Date: 2019-12-25 22:56:00 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 16339 343
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| CV:pam | 2 | 1.000 | 0.979 | 0.985 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.997 | ** | |
| MAD:skmeans | 3 | 1.000 | 0.966 | 0.978 | ** | 2 |
| MAD:pam | 6 | 1.000 | 0.964 | 0.984 | ** | 2,3,4,5 |
| MAD:mclust | 2 | 1.000 | 0.961 | 0.959 | ** | |
| ATC:hclust | 3 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | 2 |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:skmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:pam | 4 | 1.000 | 0.969 | 0.988 | ** | 2,3 |
| MAD:NMF | 5 | 0.987 | 0.958 | 0.972 | ** | |
| SD:kmeans | 2 | 0.947 | 0.966 | 0.957 | * | |
| SD:NMF | 2 | 0.916 | 0.947 | 0.977 | * | |
| SD:skmeans | 3 | 0.910 | 0.916 | 0.961 | * | |
| SD:pam | 3 | 0.893 | 0.906 | 0.962 | ||
| CV:skmeans | 2 | 0.883 | 0.918 | 0.966 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.850 | 0.900 | 0.961 | ||
| SD:mclust | 5 | 0.829 | 0.878 | 0.929 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.678 | 0.910 | 0.939 | ||
| ATC:mclust | 2 | 0.616 | 0.845 | 0.930 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.613 | 0.844 | 0.904 | ||
| ATC:NMF | 3 | 0.569 | 0.719 | 0.862 | ||
| CV:NMF | 2 | 0.514 | 0.830 | 0.906 | ||
| CV:mclust | 3 | 0.471 | 0.800 | 0.851 | ||
| CV:kmeans | 4 | 0.248 | 0.586 | 0.646 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.916 0.947 0.977 0.426 0.574 0.574
#> CV:NMF 2 0.514 0.830 0.906 0.466 0.542 0.542
#> MAD:NMF 2 0.859 0.891 0.956 0.496 0.499 0.499
#> ATC:NMF 2 0.447 0.701 0.858 0.357 0.681 0.681
#> SD:skmeans 2 0.889 0.955 0.980 0.445 0.555 0.555
#> CV:skmeans 2 0.883 0.918 0.966 0.497 0.503 0.503
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.973 0.989 0.441 0.563 0.563
#> ATC:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.427 0.574 0.574
#> SD:mclust 2 0.389 0.794 0.819 0.448 0.531 0.531
#> CV:mclust 2 0.413 0.425 0.734 0.432 0.539 0.539
#> MAD:mclust 2 1.000 0.961 0.959 0.319 0.696 0.696
#> ATC:mclust 2 0.616 0.845 0.930 0.420 0.615 0.615
#> SD:kmeans 2 0.947 0.966 0.957 0.387 0.604 0.604
#> CV:kmeans 2 0.157 0.625 0.782 0.372 0.598 0.598
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.997 0.997 0.397 0.604 0.604
#> ATC:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.407 0.593 0.593
#> SD:pam 2 0.483 0.843 0.843 0.376 0.620 0.620
#> CV:pam 2 1.000 0.979 0.985 0.271 0.734 0.734
#> MAD:pam 2 1.000 0.999 1.000 0.386 0.615 0.615
#> ATC:pam 2 1.000 0.993 0.997 0.405 0.593 0.593
#> SD:hclust 2 0.850 0.900 0.961 0.394 0.638 0.638
#> CV:hclust 2 0.613 0.844 0.904 0.433 0.569 0.569
#> MAD:hclust 2 0.678 0.910 0.939 0.421 0.529 0.529
#> ATC:hclust 2 1.000 1.000 1.000 0.407 0.593 0.593
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.851 0.867 0.950 0.3244 0.643 0.482
#> CV:NMF 3 0.519 0.740 0.840 0.3617 0.853 0.729
#> MAD:NMF 3 0.585 0.759 0.852 0.2520 0.619 0.414
#> ATC:NMF 3 0.569 0.719 0.862 0.7975 0.577 0.414
#> SD:skmeans 3 0.910 0.916 0.961 0.4392 0.778 0.610
#> CV:skmeans 3 0.747 0.829 0.909 0.3009 0.841 0.686
#> MAD:skmeans 3 1.000 0.966 0.978 0.4491 0.789 0.629
#> ATC:skmeans 3 0.737 0.822 0.906 0.3296 0.913 0.850
#> SD:mclust 3 0.613 0.831 0.889 0.4287 0.829 0.679
#> CV:mclust 3 0.471 0.800 0.851 0.4548 0.819 0.666
#> MAD:mclust 3 0.619 0.734 0.884 0.7801 0.773 0.674
#> ATC:mclust 3 0.653 0.885 0.923 0.3829 0.773 0.640
#> SD:kmeans 3 0.489 0.834 0.832 0.4921 0.803 0.674
#> CV:kmeans 3 0.123 0.440 0.576 0.3872 0.810 0.690
#> MAD:kmeans 3 0.524 0.720 0.769 0.4860 0.803 0.674
#> ATC:kmeans 3 0.669 0.913 0.900 0.4497 0.715 0.539
#> SD:pam 3 0.893 0.906 0.962 0.5956 0.760 0.613
#> CV:pam 3 0.517 0.752 0.793 0.8820 0.741 0.647
#> MAD:pam 3 1.000 0.981 0.992 0.6435 0.751 0.595
#> ATC:pam 3 1.000 0.984 0.994 0.6172 0.688 0.501
#> SD:hclust 3 0.713 0.843 0.909 0.2788 0.888 0.825
#> CV:hclust 3 0.490 0.722 0.837 0.2506 0.868 0.773
#> MAD:hclust 3 0.770 0.880 0.936 0.2987 0.930 0.868
#> ATC:hclust 3 1.000 1.000 1.000 0.0978 0.960 0.933
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.669 0.681 0.818 0.2714 0.746 0.470
#> CV:NMF 4 0.674 0.639 0.774 0.1555 0.788 0.510
#> MAD:NMF 4 0.888 0.946 0.969 0.1886 0.818 0.578
#> ATC:NMF 4 0.449 0.604 0.729 0.1367 0.806 0.504
#> SD:skmeans 4 0.763 0.812 0.862 0.1484 0.885 0.689
#> CV:skmeans 4 0.743 0.742 0.856 0.1427 0.850 0.603
#> MAD:skmeans 4 0.792 0.777 0.898 0.1415 0.855 0.625
#> ATC:skmeans 4 0.722 0.883 0.907 0.1612 0.839 0.673
#> SD:mclust 4 0.637 0.769 0.843 0.0603 0.754 0.476
#> CV:mclust 4 0.653 0.832 0.885 0.0880 0.932 0.816
#> MAD:mclust 4 0.712 0.887 0.900 0.2471 0.793 0.573
#> ATC:mclust 4 0.668 0.692 0.825 0.1866 0.719 0.483
#> SD:kmeans 4 0.502 0.646 0.740 0.1934 0.813 0.564
#> CV:kmeans 4 0.248 0.586 0.646 0.2155 0.757 0.501
#> MAD:kmeans 4 0.506 0.485 0.679 0.1781 0.773 0.514
#> ATC:kmeans 4 0.608 0.800 0.827 0.1535 1.000 1.000
#> SD:pam 4 0.889 0.897 0.942 0.1864 0.898 0.732
#> CV:pam 4 0.628 0.482 0.757 0.3168 0.939 0.875
#> MAD:pam 4 0.980 0.960 0.969 0.1279 0.901 0.734
#> ATC:pam 4 1.000 0.969 0.988 0.0760 0.936 0.818
#> SD:hclust 4 0.656 0.719 0.837 0.4010 0.761 0.556
#> CV:hclust 4 0.599 0.618 0.752 0.1717 0.786 0.562
#> MAD:hclust 4 0.693 0.708 0.853 0.2191 0.928 0.846
#> ATC:hclust 4 0.837 0.924 0.965 0.4512 0.785 0.611
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.861 0.877 0.898 0.1056 0.912 0.679
#> CV:NMF 5 0.839 0.824 0.896 0.0804 0.915 0.687
#> MAD:NMF 5 0.987 0.958 0.972 0.0797 0.875 0.576
#> ATC:NMF 5 0.504 0.560 0.665 0.0626 0.921 0.709
#> SD:skmeans 5 0.787 0.637 0.756 0.0536 0.890 0.622
#> CV:skmeans 5 0.754 0.750 0.831 0.0652 0.911 0.675
#> MAD:skmeans 5 0.827 0.818 0.873 0.0559 0.945 0.796
#> ATC:skmeans 5 0.703 0.790 0.853 0.0652 0.970 0.909
#> SD:mclust 5 0.829 0.878 0.929 0.1235 0.892 0.670
#> CV:mclust 5 0.685 0.526 0.749 0.1133 0.831 0.515
#> MAD:mclust 5 0.765 0.785 0.878 0.0948 0.882 0.618
#> ATC:mclust 5 0.738 0.665 0.806 0.1112 0.846 0.606
#> SD:kmeans 5 0.566 0.622 0.737 0.0930 0.922 0.741
#> CV:kmeans 5 0.356 0.636 0.664 0.1135 0.972 0.906
#> MAD:kmeans 5 0.524 0.599 0.716 0.0748 0.824 0.504
#> ATC:kmeans 5 0.641 0.604 0.757 0.0939 0.910 0.750
#> SD:pam 5 0.840 0.842 0.911 0.1025 0.920 0.716
#> CV:pam 5 0.816 0.760 0.899 0.1065 0.767 0.496
#> MAD:pam 5 0.982 0.960 0.978 0.0466 0.966 0.879
#> ATC:pam 5 0.876 0.878 0.921 0.0855 0.898 0.669
#> SD:hclust 5 0.755 0.806 0.875 0.1006 0.907 0.701
#> CV:hclust 5 0.668 0.718 0.781 0.0941 0.789 0.468
#> MAD:hclust 5 0.754 0.873 0.893 0.1003 0.842 0.613
#> ATC:hclust 5 0.872 0.923 0.969 0.0375 0.975 0.926
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.866 0.781 0.854 0.0389 0.934 0.705
#> CV:NMF 6 0.853 0.726 0.795 0.0404 0.904 0.596
#> MAD:NMF 6 0.863 0.838 0.897 0.0364 0.959 0.802
#> ATC:NMF 6 0.655 0.624 0.749 0.0445 0.927 0.696
#> SD:skmeans 6 0.836 0.787 0.843 0.0385 0.938 0.732
#> CV:skmeans 6 0.791 0.783 0.838 0.0393 0.955 0.790
#> MAD:skmeans 6 0.858 0.810 0.871 0.0391 0.975 0.890
#> ATC:skmeans 6 0.736 0.731 0.783 0.0561 0.939 0.802
#> SD:mclust 6 0.815 0.803 0.883 0.0589 0.951 0.785
#> CV:mclust 6 0.763 0.609 0.785 0.0520 0.881 0.551
#> MAD:mclust 6 0.873 0.872 0.913 0.0417 0.931 0.710
#> ATC:mclust 6 0.780 0.650 0.756 0.0578 0.916 0.671
#> SD:kmeans 6 0.622 0.533 0.642 0.0435 0.879 0.583
#> CV:kmeans 6 0.489 0.618 0.686 0.0801 0.997 0.988
#> MAD:kmeans 6 0.616 0.567 0.712 0.0560 0.981 0.920
#> ATC:kmeans 6 0.648 0.613 0.748 0.0546 0.909 0.684
#> SD:pam 6 0.882 0.837 0.896 0.0377 0.970 0.856
#> CV:pam 6 0.827 0.766 0.899 0.0333 0.973 0.893
#> MAD:pam 6 1.000 0.964 0.984 0.0507 0.941 0.777
#> ATC:pam 6 0.880 0.866 0.912 0.0565 0.947 0.769
#> SD:hclust 6 0.790 0.461 0.731 0.0321 0.839 0.452
#> CV:hclust 6 0.682 0.807 0.807 0.0705 0.935 0.769
#> MAD:hclust 6 0.838 0.875 0.889 0.0604 0.967 0.877
#> ATC:hclust 6 0.788 0.774 0.871 0.0681 0.959 0.868
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.850 0.900 0.961 0.3939 0.638 0.638
#> 3 3 0.713 0.843 0.909 0.2788 0.888 0.825
#> 4 4 0.656 0.719 0.837 0.4010 0.761 0.556
#> 5 5 0.755 0.806 0.875 0.1006 0.907 0.701
#> 6 6 0.790 0.461 0.731 0.0321 0.839 0.452
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR020288 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR020289 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR020290 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR020291 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR020285 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1057683 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1057684 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR020292 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR020293 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR020294 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR020295 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR020286 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1057689 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1057690 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1057685 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1057686 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1057687 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1057688 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR578643 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR578644 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR578645 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR578646 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR651679 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR651680 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR651681 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR651682 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR578627 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578628 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578629 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578630 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651692 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651693 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651694 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR596098 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR596099 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR596100 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR596101 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR651683 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR651684 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR651685 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR651686 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR596102 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR596103 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR596104 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR596105 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651687 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651688 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651689 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578647 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR578648 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR578649 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR578650 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR651691 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR577587 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR577588 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR577589 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR577590 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR596106 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR596107 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR596108 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR596109 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651695 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651696 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651697 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651698 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651699 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651700 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651701 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651702 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651703 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651704 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578651 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578652 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578653 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578654 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651705 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651706 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651707 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651708 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045618 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045619 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045620 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045621 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220501 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220502 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220503 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220504 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220505 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220506 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220507 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220508 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR577595 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR577596 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR577597 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR577598 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR577599 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR577600 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR577601 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR577602 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578631 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578632 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578633 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578634 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651665 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651666 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651667 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651668 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR577579 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR577580 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR577581 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR577582 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR577583 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR577584 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR577585 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR577586 2 0.998 0.985 0.476 0.524
#> SRR577591 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR577592 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR577593 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR577594 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR578635 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578636 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578637 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578638 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651669 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651670 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651671 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651672 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR486237 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1057691 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR486238 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1057692 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR486239 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR486240 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR488136 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR488137 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR486241 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR486242 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR488684 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR488685 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651673 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651674 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651675 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651676 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651677 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651678 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578639 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578640 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578641 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR578642 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045526 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045527 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045528 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045529 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220381 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220382 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220383 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220384 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220385 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220386 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220387 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220388 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045530 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045531 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045532 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045533 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220389 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220390 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220391 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220392 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220393 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220394 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220395 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220396 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045570 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045571 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045572 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045573 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220397 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220398 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220399 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220400 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220401 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220402 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220403 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220404 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045574 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045575 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045576 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045577 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220405 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220406 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220407 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220408 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220409 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220410 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220411 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220412 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045582 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.000 0.236 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1054857 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1054858 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1054859 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220429 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220430 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220431 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220432 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220433 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220434 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220435 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220436 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045586 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045587 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045588 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045589 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220438 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220439 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220441 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220442 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220443 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220444 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045594 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1045595 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1045596 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1045597 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1220453 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1220454 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1220455 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1220456 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1220457 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1220458 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1220459 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1220460 2 0.998 0.987 0.472 0.528
#> SRR1045598 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045599 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045600 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045601 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220461 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220462 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220463 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220464 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220465 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220466 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220467 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220468 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045602 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045603 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045604 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045605 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220469 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220470 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220471 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220472 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220473 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220474 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220475 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220476 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045606 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045607 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045608 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045609 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220477 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220478 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220479 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220480 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220481 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220482 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220483 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220484 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045614 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045615 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045616 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045617 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220493 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220494 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220495 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220496 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220497 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220498 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220499 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220500 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651662 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651663 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR651664 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045522 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045523 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045524 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045525 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220373 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220374 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220375 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220376 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220377 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220378 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220379 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220380 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045578 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045579 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045580 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045581 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220413 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220414 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220415 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220416 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220417 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220418 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220419 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220420 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045590 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045591 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045592 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045593 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220445 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220446 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220447 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220448 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220449 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220450 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220451 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1220452 1 0.994 0.949 0.544 0.456
#> SRR1045610 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045611 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045612 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1045613 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220485 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220486 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220487 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220488 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220489 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220490 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220491 2 0.994 0.993 0.456 0.544
#> SRR1220492 2 0.994 0.993 0.456 0.544
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR020288 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR020289 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR020290 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR020291 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR020285 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR020293 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR020294 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR020295 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR020286 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR578644 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR578645 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR578646 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR651679 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR651680 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR651681 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR651682 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR578627 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR578628 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR578629 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR578630 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651692 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651693 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651694 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR596098 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR596099 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR596100 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR596101 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR651683 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR651684 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR651685 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR651686 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR596102 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR578648 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR578649 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR578650 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR651691 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR577587 3 0.0747 0.708 0.016 0.000 0.984
#> SRR577588 3 0.0747 0.708 0.016 0.000 0.984
#> SRR577589 3 0.0747 0.708 0.016 0.000 0.984
#> SRR577590 3 0.0747 0.708 0.016 0.000 0.984
#> SRR596106 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR596107 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR596108 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR596109 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR651695 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR651696 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR651697 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR651698 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR651699 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651700 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651701 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651702 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651703 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651704 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR578651 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR578652 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR578653 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR578654 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651705 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651706 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651707 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR651708 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045618 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR578632 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR578633 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR578634 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR651665 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR651666 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR651667 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR651668 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR577579 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR577580 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR577581 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR577582 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR577583 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR577584 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR577585 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR577586 2 0.6299 0.447 0.000 0.524 0.476
#> SRR577591 3 0.0747 0.708 0.016 0.000 0.984
#> SRR577592 3 0.0747 0.708 0.016 0.000 0.984
#> SRR577593 3 0.0747 0.708 0.016 0.000 0.984
#> SRR577594 3 0.0747 0.708 0.016 0.000 0.984
#> SRR578635 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR578636 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR578637 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR578638 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR651669 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR651670 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR651671 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR651672 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR486237 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1057691 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1057692 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR486240 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR488136 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR488137 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR486241 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR486242 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR488684 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR488685 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR651673 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR578640 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR578641 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR578642 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045526 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045531 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045532 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045533 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220389 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220390 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220391 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220392 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220393 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220394 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220395 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220396 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045570 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045571 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045572 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045573 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220397 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220398 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220399 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220400 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220401 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220402 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220403 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220404 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045574 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045575 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045576 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045577 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220405 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220406 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220407 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220408 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220409 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220410 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220411 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220412 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045582 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1045583 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1045584 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1045585 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1220421 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1220422 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1220423 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1220424 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1220425 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1220426 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1220427 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1220428 3 0.4555 0.890 0.200 0.000 0.800
#> SRR1054856 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1054857 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1054858 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1054859 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220429 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220430 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220431 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220432 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220433 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220434 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220435 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220436 1 0.0237 0.932 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045586 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1045595 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1045596 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1045597 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1220453 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1220454 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1220455 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1220456 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1220457 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1220458 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1220459 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1220460 2 0.6295 0.452 0.000 0.528 0.472
#> SRR1045598 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045599 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045600 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045601 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220461 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220462 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220463 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220464 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220465 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220466 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220467 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220468 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045602 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045603 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045604 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045605 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220469 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220470 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220471 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220472 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220473 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220474 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220475 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1220476 1 0.4605 0.809 0.796 0.000 0.204
#> SRR1045606 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR651662 1 0.0592 0.929 0.988 0.000 0.012
#> SRR651663 1 0.1031 0.930 0.976 0.000 0.024
#> SRR651664 1 0.1031 0.930 0.976 0.000 0.024
#> SRR1045522 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045523 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045524 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045525 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220373 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220374 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220375 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220376 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220377 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220378 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220379 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220380 1 0.0892 0.930 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045578 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045591 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045592 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045593 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220445 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220446 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220447 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220448 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220449 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220450 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220451 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220452 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045610 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.802 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR020288 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR020289 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR020290 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR020291 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR020285 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1057683 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1057684 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR020292 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR020293 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR020294 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR020295 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR020286 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1057689 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1057690 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1057685 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1057686 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1057687 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1057688 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR578643 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR578644 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR578645 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR578646 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR651679 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR651680 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR651681 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR651682 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR578627 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596102 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR596103 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR596104 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR596105 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR651687 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR651688 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR651689 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR578647 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577587 2 0.7505 -0.579 0.000 0.476 0.200 0.324
#> SRR577588 2 0.7505 -0.579 0.000 0.476 0.200 0.324
#> SRR577589 2 0.7505 -0.579 0.000 0.476 0.200 0.324
#> SRR577590 2 0.7505 -0.579 0.000 0.476 0.200 0.324
#> SRR596106 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR596107 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR596108 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR596109 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR651695 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR651696 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR651697 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR651698 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR651699 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045619 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045620 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045621 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220501 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220502 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220503 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220504 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220505 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220506 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220507 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220508 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR577595 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR577596 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR577597 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR577598 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR577599 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR577600 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR577601 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR577602 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR578631 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.409 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.7505 -0.579 0.000 0.476 0.200 0.324
#> SRR577592 2 0.7505 -0.579 0.000 0.476 0.200 0.324
#> SRR577593 2 0.7505 -0.579 0.000 0.476 0.200 0.324
#> SRR577594 2 0.7505 -0.579 0.000 0.476 0.200 0.324
#> SRR578635 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486237 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1057691 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR486238 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1057692 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR486239 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR486240 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR488136 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR488137 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR486241 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR486242 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR488684 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR488685 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR651673 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR651674 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR651675 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR651676 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR651677 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR651678 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR578639 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR578640 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR578641 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR578642 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1045526 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1045527 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1045528 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1045529 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220381 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220382 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220383 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220384 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220385 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220386 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220387 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220388 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1045530 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1045583 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1045584 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1045585 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1220421 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1220422 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1220423 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1220424 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1220425 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1220426 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1220427 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1220428 4 0.4992 1.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1054856 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1054857 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1054858 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1054859 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1220429 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1220430 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1220431 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1220432 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1220433 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1220434 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1220435 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1220436 1 0.5141 0.791 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1045586 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1045587 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1045588 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1045589 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220438 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220439 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220441 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220442 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220443 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1220444 3 0.7289 0.533 0.268 0.000 0.532 0.200
#> SRR1045594 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045595 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045596 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045597 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220453 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220454 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220455 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220456 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220457 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220458 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220459 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220460 2 0.0188 0.414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045598 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1045599 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1045600 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1045601 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220461 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220462 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220463 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220464 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220465 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220466 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220467 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220468 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1045602 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.778 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045607 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045608 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045609 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220477 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220478 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220479 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220480 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220481 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220482 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220483 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220484 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045614 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1045615 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1045616 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1045617 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220493 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220494 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220495 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220496 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220497 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220498 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220499 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220500 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR651662 1 0.4106 0.812 0.832 0.000 0.084 0.084
#> SRR651663 3 0.4485 0.786 0.052 0.000 0.796 0.152
#> SRR651664 3 0.4485 0.786 0.052 0.000 0.796 0.152
#> SRR1045522 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1045523 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1045524 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1045525 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220373 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220374 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220375 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220376 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220377 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220378 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220379 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1220380 3 0.3610 0.796 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1045578 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1045579 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1045580 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1045581 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220413 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220414 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220415 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220416 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220417 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220418 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220419 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1220420 1 0.3610 0.838 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1045590 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045611 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045612 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045613 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220485 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220486 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220487 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220488 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220489 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220490 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220491 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220492 2 0.4992 0.733 0.000 0.524 0.000 0.476
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR020288 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR020289 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR020290 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR020291 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR020285 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR020293 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR020294 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR020295 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR020286 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR578644 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR578645 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR578646 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR651679 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR651680 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR651681 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR651682 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR578627 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR596099 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR596100 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR596101 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR651683 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR651684 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR651685 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR651686 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR596102 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR596103 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR596104 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR596105 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR651687 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR651688 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR651689 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR578647 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR578648 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR578649 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR578650 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR651691 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR577587 4 0.311 0.758 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR577588 4 0.311 0.758 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR577589 4 0.311 0.758 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR577590 4 0.311 0.758 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR596106 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR596107 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR596108 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR596109 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR651695 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR651696 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR651697 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR651698 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR651699 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR577600 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR577601 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR577602 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR578631 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR578632 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR578633 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR578634 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR651665 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR651666 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR651667 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR651668 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR577579 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR577580 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR577581 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR577582 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR577583 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR577584 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR577585 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR577586 2 0.430 0.415 0.000 0.524 0.0 0.476 0.000
#> SRR577591 4 0.311 0.758 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR577592 4 0.311 0.758 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR577593 4 0.311 0.758 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR577594 4 0.311 0.758 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR578635 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR578636 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR578637 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR578638 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR651669 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR651670 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR651671 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR651672 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR486237 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR1057691 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR1057692 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR486240 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR488136 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR488137 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR486241 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR486242 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR488684 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR488685 1 0.304 0.752 0.808 0.000 0.0 0.192 0.000
#> SRR651673 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR651674 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR651675 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR651676 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR651677 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR651678 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR578639 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR578640 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR578641 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR578642 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1045526 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1045527 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1045528 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1045529 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220381 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220382 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220383 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220384 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220385 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220386 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220387 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220388 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1045530 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1045531 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1045532 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1045533 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220389 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220390 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220391 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220392 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220393 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220394 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220395 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220396 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1045570 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1045583 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1045584 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1045585 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1220421 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1220422 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1220423 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1220424 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1220425 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1220426 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1220427 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1220428 4 0.161 0.906 0.072 0.000 0.0 0.928 0.000
#> SRR1054856 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1054857 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1054858 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1054859 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1220429 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1220430 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1220431 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1220432 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1220433 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1220434 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1220435 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1220436 5 0.439 0.797 0.168 0.000 0.0 0.076 0.756
#> SRR1045586 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1045587 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1045588 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1045589 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220438 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220439 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220441 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220442 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220443 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1220444 1 0.471 0.665 0.684 0.000 0.0 0.048 0.268
#> SRR1045594 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1045595 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1045596 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1045597 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1220453 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1220454 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1220455 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1220456 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1220457 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1220458 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1220459 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1220460 2 0.430 0.421 0.000 0.528 0.0 0.472 0.000
#> SRR1045598 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1045599 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1045600 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1045601 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220461 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220462 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220463 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220464 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220465 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220466 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220467 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220468 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1045602 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1045615 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1045616 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1045617 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220493 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220494 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220495 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220496 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220497 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220498 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220499 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220500 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR651662 5 0.308 0.812 0.156 0.000 0.0 0.012 0.832
#> SRR651663 1 0.259 0.782 0.892 0.000 0.0 0.056 0.052
#> SRR651664 1 0.259 0.782 0.892 0.000 0.0 0.056 0.052
#> SRR1045522 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1045523 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1045524 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1045525 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220373 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220374 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220375 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220376 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220377 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220378 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220379 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1220380 1 0.029 0.799 0.992 0.000 0.0 0.008 0.000
#> SRR1045578 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1045579 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1045580 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1045581 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220413 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220414 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220415 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220416 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220417 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220418 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220419 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1220420 5 0.392 0.859 0.072 0.000 0.0 0.128 0.800
#> SRR1045590 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1045591 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1045592 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1045593 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220445 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220446 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220447 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220448 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220449 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220450 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220451 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1220452 5 0.000 0.871 0.000 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1045610 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.000 0.798 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR020288 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR020289 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR020290 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR020291 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR020285 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR020293 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR020294 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR020295 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR020286 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR578644 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR578645 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR578646 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR651679 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR651680 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR651681 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR651682 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR596098 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR596099 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR596100 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR596101 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR651683 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR651684 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR651685 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR651686 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR596102 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR596103 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR596104 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR596105 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR651687 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR651688 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR651689 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR578647 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR578648 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR578649 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR578650 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR651691 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR577587 4 0.2793 0.67919 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000 0.000
#> SRR577588 4 0.2793 0.67919 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000 0.000
#> SRR577589 4 0.2793 0.67919 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000 0.000
#> SRR577590 4 0.2793 0.67919 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000 0.000
#> SRR596106 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR596107 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR596108 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR596109 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR651695 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR651696 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR651697 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR651698 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR651699 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR577600 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR577601 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR577602 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR578631 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR578632 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR578633 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR578634 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR651665 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR651666 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR651667 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR651668 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR577579 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR577580 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR577581 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR577582 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR577583 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR577584 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR577585 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR577586 1 0.5887 -0.49387 0.404 0.200 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR577591 4 0.2793 0.67919 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000 0.000
#> SRR577592 4 0.2793 0.67919 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000 0.000
#> SRR577593 4 0.2793 0.67919 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000 0.000
#> SRR577594 4 0.2793 0.67919 0.000 0.000 0.2 0.800 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR578636 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR578637 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR578638 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR651669 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR651670 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR651671 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR651672 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR486237 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR1057691 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR1057692 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR486240 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR488136 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR488137 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR486241 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR486242 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR488684 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR488685 6 0.0363 0.94167 0.000 0.000 0.0 0.012 0.000 0.988
#> SRR651673 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR651674 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR651675 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR651676 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR651677 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR651678 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR578639 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR578640 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR578641 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR578642 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1045526 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1045527 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1045528 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1045529 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220381 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220382 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220383 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220384 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220385 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220386 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220387 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220388 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1045530 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1045531 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1045532 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1045533 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220389 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220390 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220391 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220392 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220393 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220394 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220395 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220396 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1045570 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045583 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045584 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045585 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220421 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220422 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220423 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220424 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220425 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220426 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220427 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220428 4 0.0000 0.78227 0.000 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054856 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1054857 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1054858 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1054859 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1220429 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1220430 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1220431 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1220432 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1220433 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1220434 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1220435 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1220436 5 0.5597 -0.00395 0.292 0.000 0.0 0.132 0.564 0.012
#> SRR1045586 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1045587 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1045588 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1045589 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220438 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220439 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220441 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220442 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220443 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1220444 5 0.4475 0.26441 0.000 0.000 0.0 0.088 0.692 0.220
#> SRR1045594 1 0.5917 -0.49590 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1045595 4 0.5917 0.47339 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1045596 4 0.5917 0.47339 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1045597 4 0.5917 0.47339 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220453 4 0.5917 0.47339 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220454 1 0.5917 -0.49590 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220455 4 0.5917 0.47339 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220456 4 0.5917 0.47339 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220457 4 0.5917 0.47339 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220458 1 0.5917 -0.49590 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220459 4 0.5917 0.47339 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220460 1 0.5917 -0.49590 0.396 0.208 0.0 0.396 0.000 0.000
#> SRR1045598 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1045599 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1045600 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1045601 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220461 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220462 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220463 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220464 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220465 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220466 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220467 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220468 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1045602 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1045615 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1045616 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1045617 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220493 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220494 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220495 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220496 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220497 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220498 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220499 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220500 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR651662 5 0.5053 -0.12851 0.368 0.000 0.0 0.056 0.564 0.012
#> SRR651663 6 0.6698 0.24603 0.124 0.000 0.0 0.084 0.384 0.408
#> SRR651664 6 0.6698 0.24603 0.124 0.000 0.0 0.084 0.384 0.408
#> SRR1045522 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1045523 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1045524 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1045525 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220373 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220374 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220375 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220376 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220377 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220378 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220379 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1220380 5 0.5137 -0.23376 0.072 0.000 0.0 0.004 0.508 0.416
#> SRR1045578 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1045579 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1045580 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1045581 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220413 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220414 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220415 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220416 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220417 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220418 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220419 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1220420 5 0.5807 -0.07095 0.324 0.000 0.0 0.200 0.476 0.000
#> SRR1045590 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1045591 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1045592 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1045593 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220445 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220446 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220447 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220448 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220449 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220450 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220451 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1220452 1 0.3862 0.42201 0.524 0.000 0.0 0.000 0.476 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.947 0.966 0.957 0.3873 0.604 0.604
#> 3 3 0.489 0.834 0.832 0.4921 0.803 0.674
#> 4 4 0.502 0.646 0.740 0.1934 0.813 0.564
#> 5 5 0.566 0.622 0.737 0.0930 0.922 0.741
#> 6 6 0.622 0.533 0.642 0.0435 0.879 0.583
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.2603 0.935 0.956 0.044
#> SRR020288 1 0.2948 0.926 0.948 0.052
#> SRR020289 1 0.2948 0.926 0.948 0.052
#> SRR020290 1 0.2948 0.926 0.948 0.052
#> SRR020291 1 0.2948 0.926 0.948 0.052
#> SRR020285 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1057683 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1057684 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR020292 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR020293 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR020294 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR020295 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR020286 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1057689 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1057690 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1057685 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1057686 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1057687 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1057688 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR578643 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR578644 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR578645 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR578646 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR651679 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR651680 2 0.4939 0.974 0.108 0.892
#> SRR651681 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR651682 2 0.5178 0.967 0.116 0.884
#> SRR578627 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR578628 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR578629 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR578630 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651692 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651693 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651694 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR596098 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR596099 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR596100 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR596101 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR651683 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR651684 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR651685 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR651686 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR596102 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR578647 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR578648 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR578649 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR578650 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR651691 2 0.4815 0.977 0.104 0.896
#> SRR577587 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR577588 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR577589 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR577590 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR596106 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR596107 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR596108 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR596109 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651695 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651696 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651697 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651698 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651699 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651700 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651701 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651702 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651703 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651704 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR578651 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR578652 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR578653 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR578654 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651705 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651706 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651707 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR651708 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045618 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045619 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045620 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045621 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220501 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220502 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220503 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220504 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220505 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220506 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220507 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220508 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR577595 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR577596 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR577597 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR577598 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR577599 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR577583 2 0.6148 0.930 0.152 0.848
#> SRR577584 2 0.6148 0.930 0.152 0.848
#> SRR577585 2 0.6148 0.930 0.152 0.848
#> SRR577586 2 0.6148 0.930 0.152 0.848
#> SRR577591 2 0.6973 0.836 0.188 0.812
#> SRR577592 2 0.6973 0.836 0.188 0.812
#> SRR577593 2 0.6973 0.836 0.188 0.812
#> SRR577594 2 0.6973 0.836 0.188 0.812
#> SRR578635 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR486238 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR486239 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651673 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR578640 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR578641 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR578642 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1045526 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1045531 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1045532 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1045533 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1220389 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1220390 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1220391 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1220392 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1220393 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1220394 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1220395 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1220396 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1045570 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045571 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045572 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045573 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220397 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220398 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220399 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220400 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220401 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220402 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220403 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220404 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045574 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045575 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045576 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045577 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220405 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220406 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220407 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220408 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220409 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220410 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220411 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220412 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045582 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1054857 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1054858 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1054859 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1220429 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1220430 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1220431 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1220432 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1220433 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1220434 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1220435 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1220436 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR1045586 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045595 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045596 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045597 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220453 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220454 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220455 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220456 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220457 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220458 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220459 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220460 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045598 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045602 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045603 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045604 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045605 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220469 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220470 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220471 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220472 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220473 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220474 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220475 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1220476 1 0.4298 0.928 0.912 0.088
#> SRR1045606 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045607 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045608 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045609 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220477 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220478 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220479 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220480 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220481 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220482 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220483 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220484 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045614 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.1633 0.964 0.976 0.024
#> SRR651663 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1045591 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1045592 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1045593 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1220445 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1220446 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1220447 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1220448 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1220449 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1220450 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1220451 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1220452 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1045610 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045611 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045612 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1045613 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220485 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220486 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220487 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220488 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220489 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220490 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220491 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
#> SRR1220492 2 0.4298 0.988 0.088 0.912
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.6565 0.662 0.720 0.048 0.232
#> SRR020288 1 0.6565 0.662 0.720 0.048 0.232
#> SRR020289 1 0.6565 0.662 0.720 0.048 0.232
#> SRR020290 1 0.6565 0.662 0.720 0.048 0.232
#> SRR020291 1 0.6565 0.662 0.720 0.048 0.232
#> SRR020285 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1057683 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1057684 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR020292 1 0.5244 0.718 0.756 0.004 0.240
#> SRR020293 1 0.5244 0.718 0.756 0.004 0.240
#> SRR020294 1 0.5244 0.718 0.756 0.004 0.240
#> SRR020295 1 0.5244 0.718 0.756 0.004 0.240
#> SRR020286 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1057689 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1057690 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1057685 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1057686 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1057687 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1057688 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR578643 2 0.7337 0.739 0.140 0.708 0.152
#> SRR578644 2 0.7337 0.739 0.140 0.708 0.152
#> SRR578645 2 0.7337 0.739 0.140 0.708 0.152
#> SRR578646 2 0.7337 0.739 0.140 0.708 0.152
#> SRR651679 2 0.7337 0.739 0.140 0.708 0.152
#> SRR651680 2 0.7396 0.733 0.144 0.704 0.152
#> SRR651681 2 0.7337 0.739 0.140 0.708 0.152
#> SRR651682 2 0.7453 0.728 0.148 0.700 0.152
#> SRR578627 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR578628 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR578629 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR578630 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR651692 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR651693 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR651694 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR596098 2 0.2280 0.914 0.008 0.940 0.052
#> SRR596099 2 0.2280 0.914 0.008 0.940 0.052
#> SRR596100 2 0.2280 0.914 0.008 0.940 0.052
#> SRR596101 2 0.2280 0.914 0.008 0.940 0.052
#> SRR651683 2 0.2280 0.914 0.008 0.940 0.052
#> SRR651684 2 0.2280 0.914 0.008 0.940 0.052
#> SRR651685 2 0.2280 0.914 0.008 0.940 0.052
#> SRR651686 2 0.2280 0.914 0.008 0.940 0.052
#> SRR596102 1 0.2959 0.810 0.900 0.000 0.100
#> SRR596103 1 0.2959 0.810 0.900 0.000 0.100
#> SRR596104 1 0.2959 0.810 0.900 0.000 0.100
#> SRR596105 1 0.2959 0.810 0.900 0.000 0.100
#> SRR651687 1 0.2959 0.810 0.900 0.000 0.100
#> SRR651688 1 0.2959 0.810 0.900 0.000 0.100
#> SRR651689 1 0.2959 0.810 0.900 0.000 0.100
#> SRR578647 2 0.5060 0.857 0.064 0.836 0.100
#> SRR578648 2 0.5060 0.857 0.064 0.836 0.100
#> SRR578649 2 0.5060 0.857 0.064 0.836 0.100
#> SRR578650 2 0.5060 0.857 0.064 0.836 0.100
#> SRR651691 2 0.5060 0.857 0.064 0.836 0.100
#> SRR577587 3 0.5848 0.790 0.268 0.012 0.720
#> SRR577588 3 0.5848 0.790 0.268 0.012 0.720
#> SRR577589 3 0.5848 0.790 0.268 0.012 0.720
#> SRR577590 3 0.5848 0.790 0.268 0.012 0.720
#> SRR596106 1 0.4452 0.758 0.808 0.000 0.192
#> SRR596107 1 0.4452 0.758 0.808 0.000 0.192
#> SRR596108 1 0.4452 0.758 0.808 0.000 0.192
#> SRR596109 1 0.4452 0.758 0.808 0.000 0.192
#> SRR651695 1 0.4452 0.758 0.808 0.000 0.192
#> SRR651696 1 0.4452 0.758 0.808 0.000 0.192
#> SRR651697 1 0.4452 0.758 0.808 0.000 0.192
#> SRR651698 1 0.4452 0.758 0.808 0.000 0.192
#> SRR651699 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR651700 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR651701 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR651702 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR651703 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR651704 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR578651 3 0.6081 0.952 0.344 0.004 0.652
#> SRR578652 3 0.6081 0.952 0.344 0.004 0.652
#> SRR578653 3 0.6081 0.952 0.344 0.004 0.652
#> SRR578654 3 0.6081 0.952 0.344 0.004 0.652
#> SRR651705 3 0.6081 0.952 0.344 0.004 0.652
#> SRR651706 3 0.6081 0.952 0.344 0.004 0.652
#> SRR651707 3 0.6081 0.952 0.344 0.004 0.652
#> SRR651708 3 0.6081 0.952 0.344 0.004 0.652
#> SRR1045618 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045619 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045620 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045621 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220501 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220502 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220503 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220504 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220505 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220506 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220507 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220508 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR577595 2 0.0661 0.921 0.008 0.988 0.004
#> SRR577596 2 0.0661 0.921 0.008 0.988 0.004
#> SRR577597 2 0.0661 0.921 0.008 0.988 0.004
#> SRR577598 2 0.0661 0.921 0.008 0.988 0.004
#> SRR577599 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR577600 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR577601 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR577602 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR578631 1 0.3116 0.795 0.892 0.000 0.108
#> SRR578632 1 0.3116 0.795 0.892 0.000 0.108
#> SRR578633 1 0.3116 0.795 0.892 0.000 0.108
#> SRR578634 1 0.3116 0.795 0.892 0.000 0.108
#> SRR651665 1 0.3116 0.795 0.892 0.000 0.108
#> SRR651666 1 0.3116 0.795 0.892 0.000 0.108
#> SRR651667 1 0.3116 0.795 0.892 0.000 0.108
#> SRR651668 1 0.3116 0.795 0.892 0.000 0.108
#> SRR577579 1 0.3116 0.797 0.892 0.000 0.108
#> SRR577580 1 0.3116 0.797 0.892 0.000 0.108
#> SRR577581 1 0.3116 0.797 0.892 0.000 0.108
#> SRR577582 1 0.3116 0.797 0.892 0.000 0.108
#> SRR577583 2 0.8743 0.530 0.268 0.576 0.156
#> SRR577584 2 0.8743 0.530 0.268 0.576 0.156
#> SRR577585 2 0.8743 0.530 0.268 0.576 0.156
#> SRR577586 2 0.8743 0.530 0.268 0.576 0.156
#> SRR577591 2 0.7332 0.672 0.064 0.660 0.276
#> SRR577592 2 0.7332 0.672 0.064 0.660 0.276
#> SRR577593 2 0.7332 0.672 0.064 0.660 0.276
#> SRR577594 2 0.7332 0.672 0.064 0.660 0.276
#> SRR578635 1 0.3482 0.787 0.872 0.000 0.128
#> SRR578636 1 0.3482 0.787 0.872 0.000 0.128
#> SRR578637 1 0.3482 0.787 0.872 0.000 0.128
#> SRR578638 1 0.3482 0.787 0.872 0.000 0.128
#> SRR651669 1 0.3482 0.787 0.872 0.000 0.128
#> SRR651670 1 0.3482 0.787 0.872 0.000 0.128
#> SRR651671 1 0.3482 0.787 0.872 0.000 0.128
#> SRR651672 1 0.3482 0.787 0.872 0.000 0.128
#> SRR486237 1 0.4883 0.761 0.788 0.004 0.208
#> SRR1057691 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR486238 1 0.4883 0.761 0.788 0.004 0.208
#> SRR1057692 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR486239 1 0.5158 0.754 0.764 0.004 0.232
#> SRR486240 1 0.5158 0.754 0.764 0.004 0.232
#> SRR488136 1 0.4834 0.749 0.792 0.004 0.204
#> SRR488137 1 0.4834 0.749 0.792 0.004 0.204
#> SRR486241 1 0.4834 0.749 0.792 0.004 0.204
#> SRR486242 1 0.4834 0.749 0.792 0.004 0.204
#> SRR488684 1 0.4834 0.749 0.792 0.004 0.204
#> SRR488685 1 0.4834 0.749 0.792 0.004 0.204
#> SRR651673 1 0.3482 0.778 0.872 0.000 0.128
#> SRR651674 1 0.3482 0.778 0.872 0.000 0.128
#> SRR651675 1 0.3482 0.778 0.872 0.000 0.128
#> SRR651676 1 0.3482 0.778 0.872 0.000 0.128
#> SRR651677 1 0.3482 0.778 0.872 0.000 0.128
#> SRR651678 1 0.3482 0.778 0.872 0.000 0.128
#> SRR578639 1 0.4351 0.776 0.828 0.004 0.168
#> SRR578640 1 0.4351 0.776 0.828 0.004 0.168
#> SRR578641 1 0.4351 0.776 0.828 0.004 0.168
#> SRR578642 1 0.4351 0.776 0.828 0.004 0.168
#> SRR1045526 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045527 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045528 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045529 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220381 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220382 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220383 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220384 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220385 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220386 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220387 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220388 1 0.2165 0.822 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045530 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045531 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045532 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045533 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220389 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220390 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220391 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220392 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220393 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220394 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220395 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220396 1 0.3619 0.785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045570 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1045571 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1045572 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1045573 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220397 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220398 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220399 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220400 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220401 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220402 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220403 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220404 3 0.5810 0.957 0.336 0.000 0.664
#> SRR1045574 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1045575 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1045576 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1045577 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1220405 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1220406 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1220407 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1220408 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1220409 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1220410 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1220411 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1220412 3 0.5982 0.953 0.328 0.004 0.668
#> SRR1045582 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1045583 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1045584 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1045585 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220421 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220422 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220423 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220424 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220425 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220426 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220427 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220428 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR1054856 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1054857 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1054858 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1054859 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1220429 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1220430 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1220431 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1220432 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1220433 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1220434 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1220435 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1220436 1 0.4233 0.769 0.836 0.004 0.160
#> SRR1045586 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1045587 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1045588 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1045589 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1220438 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1220439 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1220441 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1220442 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1220443 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1220444 1 0.2796 0.812 0.908 0.000 0.092
#> SRR1045594 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1045595 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1045596 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1045597 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1220453 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1220454 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1220455 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1220456 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1220457 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1220458 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1220459 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1220460 2 0.2173 0.915 0.008 0.944 0.048
#> SRR1045598 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1045599 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1045600 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1045601 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1220461 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1220462 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1220463 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1220464 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1220465 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1220466 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1220467 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1220468 1 0.4399 0.760 0.812 0.000 0.188
#> SRR1045602 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1045603 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1045604 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1045605 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1220469 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1220470 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1220471 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1220472 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1220473 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1220474 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1220475 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1220476 3 0.5882 0.955 0.348 0.000 0.652
#> SRR1045606 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045607 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045608 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045609 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220477 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220478 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220479 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220480 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220481 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220482 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220483 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220484 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045614 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045615 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045616 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045617 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220493 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220494 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220495 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220496 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220497 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220498 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220499 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220500 1 0.3619 0.778 0.864 0.000 0.136
#> SRR651662 1 0.3918 0.794 0.856 0.004 0.140
#> SRR651663 1 0.3412 0.796 0.876 0.000 0.124
#> SRR651664 1 0.3412 0.796 0.876 0.000 0.124
#> SRR1045522 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1045523 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1045524 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1045525 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1220373 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1220374 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1220375 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1220376 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1220377 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1220378 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1220379 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1220380 1 0.3879 0.795 0.848 0.000 0.152
#> SRR1045578 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045579 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045580 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045581 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220413 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220414 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220415 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220416 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220417 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220418 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220419 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220420 1 0.3551 0.782 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045590 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045591 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045592 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045593 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220445 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220446 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220447 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220448 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220449 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220450 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220451 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220452 1 0.3551 0.795 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045610 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1045611 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1045612 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1045613 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1220485 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1220486 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1220487 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1220488 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1220489 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1220490 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1220491 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
#> SRR1220492 2 0.2280 0.913 0.008 0.940 0.052
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.6339 0.5020 0.144 0.024 0.128 0.704
#> SRR020288 4 0.6339 0.5020 0.144 0.024 0.128 0.704
#> SRR020289 4 0.6339 0.5020 0.144 0.024 0.128 0.704
#> SRR020290 4 0.6339 0.5020 0.144 0.024 0.128 0.704
#> SRR020291 4 0.6339 0.5020 0.144 0.024 0.128 0.704
#> SRR020285 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1057683 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1057684 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR020292 4 0.5719 0.5111 0.152 0.000 0.132 0.716
#> SRR020293 4 0.5719 0.5111 0.152 0.000 0.132 0.716
#> SRR020294 4 0.5719 0.5111 0.152 0.000 0.132 0.716
#> SRR020295 4 0.5719 0.5111 0.152 0.000 0.132 0.716
#> SRR020286 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1057689 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1057690 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1057685 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1057686 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1057687 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1057688 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR578643 4 0.8242 -0.0410 0.088 0.380 0.080 0.452
#> SRR578644 4 0.8242 -0.0410 0.088 0.380 0.080 0.452
#> SRR578645 4 0.8242 -0.0410 0.088 0.380 0.080 0.452
#> SRR578646 4 0.8242 -0.0410 0.088 0.380 0.080 0.452
#> SRR651679 4 0.8242 -0.0410 0.088 0.380 0.080 0.452
#> SRR651680 4 0.8242 -0.0410 0.088 0.380 0.080 0.452
#> SRR651681 4 0.8242 -0.0410 0.088 0.380 0.080 0.452
#> SRR651682 4 0.8236 -0.0253 0.088 0.376 0.080 0.456
