000 0.872 0.004
#> SRR1443419 2 0.4606 0.54267 0.000 0.656 0.268 0.000 0.000 0.076
#> SRR657372 6 0.6457 0.37048 0.016 0.000 0.000 0.280 0.336 0.368
#> SRR661409 6 0.4874 0.50829 0.016 0.000 0.000 0.248 0.072 0.664
#> SRR1409721 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1391678 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 5 0.1765 0.60761 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1453787 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR654969 5 0.3993 0.20241 0.476 0.000 0.000 0.000 0.520 0.004
#> SRR1435113 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601359 5 0.2597 0.59669 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR663392 2 0.1327 0.84977 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601157 5 0.1501 0.60160 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR615347 2 0.3974 0.55066 0.000 0.680 0.296 0.000 0.000 0.024
#> SRR1329464 1 0.0146 0.87919 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357344 3 0.0632 0.75294 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1365356 3 0.4821 0.66342 0.024 0.000 0.672 0.000 0.056 0.248
#> SRR598068 3 0.7325 0.37428 0.156 0.000 0.412 0.000 0.184 0.248
#> SRR810343 5 0.1556 0.60333 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1431991 1 0.0260 0.87654 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1312024 3 0.0547 0.75014 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1499699 1 0.1082 0.84701 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1397861 1 0.3930 0.33361 0.628 0.000 0.364 0.000 0.004 0.004
#> SRR1479663 2 0.0632 0.88502 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1475483 1 0.3728 0.35662 0.652 0.000 0.000 0.000 0.344 0.004
#> SRR603726 5 0.5476 0.03547 0.016 0.000 0.000 0.128 0.604 0.252
#> SRR663368 5 0.3790 0.47561 0.072 0.000 0.000 0.000 0.772 0.156
#> SRR1354225 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.1584 0.74018 0.000 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1338901 3 0.4606 0.45113 0.000 0.268 0.656 0.000 0.000 0.076
#> SRR598645 5 0.6038 -0.01283 0.000 0.000 0.292 0.172 0.516 0.020
#> SRR656528 6 0.4002 0.51867 0.020 0.000 0.000 0.000 0.320 0.660
#> SRR809503 1 0.3271 0.58597 0.760 0.000 0.008 0.000 0.232 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319858 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.2762 0.66170 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406307 5 0.3288 0.53851 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1348318 5 0.3483 0.33415 0.016 0.000 0.000 0.000 0.748 0.236
#> SRR1343433 5 0.3221 0.53985 0.076 0.000 0.000 0.000 0.828 0.096
#> SRR1342088 3 0.4181 0.67828 0.000 0.000 0.700 0.000 0.052 0.248
#> SRR1404384 3 0.0146 0.75194 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655495 4 0.3290 0.59604 0.000 0.000 0.208 0.776 0.000 0.016
#> SRR812270 4 0.1501 0.76962 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR807799 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR814919 3 0.3492 0.65684 0.000 0.120 0.804 0.000 0.000 0.076
#> SRR1415274 4 0.5388 0.36844 0.016 0.000 0.000 0.612 0.116 0.256
#> SRR1491275 3 0.0547 0.75258 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR659851 5 0.1501 0.60160 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1337364 1 0.3742 0.34700 0.648 0.000 0.000 0.000 0.348 0.004
#> SRR1414471 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 5 0.3468 0.53485 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1456208 5 0.7172 -0.16134 0.056 0.000 0.016 0.292 0.416 0.220
#> SRR1393428 3 0.2122 0.73633 0.000 0.000 0.900 0.000 0.024 0.076
#> SRR1327632 5 0.2726 0.59992 0.112 0.000 0.032 0.000 0.856 0.000
#> SRR608120 5 0.5058 -0.00341 0.076 0.000 0.000 0.000 0.500 0.424
#> SRR607679 2 0.0146 0.89120 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.75209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.1267 0.86857 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1436042 5 0.3468 0.53591 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR656191 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658117 6 0.4163 0.52787 0.016 0.000 0.000 0.008 0.320 0.656
#> SRR1090770 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657420 1 0.0146 0.87893 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398686 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR821207 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074694 3 0.3020 0.68962 0.000 0.080 0.844 0.000 0.000 0.076
#> SRR1413851 2 0.1267 0.86857 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1319924 2 0.1141 0.87248 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1361050 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095792 3 0.2340 0.73536 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1476903 1 0.0777 0.86384 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1406502 2 0.2772 0.75244 0.000 0.816 0.180 0.000 0.000 0.004
#> SRR607502 6 0.4874 0.59289 0.016 0.000 0.000 0.072 0.248 0.664
#> SRR602951 6 0.6243 0.43225 0.000 0.000 0.060 0.300 0.116 0.524
#> SRR1402922 3 0.0713 0.74878 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1314071 5 0.6197 -0.18854 0.016 0.000 0.000 0.244 0.484 0.256
#> SRR1374778 3 0.0260 0.75162 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1089926 3 0.2823 0.71736 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1437056 3 0.3101 0.70222 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1366772 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487465 4 0.3606 0.61813 0.000 0.000 0.000 0.728 0.016 0.256
#> SRR2166006 3 0.3405 0.66423 0.000 0.112 0.812 0.000 0.000 0.076
#> SRR1341034 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368917 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.4928 0.29049 0.000 0.352 0.572 0.000 0.000 0.076
#> SRR1433311 3 0.5908 0.43633 0.000 0.000 0.468 0.000 0.284 0.248
#> SRR656373 6 0.6265 0.45371 0.016 0.000 0.000 0.228 0.300 0.456
#> SRR1454265 1 0.0405 0.87550 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1454498 3 0.3126 0.70066 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR661711 1 0.0146 0.87919 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR661493 6 0.5846 0.48326 0.072 0.000 0.000 0.068 0.284 0.576
#> SRR1356120 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.2793 0.73015 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.3933 0.68717 0.000 0.000 0.716 0.000 0.036 0.248
#> SRR1327349 2 0.1531 0.84489 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1476348 2 0.5542 0.36790 0.000 0.560 0.324 0.096 0.000 0.020
#> SRR656035 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165896 3 0.0458 0.75272 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR601549 3 0.4903 0.41383 0.000 0.000 0.568 0.000 0.360 0.072
#> SRR658573 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1393470 3 0.5966 0.55032 0.000 0.152 0.644 0.132 0.020 0.052
#> SRR1381247 3 0.7215 0.36937 0.108 0.000 0.408 0.000 0.236 0.248
#> SRR1322790 3 0.1663 0.74696 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1404044 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419593 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434689 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349540 5 0.3081 0.58092 0.220 0.000 0.000 0.000 0.776 0.004
#> SRR1377967 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 3 0.6121 0.30802 0.000 0.332 0.536 0.060 0.016 0.056
#> SRR809043 5 0.6545 -0.14010 0.000 0.000 0.080 0.276 0.508 0.136
#> SRR659578 3 0.4533 0.34168 0.376 0.004 0.588 0.000 0.000 0.032
#> SRR1339413 2 0.5034 0.18637 0.000 0.520 0.404 0.000 0.000 0.076
#> SRR1434760 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.3351 0.48806 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.5732 0.44842 0.000 0.000 0.580 0.136 0.260 0.024
#> SRR1418688 3 0.2979 0.73590 0.000 0.044 0.840 0.000 0.000 0.116
#> SRR602338 5 0.3877 0.46342 0.076 0.000 0.000 0.000 0.764 0.160
#> SRR1323936 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.1471 0.86429 0.000 0.932 0.004 0.000 0.000 0.064
#> SRR614275 5 0.7596 -0.23650 0.000 0.000 0.272 0.168 0.320 0.240
#> SRR601962 5 0.4246 0.29471 0.452 0.000 0.000 0.000 0.532 0.016
#> SRR663795 4 0.3558 0.62340 0.000 0.000 0.000 0.736 0.016 0.248
#> SRR1418650 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655780 2 0.5172 0.62784 0.000 0.700 0.116 0.020 0.148 0.016
#> SRR661794 5 0.1753 0.60440 0.084 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1339508 3 0.3126 0.70066 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1501097 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358459 3 0.1225 0.75234 0.012 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036
#> SRR1333550 3 0.4357 0.53770 0.000 0.224 0.700 0.000 0.000 0.076
#> SRR821148 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR808658 3 0.0363 0.75268 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR598100 5 0.3960 0.45069 0.072 0.000 0.000 0.000 0.752 0.176
#> SRR1475281 3 0.1141 0.74287 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1469477 3 0.5974 0.39391 0.000 0.000 0.440 0.000 0.312 0.248
#> SRR1468184 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415660 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.7439 0.06418 0.000 0.044 0.056 0.444 0.216 0.240
#> SRR1447325 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1415980 5 0.2260 0.60712 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR658021 1 0.3717 0.33432 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443695 1 0.2006 0.78010 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1083031 3 0.1267 0.74030 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1466177 2 0.3412 0.75641 0.000 0.808 0.128 0.000 0.000 0.064
#> SRR1346978 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR607705 3 0.6011 -0.15627 0.004 0.000 0.408 0.000 0.200 0.388
#> SRR598364 5 0.4876 0.38802 0.072 0.000 0.000 0.032 0.696 0.200
#> SRR603036 1 0.1501 0.81644 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR604342 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1365850 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 5 0.3468 0.54755 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1436515 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 5 0.3742 0.48927 0.348 0.000 0.000 0.000 0.648 0.004
#> SRR1446606 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350936 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351257 3 0.4999 0.55895 0.000 0.000 0.632 0.000 0.240 0.128
#> SRR1316793 3 0.0458 0.75272 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1090815 1 0.0146 0.87920 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657845 1 0.2823 0.62719 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.4117 0.56548 0.016 0.000 0.000 0.708 0.020 0.256
#> SRR1399457 3 0.3842 0.62808 0.000 0.156 0.768 0.000 0.000 0.076
#> SRR1073341 1 0.4314 0.16317 0.536 0.000 0.444 0.000 0.000 0.020
#> SRR810805 1 0.3841 0.25395 0.616 0.000 0.000 0.000 0.380 0.004
#> SRR1309657 5 0.3240 0.56348 0.244 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004
#> SRR820186 1 0.3915 0.15624 0.584 0.000 0.000 0.000 0.412 0.004
#> SRR1388913 2 0.5454 0.14595 0.000 0.488 0.080 0.420 0.008 0.004
#> SRR1396270 3 0.5995 0.37483 0.000 0.000 0.428 0.000 0.324 0.248
#> SRR613402 2 0.0146 0.89127 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.6601 0.13855 0.000 0.464 0.300 0.184 0.000 0.052
#> SRR613975 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0547 0.75258 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1088044 2 0.4886 0.17340 0.000 0.508 0.432 0.000 0.000 0.060
#> SRR1082909 5 0.3950 0.33750 0.432 0.000 0.000 0.000 0.564 0.004
#> SRR1392007 4 0.0363 0.81187 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445765 1 0.3265 0.56043 0.748 0.000 0.000 0.000 0.248 0.004
#> SRR819867 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339675 5 0.3288 0.53851 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 3 0.5018 0.24854 0.000 0.372 0.556 0.000 0.004 0.068
#> SRR1376497 3 0.0777 0.75013 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR813848 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 5 0.1501 0.60160 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR615285 3 0.2202 0.73953 0.028 0.000 0.908 0.000 0.052 0.012
#> SRR1325353 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470682 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615886 5 0.1501 0.60160 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1397649 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819690 5 0.3975 0.28174 0.452 0.000 0.000 0.000 0.544 0.004
#> SRR1336113 2 0.3230 0.70529 0.000 0.776 0.212 0.000 0.000 0.012
#> SRR1396570 3 0.4893 0.32304 0.000 0.340 0.584 0.000 0.000 0.076
#> SRR1327366 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352001 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469791 4 0.6275 0.05137 0.000 0.000 0.340 0.388 0.264 0.008
#> SRR1388046 1 0.7587 -0.32492 0.316 0.000 0.240 0.000 0.280 0.164
#> SRR655076 6 0.6143 0.19333 0.000 0.356 0.000 0.100 0.052 0.492
#> SRR1464353 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR654754 5 0.5058 -0.00341 0.076 0.000 0.000 0.000 0.500 0.424
#> SRR599412 6 0.4871 0.35790 0.072 0.000 0.000 0.000 0.348 0.580
#> SRR2166308 3 0.2121 0.74474 0.012 0.000 0.892 0.000 0.000 0.096
#> SRR655696 1 0.0777 0.86384 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR602978 2 0.1411 0.85781 0.000 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR1323850 2 0.3290 0.70691 0.000 0.776 0.208 0.000 0.000 0.016
#> SRR1365512 3 0.5461 0.56491 0.000 0.000 0.568 0.000 0.184 0.248
#> SRR663380 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.3126 0.70066 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR659259 6 0.4480 0.30165 0.000 0.016 0.000 0.360 0.016 0.608
#> SRR1421223 3 0.2344 0.72465 0.000 0.028 0.892 0.000 0.004 0.076
#> SRR1092567 4 0.6083 0.33235 0.000 0.000 0.300 0.544 0.072 0.084
#> SRR1472598 3 0.2946 0.64741 0.000 0.176 0.812 0.000 0.000 0.012
#> SRR1069279 3 0.2554 0.71105 0.000 0.048 0.876 0.000 0.000 0.076
#> SRR1351624 3 0.0713 0.74878 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1342938 3 0.3101 0.70222 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR599346 5 0.7051 -0.33423 0.016 0.000 0.032 0.308 0.364 0.280
#> SRR1359045 4 0.3582 0.60780 0.016 0.000 0.000 0.732 0.000 0.252
#> SRR601843 5 0.1501 0.60160 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1318898 5 0.2416 0.60331 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1455104 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598565 5 0.4253 0.42282 0.072 0.000 0.000 0.004 0.728 0.196
#> SRR1315188 3 0.6584 0.23596 0.000 0.000 0.444 0.276 0.244 0.036
#> SRR1409875 2 0.6354 0.37477 0.000 0.540 0.276 0.136 0.024 0.024
#> SRR1348270 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602389 5 0.1501 0.60160 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.1007 0.87029 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615491 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1095937 5 0.3960 0.45276 0.072 0.000 0.000 0.000 0.752 0.176
#> SRR1473295 1 0.0937 0.84752 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475430 3 0.0632 0.75294 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2164562 3 0.4969 0.39435 0.332 0.000 0.604 0.000 0.028 0.036
#> SRR665490 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434182 4 0.0458 0.80926 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1458506 5 0.2793 0.58568 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR808886 3 0.4167 0.68336 0.000 0.000 0.708 0.000 0.056 0.236
#> SRR1329442 5 0.3997 0.18136 0.488 0.000 0.000 0.000 0.508 0.004
#> SRR1457925 5 0.3937 0.36652 0.424 0.000 0.000 0.000 0.572 0.004
#> SRR1434910 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614107 4 0.5270 0.32470 0.000 0.000 0.344 0.560 0.088 0.008
#> SRR1323914 2 0.0363 0.88887 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1323065 5 0.1644 0.60199 0.076 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004
#> SRR1309578 2 0.0713 0.88347 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1500908 1 0.3966 0.03188 0.552 0.000 0.000 0.000 0.444 0.004
#> SRR1076753 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327410 3 0.0146 0.75194 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR608064 6 0.5064 0.60715 0.016 0.000 0.000 0.108 0.212 0.664
#> SRR608512 6 0.4871 0.36328 0.072 0.000 0.000 0.000 0.348 0.580
#> SRR2167551 3 0.0713 0.74878 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1394872 5 0.3996 0.18555 0.484 0.000 0.000 0.000 0.512 0.004
#> SRR1345669 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.2454 0.73138 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1387724 3 0.5029 0.65539 0.036 0.000 0.660 0.000 0.056 0.248
#> SRR660438 3 0.3993 0.48186 0.300 0.000 0.676 0.000 0.000 0.024
#> SRR1310758 3 0.1588 0.73497 0.000 0.004 0.924 0.000 0.000 0.072
#> SRR601525 2 0.7811 -0.09641 0.000 0.324 0.248 0.244 0.008 0.176
#> SRR818749 5 0.1858 0.59805 0.076 0.000 0.000 0.000 0.912 0.012
#> SRR604294 5 0.3592 0.33108 0.020 0.000 0.000 0.000 0.740 0.240
#> SRR1322494 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0458 0.75272 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1317001 1 0.0858 0.85930 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1311897 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0865 0.88032 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1415195 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603834 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.2318 0.83698 0.000 0.892 0.044 0.000 0.000 0.064
#> SRR613795 1 0.0291 0.87794 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR659744 2 0.2912 0.70916 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 3 0.8441 -0.12429 0.076 0.044 0.364 0.040 0.252 0.224
#> SRR1088808 4 0.4035 0.57237 0.016 0.000 0.000 0.712 0.016 0.256
#> SRR1329068 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337137 2 0.0146 0.89116 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.2482 0.72090 0.848 0.000 0.000 0.000 0.148 0.004
#> SRR603942 4 0.4702 0.29405 0.016 0.000 0.000 0.572 0.024 0.388
#> SRR1440625 3 0.4181 0.67828 0.000 0.000 0.700 0.000 0.052 0.248
#> SRR1391700 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657360 5 0.5058 -0.00341 0.076 0.000 0.000 0.000 0.500 0.424
#> SRR1473443 3 0.0622 0.75251 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1498438 3 0.4239 0.67579 0.000 0.000 0.696 0.000 0.056 0.248
#> SRR1394655 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660236 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1466338 3 0.1563 0.74333 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR604148 5 0.1501 0.60160 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1334939 3 0.0458 0.75067 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349497 1 0.0692 0.86839 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1360523 1 0.3428 0.46302 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1446114 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.2748 0.79691 0.000 0.848 0.128 0.000 0.000 0.024
#> SRR656469 3 0.3853 0.70650 0.044 0.000 0.756 0.000 0.004 0.196
#> SRR1389868 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390265 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364935 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440584 2 0.2912 0.81516 0.000 0.852 0.076 0.000 0.000 0.072
#> SRR1459697 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352575 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613711 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614023 5 0.5050 0.01517 0.076 0.000 0.000 0.000 0.508 0.416
#> SRR1316174 4 0.3767 0.59115 0.016 0.000 0.000 0.720 0.004 0.260
#> SRR603268 2 0.3802 0.53013 0.000 0.676 0.312 0.000 0.000 0.012
#> SRR1486044 2 0.1387 0.85196 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0363 0.89036 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1074189 3 0.3361 0.66887 0.000 0.108 0.816 0.000 0.000 0.076
#> SRR665646 5 0.5058 -0.00341 0.076 0.000 0.000 0.000 0.500 0.424
#> SRR1404931 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1431552 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1479085 5 0.6272 0.33890 0.380 0.000 0.024 0.000 0.424 0.172
#> SRR1322711 2 0.0146 0.89204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404988 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332713 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 5 0.4713 0.37492 0.072 0.000 0.008 0.004 0.688 0.228
#> SRR1414356 5 0.5934 0.13139 0.016 0.000 0.116 0.024 0.592 0.252
#> SRR599122 3 0.7604 0.25709 0.216 0.000 0.344 0.000 0.200 0.240
#> SRR1344100 2 0.0000 0.89190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613018 6 0.4821 0.30444 0.000 0.036 0.000 0.356 0.016 0.592
#> SRR1456591 5 0.4357 0.36430 0.076 0.000 0.000 0.000 0.700 0.224
#> SRR1368710 2 0.1204 0.87064 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1397885 5 0.1757 0.59927 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008
#> SRR1319283 3 0.6264 0.35669 0.000 0.000 0.504 0.104 0.328 0.064
#> SRR1349518 2 0.3624 0.74822 0.000 0.784 0.156 0.000 0.000 0.060
#> SRR1471267 1 0.0146 0.88070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655277 5 0.2362 0.60884 0.136 0.000 0.000 0.000 0.860 0.004
#> SRR1455436 4 0.7914 -0.07833 0.000 0.072 0.068 0.376 0.288 0.196
#> SRR658009 5 0.1644 0.60040 0.076 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004
#> SRR1331383 4 0.0000 0.81769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.5288 0.39276 0.000 0.000 0.588 0.308 0.012 0.092
#> SRR659133 4 0.1501 0.80788 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR660212 3 0.1501 0.73454 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR657821 1 0.0713 0.86176 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.2945 0.77235 0.000 0.824 0.156 0.000 0.000 0.020
#> SRR663149 3 0.3616 0.64587 0.000 0.132 0.792 0.000 0.000 0.076
#> SRR1413032 3 0.5579 0.49592 0.000 0.000 0.544 0.000 0.264 0.192
#> SRR1377557 1 0.0000 0.88047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.1267 0.86864 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1407273 3 0.0260 0.75162 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR657101 6 0.3922 0.52356 0.016 0.000 0.000 0.000 0.320 0.664
#> SRR1350588 3 0.6002 0.44933 0.004 0.000 0.476 0.000 0.272 0.248
#> SRR1368486 1 0.3890 0.28593 0.596 0.000 0.400 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.393 0.769 0.875 0.4698 0.504 0.504
#> 3 3 0.844 0.861 0.944 0.3480 0.749 0.552
#> 4 4 0.819 0.852 0.929 0.1344 0.854 0.631
#> 5 5 0.854 0.836 0.921 0.0578 0.951 0.829
#> 6 6 0.819 0.736 0.867 0.0364 0.966 0.866
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.9393 0.6636 0.356 0.644
#> SRR657372 1 0.5946 0.7741 0.856 0.144
#> SRR661409 1 0.5519 0.7908 0.872 0.128
#> SRR1409721 2 0.8267 0.7616 0.260 0.740
#> SRR1391678 1 0.0672 0.8969 0.992 0.008
#> SRR1392030 1 0.2423 0.8730 0.960 0.040
#> SRR1453787 1 0.2778 0.8745 0.952 0.048
#> SRR654969 1 0.3733 0.8457 0.928 0.072
#> SRR1435113 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR601359 1 0.0376 0.8969 0.996 0.004
#> SRR663392 2 0.4022 0.8065 0.080 0.920
#> SRR1374716 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR601157 1 0.2423 0.8724 0.960 0.040
#> SRR615347 2 0.9170 0.6971 0.332 0.668
#> SRR1329464 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.2948 0.8711 0.948 0.052
#> SRR1365356 1 0.6148 0.7678 0.848 0.152
#> SRR598068 1 0.5408 0.7945 0.876 0.124
#> SRR810343 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.7674 0.7472 0.224 0.776
#> SRR1499699 1 0.2236 0.8831 0.964 0.036
#> SRR1397861 1 0.2948 0.8711 0.948 0.052
#> SRR1479663 2 0.6887 0.7992 0.184 0.816
#> SRR1475483 1 0.0938 0.8955 0.988 0.012
#> SRR603726 1 0.8207 0.6332 0.744 0.256
#> SRR663368 1 0.0672 0.8947 0.992 0.008
#> SRR1354225 2 0.5519 0.8094 0.128 0.872
#> SRR1089809 2 0.7950 0.7380 0.240 0.760
#> SRR1338901 2 0.8443 0.7533 0.272 0.728
#> SRR598645 1 0.5842 0.7777 0.860 0.140
#> SRR656528 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR809503 1 0.2778 0.8745 0.952 0.048
#> SRR659923 2 0.3879 0.8054 0.076 0.924
#> SRR1498226 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0938 0.8955 0.988 0.012
#> SRR1350566 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1406307 1 0.0376 0.8981 0.996 0.004
#> SRR1348318 1 0.2603 0.8691 0.956 0.044
#> SRR1343433 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1404384 1 0.3274 0.8659 0.940 0.060
#> SRR655495 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR812270 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR821176 2 0.5178 0.8086 0.116 0.884
#> SRR807799 2 0.9044 0.7096 0.320 0.680
#> SRR814919 1 0.9522 0.2186 0.628 0.372
#> SRR1415274 2 0.9427 0.3670 0.360 0.640
#> SRR1491275 1 0.2948 0.8711 0.948 0.052
#> SRR659851 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0376 0.8981 0.996 0.004
#> SRR1471862 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.5842 0.7777 0.860 0.140
#> SRR1393428 2 0.9993 0.3493 0.484 0.516
#> SRR1327632 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0376 0.8981 0.996 0.004
#> SRR607679 2 0.9087 0.7012 0.324 0.676
#> SRR1359529 1 0.9710 0.1073 0.600 0.400
#> SRR1330305 2 0.9209 0.6921 0.336 0.664
#> SRR1436042 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.6973 0.7982 0.188 0.812
#> SRR1419211 1 0.2603 0.8775 0.956 0.044
#> SRR658117 1 0.4161 0.8337 0.916 0.084
#> SRR1090770 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.2043 0.8855 0.968 0.032
#> SRR1074694 1 0.4690 0.8284 0.900 0.100
#> SRR1413851 2 0.5842 0.8056 0.140 0.860
#> SRR1319924 2 0.9427 0.6573 0.360 0.640
#> SRR1361050 1 0.2948 0.8711 0.948 0.052
#> SRR1095792 2 0.9608 0.5148 0.384 0.616
#> SRR1476903 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.6048 0.8038 0.148 0.852
#> SRR607502 1 0.0938 0.8924 0.988 0.012
#> SRR602951 1 0.6343 0.7632 0.840 0.160
#> SRR1402922 1 0.9970 -0.1925 0.532 0.468
#> SRR1314071 1 0.5519 0.7908 0.872 0.128
#> SRR1374778 2 0.9491 0.6415 0.368 0.632
#> SRR1089926 1 0.1184 0.8943 0.984 0.016
#> SRR1437056 1 0.4431 0.8281 0.908 0.092
#> SRR1366772 2 0.6438 0.8042 0.164 0.836
#> SRR1487465 2 0.6712 0.6959 0.176 0.824
#> SRR2166006 2 0.8327 0.7598 0.264 0.736
#> SRR1341034 2 0.0000 0.7855 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.2603 0.8775 0.956 0.044
#> SRR1368917 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.9866 0.5051 0.432 0.568
#> SRR1433311 1 0.6148 0.7678 0.848 0.152
#> SRR656373 1 0.5946 0.7741 0.856 0.144
#> SRR1454265 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1454498 2 0.7674 0.7421 0.224 0.776
#> SRR661711 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.2423 0.8804 0.960 0.040
#> SRR1381414 2 0.9129 0.7012 0.328 0.672
#> SRR1350263 2 0.8267 0.7086 0.260 0.740
#> SRR1327349 2 0.0376 0.7874 0.004 0.996
#> SRR1476348 1 0.9963 -0.1766 0.536 0.464
#> SRR656035 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.9580 0.6224 0.380 0.620
#> SRR601549 1 0.9286 0.3134 0.656 0.344
#> SRR658573 2 0.5408 0.8081 0.124 0.876
#> SRR1393470 2 0.0000 0.7855 0.000 1.000
#> SRR1381247 1 0.4939 0.8107 0.892 0.108
#> SRR1322790 1 0.5629 0.7883 0.868 0.132
#> SRR1404044 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.7219 0.7933 0.200 0.800
#> SRR1349540 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.9286 0.6805 0.344 0.656
#> SRR662510 2 0.5842 0.8056 0.140 0.860
#> SRR1370151 2 0.9323 0.6754 0.348 0.652
#> SRR809043 1 0.9710 0.3127 0.600 0.400
#> SRR659578 1 0.5178 0.8110 0.884 0.116
#> SRR1339413 2 0.5737 0.8065 0.136 0.864
#> SRR1434760 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.2603 0.8775 0.956 0.044
#> SRR1465153 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1340924 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.4690 0.7851 0.100 0.900
#> SRR1418688 2 0.7219 0.7587 0.200 0.800
#> SRR602338 1 0.0938 0.8955 0.988 0.012
#> SRR1323936 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1313789 2 0.8016 0.7716 0.244 0.756
#> SRR614275 1 0.6048 0.7708 0.852 0.148
#> SRR601962 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR663795 2 0.8443 0.5563 0.272 0.728
#> SRR1418650 2 0.6438 0.8034 0.164 0.836
#> SRR655780 2 0.8955 0.7180 0.312 0.688
#> SRR661794 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.4815 0.7868 0.104 0.896
#> SRR1501097 2 0.8443 0.7532 0.272 0.728
#> SRR1358459 1 0.4815 0.8239 0.896 0.104
#> SRR1333550 2 0.5629 0.8072 0.132 0.868
#> SRR821148 1 0.2778 0.8745 0.952 0.048
#> SRR808658 2 0.6887 0.8008 0.184 0.816
#> SRR598100 1 0.9522 0.4264 0.628 0.372
#> SRR1475281 1 0.8608 0.4952 0.716 0.284
#> SRR1469477 1 0.6623 0.7537 0.828 0.172
#> SRR1468184 2 0.8909 0.7219 0.308 0.692
#> SRR1415660 2 0.4939 0.8088 0.108 0.892
#> SRR816892 2 0.8499 0.7274 0.276 0.724
#> SRR1447325 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1415980 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.2778 0.8745 0.952 0.048
#> SRR1356308 2 0.6343 0.8034 0.160 0.840
#> SRR1443695 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.9286 0.6805 0.344 0.656
#> SRR1466177 2 0.9248 0.6859 0.340 0.660
#> SRR1346978 2 0.5737 0.8065 0.136 0.864
#> SRR607705 1 0.3733 0.8449 0.928 0.072
#> SRR598364 1 0.9044 0.5215 0.680 0.320
#> SRR603036 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR604342 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1365850 2 0.0000 0.7855 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.4562 0.8076 0.096 0.904
#> SRR1411002 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.2236 0.7837 0.036 0.964
#> SRR1350936 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1351257 1 0.9427 0.4320 0.640 0.360
#> SRR1316793 1 0.1633 0.8901 0.976 0.024
#> SRR1090815 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.2236 0.8831 0.964 0.036
#> SRR1408633 2 0.0376 0.7858 0.004 0.996
#> SRR1398971 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1399457 1 0.9358 0.2924 0.648 0.352
#> SRR1073341 1 0.2948 0.8711 0.948 0.052
#> SRR810805 1 0.0672 0.8969 0.992 0.008
#> SRR1309657 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0672 0.8969 0.992 0.008
#> SRR1388913 2 0.2423 0.7992 0.040 0.960
#> SRR1396270 1 0.6148 0.7678 0.848 0.152
#> SRR613402 2 0.8443 0.7532 0.272 0.728
#> SRR614912 2 0.5408 0.8081 0.124 0.876
#> SRR1478410 2 0.0000 0.7855 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.9209 0.6915 0.336 0.664
#> SRR1441631 1 0.8207 0.5630 0.744 0.256
#> SRR1088044 2 0.9170 0.6959 0.332 0.668
#> SRR1082909 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.7855 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.5408 0.8081 0.124 0.876
#> SRR1445765 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.5519 0.8081 0.128 0.872
#> SRR1339675 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0938 0.7905 0.012 0.988
#> SRR597952 1 0.9129 0.3684 0.672 0.328
#> SRR1376497 2 0.9393 0.6772 0.356 0.644
#> SRR813848 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1379471 1 0.2236 0.8831 0.964 0.036
#> SRR1070960 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.2603 0.8779 0.956 0.044
#> SRR1325353 1 0.1633 0.8901 0.976 0.024
#> SRR1470682 2 0.6973 0.7975 0.188 0.812
#> SRR615886 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.5842 0.8056 0.140 0.860
#> SRR819690 1 0.0672 0.8969 0.992 0.008
#> SRR1336113 2 0.9323 0.6754 0.348 0.652
#> SRR1396570 1 0.9775 0.0533 0.588 0.412
#> SRR1327366 2 0.5178 0.8129 0.116 0.884
#> SRR1317218 2 0.5519 0.8078 0.128 0.872
#> SRR1352001 1 0.0938 0.8955 0.988 0.012
#> SRR1469791 2 0.8144 0.7182 0.252 0.748
#> SRR1388046 1 0.2778 0.8745 0.952 0.048
#> SRR655076 1 0.4431 0.8373 0.908 0.092
#> SRR1464353 2 0.6048 0.8063 0.148 0.852
#> SRR654754 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.2236 0.8835 0.964 0.036
#> SRR655696 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.9323 0.6754 0.348 0.652
#> SRR1323850 2 0.9286 0.6805 0.344 0.656
#> SRR1365512 2 0.8081 0.6359 0.248 0.752
#> SRR663380 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.7950 0.7273 0.240 0.760
#> SRR659259 2 0.9944 0.2695 0.456 0.544
#> SRR1421223 2 0.8661 0.7255 0.288 0.712
#> SRR1092567 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1472598 2 0.8016 0.7424 0.244 0.756
#> SRR1069279 1 0.9963 -0.1754 0.536 0.464
#> SRR1351624 2 0.7745 0.7486 0.228 0.772
#> SRR1342938 1 0.5842 0.7958 0.860 0.140
#> SRR599346 2 0.8861 0.7480 0.304 0.696
#> SRR1359045 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR601843 1 0.0376 0.8981 0.996 0.004
#> SRR1318898 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.5519 0.7904 0.872 0.128
#> SRR1315188 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1409875 2 0.7815 0.7512 0.232 0.768
#> SRR1348270 2 0.5737 0.8065 0.136 0.864
#> SRR602389 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.9129 0.7007 0.328 0.672
#> SRR1436629 1 0.9998 -0.2829 0.508 0.492
#> SRR1349144 1 0.1184 0.8939 0.984 0.016
#> SRR615491 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1095937 1 0.1184 0.8900 0.984 0.016
#> SRR1473295 1 0.0938 0.8955 0.988 0.012
#> SRR1457972 2 0.8763 0.7331 0.296 0.704
#> SRR1475430 1 0.9286 0.2713 0.656 0.344
#> SRR2164562 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.2236 0.8831 0.964 0.036
#> SRR1434182 2 0.0000 0.7855 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR808886 1 0.9710 0.2978 0.600 0.400
#> SRR1329442 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.8207 0.7644 0.256 0.744
#> SRR614107 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1323914 2 0.9427 0.6573 0.360 0.640
#> SRR1323065 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.9323 0.6754 0.348 0.652
#> SRR1500908 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0376 0.8981 0.996 0.004
#> SRR1327410 2 0.0672 0.7892 0.008 0.992
#> SRR608064 1 0.2236 0.8753 0.964 0.036
#> SRR608512 1 0.4431 0.8262 0.908 0.092
#> SRR2167551 2 0.9710 0.5811 0.400 0.600
#> SRR1394872 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.7602 0.6403 0.780 0.220
#> SRR1387724 1 0.6148 0.7678 0.848 0.152
#> SRR660438 1 0.2778 0.8745 0.952 0.048
#> SRR1310758 1 0.4939 0.8192 0.892 0.108
#> SRR601525 2 0.5737 0.8065 0.136 0.864
#> SRR818749 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.7376 0.6545 0.792 0.208
#> SRR1322494 2 0.6148 0.8059 0.152 0.848
#> SRR1377949 1 0.9686 0.1246 0.604 0.396
#> SRR1317001 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.6712 0.8012 0.176 0.824
#> SRR1415195 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1380163 2 0.4690 0.8079 0.100 0.900
#> SRR1480611 1 0.1843 0.8879 0.972 0.028
#> SRR603834 1 0.2603 0.8775 0.956 0.044
#> SRR1341256 2 0.9000 0.7136 0.316 0.684
#> SRR613795 1 0.0376 0.8981 0.996 0.004
#> SRR659744 2 0.9323 0.6754 0.348 0.652
#> SRR1479549 1 0.1633 0.8901 0.976 0.024
#> SRR613258 1 0.2948 0.8711 0.948 0.052
#> SRR1088808 2 0.3879 0.7729 0.076 0.924
#> SRR1329068 2 0.5629 0.8074 0.132 0.868
#> SRR1480565 2 0.5519 0.8081 0.128 0.872
#> SRR1337137 2 0.1184 0.7924 0.016 0.984
#> SRR1099520 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR603942 2 0.9993 -0.0294 0.484 0.516
#> SRR1440625 2 0.8499 0.6904 0.276 0.724
#> SRR1391700 1 0.0376 0.8981 0.996 0.004
#> SRR657360 1 0.0672 0.8969 0.992 0.008
#> SRR1473443 2 0.0672 0.7858 0.008 0.992
#> SRR1498438 2 0.7056 0.7618 0.192 0.808
#> SRR1394655 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1322437 2 0.2778 0.7822 0.048 0.952
#> SRR660236 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1466338 2 0.8713 0.6684 0.292 0.708
#> SRR604148 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.9323 0.6749 0.348 0.652
#> SRR1349497 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0376 0.8981 0.996 0.004
#> SRR1446114 2 0.2778 0.7822 0.048 0.952
#> SRR1339366 1 0.9996 -0.2691 0.512 0.488
#> SRR656469 1 0.3584 0.8612 0.932 0.068
#> SRR1389868 1 0.0672 0.8969 0.992 0.008
#> SRR1390265 2 0.9552 0.6296 0.376 0.624
#> SRR1364935 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1469102 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.7056 0.7959 0.192 0.808
#> SRR1459697 2 0.5178 0.8086 0.116 0.884
#> SRR1352575 1 0.2603 0.8775 0.956 0.044
#> SRR613711 2 0.6048 0.8038 0.148 0.852
#> SRR614023 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1316174 2 0.8763 0.5104 0.296 0.704
#> SRR603268 2 0.5629 0.8074 0.132 0.868
#> SRR1486044 2 0.2423 0.7992 0.040 0.960
#> SRR1441483 2 0.9248 0.6859 0.340 0.660
#> SRR1074189 1 0.2948 0.8711 0.948 0.052
#> SRR665646 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1431552 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1479085 1 0.0938 0.8956 0.988 0.012
#> SRR1322711 2 0.8713 0.7367 0.292 0.708
#> SRR1404988 2 0.0938 0.7851 0.012 0.988
#> SRR1419848 2 0.0376 0.7858 0.004 0.996
#> SRR1332713 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1070863 1 0.1633 0.8901 0.976 0.024
#> SRR659947 1 0.2778 0.8707 0.952 0.048
#> SRR1414356 1 0.5842 0.7777 0.860 0.140
#> SRR599122 1 0.1414 0.8872 0.980 0.020
#> SRR1344100 2 0.2236 0.7983 0.036 0.964
#> SRR613018 1 0.8763 0.5639 0.704 0.296
#> SRR1456591 1 0.2043 0.8856 0.968 0.032
#> SRR1368710 2 0.6887 0.7992 0.184 0.816
#> SRR1397885 1 0.4562 0.8258 0.904 0.096
#> SRR1319283 1 0.9000 0.5206 0.684 0.316
#> SRR1349518 2 0.9427 0.6568 0.360 0.640
#> SRR1471267 1 0.2423 0.8804 0.960 0.040
#> SRR655277 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.9710 0.5411 0.400 0.600
#> SRR658009 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR1394894 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR659133 2 0.2948 0.7817 0.052 0.948
#> SRR660212 1 0.9909 -0.0933 0.556 0.444
#> SRR657821 1 0.2778 0.8745 0.952 0.048
#> SRR1379279 2 0.4939 0.8082 0.108 0.892
#> SRR663149 2 0.6973 0.7982 0.188 0.812
#> SRR1413032 2 0.4815 0.7804 0.104 0.896
#> SRR1377557 1 0.0000 0.8989 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.9286 0.6815 0.344 0.656
#> SRR1407273 2 0.9580 0.6218 0.380 0.620
#> SRR657101 1 0.0376 0.8969 0.996 0.004
#> SRR1350588 1 0.6148 0.7678 0.848 0.152
#> SRR1368486 1 0.2948 0.8711 0.948 0.052
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.6280 0.0502 0.540 0.000 0.460
#> SRR661409 1 0.4887 0.6619 0.772 0.000 0.228
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0237 0.9495 0.004 0.996 0.000
#> SRR1365356 3 0.7844 0.6629 0.220 0.120 0.660
#> SRR598068 1 0.5285 0.6281 0.752 0.004 0.244
#> SRR810343 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.0592 0.9434 0.000 0.988 0.012
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.6309 -0.0844 0.504 0.000 0.496
#> SRR663368 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.0592 0.9433 0.000 0.988 0.012
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 1 0.5882 0.4077 0.652 0.000 0.348
#> SRR656528 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.2878 0.8591 0.000 0.904 0.096
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.4504 0.7260 0.000 0.196 0.804
#> SRR1404384 2 0.0424 0.9455 0.008 0.992 0.000
#> SRR655495 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415274 3 0.2711 0.8271 0.088 0.000 0.912
#> SRR1491275 2 0.0592 0.9419 0.012 0.988 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.6095 0.4265 0.392 0.000 0.608
#> SRR1393428 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.1411 0.9148 0.036 0.964 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.4121 0.7594 0.000 0.832 0.168
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR602951 3 0.6126 0.4030 0.400 0.000 0.600
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314071 1 0.6154 0.2368 0.592 0.000 0.408
#> SRR1374778 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089926 1 0.5639 0.6271 0.752 0.232 0.016
#> SRR1437056 1 0.9555 0.0397 0.476 0.224 0.300
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341034 3 0.4062 0.7359 0.000 0.164 0.836
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433311 3 0.4978 0.7187 0.216 0.004 0.780
#> SRR656373 1 0.5621 0.5041 0.692 0.000 0.308
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.5591 0.5674 0.000 0.304 0.696
#> SRR661711 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.4555 0.7214 0.000 0.200 0.800
#> SRR1327349 2 0.0237 0.9500 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476348 2 0.0424 0.9454 0.008 0.992 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR601549 1 0.8034 0.2683 0.540 0.392 0.068
#> SRR658573 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.5621 0.5117 0.000 0.308 0.692
#> SRR1381247 1 0.4235 0.7445 0.824 0.000 0.176
#> SRR1322790 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR809043 3 0.6126 0.4030 0.400 0.000 0.600
#> SRR659578 2 0.0747 0.9378 0.016 0.984 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.1878 0.8578 0.044 0.004 0.952
#> SRR1418688 2 0.6286 0.0637 0.000 0.536 0.464
#> SRR602338 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 1 0.6307 -0.0618 0.512 0.000 0.488
#> SRR601962 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.1289 0.9184 0.032 0.968 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.4555 0.7214 0.000 0.200 0.800
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 2 0.6244 0.1843 0.440 0.560 0.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR598100 3 0.3941 0.7709 0.156 0.000 0.844
#> SRR1475281 2 0.0237 0.9494 0.004 0.996 0.000
#> SRR1469477 3 0.5244 0.6891 0.240 0.004 0.756
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.9125 0.2172 0.192 0.540 0.268
#> SRR1447325 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0237 0.9449 0.996 0.004 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 1 0.1031 0.9271 0.976 0.000 0.024
#> SRR598364 1 0.3941 0.7800 0.844 0.000 0.156
#> SRR603036 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 3 0.1031 0.8616 0.000 0.024 0.976
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.6235 0.3065 0.436 0.000 0.564
#> SRR1316793 1 0.5138 0.6134 0.748 0.252 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 3 0.0424 0.8695 0.000 0.008 0.992
#> SRR1398971 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0424 0.9413 0.992 0.008 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.4974 0.6724 0.000 0.764 0.236
#> SRR1396270 3 0.5902 0.5734 0.316 0.004 0.680
#> SRR613402 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.4702 0.6911 0.000 0.788 0.212
#> SRR613975 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 2 0.0747 0.9371 0.016 0.984 0.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 3 0.2066 0.8411 0.000 0.060 0.940
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376497 2 0.6452 0.5733 0.036 0.712 0.252
#> SRR813848 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.4452 0.7022 0.808 0.192 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.5236 0.7656 0.168 0.028 0.804
#> SRR1388046 1 0.1163 0.9208 0.972 0.028 0.000
#> SRR655076 1 0.6079 0.3806 0.612 0.388 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.5098 0.6207 0.752 0.248 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.2878 0.8186 0.000 0.096 0.904
#> SRR663380 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.6204 0.2999 0.000 0.424 0.576
#> SRR659259 3 0.6168 0.3733 0.412 0.000 0.588
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092567 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.0424 0.9468 0.000 0.992 0.008
#> SRR1342938 2 0.9651 -0.2009 0.208 0.400 0.392
#> SRR599346 3 0.6099 0.7019 0.228 0.032 0.740
#> SRR1359045 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0424 0.9420 0.992 0.000 0.008
#> SRR1315188 3 0.1964 0.8459 0.000 0.056 0.944
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0237 0.9455 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 2 0.9800 -0.1446 0.244 0.412 0.344
#> SRR2164562 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 2 0.9370 -0.1843 0.168 0.420 0.412
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.6079 0.3077 0.000 0.612 0.388
#> SRR608064 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.8339 0.6450 0.204 0.168 0.628
#> SRR660438 1 0.0237 0.9449 0.996 0.004 0.000
#> SRR1310758 2 0.4399 0.7031 0.188 0.812 0.000
#> SRR601525 2 0.1529 0.9178 0.000 0.960 0.040
#> SRR818749 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.3619 0.8097 0.864 0.000 0.136
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.5810 0.4825 0.664 0.336 0.000
#> SRR1088808 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440625 3 0.4861 0.7300 0.008 0.192 0.800
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.1289 0.8576 0.000 0.032 0.968
#> SRR1498438 3 0.4555 0.7214 0.000 0.200 0.800
#> SRR1394655 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 2 0.1878 0.9098 0.004 0.952 0.044
#> SRR604148 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR656469 2 0.6345 0.3115 0.400 0.596 0.004
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.2878 0.8591 0.000 0.904 0.096
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 3 0.0237 0.8712 0.000 0.004 0.996
#> SRR1419848 3 0.4702 0.6715 0.000 0.212 0.788
#> SRR1332713 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.3551 0.8066 0.868 0.000 0.132
#> SRR599122 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 1 0.6111 0.2744 0.604 0.000 0.396
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.4399 0.7369 0.188 0.000 0.812
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 3 0.7459 0.4476 0.372 0.044 0.584
#> SRR658009 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 3 0.0000 0.8729 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR663149 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413032 3 0.1399 0.8641 0.028 0.004 0.968
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9531 0.000 1.000 0.000
#> SRR657101 1 0.0000 0.9490 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350588 3 0.6468 0.2803 0.444 0.004 0.552
#> SRR1368486 1 0.4002 0.7512 0.840 0.160 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1499543 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.6990 0.1745 0.408 0.000 0.116 0.476
#> SRR661409 3 0.7551 0.1891 0.356 0.000 0.448 0.196
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0336 0.9374 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1392030 1 0.0469 0.9379 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435113 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR601359 1 0.0524 0.9379 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR663392 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0469 0.9065 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR601157 1 0.2976 0.8540 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR615347 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.5012 0.7319 0.112 0.772 0.116 0.000
#> SRR1365356 3 0.0524 0.8323 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR598068 3 0.0469 0.8325 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR810343 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.2814 0.8212 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1499699 1 0.2149 0.8804 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR603726 1 0.4643 0.4962 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR663368 1 0.3243 0.8614 0.876 0.000 0.088 0.036
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.2888 0.8246 0.004 0.124 0.872 0.000
#> SRR1338901 2 0.0469 0.9473 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR598645 3 0.1211 0.8182 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR656528 1 0.5288 0.1485 0.520 0.000 0.472 0.008
#> SRR809503 1 0.0524 0.9379 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR659923 2 0.1022 0.9325 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1498226 1 0.0817 0.9284 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1319858 1 0.0188 0.9391 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1406307 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348318 1 0.0524 0.9390 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1343433 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1342088 3 0.1109 0.8393 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1404384 3 0.3161 0.8253 0.012 0.124 0.864 0.000
#> SRR655495 4 0.0592 0.9040 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR812270 4 0.0592 0.9040 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR821176 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 2 0.3443 0.8180 0.016 0.848 0.136 0.000
#> SRR1415274 4 0.1302 0.8676 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1491275 3 0.5300 0.4350 0.012 0.408 0.580 0.000
#> SRR659851 1 0.0672 0.9365 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.1109 0.9267 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1456208 3 0.3399 0.7775 0.092 0.000 0.868 0.040
#> SRR1393428 3 0.4454 0.6338 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1327632 1 0.1042 0.9317 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR608120 1 0.3626 0.7876 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR607679 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.4328 0.7119 0.008 0.244 0.748 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656191 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.2081 0.8829 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR658117 3 0.3494 0.7015 0.172 0.000 0.824 0.004
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0188 0.9392 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398686 1 0.2011 0.8863 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.3447 0.8214 0.020 0.128 0.852 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.2011 0.8863 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1095792 3 0.2831 0.8265 0.004 0.120 0.876 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 3 0.4122 0.6215 0.236 0.000 0.760 0.004
#> SRR602951 3 0.2197 0.7899 0.080 0.000 0.916 0.004
#> SRR1402922 3 0.3052 0.8192 0.004 0.136 0.860 0.000
#> SRR1314071 3 0.7752 0.0290 0.236 0.000 0.404 0.360
#> SRR1374778 3 0.3810 0.7838 0.008 0.188 0.804 0.000
#> SRR1089926 3 0.3160 0.8303 0.020 0.108 0.872 0.000
#> SRR1437056 3 0.3108 0.8297 0.016 0.112 0.872 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2166006 2 0.0188 0.9532 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341034 4 0.0707 0.8944 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1460235 1 0.2216 0.8765 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1368917 1 0.1118 0.9206 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1457197 2 0.0707 0.9395 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1433311 3 0.0524 0.8323 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR656373 1 0.5150 0.3085 0.596 0.000 0.008 0.396
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.2773 0.8274 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR661711 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.3636 0.8015 0.820 0.000 0.172 0.008
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.2530 0.8334 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.4261 0.7795 0.112 0.820 0.068 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.1211 0.9225 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR601549 3 0.2334 0.7886 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.4999 0.0103 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1381247 3 0.0592 0.8322 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1322790 3 0.2976 0.8273 0.008 0.120 0.872 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0188 0.9392 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.3601 0.8341 0.056 0.860 0.084 0.000
#> SRR809043 3 0.3356 0.6852 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR659578 2 0.1792 0.8833 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.2216 0.8765 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR660079 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465153 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.1902 0.8163 0.004 0.000 0.932 0.064
#> SRR1418688 3 0.3649 0.7703 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR602338 1 0.2647 0.8561 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1323936 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.2081 0.7880 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR601962 1 0.1635 0.9155 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR663795 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3384 0.8157 0.024 0.860 0.116 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0895 0.8380 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.1677 0.8339 0.040 0.012 0.948 0.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.4814 0.6318 0.008 0.316 0.676 0.000
#> SRR598100 4 0.4164 0.6107 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1475281 3 0.2867 0.8336 0.012 0.104 0.884 0.000
#> SRR1469477 3 0.0188 0.8305 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.7408 0.0503 0.172 0.464 0.000 0.364
#> SRR1447325 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1415980 1 0.0524 0.9389 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR658021 1 0.4961 0.0990 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083031 2 0.2530 0.8504 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.2149 0.7904 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR598364 1 0.4454 0.5733 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR603036 1 0.2760 0.8382 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR604342 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1365850 4 0.0672 0.9035 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1335940 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446606 4 0.0592 0.9040 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.2401 0.7984 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR1316793 3 0.3105 0.8270 0.012 0.120 0.868 0.000
#> SRR1090815 1 0.2149 0.8799 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR657845 1 0.0188 0.9394 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408633 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1398971 4 0.0000 0.9039 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399457 2 0.2662 0.8721 0.016 0.900 0.084 0.000
#> SRR1073341 1 0.2401 0.8740 0.904 0.004 0.092 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR820186 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.4730 0.4171 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1396270 3 0.0376 0.8317 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR613402 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.4866 0.1968 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.2976 0.8273 0.008 0.120 0.872 0.000
#> SRR1088044 2 0.1474 0.9137 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1082909 1 0.2342 0.8872 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR1392007 4 0.1716 0.8556 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.2149 0.8796 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.3831 0.7709 0.004 0.204 0.792 0.000
#> SRR813848 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0672 0.9365 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR615285 3 0.2775 0.8116 0.020 0.084 0.896 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0672 0.9365 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1336113 2 0.4591 0.7582 0.116 0.800 0.084 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.0844 0.8330 0.004 0.004 0.980 0.012
#> SRR1388046 1 0.0376 0.9385 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR655076 3 0.2775 0.7899 0.084 0.020 0.896 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.3032 0.8505 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR599412 1 0.5147 0.1911 0.536 0.000 0.460 0.004
#> SRR2166308 3 0.1767 0.8421 0.012 0.044 0.944 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.2081 0.8827 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1365512 3 0.0524 0.8343 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR663380 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.2053 0.8388 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR659259 4 0.7109 0.2996 0.144 0.000 0.336 0.520
#> SRR1421223 3 0.4222 0.6759 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1092567 3 0.1940 0.8035 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1472598 3 0.2704 0.8244 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1069279 2 0.3569 0.7466 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1351624 3 0.2281 0.8356 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1342938 3 0.3047 0.8288 0.012 0.116 0.872 0.000
#> SRR599346 4 0.4791 0.7344 0.100 0.004 0.100 0.796
#> SRR1359045 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR601843 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1318898 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455104 1 0.1389 0.9127 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR598565 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1315188 3 0.0817 0.8282 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1409875 2 0.0188 0.9530 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.1151 0.9284 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1095937 1 0.5478 0.2265 0.540 0.000 0.444 0.016
#> SRR1473295 1 0.2973 0.8223 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.2867 0.8335 0.012 0.104 0.884 0.000
#> SRR2164562 3 0.2281 0.8009 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR808886 3 0.0592 0.8369 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0188 0.9398 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.4277 0.5869 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.1022 0.9313 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1500908 1 0.1867 0.8930 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.2760 0.8232 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR608064 1 0.5273 0.2041 0.536 0.000 0.456 0.008
#> SRR608512 3 0.5281 0.0531 0.464 0.000 0.528 0.008
#> SRR2167551 2 0.2814 0.8283 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1394872 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.1545 0.8377 0.008 0.040 0.952 0.000
#> SRR1387724 3 0.0564 0.8337 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR660438 3 0.1940 0.8039 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1310758 3 0.3601 0.8097 0.084 0.056 0.860 0.000
#> SRR601525 2 0.0188 0.9533 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818749 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR604294 1 0.3616 0.8339 0.852 0.000 0.036 0.112
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.3088 0.8253 0.008 0.128 0.864 0.000
#> SRR1317001 1 0.2345 0.8694 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1311897 1 0.0188 0.9398 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0376 0.9391 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0592 0.9348 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 2 0.7003 0.0507 0.424 0.460 0.116 0.000
#> SRR1088808 4 0.0000 0.9039 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.3105 0.8057 0.012 0.000 0.120 0.868
#> SRR1440625 3 0.0564 0.8337 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR1391700 1 0.1211 0.9178 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR657360 1 0.3311 0.8033 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1473443 3 0.4456 0.5948 0.000 0.004 0.716 0.280
#> SRR1498438 3 0.0524 0.8343 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1394655 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1322437 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR660236 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1466338 3 0.2266 0.8140 0.004 0.084 0.912 0.000
#> SRR604148 1 0.2976 0.8540 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR1334939 2 0.4134 0.6360 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.1970 0.8287 0.008 0.060 0.932 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.4295 0.7066 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1316174 4 0.0000 0.9039 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.2198 0.8894 0.008 0.920 0.072 0.000
#> SRR665646 1 0.3142 0.8436 0.860 0.000 0.132 0.008
#> SRR1404931 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1431552 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1479085 1 0.0524 0.9385 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1419848 4 0.3528 0.7123 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1332713 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.2300 0.8975 0.920 0.000 0.064 0.016
#> SRR1414356 1 0.3840 0.8304 0.844 0.000 0.104 0.052
#> SRR599122 3 0.0336 0.8312 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613018 3 0.6623 0.4501 0.148 0.000 0.620 0.232
#> SRR1456591 1 0.0672 0.9365 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0592 0.9365 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1319283 4 0.5835 0.4906 0.064 0.000 0.280 0.656
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0336 0.9391 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455436 4 0.5420 0.4593 0.352 0.024 0.000 0.624
#> SRR658009 1 0.2647 0.8561 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1331383 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1394894 4 0.2281 0.8322 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR659133 4 0.0336 0.9083 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR660212 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0188 0.9392 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663149 2 0.0188 0.9530 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1413032 3 0.0927 0.8316 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9403 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.4996 0.1743 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR657101 3 0.4917 0.4502 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR1350588 3 0.0376 0.8317 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1368486 1 0.2319 0.8923 0.924 0.036 0.040 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.0794 0.9323 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1499543 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443419 2 0.0290 0.9237 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR657372 4 0.6495 0.1590 0.304 0.000 0.000 0.480 0.216
#> SRR661409 5 0.2158 0.8435 0.052 0.000 0.020 0.008 0.920
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392030 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1453787 1 0.1410 0.9002 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR654969 1 0.0290 0.9388 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435113 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601359 1 0.1197 0.9177 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR663392 2 0.0162 0.9232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374716 4 0.4190 0.6975 0.000 0.060 0.000 0.768 0.172
#> SRR601157 1 0.3913 0.5244 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR615347 2 0.2011 0.8874 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> SRR1329464 1 0.0162 0.9412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357344 2 0.6643 0.5045 0.068 0.584 0.252 0.000 0.096
#> SRR1365356 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR598068 3 0.0290 0.8744 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR810343 1 0.0404 0.9401 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1431991 1 0.0162 0.9412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312024 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499699 1 0.4373 0.6859 0.760 0.000 0.160 0.000 0.080
#> SRR1397861 1 0.0290 0.9389 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479663 2 0.0609 0.9200 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.4767 0.2324 0.560 0.000 0.000 0.420 0.020
#> SRR663368 1 0.3109 0.7283 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1354225 2 0.0703 0.9149 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1089809 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338901 2 0.2843 0.8672 0.000 0.876 0.048 0.000 0.076
#> SRR598645 3 0.3586 0.6360 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR656528 5 0.2067 0.8461 0.048 0.000 0.032 0.000 0.920
#> SRR809503 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659923 2 0.0404 0.9206 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350566 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR614743 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348318 1 0.0404 0.9401 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1343433 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1342088 3 0.0162 0.8747 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404384 3 0.0510 0.8716 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR655495 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812270 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.5782 0.2198 0.012 0.388 0.536 0.000 0.064
#> SRR1415274 4 0.3318 0.6303 0.192 0.000 0.000 0.800 0.008
#> SRR1491275 3 0.4802 0.6367 0.008 0.212 0.720 0.000 0.060
#> SRR659851 1 0.1043 0.9224 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1337364 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414471 1 0.0290 0.9387 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471862 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1456208 3 0.4249 0.7035 0.100 0.000 0.792 0.100 0.008
#> SRR1393428 3 0.2439 0.7855 0.000 0.120 0.876 0.000 0.004
#> SRR1327632 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR608120 5 0.2852 0.7832 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR607679 2 0.2074 0.8553 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1359529 3 0.0324 0.8743 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1330305 2 0.0404 0.9223 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1436042 1 0.0404 0.9401 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR656191 2 0.0290 0.9219 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1419211 1 0.0703 0.9297 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR658117 5 0.2011 0.8193 0.004 0.000 0.088 0.000 0.908
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0451 0.9406 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074694 3 0.0609 0.8705 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1413851 2 0.1121 0.9108 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.1608 0.8895 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1095792 3 0.1792 0.8464 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1476903 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406502 2 0.1571 0.9015 0.004 0.936 0.000 0.000 0.060
#> SRR607502 5 0.2104 0.8377 0.024 0.000 0.060 0.000 0.916
#> SRR602951 5 0.3039 0.7349 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1402922 3 0.1282 0.8626 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> SRR1314071 3 0.5917 0.3522 0.132 0.000 0.564 0.304 0.000
#> SRR1374778 3 0.2930 0.7361 0.000 0.164 0.832 0.000 0.004
#> SRR1089926 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1437056 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166006 2 0.3582 0.8372 0.008 0.840 0.080 0.000 0.072
#> SRR1341034 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0798 0.9315 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0609 0.9176 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1433311 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656373 1 0.5956 0.3697 0.592 0.000 0.000 0.212 0.196
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661711 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR661493 5 0.2020 0.8282 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0703 0.9186 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1350263 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1327349 2 0.0609 0.9169 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1476348 2 0.4021 0.7287 0.148 0.800 0.036 0.000 0.016
#> SRR656035 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.2813 0.7791 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR601549 5 0.4229 0.5304 0.000 0.020 0.276 0.000 0.704
#> SRR658573 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.4362 0.4110 0.000 0.360 0.004 0.632 0.004
#> SRR1381247 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322790 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404044 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487728 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419593 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434689 2 0.0162 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0162 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370151 2 0.4052 0.7288 0.004 0.764 0.204 0.000 0.028
#> SRR809043 3 0.4283 0.4712 0.000 0.000 0.644 0.008 0.348
#> SRR659578 2 0.3736 0.7544 0.140 0.808 0.000 0.000 0.052
#> SRR1339413 2 0.1430 0.9059 0.004 0.944 0.000 0.000 0.052
#> SRR1434760 1 0.2179 0.8459 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004
#> SRR660079 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465153 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1073267 3 0.0693 0.8722 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1418688 3 0.2763 0.7543 0.000 0.148 0.848 0.000 0.004
#> SRR602338 5 0.3561 0.6869 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1323936 4 0.0703 0.8691 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1313789 2 0.1638 0.8997 0.004 0.932 0.000 0.000 0.064
#> SRR614275 5 0.3707 0.6061 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR601962 1 0.0404 0.9403 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR663795 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3177 0.7269 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR661794 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1339508 3 0.0324 0.8745 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1501097 2 0.0162 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358459 3 0.1478 0.8558 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1333550 2 0.1608 0.8975 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR821148 1 0.1478 0.8965 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR808658 3 0.3086 0.7176 0.000 0.180 0.816 0.000 0.004
#> SRR598100 4 0.4747 0.3476 0.352 0.000 0.000 0.620 0.028
#> SRR1475281 3 0.1043 0.8658 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1469477 3 0.0290 0.8744 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0609 0.9169 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR816892 2 0.6959 0.4244 0.164 0.588 0.000 0.096 0.152
#> SRR1447325 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658021 3 0.4359 0.2402 0.412 0.000 0.584 0.000 0.004
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083031 3 0.4341 0.3669 0.000 0.404 0.592 0.000 0.004
#> SRR1466177 2 0.0609 0.9200 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1346978 2 0.0162 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR607705 5 0.3424 0.6774 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR598364 1 0.4494 0.3666 0.608 0.000 0.000 0.380 0.012
#> SRR603036 1 0.0451 0.9406 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR604342 4 0.0162 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1365850 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0703 0.9343 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1436515 1 0.0404 0.9410 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446606 4 0.1357 0.8515 0.000 0.000 0.004 0.948 0.048
#> SRR1350936 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351257 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316793 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090815 1 0.0162 0.9404 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0609 0.9344 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1408633 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.2972 0.7904 0.024 0.004 0.000 0.864 0.108
#> SRR1399457 2 0.4964 0.7230 0.016 0.736 0.160 0.000 0.088
#> SRR1073341 1 0.2423 0.8617 0.896 0.000 0.024 0.000 0.080
#> SRR810805 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0404 0.9401 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR820186 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.4101 0.5050 0.000 0.664 0.000 0.332 0.004
#> SRR1396270 3 0.0290 0.8744 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR613402 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.4291 0.0702 0.000 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0162 0.8742 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088044 2 0.3689 0.8242 0.004 0.828 0.092 0.000 0.076
#> SRR1082909 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392007 4 0.4065 0.5638 0.000 0.264 0.000 0.720 0.016
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.1041 0.9204 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR819867 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0880 0.9299 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.2249 0.8801 0.008 0.896 0.000 0.000 0.096
#> SRR1376497 3 0.3266 0.6899 0.000 0.200 0.796 0.000 0.004
#> SRR813848 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070960 1 0.1341 0.9090 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR615285 3 0.4219 0.2462 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1325353 1 0.0290 0.9387 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0510 0.9386 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1397649 2 0.0404 0.9224 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR819690 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1336113 2 0.4607 0.7389 0.036 0.764 0.164 0.000 0.036
#> SRR1396570 2 0.2407 0.8796 0.012 0.896 0.004 0.000 0.088
#> SRR1327366 2 0.1792 0.8731 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.2450 0.8362 0.000 0.000 0.900 0.048 0.052
#> SRR1388046 1 0.1908 0.8723 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR655076 5 0.2616 0.8069 0.000 0.036 0.076 0.000 0.888
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 5 0.2966 0.7707 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR599412 5 0.2270 0.8431 0.076 0.000 0.020 0.000 0.904
#> SRR2166308 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655696 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR602978 2 0.2516 0.8354 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1323850 2 0.4370 0.7160 0.000 0.744 0.200 0.000 0.056
#> SRR1365512 3 0.0290 0.8744 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR663380 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410469 3 0.1270 0.8596 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR659259 5 0.2437 0.7917 0.000 0.060 0.004 0.032 0.904
#> SRR1421223 3 0.1942 0.8486 0.000 0.012 0.920 0.000 0.068
#> SRR1092567 3 0.0955 0.8641 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1472598 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069279 2 0.5933 0.0358 0.000 0.452 0.444 0.000 0.104
#> SRR1351624 3 0.0794 0.8680 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1342938 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR599346 5 0.4194 0.7058 0.000 0.088 0.000 0.132 0.780
#> SRR1359045 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1318898 1 0.0794 0.9323 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.1121 0.9212 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1315188 3 0.0324 0.8744 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1409875 2 0.2516 0.8193 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.1270 0.9134 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0162 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349144 1 0.0510 0.9347 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR615491 4 0.0162 0.8868 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095937 5 0.1522 0.8416 0.044 0.000 0.012 0.000 0.944
#> SRR1473295 1 0.5441 0.3809 0.596 0.000 0.324 0.000 0.080
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.1270 0.8609 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2164562 3 0.3307 0.7828 0.052 0.000 0.844 0.000 0.104
#> SRR665490 1 0.1544 0.8931 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1434182 2 0.0404 0.9205 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1458506 1 0.0963 0.9270 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR808886 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329442 1 0.0404 0.9401 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457925 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.4359 0.2738 0.000 0.000 0.412 0.584 0.004
#> SRR1323914 2 0.0162 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323065 1 0.0404 0.9401 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1309578 2 0.1648 0.9067 0.000 0.940 0.020 0.000 0.040
#> SRR1500908 1 0.0162 0.9412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.1638 0.8557 0.000 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR608064 5 0.2036 0.8458 0.056 0.000 0.024 0.000 0.920
#> SRR608512 5 0.2291 0.8476 0.056 0.000 0.036 0.000 0.908
#> SRR2167551 2 0.4383 0.2459 0.000 0.572 0.424 0.000 0.004
#> SRR1394872 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345669 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367588 3 0.2886 0.7628 0.000 0.008 0.844 0.000 0.148
#> SRR1387724 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660438 3 0.3734 0.7717 0.036 0.000 0.796 0.000 0.168
#> SRR1310758 3 0.2907 0.8102 0.008 0.012 0.864 0.000 0.116
#> SRR601525 2 0.0162 0.9233 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR818749 1 0.0404 0.9401 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR604294 1 0.6619 -0.0988 0.420 0.000 0.000 0.360 0.220
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.2824 0.8197 0.000 0.020 0.864 0.000 0.116
#> SRR1317001 1 0.2930 0.7648 0.832 0.000 0.164 0.000 0.004
#> SRR1311897 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1308715 2 0.0510 0.9212 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1415195 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0404 0.9367 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR603834 1 0.0510 0.9386 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0609 0.9369 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR659744 2 0.2068 0.8854 0.000 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR1479549 1 0.1410 0.9005 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR613258 2 0.5082 0.5723 0.076 0.664 0.000 0.000 0.260
#> SRR1088808 4 0.0162 0.8864 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.2020 0.8594 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1099520 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603942 5 0.3242 0.7307 0.012 0.000 0.000 0.172 0.816
#> SRR1440625 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391700 1 0.0290 0.9389 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR657360 5 0.2929 0.7769 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1473443 3 0.5525 0.5736 0.000 0.000 0.636 0.240 0.124
#> SRR1498438 3 0.0510 0.8718 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1394655 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.3636 0.6484 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR604148 1 0.4192 0.2750 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1334939 3 0.4349 0.6542 0.000 0.176 0.756 0.000 0.068
#> SRR1349497 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360523 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446114 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.0162 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656469 3 0.2966 0.7243 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1389868 1 0.0162 0.9401 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390265 2 0.0162 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364935 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.1270 0.9078 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.1197 0.9107 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR613711 2 0.0963 0.9144 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR614023 5 0.2732 0.7924 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1316174 4 0.0510 0.8755 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR603268 2 0.2124 0.8831 0.000 0.900 0.004 0.000 0.096
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.3611 0.8416 0.016 0.844 0.064 0.000 0.076
#> SRR665646 5 0.2020 0.8283 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1404931 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479085 1 0.1341 0.9121 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.0865 0.8660 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1332713 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.4400 0.5297 0.672 0.020 0.000 0.000 0.308
#> SRR1414356 1 0.3602 0.7224 0.796 0.000 0.180 0.024 0.000
#> SRR599122 3 0.2690 0.7576 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613018 5 0.2201 0.8165 0.000 0.032 0.040 0.008 0.920
#> SRR1456591 1 0.4219 0.2556 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1368710 2 0.0703 0.9186 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1397885 1 0.0404 0.9401 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1319283 4 0.5244 0.6561 0.100 0.000 0.048 0.740 0.112
#> SRR1349518 2 0.0609 0.9200 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1471267 1 0.1197 0.9109 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR655277 1 0.0404 0.9401 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1455436 4 0.6577 0.3075 0.272 0.204 0.000 0.516 0.008
#> SRR658009 5 0.3857 0.6131 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1331383 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394894 4 0.3210 0.6632 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.8892 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660212 2 0.0451 0.9211 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR657821 1 0.2124 0.8649 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR1379279 2 0.2241 0.8874 0.008 0.908 0.008 0.000 0.076
#> SRR663149 2 0.1894 0.8933 0.008 0.920 0.000 0.000 0.072
#> SRR1413032 3 0.1792 0.8464 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1377557 1 0.0290 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335296 2 0.0162 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407273 3 0.2179 0.8096 0.000 0.100 0.896 0.000 0.004
#> SRR657101 5 0.1893 0.8388 0.024 0.000 0.048 0.000 0.928
#> SRR1350588 3 0.0162 0.8751 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368486 1 0.1671 0.8861 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.3003 0.76078 0.812 0.000 0.000 0.000 0.172 0.016
#> SRR1499543 1 0.0146 0.89965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1443419 2 0.1753 0.79133 0.000 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR657372 1 0.5014 0.59503 0.684 0.000 0.012 0.040 0.228 0.036
#> SRR661409 6 0.0260 0.92192 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1409721 2 0.0520 0.81425 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1391678 1 0.0858 0.89131 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1392030 1 0.0363 0.89806 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1453787 1 0.3175 0.61340 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR654969 1 0.0508 0.89915 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601359 1 0.3071 0.75130 0.804 0.000 0.000 0.000 0.180 0.016
#> SRR663392 2 0.0972 0.80690 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1374716 4 0.6814 0.28013 0.000 0.248 0.000 0.444 0.248 0.060
#> SRR601157 1 0.3782 0.67393 0.740 0.000 0.000 0.000 0.224 0.036
#> SRR615347 2 0.3756 0.40846 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1329464 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357344 5 0.4731 0.46873 0.160 0.128 0.004 0.000 0.704 0.004
#> SRR1365356 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0632 0.84431 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR810343 1 0.0603 0.89507 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1431991 1 0.0291 0.89969 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1312024 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499699 5 0.4166 0.24726 0.404 0.004 0.004 0.000 0.584 0.004
#> SRR1397861 1 0.2243 0.83050 0.880 0.004 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR1479663 2 0.2135 0.76453 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1475483 1 0.0260 0.89935 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR603726 1 0.3484 0.76969 0.816 0.000 0.008 0.020 0.140 0.016
#> SRR663368 1 0.2112 0.84057 0.896 0.000 0.000 0.000 0.016 0.088
#> SRR1354225 2 0.2020 0.76138 0.000 0.896 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR1089809 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338901 2 0.5854 -0.11882 0.000 0.416 0.192 0.000 0.392 0.000
#> SRR598645 3 0.2685 0.79757 0.000 0.000 0.868 0.000 0.072 0.060
#> SRR656528 6 0.0260 0.92192 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR809503 1 0.0547 0.89872 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR659923 2 0.1500 0.79687 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012 0.000
#> SRR1498226 1 0.2362 0.80403 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004
#> SRR1319858 1 0.0547 0.89684 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.1003 0.88910 0.964 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004
#> SRR1343433 1 0.0146 0.89957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342088 3 0.0790 0.84222 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1404384 3 0.2662 0.72967 0.000 0.004 0.840 0.000 0.152 0.004
#> SRR655495 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812270 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0146 0.81584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR807799 2 0.0146 0.81608 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR814919 3 0.5737 0.25266 0.024 0.204 0.596 0.000 0.176 0.000
#> SRR1415274 4 0.3782 0.24312 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.6783 -0.23523 0.036 0.256 0.412 0.000 0.292 0.004
#> SRR659851 1 0.0520 0.89989 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1337364 1 0.0405 0.89804 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1414471 1 0.0777 0.89329 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1471862 1 0.0146 0.89965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1456208 3 0.0881 0.83961 0.008 0.000 0.972 0.008 0.012 0.000
#> SRR1393428 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.0363 0.89806 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR608120 6 0.0713 0.91702 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR607679 2 0.2170 0.75558 0.000 0.888 0.000 0.000 0.100 0.012
#> SRR1359529 3 0.0146 0.84632 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330305 2 0.2003 0.77722 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1436042 1 0.0405 0.89795 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR656191 2 0.0891 0.80860 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1419211 1 0.3756 0.53045 0.676 0.004 0.000 0.000 0.316 0.004
#> SRR658117 6 0.0909 0.91771 0.000 0.000 0.020 0.000 0.012 0.968
#> SRR1090770 1 0.0260 0.89935 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR657420 1 0.0260 0.90017 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1398686 1 0.0508 0.89801 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR821207 1 0.0260 0.89935 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1074694 3 0.1007 0.83960 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1413851 2 0.2300 0.75027 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.81606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.4129 -0.02901 0.496 0.004 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1095792 3 0.3023 0.70941 0.000 0.000 0.784 0.000 0.212 0.004
#> SRR1476903 1 0.0260 0.90040 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1406502 2 0.3175 0.63430 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR607502 6 0.0692 0.91910 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR602951 6 0.2250 0.83762 0.000 0.000 0.092 0.000 0.020 0.888
#> SRR1402922 5 0.5372 0.13855 0.000 0.096 0.412 0.000 0.488 0.004
#> SRR1314071 5 0.6946 0.05979 0.052 0.000 0.316 0.296 0.336 0.000
#> SRR1374778 3 0.2701 0.73352 0.000 0.104 0.864 0.000 0.028 0.004
#> SRR1089926 3 0.0146 0.84715 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0603 0.81264 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1487465 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166006 5 0.6062 0.26950 0.000 0.320 0.276 0.000 0.404 0.000
#> SRR1341034 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.3543 0.61698 0.720 0.000 0.004 0.000 0.272 0.004
#> SRR1368917 1 0.0458 0.89830 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1457197 2 0.1333 0.79985 0.000 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR1433311 3 0.0146 0.84650 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656373 1 0.4599 0.58526 0.680 0.000 0.000 0.012 0.252 0.056
#> SRR1454265 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 6 0.0547 0.92171 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1356120 1 0.0260 0.89935 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1381414 2 0.2260 0.75370 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.1116 0.80638 0.000 0.960 0.004 0.000 0.028 0.008
#> SRR1476348 2 0.5322 0.39812 0.120 0.628 0.000 0.000 0.236 0.016
#> SRR656035 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2165896 2 0.4199 0.34300 0.000 0.640 0.336 0.000 0.020 0.004
#> SRR601549 6 0.5737 0.25334 0.000 0.016 0.116 0.000 0.360 0.508
#> SRR658573 2 0.0291 0.81535 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1393470 2 0.6100 0.17188 0.008 0.472 0.000 0.272 0.248 0.000
#> SRR1381247 3 0.0632 0.84431 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1322790 3 0.2346 0.76184 0.000 0.008 0.868 0.000 0.124 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0603 0.89656 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1419593 1 0.0508 0.89767 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1434689 2 0.0713 0.81319 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1349540 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1377967 2 0.0622 0.81308 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR662510 2 0.0937 0.81049 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1370151 2 0.3834 0.60316 0.000 0.708 0.024 0.000 0.268 0.000
#> SRR809043 3 0.4066 0.61901 0.000 0.000 0.732 0.000 0.204 0.064
#> SRR659578 2 0.5058 0.41558 0.164 0.636 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1339413 2 0.2933 0.69792 0.000 0.796 0.000 0.000 0.200 0.004
#> SRR1434760 1 0.3820 0.49698 0.660 0.000 0.004 0.000 0.332 0.004
#> SRR660079 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1073267 3 0.1556 0.82087 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1418688 3 0.0146 0.84618 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR602338 6 0.1219 0.89230 0.048 0.000 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR1323936 4 0.3833 0.37493 0.000 0.000 0.344 0.648 0.008 0.000
#> SRR1313789 2 0.3126 0.64437 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR614275 6 0.4150 0.28620 0.000 0.000 0.392 0.000 0.016 0.592
#> SRR601962 1 0.1285 0.87761 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR663795 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.81606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3618 0.64968 0.000 0.768 0.000 0.000 0.040 0.192
#> SRR661794 1 0.0692 0.89508 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1339508 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0713 0.81297 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1358459 3 0.2631 0.74605 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1333550 2 0.3428 0.57360 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR821148 1 0.2730 0.72357 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR808658 3 0.2313 0.75620 0.000 0.100 0.884 0.000 0.012 0.004
#> SRR598100 1 0.5672 0.41044 0.588 0.000 0.000 0.224 0.172 0.016
#> SRR1475281 3 0.2191 0.79707 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1469477 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0458 0.81506 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1415660 2 0.2165 0.75153 0.000 0.884 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR816892 2 0.6946 0.15667 0.168 0.500 0.000 0.024 0.252 0.056
#> SRR1447325 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.0405 0.89795 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR658021 3 0.3965 0.16346 0.376 0.000 0.616 0.000 0.004 0.004
#> SRR1356308 2 0.0260 0.81595 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443695 1 0.0806 0.89221 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1083031 3 0.3243 0.58270 0.000 0.208 0.780 0.000 0.008 0.004
#> SRR1466177 2 0.1897 0.78976 0.000 0.908 0.004 0.000 0.084 0.004
#> SRR1346978 2 0.1007 0.80927 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR607705 6 0.0937 0.90800 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR598364 1 0.3468 0.56467 0.712 0.000 0.000 0.284 0.000 0.004
#> SRR603036 1 0.0748 0.89565 0.976 0.000 0.004 0.000 0.016 0.004
#> SRR604342 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.2163 0.83771 0.892 0.000 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1436515 1 0.0632 0.89530 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1367612 2 0.0713 0.81297 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.2340 0.74809 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1350936 1 0.0458 0.89788 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1351257 3 0.1327 0.82305 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1316793 3 0.0146 0.84632 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090815 1 0.1908 0.84444 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR657845 1 0.0547 0.89670 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1408633 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.6125 0.50866 0.092 0.032 0.000 0.592 0.252 0.032
#> SRR1399457 5 0.3769 0.15140 0.000 0.356 0.004 0.000 0.640 0.000
#> SRR1073341 5 0.4203 0.32336 0.376 0.008 0.004 0.000 0.608 0.004
#> SRR810805 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1309657 1 0.0405 0.89795 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR820186 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388913 2 0.5902 0.10138 0.000 0.440 0.000 0.348 0.212 0.000
#> SRR1396270 3 0.0260 0.84691 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR613402 2 0.0405 0.81517 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR614912 2 0.0520 0.81425 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1478410 3 0.3215 0.55213 0.000 0.240 0.756 0.000 0.004 0.000
#> SRR613975 2 0.0632 0.81387 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1441631 3 0.0146 0.84632 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1088044 2 0.3961 0.32658 0.000 0.556 0.004 0.000 0.440 0.000
#> SRR1082909 1 0.0508 0.89657 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1392007 2 0.5166 0.43979 0.000 0.632 0.000 0.240 0.120 0.008
#> SRR2166524 2 0.0405 0.81468 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1445765 1 0.2442 0.79682 0.852 0.000 0.000 0.000 0.144 0.004
#> SRR819867 2 0.0692 0.81137 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1339675 1 0.2896 0.77332 0.824 0.000 0.000 0.000 0.160 0.016
#> SRR1085687 2 0.0603 0.81264 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR597952 2 0.3737 0.41878 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1376497 3 0.0790 0.83103 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.0363 0.89887 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1070960 1 0.0790 0.88985 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR615285 3 0.4070 0.19478 0.000 0.004 0.568 0.000 0.004 0.424
#> SRR1325353 1 0.2278 0.81457 0.868 0.000 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR1470682 2 0.0000 0.81606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0260 0.89963 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397649 2 0.1204 0.80477 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR819690 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336113 2 0.4196 0.34306 0.004 0.568 0.004 0.000 0.420 0.004
#> SRR1396570 2 0.4080 0.25498 0.008 0.536 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1327366 2 0.2778 0.69337 0.000 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008
#> SRR1317218 2 0.0146 0.81608 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1352001 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1469791 3 0.4757 0.60045 0.000 0.000 0.688 0.132 0.176 0.004
#> SRR1388046 1 0.4184 0.19155 0.576 0.016 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR655076 6 0.0951 0.91732 0.000 0.004 0.020 0.000 0.008 0.968
#> SRR1464353 2 0.0291 0.81650 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR654754 6 0.0713 0.91702 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR599412 6 0.0603 0.92345 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980
#> SRR2166308 3 0.0260 0.84691 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR655696 1 0.0260 0.90014 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR602978 2 0.5108 0.50555 0.000 0.628 0.000 0.000 0.208 0.164
#> SRR1323850 2 0.4467 0.50031 0.000 0.632 0.048 0.000 0.320 0.000
#> SRR1365512 3 0.0146 0.84715 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663380 1 0.0713 0.89556 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1410469 3 0.1908 0.80982 0.000 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR659259 6 0.0146 0.91775 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1421223 3 0.3136 0.69122 0.000 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004
#> SRR1092567 3 0.0146 0.84715 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472598 3 0.0865 0.84103 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1069279 5 0.5983 0.16171 0.000 0.228 0.384 0.000 0.388 0.000
#> SRR1351624 3 0.1204 0.83339 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599346 6 0.1492 0.90089 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024 0.940
#> SRR1359045 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0146 0.89957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318898 1 0.2358 0.82404 0.876 0.000 0.000 0.000 0.108 0.016
#> SRR1455104 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR598565 1 0.3104 0.74659 0.800 0.000 0.000 0.000 0.184 0.016
#> SRR1315188 3 0.0146 0.84715 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409875 2 0.4916 0.49246 0.000 0.664 0.056 0.000 0.252 0.028
#> SRR1348270 2 0.0260 0.81598 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR602389 1 0.1152 0.88093 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1451857 2 0.0291 0.81535 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1436629 2 0.0865 0.81091 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1349144 1 0.2320 0.81046 0.864 0.000 0.000 0.000 0.132 0.004
#> SRR615491 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095937 6 0.0935 0.91215 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032 0.964
#> SRR1473295 5 0.4483 0.16723 0.428 0.004 0.016 0.000 0.548 0.004
#> SRR1457972 2 0.0291 0.81535 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1475430 3 0.2340 0.77451 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR2164562 3 0.4131 0.45333 0.020 0.000 0.624 0.000 0.356 0.000
#> SRR665490 1 0.2979 0.72222 0.804 0.004 0.000 0.000 0.188 0.004
#> SRR1434182 2 0.2703 0.67654 0.000 0.824 0.000 0.172 0.000 0.004
#> SRR1458506 1 0.3003 0.76018 0.812 0.000 0.000 0.000 0.172 0.016
#> SRR808886 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0291 0.89890 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1457925 1 0.0260 0.89902 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434910 2 0.0146 0.81608 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614107 3 0.0972 0.83617 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1323914 2 0.1644 0.79943 0.000 0.920 0.004 0.000 0.076 0.000
#> SRR1323065 1 0.0146 0.89957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309578 2 0.3923 0.37733 0.000 0.580 0.000 0.000 0.416 0.004
#> SRR1500908 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0260 0.89935 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1327410 3 0.2703 0.75032 0.000 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR608064 6 0.0622 0.92426 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980
#> SRR608512 6 0.0622 0.92390 0.008 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980
#> SRR2167551 3 0.3905 0.35442 0.000 0.316 0.668 0.000 0.016 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0291 0.89969 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1367588 3 0.0146 0.84637 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387724 3 0.0000 0.84698 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660438 3 0.4395 0.29846 0.004 0.012 0.556 0.000 0.424 0.004
#> SRR1310758 5 0.4039 0.39409 0.000 0.060 0.208 0.000 0.732 0.000
#> SRR601525 2 0.0405 0.81517 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR818749 1 0.0603 0.89507 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR604294 4 0.6548 0.06060 0.308 0.000 0.000 0.396 0.272 0.024
#> SRR1322494 2 0.0806 0.81020 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1377949 3 0.4015 0.38750 0.000 0.004 0.596 0.000 0.396 0.004
#> SRR1317001 1 0.3789 0.50717 0.668 0.000 0.004 0.000 0.324 0.004
#> SRR1311897 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.2946 0.71355 0.000 0.808 0.004 0.000 0.184 0.004
#> SRR1415195 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0260 0.81598 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480611 1 0.0858 0.89261 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR603834 1 0.0520 0.89768 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1341256 2 0.0146 0.81580 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR613795 1 0.0508 0.89948 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR659744 2 0.3756 0.40623 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1479549 1 0.2668 0.75924 0.828 0.004 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR613258 2 0.6555 0.14733 0.044 0.468 0.000 0.000 0.284 0.204
#> SRR1088808 4 0.0508 0.86866 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1329068 2 0.0717 0.81166 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1480565 2 0.0291 0.81535 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1337137 2 0.3394 0.63984 0.000 0.776 0.000 0.000 0.200 0.024
#> SRR1099520 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 6 0.1714 0.85836 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1440625 3 0.0713 0.84451 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1391700 1 0.1858 0.84627 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR657360 6 0.0865 0.91058 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1473443 3 0.5754 0.16635 0.000 0.016 0.484 0.096 0.400 0.004
#> SRR1498438 3 0.0363 0.84655 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.3420 0.67108 0.000 0.000 0.748 0.000 0.240 0.012
#> SRR604148 1 0.3101 0.66462 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1334939 3 0.5554 0.18278 0.000 0.216 0.576 0.000 0.204 0.004
#> SRR1349497 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0146 0.89983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446114 4 0.0260 0.87574 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1339366 2 0.1267 0.80587 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR656469 3 0.0260 0.84531 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389868 1 0.0508 0.89767 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1390265 2 0.1075 0.80727 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1364935 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0260 0.89935 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1440584 2 0.3221 0.62841 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1459697 2 0.0806 0.81020 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1352575 1 0.1732 0.85838 0.920 0.004 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR613711 2 0.2762 0.70290 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR614023 6 0.0632 0.91981 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1316174 4 0.1007 0.83515 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.3769 0.47654 0.000 0.640 0.000 0.000 0.356 0.004
#> SRR1486044 2 0.0551 0.81496 0.000 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1441483 2 0.0000 0.81606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 5 0.4698 -0.00940 0.028 0.428 0.004 0.000 0.536 0.004
#> SRR665646 6 0.0458 0.92264 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1404931 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479085 1 0.3804 0.36032 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1322711 2 0.0790 0.81199 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1404988 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.0405 0.87224 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1332713 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0260 0.89935 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659947 1 0.6677 0.21730 0.504 0.156 0.000 0.000 0.252 0.088
#> SRR1414356 1 0.0862 0.89377 0.972 0.000 0.008 0.004 0.016 0.000
#> SRR599122 3 0.0146 0.84637 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1344100 2 0.0291 0.81535 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR613018 6 0.0146 0.91949 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1456591 1 0.3833 0.25355 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1368710 2 0.1814 0.78202 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1397885 1 0.1411 0.87051 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR1319283 4 0.3390 0.54483 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1349518 2 0.1501 0.80099 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1471267 1 0.1531 0.86485 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR655277 1 0.1970 0.84402 0.900 0.000 0.000 0.000 0.092 0.008
#> SRR1455436 4 0.7195 -0.00453 0.328 0.088 0.000 0.344 0.240 0.000
#> SRR658009 6 0.1644 0.84707 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920
#> SRR1331383 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394894 4 0.3607 0.44352 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.88065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660212 2 0.1478 0.79886 0.000 0.944 0.032 0.000 0.020 0.004
#> SRR657821 1 0.4468 -0.07033 0.492 0.020 0.000 0.000 0.484 0.004
#> SRR1379279 2 0.4552 0.35951 0.000 0.572 0.000 0.040 0.388 0.000
#> SRR663149 2 0.5762 -0.08162 0.000 0.428 0.172 0.000 0.400 0.000
#> SRR1413032 3 0.3023 0.70926 0.000 0.000 0.784 0.000 0.212 0.004
#> SRR1377557 1 0.0000 0.89987 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0547 0.81455 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1407273 3 0.1471 0.80174 0.000 0.064 0.932 0.000 0.000 0.004
#> SRR657101 6 0.0603 0.92213 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980
#> SRR1350588 3 0.0632 0.84431 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1368486 1 0.2420 0.80404 0.864 0.004 0.000 0.000 0.128 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.187 0.736 0.842 0.2852 0.794 0.794
#> 3 3 0.112 0.589 0.713 0.8359 0.559 0.473
#> 4 4 0.174 0.509 0.693 0.2029 0.854 0.695
#> 5 5 0.374 0.483 0.712 0.1085 0.921 0.799
#> 6 6 0.441 0.476 0.702 0.0404 0.952 0.858
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.518 0.8072 0.884 0.116
#> SRR1499543 1 0.469 0.8112 0.900 0.100
#> SRR1443419 1 0.373 0.8291 0.928 0.072
#> SRR657372 2 0.991 0.3718 0.444 0.556
#> SRR661409 1 0.574 0.8239 0.864 0.136
#> SRR1409721 1 0.634 0.7919 0.840 0.160
#> SRR1391678 1 0.278 0.8108 0.952 0.048
#> SRR1392030 1 0.494 0.8189 0.892 0.108
#> SRR1453787 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR654969 1 0.242 0.8094 0.960 0.040
#> SRR1435113 2 0.788 0.7132 0.236 0.764
#> SRR601359 1 0.714 0.7600 0.804 0.196
#> SRR663392 1 0.895 0.6198 0.688 0.312
#> SRR1374716 2 0.260 0.7056 0.044 0.956
#> SRR601157 1 0.634 0.7902 0.840 0.160
#> SRR615347 1 0.482 0.8246 0.896 0.104
#> SRR1329464 1 0.260 0.8211 0.956 0.044
#> SRR1357344 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR1365356 1 0.886 0.6055 0.696 0.304
#> SRR598068 1 0.939 0.4679 0.644 0.356
#> SRR810343 1 0.563 0.8030 0.868 0.132
#> SRR1431991 1 0.295 0.8094 0.948 0.052
#> SRR1312024 1 0.946 0.4463 0.636 0.364
#> SRR1499699 1 0.260 0.8073 0.956 0.044
#> SRR1397861 1 0.242 0.8178 0.960 0.040
#> SRR1479663 1 0.242 0.8147 0.960 0.040
#> SRR1475483 1 0.184 0.8171 0.972 0.028
#> SRR603726 1 0.980 0.2440 0.584 0.416
#> SRR663368 1 0.456 0.8239 0.904 0.096
#> SRR1354225 2 0.958 0.5467 0.380 0.620
#> SRR1089809 2 0.997 0.2843 0.468 0.532
#> SRR1338901 1 0.634 0.7983 0.840 0.160
#> SRR598645 2 1.000 0.1711 0.500 0.500
#> SRR656528 1 0.653 0.7986 0.832 0.168
#> SRR809503 1 0.242 0.8094 0.960 0.040
#> SRR659923 1 0.662 0.7878 0.828 0.172
#> SRR1498226 1 0.242 0.8047 0.960 0.040
#> SRR1319858 1 0.260 0.8178 0.956 0.044
#> SRR1350566 1 0.295 0.8225 0.948 0.052
#> SRR614743 2 0.913 0.6071 0.328 0.672
#> SRR1406307 1 0.224 0.8186 0.964 0.036
#> SRR1348318 1 0.653 0.7858 0.832 0.168
#> SRR1343433 1 0.416 0.8232 0.916 0.084
#> SRR1342088 1 0.833 0.6902 0.736 0.264
#> SRR1404384 1 0.430 0.8321 0.912 0.088
#> SRR655495 2 0.983 0.4109 0.424 0.576
#> SRR812270 2 0.946 0.5646 0.364 0.636
#> SRR821176 1 0.671 0.7863 0.824 0.176
#> SRR807799 1 0.615 0.7958 0.848 0.152
#> SRR814919 1 0.311 0.8309 0.944 0.056
#> SRR1415274 1 0.615 0.7938 0.848 0.152
#> SRR1491275 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR659851 1 0.260 0.8261 0.956 0.044
#> SRR1337364 1 0.574 0.8092 0.864 0.136
#> SRR1414471 1 0.260 0.8070 0.956 0.044
#> SRR1471862 1 0.584 0.8021 0.860 0.140
#> SRR1456208 1 0.781 0.7346 0.768 0.232
#> SRR1393428 2 0.999 0.2104 0.484 0.516
#> SRR1327632 1 0.574 0.8051 0.864 0.136
#> SRR608120 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR607679 2 0.961 0.5388 0.384 0.616
#> SRR1359529 1 0.278 0.8305 0.952 0.048
#> SRR1330305 1 0.311 0.8295 0.944 0.056
#> SRR1436042 1 0.662 0.7667 0.828 0.172
#> SRR656191 1 0.671 0.7863 0.824 0.176
#> SRR1419211 1 0.242 0.8047 0.960 0.040
#> SRR658117 1 0.402 0.8248 0.920 0.080
#> SRR1090770 1 0.224 0.8083 0.964 0.036
#> SRR657420 1 0.482 0.8221 0.896 0.104
#> SRR1398686 1 0.242 0.8096 0.960 0.040
#> SRR821207 1 0.184 0.8123 0.972 0.028
#> SRR1074694 1 0.605 0.8138 0.852 0.148
#> SRR1413851 1 0.224 0.8169 0.964 0.036
#> SRR1319924 1 0.615 0.7958 0.848 0.152
#> SRR1361050 1 0.224 0.8127 0.964 0.036
#> SRR1095792 1 0.802 0.7153 0.756 0.244
#> SRR1476903 1 0.605 0.8061 0.852 0.148
#> SRR1406502 1 0.529 0.8170 0.880 0.120
#> SRR607502 1 0.827 0.7061 0.740 0.260
#> SRR602951 2 0.996 0.2838 0.464 0.536
#> SRR1402922 1 0.373 0.8204 0.928 0.072
#> SRR1314071 1 0.963 0.3786 0.612 0.388
#> SRR1374778 1 0.563 0.8149 0.868 0.132
#> SRR1089926 1 0.839 0.6814 0.732 0.268
#> SRR1437056 1 0.886 0.6055 0.696 0.304
#> SRR1366772 1 0.745 0.7573 0.788 0.212
#> SRR1487465 1 0.980 0.2440 0.584 0.416
#> SRR2166006 1 0.563 0.8245 0.868 0.132
#> SRR1341034 1 0.821 0.7139 0.744 0.256
#> SRR1460235 1 0.343 0.8253 0.936 0.064
#> SRR1368917 1 0.327 0.8183 0.940 0.060
#> SRR1457197 2 0.992 0.3613 0.448 0.552
#> SRR1433311 1 0.886 0.6055 0.696 0.304
#> SRR656373 2 0.278 0.7068 0.048 0.952
#> SRR1454265 1 0.260 0.8058 0.956 0.044
#> SRR1454498 1 0.886 0.6055 0.696 0.304
#> SRR661711 1 0.373 0.8235 0.928 0.072
#> SRR661493 1 0.260 0.8058 0.956 0.044
#> SRR1356120 1 0.204 0.8170 0.968 0.032
#> SRR1381414 1 0.584 0.8064 0.860 0.140
#> SRR1350263 1 0.925 0.5283 0.660 0.340
#> SRR1327349 2 0.753 0.7186 0.216 0.784
#> SRR1476348 1 0.844 0.6904 0.728 0.272
#> SRR656035 1 0.260 0.8055 0.956 0.044
#> SRR2165896 1 0.311 0.8288 0.944 0.056
#> SRR601549 1 0.802 0.7164 0.756 0.244
#> SRR658573 1 0.730 0.7629 0.796 0.204
#> SRR1393470 1 0.921 0.5519 0.664 0.336
#> SRR1381247 1 0.917 0.5491 0.668 0.332
#> SRR1322790 1 0.881 0.6137 0.700 0.300
#> SRR1404044 1 0.204 0.8202 0.968 0.032
#> SRR1487728 1 0.295 0.8160 0.948 0.052
#> SRR1419593 1 0.224 0.8086 0.964 0.036
#> SRR1434689 1 0.738 0.7673 0.792 0.208
#> SRR1349540 1 0.343 0.8269 0.936 0.064
#> SRR1377967 1 0.634 0.7923 0.840 0.160
#> SRR662510 1 0.402 0.8307 0.920 0.080
#> SRR1370151 1 0.850 0.6812 0.724 0.276
#> SRR809043 2 0.529 0.7296 0.120 0.880
#> SRR659578 1 0.327 0.8311 0.940 0.060
#> SRR1339413 1 0.242 0.8147 0.960 0.040
#> SRR1434760 1 0.260 0.8150 0.956 0.044
#> SRR660079 1 0.278 0.8172 0.952 0.048
#> SRR1465153 2 0.788 0.7132 0.236 0.764
#> SRR1340924 1 0.242 0.8190 0.960 0.040
#> SRR1073267 1 0.939 0.4930 0.644 0.356
#> SRR1418688 1 0.844 0.6688 0.728 0.272
#> SRR602338 1 0.242 0.8068 0.960 0.040
#> SRR1323936 2 0.242 0.7025 0.040 0.960
#> SRR1313789 1 0.242 0.8154 0.960 0.040
#> SRR614275 1 1.000 -0.1934 0.500 0.500
#> SRR601962 1 0.730 0.7541 0.796 0.204
#> SRR663795 1 0.973 0.2676 0.596 0.404
#> SRR1418650 1 0.634 0.7919 0.840 0.160
#> SRR655780 1 0.506 0.8225 0.888 0.112
#> SRR661794 1 0.260 0.8058 0.956 0.044
#> SRR1339508 1 0.881 0.6137 0.700 0.300
#> SRR1501097 1 0.605 0.8023 0.852 0.148
#> SRR1358459 1 0.456 0.8304 0.904 0.096
#> SRR1333550 1 0.574 0.8179 0.864 0.136
#> SRR821148 1 0.242 0.8056 0.960 0.040
#> SRR808658 1 0.278 0.8300 0.952 0.048
#> SRR598100 1 0.760 0.7416 0.780 0.220
#> SRR1475281 1 0.456 0.8304 0.904 0.096
#> SRR1469477 1 0.963 0.3680 0.612 0.388
#> SRR1468184 1 0.689 0.7767 0.816 0.184
#> SRR1415660 2 0.973 0.4928 0.404 0.596
#> SRR816892 1 0.925 0.5430 0.660 0.340
#> SRR1447325 2 0.680 0.7339 0.180 0.820
#> SRR1415980 1 0.595 0.7995 0.856 0.144
#> SRR658021 1 0.278 0.8273 0.952 0.048
#> SRR1356308 1 0.662 0.7857 0.828 0.172
#> SRR1443695 1 0.494 0.8267 0.892 0.108
#> SRR1083031 1 0.373 0.8286 0.928 0.072
#> SRR1466177 1 0.242 0.8154 0.960 0.040
#> SRR1346978 1 0.605 0.8023 0.852 0.148
#> SRR607705 1 0.541 0.8265 0.876 0.124
#> SRR598364 1 0.634 0.7944 0.840 0.160
#> SRR603036 1 0.242 0.8047 0.960 0.040
#> SRR604342 2 0.224 0.6991 0.036 0.964
#> SRR1365850 1 0.821 0.7139 0.744 0.256
#> SRR1335940 1 0.541 0.8085 0.876 0.124
#> SRR1436515 1 0.204 0.8075 0.968 0.032
#> SRR1367612 1 0.680 0.7821 0.820 0.180
#> SRR1411002 1 0.402 0.8239 0.920 0.080
#> SRR1446606 1 0.802 0.7153 0.756 0.244
#> SRR1350936 1 0.242 0.8097 0.960 0.040
#> SRR1351257 1 0.605 0.8138 0.852 0.148
#> SRR1316793 1 0.605 0.8080 0.852 0.148
#> SRR1090815 1 0.311 0.8238 0.944 0.056
#> SRR657845 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR1408633 1 0.827 0.7067 0.740 0.260
#> SRR1398971 2 0.311 0.7094 0.056 0.944
#> SRR1399457 1 0.518 0.8182 0.884 0.116
#> SRR1073341 1 0.204 0.8217 0.968 0.032
#> SRR810805 1 0.373 0.8241 0.928 0.072
#> SRR1309657 1 0.506 0.8085 0.888 0.112
#> SRR820186 1 0.295 0.8234 0.948 0.052
#> SRR1388913 1 0.936 0.5228 0.648 0.352
#> SRR1396270 1 0.969 0.3320 0.604 0.396
#> SRR613402 1 0.644 0.7910 0.836 0.164
#> SRR614912 1 0.671 0.7863 0.824 0.176
#> SRR1478410 2 0.917 0.6023 0.332 0.668
#> SRR613975 1 0.595 0.8039 0.856 0.144
#> SRR1441631 1 0.891 0.5780 0.692 0.308
#> SRR1088044 1 0.634 0.7983 0.840 0.160
#> SRR1082909 1 0.552 0.8088 0.872 0.128
#> SRR1392007 2 0.993 0.3445 0.452 0.548
#> SRR2166524 1 0.584 0.8163 0.860 0.140
#> SRR1445765 1 0.242 0.8170 0.960 0.040
#> SRR819867 1 0.775 0.7426 0.772 0.228
#> SRR1339675 1 0.563 0.8109 0.868 0.132
#> SRR1085687 1 0.775 0.7426 0.772 0.228
#> SRR597952 1 0.482 0.8246 0.896 0.104
#> SRR1376497 1 0.605 0.8080 0.852 0.148
#> SRR813848 2 0.224 0.6991 0.036 0.964
#> SRR1379471 1 0.260 0.8127 0.956 0.044
#> SRR1070960 1 0.373 0.8256 0.928 0.072
#> SRR615285 1 0.563 0.8149 0.868 0.132
#> SRR1325353 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR1470682 1 0.722 0.7636 0.800 0.200
#> SRR615886 1 0.260 0.8174 0.956 0.044
#> SRR1397649 1 0.595 0.8040 0.856 0.144
#> SRR819690 1 0.242 0.8202 0.960 0.040
#> SRR1336113 1 0.808 0.7226 0.752 0.248
#> SRR1396570 1 0.506 0.8198 0.888 0.112
#> SRR1327366 2 0.958 0.5467 0.380 0.620
#> SRR1317218 1 0.595 0.8040 0.856 0.144
#> SRR1352001 1 0.278 0.8106 0.952 0.048
#> SRR1469791 1 0.895 0.6182 0.688 0.312
#> SRR1388046 1 0.373 0.8272 0.928 0.072
#> SRR655076 1 0.242 0.8206 0.960 0.040
#> SRR1464353 1 0.662 0.7852 0.828 0.172
#> SRR654754 1 0.311 0.8163 0.944 0.056
#> SRR599412 1 0.615 0.8115 0.848 0.152
#> SRR2166308 1 0.839 0.6814 0.732 0.268
#> SRR655696 1 0.595 0.8113 0.856 0.144
#> SRR602978 1 0.518 0.8176 0.884 0.116
#> SRR1323850 1 0.850 0.6812 0.724 0.276
#> SRR1365512 1 0.963 0.3962 0.612 0.388
#> SRR663380 1 0.204 0.8146 0.968 0.032
#> SRR1410469 1 0.802 0.7153 0.756 0.244
#> SRR659259 2 0.358 0.7140 0.068 0.932
#> SRR1421223 1 0.745 0.7558 0.788 0.212
#> SRR1092567 1 0.963 0.3962 0.612 0.388
#> SRR1472598 1 0.808 0.7106 0.752 0.248
#> SRR1069279 1 0.697 0.7813 0.812 0.188
#> SRR1351624 1 0.697 0.7825 0.812 0.188
#> SRR1342938 1 0.886 0.6055 0.696 0.304
#> SRR599346 1 0.518 0.8219 0.884 0.116
#> SRR1359045 1 0.615 0.7938 0.848 0.152
#> SRR601843 1 0.242 0.8171 0.960 0.040
#> SRR1318898 1 0.563 0.8034 0.868 0.132
#> SRR1455104 1 0.469 0.8260 0.900 0.100
#> SRR598565 1 0.929 0.4530 0.656 0.344
#> SRR1315188 1 1.000 -0.0291 0.504 0.496
#> SRR1409875 2 0.991 0.3759 0.444 0.556
#> SRR1348270 1 0.595 0.8006 0.856 0.144
#> SRR602389 1 0.402 0.8200 0.920 0.080
#> SRR1451857 1 0.644 0.7995 0.836 0.164
#> SRR1436629 1 0.584 0.8064 0.860 0.140
#> SRR1349144 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR615491 2 0.625 0.7349 0.156 0.844
#> SRR1095937 1 0.443 0.8106 0.908 0.092
#> SRR1473295 1 0.260 0.8249 0.956 0.044
#> SRR1457972 1 0.730 0.7645 0.796 0.204
#> SRR1475430 1 0.821 0.7075 0.744 0.256
#> SRR2164562 1 0.402 0.8248 0.920 0.080
#> SRR665490 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR1434182 1 0.871 0.6718 0.708 0.292
#> SRR1458506 1 0.506 0.8085 0.888 0.112
#> SRR808886 1 0.833 0.6902 0.736 0.264
#> SRR1329442 1 0.595 0.8040 0.856 0.144
#> SRR1457925 1 0.552 0.8088 0.872 0.128
#> SRR1434910 1 0.714 0.7743 0.804 0.196
#> SRR614107 2 0.958 0.5284 0.380 0.620
#> SRR1323914 1 0.242 0.8188 0.960 0.040
#> SRR1323065 1 0.469 0.8224 0.900 0.100
#> SRR1309578 1 0.242 0.8154 0.960 0.040
#> SRR1500908 1 0.494 0.8215 0.892 0.108
#> SRR1076753 1 0.242 0.8068 0.960 0.040
#> SRR1327410 1 0.900 0.5889 0.684 0.316
#> SRR608064 1 0.605 0.8061 0.852 0.148
#> SRR608512 1 0.518 0.8218 0.884 0.116
#> SRR2167551 1 0.358 0.8282 0.932 0.068
#> SRR1394872 1 0.402 0.8239 0.920 0.080
#> SRR1345669 1 0.278 0.8228 0.952 0.048
#> SRR1367588 1 0.541 0.8265 0.876 0.124
#> SRR1387724 1 0.925 0.5283 0.660 0.340
#> SRR660438 1 0.402 0.8248 0.920 0.080
#> SRR1310758 1 0.625 0.8048 0.844 0.156
#> SRR601525 1 0.529 0.8219 0.880 0.120
#> SRR818749 1 0.605 0.8001 0.852 0.148
#> SRR604294 1 0.634 0.7952 0.840 0.160
#> SRR1322494 1 0.745 0.7615 0.788 0.212
#> SRR1377949 1 0.802 0.7153 0.756 0.244
#> SRR1317001 1 0.278 0.8184 0.952 0.048
#> SRR1311897 1 0.224 0.8173 0.964 0.036
#> SRR1308715 1 0.242 0.8147 0.960 0.040
#> SRR1415195 2 0.260 0.7054 0.044 0.956
#> SRR1380163 1 0.625 0.7943 0.844 0.156
#> SRR1480611 1 0.224 0.8074 0.964 0.036
#> SRR603834 1 0.260 0.8151 0.956 0.044
#> SRR1341256 1 0.615 0.7958 0.848 0.152
#> SRR613795 1 0.242 0.8094 0.960 0.040
#> SRR659744 1 0.563 0.8137 0.868 0.132
#> SRR1479549 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR613258 1 0.311 0.8309 0.944 0.056
#> SRR1088808 2 0.443 0.7204 0.092 0.908
#> SRR1329068 1 0.850 0.6879 0.724 0.276
#> SRR1480565 1 0.795 0.7302 0.760 0.240
#> SRR1337137 2 0.958 0.5467 0.380 0.620
#> SRR1099520 1 0.224 0.8173 0.964 0.036
#> SRR603942 1 0.971 0.2772 0.600 0.400
#> SRR1440625 1 0.808 0.7106 0.752 0.248
#> SRR1391700 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR657360 1 0.242 0.8056 0.960 0.040
#> SRR1473443 1 0.802 0.7153 0.756 0.244
#> SRR1498438 1 0.975 0.3303 0.592 0.408
#> SRR1394655 2 0.634 0.7351 0.160 0.840
#> SRR1322437 2 0.278 0.7082 0.048 0.952
#> SRR660236 2 0.680 0.7339 0.180 0.820
#> SRR1466338 1 0.802 0.7153 0.756 0.244
#> SRR604148 1 0.634 0.7921 0.840 0.160
#> SRR1334939 1 0.388 0.8327 0.924 0.076
#> SRR1349497 1 0.469 0.8112 0.900 0.100
#> SRR1360523 1 0.311 0.8223 0.944 0.056
#> SRR1446114 1 0.978 0.3564 0.588 0.412
#> SRR1339366 1 0.615 0.7958 0.848 0.152
#> SRR656469 1 0.541 0.8265 0.876 0.124
#> SRR1389868 1 0.260 0.8151 0.956 0.044
#> SRR1390265 1 0.625 0.7943 0.844 0.156
#> SRR1364935 1 0.936 0.5114 0.648 0.352
#> SRR1469102 1 0.278 0.8106 0.952 0.048
#> SRR1440584 1 0.518 0.8150 0.884 0.116
#> SRR1459697 1 0.943 0.4903 0.640 0.360
#> SRR1352575 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR613711 1 0.584 0.8064 0.860 0.140
#> SRR614023 1 0.260 0.8055 0.956 0.044
#> SRR1316174 1 0.697 0.7759 0.812 0.188
#> SRR603268 1 0.563 0.8137 0.868 0.132
#> SRR1486044 1 0.671 0.7851 0.824 0.176
#> SRR1441483 1 0.443 0.8266 0.908 0.092
#> SRR1074189 1 0.311 0.8309 0.944 0.056
#> SRR665646 1 0.574 0.8092 0.864 0.136
#> SRR1404931 2 0.689 0.7328 0.184 0.816
#> SRR1431552 2 0.680 0.7339 0.180 0.820
#> SRR1479085 1 0.574 0.8239 0.864 0.136
#> SRR1322711 1 0.595 0.8044 0.856 0.144
#> SRR1404988 1 0.904 0.6180 0.680 0.320
#> SRR1419848 1 0.563 0.8140 0.868 0.132
#> SRR1332713 2 0.634 0.7351 0.160 0.840
#> SRR1070863 1 0.224 0.8173 0.964 0.036
#> SRR659947 1 0.456 0.8303 0.904 0.096
#> SRR1414356 1 0.753 0.7138 0.784 0.216
#> SRR599122 1 0.881 0.6137 0.700 0.300
#> SRR1344100 1 0.615 0.8127 0.848 0.152
#> SRR613018 2 0.992 0.3613 0.448 0.552
#> SRR1456591 1 0.224 0.8186 0.964 0.036
#> SRR1368710 1 0.242 0.8147 0.960 0.040
#> SRR1397885 1 0.689 0.7663 0.816 0.184
#> SRR1319283 1 0.260 0.8120 0.956 0.044
#> SRR1349518 1 0.634 0.7927 0.840 0.160
#> SRR1471267 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR655277 1 0.574 0.8092 0.864 0.136
#> SRR1455436 1 0.932 0.5339 0.652 0.348
#> SRR658009 1 0.311 0.8163 0.944 0.056
#> SRR1331383 2 0.278 0.7082 0.048 0.952
#> SRR1394894 1 0.574 0.8137 0.864 0.136
#> SRR659133 2 0.680 0.7339 0.180 0.820
#> SRR660212 1 0.563 0.8149 0.868 0.132
#> SRR657821 1 0.224 0.8040 0.964 0.036
#> SRR1379279 1 0.563 0.8140 0.868 0.132
#> SRR663149 1 0.563 0.8245 0.868 0.132
#> SRR1413032 1 0.802 0.7153 0.756 0.244
#> SRR1377557 1 0.242 0.8047 0.960 0.040
#> SRR1335296 1 0.615 0.7993 0.848 0.152
#> SRR1407273 1 0.327 0.8324 0.940 0.060
#> SRR657101 1 0.402 0.8309 0.920 0.080
#> SRR1350588 1 0.943 0.4576 0.640 0.360
#> SRR1368486 1 0.224 0.8122 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.7474 0.727546 0.684 0.216 0.100
#> SRR1499543 1 0.7272 0.735511 0.700 0.204 0.096
#> SRR1443419 2 0.6291 0.102265 0.468 0.532 0.000
#> SRR657372 3 0.9528 0.099699 0.240 0.272 0.488
#> SRR661409 2 0.7744 -0.048306 0.448 0.504 0.048
#> SRR1409721 2 0.4172 0.689412 0.156 0.840 0.004
#> SRR1391678 1 0.4128 0.773005 0.856 0.132 0.012
#> SRR1392030 1 0.7180 0.755820 0.708 0.196 0.096
#> SRR1453787 1 0.1860 0.706658 0.948 0.052 0.000
#> SRR654969 1 0.4750 0.733149 0.784 0.216 0.000
#> SRR1435113 3 0.7065 0.727451 0.052 0.276 0.672
#> SRR601359 1 0.8637 0.654330 0.596 0.236 0.168
#> SRR663392 2 0.4527 0.660894 0.052 0.860 0.088
#> SRR1374716 3 0.4504 0.822105 0.000 0.196 0.804
#> SRR601157 1 0.8210 0.682787 0.628 0.240 0.132
#> SRR615347 2 0.5988 0.464274 0.368 0.632 0.000
#> SRR1329464 1 0.5053 0.778460 0.812 0.164 0.024
#> SRR1357344 1 0.2116 0.657056 0.948 0.040 0.012
#> SRR1365356 2 0.7282 0.617637 0.144 0.712 0.144
#> SRR598068 2 0.8512 0.554070 0.176 0.612 0.212
#> SRR810343 1 0.7741 0.717890 0.668 0.216 0.116
#> SRR1431991 1 0.4277 0.773667 0.852 0.132 0.016
#> SRR1312024 2 0.9315 0.460678 0.220 0.520 0.260
#> SRR1499699 1 0.3267 0.740403 0.884 0.116 0.000
#> SRR1397861 1 0.3755 0.771795 0.872 0.120 0.008
#> SRR1479663 1 0.6309 0.000908 0.500 0.500 0.000
#> SRR1475483 1 0.4033 0.774341 0.856 0.136 0.008
#> SRR603726 1 0.9940 0.237371 0.364 0.280 0.356
#> SRR663368 1 0.7186 0.744999 0.696 0.224 0.080
#> SRR1354225 2 0.6498 0.018826 0.008 0.596 0.396
#> SRR1089809 2 0.7284 0.301871 0.044 0.620 0.336
#> SRR1338901 2 0.5072 0.683404 0.196 0.792 0.012
#> SRR598645 2 0.7807 0.350672 0.068 0.596 0.336
#> SRR656528 2 0.7883 0.018246 0.428 0.516 0.056
#> SRR809503 1 0.4750 0.733149 0.784 0.216 0.000
#> SRR659923 2 0.4099 0.695583 0.140 0.852 0.008
#> SRR1498226 1 0.2945 0.756092 0.908 0.088 0.004
#> SRR1319858 1 0.4645 0.767632 0.816 0.176 0.008
#> SRR1350566 1 0.5407 0.777932 0.804 0.156 0.040
#> SRR614743 2 0.6669 -0.204491 0.008 0.524 0.468
#> SRR1406307 1 0.4645 0.774959 0.816 0.176 0.008
#> SRR1348318 1 0.8321 0.684798 0.624 0.228 0.148
#> SRR1343433 1 0.6203 0.769544 0.760 0.184 0.056
#> SRR1342088 2 0.6023 0.678608 0.120 0.788 0.092
#> SRR1404384 2 0.7069 0.103721 0.472 0.508 0.020
#> SRR655495 2 0.7175 0.150749 0.032 0.592 0.376
#> SRR812270 2 0.6577 -0.076729 0.008 0.572 0.420
#> SRR821176 2 0.4099 0.694890 0.140 0.852 0.008
#> SRR807799 2 0.4002 0.686007 0.160 0.840 0.000
#> SRR814919 1 0.6345 0.417085 0.596 0.400 0.004
#> SRR1415274 1 0.8101 0.695027 0.640 0.228 0.132
#> SRR1491275 1 0.2116 0.657056 0.948 0.040 0.012
#> SRR659851 1 0.5578 0.750080 0.748 0.240 0.012
#> SRR1337364 1 0.7844 0.702939 0.652 0.240 0.108
#> SRR1414471 1 0.3193 0.762259 0.896 0.100 0.004
#> SRR1471862 1 0.8103 0.689728 0.632 0.248 0.120
#> SRR1456208 1 0.9289 0.182391 0.444 0.396 0.160
#> SRR1393428 2 0.7718 0.336842 0.068 0.612 0.320
#> SRR1327632 1 0.7860 0.707304 0.656 0.228 0.116
#> SRR608120 1 0.1860 0.706658 0.948 0.052 0.000
#> SRR607679 2 0.6483 0.027323 0.008 0.600 0.392
#> SRR1359529 1 0.6724 0.323203 0.568 0.420 0.012
#> SRR1330305 2 0.6308 0.019583 0.492 0.508 0.000
#> SRR1436042 1 0.8268 0.690466 0.628 0.228 0.144
#> SRR656191 2 0.4099 0.694890 0.140 0.852 0.008
#> SRR1419211 1 0.3030 0.758390 0.904 0.092 0.004
#> SRR658117 1 0.6540 0.475711 0.584 0.408 0.008
#> SRR1090770 1 0.3295 0.761597 0.896 0.096 0.008
#> SRR657420 1 0.6318 0.772229 0.760 0.172 0.068
#> SRR1398686 1 0.3459 0.763181 0.892 0.096 0.012
#> SRR821207 1 0.3129 0.754041 0.904 0.088 0.008
#> SRR1074694 2 0.7712 0.326901 0.392 0.556 0.052
#> SRR1413851 2 0.6305 0.059567 0.484 0.516 0.000
#> SRR1319924 2 0.4002 0.686007 0.160 0.840 0.000
#> SRR1361050 1 0.4121 0.761322 0.832 0.168 0.000
#> SRR1095792 2 0.5677 0.686650 0.124 0.804 0.072
#> SRR1476903 1 0.7898 0.717199 0.652 0.232 0.116
#> SRR1406502 2 0.5291 0.610169 0.268 0.732 0.000
#> SRR607502 2 0.6372 0.686362 0.152 0.764 0.084
#> SRR602951 2 0.7499 0.282944 0.048 0.592 0.360
#> SRR1402922 1 0.6680 0.081108 0.508 0.484 0.008
#> SRR1314071 2 0.9356 0.428817 0.216 0.512 0.272
#> SRR1374778 2 0.7546 0.212403 0.396 0.560 0.044
#> SRR1089926 2 0.7548 0.589024 0.204 0.684 0.112
#> SRR1437056 2 0.7282 0.617637 0.144 0.712 0.144
#> SRR1366772 2 0.3771 0.699191 0.112 0.876 0.012
#> SRR1487465 1 0.9940 0.237371 0.364 0.280 0.356
#> SRR2166006 2 0.7353 0.228254 0.396 0.568 0.036
#> SRR1341034 2 0.4253 0.696055 0.080 0.872 0.048
#> SRR1460235 1 0.5356 0.763508 0.784 0.196 0.020
#> SRR1368917 1 0.5119 0.779161 0.816 0.152 0.032
#> SRR1457197 2 0.7388 0.256270 0.044 0.600 0.356
#> SRR1433311 2 0.7282 0.617637 0.144 0.712 0.144
#> SRR656373 3 0.1711 0.818612 0.008 0.032 0.960
#> SRR1454265 1 0.3349 0.766117 0.888 0.108 0.004
#> SRR1454498 2 0.7282 0.617637 0.144 0.712 0.144
#> SRR661711 1 0.6447 0.762787 0.744 0.196 0.060
#> SRR661493 1 0.3349 0.766117 0.888 0.108 0.004
#> SRR1356120 1 0.4164 0.770591 0.848 0.144 0.008
#> SRR1381414 2 0.4346 0.679322 0.184 0.816 0.000
#> SRR1350263 2 0.7245 0.606140 0.120 0.712 0.168
#> SRR1327349 3 0.6432 0.511787 0.004 0.428 0.568
#> SRR1476348 2 0.5075 0.701397 0.096 0.836 0.068
#> SRR656035 1 0.3573 0.766743 0.876 0.120 0.004
#> SRR2165896 1 0.6633 0.313551 0.548 0.444 0.008
#> SRR601549 2 0.5667 0.696723 0.140 0.800 0.060
#> SRR658573 2 0.3918 0.698523 0.120 0.868 0.012
#> SRR1393470 2 0.5656 0.642598 0.068 0.804 0.128
#> SRR1381247 2 0.7372 0.616192 0.128 0.704 0.168
#> SRR1322790 2 0.7221 0.618951 0.148 0.716 0.136
#> SRR1404044 1 0.4411 0.777711 0.844 0.140 0.016
#> SRR1487728 1 0.5404 0.719224 0.740 0.256 0.004
#> SRR1419593 1 0.2537 0.737231 0.920 0.080 0.000
#> SRR1434689 2 0.3989 0.698637 0.124 0.864 0.012
#> SRR1349540 1 0.5414 0.767185 0.772 0.212 0.016
#> SRR1377967 2 0.4172 0.689610 0.156 0.840 0.004
#> SRR662510 2 0.6225 0.160721 0.432 0.568 0.000
#> SRR1370151 2 0.4737 0.694308 0.084 0.852 0.064
#> SRR809043 3 0.5659 0.765222 0.012 0.248 0.740
#> SRR659578 1 0.6359 0.450519 0.592 0.404 0.004
#> SRR1339413 1 0.6309 0.019741 0.504 0.496 0.000
#> SRR1434760 1 0.4750 0.755545 0.784 0.216 0.000
#> SRR660079 1 0.5202 0.738291 0.772 0.220 0.008
#> SRR1465153 3 0.7065 0.727451 0.052 0.276 0.672
#> SRR1340924 1 0.4483 0.776572 0.848 0.128 0.024
#> SRR1073267 2 0.6757 0.628219 0.084 0.736 0.180
#> SRR1418688 2 0.7495 0.602599 0.188 0.692 0.120
#> SRR602338 1 0.3293 0.757772 0.900 0.088 0.012
#> SRR1323936 3 0.3879 0.831453 0.000 0.152 0.848
#> SRR1313789 2 0.6308 0.034892 0.492 0.508 0.000
#> SRR614275 2 0.7807 0.350672 0.068 0.596 0.336
#> SRR601962 1 0.8737 0.642708 0.588 0.232 0.180
#> SRR663795 1 0.9858 0.289317 0.396 0.256 0.348
#> SRR1418650 2 0.4172 0.689412 0.156 0.840 0.004
#> SRR655780 2 0.6126 0.424728 0.352 0.644 0.004
#> SRR661794 1 0.3349 0.766117 0.888 0.108 0.004
#> SRR1339508 2 0.7221 0.618951 0.148 0.716 0.136
#> SRR1501097 2 0.4235 0.681720 0.176 0.824 0.000
#> SRR1358459 2 0.6962 0.311139 0.412 0.568 0.020
#> SRR1333550 2 0.5919 0.623189 0.260 0.724 0.016
#> SRR821148 1 0.2165 0.705982 0.936 0.064 0.000
#> SRR808658 1 0.6553 0.348403 0.580 0.412 0.008
#> SRR598100 1 0.8894 0.625797 0.572 0.236 0.192
#> SRR1475281 2 0.6962 0.311139 0.412 0.568 0.020
#> SRR1469477 2 0.8043 0.545638 0.128 0.644 0.228
#> SRR1468184 2 0.3851 0.697421 0.136 0.860 0.004
#> SRR1415660 2 0.6398 0.094094 0.008 0.620 0.372
#> SRR816892 2 0.5403 0.633903 0.060 0.816 0.124
#> SRR1447325 3 0.5538 0.833985 0.072 0.116 0.812
#> SRR1415980 1 0.8021 0.697182 0.644 0.232 0.124
#> SRR658021 1 0.5315 0.745766 0.772 0.216 0.012
#> SRR1356308 2 0.4233 0.694536 0.160 0.836 0.004
#> SRR1443695 1 0.6621 0.757683 0.720 0.228 0.052
#> SRR1083031 1 0.6513 0.394472 0.592 0.400 0.008
#> SRR1466177 2 0.6308 0.034892 0.492 0.508 0.000
#> SRR1346978 2 0.4235 0.681720 0.176 0.824 0.000
#> SRR607705 2 0.7074 -0.065185 0.480 0.500 0.020
#> SRR598364 1 0.8221 0.673056 0.624 0.248 0.128
#> SRR603036 1 0.3030 0.755669 0.904 0.092 0.004
#> SRR604342 3 0.1163 0.814713 0.000 0.028 0.972
#> SRR1365850 2 0.4253 0.696055 0.080 0.872 0.048
#> SRR1335940 1 0.7757 0.710320 0.664 0.224 0.112
#> SRR1436515 1 0.0829 0.686743 0.984 0.012 0.004
#> SRR1367612 2 0.4195 0.695763 0.136 0.852 0.012
#> SRR1411002 1 0.6398 0.761376 0.748 0.192 0.060
#> SRR1446606 2 0.5677 0.686650 0.124 0.804 0.072
#> SRR1350936 1 0.3879 0.757901 0.848 0.152 0.000
#> SRR1351257 2 0.7712 0.326901 0.392 0.556 0.052
#> SRR1316793 2 0.7582 0.255578 0.380 0.572 0.048
#> SRR1090815 1 0.5167 0.765609 0.792 0.192 0.016
#> SRR657845 1 0.2261 0.730843 0.932 0.068 0.000
#> SRR1408633 2 0.3572 0.685592 0.060 0.900 0.040
#> SRR1398971 3 0.2173 0.824042 0.008 0.048 0.944
#> SRR1399457 2 0.5397 0.600162 0.280 0.720 0.000
#> SRR1073341 1 0.4473 0.769893 0.828 0.164 0.008
#> SRR810805 1 0.6348 0.771555 0.752 0.188 0.060
#> SRR1309657 1 0.7431 0.727718 0.688 0.212 0.100
#> SRR820186 1 0.5470 0.778113 0.796 0.168 0.036
#> SRR1388913 2 0.5207 0.624168 0.052 0.824 0.124
#> SRR1396270 2 0.8210 0.521398 0.132 0.628 0.240
#> SRR613402 2 0.3816 0.691426 0.148 0.852 0.000
#> SRR614912 2 0.4099 0.694890 0.140 0.852 0.008
#> SRR1478410 2 0.6936 -0.193070 0.016 0.524 0.460
#> SRR613975 2 0.4346 0.683955 0.184 0.816 0.000
#> SRR1441631 2 0.7505 0.614869 0.160 0.696 0.144
#> SRR1088044 2 0.5072 0.683404 0.196 0.792 0.012
#> SRR1082909 1 0.7909 0.706094 0.648 0.240 0.112
#> SRR1392007 2 0.6075 0.270843 0.008 0.676 0.316
#> SRR2166524 2 0.6307 0.457311 0.328 0.660 0.012
#> SRR1445765 1 0.4465 0.770031 0.820 0.176 0.004
#> SRR819867 2 0.3832 0.698176 0.100 0.880 0.020
#> SRR1339675 1 0.7613 0.732915 0.680 0.204 0.116
#> SRR1085687 2 0.3832 0.698176 0.100 0.880 0.020
#> SRR597952 2 0.5988 0.464274 0.368 0.632 0.000
#> SRR1376497 2 0.7582 0.255578 0.380 0.572 0.048
#> SRR813848 3 0.1529 0.819179 0.000 0.040 0.960
#> SRR1379471 1 0.4353 0.770382 0.836 0.156 0.008
#> SRR1070960 1 0.6304 0.768816 0.752 0.192 0.056
#> SRR615285 2 0.7546 0.212403 0.396 0.560 0.044
#> SRR1325353 1 0.0747 0.684123 0.984 0.016 0.000
#> SRR1470682 2 0.3500 0.697367 0.116 0.880 0.004
#> SRR615886 1 0.5247 0.741168 0.768 0.224 0.008
#> SRR1397649 2 0.4235 0.682117 0.176 0.824 0.000
#> SRR819690 1 0.4700 0.774218 0.812 0.180 0.008
#> SRR1336113 2 0.7330 0.611119 0.216 0.692 0.092
#> SRR1396570 2 0.5497 0.586347 0.292 0.708 0.000
#> SRR1327366 2 0.6498 0.018826 0.008 0.596 0.396
#> SRR1317218 2 0.4235 0.682117 0.176 0.824 0.000
#> SRR1352001 1 0.3896 0.771923 0.864 0.128 0.008
#> SRR1469791 2 0.5944 0.670250 0.088 0.792 0.120
#> SRR1388046 1 0.6180 0.306706 0.584 0.416 0.000
#> SRR655076 1 0.6500 0.166528 0.532 0.464 0.004
#> SRR1464353 2 0.3918 0.693884 0.140 0.856 0.004
#> SRR654754 1 0.4195 0.777252 0.852 0.136 0.012
#> SRR599412 1 0.8144 0.539153 0.572 0.344 0.084
#> SRR2166308 2 0.7548 0.589024 0.204 0.684 0.112
#> SRR655696 1 0.7915 0.707786 0.644 0.248 0.108
#> SRR602978 2 0.4842 0.650706 0.224 0.776 0.000
#> SRR1323850 2 0.4737 0.694308 0.084 0.852 0.064
#> SRR1365512 2 0.6954 0.564605 0.084 0.720 0.196
#> SRR663380 1 0.4121 0.760498 0.832 0.168 0.000
#> SRR1410469 2 0.5677 0.686650 0.124 0.804 0.072
#> SRR659259 3 0.4931 0.805688 0.000 0.232 0.768
#> SRR1421223 2 0.5454 0.700843 0.152 0.804 0.044
#> SRR1092567 2 0.6954 0.564605 0.084 0.720 0.196
#> SRR1472598 2 0.5764 0.684019 0.124 0.800 0.076
#> SRR1069279 2 0.5521 0.690723 0.180 0.788 0.032
#> SRR1351624 2 0.5792 0.685173 0.192 0.772 0.036
#> SRR1342938 2 0.7282 0.617637 0.144 0.712 0.144
#> SRR599346 2 0.6047 0.528921 0.312 0.680 0.008
#> SRR1359045 1 0.8101 0.695027 0.640 0.228 0.132
#> SRR601843 1 0.4551 0.776680 0.840 0.140 0.020
#> SRR1318898 1 0.7860 0.705049 0.656 0.228 0.116
#> SRR1455104 1 0.6719 0.749910 0.728 0.204 0.068
#> SRR598565 1 0.9713 0.428419 0.444 0.240 0.316
#> SRR1315188 2 0.7034 0.418051 0.048 0.668 0.284
#> SRR1409875 2 0.7406 0.243257 0.044 0.596 0.360
#> SRR1348270 2 0.4121 0.683734 0.168 0.832 0.000
#> SRR602389 1 0.6625 0.758967 0.736 0.196 0.068
#> SRR1451857 2 0.5618 0.612308 0.260 0.732 0.008
#> SRR1436629 2 0.4452 0.675226 0.192 0.808 0.000
#> SRR1349144 1 0.0747 0.684123 0.984 0.016 0.000
#> SRR615491 3 0.4964 0.835165 0.048 0.116 0.836
#> SRR1095937 1 0.4544 0.602287 0.860 0.056 0.084
#> SRR1473295 1 0.5588 0.683358 0.720 0.276 0.004
#> SRR1457972 2 0.3918 0.698607 0.120 0.868 0.012
#> SRR1475430 2 0.7044 0.669295 0.168 0.724 0.108
#> SRR2164562 1 0.6540 0.475711 0.584 0.408 0.008
#> SRR665490 1 0.0747 0.684123 0.984 0.016 0.000
#> SRR1434182 2 0.3993 0.670219 0.052 0.884 0.064
#> SRR1458506 1 0.7431 0.727718 0.688 0.212 0.100
#> SRR808886 2 0.6023 0.678608 0.120 0.788 0.092
#> SRR1329442 1 0.8007 0.691101 0.640 0.244 0.116
#> SRR1457925 1 0.7860 0.706360 0.656 0.228 0.116
#> SRR1434910 2 0.3965 0.697173 0.132 0.860 0.008
#> SRR614107 2 0.7102 -0.008605 0.024 0.556 0.420
#> SRR1323914 2 0.6308 0.026125 0.492 0.508 0.000
#> SRR1323065 1 0.7169 0.748939 0.704 0.208 0.088
#> SRR1309578 2 0.6308 0.034892 0.492 0.508 0.000
#> SRR1500908 1 0.7144 0.742096 0.700 0.220 0.080
#> SRR1076753 1 0.3377 0.759770 0.896 0.092 0.012
#> SRR1327410 2 0.6634 0.666423 0.104 0.752 0.144
#> SRR608064 1 0.7898 0.717199 0.652 0.232 0.116
#> SRR608512 1 0.7180 0.729864 0.700 0.216 0.084
#> SRR2167551 1 0.6608 0.349617 0.560 0.432 0.008
#> SRR1394872 1 0.6398 0.761376 0.748 0.192 0.060
#> SRR1345669 1 0.5524 0.775713 0.796 0.164 0.040
#> SRR1367588 2 0.7074 -0.065185 0.480 0.500 0.020
#> SRR1387724 2 0.7245 0.606140 0.120 0.712 0.168
#> SRR660438 1 0.6513 0.486595 0.592 0.400 0.008
#> SRR1310758 2 0.6264 0.620201 0.256 0.716 0.028
#> SRR601525 2 0.6398 0.384181 0.372 0.620 0.008
#> SRR818749 1 0.7945 0.706601 0.652 0.224 0.124
#> SRR604294 1 0.8869 0.389615 0.496 0.380 0.124
#> SRR1322494 2 0.4121 0.702804 0.108 0.868 0.024
#> SRR1377949 2 0.5677 0.686650 0.124 0.804 0.072
#> SRR1317001 1 0.4539 0.778534 0.836 0.148 0.016
#> SRR1311897 1 0.4575 0.772165 0.828 0.160 0.012
#> SRR1308715 2 0.6309 -0.016281 0.500 0.500 0.000
#> SRR1415195 3 0.2878 0.832292 0.000 0.096 0.904
#> SRR1380163 2 0.4233 0.687286 0.160 0.836 0.004
#> SRR1480611 1 0.3129 0.756452 0.904 0.088 0.008
#> SRR603834 1 0.4702 0.755085 0.788 0.212 0.000
#> SRR1341256 2 0.4796 0.663345 0.220 0.780 0.000
#> SRR613795 1 0.4750 0.733149 0.784 0.216 0.000
#> SRR659744 2 0.5158 0.648873 0.232 0.764 0.004
#> SRR1479549 1 0.0747 0.686694 0.984 0.016 0.000
#> SRR613258 1 0.6345 0.417085 0.596 0.400 0.004
#> SRR1088808 3 0.2926 0.823639 0.040 0.036 0.924
#> SRR1329068 2 0.4556 0.693373 0.080 0.860 0.060
#> SRR1480565 2 0.4489 0.701217 0.108 0.856 0.036
#> SRR1337137 2 0.6498 0.018826 0.008 0.596 0.396
#> SRR1099520 1 0.4575 0.772165 0.828 0.160 0.012
#> SRR603942 1 0.9853 0.299087 0.400 0.256 0.344
#> SRR1440625 2 0.5764 0.684019 0.124 0.800 0.076
#> SRR1391700 1 0.0747 0.684123 0.984 0.016 0.000
#> SRR657360 1 0.3340 0.763248 0.880 0.120 0.000
#> SRR1473443 2 0.5677 0.686650 0.124 0.804 0.072
#> SRR1498438 2 0.7263 0.552848 0.084 0.692 0.224
#> SRR1394655 3 0.5307 0.827897 0.048 0.136 0.816
#> SRR1322437 3 0.4555 0.821468 0.000 0.200 0.800
#> SRR660236 3 0.5538 0.833985 0.072 0.116 0.812
#> SRR1466338 2 0.5677 0.686650 0.124 0.804 0.072
#> SRR604148 1 0.8300 0.676132 0.620 0.244 0.136
#> SRR1334939 1 0.7043 0.167738 0.532 0.448 0.020
#> SRR1349497 1 0.7272 0.735511 0.700 0.204 0.096
#> SRR1360523 1 0.4953 0.777303 0.808 0.176 0.016
#> SRR1446114 2 0.5627 0.560709 0.032 0.780 0.188
#> SRR1339366 2 0.4002 0.686007 0.160 0.840 0.000
#> SRR656469 2 0.7074 -0.065185 0.480 0.500 0.020
#> SRR1389868 1 0.3851 0.773583 0.860 0.136 0.004
#> SRR1390265 2 0.4233 0.687286 0.160 0.836 0.004
#> SRR1364935 2 0.5875 0.613558 0.056 0.784 0.160
#> SRR1469102 1 0.3896 0.771923 0.864 0.128 0.008
#> SRR1440584 2 0.4750 0.661010 0.216 0.784 0.000
#> SRR1459697 2 0.5069 0.623387 0.044 0.828 0.128
#> SRR1352575 1 0.2261 0.730843 0.932 0.068 0.000
#> SRR613711 2 0.4291 0.679607 0.180 0.820 0.000
#> SRR614023 1 0.3425 0.764394 0.884 0.112 0.004
#> SRR1316174 1 0.8641 0.647606 0.592 0.248 0.160
#> SRR603268 2 0.5158 0.648873 0.232 0.764 0.004
#> SRR1486044 2 0.4164 0.694149 0.144 0.848 0.008
#> SRR1441483 2 0.6228 0.412842 0.372 0.624 0.004
#> SRR1074189 1 0.6345 0.417085 0.596 0.400 0.004
#> SRR665646 1 0.7844 0.702939 0.652 0.240 0.108
#> SRR1404931 3 0.6067 0.772239 0.028 0.236 0.736
#> SRR1431552 3 0.5538 0.833985 0.072 0.116 0.812
#> SRR1479085 2 0.7744 -0.048306 0.448 0.504 0.048
#> SRR1322711 2 0.4291 0.691789 0.180 0.820 0.000
#> SRR1404988 2 0.4399 0.645633 0.044 0.864 0.092
#> SRR1419848 2 0.4978 0.664103 0.216 0.780 0.004
#> SRR1332713 3 0.5307 0.827897 0.048 0.136 0.816
#> SRR1070863 1 0.4575 0.772165 0.828 0.160 0.012
#> SRR659947 1 0.6509 0.209855 0.524 0.472 0.004
#> SRR1414356 1 0.8813 0.627966 0.580 0.236 0.184
#> SRR599122 2 0.7221 0.618951 0.148 0.716 0.136
#> SRR1344100 2 0.6553 0.455896 0.324 0.656 0.020
#> SRR613018 2 0.7388 0.256270 0.044 0.600 0.356
#> SRR1456591 1 0.4700 0.773304 0.812 0.180 0.008
#> SRR1368710 1 0.6309 0.019741 0.504 0.496 0.000
#> SRR1397885 1 0.8495 0.670682 0.612 0.220 0.168
#> SRR1319283 1 0.4047 0.726805 0.848 0.148 0.004
#> SRR1349518 2 0.3879 0.689337 0.152 0.848 0.000
#> SRR1471267 1 0.0747 0.684123 0.984 0.016 0.000
#> SRR655277 1 0.7844 0.702939 0.652 0.240 0.108
#> SRR1455436 2 0.5237 0.630400 0.056 0.824 0.120
#> SRR658009 1 0.4195 0.777252 0.852 0.136 0.012
#> SRR1331383 3 0.4555 0.821468 0.000 0.200 0.800
#> SRR1394894 2 0.7533 0.229812 0.392 0.564 0.044
#> SRR659133 3 0.5538 0.833985 0.072 0.116 0.812
#> SRR660212 2 0.7546 0.212403 0.396 0.560 0.044
#> SRR657821 1 0.2116 0.657056 0.948 0.040 0.012
#> SRR1379279 2 0.4978 0.664103 0.216 0.780 0.004
#> SRR663149 2 0.7353 0.228254 0.396 0.568 0.036
#> SRR1413032 2 0.5744 0.685322 0.128 0.800 0.072
#> SRR1377557 1 0.2945 0.756092 0.908 0.088 0.004
#> SRR1335296 2 0.4121 0.684834 0.168 0.832 0.000
#> SRR1407273 1 0.6973 0.338118 0.564 0.416 0.020
#> SRR657101 1 0.6460 0.361105 0.556 0.440 0.004
#> SRR1350588 2 0.8410 0.564818 0.164 0.620 0.216
#> SRR1368486 1 0.4121 0.761700 0.832 0.168 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.512 0.71685 0.804 0.064 0.072 0.060
#> SRR1499543 1 0.482 0.72259 0.820 0.056 0.068 0.056
#> SRR1443419 2 0.665 0.33013 0.396 0.516 0.088 0.000
#> SRR657372 4 0.881 -0.05498 0.336 0.100 0.128 0.436
#> SRR661409 1 0.807 0.14821 0.484 0.300 0.192 0.024
#> SRR1409721 2 0.313 0.61408 0.128 0.864 0.004 0.004
#> SRR1391678 1 0.305 0.74802 0.896 0.032 0.064 0.008
#> SRR1392030 1 0.480 0.73851 0.820 0.056 0.048 0.076
#> SRR1453787 1 0.424 0.66534 0.796 0.028 0.176 0.000
#> SRR654969 1 0.519 0.67822 0.756 0.096 0.148 0.000
#> SRR1435113 4 0.747 0.62138 0.040 0.192 0.156 0.612
#> SRR601359 1 0.663 0.65654 0.708 0.076 0.092 0.124
#> SRR663392 2 0.427 0.53939 0.052 0.840 0.020 0.088
#> SRR1374716 4 0.464 0.68935 0.000 0.152 0.060 0.788
#> SRR601157 1 0.605 0.68498 0.748 0.068 0.092 0.092
#> SRR615347 2 0.689 0.43391 0.300 0.564 0.136 0.000
#> SRR1329464 1 0.300 0.75486 0.896 0.036 0.064 0.004
#> SRR1357344 1 0.622 0.39244 0.556 0.060 0.384 0.000
#> SRR1365356 3 0.843 0.82085 0.192 0.292 0.472 0.044
#> SRR598068 3 0.937 0.75700 0.232 0.280 0.384 0.104
#> SRR810343 1 0.539 0.70890 0.788 0.056 0.076 0.080
#> SRR1431991 1 0.288 0.74714 0.904 0.028 0.060 0.008
#> SRR1312024 2 0.997 -0.40578 0.256 0.268 0.264 0.212
#> SRR1499699 1 0.456 0.70688 0.792 0.056 0.152 0.000
#> SRR1397861 1 0.276 0.75160 0.908 0.036 0.052 0.004
#> SRR1479663 2 0.698 0.34742 0.376 0.504 0.120 0.000
#> SRR1475483 1 0.256 0.75126 0.920 0.036 0.036 0.008
#> SRR603726 1 0.868 0.24136 0.472 0.092 0.132 0.304
#> SRR663368 1 0.496 0.73247 0.812 0.060 0.076 0.052
#> SRR1354225 2 0.599 0.03661 0.004 0.568 0.036 0.392
#> SRR1089809 2 0.849 -0.21200 0.044 0.460 0.200 0.296
#> SRR1338901 2 0.595 0.49976 0.160 0.696 0.144 0.000
#> SRR598645 3 0.921 0.58960 0.088 0.336 0.364 0.212
#> SRR656528 1 0.851 -0.05371 0.456 0.232 0.272 0.040
#> SRR809503 1 0.529 0.67271 0.748 0.100 0.152 0.000
#> SRR659923 2 0.323 0.61470 0.116 0.868 0.004 0.012
#> SRR1498226 1 0.206 0.73993 0.932 0.016 0.052 0.000
#> SRR1319858 1 0.323 0.74438 0.880 0.048 0.072 0.000
#> SRR1350566 1 0.305 0.75395 0.900 0.028 0.056 0.016
#> SRR614743 4 0.846 0.09836 0.032 0.316 0.224 0.428
#> SRR1406307 1 0.259 0.75394 0.916 0.044 0.036 0.004
#> SRR1348318 1 0.617 0.68173 0.740 0.072 0.080 0.108
#> SRR1343433 1 0.391 0.74893 0.864 0.044 0.060 0.032
#> SRR1342088 2 0.737 -0.33904 0.136 0.508 0.348 0.008
#> SRR1404384 2 0.782 0.10396 0.368 0.376 0.256 0.000
#> SRR655495 3 0.881 0.29655 0.040 0.312 0.340 0.308
#> SRR812270 4 0.853 0.01313 0.032 0.356 0.228 0.384
#> SRR821176 2 0.305 0.61358 0.116 0.872 0.000 0.012