#> SRR578627 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR578628 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR578629 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR578630 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR651692 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR651693 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR651694 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR596098 2 0.2844 0.9016 0.052 0.900 0.048 0.000
#> SRR596099 2 0.2844 0.9016 0.052 0.900 0.048 0.000
#> SRR596100 2 0.2844 0.9016 0.052 0.900 0.048 0.000
#> SRR596101 2 0.2844 0.9016 0.052 0.900 0.048 0.000
#> SRR651683 2 0.2844 0.9016 0.052 0.900 0.048 0.000
#> SRR651684 2 0.2844 0.9016 0.052 0.900 0.048 0.000
#> SRR651685 2 0.2844 0.9016 0.052 0.900 0.048 0.000
#> SRR651686 2 0.2844 0.9016 0.052 0.900 0.048 0.000
#> SRR596102 4 0.4706 0.3611 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR596103 4 0.4706 0.3611 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR596104 4 0.4706 0.3611 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR596105 4 0.4706 0.3611 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR651687 4 0.4706 0.3611 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR651688 4 0.4706 0.3611 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR651689 4 0.4706 0.3611 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR578647 2 0.7106 0.6512 0.076 0.656 0.076 0.192
#> SRR578648 2 0.7106 0.6512 0.076 0.656 0.076 0.192
#> SRR578649 2 0.7106 0.6512 0.076 0.656 0.076 0.192
#> SRR578650 2 0.7106 0.6512 0.076 0.656 0.076 0.192
#> SRR651691 2 0.7106 0.6512 0.076 0.656 0.076 0.192
#> SRR577587 3 0.6013 0.8056 0.120 0.000 0.684 0.196
#> SRR577588 3 0.6013 0.8056 0.120 0.000 0.684 0.196
#> SRR577589 3 0.6013 0.8056 0.120 0.000 0.684 0.196
#> SRR577590 3 0.6013 0.8056 0.120 0.000 0.684 0.196
#> SRR596106 4 0.2919 0.5714 0.060 0.000 0.044 0.896
#> SRR596107 4 0.2919 0.5714 0.060 0.000 0.044 0.896
#> SRR596108 4 0.2919 0.5714 0.060 0.000 0.044 0.896
#> SRR596109 4 0.2919 0.5714 0.060 0.000 0.044 0.896
#> SRR651695 4 0.2919 0.5714 0.060 0.000 0.044 0.896
#> SRR651696 4 0.2919 0.5714 0.060 0.000 0.044 0.896
#> SRR651697 4 0.2919 0.5714 0.060 0.000 0.044 0.896
#> SRR651698 4 0.2919 0.5714 0.060 0.000 0.044 0.896
#> SRR651699 3 0.4224 0.9409 0.044 0.000 0.812 0.144
#> SRR651700 3 0.4224 0.9409 0.044 0.000 0.812 0.144
#> SRR651701 3 0.4224 0.9409 0.044 0.000 0.812 0.144
#> SRR651702 3 0.4224 0.9409 0.044 0.000 0.812 0.144
#> SRR651703 3 0.4224 0.9409 0.044 0.000 0.812 0.144
#> SRR651704 3 0.4224 0.9409 0.044 0.000 0.812 0.144
#> SRR578651 3 0.5280 0.9320 0.096 0.000 0.748 0.156
#> SRR578652 3 0.5280 0.9320 0.096 0.000 0.748 0.156
#> SRR578653 3 0.5280 0.9320 0.096 0.000 0.748 0.156
#> SRR578654 3 0.5280 0.9320 0.096 0.000 0.748 0.156
#> SRR651705 3 0.5280 0.9320 0.096 0.000 0.748 0.156
#> SRR651706 3 0.5280 0.9320 0.096 0.000 0.748 0.156
#> SRR651707 3 0.5280 0.9320 0.096 0.000 0.748 0.156
#> SRR651708 3 0.5280 0.9320 0.096 0.000 0.748 0.156
#> SRR1045618 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1045619 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1045620 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1045621 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220501 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220502 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220503 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220504 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220505 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220506 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220507 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220508 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR577595 2 0.0188 0.9235 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0188 0.9235 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0188 0.9235 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0188 0.9235 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.5969 0.6528 0.564 0.000 0.044 0.392
#> SRR577600 1 0.5969 0.6528 0.564 0.000 0.044 0.392
#> SRR577601 1 0.5969 0.6528 0.564 0.000 0.044 0.392
#> SRR577602 1 0.5969 0.6528 0.564 0.000 0.044 0.392
#> SRR578631 1 0.6070 0.6447 0.548 0.000 0.048 0.404
#> SRR578632 1 0.6070 0.6447 0.548 0.000 0.048 0.404
#> SRR578633 1 0.6070 0.6447 0.548 0.000 0.048 0.404
#> SRR578634 1 0.6070 0.6447 0.548 0.000 0.048 0.404
#> SRR651665 1 0.6070 0.6447 0.548 0.000 0.048 0.404
#> SRR651666 1 0.6070 0.6447 0.548 0.000 0.048 0.404
#> SRR651667 1 0.6070 0.6447 0.548 0.000 0.048 0.404
#> SRR651668 1 0.6070 0.6447 0.548 0.000 0.048 0.404
#> SRR577579 1 0.5924 0.6930 0.556 0.000 0.040 0.404
#> SRR577580 1 0.5924 0.6930 0.556 0.000 0.040 0.404
#> SRR577581 1 0.5924 0.6930 0.556 0.000 0.040 0.404
#> SRR577582 1 0.5924 0.6930 0.556 0.000 0.040 0.404
#> SRR577583 4 0.7595 0.3013 0.076 0.280 0.068 0.576
#> SRR577584 4 0.7595 0.3013 0.076 0.280 0.068 0.576
#> SRR577585 4 0.7595 0.3013 0.076 0.280 0.068 0.576
#> SRR577586 4 0.7595 0.3013 0.076 0.280 0.068 0.576
#> SRR577591 2 0.8982 0.3757 0.104 0.468 0.248 0.180
#> SRR577592 2 0.8982 0.3757 0.104 0.468 0.248 0.180
#> SRR577593 2 0.8982 0.3757 0.104 0.468 0.248 0.180
#> SRR577594 2 0.8982 0.3757 0.104 0.468 0.248 0.180
#> SRR578635 1 0.5884 0.7041 0.592 0.000 0.044 0.364
#> SRR578636 1 0.5884 0.7041 0.592 0.000 0.044 0.364
#> SRR578637 1 0.5884 0.7041 0.592 0.000 0.044 0.364
#> SRR578638 1 0.5884 0.7041 0.592 0.000 0.044 0.364
#> SRR651669 1 0.5884 0.7041 0.592 0.000 0.044 0.364
#> SRR651670 1 0.5884 0.7041 0.592 0.000 0.044 0.364
#> SRR651671 1 0.5884 0.7041 0.592 0.000 0.044 0.364
#> SRR651672 1 0.5884 0.7041 0.592 0.000 0.044 0.364
#> SRR486237 4 0.5783 0.5053 0.172 0.000 0.120 0.708
#> SRR1057691 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR486238 4 0.5783 0.5053 0.172 0.000 0.120 0.708
#> SRR1057692 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR486239 4 0.6049 0.4958 0.184 0.000 0.132 0.684
#> SRR486240 4 0.6049 0.4958 0.184 0.000 0.132 0.684
#> SRR488136 4 0.5515 0.5209 0.152 0.000 0.116 0.732
#> SRR488137 4 0.5515 0.5209 0.152 0.000 0.116 0.732
#> SRR486241 4 0.5423 0.5239 0.144 0.000 0.116 0.740
#> SRR486242 4 0.5423 0.5239 0.144 0.000 0.116 0.740
#> SRR488684 4 0.5321 0.5272 0.140 0.000 0.112 0.748
#> SRR488685 4 0.5326 0.5268 0.136 0.000 0.116 0.748
#> SRR651673 1 0.5560 0.6666 0.584 0.000 0.024 0.392
#> SRR651674 1 0.5560 0.6666 0.584 0.000 0.024 0.392
#> SRR651675 1 0.5560 0.6666 0.584 0.000 0.024 0.392
#> SRR651676 1 0.5560 0.6666 0.584 0.000 0.024 0.392
#> SRR651677 1 0.5560 0.6666 0.584 0.000 0.024 0.392
#> SRR651678 1 0.5560 0.6666 0.584 0.000 0.024 0.392
#> SRR578639 4 0.6801 -0.0673 0.308 0.000 0.124 0.568
#> SRR578640 4 0.6801 -0.0673 0.308 0.000 0.124 0.568
#> SRR578641 4 0.6801 -0.0673 0.308 0.000 0.124 0.568
#> SRR578642 4 0.6801 -0.0673 0.308 0.000 0.124 0.568
#> SRR1045526 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1045527 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1045528 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1045529 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1220381 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1220382 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1220383 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1220384 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1220385 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1220386 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1220387 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1220388 4 0.5141 0.2275 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR1045530 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1045531 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1045532 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1045533 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1220389 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1220390 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1220391 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1220392 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1220393 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1220394 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1220395 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1220396 1 0.6091 0.7092 0.596 0.000 0.060 0.344
#> SRR1045570 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1045571 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1045572 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1045573 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1220397 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1220398 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1220399 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1220400 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1220401 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1220402 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1220403 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1220404 3 0.3749 0.9415 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1045574 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1045575 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1045576 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1045577 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1220405 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1220406 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1220407 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1220408 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1220409 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1220410 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1220411 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1220412 3 0.4982 0.9400 0.092 0.000 0.772 0.136
#> SRR1045582 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1045583 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1045584 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1045585 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1220421 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1220422 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1220423 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1220424 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1220425 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1220426 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1220427 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1220428 4 0.3144 0.5588 0.044 0.000 0.072 0.884
#> SRR1054856 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1054857 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1054858 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1054859 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1220429 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1220430 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1220431 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1220432 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1220433 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1220434 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1220435 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1220436 4 0.3745 0.5569 0.060 0.000 0.088 0.852
#> SRR1045586 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1045587 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1045588 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1045589 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1220438 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1220439 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1220441 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1220442 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1220443 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1220444 4 0.6176 -0.1662 0.368 0.000 0.060 0.572
#> SRR1045594 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1045595 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1045596 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1045597 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1220453 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1220454 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1220455 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1220456 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1220457 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1220458 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1220459 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1220460 2 0.2224 0.9104 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1045598 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1045599 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1045600 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1045601 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1220461 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1220462 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1220463 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1220464 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1220465 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1220466 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1220467 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1220468 4 0.2227 0.5714 0.036 0.000 0.036 0.928
#> SRR1045602 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1045603 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1045604 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1045605 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1220469 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1220470 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1220471 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1220472 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1220473 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1220474 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1220475 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1220476 3 0.4139 0.9417 0.040 0.000 0.816 0.144
#> SRR1045606 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1045607 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1045608 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1045609 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220477 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220478 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220479 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220480 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220481 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220482 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220483 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1220484 2 0.0657 0.9239 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1045614 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1045615 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1045616 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1045617 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1220493 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1220494 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1220495 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1220496 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1220497 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1220498 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1220499 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR1220500 1 0.6064 0.5826 0.512 0.000 0.044 0.444
#> SRR651662 1 0.6500 0.5722 0.484 0.000 0.072 0.444
#> SRR651663 4 0.4015 0.4977 0.116 0.000 0.052 0.832
#> SRR651664 4 0.4015 0.4977 0.116 0.000 0.052 0.832
#> SRR1045522 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1045523 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1045524 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1045525 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1220373 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1220374 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1220375 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1220376 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1220377 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1220378 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1220379 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1220380 4 0.5343 0.2694 0.240 0.000 0.052 0.708
#> SRR1045578 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1045579 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1045580 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1045581 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1220413 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1220414 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1220415 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1220416 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1220417 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1220418 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1220419 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1220420 1 0.5959 0.6568 0.568 0.000 0.044 0.388
#> SRR1045590 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1045591 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1045592 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1045593 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1220445 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1220446 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1220447 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1220448 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1220449 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1220450 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1220451 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1220452 1 0.6487 0.5901 0.500 0.000 0.072 0.428
#> SRR1045610 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1045611 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1045612 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1045613 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1220485 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1220486 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1220487 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1220488 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1220489 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1220490 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1220491 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1220492 2 0.2036 0.9149 0.032 0.936 0.032 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 4 0.708 0.5096 0.100 0.008 0.080 0.564 NA
#> SRR020288 4 0.708 0.5096 0.100 0.008 0.080 0.564 NA
#> SRR020289 4 0.708 0.5096 0.100 0.008 0.080 0.564 NA
#> SRR020290 4 0.708 0.5096 0.100 0.008 0.080 0.564 NA
#> SRR020291 4 0.708 0.5096 0.100 0.008 0.080 0.564 NA
#> SRR020285 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR1057683 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR1057684 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR020292 4 0.703 0.5027 0.096 0.000 0.104 0.556 NA
#> SRR020293 4 0.703 0.5027 0.096 0.000 0.104 0.556 NA
#> SRR020294 4 0.703 0.5027 0.096 0.000 0.104 0.556 NA
#> SRR020295 4 0.703 0.5027 0.096 0.000 0.104 0.556 NA
#> SRR020286 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR1057689 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR1057690 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR1057685 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR1057686 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR1057687 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR1057688 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR578643 4 0.738 0.2460 0.036 0.288 0.032 0.520 NA
#> SRR578644 4 0.738 0.2460 0.036 0.288 0.032 0.520 NA
#> SRR578645 4 0.738 0.2460 0.036 0.288 0.032 0.520 NA
#> SRR578646 4 0.738 0.2460 0.036 0.288 0.032 0.520 NA
#> SRR651679 4 0.738 0.2460 0.036 0.288 0.032 0.520 NA
#> SRR651680 4 0.738 0.2460 0.036 0.288 0.032 0.520 NA
#> SRR651681 4 0.738 0.2460 0.036 0.288 0.032 0.520 NA
#> SRR651682 4 0.738 0.2460 0.036 0.288 0.032 0.520 NA
#> SRR578627 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR578628 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR578629 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR578630 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR651692 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR651693 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR651694 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR596098 2 0.371 0.8330 0.000 0.832 0.016 0.044 NA
#> SRR596099 2 0.371 0.8330 0.000 0.832 0.016 0.044 NA
#> SRR596100 2 0.371 0.8330 0.000 0.832 0.016 0.044 NA
#> SRR596101 2 0.371 0.8330 0.000 0.832 0.016 0.044 NA
#> SRR651683 2 0.371 0.8330 0.000 0.832 0.016 0.044 NA
#> SRR651684 2 0.371 0.8330 0.000 0.832 0.016 0.044 NA
#> SRR651685 2 0.371 0.8330 0.000 0.832 0.016 0.044 NA
#> SRR651686 2 0.371 0.8330 0.000 0.832 0.016 0.044 NA
#> SRR596102 4 0.673 0.1663 0.336 0.000 0.012 0.472 NA
#> SRR596103 4 0.673 0.1663 0.336 0.000 0.012 0.472 NA
#> SRR596104 4 0.673 0.1663 0.336 0.000 0.012 0.472 NA
#> SRR596105 4 0.673 0.1663 0.336 0.000 0.012 0.472 NA
#> SRR651687 4 0.673 0.1663 0.336 0.000 0.012 0.472 NA
#> SRR651688 4 0.673 0.1663 0.336 0.000 0.012 0.472 NA
#> SRR651689 4 0.673 0.1663 0.336 0.000 0.012 0.472 NA
#> SRR578647 2 0.695 0.5444 0.024 0.580 0.028 0.228 NA
#> SRR578648 2 0.695 0.5444 0.024 0.580 0.028 0.228 NA
#> SRR578649 2 0.695 0.5444 0.024 0.580 0.028 0.228 NA
#> SRR578650 2 0.695 0.5444 0.024 0.580 0.028 0.228 NA
#> SRR651691 2 0.695 0.5444 0.024 0.580 0.028 0.228 NA
#> SRR577587 3 0.433 0.7399 0.000 0.000 0.760 0.168 NA
#> SRR577588 3 0.433 0.7399 0.000 0.000 0.760 0.168 NA
#> SRR577589 3 0.433 0.7399 0.000 0.000 0.760 0.168 NA
#> SRR577590 3 0.433 0.7399 0.000 0.000 0.760 0.168 NA
#> SRR596106 4 0.441 0.5909 0.104 0.000 0.032 0.796 NA
#> SRR596107 4 0.441 0.5909 0.104 0.000 0.032 0.796 NA
#> SRR596108 4 0.441 0.5909 0.104 0.000 0.032 0.796 NA
#> SRR596109 4 0.441 0.5909 0.104 0.000 0.032 0.796 NA
#> SRR651695 4 0.441 0.5909 0.104 0.000 0.032 0.796 NA
#> SRR651696 4 0.441 0.5909 0.104 0.000 0.032 0.796 NA
#> SRR651697 4 0.441 0.5909 0.104 0.000 0.032 0.796 NA
#> SRR651698 4 0.441 0.5909 0.104 0.000 0.032 0.796 NA
#> SRR651699 3 0.406 0.8923 0.020 0.000 0.804 0.040 NA
#> SRR651700 3 0.406 0.8923 0.020 0.000 0.804 0.040 NA
#> SRR651701 3 0.406 0.8923 0.020 0.000 0.804 0.040 NA
#> SRR651702 3 0.406 0.8923 0.020 0.000 0.804 0.040 NA
#> SRR651703 3 0.406 0.8923 0.020 0.000 0.804 0.040 NA
#> SRR651704 3 0.406 0.8923 0.020 0.000 0.804 0.040 NA
#> SRR578651 3 0.305 0.8835 0.028 0.000 0.876 0.076 NA
#> SRR578652 3 0.305 0.8835 0.028 0.000 0.876 0.076 NA
#> SRR578653 3 0.305 0.8835 0.028 0.000 0.876 0.076 NA
#> SRR578654 3 0.305 0.8835 0.028 0.000 0.876 0.076 NA
#> SRR651705 3 0.305 0.8835 0.028 0.000 0.876 0.076 NA
#> SRR651706 3 0.305 0.8835 0.028 0.000 0.876 0.076 NA
#> SRR651707 3 0.305 0.8835 0.028 0.000 0.876 0.076 NA
#> SRR651708 3 0.305 0.8835 0.028 0.000 0.876 0.076 NA
#> SRR1045618 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045619 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045620 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045621 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220501 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220502 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220503 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220504 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220505 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220506 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220507 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220508 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR577595 2 0.051 0.8787 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR577596 2 0.051 0.8787 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR577597 2 0.051 0.8787 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR577598 2 0.051 0.8787 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR577599 1 0.272 0.5379 0.880 0.000 0.020 0.096 NA
#> SRR577600 1 0.272 0.5379 0.880 0.000 0.020 0.096 NA
#> SRR577601 1 0.272 0.5379 0.880 0.000 0.020 0.096 NA
#> SRR577602 1 0.272 0.5379 0.880 0.000 0.020 0.096 NA
#> SRR578631 1 0.657 0.6039 0.600 0.000 0.056 0.120 NA
#> SRR578632 1 0.657 0.6039 0.600 0.000 0.056 0.120 NA
#> SRR578633 1 0.657 0.6039 0.600 0.000 0.056 0.120 NA
#> SRR578634 1 0.657 0.6039 0.600 0.000 0.056 0.120 NA
#> SRR651665 1 0.657 0.6039 0.600 0.000 0.056 0.120 NA
#> SRR651666 1 0.657 0.6039 0.600 0.000 0.056 0.120 NA
#> SRR651667 1 0.657 0.6039 0.600 0.000 0.056 0.120 NA
#> SRR651668 1 0.657 0.6039 0.600 0.000 0.056 0.120 NA
#> SRR577579 1 0.579 0.6272 0.668 0.000 0.044 0.076 NA
#> SRR577580 1 0.579 0.6272 0.668 0.000 0.044 0.076 NA
#> SRR577581 1 0.579 0.6272 0.668 0.000 0.044 0.076 NA
#> SRR577582 1 0.579 0.6272 0.668 0.000 0.044 0.076 NA
#> SRR577583 4 0.706 0.4181 0.028 0.204 0.024 0.572 NA
#> SRR577584 4 0.706 0.4181 0.028 0.204 0.024 0.572 NA
#> SRR577585 4 0.706 0.4181 0.028 0.204 0.024 0.572 NA
#> SRR577586 4 0.706 0.4181 0.028 0.204 0.024 0.572 NA
#> SRR577591 2 0.829 0.2561 0.000 0.364 0.256 0.240 NA
#> SRR577592 2 0.829 0.2561 0.000 0.364 0.256 0.240 NA
#> SRR577593 2 0.829 0.2561 0.000 0.364 0.256 0.240 NA
#> SRR577594 2 0.829 0.2561 0.000 0.364 0.256 0.240 NA
#> SRR578635 1 0.590 0.6247 0.664 0.000 0.048 0.084 NA
#> SRR578636 1 0.590 0.6247 0.664 0.000 0.048 0.084 NA
#> SRR578637 1 0.590 0.6247 0.664 0.000 0.048 0.084 NA
#> SRR578638 1 0.590 0.6247 0.664 0.000 0.048 0.084 NA
#> SRR651669 1 0.590 0.6247 0.664 0.000 0.048 0.084 NA
#> SRR651670 1 0.590 0.6247 0.664 0.000 0.048 0.084 NA
#> SRR651671 1 0.590 0.6247 0.664 0.000 0.048 0.084 NA
#> SRR651672 1 0.590 0.6247 0.664 0.000 0.048 0.084 NA
#> SRR486237 4 0.728 0.4709 0.120 0.000 0.096 0.520 NA
#> SRR1057691 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR486238 4 0.728 0.4709 0.120 0.000 0.096 0.520 NA
#> SRR1057692 2 0.275 0.8521 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR486239 4 0.750 0.4520 0.128 0.000 0.112 0.496 NA
#> SRR486240 4 0.750 0.4520 0.128 0.000 0.112 0.496 NA
#> SRR488136 4 0.727 0.4908 0.112 0.004 0.092 0.536 NA
#> SRR488137 4 0.727 0.4908 0.112 0.004 0.092 0.536 NA
#> SRR486241 4 0.729 0.4939 0.112 0.004 0.096 0.536 NA
#> SRR486242 4 0.729 0.4939 0.112 0.004 0.096 0.536 NA
#> SRR488684 4 0.713 0.4989 0.112 0.004 0.080 0.548 NA
#> SRR488685 4 0.713 0.4989 0.112 0.004 0.080 0.548 NA
#> SRR651673 1 0.212 0.5561 0.916 0.000 0.008 0.068 NA
#> SRR651674 1 0.212 0.5561 0.916 0.000 0.008 0.068 NA
#> SRR651675 1 0.212 0.5561 0.916 0.000 0.008 0.068 NA
#> SRR651676 1 0.212 0.5561 0.916 0.000 0.008 0.068 NA
#> SRR651677 1 0.212 0.5561 0.916 0.000 0.008 0.068 NA
#> SRR651678 1 0.212 0.5561 0.916 0.000 0.008 0.068 NA
#> SRR578639 1 0.804 0.1657 0.380 0.000 0.160 0.328 NA
#> SRR578640 1 0.804 0.1657 0.380 0.000 0.160 0.328 NA
#> SRR578641 1 0.804 0.1657 0.380 0.000 0.160 0.328 NA
#> SRR578642 1 0.804 0.1657 0.380 0.000 0.160 0.328 NA
#> SRR1045526 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1045527 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1045528 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1045529 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1220381 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1220382 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1220383 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1220384 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1220385 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1220386 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1220387 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1220388 1 0.677 0.0987 0.424 0.000 0.012 0.388 NA
#> SRR1045530 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1045531 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1045532 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1045533 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1220389 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1220390 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1220391 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1220392 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1220393 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1220394 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1220395 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1220396 1 0.607 0.6235 0.648 0.000 0.072 0.064 NA
#> SRR1045570 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1045571 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1045572 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1045573 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1220397 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1220398 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1220399 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1220400 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1220401 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1220402 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1220403 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1220404 3 0.355 0.8949 0.024 0.000 0.836 0.020 NA
#> SRR1045574 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1045575 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1045576 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1045577 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1220405 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1220406 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1220407 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1220408 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1220409 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1220410 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1220411 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1220412 3 0.212 0.8899 0.032 0.000 0.924 0.036 NA
#> SRR1045582 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1045583 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1045584 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1045585 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1220421 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1220422 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1220423 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1220424 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1220425 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1220426 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1220427 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1220428 4 0.530 0.5580 0.220 0.000 0.064 0.692 NA
#> SRR1054856 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1054857 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1054858 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1054859 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1220429 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1220430 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1220431 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1220432 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1220433 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1220434 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1220435 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1220436 4 0.614 0.5344 0.220 0.000 0.100 0.636 NA
#> SRR1045586 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1045587 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1045588 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1045589 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1220438 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1220439 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1220441 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1220442 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1220443 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1220444 1 0.733 0.4007 0.488 0.000 0.052 0.244 NA
#> SRR1045594 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1045595 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1045596 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1045597 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1220453 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1220454 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1220455 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1220456 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1220457 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1220458 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1220459 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1220460 2 0.317 0.8448 0.000 0.856 0.012 0.020 NA
#> SRR1045598 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1045599 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1045600 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1045601 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1220461 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1220462 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1220463 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1220464 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1220465 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1220466 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1220467 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1220468 4 0.449 0.5893 0.120 0.000 0.036 0.788 NA
#> SRR1045602 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1045603 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1045604 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1045605 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1220469 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1220470 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1220471 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1220472 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1220473 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1220474 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1220475 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1220476 3 0.414 0.8926 0.020 0.000 0.800 0.044 NA
#> SRR1045606 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045607 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045608 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045609 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220477 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220478 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220479 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220480 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220481 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220482 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220483 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220484 2 0.000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045614 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1045615 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1045616 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1045617 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1220493 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1220494 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1220495 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1220496 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1220497 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1220498 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1220499 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR1220500 1 0.339 0.4821 0.824 0.000 0.020 0.152 NA
#> SRR651662 1 0.751 0.5449 0.516 0.000 0.120 0.144 NA
#> SRR651663 4 0.626 0.4679 0.220 0.000 0.068 0.632 NA
#> SRR651664 4 0.626 0.4679 0.220 0.000 0.068 0.632 NA
#> SRR1045522 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1045523 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1045524 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1045525 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1220373 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1220374 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1220375 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1220376 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1220377 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1220378 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1220379 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1220380 4 0.719 0.2781 0.256 0.000 0.076 0.528 NA
#> SRR1045578 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1045579 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1045580 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1045581 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1220413 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1220414 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1220415 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1220416 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1220417 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1220418 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1220419 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1220420 1 0.260 0.5411 0.884 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1045590 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1045591 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1045592 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1045593 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1220445 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1220446 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1220447 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1220448 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1220449 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1220450 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1220451 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1220452 1 0.755 0.5445 0.512 0.000 0.120 0.152 NA
#> SRR1045610 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1045611 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1045612 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1045613 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1220485 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1220486 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1220487 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1220488 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1220489 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1220490 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1220491 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR1220492 2 0.242 0.8553 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 4 0.7872 0.3633 0.280 0.000 0.060 0.384 0.076 NA
#> SRR020288 4 0.7872 0.3633 0.280 0.000 0.060 0.384 0.076 NA
#> SRR020289 4 0.7872 0.3633 0.280 0.000 0.060 0.384 0.076 NA
#> SRR020290 4 0.7872 0.3633 0.280 0.000 0.060 0.384 0.076 NA
#> SRR020291 4 0.7872 0.3633 0.280 0.000 0.060 0.384 0.076 NA
#> SRR020285 2 0.3141 0.8401 0.012 0.788 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1057683 2 0.3141 0.8401 0.012 0.788 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1057684 2 0.3141 0.8401 0.012 0.788 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR020292 4 0.7879 0.3641 0.276 0.000 0.060 0.384 0.076 NA
#> SRR020293 4 0.7879 0.3641 0.276 0.000 0.060 0.384 0.076 NA
#> SRR020294 4 0.7879 0.3641 0.276 0.000 0.060 0.384 0.076 NA
#> SRR020295 4 0.7879 0.3641 0.276 0.000 0.060 0.384 0.076 NA
#> SRR020286 2 0.3183 0.8400 0.008 0.788 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1057689 2 0.3141 0.8401 0.012 0.788 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1057690 2 0.3141 0.8401 0.012 0.788 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1057685 2 0.3183 0.8400 0.008 0.788 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1057686 2 0.3183 0.8400 0.008 0.788 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1057687 2 0.3183 0.8400 0.008 0.788 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1057688 2 0.3183 0.8400 0.008 0.788 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR578643 4 0.4846 0.4485 0.020 0.144 0.008 0.736 0.084 NA
#> SRR578644 4 0.4846 0.4485 0.020 0.144 0.008 0.736 0.084 NA
#> SRR578645 4 0.4846 0.4485 0.020 0.144 0.008 0.736 0.084 NA
#> SRR578646 4 0.4846 0.4485 0.020 0.144 0.008 0.736 0.084 NA
#> SRR651679 4 0.4846 0.4485 0.020 0.144 0.008 0.736 0.084 NA
#> SRR651680 4 0.4846 0.4485 0.020 0.144 0.008 0.736 0.084 NA
#> SRR651681 4 0.4846 0.4485 0.020 0.144 0.008 0.736 0.084 NA
#> SRR651682 4 0.4846 0.4485 0.020 0.144 0.008 0.736 0.084 NA
#> SRR578627 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR578628 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR578629 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR578630 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR651692 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR651693 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR651694 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR596098 2 0.4130 0.7517 0.000 0.716 0.000 0.240 0.008 NA
#> SRR596099 2 0.4130 0.7517 0.000 0.716 0.000 0.240 0.008 NA
#> SRR596100 2 0.4130 0.7517 0.000 0.716 0.000 0.240 0.008 NA
#> SRR596101 2 0.4130 0.7517 0.000 0.716 0.000 0.240 0.008 NA
#> SRR651683 2 0.4130 0.7517 0.000 0.716 0.000 0.240 0.008 NA
#> SRR651684 2 0.4130 0.7517 0.000 0.716 0.000 0.240 0.008 NA
#> SRR651685 2 0.4130 0.7517 0.000 0.716 0.000 0.240 0.008 NA
#> SRR651686 2 0.4130 0.7517 0.000 0.716 0.000 0.240 0.008 NA
#> SRR596102 1 0.5687 0.4281 0.652 0.000 0.044 0.104 0.188 NA
#> SRR596103 1 0.5687 0.4281 0.652 0.000 0.044 0.104 0.188 NA
#> SRR596104 1 0.5687 0.4281 0.652 0.000 0.044 0.104 0.188 NA
#> SRR596105 1 0.5687 0.4281 0.652 0.000 0.044 0.104 0.188 NA
#> SRR651687 1 0.5687 0.4281 0.652 0.000 0.044 0.104 0.188 NA
#> SRR651688 1 0.5687 0.4281 0.652 0.000 0.044 0.104 0.188 NA
#> SRR651689 1 0.5687 0.4281 0.652 0.000 0.044 0.104 0.188 NA
#> SRR578647 4 0.6047 -0.1372 0.012 0.396 0.008 0.492 0.064 NA
#> SRR578648 4 0.6047 -0.1372 0.012 0.396 0.008 0.492 0.064 NA
#> SRR578649 4 0.6047 -0.1372 0.012 0.396 0.008 0.492 0.064 NA
#> SRR578650 4 0.6047 -0.1372 0.012 0.396 0.008 0.492 0.064 NA
#> SRR651691 4 0.6047 -0.1372 0.012 0.396 0.008 0.492 0.064 NA
#> SRR577587 3 0.4251 0.6501 0.004 0.000 0.708 0.244 0.004 NA
#> SRR577588 3 0.4251 0.6501 0.004 0.000 0.708 0.244 0.004 NA
#> SRR577589 3 0.4251 0.6501 0.004 0.000 0.708 0.244 0.004 NA
#> SRR577590 3 0.4251 0.6501 0.004 0.000 0.708 0.244 0.004 NA
#> SRR596106 4 0.6699 0.4000 0.292 0.000 0.036 0.520 0.104 NA
#> SRR596107 4 0.6699 0.4000 0.292 0.000 0.036 0.520 0.104 NA
#> SRR596108 4 0.6699 0.4000 0.292 0.000 0.036 0.520 0.104 NA
#> SRR596109 4 0.6699 0.4000 0.292 0.000 0.036 0.520 0.104 NA
#> SRR651695 4 0.6699 0.4000 0.292 0.000 0.036 0.520 0.104 NA
#> SRR651696 4 0.6699 0.4000 0.292 0.000 0.036 0.520 0.104 NA
#> SRR651697 4 0.6699 0.4000 0.292 0.000 0.036 0.520 0.104 NA
#> SRR651698 4 0.6699 0.4000 0.292 0.000 0.036 0.520 0.104 NA
#> SRR651699 3 0.3516 0.8714 0.000 0.000 0.760 0.004 0.016 NA
#> SRR651700 3 0.3516 0.8714 0.000 0.000 0.760 0.004 0.016 NA
#> SRR651701 3 0.3516 0.8714 0.000 0.000 0.760 0.004 0.016 NA
#> SRR651702 3 0.3516 0.8714 0.000 0.000 0.760 0.004 0.016 NA
#> SRR651703 3 0.3516 0.8714 0.000 0.000 0.760 0.004 0.016 NA
#> SRR651704 3 0.3516 0.8714 0.000 0.000 0.760 0.004 0.016 NA
#> SRR578651 3 0.2170 0.8585 0.020 0.000 0.920 0.020 0.016 NA
#> SRR578652 3 0.2170 0.8585 0.020 0.000 0.920 0.020 0.016 NA
#> SRR578653 3 0.2170 0.8585 0.020 0.000 0.920 0.020 0.016 NA
#> SRR578654 3 0.2170 0.8585 0.020 0.000 0.920 0.020 0.016 NA
#> SRR651705 3 0.2170 0.8585 0.020 0.000 0.920 0.020 0.016 NA
#> SRR651706 3 0.2170 0.8585 0.020 0.000 0.920 0.020 0.016 NA
#> SRR651707 3 0.2170 0.8585 0.020 0.000 0.920 0.020 0.016 NA
#> SRR651708 3 0.2170 0.8585 0.020 0.000 0.920 0.020 0.016 NA
#> SRR1045618 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045619 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045620 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045621 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220501 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220502 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220503 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220504 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220505 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220506 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220507 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220508 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR577595 2 0.1180 0.8705 0.008 0.960 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR577596 2 0.1180 0.8705 0.008 0.960 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR577597 2 0.1180 0.8705 0.008 0.960 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR577598 2 0.1180 0.8705 0.008 0.960 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR577599 5 0.1232 0.6633 0.000 0.000 0.024 0.004 0.956 NA
#> SRR577600 5 0.1232 0.6633 0.000 0.000 0.024 0.004 0.956 NA
#> SRR577601 5 0.1232 0.6633 0.000 0.000 0.024 0.004 0.956 NA
#> SRR577602 5 0.1232 0.6633 0.000 0.000 0.024 0.004 0.956 NA
#> SRR578631 1 0.6494 0.2903 0.492 0.000 0.020 0.024 0.316 NA
#> SRR578632 1 0.6494 0.2903 0.492 0.000 0.020 0.024 0.316 NA
#> SRR578633 1 0.6494 0.2903 0.492 0.000 0.020 0.024 0.316 NA
#> SRR578634 1 0.6494 0.2903 0.492 0.000 0.020 0.024 0.316 NA
#> SRR651665 1 0.6494 0.2903 0.492 0.000 0.020 0.024 0.316 NA
#> SRR651666 1 0.6494 0.2903 0.492 0.000 0.020 0.024 0.316 NA
#> SRR651667 1 0.6494 0.2903 0.492 0.000 0.020 0.024 0.316 NA
#> SRR651668 1 0.6494 0.2903 0.492 0.000 0.020 0.024 0.316 NA
#> SRR577579 5 0.6460 -0.0825 0.392 0.000 0.016 0.016 0.416 NA
#> SRR577580 5 0.6460 -0.0825 0.392 0.000 0.016 0.016 0.416 NA
#> SRR577581 5 0.6460 -0.0825 0.392 0.000 0.016 0.016 0.416 NA
#> SRR577582 5 0.6460 -0.0825 0.392 0.000 0.016 0.016 0.416 NA
#> SRR577583 4 0.6077 0.4323 0.096 0.124 0.004 0.668 0.064 NA
#> SRR577584 4 0.6077 0.4323 0.096 0.124 0.004 0.668 0.064 NA
#> SRR577585 4 0.6077 0.4323 0.096 0.124 0.004 0.668 0.064 NA
#> SRR577586 4 0.6077 0.4323 0.096 0.124 0.004 0.668 0.064 NA
#> SRR577591 4 0.6787 0.1277 0.008 0.240 0.212 0.496 0.008 NA
#> SRR577592 4 0.6787 0.1277 0.008 0.240 0.212 0.496 0.008 NA
#> SRR577593 4 0.6787 0.1277 0.008 0.240 0.212 0.496 0.008 NA
#> SRR577594 4 0.6787 0.1277 0.008 0.240 0.212 0.496 0.008 NA
#> SRR578635 1 0.6439 0.1541 0.428 0.000 0.016 0.020 0.392 NA
#> SRR578636 1 0.6439 0.1541 0.428 0.000 0.016 0.020 0.392 NA
#> SRR578637 1 0.6439 0.1541 0.428 0.000 0.016 0.020 0.392 NA
#> SRR578638 1 0.6439 0.1541 0.428 0.000 0.016 0.020 0.392 NA
#> SRR651669 1 0.6439 0.1541 0.428 0.000 0.016 0.020 0.392 NA
#> SRR651670 1 0.6439 0.1541 0.428 0.000 0.016 0.020 0.392 NA
#> SRR651671 1 0.6439 0.1541 0.428 0.000 0.016 0.020 0.392 NA
#> SRR651672 1 0.6439 0.1541 0.428 0.000 0.016 0.020 0.392 NA
#> SRR486237 1 0.8056 -0.3222 0.340 0.000 0.072 0.296 0.076 NA
#> SRR1057691 2 0.3183 0.8400 0.008 0.788 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR486238 1 0.8056 -0.3222 0.340 0.000 0.072 0.296 0.076 NA
#> SRR1057692 2 0.3183 0.8400 0.008 0.788 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR486239 1 0.8276 -0.3036 0.308 0.000 0.084 0.284 0.088 NA
#> SRR486240 1 0.8276 -0.3036 0.308 0.000 0.084 0.284 0.088 NA
#> SRR488136 4 0.8055 0.3281 0.316 0.000 0.072 0.324 0.076 NA
#> SRR488137 4 0.8055 0.3281 0.316 0.000 0.072 0.324 0.076 NA
#> SRR486241 4 0.8053 0.3345 0.308 0.000 0.072 0.332 0.076 NA
#> SRR486242 4 0.8053 0.3345 0.308 0.000 0.072 0.332 0.076 NA
#> SRR488684 4 0.7985 0.3330 0.316 0.000 0.064 0.332 0.076 NA
#> SRR488685 4 0.8021 0.3304 0.316 0.000 0.068 0.328 0.076 NA
#> SRR651673 5 0.1820 0.6403 0.044 0.000 0.012 0.000 0.928 NA
#> SRR651674 5 0.1820 0.6403 0.044 0.000 0.012 0.000 0.928 NA
#> SRR651675 5 0.1820 0.6403 0.044 0.000 0.012 0.000 0.928 NA
#> SRR651676 5 0.1820 0.6403 0.044 0.000 0.012 0.000 0.928 NA
#> SRR651677 5 0.1820 0.6403 0.044 0.000 0.012 0.000 0.928 NA
#> SRR651678 5 0.1820 0.6403 0.044 0.000 0.012 0.000 0.928 NA
#> SRR578639 5 0.8475 -0.1484 0.288 0.000 0.132 0.160 0.316 NA
#> SRR578640 5 0.8475 -0.1484 0.288 0.000 0.132 0.160 0.316 NA
#> SRR578641 5 0.8475 -0.1484 0.288 0.000 0.132 0.160 0.316 NA
#> SRR578642 5 0.8475 -0.1484 0.288 0.000 0.132 0.160 0.316 NA
#> SRR1045526 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1045527 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1045528 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1045529 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1220381 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1220382 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1220383 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1220384 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1220385 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1220386 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1220387 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1220388 1 0.5417 0.4733 0.656 0.000 0.044 0.068 0.224 NA
#> SRR1045530 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1045531 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1045532 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1045533 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1220389 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1220390 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1220391 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1220392 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1220393 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1220394 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1220395 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1220396 5 0.6601 0.1125 0.328 0.000 0.028 0.012 0.456 NA
#> SRR1045570 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1045571 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1045572 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1045573 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1220397 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1220398 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1220399 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1220400 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1220401 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1220402 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1220403 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1220404 3 0.3714 0.8736 0.016 0.000 0.776 0.004 0.016 NA
#> SRR1045574 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1045575 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1045576 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1045577 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1220405 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1220406 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1220407 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1220408 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1220409 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1220410 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1220411 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1220412 3 0.1313 0.8675 0.028 0.000 0.952 0.004 0.016 NA
#> SRR1045582 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1045583 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1045584 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1045585 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1220421 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1220422 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1220423 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1220424 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1220425 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1220426 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1220427 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1220428 4 0.7050 0.4346 0.196 0.000 0.064 0.472 0.252 NA
#> SRR1054856 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1054857 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1054858 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1054859 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1220429 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1220430 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1220431 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1220432 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1220433 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1220434 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1220435 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1220436 4 0.8308 0.3884 0.216 0.000 0.132 0.360 0.220 NA
#> SRR1045586 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1045587 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1045588 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1045589 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1220438 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1220439 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1220441 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1220442 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1220443 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1220444 1 0.4961 0.4657 0.684 0.000 0.048 0.020 0.232 NA
#> SRR1045594 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1045595 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1045596 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1045597 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1220453 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1220454 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1220455 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1220456 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1220457 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1220458 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1220459 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1220460 2 0.4125 0.7924 0.008 0.760 0.004 0.184 0.008 NA
#> SRR1045598 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1045599 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1045600 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1045601 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1220461 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1220462 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1220463 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1220464 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1220465 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1220466 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1220467 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1220468 4 0.7151 0.3477 0.312 0.000 0.036 0.456 0.136 NA
#> SRR1045602 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1045603 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1045604 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1045605 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1220469 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1220470 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1220471 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1220472 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1220473 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1220474 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1220475 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1220476 3 0.3348 0.8734 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 NA
#> SRR1045606 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045607 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045608 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045609 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220477 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220478 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220479 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220480 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220481 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220482 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220483 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1220484 2 0.0692 0.8712 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1045614 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1045615 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1045616 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1045617 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1220493 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1220494 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1220495 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1220496 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1220497 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1220498 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1220499 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR1220500 5 0.2156 0.6478 0.012 0.000 0.020 0.028 0.920 NA
#> SRR651662 1 0.7747 0.2319 0.388 0.000 0.096 0.040 0.300 NA
#> SRR651663 1 0.7823 -0.1101 0.344 0.000 0.060 0.328 0.204 NA
#> SRR651664 1 0.7823 -0.1101 0.344 0.000 0.060 0.328 0.204 NA
#> SRR1045522 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1045523 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1045524 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1045525 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1220373 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1220374 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1220375 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1220376 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1220377 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1220378 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1220379 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1220380 1 0.8038 0.1564 0.388 0.000 0.060 0.260 0.180 NA
#> SRR1045578 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1045579 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1045580 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1045581 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1220413 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1220414 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1220415 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1220416 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1220417 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1220418 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1220419 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1220420 5 0.0777 0.6643 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972 NA
#> SRR1045590 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1045591 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1045592 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1045593 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1220445 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1220446 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1220447 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1220448 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1220449 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1220450 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1220451 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1220452 1 0.7721 0.2244 0.376 0.000 0.092 0.040 0.320 NA
#> SRR1045610 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1045611 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1045612 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1045613 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220485 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220486 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220487 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220488 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220489 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220490 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220491 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220492 2 0.2925 0.8522 0.016 0.832 0.000 0.004 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.889 0.955 0.980 0.4452 0.555 0.555
#> 3 3 0.910 0.916 0.961 0.4392 0.778 0.610
#> 4 4 0.763 0.812 0.862 0.1484 0.885 0.689
#> 5 5 0.787 0.637 0.756 0.0536 0.890 0.622
#> 6 6 0.836 0.787 0.843 0.0385 0.938 0.732
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 2 0.8443 0.628 0.272 0.728
#> SRR020288 2 0.8443 0.628 0.272 0.728
#> SRR020289 2 0.8443 0.628 0.272 0.728
#> SRR020290 2 0.8443 0.628 0.272 0.728
#> SRR020291 2 0.8443 0.628 0.272 0.728
#> SRR020285 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR020292 2 0.9795 0.295 0.416 0.584
#> SRR020293 2 0.9795 0.295 0.416 0.584
#> SRR020294 2 0.9795 0.295 0.416 0.584
#> SRR020295 2 0.9795 0.295 0.416 0.584
#> SRR020286 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR578643 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR578644 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR578645 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR578646 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651679 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651680 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651681 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651682 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR578627 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578628 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578629 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578630 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651692 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651693 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651694 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR596102 1 0.6531 0.809 0.832 0.168
#> SRR596103 1 0.6531 0.809 0.832 0.168
#> SRR596104 1 0.6531 0.809 0.832 0.168
#> SRR596105 1 0.6531 0.809 0.832 0.168
#> SRR651687 1 0.6531 0.809 0.832 0.168
#> SRR651688 1 0.6531 0.809 0.832 0.168
#> SRR651689 1 0.6531 0.809 0.832 0.168
#> SRR578647 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577587 2 0.0938 0.961 0.012 0.988
#> SRR577588 2 0.0938 0.961 0.012 0.988
#> SRR577589 2 0.0938 0.961 0.012 0.988
#> SRR577590 2 0.0938 0.961 0.012 0.988
#> SRR596106 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR596107 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR596108 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR596109 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651695 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651696 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651697 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651698 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR651699 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651700 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651701 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651702 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651703 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651704 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578651 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578652 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578653 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578654 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651705 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651706 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651707 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651708 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577591 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR488137 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR486241 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR486242 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR488684 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR488685 1 0.7219 0.764 0.800 0.200
#> SRR651673 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045574 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045575 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045576 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045577 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220405 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220406 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220407 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220408 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220409 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220410 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220411 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220412 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045582 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045598 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1045599 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1045600 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1045601 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1220461 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1220462 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1220463 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1220464 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1220465 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1220466 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1220467 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1220468 1 0.5059 0.878 0.888 0.112
#> SRR1045602 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045603 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045604 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045605 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220469 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220470 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220471 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220472 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220473 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220474 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220475 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220476 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045614 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 3 0.5754 0.640 0.004 0.296 0.700
#> SRR020288 3 0.5754 0.640 0.004 0.296 0.700
#> SRR020289 3 0.5754 0.640 0.004 0.296 0.700
#> SRR020290 3 0.5754 0.640 0.004 0.296 0.700
#> SRR020291 3 0.5754 0.640 0.004 0.296 0.700
#> SRR020285 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 3 0.3752 0.842 0.000 0.144 0.856
#> SRR020293 3 0.3752 0.842 0.000 0.144 0.856
#> SRR020294 3 0.3752 0.842 0.000 0.144 0.856
#> SRR020295 3 0.3752 0.842 0.000 0.144 0.856
#> SRR020286 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR578644 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR578645 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR578646 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR651679 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR651680 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR651681 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR651682 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR596102 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577587 3 0.0892 0.939 0.000 0.020 0.980
#> SRR577588 3 0.0892 0.939 0.000 0.020 0.980
#> SRR577589 3 0.0892 0.939 0.000 0.020 0.980
#> SRR577590 3 0.0892 0.939 0.000 0.020 0.980
#> SRR596106 2 0.5760 0.554 0.328 0.672 0.000
#> SRR596107 2 0.5760 0.554 0.328 0.672 0.000
#> SRR596108 2 0.5760 0.554 0.328 0.672 0.000
#> SRR596109 2 0.5760 0.554 0.328 0.672 0.000
#> SRR651695 2 0.5760 0.554 0.328 0.672 0.000
#> SRR651696 2 0.5760 0.554 0.328 0.672 0.000
#> SRR651697 2 0.5760 0.554 0.328 0.672 0.000
#> SRR651698 2 0.5760 0.554 0.328 0.672 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR577600 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR577601 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR577602 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR578631 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR578632 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR578633 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR578634 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR651665 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR651666 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR651667 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR651668 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR577579 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR577580 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR577581 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR577582 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR577583 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577591 2 0.4555 0.733 0.000 0.800 0.200
#> SRR577592 2 0.4555 0.733 0.000 0.800 0.200
#> SRR577593 2 0.4555 0.733 0.000 0.800 0.200
#> SRR577594 2 0.4555 0.733 0.000 0.800 0.200
#> SRR578635 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR578636 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR578637 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR578638 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR651669 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR651670 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR651671 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR651672 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR486237 3 0.2356 0.897 0.072 0.000 0.928
#> SRR1057691 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 3 0.2356 0.897 0.072 0.000 0.928
#> SRR1057692 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 3 0.1529 0.918 0.040 0.000 0.960
#> SRR486240 3 0.1529 0.918 0.040 0.000 0.960
#> SRR488136 3 0.5269 0.773 0.016 0.200 0.784
#> SRR488137 3 0.5269 0.773 0.016 0.200 0.784
#> SRR486241 3 0.4784 0.779 0.004 0.200 0.796
#> SRR486242 3 0.4784 0.779 0.004 0.200 0.796
#> SRR488684 3 0.5269 0.773 0.016 0.200 0.784
#> SRR488685 3 0.5269 0.773 0.016 0.200 0.784
#> SRR651673 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR651674 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR651675 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR651676 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR651677 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR651678 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR578639 1 0.1860 0.933 0.948 0.000 0.052
#> SRR578640 1 0.1860 0.933 0.948 0.000 0.052
#> SRR578641 1 0.1860 0.933 0.948 0.000 0.052
#> SRR578642 1 0.1860 0.933 0.948 0.000 0.052
#> SRR1045526 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045531 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045532 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045533 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220389 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220390 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220391 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220392 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220393 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220394 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220395 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220396 1 0.0424 0.961 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045570 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045582 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045583 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045584 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045585 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220421 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220422 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220423 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220424 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220425 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220426 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220427 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220428 1 0.1411 0.947 0.964 0.000 0.036
#> SRR1054856 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1054857 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1054858 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1054859 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1220429 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1220430 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1220431 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1220432 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1220433 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1220434 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1220435 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1220436 1 0.6140 0.397 0.596 0.000 0.404
#> SRR1045586 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045615 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045616 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045617 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220493 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220494 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220495 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220496 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220497 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220498 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220499 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220500 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR651662 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR651663 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR651664 1 0.0237 0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045522 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045579 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045580 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045581 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220413 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220414 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220415 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220416 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220417 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220418 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220419 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220420 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045590 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045591 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045592 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045593 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220445 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220446 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220447 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220448 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220449 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220450 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220451 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220452 1 0.0747 0.960 0.984 0.000 0.016
#> SRR1045610 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 3 0.6455 0.517 0.016 0.336 0.596 0.052
#> SRR020288 3 0.6455 0.517 0.016 0.336 0.596 0.052
#> SRR020289 3 0.6455 0.517 0.016 0.336 0.596 0.052
#> SRR020290 3 0.6455 0.517 0.016 0.336 0.596 0.052
#> SRR020291 3 0.6455 0.517 0.016 0.336 0.596 0.052
#> SRR020285 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020292 3 0.4617 0.713 0.000 0.204 0.764 0.032
#> SRR020293 3 0.4617 0.713 0.000 0.204 0.764 0.032
#> SRR020294 3 0.4617 0.713 0.000 0.204 0.764 0.032
#> SRR020295 3 0.4617 0.713 0.000 0.204 0.764 0.032
#> SRR020286 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578644 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578645 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578646 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651679 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651680 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651681 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651682 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR596103 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR596104 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR596105 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR651687 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR651688 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR651689 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR578647 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577587 3 0.1389 0.866 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR577588 3 0.1389 0.866 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR577589 3 0.1389 0.866 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR577590 3 0.1389 0.866 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR596106 4 0.0921 0.746 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR596107 4 0.0921 0.746 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR596108 4 0.0921 0.746 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR596109 4 0.0921 0.746 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR651695 4 0.0921 0.746 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR651696 4 0.0921 0.746 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR651697 4 0.0921 0.746 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR651698 4 0.0921 0.746 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR651699 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR577600 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR577601 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR577602 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR578631 1 0.3688 0.783 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR578632 1 0.3688 0.783 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR578633 1 0.3688 0.783 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR578634 1 0.3688 0.783 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR651665 1 0.3688 0.783 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR651666 1 0.3688 0.783 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR651667 1 0.3688 0.783 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR651668 1 0.3688 0.783 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR577579 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR577580 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR577581 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR577582 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR577583 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.3610 0.740 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR577592 2 0.3610 0.740 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR577593 2 0.3610 0.740 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR577594 2 0.3610 0.740 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR578635 1 0.3444 0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR578636 1 0.3444 0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR578637 1 0.3444 0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR578638 1 0.3444 0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR651669 1 0.3444 0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR651670 1 0.3444 0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR651671 1 0.3444 0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR651672 1 0.3444 0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR486237 3 0.6862 0.395 0.176 0.000 0.596 0.228
#> SRR1057691 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486238 3 0.6862 0.395 0.176 0.000 0.596 0.228
#> SRR1057692 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486239 3 0.5657 0.539 0.244 0.000 0.688 0.068
#> SRR486240 3 0.5657 0.539 0.244 0.000 0.688 0.068
#> SRR488136 3 0.7713 0.571 0.104 0.196 0.612 0.088
#> SRR488137 3 0.7713 0.571 0.104 0.196 0.612 0.088
#> SRR486241 3 0.6613 0.654 0.060 0.196 0.684 0.060
#> SRR486242 3 0.6613 0.654 0.060 0.196 0.684 0.060
#> SRR488684 3 0.7713 0.571 0.104 0.196 0.612 0.088
#> SRR488685 3 0.7713 0.571 0.104 0.196 0.612 0.088
#> SRR651673 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651674 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651675 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651676 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651677 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651678 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR578639 1 0.4798 0.602 0.768 0.000 0.052 0.180
#> SRR578640 1 0.4798 0.602 0.768 0.000 0.052 0.180
#> SRR578641 1 0.4798 0.602 0.768 0.000 0.052 0.180
#> SRR578642 1 0.4798 0.602 0.768 0.000 0.052 0.180
#> SRR1045526 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1045527 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1045528 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1045529 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220381 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220382 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220383 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220384 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220385 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220386 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220387 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220388 1 0.4661 0.673 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1045530 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1045531 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1045532 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1045533 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1220389 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1220390 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1220391 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1220392 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1220393 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1220394 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1220395 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1220396 1 0.2216 0.810 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1045570 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1045583 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1045584 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1045585 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1220421 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1220422 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1220423 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1220424 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1220425 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1220426 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1220427 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1220428 4 0.5085 0.594 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1054856 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1054857 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1054858 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1054859 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1220429 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1220430 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1220431 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1220432 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1220433 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1220434 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1220435 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1220436 4 0.7760 0.459 0.352 0.000 0.240 0.408
#> SRR1045586 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1045587 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1045588 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1045589 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1220438 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1220439 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1220441 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1220442 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1220443 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1220444 1 0.4522 0.698 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1045594 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1045599 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1045600 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1045601 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220461 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220462 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220463 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220464 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220465 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220466 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220467 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220468 4 0.0188 0.755 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1045602 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045615 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045616 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045617 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220493 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220494 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220495 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220496 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220497 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220498 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220499 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220500 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651662 1 0.4182 0.735 0.796 0.000 0.024 0.180
#> SRR651663 4 0.4837 0.443 0.348 0.000 0.004 0.648
#> SRR651664 4 0.4837 0.443 0.348 0.000 0.004 0.648
#> SRR1045522 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1045523 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1045524 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1045525 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1220373 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1220374 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1220375 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1220376 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1220377 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1220378 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1220379 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1220380 4 0.0921 0.748 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1045578 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045579 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045580 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045581 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220413 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220414 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220415 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220416 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220417 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220418 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220419 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220420 1 0.0336 0.792 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045590 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1045591 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1045592 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1045593 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1220445 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1220446 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1220447 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1220448 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1220449 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1220450 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1220451 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1220452 1 0.4225 0.731 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR1045610 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.7607 -0.1030 0.368 0.264 0.332 0.028 0.008
#> SRR020288 1 0.7607 -0.1030 0.368 0.264 0.332 0.028 0.008
#> SRR020289 1 0.7607 -0.1030 0.368 0.264 0.332 0.028 0.008
#> SRR020290 1 0.7607 -0.1030 0.368 0.264 0.332 0.028 0.008
#> SRR020291 1 0.7607 -0.1030 0.368 0.264 0.332 0.028 0.008
#> SRR020285 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 3 0.7179 0.2413 0.384 0.148 0.432 0.024 0.012
#> SRR020293 3 0.7179 0.2413 0.384 0.148 0.432 0.024 0.012
#> SRR020294 3 0.7179 0.2413 0.384 0.148 0.432 0.024 0.012
#> SRR020295 3 0.7179 0.2413 0.384 0.148 0.432 0.024 0.012
#> SRR020286 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0451 0.9790 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR578644 2 0.0451 0.9790 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR578645 2 0.0451 0.9790 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR578646 2 0.0451 0.9790 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR651679 2 0.0451 0.9790 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR651680 2 0.0451 0.9790 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR651681 2 0.0451 0.9790 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR651682 2 0.0451 0.9790 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR596103 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR596104 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR596105 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR651687 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR651688 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR651689 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR578647 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577587 3 0.0609 0.9418 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0609 0.9418 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0609 0.9418 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0609 0.9418 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.0740 0.7707 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> SRR596107 4 0.0740 0.7707 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> SRR596108 4 0.0740 0.7707 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> SRR596109 4 0.0740 0.7707 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> SRR651695 4 0.0740 0.7707 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> SRR651696 4 0.0740 0.7707 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> SRR651697 4 0.0740 0.7707 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> SRR651698 4 0.0740 0.7707 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> SRR651699 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577600 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577601 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577602 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578631 1 0.5501 0.0643 0.492 0.000 0.000 0.064 0.444
#> SRR578632 1 0.5501 0.0643 0.492 0.000 0.000 0.064 0.444
#> SRR578633 1 0.5501 0.0643 0.492 0.000 0.000 0.064 0.444
#> SRR578634 1 0.5501 0.0643 0.492 0.000 0.000 0.064 0.444
#> SRR651665 1 0.5501 0.0643 0.492 0.000 0.000 0.064 0.444
#> SRR651666 1 0.5501 0.0643 0.492 0.000 0.000 0.064 0.444
#> SRR651667 1 0.5501 0.0643 0.492 0.000 0.000 0.064 0.444
#> SRR651668 1 0.5501 0.0643 0.492 0.000 0.000 0.064 0.444
#> SRR577579 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR577580 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR577581 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR577582 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR577583 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.3109 0.7458 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.3109 0.7458 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.3109 0.7458 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.3109 0.7458 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.5406 0.0365 0.480 0.000 0.000 0.056 0.464
#> SRR578636 1 0.5406 0.0365 0.480 0.000 0.000 0.056 0.464
#> SRR578637 1 0.5406 0.0365 0.480 0.000 0.000 0.056 0.464
#> SRR578638 1 0.5406 0.0365 0.480 0.000 0.000 0.056 0.464
#> SRR651669 1 0.5406 0.0365 0.480 0.000 0.000 0.056 0.464
#> SRR651670 1 0.5406 0.0365 0.480 0.000 0.000 0.056 0.464
#> SRR651671 1 0.5406 0.0365 0.480 0.000 0.000 0.056 0.464
#> SRR651672 1 0.5406 0.0365 0.480 0.000 0.000 0.056 0.464
#> SRR486237 1 0.4140 0.3012 0.764 0.000 0.200 0.028 0.008
#> SRR1057691 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.4140 0.3012 0.764 0.000 0.200 0.028 0.008
#> SRR1057692 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.6096 0.2097 0.624 0.000 0.252 0.044 0.080
#> SRR486240 1 0.6096 0.2097 0.624 0.000 0.252 0.044 0.080
#> SRR488136 1 0.7281 0.1201 0.508 0.180 0.268 0.028 0.016
#> SRR488137 1 0.7281 0.1201 0.508 0.180 0.268 0.028 0.016
#> SRR486241 1 0.7495 -0.0907 0.424 0.180 0.352 0.028 0.016
#> SRR486242 1 0.7495 -0.0907 0.424 0.180 0.352 0.028 0.016
#> SRR488684 1 0.7231 0.1468 0.520 0.180 0.256 0.028 0.016
#> SRR488685 1 0.7231 0.1468 0.520 0.180 0.256 0.028 0.016
#> SRR651673 5 0.0703 0.7200 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651674 5 0.0703 0.7200 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651675 5 0.0703 0.7200 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651676 5 0.0703 0.7200 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651677 5 0.0703 0.7200 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651678 5 0.0703 0.7200 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR578639 1 0.6982 -0.0261 0.444 0.000 0.068 0.088 0.400
#> SRR578640 1 0.6982 -0.0261 0.444 0.000 0.068 0.088 0.400
#> SRR578641 1 0.6982 -0.0261 0.444 0.000 0.068 0.088 0.400
#> SRR578642 1 0.6982 -0.0261 0.444 0.000 0.068 0.088 0.400
#> SRR1045526 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1045527 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1045528 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1045529 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1220381 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1220382 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1220383 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1220384 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1220385 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1220386 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1220387 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1220388 1 0.5120 0.3917 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> SRR1045530 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1045531 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1045532 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1045533 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1220389 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1220390 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1220391 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1220392 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1220393 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1220394 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1220395 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1220396 5 0.5039 0.1387 0.456 0.000 0.000 0.032 0.512
#> SRR1045570 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1045583 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1045584 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1045585 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1220421 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1220422 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1220423 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1220424 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1220425 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1220426 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1220427 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1220428 4 0.6441 0.4408 0.188 0.000 0.000 0.468 0.344
#> SRR1054856 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1054857 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1054858 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1054859 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1220429 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1220430 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1220431 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1220432 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1220433 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1220434 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1220435 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1220436 1 0.8476 -0.1362 0.300 0.000 0.168 0.284 0.248
#> SRR1045586 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1045587 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1045588 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1045589 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1220438 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1220439 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1220441 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1220442 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1220443 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1220444 1 0.4905 0.3840 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> SRR1045594 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1045599 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1045600 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1045601 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1220461 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1220462 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1220463 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1220464 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1220465 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1220466 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1220467 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1220468 4 0.0693 0.7737 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1045602 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.9639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651662 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR651663 4 0.6194 0.1990 0.328 0.000 0.000 0.516 0.156
#> SRR651664 4 0.6194 0.1990 0.328 0.000 0.000 0.516 0.156
#> SRR1045522 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1045523 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1045524 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1045525 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1220373 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1220374 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1220375 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1220376 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1220377 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1220378 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1220379 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1220380 4 0.2563 0.7257 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1045578 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045590 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1045591 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1045592 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1045593 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1220445 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1220446 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1220447 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1220448 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1220449 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1220450 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1220451 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1220452 1 0.5801 -0.0291 0.484 0.000 0.012 0.060 0.444
#> SRR1045610 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.9889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.6852 0.571 0.144 0.092 0.148 0.016 0.016 0.584
#> SRR020288 6 0.6852 0.571 0.144 0.092 0.148 0.016 0.016 0.584
#> SRR020289 6 0.6852 0.571 0.144 0.092 0.148 0.016 0.016 0.584
#> SRR020290 6 0.6852 0.571 0.144 0.092 0.148 0.016 0.016 0.584
#> SRR020291 6 0.6852 0.571 0.144 0.092 0.148 0.016 0.016 0.584
#> SRR020285 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 6 0.6169 0.580 0.136 0.052 0.152 0.012 0.012 0.636
#> SRR020293 6 0.6169 0.580 0.136 0.052 0.152 0.012 0.012 0.636
#> SRR020294 6 0.6169 0.580 0.136 0.052 0.152 0.012 0.012 0.636
#> SRR020295 6 0.6169 0.580 0.136 0.052 0.152 0.012 0.012 0.636
#> SRR020286 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.1726 0.928 0.000 0.932 0.000 0.012 0.012 0.044
#> SRR578644 2 0.1726 0.928 0.000 0.932 0.000 0.012 0.012 0.044
#> SRR578645 2 0.1726 0.928 0.000 0.932 0.000 0.012 0.012 0.044
#> SRR578646 2 0.1726 0.928 0.000 0.932 0.000 0.012 0.012 0.044
#> SRR651679 2 0.1726 0.928 0.000 0.932 0.000 0.012 0.012 0.044
#> SRR651680 2 0.1726 0.928 0.000 0.932 0.000 0.012 0.012 0.044
#> SRR651681 2 0.1726 0.928 0.000 0.932 0.000 0.012 0.012 0.044
#> SRR651682 2 0.1726 0.928 0.000 0.932 0.000 0.012 0.012 0.044
#> SRR578627 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR578628 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR578629 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR578630 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR651692 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR651693 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR651694 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR596098 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR596099 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR596100 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR596101 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651683 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651684 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651685 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651686 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR596102 1 0.1036 0.577 0.964 0.000 0.000 0.024 0.008 0.004
#> SRR596103 1 0.1036 0.577 0.964 0.000 0.000 0.024 0.008 0.004
#> SRR596104 1 0.1036 0.577 0.964 0.000 0.000 0.024 0.008 0.004
#> SRR596105 1 0.1036 0.577 0.964 0.000 0.000 0.024 0.008 0.004
#> SRR651687 1 0.1036 0.577 0.964 0.000 0.000 0.024 0.008 0.004
#> SRR651688 1 0.1036 0.577 0.964 0.000 0.000 0.024 0.008 0.004
#> SRR651689 1 0.1036 0.577 0.964 0.000 0.000 0.024 0.008 0.004
#> SRR578647 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578648 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578649 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578650 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651691 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR577587 3 0.0777 0.965 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR577588 3 0.0777 0.965 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR577589 3 0.0777 0.965 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR577590 3 0.0777 0.965 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR596106 4 0.0508 0.715 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR596107 4 0.0508 0.715 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR596108 4 0.0508 0.715 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR596109 4 0.0508 0.715 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR651695 4 0.0508 0.715 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR651696 4 0.0508 0.715 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR651697 4 0.0508 0.715 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR651698 4 0.0508 0.715 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR651699 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR651700 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR651701 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR651702 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR651703 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR651704 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR578651 3 0.0603 0.971 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR578652 3 0.0603 0.971 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR578653 3 0.0603 0.971 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR578654 3 0.0603 0.971 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR651705 3 0.0603 0.971 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR651706 3 0.0603 0.971 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR651707 3 0.0603 0.971 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR651708 3 0.0603 0.971 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1045618 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR577600 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR577601 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR577602 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR578631 1 0.5995 0.686 0.560 0.000 0.000 0.028 0.224 0.188
#> SRR578632 1 0.5995 0.686 0.560 0.000 0.000 0.028 0.224 0.188
#> SRR578633 1 0.5995 0.686 0.560 0.000 0.000 0.028 0.224 0.188
#> SRR578634 1 0.5995 0.686 0.560 0.000 0.000 0.028 0.224 0.188
#> SRR651665 1 0.5995 0.686 0.560 0.000 0.000 0.028 0.224 0.188
#> SRR651666 1 0.5995 0.686 0.560 0.000 0.000 0.028 0.224 0.188
#> SRR651667 1 0.5995 0.686 0.560 0.000 0.000 0.028 0.224 0.188
#> SRR651668 1 0.5995 0.686 0.560 0.000 0.000 0.028 0.224 0.188
#> SRR577579 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR577580 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR577581 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR577582 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR577583 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR577584 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR577585 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR577586 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR577591 2 0.3231 0.712 0.000 0.784 0.200 0.000 0.000 0.016
#> SRR577592 2 0.3231 0.712 0.000 0.784 0.200 0.000 0.000 0.016
#> SRR577593 2 0.3231 0.712 0.000 0.784 0.200 0.000 0.000 0.016
#> SRR577594 2 0.3231 0.712 0.000 0.784 0.200 0.000 0.000 0.016
#> SRR578635 1 0.5936 0.684 0.560 0.000 0.000 0.024 0.236 0.180
#> SRR578636 1 0.5936 0.684 0.560 0.000 0.000 0.024 0.236 0.180
#> SRR578637 1 0.5936 0.684 0.560 0.000 0.000 0.024 0.236 0.180
#> SRR578638 1 0.5936 0.684 0.560 0.000 0.000 0.024 0.236 0.180
#> SRR651669 1 0.5936 0.684 0.560 0.000 0.000 0.024 0.236 0.180
#> SRR651670 1 0.5936 0.684 0.560 0.000 0.000 0.024 0.236 0.180
#> SRR651671 1 0.5936 0.684 0.560 0.000 0.000 0.024 0.236 0.180
#> SRR651672 1 0.5936 0.684 0.560 0.000 0.000 0.024 0.236 0.180
#> SRR486237 6 0.4670 0.515 0.264 0.000 0.040 0.012 0.008 0.676
#> SRR1057691 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 6 0.4670 0.515 0.264 0.000 0.040 0.012 0.008 0.676
#> SRR1057692 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 6 0.3025 0.533 0.092 0.000 0.040 0.008 0.004 0.856
#> SRR486240 6 0.3025 0.533 0.092 0.000 0.040 0.008 0.004 0.856
#> SRR488136 6 0.6507 0.578 0.172 0.080 0.100 0.016 0.016 0.616
#> SRR488137 6 0.6507 0.578 0.172 0.080 0.100 0.016 0.016 0.616
#> SRR486241 6 0.6528 0.580 0.164 0.080 0.108 0.016 0.016 0.616
#> SRR486242 6 0.6528 0.580 0.164 0.080 0.108 0.016 0.016 0.616
#> SRR488684 6 0.6466 0.578 0.172 0.080 0.096 0.016 0.016 0.620
#> SRR488685 6 0.6466 0.578 0.172 0.080 0.096 0.016 0.016 0.620
#> SRR651673 5 0.1387 0.985 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR651674 5 0.1387 0.985 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR651675 5 0.1387 0.985 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR651676 5 0.1387 0.985 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR651677 5 0.1387 0.985 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR651678 5 0.1387 0.985 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR578639 6 0.6316 0.299 0.140 0.000 0.016 0.044 0.224 0.576
#> SRR578640 6 0.6316 0.299 0.140 0.000 0.016 0.044 0.224 0.576
#> SRR578641 6 0.6316 0.299 0.140 0.000 0.016 0.044 0.224 0.576
#> SRR578642 6 0.6316 0.299 0.140 0.000 0.016 0.044 0.224 0.576
#> SRR1045526 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1045527 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1045528 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1045529 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1220381 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1220382 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1220383 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1220384 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1220385 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1220386 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1220387 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1220388 1 0.0891 0.581 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1045530 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1045531 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1045532 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1045533 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1220389 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1220390 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1220391 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1220392 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1220393 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1220394 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1220395 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1220396 1 0.6231 0.662 0.508 0.000 0.000 0.028 0.268 0.196
#> SRR1045570 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045571 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045572 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045573 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220397 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220398 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220399 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220400 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220401 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220402 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220403 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220404 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045574 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045575 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045576 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045577 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220405 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220406 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220407 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220408 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220409 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220410 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220411 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220412 3 0.0508 0.974 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045582 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1045583 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1045584 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1045585 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1220421 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1220422 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1220423 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1220424 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1220425 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1220426 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1220427 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1220428 4 0.6364 0.152 0.008 0.000 0.004 0.412 0.260 0.316
#> SRR1054856 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1054857 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1054858 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1054859 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1220429 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1220430 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1220431 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1220432 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1220433 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1220434 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1220435 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1220436 6 0.7632 0.381 0.036 0.000 0.120 0.208 0.180 0.456
#> SRR1045586 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1045587 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1045588 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1045589 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1220438 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1220439 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1220441 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1220442 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1220443 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1220444 1 0.0665 0.584 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1045594 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1045599 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1045600 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1045601 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220461 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220462 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220463 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220464 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220465 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220466 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220467 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220468 4 0.0363 0.715 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045603 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045604 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045605 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220469 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220470 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220471 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220472 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220473 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220474 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220475 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220476 3 0.0858 0.975 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045606 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1045615 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1045616 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1045617 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220493 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220494 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220495 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220496 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220497 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220498 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220499 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220500 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR651662 1 0.6696 0.599 0.428 0.000 0.004 0.032 0.248 0.288
#> SRR651663 4 0.6942 -0.091 0.284 0.000 0.000 0.424 0.072 0.220
#> SRR651664 4 0.6942 -0.091 0.284 0.000 0.000 0.424 0.072 0.220
#> SRR1045522 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1045523 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1045524 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1045525 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1220373 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1220374 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1220375 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1220376 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1220377 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1220378 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1220379 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1220380 4 0.3105 0.668 0.064 0.000 0.000 0.848 0.008 0.080
#> SRR1045578 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1045579 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1045580 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1045581 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220413 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220414 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220415 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220416 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220417 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220418 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220419 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1220420 5 0.1204 0.997 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1045590 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1045591 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1045592 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1045593 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1220445 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1220446 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1220447 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1220448 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1220449 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1220450 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1220451 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1220452 1 0.6704 0.613 0.428 0.000 0.004 0.032 0.264 0.272
#> SRR1045610 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.483 0.843 0.843 0.3763 0.620 0.620
#> 3 3 0.893 0.906 0.962 0.5956 0.760 0.613
#> 4 4 0.889 0.897 0.942 0.1864 0.898 0.732
#> 5 5 0.840 0.842 0.911 0.1025 0.920 0.716
#> 6 6 0.882 0.837 0.896 0.0377 0.970 0.856
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR020288 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR020289 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR020290 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR020291 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR020285 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1057683 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1057684 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR020292 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR020293 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR020294 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR020295 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR020286 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1057689 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1057690 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1057685 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1057686 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1057687 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1057688 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR578643 2 0.9983 0.649 0.476 0.524
#> SRR578644 2 0.9977 0.658 0.472 0.528
#> SRR578645 2 0.9988 0.640 0.480 0.520
#> SRR578646 2 0.9977 0.658 0.472 0.528
#> SRR651679 2 1.0000 0.601 0.496 0.504
#> SRR651680 1 0.9580 -0.192 0.620 0.380
#> SRR651681 2 1.0000 0.601 0.496 0.504
#> SRR651682 1 0.9580 -0.192 0.620 0.380
#> SRR578627 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR578628 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR578629 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR578630 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651692 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651693 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651694 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR596098 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR596099 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR596100 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR596101 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR651683 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR651684 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR651685 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR651686 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR596102 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR578647 2 0.9710 0.793 0.400 0.600
#> SRR578648 2 0.9710 0.793 0.400 0.600
#> SRR578649 2 0.9710 0.793 0.400 0.600
#> SRR578650 2 0.9710 0.793 0.400 0.600
#> SRR651691 2 0.9710 0.793 0.400 0.600
#> SRR577587 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR577588 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR577589 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR577590 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR596106 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR596107 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR596108 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR596109 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651695 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651696 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651697 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651698 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651699 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651700 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651701 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651702 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651703 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651704 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR578651 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR578652 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR578653 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR578654 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651705 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651706 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651707 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651708 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045618 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045619 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045620 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045621 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220501 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220502 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220503 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220504 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220505 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220506 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220507 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220508 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR577595 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR577596 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR577597 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR577598 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR577599 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0376 0.867 0.996 0.004
#> SRR651667 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR577583 1 0.8499 0.282 0.724 0.276
#> SRR577584 1 0.8267 0.339 0.740 0.260
#> SRR577585 1 0.8267 0.339 0.740 0.260
#> SRR577586 1 0.8499 0.282 0.724 0.276
#> SRR577591 2 0.9580 0.746 0.380 0.620
#> SRR577592 2 0.9580 0.746 0.380 0.620
#> SRR577593 2 0.9580 0.746 0.380 0.620
#> SRR577594 2 0.9608 0.748 0.384 0.616
#> SRR578635 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR486238 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR486239 1 0.3114 0.852 0.944 0.056
#> SRR486240 1 0.3584 0.848 0.932 0.068
#> SRR488136 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651673 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR578640 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR578641 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR578642 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1045526 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.6712 0.809 0.824 0.176
#> SRR1045531 1 0.6712 0.809 0.824 0.176
#> SRR1045532 1 0.6712 0.809 0.824 0.176
#> SRR1045533 1 0.6712 0.809 0.824 0.176
#> SRR1220389 1 0.6887 0.806 0.816 0.184
#> SRR1220390 1 0.6801 0.808 0.820 0.180
#> SRR1220391 1 0.6887 0.806 0.816 0.184
#> SRR1220392 1 0.6712 0.809 0.824 0.176
#> SRR1220393 1 0.6887 0.806 0.816 0.184
#> SRR1220394 1 0.6801 0.808 0.820 0.180
#> SRR1220395 1 0.6887 0.806 0.816 0.184
#> SRR1220396 1 0.6887 0.806 0.816 0.184
#> SRR1045570 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045571 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045572 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045573 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220397 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220398 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220399 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220400 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220401 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220402 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220403 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220404 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045574 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045575 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045576 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045577 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220405 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220406 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220407 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220408 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220409 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220410 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220411 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220412 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045582 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.2236 0.858 0.964 0.036
#> SRR1054857 1 0.2236 0.858 0.964 0.036
#> SRR1054858 1 0.1414 0.863 0.980 0.020
#> SRR1054859 1 0.1843 0.861 0.972 0.028
#> SRR1220429 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> SRR1220430 1 0.2778 0.855 0.952 0.048
#> SRR1220431 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> SRR1220432 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> SRR1220433 1 0.2778 0.855 0.952 0.048
#> SRR1220434 1 0.2778 0.855 0.952 0.048
#> SRR1220435 1 0.2423 0.857 0.960 0.040
#> SRR1220436 1 0.2948 0.854 0.948 0.052
#> SRR1045586 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045595 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045596 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045597 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220453 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220454 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220455 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220456 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220457 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220458 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220459 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220460 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045598 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045602 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045603 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045604 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045605 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220469 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220470 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220471 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220472 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220473 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220474 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220475 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1220476 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR1045606 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045607 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045608 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045609 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220477 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220478 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220479 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220480 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220481 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220482 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220483 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220484 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045614 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.8267 0.770 0.740 0.260
#> SRR651663 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.868 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1045591 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1045592 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1045593 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1220445 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1220446 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1220447 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1220448 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1220449 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1220450 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1220451 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1220452 1 0.7602 0.791 0.780 0.220
#> SRR1045610 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045611 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045612 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1045613 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220485 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220486 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220487 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220488 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220489 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220490 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220491 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
#> SRR1220492 2 0.8267 0.957 0.260 0.740
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.0424 0.98122 0.992 0.008 0.000
#> SRR020288 1 0.0747 0.97294 0.984 0.016 0.000
#> SRR020289 1 0.0747 0.97294 0.984 0.016 0.000
#> SRR020290 1 0.0747 0.97294 0.984 0.016 0.000
#> SRR020291 1 0.0747 0.97294 0.984 0.016 0.000
#> SRR020285 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 1 0.1031 0.96440 0.976 0.000 0.024
#> SRR020293 1 0.0892 0.96881 0.980 0.000 0.020
#> SRR020294 1 0.0892 0.96881 0.980 0.000 0.020
#> SRR020295 1 0.1163 0.95990 0.972 0.000 0.028
#> SRR020286 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 2 0.5291 0.64959 0.268 0.732 0.000
#> SRR578644 2 0.5291 0.64959 0.268 0.732 0.000
#> SRR578645 2 0.5327 0.64393 0.272 0.728 0.000
#> SRR578646 2 0.5291 0.64959 0.268 0.732 0.000
#> SRR651679 2 0.5497 0.61474 0.292 0.708 0.000
#> SRR651680 1 0.6305 -0.02423 0.516 0.484 0.000
#> SRR651681 2 0.5465 0.62070 0.288 0.712 0.000
#> SRR651682 1 0.6302 -0.00887 0.520 0.480 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR596102 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.4346 0.75778 0.184 0.816 0.000
#> SRR578648 2 0.4346 0.75778 0.184 0.816 0.000
#> SRR578649 2 0.4346 0.75778 0.184 0.816 0.000
#> SRR578650 2 0.4346 0.75778 0.184 0.816 0.000
#> SRR651691 2 0.4346 0.75778 0.184 0.816 0.000
#> SRR577587 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR596106 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR596107 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR596108 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR596109 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651695 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651696 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651697 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651698 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR577583 1 0.3340 0.84483 0.880 0.120 0.000
#> SRR577584 1 0.3116 0.86097 0.892 0.108 0.000
#> SRR577585 1 0.2878 0.87669 0.904 0.096 0.000
#> SRR577586 1 0.3192 0.85564 0.888 0.112 0.000
#> SRR577591 2 0.5413 0.76119 0.164 0.800 0.036
#> SRR577592 2 0.5413 0.76119 0.164 0.800 0.036
#> SRR577593 2 0.5413 0.76119 0.164 0.800 0.036
#> SRR577594 2 0.5413 0.76119 0.164 0.800 0.036
#> SRR578635 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 3 0.6302 0.27215 0.480 0.000 0.520
#> SRR486240 3 0.6280 0.33181 0.460 0.000 0.540
#> SRR488136 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651673 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR578639 3 0.6180 0.44064 0.416 0.000 0.584
#> SRR578640 3 0.6180 0.44064 0.416 0.000 0.584
#> SRR578641 3 0.6180 0.44064 0.416 0.000 0.584
#> SRR578642 3 0.6180 0.44064 0.416 0.000 0.584
#> SRR1045526 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045582 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.86374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651662 3 0.6180 0.44064 0.416 0.000 0.584
#> SRR651663 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR651664 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.98949 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 3 0.6192 0.43285 0.420 0.000 0.580
#> SRR1045591 3 0.6192 0.43285 0.420 0.000 0.580
#> SRR1045592 3 0.6192 0.43285 0.420 0.000 0.580
#> SRR1045593 3 0.6192 0.43285 0.420 0.000 0.580
#> SRR1220445 3 0.6225 0.40673 0.432 0.000 0.568
#> SRR1220446 3 0.6225 0.40673 0.432 0.000 0.568
#> SRR1220447 3 0.6215 0.41567 0.428 0.000 0.572
#> SRR1220448 3 0.6225 0.40673 0.432 0.000 0.568
#> SRR1220449 3 0.6235 0.39672 0.436 0.000 0.564
#> SRR1220450 3 0.6225 0.40673 0.432 0.000 0.568
#> SRR1220451 3 0.6225 0.40673 0.432 0.000 0.568
#> SRR1220452 3 0.6225 0.40673 0.432 0.000 0.568
#> SRR1045610 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.94858 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.0927 0.945 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR020288 4 0.1356 0.934 0.008 0.032 0.000 0.960
#> SRR020289 4 0.1174 0.940 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR020290 4 0.1174 0.940 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR020291 4 0.1059 0.942 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR020285 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020292 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020293 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020294 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020295 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020286 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.4477 0.599 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR578644 2 0.4584 0.615 0.004 0.696 0.000 0.300
#> SRR578645 2 0.4632 0.601 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR578646 2 0.4584 0.615 0.004 0.696 0.000 0.300
#> SRR651679 2 0.4800 0.540 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR651680 4 0.5452 0.159 0.016 0.428 0.000 0.556
#> SRR651681 2 0.4800 0.540 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR651682 4 0.5417 0.202 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR578627 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596103 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596104 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596105 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651687 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651688 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651689 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578647 2 0.4040 0.686 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR578648 2 0.4040 0.686 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR578649 2 0.4040 0.686 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR578650 2 0.4008 0.691 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR651691 2 0.4008 0.691 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR577587 3 0.1637 0.850 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR577588 3 0.1637 0.850 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR577589 3 0.1637 0.850 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR577590 3 0.1637 0.850 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR596106 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR596107 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR596108 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR596109 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR651695 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR651696 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR651697 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR651698 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR651699 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR577600 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR577601 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR577602 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR578631 4 0.0336 0.947 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR578632 4 0.0469 0.945 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR578633 4 0.0469 0.945 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR578634 4 0.0469 0.945 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR651665 4 0.0336 0.947 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR651666 4 0.0336 0.947 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR651667 4 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR651668 4 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR577579 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577580 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577581 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577582 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577583 4 0.1913 0.923 0.020 0.040 0.000 0.940
#> SRR577584 4 0.1929 0.924 0.024 0.036 0.000 0.940
#> SRR577585 4 0.1929 0.924 0.024 0.036 0.000 0.940
#> SRR577586 4 0.1913 0.923 0.020 0.040 0.000 0.940
#> SRR577591 2 0.5212 0.710 0.000 0.740 0.068 0.192
#> SRR577592 2 0.5212 0.710 0.000 0.740 0.068 0.192
#> SRR577593 2 0.5212 0.710 0.000 0.740 0.068 0.192
#> SRR577594 2 0.5212 0.710 0.000 0.740 0.068 0.192
#> SRR578635 4 0.3907 0.659 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR578636 4 0.3907 0.659 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR578637 4 0.3837 0.672 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR578638 4 0.3907 0.659 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR651669 4 0.3569 0.716 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR651670 4 0.3569 0.716 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR651671 4 0.3764 0.685 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR651672 4 0.3569 0.716 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR486237 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486238 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486239 3 0.4916 0.427 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR486240 3 0.4843 0.495 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR488136 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR488137 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR486241 4 0.0336 0.950 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR486242 4 0.0336 0.950 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR488684 4 0.0469 0.949 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR488685 4 0.0336 0.950 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR651673 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651674 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651675 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651676 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651677 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651678 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR578639 3 0.6107 0.607 0.088 0.000 0.648 0.264
#> SRR578640 3 0.6219 0.598 0.096 0.000 0.640 0.264
#> SRR578641 3 0.6219 0.598 0.096 0.000 0.640 0.264
#> SRR578642 3 0.6273 0.594 0.100 0.000 0.636 0.264
#> SRR1045526 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045527 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045528 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045529 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220381 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220382 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220383 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220384 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220385 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220386 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220387 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220388 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045530 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045531 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045532 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045533 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220389 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220390 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220391 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220392 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220393 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220394 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220395 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220396 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045570 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045583 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045584 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045585 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220421 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220422 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220423 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220424 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220425 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220426 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220427 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220428 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054856 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054857 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054858 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054859 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220429 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220430 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220431 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220432 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220433 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220434 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220435 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220436 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045586 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045587 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045588 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045589 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220438 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220439 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220441 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220442 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220443 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220444 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1045599 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1045600 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1045601 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220461 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220462 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220463 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220464 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220465 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220466 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220467 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220468 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1045602 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045615 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045616 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045617 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220493 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220494 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220495 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220496 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220497 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220498 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220499 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220500 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651662 3 0.4585 0.619 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR651663 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651664 4 0.0188 0.951 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1045522 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1045523 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1045524 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1045525 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220373 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220374 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220375 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220376 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220377 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220378 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220379 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1220380 4 0.1867 0.923 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1045578 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045579 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045580 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045581 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220413 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220414 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220415 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220416 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220417 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220418 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220419 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220420 1 0.1867 1.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045590 3 0.4605 0.614 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1045591 3 0.4585 0.619 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1045592 3 0.4585 0.619 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1045593 3 0.4585 0.619 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1220445 3 0.4624 0.607 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1220446 3 0.4624 0.607 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1220447 3 0.4624 0.607 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1220448 3 0.4624 0.607 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1220449 3 0.4624 0.607 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1220450 3 0.4624 0.607 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1220451 3 0.4624 0.607 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1220452 3 0.4624 0.607 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1045610 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.4235 0.5470 0.656 0.000 0.000 0.336 0.008
#> SRR020288 1 0.4270 0.5478 0.656 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR020289 1 0.4236 0.5611 0.664 0.004 0.000 0.328 0.004
#> SRR020290 1 0.4286 0.5401 0.652 0.004 0.000 0.340 0.004
#> SRR020291 1 0.4270 0.5475 0.656 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR020285 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.3395 0.6745 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR020293 1 0.3395 0.6745 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR020294 1 0.3395 0.6745 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR020295 1 0.3395 0.6745 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR020286 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.3320 0.8626 0.124 0.016 0.000 0.844 0.016
#> SRR578644 4 0.3272 0.8659 0.120 0.016 0.000 0.848 0.016
#> SRR578645 4 0.3272 0.8659 0.120 0.016 0.000 0.848 0.016
#> SRR578646 4 0.3272 0.8659 0.120 0.016 0.000 0.848 0.016
#> SRR651679 4 0.3272 0.8659 0.120 0.016 0.000 0.848 0.016
#> SRR651680 4 0.2777 0.8707 0.120 0.000 0.000 0.864 0.016
#> SRR651681 4 0.3272 0.8659 0.120 0.016 0.000 0.848 0.016
#> SRR651682 4 0.2825 0.8683 0.124 0.000 0.000 0.860 0.016
#> SRR578627 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578628 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578629 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578630 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651692 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651693 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651694 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.5871 0.4254 0.124 0.628 0.000 0.236 0.012
#> SRR578648 2 0.5871 0.4254 0.124 0.628 0.000 0.236 0.012
#> SRR578649 2 0.5871 0.4254 0.124 0.628 0.000 0.236 0.012
#> SRR578650 2 0.5871 0.4254 0.124 0.628 0.000 0.236 0.012
#> SRR651691 2 0.5767 0.4304 0.124 0.632 0.000 0.236 0.008
#> SRR577587 3 0.2690 0.7632 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR577588 3 0.2690 0.7632 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR577589 3 0.2690 0.7632 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR577590 3 0.2690 0.7632 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR596106 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR596107 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR596108 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR596109 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR651695 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR651696 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR651697 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR651698 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR651699 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR651700 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR651701 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR651702 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR651703 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR651704 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR578651 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578652 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578653 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578654 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651705 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651706 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651707 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651708 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR577600 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR577601 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR577602 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR578631 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0162 0.8464 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR577579 1 0.0703 0.8401 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR577580 1 0.0963 0.8350 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR577581 1 0.0794 0.8385 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR577582 1 0.0963 0.8350 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR577583 1 0.0451 0.8412 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR577584 1 0.0451 0.8412 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR577585 1 0.0451 0.8412 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR577586 1 0.0451 0.8412 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR577591 2 0.6036 0.4330 0.112 0.624 0.024 0.240 0.000
#> SRR577592 2 0.6036 0.4330 0.112 0.624 0.024 0.240 0.000
#> SRR577593 2 0.6036 0.4330 0.112 0.624 0.024 0.240 0.000
#> SRR577594 2 0.6036 0.4330 0.112 0.624 0.024 0.240 0.000
#> SRR578635 1 0.2732 0.7051 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR578636 1 0.2732 0.7051 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR578637 1 0.2605 0.7167 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR578638 1 0.2773 0.7009 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR651669 1 0.2280 0.7421 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR651670 1 0.2329 0.7390 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR651671 1 0.2471 0.7285 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR651672 1 0.2280 0.7421 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR486237 1 0.1410 0.8223 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.1410 0.8223 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 3 0.6289 0.4019 0.228 0.000 0.536 0.236 0.000
#> SRR486240 3 0.6174 0.4357 0.208 0.000 0.556 0.236 0.000
#> SRR488136 1 0.2127 0.7909 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR488137 1 0.2127 0.7909 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR486241 1 0.3906 0.6655 0.744 0.000 0.000 0.240 0.016
#> SRR486242 1 0.3906 0.6655 0.744 0.000 0.000 0.240 0.016
#> SRR488684 1 0.3586 0.6500 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR488685 1 0.3480 0.6694 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR651673 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR651674 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR651675 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR651676 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR651677 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR651678 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR578639 3 0.6118 0.5163 0.140 0.000 0.608 0.236 0.016
#> SRR578640 3 0.6118 0.5163 0.140 0.000 0.608 0.236 0.016
#> SRR578641 3 0.6118 0.5163 0.140 0.000 0.608 0.236 0.016
#> SRR578642 3 0.6206 0.5125 0.140 0.000 0.604 0.236 0.020
#> SRR1045526 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1045531 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1045532 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1045533 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1220389 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1220390 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1220391 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1220392 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1220393 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1220394 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1220395 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1220396 5 0.0703 0.9841 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1045570 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045571 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045572 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045573 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220397 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220398 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220399 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220400 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220401 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220402 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220403 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220404 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045574 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045575 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045576 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045577 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220405 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220406 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220407 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220408 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220409 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220410 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220411 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220412 3 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045582 4 0.2516 0.8625 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1045583 4 0.2516 0.8625 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1045584 4 0.2516 0.8625 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1045585 4 0.2516 0.8625 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1220421 4 0.2561 0.8592 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1220422 4 0.2561 0.8592 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1220423 4 0.2561 0.8592 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1220424 4 0.2561 0.8592 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1220425 4 0.2561 0.8592 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1220426 4 0.2561 0.8592 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1220427 4 0.2561 0.8592 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1220428 4 0.2561 0.8592 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1054856 1 0.4307 0.0886 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1054857 1 0.4242 0.3369 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1054858 1 0.4307 0.1051 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1054859 1 0.4278 0.2646 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1220429 1 0.4015 0.5244 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1220430 1 0.4088 0.4854 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1220431 1 0.3999 0.5313 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR1220432 1 0.4045 0.5097 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1220433 1 0.4101 0.4768 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1220434 1 0.4114 0.4680 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1220435 1 0.4045 0.5094 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1220436 1 0.4015 0.5244 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1045586 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1045599 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1045600 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1045601 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220461 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220462 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220463 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220464 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220465 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220466 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220467 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220468 4 0.0162 0.9170 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1045602 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045603 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045604 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045605 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220469 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220470 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220471 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220472 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220473 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220474 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220475 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220476 3 0.0290 0.8790 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1045615 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1045616 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1045617 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220493 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220494 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220495 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220496 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220497 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220498 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220499 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220500 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR651662 3 0.5779 0.5478 0.212 0.000 0.616 0.172 0.000
#> SRR651663 4 0.3561 0.6789 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR651664 4 0.3561 0.6789 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR1045522 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1045523 4 0.0510 0.9111 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1045524 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1045525 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220373 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220374 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220375 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220376 4 0.0510 0.9111 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1220377 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220378 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220379 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220380 4 0.0404 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1045578 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1045579 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1045580 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1045581 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220413 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220414 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220415 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220416 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220417 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220418 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220419 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1220420 5 0.0290 0.9944 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1045590 3 0.5798 0.5136 0.156 0.000 0.608 0.236 0.000
#> SRR1045591 3 0.5798 0.5136 0.156 0.000 0.608 0.236 0.000
#> SRR1045592 3 0.5798 0.5136 0.156 0.000 0.608 0.236 0.000
#> SRR1045593 3 0.5798 0.5136 0.156 0.000 0.608 0.236 0.000
#> SRR1220445 3 0.5831 0.5086 0.160 0.000 0.604 0.236 0.000
#> SRR1220446 3 0.5831 0.5086 0.160 0.000 0.604 0.236 0.000
#> SRR1220447 3 0.5831 0.5086 0.160 0.000 0.604 0.236 0.000
#> SRR1220448 3 0.5831 0.5086 0.160 0.000 0.604 0.236 0.000
#> SRR1220449 3 0.5831 0.5086 0.160 0.000 0.604 0.236 0.000
#> SRR1220450 3 0.5831 0.5086 0.160 0.000 0.604 0.236 0.000
#> SRR1220451 3 0.5831 0.5086 0.160 0.000 0.604 0.236 0.000
#> SRR1220452 3 0.5831 0.5086 0.160 0.000 0.604 0.236 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 1 0.5428 0.46822 0.568 0.000 0.168 0.264 0.000 0.000
#> SRR020288 1 0.5428 0.46834 0.568 0.000 0.168 0.264 0.000 0.000
#> SRR020289 1 0.5393 0.48238 0.576 0.000 0.168 0.256 0.000 0.000
#> SRR020290 1 0.5445 0.46047 0.564 0.000 0.168 0.268 0.000 0.000
#> SRR020291 1 0.5428 0.46822 0.568 0.000 0.168 0.264 0.000 0.000
#> SRR020285 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.4893 0.59748 0.660 0.000 0.168 0.172 0.000 0.000
#> SRR020293 1 0.4893 0.59748 0.660 0.000 0.168 0.172 0.000 0.000
#> SRR020294 1 0.4893 0.59748 0.660 0.000 0.168 0.172 0.000 0.000
#> SRR020295 1 0.4893 0.59748 0.660 0.000 0.168 0.172 0.000 0.000
#> SRR020286 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.3721 0.81034 0.032 0.016 0.168 0.784 0.000 0.000
#> SRR578644 4 0.3721 0.81034 0.032 0.016 0.168 0.784 0.000 0.000
#> SRR578645 4 0.3721 0.81034 0.032 0.016 0.168 0.784 0.000 0.000
#> SRR578646 4 0.3721 0.81034 0.032 0.016 0.168 0.784 0.000 0.000
#> SRR651679 4 0.3721 0.81034 0.032 0.016 0.168 0.784 0.000 0.000
#> SRR651680 4 0.3284 0.81747 0.032 0.000 0.168 0.800 0.000 0.000
#> SRR651681 4 0.3721 0.81034 0.032 0.016 0.168 0.784 0.000 0.000
#> SRR651682 4 0.3284 0.81747 0.032 0.000 0.168 0.800 0.000 0.000
#> SRR578627 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR578628 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR578629 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR578630 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR651692 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR651693 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR651694 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR596098 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.5608 0.44649 0.032 0.628 0.168 0.172 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.5608 0.44649 0.032 0.628 0.168 0.172 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.5608 0.44649 0.032 0.628 0.168 0.172 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.5608 0.44649 0.032 0.628 0.168 0.172 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.5608 0.44649 0.032 0.628 0.168 0.172 0.000 0.000
#> SRR577587 3 0.2454 0.77467 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR577588 3 0.2454 0.77467 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR577589 3 0.2454 0.77467 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR577590 3 0.2454 0.77467 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR596106 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596107 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596108 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596109 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651695 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651696 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651697 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651698 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651699 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651700 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651701 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651702 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651703 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651704 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578651 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR578652 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR578653 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR578654 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR651705 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR651706 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR651707 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR651708 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1045618 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577600 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577601 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577602 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0146 0.83408 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.1812 0.80367 0.912 0.000 0.080 0.008 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.1918 0.79992 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.1918 0.79992 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.1918 0.79992 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000 0.000
#> SRR577583 1 0.0146 0.83376 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 1 0.0146 0.83376 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 1 0.0146 0.83376 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 1 0.0146 0.83376 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.5287 0.48029 0.008 0.628 0.208 0.156 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.5292 0.47658 0.008 0.628 0.204 0.160 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.5292 0.47658 0.008 0.628 0.204 0.160 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.5292 0.47658 0.008 0.628 0.204 0.160 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.1663 0.77770 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR578636 1 0.1663 0.77770 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR578637 1 0.1501 0.78608 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR578638 1 0.1714 0.77459 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR651669 1 0.0937 0.80754 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR651670 1 0.1007 0.80549 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR651671 1 0.1327 0.79466 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR651672 1 0.0937 0.80754 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR486237 1 0.2783 0.76054 0.836 0.000 0.148 0.016 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.2783 0.76054 0.836 0.000 0.148 0.016 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 3 0.4393 0.51594 0.112 0.000 0.716 0.172 0.000 0.000
#> SRR486240 3 0.4030 0.56041 0.080 0.000 0.748 0.172 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.3624 0.72195 0.784 0.000 0.156 0.060 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.3624 0.72195 0.784 0.000 0.156 0.060 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.4952 0.58900 0.652 0.000 0.168 0.180 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.4952 0.58900 0.652 0.000 0.168 0.180 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.5062 0.57009 0.636 0.000 0.168 0.196 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.4980 0.58615 0.648 0.000 0.168 0.184 0.000 0.000
#> SRR651673 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651674 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651675 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651676 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651677 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651678 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578639 3 0.3839 0.59807 0.032 0.000 0.776 0.172 0.020 0.000
#> SRR578640 3 0.3839 0.59807 0.032 0.000 0.776 0.172 0.020 0.000
#> SRR578641 3 0.3839 0.59807 0.032 0.000 0.776 0.172 0.020 0.000
#> SRR578642 3 0.3919 0.59500 0.032 0.000 0.772 0.172 0.024 0.000
#> SRR1045526 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045531 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045532 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045533 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220389 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220390 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220391 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220392 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220393 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220394 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220395 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220396 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045570 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045571 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045572 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045573 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220397 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220398 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220399 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220400 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220401 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220402 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220403 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220404 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045574 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1045575 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1045576 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1045577 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1220405 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1220406 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1220407 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1220408 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1220409 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1220410 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1220411 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1220412 3 0.2527 0.77579 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1045582 4 0.3284 0.81747 0.032 0.000 0.168 0.800 0.000 0.000
#> SRR1045583 4 0.3284 0.81747 0.032 0.000 0.168 0.800 0.000 0.000
#> SRR1045584 4 0.3284 0.81747 0.032 0.000 0.168 0.800 0.000 0.000
#> SRR1045585 4 0.3284 0.81747 0.032 0.000 0.168 0.800 0.000 0.000
#> SRR1220421 4 0.3354 0.81572 0.036 0.000 0.168 0.796 0.000 0.000
#> SRR1220422 4 0.3354 0.81572 0.036 0.000 0.168 0.796 0.000 0.000
#> SRR1220423 4 0.3354 0.81572 0.036 0.000 0.168 0.796 0.000 0.000
#> SRR1220424 4 0.3354 0.81572 0.036 0.000 0.168 0.796 0.000 0.000
#> SRR1220425 4 0.3354 0.81572 0.036 0.000 0.168 0.796 0.000 0.000
#> SRR1220426 4 0.3354 0.81572 0.036 0.000 0.168 0.796 0.000 0.000
#> SRR1220427 4 0.3354 0.81572 0.036 0.000 0.168 0.796 0.000 0.000
#> SRR1220428 4 0.3354 0.81572 0.036 0.000 0.168 0.796 0.000 0.000
#> SRR1054856 4 0.5740 0.02257 0.396 0.000 0.168 0.436 0.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.5709 0.22010 0.468 0.000 0.168 0.364 0.000 0.000
#> SRR1054858 4 0.5742 0.00588 0.400 0.000 0.168 0.432 0.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.5735 0.13988 0.444 0.000 0.168 0.388 0.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.5507 0.42893 0.548 0.000 0.168 0.284 0.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.5575 0.38541 0.528 0.000 0.168 0.304 0.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.5492 0.43667 0.552 0.000 0.168 0.280 0.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.5536 0.41254 0.540 0.000 0.168 0.292 0.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.5587 0.37589 0.524 0.000 0.168 0.308 0.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.5599 0.36604 0.520 0.000 0.168 0.312 0.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.5536 0.41219 0.540 0.000 0.168 0.292 0.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.5507 0.42893 0.548 0.000 0.168 0.284 0.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.83649 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 4 0.0000 0.86958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045603 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045604 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045605 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220469 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220470 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220471 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220472 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220473 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220474 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220475 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220476 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045615 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045616 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045617 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220493 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220494 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220495 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220496 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220497 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220498 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220499 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220500 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651662 3 0.1657 0.70001 0.056 0.000 0.928 0.016 0.000 0.000
#> SRR651663 4 0.4734 0.68164 0.152 0.000 0.168 0.680 0.000 0.000
#> SRR651664 4 0.4734 0.68164 0.152 0.000 0.168 0.680 0.000 0.000
#> SRR1045522 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045523 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045524 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045525 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220373 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220374 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220375 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220376 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220377 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220378 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220379 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220380 4 0.0146 0.86773 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045578 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045579 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045580 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045581 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220413 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220414 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220415 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220416 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220417 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220418 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220419 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220420 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045590 3 0.3318 0.60801 0.032 0.000 0.796 0.172 0.000 0.000
#> SRR1045591 3 0.3318 0.60801 0.032 0.000 0.796 0.172 0.000 0.000
#> SRR1045592 3 0.3318 0.60801 0.032 0.000 0.796 0.172 0.000 0.000
#> SRR1045593 3 0.3318 0.60801 0.032 0.000 0.796 0.172 0.000 0.000
#> SRR1220445 3 0.3522 0.60106 0.044 0.000 0.784 0.172 0.000 0.000
#> SRR1220446 3 0.3585 0.59738 0.048 0.000 0.780 0.172 0.000 0.000
#> SRR1220447 3 0.3522 0.60106 0.044 0.000 0.784 0.172 0.000 0.000
#> SRR1220448 3 0.3522 0.60106 0.044 0.000 0.784 0.172 0.000 0.000
#> SRR1220449 3 0.3585 0.59758 0.048 0.000 0.780 0.172 0.000 0.000
#> SRR1220450 3 0.3522 0.60106 0.044 0.000 0.784 0.172 0.000 0.000
#> SRR1220451 3 0.3522 0.60106 0.044 0.000 0.784 0.172 0.000 0.000
#> SRR1220452 3 0.3706 0.58897 0.056 0.000 0.772 0.172 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.95063 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.389 0.794 0.819 0.4481 0.531 0.531
#> 3 3 0.613 0.831 0.889 0.4287 0.829 0.679
#> 4 4 0.637 0.769 0.843 0.0603 0.754 0.476
#> 5 5 0.829 0.878 0.929 0.1235 0.892 0.670
#> 6 6 0.815 0.803 0.883 0.0589 0.951 0.785
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR020288 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR020289 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR020290 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR020291 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR020285 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR1057683 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR1057684 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR020292 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR020293 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR020294 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR020295 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR020286 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR1057689 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR1057690 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR1057685 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR1057686 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR1057687 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR1057688 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR578643 2 0.3879 0.695 0.076 0.924
#> SRR578644 2 0.4022 0.694 0.080 0.920
#> SRR578645 2 0.3879 0.695 0.076 0.924
#> SRR578646 2 0.3879 0.695 0.076 0.924
#> SRR651679 2 0.3733 0.696 0.072 0.928
#> SRR651680 2 0.3274 0.699 0.060 0.940
#> SRR651681 2 0.3879 0.695 0.076 0.924
#> SRR651682 2 0.3114 0.699 0.056 0.944
#> SRR578627 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR578628 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR578629 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR578630 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651692 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651693 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651694 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR596098 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR596102 1 0.3114 0.958 0.944 0.056
#> SRR596103 1 0.3114 0.958 0.944 0.056
#> SRR596104 1 0.3114 0.958 0.944 0.056
#> SRR596105 1 0.3114 0.958 0.944 0.056
#> SRR651687 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> SRR651688 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> SRR651689 1 0.2948 0.961 0.948 0.052
#> SRR578647 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.693 0.000 1.000
#> SRR577587 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR577588 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR577589 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR577590 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR596106 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR596107 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR596108 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR596109 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR651695 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR651696 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR651697 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR651698 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR651699 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651700 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651701 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651702 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651703 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651704 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR578651 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR578652 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR578653 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR578654 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651705 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651706 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651707 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR651708 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045618 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1045619 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1045620 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1045621 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1220501 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1220502 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1220503 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1220504 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1220505 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1220506 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1220507 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR1220508 2 0.6973 0.599 0.188 0.812
#> SRR577595 2 0.5842 0.646 0.140 0.860
#> SRR577596 2 0.5842 0.646 0.140 0.860
#> SRR577597 2 0.5737 0.649 0.136 0.864
#> SRR577598 2 0.5737 0.649 0.136 0.864
#> SRR577599 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR578632 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR578633 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR578634 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR651665 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR651666 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR651667 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR651668 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR577579 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR577580 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR577581 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR577582 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR577583 2 0.7056 0.594 0.192 0.808
#> SRR577584 2 0.7056 0.594 0.192 0.808
#> SRR577585 2 0.7056 0.594 0.192 0.808
#> SRR577586 2 0.7056 0.594 0.192 0.808
#> SRR577591 2 0.9044 0.745 0.320 0.680
#> SRR577592 2 0.9044 0.745 0.320 0.680
#> SRR577593 2 0.9044 0.745 0.320 0.680
#> SRR577594 2 0.9044 0.745 0.320 0.680
#> SRR578635 1 0.4161 0.920 0.916 0.084
#> SRR578636 1 0.4161 0.920 0.916 0.084
#> SRR578637 1 0.4161 0.920 0.916 0.084
#> SRR578638 1 0.4161 0.920 0.916 0.084
#> SRR651669 1 0.4022 0.925 0.920 0.080
#> SRR651670 1 0.3584 0.941 0.932 0.068
#> SRR651671 1 0.4161 0.920 0.916 0.084
#> SRR651672 1 0.4161 0.921 0.916 0.084
#> SRR486237 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR1057691 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR486238 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR1057692 2 0.1414 0.692 0.020 0.980
#> SRR486239 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR486240 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR488136 2 0.8955 0.743 0.312 0.688
#> SRR488137 2 0.8955 0.743 0.312 0.688
#> SRR486241 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR486242 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> SRR488684 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR488685 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR651673 1 0.0376 0.947 0.996 0.004
#> SRR651674 1 0.0376 0.947 0.996 0.004
#> SRR651675 1 0.0376 0.947 0.996 0.004
#> SRR651676 1 0.0376 0.947 0.996 0.004
#> SRR651677 1 0.0376 0.947 0.996 0.004
#> SRR651678 1 0.0376 0.947 0.996 0.004
#> SRR578639 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR578640 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR578641 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR578642 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR1045526 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1045527 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1045528 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1045529 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1220381 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1220382 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1220383 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1220384 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1220385 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1220386 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1220387 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1220388 1 0.3274 0.954 0.940 0.060
#> SRR1045530 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045531 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045532 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045533 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220389 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220390 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220391 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220392 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220393 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220394 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220395 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220396 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045570 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045571 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045572 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045573 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220397 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220398 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220399 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220400 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220401 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220402 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220403 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220404 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045574 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045575 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045576 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045577 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220405 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220406 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220407 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220408 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220409 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220410 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220411 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220412 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045582 2 0.8763 0.741 0.296 0.704
#> SRR1045583 2 0.8763 0.741 0.296 0.704
#> SRR1045584 2 0.8763 0.741 0.296 0.704
#> SRR1045585 2 0.8763 0.741 0.296 0.704
#> SRR1220421 2 0.8813 0.740 0.300 0.700
#> SRR1220422 2 0.8763 0.741 0.296 0.704
#> SRR1220423 2 0.8763 0.741 0.296 0.704
#> SRR1220424 2 0.8813 0.740 0.300 0.700
#> SRR1220425 2 0.8813 0.740 0.300 0.700
#> SRR1220426 2 0.8813 0.740 0.300 0.700
#> SRR1220427 2 0.8813 0.740 0.300 0.700
#> SRR1220428 2 0.8813 0.740 0.300 0.700
#> SRR1054856 2 0.8955 0.743 0.312 0.688
#> SRR1054857 2 0.8955 0.743 0.312 0.688
#> SRR1054858 2 0.8955 0.743 0.312 0.688
#> SRR1054859 2 0.8955 0.743 0.312 0.688
#> SRR1220429 2 0.9000 0.740 0.316 0.684
#> SRR1220430 2 0.9000 0.740 0.316 0.684
#> SRR1220431 2 0.9000 0.740 0.316 0.684
#> SRR1220432 2 0.9000 0.740 0.316 0.684
#> SRR1220433 2 0.9000 0.740 0.316 0.684
#> SRR1220434 2 0.9000 0.740 0.316 0.684
#> SRR1220435 2 0.9000 0.740 0.316 0.684
#> SRR1220436 2 0.9000 0.740 0.316 0.684
#> SRR1045586 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1045587 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1045588 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1045589 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1220438 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1220439 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1220441 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1220442 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1220443 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1220444 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> SRR1045594 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1045595 2 0.5519 0.654 0.128 0.872
#> SRR1045596 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1045597 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1220453 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1220454 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1220455 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1220456 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1220457 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1220458 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1220459 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1220460 2 0.5629 0.652 0.132 0.868
#> SRR1045598 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045599 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045600 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045601 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220461 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220462 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220463 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220464 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220465 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220466 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220467 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220468 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045602 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045603 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045604 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045605 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220469 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220470 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220471 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220472 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220473 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220474 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220475 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1220476 2 0.9323 0.742 0.348 0.652
#> SRR1045606 2 0.6247 0.632 0.156 0.844
#> SRR1045607 2 0.6048 0.639 0.148 0.852
#> SRR1045608 2 0.6048 0.639 0.148 0.852
#> SRR1045609 2 0.6048 0.639 0.148 0.852
#> SRR1220477 2 0.6247 0.632 0.156 0.844
#> SRR1220478 2 0.6247 0.632 0.156 0.844
#> SRR1220479 2 0.6247 0.632 0.156 0.844
#> SRR1220480 2 0.6247 0.632 0.156 0.844
#> SRR1220481 2 0.6247 0.632 0.156 0.844
#> SRR1220482 2 0.6247 0.632 0.156 0.844
#> SRR1220483 2 0.6247 0.632 0.156 0.844
#> SRR1220484 2 0.6247 0.632 0.156 0.844
#> SRR1045614 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR651662 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR651663 2 0.9795 0.592 0.416 0.584
#> SRR651664 1 0.9993 -0.346 0.516 0.484
#> SRR1045522 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045523 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045524 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045525 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220373 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220374 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220375 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220376 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220377 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220378 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220379 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1220380 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1045578 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> SRR1045590 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR1045591 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR1045592 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR1045593 2 0.9087 0.733 0.324 0.676
#> SRR1220445 2 0.9248 0.716 0.340 0.660
#> SRR1220446 2 0.9248 0.716 0.340 0.660
#> SRR1220447 2 0.9248 0.716 0.340 0.660
#> SRR1220448 2 0.9248 0.716 0.340 0.660
#> SRR1220449 2 0.9248 0.716 0.340 0.660
#> SRR1220450 2 0.9170 0.726 0.332 0.668
#> SRR1220451 2 0.9248 0.716 0.340 0.660
#> SRR1220452 2 0.9209 0.721 0.336 0.664
#> SRR1045610 2 0.5294 0.659 0.120 0.880
#> SRR1045611 2 0.5294 0.659 0.120 0.880
#> SRR1045612 2 0.5294 0.659 0.120 0.880
#> SRR1045613 2 0.5294 0.659 0.120 0.880
#> SRR1220485 2 0.5408 0.657 0.124 0.876
#> SRR1220486 2 0.5519 0.654 0.128 0.872
#> SRR1220487 2 0.5294 0.659 0.120 0.880
#> SRR1220488 2 0.5294 0.659 0.120 0.880
#> SRR1220489 2 0.5408 0.657 0.124 0.876
#> SRR1220490 2 0.5408 0.657 0.124 0.876
#> SRR1220491 2 0.5408 0.657 0.124 0.876
#> SRR1220492 2 0.5408 0.657 0.124 0.876
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 2 0.7824 0.725 0.212 0.664 0.124
#> SRR020288 2 0.7944 0.719 0.212 0.656 0.132
#> SRR020289 2 0.8001 0.717 0.212 0.652 0.136
#> SRR020290 2 0.7885 0.722 0.212 0.660 0.128
#> SRR020291 2 0.7944 0.719 0.212 0.656 0.132
#> SRR020285 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 2 0.9674 0.310 0.212 0.396 0.392
#> SRR020293 2 0.9627 0.309 0.204 0.400 0.396
#> SRR020294 2 0.9627 0.309 0.204 0.400 0.396
#> SRR020295 2 0.9627 0.309 0.204 0.400 0.396
#> SRR020286 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 2 0.2796 0.792 0.000 0.908 0.092
#> SRR578644 2 0.2796 0.792 0.000 0.908 0.092
#> SRR578645 2 0.2796 0.792 0.000 0.908 0.092
#> SRR578646 2 0.2796 0.792 0.000 0.908 0.092
#> SRR651679 2 0.2711 0.795 0.000 0.912 0.088
#> SRR651680 2 0.2711 0.795 0.000 0.912 0.088
#> SRR651681 2 0.2711 0.794 0.000 0.912 0.088
#> SRR651682 2 0.2711 0.795 0.000 0.912 0.088
#> SRR578627 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR578628 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR578629 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR578630 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR651692 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR651693 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR651694 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR596098 2 0.0237 0.824 0.000 0.996 0.004
#> SRR596099 2 0.0237 0.824 0.000 0.996 0.004
#> SRR596100 2 0.0237 0.824 0.000 0.996 0.004
#> SRR596101 2 0.0237 0.824 0.000 0.996 0.004
#> SRR651683 2 0.0237 0.824 0.000 0.996 0.004
#> SRR651684 2 0.0237 0.824 0.000 0.996 0.004
#> SRR651685 2 0.0237 0.824 0.000 0.996 0.004
#> SRR651686 2 0.0237 0.824 0.000 0.996 0.004
#> SRR596102 1 0.0592 0.904 0.988 0.012 0.000
#> SRR596103 1 0.0592 0.904 0.988 0.012 0.000
#> SRR596104 1 0.0592 0.904 0.988 0.012 0.000
#> SRR596105 1 0.0592 0.904 0.988 0.012 0.000
#> SRR651687 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR651688 1 0.0592 0.904 0.988 0.012 0.000
#> SRR651689 1 0.0592 0.904 0.988 0.012 0.000
#> SRR578647 2 0.0747 0.822 0.000 0.984 0.016
#> SRR578648 2 0.0747 0.822 0.000 0.984 0.016
#> SRR578649 2 0.0747 0.822 0.000 0.984 0.016
#> SRR578650 2 0.0747 0.822 0.000 0.984 0.016
#> SRR651691 2 0.0747 0.822 0.000 0.984 0.016
#> SRR577587 3 0.4270 0.843 0.116 0.024 0.860
#> SRR577588 3 0.4270 0.843 0.116 0.024 0.860
#> SRR577589 3 0.4270 0.843 0.116 0.024 0.860
#> SRR577590 3 0.4270 0.843 0.116 0.024 0.860
#> SRR596106 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR596107 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR596108 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR596109 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR651695 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR651696 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR651697 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR651698 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR651699 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR651700 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR651701 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR651702 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR651703 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR651704 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR578651 3 0.0829 0.969 0.004 0.012 0.984
#> SRR578652 3 0.0829 0.969 0.004 0.012 0.984
#> SRR578653 3 0.0829 0.969 0.004 0.012 0.984
#> SRR578654 3 0.0829 0.969 0.004 0.012 0.984
#> SRR651705 3 0.0829 0.969 0.004 0.012 0.984
#> SRR651706 3 0.0829 0.969 0.004 0.012 0.984
#> SRR651707 3 0.0829 0.969 0.004 0.012 0.984
#> SRR651708 3 0.0829 0.969 0.004 0.012 0.984
#> SRR1045618 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR577600 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR577601 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR577602 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR578631 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR578632 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR578633 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR578634 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR651665 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR651666 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR651667 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR651668 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR577579 1 0.0829 0.902 0.984 0.012 0.004
#> SRR577580 1 0.0829 0.902 0.984 0.012 0.004
#> SRR577581 1 0.0829 0.902 0.984 0.012 0.004
#> SRR577582 1 0.0829 0.902 0.984 0.012 0.004
#> SRR577583 2 0.3875 0.800 0.044 0.888 0.068
#> SRR577584 2 0.4288 0.796 0.060 0.872 0.068
#> SRR577585 2 0.4087 0.798 0.052 0.880 0.068
#> SRR577586 2 0.4087 0.798 0.052 0.880 0.068
#> SRR577591 3 0.4270 0.843 0.116 0.024 0.860
#> SRR577592 3 0.4270 0.843 0.116 0.024 0.860
#> SRR577593 3 0.4270 0.843 0.116 0.024 0.860
#> SRR577594 3 0.4270 0.843 0.116 0.024 0.860
#> SRR578635 1 0.2998 0.852 0.916 0.016 0.068
#> SRR578636 1 0.2998 0.852 0.916 0.016 0.068
#> SRR578637 1 0.2998 0.852 0.916 0.016 0.068
#> SRR578638 1 0.2998 0.852 0.916 0.016 0.068
#> SRR651669 1 0.2998 0.852 0.916 0.016 0.068
#> SRR651670 1 0.2998 0.852 0.916 0.016 0.068
#> SRR651671 1 0.2998 0.852 0.916 0.016 0.068
#> SRR651672 1 0.2998 0.852 0.916 0.016 0.068
#> SRR486237 2 0.7339 0.736 0.224 0.688 0.088
#> SRR1057691 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 2 0.7339 0.736 0.224 0.688 0.088
#> SRR1057692 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 2 0.8834 0.652 0.224 0.580 0.196
#> SRR486240 2 0.8873 0.647 0.224 0.576 0.200
#> SRR488136 2 0.7485 0.732 0.224 0.680 0.096
#> SRR488137 2 0.7485 0.732 0.224 0.680 0.096
#> SRR486241 2 0.8984 0.635 0.224 0.564 0.212
#> SRR486242 2 0.9019 0.630 0.224 0.560 0.216
#> SRR488684 2 0.7186 0.738 0.224 0.696 0.080
#> SRR488685 2 0.7186 0.738 0.224 0.696 0.080
#> SRR651673 1 0.6865 0.752 0.736 0.160 0.104
#> SRR651674 1 0.6865 0.752 0.736 0.160 0.104
#> SRR651675 1 0.6865 0.752 0.736 0.160 0.104
#> SRR651676 1 0.6865 0.752 0.736 0.160 0.104
#> SRR651677 1 0.6865 0.752 0.736 0.160 0.104
#> SRR651678 1 0.6865 0.752 0.736 0.160 0.104
#> SRR578639 2 0.7485 0.732 0.224 0.680 0.096
#> SRR578640 2 0.7485 0.732 0.224 0.680 0.096
#> SRR578641 2 0.7485 0.732 0.224 0.680 0.096
#> SRR578642 2 0.7556 0.731 0.224 0.676 0.100
#> SRR1045526 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045527 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045528 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045529 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220381 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220382 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220383 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220384 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220385 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220386 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220387 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220388 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045530 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1045531 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1045532 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1045533 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1220389 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1220390 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1220391 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1220392 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1220393 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1220394 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1220395 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1220396 1 0.1337 0.898 0.972 0.012 0.016
#> SRR1045570 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045571 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045572 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045573 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220397 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220398 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220399 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220400 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220401 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220402 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220403 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220404 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045574 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045575 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045576 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045577 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220405 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220406 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220407 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220408 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220409 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220410 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220411 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220412 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045582 2 0.8436 0.689 0.224 0.616 0.160
#> SRR1045583 2 0.8436 0.689 0.224 0.616 0.160
#> SRR1045584 2 0.8386 0.693 0.224 0.620 0.156
#> SRR1045585 2 0.8386 0.693 0.224 0.620 0.156
#> SRR1220421 2 0.8230 0.703 0.224 0.632 0.144
#> SRR1220422 2 0.8386 0.693 0.224 0.620 0.156
#> SRR1220423 2 0.8386 0.693 0.224 0.620 0.156
#> SRR1220424 2 0.8284 0.700 0.224 0.628 0.148
#> SRR1220425 2 0.8284 0.700 0.224 0.628 0.148
#> SRR1220426 2 0.8336 0.696 0.224 0.624 0.152
#> SRR1220427 2 0.8336 0.696 0.224 0.624 0.152
#> SRR1220428 2 0.8284 0.700 0.224 0.628 0.148
#> SRR1054856 2 0.9295 0.581 0.224 0.524 0.252
#> SRR1054857 2 0.9267 0.587 0.224 0.528 0.248
#> SRR1054858 2 0.9267 0.587 0.224 0.528 0.248
#> SRR1054859 2 0.9267 0.587 0.224 0.528 0.248
#> SRR1220429 2 0.9295 0.582 0.224 0.524 0.252
#> SRR1220430 2 0.9346 0.570 0.224 0.516 0.260
#> SRR1220431 2 0.9321 0.576 0.224 0.520 0.256
#> SRR1220432 2 0.9346 0.570 0.224 0.516 0.260
#> SRR1220433 2 0.9346 0.570 0.224 0.516 0.260
#> SRR1220434 2 0.9321 0.576 0.224 0.520 0.256
#> SRR1220435 2 0.9321 0.576 0.224 0.520 0.256
#> SRR1220436 2 0.9295 0.581 0.224 0.524 0.252
#> SRR1045586 1 0.1411 0.887 0.964 0.036 0.000
#> SRR1045587 1 0.1411 0.887 0.964 0.036 0.000
#> SRR1045588 1 0.1411 0.887 0.964 0.036 0.000
#> SRR1045589 1 0.1411 0.887 0.964 0.036 0.000
#> SRR1220438 1 0.1289 0.890 0.968 0.032 0.000
#> SRR1220439 1 0.1289 0.890 0.968 0.032 0.000
#> SRR1220441 1 0.1289 0.890 0.968 0.032 0.000
#> SRR1220442 1 0.1289 0.890 0.968 0.032 0.000
#> SRR1220443 1 0.1289 0.890 0.968 0.032 0.000
#> SRR1220444 1 0.1289 0.890 0.968 0.032 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045599 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045600 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045601 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220461 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220462 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220463 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220464 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220465 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220466 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220467 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220468 1 0.0424 0.905 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045602 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045603 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045604 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045605 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220469 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220470 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220471 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220472 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220473 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220474 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220475 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220476 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045606 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1045615 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1045616 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1045617 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220493 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220494 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220495 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220496 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220497 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220498 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220499 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220500 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR651662 2 0.7485 0.732 0.224 0.680 0.096
#> SRR651663 2 0.7186 0.738 0.224 0.696 0.080
#> SRR651664 2 0.7186 0.738 0.224 0.696 0.080
#> SRR1045522 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045523 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045524 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045525 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220373 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220374 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220375 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220376 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220377 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220378 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220379 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220380 1 0.0237 0.904 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045578 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1045579 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1045580 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1045581 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220413 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220414 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220415 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220416 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220417 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220418 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220419 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1220420 1 0.7138 0.738 0.720 0.160 0.120
#> SRR1045590 2 0.7556 0.730 0.224 0.676 0.100
#> SRR1045591 2 0.7556 0.730 0.224 0.676 0.100
#> SRR1045592 2 0.7556 0.730 0.224 0.676 0.100
#> SRR1045593 2 0.7556 0.730 0.224 0.676 0.100
#> SRR1220445 2 0.7263 0.737 0.224 0.692 0.084
#> SRR1220446 2 0.7263 0.737 0.224 0.692 0.084
#> SRR1220447 2 0.7263 0.737 0.224 0.692 0.084
#> SRR1220448 2 0.7263 0.737 0.224 0.692 0.084
#> SRR1220449 2 0.7339 0.736 0.224 0.688 0.088
#> SRR1220450 2 0.7339 0.736 0.224 0.688 0.088
#> SRR1220451 2 0.7263 0.737 0.224 0.692 0.084
#> SRR1220452 2 0.7263 0.737 0.224 0.692 0.084
#> SRR1045610 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.6628 0.485 0.008 0.376 0.068 0.548
#> SRR020288 4 0.6698 0.473 0.008 0.380 0.072 0.540
#> SRR020289 4 0.6698 0.473 0.008 0.380 0.072 0.540
#> SRR020290 4 0.6698 0.473 0.008 0.380 0.072 0.540
#> SRR020291 4 0.6649 0.471 0.008 0.384 0.068 0.540
#> SRR020285 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020292 4 0.7003 0.481 0.008 0.356 0.100 0.536
#> SRR020293 4 0.7003 0.481 0.008 0.356 0.100 0.536
#> SRR020294 4 0.7003 0.481 0.008 0.356 0.100 0.536
#> SRR020295 4 0.7003 0.481 0.008 0.356 0.100 0.536
#> SRR020286 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.4088 0.751 0.008 0.808 0.012 0.172
#> SRR578644 2 0.4088 0.751 0.008 0.808 0.012 0.172
#> SRR578645 2 0.4088 0.751 0.008 0.808 0.012 0.172
#> SRR578646 2 0.4088 0.751 0.008 0.808 0.012 0.172
#> SRR651679 2 0.4088 0.751 0.008 0.808 0.012 0.172
#> SRR651680 2 0.4088 0.751 0.008 0.808 0.012 0.172
#> SRR651681 2 0.4088 0.751 0.008 0.808 0.012 0.172
#> SRR651682 2 0.4088 0.751 0.008 0.808 0.012 0.172
#> SRR578627 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR596099 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR596100 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR596101 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR651683 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR651684 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR651685 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR651686 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR596102 4 0.3216 0.677 0.076 0.044 0.000 0.880
#> SRR596103 4 0.3216 0.677 0.076 0.044 0.000 0.880
#> SRR596104 4 0.3216 0.677 0.076 0.044 0.000 0.880
#> SRR596105 4 0.3216 0.677 0.076 0.044 0.000 0.880
#> SRR651687 4 0.3216 0.677 0.076 0.044 0.000 0.880
#> SRR651688 4 0.3464 0.677 0.076 0.056 0.000 0.868
#> SRR651689 4 0.3216 0.677 0.076 0.044 0.000 0.880
#> SRR578647 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR578648 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR578649 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR578650 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR651691 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR577587 3 0.5201 0.660 0.004 0.180 0.752 0.064
#> SRR577588 3 0.5201 0.660 0.004 0.180 0.752 0.064
#> SRR577589 3 0.5201 0.660 0.004 0.180 0.752 0.064
#> SRR577590 3 0.5201 0.660 0.004 0.180 0.752 0.064
#> SRR596106 4 0.3649 0.625 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR596107 4 0.3649 0.625 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR596108 4 0.3649 0.625 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR596109 4 0.3649 0.625 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR651695 4 0.3649 0.625 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR651696 4 0.3400 0.640 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR651697 4 0.3649 0.625 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR651698 4 0.3649 0.625 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR651699 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0336 0.948 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR578652 3 0.0336 0.948 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR578653 3 0.0336 0.948 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR578654 3 0.0336 0.948 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR651705 3 0.0336 0.948 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR651706 3 0.0336 0.948 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR651707 3 0.0336 0.948 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR651708 3 0.0336 0.948 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1045618 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR577600 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR577601 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR577602 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR578631 4 0.1211 0.683 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR578632 4 0.1211 0.683 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR578633 4 0.1211 0.683 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR578634 4 0.1211 0.683 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR651665 4 0.1211 0.683 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR651666 4 0.1211 0.683 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR651667 4 0.1211 0.683 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR651668 4 0.1211 0.683 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR577579 4 0.1867 0.663 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR577580 4 0.2011 0.658 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR577581 4 0.1940 0.660 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR577582 4 0.1867 0.663 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR577583 2 0.3105 0.820 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR577584 2 0.3157 0.814 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR577585 2 0.3105 0.820 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR577586 2 0.3105 0.820 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR577591 3 0.5242 0.654 0.004 0.184 0.748 0.064
#> SRR577592 3 0.5242 0.654 0.004 0.184 0.748 0.064
#> SRR577593 3 0.5242 0.654 0.004 0.184 0.748 0.064
#> SRR577594 3 0.5242 0.654 0.004 0.184 0.748 0.064
#> SRR578635 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR578636 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR578637 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR578638 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR651669 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR651670 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR651671 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR651672 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR486237 4 0.6109 0.484 0.008 0.388 0.036 0.568
#> SRR1057691 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486238 4 0.6109 0.484 0.008 0.388 0.036 0.568
#> SRR1057692 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486239 4 0.6653 0.498 0.008 0.364 0.072 0.556
#> SRR486240 4 0.6653 0.498 0.008 0.364 0.072 0.556
#> SRR488136 4 0.6334 0.481 0.008 0.388 0.048 0.556
#> SRR488137 4 0.6334 0.481 0.008 0.388 0.048 0.556
#> SRR486241 4 0.6743 0.503 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR486242 4 0.6743 0.503 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR488684 4 0.6272 0.477 0.008 0.392 0.044 0.556
#> SRR488685 4 0.6272 0.477 0.008 0.392 0.044 0.556
#> SRR651673 4 0.3726 0.598 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR651674 4 0.3726 0.598 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR651675 4 0.3726 0.598 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR651676 4 0.3726 0.598 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR651677 4 0.3726 0.598 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR651678 4 0.3726 0.598 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR578639 4 0.6272 0.477 0.008 0.392 0.044 0.556
#> SRR578640 4 0.6272 0.477 0.008 0.392 0.044 0.556
#> SRR578641 4 0.6272 0.477 0.008 0.392 0.044 0.556
#> SRR578642 4 0.6272 0.477 0.008 0.392 0.044 0.556
#> SRR1045526 4 0.2319 0.675 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1045527 4 0.2313 0.675 0.044 0.032 0.000 0.924
#> SRR1045528 4 0.2313 0.675 0.044 0.032 0.000 0.924
#> SRR1045529 4 0.2313 0.675 0.044 0.032 0.000 0.924
#> SRR1220381 4 0.2319 0.675 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1220382 4 0.2319 0.675 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1220383 4 0.2319 0.675 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1220384 4 0.2319 0.675 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1220385 4 0.2319 0.675 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1220386 4 0.2319 0.675 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1220387 4 0.2319 0.675 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1220388 4 0.2319 0.675 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1045530 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045531 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045532 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045533 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220389 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220390 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220391 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220392 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220393 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220394 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220395 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220396 4 0.0469 0.681 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045570 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.6292 0.466 0.008 0.400 0.044 0.548
#> SRR1045583 4 0.6292 0.466 0.008 0.400 0.044 0.548
#> SRR1045584 4 0.6292 0.466 0.008 0.400 0.044 0.548
#> SRR1045585 4 0.6292 0.466 0.008 0.400 0.044 0.548
#> SRR1220421 4 0.6235 0.457 0.008 0.408 0.040 0.544
#> SRR1220422 4 0.6235 0.457 0.008 0.408 0.040 0.544
#> SRR1220423 4 0.6235 0.457 0.008 0.408 0.040 0.544
#> SRR1220424 4 0.6235 0.457 0.008 0.408 0.040 0.544
#> SRR1220425 4 0.6235 0.457 0.008 0.408 0.040 0.544
#> SRR1220426 4 0.6235 0.457 0.008 0.408 0.040 0.544
#> SRR1220427 4 0.6235 0.457 0.008 0.408 0.040 0.544
#> SRR1220428 4 0.6235 0.457 0.008 0.408 0.040 0.544
#> SRR1054856 4 0.6743 0.502 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR1054857 4 0.6743 0.502 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR1054858 4 0.6743 0.502 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR1054859 4 0.6743 0.502 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR1220429 4 0.6743 0.502 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR1220430 4 0.6785 0.504 0.008 0.352 0.084 0.556
#> SRR1220431 4 0.6743 0.502 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR1220432 4 0.6785 0.504 0.008 0.352 0.084 0.556
#> SRR1220433 4 0.6785 0.504 0.008 0.352 0.084 0.556
#> SRR1220434 4 0.6743 0.502 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR1220435 4 0.6743 0.502 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR1220436 4 0.6743 0.502 0.008 0.356 0.080 0.556
#> SRR1045586 4 0.2891 0.674 0.080 0.020 0.004 0.896
#> SRR1045587 4 0.2891 0.674 0.080 0.020 0.004 0.896
#> SRR1045588 4 0.2891 0.674 0.080 0.020 0.004 0.896
#> SRR1045589 4 0.2891 0.674 0.080 0.020 0.004 0.896
#> SRR1220438 4 0.2891 0.674 0.080 0.020 0.004 0.896
#> SRR1220439 4 0.2891 0.674 0.080 0.020 0.004 0.896
#> SRR1220441 4 0.2891 0.674 0.080 0.020 0.004 0.896
#> SRR1220442 4 0.2960 0.673 0.084 0.020 0.004 0.892
#> SRR1220443 4 0.2960 0.673 0.084 0.020 0.004 0.892
#> SRR1220444 4 0.2891 0.674 0.080 0.020 0.004 0.896
#> SRR1045594 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045595 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045596 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045597 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220453 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220454 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220455 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220456 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220457 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220458 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220459 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220460 2 0.0336 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045598 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1045599 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1045600 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1045601 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1220461 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1220462 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1220463 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1220464 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1220465 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1220466 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1220467 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1220468 4 0.3726 0.622 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1045602 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1045615 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1045616 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1045617 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220493 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220494 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220495 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220496 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220497 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220498 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220499 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220500 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR651662 4 0.6109 0.484 0.008 0.388 0.036 0.568
#> SRR651663 4 0.6488 0.497 0.028 0.372 0.032 0.568
#> SRR651664 4 0.6488 0.497 0.028 0.372 0.032 0.568
#> SRR1045522 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1045523 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1045524 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1045525 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1220373 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1220374 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1220375 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1220376 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1220377 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1220378 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1220379 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1220380 4 0.3688 0.624 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1045578 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1045579 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1045580 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1045581 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220413 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220414 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220415 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220416 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220417 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220418 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220419 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220420 1 0.2589 1.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1045590 4 0.6991 0.517 0.056 0.340 0.036 0.568
#> SRR1045591 4 0.6991 0.517 0.056 0.340 0.036 0.568
#> SRR1045592 4 0.6991 0.517 0.056 0.340 0.036 0.568
#> SRR1045593 4 0.6991 0.517 0.056 0.340 0.036 0.568
#> SRR1220445 4 0.7264 0.528 0.080 0.316 0.036 0.568
#> SRR1220446 4 0.7264 0.528 0.080 0.316 0.036 0.568
#> SRR1220447 4 0.7264 0.528 0.080 0.316 0.036 0.568
#> SRR1220448 4 0.7264 0.528 0.080 0.316 0.036 0.568
#> SRR1220449 4 0.7264 0.528 0.080 0.316 0.036 0.568
#> SRR1220450 4 0.7264 0.528 0.080 0.316 0.036 0.568
#> SRR1220451 4 0.7264 0.528 0.080 0.316 0.036 0.568
#> SRR1220452 4 0.7264 0.528 0.080 0.316 0.036 0.568
#> SRR1045610 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR020288 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR020289 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR020290 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR020291 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR020285 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR020293 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR020294 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR020295 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR020286 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.3895 0.627 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR578644 2 0.3895 0.627 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR578645 2 0.3895 0.627 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR578646 2 0.3895 0.627 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR651679 2 0.3895 0.627 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR651680 2 0.3895 0.627 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR651681 2 0.3895 0.627 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR651682 2 0.3895 0.627 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.3480 0.728 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR596099 2 0.3480 0.728 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR596100 2 0.3480 0.728 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR596101 2 0.3480 0.728 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR651683 2 0.3480 0.728 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR651684 2 0.3480 0.728 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR651685 2 0.3480 0.728 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR651686 2 0.3480 0.728 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR596102 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR596103 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR596104 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR596105 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR651687 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR651688 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR651689 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR578647 2 0.3561 0.714 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR578648 2 0.3561 0.714 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR578649 2 0.3561 0.714 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR578650 2 0.3561 0.714 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR651691 2 0.3561 0.714 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR577587 3 0.3966 0.725 0.004 0.040 0.788 0.168 0.000
#> SRR577588 3 0.3966 0.725 0.004 0.040 0.788 0.168 0.000
#> SRR577589 3 0.3966 0.725 0.004 0.040 0.788 0.168 0.000
#> SRR577590 3 0.3966 0.725 0.004 0.040 0.788 0.168 0.000
#> SRR596106 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596107 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596108 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596109 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651695 1 0.0162 0.783 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651696 1 0.0162 0.783 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651697 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651698 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0566 0.932 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR578652 3 0.0566 0.932 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR578653 3 0.0566 0.932 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR578654 3 0.0566 0.932 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR651705 3 0.0566 0.932 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR651706 3 0.0566 0.932 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR651707 3 0.0566 0.932 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR651708 3 0.0566 0.932 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577600 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577601 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577602 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578631 1 0.4335 0.738 0.664 0.004 0.000 0.324 0.008
#> SRR578632 1 0.4335 0.738 0.664 0.004 0.000 0.324 0.008
#> SRR578633 1 0.4335 0.738 0.664 0.004 0.000 0.324 0.008
#> SRR578634 1 0.4335 0.738 0.664 0.004 0.000 0.324 0.008
#> SRR651665 1 0.4335 0.738 0.664 0.004 0.000 0.324 0.008
#> SRR651666 1 0.4335 0.738 0.664 0.004 0.000 0.324 0.008
#> SRR651667 1 0.4335 0.738 0.664 0.004 0.000 0.324 0.008
#> SRR651668 1 0.4335 0.738 0.664 0.004 0.000 0.324 0.008
#> SRR577579 4 0.2270 0.903 0.020 0.000 0.000 0.904 0.076
#> SRR577580 4 0.2270 0.903 0.020 0.000 0.000 0.904 0.076
#> SRR577581 4 0.2270 0.903 0.020 0.000 0.000 0.904 0.076
#> SRR577582 4 0.2331 0.899 0.020 0.000 0.000 0.900 0.080
#> SRR577583 2 0.3395 0.739 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR577584 2 0.3395 0.739 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR577585 2 0.3395 0.739 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR577586 2 0.3395 0.739 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR577591 3 0.5313 0.199 0.004 0.040 0.504 0.452 0.000
#> SRR577592 3 0.5313 0.199 0.004 0.040 0.504 0.452 0.000
#> SRR577593 3 0.5313 0.199 0.004 0.040 0.504 0.452 0.000
#> SRR577594 3 0.5313 0.199 0.004 0.040 0.504 0.452 0.000
#> SRR578635 4 0.2179 0.871 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR578636 4 0.2179 0.871 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR578637 4 0.2179 0.871 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR578638 4 0.2179 0.871 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR651669 4 0.2179 0.871 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR651670 4 0.2179 0.871 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR651671 4 0.2179 0.871 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR651672 4 0.2179 0.871 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR486237 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR486240 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR488136 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR488137 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR486241 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR486242 4 0.0771 0.963 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR488684 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR488685 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR651673 4 0.2361 0.891 0.012 0.000 0.000 0.892 0.096
#> SRR651674 4 0.2361 0.891 0.012 0.000 0.000 0.892 0.096
#> SRR651675 4 0.2361 0.891 0.012 0.000 0.000 0.892 0.096
#> SRR651676 4 0.2361 0.891 0.012 0.000 0.000 0.892 0.096
#> SRR651677 4 0.2361 0.891 0.012 0.000 0.000 0.892 0.096
#> SRR651678 4 0.2361 0.891 0.012 0.000 0.000 0.892 0.096
#> SRR578639 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR578640 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR578641 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR578642 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1045526 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1045527 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1045528 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1045529 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220381 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220382 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220383 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220384 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220385 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220386 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220387 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220388 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1045530 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1045531 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1045532 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1045533 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1220389 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1220390 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1220391 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1220392 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1220393 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1220394 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1220395 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1220396 4 0.1331 0.933 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1045570 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1045583 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1045584 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1045585 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220421 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220422 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220423 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220424 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220425 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220426 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220427 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220428 4 0.0703 0.962 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1054856 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1054857 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1054858 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1054859 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1220429 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1220430 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1220431 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1220432 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1220433 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1220434 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1220435 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1220436 4 0.0609 0.963 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1045586 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1045587 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1045588 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1045589 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220438 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220439 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220441 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220442 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220443 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1220444 1 0.3636 0.807 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1045594 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045595 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045596 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045597 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220453 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220454 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220455 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220456 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220457 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220458 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220459 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220460 2 0.0290 0.893 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045598 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045615 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045616 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045617 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220493 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220494 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220495 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220496 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220497 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220498 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220499 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220500 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651662 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR651663 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR651664 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1045522 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.783 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045579 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045580 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045581 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220413 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220414 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220415 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220416 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220417 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220418 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220419 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220420 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045590 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1045591 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1045592 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1045593 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220445 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220446 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220447 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220448 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220449 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220450 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220451 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1220452 4 0.0771 0.964 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 4 0.2933 0.71353 0.000 0.032 0.008 0.852 0.000 0.108