#> SRR807799 2 0.276 0.61393 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.618 0.28587 0.572 0.368 0.060 0.000
#> SRR1415274 1 0.593 0.68933 0.756 0.068 0.084 0.092
#> SRR1491275 1 0.622 0.39244 0.556 0.060 0.384 0.000
#> SRR659851 1 0.490 0.72095 0.792 0.080 0.120 0.008
#> SRR1337364 1 0.585 0.70620 0.760 0.072 0.100 0.068
#> SRR1414471 1 0.238 0.74339 0.920 0.028 0.052 0.000
#> SRR1471862 1 0.604 0.69068 0.748 0.068 0.104 0.080
#> SRR1456208 1 0.844 0.24181 0.536 0.136 0.232 0.096
#> SRR1393428 2 0.882 -0.40291 0.048 0.400 0.276 0.276
#> SRR1327632 1 0.565 0.69779 0.772 0.060 0.092 0.076
#> SRR608120 1 0.424 0.66534 0.796 0.028 0.176 0.000
#> SRR607679 2 0.598 0.04631 0.004 0.572 0.036 0.388
#> SRR1359529 1 0.741 0.27071 0.504 0.296 0.200 0.000
#> SRR1330305 2 0.677 0.28226 0.408 0.496 0.096 0.000
#> SRR1436042 1 0.640 0.68386 0.724 0.068 0.096 0.112
#> SRR656191 2 0.305 0.61358 0.116 0.872 0.000 0.012
#> SRR1419211 1 0.217 0.74123 0.928 0.020 0.052 0.000
#> SRR658117 1 0.698 0.42623 0.600 0.180 0.216 0.004
#> SRR1090770 1 0.219 0.74415 0.932 0.020 0.044 0.004
#> SRR657420 1 0.460 0.75267 0.828 0.060 0.080 0.032
#> SRR1398686 1 0.228 0.74535 0.928 0.020 0.048 0.004
#> SRR821207 1 0.286 0.73815 0.900 0.024 0.072 0.004
#> SRR1074694 2 0.827 -0.04933 0.352 0.404 0.224 0.020
#> SRR1413851 2 0.691 0.37762 0.364 0.520 0.116 0.000
#> SRR1319924 2 0.276 0.61393 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.404 0.73195 0.832 0.056 0.112 0.000
#> SRR1095792 2 0.711 -0.19056 0.120 0.552 0.320 0.008
#> SRR1476903 1 0.581 0.70995 0.764 0.072 0.088 0.076
#> SRR1406502 2 0.602 0.55368 0.208 0.680 0.112 0.000
#> SRR607502 2 0.763 0.20774 0.144 0.600 0.208 0.048
#> SRR602951 3 0.906 0.50854 0.064 0.340 0.348 0.248
#> SRR1402922 2 0.807 0.01932 0.320 0.356 0.320 0.004
#> SRR1314071 2 0.992 -0.25616 0.256 0.304 0.204 0.236
#> SRR1374778 1 0.819 -0.20211 0.404 0.264 0.320 0.012
#> SRR1089926 3 0.855 0.74218 0.232 0.308 0.424 0.036
#> SRR1437056 3 0.843 0.82085 0.192 0.292 0.472 0.044
#> SRR1366772 2 0.300 0.59587 0.084 0.892 0.012 0.012
#> SRR1487465 1 0.868 0.24136 0.472 0.092 0.132 0.304
#> SRR2166006 2 0.810 0.19400 0.376 0.436 0.160 0.028
#> SRR1341034 2 0.464 0.55532 0.072 0.828 0.060 0.040
#> SRR1460235 1 0.415 0.74404 0.840 0.064 0.088 0.008
#> SRR1368917 1 0.308 0.75477 0.900 0.028 0.052 0.020
#> SRR1457197 2 0.852 -0.23503 0.040 0.440 0.212 0.308
#> SRR1433311 3 0.843 0.82085 0.192 0.292 0.472 0.044
#> SRR656373 4 0.280 0.68932 0.020 0.012 0.060 0.908
#> SRR1454265 1 0.221 0.74516 0.928 0.028 0.044 0.000
#> SRR1454498 3 0.843 0.82085 0.192 0.292 0.472 0.044
#> SRR661711 1 0.393 0.74174 0.864 0.044 0.056 0.036
#> SRR661493 1 0.221 0.74516 0.928 0.028 0.044 0.000
#> SRR1356120 1 0.285 0.74578 0.904 0.036 0.056 0.004
#> SRR1381414 2 0.330 0.61393 0.144 0.848 0.008 0.000
#> SRR1350263 3 0.841 0.81130 0.148 0.308 0.484 0.060
#> SRR1327349 4 0.676 0.41485 0.008 0.360 0.080 0.552
#> SRR1476348 2 0.570 0.55898 0.104 0.768 0.060 0.068
#> SRR656035 1 0.218 0.74179 0.924 0.012 0.064 0.000
#> SRR2165896 1 0.745 0.31558 0.508 0.264 0.228 0.000
#> SRR601549 2 0.702 0.25598 0.128 0.632 0.216 0.024
#> SRR658573 2 0.319 0.60330 0.096 0.880 0.008 0.016
#> SRR1393470 2 0.698 0.41855 0.084 0.684 0.120 0.112
#> SRR1381247 3 0.848 0.71629 0.164 0.392 0.396 0.048
#> SRR1322790 3 0.846 0.81598 0.196 0.296 0.464 0.044
#> SRR1404044 1 0.283 0.75412 0.908 0.036 0.048 0.008
#> SRR1487728 1 0.524 0.68168 0.764 0.104 0.128 0.004
#> SRR1419593 1 0.316 0.72070 0.872 0.020 0.108 0.000
#> SRR1434689 2 0.332 0.60535 0.096 0.876 0.012 0.016
#> SRR1349540 1 0.391 0.74704 0.856 0.080 0.052 0.012
#> SRR1377967 2 0.289 0.61383 0.124 0.872 0.000 0.004
#> SRR662510 2 0.718 0.17265 0.408 0.456 0.136 0.000
#> SRR1370151 2 0.557 0.55813 0.096 0.776 0.056 0.072
#> SRR809043 4 0.629 0.60038 0.012 0.132 0.164 0.692
#> SRR659578 1 0.683 0.41763 0.572 0.296 0.132 0.000
#> SRR1339413 2 0.706 0.34127 0.376 0.496 0.128 0.000
#> SRR1434760 1 0.409 0.72496 0.832 0.096 0.072 0.000
#> SRR660079 1 0.516 0.68610 0.760 0.104 0.136 0.000
#> SRR1465153 4 0.747 0.62138 0.040 0.192 0.156 0.612
#> SRR1340924 1 0.300 0.75351 0.896 0.036 0.064 0.004
#> SRR1073267 2 0.836 -0.05171 0.088 0.540 0.236 0.136
#> SRR1418688 3 0.852 0.75752 0.220 0.292 0.448 0.040
#> SRR602338 1 0.177 0.74187 0.944 0.012 0.044 0.000
#> SRR1323936 4 0.406 0.70163 0.000 0.108 0.060 0.832
#> SRR1313789 2 0.698 0.37317 0.360 0.516 0.124 0.000
#> SRR614275 3 0.921 0.58960 0.088 0.336 0.364 0.212
#> SRR601962 1 0.675 0.64753 0.696 0.072 0.092 0.140
#> SRR663795 1 0.842 0.29570 0.496 0.084 0.116 0.304
#> SRR1418650 2 0.313 0.61408 0.128 0.864 0.004 0.004
#> SRR655780 2 0.685 0.39379 0.312 0.572 0.112 0.004
#> SRR661794 1 0.221 0.74516 0.928 0.028 0.044 0.000
#> SRR1339508 3 0.846 0.81598 0.196 0.296 0.464 0.044
#> SRR1501097 2 0.310 0.61438 0.140 0.856 0.004 0.000
#> SRR1358459 2 0.772 0.17052 0.324 0.436 0.240 0.000
#> SRR1333550 2 0.638 0.55296 0.212 0.676 0.096 0.016
#> SRR821148 1 0.436 0.66100 0.784 0.028 0.188 0.000
#> SRR808658 1 0.740 0.29127 0.504 0.300 0.196 0.000
#> SRR598100 1 0.697 0.63449 0.680 0.076 0.096 0.148
#> SRR1475281 2 0.772 0.17052 0.324 0.436 0.240 0.000
#> SRR1469477 3 0.910 0.78242 0.168 0.324 0.408 0.100
#> SRR1468184 2 0.317 0.60885 0.104 0.876 0.016 0.004
#> SRR1415660 2 0.605 0.10950 0.008 0.588 0.036 0.368
#> SRR816892 2 0.658 0.44652 0.072 0.712 0.108 0.108
#> SRR1447325 4 0.573 0.68752 0.060 0.028 0.172 0.740
#> SRR1415980 1 0.587 0.69095 0.760 0.068 0.088 0.084
#> SRR658021 1 0.465 0.72620 0.804 0.080 0.112 0.004
#> SRR1356308 2 0.352 0.61593 0.120 0.856 0.020 0.004
#> SRR1443695 1 0.498 0.73885 0.808 0.088 0.064 0.040
#> SRR1083031 1 0.763 0.19641 0.468 0.292 0.240 0.000
#> SRR1466177 2 0.698 0.37317 0.360 0.516 0.124 0.000
#> SRR1346978 2 0.310 0.61438 0.140 0.856 0.004 0.000
#> SRR607705 1 0.771 0.03472 0.452 0.268 0.280 0.000
#> SRR598364 1 0.625 0.67564 0.736 0.080 0.100 0.084
#> SRR603036 1 0.252 0.73939 0.912 0.024 0.064 0.000
#> SRR604342 4 0.168 0.69108 0.000 0.012 0.040 0.948
#> SRR1365850 2 0.464 0.55532 0.072 0.828 0.060 0.040
#> SRR1335940 1 0.538 0.70765 0.788 0.060 0.088 0.064
#> SRR1436515 1 0.388 0.67758 0.824 0.016 0.156 0.004
#> SRR1367612 2 0.329 0.61369 0.112 0.868 0.004 0.016
#> SRR1411002 1 0.372 0.74129 0.872 0.048 0.056 0.024
#> SRR1446606 2 0.711 -0.19056 0.120 0.552 0.320 0.008
#> SRR1350936 1 0.394 0.72761 0.840 0.060 0.100 0.000
#> SRR1351257 2 0.827 -0.04933 0.352 0.404 0.224 0.020
#> SRR1316793 1 0.822 -0.25268 0.392 0.272 0.324 0.012
#> SRR1090815 1 0.415 0.74489 0.840 0.064 0.088 0.008
#> SRR657845 1 0.297 0.71358 0.884 0.020 0.096 0.000
#> SRR1408633 2 0.400 0.56095 0.060 0.860 0.048 0.032
#> SRR1398971 4 0.326 0.69570 0.020 0.032 0.056 0.892
#> SRR1399457 2 0.613 0.54586 0.216 0.668 0.116 0.000
#> SRR1073341 1 0.349 0.74518 0.864 0.044 0.092 0.000
#> SRR810805 1 0.417 0.75199 0.852 0.052 0.060 0.036
#> SRR1309657 1 0.504 0.71700 0.808 0.060 0.072 0.060
#> SRR820186 1 0.337 0.75502 0.888 0.044 0.048 0.020
#> SRR1388913 2 0.621 0.47363 0.068 0.736 0.080 0.116
#> SRR1396270 3 0.926 0.77298 0.180 0.308 0.400 0.112
#> SRR613402 2 0.307 0.61469 0.124 0.868 0.004 0.004
#> SRR614912 2 0.305 0.61358 0.116 0.872 0.000 0.012
#> SRR1478410 4 0.854 0.07199 0.036 0.312 0.228 0.424
#> SRR613975 2 0.338 0.61519 0.140 0.848 0.012 0.000
#> SRR1441631 3 0.850 0.77939 0.176 0.308 0.464 0.052
#> SRR1088044 2 0.595 0.49976 0.160 0.696 0.144 0.000
#> SRR1082909 1 0.578 0.70186 0.764 0.064 0.100 0.072
#> SRR1392007 2 0.612 0.25811 0.016 0.632 0.040 0.312
#> SRR2166524 2 0.734 0.33905 0.312 0.548 0.124 0.016
#> SRR1445765 1 0.360 0.74526 0.860 0.056 0.084 0.000
#> SRR819867 2 0.344 0.59236 0.084 0.876 0.012 0.028
#> SRR1339675 1 0.532 0.72151 0.792 0.056 0.072 0.080
#> SRR1085687 2 0.344 0.59236 0.084 0.876 0.012 0.028
#> SRR597952 2 0.689 0.43391 0.300 0.564 0.136 0.000
#> SRR1376497 1 0.822 -0.25268 0.392 0.272 0.324 0.012
#> SRR813848 4 0.180 0.69968 0.000 0.016 0.040 0.944
#> SRR1379471 1 0.240 0.74833 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR1070960 1 0.374 0.74772 0.872 0.048 0.052 0.028
#> SRR615285 1 0.819 -0.20211 0.404 0.264 0.320 0.012
#> SRR1325353 1 0.343 0.67485 0.844 0.012 0.144 0.000
#> SRR1470682 2 0.301 0.59968 0.092 0.888 0.012 0.008
#> SRR615886 1 0.534 0.69070 0.756 0.104 0.136 0.004
#> SRR1397649 2 0.320 0.61455 0.136 0.856 0.008 0.000
#> SRR819690 1 0.269 0.75202 0.912 0.044 0.040 0.004
#> SRR1336113 2 0.834 0.28218 0.236 0.540 0.140 0.084
#> SRR1396570 2 0.621 0.53401 0.232 0.656 0.112 0.000
#> SRR1327366 2 0.599 0.03661 0.004 0.568 0.036 0.392
#> SRR1317218 2 0.320 0.61455 0.136 0.856 0.008 0.000
#> SRR1352001 1 0.221 0.74871 0.928 0.028 0.044 0.000
#> SRR1469791 2 0.754 0.20115 0.084 0.612 0.224 0.080
#> SRR1388046 1 0.693 0.10696 0.524 0.356 0.120 0.000
#> SRR655076 2 0.751 0.27059 0.380 0.436 0.184 0.000
#> SRR1464353 2 0.304 0.61292 0.112 0.876 0.008 0.004
#> SRR654754 1 0.236 0.75394 0.924 0.020 0.052 0.004
#> SRR599412 1 0.716 0.58762 0.652 0.192 0.084 0.072
#> SRR2166308 3 0.855 0.74218 0.232 0.308 0.424 0.036
#> SRR655696 1 0.592 0.70803 0.756 0.072 0.100 0.072
#> SRR602978 2 0.424 0.60501 0.168 0.800 0.032 0.000
#> SRR1323850 2 0.557 0.55813 0.096 0.776 0.056 0.072
#> SRR1365512 3 0.870 0.77398 0.120 0.336 0.448 0.096
#> SRR663380 1 0.407 0.72890 0.832 0.064 0.104 0.000
#> SRR1410469 2 0.711 -0.19056 0.120 0.552 0.320 0.008
#> SRR659259 4 0.520 0.67136 0.000 0.184 0.072 0.744
#> SRR1421223 2 0.673 0.41508 0.136 0.668 0.172 0.024
#> SRR1092567 3 0.870 0.77398 0.120 0.336 0.448 0.096
#> SRR1472598 2 0.724 -0.25528 0.128 0.532 0.332 0.008
#> SRR1069279 2 0.651 0.44303 0.144 0.672 0.172 0.012
#> SRR1351624 2 0.683 0.39353 0.164 0.640 0.184 0.012
#> SRR1342938 3 0.843 0.82085 0.192 0.292 0.472 0.044
#> SRR599346 2 0.526 0.52512 0.272 0.696 0.028 0.004
#> SRR1359045 1 0.593 0.68933 0.756 0.068 0.084 0.092
#> SRR601843 1 0.269 0.75337 0.916 0.040 0.032 0.012
#> SRR1318898 1 0.560 0.70184 0.776 0.068 0.088 0.068
#> SRR1455104 1 0.508 0.73101 0.800 0.076 0.092 0.032
#> SRR598565 1 0.803 0.44618 0.552 0.080 0.100 0.268
#> SRR1315188 3 0.922 0.56874 0.088 0.332 0.364 0.216
#> SRR1409875 2 0.853 -0.23815 0.040 0.436 0.212 0.312
#> SRR1348270 2 0.300 0.61445 0.132 0.864 0.004 0.000
#> SRR602389 1 0.411 0.73790 0.856 0.044 0.056 0.044
#> SRR1451857 2 0.544 0.56972 0.200 0.736 0.052 0.012
#> SRR1436629 2 0.340 0.61292 0.152 0.840 0.008 0.000
#> SRR1349144 1 0.353 0.67096 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR615491 4 0.537 0.68518 0.056 0.020 0.164 0.760
#> SRR1095937 1 0.611 0.36737 0.560 0.016 0.400 0.024
#> SRR1473295 1 0.566 0.64973 0.732 0.124 0.140 0.004
#> SRR1457972 2 0.314 0.60175 0.092 0.884 0.012 0.012
#> SRR1475430 2 0.850 -0.24175 0.188 0.488 0.268 0.056
#> SRR2164562 1 0.698 0.42623 0.600 0.180 0.216 0.004
#> SRR665490 1 0.358 0.66692 0.832 0.012 0.156 0.000
#> SRR1434182 2 0.467 0.53889 0.056 0.828 0.052 0.064
#> SRR1458506 1 0.504 0.71700 0.808 0.060 0.072 0.060
#> SRR808886 2 0.737 -0.33904 0.136 0.508 0.348 0.008
#> SRR1329442 1 0.592 0.69158 0.756 0.080 0.096 0.068
#> SRR1457925 1 0.560 0.70273 0.776 0.064 0.088 0.072
#> SRR1434910 2 0.325 0.60731 0.100 0.876 0.016 0.008
#> SRR614107 4 0.874 -0.23285 0.036 0.296 0.316 0.352
#> SRR1323914 2 0.696 0.36839 0.368 0.512 0.120 0.000
#> SRR1323065 1 0.474 0.73521 0.824 0.052 0.068 0.056
#> SRR1309578 2 0.698 0.37317 0.360 0.516 0.124 0.000
#> SRR1500908 1 0.490 0.72701 0.816 0.068 0.060 0.056
#> SRR1076753 1 0.155 0.74066 0.952 0.008 0.040 0.000
#> SRR1327410 2 0.816 -0.01636 0.104 0.556 0.244 0.096
#> SRR608064 1 0.581 0.70995 0.764 0.072 0.088 0.076
#> SRR608512 1 0.564 0.71195 0.772 0.088 0.088 0.052
#> SRR2167551 1 0.767 0.20443 0.460 0.256 0.284 0.000
#> SRR1394872 1 0.372 0.74129 0.872 0.048 0.056 0.024
#> SRR1345669 1 0.297 0.75215 0.900 0.032 0.060 0.008
#> SRR1367588 1 0.771 0.03472 0.452 0.268 0.280 0.000
#> SRR1387724 3 0.841 0.81130 0.148 0.308 0.484 0.060
#> SRR660438 1 0.688 0.43715 0.612 0.172 0.212 0.004
#> SRR1310758 2 0.715 0.30664 0.196 0.580 0.220 0.004
#> SRR601525 2 0.589 0.40675 0.360 0.600 0.036 0.004
#> SRR818749 1 0.574 0.69774 0.768 0.068 0.080 0.084
#> SRR604294 1 0.780 0.44368 0.576 0.256 0.076 0.092
#> SRR1322494 2 0.360 0.60268 0.100 0.864 0.012 0.024
#> SRR1377949 2 0.711 -0.19056 0.120 0.552 0.320 0.008
#> SRR1317001 1 0.264 0.75357 0.908 0.032 0.060 0.000
#> SRR1311897 1 0.267 0.74996 0.912 0.032 0.052 0.004
#> SRR1308715 2 0.702 0.34916 0.376 0.500 0.124 0.000
#> SRR1415195 4 0.308 0.71186 0.000 0.064 0.048 0.888
#> SRR1380163 2 0.294 0.61419 0.128 0.868 0.000 0.004
#> SRR1480611 1 0.172 0.73893 0.944 0.008 0.048 0.000
#> SRR603834 1 0.423 0.72216 0.824 0.096 0.080 0.000
#> SRR1341256 2 0.416 0.59692 0.188 0.792 0.020 0.000
#> SRR613795 1 0.519 0.67822 0.756 0.096 0.148 0.000
#> SRR659744 2 0.518 0.58866 0.200 0.744 0.052 0.004
#> SRR1479549 1 0.358 0.67285 0.832 0.012 0.156 0.000
#> SRR613258 1 0.618 0.28587 0.572 0.368 0.060 0.000
#> SRR1088808 4 0.382 0.67118 0.056 0.016 0.064 0.864
#> SRR1329068 2 0.393 0.56597 0.064 0.860 0.020 0.056
#> SRR1480565 2 0.372 0.58940 0.084 0.864 0.012 0.040
#> SRR1337137 2 0.599 0.03661 0.004 0.568 0.036 0.392
#> SRR1099520 1 0.267 0.74996 0.912 0.032 0.052 0.004
#> SRR603942 1 0.838 0.30739 0.500 0.084 0.112 0.304
#> SRR1440625 2 0.725 -0.26900 0.128 0.528 0.336 0.008
#> SRR1391700 1 0.348 0.67296 0.840 0.012 0.148 0.000
#> SRR657360 1 0.247 0.74019 0.908 0.012 0.080 0.000
#> SRR1473443 2 0.711 -0.19056 0.120 0.552 0.320 0.008
#> SRR1498438 3 0.888 0.71124 0.100 0.364 0.404 0.132
#> SRR1394655 4 0.582 0.67587 0.060 0.032 0.172 0.736
#> SRR1322437 4 0.461 0.68847 0.000 0.156 0.056 0.788
#> SRR660236 4 0.573 0.68752 0.060 0.028 0.172 0.740
#> SRR1466338 2 0.711 -0.19056 0.120 0.552 0.320 0.008
#> SRR604148 1 0.635 0.68279 0.728 0.072 0.108 0.092
#> SRR1334939 1 0.780 0.00131 0.416 0.320 0.264 0.000
#> SRR1349497 1 0.482 0.72259 0.820 0.056 0.068 0.056
#> SRR1360523 1 0.277 0.75458 0.908 0.040 0.048 0.004
#> SRR1446114 2 0.663 0.40265 0.048 0.688 0.084 0.180
#> SRR1339366 2 0.276 0.61393 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR656469 1 0.771 0.03472 0.452 0.268 0.280 0.000
#> SRR1389868 1 0.185 0.74908 0.940 0.012 0.048 0.000
#> SRR1390265 2 0.294 0.61419 0.128 0.868 0.000 0.004
#> SRR1364935 2 0.635 0.46065 0.064 0.720 0.072 0.144
#> SRR1469102 1 0.221 0.74871 0.928 0.028 0.044 0.000
#> SRR1440584 2 0.451 0.60120 0.176 0.784 0.040 0.000
#> SRR1459697 2 0.519 0.50049 0.056 0.784 0.028 0.132
#> SRR1352575 1 0.297 0.71358 0.884 0.020 0.096 0.000
#> SRR613711 2 0.325 0.61404 0.140 0.852 0.008 0.000
#> SRR614023 1 0.209 0.74525 0.932 0.020 0.048 0.000
#> SRR1316174 1 0.664 0.65357 0.708 0.076 0.100 0.116
#> SRR603268 2 0.518 0.58866 0.200 0.744 0.052 0.004
#> SRR1486044 2 0.323 0.61306 0.116 0.868 0.004 0.012
#> SRR1441483 2 0.624 0.48952 0.276 0.640 0.080 0.004
#> SRR1074189 1 0.618 0.28587 0.572 0.368 0.060 0.000
#> SRR665646 1 0.585 0.70620 0.760 0.072 0.100 0.068
#> SRR1404931 4 0.665 0.61997 0.024 0.136 0.164 0.676
#> SRR1431552 4 0.573 0.68752 0.060 0.028 0.172 0.740
#> SRR1479085 1 0.807 0.14821 0.484 0.300 0.192 0.024
#> SRR1322711 2 0.371 0.61536 0.132 0.840 0.028 0.000
#> SRR1404988 2 0.514 0.51488 0.052 0.800 0.056 0.092
#> SRR1419848 2 0.592 0.55467 0.176 0.696 0.128 0.000
#> SRR1332713 4 0.582 0.67587 0.060 0.032 0.172 0.736
#> SRR1070863 1 0.267 0.74996 0.912 0.032 0.052 0.004
#> SRR659947 1 0.708 0.20501 0.500 0.368 0.132 0.000
#> SRR1414356 1 0.692 0.63492 0.684 0.068 0.112 0.136
#> SRR599122 3 0.844 0.81709 0.192 0.296 0.468 0.044
#> SRR1344100 2 0.748 0.33439 0.308 0.548 0.120 0.024
#> SRR613018 2 0.852 -0.23503 0.040 0.440 0.212 0.308
#> SRR1456591 1 0.269 0.75362 0.912 0.044 0.040 0.004
#> SRR1368710 2 0.706 0.34127 0.376 0.496 0.128 0.000
#> SRR1397885 1 0.636 0.67098 0.724 0.060 0.096 0.120
#> SRR1319283 1 0.686 0.42892 0.572 0.136 0.292 0.000
#> SRR1349518 2 0.303 0.61529 0.124 0.868 0.008 0.000
#> SRR1471267 1 0.348 0.67296 0.840 0.012 0.148 0.000
#> SRR655277 1 0.585 0.70620 0.760 0.072 0.100 0.068
#> SRR1455436 2 0.615 0.47773 0.068 0.740 0.080 0.112
#> SRR658009 1 0.236 0.75394 0.924 0.020 0.052 0.004
#> SRR1331383 4 0.461 0.68847 0.000 0.156 0.056 0.788
#> SRR1394894 1 0.820 -0.21893 0.400 0.264 0.324 0.012
#> SRR659133 4 0.573 0.68752 0.060 0.028 0.172 0.740
#> SRR660212 1 0.819 -0.20211 0.404 0.264 0.320 0.012
#> SRR657821 1 0.615 0.40399 0.564 0.056 0.380 0.000
#> SRR1379279 2 0.592 0.55467 0.176 0.696 0.128 0.000
#> SRR663149 2 0.810 0.19400 0.376 0.436 0.160 0.028
#> SRR1413032 2 0.715 -0.20220 0.124 0.548 0.320 0.008
#> SRR1377557 1 0.206 0.73993 0.932 0.016 0.052 0.000
#> SRR1335296 2 0.300 0.61424 0.132 0.864 0.004 0.000
#> SRR1407273 1 0.758 0.25835 0.500 0.296 0.200 0.004
#> SRR657101 1 0.725 0.31456 0.536 0.272 0.192 0.000
#> SRR1350588 3 0.934 0.76562 0.220 0.288 0.388 0.104
#> SRR1368486 1 0.413 0.72843 0.828 0.064 0.108 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.453 0.6281 0.804 0.012 0.084 0.032 0.068
#> SRR1499543 1 0.425 0.6332 0.820 0.012 0.076 0.024 0.068
#> SRR1443419 2 0.678 0.3087 0.300 0.540 0.056 0.000 0.104
#> SRR657372 1 0.870 -0.1281 0.328 0.020 0.204 0.316 0.132
#> SRR661409 1 0.789 0.0648 0.464 0.192 0.268 0.024 0.052
#> SRR1409721 2 0.157 0.6969 0.044 0.944 0.000 0.004 0.008
#> SRR1391678 1 0.250 0.6181 0.908 0.004 0.028 0.008 0.052
#> SRR1392030 1 0.430 0.6468 0.820 0.012 0.076 0.036 0.056
#> SRR1453787 1 0.375 0.3697 0.772 0.012 0.004 0.000 0.212
#> SRR654969 1 0.532 0.4239 0.732 0.056 0.076 0.000 0.136
#> SRR1435113 4 0.750 0.6853 0.008 0.156 0.108 0.548 0.180
#> SRR601359 1 0.598 0.5656 0.708 0.016 0.120 0.080 0.076
#> SRR663392 2 0.301 0.6437 0.000 0.860 0.016 0.116 0.008
#> SRR1374716 4 0.377 0.7407 0.000 0.108 0.060 0.824 0.008
#> SRR601157 1 0.532 0.5995 0.752 0.012 0.112 0.052 0.072
#> SRR615347 2 0.712 0.4557 0.232 0.560 0.080 0.004 0.124
#> SRR1329464 1 0.294 0.6455 0.880 0.008 0.048 0.000 0.064
#> SRR1357344 5 0.521 0.8976 0.420 0.036 0.004 0.000 0.540
#> SRR1365356 3 0.359 0.5917 0.136 0.024 0.828 0.004 0.008
#> SRR598068 3 0.610 0.5668 0.184 0.044 0.684 0.052 0.036
#> SRR810343 1 0.471 0.6238 0.792 0.012 0.096 0.036 0.064
#> SRR1431991 1 0.250 0.6179 0.908 0.004 0.028 0.008 0.052
#> SRR1312024 3 0.907 0.2689 0.240 0.120 0.392 0.176 0.072
#> SRR1499699 1 0.452 0.4703 0.768 0.020 0.052 0.000 0.160
#> SRR1397861 1 0.261 0.6217 0.900 0.024 0.016 0.000 0.060
#> SRR1479663 2 0.627 0.3667 0.256 0.556 0.004 0.000 0.184
#> SRR1475483 1 0.203 0.6315 0.932 0.012 0.016 0.004 0.036
#> SRR603726 1 0.820 0.1578 0.464 0.020 0.192 0.220 0.104
#> SRR663368 1 0.425 0.6446 0.812 0.016 0.112 0.016 0.044
#> SRR1354225 2 0.533 0.1347 0.000 0.532 0.036 0.424 0.008
#> SRR1089809 2 0.798 -0.1487 0.016 0.340 0.320 0.284 0.040
#> SRR1338901 2 0.619 0.5520 0.088 0.676 0.156 0.008 0.072
#> SRR598645 3 0.710 0.4508 0.064 0.092 0.624 0.168 0.052
#> SRR656528 1 0.702 -0.0526 0.432 0.064 0.424 0.008 0.072
#> SRR809503 1 0.543 0.4080 0.724 0.060 0.076 0.000 0.140
#> SRR659923 2 0.193 0.6995 0.040 0.932 0.008 0.020 0.000
#> SRR1498226 1 0.177 0.6030 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR1319858 1 0.305 0.6102 0.876 0.012 0.064 0.000 0.048
#> SRR1350566 1 0.273 0.6486 0.892 0.000 0.044 0.008 0.056
#> SRR614743 3 0.704 -0.1384 0.012 0.148 0.420 0.404 0.016
#> SRR1406307 1 0.255 0.6411 0.904 0.012 0.048 0.000 0.036
#> SRR1348318 1 0.553 0.5928 0.740 0.016 0.116 0.064 0.064
#> SRR1343433 1 0.344 0.6495 0.868 0.012 0.052 0.020 0.048
#> SRR1342088 3 0.698 0.4949 0.084 0.280 0.560 0.016 0.060
#> SRR1404384 2 0.846 -0.0240 0.284 0.320 0.220 0.000 0.176
#> SRR655495 3 0.658 0.2385 0.012 0.104 0.592 0.260 0.032
#> SRR812270 3 0.743 -0.1039 0.012 0.196 0.400 0.368 0.024
#> SRR821176 2 0.191 0.6984 0.044 0.932 0.008 0.016 0.000
#> SRR807799 2 0.112 0.6965 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.620 -0.0407 0.520 0.384 0.040 0.000 0.056
#> SRR1415274 1 0.521 0.6064 0.760 0.016 0.116 0.048 0.060
#> SRR1491275 5 0.521 0.8976 0.420 0.036 0.004 0.000 0.540
#> SRR659851 1 0.467 0.5689 0.780 0.036 0.088 0.000 0.096
#> SRR1337364 1 0.528 0.6124 0.756 0.016 0.104 0.040 0.084
#> SRR1414471 1 0.193 0.6073 0.920 0.004 0.004 0.000 0.072
#> SRR1471862 1 0.528 0.6089 0.744 0.012 0.144 0.040 0.060
#> SRR1456208 1 0.639 0.2089 0.520 0.004 0.376 0.056 0.044
#> SRR1393428 3 0.804 0.1958 0.036 0.244 0.432 0.252 0.036
#> SRR1327632 1 0.486 0.6150 0.776 0.012 0.124 0.036 0.052
#> SRR608120 1 0.375 0.3697 0.772 0.012 0.004 0.000 0.212
#> SRR607679 2 0.532 0.1445 0.000 0.536 0.036 0.420 0.008
#> SRR1359529 1 0.803 -0.0862 0.436 0.228 0.200 0.000 0.136
#> SRR1330305 2 0.690 0.2642 0.308 0.520 0.052 0.000 0.120
#> SRR1436042 1 0.577 0.5801 0.720 0.012 0.120 0.072 0.076
#> SRR656191 2 0.191 0.6984 0.044 0.932 0.008 0.016 0.000
#> SRR1419211 1 0.183 0.6044 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR658117 1 0.661 0.1295 0.572 0.060 0.276 0.000 0.092
#> SRR1090770 1 0.177 0.6127 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR657420 1 0.394 0.6487 0.836 0.012 0.076 0.016 0.060
#> SRR1398686 1 0.189 0.6153 0.920 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR821207 1 0.242 0.5899 0.896 0.008 0.008 0.000 0.088
#> SRR1074694 3 0.823 0.2231 0.292 0.292 0.320 0.004 0.092
#> SRR1413851 2 0.618 0.3999 0.244 0.572 0.004 0.000 0.180
#> SRR1319924 2 0.136 0.6963 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361050 1 0.440 0.5543 0.792 0.024 0.072 0.000 0.112
#> SRR1095792 3 0.693 0.4106 0.068 0.328 0.528 0.012 0.064
#> SRR1476903 1 0.527 0.6197 0.752 0.016 0.124 0.036 0.072
#> SRR1406502 2 0.586 0.6151 0.132 0.700 0.060 0.004 0.104
#> SRR607502 2 0.791 0.1996 0.100 0.504 0.272 0.072 0.052
#> SRR602951 3 0.699 0.3942 0.040 0.096 0.624 0.180 0.060
#> SRR1402922 2 0.860 -0.2056 0.256 0.272 0.228 0.000 0.244
#> SRR1314071 3 0.956 0.1463 0.240 0.176 0.300 0.200 0.084
#> SRR1374778 3 0.707 0.1863 0.368 0.100 0.464 0.000 0.068
#> SRR1089926 3 0.481 0.5546 0.192 0.052 0.736 0.000 0.020
#> SRR1437056 3 0.347 0.5929 0.136 0.024 0.832 0.004 0.004
#> SRR1366772 2 0.219 0.6855 0.020 0.928 0.016 0.028 0.008
#> SRR1487465 1 0.820 0.1578 0.464 0.020 0.192 0.220 0.104
#> SRR2166006 2 0.839 -0.0381 0.320 0.388 0.152 0.020 0.120
#> SRR1341034 2 0.422 0.6421 0.008 0.824 0.044 0.072 0.052
#> SRR1460235 1 0.369 0.6187 0.844 0.016 0.084 0.004 0.052
#> SRR1368917 1 0.248 0.6470 0.912 0.004 0.036 0.012 0.036
#> SRR1457197 3 0.799 0.0498 0.016 0.324 0.324 0.296 0.040
#> SRR1433311 3 0.359 0.5917 0.136 0.024 0.828 0.004 0.008
#> SRR656373 4 0.453 0.7223 0.020 0.000 0.060 0.772 0.148
#> SRR1454265 1 0.164 0.6147 0.940 0.008 0.004 0.000 0.048
#> SRR1454498 3 0.347 0.5929 0.136 0.024 0.832 0.004 0.004
#> SRR661711 1 0.335 0.6490 0.868 0.008 0.068 0.016 0.040
#> SRR661493 1 0.164 0.6147 0.940 0.008 0.004 0.000 0.048
#> SRR1356120 1 0.247 0.6159 0.908 0.012 0.036 0.000 0.044
#> SRR1381414 2 0.188 0.6961 0.064 0.924 0.000 0.000 0.012
#> SRR1350263 3 0.388 0.5799 0.100 0.028 0.836 0.016 0.020
#> SRR1327349 4 0.600 0.4714 0.000 0.304 0.104 0.580 0.012
#> SRR1476348 2 0.527 0.6430 0.052 0.768 0.056 0.092 0.032
#> SRR656035 1 0.207 0.6083 0.920 0.004 0.016 0.000 0.060
#> SRR2165896 1 0.786 -0.0353 0.472 0.176 0.208 0.000 0.144
#> SRR601549 2 0.750 0.2652 0.084 0.532 0.280 0.056 0.048
#> SRR658573 2 0.196 0.6901 0.024 0.936 0.012 0.024 0.004
#> SRR1393470 2 0.682 0.4879 0.036 0.636 0.160 0.124 0.044
#> SRR1381247 3 0.573 0.5961 0.120 0.124 0.712 0.020 0.024
#> SRR1322790 3 0.348 0.5942 0.140 0.024 0.828 0.000 0.008
#> SRR1404044 1 0.231 0.6378 0.920 0.012 0.028 0.004 0.036
#> SRR1487728 1 0.505 0.4697 0.740 0.032 0.156 0.000 0.072
#> SRR1419593 1 0.307 0.5570 0.856 0.004 0.024 0.000 0.116
#> SRR1434689 2 0.200 0.6917 0.020 0.936 0.008 0.024 0.012
#> SRR1349540 1 0.361 0.6333 0.848 0.028 0.092 0.004 0.028
#> SRR1377967 2 0.152 0.6975 0.048 0.944 0.004 0.004 0.000
#> SRR662510 2 0.765 -0.0449 0.344 0.424 0.112 0.000 0.120
#> SRR1370151 2 0.524 0.6426 0.052 0.768 0.056 0.096 0.028
#> SRR809043 4 0.568 0.6220 0.008 0.060 0.232 0.672 0.028
#> SRR659578 1 0.716 0.0860 0.536 0.256 0.092 0.000 0.116
#> SRR1339413 2 0.641 0.3573 0.256 0.548 0.008 0.000 0.188
#> SRR1434760 1 0.425 0.5642 0.808 0.032 0.092 0.000 0.068
#> SRR660079 1 0.532 0.4532 0.736 0.064 0.076 0.000 0.124
#> SRR1465153 4 0.750 0.6853 0.008 0.156 0.108 0.548 0.180
#> SRR1340924 1 0.276 0.6359 0.888 0.008 0.032 0.000 0.072
#> SRR1073267 2 0.778 -0.1786 0.048 0.396 0.396 0.128 0.032
#> SRR1418688 3 0.441 0.5767 0.168 0.032 0.772 0.000 0.028
#> SRR602338 1 0.143 0.6124 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1323936 4 0.376 0.7606 0.000 0.068 0.064 0.840 0.028
#> SRR1313789 2 0.623 0.3895 0.248 0.564 0.004 0.000 0.184
#> SRR614275 3 0.710 0.4508 0.064 0.092 0.624 0.168 0.052
#> SRR601962 1 0.613 0.5558 0.696 0.016 0.124 0.084 0.080
#> SRR663795 1 0.793 0.1723 0.492 0.020 0.184 0.224 0.080
#> SRR1418650 2 0.157 0.6969 0.044 0.944 0.000 0.004 0.008
#> SRR655780 2 0.683 0.3850 0.248 0.580 0.084 0.004 0.084
#> SRR661794 1 0.164 0.6147 0.940 0.008 0.004 0.000 0.048
#> SRR1339508 3 0.348 0.5942 0.140 0.024 0.828 0.000 0.008
#> SRR1501097 2 0.170 0.6966 0.060 0.932 0.000 0.000 0.008
#> SRR1358459 2 0.831 0.1007 0.236 0.380 0.224 0.000 0.160
#> SRR1333550 2 0.627 0.6081 0.128 0.680 0.076 0.012 0.104
#> SRR821148 1 0.388 0.3457 0.756 0.012 0.004 0.000 0.228
#> SRR808658 1 0.802 -0.1026 0.440 0.236 0.176 0.000 0.148
#> SRR598100 1 0.633 0.5383 0.680 0.016 0.128 0.092 0.084
#> SRR1475281 2 0.831 0.1007 0.236 0.380 0.224 0.000 0.160
#> SRR1469477 3 0.576 0.5738 0.128 0.056 0.728 0.056 0.032
#> SRR1468184 2 0.216 0.6947 0.036 0.928 0.012 0.016 0.008
#> SRR1415660 2 0.529 0.1986 0.000 0.556 0.036 0.400 0.008
#> SRR816892 2 0.643 0.5371 0.036 0.676 0.116 0.128 0.044
#> SRR1447325 4 0.601 0.7538 0.012 0.004 0.116 0.620 0.248
#> SRR1415980 1 0.513 0.6087 0.764 0.016 0.120 0.044 0.056
#> SRR658021 1 0.452 0.5798 0.788 0.032 0.108 0.000 0.072
#> SRR1356308 2 0.217 0.6997 0.044 0.924 0.004 0.008 0.020
#> SRR1443695 1 0.461 0.6295 0.796 0.028 0.108 0.016 0.052
#> SRR1083031 1 0.837 -0.2932 0.372 0.228 0.184 0.000 0.216
#> SRR1466177 2 0.623 0.3895 0.248 0.564 0.004 0.000 0.184
#> SRR1346978 2 0.170 0.6966 0.060 0.932 0.000 0.000 0.008
#> SRR607705 1 0.772 -0.1262 0.396 0.108 0.364 0.000 0.132
#> SRR598364 1 0.540 0.5919 0.740 0.012 0.136 0.048 0.064
#> SRR603036 1 0.234 0.5855 0.892 0.004 0.004 0.000 0.100
#> SRR604342 4 0.365 0.7461 0.000 0.000 0.052 0.816 0.132
#> SRR1365850 2 0.422 0.6421 0.008 0.824 0.044 0.072 0.052
#> SRR1335940 1 0.481 0.6215 0.784 0.012 0.104 0.036 0.064
#> SRR1436515 1 0.305 0.4437 0.820 0.004 0.000 0.000 0.176
#> SRR1367612 2 0.238 0.6991 0.044 0.916 0.012 0.024 0.004
#> SRR1411002 1 0.348 0.6469 0.864 0.012 0.060 0.016 0.048
#> SRR1446606 3 0.693 0.4106 0.068 0.328 0.528 0.012 0.064
#> SRR1350936 1 0.409 0.5524 0.816 0.024 0.068 0.000 0.092
#> SRR1351257 3 0.823 0.2231 0.292 0.292 0.320 0.004 0.092
#> SRR1316793 3 0.694 0.2272 0.352 0.100 0.488 0.000 0.060
#> SRR1090815 1 0.370 0.6189 0.844 0.016 0.080 0.004 0.056
#> SRR657845 1 0.269 0.5219 0.864 0.004 0.004 0.000 0.128
#> SRR1408633 2 0.363 0.6565 0.008 0.856 0.032 0.068 0.036
#> SRR1398971 4 0.480 0.7294 0.020 0.016 0.052 0.772 0.140
#> SRR1399457 2 0.611 0.6020 0.136 0.680 0.068 0.004 0.112
#> SRR1073341 1 0.347 0.6106 0.856 0.024 0.068 0.000 0.052
#> SRR810805 1 0.375 0.6511 0.852 0.020 0.056 0.016 0.056
#> SRR1309657 1 0.445 0.6290 0.808 0.012 0.084 0.028 0.068
#> SRR820186 1 0.295 0.6478 0.892 0.012 0.044 0.012 0.040
#> SRR1388913 2 0.596 0.5707 0.028 0.708 0.080 0.140 0.044
#> SRR1396270 3 0.605 0.5653 0.144 0.048 0.704 0.068 0.036
#> SRR613402 2 0.176 0.6985 0.048 0.936 0.004 0.012 0.000
#> SRR614912 2 0.191 0.6984 0.044 0.932 0.008 0.016 0.000
#> SRR1478410 3 0.698 -0.1056 0.012 0.140 0.436 0.396 0.016
#> SRR613975 2 0.191 0.6979 0.060 0.924 0.000 0.000 0.016
#> SRR1441631 3 0.477 0.5719 0.128 0.040 0.780 0.012 0.040
#> SRR1088044 2 0.619 0.5520 0.088 0.676 0.156 0.008 0.072
#> SRR1082909 1 0.503 0.6186 0.760 0.012 0.140 0.036 0.052
#> SRR1392007 2 0.518 0.3299 0.000 0.608 0.032 0.348 0.012
#> SRR2166524 2 0.770 0.2521 0.248 0.520 0.112 0.020 0.100
#> SRR1445765 1 0.355 0.6080 0.848 0.016 0.072 0.000 0.064
#> SRR819867 2 0.251 0.6821 0.020 0.912 0.016 0.044 0.008
#> SRR1339675 1 0.471 0.6352 0.792 0.012 0.096 0.036 0.064
#> SRR1085687 2 0.251 0.6821 0.020 0.912 0.016 0.044 0.008
#> SRR597952 2 0.712 0.4557 0.232 0.560 0.080 0.004 0.124
#> SRR1376497 3 0.694 0.2272 0.352 0.100 0.488 0.000 0.060
#> SRR813848 4 0.306 0.7713 0.000 0.004 0.048 0.868 0.080
#> SRR1379471 1 0.231 0.6231 0.916 0.012 0.044 0.000 0.028
#> SRR1070960 1 0.328 0.6548 0.872 0.012 0.072 0.016 0.028
#> SRR615285 3 0.707 0.1863 0.368 0.100 0.464 0.000 0.068
#> SRR1325353 1 0.293 0.4483 0.832 0.004 0.000 0.000 0.164
#> SRR1470682 2 0.210 0.6872 0.024 0.932 0.016 0.020 0.008
#> SRR615886 1 0.547 0.4674 0.732 0.064 0.076 0.004 0.124
#> SRR1397649 2 0.163 0.6972 0.056 0.936 0.000 0.000 0.008
#> SRR819690 1 0.242 0.6423 0.908 0.008 0.052 0.000 0.032
#> SRR1336113 2 0.856 0.2202 0.212 0.468 0.164 0.084 0.072
#> SRR1396570 2 0.621 0.5888 0.152 0.668 0.064 0.004 0.112
#> SRR1327366 2 0.533 0.1347 0.000 0.532 0.036 0.424 0.008
#> SRR1317218 2 0.163 0.6972 0.056 0.936 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352001 1 0.181 0.6244 0.936 0.004 0.020 0.000 0.040
#> SRR1469791 2 0.745 0.2345 0.040 0.516 0.300 0.100 0.044
#> SRR1388046 1 0.717 -0.2404 0.460 0.352 0.056 0.000 0.132
#> SRR655076 2 0.746 0.2114 0.268 0.456 0.052 0.000 0.224
#> SRR1464353 2 0.208 0.6984 0.044 0.928 0.012 0.012 0.004
#> SRR654754 1 0.246 0.6381 0.908 0.004 0.032 0.004 0.052
#> SRR599412 1 0.720 0.4010 0.616 0.144 0.132 0.048 0.060
#> SRR2166308 3 0.481 0.5546 0.192 0.052 0.736 0.000 0.020
#> SRR655696 1 0.536 0.6161 0.744 0.016 0.132 0.036 0.072
#> SRR602978 2 0.281 0.6903 0.084 0.876 0.000 0.000 0.040
#> SRR1323850 2 0.524 0.6426 0.052 0.768 0.056 0.096 0.028
#> SRR1365512 3 0.498 0.5592 0.080 0.060 0.784 0.056 0.020
#> SRR663380 1 0.429 0.5530 0.804 0.028 0.076 0.000 0.092
#> SRR1410469 3 0.693 0.4106 0.068 0.328 0.528 0.012 0.064
#> SRR659259 4 0.458 0.7231 0.000 0.144 0.060 0.772 0.024
#> SRR1421223 2 0.678 0.4462 0.072 0.612 0.232 0.028 0.056
#> SRR1092567 3 0.498 0.5592 0.080 0.060 0.784 0.056 0.020
#> SRR1472598 3 0.693 0.4615 0.080 0.300 0.548 0.012 0.060
#> SRR1069279 2 0.670 0.4775 0.080 0.624 0.208 0.016 0.072
#> SRR1351624 2 0.702 0.4263 0.100 0.592 0.220 0.016 0.072
#> SRR1342938 3 0.347 0.5929 0.136 0.024 0.832 0.004 0.004
#> SRR599346 2 0.473 0.5782 0.212 0.736 0.020 0.008 0.024
#> SRR1359045 1 0.521 0.6064 0.760 0.016 0.116 0.048 0.060
#> SRR601843 1 0.200 0.6398 0.936 0.012 0.020 0.008 0.024
#> SRR1318898 1 0.489 0.6162 0.780 0.012 0.104 0.040 0.064
#> SRR1455104 1 0.428 0.6305 0.800 0.012 0.112 0.004 0.072
#> SRR598565 1 0.761 0.3299 0.552 0.016 0.148 0.172 0.112
#> SRR1315188 3 0.624 0.4011 0.044 0.084 0.668 0.184 0.020
#> SRR1409875 3 0.799 0.0446 0.016 0.320 0.324 0.300 0.040
#> SRR1348270 2 0.136 0.6974 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR602389 1 0.351 0.6469 0.860 0.008 0.072 0.020 0.040
#> SRR1451857 2 0.428 0.6647 0.088 0.808 0.004 0.020 0.080
#> SRR1436629 2 0.201 0.6948 0.072 0.916 0.000 0.000 0.012
#> SRR1349144 1 0.301 0.4347 0.824 0.004 0.000 0.000 0.172
#> SRR615491 4 0.610 0.7519 0.028 0.004 0.108 0.640 0.220
#> SRR1095937 5 0.537 0.7210 0.408 0.000 0.040 0.008 0.544
#> SRR1473295 1 0.539 0.4394 0.724 0.048 0.144 0.000 0.084
#> SRR1457972 2 0.218 0.6886 0.024 0.928 0.012 0.028 0.008
#> SRR1475430 3 0.776 0.4182 0.132 0.308 0.476 0.036 0.048
#> SRR2164562 1 0.661 0.1295 0.572 0.060 0.276 0.000 0.092
#> SRR665490 1 0.312 0.4136 0.812 0.004 0.000 0.000 0.184
#> SRR1434182 2 0.427 0.6296 0.004 0.808 0.040 0.112 0.036
#> SRR1458506 1 0.445 0.6290 0.808 0.012 0.084 0.028 0.068
#> SRR808886 3 0.698 0.4949 0.084 0.280 0.560 0.016 0.060
#> SRR1329442 1 0.506 0.6072 0.760 0.012 0.136 0.036 0.056
#> SRR1457925 1 0.489 0.6176 0.780 0.012 0.104 0.040 0.064
#> SRR1434910 2 0.188 0.6926 0.024 0.940 0.008 0.020 0.008
#> SRR614107 3 0.669 0.1517 0.012 0.100 0.548 0.312 0.028
#> SRR1323914 2 0.623 0.3876 0.248 0.564 0.004 0.000 0.184
#> SRR1323065 1 0.431 0.6471 0.816 0.012 0.088 0.028 0.056
#> SRR1309578 2 0.623 0.3895 0.248 0.564 0.004 0.000 0.184
#> SRR1500908 1 0.430 0.6395 0.816 0.016 0.100 0.032 0.036
#> SRR1076753 1 0.143 0.6119 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1327410 2 0.782 -0.1801 0.060 0.408 0.396 0.092 0.044
#> SRR608064 1 0.527 0.6197 0.752 0.016 0.124 0.036 0.072
#> SRR608512 1 0.499 0.6082 0.764 0.020 0.128 0.016 0.072
#> SRR2167551 1 0.823 -0.2281 0.404 0.168 0.232 0.000 0.196
#> SRR1394872 1 0.348 0.6469 0.864 0.012 0.060 0.016 0.048
#> SRR1345669 1 0.277 0.6491 0.892 0.004 0.048 0.004 0.052
#> SRR1367588 1 0.772 -0.1262 0.396 0.108 0.364 0.000 0.132
#> SRR1387724 3 0.388 0.5799 0.100 0.028 0.836 0.016 0.020
#> SRR660438 1 0.658 0.1353 0.576 0.056 0.272 0.000 0.096
#> SRR1310758 2 0.765 0.3128 0.132 0.516 0.244 0.012 0.096
#> SRR601525 2 0.570 0.3873 0.308 0.620 0.032 0.008 0.032
#> SRR818749 1 0.510 0.6115 0.768 0.016 0.112 0.044 0.060
#> SRR604294 1 0.746 0.2807 0.568 0.224 0.100 0.064 0.044
#> SRR1322494 2 0.182 0.6906 0.024 0.936 0.004 0.036 0.000
#> SRR1377949 3 0.693 0.4106 0.068 0.328 0.528 0.012 0.064
#> SRR1317001 1 0.244 0.6346 0.908 0.008 0.040 0.000 0.044
#> SRR1311897 1 0.238 0.6291 0.912 0.012 0.048 0.000 0.028
#> SRR1308715 2 0.638 0.3656 0.256 0.552 0.008 0.000 0.184
#> SRR1415195 4 0.398 0.7789 0.000 0.036 0.064 0.828 0.072
#> SRR1380163 2 0.128 0.6969 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480611 1 0.157 0.6065 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR603834 1 0.431 0.5596 0.804 0.032 0.096 0.000 0.068
#> SRR1341256 2 0.318 0.6850 0.092 0.864 0.016 0.000 0.028
#> SRR613795 1 0.532 0.4239 0.732 0.056 0.076 0.000 0.136
#> SRR659744 2 0.466 0.6597 0.128 0.784 0.036 0.008 0.044
#> SRR1479549 1 0.309 0.4223 0.816 0.004 0.000 0.000 0.180
#> SRR613258 1 0.620 -0.0407 0.520 0.384 0.040 0.000 0.056
#> SRR1088808 4 0.536 0.6761 0.060 0.004 0.056 0.732 0.148
#> SRR1329068 2 0.255 0.6609 0.000 0.896 0.020 0.076 0.008
#> SRR1480565 2 0.276 0.6797 0.020 0.900 0.020 0.052 0.008
#> SRR1337137 2 0.533 0.1347 0.000 0.532 0.036 0.424 0.008
#> SRR1099520 1 0.238 0.6291 0.912 0.012 0.048 0.000 0.028
#> SRR603942 1 0.790 0.1799 0.496 0.020 0.180 0.224 0.080
#> SRR1440625 3 0.691 0.4677 0.080 0.296 0.552 0.012 0.060
#> SRR1391700 1 0.297 0.4419 0.828 0.004 0.000 0.000 0.168
#> SRR657360 1 0.230 0.5990 0.904 0.000 0.024 0.000 0.072
#> SRR1473443 3 0.693 0.4106 0.068 0.328 0.528 0.012 0.064
#> SRR1498438 3 0.627 0.5363 0.076 0.104 0.696 0.096 0.028
#> SRR1394655 4 0.656 0.7417 0.032 0.016 0.120 0.620 0.212
#> SRR1322437 4 0.397 0.7419 0.000 0.112 0.056 0.816 0.016
#> SRR660236 4 0.601 0.7538 0.012 0.004 0.116 0.620 0.248
#> SRR1466338 3 0.693 0.4106 0.068 0.328 0.528 0.012 0.064
#> SRR604148 1 0.574 0.5884 0.724 0.016 0.112 0.052 0.096
#> SRR1334939 1 0.851 -0.3024 0.324 0.256 0.220 0.000 0.200
#> SRR1349497 1 0.425 0.6332 0.820 0.012 0.076 0.024 0.068
#> SRR1360523 1 0.244 0.6475 0.912 0.008 0.044 0.004 0.032
#> SRR1446114 2 0.622 0.5097 0.012 0.652 0.088 0.208 0.040
#> SRR1339366 2 0.136 0.6963 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR656469 1 0.772 -0.1262 0.396 0.108 0.364 0.000 0.132
#> SRR1389868 1 0.197 0.6300 0.924 0.000 0.024 0.000 0.052
#> SRR1390265 2 0.128 0.6969 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR1364935 2 0.566 0.5517 0.008 0.704 0.044 0.176 0.068
#> SRR1469102 1 0.181 0.6244 0.936 0.004 0.020 0.000 0.040
#> SRR1440584 2 0.339 0.6802 0.100 0.852 0.020 0.000 0.028
#> SRR1459697 2 0.397 0.6110 0.008 0.800 0.024 0.160 0.008
#> SRR1352575 1 0.269 0.5219 0.864 0.004 0.004 0.000 0.128
#> SRR613711 2 0.181 0.6961 0.060 0.928 0.000 0.000 0.012
#> SRR614023 1 0.196 0.6146 0.928 0.008 0.012 0.000 0.052
#> SRR1316174 1 0.587 0.5629 0.708 0.012 0.140 0.072 0.068
#> SRR603268 2 0.466 0.6597 0.128 0.784 0.036 0.008 0.044
#> SRR1486044 2 0.193 0.6974 0.040 0.932 0.008 0.020 0.000
#> SRR1441483 2 0.534 0.5786 0.164 0.696 0.004 0.004 0.132
#> SRR1074189 1 0.620 -0.0407 0.520 0.384 0.040 0.000 0.056
#> SRR665646 1 0.528 0.6124 0.756 0.016 0.104 0.040 0.084
#> SRR1404931 4 0.675 0.6331 0.008 0.044 0.248 0.584 0.116
#> SRR1431552 4 0.601 0.7538 0.012 0.004 0.116 0.620 0.248
#> SRR1479085 1 0.789 0.0648 0.464 0.192 0.268 0.024 0.052
#> SRR1322711 2 0.253 0.6999 0.056 0.904 0.004 0.004 0.032
#> SRR1404988 2 0.467 0.6111 0.004 0.776 0.040 0.140 0.040
#> SRR1419848 2 0.586 0.6168 0.096 0.712 0.084 0.008 0.100
#> SRR1332713 4 0.656 0.7417 0.032 0.016 0.120 0.620 0.212
#> SRR1070863 1 0.246 0.6276 0.908 0.012 0.048 0.000 0.032
#> SRR659947 1 0.745 -0.0622 0.456 0.332 0.096 0.000 0.116
#> SRR1414356 1 0.635 0.5205 0.668 0.008 0.140 0.092 0.092
#> SRR599122 3 0.343 0.5937 0.136 0.024 0.832 0.000 0.008
#> SRR1344100 2 0.785 0.2480 0.248 0.516 0.104 0.032 0.100
#> SRR613018 2 0.799 -0.1817 0.016 0.324 0.324 0.296 0.040
#> SRR1456591 1 0.262 0.6396 0.900 0.012 0.048 0.000 0.040
#> SRR1368710 2 0.641 0.3573 0.256 0.548 0.008 0.000 0.188
#> SRR1397885 1 0.576 0.5720 0.716 0.008 0.124 0.068 0.084
#> SRR1319283 1 0.687 -0.7167 0.428 0.108 0.044 0.000 0.420
#> SRR1349518 2 0.199 0.6997 0.048 0.928 0.016 0.000 0.008
#> SRR1471267 1 0.297 0.4419 0.828 0.004 0.000 0.000 0.168
#> SRR655277 1 0.528 0.6124 0.756 0.016 0.104 0.040 0.084
#> SRR1455436 2 0.592 0.5740 0.028 0.712 0.080 0.136 0.044
#> SRR658009 1 0.246 0.6381 0.908 0.004 0.032 0.004 0.052
#> SRR1331383 4 0.397 0.7419 0.000 0.112 0.056 0.816 0.016
#> SRR1394894 3 0.706 0.1960 0.364 0.100 0.468 0.000 0.068
#> SRR659133 4 0.601 0.7538 0.012 0.004 0.116 0.620 0.248
#> SRR660212 3 0.707 0.1863 0.368 0.100 0.464 0.000 0.068
#> SRR657821 5 0.522 0.8887 0.428 0.036 0.004 0.000 0.532
#> SRR1379279 2 0.586 0.6168 0.096 0.712 0.084 0.008 0.100
#> SRR663149 2 0.839 -0.0381 0.320 0.388 0.152 0.020 0.120
#> SRR1413032 3 0.696 0.4167 0.072 0.324 0.528 0.012 0.064
#> SRR1377557 1 0.177 0.6030 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR1335296 2 0.143 0.6969 0.052 0.944 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407273 1 0.807 -0.0919 0.432 0.220 0.204 0.000 0.144
#> SRR657101 1 0.782 -0.0724 0.496 0.184 0.188 0.004 0.128
#> SRR1350588 3 0.607 0.5716 0.172 0.048 0.692 0.052 0.036
#> SRR1368486 1 0.432 0.5540 0.800 0.024 0.080 0.000 0.096
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.3571 0.70724 0.840 0.008 0.052 0.004 0.072 0.024
#> SRR1499543 1 0.3234 0.71187 0.856 0.008 0.040 0.000 0.072 0.024
#> SRR1443419 2 0.6209 0.20257 0.244 0.544 0.044 0.000 0.000 0.168
#> SRR657372 1 0.8169 -0.07114 0.356 0.012 0.168 0.168 0.272 0.024
#> SRR661409 1 0.7785 -0.06404 0.444 0.180 0.244 0.020 0.024 0.088
#> SRR1409721 2 0.1230 0.69557 0.028 0.956 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1391678 1 0.2698 0.71650 0.872 0.004 0.020 0.000 0.008 0.096
#> SRR1392030 1 0.3842 0.72598 0.828 0.012 0.056 0.004 0.064 0.036
#> SRR1453787 1 0.4082 0.54607 0.716 0.008 0.012 0.000 0.012 0.252
#> SRR654969 1 0.5338 0.54632 0.688 0.056 0.064 0.000 0.012 0.180
#> SRR1435113 5 0.6414 0.58720 0.000 0.128 0.020 0.412 0.420 0.020
#> SRR601359 1 0.5090 0.65089 0.736 0.008 0.092 0.020 0.116 0.028
#> SRR663392 2 0.2595 0.60413 0.000 0.836 0.000 0.160 0.000 0.004
#> SRR1374716 4 0.1745 0.04337 0.000 0.056 0.000 0.924 0.020 0.000
#> SRR601157 1 0.4392 0.67903 0.780 0.008 0.080 0.004 0.100 0.028
#> SRR615347 2 0.6868 0.36942 0.172 0.556 0.064 0.008 0.020 0.180
#> SRR1329464 1 0.2422 0.73425 0.900 0.004 0.024 0.000 0.016 0.056
#> SRR1357344 6 0.3618 0.56811 0.212 0.012 0.004 0.000 0.008 0.764
#> SRR1365356 3 0.2611 0.53220 0.096 0.000 0.876 0.004 0.016 0.008
#> SRR598068 3 0.5536 0.50675 0.156 0.028 0.700 0.020 0.076 0.020
#> SRR810343 1 0.3850 0.70114 0.820 0.008 0.060 0.004 0.084 0.024
#> SRR1431991 1 0.2698 0.71700 0.872 0.004 0.020 0.000 0.008 0.096
#> SRR1312024 3 0.9062 0.09419 0.240 0.108 0.356 0.140 0.076 0.080
#> SRR1499699 1 0.4528 0.59280 0.700 0.012 0.048 0.000 0.004 0.236
#> SRR1397861 1 0.2478 0.72353 0.888 0.024 0.012 0.000 0.000 0.076
#> SRR1479663 2 0.5514 0.32501 0.148 0.560 0.000 0.000 0.004 0.288
#> SRR1475483 1 0.1667 0.72583 0.936 0.008 0.008 0.000 0.004 0.044
#> SRR603726 1 0.7510 0.27461 0.492 0.012 0.156 0.104 0.212 0.024
#> SRR663368 1 0.3727 0.72282 0.824 0.008 0.084 0.000 0.056 0.028
#> SRR1354225 4 0.3996 0.11240 0.000 0.484 0.000 0.512 0.000 0.004
#> SRR1089809 4 0.7452 0.24454 0.012 0.300 0.276 0.356 0.036 0.020
#> SRR1338901 2 0.6261 0.53937 0.060 0.656 0.140 0.016 0.032 0.096
#> SRR598645 3 0.6535 0.39327 0.036 0.072 0.628 0.100 0.152 0.012
#> SRR656528 3 0.6854 -0.01462 0.404 0.044 0.416 0.012 0.016 0.108
#> SRR809503 1 0.5396 0.53480 0.680 0.056 0.064 0.000 0.012 0.188
#> SRR659923 2 0.2044 0.69792 0.028 0.920 0.000 0.040 0.004 0.008
#> SRR1498226 1 0.1956 0.71043 0.908 0.000 0.008 0.000 0.004 0.080
#> SRR1319858 1 0.3406 0.69972 0.828 0.012 0.064 0.000 0.000 0.096
#> SRR1350566 1 0.2328 0.73496 0.904 0.000 0.020 0.000 0.032 0.044
#> SRR614743 4 0.6290 0.16682 0.012 0.076 0.360 0.508 0.028 0.016
#> SRR1406307 1 0.2515 0.72787 0.892 0.016 0.040 0.000 0.000 0.052
#> SRR1348318 1 0.4747 0.67370 0.768 0.012 0.080 0.020 0.096 0.024
#> SRR1343433 1 0.2805 0.73227 0.884 0.008 0.024 0.000 0.048 0.036
#> SRR1342088 3 0.6591 0.42665 0.056 0.252 0.580 0.016 0.040 0.056
#> SRR1404384 2 0.8133 -0.31145 0.196 0.300 0.184 0.008 0.016 0.296
#> SRR655495 3 0.6314 0.06446 0.012 0.068 0.544 0.320 0.032 0.024
#> SRR812270 4 0.6823 0.19553 0.012 0.124 0.352 0.460 0.036 0.016
#> SRR821176 2 0.1719 0.69687 0.032 0.932 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR807799 2 0.0858 0.69610 0.028 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR814919 1 0.5911 -0.09092 0.496 0.384 0.036 0.000 0.004 0.080
#> SRR1415274 1 0.4367 0.68401 0.784 0.012 0.080 0.004 0.096 0.024
#> SRR1491275 6 0.3618 0.56811 0.212 0.012 0.004 0.000 0.008 0.764
#> SRR659851 1 0.4682 0.66714 0.756 0.036 0.068 0.000 0.016 0.124
#> SRR1337364 1 0.4535 0.69236 0.780 0.012 0.080 0.004 0.076 0.048
#> SRR1414471 1 0.2099 0.71405 0.904 0.004 0.008 0.000 0.004 0.080
#> SRR1471862 1 0.4532 0.68663 0.768 0.008 0.108 0.004 0.084 0.028
#> SRR1456208 1 0.5759 0.21529 0.516 0.004 0.380 0.016 0.076 0.008
#> SRR1393428 3 0.7713 -0.12848 0.032 0.196 0.384 0.324 0.036 0.028
#> SRR1327632 1 0.4093 0.69227 0.800 0.008 0.088 0.004 0.080 0.020
#> SRR608120 1 0.4082 0.54607 0.716 0.008 0.012 0.000 0.012 0.252
#> SRR607679 4 0.3998 0.09384 0.000 0.492 0.000 0.504 0.000 0.004
#> SRR1359529 1 0.7722 -0.37791 0.372 0.212 0.212 0.000 0.008 0.196
#> SRR1330305 2 0.6292 0.15105 0.248 0.524 0.040 0.000 0.000 0.188
#> SRR1436042 1 0.5068 0.67351 0.744 0.008 0.092 0.024 0.100 0.032
#> SRR656191 2 0.1719 0.69687 0.032 0.932 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1419211 1 0.2009 0.71142 0.904 0.000 0.008 0.000 0.004 0.084
#> SRR658117 1 0.6623 0.17994 0.524 0.060 0.244 0.000 0.008 0.164
#> SRR1090770 1 0.1787 0.71786 0.920 0.000 0.008 0.000 0.004 0.068
#> SRR657420 1 0.3887 0.73188 0.820 0.012 0.064 0.000 0.040 0.064
#> SRR1398686 1 0.1888 0.71969 0.916 0.000 0.012 0.000 0.004 0.068
#> SRR821207 1 0.2531 0.69823 0.860 0.008 0.004 0.000 0.000 0.128
#> SRR1074694 3 0.7741 0.02354 0.260 0.272 0.344 0.004 0.012 0.108
#> SRR1413851 2 0.5420 0.36380 0.144 0.580 0.000 0.000 0.004 0.272
#> SRR1319924 2 0.1049 0.69662 0.032 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1361050 1 0.4220 0.65049 0.752 0.016 0.064 0.000 0.000 0.168
#> SRR1095792 3 0.6773 0.38381 0.048 0.300 0.532 0.016 0.040 0.064
#> SRR1476903 1 0.4624 0.69684 0.768 0.016 0.104 0.004 0.080 0.028
#> SRR1406502 2 0.5471 0.59572 0.080 0.700 0.044 0.008 0.016 0.152
#> SRR607502 2 0.7998 0.19148 0.092 0.472 0.248 0.088 0.048 0.052
#> SRR602951 3 0.6681 0.33853 0.024 0.072 0.608 0.128 0.152 0.016
#> SRR1402922 6 0.7847 0.33114 0.144 0.236 0.196 0.004 0.020 0.400
#> SRR1314071 3 0.9567 -0.05215 0.248 0.156 0.248 0.164 0.108 0.076
#> SRR1374778 3 0.6727 0.13211 0.316 0.076 0.480 0.000 0.008 0.120
#> SRR1089926 3 0.4134 0.48035 0.168 0.024 0.768 0.000 0.008 0.032
#> SRR1437056 3 0.2418 0.53174 0.096 0.000 0.884 0.004 0.008 0.008
#> SRR1366772 2 0.1923 0.67408 0.016 0.916 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1487465 1 0.7510 0.27461 0.492 0.012 0.156 0.104 0.212 0.024
#> SRR2166006 2 0.8207 -0.17639 0.296 0.376 0.128 0.028 0.028 0.144
#> SRR1341034 2 0.4443 0.57929 0.000 0.768 0.016 0.136 0.048 0.032
#> SRR1460235 1 0.3828 0.70546 0.808 0.012 0.084 0.000 0.008 0.088
#> SRR1368917 1 0.1931 0.73557 0.928 0.004 0.020 0.000 0.016 0.032
#> SRR1457197 4 0.7432 0.26473 0.012 0.284 0.276 0.372 0.036 0.020
#> SRR1433311 3 0.2611 0.53220 0.096 0.000 0.876 0.004 0.016 0.008
#> SRR656373 4 0.5596 -0.07479 0.020 0.000 0.032 0.472 0.448 0.028
#> SRR1454265 1 0.1812 0.71650 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1454498 3 0.2418 0.53174 0.096 0.000 0.884 0.004 0.008 0.008
#> SRR661711 1 0.2615 0.72887 0.892 0.004 0.040 0.000 0.044 0.020
#> SRR661493 1 0.1812 0.71650 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1356120 1 0.2686 0.70884 0.876 0.012 0.032 0.000 0.000 0.080
#> SRR1381414 2 0.1549 0.69871 0.044 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1350263 3 0.3502 0.52774 0.076 0.000 0.844 0.032 0.028 0.020
#> SRR1327349 4 0.4527 0.21549 0.004 0.252 0.048 0.688 0.000 0.008
#> SRR1476348 2 0.5145 0.60458 0.044 0.744 0.036 0.124 0.036 0.016
#> SRR656035 1 0.2357 0.71519 0.888 0.004 0.012 0.000 0.004 0.092
#> SRR2165896 1 0.7723 -0.22775 0.412 0.164 0.180 0.000 0.020 0.224
#> SRR601549 2 0.7519 0.25389 0.068 0.504 0.264 0.076 0.032 0.056
#> SRR658573 2 0.1738 0.68245 0.016 0.928 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1393470 2 0.6756 0.40232 0.028 0.596 0.140 0.168 0.044 0.024
#> SRR1381247 3 0.5089 0.52648 0.080 0.100 0.748 0.012 0.036 0.024
#> SRR1322790 3 0.2517 0.53018 0.100 0.000 0.876 0.000 0.008 0.016
#> SRR1404044 1 0.1948 0.72975 0.924 0.008 0.012 0.000 0.008 0.048
#> SRR1487728 1 0.5074 0.56490 0.700 0.020 0.132 0.000 0.008 0.140
#> SRR1419593 1 0.3380 0.67955 0.804 0.004 0.024 0.000 0.004 0.164
#> SRR1434689 2 0.1952 0.68635 0.016 0.920 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR1349540 1 0.3719 0.71536 0.824 0.024 0.076 0.000 0.008 0.068
#> SRR1377967 2 0.1296 0.69709 0.032 0.952 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR662510 2 0.7357 -0.17698 0.304 0.420 0.088 0.000 0.020 0.168
#> SRR1370151 2 0.5115 0.60414 0.044 0.744 0.036 0.128 0.032 0.016
#> SRR809043 4 0.4994 -0.00703 0.012 0.024 0.188 0.716 0.048 0.012
#> SRR659578 1 0.6834 0.14564 0.508 0.256 0.076 0.000 0.012 0.148
#> SRR1339413 2 0.5661 0.31223 0.148 0.552 0.004 0.000 0.004 0.292
#> SRR1434760 1 0.4198 0.64945 0.768 0.020 0.084 0.000 0.000 0.128
#> SRR660079 1 0.5168 0.58154 0.712 0.060 0.064 0.000 0.012 0.152
#> SRR1465153 5 0.6414 0.58720 0.000 0.128 0.020 0.412 0.420 0.020
#> SRR1340924 1 0.2518 0.72937 0.892 0.004 0.020 0.000 0.016 0.068
#> SRR1073267 3 0.7716 0.10725 0.036 0.360 0.384 0.144 0.040 0.036
#> SRR1418688 3 0.3709 0.50164 0.128 0.012 0.808 0.000 0.008 0.044
#> SRR602338 1 0.1588 0.71717 0.924 0.000 0.004 0.000 0.000 0.072
#> SRR1323936 4 0.3036 -0.04508 0.000 0.028 0.020 0.860 0.088 0.004
#> SRR1313789 2 0.5453 0.35148 0.144 0.572 0.000 0.000 0.004 0.280
#> SRR614275 3 0.6535 0.39327 0.036 0.072 0.628 0.100 0.152 0.012
#> SRR601962 1 0.5249 0.64181 0.724 0.008 0.092 0.024 0.124 0.028
#> SRR663795 1 0.7385 0.29989 0.508 0.012 0.140 0.100 0.216 0.024
#> SRR1418650 2 0.1230 0.69557 0.028 0.956 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR655780 2 0.6610 0.25780 0.232 0.572 0.056 0.016 0.012 0.112
#> SRR661794 1 0.1812 0.71650 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1339508 3 0.2517 0.53018 0.100 0.000 0.876 0.000 0.008 0.016
#> SRR1501097 2 0.1367 0.69828 0.044 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1358459 2 0.8082 -0.10888 0.148 0.356 0.188 0.008 0.024 0.276
#> SRR1333550 2 0.6062 0.59086 0.076 0.672 0.056 0.024 0.024 0.148
#> SRR821148 1 0.4237 0.52980 0.700 0.008 0.012 0.000 0.016 0.264
#> SRR808658 1 0.7717 -0.38317 0.372 0.220 0.188 0.000 0.008 0.212
#> SRR598100 1 0.5445 0.62790 0.708 0.008 0.096 0.028 0.132 0.028
#> SRR1475281 2 0.8082 -0.10888 0.148 0.356 0.188 0.008 0.024 0.276
#> SRR1469477 3 0.4867 0.52298 0.088 0.028 0.764 0.020 0.084 0.016
#> SRR1468184 2 0.1737 0.68611 0.020 0.932 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR1415660 2 0.3995 -0.05970 0.000 0.516 0.000 0.480 0.000 0.004
#> SRR816892 2 0.6314 0.45491 0.028 0.640 0.100 0.168 0.044 0.020
#> SRR1447325 5 0.4992 0.81486 0.000 0.000 0.016 0.376 0.564 0.044
#> SRR1415980 1 0.4322 0.68608 0.788 0.012 0.084 0.004 0.088 0.024
#> SRR658021 1 0.4640 0.65443 0.744 0.028 0.100 0.000 0.004 0.124
#> SRR1356308 2 0.1798 0.69550 0.028 0.932 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1443695 1 0.4785 0.70679 0.760 0.020 0.100 0.004 0.032 0.084
#> SRR1083031 6 0.8005 0.38774 0.264 0.216 0.160 0.008 0.012 0.340
#> SRR1466177 2 0.5453 0.35148 0.144 0.572 0.000 0.000 0.004 0.280
#> SRR1346978 2 0.1367 0.69828 0.044 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR607705 3 0.7203 -0.06894 0.332 0.084 0.372 0.004 0.000 0.208
#> SRR598364 1 0.4483 0.67048 0.764 0.008 0.108 0.004 0.100 0.016
#> SRR603036 1 0.2400 0.70385 0.872 0.000 0.008 0.000 0.004 0.116
#> SRR604342 4 0.5301 -0.12634 0.000 0.000 0.032 0.492 0.436 0.040
#> SRR1365850 2 0.4443 0.57929 0.000 0.768 0.016 0.136 0.048 0.032
#> SRR1335940 1 0.3967 0.69985 0.812 0.008 0.072 0.004 0.080 0.024
#> SRR1436515 1 0.3244 0.60998 0.784 0.004 0.004 0.000 0.004 0.204
#> SRR1367612 2 0.2189 0.69579 0.032 0.904 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR1411002 1 0.2656 0.72701 0.892 0.008 0.028 0.000 0.048 0.024
#> SRR1446606 3 0.6773 0.38381 0.048 0.300 0.532 0.016 0.040 0.064
#> SRR1350936 1 0.4152 0.65017 0.760 0.016 0.064 0.000 0.000 0.160
#> SRR1351257 3 0.7741 0.02354 0.260 0.272 0.344 0.004 0.012 0.108
#> SRR1316793 3 0.6574 0.16443 0.308 0.076 0.504 0.000 0.008 0.104
#> SRR1090815 1 0.3826 0.70616 0.808 0.012 0.080 0.000 0.008 0.092
#> SRR657845 1 0.3011 0.64906 0.800 0.004 0.004 0.000 0.000 0.192
#> SRR1408633 2 0.3767 0.60991 0.000 0.804 0.008 0.136 0.028 0.024
#> SRR1398971 4 0.5678 -0.04513 0.020 0.008 0.024 0.500 0.420 0.028
#> SRR1399457 2 0.5782 0.58069 0.080 0.680 0.052 0.008 0.024 0.156
#> SRR1073341 1 0.3630 0.69692 0.816 0.020 0.064 0.000 0.000 0.100
#> SRR810805 1 0.3346 0.73408 0.856 0.016 0.040 0.000 0.032 0.056
#> SRR1309657 1 0.3508 0.70791 0.844 0.008 0.048 0.004 0.072 0.024
#> SRR820186 1 0.2776 0.73538 0.884 0.008 0.032 0.000 0.020 0.056
#> SRR1388913 2 0.5866 0.48428 0.024 0.668 0.052 0.188 0.048 0.020
#> SRR1396270 3 0.5371 0.52319 0.104 0.032 0.728 0.028 0.092 0.016
#> SRR613402 2 0.1478 0.69785 0.032 0.944 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR614912 2 0.1719 0.69687 0.032 0.932 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1478410 4 0.6275 0.16345 0.012 0.072 0.376 0.496 0.028 0.016
#> SRR613975 2 0.1564 0.69967 0.040 0.936 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1441631 3 0.4667 0.49508 0.108 0.012 0.776 0.028 0.028 0.048
#> SRR1088044 2 0.6261 0.53937 0.060 0.656 0.140 0.016 0.032 0.096
#> SRR1082909 1 0.4361 0.69692 0.780 0.008 0.104 0.004 0.080 0.024
#> SRR1392007 2 0.4070 0.13423 0.000 0.568 0.000 0.424 0.004 0.004
#> SRR2166524 2 0.7522 0.08640 0.228 0.504 0.088 0.032 0.020 0.128
#> SRR1445765 1 0.3701 0.69562 0.804 0.012 0.072 0.000 0.000 0.112
#> SRR819867 2 0.2149 0.66797 0.016 0.900 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1339675 1 0.4232 0.71333 0.800 0.012 0.068 0.004 0.080 0.036
#> SRR1085687 2 0.2203 0.66702 0.016 0.896 0.000 0.084 0.000 0.004
#> SRR597952 2 0.6868 0.36942 0.172 0.556 0.064 0.008 0.020 0.180
#> SRR1376497 3 0.6574 0.16443 0.308 0.076 0.504 0.000 0.008 0.104
#> SRR813848 4 0.4715 -0.39146 0.000 0.000 0.028 0.644 0.300 0.028
#> SRR1379471 1 0.2573 0.71780 0.884 0.008 0.044 0.000 0.000 0.064
#> SRR1070960 1 0.3082 0.73558 0.872 0.008 0.052 0.004 0.024 0.040
#> SRR615285 3 0.6727 0.13211 0.316 0.076 0.480 0.000 0.008 0.120
#> SRR1325353 1 0.3303 0.60181 0.776 0.004 0.004 0.000 0.004 0.212
#> SRR1470682 2 0.1738 0.67795 0.016 0.928 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR615886 1 0.5165 0.59106 0.716 0.056 0.064 0.000 0.016 0.148
#> SRR1397649 2 0.1320 0.69844 0.036 0.948 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR819690 1 0.2257 0.73092 0.904 0.008 0.040 0.000 0.000 0.048
#> SRR1336113 2 0.8341 0.10534 0.212 0.452 0.128 0.100 0.044 0.064
#> SRR1396570 2 0.5931 0.56568 0.096 0.668 0.052 0.008 0.024 0.152
#> SRR1327366 4 0.3996 0.11240 0.000 0.484 0.000 0.512 0.000 0.004
#> SRR1317218 2 0.1320 0.69844 0.036 0.948 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1352001 1 0.1829 0.72435 0.920 0.004 0.012 0.000 0.000 0.064
#> SRR1469791 2 0.7336 0.21433 0.024 0.492 0.276 0.128 0.040 0.040
#> SRR1388046 1 0.7076 -0.37377 0.376 0.352 0.044 0.000 0.016 0.212
#> SRR655076 2 0.6604 0.09677 0.156 0.452 0.040 0.000 0.008 0.344
#> SRR1464353 2 0.1720 0.69601 0.032 0.928 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.2408 0.73281 0.896 0.004 0.024 0.000 0.008 0.068
#> SRR599412 1 0.6815 0.48559 0.624 0.128 0.112 0.044 0.036 0.056
#> SRR2166308 3 0.4134 0.48035 0.168 0.024 0.768 0.000 0.008 0.032
#> SRR655696 1 0.4661 0.69477 0.764 0.016 0.112 0.004 0.076 0.028
#> SRR602978 2 0.2442 0.69432 0.068 0.884 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1323850 2 0.5115 0.60414 0.044 0.744 0.036 0.128 0.032 0.016
#> SRR1365512 3 0.4381 0.49812 0.064 0.024 0.800 0.068 0.036 0.008
#> SRR663380 1 0.4224 0.64904 0.756 0.016 0.072 0.000 0.000 0.156
#> SRR1410469 3 0.6773 0.38381 0.048 0.300 0.532 0.016 0.040 0.064
#> SRR659259 4 0.3267 0.05707 0.004 0.092 0.012 0.848 0.040 0.004
#> SRR1421223 2 0.6884 0.43697 0.052 0.588 0.212 0.048 0.032 0.068
#> SRR1092567 3 0.4381 0.49812 0.064 0.024 0.800 0.068 0.036 0.008
#> SRR1472598 3 0.6646 0.41074 0.056 0.272 0.560 0.012 0.040 0.060
#> SRR1069279 2 0.6794 0.46955 0.056 0.600 0.188 0.028 0.032 0.096
#> SRR1351624 2 0.7065 0.41905 0.068 0.568 0.208 0.028 0.032 0.096
#> SRR1342938 3 0.2418 0.53174 0.096 0.000 0.884 0.004 0.008 0.008
#> SRR599346 2 0.4463 0.53217 0.208 0.732 0.016 0.020 0.004 0.020
#> SRR1359045 1 0.4367 0.68401 0.784 0.012 0.080 0.004 0.096 0.024
#> SRR601843 1 0.1667 0.73073 0.940 0.008 0.012 0.000 0.008 0.032
#> SRR1318898 1 0.3991 0.69417 0.808 0.008 0.076 0.004 0.084 0.020
#> SRR1455104 1 0.3656 0.71457 0.824 0.004 0.096 0.000 0.036 0.040
#> SRR598565 1 0.6678 0.45126 0.580 0.008 0.116 0.064 0.208 0.024
#> SRR1315188 3 0.5721 0.29535 0.044 0.028 0.660 0.212 0.048 0.008
#> SRR1409875 4 0.7426 0.26693 0.012 0.280 0.276 0.376 0.036 0.020
#> SRR1348270 2 0.1049 0.69771 0.032 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR602389 1 0.2813 0.72552 0.880 0.004 0.044 0.000 0.052 0.020
#> SRR1451857 2 0.3717 0.65569 0.056 0.812 0.000 0.028 0.000 0.104
#> SRR1436629 2 0.1682 0.69802 0.052 0.928 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1349144 1 0.3388 0.59048 0.764 0.004 0.004 0.000 0.004 0.224
#> SRR615491 5 0.5047 0.77055 0.020 0.000 0.028 0.372 0.572 0.008
#> SRR1095937 6 0.5984 0.36354 0.312 0.000 0.008 0.004 0.172 0.504
#> SRR1473295 1 0.5481 0.52448 0.668 0.044 0.128 0.000 0.004 0.156
#> SRR1457972 2 0.1801 0.67726 0.016 0.924 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1475430 3 0.7579 0.35194 0.124 0.292 0.464 0.044 0.028 0.048
#> SRR2164562 1 0.6623 0.17994 0.524 0.060 0.244 0.000 0.008 0.164
#> SRR665490 1 0.3468 0.57679 0.752 0.004 0.004 0.000 0.004 0.236
#> SRR1434182 2 0.4365 0.55404 0.000 0.744 0.008 0.188 0.036 0.024
#> SRR1458506 1 0.3508 0.70791 0.844 0.008 0.048 0.004 0.072 0.024
#> SRR808886 3 0.6591 0.42665 0.056 0.252 0.580 0.016 0.040 0.056
#> SRR1329442 1 0.4242 0.68541 0.784 0.008 0.108 0.004 0.080 0.016
#> SRR1457925 1 0.3988 0.69563 0.808 0.008 0.072 0.004 0.088 0.020
#> SRR1434910 2 0.1536 0.68639 0.016 0.940 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR614107 3 0.6256 -0.03128 0.012 0.060 0.504 0.372 0.036 0.016
#> SRR1323914 2 0.5453 0.34597 0.140 0.568 0.000 0.000 0.004 0.288
#> SRR1323065 1 0.3725 0.72755 0.836 0.008 0.060 0.008 0.056 0.032
#> SRR1309578 2 0.5453 0.35148 0.144 0.572 0.000 0.000 0.004 0.280
#> SRR1500908 1 0.3685 0.71623 0.836 0.012 0.072 0.004 0.048 0.028
#> SRR1076753 1 0.1588 0.71666 0.924 0.000 0.004 0.000 0.000 0.072
#> SRR1327410 3 0.7618 0.15889 0.036 0.372 0.396 0.112 0.036 0.048
#> SRR608064 1 0.4624 0.69684 0.768 0.016 0.104 0.004 0.080 0.028
#> SRR608512 1 0.4349 0.69069 0.780 0.012 0.116 0.000 0.052 0.040
#> SRR2167551 6 0.7971 0.33759 0.308 0.156 0.196 0.008 0.012 0.320
#> SRR1394872 1 0.2656 0.72701 0.892 0.008 0.028 0.000 0.048 0.024
#> SRR1345669 1 0.2112 0.73388 0.916 0.000 0.020 0.000 0.028 0.036
#> SRR1367588 3 0.7203 -0.06894 0.332 0.084 0.372 0.004 0.000 0.208
#> SRR1387724 3 0.3502 0.52774 0.076 0.000 0.844 0.032 0.028 0.020
#> SRR660438 1 0.6606 0.19582 0.528 0.060 0.240 0.000 0.008 0.164
#> SRR1310758 2 0.7704 0.29257 0.096 0.484 0.220 0.020 0.032 0.148
#> SRR601525 2 0.5376 0.28126 0.308 0.612 0.024 0.020 0.004 0.032
#> SRR818749 1 0.4347 0.68937 0.788 0.012 0.080 0.004 0.088 0.028
#> SRR604294 1 0.7020 0.34109 0.576 0.212 0.064 0.048 0.072 0.028
#> SRR1322494 2 0.1644 0.68145 0.012 0.932 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1377949 3 0.6773 0.38381 0.048 0.300 0.532 0.016 0.040 0.064
#> SRR1317001 1 0.2775 0.72880 0.876 0.012 0.032 0.000 0.004 0.076
#> SRR1311897 1 0.2390 0.72195 0.896 0.008 0.044 0.000 0.000 0.052
#> SRR1308715 2 0.5647 0.32203 0.148 0.556 0.004 0.000 0.004 0.288
#> SRR1415195 4 0.4169 -0.32689 0.000 0.008 0.016 0.712 0.252 0.012
#> SRR1380163 2 0.1003 0.69606 0.028 0.964 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1480611 1 0.1700 0.71357 0.916 0.000 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR603834 1 0.4237 0.64598 0.764 0.020 0.084 0.000 0.000 0.132
#> SRR1341256 2 0.2697 0.68574 0.068 0.876 0.008 0.000 0.000 0.048
#> SRR613795 1 0.5338 0.54632 0.688 0.056 0.064 0.000 0.012 0.180
#> SRR659744 2 0.4436 0.66434 0.100 0.792 0.032 0.016 0.016 0.044
#> SRR1479549 1 0.3469 0.59326 0.764 0.008 0.004 0.000 0.004 0.220
#> SRR613258 1 0.5911 -0.09092 0.496 0.384 0.036 0.000 0.004 0.080
#> SRR1088808 4 0.6118 -0.08232 0.064 0.000 0.020 0.448 0.432 0.036
#> SRR1329068 2 0.2302 0.63299 0.000 0.872 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR1480565 2 0.2306 0.66188 0.016 0.888 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1337137 4 0.3996 0.11240 0.000 0.484 0.000 0.512 0.000 0.004
#> SRR1099520 1 0.2390 0.72195 0.896 0.008 0.044 0.000 0.000 0.052
#> SRR603942 1 0.7356 0.30758 0.512 0.012 0.136 0.100 0.216 0.024
#> SRR1440625 3 0.6596 0.41261 0.056 0.272 0.564 0.012 0.040 0.056
#> SRR1391700 1 0.3332 0.59766 0.772 0.004 0.004 0.000 0.004 0.216
#> SRR657360 1 0.2540 0.71023 0.872 0.000 0.020 0.000 0.004 0.104
#> SRR1473443 3 0.6773 0.38381 0.048 0.300 0.532 0.016 0.040 0.064
#> SRR1498438 3 0.5901 0.45211 0.060 0.068 0.696 0.116 0.044 0.016
#> SRR1394655 5 0.5440 0.73338 0.028 0.004 0.036 0.368 0.556 0.008
#> SRR1322437 4 0.2740 0.00637 0.000 0.060 0.000 0.864 0.076 0.000
#> SRR660236 5 0.4992 0.81486 0.000 0.000 0.016 0.376 0.564 0.044
#> SRR1466338 3 0.6773 0.38381 0.048 0.300 0.532 0.016 0.040 0.064
#> SRR604148 1 0.4920 0.67033 0.748 0.012 0.084 0.004 0.104 0.048
#> SRR1334939 6 0.8151 0.30871 0.224 0.236 0.188 0.008 0.016 0.328
#> SRR1349497 1 0.3234 0.71187 0.856 0.008 0.040 0.000 0.072 0.024
#> SRR1360523 1 0.2077 0.73475 0.920 0.008 0.024 0.000 0.008 0.040
#> SRR1446114 2 0.5853 0.36005 0.004 0.600 0.060 0.280 0.040 0.016
#> SRR1339366 2 0.1049 0.69662 0.032 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656469 3 0.7203 -0.06894 0.332 0.084 0.372 0.004 0.000 0.208
#> SRR1389868 1 0.1769 0.72856 0.924 0.000 0.012 0.000 0.004 0.060
#> SRR1390265 2 0.1003 0.69606 0.028 0.964 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1364935 2 0.5465 0.43679 0.000 0.652 0.012 0.224 0.080 0.032
#> SRR1469102 1 0.1829 0.72435 0.920 0.004 0.012 0.000 0.000 0.064
#> SRR1440584 2 0.3087 0.68976 0.064 0.864 0.028 0.000 0.004 0.040
#> SRR1459697 2 0.3329 0.54871 0.008 0.768 0.000 0.220 0.000 0.004
#> SRR1352575 1 0.3011 0.64906 0.800 0.004 0.004 0.000 0.000 0.192
#> SRR613711 2 0.1480 0.69820 0.040 0.940 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR614023 1 0.2214 0.71717 0.892 0.004 0.012 0.000 0.000 0.092
#> SRR1316174 1 0.4890 0.64922 0.736 0.008 0.112 0.008 0.116 0.020
#> SRR603268 2 0.4436 0.66434 0.100 0.792 0.032 0.016 0.016 0.044
#> SRR1486044 2 0.1716 0.69378 0.028 0.932 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1441483 2 0.4678 0.54155 0.104 0.704 0.000 0.004 0.004 0.184
#> SRR1074189 1 0.5911 -0.09092 0.496 0.384 0.036 0.000 0.004 0.080
#> SRR665646 1 0.4535 0.69236 0.780 0.012 0.080 0.004 0.076 0.048
#> SRR1404931 4 0.6677 -0.41108 0.004 0.028 0.184 0.452 0.324 0.008
#> SRR1431552 5 0.4992 0.81486 0.000 0.000 0.016 0.376 0.564 0.044
#> SRR1479085 1 0.7785 -0.06404 0.444 0.180 0.244 0.020 0.024 0.088
#> SRR1322711 2 0.2174 0.69783 0.036 0.912 0.000 0.016 0.000 0.036
#> SRR1404988 2 0.4618 0.51414 0.000 0.708 0.008 0.224 0.036 0.024
#> SRR1419848 2 0.5779 0.60534 0.052 0.696 0.076 0.016 0.028 0.132
#> SRR1332713 5 0.5440 0.73338 0.028 0.004 0.036 0.368 0.556 0.008
#> SRR1070863 1 0.2452 0.72087 0.892 0.008 0.044 0.000 0.000 0.056
#> SRR659947 1 0.7251 -0.04844 0.444 0.320 0.080 0.008 0.016 0.132
#> SRR1414356 1 0.5493 0.62267 0.704 0.004 0.108 0.032 0.120 0.032
#> SRR599122 3 0.2604 0.52945 0.100 0.000 0.872 0.000 0.008 0.020
#> SRR1344100 2 0.7686 0.07638 0.232 0.492 0.080 0.048 0.020 0.128
#> SRR613018 4 0.7432 0.26473 0.012 0.284 0.276 0.372 0.036 0.020
#> SRR1456591 1 0.2577 0.72685 0.888 0.016 0.040 0.000 0.000 0.056
#> SRR1368710 2 0.5661 0.31223 0.148 0.552 0.004 0.000 0.004 0.292
#> SRR1397885 1 0.4850 0.66494 0.752 0.004 0.088 0.020 0.108 0.028
#> SRR1319283 6 0.5696 0.60308 0.244 0.076 0.032 0.000 0.020 0.628
#> SRR1349518 2 0.1616 0.70034 0.028 0.940 0.012 0.000 0.000 0.020
#> SRR1471267 1 0.3332 0.59766 0.772 0.004 0.004 0.000 0.004 0.216
#> SRR655277 1 0.4535 0.69236 0.780 0.012 0.080 0.004 0.076 0.048
#> SRR1455436 2 0.5837 0.48950 0.024 0.672 0.052 0.184 0.048 0.020
#> SRR658009 1 0.2408 0.73281 0.896 0.004 0.024 0.000 0.008 0.068
#> SRR1331383 4 0.2740 0.00637 0.000 0.060 0.000 0.864 0.076 0.000
#> SRR1394894 3 0.6717 0.13963 0.312 0.076 0.484 0.000 0.008 0.120
#> SRR659133 5 0.4992 0.81486 0.000 0.000 0.016 0.376 0.564 0.044
#> SRR660212 3 0.6727 0.13211 0.316 0.076 0.480 0.000 0.008 0.120
#> SRR657821 6 0.3755 0.57241 0.232 0.012 0.004 0.000 0.008 0.744
#> SRR1379279 2 0.5779 0.60534 0.052 0.696 0.076 0.016 0.028 0.132
#> SRR663149 2 0.8207 -0.17639 0.296 0.376 0.128 0.028 0.028 0.144
#> SRR1413032 3 0.6760 0.38602 0.048 0.296 0.536 0.016 0.040 0.064
#> SRR1377557 1 0.1956 0.71043 0.908 0.000 0.008 0.000 0.004 0.080
#> SRR1335296 2 0.1124 0.69771 0.036 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1407273 1 0.7760 -0.39503 0.360 0.204 0.220 0.000 0.008 0.208
#> SRR657101 1 0.7724 -0.21878 0.428 0.172 0.160 0.008 0.012 0.220
#> SRR1350588 3 0.5432 0.51276 0.144 0.028 0.712 0.020 0.076 0.020
#> SRR1368486 1 0.4206 0.64430 0.756 0.016 0.068 0.000 0.000 0.160
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.811 0.915 0.959 0.4961 0.503 0.503
#> 3 3 0.948 0.932 0.971 0.3243 0.748 0.540
#> 4 4 0.760 0.809 0.879 0.1006 0.895 0.712
#> 5 5 0.698 0.598 0.739 0.0728 0.899 0.665
#> 6 6 0.699 0.652 0.772 0.0418 0.910 0.632
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1499543 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR657372 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR661409 1 0.1184 0.943 0.984 0.016
#> SRR1409721 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1391678 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1392030 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1453787 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR654969 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1435113 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR601359 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR663392 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1374716 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR601157 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR615347 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1329464 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1357344 1 0.2423 0.925 0.960 0.040
#> SRR1365356 1 0.5946 0.821 0.856 0.144
#> SRR598068 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR810343 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1312024 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1499699 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1397861 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1479663 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1475483 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR603726 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR663368 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1354225 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1089809 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1338901 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR598645 1 0.0938 0.946 0.988 0.012
#> SRR656528 1 0.4431 0.876 0.908 0.092
#> SRR809503 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR659923 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1498226 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1319858 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1350566 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR614743 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1406307 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1348318 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1343433 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1342088 2 0.4939 0.886 0.108 0.892
#> SRR1404384 2 0.5842 0.852 0.140 0.860
#> SRR655495 2 0.2948 0.935 0.052 0.948
#> SRR812270 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR821176 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR807799 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR814919 1 0.9815 0.292 0.580 0.420
#> SRR1415274 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1491275 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR659851 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1337364 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1414471 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1471862 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1456208 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1393428 2 0.1184 0.960 0.016 0.984
#> SRR1327632 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR608120 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR607679 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1359529 1 0.9491 0.449 0.632 0.368
#> SRR1330305 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1436042 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR656191 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1419211 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR658117 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1090770 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR657420 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1398686 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR821207 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1074694 2 0.6438 0.823 0.164 0.836
#> SRR1413851 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1319924 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1361050 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1095792 2 0.6048 0.842 0.148 0.852
#> SRR1476903 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR607502 1 0.7674 0.709 0.776 0.224
#> SRR602951 2 0.7453 0.756 0.212 0.788
#> SRR1402922 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1314071 1 0.8813 0.593 0.700 0.300
#> SRR1374778 1 0.8813 0.603 0.700 0.300
#> SRR1089926 1 0.7674 0.717 0.776 0.224
#> SRR1437056 1 0.8555 0.630 0.720 0.280
#> SRR1366772 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1487465 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR2166006 1 0.9833 0.307 0.576 0.424
#> SRR1341034 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1460235 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1368917 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1457197 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR656373 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1454265 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1454498 1 0.8555 0.630 0.720 0.280
#> SRR661711 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR661493 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1356120 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1381414 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1350263 1 0.9933 0.212 0.548 0.452
#> SRR1327349 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1476348 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR656035 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR2165896 1 0.8861 0.600 0.696 0.304
#> SRR601549 2 0.3431 0.924 0.064 0.936
#> SRR658573 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1393470 2 0.2236 0.947 0.036 0.964
#> SRR1381247 1 0.0938 0.946 0.988 0.012
#> SRR1322790 1 0.9323 0.513 0.652 0.348
#> SRR1404044 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1487728 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1419593 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1434689 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1349540 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1377967 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR662510 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1370151 2 0.0672 0.966 0.008 0.992
#> SRR809043 2 0.3274 0.929 0.060 0.940
#> SRR659578 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1339413 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1434760 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR660079 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1465153 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1340924 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1073267 2 0.3114 0.932 0.056 0.944
#> SRR1418688 2 0.3733 0.919 0.072 0.928
#> SRR602338 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1323936 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1313789 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR614275 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR601962 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR663795 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1418650 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR655780 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR661794 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1339508 1 0.9988 0.107 0.520 0.480
#> SRR1501097 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1358459 2 0.5946 0.847 0.144 0.856
#> SRR1333550 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR821148 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR808658 1 0.8661 0.617 0.712 0.288
#> SRR598100 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1475281 2 0.4815 0.891 0.104 0.896
#> SRR1469477 1 0.4022 0.888 0.920 0.080
#> SRR1468184 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1415660 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR816892 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1447325 1 0.9358 0.467 0.648 0.352
#> SRR1415980 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR658021 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1356308 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1443695 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1083031 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1466177 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1346978 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR607705 1 0.6343 0.808 0.840 0.160
#> SRR598364 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR603036 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR604342 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1365850 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1335940 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1436515 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1367612 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1411002 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1446606 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1350936 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1351257 2 0.6801 0.800 0.180 0.820
#> SRR1316793 1 0.9044 0.556 0.680 0.320
#> SRR1090815 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR657845 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1408633 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1398971 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1399457 2 0.2603 0.943 0.044 0.956
#> SRR1073341 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR810805 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1309657 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR820186 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1388913 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1396270 1 0.0938 0.946 0.988 0.012
#> SRR613402 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR614912 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1478410 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR613975 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1441631 2 0.6887 0.790 0.184 0.816
#> SRR1088044 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1082909 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1392007 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR2166524 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1445765 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR819867 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1339675 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1085687 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR597952 2 0.3584 0.925 0.068 0.932
#> SRR1376497 2 0.8144 0.666 0.252 0.748
#> SRR813848 2 0.3274 0.929 0.060 0.940
#> SRR1379471 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1070960 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR615285 1 0.2603 0.921 0.956 0.044
#> SRR1325353 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1470682 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR615886 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1397649 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR819690 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1336113 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1396570 2 0.0672 0.966 0.008 0.992
#> SRR1327366 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1317218 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1352001 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1469791 2 0.3114 0.932 0.056 0.944
#> SRR1388046 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR655076 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1464353 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR654754 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR599412 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.5408 0.843 0.876 0.124
#> SRR655696 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1323850 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1365512 2 0.8081 0.691 0.248 0.752
#> SRR663380 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1410469 2 0.6801 0.800 0.180 0.820
#> SRR659259 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1421223 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1092567 2 0.5059 0.882 0.112 0.888
#> SRR1472598 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1069279 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1342938 1 0.8555 0.630 0.720 0.280
#> SRR599346 2 0.8267 0.645 0.260 0.740
#> SRR1359045 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR601843 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1318898 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1455104 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1315188 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1409875 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1348270 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR602389 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1451857 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1436629 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1349144 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR615491 2 0.8661 0.627 0.288 0.712
#> SRR1095937 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1473295 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1457972 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1475430 1 0.9815 0.302 0.580 0.420
#> SRR2164562 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR665490 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1434182 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1458506 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR808886 2 0.5629 0.860 0.132 0.868
#> SRR1329442 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1457925 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1434910 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR614107 2 0.3879 0.916 0.076 0.924
#> SRR1323914 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1323065 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1309578 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1500908 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1076753 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1327410 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR608064 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR608512 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR2167551 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1394872 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1345669 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1367588 1 0.8861 0.588 0.696 0.304
#> SRR1387724 1 0.1414 0.941 0.980 0.020
#> SRR660438 1 0.0938 0.947 0.988 0.012
#> SRR1310758 2 0.3584 0.924 0.068 0.932
#> SRR601525 2 0.5519 0.853 0.128 0.872
#> SRR818749 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR604294 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1322494 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1377949 2 0.5946 0.848 0.144 0.856
#> SRR1317001 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1311897 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1308715 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1415195 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1380163 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1480611 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR603834 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1341256 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR613795 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR659744 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1479549 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR613258 1 0.3114 0.911 0.944 0.056
#> SRR1088808 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1329068 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1480565 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1337137 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1099520 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR603942 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1440625 2 0.5946 0.847 0.144 0.856
#> SRR1391700 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR657360 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1473443 2 0.5059 0.882 0.112 0.888
#> SRR1498438 2 0.5178 0.878 0.116 0.884
#> SRR1394655 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1322437 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR660236 1 0.0938 0.946 0.988 0.012
#> SRR1466338 2 0.2603 0.941 0.044 0.956
#> SRR604148 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1334939 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1349497 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1360523 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1446114 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1339366 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR656469 1 0.6247 0.808 0.844 0.156
#> SRR1389868 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1390265 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1364935 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1469102 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1440584 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1459697 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1352575 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR613711 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR614023 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1316174 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR603268 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1486044 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1441483 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1074189 1 0.9977 0.154 0.528 0.472
#> SRR665646 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1404931 2 0.6247 0.836 0.156 0.844
#> SRR1431552 2 0.5629 0.861 0.132 0.868
#> SRR1479085 1 0.7139 0.750 0.804 0.196
#> SRR1322711 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1404988 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1419848 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1332713 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1070863 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR659947 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1414356 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR599122 1 0.0672 0.948 0.992 0.008
#> SRR1344100 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR613018 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1456591 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1368710 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1397885 1 0.0000 0.950 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.7453 0.727 0.788 0.212
#> SRR1349518 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1471267 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR655277 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1455436 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR658009 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1331383 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1394894 1 0.8861 0.591 0.696 0.304
#> SRR659133 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR660212 2 0.1184 0.961 0.016 0.984
#> SRR657821 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1379279 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR663149 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1413032 2 0.6801 0.800 0.180 0.820
#> SRR1377557 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1335296 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR1407273 2 0.0376 0.967 0.004 0.996
#> SRR657101 1 0.7602 0.715 0.780 0.220
#> SRR1350588 1 0.0376 0.949 0.996 0.004
#> SRR1368486 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.4178 0.777 0.828 0.000 0.172
#> SRR661409 3 0.0237 0.932 0.004 0.000 0.996
#> SRR1409721 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.1163 0.916 0.000 0.028 0.972
#> SRR601157 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> SRR1329464 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.4062 0.797 0.836 0.164 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR598068 3 0.0592 0.927 0.012 0.000 0.988
#> SRR810343 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.2537 0.871 0.080 0.000 0.920
#> SRR663368 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.1163 0.917 0.000 0.028 0.972
#> SRR1338901 2 0.1031 0.946 0.000 0.976 0.024
#> SRR598645 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.4504 0.748 0.196 0.000 0.804
#> SRR809503 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404384 3 0.4974 0.677 0.000 0.236 0.764
#> SRR655495 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 3 0.8097 0.346 0.388 0.072 0.540
#> SRR1415274 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.6168 0.353 0.412 0.000 0.588
#> SRR1393428 3 0.0892 0.922 0.000 0.020 0.980
#> SRR1327632 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0747 0.925 0.000 0.016 0.984
#> SRR1330305 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.1031 0.920 0.000 0.024 0.976
#> SRR1413851 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 3 0.1529 0.909 0.000 0.040 0.960
#> SRR1314071 3 0.5560 0.599 0.300 0.000 0.700
#> SRR1374778 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 3 0.5327 0.646 0.272 0.000 0.728
#> SRR1341034 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.5397 0.635 0.000 0.720 0.280
#> SRR1433311 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.3686 0.828 0.000 0.860 0.140
#> SRR1476348 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.5618 0.660 0.260 0.008 0.732
#> SRR601549 3 0.0892 0.922 0.000 0.020 0.980
#> SRR658573 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.2711 0.863 0.000 0.088 0.912
#> SRR1381247 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.2356 0.902 0.000 0.928 0.072
#> SRR809043 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.6154 0.339 0.000 0.592 0.408
#> SRR1340924 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.5785 0.540 0.332 0.000 0.668
#> SRR1418650 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.8109 0.434 0.620 0.108 0.272
#> SRR598100 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 3 0.1031 0.920 0.000 0.024 0.976
#> SRR1469477 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.5291 0.651 0.000 0.732 0.268
#> SRR1447325 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.4605 0.745 0.000 0.796 0.204
#> SRR1466177 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.0424 0.986 0.992 0.000 0.008
#> SRR1399457 2 0.3590 0.874 0.076 0.896 0.028
#> SRR1073341 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0747 0.952 0.000 0.984 0.016
#> SRR1082909 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.3752 0.811 0.144 0.856 0.000
#> SRR1376497 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR813848 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.5948 0.480 0.360 0.000 0.640
#> SRR1325353 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.1163 0.965 0.972 0.000 0.028
#> SRR2166308 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.3412 0.849 0.000 0.876 0.124
#> SRR1421223 3 0.1529 0.908 0.000 0.040 0.960
#> SRR1092567 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069279 3 0.2625 0.867 0.000 0.084 0.916
#> SRR1351624 3 0.1031 0.920 0.000 0.024 0.976
#> SRR1342938 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR599346 2 0.1643 0.921 0.044 0.956 0.000
#> SRR1359045 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.5216 0.665 0.000 0.740 0.260
#> SRR1348270 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.1529 0.952 0.960 0.000 0.040
#> SRR1473295 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164562 3 0.6299 0.163 0.476 0.000 0.524
#> SRR665490 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 3 0.4887 0.690 0.000 0.228 0.772
#> SRR1394872 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 3 0.2711 0.860 0.088 0.000 0.912
#> SRR1310758 3 0.6140 0.316 0.000 0.404 0.596
#> SRR601525 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498438 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 3 0.0424 0.929 0.008 0.000 0.992
#> SRR1322437 2 0.5098 0.681 0.000 0.752 0.248
#> SRR660236 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.6026 0.406 0.000 0.624 0.376
#> SRR1349497 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.5497 0.609 0.000 0.708 0.292
#> SRR1339366 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.5621 0.521 0.000 0.308 0.692
#> SRR1469102 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.0983 0.949 0.016 0.980 0.004
#> SRR665646 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 3 0.6302 0.153 0.480 0.000 0.520
#> SRR1322711 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332713 1 0.0592 0.982 0.988 0.000 0.012
#> SRR1070863 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR599122 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.1753 0.902 0.000 0.048 0.952
#> SRR1456591 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.7015 0.368 0.392 0.024 0.584
#> SRR1349518 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.4842 0.717 0.000 0.776 0.224
#> SRR658009 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 3 0.2537 0.869 0.000 0.080 0.920
#> SRR657821 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0592 0.956 0.000 0.988 0.012
#> SRR663149 3 0.5216 0.637 0.000 0.260 0.740
#> SRR1413032 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.5591 0.573 0.000 0.696 0.304
#> SRR657101 1 0.1751 0.955 0.960 0.028 0.012
#> SRR1350588 3 0.0424 0.929 0.008 0.000 0.992
#> SRR1368486 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.3448 0.86707 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR1499543 1 0.3219 0.87093 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1443419 2 0.2987 0.85572 0.000 0.880 0.104 0.016
#> SRR657372 4 0.5536 0.04969 0.384 0.000 0.024 0.592
#> SRR661409 4 0.3638 0.62627 0.032 0.000 0.120 0.848
#> SRR1409721 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1391678 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.2408 0.89065 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1453787 1 0.0336 0.90393 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR654969 1 0.1042 0.89852 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1435113 4 0.3764 0.67542 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR601359 1 0.3448 0.86707 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR663392 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1374716 4 0.4786 0.68358 0.000 0.104 0.108 0.788
#> SRR601157 1 0.3448 0.86707 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR615347 2 0.4504 0.78369 0.004 0.800 0.152 0.044
#> SRR1329464 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357344 3 0.5306 0.58903 0.188 0.040 0.752 0.020
#> SRR1365356 3 0.3123 0.83513 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR598068 3 0.3448 0.82781 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR810343 1 0.3266 0.86914 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1431991 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.3444 0.80231 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1499699 1 0.2773 0.82975 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR1397861 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479663 2 0.1406 0.91687 0.000 0.960 0.024 0.016
#> SRR1475483 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603726 1 0.6327 0.35632 0.496 0.000 0.060 0.444
#> SRR663368 1 0.3401 0.87581 0.840 0.000 0.008 0.152
#> SRR1354225 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1089809 4 0.4673 0.62621 0.000 0.008 0.292 0.700
#> SRR1338901 2 0.4552 0.75938 0.000 0.784 0.172 0.044
#> SRR598645 3 0.3528 0.79616 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR656528 3 0.3529 0.69472 0.152 0.000 0.836 0.012
#> SRR809503 1 0.1284 0.89776 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR659923 2 0.0188 0.92831 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498226 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319858 1 0.0817 0.89853 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1350566 1 0.2704 0.88584 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR614743 4 0.3610 0.68172 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1406307 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.4220 0.79990 0.748 0.000 0.004 0.248
#> SRR1343433 1 0.2281 0.89302 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1342088 3 0.2973 0.83803 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1404384 3 0.2131 0.79156 0.008 0.040 0.936 0.016
#> SRR655495 3 0.2216 0.84446 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR812270 4 0.4277 0.61539 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR821176 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR807799 2 0.0000 0.92872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.8047 0.20186 0.348 0.036 0.476 0.140
#> SRR1415274 1 0.4053 0.82023 0.768 0.000 0.004 0.228
#> SRR1491275 3 0.5170 0.59328 0.192 0.032 0.756 0.020
#> SRR659851 1 0.2799 0.89167 0.884 0.000 0.008 0.108
#> SRR1337364 1 0.3172 0.87187 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1414471 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471862 1 0.3402 0.86803 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1456208 1 0.7313 0.40366 0.508 0.000 0.176 0.316
#> SRR1393428 3 0.1940 0.83583 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1327632 1 0.3219 0.86996 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR608120 1 0.0376 0.90558 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR607679 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1359529 3 0.1648 0.80527 0.016 0.016 0.956 0.012
#> SRR1330305 2 0.1406 0.91687 0.000 0.960 0.024 0.016
#> SRR1436042 1 0.3448 0.86707 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR656191 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1419211 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658117 3 0.1722 0.83608 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR1090770 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657420 1 0.0376 0.90643 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1398686 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR821207 1 0.0707 0.90007 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1074694 3 0.2149 0.84355 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1413851 2 0.1297 0.91905 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR1319924 2 0.0188 0.92896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361050 1 0.1302 0.88898 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1095792 3 0.2647 0.84444 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1476903 1 0.2469 0.88974 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1406502 2 0.1042 0.92220 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR607502 3 0.4088 0.66281 0.004 0.000 0.764 0.232
#> SRR602951 4 0.3942 0.66334 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1402922 3 0.1936 0.79374 0.000 0.032 0.940 0.028
#> SRR1314071 4 0.5947 0.27625 0.312 0.000 0.060 0.628
#> SRR1374778 3 0.0336 0.82724 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1089926 3 0.2760 0.84355 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1437056 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1366772 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1487465 4 0.1867 0.65498 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2166006 3 0.4498 0.76449 0.048 0.012 0.816 0.124
#> SRR1341034 2 0.0707 0.92941 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1460235 1 0.0707 0.90007 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1368917 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457197 4 0.7215 0.36684 0.000 0.348 0.152 0.500
#> SRR1433311 3 0.3486 0.81778 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR656373 4 0.4677 0.27732 0.316 0.000 0.004 0.680
#> SRR1454265 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454498 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR661711 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356120 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0707 0.92489 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1350263 3 0.3024 0.83620 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1327349 4 0.5693 0.16373 0.000 0.472 0.024 0.504
#> SRR1476348 2 0.1716 0.91175 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR656035 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.3937 0.73236 0.076 0.032 0.860 0.032
#> SRR601549 3 0.1545 0.80940 0.000 0.008 0.952 0.040
#> SRR658573 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1393470 4 0.5528 0.65946 0.000 0.064 0.236 0.700
#> SRR1381247 3 0.2760 0.84402 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1322790 3 0.2647 0.84474 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1404044 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487728 1 0.2401 0.85446 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR1419593 1 0.0188 0.90500 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434689 2 0.0188 0.92896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1349540 1 0.1004 0.89964 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1377967 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR662510 2 0.2124 0.90381 0.000 0.932 0.040 0.028
#> SRR1370151 2 0.4010 0.79837 0.000 0.816 0.028 0.156
#> SRR809043 4 0.3942 0.66334 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR659578 1 0.2007 0.88487 0.940 0.004 0.036 0.020
#> SRR1339413 2 0.2706 0.87517 0.000 0.900 0.080 0.020
#> SRR1434760 1 0.1824 0.87909 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR660079 1 0.0469 0.90522 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1465153 4 0.5742 0.57541 0.000 0.276 0.060 0.664
#> SRR1340924 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073267 4 0.4382 0.60260 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1418688 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR602338 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323936 4 0.3610 0.68238 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1313789 2 0.1724 0.91132 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR614275 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR601962 1 0.3448 0.86707 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR663795 1 0.6182 0.41114 0.520 0.000 0.052 0.428
#> SRR1418650 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR655780 2 0.1584 0.91754 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR661794 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1501097 2 0.0000 0.92872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0921 0.82994 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1333550 2 0.2742 0.87652 0.000 0.900 0.076 0.024
#> SRR821148 1 0.1042 0.89852 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR808658 3 0.5006 0.61320 0.176 0.032 0.772 0.020
#> SRR598100 1 0.4122 0.81242 0.760 0.000 0.004 0.236
#> SRR1475281 3 0.1151 0.81583 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1469477 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1468184 2 0.0469 0.92884 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1415660 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR816892 4 0.4387 0.60237 0.000 0.236 0.012 0.752
#> SRR1447325 4 0.3764 0.67494 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1415980 1 0.3402 0.86803 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR658021 1 0.4356 0.59373 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1356308 2 0.0188 0.92896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443695 1 0.3790 0.86727 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR1083031 3 0.4121 0.62888 0.000 0.184 0.796 0.020
#> SRR1466177 2 0.2973 0.86123 0.000 0.884 0.096 0.020
#> SRR1346978 2 0.0336 0.92915 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR607705 3 0.0524 0.82709 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR598364 1 0.3494 0.86606 0.824 0.000 0.004 0.172
#> SRR603036 1 0.0524 0.90507 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR604342 4 0.1792 0.65371 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1365850 2 0.1118 0.92687 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1335940 1 0.3172 0.87187 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1436515 1 0.0376 0.90558 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1367612 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1411002 1 0.3123 0.87457 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1446606 4 0.4843 0.44070 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1350936 1 0.0817 0.89853 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1351257 3 0.2814 0.84215 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1316793 3 0.2149 0.84513 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1090815 1 0.3707 0.88104 0.840 0.000 0.028 0.132
#> SRR657845 1 0.0707 0.90007 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1408633 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1398971 4 0.3306 0.56387 0.156 0.000 0.004 0.840
#> SRR1399457 2 0.6185 0.65843 0.060 0.704 0.200 0.036
#> SRR1073341 1 0.3617 0.80084 0.852 0.012 0.124 0.012
#> SRR810805 1 0.1792 0.89869 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1309657 1 0.3219 0.87110 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR820186 1 0.1792 0.89869 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1388913 4 0.4907 0.30368 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1396270 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR613402 2 0.0921 0.92617 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR614912 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1478410 4 0.4134 0.63834 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR613975 2 0.1059 0.92185 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1441631 3 0.0336 0.82601 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1088044 2 0.4205 0.81645 0.000 0.820 0.124 0.056
#> SRR1082909 1 0.3402 0.86803 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1392007 4 0.4985 0.17543 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2166524 2 0.0707 0.92861 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1445765 1 0.1929 0.90269 0.940 0.000 0.024 0.036
#> SRR819867 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1339675 1 0.3219 0.86996 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1085687 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR597952 2 0.6970 0.54564 0.188 0.644 0.144 0.024
#> SRR1376497 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR813848 4 0.3873 0.66885 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1379471 1 0.0592 0.90199 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1070960 1 0.3074 0.87542 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR615285 3 0.2480 0.76004 0.088 0.000 0.904 0.008
#> SRR1325353 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470682 2 0.0592 0.92838 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR615886 1 0.0336 0.90581 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397649 2 0.0000 0.92872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.1302 0.92339 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1396570 2 0.5241 0.75444 0.064 0.780 0.132 0.024
#> SRR1327366 2 0.4977 0.04115 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1317218 2 0.0469 0.92884 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1352001 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.4585 0.59117 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1388046 1 0.3551 0.80640 0.856 0.008 0.120 0.016
#> SRR655076 2 0.4501 0.72737 0.000 0.764 0.212 0.024
#> SRR1464353 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR654754 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.3969 0.85596 0.804 0.000 0.016 0.180
#> SRR2166308 3 0.2593 0.84435 0.004 0.000 0.892 0.104
#> SRR655696 1 0.2670 0.89767 0.904 0.000 0.024 0.072
#> SRR602978 2 0.1042 0.92220 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1323850 2 0.1716 0.91175 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1365512 3 0.3024 0.83620 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR663380 1 0.1902 0.87600 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1410469 3 0.2589 0.84502 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR659259 4 0.4406 0.53072 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1421223 4 0.5212 0.40570 0.000 0.008 0.420 0.572
#> SRR1092567 3 0.3024 0.83620 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1472598 3 0.2921 0.83909 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1069279 3 0.4388 0.70417 0.000 0.060 0.808 0.132
#> SRR1351624 3 0.2149 0.83659 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1342938 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR599346 2 0.3303 0.86768 0.048 0.892 0.028 0.032
#> SRR1359045 1 0.4453 0.79981 0.744 0.000 0.012 0.244
#> SRR601843 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318898 1 0.3448 0.86707 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR1455104 1 0.2888 0.88492 0.872 0.000 0.004 0.124
#> SRR598565 1 0.3791 0.84539 0.796 0.000 0.004 0.200
#> SRR1315188 4 0.4277 0.61880 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1409875 4 0.5331 0.49360 0.000 0.332 0.024 0.644
#> SRR1348270 2 0.0000 0.92872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3074 0.87542 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1451857 2 0.0336 0.92906 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1436629 2 0.0592 0.92563 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1349144 1 0.0336 0.90393 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR615491 4 0.2589 0.67341 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1095937 1 0.2918 0.83137 0.876 0.000 0.116 0.008
#> SRR1473295 1 0.2011 0.86414 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1457972 2 0.0469 0.92884 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1475430 3 0.3074 0.84014 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR2164562 3 0.4019 0.62385 0.196 0.000 0.792 0.012
#> SRR665490 1 0.0707 0.90007 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1434182 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1458506 1 0.3448 0.86707 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR808886 3 0.2973 0.83803 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1329442 1 0.3448 0.86707 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR1457925 1 0.3402 0.86803 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1434910 2 0.0707 0.92773 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR614107 4 0.4103 0.64584 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1323914 2 0.1406 0.91687 0.000 0.960 0.024 0.016
#> SRR1323065 1 0.3266 0.86914 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1309578 2 0.1520 0.91531 0.000 0.956 0.024 0.020
#> SRR1500908 1 0.3764 0.86546 0.816 0.000 0.012 0.172
#> SRR1076753 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327410 4 0.4830 0.41354 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR608064 1 0.3266 0.86914 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR608512 1 0.3257 0.87506 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR2167551 3 0.2486 0.77811 0.004 0.048 0.920 0.028
#> SRR1394872 1 0.3024 0.87782 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1345669 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367588 3 0.0524 0.82709 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1387724 3 0.2973 0.83717 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR660438 3 0.3542 0.70416 0.120 0.000 0.852 0.028
#> SRR1310758 3 0.4370 0.64563 0.000 0.156 0.800 0.044
#> SRR601525 2 0.0336 0.92802 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR818749 1 0.3672 0.86791 0.824 0.000 0.012 0.164
#> SRR604294 1 0.3626 0.85866 0.812 0.000 0.004 0.184
#> SRR1322494 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1377949 3 0.1211 0.82289 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1317001 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308715 2 0.1406 0.91687 0.000 0.960 0.024 0.016
#> SRR1415195 4 0.3726 0.67810 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1380163 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1480611 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603834 1 0.1902 0.87600 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1341256 2 0.0188 0.92896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613795 1 0.1042 0.89852 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR659744 2 0.1733 0.91313 0.000 0.948 0.028 0.024
#> SRR1479549 1 0.0895 0.89928 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR613258 1 0.2107 0.88005 0.940 0.016 0.020 0.024
#> SRR1088808 4 0.4088 0.47804 0.232 0.000 0.004 0.764
#> SRR1329068 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1480565 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1337137 2 0.4989 -0.00603 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1099520 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.4188 0.80507 0.752 0.000 0.004 0.244
#> SRR1440625 3 0.2921 0.83909 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1391700 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657360 1 0.0707 0.90007 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1473443 3 0.2081 0.83239 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1498438 3 0.2921 0.83977 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1394655 4 0.1824 0.65405 0.004 0.000 0.060 0.936
#> SRR1322437 4 0.5169 0.57876 0.000 0.272 0.032 0.696
#> SRR660236 4 0.3649 0.67839 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1466338 3 0.2868 0.84000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR604148 1 0.3448 0.86867 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR1334939 3 0.3015 0.74183 0.000 0.092 0.884 0.024
#> SRR1349497 1 0.3074 0.87636 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1360523 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446114 4 0.5213 0.63566 0.000 0.224 0.052 0.724
#> SRR1339366 2 0.0469 0.92660 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR656469 3 0.0376 0.82535 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1389868 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0188 0.92896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1364935 4 0.4534 0.68913 0.000 0.068 0.132 0.800
#> SRR1469102 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.1724 0.91213 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR1459697 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1352575 1 0.0707 0.90007 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR613711 2 0.0707 0.92489 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR614023 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.4018 0.82405 0.772 0.000 0.004 0.224
#> SRR603268 2 0.2300 0.90677 0.000 0.920 0.016 0.064
#> SRR1486044 2 0.1022 0.92520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1441483 2 0.0188 0.92896 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1074189 2 0.7604 0.41886 0.180 0.560 0.240 0.020
#> SRR665646 1 0.3266 0.87064 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1404931 4 0.3873 0.66885 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1431552 4 0.3907 0.66590 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1479085 1 0.6756 0.63480 0.600 0.000 0.148 0.252
#> SRR1322711 2 0.0592 0.92563 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1404988 4 0.4933 0.27188 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1419848 2 0.3885 0.85412 0.000 0.844 0.064 0.092
#> SRR1332713 4 0.3725 0.54251 0.180 0.000 0.008 0.812
#> SRR1070863 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.3311 0.86836 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1414356 1 0.3710 0.85167 0.804 0.000 0.004 0.192
#> SRR599122 3 0.2704 0.84414 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1344100 2 0.0469 0.92888 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR613018 4 0.5431 0.66584 0.000 0.064 0.224 0.712
#> SRR1456591 1 0.0000 0.90578 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.2002 0.90356 0.000 0.936 0.044 0.020
#> SRR1397885 1 0.3266 0.86914 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1319283 3 0.5751 0.35549 0.352 0.012 0.616 0.020
#> SRR1349518 2 0.0592 0.92754 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1471267 1 0.0376 0.90558 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR655277 1 0.3494 0.86606 0.824 0.000 0.004 0.172
#> SRR1455436 4 0.4647 0.53646 0.000 0.288 0.008 0.704
#> SRR658009 1 0.0817 0.89853 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1331383 4 0.3569 0.68346 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1394894 3 0.3024 0.83500 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR659133 4 0.3569 0.67966 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR660212 3 0.1520 0.80635 0.000 0.024 0.956 0.020
#> SRR657821 1 0.2976 0.82223 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR1379279 2 0.4046 0.81414 0.000 0.828 0.124 0.048
#> SRR663149 3 0.4475 0.75236 0.004 0.080 0.816 0.100
#> SRR1413032 3 0.3024 0.83769 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1377557 1 0.0188 0.90603 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335296 2 0.0469 0.92660 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1407273 3 0.3390 0.70411 0.000 0.132 0.852 0.016
#> SRR657101 1 0.5389 0.68847 0.756 0.036 0.176 0.032
#> SRR1350588 3 0.3402 0.83009 0.004 0.000 0.832 0.164
#> SRR1368486 1 0.2081 0.85992 0.916 0.000 0.084 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.4306 -0.5210 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1499543 1 0.4278 -0.4399 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1443419 2 0.4889 0.7377 0.000 0.748 0.016 0.108 0.128
#> SRR657372 5 0.6785 0.4932 0.268 0.000 0.020 0.196 0.516
#> SRR661409 5 0.4227 0.0259 0.016 0.000 0.000 0.292 0.692
#> SRR1409721 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1391678 1 0.1544 0.7497 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1392030 1 0.4242 -0.2778 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1453787 1 0.1121 0.7526 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR654969 1 0.2179 0.7291 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1435113 4 0.3304 0.7372 0.000 0.004 0.128 0.840 0.028
#> SRR601359 5 0.4305 0.5333 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR663392 2 0.0609 0.8565 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1374716 4 0.3289 0.7375 0.000 0.048 0.108 0.844 0.000
#> SRR601157 5 0.4300 0.5385 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR615347 2 0.7319 0.3545 0.016 0.440 0.024 0.160 0.360
#> SRR1329464 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357344 5 0.7683 -0.0930 0.392 0.016 0.080 0.104 0.408
#> SRR1365356 3 0.1251 0.7539 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR598068 3 0.1597 0.7530 0.008 0.000 0.948 0.020 0.024
#> SRR810343 5 0.4307 0.5199 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1431991 1 0.0880 0.7549 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312024 3 0.1357 0.7483 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> SRR1499699 1 0.3770 0.6366 0.788 0.000 0.016 0.008 0.188
#> SRR1397861 1 0.0000 0.7570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.3056 0.8257 0.000 0.864 0.000 0.068 0.068
#> SRR1475483 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603726 5 0.6838 0.5111 0.292 0.000 0.036 0.148 0.524
#> SRR663368 5 0.4268 0.4905 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1354225 2 0.0794 0.8531 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1089809 4 0.6765 0.5543 0.000 0.040 0.192 0.568 0.200
#> SRR1338901 2 0.6856 0.3826 0.000 0.468 0.016 0.192 0.324
#> SRR598645 3 0.3593 0.7088 0.000 0.000 0.828 0.084 0.088
#> SRR656528 3 0.7310 0.4551 0.128 0.000 0.460 0.072 0.340
#> SRR809503 1 0.3511 0.6766 0.800 0.000 0.012 0.004 0.184
#> SRR659923 2 0.0807 0.8626 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1498226 1 0.0290 0.7545 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1319858 1 0.2561 0.7130 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1350566 1 0.3983 -0.0795 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR614743 4 0.2864 0.7377 0.000 0.012 0.136 0.852 0.000
#> SRR1406307 1 0.0963 0.7535 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1348318 5 0.5371 0.5546 0.420 0.000 0.000 0.056 0.524
#> SRR1343433 1 0.3707 0.1520 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1342088 3 0.1399 0.7568 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> SRR1404384 3 0.6119 0.6019 0.000 0.008 0.560 0.124 0.308
#> SRR655495 3 0.2914 0.7540 0.000 0.000 0.872 0.052 0.076
#> SRR812270 4 0.5331 0.6181 0.000 0.000 0.268 0.640 0.092
#> SRR821176 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR807799 2 0.0771 0.8622 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR814919 5 0.8655 0.1058 0.264 0.048 0.300 0.060 0.328
#> SRR1415274 5 0.5153 0.5550 0.436 0.000 0.000 0.040 0.524
#> SRR1491275 1 0.7941 -0.0337 0.408 0.000 0.260 0.092 0.240
#> SRR659851 1 0.4302 -0.1422 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1337364 5 0.4304 0.5263 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1414471 1 0.0290 0.7545 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471862 5 0.4300 0.5263 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1456208 5 0.6393 0.2677 0.100 0.000 0.360 0.024 0.516
#> SRR1393428 3 0.6056 0.6017 0.000 0.008 0.576 0.124 0.292
#> SRR1327632 5 0.4291 0.5180 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR608120 1 0.0794 0.7567 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR607679 2 0.0794 0.8531 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1359529 3 0.4194 0.7208 0.012 0.000 0.800 0.104 0.084
#> SRR1330305 2 0.3056 0.8257 0.000 0.864 0.000 0.068 0.068
#> SRR1436042 5 0.4306 0.5291 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR656191 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1419211 1 0.0290 0.7545 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658117 3 0.6031 0.5625 0.032 0.000 0.544 0.056 0.368
#> SRR1090770 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657420 1 0.1608 0.7346 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1398686 1 0.0290 0.7545 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR821207 1 0.2074 0.7289 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1074694 3 0.4630 0.6956 0.000 0.000 0.736 0.088 0.176
#> SRR1413851 2 0.3181 0.8222 0.000 0.856 0.000 0.072 0.072
#> SRR1319924 2 0.0798 0.8620 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1361050 1 0.3111 0.6903 0.840 0.000 0.012 0.004 0.144
#> SRR1095792 3 0.4199 0.6965 0.000 0.000 0.764 0.056 0.180
#> SRR1476903 1 0.4283 -0.2589 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1406502 2 0.3323 0.8179 0.000 0.844 0.000 0.056 0.100
#> SRR607502 5 0.5602 -0.1856 0.004 0.000 0.216 0.132 0.648
#> SRR602951 4 0.4350 0.6634 0.000 0.000 0.268 0.704 0.028
#> SRR1402922 3 0.6420 0.5541 0.000 0.012 0.504 0.132 0.352
#> SRR1314071 5 0.7238 0.2093 0.172 0.004 0.048 0.264 0.512
#> SRR1374778 3 0.3176 0.7398 0.000 0.000 0.856 0.080 0.064
#> SRR1089926 3 0.1012 0.7581 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1437056 3 0.1124 0.7537 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1366772 2 0.0566 0.8598 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1487465 4 0.5405 0.2078 0.000 0.000 0.056 0.484 0.460
#> SRR2166006 3 0.7575 0.4263 0.044 0.012 0.420 0.164 0.360
#> SRR1341034 2 0.1364 0.8606 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1460235 1 0.2230 0.7259 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1368917 1 0.1197 0.7179 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1457197 4 0.7185 0.3712 0.000 0.216 0.028 0.440 0.316
#> SRR1433311 3 0.1251 0.7539 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR656373 5 0.6186 0.3073 0.152 0.000 0.000 0.336 0.512
#> SRR1454265 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454498 3 0.0963 0.7528 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR661711 1 0.1270 0.7150 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR661493 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356120 1 0.1478 0.7460 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1381414 2 0.1818 0.8542 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR1350263 3 0.0880 0.7543 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1327349 2 0.4555 -0.0270 0.000 0.520 0.008 0.472 0.000
#> SRR1476348 2 0.4069 0.7222 0.000 0.788 0.000 0.136 0.076
#> SRR656035 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165896 3 0.5875 0.6512 0.020 0.012 0.676 0.104 0.188
#> SRR601549 3 0.6373 0.4664 0.000 0.000 0.420 0.164 0.416
#> SRR658573 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1393470 4 0.7005 0.5261 0.000 0.096 0.100 0.556 0.248
#> SRR1381247 3 0.1399 0.7568 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> SRR1322790 3 0.1106 0.7593 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1404044 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487728 1 0.3883 0.6322 0.764 0.000 0.016 0.004 0.216
#> SRR1419593 1 0.0703 0.7568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1434689 2 0.0510 0.8626 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349540 1 0.3171 0.6858 0.816 0.000 0.008 0.000 0.176
#> SRR1377967 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR662510 2 0.4166 0.7831 0.000 0.796 0.008 0.076 0.120
#> SRR1370151 2 0.5772 0.5971 0.000 0.660 0.016 0.176 0.148
#> SRR809043 4 0.3561 0.6721 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR659578 1 0.2597 0.7030 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092
#> SRR1339413 2 0.4075 0.7850 0.000 0.800 0.004 0.100 0.096
#> SRR1434760 1 0.3612 0.6666 0.796 0.000 0.016 0.004 0.184
#> SRR660079 1 0.0609 0.7526 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1465153 4 0.4193 0.7170 0.000 0.100 0.068 0.808 0.024
#> SRR1340924 1 0.0290 0.7545 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1073267 4 0.6300 0.4424 0.000 0.000 0.336 0.496 0.168
#> SRR1418688 3 0.0963 0.7528 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR602338 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323936 4 0.2719 0.7362 0.000 0.004 0.144 0.852 0.000
#> SRR1313789 2 0.3969 0.7911 0.000 0.808 0.004 0.096 0.092
#> SRR614275 3 0.1568 0.7526 0.000 0.000 0.944 0.036 0.020
#> SRR601962 5 0.4300 0.5385 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR663795 5 0.6815 0.5036 0.276 0.000 0.028 0.172 0.524
#> SRR1418650 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR655780 2 0.4467 0.7378 0.000 0.752 0.000 0.084 0.164
#> SRR661794 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339508 3 0.0880 0.7538 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1501097 2 0.1012 0.8618 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1358459 3 0.5312 0.6470 0.000 0.000 0.648 0.096 0.256
#> SRR1333550 2 0.5868 0.5573 0.000 0.592 0.004 0.120 0.284
#> SRR821148 1 0.1732 0.7378 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR808658 5 0.8671 -0.3607 0.232 0.024 0.272 0.112 0.360
#> SRR598100 5 0.5329 0.5515 0.432 0.000 0.000 0.052 0.516
#> SRR1475281 3 0.5776 0.6163 0.000 0.000 0.588 0.124 0.288
#> SRR1469477 3 0.0963 0.7528 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1468184 2 0.0404 0.8627 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1415660 2 0.0794 0.8531 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR816892 4 0.4888 0.6617 0.000 0.188 0.004 0.720 0.088
#> SRR1447325 4 0.3521 0.7329 0.000 0.000 0.140 0.820 0.040
#> SRR1415980 5 0.4297 0.5315 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR658021 1 0.6062 0.4320 0.644 0.000 0.176 0.028 0.152
#> SRR1356308 2 0.0404 0.8627 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1443695 5 0.4235 0.5011 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1083031 3 0.8246 0.3017 0.000 0.252 0.364 0.128 0.256
#> SRR1466177 2 0.4519 0.7541 0.000 0.764 0.004 0.112 0.120
#> SRR1346978 2 0.0912 0.8623 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR607705 3 0.3301 0.7370 0.000 0.000 0.848 0.080 0.072
#> SRR598364 5 0.4307 0.5253 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR603036 1 0.0404 0.7560 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR604342 4 0.4088 0.6738 0.000 0.000 0.056 0.776 0.168
#> SRR1365850 2 0.1582 0.8616 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR1335940 5 0.4305 0.5262 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1436515 1 0.0703 0.7568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1367612 2 0.0566 0.8598 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1411002 1 0.4192 -0.3073 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1446606 4 0.6312 0.3964 0.000 0.000 0.200 0.524 0.276
#> SRR1350936 1 0.2753 0.7092 0.856 0.000 0.008 0.000 0.136
#> SRR1351257 3 0.2144 0.7518 0.000 0.000 0.912 0.020 0.068
#> SRR1316793 3 0.0671 0.7609 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1090815 5 0.4210 0.4448 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR657845 1 0.2020 0.7300 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1408633 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1398971 5 0.5641 0.0431 0.056 0.008 0.000 0.432 0.504
#> SRR1399457 5 0.7986 -0.3911 0.060 0.352 0.024 0.160 0.404
#> SRR1073341 1 0.4229 0.5823 0.756 0.000 0.012 0.024 0.208
#> SRR810805 1 0.4060 0.0227 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1309657 5 0.4307 0.5199 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR820186 1 0.3949 0.1783 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1388913 4 0.5461 0.2789 0.000 0.408 0.000 0.528 0.064
#> SRR1396270 3 0.0963 0.7528 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR613402 2 0.0324 0.8618 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR614912 2 0.0566 0.8598 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1478410 4 0.4437 0.6232 0.000 0.020 0.316 0.664 0.000
#> SRR613975 2 0.2149 0.8477 0.000 0.916 0.000 0.048 0.036
#> SRR1441631 3 0.4449 0.7055 0.000 0.000 0.752 0.080 0.168
#> SRR1088044 2 0.6679 0.3540 0.000 0.460 0.004 0.216 0.320
#> SRR1082909 5 0.4300 0.5263 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1392007 2 0.4306 -0.0751 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR2166524 2 0.0566 0.8621 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1445765 1 0.4003 0.5314 0.704 0.000 0.008 0.000 0.288
#> SRR819867 2 0.0510 0.8579 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1339675 5 0.4294 0.5188 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1085687 2 0.0771 0.8577 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR597952 5 0.8120 -0.3178 0.108 0.320 0.016 0.136 0.420
#> SRR1376497 3 0.1205 0.7526 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR813848 4 0.3013 0.7290 0.000 0.000 0.160 0.832 0.008
#> SRR1379471 1 0.2074 0.7296 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1070960 5 0.4305 0.5197 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR615285 3 0.4228 0.7213 0.036 0.000 0.812 0.076 0.076
#> SRR1325353 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470682 2 0.0162 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR615886 1 0.0510 0.7529 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1397649 2 0.1211 0.8604 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR819690 1 0.1792 0.7290 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1336113 2 0.2376 0.8288 0.000 0.904 0.000 0.044 0.052
#> SRR1396570 2 0.7786 0.3391 0.080 0.428 0.008 0.148 0.336
#> SRR1327366 2 0.3752 0.4873 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1317218 2 0.0404 0.8627 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1352001 1 0.0794 0.7567 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1469791 4 0.6236 0.4859 0.000 0.000 0.248 0.544 0.208
#> SRR1388046 1 0.5802 0.2569 0.544 0.000 0.016 0.060 0.380
#> SRR655076 2 0.7066 0.4077 0.000 0.476 0.048 0.136 0.340
#> SRR1464353 2 0.0566 0.8598 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR654754 1 0.0703 0.7590 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR599412 5 0.4403 0.5370 0.384 0.000 0.000 0.008 0.608
#> SRR2166308 3 0.1205 0.7544 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR655696 1 0.4283 0.0502 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR602978 2 0.2300 0.8455 0.000 0.908 0.000 0.040 0.052
#> SRR1323850 2 0.4216 0.7259 0.000 0.780 0.000 0.120 0.100
#> SRR1365512 3 0.0963 0.7528 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR663380 1 0.3583 0.6656 0.792 0.000 0.012 0.004 0.192
#> SRR1410469 3 0.2362 0.7504 0.000 0.000 0.900 0.024 0.076
#> SRR659259 4 0.2605 0.6982 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1421223 4 0.7162 0.3610 0.000 0.040 0.180 0.476 0.304
#> SRR1092567 3 0.0963 0.7528 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1472598 3 0.2270 0.7491 0.000 0.000 0.904 0.020 0.076
#> SRR1069279 3 0.7928 0.2880 0.000 0.076 0.344 0.252 0.328
#> SRR1351624 3 0.6171 0.5556 0.000 0.004 0.552 0.148 0.296
#> SRR1342938 3 0.0880 0.7538 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR599346 2 0.6917 0.5468 0.132 0.588 0.000 0.092 0.188
#> SRR1359045 5 0.5523 0.5222 0.320 0.000 0.000 0.088 0.592
#> SRR601843 1 0.0290 0.7544 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1318898 1 0.4307 -0.5328 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1455104 1 0.4114 -0.2135 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR598565 5 0.4902 0.5451 0.468 0.000 0.000 0.024 0.508
#> SRR1315188 4 0.4030 0.5809 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1409875 4 0.5338 0.5104 0.000 0.312 0.016 0.628 0.044
#> SRR1348270 2 0.1117 0.8609 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR602389 5 0.4306 0.5215 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1451857 2 0.0000 0.8614 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.1661 0.8560 0.000 0.940 0.000 0.024 0.036
#> SRR1349144 1 0.0794 0.7558 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR615491 4 0.3644 0.7231 0.000 0.000 0.096 0.824 0.080
#> SRR1095937 1 0.3276 0.6467 0.836 0.000 0.000 0.032 0.132
#> SRR1473295 1 0.3197 0.6814 0.832 0.000 0.012 0.004 0.152
#> SRR1457972 2 0.0162 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475430 3 0.3805 0.7018 0.000 0.000 0.784 0.032 0.184
#> SRR2164562 3 0.7337 0.4161 0.196 0.000 0.464 0.048 0.292
#> SRR665490 1 0.1608 0.7408 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1434182 2 0.0671 0.8591 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1458506 5 0.4307 0.5199 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR808886 3 0.0912 0.7573 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1329442 1 0.4305 -0.5144 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1457925 5 0.4304 0.5312 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1434910 2 0.0162 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614107 4 0.4126 0.5390 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1323914 2 0.3056 0.8257 0.000 0.864 0.000 0.068 0.068
#> SRR1323065 5 0.4305 0.5262 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1309578 2 0.3649 0.8024 0.000 0.824 0.000 0.088 0.088
#> SRR1500908 5 0.4256 0.5072 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1076753 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327410 4 0.6498 0.3680 0.000 0.000 0.340 0.460 0.200
#> SRR608064 5 0.4268 0.5344 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR608512 1 0.4574 -0.3543 0.576 0.000 0.012 0.000 0.412
#> SRR2167551 3 0.6003 0.6127 0.000 0.012 0.608 0.128 0.252
#> SRR1394872 1 0.4126 -0.2249 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1345669 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367588 3 0.3291 0.7366 0.000 0.000 0.848 0.088 0.064
#> SRR1387724 3 0.0963 0.7528 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR660438 3 0.7132 0.4739 0.068 0.000 0.428 0.104 0.400
#> SRR1310758 5 0.7956 -0.4858 0.004 0.116 0.284 0.156 0.440
#> SRR601525 2 0.1728 0.8570 0.004 0.940 0.000 0.020 0.036
#> SRR818749 5 0.4383 0.5066 0.424 0.000 0.000 0.004 0.572
#> SRR604294 5 0.4338 0.4857 0.280 0.000 0.000 0.024 0.696
#> SRR1322494 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1377949 3 0.5888 0.5937 0.000 0.000 0.560 0.124 0.316
#> SRR1317001 1 0.0880 0.7525 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1311897 1 0.0290 0.7552 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1308715 2 0.3056 0.8257 0.000 0.864 0.000 0.068 0.068
#> SRR1415195 4 0.2763 0.7342 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004
#> SRR1380163 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1480611 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603834 1 0.3583 0.6645 0.792 0.000 0.012 0.004 0.192
#> SRR1341256 2 0.0693 0.8624 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR613795 1 0.2605 0.7168 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR659744 2 0.5720 0.5655 0.000 0.600 0.000 0.124 0.276
#> SRR1479549 1 0.2179 0.7237 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR613258 1 0.2694 0.6699 0.888 0.004 0.000 0.032 0.076
#> SRR1088808 5 0.5922 0.1949 0.108 0.000 0.000 0.388 0.504
#> SRR1329068 2 0.0510 0.8579 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1480565 2 0.0510 0.8579 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1337137 2 0.3816 0.4637 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1099520 1 0.0794 0.7541 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR603942 5 0.5605 0.5472 0.404 0.000 0.000 0.076 0.520
#> SRR1440625 3 0.1943 0.7541 0.000 0.000 0.924 0.020 0.056
#> SRR1391700 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657360 1 0.2074 0.7302 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1473443 3 0.6188 0.5460 0.000 0.000 0.524 0.160 0.316
#> SRR1498438 3 0.1579 0.7582 0.000 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1394655 4 0.4021 0.6755 0.000 0.000 0.052 0.780 0.168
#> SRR1322437 4 0.3607 0.7038 0.000 0.144 0.028 0.820 0.008
#> SRR660236 4 0.3437 0.7346 0.000 0.000 0.120 0.832 0.048
#> SRR1466338 3 0.5149 0.6228 0.000 0.000 0.680 0.104 0.216
#> SRR604148 5 0.4306 0.5291 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1334939 3 0.7020 0.5401 0.000 0.052 0.504 0.132 0.312
#> SRR1349497 1 0.4114 -0.2140 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1360523 1 0.0162 0.7561 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446114 4 0.3350 0.7189 0.000 0.112 0.040 0.844 0.004
#> SRR1339366 2 0.1216 0.8602 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR656469 3 0.3301 0.7370 0.000 0.000 0.848 0.080 0.072
#> SRR1389868 1 0.0290 0.7582 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1390265 2 0.0671 0.8623 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1364935 4 0.3256 0.7383 0.000 0.024 0.084 0.864 0.028
#> SRR1469102 1 0.0510 0.7576 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440584 2 0.3862 0.7945 0.000 0.808 0.000 0.088 0.104
#> SRR1459697 2 0.0510 0.8579 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1352575 1 0.2020 0.7300 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR613711 2 0.1741 0.8550 0.000 0.936 0.000 0.024 0.040
#> SRR614023 1 0.0963 0.7552 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1316174 5 0.5103 0.5506 0.452 0.000 0.000 0.036 0.512
#> SRR603268 2 0.5918 0.5127 0.000 0.592 0.000 0.168 0.240
#> SRR1486044 2 0.0404 0.8591 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1441483 2 0.0798 0.8620 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1074189 1 0.9035 -0.1595 0.304 0.252 0.044 0.116 0.284
#> SRR665646 5 0.4300 0.5345 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1404931 4 0.3193 0.7355 0.000 0.000 0.132 0.840 0.028
#> SRR1431552 4 0.3264 0.7272 0.000 0.000 0.164 0.820 0.016
#> SRR1479085 5 0.4362 0.1651 0.060 0.000 0.020 0.132 0.788
#> SRR1322711 2 0.1493 0.8579 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> SRR1404988 4 0.3689 0.6087 0.000 0.256 0.000 0.740 0.004
#> SRR1419848 2 0.6765 0.2982 0.000 0.448 0.004 0.248 0.300
#> SRR1332713 4 0.5945 -0.0281 0.080 0.000 0.008 0.456 0.456
#> SRR1070863 1 0.1043 0.7544 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR659947 5 0.4718 0.5409 0.444 0.000 0.000 0.016 0.540
#> SRR1414356 5 0.4976 0.5416 0.468 0.000 0.000 0.028 0.504
#> SRR599122 3 0.0693 0.7587 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1344100 2 0.0324 0.8623 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR613018 4 0.5377 0.6383 0.000 0.100 0.028 0.712 0.160
#> SRR1456591 1 0.0290 0.7582 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368710 2 0.3812 0.7941 0.000 0.812 0.000 0.096 0.092
#> SRR1397885 1 0.4307 -0.5271 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1319283 5 0.7052 -0.0914 0.392 0.000 0.056 0.112 0.440
#> SRR1349518 2 0.2830 0.8301 0.000 0.876 0.000 0.044 0.080
#> SRR1471267 1 0.0703 0.7568 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR655277 5 0.4305 0.5322 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1455436 4 0.6231 0.5685 0.000 0.224 0.004 0.568 0.204
#> SRR658009 1 0.2929 0.7011 0.840 0.000 0.008 0.000 0.152
#> SRR1331383 4 0.3022 0.7374 0.000 0.012 0.136 0.848 0.004
#> SRR1394894 3 0.0955 0.7557 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR659133 4 0.3506 0.7336 0.000 0.000 0.132 0.824 0.044
#> SRR660212 3 0.4744 0.7006 0.000 0.008 0.748 0.096 0.148
#> SRR657821 1 0.2964 0.6834 0.840 0.000 0.004 0.004 0.152
#> SRR1379279 2 0.6669 0.3661 0.000 0.460 0.004 0.212 0.324
#> SRR663149 3 0.7858 0.3966 0.004 0.088 0.408 0.164 0.336
#> SRR1413032 3 0.3844 0.6976 0.000 0.000 0.792 0.044 0.164
#> SRR1377557 1 0.0290 0.7545 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335296 2 0.1568 0.8567 0.000 0.944 0.000 0.036 0.020
#> SRR1407273 3 0.7377 0.5284 0.000 0.140 0.532 0.112 0.216
#> SRR657101 5 0.7015 -0.0680 0.368 0.012 0.024 0.128 0.468
#> SRR1350588 3 0.1405 0.7534 0.008 0.000 0.956 0.020 0.016
#> SRR1368486 1 0.3504 0.6783 0.816 0.000 0.016 0.008 0.160
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 5 0.3464 0.80777 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1499543 5 0.3804 0.61998 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR1443419 2 0.5128 0.49278 0.000 0.600 0.000 0.012 0.076 0.312
#> SRR657372 5 0.3874 0.79549 0.156 0.000 0.000 0.060 0.776 0.008
#> SRR661409 5 0.5262 0.16125 0.020 0.000 0.000 0.064 0.568 0.348
#> SRR1409721 2 0.1230 0.83771 0.000 0.956 0.000 0.028 0.008 0.008
#> SRR1391678 1 0.2474 0.76929 0.880 0.000 0.000 0.000 0.080 0.040
#> SRR1392030 5 0.4152 0.78305 0.304 0.000 0.000 0.000 0.664 0.032
#> SRR1453787 1 0.0508 0.81041 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR654969 1 0.2771 0.77782 0.868 0.000 0.000 0.004 0.060 0.068
#> SRR1435113 4 0.2125 0.77075 0.000 0.000 0.028 0.916 0.028 0.028
#> SRR601359 5 0.3265 0.85095 0.248 0.000 0.000 0.000 0.748 0.004
#> SRR663392 2 0.1820 0.82287 0.000 0.928 0.000 0.044 0.012 0.016
#> SRR1374716 4 0.3128 0.74871 0.000 0.020 0.020 0.868 0.036 0.056
#> SRR601157 5 0.3101 0.85322 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR615347 6 0.3087 0.53873 0.000 0.176 0.000 0.012 0.004 0.808
#> SRR1329464 1 0.0858 0.81015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1357344 6 0.6025 0.20971 0.368 0.012 0.004 0.016 0.096 0.504
#> SRR1365356 3 0.0603 0.83411 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR598068 3 0.1439 0.82562 0.008 0.000 0.952 0.012 0.016 0.012
#> SRR810343 5 0.3266 0.84455 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1431991 1 0.1918 0.79064 0.904 0.000 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR1312024 3 0.1121 0.82875 0.000 0.004 0.964 0.016 0.008 0.008
#> SRR1499699 1 0.4686 0.61227 0.676 0.000 0.000 0.004 0.088 0.232
#> SRR1397861 1 0.0891 0.81220 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1479663 2 0.4380 0.67780 0.000 0.716 0.000 0.012 0.056 0.216
#> SRR1475483 1 0.0632 0.81120 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR603726 5 0.3965 0.79319 0.132 0.000 0.016 0.052 0.792 0.008
#> SRR663368 5 0.3719 0.84519 0.248 0.000 0.000 0.000 0.728 0.024
#> SRR1354225 2 0.2554 0.79833 0.000 0.892 0.000 0.044 0.024 0.040
#> SRR1089809 6 0.6980 -0.06689 0.000 0.032 0.080 0.372 0.084 0.432
#> SRR1338901 6 0.3539 0.51290 0.000 0.220 0.000 0.024 0.000 0.756
#> SRR598645 3 0.4810 0.67423 0.000 0.000 0.728 0.060 0.068 0.144
#> SRR656528 6 0.6649 0.38824 0.164 0.000 0.144 0.004 0.132 0.556
#> SRR809503 1 0.5118 0.55341 0.652 0.000 0.000 0.008 0.192 0.148
#> SRR659923 2 0.1265 0.84537 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR1498226 1 0.0858 0.81015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1319858 1 0.4074 0.67120 0.752 0.000 0.000 0.000 0.140 0.108
#> SRR1350566 1 0.3765 -0.10658 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR614743 4 0.3312 0.74694 0.000 0.016 0.024 0.856 0.040 0.064
#> SRR1406307 1 0.2510 0.77242 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1348318 5 0.3152 0.84388 0.196 0.000 0.000 0.008 0.792 0.004
#> SRR1343433 1 0.3592 0.13966 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR1342088 3 0.2344 0.80258 0.000 0.000 0.896 0.004 0.052 0.048
#> SRR1404384 6 0.5510 0.32853 0.000 0.016 0.292 0.012 0.080 0.600
#> SRR655495 3 0.3482 0.72008 0.000 0.000 0.796 0.024 0.012 0.168
#> SRR812270 4 0.6373 0.31335 0.000 0.000 0.128 0.500 0.060 0.312
#> SRR821176 2 0.1230 0.83771 0.000 0.956 0.000 0.028 0.008 0.008
#> SRR807799 2 0.1225 0.84292 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR814919 6 0.8674 0.22751 0.244 0.036 0.192 0.028 0.180 0.320
#> SRR1415274 5 0.3103 0.84868 0.208 0.000 0.000 0.008 0.784 0.000
#> SRR1491275 1 0.6959 -0.00221 0.452 0.004 0.100 0.016 0.080 0.348
#> SRR659851 5 0.4981 0.65513 0.340 0.000 0.000 0.004 0.584 0.072
#> SRR1337364 5 0.3766 0.84758 0.256 0.000 0.000 0.000 0.720 0.024
#> SRR1414471 1 0.1003 0.80945 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR1471862 5 0.3665 0.84766 0.252 0.000 0.000 0.000 0.728 0.020
#> SRR1456208 5 0.3890 0.53661 0.008 0.000 0.252 0.008 0.724 0.008
#> SRR1393428 6 0.5106 0.44266 0.000 0.004 0.236 0.040 0.052 0.668
#> SRR1327632 5 0.3865 0.84119 0.248 0.000 0.000 0.000 0.720 0.032
#> SRR608120 1 0.0405 0.81144 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR607679 2 0.2941 0.77835 0.000 0.868 0.000 0.060 0.024 0.048
#> SRR1359529 3 0.4646 0.58165 0.000 0.000 0.692 0.012 0.072 0.224
#> SRR1330305 2 0.4380 0.67780 0.000 0.716 0.000 0.012 0.056 0.216
#> SRR1436042 5 0.3337 0.84674 0.260 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004
#> SRR656191 2 0.1230 0.83771 0.000 0.956 0.000 0.028 0.008 0.008
#> SRR1419211 1 0.0858 0.81015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR658117 6 0.6569 0.32737 0.036 0.000 0.228 0.016 0.192 0.528
#> SRR1090770 1 0.0777 0.81099 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR657420 1 0.3354 0.68703 0.796 0.000 0.000 0.000 0.168 0.036