#> SRR020288 4 0.2812 0.71503 0.000 0.028 0.008 0.860 0.000 0.104
#> SRR020289 4 0.2812 0.71503 0.000 0.028 0.008 0.860 0.000 0.104
#> SRR020290 4 0.2812 0.71503 0.000 0.028 0.008 0.860 0.000 0.104
#> SRR020291 4 0.2812 0.71503 0.000 0.028 0.008 0.860 0.000 0.104
#> SRR020285 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 4 0.2655 0.71859 0.000 0.020 0.012 0.872 0.000 0.096
#> SRR020293 4 0.2737 0.71712 0.000 0.024 0.012 0.868 0.000 0.096
#> SRR020294 4 0.2737 0.71712 0.000 0.024 0.012 0.868 0.000 0.096
#> SRR020295 4 0.2737 0.71712 0.000 0.024 0.012 0.868 0.000 0.096
#> SRR020286 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.5703 0.00573 0.000 0.412 0.000 0.428 0.000 0.160
#> SRR578644 4 0.5703 0.00573 0.000 0.412 0.000 0.428 0.000 0.160
#> SRR578645 4 0.5703 0.00573 0.000 0.412 0.000 0.428 0.000 0.160
#> SRR578646 4 0.5703 0.00573 0.000 0.412 0.000 0.428 0.000 0.160
#> SRR651679 4 0.5703 0.00573 0.000 0.412 0.000 0.428 0.000 0.160
#> SRR651680 4 0.5703 0.00573 0.000 0.412 0.000 0.428 0.000 0.160
#> SRR651681 4 0.5703 0.00573 0.000 0.412 0.000 0.428 0.000 0.160
#> SRR651682 4 0.5703 0.00573 0.000 0.412 0.000 0.428 0.000 0.160
#> SRR578627 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.4984 0.56806 0.000 0.632 0.000 0.244 0.000 0.124
#> SRR596099 2 0.4984 0.56806 0.000 0.632 0.000 0.244 0.000 0.124
#> SRR596100 2 0.5005 0.56070 0.000 0.628 0.000 0.248 0.000 0.124
#> SRR596101 2 0.4984 0.56806 0.000 0.632 0.000 0.244 0.000 0.124
#> SRR651683 2 0.4963 0.57442 0.000 0.636 0.000 0.240 0.000 0.124
#> SRR651684 2 0.4984 0.56770 0.000 0.632 0.000 0.244 0.000 0.124
#> SRR651685 2 0.4984 0.56806 0.000 0.632 0.000 0.244 0.000 0.124
#> SRR651686 2 0.4963 0.57442 0.000 0.636 0.000 0.240 0.000 0.124
#> SRR596102 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR596103 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR596104 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR596105 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR651687 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR651688 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR651689 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR578647 2 0.5411 0.35429 0.000 0.532 0.000 0.336 0.000 0.132
#> SRR578648 2 0.5411 0.35429 0.000 0.532 0.000 0.336 0.000 0.132
#> SRR578649 2 0.5411 0.35429 0.000 0.532 0.000 0.336 0.000 0.132
#> SRR578650 2 0.5411 0.35429 0.000 0.532 0.000 0.336 0.000 0.132
#> SRR651691 2 0.5390 0.37518 0.000 0.540 0.000 0.328 0.000 0.132
#> SRR577587 3 0.4403 0.74607 0.000 0.116 0.764 0.076 0.000 0.044
#> SRR577588 3 0.4403 0.74607 0.000 0.116 0.764 0.076 0.000 0.044
#> SRR577589 3 0.4403 0.74607 0.000 0.116 0.764 0.076 0.000 0.044
#> SRR577590 3 0.4403 0.74607 0.000 0.116 0.764 0.076 0.000 0.044
#> SRR596106 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596107 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596108 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596109 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651695 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651696 1 0.1501 0.78778 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR651697 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651698 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651699 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651700 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651701 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651702 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651703 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651704 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR578651 3 0.0622 0.95031 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR578652 3 0.0622 0.95031 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR578653 3 0.0622 0.95031 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR578654 3 0.0622 0.95031 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR651705 3 0.0622 0.95031 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR651706 3 0.0622 0.95031 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR651707 3 0.0622 0.95031 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR651708 3 0.0622 0.95031 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1045618 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0790 0.89134 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0790 0.89134 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0790 0.89134 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0790 0.89134 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577600 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577601 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577602 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.4774 0.73718 0.672 0.000 0.000 0.136 0.000 0.192
#> SRR578632 1 0.4774 0.73718 0.672 0.000 0.000 0.136 0.000 0.192
#> SRR578633 1 0.4774 0.73718 0.672 0.000 0.000 0.136 0.000 0.192
#> SRR578634 1 0.4774 0.73718 0.672 0.000 0.000 0.136 0.000 0.192
#> SRR651665 1 0.4774 0.73718 0.672 0.000 0.000 0.136 0.000 0.192
#> SRR651666 1 0.4774 0.73718 0.672 0.000 0.000 0.136 0.000 0.192
#> SRR651667 1 0.4774 0.73718 0.672 0.000 0.000 0.136 0.000 0.192
#> SRR651668 1 0.4774 0.73718 0.672 0.000 0.000 0.136 0.000 0.192
#> SRR577579 4 0.6103 -0.33312 0.180 0.000 0.000 0.420 0.012 0.388
#> SRR577580 4 0.6103 -0.33312 0.180 0.000 0.000 0.420 0.012 0.388
#> SRR577581 4 0.6103 -0.33312 0.180 0.000 0.000 0.420 0.012 0.388
#> SRR577582 4 0.6103 -0.33312 0.180 0.000 0.000 0.420 0.012 0.388
#> SRR577583 2 0.4745 0.58856 0.000 0.672 0.000 0.204 0.000 0.124
#> SRR577584 2 0.4745 0.58856 0.000 0.672 0.000 0.204 0.000 0.124
#> SRR577585 2 0.4745 0.58856 0.000 0.672 0.000 0.204 0.000 0.124
#> SRR577586 2 0.4745 0.58856 0.000 0.672 0.000 0.204 0.000 0.124
#> SRR577591 3 0.5055 0.67589 0.000 0.116 0.704 0.136 0.000 0.044
#> SRR577592 3 0.5055 0.67589 0.000 0.116 0.704 0.136 0.000 0.044
#> SRR577593 3 0.5055 0.67589 0.000 0.116 0.704 0.136 0.000 0.044
#> SRR577594 3 0.5055 0.67589 0.000 0.116 0.704 0.136 0.000 0.044
#> SRR578635 6 0.3925 0.91637 0.056 0.000 0.000 0.200 0.000 0.744
#> SRR578636 6 0.3925 0.91637 0.056 0.000 0.000 0.200 0.000 0.744
#> SRR578637 6 0.3925 0.91637 0.056 0.000 0.000 0.200 0.000 0.744
#> SRR578638 6 0.3925 0.91637 0.056 0.000 0.000 0.200 0.000 0.744
#> SRR651669 6 0.3925 0.91637 0.056 0.000 0.000 0.200 0.000 0.744
#> SRR651670 6 0.4167 0.87519 0.056 0.000 0.000 0.236 0.000 0.708
#> SRR651671 6 0.3954 0.91296 0.056 0.000 0.000 0.204 0.000 0.740
#> SRR651672 6 0.4065 0.89614 0.056 0.000 0.000 0.220 0.000 0.724
#> SRR486237 4 0.3677 0.67473 0.000 0.064 0.012 0.804 0.000 0.120
#> SRR1057691 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 4 0.3634 0.67846 0.000 0.064 0.012 0.808 0.000 0.116
#> SRR1057692 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 4 0.0260 0.76411 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR486240 4 0.0260 0.76411 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR488136 4 0.2709 0.72277 0.000 0.020 0.000 0.848 0.000 0.132
#> SRR488137 4 0.2709 0.72277 0.000 0.020 0.000 0.848 0.000 0.132
#> SRR486241 4 0.1765 0.72411 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR486242 4 0.1765 0.72411 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR488684 4 0.3009 0.72957 0.000 0.040 0.004 0.844 0.000 0.112
#> SRR488685 4 0.2917 0.72687 0.000 0.040 0.004 0.852 0.000 0.104
#> SRR651673 6 0.2911 0.92088 0.000 0.000 0.000 0.144 0.024 0.832
#> SRR651674 6 0.2911 0.92088 0.000 0.000 0.000 0.144 0.024 0.832
#> SRR651675 6 0.2911 0.92088 0.000 0.000 0.000 0.144 0.024 0.832
#> SRR651676 6 0.2911 0.92088 0.000 0.000 0.000 0.144 0.024 0.832
#> SRR651677 6 0.2911 0.92088 0.000 0.000 0.000 0.144 0.024 0.832
#> SRR651678 6 0.2911 0.92088 0.000 0.000 0.000 0.144 0.024 0.832
#> SRR578639 4 0.1267 0.74903 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR578640 4 0.1267 0.74903 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR578641 4 0.1267 0.74903 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR578642 4 0.1267 0.74903 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1045526 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1045527 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1045528 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1045529 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1220381 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1220382 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1220383 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1220384 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1220385 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1220386 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1220387 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1220388 1 0.4340 0.78428 0.720 0.000 0.000 0.104 0.000 0.176
#> SRR1045530 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1045531 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1045532 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1045533 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1220389 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1220390 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1220391 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1220392 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1220393 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1220394 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1220395 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1220396 6 0.2950 0.95031 0.024 0.000 0.000 0.148 0.000 0.828
#> SRR1045570 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045571 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045572 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045573 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220397 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220398 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220399 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220400 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220401 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220402 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220403 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220404 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045574 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.0547 0.76443 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045583 4 0.0547 0.76443 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045584 4 0.0547 0.76443 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045585 4 0.0547 0.76443 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220421 4 0.0363 0.76469 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220422 4 0.0363 0.76469 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220423 4 0.0363 0.76469 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220424 4 0.0363 0.76469 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220425 4 0.0363 0.76469 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220426 4 0.0363 0.76469 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220427 4 0.0363 0.76469 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220428 4 0.0363 0.76469 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1054856 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1054857 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1054858 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1054859 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220429 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220430 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220431 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220432 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220433 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220434 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220435 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220436 4 0.0146 0.76486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045586 1 0.4425 0.77928 0.712 0.000 0.000 0.112 0.000 0.176
#> SRR1045587 1 0.4425 0.77928 0.712 0.000 0.000 0.112 0.000 0.176
#> SRR1045588 1 0.4425 0.77928 0.712 0.000 0.000 0.112 0.000 0.176
#> SRR1045589 1 0.4425 0.77928 0.712 0.000 0.000 0.112 0.000 0.176
#> SRR1220438 1 0.4425 0.77928 0.712 0.000 0.000 0.112 0.000 0.176
#> SRR1220439 1 0.4383 0.78204 0.716 0.000 0.000 0.108 0.000 0.176
#> SRR1220441 1 0.4425 0.77928 0.712 0.000 0.000 0.112 0.000 0.176
#> SRR1220442 1 0.4383 0.78204 0.716 0.000 0.000 0.108 0.000 0.176
#> SRR1220443 1 0.4383 0.78204 0.716 0.000 0.000 0.108 0.000 0.176
#> SRR1220444 1 0.4425 0.77928 0.712 0.000 0.000 0.112 0.000 0.176
#> SRR1045594 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1045595 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1045596 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1045597 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1220453 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1220454 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1220455 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1220456 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1220457 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1220458 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1220459 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1220460 2 0.1649 0.87913 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1045598 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045603 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045604 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045605 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220469 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220470 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220471 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220472 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220473 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220474 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220475 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220476 3 0.0260 0.96024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045606 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045615 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045616 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045617 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220493 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220494 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220495 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220496 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220497 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220498 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220499 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220500 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651662 4 0.2730 0.66379 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR651663 4 0.4431 0.58412 0.000 0.064 0.020 0.732 0.000 0.184
#> SRR651664 4 0.4462 0.57723 0.000 0.064 0.020 0.728 0.000 0.188
#> SRR1045522 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.79094 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045579 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045580 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045581 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220413 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220414 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220415 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220416 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220417 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220418 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220419 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220420 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045590 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1045591 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1045592 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1045593 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1220445 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1220446 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1220447 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1220448 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1220449 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1220450 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1220451 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1220452 4 0.3101 0.59966 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1045610 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.916 0.947 0.977 0.4262 0.574 0.574
#> 3 3 0.851 0.867 0.950 0.3244 0.643 0.482
#> 4 4 0.669 0.681 0.818 0.2714 0.746 0.470
#> 5 5 0.861 0.877 0.898 0.1056 0.912 0.679
#> 6 6 0.866 0.781 0.854 0.0389 0.934 0.705
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.4690 0.8808 0.900 0.100
#> SRR020288 1 0.4161 0.8961 0.916 0.084
#> SRR020289 1 0.4298 0.8923 0.912 0.088
#> SRR020290 1 0.4939 0.8729 0.892 0.108
#> SRR020291 1 0.5059 0.8687 0.888 0.112
#> SRR020285 2 0.2948 0.9338 0.052 0.948
#> SRR1057683 2 0.4939 0.8725 0.108 0.892
#> SRR1057684 2 0.2778 0.9379 0.048 0.952
#> SRR020292 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR020293 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR020294 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR020295 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR020286 1 0.9896 0.2317 0.560 0.440
#> SRR1057689 2 0.9754 0.2956 0.408 0.592
#> SRR1057690 2 0.9970 0.0973 0.468 0.532
#> SRR1057685 2 0.1184 0.9680 0.016 0.984
#> SRR1057686 2 0.1184 0.9680 0.016 0.984
#> SRR1057687 2 0.4562 0.8863 0.096 0.904
#> SRR1057688 2 0.4562 0.8864 0.096 0.904
#> SRR578643 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578644 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578645 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578646 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651679 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651680 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651681 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651682 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578627 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR578628 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR578629 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR578630 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651692 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651693 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651694 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596102 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596103 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596104 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596105 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651687 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651688 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651689 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578647 1 0.8016 0.7019 0.756 0.244
#> SRR578648 1 0.7950 0.7082 0.760 0.240
#> SRR578649 1 0.8016 0.7020 0.756 0.244
#> SRR578650 1 0.8081 0.6955 0.752 0.248
#> SRR651691 1 0.9933 0.2141 0.548 0.452
#> SRR577587 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR577588 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR577589 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR577590 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR596106 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596107 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596108 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR596109 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651695 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651696 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651697 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651698 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651699 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651700 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651701 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651702 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651703 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651704 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR578651 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR578652 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR578653 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR578654 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651705 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651706 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651707 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR651708 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577599 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577600 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577601 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577602 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578631 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578632 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578633 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578634 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651665 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651666 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651667 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651668 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577579 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577580 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577581 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577582 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR577591 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR577592 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR577593 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR577594 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR578635 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578636 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578637 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578638 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651669 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651670 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651671 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651672 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR486237 1 0.8608 0.6319 0.716 0.284
#> SRR1057691 2 0.0672 0.9752 0.008 0.992
#> SRR486238 1 0.8443 0.6540 0.728 0.272
#> SRR1057692 2 0.0672 0.9752 0.008 0.992
#> SRR486239 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.7602 0.7376 0.780 0.220
#> SRR488137 1 0.7602 0.7376 0.780 0.220
#> SRR486241 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR488684 2 0.9833 0.2382 0.424 0.576
#> SRR488685 2 0.9909 0.1709 0.444 0.556
#> SRR651673 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651674 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651675 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651676 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651677 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651678 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR578639 1 0.2043 0.9405 0.968 0.032
#> SRR578640 1 0.2236 0.9374 0.964 0.036
#> SRR578641 1 0.2236 0.9374 0.964 0.036
#> SRR578642 1 0.2236 0.9374 0.964 0.036
#> SRR1045526 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045527 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045528 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045529 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220381 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220382 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220383 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220384 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220385 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220386 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220387 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220388 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045530 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045531 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045532 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045533 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220389 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220390 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220391 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220392 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220393 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220394 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220395 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220396 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045570 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045574 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045575 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045576 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045577 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220405 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220406 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220407 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220408 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220409 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220410 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220411 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220412 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045582 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045583 2 0.0376 0.9787 0.004 0.996
#> SRR1045584 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045585 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220421 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220422 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220423 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220424 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220425 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220426 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220427 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220428 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1054856 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.0376 0.9604 0.996 0.004
#> SRR1220430 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.0376 0.9604 0.996 0.004
#> SRR1220432 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.0376 0.9604 0.996 0.004
#> SRR1220435 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045586 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045587 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045588 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045589 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220438 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220439 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220441 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220442 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220443 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220444 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045598 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045599 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045600 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045601 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220461 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220462 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220463 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220464 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220465 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220466 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220467 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220468 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045602 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045603 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045604 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045605 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220469 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220470 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220471 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220472 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220473 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220474 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220475 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1220476 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045614 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045615 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045616 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045617 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220493 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220494 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220495 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220496 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220497 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220498 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220499 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220500 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651662 1 0.7745 0.7265 0.772 0.228
#> SRR651663 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR651664 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045522 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045523 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045524 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045525 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220373 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220374 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220375 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220376 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220377 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220378 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220379 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220380 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045578 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045579 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045580 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045581 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220413 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220414 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220415 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220416 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220417 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220418 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220419 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220420 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045590 2 0.8144 0.6564 0.252 0.748
#> SRR1045591 2 0.8144 0.6564 0.252 0.748
#> SRR1045592 2 0.8144 0.6564 0.252 0.748
#> SRR1045593 2 0.8207 0.6490 0.256 0.744
#> SRR1220445 2 0.4690 0.8809 0.100 0.900
#> SRR1220446 2 0.4690 0.8809 0.100 0.900
#> SRR1220447 2 0.4690 0.8809 0.100 0.900
#> SRR1220448 2 0.4815 0.8762 0.104 0.896
#> SRR1220449 2 0.4690 0.8809 0.100 0.900
#> SRR1220450 2 0.4815 0.8762 0.104 0.896
#> SRR1220451 2 0.4690 0.8809 0.100 0.900
#> SRR1220452 2 0.4815 0.8762 0.104 0.896
#> SRR1045610 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.9822 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020288 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020289 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020290 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020291 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020285 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057683 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057684 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020292 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020293 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020294 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020295 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR020286 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057689 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057690 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057685 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057686 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057687 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057688 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578643 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578644 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578645 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578646 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651679 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651680 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651681 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651682 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578627 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR578628 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR578629 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR578630 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651692 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651693 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651694 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR596098 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR596099 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR596100 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR596101 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651683 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651684 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651685 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651686 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR596102 1 0.6309 0.00333 0.504 0.496 0
#> SRR596103 2 0.6307 0.04395 0.488 0.512 0
#> SRR596104 1 0.6309 0.00333 0.504 0.496 0
#> SRR596105 1 0.6309 0.00216 0.504 0.496 0
#> SRR651687 2 0.4974 0.66966 0.236 0.764 0
#> SRR651688 2 0.4654 0.70214 0.208 0.792 0
#> SRR651689 2 0.6295 0.10619 0.472 0.528 0
#> SRR578647 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578648 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578649 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578650 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651691 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR577587 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR577588 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR577589 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR577590 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR596106 2 0.6302 0.07894 0.480 0.520 0
#> SRR596107 2 0.6291 0.12317 0.468 0.532 0
#> SRR596108 2 0.6291 0.12354 0.468 0.532 0
#> SRR596109 2 0.6302 0.07894 0.480 0.520 0
#> SRR651695 2 0.5859 0.47067 0.344 0.656 0
#> SRR651696 2 0.5706 0.51938 0.320 0.680 0
#> SRR651697 2 0.6154 0.31232 0.408 0.592 0
#> SRR651698 2 0.6026 0.39706 0.376 0.624 0
#> SRR651699 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651700 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651701 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651702 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651703 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651704 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR578651 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR578652 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR578653 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR578654 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651705 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651706 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651707 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR651708 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045618 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045619 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045620 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045621 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220501 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220502 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220503 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220504 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220505 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220506 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220507 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220508 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR577595 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR577596 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR577597 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR577598 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR577599 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR577600 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR577601 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR577602 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578631 1 0.0237 0.93319 0.996 0.004 0
#> SRR578632 1 0.0237 0.93319 0.996 0.004 0
#> SRR578633 1 0.0237 0.93319 0.996 0.004 0
#> SRR578634 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651665 1 0.1411 0.90916 0.964 0.036 0
#> SRR651666 1 0.1753 0.89922 0.952 0.048 0
#> SRR651667 1 0.0237 0.93319 0.996 0.004 0
#> SRR651668 1 0.0892 0.92158 0.980 0.020 0
#> SRR577579 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR577580 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR577581 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR577582 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR577583 2 0.1643 0.86058 0.044 0.956 0
#> SRR577584 2 0.1411 0.86745 0.036 0.964 0
#> SRR577585 2 0.1643 0.86058 0.044 0.956 0
#> SRR577586 2 0.1529 0.86416 0.040 0.960 0
#> SRR577591 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR577592 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR577593 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR577594 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR578635 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578636 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578637 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578638 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651669 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651670 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651671 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651672 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR486237 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057691 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR486238 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1057692 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR486239 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR486240 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR488136 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR488137 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR486241 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR486242 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR488684 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR488685 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651673 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651674 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651675 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651676 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651677 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651678 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578639 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578640 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578641 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR578642 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045526 1 0.4931 0.68340 0.768 0.232 0
#> SRR1045527 1 0.5178 0.64498 0.744 0.256 0
#> SRR1045528 1 0.5058 0.66458 0.756 0.244 0
#> SRR1045529 1 0.4931 0.68340 0.768 0.232 0
#> SRR1220381 1 0.5785 0.50317 0.668 0.332 0
#> SRR1220382 1 0.5835 0.48578 0.660 0.340 0
#> SRR1220383 1 0.5678 0.53637 0.684 0.316 0
#> SRR1220384 1 0.5760 0.51174 0.672 0.328 0
#> SRR1220385 1 0.5835 0.48578 0.660 0.340 0
#> SRR1220386 1 0.5678 0.53570 0.684 0.316 0
#> SRR1220387 1 0.5810 0.49465 0.664 0.336 0
#> SRR1220388 1 0.5678 0.53618 0.684 0.316 0
#> SRR1045530 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045531 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045532 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045533 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220389 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220390 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220391 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220392 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220393 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220394 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220395 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220396 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045570 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045571 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045572 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045573 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220397 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220398 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220399 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220400 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220401 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220402 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220403 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220404 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045574 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045575 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045576 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045577 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220405 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220406 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220407 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220408 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220409 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220410 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220411 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220412 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045582 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045583 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045584 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045585 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220421 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220422 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220423 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220424 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220425 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220426 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220427 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220428 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1054856 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1054857 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1054858 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1054859 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220429 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220430 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220431 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220432 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220433 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220434 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220435 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220436 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045586 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045587 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045588 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045589 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220438 1 0.0237 0.93327 0.996 0.004 0
#> SRR1220439 1 0.0237 0.93327 0.996 0.004 0
#> SRR1220441 1 0.0237 0.93327 0.996 0.004 0
#> SRR1220442 1 0.0237 0.93327 0.996 0.004 0
#> SRR1220443 1 0.0237 0.93327 0.996 0.004 0
#> SRR1220444 1 0.0237 0.93327 0.996 0.004 0
#> SRR1045594 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045595 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045596 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045597 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220453 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220454 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220455 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220456 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220457 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220458 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220459 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220460 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045598 1 0.6252 0.19715 0.556 0.444 0
#> SRR1045599 1 0.6252 0.19715 0.556 0.444 0
#> SRR1045600 1 0.6260 0.18417 0.552 0.448 0
#> SRR1045601 1 0.6260 0.18417 0.552 0.448 0
#> SRR1220461 1 0.6274 0.15775 0.544 0.456 0
#> SRR1220462 1 0.6274 0.15775 0.544 0.456 0
#> SRR1220463 1 0.6274 0.15775 0.544 0.456 0
#> SRR1220464 1 0.6274 0.15775 0.544 0.456 0
#> SRR1220465 1 0.6274 0.15775 0.544 0.456 0
#> SRR1220466 1 0.6274 0.15775 0.544 0.456 0
#> SRR1220467 1 0.6274 0.15775 0.544 0.456 0
#> SRR1220468 1 0.6274 0.15775 0.544 0.456 0
#> SRR1045602 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045603 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045604 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045605 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220469 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220470 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220471 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220472 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220473 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220474 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220475 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1220476 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR1045606 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045607 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045608 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045609 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220477 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220478 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220479 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220480 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220481 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220482 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220483 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220484 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045614 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045615 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045616 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045617 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220493 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220494 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220495 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220496 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220497 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220498 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220499 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220500 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651662 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651663 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR651664 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045522 1 0.2878 0.85425 0.904 0.096 0
#> SRR1045523 1 0.3267 0.83433 0.884 0.116 0
#> SRR1045524 1 0.3116 0.84246 0.892 0.108 0
#> SRR1045525 1 0.3267 0.83433 0.884 0.116 0
#> SRR1220373 1 0.3412 0.82591 0.876 0.124 0
#> SRR1220374 1 0.3412 0.82591 0.876 0.124 0
#> SRR1220375 1 0.3340 0.83018 0.880 0.120 0
#> SRR1220376 1 0.3482 0.82157 0.872 0.128 0
#> SRR1220377 1 0.3551 0.81710 0.868 0.132 0
#> SRR1220378 1 0.3340 0.83018 0.880 0.120 0
#> SRR1220379 1 0.3551 0.81710 0.868 0.132 0
#> SRR1220380 1 0.3412 0.82591 0.876 0.124 0
#> SRR1045578 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045579 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045580 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045581 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220413 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220414 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220415 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220416 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220417 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220418 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220419 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220420 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045590 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045591 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045592 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045593 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220445 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220446 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220447 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220448 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220449 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220450 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220451 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1220452 1 0.0000 0.93605 1.000 0.000 0
#> SRR1045610 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045611 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045612 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1045613 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220485 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220486 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220487 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220488 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220489 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220490 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220491 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
#> SRR1220492 2 0.0000 0.89664 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 1 0.489 0.3286 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR020288 1 0.489 0.3286 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR020289 1 0.489 0.3286 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR020290 1 0.489 0.3286 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR020291 1 0.489 0.3286 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR020285 1 0.485 0.3507 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1057683 1 0.484 0.3533 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1057684 1 0.485 0.3507 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR020292 1 0.492 0.3151 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR020293 1 0.492 0.3151 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR020294 1 0.492 0.3151 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR020295 1 0.492 0.3151 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR020286 1 0.492 0.3149 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1057689 1 0.491 0.3234 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1057690 1 0.491 0.3234 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1057685 1 0.485 0.3517 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1057686 1 0.487 0.3461 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1057687 1 0.490 0.3381 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1057688 1 0.490 0.3374 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR578643 4 0.194 0.7638 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR578644 4 0.194 0.7638 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR578645 4 0.179 0.7630 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR578646 4 0.194 0.7638 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR651679 4 0.139 0.7560 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR651680 4 0.147 0.7576 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR651681 4 0.172 0.7617 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR651682 4 0.139 0.7560 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR578627 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578628 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578629 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578630 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651692 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651693 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651694 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596098 4 0.343 0.7559 0.096 0.012 0.020 0.872
#> SRR596099 4 0.355 0.7562 0.096 0.016 0.020 0.868
#> SRR596100 4 0.364 0.7526 0.096 0.012 0.028 0.864
#> SRR596101 4 0.364 0.7529 0.096 0.012 0.028 0.864
#> SRR651683 4 0.413 0.7491 0.084 0.060 0.012 0.844
#> SRR651684 4 0.495 0.7267 0.080 0.056 0.052 0.812
#> SRR651685 4 0.355 0.7562 0.096 0.016 0.020 0.868
#> SRR651686 4 0.316 0.7593 0.096 0.020 0.004 0.880
#> SRR596102 2 0.791 0.1149 0.348 0.348 0.000 0.304
#> SRR596103 1 0.791 -0.1349 0.348 0.348 0.000 0.304
#> SRR596104 2 0.791 0.1149 0.348 0.348 0.000 0.304
#> SRR596105 2 0.791 0.1149 0.348 0.348 0.000 0.304
#> SRR651687 2 0.782 0.2597 0.324 0.408 0.000 0.268
#> SRR651688 2 0.775 0.3008 0.324 0.428 0.000 0.248
#> SRR651689 2 0.791 0.1261 0.344 0.352 0.000 0.304
#> SRR578647 4 0.259 0.7445 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR578648 4 0.259 0.7445 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR578649 4 0.259 0.7445 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR578650 4 0.259 0.7445 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR651691 4 0.247 0.7518 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR577587 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577588 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577589 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577590 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596106 4 0.413 0.6299 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR596107 4 0.416 0.6271 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR596108 4 0.419 0.6239 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR596109 4 0.410 0.6325 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR651695 4 0.433 0.5928 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR651696 4 0.436 0.5860 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR651697 4 0.425 0.6117 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR651698 4 0.430 0.5999 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR651699 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578652 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578653 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578654 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651705 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651706 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651707 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651708 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR577600 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR577601 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR577602 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR578631 1 0.764 0.1138 0.420 0.208 0.000 0.372
#> SRR578632 1 0.768 0.1030 0.412 0.216 0.000 0.372
#> SRR578633 1 0.764 0.1138 0.420 0.208 0.000 0.372
#> SRR578634 1 0.764 0.1038 0.416 0.208 0.000 0.376
#> SRR651665 2 0.792 -0.0916 0.320 0.344 0.000 0.336
#> SRR651666 2 0.785 -0.0290 0.276 0.392 0.000 0.332
#> SRR651667 1 0.776 0.0779 0.392 0.236 0.000 0.372
#> SRR651668 4 0.788 0.0594 0.284 0.348 0.000 0.368
#> SRR577579 1 0.479 0.4680 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR577580 1 0.480 0.4662 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR577581 1 0.483 0.4568 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR577582 1 0.483 0.4568 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR577583 2 0.434 0.7335 0.076 0.816 0.000 0.108
#> SRR577584 2 0.435 0.7353 0.080 0.816 0.000 0.104
#> SRR577585 2 0.447 0.7278 0.080 0.808 0.000 0.112
#> SRR577586 2 0.459 0.7219 0.084 0.800 0.000 0.116
#> SRR577591 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577592 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577593 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577594 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578635 1 0.267 0.5992 0.892 0.008 0.000 0.100
#> SRR578636 1 0.267 0.5992 0.892 0.008 0.000 0.100
#> SRR578637 1 0.261 0.5981 0.896 0.008 0.000 0.096
#> SRR578638 1 0.274 0.6002 0.888 0.008 0.000 0.104
#> SRR651669 1 0.230 0.5836 0.920 0.016 0.000 0.064
#> SRR651670 1 0.256 0.5892 0.908 0.020 0.000 0.072
#> SRR651671 1 0.261 0.5981 0.896 0.008 0.000 0.096
#> SRR651672 1 0.328 0.6013 0.864 0.020 0.000 0.116
#> SRR486237 1 0.488 0.3298 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1057691 1 0.487 0.3470 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR486238 1 0.488 0.3298 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1057692 1 0.487 0.3470 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR486239 1 0.493 0.3095 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR486240 1 0.493 0.3095 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR488136 1 0.489 0.3286 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR488137 1 0.489 0.3286 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR486241 1 0.492 0.3151 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR486242 1 0.492 0.3151 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR488684 1 0.491 0.3234 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR488685 1 0.491 0.3234 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR651673 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR651674 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR651675 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR651676 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR651677 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR651678 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR578639 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR578640 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR578641 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR578642 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1045526 2 0.769 0.3615 0.284 0.456 0.000 0.260
#> SRR1045527 2 0.769 0.3620 0.280 0.456 0.000 0.264
#> SRR1045528 2 0.769 0.3615 0.284 0.456 0.000 0.260
#> SRR1045529 2 0.764 0.3827 0.284 0.468 0.000 0.248
#> SRR1220381 2 0.752 0.4281 0.264 0.496 0.000 0.240
#> SRR1220382 2 0.751 0.4280 0.268 0.496 0.000 0.236
#> SRR1220383 2 0.749 0.4329 0.272 0.500 0.000 0.228
#> SRR1220384 2 0.751 0.4276 0.272 0.496 0.000 0.232
#> SRR1220385 2 0.752 0.4282 0.264 0.496 0.000 0.240
#> SRR1220386 2 0.761 0.3966 0.272 0.476 0.000 0.252
#> SRR1220387 2 0.745 0.4440 0.264 0.508 0.000 0.228
#> SRR1220388 2 0.757 0.4097 0.272 0.484 0.000 0.244
#> SRR1045530 1 0.317 0.6106 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1045531 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1045532 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1045533 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1220389 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1220390 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1220391 1 0.327 0.6106 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1220392 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1220393 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1220394 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1220395 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1220396 1 0.322 0.6109 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1045570 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.201 0.7647 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1045583 4 0.201 0.7647 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1045584 4 0.194 0.7654 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1045585 4 0.201 0.7647 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1220421 4 0.179 0.7657 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1220422 4 0.179 0.7657 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1220423 4 0.179 0.7657 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1220424 4 0.179 0.7657 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1220425 4 0.179 0.7657 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1220426 4 0.179 0.7657 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1220427 4 0.179 0.7657 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1220428 4 0.179 0.7657 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1054856 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1054857 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1054858 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1054859 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1220429 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1220430 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1220431 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1220432 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1220433 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1220434 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1220435 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1220436 4 0.234 0.7563 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1045586 1 0.535 0.3530 0.596 0.016 0.000 0.388
#> SRR1045587 1 0.535 0.3530 0.596 0.016 0.000 0.388
#> SRR1045588 1 0.526 0.3511 0.596 0.012 0.000 0.392
#> SRR1045589 1 0.526 0.3511 0.596 0.012 0.000 0.392
#> SRR1220438 1 0.545 0.3506 0.592 0.020 0.000 0.388
#> SRR1220439 1 0.545 0.3506 0.592 0.020 0.000 0.388
#> SRR1220441 1 0.545 0.3506 0.592 0.020 0.000 0.388
#> SRR1220442 1 0.545 0.3506 0.592 0.020 0.000 0.388
#> SRR1220443 1 0.545 0.3506 0.592 0.020 0.000 0.388
#> SRR1220444 1 0.545 0.3506 0.592 0.020 0.000 0.388
#> SRR1045594 2 0.158 0.8097 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1045595 2 0.194 0.8058 0.052 0.936 0.000 0.012
#> SRR1045596 2 0.177 0.8104 0.044 0.944 0.000 0.012
#> SRR1045597 2 0.185 0.8083 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR1220453 2 0.151 0.8179 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1220454 2 0.151 0.8179 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1220455 2 0.151 0.8179 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1220456 2 0.161 0.8165 0.032 0.952 0.000 0.016
#> SRR1220457 2 0.139 0.8182 0.028 0.960 0.000 0.012
#> SRR1220458 2 0.139 0.8182 0.028 0.960 0.000 0.012
#> SRR1220459 2 0.151 0.8179 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1220460 2 0.161 0.8165 0.032 0.952 0.000 0.016
#> SRR1045598 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045599 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045600 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045601 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220461 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220462 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220463 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220464 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220465 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220466 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220467 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220468 4 0.416 0.6267 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045602 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1045615 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1045616 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1045617 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220493 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220494 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220495 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220496 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220497 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220498 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220499 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220500 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR651662 4 0.327 0.6995 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR651663 4 0.187 0.7397 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR651664 4 0.179 0.7307 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1045522 4 0.485 0.6448 0.064 0.164 0.000 0.772
#> SRR1045523 4 0.479 0.6472 0.056 0.172 0.000 0.772
#> SRR1045524 4 0.482 0.6461 0.060 0.168 0.000 0.772
#> SRR1045525 4 0.485 0.6448 0.064 0.164 0.000 0.772
#> SRR1220373 4 0.472 0.6489 0.048 0.180 0.000 0.772
#> SRR1220374 4 0.468 0.6493 0.044 0.184 0.000 0.772
#> SRR1220375 4 0.476 0.6481 0.052 0.176 0.000 0.772
#> SRR1220376 4 0.464 0.6495 0.040 0.188 0.000 0.772
#> SRR1220377 4 0.472 0.6489 0.048 0.180 0.000 0.772
#> SRR1220378 4 0.472 0.6489 0.048 0.180 0.000 0.772
#> SRR1220379 4 0.472 0.6489 0.048 0.180 0.000 0.772
#> SRR1220380 4 0.468 0.6493 0.044 0.184 0.000 0.772
#> SRR1045578 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1045579 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1045580 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1045581 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220413 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220414 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220415 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220416 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220417 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220418 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220419 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1220420 1 0.387 0.6039 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1045590 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1045591 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1045592 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1045593 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1220445 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1220446 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1220447 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1220448 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1220449 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1220450 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1220451 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1220452 4 0.241 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1045610 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.000 0.8276 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.2677 0.827 0.872 0.000 0 0.112 0.016
#> SRR020288 1 0.2727 0.825 0.868 0.000 0 0.116 0.016
#> SRR020289 1 0.2727 0.825 0.868 0.000 0 0.116 0.016
#> SRR020290 1 0.2727 0.825 0.868 0.000 0 0.116 0.016
#> SRR020291 1 0.2677 0.827 0.872 0.000 0 0.112 0.016
#> SRR020285 1 0.1117 0.830 0.964 0.000 0 0.020 0.016
#> SRR1057683 1 0.1626 0.833 0.940 0.000 0 0.044 0.016
#> SRR1057684 1 0.1626 0.833 0.940 0.000 0 0.044 0.016
#> SRR020292 1 0.2488 0.817 0.872 0.000 0 0.124 0.004
#> SRR020293 1 0.2488 0.817 0.872 0.000 0 0.124 0.004
#> SRR020294 1 0.2488 0.817 0.872 0.000 0 0.124 0.004
#> SRR020295 1 0.2488 0.817 0.872 0.000 0 0.124 0.004
#> SRR020286 1 0.2612 0.819 0.868 0.000 0 0.124 0.008
#> SRR1057689 1 0.2727 0.825 0.868 0.000 0 0.116 0.016
#> SRR1057690 1 0.2727 0.825 0.868 0.000 0 0.116 0.016
#> SRR1057685 1 0.1386 0.832 0.952 0.000 0 0.032 0.016
#> SRR1057686 1 0.1549 0.833 0.944 0.000 0 0.040 0.016
#> SRR1057687 1 0.2046 0.833 0.916 0.000 0 0.068 0.016
#> SRR1057688 1 0.2046 0.833 0.916 0.000 0 0.068 0.016
#> SRR578643 4 0.1544 0.885 0.000 0.000 0 0.932 0.068
#> SRR578644 4 0.1478 0.886 0.000 0.000 0 0.936 0.064
#> SRR578645 4 0.1478 0.886 0.000 0.000 0 0.936 0.064
#> SRR578646 4 0.1478 0.886 0.000 0.000 0 0.936 0.064
#> SRR651679 4 0.0794 0.889 0.000 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR651680 4 0.0880 0.889 0.000 0.000 0 0.968 0.032
#> SRR651681 4 0.1341 0.888 0.000 0.000 0 0.944 0.056
#> SRR651682 4 0.0609 0.888 0.000 0.000 0 0.980 0.020
#> SRR578627 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR596098 4 0.4406 0.830 0.136 0.060 0 0.784 0.020
#> SRR596099 4 0.4406 0.830 0.136 0.060 0 0.784 0.020
#> SRR596100 4 0.4406 0.830 0.136 0.060 0 0.784 0.020
#> SRR596101 4 0.4275 0.836 0.136 0.052 0 0.792 0.020
#> SRR651683 4 0.4270 0.809 0.112 0.112 0 0.776 0.000
#> SRR651684 4 0.4734 0.757 0.108 0.160 0 0.732 0.000
#> SRR651685 4 0.4288 0.824 0.136 0.072 0 0.784 0.008
#> SRR651686 4 0.3805 0.863 0.108 0.044 0 0.828 0.020
#> SRR596102 1 0.1908 0.774 0.908 0.092 0 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.1908 0.774 0.908 0.092 0 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.1851 0.777 0.912 0.088 0 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.1965 0.772 0.904 0.096 0 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.2648 0.727 0.848 0.152 0 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.2648 0.724 0.848 0.152 0 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.2020 0.770 0.900 0.100 0 0.000 0.000
#> SRR578647 4 0.2992 0.881 0.064 0.000 0 0.868 0.068
#> SRR578648 4 0.2992 0.881 0.068 0.000 0 0.868 0.064
#> SRR578649 4 0.2992 0.881 0.068 0.000 0 0.868 0.064
#> SRR578650 4 0.2992 0.881 0.068 0.000 0 0.868 0.064
#> SRR651691 4 0.2645 0.887 0.068 0.000 0 0.888 0.044
#> SRR577587 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.2962 0.833 0.048 0.084 0 0.868 0.000
#> SRR596107 4 0.2962 0.833 0.048 0.084 0 0.868 0.000
#> SRR596108 4 0.2962 0.833 0.048 0.084 0 0.868 0.000
#> SRR596109 4 0.2962 0.833 0.048 0.084 0 0.868 0.000
#> SRR651695 4 0.2962 0.833 0.048 0.084 0 0.868 0.000
#> SRR651696 4 0.2962 0.833 0.048 0.084 0 0.868 0.000
#> SRR651697 4 0.2962 0.833 0.048 0.084 0 0.868 0.000
#> SRR651698 4 0.2962 0.833 0.048 0.084 0 0.868 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR577600 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR577601 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR577602 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR578631 2 0.4138 0.346 0.384 0.616 0 0.000 0.000
#> SRR578632 2 0.4126 0.357 0.380 0.620 0 0.000 0.000
#> SRR578633 2 0.4150 0.335 0.388 0.612 0 0.000 0.000
#> SRR578634 2 0.4126 0.357 0.380 0.620 0 0.000 0.000
#> SRR651665 2 0.3480 0.639 0.248 0.752 0 0.000 0.000
#> SRR651666 2 0.3210 0.697 0.212 0.788 0 0.000 0.000
#> SRR651667 2 0.4126 0.353 0.380 0.620 0 0.000 0.000
#> SRR651668 2 0.3177 0.702 0.208 0.792 0 0.000 0.000
#> SRR577579 5 0.2806 0.868 0.152 0.000 0 0.004 0.844
#> SRR577580 5 0.2806 0.868 0.152 0.000 0 0.004 0.844
#> SRR577581 5 0.2806 0.868 0.152 0.000 0 0.004 0.844
#> SRR577582 5 0.2806 0.868 0.152 0.000 0 0.004 0.844
#> SRR577583 2 0.2074 0.867 0.104 0.896 0 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.2074 0.867 0.104 0.896 0 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.2074 0.867 0.104 0.896 0 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.2074 0.867 0.104 0.896 0 0.000 0.000
#> SRR577591 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577592 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577593 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577594 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR578635 5 0.3110 0.880 0.060 0.080 0 0.000 0.860
#> SRR578636 5 0.3051 0.884 0.060 0.076 0 0.000 0.864
#> SRR578637 5 0.3051 0.884 0.060 0.076 0 0.000 0.864
#> SRR578638 5 0.3051 0.884 0.060 0.076 0 0.000 0.864
#> SRR651669 5 0.3281 0.867 0.060 0.092 0 0.000 0.848
#> SRR651670 5 0.3427 0.850 0.056 0.108 0 0.000 0.836
#> SRR651671 5 0.3051 0.884 0.060 0.076 0 0.000 0.864
#> SRR651672 5 0.2903 0.888 0.048 0.080 0 0.000 0.872
#> SRR486237 1 0.2462 0.827 0.880 0.000 0 0.112 0.008
#> SRR1057691 1 0.1774 0.833 0.932 0.000 0 0.052 0.016
#> SRR486238 1 0.2462 0.827 0.880 0.000 0 0.112 0.008
#> SRR1057692 1 0.1845 0.833 0.928 0.000 0 0.056 0.016
#> SRR486239 1 0.2377 0.814 0.872 0.000 0 0.128 0.000
#> SRR486240 1 0.2377 0.814 0.872 0.000 0 0.128 0.000
#> SRR488136 1 0.2677 0.827 0.872 0.000 0 0.112 0.016
#> SRR488137 1 0.2677 0.827 0.872 0.000 0 0.112 0.016
#> SRR486241 1 0.2674 0.821 0.868 0.000 0 0.120 0.012
#> SRR486242 1 0.2674 0.821 0.868 0.000 0 0.120 0.012
#> SRR488684 1 0.2674 0.825 0.868 0.000 0 0.120 0.012
#> SRR488685 1 0.2674 0.825 0.868 0.000 0 0.120 0.012
#> SRR651673 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651674 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651675 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651676 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651677 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651678 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR578639 4 0.3284 0.856 0.148 0.000 0 0.828 0.024
#> SRR578640 4 0.3284 0.856 0.148 0.000 0 0.828 0.024
#> SRR578641 4 0.3284 0.856 0.148 0.000 0 0.828 0.024
#> SRR578642 4 0.3284 0.856 0.148 0.000 0 0.828 0.024
#> SRR1045526 1 0.4138 0.398 0.616 0.384 0 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.4126 0.407 0.620 0.380 0 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.4126 0.407 0.620 0.380 0 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.4126 0.407 0.620 0.380 0 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.4161 0.380 0.608 0.392 0 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.4161 0.380 0.608 0.392 0 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.4161 0.380 0.608 0.392 0 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.4161 0.380 0.608 0.392 0 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.4161 0.380 0.608 0.392 0 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.4150 0.389 0.612 0.388 0 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.4161 0.380 0.608 0.392 0 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.4150 0.389 0.612 0.388 0 0.000 0.000
#> SRR1045530 5 0.1270 0.945 0.052 0.000 0 0.000 0.948
#> SRR1045531 5 0.1270 0.945 0.052 0.000 0 0.000 0.948
#> SRR1045532 5 0.1270 0.945 0.052 0.000 0 0.000 0.948
#> SRR1045533 5 0.1270 0.945 0.052 0.000 0 0.000 0.948
#> SRR1220389 5 0.1270 0.945 0.052 0.000 0 0.000 0.948
#> SRR1220390 5 0.1270 0.945 0.052 0.000 0 0.000 0.948
#> SRR1220391 5 0.1270 0.945 0.052 0.000 0 0.000 0.948
#> SRR1220392 5 0.1341 0.943 0.056 0.000 0 0.000 0.944
#> SRR1220393 5 0.1341 0.943 0.056 0.000 0 0.000 0.944
#> SRR1220394 5 0.1341 0.943 0.056 0.000 0 0.000 0.944
#> SRR1220395 5 0.1341 0.943 0.056 0.000 0 0.000 0.944
#> SRR1220396 5 0.1270 0.945 0.052 0.000 0 0.000 0.948
#> SRR1045570 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.1626 0.890 0.016 0.000 0 0.940 0.044
#> SRR1045583 4 0.1626 0.890 0.016 0.000 0 0.940 0.044
#> SRR1045584 4 0.1626 0.890 0.016 0.000 0 0.940 0.044
#> SRR1045585 4 0.1626 0.890 0.016 0.000 0 0.940 0.044
#> SRR1220421 4 0.1300 0.891 0.016 0.000 0 0.956 0.028
#> SRR1220422 4 0.1300 0.891 0.016 0.000 0 0.956 0.028
#> SRR1220423 4 0.1300 0.891 0.016 0.000 0 0.956 0.028
#> SRR1220424 4 0.1300 0.891 0.016 0.000 0 0.956 0.028
#> SRR1220425 4 0.1300 0.891 0.016 0.000 0 0.956 0.028
#> SRR1220426 4 0.1300 0.891 0.016 0.000 0 0.956 0.028
#> SRR1220427 4 0.1300 0.891 0.016 0.000 0 0.956 0.028
#> SRR1220428 4 0.1300 0.891 0.016 0.000 0 0.956 0.028
#> SRR1054856 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1054857 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1054858 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1054859 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1220429 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1220430 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1220431 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1220432 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1220433 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1220434 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1220435 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1220436 4 0.2969 0.871 0.128 0.000 0 0.852 0.020
#> SRR1045586 1 0.0162 0.826 0.996 0.004 0 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0290 0.825 0.992 0.008 0 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0290 0.825 0.992 0.008 0 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0290 0.825 0.992 0.008 0 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0290 0.825 0.992 0.008 0 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0290 0.825 0.992 0.008 0 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0290 0.825 0.992 0.008 0 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0290 0.825 0.992 0.008 0 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0290 0.825 0.992 0.008 0 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0290 0.825 0.992 0.008 0 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.1851 0.877 0.088 0.912 0 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.1851 0.877 0.088 0.912 0 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.1851 0.877 0.088 0.912 0 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.1851 0.877 0.088 0.912 0 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.1792 0.881 0.084 0.916 0 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.1792 0.881 0.084 0.916 0 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.1792 0.881 0.084 0.916 0 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.1792 0.881 0.084 0.916 0 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.1792 0.881 0.084 0.916 0 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.1792 0.881 0.084 0.916 0 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.1792 0.881 0.084 0.916 0 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.1792 0.881 0.084 0.916 0 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.2782 0.842 0.048 0.072 0 0.880 0.000
#> SRR1045599 4 0.2782 0.842 0.048 0.072 0 0.880 0.000
#> SRR1045600 4 0.2782 0.842 0.048 0.072 0 0.880 0.000
#> SRR1045601 4 0.2782 0.842 0.048 0.072 0 0.880 0.000
#> SRR1220461 4 0.2782 0.842 0.048 0.072 0 0.880 0.000
#> SRR1220462 4 0.2843 0.839 0.048 0.076 0 0.876 0.000
#> SRR1220463 4 0.2782 0.842 0.048 0.072 0 0.880 0.000
#> SRR1220464 4 0.2843 0.839 0.048 0.076 0 0.876 0.000
#> SRR1220465 4 0.2782 0.842 0.048 0.072 0 0.880 0.000
#> SRR1220466 4 0.2843 0.839 0.048 0.076 0 0.876 0.000
#> SRR1220467 4 0.2843 0.839 0.048 0.076 0 0.876 0.000
#> SRR1220468 4 0.2843 0.839 0.048 0.076 0 0.876 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651662 4 0.3671 0.767 0.236 0.000 0 0.756 0.008
#> SRR651663 4 0.2561 0.789 0.144 0.000 0 0.856 0.000
#> SRR651664 4 0.2179 0.826 0.112 0.000 0 0.888 0.000
#> SRR1045522 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1045523 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1045524 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1045525 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1220373 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1220374 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1220375 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1220376 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1220377 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1220378 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1220379 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1220380 4 0.1484 0.873 0.048 0.008 0 0.944 0.000
#> SRR1045578 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.960 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045590 4 0.2983 0.881 0.096 0.000 0 0.864 0.040
#> SRR1045591 4 0.3003 0.881 0.092 0.000 0 0.864 0.044
#> SRR1045592 4 0.2983 0.881 0.096 0.000 0 0.864 0.040
#> SRR1045593 4 0.2983 0.881 0.096 0.000 0 0.864 0.040
#> SRR1220445 4 0.2959 0.880 0.100 0.000 0 0.864 0.036
#> SRR1220446 4 0.2959 0.880 0.100 0.000 0 0.864 0.036
#> SRR1220447 4 0.2959 0.880 0.100 0.000 0 0.864 0.036
#> SRR1220448 4 0.2959 0.880 0.100 0.000 0 0.864 0.036
#> SRR1220449 4 0.2959 0.880 0.100 0.000 0 0.864 0.036
#> SRR1220450 4 0.2959 0.880 0.100 0.000 0 0.864 0.036
#> SRR1220451 4 0.2959 0.880 0.100 0.000 0 0.864 0.036
#> SRR1220452 4 0.2959 0.880 0.100 0.000 0 0.864 0.036
#> SRR1045610 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR020288 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR020289 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR020290 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR020291 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR020285 6 0.0547 0.7708 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1057683 6 0.0865 0.7785 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1057684 6 0.0937 0.7802 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR020292 6 0.1910 0.7728 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR020293 6 0.1910 0.7728 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR020294 6 0.1910 0.7728 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR020295 6 0.1910 0.7728 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR020286 6 0.2135 0.7530 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1057689 6 0.1714 0.7842 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1057690 6 0.1714 0.7842 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1057685 6 0.0458 0.7694 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1057686 6 0.0632 0.7729 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1057687 6 0.1610 0.7810 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1057688 6 0.1714 0.7794 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR578643 1 0.3230 0.6314 0.776 0.000 0.000 0.212 0.012 0.000
#> SRR578644 1 0.3230 0.6314 0.776 0.000 0.000 0.212 0.012 0.000
#> SRR578645 1 0.3259 0.6243 0.772 0.000 0.000 0.216 0.012 0.000
#> SRR578646 1 0.3259 0.6243 0.772 0.000 0.000 0.216 0.012 0.000
#> SRR651679 1 0.3298 0.5903 0.756 0.000 0.000 0.236 0.008 0.000
#> SRR651680 1 0.3245 0.6063 0.764 0.000 0.000 0.228 0.008 0.000
#> SRR651681 1 0.3259 0.6243 0.772 0.000 0.000 0.216 0.012 0.000
#> SRR651682 1 0.3217 0.6141 0.768 0.000 0.000 0.224 0.008 0.000
#> SRR578627 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR596098 1 0.1124 0.8074 0.956 0.036 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR596099 1 0.1124 0.8074 0.956 0.036 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR596100 1 0.1124 0.8074 0.956 0.036 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR596101 1 0.1049 0.8106 0.960 0.032 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR651683 1 0.1387 0.7799 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 1 0.1700 0.7634 0.916 0.080 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 1 0.1124 0.8074 0.956 0.036 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR651686 1 0.0790 0.8129 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 6 0.5854 0.2666 0.000 0.212 0.000 0.320 0.000 0.468
#> SRR596103 6 0.5854 0.2666 0.000 0.212 0.000 0.320 0.000 0.468
#> SRR596104 6 0.5854 0.2666 0.000 0.212 0.000 0.320 0.000 0.468
#> SRR596105 6 0.5854 0.2666 0.000 0.212 0.000 0.320 0.000 0.468
#> SRR651687 6 0.5989 0.1719 0.000 0.248 0.000 0.320 0.000 0.432
#> SRR651688 6 0.5989 0.1719 0.000 0.248 0.000 0.320 0.000 0.432
#> SRR651689 6 0.5904 0.2373 0.000 0.224 0.000 0.320 0.000 0.456
#> SRR578647 1 0.0632 0.8222 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR578648 1 0.0632 0.8222 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR578649 1 0.0547 0.8230 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR578650 1 0.0547 0.8230 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR651691 1 0.0806 0.8207 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR577587 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.4237 0.9479 0.244 0.048 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR596107 4 0.4237 0.9479 0.244 0.048 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR596108 4 0.4237 0.9479 0.244 0.048 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR596109 4 0.4237 0.9479 0.244 0.048 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR651695 4 0.4272 0.9473 0.240 0.052 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR651696 4 0.4365 0.9440 0.228 0.064 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR651697 4 0.4237 0.9479 0.244 0.048 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR651698 4 0.4237 0.9479 0.244 0.048 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR651699 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577600 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577601 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577602 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578631 2 0.2805 0.6101 0.004 0.812 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR578632 2 0.2738 0.6192 0.004 0.820 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR578633 2 0.2703 0.6243 0.004 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR578634 2 0.2738 0.6174 0.004 0.820 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR651665 2 0.1753 0.7120 0.004 0.912 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR651666 2 0.1267 0.7338 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR651667 2 0.2520 0.6494 0.004 0.844 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR651668 2 0.1858 0.7048 0.004 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR577579 1 0.6855 0.0300 0.428 0.000 0.000 0.316 0.072 0.184
#> SRR577580 1 0.6855 0.0300 0.428 0.000 0.000 0.316 0.072 0.184
#> SRR577581 1 0.6814 0.0362 0.432 0.000 0.000 0.316 0.068 0.184
#> SRR577582 1 0.6855 0.0300 0.428 0.000 0.000 0.316 0.072 0.184
#> SRR577583 2 0.4918 0.5668 0.000 0.596 0.000 0.320 0.000 0.084
#> SRR577584 2 0.4918 0.5668 0.000 0.596 0.000 0.320 0.000 0.084
#> SRR577585 2 0.4918 0.5668 0.000 0.596 0.000 0.320 0.000 0.084
#> SRR577586 2 0.4918 0.5668 0.000 0.596 0.000 0.320 0.000 0.084
#> SRR577591 3 0.0363 0.9894 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR577592 3 0.0363 0.9894 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR577593 3 0.0363 0.9894 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR577594 3 0.0363 0.9894 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR578635 5 0.2649 0.8616 0.000 0.052 0.000 0.004 0.876 0.068
#> SRR578636 5 0.2649 0.8616 0.000 0.052 0.000 0.004 0.876 0.068
#> SRR578637 5 0.2649 0.8616 0.000 0.052 0.000 0.004 0.876 0.068
#> SRR578638 5 0.2649 0.8616 0.000 0.052 0.000 0.004 0.876 0.068
#> SRR651669 5 0.2998 0.8477 0.000 0.064 0.000 0.008 0.856 0.072
#> SRR651670 5 0.2994 0.8447 0.000 0.064 0.000 0.004 0.852 0.080
#> SRR651671 5 0.2711 0.8589 0.000 0.056 0.000 0.004 0.872 0.068
#> SRR651672 5 0.2575 0.8591 0.000 0.072 0.000 0.004 0.880 0.044
#> SRR486237 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1057691 6 0.1075 0.7831 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR486238 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1057692 6 0.1204 0.7844 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR486239 6 0.2260 0.7400 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR486240 6 0.2260 0.7400 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR488136 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR488137 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR486241 6 0.1714 0.7842 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR486242 6 0.1714 0.7842 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR488684 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR488685 6 0.1663 0.7861 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR651673 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651674 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651675 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651676 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651677 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651678 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0777 0.8224 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR578640 1 0.0777 0.8224 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR578641 1 0.0777 0.8224 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR578642 1 0.0777 0.8224 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045526 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1045527 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1045528 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1045529 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1220381 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1220382 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1220383 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1220384 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1220385 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1220386 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1220387 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1220388 2 0.6125 0.1461 0.000 0.356 0.000 0.320 0.000 0.324
#> SRR1045530 5 0.4699 0.7397 0.032 0.000 0.000 0.176 0.720 0.072
#> SRR1045531 5 0.4699 0.7397 0.032 0.000 0.000 0.176 0.720 0.072
#> SRR1045532 5 0.4685 0.7437 0.032 0.000 0.000 0.168 0.724 0.076
#> SRR1045533 5 0.4685 0.7437 0.032 0.000 0.000 0.168 0.724 0.076
#> SRR1220389 5 0.4634 0.7473 0.032 0.000 0.000 0.168 0.728 0.072
#> SRR1220390 5 0.4699 0.7397 0.032 0.000 0.000 0.176 0.720 0.072
#> SRR1220391 5 0.4730 0.7351 0.032 0.000 0.000 0.180 0.716 0.072
#> SRR1220392 5 0.4699 0.7397 0.032 0.000 0.000 0.176 0.720 0.072
#> SRR1220393 5 0.4749 0.7348 0.032 0.000 0.000 0.176 0.716 0.076
#> SRR1220394 5 0.4699 0.7397 0.032 0.000 0.000 0.176 0.720 0.072
#> SRR1220395 5 0.4730 0.7351 0.032 0.000 0.000 0.180 0.716 0.072
#> SRR1220396 5 0.4699 0.7397 0.032 0.000 0.000 0.176 0.720 0.072
#> SRR1045570 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0260 0.9919 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1045583 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1045584 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1045585 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1220421 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1220422 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1220423 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1220424 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1220425 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1220426 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1220427 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1220428 1 0.2778 0.7013 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1054856 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1054857 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1054858 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1054859 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220429 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220430 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220431 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220432 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220433 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220434 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220435 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220436 1 0.0547 0.8226 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1045586 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1045587 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1045588 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1045589 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1220438 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1220439 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1220441 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1220442 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1220443 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1220444 6 0.3499 0.6130 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1045594 2 0.4874 0.5776 0.000 0.608 0.000 0.308 0.000 0.084
#> SRR1045595 2 0.4874 0.5776 0.000 0.608 0.000 0.308 0.000 0.084
#> SRR1045596 2 0.4874 0.5776 0.000 0.608 0.000 0.308 0.000 0.084
#> SRR1045597 2 0.4874 0.5776 0.000 0.608 0.000 0.308 0.000 0.084
#> SRR1220453 2 0.4829 0.5810 0.000 0.612 0.000 0.308 0.000 0.080
#> SRR1220454 2 0.4829 0.5810 0.000 0.612 0.000 0.308 0.000 0.080
#> SRR1220455 2 0.4829 0.5810 0.000 0.612 0.000 0.308 0.000 0.080
#> SRR1220456 2 0.4829 0.5810 0.000 0.612 0.000 0.308 0.000 0.080
#> SRR1220457 2 0.4829 0.5810 0.000 0.612 0.000 0.308 0.000 0.080
#> SRR1220458 2 0.4829 0.5810 0.000 0.612 0.000 0.308 0.000 0.080
#> SRR1220459 2 0.4829 0.5810 0.000 0.612 0.000 0.308 0.000 0.080
#> SRR1220460 2 0.4829 0.5810 0.000 0.612 0.000 0.308 0.000 0.080
#> SRR1045598 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1045599 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1045600 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1045601 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220461 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220462 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220463 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220464 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220465 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220466 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220467 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220468 4 0.4419 0.9409 0.220 0.072 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1045602 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0363 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.0777 0.8211 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR651663 1 0.5390 0.0194 0.540 0.000 0.000 0.328 0.000 0.132
#> SRR651664 1 0.5450 -0.3433 0.452 0.000 0.000 0.428 0.000 0.120
#> SRR1045522 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1045523 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1045524 4 0.3508 0.9161 0.292 0.000 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1045525 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220373 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220374 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220375 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220376 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220377 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220378 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220379 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1220380 4 0.3626 0.9236 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR1045578 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0935 0.8199 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1045591 1 0.0935 0.8199 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1045592 1 0.0935 0.8199 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1045593 1 0.0935 0.8199 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1220445 1 0.1053 0.8219 0.964 0.000 0.000 0.020 0.012 0.004
#> SRR1220446 1 0.1053 0.8219 0.964 0.000 0.000 0.020 0.012 0.004
#> SRR1220447 1 0.1078 0.8213 0.964 0.000 0.000 0.016 0.012 0.008
#> SRR1220448 1 0.1053 0.8219 0.964 0.000 0.000 0.020 0.012 0.004
#> SRR1220449 1 0.1078 0.8213 0.964 0.000 0.000 0.016 0.012 0.008
#> SRR1220450 1 0.1078 0.8213 0.964 0.000 0.000 0.016 0.012 0.008
#> SRR1220451 1 0.1053 0.8219 0.964 0.000 0.000 0.020 0.012 0.004
#> SRR1220452 1 0.1078 0.8213 0.964 0.000 0.000 0.016 0.012 0.008
#> SRR1045610 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.7747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.613 0.844 0.904 0.4333 0.569 0.569
#> 3 3 0.490 0.722 0.837 0.2506 0.868 0.773
#> 4 4 0.599 0.618 0.752 0.1717 0.786 0.562
#> 5 5 0.668 0.718 0.781 0.0941 0.789 0.468
#> 6 6 0.682 0.807 0.807 0.0705 0.935 0.769
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR020288 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR020289 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR020290 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR020291 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR020285 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1057683 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1057684 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR020292 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR020293 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR020294 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR020295 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR020286 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1057689 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1057690 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1057685 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1057686 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1057687 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1057688 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR578643 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR578644 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR578645 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR578646 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR651679 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR651680 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR651681 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR651682 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR578627 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR578628 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR578629 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR578630 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651692 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651693 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651694 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR596098 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR596099 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR596100 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR596101 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR651683 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR651684 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR651685 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR651686 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR596102 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR596103 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR596104 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR596105 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR651687 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR651688 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR651689 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR578647 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR578648 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR578649 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR578650 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR651691 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR577587 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR577588 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR577589 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR577590 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR596106 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR596107 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR596108 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR596109 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR651695 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR651696 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR651697 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR651698 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR651699 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651700 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651701 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651702 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651703 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651704 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR578651 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR578652 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR578653 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR578654 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651705 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651706 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651707 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR651708 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1045619 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1045620 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1045621 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220501 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220502 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220503 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220504 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220505 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220506 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220507 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220508 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR577595 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR577596 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR577597 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR577598 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR577599 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR577600 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR577601 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR577602 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR578631 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR577580 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR577581 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR577582 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR577583 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR577584 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR577585 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR577586 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR577591 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR486237 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR1057691 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR486238 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR1057692 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR486239 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR486240 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR488136 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR488137 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR486241 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR486242 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR488684 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR488685 2 0.9977 0.321 0.472 0.528
#> SRR651673 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR651674 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR651675 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR651676 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR651677 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR651678 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR578639 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR578640 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR578641 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR578642 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1045526 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1045527 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1045528 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1045529 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220381 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220382 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220383 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220384 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220385 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220386 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220387 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220388 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1045530 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045531 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045532 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045533 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220389 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220390 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220391 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220392 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220393 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220394 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220395 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220396 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045570 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045571 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045572 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045573 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220397 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220398 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220399 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220400 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220401 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220402 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220403 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220404 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045574 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045575 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045576 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045577 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220405 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220406 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220407 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220408 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220409 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220410 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220411 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220412 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045582 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1045583 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1045584 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1045585 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220421 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220422 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220423 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220424 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220425 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220426 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220427 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220428 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1054856 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1054857 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1054858 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1054859 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220429 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220430 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220431 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220432 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220433 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220434 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220435 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1220436 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR1045586 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1045587 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1045588 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1045589 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220438 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220439 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220441 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220442 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220443 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1220444 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> SRR1045594 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1045595 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1045596 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1045597 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220453 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220454 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220455 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220456 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220457 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220458 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220459 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220460 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1045598 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1045599 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1045600 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1045601 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220461 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220462 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220463 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220464 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220465 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220466 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220467 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220468 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1045602 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045603 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045604 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045605 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220469 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220470 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220471 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220472 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220473 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220474 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220475 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1220476 2 0.0000 0.871 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1045607 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1045608 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1045609 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220477 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220478 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220479 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220480 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220481 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220482 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220483 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1220484 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> SRR1045614 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045615 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045616 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045617 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220493 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220494 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220495 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220496 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220497 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220498 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220499 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220500 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR651662 2 0.4161 0.897 0.084 0.916
#> SRR651663 2 0.4298 0.896 0.088 0.912
#> SRR651664 2 0.4298 0.896 0.088 0.912
#> SRR1045522 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1045523 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1045524 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1045525 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220373 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220374 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220375 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220376 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220377 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220378 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220379 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1220380 2 0.8386 0.742 0.268 0.732
#> SRR1045578 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045579 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045580 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045581 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220413 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220414 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220415 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220416 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220417 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220418 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220419 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1220420 1 0.0672 0.952 0.992 0.008
#> SRR1045590 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1045591 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1045592 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1045593 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1220445 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1220446 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1220447 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1220448 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1220449 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1220450 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1220451 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1220452 1 0.9129 0.453 0.672 0.328