#> SRR1398686 1 0.0858 0.81015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR821207 1 0.1934 0.79178 0.916 0.000 0.000 0.000 0.044 0.040
#> SRR1074694 3 0.4921 0.33101 0.000 0.000 0.584 0.008 0.056 0.352
#> SRR1413851 2 0.4406 0.67851 0.000 0.712 0.000 0.012 0.056 0.220
#> SRR1319924 2 0.1151 0.84373 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1361050 1 0.3876 0.70216 0.772 0.000 0.000 0.004 0.068 0.156
#> SRR1095792 3 0.4817 0.39909 0.000 0.000 0.612 0.004 0.064 0.320
#> SRR1476903 5 0.4210 0.79041 0.288 0.000 0.000 0.000 0.672 0.040
#> SRR1406502 2 0.3915 0.64893 0.000 0.692 0.000 0.004 0.016 0.288
#> SRR607502 6 0.5178 0.30307 0.028 0.000 0.016 0.016 0.388 0.552
#> SRR602951 4 0.6255 0.52075 0.000 0.000 0.240 0.564 0.100 0.096
#> SRR1402922 6 0.4963 0.41709 0.000 0.008 0.228 0.012 0.076 0.676
#> SRR1314071 5 0.6558 0.47454 0.084 0.012 0.024 0.112 0.620 0.148
#> SRR1374778 3 0.3377 0.75149 0.000 0.004 0.836 0.020 0.036 0.104
#> SRR1089926 3 0.0146 0.83488 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0260 0.83489 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.1409 0.83616 0.000 0.948 0.000 0.032 0.008 0.012
#> SRR1487465 5 0.4093 0.29056 0.000 0.000 0.012 0.324 0.656 0.008
#> SRR2166006 6 0.6250 0.51778 0.056 0.016 0.160 0.052 0.060 0.656
#> SRR1341034 2 0.2113 0.82863 0.000 0.896 0.000 0.004 0.008 0.092
#> SRR1460235 1 0.2776 0.75864 0.860 0.000 0.000 0.000 0.088 0.052
#> SRR1368917 1 0.0865 0.80697 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1457197 6 0.5013 0.46772 0.000 0.108 0.000 0.116 0.060 0.716
#> SRR1433311 3 0.1053 0.82878 0.000 0.000 0.964 0.020 0.012 0.004
#> SRR656373 5 0.3826 0.71417 0.088 0.000 0.000 0.124 0.784 0.004
#> SRR1454265 1 0.0777 0.81099 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1454498 3 0.0260 0.83489 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.1327 0.79450 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR661493 1 0.0858 0.81015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1356120 1 0.3134 0.72817 0.820 0.000 0.000 0.000 0.144 0.036
#> SRR1381414 2 0.2488 0.80920 0.000 0.864 0.000 0.004 0.008 0.124
#> SRR1350263 3 0.0520 0.83475 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1327349 2 0.5146 0.37363 0.000 0.600 0.000 0.320 0.024 0.056
#> SRR1476348 2 0.5703 0.35139 0.000 0.576 0.000 0.096 0.036 0.292
#> SRR656035 1 0.0508 0.81285 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2165896 3 0.5995 0.37896 0.024 0.004 0.568 0.016 0.088 0.300
#> SRR601549 6 0.3554 0.53806 0.012 0.000 0.080 0.020 0.052 0.836
#> SRR658573 2 0.1332 0.83748 0.000 0.952 0.000 0.028 0.008 0.012
#> SRR1393470 6 0.6230 0.16148 0.000 0.048 0.016 0.288 0.092 0.556
#> SRR1381247 3 0.2213 0.80692 0.000 0.000 0.904 0.004 0.044 0.048
#> SRR1322790 3 0.0603 0.83259 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1404044 1 0.0632 0.81120 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1487728 1 0.5413 0.49467 0.600 0.000 0.000 0.004 0.196 0.200
#> SRR1419593 1 0.0146 0.81252 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434689 2 0.1082 0.84429 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1349540 1 0.5017 0.53367 0.652 0.000 0.000 0.004 0.208 0.136
#> SRR1377967 2 0.1230 0.83771 0.000 0.956 0.000 0.028 0.008 0.008
#> SRR662510 2 0.5022 0.62998 0.012 0.664 0.000 0.012 0.064 0.248
#> SRR1370151 2 0.5846 -0.00950 0.000 0.452 0.004 0.096 0.020 0.428
#> SRR809043 4 0.5528 0.59859 0.000 0.000 0.220 0.640 0.064 0.076
#> SRR659578 1 0.2704 0.74815 0.868 0.000 0.000 0.012 0.020 0.100
#> SRR1339413 2 0.4809 0.60989 0.000 0.664 0.000 0.012 0.072 0.252
#> SRR1434760 1 0.5399 0.47056 0.600 0.000 0.000 0.004 0.220 0.176
#> SRR660079 1 0.1716 0.80181 0.932 0.000 0.000 0.004 0.036 0.028
#> SRR1465153 4 0.2378 0.75857 0.000 0.032 0.008 0.908 0.028 0.024
#> SRR1340924 1 0.0858 0.81015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1073267 6 0.7143 -0.02110 0.000 0.000 0.252 0.308 0.080 0.360
#> SRR1418688 3 0.0260 0.83489 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0858 0.81015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1323936 4 0.3041 0.76160 0.000 0.000 0.036 0.864 0.044 0.056
#> SRR1313789 2 0.4668 0.64497 0.000 0.684 0.000 0.012 0.068 0.236
#> SRR614275 3 0.2313 0.81587 0.000 0.000 0.904 0.016 0.036 0.044
#> SRR601962 5 0.3163 0.85362 0.232 0.000 0.000 0.000 0.764 0.004
#> SRR663795 5 0.3852 0.79258 0.136 0.000 0.000 0.072 0.784 0.008
#> SRR1418650 2 0.0405 0.84410 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR655780 6 0.4328 -0.08845 0.000 0.460 0.000 0.020 0.000 0.520
#> SRR661794 1 0.0603 0.81270 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1339508 3 0.0260 0.83489 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.1124 0.84466 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1358459 6 0.5120 -0.02049 0.000 0.000 0.460 0.004 0.068 0.468
#> SRR1333550 6 0.3905 0.35133 0.000 0.316 0.000 0.016 0.000 0.668
#> SRR821148 1 0.1442 0.79935 0.944 0.000 0.000 0.004 0.012 0.040
#> SRR808658 6 0.7176 0.34437 0.324 0.020 0.096 0.012 0.084 0.464
#> SRR598100 5 0.3341 0.84009 0.208 0.000 0.000 0.012 0.776 0.004
#> SRR1475281 6 0.5021 0.31436 0.000 0.000 0.308 0.008 0.076 0.608
#> SRR1469477 3 0.0363 0.83462 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.1080 0.84631 0.000 0.960 0.000 0.004 0.004 0.032
#> SRR1415660 2 0.2875 0.78202 0.000 0.872 0.000 0.060 0.024 0.044
#> SRR816892 4 0.6439 0.19984 0.000 0.080 0.000 0.452 0.096 0.372
#> SRR1447325 4 0.2123 0.77357 0.000 0.000 0.024 0.912 0.052 0.012
#> SRR1415980 5 0.3534 0.85194 0.244 0.000 0.000 0.000 0.740 0.016
#> SRR658021 1 0.6394 0.48700 0.568 0.000 0.080 0.004 0.136 0.212
#> SRR1356308 2 0.1049 0.84516 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1443695 5 0.4014 0.83794 0.240 0.000 0.000 0.000 0.716 0.044
#> SRR1083031 6 0.6633 0.44983 0.000 0.212 0.148 0.012 0.076 0.552
#> SRR1466177 2 0.4931 0.56795 0.000 0.640 0.000 0.012 0.072 0.276
#> SRR1346978 2 0.1124 0.84466 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR607705 3 0.3447 0.74200 0.000 0.004 0.828 0.012 0.048 0.108
#> SRR598364 5 0.3646 0.82122 0.292 0.000 0.000 0.004 0.700 0.004
#> SRR603036 1 0.1010 0.80933 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR604342 4 0.2302 0.73524 0.000 0.000 0.008 0.872 0.120 0.000
#> SRR1365850 2 0.1951 0.83679 0.000 0.908 0.000 0.016 0.000 0.076
#> SRR1335940 5 0.3688 0.84853 0.256 0.000 0.000 0.000 0.724 0.020
#> SRR1436515 1 0.0405 0.81144 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1367612 2 0.0777 0.84615 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1411002 1 0.3838 -0.28092 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1446606 6 0.6493 0.19838 0.000 0.004 0.128 0.292 0.064 0.512
#> SRR1350936 1 0.4141 0.68083 0.756 0.000 0.000 0.004 0.112 0.128
#> SRR1351257 3 0.2905 0.77413 0.000 0.000 0.856 0.004 0.048 0.092
#> SRR1316793 3 0.0717 0.83405 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1090815 5 0.4707 0.79103 0.252 0.000 0.000 0.004 0.664 0.080
#> SRR657845 1 0.1418 0.80404 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR1408633 2 0.1003 0.84019 0.000 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR1398971 5 0.3705 0.60922 0.036 0.000 0.000 0.180 0.776 0.008
#> SRR1399457 6 0.2914 0.54721 0.004 0.152 0.000 0.008 0.004 0.832
#> SRR1073341 1 0.4769 0.53186 0.644 0.000 0.000 0.000 0.092 0.264
#> SRR810805 5 0.4473 0.63824 0.380 0.000 0.000 0.000 0.584 0.036
#> SRR1309657 5 0.3309 0.84052 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR820186 5 0.4473 0.61709 0.380 0.000 0.000 0.000 0.584 0.036
#> SRR1388913 2 0.6768 -0.13014 0.000 0.380 0.000 0.268 0.040 0.312
#> SRR1396270 3 0.0748 0.83250 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR613402 2 0.0405 0.84471 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR614912 2 0.1592 0.83818 0.000 0.940 0.000 0.032 0.008 0.020
#> SRR1478410 4 0.6571 0.38085 0.000 0.024 0.344 0.492 0.064 0.076
#> SRR613975 2 0.2793 0.80229 0.000 0.856 0.000 0.004 0.028 0.112
#> SRR1441631 3 0.4252 0.54718 0.000 0.000 0.676 0.008 0.028 0.288
#> SRR1088044 6 0.3618 0.52864 0.000 0.192 0.000 0.040 0.000 0.768
#> SRR1082909 5 0.3743 0.84601 0.252 0.000 0.000 0.000 0.724 0.024
#> SRR1392007 2 0.5210 0.37221 0.000 0.608 0.000 0.304 0.028 0.060
#> SRR2166524 2 0.2231 0.83082 0.000 0.908 0.000 0.028 0.016 0.048
#> SRR1445765 1 0.5365 0.20474 0.552 0.000 0.000 0.004 0.332 0.112
#> SRR819867 2 0.1577 0.82931 0.000 0.940 0.000 0.036 0.008 0.016
#> SRR1339675 5 0.3865 0.84119 0.248 0.000 0.000 0.000 0.720 0.032
#> SRR1085687 2 0.2231 0.82317 0.000 0.908 0.000 0.048 0.016 0.028
#> SRR597952 6 0.3423 0.54772 0.036 0.108 0.000 0.004 0.020 0.832
#> SRR1376497 3 0.0914 0.83011 0.000 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> SRR813848 4 0.2259 0.77194 0.000 0.000 0.044 0.904 0.044 0.008
#> SRR1379471 1 0.2451 0.78160 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1070960 5 0.3888 0.84250 0.252 0.000 0.000 0.000 0.716 0.032
#> SRR615285 3 0.3735 0.72806 0.008 0.000 0.812 0.020 0.040 0.120
#> SRR1325353 1 0.0777 0.81084 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1470682 2 0.0405 0.84468 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR615886 1 0.0972 0.81095 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1397649 2 0.1398 0.84093 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR819690 1 0.3755 0.60869 0.744 0.000 0.000 0.000 0.220 0.036
#> SRR1336113 2 0.3460 0.71443 0.000 0.796 0.000 0.028 0.008 0.168
#> SRR1396570 6 0.4314 0.48408 0.012 0.232 0.000 0.004 0.036 0.716
#> SRR1327366 2 0.4190 0.66842 0.000 0.768 0.000 0.144 0.028 0.060
#> SRR1317218 2 0.1003 0.84597 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004 0.028
#> SRR1352001 1 0.1471 0.80454 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1469791 6 0.6731 0.01638 0.000 0.004 0.116 0.344 0.084 0.452
#> SRR1388046 6 0.5243 -0.14771 0.456 0.000 0.000 0.004 0.080 0.460
#> SRR655076 6 0.4901 0.44822 0.000 0.244 0.000 0.016 0.076 0.664
#> SRR1464353 2 0.0858 0.84619 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR654754 1 0.0603 0.81418 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR599412 5 0.4478 0.82736 0.200 0.000 0.000 0.004 0.708 0.088
#> SRR2166308 3 0.1528 0.81968 0.000 0.000 0.944 0.012 0.016 0.028
#> SRR655696 5 0.5262 0.42062 0.416 0.000 0.000 0.004 0.496 0.084
#> SRR602978 2 0.3003 0.76797 0.000 0.812 0.000 0.000 0.016 0.172
#> SRR1323850 2 0.5432 0.31022 0.000 0.556 0.000 0.088 0.016 0.340
#> SRR1365512 3 0.0725 0.83497 0.000 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR663380 1 0.5305 0.49575 0.616 0.000 0.000 0.004 0.204 0.176
#> SRR1410469 3 0.3079 0.76569 0.000 0.000 0.844 0.004 0.056 0.096
#> SRR659259 4 0.3754 0.70621 0.000 0.064 0.000 0.816 0.040 0.080
#> SRR1421223 6 0.5936 0.37660 0.000 0.028 0.080 0.184 0.060 0.648
#> SRR1092567 3 0.0725 0.83497 0.000 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1472598 3 0.3148 0.76111 0.000 0.000 0.840 0.004 0.064 0.092
#> SRR1069279 6 0.4982 0.50768 0.000 0.036 0.088 0.064 0.060 0.752
#> SRR1351624 6 0.5324 0.42393 0.000 0.000 0.248 0.060 0.052 0.640
#> SRR1342938 3 0.0260 0.83489 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR599346 6 0.6460 0.13525 0.176 0.380 0.000 0.012 0.016 0.416
#> SRR1359045 5 0.3802 0.83444 0.180 0.000 0.000 0.012 0.772 0.036
#> SRR601843 1 0.0865 0.81040 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1318898 5 0.3266 0.84188 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1455104 1 0.4024 -0.09816 0.592 0.000 0.000 0.004 0.400 0.004
#> SRR598565 5 0.3437 0.84262 0.236 0.000 0.000 0.004 0.752 0.008
#> SRR1315188 4 0.5811 0.21744 0.000 0.000 0.440 0.448 0.044 0.068
#> SRR1409875 4 0.6833 0.16547 0.000 0.280 0.000 0.412 0.052 0.256
#> SRR1348270 2 0.1225 0.84292 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR602389 5 0.3688 0.84853 0.256 0.000 0.000 0.000 0.724 0.020
#> SRR1451857 2 0.0551 0.84581 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1436629 2 0.2070 0.82516 0.000 0.896 0.000 0.000 0.012 0.092
#> SRR1349144 1 0.0405 0.81144 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR615491 4 0.1957 0.76719 0.000 0.000 0.008 0.912 0.072 0.008
#> SRR1095937 1 0.3525 0.69945 0.800 0.000 0.000 0.012 0.032 0.156
#> SRR1473295 1 0.3894 0.70650 0.772 0.000 0.000 0.004 0.072 0.152
#> SRR1457972 2 0.0692 0.84623 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1475430 3 0.4792 0.44685 0.000 0.000 0.632 0.008 0.060 0.300
#> SRR2164562 1 0.7426 0.05763 0.372 0.000 0.132 0.012 0.140 0.344
#> SRR665490 1 0.0363 0.81075 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1434182 2 0.1599 0.84039 0.000 0.940 0.000 0.028 0.008 0.024
#> SRR1458506 5 0.3288 0.83941 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR808886 3 0.1934 0.81234 0.000 0.000 0.916 0.000 0.040 0.044
#> SRR1329442 5 0.3850 0.76240 0.340 0.000 0.000 0.004 0.652 0.004
#> SRR1457925 5 0.3175 0.85168 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR1434910 2 0.0862 0.84617 0.000 0.972 0.000 0.008 0.004 0.016
#> SRR614107 3 0.5801 -0.16630 0.000 0.000 0.472 0.416 0.044 0.068
#> SRR1323914 2 0.4380 0.67780 0.000 0.716 0.000 0.012 0.056 0.216
#> SRR1323065 5 0.3494 0.85112 0.252 0.000 0.000 0.000 0.736 0.012
#> SRR1309578 2 0.4482 0.65842 0.000 0.700 0.000 0.012 0.056 0.232
#> SRR1500908 5 0.3791 0.84738 0.236 0.000 0.000 0.000 0.732 0.032
#> SRR1076753 1 0.0858 0.81015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1327410 6 0.6951 0.13647 0.000 0.000 0.240 0.260 0.072 0.428
#> SRR608064 5 0.3860 0.85071 0.236 0.000 0.000 0.000 0.728 0.036
#> SRR608512 1 0.4594 -0.26828 0.536 0.000 0.016 0.008 0.436 0.004
#> SRR2167551 6 0.6135 0.12638 0.020 0.004 0.364 0.016 0.092 0.504
#> SRR1394872 1 0.3828 -0.25288 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR1345669 1 0.0713 0.81030 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1367588 3 0.3447 0.74200 0.000 0.004 0.828 0.012 0.048 0.108
#> SRR1387724 3 0.0520 0.83475 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR660438 6 0.5364 0.48098 0.100 0.000 0.120 0.004 0.080 0.696
#> SRR1310758 6 0.2873 0.55528 0.008 0.036 0.036 0.012 0.020 0.888
#> SRR601525 2 0.2473 0.81761 0.000 0.876 0.000 0.012 0.008 0.104
#> SRR818749 5 0.3860 0.84420 0.236 0.000 0.000 0.000 0.728 0.036
#> SRR604294 5 0.4313 0.73679 0.124 0.000 0.000 0.000 0.728 0.148
#> SRR1322494 2 0.1230 0.83771 0.000 0.956 0.000 0.028 0.008 0.008
#> SRR1377949 6 0.4705 0.36075 0.000 0.000 0.292 0.004 0.064 0.640
#> SRR1317001 1 0.2006 0.77996 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1311897 1 0.0713 0.81107 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1308715 2 0.4380 0.67780 0.000 0.716 0.000 0.012 0.056 0.216
#> SRR1415195 4 0.2081 0.77571 0.000 0.000 0.036 0.916 0.036 0.012
#> SRR1380163 2 0.0405 0.84410 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1480611 1 0.0777 0.81084 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR603834 1 0.5308 0.50410 0.616 0.000 0.000 0.004 0.200 0.180
#> SRR1341256 2 0.1074 0.84393 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR613795 1 0.3782 0.70761 0.784 0.000 0.000 0.004 0.140 0.072
#> SRR659744 6 0.3940 0.29887 0.000 0.348 0.000 0.012 0.000 0.640
#> SRR1479549 1 0.1418 0.80445 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR613258 1 0.3495 0.66854 0.792 0.000 0.000 0.008 0.028 0.172
#> SRR1088808 5 0.3742 0.65498 0.056 0.000 0.000 0.160 0.780 0.004
#> SRR1329068 2 0.1382 0.83326 0.000 0.948 0.000 0.036 0.008 0.008
#> SRR1480565 2 0.1577 0.83313 0.000 0.940 0.000 0.036 0.008 0.016
#> SRR1337137 2 0.4190 0.66842 0.000 0.768 0.000 0.144 0.028 0.060
#> SRR1099520 1 0.2170 0.78155 0.888 0.000 0.000 0.000 0.100 0.012
#> SRR603942 5 0.3928 0.81023 0.176 0.000 0.000 0.052 0.764 0.008
#> SRR1440625 3 0.2532 0.79532 0.000 0.000 0.884 0.004 0.052 0.060
#> SRR1391700 1 0.0603 0.81202 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR657360 1 0.1930 0.79495 0.916 0.000 0.000 0.000 0.048 0.036
#> SRR1473443 6 0.5138 0.43760 0.000 0.000 0.228 0.040 0.068 0.664
#> SRR1498438 3 0.2490 0.81128 0.000 0.000 0.892 0.012 0.044 0.052
#> SRR1394655 4 0.2135 0.72802 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1322437 4 0.1881 0.75571 0.000 0.040 0.004 0.928 0.008 0.020
#> SRR660236 4 0.2133 0.77069 0.000 0.000 0.016 0.912 0.052 0.020
#> SRR1466338 6 0.6239 0.07707 0.000 0.000 0.408 0.084 0.068 0.440
#> SRR604148 5 0.3314 0.85132 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> SRR1334939 6 0.5490 0.46761 0.000 0.056 0.180 0.012 0.076 0.676
#> SRR1349497 1 0.3915 -0.15116 0.584 0.000 0.000 0.004 0.412 0.000
#> SRR1360523 1 0.0632 0.81120 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1446114 4 0.5191 0.60905 0.000 0.064 0.012 0.696 0.044 0.184
#> SRR1339366 2 0.1594 0.83772 0.000 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR656469 3 0.3447 0.74200 0.000 0.004 0.828 0.012 0.048 0.108
#> SRR1389868 1 0.0146 0.81324 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1390265 2 0.1151 0.84373 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1364935 4 0.2763 0.75810 0.000 0.008 0.016 0.876 0.016 0.084
#> SRR1469102 1 0.0937 0.81157 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1440584 2 0.3972 0.62798 0.000 0.680 0.000 0.004 0.016 0.300
#> SRR1459697 2 0.1382 0.83288 0.000 0.948 0.000 0.036 0.008 0.008
#> SRR1352575 1 0.1257 0.80562 0.952 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR613711 2 0.2402 0.80933 0.000 0.868 0.000 0.000 0.012 0.120
#> SRR614023 1 0.1500 0.80889 0.936 0.000 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR1316174 5 0.3454 0.83831 0.224 0.000 0.000 0.012 0.760 0.004
#> SRR603268 6 0.5634 0.30000 0.000 0.360 0.000 0.076 0.032 0.532
#> SRR1486044 2 0.1230 0.83771 0.000 0.956 0.000 0.028 0.008 0.008
#> SRR1441483 2 0.1151 0.84354 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1074189 6 0.7122 0.36271 0.308 0.132 0.004 0.020 0.072 0.464
#> SRR665646 5 0.3719 0.85134 0.248 0.000 0.000 0.000 0.728 0.024
#> SRR1404931 4 0.2133 0.77376 0.000 0.000 0.016 0.912 0.052 0.020
#> SRR1431552 4 0.2190 0.77284 0.000 0.000 0.040 0.908 0.044 0.008
#> SRR1479085 6 0.4661 0.35038 0.036 0.000 0.000 0.012 0.332 0.620
#> SRR1322711 2 0.1838 0.83187 0.000 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR1404988 4 0.3878 0.66763 0.000 0.128 0.000 0.792 0.020 0.060
#> SRR1419848 6 0.5143 0.47093 0.000 0.212 0.000 0.116 0.016 0.656
#> SRR1332713 4 0.4093 0.22964 0.004 0.000 0.000 0.552 0.440 0.004
#> SRR1070863 1 0.1462 0.80766 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR659947 5 0.5055 0.80094 0.224 0.000 0.000 0.016 0.660 0.100
#> SRR1414356 5 0.3764 0.82108 0.256 0.000 0.000 0.012 0.724 0.008
#> SRR599122 3 0.0260 0.83489 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.1515 0.84353 0.000 0.944 0.000 0.028 0.008 0.020
#> SRR613018 6 0.5941 -0.13298 0.000 0.048 0.000 0.428 0.076 0.448
#> SRR1456591 1 0.1367 0.80985 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR1368710 2 0.4562 0.64922 0.000 0.692 0.000 0.012 0.060 0.236
#> SRR1397885 5 0.3515 0.78910 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1319283 6 0.4743 0.46913 0.176 0.000 0.008 0.008 0.096 0.712
#> SRR1349518 2 0.3043 0.75346 0.000 0.792 0.000 0.000 0.008 0.200
#> SRR1471267 1 0.0291 0.81144 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR655277 5 0.3337 0.84858 0.260 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004
#> SRR1455436 6 0.6960 -0.03515 0.000 0.148 0.000 0.352 0.100 0.400
#> SRR658009 1 0.4263 0.66551 0.744 0.000 0.000 0.004 0.132 0.120
#> SRR1331383 4 0.2102 0.77741 0.000 0.004 0.024 0.920 0.032 0.020
#> SRR1394894 3 0.0520 0.83475 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR659133 4 0.2123 0.77357 0.000 0.000 0.024 0.912 0.052 0.012
#> SRR660212 3 0.4817 0.52542 0.000 0.008 0.660 0.016 0.040 0.276
#> SRR657821 1 0.3602 0.69484 0.796 0.000 0.000 0.000 0.088 0.116
#> SRR1379279 6 0.3541 0.49466 0.000 0.232 0.000 0.020 0.000 0.748
#> SRR663149 6 0.6079 0.53368 0.008 0.080 0.160 0.056 0.036 0.660
#> SRR1413032 3 0.5513 0.41482 0.000 0.000 0.604 0.044 0.072 0.280
#> SRR1377557 1 0.0858 0.81015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1335296 2 0.1594 0.83772 0.000 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR1407273 3 0.7276 -0.15558 0.000 0.196 0.364 0.012 0.076 0.352
#> SRR657101 6 0.3613 0.50917 0.096 0.000 0.000 0.004 0.096 0.804
#> SRR1350588 3 0.0924 0.83156 0.008 0.000 0.972 0.008 0.008 0.004
#> SRR1368486 1 0.4603 0.63725 0.704 0.000 0.000 0.004 0.116 0.176
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.943 0.938 0.976 0.5016 0.499 0.499
#> 3 3 0.964 0.936 0.974 0.3146 0.762 0.557
#> 4 4 0.802 0.835 0.906 0.1101 0.876 0.664
#> 5 5 0.902 0.883 0.937 0.0815 0.881 0.601
#> 6 6 0.835 0.725 0.863 0.0382 0.956 0.797
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR661409 1 0.0376 0.9684 0.996 0.004
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.7883 0.6854 0.764 0.236
#> SRR1365356 1 0.7219 0.7411 0.800 0.200
#> SRR598068 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR598645 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR656528 1 0.4690 0.8708 0.900 0.100
#> SRR809503 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR655495 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR814919 2 0.7139 0.7486 0.196 0.804
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1359529 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.1184 0.9629 0.016 0.984
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR607502 1 0.9248 0.4882 0.660 0.340
#> SRR602951 2 0.5294 0.8519 0.120 0.880
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1314071 2 0.9833 0.2603 0.424 0.576
#> SRR1374778 2 0.9909 0.2004 0.444 0.556
#> SRR1089926 1 0.9635 0.3663 0.612 0.388
#> SRR1437056 1 0.9998 0.0271 0.508 0.492
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR2166006 2 0.6148 0.8116 0.152 0.848
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.9983 0.0886 0.524 0.476
#> SRR661711 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.6247 0.8067 0.156 0.844
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.9775 0.2994 0.588 0.412
#> SRR601549 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1381247 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1322790 2 0.9881 0.2259 0.436 0.564
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR809043 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1418688 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.0672 0.9702 0.008 0.992
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR808658 2 0.1414 0.9595 0.020 0.980
#> SRR598100 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1469477 1 0.2043 0.9426 0.968 0.032
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1447325 1 0.9775 0.3079 0.588 0.412
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.8713 0.5852 0.708 0.292
#> SRR598364 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1316793 2 0.6531 0.7903 0.168 0.832
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.3879 0.9030 0.076 0.924
#> SRR1376497 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR813848 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.1414 0.9540 0.980 0.020
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.5408 0.8430 0.876 0.124
#> SRR655696 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1342938 2 0.9983 0.0885 0.476 0.524
#> SRR599346 2 0.3584 0.9115 0.068 0.932
#> SRR1359045 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.8443 0.6175 0.272 0.728
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.6623 0.7840 0.172 0.828
#> SRR2164562 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.5519 0.8430 0.128 0.872
#> SRR1387724 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR660438 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR601525 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.3114 0.9188 0.944 0.056
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1394655 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR660236 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1466338 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR656469 1 0.8861 0.5615 0.696 0.304
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1074189 2 0.0938 0.9666 0.012 0.988
#> SRR665646 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.4298 0.8896 0.088 0.912
#> SRR1431552 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.8327 0.6386 0.736 0.264
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.9427 0.4425 0.640 0.360
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1394894 2 0.9922 0.1872 0.448 0.552
#> SRR659133 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR660212 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1413032 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000
#> SRR657101 1 0.9552 0.4039 0.624 0.376
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.2537 0.908 0.920 0.000 0.080
#> SRR661409 3 0.0747 0.934 0.016 0.000 0.984
#> SRR1409721 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.4842 0.696 0.000 0.224 0.776
#> SRR601157 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.6215 0.233 0.572 0.428 0.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.3941 0.805 0.156 0.000 0.844
#> SRR663368 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.0424 0.940 0.000 0.008 0.992
#> SRR1338901 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.4346 0.768 0.184 0.000 0.816
#> SRR809503 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404384 3 0.6111 0.341 0.000 0.396 0.604
#> SRR655495 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 2 0.5138 0.663 0.000 0.748 0.252
#> SRR1415274 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0747 0.979 0.984 0.000 0.016
#> SRR659851 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.5560 0.582 0.300 0.000 0.700
#> SRR1393428 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.0237 0.943 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413851 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 3 0.2066 0.896 0.000 0.060 0.940
#> SRR1314071 3 0.4931 0.725 0.212 0.004 0.784
#> SRR1374778 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 3 0.6244 0.225 0.000 0.440 0.560
#> SRR1341034 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.4452 0.749 0.000 0.808 0.192
#> SRR1433311 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.4399 0.755 0.000 0.812 0.188
#> SRR1476348 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.2448 0.881 0.000 0.076 0.924
#> SRR601549 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.6235 0.203 0.000 0.436 0.564
#> SRR1381247 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR809043 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.5138 0.653 0.000 0.748 0.252
#> SRR1340924 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.5098 0.675 0.248 0.000 0.752
#> SRR1418650 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 2 0.5360 0.702 0.012 0.768 0.220
#> SRR598100 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469477 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0424 0.957 0.000 0.992 0.008
#> SRR1447325 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0424 0.988 0.992 0.000 0.008
#> SRR1356308 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.1753 0.921 0.000 0.952 0.048
#> SRR1466177 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR813848 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.2878 0.862 0.096 0.000 0.904
#> SRR1325353 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR2166308 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421223 3 0.1031 0.927 0.000 0.024 0.976
#> SRR1092567 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.6252 0.208 0.000 0.556 0.444
#> SRR1351624 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR599346 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0424 0.957 0.000 0.992 0.008
#> SRR1348270 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.1964 0.936 0.944 0.000 0.056
#> SRR1473295 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164562 3 0.2878 0.864 0.096 0.000 0.904
#> SRR665490 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 3 0.6168 0.311 0.000 0.412 0.588
#> SRR1394872 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 3 0.0747 0.934 0.016 0.000 0.984
#> SRR1310758 2 0.5835 0.487 0.000 0.660 0.340
#> SRR601525 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 2 0.6126 0.338 0.400 0.600 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498438 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 3 0.2625 0.875 0.084 0.000 0.916
#> SRR1322437 2 0.4750 0.713 0.000 0.784 0.216
#> SRR660236 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.4974 0.688 0.000 0.764 0.236
#> SRR1349497 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.1529 0.929 0.000 0.960 0.040
#> SRR1339366 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 2 0.5835 0.488 0.000 0.660 0.340
#> SRR1469102 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 3 0.5706 0.545 0.320 0.000 0.680
#> SRR1322711 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332713 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070863 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0424 0.987 0.992 0.008 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR599122 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.6140 0.328 0.000 0.404 0.596
#> SRR1456591 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.5905 0.476 0.352 0.000 0.648
#> SRR1349518 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0424 0.957 0.000 0.992 0.008
#> SRR658009 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 3 0.6126 0.346 0.000 0.400 0.600
#> SRR657821 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR663149 2 0.4504 0.749 0.000 0.804 0.196
#> SRR1413032 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.963 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.0747 0.950 0.000 0.984 0.016
#> SRR657101 2 0.6286 0.143 0.464 0.536 0.000
#> SRR1350588 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1499543 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657372 4 0.2921 0.6081 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR661409 4 0.0188 0.7308 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.3688 0.8318 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1453787 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.4610 0.7233 0.000 0.020 0.236 0.744
#> SRR601359 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR663392 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.5073 0.7122 0.000 0.200 0.056 0.744
#> SRR601157 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR615347 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357344 3 0.4103 0.6418 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1365356 3 0.0188 0.9068 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR598068 3 0.0817 0.8926 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR810343 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1431991 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0469 0.9009 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1499699 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603726 4 0.1792 0.6848 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR663368 1 0.3975 0.8179 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598645 4 0.4907 0.4436 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR656528 3 0.6098 0.6068 0.200 0.000 0.676 0.124
#> SRR809503 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319858 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.3764 0.8305 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR614743 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1406307 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 4 0.2973 0.6016 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1343433 1 0.3528 0.8395 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1342088 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404384 3 0.0921 0.8864 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR655495 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812270 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR821176 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 2 0.4348 0.6809 0.000 0.780 0.196 0.024
#> SRR1415274 1 0.4925 0.5708 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1491275 3 0.4103 0.6418 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR659851 1 0.3266 0.8473 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1337364 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1414471 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471862 1 0.4072 0.8115 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1456208 1 0.7590 0.4554 0.480 0.000 0.248 0.272
#> SRR1393428 3 0.0707 0.8947 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1327632 1 0.4072 0.8115 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR608120 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR607679 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR656191 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658117 3 0.2999 0.7809 0.004 0.000 0.864 0.132
#> SRR1090770 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657420 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR821207 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.3610 0.8351 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 4 0.1867 0.7410 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR602951 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1402922 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314071 4 0.0188 0.7312 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1374778 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0188 0.7308 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2166006 2 0.5550 0.1877 0.000 0.552 0.428 0.020
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457197 4 0.5271 0.5815 0.000 0.320 0.024 0.656
#> SRR1433311 3 0.0817 0.8926 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR656373 4 0.2921 0.6081 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1454265 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454498 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356120 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327349 4 0.5657 0.3297 0.000 0.436 0.024 0.540
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.1389 0.8717 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR601549 3 0.2814 0.7772 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR658573 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.4707 0.7345 0.000 0.036 0.204 0.760
#> SRR1381247 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487728 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.0707 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR809043 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR659578 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465153 4 0.4872 0.6831 0.000 0.244 0.028 0.728
#> SRR1340924 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073267 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1418688 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323936 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR663795 4 0.2281 0.6610 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.4155 0.6584 0.240 0.004 0.756 0.000
#> SRR598100 1 0.4999 0.4294 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1475281 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469477 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.3486 0.7209 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1447325 4 0.3764 0.7316 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1415980 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR658021 3 0.4977 0.2795 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.4072 0.8115 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1083031 3 0.4040 0.6099 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR603036 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR604342 4 0.0000 0.7297 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1436515 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.4040 0.8155 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1446606 4 0.4222 0.6997 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1350936 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.3907 0.8220 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR657845 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 4 0.0000 0.7297 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.3219 0.8485 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1309657 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR820186 1 0.3311 0.8456 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1388913 4 0.4134 0.6644 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1396270 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR613975 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.0336 0.9580 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1082909 1 0.4072 0.8115 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1392007 4 0.4500 0.5884 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.2589 0.8635 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR819867 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.4072 0.8115 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.3024 0.7863 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813848 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1379471 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.4072 0.8132 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR615285 3 0.1474 0.8679 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1325353 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.2408 0.8448 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.4998 -0.1250 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1388046 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.4193 0.8007 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2166308 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.3311 0.8457 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR602978 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659259 4 0.4103 0.6689 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1421223 4 0.4401 0.6992 0.000 0.004 0.272 0.724
#> SRR1092567 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472598 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069279 4 0.7381 0.4630 0.000 0.180 0.328 0.492
#> SRR1351624 3 0.2814 0.7772 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1342938 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599346 2 0.0188 0.9615 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359045 4 0.0817 0.7195 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR601843 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318898 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1455104 1 0.2760 0.8611 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR598565 1 0.4222 0.7970 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1315188 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1409875 4 0.4103 0.6689 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.4040 0.8153 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0921 0.7360 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1095937 1 0.0376 0.8924 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1473295 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0188 0.9068 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2164562 3 0.3907 0.6704 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR808886 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1457925 1 0.4072 0.8115 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.4072 0.8115 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1076753 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327410 4 0.4164 0.7082 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR608064 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR608512 1 0.3873 0.8255 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2167551 3 0.1022 0.8830 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1394872 1 0.3649 0.8360 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1345669 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367588 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660438 3 0.3726 0.6915 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1310758 3 0.4985 0.1391 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR601525 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818749 1 0.4072 0.8115 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR604294 4 0.0469 0.7255 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603834 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 2 0.4401 0.5995 0.272 0.724 0.000 0.004
#> SRR1088808 4 0.0000 0.7297 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 4 0.4730 0.5053 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1099520 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603942 4 0.4941 -0.2405 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1440625 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657360 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.3400 0.7076 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1498438 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.0000 0.7297 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 4 0.4711 0.6904 0.000 0.236 0.024 0.740
#> SRR660236 4 0.3764 0.7316 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1466338 3 0.3444 0.7010 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR604148 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1334939 3 0.1302 0.8712 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1349497 1 0.4008 0.8176 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1360523 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446114 4 0.4103 0.6689 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.5073 0.7130 0.000 0.200 0.056 0.744
#> SRR1469102 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.4331 0.7809 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR603268 2 0.2149 0.8683 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.2345 0.8500 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR665646 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1404931 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1431552 4 0.4103 0.7160 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1479085 4 0.0779 0.7343 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.4304 0.6350 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1419848 2 0.2868 0.8038 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1332713 4 0.0000 0.7297 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.4452 0.8019 0.732 0.008 0.000 0.260
#> SRR1414356 4 0.4804 -0.0564 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR599122 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.4994 0.7100 0.000 0.208 0.048 0.744
#> SRR1456591 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1319283 3 0.6201 0.5192 0.300 0.000 0.620 0.080
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655277 1 0.4103 0.8108 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1455436 4 0.1867 0.7400 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR658009 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 4 0.4252 0.7178 0.000 0.004 0.252 0.744
#> SRR1394894 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659133 4 0.3688 0.7335 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR660212 3 0.3801 0.6350 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663149 2 0.3658 0.7715 0.000 0.836 0.144 0.020
#> SRR1413032 3 0.3356 0.7141 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1377557 1 0.0188 0.8942 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9657 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.2589 0.7891 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR657101 2 0.6375 0.1427 0.468 0.480 0.008 0.044
#> SRR1350588 3 0.0817 0.8926 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1368486 1 0.0000 0.8941 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 5 0.1043 0.9401 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1499543 5 0.1043 0.9401 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1443419 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657372 5 0.1043 0.9220 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR661409 4 0.1671 0.8642 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1409721 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1391678 1 0.0510 0.9311 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1392030 1 0.4291 0.1411 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1453787 1 0.0880 0.9362 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR654969 1 0.0404 0.9332 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1435113 4 0.0162 0.9128 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR601359 5 0.0963 0.9410 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR663392 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601157 5 0.0880 0.9410 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR615347 2 0.0880 0.9484 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1329464 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1357344 1 0.1525 0.8990 0.948 0.004 0.012 0.000 0.036
#> SRR1365356 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810343 5 0.0963 0.9410 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1431991 1 0.0880 0.9350 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312024 3 0.1908 0.8463 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1499699 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397861 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1479663 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475483 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR603726 5 0.1121 0.9193 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR663368 5 0.2471 0.8795 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1354225 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089809 4 0.0609 0.9081 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1338901 2 0.2595 0.8728 0.000 0.888 0.000 0.080 0.032
#> SRR598645 3 0.4182 0.3333 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR656528 3 0.6864 0.2807 0.212 0.000 0.484 0.288 0.016
#> SRR809503 1 0.0290 0.9280 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659923 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1319858 1 0.0162 0.9286 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350566 5 0.2773 0.8198 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR614743 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.1270 0.9361 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1348318 5 0.1043 0.9220 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1343433 5 0.4249 0.1980 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1342088 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404384 3 0.0703 0.9094 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR655495 3 0.4084 0.4934 0.000 0.000 0.668 0.328 0.004
#> SRR812270 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 2 0.6531 0.5121 0.004 0.616 0.224 0.092 0.064
#> SRR1415274 5 0.1012 0.9381 0.020 0.000 0.000 0.012 0.968
#> SRR1491275 1 0.4193 0.5349 0.684 0.000 0.304 0.000 0.012
#> SRR659851 1 0.3177 0.7271 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1337364 5 0.0880 0.9410 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1414471 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1471862 5 0.1544 0.9274 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1456208 5 0.1121 0.9148 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1393428 4 0.3909 0.6969 0.000 0.000 0.216 0.760 0.024
#> SRR1327632 5 0.1671 0.9224 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR608120 1 0.1341 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR607679 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436042 5 0.0963 0.9410 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR656191 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419211 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR658117 3 0.4481 0.6431 0.024 0.000 0.732 0.228 0.016
#> SRR1090770 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR657420 1 0.1121 0.9360 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1398686 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR821207 1 0.0290 0.9301 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1074694 3 0.0290 0.9158 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1413851 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0290 0.9280 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1095792 3 0.0609 0.9109 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1476903 1 0.4242 0.2131 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1406502 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR607502 4 0.4100 0.7335 0.044 0.000 0.000 0.764 0.192
#> SRR602951 4 0.0162 0.9126 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1402922 3 0.1202 0.9022 0.004 0.004 0.960 0.000 0.032
#> SRR1314071 5 0.3586 0.6606 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1374778 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487465 5 0.2074 0.8658 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2166006 3 0.7272 0.2088 0.004 0.324 0.432 0.216 0.024
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0290 0.9301 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368917 1 0.2230 0.8926 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1457197 4 0.1579 0.8924 0.000 0.032 0.000 0.944 0.024
#> SRR1433311 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656373 5 0.1043 0.9220 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1454265 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1454498 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.1965 0.9070 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR661493 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1356120 1 0.0703 0.9336 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327349 4 0.3366 0.7162 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1476348 2 0.0794 0.9504 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR656035 1 0.1121 0.9360 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2165896 3 0.0324 0.9158 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR601549 4 0.3507 0.8243 0.024 0.000 0.096 0.848 0.032
#> SRR658573 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1393470 4 0.0609 0.9080 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1381247 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1487728 1 0.0510 0.9240 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1419593 1 0.0963 0.9364 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0290 0.9280 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1377967 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662510 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370151 2 0.3242 0.7294 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR809043 4 0.0510 0.9085 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR659578 1 0.1410 0.9333 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1339413 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434760 1 0.0290 0.9280 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR660079 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1465153 4 0.0794 0.9005 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1340924 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1073267 4 0.0162 0.9126 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1323936 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614275 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601962 5 0.0880 0.9410 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR663795 5 0.1197 0.9163 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1418650 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR655780 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR661794 1 0.1121 0.9360 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1339508 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0703 0.9089 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1333550 2 0.0566 0.9630 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR821148 1 0.0404 0.9332 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR808658 3 0.4291 0.5838 0.276 0.004 0.704 0.000 0.016
#> SRR598100 5 0.1211 0.9321 0.016 0.000 0.000 0.024 0.960
#> SRR1475281 3 0.0880 0.9053 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1469477 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816892 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447325 4 0.0162 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415980 5 0.1043 0.9397 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR658021 3 0.4443 0.0759 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 5 0.1908 0.9124 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1083031 2 0.4718 0.1643 0.000 0.540 0.444 0.000 0.016
#> SRR1466177 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598364 5 0.1043 0.9401 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR603036 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR604342 5 0.4305 0.1092 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR1365850 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335940 5 0.1043 0.9393 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1436515 1 0.1043 0.9365 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1367612 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1411002 5 0.1121 0.9389 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1446606 4 0.0955 0.9041 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR1350936 1 0.0290 0.9280 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1351257 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090815 5 0.3177 0.8089 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR657845 1 0.0290 0.9301 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1408633 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398971 5 0.1671 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1399457 2 0.1442 0.9376 0.012 0.952 0.000 0.004 0.032
#> SRR1073341 1 0.0404 0.9249 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR810805 1 0.3730 0.6194 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1309657 5 0.1043 0.9401 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR820186 1 0.3612 0.6385 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1388913 4 0.0162 0.9125 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1396270 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614912 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1478410 4 0.0162 0.9127 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0566 0.9135 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1088044 2 0.4763 0.4218 0.000 0.632 0.000 0.336 0.032
#> SRR1082909 5 0.1341 0.9329 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1392007 4 0.2690 0.7928 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR2166524 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445765 1 0.2773 0.7847 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR819867 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339675 5 0.1608 0.9252 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1085687 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR597952 2 0.3694 0.7602 0.172 0.796 0.000 0.000 0.032
#> SRR1376497 3 0.0162 0.9171 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR813848 4 0.0162 0.9126 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1379471 1 0.0290 0.9301 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1070960 5 0.1732 0.9145 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR615285 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0794 0.9330 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1336113 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1396570 2 0.1830 0.9160 0.040 0.932 0.000 0.000 0.028
#> SRR1327366 4 0.4171 0.3853 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0880 0.9350 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1469791 4 0.0865 0.9056 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1388046 1 0.0963 0.9097 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR655076 2 0.0794 0.9514 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1464353 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR654754 1 0.0963 0.9364 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR599412 5 0.1041 0.9406 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR2166308 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.3274 0.7012 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR602978 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.1965 0.8849 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663380 1 0.0290 0.9280 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1410469 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659259 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421223 4 0.0880 0.9033 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1092567 3 0.0162 0.9172 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1472598 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069279 4 0.3037 0.8319 0.000 0.004 0.100 0.864 0.032
#> SRR1351624 4 0.4794 0.4370 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1342938 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599346 2 0.0510 0.9582 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1359045 5 0.2376 0.8923 0.044 0.000 0.000 0.052 0.904
#> SRR601843 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1318898 5 0.0963 0.9410 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1455104 5 0.2020 0.8949 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR598565 5 0.1041 0.9406 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR1315188 4 0.0162 0.9126 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1409875 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 5 0.1792 0.9118 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1451857 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0963 0.9364 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR615491 4 0.0162 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095937 1 0.1410 0.9318 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1473295 1 0.0162 0.9286 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0162 0.9171 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2164562 3 0.3550 0.6971 0.236 0.000 0.760 0.000 0.004
#> SRR665490 1 0.0510 0.9341 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1434182 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458506 5 0.0963 0.9410 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR808886 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 5 0.1043 0.9401 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1457925 5 0.1043 0.9395 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1434910 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614107 4 0.0290 0.9116 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1323914 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323065 5 0.0963 0.9405 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1309578 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500908 5 0.1792 0.9173 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1076753 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1327410 4 0.0798 0.9078 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR608064 5 0.1043 0.9394 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR608512 5 0.1893 0.9259 0.048 0.000 0.024 0.000 0.928
#> SRR2167551 3 0.0566 0.9135 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1394872 5 0.1341 0.9330 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1345669 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1367588 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660438 3 0.3687 0.7503 0.180 0.000 0.792 0.000 0.028
#> SRR1310758 4 0.7081 0.4254 0.024 0.320 0.104 0.520 0.032
#> SRR601525 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR818749 5 0.1792 0.9173 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR604294 5 0.3395 0.7043 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1322494 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1377949 3 0.1668 0.8879 0.000 0.000 0.940 0.028 0.032
#> SRR1317001 1 0.1121 0.9360 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1311897 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1308715 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415195 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480611 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR603834 1 0.0290 0.9280 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0290 0.9301 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659744 2 0.0703 0.9543 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1479549 1 0.0290 0.9301 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613258 1 0.5019 0.5305 0.632 0.316 0.000 0.000 0.052
#> SRR1088808 5 0.1608 0.8965 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1329068 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480565 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337137 4 0.4088 0.4465 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1099520 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR603942 5 0.1124 0.9239 0.004 0.000 0.000 0.036 0.960
#> SRR1440625 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR657360 1 0.0290 0.9301 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473443 4 0.3142 0.8228 0.004 0.000 0.108 0.856 0.032
#> SRR1498438 3 0.2439 0.8134 0.000 0.000 0.876 0.120 0.004
#> SRR1394655 4 0.3480 0.6351 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1322437 4 0.0162 0.9124 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR660236 4 0.0162 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466338 4 0.3241 0.7920 0.000 0.000 0.144 0.832 0.024
#> SRR604148 5 0.0963 0.9410 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1334939 3 0.3366 0.7703 0.000 0.140 0.828 0.000 0.032
#> SRR1349497 5 0.1197 0.9371 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1360523 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1446114 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.1043 0.9364 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0162 0.9128 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1469102 1 0.0963 0.9362 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1440584 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459697 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1352575 1 0.0162 0.9286 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613711 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614023 1 0.0703 0.9351 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1316174 5 0.1041 0.9406 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR603268 4 0.4613 0.4495 0.000 0.360 0.000 0.620 0.020
#> SRR1486044 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.0854 0.9544 0.012 0.976 0.004 0.000 0.008
#> SRR665646 5 0.0880 0.9410 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1404931 4 0.0162 0.9126 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1431552 4 0.0162 0.9126 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1479085 4 0.3365 0.8198 0.044 0.000 0.000 0.836 0.120
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.0703 0.9034 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1419848 4 0.3035 0.8245 0.000 0.112 0.000 0.856 0.032
#> SRR1332713 5 0.1608 0.8976 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1070863 1 0.0794 0.9344 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR659947 5 0.1365 0.9390 0.040 0.004 0.000 0.004 0.952
#> SRR1414356 5 0.1195 0.9295 0.012 0.000 0.000 0.028 0.960
#> SRR599122 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0162 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR613018 4 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1456591 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1368710 2 0.0162 0.9671 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397885 5 0.0963 0.9410 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1319283 1 0.3851 0.7254 0.796 0.000 0.004 0.164 0.036
#> SRR1349518 2 0.0162 0.9669 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471267 1 0.1197 0.9356 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR655277 5 0.0963 0.9410 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1455436 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658009 1 0.0290 0.9280 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331383 4 0.0000 0.9131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.0609 0.9071 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR659133 4 0.0162 0.9122 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660212 3 0.2329 0.8057 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9298 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.3276 0.8100 0.000 0.836 0.000 0.132 0.032
#> SRR663149 2 0.6189 0.4957 0.000 0.612 0.152 0.216 0.020
#> SRR1413032 3 0.4269 0.5359 0.000 0.000 0.684 0.300 0.016
#> SRR1377557 1 0.1478 0.9329 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.3123 0.7310 0.000 0.184 0.812 0.000 0.004
#> SRR657101 1 0.3543 0.7752 0.828 0.004 0.000 0.128 0.040
#> SRR1350588 3 0.0000 0.9188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0290 0.9280 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 5 0.0865 0.8695 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1499543 5 0.2562 0.7620 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1443419 2 0.1957 0.8633 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR657372 5 0.0806 0.8688 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000
#> SRR661409 4 0.3920 0.6240 0.000 0.000 0.000 0.764 0.088 0.148
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.2221 0.8101 0.896 0.000 0.000 0.000 0.032 0.072
#> SRR1392030 5 0.4851 0.2285 0.404 0.000 0.000 0.000 0.536 0.060
#> SRR1453787 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR654969 1 0.1779 0.8251 0.920 0.000 0.000 0.000 0.016 0.064
#> SRR1435113 4 0.0858 0.8292 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR601359 5 0.0713 0.8701 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR663392 2 0.0260 0.9219 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601157 5 0.0935 0.8700 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR615347 6 0.3797 0.1582 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1329464 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1357344 6 0.3970 0.4006 0.224 0.004 0.012 0.000 0.020 0.740
#> SRR1365356 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 3 0.0914 0.8423 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR810343 5 0.1010 0.8702 0.036 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004
#> SRR1431991 1 0.1575 0.8279 0.936 0.000 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1312024 3 0.1204 0.8183 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.4395 0.4792 0.568 0.000 0.000 0.000 0.028 0.404
#> SRR1397861 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1479663 2 0.1501 0.8923 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1475483 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR603726 5 0.0937 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR663368 5 0.2436 0.8128 0.032 0.000 0.000 0.000 0.880 0.088
#> SRR1354225 2 0.0260 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1089809 4 0.1204 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1338901 6 0.4449 0.0969 0.000 0.440 0.000 0.028 0.000 0.532
#> SRR598645 3 0.4570 0.3616 0.000 0.000 0.588 0.376 0.008 0.028
#> SRR656528 6 0.6812 0.3604 0.144 0.000 0.220 0.092 0.012 0.532
#> SRR809503 1 0.4750 0.4529 0.544 0.000 0.000 0.000 0.052 0.404
#> SRR659923 2 0.0713 0.9140 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1498226 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1319858 1 0.4400 0.5138 0.592 0.000 0.000 0.000 0.032 0.376
#> SRR1350566 5 0.3867 0.2010 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR614743 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.0891 0.8387 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1348318 5 0.0777 0.8698 0.024 0.000 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR1343433 1 0.3390 0.4875 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1342088 3 0.1556 0.8247 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1404384 3 0.3578 0.5647 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR655495 3 0.4166 0.4380 0.000 0.000 0.648 0.324 0.000 0.028
#> SRR812270 4 0.0146 0.8374 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 2 0.7711 0.0340 0.092 0.468 0.276 0.020 0.052 0.092
#> SRR1415274 5 0.0632 0.8686 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1491275 6 0.6105 0.1163 0.352 0.000 0.288 0.000 0.000 0.360
#> SRR659851 1 0.5955 0.2582 0.436 0.000 0.000 0.000 0.332 0.232
#> SRR1337364 5 0.1780 0.8608 0.028 0.000 0.000 0.000 0.924 0.048
#> SRR1414471 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1471862 5 0.1549 0.8532 0.020 0.000 0.000 0.000 0.936 0.044
#> SRR1456208 5 0.1007 0.8515 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1393428 4 0.4812 0.4965 0.000 0.000 0.096 0.640 0.000 0.264
#> SRR1327632 5 0.1616 0.8514 0.020 0.000 0.000 0.000 0.932 0.048
#> SRR608120 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR607679 2 0.0547 0.9147 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.1007 0.8363 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1330305 2 0.1444 0.8945 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1436042 5 0.0713 0.8701 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR658117 6 0.5074 0.1469 0.000 0.000 0.356 0.060 0.012 0.572
#> SRR1090770 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR657420 1 0.1794 0.8241 0.924 0.000 0.000 0.000 0.040 0.036
#> SRR1398686 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR821207 1 0.2088 0.8127 0.904 0.000 0.000 0.000 0.028 0.068
#> SRR1074694 3 0.2597 0.7396 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1413851 2 0.1501 0.8925 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.4362 0.5009 0.584 0.000 0.000 0.000 0.028 0.388
#> SRR1095792 3 0.3629 0.6241 0.000 0.000 0.724 0.016 0.000 0.260
#> SRR1476903 5 0.5731 0.2930 0.224 0.000 0.000 0.000 0.516 0.260
#> SRR1406502 2 0.2416 0.8275 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR607502 6 0.4466 0.3084 0.000 0.000 0.000 0.260 0.068 0.672
#> SRR602951 4 0.1036 0.8288 0.000 0.000 0.008 0.964 0.004 0.024
#> SRR1402922 6 0.3309 0.2607 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1314071 5 0.4211 0.6152 0.020 0.004 0.004 0.240 0.720 0.012
#> SRR1374778 3 0.1007 0.8348 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1089926 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0291 0.9240 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1487465 5 0.2730 0.7202 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR2166006 6 0.8504 0.3122 0.092 0.152 0.252 0.096 0.020 0.388
#> SRR1341034 2 0.1501 0.8941 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1460235 1 0.3139 0.7536 0.812 0.000 0.000 0.000 0.028 0.160
#> SRR1368917 1 0.0937 0.8295 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1457197 4 0.3217 0.6588 0.000 0.008 0.000 0.768 0.000 0.224
#> SRR1433311 3 0.0363 0.8455 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR656373 5 0.0937 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1454265 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0603 0.8416 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR661493 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1356120 1 0.2618 0.7877 0.860 0.000 0.000 0.000 0.024 0.116
#> SRR1381414 2 0.2003 0.8641 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1350263 3 0.0146 0.8481 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327349 4 0.3244 0.5303 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.1794 0.8833 0.000 0.924 0.000 0.040 0.000 0.036
#> SRR656035 1 0.0000 0.8431 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.2260 0.7753 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR601549 6 0.3629 0.3183 0.000 0.000 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR658573 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.2941 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1381247 3 0.1501 0.8268 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1322790 3 0.0146 0.8475 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404044 1 0.0363 0.8433 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1487728 1 0.4888 0.4352 0.536 0.000 0.004 0.000 0.052 0.408
#> SRR1419593 1 0.0146 0.8430 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434689 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349540 1 0.4690 0.4605 0.552 0.000 0.000 0.000 0.048 0.400
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.1910 0.8736 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1370151 2 0.4447 0.5758 0.000 0.704 0.000 0.196 0.000 0.100
#> SRR809043 4 0.0260 0.8370 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR659578 1 0.2404 0.7611 0.872 0.000 0.000 0.000 0.016 0.112
#> SRR1339413 2 0.2003 0.8598 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1434760 1 0.4879 0.4501 0.544 0.000 0.000 0.000 0.064 0.392
#> SRR660079 1 0.0717 0.8401 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1465153 4 0.1700 0.8002 0.000 0.048 0.000 0.928 0.000 0.024
#> SRR1340924 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1073267 4 0.2218 0.7767 0.000 0.000 0.012 0.884 0.000 0.104
#> SRR1418688 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1323936 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.1957 0.8637 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR614275 3 0.0632 0.8448 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR601962 5 0.0713 0.8701 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR663795 5 0.0935 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.032 0.964 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.2416 0.8216 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR661794 1 0.0146 0.8430 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339508 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358459 3 0.3717 0.4625 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1333550 2 0.2941 0.7006 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR821148 1 0.0806 0.8403 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR808658 3 0.6118 0.2398 0.232 0.016 0.504 0.000 0.000 0.248
#> SRR598100 5 0.0713 0.8701 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1475281 3 0.3833 0.3810 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1469477 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415660 2 0.0547 0.9147 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447325 4 0.0405 0.8362 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1415980 5 0.1492 0.8593 0.024 0.000 0.000 0.000 0.940 0.036
#> SRR658021 3 0.5431 0.1470 0.344 0.000 0.524 0.000 0.000 0.132
#> SRR1356308 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443695 5 0.2968 0.7475 0.016 0.000 0.000 0.000 0.816 0.168
#> SRR1083031 2 0.6024 -0.1104 0.000 0.424 0.308 0.000 0.000 0.268
#> SRR1466177 2 0.2092 0.8533 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1346978 2 0.0260 0.9238 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR607705 3 0.1075 0.8345 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR598364 5 0.0865 0.8695 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR603036 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR604342 4 0.3659 0.3917 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1365850 2 0.1333 0.9071 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR1335940 5 0.1863 0.8616 0.036 0.000 0.000 0.000 0.920 0.044
#> SRR1436515 1 0.0146 0.8434 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367612 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1411002 5 0.3727 0.4532 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1446606 4 0.3890 0.4222 0.000 0.000 0.004 0.596 0.000 0.400
#> SRR1350936 1 0.4491 0.4926 0.576 0.000 0.000 0.000 0.036 0.388
#> SRR1351257 3 0.1556 0.8247 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1316793 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090815 5 0.4534 0.4024 0.040 0.000 0.000 0.000 0.580 0.380
#> SRR657845 1 0.1713 0.8232 0.928 0.000 0.000 0.000 0.028 0.044
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 5 0.2092 0.7951 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1399457 6 0.3428 0.4115 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1073341 1 0.4083 0.6022 0.668 0.000 0.000 0.000 0.028 0.304
#> SRR810805 1 0.4929 0.4656 0.608 0.000 0.000 0.000 0.300 0.092
#> SRR1309657 5 0.0865 0.8695 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR820186 1 0.5654 0.1449 0.444 0.000 0.000 0.000 0.404 0.152
#> SRR1388913 4 0.1367 0.8078 0.000 0.044 0.000 0.944 0.000 0.012
#> SRR1396270 3 0.0363 0.8468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR613402 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0291 0.9240 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1478410 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613975 2 0.0865 0.9130 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1441631 3 0.3817 0.3051 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1088044 6 0.5507 0.3703 0.000 0.308 0.000 0.156 0.000 0.536
#> SRR1082909 5 0.1480 0.8552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.940 0.040
#> SRR1392007 4 0.3198 0.5453 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.0458 0.9185 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1445765 1 0.5774 0.2856 0.440 0.000 0.000 0.000 0.176 0.384
#> SRR819867 2 0.0146 0.9234 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339675 5 0.1682 0.8493 0.020 0.000 0.000 0.000 0.928 0.052
#> SRR1085687 2 0.0508 0.9206 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR597952 6 0.2859 0.5266 0.000 0.156 0.000 0.000 0.016 0.828
#> SRR1376497 3 0.0717 0.8419 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0405 0.8362 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1379471 1 0.2909 0.7700 0.836 0.000 0.000 0.000 0.028 0.136
#> SRR1070960 5 0.2066 0.8562 0.040 0.000 0.000 0.000 0.908 0.052
#> SRR615285 3 0.1007 0.8348 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1325353 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1470682 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615886 1 0.0603 0.8416 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1397649 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819690 1 0.2875 0.7850 0.852 0.000 0.000 0.000 0.052 0.096
#> SRR1336113 2 0.1663 0.8708 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1396570 6 0.3851 0.0281 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1327366 4 0.3717 0.3306 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352001 1 0.0993 0.8352 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR1469791 4 0.3215 0.6407 0.000 0.000 0.004 0.756 0.000 0.240
#> SRR1388046 6 0.4083 0.1915 0.304 0.000 0.000 0.000 0.028 0.668
#> SRR655076 2 0.3866 0.1403 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1464353 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR654754 1 0.0146 0.8430 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR599412 5 0.1492 0.8620 0.036 0.000 0.000 0.000 0.940 0.024
#> SRR2166308 3 0.0458 0.8454 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR655696 6 0.6122 -0.1017 0.324 0.000 0.000 0.000 0.316 0.360
#> SRR602978 2 0.1075 0.9084 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1323850 2 0.2318 0.8527 0.000 0.892 0.000 0.064 0.000 0.044
#> SRR1365512 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663380 1 0.4802 0.4429 0.540 0.000 0.000 0.000 0.056 0.404
#> SRR1410469 3 0.1957 0.8030 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR659259 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421223 4 0.3659 0.4670 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1092567 3 0.0146 0.8482 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1472598 3 0.1556 0.8247 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1069279 4 0.5067 0.2385 0.000 0.008 0.056 0.504 0.000 0.432
#> SRR1351624 6 0.5962 0.0438 0.000 0.000 0.228 0.348 0.000 0.424
#> SRR1342938 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599346 2 0.3227 0.7977 0.028 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124
#> SRR1359045 5 0.1332 0.8586 0.012 0.000 0.000 0.008 0.952 0.028
#> SRR601843 1 0.0363 0.8433 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1318898 5 0.0865 0.8695 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1455104 1 0.3860 -0.0570 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR598565 5 0.0713 0.8701 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1315188 4 0.0260 0.8370 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1409875 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 5 0.2308 0.8517 0.068 0.000 0.000 0.000 0.892 0.040
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0632 0.9192 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1349144 1 0.0260 0.8434 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR615491 4 0.0363 0.8351 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1095937 1 0.2896 0.7530 0.824 0.000 0.000 0.000 0.016 0.160
#> SRR1473295 1 0.4300 0.5273 0.608 0.000 0.000 0.000 0.028 0.364
#> SRR1457972 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475430 3 0.2501 0.7982 0.000 0.000 0.872 0.004 0.016 0.108
#> SRR2164562 6 0.5628 0.1025 0.116 0.000 0.400 0.000 0.008 0.476
#> SRR665490 1 0.0291 0.8428 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1434182 2 0.0405 0.9222 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1458506 5 0.0865 0.8695 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR808886 3 0.0937 0.8415 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1329442 5 0.0865 0.8695 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1457925 5 0.1789 0.8600 0.032 0.000 0.000 0.000 0.924 0.044
#> SRR1434910 2 0.0146 0.9243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614107 4 0.0603 0.8342 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1323914 2 0.1444 0.8945 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1323065 5 0.1720 0.8643 0.032 0.000 0.000 0.000 0.928 0.040
#> SRR1309578 2 0.1714 0.8807 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1500908 5 0.1719 0.8448 0.016 0.000 0.000 0.000 0.924 0.060
#> SRR1076753 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1327410 4 0.2709 0.7534 0.000 0.000 0.020 0.848 0.000 0.132
#> SRR608064 5 0.1151 0.8654 0.012 0.000 0.000 0.000 0.956 0.032
#> SRR608512 5 0.5316 0.2574 0.416 0.000 0.104 0.000 0.480 0.000
#> SRR2167551 3 0.3592 0.5245 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1394872 5 0.3857 0.2696 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1345669 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1367588 3 0.1075 0.8345 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1387724 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660438 6 0.3836 0.4239 0.040 0.000 0.176 0.000 0.012 0.772
#> SRR1310758 6 0.1738 0.5232 0.000 0.052 0.004 0.016 0.000 0.928
#> SRR601525 2 0.1556 0.8795 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR818749 5 0.1657 0.8446 0.016 0.000 0.000 0.000 0.928 0.056
#> SRR604294 5 0.2491 0.8081 0.000 0.000 0.000 0.112 0.868 0.020
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.4456 0.2952 0.000 0.000 0.524 0.028 0.000 0.448
#> SRR1317001 1 0.0993 0.8373 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR1311897 1 0.0363 0.8433 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1308715 2 0.1556 0.8894 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1415195 4 0.0146 0.8374 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR603834 1 0.4788 0.4544 0.548 0.000 0.000 0.000 0.056 0.396
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.2901 0.7815 0.840 0.000 0.000 0.000 0.032 0.128
#> SRR659744 2 0.3817 0.2577 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1479549 1 0.2201 0.8095 0.896 0.000 0.000 0.000 0.028 0.076
#> SRR613258 1 0.3504 0.6915 0.820 0.052 0.000 0.000 0.016 0.112
#> SRR1088808 5 0.1075 0.8517 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1329068 2 0.0146 0.9234 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0146 0.9234 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337137 4 0.3607 0.3917 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0363 0.8436 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR603942 5 0.0806 0.8691 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000
#> SRR1440625 3 0.1556 0.8247 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1391700 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR657360 1 0.1572 0.8264 0.936 0.000 0.000 0.000 0.028 0.036
#> SRR1473443 6 0.4903 -0.1893 0.000 0.000 0.060 0.464 0.000 0.476
#> SRR1498438 3 0.2740 0.7857 0.000 0.000 0.864 0.060 0.000 0.076
#> SRR1394655 4 0.2996 0.6102 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0665 0.8346 0.000 0.000 0.004 0.980 0.008 0.008
#> SRR1466338 4 0.5682 0.2534 0.000 0.000 0.180 0.504 0.000 0.316
#> SRR604148 5 0.1049 0.8710 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008
#> SRR1334939 6 0.4681 -0.1146 0.000 0.044 0.432 0.000 0.000 0.524
#> SRR1349497 5 0.3833 0.3258 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1360523 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1446114 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.1075 0.8345 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1389868 1 0.0405 0.8414 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0937 0.8236 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1469102 1 0.0622 0.8397 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1440584 2 0.1141 0.9074 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1459697 2 0.0146 0.9234 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.1713 0.8232 0.928 0.000 0.000 0.000 0.028 0.044
#> SRR613711 2 0.1141 0.9074 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR614023 1 0.0405 0.8419 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1316174 5 0.0713 0.8701 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR603268 6 0.6094 0.0929 0.000 0.280 0.000 0.356 0.000 0.364
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.4764 0.4939 0.080 0.628 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR665646 5 0.1856 0.8621 0.032 0.000 0.000 0.000 0.920 0.048
#> SRR1404931 4 0.0291 0.8373 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1431552 4 0.0405 0.8362 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1479085 6 0.4443 0.3579 0.008 0.000 0.000 0.232 0.060 0.700
#> SRR1322711 2 0.0865 0.9134 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1404988 4 0.1501 0.7827 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1419848 4 0.4705 0.1853 0.000 0.044 0.000 0.484 0.000 0.472
#> SRR1332713 5 0.1714 0.8227 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1070863 1 0.0993 0.8352 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR659947 5 0.4215 0.7133 0.148 0.008 0.000 0.000 0.752 0.092
#> SRR1414356 5 0.1010 0.8682 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR599122 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.0363 0.8361 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1456591 1 0.0363 0.8433 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1368710 2 0.1863 0.8711 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1397885 5 0.1007 0.8667 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1319283 6 0.2944 0.4943 0.148 0.000 0.000 0.008 0.012 0.832
#> SRR1349518 2 0.0458 0.9213 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1471267 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR655277 5 0.0935 0.8705 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1455436 4 0.0363 0.8366 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658009 1 0.4409 0.5082 0.588 0.000 0.000 0.000 0.032 0.380
#> SRR1331383 4 0.0000 0.8376 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.0458 0.8443 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR659133 4 0.0653 0.8342 0.000 0.000 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR660212 3 0.3602 0.6352 0.000 0.160 0.784 0.000 0.000 0.056
#> SRR657821 1 0.3586 0.6941 0.756 0.000 0.000 0.000 0.028 0.216
#> SRR1379279 6 0.4829 0.1366 0.000 0.424 0.000 0.056 0.000 0.520
#> SRR663149 6 0.6990 0.3045 0.000 0.352 0.132 0.100 0.004 0.412
#> SRR1413032 3 0.5423 0.3843 0.000 0.000 0.576 0.184 0.000 0.240
#> SRR1377557 1 0.0458 0.8428 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.4613 0.5159 0.000 0.196 0.688 0.000 0.000 0.116
#> SRR657101 6 0.1924 0.5176 0.048 0.000 0.000 0.004 0.028 0.920
#> SRR1350588 3 0.0458 0.8460 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1368486 1 0.4437 0.4906 0.576 0.000 0.000 0.000 0.032 0.392
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.925 0.946 0.975 0.4927 0.509 0.509
#> 3 3 0.794 0.824 0.928 0.2999 0.808 0.638
#> 4 4 0.808 0.823 0.915 0.0774 0.921 0.793
#> 5 5 0.822 0.841 0.913 0.1100 0.888 0.663
#> 6 6 0.773 0.686 0.840 0.0468 0.986 0.942
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR661409 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.2236 0.9512 0.036 0.964
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.1414 0.9573 0.980 0.020
#> SRR598068 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.9963 0.0905 0.464 0.536
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR598645 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR656528 1 0.8327 0.6368 0.736 0.264
#> SRR809503 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0376 0.9746 0.004 0.996
#> SRR1404384 2 0.3584 0.9257 0.068 0.932
#> SRR655495 2 0.2423 0.9501 0.040 0.960
#> SRR812270 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR814919 1 0.8386 0.6625 0.732 0.268
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.1633 0.9621 0.024 0.976
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1359529 1 0.6973 0.7843 0.812 0.188
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.7815 0.7146 0.232 0.768
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR607502 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR602951 2 0.5408 0.8629 0.124 0.876
#> SRR1402922 2 0.0376 0.9746 0.004 0.996
#> SRR1314071 1 0.5178 0.8664 0.884 0.116
#> SRR1374778 1 0.2603 0.9377 0.956 0.044
#> SRR1089926 1 0.3733 0.9111 0.928 0.072
#> SRR1437056 1 0.9393 0.4712 0.644 0.356
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR2166006 1 0.4815 0.8797 0.896 0.104
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.2043 0.9564 0.032 0.968
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.6973 0.7789 0.812 0.188
#> SRR661711 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.6343 0.8203 0.160 0.840
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.7056 0.7773 0.808 0.192
#> SRR601549 2 0.4562 0.8957 0.096 0.904
#> SRR658573 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0376 0.9746 0.004 0.996
#> SRR1381247 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1322790 1 0.8555 0.6377 0.720 0.280
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR662510 1 0.8081 0.6958 0.752 0.248
#> SRR1370151 2 0.2778 0.9386 0.048 0.952
#> SRR809043 2 0.2043 0.9564 0.032 0.968
#> SRR659578 1 0.1633 0.9539 0.976 0.024
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.1843 0.9591 0.028 0.972
#> SRR1418688 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.8327 0.6394 0.264 0.736
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.4298 0.9037 0.088 0.912
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.1843 0.9505 0.972 0.028
#> SRR598100 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0376 0.9746 0.004 0.996
#> SRR1469477 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1447325 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.3879 0.9071 0.924 0.076
#> SRR598364 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.3431 0.9285 0.064 0.936
#> SRR1316793 1 0.0376 0.9698 0.996 0.004
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.1184 0.9611 0.984 0.016
#> SRR1399457 2 0.2043 0.9564 0.032 0.968
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1441631 1 0.5408 0.8539 0.876 0.124
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR597952 1 0.1633 0.9549 0.976 0.024
#> SRR1376497 1 0.9710 0.3732 0.600 0.400
#> SRR813848 2 0.1843 0.9591 0.028 0.972
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.8555 0.6029 0.280 0.720
#> SRR1396570 2 0.0376 0.9745 0.004 0.996
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.2043 0.9564 0.032 0.968
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.9087 0.5428 0.324 0.676
#> SRR663380 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.2423 0.9501 0.040 0.960
#> SRR659259 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.2236 0.9533 0.036 0.964
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1342938 1 0.5408 0.8585 0.876 0.124
#> SRR599346 1 0.7299 0.7621 0.796 0.204
#> SRR1359045 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.1843 0.9591 0.028 0.972
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.1184 0.9662 0.016 0.984
#> SRR602389 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR615491 1 0.2948 0.9298 0.948 0.052
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.8955 0.5488 0.312 0.688
#> SRR2164562 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0938 0.9700 0.012 0.988
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.2236 0.9536 0.036 0.964
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR2167551 1 0.7056 0.7779 0.808 0.192
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.6048 0.8308 0.852 0.148
#> SRR1387724 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR660438 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1310758 2 0.3584 0.9248 0.068 0.932
#> SRR601525 1 0.8861 0.5961 0.696 0.304
#> SRR818749 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0672 0.9724 0.008 0.992
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0938 0.9698 0.012 0.988
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.2423 0.9411 0.960 0.040
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0672 0.9724 0.008 0.992
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.2236 0.9535 0.036 0.964
#> SRR1498438 2 0.2043 0.9564 0.032 0.968
#> SRR1394655 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR660236 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1466338 2 0.0376 0.9746 0.004 0.996
#> SRR604148 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1339366 1 0.7950 0.7089 0.760 0.240
#> SRR656469 1 0.0376 0.9698 0.996 0.004
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1074189 1 0.9896 0.2583 0.560 0.440
#> SRR665646 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.7219 0.7636 0.200 0.800
#> SRR1431552 2 0.2043 0.9564 0.032 0.968
#> SRR1479085 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0938 0.9640 0.988 0.012
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.2043 0.9564 0.032 0.968
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1319283 1 0.0938 0.9635 0.988 0.012
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1394894 1 0.4690 0.8831 0.900 0.100
#> SRR659133 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR660212 1 0.9686 0.3842 0.604 0.396
#> SRR657821 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR663149 1 0.6531 0.8094 0.832 0.168
#> SRR1413032 2 0.3114 0.9365 0.056 0.944
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9767 0.000 1.000
#> SRR657101 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499543 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443419 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.0892 0.93430 0.980 0.000 0.020
#> SRR661409 1 0.6244 0.18226 0.560 0.000 0.440
#> SRR1409721 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.5733 0.55554 0.000 0.676 0.324
#> SRR601359 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR663392 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 2 0.5733 0.55554 0.000 0.676 0.324
#> SRR601157 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR615347 2 0.2448 0.83611 0.076 0.924 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.7843 0.55290 0.668 0.140 0.192
#> SRR1365356 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR598068 3 0.5591 0.50726 0.304 0.000 0.696
#> SRR810343 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1431991 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0237 0.85394 0.000 0.004 0.996
#> SRR1499699 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.6286 0.13192 0.536 0.000 0.464
#> SRR663368 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.5254 0.64882 0.000 0.736 0.264
#> SRR1338901 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.6828 0.51559 0.312 0.032 0.656
#> SRR809503 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.6309 -0.09705 0.000 0.496 0.504
#> SRR1406307 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343433 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0237 0.85394 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404384 3 0.6448 0.43279 0.012 0.352 0.636
#> SRR655495 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.6309 -0.11090 0.000 0.500 0.500
#> SRR821176 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 1 0.8637 0.40332 0.596 0.236 0.168
#> SRR1415274 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1491275 1 0.3686 0.80763 0.860 0.000 0.140
#> SRR659851 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.5733 0.46746 0.324 0.000 0.676
#> SRR1393428 2 0.6305 0.14387 0.000 0.516 0.484
#> SRR1327632 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.7160 0.63874 0.720 0.132 0.148
#> SRR1330305 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR656191 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.6309 0.02385 0.496 0.000 0.504
#> SRR1090770 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.1529 0.91471 0.960 0.000 0.040
#> SRR1398686 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.7980 0.57712 0.172 0.168 0.660
#> SRR1413851 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.5016 0.62398 0.000 0.240 0.760
#> SRR1476903 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406502 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.6308 0.03835 0.492 0.000 0.508
#> SRR602951 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 3 0.4931 0.61447 0.000 0.232 0.768
#> SRR1314071 3 0.7223 0.23083 0.424 0.028 0.548
#> SRR1374778 3 0.0237 0.85394 0.000 0.004 0.996
#> SRR1089926 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.0237 0.85394 0.000 0.004 0.996
#> SRR1366772 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.1411 0.83688 0.036 0.000 0.964
#> SRR2166006 3 0.3784 0.76394 0.132 0.004 0.864
#> SRR1341034 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433311 3 0.0237 0.85402 0.004 0.000 0.996
#> SRR656373 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454265 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.0237 0.85408 0.004 0.000 0.996
#> SRR601549 3 0.6924 0.22497 0.020 0.400 0.580
#> SRR658573 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381247 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.0237 0.85394 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404044 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 1 0.6168 0.34063 0.588 0.412 0.000
#> SRR1370151 2 0.5733 0.55554 0.000 0.676 0.324
#> SRR809043 3 0.6180 0.19096 0.000 0.416 0.584
#> SRR659578 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.2448 0.87861 0.924 0.000 0.076
#> SRR660079 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.5733 0.55554 0.000 0.676 0.324
#> SRR1340924 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.0237 0.85394 0.000 0.004 0.996
#> SRR602338 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.6244 0.28499 0.000 0.560 0.440
#> SRR1313789 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR663795 1 0.5988 0.38393 0.632 0.000 0.368
#> SRR1418650 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.5733 0.55554 0.000 0.676 0.324
#> SRR661794 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0237 0.85394 0.000 0.004 0.996
#> SRR1501097 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0237 0.85401 0.000 0.004 0.996
#> SRR1333550 2 0.4002 0.78099 0.000 0.840 0.160
#> SRR821148 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475281 3 0.4887 0.64535 0.000 0.228 0.772
#> SRR1469477 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0424 0.90813 0.000 0.992 0.008
#> SRR1447325 3 0.5591 0.53901 0.304 0.000 0.696
#> SRR1415980 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR658021 1 0.5327 0.60919 0.728 0.000 0.272
#> SRR1356308 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.0592 0.94064 0.988 0.000 0.012
#> SRR1083031 2 0.1411 0.88774 0.000 0.964 0.036
#> SRR1466177 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 3 0.1643 0.83066 0.044 0.000 0.956
#> SRR598364 1 0.1289 0.92370 0.968 0.000 0.032
#> SRR603036 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0747 0.84814 0.016 0.000 0.984
#> SRR1365850 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.4121 0.77225 0.000 0.832 0.168
#> SRR1350936 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR657845 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.0475 0.94338 0.992 0.004 0.004
#> SRR1399457 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR820186 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.3686 0.80134 0.000 0.860 0.140
#> SRR1396270 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.6204 0.33250 0.000 0.576 0.424
#> SRR613975 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0237 0.85408 0.004 0.000 0.996
#> SRR1088044 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392007 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.4346 0.74738 0.000 0.816 0.184
#> SRR1445765 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.1585 0.83978 0.008 0.028 0.964
#> SRR813848 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.5835 0.43841 0.340 0.000 0.660
#> SRR1325353 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.4605 0.67106 0.204 0.796 0.000
#> SRR1396570 2 0.0424 0.90615 0.008 0.992 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.6095 0.40829 0.000 0.608 0.392
#> SRR1388046 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.3686 0.81310 0.860 0.000 0.140
#> SRR2166308 3 0.0237 0.85408 0.004 0.000 0.996
#> SRR655696 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR602978 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.1163 0.92505 0.972 0.000 0.028
#> SRR1410469 3 0.0237 0.85394 0.000 0.004 0.996
#> SRR659259 2 0.5560 0.59671 0.000 0.700 0.300
#> SRR1421223 2 0.4121 0.77225 0.000 0.832 0.168
#> SRR1092567 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 3 0.6244 0.18541 0.000 0.440 0.560
#> SRR1069279 2 0.1529 0.88269 0.000 0.960 0.040
#> SRR1351624 2 0.5621 0.58412 0.000 0.692 0.308
#> SRR1342938 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR599346 1 0.4555 0.71809 0.800 0.200 0.000
#> SRR1359045 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455104 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR598565 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315188 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.5905 0.50169 0.000 0.648 0.352
#> SRR1348270 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1451857 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 1 0.6398 0.24756 0.580 0.004 0.416
#> SRR1095937 1 0.4121 0.77097 0.832 0.000 0.168
#> SRR1473295 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.2584 0.81297 0.008 0.064 0.928
#> SRR2164562 1 0.6307 0.01388 0.512 0.000 0.488
#> SRR665490 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0237 0.85394 0.000 0.004 0.996
#> SRR1329442 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457925 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434910 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1309578 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0424 0.94346 0.992 0.000 0.008
#> SRR1076753 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.2711 0.79398 0.000 0.088 0.912
#> SRR608064 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR608512 1 0.3551 0.82034 0.868 0.000 0.132
#> SRR2167551 3 0.0592 0.85144 0.012 0.000 0.988
#> SRR1394872 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.4047 0.74175 0.148 0.004 0.848
#> SRR1387724 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 3 0.0747 0.84954 0.016 0.000 0.984
#> SRR1310758 2 0.4618 0.77843 0.024 0.840 0.136
#> SRR601525 1 0.5591 0.55810 0.696 0.304 0.000
#> SRR818749 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR604294 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322494 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.5656 0.58600 0.008 0.264 0.728
#> SRR1317001 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.6295 -0.00351 0.000 0.472 0.528
#> SRR1380163 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329068 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.4121 0.77225 0.000 0.832 0.168
#> SRR1099520 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440625 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.5591 0.58552 0.000 0.696 0.304
#> SRR1498438 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 1 0.5760 0.47029 0.672 0.000 0.328
#> SRR1322437 2 0.5733 0.55554 0.000 0.676 0.324
#> SRR660236 1 0.6140 0.28934 0.596 0.000 0.404
#> SRR1466338 3 0.1860 0.82314 0.000 0.052 0.948
#> SRR604148 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1334939 2 0.0424 0.90791 0.000 0.992 0.008
#> SRR1349497 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360523 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.5733 0.55554 0.000 0.676 0.324
#> SRR1339366 1 0.6045 0.42148 0.620 0.380 0.000
#> SRR656469 3 0.0237 0.85408 0.004 0.000 0.996
#> SRR1389868 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 2 0.4121 0.77225 0.000 0.832 0.168
#> SRR1469102 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR603268 2 0.4121 0.77225 0.000 0.832 0.168
#> SRR1486044 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.6244 0.20396 0.560 0.440 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.8173 0.10566 0.072 0.420 0.508
#> SRR1431552 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 1 0.5760 0.47029 0.672 0.000 0.328
#> SRR1322711 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.2066 0.87171 0.000 0.940 0.060
#> SRR1332713 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070863 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0424 0.94344 0.992 0.000 0.008
#> SRR599122 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344100 2 0.3941 0.77686 0.000 0.844 0.156
#> SRR613018 2 0.6225 0.30856 0.000 0.568 0.432
#> SRR1456591 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319283 1 0.0424 0.94126 0.992 0.008 0.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0237 0.94590 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455436 2 0.4351 0.72334 0.168 0.828 0.004
#> SRR658009 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.5733 0.55554 0.000 0.676 0.324
#> SRR1394894 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 1 0.6192 0.24618 0.580 0.000 0.420
#> SRR660212 3 0.6244 0.17028 0.000 0.440 0.560
#> SRR657821 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.1289 0.89179 0.000 0.968 0.032
#> SRR663149 3 0.5307 0.74495 0.124 0.056 0.820
#> SRR1413032 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.91282 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.4575 0.73012 0.160 0.828 0.012
#> SRR657101 1 0.4291 0.74631 0.820 0.000 0.180
#> SRR1350588 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.94732 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.2081 0.89773 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1499543 1 0.1118 0.90442 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1443419 2 0.0188 0.92976 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR657372 1 0.4985 0.28730 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR661409 4 0.0895 0.77203 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR1409721 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.1867 0.89792 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1392030 1 0.0188 0.91341 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453787 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.2647 0.74143 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR601359 1 0.2469 0.88640 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR663392 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.2647 0.74143 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR601157 1 0.2589 0.88280 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR615347 2 0.2281 0.82736 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.7856 0.39787 0.568 0.160 0.228 0.044
#> SRR1365356 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598068 3 0.1677 0.82207 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR810343 1 0.2647 0.88166 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1431991 1 0.1940 0.89691 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1312024 3 0.1211 0.84866 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1499699 1 0.2011 0.89593 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1397861 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.7798 -0.00484 0.364 0.000 0.388 0.248
#> SRR663368 1 0.0817 0.91334 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1354225 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.3813 0.77826 0.000 0.828 0.024 0.148
#> SRR1338901 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.2081 0.80949 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR656528 1 0.8717 -0.08910 0.404 0.044 0.236 0.316
#> SRR809503 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.1022 0.91156 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1350566 1 0.0469 0.91158 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614743 4 0.3080 0.74782 0.000 0.096 0.024 0.880
#> SRR1406307 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.1940 0.90075 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1343433 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.3311 0.77460 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1404384 3 0.4729 0.63394 0.012 0.224 0.752 0.012
#> SRR655495 3 0.4103 0.69832 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR812270 2 0.5952 0.59165 0.000 0.692 0.124 0.184
#> SRR821176 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.6325 0.58208 0.688 0.216 0.036 0.060
#> SRR1415274 1 0.2469 0.88700 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1491275 1 0.3908 0.71312 0.784 0.000 0.212 0.004
#> SRR659851 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.1118 0.91146 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1414471 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.1022 0.91147 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1456208 3 0.2647 0.77906 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1393428 2 0.6238 0.52529 0.000 0.652 0.112 0.236
#> SRR1327632 1 0.1940 0.89691 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR608120 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.5923 0.60349 0.684 0.100 0.216 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.2469 0.88777 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR656191 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658117 1 0.6586 0.34636 0.544 0.000 0.088 0.368
#> SRR1090770 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.3679 0.85664 0.856 0.000 0.060 0.084
#> SRR1398686 1 0.0921 0.90615 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR821207 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074694 3 0.2473 0.80455 0.000 0.080 0.908 0.012
#> SRR1413851 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.2081 0.89444 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1095792 3 0.2149 0.79150 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1476903 1 0.1474 0.90860 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1406502 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 1 0.6809 0.28109 0.532 0.000 0.108 0.360
#> SRR602951 4 0.0817 0.77277 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1402922 3 0.7432 0.21585 0.000 0.336 0.480 0.184
#> SRR1314071 1 0.7474 0.18292 0.500 0.000 0.280 0.220
#> SRR1374778 3 0.3907 0.72778 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1089926 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0188 0.77437 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2166006 3 0.5653 0.65875 0.096 0.000 0.712 0.192
#> SRR1341034 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368917 1 0.0188 0.91341 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457197 2 0.1940 0.85812 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1433311 3 0.0921 0.84643 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR656373 4 0.3486 0.60444 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1454265 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.1940 0.89691 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR661493 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.3444 0.76414 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1327349 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.0188 0.85604 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR601549 2 0.7951 0.17837 0.032 0.504 0.148 0.316
#> SRR658573 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381247 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.2843 0.88475 0.892 0.000 0.020 0.088
#> SRR1419593 1 0.1389 0.90765 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1434689 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.1940 0.89709 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1377967 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 1 0.4855 0.35434 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.3768 0.74958 0.008 0.808 0.000 0.184
#> SRR809043 4 0.3081 0.75259 0.000 0.064 0.048 0.888
#> SRR659578 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.4236 0.82208 0.824 0.000 0.088 0.088
#> SRR660079 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 4 0.3688 0.65140 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1340924 1 0.0336 0.91226 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1073267 3 0.4595 0.74636 0.000 0.040 0.776 0.184
#> SRR1418688 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.2742 0.75699 0.000 0.076 0.024 0.900
#> SRR1313789 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.2149 0.81352 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR601962 1 0.2589 0.88280 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR663795 4 0.3801 0.57170 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1418650 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.4679 0.70854 0.000 0.772 0.044 0.184
#> SRR661794 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.3266 0.77594 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR821148 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.3266 0.84302 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1475281 3 0.4595 0.67489 0.000 0.176 0.780 0.044
#> SRR1469477 3 0.0188 0.85675 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468184 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0707 0.91873 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1447325 4 0.0000 0.77492 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.2469 0.88640 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR658021 1 0.4781 0.51736 0.660 0.000 0.336 0.004
#> SRR1356308 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.2546 0.88962 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR1083031 2 0.0469 0.92360 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.1724 0.89943 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR603036 1 0.0336 0.91297 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR604342 4 0.0469 0.77456 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1365850 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.1867 0.89884 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1436515 1 0.2081 0.89444 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1367612 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.3400 0.76199 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1350936 1 0.2081 0.89444 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1351257 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.3486 0.76555 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1090815 1 0.2216 0.89198 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR657845 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.4431 0.65886 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1399457 2 0.1940 0.85931 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1073341 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR810805 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0707 0.91051 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR820186 1 0.1389 0.90897 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1388913 2 0.3172 0.78525 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1396270 3 0.0188 0.85675 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR613402 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.5517 0.64169 0.000 0.724 0.092 0.184
#> SRR613975 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.3444 0.76414 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1088044 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.2589 0.88280 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1392007 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.2198 0.86346 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR1445765 1 0.2149 0.89304 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR819867 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.1940 0.89809 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1085687 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597952 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1376497 3 0.0376 0.85555 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR813848 4 0.2281 0.72025 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1379471 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070960 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR615285 3 0.0927 0.84753 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1325353 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336113 2 0.3569 0.65378 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.1022 0.90167 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.5755 0.12297 0.000 0.444 0.028 0.528
#> SRR1388046 1 0.1637 0.90472 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR655076 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.5066 0.77916 0.768 0.000 0.112 0.120
#> SRR2166308 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.1211 0.91117 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR602978 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.3356 0.77123 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR663380 1 0.2610 0.88908 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1410469 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659259 4 0.2647 0.74143 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1421223 2 0.3356 0.76598 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1092567 3 0.3444 0.76414 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1472598 3 0.4679 0.38319 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1069279 2 0.1940 0.86348 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1351624 2 0.6362 0.52677 0.000 0.656 0.168 0.176
#> SRR1342938 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599346 1 0.3688 0.70247 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.2345 0.88798 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR601843 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.1211 0.90491 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1455104 1 0.1022 0.90499 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR598565 1 0.2647 0.88065 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1315188 3 0.3528 0.75893 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1409875 2 0.3569 0.74332 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1348270 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.2281 0.89250 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1451857 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0188 0.77497 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1095937 1 0.5632 0.68692 0.712 0.000 0.092 0.196
#> SRR1473295 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457972 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.2494 0.80307 0.048 0.036 0.916 0.000
#> SRR2164562 1 0.7476 0.19137 0.504 0.000 0.236 0.260
#> SRR665490 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.1022 0.90584 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR808886 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.2469 0.88640 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1457925 1 0.2081 0.89487 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1434910 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.4804 0.18175 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1323914 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0592 0.91298 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1309578 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.2216 0.89236 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1076753 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.5457 0.69658 0.000 0.088 0.728 0.184
#> SRR608064 1 0.2647 0.88166 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR608512 1 0.4375 0.74947 0.788 0.000 0.180 0.032
#> SRR2167551 3 0.4689 0.74322 0.036 0.004 0.776 0.184
#> SRR1394872 1 0.2081 0.89599 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1345669 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660438 3 0.4379 0.75719 0.036 0.000 0.792 0.172
#> SRR1310758 2 0.4542 0.74532 0.076 0.824 0.016 0.084
#> SRR601525 1 0.4431 0.53776 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR818749 1 0.2281 0.89126 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR604294 1 0.2011 0.89613 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1322494 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.2773 0.76440 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR1317001 1 0.1792 0.89977 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1311897 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.3080 0.72425 0.000 0.024 0.096 0.880
#> SRR1380163 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.2081 0.89444 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1341256 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0921 0.91173 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR613258 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 4 0.4761 0.40007 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1329068 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.3356 0.76598 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1099520 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 4 0.4661 0.36306 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1440625 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0188 0.91314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473443 2 0.5506 0.58974 0.016 0.692 0.024 0.268
#> SRR1498438 3 0.3444 0.76414 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1394655 4 0.2081 0.74125 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1322437 4 0.4996 -0.00956 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR660236 4 0.0921 0.76867 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1466338 3 0.4938 0.74221 0.000 0.080 0.772 0.148
#> SRR604148 1 0.1211 0.90493 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1334939 2 0.0188 0.92966 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1349497 1 0.1022 0.90499 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1360523 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.3444 0.75639 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1339366 1 0.4855 0.36425 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 2 0.4888 0.31989 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1469102 1 0.1557 0.90431 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1440584 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.3486 0.81929 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR603268 2 0.3356 0.76598 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1486044 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.4948 0.25827 0.560 0.440 0.000 0.000
#> SRR665646 1 0.1867 0.90119 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1404931 4 0.1042 0.77619 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR1431552 4 0.1474 0.76082 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1479085 1 0.4250 0.66527 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1322711 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.1637 0.88633 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1332713 4 0.4193 0.57247 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1070863 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0592 0.91132 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1414356 1 0.1302 0.90409 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR599122 3 0.0000 0.85772 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0336 0.92709 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR613018 4 0.1520 0.77718 0.000 0.024 0.020 0.956
#> SRR1456591 1 0.1118 0.91058 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1368710 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.1118 0.90442 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1319283 1 0.2480 0.89086 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR1349518 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.1118 0.90442 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1455436 2 0.3583 0.68354 0.180 0.816 0.000 0.004
#> SRR658009 1 0.0469 0.91331 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1331383 4 0.2647 0.74143 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1394894 3 0.1557 0.84282 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR659133 4 0.0000 0.77492 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 2 0.6926 -0.06179 0.000 0.460 0.432 0.108
#> SRR657821 1 0.0469 0.91241 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1379279 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663149 3 0.6346 0.55316 0.152 0.000 0.656 0.192
#> SRR1413032 3 0.4508 0.74911 0.000 0.036 0.780 0.184
#> SRR1377557 1 0.0000 0.91353 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.93260 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.3219 0.71506 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR657101 1 0.3402 0.82302 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1350588 3 0.0188 0.85653 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1368486 1 0.2081 0.89444 0.916 0.000 0.000 0.084
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.0798 0.89093 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1499543 1 0.0579 0.89282 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1443419 2 0.0290 0.95461 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR657372 1 0.4533 0.21820 0.544 0.000 0.000 0.448 0.008
#> SRR661409 4 0.3934 0.56589 0.008 0.000 0.000 0.716 0.276
#> SRR1409721 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1391678 5 0.2852 0.85727 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1392030 1 0.0000 0.89260 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 5 0.3143 0.84766 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR654969 5 0.3143 0.84766 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1435113 4 0.0290 0.87805 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR601359 1 0.0404 0.89258 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR663392 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0290 0.87805 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR601157 1 0.0898 0.89018 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR615347 2 0.3323 0.81395 0.056 0.844 0.000 0.000 0.100
#> SRR1329464 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1357344 5 0.1934 0.85369 0.040 0.020 0.008 0.000 0.932
#> SRR1365356 3 0.0162 0.90831 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR598068 3 0.1116 0.88660 0.028 0.000 0.964 0.004 0.004
#> SRR810343 1 0.2233 0.84462 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR1431991 5 0.3366 0.83179 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1312024 3 0.0162 0.90876 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499699 5 0.1043 0.85609 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1397861 1 0.1043 0.89088 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1479663 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR603726 3 0.6972 0.05609 0.360 0.000 0.404 0.224 0.012
#> SRR663368 1 0.0290 0.89326 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354225 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1089809 2 0.1597 0.93101 0.000 0.948 0.008 0.024 0.020
#> SRR1338901 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.2127 0.82703 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR656528 5 0.2535 0.79355 0.000 0.032 0.032 0.028 0.908
#> SRR809503 5 0.3109 0.84954 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR659923 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1498226 1 0.1478 0.88016 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1319858 5 0.1851 0.86844 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1350566 1 0.0290 0.89316 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR614743 4 0.0290 0.87867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1406307 5 0.3424 0.83119 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1348318 1 0.0451 0.89270 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1343433 1 0.0000 0.89260 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0703 0.90230 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1404384 5 0.4822 0.46363 0.004 0.028 0.332 0.000 0.636
#> SRR655495 3 0.2124 0.87211 0.000 0.000 0.916 0.028 0.056
#> SRR812270 2 0.2722 0.89121 0.000 0.896 0.056 0.028 0.020
#> SRR821176 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR814919 1 0.4438 0.61810 0.732 0.228 0.032 0.008 0.000
#> SRR1415274 1 0.0992 0.89016 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1491275 5 0.1638 0.86532 0.064 0.000 0.004 0.000 0.932
#> SRR659851 1 0.1544 0.87133 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1337364 1 0.1792 0.86587 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1414471 1 0.0290 0.89326 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471862 1 0.0404 0.89319 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1456208 3 0.2100 0.87112 0.016 0.000 0.924 0.012 0.048
#> SRR1393428 2 0.2333 0.90812 0.000 0.916 0.040 0.028 0.016
#> SRR1327632 1 0.0609 0.89383 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR608120 5 0.3143 0.84766 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR607679 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1359529 1 0.4587 0.68462 0.744 0.096 0.160 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0992 0.89038 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR656191 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1419211 1 0.2280 0.83957 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR658117 5 0.5799 0.51791 0.300 0.000 0.032 0.056 0.612
#> SRR1090770 1 0.0609 0.89368 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR657420 5 0.3044 0.85943 0.148 0.000 0.004 0.008 0.840
#> SRR1398686 1 0.0566 0.89404 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR821207 5 0.2732 0.86421 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1074694 3 0.3353 0.68603 0.000 0.196 0.796 0.008 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1361050 5 0.1410 0.86419 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1095792 3 0.0880 0.89001 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.2280 0.83675 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1406502 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607502 5 0.3076 0.80443 0.028 0.000 0.040 0.052 0.880
#> SRR602951 4 0.0290 0.87867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1402922 2 0.4948 0.15366 0.000 0.536 0.436 0.028 0.000
#> SRR1314071 1 0.4938 0.51575 0.648 0.000 0.308 0.040 0.004
#> SRR1374778 3 0.1300 0.89638 0.000 0.000 0.956 0.028 0.016
#> SRR1089926 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0451 0.87609 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR2166006 3 0.5208 0.62162 0.180 0.000 0.720 0.032 0.068
#> SRR1341034 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 5 0.1908 0.86852 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1368917 1 0.0609 0.89368 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1457197 2 0.1043 0.93762 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1433311 3 0.0451 0.90536 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR656373 4 0.1557 0.84527 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR1454265 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1454498 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661711 5 0.4256 0.45772 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR661493 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1356120 1 0.1732 0.87401 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1381414 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0794 0.90024 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656035 5 0.3636 0.79333 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2165896 3 0.1478 0.86841 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR601549 5 0.2751 0.79384 0.004 0.020 0.044 0.032 0.900
#> SRR658573 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381247 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1487728 5 0.1168 0.85114 0.032 0.000 0.008 0.000 0.960
#> SRR1419593 5 0.2329 0.86203 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1434689 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 5 0.2329 0.87003 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1377967 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR662510 5 0.4096 0.68209 0.040 0.200 0.000 0.000 0.760
#> SRR1370151 2 0.3076 0.88798 0.040 0.880 0.000 0.028 0.052
#> SRR809043 4 0.1857 0.82996 0.000 0.060 0.008 0.928 0.004
#> SRR659578 1 0.1851 0.86044 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1339413 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 5 0.1648 0.85631 0.040 0.000 0.020 0.000 0.940
#> SRR660079 1 0.1544 0.87133 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1465153 4 0.3109 0.66966 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1340924 1 0.0162 0.89323 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073267 3 0.1893 0.88684 0.000 0.024 0.936 0.028 0.012
#> SRR1418688 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.2179 0.83505 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1323936 4 0.0290 0.87867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.1809 0.87095 0.000 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR601962 1 0.2304 0.84560 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR663795 4 0.4238 0.33239 0.368 0.000 0.000 0.628 0.004
#> SRR1418650 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.1954 0.92127 0.000 0.932 0.032 0.028 0.008
#> SRR661794 1 0.0794 0.89229 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1339508 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0609 0.90359 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1333550 2 0.0703 0.94560 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR821148 5 0.3143 0.84766 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR808658 1 0.4268 -0.00521 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR598100 1 0.2727 0.82355 0.868 0.000 0.000 0.116 0.016
#> SRR1475281 3 0.5092 0.50991 0.000 0.288 0.656 0.008 0.048
#> SRR1469477 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR816892 2 0.0510 0.95070 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1447325 4 0.0000 0.87879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.2077 0.86506 0.908 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR658021 5 0.2278 0.86188 0.060 0.000 0.032 0.000 0.908
#> SRR1356308 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 5 0.2068 0.84857 0.092 0.000 0.004 0.000 0.904
#> SRR1083031 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598364 1 0.1731 0.87608 0.940 0.000 0.040 0.008 0.012
#> SRR603036 1 0.2280 0.83957 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR604342 4 0.0162 0.87807 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1365850 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.2230 0.83882 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1436515 5 0.1908 0.86401 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1367612 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0290 0.89326 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446606 2 0.1341 0.92667 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1350936 5 0.1121 0.85585 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1351257 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0955 0.89981 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1090815 5 0.1197 0.85526 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR657845 1 0.4294 -0.13431 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1408633 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.4046 0.58535 0.696 0.000 0.000 0.296 0.008
#> SRR1399457 2 0.1851 0.89221 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1073341 5 0.2424 0.86460 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR810805 1 0.1341 0.87621 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1309657 1 0.0290 0.89326 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR820186 1 0.2891 0.80369 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1388913 2 0.0703 0.94555 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1396270 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR614912 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 2 0.1750 0.92240 0.000 0.936 0.036 0.028 0.000
#> SRR613975 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1441631 3 0.3146 0.80425 0.000 0.000 0.844 0.028 0.128
#> SRR1088044 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0771 0.89415 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1392007 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2166524 2 0.1485 0.93531 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1445765 5 0.1410 0.86419 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR819867 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 5 0.2471 0.86970 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1085687 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 5 0.3684 0.68179 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1376497 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0290 0.87867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1379471 1 0.2280 0.84188 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1070960 5 0.4305 0.20925 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR615285 3 0.1121 0.88702 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1325353 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1470682 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0290 0.89360 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397649 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 5 0.3305 0.83488 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1336113 2 0.4150 0.65303 0.216 0.748 0.000 0.000 0.036
#> SRR1396570 2 0.3210 0.70498 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1327366 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1317218 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0794 0.89229 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1469791 2 0.5028 0.21337 0.000 0.552 0.008 0.420 0.020
#> SRR1388046 5 0.1270 0.85868 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR655076 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 5 0.3305 0.83804 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR599412 1 0.4677 0.73975 0.756 0.000 0.104 0.008 0.132
#> SRR2166308 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 5 0.3586 0.72878 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR602978 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0794 0.90024 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR663380 5 0.1043 0.85609 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1410469 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659259 4 0.0290 0.87805 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1421223 2 0.1399 0.93274 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1092567 3 0.0794 0.90024 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1472598 3 0.4171 0.36412 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR1069279 2 0.2423 0.87574 0.000 0.896 0.080 0.000 0.024
#> SRR1351624 2 0.3795 0.72253 0.000 0.780 0.192 0.028 0.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599346 1 0.3366 0.67376 0.784 0.212 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359045 1 0.2300 0.87281 0.908 0.000 0.000 0.052 0.040
#> SRR601843 1 0.1544 0.87133 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1318898 1 0.0451 0.89171 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1455104 1 0.0451 0.89171 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR598565 1 0.0807 0.89053 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1315188 3 0.0963 0.89789 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1409875 2 0.1872 0.91613 0.000 0.928 0.000 0.052 0.020
#> SRR1348270 2 0.1544 0.92427 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR602389 1 0.0510 0.89245 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1451857 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 5 0.3274 0.84149 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR615491 4 0.0000 0.87879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095937 5 0.1571 0.86417 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1473295 5 0.2773 0.83731 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1457972 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.1026 0.89104 0.024 0.004 0.968 0.000 0.004
#> SRR2164562 5 0.2054 0.80052 0.000 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR665490 5 0.3074 0.84934 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1434182 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0451 0.89171 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR808886 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0898 0.89018 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1457925 5 0.3424 0.82436 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1434910 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.4909 0.20748 0.000 0.000 0.412 0.560 0.028
#> SRR1323914 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0510 0.89394 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1309578 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.2280 0.85072 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1076753 1 0.0794 0.89229 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1327410 3 0.1668 0.88515 0.000 0.032 0.940 0.028 0.000
#> SRR608064 1 0.2389 0.83658 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR608512 1 0.3643 0.70924 0.776 0.000 0.212 0.008 0.004
#> SRR2167551 5 0.3807 0.70958 0.000 0.004 0.176 0.028 0.792
#> SRR1394872 1 0.0703 0.89382 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1345669 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1367588 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660438 5 0.1544 0.81385 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1310758 5 0.1197 0.81151 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR601525 1 0.3837 0.53072 0.692 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR818749 1 0.1043 0.88592 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR604294 1 0.0794 0.89395 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1322494 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1377949 3 0.4946 0.64368 0.000 0.168 0.712 0.000 0.120
#> SRR1317001 5 0.3395 0.82872 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1311897 1 0.0510 0.89286 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1308715 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0290 0.87867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1380163 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1480611 1 0.1965 0.85059 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR603834 5 0.1043 0.85609 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1341256 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR613795 5 0.3109 0.84954 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR659744 2 0.0510 0.95071 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1479549 5 0.2377 0.86915 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR613258 1 0.0324 0.89329 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1088808 4 0.3906 0.53048 0.292 0.000 0.000 0.704 0.004
#> SRR1329068 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1480565 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.1750 0.93395 0.000 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1099520 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR603942 4 0.3913 0.45239 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1440625 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391700 5 0.3452 0.82529 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR657360 5 0.1544 0.86566 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1473443 2 0.4073 0.69760 0.000 0.752 0.000 0.032 0.216
#> SRR1498438 3 0.1082 0.89802 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1394655 4 0.0000 0.87879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.4304 -0.01864 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR660236 4 0.0290 0.87780 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466338 3 0.2180 0.87838 0.000 0.032 0.924 0.024 0.020
#> SRR604148 1 0.4517 -0.00151 0.556 0.000 0.000 0.008 0.436
#> SRR1334939 2 0.0451 0.95285 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1349497 1 0.0162 0.89325 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360523 1 0.0404 0.89318 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446114 2 0.1399 0.93274 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1339366 1 0.4657 0.50098 0.668 0.296 0.000 0.000 0.036
#> SRR656469 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389868 5 0.3395 0.83149 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1390265 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1364935 2 0.3876 0.55230 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1469102 5 0.3003 0.85154 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1440584 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1352575 5 0.3074 0.84934 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR613711 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.2773 0.77656 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1316174 1 0.3061 0.79390 0.844 0.000 0.000 0.136 0.020
#> SRR603268 2 0.1399 0.93274 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1486044 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1441483 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1074189 1 0.4262 0.26963 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> SRR665646 5 0.1892 0.86761 0.080 0.000 0.000 0.004 0.916
#> SRR1404931 4 0.0290 0.87867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1431552 4 0.0290 0.87867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1479085 5 0.1502 0.85674 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940
#> SRR1322711 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0404 0.95224 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1332713 4 0.0794 0.85923 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1070863 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR659947 1 0.1043 0.88525 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1414356 1 0.0693 0.89311 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR599122 3 0.0000 0.90949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR613018 4 0.0898 0.87035 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020
#> SRR1456591 5 0.2020 0.86842 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1368710 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.89260 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 5 0.4173 0.58857 0.300 0.012 0.000 0.000 0.688
#> SRR1349518 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 5 0.3424 0.83146 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR655277 1 0.2389 0.82059 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR1455436 2 0.1648 0.92061 0.040 0.940 0.000 0.000 0.020
#> SRR658009 1 0.4302 -0.03471 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1331383 4 0.0290 0.87805 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1394894 3 0.0609 0.90397 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR659133 4 0.0290 0.87780 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR660212 3 0.6306 0.29801 0.000 0.364 0.508 0.012 0.116
#> SRR657821 5 0.2471 0.85392 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1379279 2 0.0000 0.95699 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663149 3 0.4731 0.44552 0.328 0.000 0.640 0.032 0.000
#> SRR1413032 3 0.1461 0.89561 0.000 0.016 0.952 0.028 0.004
#> SRR1377557 1 0.0609 0.89213 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1335296 2 0.0963 0.94654 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1407273 2 0.1197 0.91990 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR657101 5 0.1043 0.85609 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1350588 3 0.0162 0.90831 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368486 5 0.1043 0.85609 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.4524 0.41051 0.616 0.000 0.000 0.000 0.336 0.048
#> SRR1499543 1 0.2744 0.72470 0.864 0.000 0.000 0.000 0.072 0.064
#> SRR1443419 2 0.1462 0.79909 0.000 0.936 0.008 0.000 0.056 0.000
#> SRR657372 1 0.6485 0.11518 0.440 0.000 0.000 0.144 0.364 0.052
#> SRR661409 4 0.3482 0.43768 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1409721 2 0.3747 0.49485 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1391678 6 0.0937 0.84771 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1392030 1 0.0713 0.75852 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1453787 6 0.2378 0.83447 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR654969 6 0.2340 0.83554 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1435113 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601359 1 0.3863 0.54673 0.712 0.000 0.000 0.000 0.260 0.028
#> SRR663392 2 0.1327 0.79435 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601157 1 0.5379 0.29998 0.516 0.000 0.000 0.000 0.364 0.120
#> SRR615347 2 0.3991 0.65055 0.016 0.744 0.000 0.000 0.212 0.028
#> SRR1329464 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357344 6 0.2234 0.81752 0.004 0.000 0.000 0.000 0.124 0.872
#> SRR1365356 3 0.0508 0.88137 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR598068 3 0.1578 0.85643 0.012 0.000 0.936 0.000 0.048 0.004
#> SRR810343 1 0.3575 0.68182 0.796 0.000 0.000 0.000 0.076 0.128
#> SRR1431991 6 0.1910 0.84149 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1312024 3 0.0146 0.88534 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1499699 6 0.0622 0.84657 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR1397861 1 0.0458 0.76105 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1479663 2 0.1204 0.80081 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1475483 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603726 5 0.7856 -0.03613 0.320 0.000 0.144 0.132 0.364 0.040
#> SRR663368 1 0.0260 0.76153 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354225 2 0.3765 0.49344 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1089809 2 0.0820 0.80507 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000 0.000
#> SRR1338901 2 0.2416 0.71934 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR598645 3 0.2001 0.84932 0.000 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR656528 6 0.2338 0.80991 0.000 0.016 0.068 0.004 0.012 0.900
#> SRR809503 6 0.2442 0.83750 0.144 0.000 0.000 0.000 0.004 0.852
#> SRR659923 2 0.3647 0.54749 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1498226 1 0.0458 0.76101 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1319858 6 0.1863 0.84557 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1350566 1 0.1714 0.73725 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR614743 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406307 6 0.2697 0.82016 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1348318 1 0.3555 0.64586 0.780 0.000 0.000 0.000 0.176 0.044
#> SRR1343433 1 0.0363 0.76078 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1342088 3 0.0458 0.88192 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1404384 6 0.4344 0.45919 0.000 0.000 0.356 0.000 0.032 0.612
#> SRR655495 3 0.3232 0.78257 0.000 0.000 0.824 0.016 0.140 0.020
#> SRR812270 2 0.2455 0.76046 0.000 0.888 0.080 0.016 0.016 0.000
#> SRR821176 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR807799 2 0.3804 0.47702 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR814919 1 0.5699 0.40073 0.652 0.172 0.032 0.016 0.128 0.000
#> SRR1415274 1 0.3845 0.64585 0.768 0.000 0.000 0.004 0.172 0.056
#> SRR1491275 6 0.2632 0.79903 0.004 0.000 0.000 0.000 0.164 0.832
#> SRR659851 1 0.1204 0.74559 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1337364 1 0.1387 0.75566 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1414471 1 0.0146 0.76042 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471862 1 0.1765 0.73558 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1456208 3 0.5641 0.32231 0.008 0.000 0.504 0.000 0.364 0.124
#> SRR1393428 2 0.3459 0.73801 0.000 0.844 0.068 0.016 0.056 0.016
#> SRR1327632 1 0.1204 0.75649 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR608120 6 0.2340 0.83554 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR607679 2 0.3765 0.49344 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1359529 1 0.5096 0.43130 0.688 0.076 0.188 0.000 0.048 0.000
#> SRR1330305 2 0.1141 0.80199 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1436042 1 0.4751 0.46247 0.624 0.000 0.000 0.000 0.300 0.076
#> SRR656191 2 0.3765 0.49344 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1419211 1 0.0790 0.75916 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR658117 6 0.8122 -0.17328 0.304 0.000 0.068 0.108 0.172 0.348
#> SRR1090770 1 0.1663 0.74051 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR657420 6 0.2573 0.78096 0.024 0.000 0.000 0.000 0.112 0.864
#> SRR1398686 1 0.2384 0.73551 0.888 0.000 0.000 0.000 0.048 0.064
#> SRR821207 6 0.2219 0.83957 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1074694 3 0.2969 0.64871 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0260 0.81137 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1319924 2 0.3828 0.45908 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR1361050 6 0.0146 0.84313 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1095792 3 0.1908 0.83709 0.000 0.056 0.916 0.000 0.028 0.000
#> SRR1476903 1 0.1757 0.74605 0.916 0.000 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1406502 2 0.1444 0.78904 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR607502 6 0.2656 0.79457 0.004 0.000 0.060 0.044 0.008 0.884
#> SRR602951 4 0.0632 0.83201 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1402922 2 0.6061 0.28147 0.000 0.508 0.280 0.016 0.196 0.000
#> SRR1314071 1 0.5979 0.08399 0.440 0.000 0.148 0.004 0.400 0.008
#> SRR1374778 3 0.2404 0.82286 0.000 0.000 0.884 0.000 0.036 0.080
#> SRR1089926 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487465 4 0.4155 0.50900 0.000 0.000 0.000 0.616 0.364 0.020
#> SRR2166006 3 0.6752 0.42011 0.152 0.000 0.556 0.016 0.184 0.092
#> SRR1341034 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 6 0.1765 0.84655 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1368917 1 0.1765 0.73757 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1457197 2 0.2653 0.72066 0.000 0.844 0.000 0.000 0.144 0.012
#> SRR1433311 3 0.3699 0.54405 0.000 0.000 0.660 0.000 0.336 0.004
#> SRR656373 4 0.4315 0.50226 0.008 0.000 0.000 0.612 0.364 0.016
#> SRR1454265 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1454498 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 6 0.3765 0.41001 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR661493 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356120 1 0.1267 0.74793 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1381414 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1350263 3 0.0458 0.88192 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656035 6 0.3050 0.76194 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR2165896 3 0.2985 0.78675 0.000 0.000 0.844 0.000 0.056 0.100
#> SRR601549 6 0.4467 0.70274 0.000 0.000 0.056 0.016 0.216 0.712
#> SRR658573 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1393470 2 0.0713 0.80479 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1381247 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487728 6 0.0291 0.84378 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR1419593 6 0.1267 0.83871 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1434689 2 0.0363 0.81131 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1349540 6 0.1957 0.84579 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1377967 2 0.3747 0.49485 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR662510 6 0.4206 0.70286 0.004 0.060 0.000 0.000 0.212 0.724
#> SRR1370151 2 0.4486 0.51459 0.012 0.576 0.000 0.016 0.396 0.000
#> SRR809043 4 0.1668 0.77587 0.000 0.060 0.004 0.928 0.000 0.008
#> SRR659578 1 0.3445 0.62383 0.796 0.000 0.000 0.000 0.156 0.048
#> SRR1339413 2 0.1204 0.80081 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1434760 6 0.0146 0.84204 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR660079 1 0.1204 0.74559 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1465153 4 0.2793 0.57984 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.76018 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.1448 0.87024 0.000 0.012 0.948 0.016 0.024 0.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.1863 0.71306 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1323936 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.1204 0.80081 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR614275 3 0.2719 0.82181 0.000 0.000 0.876 0.040 0.072 0.012
#> SRR601962 1 0.4856 0.35141 0.572 0.000 0.000 0.000 0.360 0.068
#> SRR663795 1 0.6314 -0.05749 0.360 0.000 0.000 0.284 0.348 0.008
#> SRR1418650 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.3720 0.67985 0.000 0.768 0.020 0.016 0.196 0.000
#> SRR661794 1 0.1327 0.74747 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1339508 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.0458 0.80806 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR821148 6 0.2340 0.83554 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR808658 6 0.5681 0.06226 0.416 0.000 0.000 0.000 0.156 0.428
#> SRR598100 1 0.5788 0.25282 0.516 0.000 0.000 0.084 0.364 0.036
#> SRR1475281 3 0.5801 0.34467 0.000 0.312 0.504 0.000 0.180 0.004
#> SRR1469477 3 0.0146 0.88536 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.3765 0.49344 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR816892 2 0.0858 0.80383 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1447325 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.3384 0.68951 0.812 0.000 0.000 0.000 0.120 0.068
#> SRR658021 6 0.2053 0.80738 0.004 0.000 0.108 0.000 0.000 0.888
#> SRR1356308 2 0.0363 0.81131 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1443695 6 0.1410 0.83334 0.044 0.000 0.004 0.000 0.008 0.944
#> SRR1083031 2 0.1713 0.79259 0.000 0.928 0.028 0.000 0.044 0.000
#> SRR1466177 2 0.1204 0.80081 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0790 0.87570 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR598364 1 0.5568 0.30738 0.524 0.000 0.016 0.000 0.364 0.096
#> SRR603036 1 0.0790 0.75916 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR604342 4 0.1152 0.81861 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1365850 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.2793 0.66958 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1436515 6 0.1327 0.84956 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1367612 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0146 0.76042 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446606 2 0.3104 0.69204 0.000 0.800 0.000 0.016 0.184 0.000
#> SRR1350936 6 0.0260 0.84218 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1351257 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0508 0.88316 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1090815 6 0.0520 0.84079 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984
#> SRR657845 1 0.3857 -0.03693 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1408633 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.6065 0.15057 0.464 0.000 0.000 0.164 0.356 0.016
#> SRR1399457 2 0.3062 0.70632 0.000 0.816 0.000 0.000 0.160 0.024
#> SRR1073341 6 0.2416 0.83005 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR810805 1 0.1141 0.74962 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1309657 1 0.0146 0.76042 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820186 1 0.2871 0.69174 0.804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.192
#> SRR1388913 2 0.1074 0.80102 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028 0.000
#> SRR1396270 3 0.0260 0.88447 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR613402 2 0.3765 0.49344 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR614912 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1478410 2 0.1838 0.77475 0.000 0.916 0.068 0.016 0.000 0.000
#> SRR613975 2 0.3221 0.66238 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1441631 3 0.3606 0.74825 0.000 0.000 0.788 0.016 0.172 0.024
#> SRR1088044 2 0.2416 0.71934 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1082909 1 0.1471 0.75200 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1392007 2 0.3747 0.49485 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR2166524 5 0.4709 -0.38730 0.000 0.412 0.048 0.000 0.540 0.000
#> SRR1445765 6 0.0291 0.84277 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR819867 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1339675 6 0.1663 0.84612 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1085687 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR597952 6 0.5325 0.48999 0.260 0.000 0.000 0.000 0.156 0.584
#> SRR1376497 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.1007 0.75715 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1070960 1 0.3862 -0.01901 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR615285 3 0.0820 0.88031 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1325353 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1470682 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR615886 1 0.0260 0.76131 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397649 2 0.0547 0.81044 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR819690 6 0.2762 0.80379 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1336113 2 0.4067 0.44991 0.008 0.548 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1396570 2 0.5067 0.44165 0.000 0.636 0.000 0.000 0.184 0.180
#> SRR1327366 2 0.3747 0.49485 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1317218 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1352001 1 0.1444 0.74276 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1469791 2 0.4403 0.23579 0.000 0.564 0.000 0.408 0.028 0.000
#> SRR1388046 6 0.2006 0.82233 0.004 0.000 0.000 0.000 0.104 0.892
#> SRR655076 2 0.2762 0.70629 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 6 0.2597 0.82063 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR599412 5 0.4532 -0.30805 0.468 0.000 0.000 0.000 0.500 0.032
#> SRR2166308 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655696 6 0.3555 0.63953 0.280 0.000 0.000 0.000 0.008 0.712
#> SRR602978 2 0.0713 0.80869 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1323850 2 0.0260 0.81029 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1365512 3 0.0508 0.88338 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR663380 6 0.0146 0.84313 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1410469 3 0.0260 0.88441 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR659259 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421223 2 0.1168 0.79926 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028 0.000
#> SRR1092567 3 0.0458 0.88192 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1472598 3 0.3789 0.27225 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069279 2 0.2948 0.73622 0.000 0.848 0.060 0.000 0.092 0.000
#> SRR1351624 2 0.3755 0.64264 0.000 0.780 0.172 0.016 0.032 0.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599346 1 0.3529 0.46061 0.764 0.208 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1359045 1 0.2066 0.74400 0.908 0.000 0.000 0.052 0.000 0.040
#> SRR601843 1 0.1204 0.74559 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1318898 1 0.4506 0.39887 0.608 0.000 0.000 0.000 0.348 0.044
#> SRR1455104 1 0.4052 0.40830 0.628 0.000 0.000 0.000 0.356 0.016
#> SRR598565 1 0.4902 0.35131 0.572 0.000 0.000 0.004 0.364 0.060
#> SRR1315188 3 0.0713 0.87824 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1409875 2 0.1844 0.78935 0.000 0.928 0.016 0.040 0.016 0.000
#> SRR1348270 2 0.3833 0.45592 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR602389 1 0.1814 0.73305 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1451857 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1436629 2 0.0146 0.81154 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1349144 6 0.2562 0.82765 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR615491 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095937 6 0.1908 0.82573 0.004 0.000 0.000 0.000 0.096 0.900
#> SRR1473295 6 0.3023 0.72796 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1457972 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1475430 3 0.1644 0.85589 0.012 0.000 0.932 0.000 0.052 0.004
#> SRR2164562 6 0.3347 0.78697 0.000 0.000 0.068 0.004 0.104 0.824
#> SRR665490 6 0.1610 0.84732 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1434182 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.3756 0.42275 0.644 0.000 0.000 0.000 0.352 0.004
#> SRR808886 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.5045 0.33976 0.552 0.000 0.000 0.000 0.364 0.084
#> SRR1457925 6 0.2070 0.82298 0.100 0.000 0.000 0.000 0.008 0.892
#> SRR1434910 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.4218 0.14969 0.000 0.000 0.428 0.556 0.000 0.016
#> SRR1323914 2 0.1204 0.80081 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1323065 1 0.0713 0.76017 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1309578 2 0.0458 0.81119 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1500908 1 0.2593 0.71400 0.844 0.000 0.000 0.000 0.008 0.148
#> SRR1076753 1 0.1444 0.74276 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1327410 3 0.2358 0.83276 0.000 0.056 0.900 0.016 0.028 0.000
#> SRR608064 1 0.2402 0.73638 0.888 0.000 0.000 0.008 0.020 0.084
#> SRR608512 1 0.5818 0.18976 0.488 0.000 0.136 0.000 0.364 0.012
#> SRR2167551 6 0.4838 0.69140 0.000 0.004 0.080 0.016 0.204 0.696
#> SRR1394872 1 0.1967 0.74148 0.904 0.000 0.000 0.000 0.012 0.084
#> SRR1345669 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367588 3 0.0790 0.87570 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660438 6 0.2482 0.79691 0.000 0.000 0.004 0.000 0.148 0.848
#> SRR1310758 6 0.2595 0.78980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.160 0.836
#> SRR601525 1 0.5747 -0.09289 0.500 0.300 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR818749 1 0.1524 0.75018 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR604294 1 0.1245 0.76155 0.952 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1322494 2 0.3747 0.49485 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1377949 3 0.6034 0.42413 0.000 0.252 0.540 0.000 0.184 0.024
#> SRR1317001 6 0.2048 0.83692 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1311897 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1308715 2 0.1204 0.80081 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.3747 0.49485 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1480611 1 0.1610 0.72878 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR603834 6 0.0458 0.84773 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1341256 2 0.3838 0.45186 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR613795 6 0.2178 0.84269 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR659744 2 0.2664 0.70281 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1479549 6 0.1387 0.84978 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR613258 1 0.0363 0.75994 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1088808 4 0.6182 -0.05494 0.260 0.000 0.000 0.380 0.356 0.004
#> SRR1329068 2 0.3765 0.49344 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1480565 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1337137 2 0.4168 0.47908 0.000 0.584 0.000 0.016 0.400 0.000
#> SRR1099520 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603942 4 0.4135 0.31965 0.300 0.000 0.000 0.668 0.032 0.000
#> SRR1440625 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391700 6 0.2178 0.83479 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR657360 6 0.1204 0.84972 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1473443 2 0.4117 0.64191 0.000 0.752 0.000 0.016 0.184 0.048
#> SRR1498438 3 0.0458 0.88192 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.0458 0.83461 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1322437 4 0.3864 -0.10687 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR660236 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.3107 0.78956 0.000 0.052 0.832 0.000 0.116 0.000
#> SRR604148 5 0.6089 -0.02957 0.276 0.000 0.000 0.000 0.364 0.360
#> SRR1334939 2 0.2883 0.69643 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1349497 1 0.1564 0.75688 0.936 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040
#> SRR1360523 1 0.0260 0.76160 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446114 2 0.1168 0.79926 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028 0.000
#> SRR1339366 5 0.6004 0.08894 0.284 0.280 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR656469 3 0.0790 0.87570 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1389868 6 0.2048 0.84046 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1390265 2 0.3797 0.47968 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1364935 2 0.3929 0.54948 0.000 0.700 0.000 0.272 0.028 0.000
#> SRR1469102 6 0.1075 0.84991 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1440584 2 0.0260 0.81029 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1459697 2 0.3765 0.49344 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1352575 6 0.1610 0.84732 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR613711 2 0.0363 0.81131 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR614023 1 0.2941 0.62558 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1316174 1 0.6070 0.24734 0.492 0.000 0.000 0.048 0.364 0.096
#> SRR603268 2 0.3104 0.69204 0.000 0.800 0.000 0.016 0.184 0.000
#> SRR1486044 2 0.3747 0.49485 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1441483 2 0.3838 0.45282 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1074189 1 0.4488 -0.00856 0.548 0.420 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR665646 6 0.1838 0.84284 0.068 0.000 0.000 0.000 0.016 0.916
#> SRR1404931 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479085 6 0.2165 0.81911 0.008 0.000 0.000 0.000 0.108 0.884
#> SRR1322711 2 0.0458 0.81099 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1404988 2 0.0260 0.81132 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1419848 2 0.2664 0.70281 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1332713 4 0.0458 0.83461 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1070863 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659947 1 0.1151 0.75474 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR1414356 1 0.3259 0.61583 0.772 0.000 0.000 0.000 0.216 0.012
#> SRR599122 3 0.0000 0.88574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.3828 0.45908 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR613018 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456591 6 0.1714 0.84671 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1368710 2 0.1141 0.80227 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1397885 1 0.0146 0.76078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319283 6 0.4810 0.38244 0.340 0.012 0.000 0.000 0.044 0.604
#> SRR1349518 2 0.0000 0.81102 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 6 0.2697 0.82191 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR655277 1 0.5471 0.24143 0.524 0.000 0.000 0.000 0.336 0.140
#> SRR1455436 2 0.1334 0.79601 0.020 0.948 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR658009 1 0.3868 0.10871 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1331383 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.0146 0.88532 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR659133 4 0.0000 0.84330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660212 3 0.6526 0.29831 0.000 0.260 0.504 0.004 0.188 0.044
#> SRR657821 6 0.2340 0.79648 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1379279 2 0.2527 0.71808 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR663149 3 0.6080 0.16725 0.308 0.000 0.492 0.016 0.184 0.000
#> SRR1413032 3 0.2238 0.85121 0.000 0.008 0.904 0.016 0.068 0.004
#> SRR1377557 1 0.0260 0.76044 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335296 2 0.3833 0.45592 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1407273 2 0.1930 0.78952 0.028 0.924 0.012 0.000 0.036 0.000
#> SRR657101 6 0.2482 0.79982 0.004 0.000 0.000 0.000 0.148 0.848
#> SRR1350588 3 0.1082 0.86675 0.000 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1368486 6 0.0146 0.84313 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.959 0.951 0.979 0.4823 0.516 0.516
#> 3 3 0.859 0.899 0.957 0.3594 0.769 0.575
#> 4 4 0.645 0.649 0.775 0.0921 0.890 0.708
#> 5 5 0.662 0.661 0.798 0.0833 0.843 0.528
#> 6 6 0.731 0.700 0.832 -0.0155 0.842 0.491
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR661409 2 0.9881 0.209 0.436 0.564
#> SRR1409721 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1365356 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR598068 2 0.7219 0.747 0.200 0.800
#> SRR810343 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1499699 1 0.9732 0.341 0.596 0.404
#> SRR1397861 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR598645 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR656528 2 0.6712 0.786 0.176 0.824
#> SRR809503 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1404384 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR655495 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR814919 2 0.3431 0.928 0.064 0.936
#> SRR1415274 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1491275 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR659851 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1456208 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1393428 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1359529 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1330305 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR658117 2 0.2043 0.961 0.032 0.968
#> SRR1090770 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1413851 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1476903 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR607502 2 0.5294 0.862 0.120 0.880
#> SRR602951 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1402922 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 0.8016 0.688 0.756 0.244
#> SRR1374778 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1089926 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1437056 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1366772 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.9491 0.436 0.632 0.368
#> SRR2166006 2 0.2043 0.961 0.032 0.968
#> SRR1341034 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1433311 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR656373 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1454498 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR661711 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1327349 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR601549 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1381247 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1322790 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1404044 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 1.0000 0.032 0.504 0.496
#> SRR1419593 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR809043 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.7056 0.766 0.808 0.192
#> SRR1339413 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.9710 0.352 0.600 0.400
#> SRR660079 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1418688 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR602338 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR614275 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR601962 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.6247 0.812 0.844 0.156
#> SRR1418650 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1501097 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1333550 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR808658 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR598100 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1469477 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1468184 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1415980 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.7602 0.730 0.780 0.220
#> SRR1356308 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR607705 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR598364 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.9323 0.485 0.652 0.348
#> SRR1365850 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1316793 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1090815 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.1633 0.949 0.976 0.024
#> SRR1399457 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1073341 2 0.9815 0.264 0.420 0.580
#> SRR810805 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1396270 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR613402 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1088044 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1376497 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR813848 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.4298 0.889 0.912 0.088
#> SRR1070960 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR615285 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1325353 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1388046 2 0.9944 0.144 0.456 0.544
#> SRR655076 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.1414 0.952 0.980 0.020
#> SRR2166308 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR655696 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR663380 1 0.8081 0.679 0.752 0.248
#> SRR1410469 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR659259 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1472598 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1342938 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR599346 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1359045 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.2778 0.943 0.048 0.952
#> SRR1095937 1 0.9358 0.477 0.648 0.352
#> SRR1473295 1 0.6048 0.822 0.852 0.148
#> SRR1457972 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR2164562 2 0.4939 0.877 0.108 0.892
#> SRR665490 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1329442 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1323914 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0938 0.959 0.988 0.012
#> SRR2167551 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1387724 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR660438 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1310758 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR601525 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.5737 0.837 0.864 0.136
#> SRR1322494 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1317001 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.8016 0.686 0.756 0.244
#> SRR1341256 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR613258 2 0.6531 0.795 0.168 0.832
#> SRR1088808 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1391700 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1394655 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1466338 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR656469 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1389868 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1074189 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR665646 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1431552 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1479085 2 0.6438 0.803 0.164 0.836
#> SRR1322711 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.5294 0.855 0.880 0.120
#> SRR1414356 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR599122 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1344100 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.3879 0.914 0.076 0.924
#> SRR1349518 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1394894 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR659133 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR660212 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR657821 1 0.4022 0.898 0.920 0.080
#> SRR1379279 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1413032 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1377557 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR657101 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1350588 2 0.4431 0.896 0.092 0.908
#> SRR1368486 1 0.6712 0.787 0.824 0.176
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.3752 0.8359 0.000 0.856 0.144
#> SRR657372 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR661409 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.4702 0.7677 0.000 0.788 0.212
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365356 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR598068 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499699 3 0.6095 0.3491 0.392 0.000 0.608
#> SRR1397861 1 0.2356 0.9011 0.928 0.000 0.072
#> SRR1479663 2 0.0237 0.9295 0.000 0.996 0.004
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.3267 0.8299 0.116 0.000 0.884
#> SRR663368 1 0.0237 0.9687 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338901 3 0.1860 0.8994 0.000 0.052 0.948
#> SRR598645 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.0237 0.9420 0.004 0.000 0.996
#> SRR809503 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404384 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR655495 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 3 0.6111 0.3525 0.396 0.000 0.604
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 3 0.0892 0.9274 0.020 0.000 0.980
#> SRR1393428 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330305 2 0.0237 0.9295 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413851 2 0.0892 0.9222 0.000 0.980 0.020
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.3340 0.8555 0.000 0.880 0.120
#> SRR607502 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314071 3 0.6308 0.0458 0.492 0.000 0.508
#> SRR1374778 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089926 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 3 0.4931 0.6873 0.232 0.000 0.768
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.4346 0.7363 0.000 0.184 0.816
#> SRR1433311 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR656373 1 0.3482 0.8420 0.872 0.000 0.128
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.6095 0.3659 0.000 0.608 0.392
#> SRR1476348 2 0.4931 0.7407 0.000 0.768 0.232
#> SRR656035 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR601549 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381247 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.6045 0.3811 0.380 0.000 0.620
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.1163 0.9176 0.000 0.972 0.028
#> SRR1370151 2 0.6062 0.4608 0.000 0.616 0.384
#> SRR809043 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.4555 0.7376 0.800 0.000 0.200
#> SRR1339413 2 0.3879 0.8226 0.000 0.848 0.152
#> SRR1434760 3 0.6140 0.3166 0.404 0.000 0.596
#> SRR660079 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.1411 0.9141 0.000 0.036 0.964
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.1860 0.8995 0.052 0.000 0.948
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.4399 0.7945 0.000 0.812 0.188
#> SRR661794 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.4654 0.7726 0.000 0.792 0.208
#> SRR821148 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469477 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.6291 0.2244 0.000 0.532 0.468
#> SRR1447325 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 3 0.5621 0.5551 0.308 0.000 0.692
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.4555 0.7448 0.800 0.000 0.200
#> SRR1083031 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.3267 0.8591 0.000 0.884 0.116
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.1529 0.9344 0.960 0.000 0.040
#> SRR604342 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.3038 0.8681 0.000 0.896 0.104
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316793 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.5835 0.4882 0.660 0.000 0.340
#> SRR1399457 3 0.5291 0.5889 0.000 0.268 0.732
#> SRR1073341 3 0.3879 0.7903 0.152 0.000 0.848
#> SRR810805 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.4654 0.7726 0.000 0.792 0.208
#> SRR1396270 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088044 3 0.5859 0.4143 0.000 0.344 0.656
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.5948 0.5153 0.000 0.640 0.360
#> SRR1376497 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR813848 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.4654 0.7726 0.000 0.792 0.208
#> SRR1396570 2 0.4702 0.7677 0.000 0.788 0.212
#> SRR1327366 2 0.0237 0.9295 0.000 0.996 0.004
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.6215 0.2472 0.572 0.000 0.428
#> SRR655076 3 0.4931 0.6533 0.000 0.232 0.768
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.4605 0.7315 0.796 0.000 0.204
#> SRR2166308 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.4654 0.7726 0.000 0.792 0.208
#> SRR1365512 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.6302 0.0693 0.520 0.000 0.480
#> SRR1410469 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR659259 3 0.5098 0.6277 0.000 0.248 0.752
#> SRR1421223 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092567 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069279 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351624 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342938 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR599346 2 0.7476 0.3641 0.040 0.556 0.404
#> SRR1359045 1 0.1031 0.9514 0.976 0.000 0.024
#> SRR601843 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 3 0.5397 0.5650 0.000 0.280 0.720
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0747 0.9242 0.000 0.984 0.016
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 3 0.6235 0.2388 0.436 0.000 0.564
#> SRR1473295 3 0.1753 0.9013 0.048 0.000 0.952
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164562 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0237 0.9295 0.000 0.996 0.004
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0424 0.9280 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.3816 0.8112 0.852 0.000 0.148
#> SRR2167551 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310758 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR601525 2 0.4702 0.7677 0.000 0.788 0.212
#> SRR818749 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 1 0.1529 0.9357 0.960 0.000 0.040
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0237 0.9295 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415195 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.4654 0.7326 0.792 0.000 0.208
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.4555 0.7814 0.000 0.800 0.200
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.5465 0.5839 0.712 0.000 0.288
#> SRR1088808 1 0.0424 0.9652 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0424 0.9279 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.3116 0.8614 0.892 0.000 0.108
#> SRR1440625 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498438 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 3 0.3482 0.8114 0.128 0.000 0.872
#> SRR1322437 3 0.5138 0.6415 0.000 0.252 0.748
#> SRR660236 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.2261 0.8829 0.000 0.068 0.932
#> SRR1339366 2 0.3941 0.8250 0.000 0.844 0.156
#> SRR656469 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.4178 0.8103 0.000 0.828 0.172
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.4605 0.7772 0.000 0.796 0.204
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 3 0.3030 0.8530 0.004 0.092 0.904
#> SRR665646 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.1031 0.9200 0.000 0.976 0.024
#> SRR1419848 2 0.4291 0.8047 0.000 0.820 0.180
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.4452 0.7498 0.808 0.000 0.192
#> SRR1414356 1 0.0592 0.9613 0.988 0.000 0.012
#> SRR599122 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0592 0.9262 0.000 0.988 0.012
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349518 2 0.0424 0.9279 0.000 0.992 0.008
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 3 0.6309 -0.1259 0.000 0.500 0.500
#> SRR658009 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR657821 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379279 2 0.5678 0.6043 0.000 0.684 0.316
#> SRR663149 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413032 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9308 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR657101 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350588 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368486 1 0.4931 0.6947 0.768 0.000 0.232
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.2149 0.82607 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1499543 1 0.3266 0.83003 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1443419 4 0.5781 -0.21320 0.000 0.480 0.028 0.492
#> SRR657372 1 0.2222 0.77843 0.924 0.000 0.016 0.060
#> SRR661409 1 0.6324 0.34432 0.584 0.000 0.340 0.076
#> SRR1409721 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.4356 0.83774 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1392030 1 0.3942 0.84099 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1453787 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR654969 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1435113 4 0.4967 0.78057 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR601359 1 0.1716 0.82191 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR663392 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.4925 0.78635 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR601157 1 0.1389 0.81440 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR615347 2 0.6310 0.58568 0.000 0.660 0.152 0.188
#> SRR1329464 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1357344 3 0.4999 -0.63959 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1365356 3 0.0000 0.66377 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598068 3 0.4332 0.40860 0.176 0.000 0.792 0.032
#> SRR810343 1 0.3074 0.83027 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1431991 1 0.4193 0.83965 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1312024 3 0.4981 -0.55452 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1499699 1 0.6826 0.21236 0.484 0.000 0.416 0.100
#> SRR1397861 1 0.4194 0.82227 0.800 0.000 0.028 0.172
#> SRR1479663 2 0.1398 0.86270 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1475483 1 0.4730 0.82414 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR603726 1 0.3617 0.73937 0.860 0.000 0.076 0.064
#> SRR663368 1 0.1042 0.80512 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1354225 2 0.1798 0.85901 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1089809 4 0.4955 0.79047 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1338901 4 0.5724 0.77154 0.000 0.028 0.424 0.548
#> SRR598645 3 0.0921 0.65478 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR656528 3 0.4856 0.46893 0.136 0.000 0.780 0.084
#> SRR809503 1 0.4522 0.83362 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR659923 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1319858 1 0.3647 0.83030 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1350566 1 0.3266 0.83586 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR614743 4 0.4948 0.79253 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1406307 1 0.4730 0.82414 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1348318 1 0.0817 0.79763 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1343433 1 0.4250 0.83350 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1342088 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404384 3 0.4994 -0.62405 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR655495 3 0.0921 0.65033 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR812270 4 0.4999 0.67665 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR821176 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.7385 0.08883 0.484 0.000 0.340 0.176
#> SRR1415274 1 0.0592 0.80010 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1491275 3 0.2281 0.59194 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR659851 1 0.3907 0.84286 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1337364 1 0.3649 0.84082 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1414471 1 0.4679 0.82789 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1471862 1 0.0469 0.80775 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1456208 3 0.5184 0.39683 0.204 0.000 0.736 0.060
#> SRR1393428 4 0.4972 0.78241 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1327632 1 0.1584 0.81279 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR608120 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR607679 2 0.1888 0.85755 0.000 0.940 0.016 0.044
#> SRR1359529 3 0.4998 -0.64792 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1330305 2 0.1398 0.86270 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1436042 1 0.0336 0.80296 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656191 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR658117 3 0.1211 0.64463 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1090770 1 0.4661 0.82850 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR657420 1 0.1284 0.80190 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1398686 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR821207 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1074694 3 0.4972 -0.53277 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1413851 2 0.1661 0.85858 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1319924 2 0.0336 0.86979 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1361050 1 0.3219 0.83168 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1095792 3 0.3356 0.42511 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1476903 1 0.1488 0.81133 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR1406502 2 0.2596 0.83922 0.000 0.908 0.024 0.068
#> SRR607502 3 0.4840 0.37297 0.028 0.000 0.732 0.240
#> SRR602951 3 0.0707 0.65763 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1402922 4 0.4994 0.73030 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1314071 1 0.5624 0.49106 0.668 0.000 0.280 0.052
#> SRR1374778 3 0.2081 0.59118 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1089926 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437056 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1366772 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 1 0.6442 0.09885 0.492 0.000 0.440 0.068
#> SRR2166006 1 0.7463 -0.04291 0.456 0.000 0.364 0.180
#> SRR1341034 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.3444 0.83665 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1368917 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1457197 4 0.6887 0.60888 0.000 0.132 0.308 0.560
#> SRR1433311 3 0.1022 0.64990 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR656373 1 0.1975 0.78544 0.936 0.000 0.016 0.048
#> SRR1454265 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1454498 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661711 1 0.4730 0.82421 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR661493 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1356120 1 0.4103 0.84090 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1381414 2 0.0188 0.87000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.66377 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327349 2 0.6888 0.00465 0.000 0.448 0.104 0.448
#> SRR1476348 2 0.6655 0.51442 0.000 0.624 0.192 0.184
#> SRR656035 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2165896 3 0.4104 0.43889 0.028 0.000 0.808 0.164
#> SRR601549 3 0.4961 -0.52661 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR658573 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.5105 0.78866 0.000 0.004 0.432 0.564
#> SRR1381247 3 0.0336 0.66140 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1322790 3 0.1211 0.63819 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1404044 1 0.4713 0.82528 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1487728 3 0.6635 0.15190 0.388 0.000 0.524 0.088
#> SRR1419593 1 0.3219 0.83268 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1434689 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.3647 0.83115 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1377967 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.3015 0.82906 0.000 0.884 0.024 0.092
#> SRR1370151 2 0.6946 0.43825 0.000 0.588 0.212 0.200
#> SRR809043 3 0.4817 -0.28869 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR659578 1 0.6390 0.69075 0.644 0.000 0.132 0.224
#> SRR1339413 2 0.5750 0.29983 0.000 0.532 0.028 0.440
#> SRR1434760 1 0.6491 0.26518 0.528 0.000 0.396 0.076
#> SRR660079 1 0.4730 0.82381 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1465153 4 0.6966 0.58834 0.000 0.132 0.328 0.540
#> SRR1340924 1 0.4713 0.82491 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1073267 3 0.4776 -0.25227 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1418688 3 0.1022 0.64556 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR602338 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1323936 4 0.4985 0.73985 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1313789 2 0.1661 0.85890 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR614275 3 0.1118 0.64632 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR601962 1 0.0592 0.80026 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR663795 1 0.5663 0.50327 0.676 0.000 0.264 0.060
#> SRR1418650 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.5352 0.70232 0.000 0.740 0.092 0.168
#> SRR661794 1 0.4624 0.82945 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1339508 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1501097 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.4431 0.01129 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1333550 2 0.6295 0.58798 0.000 0.660 0.144 0.196
#> SRR821148 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR808658 3 0.7449 -0.28515 0.180 0.000 0.464 0.356
#> SRR598100 1 0.0707 0.79876 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1475281 3 0.4972 -0.54722 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1469477 3 0.0336 0.66140 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1468184 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.1610 0.86140 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR816892 2 0.7171 0.36533 0.000 0.556 0.232 0.212
#> SRR1447325 3 0.0921 0.65655 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1415980 1 0.0592 0.80302 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR658021 1 0.5219 0.58643 0.712 0.000 0.244 0.044
#> SRR1356308 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.1256 0.79965 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1083031 4 0.5132 0.78932 0.000 0.004 0.448 0.548
#> SRR1466177 2 0.5695 0.23080 0.000 0.500 0.024 0.476
#> SRR1346978 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0921 0.64922 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR598364 1 0.0707 0.79876 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR603036 1 0.3542 0.81782 0.852 0.000 0.028 0.120
#> SRR604342 3 0.6407 0.12937 0.384 0.000 0.544 0.072
#> SRR1365850 2 0.2882 0.83334 0.000 0.892 0.024 0.084
#> SRR1335940 1 0.2149 0.82504 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1436515 1 0.4250 0.84019 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1367612 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.4222 0.83812 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1446606 4 0.4967 0.78044 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR1350936 1 0.3402 0.83174 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1351257 3 0.0000 0.66377 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0817 0.65510 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1090815 1 0.1837 0.80520 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR657845 1 0.4522 0.83340 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1408633 2 0.0188 0.87013 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398971 1 0.3601 0.74532 0.860 0.000 0.056 0.084
#> SRR1399457 4 0.7084 0.54527 0.000 0.176 0.264 0.560
#> SRR1073341 1 0.5633 0.60345 0.716 0.000 0.184 0.100
#> SRR810805 1 0.4500 0.83414 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1309657 1 0.2973 0.83033 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR820186 1 0.4103 0.84022 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1388913 2 0.6187 0.59099 0.000 0.672 0.184 0.144
#> SRR1396270 3 0.0707 0.65572 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR613402 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 4 0.4948 0.79253 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR613975 2 0.0817 0.86719 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1441631 3 0.0336 0.66229 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1088044 4 0.7190 0.53243 0.000 0.192 0.260 0.548
#> SRR1082909 1 0.0469 0.80757 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1392007 2 0.3652 0.80859 0.000 0.856 0.052 0.092
#> SRR2166524 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.1792 0.81889 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR819867 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.2469 0.82946 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1085687 2 0.1059 0.86508 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR597952 2 0.6690 0.50954 0.000 0.620 0.188 0.192
#> SRR1376497 3 0.4898 -0.43303 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR813848 3 0.0707 0.65953 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1379471 1 0.4516 0.84037 0.736 0.000 0.012 0.252
#> SRR1070960 1 0.4072 0.83981 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR615285 3 0.0707 0.65959 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1325353 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1470682 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.4730 0.82381 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1397649 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.4679 0.82718 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1336113 2 0.6437 0.55750 0.000 0.648 0.184 0.168
#> SRR1396570 2 0.6031 0.62654 0.000 0.688 0.144 0.168
#> SRR1327366 2 0.3810 0.80158 0.000 0.848 0.060 0.092
#> SRR1317218 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1469791 3 0.4933 -0.45021 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1388046 1 0.4898 0.74314 0.780 0.000 0.116 0.104
#> SRR655076 4 0.6357 0.70953 0.000 0.068 0.388 0.544
#> SRR1464353 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR599412 1 0.4578 0.70171 0.788 0.000 0.160 0.052
#> SRR2166308 3 0.0000 0.66377 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.1624 0.81228 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR602978 2 0.0336 0.86979 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323850 2 0.5533 0.67731 0.000 0.732 0.132 0.136
#> SRR1365512 3 0.0000 0.66377 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663380 1 0.4801 0.67982 0.764 0.000 0.188 0.048
#> SRR1410469 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR659259 2 0.7216 0.33833 0.000 0.548 0.244 0.208
#> SRR1421223 4 0.4948 0.79253 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1092567 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472598 3 0.4981 -0.56405 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1069279 4 0.4955 0.79152 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1351624 4 0.4961 0.78910 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1342938 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR599346 2 0.9628 0.09273 0.196 0.396 0.208 0.200
#> SRR1359045 1 0.2313 0.78606 0.924 0.000 0.044 0.032
#> SRR601843 1 0.4713 0.82501 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1318898 1 0.2281 0.82724 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1455104 1 0.3172 0.83967 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR598565 1 0.0707 0.79916 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1315188 3 0.0707 0.66030 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1409875 2 0.7760 -0.17856 0.000 0.392 0.236 0.372
#> SRR1348270 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3266 0.83481 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1451857 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0804 0.86858 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1349144 1 0.4713 0.82583 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR615491 3 0.5353 -0.28882 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1095937 1 0.5986 0.45359 0.620 0.000 0.320 0.060
#> SRR1473295 1 0.4990 0.65612 0.756 0.000 0.184 0.060
#> SRR1457972 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.6587 0.11779 0.252 0.000 0.616 0.132
#> SRR2164562 3 0.2300 0.61210 0.028 0.000 0.924 0.048
#> SRR665490 1 0.3907 0.84082 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1434182 2 0.1833 0.85784 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1458506 1 0.2647 0.82939 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR808886 3 0.0336 0.66229 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1329442 1 0.0592 0.80026 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1457925 1 0.1557 0.81690 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1434910 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0336 0.66309 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323914 2 0.1211 0.86332 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1323065 1 0.2216 0.82695 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1309578 2 0.1635 0.86020 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1500908 1 0.0336 0.80619 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076753 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1327410 3 0.4999 -0.63970 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR608064 1 0.0707 0.79876 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR608512 1 0.2675 0.77829 0.908 0.000 0.044 0.048
#> SRR2167551 4 0.4985 0.76031 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1394872 1 0.4356 0.83640 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1345669 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1367588 3 0.1211 0.63974 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1387724 3 0.0336 0.66140 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR660438 3 0.0817 0.65738 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1310758 4 0.5281 0.76952 0.000 0.008 0.464 0.528
#> SRR601525 2 0.6475 0.55213 0.000 0.644 0.184 0.172
#> SRR818749 1 0.1059 0.80245 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR604294 1 0.1520 0.79855 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1322494 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 3 0.4916 -0.42992 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1317001 1 0.4008 0.84293 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1311897 1 0.4624 0.82956 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1308715 2 0.1305 0.86385 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1415195 3 0.4992 -0.57925 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR1380163 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR603834 1 0.3984 0.82208 0.828 0.000 0.040 0.132
#> SRR1341256 2 0.0817 0.86725 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR613795 1 0.4072 0.84095 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR659744 2 0.4898 0.73227 0.000 0.780 0.104 0.116
#> SRR1479549 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR613258 1 0.6750 0.40356 0.612 0.000 0.208 0.180
#> SRR1088808 1 0.1610 0.79651 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1329068 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0707 0.86795 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1337137 2 0.4499 0.76473 0.000 0.804 0.072 0.124
#> SRR1099520 1 0.4193 0.83995 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR603942 1 0.1302 0.78893 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1440625 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1391700 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR657360 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1473443 3 0.4866 -0.36191 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1498438 3 0.0188 0.66372 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394655 1 0.5716 0.52589 0.680 0.000 0.252 0.068
#> SRR1322437 4 0.7847 0.35409 0.000 0.328 0.276 0.396
#> SRR660236 3 0.0921 0.65655 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1466338 3 0.4933 -0.45371 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR604148 1 0.2149 0.82606 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1334939 4 0.4972 0.78241 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1349497 1 0.3400 0.83078 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1360523 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1446114 3 0.7734 -0.26943 0.000 0.344 0.420 0.236
#> SRR1339366 2 0.3266 0.82338 0.000 0.876 0.040 0.084
#> SRR656469 3 0.0921 0.64922 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1389868 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1390265 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.4941 0.79114 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1469102 1 0.4730 0.82414 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1440584 2 0.4259 0.77668 0.000 0.816 0.056 0.128
#> SRR1459697 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.4730 0.82414 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR613711 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.4543 0.83246 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1316174 1 0.0921 0.79609 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR603268 2 0.5807 0.65367 0.000 0.708 0.132 0.160
#> SRR1486044 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 3 0.9338 -0.15173 0.304 0.088 0.344 0.264
#> SRR665646 1 0.2530 0.83038 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1404931 3 0.0817 0.66073 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1431552 3 0.0188 0.66319 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1479085 4 0.7480 0.31503 0.180 0.000 0.376 0.444
#> SRR1322711 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.4688 0.75402 0.000 0.792 0.080 0.128
#> SRR1419848 2 0.6743 0.26487 0.000 0.512 0.096 0.392
#> SRR1332713 1 0.1510 0.79389 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1070863 1 0.4382 0.83747 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR659947 1 0.4646 0.69217 0.796 0.000 0.120 0.084
#> SRR1414356 1 0.1022 0.79429 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR599122 3 0.0336 0.66140 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1344100 2 0.0469 0.86929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR613018 4 0.5088 0.78410 0.000 0.004 0.424 0.572
#> SRR1456591 1 0.4477 0.83543 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1368710 2 0.3659 0.79965 0.000 0.840 0.024 0.136
#> SRR1397885 1 0.2814 0.83012 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1319283 3 0.5183 -0.27902 0.008 0.000 0.584 0.408
#> SRR1349518 2 0.1398 0.86270 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1471267 1 0.4746 0.82301 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR655277 1 0.3074 0.83027 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1455436 2 0.7277 0.29290 0.000 0.536 0.260 0.204
#> SRR658009 1 0.3356 0.83278 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1331383 4 0.4948 0.79090 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1394894 3 0.2149 0.58859 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR659133 3 0.1211 0.64737 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR660212 3 0.4866 -0.37450 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR657821 1 0.5697 0.48785 0.656 0.000 0.292 0.052
#> SRR1379279 2 0.7566 0.09539 0.000 0.468 0.212 0.320
#> SRR663149 3 0.7641 -0.25263 0.216 0.000 0.440 0.344
#> SRR1413032 3 0.0000 0.66377 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377557 1 0.4713 0.82501 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1335296 2 0.0000 0.87052 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 4 0.5257 0.78960 0.000 0.008 0.444 0.548
#> SRR657101 4 0.4999 0.67517 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR1350588 3 0.2928 0.52801 0.108 0.000 0.880 0.012
#> SRR1368486 1 0.3991 0.81671 0.832 0.000 0.048 0.120
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.1671 0.741311 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1499543 1 0.3336 0.547239 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1443419 4 0.3424 0.559007 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR657372 1 0.1300 0.751922 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR661409 1 0.4796 0.641259 0.768 0.000 0.088 0.032 0.112
#> SRR1409721 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.3774 0.369831 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1392030 1 0.4283 -0.428168 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1453787 5 0.3661 0.902200 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR654969 5 0.3707 0.903450 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1435113 4 0.4352 0.446211 0.000 0.000 0.244 0.720 0.036
#> SRR601359 1 0.1544 0.739656 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR663392 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.1568 0.668354 0.000 0.000 0.020 0.944 0.036
#> SRR601157 1 0.1270 0.747794 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR615347 4 0.4249 0.203069 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1329464 5 0.3707 0.900160 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1357344 4 0.4541 0.618507 0.000 0.000 0.136 0.752 0.112
#> SRR1365356 3 0.0162 0.835027 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR598068 3 0.2763 0.705389 0.148 0.000 0.848 0.000 0.004
#> SRR810343 1 0.2516 0.681029 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1431991 1 0.3336 0.559442 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1312024 4 0.5906 0.027825 0.016 0.000 0.408 0.512 0.064
#> SRR1499699 1 0.6064 0.433669 0.580 0.000 0.264 0.004 0.152
#> SRR1397861 1 0.4025 0.366936 0.700 0.000 0.008 0.000 0.292
#> SRR1479663 2 0.1965 0.847837 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1475483 5 0.3752 0.902400 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR603726 1 0.1369 0.752255 0.956 0.000 0.008 0.008 0.028
#> SRR663368 1 0.1502 0.753379 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1354225 2 0.3003 0.780874 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1089809 4 0.2036 0.660194 0.000 0.000 0.056 0.920 0.024
#> SRR1338901 4 0.1571 0.683385 0.000 0.060 0.004 0.936 0.000
#> SRR598645 3 0.0162 0.832795 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656528 3 0.6100 0.458615 0.316 0.000 0.568 0.016 0.100
#> SRR809503 5 0.4306 0.561073 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR659923 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 5 0.3586 0.901037 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1319858 1 0.3929 0.645644 0.764 0.000 0.028 0.000 0.208
#> SRR1350566 1 0.2773 0.681121 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR614743 4 0.2735 0.640508 0.000 0.000 0.084 0.880 0.036
#> SRR1406307 5 0.3707 0.903487 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1348318 1 0.0000 0.754385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 5 0.3774 0.896941 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1342088 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1404384 4 0.4934 0.571768 0.000 0.000 0.188 0.708 0.104
#> SRR655495 3 0.1608 0.807454 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR812270 4 0.4654 0.247788 0.000 0.000 0.348 0.628 0.024
#> SRR821176 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 4 0.6407 0.197888 0.380 0.000 0.032 0.504 0.084
#> SRR1415274 1 0.0000 0.754385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 4 0.5964 0.142845 0.000 0.000 0.428 0.464 0.108
#> SRR659851 1 0.3966 0.170510 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1337364 1 0.3074 0.591946 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1414471 5 0.4171 0.749558 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1471862 1 0.1043 0.749179 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1456208 3 0.4219 0.605299 0.264 0.000 0.716 0.004 0.016
#> SRR1393428 4 0.2439 0.648680 0.000 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1327632 1 0.1851 0.745163 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR608120 5 0.3636 0.902826 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR607679 2 0.3305 0.741336 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1359529 4 0.5549 0.492997 0.000 0.000 0.244 0.632 0.124
#> SRR1330305 2 0.2020 0.845516 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1436042 1 0.0290 0.755182 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656191 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 5 0.3857 0.890639 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR658117 3 0.4400 0.718599 0.104 0.000 0.780 0.008 0.108
#> SRR1090770 5 0.4235 0.740725 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR657420 1 0.1216 0.757518 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1398686 5 0.3586 0.901037 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR821207 5 0.3661 0.902200 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1074694 4 0.5130 0.536012 0.000 0.000 0.220 0.680 0.100
#> SRR1413851 2 0.3039 0.758115 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1319924 2 0.0290 0.885132 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1361050 1 0.3430 0.641014 0.776 0.000 0.000 0.004 0.220
#> SRR1095792 3 0.3229 0.761888 0.000 0.000 0.840 0.128 0.032
#> SRR1476903 1 0.1270 0.754714 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1406502 2 0.1792 0.852112 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR607502 3 0.6902 0.543400 0.172 0.000 0.596 0.120 0.112
#> SRR602951 3 0.1197 0.814459 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1402922 4 0.3807 0.537139 0.000 0.000 0.240 0.748 0.012
#> SRR1314071 1 0.4504 0.579173 0.772 0.000 0.048 0.156 0.024
#> SRR1374778 3 0.4920 0.434105 0.000 0.000 0.644 0.308 0.048
#> SRR1089926 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1437056 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 1 0.6429 -0.031914 0.464 0.000 0.428 0.052 0.056
#> SRR2166006 4 0.7281 0.241281 0.340 0.000 0.092 0.468 0.100
#> SRR1341034 2 0.0404 0.884288 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1460235 1 0.3534 0.487382 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1368917 5 0.4030 0.842893 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1457197 4 0.1830 0.678348 0.000 0.012 0.052 0.932 0.004
#> SRR1433311 3 0.0324 0.832943 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR656373 1 0.2304 0.734726 0.908 0.000 0.000 0.048 0.044
#> SRR1454265 5 0.3586 0.901037 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1454498 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR661711 5 0.3876 0.879181 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR661493 5 0.3586 0.901037 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1356120 1 0.4192 0.066151 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1381414 2 0.0290 0.884680 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1350263 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1327349 4 0.3993 0.527050 0.000 0.216 0.000 0.756 0.028
#> SRR1476348 4 0.4283 0.135616 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR656035 5 0.3612 0.902382 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2165896 4 0.6473 0.270840 0.016 0.000 0.368 0.492 0.124
#> SRR601549 4 0.4193 0.426387 0.000 0.000 0.304 0.684 0.012
#> SRR658573 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 4 0.1560 0.673904 0.000 0.004 0.028 0.948 0.020
#> SRR1381247 3 0.0162 0.835027 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322790 3 0.2773 0.720797 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1404044 5 0.3730 0.903199 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1487728 1 0.6038 0.203635 0.516 0.000 0.372 0.004 0.108
#> SRR1419593 1 0.2127 0.724457 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1434689 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.4552 0.548963 0.696 0.000 0.040 0.000 0.264
#> SRR1377967 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 2 0.3074 0.754679 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1370151 4 0.4210 0.260630 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR809043 3 0.4603 0.585307 0.000 0.000 0.668 0.300 0.032
#> SRR659578 1 0.6763 -0.079757 0.508 0.000 0.020 0.176 0.296
#> SRR1339413 4 0.4283 0.357113 0.000 0.348 0.008 0.644 0.000
#> SRR1434760 1 0.6147 0.292571 0.536 0.000 0.328 0.004 0.132
#> SRR660079 5 0.3661 0.899951 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1465153 4 0.1651 0.671771 0.000 0.012 0.008 0.944 0.036
#> SRR1340924 5 0.3837 0.872053 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1073267 3 0.4442 0.609737 0.000 0.000 0.688 0.284 0.028
#> SRR1418688 3 0.1965 0.788178 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR602338 5 0.3586 0.901037 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1323936 4 0.4866 0.210825 0.000 0.000 0.344 0.620 0.036
#> SRR1313789 2 0.2648 0.800283 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR614275 3 0.0566 0.831315 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR601962 1 0.0000 0.754385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.3317 0.674906 0.840 0.000 0.116 0.000 0.044
#> SRR1418650 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 4 0.4287 0.116298 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR661794 5 0.4138 0.802002 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1339508 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.3551 0.679884 0.000 0.000 0.772 0.220 0.008
#> SRR1333550 4 0.3932 0.428956 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR821148 5 0.3636 0.902826 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR808658 4 0.6071 0.590612 0.092 0.000 0.088 0.676 0.144
#> SRR598100 1 0.0290 0.753968 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1475281 4 0.4455 0.492527 0.000 0.000 0.260 0.704 0.036
#> SRR1469477 3 0.0162 0.835027 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468184 2 0.0162 0.885659 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415660 2 0.2813 0.799538 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR816892 4 0.4313 0.501741 0.000 0.276 0.012 0.704 0.008
#> SRR1447325 3 0.1357 0.814174 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> SRR1415980 1 0.0510 0.755006 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR658021 1 0.5516 0.600486 0.716 0.000 0.092 0.052 0.140
#> SRR1356308 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.2153 0.735401 0.916 0.000 0.044 0.000 0.040
#> SRR1083031 4 0.1740 0.673930 0.000 0.000 0.056 0.932 0.012
#> SRR1466177 4 0.3932 0.409266 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.2629 0.750618 0.000 0.000 0.860 0.136 0.004
#> SRR598364 1 0.0510 0.753459 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR603036 1 0.2416 0.733247 0.888 0.000 0.012 0.000 0.100
#> SRR604342 3 0.6457 0.198692 0.400 0.000 0.488 0.052 0.060
#> SRR1365850 2 0.4306 0.090609 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1335940 1 0.1410 0.746178 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1436515 1 0.3305 0.591487 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1367612 2 0.0404 0.884277 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1411002 5 0.3966 0.863541 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1446606 4 0.3203 0.575124 0.000 0.000 0.168 0.820 0.012
#> SRR1350936 1 0.2127 0.713116 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1351257 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1316793 3 0.3921 0.728682 0.000 0.000 0.800 0.128 0.072
#> SRR1090815 1 0.2153 0.740809 0.916 0.000 0.044 0.000 0.040
#> SRR657845 5 0.4150 0.707461 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1408633 2 0.1410 0.866620 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1398971 1 0.2100 0.745075 0.924 0.000 0.016 0.048 0.012
#> SRR1399457 4 0.3689 0.661031 0.000 0.140 0.024 0.820 0.016
#> SRR1073341 1 0.6553 0.483239 0.624 0.000 0.076 0.176 0.124
#> SRR810805 5 0.4219 0.769245 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1309657 1 0.1908 0.723834 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR820186 1 0.4283 -0.313808 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1388913 4 0.4287 0.070692 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1396270 3 0.0000 0.833330 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 4 0.2850 0.635379 0.000 0.000 0.092 0.872 0.036
#> SRR613975 2 0.1197 0.872266 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1441631 3 0.0609 0.832929 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1088044 4 0.1697 0.684152 0.000 0.060 0.008 0.932 0.000
#> SRR1082909 1 0.1043 0.753093 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1392007 2 0.4283 0.250706 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.1792 0.739979 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR819867 2 0.0609 0.882108 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1339675 1 0.2074 0.712491 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1085687 2 0.3305 0.699811 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR597952 4 0.4430 0.136393 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR1376497 4 0.5922 0.130813 0.000 0.000 0.420 0.476 0.104
#> SRR813848 3 0.1872 0.809104 0.000 0.000 0.928 0.052 0.020
#> SRR1379471 5 0.4610 0.536068 0.432 0.000 0.012 0.000 0.556
#> SRR1070960 5 0.4227 0.783585 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR615285 3 0.4355 0.613990 0.000 0.000 0.732 0.224 0.044
#> SRR1325353 5 0.3586 0.901037 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1470682 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 5 0.3796 0.884636 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1397649 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 5 0.3932 0.881605 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1336113 2 0.4302 0.069458 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1396570 2 0.4287 0.141464 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1327366 2 0.4278 0.256933 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 5 0.3661 0.902200 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1469791 3 0.4821 0.261798 0.000 0.000 0.516 0.464 0.020
#> SRR1388046 1 0.5645 0.595707 0.708 0.000 0.056 0.104 0.132
#> SRR655076 4 0.2771 0.659788 0.000 0.128 0.000 0.860 0.012
#> SRR1464353 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 5 0.4114 0.811491 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR599412 1 0.2193 0.746850 0.912 0.000 0.028 0.000 0.060
#> SRR2166308 3 0.0162 0.835027 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR655696 1 0.1568 0.752313 0.944 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR602978 2 0.0609 0.881986 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1323850 2 0.4287 0.148557 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1365512 3 0.0162 0.835027 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR663380 1 0.5002 0.580048 0.720 0.000 0.144 0.004 0.132
#> SRR1410469 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR659259 4 0.3895 0.509303 0.000 0.264 0.004 0.728 0.004
#> SRR1421223 4 0.1211 0.672279 0.000 0.000 0.024 0.960 0.016
#> SRR1092567 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1472598 4 0.4446 -0.097433 0.000 0.000 0.476 0.520 0.004
#> SRR1069279 4 0.1478 0.672510 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1351624 4 0.2020 0.658799 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1342938 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR599346 4 0.6009 0.351987 0.136 0.320 0.000 0.544 0.000
#> SRR1359045 1 0.1571 0.740057 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR601843 5 0.3707 0.903487 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1318898 1 0.1608 0.743368 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1455104 1 0.2690 0.670496 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR598565 1 0.0794 0.751872 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1315188 3 0.1942 0.809384 0.000 0.000 0.920 0.068 0.012
#> SRR1409875 4 0.3129 0.634213 0.000 0.156 0.004 0.832 0.008
#> SRR1348270 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3274 0.563303 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1451857 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.1270 0.870385 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1349144 5 0.4242 0.688291 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR615491 3 0.7346 0.416033 0.152 0.000 0.492 0.284 0.072
#> SRR1095937 1 0.4686 0.582811 0.740 0.000 0.192 0.012 0.056
#> SRR1473295 1 0.4779 0.610866 0.736 0.000 0.096 0.004 0.164
#> SRR1457972 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.7238 0.430576 0.144 0.000 0.556 0.188 0.112
#> SRR2164562 3 0.5130 0.601271 0.220 0.000 0.680 0.000 0.100
#> SRR665490 1 0.3143 0.607493 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1434182 2 0.3612 0.657133 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1458506 1 0.1851 0.733802 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR808886 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1329442 1 0.0963 0.751096 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1457925 1 0.1197 0.750907 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1434910 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.1341 0.815704 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1323914 2 0.2020 0.845569 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1323065 1 0.1965 0.719632 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1309578 2 0.3039 0.763844 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1500908 1 0.1121 0.750983 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1076753 5 0.3586 0.901037 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1327410 4 0.4866 0.228210 0.000 0.000 0.344 0.620 0.036
#> SRR608064 1 0.0404 0.754852 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR608512 1 0.1582 0.756176 0.944 0.000 0.028 0.000 0.028
#> SRR2167551 4 0.3966 0.637337 0.000 0.000 0.132 0.796 0.072
#> SRR1394872 5 0.4171 0.785492 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1345669 5 0.3586 0.901037 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1367588 3 0.3086 0.701928 0.000 0.000 0.816 0.180 0.004
#> SRR1387724 3 0.0162 0.835027 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR660438 3 0.3788 0.755623 0.004 0.000 0.820 0.072 0.104
#> SRR1310758 4 0.2630 0.671391 0.000 0.016 0.080 0.892 0.012
#> SRR601525 4 0.4306 0.000293 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR818749 1 0.1124 0.750701 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR604294 1 0.1430 0.744019 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1322494 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 4 0.5131 0.112567 0.000 0.000 0.420 0.540 0.040
#> SRR1317001 1 0.2690 0.680064 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1311897 5 0.3966 0.877037 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1308715 2 0.2020 0.846909 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1415195 3 0.5112 0.243656 0.000 0.000 0.496 0.468 0.036
#> SRR1380163 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 5 0.3636 0.902826 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR603834 1 0.4453 0.637750 0.724 0.000 0.048 0.000 0.228
#> SRR1341256 2 0.2020 0.845088 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR613795 1 0.3395 0.544294 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR659744 2 0.3857 0.527639 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1479549 5 0.3730 0.902892 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR613258 1 0.6092 0.244921 0.524 0.008 0.012 0.388 0.068
#> SRR1088808 1 0.1597 0.748301 0.940 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR1329068 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.2074 0.842903 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1337137 4 0.4305 -0.063591 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1099520 1 0.4219 -0.219103 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR603942 1 0.0671 0.754678 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1440625 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1391700 5 0.4030 0.832232 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR657360 5 0.3816 0.895659 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1473443 3 0.4641 0.243609 0.000 0.000 0.532 0.456 0.012
#> SRR1498438 3 0.0290 0.835555 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1394655 1 0.4704 0.566910 0.756 0.000 0.168 0.048 0.028
#> SRR1322437 4 0.3142 0.647011 0.000 0.108 0.004 0.856 0.032
#> SRR660236 3 0.1484 0.813966 0.000 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR1466338 3 0.4420 0.302931 0.000 0.000 0.548 0.448 0.004
#> SRR604148 1 0.1608 0.737567 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1334939 4 0.2189 0.665922 0.000 0.000 0.084 0.904 0.012
#> SRR1349497 1 0.3612 0.476973 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1360523 5 0.3586 0.901037 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1446114 4 0.2835 0.657926 0.000 0.112 0.004 0.868 0.016
#> SRR1339366 2 0.3109 0.748525 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR656469 3 0.2690 0.732064 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1389868 5 0.3636 0.902826 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1390265 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.1124 0.669870 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1469102 5 0.3774 0.901010 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1440584 2 0.3913 0.506515 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 5 0.3999 0.859262 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR613711 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 5 0.4249 0.711075 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1316174 1 0.0794 0.751872 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR603268 4 0.4300 0.065067 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 4 0.6800 0.555024 0.168 0.028 0.048 0.632 0.124
#> SRR665646 1 0.2179 0.712603 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1404931 3 0.1270 0.820972 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1431552 3 0.1341 0.815704 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1479085 1 0.7699 0.054736 0.436 0.000 0.112 0.320 0.132
#> SRR1322711 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 4 0.4403 0.089732 0.000 0.436 0.004 0.560 0.000
#> SRR1419848 4 0.2561 0.648866 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1332713 1 0.0510 0.754095 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070863 5 0.4192 0.670783 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR659947 1 0.3506 0.693804 0.852 0.000 0.028 0.084 0.036
#> SRR1414356 1 0.0162 0.755098 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR599122 3 0.0162 0.835027 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1344100 2 0.1270 0.870869 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR613018 4 0.1582 0.671645 0.000 0.000 0.028 0.944 0.028
#> SRR1456591 1 0.4306 -0.526641 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1368710 2 0.4268 0.284734 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1397885 1 0.2179 0.710713 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1319283 4 0.7516 0.008493 0.104 0.000 0.388 0.400 0.108
#> SRR1349518 2 0.2179 0.837543 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1471267 5 0.3636 0.902826 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR655277 1 0.2471 0.688450 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1455436 4 0.4792 0.454070 0.000 0.312 0.020 0.656 0.012
#> SRR658009 1 0.3231 0.677313 0.800 0.000 0.004 0.000 0.196
#> SRR1331383 4 0.3615 0.580278 0.000 0.000 0.156 0.808 0.036
#> SRR1394894 3 0.4946 0.496901 0.000 0.000 0.664 0.276 0.060
#> SRR659133 3 0.1597 0.814246 0.000 0.000 0.940 0.048 0.012
#> SRR660212 4 0.5425 0.498020 0.000 0.000 0.268 0.632 0.100
#> SRR657821 1 0.5954 0.558156 0.680 0.000 0.100 0.064 0.156
#> SRR1379279 4 0.3636 0.514718 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR663149 4 0.6271 0.552621 0.160 0.000 0.068 0.652 0.120
#> SRR1413032 3 0.0162 0.835027 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1377557 5 0.3730 0.893876 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1335296 2 0.0000 0.886589 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 4 0.2954 0.671609 0.000 0.004 0.056 0.876 0.064
#> SRR657101 4 0.4123 0.639542 0.000 0.000 0.104 0.788 0.108
#> SRR1350588 3 0.1731 0.794379 0.060 0.000 0.932 0.004 0.004
#> SRR1368486 1 0.4324 0.659080 0.760 0.000 0.052 0.004 0.184
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.3175 6.65e-01 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1499543 1 0.2730 7.35e-01 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1443419 2 0.4178 4.88e-01 0.000 0.608 0.000 0.020 0.000 0.372
#> SRR657372 5 0.3967 5.44e-01 0.356 0.000 0.000 0.012 0.632 0.000
#> SRR661409 1 0.6218 -3.48e-01 0.448 0.000 0.056 0.036 0.428 0.032
#> SRR1409721 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1391678 1 0.1434 7.93e-01 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048 0.000
#> SRR1392030 1 0.2320 7.82e-01 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132 0.000
#> SRR1453787 1 0.1500 7.75e-01 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052 0.000
#> SRR654969 1 0.1398 7.79e-01 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR1435113 4 0.2605 7.40e-01 0.000 0.000 0.028 0.864 0.000 0.108
#> SRR601359 1 0.3330 6.27e-01 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR663392 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1374716 4 0.2100 7.41e-01 0.000 0.004 0.000 0.884 0.000 0.112
#> SRR601157 1 0.3309 6.33e-01 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR615347 2 0.4214 7.34e-01 0.000 0.740 0.028 0.032 0.000 0.200
#> SRR1329464 1 0.1531 7.85e-01 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR1357344 6 0.1429 6.62e-01 0.000 0.000 0.052 0.004 0.004 0.940
#> SRR1365356 3 0.0146 8.84e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598068 3 0.3742 5.91e-01 0.160 0.000 0.788 0.008 0.040 0.004
#> SRR810343 1 0.2969 7.02e-01 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1431991 1 0.1563 7.94e-01 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056 0.000
#> SRR1312024 4 0.6004 4.45e-01 0.044 0.000 0.076 0.576 0.016 0.288
#> SRR1499699 1 0.6241 2.56e-01 0.628 0.000 0.168 0.064 0.032 0.108
#> SRR1397861 1 0.1829 7.89e-01 0.920 0.000 0.000 0.056 0.024 0.000
#> SRR1479663 2 0.1010 9.01e-01 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1475483 1 0.1812 7.85e-01 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080 0.000
#> SRR603726 5 0.3950 6.28e-01 0.276 0.000 0.000 0.028 0.696 0.000
#> SRR663368 1 0.3189 7.07e-01 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236 0.000
#> SRR1354225 2 0.0891 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1089809 4 0.3770 6.80e-01 0.000 0.000 0.028 0.728 0.000 0.244
#> SRR1338901 4 0.6208 2.85e-01 0.000 0.208 0.012 0.416 0.000 0.364
#> SRR598645 3 0.2216 8.43e-01 0.000 0.000 0.908 0.024 0.052 0.016
#> SRR656528 6 0.6599 3.53e-01 0.040 0.000 0.328 0.040 0.088 0.504
#> SRR809503 1 0.1341 7.89e-01 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR659923 2 0.0713 9.02e-01 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1498226 1 0.1594 7.75e-01 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052 0.000
#> SRR1319858 1 0.2294 7.80e-01 0.892 0.000 0.000 0.036 0.072 0.000
#> SRR1350566 1 0.1765 7.82e-01 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR614743 4 0.2003 7.42e-01 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1406307 1 0.1643 7.84e-01 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068 0.000
#> SRR1348318 1 0.3371 6.19e-01 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR1343433 1 0.2520 7.80e-01 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404384 6 0.1204 6.64e-01 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR655495 3 0.1411 8.47e-01 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR812270 4 0.3776 7.00e-01 0.000 0.000 0.048 0.756 0.000 0.196
#> SRR821176 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR807799 2 0.1168 9.02e-01 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR814919 6 0.6575 -2.51e-01 0.380 0.000 0.052 0.004 0.136 0.428
#> SRR1415274 1 0.3309 6.36e-01 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1491275 6 0.3074 6.22e-01 0.000 0.000 0.200 0.004 0.004 0.792
#> SRR659851 1 0.2431 7.74e-01 0.860 0.000 0.000 0.008 0.132 0.000
#> SRR1337364 1 0.2340 7.62e-01 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1414471 1 0.1644 7.89e-01 0.932 0.000 0.000 0.040 0.028 0.000
#> SRR1471862 1 0.2969 7.07e-01 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1456208 5 0.5760 -2.91e-01 0.056 0.000 0.440 0.028 0.464 0.012
#> SRR1393428 6 0.2512 6.36e-01 0.000 0.000 0.060 0.060 0.000 0.880
#> SRR1327632 1 0.3217 7.04e-01 0.768 0.000 0.000 0.008 0.224 0.000
#> SRR608120 1 0.1500 7.75e-01 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052 0.000
#> SRR607679 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1359529 6 0.1398 6.64e-01 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> SRR1330305 2 0.1010 9.01e-01 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1436042 1 0.3266 6.48e-01 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR656191 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1419211 1 0.1498 7.84e-01 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032 0.000
#> SRR658117 3 0.6266 -7.20e-03 0.008 0.000 0.464 0.032 0.116 0.380
#> SRR1090770 1 0.1421 7.88e-01 0.944 0.000 0.000 0.028 0.028 0.000
#> SRR657420 1 0.2581 7.77e-01 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120 0.000
#> SRR1398686 1 0.1411 7.76e-01 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR821207 1 0.1563 7.73e-01 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056 0.000
#> SRR1074694 6 0.1829 6.64e-01 0.000 0.000 0.064 0.004 0.012 0.920
#> SRR1413851 2 0.1082 9.01e-01 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1319924 2 0.0858 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1361050 1 0.2318 7.68e-01 0.892 0.000 0.000 0.044 0.064 0.000
#> SRR1095792 3 0.3515 4.72e-01 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1476903 1 0.3012 7.42e-01 0.796 0.000 0.000 0.008 0.196 0.000
#> SRR1406502 2 0.1564 8.92e-01 0.000 0.936 0.000 0.024 0.000 0.040
#> SRR607502 6 0.5928 4.85e-01 0.016 0.000 0.272 0.032 0.092 0.588
#> SRR602951 3 0.0937 8.67e-01 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1402922 6 0.2560 6.15e-01 0.000 0.000 0.036 0.092 0.000 0.872
#> SRR1314071 1 0.6685 -1.77e-01 0.488 0.000 0.080 0.016 0.328 0.088
#> SRR1374778 6 0.3727 3.97e-01 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1089926 3 0.0547 8.80e-01 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1437056 3 0.0547 8.80e-01 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1366772 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1487465 5 0.4855 5.35e-01 0.180 0.000 0.056 0.032 0.720 0.012
#> SRR2166006 6 0.6364 5.04e-02 0.288 0.000 0.052 0.004 0.132 0.524
#> SRR1341034 2 0.0858 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1460235 1 0.1528 7.91e-01 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016 0.000
#> SRR1368917 1 0.1327 7.97e-01 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1457197 6 0.6412 -2.40e-01 0.000 0.228 0.020 0.348 0.000 0.404
#> SRR1433311 3 0.0862 8.78e-01 0.000 0.000 0.972 0.008 0.016 0.004
#> SRR656373 5 0.3860 1.72e-01 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1454265 1 0.1524 7.73e-01 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.1644 7.96e-01 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076 0.000
#> SRR661493 1 0.1462 7.79e-01 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056 0.000
#> SRR1356120 1 0.1633 7.97e-01 0.932 0.000 0.000 0.024 0.044 0.000
#> SRR1381414 2 0.1124 9.03e-01 0.000 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1350263 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327349 4 0.4648 7.07e-03 0.000 0.464 0.000 0.496 0.000 0.040
#> SRR1476348 2 0.3707 7.92e-01 0.000 0.796 0.016 0.044 0.000 0.144
#> SRR656035 1 0.1643 7.71e-01 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068 0.000
#> SRR2165896 6 0.4036 6.30e-01 0.024 0.000 0.152 0.020 0.020 0.784
#> SRR601549 6 0.2122 6.58e-01 0.000 0.000 0.076 0.024 0.000 0.900
#> SRR658573 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1393470 6 0.5065 -2.25e-01 0.000 0.012 0.048 0.448 0.000 0.492
#> SRR1381247 3 0.0146 8.84e-01 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.2822 7.57e-01 0.000 0.000 0.852 0.040 0.000 0.108
#> SRR1404044 1 0.1398 7.79e-01 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR1487728 1 0.6671 -1.43e-01 0.496 0.000 0.332 0.052 0.036 0.084
#> SRR1419593 1 0.2145 7.89e-01 0.900 0.000 0.000 0.028 0.072 0.000
#> SRR1434689 2 0.1074 9.02e-01 0.000 0.960 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR1349540 1 0.2605 7.87e-01 0.864 0.000 0.000 0.028 0.108 0.000
#> SRR1377967 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR662510 2 0.0937 9.01e-01 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1370151 2 0.3867 7.81e-01 0.000 0.784 0.020 0.044 0.000 0.152
#> SRR809043 4 0.4047 5.25e-01 0.000 0.000 0.296 0.676 0.000 0.028
#> SRR659578 1 0.4068 6.08e-01 0.788 0.000 0.048 0.024 0.008 0.132
#> SRR1339413 2 0.3954 5.16e-01 0.000 0.636 0.000 0.012 0.000 0.352
#> SRR1434760 1 0.6597 -7.04e-03 0.544 0.000 0.268 0.040 0.040 0.108
#> SRR660079 1 0.2165 7.81e-01 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108 0.000
#> SRR1465153 4 0.2350 7.37e-01 0.000 0.020 0.000 0.880 0.000 0.100
#> SRR1340924 1 0.1610 7.98e-01 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1073267 4 0.4325 1.69e-01 0.000 0.000 0.456 0.524 0.000 0.020
#> SRR1418688 3 0.2145 8.17e-01 0.000 0.000 0.900 0.028 0.000 0.072
#> SRR602338 1 0.1779 7.79e-01 0.920 0.000 0.000 0.016 0.064 0.000
#> SRR1323936 4 0.2311 7.41e-01 0.000 0.000 0.016 0.880 0.000 0.104
#> SRR1313789 2 0.0937 9.01e-01 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR614275 3 0.0717 8.78e-01 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR601962 1 0.3198 6.65e-01 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000
#> SRR663795 5 0.5056 5.69e-01 0.348 0.000 0.024 0.028 0.592 0.008
#> SRR1418650 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR655780 2 0.3665 8.01e-01 0.000 0.800 0.012 0.052 0.000 0.136
#> SRR661794 1 0.1219 7.83e-01 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.1168 9.02e-01 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1358459 6 0.4093 1.10e-01 0.000 0.000 0.476 0.008 0.000 0.516
#> SRR1333550 2 0.4450 6.89e-01 0.000 0.700 0.012 0.052 0.000 0.236
#> SRR821148 1 0.1890 7.70e-01 0.916 0.000 0.000 0.024 0.060 0.000
#> SRR808658 6 0.2082 6.62e-01 0.008 0.000 0.052 0.004 0.020 0.916
#> SRR598100 1 0.3428 5.94e-01 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1475281 6 0.1858 6.62e-01 0.000 0.000 0.076 0.012 0.000 0.912
#> SRR1469477 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0820 9.03e-01 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1415660 2 0.1124 9.01e-01 0.000 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR816892 2 0.4515 7.37e-01 0.000 0.740 0.024 0.088 0.000 0.148
#> SRR1447325 3 0.1053 8.77e-01 0.000 0.000 0.964 0.020 0.004 0.012
#> SRR1415980 1 0.3151 6.76e-01 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR658021 1 0.5639 4.98e-01 0.696 0.000 0.052 0.044 0.124 0.084
#> SRR1356308 2 0.0603 9.04e-01 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1443695 1 0.3298 7.04e-01 0.756 0.000 0.000 0.008 0.236 0.000
#> SRR1083031 6 0.2230 6.13e-01 0.000 0.000 0.024 0.084 0.000 0.892
#> SRR1466177 2 0.4012 5.28e-01 0.000 0.640 0.000 0.016 0.000 0.344
#> SRR1346978 2 0.1168 9.02e-01 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR607705 3 0.3979 -5.11e-05 0.000 0.000 0.540 0.004 0.000 0.456
#> SRR598364 1 0.3470 6.73e-01 0.740 0.000 0.000 0.012 0.248 0.000
#> SRR603036 1 0.2568 7.75e-01 0.876 0.000 0.000 0.068 0.056 0.000
#> SRR604342 5 0.4446 3.20e-01 0.080 0.000 0.096 0.036 0.776 0.012
#> SRR1365850 2 0.1594 8.92e-01 0.000 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> SRR1335940 1 0.2491 7.52e-01 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1436515 1 0.1257 7.94e-01 0.952 0.000 0.000 0.020 0.028 0.000
#> SRR1367612 2 0.0725 9.04e-01 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1411002 1 0.2703 7.62e-01 0.824 0.000 0.000 0.004 0.172 0.000
#> SRR1446606 4 0.4040 6.42e-01 0.000 0.000 0.032 0.688 0.000 0.280
#> SRR1350936 1 0.2361 7.79e-01 0.884 0.000 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1351257 3 0.0865 8.72e-01 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1316793 6 0.3789 3.40e-01 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1090815 1 0.3122 7.48e-01 0.804 0.000 0.000 0.020 0.176 0.000
#> SRR657845 1 0.2462 7.53e-01 0.876 0.000 0.000 0.028 0.096 0.000
#> SRR1408633 2 0.0622 9.04e-01 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1398971 1 0.4613 5.41e-01 0.676 0.000 0.032 0.028 0.264 0.000
#> SRR1399457 6 0.2924 5.96e-01 0.000 0.068 0.040 0.024 0.000 0.868
#> SRR1073341 1 0.4024 7.20e-01 0.816 0.000 0.028 0.064 0.060 0.032
#> SRR810805 1 0.1858 7.90e-01 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092 0.000
#> SRR1309657 1 0.3023 6.95e-01 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR820186 1 0.1757 7.96e-01 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076 0.000
#> SRR1388913 2 0.3354 8.12e-01 0.000 0.812 0.000 0.060 0.000 0.128
#> SRR1396270 3 0.0520 8.82e-01 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR613402 2 0.0820 9.03e-01 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR614912 2 0.0820 9.03e-01 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1478410 4 0.2003 7.42e-01 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR613975 2 0.0865 9.01e-01 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1441631 3 0.2454 7.37e-01 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1088044 6 0.5613 2.45e-02 0.000 0.392 0.020 0.088 0.000 0.500
#> SRR1082909 1 0.2996 7.05e-01 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1392007 2 0.1838 8.87e-01 0.000 0.916 0.000 0.068 0.000 0.016
#> SRR2166524 2 0.0725 9.04e-01 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1445765 1 0.2706 7.70e-01 0.852 0.000 0.000 0.024 0.124 0.000
#> SRR819867 2 0.0622 9.04e-01 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1339675 1 0.3023 6.96e-01 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1085687 2 0.0725 9.04e-01 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR597952 2 0.3819 7.80e-01 0.000 0.788 0.032 0.028 0.000 0.152
#> SRR1376497 6 0.3370 6.13e-01 0.000 0.000 0.212 0.012 0.004 0.772
#> SRR813848 3 0.3586 5.57e-01 0.000 0.000 0.720 0.268 0.000 0.012
#> SRR1379471 1 0.2070 7.69e-01 0.896 0.000 0.000 0.012 0.092 0.000
#> SRR1070960 1 0.2402 7.83e-01 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140 0.000
#> SRR615285 6 0.3843 2.51e-01 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1325353 1 0.1500 7.75e-01 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052 0.000
#> SRR1470682 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR615886 1 0.1918 7.84e-01 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088 0.000
#> SRR1397649 2 0.1168 9.02e-01 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR819690 1 0.1584 7.84e-01 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064 0.000
#> SRR1336113 2 0.3603 8.02e-01 0.000 0.804 0.012 0.048 0.000 0.136
#> SRR1396570 2 0.3671 7.91e-01 0.000 0.800 0.028 0.028 0.000 0.144
#> SRR1327366 2 0.2474 8.67e-01 0.000 0.880 0.000 0.080 0.000 0.040
#> SRR1317218 2 0.0820 9.03e-01 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1352001 1 0.1398 7.79e-01 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR1469791 4 0.4946 6.12e-01 0.000 0.000 0.188 0.652 0.000 0.160
#> SRR1388046 1 0.2985 7.58e-01 0.864 0.000 0.000 0.056 0.060 0.020
#> SRR655076 6 0.2854 6.03e-01 0.000 0.036 0.024 0.068 0.000 0.872
#> SRR1464353 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR654754 1 0.1267 7.97e-01 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR599412 1 0.4849 6.04e-01 0.716 0.000 0.056 0.044 0.180 0.004
#> SRR2166308 3 0.0547 8.81e-01 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR655696 1 0.2743 7.63e-01 0.828 0.000 0.000 0.008 0.164 0.000
#> SRR602978 2 0.0790 9.02e-01 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1323850 2 0.3557 8.01e-01 0.000 0.800 0.004 0.056 0.000 0.140
#> SRR1365512 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663380 1 0.4839 6.10e-01 0.744 0.000 0.104 0.032 0.104 0.016
#> SRR1410469 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659259 2 0.4067 7.59e-01 0.000 0.752 0.000 0.104 0.000 0.144
#> SRR1421223 4 0.3808 6.49e-01 0.000 0.004 0.012 0.700 0.000 0.284
#> SRR1092567 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472598 4 0.4838 4.31e-01 0.000 0.000 0.060 0.544 0.000 0.396
#> SRR1069279 6 0.4521 2.18e-01 0.000 0.016 0.032 0.292 0.000 0.660
#> SRR1351624 6 0.4778 -1.31e-01 0.000 0.000 0.052 0.424 0.000 0.524
#> SRR1342938 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599346 2 0.5691 6.20e-01 0.116 0.676 0.028 0.028 0.004 0.148
#> SRR1359045 1 0.3695 6.64e-01 0.732 0.000 0.000 0.024 0.244 0.000
#> SRR601843 1 0.2020 7.84e-01 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096 0.000
#> SRR1318898 1 0.3076 6.86e-01 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1455104 1 0.2491 7.56e-01 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR598565 1 0.3390 6.08e-01 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1315188 3 0.3859 4.98e-01 0.000 0.000 0.692 0.288 0.000 0.020
#> SRR1409875 2 0.5146 5.44e-01 0.000 0.616 0.000 0.236 0.000 0.148
#> SRR1348270 2 0.1168 9.02e-01 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR602389 1 0.2378 7.62e-01 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1451857 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1436629 2 0.0865 9.01e-01 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1349144 1 0.1713 7.82e-01 0.928 0.000 0.000 0.028 0.044 0.000
#> SRR615491 4 0.6157 4.11e-01 0.020 0.000 0.084 0.492 0.376 0.028
#> SRR1095937 1 0.6795 9.75e-02 0.576 0.000 0.080 0.040 0.176 0.128
#> SRR1473295 1 0.4456 6.66e-01 0.776 0.000 0.028 0.068 0.108 0.020
#> SRR1457972 2 0.0820 9.03e-01 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1475430 6 0.5727 4.63e-01 0.184 0.000 0.132 0.004 0.044 0.636
#> SRR2164562 3 0.6995 1.25e-01 0.040 0.000 0.468 0.032 0.168 0.292
#> SRR665490 1 0.2003 7.78e-01 0.912 0.000 0.000 0.044 0.044 0.000
#> SRR1434182 2 0.0692 9.04e-01 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1458506 1 0.3126 6.76e-01 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.2762 7.31e-01 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1457925 1 0.2491 7.52e-01 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1434910 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR614107 3 0.0363 8.82e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1323914 2 0.1082 9.01e-01 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1323065 1 0.2941 7.10e-01 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1309578 2 0.1082 9.01e-01 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1500908 1 0.2762 7.32e-01 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1076753 1 0.1524 7.73e-01 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060 0.000
#> SRR1327410 4 0.3123 7.22e-01 0.000 0.000 0.056 0.832 0.000 0.112
#> SRR608064 1 0.3050 6.97e-01 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR608512 1 0.4813 5.43e-01 0.692 0.000 0.048 0.040 0.220 0.000
#> SRR2167551 6 0.1152 6.57e-01 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000 0.952
#> SRR1394872 1 0.2191 7.86e-01 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120 0.000
#> SRR1345669 1 0.1524 7.73e-01 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060 0.000
#> SRR1367588 6 0.3937 3.20e-01 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000 0.572
#> SRR1387724 3 0.0146 8.84e-01 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR660438 6 0.5243 4.21e-01 0.000 0.000 0.328 0.028 0.056 0.588
#> SRR1310758 6 0.1594 6.58e-01 0.000 0.000 0.052 0.016 0.000 0.932
#> SRR601525 2 0.3480 8.11e-01 0.000 0.816 0.012 0.048 0.000 0.124
#> SRR818749 1 0.3163 7.06e-01 0.764 0.000 0.000 0.004 0.232 0.000
#> SRR604294 1 0.3629 6.49e-01 0.724 0.000 0.000 0.016 0.260 0.000
#> SRR1322494 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1377949 6 0.1644 6.64e-01 0.000 0.000 0.076 0.004 0.000 0.920
#> SRR1317001 1 0.1644 7.89e-01 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076 0.000
#> SRR1311897 1 0.1584 7.84e-01 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064 0.000
#> SRR1308715 2 0.1588 8.87e-01 0.000 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR1415195 4 0.3285 6.95e-01 0.000 0.000 0.116 0.820 0.000 0.064
#> SRR1380163 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1480611 1 0.1500 7.75e-01 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052 0.000
#> SRR603834 1 0.3115 7.64e-01 0.848 0.000 0.000 0.048 0.092 0.012
#> SRR1341256 2 0.0858 9.02e-01 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR613795 1 0.1320 7.92e-01 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016 0.000
#> SRR659744 2 0.3339 8.18e-01 0.000 0.824 0.008 0.048 0.000 0.120
#> SRR1479549 1 0.2030 7.68e-01 0.908 0.000 0.000 0.028 0.064 0.000
#> SRR613258 1 0.4974 5.81e-01 0.736 0.000 0.040 0.028 0.056 0.140
#> SRR1088808 1 0.3409 6.03e-01 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1329068 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1480565 2 0.0508 9.04e-01 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1337137 2 0.2856 8.48e-01 0.000 0.856 0.000 0.076 0.000 0.068
#> SRR1099520 1 0.2019 7.91e-01 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088 0.000
#> SRR603942 5 0.4337 2.15e-01 0.480 0.000 0.000 0.020 0.500 0.000
#> SRR1440625 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.1572 7.84e-01 0.936 0.000 0.000 0.028 0.036 0.000
#> SRR657360 1 0.1984 7.71e-01 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056 0.000
#> SRR1473443 6 0.2527 6.51e-01 0.000 0.000 0.108 0.024 0.000 0.868
#> SRR1498438 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394655 5 0.2951 4.75e-01 0.128 0.000 0.004 0.020 0.844 0.004
#> SRR1322437 4 0.3063 6.88e-01 0.000 0.092 0.000 0.840 0.000 0.068
#> SRR660236 3 0.2687 8.30e-01 0.004 0.000 0.888 0.028 0.052 0.028
#> SRR1466338 6 0.5078 3.69e-01 0.000 0.000 0.160 0.208 0.000 0.632
#> SRR604148 1 0.2823 7.25e-01 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1334939 6 0.2499 6.33e-01 0.000 0.000 0.048 0.072 0.000 0.880
#> SRR1349497 1 0.2491 7.57e-01 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1360523 1 0.1524 7.73e-01 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060 0.000
#> SRR1446114 4 0.3876 6.55e-01 0.000 0.120 0.000 0.772 0.000 0.108
#> SRR1339366 2 0.1720 8.87e-01 0.000 0.928 0.000 0.032 0.000 0.040
#> SRR656469 3 0.3699 3.92e-01 0.000 0.000 0.660 0.004 0.000 0.336
#> SRR1389868 1 0.1643 7.71e-01 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068 0.000
#> SRR1390265 2 0.0914 9.04e-01 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1364935 4 0.2288 7.44e-01 0.000 0.004 0.004 0.876 0.000 0.116
#> SRR1469102 1 0.1349 7.79e-01 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR1440584 2 0.2901 8.30e-01 0.000 0.840 0.000 0.032 0.000 0.128
#> SRR1459697 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1352575 1 0.2164 7.64e-01 0.900 0.000 0.000 0.032 0.068 0.000
#> SRR613711 2 0.1168 9.02e-01 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR614023 1 0.1594 7.82e-01 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052 0.000
#> SRR1316174 1 0.3531 5.41e-01 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR603268 2 0.3603 8.01e-01 0.000 0.804 0.012 0.048 0.000 0.136
#> SRR1486044 2 0.0909 9.03e-01 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1441483 2 0.1168 9.02e-01 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1074189 6 0.4685 5.14e-01 0.160 0.004 0.048 0.008 0.036 0.744
#> SRR665646 1 0.2793 7.27e-01 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1404931 3 0.1268 8.68e-01 0.000 0.000 0.952 0.004 0.008 0.036
#> SRR1431552 3 0.0458 8.78e-01 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1479085 6 0.5262 5.55e-01 0.068 0.000 0.060 0.036 0.108 0.728
#> SRR1322711 2 0.1168 9.02e-01 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1404988 2 0.3432 7.44e-01 0.000 0.764 0.000 0.216 0.000 0.020
#> SRR1419848 2 0.4726 6.72e-01 0.000 0.700 0.008 0.124 0.000 0.168
#> SRR1332713 5 0.3991 2.36e-01 0.472 0.000 0.000 0.004 0.524 0.000
#> SRR1070863 1 0.2070 7.69e-01 0.896 0.000 0.000 0.012 0.092 0.000
#> SRR659947 1 0.5526 5.83e-01 0.692 0.000 0.044 0.040 0.160 0.064
#> SRR1414356 1 0.3717 6.17e-01 0.708 0.000 0.000 0.016 0.276 0.000
#> SRR599122 3 0.0146 8.84e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1344100 2 0.0508 9.04e-01 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR613018 4 0.4633 4.43e-01 0.000 0.004 0.036 0.568 0.000 0.392
#> SRR1456591 1 0.1723 7.98e-01 0.928 0.000 0.000 0.036 0.036 0.000
#> SRR1368710 2 0.2902 7.69e-01 0.000 0.800 0.000 0.004 0.000 0.196
#> SRR1397885 1 0.2941 7.05e-01 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1319283 6 0.3944 6.14e-01 0.024 0.000 0.068 0.032 0.056 0.820
#> SRR1349518 2 0.1082 9.01e-01 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1471267 1 0.1984 7.71e-01 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056 0.000
#> SRR655277 1 0.2854 7.19e-01 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1455436 2 0.4506 7.33e-01 0.000 0.744 0.040 0.060 0.000 0.156
#> SRR658009 1 0.2176 7.81e-01 0.896 0.000 0.000 0.024 0.080 0.000
#> SRR1331383 4 0.2165 7.43e-01 0.000 0.000 0.008 0.884 0.000 0.108
#> SRR1394894 6 0.3862 3.97e-01 0.000 0.000 0.388 0.004 0.000 0.608
#> SRR659133 3 0.3237 7.98e-01 0.004 0.000 0.840 0.028 0.112 0.016
#> SRR660212 6 0.3073 6.32e-01 0.000 0.000 0.164 0.016 0.004 0.816
#> SRR657821 1 0.4557 6.74e-01 0.780 0.000 0.048 0.060 0.084 0.028
#> SRR1379279 2 0.5488 3.95e-01 0.000 0.548 0.020 0.084 0.000 0.348
#> SRR663149 6 0.4636 4.90e-01 0.176 0.000 0.048 0.004 0.040 0.732
#> SRR1413032 3 0.0000 8.85e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377557 1 0.1563 7.84e-01 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056 0.000
#> SRR1335296 2 0.1074 9.03e-01 0.000 0.960 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR1407273 6 0.1418 6.44e-01 0.000 0.000 0.032 0.024 0.000 0.944
#> SRR657101 6 0.1542 6.63e-01 0.000 0.000 0.052 0.004 0.008 0.936
#> SRR1350588 3 0.2145 7.80e-01 0.076 0.000 0.904 0.004 0.012 0.004
#> SRR1368486 1 0.2822 7.58e-01 0.868 0.000 0.000 0.056 0.068 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.876 0.920 0.967 0.5003 0.500 0.500
#> 3 3 0.870 0.882 0.949 0.3187 0.766 0.564
#> 4 4 0.853 0.834 0.926 0.0972 0.876 0.664
#> 5 5 0.748 0.780 0.869 0.0625 0.905 0.685
#> 6 6 0.719 0.609 0.762 0.0489 0.912 0.662
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR661409 1 0.9909 0.2067 0.556 0.444
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1357344 1 0.7745 0.7035 0.772 0.228
#> SRR1365356 1 0.4022 0.8939 0.920 0.080
#> SRR598068 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR598645 1 0.9896 0.2194 0.560 0.440
#> SRR656528 1 0.8386 0.6342 0.732 0.268
#> SRR809503 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR655495 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR814919 2 0.9775 0.3111 0.412 0.588
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.3431 0.9095 0.936 0.064
#> SRR659851 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1359529 2 0.0938 0.9545 0.012 0.988
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.4939 0.8624 0.892 0.108
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.8713 0.5916 0.292 0.708
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR607502 1 0.9754 0.3166 0.592 0.408
#> SRR602951 2 0.7219 0.7468 0.200 0.800
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 0.1843 0.9436 0.972 0.028
#> SRR1374778 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1089926 2 0.9998 0.0202 0.492 0.508
#> SRR1437056 2 0.6973 0.7634 0.188 0.812
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.1184 0.9534 0.984 0.016
#> SRR2166006 2 0.7674 0.7088 0.224 0.776
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1454498 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.0672 0.9578 0.008 0.992
#> SRR601549 2 0.0938 0.9547 0.012 0.988
#> SRR658573 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1381247 1 0.9323 0.4699 0.652 0.348
#> SRR1322790 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR809043 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.2603 0.9288 0.956 0.044
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1418688 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.7815 0.6952 0.768 0.232
#> SRR601962 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.5629 0.8354 0.132 0.868
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR808658 2 0.8813 0.5771 0.300 0.700
#> SRR598100 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1469477 1 0.7453 0.7271 0.788 0.212
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.3274 0.9119 0.060 0.940
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR607705 2 0.9993 0.0410 0.484 0.516
#> SRR598364 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR604342 2 0.9608 0.3910 0.384 0.616
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.6801 0.7752 0.180 0.820
#> SRR1316793 1 0.9998 0.0349 0.508 0.492
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.2603 0.9294 0.956 0.044
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.7745 0.7016 0.772 0.228
#> SRR613402 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1376497 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR813848 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.4431 0.8802 0.908 0.092
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.2778 0.9253 0.952 0.048
#> SRR655696 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.3274 0.9117 0.060 0.940
#> SRR663380 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1342938 2 0.0376 0.9611 0.004 0.996
#> SRR599346 2 0.7528 0.7202 0.216 0.784
#> SRR1359045 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.7056 0.7584 0.192 0.808
#> SRR1095937 1 0.5178 0.8524 0.884 0.116
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1475430 2 0.8327 0.6511 0.264 0.736
#> SRR2164562 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.0376 0.9611 0.004 0.996
#> SRR1387724 1 0.9833 0.2699 0.576 0.424
#> SRR660438 1 0.8608 0.6044 0.716 0.284
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR601525 2 0.1843 0.9408 0.028 0.972
#> SRR818749 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.6438 0.7946 0.836 0.164
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.3114 0.9173 0.944 0.056
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.5408 0.8430 0.876 0.124
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1394655 1 0.9881 0.2321 0.564 0.436
#> SRR1322437 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.5629 0.8355 0.132 0.868
#> SRR1466338 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.4939 0.8610 0.108 0.892
#> SRR656469 2 0.5408 0.8438 0.124 0.876
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1074189 2 0.9580 0.3941 0.380 0.620
#> SRR665646 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.1414 0.9479 0.020 0.980
#> SRR1431552 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1479085 2 0.9635 0.3710 0.388 0.612
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.1414 0.9503 0.980 0.020
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.9833 0.2669 0.424 0.576
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1394894 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR659133 2 0.6438 0.7961 0.164 0.836
#> SRR660212 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1413032 2 0.6801 0.7750 0.180 0.820
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9642 0.000 1.000
#> SRR657101 2 0.9129 0.5174 0.328 0.672
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0747 0.9513 0.984 0.000 0.016
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 3 0.3482 0.8268 0.128 0.000 0.872
#> SRR661409 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.1753 0.9007 0.000 0.048 0.952
#> SRR601359 1 0.1031 0.9456 0.976 0.000 0.024
#> SRR663392 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0237 0.9210 0.000 0.004 0.996
#> SRR601157 1 0.1529 0.9329 0.960 0.000 0.040
#> SRR615347 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.4974 0.6869 0.236 0.764 0.000
#> SRR1365356 3 0.0424 0.9187 0.008 0.000 0.992
#> SRR598068 3 0.4654 0.7254 0.208 0.000 0.792
#> SRR810343 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499699 1 0.1753 0.9182 0.952 0.048 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.0892 0.9131 0.020 0.000 0.980
#> SRR663368 1 0.0747 0.9513 0.984 0.000 0.016
#> SRR1354225 2 0.0424 0.9417 0.000 0.992 0.008
#> SRR1089809 3 0.2356 0.8818 0.000 0.072 0.928
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.6302 0.0523 0.480 0.000 0.520
#> SRR809503 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.1163 0.9122 0.000 0.028 0.972
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.6126 0.3329 0.600 0.000 0.400
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0592 0.9189 0.000 0.012 0.988
#> SRR1404384 2 0.0661 0.9404 0.008 0.988 0.004
#> SRR655495 3 0.1289 0.9101 0.000 0.032 0.968
#> SRR812270 3 0.0892 0.9156 0.000 0.020 0.980
#> SRR821176 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 1 0.8201 0.1574 0.524 0.076 0.400
#> SRR1415274 1 0.1529 0.9329 0.960 0.000 0.040
#> SRR1491275 2 0.5650 0.5446 0.312 0.688 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0747 0.9513 0.984 0.000 0.016
#> SRR1456208 3 0.3879 0.7997 0.152 0.000 0.848
#> SRR1393428 2 0.5968 0.4300 0.000 0.636 0.364
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.1031 0.9296 0.000 0.976 0.024
#> SRR1359529 2 0.0747 0.9349 0.016 0.984 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0747 0.9513 0.984 0.000 0.016
#> SRR656191 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.3192 0.8422 0.112 0.000 0.888
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0237 0.9578 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.7693 0.3266 0.056 0.580 0.364
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0424 0.9543 0.992 0.008 0.000
#> SRR1095792 3 0.2356 0.8822 0.000 0.072 0.928
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0475 0.9209 0.004 0.004 0.992
#> SRR602951 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314071 3 0.4291 0.7652 0.180 0.000 0.820
#> SRR1374778 2 0.6252 0.1787 0.000 0.556 0.444
#> SRR1089926 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166006 2 0.8607 0.4407 0.152 0.592 0.256
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0592 0.9388 0.000 0.988 0.012
#> SRR1433311 3 0.0592 0.9170 0.012 0.000 0.988
#> SRR656373 3 0.1753 0.8962 0.048 0.000 0.952
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0237 0.9571 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.5254 0.6225 0.000 0.736 0.264
#> SRR1476348 2 0.0237 0.9443 0.000 0.996 0.004
#> SRR656035 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.0592 0.9382 0.012 0.988 0.000
#> SRR601549 2 0.5016 0.6688 0.000 0.760 0.240
#> SRR658573 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.4452 0.7484 0.000 0.192 0.808
#> SRR1381247 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.1529 0.9030 0.000 0.040 0.960
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0237 0.9441 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370151 2 0.1643 0.9130 0.000 0.956 0.044
#> SRR809043 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.2711 0.8777 0.912 0.088 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.6095 0.3729 0.000 0.392 0.608
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0237 0.9210 0.000 0.004 0.996
#> SRR1313789 2 0.0237 0.9441 0.004 0.996 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.1289 0.9395 0.968 0.000 0.032
#> SRR663795 3 0.3038 0.8511 0.104 0.000 0.896
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.6302 0.0853 0.000 0.480 0.520
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 2 0.1860 0.9023 0.052 0.948 0.000
#> SRR598100 3 0.6215 0.2560 0.428 0.000 0.572
#> SRR1475281 2 0.2537 0.8774 0.000 0.920 0.080
#> SRR1469477 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0592 0.9388 0.000 0.988 0.012
#> SRR816892 3 0.1163 0.9120 0.000 0.028 0.972
#> SRR1447325 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0592 0.9537 0.988 0.000 0.012
#> SRR658021 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.2066 0.9148 0.940 0.000 0.060
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 1 0.8649 0.4613 0.600 0.196 0.204
#> SRR598364 1 0.1411 0.9364 0.964 0.000 0.036
#> SRR603036 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0424 0.9559 0.992 0.000 0.008
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.6154 0.3215 0.000 0.408 0.592
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0592 0.9189 0.000 0.012 0.988
#> SRR1316793 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0592 0.9513 0.988 0.012 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 3 0.0237 0.9203 0.004 0.000 0.996
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073341 1 0.4002 0.7938 0.840 0.160 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0592 0.9537 0.988 0.000 0.012
#> SRR820186 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.1860 0.9055 0.000 0.948 0.052
#> SRR1396270 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.1529 0.9056 0.000 0.040 0.960
#> SRR613975 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 2 0.6244 0.2150 0.000 0.560 0.440
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0592 0.9537 0.988 0.000 0.012
#> SRR1392007 2 0.6180 0.2649 0.000 0.584 0.416
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0424 0.9417 0.000 0.992 0.008
#> SRR597952 2 0.0592 0.9385 0.012 0.988 0.000
#> SRR1376497 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR813848 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0747 0.9481 0.984 0.016 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.2537 0.8851 0.920 0.080 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0592 0.9381 0.012 0.988 0.000
#> SRR1327366 2 0.5882 0.4533 0.000 0.652 0.348
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.1163 0.9121 0.000 0.028 0.972
#> SRR1388046 1 0.5431 0.5943 0.716 0.284 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0237 0.9576 0.996 0.000 0.004
#> SRR2166308 3 0.0892 0.9130 0.020 0.000 0.980
#> SRR655696 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0592 0.9189 0.000 0.012 0.988
#> SRR659259 3 0.1529 0.9064 0.000 0.040 0.960
#> SRR1421223 2 0.4654 0.7272 0.000 0.792 0.208
#> SRR1092567 3 0.0237 0.9210 0.000 0.004 0.996
#> SRR1472598 3 0.1289 0.9102 0.000 0.032 0.968
#> SRR1069279 2 0.0424 0.9417 0.000 0.992 0.008
#> SRR1351624 2 0.4931 0.6879 0.000 0.768 0.232
#> SRR1342938 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR599346 2 0.1753 0.9056 0.048 0.952 0.000
#> SRR1359045 1 0.5560 0.5718 0.700 0.000 0.300
#> SRR601843 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0747 0.9513 0.984 0.000 0.016
#> SRR1455104 1 0.0237 0.9578 0.996 0.000 0.004
#> SRR598565 1 0.3482 0.8406 0.872 0.000 0.128
#> SRR1315188 3 0.0237 0.9210 0.000 0.004 0.996
#> SRR1409875 3 0.2448 0.8788 0.000 0.076 0.924
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0237 0.9441 0.004 0.996 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.7853 0.2421 0.556 0.060 0.384
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.0237 0.9203 0.004 0.000 0.996
#> SRR2164562 1 0.0747 0.9510 0.984 0.000 0.016
#> SRR665490 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0592 0.9537 0.988 0.000 0.012
#> SRR808886 3 0.0424 0.9200 0.000 0.008 0.992
#> SRR1329442 1 0.0892 0.9487 0.980 0.000 0.020
#> SRR1457925 1 0.0592 0.9537 0.988 0.000 0.012
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0424 0.9559 0.992 0.000 0.008
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0237 0.9578 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0892 0.9157 0.000 0.020 0.980
#> SRR608064 1 0.0892 0.9486 0.980 0.000 0.020
#> SRR608512 1 0.0892 0.9489 0.980 0.000 0.020
#> SRR2167551 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.0237 0.9441 0.004 0.996 0.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 1 0.6026 0.3875 0.624 0.376 0.000
#> SRR1310758 2 0.0237 0.9442 0.004 0.996 0.000
#> SRR601525 2 0.0237 0.9441 0.004 0.996 0.000
#> SRR818749 1 0.0592 0.9537 0.988 0.000 0.012
#> SRR604294 1 0.5591 0.5663 0.696 0.000 0.304
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.0592 0.9389 0.000 0.988 0.012
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0237 0.9210 0.000 0.004 0.996
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.4974 0.6809 0.764 0.236 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.6286 0.1343 0.536 0.464 0.000
#> SRR1088808 3 0.5254 0.6289 0.264 0.000 0.736
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 3 0.6154 0.3287 0.000 0.408 0.592
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 3 0.5058 0.6708 0.244 0.000 0.756
#> SRR1440625 3 0.0592 0.9189 0.000 0.012 0.988
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.6140 0.3260 0.000 0.404 0.596
#> SRR1498438 3 0.0592 0.9189 0.000 0.012 0.988
#> SRR1394655 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 3 0.5138 0.6618 0.000 0.252 0.748
#> SRR660236 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.1411 0.9077 0.000 0.036 0.964
#> SRR604148 1 0.0592 0.9537 0.988 0.000 0.012
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.1643 0.9028 0.000 0.044 0.956
#> SRR1339366 2 0.0747 0.9347 0.016 0.984 0.000
#> SRR656469 2 0.4700 0.7486 0.180 0.812 0.008
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.3340 0.8371 0.000 0.120 0.880
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0237 0.9571 0.996 0.004 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.6126 0.3318 0.600 0.000 0.400
#> SRR603268 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.1411 0.9167 0.036 0.964 0.000
#> SRR665646 1 0.0237 0.9578 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404931 3 0.0237 0.9210 0.000 0.004 0.996
#> SRR1431552 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 3 0.8921 0.3206 0.136 0.348 0.516
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.4121 0.7788 0.000 0.832 0.168
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332713 3 0.1753 0.8963 0.048 0.000 0.952
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0747 0.9483 0.984 0.016 0.000
#> SRR1414356 1 0.4235 0.7790 0.824 0.000 0.176
#> SRR599122 3 0.2796 0.8626 0.092 0.000 0.908
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.2796 0.8646 0.000 0.092 0.908
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.6235 0.2302 0.436 0.564 0.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0424 0.9559 0.992 0.000 0.008
#> SRR1455436 3 0.2878 0.8611 0.000 0.096 0.904
#> SRR658009 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0424 0.9201 0.000 0.008 0.992
#> SRR1394894 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR659133 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 2 0.0237 0.9443 0.000 0.996 0.004
#> SRR657821 1 0.1289 0.9339 0.968 0.032 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR663149 2 0.3116 0.8473 0.000 0.892 0.108
#> SRR1413032 3 0.0000 0.9215 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9595 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0237 0.9441 0.004 0.996 0.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> SRR657101 2 0.5465 0.5943 0.288 0.712 0.000
#> SRR1350588 3 0.4346 0.7588 0.184 0.000 0.816
#> SRR1368486 1 0.0592 0.9513 0.988 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.1022 0.9432 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1499543 1 0.0592 0.9526 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1443419 2 0.0524 0.9374 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR657372 4 0.1389 0.8059 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR661409 4 0.0188 0.8160 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1409721 2 0.0469 0.9396 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0592 0.9526 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0188 0.9549 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1435113 4 0.2773 0.7917 0.000 0.072 0.028 0.900
#> SRR601359 1 0.3569 0.7584 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR663392 2 0.1118 0.9236 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1374716 4 0.0657 0.8160 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR601157 1 0.3400 0.7785 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR615347 2 0.0188 0.9418 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1329464 1 0.0188 0.9549 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357344 2 0.7514 0.2206 0.184 0.504 0.308 0.004
#> SRR1365356 3 0.2654 0.8099 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR598068 3 0.3486 0.7793 0.092 0.000 0.864 0.044