#> SRR1045610 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1045611 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1045612 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1045613 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220485 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220486 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220487 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220488 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220489 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220490 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220491 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
#> SRR1220492 2 0.4022 0.898 0.080 0.920
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR020288 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR020289 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR020290 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR020291 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR020285 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1057683 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1057684 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR020292 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR020293 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR020294 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR020295 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR020286 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1057689 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1057690 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1057685 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1057686 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1057687 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1057688 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR578643 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR578644 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR578645 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR578646 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR651679 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR651680 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR651681 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR651682 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR578627 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR578628 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR578629 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR578630 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651692 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651693 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651694 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR596099 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR596100 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR596101 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR651683 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR651684 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR651685 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR651686 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR596102 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR596103 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR596104 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR596105 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR651687 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR651688 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR651689 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR578647 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR578648 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR578649 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR578650 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR651691 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR577587 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR577588 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR577589 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR577590 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR596106 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR596107 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR596108 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR596109 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR651695 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR651696 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR651697 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR651698 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR651699 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR578652 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR578653 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR578654 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651705 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651706 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651707 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR651708 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1045619 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1045620 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1045621 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220501 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220502 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220503 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220504 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220505 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220506 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220507 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220508 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR577595 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR577596 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR577597 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR577598 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR577599 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR577600 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR577601 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR577602 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR578631 1 0.536 0.650 0.724 0.000 0.276
#> SRR578632 1 0.536 0.650 0.724 0.000 0.276
#> SRR578633 1 0.536 0.650 0.724 0.000 0.276
#> SRR578634 1 0.536 0.650 0.724 0.000 0.276
#> SRR651665 1 0.536 0.650 0.724 0.000 0.276
#> SRR651666 1 0.536 0.650 0.724 0.000 0.276
#> SRR651667 1 0.536 0.650 0.724 0.000 0.276
#> SRR651668 1 0.536 0.650 0.724 0.000 0.276
#> SRR577579 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR577580 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR577581 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR577582 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR577583 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR577584 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR577585 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR577586 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR577591 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR577592 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR577593 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR577594 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR578635 1 0.553 0.637 0.704 0.000 0.296
#> SRR578636 1 0.553 0.637 0.704 0.000 0.296
#> SRR578637 1 0.553 0.637 0.704 0.000 0.296
#> SRR578638 1 0.553 0.637 0.704 0.000 0.296
#> SRR651669 1 0.553 0.637 0.704 0.000 0.296
#> SRR651670 1 0.553 0.637 0.704 0.000 0.296
#> SRR651671 1 0.553 0.637 0.704 0.000 0.296
#> SRR651672 1 0.553 0.637 0.704 0.000 0.296
#> SRR486237 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR1057691 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR486238 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR1057692 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR486239 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR486240 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR488136 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR488137 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR486241 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR486242 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR488684 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR488685 1 0.727 0.250 0.644 0.304 0.052
#> SRR651673 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR651674 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR651675 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR651676 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR651677 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR651678 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR578639 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR578640 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR578641 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR578642 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1045526 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1045527 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1045528 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1045529 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220381 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220382 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220383 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220384 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220385 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220386 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220387 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220388 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1045530 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045531 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045532 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045533 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220389 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220390 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220391 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220392 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220393 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220394 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220395 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220396 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045570 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1045583 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1045584 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1045585 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1220421 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1220422 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1220423 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1220424 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1220425 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1220426 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1220427 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1220428 2 0.662 0.747 0.228 0.720 0.052
#> SRR1054856 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1054857 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1054858 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1054859 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1220429 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1220430 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1220431 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1220432 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1220433 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1220434 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1220435 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1220436 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR1045586 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1045587 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1045588 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1045589 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220438 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220439 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220441 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220442 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220443 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1220444 1 0.480 0.675 0.780 0.000 0.220
#> SRR1045594 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1045595 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1045596 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1045597 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220453 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220454 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220455 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220456 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220457 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220458 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220459 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220460 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1045598 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1045599 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1045600 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1045601 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220461 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220462 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220463 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220464 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220465 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220466 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220467 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220468 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1045602 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 2 0.000 0.820 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1045607 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1045608 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1045609 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220477 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220478 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220479 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220480 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220481 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220482 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220483 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1220484 2 0.477 0.823 0.100 0.848 0.052
#> SRR1045614 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045615 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045616 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045617 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220493 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220494 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220495 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220496 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220497 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220498 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220499 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220500 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR651662 2 0.658 0.747 0.224 0.724 0.052
#> SRR651663 2 0.670 0.744 0.236 0.712 0.052
#> SRR651664 2 0.670 0.744 0.236 0.712 0.052
#> SRR1045522 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1045523 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1045524 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1045525 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220373 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220374 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220375 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220376 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220377 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220378 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220379 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1220380 2 0.788 0.483 0.428 0.516 0.056
#> SRR1045578 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045579 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045580 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045581 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220413 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220414 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220415 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220416 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220417 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220418 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220419 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220420 3 0.000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045590 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1045591 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1045592 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1045593 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1220445 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1220446 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1220447 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1220448 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1220449 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1220450 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1220451 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1220452 3 0.658 0.352 0.020 0.328 0.652
#> SRR1045610 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1045611 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1045612 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1045613 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220485 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220486 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220487 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220488 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220489 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220490 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220491 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
#> SRR1220492 2 0.380 0.840 0.056 0.892 0.052
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR020288 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR020289 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR020290 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR020291 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR020285 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1057683 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1057684 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR020292 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR020293 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR020294 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR020295 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR020286 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1057689 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1057690 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1057685 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1057686 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1057687 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1057688 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR578643 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR578644 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR578645 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR578646 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR651679 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR651680 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR651681 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR651682 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR578627 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR596099 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR596100 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR596101 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR651683 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR651684 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR651685 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR651686 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR596102 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR596103 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR596104 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR596105 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR651687 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR651688 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR651689 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR578647 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR578648 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR578649 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR578650 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR651691 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR577587 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577588 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577589 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577590 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR596107 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR596108 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR596109 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR651695 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR651696 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR651697 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR651698 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR651699 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651700 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651701 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651702 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651703 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651704 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578651 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578652 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578653 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578654 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651705 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651706 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651707 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651708 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1045619 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1045620 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1045621 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220501 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220502 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220503 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220504 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220505 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220506 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220507 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220508 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR577595 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR577596 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR577597 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR577598 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR577599 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578631 3 0.4231 0.883 0.096 0.000 0.824 0.080
#> SRR578632 3 0.4231 0.883 0.096 0.000 0.824 0.080
#> SRR578633 3 0.4231 0.883 0.096 0.000 0.824 0.080
#> SRR578634 3 0.4231 0.883 0.096 0.000 0.824 0.080
#> SRR651665 3 0.4231 0.883 0.096 0.000 0.824 0.080
#> SRR651666 3 0.4231 0.883 0.096 0.000 0.824 0.080
#> SRR651667 3 0.4231 0.883 0.096 0.000 0.824 0.080
#> SRR651668 3 0.4231 0.883 0.096 0.000 0.824 0.080
#> SRR577579 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577580 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577581 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577582 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577583 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR577584 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR577585 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR577586 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR577591 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578635 3 0.4150 0.892 0.120 0.000 0.824 0.056
#> SRR578636 3 0.4150 0.892 0.120 0.000 0.824 0.056
#> SRR578637 3 0.4150 0.892 0.120 0.000 0.824 0.056
#> SRR578638 3 0.4150 0.892 0.120 0.000 0.824 0.056
#> SRR651669 3 0.4150 0.892 0.120 0.000 0.824 0.056
#> SRR651670 3 0.4150 0.892 0.120 0.000 0.824 0.056
#> SRR651671 3 0.4150 0.892 0.120 0.000 0.824 0.056
#> SRR651672 3 0.4150 0.892 0.120 0.000 0.824 0.056
#> SRR486237 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR1057691 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR486238 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR1057692 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR486239 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR486240 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR488136 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR488137 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR486241 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR486242 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR488684 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR488685 4 0.2944 0.512 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR651673 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578639 4 0.4989 0.451 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR578640 4 0.4989 0.451 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR578641 4 0.4989 0.451 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR578642 4 0.4989 0.451 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1045526 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1045527 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1045528 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1045529 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220381 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220382 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220383 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220384 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220385 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220386 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220387 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220388 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1045530 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045531 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045532 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045533 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220389 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220390 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220391 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220392 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220393 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220394 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220395 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220396 1 0.0188 0.865 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045570 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1045583 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1045584 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1045585 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1220421 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1220422 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1220423 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1220424 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1220425 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1220426 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1220427 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1220428 4 0.4977 0.464 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1054856 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1054857 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1054858 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1054859 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1220429 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1220430 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1220431 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1220432 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1220433 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1220434 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1220435 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1220436 4 0.4985 0.458 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1045586 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1045587 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1045588 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1045589 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220438 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220439 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220441 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220442 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220443 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1220444 3 0.4163 0.944 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1045594 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1045595 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1045596 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1045597 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220453 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220454 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220455 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220456 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220457 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220458 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220459 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220460 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1045598 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1045599 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1045600 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1045601 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220461 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220462 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220463 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220464 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220465 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220466 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220467 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220468 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1045602 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 2 0.0000 0.589 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1045607 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1045608 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1045609 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220477 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220478 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220479 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220480 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220481 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220482 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220483 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1220484 2 0.5860 0.444 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR1045614 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651662 4 0.4989 0.451 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR651663 4 0.4933 0.460 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR651664 4 0.4933 0.460 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1045522 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1045523 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1045524 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1045525 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220373 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220374 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220375 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220376 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220377 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220378 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220379 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1220380 4 0.4908 0.665 0.004 0.216 0.032 0.748
#> SRR1045578 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1045591 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1045592 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1045593 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1220445 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1220446 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1220447 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1220448 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1220449 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1220450 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1220451 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1220452 1 0.6529 0.325 0.600 0.088 0.004 0.308
#> SRR1045610 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1045611 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1045612 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1045613 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220485 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220486 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220487 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220488 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220489 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220490 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220491 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1220492 2 0.4898 0.442 0.000 0.584 0.000 0.416
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR020288 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR020289 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR020290 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR020291 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR020285 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR020292 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR020293 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR020294 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR020295 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR020286 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR578644 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR578645 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR578646 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR651679 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR651680 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR651681 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR651682 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR577587 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596106 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR596107 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR596108 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR596109 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR651695 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR651696 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR651697 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR651698 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1045619 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1045620 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1045621 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220501 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220502 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220503 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220504 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220505 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220506 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220507 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220508 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR577595 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577600 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577601 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577602 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578631 1 0.4537 0.750 0.592 0.012 0.000 0.396 0.000
#> SRR578632 1 0.4537 0.750 0.592 0.012 0.000 0.396 0.000
#> SRR578633 1 0.4537 0.750 0.592 0.012 0.000 0.396 0.000
#> SRR578634 1 0.4537 0.750 0.592 0.012 0.000 0.396 0.000
#> SRR651665 1 0.4537 0.750 0.592 0.012 0.000 0.396 0.000
#> SRR651666 1 0.4537 0.750 0.592 0.012 0.000 0.396 0.000
#> SRR651667 1 0.4537 0.750 0.592 0.012 0.000 0.396 0.000
#> SRR651668 1 0.4537 0.750 0.592 0.012 0.000 0.396 0.000
#> SRR577579 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR577580 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR577581 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR577582 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR577583 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR577591 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577592 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577593 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577594 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.4537 0.754 0.592 0.000 0.000 0.396 0.012
#> SRR578636 1 0.4537 0.754 0.592 0.000 0.000 0.396 0.012
#> SRR578637 1 0.4537 0.754 0.592 0.000 0.000 0.396 0.012
#> SRR578638 1 0.4537 0.754 0.592 0.000 0.000 0.396 0.012
#> SRR651669 1 0.4537 0.754 0.592 0.000 0.000 0.396 0.012
#> SRR651670 1 0.4537 0.754 0.592 0.000 0.000 0.396 0.012
#> SRR651671 1 0.4537 0.754 0.592 0.000 0.000 0.396 0.012
#> SRR651672 1 0.4537 0.754 0.592 0.000 0.000 0.396 0.012
#> SRR486237 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR1057691 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR486238 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR1057692 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR486239 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR486240 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR488136 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR488137 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR486241 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR486242 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR488684 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR488685 4 0.5517 1.000 0.072 0.332 0.004 0.592 0.000
#> SRR651673 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651674 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651675 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651676 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651677 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651678 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578639 2 0.4201 0.460 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR578640 2 0.4201 0.460 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR578641 2 0.4201 0.460 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR578642 2 0.4201 0.460 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1045531 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1045532 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1045533 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220389 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220390 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220391 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220392 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220393 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220394 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220395 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1220396 5 0.0162 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1045570 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1045583 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1045584 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1045585 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1220421 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1220422 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1220423 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1220424 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1220425 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1220426 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1220427 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1220428 2 0.4138 0.483 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1054856 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1054857 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1054858 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1054859 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1220429 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1220430 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1220431 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1220432 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1220433 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1220434 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1220435 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1220436 2 0.4192 0.465 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0162 0.872 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1045598 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1045607 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1045608 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1045609 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220477 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220478 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220479 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220480 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220481 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220482 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220483 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1220484 2 0.5685 0.614 0.000 0.520 0.396 0.084 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651662 2 0.4201 0.460 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR651663 2 0.4045 0.492 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR651664 2 0.4045 0.492 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1045522 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 2 0.0963 0.231 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045590 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1045591 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1045592 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1045593 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1220445 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1220446 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1220447 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1220448 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1220449 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1220450 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1220451 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1220452 5 0.5070 0.191 0.004 0.360 0.036 0.000 0.600
#> SRR1045610 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.4182 0.670 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR020288 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR020289 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR020290 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR020291 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR020285 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057683 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057684 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR020292 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR020293 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR020294 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR020295 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR020286 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057689 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057690 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057685 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057686 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057687 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057688 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578643 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR578644 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR578645 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR578646 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR651679 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR651680 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR651681 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR651682 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR578627 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR596103 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR596104 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR596105 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR651687 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR651688 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR651689 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR578647 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577587 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR596107 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR596108 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR596109 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR651695 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR651696 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR651697 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR651698 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR651699 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577600 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577601 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577602 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR577580 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR577581 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR577582 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR577592 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR577593 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR577594 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.0767 0.575 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008 0.000
#> SRR578636 1 0.0767 0.575 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008 0.000
#> SRR578637 1 0.0767 0.575 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008 0.000
#> SRR578638 1 0.0767 0.575 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008 0.000
#> SRR651669 1 0.0767 0.575 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008 0.000
#> SRR651670 1 0.0767 0.575 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008 0.000
#> SRR651671 1 0.0767 0.575 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008 0.000
#> SRR651672 1 0.0767 0.575 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008 0.000
#> SRR486237 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1057691 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR486238 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1057692 2 0.0146 0.763 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR486239 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR486240 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR488136 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR488137 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR486241 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR486242 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR488684 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR488685 6 0.3351 1.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR651673 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651674 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651675 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651676 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651677 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651678 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578639 2 0.5444 0.515 0.000 0.576 0.216 0.208 0.000 0.000
#> SRR578640 2 0.5444 0.515 0.000 0.576 0.216 0.208 0.000 0.000
#> SRR578641 2 0.5444 0.515 0.000 0.576 0.216 0.208 0.000 0.000
#> SRR578642 2 0.5444 0.515 0.000 0.576 0.216 0.208 0.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1045527 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1045528 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1045529 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220381 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220382 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220383 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220384 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220385 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220386 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220387 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220388 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1045530 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1045531 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1045532 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1045533 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1220389 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1220390 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1220391 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1220392 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1220393 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1220394 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1220395 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1220396 5 0.0405 0.877 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1045570 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1045583 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1045584 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1045585 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220421 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220422 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220423 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220424 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220425 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220426 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220427 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220428 2 0.5302 0.538 0.000 0.600 0.192 0.208 0.000 0.000
#> SRR1054856 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1054857 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1054858 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1054859 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220429 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220430 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220431 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220432 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220433 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220434 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220435 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1220436 2 0.5421 0.519 0.000 0.580 0.212 0.208 0.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1045587 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1045588 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1045589 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220438 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220439 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220441 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220442 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220443 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1220444 1 0.7430 0.793 0.344 0.000 0.240 0.128 0.000 0.288
#> SRR1045594 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1045599 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1045600 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1045601 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220461 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220462 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220463 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220464 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220465 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220466 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220467 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220468 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.3101 1.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.1765 0.706 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651662 2 0.5444 0.515 0.000 0.576 0.216 0.208 0.000 0.000
#> SRR651663 2 0.5469 0.543 0.012 0.612 0.168 0.208 0.000 0.000
#> SRR651664 2 0.5469 0.543 0.012 0.612 0.168 0.208 0.000 0.000
#> SRR1045522 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1045523 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1045524 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1045525 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220373 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220374 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220375 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220376 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220377 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220378 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220379 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1220380 4 0.2300 1.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1045578 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045590 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1045591 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1045592 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1045593 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1220445 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1220446 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1220447 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1220448 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1220449 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1220450 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1220451 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1220452 5 0.4100 0.282 0.004 0.388 0.008 0.000 0.600 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.157 0.625 0.782 0.3721 0.598 0.598
#> 3 3 0.123 0.440 0.576 0.3872 0.810 0.690
#> 4 4 0.248 0.586 0.646 0.2155 0.757 0.501
#> 5 5 0.356 0.636 0.664 0.1135 0.972 0.906
#> 6 6 0.489 0.618 0.686 0.0801 0.997 0.988
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 2 0.8763 0.397 0.296 0.704
#> SRR020288 2 0.8763 0.397 0.296 0.704
#> SRR020289 2 0.8763 0.397 0.296 0.704
#> SRR020290 2 0.8763 0.397 0.296 0.704
#> SRR020291 2 0.8763 0.397 0.296 0.704
#> SRR020285 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR1057683 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR1057684 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR020292 2 0.4022 0.742 0.080 0.920
#> SRR020293 2 0.4022 0.742 0.080 0.920
#> SRR020294 2 0.4022 0.742 0.080 0.920
#> SRR020295 2 0.4022 0.742 0.080 0.920
#> SRR020286 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1057689 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR1057690 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR1057685 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR1057686 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR1057687 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1057688 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR578643 2 0.3733 0.742 0.072 0.928
#> SRR578644 2 0.3733 0.742 0.072 0.928
#> SRR578645 2 0.3733 0.742 0.072 0.928
#> SRR578646 2 0.3733 0.742 0.072 0.928
#> SRR651679 2 0.3733 0.742 0.072 0.928
#> SRR651680 2 0.3733 0.742 0.072 0.928
#> SRR651681 2 0.3733 0.742 0.072 0.928
#> SRR651682 2 0.3733 0.742 0.072 0.928
#> SRR578627 2 0.7674 0.700 0.224 0.776
#> SRR578628 2 0.7674 0.700 0.224 0.776
#> SRR578629 2 0.7674 0.700 0.224 0.776
#> SRR578630 2 0.7674 0.700 0.224 0.776
#> SRR651692 2 0.7674 0.700 0.224 0.776
#> SRR651693 2 0.7674 0.700 0.224 0.776
#> SRR651694 2 0.7674 0.700 0.224 0.776
#> SRR596098 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR596099 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR596100 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR596101 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR651683 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR651684 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR651685 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR651686 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR596102 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR596103 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR596104 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR596105 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR651687 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR651688 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR651689 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR578647 2 0.1184 0.748 0.016 0.984
#> SRR578648 2 0.1184 0.748 0.016 0.984
#> SRR578649 2 0.1184 0.748 0.016 0.984
#> SRR578650 2 0.1184 0.748 0.016 0.984
#> SRR651691 2 0.1184 0.748 0.016 0.984
#> SRR577587 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR577588 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR577589 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR577590 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR596106 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR596107 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR596108 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR596109 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR651695 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR651696 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR651697 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR651698 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR651699 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR651700 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR651701 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR651702 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR651703 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR651704 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR578651 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR578652 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR578653 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR578654 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR651705 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR651706 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR651707 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR651708 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1045618 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1045619 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1045620 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1045621 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220501 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220502 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220503 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220504 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220505 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220506 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220507 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220508 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR577595 2 0.2236 0.733 0.036 0.964
#> SRR577596 2 0.2236 0.733 0.036 0.964
#> SRR577597 2 0.2236 0.733 0.036 0.964
#> SRR577598 2 0.2236 0.733 0.036 0.964
#> SRR577599 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR577600 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR577601 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR577602 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR578631 1 0.9170 0.724 0.668 0.332
#> SRR578632 1 0.9170 0.724 0.668 0.332
#> SRR578633 1 0.9170 0.724 0.668 0.332
#> SRR578634 1 0.9170 0.724 0.668 0.332
#> SRR651665 1 0.9170 0.724 0.668 0.332
#> SRR651666 1 0.9170 0.724 0.668 0.332
#> SRR651667 1 0.9170 0.724 0.668 0.332
#> SRR651668 1 0.9170 0.724 0.668 0.332
#> SRR577579 1 0.8608 0.783 0.716 0.284
#> SRR577580 1 0.8608 0.783 0.716 0.284
#> SRR577581 1 0.8608 0.783 0.716 0.284
#> SRR577582 1 0.8608 0.783 0.716 0.284
#> SRR577583 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR577584 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR577585 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR577586 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR577591 2 0.6247 0.700 0.156 0.844
#> SRR577592 2 0.6247 0.700 0.156 0.844
#> SRR577593 2 0.6247 0.700 0.156 0.844
#> SRR577594 2 0.6247 0.700 0.156 0.844
#> SRR578635 1 0.7056 0.727 0.808 0.192
#> SRR578636 1 0.7056 0.727 0.808 0.192
#> SRR578637 1 0.7056 0.727 0.808 0.192
#> SRR578638 1 0.7056 0.727 0.808 0.192
#> SRR651669 1 0.7056 0.727 0.808 0.192
#> SRR651670 1 0.7056 0.727 0.808 0.192
#> SRR651671 1 0.7056 0.727 0.808 0.192
#> SRR651672 1 0.7056 0.727 0.808 0.192
#> SRR486237 2 0.8813 0.384 0.300 0.700
#> SRR1057691 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR486238 2 0.8813 0.384 0.300 0.700
#> SRR1057692 2 0.1184 0.744 0.016 0.984
#> SRR486239 2 0.4815 0.728 0.104 0.896
#> SRR486240 2 0.4815 0.728 0.104 0.896
#> SRR488136 2 0.8763 0.397 0.296 0.704
#> SRR488137 2 0.8763 0.397 0.296 0.704
#> SRR486241 2 0.8713 0.417 0.292 0.708
#> SRR486242 2 0.8713 0.417 0.292 0.708
#> SRR488684 2 0.8909 0.373 0.308 0.692
#> SRR488685 2 0.8909 0.373 0.308 0.692
#> SRR651673 1 0.7745 0.778 0.772 0.228
#> SRR651674 1 0.7745 0.778 0.772 0.228
#> SRR651675 1 0.7745 0.778 0.772 0.228
#> SRR651676 1 0.7745 0.778 0.772 0.228
#> SRR651677 1 0.7745 0.778 0.772 0.228
#> SRR651678 1 0.7745 0.778 0.772 0.228
#> SRR578639 2 0.8443 0.534 0.272 0.728
#> SRR578640 2 0.8443 0.534 0.272 0.728
#> SRR578641 2 0.8443 0.534 0.272 0.728
#> SRR578642 2 0.8443 0.534 0.272 0.728
#> SRR1045526 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1045527 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1045528 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1045529 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1220381 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1220382 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1220383 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1220384 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1220385 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1220386 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1220387 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1220388 1 0.9988 0.585 0.520 0.480
#> SRR1045530 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1045531 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1045532 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1045533 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1220389 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1220390 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1220391 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1220392 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1220393 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1220394 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1220395 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1220396 1 0.7602 0.774 0.780 0.220
#> SRR1045570 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1045571 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1045572 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1045573 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220397 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220398 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220399 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220400 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220401 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220402 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220403 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220404 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1045574 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1045575 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1045576 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1045577 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1220405 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1220406 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1220407 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1220408 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1220409 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1220410 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1220411 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1220412 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1045582 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1045583 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1045584 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1045585 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1220421 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1220422 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1220423 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1220424 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1220425 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1220426 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1220427 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1220428 2 0.6247 0.693 0.156 0.844
#> SRR1054856 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1054857 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1054858 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1054859 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1220429 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1220430 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1220431 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1220432 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1220433 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1220434 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1220435 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1220436 2 0.5519 0.724 0.128 0.872
#> SRR1045586 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1045587 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1045588 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1045589 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1220438 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1220439 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1220441 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1220442 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1220443 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1220444 1 0.9977 0.603 0.528 0.472
#> SRR1045594 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1045595 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1045596 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1045597 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220453 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220454 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220455 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220456 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220457 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220458 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220459 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220460 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1045598 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1045599 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1045600 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1045601 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1220461 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1220462 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1220463 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1220464 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1220465 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1220466 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1220467 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1220468 2 0.9580 0.212 0.380 0.620
#> SRR1045602 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1045603 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1045604 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1045605 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220469 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220470 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220471 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220472 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220473 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220474 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220475 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1220476 2 0.6712 0.708 0.176 0.824
#> SRR1045606 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1045607 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1045608 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1045609 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220477 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220478 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220479 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220480 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220481 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220482 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220483 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1220484 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> SRR1045614 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1045615 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1045616 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1045617 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1220493 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1220494 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1220495 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1220496 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1220497 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1220498 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1220499 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR1220500 1 0.9044 0.776 0.680 0.320
#> SRR651662 2 0.9580 0.223 0.380 0.620
#> SRR651663 2 0.5842 0.694 0.140 0.860
#> SRR651664 2 0.5842 0.694 0.140 0.860
#> SRR1045522 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1045523 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1045524 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1045525 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1220373 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1220374 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1220375 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1220376 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1220377 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1220378 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1220379 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1220380 2 0.9661 0.197 0.392 0.608
#> SRR1045578 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1045579 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1045580 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1045581 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1220413 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1220414 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1220415 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1220416 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1220417 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1220418 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1220419 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1220420 1 0.9000 0.777 0.684 0.316
#> SRR1045590 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1045591 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1045592 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1045593 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1220445 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1220446 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1220447 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1220448 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1220449 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1220450 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1220451 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1220452 2 0.9922 -0.124 0.448 0.552
#> SRR1045610 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1045611 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1045612 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1045613 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220485 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220486 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220487 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220488 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220489 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220490 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220491 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
#> SRR1220492 2 0.0938 0.745 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 3 0.930 0.3410 0.168 0.360 0.472
#> SRR020288 3 0.930 0.3410 0.168 0.360 0.472
#> SRR020289 3 0.930 0.3410 0.168 0.360 0.472
#> SRR020290 3 0.930 0.3410 0.168 0.360 0.472
#> SRR020291 3 0.930 0.3410 0.168 0.360 0.472
#> SRR020285 2 0.697 0.5817 0.048 0.676 0.276
#> SRR1057683 2 0.697 0.5817 0.048 0.676 0.276
#> SRR1057684 2 0.697 0.5817 0.048 0.676 0.276
#> SRR020292 2 0.831 0.4256 0.096 0.568 0.336
#> SRR020293 2 0.831 0.4256 0.096 0.568 0.336
#> SRR020294 2 0.831 0.4256 0.096 0.568 0.336
#> SRR020295 2 0.831 0.4256 0.096 0.568 0.336
#> SRR020286 2 0.681 0.5859 0.044 0.688 0.268
#> SRR1057689 2 0.697 0.5817 0.048 0.676 0.276
#> SRR1057690 2 0.697 0.5817 0.048 0.676 0.276
#> SRR1057685 2 0.697 0.5817 0.048 0.676 0.276
#> SRR1057686 2 0.697 0.5817 0.048 0.676 0.276
#> SRR1057687 2 0.681 0.5859 0.044 0.688 0.268
#> SRR1057688 2 0.681 0.5859 0.044 0.688 0.268
#> SRR578643 2 0.836 0.4084 0.112 0.588 0.300
#> SRR578644 2 0.836 0.4084 0.112 0.588 0.300
#> SRR578645 2 0.836 0.4084 0.112 0.588 0.300
#> SRR578646 2 0.836 0.4084 0.112 0.588 0.300
#> SRR651679 2 0.836 0.4084 0.112 0.588 0.300
#> SRR651680 2 0.836 0.4084 0.112 0.588 0.300
#> SRR651681 2 0.836 0.4084 0.112 0.588 0.300
#> SRR651682 2 0.836 0.4084 0.112 0.588 0.300
#> SRR578627 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR578628 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR578629 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR578630 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR651692 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR651693 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR651694 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR596098 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR596099 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR596100 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR596101 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR651683 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR651684 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR651685 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR651686 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR596102 1 0.930 0.0681 0.424 0.160 0.416
#> SRR596103 1 0.930 0.0681 0.424 0.160 0.416
#> SRR596104 1 0.930 0.0681 0.424 0.160 0.416
#> SRR596105 1 0.930 0.0681 0.424 0.160 0.416
#> SRR651687 1 0.930 0.0681 0.424 0.160 0.416
#> SRR651688 1 0.930 0.0681 0.424 0.160 0.416
#> SRR651689 1 0.930 0.0681 0.424 0.160 0.416
#> SRR578647 2 0.672 0.5880 0.048 0.704 0.248
#> SRR578648 2 0.672 0.5880 0.048 0.704 0.248
#> SRR578649 2 0.672 0.5880 0.048 0.704 0.248
#> SRR578650 2 0.672 0.5880 0.048 0.704 0.248
#> SRR651691 2 0.672 0.5880 0.048 0.704 0.248
#> SRR577587 2 0.295 0.5158 0.060 0.920 0.020
#> SRR577588 2 0.295 0.5158 0.060 0.920 0.020
#> SRR577589 2 0.295 0.5158 0.060 0.920 0.020
#> SRR577590 2 0.295 0.5158 0.060 0.920 0.020
#> SRR596106 3 0.915 0.6472 0.172 0.308 0.520
#> SRR596107 3 0.915 0.6472 0.172 0.308 0.520
#> SRR596108 3 0.915 0.6472 0.172 0.308 0.520
#> SRR596109 3 0.915 0.6472 0.172 0.308 0.520
#> SRR651695 3 0.915 0.6472 0.172 0.308 0.520
#> SRR651696 3 0.915 0.6472 0.172 0.308 0.520
#> SRR651697 3 0.915 0.6472 0.172 0.308 0.520
#> SRR651698 3 0.915 0.6472 0.172 0.308 0.520
#> SRR651699 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR651700 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR651701 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR651702 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR651703 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR651704 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR578651 2 0.494 0.4650 0.104 0.840 0.056
#> SRR578652 2 0.494 0.4650 0.104 0.840 0.056
#> SRR578653 2 0.494 0.4650 0.104 0.840 0.056
#> SRR578654 2 0.494 0.4650 0.104 0.840 0.056
#> SRR651705 2 0.494 0.4650 0.104 0.840 0.056
#> SRR651706 2 0.494 0.4650 0.104 0.840 0.056
#> SRR651707 2 0.494 0.4650 0.104 0.840 0.056
#> SRR651708 2 0.494 0.4650 0.104 0.840 0.056
#> SRR1045618 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1045619 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1045620 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1045621 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220501 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220502 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220503 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220504 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220505 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220506 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220507 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220508 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR577595 2 0.727 0.5640 0.052 0.644 0.304
#> SRR577596 2 0.727 0.5640 0.052 0.644 0.304
#> SRR577597 2 0.727 0.5640 0.052 0.644 0.304
#> SRR577598 2 0.727 0.5640 0.052 0.644 0.304
#> SRR577599 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR577600 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR577601 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR577602 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR578631 3 0.854 -0.0803 0.404 0.096 0.500
#> SRR578632 3 0.854 -0.0803 0.404 0.096 0.500
#> SRR578633 3 0.854 -0.0803 0.404 0.096 0.500
#> SRR578634 3 0.854 -0.0803 0.404 0.096 0.500
#> SRR651665 3 0.854 -0.0803 0.404 0.096 0.500
#> SRR651666 3 0.854 -0.0803 0.404 0.096 0.500
#> SRR651667 3 0.854 -0.0803 0.404 0.096 0.500
#> SRR651668 3 0.854 -0.0803 0.404 0.096 0.500
#> SRR577579 1 0.759 0.5378 0.684 0.120 0.196
#> SRR577580 1 0.759 0.5378 0.684 0.120 0.196
#> SRR577581 1 0.759 0.5378 0.684 0.120 0.196
#> SRR577582 1 0.759 0.5378 0.684 0.120 0.196
#> SRR577583 2 0.719 0.5690 0.052 0.656 0.292
#> SRR577584 2 0.719 0.5690 0.052 0.656 0.292
#> SRR577585 2 0.719 0.5690 0.052 0.656 0.292
#> SRR577586 2 0.719 0.5690 0.052 0.656 0.292
#> SRR577591 2 0.264 0.5180 0.048 0.932 0.020
#> SRR577592 2 0.264 0.5180 0.048 0.932 0.020
#> SRR577593 2 0.264 0.5180 0.048 0.932 0.020
#> SRR577594 2 0.264 0.5180 0.048 0.932 0.020
#> SRR578635 1 0.639 0.5040 0.680 0.020 0.300
#> SRR578636 1 0.639 0.5040 0.680 0.020 0.300
#> SRR578637 1 0.639 0.5040 0.680 0.020 0.300
#> SRR578638 1 0.639 0.5040 0.680 0.020 0.300
#> SRR651669 1 0.639 0.5040 0.680 0.020 0.300
#> SRR651670 1 0.639 0.5040 0.680 0.020 0.300
#> SRR651671 1 0.639 0.5040 0.680 0.020 0.300
#> SRR651672 1 0.639 0.5040 0.680 0.020 0.300
#> SRR486237 3 0.934 0.3897 0.180 0.336 0.484
#> SRR1057691 2 0.697 0.5817 0.048 0.676 0.276
#> SRR486238 3 0.934 0.3897 0.180 0.336 0.484
#> SRR1057692 2 0.697 0.5817 0.048 0.676 0.276
#> SRR486239 2 0.884 0.3226 0.128 0.520 0.352
#> SRR486240 2 0.884 0.3226 0.128 0.520 0.352
#> SRR488136 3 0.933 0.3521 0.172 0.356 0.472
#> SRR488137 3 0.933 0.3521 0.172 0.356 0.472
#> SRR486241 3 0.932 0.3161 0.168 0.368 0.464
#> SRR486242 3 0.932 0.3161 0.168 0.368 0.464
#> SRR488684 3 0.934 0.3704 0.176 0.348 0.476
#> SRR488685 3 0.934 0.3704 0.176 0.348 0.476
#> SRR651673 1 0.550 0.6274 0.816 0.084 0.100
#> SRR651674 1 0.550 0.6274 0.816 0.084 0.100
#> SRR651675 1 0.550 0.6274 0.816 0.084 0.100
#> SRR651676 1 0.550 0.6274 0.816 0.084 0.100
#> SRR651677 1 0.550 0.6274 0.816 0.084 0.100
#> SRR651678 1 0.550 0.6274 0.816 0.084 0.100
#> SRR578639 2 0.921 0.1737 0.188 0.524 0.288
#> SRR578640 2 0.921 0.1737 0.188 0.524 0.288
#> SRR578641 2 0.921 0.1737 0.188 0.524 0.288
#> SRR578642 2 0.921 0.1737 0.188 0.524 0.288
#> SRR1045526 3 0.930 -0.0939 0.420 0.160 0.420
#> SRR1045527 1 0.930 0.0670 0.420 0.160 0.420
#> SRR1045528 3 0.930 -0.0939 0.420 0.160 0.420
#> SRR1045529 1 0.930 0.0670 0.420 0.160 0.420
#> SRR1220381 1 0.930 0.0670 0.420 0.160 0.420
#> SRR1220382 3 0.930 -0.0939 0.420 0.160 0.420
#> SRR1220383 1 0.930 0.0670 0.420 0.160 0.420
#> SRR1220384 3 0.930 -0.0939 0.420 0.160 0.420
#> SRR1220385 3 0.930 -0.0939 0.420 0.160 0.420
#> SRR1220386 3 0.930 -0.0939 0.420 0.160 0.420
#> SRR1220387 3 0.930 -0.0939 0.420 0.160 0.420
#> SRR1220388 3 0.930 -0.0939 0.420 0.160 0.420
#> SRR1045530 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1045531 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1045532 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1045533 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1220389 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1220390 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1220391 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1220392 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1220393 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1220394 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1220395 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1220396 1 0.606 0.6161 0.784 0.084 0.132
#> SRR1045570 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1045571 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1045572 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1045573 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220397 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220398 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220399 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220400 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220401 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220402 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220403 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220404 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1045574 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1045575 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1045576 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1045577 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1220405 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1220406 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1220407 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1220408 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1220409 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1220410 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1220411 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1220412 2 0.492 0.4654 0.108 0.840 0.052
#> SRR1045582 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1045583 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1045584 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1045585 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1220421 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1220422 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1220423 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1220424 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1220425 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1220426 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1220427 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1220428 2 0.889 0.3074 0.152 0.548 0.300
#> SRR1054856 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1054857 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1054858 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1054859 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1220429 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1220430 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1220431 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1220432 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1220433 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1220434 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1220435 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1220436 2 0.812 0.4697 0.128 0.636 0.236
#> SRR1045586 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1045587 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1045588 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1045589 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1220438 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1220439 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1220441 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1220442 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1220443 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1220444 1 0.930 0.0817 0.428 0.160 0.412
#> SRR1045594 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1045595 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1045596 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1045597 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1220453 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1220454 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1220455 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1220456 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1220457 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1220458 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1220459 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1220460 2 0.716 0.5724 0.052 0.660 0.288
#> SRR1045598 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1045599 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1045600 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1045601 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1220461 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1220462 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1220463 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1220464 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1220465 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1220466 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1220467 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1220468 3 0.911 0.6502 0.168 0.308 0.524
#> SRR1045602 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1045603 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1045604 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1045605 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220469 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220470 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220471 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220472 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220473 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220474 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220475 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1220476 2 0.206 0.5176 0.044 0.948 0.008
#> SRR1045606 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1045607 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1045608 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1045609 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220477 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220478 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220479 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220480 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220481 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220482 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220483 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1220484 2 0.725 0.5321 0.040 0.612 0.348
#> SRR1045614 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1045615 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1045616 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1045617 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1220493 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1220494 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1220495 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1220496 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1220497 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1220498 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1220499 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR1220500 1 0.668 0.6068 0.744 0.168 0.088
#> SRR651662 2 0.974 -0.1338 0.264 0.448 0.288
#> SRR651663 2 0.881 0.3553 0.132 0.536 0.332
#> SRR651664 2 0.881 0.3553 0.132 0.536 0.332
#> SRR1045522 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1045523 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1045524 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1045525 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1220373 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1220374 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1220375 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1220376 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1220377 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1220378 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1220379 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1220380 3 0.917 0.6477 0.172 0.312 0.516
#> SRR1045578 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1045579 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1045580 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1045581 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1220413 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1220414 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1220415 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1220416 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1220417 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1220418 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1220419 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1220420 1 0.683 0.6064 0.736 0.168 0.096
#> SRR1045590 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1045591 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1045592 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1045593 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1220445 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1220446 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1220447 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1220448 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1220449 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1220450 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1220451 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1220452 2 0.988 -0.2674 0.368 0.372 0.260
#> SRR1045610 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1045611 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1045612 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1045613 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1220485 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1220486 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1220487 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1220488 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1220489 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1220490 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1220491 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
#> SRR1220492 2 0.706 0.5812 0.052 0.672 0.276
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 2 0.8577 0.2265 0.064 0.492 0.192 0.252
#> SRR020288 2 0.8577 0.2265 0.064 0.492 0.192 0.252
#> SRR020289 2 0.8577 0.2265 0.064 0.492 0.192 0.252
#> SRR020290 2 0.8577 0.2265 0.064 0.492 0.192 0.252
#> SRR020291 2 0.8577 0.2265 0.064 0.492 0.192 0.252
#> SRR020285 2 0.1059 0.6286 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1057683 2 0.1059 0.6286 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1057684 2 0.1059 0.6286 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR020292 2 0.6591 0.4649 0.004 0.644 0.200 0.152
#> SRR020293 2 0.6591 0.4649 0.004 0.644 0.200 0.152
#> SRR020294 2 0.6591 0.4649 0.004 0.644 0.200 0.152
#> SRR020295 2 0.6591 0.4649 0.004 0.644 0.200 0.152
#> SRR020286 2 0.0937 0.6297 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1057689 2 0.1059 0.6286 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1057690 2 0.1059 0.6286 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1057685 2 0.0937 0.6297 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1057686 2 0.1059 0.6286 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1057687 2 0.0804 0.6321 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1057688 2 0.0804 0.6321 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR578643 2 0.6962 0.4781 0.044 0.668 0.144 0.144
#> SRR578644 2 0.6962 0.4781 0.044 0.668 0.144 0.144
#> SRR578645 2 0.6962 0.4781 0.044 0.668 0.144 0.144
#> SRR578646 2 0.6962 0.4781 0.044 0.668 0.144 0.144
#> SRR651679 2 0.6962 0.4781 0.044 0.668 0.144 0.144
#> SRR651680 2 0.6962 0.4781 0.044 0.668 0.144 0.144
#> SRR651681 2 0.6962 0.4781 0.044 0.668 0.144 0.144
#> SRR651682 2 0.6962 0.4781 0.044 0.668 0.144 0.144
#> SRR578627 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR578628 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR578629 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR578630 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR651692 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR651693 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR651694 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR596098 2 0.0564 0.6345 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR596099 2 0.0564 0.6345 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR596100 2 0.0564 0.6345 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR596101 2 0.0564 0.6345 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR651683 2 0.0564 0.6345 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR651684 2 0.0564 0.6345 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR651685 2 0.0564 0.6345 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR651686 2 0.0564 0.6345 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR596102 4 0.9575 0.4781 0.264 0.200 0.152 0.384
#> SRR596103 4 0.9575 0.4781 0.264 0.200 0.152 0.384
#> SRR596104 4 0.9575 0.4781 0.264 0.200 0.152 0.384
#> SRR596105 4 0.9575 0.4781 0.264 0.200 0.152 0.384
#> SRR651687 4 0.9575 0.4781 0.264 0.200 0.152 0.384
#> SRR651688 4 0.9575 0.4781 0.264 0.200 0.152 0.384
#> SRR651689 4 0.9575 0.4781 0.264 0.200 0.152 0.384
#> SRR578647 2 0.0524 0.6260 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR578648 2 0.0524 0.6260 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR578649 2 0.0524 0.6260 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR578650 2 0.0524 0.6260 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR651691 2 0.0524 0.6260 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR577587 3 0.6983 0.8653 0.020 0.432 0.484 0.064
#> SRR577588 3 0.6983 0.8653 0.020 0.432 0.484 0.064
#> SRR577589 3 0.6983 0.8653 0.020 0.432 0.484 0.064
#> SRR577590 3 0.6983 0.8653 0.020 0.432 0.484 0.064
#> SRR596106 4 0.7999 0.5954 0.140 0.260 0.052 0.548
#> SRR596107 4 0.7999 0.5954 0.140 0.260 0.052 0.548
#> SRR596108 4 0.7999 0.5954 0.140 0.260 0.052 0.548
#> SRR596109 4 0.7999 0.5954 0.140 0.260 0.052 0.548
#> SRR651695 4 0.7999 0.5954 0.140 0.260 0.052 0.548
#> SRR651696 4 0.7999 0.5954 0.140 0.260 0.052 0.548
#> SRR651697 4 0.7999 0.5954 0.140 0.260 0.052 0.548
#> SRR651698 4 0.7999 0.5954 0.140 0.260 0.052 0.548
#> SRR651699 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR651700 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR651701 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR651702 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR651703 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR651704 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR578651 3 0.7314 0.8593 0.024 0.376 0.512 0.088
#> SRR578652 3 0.7314 0.8593 0.024 0.376 0.512 0.088
#> SRR578653 3 0.7314 0.8593 0.024 0.376 0.512 0.088
#> SRR578654 3 0.7314 0.8593 0.024 0.376 0.512 0.088
#> SRR651705 3 0.7314 0.8593 0.024 0.376 0.512 0.088
#> SRR651706 3 0.7314 0.8593 0.024 0.376 0.512 0.088
#> SRR651707 3 0.7314 0.8593 0.024 0.376 0.512 0.088
#> SRR651708 3 0.7314 0.8593 0.024 0.376 0.512 0.088
#> SRR1045618 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1045619 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1045620 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1045621 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220501 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220502 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220503 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220504 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220505 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220506 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220507 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220508 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR577595 2 0.2096 0.6258 0.016 0.940 0.028 0.016
#> SRR577596 2 0.2096 0.6258 0.016 0.940 0.028 0.016
#> SRR577597 2 0.2096 0.6258 0.016 0.940 0.028 0.016
#> SRR577598 2 0.2096 0.6258 0.016 0.940 0.028 0.016
#> SRR577599 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR577600 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR577601 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR577602 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR578631 1 0.9395 0.0626 0.368 0.160 0.140 0.332
#> SRR578632 1 0.9395 0.0626 0.368 0.160 0.140 0.332
#> SRR578633 1 0.9395 0.0626 0.368 0.160 0.140 0.332
#> SRR578634 1 0.9395 0.0626 0.368 0.160 0.140 0.332
#> SRR651665 1 0.9395 0.0626 0.368 0.160 0.140 0.332
#> SRR651666 1 0.9395 0.0626 0.368 0.160 0.140 0.332
#> SRR651667 1 0.9395 0.0626 0.368 0.160 0.140 0.332
#> SRR651668 1 0.9395 0.0626 0.368 0.160 0.140 0.332
#> SRR577579 1 0.7899 0.5055 0.604 0.120 0.100 0.176
#> SRR577580 1 0.7899 0.5055 0.604 0.120 0.100 0.176
#> SRR577581 1 0.7899 0.5055 0.604 0.120 0.100 0.176
#> SRR577582 1 0.7899 0.5055 0.604 0.120 0.100 0.176
#> SRR577583 2 0.0707 0.6395 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR577584 2 0.0707 0.6395 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR577585 2 0.0707 0.6395 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR577586 2 0.0707 0.6395 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR577591 3 0.6986 0.8641 0.020 0.436 0.480 0.064
#> SRR577592 3 0.6986 0.8641 0.020 0.436 0.480 0.064
#> SRR577593 3 0.6986 0.8641 0.020 0.436 0.480 0.064
#> SRR577594 3 0.6986 0.8641 0.020 0.436 0.480 0.064
#> SRR578635 1 0.6277 0.6000 0.712 0.032 0.096 0.160
#> SRR578636 1 0.6277 0.6000 0.712 0.032 0.096 0.160
#> SRR578637 1 0.6277 0.6000 0.712 0.032 0.096 0.160
#> SRR578638 1 0.6277 0.6000 0.712 0.032 0.096 0.160
#> SRR651669 1 0.6277 0.6000 0.712 0.032 0.096 0.160
#> SRR651670 1 0.6277 0.6000 0.712 0.032 0.096 0.160
#> SRR651671 1 0.6277 0.6000 0.712 0.032 0.096 0.160
#> SRR651672 1 0.6277 0.6000 0.712 0.032 0.096 0.160
#> SRR486237 2 0.8710 0.1771 0.072 0.480 0.192 0.256
#> SRR1057691 2 0.0937 0.6297 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR486238 2 0.8710 0.1771 0.072 0.480 0.192 0.256
#> SRR1057692 2 0.0937 0.6297 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR486239 2 0.7226 0.4337 0.016 0.596 0.236 0.152
#> SRR486240 2 0.7226 0.4337 0.016 0.596 0.236 0.152
#> SRR488136 2 0.8577 0.2265 0.064 0.492 0.192 0.252
#> SRR488137 2 0.8577 0.2265 0.064 0.492 0.192 0.252
#> SRR486241 2 0.8427 0.2638 0.056 0.504 0.188 0.252
#> SRR486242 2 0.8427 0.2638 0.056 0.504 0.188 0.252
#> SRR488684 2 0.8641 0.2016 0.064 0.480 0.196 0.260
#> SRR488685 2 0.8641 0.2016 0.064 0.480 0.196 0.260
#> SRR651673 1 0.3633 0.7209 0.872 0.076 0.032 0.020
#> SRR651674 1 0.3633 0.7209 0.872 0.076 0.032 0.020
#> SRR651675 1 0.3633 0.7209 0.872 0.076 0.032 0.020
#> SRR651676 1 0.3633 0.7209 0.872 0.076 0.032 0.020
#> SRR651677 1 0.3633 0.7209 0.872 0.076 0.032 0.020
#> SRR651678 1 0.3633 0.7209 0.872 0.076 0.032 0.020
#> SRR578639 2 0.7872 0.4190 0.080 0.596 0.200 0.124
#> SRR578640 2 0.7872 0.4190 0.080 0.596 0.200 0.124
#> SRR578641 2 0.7872 0.4190 0.080 0.596 0.200 0.124
#> SRR578642 2 0.7872 0.4190 0.080 0.596 0.200 0.124
#> SRR1045526 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1045527 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1045528 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1045529 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1220381 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1220382 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1220383 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1220384 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1220385 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1220386 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1220387 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1220388 4 0.9640 0.4814 0.260 0.200 0.164 0.376
#> SRR1045530 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1045531 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1045532 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1045533 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1220389 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1220390 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1220391 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1220392 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1220393 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1220394 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1220395 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1220396 1 0.6459 0.6726 0.720 0.072 0.092 0.116
#> SRR1045570 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1045571 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1045572 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1045573 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220397 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220398 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220399 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220400 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220401 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220402 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220403 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220404 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1045574 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1045575 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1045576 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1045577 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1220405 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1220406 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1220407 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1220408 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1220409 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1220410 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1220411 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1220412 3 0.7280 0.8665 0.024 0.384 0.508 0.084
#> SRR1045582 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1045583 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1045584 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1045585 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1220421 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1220422 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1220423 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1220424 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1220425 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1220426 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1220427 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1220428 2 0.7935 0.4289 0.080 0.596 0.168 0.156
#> SRR1054856 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1054857 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1054858 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1054859 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1220429 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1220430 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1220431 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1220432 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1220433 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1220434 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1220435 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1220436 2 0.6392 0.4444 0.036 0.700 0.180 0.084
#> SRR1045586 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1045587 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1045588 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1045589 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1220438 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1220439 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1220441 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1220442 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1220443 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1220444 4 0.9611 0.4698 0.268 0.200 0.156 0.376
#> SRR1045594 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1045595 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1045596 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1045597 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220453 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220454 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220455 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220456 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220457 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220458 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220459 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1220460 2 0.0469 0.6376 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1045598 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1045599 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1045600 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1045601 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1220461 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1220462 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1220463 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1220464 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1220465 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1220466 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1220467 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1220468 4 0.8016 0.6012 0.144 0.256 0.052 0.548
#> SRR1045602 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1045603 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1045604 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1045605 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220469 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220470 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220471 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220472 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220473 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220474 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220475 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1220476 3 0.4925 0.8699 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1045606 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1045607 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1045608 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1045609 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220477 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220478 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220479 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220480 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220481 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220482 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220483 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1220484 2 0.4182 0.5805 0.048 0.852 0.040 0.060
#> SRR1045614 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1045615 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1045616 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1045617 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1220493 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1220494 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1220495 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1220496 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1220497 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1220498 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1220499 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR1220500 1 0.4680 0.7387 0.808 0.132 0.036 0.024
#> SRR651662 2 0.9114 0.2036 0.172 0.480 0.180 0.168
#> SRR651663 2 0.7456 0.5155 0.096 0.644 0.104 0.156
#> SRR651664 2 0.7456 0.5155 0.096 0.644 0.104 0.156
#> SRR1045522 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1045523 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1045524 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1045525 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1220373 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1220374 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1220375 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1220376 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1220377 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1220378 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1220379 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1220380 4 0.8119 0.5917 0.156 0.232 0.060 0.552
#> SRR1045578 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1045579 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1045580 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1045581 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1220413 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1220414 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1220415 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1220416 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1220417 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1220418 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1220419 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1220420 1 0.4779 0.7385 0.804 0.132 0.036 0.028
#> SRR1045590 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1045591 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1045592 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1045593 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1220445 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1220446 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1220447 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1220448 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1220449 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1220450 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1220451 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1220452 2 0.9579 -0.1325 0.292 0.368 0.152 0.188
#> SRR1045610 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1045611 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1045612 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1045613 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1220485 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1220486 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1220487 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1220488 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1220489 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1220490 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1220491 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1220492 2 0.0844 0.6349 0.004 0.980 0.004 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 2 0.8677 0.2212 0.164 0.432 0.100 0.248 0.056
#> SRR020288 2 0.8677 0.2212 0.164 0.432 0.100 0.248 0.056
#> SRR020289 2 0.8677 0.2212 0.164 0.432 0.100 0.248 0.056
#> SRR020290 2 0.8677 0.2212 0.164 0.432 0.100 0.248 0.056
#> SRR020291 2 0.8677 0.2212 0.164 0.432 0.100 0.248 0.056
#> SRR020285 2 0.1748 0.6464 0.004 0.944 0.028 0.016 0.008
#> SRR1057683 2 0.1748 0.6464 0.004 0.944 0.028 0.016 0.008
#> SRR1057684 2 0.1748 0.6464 0.004 0.944 0.028 0.016 0.008
#> SRR020292 2 0.7851 0.4727 0.140 0.560 0.132 0.124 0.044
#> SRR020293 2 0.7851 0.4727 0.140 0.560 0.132 0.124 0.044
#> SRR020294 2 0.7851 0.4727 0.140 0.560 0.132 0.124 0.044
#> SRR020295 2 0.7851 0.4727 0.140 0.560 0.132 0.124 0.044
#> SRR020286 2 0.1372 0.6491 0.000 0.956 0.024 0.016 0.004
#> SRR1057689 2 0.1748 0.6464 0.004 0.944 0.028 0.016 0.008
#> SRR1057690 2 0.1748 0.6464 0.004 0.944 0.028 0.016 0.008
#> SRR1057685 2 0.1533 0.6475 0.004 0.952 0.024 0.016 0.004
#> SRR1057686 2 0.1533 0.6475 0.004 0.952 0.024 0.016 0.004
#> SRR1057687 2 0.1372 0.6491 0.000 0.956 0.024 0.016 0.004
#> SRR1057688 2 0.1372 0.6491 0.000 0.956 0.024 0.016 0.004
#> SRR578643 2 0.7828 0.4103 0.048 0.528 0.164 0.208 0.052
#> SRR578644 2 0.7828 0.4103 0.048 0.528 0.164 0.208 0.052
#> SRR578645 2 0.7828 0.4103 0.048 0.528 0.164 0.208 0.052
#> SRR578646 2 0.7828 0.4103 0.048 0.528 0.164 0.208 0.052
#> SRR651679 2 0.7828 0.4103 0.048 0.528 0.164 0.208 0.052
#> SRR651680 2 0.7828 0.4103 0.048 0.528 0.164 0.208 0.052
#> SRR651681 2 0.7828 0.4103 0.048 0.528 0.164 0.208 0.052
#> SRR651682 2 0.7828 0.4103 0.048 0.528 0.164 0.208 0.052
#> SRR578627 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR578628 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR578629 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR578630 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR651692 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR651693 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR651694 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR596098 2 0.0613 0.6531 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR596099 2 0.0613 0.6531 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR596100 2 0.0613 0.6531 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR596101 2 0.0613 0.6531 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR651683 2 0.0613 0.6531 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR651684 2 0.0613 0.6531 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR651685 2 0.0613 0.6531 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR651686 2 0.0613 0.6531 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR596102 1 0.8233 0.8744 0.488 0.156 0.028 0.200 0.128
#> SRR596103 1 0.8233 0.8744 0.488 0.156 0.028 0.200 0.128
#> SRR596104 1 0.8233 0.8744 0.488 0.156 0.028 0.200 0.128
#> SRR596105 1 0.8233 0.8744 0.488 0.156 0.028 0.200 0.128
#> SRR651687 1 0.8233 0.8744 0.488 0.156 0.028 0.200 0.128
#> SRR651688 1 0.8233 0.8744 0.488 0.156 0.028 0.200 0.128
#> SRR651689 1 0.8233 0.8744 0.488 0.156 0.028 0.200 0.128
#> SRR578647 2 0.1153 0.6499 0.000 0.964 0.024 0.008 0.004
#> SRR578648 2 0.1153 0.6499 0.000 0.964 0.024 0.008 0.004
#> SRR578649 2 0.1153 0.6499 0.000 0.964 0.024 0.008 0.004
#> SRR578650 2 0.1153 0.6499 0.000 0.964 0.024 0.008 0.004
#> SRR651691 2 0.1153 0.6499 0.000 0.964 0.024 0.008 0.004
#> SRR577587 3 0.7195 0.8054 0.128 0.240 0.560 0.056 0.016
#> SRR577588 3 0.7195 0.8054 0.128 0.240 0.560 0.056 0.016
#> SRR577589 3 0.7195 0.8054 0.128 0.240 0.560 0.056 0.016
#> SRR577590 3 0.7195 0.8054 0.128 0.240 0.560 0.056 0.016
#> SRR596106 4 0.4946 0.8963 0.004 0.168 0.036 0.748 0.044
#> SRR596107 4 0.4946 0.8963 0.004 0.168 0.036 0.748 0.044
#> SRR596108 4 0.4946 0.8963 0.004 0.168 0.036 0.748 0.044
#> SRR596109 4 0.4946 0.8963 0.004 0.168 0.036 0.748 0.044
#> SRR651695 4 0.4946 0.8963 0.004 0.168 0.036 0.748 0.044
#> SRR651696 4 0.4946 0.8963 0.004 0.168 0.036 0.748 0.044
#> SRR651697 4 0.4946 0.8963 0.004 0.168 0.036 0.748 0.044