#> SRR810343 1 0.0817 0.9485 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.4605 0.5209 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1499699 1 0.5427 0.4438 0.640 0.020 0.336 0.004
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR603726 4 0.2473 0.7843 0.080 0.000 0.012 0.908
#> SRR663368 1 0.0592 0.9526 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1354225 2 0.3219 0.7881 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1089809 3 0.2198 0.8377 0.000 0.008 0.920 0.072
#> SRR1338901 2 0.0336 0.9402 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR598645 3 0.2868 0.7876 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR656528 3 0.3052 0.7373 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR809503 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR659923 2 0.0188 0.9426 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614743 4 0.2124 0.7892 0.000 0.008 0.068 0.924
#> SRR1406307 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348318 4 0.4817 0.3714 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1343433 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1342088 3 0.0336 0.8623 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404384 3 0.1191 0.8503 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR655495 3 0.0707 0.8610 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR812270 3 0.4855 0.3916 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR821176 2 0.0469 0.9396 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR807799 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.8510 0.0988 0.460 0.288 0.208 0.044
#> SRR1415274 1 0.3726 0.7313 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1491275 3 0.5888 0.5912 0.192 0.100 0.704 0.004
#> SRR659851 1 0.0592 0.9526 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1337364 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0592 0.9526 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1456208 3 0.6698 0.2740 0.096 0.000 0.532 0.372
#> SRR1393428 3 0.0524 0.8626 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1327632 1 0.0817 0.9487 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR608120 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.3024 0.8082 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1359529 3 0.1362 0.8491 0.012 0.020 0.964 0.004
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0817 0.9485 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR656191 2 0.0469 0.9396 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1419211 1 0.0188 0.9530 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658117 3 0.0336 0.8624 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0376 0.9543 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 3 0.0376 0.8623 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1095792 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0817 0.8605 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR602951 4 0.4761 0.3170 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1402922 3 0.1978 0.8192 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1314071 4 0.2224 0.8075 0.040 0.000 0.032 0.928
#> SRR1374778 3 0.0524 0.8595 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1089926 3 0.0188 0.8623 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437056 3 0.0592 0.8616 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 4 0.0817 0.8114 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2166006 2 0.5555 0.6054 0.192 0.736 0.016 0.056
#> SRR1341034 2 0.0469 0.9396 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1460235 1 0.0188 0.9530 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.2635 0.8717 0.000 0.904 0.076 0.020
#> SRR1433311 3 0.4018 0.6909 0.004 0.000 0.772 0.224
#> SRR656373 4 0.0817 0.8142 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.1211 0.8548 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR661711 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR661493 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0817 0.8601 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1327349 2 0.3688 0.7253 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1476348 2 0.1302 0.9169 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR656035 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.4267 0.6552 0.008 0.216 0.772 0.004
#> SRR601549 3 0.0524 0.8616 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR658573 2 0.0336 0.9412 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1393470 4 0.5137 0.1594 0.000 0.452 0.004 0.544
#> SRR1381247 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0188 0.9549 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487728 3 0.5168 0.0306 0.496 0.000 0.500 0.004
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1377967 2 0.0469 0.9396 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662510 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.2469 0.8547 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR809043 4 0.3649 0.6438 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR659578 1 0.0895 0.9385 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1339413 2 0.0188 0.9418 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1434760 3 0.4998 0.0775 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR660079 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1465153 4 0.4916 0.2679 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1340924 1 0.0188 0.9549 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073267 3 0.4222 0.6292 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1418688 3 0.0707 0.8610 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR602338 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.1211 0.8056 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1313789 2 0.0712 0.9347 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR614275 3 0.3074 0.7728 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR601962 1 0.1389 0.9315 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR663795 4 0.5052 0.6364 0.244 0.000 0.036 0.720
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0188 0.9426 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661794 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.1022 0.8577 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 3 0.0188 0.8608 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808658 2 0.5656 0.5822 0.056 0.692 0.248 0.004
#> SRR598100 4 0.2973 0.7440 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1475281 3 0.0524 0.8593 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1469477 3 0.0921 0.8590 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.2814 0.8274 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR816892 4 0.1118 0.8141 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1447325 4 0.0707 0.8133 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1415980 1 0.0817 0.9485 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR658021 3 0.5163 0.0927 0.480 0.000 0.516 0.004
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.2401 0.8845 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR1083031 3 0.5016 0.3461 0.000 0.396 0.600 0.004
#> SRR1466177 2 0.0657 0.9346 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.0188 0.8608 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR598364 1 0.0707 0.9507 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR603036 1 0.0895 0.9389 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR604342 4 0.0188 0.8160 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1365850 2 0.0592 0.9377 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1335940 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446606 3 0.5847 0.4857 0.000 0.320 0.628 0.052
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0336 0.8623 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1316793 3 0.0188 0.8622 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1090815 1 0.0188 0.9534 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0592 0.9377 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1398971 4 0.0592 0.8158 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1399457 2 0.0376 0.9399 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1073341 1 0.3200 0.8364 0.880 0.092 0.024 0.004
#> SRR810805 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1309657 1 0.0707 0.9507 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR820186 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1388913 2 0.4992 0.0775 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1396270 3 0.1474 0.8495 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR613402 2 0.0469 0.9396 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR614912 2 0.0707 0.9354 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1478410 3 0.5022 0.6180 0.000 0.028 0.708 0.264
#> SRR613975 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.0336 0.9402 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1082909 1 0.0707 0.9507 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1392007 4 0.4804 0.3773 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR2166524 2 0.0188 0.9426 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0592 0.9377 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1339675 1 0.0921 0.9462 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1085687 2 0.0707 0.9360 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR597952 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.1557 0.8477 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR813848 4 0.1211 0.8055 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1379471 1 0.0188 0.9530 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR615285 3 0.0657 0.8570 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1336113 2 0.1022 0.9268 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1396570 2 0.0564 0.9374 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1327366 2 0.4855 0.3167 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.1661 0.8506 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR1388046 1 0.2888 0.8147 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR655076 2 0.1909 0.8966 0.008 0.940 0.048 0.004
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 3 0.0336 0.8624 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR655696 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR602978 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0188 0.9426 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1365512 3 0.0817 0.8601 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR663380 1 0.4643 0.4572 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659259 4 0.1211 0.8127 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1421223 3 0.3143 0.7919 0.000 0.100 0.876 0.024
#> SRR1092567 3 0.0817 0.8601 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1472598 3 0.0469 0.8620 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1069279 3 0.4624 0.4833 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1351624 3 0.0188 0.8615 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1342938 3 0.0188 0.8623 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR599346 2 0.0336 0.9385 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1359045 4 0.3907 0.6687 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR601843 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1318898 1 0.1389 0.9304 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1455104 1 0.0188 0.9549 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598565 1 0.4697 0.4481 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1315188 3 0.4454 0.5728 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1409875 4 0.2149 0.7935 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0592 0.9526 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0188 0.8160 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1095937 1 0.6670 -0.0021 0.492 0.056 0.012 0.440
#> SRR1473295 1 0.3945 0.7009 0.780 0.000 0.216 0.004
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 3 0.4274 0.7561 0.072 0.000 0.820 0.108
#> SRR2164562 3 0.0895 0.8535 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR665490 1 0.0524 0.9481 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1434182 2 0.0592 0.9377 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1458506 1 0.1557 0.9232 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR808886 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457925 1 0.0592 0.9526 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.4277 0.6191 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0592 0.9526 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1309578 2 0.0188 0.9418 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1500908 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.4817 0.4096 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR608064 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR608512 1 0.0524 0.9522 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2167551 3 0.3626 0.6995 0.000 0.184 0.812 0.004
#> SRR1394872 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345669 1 0.0188 0.9549 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367588 3 0.0524 0.8586 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1387724 3 0.1118 0.8562 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR660438 3 0.0524 0.8586 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1310758 2 0.5565 0.0814 0.012 0.520 0.464 0.004
#> SRR601525 2 0.0921 0.9299 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR818749 1 0.1211 0.9370 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR604294 4 0.4584 0.5619 0.300 0.004 0.000 0.696
#> SRR1322494 2 0.0707 0.9354 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1377949 3 0.0524 0.8594 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1317001 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311897 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0921 0.8106 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1380163 2 0.0188 0.9426 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.3508 0.8386 0.872 0.060 0.064 0.004
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.4304 0.5667 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR1088808 4 0.1211 0.8098 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1329068 2 0.0817 0.9327 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 4 0.4250 0.5956 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1099520 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR603942 4 0.3528 0.7032 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1440625 3 0.0188 0.8623 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.0188 0.8615 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1498438 3 0.0817 0.8601 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1394655 4 0.0188 0.8163 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1322437 4 0.3400 0.7277 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR660236 4 0.0707 0.8133 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1466338 3 0.1118 0.8562 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR604148 1 0.0592 0.9526 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334939 3 0.4832 0.5254 0.004 0.312 0.680 0.004
#> SRR1349497 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1360523 1 0.0336 0.9547 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446114 4 0.1474 0.8088 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0376 0.8600 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.3569 0.7092 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0592 0.9377 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 4 0.4866 0.3273 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR603268 2 0.0817 0.9327 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1486044 2 0.0707 0.9354 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.2685 0.8697 0.040 0.912 0.044 0.004
#> SRR665646 1 0.0469 0.9541 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1404931 4 0.4933 0.1384 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1431552 4 0.1792 0.7888 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1479085 4 0.6389 0.6458 0.036 0.200 0.072 0.692
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.3569 0.7427 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1419848 2 0.0779 0.9367 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1332713 4 0.1389 0.8063 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.5193 0.2822 0.580 0.008 0.000 0.412
#> SRR1414356 4 0.4972 0.1851 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR599122 3 0.0000 0.8618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613018 4 0.1792 0.8029 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1456591 1 0.0376 0.9540 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1368710 2 0.0336 0.9402 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1397885 1 0.1389 0.9306 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1319283 3 0.5935 0.5116 0.268 0.064 0.664 0.004
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0188 0.9530 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655277 1 0.0921 0.9460 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1455436 4 0.2973 0.7561 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR658009 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 4 0.0779 0.8146 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1394894 3 0.1716 0.8433 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR659133 4 0.0592 0.8145 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR660212 3 0.4830 0.3592 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR657821 1 0.3831 0.8059 0.848 0.040 0.108 0.004
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663149 2 0.0336 0.9399 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1413032 3 0.1716 0.8429 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1377557 1 0.0188 0.9549 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9435 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.5334 0.0107 0.004 0.508 0.484 0.004
#> SRR657101 2 0.7173 0.3872 0.224 0.576 0.196 0.004
#> SRR1350588 3 0.1629 0.8509 0.024 0.000 0.952 0.024
#> SRR1368486 1 0.1978 0.8921 0.928 0.000 0.068 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.2438 0.8879 0.900 0.000 0.000 0.060 0.040
#> SRR1499543 1 0.2017 0.8954 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1443419 2 0.1043 0.9088 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR657372 4 0.4275 0.6141 0.228 0.000 0.008 0.740 0.024
#> SRR661409 4 0.3875 0.7191 0.124 0.000 0.000 0.804 0.072
#> SRR1409721 2 0.0162 0.9144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1391678 1 0.1082 0.9029 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1392030 1 0.1282 0.8996 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1453787 1 0.2972 0.8738 0.872 0.004 0.000 0.040 0.084
#> SRR654969 1 0.1043 0.8983 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1435113 4 0.3654 0.7735 0.000 0.068 0.048 0.848 0.036
#> SRR601359 1 0.3527 0.8036 0.804 0.000 0.000 0.172 0.024
#> SRR663392 2 0.1648 0.8943 0.000 0.940 0.000 0.040 0.020
#> SRR1374716 4 0.2607 0.7907 0.000 0.032 0.024 0.904 0.040
#> SRR601157 1 0.3327 0.8242 0.828 0.000 0.000 0.144 0.028
#> SRR615347 5 0.3424 0.6167 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1329464 1 0.1557 0.8979 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR1357344 5 0.3480 0.7031 0.044 0.072 0.028 0.000 0.856
#> SRR1365356 3 0.0579 0.8641 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR598068 3 0.1200 0.8559 0.012 0.000 0.964 0.008 0.016
#> SRR810343 1 0.1493 0.9013 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR1431991 1 0.0510 0.9037 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1312024 3 0.1704 0.8330 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR1499699 5 0.3476 0.6647 0.176 0.000 0.020 0.000 0.804
#> SRR1397861 1 0.3113 0.8678 0.868 0.008 0.000 0.044 0.080
#> SRR1479663 2 0.0912 0.9128 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1475483 1 0.0609 0.9051 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR603726 4 0.4464 0.6999 0.152 0.000 0.048 0.776 0.024
#> SRR663368 1 0.3056 0.8542 0.864 0.000 0.000 0.068 0.068
#> SRR1354225 2 0.1648 0.8947 0.000 0.940 0.000 0.040 0.020
#> SRR1089809 4 0.6965 0.3906 0.000 0.036 0.192 0.524 0.248
#> SRR1338901 5 0.4065 0.5845 0.000 0.264 0.000 0.016 0.720
#> SRR598645 3 0.5056 0.2999 0.000 0.000 0.596 0.360 0.044
#> SRR656528 5 0.4354 0.6593 0.180 0.000 0.056 0.004 0.760
#> SRR809503 1 0.2877 0.8286 0.848 0.004 0.000 0.004 0.144
#> SRR659923 2 0.0609 0.9139 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1498226 1 0.2813 0.8746 0.880 0.004 0.000 0.032 0.084
#> SRR1319858 1 0.2732 0.8133 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1350566 1 0.0955 0.9049 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR614743 4 0.2483 0.7948 0.000 0.028 0.048 0.908 0.016
#> SRR1406307 1 0.0955 0.9001 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1348318 1 0.4736 0.3268 0.576 0.000 0.000 0.404 0.020
#> SRR1343433 1 0.1484 0.9008 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1342088 3 0.0693 0.8641 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1404384 3 0.3527 0.7800 0.004 0.028 0.852 0.024 0.092
#> SRR655495 5 0.4283 0.4315 0.000 0.000 0.348 0.008 0.644
#> SRR812270 4 0.4206 0.6029 0.000 0.000 0.272 0.708 0.020
#> SRR821176 2 0.0693 0.9145 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR807799 2 0.0693 0.9134 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR814919 2 0.7788 0.4026 0.092 0.560 0.196 0.064 0.088
#> SRR1415274 1 0.3812 0.7671 0.772 0.000 0.000 0.204 0.024
#> SRR1491275 5 0.4107 0.6875 0.076 0.020 0.080 0.004 0.820
#> SRR659851 1 0.2570 0.8675 0.888 0.000 0.000 0.028 0.084
#> SRR1337364 1 0.0865 0.9015 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1414471 1 0.3285 0.8589 0.856 0.008 0.000 0.044 0.092
#> SRR1471862 1 0.2012 0.8900 0.920 0.000 0.000 0.020 0.060
#> SRR1456208 3 0.2835 0.7973 0.036 0.000 0.880 0.080 0.004
#> SRR1393428 5 0.3807 0.6053 0.000 0.012 0.240 0.000 0.748
#> SRR1327632 1 0.2853 0.8665 0.876 0.000 0.000 0.052 0.072
#> SRR608120 1 0.2913 0.8723 0.876 0.004 0.000 0.040 0.080
#> SRR607679 2 0.1399 0.9012 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1359529 3 0.2240 0.8377 0.008 0.008 0.924 0.032 0.028
#> SRR1330305 2 0.1012 0.9103 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1436042 1 0.2149 0.8948 0.916 0.000 0.000 0.048 0.036
#> SRR656191 2 0.0162 0.9143 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419211 1 0.3161 0.8617 0.860 0.004 0.000 0.044 0.092
#> SRR658117 5 0.4675 0.6300 0.028 0.000 0.208 0.028 0.736
#> SRR1090770 1 0.2511 0.8807 0.892 0.000 0.000 0.028 0.080
#> SRR657420 1 0.1278 0.9063 0.960 0.000 0.020 0.004 0.016
#> SRR1398686 1 0.2754 0.8767 0.884 0.004 0.000 0.032 0.080
#> SRR821207 1 0.1124 0.9014 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1074694 3 0.1300 0.8600 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1413851 2 0.1117 0.9119 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1319924 2 0.0671 0.9120 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1361050 1 0.3707 0.6343 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1095792 3 0.3489 0.7458 0.000 0.000 0.820 0.036 0.144
#> SRR1476903 1 0.2011 0.8755 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1406502 2 0.2074 0.8710 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR607502 5 0.4462 0.6865 0.060 0.000 0.080 0.060 0.800
#> SRR602951 4 0.4219 0.6176 0.000 0.000 0.260 0.716 0.024
#> SRR1402922 5 0.3694 0.6594 0.000 0.032 0.172 0.000 0.796
#> SRR1314071 4 0.5075 0.6229 0.192 0.040 0.044 0.724 0.000
#> SRR1374778 3 0.1774 0.8407 0.000 0.016 0.932 0.000 0.052
#> SRR1089926 3 0.0000 0.8660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0566 0.8659 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1366772 2 0.0865 0.9115 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1487465 4 0.2166 0.7900 0.004 0.000 0.072 0.912 0.012
#> SRR2166006 2 0.5481 0.6923 0.068 0.728 0.012 0.152 0.040
#> SRR1341034 2 0.1571 0.9012 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1460235 1 0.0992 0.9051 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1368917 1 0.1942 0.8921 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR1457197 5 0.5495 0.6181 0.020 0.136 0.012 0.112 0.720
#> SRR1433311 3 0.1082 0.8558 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR656373 4 0.3216 0.7435 0.108 0.000 0.000 0.848 0.044
#> SRR1454265 1 0.1628 0.8968 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR1454498 3 0.0566 0.8659 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR661711 1 0.0290 0.9037 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR661493 1 0.1197 0.9010 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1356120 1 0.1197 0.8955 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1381414 2 0.1205 0.9101 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1350263 3 0.1792 0.8271 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1327349 2 0.3586 0.7368 0.000 0.792 0.000 0.188 0.020
#> SRR1476348 2 0.2124 0.8631 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR656035 1 0.1168 0.9032 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR2165896 3 0.5057 0.5128 0.000 0.252 0.688 0.024 0.036
#> SRR601549 5 0.3739 0.6920 0.020 0.004 0.072 0.060 0.844
#> SRR658573 2 0.0324 0.9142 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1393470 4 0.6201 0.5633 0.008 0.152 0.016 0.632 0.192
#> SRR1381247 3 0.0566 0.8658 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1322790 3 0.0404 0.8655 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1404044 1 0.0510 0.9053 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1487728 5 0.3530 0.6447 0.204 0.000 0.012 0.000 0.784
#> SRR1419593 1 0.1579 0.9011 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR1434689 2 0.0162 0.9141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349540 1 0.4182 0.3038 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1377967 2 0.0162 0.9144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662510 2 0.0798 0.9123 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1370151 2 0.2806 0.8197 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR809043 4 0.4059 0.5816 0.000 0.004 0.292 0.700 0.004
#> SRR659578 1 0.6116 0.5330 0.640 0.216 0.000 0.044 0.100
#> SRR1339413 2 0.1544 0.8972 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1434760 5 0.4590 0.3137 0.420 0.000 0.012 0.000 0.568
#> SRR660079 1 0.1430 0.9025 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1465153 4 0.5257 0.0616 0.000 0.476 0.012 0.488 0.024
#> SRR1340924 1 0.2484 0.8836 0.900 0.004 0.000 0.028 0.068
#> SRR1073267 3 0.5024 0.0861 0.000 0.000 0.528 0.440 0.032
#> SRR1418688 3 0.0404 0.8655 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR602338 1 0.2972 0.8698 0.872 0.004 0.000 0.040 0.084
#> SRR1323936 4 0.1901 0.7939 0.000 0.012 0.056 0.928 0.004
#> SRR1313789 2 0.1668 0.9043 0.000 0.940 0.000 0.032 0.028
#> SRR614275 3 0.1331 0.8519 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR601962 1 0.2325 0.8819 0.904 0.000 0.000 0.068 0.028
#> SRR663795 4 0.4330 0.7012 0.160 0.000 0.052 0.776 0.012
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9142 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 2 0.1522 0.9073 0.000 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR661794 1 0.1408 0.9017 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1339508 3 0.0000 0.8660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0404 0.9142 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1358459 3 0.4562 -0.0459 0.000 0.000 0.500 0.008 0.492
#> SRR1333550 2 0.2813 0.7957 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR821148 1 0.1469 0.9048 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR808658 2 0.7267 0.3923 0.056 0.568 0.080 0.044 0.252
#> SRR598100 4 0.4315 0.5505 0.276 0.000 0.000 0.700 0.024
#> SRR1475281 3 0.4650 0.0509 0.000 0.000 0.520 0.012 0.468
#> SRR1469477 3 0.0000 0.8660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0771 0.9139 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1415660 2 0.1725 0.8921 0.000 0.936 0.000 0.044 0.020
#> SRR816892 4 0.2079 0.7848 0.000 0.064 0.000 0.916 0.020
#> SRR1447325 4 0.2291 0.7930 0.000 0.012 0.048 0.916 0.024
#> SRR1415980 1 0.2149 0.8874 0.916 0.000 0.000 0.048 0.036
#> SRR658021 3 0.5908 0.3098 0.312 0.000 0.596 0.032 0.060
#> SRR1356308 2 0.0290 0.9142 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443695 1 0.5516 0.5580 0.644 0.000 0.000 0.220 0.136
#> SRR1083031 2 0.6623 0.0271 0.000 0.452 0.300 0.000 0.248
#> SRR1466177 2 0.1106 0.9110 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1346978 2 0.0794 0.9128 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR607705 3 0.1018 0.8601 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR598364 1 0.3076 0.8814 0.880 0.000 0.028 0.040 0.052
#> SRR603036 1 0.2448 0.8814 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR604342 4 0.2115 0.7916 0.008 0.004 0.032 0.928 0.028
#> SRR1365850 2 0.2260 0.8878 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1335940 1 0.1364 0.8998 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1436515 1 0.0798 0.9045 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1367612 2 0.0609 0.9139 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1411002 1 0.2166 0.8887 0.912 0.004 0.000 0.012 0.072
#> SRR1446606 5 0.6948 0.5090 0.000 0.068 0.196 0.164 0.572
#> SRR1350936 1 0.2605 0.8311 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1351257 3 0.0693 0.8629 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1316793 3 0.0880 0.8582 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1090815 1 0.2886 0.8255 0.844 0.000 0.008 0.000 0.148
#> SRR657845 1 0.2439 0.8669 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1408633 2 0.0693 0.9154 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1398971 4 0.3040 0.7672 0.068 0.012 0.000 0.876 0.044
#> SRR1399457 5 0.3511 0.6551 0.012 0.184 0.000 0.004 0.800
#> SRR1073341 5 0.4527 0.3279 0.392 0.012 0.000 0.000 0.596
#> SRR810805 1 0.0955 0.9004 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1309657 1 0.1211 0.9014 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR820186 1 0.1502 0.8925 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1388913 4 0.3728 0.6305 0.000 0.244 0.000 0.748 0.008
#> SRR1396270 3 0.0000 0.8660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0162 0.9149 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614912 2 0.1469 0.9070 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1478410 3 0.3418 0.7766 0.000 0.072 0.856 0.056 0.016
#> SRR613975 2 0.0912 0.9116 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1441631 5 0.3741 0.5724 0.004 0.000 0.264 0.000 0.732
#> SRR1088044 5 0.3536 0.6608 0.000 0.156 0.000 0.032 0.812
#> SRR1082909 1 0.2054 0.8892 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1392007 2 0.4252 0.5901 0.000 0.700 0.000 0.280 0.020
#> SRR2166524 2 0.0451 0.9140 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1445765 1 0.2648 0.8309 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR819867 2 0.0771 0.9117 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1339675 1 0.2569 0.8763 0.892 0.000 0.000 0.040 0.068
#> SRR1085687 2 0.1582 0.9010 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR597952 5 0.3659 0.6351 0.012 0.220 0.000 0.000 0.768
#> SRR1376497 3 0.0968 0.8642 0.000 0.012 0.972 0.004 0.012
#> SRR813848 4 0.1671 0.7883 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1379471 1 0.2732 0.8186 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1070960 1 0.1168 0.8993 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR615285 3 0.1270 0.8461 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1325353 1 0.3161 0.8617 0.860 0.004 0.000 0.044 0.092
#> SRR1470682 2 0.0290 0.9144 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615886 1 0.1041 0.9047 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1397649 2 0.0771 0.9140 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR819690 1 0.1557 0.8928 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR1336113 2 0.1568 0.9019 0.000 0.944 0.000 0.036 0.020
#> SRR1396570 5 0.5106 0.2642 0.020 0.408 0.000 0.012 0.560
#> SRR1327366 2 0.2270 0.8698 0.000 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1317218 2 0.0404 0.9144 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1352001 1 0.0404 0.9039 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1469791 5 0.6615 0.2930 0.000 0.004 0.216 0.296 0.484
#> SRR1388046 5 0.3427 0.6575 0.192 0.012 0.000 0.000 0.796
#> SRR655076 2 0.4790 0.4633 0.000 0.628 0.004 0.024 0.344
#> SRR1464353 2 0.1124 0.9114 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR654754 1 0.0671 0.9050 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR599412 1 0.3148 0.8748 0.864 0.004 0.000 0.072 0.060
#> SRR2166308 3 0.0404 0.8655 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR655696 1 0.3129 0.8095 0.832 0.000 0.008 0.004 0.156
#> SRR602978 2 0.1012 0.9129 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1323850 2 0.1997 0.8965 0.000 0.924 0.000 0.036 0.040
#> SRR1365512 3 0.0404 0.8655 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR663380 5 0.4323 0.5275 0.332 0.000 0.012 0.000 0.656
#> SRR1410469 3 0.0898 0.8618 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR659259 4 0.2388 0.7785 0.000 0.072 0.000 0.900 0.028
#> SRR1421223 5 0.4928 0.6778 0.000 0.060 0.116 0.060 0.764
#> SRR1092567 3 0.0671 0.8661 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1472598 3 0.0451 0.8642 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1069279 5 0.3507 0.6993 0.000 0.088 0.060 0.008 0.844
#> SRR1351624 5 0.4970 0.3058 0.000 0.008 0.392 0.020 0.580
#> SRR1342938 3 0.0162 0.8662 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR599346 2 0.3830 0.8068 0.028 0.828 0.000 0.036 0.108
#> SRR1359045 4 0.3381 0.6998 0.176 0.000 0.000 0.808 0.016
#> SRR601843 1 0.0451 0.9050 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1318898 1 0.2012 0.8919 0.920 0.000 0.000 0.060 0.020
#> SRR1455104 1 0.2754 0.8767 0.884 0.004 0.000 0.032 0.080
#> SRR598565 1 0.3476 0.8223 0.816 0.000 0.004 0.160 0.020
#> SRR1315188 3 0.2377 0.7895 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1409875 4 0.4180 0.6566 0.000 0.220 0.000 0.744 0.036
#> SRR1348270 2 0.0798 0.9118 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR602389 1 0.1386 0.8993 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1451857 2 0.0162 0.9141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436629 2 0.1018 0.9118 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1349144 1 0.2946 0.8675 0.868 0.000 0.000 0.044 0.088
#> SRR615491 4 0.1974 0.7956 0.000 0.016 0.036 0.932 0.016
#> SRR1095937 4 0.6212 0.3409 0.344 0.020 0.008 0.556 0.072
#> SRR1473295 5 0.4774 0.4162 0.360 0.000 0.028 0.000 0.612
#> SRR1457972 2 0.0451 0.9144 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1475430 3 0.1996 0.8454 0.004 0.000 0.928 0.036 0.032
#> SRR2164562 5 0.4634 0.6478 0.072 0.000 0.184 0.004 0.740
#> SRR665490 1 0.3216 0.8551 0.848 0.000 0.000 0.044 0.108
#> SRR1434182 2 0.1568 0.9053 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1458506 1 0.2482 0.8792 0.892 0.000 0.000 0.084 0.024
#> SRR808886 3 0.0162 0.8662 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329442 1 0.2544 0.8913 0.900 0.000 0.008 0.028 0.064
#> SRR1457925 1 0.1579 0.8978 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR1434910 2 0.0324 0.9142 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR614107 4 0.4524 0.4990 0.000 0.000 0.336 0.644 0.020
#> SRR1323914 2 0.0912 0.9128 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1323065 1 0.1568 0.8978 0.944 0.000 0.000 0.020 0.036
#> SRR1309578 2 0.1608 0.8948 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1500908 1 0.1469 0.8977 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1076753 1 0.2396 0.8853 0.904 0.004 0.000 0.024 0.068
#> SRR1327410 3 0.5010 0.2378 0.000 0.000 0.572 0.392 0.036
#> SRR608064 1 0.1750 0.8952 0.936 0.000 0.000 0.028 0.036
#> SRR608512 1 0.5558 0.6620 0.696 0.000 0.180 0.036 0.088
#> SRR2167551 3 0.6024 0.1190 0.000 0.124 0.512 0.000 0.364
#> SRR1394872 1 0.1430 0.9006 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1345669 1 0.2006 0.8903 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> SRR1367588 3 0.1300 0.8544 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1387724 3 0.0510 0.8648 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR660438 5 0.3236 0.6704 0.020 0.000 0.152 0.000 0.828
#> SRR1310758 5 0.3645 0.7010 0.008 0.076 0.044 0.020 0.852
#> SRR601525 2 0.0703 0.9123 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR818749 1 0.3536 0.8317 0.832 0.000 0.000 0.084 0.084
#> SRR604294 4 0.4192 0.7005 0.164 0.008 0.000 0.780 0.048
#> SRR1322494 2 0.0404 0.9136 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1377949 5 0.4244 0.5442 0.000 0.004 0.268 0.016 0.712
#> SRR1317001 1 0.0404 0.9045 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1311897 1 0.0162 0.9047 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308715 2 0.0865 0.9135 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1415195 4 0.2053 0.7951 0.000 0.016 0.040 0.928 0.016
#> SRR1380163 2 0.0324 0.9143 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1480611 1 0.2989 0.8699 0.872 0.004 0.000 0.044 0.080
#> SRR603834 5 0.4551 0.2791 0.436 0.004 0.004 0.000 0.556
#> SRR1341256 2 0.0566 0.9131 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR613795 1 0.1282 0.8961 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR659744 2 0.3305 0.7271 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1479549 1 0.2006 0.8936 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> SRR613258 2 0.6311 0.4007 0.256 0.604 0.000 0.044 0.096
#> SRR1088808 4 0.3106 0.7270 0.132 0.000 0.000 0.844 0.024
#> SRR1329068 2 0.0798 0.9105 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1480565 2 0.0510 0.9135 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1337137 2 0.3409 0.7785 0.000 0.816 0.000 0.160 0.024
#> SRR1099520 1 0.0404 0.9037 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR603942 4 0.4552 0.5651 0.264 0.000 0.040 0.696 0.000
#> SRR1440625 3 0.0693 0.8623 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1391700 1 0.3161 0.8617 0.860 0.004 0.000 0.044 0.092
#> SRR657360 1 0.1484 0.9036 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1473443 5 0.4823 0.6228 0.004 0.004 0.188 0.072 0.732
#> SRR1498438 3 0.2848 0.7572 0.000 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1394655 4 0.1856 0.7957 0.004 0.008 0.044 0.936 0.008
#> SRR1322437 4 0.4037 0.6518 0.000 0.224 0.004 0.752 0.020
#> SRR660236 4 0.2165 0.7950 0.000 0.016 0.036 0.924 0.024
#> SRR1466338 3 0.4303 0.6535 0.000 0.000 0.752 0.056 0.192
#> SRR604148 1 0.1211 0.9023 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1334939 5 0.5059 0.6298 0.000 0.192 0.112 0.000 0.696
#> SRR1349497 1 0.2166 0.8905 0.912 0.004 0.000 0.012 0.072
#> SRR1360523 1 0.0671 0.9053 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1446114 4 0.2266 0.7843 0.000 0.064 0.008 0.912 0.016
#> SRR1339366 2 0.1117 0.9091 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR656469 3 0.1121 0.8509 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1389868 1 0.0898 0.9043 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1390265 2 0.0798 0.9118 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1364935 4 0.3986 0.7259 0.000 0.136 0.020 0.808 0.036
#> SRR1469102 1 0.0290 0.9047 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1440584 2 0.1386 0.9093 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1459697 2 0.0771 0.9103 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1352575 1 0.1942 0.9001 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR613711 2 0.1410 0.9018 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR614023 1 0.0880 0.9015 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1316174 1 0.3968 0.7711 0.768 0.000 0.004 0.204 0.024
#> SRR603268 2 0.4325 0.6548 0.000 0.724 0.000 0.240 0.036
#> SRR1486044 2 0.0290 0.9142 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441483 2 0.0404 0.9138 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1074189 2 0.5149 0.6889 0.072 0.740 0.000 0.044 0.144
#> SRR665646 1 0.1469 0.8977 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1404931 4 0.4827 0.7201 0.008 0.016 0.092 0.768 0.116
#> SRR1431552 4 0.2604 0.7869 0.000 0.012 0.072 0.896 0.020
#> SRR1479085 5 0.4845 0.6010 0.108 0.004 0.004 0.140 0.744
#> SRR1322711 2 0.0794 0.9128 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1404988 2 0.4418 0.4834 0.000 0.652 0.000 0.332 0.016
#> SRR1419848 5 0.5203 0.5314 0.000 0.272 0.000 0.080 0.648
#> SRR1332713 4 0.2198 0.7938 0.020 0.000 0.048 0.920 0.012
#> SRR1070863 1 0.1043 0.9036 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR659947 1 0.4903 0.6930 0.712 0.028 0.000 0.228 0.032
#> SRR1414356 1 0.3681 0.7886 0.796 0.004 0.008 0.184 0.008
#> SRR599122 3 0.0566 0.8652 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1344100 2 0.0290 0.9142 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR613018 4 0.5493 0.6915 0.028 0.100 0.004 0.712 0.156
#> SRR1456591 1 0.0510 0.9051 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1368710 2 0.2377 0.8487 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1397885 1 0.2387 0.8945 0.908 0.004 0.000 0.040 0.048
#> SRR1319283 5 0.3125 0.7023 0.056 0.004 0.040 0.020 0.880
#> SRR1349518 2 0.0963 0.9113 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1471267 1 0.3161 0.8617 0.860 0.004 0.000 0.044 0.092
#> SRR655277 1 0.1661 0.8977 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR1455436 4 0.2464 0.7673 0.000 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR658009 1 0.3210 0.7455 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1331383 4 0.1967 0.7956 0.000 0.020 0.036 0.932 0.012
#> SRR1394894 3 0.0727 0.8660 0.000 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR659133 4 0.1921 0.7948 0.000 0.012 0.044 0.932 0.012
#> SRR660212 2 0.6647 -0.0922 0.000 0.392 0.384 0.000 0.224
#> SRR657821 5 0.4137 0.5744 0.248 0.008 0.000 0.012 0.732
#> SRR1379279 5 0.4728 0.5293 0.000 0.296 0.000 0.040 0.664
#> SRR663149 2 0.2761 0.8528 0.000 0.872 0.000 0.104 0.024
#> SRR1413032 3 0.3593 0.7620 0.000 0.000 0.828 0.088 0.084
#> SRR1377557 1 0.2166 0.8889 0.912 0.004 0.000 0.012 0.072
#> SRR1335296 2 0.1012 0.9103 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1407273 3 0.5944 0.1754 0.004 0.416 0.512 0.044 0.024
#> SRR657101 5 0.3129 0.6997 0.076 0.028 0.008 0.012 0.876
#> SRR1350588 3 0.1059 0.8595 0.004 0.000 0.968 0.008 0.020
#> SRR1368486 5 0.4627 0.2437 0.444 0.000 0.012 0.000 0.544
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.3876 0.47692 0.728 0.000 0.000 0.012 0.244 0.016
#> SRR1499543 1 0.1908 0.64106 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000
#> SRR1443419 2 0.1713 0.89881 0.000 0.928 0.000 0.000 0.028 0.044
#> SRR657372 5 0.6252 0.41116 0.220 0.000 0.000 0.364 0.404 0.012
#> SRR661409 5 0.5747 0.42091 0.040 0.000 0.000 0.252 0.596 0.112
#> SRR1409721 2 0.0891 0.90321 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1391678 1 0.3694 0.53509 0.740 0.000 0.000 0.000 0.232 0.028
#> SRR1392030 1 0.4157 0.02445 0.544 0.000 0.000 0.000 0.444 0.012
#> SRR1453787 1 0.1958 0.60804 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR654969 1 0.4282 0.44132 0.656 0.000 0.000 0.000 0.304 0.040
#> SRR1435113 4 0.2172 0.72388 0.000 0.020 0.000 0.912 0.024 0.044
#> SRR601359 5 0.5343 0.58657 0.324 0.000 0.000 0.092 0.572 0.012
#> SRR663392 2 0.1082 0.89882 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1374716 4 0.5626 0.36231 0.000 0.080 0.000 0.484 0.412 0.024
#> SRR601157 5 0.5026 0.61813 0.268 0.000 0.000 0.076 0.640 0.016
#> SRR615347 6 0.4059 0.61578 0.000 0.148 0.000 0.000 0.100 0.752
#> SRR1329464 1 0.0713 0.64679 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1357344 6 0.3395 0.65427 0.032 0.032 0.004 0.000 0.092 0.840
#> SRR1365356 3 0.0603 0.88652 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR598068 3 0.1129 0.88414 0.012 0.000 0.964 0.012 0.008 0.004
#> SRR810343 1 0.3965 0.22227 0.604 0.000 0.000 0.008 0.388 0.000
#> SRR1431991 1 0.3323 0.54334 0.752 0.000 0.000 0.000 0.240 0.008
#> SRR1312024 3 0.0862 0.88614 0.000 0.000 0.972 0.008 0.004 0.016
#> SRR1499699 6 0.3023 0.65550 0.004 0.000 0.008 0.000 0.180 0.808
#> SRR1397861 1 0.1471 0.61459 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR1479663 2 0.1320 0.90081 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR1475483 1 0.1663 0.64627 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR603726 5 0.6583 0.39230 0.168 0.000 0.032 0.364 0.428 0.008
#> SRR663368 5 0.5484 0.40883 0.408 0.000 0.000 0.032 0.504 0.056
#> SRR1354225 2 0.1867 0.88194 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR1089809 6 0.6201 0.40220 0.000 0.012 0.160 0.224 0.032 0.572
#> SRR1338901 6 0.4416 0.54542 0.000 0.168 0.000 0.032 0.056 0.744
#> SRR598645 4 0.5446 0.22647 0.000 0.000 0.384 0.520 0.016 0.080
#> SRR656528 6 0.4080 0.56471 0.016 0.000 0.016 0.000 0.264 0.704
#> SRR809503 5 0.5913 0.45913 0.220 0.000 0.004 0.000 0.496 0.280
#> SRR659923 2 0.1261 0.89831 0.000 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1498226 1 0.1411 0.61754 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR1319858 1 0.5942 -0.14538 0.424 0.000 0.000 0.000 0.220 0.356
#> SRR1350566 1 0.2854 0.57917 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR614743 4 0.2201 0.74427 0.000 0.024 0.004 0.912 0.048 0.012
#> SRR1406307 1 0.4109 0.37890 0.648 0.000 0.000 0.000 0.328 0.024
#> SRR1348318 5 0.5618 0.58927 0.320 0.000 0.000 0.148 0.528 0.004
#> SRR1343433 1 0.2178 0.63076 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1342088 3 0.1874 0.86801 0.000 0.000 0.928 0.028 0.028 0.016
#> SRR1404384 3 0.3633 0.74081 0.000 0.004 0.792 0.000 0.056 0.148
#> SRR655495 6 0.4552 0.49915 0.000 0.000 0.288 0.000 0.064 0.648
#> SRR812270 4 0.2758 0.71255 0.000 0.000 0.112 0.860 0.016 0.012
#> SRR821176 2 0.0632 0.90373 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR807799 2 0.0458 0.90280 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR814919 1 0.7102 0.00743 0.440 0.328 0.096 0.016 0.120 0.000
#> SRR1415274 5 0.5309 0.59663 0.312 0.000 0.000 0.128 0.560 0.000
#> SRR1491275 6 0.5925 0.59332 0.176 0.040 0.040 0.000 0.092 0.652
#> SRR659851 5 0.5293 0.52690 0.320 0.000 0.000 0.004 0.568 0.108
#> SRR1337364 1 0.4141 0.22822 0.596 0.000 0.000 0.000 0.388 0.016
#> SRR1414471 1 0.2006 0.58150 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104 0.000
#> SRR1471862 5 0.4245 0.50405 0.376 0.000 0.000 0.004 0.604 0.016
#> SRR1456208 3 0.1167 0.88205 0.000 0.000 0.960 0.020 0.012 0.008
#> SRR1393428 6 0.3946 0.65243 0.000 0.016 0.132 0.000 0.068 0.784
#> SRR1327632 5 0.4685 0.59745 0.292 0.000 0.000 0.012 0.648 0.048
#> SRR608120 1 0.1866 0.61554 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.008
#> SRR607679 2 0.2094 0.87237 0.000 0.900 0.000 0.000 0.080 0.020
#> SRR1359529 3 0.1677 0.87462 0.016 0.012 0.944 0.004 0.016 0.008
#> SRR1330305 2 0.1194 0.90226 0.000 0.956 0.000 0.004 0.032 0.008
#> SRR1436042 1 0.2946 0.58472 0.808 0.000 0.000 0.004 0.184 0.004
#> SRR656191 2 0.0547 0.90292 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1419211 1 0.2053 0.57696 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108 0.000
#> SRR658117 6 0.5281 0.50052 0.000 0.000 0.080 0.208 0.048 0.664
#> SRR1090770 1 0.1010 0.62947 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR657420 1 0.4981 0.42013 0.656 0.000 0.132 0.000 0.208 0.004
#> SRR1398686 1 0.1349 0.61965 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR821207 1 0.4131 0.47029 0.688 0.000 0.000 0.000 0.272 0.040
#> SRR1074694 3 0.2883 0.84384 0.028 0.000 0.880 0.012 0.056 0.024
#> SRR1413851 2 0.3047 0.84929 0.004 0.852 0.000 0.004 0.092 0.048
#> SRR1319924 2 0.0909 0.90044 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1361050 6 0.5198 0.37683 0.180 0.000 0.000 0.000 0.204 0.616
#> SRR1095792 3 0.6993 -0.08916 0.000 0.000 0.384 0.368 0.120 0.128
#> SRR1476903 1 0.5186 0.10007 0.544 0.000 0.000 0.000 0.356 0.100
#> SRR1406502 2 0.2609 0.85441 0.000 0.868 0.000 0.000 0.036 0.096
#> SRR607502 6 0.3183 0.64003 0.004 0.000 0.008 0.000 0.200 0.788
#> SRR602951 4 0.2799 0.69299 0.000 0.000 0.124 0.852 0.012 0.012
#> SRR1402922 6 0.3363 0.65337 0.000 0.024 0.108 0.000 0.036 0.832
#> SRR1314071 4 0.5106 0.48116 0.208 0.012 0.024 0.692 0.060 0.004
#> SRR1374778 3 0.2201 0.85538 0.000 0.028 0.912 0.000 0.032 0.028
#> SRR1089926 3 0.0000 0.88724 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.0000 0.88724 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.1151 0.89787 0.000 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR1487465 4 0.1781 0.74165 0.000 0.000 0.008 0.924 0.060 0.008
#> SRR2166006 2 0.7105 0.43036 0.144 0.556 0.012 0.152 0.116 0.020
#> SRR1341034 2 0.3238 0.84947 0.000 0.852 0.000 0.044 0.044 0.060
#> SRR1460235 1 0.2946 0.60904 0.812 0.000 0.000 0.000 0.176 0.012
#> SRR1368917 1 0.0146 0.64178 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457197 6 0.4075 0.63783 0.000 0.076 0.000 0.000 0.184 0.740
#> SRR1433311 3 0.0603 0.88652 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR656373 5 0.5557 0.47533 0.124 0.000 0.000 0.260 0.596 0.020
#> SRR1454265 1 0.0291 0.64288 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.88724 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.3468 0.50669 0.728 0.000 0.000 0.000 0.264 0.008
#> SRR661493 1 0.0790 0.64697 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1356120 1 0.4272 0.42559 0.668 0.000 0.000 0.000 0.288 0.044
#> SRR1381414 2 0.2389 0.86913 0.000 0.888 0.000 0.000 0.052 0.060
#> SRR1350263 3 0.2301 0.82867 0.000 0.000 0.884 0.000 0.020 0.096
#> SRR1327349 2 0.2953 0.85514 0.000 0.864 0.000 0.040 0.076 0.020
#> SRR1476348 2 0.2078 0.88603 0.000 0.912 0.000 0.044 0.040 0.004
#> SRR656035 1 0.1267 0.64850 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2165896 3 0.5507 0.48291 0.000 0.244 0.624 0.000 0.092 0.040
#> SRR601549 6 0.2163 0.67470 0.000 0.004 0.008 0.000 0.096 0.892
#> SRR658573 2 0.0972 0.89997 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1393470 4 0.5569 0.17526 0.000 0.028 0.000 0.488 0.068 0.416
#> SRR1381247 3 0.1340 0.87707 0.000 0.000 0.948 0.004 0.008 0.040
#> SRR1322790 3 0.0405 0.88689 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1404044 1 0.2416 0.61912 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1487728 6 0.3656 0.59485 0.004 0.000 0.012 0.000 0.256 0.728
#> SRR1419593 1 0.1444 0.64951 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1434689 2 0.0891 0.90058 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1349540 6 0.5499 0.09057 0.140 0.000 0.000 0.000 0.348 0.512
#> SRR1377967 2 0.0972 0.90057 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR662510 2 0.1480 0.89770 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR1370151 2 0.2489 0.83198 0.000 0.860 0.000 0.128 0.012 0.000
#> SRR809043 3 0.6075 -0.02171 0.000 0.000 0.436 0.376 0.176 0.012
#> SRR659578 1 0.3974 0.45785 0.772 0.108 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1339413 2 0.2537 0.86200 0.000 0.872 0.000 0.000 0.032 0.096
#> SRR1434760 6 0.4550 0.49138 0.044 0.000 0.012 0.000 0.276 0.668
#> SRR660079 1 0.2219 0.63484 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1465153 4 0.2537 0.71612 0.000 0.068 0.000 0.888 0.016 0.028
#> SRR1340924 1 0.0777 0.63434 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1073267 4 0.4905 0.26978 0.000 0.000 0.384 0.564 0.032 0.020
#> SRR1418688 3 0.0260 0.88702 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR602338 1 0.1285 0.62171 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052 0.000
#> SRR1323936 4 0.1442 0.74684 0.000 0.000 0.004 0.944 0.040 0.012
#> SRR1313789 2 0.3850 0.80496 0.012 0.800 0.000 0.004 0.108 0.076
#> SRR614275 3 0.1643 0.86299 0.000 0.000 0.924 0.068 0.000 0.008
#> SRR601962 1 0.4855 -0.28327 0.484 0.000 0.000 0.056 0.460 0.000
#> SRR663795 4 0.2119 0.72829 0.060 0.000 0.008 0.912 0.016 0.004
#> SRR1418650 2 0.0458 0.90304 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR655780 2 0.1901 0.89645 0.000 0.924 0.000 0.008 0.028 0.040
#> SRR661794 1 0.1007 0.64810 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1339508 3 0.0146 0.88739 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0603 0.90174 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1358459 6 0.5702 0.28040 0.000 0.000 0.368 0.052 0.056 0.524
#> SRR1333550 2 0.3025 0.80875 0.000 0.820 0.000 0.000 0.024 0.156
#> SRR821148 1 0.3189 0.58483 0.796 0.000 0.000 0.000 0.184 0.020
#> SRR808658 1 0.7520 -0.00571 0.432 0.288 0.032 0.008 0.180 0.060
#> SRR598100 5 0.6111 0.56157 0.272 0.000 0.000 0.284 0.440 0.004
#> SRR1475281 6 0.6238 0.26263 0.000 0.008 0.360 0.028 0.124 0.480
#> SRR1469477 3 0.0260 0.88739 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0405 0.90320 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1415660 2 0.2265 0.86895 0.000 0.896 0.000 0.004 0.076 0.024
#> SRR816892 4 0.3670 0.59680 0.000 0.012 0.000 0.704 0.284 0.000
#> SRR1447325 4 0.0665 0.74803 0.000 0.000 0.004 0.980 0.008 0.008
#> SRR1415980 5 0.4286 0.54088 0.352 0.000 0.000 0.012 0.624 0.012
#> SRR658021 3 0.3039 0.80149 0.052 0.000 0.860 0.000 0.020 0.068
#> SRR1356308 2 0.0260 0.90300 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443695 5 0.5480 0.58727 0.168 0.000 0.000 0.028 0.640 0.164
#> SRR1083031 2 0.6347 0.01187 0.000 0.432 0.252 0.000 0.016 0.300
#> SRR1466177 2 0.1826 0.89235 0.000 0.924 0.000 0.004 0.052 0.020
#> SRR1346978 2 0.1794 0.88654 0.000 0.924 0.000 0.000 0.040 0.036
#> SRR607705 3 0.0405 0.88755 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR598364 1 0.3010 0.58880 0.848 0.000 0.112 0.004 0.032 0.004
#> SRR603036 1 0.1010 0.63025 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR604342 4 0.3973 0.54299 0.000 0.000 0.008 0.684 0.296 0.012
#> SRR1365850 2 0.5483 0.46688 0.000 0.608 0.000 0.276 0.040 0.076
#> SRR1335940 1 0.4095 -0.12378 0.512 0.000 0.000 0.000 0.480 0.008
#> SRR1436515 1 0.1858 0.64558 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR1367612 2 0.1092 0.89739 0.000 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR1411002 1 0.0458 0.63865 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1446606 4 0.4668 0.57502 0.000 0.028 0.000 0.716 0.068 0.188
#> SRR1350936 6 0.5858 -0.06272 0.244 0.000 0.000 0.000 0.272 0.484
#> SRR1351257 3 0.1353 0.88094 0.000 0.000 0.952 0.024 0.012 0.012
#> SRR1316793 3 0.0622 0.88528 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1090815 6 0.5914 -0.24434 0.208 0.000 0.000 0.000 0.380 0.412
#> SRR657845 1 0.3822 0.57690 0.776 0.000 0.000 0.000 0.128 0.096
#> SRR1408633 2 0.2103 0.88525 0.000 0.912 0.000 0.012 0.056 0.020
#> SRR1398971 5 0.5900 0.40268 0.116 0.012 0.000 0.280 0.572 0.020
#> SRR1399457 6 0.3990 0.58853 0.000 0.128 0.000 0.020 0.068 0.784
#> SRR1073341 6 0.5049 0.36432 0.292 0.008 0.000 0.000 0.084 0.616
#> SRR810805 1 0.3852 0.40610 0.664 0.000 0.000 0.000 0.324 0.012
#> SRR1309657 1 0.3899 0.27903 0.628 0.000 0.000 0.008 0.364 0.000
#> SRR820186 1 0.4725 0.27784 0.604 0.000 0.000 0.000 0.332 0.064
#> SRR1388913 2 0.5416 0.30318 0.000 0.544 0.000 0.316 0.140 0.000
#> SRR1396270 3 0.0363 0.88714 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0717 0.90206 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR614912 2 0.0972 0.90393 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1478410 3 0.3893 0.75754 0.000 0.104 0.812 0.016 0.044 0.024
#> SRR613975 2 0.0790 0.90171 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1441631 6 0.3946 0.63677 0.000 0.000 0.168 0.000 0.076 0.756
#> SRR1088044 6 0.3535 0.62186 0.000 0.092 0.000 0.040 0.040 0.828
#> SRR1082909 5 0.4662 0.40146 0.424 0.000 0.000 0.008 0.540 0.028
#> SRR1392007 2 0.3356 0.82757 0.000 0.836 0.000 0.052 0.092 0.020
#> SRR2166524 2 0.1219 0.89917 0.000 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1445765 1 0.5915 -0.04967 0.468 0.000 0.000 0.000 0.264 0.268
#> SRR819867 2 0.1225 0.89661 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR1339675 5 0.4156 0.61485 0.256 0.000 0.000 0.008 0.704 0.032
#> SRR1085687 2 0.1391 0.89579 0.000 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR597952 6 0.2857 0.66305 0.000 0.072 0.000 0.000 0.072 0.856
#> SRR1376497 3 0.2038 0.85420 0.000 0.032 0.920 0.000 0.020 0.028
#> SRR813848 4 0.1155 0.74835 0.000 0.000 0.004 0.956 0.036 0.004
#> SRR1379471 1 0.5570 0.19295 0.552 0.000 0.000 0.000 0.216 0.232
#> SRR1070960 1 0.4076 0.28999 0.620 0.000 0.000 0.000 0.364 0.016
#> SRR615285 3 0.1642 0.87187 0.000 0.004 0.936 0.000 0.028 0.032
#> SRR1325353 1 0.1411 0.61731 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR1470682 2 0.0993 0.89977 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR615886 1 0.2340 0.62702 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1397649 2 0.1341 0.89441 0.000 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028
#> SRR819690 1 0.4649 0.17950 0.572 0.000 0.000 0.000 0.380 0.048
#> SRR1336113 2 0.2103 0.88913 0.000 0.916 0.000 0.020 0.040 0.024
#> SRR1396570 6 0.5902 0.35946 0.016 0.300 0.000 0.004 0.140 0.540
#> SRR1327366 2 0.2716 0.84953 0.000 0.868 0.000 0.008 0.096 0.028
#> SRR1317218 2 0.0260 0.90276 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1352001 1 0.3265 0.53737 0.748 0.000 0.000 0.000 0.248 0.004
#> SRR1469791 4 0.5439 0.36381 0.000 0.000 0.044 0.576 0.052 0.328
#> SRR1388046 6 0.3388 0.65407 0.036 0.004 0.000 0.000 0.156 0.804
#> SRR655076 2 0.6431 0.12607 0.020 0.448 0.000 0.008 0.180 0.344
#> SRR1464353 2 0.1572 0.89266 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.028
#> SRR654754 1 0.2669 0.61939 0.836 0.000 0.000 0.000 0.156 0.008
#> SRR599412 1 0.2705 0.59948 0.872 0.000 0.000 0.072 0.052 0.004
#> SRR2166308 3 0.0632 0.88545 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR655696 5 0.5771 0.49292 0.248 0.000 0.000 0.000 0.508 0.244
#> SRR602978 2 0.1649 0.89159 0.000 0.932 0.000 0.000 0.036 0.032
#> SRR1323850 2 0.3066 0.85607 0.000 0.860 0.000 0.024 0.060 0.056
#> SRR1365512 3 0.0622 0.88561 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR663380 6 0.4270 0.52277 0.052 0.000 0.000 0.000 0.264 0.684
#> SRR1410469 3 0.3407 0.80381 0.000 0.000 0.840 0.072 0.048 0.040
#> SRR659259 4 0.6329 0.31667 0.000 0.268 0.000 0.412 0.308 0.012
#> SRR1421223 6 0.5200 0.49463 0.000 0.056 0.016 0.180 0.048 0.700
#> SRR1092567 3 0.1346 0.88107 0.000 0.000 0.952 0.008 0.016 0.024
#> SRR1472598 3 0.0993 0.88419 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR1069279 6 0.3485 0.63544 0.000 0.036 0.016 0.044 0.056 0.848
#> SRR1351624 6 0.7238 0.27754 0.000 0.024 0.252 0.188 0.072 0.464
#> SRR1342938 3 0.0000 0.88724 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599346 1 0.7155 -0.12054 0.388 0.376 0.000 0.044 0.156 0.036
#> SRR1359045 4 0.5448 0.17180 0.112 0.000 0.000 0.608 0.260 0.020
#> SRR601843 1 0.2854 0.58022 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1318898 1 0.4466 -0.10009 0.536 0.000 0.000 0.008 0.440 0.016
#> SRR1455104 1 0.1578 0.61810 0.936 0.000 0.012 0.004 0.048 0.000
#> SRR598565 1 0.5095 0.33393 0.656 0.000 0.000 0.120 0.212 0.012
#> SRR1315188 3 0.1340 0.87806 0.000 0.000 0.948 0.040 0.008 0.004
#> SRR1409875 2 0.5982 0.20159 0.000 0.472 0.000 0.116 0.384 0.028
#> SRR1348270 2 0.0260 0.90255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR602389 1 0.3944 0.11386 0.568 0.000 0.000 0.000 0.428 0.004
#> SRR1451857 2 0.0603 0.90205 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1436629 2 0.1801 0.88928 0.000 0.924 0.000 0.004 0.056 0.016
#> SRR1349144 1 0.1411 0.61760 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR615491 4 0.1080 0.74964 0.000 0.004 0.000 0.960 0.032 0.004
#> SRR1095937 4 0.5073 0.59602 0.112 0.012 0.000 0.720 0.120 0.036
#> SRR1473295 6 0.5448 0.20999 0.364 0.000 0.012 0.000 0.092 0.532
#> SRR1457972 2 0.0891 0.90061 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1475430 3 0.4108 0.78582 0.040 0.000 0.804 0.072 0.072 0.012
#> SRR2164562 6 0.4610 0.66079 0.028 0.000 0.096 0.000 0.140 0.736
#> SRR665490 1 0.1765 0.59632 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1434182 2 0.1924 0.88774 0.000 0.920 0.000 0.004 0.028 0.048
#> SRR1458506 1 0.4311 0.21794 0.616 0.000 0.000 0.012 0.360 0.012
#> SRR808886 3 0.0146 0.88739 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.1457 0.64510 0.948 0.000 0.016 0.004 0.028 0.004
#> SRR1457925 5 0.3854 0.26679 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1434910 2 0.0692 0.90183 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR614107 3 0.6311 0.27512 0.000 0.004 0.476 0.124 0.356 0.040
#> SRR1323914 2 0.1053 0.90346 0.000 0.964 0.000 0.004 0.020 0.012
#> SRR1323065 5 0.3866 0.21903 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1309578 2 0.3107 0.82695 0.000 0.832 0.000 0.000 0.052 0.116
#> SRR1500908 5 0.4644 0.24476 0.456 0.000 0.000 0.000 0.504 0.040
#> SRR1076753 1 0.0692 0.63578 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1327410 4 0.5479 0.46526 0.000 0.000 0.280 0.608 0.056 0.056
#> SRR608064 1 0.5355 0.28392 0.608 0.000 0.000 0.040 0.292 0.060
#> SRR608512 1 0.2998 0.53827 0.852 0.000 0.068 0.004 0.076 0.000
#> SRR2167551 6 0.6813 0.30677 0.000 0.152 0.324 0.000 0.084 0.440
#> SRR1394872 1 0.2048 0.63252 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1345669 1 0.0291 0.64069 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1367588 3 0.0622 0.88622 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1387724 3 0.0622 0.88593 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR660438 6 0.2511 0.66931 0.000 0.000 0.064 0.000 0.056 0.880
#> SRR1310758 6 0.2653 0.64972 0.000 0.008 0.004 0.028 0.080 0.880
#> SRR601525 2 0.1321 0.90083 0.000 0.952 0.000 0.024 0.020 0.004
#> SRR818749 5 0.4893 0.60781 0.220 0.000 0.000 0.008 0.668 0.104
#> SRR604294 4 0.5723 -0.09612 0.060 0.000 0.000 0.460 0.436 0.044
#> SRR1322494 2 0.1151 0.89823 0.000 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR1377949 6 0.6194 0.47591 0.000 0.024 0.072 0.152 0.120 0.632
#> SRR1317001 1 0.2882 0.60407 0.812 0.000 0.000 0.000 0.180 0.008
#> SRR1311897 1 0.2697 0.59668 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1308715 2 0.0717 0.90385 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1415195 4 0.1155 0.74922 0.000 0.004 0.000 0.956 0.036 0.004
#> SRR1380163 2 0.0632 0.90236 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1480611 1 0.1411 0.61710 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR603834 6 0.4646 0.37122 0.060 0.000 0.000 0.000 0.324 0.616
#> SRR1341256 2 0.1074 0.89894 0.000 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR613795 1 0.5109 0.18645 0.548 0.000 0.004 0.000 0.372 0.076
#> SRR659744 2 0.4802 0.67177 0.000 0.692 0.000 0.008 0.132 0.168
#> SRR1479549 1 0.3852 0.55630 0.760 0.000 0.000 0.000 0.176 0.064
#> SRR613258 1 0.4554 0.35028 0.712 0.160 0.000 0.004 0.124 0.000
#> SRR1088808 5 0.5622 0.41354 0.132 0.000 0.000 0.328 0.532 0.008
#> SRR1329068 2 0.1225 0.89713 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR1480565 2 0.1225 0.89696 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR1337137 2 0.2904 0.83602 0.000 0.852 0.000 0.008 0.112 0.028
#> SRR1099520 1 0.3190 0.56173 0.772 0.000 0.000 0.000 0.220 0.008
#> SRR603942 4 0.2946 0.57754 0.184 0.000 0.000 0.808 0.004 0.004
#> SRR1440625 3 0.2384 0.85125 0.000 0.000 0.900 0.044 0.040 0.016
#> SRR1391700 1 0.1858 0.59197 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092 0.000
#> SRR657360 1 0.3403 0.56750 0.768 0.000 0.000 0.000 0.212 0.020
#> SRR1473443 6 0.5449 0.27587 0.000 0.008 0.016 0.312 0.076 0.588
#> SRR1498438 3 0.2945 0.76688 0.000 0.000 0.824 0.000 0.020 0.156
#> SRR1394655 4 0.1010 0.74885 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036 0.000
#> SRR1322437 4 0.3318 0.67889 0.000 0.124 0.000 0.824 0.044 0.008
#> SRR660236 4 0.1036 0.74988 0.004 0.000 0.000 0.964 0.024 0.008
#> SRR1466338 3 0.6212 0.14375 0.000 0.000 0.484 0.356 0.052 0.108
#> SRR604148 1 0.4147 0.07164 0.552 0.000 0.000 0.000 0.436 0.012
#> SRR1334939 6 0.4802 0.57523 0.000 0.132 0.044 0.004 0.084 0.736
#> SRR1349497 1 0.0458 0.64390 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1360523 1 0.2491 0.61653 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1446114 4 0.1268 0.74921 0.000 0.008 0.000 0.952 0.036 0.004
#> SRR1339366 2 0.0790 0.90305 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR656469 3 0.0914 0.88368 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1389868 1 0.1765 0.64530 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1390265 2 0.0972 0.90293 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1364935 4 0.2649 0.71044 0.000 0.028 0.000 0.884 0.024 0.064
#> SRR1469102 1 0.2772 0.60453 0.816 0.000 0.000 0.000 0.180 0.004
#> SRR1440584 2 0.3384 0.81668 0.000 0.812 0.000 0.000 0.120 0.068
#> SRR1459697 2 0.1297 0.89562 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR1352575 1 0.2537 0.63516 0.872 0.000 0.000 0.000 0.096 0.032
#> SRR613711 2 0.2046 0.87819 0.000 0.908 0.000 0.000 0.032 0.060
#> SRR614023 1 0.2882 0.60345 0.812 0.000 0.000 0.000 0.180 0.008
#> SRR1316174 1 0.6020 -0.31372 0.476 0.000 0.000 0.176 0.336 0.012
#> SRR603268 4 0.6304 0.10623 0.000 0.412 0.000 0.428 0.064 0.096
#> SRR1486044 2 0.0260 0.90269 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441483 2 0.0993 0.90129 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR1074189 1 0.6028 0.09245 0.500 0.324 0.000 0.004 0.160 0.012
#> SRR665646 5 0.4289 0.36747 0.424 0.000 0.000 0.000 0.556 0.020
#> SRR1404931 4 0.2555 0.71007 0.000 0.000 0.008 0.876 0.020 0.096
#> SRR1431552 4 0.0964 0.74530 0.000 0.000 0.016 0.968 0.004 0.012
#> SRR1479085 6 0.4173 0.55991 0.012 0.000 0.000 0.024 0.268 0.696
#> SRR1322711 2 0.0405 0.90333 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1404988 4 0.4356 0.34272 0.000 0.376 0.000 0.600 0.012 0.012
#> SRR1419848 4 0.5915 0.30074 0.000 0.080 0.000 0.528 0.052 0.340
#> SRR1332713 4 0.0551 0.74846 0.008 0.000 0.000 0.984 0.004 0.004
#> SRR1070863 1 0.2983 0.62354 0.832 0.000 0.000 0.000 0.136 0.032
#> SRR659947 5 0.7513 0.38073 0.344 0.168 0.000 0.124 0.352 0.012
#> SRR1414356 1 0.3302 0.46155 0.760 0.000 0.004 0.232 0.000 0.004
#> SRR599122 3 0.0000 0.88724 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.1074 0.90013 0.000 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR613018 5 0.6690 0.15600 0.000 0.084 0.000 0.184 0.508 0.224
#> SRR1456591 1 0.3215 0.54837 0.756 0.000 0.000 0.000 0.240 0.004
#> SRR1368710 2 0.3037 0.78423 0.000 0.808 0.000 0.000 0.016 0.176
#> SRR1397885 1 0.1950 0.64388 0.912 0.000 0.000 0.024 0.064 0.000
#> SRR1319283 6 0.2536 0.64927 0.004 0.000 0.004 0.064 0.040 0.888
#> SRR1349518 2 0.1261 0.90301 0.000 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1471267 1 0.2006 0.58145 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104 0.000
#> SRR655277 1 0.4338 -0.22384 0.492 0.000 0.000 0.020 0.488 0.000
#> SRR1455436 4 0.1065 0.74873 0.000 0.008 0.000 0.964 0.020 0.008
#> SRR658009 1 0.5912 -0.14675 0.416 0.000 0.000 0.000 0.208 0.376
#> SRR1331383 4 0.0935 0.74969 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032 0.000
#> SRR1394894 3 0.1794 0.86096 0.000 0.028 0.932 0.000 0.024 0.016
#> SRR659133 4 0.1155 0.74908 0.000 0.000 0.004 0.956 0.036 0.004
#> SRR660212 2 0.7092 -0.01979 0.000 0.392 0.320 0.000 0.092 0.196
#> SRR657821 1 0.4305 0.44857 0.768 0.020 0.000 0.004 0.088 0.120
#> SRR1379279 6 0.6549 0.18241 0.000 0.120 0.000 0.304 0.084 0.492
#> SRR663149 2 0.6023 0.62194 0.056 0.652 0.004 0.136 0.132 0.020
#> SRR1413032 4 0.5369 0.55379 0.000 0.000 0.192 0.664 0.052 0.092
#> SRR1377557 1 0.0777 0.63451 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1335296 2 0.1049 0.90284 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1407273 3 0.5664 0.44656 0.020 0.268 0.612 0.004 0.084 0.012
#> SRR657101 6 0.1643 0.67102 0.000 0.008 0.000 0.000 0.068 0.924
#> SRR1350588 3 0.0862 0.88619 0.004 0.000 0.972 0.016 0.008 0.000
#> SRR1368486 6 0.4064 0.57171 0.040 0.000 0.004 0.000 0.236 0.720
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.155 0.660 0.818 0.4502 0.511 0.511
#> 3 3 0.287 0.568 0.743 0.3709 0.739 0.530
#> 4 4 0.390 0.513 0.721 0.1187 0.859 0.628
#> 5 5 0.477 0.573 0.744 0.0636 0.905 0.695
#> 6 6 0.524 0.545 0.722 0.0462 0.960 0.845
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1499543 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1443419 1 0.9754 0.354695 0.592 0.408
#> SRR657372 1 0.2043 0.785303 0.968 0.032
#> SRR661409 1 0.9909 0.187790 0.556 0.444
#> SRR1409721 1 0.9491 0.460845 0.632 0.368
#> SRR1391678 1 0.4431 0.784708 0.908 0.092
#> SRR1392030 1 0.3114 0.789050 0.944 0.056
#> SRR1453787 1 0.2778 0.783032 0.952 0.048
#> SRR654969 1 0.6343 0.744973 0.840 0.160
#> SRR1435113 2 0.3431 0.769119 0.064 0.936
#> SRR601359 1 0.2778 0.777677 0.952 0.048
#> SRR663392 2 0.5842 0.798982 0.140 0.860
#> SRR1374716 2 0.4562 0.754501 0.096 0.904
#> SRR601157 1 0.1843 0.780769 0.972 0.028
#> SRR615347 2 0.7745 0.723595 0.228 0.772
#> SRR1329464 1 0.0672 0.779800 0.992 0.008
#> SRR1357344 1 0.9286 0.503175 0.656 0.344
#> SRR1365356 1 0.2236 0.780745 0.964 0.036
#> SRR598068 1 0.0672 0.780588 0.992 0.008
#> SRR810343 1 0.1414 0.784074 0.980 0.020
#> SRR1431991 1 0.2423 0.788880 0.960 0.040
#> SRR1312024 1 0.9988 0.047040 0.520 0.480
#> SRR1499699 2 0.9209 0.601781 0.336 0.664
#> SRR1397861 1 0.0938 0.782561 0.988 0.012
#> SRR1479663 1 1.0000 0.001499 0.500 0.500
#> SRR1475483 1 0.3274 0.787736 0.940 0.060
#> SRR603726 1 0.5178 0.759803 0.884 0.116
#> SRR663368 2 0.9286 0.591980 0.344 0.656
#> SRR1354225 2 0.9909 0.190203 0.444 0.556
#> SRR1089809 2 0.4690 0.803311 0.100 0.900
#> SRR1338901 2 0.4690 0.802342 0.100 0.900
#> SRR598645 2 0.7299 0.766312 0.204 0.796
#> SRR656528 2 0.4939 0.806144 0.108 0.892
#> SRR809503 1 0.7883 0.687060 0.764 0.236
#> SRR659923 1 0.9881 0.274261 0.564 0.436
#> SRR1498226 1 0.2043 0.781653 0.968 0.032
#> SRR1319858 1 0.9996 -0.047348 0.512 0.488
#> SRR1350566 1 0.1184 0.780048 0.984 0.016
#> SRR614743 2 0.4298 0.803273 0.088 0.912
#> SRR1406307 1 0.2603 0.789274 0.956 0.044
#> SRR1348318 1 0.4298 0.787469 0.912 0.088
#> SRR1343433 1 0.0672 0.779800 0.992 0.008
#> SRR1342088 2 0.6531 0.792170 0.168 0.832
#> SRR1404384 1 0.9170 0.530572 0.668 0.332
#> SRR655495 2 0.4431 0.803768 0.092 0.908
#> SRR812270 2 0.4431 0.804534 0.092 0.908
#> SRR821176 1 0.9988 0.103260 0.520 0.480
#> SRR807799 1 0.9491 0.460845 0.632 0.368
#> SRR814919 1 0.5408 0.775098 0.876 0.124
#> SRR1415274 1 0.4939 0.779355 0.892 0.108
#> SRR1491275 2 0.8144 0.674438 0.252 0.748
#> SRR659851 1 0.8327 0.663506 0.736 0.264
#> SRR1337364 1 0.4431 0.778589 0.908 0.092
#> SRR1414471 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1471862 1 0.6973 0.724298 0.812 0.188
#> SRR1456208 1 0.1843 0.780769 0.972 0.028
#> SRR1393428 2 0.4431 0.803768 0.092 0.908
#> SRR1327632 1 0.5946 0.763041 0.856 0.144
#> SRR608120 1 0.2778 0.783032 0.952 0.048
#> SRR607679 1 0.9795 0.348739 0.584 0.416
#> SRR1359529 2 0.8386 0.654077 0.268 0.732
#> SRR1330305 1 0.9710 0.378353 0.600 0.400
#> SRR1436042 1 0.1184 0.784298 0.984 0.016
#> SRR656191 1 0.9881 0.274261 0.564 0.436
#> SRR1419211 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR658117 2 0.9000 0.634366 0.316 0.684
#> SRR1090770 1 0.0938 0.782561 0.988 0.012
#> SRR657420 1 0.2423 0.787447 0.960 0.040
#> SRR1398686 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR821207 1 0.3114 0.788417 0.944 0.056
#> SRR1074694 2 0.9795 0.348041 0.416 0.584
#> SRR1413851 1 0.9795 0.344490 0.584 0.416
#> SRR1319924 1 0.7745 0.685170 0.772 0.228
#> SRR1361050 1 0.6247 0.761303 0.844 0.156
#> SRR1095792 2 0.5178 0.803525 0.116 0.884
#> SRR1476903 1 0.9970 0.047451 0.532 0.468
#> SRR1406502 2 0.8499 0.656219 0.276 0.724
#> SRR607502 2 0.4161 0.801714 0.084 0.916
#> SRR602951 2 0.7376 0.763931 0.208 0.792
#> SRR1402922 2 0.4431 0.803768 0.092 0.908
#> SRR1314071 1 0.4815 0.777825 0.896 0.104
#> SRR1374778 2 0.6623 0.734090 0.172 0.828
#> SRR1089926 1 0.7376 0.717374 0.792 0.208
#> SRR1437056 2 0.5737 0.745397 0.136 0.864
#> SRR1366772 2 0.3879 0.799710 0.076 0.924
#> SRR1487465 1 0.5059 0.760799 0.888 0.112
#> SRR2166006 1 0.7376 0.713873 0.792 0.208
#> SRR1341034 2 0.3733 0.798075 0.072 0.928
#> SRR1460235 1 0.4431 0.784793 0.908 0.092
#> SRR1368917 1 0.0672 0.779800 0.992 0.008
#> SRR1457197 2 0.3879 0.799826 0.076 0.924
#> SRR1433311 1 0.2236 0.780745 0.964 0.036
#> SRR656373 1 0.3114 0.776825 0.944 0.056
#> SRR1454265 1 0.1414 0.781494 0.980 0.020
#> SRR1454498 2 0.5519 0.744469 0.128 0.872
#> SRR661711 1 0.1414 0.784410 0.980 0.020
#> SRR661493 1 0.1414 0.781494 0.980 0.020
#> SRR1356120 1 0.9970 0.035245 0.532 0.468
#> SRR1381414 1 0.9732 0.375979 0.596 0.404
#> SRR1350263 2 0.4161 0.755688 0.084 0.916
#> SRR1327349 2 0.4022 0.760596 0.080 0.920
#> SRR1476348 2 0.9393 0.527661 0.356 0.644
#> SRR656035 1 0.3114 0.788120 0.944 0.056
#> SRR2165896 1 0.7883 0.687060 0.764 0.236
#> SRR601549 2 0.4161 0.801714 0.084 0.916
#> SRR658573 2 0.4431 0.802902 0.092 0.908
#> SRR1393470 2 0.4815 0.803726 0.104 0.896
#> SRR1381247 2 0.8443 0.701796 0.272 0.728
#> SRR1322790 2 0.8499 0.635364 0.276 0.724
#> SRR1404044 1 0.2423 0.784733 0.960 0.040
#> SRR1487728 2 0.8207 0.718598 0.256 0.744
#> SRR1419593 1 0.1184 0.780048 0.984 0.016
#> SRR1434689 2 0.4298 0.802138 0.088 0.912
#> SRR1349540 2 0.9460 0.549553 0.364 0.636
#> SRR1377967 1 0.9580 0.433609 0.620 0.380
#> SRR662510 1 0.8016 0.678772 0.756 0.244
#> SRR1370151 1 0.6623 0.750684 0.828 0.172
#> SRR809043 2 0.3733 0.770340 0.072 0.928
#> SRR659578 1 0.5629 0.758897 0.868 0.132
#> SRR1339413 2 0.4161 0.801840 0.084 0.916
#> SRR1434760 2 0.8499 0.700586 0.276 0.724
#> SRR660079 1 0.5294 0.764403 0.880 0.120
#> SRR1465153 2 0.3431 0.769119 0.064 0.936
#> SRR1340924 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1073267 2 0.7056 0.774468 0.192 0.808
#> SRR1418688 2 0.5946 0.739611 0.144 0.856
#> SRR602338 1 0.0672 0.779800 0.992 0.008
#> SRR1323936 2 0.3584 0.766806 0.068 0.932
#> SRR1313789 1 0.9580 0.435067 0.620 0.380
#> SRR614275 2 0.7376 0.763931 0.208 0.792
#> SRR601962 1 0.4690 0.776291 0.900 0.100
#> SRR663795 1 0.4815 0.775054 0.896 0.104
#> SRR1418650 1 0.9866 0.297105 0.568 0.432
#> SRR655780 2 0.8443 0.690506 0.272 0.728
#> SRR661794 1 0.3274 0.788879 0.940 0.060
#> SRR1339508 2 0.9993 0.117968 0.484 0.516
#> SRR1501097 2 0.9983 0.110221 0.476 0.524
#> SRR1358459 1 0.9661 0.396959 0.608 0.392
#> SRR1333550 2 0.7139 0.763013 0.196 0.804
#> SRR821148 1 0.6343 0.744973 0.840 0.160
#> SRR808658 1 0.9209 0.524792 0.664 0.336
#> SRR598100 1 0.2778 0.777677 0.952 0.048
#> SRR1475281 1 0.9661 0.396959 0.608 0.392
#> SRR1469477 1 0.4298 0.774192 0.912 0.088
#> SRR1468184 2 0.3879 0.799710 0.076 0.924
#> SRR1415660 2 0.9686 0.367690 0.396 0.604
#> SRR816892 2 0.6712 0.778299 0.176 0.824
#> SRR1447325 2 0.4431 0.761836 0.092 0.908
#> SRR1415980 1 0.5408 0.773167 0.876 0.124
#> SRR658021 1 0.8555 0.627788 0.720 0.280
#> SRR1356308 2 0.9866 0.289307 0.432 0.568
#> SRR1443695 2 0.9286 0.591980 0.344 0.656
#> SRR1083031 1 0.9686 0.388323 0.604 0.396
#> SRR1466177 1 0.9635 0.410055 0.612 0.388
#> SRR1346978 1 0.9988 0.103260 0.520 0.480
#> SRR607705 2 0.9795 0.338599 0.416 0.584
#> SRR598364 1 0.1414 0.779735 0.980 0.020
#> SRR603036 1 0.2043 0.781653 0.968 0.032
#> SRR604342 1 0.4939 0.729855 0.892 0.108
#> SRR1365850 2 0.3733 0.798075 0.072 0.928
#> SRR1335940 1 0.2236 0.787130 0.964 0.036
#> SRR1436515 1 0.2043 0.781653 0.968 0.032
#> SRR1367612 2 0.9922 0.227884 0.448 0.552
#> SRR1411002 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1446606 2 0.5178 0.803525 0.116 0.884
#> SRR1350936 1 0.4431 0.784708 0.908 0.092
#> SRR1351257 2 0.9795 0.348041 0.416 0.584
#> SRR1316793 2 0.8861 0.617905 0.304 0.696
#> SRR1090815 1 0.4431 0.784793 0.908 0.092
#> SRR657845 1 0.9988 -0.017838 0.520 0.480
#> SRR1408633 1 0.9552 0.444515 0.624 0.376
#> SRR1398971 1 0.4690 0.782146 0.900 0.100
#> SRR1399457 2 0.8386 0.668895 0.268 0.732
#> SRR1073341 1 0.9988 -0.017838 0.520 0.480
#> SRR810805 1 0.8144 0.632854 0.748 0.252
#> SRR1309657 1 0.1184 0.779400 0.984 0.016
#> SRR820186 1 0.9988 -0.017838 0.520 0.480
#> SRR1388913 2 0.7745 0.723595 0.228 0.772
#> SRR1396270 2 0.8443 0.701796 0.272 0.728
#> SRR613402 1 0.9491 0.460845 0.632 0.368
#> SRR614912 2 0.5946 0.791446 0.144 0.856
#> SRR1478410 2 0.4298 0.757479 0.088 0.912
#> SRR613975 1 0.9000 0.563575 0.684 0.316
#> SRR1441631 2 0.4431 0.803768 0.092 0.908
#> SRR1088044 2 0.3879 0.799710 0.076 0.924
#> SRR1082909 1 0.6887 0.727598 0.816 0.184
#> SRR1392007 2 0.4431 0.805505 0.092 0.908
#> SRR2166524 1 0.9775 0.348955 0.588 0.412
#> SRR1445765 1 0.4431 0.784793 0.908 0.092
#> SRR819867 2 0.7602 0.747548 0.220 0.780
#> SRR1339675 1 0.5059 0.777291 0.888 0.112
#> SRR1085687 2 0.3879 0.799710 0.076 0.924
#> SRR597952 2 0.8499 0.656219 0.276 0.724
#> SRR1376497 2 0.8955 0.603548 0.312 0.688
#> SRR813848 2 0.4690 0.751649 0.100 0.900
#> SRR1379471 2 0.9988 0.179969 0.480 0.520
#> SRR1070960 1 0.4022 0.783746 0.920 0.080
#> SRR615285 2 0.7056 0.718727 0.192 0.808
#> SRR1325353 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1470682 2 0.4431 0.802902 0.092 0.908
#> SRR615886 1 0.5629 0.760372 0.868 0.132
#> SRR1397649 1 0.9909 0.246289 0.556 0.444
#> SRR819690 1 0.6148 0.754907 0.848 0.152
#> SRR1336113 1 0.4815 0.777825 0.896 0.104
#> SRR1396570 2 0.8499 0.656219 0.276 0.724
#> SRR1327366 2 0.9686 0.367690 0.396 0.604
#> SRR1317218 2 0.4431 0.802902 0.092 0.908
#> SRR1352001 1 0.3431 0.788771 0.936 0.064
#> SRR1469791 2 0.4815 0.803397 0.104 0.896
#> SRR1388046 1 0.7219 0.727205 0.800 0.200
#> SRR655076 1 0.9732 0.379084 0.596 0.404
#> SRR1464353 2 0.9881 0.266951 0.436 0.564
#> SRR654754 1 0.1184 0.782567 0.984 0.016
#> SRR599412 1 0.4298 0.782550 0.912 0.088
#> SRR2166308 1 0.7883 0.687060 0.764 0.236
#> SRR655696 1 0.8327 0.663506 0.736 0.264
#> SRR602978 2 0.9000 0.580701 0.316 0.684
#> SRR1323850 2 0.7674 0.730285 0.224 0.776
#> SRR1365512 2 0.3879 0.763407 0.076 0.924
#> SRR663380 1 0.9129 0.527651 0.672 0.328
#> SRR1410469 2 0.5178 0.803525 0.116 0.884
#> SRR659259 2 0.6247 0.789643 0.156 0.844
#> SRR1421223 2 0.3879 0.799710 0.076 0.924
#> SRR1092567 2 0.3879 0.763407 0.076 0.924
#> SRR1472598 2 0.6623 0.790218 0.172 0.828
#> SRR1069279 2 0.3879 0.799710 0.076 0.924
#> SRR1351624 2 0.3879 0.799710 0.076 0.924
#> SRR1342938 2 0.5737 0.745397 0.136 0.864
#> SRR599346 1 0.4815 0.777825 0.896 0.104
#> SRR1359045 1 0.9358 0.487738 0.648 0.352
#> SRR601843 1 0.3274 0.787736 0.940 0.060
#> SRR1318898 1 0.1414 0.779735 0.980 0.020
#> SRR1455104 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR598565 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1315188 2 0.3733 0.770340 0.072 0.928
#> SRR1409875 2 0.9686 0.367690 0.396 0.604
#> SRR1348270 1 0.7745 0.685170 0.772 0.228
#> SRR602389 1 0.2423 0.788314 0.960 0.040
#> SRR1451857 2 0.9850 0.297338 0.428 0.572
#> SRR1436629 1 0.9580 0.435067 0.620 0.380
#> SRR1349144 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR615491 2 0.4431 0.761836 0.092 0.908
#> SRR1095937 1 0.2236 0.785072 0.964 0.036
#> SRR1473295 1 1.0000 -0.092557 0.504 0.496
#> SRR1457972 2 0.7602 0.747548 0.220 0.780
#> SRR1475430 1 0.3274 0.789481 0.940 0.060
#> SRR2164562 1 0.7883 0.687060 0.764 0.236
#> SRR665490 1 0.2236 0.784766 0.964 0.036
#> SRR1434182 2 0.3879 0.799710 0.076 0.924
#> SRR1458506 1 0.1184 0.779400 0.984 0.016
#> SRR808886 2 0.6531 0.792170 0.168 0.832
#> SRR1329442 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1457925 1 0.1843 0.780769 0.972 0.028
#> SRR1434910 2 0.4298 0.802138 0.088 0.912
#> SRR614107 2 0.4431 0.803768 0.092 0.908
#> SRR1323914 2 0.8861 0.612498 0.304 0.696
#> SRR1323065 1 0.6048 0.757923 0.852 0.148
#> SRR1309578 2 0.4431 0.802902 0.092 0.908
#> SRR1500908 1 0.7056 0.732956 0.808 0.192
#> SRR1076753 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1327410 2 0.7056 0.774468 0.192 0.808
#> SRR608064 1 0.8386 0.613643 0.732 0.268
#> SRR608512 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR2167551 1 0.8499 0.641534 0.724 0.276
#> SRR1394872 1 0.1184 0.779400 0.984 0.016
#> SRR1345669 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1367588 2 0.9795 0.338599 0.416 0.584
#> SRR1387724 2 0.4161 0.755688 0.084 0.916
#> SRR660438 2 0.5059 0.806254 0.112 0.888
#> SRR1310758 1 0.9661 0.396959 0.608 0.392
#> SRR601525 1 0.6531 0.753545 0.832 0.168
#> SRR818749 1 0.7056 0.732956 0.808 0.192
#> SRR604294 2 0.9000 0.630475 0.316 0.684
#> SRR1322494 1 0.9491 0.460845 0.632 0.368
#> SRR1377949 2 0.5178 0.803525 0.116 0.884
#> SRR1317001 1 0.2236 0.786084 0.964 0.036
#> SRR1311897 1 0.1843 0.783187 0.972 0.028
#> SRR1308715 2 0.4161 0.801840 0.084 0.916
#> SRR1415195 2 0.4690 0.751649 0.100 0.900
#> SRR1380163 1 0.9491 0.460845 0.632 0.368
#> SRR1480611 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR603834 2 0.8499 0.700586 0.276 0.724
#> SRR1341256 1 0.9710 0.360756 0.600 0.400
#> SRR613795 1 0.5629 0.760372 0.868 0.132
#> SRR659744 2 0.7745 0.723595 0.228 0.772
#> SRR1479549 1 0.2603 0.786175 0.956 0.044
#> SRR613258 1 0.5408 0.775098 0.876 0.124
#> SRR1088808 1 0.4690 0.782146 0.900 0.100
#> SRR1329068 2 0.9993 0.064691 0.484 0.516
#> SRR1480565 2 0.7602 0.747548 0.220 0.780
#> SRR1337137 2 0.9909 0.190203 0.444 0.556
#> SRR1099520 1 0.9323 0.440751 0.652 0.348
#> SRR603942 1 0.2778 0.777677 0.952 0.048
#> SRR1440625 2 0.6623 0.790218 0.172 0.828
#> SRR1391700 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR657360 1 0.5737 0.758158 0.864 0.136
#> SRR1473443 2 0.5178 0.803525 0.116 0.884
#> SRR1498438 2 0.4431 0.803768 0.092 0.908
#> SRR1394655 1 0.8081 0.649904 0.752 0.248
#> SRR1322437 2 0.3274 0.772554 0.060 0.940
#> SRR660236 2 0.4690 0.751649 0.100 0.900
#> SRR1466338 2 0.5178 0.803525 0.116 0.884
#> SRR604148 1 0.4431 0.778589 0.908 0.092
#> SRR1334939 1 0.9686 0.388323 0.604 0.396
#> SRR1349497 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1360523 1 0.0672 0.779800 0.992 0.008
#> SRR1446114 2 0.5946 0.793221 0.144 0.856
#> SRR1339366 1 0.7745 0.685170 0.772 0.228
#> SRR656469 2 0.9795 0.338599 0.416 0.584
#> SRR1389868 1 0.1414 0.784410 0.980 0.020
#> SRR1390265 1 0.7745 0.685170 0.772 0.228
#> SRR1364935 2 0.3733 0.798075 0.072 0.928
#> SRR1469102 1 0.1843 0.786020 0.972 0.028
#> SRR1440584 1 0.9635 0.421064 0.612 0.388
#> SRR1459697 1 0.9635 0.415508 0.612 0.388
#> SRR1352575 1 0.3114 0.788417 0.944 0.056
#> SRR613711 2 0.5946 0.791446 0.144 0.856
#> SRR614023 1 0.9358 0.428645 0.648 0.352
#> SRR1316174 1 0.1414 0.779735 0.980 0.020
#> SRR603268 2 0.7745 0.723595 0.228 0.772
#> SRR1486044 1 0.9491 0.460845 0.632 0.368
#> SRR1441483 1 0.9635 0.410055 0.612 0.388
#> SRR1074189 1 0.5408 0.775098 0.876 0.124
#> SRR665646 1 0.4431 0.778589 0.908 0.092
#> SRR1404931 2 0.4022 0.777537 0.080 0.920
#> SRR1431552 2 0.4690 0.751649 0.100 0.900
#> SRR1479085 1 0.9909 0.187790 0.556 0.444
#> SRR1322711 2 0.4431 0.802902 0.092 0.908
#> SRR1404988 2 0.3114 0.773570 0.056 0.944
#> SRR1419848 2 0.3879 0.799710 0.076 0.924
#> SRR1332713 1 0.6712 0.707786 0.824 0.176
#> SRR1070863 2 0.9983 0.197009 0.476 0.524
#> SRR659947 1 0.7219 0.721106 0.800 0.200
#> SRR1414356 1 0.4815 0.775054 0.896 0.104
#> SRR599122 1 0.9866 0.209909 0.568 0.432
#> SRR1344100 2 1.0000 -0.000467 0.496 0.504
#> SRR613018 2 0.3879 0.799826 0.076 0.924
#> SRR1456591 1 0.2603 0.789274 0.956 0.044
#> SRR1368710 2 0.4161 0.801840 0.084 0.916
#> SRR1397885 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR1319283 2 0.8016 0.734719 0.244 0.756
#> SRR1349518 2 0.5946 0.791446 0.144 0.856
#> SRR1471267 1 0.0376 0.778444 0.996 0.004
#> SRR655277 1 0.4562 0.777083 0.904 0.096
#> SRR1455436 2 0.8207 0.701370 0.256 0.744
#> SRR658009 1 0.9988 -0.017838 0.520 0.480
#> SRR1331383 2 0.3431 0.772744 0.064 0.936
#> SRR1394894 2 0.6973 0.720833 0.188 0.812
#> SRR659133 2 0.9460 0.502600 0.364 0.636
#> SRR660212 2 0.6712 0.734339 0.176 0.824
#> SRR657821 1 0.6531 0.748747 0.832 0.168
#> SRR1379279 2 0.7745 0.723595 0.228 0.772
#> SRR663149 1 0.7376 0.713873 0.792 0.208
#> SRR1413032 2 0.5178 0.803525 0.116 0.884
#> SRR1377557 1 0.2043 0.781653 0.968 0.032
#> SRR1335296 1 0.7745 0.685170 0.772 0.228
#> SRR1407273 1 0.9170 0.528929 0.668 0.332
#> SRR657101 2 0.9248 0.593766 0.340 0.660
#> SRR1350588 1 0.0672 0.780588 0.992 0.008
#> SRR1368486 1 0.9170 0.522054 0.668 0.332
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1499543 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1443419 2 0.6807 0.61448 0.092 0.736 0.172
#> SRR657372 1 0.2774 0.83395 0.920 0.072 0.008
#> SRR661409 2 0.9802 0.21243 0.240 0.400 0.360
#> SRR1409721 2 0.6168 0.64167 0.096 0.780 0.124
#> SRR1391678 1 0.6258 0.73347 0.752 0.196 0.052
#> SRR1392030 1 0.4618 0.80532 0.840 0.136 0.024
#> SRR1453787 1 0.5621 0.58011 0.692 0.308 0.000
#> SRR654969 2 0.5526 0.58277 0.172 0.792 0.036
#> SRR1435113 3 0.3879 0.65315 0.000 0.152 0.848
#> SRR601359 1 0.1163 0.82496 0.972 0.000 0.028
#> SRR663392 3 0.5929 0.63773 0.004 0.320 0.676
#> SRR1374716 3 0.2998 0.61186 0.016 0.068 0.916
#> SRR601157 1 0.1015 0.83522 0.980 0.012 0.008
#> SRR615347 3 0.6483 0.42016 0.004 0.452 0.544
#> SRR1329464 1 0.1289 0.83755 0.968 0.032 0.000
#> SRR1357344 2 0.6462 0.64319 0.120 0.764 0.116
#> SRR1365356 1 0.0747 0.82721 0.984 0.000 0.016
#> SRR598068 1 0.2537 0.82956 0.920 0.080 0.000
#> SRR810343 1 0.2486 0.83608 0.932 0.060 0.008
#> SRR1431991 1 0.4063 0.81949 0.868 0.112 0.020
#> SRR1312024 3 0.8837 -0.03682 0.424 0.116 0.460
#> SRR1499699 3 0.8065 0.37280 0.092 0.304 0.604
#> SRR1397861 1 0.2537 0.83361 0.920 0.080 0.000
#> SRR1479663 2 0.7411 0.49106 0.076 0.668 0.256
#> SRR1475483 1 0.4270 0.81358 0.860 0.116 0.024
#> SRR603726 1 0.4505 0.78467 0.860 0.048 0.092
#> SRR663368 3 0.8286 0.38029 0.104 0.308 0.588
#> SRR1354225 2 0.7378 0.33849 0.052 0.628 0.320
#> SRR1089809 3 0.5497 0.65901 0.000 0.292 0.708
#> SRR1338901 3 0.5497 0.65573 0.000 0.292 0.708
#> SRR598645 3 0.6714 0.59887 0.112 0.140 0.748
#> SRR656528 3 0.5138 0.67930 0.000 0.252 0.748
#> SRR809503 2 0.3649 0.59332 0.068 0.896 0.036
#> SRR659923 2 0.6778 0.59482 0.080 0.732 0.188
#> SRR1498226 1 0.0592 0.82707 0.988 0.000 0.012
#> SRR1319858 3 0.9817 -0.05888 0.272 0.300 0.428
#> SRR1350566 1 0.0661 0.83173 0.988 0.008 0.004
#> SRR614743 3 0.4974 0.68244 0.000 0.236 0.764
#> SRR1406307 1 0.4033 0.80971 0.856 0.136 0.008
#> SRR1348318 1 0.5348 0.77299 0.796 0.176 0.028
#> SRR1343433 1 0.1753 0.83789 0.952 0.048 0.000
#> SRR1342088 3 0.6646 0.65055 0.048 0.240 0.712
#> SRR1404384 2 0.7026 0.64058 0.152 0.728 0.120
#> SRR655495 3 0.4887 0.68117 0.000 0.228 0.772
#> SRR812270 3 0.5098 0.68160 0.000 0.248 0.752
#> SRR821176 2 0.7697 0.48906 0.084 0.644 0.272
#> SRR807799 2 0.6168 0.64167 0.096 0.780 0.124
#> SRR814919 1 0.7505 0.35663 0.572 0.384 0.044
#> SRR1415274 1 0.6388 0.72574 0.752 0.184 0.064
#> SRR1491275 3 0.6546 0.49119 0.096 0.148 0.756
#> SRR659851 2 0.7860 0.55221 0.204 0.664 0.132
#> SRR1337364 2 0.7178 -0.03558 0.464 0.512 0.024
#> SRR1414471 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1471862 1 0.8599 0.44965 0.584 0.276 0.140
#> SRR1456208 1 0.1015 0.83522 0.980 0.012 0.008
#> SRR1393428 3 0.4887 0.68117 0.000 0.228 0.772
#> SRR1327632 1 0.7531 0.61849 0.672 0.236 0.092
#> SRR608120 1 0.5621 0.58011 0.692 0.308 0.000
#> SRR607679 2 0.6543 0.61039 0.076 0.748 0.176
#> SRR1359529 3 0.6949 0.47246 0.112 0.156 0.732
#> SRR1330305 2 0.6848 0.62127 0.100 0.736 0.164
#> SRR1436042 1 0.2682 0.83462 0.920 0.076 0.004
#> SRR656191 2 0.6778 0.59482 0.080 0.732 0.188
#> SRR1419211 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR658117 3 0.8673 0.45425 0.160 0.252 0.588
#> SRR1090770 1 0.2448 0.83450 0.924 0.076 0.000
#> SRR657420 1 0.4589 0.78007 0.820 0.172 0.008
#> SRR1398686 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR821207 1 0.5480 0.69484 0.732 0.264 0.004
#> SRR1074694 2 0.7760 0.24233 0.060 0.580 0.360
#> SRR1413851 2 0.6405 0.60618 0.072 0.756 0.172
#> SRR1319924 2 0.6264 0.57918 0.256 0.716 0.028
#> SRR1361050 2 0.7207 0.23089 0.384 0.584 0.032
#> SRR1095792 3 0.5928 0.65675 0.008 0.296 0.696
#> SRR1476903 3 0.9849 -0.07663 0.300 0.280 0.420
#> SRR1406502 2 0.6518 -0.27532 0.004 0.512 0.484
#> SRR607502 3 0.5138 0.67498 0.000 0.252 0.748
#> SRR602951 3 0.6783 0.59588 0.116 0.140 0.744
#> SRR1402922 3 0.4887 0.68117 0.000 0.228 0.772
#> SRR1314071 2 0.6799 0.09777 0.456 0.532 0.012
#> SRR1374778 3 0.4477 0.56305 0.068 0.068 0.864
#> SRR1089926 1 0.8677 0.40059 0.576 0.280 0.144
#> SRR1437056 3 0.3456 0.59041 0.036 0.060 0.904
#> SRR1366772 3 0.5178 0.67414 0.000 0.256 0.744
#> SRR1487465 1 0.4423 0.78647 0.864 0.048 0.088
#> SRR2166006 2 0.4256 0.59340 0.096 0.868 0.036
#> SRR1341034 3 0.5138 0.67715 0.000 0.252 0.748
#> SRR1460235 1 0.6354 0.72447 0.744 0.204 0.052
#> SRR1368917 1 0.1411 0.83762 0.964 0.036 0.000
#> SRR1457197 3 0.4750 0.68177 0.000 0.216 0.784
#> SRR1433311 1 0.0747 0.82721 0.984 0.000 0.016
#> SRR656373 1 0.3039 0.80415 0.920 0.036 0.044
#> SRR1454265 1 0.1163 0.83807 0.972 0.028 0.000
#> SRR1454498 3 0.3213 0.59382 0.028 0.060 0.912
#> SRR661711 1 0.2774 0.83420 0.920 0.072 0.008
#> SRR661493 1 0.1163 0.83807 0.972 0.028 0.000
#> SRR1356120 3 0.9898 -0.09371 0.288 0.308 0.404
#> SRR1381414 2 0.6510 0.62325 0.088 0.756 0.156
#> SRR1350263 3 0.1647 0.61037 0.004 0.036 0.960
#> SRR1327349 3 0.3445 0.62649 0.016 0.088 0.896
#> SRR1476348 2 0.8566 -0.01783 0.096 0.480 0.424
#> SRR656035 1 0.6016 0.68084 0.724 0.256 0.020
#> SRR2165896 2 0.3649 0.59332 0.068 0.896 0.036
#> SRR601549 3 0.5138 0.67498 0.000 0.252 0.748
#> SRR658573 3 0.5588 0.66617 0.004 0.276 0.720
#> SRR1393470 3 0.5722 0.65963 0.004 0.292 0.704
#> SRR1381247 3 0.7872 0.52043 0.092 0.276 0.632
#> SRR1322790 3 0.6775 0.43591 0.164 0.096 0.740
#> SRR1404044 1 0.1919 0.83574 0.956 0.024 0.020
#> SRR1487728 3 0.6950 0.51596 0.056 0.252 0.692
#> SRR1419593 1 0.0661 0.83173 0.988 0.008 0.004
#> SRR1434689 3 0.5327 0.66783 0.000 0.272 0.728
#> SRR1349540 3 0.8491 0.33294 0.116 0.312 0.572
#> SRR1377967 2 0.6363 0.63895 0.096 0.768 0.136
#> SRR662510 2 0.3456 0.59306 0.060 0.904 0.036
#> SRR1370151 1 0.8342 -0.02941 0.460 0.460 0.080
#> SRR809043 3 0.3846 0.63946 0.016 0.108 0.876
#> SRR659578 2 0.6828 0.40676 0.312 0.656 0.032
#> SRR1339413 3 0.5291 0.67035 0.000 0.268 0.732
#> SRR1434760 3 0.7218 0.49131 0.052 0.296 0.652
#> SRR660079 2 0.7158 0.27231 0.372 0.596 0.032
#> SRR1465153 3 0.3879 0.65315 0.000 0.152 0.848
#> SRR1340924 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1073267 3 0.7112 0.61329 0.044 0.308 0.648
#> SRR1418688 3 0.3856 0.57943 0.040 0.072 0.888
#> SRR602338 1 0.2537 0.83101 0.920 0.080 0.000
#> SRR1323936 3 0.4345 0.64746 0.016 0.136 0.848
#> SRR1313789 2 0.6222 0.63801 0.092 0.776 0.132
#> SRR614275 3 0.6783 0.59588 0.116 0.140 0.744
#> SRR601962 1 0.4821 0.80513 0.848 0.088 0.064
#> SRR663795 1 0.3888 0.80946 0.888 0.048 0.064
#> SRR1418650 2 0.6336 0.59620 0.064 0.756 0.180
#> SRR655780 3 0.7054 0.42697 0.020 0.456 0.524
#> SRR661794 1 0.6053 0.67802 0.720 0.260 0.020
#> SRR1339508 3 0.8595 0.07659 0.404 0.100 0.496
#> SRR1501097 2 0.7997 0.40128 0.084 0.600 0.316
#> SRR1358459 2 0.6809 0.63272 0.104 0.740 0.156
#> SRR1333550 3 0.6373 0.52142 0.004 0.408 0.588
#> SRR821148 2 0.5526 0.58277 0.172 0.792 0.036
#> SRR808658 2 0.7211 0.63794 0.156 0.716 0.128
#> SRR598100 1 0.1163 0.82496 0.972 0.000 0.028
#> SRR1475281 2 0.6809 0.63272 0.104 0.740 0.156
#> SRR1469477 1 0.2749 0.81100 0.924 0.012 0.064
#> SRR1468184 3 0.5178 0.67414 0.000 0.256 0.744
#> SRR1415660 2 0.7030 0.12608 0.024 0.580 0.396
#> SRR816892 3 0.6521 0.58732 0.016 0.340 0.644
#> SRR1447325 3 0.2955 0.61652 0.008 0.080 0.912
#> SRR1415980 1 0.6696 0.71062 0.736 0.188 0.076
#> SRR658021 2 0.9070 0.51351 0.308 0.528 0.164
#> SRR1356308 2 0.7777 0.26913 0.060 0.576 0.364
#> SRR1443695 3 0.8286 0.38029 0.104 0.308 0.588
#> SRR1083031 2 0.6737 0.63058 0.100 0.744 0.156
#> SRR1466177 2 0.6529 0.62951 0.092 0.756 0.152
#> SRR1346978 2 0.7697 0.48906 0.084 0.644 0.272
#> SRR607705 3 0.9286 0.12553 0.312 0.184 0.504
#> SRR598364 1 0.0475 0.83007 0.992 0.004 0.004
#> SRR603036 1 0.0592 0.82707 0.988 0.000 0.012
#> SRR604342 1 0.4742 0.73563 0.848 0.048 0.104
#> SRR1365850 3 0.5098 0.67631 0.000 0.248 0.752
#> SRR1335940 1 0.3832 0.82490 0.880 0.100 0.020
#> SRR1436515 1 0.0592 0.82707 0.988 0.000 0.012
#> SRR1367612 2 0.8000 0.33148 0.076 0.580 0.344
#> SRR1411002 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1446606 3 0.5864 0.65976 0.008 0.288 0.704
#> SRR1350936 1 0.6306 0.72996 0.748 0.200 0.052
#> SRR1351257 2 0.7760 0.24233 0.060 0.580 0.360
#> SRR1316793 3 0.7878 0.42170 0.160 0.172 0.668
#> SRR1090815 1 0.6354 0.72447 0.744 0.204 0.052
#> SRR657845 3 0.9852 -0.08224 0.272 0.312 0.416
#> SRR1408633 2 0.6157 0.63966 0.092 0.780 0.128
#> SRR1398971 1 0.6034 0.75967 0.780 0.152 0.068
#> SRR1399457 2 0.6521 -0.29800 0.004 0.504 0.492
#> SRR1073341 3 0.9852 -0.08224 0.272 0.312 0.416
#> SRR810805 1 0.9283 0.27706 0.524 0.260 0.216
#> SRR1309657 1 0.0237 0.83148 0.996 0.004 0.000
#> SRR820186 3 0.9852 -0.08224 0.272 0.312 0.416
#> SRR1388913 3 0.6489 0.41325 0.004 0.456 0.540
#> SRR1396270 3 0.7872 0.52043 0.092 0.276 0.632
#> SRR613402 2 0.6168 0.64167 0.096 0.780 0.124
#> SRR614912 3 0.5859 0.60915 0.000 0.344 0.656
#> SRR1478410 3 0.3183 0.61983 0.016 0.076 0.908
#> SRR613975 2 0.6452 0.64491 0.152 0.760 0.088
#> SRR1441631 3 0.4842 0.68284 0.000 0.224 0.776
#> SRR1088044 3 0.5178 0.67414 0.000 0.256 0.744
#> SRR1082909 1 0.8546 0.45518 0.588 0.276 0.136
#> SRR1392007 3 0.5285 0.68277 0.004 0.244 0.752
#> SRR2166524 2 0.5901 0.48347 0.040 0.768 0.192
#> SRR1445765 1 0.6354 0.72478 0.744 0.204 0.052
#> SRR819867 3 0.7459 0.49589 0.044 0.372 0.584
#> SRR1339675 1 0.6625 0.70496 0.736 0.196 0.068
#> SRR1085687 3 0.5178 0.67414 0.000 0.256 0.744
#> SRR597952 2 0.6520 -0.28675 0.004 0.508 0.488
#> SRR1376497 3 0.7978 0.41270 0.164 0.176 0.660
#> SRR813848 3 0.2599 0.60119 0.016 0.052 0.932
#> SRR1379471 3 0.9666 -0.00462 0.232 0.316 0.452
#> SRR1070960 1 0.4845 0.80671 0.844 0.104 0.052
#> SRR615285 3 0.5012 0.54532 0.080 0.080 0.840
#> SRR1325353 1 0.1529 0.83706 0.960 0.040 0.000
#> SRR1470682 3 0.5588 0.66617 0.004 0.276 0.720
#> SRR615886 2 0.7013 0.37504 0.324 0.640 0.036
#> SRR1397649 2 0.6922 0.58292 0.080 0.720 0.200
#> SRR819690 1 0.8033 0.57121 0.640 0.240 0.120
#> SRR1336113 2 0.6799 0.09777 0.456 0.532 0.012
#> SRR1396570 2 0.6518 -0.27532 0.004 0.512 0.484
#> SRR1327366 2 0.7030 0.12608 0.024 0.580 0.396
#> SRR1317218 3 0.5588 0.66617 0.004 0.276 0.720
#> SRR1352001 1 0.4865 0.80304 0.832 0.136 0.032
#> SRR1469791 3 0.5722 0.65817 0.004 0.292 0.704
#> SRR1388046 2 0.6188 0.57765 0.216 0.744 0.040
#> SRR655076 2 0.6488 0.62228 0.084 0.756 0.160
#> SRR1464353 2 0.7742 0.29401 0.060 0.584 0.356
#> SRR654754 1 0.1878 0.83814 0.952 0.044 0.004
#> SRR599412 1 0.4966 0.80290 0.840 0.100 0.060
#> SRR2166308 2 0.3649 0.59332 0.068 0.896 0.036
#> SRR655696 2 0.7860 0.55221 0.204 0.664 0.132
#> SRR602978 2 0.6786 -0.14448 0.012 0.540 0.448
#> SRR1323850 3 0.6633 0.43259 0.008 0.444 0.548
#> SRR1365512 3 0.2590 0.64306 0.004 0.072 0.924
#> SRR663380 2 0.9812 0.30698 0.340 0.412 0.248
#> SRR1410469 3 0.5928 0.65675 0.008 0.296 0.696
#> SRR659259 3 0.6369 0.61334 0.016 0.316 0.668
#> SRR1421223 3 0.5178 0.67414 0.000 0.256 0.744
#> SRR1092567 3 0.2590 0.64306 0.004 0.072 0.924
#> SRR1472598 3 0.6662 0.64617 0.044 0.252 0.704
#> SRR1069279 3 0.5178 0.67414 0.000 0.256 0.744
#> SRR1351624 3 0.5178 0.67414 0.000 0.256 0.744
#> SRR1342938 3 0.3456 0.59041 0.036 0.060 0.904
#> SRR599346 2 0.6799 0.09777 0.456 0.532 0.012
#> SRR1359045 2 0.9681 0.37121 0.284 0.460 0.256
#> SRR601843 1 0.4270 0.81358 0.860 0.116 0.024
#> SRR1318898 1 0.0475 0.83007 0.992 0.004 0.004
#> SRR1455104 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR598565 1 0.1031 0.83650 0.976 0.024 0.000
#> SRR1315188 3 0.4068 0.64155 0.016 0.120 0.864
#> SRR1409875 2 0.7030 0.12608 0.024 0.580 0.396
#> SRR1348270 2 0.6264 0.57918 0.256 0.716 0.028
#> SRR602389 1 0.3769 0.82432 0.880 0.104 0.016
#> SRR1451857 2 0.7537 0.31322 0.056 0.612 0.332
#> SRR1436629 2 0.6222 0.63801 0.092 0.776 0.132
#> SRR1349144 1 0.1753 0.83781 0.952 0.048 0.000
#> SRR615491 3 0.2955 0.61652 0.008 0.080 0.912
#> SRR1095937 1 0.5016 0.69477 0.760 0.240 0.000
#> SRR1473295 3 0.9808 -0.05389 0.264 0.308 0.428
#> SRR1457972 3 0.7459 0.49589 0.044 0.372 0.584
#> SRR1475430 1 0.5119 0.78530 0.816 0.152 0.032
#> SRR2164562 2 0.3649 0.59332 0.068 0.896 0.036
#> SRR665490 1 0.4842 0.72984 0.776 0.224 0.000
#> SRR1434182 3 0.5178 0.67414 0.000 0.256 0.744
#> SRR1458506 1 0.0237 0.83148 0.996 0.004 0.000
#> SRR808886 3 0.6646 0.65055 0.048 0.240 0.712
#> SRR1329442 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1457925 1 0.1015 0.83522 0.980 0.012 0.008
#> SRR1434910 3 0.5363 0.66668 0.000 0.276 0.724
#> SRR614107 3 0.4796 0.68289 0.000 0.220 0.780
#> SRR1323914 2 0.6489 -0.19752 0.004 0.540 0.456
#> SRR1323065 1 0.7781 0.60987 0.664 0.220 0.116
#> SRR1309578 3 0.5588 0.66617 0.004 0.276 0.720
#> SRR1500908 2 0.5967 0.57210 0.216 0.752 0.032
#> SRR1076753 1 0.1163 0.83686 0.972 0.028 0.000
#> SRR1327410 3 0.7112 0.61329 0.044 0.308 0.648
#> SRR608064 1 0.7568 0.54328 0.680 0.108 0.212
#> SRR608512 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR2167551 2 0.3888 0.58351 0.048 0.888 0.064
#> SRR1394872 1 0.0237 0.83148 0.996 0.004 0.000
#> SRR1345669 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1367588 3 0.9286 0.12553 0.312 0.184 0.504
#> SRR1387724 3 0.1647 0.61037 0.004 0.036 0.960
#> SRR660438 3 0.5178 0.67798 0.000 0.256 0.744
#> SRR1310758 2 0.6809 0.63272 0.104 0.740 0.156
#> SRR601525 1 0.8277 -0.01393 0.464 0.460 0.076
#> SRR818749 2 0.5967 0.57210 0.216 0.752 0.032
#> SRR604294 3 0.8823 0.43656 0.156 0.280 0.564
#> SRR1322494 2 0.6168 0.64167 0.096 0.780 0.124
#> SRR1377949 3 0.5864 0.65976 0.008 0.288 0.704
#> SRR1317001 1 0.3587 0.82782 0.892 0.088 0.020
#> SRR1311897 1 0.1170 0.83350 0.976 0.016 0.008
#> SRR1308715 3 0.5291 0.67035 0.000 0.268 0.732
#> SRR1415195 3 0.2599 0.60119 0.016 0.052 0.932
#> SRR1380163 2 0.6168 0.64167 0.096 0.780 0.124
#> SRR1480611 1 0.1163 0.83686 0.972 0.028 0.000
#> SRR603834 3 0.7218 0.49131 0.052 0.296 0.652
#> SRR1341256 2 0.9351 0.48463 0.228 0.516 0.256
#> SRR613795 2 0.7013 0.37504 0.324 0.640 0.036
#> SRR659744 3 0.6489 0.41325 0.004 0.456 0.540
#> SRR1479549 1 0.5785 0.63526 0.696 0.300 0.004
#> SRR613258 1 0.7505 0.35663 0.572 0.384 0.044
#> SRR1088808 1 0.6034 0.75967 0.780 0.152 0.068
#> SRR1329068 2 0.6835 0.31338 0.040 0.676 0.284
#> SRR1480565 3 0.7459 0.49589 0.044 0.372 0.584
#> SRR1337137 2 0.7378 0.33849 0.052 0.628 0.320
#> SRR1099520 1 0.9777 -0.03050 0.428 0.248 0.324
#> SRR603942 1 0.1163 0.82496 0.972 0.000 0.028
#> SRR1440625 3 0.6662 0.64617 0.044 0.252 0.704
#> SRR1391700 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR657360 2 0.6730 0.44502 0.284 0.680 0.036
#> SRR1473443 3 0.5864 0.65976 0.008 0.288 0.704
#> SRR1498438 3 0.4887 0.68117 0.000 0.228 0.772
#> SRR1394655 1 0.7101 0.57466 0.692 0.068 0.240
#> SRR1322437 3 0.3532 0.65075 0.008 0.108 0.884
#> SRR660236 3 0.2599 0.60119 0.016 0.052 0.932
#> SRR1466338 3 0.5864 0.65976 0.008 0.288 0.704
#> SRR604148 2 0.7178 -0.03558 0.464 0.512 0.024
#> SRR1334939 2 0.6737 0.63058 0.100 0.744 0.156
#> SRR1349497 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1360523 1 0.1411 0.83762 0.964 0.036 0.000
#> SRR1446114 3 0.5982 0.62691 0.004 0.328 0.668
#> SRR1339366 2 0.6264 0.57918 0.256 0.716 0.028
#> SRR656469 3 0.9286 0.12553 0.312 0.184 0.504
#> SRR1389868 1 0.2774 0.83420 0.920 0.072 0.008
#> SRR1390265 2 0.6264 0.57918 0.256 0.716 0.028
#> SRR1364935 3 0.5098 0.67631 0.000 0.248 0.752
#> SRR1469102 1 0.3031 0.83270 0.912 0.076 0.012
#> SRR1440584 2 0.6252 0.63138 0.084 0.772 0.144
#> SRR1459697 2 0.6349 0.63572 0.092 0.768 0.140
#> SRR1352575 1 0.5480 0.69484 0.732 0.264 0.004
#> SRR613711 3 0.5859 0.60915 0.000 0.344 0.656
#> SRR614023 1 0.9806 -0.05515 0.420 0.252 0.328
#> SRR1316174 1 0.0475 0.83007 0.992 0.004 0.004
#> SRR603268 3 0.6489 0.41325 0.004 0.456 0.540
#> SRR1486044 2 0.6168 0.64167 0.096 0.780 0.124
#> SRR1441483 2 0.6529 0.62951 0.092 0.756 0.152
#> SRR1074189 1 0.7505 0.35663 0.572 0.384 0.044
#> SRR665646 2 0.7178 -0.03558 0.464 0.512 0.024
#> SRR1404931 3 0.3941 0.66041 0.000 0.156 0.844
#> SRR1431552 3 0.2599 0.60119 0.016 0.052 0.932
#> SRR1479085 2 0.9802 0.21243 0.240 0.400 0.360
#> SRR1322711 3 0.5588 0.66617 0.004 0.276 0.720
#> SRR1404988 3 0.4413 0.66447 0.008 0.160 0.832
#> SRR1419848 3 0.5178 0.67414 0.000 0.256 0.744
#> SRR1332713 1 0.6351 0.67504 0.760 0.072 0.168
#> SRR1070863 3 0.9653 0.01028 0.232 0.312 0.456
#> SRR659947 2 0.4489 0.59242 0.108 0.856 0.036
#> SRR1414356 1 0.3888 0.80946 0.888 0.048 0.064
#> SRR599122 1 0.8033 0.23375 0.512 0.064 0.424
#> SRR1344100 2 0.6737 0.34423 0.040 0.688 0.272
#> SRR613018 3 0.4750 0.68177 0.000 0.216 0.784
#> SRR1456591 1 0.4033 0.80971 0.856 0.136 0.008
#> SRR1368710 3 0.5254 0.67087 0.000 0.264 0.736
#> SRR1397885 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1319283 3 0.6772 0.53012 0.032 0.304 0.664
#> SRR1349518 3 0.5835 0.61044 0.000 0.340 0.660
#> SRR1471267 1 0.0747 0.83546 0.984 0.016 0.000
#> SRR655277 2 0.7159 0.02205 0.448 0.528 0.024
#> SRR1455436 3 0.7262 0.37315 0.028 0.444 0.528
#> SRR658009 3 0.9852 -0.08224 0.272 0.312 0.416
#> SRR1331383 3 0.3965 0.65749 0.008 0.132 0.860
#> SRR1394894 3 0.4925 0.54650 0.076 0.080 0.844
#> SRR659133 3 0.7616 0.30427 0.292 0.072 0.636
#> SRR660212 3 0.4569 0.56179 0.072 0.068 0.860
#> SRR657821 1 0.8404 0.46972 0.592 0.288 0.120
#> SRR1379279 3 0.6483 0.42016 0.004 0.452 0.544
#> SRR663149 2 0.4256 0.59340 0.096 0.868 0.036
#> SRR1413032 3 0.5928 0.65675 0.008 0.296 0.696
#> SRR1377557 1 0.0592 0.82707 0.988 0.000 0.012
#> SRR1335296 2 0.6264 0.57918 0.256 0.716 0.028
#> SRR1407273 2 0.7474 0.63063 0.176 0.696 0.128
#> SRR657101 3 0.8314 0.33311 0.092 0.352 0.556
#> SRR1350588 1 0.2537 0.82956 0.920 0.080 0.000
#> SRR1368486 2 0.9823 0.31745 0.336 0.412 0.252
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.6619 0.4664 0.088 0.580 0.004 0.328
#> SRR657372 1 0.2255 0.7987 0.920 0.068 0.012 0.000
#> SRR661409 2 0.9892 0.0711 0.240 0.324 0.228 0.208
#> SRR1409721 2 0.6313 0.5369 0.092 0.644 0.004 0.260
#> SRR1391678 1 0.5267 0.7090 0.760 0.168 0.060 0.012
#> SRR1392030 1 0.3598 0.7729 0.848 0.124 0.028 0.000
#> SRR1453787 1 0.4899 0.5268 0.688 0.300 0.004 0.008
#> SRR654969 2 0.5548 0.4324 0.120 0.748 0.124 0.008
#> SRR1435113 4 0.4522 0.3279 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR601359 1 0.1305 0.7928 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR663392 4 0.3080 0.6624 0.000 0.096 0.024 0.880
#> SRR1374716 3 0.4406 0.5433 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR601157 1 0.0927 0.8021 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR615347 4 0.4542 0.5961 0.004 0.208 0.020 0.768
#> SRR1329464 1 0.0707 0.8032 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.6464 0.5526 0.116 0.644 0.004 0.236
#> SRR1365356 1 0.1004 0.7964 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR598068 1 0.1867 0.7938 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.1722 0.8027 0.944 0.048 0.008 0.000
#> SRR1431991 1 0.3182 0.7864 0.876 0.096 0.028 0.000
#> SRR1312024 3 0.7676 0.1864 0.404 0.088 0.468 0.040
#> SRR1499699 3 0.9074 0.3356 0.080 0.212 0.408 0.300
#> SRR1397861 1 0.1902 0.7990 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR1479663 2 0.6655 0.2461 0.072 0.496 0.004 0.428
#> SRR1475483 1 0.3741 0.7796 0.852 0.108 0.036 0.004
#> SRR603726 1 0.4126 0.7603 0.848 0.040 0.088 0.024
#> SRR663368 4 0.9235 -0.1870 0.100 0.196 0.312 0.392
#> SRR1354225 4 0.7079 -0.0429 0.040 0.452 0.044 0.464
#> SRR1089809 4 0.1724 0.6766 0.000 0.032 0.020 0.948
#> SRR1338901 4 0.1584 0.6744 0.000 0.036 0.012 0.952
#> SRR598645 3 0.7587 0.4052 0.108 0.024 0.468 0.400
#> SRR656528 4 0.3570 0.6141 0.000 0.048 0.092 0.860
#> SRR809503 2 0.3717 0.4301 0.016 0.844 0.132 0.008
#> SRR659923 2 0.6527 0.4237 0.076 0.572 0.004 0.348
#> SRR1498226 1 0.0895 0.7964 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1319858 1 0.9967 -0.3055 0.272 0.248 0.268 0.212
#> SRR1350566 1 0.0336 0.7995 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614743 4 0.2670 0.6314 0.000 0.024 0.072 0.904
#> SRR1406307 1 0.3335 0.7730 0.856 0.128 0.016 0.000
#> SRR1348318 1 0.4735 0.7383 0.796 0.152 0.032 0.020
#> SRR1343433 1 0.1302 0.8037 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1342088 4 0.6186 0.5322 0.040 0.076 0.164 0.720
#> SRR1404384 2 0.7271 0.5593 0.148 0.608 0.024 0.220
#> SRR655495 4 0.2596 0.6274 0.000 0.024 0.068 0.908
#> SRR812270 4 0.2965 0.6369 0.000 0.036 0.072 0.892
#> SRR821176 2 0.6826 0.2062 0.084 0.460 0.004 0.452
#> SRR807799 2 0.6313 0.5369 0.092 0.644 0.004 0.260
#> SRR814919 1 0.6602 0.2587 0.548 0.388 0.024 0.040
#> SRR1415274 1 0.5728 0.6942 0.740 0.176 0.048 0.036
#> SRR1491275 3 0.7522 0.6248 0.088 0.100 0.632 0.180
#> SRR659851 2 0.7849 0.3935 0.176 0.588 0.180 0.056
#> SRR1337364 2 0.6769 0.0137 0.436 0.480 0.080 0.004
#> SRR1414471 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.7785 0.4692 0.588 0.232 0.112 0.068
#> SRR1456208 1 0.0927 0.8021 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1393428 4 0.2596 0.6274 0.000 0.024 0.068 0.908
#> SRR1327632 1 0.6799 0.5980 0.660 0.220 0.072 0.048
#> SRR608120 1 0.4899 0.5268 0.688 0.300 0.004 0.008
#> SRR607679 2 0.6656 0.4506 0.072 0.584 0.012 0.332
#> SRR1359529 3 0.8229 0.5864 0.100 0.132 0.568 0.200
#> SRR1330305 2 0.6691 0.4785 0.096 0.580 0.004 0.320
#> SRR1436042 1 0.1970 0.8001 0.932 0.060 0.008 0.000
#> SRR656191 2 0.6541 0.4176 0.076 0.568 0.004 0.352
#> SRR1419211 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR658117 4 0.9266 -0.1411 0.152 0.148 0.268 0.432
#> SRR1090770 1 0.1824 0.8000 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR657420 1 0.4244 0.7420 0.804 0.160 0.036 0.000
#> SRR1398686 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.4872 0.6604 0.728 0.244 0.028 0.000
#> SRR1074694 4 0.7380 0.0436 0.056 0.408 0.048 0.488
#> SRR1413851 2 0.6360 0.4439 0.068 0.592 0.004 0.336
#> SRR1319924 2 0.6475 0.5769 0.252 0.636 0.004 0.108
#> SRR1361050 2 0.7200 0.2602 0.360 0.540 0.060 0.040
#> SRR1095792 4 0.4022 0.6447 0.000 0.068 0.096 0.836
#> SRR1476903 1 0.9933 -0.2573 0.300 0.232 0.260 0.208
#> SRR1406502 4 0.5009 0.5031 0.004 0.280 0.016 0.700
#> SRR607502 4 0.1520 0.6581 0.000 0.020 0.024 0.956
#> SRR602951 3 0.7582 0.4048 0.108 0.024 0.472 0.396
#> SRR1402922 4 0.2521 0.6314 0.000 0.024 0.064 0.912
#> SRR1314071 2 0.5945 0.1971 0.428 0.540 0.008 0.024
#> SRR1374778 3 0.5696 0.6508 0.060 0.020 0.732 0.188
#> SRR1089926 1 0.8004 0.4244 0.568 0.244 0.100 0.088
#> SRR1437056 3 0.5062 0.6443 0.032 0.016 0.760 0.192
#> SRR1366772 4 0.0376 0.6677 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1487465 1 0.4060 0.7618 0.852 0.040 0.084 0.024
#> SRR2166006 2 0.4342 0.4361 0.044 0.820 0.128 0.008
#> SRR1341034 4 0.1489 0.6623 0.000 0.004 0.044 0.952
#> SRR1460235 1 0.5459 0.6991 0.752 0.172 0.056 0.020
#> SRR1368917 1 0.0817 0.8034 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1457197 4 0.2647 0.6106 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1433311 1 0.1004 0.7964 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR656373 1 0.2522 0.7698 0.908 0.016 0.076 0.000
#> SRR1454265 1 0.1151 0.8035 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1454498 3 0.4949 0.6399 0.024 0.016 0.760 0.200
#> SRR661711 1 0.2021 0.8004 0.932 0.056 0.012 0.000
#> SRR661493 1 0.1151 0.8035 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1356120 1 0.9963 -0.2707 0.288 0.248 0.248 0.216
#> SRR1381414 2 0.6511 0.4778 0.084 0.596 0.004 0.316
#> SRR1350263 3 0.4053 0.6170 0.000 0.004 0.768 0.228
#> SRR1327349 3 0.4830 0.4127 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1476348 4 0.7748 0.2288 0.092 0.324 0.052 0.532
#> SRR656035 1 0.5153 0.6614 0.732 0.224 0.040 0.004
#> SRR2165896 2 0.3717 0.4301 0.016 0.844 0.132 0.008
#> SRR601549 4 0.1411 0.6574 0.000 0.020 0.020 0.960
#> SRR658573 4 0.0967 0.6744 0.004 0.016 0.004 0.976
#> SRR1393470 4 0.1674 0.6767 0.004 0.032 0.012 0.952
#> SRR1381247 4 0.8815 -0.1727 0.080 0.152 0.360 0.408
#> SRR1322790 3 0.7035 0.6264 0.152 0.048 0.664 0.136
#> SRR1404044 1 0.1610 0.8035 0.952 0.016 0.032 0.000
#> SRR1487728 3 0.8362 0.3753 0.052 0.148 0.464 0.336
#> SRR1419593 1 0.0336 0.7995 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434689 4 0.1109 0.6714 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR1349540 4 0.9377 -0.2119 0.112 0.204 0.308 0.376
#> SRR1377967 2 0.6389 0.5287 0.092 0.632 0.004 0.272
#> SRR662510 2 0.3470 0.4289 0.008 0.852 0.132 0.008
#> SRR1370151 2 0.7525 0.0728 0.432 0.452 0.036 0.080
#> SRR809043 4 0.4999 -0.1767 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR659578 2 0.6558 0.3685 0.260 0.632 0.100 0.008
#> SRR1339413 4 0.0592 0.6728 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1434760 4 0.8431 -0.0458 0.044 0.180 0.320 0.456
#> SRR660079 2 0.6804 0.2568 0.328 0.572 0.092 0.008
#> SRR1465153 4 0.4522 0.3279 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1340924 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.6162 0.5725 0.036 0.108 0.128 0.728
#> SRR1418688 3 0.5446 0.6461 0.032 0.028 0.740 0.200
#> SRR602338 1 0.1978 0.7968 0.928 0.068 0.004 0.000
#> SRR1323936 4 0.4877 0.1132 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1313789 2 0.6381 0.5204 0.088 0.628 0.004 0.280
#> SRR614275 3 0.7582 0.4048 0.108 0.024 0.472 0.396
#> SRR601962 1 0.4087 0.7775 0.844 0.080 0.068 0.008
#> SRR663795 1 0.3529 0.7802 0.876 0.044 0.068 0.012
#> SRR1418650 2 0.6156 0.4260 0.064 0.592 0.000 0.344
#> SRR655780 4 0.5537 0.5364 0.000 0.256 0.056 0.688
#> SRR661794 1 0.5187 0.6587 0.728 0.228 0.040 0.004
#> SRR1339508 3 0.7051 0.2535 0.388 0.056 0.524 0.032
#> SRR1501097 4 0.6806 -0.1016 0.084 0.420 0.004 0.492
#> SRR1358459 2 0.6651 0.5056 0.100 0.596 0.004 0.300
#> SRR1333550 4 0.4842 0.6177 0.000 0.192 0.048 0.760
#> SRR821148 2 0.5548 0.4324 0.120 0.748 0.124 0.008
#> SRR808658 2 0.7621 0.5562 0.152 0.592 0.040 0.216
#> SRR598100 1 0.1305 0.7928 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1475281 2 0.6651 0.5056 0.100 0.596 0.004 0.300
#> SRR1469477 1 0.2342 0.7822 0.912 0.008 0.080 0.000
#> SRR1468184 4 0.0376 0.6677 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1415660 4 0.6478 0.2217 0.012 0.400 0.048 0.540
#> SRR816892 4 0.6254 0.5580 0.008 0.168 0.136 0.688
#> SRR1447325 3 0.4608 0.5462 0.000 0.004 0.692 0.304
#> SRR1415980 1 0.5994 0.6836 0.724 0.180 0.060 0.036
#> SRR658021 2 0.8841 0.4552 0.304 0.456 0.100 0.140
#> SRR1356308 4 0.6306 0.0969 0.064 0.392 0.000 0.544
#> SRR1443695 4 0.9235 -0.1870 0.100 0.196 0.312 0.392
#> SRR1083031 2 0.6618 0.5008 0.096 0.596 0.004 0.304
#> SRR1466177 2 0.6529 0.4927 0.088 0.600 0.004 0.308
#> SRR1346978 2 0.6826 0.2062 0.084 0.460 0.004 0.452
#> SRR607705 3 0.9117 0.3856 0.292 0.140 0.436 0.132
#> SRR598364 1 0.0469 0.7983 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR603036 1 0.0895 0.7964 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR604342 1 0.3591 0.6708 0.824 0.008 0.168 0.000
#> SRR1365850 4 0.1302 0.6602 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1335940 1 0.3198 0.7918 0.880 0.080 0.040 0.000
#> SRR1436515 1 0.0895 0.7964 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1367612 4 0.6546 0.0104 0.080 0.396 0.000 0.524
#> SRR1411002 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.3828 0.6496 0.000 0.068 0.084 0.848
#> SRR1350936 1 0.5310 0.7053 0.756 0.172 0.060 0.012
#> SRR1351257 4 0.7380 0.0436 0.056 0.408 0.048 0.488
#> SRR1316793 3 0.8921 0.5306 0.148 0.128 0.488 0.236
#> SRR1090815 1 0.5459 0.6991 0.752 0.172 0.056 0.020
#> SRR657845 1 0.9979 -0.2829 0.272 0.252 0.256 0.220
#> SRR1408633 2 0.6333 0.5278 0.088 0.636 0.004 0.272
#> SRR1398971 1 0.5358 0.7324 0.772 0.144 0.052 0.032
#> SRR1399457 4 0.5033 0.5190 0.004 0.268 0.020 0.708
#> SRR1073341 1 0.9979 -0.2829 0.272 0.252 0.256 0.220
#> SRR810805 1 0.8616 0.3159 0.528 0.216 0.132 0.124
#> SRR1309657 1 0.0336 0.7994 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR820186 1 0.9979 -0.2829 0.272 0.252 0.256 0.220
#> SRR1388913 4 0.4616 0.5876 0.004 0.216 0.020 0.760
#> SRR1396270 4 0.8815 -0.1727 0.080 0.152 0.360 0.408
#> SRR613402 2 0.6313 0.5369 0.092 0.644 0.004 0.260
#> SRR614912 4 0.2675 0.6696 0.000 0.100 0.008 0.892
#> SRR1478410 3 0.4790 0.4361 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR613975 2 0.6647 0.5672 0.148 0.636 0.004 0.212
#> SRR1441631 4 0.3711 0.5739 0.000 0.024 0.140 0.836
#> SRR1088044 4 0.0592 0.6657 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1082909 1 0.7810 0.4600 0.584 0.240 0.100 0.076
#> SRR1392007 4 0.3286 0.6584 0.000 0.044 0.080 0.876
#> SRR2166524 2 0.6478 0.2995 0.000 0.632 0.132 0.236
#> SRR1445765 1 0.5459 0.6994 0.752 0.172 0.056 0.020
#> SRR819867 4 0.4283 0.6271 0.048 0.128 0.004 0.820
#> SRR1339675 1 0.5914 0.6750 0.720 0.196 0.052 0.032
#> SRR1085687 4 0.0376 0.6677 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR597952 4 0.4982 0.5145 0.004 0.276 0.016 0.704
#> SRR1376497 3 0.8996 0.5201 0.148 0.136 0.480 0.236
#> SRR813848 3 0.4103 0.5782 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1379471 3 0.9990 0.1089 0.232 0.244 0.264 0.260
#> SRR1070960 1 0.3833 0.7783 0.856 0.088 0.048 0.008
#> SRR615285 3 0.6191 0.6511 0.072 0.032 0.708 0.188
#> SRR1325353 1 0.1211 0.8031 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1470682 4 0.0967 0.6744 0.004 0.016 0.004 0.976
#> SRR615886 2 0.6730 0.3352 0.280 0.608 0.104 0.008
#> SRR1397649 2 0.6580 0.3961 0.076 0.556 0.004 0.364
#> SRR819690 1 0.7171 0.5691 0.644 0.204 0.096 0.056
#> SRR1336113 2 0.5945 0.1971 0.428 0.540 0.008 0.024
#> SRR1396570 4 0.5009 0.5031 0.004 0.280 0.016 0.700
#> SRR1327366 4 0.6478 0.2217 0.012 0.400 0.048 0.540
#> SRR1317218 4 0.0967 0.6744 0.004 0.016 0.004 0.976
#> SRR1352001 1 0.3821 0.7715 0.840 0.120 0.040 0.000
#> SRR1469791 4 0.2214 0.6768 0.000 0.044 0.028 0.928
#> SRR1388046 2 0.6138 0.5066 0.172 0.720 0.068 0.040
#> SRR655076 2 0.6435 0.4846 0.080 0.604 0.004 0.312
#> SRR1464353 4 0.6306 0.0887 0.064 0.392 0.000 0.544
#> SRR654754 1 0.1209 0.8041 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR599412 1 0.4026 0.7755 0.848 0.092 0.048 0.012
#> SRR2166308 2 0.3717 0.4301 0.016 0.844 0.132 0.008
#> SRR655696 2 0.7849 0.3935 0.176 0.588 0.180 0.056
#> SRR602978 4 0.5360 0.4407 0.008 0.316 0.016 0.660
#> SRR1323850 4 0.5249 0.5677 0.000 0.248 0.044 0.708
#> SRR1365512 3 0.5097 0.4030 0.000 0.004 0.568 0.428
#> SRR663380 2 0.9422 0.1779 0.340 0.352 0.180 0.128
#> SRR1410469 4 0.4022 0.6447 0.000 0.068 0.096 0.836
#> SRR659259 4 0.6037 0.5775 0.004 0.156 0.140 0.700
#> SRR1421223 4 0.0817 0.6645 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1092567 3 0.5097 0.4030 0.000 0.004 0.568 0.428
#> SRR1472598 4 0.6228 0.5417 0.036 0.084 0.164 0.716
#> SRR1069279 4 0.0817 0.6645 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1351624 4 0.0817 0.6645 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1342938 3 0.5062 0.6443 0.032 0.016 0.760 0.192
#> SRR599346 2 0.5945 0.1971 0.428 0.540 0.008 0.024
#> SRR1359045 2 0.9564 0.2216 0.284 0.376 0.188 0.152
#> SRR601843 1 0.3741 0.7796 0.852 0.108 0.036 0.004
#> SRR1318898 1 0.0469 0.7983 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1455104 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0469 0.8030 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1315188 4 0.5000 -0.1923 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1409875 4 0.6478 0.2217 0.012 0.400 0.048 0.540
#> SRR1348270 2 0.6475 0.5769 0.252 0.636 0.004 0.108
#> SRR602389 1 0.2949 0.7904 0.888 0.088 0.024 0.000
#> SRR1451857 4 0.6475 0.0323 0.052 0.424 0.008 0.516
#> SRR1436629 2 0.6404 0.5180 0.088 0.624 0.004 0.284
#> SRR1349144 1 0.1211 0.8041 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.4608 0.5462 0.000 0.004 0.692 0.304
#> SRR1095937 1 0.4212 0.6560 0.772 0.216 0.000 0.012
#> SRR1473295 3 0.9981 0.0882 0.268 0.236 0.268 0.228
#> SRR1457972 4 0.4283 0.6271 0.048 0.128 0.004 0.820
#> SRR1475430 1 0.4386 0.7492 0.824 0.124 0.024 0.028
#> SRR2164562 2 0.3717 0.4301 0.016 0.844 0.132 0.008
#> SRR665490 1 0.4323 0.6950 0.776 0.204 0.020 0.000
#> SRR1434182 4 0.0592 0.6657 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1458506 1 0.0336 0.7994 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR808886 4 0.6186 0.5322 0.040 0.076 0.164 0.720
#> SRR1329442 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0927 0.8021 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1434910 4 0.0895 0.6743 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR614107 4 0.3813 0.5628 0.000 0.024 0.148 0.828
#> SRR1323914 4 0.4543 0.4505 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1323065 1 0.6923 0.6058 0.668 0.184 0.096 0.052
#> SRR1309578 4 0.0967 0.6744 0.004 0.016 0.004 0.976
#> SRR1500908 2 0.6078 0.5053 0.168 0.724 0.072 0.036
#> SRR1076753 1 0.0592 0.8038 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.6162 0.5725 0.036 0.108 0.128 0.728
#> SRR608064 1 0.7034 0.5419 0.668 0.108 0.164 0.060
#> SRR608512 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.4253 0.4164 0.004 0.820 0.132 0.044
#> SRR1394872 1 0.0336 0.7994 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345669 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.9117 0.3856 0.292 0.140 0.436 0.132
#> SRR1387724 3 0.4053 0.6170 0.000 0.004 0.768 0.228
#> SRR660438 4 0.3652 0.6141 0.000 0.052 0.092 0.856
#> SRR1310758 2 0.6651 0.5056 0.100 0.596 0.004 0.300
#> SRR601525 2 0.7476 0.0605 0.436 0.452 0.036 0.076
#> SRR818749 2 0.6078 0.5053 0.168 0.724 0.072 0.036
#> SRR604294 4 0.9244 -0.0405 0.148 0.164 0.240 0.448
#> SRR1322494 2 0.6313 0.5369 0.092 0.644 0.004 0.260
#> SRR1377949 4 0.3828 0.6496 0.000 0.068 0.084 0.848
#> SRR1317001 1 0.3128 0.7937 0.884 0.076 0.040 0.000
#> SRR1311897 1 0.1042 0.8017 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR1308715 4 0.0592 0.6728 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1415195 3 0.4103 0.5782 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1380163 2 0.6313 0.5369 0.092 0.644 0.004 0.260
#> SRR1480611 1 0.0592 0.8038 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR603834 4 0.8431 -0.0458 0.044 0.180 0.320 0.456
#> SRR1341256 2 0.9421 0.4137 0.224 0.424 0.148 0.204
#> SRR613795 2 0.6730 0.3352 0.280 0.608 0.104 0.008
#> SRR659744 4 0.4616 0.5876 0.004 0.216 0.020 0.760
#> SRR1479549 1 0.5137 0.5715 0.680 0.296 0.024 0.000
#> SRR613258 1 0.6602 0.2587 0.548 0.388 0.024 0.040
#> SRR1088808 1 0.5358 0.7324 0.772 0.144 0.052 0.032
#> SRR1329068 2 0.6518 0.0485 0.004 0.544 0.068 0.384
#> SRR1480565 4 0.4283 0.6271 0.048 0.128 0.004 0.820
#> SRR1337137 4 0.7079 -0.0429 0.040 0.452 0.044 0.464
#> SRR1099520 1 0.9431 0.0981 0.432 0.188 0.200 0.180
#> SRR603942 1 0.1305 0.7928 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1440625 4 0.6228 0.5417 0.036 0.084 0.164 0.716
#> SRR1391700 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR657360 2 0.6550 0.3980 0.236 0.644 0.112 0.008
#> SRR1473443 4 0.3828 0.6496 0.000 0.068 0.084 0.848
#> SRR1498438 4 0.2596 0.6274 0.000 0.024 0.068 0.908
#> SRR1394655 1 0.5585 0.4627 0.668 0.020 0.296 0.016
#> SRR1322437 4 0.4898 0.0631 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR660236 3 0.4103 0.5782 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1466338 4 0.3828 0.6496 0.000 0.068 0.084 0.848
#> SRR604148 2 0.6769 0.0137 0.436 0.480 0.080 0.004
#> SRR1334939 2 0.6618 0.5008 0.096 0.596 0.004 0.304
#> SRR1349497 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0817 0.8034 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.3873 0.6626 0.000 0.096 0.060 0.844
#> SRR1339366 2 0.6326 0.5742 0.256 0.636 0.000 0.108
#> SRR656469 3 0.9117 0.3856 0.292 0.140 0.436 0.132
#> SRR1389868 1 0.2021 0.8004 0.932 0.056 0.012 0.000
#> SRR1390265 2 0.6326 0.5742 0.256 0.636 0.000 0.108
#> SRR1364935 4 0.1389 0.6593 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1469102 1 0.2222 0.8004 0.924 0.060 0.016 0.000
#> SRR1440584 2 0.6354 0.5034 0.080 0.620 0.004 0.296
#> SRR1459697 2 0.6404 0.5183 0.088 0.624 0.004 0.284
#> SRR1352575 1 0.4872 0.6604 0.728 0.244 0.028 0.000
#> SRR613711 4 0.2675 0.6696 0.000 0.100 0.008 0.892
#> SRR614023 1 0.9479 0.0825 0.424 0.192 0.200 0.184
#> SRR1316174 1 0.0469 0.7983 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR603268 4 0.4616 0.5876 0.004 0.216 0.020 0.760
#> SRR1486044 2 0.6313 0.5369 0.092 0.644 0.004 0.260
#> SRR1441483 2 0.6529 0.4927 0.088 0.600 0.004 0.308
#> SRR1074189 1 0.6602 0.2587 0.548 0.388 0.024 0.040
#> SRR665646 2 0.6769 0.0137 0.436 0.480 0.080 0.004
#> SRR1404931 4 0.4605 0.2957 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1431552 3 0.4103 0.5782 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1479085 2 0.9892 0.0711 0.240 0.324 0.228 0.208
#> SRR1322711 4 0.0967 0.6744 0.004 0.016 0.004 0.976
#> SRR1404988 4 0.4072 0.4484 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1419848 4 0.0592 0.6657 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1332713 1 0.4890 0.5903 0.736 0.024 0.236 0.004
#> SRR1070863 3 0.9988 0.1199 0.232 0.240 0.268 0.260
#> SRR659947 2 0.4584 0.4394 0.056 0.808 0.128 0.008
#> SRR1414356 1 0.3529 0.7802 0.876 0.044 0.068 0.012
#> SRR599122 1 0.6777 0.0265 0.496 0.036 0.436 0.032
#> SRR1344100 2 0.6486 0.0864 0.004 0.556 0.068 0.372
#> SRR613018 4 0.2647 0.6106 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1456591 1 0.3335 0.7730 0.856 0.128 0.016 0.000
#> SRR1368710 4 0.0336 0.6703 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1397885 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1319283 4 0.7912 0.1522 0.028 0.172 0.276 0.524
#> SRR1349518 4 0.2611 0.6700 0.000 0.096 0.008 0.896
#> SRR1471267 1 0.0188 0.8022 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR655277 2 0.6801 0.0647 0.416 0.496 0.084 0.004
#> SRR1455436 4 0.6522 0.5047 0.020 0.276 0.068 0.636
#> SRR658009 1 0.9979 -0.2829 0.272 0.252 0.256 0.220
#> SRR1331383 4 0.4605 0.2936 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1394894 3 0.6124 0.6511 0.068 0.032 0.712 0.188
#> SRR659133 3 0.7151 0.5365 0.272 0.016 0.588 0.124
#> SRR660212 3 0.5868 0.6519 0.064 0.024 0.724 0.188
#> SRR657821 1 0.7572 0.4848 0.596 0.248 0.092 0.064
#> SRR1379279 4 0.4542 0.5961 0.004 0.208 0.020 0.768
#> SRR663149 2 0.4342 0.4361 0.044 0.820 0.128 0.008
#> SRR1413032 4 0.4144 0.6400 0.000 0.068 0.104 0.828
#> SRR1377557 1 0.0895 0.7964 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1335296 2 0.6326 0.5742 0.256 0.636 0.000 0.108
#> SRR1407273 2 0.7777 0.5536 0.172 0.576 0.040 0.212
#> SRR657101 4 0.9055 0.0760 0.092 0.232 0.228 0.448
#> SRR1350588 1 0.1867 0.7938 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1368486 2 0.9449 0.1926 0.336 0.352 0.180 0.132
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.4119 0.78248 0.068 0.780 0.000 0.152 0.000
#> SRR657372 1 0.2125 0.78684 0.920 0.052 0.004 0.000 0.024
#> SRR661409 2 0.9860 -0.21297 0.232 0.256 0.208 0.148 0.156
#> SRR1409721 2 0.3640 0.77695 0.072 0.836 0.000 0.084 0.008
#> SRR1391678 1 0.5370 0.70850 0.744 0.108 0.048 0.008 0.092
#> SRR1392030 1 0.3883 0.76511 0.832 0.084 0.032 0.000 0.052
#> SRR1453787 1 0.5066 0.55673 0.672 0.260 0.000 0.004 0.064
#> SRR654969 5 0.2573 0.67033 0.104 0.016 0.000 0.000 0.880
#> SRR1435113 4 0.5484 0.42771 0.000 0.096 0.224 0.668 0.012
#> SRR601359 1 0.1310 0.77206 0.956 0.020 0.024 0.000 0.000
#> SRR663392 4 0.3413 0.70185 0.000 0.052 0.004 0.844 0.100
#> SRR1374716 3 0.5884 0.38475 0.000 0.112 0.616 0.260 0.012
#> SRR601157 1 0.0740 0.78411 0.980 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR615347 4 0.4742 0.57019 0.004 0.220 0.000 0.716 0.060
#> SRR1329464 1 0.0898 0.78819 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357344 2 0.3727 0.75471 0.096 0.832 0.000 0.060 0.012
#> SRR1365356 1 0.1018 0.77643 0.968 0.016 0.016 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.1981 0.78331 0.920 0.064 0.000 0.000 0.016
#> SRR810343 1 0.1913 0.78935 0.932 0.044 0.008 0.000 0.016
#> SRR1431991 1 0.3414 0.77494 0.860 0.060 0.024 0.000 0.056
#> SRR1312024 3 0.6778 0.22685 0.380 0.080 0.480 0.000 0.060
#> SRR1499699 3 0.8666 0.46083 0.064 0.180 0.456 0.200 0.100
#> SRR1397861 1 0.2178 0.78943 0.920 0.048 0.008 0.000 0.024
#> SRR1479663 2 0.4823 0.66930 0.052 0.672 0.000 0.276 0.000
#> SRR1475483 1 0.3649 0.76952 0.852 0.068 0.028 0.004 0.048
#> SRR603726 1 0.3718 0.74333 0.844 0.056 0.080 0.012 0.008
#> SRR663368 3 0.8774 0.33299 0.092 0.224 0.340 0.304 0.040
#> SRR1354225 2 0.5678 0.53425 0.036 0.616 0.032 0.312 0.004
#> SRR1089809 4 0.1981 0.73003 0.000 0.064 0.016 0.920 0.000
#> SRR1338901 4 0.1764 0.72889 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008
#> SRR598645 3 0.7220 0.29195 0.088 0.084 0.484 0.340 0.004
#> SRR656528 4 0.3297 0.67001 0.000 0.012 0.080 0.860 0.048
#> SRR809503 5 0.0510 0.63293 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR659923 2 0.4453 0.76137 0.060 0.752 0.000 0.184 0.004
#> SRR1498226 1 0.0912 0.77671 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1319858 3 0.9271 0.27391 0.260 0.264 0.284 0.136 0.056
#> SRR1350566 1 0.0290 0.78310 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.2625 0.69652 0.000 0.016 0.056 0.900 0.028
#> SRR1406307 1 0.3634 0.76695 0.840 0.076 0.012 0.000 0.072
#> SRR1348318 1 0.4627 0.73924 0.788 0.120 0.032 0.008 0.052
#> SRR1343433 1 0.1493 0.78921 0.948 0.028 0.000 0.000 0.024
#> SRR1342088 4 0.5951 0.54801 0.028 0.176 0.140 0.656 0.000
#> SRR1404384 2 0.4673 0.72306 0.128 0.784 0.020 0.052 0.016
#> SRR655495 4 0.2251 0.69251 0.000 0.008 0.052 0.916 0.024
#> SRR812270 4 0.2902 0.70307 0.000 0.028 0.056 0.888 0.028
#> SRR821176 2 0.5067 0.64241 0.064 0.648 0.000 0.288 0.000
#> SRR807799 2 0.3640 0.77695 0.072 0.836 0.000 0.084 0.008
#> SRR814919 1 0.6876 0.37222 0.532 0.244 0.008 0.016 0.200
#> SRR1415274 1 0.5409 0.69954 0.740 0.132 0.028 0.020 0.080
#> SRR1491275 3 0.5878 0.52893 0.072 0.084 0.732 0.068 0.044
#> SRR659851 5 0.7109 0.54057 0.160 0.096 0.092 0.032 0.620
#> SRR1337364 5 0.4738 0.35634 0.420 0.012 0.004 0.000 0.564
#> SRR1414471 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.7612 0.51076 0.576 0.172 0.104 0.040 0.108
#> SRR1456208 1 0.0740 0.78411 0.980 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR1393428 4 0.2251 0.69251 0.000 0.008 0.052 0.916 0.024
#> SRR1327632 1 0.6601 0.61802 0.660 0.152 0.056 0.032 0.100
#> SRR608120 1 0.5066 0.55673 0.672 0.260 0.000 0.004 0.064
#> SRR607679 2 0.4260 0.77226 0.052 0.776 0.008 0.164 0.000
#> SRR1359529 3 0.6586 0.52294 0.092 0.144 0.664 0.072 0.028
#> SRR1330305 2 0.4197 0.78268 0.076 0.776 0.000 0.148 0.000
#> SRR1436042 1 0.2302 0.78956 0.916 0.048 0.016 0.000 0.020
#> SRR656191 2 0.4488 0.75857 0.060 0.748 0.000 0.188 0.004
#> SRR1419211 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 4 0.8435 -0.15029 0.132 0.224 0.256 0.380 0.008
#> SRR1090770 1 0.2086 0.78971 0.924 0.048 0.008 0.000 0.020
#> SRR657420 1 0.3795 0.72463 0.808 0.044 0.004 0.000 0.144
#> SRR1398686 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.5055 0.66578 0.712 0.116 0.004 0.000 0.168
#> SRR1074694 2 0.6029 0.46119 0.040 0.552 0.048 0.360 0.000
#> SRR1413851 2 0.3953 0.76896 0.048 0.784 0.000 0.168 0.000
#> SRR1319924 2 0.5051 0.56657 0.236 0.696 0.000 0.016 0.052
#> SRR1361050 5 0.7236 0.25707 0.340 0.176 0.004 0.032 0.448
#> SRR1095792 4 0.4138 0.67395 0.000 0.148 0.072 0.780 0.000
#> SRR1476903 1 0.9209 -0.32263 0.288 0.252 0.276 0.132 0.052
#> SRR1406502 4 0.5124 0.41030 0.004 0.320 0.000 0.628 0.048
#> SRR607502 4 0.1306 0.71826 0.000 0.008 0.016 0.960 0.016
#> SRR602951 3 0.7254 0.29475 0.088 0.088 0.484 0.336 0.004
#> SRR1402922 4 0.2178 0.69351 0.000 0.008 0.048 0.920 0.024
#> SRR1314071 1 0.6600 0.05931 0.408 0.408 0.000 0.004 0.180
#> SRR1374778 3 0.3595 0.53072 0.048 0.008 0.856 0.068 0.020
#> SRR1089926 1 0.7836 0.46222 0.560 0.168 0.084 0.056 0.132
#> SRR1437056 3 0.2728 0.52783 0.012 0.008 0.896 0.068 0.016
#> SRR1366772 4 0.0609 0.72319 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1487465 1 0.3658 0.74481 0.848 0.056 0.076 0.012 0.008
#> SRR2166006 5 0.1300 0.65181 0.028 0.016 0.000 0.000 0.956
#> SRR1341034 4 0.1828 0.72355 0.000 0.032 0.028 0.936 0.004
#> SRR1460235 1 0.5557 0.69662 0.732 0.112 0.044 0.012 0.100
#> SRR1368917 1 0.0992 0.78847 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457197 4 0.2416 0.68599 0.000 0.012 0.100 0.888 0.000
#> SRR1433311 1 0.1018 0.77643 0.968 0.016 0.016 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.2584 0.73707 0.900 0.052 0.040 0.000 0.008
#> SRR1454265 1 0.0798 0.78797 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1454498 3 0.2555 0.52501 0.004 0.008 0.900 0.072 0.016
#> SRR661711 1 0.2217 0.78794 0.920 0.044 0.012 0.000 0.024
#> SRR661493 1 0.0798 0.78797 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356120 1 0.9305 -0.34716 0.276 0.256 0.268 0.144 0.056
#> SRR1381414 2 0.3932 0.78444 0.064 0.796 0.000 0.140 0.000
#> SRR1350263 3 0.2179 0.52500 0.000 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR1327349 3 0.6202 0.23748 0.000 0.108 0.528 0.352 0.012
#> SRR1476348 4 0.7803 -0.03137 0.092 0.352 0.036 0.448 0.072
#> SRR656035 1 0.5350 0.65172 0.708 0.080 0.020 0.004 0.188
#> SRR2165896 5 0.0510 0.63293 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR601549 4 0.1200 0.71759 0.000 0.008 0.012 0.964 0.016
#> SRR658573 4 0.1704 0.72971 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1393470 4 0.1990 0.72970 0.004 0.068 0.008 0.920 0.000
#> SRR1381247 3 0.8245 0.20055 0.060 0.252 0.336 0.332 0.020
#> SRR1322790 3 0.5365 0.48457 0.136 0.028 0.748 0.044 0.044
#> SRR1404044 1 0.1278 0.78847 0.960 0.016 0.020 0.000 0.004
#> SRR1487728 3 0.7506 0.47549 0.040 0.168 0.536 0.224 0.032
#> SRR1419593 1 0.0290 0.78310 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 4 0.1725 0.72807 0.000 0.044 0.000 0.936 0.020
#> SRR1349540 3 0.8951 0.34655 0.104 0.220 0.332 0.296 0.048
#> SRR1377967 2 0.3806 0.78228 0.072 0.824 0.000 0.096 0.008
#> SRR662510 5 0.0703 0.63040 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1370151 1 0.7850 0.09292 0.420 0.256 0.008 0.056 0.260
#> SRR809043 4 0.6252 0.04331 0.000 0.104 0.400 0.484 0.012
#> SRR659578 5 0.3934 0.64709 0.244 0.016 0.000 0.000 0.740
#> SRR1339413 4 0.1341 0.72908 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1434760 4 0.8013 -0.20969 0.036 0.224 0.340 0.372 0.028
#> SRR660079 5 0.4232 0.58050 0.312 0.012 0.000 0.000 0.676
#> SRR1465153 4 0.5484 0.42771 0.000 0.096 0.224 0.668 0.012
#> SRR1340924 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.5926 0.56160 0.024 0.216 0.116 0.644 0.000
#> SRR1418688 3 0.3329 0.52790 0.020 0.008 0.868 0.076 0.028
#> SRR602338 1 0.2012 0.78405 0.920 0.060 0.000 0.000 0.020
#> SRR1323936 4 0.5977 0.25965 0.000 0.108 0.312 0.572 0.008
#> SRR1313789 2 0.3778 0.78427 0.068 0.820 0.000 0.108 0.004
#> SRR614275 3 0.7254 0.29475 0.088 0.088 0.484 0.336 0.004
#> SRR601962 1 0.3916 0.76321 0.832 0.084 0.060 0.004 0.020
#> SRR663795 1 0.3075 0.76624 0.880 0.048 0.056 0.004 0.012
#> SRR1418650 2 0.3882 0.76380 0.044 0.788 0.000 0.168 0.000
#> SRR655780 4 0.5059 0.52707 0.000 0.056 0.004 0.660 0.280
#> SRR661794 1 0.5404 0.65021 0.704 0.084 0.020 0.004 0.188
#> SRR1339508 3 0.6211 0.27658 0.364 0.060 0.536 0.000 0.040
#> SRR1501097 2 0.5341 0.52429 0.064 0.580 0.000 0.356 0.000
#> SRR1358459 2 0.3992 0.78765 0.080 0.796 0.000 0.124 0.000
#> SRR1333550 4 0.4777 0.51690 0.000 0.292 0.044 0.664 0.000
#> SRR821148 5 0.2573 0.67033 0.104 0.016 0.000 0.000 0.880
#> SRR808658 2 0.4803 0.71127 0.132 0.776 0.032 0.048 0.012
#> SRR598100 1 0.1310 0.77206 0.956 0.020 0.024 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.3992 0.78765 0.080 0.796 0.000 0.124 0.000
#> SRR1469477 1 0.2260 0.76055 0.908 0.028 0.064 0.000 0.000
#> SRR1468184 4 0.0609 0.72319 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1415660 2 0.5503 0.34448 0.008 0.548 0.040 0.400 0.004
#> SRR816892 4 0.5739 0.52180 0.004 0.244 0.128 0.624 0.000
#> SRR1447325 3 0.5752 0.38996 0.000 0.100 0.628 0.260 0.012
#> SRR1415980 1 0.5693 0.68900 0.724 0.132 0.040 0.020 0.084
#> SRR658021 2 0.7180 0.36286 0.276 0.548 0.104 0.024 0.048
#> SRR1356308 2 0.5201 0.36954 0.044 0.532 0.000 0.424 0.000
#> SRR1443695 3 0.8774 0.33299 0.092 0.224 0.340 0.304 0.040
#> SRR1083031 2 0.3980 0.78796 0.076 0.796 0.000 0.128 0.000
#> SRR1466177 2 0.3906 0.78714 0.068 0.800 0.000 0.132 0.000
#> SRR1346978 2 0.5047 0.64814 0.064 0.652 0.000 0.284 0.000
#> SRR607705 3 0.8050 0.39063 0.280 0.212 0.428 0.060 0.020
#> SRR598364 1 0.0162 0.78142 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0798 0.77738 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.3865 0.62936 0.808 0.100 0.092 0.000 0.000
#> SRR1365850 4 0.1493 0.72078 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> SRR1335940 1 0.3046 0.78024 0.880 0.052 0.020 0.000 0.048
#> SRR1436515 1 0.0798 0.77738 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.5378 0.44705 0.060 0.548 0.000 0.392 0.000
#> SRR1411002 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.3953 0.68005 0.000 0.148 0.060 0.792 0.000
#> SRR1350936 1 0.5421 0.70481 0.740 0.108 0.048 0.008 0.096
#> SRR1351257 2 0.6029 0.46119 0.040 0.552 0.048 0.360 0.000
#> SRR1316793 3 0.7327 0.50755 0.140 0.156 0.580 0.112 0.012
#> SRR1090815 1 0.5557 0.69662 0.732 0.112 0.044 0.012 0.100
#> SRR657845 3 0.9427 0.25725 0.260 0.252 0.272 0.148 0.068
#> SRR1408633 2 0.3622 0.78108 0.068 0.832 0.000 0.096 0.004
#> SRR1398971 1 0.4963 0.72817 0.772 0.116 0.028 0.016 0.068
#> SRR1399457 4 0.5222 0.43215 0.004 0.308 0.004 0.636 0.048
#> SRR1073341 3 0.9427 0.25725 0.260 0.252 0.272 0.148 0.068
#> SRR810805 1 0.8348 0.35827 0.512 0.176 0.144 0.088 0.080
#> SRR1309657 1 0.0000 0.78288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 3 0.9427 0.25725 0.260 0.252 0.272 0.148 0.068
#> SRR1388913 4 0.4799 0.55833 0.004 0.228 0.000 0.708 0.060
#> SRR1396270 3 0.8245 0.20055 0.060 0.252 0.336 0.332 0.020
#> SRR613402 2 0.3640 0.77695 0.072 0.836 0.000 0.084 0.008
#> SRR614912 4 0.3081 0.68945 0.000 0.156 0.000 0.832 0.012
#> SRR1478410 3 0.6152 0.24832 0.000 0.104 0.536 0.348 0.012
#> SRR613975 2 0.4185 0.72731 0.128 0.800 0.000 0.052 0.020
#> SRR1441631 4 0.3387 0.64218 0.000 0.008 0.132 0.836 0.024
#> SRR1088044 4 0.0693 0.72201 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR1082909 1 0.7538 0.51254 0.580 0.180 0.092 0.040 0.108
#> SRR1392007 4 0.3907 0.71025 0.000 0.100 0.068 0.820 0.012
#> SRR2166524 5 0.4178 0.43276 0.000 0.028 0.004 0.220 0.748
#> SRR1445765 1 0.5507 0.70015 0.736 0.112 0.044 0.012 0.096
#> SRR819867 4 0.3977 0.59996 0.032 0.204 0.000 0.764 0.000
#> SRR1339675 1 0.5732 0.68073 0.720 0.128 0.036 0.020 0.096
#> SRR1085687 4 0.0609 0.72319 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR597952 4 0.5116 0.43322 0.004 0.304 0.000 0.640 0.052
#> SRR1376497 3 0.7473 0.50065 0.140 0.168 0.568 0.108 0.016
#> SRR813848 3 0.5541 0.43798 0.000 0.108 0.668 0.212 0.012
#> SRR1379471 3 0.9363 0.25989 0.216 0.264 0.280 0.188 0.052
#> SRR1070960 1 0.3814 0.76784 0.840 0.080 0.052 0.004 0.024
#> SRR615285 3 0.4073 0.52546 0.056 0.008 0.832 0.068 0.036
#> SRR1325353 1 0.1399 0.78766 0.952 0.020 0.000 0.000 0.028
#> SRR1470682 4 0.1704 0.72971 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR615886 5 0.3967 0.63805 0.264 0.012 0.000 0.000 0.724
#> SRR1397649 2 0.4620 0.74707 0.060 0.732 0.000 0.204 0.004
#> SRR819690 1 0.7050 0.58786 0.632 0.140 0.092 0.036 0.100
#> SRR1336113 1 0.6600 0.05931 0.408 0.408 0.000 0.004 0.180
#> SRR1396570 4 0.5124 0.41030 0.004 0.320 0.000 0.628 0.048
#> SRR1327366 2 0.5503 0.34448 0.008 0.548 0.040 0.400 0.004
#> SRR1317218 4 0.1768 0.72951 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1352001 1 0.3969 0.76324 0.828 0.084 0.040 0.000 0.048
#> SRR1469791 4 0.2597 0.72462 0.000 0.092 0.024 0.884 0.000
#> SRR1388046 5 0.6143 0.57008 0.160 0.168 0.000 0.032 0.640
#> SRR655076 2 0.4025 0.78549 0.060 0.796 0.000 0.140 0.004
#> SRR1464353 2 0.5182 0.39061 0.044 0.544 0.000 0.412 0.000
#> SRR654754 1 0.1356 0.78976 0.956 0.028 0.004 0.000 0.012
#> SRR599412 1 0.3958 0.76453 0.832 0.084 0.052 0.004 0.028
#> SRR2166308 5 0.0510 0.63293 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR655696 5 0.7109 0.54057 0.160 0.096 0.092 0.032 0.620
#> SRR602978 4 0.5487 0.24417 0.008 0.376 0.000 0.564 0.052
#> SRR1323850 4 0.5146 0.40302 0.000 0.348 0.036 0.608 0.008
#> SRR1365512 3 0.3969 0.39004 0.000 0.004 0.692 0.304 0.000
#> SRR663380 1 0.9464 -0.05156 0.324 0.224 0.156 0.080 0.216
#> SRR1410469 4 0.4138 0.67395 0.000 0.148 0.072 0.780 0.000
#> SRR659259 4 0.5801 0.53791 0.000 0.248 0.132 0.616 0.004
#> SRR1421223 4 0.0912 0.72181 0.000 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR1092567 3 0.3969 0.39004 0.000 0.004 0.692 0.304 0.000
#> SRR1472598 4 0.5934 0.55184 0.024 0.184 0.140 0.652 0.000
#> SRR1069279 4 0.0912 0.72181 0.000 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR1351624 4 0.0912 0.72181 0.000 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR1342938 3 0.2728 0.52783 0.012 0.008 0.896 0.068 0.016
#> SRR599346 1 0.6600 0.05931 0.408 0.408 0.000 0.004 0.180
#> SRR1359045 1 0.9691 -0.20204 0.264 0.228 0.156 0.104 0.248
#> SRR601843 1 0.3649 0.76952 0.852 0.068 0.028 0.004 0.048
#> SRR1318898 1 0.0162 0.78142 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0609 0.78809 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 4 0.6011 0.06934 0.000 0.100 0.404 0.492 0.004
#> SRR1409875 2 0.5503 0.34448 0.008 0.548 0.040 0.400 0.004
#> SRR1348270 2 0.5051 0.56657 0.236 0.696 0.000 0.016 0.052
#> SRR602389 1 0.3175 0.77813 0.872 0.064 0.020 0.000 0.044
#> SRR1451857 2 0.5253 0.43669 0.036 0.572 0.000 0.384 0.008
#> SRR1436629 2 0.3827 0.78550 0.068 0.816 0.000 0.112 0.004
#> SRR1349144 1 0.1399 0.78960 0.952 0.028 0.000 0.000 0.020
#> SRR615491 3 0.5752 0.38996 0.000 0.100 0.628 0.260 0.012
#> SRR1095937 1 0.3944 0.65772 0.756 0.224 0.000 0.004 0.016
#> SRR1473295 3 0.9422 0.27979 0.256 0.232 0.292 0.152 0.068
#> SRR1457972 4 0.3977 0.59996 0.032 0.204 0.000 0.764 0.000
#> SRR1475430 1 0.4287 0.74660 0.808 0.120 0.028 0.012 0.032
#> SRR2164562 5 0.0510 0.63293 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR665490 1 0.4393 0.68001 0.756 0.076 0.000 0.000 0.168
#> SRR1434182 4 0.0693 0.72201 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.78288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 4 0.5951 0.54801 0.028 0.176 0.140 0.656 0.000
#> SRR1329442 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0740 0.78411 0.980 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR1434910 4 0.1638 0.72838 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR614107 4 0.3477 0.63268 0.000 0.008 0.140 0.828 0.024
#> SRR1323914 4 0.4268 0.12479 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1323065 1 0.6797 0.61664 0.656 0.124 0.088 0.036 0.096
#> SRR1309578 4 0.1768 0.72951 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1500908 5 0.5998 0.57945 0.156 0.164 0.000 0.028 0.652
#> SRR1076753 1 0.0771 0.78901 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327410 4 0.5926 0.56160 0.024 0.216 0.116 0.644 0.000
#> SRR608064 1 0.6433 0.51099 0.652 0.136 0.152 0.048 0.012
#> SRR608512 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.1579 0.61361 0.000 0.024 0.000 0.032 0.944
#> SRR1394872 1 0.0000 0.78288 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.8050 0.39063 0.280 0.212 0.428 0.060 0.020
#> SRR1387724 3 0.2179 0.52500 0.000 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR660438 4 0.3399 0.66941 0.000 0.016 0.080 0.856 0.048
#> SRR1310758 2 0.3992 0.78765 0.080 0.796 0.000 0.124 0.000
#> SRR601525 1 0.7799 0.10260 0.424 0.256 0.008 0.052 0.260
#> SRR818749 5 0.5998 0.57945 0.156 0.164 0.000 0.028 0.652
#> SRR604294 4 0.8389 -0.07188 0.128 0.244 0.228 0.392 0.008
#> SRR1322494 2 0.3640 0.77695 0.072 0.836 0.000 0.084 0.008
#> SRR1377949 4 0.3953 0.68005 0.000 0.148 0.060 0.792 0.000
#> SRR1317001 1 0.2804 0.78116 0.892 0.044 0.016 0.000 0.048
#> SRR1311897 1 0.0693 0.78608 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR1308715 4 0.1341 0.72908 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1415195 3 0.5541 0.43798 0.000 0.108 0.668 0.212 0.012
#> SRR1380163 2 0.3640 0.77695 0.072 0.836 0.000 0.084 0.008
#> SRR1480611 1 0.0771 0.78901 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR603834 4 0.8013 -0.20969 0.036 0.224 0.340 0.372 0.028
#> SRR1341256 2 0.7355 0.43760 0.192 0.564 0.148 0.084 0.012
#> SRR613795 5 0.3967 0.63805 0.264 0.012 0.000 0.000 0.724
#> SRR659744 4 0.4799 0.55833 0.004 0.228 0.000 0.708 0.060
#> SRR1479549 1 0.5216 0.55415 0.660 0.092 0.000 0.000 0.248
#> SRR613258 1 0.6876 0.37222 0.532 0.244 0.008 0.016 0.200
#> SRR1088808 1 0.4963 0.72817 0.772 0.116 0.028 0.016 0.068
#> SRR1329068 5 0.6446 0.02813 0.004 0.140 0.004 0.364 0.488
#> SRR1480565 4 0.3977 0.59996 0.032 0.204 0.000 0.764 0.000
#> SRR1337137 2 0.5678 0.53425 0.036 0.616 0.032 0.312 0.004
#> SRR1099520 1 0.8857 0.05181 0.416 0.188 0.224 0.116 0.056
#> SRR603942 1 0.1310 0.77206 0.956 0.020 0.024 0.000 0.000
#> SRR1440625 4 0.5934 0.55184 0.024 0.184 0.140 0.652 0.000
#> SRR1391700 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.4024 0.65674 0.220 0.028 0.000 0.000 0.752
#> SRR1473443 4 0.3953 0.68005 0.000 0.148 0.060 0.792 0.000
#> SRR1498438 4 0.2251 0.69251 0.000 0.008 0.052 0.916 0.024
#> SRR1394655 1 0.5775 0.43637 0.652 0.108 0.224 0.004 0.012
#> SRR1322437 4 0.6063 0.22753 0.000 0.100 0.332 0.556 0.012
#> SRR660236 3 0.5541 0.43798 0.000 0.108 0.668 0.212 0.012
#> SRR1466338 4 0.3953 0.68005 0.000 0.148 0.060 0.792 0.000
#> SRR604148 5 0.4738 0.35634 0.420 0.012 0.004 0.000 0.564
#> SRR1334939 2 0.3980 0.78796 0.076 0.796 0.000 0.128 0.000
#> SRR1349497 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0992 0.78847 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446114 4 0.4252 0.67004 0.000 0.176 0.052 0.768 0.004
#> SRR1339366 2 0.4699 0.57867 0.236 0.716 0.000 0.016 0.032
#> SRR656469 3 0.8050 0.39063 0.280 0.212 0.428 0.060 0.020
#> SRR1389868 1 0.2217 0.78794 0.920 0.044 0.012 0.000 0.024
#> SRR1390265 2 0.4699 0.57867 0.236 0.716 0.000 0.016 0.032
#> SRR1364935 4 0.1728 0.71738 0.000 0.020 0.036 0.940 0.004
#> SRR1469102 1 0.2395 0.78791 0.912 0.048 0.016 0.000 0.024
#> SRR1440584 2 0.3845 0.78589 0.060 0.812 0.000 0.124 0.004
#> SRR1459697 2 0.3778 0.78514 0.068 0.820 0.000 0.108 0.004
#> SRR1352575 1 0.5055 0.66578 0.712 0.116 0.004 0.000 0.168
#> SRR613711 4 0.3081 0.68945 0.000 0.156 0.000 0.832 0.012
#> SRR614023 1 0.8892 0.04539 0.412 0.192 0.220 0.120 0.056
#> SRR1316174 1 0.0162 0.78142 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 4 0.4799 0.55833 0.004 0.228 0.000 0.708 0.060
#> SRR1486044 2 0.3640 0.77695 0.072 0.836 0.000 0.084 0.008
#> SRR1441483 2 0.3906 0.78714 0.068 0.800 0.000 0.132 0.000
#> SRR1074189 1 0.6876 0.37222 0.532 0.244 0.008 0.016 0.200
#> SRR665646 5 0.4738 0.35634 0.420 0.012 0.004 0.000 0.564
#> SRR1404931 4 0.5409 0.41071 0.000 0.084 0.252 0.656 0.008
#> SRR1431552 3 0.5541 0.43798 0.000 0.108 0.668 0.212 0.012
#> SRR1479085 2 0.9860 -0.21297 0.232 0.256 0.208 0.148 0.156
#> SRR1322711 4 0.1768 0.72951 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1404988 4 0.5007 0.53735 0.000 0.096 0.176 0.720 0.008
#> SRR1419848 4 0.0693 0.72201 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR1332713 1 0.5055 0.55409 0.720 0.112 0.160 0.000 0.008
#> SRR1070863 3 0.9362 0.26724 0.216 0.260 0.284 0.188 0.052
#> SRR659947 5 0.1549 0.65702 0.040 0.016 0.000 0.000 0.944
#> SRR1414356 1 0.3075 0.76624 0.880 0.048 0.056 0.004 0.012
#> SRR599122 1 0.5700 -0.01072 0.476 0.052 0.460 0.000 0.012
#> SRR1344100 5 0.6323 0.08774 0.004 0.128 0.004 0.352 0.512
#> SRR613018 4 0.2416 0.68599 0.000 0.012 0.100 0.888 0.000
#> SRR1456591 1 0.3634 0.76695 0.840 0.076 0.012 0.000 0.072
#> SRR1368710 4 0.0794 0.72528 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1397885 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 4 0.7498 0.00617 0.024 0.216 0.296 0.448 0.016
#> SRR1349518 4 0.3039 0.69252 0.000 0.152 0.000 0.836 0.012
#> SRR1471267 1 0.0404 0.78687 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.4696 0.40602 0.400 0.012 0.004 0.000 0.584
#> SRR1455436 4 0.5837 0.26149 0.008 0.392 0.064 0.532 0.004
#> SRR658009 3 0.9427 0.25725 0.260 0.252 0.272 0.148 0.068
#> SRR1331383 4 0.5557 0.39918 0.000 0.096 0.252 0.644 0.008
#> SRR1394894 3 0.3994 0.52720 0.056 0.008 0.836 0.068 0.032
#> SRR659133 3 0.7460 0.37113 0.260 0.108 0.532 0.084 0.016
#> SRR660212 3 0.3680 0.53445 0.052 0.016 0.852 0.068 0.012
#> SRR657821 1 0.7610 0.49647 0.576 0.124 0.084 0.044 0.172
#> SRR1379279 4 0.4742 0.57019 0.004 0.220 0.000 0.716 0.060
#> SRR663149 5 0.1300 0.65181 0.028 0.016 0.000 0.000 0.956
#> SRR1413032 4 0.4254 0.67032 0.000 0.148 0.080 0.772 0.000
#> SRR1377557 1 0.0912 0.77671 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.4699 0.57867 0.236 0.716 0.000 0.016 0.032
#> SRR1407273 2 0.4835 0.69327 0.152 0.764 0.032 0.044 0.008
#> SRR657101 4 0.8724 -0.15380 0.084 0.276 0.244 0.356 0.040
#> SRR1350588 1 0.1981 0.78331 0.920 0.064 0.000 0.000 0.016
#> SRR1368486 1 0.9498 -0.06517 0.316 0.224 0.152 0.084 0.224
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.0622 0.7742 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.2361 0.7484 0.012 0.880 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR657372 1 0.2792 0.7768 0.888 0.044 0.024 0.024 0.020 0.000
#> SRR661409 2 0.9296 -0.3484 0.188 0.256 0.248 0.032 0.140 0.136
#> SRR1409721 2 0.1598 0.7429 0.008 0.940 0.004 0.008 0.000 0.040
#> SRR1391678 1 0.5512 0.6715 0.692 0.116 0.096 0.004 0.088 0.004
#> SRR1392030 1 0.4288 0.7427 0.784 0.088 0.076 0.004 0.048 0.000
#> SRR1453787 1 0.5718 0.4194 0.580 0.312 0.016 0.032 0.060 0.000
#> SRR654969 5 0.1949 0.6538 0.088 0.004 0.004 0.000 0.904 0.000
#> SRR1435113 6 0.4039 -0.0701 0.000 0.000 0.008 0.424 0.000 0.568
#> SRR601359 1 0.2808 0.7337 0.868 0.008 0.048 0.076 0.000 0.000
#> SRR663392 6 0.3757 0.6447 0.000 0.048 0.004 0.040 0.088 0.820
#> SRR1374716 4 0.4434 0.6625 0.000 0.000 0.172 0.712 0.000 0.116
#> SRR601157 1 0.1679 0.7692 0.936 0.000 0.028 0.028 0.008 0.000
#> SRR615347 6 0.4595 0.6012 0.004 0.228 0.000 0.012 0.056 0.700
#> SRR1329464 1 0.1078 0.7767 0.964 0.016 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1357344 2 0.1993 0.7188 0.032 0.928 0.008 0.008 0.004 0.020
#> SRR1365356 1 0.2401 0.7455 0.892 0.004 0.044 0.060 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.2357 0.7705 0.900 0.068 0.008 0.012 0.012 0.000
#> SRR810343 1 0.2486 0.7786 0.900 0.048 0.028 0.008 0.016 0.000
#> SRR1431991 1 0.3835 0.7555 0.812 0.068 0.072 0.000 0.048 0.000
#> SRR1312024 3 0.6415 0.3075 0.284 0.048 0.552 0.084 0.032 0.000
#> SRR1499699 3 0.8062 0.3789 0.040 0.156 0.500 0.068 0.088 0.148
#> SRR1397861 1 0.2583 0.7774 0.896 0.044 0.032 0.008 0.020 0.000
#> SRR1479663 2 0.3240 0.6298 0.004 0.752 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1475483 1 0.4089 0.7515 0.808 0.080 0.060 0.008 0.040 0.004
#> SRR603726 1 0.4846 0.6939 0.744 0.052 0.120 0.076 0.004 0.004
#> SRR663368 3 0.8071 0.3619 0.064 0.204 0.396 0.056 0.016 0.264
#> SRR1354225 2 0.5443 0.5084 0.024 0.632 0.040 0.024 0.004 0.276
#> SRR1089809 6 0.2066 0.6888 0.000 0.072 0.000 0.024 0.000 0.904
#> SRR1338901 6 0.1668 0.6916 0.000 0.060 0.000 0.008 0.004 0.928
#> SRR598645 4 0.7854 0.2988 0.064 0.056 0.236 0.336 0.000 0.308
#> SRR656528 6 0.3742 0.6013 0.000 0.008 0.040 0.100 0.032 0.820
#> SRR809503 5 0.0458 0.6087 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR659923 2 0.2544 0.7340 0.004 0.852 0.000 0.000 0.004 0.140
#> SRR1498226 1 0.2393 0.7446 0.892 0.004 0.040 0.064 0.000 0.000
#> SRR1319858 3 0.8655 0.4199 0.204 0.256 0.344 0.048 0.036 0.112
#> SRR1350566 1 0.1176 0.7710 0.956 0.000 0.024 0.020 0.000 0.000
#> SRR614743 6 0.2933 0.6271 0.000 0.004 0.032 0.088 0.012 0.864
#> SRR1406307 1 0.4245 0.7445 0.796 0.072 0.052 0.012 0.068 0.000
#> SRR1348318 1 0.5170 0.7182 0.736 0.112 0.076 0.028 0.044 0.004
#> SRR1343433 1 0.1874 0.7772 0.932 0.020 0.008 0.012 0.028 0.000
#> SRR1342088 6 0.6172 0.4662 0.024 0.136 0.064 0.144 0.000 0.632
#> SRR1404384 2 0.2975 0.6869 0.056 0.876 0.040 0.008 0.004 0.016
#> SRR655495 6 0.2735 0.6310 0.000 0.004 0.036 0.068 0.012 0.880
#> SRR812270 6 0.3300 0.6394 0.000 0.024 0.032 0.080 0.012 0.852
#> SRR821176 2 0.3429 0.6041 0.004 0.740 0.000 0.004 0.000 0.252
#> SRR807799 2 0.1598 0.7429 0.008 0.940 0.004 0.008 0.000 0.040
#> SRR814919 1 0.7086 0.2753 0.476 0.256 0.040 0.020 0.200 0.008
#> SRR1415274 1 0.6069 0.6525 0.664 0.144 0.080 0.016 0.080 0.016
#> SRR1491275 3 0.3349 0.3776 0.024 0.064 0.860 0.028 0.016 0.008
#> SRR659851 5 0.6736 0.4999 0.128 0.088 0.128 0.016 0.612 0.028
#> SRR1337364 5 0.5006 0.3942 0.376 0.012 0.020 0.020 0.572 0.000
#> SRR1414471 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.7234 0.4316 0.524 0.172 0.180 0.004 0.088 0.032
#> SRR1456208 1 0.1679 0.7692 0.936 0.000 0.028 0.028 0.008 0.000
#> SRR1393428 6 0.2735 0.6310 0.000 0.004 0.036 0.068 0.012 0.880
#> SRR1327632 1 0.6718 0.5692 0.596 0.164 0.108 0.008 0.100 0.024
#> SRR608120 1 0.5718 0.4194 0.580 0.312 0.016 0.032 0.060 0.000
#> SRR607679 2 0.3057 0.7397 0.004 0.844 0.008 0.024 0.000 0.120
#> SRR1359529 3 0.3998 0.4064 0.040 0.124 0.800 0.024 0.004 0.008
#> SRR1330305 2 0.2708 0.7468 0.016 0.868 0.008 0.004 0.000 0.104
#> SRR1436042 1 0.2740 0.7780 0.888 0.044 0.040 0.012 0.016 0.000
#> SRR656191 2 0.2584 0.7316 0.004 0.848 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1419211 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR658117 6 0.8361 -0.0613 0.088 0.188 0.232 0.128 0.000 0.364
#> SRR1090770 1 0.2496 0.7779 0.900 0.044 0.032 0.008 0.016 0.000
#> SRR657420 1 0.4497 0.7161 0.764 0.048 0.024 0.024 0.140 0.000
#> SRR1398686 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.5733 0.6241 0.664 0.116 0.044 0.020 0.156 0.000
#> SRR1074694 2 0.5214 0.4339 0.012 0.604 0.048 0.016 0.000 0.320
#> SRR1413851 2 0.2234 0.7426 0.004 0.872 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1319924 2 0.4421 0.5731 0.136 0.772 0.012 0.028 0.048 0.004
#> SRR1361050 5 0.7314 0.3162 0.288 0.196 0.052 0.008 0.436 0.020
#> SRR1095792 6 0.4330 0.6063 0.000 0.140 0.012 0.100 0.000 0.748
#> SRR1476903 3 0.8583 0.4057 0.232 0.244 0.340 0.044 0.032 0.108
#> SRR1406502 6 0.4826 0.4550 0.004 0.332 0.000 0.008 0.044 0.612
#> SRR607502 6 0.1887 0.6712 0.000 0.012 0.016 0.028 0.012 0.932
#> SRR602951 4 0.7891 0.2988 0.064 0.060 0.236 0.336 0.000 0.304
#> SRR1402922 6 0.2678 0.6321 0.000 0.004 0.036 0.064 0.012 0.884
#> SRR1314071 2 0.6954 0.0228 0.296 0.460 0.028 0.036 0.180 0.000
#> SRR1374778 3 0.1942 0.3048 0.012 0.000 0.916 0.064 0.000 0.008
#> SRR1089926 1 0.7895 0.4065 0.496 0.176 0.136 0.024 0.120 0.048
#> SRR1437056 3 0.2865 0.2479 0.008 0.000 0.840 0.140 0.000 0.012
#> SRR1366772 6 0.0547 0.6793 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1487465 1 0.4804 0.6963 0.748 0.052 0.116 0.076 0.004 0.004
#> SRR2166006 5 0.0951 0.6288 0.020 0.004 0.000 0.008 0.968 0.000
#> SRR1341034 6 0.2122 0.6604 0.000 0.024 0.000 0.076 0.000 0.900
#> SRR1460235 1 0.5696 0.6577 0.680 0.124 0.088 0.004 0.096 0.008
#> SRR1368917 1 0.1210 0.7785 0.960 0.020 0.004 0.008 0.008 0.000
#> SRR1457197 6 0.2579 0.6245 0.000 0.004 0.032 0.088 0.000 0.876
#> SRR1433311 1 0.2401 0.7455 0.892 0.004 0.044 0.060 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.3943 0.6761 0.792 0.028 0.024 0.144 0.012 0.000
#> SRR1454265 1 0.1705 0.7794 0.940 0.024 0.016 0.012 0.008 0.000
#> SRR1454498 3 0.2613 0.2378 0.000 0.000 0.848 0.140 0.000 0.012
#> SRR661711 1 0.2763 0.7768 0.884 0.048 0.040 0.004 0.024 0.000
#> SRR661493 1 0.1705 0.7794 0.940 0.024 0.016 0.012 0.008 0.000
#> SRR1356120 3 0.8605 0.4089 0.220 0.256 0.332 0.036 0.036 0.120
#> SRR1381414 2 0.1858 0.7499 0.004 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1350263 3 0.3348 0.1628 0.000 0.000 0.768 0.216 0.000 0.016
#> SRR1327349 4 0.4941 0.6642 0.000 0.000 0.140 0.648 0.000 0.212
#> SRR1476348 6 0.7267 0.0244 0.064 0.392 0.040 0.024 0.064 0.416
#> SRR656035 1 0.5852 0.5992 0.648 0.088 0.064 0.016 0.184 0.000
#> SRR2165896 5 0.0458 0.6087 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR601549 6 0.1793 0.6709 0.000 0.012 0.012 0.028 0.012 0.936
#> SRR658573 6 0.1644 0.6918 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004 0.920
#> SRR1393470 6 0.2095 0.6895 0.004 0.076 0.000 0.016 0.000 0.904
#> SRR1381247 6 0.8358 -0.1194 0.048 0.204 0.260 0.192 0.000 0.296
#> SRR1322790 3 0.3278 0.3263 0.060 0.012 0.852 0.064 0.012 0.000
#> SRR1404044 1 0.2645 0.7701 0.884 0.016 0.056 0.044 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.6999 0.3654 0.028 0.144 0.572 0.072 0.016 0.168
#> SRR1419593 1 0.1176 0.7710 0.956 0.000 0.024 0.020 0.000 0.000
#> SRR1434689 6 0.1738 0.6875 0.000 0.052 0.000 0.004 0.016 0.928
#> SRR1349540 3 0.8283 0.3766 0.072 0.212 0.384 0.056 0.024 0.252
#> SRR1377967 2 0.1590 0.7467 0.008 0.936 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR662510 5 0.0806 0.6056 0.000 0.008 0.000 0.020 0.972 0.000
#> SRR1370151 1 0.8064 -0.0605 0.344 0.288 0.052 0.024 0.252 0.040
#> SRR809043 4 0.5108 0.5601 0.000 0.000 0.092 0.552 0.000 0.356
#> SRR659578 5 0.3871 0.6305 0.208 0.008 0.008 0.020 0.756 0.000
#> SRR1339413 6 0.1267 0.6906 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1434760 3 0.7722 0.2580 0.024 0.204 0.360 0.068 0.012 0.332
#> SRR660079 5 0.4381 0.5867 0.276 0.012 0.008 0.020 0.684 0.000
#> SRR1465153 6 0.4039 -0.0701 0.000 0.000 0.008 0.424 0.000 0.568
#> SRR1340924 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1073267 6 0.6136 0.5039 0.020 0.208 0.052 0.108 0.000 0.612
#> SRR1418688 3 0.2662 0.2669 0.004 0.000 0.868 0.108 0.008 0.012
#> SRR602338 1 0.2350 0.7721 0.900 0.064 0.004 0.008 0.024 0.000
#> SRR1323936 4 0.4802 0.3549 0.000 0.000 0.052 0.496 0.000 0.452
#> SRR1313789 2 0.1555 0.7483 0.004 0.932 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR614275 4 0.7891 0.2988 0.064 0.060 0.236 0.336 0.000 0.304
#> SRR601962 1 0.4557 0.7414 0.772 0.068 0.100 0.044 0.016 0.000
#> SRR663795 1 0.4258 0.7334 0.788 0.044 0.100 0.060 0.008 0.000
#> SRR1418650 2 0.2191 0.7422 0.004 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR655780 6 0.5395 0.4258 0.000 0.052 0.004 0.048 0.268 0.628
#> SRR661794 1 0.5782 0.6057 0.652 0.092 0.064 0.012 0.180 0.000
#> SRR1339508 3 0.5753 0.2974 0.276 0.028 0.596 0.088 0.012 0.000
#> SRR1501097 2 0.3652 0.4811 0.004 0.672 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1358459 2 0.2039 0.7524 0.016 0.908 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR1333550 6 0.4800 0.5238 0.000 0.304 0.028 0.032 0.000 0.636
#> SRR821148 5 0.1949 0.6538 0.088 0.004 0.004 0.000 0.904 0.000
#> SRR808658 2 0.3232 0.6764 0.060 0.860 0.052 0.008 0.004 0.016
#> SRR598100 1 0.2808 0.7337 0.868 0.008 0.048 0.076 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.2039 0.7524 0.016 0.908 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR1469477 1 0.3453 0.7231 0.824 0.012 0.100 0.064 0.000 0.000
#> SRR1468184 6 0.0547 0.6793 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1415660 2 0.5308 0.3368 0.004 0.572 0.016 0.052 0.004 0.352
#> SRR816892 6 0.6073 0.4883 0.004 0.240 0.064 0.104 0.000 0.588
#> SRR1447325 4 0.4434 0.6626 0.000 0.000 0.172 0.712 0.000 0.116
#> SRR1415980 1 0.6207 0.6417 0.652 0.144 0.088 0.016 0.084 0.016
#> SRR658021 2 0.5829 0.3090 0.188 0.624 0.148 0.012 0.028 0.000
#> SRR1356308 2 0.3872 0.3310 0.004 0.604 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1443695 3 0.8071 0.3619 0.064 0.204 0.396 0.056 0.016 0.264
#> SRR1083031 2 0.2095 0.7526 0.016 0.904 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1466177 2 0.2019 0.7524 0.012 0.900 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1346978 2 0.3404 0.6100 0.004 0.744 0.000 0.004 0.000 0.248
#> SRR607705 3 0.7739 0.3486 0.224 0.168 0.432 0.144 0.000 0.032
#> SRR598364 1 0.1092 0.7689 0.960 0.000 0.020 0.020 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.2263 0.7479 0.900 0.004 0.036 0.060 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.4519 0.5568 0.696 0.028 0.024 0.248 0.004 0.000
#> SRR1365850 6 0.1895 0.6580 0.000 0.016 0.000 0.072 0.000 0.912
#> SRR1335940 1 0.3765 0.7696 0.832 0.060 0.040 0.020 0.048 0.000
#> SRR1436515 1 0.2263 0.7479 0.900 0.004 0.036 0.060 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.3782 0.4043 0.004 0.636 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1411002 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446606 6 0.4079 0.6135 0.000 0.140 0.004 0.096 0.000 0.760
#> SRR1350936 1 0.5553 0.6672 0.688 0.120 0.092 0.004 0.092 0.004
#> SRR1351257 2 0.5214 0.4339 0.012 0.604 0.048 0.016 0.000 0.320
#> SRR1316793 3 0.6356 0.4253 0.104 0.136 0.636 0.068 0.000 0.056
#> SRR1090815 1 0.5696 0.6577 0.680 0.124 0.088 0.004 0.096 0.008
#> SRR657845 3 0.8635 0.4126 0.208 0.252 0.340 0.032 0.044 0.124
#> SRR1408633 2 0.1686 0.7461 0.004 0.932 0.004 0.008 0.000 0.052
#> SRR1398971 1 0.6138 0.6767 0.676 0.120 0.060 0.064 0.068 0.012
#> SRR1399457 6 0.5010 0.4723 0.004 0.320 0.004 0.012 0.044 0.616
#> SRR1073341 3 0.8635 0.4126 0.208 0.252 0.340 0.032 0.044 0.124
#> SRR810805 1 0.7972 0.2115 0.456 0.188 0.204 0.016 0.068 0.068
#> SRR1309657 1 0.1003 0.7702 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000 0.000
#> SRR820186 3 0.8635 0.4126 0.208 0.252 0.340 0.032 0.044 0.124
#> SRR1388913 6 0.4549 0.5932 0.004 0.236 0.000 0.008 0.056 0.696
#> SRR1396270 6 0.8358 -0.1194 0.048 0.204 0.260 0.192 0.000 0.296
#> SRR613402 2 0.1598 0.7429 0.008 0.940 0.004 0.008 0.000 0.040
#> SRR614912 6 0.2921 0.6764 0.000 0.156 0.000 0.008 0.008 0.828
#> SRR1478410 4 0.4915 0.6655 0.000 0.000 0.140 0.652 0.000 0.208
#> SRR613975 2 0.2651 0.7103 0.048 0.896 0.004 0.012 0.016 0.024
#> SRR1441631 6 0.3915 0.5614 0.000 0.004 0.068 0.124 0.012 0.792
#> SRR1088044 6 0.0622 0.6762 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980
#> SRR1082909 1 0.7356 0.4294 0.516 0.188 0.168 0.008 0.088 0.032
#> SRR1392007 6 0.4258 0.6054 0.000 0.084 0.008 0.148 0.004 0.756
#> SRR2166524 5 0.4597 0.3778 0.000 0.024 0.004 0.056 0.724 0.192
#> SRR1445765 1 0.5659 0.6618 0.684 0.120 0.092 0.004 0.092 0.008
#> SRR819867 6 0.3215 0.6139 0.004 0.240 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1339675 1 0.6115 0.6332 0.652 0.144 0.084 0.008 0.096 0.016
#> SRR1085687 6 0.0547 0.6793 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR597952 6 0.4826 0.4759 0.004 0.316 0.000 0.008 0.048 0.624
#> SRR1376497 3 0.6350 0.4256 0.104 0.148 0.632 0.064 0.000 0.052
#> SRR813848 4 0.3971 0.6358 0.000 0.000 0.184 0.748 0.000 0.068
#> SRR1379471 3 0.8652 0.3995 0.172 0.260 0.336 0.044 0.028 0.160
#> SRR1070960 1 0.4396 0.7482 0.780 0.076 0.100 0.024 0.020 0.000
#> SRR615285 3 0.2143 0.3174 0.016 0.000 0.916 0.048 0.012 0.008
#> SRR1325353 1 0.1862 0.7734 0.932 0.012 0.008 0.016 0.032 0.000
#> SRR1470682 6 0.1644 0.6918 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004 0.920
#> SRR615886 5 0.4104 0.6195 0.228 0.012 0.008 0.020 0.732 0.000
#> SRR1397649 2 0.2737 0.7198 0.004 0.832 0.000 0.000 0.004 0.160
#> SRR819690 1 0.6785 0.5402 0.584 0.148 0.148 0.004 0.088 0.028
#> SRR1336113 2 0.6954 0.0228 0.296 0.460 0.028 0.036 0.180 0.000
#> SRR1396570 6 0.4826 0.4550 0.004 0.332 0.000 0.008 0.044 0.612
#> SRR1327366 2 0.5308 0.3368 0.004 0.572 0.016 0.052 0.004 0.352
#> SRR1317218 6 0.1700 0.6920 0.000 0.080 0.000 0.000 0.004 0.916
#> SRR1352001 1 0.4284 0.7399 0.776 0.088 0.092 0.000 0.044 0.000
#> SRR1469791 6 0.2609 0.6833 0.000 0.096 0.000 0.036 0.000 0.868
#> SRR1388046 5 0.6033 0.5370 0.116 0.184 0.016 0.020 0.640 0.024
#> SRR655076 2 0.2051 0.7509 0.004 0.896 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1464353 2 0.3841 0.3550 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR654754 1 0.1995 0.7806 0.924 0.036 0.024 0.004 0.012 0.000
#> SRR599412 1 0.4527 0.7439 0.772 0.080 0.100 0.024 0.024 0.000
#> SRR2166308 5 0.0458 0.6087 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR655696 5 0.6736 0.4999 0.128 0.088 0.128 0.016 0.612 0.028
#> SRR602978 6 0.5048 0.2965 0.004 0.396 0.000 0.008 0.048 0.544
#> SRR1323850 6 0.5090 0.4217 0.000 0.360 0.028 0.024 0.008 0.580
#> SRR1365512 3 0.5426 -0.1014 0.000 0.004 0.596 0.180 0.000 0.220
#> SRR663380 1 0.9042 -0.2402 0.264 0.228 0.220 0.032 0.196 0.060
#> SRR1410469 6 0.4330 0.6063 0.000 0.140 0.012 0.100 0.000 0.748
#> SRR659259 6 0.6026 0.4896 0.000 0.248 0.044 0.140 0.000 0.568
#> SRR1421223 6 0.0909 0.6742 0.000 0.012 0.000 0.020 0.000 0.968
#> SRR1092567 3 0.5426 -0.1014 0.000 0.004 0.596 0.180 0.000 0.220
#> SRR1472598 6 0.6195 0.4674 0.020 0.152 0.064 0.140 0.000 0.624
#> SRR1069279 6 0.0909 0.6742 0.000 0.012 0.000 0.020 0.000 0.968
#> SRR1351624 6 0.0909 0.6742 0.000 0.012 0.000 0.020 0.000 0.968
#> SRR1342938 3 0.2865 0.2479 0.008 0.000 0.840 0.140 0.000 0.012
#> SRR599346 2 0.6954 0.0228 0.296 0.460 0.028 0.036 0.180 0.000
#> SRR1359045 5 0.9196 -0.1654 0.212 0.228 0.212 0.028 0.232 0.088
#> SRR601843 1 0.4089 0.7515 0.808 0.080 0.060 0.008 0.040 0.004
#> SRR1318898 1 0.1176 0.7678 0.956 0.000 0.020 0.024 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0820 0.7769 0.972 0.016 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1315188 4 0.5271 0.5119 0.000 0.000 0.104 0.516 0.000 0.380
#> SRR1409875 2 0.5308 0.3368 0.004 0.572 0.016 0.052 0.004 0.352
#> SRR1348270 2 0.4421 0.5731 0.136 0.772 0.012 0.028 0.048 0.004
#> SRR602389 1 0.3593 0.7611 0.828 0.064 0.068 0.000 0.040 0.000
#> SRR1451857 2 0.4210 0.4067 0.004 0.636 0.000 0.008 0.008 0.344
#> SRR1436629 2 0.1615 0.7496 0.004 0.928 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1349144 1 0.1804 0.7764 0.936 0.020 0.008 0.016 0.020 0.000
#> SRR615491 4 0.4434 0.6626 0.000 0.000 0.172 0.712 0.000 0.116
#> SRR1095937 1 0.4786 0.5577 0.668 0.272 0.016 0.024 0.020 0.000
#> SRR1473295 3 0.8716 0.4184 0.204 0.236 0.348 0.040 0.044 0.128
#> SRR1457972 6 0.3215 0.6139 0.004 0.240 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1475430 1 0.4621 0.7243 0.768 0.124 0.056 0.016 0.028 0.008
#> SRR2164562 5 0.0458 0.6087 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR665490 1 0.5067 0.6381 0.708 0.084 0.016 0.024 0.168 0.000
#> SRR1434182 6 0.0622 0.6762 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980
#> SRR1458506 1 0.0909 0.7702 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR808886 6 0.6172 0.4662 0.024 0.136 0.064 0.144 0.000 0.632
#> SRR1329442 1 0.0520 0.7743 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.1679 0.7692 0.936 0.000 0.028 0.028 0.008 0.000
#> SRR1434910 6 0.1531 0.6910 0.000 0.068 0.000 0.000 0.004 0.928
#> SRR614107 6 0.4022 0.5484 0.000 0.004 0.076 0.124 0.012 0.784
#> SRR1323914 6 0.3854 0.1529 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1323065 1 0.6744 0.5775 0.604 0.136 0.136 0.012 0.084 0.028
#> SRR1309578 6 0.1700 0.6920 0.000 0.080 0.000 0.000 0.004 0.916
#> SRR1500908 5 0.5861 0.5488 0.112 0.176 0.016 0.020 0.656 0.020
#> SRR1076753 1 0.0748 0.7773 0.976 0.016 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1327410 6 0.6136 0.5039 0.020 0.208 0.052 0.108 0.000 0.612
#> SRR608064 1 0.6773 0.3976 0.572 0.104 0.196 0.092 0.000 0.036
#> SRR608512 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.1802 0.5911 0.000 0.020 0.000 0.024 0.932 0.024
#> SRR1394872 1 0.1003 0.7702 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0520 0.7743 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.7739 0.3486 0.224 0.168 0.432 0.144 0.000 0.032
#> SRR1387724 3 0.3348 0.1628 0.000 0.000 0.768 0.216 0.000 0.016
#> SRR660438 6 0.3793 0.6037 0.000 0.012 0.040 0.096 0.032 0.820
#> SRR1310758 2 0.2039 0.7524 0.016 0.908 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR601525 1 0.8015 -0.0494 0.348 0.288 0.052 0.024 0.252 0.036
#> SRR818749 5 0.5861 0.5488 0.112 0.176 0.016 0.020 0.656 0.020
#> SRR604294 6 0.8369 0.0268 0.084 0.212 0.196 0.140 0.000 0.368
#> SRR1322494 2 0.1598 0.7429 0.008 0.940 0.004 0.008 0.000 0.040
#> SRR1377949 6 0.4079 0.6135 0.000 0.140 0.004 0.096 0.000 0.760
#> SRR1317001 1 0.3656 0.7712 0.840 0.052 0.036 0.024 0.048 0.000
#> SRR1311897 1 0.2291 0.7688 0.904 0.012 0.040 0.044 0.000 0.000
#> SRR1308715 6 0.1267 0.6906 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1415195 4 0.3971 0.6358 0.000 0.000 0.184 0.748 0.000 0.068
#> SRR1380163 2 0.1598 0.7429 0.008 0.940 0.004 0.008 0.000 0.040
#> SRR1480611 1 0.0748 0.7773 0.976 0.016 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR603834 3 0.7722 0.2580 0.024 0.204 0.360 0.068 0.012 0.332
#> SRR1341256 2 0.6118 0.3639 0.108 0.620 0.200 0.028 0.000 0.044
#> SRR613795 5 0.4104 0.6195 0.228 0.012 0.008 0.020 0.732 0.000
#> SRR659744 6 0.4549 0.5932 0.004 0.236 0.000 0.008 0.056 0.696
#> SRR1479549 1 0.5622 0.5076 0.620 0.104 0.012 0.020 0.244 0.000
#> SRR613258 1 0.7086 0.2753 0.476 0.256 0.040 0.020 0.200 0.008
#> SRR1088808 1 0.6188 0.6749 0.672 0.120 0.060 0.064 0.072 0.012
#> SRR1329068 5 0.6754 0.0678 0.004 0.140 0.004 0.060 0.464 0.328
#> SRR1480565 6 0.3215 0.6139 0.004 0.240 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1337137 2 0.5443 0.5084 0.024 0.632 0.040 0.024 0.004 0.276
#> SRR1099520 1 0.8399 -0.1472 0.360 0.192 0.280 0.032 0.040 0.096
#> SRR603942 1 0.2862 0.7311 0.864 0.008 0.048 0.080 0.000 0.000
#> SRR1440625 6 0.6195 0.4674 0.020 0.152 0.064 0.140 0.000 0.624
#> SRR1391700 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.4224 0.6357 0.184 0.020 0.016 0.024 0.756 0.000
#> SRR1473443 6 0.4079 0.6135 0.000 0.140 0.004 0.096 0.000 0.760
#> SRR1498438 6 0.2735 0.6310 0.000 0.004 0.036 0.068 0.012 0.880
#> SRR1394655 1 0.5758 0.3269 0.548 0.028 0.088 0.332 0.004 0.000
#> SRR1322437 4 0.5114 0.3677 0.000 0.000 0.080 0.468 0.000 0.452
#> SRR660236 4 0.3971 0.6358 0.000 0.000 0.184 0.748 0.000 0.068
#> SRR1466338 6 0.4079 0.6135 0.000 0.140 0.004 0.096 0.000 0.760
#> SRR604148 5 0.5006 0.3942 0.376 0.012 0.020 0.020 0.572 0.000
#> SRR1334939 2 0.2095 0.7526 0.016 0.904 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1349497 1 0.0520 0.7743 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.1210 0.7785 0.960 0.020 0.004 0.008 0.008 0.000
#> SRR1446114 6 0.4345 0.6399 0.000 0.180 0.020 0.060 0.000 0.740
#> SRR1339366 2 0.4082 0.5832 0.136 0.792 0.012 0.028 0.028 0.004
#> SRR656469 3 0.7739 0.3486 0.224 0.168 0.432 0.144 0.000 0.032
#> SRR1389868 1 0.2763 0.7768 0.884 0.048 0.040 0.004 0.024 0.000
#> SRR1390265 2 0.4082 0.5832 0.136 0.792 0.012 0.028 0.028 0.004
#> SRR1364935 6 0.2019 0.6489 0.000 0.012 0.000 0.088 0.000 0.900
#> SRR1469102 1 0.2813 0.7756 0.880 0.052 0.044 0.004 0.020 0.000
#> SRR1440584 2 0.1788 0.7518 0.004 0.916 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1459697 2 0.1668 0.7488 0.004 0.928 0.000 0.008 0.000 0.060
#> SRR1352575 1 0.5733 0.6241 0.664 0.116 0.044 0.020 0.156 0.000
#> SRR613711 6 0.2921 0.6764 0.000 0.156 0.000 0.008 0.008 0.828
#> SRR614023 1 0.8436 -0.1556 0.356 0.196 0.276 0.032 0.040 0.100
#> SRR1316174 1 0.1092 0.7689 0.960 0.000 0.020 0.020 0.000 0.000
#> SRR603268 6 0.4549 0.5932 0.004 0.236 0.000 0.008 0.056 0.696
#> SRR1486044 2 0.1598 0.7429 0.008 0.940 0.004 0.008 0.000 0.040
#> SRR1441483 2 0.2019 0.7524 0.012 0.900 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1074189 1 0.7086 0.2753 0.476 0.256 0.040 0.020 0.200 0.008
#> SRR665646 5 0.5006 0.3942 0.376 0.012 0.020 0.020 0.572 0.000
#> SRR1404931 6 0.4763 -0.0847 0.000 0.000 0.052 0.412 0.000 0.536
#> SRR1431552 4 0.3971 0.6358 0.000 0.000 0.184 0.748 0.000 0.068
#> SRR1479085 2 0.9296 -0.3484 0.188 0.256 0.248 0.032 0.140 0.136
#> SRR1322711 6 0.1700 0.6920 0.000 0.080 0.000 0.000 0.004 0.916
#> SRR1404988 6 0.4093 0.2488 0.000 0.008 0.012 0.324 0.000 0.656
#> SRR1419848 6 0.0622 0.6762 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980
#> SRR1332713 1 0.5635 0.4744 0.612 0.040 0.084 0.260 0.004 0.000
#> SRR1070863 3 0.8646 0.4052 0.172 0.256 0.340 0.044 0.028 0.160
#> SRR659947 5 0.1080 0.6366 0.032 0.004 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1414356 1 0.4258 0.7334 0.788 0.044 0.100 0.060 0.008 0.000
#> SRR599122 3 0.5649 0.1467 0.396 0.024 0.496 0.084 0.000 0.000
#> SRR1344100 5 0.6643 0.1158 0.004 0.128 0.004 0.060 0.488 0.316
#> SRR613018 6 0.2579 0.6245 0.000 0.004 0.032 0.088 0.000 0.876
#> SRR1456591 1 0.4245 0.7445 0.796 0.072 0.052 0.012 0.068 0.000
#> SRR1368710 6 0.0713 0.6829 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1397885 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1319283 6 0.7435 -0.0481 0.020 0.204 0.292 0.068 0.004 0.412
#> SRR1349518 6 0.2883 0.6777 0.000 0.152 0.000 0.008 0.008 0.832
#> SRR1471267 1 0.0405 0.7751 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.4954 0.4412 0.356 0.012 0.020 0.020 0.592 0.000
#> SRR1455436 6 0.5858 0.2768 0.008 0.404 0.044 0.044 0.004 0.496
#> SRR658009 3 0.8635 0.4126 0.208 0.252 0.340 0.032 0.044 0.124
#> SRR1331383 6 0.4561 -0.1174 0.000 0.004 0.028 0.424 0.000 0.544
#> SRR1394894 3 0.1948 0.3162 0.012 0.000 0.924 0.048 0.008 0.008
#> SRR659133 4 0.6621 0.2347 0.208 0.024 0.204 0.536 0.004 0.024
#> SRR660212 3 0.2462 0.3122 0.016 0.008 0.892 0.076 0.000 0.008
#> SRR657821 1 0.7647 0.4240 0.512 0.132 0.140 0.020 0.164 0.032
#> SRR1379279 6 0.4595 0.6012 0.004 0.228 0.000 0.012 0.056 0.700
#> SRR663149 5 0.0951 0.6288 0.020 0.004 0.000 0.008 0.968 0.000
#> SRR1413032 6 0.4418 0.6017 0.000 0.140 0.012 0.108 0.000 0.740
#> SRR1377557 1 0.2393 0.7446 0.892 0.004 0.040 0.064 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.4082 0.5832 0.136 0.792 0.012 0.028 0.028 0.004
#> SRR1407273 2 0.3415 0.6622 0.076 0.844 0.052 0.012 0.000 0.016
#> SRR657101 6 0.8201 -0.2318 0.060 0.264 0.280 0.044 0.024 0.328
#> SRR1350588 1 0.2357 0.7705 0.900 0.068 0.008 0.012 0.012 0.000
#> SRR1368486 1 0.9097 -0.2471 0.256 0.224 0.216 0.036 0.208 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.967 0.986 0.5003 0.500 0.500
#> 3 3 0.688 0.831 0.877 0.2861 0.781 0.593
#> 4 4 0.678 0.617 0.825 0.1296 0.887 0.698
#> 5 5 0.704 0.638 0.814 0.0672 0.899 0.667
#> 6 6 0.716 0.527 0.704 0.0394 0.928 0.711
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR661409 2 0.7056 0.759 0.192 0.808
#> SRR1409721 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.2236 0.953 0.964 0.036
#> SRR1397861 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.1633 0.964 0.976 0.024
#> SRR1354225 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR598645 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR656528 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.9427 0.432 0.360 0.640
#> SRR655495 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR814919 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1359529 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.9896 0.219 0.560 0.440
#> SRR1090770 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.9661 0.353 0.392 0.608
#> SRR1361050 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR607502 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR602951 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1402922 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1374778 1 0.2043 0.957 0.968 0.032
#> SRR1089926 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR2166006 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1341034 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR601549 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1381247 2 0.0938 0.977 0.012 0.988
#> SRR1322790 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.4298 0.898 0.912 0.088
#> SRR1419593 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.8763 0.584 0.704 0.296
#> SRR1377967 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.6712 0.784 0.176 0.824
#> SRR1370151 1 0.2423 0.948 0.960 0.040
#> SRR809043 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1434760 2 0.6531 0.795 0.168 0.832
#> SRR660079 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1418688 1 0.2603 0.945 0.956 0.044
#> SRR602338 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> SRR601962 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1339508 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1469477 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1316793 2 0.5059 0.869 0.112 0.888
#> SRR1090815 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1073341 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR810805 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> SRR613402 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1376497 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR813848 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1379471 2 0.5178 0.864 0.116 0.884
#> SRR1070960 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1336113 1 0.6048 0.823 0.852 0.148
#> SRR1396570 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.9963 0.135 0.536 0.464
#> SRR655076 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1342938 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR599346 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1348270 1 0.9963 0.136 0.536 0.464
#> SRR602389 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1475430 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR2164562 1 0.0938 0.974 0.988 0.012
#> SRR665490 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.1633 0.964 0.976 0.024
#> SRR1387724 1 0.4161 0.903 0.916 0.084
#> SRR660438 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR601525 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR604294 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR603834 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1394655 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1466338 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1339366 1 0.1633 0.964 0.976 0.024
#> SRR656469 1 0.1633 0.964 0.976 0.024
#> SRR1389868 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.9909 0.197 0.444 0.556
#> SRR1364935 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1074189 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1479085 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1394894 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR659133 1 0.3114 0.933 0.944 0.056
#> SRR660212 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR663149 1 0.7745 0.705 0.772 0.228
#> SRR1413032 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1335296 1 0.7745 0.705 0.772 0.228
#> SRR1407273 1 0.5737 0.841 0.864 0.136
#> SRR657101 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1350588 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR657372 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR661409 2 0.9930 -0.0256 0.276 0.368 0.356
#> SRR1409721 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0892 0.9421 0.980 0.000 0.020
#> SRR1453787 1 0.1753 0.9233 0.952 0.000 0.048
#> SRR654969 1 0.3816 0.8917 0.852 0.000 0.148
#> SRR1435113 3 0.4346 0.8152 0.000 0.184 0.816
#> SRR601359 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.1860 0.8595 0.000 0.948 0.052
#> SRR1374716 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR601157 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.1753 0.8642 0.000 0.952 0.048
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.3192 0.8052 0.000 0.888 0.112
#> SRR1365356 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.6027 0.8220 0.776 0.060 0.164
#> SRR1499699 3 0.7587 0.3842 0.288 0.072 0.640
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0237 0.8749 0.000 0.996 0.004
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.3267 0.9023 0.884 0.000 0.116
#> SRR663368 3 0.4121 0.7412 0.084 0.040 0.876
#> SRR1354225 2 0.2959 0.8147 0.000 0.900 0.100
#> SRR1089809 2 0.6252 0.0456 0.000 0.556 0.444
#> SRR1338901 2 0.2448 0.8440 0.000 0.924 0.076
#> SRR598645 3 0.3412 0.8116 0.000 0.124 0.876
#> SRR656528 3 0.3619 0.8209 0.000 0.136 0.864
#> SRR809503 1 0.4413 0.8776 0.832 0.008 0.160
#> SRR659923 2 0.0237 0.8749 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.4865 0.8635 0.832 0.032 0.136
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.4291 0.8174 0.000 0.180 0.820
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.2711 0.9165 0.912 0.000 0.088
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR1404384 2 0.3784 0.7875 0.004 0.864 0.132
#> SRR655495 3 0.4235 0.8194 0.000 0.176 0.824
#> SRR812270 3 0.4121 0.8228 0.000 0.168 0.832
#> SRR821176 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR807799 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR814919 1 0.3425 0.9046 0.884 0.004 0.112
#> SRR1415274 1 0.1031 0.9410 0.976 0.000 0.024
#> SRR1491275 1 0.5239 0.8422 0.808 0.032 0.160
#> SRR659851 1 0.5955 0.8232 0.772 0.048 0.180
#> SRR1337364 1 0.0424 0.9450 0.992 0.000 0.008
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.3038 0.9084 0.896 0.000 0.104
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393428 3 0.4346 0.8152 0.000 0.184 0.816
#> SRR1327632 1 0.3425 0.9015 0.884 0.004 0.112
#> SRR608120 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0237 0.8749 0.000 0.996 0.004
#> SRR1359529 3 0.3551 0.7633 0.000 0.132 0.868
#> SRR1330305 2 0.2959 0.8147 0.000 0.900 0.100
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.3370 0.7729 0.024 0.072 0.904
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0424 0.9450 0.992 0.000 0.008
#> SRR1074694 2 0.0592 0.8734 0.000 0.988 0.012
#> SRR1413851 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.4413 0.7642 0.008 0.832 0.160
#> SRR1361050 1 0.4172 0.8835 0.840 0.004 0.156
#> SRR1095792 2 0.4504 0.7103 0.000 0.804 0.196
#> SRR1476903 1 0.4799 0.8665 0.836 0.032 0.132
#> SRR1406502 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.4291 0.8177 0.000 0.180 0.820
#> SRR602951 3 0.4121 0.8201 0.000 0.168 0.832
#> SRR1402922 3 0.4346 0.8152 0.000 0.184 0.816
#> SRR1314071 1 0.3267 0.9094 0.884 0.000 0.116
#> SRR1374778 3 0.3134 0.7647 0.052 0.032 0.916
#> SRR1089926 1 0.4865 0.8650 0.832 0.032 0.136
#> SRR1437056 3 0.5968 0.3155 0.364 0.000 0.636
#> SRR1366772 3 0.5988 0.5624 0.000 0.368 0.632
#> SRR1487465 1 0.3267 0.9034 0.884 0.000 0.116
#> SRR2166006 1 0.6407 0.8067 0.760 0.080 0.160
#> SRR1341034 2 0.2448 0.8440 0.000 0.924 0.076
#> SRR1460235 1 0.0592 0.9446 0.988 0.000 0.012
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.4346 0.8152 0.000 0.184 0.816
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.3826 0.7253 0.124 0.008 0.868
#> SRR661711 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.4662 0.8728 0.844 0.032 0.124
#> SRR1381414 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.3816 0.8250 0.000 0.148 0.852
#> SRR1327349 3 0.4291 0.8174 0.000 0.180 0.820
#> SRR1476348 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR656035 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.7036 0.7610 0.720 0.096 0.184
#> SRR601549 2 0.3267 0.8099 0.000 0.884 0.116
#> SRR658573 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR1393470 2 0.6045 0.2931 0.000 0.620 0.380
#> SRR1381247 3 0.2625 0.7835 0.000 0.084 0.916
#> SRR1322790 3 0.6307 0.4010 0.328 0.012 0.660
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.3028 0.7667 0.048 0.032 0.920
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR1349540 3 0.3755 0.7604 0.008 0.120 0.872
#> SRR1377967 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR662510 2 0.4002 0.7702 0.000 0.840 0.160
#> SRR1370151 2 0.4921 0.7503 0.020 0.816 0.164
#> SRR809043 3 0.4062 0.8242 0.000 0.164 0.836
#> SRR659578 1 0.1753 0.9233 0.952 0.000 0.048
#> SRR1339413 2 0.5098 0.6176 0.000 0.752 0.248
#> SRR1434760 3 0.2682 0.7842 0.004 0.076 0.920
#> SRR660079 1 0.1753 0.9233 0.952 0.000 0.048
#> SRR1465153 3 0.4346 0.8152 0.000 0.184 0.816
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.5785 0.6557 0.000 0.332 0.668
#> SRR1418688 3 0.3134 0.7647 0.052 0.032 0.916
#> SRR602338 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.4291 0.8174 0.000 0.180 0.820
#> SRR1313789 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR614275 3 0.3134 0.7647 0.052 0.032 0.916
#> SRR601962 1 0.0747 0.9430 0.984 0.000 0.016
#> SRR663795 1 0.1031 0.9409 0.976 0.000 0.024
#> SRR1418650 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.2356 0.8606 0.000 0.928 0.072
#> SRR661794 1 0.0237 0.9457 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339508 3 0.5826 0.6341 0.204 0.032 0.764
#> SRR1501097 2 0.1411 0.8661 0.000 0.964 0.036
#> SRR1358459 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333550 2 0.0892 0.8714 0.000 0.980 0.020
#> SRR821148 1 0.1964 0.9237 0.944 0.000 0.056
#> SRR808658 2 0.8786 0.0370 0.424 0.464 0.112
#> SRR598100 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0592 0.8734 0.000 0.988 0.012
#> SRR1469477 1 0.1964 0.9305 0.944 0.000 0.056
#> SRR1468184 2 0.4452 0.7140 0.000 0.808 0.192
#> SRR1415660 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR816892 2 0.5760 0.4431 0.000 0.672 0.328
#> SRR1447325 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR1415980 1 0.3038 0.9084 0.896 0.000 0.104
#> SRR658021 1 0.4324 0.8846 0.860 0.028 0.112
#> SRR1356308 2 0.1411 0.8661 0.000 0.964 0.036
#> SRR1443695 3 0.6341 0.5514 0.252 0.032 0.716
#> SRR1083031 2 0.1289 0.8682 0.000 0.968 0.032
#> SRR1466177 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1346978 2 0.1289 0.8672 0.000 0.968 0.032
#> SRR607705 1 0.4799 0.8665 0.836 0.032 0.132
#> SRR598364 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.2448 0.8440 0.000 0.924 0.076
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.6302 0.2528 0.000 0.480 0.520
#> SRR1350936 1 0.0237 0.9457 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351257 2 0.6286 -0.1064 0.000 0.536 0.464
#> SRR1316793 3 0.3116 0.7749 0.000 0.108 0.892
#> SRR1090815 1 0.3116 0.9076 0.892 0.000 0.108
#> SRR657845 1 0.5028 0.8604 0.828 0.040 0.132
#> SRR1408633 2 0.0237 0.8749 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398971 1 0.2711 0.9165 0.912 0.000 0.088
#> SRR1399457 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073341 2 0.8984 0.1845 0.368 0.496 0.136
#> SRR810805 1 0.3038 0.9098 0.896 0.000 0.104
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.4662 0.8728 0.844 0.032 0.124
#> SRR1388913 2 0.1860 0.8595 0.000 0.948 0.052
#> SRR1396270 3 0.3337 0.7599 0.060 0.032 0.908
#> SRR613402 2 0.1529 0.8600 0.000 0.960 0.040
#> SRR614912 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR1478410 3 0.4062 0.8242 0.000 0.164 0.836
#> SRR613975 2 0.2878 0.8180 0.000 0.904 0.096
#> SRR1441631 3 0.4062 0.8242 0.000 0.164 0.836
#> SRR1088044 3 0.5859 0.6062 0.000 0.344 0.656
#> SRR1082909 1 0.3116 0.9063 0.892 0.000 0.108
#> SRR1392007 2 0.2448 0.8440 0.000 0.924 0.076
#> SRR2166524 2 0.1964 0.8533 0.000 0.944 0.056
#> SRR1445765 1 0.0592 0.9442 0.988 0.000 0.012
#> SRR819867 2 0.1860 0.8595 0.000 0.948 0.052
#> SRR1339675 1 0.2959 0.9120 0.900 0.000 0.100
#> SRR1085687 3 0.4750 0.7872 0.000 0.216 0.784
#> SRR597952 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1376497 3 0.4295 0.7299 0.104 0.032 0.864
#> SRR813848 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR1379471 2 0.3752 0.7828 0.000 0.856 0.144
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.5397 0.7101 0.720 0.000 0.280
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR615886 1 0.1964 0.9237 0.944 0.000 0.056
#> SRR1397649 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.2796 0.9146 0.908 0.000 0.092
#> SRR1336113 2 0.4994 0.7499 0.024 0.816 0.160
#> SRR1396570 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1327366 2 0.1643 0.8633 0.000 0.956 0.044
#> SRR1317218 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR1352001 1 0.0237 0.9457 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469791 2 0.5465 0.5402 0.000 0.712 0.288
#> SRR1388046 2 0.4782 0.7540 0.016 0.820 0.164
#> SRR655076 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1464353 2 0.1860 0.8595 0.000 0.948 0.052
#> SRR654754 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0747 0.9430 0.984 0.000 0.016
#> SRR2166308 1 0.4293 0.8780 0.832 0.004 0.164
#> SRR655696 1 0.5574 0.8358 0.784 0.032 0.184
#> SRR602978 2 0.1643 0.8605 0.000 0.956 0.044
#> SRR1323850 2 0.0237 0.8749 0.000 0.996 0.004
#> SRR1365512 3 0.3686 0.8245 0.000 0.140 0.860
#> SRR663380 1 0.4865 0.8650 0.832 0.032 0.136
#> SRR1410469 3 0.4178 0.8194 0.000 0.172 0.828
#> SRR659259 3 0.4291 0.8226 0.000 0.180 0.820
#> SRR1421223 3 0.6062 0.5260 0.000 0.384 0.616
#> SRR1092567 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR1472598 2 0.1411 0.8658 0.000 0.964 0.036
#> SRR1069279 3 0.6062 0.5260 0.000 0.384 0.616
#> SRR1351624 3 0.4504 0.8060 0.000 0.196 0.804
#> SRR1342938 3 0.5785 0.4021 0.332 0.000 0.668
#> SRR599346 1 0.3193 0.9105 0.896 0.004 0.100
#> SRR1359045 1 0.5692 0.8352 0.784 0.040 0.176
#> SRR601843 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR1409875 2 0.0747 0.8724 0.000 0.984 0.016
#> SRR1348270 2 0.4994 0.7499 0.024 0.816 0.160
#> SRR602389 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1436629 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.5094 0.8586 0.824 0.040 0.136
#> SRR1457972 2 0.1860 0.8595 0.000 0.948 0.052
#> SRR1475430 1 0.2796 0.9146 0.908 0.000 0.092
#> SRR2164562 1 0.7637 0.6407 0.640 0.076 0.284
#> SRR665490 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.5785 0.4342 0.000 0.668 0.332
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.3941 0.8193 0.000 0.156 0.844
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.1860 0.8595 0.000 0.948 0.052
#> SRR614107 3 0.3941 0.8254 0.000 0.156 0.844
#> SRR1323914 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323065 1 0.2959 0.9108 0.900 0.000 0.100
#> SRR1309578 2 0.1860 0.8595 0.000 0.948 0.052
#> SRR1500908 1 0.3879 0.8890 0.848 0.000 0.152
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.4291 0.8169 0.000 0.180 0.820
#> SRR608064 1 0.2711 0.9170 0.912 0.000 0.088
#> SRR608512 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.3619 0.7969 0.000 0.864 0.136
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.7339 0.5741 0.224 0.088 0.688
#> SRR1387724 3 0.3028 0.7667 0.048 0.032 0.920
#> SRR660438 3 0.4178 0.7180 0.000 0.172 0.828
#> SRR1310758 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR601525 1 0.3619 0.8983 0.864 0.000 0.136
#> SRR818749 1 0.5852 0.8274 0.776 0.044 0.180
#> SRR604294 2 0.4413 0.7691 0.008 0.832 0.160
#> SRR1322494 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1377949 2 0.1964 0.8568 0.000 0.944 0.056
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.3267 0.8084 0.000 0.884 0.116
#> SRR1415195 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR1380163 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.2537 0.7850 0.000 0.080 0.920
#> SRR1341256 2 0.3551 0.7905 0.000 0.868 0.132
#> SRR613795 1 0.3340 0.9073 0.880 0.000 0.120
#> SRR659744 2 0.1289 0.8649 0.000 0.968 0.032
#> SRR1479549 1 0.1860 0.9236 0.948 0.000 0.052
#> SRR613258 1 0.1289 0.9384 0.968 0.000 0.032
#> SRR1088808 1 0.2796 0.9146 0.908 0.000 0.092
#> SRR1329068 2 0.1529 0.8626 0.000 0.960 0.040
#> SRR1480565 2 0.1860 0.8595 0.000 0.948 0.052
#> SRR1337137 2 0.3482 0.7959 0.000 0.872 0.128
#> SRR1099520 1 0.2959 0.9105 0.900 0.000 0.100
#> SRR603942 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.3116 0.8213 0.000 0.892 0.108
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.3192 0.9108 0.888 0.000 0.112
#> SRR1473443 2 0.4555 0.7033 0.000 0.800 0.200
#> SRR1498438 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR1394655 3 0.4172 0.7321 0.104 0.028 0.868
#> SRR1322437 3 0.4346 0.8152 0.000 0.184 0.816
#> SRR660236 3 0.3941 0.8254 0.000 0.156 0.844
#> SRR1466338 3 0.6244 0.3788 0.000 0.440 0.560
#> SRR604148 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.4178 0.7419 0.000 0.828 0.172
#> SRR1339366 2 0.5060 0.7502 0.028 0.816 0.156
#> SRR656469 3 0.6572 0.5995 0.172 0.080 0.748
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.4748 0.7656 0.024 0.832 0.144
#> SRR1364935 3 0.6204 0.4271 0.000 0.424 0.576
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0747 0.8720 0.000 0.984 0.016
#> SRR1459697 2 0.0592 0.8728 0.000 0.988 0.012
#> SRR1352575 1 0.0424 0.9450 0.992 0.000 0.008
#> SRR613711 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR614023 1 0.3038 0.9084 0.896 0.000 0.104
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR1486044 2 0.0592 0.8734 0.000 0.988 0.012
#> SRR1441483 2 0.0424 0.8747 0.000 0.992 0.008
#> SRR1074189 1 0.3272 0.9081 0.892 0.004 0.104
#> SRR665646 1 0.1964 0.9237 0.944 0.000 0.056
#> SRR1404931 3 0.4178 0.8211 0.000 0.172 0.828
#> SRR1431552 3 0.4002 0.8252 0.000 0.160 0.840
#> SRR1479085 2 0.3686 0.7852 0.000 0.860 0.140
#> SRR1322711 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR1404988 2 0.5948 0.3562 0.000 0.640 0.360
#> SRR1419848 2 0.5905 0.3786 0.000 0.648 0.352
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.5028 0.8604 0.828 0.040 0.132
#> SRR659947 1 0.5524 0.8457 0.796 0.040 0.164
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0237 0.9456 0.996 0.000 0.004
#> SRR1344100 2 0.3038 0.8226 0.000 0.896 0.104
#> SRR613018 3 0.4346 0.8152 0.000 0.184 0.816
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.5058 0.6269 0.000 0.756 0.244
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.4346 0.8152 0.000 0.184 0.816
#> SRR1349518 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.1753 0.9233 0.952 0.000 0.048
#> SRR1455436 2 0.1529 0.8600 0.000 0.960 0.040
#> SRR658009 1 0.4662 0.8728 0.844 0.032 0.124
#> SRR1331383 3 0.4291 0.8174 0.000 0.180 0.820
#> SRR1394894 3 0.5355 0.6740 0.168 0.032 0.800
#> SRR659133 3 0.3039 0.7689 0.044 0.036 0.920
#> SRR660212 3 0.2711 0.7921 0.000 0.088 0.912
#> SRR657821 1 0.3116 0.9076 0.892 0.000 0.108
#> SRR1379279 2 0.1529 0.8650 0.000 0.960 0.040
#> SRR663149 2 0.4979 0.7474 0.020 0.812 0.168
#> SRR1413032 3 0.6307 0.2675 0.000 0.488 0.512
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.4994 0.7499 0.024 0.816 0.160
#> SRR1407273 2 0.5343 0.7351 0.052 0.816 0.132
#> SRR657101 2 0.3412 0.7986 0.000 0.876 0.124
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9463 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.4865 0.8650 0.832 0.032 0.136
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0188 0.836841 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 3 0.2669 0.597857 0.052 0.032 0.912 0.004
#> SRR1409721 2 0.0469 0.836521 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1391678 1 0.0707 0.856996 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1392030 1 0.1792 0.831504 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1453787 1 0.2149 0.804574 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR654969 3 0.4500 0.467160 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1435113 4 0.1284 0.676229 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR601359 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR663392 2 0.4820 0.613466 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR1374716 4 0.1867 0.683514 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR601157 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR615347 2 0.5475 0.490231 0.000 0.656 0.308 0.036
#> SRR1329464 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.1118 0.827715 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1365356 1 0.0817 0.852903 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1312024 3 0.4118 0.585758 0.100 0.060 0.836 0.004
#> SRR1499699 3 0.1520 0.550353 0.020 0.000 0.956 0.024
#> SRR1397861 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0188 0.836841 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1475483 1 0.0707 0.856996 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR603726 1 0.4866 0.342966 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR663368 4 0.5000 0.224067 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1354225 2 0.1211 0.824905 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1089809 4 0.5607 -0.213048 0.000 0.484 0.020 0.496
#> SRR1338901 2 0.5127 0.525091 0.000 0.632 0.012 0.356
#> SRR598645 4 0.3942 0.579835 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR656528 4 0.3626 0.565291 0.000 0.004 0.184 0.812
#> SRR809503 3 0.2944 0.630575 0.128 0.004 0.868 0.000
#> SRR659923 2 0.0707 0.834764 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1498226 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1319858 1 0.4933 0.292762 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0592 0.681110 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1406307 1 0.1022 0.851837 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1348318 1 0.1940 0.825466 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 4 0.2647 0.673592 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1404384 2 0.2704 0.768669 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR655495 4 0.1022 0.685068 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR812270 4 0.1004 0.680634 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR821176 2 0.0469 0.836455 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR807799 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR814919 1 0.3528 0.712915 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1415274 1 0.1302 0.848972 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1491275 3 0.5738 0.043790 0.432 0.000 0.540 0.028
#> SRR659851 3 0.2988 0.628362 0.112 0.012 0.876 0.000
#> SRR1337364 1 0.3311 0.725160 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.4955 0.257650 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1456208 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1393428 4 0.0895 0.680809 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1327632 1 0.4941 0.283084 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0469 0.836521 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1359529 4 0.4998 0.262267 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR1330305 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1436042 1 0.0469 0.861422 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR656191 2 0.0592 0.835785 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 4 0.4955 0.347429 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1090770 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.1792 0.828320 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.2530 0.793473 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1074694 2 0.0592 0.836853 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1413851 2 0.1284 0.832712 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1319924 2 0.3074 0.723013 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1361050 3 0.3873 0.578452 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1095792 2 0.5939 0.577646 0.000 0.668 0.084 0.248
#> SRR1476903 1 0.4877 0.340531 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1406502 2 0.1284 0.832712 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR607502 4 0.1820 0.671914 0.000 0.036 0.020 0.944
#> SRR602951 4 0.3444 0.636816 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1402922 4 0.1724 0.673341 0.000 0.032 0.020 0.948
#> SRR1314071 3 0.5137 0.209726 0.452 0.004 0.544 0.000
#> SRR1374778 4 0.4933 0.354805 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1089926 3 0.3726 0.571300 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1437056 3 0.5695 -0.186952 0.024 0.000 0.500 0.476
#> SRR1366772 4 0.4387 0.478291 0.000 0.236 0.012 0.752
#> SRR1487465 1 0.5345 0.264876 0.560 0.000 0.428 0.012
#> SRR2166006 3 0.4163 0.602424 0.076 0.096 0.828 0.000
#> SRR1341034 2 0.5055 0.506718 0.000 0.624 0.008 0.368
#> SRR1460235 1 0.2530 0.793473 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 4 0.1356 0.674420 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1433311 1 0.0817 0.852903 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 4 0.4992 0.266314 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR661711 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.4866 0.349662 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.836819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 4 0.2589 0.668317 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1327349 4 0.1004 0.685210 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1476348 2 0.1837 0.835024 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR656035 1 0.1389 0.838125 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2165896 3 0.3176 0.617379 0.084 0.036 0.880 0.000
#> SRR601549 2 0.5493 0.309604 0.000 0.528 0.016 0.456
#> SRR658573 2 0.2542 0.811584 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR1393470 4 0.5696 -0.216928 0.000 0.484 0.024 0.492
#> SRR1381247 4 0.4933 0.374927 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1322790 3 0.4998 -0.228845 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1404044 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487728 4 0.4992 0.266314 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR1419593 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.2542 0.811584 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR1349540 3 0.5149 0.151382 0.016 0.000 0.648 0.336
#> SRR1377967 2 0.0707 0.834764 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR662510 3 0.5070 0.168547 0.000 0.416 0.580 0.004
#> SRR1370151 3 0.5075 0.348096 0.012 0.344 0.644 0.000
#> SRR809043 4 0.1637 0.685043 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR659578 3 0.4998 0.139846 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1339413 2 0.5174 0.503382 0.000 0.620 0.012 0.368
#> SRR1434760 4 0.4907 0.375078 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR660079 1 0.4989 -0.056122 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1465153 4 0.1284 0.676229 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1340924 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.6936 0.373923 0.000 0.284 0.148 0.568
#> SRR1418688 4 0.4925 0.362249 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR602338 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.0779 0.680722 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1313789 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR614275 4 0.4877 0.404610 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR601962 1 0.1302 0.848908 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR663795 1 0.1474 0.844034 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1418650 2 0.0336 0.836703 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR655780 2 0.7586 0.173762 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR661794 1 0.2921 0.763196 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1339508 3 0.4996 -0.232725 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1501097 2 0.0188 0.836718 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1358459 2 0.1118 0.833026 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1333550 2 0.3047 0.793178 0.000 0.872 0.012 0.116
#> SRR821148 3 0.4941 0.252024 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR808658 2 0.7315 0.113543 0.216 0.532 0.252 0.000
#> SRR598100 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1475281 2 0.1302 0.830273 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1469477 1 0.4761 0.466997 0.664 0.000 0.332 0.004
#> SRR1468184 2 0.5407 0.245126 0.000 0.504 0.012 0.484
#> SRR1415660 2 0.2480 0.810440 0.000 0.904 0.008 0.088
#> SRR816892 2 0.5406 0.251817 0.000 0.508 0.012 0.480
#> SRR1447325 4 0.1716 0.684628 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1415980 1 0.4967 0.237026 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR658021 1 0.4972 0.235378 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1356308 2 0.1722 0.826602 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1443695 3 0.5407 -0.202781 0.012 0.000 0.504 0.484
#> SRR1083031 2 0.0469 0.837116 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1466177 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.836819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 1 0.5294 0.153382 0.508 0.000 0.484 0.008
#> SRR598364 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR604342 1 0.0707 0.855312 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1365850 2 0.5040 0.513800 0.000 0.628 0.008 0.364
#> SRR1335940 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1367612 2 0.0469 0.836455 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1411002 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.5815 -0.062347 0.000 0.428 0.032 0.540
#> SRR1350936 1 0.1792 0.835844 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1351257 2 0.6733 0.400812 0.000 0.564 0.112 0.324
#> SRR1316793 3 0.5000 -0.231246 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1090815 3 0.4898 0.179263 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR657845 1 0.4961 0.255276 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1408633 2 0.0336 0.836703 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1398971 1 0.1867 0.830348 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1399457 2 0.2179 0.821009 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1073341 3 0.6615 0.210574 0.084 0.404 0.512 0.000
#> SRR810805 1 0.4277 0.591871 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1309657 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR820186 1 0.4866 0.349662 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1388913 2 0.4891 0.596972 0.000 0.680 0.012 0.308
#> SRR1396270 4 0.4941 0.357678 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR613402 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR614912 2 0.2542 0.811525 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR1478410 4 0.1867 0.683514 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR613975 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1441631 4 0.1940 0.683345 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1088044 4 0.4248 0.501595 0.000 0.220 0.012 0.768
#> SRR1082909 1 0.4941 0.283084 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1392007 2 0.4990 0.533877 0.000 0.640 0.008 0.352
#> SRR2166524 3 0.5925 -0.023900 0.000 0.452 0.512 0.036
#> SRR1445765 1 0.2589 0.793255 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR819867 2 0.3893 0.729525 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR1339675 1 0.4643 0.469600 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1085687 4 0.3032 0.621405 0.000 0.124 0.008 0.868
#> SRR597952 2 0.1929 0.835513 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR1376497 4 0.5000 0.224067 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR813848 4 0.1940 0.682522 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1379471 3 0.5902 0.108477 0.028 0.428 0.540 0.004
#> SRR1070960 1 0.0336 0.861334 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR615285 3 0.7283 0.199572 0.184 0.000 0.524 0.292
#> SRR1325353 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.2329 0.816860 0.000 0.916 0.012 0.072
#> SRR615886 3 0.4961 0.229127 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1397649 2 0.0779 0.837190 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR819690 1 0.4164 0.616346 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1336113 2 0.3726 0.646467 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1396570 2 0.1022 0.834497 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1327366 2 0.0707 0.835864 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1317218 2 0.2342 0.814139 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR1352001 1 0.1118 0.852882 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1469791 2 0.5861 0.218616 0.000 0.488 0.032 0.480
#> SRR1388046 3 0.5016 0.219339 0.000 0.396 0.600 0.004
#> SRR655076 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1464353 2 0.3450 0.764845 0.000 0.836 0.008 0.156
#> SRR654754 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0817 0.855819 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2166308 3 0.2704 0.628690 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR655696 3 0.2530 0.622651 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR602978 2 0.1305 0.835481 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1323850 2 0.0188 0.836841 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1365512 4 0.3688 0.608991 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR663380 3 0.2760 0.623068 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1410469 4 0.6025 0.558933 0.000 0.172 0.140 0.688
#> SRR659259 4 0.1059 0.678878 0.000 0.016 0.012 0.972
#> SRR1421223 4 0.5487 0.057557 0.000 0.400 0.020 0.580
#> SRR1092567 4 0.1867 0.683864 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1472598 2 0.2500 0.814865 0.000 0.916 0.040 0.044
#> SRR1069279 4 0.5487 0.057557 0.000 0.400 0.020 0.580
#> SRR1351624 4 0.3925 0.566113 0.000 0.176 0.016 0.808
#> SRR1342938 4 0.6149 0.194984 0.048 0.000 0.476 0.476
#> SRR599346 1 0.2654 0.798253 0.888 0.004 0.108 0.000
#> SRR1359045 3 0.3032 0.630561 0.124 0.008 0.868 0.000
#> SRR601843 1 0.0707 0.856996 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 4 0.1867 0.683514 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1409875 2 0.1042 0.837179 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1348270 2 0.4996 0.058281 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR602389 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1451857 2 0.1059 0.836176 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1436629 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.1716 0.684628 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1095937 1 0.0707 0.856996 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1473295 3 0.4804 0.250014 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1457972 2 0.4422 0.666047 0.000 0.736 0.008 0.256
#> SRR1475430 1 0.2281 0.811082 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2164562 3 0.2665 0.616236 0.088 0.008 0.900 0.004
#> SRR665490 1 0.0469 0.859006 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1434182 4 0.5512 -0.223294 0.000 0.488 0.016 0.496
#> SRR1458506 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 4 0.3801 0.612068 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1329442 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434910 2 0.4284 0.700853 0.000 0.764 0.012 0.224
#> SRR614107 4 0.2011 0.682116 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1323914 2 0.1182 0.836708 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR1323065 1 0.4804 0.385031 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1309578 2 0.4420 0.683216 0.000 0.748 0.012 0.240
#> SRR1500908 3 0.2973 0.629256 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.6118 0.530989 0.000 0.208 0.120 0.672
#> SRR608064 1 0.4134 0.599323 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 3 0.5105 0.126259 0.000 0.432 0.564 0.004
#> SRR1394872 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.7906 0.133553 0.040 0.184 0.560 0.216
#> SRR1387724 4 0.4916 0.369281 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR660438 3 0.3342 0.515876 0.000 0.032 0.868 0.100
#> SRR1310758 2 0.0469 0.836521 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR601525 1 0.3801 0.672371 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR818749 3 0.2988 0.628362 0.112 0.012 0.876 0.000
#> SRR604294 2 0.5334 0.328035 0.004 0.588 0.400 0.008
#> SRR1322494 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1377949 2 0.4761 0.719676 0.000 0.764 0.044 0.192
#> SRR1317001 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1308715 2 0.4978 0.574613 0.000 0.664 0.012 0.324
#> SRR1415195 4 0.1867 0.683514 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1380163 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 4 0.4855 0.395879 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1341256 2 0.2469 0.774652 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR613795 3 0.4661 0.422331 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR659744 2 0.1837 0.834945 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1479549 3 0.4999 0.105553 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR613258 1 0.1716 0.832346 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1088808 1 0.3610 0.688701 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1329068 2 0.1305 0.835481 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1480565 2 0.4158 0.701924 0.000 0.768 0.008 0.224
#> SRR1337137 2 0.1716 0.807446 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1099520 1 0.4500 0.502542 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR603942 1 0.0707 0.855312 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1440625 2 0.3948 0.769255 0.000 0.840 0.064 0.096
#> SRR1391700 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 3 0.4730 0.393851 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1473443 2 0.5987 0.330811 0.000 0.520 0.040 0.440
#> SRR1498438 4 0.1637 0.685288 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1394655 4 0.4817 0.410178 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1322437 4 0.0707 0.680575 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR660236 4 0.1940 0.682522 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1466338 4 0.5915 -0.001855 0.000 0.400 0.040 0.560
#> SRR604148 1 0.1211 0.843367 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1334939 2 0.0469 0.837116 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.5408 0.235215 0.000 0.500 0.012 0.488
#> SRR1339366 2 0.3024 0.727276 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR656469 3 0.1557 0.504861 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1389868 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.1867 0.800695 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1364935 4 0.5387 0.061735 0.000 0.400 0.016 0.584
#> SRR1469102 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1459697 2 0.0188 0.836841 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352575 1 0.2281 0.808147 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR613711 2 0.2329 0.816860 0.000 0.916 0.012 0.072
#> SRR614023 1 0.4933 0.292091 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.2861 0.804198 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1486044 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1441483 2 0.0469 0.836558 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1074189 1 0.3105 0.769640 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR665646 3 0.4972 0.205201 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1404931 4 0.0707 0.684953 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1431552 4 0.1940 0.682522 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1479085 3 0.5510 0.197142 0.000 0.376 0.600 0.024
#> SRR1322711 2 0.2473 0.813369 0.000 0.908 0.012 0.080
#> SRR1404988 4 0.5409 -0.226519 0.000 0.492 0.012 0.496
#> SRR1419848 4 0.5511 -0.211615 0.000 0.484 0.016 0.500
#> SRR1332713 1 0.0817 0.856432 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1070863 1 0.4916 0.307300 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR659947 3 0.2831 0.629367 0.120 0.004 0.876 0.000
#> SRR1414356 1 0.0336 0.861412 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR599122 1 0.4920 0.389647 0.628 0.000 0.368 0.004
#> SRR1344100 2 0.5158 0.123931 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR613018 4 0.0707 0.680575 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1456591 1 0.0921 0.853860 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1368710 2 0.5407 0.245126 0.000 0.504 0.012 0.484
#> SRR1397885 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 4 0.1635 0.670083 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1349518 2 0.2048 0.821672 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1471267 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.4967 0.000448 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1455436 2 0.0817 0.833472 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR658009 1 0.4961 0.255276 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1331383 4 0.1151 0.684592 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR1394894 4 0.5000 0.224067 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR659133 4 0.4730 0.437576 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR660212 4 0.4907 0.376045 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR657821 1 0.4999 0.103412 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1379279 2 0.2473 0.813369 0.000 0.908 0.012 0.080
#> SRR663149 3 0.3986 0.563576 0.032 0.132 0.832 0.004
#> SRR1413032 2 0.7501 0.119502 0.000 0.444 0.184 0.372
#> SRR1377557 1 0.0707 0.855312 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1335296 2 0.3024 0.727276 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1407273 2 0.4070 0.717653 0.044 0.824 0.132 0.000
#> SRR657101 2 0.5105 0.570021 0.000 0.696 0.276 0.028
#> SRR1350588 1 0.0000 0.862906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 3 0.3528 0.602511 0.192 0.000 0.808 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0290 0.79940 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 5 0.4714 0.36423 0.004 0.012 0.408 0.000 0.576
#> SRR1409721 2 0.0451 0.79936 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1391678 1 0.2712 0.81549 0.880 0.000 0.032 0.000 0.088
#> SRR1392030 1 0.3409 0.77964 0.824 0.000 0.032 0.000 0.144
#> SRR1453787 1 0.2516 0.77776 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR654969 5 0.1970 0.73919 0.060 0.004 0.012 0.000 0.924
#> SRR1435113 4 0.1710 0.71224 0.000 0.004 0.016 0.940 0.040
#> SRR601359 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR663392 4 0.3534 0.46706 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1374716 4 0.5240 0.37971 0.000 0.004 0.372 0.580 0.044
#> SRR601157 1 0.0566 0.85565 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR615347 5 0.6801 -0.13234 0.000 0.308 0.000 0.316 0.376
#> SRR1329464 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0290 0.79787 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365356 1 0.0771 0.84626 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0671 0.85509 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1312024 3 0.6278 0.26662 0.008 0.236 0.572 0.000 0.184
#> SRR1499699 5 0.4580 0.26293 0.004 0.004 0.460 0.000 0.532
#> SRR1397861 1 0.2595 0.82049 0.888 0.000 0.032 0.000 0.080
#> SRR1479663 2 0.0404 0.79938 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1475483 1 0.2932 0.80703 0.864 0.000 0.032 0.000 0.104
#> SRR603726 3 0.5454 0.12831 0.404 0.000 0.532 0.000 0.064
#> SRR663368 3 0.2362 0.72010 0.000 0.000 0.900 0.076 0.024
#> SRR1354225 2 0.0404 0.79639 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1089809 4 0.1410 0.71286 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1338901 4 0.3876 0.30658 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR598645 3 0.4646 0.51040 0.000 0.000 0.712 0.228 0.060
#> SRR656528 4 0.4125 0.60841 0.000 0.004 0.020 0.740 0.236
#> SRR809503 5 0.1901 0.74264 0.012 0.004 0.056 0.000 0.928
#> SRR659923 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1498226 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319858 3 0.6226 0.12918 0.376 0.004 0.492 0.000 0.128
#> SRR1350566 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614743 4 0.3400 0.66587 0.000 0.004 0.116 0.840 0.040
#> SRR1406307 1 0.3321 0.78598 0.832 0.000 0.032 0.000 0.136
#> SRR1348318 1 0.3496 0.78779 0.832 0.004 0.040 0.000 0.124
#> SRR1343433 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.5626 0.15464 0.000 0.012 0.592 0.332 0.064
#> SRR1404384 2 0.2068 0.74298 0.000 0.904 0.092 0.000 0.004
#> SRR655495 4 0.4656 0.54403 0.000 0.004 0.256 0.700 0.040
#> SRR812270 4 0.2157 0.70632 0.000 0.004 0.040 0.920 0.036
#> SRR821176 2 0.1478 0.78708 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR807799 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR814919 1 0.4946 0.59258 0.656 0.008 0.036 0.000 0.300
#> SRR1415274 1 0.3243 0.79989 0.848 0.000 0.032 0.004 0.116
#> SRR1491275 3 0.3141 0.62007 0.096 0.004 0.860 0.000 0.040
#> SRR659851 5 0.1877 0.74091 0.012 0.000 0.064 0.000 0.924
#> SRR1337364 1 0.4747 0.54103 0.636 0.000 0.032 0.000 0.332
#> SRR1414471 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 3 0.6732 -0.00532 0.352 0.000 0.392 0.000 0.256
#> SRR1456208 1 0.0324 0.85620 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1393428 4 0.3006 0.65658 0.000 0.004 0.156 0.836 0.004
#> SRR1327632 1 0.6731 0.20805 0.444 0.004 0.328 0.000 0.224
#> SRR608120 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0451 0.79936 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1359529 3 0.2032 0.71836 0.000 0.004 0.924 0.052 0.020
#> SRR1330305 2 0.0290 0.79787 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436042 1 0.2628 0.81686 0.884 0.000 0.028 0.000 0.088
#> SRR656191 2 0.0451 0.79965 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1419211 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.1538 0.70514 0.000 0.008 0.948 0.036 0.008
#> SRR1090770 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.1996 0.83303 0.928 0.000 0.036 0.004 0.032
#> SRR1398686 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.4475 0.63532 0.692 0.000 0.032 0.000 0.276
#> SRR1074694 2 0.0404 0.79985 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1413851 2 0.3366 0.68577 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1319924 2 0.1671 0.75973 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1361050 5 0.2460 0.73992 0.024 0.004 0.072 0.000 0.900
#> SRR1095792 2 0.6136 0.51042 0.000 0.644 0.212 0.088 0.056
#> SRR1476903 1 0.6653 0.09973 0.420 0.004 0.384 0.000 0.192
#> SRR1406502 2 0.3424 0.67921 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR607502 4 0.0451 0.72071 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR602951 3 0.5320 0.34209 0.000 0.008 0.656 0.264 0.072
#> SRR1402922 4 0.0566 0.72035 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1314071 5 0.1892 0.72955 0.080 0.004 0.000 0.000 0.916
#> SRR1374778 3 0.2189 0.72300 0.000 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR1089926 3 0.5376 -0.07159 0.048 0.004 0.544 0.000 0.404
#> SRR1437056 3 0.2581 0.71678 0.028 0.000 0.904 0.048 0.020
#> SRR1366772 4 0.1043 0.72445 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1487465 3 0.5218 0.32562 0.336 0.000 0.604 0.000 0.060
#> SRR2166006 5 0.1990 0.73924 0.004 0.028 0.040 0.000 0.928
#> SRR1341034 4 0.3177 0.54691 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1460235 1 0.4428 0.64609 0.700 0.000 0.032 0.000 0.268
#> SRR1368917 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 4 0.0162 0.72086 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1433311 1 0.0865 0.84527 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR656373 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.2233 0.72316 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR661711 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.6593 0.17509 0.448 0.004 0.364 0.000 0.184
#> SRR1381414 2 0.0510 0.79909 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1350263 3 0.4527 0.41529 0.000 0.000 0.692 0.272 0.036
#> SRR1327349 4 0.4496 0.56256 0.000 0.004 0.232 0.724 0.040
#> SRR1476348 2 0.3661 0.64426 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR656035 1 0.2723 0.77321 0.864 0.000 0.012 0.000 0.124
#> SRR2165896 5 0.1901 0.73956 0.004 0.012 0.056 0.000 0.928
#> SRR601549 4 0.2230 0.66929 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR658573 2 0.4273 0.41886 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1393470 4 0.1952 0.69523 0.000 0.084 0.004 0.912 0.000
#> SRR1381247 3 0.1914 0.70209 0.000 0.004 0.932 0.032 0.032
#> SRR1322790 3 0.1800 0.71887 0.000 0.000 0.932 0.048 0.020
#> SRR1404044 1 0.0854 0.85406 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> SRR1487728 3 0.2233 0.72316 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR1419593 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434689 2 0.4268 0.42711 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1349540 3 0.5691 -0.13675 0.004 0.004 0.480 0.056 0.456
#> SRR1377967 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR662510 5 0.2074 0.69923 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1370151 5 0.3064 0.70866 0.000 0.108 0.036 0.000 0.856
#> SRR809043 4 0.5139 0.40233 0.000 0.004 0.360 0.596 0.040
#> SRR659578 5 0.2377 0.69984 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1339413 4 0.3274 0.53453 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1434760 3 0.2189 0.72300 0.000 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR660079 5 0.3452 0.60365 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1465153 4 0.1710 0.71224 0.000 0.004 0.016 0.940 0.040
#> SRR1340924 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.6743 0.32150 0.000 0.080 0.360 0.500 0.060
#> SRR1418688 3 0.2189 0.72300 0.000 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR602338 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.3400 0.66587 0.000 0.004 0.116 0.840 0.040
#> SRR1313789 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR614275 3 0.2230 0.69987 0.000 0.000 0.912 0.044 0.044
#> SRR601962 1 0.2793 0.81400 0.876 0.000 0.036 0.000 0.088
#> SRR663795 1 0.3105 0.81093 0.864 0.000 0.044 0.004 0.088
#> SRR1418650 2 0.0290 0.79940 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR655780 4 0.6309 0.22064 0.000 0.160 0.000 0.472 0.368
#> SRR661794 1 0.5621 0.53288 0.624 0.000 0.104 0.004 0.268
#> SRR1339508 3 0.1547 0.70671 0.000 0.004 0.948 0.032 0.016
#> SRR1501097 2 0.1478 0.78808 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1358459 2 0.2104 0.76041 0.000 0.916 0.060 0.000 0.024
#> SRR1333550 2 0.4262 0.43606 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR821148 5 0.1851 0.72703 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR808658 2 0.3862 0.63427 0.000 0.808 0.104 0.000 0.088
#> SRR598100 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475281 2 0.1670 0.77208 0.000 0.936 0.052 0.000 0.012
#> SRR1469477 3 0.4604 0.28095 0.404 0.000 0.584 0.004 0.008
#> SRR1468184 4 0.1544 0.70946 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1415660 2 0.4273 0.41886 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR816892 4 0.2970 0.61605 0.000 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1447325 4 0.5240 0.37971 0.000 0.004 0.372 0.580 0.044
#> SRR1415980 1 0.6753 0.22894 0.456 0.004 0.280 0.000 0.260
#> SRR658021 1 0.6840 0.12764 0.412 0.004 0.332 0.000 0.252
#> SRR1356308 2 0.4015 0.57290 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1443695 3 0.2082 0.70630 0.016 0.000 0.928 0.032 0.024
#> SRR1083031 2 0.0510 0.79919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1466177 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1346978 2 0.0609 0.79878 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR607705 3 0.4191 0.50792 0.184 0.012 0.772 0.000 0.032
#> SRR598364 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603036 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR604342 1 0.0324 0.85583 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1365850 4 0.3480 0.47338 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1335940 1 0.0451 0.85634 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1436515 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367612 2 0.1792 0.78007 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.3388 0.70938 0.000 0.040 0.056 0.864 0.040
#> SRR1350936 1 0.3948 0.77680 0.808 0.000 0.076 0.004 0.112
#> SRR1351257 2 0.7633 0.09788 0.000 0.376 0.264 0.312 0.048
#> SRR1316793 3 0.2172 0.72360 0.000 0.000 0.908 0.076 0.016
#> SRR1090815 5 0.6582 0.28034 0.192 0.004 0.332 0.000 0.472
#> SRR657845 1 0.6849 0.08717 0.396 0.004 0.352 0.000 0.248
#> SRR1408633 2 0.0451 0.79936 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1398971 1 0.3449 0.79322 0.836 0.000 0.040 0.004 0.120
#> SRR1399457 2 0.4375 0.46839 0.000 0.576 0.000 0.420 0.004
#> SRR1073341 5 0.8155 0.23433 0.100 0.212 0.312 0.004 0.372
#> SRR810805 1 0.5332 0.58355 0.648 0.004 0.080 0.000 0.268
#> SRR1309657 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR820186 1 0.6640 0.25460 0.468 0.004 0.320 0.000 0.208
#> SRR1388913 4 0.3508 0.47483 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1396270 3 0.1408 0.71668 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR613402 2 0.0290 0.79787 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR614912 2 0.4256 0.44329 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1478410 4 0.5206 0.37266 0.000 0.004 0.384 0.572 0.040
#> SRR613975 2 0.0404 0.79639 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1441631 4 0.5224 0.29835 0.000 0.004 0.428 0.532 0.036
#> SRR1088044 4 0.0963 0.72484 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1082909 1 0.6735 0.18002 0.436 0.004 0.340 0.000 0.220
#> SRR1392007 4 0.3424 0.48509 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR2166524 5 0.3954 0.59106 0.000 0.192 0.000 0.036 0.772
#> SRR1445765 1 0.4496 0.68842 0.728 0.000 0.056 0.000 0.216
#> SRR819867 2 0.4287 0.39193 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1339675 1 0.5360 0.38637 0.556 0.000 0.060 0.000 0.384
#> SRR1085687 4 0.0290 0.72184 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR597952 2 0.3750 0.68028 0.000 0.756 0.000 0.232 0.012
#> SRR1376497 3 0.2270 0.72301 0.000 0.000 0.904 0.076 0.020
#> SRR813848 4 0.5185 0.35080 0.000 0.000 0.384 0.568 0.048
#> SRR1379471 5 0.7218 0.30215 0.008 0.216 0.320 0.016 0.440
#> SRR1070960 1 0.2628 0.81686 0.884 0.000 0.028 0.000 0.088
#> SRR615285 3 0.2474 0.67704 0.040 0.000 0.908 0.012 0.040
#> SRR1325353 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.4210 0.48446 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR615886 5 0.1965 0.72353 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1397649 2 0.2230 0.76528 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR819690 1 0.5382 0.60684 0.660 0.000 0.128 0.000 0.212
#> SRR1336113 2 0.3039 0.66669 0.000 0.836 0.012 0.000 0.152
#> SRR1396570 2 0.1638 0.78792 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1327366 2 0.0880 0.79683 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1317218 2 0.4235 0.46542 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1352001 1 0.2946 0.81132 0.868 0.000 0.044 0.000 0.088
#> SRR1469791 4 0.3255 0.69936 0.000 0.056 0.056 0.868 0.020
#> SRR1388046 5 0.1831 0.71884 0.000 0.076 0.004 0.000 0.920
#> SRR655076 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1464353 2 0.4256 0.44342 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.3035 0.80201 0.856 0.000 0.032 0.000 0.112
#> SRR2166308 5 0.1877 0.74091 0.012 0.000 0.064 0.000 0.924
#> SRR655696 5 0.2130 0.73433 0.012 0.000 0.080 0.000 0.908
#> SRR602978 2 0.3476 0.75313 0.000 0.836 0.000 0.076 0.088
#> SRR1323850 2 0.1608 0.78621 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1365512 3 0.3847 0.58582 0.000 0.000 0.784 0.180 0.036
#> SRR663380 5 0.5057 0.34329 0.028 0.004 0.412 0.000 0.556
#> SRR1410469 4 0.5869 0.34306 0.000 0.020 0.372 0.548 0.060
#> SRR659259 4 0.2551 0.70665 0.000 0.012 0.044 0.904 0.040
#> SRR1421223 4 0.1282 0.72076 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000
#> SRR1092567 4 0.5225 0.35812 0.000 0.004 0.392 0.564 0.040
#> SRR1472598 2 0.3133 0.73145 0.000 0.864 0.080 0.004 0.052
#> SRR1069279 4 0.1357 0.71887 0.000 0.048 0.004 0.948 0.000
#> SRR1351624 4 0.0794 0.72452 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1342938 3 0.2591 0.71451 0.032 0.000 0.904 0.044 0.020
#> SRR599346 1 0.6007 0.58981 0.648 0.136 0.028 0.000 0.188
#> SRR1359045 5 0.3381 0.68396 0.016 0.004 0.160 0.000 0.820
#> SRR601843 1 0.2628 0.81686 0.884 0.000 0.028 0.000 0.088
#> SRR1318898 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1315188 4 0.5225 0.35812 0.000 0.004 0.392 0.564 0.040
#> SRR1409875 2 0.2020 0.77417 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1348270 2 0.4291 0.04256 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR602389 1 0.1116 0.85090 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR1451857 2 0.3074 0.71389 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1436629 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1349144 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.5240 0.37971 0.000 0.004 0.372 0.580 0.044
#> SRR1095937 1 0.2707 0.81277 0.876 0.000 0.024 0.000 0.100
#> SRR1473295 5 0.6419 0.24092 0.152 0.004 0.384 0.000 0.460
#> SRR1457972 4 0.4297 -0.22207 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1475430 1 0.3570 0.78637 0.828 0.004 0.044 0.000 0.124
#> SRR2164562 5 0.1877 0.74091 0.012 0.000 0.064 0.000 0.924
#> SRR665490 1 0.1952 0.80971 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1434182 4 0.1341 0.71520 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1458506 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR808886 3 0.3327 0.63978 0.000 0.004 0.852 0.084 0.060
#> SRR1329442 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457925 1 0.0324 0.85671 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1434910 2 0.4302 0.34300 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR614107 4 0.5225 0.35812 0.000 0.004 0.392 0.564 0.040
#> SRR1323914 2 0.3109 0.71164 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1323065 1 0.6247 0.34494 0.524 0.000 0.328 0.004 0.144
#> SRR1309578 4 0.4302 -0.24712 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1500908 5 0.1943 0.74300 0.020 0.000 0.056 0.000 0.924
#> SRR1076753 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.6174 0.31286 0.000 0.032 0.384 0.520 0.064
#> SRR608064 1 0.5160 0.53229 0.648 0.004 0.288 0.000 0.060
#> SRR608512 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.3398 0.59316 0.000 0.216 0.004 0.000 0.780
#> SRR1394872 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345669 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367588 3 0.3476 0.53398 0.000 0.176 0.804 0.000 0.020
#> SRR1387724 3 0.2189 0.72300 0.000 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR660438 5 0.4314 0.64042 0.000 0.036 0.168 0.020 0.776
#> SRR1310758 2 0.0162 0.79927 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR601525 1 0.5097 0.41021 0.568 0.004 0.032 0.000 0.396
#> SRR818749 5 0.1877 0.74091 0.012 0.000 0.064 0.000 0.924
#> SRR604294 2 0.7067 0.16034 0.020 0.500 0.344 0.032 0.104
#> SRR1322494 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1377949 2 0.6353 0.40855 0.000 0.520 0.060 0.372 0.048
#> SRR1317001 1 0.0451 0.85634 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1311897 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1308715 4 0.3612 0.43582 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1415195 4 0.5240 0.37971 0.000 0.004 0.372 0.580 0.044
#> SRR1380163 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1480611 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.1877 0.71899 0.000 0.000 0.924 0.064 0.012
#> SRR1341256 2 0.1697 0.76558 0.000 0.932 0.060 0.000 0.008
#> SRR613795 5 0.1943 0.74048 0.056 0.000 0.020 0.000 0.924
#> SRR659744 2 0.4152 0.61829 0.000 0.692 0.000 0.296 0.012
#> SRR1479549 5 0.4086 0.57953 0.240 0.000 0.024 0.000 0.736
#> SRR613258 1 0.3396 0.78686 0.832 0.004 0.028 0.000 0.136
#> SRR1088808 1 0.4270 0.74167 0.776 0.000 0.112 0.000 0.112
#> SRR1329068 2 0.3246 0.72223 0.000 0.808 0.000 0.184 0.008
#> SRR1480565 2 0.4302 0.34284 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1337137 2 0.0404 0.79639 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1099520 1 0.5394 0.52175 0.628 0.000 0.280 0.000 0.092
#> SRR603942 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440625 2 0.4376 0.64213 0.000 0.768 0.172 0.012 0.048
#> SRR1391700 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.1830 0.73613 0.068 0.000 0.008 0.000 0.924
#> SRR1473443 4 0.4633 0.65609 0.000 0.108 0.060 0.784 0.048
#> SRR1498438 4 0.5139 0.41152 0.000 0.004 0.360 0.596 0.040
#> SRR1394655 3 0.4354 0.51801 0.000 0.000 0.712 0.256 0.032
#> SRR1322437 4 0.3400 0.66587 0.000 0.004 0.116 0.840 0.040
#> SRR660236 4 0.5123 0.35568 0.000 0.000 0.384 0.572 0.044
#> SRR1466338 4 0.4284 0.69896 0.000 0.060 0.068 0.812 0.060
#> SRR604148 1 0.2339 0.79029 0.892 0.000 0.004 0.004 0.100
#> SRR1334939 2 0.0963 0.79531 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.1908 0.69033 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1339366 2 0.2513 0.71158 0.000 0.876 0.008 0.000 0.116
#> SRR656469 3 0.3835 0.39298 0.000 0.008 0.732 0.000 0.260
#> SRR1389868 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0963 0.78688 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1364935 4 0.1518 0.72029 0.000 0.048 0.004 0.944 0.004
#> SRR1469102 1 0.0794 0.85169 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0451 0.79900 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1459697 2 0.0290 0.79940 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1352575 1 0.4248 0.68060 0.728 0.000 0.032 0.000 0.240
#> SRR613711 2 0.4182 0.50267 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR614023 1 0.6825 0.12910 0.412 0.004 0.340 0.000 0.244
#> SRR1316174 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603268 2 0.4256 0.44474 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1486044 2 0.0290 0.79787 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441483 2 0.0451 0.79936 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1074189 1 0.4727 0.64614 0.696 0.008 0.036 0.000 0.260
#> SRR665646 5 0.1851 0.72703 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1404931 4 0.4524 0.55935 0.000 0.004 0.236 0.720 0.040
#> SRR1431552 4 0.5185 0.35080 0.000 0.000 0.384 0.568 0.048
#> SRR1479085 5 0.6959 0.24990 0.000 0.168 0.380 0.024 0.428
#> SRR1322711 2 0.4235 0.46542 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1404988 4 0.1502 0.71681 0.000 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR1419848 4 0.1270 0.71742 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1332713 1 0.2390 0.82212 0.896 0.000 0.020 0.000 0.084
#> SRR1070863 3 0.6578 -0.03705 0.400 0.004 0.420 0.000 0.176
#> SRR659947 5 0.1901 0.74264 0.012 0.004 0.056 0.000 0.928
#> SRR1414356 1 0.1408 0.84334 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR599122 3 0.4658 0.22857 0.432 0.000 0.556 0.004 0.008
#> SRR1344100 5 0.3774 0.46666 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR613018 4 0.2733 0.67772 0.000 0.004 0.112 0.872 0.012
#> SRR1456591 1 0.3321 0.78598 0.832 0.000 0.032 0.000 0.136
#> SRR1368710 4 0.1908 0.69335 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 4 0.0290 0.72145 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1349518 2 0.4171 0.50722 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.3969 0.53391 0.304 0.000 0.000 0.004 0.692
#> SRR1455436 2 0.0451 0.79916 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR658009 1 0.6837 0.11781 0.408 0.004 0.340 0.000 0.248
#> SRR1331383 4 0.4077 0.62126 0.000 0.004 0.172 0.780 0.044
#> SRR1394894 3 0.2331 0.72310 0.000 0.000 0.900 0.080 0.020
#> SRR659133 3 0.4615 0.49568 0.000 0.000 0.700 0.252 0.048
#> SRR660212 3 0.2136 0.72129 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR657821 5 0.6897 0.15858 0.336 0.004 0.272 0.000 0.388
#> SRR1379279 2 0.4235 0.46539 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR663149 5 0.1996 0.73850 0.004 0.032 0.036 0.000 0.928
#> SRR1413032 4 0.7183 0.35533 0.000 0.136 0.320 0.484 0.060
#> SRR1377557 1 0.0162 0.85688 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335296 2 0.1792 0.75318 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1407273 2 0.2612 0.71252 0.000 0.868 0.124 0.000 0.008
#> SRR657101 2 0.7745 0.22931 0.000 0.396 0.300 0.240 0.064
#> SRR1350588 1 0.0000 0.85734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 5 0.5525 0.34539 0.060 0.004 0.392 0.000 0.544
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.0146 0.77771 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499543 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0260 0.81919 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR657372 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 6 0.6044 -0.05318 0.000 0.000 0.252 0.000 0.372 0.376
#> SRR1409721 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.4962 0.55394 0.596 0.000 0.008 0.000 0.064 0.332
#> SRR1392030 1 0.5764 0.49642 0.540 0.000 0.036 0.000 0.088 0.336
#> SRR1453787 1 0.1701 0.73905 0.920 0.000 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR654969 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1435113 4 0.0935 0.56579 0.000 0.000 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR601359 1 0.0405 0.77594 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR663392 4 0.5509 0.45051 0.000 0.136 0.000 0.496 0.000 0.368
#> SRR1374716 4 0.3383 0.34427 0.000 0.000 0.268 0.728 0.000 0.004
#> SRR601157 1 0.1995 0.75321 0.912 0.000 0.036 0.000 0.000 0.052
#> SRR615347 6 0.7430 -0.19235 0.000 0.164 0.000 0.172 0.328 0.336
#> SRR1329464 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.1333 0.74788 0.944 0.000 0.048 0.000 0.000 0.008
#> SRR598068 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.2706 0.73127 0.860 0.000 0.036 0.000 0.000 0.104
#> SRR1312024 3 0.6428 0.49381 0.004 0.192 0.576 0.000 0.112 0.116
#> SRR1499699 5 0.5361 0.01705 0.000 0.000 0.440 0.000 0.452 0.108
#> SRR1397861 1 0.4698 0.57892 0.624 0.000 0.004 0.000 0.056 0.316
#> SRR1479663 2 0.0790 0.81390 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1475483 1 0.4872 0.55297 0.596 0.000 0.004 0.000 0.064 0.336
#> SRR603726 6 0.7057 0.06312 0.276 0.000 0.288 0.000 0.068 0.368
#> SRR663368 3 0.4224 0.53380 0.000 0.000 0.700 0.008 0.036 0.256
#> SRR1354225 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 4 0.4042 0.59167 0.000 0.016 0.004 0.664 0.000 0.316
#> SRR1338901 4 0.5957 0.31753 0.000 0.220 0.000 0.400 0.000 0.380
#> SRR598645 3 0.4812 0.22661 0.000 0.000 0.520 0.432 0.004 0.044
#> SRR656528 4 0.5914 0.53101 0.000 0.000 0.020 0.556 0.188 0.236
#> SRR809503 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR659923 2 0.0260 0.81919 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498226 1 0.0146 0.77771 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319858 6 0.7228 0.10614 0.260 0.000 0.284 0.000 0.092 0.364
#> SRR1350566 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.1327 0.54768 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.5236 0.53212 0.572 0.000 0.008 0.000 0.088 0.332
#> SRR1348318 1 0.5463 0.51285 0.556 0.000 0.024 0.000 0.076 0.344
#> SRR1343433 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.6431 0.15926 0.000 0.008 0.360 0.348 0.004 0.280
#> SRR1404384 2 0.1644 0.76255 0.000 0.920 0.004 0.000 0.000 0.076
#> SRR655495 4 0.3448 0.39820 0.000 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> SRR812270 4 0.3861 0.61223 0.000 0.000 0.060 0.756 0.000 0.184
#> SRR821176 2 0.1908 0.77454 0.000 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR807799 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.5982 0.43344 0.496 0.000 0.020 0.000 0.144 0.340
#> SRR1415274 1 0.5663 0.50950 0.548 0.000 0.040 0.000 0.072 0.340
#> SRR1491275 3 0.3219 0.66258 0.028 0.000 0.828 0.000 0.012 0.132
#> SRR659851 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1337364 1 0.6030 0.39229 0.464 0.000 0.008 0.000 0.196 0.332
#> SRR1414471 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 6 0.7492 0.11976 0.248 0.000 0.260 0.000 0.144 0.348
#> SRR1456208 1 0.1265 0.76009 0.948 0.000 0.044 0.000 0.000 0.008
#> SRR1393428 4 0.5327 0.58266 0.000 0.000 0.164 0.588 0.000 0.248
#> SRR1327632 6 0.7442 0.05812 0.284 0.000 0.228 0.000 0.136 0.352
#> SRR608120 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.1265 0.76194 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1330305 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.5312 0.53366 0.572 0.000 0.024 0.000 0.064 0.340
#> SRR656191 2 0.0790 0.81377 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1419211 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.4890 0.50818 0.000 0.000 0.580 0.052 0.008 0.360
#> SRR1090770 1 0.0146 0.77839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657420 1 0.3476 0.71220 0.828 0.000 0.060 0.000 0.020 0.092
#> SRR1398686 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.6005 0.42891 0.488 0.000 0.016 0.000 0.160 0.336
#> SRR1074694 2 0.1643 0.79919 0.000 0.924 0.000 0.008 0.000 0.068
#> SRR1413851 2 0.5289 0.43918 0.000 0.580 0.000 0.140 0.000 0.280
#> SRR1319924 2 0.1007 0.79494 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1361050 5 0.3394 0.60074 0.000 0.000 0.012 0.000 0.752 0.236
#> SRR1095792 2 0.7463 0.06233 0.000 0.356 0.136 0.184 0.004 0.320
#> SRR1476903 6 0.7344 0.08806 0.272 0.000 0.256 0.000 0.112 0.360
#> SRR1406502 2 0.5336 0.42620 0.000 0.572 0.000 0.144 0.000 0.284
#> SRR607502 4 0.4223 0.58233 0.000 0.004 0.016 0.612 0.000 0.368
#> SRR602951 4 0.6325 -0.07664 0.000 0.008 0.276 0.436 0.004 0.276
#> SRR1402922 4 0.4153 0.58919 0.000 0.000 0.024 0.636 0.000 0.340
#> SRR1314071 5 0.0260 0.86179 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1374778 3 0.0935 0.75387 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1089926 3 0.6335 0.06455 0.012 0.000 0.388 0.000 0.252 0.348
#> SRR1437056 3 0.0520 0.76573 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1366772 4 0.4311 0.57758 0.000 0.012 0.012 0.616 0.000 0.360
#> SRR1487465 6 0.7065 0.08648 0.264 0.000 0.316 0.000 0.068 0.352
#> SRR2166006 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1341034 4 0.5353 0.47329 0.000 0.116 0.000 0.516 0.000 0.368
#> SRR1460235 1 0.6136 0.42563 0.488 0.000 0.028 0.000 0.148 0.336
#> SRR1368917 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 4 0.3984 0.59111 0.000 0.000 0.016 0.648 0.000 0.336
#> SRR1433311 1 0.1584 0.74008 0.928 0.000 0.064 0.000 0.000 0.008
#> SRR656373 1 0.0520 0.77590 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1454265 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.1010 0.75243 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000
#> SRR661711 1 0.0146 0.77811 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 6 0.7322 0.07334 0.280 0.000 0.252 0.000 0.108 0.360
#> SRR1381414 2 0.0865 0.81242 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1350263 3 0.3163 0.52629 0.000 0.000 0.764 0.232 0.000 0.004
#> SRR1327349 4 0.2340 0.48085 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.5682 0.32359 0.000 0.512 0.000 0.188 0.000 0.300
#> SRR656035 1 0.3594 0.70924 0.820 0.000 0.024 0.000 0.056 0.100
#> SRR2165896 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR601549 4 0.4616 0.55027 0.000 0.036 0.004 0.576 0.000 0.384
#> SRR658573 2 0.6069 0.01873 0.000 0.368 0.000 0.264 0.000 0.368
#> SRR1393470 4 0.4076 0.57917 0.000 0.012 0.004 0.636 0.000 0.348
#> SRR1381247 3 0.4013 0.64490 0.000 0.004 0.696 0.016 0.004 0.280
#> SRR1322790 3 0.0520 0.76440 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1404044 1 0.3999 0.63883 0.696 0.000 0.032 0.000 0.000 0.272
#> SRR1487728 3 0.0665 0.76532 0.000 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1419593 1 0.0146 0.77811 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 6 0.6061 -0.13532 0.000 0.368 0.000 0.260 0.000 0.372
#> SRR1349540 6 0.6078 0.01749 0.000 0.000 0.284 0.000 0.320 0.396
#> SRR1377967 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 5 0.1007 0.82781 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1370151 5 0.5162 0.37105 0.000 0.064 0.016 0.000 0.580 0.340
#> SRR809043 4 0.3175 0.36273 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR659578 5 0.1267 0.81011 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1339413 4 0.5870 0.42008 0.000 0.156 0.008 0.468 0.000 0.368
#> SRR1434760 3 0.1194 0.76388 0.000 0.000 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR660079 5 0.2823 0.66707 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1465153 4 0.0790 0.56415 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.6790 0.19038 0.000 0.052 0.176 0.388 0.004 0.380
#> SRR1418688 3 0.0935 0.75387 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.1327 0.54603 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.4260 0.65096 0.000 0.000 0.744 0.116 0.004 0.136
#> SRR601962 1 0.5312 0.53366 0.572 0.000 0.024 0.000 0.064 0.340
#> SRR663795 1 0.5569 0.51610 0.556 0.000 0.040 0.000 0.064 0.340
#> SRR1418650 2 0.0146 0.81955 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655780 6 0.7233 -0.29812 0.000 0.088 0.000 0.272 0.300 0.340
#> SRR661794 1 0.7104 0.28906 0.424 0.000 0.116 0.000 0.168 0.292
#> SRR1339508 3 0.2455 0.73870 0.000 0.000 0.872 0.012 0.004 0.112
#> SRR1501097 2 0.2513 0.74761 0.000 0.852 0.000 0.008 0.000 0.140
#> SRR1358459 2 0.3452 0.63157 0.000 0.736 0.000 0.004 0.004 0.256
#> SRR1333550 6 0.6041 -0.13062 0.000 0.360 0.000 0.252 0.000 0.388
#> SRR821148 5 0.0260 0.86179 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR808658 2 0.3436 0.60213 0.000 0.796 0.012 0.000 0.020 0.172
#> SRR598100 1 0.0260 0.77650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1475281 2 0.1349 0.78895 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1469477 3 0.4107 0.47653 0.280 0.000 0.684 0.000 0.000 0.036
#> SRR1468184 4 0.4241 0.56613 0.000 0.024 0.000 0.608 0.000 0.368
#> SRR1415660 2 0.6069 0.01873 0.000 0.368 0.000 0.264 0.000 0.368
#> SRR816892 4 0.5096 0.52361 0.000 0.112 0.000 0.596 0.000 0.292
#> SRR1447325 4 0.3360 0.34928 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR1415980 6 0.7497 0.05284 0.280 0.000 0.220 0.000 0.152 0.348
#> SRR658021 6 0.7447 0.08367 0.272 0.000 0.228 0.000 0.140 0.360
#> SRR1356308 2 0.5823 0.19124 0.000 0.440 0.000 0.188 0.000 0.372
#> SRR1443695 3 0.3828 0.51513 0.004 0.000 0.696 0.000 0.012 0.288
#> SRR1083031 2 0.0547 0.81779 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1466177 2 0.0260 0.81919 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1346978 2 0.0458 0.81853 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR607705 3 0.4592 0.64437 0.048 0.008 0.676 0.000 0.004 0.264
#> SRR598364 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0405 0.77594 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR604342 1 0.0405 0.77594 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365850 4 0.5774 0.39470 0.000 0.180 0.000 0.456 0.000 0.364
#> SRR1335940 1 0.1563 0.76183 0.932 0.000 0.012 0.000 0.000 0.056
#> SRR1436515 1 0.0146 0.77771 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367612 2 0.2907 0.72775 0.000 0.828 0.000 0.020 0.000 0.152
#> SRR1411002 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.4322 0.52428 0.000 0.008 0.004 0.548 0.004 0.436
#> SRR1350936 1 0.6488 0.38496 0.472 0.000 0.124 0.000 0.068 0.336
#> SRR1351257 6 0.7339 -0.20925 0.000 0.236 0.140 0.188 0.004 0.432
#> SRR1316793 3 0.0767 0.76579 0.000 0.000 0.976 0.004 0.008 0.012
#> SRR1090815 6 0.7269 0.09895 0.100 0.000 0.236 0.000 0.316 0.348
#> SRR657845 6 0.7443 0.09945 0.264 0.000 0.232 0.000 0.140 0.364
#> SRR1408633 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.5730 0.50282 0.540 0.000 0.044 0.000 0.072 0.344
#> SRR1399457 6 0.6156 -0.13263 0.000 0.360 0.000 0.248 0.004 0.388
#> SRR1073341 6 0.8028 0.15965 0.096 0.068 0.216 0.000 0.220 0.400
#> SRR810805 1 0.6438 0.36413 0.452 0.000 0.044 0.000 0.156 0.348
#> SRR1309657 1 0.0405 0.77594 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR820186 6 0.7392 0.05169 0.288 0.000 0.224 0.000 0.128 0.360
#> SRR1388913 4 0.5794 0.38294 0.000 0.180 0.000 0.436 0.000 0.384
#> SRR1396270 3 0.1053 0.76402 0.000 0.000 0.964 0.012 0.004 0.020
#> SRR613402 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 6 0.6068 -0.12988 0.000 0.364 0.000 0.264 0.000 0.372
#> SRR1478410 4 0.3769 0.27689 0.000 0.000 0.356 0.640 0.000 0.004
#> SRR613975 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.4756 -0.08634 0.000 0.000 0.488 0.464 0.000 0.048
#> SRR1088044 4 0.4194 0.58390 0.000 0.008 0.012 0.628 0.000 0.352
#> SRR1082909 6 0.7435 0.08563 0.272 0.000 0.232 0.000 0.136 0.360
#> SRR1392007 4 0.5829 0.38197 0.000 0.192 0.000 0.448 0.000 0.360
#> SRR2166524 5 0.2898 0.74119 0.000 0.060 0.000 0.016 0.868 0.056
#> SRR1445765 1 0.6851 0.31491 0.428 0.000 0.100 0.000 0.132 0.340
#> SRR819867 6 0.6082 -0.12391 0.000 0.360 0.000 0.272 0.000 0.368
#> SRR1339675 1 0.7012 0.20226 0.360 0.000 0.068 0.000 0.232 0.340
#> SRR1085687 4 0.3847 0.58789 0.000 0.000 0.008 0.644 0.000 0.348
#> SRR597952 2 0.5654 0.39147 0.000 0.540 0.000 0.144 0.008 0.308
#> SRR1376497 3 0.0551 0.76579 0.000 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR813848 4 0.3448 0.32682 0.000 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> SRR1379471 6 0.6933 0.06040 0.000 0.048 0.224 0.008 0.292 0.428
#> SRR1070960 1 0.4742 0.56635 0.612 0.000 0.004 0.000 0.056 0.328
#> SRR615285 3 0.1866 0.73265 0.000 0.000 0.908 0.000 0.008 0.084
#> SRR1325353 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 6 0.6053 -0.14201 0.000 0.372 0.000 0.256 0.000 0.372
#> SRR615886 5 0.0146 0.86420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1397649 2 0.3794 0.65242 0.000 0.744 0.000 0.040 0.000 0.216
#> SRR819690 1 0.7149 0.20890 0.384 0.000 0.140 0.000 0.136 0.340
#> SRR1336113 2 0.1802 0.76548 0.000 0.916 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1396570 2 0.2831 0.73910 0.000 0.840 0.000 0.024 0.000 0.136
#> SRR1327366 2 0.0363 0.81879 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1317218 6 0.6061 -0.13532 0.000 0.368 0.000 0.260 0.000 0.372
#> SRR1352001 1 0.5885 0.48951 0.532 0.000 0.064 0.000 0.064 0.340
#> SRR1469791 6 0.4386 -0.51946 0.000 0.016 0.004 0.464 0.000 0.516
#> SRR1388046 5 0.0146 0.86383 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR655076 2 0.0458 0.81822 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1464353 6 0.6068 -0.12988 0.000 0.364 0.000 0.264 0.000 0.372
#> SRR654754 1 0.0146 0.77839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR599412 1 0.5287 0.52862 0.572 0.000 0.020 0.000 0.068 0.340
#> SRR2166308 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR655696 5 0.0260 0.86272 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR602978 2 0.4060 0.69410 0.000 0.768 0.000 0.016 0.060 0.156
#> SRR1323850 2 0.2509 0.76639 0.000 0.876 0.000 0.036 0.000 0.088
#> SRR1365512 3 0.2738 0.60769 0.000 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004
#> SRR663380 6 0.6222 -0.01395 0.004 0.000 0.284 0.000 0.348 0.364
#> SRR1410469 4 0.6401 0.17135 0.000 0.016 0.204 0.400 0.004 0.376
#> SRR659259 4 0.1616 0.56261 0.000 0.000 0.048 0.932 0.000 0.020
#> SRR1421223 4 0.4062 0.58501 0.000 0.012 0.004 0.640 0.000 0.344
#> SRR1092567 4 0.3852 0.24491 0.000 0.000 0.384 0.612 0.000 0.004
#> SRR1472598 2 0.4773 0.54939 0.000 0.672 0.020 0.044 0.004 0.260
#> SRR1069279 4 0.4089 0.58469 0.000 0.012 0.004 0.632 0.000 0.352
#> SRR1351624 4 0.4062 0.58748 0.000 0.004 0.012 0.640 0.000 0.344
#> SRR1342938 3 0.0653 0.76598 0.000 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR599346 1 0.6763 0.42793 0.492 0.088 0.008 0.000 0.116 0.296
#> SRR1359045 5 0.5742 0.14511 0.000 0.000 0.176 0.000 0.468 0.356
#> SRR601843 1 0.4987 0.54988 0.588 0.000 0.008 0.000 0.064 0.340
#> SRR1318898 1 0.0146 0.77771 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455104 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 4 0.3819 0.25805 0.000 0.000 0.372 0.624 0.000 0.004
#> SRR1409875 2 0.3017 0.73924 0.000 0.844 0.000 0.072 0.000 0.084
#> SRR1348270 2 0.3409 0.46026 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR602389 1 0.4034 0.60484 0.652 0.000 0.020 0.000 0.000 0.328
#> SRR1451857 2 0.4827 0.54555 0.000 0.652 0.000 0.112 0.000 0.236
#> SRR1436629 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.3337 0.35506 0.000 0.000 0.260 0.736 0.000 0.004
#> SRR1095937 1 0.4612 0.59926 0.660 0.000 0.004 0.000 0.064 0.272
#> SRR1473295 6 0.7260 0.12905 0.100 0.000 0.244 0.000 0.288 0.368
#> SRR1457972 6 0.6110 -0.15051 0.000 0.336 0.000 0.296 0.000 0.368
#> SRR1475430 1 0.5512 0.51537 0.560 0.004 0.020 0.000 0.076 0.340
#> SRR2164562 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR665490 1 0.2009 0.75143 0.916 0.000 0.004 0.000 0.040 0.040
#> SRR1434182 4 0.4026 0.58169 0.000 0.016 0.000 0.636 0.000 0.348
#> SRR1458506 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.5144 0.55320 0.000 0.000 0.620 0.120 0.004 0.256
#> SRR1329442 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.1575 0.76120 0.936 0.000 0.032 0.000 0.000 0.032
#> SRR1434910 6 0.6097 -0.13450 0.000 0.344 0.000 0.284 0.000 0.372
#> SRR614107 4 0.3819 0.25805 0.000 0.000 0.372 0.624 0.000 0.004
#> SRR1323914 2 0.4843 0.54529 0.000 0.652 0.000 0.116 0.000 0.232
#> SRR1323065 6 0.7207 -0.03117 0.320 0.000 0.248 0.000 0.088 0.344
#> SRR1309578 6 0.6104 -0.14711 0.000 0.336 0.000 0.292 0.000 0.372
#> SRR1500908 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.6619 0.17671 0.000 0.036 0.184 0.416 0.004 0.360
#> SRR608064 1 0.6748 0.23384 0.408 0.000 0.168 0.000 0.064 0.360
#> SRR608512 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.1913 0.77683 0.000 0.080 0.000 0.000 0.908 0.012
#> SRR1394872 1 0.0146 0.77771 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345669 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.4232 0.68280 0.000 0.056 0.732 0.004 0.004 0.204
#> SRR1387724 3 0.1219 0.74445 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> SRR660438 5 0.2688 0.78682 0.000 0.004 0.024 0.020 0.884 0.068
#> SRR1310758 2 0.0260 0.81919 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR601525 1 0.6490 0.30984 0.416 0.000 0.028 0.000 0.216 0.340
#> SRR818749 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR604294 6 0.6690 -0.10735 0.008 0.116 0.140 0.068 0.052 0.616
#> SRR1322494 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 6 0.6130 -0.25595 0.000 0.240 0.008 0.252 0.004 0.496
#> SRR1317001 1 0.1765 0.75773 0.924 0.000 0.024 0.000 0.000 0.052
#> SRR1311897 1 0.0717 0.77486 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR1308715 4 0.5983 0.38997 0.000 0.176 0.008 0.448 0.000 0.368
#> SRR1415195 4 0.3360 0.34928 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR1380163 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.3426 0.55989 0.000 0.000 0.720 0.000 0.004 0.276
#> SRR1341256 2 0.0146 0.81789 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR659744 2 0.6076 0.24929 0.000 0.468 0.000 0.188 0.012 0.332
#> SRR1479549 5 0.4959 0.49096 0.124 0.000 0.004 0.000 0.656 0.216
#> SRR613258 1 0.5225 0.54114 0.584 0.000 0.008 0.000 0.092 0.316
#> SRR1088808 1 0.5950 0.46447 0.520 0.000 0.064 0.000 0.068 0.348
#> SRR1329068 2 0.4570 0.58084 0.000 0.680 0.000 0.092 0.000 0.228
#> SRR1480565 6 0.6099 -0.13157 0.000 0.348 0.000 0.284 0.000 0.368
#> SRR1337137 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.6961 0.12284 0.364 0.000 0.212 0.000 0.068 0.356
#> SRR603942 1 0.0405 0.77594 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440625 2 0.5705 0.43248 0.000 0.600 0.080 0.044 0.004 0.272
#> SRR1391700 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.0146 0.86420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1473443 6 0.4906 -0.48824 0.000 0.040 0.004 0.460 0.004 0.492
#> SRR1498438 4 0.3819 0.26570 0.000 0.000 0.372 0.624 0.000 0.004
#> SRR1394655 4 0.5811 -0.22345 0.000 0.000 0.412 0.448 0.012 0.128
#> SRR1322437 4 0.1327 0.54768 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR660236 4 0.3448 0.32682 0.000 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> SRR1466338 4 0.5056 0.45566 0.000 0.040 0.012 0.528 0.004 0.416
#> SRR604148 1 0.2585 0.72861 0.880 0.000 0.004 0.000 0.068 0.048
#> SRR1334939 2 0.1007 0.80869 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1349497 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.4178 0.56521 0.000 0.020 0.000 0.608 0.000 0.372
#> SRR1339366 2 0.1434 0.77330 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR656469 3 0.3784 0.69044 0.000 0.000 0.776 0.000 0.080 0.144
#> SRR1389868 1 0.0291 0.77757 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390265 2 0.0146 0.81812 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1364935 4 0.2738 0.61036 0.000 0.004 0.000 0.820 0.000 0.176
#> SRR1469102 1 0.3575 0.64139 0.708 0.000 0.008 0.000 0.000 0.284
#> SRR1440584 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.5832 0.46419 0.516 0.000 0.016 0.000 0.136 0.332
#> SRR613711 2 0.6035 0.05257 0.000 0.380 0.000 0.248 0.000 0.372
#> SRR614023 6 0.7447 0.08378 0.272 0.000 0.228 0.000 0.140 0.360
#> SRR1316174 1 0.0146 0.77771 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603268 6 0.6051 -0.12820 0.000 0.360 0.000 0.256 0.000 0.384
#> SRR1486044 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.81968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.6024 0.43303 0.496 0.000 0.024 0.000 0.140 0.340
#> SRR665646 5 0.0260 0.86179 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1404931 4 0.2491 0.46692 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.3448 0.32682 0.000 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> SRR1479085 6 0.7229 0.00213 0.000 0.068 0.248 0.008 0.296 0.380
#> SRR1322711 6 0.6061 -0.13532 0.000 0.368 0.000 0.260 0.000 0.372
#> SRR1404988 4 0.2778 0.61042 0.000 0.008 0.000 0.824 0.000 0.168
#> SRR1419848 4 0.4052 0.57887 0.000 0.016 0.000 0.628 0.000 0.356
#> SRR1332713 1 0.4867 0.58933 0.640 0.000 0.012 0.000 0.064 0.284
#> SRR1070863 6 0.7246 0.10712 0.260 0.000 0.276 0.000 0.096 0.368
#> SRR659947 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1414356 1 0.4400 0.63766 0.708 0.000 0.012 0.000 0.052 0.228
#> SRR599122 3 0.3518 0.53301 0.256 0.000 0.732 0.000 0.000 0.012
#> SRR1344100 5 0.2531 0.71853 0.000 0.132 0.000 0.000 0.856 0.012
#> SRR613018 4 0.3241 0.58982 0.000 0.000 0.064 0.824 0.000 0.112
#> SRR1456591 1 0.5236 0.53212 0.572 0.000 0.008 0.000 0.088 0.332
#> SRR1368710 4 0.4416 0.56520 0.000 0.020 0.008 0.600 0.000 0.372
#> SRR1397885 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 4 0.4364 0.58026 0.000 0.004 0.024 0.608 0.000 0.364
#> SRR1349518 2 0.5992 0.08617 0.000 0.396 0.000 0.232 0.000 0.372
#> SRR1471267 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.3448 0.57142 0.280 0.000 0.004 0.000 0.716 0.000
#> SRR1455436 2 0.0632 0.81621 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR658009 6 0.7433 0.09889 0.264 0.000 0.228 0.000 0.140 0.368
#> SRR1331383 4 0.2278 0.49592 0.000 0.000 0.128 0.868 0.000 0.004
#> SRR1394894 3 0.0508 0.76215 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR659133 4 0.4161 -0.06274 0.000 0.000 0.448 0.540 0.000 0.012
#> SRR660212 3 0.1152 0.74700 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> SRR657821 6 0.7580 0.18808 0.184 0.000 0.224 0.000 0.244 0.348
#> SRR1379279 6 0.6044 -0.13860 0.000 0.368 0.000 0.252 0.000 0.380
#> SRR663149 5 0.0146 0.86550 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1413032 6 0.6834 -0.38089 0.000 0.056 0.176 0.380 0.004 0.384
#> SRR1377557 1 0.0405 0.77594 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335296 2 0.0458 0.81249 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1407273 2 0.1700 0.75817 0.000 0.916 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR657101 6 0.7357 0.04926 0.000 0.248 0.208 0.064 0.032 0.448
#> SRR1350588 1 0.0000 0.77852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 6 0.6852 0.03765 0.048 0.000 0.252 0.000 0.340 0.360
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.963 0.986 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.950 0.929 0.972 0.2953 0.791 0.604
#> 4 4 0.818 0.867 0.931 0.1066 0.890 0.702
#> 5 5 0.870 0.871 0.929 0.0678 0.879 0.616
#> 6 6 0.862 0.765 0.884 0.0341 0.939 0.753
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR661409 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.3879 0.9098 0.924 0.076
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0672 0.9780 0.992 0.008
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR598645 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR656528 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR655495 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR814919 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1359529 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.9983 0.0998 0.524 0.476
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.1633 0.9630 0.024 0.976
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR607502 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR602951 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1374778 1 0.2603 0.9436 0.956 0.044
#> SRR1089926 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR2166006 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR601549 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1381247 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1322790 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.4431 0.8916 0.908 0.092
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.9754 0.3172 0.592 0.408
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.0938 0.9743 0.012 0.988
#> SRR1370151 1 0.9686 0.3331 0.604 0.396
#> SRR809043 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1434760 2 0.9996 0.0288 0.488 0.512
#> SRR660079 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1418688 1 0.3114 0.9313 0.944 0.056
#> SRR602338 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1339508 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0376 0.9816 0.996 0.004
#> SRR598100 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1469477 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1316793 2 0.1414 0.9666 0.020 0.980
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1073341 1 0.8555 0.6112 0.720 0.280
#> SRR810805 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1376497 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR813848 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1379471 2 0.0672 0.9780 0.008 0.992
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.9881 0.2350 0.436 0.564
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1388046 2 0.5178 0.8631 0.116 0.884
#> SRR655076 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1342938 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR599346 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.7219 0.7492 0.200 0.800
#> SRR602389 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1475430 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR2164562 1 0.1843 0.9593 0.972 0.028
#> SRR665490 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.9775 0.3031 0.412 0.588
#> SRR1387724 1 0.3584 0.9186 0.932 0.068
#> SRR660438 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR601525 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR604294 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR603834 2 0.1414 0.9667 0.020 0.980
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1394655 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1466338 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1339366 1 0.9993 0.0443 0.516 0.484
#> SRR656469 1 0.7139 0.7514 0.804 0.196
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.6247 0.8120 0.156 0.844
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1074189 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1479085 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1394894 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR659133 1 0.2236 0.9516 0.964 0.036
#> SRR660212 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR663149 2 0.9522 0.4134 0.372 0.628
#> SRR1413032 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.7602 0.7183 0.220 0.780
#> SRR1407273 2 0.3733 0.9135 0.072 0.928
#> SRR657101 2 0.0000 0.9852 0.000 1.000
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9852 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR661409 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.7860 0.481 0.628 0.088 0.284
#> SRR1499699 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR663368 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.5835 0.481 0.000 0.340 0.660
#> SRR1338901 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR655495 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.4887 0.707 0.772 0.000 0.228
#> SRR659851 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393428 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095792 3 0.6204 0.275 0.000 0.424 0.576
#> SRR1476903 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR602951 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402922 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374778 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089926 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 3 0.6168 0.273 0.412 0.000 0.588
#> SRR1366772 3 0.6008 0.409 0.000 0.372 0.628
#> SRR1487465 1 0.5216 0.653 0.740 0.000 0.260
#> SRR2166006 1 0.3619 0.840 0.864 0.136 0.000
#> SRR1341034 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.4110 0.816 0.844 0.152 0.004
#> SRR601549 2 0.5560 0.563 0.000 0.700 0.300
#> SRR658573 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 3 0.6126 0.340 0.000 0.400 0.600
#> SRR1381247 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.4842 0.683 0.224 0.000 0.776
#> SRR1404044 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.1411 0.927 0.036 0.964 0.000
#> SRR809043 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.5621 0.539 0.000 0.692 0.308
#> SRR1434760 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465153 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418688 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.0592 0.955 0.000 0.988 0.012
#> SRR821148 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR808658 2 0.6126 0.336 0.400 0.600 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469477 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0747 0.951 0.000 0.984 0.016
#> SRR1415660 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 3 0.6180 0.299 0.000 0.416 0.584
#> SRR1447325 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 1 0.4346 0.774 0.816 0.000 0.184
#> SRR598364 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.3038 0.843 0.000 0.104 0.896
#> SRR1350936 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.0424 0.934 0.000 0.008 0.992
#> SRR1316793 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073341 2 0.5859 0.477 0.344 0.656 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088044 3 0.0592 0.931 0.000 0.012 0.988
#> SRR1082909 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR813848 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.5397 0.616 0.720 0.000 0.280
#> SRR1325353 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 3 0.6280 0.160 0.000 0.460 0.540
#> SRR1388046 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0424 0.982 0.992 0.000 0.008
#> SRR602978 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR659259 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421223 3 0.0592 0.931 0.000 0.012 0.988
#> SRR1092567 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.4504 0.741 0.000 0.804 0.196
#> SRR1069279 3 0.0592 0.931 0.000 0.012 0.988
#> SRR1351624 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342938 3 0.5397 0.585 0.280 0.000 0.720
#> SRR599346 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.1163 0.940 0.000 0.972 0.028
#> SRR1348270 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164562 3 0.0424 0.933 0.008 0.000 0.992
#> SRR665490 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.3267 0.849 0.000 0.884 0.116
#> SRR1458506 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387724 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR601525 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR604294 3 0.6244 0.228 0.000 0.440 0.560
#> SRR1322494 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.4555 0.735 0.000 0.800 0.200
#> SRR1317001 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0747 0.951 0.000 0.984 0.016
#> SRR1415195 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.6260 0.153 0.000 0.552 0.448
#> SRR1391700 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 3 0.6295 0.120 0.000 0.472 0.528
#> SRR1498438 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 3 0.0747 0.928 0.000 0.016 0.984
#> SRR604148 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.3412 0.839 0.000 0.876 0.124
#> SRR1339366 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 3 0.2625 0.865 0.000 0.084 0.916
#> SRR1469102 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 3 0.6079 0.374 0.000 0.388 0.612
#> SRR1322711 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.6274 0.139 0.000 0.544 0.456
#> SRR1419848 2 0.4654 0.726 0.000 0.792 0.208
#> SRR1332713 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR613018 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.2796 0.875 0.000 0.908 0.092
#> SRR1397885 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394894 3 0.1964 0.886 0.056 0.000 0.944
#> SRR659133 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR663149 2 0.2448 0.880 0.076 0.924 0.000
#> SRR1413032 3 0.0747 0.928 0.000 0.016 0.984
#> SRR1377557 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR657101 2 0.4062 0.789 0.000 0.836 0.164
#> SRR1350588 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR657372 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 4 0.3625 0.7448 0.000 0.012 0.160 0.828
#> SRR1409721 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.3172 0.7773 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR654969 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1435113 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR601359 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1374716 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.4989 -0.0238 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1365356 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 4 0.3649 0.6171 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1499699 4 0.0817 0.8163 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0592 0.9527 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR663368 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1354225 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1089809 2 0.3768 0.8122 0.000 0.808 0.184 0.008
#> SRR1338901 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR598645 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656528 3 0.2867 0.8147 0.000 0.012 0.884 0.104
#> SRR809503 4 0.2469 0.8638 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR659923 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.1406 0.9296 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404384 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR655495 3 0.0672 0.8856 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR812270 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR821176 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR807799 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR814919 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.4780 0.7199 0.788 0.000 0.116 0.096
#> SRR659851 4 0.1792 0.8574 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1337364 1 0.4730 0.3538 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393428 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1359529 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1330305 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0000 0.9173 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9173 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.4103 0.6306 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1361050 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1095792 2 0.4228 0.7520 0.000 0.760 0.232 0.008
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9173 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR602951 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402922 3 0.0927 0.8828 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1314071 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1374778 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1089926 4 0.3545 0.7780 0.164 0.000 0.008 0.828
#> SRR1437056 3 0.5188 0.6814 0.148 0.000 0.756 0.096
#> SRR1366772 3 0.5070 0.3960 0.000 0.372 0.620 0.008
#> SRR1487465 1 0.0707 0.9492 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2166006 4 0.2469 0.8636 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1341034 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.0927 0.8828 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR661711 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1350263 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1327349 3 0.0672 0.8856 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1476348 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR656035 1 0.1211 0.9295 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2165896 4 0.0376 0.8250 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR601549 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR658573 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1393470 2 0.3498 0.8388 0.000 0.832 0.160 0.008
#> SRR1381247 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1322790 3 0.3948 0.7948 0.064 0.000 0.840 0.096
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1349540 3 0.4454 0.5980 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1377967 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662510 4 0.2408 0.8214 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1370151 4 0.2408 0.8214 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR809043 3 0.0188 0.8876 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR659578 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1339413 2 0.4722 0.6195 0.000 0.692 0.300 0.008
#> SRR1434760 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR660079 4 0.3074 0.8400 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1465153 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1418688 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR602338 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1313789 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR614275 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR601962 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR655780 4 0.6501 0.3999 0.000 0.316 0.096 0.588
#> SRR661794 1 0.1302 0.9252 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1339508 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1501097 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1358459 2 0.1938 0.9089 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR1333550 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR821148 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR808658 1 0.5300 0.2785 0.580 0.408 0.000 0.012
#> SRR598100 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1469477 1 0.2973 0.8435 0.884 0.000 0.020 0.096
#> SRR1468184 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1415660 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR816892 2 0.3401 0.8467 0.000 0.840 0.152 0.008
#> SRR1447325 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9173 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1083031 2 0.0657 0.9174 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1466177 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1346978 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR607705 1 0.3080 0.8392 0.880 0.000 0.024 0.096
#> SRR598364 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0336 0.9172 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 3 0.5268 0.1072 0.000 0.452 0.540 0.008
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.4769 0.5303 0.000 0.308 0.684 0.008
#> SRR1316793 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1090815 4 0.4877 0.4126 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR657845 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1398971 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1073341 2 0.6396 0.1565 0.076 0.564 0.000 0.360
#> SRR810805 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1396270 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR613402 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR614912 2 0.0927 0.9144 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1478410 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613975 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1441631 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088044 3 0.4814 0.5230 0.000 0.316 0.676 0.008
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR2166524 4 0.2469 0.8214 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1339675 1 0.4877 0.2167 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1085687 3 0.4295 0.6592 0.000 0.240 0.752 0.008
#> SRR597952 2 0.0469 0.9163 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1376497 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR813848 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379471 4 0.4981 0.2525 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.6770 0.0784 0.496 0.000 0.408 0.096
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR615886 4 0.2868 0.8514 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1397649 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR819690 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.4989 0.0749 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1396570 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1327366 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1317218 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.3681 0.8214 0.000 0.816 0.176 0.008
#> SRR1388046 4 0.2408 0.8214 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR655076 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1464353 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR654754 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 4 0.0707 0.8335 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR655696 4 0.0779 0.8308 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR602978 2 0.0707 0.9134 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9173 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.1474 0.8726 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR663380 4 0.3172 0.7889 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1410469 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR659259 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1421223 3 0.4857 0.4996 0.000 0.324 0.668 0.008
#> SRR1092567 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472598 2 0.3428 0.8631 0.000 0.844 0.144 0.012
#> SRR1069279 3 0.4857 0.4996 0.000 0.324 0.668 0.008
#> SRR1351624 3 0.4123 0.6813 0.000 0.220 0.772 0.008
#> SRR1342938 3 0.5092 0.6934 0.140 0.000 0.764 0.096
#> SRR599346 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359045 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR601843 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409875 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1348270 4 0.2408 0.8214 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR602389 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9173 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0188 0.8876 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 4 0.3024 0.8188 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1457972 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1475430 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164562 4 0.0657 0.8212 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR665490 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.1022 0.8796 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR614107 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323914 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1500908 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR608064 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 4 0.2408 0.8214 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1387724 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR660438 4 0.3978 0.7138 0.000 0.012 0.192 0.796
#> SRR1310758 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR601525 1 0.4500 0.4808 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR818749 4 0.1940 0.8597 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR604294 2 0.4194 0.7581 0.000 0.764 0.228 0.008
#> SRR1322494 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1377949 2 0.3196 0.8615 0.000 0.856 0.136 0.008
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1415195 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380163 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341256 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR613795 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR659744 2 0.0469 0.9163 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1479549 4 0.3311 0.8234 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR613258 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1480565 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1337137 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.4248 0.7781 0.000 0.768 0.220 0.012
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1473443 2 0.3933 0.7941 0.000 0.792 0.200 0.008
#> SRR1498438 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394655 3 0.2216 0.8010 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1322437 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR660236 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.3768 0.7237 0.000 0.184 0.808 0.008
#> SRR604148 1 0.3801 0.6794 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1334939 2 0.1938 0.9089 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1339366 2 0.3907 0.6727 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR656469 4 0.4134 0.5403 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0817 0.9108 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1364935 3 0.5193 0.2602 0.000 0.412 0.580 0.008
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1459697 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR614023 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1486044 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1441483 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1074189 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665646 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1404931 3 0.0672 0.8856 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1431552 3 0.0000 0.8880 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479085 4 0.6523 0.5326 0.000 0.236 0.136 0.628
#> SRR1322711 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1404988 2 0.2859 0.8795 0.000 0.880 0.112 0.008
#> SRR1419848 2 0.2737 0.8851 0.000 0.888 0.104 0.008
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 4 0.2589 0.8635 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599122 1 0.2973 0.8435 0.884 0.000 0.020 0.096
#> SRR1344100 4 0.2408 0.8214 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR613018 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.2611 0.8898 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.1545 0.8673 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR1349518 2 0.2048 0.9012 0.000 0.928 0.064 0.008
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 4 0.3764 0.7809 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1455436 2 0.0469 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658009 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 3 0.0804 0.8846 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1394894 3 0.2861 0.8428 0.016 0.000 0.888 0.096
#> SRR659133 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR660212 3 0.2281 0.8541 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR657821 1 0.4843 0.2567 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1379279 2 0.0524 0.9164 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR663149 4 0.2530 0.8243 0.004 0.100 0.000 0.896
#> SRR1413032 3 0.3725 0.7283 0.000 0.180 0.812 0.008
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.3907 0.6727 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1407273 2 0.1174 0.9022 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR657101 2 0.2737 0.8851 0.000 0.888 0.104 0.008
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 4 0.2011 0.8569 0.080 0.000 0.000 0.920
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0510 0.92145 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 5 0.2612 0.80231 0.000 0.000 0.008 0.124 0.868
#> SRR1409721 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.1043 0.94658 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR654969 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1435113 4 0.0510 0.85618 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 4 0.2605 0.84223 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1374716 3 0.3210 0.82825 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615347 4 0.6166 0.51976 0.000 0.188 0.000 0.552 0.260