#> SRR651698 4 0.4946 0.8963 0.004 0.168 0.036 0.748 0.044
#> SRR651699 3 0.4347 0.7769 0.012 0.276 0.704 0.004 0.004
#> SRR651700 3 0.4347 0.7769 0.012 0.276 0.704 0.004 0.004
#> SRR651701 3 0.4347 0.7769 0.012 0.276 0.704 0.004 0.004
#> SRR651702 3 0.4347 0.7769 0.012 0.276 0.704 0.004 0.004
#> SRR651703 3 0.4347 0.7769 0.012 0.276 0.704 0.004 0.004
#> SRR651704 3 0.4347 0.7769 0.012 0.276 0.704 0.004 0.004
#> SRR578651 3 0.7343 0.8021 0.136 0.224 0.556 0.068 0.016
#> SRR578652 3 0.7343 0.8021 0.136 0.224 0.556 0.068 0.016
#> SRR578653 3 0.7343 0.8021 0.136 0.224 0.556 0.068 0.016
#> SRR578654 3 0.7343 0.8021 0.136 0.224 0.556 0.068 0.016
#> SRR651705 3 0.7343 0.8021 0.136 0.224 0.556 0.068 0.016
#> SRR651706 3 0.7343 0.8021 0.136 0.224 0.556 0.068 0.016
#> SRR651707 3 0.7343 0.8021 0.136 0.224 0.556 0.068 0.016
#> SRR651708 3 0.7343 0.8021 0.136 0.224 0.556 0.068 0.016
#> SRR1045618 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1045619 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1045620 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1045621 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220501 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220502 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220503 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220504 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220505 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220506 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220507 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220508 2 0.3526 0.6084 0.080 0.856 0.028 0.032 0.004
#> SRR577595 2 0.1248 0.6467 0.008 0.964 0.016 0.008 0.004
#> SRR577596 2 0.1248 0.6467 0.008 0.964 0.016 0.008 0.004
#> SRR577597 2 0.1248 0.6467 0.008 0.964 0.016 0.008 0.004
#> SRR577598 2 0.1248 0.6467 0.008 0.964 0.016 0.008 0.004
#> SRR577599 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR577600 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR577601 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR577602 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR578631 4 0.9186 -0.3029 0.308 0.132 0.060 0.308 0.192
#> SRR578632 1 0.9186 0.2607 0.308 0.132 0.060 0.308 0.192
#> SRR578633 4 0.9186 -0.3029 0.308 0.132 0.060 0.308 0.192
#> SRR578634 1 0.9186 0.2607 0.308 0.132 0.060 0.308 0.192
#> SRR651665 1 0.9186 0.2607 0.308 0.132 0.060 0.308 0.192
#> SRR651666 4 0.9186 -0.3029 0.308 0.132 0.060 0.308 0.192
#> SRR651667 1 0.9186 0.2607 0.308 0.132 0.060 0.308 0.192
#> SRR651668 1 0.9186 0.2607 0.308 0.132 0.060 0.308 0.192
#> SRR577579 5 0.8500 0.3807 0.168 0.108 0.056 0.188 0.480
#> SRR577580 5 0.8500 0.3807 0.168 0.108 0.056 0.188 0.480
#> SRR577581 5 0.8500 0.3807 0.168 0.108 0.056 0.188 0.480
#> SRR577582 5 0.8500 0.3807 0.168 0.108 0.056 0.188 0.480
#> SRR577583 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR577584 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR577585 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR577586 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR577591 3 0.7157 0.8043 0.128 0.244 0.560 0.052 0.016
#> SRR577592 3 0.7157 0.8043 0.128 0.244 0.560 0.052 0.016
#> SRR577593 3 0.7157 0.8043 0.128 0.244 0.560 0.052 0.016
#> SRR577594 3 0.7157 0.8043 0.128 0.244 0.560 0.052 0.016
#> SRR578635 5 0.7465 0.4794 0.240 0.040 0.044 0.128 0.548
#> SRR578636 5 0.7465 0.4794 0.240 0.040 0.044 0.128 0.548
#> SRR578637 5 0.7465 0.4794 0.240 0.040 0.044 0.128 0.548
#> SRR578638 5 0.7465 0.4794 0.240 0.040 0.044 0.128 0.548
#> SRR651669 5 0.7465 0.4794 0.240 0.040 0.044 0.128 0.548
#> SRR651670 5 0.7465 0.4794 0.240 0.040 0.044 0.128 0.548
#> SRR651671 5 0.7465 0.4794 0.240 0.040 0.044 0.128 0.548
#> SRR651672 5 0.7465 0.4794 0.240 0.040 0.044 0.128 0.548
#> SRR486237 2 0.8802 0.1998 0.188 0.420 0.100 0.232 0.060
#> SRR1057691 2 0.1533 0.6475 0.004 0.952 0.024 0.016 0.004
#> SRR486238 2 0.8802 0.1998 0.188 0.420 0.100 0.232 0.060
#> SRR1057692 2 0.1533 0.6475 0.004 0.952 0.024 0.016 0.004
#> SRR486239 2 0.8251 0.4425 0.148 0.516 0.148 0.140 0.048
#> SRR486240 2 0.8251 0.4425 0.148 0.516 0.148 0.140 0.048
#> SRR488136 2 0.8677 0.2212 0.164 0.432 0.100 0.248 0.056
#> SRR488137 2 0.8677 0.2212 0.164 0.432 0.100 0.248 0.056
#> SRR486241 2 0.8675 0.2348 0.160 0.436 0.104 0.244 0.056
#> SRR486242 2 0.8675 0.2348 0.160 0.436 0.104 0.244 0.056
#> SRR488684 2 0.8776 0.1988 0.164 0.420 0.104 0.252 0.060
#> SRR488685 2 0.8776 0.1988 0.164 0.420 0.104 0.252 0.060
#> SRR651673 5 0.3752 0.7708 0.056 0.036 0.024 0.028 0.856
#> SRR651674 5 0.3752 0.7708 0.056 0.036 0.024 0.028 0.856
#> SRR651675 5 0.3752 0.7708 0.056 0.036 0.024 0.028 0.856
#> SRR651676 5 0.3752 0.7708 0.056 0.036 0.024 0.028 0.856
#> SRR651677 5 0.3752 0.7708 0.056 0.036 0.024 0.028 0.856
#> SRR651678 5 0.3752 0.7708 0.056 0.036 0.024 0.028 0.856
#> SRR578639 2 0.8574 0.3419 0.084 0.448 0.212 0.200 0.056
#> SRR578640 2 0.8574 0.3419 0.084 0.448 0.212 0.200 0.056
#> SRR578641 2 0.8574 0.3419 0.084 0.448 0.212 0.200 0.056
#> SRR578642 2 0.8574 0.3419 0.084 0.448 0.212 0.200 0.056
#> SRR1045526 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1045527 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1045528 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1045529 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1220381 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1220382 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1220383 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1220384 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1220385 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1220386 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1220387 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1220388 1 0.8373 0.8725 0.464 0.148 0.028 0.220 0.140
#> SRR1045530 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1045531 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1045532 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1045533 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1220389 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1220390 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1220391 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1220392 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1220393 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1220394 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1220395 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1220396 5 0.6298 0.6964 0.156 0.028 0.040 0.100 0.676
#> SRR1045570 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1045571 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1045572 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1045573 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1220397 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1220398 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1220399 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1220400 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1220401 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1220402 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1220403 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1220404 3 0.4572 0.7772 0.012 0.276 0.696 0.012 0.004
#> SRR1045574 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1045575 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1045576 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1045577 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1220405 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1220406 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1220407 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1220408 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1220409 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1220410 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1220411 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1220412 3 0.7308 0.8049 0.140 0.228 0.552 0.068 0.012
#> SRR1045582 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1045583 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1045584 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1045585 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1220421 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1220422 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1220423 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1220424 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1220425 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1220426 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1220427 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1220428 2 0.8399 0.3053 0.052 0.444 0.188 0.252 0.064
#> SRR1054856 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1054857 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1054858 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1054859 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1220429 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1220430 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1220431 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1220432 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1220433 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1220434 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1220435 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1220436 2 0.7142 0.4476 0.056 0.604 0.196 0.104 0.040
#> SRR1045586 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1045587 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1045588 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1045589 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1220438 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1220439 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1220441 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1220442 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1220443 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1220444 1 0.8221 0.8757 0.492 0.156 0.028 0.192 0.132
#> SRR1045594 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1045595 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1045596 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1045597 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1220453 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1220454 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1220455 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1220456 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1220457 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1220458 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1220459 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1220460 2 0.0775 0.6575 0.004 0.980 0.008 0.004 0.004
#> SRR1045598 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1045599 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1045600 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1045601 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1220461 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1220462 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1220463 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1220464 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1220465 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1220466 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1220467 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1220468 4 0.4964 0.8994 0.000 0.164 0.040 0.744 0.052
#> SRR1045602 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1045603 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1045604 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1045605 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1220469 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1220470 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1220471 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1220472 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1220473 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1220474 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1220475 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1220476 3 0.4347 0.7773 0.004 0.276 0.704 0.012 0.004
#> SRR1045606 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1045607 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1045608 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1045609 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220477 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220478 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220479 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220480 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220481 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220482 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220483 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1220484 2 0.3466 0.6113 0.076 0.860 0.028 0.032 0.004
#> SRR1045614 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1045615 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1045616 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1045617 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1220493 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1220494 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1220495 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1220496 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1220497 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1220498 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1220499 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR1220500 5 0.2656 0.8006 0.000 0.064 0.028 0.012 0.896
#> SRR651662 2 0.9023 0.2620 0.112 0.412 0.216 0.180 0.080
#> SRR651663 2 0.6860 0.4603 0.032 0.612 0.096 0.216 0.044
#> SRR651664 2 0.6860 0.4603 0.032 0.612 0.096 0.216 0.044
#> SRR1045522 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1045523 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1045524 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1045525 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1220373 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1220374 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1220375 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1220376 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1220377 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1220378 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1220379 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1220380 4 0.5236 0.8905 0.012 0.152 0.044 0.744 0.048
#> SRR1045578 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1045579 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1045580 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1045581 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1220413 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1220414 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1220415 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1220416 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1220417 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1220418 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1220419 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1220420 5 0.2900 0.7992 0.004 0.064 0.032 0.012 0.888
#> SRR1045590 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1045591 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1045592 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1045593 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1220445 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1220446 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1220447 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1220448 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1220449 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1220450 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1220451 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1220452 2 0.9735 -0.0577 0.116 0.296 0.176 0.212 0.200
#> SRR1045610 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0324 0.6546 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 2 0.8506 0.2212 0.132 0.368 0.032 0.168 0.040 NA
#> SRR020288 2 0.8506 0.2212 0.132 0.368 0.032 0.168 0.040 NA
#> SRR020289 2 0.8506 0.2212 0.132 0.368 0.032 0.168 0.040 NA
#> SRR020290 2 0.8506 0.2212 0.132 0.368 0.032 0.168 0.040 NA
#> SRR020291 2 0.8506 0.2212 0.132 0.368 0.032 0.168 0.040 NA
#> SRR020285 2 0.1596 0.6119 0.004 0.944 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR1057683 2 0.1596 0.6119 0.004 0.944 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR1057684 2 0.1596 0.6119 0.004 0.944 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR020292 2 0.7969 0.3484 0.100 0.456 0.052 0.104 0.028 NA
#> SRR020293 2 0.7969 0.3484 0.100 0.456 0.052 0.104 0.028 NA
#> SRR020294 2 0.7969 0.3484 0.100 0.456 0.052 0.104 0.028 NA
#> SRR020295 2 0.7969 0.3484 0.100 0.456 0.052 0.104 0.028 NA
#> SRR020286 2 0.1171 0.6153 0.004 0.964 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR1057689 2 0.1596 0.6119 0.004 0.944 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR1057690 2 0.1596 0.6119 0.004 0.944 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR1057685 2 0.1266 0.6151 0.004 0.960 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR1057686 2 0.1354 0.6146 0.004 0.956 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR1057687 2 0.1069 0.6163 0.004 0.968 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR1057688 2 0.1069 0.6163 0.004 0.968 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR578643 2 0.8347 0.3245 0.060 0.416 0.128 0.272 0.060 NA
#> SRR578644 2 0.8347 0.3245 0.060 0.416 0.128 0.272 0.060 NA
#> SRR578645 2 0.8347 0.3245 0.060 0.416 0.128 0.272 0.060 NA
#> SRR578646 2 0.8347 0.3245 0.060 0.416 0.128 0.272 0.060 NA
#> SRR651679 2 0.8347 0.3245 0.060 0.416 0.128 0.272 0.060 NA
#> SRR651680 2 0.8347 0.3245 0.060 0.416 0.128 0.272 0.060 NA
#> SRR651681 2 0.8347 0.3245 0.060 0.416 0.128 0.272 0.060 NA
#> SRR651682 2 0.8347 0.3245 0.060 0.416 0.128 0.272 0.060 NA
#> SRR578627 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR578628 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR578629 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR578630 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR651692 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR651693 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR651694 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR596098 2 0.0665 0.6136 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR596099 2 0.0665 0.6136 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR596100 2 0.0665 0.6136 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR596101 2 0.0665 0.6136 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR651683 2 0.0665 0.6136 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR651684 2 0.0665 0.6136 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR651685 2 0.0665 0.6136 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR651686 2 0.0665 0.6136 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR596102 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR596103 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR596104 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR596105 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR651687 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR651688 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR651689 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR578647 2 0.1069 0.6172 0.004 0.968 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR578648 2 0.1069 0.6172 0.004 0.968 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR578649 2 0.1069 0.6172 0.004 0.968 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR578650 2 0.1069 0.6172 0.004 0.968 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR651691 2 0.1069 0.6172 0.004 0.968 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR577587 3 0.3116 0.8086 0.012 0.132 0.836 0.016 0.004 NA
#> SRR577588 3 0.3116 0.8086 0.012 0.132 0.836 0.016 0.004 NA
#> SRR577589 3 0.3116 0.8086 0.012 0.132 0.836 0.016 0.004 NA
#> SRR577590 3 0.3116 0.8086 0.012 0.132 0.836 0.016 0.004 NA
#> SRR596106 4 0.4316 0.9629 0.028 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR596107 4 0.4316 0.9629 0.028 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR596108 4 0.4316 0.9629 0.028 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR596109 4 0.4316 0.9629 0.028 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR651695 4 0.4316 0.9629 0.028 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR651696 4 0.4316 0.9629 0.028 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR651697 4 0.4316 0.9629 0.028 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR651698 4 0.4316 0.9629 0.028 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR651699 3 0.5879 0.7828 0.008 0.136 0.580 0.008 0.008 NA
#> SRR651700 3 0.5879 0.7828 0.008 0.136 0.580 0.008 0.008 NA
#> SRR651701 3 0.5879 0.7828 0.008 0.136 0.580 0.008 0.008 NA
#> SRR651702 3 0.5879 0.7828 0.008 0.136 0.580 0.008 0.008 NA
#> SRR651703 3 0.5879 0.7828 0.008 0.136 0.580 0.008 0.008 NA
#> SRR651704 3 0.5879 0.7828 0.008 0.136 0.580 0.008 0.008 NA
#> SRR578651 3 0.3143 0.8059 0.016 0.108 0.848 0.020 0.008 NA
#> SRR578652 3 0.3143 0.8059 0.016 0.108 0.848 0.020 0.008 NA
#> SRR578653 3 0.3143 0.8059 0.016 0.108 0.848 0.020 0.008 NA
#> SRR578654 3 0.3143 0.8059 0.016 0.108 0.848 0.020 0.008 NA
#> SRR651705 3 0.3143 0.8059 0.016 0.108 0.848 0.020 0.008 NA
#> SRR651706 3 0.3143 0.8059 0.016 0.108 0.848 0.020 0.008 NA
#> SRR651707 3 0.3143 0.8059 0.016 0.108 0.848 0.020 0.008 NA
#> SRR651708 3 0.3143 0.8059 0.016 0.108 0.848 0.020 0.008 NA
#> SRR1045618 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1045619 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1045620 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1045621 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1220501 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1220502 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1220503 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1220504 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1220505 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1220506 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1220507 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR1220508 2 0.4566 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR577595 2 0.1147 0.6085 0.004 0.960 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR577596 2 0.1147 0.6085 0.004 0.960 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR577597 2 0.1147 0.6085 0.004 0.960 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR577598 2 0.1147 0.6085 0.004 0.960 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR577599 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR577600 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR577601 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR577602 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR578631 1 0.8355 0.3108 0.396 0.088 0.012 0.104 0.144 NA
#> SRR578632 1 0.8355 0.3108 0.396 0.088 0.012 0.104 0.144 NA
#> SRR578633 1 0.8355 0.3108 0.396 0.088 0.012 0.104 0.144 NA
#> SRR578634 1 0.8355 0.3108 0.396 0.088 0.012 0.104 0.144 NA
#> SRR651665 1 0.8355 0.3108 0.396 0.088 0.012 0.104 0.144 NA
#> SRR651666 1 0.8355 0.3108 0.396 0.088 0.012 0.104 0.144 NA
#> SRR651667 1 0.8355 0.3108 0.396 0.088 0.012 0.104 0.144 NA
#> SRR651668 1 0.8355 0.3108 0.396 0.088 0.012 0.104 0.144 NA
#> SRR577579 5 0.8391 0.3729 0.248 0.100 0.024 0.148 0.408 NA
#> SRR577580 5 0.8391 0.3729 0.248 0.100 0.024 0.148 0.408 NA
#> SRR577581 5 0.8391 0.3729 0.248 0.100 0.024 0.148 0.408 NA
#> SRR577582 5 0.8391 0.3729 0.248 0.100 0.024 0.148 0.408 NA
#> SRR577583 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR577584 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR577585 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR577586 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR577591 3 0.3157 0.8080 0.012 0.136 0.832 0.016 0.004 NA
#> SRR577592 3 0.3157 0.8080 0.012 0.136 0.832 0.016 0.004 NA
#> SRR577593 3 0.3157 0.8080 0.012 0.136 0.832 0.016 0.004 NA
#> SRR577594 3 0.3157 0.8080 0.012 0.136 0.832 0.016 0.004 NA
#> SRR578635 5 0.6588 0.4126 0.336 0.004 0.012 0.032 0.476 NA
#> SRR578636 5 0.6588 0.4126 0.336 0.004 0.012 0.032 0.476 NA
#> SRR578637 5 0.6588 0.4126 0.336 0.004 0.012 0.032 0.476 NA
#> SRR578638 5 0.6588 0.4126 0.336 0.004 0.012 0.032 0.476 NA
#> SRR651669 5 0.6588 0.4126 0.336 0.004 0.012 0.032 0.476 NA
#> SRR651670 5 0.6588 0.4126 0.336 0.004 0.012 0.032 0.476 NA
#> SRR651671 5 0.6588 0.4126 0.336 0.004 0.012 0.032 0.476 NA
#> SRR651672 5 0.6588 0.4126 0.336 0.004 0.012 0.032 0.476 NA
#> SRR486237 2 0.8482 0.1657 0.168 0.352 0.024 0.160 0.036 NA
#> SRR1057691 2 0.1266 0.6151 0.004 0.960 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR486238 2 0.8482 0.1657 0.168 0.352 0.024 0.160 0.036 NA
#> SRR1057692 2 0.1266 0.6151 0.004 0.960 0.008 0.008 0.004 NA
#> SRR486239 2 0.8325 0.3439 0.088 0.432 0.064 0.120 0.044 NA
#> SRR486240 2 0.8325 0.3439 0.088 0.432 0.064 0.120 0.044 NA
#> SRR488136 2 0.8506 0.2212 0.132 0.368 0.032 0.168 0.040 NA
#> SRR488137 2 0.8506 0.2212 0.132 0.368 0.032 0.168 0.040 NA
#> SRR486241 2 0.8488 0.2282 0.132 0.372 0.032 0.164 0.040 NA
#> SRR486242 2 0.8488 0.2282 0.132 0.372 0.032 0.164 0.040 NA
#> SRR488684 2 0.8523 0.2139 0.132 0.364 0.032 0.172 0.040 NA
#> SRR488685 2 0.8523 0.2139 0.132 0.364 0.032 0.172 0.040 NA
#> SRR651673 5 0.3987 0.7418 0.112 0.024 0.016 0.020 0.812 NA
#> SRR651674 5 0.3987 0.7418 0.112 0.024 0.016 0.020 0.812 NA
#> SRR651675 5 0.3987 0.7418 0.112 0.024 0.016 0.020 0.812 NA
#> SRR651676 5 0.3987 0.7418 0.112 0.024 0.016 0.020 0.812 NA
#> SRR651677 5 0.3987 0.7418 0.112 0.024 0.016 0.020 0.812 NA
#> SRR651678 5 0.3987 0.7418 0.112 0.024 0.016 0.020 0.812 NA
#> SRR578639 2 0.8762 0.3288 0.068 0.380 0.220 0.192 0.056 NA
#> SRR578640 2 0.8762 0.3288 0.068 0.380 0.220 0.192 0.056 NA
#> SRR578641 2 0.8762 0.3288 0.068 0.380 0.220 0.192 0.056 NA
#> SRR578642 2 0.8762 0.3288 0.068 0.380 0.220 0.192 0.056 NA
#> SRR1045526 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1045527 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1045528 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1045529 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1220381 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1220382 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1220383 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1220384 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1220385 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1220386 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1220387 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1220388 1 0.6677 0.8240 0.612 0.148 0.040 0.116 0.076 NA
#> SRR1045530 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1045531 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1045532 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1045533 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1220389 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1220390 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1220391 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1220392 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1220393 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1220394 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1220395 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1220396 5 0.6766 0.6389 0.216 0.016 0.028 0.100 0.580 NA
#> SRR1045570 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1045571 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1045572 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1045573 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1220397 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1220398 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1220399 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1220400 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1220401 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1220402 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1220403 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1220404 3 0.5867 0.7831 0.008 0.136 0.580 0.004 0.012 NA
#> SRR1045574 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1045575 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1045576 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1045577 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1220405 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1220406 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1220407 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1220408 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1220409 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1220410 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1220411 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1220412 3 0.2662 0.8070 0.004 0.108 0.868 0.012 0.008 NA
#> SRR1045582 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1045583 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1045584 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1045585 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1220421 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1220422 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1220423 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1220424 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1220425 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1220426 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1220427 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1220428 2 0.8666 0.2448 0.064 0.352 0.148 0.300 0.072 NA
#> SRR1054856 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1054857 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1054858 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1054859 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1220429 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1220430 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1220431 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1220432 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1220433 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1220434 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1220435 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1220436 2 0.7903 0.4288 0.060 0.500 0.200 0.136 0.052 NA
#> SRR1045586 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1045587 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1045588 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1045589 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1220438 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1220439 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1220441 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1220442 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1220443 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1220444 1 0.6192 0.8307 0.640 0.140 0.028 0.108 0.084 NA
#> SRR1045594 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1045595 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1045596 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1045597 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1220453 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1220454 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1220455 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1220456 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1220457 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1220458 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1220459 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1220460 2 0.0291 0.6171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1045598 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1045599 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1045600 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1045601 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1220461 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1220462 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1220463 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1220464 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1220465 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1220466 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1220467 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1220468 4 0.4380 0.9629 0.024 0.092 0.028 0.792 0.060 NA
#> SRR1045602 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1045603 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1045604 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1045605 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1220469 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1220470 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1220471 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1220472 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1220473 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1220474 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1220475 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1220476 3 0.5576 0.7833 0.000 0.136 0.584 0.004 0.008 NA
#> SRR1045606 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1045607 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1045608 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1045609 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1220477 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1220478 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1220479 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1220480 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1220481 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1220482 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1220483 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1220484 2 0.4616 0.4937 0.040 0.724 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1045614 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1045615 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1045616 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1045617 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1220493 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1220494 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1220495 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1220496 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1220497 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1220498 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1220499 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR1220500 5 0.1931 0.7737 0.000 0.040 0.028 0.004 0.924 NA
#> SRR651662 2 0.9071 0.2554 0.116 0.364 0.216 0.148 0.060 NA
#> SRR651663 2 0.8184 0.3743 0.080 0.500 0.068 0.160 0.068 NA
#> SRR651664 2 0.8184 0.3743 0.080 0.500 0.068 0.160 0.068 NA
#> SRR1045522 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1045523 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1045524 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1045525 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1220373 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1220374 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1220375 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1220376 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1220377 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1220378 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1220379 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1220380 4 0.5122 0.9405 0.036 0.088 0.032 0.760 0.048 NA
#> SRR1045578 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1045579 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1045580 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1045581 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1220413 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1220414 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1220415 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1220416 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1220417 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1220418 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1220419 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1220420 5 0.2239 0.7733 0.004 0.040 0.028 0.000 0.912 NA
#> SRR1045590 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1045591 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1045592 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1045593 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1220445 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1220446 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1220447 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1220448 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1220449 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1220450 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1220451 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1220452 2 0.9807 -0.0241 0.120 0.236 0.184 0.160 0.192 NA
#> SRR1045610 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1045611 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1045612 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1045613 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220485 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220486 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220487 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220488 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220489 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220490 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220491 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1220492 2 0.0291 0.6164 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.883 0.918 0.966 0.4966 0.503 0.503
#> 3 3 0.747 0.829 0.909 0.3009 0.841 0.686
#> 4 4 0.743 0.742 0.856 0.1427 0.850 0.603
#> 5 5 0.754 0.750 0.831 0.0652 0.911 0.675
#> 6 6 0.791 0.783 0.838 0.0393 0.955 0.790
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.7299 0.751 0.796 0.204
#> SRR020288 1 0.7299 0.751 0.796 0.204
#> SRR020289 1 0.7299 0.751 0.796 0.204
#> SRR020290 1 0.7299 0.751 0.796 0.204
#> SRR020291 1 0.7299 0.751 0.796 0.204
#> SRR020285 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR020292 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR020293 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR020294 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR020295 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR020286 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578643 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578644 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578645 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578646 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651679 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651680 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651681 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651682 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578627 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578628 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578629 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578630 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651692 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651693 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651694 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR596102 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR578647 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577587 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577588 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577589 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577590 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR596106 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR596107 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR596108 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR596109 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR651695 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR651696 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR651697 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR651698 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR651699 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651700 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651701 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651702 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651703 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651704 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578651 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578652 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578653 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578654 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651705 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651706 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651707 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR651708 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR577583 2 0.7139 0.741 0.196 0.804
#> SRR577584 2 0.7139 0.741 0.196 0.804
#> SRR577585 2 0.7139 0.741 0.196 0.804
#> SRR577586 2 0.7139 0.741 0.196 0.804
#> SRR577591 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.7219 0.757 0.800 0.200
#> SRR1057691 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR486238 1 0.7219 0.757 0.800 0.200
#> SRR1057692 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR486239 2 0.6531 0.778 0.168 0.832
#> SRR486240 2 0.6531 0.778 0.168 0.832
#> SRR488136 1 0.7299 0.751 0.796 0.204
#> SRR488137 1 0.7299 0.751 0.796 0.204
#> SRR486241 1 0.9580 0.389 0.620 0.380
#> SRR486242 1 0.9580 0.389 0.620 0.380
#> SRR488684 1 0.7219 0.757 0.800 0.200
#> SRR488685 1 0.7219 0.757 0.800 0.200
#> SRR651673 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR578639 2 0.9754 0.330 0.408 0.592
#> SRR578640 2 0.9754 0.330 0.408 0.592
#> SRR578641 2 0.9754 0.330 0.408 0.592
#> SRR578642 2 0.9754 0.330 0.408 0.592
#> SRR1045526 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045570 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045571 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045572 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045573 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220397 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220398 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220399 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220400 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220401 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220402 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220403 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220404 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045574 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045575 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045576 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045577 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220405 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220406 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220407 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220408 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220409 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220410 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220411 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220412 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045582 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1045583 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1045584 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1045585 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1220421 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1220422 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1220423 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1220424 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1220425 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1220426 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1220427 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1220428 2 0.9732 0.341 0.404 0.596
#> SRR1054856 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1054857 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1054858 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1054859 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1220429 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1220430 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1220431 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1220432 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1220433 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1220434 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1220435 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1220436 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1045586 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045598 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1045599 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1045600 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1045601 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220461 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220462 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220463 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220464 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220465 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220466 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220467 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220468 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1045602 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045603 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045604 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045605 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220469 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220470 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220471 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220472 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220473 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220474 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220475 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220476 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045614 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.5946 0.827 0.856 0.144
#> SRR651663 1 0.7602 0.727 0.780 0.220
#> SRR651664 1 0.7602 0.727 0.780 0.220
#> SRR1045522 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1045523 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1045524 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1045525 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220373 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220374 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220375 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220376 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220377 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220378 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220379 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1220380 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1045578 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.972 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.956 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.6998 0.5664 0.664 0.292 0.044
#> SRR020288 1 0.6998 0.5664 0.664 0.292 0.044
#> SRR020289 1 0.6998 0.5664 0.664 0.292 0.044
#> SRR020290 1 0.6998 0.5664 0.664 0.292 0.044
#> SRR020291 1 0.6998 0.5664 0.664 0.292 0.044
#> SRR020285 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR1057683 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR1057684 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR020292 2 0.1860 0.9120 0.000 0.948 0.052
#> SRR020293 2 0.1860 0.9120 0.000 0.948 0.052
#> SRR020294 2 0.1860 0.9120 0.000 0.948 0.052
#> SRR020295 2 0.1860 0.9120 0.000 0.948 0.052
#> SRR020286 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR1057689 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR1057690 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR1057685 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR1057686 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR1057687 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR1057688 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR578643 2 0.5327 0.6046 0.000 0.728 0.272
#> SRR578644 2 0.5327 0.6046 0.000 0.728 0.272
#> SRR578645 2 0.5327 0.6046 0.000 0.728 0.272
#> SRR578646 2 0.5327 0.6046 0.000 0.728 0.272
#> SRR651679 2 0.5327 0.6046 0.000 0.728 0.272
#> SRR651680 2 0.5327 0.6046 0.000 0.728 0.272
#> SRR651681 2 0.5327 0.6046 0.000 0.728 0.272
#> SRR651682 2 0.5327 0.6046 0.000 0.728 0.272
#> SRR578627 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR578628 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR578629 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR578630 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR651692 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR651693 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR651694 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR596098 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR596102 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR578648 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR578649 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR578650 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR651691 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR577587 3 0.0892 0.8486 0.000 0.020 0.980
#> SRR577588 3 0.0892 0.8486 0.000 0.020 0.980
#> SRR577589 3 0.0892 0.8486 0.000 0.020 0.980
#> SRR577590 3 0.0892 0.8486 0.000 0.020 0.980
#> SRR596106 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR596107 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR596108 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR596109 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR651695 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR651696 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR651697 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR651698 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR651699 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR651700 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR651701 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR651702 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR651703 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR651704 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR578651 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR578652 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR578653 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR578654 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR651705 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR651706 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR651707 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR651708 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045618 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR577600 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR577601 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR577602 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR578631 1 0.0747 0.9063 0.984 0.016 0.000
#> SRR578632 1 0.0747 0.9063 0.984 0.016 0.000
#> SRR578633 1 0.0747 0.9063 0.984 0.016 0.000
#> SRR578634 1 0.0747 0.9063 0.984 0.016 0.000
#> SRR651665 1 0.0747 0.9063 0.984 0.016 0.000
#> SRR651666 1 0.0747 0.9063 0.984 0.016 0.000
#> SRR651667 1 0.0747 0.9063 0.984 0.016 0.000
#> SRR651668 1 0.0747 0.9063 0.984 0.016 0.000
#> SRR577579 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR577580 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR577581 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR577582 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR577583 2 0.0237 0.9486 0.004 0.996 0.000
#> SRR577584 2 0.0237 0.9486 0.004 0.996 0.000
#> SRR577585 2 0.0237 0.9486 0.004 0.996 0.000
#> SRR577586 2 0.0237 0.9486 0.004 0.996 0.000
#> SRR577591 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR577592 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR577593 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR577594 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR578635 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR578636 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR578637 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR578638 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651669 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651670 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651671 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651672 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR486237 1 0.5731 0.6972 0.752 0.228 0.020
#> SRR1057691 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR486238 1 0.5731 0.6972 0.752 0.228 0.020
#> SRR1057692 2 0.0747 0.9486 0.000 0.984 0.016
#> SRR486239 2 0.6483 0.0116 0.004 0.544 0.452
#> SRR486240 2 0.6483 0.0116 0.004 0.544 0.452
#> SRR488136 1 0.6998 0.5664 0.664 0.292 0.044
#> SRR488137 1 0.6998 0.5664 0.664 0.292 0.044
#> SRR486241 1 0.7798 0.5088 0.624 0.296 0.080
#> SRR486242 1 0.7798 0.5088 0.624 0.296 0.080
#> SRR488684 1 0.6546 0.6599 0.716 0.240 0.044
#> SRR488685 1 0.6546 0.6599 0.716 0.240 0.044
#> SRR651673 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651674 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651675 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651676 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651677 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651678 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR578639 3 0.8677 0.4969 0.144 0.280 0.576
#> SRR578640 3 0.8677 0.4969 0.144 0.280 0.576
#> SRR578641 3 0.8677 0.4969 0.144 0.280 0.576
#> SRR578642 3 0.8677 0.4969 0.144 0.280 0.576
#> SRR1045526 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045531 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045532 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045533 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220389 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220390 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220391 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220392 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220393 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220394 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220395 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220396 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045570 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1045571 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1045572 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1045573 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220397 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220398 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220399 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220400 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220401 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220402 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220403 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220404 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1045574 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045575 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045576 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045577 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220405 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220406 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220407 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220408 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220409 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220410 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220411 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220412 3 0.0747 0.8482 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045582 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1045583 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1045584 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1045585 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1220421 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1220422 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1220423 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1220424 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1220425 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1220426 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1220427 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1220428 3 0.9457 0.3249 0.188 0.352 0.460
#> SRR1054856 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1054857 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1054858 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1054859 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1220429 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1220430 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1220431 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1220432 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1220433 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1220434 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1220435 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1220436 3 0.6095 0.4436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1045586 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1045595 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1045596 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1045597 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220453 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220454 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220455 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220456 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220457 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220458 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220459 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220460 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1045598 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1045599 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1045600 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1045601 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220461 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220462 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220463 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220464 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220465 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220466 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220467 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220468 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1045602 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1045603 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1045604 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1045605 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220469 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220470 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220471 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220472 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220473 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220474 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220475 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220476 3 0.1031 0.8487 0.000 0.024 0.976
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9523 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045615 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045616 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045617 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220493 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220494 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220495 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220496 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220497 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220498 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220499 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220500 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR651662 1 0.7918 0.5834 0.660 0.136 0.204
#> SRR651663 2 0.0747 0.9374 0.000 0.984 0.016
#> SRR651664 2 0.0747 0.9374 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045522 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1045523 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1045524 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1045525 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220373 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220374 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220375 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220376 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220377 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220378 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220379 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1220380 1 0.5585 0.8288 0.812 0.096 0.092
#> SRR1045578 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045579 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045580 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045581 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220413 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220414 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220415 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220416 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220417 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220418 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220419 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220420 1 0.0237 0.9111 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045590 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1045591 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1045592 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1045593 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220445 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220446 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220447 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220448 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220449 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220450 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220451 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220452 1 0.4346 0.7694 0.816 0.000 0.184
#> SRR1045610 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1045611 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1045612 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1045613 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220485 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220486 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220487 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220488 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220489 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220490 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220491 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
#> SRR1220492 2 0.0424 0.9528 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.7321 0.4291 0.236 0.188 0.008 0.568
#> SRR020288 4 0.7321 0.4291 0.236 0.188 0.008 0.568
#> SRR020289 4 0.7321 0.4291 0.236 0.188 0.008 0.568
#> SRR020290 4 0.7321 0.4291 0.236 0.188 0.008 0.568
#> SRR020291 4 0.7321 0.4291 0.236 0.188 0.008 0.568
#> SRR020285 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057683 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057684 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR020292 2 0.1492 0.8936 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR020293 2 0.1492 0.8936 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR020294 2 0.1492 0.8936 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR020295 2 0.1492 0.8936 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR020286 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057689 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057690 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057685 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057686 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057687 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057688 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR578643 4 0.7112 0.3736 0.020 0.400 0.076 0.504
#> SRR578644 4 0.7112 0.3736 0.020 0.400 0.076 0.504
#> SRR578645 4 0.7112 0.3736 0.020 0.400 0.076 0.504
#> SRR578646 4 0.7112 0.3736 0.020 0.400 0.076 0.504
#> SRR651679 4 0.7112 0.3736 0.020 0.400 0.076 0.504
#> SRR651680 4 0.7112 0.3736 0.020 0.400 0.076 0.504
#> SRR651681 4 0.7112 0.3736 0.020 0.400 0.076 0.504
#> SRR651682 4 0.7112 0.3736 0.020 0.400 0.076 0.504
#> SRR578627 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR578628 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR578629 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR578630 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR651692 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR651693 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR651694 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR596103 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR596104 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR596105 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR651687 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR651688 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR651689 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR578647 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR578648 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR578649 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR578650 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR651691 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR577587 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR577588 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR577589 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR577590 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR596106 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR596107 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR596108 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR596109 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR651695 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR651696 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR651697 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR651698 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR651699 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR651700 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR651701 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR651702 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR651703 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR651704 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR578651 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR578652 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR578653 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR578654 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR651705 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR651706 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR651707 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR651708 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1045618 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045619 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045620 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045621 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220501 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220502 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220503 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220504 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220505 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220506 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220507 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220508 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR577595 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR577600 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR577601 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR577602 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR578631 1 0.5236 0.5170 0.560 0.008 0.000 0.432
#> SRR578632 1 0.5236 0.5170 0.560 0.008 0.000 0.432
#> SRR578633 1 0.5236 0.5170 0.560 0.008 0.000 0.432
#> SRR578634 1 0.5236 0.5170 0.560 0.008 0.000 0.432
#> SRR651665 1 0.5236 0.5170 0.560 0.008 0.000 0.432
#> SRR651666 1 0.5236 0.5170 0.560 0.008 0.000 0.432
#> SRR651667 1 0.5236 0.5170 0.560 0.008 0.000 0.432
#> SRR651668 1 0.5236 0.5170 0.560 0.008 0.000 0.432
#> SRR577579 1 0.0707 0.7930 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR577580 1 0.0707 0.7930 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR577581 1 0.0707 0.7930 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR577582 1 0.0707 0.7930 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR577583 2 0.0921 0.9072 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR577584 2 0.0921 0.9072 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR577585 2 0.0921 0.9072 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR577586 2 0.0921 0.9072 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR577591 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR577592 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR577593 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR577594 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR578635 1 0.2081 0.7778 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR578636 1 0.2081 0.7778 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR578637 1 0.2081 0.7778 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR578638 1 0.2081 0.7778 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651669 1 0.2081 0.7778 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651670 1 0.2081 0.7778 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651671 1 0.2081 0.7778 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651672 1 0.2081 0.7778 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR486237 4 0.7320 0.3749 0.264 0.184 0.004 0.548
#> SRR1057691 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR486238 4 0.7320 0.3749 0.264 0.184 0.004 0.548
#> SRR1057692 2 0.0336 0.9183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR486239 2 0.7812 0.3361 0.052 0.588 0.188 0.172
#> SRR486240 2 0.7812 0.3361 0.052 0.588 0.188 0.172
#> SRR488136 4 0.7321 0.4291 0.236 0.188 0.008 0.568
#> SRR488137 4 0.7321 0.4291 0.236 0.188 0.008 0.568
#> SRR486241 4 0.7242 0.4491 0.224 0.188 0.008 0.580
#> SRR486242 4 0.7242 0.4491 0.224 0.188 0.008 0.580
#> SRR488684 4 0.7321 0.4291 0.236 0.188 0.008 0.568
#> SRR488685 4 0.7321 0.4291 0.236 0.188 0.008 0.568
#> SRR651673 1 0.0188 0.7923 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651674 1 0.0188 0.7923 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651675 1 0.0188 0.7923 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651676 1 0.0188 0.7923 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651677 1 0.0188 0.7923 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651678 1 0.0188 0.7923 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578639 4 0.9357 0.4478 0.116 0.288 0.200 0.396
#> SRR578640 4 0.9357 0.4478 0.116 0.288 0.200 0.396
#> SRR578641 4 0.9357 0.4478 0.116 0.288 0.200 0.396
#> SRR578642 4 0.9357 0.4478 0.116 0.288 0.200 0.396
#> SRR1045526 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1045527 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1045528 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1045529 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220381 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220382 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220383 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220384 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220385 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220386 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220387 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220388 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1045530 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1045531 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1045532 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1045533 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220389 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220390 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220391 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220392 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220393 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220394 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220395 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220396 1 0.0592 0.7936 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1045570 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045571 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045572 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045573 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220397 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220398 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220399 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220400 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220401 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220402 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220403 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220404 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045574 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1045575 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1045576 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1045577 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220405 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220406 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220407 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220408 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220409 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220410 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220411 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220412 3 0.0188 0.9319 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1045582 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1045583 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1045584 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1045585 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1220421 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1220422 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1220423 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1220424 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1220425 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1220426 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1220427 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1220428 4 0.8572 0.5664 0.120 0.236 0.120 0.524
#> SRR1054856 2 0.7765 -0.0395 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1054857 2 0.7765 -0.0395 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1054858 3 0.7765 0.0155 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1054859 3 0.7765 0.0155 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1220429 3 0.7765 0.0155 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1220430 2 0.7765 -0.0395 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1220431 3 0.7765 0.0155 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1220432 2 0.7765 -0.0395 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1220433 3 0.7765 0.0155 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1220434 2 0.7765 -0.0395 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1220435 3 0.7765 0.0155 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1220436 3 0.7765 0.0155 0.028 0.428 0.428 0.116
#> SRR1045586 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1045587 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1045588 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1045589 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220438 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220439 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220441 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220442 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220443 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1220444 1 0.4950 0.6215 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1045594 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045595 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045596 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045597 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220453 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220454 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220455 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220456 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220457 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220458 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220459 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220460 2 0.0188 0.9195 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045598 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1045599 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1045600 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1045601 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220461 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220462 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220463 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220464 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220465 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220466 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220467 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220468 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1045602 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045603 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045604 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045605 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220469 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220470 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220471 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220472 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220473 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220474 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220475 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1220476 3 0.0336 0.9316 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1045606 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045607 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045608 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045609 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220477 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220478 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220479 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220480 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220481 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220482 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220483 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220484 2 0.1389 0.8969 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045614 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045615 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045616 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045617 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220493 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220494 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220495 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220496 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220497 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220498 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220499 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220500 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR651662 1 0.7119 0.4966 0.668 0.092 0.084 0.156
#> SRR651663 2 0.5237 0.3660 0.016 0.628 0.000 0.356
#> SRR651664 2 0.5237 0.3660 0.016 0.628 0.000 0.356
#> SRR1045522 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1045523 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1045524 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1045525 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220373 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220374 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220375 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220376 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220377 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220378 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220379 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1220380 4 0.1732 0.6982 0.040 0.004 0.008 0.948
#> SRR1045578 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045579 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045580 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045581 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220413 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220414 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220415 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220416 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220417 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220418 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220419 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220420 1 0.0336 0.7923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045590 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1045591 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1045592 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1045593 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1220445 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1220446 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1220447 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1220448 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1220449 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1220450 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1220451 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1220452 1 0.5033 0.6112 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1045610 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.9201 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.6316 0.52658 0.632 0.152 0.000 0.172 0.044
#> SRR020288 1 0.6316 0.52658 0.632 0.152 0.000 0.172 0.044
#> SRR020289 1 0.6316 0.52658 0.632 0.152 0.000 0.172 0.044
#> SRR020290 1 0.6316 0.52658 0.632 0.152 0.000 0.172 0.044
#> SRR020291 1 0.6316 0.52658 0.632 0.152 0.000 0.172 0.044
#> SRR020285 2 0.1331 0.89520 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR1057683 2 0.1331 0.89520 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR1057684 2 0.1331 0.89520 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR020292 2 0.6538 0.07844 0.396 0.476 0.008 0.108 0.012
#> SRR020293 2 0.6538 0.07844 0.396 0.476 0.008 0.108 0.012
#> SRR020294 2 0.6538 0.07844 0.396 0.476 0.008 0.108 0.012
#> SRR020295 2 0.6538 0.07844 0.396 0.476 0.008 0.108 0.012
#> SRR020286 2 0.1251 0.89698 0.036 0.956 0.000 0.008 0.000
#> SRR1057689 2 0.1331 0.89520 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR1057690 2 0.1331 0.89520 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR1057685 2 0.1251 0.89698 0.036 0.956 0.000 0.008 0.000
#> SRR1057686 2 0.1331 0.89520 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR1057687 2 0.1251 0.89698 0.036 0.956 0.000 0.008 0.000
#> SRR1057688 2 0.1251 0.89698 0.036 0.956 0.000 0.008 0.000
#> SRR578643 4 0.6710 0.61862 0.064 0.184 0.072 0.644 0.036
#> SRR578644 4 0.6710 0.61862 0.064 0.184 0.072 0.644 0.036
#> SRR578645 4 0.6710 0.61862 0.064 0.184 0.072 0.644 0.036
#> SRR578646 4 0.6710 0.61862 0.064 0.184 0.072 0.644 0.036
#> SRR651679 4 0.6710 0.61862 0.064 0.184 0.072 0.644 0.036
#> SRR651680 4 0.6710 0.61862 0.064 0.184 0.072 0.644 0.036
#> SRR651681 4 0.6710 0.61862 0.064 0.184 0.072 0.644 0.036
#> SRR651682 4 0.6710 0.61862 0.064 0.184 0.072 0.644 0.036
#> SRR578627 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.1211 0.91312 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR596099 2 0.1211 0.91312 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR596100 2 0.1211 0.91312 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR596101 2 0.1211 0.91312 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR651683 2 0.1211 0.91312 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR651684 2 0.1211 0.91312 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR651685 2 0.1211 0.91312 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR651686 2 0.1211 0.91312 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR596102 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR596103 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR596104 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR596105 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR651687 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR651688 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR651689 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR578647 2 0.1331 0.89744 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR578648 2 0.1331 0.89744 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR578649 2 0.1331 0.89744 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR578650 2 0.1331 0.89744 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR651691 2 0.1331 0.89744 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR577587 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR596107 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR596108 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR596109 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR651695 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR651696 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR651697 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR651698 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR651699 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR651700 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR651701 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR651702 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR651703 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR651704 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1045619 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1045620 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1045621 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220501 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220502 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220503 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220504 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220505 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220506 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220507 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220508 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR577595 2 0.1211 0.91281 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR577596 2 0.1211 0.91281 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR577597 2 0.1211 0.91281 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR577598 2 0.1211 0.91281 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577600 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577601 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577602 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578631 1 0.6572 0.55440 0.588 0.044 0.000 0.132 0.236
#> SRR578632 1 0.6572 0.55440 0.588 0.044 0.000 0.132 0.236
#> SRR578633 1 0.6572 0.55440 0.588 0.044 0.000 0.132 0.236
#> SRR578634 1 0.6572 0.55440 0.588 0.044 0.000 0.132 0.236
#> SRR651665 1 0.6572 0.55440 0.588 0.044 0.000 0.132 0.236
#> SRR651666 1 0.6572 0.55440 0.588 0.044 0.000 0.132 0.236
#> SRR651667 1 0.6572 0.55440 0.588 0.044 0.000 0.132 0.236
#> SRR651668 1 0.6572 0.55440 0.588 0.044 0.000 0.132 0.236
#> SRR577579 5 0.3013 0.81068 0.160 0.000 0.000 0.008 0.832
#> SRR577580 5 0.3013 0.81068 0.160 0.000 0.000 0.008 0.832
#> SRR577581 5 0.3013 0.81068 0.160 0.000 0.000 0.008 0.832
#> SRR577582 5 0.3013 0.81068 0.160 0.000 0.000 0.008 0.832
#> SRR577583 2 0.1764 0.89148 0.064 0.928 0.000 0.008 0.000
#> SRR577584 2 0.1764 0.89148 0.064 0.928 0.000 0.008 0.000
#> SRR577585 2 0.1764 0.89148 0.064 0.928 0.000 0.008 0.000
#> SRR577586 2 0.1764 0.89148 0.064 0.928 0.000 0.008 0.000
#> SRR577591 3 0.0162 0.87574 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR577592 3 0.0162 0.87574 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR577593 3 0.0162 0.87574 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR577594 3 0.0162 0.87574 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR578635 5 0.4213 0.56057 0.308 0.000 0.000 0.012 0.680
#> SRR578636 5 0.4213 0.56057 0.308 0.000 0.000 0.012 0.680
#> SRR578637 5 0.4213 0.56057 0.308 0.000 0.000 0.012 0.680
#> SRR578638 5 0.4213 0.56057 0.308 0.000 0.000 0.012 0.680
#> SRR651669 5 0.4213 0.56057 0.308 0.000 0.000 0.012 0.680
#> SRR651670 5 0.4213 0.56057 0.308 0.000 0.000 0.012 0.680
#> SRR651671 5 0.4213 0.56057 0.308 0.000 0.000 0.012 0.680
#> SRR651672 5 0.4213 0.56057 0.308 0.000 0.000 0.012 0.680
#> SRR486237 1 0.4890 0.61476 0.756 0.132 0.000 0.084 0.028
#> SRR1057691 2 0.1251 0.89698 0.036 0.956 0.000 0.008 0.000
#> SRR486238 1 0.4890 0.61476 0.756 0.132 0.000 0.084 0.028
#> SRR1057692 2 0.1251 0.89698 0.036 0.956 0.000 0.008 0.000
#> SRR486239 1 0.7594 0.16484 0.420 0.368 0.044 0.152 0.016
#> SRR486240 1 0.7594 0.16484 0.420 0.368 0.044 0.152 0.016
#> SRR488136 1 0.6316 0.52658 0.632 0.152 0.000 0.172 0.044
#> SRR488137 1 0.6316 0.52658 0.632 0.152 0.000 0.172 0.044
#> SRR486241 1 0.6348 0.52237 0.628 0.152 0.000 0.176 0.044
#> SRR486242 1 0.6348 0.52237 0.628 0.152 0.000 0.176 0.044
#> SRR488684 1 0.6316 0.52658 0.632 0.152 0.000 0.172 0.044
#> SRR488685 1 0.6316 0.52658 0.632 0.152 0.000 0.172 0.044
#> SRR651673 5 0.0703 0.84993 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651674 5 0.0703 0.84993 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651675 5 0.0703 0.84993 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651676 5 0.0703 0.84993 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651677 5 0.0703 0.84993 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR651678 5 0.0703 0.84993 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR578639 4 0.8659 0.45036 0.096 0.208 0.156 0.464 0.076
#> SRR578640 4 0.8659 0.45036 0.096 0.208 0.156 0.464 0.076
#> SRR578641 4 0.8659 0.45036 0.096 0.208 0.156 0.464 0.076
#> SRR578642 4 0.8659 0.45036 0.096 0.208 0.156 0.464 0.076
#> SRR1045526 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1045527 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1045528 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1045529 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220381 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220382 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220383 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220384 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220385 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220386 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220387 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220388 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1045530 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1045531 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1045532 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1045533 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1220389 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1220390 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1220391 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1220392 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1220393 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1220394 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1220395 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1220396 5 0.2971 0.81294 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR1045570 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1045571 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1045572 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1045573 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220397 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220398 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220399 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220400 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220401 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220402 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220403 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220404 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.87593 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1045583 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1045584 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1045585 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1220421 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1220422 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1220423 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1220424 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1220425 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1220426 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1220427 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1220428 4 0.6979 0.62547 0.064 0.144 0.080 0.644 0.068
#> SRR1054856 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1054857 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1054858 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1054859 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1220429 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1220430 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1220431 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1220432 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1220433 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1220434 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1220435 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1220436 3 0.8393 -0.00808 0.072 0.332 0.340 0.232 0.024
#> SRR1045586 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1045587 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1045588 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1045589 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220438 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220439 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220441 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220442 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220443 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1220444 1 0.2424 0.77500 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1045594 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045595 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045596 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045597 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220453 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220454 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220455 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220456 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220457 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220458 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220459 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220460 2 0.0566 0.91384 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045598 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1045599 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1045600 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1045601 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220461 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220462 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220463 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220464 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220465 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220466 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220467 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220468 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1045602 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1045603 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1045604 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1045605 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220469 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220470 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220471 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220472 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220473 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220474 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220475 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1220476 3 0.0854 0.87465 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR1045606 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1045607 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1045608 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1045609 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220477 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220478 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220479 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220480 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220481 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220482 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220483 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1220484 2 0.2484 0.88791 0.028 0.900 0.000 0.068 0.004
#> SRR1045614 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651662 1 0.8102 0.08562 0.428 0.040 0.048 0.172 0.312
#> SRR651663 4 0.5205 0.36772 0.036 0.336 0.000 0.616 0.012
#> SRR651664 4 0.5205 0.36772 0.036 0.336 0.000 0.616 0.012
#> SRR1045522 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1045523 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1045524 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1045525 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220373 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220374 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220375 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220376 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220377 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220378 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220379 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1220380 4 0.3039 0.71662 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1045578 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.85395 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045590 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1045591 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1045592 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1045593 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1220445 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1220446 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1220447 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1220448 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1220449 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1220450 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1220451 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1220452 5 0.5752 0.70685 0.120 0.000 0.044 0.144 0.692
#> SRR1045610 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.91639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR020288 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR020289 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR020290 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR020291 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR020285 2 0.2762 0.810 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1057683 2 0.2762 0.810 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1057684 2 0.2762 0.810 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR020292 6 0.5858 0.193 0.268 0.192 0.004 0.004 0.000 0.532
#> SRR020293 6 0.5858 0.193 0.268 0.192 0.004 0.004 0.000 0.532
#> SRR020294 6 0.5858 0.193 0.268 0.192 0.004 0.004 0.000 0.532
#> SRR020295 6 0.5858 0.193 0.268 0.192 0.004 0.004 0.000 0.532
#> SRR020286 2 0.2340 0.851 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1057689 2 0.2762 0.810 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1057690 2 0.2762 0.810 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1057685 2 0.2416 0.844 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1057686 2 0.2631 0.825 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1057687 2 0.2300 0.854 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1057688 2 0.2300 0.854 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR578643 6 0.5136 0.621 0.008 0.020 0.016 0.336 0.016 0.604
#> SRR578644 6 0.5136 0.621 0.008 0.020 0.016 0.336 0.016 0.604
#> SRR578645 6 0.5136 0.621 0.008 0.020 0.016 0.336 0.016 0.604
#> SRR578646 6 0.5136 0.621 0.008 0.020 0.016 0.336 0.016 0.604
#> SRR651679 6 0.5136 0.621 0.008 0.020 0.016 0.336 0.016 0.604
#> SRR651680 6 0.5136 0.621 0.008 0.020 0.016 0.336 0.016 0.604
#> SRR651681 6 0.5136 0.621 0.008 0.020 0.016 0.336 0.016 0.604
#> SRR651682 6 0.5136 0.621 0.008 0.020 0.016 0.336 0.016 0.604
#> SRR578627 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR578628 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR578629 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR578630 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651692 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651693 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651694 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR596098 2 0.0405 0.904 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR596099 2 0.0405 0.904 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR596100 2 0.0405 0.904 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR596101 2 0.0405 0.904 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651683 2 0.0405 0.904 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651684 2 0.0405 0.904 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651685 2 0.0405 0.904 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651686 2 0.0520 0.903 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR596102 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR596103 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR596104 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR596105 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR651687 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR651688 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR651689 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR578647 2 0.2300 0.854 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR578648 2 0.2300 0.854 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR578649 2 0.2300 0.854 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR578650 2 0.2300 0.854 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR651691 2 0.2300 0.854 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR577587 3 0.1327 0.953 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR577588 3 0.1327 0.953 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR577589 3 0.1327 0.953 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR577590 3 0.1327 0.953 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR596106 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR596107 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR596108 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR596109 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651695 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651696 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651697 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651698 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651699 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR651700 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR651701 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR651702 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR651703 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR651704 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR578651 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR578652 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR578653 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR578654 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651705 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651706 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651707 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR651708 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045618 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1045619 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1045620 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1045621 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220501 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220502 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220503 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220504 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220505 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220506 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220507 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220508 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR577595 2 0.0260 0.904 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0260 0.904 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0260 0.904 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0260 0.904 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR577600 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR577601 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR577602 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR578631 1 0.7668 0.466 0.500 0.132 0.000 0.124 0.160 0.084
#> SRR578632 1 0.7668 0.466 0.500 0.132 0.000 0.124 0.160 0.084
#> SRR578633 1 0.7668 0.466 0.500 0.132 0.000 0.124 0.160 0.084
#> SRR578634 1 0.7668 0.466 0.500 0.132 0.000 0.124 0.160 0.084
#> SRR651665 1 0.7668 0.466 0.500 0.132 0.000 0.124 0.160 0.084
#> SRR651666 1 0.7668 0.466 0.500 0.132 0.000 0.124 0.160 0.084
#> SRR651667 1 0.7668 0.466 0.500 0.132 0.000 0.124 0.160 0.084
#> SRR651668 1 0.7668 0.466 0.500 0.132 0.000 0.124 0.160 0.084
#> SRR577579 5 0.4521 0.728 0.172 0.000 0.000 0.024 0.732 0.072
#> SRR577580 5 0.4521 0.728 0.172 0.000 0.000 0.024 0.732 0.072
#> SRR577581 5 0.4521 0.728 0.172 0.000 0.000 0.024 0.732 0.072
#> SRR577582 5 0.4521 0.728 0.172 0.000 0.000 0.024 0.732 0.072
#> SRR577583 2 0.2697 0.882 0.068 0.876 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR577584 2 0.2697 0.882 0.068 0.876 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR577585 2 0.2697 0.882 0.068 0.876 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR577586 2 0.2697 0.882 0.068 0.876 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR577591 3 0.1327 0.953 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR577592 3 0.1327 0.953 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR577593 3 0.1327 0.953 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR577594 3 0.1327 0.953 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR578635 5 0.5331 0.425 0.336 0.004 0.000 0.016 0.576 0.068
#> SRR578636 5 0.5331 0.425 0.336 0.004 0.000 0.016 0.576 0.068
#> SRR578637 5 0.5331 0.425 0.336 0.004 0.000 0.016 0.576 0.068
#> SRR578638 5 0.5331 0.425 0.336 0.004 0.000 0.016 0.576 0.068
#> SRR651669 5 0.5331 0.425 0.336 0.004 0.000 0.016 0.576 0.068
#> SRR651670 5 0.5331 0.425 0.336 0.004 0.000 0.016 0.576 0.068
#> SRR651671 5 0.5331 0.425 0.336 0.004 0.000 0.016 0.576 0.068
#> SRR651672 5 0.5331 0.425 0.336 0.004 0.000 0.016 0.576 0.068
#> SRR486237 1 0.5250 0.433 0.548 0.024 0.000 0.052 0.000 0.376
#> SRR1057691 2 0.2416 0.844 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR486238 1 0.5250 0.433 0.548 0.024 0.000 0.052 0.000 0.376
#> SRR1057692 2 0.2416 0.844 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR486239 6 0.5167 0.347 0.216 0.132 0.004 0.004 0.000 0.644
#> SRR486240 6 0.5167 0.347 0.216 0.132 0.004 0.004 0.000 0.644
#> SRR488136 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR488137 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR486241 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR486242 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR488684 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR488685 1 0.6188 0.336 0.456 0.032 0.004 0.100 0.004 0.404
#> SRR651673 5 0.0547 0.796 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR651674 5 0.0547 0.796 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR651675 5 0.0547 0.796 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR651676 5 0.0547 0.796 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR651677 5 0.0547 0.796 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR651678 5 0.0547 0.796 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR578639 6 0.3457 0.656 0.004 0.024 0.036 0.092 0.004 0.840
#> SRR578640 6 0.3457 0.656 0.004 0.024 0.036 0.092 0.004 0.840
#> SRR578641 6 0.3457 0.656 0.004 0.024 0.036 0.092 0.004 0.840
#> SRR578642 6 0.3457 0.656 0.004 0.024 0.036 0.092 0.004 0.840
#> SRR1045526 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1045527 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1045528 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1045529 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1220381 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1220382 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1220383 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1220384 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1220385 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1220386 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1220387 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1220388 1 0.1995 0.771 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1045530 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1045531 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1045532 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1045533 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1220389 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1220390 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1220391 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1220392 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1220393 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1220394 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1220395 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1220396 5 0.4421 0.736 0.160 0.000 0.000 0.024 0.744 0.072
#> SRR1045570 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1045571 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1045572 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1045573 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220397 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220398 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220399 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220400 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220401 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220402 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220403 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220404 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1045574 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045575 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045576 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045577 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220405 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220406 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220407 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220408 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220409 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220410 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220411 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1220412 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1045582 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1045583 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1045584 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1045585 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1220421 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1220422 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1220423 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1220424 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1220425 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1220426 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1220427 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1220428 6 0.5044 0.624 0.008 0.016 0.016 0.332 0.016 0.612
#> SRR1054856 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1054857 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1054858 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1054859 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1220429 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1220430 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1220431 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1220432 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1220433 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1220434 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1220435 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1220436 6 0.5309 0.633 0.004 0.172 0.132 0.024 0.000 0.668
#> SRR1045586 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1045587 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1045588 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1045589 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1220438 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1220439 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1220441 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1220442 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1220443 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1220444 1 0.2251 0.773 0.904 0.000 0.000 0.036 0.052 0.008
#> SRR1045594 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1045595 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1045596 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1045597 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1220453 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1220454 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1220455 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1220456 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1220457 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1220458 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1220459 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1220460 2 0.2249 0.899 0.032 0.900 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1045598 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1045599 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1045600 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1045601 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1220461 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1220462 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1220463 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1220464 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1220465 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1220466 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1220467 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1220468 4 0.0993 0.956 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR1045602 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1045603 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1045604 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1045605 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220469 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220470 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220471 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220472 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220473 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220474 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220475 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1220476 3 0.0862 0.947 0.016 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1045606 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1045607 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1045608 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1045609 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220477 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220478 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220479 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220480 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220481 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220482 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220483 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1220484 2 0.1458 0.892 0.016 0.948 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1045614 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045615 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045616 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045617 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220493 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220494 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220495 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220496 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220497 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220498 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220499 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220500 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR651662 6 0.5769 0.181 0.312 0.000 0.004 0.044 0.072 0.568