#> SRR1329464 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0290 0.97706 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.6639 0.27097 0.000 0.476 0.304 0.004 0.216
#> SRR1499699 5 0.2773 0.80308 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1397861 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0510 0.92145 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.1197 0.93545 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR663368 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1354225 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 4 0.0324 0.86145 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1338901 4 0.2732 0.83710 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR598645 3 0.3109 0.83366 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR656528 4 0.3727 0.63070 0.000 0.000 0.016 0.768 0.216
#> SRR809503 5 0.0162 0.90151 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR659923 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0794 0.95790 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0703 0.85137 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.3274 0.82504 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1404384 2 0.0162 0.92549 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR655495 3 0.3534 0.78724 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR812270 4 0.0510 0.85618 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR821176 2 0.0510 0.92145 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.0798 0.84472 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> SRR659851 5 0.0162 0.90151 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1337364 1 0.3684 0.59424 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1414471 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0162 0.98042 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393428 4 0.2813 0.68129 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330305 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.3143 0.83229 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0162 0.98038 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398686 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0703 0.96226 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1074694 2 0.2377 0.80262 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1413851 4 0.3534 0.75764 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1319924 2 0.2280 0.81978 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1361050 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1095792 4 0.4555 -0.03564 0.000 0.472 0.008 0.520 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 4 0.3508 0.76249 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR607502 4 0.0162 0.86119 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR602951 3 0.3242 0.82774 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1402922 4 0.0162 0.86119 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1314071 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1374778 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1089926 5 0.3596 0.75512 0.012 0.000 0.212 0.000 0.776
#> SRR1437056 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1366772 4 0.0162 0.86119 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1487465 3 0.4161 0.37596 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR2166006 5 0.0324 0.90134 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR1341034 4 0.2605 0.84223 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1460235 1 0.0290 0.97695 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368917 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 4 0.0290 0.85992 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1433311 1 0.0290 0.97706 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR661711 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0404 0.92316 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1350263 3 0.0162 0.85490 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1327349 3 0.4278 0.42418 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1476348 4 0.3143 0.80878 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR656035 1 0.1121 0.94241 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2165896 5 0.0000 0.89950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601549 4 0.0162 0.86212 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR658573 4 0.3242 0.79899 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1393470 4 0.0324 0.86145 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1381247 3 0.0324 0.85402 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1322790 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1404044 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1419593 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 4 0.3210 0.80267 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1349540 5 0.4901 0.64407 0.000 0.000 0.216 0.084 0.700
#> SRR1377967 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 5 0.0290 0.89927 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1370151 5 0.0510 0.89681 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR809043 3 0.3210 0.82825 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR659578 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1339413 4 0.2629 0.84629 0.000 0.136 0.004 0.860 0.000
#> SRR1434760 3 0.0162 0.85490 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660079 5 0.1851 0.84219 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1465153 4 0.0510 0.85618 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.0404 0.85690 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1418688 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR602338 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.0794 0.84838 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0162 0.85490 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR601962 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 4 0.4930 0.74814 0.000 0.140 0.000 0.716 0.144
#> SRR661794 1 0.1121 0.94247 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1339508 3 0.0451 0.85284 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1501097 2 0.0404 0.92316 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1358459 2 0.0609 0.92126 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1333550 4 0.0703 0.86401 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR821148 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR808658 2 0.3123 0.66639 0.184 0.812 0.000 0.004 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0162 0.92549 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1469477 3 0.3487 0.61429 0.212 0.000 0.780 0.000 0.008
#> SRR1468184 4 0.2020 0.85545 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1415660 4 0.2852 0.83140 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR816892 4 0.0324 0.86145 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1447325 3 0.3210 0.82825 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0703 0.96140 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 4 0.3508 0.76177 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1443695 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1083031 2 0.0510 0.92145 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1466177 2 0.0290 0.92483 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1346978 2 0.0290 0.92483 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR607705 3 0.1490 0.82999 0.032 0.004 0.952 0.004 0.008
#> SRR598364 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 4 0.2773 0.83517 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.2329 0.80816 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.0290 0.85881 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 4 0.0162 0.86031 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1316793 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1090815 5 0.3684 0.62172 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR657845 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 4 0.2605 0.84223 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1073341 5 0.4491 0.57422 0.004 0.280 0.000 0.024 0.692
#> SRR810805 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 4 0.0963 0.86411 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1396270 3 0.0162 0.85490 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613402 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 4 0.3210 0.80267 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1478410 3 0.3143 0.83215 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.3074 0.83449 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1088044 4 0.0162 0.86119 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 4 0.1041 0.86376 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR2166524 5 0.0290 0.89860 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1445765 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 4 0.2852 0.83140 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1339675 1 0.4201 0.27290 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1085687 4 0.0162 0.86119 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR597952 4 0.3563 0.80020 0.000 0.208 0.000 0.780 0.012
#> SRR1376497 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR813848 3 0.3210 0.82825 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1379471 5 0.4793 0.61549 0.000 0.216 0.000 0.076 0.708
#> SRR1070960 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.0579 0.85055 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1325353 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 4 0.3242 0.79899 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR615886 5 0.0880 0.88774 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1397649 2 0.1410 0.88443 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.3003 0.73993 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1396570 2 0.1410 0.88443 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1327366 2 0.4151 0.42721 0.000 0.652 0.004 0.344 0.000
#> SRR1317218 4 0.3242 0.79899 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.0162 0.86031 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1388046 5 0.0290 0.89927 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR655076 2 0.0162 0.92623 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1464353 4 0.3177 0.80613 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 5 0.0000 0.89950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655696 5 0.0000 0.89950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602978 2 0.4355 0.62498 0.000 0.732 0.000 0.044 0.224
#> SRR1323850 2 0.4201 0.13579 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1365512 3 0.1908 0.85166 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR663380 5 0.2930 0.80234 0.004 0.000 0.164 0.000 0.832
#> SRR1410469 4 0.0510 0.85499 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR659259 4 0.0510 0.85618 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1421223 4 0.0290 0.85992 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1092567 3 0.3143 0.83215 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1472598 2 0.3353 0.72036 0.000 0.796 0.008 0.196 0.000
#> SRR1069279 4 0.0290 0.85992 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1351624 4 0.0290 0.85992 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1342938 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR599346 1 0.4101 0.40899 0.628 0.372 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359045 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR601843 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.3143 0.83215 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1409875 4 0.1638 0.84989 0.000 0.064 0.004 0.932 0.000
#> SRR1348270 2 0.3039 0.73447 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR602389 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 4 0.3534 0.75764 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.3242 0.82530 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 5 0.3043 0.82904 0.080 0.000 0.056 0.000 0.864
#> SRR1457972 4 0.2852 0.83140 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1475430 1 0.0162 0.98045 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2164562 5 0.0000 0.89950 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665490 1 0.0609 0.96604 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1434182 4 0.0162 0.86212 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.2605 0.84477 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 4 0.2852 0.83140 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR614107 3 0.3143 0.83215 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1323914 4 0.3242 0.79899 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 4 0.3177 0.80613 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1500908 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1076753 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.0703 0.84962 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.0290 0.89860 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1394872 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.0854 0.84691 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> SRR1387724 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR660438 5 0.3177 0.72888 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1310758 2 0.0290 0.92483 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR601525 1 0.3796 0.55109 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR818749 5 0.0162 0.90151 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR604294 4 0.4549 -0.00481 0.000 0.464 0.008 0.528 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 4 0.0290 0.85881 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 4 0.2605 0.84223 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1415195 3 0.3210 0.82825 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.2852 0.84022 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613795 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR659744 4 0.3563 0.80020 0.000 0.208 0.000 0.780 0.012
#> SRR1479549 5 0.2813 0.75891 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR613258 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 4 0.3534 0.76052 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1480565 4 0.2852 0.83140 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.3388 0.71502 0.000 0.792 0.008 0.200 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1473443 4 0.0290 0.85881 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1498438 3 0.3143 0.83215 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1394655 3 0.3752 0.81802 0.064 0.000 0.812 0.124 0.000
#> SRR1322437 4 0.0703 0.85137 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR660236 3 0.3210 0.82825 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1466338 4 0.0290 0.85881 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR604148 1 0.3109 0.73792 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1334939 2 0.0510 0.92145 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0162 0.86212 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1339366 2 0.2230 0.82422 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR656469 3 0.1041 0.83960 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1389868 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.0404 0.85817 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 4 0.3242 0.79899 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 4 0.2471 0.84656 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665646 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1404931 3 0.4074 0.62220 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1431552 3 0.3210 0.82825 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1479085 5 0.4210 0.38364 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1322711 4 0.3242 0.79899 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1404988 4 0.0324 0.86145 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1419848 4 0.0162 0.86212 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 5 0.0290 0.90210 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1414356 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599122 3 0.3487 0.61429 0.212 0.000 0.780 0.000 0.008
#> SRR1344100 5 0.0510 0.89672 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR613018 4 0.0703 0.85137 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 4 0.2471 0.84669 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 4 0.0162 0.86119 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1349518 4 0.3242 0.79989 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.3074 0.72633 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1455436 2 0.0000 0.92747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 4 0.2773 0.68887 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1394894 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR659133 3 0.1608 0.85350 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR660212 3 0.0290 0.85440 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR657821 5 0.3932 0.54273 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1379279 4 0.3143 0.80878 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR663149 5 0.0290 0.89927 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1413032 4 0.0290 0.85881 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.2230 0.82422 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1407273 2 0.0162 0.92549 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR657101 4 0.2629 0.84688 0.000 0.136 0.004 0.860 0.000
#> SRR1350588 1 0.0000 0.98362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 5 0.2270 0.86031 0.020 0.000 0.076 0.000 0.904
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 6 0.2730 0.81090 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR657372 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 5 0.1408 0.85923 0.000 0.000 0.000 0.036 0.944 0.020
#> SRR1409721 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1391678 1 0.0146 0.95503 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0622 0.95072 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.2527 0.78343 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR654969 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435113 4 0.4272 0.60607 0.000 0.288 0.044 0.668 0.000 0.000
#> SRR601359 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.3758 0.53198 0.000 0.008 0.324 0.668 0.000 0.000
#> SRR601157 1 0.1320 0.94904 0.948 0.000 0.036 0.016 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.1398 0.84541 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1329464 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1365356 1 0.1074 0.95191 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.1408 0.94744 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.6445 0.32275 0.000 0.000 0.464 0.292 0.032 0.212
#> SRR1499699 5 0.2677 0.81594 0.000 0.000 0.084 0.016 0.876 0.024
#> SRR1397861 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 6 0.3717 0.54541 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1475483 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.1672 0.93732 0.932 0.000 0.048 0.016 0.000 0.004
#> SRR663368 3 0.1890 0.70973 0.000 0.000 0.916 0.060 0.000 0.024
#> SRR1354225 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1089809 4 0.3828 0.35155 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598645 4 0.3499 0.52656 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR656528 2 0.5480 0.06057 0.000 0.520 0.008 0.368 0.104 0.000
#> SRR809503 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659923 6 0.1814 0.85888 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1498226 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.2976 0.88245 0.860 0.000 0.088 0.028 0.000 0.024
#> SRR1350566 1 0.0891 0.95336 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.4732 0.62270 0.000 0.220 0.112 0.668 0.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 4 0.0806 0.60034 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000 0.000
#> SRR1404384 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR655495 3 0.4086 -0.06280 0.000 0.008 0.528 0.464 0.000 0.000
#> SRR812270 4 0.5294 0.33283 0.000 0.436 0.100 0.464 0.000 0.000
#> SRR821176 6 0.2793 0.80388 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR807799 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR814919 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0891 0.95336 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.0405 0.70705 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR659851 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.3765 0.28362 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.2633 0.88599 0.864 0.000 0.112 0.020 0.004 0.000
#> SRR1456208 1 0.1074 0.95191 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR1393428 4 0.6021 0.30344 0.000 0.244 0.360 0.396 0.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.1408 0.94744 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1359529 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1330305 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1436042 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR656191 6 0.3288 0.71289 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1419211 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 4 0.3986 0.50840 0.000 0.000 0.316 0.664 0.000 0.020
#> SRR1090770 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.2380 0.91679 0.900 0.000 0.036 0.016 0.048 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.1757 0.91399 0.928 0.000 0.012 0.008 0.052 0.000
#> SRR1074694 6 0.4165 0.36809 0.000 0.452 0.000 0.012 0.000 0.536
#> SRR1413851 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1319924 6 0.0632 0.86459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1361050 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095792 4 0.1564 0.59809 0.000 0.024 0.000 0.936 0.000 0.040
#> SRR1476903 1 0.2195 0.92895 0.912 0.000 0.036 0.028 0.000 0.024
#> SRR1406502 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR607502 2 0.3351 0.47843 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR602951 4 0.0806 0.60034 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000 0.000
#> SRR1402922 2 0.2854 0.63398 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1314071 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374778 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1089926 5 0.4390 0.19950 0.016 0.000 0.472 0.004 0.508 0.000
#> SRR1437056 3 0.0547 0.72135 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0632 0.86873 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1487465 1 0.4319 0.45162 0.620 0.000 0.348 0.032 0.000 0.000
#> SRR2166006 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341034 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.1483 0.92842 0.944 0.000 0.012 0.008 0.036 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.3515 0.39054 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1433311 1 0.1074 0.95191 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0146 0.95571 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0146 0.95571 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0291 0.95578 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.2195 0.92895 0.912 0.000 0.036 0.028 0.000 0.024
#> SRR1381414 6 0.3717 0.54241 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1350263 3 0.0937 0.72415 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1327349 4 0.3905 0.53846 0.000 0.016 0.316 0.668 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0146 0.88307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656035 1 0.3296 0.74372 0.792 0.000 0.012 0.008 0.188 0.000
#> SRR2165896 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601549 2 0.0632 0.86873 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR658573 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1393470 4 0.3823 0.36072 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1381247 3 0.3634 0.49920 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1322790 3 0.0790 0.72501 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.1088 0.95222 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.0993 0.72079 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1419593 1 0.0146 0.95571 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0146 0.88307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349540 5 0.5108 0.21095 0.000 0.000 0.388 0.040 0.548 0.024
#> SRR1377967 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR662510 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 5 0.1075 0.86128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR809043 4 0.3758 0.53198 0.000 0.008 0.324 0.668 0.000 0.000
#> SRR659578 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 3 0.1564 0.71209 0.000 0.000 0.936 0.040 0.000 0.024
#> SRR660079 5 0.2416 0.72859 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1465153 4 0.4272 0.60607 0.000 0.288 0.044 0.668 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.0713 0.61352 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1418688 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.4760 0.62248 0.000 0.212 0.120 0.668 0.000 0.000
#> SRR1313789 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR614275 3 0.3126 0.50689 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1418650 6 0.2048 0.85111 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR655780 2 0.0547 0.87381 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR661794 1 0.3791 0.77001 0.780 0.000 0.036 0.016 0.168 0.000
#> SRR1339508 3 0.3563 0.51441 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR1501097 6 0.3756 0.50999 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1358459 6 0.5672 0.52890 0.000 0.184 0.000 0.304 0.000 0.512
#> SRR1333550 2 0.0458 0.87464 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR821148 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808658 6 0.0790 0.84762 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR598100 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1475281 6 0.4044 0.65058 0.000 0.040 0.000 0.256 0.000 0.704
#> SRR1469477 3 0.4026 0.28622 0.376 0.000 0.612 0.012 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0260 0.87952 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816892 4 0.3737 0.46091 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1447325 4 0.3758 0.53198 0.000 0.008 0.324 0.668 0.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.1245 0.95007 0.952 0.000 0.032 0.016 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.1141 0.92396 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1356308 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443695 3 0.1261 0.70519 0.000 0.000 0.952 0.024 0.000 0.024
#> SRR1083031 6 0.2730 0.81090 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1466177 6 0.2762 0.80777 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1346978 6 0.2416 0.83570 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR607705 3 0.3888 0.49020 0.016 0.000 0.672 0.312 0.000 0.000
#> SRR598364 1 0.0508 0.95547 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0993 0.95338 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1367612 6 0.3843 0.38446 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1411002 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.1444 0.62167 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1350936 1 0.1320 0.94878 0.948 0.000 0.036 0.016 0.000 0.000
#> SRR1351257 4 0.1957 0.60672 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1090815 5 0.4246 0.47224 0.340 0.000 0.012 0.012 0.636 0.000
#> SRR657845 1 0.1886 0.93381 0.928 0.000 0.024 0.024 0.000 0.024
#> SRR1408633 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1398971 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073341 2 0.5053 0.60953 0.028 0.708 0.012 0.016 0.200 0.036
#> SRR810805 1 0.0767 0.94950 0.976 0.000 0.012 0.008 0.004 0.000
#> SRR1309657 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.1886 0.93381 0.928 0.000 0.024 0.024 0.000 0.024
#> SRR1388913 2 0.0458 0.87464 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR613402 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR614912 2 0.0146 0.88307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478410 3 0.4097 -0.14274 0.000 0.008 0.504 0.488 0.000 0.000
#> SRR613975 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1441631 3 0.3874 0.24855 0.000 0.008 0.636 0.356 0.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.0632 0.86873 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.1408 0.94744 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.1663 0.81039 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2166524 5 0.0146 0.88670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1445765 1 0.0806 0.95187 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 5 0.4403 0.14563 0.460 0.000 0.012 0.008 0.520 0.000
#> SRR1085687 2 0.2178 0.75381 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1376497 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.3758 0.53198 0.000 0.008 0.324 0.668 0.000 0.000
#> SRR1379471 2 0.4556 0.55297 0.000 0.688 0.012 0.016 0.260 0.024
#> SRR1070960 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.0622 0.70194 0.008 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR615886 5 0.0260 0.88412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1397649 2 0.3076 0.57048 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR819690 1 0.1408 0.94744 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000 0.000
#> SRR1336113 6 0.0790 0.85914 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1396570 2 0.3126 0.55502 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1327366 6 0.4662 0.65621 0.000 0.172 0.000 0.140 0.000 0.688
#> SRR1317218 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352001 1 0.1408 0.94744 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.1765 0.61625 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1388046 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655076 6 0.2664 0.81752 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1464353 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.3907 0.49636 0.000 0.704 0.000 0.000 0.028 0.268
#> SRR1323850 2 0.1863 0.79203 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1365512 3 0.3023 0.54328 0.000 0.004 0.784 0.212 0.000 0.000
#> SRR663380 5 0.2677 0.81794 0.000 0.000 0.084 0.016 0.876 0.024
#> SRR1410469 4 0.0713 0.61352 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR659259 4 0.4456 0.61284 0.000 0.268 0.064 0.668 0.000 0.000
#> SRR1421223 2 0.3547 0.36904 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR1092567 3 0.4080 -0.03572 0.000 0.008 0.536 0.456 0.000 0.000
#> SRR1472598 4 0.4039 -0.02312 0.000 0.008 0.000 0.568 0.000 0.424
#> SRR1069279 2 0.3563 0.36049 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.3446 0.42982 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1342938 3 0.0547 0.72135 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR599346 1 0.3464 0.54428 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1359045 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0622 0.95519 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0891 0.95336 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0146 0.95572 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.4093 -0.10254 0.000 0.008 0.516 0.476 0.000 0.000
#> SRR1409875 2 0.6001 -0.12820 0.000 0.412 0.000 0.348 0.000 0.240
#> SRR1348270 6 0.0865 0.85716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR602389 1 0.1320 0.94904 0.948 0.000 0.036 0.016 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436629 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1349144 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.3758 0.53198 0.000 0.008 0.324 0.668 0.000 0.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 5 0.2088 0.85106 0.004 0.000 0.036 0.016 0.920 0.024
#> SRR1457972 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.2562 0.79540 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR2164562 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.1511 0.92341 0.940 0.000 0.012 0.004 0.044 0.000
#> SRR1434182 2 0.0632 0.86873 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 4 0.3838 -0.25439 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.1225 0.95037 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.4080 -0.03572 0.000 0.008 0.536 0.456 0.000 0.000
#> SRR1323914 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323065 1 0.1408 0.94744 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0146 0.88307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500908 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.0713 0.61352 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR608064 1 0.1536 0.94552 0.944 0.000 0.024 0.020 0.000 0.012
#> SRR608512 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.0146 0.88670 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1394872 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.4282 0.48731 0.000 0.000 0.656 0.304 0.000 0.040
#> SRR1387724 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR660438 5 0.1649 0.84155 0.000 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR1310758 6 0.2664 0.81694 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR601525 1 0.3464 0.52800 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR818749 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604294 4 0.1726 0.58101 0.012 0.012 0.000 0.932 0.000 0.044
#> SRR1322494 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1377949 4 0.1957 0.60318 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.1320 0.94878 0.948 0.000 0.036 0.016 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.3758 0.53198 0.000 0.008 0.324 0.668 0.000 0.000
#> SRR1380163 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1480611 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.4028 0.36289 0.000 0.000 0.668 0.308 0.000 0.024
#> SRR1341256 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR613795 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479549 5 0.2941 0.66209 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0632 0.87220 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1480565 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1099520 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1440625 4 0.4032 -0.00975 0.000 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1391700 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473443 4 0.1556 0.61587 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1498438 3 0.4080 -0.03572 0.000 0.008 0.536 0.456 0.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.3774 0.51748 0.008 0.000 0.328 0.664 0.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.4732 0.62270 0.000 0.220 0.112 0.668 0.000 0.000
#> SRR660236 4 0.3758 0.53198 0.000 0.008 0.324 0.668 0.000 0.000
#> SRR1466338 4 0.1327 0.61834 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR604148 1 0.3890 0.31354 0.596 0.000 0.000 0.004 0.400 0.000
#> SRR1334939 6 0.2730 0.81090 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1349497 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0632 0.86873 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1339366 6 0.0632 0.86459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR656469 3 0.4062 0.50063 0.000 0.000 0.660 0.316 0.024 0.000
#> SRR1389868 1 0.0146 0.95503 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1390265 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1364935 4 0.3672 0.50711 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0622 0.95072 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440584 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1459697 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1352575 1 0.0622 0.95072 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR614023 1 0.1176 0.95107 0.956 0.000 0.024 0.020 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0891 0.95336 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486044 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1441483 6 0.0632 0.88158 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1074189 1 0.1204 0.91728 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR665646 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404931 4 0.3758 0.53198 0.000 0.008 0.324 0.668 0.000 0.000
#> SRR1431552 4 0.3758 0.53198 0.000 0.008 0.324 0.668 0.000 0.000
#> SRR1479085 2 0.4642 0.11730 0.000 0.516 0.000 0.012 0.452 0.020
#> SRR1322711 2 0.0260 0.88164 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404988 4 0.3695 0.49288 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0632 0.86873 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1332713 1 0.0363 0.95573 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.2401 0.92019 0.900 0.000 0.048 0.028 0.000 0.024
#> SRR659947 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR599122 3 0.3852 0.36454 0.324 0.000 0.664 0.012 0.000 0.000
#> SRR1344100 5 0.1444 0.84342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR613018 4 0.4732 0.62270 0.000 0.220 0.112 0.668 0.000 0.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.88349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.3405 0.51060 0.000 0.724 0.000 0.272 0.000 0.004
#> SRR1349518 2 0.0146 0.88307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471267 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.2762 0.68127 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1455436 6 0.2491 0.83310 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR658009 1 0.1448 0.93488 0.948 0.000 0.012 0.016 0.000 0.024
#> SRR1331383 4 0.4783 0.60355 0.000 0.128 0.204 0.668 0.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR659133 4 0.3578 0.50898 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR660212 3 0.0865 0.72564 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR657821 5 0.4528 0.18941 0.452 0.000 0.012 0.008 0.524 0.004
#> SRR1379279 2 0.0146 0.88307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR663149 5 0.0000 0.88901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413032 4 0.1327 0.61834 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1377557 1 0.0993 0.95262 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR1335296 6 0.0632 0.86459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1407273 6 0.0692 0.87891 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.976
#> SRR657101 2 0.0891 0.86736 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1350588 1 0.0000 0.95548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 5 0.1542 0.86328 0.000 0.000 0.016 0.016 0.944 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.979 0.992 0.4894 0.509 0.509
#> 3 3 0.635 0.766 0.839 0.2971 0.809 0.643
#> 4 4 0.773 0.721 0.860 0.1256 0.857 0.646
#> 5 5 0.785 0.719 0.863 0.0696 0.936 0.788
#> 6 6 0.761 0.537 0.767 0.0597 0.964 0.859
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR661409 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1499699 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR663368 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.2778 0.939 0.048 0.952
#> SRR1089809 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR598645 1 0.2423 0.956 0.960 0.040
#> SRR656528 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404384 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR655495 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR814919 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR659851 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1359529 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR658117 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.2423 0.947 0.040 0.960
#> SRR1413851 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1319924 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.9993 0.083 0.484 0.516
#> SRR1476903 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR607502 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR602951 1 0.5737 0.840 0.864 0.136
#> SRR1402922 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1374778 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1089926 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2166006 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1341034 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR601549 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1381247 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1322790 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1404044 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.3584 0.918 0.068 0.932
#> SRR1370151 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR809043 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1434760 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.4431 0.892 0.092 0.908
#> SRR1418688 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1339508 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1469477 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1316793 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073341 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1376497 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR813848 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1336113 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.7139 0.756 0.196 0.804
#> SRR659259 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1342938 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR599346 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1348270 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR602389 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1475430 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2164562 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0376 0.980 0.004 0.996
#> SRR1329442 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1387724 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR660438 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR601525 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR818749 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR603834 1 0.0938 0.986 0.988 0.012
#> SRR1341256 2 0.9170 0.512 0.332 0.668
#> SRR613795 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1337137 1 0.1633 0.973 0.976 0.024
#> SRR1099520 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.9970 0.141 0.468 0.532
#> SRR1391700 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1394655 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.8144 0.667 0.252 0.748
#> SRR1466338 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1339366 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR656469 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1390265 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1074189 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0672 0.977 0.008 0.992
#> SRR1479085 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR1322711 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR659947 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR658009 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1394894 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR659133 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR660212 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR663149 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1413032 1 0.6438 0.801 0.836 0.164
#> SRR1377557 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1335296 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1407273 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR657101 2 0.9944 0.181 0.456 0.544
#> SRR1350588 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1499543 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR661409 1 0.3686 0.6635 0.860 0.000 0.140
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR654969 1 0.1964 0.7515 0.944 0.000 0.056
#> SRR1435113 2 0.4750 0.7288 0.000 0.784 0.216
#> SRR601359 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR663392 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.5201 0.6042 0.004 0.236 0.760
#> SRR601157 1 0.2066 0.7943 0.940 0.000 0.060
#> SRR615347 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1357344 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR598068 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR810343 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1431991 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.6308 0.4955 0.492 0.000 0.508
#> SRR1499699 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1397861 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR663368 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1354225 2 0.6875 0.4462 0.244 0.700 0.056
#> SRR1089809 2 0.4750 0.7288 0.000 0.784 0.216
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.6180 0.5578 0.416 0.000 0.584
#> SRR656528 3 0.5016 0.5983 0.000 0.240 0.760
#> SRR809503 3 0.6280 0.5521 0.460 0.000 0.540
#> SRR659923 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1319858 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR1350566 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR614743 2 0.4750 0.7288 0.000 0.784 0.216
#> SRR1406307 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1342088 3 0.5623 0.5434 0.004 0.280 0.716
#> SRR1404384 1 0.4249 0.6770 0.864 0.028 0.108
#> SRR655495 3 0.5529 0.5137 0.000 0.296 0.704
#> SRR812270 3 0.5016 0.5983 0.000 0.240 0.760
#> SRR821176 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR659851 1 0.3686 0.6635 0.860 0.000 0.140
#> SRR1337364 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1471862 1 0.6299 -0.3961 0.524 0.000 0.476
#> SRR1456208 1 0.4504 0.7594 0.804 0.000 0.196
#> SRR1393428 3 0.6045 0.3371 0.000 0.380 0.620
#> SRR1327632 1 0.3482 0.6791 0.872 0.000 0.128
#> SRR608120 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR607679 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1330305 2 0.0592 0.9458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1436042 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR658117 1 0.3686 0.6635 0.860 0.000 0.140
#> SRR1090770 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR657420 1 0.4796 0.4633 0.780 0.000 0.220
#> SRR1398686 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR821207 1 0.4702 0.7857 0.788 0.000 0.212
#> SRR1074694 2 0.2383 0.8947 0.044 0.940 0.016
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 1 0.4475 0.6781 0.864 0.072 0.064
#> SRR1361050 1 0.1411 0.7664 0.964 0.000 0.036
#> SRR1095792 1 0.7810 0.3026 0.640 0.268 0.092
#> SRR1476903 1 0.3551 0.6742 0.868 0.000 0.132
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.6274 0.2668 0.000 0.456 0.544
#> SRR602951 1 0.5988 0.1361 0.632 0.000 0.368
#> SRR1402922 2 0.5058 0.6887 0.000 0.756 0.244
#> SRR1314071 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374778 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR1089926 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1437056 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166006 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1457197 2 0.4750 0.7288 0.000 0.784 0.216
#> SRR1433311 1 0.5431 0.7516 0.716 0.000 0.284
#> SRR656373 1 0.3941 0.7905 0.844 0.000 0.156
#> SRR1454265 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1454498 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR661711 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR661493 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1356120 1 0.3340 0.6883 0.880 0.000 0.120
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.6519 0.7148 0.108 0.132 0.760
#> SRR1327349 2 0.4750 0.7288 0.000 0.784 0.216
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR2165896 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR601549 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381247 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR1322790 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR1404044 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR1419593 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.6062 -0.0653 0.616 0.000 0.384
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 3 0.9145 0.6682 0.240 0.216 0.544
#> SRR1370151 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR809043 3 0.5835 0.4294 0.000 0.340 0.660
#> SRR659578 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR660079 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1465153 2 0.1529 0.9234 0.000 0.960 0.040
#> SRR1340924 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1073267 3 0.8435 0.6904 0.268 0.132 0.600
#> SRR1418688 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR602338 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1323936 2 0.4750 0.7288 0.000 0.784 0.216
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR601962 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 2 0.0424 0.9493 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR821148 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR808658 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1475281 2 0.1031 0.9345 0.000 0.976 0.024
#> SRR1469477 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447325 3 0.5803 0.6356 0.028 0.212 0.760
#> SRR1415980 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0892 0.7779 0.980 0.000 0.020
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 1 0.2066 0.7478 0.940 0.000 0.060
#> SRR598364 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR603036 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR604342 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.4399 0.7885 0.812 0.000 0.188
#> SRR1436515 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 3 0.5016 0.5983 0.000 0.240 0.760
#> SRR1316793 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR1090815 1 0.3482 0.6791 0.872 0.000 0.128
#> SRR657845 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.3482 0.8094 0.000 0.872 0.128
#> SRR1073341 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR810805 1 0.3482 0.6791 0.872 0.000 0.128
#> SRR1309657 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR820186 1 0.3482 0.6791 0.872 0.000 0.128
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR613402 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.5968 0.3750 0.000 0.364 0.636
#> SRR613975 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.5216 0.5710 0.000 0.260 0.740
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 2 0.6260 0.0456 0.000 0.552 0.448
#> SRR1445765 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.2066 0.8961 0.000 0.940 0.060
#> SRR1376497 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR813848 3 0.6158 0.6629 0.052 0.188 0.760
#> SRR1379471 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR1070960 1 0.3482 0.7927 0.872 0.000 0.128
#> SRR615285 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1325353 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0892 0.7783 0.980 0.000 0.020
#> SRR1336113 1 0.2448 0.7329 0.924 0.000 0.076
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388046 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR655076 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR599412 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR655696 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR602978 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR663380 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1410469 3 0.6407 0.7426 0.160 0.080 0.760
#> SRR659259 2 0.3340 0.8208 0.000 0.880 0.120
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092567 3 0.5016 0.5983 0.000 0.240 0.760
#> SRR1472598 2 0.1529 0.9210 0.000 0.960 0.040
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342938 3 0.5859 0.6766 0.344 0.000 0.656
#> SRR599346 1 0.2448 0.7942 0.924 0.000 0.076
#> SRR1359045 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR601843 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1455104 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR598565 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1315188 3 0.5058 0.5933 0.000 0.244 0.756
#> SRR1409875 2 0.0747 0.9421 0.000 0.984 0.016
#> SRR1348270 1 0.6756 0.3936 0.712 0.232 0.056
#> SRR602389 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR615491 3 0.6000 0.6498 0.040 0.200 0.760
#> SRR1095937 1 0.2537 0.7942 0.920 0.000 0.080
#> SRR1473295 1 0.3686 0.6635 0.860 0.000 0.140
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164562 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR665490 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR808886 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR1329442 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1457925 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.6519 0.7148 0.108 0.132 0.760
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0747 0.7808 0.984 0.000 0.016
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 1 0.3340 0.6886 0.880 0.000 0.120
#> SRR1076753 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1327410 2 0.5905 0.4851 0.000 0.648 0.352
#> SRR608064 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR2167551 3 0.6274 0.2668 0.000 0.456 0.544
#> SRR1394872 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1345669 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1367588 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1387724 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR660438 3 0.9145 0.6682 0.240 0.216 0.544
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR601525 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR818749 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR604294 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1311897 1 0.3816 0.7914 0.852 0.000 0.148
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.5335 0.6098 0.008 0.232 0.760
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR603834 1 0.3879 0.6449 0.848 0.000 0.152
#> SRR1341256 3 0.9599 0.6349 0.292 0.236 0.472
#> SRR613795 1 0.4702 0.5132 0.788 0.000 0.212
#> SRR659744 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR613258 1 0.1411 0.7932 0.964 0.000 0.036
#> SRR1088808 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 1 0.5094 0.6368 0.832 0.056 0.112
#> SRR1099520 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1440625 3 0.9506 0.4822 0.240 0.268 0.492
#> SRR1391700 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR657360 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498438 3 0.5016 0.5983 0.000 0.240 0.760
#> SRR1394655 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR1322437 2 0.4750 0.7288 0.000 0.784 0.216
#> SRR660236 3 0.5940 0.7457 0.204 0.036 0.760
#> SRR1466338 2 0.4974 0.7004 0.000 0.764 0.236
#> SRR604148 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1360523 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339366 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.6267 0.5650 0.452 0.000 0.548
#> SRR1389868 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1390265 1 0.3941 0.6807 0.844 0.156 0.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0424 0.7908 0.992 0.000 0.008
#> SRR613711 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.3482 0.6791 0.872 0.000 0.128
#> SRR1316174 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR603268 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0237 0.7902 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404931 3 0.5621 0.4937 0.000 0.308 0.692
#> SRR1431552 3 0.6500 0.7082 0.100 0.140 0.760
#> SRR1479085 1 0.3686 0.6635 0.860 0.000 0.140
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.3619 0.6690 0.864 0.000 0.136
#> SRR659947 3 0.6280 0.5521 0.460 0.000 0.540
#> SRR1414356 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR599122 1 0.6140 -0.2526 0.596 0.000 0.404
#> SRR1344100 2 0.0892 0.9383 0.000 0.980 0.020
#> SRR613018 2 0.4750 0.7288 0.000 0.784 0.216
#> SRR1456591 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1319283 2 0.3482 0.8094 0.000 0.872 0.128
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR655277 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1455436 2 0.6449 0.5397 0.204 0.740 0.056
#> SRR658009 1 0.3551 0.6742 0.868 0.000 0.132
#> SRR1331383 2 0.4750 0.7288 0.000 0.784 0.216
#> SRR1394894 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR659133 3 0.5016 0.7443 0.240 0.000 0.760
#> SRR660212 3 0.6529 0.7263 0.124 0.116 0.760
#> SRR657821 1 0.0000 0.7896 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9557 0.000 1.000 0.000
#> SRR663149 3 0.6274 0.5598 0.456 0.000 0.544
#> SRR1413032 1 0.3686 0.6635 0.860 0.000 0.140
#> SRR1377557 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1335296 1 0.2066 0.7501 0.940 0.060 0.000
#> SRR1407273 1 0.1289 0.7699 0.968 0.000 0.032
#> SRR657101 1 0.8213 0.2637 0.632 0.228 0.140
#> SRR1350588 1 0.5016 0.7824 0.760 0.000 0.240
#> SRR1368486 3 0.6280 0.5515 0.460 0.000 0.540
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1409721 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1391678 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1392030 1 0.4730 0.5976 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1453787 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 4 0.0336 0.7824 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1435113 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR601157 1 0.4776 0.5712 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR615347 2 0.4406 0.5884 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1329464 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0188 0.9695 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1365356 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1312024 4 0.3143 0.6506 0.100 0.000 0.024 0.876
#> SRR1499699 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1397861 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR603726 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR663368 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1354225 2 0.5290 0.0534 0.004 0.552 0.004 0.440
#> SRR1089809 3 0.0592 0.8762 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656528 3 0.4985 0.2955 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR809503 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR659923 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1498226 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1350566 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406307 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1348318 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1343433 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1404384 1 0.5167 0.5076 0.508 0.000 0.004 0.488
#> SRR655495 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR812270 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR821176 2 0.0188 0.9695 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR807799 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR814919 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1415274 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1491275 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR659851 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1337364 4 0.0336 0.7824 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1414471 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1456208 1 0.4331 0.5920 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1393428 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1327632 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR608120 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1359529 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1330305 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1436042 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR656191 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1419211 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1090770 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 4 0.3356 0.5926 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1398686 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.1022 0.6756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1074694 2 0.1677 0.9156 0.040 0.948 0.000 0.012
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 4 0.1743 0.7230 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR1361050 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1095792 1 0.7832 0.2936 0.428 0.156 0.016 0.400
#> SRR1476903 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 2 0.0779 0.9565 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR602951 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402922 3 0.4564 0.4850 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1314071 4 0.0469 0.7809 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1374778 3 0.2149 0.8124 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1089926 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1437056 3 0.4998 0.0697 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR2166006 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.4585 0.6159 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1368917 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.1389 0.8490 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656373 4 0.4989 0.1567 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1454265 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661711 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1327349 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR601549 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381247 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322790 3 0.4998 0.0697 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1404044 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1487728 3 0.4998 0.0697 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1419593 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1377967 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR662510 4 0.0188 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1370151 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR809043 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR659578 4 0.4985 0.2767 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 3 0.3123 0.7437 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR660079 4 0.4999 0.2457 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1465153 2 0.4454 0.5642 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0336 0.8832 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1418688 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR602338 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1313789 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR614275 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR601962 1 0.4967 0.5401 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR663795 1 0.4989 0.5254 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1418650 2 0.0188 0.9695 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655780 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661794 1 0.4967 0.5371 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1339508 3 0.4804 0.3362 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 2 0.0188 0.9695 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821148 4 0.4382 0.4899 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR808658 1 0.4356 0.6340 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR598100 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1469477 1 0.4382 0.6324 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447325 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415980 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR658021 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0188 0.9695 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR607705 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR598364 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.1792 0.6601 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.1557 0.6744 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1436515 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350936 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1351257 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1316793 3 0.4998 0.0697 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1090815 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR657845 1 0.4989 0.5253 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1408633 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1398971 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1399457 2 0.0188 0.9684 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1073341 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR810805 1 0.4790 0.5865 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1309657 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.3907 0.6311 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR613402 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR614912 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR613975 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1441631 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166524 4 0.4998 -0.1294 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1445765 1 0.4746 0.5950 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR819867 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.0188 0.9684 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376497 3 0.3649 0.6736 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR813848 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1379471 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1070960 1 0.2868 0.6669 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR615285 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1325353 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 4 0.1389 0.7493 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1336113 1 0.5167 0.5076 0.508 0.000 0.004 0.488
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388046 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR655076 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.4382 0.6338 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2166308 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR655696 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR602978 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663380 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1410469 3 0.4761 0.4732 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR659259 2 0.3751 0.7505 0.000 0.800 0.196 0.004
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092567 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472598 2 0.2654 0.8674 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342938 3 0.3610 0.6788 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR599346 1 0.3444 0.6612 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1359045 4 0.0592 0.7738 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR601843 1 0.4164 0.6459 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1318898 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409875 2 0.3444 0.7706 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1348270 4 0.0188 0.7803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR602389 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1349144 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095937 1 0.3400 0.6617 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1473295 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR2164562 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR665490 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1329442 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1076753 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.2342 0.8116 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR608064 1 0.4985 0.5285 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR608512 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 4 0.5217 0.2089 0.000 0.380 0.012 0.608
#> SRR1394872 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1387724 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660438 4 0.0376 0.7799 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1310758 2 0.0188 0.9695 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR601525 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR818749 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR604294 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1322494 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1377949 2 0.4605 0.5273 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1317001 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.2530 0.6692 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380163 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1480611 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.5167 0.5066 0.508 0.000 0.004 0.488
#> SRR1341256 4 0.6104 0.1685 0.036 0.472 0.004 0.488
#> SRR613795 4 0.0336 0.7824 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR659744 2 0.4697 0.4821 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1479549 4 0.4999 0.2457 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR613258 1 0.3907 0.6544 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1088808 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1329068 2 0.0188 0.9694 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 4 0.5864 -0.4806 0.484 0.024 0.004 0.488
#> SRR1099520 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR603942 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 3 0.0336 0.8839 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1391700 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 4 0.0336 0.7824 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498438 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394655 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1322437 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660236 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466338 3 0.0469 0.8790 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR604148 4 0.4382 0.4900 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339366 1 0.5167 0.5076 0.508 0.000 0.004 0.488
#> SRR656469 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1389868 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 1 0.7607 0.3730 0.508 0.244 0.004 0.244
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1459697 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1352575 1 0.4008 0.6520 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR613711 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1316174 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0376 0.9680 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1441483 2 0.0188 0.9694 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1074189 1 0.4356 0.6340 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR665646 4 0.0469 0.7809 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1404931 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1431552 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1479085 4 0.0336 0.7815 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332713 1 0.4977 0.5321 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1070863 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR659947 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1414356 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR599122 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1344100 4 0.5167 -0.1333 0.000 0.488 0.004 0.508
#> SRR613018 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1456591 1 0.4072 0.6502 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.0188 0.9684 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 4 0.4999 0.2457 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1455436 2 0.4699 0.4213 0.004 0.676 0.000 0.320
#> SRR658009 1 0.4998 0.5109 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1331383 3 0.0188 0.8842 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1394894 3 0.4998 0.0697 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR659133 3 0.4761 0.3652 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR660212 3 0.0188 0.8854 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR657821 1 0.4996 0.5152 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663149 4 0.0188 0.7844 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1413032 4 0.4916 -0.3210 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1377557 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 1 0.5167 0.5076 0.508 0.000 0.004 0.488
#> SRR1407273 1 0.4560 0.6315 0.700 0.000 0.004 0.296
#> SRR657101 4 0.7469 -0.2427 0.392 0.176 0.000 0.432
#> SRR1350588 1 0.0000 0.6770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 4 0.4431 0.1231 0.304 0.000 0.000 0.696
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409721 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1392030 1 0.4045 0.6025 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1453787 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 5 0.0510 0.7968 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1435113 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601157 1 0.4088 0.5790 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR615347 2 0.3796 0.5894 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1329464 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 4 0.1818 0.8794 0.000 0.044 0.000 0.932 0.024
#> SRR1365356 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1312024 5 0.3333 0.6798 0.096 0.000 0.020 0.028 0.856
#> SRR1499699 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR603726 1 0.4304 0.5069 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR663368 1 0.4451 0.4912 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492
#> SRR1354225 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 3 0.0404 0.8646 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0162 0.8706 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656528 3 0.4300 0.2538 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR809503 5 0.0290 0.7999 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR659923 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1350566 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1348318 1 0.4297 0.5166 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1343433 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404384 4 0.0703 0.8939 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR655495 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812270 3 0.0162 0.8704 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR821176 4 0.3177 0.7540 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR807799 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 1 0.4304 0.5069 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1415274 1 0.4291 0.5221 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1491275 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR659851 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337364 5 0.0880 0.7878 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1414471 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.4307 0.4894 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1456208 1 0.3730 0.6041 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1393428 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR608120 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.4451 0.4912 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492
#> SRR1330305 4 0.4297 0.0898 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1436042 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR656191 4 0.3837 0.5412 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1090770 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 5 0.3039 0.5878 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1398686 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0794 0.6955 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1074694 2 0.5326 0.4852 0.040 0.660 0.000 0.272 0.028
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095792 4 0.3593 0.8075 0.000 0.052 0.012 0.840 0.096
#> SRR1476903 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607502 2 0.1012 0.9286 0.000 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR602951 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402922 3 0.3913 0.4846 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1314071 5 0.0880 0.7888 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1374778 3 0.1732 0.8153 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1089926 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437056 3 0.4305 0.0822 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 1 0.4304 0.5069 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2166006 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.3949 0.6173 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1368917 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.1121 0.8387 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656373 5 0.4300 0.1486 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1454265 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327349 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601549 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381247 3 0.0703 0.8581 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1322790 3 0.4437 0.1273 0.004 0.000 0.532 0.000 0.464
#> SRR1404044 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1487728 3 0.4305 0.0822 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1419593 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.4307 0.4894 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1377967 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 5 0.0794 0.7909 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1370151 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809043 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659578 5 0.4294 0.2985 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 3 0.2773 0.7361 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR660079 5 0.4307 0.2597 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1465153 2 0.3857 0.5606 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.0510 0.8654 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1418688 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313789 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0162 0.8706 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR601962 1 0.4283 0.5336 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR663795 1 0.4302 0.5115 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1418650 4 0.2732 0.8059 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661794 1 0.4256 0.5432 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1339508 3 0.4114 0.3570 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 4 0.3106 0.8233 0.000 0.132 0.000 0.844 0.024
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821148 5 0.3837 0.5058 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR808658 4 0.4272 0.5936 0.052 0.000 0.000 0.752 0.196
#> SRR598100 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 4 0.0703 0.8939 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1469477 1 0.3730 0.6399 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447325 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.4306 0.4954 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR658021 1 0.4307 0.4894 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.4306 0.4962 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1083031 2 0.0404 0.9431 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 4 0.2732 0.8059 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR607705 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR598364 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.1478 0.6798 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.1341 0.6926 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1436515 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350936 1 0.4287 0.5248 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1351257 3 0.0510 0.8634 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1316793 3 0.4307 0.0632 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1090815 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657845 1 0.4300 0.5155 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1408633 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.4287 0.5248 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1399457 2 0.0162 0.9487 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073341 1 0.4306 0.4962 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR810805 1 0.4161 0.5793 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1309657 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.3305 0.6462 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR613402 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613975 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.4307 0.4894 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166524 5 0.4305 -0.1465 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1445765 1 0.4088 0.5944 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR819867 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.4294 0.5160 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.0703 0.9295 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1376497 3 0.3003 0.6965 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR813848 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.4307 0.4894 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1070960 1 0.2329 0.6819 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR615285 1 0.4302 0.5063 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1325353 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 5 0.1341 0.7686 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.4304 0.5069 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1336113 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.1341 0.9047 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1327366 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1469791 2 0.4060 0.3635 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1388046 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655076 2 0.1043 0.9198 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.3895 0.6254 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR2166308 5 0.0609 0.7946 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR655696 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602978 2 0.0963 0.9231 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1323850 2 0.1043 0.9196 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663380 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410469 3 0.4126 0.4462 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR659259 2 0.3231 0.7413 0.000 0.800 0.196 0.000 0.004
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092567 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472598 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342938 3 0.3039 0.6919 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR599346 1 0.3109 0.6674 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1359045 5 0.0404 0.7932 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR601843 1 0.3612 0.6494 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1318898 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409875 2 0.3535 0.7608 0.000 0.808 0.164 0.028 0.000
#> SRR1348270 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095937 1 0.2852 0.6732 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1473295 1 0.4307 0.4894 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.4304 0.5069 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2164562 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.4287 0.5248 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.3814 0.7206 0.000 0.064 0.816 0.116 0.004
#> SRR608064 1 0.4300 0.5156 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR608512 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.4931 0.1921 0.000 0.372 0.012 0.016 0.600
#> SRR1394872 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.4307 0.4894 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1387724 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660438 5 0.0162 0.8004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1310758 4 0.2690 0.8098 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR601525 1 0.4287 0.5248 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR818749 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604294 1 0.4561 0.4926 0.504 0.000 0.000 0.008 0.488
#> SRR1322494 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 4 0.3132 0.7922 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008
#> SRR1317001 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.2074 0.6850 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380163 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.4561 0.4922 0.504 0.000 0.008 0.000 0.488
#> SRR1341256 2 0.7161 -0.0032 0.032 0.428 0.000 0.356 0.184
#> SRR613795 5 0.0794 0.7902 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR659744 2 0.4045 0.4854 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1479549 5 0.4307 0.2597 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR613258 1 0.3508 0.6553 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1088808 1 0.4304 0.5069 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1329068 2 0.2732 0.7858 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 4 0.1671 0.8379 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1099520 1 0.4304 0.5069 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR603942 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 4 0.3152 0.7875 0.000 0.000 0.136 0.840 0.024
#> SRR1391700 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.0794 0.7902 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1473443 4 0.4201 0.3847 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1498438 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394655 1 0.4561 0.4922 0.504 0.000 0.008 0.000 0.488
#> SRR1322437 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660236 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.4067 0.4820 0.000 0.000 0.692 0.300 0.008
#> SRR604148 5 0.3876 0.4983 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1334939 4 0.4268 0.2865 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339366 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656469 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.3480 0.6568 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR613711 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1316174 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486044 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.3074 0.7420 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1074189 1 0.3837 0.6301 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR665646 5 0.0880 0.7888 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1404931 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479085 5 0.0162 0.7996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332713 1 0.4273 0.5356 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1070863 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR659947 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414356 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR599122 1 0.4287 0.5248 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1344100 5 0.6301 0.1403 0.000 0.308 0.000 0.180 0.512
#> SRR613018 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456591 1 0.3534 0.6545 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.0703 0.9303 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.4307 0.2597 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1455436 4 0.0880 0.8893 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR658009 1 0.4305 0.5023 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1331383 3 0.0000 0.8723 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.4307 0.0632 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR659133 3 0.4088 0.3727 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR660212 3 0.0162 0.8706 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657821 1 0.4305 0.5017 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9520 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663149 5 0.0000 0.8020 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413032 5 0.4219 -0.2882 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1377557 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 4 0.0000 0.9054 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 4 0.0703 0.8939 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR657101 5 0.6344 -0.2655 0.400 0.160 0.000 0.000 0.440
#> SRR1350588 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 5 0.3774 0.1718 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0260 0.90194 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR657372 1 0.3727 0.14724 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR661409 5 0.3706 0.40876 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1409721 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1392030 1 0.1501 0.44927 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1453787 1 0.2631 0.39273 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR654969 5 0.1141 0.80606 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1435113 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601359 1 0.0146 0.45735 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601157 4 0.4534 -0.06276 0.476 0.000 0.000 0.492 0.032 0.000
#> SRR615347 2 0.3409 0.54326 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1329464 1 0.3371 0.28750 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1357344 6 0.4224 0.47377 0.000 0.016 0.000 0.432 0.000 0.552
#> SRR1365356 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.3727 0.14724 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.3241 0.40559 0.824 0.000 0.000 0.112 0.064 0.000
#> SRR1312024 4 0.5952 -0.26825 0.000 0.000 0.000 0.424 0.224 0.352
#> SRR1499699 5 0.3765 0.38676 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.45783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR603726 1 0.5127 0.14685 0.528 0.000 0.000 0.384 0.088 0.000
#> SRR663368 1 0.5743 0.02423 0.428 0.000 0.000 0.404 0.168 0.000
#> SRR1354225 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089809 3 0.0790 0.87484 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598645 3 0.0632 0.88076 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR656528 5 0.4361 0.14156 0.000 0.000 0.424 0.024 0.552 0.000
#> SRR809503 5 0.0000 0.82304 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659923 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.5406 0.11816 0.500 0.000 0.000 0.380 0.120 0.000
#> SRR1350566 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406307 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1348318 1 0.5095 0.15824 0.544 0.000 0.000 0.368 0.088 0.000
#> SRR1343433 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.1910 0.85562 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1404384 6 0.3979 0.48051 0.000 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR655495 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR812270 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR821176 2 0.3860 0.04421 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR807799 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814919 1 0.4837 0.21900 0.624 0.000 0.000 0.288 0.088 0.000
#> SRR1415274 1 0.4641 0.25278 0.664 0.000 0.000 0.248 0.088 0.000
#> SRR1491275 4 0.4651 -0.06365 0.476 0.000 0.000 0.484 0.040 0.000
#> SRR659851 5 0.0000 0.82304 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337364 5 0.1556 0.78433 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1414471 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.5492 0.08031 0.472 0.000 0.000 0.400 0.128 0.000
#> SRR1456208 4 0.3868 -0.04414 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1393428 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1327632 1 0.5242 0.13372 0.516 0.000 0.000 0.384 0.100 0.000
#> SRR608120 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR607679 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359529 4 0.5061 -0.00463 0.428 0.000 0.000 0.496 0.076 0.000
#> SRR1330305 2 0.3789 0.30581 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1436042 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR656191 6 0.3288 0.50725 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1419211 1 0.0000 0.45783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.5532 0.09669 0.480 0.000 0.000 0.384 0.136 0.000
#> SRR1090770 1 0.0146 0.45731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657420 4 0.4873 -0.04052 0.420 0.000 0.000 0.520 0.060 0.000
#> SRR1398686 1 0.3266 0.30952 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0363 0.45846 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1074694 2 0.6780 -0.00279 0.040 0.400 0.000 0.392 0.016 0.152
#> SRR1413851 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361050 5 0.1049 0.81534 0.032 0.000 0.000 0.008 0.960 0.000
#> SRR1095792 6 0.4527 0.45855 0.000 0.004 0.000 0.456 0.024 0.516
#> SRR1476903 1 0.5412 0.11501 0.496 0.000 0.000 0.384 0.120 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607502 2 0.4770 0.38159 0.000 0.584 0.012 0.368 0.036 0.000
#> SRR602951 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402922 3 0.3547 0.50440 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314071 5 0.1556 0.78433 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1374778 3 0.2726 0.84006 0.000 0.000 0.856 0.112 0.032 0.000
#> SRR1089926 5 0.0291 0.82336 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1437056 3 0.3481 0.74037 0.000 0.000 0.776 0.032 0.192 0.000
#> SRR1366772 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487465 1 0.5127 0.14685 0.528 0.000 0.000 0.384 0.088 0.000
#> SRR2166006 5 0.0260 0.82304 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1341034 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.1501 0.44927 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1368917 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.1327 0.85309 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433311 4 0.3868 -0.04928 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR656373 4 0.4264 -0.04008 0.484 0.000 0.000 0.500 0.016 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.45783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0993 0.88334 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR661711 1 0.2996 0.34918 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.45783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.5235 0.13720 0.520 0.000 0.000 0.380 0.100 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1327349 3 0.0547 0.88031 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.1501 0.43768 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2165896 5 0.0000 0.82304 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601549 2 0.0146 0.90446 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381247 4 0.4407 -0.36046 0.000 0.000 0.480 0.496 0.024 0.000
#> SRR1322790 3 0.4612 0.71353 0.004 0.000 0.688 0.220 0.088 0.000
#> SRR1404044 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1487728 3 0.5737 0.20651 0.000 0.000 0.440 0.392 0.168 0.000
#> SRR1419593 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.5731 0.05914 0.448 0.000 0.000 0.384 0.168 0.000
#> SRR1377967 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662510 5 0.0260 0.82247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1370151 5 0.1003 0.81540 0.016 0.000 0.000 0.020 0.964 0.000
#> SRR809043 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659578 5 0.3159 0.70283 0.100 0.000 0.000 0.068 0.832 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 3 0.5372 0.27205 0.000 0.000 0.484 0.404 0.112 0.000
#> SRR660079 5 0.3396 0.68489 0.116 0.000 0.000 0.072 0.812 0.000
#> SRR1465153 2 0.3547 0.52159 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.3371 0.28750 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.3829 0.71062 0.000 0.000 0.760 0.180 0.060 0.000
#> SRR1418688 3 0.1701 0.86850 0.000 0.000 0.920 0.072 0.008 0.000
#> SRR602338 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1323936 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313789 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614275 3 0.2412 0.84455 0.000 0.000 0.880 0.092 0.028 0.000
#> SRR601962 1 0.5120 0.14962 0.532 0.000 0.000 0.380 0.088 0.000
#> SRR663795 1 0.5104 0.15569 0.540 0.000 0.000 0.372 0.088 0.000
#> SRR1418650 6 0.3866 0.06865 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR655780 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661794 1 0.3252 0.40736 0.824 0.000 0.000 0.108 0.068 0.000
#> SRR1339508 3 0.3703 0.79264 0.000 0.000 0.788 0.108 0.104 0.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 6 0.4556 0.46782 0.000 0.020 0.000 0.456 0.008 0.516
#> SRR1333550 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821148 5 0.3159 0.70283 0.100 0.000 0.000 0.068 0.832 0.000
#> SRR808658 4 0.5886 -0.20757 0.176 0.000 0.000 0.452 0.004 0.368
#> SRR598100 1 0.3706 0.15458 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1475281 6 0.3979 0.48051 0.000 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1469477 1 0.3940 0.17513 0.640 0.000 0.000 0.348 0.012 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447325 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.5166 0.14392 0.524 0.000 0.000 0.384 0.092 0.000
#> SRR658021 1 0.5140 0.13546 0.520 0.000 0.000 0.392 0.088 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.5743 0.02423 0.428 0.000 0.000 0.404 0.168 0.000
#> SRR1083031 2 0.0725 0.89268 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1466177 2 0.0260 0.90194 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1346978 6 0.3126 0.60385 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR607705 1 0.4258 0.06460 0.516 0.000 0.000 0.468 0.016 0.000
#> SRR598364 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0632 0.45286 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.4336 -0.00360 0.504 0.000 0.020 0.476 0.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0993 0.45411 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR1436515 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0146 0.90446 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1350936 1 0.4902 0.18202 0.608 0.000 0.000 0.304 0.088 0.000
#> SRR1351257 3 0.3984 0.42843 0.000 0.000 0.596 0.396 0.008 0.000
#> SRR1316793 3 0.4482 0.66301 0.000 0.000 0.708 0.124 0.168 0.000
#> SRR1090815 5 0.4353 0.39024 0.028 0.000 0.000 0.384 0.588 0.000
#> SRR657845 1 0.5406 0.11816 0.500 0.000 0.000 0.380 0.120 0.000
#> SRR1408633 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.4396 0.29073 0.704 0.000 0.000 0.208 0.088 0.000
#> SRR1399457 2 0.3352 0.68935 0.000 0.792 0.000 0.176 0.032 0.000
#> SRR1073341 1 0.5406 0.11816 0.500 0.000 0.000 0.380 0.120 0.000
#> SRR810805 1 0.5235 0.13720 0.520 0.000 0.000 0.380 0.100 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.45783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.5235 0.13720 0.520 0.000 0.000 0.380 0.100 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.3123 0.78623 0.000 0.000 0.824 0.040 0.136 0.000
#> SRR613402 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR613975 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441631 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.5313 0.12683 0.508 0.000 0.000 0.384 0.108 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166524 5 0.2048 0.71403 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1445765 1 0.4750 0.18854 0.596 0.000 0.000 0.340 0.064 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.3923 0.14948 0.580 0.000 0.000 0.004 0.416 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597952 2 0.4283 0.37799 0.000 0.592 0.000 0.384 0.024 0.000
#> SRR1376497 3 0.3354 0.75762 0.000 0.000 0.796 0.036 0.168 0.000
#> SRR813848 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379471 1 0.5686 0.06906 0.456 0.000 0.000 0.384 0.160 0.000
#> SRR1070960 1 0.1075 0.45693 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR615285 1 0.5686 0.09697 0.472 0.000 0.000 0.364 0.164 0.000
#> SRR1325353 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615886 5 0.1814 0.77452 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.5127 0.14685 0.528 0.000 0.000 0.384 0.088 0.000
#> SRR1336113 6 0.0146 0.81430 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1396570 2 0.4274 0.52941 0.000 0.676 0.000 0.276 0.000 0.048
#> SRR1327366 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.1471 0.45343 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR1469791 2 0.3819 0.46327 0.000 0.672 0.000 0.012 0.000 0.316
#> SRR1388046 5 0.0260 0.82255 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR655076 2 0.1196 0.87306 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR1464353 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.45783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.4949 0.15678 0.548 0.000 0.000 0.380 0.072 0.000
#> SRR2166308 5 0.0000 0.82304 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 5 0.0146 0.82214 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR602978 2 0.0937 0.87712 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1323850 2 0.0937 0.87712 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1365512 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR663380 5 0.3717 0.40488 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1410469 4 0.5908 -0.21845 0.000 0.000 0.248 0.468 0.284 0.000
#> SRR659259 2 0.3284 0.72826 0.000 0.800 0.168 0.000 0.032 0.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092567 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1472598 6 0.1814 0.76732 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1069279 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342938 3 0.3699 0.80595 0.024 0.000 0.812 0.104 0.060 0.000
#> SRR599346 1 0.4668 0.21032 0.620 0.000 0.000 0.316 0.064 0.000
#> SRR1359045 5 0.4199 0.38470 0.020 0.000 0.000 0.380 0.600 0.000
#> SRR601843 1 0.1444 0.45122 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1318898 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.3867 0.00720 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1409875 2 0.3316 0.74459 0.000 0.812 0.152 0.008 0.000 0.028
#> SRR1348270 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.3371 0.28750 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095937 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1473295 1 0.5731 0.05914 0.448 0.000 0.000 0.384 0.168 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.5277 0.14726 0.528 0.000 0.000 0.364 0.108 0.000
#> SRR2164562 5 0.0000 0.82304 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.2302 0.84587 0.000 0.000 0.872 0.120 0.008 0.000
#> SRR1329442 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1457925 4 0.3869 -0.05552 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614107 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.1806 0.44125 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 5 0.0713 0.81681 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1076753 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1327410 3 0.6740 0.41902 0.000 0.084 0.528 0.280 0.032 0.076
#> SRR608064 1 0.5120 0.14962 0.532 0.000 0.000 0.380 0.088 0.000
#> SRR608512 1 0.2969 0.35643 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.2653 0.74784 0.000 0.028 0.004 0.100 0.868 0.000
#> SRR1394872 1 0.3782 0.12339 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1367588 4 0.4975 0.00184 0.428 0.000 0.000 0.504 0.068 0.000
#> SRR1387724 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR660438 5 0.0146 0.82199 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1310758 6 0.5501 0.48245 0.000 0.144 0.000 0.336 0.000 0.520
#> SRR601525 1 0.2527 0.39557 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR818749 5 0.0000 0.82304 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604294 1 0.5802 0.10079 0.484 0.000 0.000 0.380 0.120 0.016
#> SRR1322494 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377949 6 0.5694 0.48241 0.000 0.188 0.000 0.304 0.000 0.508
#> SRR1317001 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.1007 0.45729 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380163 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR603834 1 0.5859 0.05409 0.444 0.000 0.004 0.384 0.168 0.000
#> SRR1341256 6 0.5555 0.38488 0.020 0.308 0.000 0.028 0.048 0.596
#> SRR613795 5 0.0937 0.81266 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR659744 2 0.3634 0.42775 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1479549 5 0.3285 0.69530 0.116 0.000 0.000 0.064 0.820 0.000
#> SRR613258 1 0.2965 0.40445 0.848 0.000 0.000 0.080 0.072 0.000
#> SRR1088808 1 0.2436 0.42569 0.880 0.000 0.000 0.032 0.088 0.000
#> SRR1329068 2 0.2454 0.75859 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1480565 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.5127 0.14685 0.528 0.000 0.000 0.384 0.088 0.000
#> SRR603942 1 0.0632 0.45112 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1440625 6 0.4527 0.46385 0.000 0.000 0.024 0.456 0.004 0.516
#> SRR1391700 1 0.2854 0.37180 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.0937 0.81266 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1473443 2 0.4389 0.29542 0.000 0.596 0.000 0.032 0.000 0.372
#> SRR1498438 3 0.0547 0.88645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1394655 4 0.5626 0.09039 0.260 0.000 0.020 0.588 0.132 0.000
#> SRR1322437 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660236 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466338 3 0.3764 0.58626 0.000 0.008 0.724 0.012 0.000 0.256
#> SRR604148 5 0.5217 0.32744 0.096 0.000 0.000 0.392 0.512 0.000
#> SRR1334939 2 0.3992 0.35399 0.000 0.624 0.000 0.012 0.000 0.364
#> SRR1349497 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.2491 0.39990 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339366 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656469 5 0.2092 0.75569 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1389868 1 0.3371 0.28750 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1390265 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0547 0.89373 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.45783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459697 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.5242 0.13372 0.516 0.000 0.000 0.384 0.100 0.000
#> SRR1316174 1 0.3868 -0.00199 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486044 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.3151 0.64097 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1074189 1 0.5120 0.14962 0.532 0.000 0.000 0.380 0.088 0.000
#> SRR665646 5 0.1168 0.80882 0.016 0.000 0.000 0.028 0.956 0.000
#> SRR1404931 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431552 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479085 5 0.3841 0.40277 0.004 0.000 0.000 0.380 0.616 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332713 1 0.5073 0.08298 0.476 0.000 0.000 0.448 0.076 0.000
#> SRR1070863 1 0.5278 0.13029 0.512 0.000 0.000 0.384 0.104 0.000
#> SRR659947 5 0.0146 0.82312 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1414356 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR599122 4 0.4047 0.00978 0.384 0.000 0.000 0.604 0.012 0.000
#> SRR1344100 5 0.3265 0.59867 0.000 0.004 0.000 0.000 0.748 0.248
#> SRR613018 3 0.0547 0.88031 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456591 1 0.1327 0.45454 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.4389 0.38487 0.000 0.596 0.000 0.372 0.032 0.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.2664 0.39102 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.5093 0.44806 0.192 0.000 0.000 0.176 0.632 0.000
#> SRR1455436 6 0.5224 0.55972 0.000 0.068 0.000 0.300 0.024 0.608
#> SRR658009 1 0.5271 0.13387 0.516 0.000 0.000 0.380 0.104 0.000
#> SRR1331383 3 0.0000 0.88600 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.4819 0.65221 0.000 0.000 0.628 0.284 0.088 0.000
#> SRR659133 3 0.4351 0.69166 0.000 0.000 0.720 0.172 0.108 0.000
#> SRR660212 3 0.1492 0.87396 0.000 0.000 0.940 0.024 0.036 0.000
#> SRR657821 1 0.5120 0.14962 0.532 0.000 0.000 0.380 0.088 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.90665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663149 5 0.0000 0.82304 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413032 4 0.6007 0.01186 0.356 0.000 0.000 0.404 0.240 0.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.45783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 6 0.0000 0.81735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407273 6 0.4118 0.57855 0.020 0.000 0.000 0.352 0.000 0.628
#> SRR657101 4 0.7044 0.01898 0.344 0.172 0.000 0.388 0.096 0.000
#> SRR1350588 1 0.3833 0.06759 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1368486 4 0.6038 0.03513 0.340 0.000 0.000 0.404 0.256 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.685 0.918 0.956 0.4910 0.499 0.499
#> 3 3 0.758 0.817 0.900 0.2673 0.776 0.579
#> 4 4 0.949 0.921 0.970 0.0497 0.894 0.737
#> 5 5 0.721 0.756 0.833 0.1192 0.885 0.689
#> 6 6 0.727 0.716 0.842 0.0885 0.858 0.527
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR661409 1 0.5629 0.8901 0.868 0.132
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.4690 0.9043 0.900 0.100
#> SRR654969 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1435113 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR601157 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.1843 0.9516 0.028 0.972
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1499699 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR663368 1 0.6048 0.8747 0.852 0.148
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR598645 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR656528 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR809503 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR659923 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0376 0.9720 0.004 0.996
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR655495 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR812270 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR821176 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR814919 1 0.5294 0.8970 0.880 0.120
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR659851 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.5408 0.8953 0.876 0.124
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1327632 1 0.1843 0.9264 0.972 0.028
#> SRR608120 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1359529 2 0.2603 0.9384 0.044 0.956
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR658117 2 0.4690 0.8750 0.100 0.900
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1361050 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1095792 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0672 0.9311 0.992 0.008
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR607502 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR602951 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1402922 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1314071 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1374778 1 0.9881 0.3384 0.564 0.436
#> SRR1089926 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1437056 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR2166006 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.8713 0.6731 0.708 0.292
#> SRR661711 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.2423 0.9233 0.960 0.040
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.3733 0.9080 0.072 0.928
#> SRR1327349 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR2165896 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR601549 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1381247 2 0.5842 0.8212 0.140 0.860
#> SRR1322790 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.6247 0.8664 0.844 0.156
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1349540 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR662510 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1370151 1 0.9087 0.6162 0.676 0.324
#> SRR809043 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR659578 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1434760 2 0.9358 0.4062 0.352 0.648
#> SRR660079 1 0.5294 0.8970 0.880 0.120
#> SRR1465153 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0376 0.9720 0.004 0.996
#> SRR1418688 2 0.9983 -0.0301 0.476 0.524
#> SRR602338 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR614275 1 0.9795 0.3964 0.584 0.416
#> SRR601962 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.9996 -0.0891 0.488 0.512
#> SRR661794 1 0.0376 0.9319 0.996 0.004
#> SRR1339508 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR808658 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1469477 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1415980 1 0.0376 0.9319 0.996 0.004
#> SRR658021 1 0.1414 0.9284 0.980 0.020
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1443695 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR598364 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1316793 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1090815 1 0.5294 0.8970 0.880 0.120
#> SRR657845 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1073341 2 0.7139 0.7385 0.196 0.804
#> SRR810805 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1396270 1 0.9522 0.5086 0.628 0.372
#> SRR613402 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR613975 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1441631 2 0.1843 0.9540 0.028 0.972
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.5059 0.9000 0.888 0.112
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR2166524 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1376497 1 0.7219 0.8145 0.800 0.200
#> SRR813848 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1379471 2 0.6623 0.7769 0.172 0.828
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.6048 0.8753 0.852 0.148
#> SRR655076 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR655696 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR602978 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.2236 0.9463 0.036 0.964
#> SRR663380 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1410469 2 0.0376 0.9720 0.004 0.996
#> SRR659259 2 0.0376 0.9720 0.004 0.996
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1342938 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR599346 2 0.1633 0.9558 0.024 0.976
#> SRR1359045 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR601843 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1475430 1 0.0376 0.9319 0.996 0.004
#> SRR2164562 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR665490 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.4431 0.8851 0.092 0.908
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR608512 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR2167551 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.7950 0.6583 0.240 0.760
#> SRR1387724 2 0.9815 0.1944 0.420 0.580
#> SRR660438 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR601525 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR818749 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR604294 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR603834 2 0.1414 0.9612 0.020 0.980
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR659744 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0376 0.9319 0.996 0.004
#> SRR613258 1 0.5737 0.8745 0.864 0.136
#> SRR1088808 1 0.0672 0.9311 0.992 0.008
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.5294 0.8970 0.880 0.120
#> SRR1440625 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1394655 1 0.9580 0.4898 0.620 0.380
#> SRR1322437 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1466338 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR656469 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0938 0.9302 0.988 0.012
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1074189 1 0.7745 0.7785 0.772 0.228
#> SRR665646 1 0.2778 0.9209 0.952 0.048
#> SRR1404931 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1431552 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1479085 2 0.3114 0.9256 0.056 0.944
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1070863 2 0.9732 0.2473 0.404 0.596
#> SRR659947 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1344100 1 0.9087 0.6229 0.676 0.324
#> SRR613018 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.0938 0.9670 0.012 0.988
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1331383 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1394894 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR659133 1 0.9850 0.3622 0.572 0.428
#> SRR660212 2 0.8661 0.5623 0.288 0.712
#> SRR657821 1 0.2236 0.9244 0.964 0.036
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR663149 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
#> SRR1413032 2 0.0376 0.9720 0.004 0.996
#> SRR1377557 1 0.0672 0.9311 0.992 0.008
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR1407273 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000
#> SRR657101 2 0.1184 0.9646 0.016 0.984
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.5519 0.8936 0.872 0.128
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR661409 3 0.6641 0.510 0.448 0.008 0.544
#> SRR1409721 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.5968 0.136 0.636 0.000 0.364
#> SRR654969 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1435113 2 0.0592 0.965 0.000 0.988 0.012
#> SRR601359 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374716 3 0.8550 0.645 0.216 0.176 0.608
#> SRR601157 1 0.0892 0.923 0.980 0.000 0.020
#> SRR615347 2 0.4931 0.665 0.000 0.768 0.232
#> SRR1329464 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.5061 0.615 0.784 0.008 0.208
#> SRR1499699 3 0.2261 0.679 0.068 0.000 0.932
#> SRR1397861 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR663368 3 0.6598 0.536 0.428 0.008 0.564
#> SRR1354225 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR598645 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR656528 3 0.0661 0.665 0.004 0.008 0.988
#> SRR809503 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR659923 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.2486 0.871 0.932 0.008 0.060
#> SRR1350566 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.6180 0.333 0.000 0.416 0.584
#> SRR1406307 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.3816 0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR1404384 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR655495 3 0.6095 0.379 0.000 0.392 0.608
#> SRR812270 3 0.6126 0.365 0.000 0.400 0.600
#> SRR821176 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 1 0.5835 0.236 0.660 0.000 0.340
#> SRR1415274 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0424 0.934 0.992 0.000 0.008
#> SRR659851 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1337364 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.2165 0.874 0.936 0.000 0.064
#> SRR1456208 1 0.0424 0.934 0.992 0.000 0.008
#> SRR1393428 3 0.6126 0.365 0.000 0.400 0.600
#> SRR1327632 1 0.0424 0.933 0.992 0.000 0.008
#> SRR608120 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.6641 0.510 0.448 0.008 0.544
#> SRR1330305 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.6617 0.526 0.436 0.008 0.556
#> SRR1090770 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.3482 0.786 0.872 0.000 0.128
#> SRR1398686 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361050 3 0.6274 0.494 0.456 0.000 0.544
#> SRR1095792 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR607502 3 0.6180 0.337 0.000 0.416 0.584
#> SRR602951 3 0.8742 0.569 0.136 0.308 0.556
#> SRR1402922 3 0.6126 0.365 0.000 0.400 0.600
#> SRR1314071 3 0.6280 0.486 0.460 0.000 0.540
#> SRR1374778 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR1089926 1 0.3619 0.770 0.864 0.000 0.136
#> SRR1437056 1 0.6680 -0.349 0.508 0.008 0.484
#> SRR1366772 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487465 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166006 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1341034 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.1031 0.955 0.000 0.976 0.024
#> SRR1433311 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.2066 0.877 0.940 0.000 0.060
#> SRR1454265 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.6565 0.550 0.416 0.008 0.576
#> SRR661711 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR1327349 3 0.6095 0.379 0.000 0.392 0.608
#> SRR1476348 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0424 0.933 0.992 0.000 0.008
#> SRR2165896 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR601549 2 0.2878 0.876 0.000 0.904 0.096
#> SRR658573 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381247 3 0.6527 0.562 0.404 0.008 0.588
#> SRR1322790 3 0.6672 0.449 0.472 0.008 0.520
#> SRR1404044 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.6577 0.545 0.420 0.008 0.572
#> SRR1419593 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349540 3 0.6641 0.510 0.448 0.008 0.544
#> SRR1377967 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1370151 3 0.8085 0.377 0.068 0.412 0.520
#> SRR809043 3 0.6095 0.379 0.000 0.392 0.608
#> SRR659578 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1339413 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434760 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR660079 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1465153 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.2878 0.876 0.000 0.904 0.096
#> SRR1418688 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR602338 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.2625 0.893 0.000 0.916 0.084
#> SRR1313789 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR601962 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 3 0.2165 0.661 0.000 0.064 0.936
#> SRR661794 1 0.2537 0.854 0.920 0.000 0.080
#> SRR1339508 1 0.4912 0.650 0.796 0.008 0.196
#> SRR1501097 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR821148 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR808658 2 0.1765 0.936 0.004 0.956 0.040
#> SRR598100 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469477 1 0.0237 0.937 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468184 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447325 3 0.7797 0.621 0.320 0.072 0.608
#> SRR1415980 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.2165 0.874 0.936 0.000 0.064
#> SRR1356308 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.6654 -0.268 0.536 0.008 0.456
#> SRR1083031 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 1 0.0747 0.926 0.984 0.000 0.016
#> SRR598364 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316793 3 0.6641 0.510 0.448 0.008 0.544
#> SRR1090815 1 0.2796 0.838 0.908 0.000 0.092
#> SRR657845 1 0.5327 0.465 0.728 0.000 0.272
#> SRR1408633 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073341 2 0.8561 -0.205 0.096 0.484 0.420
#> SRR810805 1 0.0237 0.937 0.996 0.000 0.004
#> SRR1309657 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.2165 0.874 0.936 0.000 0.064
#> SRR1388913 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396270 3 0.6587 0.539 0.424 0.008 0.568
#> SRR613402 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478410 3 0.7190 0.456 0.036 0.356 0.608
#> SRR613975 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.2269 0.675 0.016 0.040 0.944
#> SRR1088044 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166524 3 0.2569 0.671 0.032 0.032 0.936
#> SRR1445765 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0747 0.926 0.984 0.000 0.016
#> SRR1085687 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376497 3 0.6676 0.436 0.476 0.008 0.516
#> SRR813848 3 0.8122 0.632 0.292 0.100 0.608
#> SRR1379471 3 0.8070 0.249 0.064 0.464 0.472
#> SRR1070960 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.6286 -0.277 0.536 0.000 0.464
#> SRR1325353 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR615886 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1397649 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388046 3 0.4174 0.675 0.036 0.092 0.872
#> SRR655076 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR655696 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR602978 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR663380 3 0.6483 0.503 0.452 0.004 0.544
#> SRR1410469 2 0.5588 0.567 0.004 0.720 0.276
#> SRR659259 2 0.3038 0.866 0.000 0.896 0.104
#> SRR1421223 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092567 3 0.8566 0.645 0.188 0.204 0.608
#> SRR1472598 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342938 1 0.4353 0.741 0.836 0.008 0.156
#> SRR599346 2 0.5315 0.680 0.012 0.772 0.216
#> SRR1359045 3 0.6483 0.503 0.452 0.004 0.544
#> SRR601843 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.8040 0.556 0.092 0.300 0.608
#> SRR1409875 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348270 2 0.0592 0.963 0.000 0.988 0.012
#> SRR602389 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.8421 0.622 0.140 0.252 0.608
#> SRR1095937 1 0.0237 0.937 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473295 3 0.6659 0.486 0.460 0.008 0.532
#> SRR1457972 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.2165 0.874 0.936 0.000 0.064
#> SRR2164562 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR665490 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.7492 0.611 0.340 0.052 0.608
#> SRR1329442 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR614107 3 0.2866 0.683 0.076 0.008 0.916
#> SRR1323914 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500908 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1076753 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.2625 0.890 0.000 0.916 0.084
#> SRR608064 1 0.0892 0.922 0.980 0.000 0.020
#> SRR608512 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1394872 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.6654 -0.281 0.536 0.008 0.456
#> SRR1387724 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR660438 3 0.2584 0.681 0.064 0.008 0.928
#> SRR1310758 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR601525 1 0.6309 -0.395 0.500 0.000 0.500
#> SRR818749 3 0.5292 0.659 0.228 0.008 0.764
#> SRR604294 2 0.2959 0.871 0.000 0.900 0.100
#> SRR1322494 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415195 3 0.8532 0.643 0.168 0.224 0.608
#> SRR1380163 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.6527 0.562 0.404 0.008 0.588
#> SRR1341256 2 0.0424 0.967 0.000 0.992 0.008
#> SRR613795 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR659744 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.4605 0.640 0.796 0.000 0.204
#> SRR613258 3 0.7043 0.506 0.448 0.020 0.532
#> SRR1088808 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1473443 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498438 3 0.8082 0.562 0.096 0.296 0.608
#> SRR1394655 1 0.4963 0.655 0.792 0.008 0.200
#> SRR1322437 2 0.0747 0.962 0.000 0.984 0.016
#> SRR660236 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR1466338 2 0.1031 0.953 0.000 0.976 0.024
#> SRR604148 1 0.0424 0.934 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334939 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR656469 3 0.6641 0.510 0.448 0.008 0.544
#> SRR1389868 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 3 0.8769 0.588 0.348 0.124 0.528
#> SRR665646 3 0.4931 0.644 0.232 0.000 0.768
#> SRR1404931 3 0.6095 0.379 0.000 0.392 0.608
#> SRR1431552 3 0.7104 0.598 0.360 0.032 0.608
#> SRR1479085 3 0.8738 0.541 0.128 0.328 0.544
#> SRR1322711 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.5618 0.480 0.732 0.008 0.260
#> SRR659947 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1414356 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0237 0.937 0.996 0.000 0.004
#> SRR1344100 3 0.2774 0.665 0.008 0.072 0.920
#> SRR613018 2 0.5327 0.601 0.000 0.728 0.272
#> SRR1456591 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.4121 0.769 0.000 0.832 0.168
#> SRR1349518 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR655277 3 0.6286 0.417 0.464 0.000 0.536
#> SRR1455436 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR658009 1 0.4346 0.680 0.816 0.000 0.184
#> SRR1331383 2 0.1753 0.929 0.000 0.952 0.048
#> SRR1394894 3 0.6577 0.545 0.420 0.008 0.572
#> SRR659133 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR660212 3 0.6451 0.579 0.384 0.008 0.608
#> SRR657821 1 0.2537 0.853 0.920 0.000 0.080
#> SRR1379279 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR663149 3 0.2165 0.679 0.064 0.000 0.936
#> SRR1413032 2 0.3038 0.865 0.000 0.896 0.104
#> SRR1377557 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.1753 0.929 0.000 0.952 0.048
#> SRR657101 2 0.5560 0.500 0.000 0.700 0.300
#> SRR1350588 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 3 0.6483 0.503 0.452 0.004 0.544
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 1 0.3610 0.6991 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.4543 0.5388 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR601359 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374716 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499699 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663368 1 0.4543 0.5347 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598645 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.3486 0.7089 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR809503 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0817 0.9321 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.4866 0.3505 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1404384 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655495 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659851 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393428 4 0.0336 0.9524 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359529 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 1 0.2216 0.8833 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.0188 0.9701 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1095792 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607502 2 0.4304 0.6153 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR602951 4 0.1389 0.8950 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1402922 2 0.4989 0.1527 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1314071 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374778 4 0.1211 0.9071 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1089926 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0469 0.9629 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1366772 2 0.1022 0.9320 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1487465 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166006 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.4543 0.5388 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 1 0.4746 0.4407 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR661711 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165896 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601549 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381247 4 0.2921 0.7276 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1322790 1 0.2647 0.8517 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 1 0.4746 0.4400 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349540 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662510 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809043 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434760 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660079 3 0.0188 0.9372 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1465153 2 0.4543 0.5388 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0188 0.9548 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418688 4 0.0817 0.9323 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR602338 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.4967 0.0977 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614275 4 0.0336 0.9523 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR601962 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655780 3 0.0469 0.9286 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339508 1 0.2647 0.8517 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821148 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808658 2 0.4543 0.4797 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469477 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447325 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443695 1 0.1940 0.8999 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607705 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.1389 0.9179 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316793 1 0.4543 0.5347 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657845 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073341 2 0.1474 0.8986 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396270 1 0.4761 0.4310 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR613402 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478410 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.2216 0.8741 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166524 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.3837 0.7083 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR597952 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376497 1 0.4134 0.6514 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR813848 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615886 3 0.1474 0.8719 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388046 3 0.2647 0.7858 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602978 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365512 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410469 2 0.4356 0.5990 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR659259 2 0.1389 0.9183 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1421223 2 0.0469 0.9486 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1092567 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069279 2 0.0188 0.9548 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351624 2 0.1118 0.9295 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1342938 1 0.2408 0.8699 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR599346 2 0.4605 0.4580 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475430 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164562 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614107 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500908 3 0.0188 0.9371 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.2921 0.8232 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR608064 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387724 4 0.0707 0.9377 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR660438 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601525 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818749 3 0.4933 0.2247 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR604294 2 0.0592 0.9416 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415195 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613795 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498438 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 1 0.4382 0.5883 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1322437 2 0.4994 0.1283 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR660236 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466338 2 0.2530 0.8521 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR604148 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656469 1 0.0188 0.9701 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 1 0.0188 0.9693 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR665646 1 0.4985 0.1104 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1404931 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431552 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 2 0.0336 0.9495 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 3 0.3266 0.7012 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR613018 4 0.0707 0.9376 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.3726 0.7250 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.1389 0.9301 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658009 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 2 0.4907 0.3178 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1394894 1 0.4543 0.5347 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR659133 4 0.0817 0.9323 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR660212 4 0.0000 0.9605 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663149 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413032 2 0.0188 0.9548 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.3726 0.6671 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR657101 2 0.0000 0.9578 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.1410 0.8891 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1499543 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1443419 2 0.3586 0.6454 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR657372 1 0.0963 0.8979 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR661409 1 0.6082 0.6111 0.604 0.184 0.008 0.204 0.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0609 0.9071 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1392030 1 0.1965 0.9049 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1453787 1 0.1732 0.8984 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR654969 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435113 4 0.4866 0.5364 0.000 0.052 0.284 0.664 0.000
#> SRR601359 1 0.0963 0.9043 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR663392 4 0.3837 0.6840 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1374716 3 0.0404 0.8542 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR601157 1 0.2732 0.8881 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR615347 2 0.5002 0.3833 0.000 0.596 0.000 0.040 0.364
#> SRR1329464 1 0.1341 0.8907 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1357344 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0963 0.9072 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR598068 1 0.1341 0.8961 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR810343 1 0.1197 0.8940 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1431991 1 0.2280 0.8987 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1312024 1 0.3318 0.8647 0.800 0.000 0.008 0.192 0.000
#> SRR1499699 5 0.0451 0.8858 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988
#> SRR1397861 1 0.1478 0.9020 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1479663 2 0.2966 0.7313 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1475483 1 0.0703 0.9077 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR603726 1 0.2612 0.8933 0.868 0.000 0.008 0.124 0.000
#> SRR663368 3 0.4466 0.7007 0.076 0.000 0.748 0.176 0.000
#> SRR1354225 2 0.1270 0.7744 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1089809 4 0.3934 0.7074 0.000 0.276 0.008 0.716 0.000
#> SRR1338901 4 0.3774 0.6945 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR598645 3 0.0162 0.8546 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR656528 5 0.6405 0.2242 0.000 0.000 0.172 0.384 0.444
#> SRR809503 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.1410 0.8891 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1319858 1 0.3132 0.8751 0.820 0.000 0.008 0.172 0.000
#> SRR1350566 1 0.1270 0.8926 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR614743 4 0.4262 0.1568 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1406307 1 0.2020 0.9032 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1348318 1 0.1608 0.9083 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1343433 1 0.1270 0.8921 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1342088 4 0.5338 0.4842 0.000 0.072 0.324 0.604 0.000
#> SRR1404384 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655495 3 0.3752 0.5616 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000
#> SRR812270 4 0.4016 0.5508 0.000 0.012 0.272 0.716 0.000
#> SRR821176 2 0.1908 0.7722 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 1 0.1965 0.9050 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1415274 1 0.2377 0.8967 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1491275 1 0.3318 0.8641 0.800 0.000 0.008 0.192 0.000
#> SRR659851 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337364 1 0.1792 0.9043 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1414471 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1471862 1 0.3318 0.8639 0.800 0.000 0.008 0.192 0.000
#> SRR1456208 1 0.2516 0.8947 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1393428 4 0.4542 0.0983 0.000 0.008 0.456 0.536 0.000
#> SRR1327632 1 0.2966 0.8735 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR608120 1 0.1478 0.8952 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR607679 2 0.1478 0.7753 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1359529 1 0.6792 0.4263 0.536 0.036 0.280 0.148 0.000
#> SRR1330305 2 0.1478 0.7746 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1436042 1 0.0963 0.9088 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR658117 1 0.5694 0.0443 0.460 0.000 0.460 0.080 0.000
#> SRR1090770 1 0.0880 0.8992 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR657420 1 0.2773 0.8831 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1398686 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR821207 1 0.1671 0.9055 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1074694 2 0.2648 0.7516 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1413851 2 0.3074 0.7203 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1319924 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 1 0.3507 0.8771 0.828 0.000 0.000 0.120 0.052
#> SRR1095792 2 0.3612 0.6438 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1476903 1 0.3246 0.8684 0.808 0.000 0.008 0.184 0.000
#> SRR1406502 2 0.2377 0.7629 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR607502 4 0.4867 0.6611 0.000 0.104 0.180 0.716 0.000
#> SRR602951 3 0.1845 0.8338 0.000 0.016 0.928 0.056 0.000
#> SRR1402922 4 0.4693 0.5989 0.000 0.056 0.244 0.700 0.000
#> SRR1314071 1 0.1908 0.9032 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1374778 3 0.0703 0.8534 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1089926 1 0.3318 0.8641 0.800 0.000 0.008 0.192 0.000
#> SRR1437056 3 0.4869 0.6665 0.096 0.000 0.712 0.192 0.000
#> SRR1366772 4 0.4800 0.6985 0.000 0.196 0.088 0.716 0.000
#> SRR1487465 1 0.2612 0.8949 0.868 0.000 0.008 0.124 0.000
#> SRR2166006 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341034 4 0.3966 0.6465 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1460235 1 0.2020 0.9011 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1368917 1 0.1197 0.8937 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1457197 4 0.4693 0.5983 0.000 0.056 0.244 0.700 0.000
#> SRR1433311 1 0.1121 0.9078 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR656373 1 0.2648 0.8897 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1454265 1 0.0703 0.9011 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1454498 3 0.1914 0.8409 0.016 0.000 0.924 0.060 0.000
#> SRR661711 1 0.0794 0.9001 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR661493 1 0.0703 0.9011 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1356120 1 0.2798 0.8899 0.852 0.000 0.008 0.140 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0794 0.8534 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1327349 3 0.3684 0.5897 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR1476348 2 0.3612 0.6387 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR656035 1 0.2377 0.8965 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2165896 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601549 4 0.3838 0.7065 0.000 0.280 0.004 0.716 0.000
#> SRR658573 4 0.4306 0.2413 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1393470 4 0.3752 0.6988 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1381247 3 0.3110 0.7950 0.060 0.000 0.860 0.080 0.000
#> SRR1322790 3 0.4630 0.7030 0.088 0.000 0.736 0.176 0.000
#> SRR1404044 1 0.1341 0.9073 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1487728 3 0.2249 0.8299 0.008 0.000 0.896 0.096 0.000
#> SRR1419593 1 0.1121 0.9035 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1434689 4 0.4304 0.2722 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1349540 1 0.5820 0.6225 0.612 0.000 0.192 0.196 0.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370151 2 0.2654 0.7103 0.064 0.888 0.000 0.000 0.048
#> SRR809043 3 0.2074 0.7980 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR659578 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339413 4 0.3752 0.6979 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1434760 3 0.0162 0.8549 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR660079 5 0.3635 0.5742 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> SRR1465153 4 0.4588 0.6295 0.000 0.060 0.220 0.720 0.000
#> SRR1340924 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1073267 2 0.4630 0.3070 0.000 0.588 0.016 0.396 0.000
#> SRR1418688 3 0.0794 0.8532 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR602338 1 0.1410 0.8893 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1323936 4 0.4505 0.3252 0.000 0.012 0.384 0.604 0.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 3 0.1942 0.8355 0.012 0.000 0.920 0.068 0.000
#> SRR601962 1 0.0794 0.9078 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR663795 1 0.1792 0.9046 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 5 0.5533 0.3442 0.000 0.084 0.000 0.336 0.580
#> SRR661794 1 0.3039 0.8689 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1339508 3 0.6132 0.2781 0.352 0.000 0.508 0.140 0.000
#> SRR1501097 2 0.1478 0.7750 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1358459 2 0.2424 0.7621 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1333550 2 0.4182 0.3121 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR821148 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808658 1 0.4210 0.3026 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0794 0.9028 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1475281 2 0.1478 0.7752 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1469477 1 0.1544 0.9064 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1468184 4 0.3707 0.7038 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1415660 4 0.4273 0.3875 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR816892 2 0.4294 -0.0148 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1447325 3 0.0404 0.8542 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1415980 1 0.3003 0.8713 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR658021 1 0.2280 0.8993 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1356308 2 0.2966 0.7298 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1443695 3 0.6059 0.4445 0.244 0.000 0.572 0.184 0.000
#> SRR1083031 2 0.3752 0.6050 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1466177 2 0.2424 0.7614 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 1 0.2249 0.9007 0.896 0.000 0.008 0.096 0.000
#> SRR598364 1 0.1478 0.9068 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR603036 1 0.1732 0.9084 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR604342 1 0.1341 0.9074 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1365850 4 0.3913 0.6636 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1335940 1 0.1732 0.9071 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1436515 1 0.0963 0.8982 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1367612 2 0.2230 0.7666 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1411002 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1446606 4 0.4352 0.7089 0.000 0.244 0.036 0.720 0.000
#> SRR1350936 1 0.2561 0.8908 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1351257 2 0.4150 0.3611 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1316793 3 0.4078 0.7384 0.068 0.000 0.784 0.148 0.000
#> SRR1090815 1 0.3074 0.8671 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR657845 1 0.3282 0.8665 0.804 0.000 0.008 0.188 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.2852 0.8793 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1399457 2 0.3932 0.5242 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1073341 2 0.3508 0.4572 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 1 0.2516 0.8927 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1309657 1 0.0794 0.9068 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR820186 1 0.2843 0.8887 0.848 0.000 0.008 0.144 0.000
#> SRR1388913 4 0.4297 0.3076 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1396270 3 0.3051 0.7975 0.060 0.000 0.864 0.076 0.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.4307 -0.2279 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1478410 3 0.1121 0.8392 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR613975 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.2732 0.7512 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1088044 4 0.4901 0.6887 0.000 0.168 0.116 0.716 0.000
#> SRR1082909 1 0.3282 0.8665 0.804 0.000 0.008 0.188 0.000
#> SRR1392007 4 0.4201 0.5040 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR2166524 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.2605 0.8898 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR819867 4 0.4210 0.4931 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1339675 1 0.2773 0.8833 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1085687 4 0.4929 0.6764 0.000 0.136 0.148 0.716 0.000
#> SRR597952 2 0.2929 0.7339 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1376497 3 0.4914 0.6541 0.108 0.000 0.712 0.180 0.000
#> SRR813848 3 0.0404 0.8542 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1379471 2 0.3806 0.7018 0.084 0.812 0.000 0.104 0.000
#> SRR1070960 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR615285 1 0.4627 0.7989 0.732 0.000 0.080 0.188 0.000
#> SRR1325353 1 0.1544 0.8981 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1470682 2 0.3661 0.6248 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR615886 5 0.4192 0.5793 0.232 0.000 0.000 0.032 0.736
#> SRR1397649 2 0.0794 0.7721 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR819690 1 0.2813 0.8816 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1336113 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.4045 0.4588 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1317218 2 0.4201 0.2550 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1352001 1 0.1908 0.9053 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1469791 4 0.3932 0.6576 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1388046 5 0.2516 0.7565 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR655076 2 0.0703 0.7712 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1464353 2 0.4060 0.4337 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR654754 1 0.1197 0.8937 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR599412 1 0.0794 0.9074 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2166308 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655696 5 0.0162 0.8905 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR602978 2 0.0794 0.7720 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1323850 2 0.2424 0.7611 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1365512 3 0.0404 0.8543 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR663380 1 0.3353 0.8617 0.796 0.000 0.008 0.196 0.000
#> SRR1410469 4 0.5920 0.6173 0.000 0.252 0.160 0.588 0.000
#> SRR659259 4 0.5030 0.5941 0.000 0.352 0.044 0.604 0.000
#> SRR1421223 4 0.4468 0.7090 0.000 0.240 0.044 0.716 0.000
#> SRR1092567 3 0.0703 0.8498 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1472598 2 0.3424 0.6798 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1069279 4 0.3838 0.7065 0.000 0.280 0.004 0.716 0.000
#> SRR1351624 4 0.4852 0.6971 0.000 0.184 0.100 0.716 0.000
#> SRR1342938 3 0.4357 0.7181 0.128 0.000 0.768 0.104 0.000
#> SRR599346 1 0.2351 0.8485 0.896 0.088 0.000 0.016 0.000
#> SRR1359045 1 0.3318 0.8641 0.800 0.000 0.008 0.192 0.000
#> SRR601843 1 0.0880 0.9089 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1318898 1 0.1270 0.8926 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1455104 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR598565 1 0.1410 0.8891 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1315188 3 0.0404 0.8542 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1409875 2 0.4192 0.3010 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1348270 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.1544 0.9083 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1451857 2 0.3210 0.7052 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.1341 0.8907 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR615491 3 0.0404 0.8542 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1095937 1 0.1410 0.9011 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1473295 1 0.3353 0.8617 0.796 0.000 0.008 0.196 0.000
#> SRR1457972 4 0.4126 0.5664 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1475430 1 0.0880 0.9075 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2164562 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665490 1 0.2020 0.9057 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1434182 4 0.3838 0.7065 0.000 0.280 0.004 0.716 0.000
#> SRR1458506 1 0.1410 0.8891 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR808886 3 0.0290 0.8546 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1329442 1 0.1410 0.8891 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1457925 1 0.2020 0.9073 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1434910 4 0.4249 0.4402 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR614107 3 0.0794 0.8534 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1323914 2 0.3774 0.5918 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR1323065 1 0.2929 0.8740 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1309578 4 0.4249 0.4500 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1500908 5 0.0162 0.8909 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1076753 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1327410 4 0.5845 0.5140 0.000 0.352 0.108 0.540 0.000
#> SRR608064 1 0.1768 0.9057 0.924 0.000 0.004 0.072 0.000
#> SRR608512 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2167551 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.1043 0.8973 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1345669 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1367588 1 0.3492 0.8621 0.796 0.000 0.016 0.188 0.000
#> SRR1387724 3 0.0794 0.8529 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR660438 5 0.0865 0.8724 0.000 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR1310758 2 0.0963 0.7731 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR601525 1 0.2280 0.8999 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR818749 5 0.4835 0.5953 0.156 0.000 0.000 0.120 0.724
#> SRR604294 2 0.3790 0.4181 0.272 0.724 0.004 0.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.3796 0.5926 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1317001 1 0.1851 0.9062 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1311897 1 0.0963 0.9074 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1308715 4 0.3752 0.6979 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1415195 3 0.0404 0.8542 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.1478 0.8973 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR603834 3 0.2300 0.8234 0.024 0.000 0.904 0.072 0.000
#> SRR1341256 2 0.3130 0.7476 0.048 0.856 0.000 0.096 0.000
#> SRR613795 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659744 2 0.2377 0.7631 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1479549 1 0.2127 0.9031 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR613258 1 0.1502 0.9026 0.940 0.004 0.000 0.056 0.000
#> SRR1088808 1 0.2074 0.9022 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1329068 2 0.2471 0.7594 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1480565 4 0.4182 0.5224 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1337137 2 0.2929 0.7344 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1099520 1 0.1851 0.9040 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR603942 1 0.1197 0.9051 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1440625 2 0.3607 0.6704 0.000 0.752 0.004 0.244 0.000
#> SRR1391700 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR657360 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473443 4 0.4287 0.3410 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1498438 3 0.2424 0.7725 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1394655 3 0.3536 0.7723 0.084 0.000 0.832 0.084 0.000
#> SRR1322437 4 0.4958 0.2804 0.000 0.032 0.400 0.568 0.000
#> SRR660236 3 0.0404 0.8542 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1466338 4 0.5073 0.6922 0.000 0.212 0.100 0.688 0.000
#> SRR604148 1 0.2230 0.8990 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1334939 2 0.3661 0.6322 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1349497 1 0.1478 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1360523 1 0.0880 0.8992 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1446114 4 0.3752 0.6979 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1339366 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 1 0.4062 0.8379 0.764 0.000 0.040 0.196 0.000
#> SRR1389868 1 0.1121 0.9005 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.3838 0.7065 0.000 0.280 0.004 0.716 0.000
#> SRR1469102 1 0.1197 0.9088 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0510 0.7693 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1352575 1 0.1608 0.9060 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR613711 2 0.3074 0.7198 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR614023 1 0.3003 0.8713 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1316174 1 0.0880 0.8992 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR603268 2 0.3707 0.6140 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.2074 0.7694 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1074189 1 0.1568 0.8976 0.944 0.036 0.000 0.020 0.000
#> SRR665646 1 0.4921 0.4733 0.604 0.000 0.000 0.036 0.360
#> SRR1404931 3 0.3039 0.7184 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1431552 3 0.0404 0.8542 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1479085 2 0.4506 0.5768 0.028 0.676 0.000 0.296 0.000
#> SRR1322711 2 0.4305 -0.1726 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1404988 4 0.3838 0.7065 0.000 0.280 0.004 0.716 0.000
#> SRR1419848 4 0.3838 0.7065 0.000 0.280 0.004 0.716 0.000
#> SRR1332713 1 0.1341 0.9078 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1070863 1 0.3087 0.8838 0.836 0.004 0.008 0.152 0.000
#> SRR659947 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414356 1 0.1270 0.9074 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR599122 1 0.2732 0.8860 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1344100 5 0.3143 0.6708 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR613018 4 0.4546 0.0848 0.000 0.008 0.460 0.532 0.000
#> SRR1456591 1 0.1671 0.9055 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1368710 4 0.3707 0.7038 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1397885 1 0.1410 0.8891 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1319283 4 0.4926 0.6826 0.000 0.152 0.132 0.716 0.000
#> SRR1349518 2 0.3684 0.6213 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1471267 1 0.1410 0.8893 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR655277 1 0.3526 0.8660 0.832 0.000 0.000 0.096 0.072
#> SRR1455436 2 0.1732 0.7734 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR658009 1 0.3093 0.8779 0.824 0.000 0.008 0.168 0.000
#> SRR1331383 4 0.4384 0.4564 0.000 0.016 0.324 0.660 0.000
#> SRR1394894 3 0.3734 0.7729 0.060 0.000 0.812 0.128 0.000
#> SRR659133 3 0.0703 0.8534 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR660212 3 0.0609 0.8533 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR657821 1 0.3003 0.8713 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1379279 2 0.3999 0.4737 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR663149 5 0.0000 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413032 2 0.4147 0.5509 0.000 0.676 0.008 0.316 0.000
#> SRR1377557 1 0.1121 0.9055 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1335296 2 0.0000 0.7651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.3074 0.5410 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR657101 2 0.3774 0.5947 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR1350588 1 0.1121 0.8954 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1368486 1 0.3353 0.8617 0.796 0.000 0.008 0.196 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.0405 0.8107 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499543 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.3126 0.6301 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR657372 1 0.0790 0.8120 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 3 0.2318 0.7420 0.044 0.064 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409721 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.3076 0.6836 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 3 0.3923 0.3559 0.416 0.000 0.580 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453787 1 0.0458 0.8107 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR654969 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435113 6 0.0790 0.8112 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR601359 1 0.2146 0.7808 0.880 0.000 0.116 0.000 0.000 0.004
#> SRR663392 6 0.1719 0.8428 0.000 0.060 0.016 0.000 0.000 0.924
#> SRR1374716 4 0.0363 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR601157 1 0.3810 0.3130 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000
#> SRR615347 2 0.5912 0.3721 0.000 0.528 0.016 0.000 0.292 0.164
#> SRR1329464 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.3023 0.7099 0.784 0.000 0.212 0.000 0.000 0.004
#> SRR598068 1 0.0363 0.8110 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0458 0.8124 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.3795 0.4817 0.632 0.000 0.364 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312024 3 0.2234 0.7912 0.124 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499699 5 0.2996 0.6797 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1397861 1 0.1501 0.8027 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.2092 0.7798 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1475483 1 0.3446 0.5762 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.2003 0.7892 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR663368 3 0.2135 0.6895 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1354225 2 0.0146 0.8411 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089809 6 0.0603 0.8339 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1338901 6 0.1714 0.8417 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR598645 4 0.0622 0.9122 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR656528 6 0.4609 0.3045 0.000 0.000 0.000 0.048 0.364 0.588
#> SRR809503 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0146 0.8413 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0405 0.8107 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319858 3 0.1957 0.7897 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350566 1 0.0363 0.8114 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 6 0.1957 0.7395 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1406307 1 0.3996 0.0517 0.512 0.000 0.484 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348318 3 0.3601 0.6310 0.312 0.000 0.684 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343433 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 6 0.4244 0.7017 0.000 0.080 0.000 0.200 0.000 0.720
#> SRR1404384 2 0.1556 0.8225 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR655495 4 0.3756 0.4318 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR812270 6 0.0458 0.8223 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR821176 2 0.0937 0.8324 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR807799 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR814919 3 0.3652 0.6057 0.324 0.000 0.672 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415274 3 0.3405 0.6802 0.272 0.000 0.724 0.000 0.000 0.004
#> SRR1491275 3 0.1910 0.7888 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR659851 5 0.0146 0.8967 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1337364 1 0.3819 0.4568 0.624 0.000 0.372 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414471 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 3 0.1910 0.7888 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.3684 0.4730 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393428 6 0.3076 0.5570 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1327632 3 0.2558 0.7840 0.156 0.000 0.840 0.000 0.000 0.004
#> SRR608120 1 0.0260 0.8078 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0146 0.8410 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359529 3 0.2364 0.7696 0.072 0.004 0.892 0.032 0.000 0.000
#> SRR1330305 2 0.0146 0.8411 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 3 0.3756 0.4312 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0632 0.8402 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.2644 0.7529 0.052 0.000 0.880 0.060 0.000 0.008
#> SRR1090770 1 0.0865 0.8113 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.3975 0.2215 0.544 0.000 0.452 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398686 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.3795 0.4706 0.632 0.000 0.364 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074694 2 0.1141 0.8282 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1413851 2 0.2482 0.7527 0.000 0.848 0.004 0.000 0.000 0.148
#> SRR1319924 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361050 3 0.5872 0.4229 0.180 0.000 0.472 0.000 0.344 0.004
#> SRR1095792 2 0.3151 0.6307 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1476903 3 0.2092 0.7910 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.2070 0.7954 0.000 0.892 0.008 0.000 0.000 0.100
#> SRR607502 6 0.0520 0.8296 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR602951 4 0.3727 0.6933 0.000 0.000 0.216 0.748 0.000 0.036
#> SRR1402922 6 0.1267 0.7902 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1314071 1 0.4665 -0.0403 0.496 0.004 0.472 0.000 0.024 0.004
#> SRR1374778 4 0.0713 0.9036 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1089926 3 0.2053 0.7891 0.108 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437056 3 0.2378 0.6715 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1366772 6 0.0622 0.8320 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980
#> SRR1487465 3 0.2048 0.7887 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166006 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341034 6 0.1765 0.8410 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1460235 1 0.3930 0.3174 0.576 0.000 0.420 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368917 1 0.0260 0.8098 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 6 0.0937 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1433311 1 0.2912 0.7130 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.3989 0.1548 0.528 0.000 0.468 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454265 1 0.1501 0.8012 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 4 0.0790 0.9013 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR661711 1 0.1387 0.8037 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.1765 0.7927 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 3 0.2340 0.7879 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0146 0.8413 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350263 4 0.0146 0.9104 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1327349 4 0.3050 0.7140 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1476348 2 0.3081 0.6636 0.000 0.776 0.004 0.000 0.000 0.220
#> SRR656035 1 0.3668 0.5522 0.668 0.000 0.328 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165896 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601549 6 0.1812 0.8434 0.000 0.080 0.008 0.000 0.000 0.912
#> SRR658573 6 0.3448 0.6935 0.000 0.280 0.004 0.000 0.000 0.716
#> SRR1393470 6 0.1714 0.8415 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1381247 3 0.4242 0.3026 0.008 0.000 0.612 0.368 0.000 0.012
#> SRR1322790 3 0.3221 0.5325 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1404044 3 0.3857 0.1714 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 4 0.2416 0.7881 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1419593 1 0.0790 0.8125 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 6 0.3534 0.7326 0.000 0.244 0.016 0.000 0.000 0.740
#> SRR1349540 3 0.2121 0.7825 0.096 0.000 0.892 0.012 0.000 0.000
#> SRR1377967 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR662510 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370151 2 0.2213 0.8078 0.004 0.904 0.044 0.000 0.048 0.000
#> SRR809043 4 0.0865 0.9018 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR659578 5 0.0713 0.8809 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1339413 6 0.1908 0.8416 0.000 0.096 0.000 0.004 0.000 0.900
#> SRR1434760 4 0.1049 0.9031 0.000 0.000 0.032 0.960 0.000 0.008
#> SRR660079 5 0.3426 0.6028 0.276 0.000 0.004 0.000 0.720 0.000
#> SRR1465153 6 0.0508 0.8247 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1340924 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 6 0.4859 0.4868 0.000 0.344 0.072 0.000 0.000 0.584
#> SRR1418688 4 0.0632 0.9052 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR602338 1 0.0260 0.8078 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 6 0.1663 0.7726 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1313789 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 4 0.2070 0.8497 0.000 0.000 0.100 0.892 0.000 0.008
#> SRR601962 3 0.3765 0.4421 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 3 0.3101 0.7292 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0632 0.8403 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR655780 6 0.5039 0.2866 0.000 0.040 0.012 0.004 0.404 0.540
#> SRR661794 3 0.3584 0.6249 0.308 0.000 0.688 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339508 3 0.3445 0.6961 0.048 0.000 0.796 0.156 0.000 0.000
#> SRR1501097 2 0.0547 0.8383 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1358459 2 0.1531 0.8176 0.000 0.928 0.004 0.000 0.000 0.068
#> SRR1333550 6 0.3351 0.6705 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR821148 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808658 2 0.4226 0.5665 0.112 0.736 0.152 0.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.1663 0.7962 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0405 0.8405 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469477 3 0.3360 0.7093 0.264 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468184 6 0.0603 0.8337 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1415660 6 0.2902 0.7750 0.000 0.196 0.004 0.000 0.000 0.800
#> SRR816892 6 0.3076 0.7330 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1447325 4 0.0363 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1415980 3 0.2595 0.7823 0.160 0.000 0.836 0.000 0.000 0.004
#> SRR658021 3 0.3052 0.7479 0.216 0.000 0.780 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356308 2 0.2854 0.6827 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1443695 3 0.2147 0.7358 0.020 0.000 0.896 0.084 0.000 0.000
#> SRR1083031 2 0.3634 0.4116 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1466177 2 0.1152 0.8304 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR1346978 2 0.0458 0.8410 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR607705 3 0.2178 0.7908 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR598364 1 0.0632 0.8127 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.3647 0.4955 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.3652 0.5564 0.672 0.000 0.324 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365850 6 0.1765 0.8410 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1335940 1 0.3728 0.5208 0.652 0.000 0.344 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436515 1 0.0713 0.8127 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.1556 0.8146 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1411002 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 6 0.0632 0.8361 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1350936 3 0.3961 0.2354 0.440 0.000 0.556 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351257 6 0.3634 0.5464 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1316793 3 0.2003 0.7062 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR1090815 3 0.2668 0.7780 0.168 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004
#> SRR657845 3 0.2191 0.7910 0.120 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408633 2 0.1267 0.8303 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398971 3 0.2416 0.7846 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 6 0.4263 0.1932 0.000 0.480 0.016 0.000 0.000 0.504
#> SRR1073341 2 0.5191 -0.1599 0.088 0.456 0.456 0.000 0.000 0.000
#> SRR810805 3 0.3215 0.7215 0.240 0.000 0.756 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309657 1 0.3023 0.6902 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 3 0.2595 0.7842 0.160 0.000 0.836 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388913 6 0.3245 0.7478 0.000 0.228 0.008 0.000 0.000 0.764
#> SRR1396270 4 0.3975 0.2462 0.000 0.000 0.452 0.544 0.000 0.004
#> SRR613402 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR614912 6 0.3586 0.7052 0.000 0.268 0.012 0.000 0.000 0.720
#> SRR1478410 4 0.0865 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR613975 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 4 0.2632 0.7882 0.000 0.000 0.004 0.832 0.000 0.164
#> SRR1088044 6 0.0622 0.8320 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980
#> SRR1082909 3 0.2191 0.7910 0.120 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392007 6 0.1958 0.8394 0.000 0.100 0.004 0.000 0.000 0.896
#> SRR2166524 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445765 3 0.3565 0.6265 0.304 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004
#> SRR819867 6 0.1765 0.8410 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1339675 3 0.3189 0.7231 0.236 0.000 0.760 0.000 0.000 0.004
#> SRR1085687 6 0.0520 0.8296 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR597952 2 0.2218 0.7919 0.000 0.884 0.012 0.000 0.000 0.104
#> SRR1376497 3 0.1863 0.7126 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR813848 4 0.0363 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1379471 2 0.3810 0.6428 0.016 0.748 0.220 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070960 1 0.2664 0.7386 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.2309 0.7375 0.028 0.000 0.888 0.084 0.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0363 0.8110 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 6 0.4184 0.2165 0.000 0.484 0.012 0.000 0.000 0.504
#> SRR615886 5 0.2740 0.8030 0.060 0.000 0.076 0.000 0.864 0.000
#> SRR1397649 2 0.0146 0.8411 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR819690 3 0.3081 0.7420 0.220 0.000 0.776 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336113 2 0.1765 0.8114 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396570 2 0.0937 0.8364 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327366 6 0.3684 0.5107 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1317218 6 0.3652 0.6274 0.000 0.324 0.004 0.000 0.000 0.672
#> SRR1352001 3 0.3756 0.5329 0.352 0.000 0.644 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469791 6 0.1765 0.8410 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1388046 5 0.2595 0.7449 0.000 0.160 0.004 0.000 0.836 0.000
#> SRR655076 2 0.0146 0.8411 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464353 6 0.3371 0.6763 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR654754 1 0.0547 0.8116 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.3684 0.4211 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 5 0.1957 0.8112 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR602978 2 0.0363 0.8412 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.1141 0.8277 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1365512 4 0.0405 0.9117 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR663380 3 0.2053 0.7891 0.108 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410469 6 0.3032 0.8264 0.000 0.104 0.000 0.056 0.000 0.840
#> SRR659259 6 0.2165 0.8361 0.000 0.108 0.000 0.008 0.000 0.884
#> SRR1421223 6 0.0508 0.8323 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1092567 4 0.0363 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1472598 2 0.2969 0.6701 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1069279 6 0.0508 0.8323 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1351624 6 0.0520 0.8296 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1342938 3 0.3636 0.4151 0.004 0.000 0.676 0.320 0.000 0.000
#> SRR599346 2 0.5692 0.1295 0.260 0.524 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359045 3 0.2320 0.7902 0.132 0.000 0.864 0.000 0.000 0.004
#> SRR601843 1 0.3823 0.2401 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0458 0.8121 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0363 0.8114 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 4 0.0363 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1409875 6 0.3464 0.6311 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1348270 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR602389 1 0.3915 0.3387 0.584 0.000 0.412 0.000 0.000 0.004
#> SRR1451857 2 0.2743 0.7337 0.000 0.828 0.008 0.000 0.000 0.164
#> SRR1436629 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0146 0.8093 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0363 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1095937 1 0.2135 0.7715 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473295 3 0.2053 0.7891 0.108 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457972 6 0.1765 0.8410 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1475430 3 0.3860 0.2038 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164562 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.1753 0.7996 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434182 6 0.0603 0.8337 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1458506 1 0.0146 0.8093 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 4 0.0508 0.9126 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1329442 1 0.0146 0.8093 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.3076 0.6854 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 6 0.2100 0.8344 0.000 0.112 0.004 0.000 0.000 0.884
#> SRR614107 4 0.0146 0.9104 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1323914 2 0.3727 0.2938 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1323065 3 0.2340 0.7885 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 6 0.1958 0.8400 0.000 0.100 0.004 0.000 0.000 0.896
#> SRR1500908 5 0.0713 0.8830 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 6 0.3796 0.7713 0.000 0.188 0.012 0.032 0.000 0.768
#> SRR608064 3 0.3101 0.7306 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.0260 0.8937 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1394872 1 0.0937 0.8109 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.1910 0.7888 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387724 4 0.0363 0.9094 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR660438 5 0.2776 0.7861 0.000 0.032 0.000 0.004 0.860 0.104
#> SRR1310758 2 0.0291 0.8408 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR601525 3 0.3383 0.7006 0.268 0.000 0.728 0.000 0.000 0.004
#> SRR818749 3 0.3996 -0.0456 0.004 0.000 0.512 0.000 0.484 0.000
#> SRR604294 3 0.4423 0.2143 0.028 0.420 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.3727 0.3302 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1317001 1 0.3508 0.6121 0.704 0.000 0.292 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311897 1 0.3607 0.5135 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 6 0.1663 0.8422 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1415195 4 0.0363 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1380163 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0260 0.8078 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.4076 0.0429 0.000 0.000 0.540 0.452 0.000 0.008
#> SRR1341256 2 0.2362 0.7916 0.016 0.892 0.080 0.000 0.000 0.012
#> SRR613795 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.1913 0.8092 0.000 0.908 0.012 0.000 0.000 0.080
#> SRR1479549 1 0.2964 0.7203 0.792 0.000 0.204 0.000 0.000 0.004
#> SRR613258 1 0.3050 0.6651 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088808 3 0.2793 0.7635 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.2070 0.8007 0.000 0.896 0.012 0.000 0.000 0.092
#> SRR1480565 6 0.1765 0.8410 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1337137 2 0.1333 0.8300 0.000 0.944 0.008 0.000 0.000 0.048
#> SRR1099520 3 0.2941 0.7481 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.2320 0.7745 0.864 0.000 0.132 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440625 2 0.2902 0.6991 0.000 0.800 0.004 0.000 0.000 0.196
#> SRR1391700 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.0632 0.8858 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1473443 6 0.2668 0.7980 0.000 0.168 0.004 0.000 0.000 0.828
#> SRR1498438 4 0.1531 0.8778 0.000 0.000 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR1394655 3 0.3650 0.5104 0.008 0.000 0.716 0.272 0.000 0.004
#> SRR1322437 6 0.2697 0.6414 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR660236 4 0.0363 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1466338 6 0.1806 0.8420 0.000 0.088 0.000 0.004 0.000 0.908
#> SRR604148 1 0.3619 0.5831 0.680 0.000 0.316 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334939 2 0.3428 0.5382 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1349497 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0632 0.8126 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 6 0.1814 0.8399 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1339366 2 0.1714 0.8143 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR656469 3 0.2006 0.7877 0.104 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389868 1 0.0458 0.8123 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 6 0.0508 0.8323 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1469102 1 0.3023 0.6962 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.8410 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.3619 0.5676 0.680 0.000 0.316 0.000 0.000 0.004
#> SRR613711 2 0.3714 0.4075 0.000 0.656 0.004 0.000 0.000 0.340
#> SRR614023 3 0.2558 0.7840 0.156 0.000 0.840 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316174 1 0.1327 0.8057 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.4264 -0.1667 0.000 0.496 0.016 0.000 0.000 0.488
#> SRR1486044 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0777 0.8367 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1074189 3 0.6022 0.2036 0.376 0.204 0.416 0.000 0.000 0.004
#> SRR665646 5 0.5290 0.3607 0.272 0.000 0.128 0.000 0.596 0.004
#> SRR1404931 4 0.2762 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1431552 4 0.0363 0.9127 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1479085 3 0.4419 0.5017 0.004 0.220 0.704 0.000 0.000 0.072
#> SRR1322711 6 0.3888 0.6417 0.000 0.312 0.016 0.000 0.000 0.672
#> SRR1404988 6 0.0508 0.8323 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1419848 6 0.0603 0.8337 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1332713 3 0.3446 0.6510 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 3 0.2048 0.7906 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR659947 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414356 3 0.3695 0.5163 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR599122 3 0.2912 0.7479 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344100 5 0.3244 0.5849 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR613018 6 0.3126 0.5424 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1456591 1 0.3872 0.4013 0.604 0.000 0.392 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368710 6 0.0603 0.8337 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1397885 1 0.0000 0.8074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 6 0.0717 0.8334 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976
#> SRR1349518 6 0.4032 0.3971 0.000 0.420 0.008 0.000 0.000 0.572
#> SRR1471267 1 0.0146 0.8079 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 1 0.4437 0.6796 0.716 0.000 0.188 0.000 0.092 0.004
#> SRR1455436 2 0.0146 0.8411 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR658009 3 0.2520 0.7855 0.152 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331383 6 0.1141 0.7999 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1394894 3 0.3868 -0.0927 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR659133 4 0.0713 0.9036 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR660212 4 0.0260 0.9100 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR657821 3 0.2964 0.7546 0.204 0.000 0.792 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379279 6 0.4141 0.4944 0.000 0.388 0.016 0.000 0.000 0.596
#> SRR663149 5 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413032 2 0.4356 0.3668 0.000 0.608 0.032 0.000 0.000 0.360
#> SRR1377557 1 0.2442 0.7675 0.852 0.000 0.144 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335296 2 0.1501 0.8243 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407273 2 0.2609 0.7327 0.096 0.868 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR657101 2 0.4783 0.4868 0.000 0.636 0.088 0.000 0.000 0.276
#> SRR1350588 1 0.0632 0.8127 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 3 0.2234 0.7912 0.124 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17690 rows and 361 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.982 0.954 0.982 0.4974 0.503 0.503
#> 3 3 0.775 0.811 0.918 0.3201 0.767 0.568
#> 4 4 0.826 0.833 0.921 0.1194 0.840 0.582
#> 5 5 0.800 0.784 0.891 0.0547 0.894 0.643
#> 6 6 0.765 0.719 0.846 0.0368 0.923 0.690
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR661409 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1409721 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR654969 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1435113 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR663392 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1374716 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR615347 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.7674 0.7074 0.224 0.776
#> SRR1365356 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1312024 2 0.7950 0.6811 0.240 0.760
#> SRR1499699 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR663368 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1089809 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1338901 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR598645 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR656528 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR809503 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR659923 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1319858 2 0.1414 0.9618 0.020 0.980
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR614743 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1406307 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1342088 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1404384 2 0.9909 0.2003 0.444 0.556
#> SRR655495 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR812270 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR814919 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.5294 0.8593 0.880 0.120
#> SRR659851 2 0.1633 0.9580 0.024 0.976
#> SRR1337364 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1456208 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1393428 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1359529 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR658117 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR657420 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1413851 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1319924 1 0.9044 0.5338 0.680 0.320
#> SRR1361050 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1095792 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1476903 1 0.0376 0.9785 0.996 0.004
#> SRR1406502 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR607502 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR602951 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1402922 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1314071 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1374778 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1089926 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1437056 1 0.0376 0.9784 0.996 0.004
#> SRR1366772 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1487465 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR2166006 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1341034 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1460235 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1457197 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR656373 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1454498 2 0.0672 0.9732 0.008 0.992
#> SRR661711 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1350263 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1327349 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1476348 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR656035 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR2165896 2 0.9286 0.4760 0.344 0.656
#> SRR601549 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR658573 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1393470 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1381247 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1322790 2 0.8813 0.5719 0.300 0.700
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1487728 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1349540 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR662510 2 0.6343 0.8015 0.160 0.840
#> SRR1370151 1 0.6623 0.7920 0.828 0.172
#> SRR809043 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR659578 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1339413 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1434760 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR660079 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1465153 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1073267 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1418688 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1323936 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR614275 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR655780 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR661794 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1339508 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1501097 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1333550 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR821148 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR808658 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1469477 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1468184 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1415660 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR816892 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1447325 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR658021 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1443695 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1083031 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1466177 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR607705 1 0.6531 0.7976 0.832 0.168
#> SRR598364 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1446606 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1350936 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1351257 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1316793 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR657845 2 0.9996 0.0419 0.488 0.512
#> SRR1408633 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1073341 2 0.9686 0.3442 0.396 0.604
#> SRR810805 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR820186 1 0.2043 0.9540 0.968 0.032
#> SRR1388913 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1396270 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR614912 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1478410 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR613975 2 0.4022 0.8995 0.080 0.920
#> SRR1441631 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1088044 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR2166524 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR819867 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1339675 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1085687 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR597952 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1376497 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR813848 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1379471 2 0.6531 0.7906 0.168 0.832
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR615285 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR615886 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1397649 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1336113 1 0.5737 0.8399 0.864 0.136
#> SRR1396570 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1327366 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1317218 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1388046 1 0.8207 0.6588 0.744 0.256
#> SRR655076 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1464353 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR2166308 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR655696 1 0.9983 0.0897 0.524 0.476
#> SRR602978 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1365512 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR663380 1 0.1633 0.9614 0.976 0.024
#> SRR1410469 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR659259 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1421223 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1092567 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1069279 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1351624 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1342938 1 0.3274 0.9260 0.940 0.060
#> SRR599346 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1359045 1 0.3733 0.9138 0.928 0.072
#> SRR601843 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1315188 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1409875 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1348270 1 0.1633 0.9614 0.976 0.024
#> SRR602389 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR615491 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1473295 1 0.9635 0.3696 0.612 0.388
#> SRR1457972 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1475430 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR2164562 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR665490 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1434182 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR808886 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR614107 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1500908 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR608064 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR2167551 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1387724 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR660438 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR601525 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR818749 1 0.6531 0.7975 0.832 0.168
#> SRR604294 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1377949 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1415195 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR603834 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1341256 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR613795 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR659744 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1479549 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR613258 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1480565 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1337137 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1473443 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1498438 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1394655 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1322437 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR660236 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1466338 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR604148 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1334939 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1446114 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1339366 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR656469 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1390265 1 0.0938 0.9718 0.988 0.012
#> SRR1364935 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1352575 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR613711 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR614023 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR603268 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1074189 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR665646 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1404931 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1431552 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1479085 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1322711 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1404988 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1419848 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1070863 2 0.9248 0.4848 0.340 0.660
#> SRR659947 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1344100 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR613018 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1456591 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1368710 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1319283 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1349518 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR655277 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1455436 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR658009 1 0.0938 0.9718 0.988 0.012
#> SRR1331383 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1394894 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR659133 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR660212 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1379279 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR663149 1 0.9522 0.4119 0.628 0.372
#> SRR1413032 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1335296 1 0.1843 0.9577 0.972 0.028
#> SRR1407273 2 0.9963 0.1321 0.464 0.536
#> SRR657101 2 0.0000 0.9805 0.000 1.000
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9817 1.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.2778 0.9385 0.952 0.048
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1330792 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR657372 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR661409 3 0.3941 0.764570 0.000 0.156 0.844
#> SRR1409721 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391678 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.2066 0.899895 0.940 0.060 0.000
#> SRR654969 1 0.1267 0.926958 0.972 0.024 0.004
#> SRR1435113 3 0.2448 0.829319 0.000 0.076 0.924
#> SRR601359 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR663392 3 0.6180 0.310301 0.000 0.416 0.584
#> SRR1374716 3 0.1753 0.845538 0.000 0.048 0.952
#> SRR601157 1 0.1411 0.919490 0.964 0.000 0.036
#> SRR615347 2 0.2796 0.854880 0.000 0.908 0.092
#> SRR1329464 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0237 0.896760 0.004 0.996 0.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0424 0.937651 0.992 0.000 0.008
#> SRR1312024 2 0.1289 0.877147 0.032 0.968 0.000
#> SRR1499699 3 0.0237 0.858642 0.000 0.004 0.996
#> SRR1397861 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR603726 3 0.6026 0.363143 0.376 0.000 0.624
#> SRR663368 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354225 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089809 2 0.6008 0.426194 0.000 0.628 0.372
#> SRR1338901 2 0.3482 0.825402 0.000 0.872 0.128
#> SRR598645 3 0.1753 0.845538 0.000 0.048 0.952
#> SRR656528 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR809503 1 0.6836 0.627371 0.704 0.056 0.240
#> SRR659923 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498226 1 0.0592 0.935439 0.988 0.012 0.000
#> SRR1319858 2 0.8576 0.478554 0.160 0.600 0.240
#> SRR1350566 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR614743 3 0.1753 0.845712 0.000 0.048 0.952
#> SRR1406307 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.5948 0.430404 0.000 0.360 0.640
#> SRR1404384 2 0.0237 0.896760 0.004 0.996 0.000
#> SRR655495 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR812270 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR821176 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR807799 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR814919 1 0.6260 0.242997 0.552 0.448 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 1 0.6280 0.187313 0.540 0.000 0.460
#> SRR659851 3 0.8163 0.517188 0.124 0.248 0.628
#> SRR1337364 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 3 0.6309 -0.056218 0.496 0.000 0.504
#> SRR1456208 1 0.1163 0.925452 0.972 0.000 0.028
#> SRR1393428 3 0.0592 0.858692 0.000 0.012 0.988
#> SRR1327632 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.1529 0.916477 0.960 0.040 0.000
#> SRR607679 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359529 3 0.1031 0.855430 0.000 0.024 0.976
#> SRR1330305 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR658117 3 0.5098 0.647772 0.000 0.248 0.752
#> SRR1090770 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.1643 0.913593 0.956 0.000 0.044
#> SRR1398686 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074694 2 0.1643 0.884572 0.000 0.956 0.044
#> SRR1413851 2 0.0592 0.897227 0.000 0.988 0.012
#> SRR1319924 2 0.0424 0.894349 0.008 0.992 0.000
#> SRR1361050 1 0.3412 0.832358 0.876 0.124 0.000
#> SRR1095792 2 0.2625 0.857596 0.000 0.916 0.084
#> SRR1476903 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0424 0.897923 0.000 0.992 0.008
#> SRR607502 3 0.0592 0.858958 0.000 0.012 0.988
#> SRR602951 2 0.6299 0.089111 0.000 0.524 0.476
#> SRR1402922 3 0.0424 0.859216 0.000 0.008 0.992
#> SRR1314071 1 0.6204 0.312282 0.576 0.424 0.000
#> SRR1374778 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089926 1 0.6260 0.229960 0.552 0.000 0.448
#> SRR1437056 3 0.2959 0.788000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1366772 3 0.4121 0.756810 0.000 0.168 0.832
#> SRR1487465 3 0.5058 0.612410 0.244 0.000 0.756
#> SRR2166006 1 0.2434 0.909185 0.940 0.024 0.036
#> SRR1341034 2 0.2261 0.872176 0.000 0.932 0.068
#> SRR1460235 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.2625 0.825046 0.000 0.084 0.916
#> SRR1433311 1 0.0747 0.933139 0.984 0.000 0.016
#> SRR656373 1 0.0892 0.930843 0.980 0.000 0.020
#> SRR1454265 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.0424 0.855975 0.008 0.000 0.992
#> SRR661711 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0892 0.930419 0.980 0.020 0.000
#> SRR1381414 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327349 3 0.1964 0.841358 0.000 0.056 0.944
#> SRR1476348 2 0.5098 0.677919 0.000 0.752 0.248
#> SRR656035 1 0.0424 0.937651 0.992 0.000 0.008
#> SRR2165896 3 0.9083 0.397045 0.180 0.280 0.540
#> SRR601549 2 0.5529 0.597195 0.000 0.704 0.296
#> SRR658573 2 0.1289 0.890301 0.000 0.968 0.032
#> SRR1393470 2 0.5968 0.443709 0.000 0.636 0.364
#> SRR1381247 3 0.1289 0.852273 0.000 0.032 0.968
#> SRR1322790 3 0.1753 0.829691 0.048 0.000 0.952
#> SRR1404044 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419593 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.4235 0.769441 0.000 0.824 0.176
#> SRR1349540 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377967 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR662510 2 0.9053 0.326459 0.220 0.556 0.224
#> SRR1370151 1 0.6215 0.295749 0.572 0.428 0.000
#> SRR809043 3 0.1411 0.850660 0.000 0.036 0.964
#> SRR659578 1 0.0237 0.939530 0.996 0.004 0.000
#> SRR1339413 2 0.4121 0.783920 0.000 0.832 0.168
#> SRR1434760 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR660079 1 0.0237 0.939494 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465153 3 0.4291 0.739174 0.000 0.180 0.820
#> SRR1340924 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 3 0.5882 0.460766 0.000 0.348 0.652
#> SRR1418688 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR602338 1 0.1289 0.922347 0.968 0.032 0.000
#> SRR1323936 3 0.4504 0.719553 0.000 0.196 0.804
#> SRR1313789 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR614275 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR655780 3 0.4605 0.709138 0.000 0.204 0.796
#> SRR661794 1 0.2356 0.889450 0.928 0.000 0.072
#> SRR1339508 3 0.0424 0.855975 0.008 0.000 0.992
#> SRR1501097 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358459 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.1529 0.887242 0.000 0.960 0.040
#> SRR821148 1 0.1399 0.924200 0.968 0.028 0.004
#> SRR808658 2 0.1860 0.864288 0.052 0.948 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469477 1 0.0848 0.935053 0.984 0.008 0.008
#> SRR1468184 2 0.6309 -0.000992 0.000 0.500 0.500
#> SRR1415660 2 0.2261 0.872306 0.000 0.932 0.068
#> SRR816892 2 0.4931 0.698293 0.000 0.768 0.232
#> SRR1447325 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415980 1 0.0237 0.939494 0.996 0.000 0.004
#> SRR658021 1 0.1529 0.916284 0.960 0.040 0.000
#> SRR1356308 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443695 3 0.0237 0.857839 0.004 0.000 0.996
#> SRR1083031 2 0.0237 0.898483 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466177 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR607705 2 0.5529 0.560133 0.296 0.704 0.000
#> SRR598364 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365850 2 0.3267 0.835679 0.000 0.884 0.116
#> SRR1335940 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411002 1 0.0592 0.935439 0.988 0.012 0.000
#> SRR1446606 2 0.6168 0.318140 0.000 0.588 0.412
#> SRR1350936 1 0.0237 0.939494 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351257 3 0.6026 0.393785 0.000 0.376 0.624
#> SRR1316793 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090815 1 0.1643 0.913643 0.956 0.000 0.044
#> SRR657845 1 0.6280 0.200638 0.540 0.460 0.000
#> SRR1408633 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398971 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.3412 0.830088 0.000 0.876 0.124
#> SRR1073341 2 0.3551 0.768163 0.132 0.868 0.000
#> SRR810805 1 0.3551 0.823496 0.868 0.132 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.1289 0.922503 0.968 0.032 0.000
#> SRR1388913 2 0.2796 0.855696 0.000 0.908 0.092
#> SRR1396270 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR613402 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR614912 2 0.1031 0.893482 0.000 0.976 0.024
#> SRR1478410 3 0.0892 0.856432 0.000 0.020 0.980
#> SRR613975 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441631 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088044 3 0.3482 0.792285 0.000 0.128 0.872
#> SRR1082909 1 0.0747 0.933139 0.984 0.000 0.016
#> SRR1392007 2 0.3038 0.846209 0.000 0.896 0.104
#> SRR2166524 3 0.6026 0.382344 0.000 0.376 0.624
#> SRR1445765 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.1964 0.879498 0.000 0.944 0.056
#> SRR1339675 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085687 3 0.4346 0.736648 0.000 0.184 0.816
#> SRR597952 2 0.0424 0.897923 0.000 0.992 0.008
#> SRR1376497 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR813848 3 0.0592 0.858692 0.000 0.012 0.988
#> SRR1379471 1 0.8054 0.266622 0.568 0.076 0.356
#> SRR1070960 1 0.0592 0.935771 0.988 0.012 0.000
#> SRR615285 3 0.5785 0.440539 0.332 0.000 0.668
#> SRR1325353 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0592 0.897227 0.000 0.988 0.012
#> SRR615886 1 0.1529 0.916636 0.960 0.000 0.040
#> SRR1397649 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336113 2 0.0892 0.886236 0.020 0.980 0.000
#> SRR1396570 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327366 2 0.0592 0.897521 0.000 0.988 0.012
#> SRR1317218 2 0.0592 0.897227 0.000 0.988 0.012
#> SRR1352001 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.4452 0.753415 0.000 0.808 0.192
#> SRR1388046 1 0.6295 0.157782 0.528 0.472 0.000
#> SRR655076 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464353 2 0.0592 0.897530 0.000 0.988 0.012
#> SRR654754 1 0.0237 0.939455 0.996 0.004 0.000
#> SRR599412 1 0.1529 0.916477 0.960 0.040 0.000
#> SRR2166308 3 0.6307 -0.024252 0.488 0.000 0.512
#> SRR655696 3 0.2625 0.802711 0.084 0.000 0.916
#> SRR602978 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323850 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365512 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR663380 3 0.5465 0.534137 0.288 0.000 0.712
#> SRR1410469 3 0.3879 0.767844 0.000 0.152 0.848
#> SRR659259 2 0.5678 0.553214 0.000 0.684 0.316
#> SRR1421223 3 0.5291 0.618135 0.000 0.268 0.732
#> SRR1092567 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472598 2 0.1289 0.889968 0.000 0.968 0.032
#> SRR1069279 3 0.5591 0.552970 0.000 0.304 0.696
#> SRR1351624 3 0.4605 0.712595 0.000 0.204 0.796
#> SRR1342938 3 0.1964 0.823760 0.056 0.000 0.944
#> SRR599346 2 0.3038 0.801078 0.104 0.896 0.000
#> SRR1359045 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0424 0.937573 0.992 0.008 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.0424 0.859137 0.000 0.008 0.992
#> SRR1409875 2 0.1031 0.894173 0.000 0.976 0.024
#> SRR1348270 2 0.1163 0.879777 0.028 0.972 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0592 0.897227 0.000 0.988 0.012
#> SRR1436629 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR615491 3 0.0592 0.858692 0.000 0.012 0.988
#> SRR1095937 1 0.5905 0.473740 0.648 0.352 0.000
#> SRR1473295 1 0.6026 0.422106 0.624 0.000 0.376
#> SRR1457972 2 0.2066 0.876964 0.000 0.940 0.060
#> SRR1475430 1 0.1643 0.912421 0.956 0.044 0.000
#> SRR2164562 3 0.0592 0.853743 0.012 0.000 0.988
#> SRR665490 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434182 3 0.6309 -0.004907 0.000 0.496 0.504
#> SRR1458506 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.0592 0.858697 0.000 0.012 0.988
#> SRR1329442 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0424 0.937651 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434910 2 0.1289 0.890512 0.000 0.968 0.032
#> SRR614107 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323914 2 0.0747 0.896138 0.000 0.984 0.016
#> SRR1323065 1 0.3340 0.840553 0.880 0.000 0.120
#> SRR1309578 2 0.2165 0.874456 0.000 0.936 0.064
#> SRR1500908 1 0.1163 0.925593 0.972 0.000 0.028
#> SRR1076753 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 2 0.5859 0.491313 0.000 0.656 0.344
#> SRR608064 1 0.5905 0.449697 0.648 0.352 0.000
#> SRR608512 1 0.0424 0.937573 0.992 0.008 0.000
#> SRR2167551 2 0.6295 0.095606 0.000 0.528 0.472
#> SRR1394872 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.5016 0.679971 0.000 0.760 0.240
#> SRR1387724 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR660438 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310758 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR601525 1 0.0237 0.939530 0.996 0.004 0.000
#> SRR818749 1 0.5591 0.573200 0.696 0.000 0.304
#> SRR604294 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322494 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.3267 0.830742 0.000 0.884 0.116
#> SRR1317001 1 0.0424 0.937651 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311897 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.3482 0.825639 0.000 0.872 0.128
#> SRR1415195 3 0.0592 0.858692 0.000 0.012 0.988
#> SRR1380163 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR603834 3 0.0592 0.858692 0.000 0.012 0.988
#> SRR1341256 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR613795 1 0.2711 0.873747 0.912 0.000 0.088
#> SRR659744 2 0.0424 0.897923 0.000 0.992 0.008
#> SRR1479549 1 0.0237 0.939530 0.996 0.004 0.000
#> SRR613258 2 0.4842 0.644309 0.224 0.776 0.000
#> SRR1088808 1 0.0237 0.939486 0.996 0.004 0.000
#> SRR1329068 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480565 2 0.1529 0.887242 0.000 0.960 0.040
#> SRR1337137 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099520 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0424 0.937573 0.992 0.008 0.000
#> SRR1440625 2 0.2625 0.856331 0.000 0.916 0.084
#> SRR1391700 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR657360 1 0.0892 0.931019 0.980 0.000 0.020
#> SRR1473443 2 0.4842 0.711241 0.000 0.776 0.224
#> SRR1498438 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394655 3 0.0661 0.858518 0.008 0.004 0.988
#> SRR1322437 3 0.4605 0.710976 0.000 0.204 0.796
#> SRR660236 3 0.0237 0.859381 0.000 0.004 0.996
#> SRR1466338 2 0.6079 0.387373 0.000 0.612 0.388
#> SRR604148 1 0.0237 0.939494 0.996 0.000 0.004
#> SRR1334939 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 3 0.6280 0.144596 0.000 0.460 0.540
#> SRR1339366 2 0.1411 0.872774 0.036 0.964 0.000
#> SRR656469 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389868 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0892 0.886079 0.020 0.980 0.000
#> SRR1364935 3 0.6305 0.048103 0.000 0.484 0.516
#> SRR1469102 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459697 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352575 1 0.0424 0.937827 0.992 0.008 0.000
#> SRR613711 2 0.0237 0.898483 0.000 0.996 0.004
#> SRR614023 1 0.0237 0.939494 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316174 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.1031 0.893931 0.000 0.976 0.024
#> SRR1486044 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.6286 0.058445 0.464 0.536 0.000
#> SRR665646 1 0.0237 0.939494 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404931 3 0.0237 0.859381 0.000 0.004 0.996
#> SRR1431552 3 0.1753 0.845538 0.000 0.048 0.952
#> SRR1479085 2 0.2711 0.859199 0.000 0.912 0.088
#> SRR1322711 2 0.0892 0.894938 0.000 0.980 0.020
#> SRR1404988 2 0.5178 0.663054 0.000 0.744 0.256
#> SRR1419848 3 0.5397 0.601490 0.000 0.280 0.720
#> SRR1332713 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 1 0.6516 0.030373 0.516 0.004 0.480
#> SRR659947 1 0.6180 0.317683 0.584 0.000 0.416
#> SRR1414356 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR599122 1 0.1643 0.913593 0.956 0.000 0.044
#> SRR1344100 2 0.0747 0.896616 0.000 0.984 0.016
#> SRR613018 3 0.3038 0.810318 0.000 0.104 0.896
#> SRR1456591 1 0.0237 0.939530 0.996 0.004 0.000
#> SRR1368710 2 0.6180 0.303761 0.000 0.584 0.416
#> SRR1397885 1 0.1289 0.922347 0.968 0.032 0.000
#> SRR1319283 3 0.1964 0.841693 0.000 0.056 0.944
#> SRR1349518 2 0.0237 0.898483 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471267 1 0.0747 0.933395 0.984 0.016 0.000
#> SRR655277 1 0.0237 0.939494 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455436 2 0.0000 0.898776 0.000 1.000 0.000
#> SRR658009 1 0.0424 0.937573 0.992 0.008 0.000
#> SRR1331383 3 0.6260 0.178371 0.000 0.448 0.552
#> SRR1394894 3 0.0424 0.855975 0.008 0.000 0.992
#> SRR659133 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR660212 3 0.0000 0.859452 0.000 0.000 1.000
#> SRR657821 1 0.0237 0.939494 0.996 0.000 0.004
#> SRR1379279 2 0.1289 0.890559 0.000 0.968 0.032
#> SRR663149 1 0.7673 0.580481 0.664 0.100 0.236
#> SRR1413032 2 0.4452 0.749622 0.000 0.808 0.192
#> SRR1377557 1 0.0592 0.935439 0.988 0.012 0.000
#> SRR1335296 2 0.1031 0.883028 0.024 0.976 0.000
#> SRR1407273 2 0.0237 0.896760 0.004 0.996 0.000
#> SRR657101 2 0.2448 0.867066 0.000 0.924 0.076
#> SRR1350588 1 0.0000 0.940941 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 1 0.2301 0.898729 0.936 0.004 0.060
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0817 0.9112 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR657372 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 3 0.0817 0.8369 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1409721 2 0.0469 0.9115 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 1 0.1978 0.8870 0.928 0.068 0.004 0.000
#> SRR654969 3 0.1302 0.8328 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1435113 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 3 0.6856 0.4187 0.000 0.140 0.576 0.284
#> SRR1374716 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601157 1 0.1022 0.9292 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR615347 3 0.1716 0.8249 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.0188 0.9090 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1365356 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0188 0.9511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312024 3 0.4999 -0.0215 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1499699 3 0.0000 0.8338 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0592 0.9060 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.4843 0.3313 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR663368 4 0.1474 0.8855 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1354225 2 0.1022 0.9105 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1089809 4 0.2647 0.8102 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1338901 2 0.4304 0.6621 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR598645 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656528 3 0.3764 0.6385 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR809503 3 0.0707 0.8368 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR659923 2 0.1211 0.8952 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 1 0.6584 0.2940 0.568 0.096 0.000 0.336
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406307 1 0.2125 0.8818 0.920 0.004 0.076 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 4 0.0469 0.8991 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1404384 2 0.0592 0.9119 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR655495 4 0.2081 0.8689 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR812270 3 0.4222 0.5504 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR821176 2 0.1022 0.9103 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR807799 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814919 2 0.4331 0.5522 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.5411 0.5578 0.312 0.000 0.656 0.032
#> SRR659851 3 0.0707 0.8368 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1337364 1 0.2921 0.8111 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.4617 0.6805 0.764 0.000 0.204 0.032
#> SRR1456208 1 0.0188 0.9511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1393428 4 0.1118 0.8935 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.0592 0.9418 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.1022 0.9103 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1359529 4 0.0817 0.8982 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1330305 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0188 0.9090 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 4 0.0469 0.8994 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 3 0.4998 0.1309 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 3 0.5493 0.2370 0.456 0.016 0.528 0.000
#> SRR1074694 2 0.2868 0.8514 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1413851 2 0.1118 0.9095 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1319924 2 0.1389 0.8902 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1361050 3 0.1557 0.8291 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1095792 2 0.3801 0.7579 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1476903 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.0469 0.9077 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR607502 4 0.4072 0.6783 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR602951 4 0.1474 0.8747 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1402922 4 0.2530 0.8473 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1314071 3 0.4661 0.4631 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1374778 4 0.1389 0.8878 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1089926 3 0.5682 0.2106 0.456 0.000 0.520 0.024
#> SRR1437056 4 0.4969 0.7015 0.140 0.000 0.088 0.772
#> SRR1366772 4 0.1042 0.9001 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR1487465 4 0.4961 0.1727 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR2166006 3 0.0921 0.8364 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1341034 2 0.2760 0.8596 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1460235 3 0.5070 0.4632 0.372 0.008 0.620 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433311 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656373 1 0.4304 0.5787 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 4 0.4898 0.3516 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR661711 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.0188 0.9508 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.0469 0.9115 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1350263 4 0.1557 0.8832 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1327349 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1476348 2 0.5070 0.4781 0.000 0.620 0.008 0.372
#> SRR656035 1 0.3400 0.7497 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR2165896 3 0.0817 0.8367 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR601549 3 0.5167 0.7029 0.000 0.132 0.760 0.108
#> SRR658573 2 0.0921 0.9110 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1393470 4 0.2011 0.8512 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1381247 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322790 3 0.2831 0.7538 0.004 0.000 0.876 0.120
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 4 0.4933 0.2989 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 3 0.4877 0.3267 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR1349540 3 0.2281 0.7770 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1377967 2 0.0469 0.9070 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR662510 3 0.1302 0.8328 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1370151 2 0.5512 -0.1198 0.016 0.496 0.488 0.000
#> SRR809043 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659578 3 0.1767 0.8337 0.012 0.044 0.944 0.000
#> SRR1339413 2 0.4753 0.7887 0.000 0.788 0.084 0.128
#> SRR1434760 4 0.1389 0.8878 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR660079 3 0.2101 0.8275 0.060 0.012 0.928 0.000
#> SRR1465153 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.0188 0.9024 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1418688 4 0.1557 0.8832 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR602338 1 0.0188 0.9508 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614275 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.1302 0.9071 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR655780 3 0.0336 0.8354 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR661794 1 0.4877 0.2484 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1339508 4 0.2888 0.8290 0.004 0.000 0.124 0.872
#> SRR1501097 2 0.0469 0.9115 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1358459 2 0.1474 0.9045 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1333550 2 0.1716 0.9001 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR821148 3 0.1389 0.8315 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR808658 2 0.3143 0.8357 0.100 0.876 0.000 0.024
#> SRR598100 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0592 0.9119 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1469477 1 0.0188 0.9508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468184 4 0.2266 0.8478 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR1415660 2 0.1792 0.8993 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR816892 4 0.3873 0.6686 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1447325 4 0.0592 0.9009 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1415980 1 0.0921 0.9326 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR658021 1 0.0336 0.9478 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.0921 0.9108 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1443695 4 0.1867 0.8763 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1083031 2 0.1389 0.9057 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1466177 2 0.0707 0.9041 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1346978 2 0.0707 0.9116 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR607705 1 0.5432 0.4683 0.652 0.316 0.000 0.032
#> SRR598364 1 0.0188 0.9511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 1 0.0188 0.9508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365850 2 0.3688 0.7773 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.1389 0.9060 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.1940 0.8536 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1350936 1 0.1118 0.9249 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1351257 4 0.0469 0.8991 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1316793 3 0.4817 0.2789 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1090815 3 0.3649 0.7290 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR657845 2 0.6147 0.0636 0.464 0.488 0.048 0.000
#> SRR1408633 2 0.1389 0.9058 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1398971 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399457 2 0.4669 0.7122 0.000 0.764 0.200 0.036
#> SRR1073341 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810805 3 0.7121 0.5178 0.292 0.164 0.544 0.000
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.0592 0.9405 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1388913 2 0.3760 0.8446 0.000 0.836 0.028 0.136
#> SRR1396270 4 0.1118 0.8935 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR613402 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614912 2 0.1302 0.8929 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1478410 4 0.0469 0.9022 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR613975 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441631 4 0.4804 0.4278 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1088044 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 2 0.3219 0.8270 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR2166524 3 0.0707 0.8368 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1445765 1 0.0336 0.9484 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR819867 2 0.2216 0.8840 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1339675 3 0.3810 0.7497 0.188 0.008 0.804 0.000
#> SRR1085687 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR597952 2 0.1211 0.8940 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1376497 4 0.1389 0.8878 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR813848 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379471 1 0.8548 -0.1389 0.380 0.028 0.264 0.328
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.4756 0.7294 0.176 0.000 0.772 0.052
#> SRR1325353 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470682 2 0.0779 0.9122 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR615886 3 0.1716 0.8222 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1397649 2 0.0469 0.9074 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR819690 1 0.0188 0.9511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336113 2 0.0817 0.9022 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1396570 2 0.0188 0.9090 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1327366 2 0.1557 0.9030 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1317218 2 0.1118 0.9095 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 2 0.4866 0.4093 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1388046 3 0.1557 0.8291 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR655076 2 0.0817 0.9028 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1464353 2 0.1716 0.8995 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR654754 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0188 0.9508 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2166308 3 0.0000 0.8338 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655696 3 0.0469 0.8300 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR602978 2 0.2469 0.8405 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1323850 2 0.0921 0.9108 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1365512 4 0.1389 0.8878 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR663380 3 0.4719 0.7308 0.180 0.000 0.772 0.048
#> SRR1410469 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659259 4 0.3266 0.7562 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1421223 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1092567 4 0.1211 0.8918 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1472598 2 0.2281 0.8817 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1069279 4 0.0188 0.9024 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1351624 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1342938 4 0.2500 0.8616 0.044 0.000 0.040 0.916
#> SRR599346 2 0.0592 0.9068 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1359045 3 0.4482 0.6564 0.264 0.008 0.728 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 4 0.0469 0.9022 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1409875 2 0.1557 0.9033 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1348270 2 0.2530 0.8378 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095937 1 0.2973 0.7868 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1473295 3 0.1888 0.8238 0.044 0.000 0.940 0.016
#> SRR1457972 2 0.2469 0.8738 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1475430 1 0.0336 0.9479 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2164562 3 0.0000 0.8338 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665490 1 0.4008 0.6438 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1434182 4 0.1474 0.8746 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 4 0.0469 0.9025 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.1211 0.9214 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1434910 2 0.1174 0.9124 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR614107 4 0.3528 0.7629 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1323914 2 0.0469 0.9074 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1323065 1 0.0469 0.9457 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1309578 2 0.2216 0.8841 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1500908 3 0.0804 0.8375 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.2011 0.8511 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR608064 1 0.2402 0.8636 0.912 0.076 0.000 0.012
#> SRR608512 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 3 0.0921 0.8364 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.5172 0.4024 0.008 0.588 0.000 0.404
#> SRR1387724 4 0.2973 0.8130 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR660438 3 0.0707 0.8268 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1310758 2 0.0336 0.9112 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR601525 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818749 3 0.0188 0.8345 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR604294 2 0.1557 0.9030 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1322494 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377949 2 0.3873 0.7465 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1317001 1 0.0336 0.9484 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 2 0.3626 0.8064 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1415195 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380163 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1341256 2 0.0592 0.9122 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR613795 3 0.0524 0.8367 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR659744 2 0.2149 0.8586 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1479549 3 0.3243 0.8125 0.088 0.036 0.876 0.000
#> SRR613258 2 0.0592 0.9043 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1088808 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329068 2 0.3123 0.7891 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1480565 2 0.1557 0.9037 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1337137 2 0.0817 0.9115 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0376 0.9483 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1440625 2 0.3569 0.7890 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 3 0.1302 0.8292 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1473443 2 0.4661 0.5434 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1498438 4 0.1302 0.8898 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1394655 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322437 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660236 4 0.0336 0.9031 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1466338 4 0.4889 0.3618 0.000 0.360 0.004 0.636
#> SRR604148 3 0.4072 0.6747 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1334939 2 0.1022 0.9104 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.1302 0.8803 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1339366 2 0.0592 0.9053 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR656469 3 0.0592 0.8289 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364935 4 0.1022 0.8878 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0188 0.9090 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459697 2 0.0707 0.9116 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1352575 1 0.4136 0.7056 0.788 0.016 0.196 0.000
#> SRR613711 2 0.0188 0.9106 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614023 1 0.0188 0.9511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 2 0.1305 0.8994 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1486044 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441483 2 0.0336 0.9112 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1074189 2 0.3074 0.7732 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR665646 3 0.1510 0.8373 0.016 0.028 0.956 0.000
#> SRR1404931 4 0.0921 0.8967 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1431552 4 0.0000 0.9036 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479085 3 0.4454 0.5720 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1322711 2 0.1389 0.8902 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1404988 4 0.4790 0.3196 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1419848 4 0.0524 0.9023 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1332713 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070863 4 0.4981 0.1671 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR659947 3 0.0000 0.8338 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599122 1 0.0921 0.9334 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1344100 3 0.1557 0.8286 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR613018 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1456591 1 0.3143 0.8361 0.876 0.024 0.100 0.000
#> SRR1368710 4 0.3257 0.7758 0.000 0.152 0.004 0.844
#> SRR1397885 1 0.0336 0.9479 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1319283 4 0.0188 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1349518 2 0.0469 0.9074 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 3 0.2611 0.8111 0.096 0.008 0.896 0.000
#> SRR1455436 2 0.1474 0.9045 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR658009 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331383 4 0.0707 0.8950 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1394894 4 0.3726 0.7342 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR659133 4 0.1302 0.8900 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR660212 4 0.4955 0.2719 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR657821 1 0.4855 0.2593 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1379279 2 0.1940 0.8694 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR663149 3 0.0921 0.8364 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1413032 2 0.4605 0.5662 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1377557 1 0.0188 0.9508 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.0921 0.9002 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1407273 2 0.1722 0.9046 0.008 0.944 0.000 0.048
#> SRR657101 2 0.2589 0.8686 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1350588 1 0.0000 0.9535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368486 3 0.0336 0.8350 0.008 0.000 0.992 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.0963 0.8848 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR657372 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661409 5 0.0451 0.8372 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1409721 2 0.0162 0.8862 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453787 5 0.5447 0.2025 0.440 0.060 0.000 0.000 0.500
#> SRR654969 5 0.0000 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435113 4 0.0404 0.8227 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR601359 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 5 0.5441 0.6707 0.000 0.096 0.040 0.148 0.716
#> SRR1374716 4 0.0000 0.8230 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601157 1 0.1043 0.9192 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR615347 5 0.0955 0.8314 0.000 0.028 0.004 0.000 0.968
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.1197 0.8833 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1365356 1 0.0609 0.9336 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR598068 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810343 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 5 0.2519 0.7910 0.000 0.100 0.016 0.000 0.884
#> SRR1499699 3 0.3730 0.5967 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1397861 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.0162 0.8862 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475483 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603726 1 0.0324 0.9407 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR663368 3 0.2046 0.8039 0.000 0.000 0.916 0.068 0.016
#> SRR1354225 2 0.1992 0.8680 0.000 0.924 0.000 0.044 0.032
#> SRR1089809 2 0.5504 0.5848 0.000 0.644 0.224 0.132 0.000
#> SRR1338901 2 0.4588 0.6827 0.000 0.720 0.220 0.060 0.000
#> SRR598645 4 0.1792 0.7944 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR656528 3 0.4686 0.4236 0.000 0.000 0.596 0.020 0.384
#> SRR809503 5 0.0404 0.8365 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR659923 2 0.2179 0.8255 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1498226 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 3 0.6461 0.4895 0.104 0.268 0.584 0.044 0.000
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0290 0.8233 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1406307 1 0.4227 0.2257 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342088 4 0.2707 0.7678 0.000 0.008 0.132 0.860 0.000
#> SRR1404384 2 0.0404 0.8874 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR655495 3 0.3410 0.7813 0.000 0.000 0.840 0.092 0.068
#> SRR812270 5 0.3461 0.6506 0.000 0.000 0.004 0.224 0.772
#> SRR821176 2 0.0324 0.8875 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR807799 2 0.0162 0.8862 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814919 2 0.6567 0.0536 0.360 0.432 0.000 0.000 0.208
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.0451 0.8063 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR659851 5 0.0162 0.8378 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337364 5 0.3913 0.5430 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.3961 0.6475 0.736 0.000 0.248 0.000 0.016
#> SRR1456208 1 0.0798 0.9323 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1393428 3 0.1041 0.8062 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1327632 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608120 1 0.0671 0.9341 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR607679 2 0.0807 0.8857 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1359529 3 0.1670 0.7942 0.000 0.052 0.936 0.012 0.000
#> SRR1330305 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.0880 0.8791 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 4 0.4546 0.5261 0.000 0.028 0.304 0.668 0.000
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.3574 0.7530 0.804 0.000 0.028 0.000 0.168
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.3039 0.7431 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1074694 2 0.2416 0.8524 0.000 0.888 0.100 0.012 0.000
#> SRR1413851 2 0.2130 0.8615 0.000 0.908 0.080 0.012 0.000
#> SRR1319924 2 0.3039 0.7354 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1361050 5 0.1314 0.8365 0.016 0.012 0.012 0.000 0.960
#> SRR1095792 2 0.4974 0.0482 0.000 0.508 0.028 0.464 0.000
#> SRR1476903 1 0.0794 0.9270 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1406502 2 0.2917 0.8394 0.000 0.868 0.108 0.012 0.012
#> SRR607502 3 0.1670 0.8023 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR602951 4 0.0404 0.8220 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1402922 3 0.1628 0.8016 0.000 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR1314071 5 0.1851 0.8020 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1374778 3 0.2712 0.7834 0.000 0.000 0.880 0.088 0.032
#> SRR1089926 1 0.5648 -0.0466 0.476 0.000 0.076 0.000 0.448
#> SRR1437056 3 0.4492 0.7260 0.084 0.000 0.796 0.076 0.044
#> SRR1366772 3 0.2519 0.7787 0.000 0.016 0.884 0.100 0.000
#> SRR1487465 1 0.4304 0.0822 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2166006 5 0.0000 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341034 2 0.3090 0.8406 0.000 0.860 0.052 0.088 0.000
#> SRR1460235 1 0.1608 0.8913 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 3 0.2915 0.7653 0.000 0.024 0.860 0.116 0.000
#> SRR1433311 1 0.0963 0.9226 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR656373 5 0.3835 0.6212 0.260 0.000 0.000 0.008 0.732
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.4179 0.7249 0.000 0.000 0.776 0.072 0.152
#> SRR661711 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 1 0.6244 0.2622 0.540 0.200 0.260 0.000 0.000
#> SRR1381414 2 0.1043 0.8835 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1350263 3 0.2124 0.8007 0.000 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1327349 4 0.2230 0.7663 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1476348 2 0.4945 0.7538 0.000 0.748 0.088 0.140 0.024
#> SRR656035 1 0.0290 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2165896 5 0.0000 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601549 5 0.5908 0.2592 0.000 0.068 0.380 0.016 0.536
#> SRR658573 2 0.1082 0.8861 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1393470 4 0.6047 0.3388 0.000 0.332 0.136 0.532 0.000
#> SRR1381247 3 0.4791 0.0602 0.004 0.012 0.524 0.460 0.000
#> SRR1322790 3 0.4197 0.6331 0.000 0.000 0.728 0.028 0.244
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 3 0.1270 0.8063 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 2 0.6344 0.2219 0.000 0.484 0.344 0.000 0.172
#> SRR1349540 3 0.2951 0.7884 0.000 0.000 0.860 0.028 0.112
#> SRR1377967 2 0.1197 0.8707 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR662510 5 0.0000 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370151 5 0.4490 0.6797 0.052 0.224 0.000 0.000 0.724
#> SRR809043 4 0.0794 0.8180 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR659578 5 0.0693 0.8377 0.012 0.008 0.000 0.000 0.980
#> SRR1339413 3 0.4086 0.6348 0.000 0.240 0.736 0.024 0.000
#> SRR1434760 3 0.0955 0.8064 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR660079 5 0.0404 0.8378 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1465153 4 0.0000 0.8230 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.0510 0.8204 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1418688 3 0.2707 0.7789 0.000 0.000 0.876 0.100 0.024
#> SRR602338 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323936 4 0.0000 0.8230 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313789 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614275 4 0.0880 0.8181 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR601962 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.0162 0.8870 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR655780 5 0.1043 0.8254 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR661794 1 0.2376 0.8747 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1339508 4 0.5040 0.6408 0.016 0.000 0.100 0.732 0.152
#> SRR1501097 2 0.0162 0.8870 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358459 2 0.0880 0.8864 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1333550 2 0.3102 0.8393 0.000 0.860 0.084 0.056 0.000
#> SRR821148 5 0.0000 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808658 2 0.1608 0.8443 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR598100 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469477 1 0.1830 0.8985 0.932 0.004 0.052 0.012 0.000
#> SRR1468184 3 0.5177 0.5804 0.000 0.220 0.676 0.104 0.000
#> SRR1415660 2 0.3196 0.7504 0.000 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR816892 4 0.3723 0.6926 0.000 0.152 0.044 0.804 0.000
#> SRR1447325 4 0.0000 0.8230 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415980 1 0.0510 0.9370 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR658021 1 0.1877 0.8855 0.924 0.064 0.012 0.000 0.000
#> SRR1356308 2 0.1282 0.8821 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> SRR1443695 3 0.2710 0.8071 0.016 0.000 0.896 0.056 0.032
#> SRR1083031 2 0.1410 0.8777 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1466177 2 0.0404 0.8881 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1346978 2 0.0162 0.8870 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR607705 1 0.4974 0.2540 0.560 0.408 0.032 0.000 0.000
#> SRR598364 1 0.1671 0.8883 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR603036 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 4 0.4562 -0.0476 0.492 0.000 0.008 0.500 0.000
#> SRR1365850 2 0.3789 0.7157 0.000 0.760 0.016 0.224 0.000
#> SRR1335940 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.0451 0.8878 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1411002 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.1195 0.8180 0.000 0.012 0.028 0.960 0.000
#> SRR1350936 1 0.0671 0.9342 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1351257 3 0.6352 0.3366 0.000 0.308 0.504 0.188 0.000
#> SRR1316793 3 0.2358 0.7894 0.000 0.000 0.888 0.008 0.104
#> SRR1090815 1 0.5949 0.4013 0.588 0.000 0.172 0.000 0.240
#> SRR657845 3 0.4519 0.6301 0.052 0.228 0.720 0.000 0.000
#> SRR1408633 2 0.0290 0.8873 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1398971 1 0.2873 0.8260 0.856 0.000 0.000 0.128 0.016
#> SRR1399457 2 0.5599 0.3724 0.000 0.564 0.376 0.028 0.032
#> SRR1073341 2 0.4913 0.4419 0.020 0.612 0.360 0.004 0.004
#> SRR810805 5 0.4435 0.5116 0.336 0.016 0.000 0.000 0.648
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.3912 0.7479 0.804 0.108 0.088 0.000 0.000
#> SRR1388913 4 0.6281 0.4019 0.000 0.216 0.004 0.560 0.220
#> SRR1396270 4 0.3074 0.6992 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR613402 2 0.0510 0.8833 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR614912 2 0.2355 0.8761 0.000 0.916 0.024 0.036 0.024
#> SRR1478410 4 0.2377 0.7632 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR613975 2 0.0404 0.8845 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1441631 3 0.1502 0.8057 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1088044 3 0.2769 0.7759 0.000 0.032 0.876 0.092 0.000
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 4 0.1908 0.7757 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR2166524 5 0.0162 0.8376 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1445765 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819867 2 0.1331 0.8836 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> SRR1339675 5 0.3366 0.6563 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1085687 3 0.4021 0.6761 0.000 0.036 0.764 0.200 0.000
#> SRR597952 2 0.3463 0.8176 0.000 0.836 0.128 0.016 0.020
#> SRR1376497 3 0.3525 0.7566 0.032 0.000 0.836 0.120 0.012
#> SRR813848 4 0.0404 0.8218 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1379471 3 0.2954 0.7833 0.024 0.060 0.888 0.024 0.004
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.2511 0.7884 0.028 0.000 0.892 0.000 0.080
#> SRR1325353 1 0.1121 0.9163 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1470682 2 0.2209 0.8691 0.000 0.912 0.056 0.032 0.000
#> SRR615886 5 0.1648 0.8220 0.040 0.000 0.020 0.000 0.940
#> SRR1397649 2 0.0510 0.8874 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR819690 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336113 2 0.3752 0.5577 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1396570 2 0.1205 0.8859 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR1327366 2 0.3612 0.6355 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1317218 2 0.1597 0.8794 0.000 0.940 0.048 0.012 0.000
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.5009 0.1771 0.000 0.428 0.032 0.540 0.000
#> SRR1388046 5 0.0451 0.8379 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR655076 2 0.1121 0.8759 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1464353 2 0.2067 0.8742 0.000 0.920 0.048 0.032 0.000
#> SRR654754 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166308 5 0.0609 0.8340 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR655696 5 0.1792 0.7972 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR602978 5 0.4060 0.4609 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1323850 2 0.0898 0.8873 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1365512 3 0.2189 0.7907 0.000 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR663380 3 0.1952 0.7997 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084
#> SRR1410469 4 0.1965 0.7938 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR659259 4 0.0290 0.8219 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1421223 4 0.4731 0.4714 0.000 0.032 0.328 0.640 0.000
#> SRR1092567 3 0.1732 0.7991 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1472598 2 0.3928 0.5636 0.000 0.700 0.004 0.296 0.000
#> SRR1069279 4 0.5803 0.1306 0.000 0.092 0.420 0.488 0.000
#> SRR1351624 3 0.4276 0.6155 0.000 0.032 0.724 0.244 0.000
#> SRR1342938 3 0.4847 0.5510 0.240 0.000 0.692 0.068 0.000
#> SRR599346 2 0.2139 0.8526 0.032 0.916 0.000 0.000 0.052
#> SRR1359045 5 0.2648 0.7405 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR601843 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 4 0.3242 0.6713 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1409875 2 0.1469 0.8767 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR1348270 5 0.3586 0.6492 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR602389 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.1121 0.8833 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1436629 2 0.0162 0.8862 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349144 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615491 4 0.0162 0.8232 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1095937 1 0.1205 0.9128 0.956 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473295 3 0.1830 0.8037 0.008 0.000 0.924 0.000 0.068
#> SRR1457972 2 0.2723 0.8304 0.000 0.864 0.124 0.012 0.000
#> SRR1475430 1 0.0290 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2164562 5 0.0794 0.8313 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR665490 1 0.1197 0.9128 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1434182 4 0.6581 0.2543 0.000 0.324 0.224 0.452 0.000
#> SRR1458506 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR808886 4 0.4262 0.2025 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.0703 0.9320 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1434910 2 0.2369 0.8703 0.000 0.908 0.056 0.032 0.004
#> SRR614107 3 0.4808 0.6861 0.000 0.000 0.724 0.168 0.108
#> SRR1323914 2 0.1732 0.8677 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 2 0.4083 0.6941 0.000 0.744 0.228 0.028 0.000
#> SRR1500908 5 0.0290 0.8372 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.0798 0.8226 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR608064 1 0.2295 0.8540 0.900 0.088 0.008 0.004 0.000
#> SRR608512 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.0609 0.8343 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 2 0.4536 0.4850 0.008 0.640 0.344 0.008 0.000
#> SRR1387724 3 0.2863 0.7856 0.000 0.000 0.876 0.064 0.060
#> SRR660438 5 0.2852 0.7198 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1310758 2 0.0290 0.8874 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR601525 1 0.0880 0.9254 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR818749 5 0.0880 0.8295 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR604294 2 0.3643 0.7197 0.000 0.776 0.008 0.212 0.004
#> SRR1322494 2 0.0794 0.8798 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1377949 2 0.4252 0.7793 0.000 0.796 0.056 0.128 0.020
#> SRR1317001 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 3 0.4736 0.2802 0.000 0.404 0.576 0.020 0.000
#> SRR1415195 4 0.0162 0.8232 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1380163 2 0.0703 0.8811 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1480611 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603834 3 0.2514 0.7843 0.000 0.044 0.896 0.060 0.000
#> SRR1341256 2 0.0290 0.8875 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR613795 5 0.0794 0.8313 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR659744 5 0.4127 0.5633 0.000 0.312 0.000 0.008 0.680
#> SRR1479549 5 0.2286 0.7820 0.108 0.004 0.000 0.000 0.888
#> SRR613258 2 0.0898 0.8797 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR1088808 1 0.3424 0.6808 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1329068 5 0.3274 0.6909 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1480565 2 0.1082 0.8867 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1337137 4 0.5812 0.2956 0.000 0.372 0.000 0.528 0.100
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.3224 0.7780 0.000 0.824 0.016 0.160 0.000
#> SRR1391700 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.3390 0.7626 0.100 0.000 0.060 0.000 0.840
#> SRR1473443 4 0.4675 0.6094 0.000 0.248 0.044 0.704 0.004
#> SRR1498438 3 0.2408 0.7966 0.000 0.000 0.892 0.092 0.016
#> SRR1394655 4 0.0000 0.8230 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322437 4 0.0290 0.8233 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR660236 4 0.0404 0.8229 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1466338 4 0.1117 0.8211 0.000 0.016 0.020 0.964 0.000
#> SRR604148 5 0.2471 0.7562 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1334939 2 0.1121 0.8838 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0324 0.8229 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1339366 2 0.1043 0.8742 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR656469 5 0.3607 0.6379 0.000 0.004 0.244 0.000 0.752
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0609 0.8823 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1364935 4 0.0404 0.8233 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.0404 0.8845 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1459697 2 0.0162 0.8862 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352575 1 0.0510 0.9367 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR613711 2 0.1357 0.8815 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> SRR614023 1 0.0324 0.9421 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 5 0.6338 0.2130 0.000 0.388 0.004 0.140 0.468
#> SRR1486044 2 0.0703 0.8811 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1441483 2 0.0000 0.8864 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074189 2 0.3966 0.4849 0.336 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR665646 5 0.0000 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404931 4 0.1732 0.7925 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1431552 4 0.0162 0.8232 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1479085 5 0.4886 0.6445 0.000 0.208 0.076 0.004 0.712
#> SRR1322711 2 0.2144 0.8727 0.000 0.912 0.068 0.000 0.020
#> SRR1404988 4 0.1877 0.7922 0.000 0.064 0.012 0.924 0.000
#> SRR1419848 4 0.4147 0.5248 0.000 0.008 0.316 0.676 0.000
#> SRR1332713 4 0.3586 0.5195 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1070863 3 0.3546 0.7624 0.064 0.060 0.852 0.024 0.000
#> SRR659947 5 0.0290 0.8372 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599122 1 0.3277 0.8286 0.856 0.000 0.068 0.004 0.072
#> SRR1344100 5 0.1121 0.8248 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR613018 3 0.4457 0.3808 0.000 0.012 0.620 0.368 0.000
#> SRR1456591 1 0.3707 0.5806 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1368710 3 0.3601 0.7291 0.000 0.128 0.820 0.052 0.000
#> SRR1397885 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 3 0.2661 0.7781 0.000 0.056 0.888 0.056 0.000
#> SRR1349518 2 0.0451 0.8883 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1471267 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.1043 0.8271 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1455436 2 0.2389 0.8298 0.000 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR658009 1 0.2388 0.8641 0.900 0.028 0.072 0.000 0.000
#> SRR1331383 4 0.0000 0.8230 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.4589 0.7170 0.008 0.000 0.764 0.124 0.104
#> SRR659133 4 0.0579 0.8196 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR660212 3 0.1571 0.8045 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR657821 1 0.4533 0.1938 0.544 0.000 0.448 0.000 0.008
#> SRR1379279 2 0.3585 0.8366 0.000 0.844 0.052 0.016 0.088
#> SRR663149 5 0.0000 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413032 4 0.2408 0.7728 0.000 0.096 0.008 0.892 0.004
#> SRR1377557 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.1732 0.8486 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1407273 2 0.0671 0.8884 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR657101 2 0.4941 0.4963 0.000 0.628 0.328 0.044 0.000
#> SRR1350588 1 0.0162 0.9431 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368486 3 0.2536 0.7785 0.004 0.000 0.868 0.000 0.128
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1330792 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499543 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443419 2 0.1196 0.7972 0.000 0.952 0.008 0.000 0.000 0.040
#> SRR657372 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661409 5 0.0862 0.8089 0.000 0.008 0.000 0.016 0.972 0.004
#> SRR1409721 2 0.0622 0.7963 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1391678 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392030 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453787 5 0.4675 0.4401 0.368 0.052 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR654969 5 0.0405 0.8112 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1435113 4 0.0717 0.8402 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR601359 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663392 5 0.5900 0.4552 0.000 0.088 0.004 0.248 0.600 0.060
#> SRR1374716 4 0.0291 0.8400 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR601157 1 0.1387 0.9032 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR615347 5 0.0820 0.8093 0.000 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1329464 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357344 2 0.2912 0.7519 0.000 0.816 0.012 0.000 0.000 0.172
#> SRR1365356 3 0.4151 0.2687 0.412 0.008 0.576 0.000 0.000 0.004
#> SRR598068 1 0.3353 0.7704 0.808 0.028 0.156 0.000 0.000 0.008
#> SRR810343 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431991 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312024 3 0.5688 0.4193 0.000 0.292 0.544 0.000 0.156 0.008
#> SRR1499699 6 0.5379 0.2125 0.000 0.000 0.120 0.000 0.364 0.516
#> SRR1397861 1 0.0146 0.9507 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479663 2 0.2537 0.7838 0.000 0.872 0.000 0.000 0.032 0.096
#> SRR1475483 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603726 1 0.0291 0.9481 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR663368 6 0.4444 0.5706 0.012 0.000 0.152 0.072 0.012 0.752
#> SRR1354225 2 0.1844 0.7929 0.000 0.932 0.004 0.028 0.024 0.012
#> SRR1089809 2 0.5949 0.1382 0.000 0.452 0.072 0.052 0.000 0.424
#> SRR1338901 6 0.3941 0.5313 0.000 0.244 0.008 0.024 0.000 0.724
#> SRR598645 4 0.4176 0.6753 0.000 0.000 0.068 0.720 0.000 0.212
#> SRR656528 5 0.5748 0.1406 0.000 0.000 0.124 0.012 0.488 0.376
#> SRR809503 5 0.0777 0.8072 0.000 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR659923 2 0.2593 0.7447 0.000 0.844 0.000 0.000 0.148 0.008
#> SRR1498226 1 0.0146 0.9507 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319858 6 0.4058 0.5989 0.140 0.040 0.032 0.004 0.000 0.784
#> SRR1350566 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614743 4 0.0508 0.8404 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1406307 1 0.2823 0.7272 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1348318 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343433 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342088 3 0.5268 0.5277 0.000 0.144 0.692 0.084 0.000 0.080
#> SRR1404384 2 0.1563 0.7796 0.000 0.932 0.056 0.000 0.000 0.012
#> SRR655495 3 0.4388 0.5632 0.000 0.000 0.636 0.016 0.016 0.332
#> SRR812270 5 0.3455 0.6799 0.000 0.000 0.036 0.180 0.784 0.000
#> SRR821176 2 0.2196 0.7834 0.000 0.884 0.000 0.004 0.004 0.108
#> SRR807799 2 0.0405 0.7946 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR814919 1 0.4004 0.7017 0.760 0.120 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1415274 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491275 3 0.3791 0.6253 0.000 0.008 0.688 0.000 0.004 0.300
#> SRR659851 5 0.0260 0.8105 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1337364 5 0.3607 0.5042 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1414471 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471862 1 0.2393 0.8663 0.892 0.000 0.064 0.000 0.004 0.040
#> SRR1456208 1 0.3695 0.3928 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393428 6 0.3405 0.4219 0.000 0.000 0.272 0.004 0.000 0.724
#> SRR1327632 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608120 1 0.1075 0.9179 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607679 2 0.1293 0.7957 0.000 0.956 0.004 0.004 0.020 0.016
#> SRR1359529 3 0.3983 0.6932 0.000 0.056 0.736 0.000 0.000 0.208
#> SRR1330305 2 0.0806 0.7962 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR1436042 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656191 2 0.2389 0.7898 0.000 0.888 0.000 0.000 0.060 0.052
#> SRR1419211 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658117 6 0.4905 0.1405 0.000 0.000 0.064 0.408 0.000 0.528
#> SRR1090770 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657420 1 0.3441 0.7364 0.784 0.000 0.188 0.000 0.024 0.004
#> SRR1398686 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821207 1 0.2416 0.7993 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1074694 2 0.4729 0.3789 0.000 0.544 0.040 0.004 0.000 0.412
#> SRR1413851 2 0.3868 0.1654 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1319924 2 0.2664 0.7384 0.000 0.848 0.016 0.000 0.136 0.000
#> SRR1361050 5 0.1219 0.8027 0.048 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR1095792 2 0.6600 0.3980 0.000 0.532 0.224 0.108 0.000 0.136
#> SRR1476903 1 0.2092 0.8390 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1406502 6 0.3758 0.3942 0.000 0.324 0.000 0.000 0.008 0.668
#> SRR607502 6 0.2669 0.6465 0.000 0.000 0.072 0.016 0.032 0.880
#> SRR602951 4 0.3621 0.7606 0.000 0.004 0.160 0.788 0.000 0.048
#> SRR1402922 6 0.3192 0.6031 0.000 0.000 0.136 0.016 0.020 0.828
#> SRR1314071 5 0.1364 0.7967 0.004 0.048 0.004 0.000 0.944 0.000
#> SRR1374778 3 0.3004 0.7299 0.000 0.000 0.832 0.012 0.012 0.144
#> SRR1089926 3 0.3714 0.6614 0.080 0.000 0.808 0.000 0.096 0.016
#> SRR1437056 3 0.2919 0.7357 0.012 0.000 0.856 0.008 0.012 0.112
#> SRR1366772 6 0.3593 0.6638 0.000 0.016 0.088 0.060 0.008 0.828
#> SRR1487465 1 0.3323 0.6823 0.752 0.000 0.008 0.240 0.000 0.000
#> SRR2166006 5 0.0603 0.8094 0.000 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR1341034 2 0.5897 0.2731 0.000 0.472 0.000 0.248 0.000 0.280
#> SRR1460235 1 0.0937 0.9259 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1368917 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457197 6 0.3123 0.6615 0.000 0.000 0.076 0.088 0.000 0.836
#> SRR1433311 3 0.3789 0.2737 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR656373 5 0.4789 0.4380 0.364 0.000 0.044 0.008 0.584 0.000
#> SRR1454265 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454498 3 0.2798 0.7349 0.000 0.000 0.860 0.012 0.020 0.108
#> SRR661711 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661493 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356120 6 0.4593 0.3575 0.352 0.040 0.004 0.000 0.000 0.604
#> SRR1381414 2 0.3043 0.7280 0.000 0.792 0.000 0.000 0.008 0.200
#> SRR1350263 3 0.3633 0.6741 0.000 0.000 0.732 0.004 0.012 0.252
#> SRR1327349 4 0.2311 0.7818 0.000 0.000 0.016 0.880 0.000 0.104
#> SRR1476348 6 0.6248 0.4817 0.000 0.116 0.000 0.252 0.076 0.556
#> SRR656035 1 0.0146 0.9503 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2165896 5 0.0935 0.8058 0.000 0.004 0.032 0.000 0.964 0.000
#> SRR601549 5 0.4841 0.2337 0.000 0.008 0.028 0.008 0.564 0.392
#> SRR658573 2 0.3384 0.6948 0.000 0.760 0.000 0.008 0.004 0.228
#> SRR1393470 4 0.5244 0.1823 0.000 0.008 0.072 0.496 0.000 0.424
#> SRR1381247 3 0.3756 0.6285 0.000 0.060 0.812 0.032 0.000 0.096
#> SRR1322790 3 0.1909 0.7313 0.000 0.000 0.920 0.004 0.024 0.052
#> SRR1404044 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487728 6 0.3819 0.1510 0.000 0.000 0.372 0.000 0.004 0.624
#> SRR1419593 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434689 6 0.5673 0.4910 0.000 0.232 0.008 0.004 0.172 0.584
#> SRR1349540 6 0.3550 0.6169 0.000 0.000 0.044 0.020 0.120 0.816
#> SRR1377967 2 0.1500 0.7927 0.000 0.936 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR662510 5 0.0363 0.8091 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1370151 5 0.4287 0.6722 0.156 0.084 0.000 0.000 0.748 0.012
#> SRR809043 4 0.1492 0.8330 0.000 0.000 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR659578 5 0.0717 0.8118 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1339413 6 0.3237 0.6677 0.000 0.100 0.056 0.000 0.008 0.836
#> SRR1434760 6 0.3163 0.4841 0.000 0.000 0.232 0.004 0.000 0.764
#> SRR660079 5 0.1152 0.8036 0.044 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000
#> SRR1465153 4 0.0405 0.8408 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1340924 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073267 4 0.3149 0.7862 0.000 0.000 0.132 0.824 0.000 0.044
#> SRR1418688 3 0.2699 0.7338 0.000 0.000 0.856 0.008 0.012 0.124
#> SRR602338 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323936 4 0.0291 0.8406 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1313789 2 0.1845 0.7958 0.000 0.916 0.008 0.000 0.004 0.072
#> SRR614275 4 0.4107 0.6590 0.000 0.000 0.256 0.700 0.000 0.044
#> SRR601962 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663795 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418650 2 0.1663 0.7898 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR655780 5 0.0767 0.8103 0.000 0.008 0.004 0.000 0.976 0.012
#> SRR661794 1 0.0922 0.9346 0.968 0.000 0.024 0.000 0.004 0.004
#> SRR1339508 3 0.3121 0.6908 0.000 0.040 0.864 0.064 0.024 0.008
#> SRR1501097 2 0.2357 0.7791 0.000 0.872 0.000 0.000 0.012 0.116
#> SRR1358459 2 0.4168 0.6624 0.000 0.756 0.148 0.008 0.000 0.088
#> SRR1333550 6 0.4747 0.4389 0.000 0.276 0.012 0.048 0.004 0.660
#> SRR821148 5 0.0508 0.8106 0.004 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR808658 2 0.2468 0.7461 0.016 0.880 0.096 0.000 0.000 0.008
#> SRR598100 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475281 2 0.3053 0.7103 0.000 0.828 0.144 0.004 0.000 0.024
#> SRR1469477 3 0.4377 0.5882 0.156 0.100 0.736 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468184 6 0.4132 0.6827 0.000 0.084 0.048 0.068 0.004 0.796
#> SRR1415660 2 0.3776 0.7412 0.000 0.796 0.000 0.140 0.028 0.036
#> SRR816892 4 0.3196 0.7585 0.000 0.008 0.020 0.816 0.000 0.156
#> SRR1447325 4 0.0405 0.8408 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1415980 1 0.0146 0.9503 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR658021 2 0.5750 0.2250 0.252 0.536 0.208 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356308 2 0.3190 0.7068 0.000 0.772 0.000 0.000 0.008 0.220
#> SRR1443695 6 0.4530 0.5543 0.076 0.000 0.120 0.024 0.016 0.764
#> SRR1083031 2 0.1572 0.7948 0.000 0.936 0.028 0.000 0.000 0.036
#> SRR1466177 2 0.0837 0.7969 0.000 0.972 0.004 0.000 0.004 0.020
#> SRR1346978 2 0.1745 0.7936 0.000 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR607705 3 0.5290 0.2208 0.068 0.392 0.528 0.004 0.000 0.008
#> SRR598364 1 0.0909 0.9348 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020 0.000
#> SRR603036 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604342 4 0.4977 0.0839 0.444 0.000 0.056 0.496 0.000 0.004
#> SRR1365850 4 0.4813 0.3705 0.000 0.316 0.000 0.608 0.000 0.076
#> SRR1335940 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436515 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367612 2 0.2101 0.7873 0.000 0.892 0.000 0.004 0.004 0.100
#> SRR1411002 1 0.0146 0.9507 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446606 4 0.3552 0.7715 0.000 0.000 0.084 0.800 0.000 0.116
#> SRR1350936 1 0.0260 0.9486 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351257 6 0.6680 0.1492 0.000 0.240 0.344 0.036 0.000 0.380
#> SRR1316793 3 0.3432 0.6979 0.000 0.000 0.764 0.000 0.020 0.216
#> SRR1090815 1 0.3214 0.8084 0.836 0.000 0.016 0.000 0.116 0.032
#> SRR657845 6 0.2834 0.6800 0.016 0.064 0.028 0.000 0.012 0.880
#> SRR1408633 2 0.0603 0.7911 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398971 1 0.2631 0.8113 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000 0.000
#> SRR1399457 6 0.3566 0.6778 0.000 0.088 0.024 0.016 0.036 0.836
#> SRR1073341 6 0.3013 0.6534 0.012 0.152 0.004 0.000 0.004 0.828
#> SRR810805 5 0.3991 0.1846 0.472 0.000 0.000 0.000 0.524 0.004
#> SRR1309657 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820186 1 0.3890 0.3048 0.596 0.004 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1388913 4 0.3709 0.7620 0.000 0.008 0.008 0.812 0.104 0.068
#> SRR1396270 3 0.2764 0.6922 0.000 0.000 0.864 0.100 0.008 0.028
#> SRR613402 2 0.1176 0.7964 0.000 0.956 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR614912 2 0.5322 0.3038 0.000 0.520 0.000 0.020 0.060 0.400
#> SRR1478410 3 0.4234 0.4807 0.000 0.000 0.644 0.324 0.000 0.032
#> SRR613975 2 0.0951 0.7958 0.000 0.968 0.004 0.000 0.020 0.008
#> SRR1441631 6 0.4246 -0.1440 0.000 0.000 0.452 0.000 0.016 0.532
#> SRR1088044 6 0.2074 0.6741 0.000 0.004 0.036 0.048 0.000 0.912
#> SRR1082909 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392007 4 0.0291 0.8395 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR2166524 5 0.0291 0.8102 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1445765 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819867 2 0.2257 0.7803 0.000 0.876 0.000 0.008 0.000 0.116
#> SRR1339675 5 0.3765 0.3948 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1085687 6 0.4418 0.6424 0.000 0.012 0.076 0.184 0.000 0.728
#> SRR597952 6 0.4360 0.5810 0.000 0.200 0.008 0.008 0.052 0.732
#> SRR1376497 3 0.3007 0.7321 0.004 0.000 0.836 0.012 0.008 0.140
#> SRR813848 4 0.0632 0.8374 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1379471 6 0.1616 0.6744 0.012 0.020 0.028 0.000 0.000 0.940
#> SRR1070960 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615285 3 0.3459 0.7016 0.004 0.000 0.768 0.000 0.016 0.212
#> SRR1325353 1 0.0790 0.9320 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1470682 6 0.4411 -0.1167 0.000 0.476 0.000 0.012 0.008 0.504
#> SRR615886 5 0.2113 0.7901 0.060 0.000 0.028 0.000 0.908 0.004
#> SRR1397649 2 0.3247 0.7518 0.000 0.808 0.000 0.000 0.036 0.156
#> SRR819690 1 0.0260 0.9486 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1336113 2 0.3464 0.5531 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR1396570 2 0.4713 0.4294 0.000 0.560 0.012 0.000 0.028 0.400
#> SRR1327366 2 0.2708 0.7616 0.000 0.868 0.016 0.104 0.004 0.008
#> SRR1317218 2 0.3725 0.5833 0.000 0.676 0.000 0.008 0.000 0.316
#> SRR1352001 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469791 4 0.5966 0.5864 0.000 0.112 0.088 0.616 0.000 0.184
#> SRR1388046 5 0.0820 0.8097 0.000 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR655076 2 0.2998 0.7844 0.000 0.852 0.004 0.000 0.076 0.068
#> SRR1464353 2 0.3672 0.6095 0.000 0.688 0.000 0.008 0.000 0.304
#> SRR654754 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599412 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166308 5 0.1265 0.8005 0.000 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR655696 5 0.1863 0.7875 0.000 0.000 0.036 0.000 0.920 0.044
#> SRR602978 5 0.1700 0.7736 0.000 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1323850 2 0.3533 0.7267 0.000 0.776 0.000 0.008 0.020 0.196
#> SRR1365512 3 0.3342 0.6946 0.000 0.000 0.760 0.000 0.012 0.228
#> SRR663380 6 0.5343 0.3786 0.112 0.000 0.184 0.000 0.040 0.664
#> SRR1410469 4 0.6173 0.2582 0.000 0.020 0.400 0.416 0.000 0.164
#> SRR659259 4 0.0405 0.8398 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1421223 6 0.4660 0.1701 0.000 0.000 0.044 0.416 0.000 0.540
#> SRR1092567 3 0.3923 0.4454 0.000 0.000 0.580 0.004 0.000 0.416
#> SRR1472598 2 0.4732 0.5318 0.000 0.672 0.256 0.020 0.000 0.052
#> SRR1069279 6 0.4673 0.4475 0.000 0.000 0.080 0.272 0.000 0.648
#> SRR1351624 6 0.3679 0.5851 0.000 0.000 0.040 0.200 0.000 0.760
#> SRR1342938 3 0.2508 0.7335 0.024 0.004 0.892 0.012 0.000 0.068
#> SRR599346 2 0.4318 0.5688 0.216 0.728 0.004 0.004 0.040 0.008
#> SRR1359045 5 0.3244 0.6002 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR601843 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318898 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455104 1 0.0146 0.9507 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598565 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315188 3 0.3744 0.6722 0.000 0.000 0.764 0.184 0.000 0.052
#> SRR1409875 2 0.1495 0.7900 0.000 0.948 0.020 0.004 0.020 0.008
#> SRR1348270 5 0.3684 0.3600 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR602389 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451857 2 0.3528 0.6086 0.000 0.700 0.000 0.000 0.004 0.296
#> SRR1436629 2 0.1970 0.7938 0.000 0.912 0.000 0.000 0.028 0.060
#> SRR1349144 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615491 4 0.0405 0.8408 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1095937 1 0.0291 0.9486 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473295 6 0.3524 0.6140 0.036 0.000 0.068 0.000 0.064 0.832
#> SRR1457972 2 0.3993 0.4190 0.000 0.592 0.000 0.008 0.000 0.400
#> SRR1475430 1 0.4465 0.7175 0.764 0.060 0.132 0.008 0.000 0.036
#> SRR2164562 5 0.1074 0.8042 0.000 0.000 0.028 0.000 0.960 0.012
#> SRR665490 1 0.0632 0.9380 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1434182 6 0.4998 0.3484 0.000 0.056 0.008 0.384 0.000 0.552
#> SRR1458506 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808886 3 0.2222 0.6855 0.000 0.032 0.912 0.012 0.004 0.040
#> SRR1329442 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457925 1 0.1141 0.9171 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434910 2 0.4478 0.2389 0.000 0.524 0.000 0.016 0.008 0.452
#> SRR614107 3 0.4657 0.6698 0.000 0.000 0.692 0.040 0.032 0.236
#> SRR1323914 2 0.2553 0.7673 0.000 0.848 0.000 0.000 0.008 0.144
#> SRR1323065 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309578 6 0.3528 0.4636 0.000 0.296 0.004 0.000 0.000 0.700
#> SRR1500908 5 0.0692 0.8089 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1076753 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327410 4 0.3361 0.7864 0.000 0.000 0.108 0.816 0.000 0.076
#> SRR608064 1 0.2076 0.8947 0.920 0.020 0.016 0.004 0.000 0.040
#> SRR608512 1 0.0146 0.9507 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167551 5 0.1765 0.7922 0.000 0.024 0.052 0.000 0.924 0.000
#> SRR1394872 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345669 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367588 3 0.3827 0.5368 0.004 0.256 0.720 0.000 0.000 0.020
#> SRR1387724 3 0.3264 0.7153 0.000 0.000 0.796 0.008 0.012 0.184
#> SRR660438 5 0.3025 0.7130 0.000 0.000 0.024 0.000 0.820 0.156
#> SRR1310758 2 0.1738 0.7985 0.000 0.928 0.016 0.000 0.004 0.052
#> SRR601525 1 0.0363 0.9457 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR818749 5 0.1340 0.8029 0.004 0.000 0.040 0.000 0.948 0.008
#> SRR604294 4 0.5675 0.6177 0.000 0.128 0.068 0.648 0.000 0.156
#> SRR1322494 2 0.1124 0.7940 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1377949 2 0.6833 0.3988 0.000 0.536 0.148 0.076 0.020 0.220
#> SRR1317001 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311897 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308715 6 0.3512 0.6202 0.000 0.196 0.032 0.000 0.000 0.772
#> SRR1415195 4 0.0291 0.8400 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1380163 2 0.0935 0.7929 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1480611 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603834 6 0.1194 0.6665 0.000 0.004 0.032 0.008 0.000 0.956
#> SRR1341256 2 0.3448 0.5476 0.000 0.716 0.280 0.000 0.000 0.004
#> SRR613795 5 0.1036 0.8065 0.004 0.000 0.024 0.000 0.964 0.008
#> SRR659744 5 0.3381 0.7294 0.000 0.052 0.008 0.012 0.840 0.088
#> SRR1479549 5 0.2595 0.7169 0.160 0.000 0.000 0.000 0.836 0.004
#> SRR613258 2 0.2973 0.7548 0.084 0.860 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR1088808 1 0.2378 0.8184 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1329068 5 0.2219 0.7246 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1480565 2 0.2848 0.7443 0.000 0.816 0.000 0.008 0.000 0.176
#> SRR1337137 2 0.5131 0.6663 0.000 0.728 0.080 0.096 0.084 0.012
#> SRR1099520 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603942 1 0.0692 0.9387 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440625 2 0.4878 0.5449 0.000 0.668 0.240 0.016 0.000 0.076
#> SRR1391700 1 0.0146 0.9507 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657360 5 0.3594 0.6622 0.204 0.000 0.008 0.000 0.768 0.020
#> SRR1473443 4 0.6171 0.6230 0.000 0.080 0.108 0.624 0.016 0.172
#> SRR1498438 3 0.4144 0.4411 0.000 0.000 0.580 0.004 0.008 0.408
#> SRR1394655 4 0.0291 0.8400 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1322437 4 0.0508 0.8404 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR660236 4 0.0508 0.8404 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1466338 4 0.4293 0.7585 0.000 0.024 0.140 0.760 0.000 0.076
#> SRR604148 5 0.2513 0.7335 0.140 0.000 0.008 0.000 0.852 0.000
#> SRR1334939 2 0.2164 0.7920 0.000 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068
#> SRR1349497 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360523 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446114 4 0.0777 0.8366 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1339366 2 0.1152 0.7916 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044 0.000
#> SRR656469 3 0.2575 0.6944 0.000 0.024 0.872 0.000 0.100 0.004
#> SRR1389868 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390265 2 0.0858 0.7926 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR1364935 4 0.1644 0.8276 0.000 0.000 0.028 0.932 0.000 0.040
#> SRR1469102 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440584 2 0.1409 0.7962 0.000 0.948 0.008 0.000 0.032 0.012
#> SRR1459697 2 0.1074 0.7971 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1352575 1 0.0405 0.9472 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR613711 2 0.3934 0.4931 0.000 0.616 0.000 0.000 0.008 0.376
#> SRR614023 1 0.0405 0.9467 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1316174 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603268 5 0.7059 0.0863 0.000 0.044 0.036 0.324 0.448 0.148
#> SRR1486044 2 0.1053 0.7900 0.000 0.964 0.012 0.000 0.020 0.004
#> SRR1441483 2 0.0870 0.7948 0.000 0.972 0.012 0.000 0.004 0.012
#> SRR1074189 1 0.3403 0.6787 0.768 0.212 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR665646 5 0.0767 0.8122 0.008 0.004 0.012 0.000 0.976 0.000
#> SRR1404931 4 0.2066 0.8189 0.000 0.000 0.040 0.908 0.000 0.052
#> SRR1431552 4 0.0405 0.8408 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1479085 5 0.4777 0.3118 0.000 0.024 0.004 0.016 0.592 0.364
#> SRR1322711 2 0.4246 0.2579 0.000 0.532 0.000 0.000 0.016 0.452
#> SRR1404988 4 0.0909 0.8343 0.000 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> SRR1419848 6 0.4433 0.2211 0.000 0.000 0.016 0.416 0.008 0.560
#> SRR1332713 4 0.3050 0.5500 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR1070863 6 0.2925 0.6333 0.104 0.016 0.024 0.000 0.000 0.856
#> SRR659947 5 0.0858 0.8071 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR1414356 1 0.0000 0.9523 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599122 3 0.3056 0.6438 0.140 0.016 0.832 0.000 0.012 0.000
#> SRR1344100 5 0.1124 0.8019 0.000 0.036 0.008 0.000 0.956 0.000
#> SRR613018 6 0.4183 0.5227 0.000 0.000 0.036 0.296 0.000 0.668
#> SRR1456591 1 0.2562 0.7766 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1368710 6 0.2912 0.6665 0.000 0.076 0.072 0.000 0.000 0.852
#> SRR1397885 1 0.0458 0.9436 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319283 6 0.1230 0.6687 0.000 0.008 0.028 0.008 0.000 0.956
#> SRR1349518 2 0.4039 0.6870 0.000 0.724 0.004 0.000 0.040 0.232
#> SRR1471267 1 0.0146 0.9507 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655277 5 0.1643 0.7898 0.068 0.000 0.008 0.000 0.924 0.000
#> SRR1455436 2 0.6177 0.4610 0.000 0.552 0.024 0.292 0.024 0.108
#> SRR658009 1 0.3428 0.5555 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1331383 4 0.0146 0.8396 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1394894 3 0.2927 0.7362 0.004 0.000 0.864 0.020 0.020 0.092
#> SRR659133 4 0.0508 0.8396 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR660212 3 0.3922 0.5995 0.000 0.000 0.664 0.000 0.016 0.320
#> SRR657821 1 0.3895 0.6012 0.700 0.000 0.012 0.000 0.008 0.280
#> SRR1379279 6 0.5925 0.4099 0.000 0.172 0.004 0.008 0.292 0.524
#> SRR663149 5 0.0000 0.8103 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413032 4 0.4051 0.7690 0.000 0.012 0.092 0.784 0.004 0.108
#> SRR1377557 1 0.0914 0.9326 0.968 0.016 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335296 2 0.1644 0.7801 0.000 0.920 0.004 0.000 0.076 0.000
#> SRR1407273 2 0.2163 0.7578 0.000 0.892 0.092 0.000 0.000 0.016
#> SRR657101 6 0.2755 0.6600 0.000 0.140 0.000 0.012 0.004 0.844
#> SRR1350588 1 0.3475 0.7824 0.816 0.040 0.132 0.000 0.004 0.008
#> SRR1368486 6 0.4853 0.5051 0.036 0.000 0.124 0.000 0.120 0.720
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0