#> SRR651663 4 0.5686 0.294 0.024 0.340 0.000 0.552 0.008 0.076
#> SRR651664 4 0.5686 0.294 0.024 0.340 0.000 0.552 0.008 0.076
#> SRR1045522 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1045523 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1045524 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1045525 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1220373 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1220374 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1220375 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1220376 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1220377 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1220378 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1220379 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1220380 4 0.0632 0.953 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1045578 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045579 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045580 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045581 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220413 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220414 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220415 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220416 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220417 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220418 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220419 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220420 5 0.0291 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045590 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1045591 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1045592 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1045593 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1220445 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1220446 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1220447 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1220448 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1220449 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1220450 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1220451 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1220452 5 0.6991 0.549 0.120 0.000 0.008 0.144 0.504 0.224
#> SRR1045610 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1045611 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1045612 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1045613 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1220485 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1220486 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1220487 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1220488 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1220489 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1220490 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1220491 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1220492 2 0.1387 0.905 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.979 0.985 0.2712 0.734 0.734
#> 3 3 0.517 0.752 0.793 0.8820 0.741 0.647
#> 4 4 0.628 0.482 0.757 0.3168 0.939 0.875
#> 5 5 0.816 0.760 0.899 0.1065 0.767 0.496
#> 6 6 0.827 0.766 0.899 0.0333 0.973 0.893
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020288 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020289 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020290 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020291 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020285 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057683 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057684 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020292 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020293 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020294 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020295 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR020286 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057689 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057690 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057685 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057686 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057687 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057688 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578643 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578644 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578645 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578646 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651679 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651680 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651681 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651682 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578627 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR578628 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR578629 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR578630 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651692 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651693 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651694 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR596098 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596099 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596100 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596101 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651683 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651684 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651685 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651686 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596102 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596103 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596104 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596105 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651687 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651688 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651689 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578647 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578648 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578649 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578650 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651691 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577587 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR577588 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR577589 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR577590 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR596106 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596107 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596108 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR596109 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651695 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651696 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651697 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651698 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651699 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651700 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651701 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651702 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651703 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651704 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR578651 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR578652 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR578653 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR578654 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651705 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651706 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651707 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR651708 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045618 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045619 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045620 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045621 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220501 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220502 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220503 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220504 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220505 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220506 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220507 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220508 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577595 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577596 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577597 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577598 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577599 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR577600 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR577601 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR577602 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR578631 1 0.722 0.745 0.800 0.200
#> SRR578632 1 0.722 0.745 0.800 0.200
#> SRR578633 1 0.722 0.745 0.800 0.200
#> SRR578634 1 0.722 0.745 0.800 0.200
#> SRR651665 1 0.722 0.745 0.800 0.200
#> SRR651666 1 0.722 0.745 0.800 0.200
#> SRR651667 1 0.714 0.751 0.804 0.196
#> SRR651668 1 0.722 0.745 0.800 0.200
#> SRR577579 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577583 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577584 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577585 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577586 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR577591 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR577592 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR577593 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR577594 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR578635 2 0.184 0.986 0.028 0.972
#> SRR578636 2 0.184 0.986 0.028 0.972
#> SRR578637 2 0.184 0.986 0.028 0.972
#> SRR578638 2 0.184 0.986 0.028 0.972
#> SRR651669 2 0.184 0.986 0.028 0.972
#> SRR651670 2 0.184 0.986 0.028 0.972
#> SRR651671 2 0.184 0.986 0.028 0.972
#> SRR651672 2 0.184 0.986 0.028 0.972
#> SRR486237 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057691 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR486238 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1057692 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR486239 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR488137 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR486241 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR486242 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR488684 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR488685 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651673 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR651674 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR651675 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR651676 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR651677 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR651678 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR578639 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578640 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578641 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR578642 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045530 2 0.388 0.955 0.076 0.924
#> SRR1045531 2 0.373 0.958 0.072 0.928
#> SRR1045532 2 0.373 0.958 0.072 0.928
#> SRR1045533 2 0.388 0.955 0.076 0.924
#> SRR1220389 2 0.388 0.955 0.076 0.924
#> SRR1220390 2 0.402 0.951 0.080 0.920
#> SRR1220391 2 0.388 0.955 0.076 0.924
#> SRR1220392 2 0.373 0.958 0.072 0.928
#> SRR1220393 2 0.402 0.951 0.080 0.920
#> SRR1220394 2 0.402 0.951 0.080 0.920
#> SRR1220395 2 0.388 0.955 0.076 0.924
#> SRR1220396 2 0.373 0.958 0.072 0.928
#> SRR1045570 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045571 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045572 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045573 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220397 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220398 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220399 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220400 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220401 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220402 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220403 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220404 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045574 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045575 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045576 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045577 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220405 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220406 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220407 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220408 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220409 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220410 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220411 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220412 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045582 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045594 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045595 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045596 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045597 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220453 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220454 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220455 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220456 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220457 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220458 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220459 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220460 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045602 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045603 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045604 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045605 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220469 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220470 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220471 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220472 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220473 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220474 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220475 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1220476 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR1045606 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045607 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045608 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045609 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220477 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220478 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220479 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220480 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220481 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220482 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220483 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220484 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045614 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1045615 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1045616 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1045617 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220493 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220494 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220495 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220496 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220497 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220498 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220499 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220500 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR651662 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045578 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1045579 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1045580 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1045581 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220413 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220414 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220415 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220416 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220417 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220418 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220419 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1220420 2 0.163 0.987 0.024 0.976
#> SRR1045590 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045610 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045611 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045612 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1045613 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220485 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220486 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220487 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220488 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220489 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220490 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220491 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1220492 1 0.000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 2 0.568 0.688 0.000 0.684 0.316
#> SRR020288 2 0.623 0.725 0.000 0.564 0.436
#> SRR020289 2 0.622 0.724 0.000 0.568 0.432
#> SRR020290 2 0.615 0.717 0.000 0.592 0.408
#> SRR020291 2 0.617 0.718 0.000 0.588 0.412
#> SRR020285 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1057683 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1057684 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR020292 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR020293 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR020294 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR020295 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR020286 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1057689 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1057690 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1057685 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1057686 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1057687 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1057688 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR578643 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR578644 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR578645 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR578646 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651679 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651680 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651681 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651682 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR578627 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR578628 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR578629 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR578630 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651692 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651693 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651694 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR596098 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR596099 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR596100 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR596101 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651683 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651684 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651685 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651686 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR596102 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR596103 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR596104 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR596105 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR651687 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR651688 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR651689 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR578647 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR578648 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR578649 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR578650 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651691 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577587 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR577588 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR577589 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR577590 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR596106 2 0.480 0.643 0.000 0.780 0.220
#> SRR596107 2 0.489 0.645 0.000 0.772 0.228
#> SRR596108 2 0.489 0.645 0.000 0.772 0.228
#> SRR596109 2 0.536 0.656 0.000 0.724 0.276
#> SRR651695 2 0.424 0.628 0.000 0.824 0.176
#> SRR651696 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR651697 2 0.562 0.660 0.000 0.692 0.308
#> SRR651698 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR651699 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651700 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651701 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651702 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651703 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651704 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR578651 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR578652 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR578653 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR578654 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651705 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651706 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651707 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR651708 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045619 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045620 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045621 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220501 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220502 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220503 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220504 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220505 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220506 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220507 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220508 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577595 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577596 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577597 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577598 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577599 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR578631 2 0.210 0.545 0.004 0.944 0.052
#> SRR578632 2 0.210 0.545 0.004 0.944 0.052
#> SRR578633 2 0.210 0.545 0.004 0.944 0.052
#> SRR578634 2 0.210 0.545 0.004 0.944 0.052
#> SRR651665 2 0.210 0.545 0.004 0.944 0.052
#> SRR651666 2 0.210 0.545 0.004 0.944 0.052
#> SRR651667 2 0.210 0.545 0.004 0.944 0.052
#> SRR651668 2 0.210 0.545 0.004 0.944 0.052
#> SRR577579 2 0.319 0.597 0.000 0.888 0.112
#> SRR577580 2 0.319 0.597 0.000 0.888 0.112
#> SRR577581 2 0.319 0.597 0.000 0.888 0.112
#> SRR577582 2 0.319 0.597 0.000 0.888 0.112
#> SRR577583 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577584 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577585 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577586 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR577591 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR577592 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR577593 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR577594 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.406 0.863 0.836 0.164 0.000
#> SRR578636 1 0.355 0.886 0.868 0.132 0.000
#> SRR578637 1 0.424 0.854 0.824 0.176 0.000
#> SRR578638 1 0.394 0.869 0.844 0.156 0.000
#> SRR651669 1 0.497 0.803 0.764 0.236 0.000
#> SRR651670 1 0.445 0.841 0.808 0.192 0.000
#> SRR651671 1 0.470 0.824 0.788 0.212 0.000
#> SRR651672 1 0.502 0.800 0.760 0.240 0.000
#> SRR486237 2 0.470 0.644 0.000 0.788 0.212
#> SRR1057691 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR486238 2 0.470 0.644 0.000 0.788 0.212
#> SRR1057692 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR486239 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR486240 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR488136 2 0.533 0.672 0.000 0.728 0.272
#> SRR488137 2 0.533 0.672 0.000 0.728 0.272
#> SRR486241 2 0.543 0.676 0.000 0.716 0.284
#> SRR486242 2 0.543 0.676 0.000 0.716 0.284
#> SRR488684 2 0.355 0.611 0.000 0.868 0.132
#> SRR488685 2 0.355 0.611 0.000 0.868 0.132
#> SRR651673 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR578639 3 0.631 -0.667 0.000 0.492 0.508
#> SRR578640 3 0.631 -0.667 0.000 0.492 0.508
#> SRR578641 3 0.631 -0.667 0.000 0.492 0.508
#> SRR578642 3 0.631 -0.667 0.000 0.492 0.508
#> SRR1045526 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1045527 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1045528 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1045529 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220381 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220382 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220383 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220384 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220385 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220386 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220387 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220388 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1045530 1 0.148 0.947 0.968 0.020 0.012
#> SRR1045531 1 0.134 0.950 0.972 0.016 0.012
#> SRR1045532 1 0.134 0.950 0.972 0.016 0.012
#> SRR1045533 1 0.148 0.947 0.968 0.020 0.012
#> SRR1220389 1 0.162 0.944 0.964 0.024 0.012
#> SRR1220390 1 0.162 0.944 0.964 0.024 0.012
#> SRR1220391 1 0.148 0.947 0.968 0.020 0.012
#> SRR1220392 1 0.134 0.950 0.972 0.016 0.012
#> SRR1220393 1 0.175 0.940 0.960 0.028 0.012
#> SRR1220394 1 0.162 0.944 0.964 0.024 0.012
#> SRR1220395 1 0.148 0.947 0.968 0.020 0.012
#> SRR1220396 1 0.134 0.950 0.972 0.016 0.012
#> SRR1045570 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045571 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045572 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045573 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220397 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220398 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220399 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220400 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220401 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220402 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220403 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220404 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045574 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045575 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045576 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045577 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220405 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220406 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220407 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220408 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220409 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220410 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220411 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220412 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045582 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045583 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045584 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045585 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220421 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220422 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220423 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220424 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220425 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220426 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220427 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220428 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1054856 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1054857 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1054858 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1054859 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1220429 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1220430 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1220431 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1220432 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1220433 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1220434 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1220435 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1220436 2 0.630 0.731 0.000 0.516 0.484
#> SRR1045586 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1045587 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1045588 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1045589 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220438 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220439 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220441 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220442 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220443 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1220444 2 0.348 0.593 0.000 0.872 0.128
#> SRR1045594 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045595 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045596 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045597 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220453 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220454 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220455 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220456 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220457 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220458 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220459 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220460 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045598 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1045599 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1045600 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1045601 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220461 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220462 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220463 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220464 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220465 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220466 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220467 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220468 2 0.263 0.575 0.000 0.916 0.084
#> SRR1045602 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045603 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045604 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045605 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220469 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220470 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220471 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220472 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220473 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220474 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220475 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220476 3 0.000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045607 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045608 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045609 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220477 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220478 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220479 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220480 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220481 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220482 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220483 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220484 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045614 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR651662 2 0.595 0.432 0.000 0.640 0.360
#> SRR651663 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR651664 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045522 2 0.424 0.628 0.000 0.824 0.176
#> SRR1045523 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1045524 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1045525 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1220373 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1220374 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1220375 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1220376 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1220377 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1220378 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1220379 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1220380 2 0.406 0.623 0.000 0.836 0.164
#> SRR1045578 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 2 0.627 0.532 0.000 0.544 0.456
#> SRR1045591 2 0.627 0.532 0.000 0.544 0.456
#> SRR1045592 2 0.627 0.532 0.000 0.544 0.456
#> SRR1045593 2 0.628 0.523 0.000 0.540 0.460
#> SRR1220445 2 0.630 0.484 0.000 0.524 0.476
#> SRR1220446 2 0.629 0.505 0.000 0.532 0.468
#> SRR1220447 2 0.627 0.532 0.000 0.544 0.456
#> SRR1220448 2 0.629 0.505 0.000 0.532 0.468
#> SRR1220449 2 0.627 0.532 0.000 0.544 0.456
#> SRR1220450 2 0.629 0.505 0.000 0.532 0.468
#> SRR1220451 2 0.630 0.474 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220452 2 0.630 0.495 0.000 0.528 0.472
#> SRR1045610 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045611 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045612 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1045613 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220485 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220486 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220487 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220488 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220489 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220490 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220491 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
#> SRR1220492 2 0.630 0.737 0.000 0.520 0.480
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.0921 0.2367 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR020288 4 0.1940 0.2533 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR020289 4 0.1792 0.2506 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR020290 4 0.1474 0.2449 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR020291 4 0.1792 0.2506 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR020285 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1057683 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1057684 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR020292 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR020293 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR020294 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR020295 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR020286 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1057689 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1057690 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1057685 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1057686 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1057687 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1057688 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR578643 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR578644 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR578645 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR578646 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651679 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651680 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651681 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651682 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR578627 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR578628 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR578629 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR578630 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651692 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651693 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651694 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR596098 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR596099 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR596100 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR596101 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651683 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651684 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651685 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651686 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR596102 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR596103 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR596104 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR596105 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR651687 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR651688 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR651689 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR578647 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR578648 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR578649 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR578650 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651691 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577587 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR577588 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR577589 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR577590 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR596106 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR596107 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR596108 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR596109 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR651695 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR651696 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR651697 4 0.4252 0.1396 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR651698 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR651699 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651700 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651701 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651702 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651703 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651704 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR578651 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR578652 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR578653 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR578654 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651705 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651706 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651707 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR651708 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045618 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045619 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045620 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045621 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220501 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220502 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220503 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220504 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220505 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220506 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220507 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220508 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577595 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577596 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577597 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577598 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577599 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578631 4 0.3402 0.1667 0.000 0.164 0.004 0.832
#> SRR578632 4 0.3448 0.1657 0.000 0.168 0.004 0.828
#> SRR578633 4 0.3448 0.1657 0.000 0.168 0.004 0.828
#> SRR578634 4 0.3402 0.1667 0.000 0.164 0.004 0.832
#> SRR651665 4 0.3494 0.1646 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR651666 4 0.3494 0.1646 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR651667 4 0.3402 0.1667 0.000 0.164 0.004 0.832
#> SRR651668 4 0.3494 0.1646 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR577579 4 0.3806 0.1571 0.000 0.156 0.020 0.824
#> SRR577580 4 0.3806 0.1571 0.000 0.156 0.020 0.824
#> SRR577581 4 0.3806 0.1571 0.000 0.156 0.020 0.824
#> SRR577582 4 0.3806 0.1571 0.000 0.156 0.020 0.824
#> SRR577583 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577584 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577585 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577586 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR577591 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR577592 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR577593 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR577594 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR578635 1 0.3726 0.7802 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR578636 1 0.3266 0.8218 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR578637 1 0.3975 0.7528 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR578638 1 0.3610 0.7932 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR651669 1 0.4643 0.6314 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR651670 1 0.4164 0.7268 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR651671 1 0.4250 0.7133 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR651672 1 0.4679 0.6212 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR486237 4 0.0817 0.2383 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1057691 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR486238 4 0.0817 0.2383 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1057692 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR486239 4 0.7034 -0.0141 0.000 0.204 0.220 0.576
#> SRR486240 4 0.7034 -0.0141 0.000 0.204 0.220 0.576
#> SRR488136 4 0.0921 0.2367 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR488137 4 0.0921 0.2367 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR486241 4 0.0921 0.2367 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR486242 4 0.0921 0.2367 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR488684 4 0.3497 0.1704 0.000 0.124 0.024 0.852
#> SRR488685 4 0.3813 0.1603 0.000 0.148 0.024 0.828
#> SRR651673 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578639 4 0.7472 -0.8183 0.000 0.396 0.176 0.428
#> SRR578640 4 0.7472 -0.8183 0.000 0.396 0.176 0.428
#> SRR578641 4 0.7472 -0.8183 0.000 0.396 0.176 0.428
#> SRR578642 4 0.7472 -0.8183 0.000 0.396 0.176 0.428
#> SRR1045526 4 0.4830 0.1682 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1045527 4 0.4843 0.1665 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1045528 4 0.4843 0.1665 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1045529 4 0.4843 0.1665 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220381 4 0.4855 0.1644 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1220382 4 0.4843 0.1665 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220383 4 0.4855 0.1644 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1220384 4 0.4843 0.1665 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220385 4 0.4843 0.1665 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220386 4 0.4855 0.1644 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1220387 4 0.4855 0.1644 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1220388 4 0.4855 0.1644 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1045530 1 0.0469 0.9478 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1045531 1 0.0469 0.9478 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1045532 1 0.0469 0.9478 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1045533 1 0.0592 0.9447 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220389 1 0.0707 0.9410 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220390 1 0.0707 0.9410 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220391 1 0.0592 0.9447 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220392 1 0.0469 0.9478 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1220393 1 0.0921 0.9319 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220394 1 0.0707 0.9410 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1220395 1 0.0592 0.9447 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220396 1 0.0469 0.9478 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1045570 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045571 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045572 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045573 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220397 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220398 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220399 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220400 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220401 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220402 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220403 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220404 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045574 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045575 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045576 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045577 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220405 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220406 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220407 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220408 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220409 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220410 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220411 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220412 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045582 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1045583 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1045584 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1045585 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1220421 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1220422 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1220423 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1220424 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1220425 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1220426 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1220427 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1220428 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1054856 4 0.5805 -0.5520 0.000 0.388 0.036 0.576
#> SRR1054857 4 0.5805 -0.5520 0.000 0.388 0.036 0.576
#> SRR1054858 4 0.5805 -0.5520 0.000 0.388 0.036 0.576
#> SRR1054859 4 0.5805 -0.5520 0.000 0.388 0.036 0.576
#> SRR1220429 4 0.5735 -0.5603 0.000 0.392 0.032 0.576
#> SRR1220430 4 0.5735 -0.5603 0.000 0.392 0.032 0.576
#> SRR1220431 4 0.5735 -0.5608 0.000 0.392 0.032 0.576
#> SRR1220432 4 0.5735 -0.5603 0.000 0.392 0.032 0.576
#> SRR1220433 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1220434 4 0.5735 -0.5603 0.000 0.392 0.032 0.576
#> SRR1220435 4 0.5735 -0.5603 0.000 0.392 0.032 0.576
#> SRR1220436 4 0.5660 -0.5691 0.000 0.396 0.028 0.576
#> SRR1045586 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1045587 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1045588 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1045589 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1220438 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1220439 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1220441 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1220442 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1220443 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1220444 4 0.4679 0.1819 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1045594 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045595 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045596 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045597 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220453 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220454 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220455 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220456 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220457 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220458 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220459 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220460 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045598 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1045599 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1045600 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1045601 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220461 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220462 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220463 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220464 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220465 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220466 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220467 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220468 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1045602 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045603 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045604 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045605 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220469 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220470 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220471 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220472 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220473 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220474 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220475 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1220476 3 0.4843 1.0000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1045606 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045607 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045608 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045609 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220477 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220478 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220479 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220480 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220481 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220482 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220483 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220484 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045614 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651662 4 0.7629 -0.8069 0.000 0.396 0.204 0.400
#> SRR651663 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR651664 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045522 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1045523 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1045524 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1045525 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220373 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220374 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220375 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220376 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220377 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220378 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220379 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1220380 4 0.4072 0.1399 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1045578 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.9543 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 2 0.6627 0.9942 0.000 0.504 0.084 0.412
#> SRR1045591 2 0.6627 0.9942 0.000 0.504 0.084 0.412
#> SRR1045592 2 0.6627 0.9942 0.000 0.504 0.084 0.412
#> SRR1045593 2 0.6627 0.9942 0.000 0.504 0.084 0.412
#> SRR1220445 2 0.6621 0.9920 0.000 0.508 0.084 0.408
#> SRR1220446 2 0.6575 0.9947 0.000 0.508 0.080 0.412
#> SRR1220447 2 0.6575 0.9947 0.000 0.508 0.080 0.412
#> SRR1220448 2 0.6575 0.9947 0.000 0.508 0.080 0.412
#> SRR1220449 2 0.6575 0.9947 0.000 0.508 0.080 0.412
#> SRR1220450 2 0.6575 0.9947 0.000 0.508 0.080 0.412
#> SRR1220451 2 0.6621 0.9920 0.000 0.508 0.084 0.408
#> SRR1220452 2 0.6621 0.9920 0.000 0.508 0.084 0.408
#> SRR1045610 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045611 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045612 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1045613 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220485 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220486 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220487 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220488 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220489 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220490 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220491 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1220492 4 0.4916 0.4398 0.000 0.000 0.424 0.576
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 2 0.4990 0.298 0.360 0.600 0.000 0.040 0.000
#> SRR020288 2 0.4135 0.404 0.340 0.656 0.000 0.004 0.000
#> SRR020289 2 0.4151 0.395 0.344 0.652 0.000 0.004 0.000
#> SRR020290 2 0.4733 0.349 0.348 0.624 0.000 0.028 0.000
#> SRR020291 2 0.4283 0.379 0.348 0.644 0.000 0.008 0.000
#> SRR020285 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020293 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020294 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020295 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020286 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.1478 0.822 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR578644 2 0.0963 0.841 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR578645 2 0.0703 0.848 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR578646 2 0.0880 0.843 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR651679 2 0.1478 0.822 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR651680 2 0.2690 0.750 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR651681 2 0.1197 0.833 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR651682 2 0.2732 0.746 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577587 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596107 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596108 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596109 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651695 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651696 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651697 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651698 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577600 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577601 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577602 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578631 1 0.6582 0.335 0.416 0.376 0.000 0.208 0.000
#> SRR578632 1 0.6596 0.342 0.416 0.372 0.000 0.212 0.000
#> SRR578633 1 0.6596 0.342 0.416 0.372 0.000 0.212 0.000
#> SRR578634 1 0.6582 0.335 0.416 0.376 0.000 0.208 0.000
#> SRR651665 1 0.6646 0.362 0.416 0.356 0.000 0.228 0.000
#> SRR651666 1 0.6635 0.357 0.416 0.360 0.000 0.224 0.000
#> SRR651667 1 0.6551 0.322 0.416 0.384 0.000 0.200 0.000
#> SRR651668 1 0.6667 0.370 0.416 0.348 0.000 0.236 0.000
#> SRR577579 1 0.6480 0.291 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000
#> SRR577580 1 0.6480 0.291 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000
#> SRR577581 1 0.6480 0.291 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000
#> SRR577582 1 0.6480 0.291 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577592 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577593 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577594 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578635 5 0.3395 0.703 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR578636 5 0.2929 0.775 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR578637 5 0.3586 0.662 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR578638 5 0.3424 0.698 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR651669 5 0.4045 0.494 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR651670 5 0.3730 0.624 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR651671 5 0.3774 0.609 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR651672 5 0.4060 0.486 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR486237 1 0.4302 0.124 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.4304 0.111 0.516 0.484 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 2 0.3143 0.677 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR486240 2 0.3143 0.677 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR488136 2 0.4599 0.275 0.384 0.600 0.000 0.016 0.000
#> SRR488137 2 0.4599 0.275 0.384 0.600 0.000 0.016 0.000
#> SRR486241 2 0.5043 0.301 0.356 0.600 0.000 0.044 0.000
#> SRR486242 2 0.5043 0.301 0.356 0.600 0.000 0.044 0.000
#> SRR488684 1 0.6439 0.273 0.416 0.408 0.000 0.176 0.000
#> SRR488685 1 0.6480 0.291 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000
#> SRR651673 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651674 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651675 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651676 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651677 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651678 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578639 3 0.4182 0.285 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR578640 3 0.4182 0.285 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR578641 3 0.4182 0.285 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR578642 3 0.4182 0.285 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 5 0.0404 0.941 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045531 5 0.0404 0.941 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045532 5 0.0404 0.941 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045533 5 0.0510 0.937 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1220389 5 0.0510 0.937 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1220390 5 0.0510 0.937 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1220391 5 0.0404 0.941 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220392 5 0.0404 0.941 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220393 5 0.0703 0.927 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1220394 5 0.0510 0.937 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1220395 5 0.0510 0.937 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1220396 5 0.0404 0.941 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045570 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1045583 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1045584 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1045585 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1220421 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1220422 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1220423 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1220424 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1220425 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1220426 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1220427 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1220428 2 0.4182 0.478 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1054856 2 0.4161 0.372 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1054857 2 0.4161 0.372 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1054858 2 0.4161 0.372 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1054859 2 0.4161 0.372 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1220429 2 0.4171 0.363 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220430 2 0.4171 0.363 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220431 2 0.4171 0.363 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220432 2 0.4171 0.363 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220433 2 0.4182 0.353 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1220434 2 0.4171 0.363 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220435 2 0.4171 0.363 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1220436 2 0.4182 0.353 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045599 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045600 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045601 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220461 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220462 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220463 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220464 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220465 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220466 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220467 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220468 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651662 3 0.4182 0.285 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR651663 2 0.3003 0.721 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR651664 2 0.3039 0.717 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1045522 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045523 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045524 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045525 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220373 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220374 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220375 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220376 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220377 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220378 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220379 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220380 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045578 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045590 3 0.6177 0.137 0.000 0.400 0.464 0.136 0.000
#> SRR1045591 3 0.6177 0.137 0.000 0.400 0.464 0.136 0.000
#> SRR1045592 3 0.6207 0.132 0.000 0.400 0.460 0.140 0.000
#> SRR1045593 3 0.6207 0.132 0.000 0.400 0.460 0.140 0.000
#> SRR1220445 3 0.6368 0.101 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000
#> SRR1220446 3 0.6368 0.101 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000
#> SRR1220447 3 0.6368 0.101 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000
#> SRR1220448 3 0.6368 0.101 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000
#> SRR1220449 3 0.6368 0.101 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000
#> SRR1220450 3 0.6368 0.101 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000
#> SRR1220451 3 0.6368 0.101 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000
#> SRR1220452 3 0.6368 0.101 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 2 0.4482 0.306 0.360 0.600 0.000 0.040 0.000 0
#> SRR020288 2 0.3714 0.412 0.340 0.656 0.000 0.004 0.000 0
#> SRR020289 2 0.3728 0.403 0.344 0.652 0.000 0.004 0.000 0
#> SRR020290 2 0.4251 0.357 0.348 0.624 0.000 0.028 0.000 0
#> SRR020291 2 0.3847 0.387 0.348 0.644 0.000 0.008 0.000 0
#> SRR020285 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057683 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057684 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR020292 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR020293 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR020294 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR020295 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR020286 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057689 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057690 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057685 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057686 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057687 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057688 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR578643 2 0.1327 0.827 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0
#> SRR578644 2 0.0865 0.846 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0
#> SRR578645 2 0.0632 0.853 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0
#> SRR578646 2 0.0790 0.848 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0
#> SRR651679 2 0.1327 0.827 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0
#> SRR651680 2 0.2416 0.756 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0
#> SRR651681 2 0.1075 0.838 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0
#> SRR651682 2 0.2454 0.752 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0
#> SRR578627 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR578628 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR578629 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR578630 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR651692 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR651693 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR651694 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR596098 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR596099 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR596100 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR596101 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR651683 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR651684 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR651685 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR651686 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR596102 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR596103 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR596104 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR596105 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR651687 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR651688 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR651689 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR578647 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR578648 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR578649 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR578650 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR651691 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577587 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR577588 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR577589 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR577590 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR596106 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR596107 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR596108 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR596109 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR651695 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR651696 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR651697 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR651698 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR651699 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR651700 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR651701 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR651702 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR651703 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR651704 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR578651 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR578652 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR578653 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR578654 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR651705 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR651706 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR651707 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR651708 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045618 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045619 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045620 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045621 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220501 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220502 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220503 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220504 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220505 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220506 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220507 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220508 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577595 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577596 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577597 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577598 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577599 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR577600 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR577601 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR577602 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR578631 1 0.5912 0.331 0.416 0.376 0.000 0.208 0.000 0
#> SRR578632 1 0.5925 0.337 0.416 0.372 0.000 0.212 0.000 0
#> SRR578633 1 0.5925 0.337 0.416 0.372 0.000 0.212 0.000 0
#> SRR578634 1 0.5912 0.331 0.416 0.376 0.000 0.208 0.000 0
#> SRR651665 1 0.5970 0.358 0.416 0.356 0.000 0.228 0.000 0
#> SRR651666 1 0.5959 0.353 0.416 0.360 0.000 0.224 0.000 0
#> SRR651667 1 0.5884 0.317 0.416 0.384 0.000 0.200 0.000 0
#> SRR651668 1 0.5988 0.366 0.416 0.348 0.000 0.236 0.000 0
#> SRR577579 1 0.5820 0.286 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000 0
#> SRR577580 1 0.5820 0.286 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000 0
#> SRR577581 1 0.5820 0.286 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000 0
#> SRR577582 1 0.5820 0.286 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000 0
#> SRR577583 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577584 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577585 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577586 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR577591 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR577592 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR577593 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR577594 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR578635 5 0.3050 0.703 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0
#> SRR578636 5 0.2631 0.775 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820 0
#> SRR578637 5 0.3221 0.662 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0
#> SRR578638 5 0.3076 0.698 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0
#> SRR651669 5 0.3634 0.494 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644 0
#> SRR651670 5 0.3351 0.624 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0
#> SRR651671 5 0.3390 0.609 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0
#> SRR651672 5 0.3647 0.486 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640 0
#> SRR486237 1 0.3864 0.117 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057691 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR486238 1 0.3866 0.104 0.516 0.484 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1057692 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR486239 2 0.2823 0.672 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000 0
#> SRR486240 2 0.2823 0.672 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000 0
#> SRR488136 2 0.4131 0.284 0.384 0.600 0.000 0.016 0.000 0
#> SRR488137 2 0.4131 0.284 0.384 0.600 0.000 0.016 0.000 0
#> SRR486241 2 0.4530 0.310 0.356 0.600 0.000 0.044 0.000 0
#> SRR486242 2 0.4530 0.310 0.356 0.600 0.000 0.044 0.000 0
#> SRR488684 1 0.5784 0.268 0.416 0.408 0.000 0.176 0.000 0
#> SRR488685 1 0.5820 0.286 0.416 0.400 0.000 0.184 0.000 0
#> SRR651673 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR651674 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR651675 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR651676 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR651677 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR651678 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR578639 3 0.3756 0.344 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0
#> SRR578640 3 0.3756 0.344 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0
#> SRR578641 3 0.3756 0.344 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0
#> SRR578642 3 0.3756 0.344 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0
#> SRR1045526 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045527 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045528 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045529 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220381 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220382 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220383 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220384 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220385 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220386 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220387 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220388 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045530 5 0.0363 0.939 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0
#> SRR1045531 5 0.0363 0.939 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0
#> SRR1045532 5 0.0363 0.939 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0
#> SRR1045533 5 0.0458 0.935 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0
#> SRR1220389 5 0.0458 0.935 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0
#> SRR1220390 5 0.0458 0.935 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0
#> SRR1220391 5 0.0363 0.939 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0
#> SRR1220392 5 0.0363 0.939 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0
#> SRR1220393 5 0.0632 0.925 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0
#> SRR1220394 5 0.0458 0.935 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0
#> SRR1220395 5 0.0458 0.935 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0
#> SRR1220396 5 0.0363 0.939 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0
#> SRR1045570 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1045571 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1045572 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1045573 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220397 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220398 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220399 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220400 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220401 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220402 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220403 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220404 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1045574 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045575 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045576 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045577 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220405 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220406 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220407 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220408 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220409 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220410 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220411 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220412 3 0.0000 0.757 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045582 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1045583 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1045584 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1045585 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1220421 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1220422 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1220423 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1220424 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1220425 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1220426 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1220427 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1220428 2 0.3756 0.485 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0
#> SRR1054856 2 0.3737 0.322 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000 0
#> SRR1054857 2 0.3737 0.322 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000 0
#> SRR1054858 2 0.3737 0.322 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000 0
#> SRR1054859 2 0.3737 0.322 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000 0
#> SRR1220429 2 0.3747 0.312 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0
#> SRR1220430 2 0.3747 0.312 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0
#> SRR1220431 2 0.3747 0.312 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0
#> SRR1220432 2 0.3747 0.312 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0
#> SRR1220433 2 0.3756 0.302 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000 0
#> SRR1220434 2 0.3747 0.312 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0
#> SRR1220435 2 0.3747 0.312 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0
#> SRR1220436 2 0.3756 0.302 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000 0
#> SRR1045586 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045587 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045588 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045589 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220438 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220439 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220441 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220442 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220443 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220444 1 0.0000 0.713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045594 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045595 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045596 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045597 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220453 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220454 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220455 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220456 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220457 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220458 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220459 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220460 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045598 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1045599 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1045600 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1045601 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220461 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220462 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220463 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220464 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220465 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220466 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220467 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220468 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1045602 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1045603 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1045604 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1045605 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220469 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220470 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220471 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220472 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220473 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220474 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220475 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1220476 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1045606 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045607 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045608 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045609 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220477 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220478 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220479 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220480 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220481 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220482 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220483 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220484 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045614 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1045615 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1045616 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1045617 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220493 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220494 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220495 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220496 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220497 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220498 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220499 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220500 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR651662 3 0.3756 0.344 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0
#> SRR651663 2 0.2697 0.727 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0
#> SRR651664 2 0.2730 0.723 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0
#> SRR1045522 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1045523 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1045524 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1045525 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220373 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220374 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220375 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220376 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220377 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220378 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220379 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1220380 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1045578 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1045579 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1045580 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1045581 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220413 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220414 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220415 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220416 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220417 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220418 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220419 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1220420 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1045590 3 0.5602 0.266 0.000 0.400 0.456 0.144 0.000 0
#> SRR1045591 3 0.5575 0.268 0.000 0.400 0.460 0.140 0.000 0
#> SRR1045592 3 0.5627 0.263 0.000 0.400 0.452 0.148 0.000 0
#> SRR1045593 3 0.5602 0.266 0.000 0.400 0.456 0.144 0.000 0
#> SRR1220445 3 0.5720 0.251 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000 0
#> SRR1220446 3 0.5720 0.251 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000 0
#> SRR1220447 3 0.5720 0.251 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000 0
#> SRR1220448 3 0.5720 0.251 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000 0
#> SRR1220449 3 0.5720 0.251 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000 0
#> SRR1220450 3 0.5720 0.251 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000 0
#> SRR1220451 3 0.5720 0.251 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000 0
#> SRR1220452 3 0.5720 0.251 0.000 0.400 0.436 0.164 0.000 0
#> SRR1045610 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045611 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045612 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1045613 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220485 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220486 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220487 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220488 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220489 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220490 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220491 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1220492 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.413 0.425 0.734 0.432 0.539 0.539
#> 3 3 0.471 0.800 0.851 0.455 0.819 0.666
#> 4 4 0.653 0.832 0.885 0.088 0.932 0.816
#> 5 5 0.685 0.526 0.749 0.113 0.831 0.515
#> 6 6 0.763 0.609 0.785 0.052 0.881 0.551
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.3114 0.407 0.944 0.056
#> SRR020288 1 0.3114 0.407 0.944 0.056
#> SRR020289 1 0.3114 0.407 0.944 0.056
#> SRR020290 1 0.3114 0.407 0.944 0.056
#> SRR020291 1 0.3114 0.407 0.944 0.056
#> SRR020285 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1057683 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1057684 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR020292 2 0.9608 0.990 0.384 0.616
#> SRR020293 2 0.9608 0.990 0.384 0.616
#> SRR020294 2 0.9608 0.990 0.384 0.616
#> SRR020295 2 0.9608 0.990 0.384 0.616
#> SRR020286 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1057689 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1057690 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1057685 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1057686 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1057687 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1057688 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578643 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578644 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578645 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578646 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR651679 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR651680 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR651681 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR651682 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578627 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR578628 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR578629 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR578630 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651692 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651693 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651694 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR596098 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR596099 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR596100 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR596101 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR651683 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR651684 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR651685 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR651686 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR596102 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR596103 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR596104 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR596105 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR651687 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR651688 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR651689 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR578647 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578648 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578649 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578650 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR651691 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR577587 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR577588 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR577589 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR577590 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR596106 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR596107 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR596108 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR596109 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR651695 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR651696 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR651697 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR651698 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR651699 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651700 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651701 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651702 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651703 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651704 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR578651 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR578652 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR578653 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR578654 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651705 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651706 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651707 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR651708 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045618 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1045619 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1045620 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1045621 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220501 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220502 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220503 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220504 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220505 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220506 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220507 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220508 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR577595 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR577596 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR577597 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR577598 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR577599 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR577600 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR577601 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR577602 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR578631 1 0.2603 0.416 0.956 0.044
#> SRR578632 1 0.2603 0.416 0.956 0.044
#> SRR578633 1 0.2603 0.416 0.956 0.044
#> SRR578634 1 0.2603 0.416 0.956 0.044
#> SRR651665 1 0.2603 0.416 0.956 0.044
#> SRR651666 1 0.2603 0.416 0.956 0.044
#> SRR651667 1 0.2603 0.416 0.956 0.044
#> SRR651668 1 0.2603 0.416 0.956 0.044
#> SRR577579 1 0.4022 0.480 0.920 0.080
#> SRR577580 1 0.4022 0.480 0.920 0.080
#> SRR577581 1 0.4022 0.480 0.920 0.080
#> SRR577582 1 0.4022 0.480 0.920 0.080
#> SRR577583 2 0.9661 0.983 0.392 0.608
#> SRR577584 2 0.9661 0.983 0.392 0.608
#> SRR577585 2 0.9661 0.983 0.392 0.608
#> SRR577586 2 0.9661 0.983 0.392 0.608
#> SRR577591 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR577592 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR577593 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR577594 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR578635 1 0.8443 0.534 0.728 0.272
#> SRR578636 1 0.8443 0.534 0.728 0.272
#> SRR578637 1 0.8443 0.534 0.728 0.272
#> SRR578638 1 0.8443 0.534 0.728 0.272
#> SRR651669 1 0.8443 0.534 0.728 0.272
#> SRR651670 1 0.8443 0.534 0.728 0.272
#> SRR651671 1 0.8443 0.534 0.728 0.272
#> SRR651672 1 0.8443 0.534 0.728 0.272
#> SRR486237 1 0.2603 0.423 0.956 0.044
#> SRR1057691 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR486238 1 0.2603 0.423 0.956 0.044
#> SRR1057692 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR486239 2 0.9608 0.990 0.384 0.616
#> SRR486240 2 0.9608 0.990 0.384 0.616
#> SRR488136 1 0.3114 0.407 0.944 0.056
#> SRR488137 1 0.3114 0.407 0.944 0.056
#> SRR486241 1 0.3114 0.406 0.944 0.056
#> SRR486242 1 0.2948 0.410 0.948 0.052
#> SRR488684 1 0.2043 0.428 0.968 0.032
#> SRR488685 1 0.2043 0.428 0.968 0.032
#> SRR651673 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR651674 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR651675 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR651676 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR651677 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR651678 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR578639 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578640 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578641 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR578642 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045526 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1045527 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1045528 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1045529 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220381 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220382 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220383 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220384 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220385 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220386 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220387 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220388 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1045530 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045531 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045532 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045533 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220389 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220390 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220391 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220392 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220393 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220394 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220395 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220396 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045570 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045571 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045572 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045573 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220397 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220398 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220399 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220400 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220401 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220402 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220403 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220404 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045574 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045575 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045576 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045577 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220405 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220406 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220407 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220408 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220409 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220410 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220411 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220412 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045582 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045583 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045584 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045585 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220421 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220422 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220423 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220424 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220425 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220426 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220427 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220428 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1054856 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1054857 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1054858 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1054859 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220429 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220430 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220431 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220432 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220433 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220434 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220435 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220436 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045586 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1045587 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1045588 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1045589 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220438 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220439 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220441 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220442 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220443 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1220444 1 0.9815 0.540 0.580 0.420
#> SRR1045594 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045595 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045596 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045597 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220453 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220454 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220455 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220456 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220457 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220458 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220459 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220460 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045598 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1045599 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1045600 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1045601 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220461 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220462 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220463 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220464 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220465 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220466 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220467 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220468 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1045602 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045603 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045604 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045605 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220469 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220470 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220471 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220472 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220473 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220474 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220475 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1220476 1 0.9944 -0.588 0.544 0.456
#> SRR1045606 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1045607 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1045608 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1045609 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220477 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220478 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220479 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220480 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220481 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220482 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220483 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1220484 2 0.9635 0.987 0.388 0.612
#> SRR1045614 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045615 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045616 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045617 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220493 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220494 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220495 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220496 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220497 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220498 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220499 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220500 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR651662 1 0.9881 -0.552 0.564 0.436
#> SRR651663 1 0.9933 -0.583 0.548 0.452
#> SRR651664 1 0.9933 -0.583 0.548 0.452
#> SRR1045522 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1045523 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1045524 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1045525 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220373 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220374 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220375 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220376 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220377 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220378 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220379 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1220380 1 0.0672 0.443 0.992 0.008
#> SRR1045578 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045579 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045580 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045581 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220413 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220414 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220415 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220416 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220417 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220418 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220419 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1220420 1 0.9580 0.539 0.620 0.380
#> SRR1045590 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1045591 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1045592 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1045593 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1220445 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1220446 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1220447 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1220448 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1220449 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1220450 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1220451 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1220452 1 0.9732 -0.500 0.596 0.404
#> SRR1045610 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045611 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045612 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1045613 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220485 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220486 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220487 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220488 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220489 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220490 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220491 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
#> SRR1220492 2 0.9580 0.996 0.380 0.620
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.6798 0.685 0.696 0.256 0.048
#> SRR020288 1 0.6869 0.680 0.688 0.264 0.048
#> SRR020289 1 0.6869 0.680 0.688 0.264 0.048
#> SRR020290 1 0.6798 0.685 0.696 0.256 0.048
#> SRR020291 1 0.6834 0.683 0.692 0.260 0.048
#> SRR020285 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0237 0.872 0.000 0.996 0.004
#> SRR1057684 2 0.0237 0.872 0.000 0.996 0.004
#> SRR020292 2 0.4423 0.785 0.088 0.864 0.048
#> SRR020293 2 0.4423 0.785 0.088 0.864 0.048
#> SRR020294 2 0.4423 0.785 0.088 0.864 0.048
#> SRR020295 2 0.4423 0.785 0.088 0.864 0.048
#> SRR020286 2 0.0237 0.872 0.000 0.996 0.004
#> SRR1057689 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0237 0.872 0.000 0.996 0.004
#> SRR1057686 2 0.0237 0.872 0.000 0.996 0.004
#> SRR1057687 2 0.0424 0.871 0.000 0.992 0.008
#> SRR1057688 2 0.0424 0.871 0.000 0.992 0.008
#> SRR578643 2 0.1636 0.867 0.020 0.964 0.016
#> SRR578644 2 0.1636 0.867 0.020 0.964 0.016
#> SRR578645 2 0.1636 0.867 0.020 0.964 0.016
#> SRR578646 2 0.1636 0.867 0.020 0.964 0.016
#> SRR651679 2 0.1636 0.867 0.020 0.964 0.016
#> SRR651680 2 0.1636 0.867 0.020 0.964 0.016
#> SRR651681 2 0.1636 0.867 0.020 0.964 0.016
#> SRR651682 2 0.1636 0.867 0.020 0.964 0.016
#> SRR578627 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR578628 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR578629 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR578630 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651692 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651693 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651694 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR596098 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR596102 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR596103 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR596104 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR596105 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR651687 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR651688 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR651689 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR578647 2 0.0592 0.870 0.000 0.988 0.012
#> SRR578648 2 0.0592 0.870 0.000 0.988 0.012
#> SRR578649 2 0.0592 0.870 0.000 0.988 0.012
#> SRR578650 2 0.0592 0.870 0.000 0.988 0.012
#> SRR651691 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR577587 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR577588 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR577589 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR577590 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR596106 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR596107 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR596108 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR596109 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR651695 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR651696 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR651697 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR651698 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR651699 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651700 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651701 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651702 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651703 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651704 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR578651 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR578652 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR578653 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR578654 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651705 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651706 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651707 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR651708 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045618 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1045619 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1045620 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1045621 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220501 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220502 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220503 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220504 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220505 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220506 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220507 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220508 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR577595 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.7658 0.599 0.588 0.356 0.056
#> SRR578632 1 0.7658 0.599 0.588 0.356 0.056
#> SRR578633 1 0.7658 0.599 0.588 0.356 0.056
#> SRR578634 1 0.7658 0.599 0.588 0.356 0.056
#> SRR651665 1 0.7658 0.599 0.588 0.356 0.056
#> SRR651666 1 0.7658 0.599 0.588 0.356 0.056
#> SRR651667 1 0.7658 0.599 0.588 0.356 0.056
#> SRR651668 1 0.7658 0.599 0.588 0.356 0.056
#> SRR577579 1 0.5650 0.776 0.808 0.084 0.108
#> SRR577580 1 0.5650 0.776 0.808 0.084 0.108
#> SRR577581 1 0.5650 0.776 0.808 0.084 0.108
#> SRR577582 1 0.5650 0.776 0.808 0.084 0.108
#> SRR577583 2 0.6054 0.659 0.180 0.768 0.052
#> SRR577584 2 0.6054 0.659 0.180 0.768 0.052
#> SRR577585 2 0.6054 0.659 0.180 0.768 0.052
#> SRR577586 2 0.6054 0.659 0.180 0.768 0.052
#> SRR577591 3 0.3192 0.995 0.000 0.112 0.888
#> SRR577592 3 0.3192 0.995 0.000 0.112 0.888
#> SRR577593 3 0.3192 0.995 0.000 0.112 0.888
#> SRR577594 3 0.3192 0.995 0.000 0.112 0.888
#> SRR578635 1 0.6448 0.606 0.636 0.012 0.352
#> SRR578636 1 0.6448 0.606 0.636 0.012 0.352
#> SRR578637 1 0.6448 0.606 0.636 0.012 0.352
#> SRR578638 1 0.6448 0.606 0.636 0.012 0.352
#> SRR651669 1 0.6448 0.606 0.636 0.012 0.352
#> SRR651670 1 0.6448 0.606 0.636 0.012 0.352
#> SRR651671 1 0.6448 0.606 0.636 0.012 0.352
#> SRR651672 1 0.6448 0.606 0.636 0.012 0.352
#> SRR486237 1 0.5911 0.764 0.784 0.156 0.060
#> SRR1057691 2 0.0237 0.872 0.000 0.996 0.004
#> SRR486238 1 0.5970 0.762 0.780 0.160 0.060
#> SRR1057692 2 0.0237 0.872 0.000 0.996 0.004
#> SRR486239 2 0.5096 0.790 0.084 0.836 0.080
#> SRR486240 2 0.5263 0.784 0.088 0.828 0.084
#> SRR488136 1 0.6834 0.683 0.692 0.260 0.048
#> SRR488137 1 0.6834 0.683 0.692 0.260 0.048
#> SRR486241 1 0.6869 0.681 0.688 0.264 0.048
#> SRR486242 1 0.6904 0.678 0.684 0.268 0.048
#> SRR488684 1 0.6723 0.693 0.704 0.248 0.048
#> SRR488685 1 0.6685 0.697 0.708 0.244 0.048
#> SRR651673 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR578639 2 0.6895 0.622 0.064 0.708 0.228
#> SRR578640 2 0.6895 0.622 0.064 0.708 0.228
#> SRR578641 2 0.6895 0.622 0.064 0.708 0.228
#> SRR578642 2 0.6853 0.628 0.064 0.712 0.224
#> SRR1045526 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1045527 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1045528 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1045529 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220381 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220382 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220383 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220384 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220385 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220386 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220387 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220388 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1045530 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1045531 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1045532 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1045533 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1220389 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1220390 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1220391 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1220392 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1220393 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1220394 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1220395 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1220396 1 0.1182 0.797 0.976 0.012 0.012
#> SRR1045570 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045571 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045572 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045573 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220397 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220398 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220399 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220400 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220401 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220402 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220403 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220404 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045574 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045575 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045576 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045577 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220405 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220406 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220407 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220408 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220409 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220410 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220411 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220412 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045582 2 0.5356 0.704 0.020 0.784 0.196
#> SRR1045583 2 0.5356 0.704 0.020 0.784 0.196
#> SRR1045584 2 0.5356 0.704 0.020 0.784 0.196
#> SRR1045585 2 0.5356 0.704 0.020 0.784 0.196
#> SRR1220421 2 0.5305 0.709 0.020 0.788 0.192
#> SRR1220422 2 0.5356 0.706 0.020 0.784 0.196
#> SRR1220423 2 0.5305 0.709 0.020 0.788 0.192
#> SRR1220424 2 0.5305 0.709 0.020 0.788 0.192
#> SRR1220425 2 0.5305 0.709 0.020 0.788 0.192
#> SRR1220426 2 0.5305 0.709 0.020 0.788 0.192
#> SRR1220427 2 0.5305 0.709 0.020 0.788 0.192
#> SRR1220428 2 0.5356 0.706 0.020 0.784 0.196
#> SRR1054856 2 0.7372 0.609 0.092 0.688 0.220
#> SRR1054857 2 0.7372 0.609 0.092 0.688 0.220
#> SRR1054858 2 0.7372 0.609 0.092 0.688 0.220
#> SRR1054859 2 0.7372 0.609 0.092 0.688 0.220
#> SRR1220429 2 0.7330 0.614 0.092 0.692 0.216
#> SRR1220430 2 0.7330 0.614 0.092 0.692 0.216
#> SRR1220431 2 0.7330 0.614 0.092 0.692 0.216
#> SRR1220432 2 0.7330 0.614 0.092 0.692 0.216
#> SRR1220433 2 0.7330 0.614 0.092 0.692 0.216
#> SRR1220434 2 0.7330 0.614 0.092 0.692 0.216
#> SRR1220435 2 0.7330 0.614 0.092 0.692 0.216
#> SRR1220436 2 0.7330 0.614 0.092 0.692 0.216
#> SRR1045586 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1045587 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1045588 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1045589 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220438 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220439 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220441 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220442 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220443 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1220444 1 0.5024 0.714 0.776 0.220 0.004
#> SRR1045594 2 0.0747 0.869 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045595 2 0.0747 0.869 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045596 2 0.0747 0.869 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045597 2 0.0747 0.869 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220453 2 0.0592 0.871 0.000 0.988 0.012
#> SRR1220454 2 0.0592 0.871 0.000 0.988 0.012
#> SRR1220455 2 0.0592 0.871 0.000 0.988 0.012
#> SRR1220456 2 0.0747 0.869 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220457 2 0.0892 0.867 0.000 0.980 0.020
#> SRR1220458 2 0.0592 0.871 0.000 0.988 0.012
#> SRR1220459 2 0.0592 0.871 0.000 0.988 0.012
#> SRR1220460 2 0.0592 0.871 0.000 0.988 0.012
#> SRR1045598 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1045599 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1045600 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1045601 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220461 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220462 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220463 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220464 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220465 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220466 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220467 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220468 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1045602 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045603 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045604 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045605 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220469 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220470 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220471 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220472 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220473 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220474 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220475 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1220476 3 0.3116 1.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1045606 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1045607 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1045608 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1045609 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220477 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220478 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220479 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220480 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220481 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220482 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220483 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1220484 2 0.3472 0.831 0.040 0.904 0.056
#> SRR1045614 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR651662 1 0.9702 0.363 0.444 0.320 0.236
#> SRR651663 2 0.6654 -0.234 0.456 0.536 0.008
#> SRR651664 2 0.6793 -0.226 0.452 0.536 0.012
#> SRR1045522 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1045523 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1045524 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1045525 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220373 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220374 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220375 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220376 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220377 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220378 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220379 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1220380 1 0.6295 0.755 0.764 0.164 0.072
#> SRR1045578 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.795 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.7519 0.596 0.568 0.044 0.388
#> SRR1045591 1 0.7597 0.600 0.568 0.048 0.384
#> SRR1045592 1 0.7597 0.600 0.568 0.048 0.384
#> SRR1045593 1 0.7671 0.604 0.568 0.052 0.380
#> SRR1220445 1 0.8352 0.643 0.568 0.100 0.332
#> SRR1220446 1 0.8352 0.643 0.568 0.100 0.332
#> SRR1220447 1 0.8352 0.643 0.568 0.100 0.332
#> SRR1220448 1 0.8352 0.643 0.568 0.100 0.332
#> SRR1220449 1 0.8352 0.643 0.568 0.100 0.332
#> SRR1220450 1 0.8352 0.643 0.568 0.100 0.332
#> SRR1220451 1 0.8352 0.643 0.568 0.100 0.332
#> SRR1220452 1 0.8352 0.643 0.568 0.100 0.332
#> SRR1045610 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.873 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.4477 0.566 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR020288 4 0.4477 0.566 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR020289 4 0.4477 0.566 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR020290 4 0.4477 0.566 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR020291 4 0.4477 0.566 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR020285 2 0.0188 0.791 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1057683 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1057684 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR020292 2 0.4277 0.666 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR020293 2 0.4277 0.666 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR020294 2 0.4277 0.666 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR020295 2 0.4277 0.666 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR020286 2 0.0804 0.789 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1057689 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1057690 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1057685 2 0.0937 0.788 0.012 0.976 0.012 0.000
#> SRR1057686 2 0.0937 0.788 0.012 0.976 0.012 0.000
#> SRR1057687 2 0.0469 0.788 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1057688 2 0.0469 0.788 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR578643 2 0.3945 0.734 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR578644 2 0.3945 0.734 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR578645 2 0.3945 0.734 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR578646 2 0.3945 0.734 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR651679 2 0.3945 0.734 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR651680 2 0.3945 0.734 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR651681 2 0.3945 0.734 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR651682 2 0.3945 0.734 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR578627 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR578628 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR578629 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR578630 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651692 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651693 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651694 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.791 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.791 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.791 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.791 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.791 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0188 0.791 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR596103 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR596104 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR596105 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR651687 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR651688 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR651689 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR578647 2 0.2149 0.789 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR578648 2 0.2149 0.789 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR578649 2 0.2149 0.789 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR578650 2 0.2149 0.789 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR651691 2 0.2149 0.789 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR577587 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR577588 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR577589 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR577590 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR596106 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR596107 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR596108 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR596109 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR651695 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR651696 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR651697 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR651698 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR651699 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651700 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651701 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651702 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651703 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651704 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR578651 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR578652 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR578653 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR578654 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651705 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651706 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651707 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651708 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045618 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1045619 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1045620 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1045621 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220501 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220502 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220503 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220504 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220505 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220506 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220507 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220508 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR577595 2 0.0188 0.791 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR577596 2 0.0188 0.791 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR577597 2 0.0188 0.791 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR577598 2 0.0188 0.791 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR577599 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR577600 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR577601 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR577602 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR578631 4 0.1388 0.870 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR578632 4 0.1388 0.870 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR578633 4 0.1388 0.870 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR578634 4 0.1388 0.870 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR651665 4 0.1388 0.870 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR651666 4 0.1388 0.870 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR651667 4 0.1388 0.870 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR651668 4 0.1388 0.870 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR577579 4 0.0336 0.877 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR577580 4 0.0336 0.877 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR577581 4 0.0336 0.877 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR577582 4 0.0336 0.877 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR577583 2 0.5229 0.420 0.000 0.564 0.008 0.428
#> SRR577584 2 0.5236 0.411 0.000 0.560 0.008 0.432
#> SRR577585 2 0.5229 0.420 0.000 0.564 0.008 0.428
#> SRR577586 2 0.5236 0.411 0.000 0.560 0.008 0.432
#> SRR577591 3 0.1697 0.972 0.004 0.028 0.952 0.016
#> SRR577592 3 0.1697 0.972 0.004 0.028 0.952 0.016
#> SRR577593 3 0.1697 0.972 0.004 0.028 0.952 0.016
#> SRR577594 3 0.1697 0.972 0.004 0.028 0.952 0.016
#> SRR578635 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR578636 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR578637 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR578638 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR651669 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR651670 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR651671 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR651672 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR486237 4 0.2921 0.819 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1057691 2 0.0937 0.788 0.012 0.976 0.012 0.000
#> SRR486238 4 0.2921 0.819 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1057692 2 0.0937 0.788 0.012 0.976 0.012 0.000
#> SRR486239 2 0.4655 0.620 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR486240 2 0.4655 0.620 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR488136 4 0.4477 0.566 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR488137 4 0.4477 0.566 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR486241 4 0.4655 0.556 0.000 0.312 0.004 0.684
#> SRR486242 4 0.4655 0.556 0.000 0.312 0.004 0.684
#> SRR488684 4 0.4454 0.575 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR488685 4 0.4454 0.575 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR651673 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR651674 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR651675 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR651676 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR651677 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR651678 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR578639 2 0.4661 0.553 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR578640 2 0.4643 0.561 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR578641 2 0.4643 0.561 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR578642 2 0.4643 0.561 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1045526 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1045527 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1045528 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1045529 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1220381 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1220382 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1220383 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1220384 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1220385 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1220386 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1220387 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1220388 4 0.1109 0.878 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1045530 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1045531 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1045532 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1045533 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1220389 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1220390 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1220391 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1220392 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1220393 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1220394 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1220395 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1220396 4 0.1022 0.873 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1045570 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045571 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045572 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045573 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220397 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220398 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220399 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220400 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220401 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220402 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220403 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220404 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045574 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045575 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045576 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045577 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220405 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220406 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220407 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220408 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220409 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220410 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220411 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220412 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045582 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1045583 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1045584 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1045585 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1220421 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1220422 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1220423 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1220424 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1220425 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1220426 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1220427 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1220428 2 0.3982 0.731 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1054856 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1054857 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1054858 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1054859 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1220429 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1220430 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1220431 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1220432 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1220433 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1220434 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1220435 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1220436 2 0.5318 0.526 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1045586 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1045587 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1045588 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1045589 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1220438 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1220439 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1220441 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1220442 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1220443 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1220444 4 0.0921 0.879 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1045594 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045595 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045596 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045597 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220453 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220454 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220455 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220456 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220457 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220458 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220459 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220460 2 0.0336 0.790 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045598 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1045599 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1045600 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1045601 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220461 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220462 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220463 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220464 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220465 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220466 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220467 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220468 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1045602 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045603 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045604 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045605 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220469 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220470 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220471 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220472 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220473 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220474 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220475 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1220476 3 0.0921 0.998 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1045606 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1045607 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1045608 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1045609 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220477 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220478 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220479 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220480 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220481 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220482 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220483 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1220484 2 0.4541 0.715 0.060 0.796 0.000 0.144
#> SRR1045614 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1045615 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1045616 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1045617 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220493 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220494 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220495 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220496 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220497 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220498 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220499 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220500 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR651662 4 0.3801 0.711 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR651663 4 0.5437 0.334 0.008 0.356 0.012 0.624
#> SRR651664 4 0.5468 0.299 0.008 0.364 0.012 0.616
#> SRR1045522 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1045523 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1045524 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1045525 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220373 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220374 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220375 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220376 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220377 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220378 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220379 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1220380 4 0.3647 0.834 0.152 0.016 0.000 0.832
#> SRR1045578 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1045579 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1045580 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1045581 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220413 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220414 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220415 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220416 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220417 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220418 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220419 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220420 1 0.3074 1.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1045590 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1045591 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1045592 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1045593 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1220445 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1220446 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1220447 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1220448 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1220449 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1220450 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1220451 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1220452 4 0.2412 0.854 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1045610 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0469 0.791 0.012 0.988 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.663 0.4379 0.416 0.224 0.000 0.360 0.000
#> SRR020288 1 0.663 0.4379 0.416 0.224 0.000 0.360 0.000
#> SRR020289 1 0.663 0.4379 0.416 0.224 0.000 0.360 0.000
#> SRR020290 1 0.663 0.4379 0.416 0.224 0.000 0.360 0.000
#> SRR020291 1 0.663 0.4379 0.416 0.224 0.000 0.360 0.000
#> SRR020285 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1057683 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1057684 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR020292 4 0.189 0.4208 0.004 0.080 0.000 0.916 0.000
#> SRR020293 4 0.189 0.4208 0.004 0.080 0.000 0.916 0.000
#> SRR020294 4 0.189 0.4208 0.004 0.080 0.000 0.916 0.000
#> SRR020295 4 0.189 0.4208 0.004 0.080 0.000 0.916 0.000
#> SRR020286 4 0.430 0.1323 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1057689 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1057690 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1057685 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1057686 4 0.430 0.1284 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1057687 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1057688 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR578643 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578644 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578645 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578646 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651679 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651680 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651681 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651682 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578627 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR596099 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR596100 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR596101 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR651683 4 0.430 0.1284 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR651684 4 0.430 0.1284 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR651685 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR651686 4 0.430 0.1351 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR596102 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR596103 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR596104 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR596105 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR651687 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR651688 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR651689 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR578647 4 0.228 0.4321 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR578648 4 0.228 0.4321 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR578649 4 0.228 0.4321 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR578650 4 0.228 0.4321 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR651691 4 0.228 0.4321 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR577587 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596106 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR596107 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR596108 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR596109 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR651695 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR651696 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR651697 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR651698 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR651699 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1045619 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1045620 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1045621 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220501 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220502 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220503 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220504 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220505 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220506 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220507 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220508 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR577595 2 0.430 -0.0891 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR577596 2 0.430 -0.0891 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR577597 2 0.430 -0.0891 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR577598 2 0.430 -0.0891 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR577599 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577600 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577601 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577602 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578631 1 0.553 0.6684 0.540 0.404 0.000 0.044 0.012
#> SRR578632 1 0.553 0.6684 0.540 0.404 0.000 0.044 0.012
#> SRR578633 1 0.553 0.6684 0.540 0.404 0.000 0.044 0.012
#> SRR578634 1 0.553 0.6684 0.540 0.404 0.000 0.044 0.012
#> SRR651665 1 0.553 0.6684 0.540 0.404 0.000 0.044 0.012
#> SRR651666 1 0.553 0.6684 0.540 0.404 0.000 0.044 0.012
#> SRR651667 1 0.553 0.6684 0.540 0.404 0.000 0.044 0.012
#> SRR651668 1 0.553 0.6684 0.540 0.404 0.000 0.044 0.012
#> SRR577579 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR577580 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR577581 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR577582 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR577583 4 0.391 0.1944 0.004 0.248 0.000 0.740 0.008
#> SRR577584 4 0.391 0.1944 0.004 0.248 0.000 0.740 0.008
#> SRR577585 4 0.391 0.1944 0.004 0.248 0.000 0.740 0.008
#> SRR577586 4 0.391 0.1944 0.004 0.248 0.000 0.740 0.008
#> SRR577591 3 0.377 0.6135 0.000 0.004 0.728 0.268 0.000
#> SRR577592 3 0.377 0.6135 0.000 0.004 0.728 0.268 0.000
#> SRR577593 3 0.377 0.6135 0.000 0.004 0.728 0.268 0.000
#> SRR577594 3 0.377 0.6135 0.000 0.004 0.728 0.268 0.000
#> SRR578635 2 0.518 0.1855 0.020 0.496 0.000 0.472 0.012
#> SRR578636 2 0.518 0.1855 0.020 0.496 0.000 0.472 0.012
#> SRR578637 2 0.518 0.1855 0.020 0.496 0.000 0.472 0.012
#> SRR578638 2 0.518 0.1855 0.020 0.496 0.000 0.472 0.012
#> SRR651669 2 0.518 0.1855 0.020 0.496 0.000 0.472 0.012
#> SRR651670 2 0.518 0.1855 0.020 0.496 0.000 0.472 0.012
#> SRR651671 2 0.518 0.1855 0.020 0.496 0.000 0.472 0.012
#> SRR651672 2 0.518 0.1855 0.020 0.496 0.000 0.472 0.012
#> SRR486237 1 0.677 0.5435 0.420 0.376 0.000 0.196 0.008
#> SRR1057691 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR486238 1 0.677 0.5435 0.420 0.376 0.000 0.196 0.008
#> SRR1057692 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR486239 4 0.150 0.4476 0.004 0.056 0.000 0.940 0.000
#> SRR486240 4 0.150 0.4476 0.004 0.056 0.000 0.940 0.000
#> SRR488136 1 0.663 0.4379 0.416 0.224 0.000 0.360 0.000
#> SRR488137 1 0.663 0.4379 0.416 0.224 0.000 0.360 0.000
#> SRR486241 1 0.661 0.4198 0.408 0.216 0.000 0.376 0.000
#> SRR486242 1 0.661 0.4198 0.408 0.216 0.000 0.376 0.000
#> SRR488684 1 0.664 0.4723 0.432 0.236 0.000 0.332 0.000
#> SRR488685 1 0.663 0.4816 0.440 0.236 0.000 0.324 0.000
#> SRR651673 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR651674 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR651675 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR651676 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR651677 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR651678 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR578639 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578640 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578641 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578642 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1045527 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1045528 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1045529 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220381 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220382 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220383 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220384 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220385 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220386 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220387 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220388 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1045530 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1045531 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1045532 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1045533 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1220389 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1220390 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1220391 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1220392 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1220393 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1220394 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1220395 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1220396 2 0.510 0.1853 0.016 0.496 0.000 0.476 0.012
#> SRR1045570 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045583 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045584 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045585 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220421 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220422 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220423 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220424 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220425 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220426 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220427 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220428 4 0.000 0.5061 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1054856 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1054857 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1054858 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1054859 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220429 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220430 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220431 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220432 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220433 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220434 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220435 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220436 4 0.029 0.5047 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1045586 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1045587 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1045588 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1045589 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220438 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220439 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220441 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220442 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220443 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220444 1 0.372 0.7034 0.760 0.228 0.000 0.012 0.000
#> SRR1045594 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1045595 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1045596 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1045597 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1220453 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1220454 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1220455 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1220456 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1220457 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1220458 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1220459 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1220460 2 0.431 -0.0952 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1045598 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045599 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045600 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045601 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220461 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220462 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220463 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220464 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220465 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220466 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220467 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220468 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045602 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.000 0.9777 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1045607 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1045608 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1045609 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220477 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220478 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220479 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220480 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220481 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220482 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220483 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1220484 2 0.469 0.2175 0.040 0.672 0.000 0.288 0.000
#> SRR1045614 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045615 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045616 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045617 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220493 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220494 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220495 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220496 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220497 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220498 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220499 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220500 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651662 4 0.470 -0.0235 0.008 0.396 0.000 0.588 0.008
#> SRR651663 4 0.462 -0.0416 0.004 0.412 0.000 0.576 0.008
#> SRR651664 4 0.461 -0.0363 0.004 0.408 0.000 0.580 0.008
#> SRR1045522 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045523 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045524 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045525 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220373 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220374 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220375 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220376 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220377 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220378 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220379 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220380 1 0.389 0.7012 0.724 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045578 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045579 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045580 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045581 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220413 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220414 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220415 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220416 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220417 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220418 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220419 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220420 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045590 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1045591 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1045592 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1045593 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1220445 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1220446 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1220447 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1220448 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1220449 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1220450 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1220451 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1220452 4 0.496 -0.0727 0.012 0.424 0.000 0.552 0.012
#> SRR1045610 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1045611 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1045612 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1045613 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1220485 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1220486 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1220487 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1220488 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1220489 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1220490 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1220491 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1220492 4 0.431 0.1247 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.6023 0.3303 0.252 0.336 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR020288 6 0.6023 0.3303 0.252 0.336 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR020289 6 0.6023 0.3303 0.252 0.336 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR020290 6 0.6023 0.3303 0.252 0.336 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR020291 6 0.6023 0.3303 0.252 0.336 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR020285 2 0.3851 0.5124 0.000 0.540 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1057683 2 0.3851 0.5124 0.000 0.540 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1057684 2 0.3851 0.5124 0.000 0.540 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR020292 2 0.2793 0.4468 0.200 0.800 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR020293 2 0.2793 0.4468 0.200 0.800 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR020294 2 0.2793 0.4468 0.200 0.800 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR020295 2 0.2793 0.4468 0.200 0.800 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR020286 2 0.3854 0.5101 0.000 0.536 0.000 0.464 0 0.000
#> SRR1057689 2 0.3851 0.5124 0.000 0.540 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1057690 2 0.3851 0.5124 0.000 0.540 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1057685 2 0.3857 0.5076 0.000 0.532 0.000 0.468 0 0.000
#> SRR1057686 2 0.3854 0.5101 0.000 0.536 0.000 0.464 0 0.000
#> SRR1057687 2 0.3851 0.5124 0.000 0.540 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1057688 2 0.3851 0.5124 0.000 0.540 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR578643 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578644 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578645 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578646 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651679 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651680 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651681 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651682 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR596098 2 0.3823 0.5216 0.000 0.564 0.000 0.436 0 0.000
#> SRR596099 2 0.3823 0.5216 0.000 0.564 0.000 0.436 0 0.000
#> SRR596100 2 0.3823 0.5216 0.000 0.564 0.000 0.436 0 0.000
#> SRR596101 2 0.3823 0.5216 0.000 0.564 0.000 0.436 0 0.000
#> SRR651683 2 0.3828 0.5200 0.000 0.560 0.000 0.440 0 0.000
#> SRR651684 2 0.3828 0.5200 0.000 0.560 0.000 0.440 0 0.000
#> SRR651685 2 0.3823 0.5216 0.000 0.564 0.000 0.436 0 0.000
#> SRR651686 2 0.3823 0.5216 0.000 0.564 0.000 0.436 0 0.000
#> SRR596102 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR596103 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR596104 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR596105 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR651687 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR651688 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR651689 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR578647 2 0.0458 0.5949 0.000 0.984 0.000 0.016 0 0.000
#> SRR578648 2 0.0458 0.5949 0.000 0.984 0.000 0.016 0 0.000
#> SRR578649 2 0.0458 0.5949 0.000 0.984 0.000 0.016 0 0.000
#> SRR578650 2 0.0458 0.5949 0.000 0.984 0.000 0.016 0 0.000
#> SRR651691 2 0.0458 0.5949 0.000 0.984 0.000 0.016 0 0.000
#> SRR577587 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR596106 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR596107 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR596108 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR596109 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR651695 4 0.3982 0.1235 0.004 0.000 0.000 0.536 0 0.460
#> SRR651696 4 0.4465 0.0863 0.028 0.000 0.000 0.512 0 0.460
#> SRR651697 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR651698 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR651699 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045618 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1045619 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1045620 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1045621 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220501 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220502 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220503 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220504 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220505 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220506 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220507 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220508 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR577595 2 0.4526 0.4873 0.032 0.512 0.000 0.456 0 0.000
#> SRR577596 2 0.4526 0.4873 0.032 0.512 0.000 0.456 0 0.000
#> SRR577597 2 0.4526 0.4873 0.032 0.512 0.000 0.456 0 0.000
#> SRR577598 2 0.4526 0.4873 0.032 0.512 0.000 0.456 0 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR577600 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR577601 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR577602 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR578631 6 0.3857 0.3005 0.468 0.000 0.000 0.000 0 0.532
#> SRR578632 6 0.3857 0.3005 0.468 0.000 0.000 0.000 0 0.532
#> SRR578633 6 0.3857 0.3005 0.468 0.000 0.000 0.000 0 0.532
#> SRR578634 6 0.3857 0.3005 0.468 0.000 0.000 0.000 0 0.532
#> SRR651665 6 0.3857 0.3005 0.468 0.000 0.000 0.000 0 0.532
#> SRR651666 6 0.3857 0.3005 0.468 0.000 0.000 0.000 0 0.532
#> SRR651667 6 0.3857 0.3005 0.468 0.000 0.000 0.000 0 0.532
#> SRR651668 6 0.3857 0.3005 0.468 0.000 0.000 0.000 0 0.532
#> SRR577579 1 0.0363 0.8922 0.988 0.012 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR577580 1 0.0363 0.8922 0.988 0.012 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR577581 1 0.0363 0.8922 0.988 0.012 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR577582 1 0.0363 0.8922 0.988 0.012 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR577583 2 0.3727 0.0325 0.388 0.612 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR577584 2 0.3727 0.0325 0.388 0.612 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR577585 2 0.3727 0.0325 0.388 0.612 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR577586 2 0.3727 0.0325 0.388 0.612 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR577591 3 0.1405 0.9413 0.024 0.024 0.948 0.004 0 0.000
#> SRR577592 3 0.1405 0.9413 0.024 0.024 0.948 0.004 0 0.000
#> SRR577593 3 0.1405 0.9413 0.024 0.024 0.948 0.004 0 0.000
#> SRR577594 3 0.1405 0.9413 0.024 0.024 0.948 0.004 0 0.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR486237 1 0.5680 -0.1515 0.432 0.156 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR1057691 2 0.3857 0.5076 0.000 0.532 0.000 0.468 0 0.000
#> SRR486238 1 0.5680 -0.1515 0.432 0.156 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR1057692 2 0.3857 0.5076 0.000 0.532 0.000 0.468 0 0.000
#> SRR486239 2 0.2730 0.4594 0.192 0.808 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR486240 2 0.2730 0.4594 0.192 0.808 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR488136 6 0.6023 0.3303 0.252 0.336 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR488137 6 0.6023 0.3303 0.252 0.336 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR486241 6 0.6009 0.3312 0.244 0.344 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR486242 6 0.6009 0.3312 0.244 0.344 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR488684 6 0.6039 0.3212 0.260 0.332 0.000 0.000 0 0.408
#> SRR488685 6 0.6044 0.3180 0.264 0.328 0.000 0.000 0 0.408
#> SRR651673 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578639 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578640 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578641 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR578642 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045526 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1045527 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1045528 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1045529 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220381 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220382 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220383 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220384 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220385 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220386 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220387 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220388 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045570 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045582 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045583 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045584 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045585 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220421 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220422 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220423 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220424 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220425 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220426 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220427 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220428 2 0.1814 0.5909 0.100 0.900 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1054856 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1054857 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1054858 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1054859 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1220429 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1220430 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1220431 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1220432 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1220433 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1220434 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1220435 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1220436 2 0.1908 0.5933 0.096 0.900 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1045586 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1045587 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1045588 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1045589 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220438 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220439 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220441 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220442 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220443 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1220444 6 0.0000 0.6916 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1045594 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1045595 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1045596 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1045597 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1220453 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1220454 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1220455 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1220456 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1220457 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1220458 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1220459 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1220460 2 0.4589 0.4823 0.036 0.504 0.000 0.460 0 0.000
#> SRR1045598 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1045599 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1045600 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1045601 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220461 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220462 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220463 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220464 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220465 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220466 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220467 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220468 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1045602 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.9963 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045606 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1045607 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1045608 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1045609 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220477 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220478 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220479 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220480 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220481 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220482 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220483 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1220484 4 0.5391 -0.0888 0.140 0.308 0.000 0.552 0 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045615 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045616 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045617 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220493 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220494 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220495 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220496 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220497 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220498 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220499 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220500 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR651662 1 0.3428 0.6312 0.696 0.304 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR651663 2 0.4092 0.1330 0.344 0.636 0.000 0.020 0 0.000
#> SRR651664 2 0.4105 0.1210 0.348 0.632 0.000 0.020 0 0.000
#> SRR1045522 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1045523 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1045524 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1045525 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220373 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220374 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220375 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220376 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220377 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220378 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220379 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1220380 4 0.3851 0.1318 0.000 0.000 0.000 0.540 0 0.460
#> SRR1045578 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045579 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045580 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045581 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220413 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220414 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220415 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220416 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220417 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220418 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220419 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220420 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045590 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045591 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045592 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045593 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220445 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220446 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220447 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220448 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220449 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220450 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220451 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1220452 1 0.2491 0.8107 0.836 0.164 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1045610 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1045611 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1045612 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1045613 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1220485 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1220486 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1220487 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1220488 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1220489 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1220490 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1220491 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1220492 2 0.3860 0.5045 0.000 0.528 0.000 0.472 0 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.514 0.830 0.906 0.4659 0.542 0.542
#> 3 3 0.519 0.740 0.840 0.3617 0.853 0.729
#> 4 4 0.674 0.639 0.774 0.1555 0.788 0.510
#> 5 5 0.839 0.824 0.896 0.0804 0.915 0.687
#> 6 6 0.853 0.726 0.795 0.0404 0.904 0.596
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 2 0.2043 0.878 0.032 0.968
#> SRR020288 2 0.2043 0.878 0.032 0.968
#> SRR020289 2 0.2236 0.877 0.036 0.964
#> SRR020290 2 0.2043 0.878 0.032 0.968
#> SRR020291 2 0.2043 0.878 0.032 0.968
#> SRR020285 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1057683 2 0.0672 0.880 0.008 0.992
#> SRR1057684 2 0.0672 0.880 0.008 0.992
#> SRR020292 2 0.7219 0.749 0.200 0.800
#> SRR020293 2 0.8016 0.689 0.244 0.756
#> SRR020294 2 0.7453 0.730 0.212 0.788
#> SRR020295 2 0.7674 0.716 0.224 0.776
#> SRR020286 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1057689 2 0.0938 0.880 0.012 0.988
#> SRR1057690 2 0.0938 0.880 0.012 0.988
#> SRR1057685 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1057686 2 0.0672 0.880 0.008 0.992
#> SRR1057687 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1057688 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR578643 1 0.6623 0.779 0.828 0.172
#> SRR578644 1 0.6712 0.774 0.824 0.176
#> SRR578645 1 0.6623 0.779 0.828 0.172
#> SRR578646 1 0.6712 0.774 0.824 0.176
#> SRR651679 1 0.8861 0.554 0.696 0.304
#> SRR651680 1 0.7950 0.681 0.760 0.240
#> SRR651681 1 0.8016 0.673 0.756 0.244
#> SRR651682 1 0.8909 0.549 0.692 0.308
#> SRR578627 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR578628 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR578629 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR578630 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651692 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651693 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651694 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.9129 0.601 0.328 0.672
#> SRR596099 2 0.9129 0.601 0.328 0.672
#> SRR596100 2 0.9129 0.601 0.328 0.672
#> SRR596101 2 0.9170 0.593 0.332 0.668
#> SRR651683 2 0.8443 0.685 0.272 0.728
#> SRR651684 2 0.8909 0.630 0.308 0.692
#> SRR651685 2 0.9248 0.575 0.340 0.660
#> SRR651686 2 0.8763 0.655 0.296 0.704
#> SRR596102 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR596103 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR596104 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR596105 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR651687 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR651688 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR651689 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR578647 1 0.6438 0.810 0.836 0.164
#> SRR578648 1 0.6438 0.810 0.836 0.164
#> SRR578649 1 0.6438 0.810 0.836 0.164
#> SRR578650 1 0.6438 0.810 0.836 0.164
#> SRR651691 1 0.7376 0.772 0.792 0.208
#> SRR577587 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR577588 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR577589 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR577590 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR596106 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR596107 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR596108 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR596109 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR651695 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR651696 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR651697 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR651698 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR651699 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651700 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651701 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651702 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651703 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651704 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR578651 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR578652 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR578653 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR578654 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651705 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651706 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651707 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR651708 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045619 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045620 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045621 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220501 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220502 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220503 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220504 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220505 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220506 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220507 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220508 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR577595 2 0.2948 0.878 0.052 0.948
#> SRR577596 2 0.2948 0.878 0.052 0.948
#> SRR577597 2 0.2948 0.878 0.052 0.948
#> SRR577598 2 0.2948 0.878 0.052 0.948
#> SRR577599 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR577600 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR577601 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR577602 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR578631 2 0.2043 0.880 0.032 0.968
#> SRR578632 2 0.2043 0.880 0.032 0.968
#> SRR578633 2 0.2236 0.880 0.036 0.964
#> SRR578634 2 0.2043 0.880 0.032 0.968
#> SRR651665 2 0.2236 0.880 0.036 0.964
#> SRR651666 2 0.2236 0.880 0.036 0.964
#> SRR651667 2 0.2043 0.880 0.032 0.968
#> SRR651668 2 0.2236 0.880 0.036 0.964
#> SRR577579 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR577580 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR577581 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR577582 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR577591 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR577592 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR577593 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR577594 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR578635 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR578636 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR578637 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR578638 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR651669 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR651670 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR651671 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR651672 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR486237 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1057691 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR486238 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1057692 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR486239 1 0.9087 0.589 0.676 0.324
#> SRR486240 1 0.9129 0.581 0.672 0.328
#> SRR488136 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR488137 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR486241 2 0.2603 0.876 0.044 0.956
#> SRR486242 2 0.2778 0.875 0.048 0.952
#> SRR488684 2 0.1414 0.880 0.020 0.980
#> SRR488685 2 0.1184 0.880 0.016 0.984
#> SRR651673 2 0.7883 0.708 0.236 0.764
#> SRR651674 2 0.7883 0.708 0.236 0.764
#> SRR651675 2 0.7883 0.708 0.236 0.764
#> SRR651676 2 0.7950 0.704 0.240 0.760
#> SRR651677 2 0.7883 0.708 0.236 0.764
#> SRR651678 2 0.7883 0.708 0.236 0.764
#> SRR578639 1 0.1843 0.905 0.972 0.028
#> SRR578640 1 0.1843 0.905 0.972 0.028
#> SRR578641 1 0.1843 0.905 0.972 0.028
#> SRR578642 1 0.2043 0.903 0.968 0.032
#> SRR1045526 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1045527 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1045528 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1045529 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220381 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220382 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220383 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220384 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220385 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220386 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220387 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220388 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1045530 2 0.6973 0.758 0.188 0.812
#> SRR1045531 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1045532 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1045533 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1220389 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1220390 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1220391 2 0.6973 0.758 0.188 0.812
#> SRR1220392 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1220393 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1220394 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1220395 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1220396 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1045570 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045574 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045575 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045576 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045577 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220405 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220406 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220407 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220408 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220409 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220410 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220411 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220412 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045582 1 0.3584 0.884 0.932 0.068
#> SRR1045583 1 0.3584 0.884 0.932 0.068
#> SRR1045584 1 0.3584 0.884 0.932 0.068
#> SRR1045585 1 0.3584 0.884 0.932 0.068
#> SRR1220421 1 0.4298 0.871 0.912 0.088
#> SRR1220422 1 0.4298 0.871 0.912 0.088
#> SRR1220423 1 0.4298 0.871 0.912 0.088
#> SRR1220424 1 0.4298 0.871 0.912 0.088
#> SRR1220425 1 0.4298 0.871 0.912 0.088
#> SRR1220426 1 0.4298 0.871 0.912 0.088
#> SRR1220427 1 0.4298 0.871 0.912 0.088
#> SRR1220428 1 0.4298 0.871 0.912 0.088
#> SRR1054856 1 0.0376 0.914 0.996 0.004
#> SRR1054857 1 0.0376 0.914 0.996 0.004
#> SRR1054858 1 0.0376 0.914 0.996 0.004
#> SRR1054859 1 0.0376 0.914 0.996 0.004
#> SRR1220429 1 0.1843 0.905 0.972 0.028
#> SRR1220430 1 0.1184 0.910 0.984 0.016
#> SRR1220431 1 0.1633 0.908 0.976 0.024
#> SRR1220432 1 0.1184 0.910 0.984 0.016
#> SRR1220433 1 0.1184 0.910 0.984 0.016
#> SRR1220434 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1220435 1 0.2236 0.902 0.964 0.036
#> SRR1220436 1 0.1184 0.910 0.984 0.016
#> SRR1045586 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1045587 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1045588 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1045589 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220438 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220439 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220441 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220442 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220443 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1220444 2 0.0376 0.880 0.004 0.996
#> SRR1045594 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.879 0.000 1.000
#> SRR1045598 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1045599 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1045600 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1045601 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220461 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220462 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220463 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220464 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220465 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220466 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220467 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220468 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1045602 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045603 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045604 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045605 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220469 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220470 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220471 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220472 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220473 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220474 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220475 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1220476 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045607 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045608 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045609 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220477 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220478 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220479 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220480 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220481 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220482 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220483 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220484 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045614 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1045615 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1045616 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1045617 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220493 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220494 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220495 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220496 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220497 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220498 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220499 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220500 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR651662 1 0.9358 0.552 0.648 0.352
#> SRR651663 2 0.3431 0.874 0.064 0.936
#> SRR651664 2 0.3431 0.874 0.064 0.936
#> SRR1045522 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1045523 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1045524 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1045525 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220373 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220374 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220375 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220376 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220377 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220378 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220379 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1220380 2 0.5946 0.831 0.144 0.856
#> SRR1045578 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1045579 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1045580 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1045581 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220413 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220414 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220415 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220416 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220417 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220418 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220419 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1220420 2 0.8207 0.685 0.256 0.744
#> SRR1045590 1 0.9393 0.548 0.644 0.356
#> SRR1045591 1 0.9460 0.530 0.636 0.364
#> SRR1045592 1 0.9393 0.548 0.644 0.356
#> SRR1045593 1 0.9427 0.539 0.640 0.360
#> SRR1220445 1 0.9552 0.502 0.624 0.376
#> SRR1220446 1 0.9552 0.502 0.624 0.376
#> SRR1220447 1 0.9552 0.502 0.624 0.376
#> SRR1220448 1 0.9552 0.502 0.624 0.376
#> SRR1220449 1 0.9552 0.502 0.624 0.376
#> SRR1220450 1 0.9552 0.502 0.624 0.376
#> SRR1220451 1 0.9552 0.502 0.624 0.376
#> SRR1220452 1 0.9552 0.502 0.624 0.376
#> SRR1045610 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045611 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045612 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1045613 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220485 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220486 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220487 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220488 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220489 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220490 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220491 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1220492 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 2 0.5948 0.53541 0.360 0.640 0.000
#> SRR020288 2 0.5948 0.53541 0.360 0.640 0.000
#> SRR020289 2 0.5948 0.53541 0.360 0.640 0.000
#> SRR020290 2 0.5948 0.53541 0.360 0.640 0.000
#> SRR020291 2 0.5948 0.53541 0.360 0.640 0.000
#> SRR020285 2 0.5968 0.53211 0.364 0.636 0.000
#> SRR1057683 2 0.5968 0.53211 0.364 0.636 0.000
#> SRR1057684 2 0.5968 0.53211 0.364 0.636 0.000
#> SRR020292 2 0.7158 0.47370 0.372 0.596 0.032
#> SRR020293 2 0.7607 0.45016 0.364 0.584 0.052
#> SRR020294 2 0.7346 0.46353 0.368 0.592 0.040
#> SRR020295 2 0.7534 0.44922 0.368 0.584 0.048
#> SRR020286 2 0.5968 0.52979 0.364 0.636 0.000
#> SRR1057689 2 0.5968 0.53443 0.364 0.636 0.000
#> SRR1057690 2 0.5968 0.53443 0.364 0.636 0.000
#> SRR1057685 2 0.5968 0.52979 0.364 0.636 0.000
#> SRR1057686 2 0.5988 0.52466 0.368 0.632 0.000
#> SRR1057687 2 0.5968 0.52979 0.364 0.636 0.000
#> SRR1057688 2 0.5968 0.52979 0.364 0.636 0.000
#> SRR578643 3 0.9721 0.37995 0.264 0.284 0.452
#> SRR578644 3 0.9701 0.38790 0.260 0.284 0.456
#> SRR578645 3 0.9741 0.37279 0.268 0.284 0.448
#> SRR578646 3 0.9701 0.38790 0.260 0.284 0.456
#> SRR651679 3 0.9797 0.33271 0.252 0.324 0.424
#> SRR651680 3 0.9616 0.40939 0.236 0.296 0.468
#> SRR651681 3 0.9822 0.33583 0.280 0.292 0.428
#> SRR651682 3 0.9746 0.35668 0.244 0.320 0.436
#> SRR578627 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR596098 2 0.8322 0.46750 0.120 0.604 0.276
#> SRR596099 2 0.8293 0.47417 0.120 0.608 0.272
#> SRR596100 2 0.8350 0.46073 0.120 0.600 0.280
#> SRR596101 2 0.8430 0.44000 0.120 0.588 0.292
#> SRR651683 2 0.7824 0.56604 0.124 0.664 0.212
#> SRR651684 2 0.8350 0.46073 0.120 0.600 0.280
#> SRR651685 2 0.8430 0.44114 0.120 0.588 0.292
#> SRR651686 2 0.7884 0.55032 0.120 0.656 0.224
#> SRR596102 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR596103 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR596104 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR596105 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR651687 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR651688 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR651689 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR578647 3 0.6264 0.65665 0.244 0.032 0.724
#> SRR578648 3 0.6012 0.68137 0.220 0.032 0.748
#> SRR578649 3 0.6341 0.64747 0.252 0.032 0.716
#> SRR578650 3 0.6224 0.66081 0.240 0.032 0.728
#> SRR651691 3 0.6211 0.66814 0.228 0.036 0.736
#> SRR577587 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR596106 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR596107 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR596108 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR596109 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR651695 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR651696 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR651697 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR651698 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR651699 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045619 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045620 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045621 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220501 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220502 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220503 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220504 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220505 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220506 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220507 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220508 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR577595 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR577596 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR577597 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR577598 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR577599 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR577600 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR577601 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR577602 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR578631 2 0.3267 0.77309 0.116 0.884 0.000
#> SRR578632 2 0.3267 0.77309 0.116 0.884 0.000
#> SRR578633 2 0.3267 0.77309 0.116 0.884 0.000
#> SRR578634 2 0.3267 0.77309 0.116 0.884 0.000
#> SRR651665 2 0.3267 0.77309 0.116 0.884 0.000
#> SRR651666 2 0.3267 0.77309 0.116 0.884 0.000
#> SRR651667 2 0.3267 0.77309 0.116 0.884 0.000
#> SRR651668 2 0.3267 0.77309 0.116 0.884 0.000
#> SRR577579 1 0.4121 0.77771 0.832 0.168 0.000
#> SRR577580 1 0.4178 0.77129 0.828 0.172 0.000
#> SRR577581 1 0.3879 0.80298 0.848 0.152 0.000
#> SRR577582 1 0.4235 0.76412 0.824 0.176 0.000
#> SRR577583 2 0.3619 0.77114 0.136 0.864 0.000
#> SRR577584 2 0.3619 0.77114 0.136 0.864 0.000
#> SRR577585 2 0.3619 0.77114 0.136 0.864 0.000
#> SRR577586 2 0.3619 0.77114 0.136 0.864 0.000
#> SRR577591 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR577592 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR577593 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR577594 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR578635 2 0.6095 0.63329 0.392 0.608 0.000
#> SRR578636 2 0.6095 0.63329 0.392 0.608 0.000
#> SRR578637 2 0.6095 0.63329 0.392 0.608 0.000
#> SRR578638 2 0.6095 0.63329 0.392 0.608 0.000
#> SRR651669 2 0.6079 0.63740 0.388 0.612 0.000
#> SRR651670 2 0.6079 0.63740 0.388 0.612 0.000
#> SRR651671 2 0.6111 0.62919 0.396 0.604 0.000
#> SRR651672 2 0.6079 0.63740 0.388 0.612 0.000
#> SRR486237 2 0.5363 0.64788 0.276 0.724 0.000
#> SRR1057691 2 0.5948 0.53671 0.360 0.640 0.000
#> SRR486238 2 0.5397 0.64368 0.280 0.720 0.000
#> SRR1057692 2 0.5948 0.53671 0.360 0.640 0.000
#> SRR486239 3 0.9715 0.02691 0.380 0.220 0.400
#> SRR486240 3 0.9737 0.00381 0.384 0.224 0.392
#> SRR488136 2 0.5905 0.54878 0.352 0.648 0.000
#> SRR488137 2 0.5905 0.54878 0.352 0.648 0.000
#> SRR486241 2 0.5968 0.53256 0.364 0.636 0.000
#> SRR486242 2 0.5968 0.53256 0.364 0.636 0.000
#> SRR488684 2 0.5905 0.55538 0.352 0.648 0.000
#> SRR488685 2 0.5905 0.55538 0.352 0.648 0.000
#> SRR651673 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR651674 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR651675 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR651676 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR651677 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR651678 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR578639 3 0.5096 0.77603 0.084 0.080 0.836
#> SRR578640 3 0.5181 0.77359 0.084 0.084 0.832
#> SRR578641 3 0.5096 0.77601 0.084 0.080 0.836
#> SRR578642 3 0.5346 0.76868 0.088 0.088 0.824
#> SRR1045526 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1045527 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1045528 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1045529 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1220381 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1220382 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1220383 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1220384 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1220385 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1220386 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1220387 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1220388 2 0.5706 0.67248 0.320 0.680 0.000
#> SRR1045530 1 0.0661 0.97934 0.988 0.004 0.008
#> SRR1045531 1 0.0661 0.97934 0.988 0.004 0.008
#> SRR1045532 1 0.0661 0.97934 0.988 0.004 0.008
#> SRR1045533 1 0.0661 0.97934 0.988 0.004 0.008
#> SRR1220389 1 0.0848 0.97515 0.984 0.008 0.008
#> SRR1220390 1 0.0848 0.97515 0.984 0.008 0.008
#> SRR1220391 1 0.0848 0.97515 0.984 0.008 0.008
#> SRR1220392 1 0.0661 0.97934 0.988 0.004 0.008
#> SRR1220393 1 0.0848 0.97515 0.984 0.008 0.008
#> SRR1220394 1 0.0848 0.97515 0.984 0.008 0.008
#> SRR1220395 1 0.0661 0.97934 0.988 0.004 0.008
#> SRR1220396 1 0.0661 0.97934 0.988 0.004 0.008
#> SRR1045570 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045582 3 0.7699 0.66595 0.116 0.212 0.672
#> SRR1045583 3 0.7762 0.66311 0.120 0.212 0.668
#> SRR1045584 3 0.7762 0.66311 0.120 0.212 0.668
#> SRR1045585 3 0.7762 0.66311 0.120 0.212 0.668
#> SRR1220421 3 0.7741 0.66256 0.116 0.216 0.668
#> SRR1220422 3 0.7844 0.65570 0.120 0.220 0.660
#> SRR1220423 3 0.7781 0.65889 0.116 0.220 0.664
#> SRR1220424 3 0.7945 0.64711 0.124 0.224 0.652
#> SRR1220425 3 0.7844 0.65570 0.120 0.220 0.660
#> SRR1220426 3 0.7844 0.65460 0.120 0.220 0.660
#> SRR1220427 3 0.7781 0.65889 0.116 0.220 0.664
#> SRR1220428 3 0.7741 0.66256 0.116 0.216 0.668
#> SRR1054856 3 0.0829 0.84526 0.012 0.004 0.984
#> SRR1054857 3 0.0983 0.84466 0.016 0.004 0.980
#> SRR1054858 3 0.0829 0.84526 0.012 0.004 0.984
#> SRR1054859 3 0.0829 0.84526 0.012 0.004 0.984
#> SRR1220429 3 0.2050 0.83391 0.020 0.028 0.952
#> SRR1220430 3 0.1620 0.83817 0.012 0.024 0.964
#> SRR1220431 3 0.1774 0.83708 0.016 0.024 0.960
#> SRR1220432 3 0.1620 0.83817 0.012 0.024 0.964
#> SRR1220433 3 0.1620 0.83817 0.012 0.024 0.964
#> SRR1220434 3 0.1620 0.83817 0.012 0.024 0.964
#> SRR1220435 3 0.2050 0.83355 0.020 0.028 0.952
#> SRR1220436 3 0.1774 0.83708 0.016 0.024 0.960
#> SRR1045586 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1045587 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1045588 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1045589 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1220438 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1220439 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1220441 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1220442 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1220443 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1220444 2 0.5733 0.66899 0.324 0.676 0.000
#> SRR1045594 2 0.3551 0.77227 0.132 0.868 0.000
#> SRR1045595 2 0.3551 0.77227 0.132 0.868 0.000
#> SRR1045596 2 0.3551 0.77227 0.132 0.868 0.000
#> SRR1045597 2 0.3551 0.77227 0.132 0.868 0.000
#> SRR1220453 2 0.2959 0.77724 0.100 0.900 0.000
#> SRR1220454 2 0.2448 0.77536 0.076 0.924 0.000
#> SRR1220455 2 0.3038 0.77710 0.104 0.896 0.000
#> SRR1220456 2 0.3038 0.77710 0.104 0.896 0.000
#> SRR1220457 2 0.3038 0.77710 0.104 0.896 0.000
#> SRR1220458 2 0.3038 0.77710 0.104 0.896 0.000
#> SRR1220459 2 0.3038 0.77710 0.104 0.896 0.000
#> SRR1220460 2 0.3038 0.77710 0.104 0.896 0.000
#> SRR1045598 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1045599 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1045600 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1045601 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220461 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220462 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220463 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220464 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220465 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220466 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220467 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220468 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1045602 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.85016 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045607 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045608 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045609 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220477 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220478 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220479 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220480 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220481 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220482 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220483 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220484 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045614 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045615 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045616 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045617 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220493 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220494 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220495 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220496 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220497 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220498 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220499 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220500 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR651662 3 0.8336 0.48691 0.152 0.224 0.624
#> SRR651663 2 0.3752 0.76461 0.144 0.856 0.000
#> SRR651664 2 0.3752 0.76461 0.144 0.856 0.000
#> SRR1045522 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1045523 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1045524 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1045525 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220373 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220374 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220375 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220376 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220377 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220378 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220379 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1220380 2 0.1765 0.75088 0.040 0.956 0.004
#> SRR1045578 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045579 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045580 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045581 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220413 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220414 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220415 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220416 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220417 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220418 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220419 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220420 1 0.0424 0.98189 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045590 3 0.7438 0.33924 0.428 0.036 0.536
#> SRR1045591 3 0.7446 0.32869 0.432 0.036 0.532
#> SRR1045592 3 0.7430 0.34814 0.424 0.036 0.540
#> SRR1045593 3 0.7438 0.33924 0.428 0.036 0.536
#> SRR1220445 3 0.7466 0.29492 0.444 0.036 0.520
#> SRR1220446 3 0.7466 0.29492 0.444 0.036 0.520
#> SRR1220447 3 0.7466 0.29492 0.444 0.036 0.520
#> SRR1220448 3 0.7466 0.29492 0.444 0.036 0.520
#> SRR1220449 3 0.7466 0.29492 0.444 0.036 0.520
#> SRR1220450 3 0.7460 0.30663 0.440 0.036 0.524
#> SRR1220451 3 0.7460 0.30493 0.440 0.036 0.524
#> SRR1220452 3 0.7460 0.30663 0.440 0.036 0.524
#> SRR1045610 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045611 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045612 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1045613 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220485 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220486 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220487 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220488 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220489 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220490 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220491 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
#> SRR1220492 2 0.3482 0.77128 0.128 0.872 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.5995 0.1907 0.084 0.256 0.000 0.660
#> SRR020288 4 0.6022 0.1850 0.084 0.260 0.000 0.656
#> SRR020289 4 0.6022 0.1850 0.084 0.260 0.000 0.656
#> SRR020290 4 0.6022 0.1850 0.084 0.260 0.000 0.656
#> SRR020291 4 0.6049 0.1783 0.084 0.264 0.000 0.652
#> SRR020285 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR1057683 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR1057684 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR020292 4 0.6682 0.1124 0.104 0.296 0.004 0.596
#> SRR020293 4 0.6682 0.1124 0.104 0.296 0.004 0.596
#> SRR020294 4 0.6682 0.1124 0.104 0.296 0.004 0.596
#> SRR020295 4 0.6682 0.1124 0.104 0.296 0.004 0.596
#> SRR020286 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR1057689 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR1057690 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR1057685 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR1057686 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR1057687 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR1057688 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR578643 4 0.5565 0.5829 0.032 0.344 0.000 0.624
#> SRR578644 4 0.5565 0.5829 0.032 0.344 0.000 0.624
#> SRR578645 4 0.5565 0.5829 0.032 0.344 0.000 0.624
#> SRR578646 4 0.5565 0.5829 0.032 0.344 0.000 0.624
#> SRR651679 4 0.5495 0.5832 0.028 0.348 0.000 0.624
#> SRR651680 4 0.5495 0.5832 0.028 0.348 0.000 0.624
#> SRR651681 4 0.5565 0.5829 0.032 0.344 0.000 0.624
#> SRR651682 4 0.5495 0.5832 0.028 0.348 0.000 0.624
#> SRR578627 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.4010 0.5219 0.028 0.816 0.156 0.000
#> SRR596099 2 0.4104 0.5124 0.028 0.808 0.164 0.000
#> SRR596100 2 0.4104 0.5106 0.028 0.808 0.164 0.000
#> SRR596101 2 0.4323 0.4859 0.028 0.788 0.184 0.000
#> SRR651683 2 0.3653 0.5558 0.028 0.844 0.128 0.000
#> SRR651684 2 0.4104 0.5143 0.028 0.808 0.164 0.000
#> SRR651685 2 0.4238 0.4964 0.028 0.796 0.176 0.000
#> SRR651686 2 0.3962 0.5228 0.028 0.820 0.152 0.000
#> SRR596102 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR596103 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR596104 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR596105 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR651687 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR651688 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR651689 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR578647 3 0.5705 0.3975 0.336 0.004 0.628 0.032
#> SRR578648 3 0.5686 0.4077 0.332 0.004 0.632 0.032
#> SRR578649 3 0.5723 0.3867 0.340 0.004 0.624 0.032
#> SRR578650 3 0.5705 0.3975 0.336 0.004 0.628 0.032
#> SRR651691 3 0.6120 0.4361 0.296 0.000 0.628 0.076
#> SRR577587 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596106 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR596107 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR596108 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR596109 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR651695 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR651696 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR651697 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR651698 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR651699 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR578631 2 0.0336 0.6604 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR578632 2 0.0336 0.6604 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR578633 2 0.0336 0.6604 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR578634 2 0.0336 0.6604 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR651665 2 0.0336 0.6604 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR651666 2 0.0336 0.6604 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR651667 2 0.0336 0.6604 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR651668 2 0.0336 0.6604 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.6100 0.4478 0.624 0.072 0.000 0.304
#> SRR577580 1 0.6058 0.4473 0.624 0.068 0.000 0.308
#> SRR577581 1 0.5720 0.4853 0.652 0.052 0.000 0.296
#> SRR577582 1 0.6141 0.4464 0.624 0.076 0.000 0.300
#> SRR577583 2 0.5252 0.5527 0.020 0.644 0.000 0.336
#> SRR577584 2 0.5289 0.5487 0.020 0.636 0.000 0.344
#> SRR577585 2 0.5289 0.5487 0.020 0.636 0.000 0.344
#> SRR577586 2 0.5289 0.5487 0.020 0.636 0.000 0.344
#> SRR577591 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577592 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577593 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577594 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578635 2 0.5990 0.4652 0.336 0.608 0.000 0.056
#> SRR578636 2 0.6041 0.4669 0.332 0.608 0.000 0.060
#> SRR578637 2 0.5973 0.4685 0.332 0.612 0.000 0.056
#> SRR578638 2 0.5990 0.4652 0.336 0.608 0.000 0.056
#> SRR651669 2 0.6182 0.4804 0.308 0.616 0.000 0.076
#> SRR651670 2 0.5986 0.4764 0.320 0.620 0.000 0.060
#> SRR651671 2 0.6058 0.4635 0.336 0.604 0.000 0.060
#> SRR651672 2 0.5636 0.4909 0.308 0.648 0.000 0.044
#> SRR486237 4 0.5423 -0.0296 0.028 0.332 0.000 0.640
#> SRR1057691 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR486238 4 0.5442 -0.0329 0.028 0.336 0.000 0.636
#> SRR1057692 4 0.6528 0.1073 0.104 0.300 0.000 0.596
#> SRR486239 4 0.7367 0.2716 0.108 0.120 0.116 0.656
#> SRR486240 4 0.7367 0.2716 0.108 0.120 0.116 0.656
#> SRR488136 4 0.6089 0.1507 0.080 0.280 0.000 0.640
#> SRR488137 4 0.6089 0.1507 0.080 0.280 0.000 0.640
#> SRR486241 4 0.4955 0.3291 0.084 0.144 0.000 0.772
#> SRR486242 4 0.4955 0.3291 0.084 0.144 0.000 0.772
#> SRR488684 4 0.4875 0.3198 0.068 0.160 0.000 0.772
#> SRR488685 4 0.4875 0.3198 0.068 0.160 0.000 0.772
#> SRR651673 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR578639 4 0.6101 0.1829 0.052 0.000 0.388 0.560
#> SRR578640 4 0.6031 0.1865 0.048 0.000 0.388 0.564
#> SRR578641 4 0.6090 0.1919 0.052 0.000 0.384 0.564
#> SRR578642 4 0.6090 0.1919 0.052 0.000 0.384 0.564
#> SRR1045526 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1045527 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1045528 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1045529 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220381 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220382 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220383 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220384 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220385 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220386 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220387 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220388 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1045530 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.8541 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.7318 0.5377 0.032 0.164 0.184 0.620
#> SRR1045583 4 0.7358 0.5343 0.036 0.156 0.188 0.620
#> SRR1045584 4 0.7358 0.5343 0.036 0.156 0.188 0.620
#> SRR1045585 4 0.7358 0.5343 0.036 0.156 0.188 0.620
#> SRR1220421 4 0.7235 0.5427 0.028 0.172 0.176 0.624
#> SRR1220422 4 0.7285 0.5451 0.032 0.176 0.168 0.624
#> SRR1220423 4 0.7231 0.5476 0.028 0.184 0.164 0.624
#> SRR1220424 4 0.7231 0.5475 0.028 0.184 0.164 0.624
#> SRR1220425 4 0.7235 0.5427 0.028 0.172 0.176 0.624
#> SRR1220426 4 0.7227 0.5488 0.028 0.188 0.160 0.624
#> SRR1220427 4 0.7235 0.5445 0.028 0.176 0.172 0.624
#> SRR1220428 4 0.7233 0.5461 0.028 0.180 0.168 0.624
#> SRR1054856 3 0.1637 0.9131 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1054857 3 0.1716 0.9100 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1054858 3 0.1637 0.9131 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1054859 3 0.1637 0.9131 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1220429 3 0.2412 0.8867 0.008 0.000 0.908 0.084
#> SRR1220430 3 0.2081 0.8930 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220431 3 0.2216 0.8854 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1220432 3 0.2081 0.8930 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220433 3 0.1940 0.9001 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220434 3 0.2125 0.8975 0.004 0.000 0.920 0.076
#> SRR1220435 3 0.2334 0.8862 0.004 0.000 0.908 0.088
#> SRR1220436 3 0.2081 0.8930 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1045586 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1045587 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1045588 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1045589 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220438 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220439 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220441 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220442 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220443 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1220444 2 0.5982 0.4926 0.040 0.524 0.000 0.436
#> SRR1045594 2 0.4610 0.5984 0.020 0.744 0.000 0.236
#> SRR1045595 2 0.4675 0.5951 0.020 0.736 0.000 0.244
#> SRR1045596 2 0.4610 0.5985 0.020 0.744 0.000 0.236
#> SRR1045597 2 0.4542 0.6012 0.020 0.752 0.000 0.228
#> SRR1220453 2 0.4245 0.6082 0.020 0.784 0.000 0.196
#> SRR1220454 2 0.4245 0.6082 0.020 0.784 0.000 0.196
#> SRR1220455 2 0.4361 0.6059 0.020 0.772 0.000 0.208
#> SRR1220456 2 0.4399 0.6049 0.020 0.768 0.000 0.212
#> SRR1220457 2 0.4399 0.6049 0.020 0.768 0.000 0.212
#> SRR1220458 2 0.4399 0.6049 0.020 0.768 0.000 0.212
#> SRR1220459 2 0.4284 0.6095 0.020 0.780 0.000 0.200
#> SRR1220460 2 0.4284 0.6076 0.020 0.780 0.000 0.200
#> SRR1045598 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1045599 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1045600 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1045601 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220461 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220462 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220463 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220464 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220465 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220466 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220467 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220468 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1045602 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR651662 3 0.7172 0.4625 0.032 0.128 0.628 0.212
#> SRR651663 2 0.5323 -0.1434 0.020 0.628 0.000 0.352
#> SRR651664 2 0.5110 -0.0644 0.016 0.656 0.000 0.328
#> SRR1045522 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1045523 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1045524 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1045525 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220373 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220374 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220375 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220376 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220377 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220378 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220379 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1220380 4 0.4804 0.5822 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1045578 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0592 0.8612 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.5691 0.3238 0.564 0.000 0.408 0.028
#> SRR1045591 1 0.5660 0.3508 0.576 0.000 0.396 0.028
#> SRR1045592 1 0.5708 0.3039 0.556 0.000 0.416 0.028
#> SRR1045593 1 0.5942 0.3062 0.548 0.000 0.412 0.040
#> SRR1220445 1 0.6270 0.3101 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1220446 1 0.6392 0.3033 0.528 0.000 0.404 0.068
#> SRR1220447 1 0.6324 0.3157 0.536 0.000 0.400 0.064
#> SRR1220448 1 0.6392 0.3033 0.528 0.000 0.404 0.068
#> SRR1220449 1 0.6458 0.2891 0.520 0.000 0.408 0.072
#> SRR1220450 1 0.6347 0.2862 0.524 0.000 0.412 0.064
#> SRR1220451 1 0.6285 0.2897 0.528 0.000 0.412 0.060
#> SRR1220452 1 0.6366 0.2515 0.512 0.000 0.424 0.064
#> SRR1045610 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0921 0.6646 0.028 0.972 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.2792 0.838 0.884 0.072 0.000 0.040 0.004
#> SRR020288 1 0.2792 0.838 0.884 0.072 0.000 0.040 0.004
#> SRR020289 1 0.2792 0.838 0.884 0.072 0.000 0.040 0.004
#> SRR020290 1 0.2792 0.838 0.884 0.072 0.000 0.040 0.004
#> SRR020291 1 0.2792 0.838 0.884 0.072 0.000 0.040 0.004
#> SRR020285 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR1057683 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR1057684 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR020292 1 0.2868 0.840 0.884 0.072 0.000 0.032 0.012
#> SRR020293 1 0.2868 0.840 0.884 0.072 0.000 0.032 0.012
#> SRR020294 1 0.2868 0.840 0.884 0.072 0.000 0.032 0.012
#> SRR020295 1 0.2868 0.840 0.884 0.072 0.000 0.032 0.012
#> SRR020286 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR1057689 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR1057690 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR1057685 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR1057686 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR1057687 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR1057688 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR578643 4 0.0880 0.914 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR578644 4 0.0880 0.914 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR578645 4 0.0880 0.914 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR578646 4 0.0880 0.914 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR651679 4 0.0880 0.914 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR651680 4 0.0880 0.914 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR651681 4 0.0880 0.914 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR651682 4 0.0880 0.914 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.3096 0.788 0.008 0.868 0.040 0.084 0.000
#> SRR596099 2 0.3096 0.788 0.008 0.868 0.040 0.084 0.000
#> SRR596100 2 0.2938 0.795 0.008 0.876 0.032 0.084 0.000
#> SRR596101 2 0.3450 0.768 0.008 0.848 0.060 0.084 0.000
#> SRR651683 2 0.2518 0.811 0.008 0.896 0.016 0.080 0.000
#> SRR651684 2 0.2899 0.800 0.008 0.880 0.036 0.076 0.000
#> SRR651685 2 0.3315 0.776 0.008 0.856 0.052 0.084 0.000
#> SRR651686 2 0.2854 0.798 0.008 0.880 0.028 0.084 0.000
#> SRR596102 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR596103 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR596104 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR596105 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR651687 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR651688 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR651689 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR578647 3 0.6698 0.248 0.024 0.004 0.516 0.124 0.332
#> SRR578648 3 0.6646 0.239 0.024 0.004 0.516 0.116 0.340
#> SRR578649 3 0.6619 0.234 0.024 0.004 0.516 0.112 0.344
#> SRR578650 3 0.6672 0.244 0.024 0.004 0.516 0.120 0.336
#> SRR651691 3 0.6950 0.310 0.024 0.004 0.516 0.184 0.272
#> SRR577587 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR596107 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR596108 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR596109 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR651695 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR651696 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR651697 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR651698 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR651699 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045619 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045620 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045621 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220501 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220502 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220503 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220504 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220505 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220506 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220507 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220508 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577595 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577596 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577597 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577598 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577599 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR577600 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR577601 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR577602 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR578631 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR578632 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR578633 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR578634 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR651665 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR651666 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR651667 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR651668 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR577579 5 0.5817 0.159 0.420 0.004 0.000 0.080 0.496
#> SRR577580 5 0.5825 0.133 0.428 0.004 0.000 0.080 0.488
#> SRR577581 5 0.5817 0.159 0.420 0.004 0.000 0.080 0.496
#> SRR577582 5 0.5821 0.146 0.424 0.004 0.000 0.080 0.492
#> SRR577583 2 0.4726 0.393 0.376 0.604 0.000 0.016 0.004
#> SRR577584 2 0.4726 0.393 0.376 0.604 0.000 0.016 0.004
#> SRR577585 2 0.4726 0.393 0.376 0.604 0.000 0.016 0.004
#> SRR577586 2 0.4726 0.393 0.376 0.604 0.000 0.016 0.004
#> SRR577591 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577592 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577593 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577594 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578635 2 0.0880 0.874 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR578636 2 0.1043 0.869 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR578637 2 0.0963 0.871 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR578638 2 0.1043 0.869 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR651669 2 0.0794 0.876 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR651670 2 0.0794 0.876 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR651671 2 0.1282 0.864 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> SRR651672 2 0.0703 0.879 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR486237 1 0.2267 0.839 0.916 0.048 0.000 0.028 0.008
#> SRR1057691 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR486238 1 0.2267 0.839 0.916 0.048 0.000 0.028 0.008
#> SRR1057692 1 0.2930 0.842 0.880 0.076 0.000 0.032 0.012
#> SRR486239 1 0.3229 0.831 0.876 0.060 0.012 0.040 0.012
#> SRR486240 1 0.3193 0.831 0.876 0.060 0.008 0.044 0.012
#> SRR488136 1 0.2853 0.840 0.880 0.076 0.000 0.040 0.004
#> SRR488137 1 0.2853 0.840 0.880 0.076 0.000 0.040 0.004
#> SRR486241 1 0.2792 0.838 0.884 0.072 0.000 0.040 0.004
#> SRR486242 1 0.2792 0.838 0.884 0.072 0.000 0.040 0.004
#> SRR488684 1 0.2782 0.834 0.880 0.072 0.000 0.048 0.000
#> SRR488685 1 0.2782 0.834 0.880 0.072 0.000 0.048 0.000
#> SRR651673 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR651674 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR651675 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR651676 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR651677 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR651678 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR578639 4 0.3085 0.837 0.060 0.000 0.068 0.868 0.004
#> SRR578640 4 0.3209 0.829 0.060 0.000 0.076 0.860 0.004
#> SRR578641 4 0.3334 0.822 0.064 0.000 0.080 0.852 0.004
#> SRR578642 4 0.3209 0.829 0.060 0.000 0.076 0.860 0.004
#> SRR1045526 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045527 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045528 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045529 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220381 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220382 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220383 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220384 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220385 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220386 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220387 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220388 1 0.3687 0.817 0.792 0.180 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045530 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045531 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045532 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045533 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220389 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220390 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220391 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220392 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220393 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220394 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220395 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220396 5 0.0324 0.861 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045570 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0290 0.928 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1045583 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1045584 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1045585 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1220421 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1220422 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1220423 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1220424 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1220425 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1220426 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1220427 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1220428 4 0.1041 0.912 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1054856 3 0.3867 0.789 0.048 0.000 0.804 0.144 0.004
#> SRR1054857 3 0.3909 0.786 0.048 0.000 0.800 0.148 0.004
#> SRR1054858 3 0.3950 0.783 0.048 0.000 0.796 0.152 0.004
#> SRR1054859 3 0.3950 0.783 0.048 0.000 0.796 0.152 0.004
#> SRR1220429 3 0.4256 0.754 0.048 0.000 0.764 0.184 0.004
#> SRR1220430 3 0.4184 0.762 0.048 0.000 0.772 0.176 0.004
#> SRR1220431 3 0.4359 0.741 0.048 0.000 0.752 0.196 0.004
#> SRR1220432 3 0.4220 0.758 0.048 0.000 0.768 0.180 0.004
#> SRR1220433 3 0.3991 0.779 0.048 0.000 0.792 0.156 0.004
#> SRR1220434 3 0.4031 0.776 0.048 0.000 0.788 0.160 0.004
#> SRR1220435 3 0.4359 0.741 0.048 0.000 0.752 0.196 0.004
#> SRR1220436 3 0.4184 0.762 0.048 0.000 0.772 0.176 0.004
#> SRR1045586 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045587 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045588 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045589 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220438 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220439 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220441 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220442 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220443 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1220444 1 0.3612 0.821 0.800 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR1045594 2 0.4462 0.553 0.308 0.672 0.000 0.016 0.004
#> SRR1045595 2 0.4481 0.545 0.312 0.668 0.000 0.016 0.004
#> SRR1045596 2 0.4481 0.545 0.312 0.668 0.000 0.016 0.004
#> SRR1045597 2 0.4500 0.537 0.316 0.664 0.000 0.016 0.004
#> SRR1220453 2 0.4380 0.581 0.292 0.688 0.000 0.016 0.004
#> SRR1220454 2 0.4268 0.613 0.272 0.708 0.000 0.016 0.004
#> SRR1220455 2 0.4500 0.537 0.316 0.664 0.000 0.016 0.004
#> SRR1220456 2 0.4380 0.581 0.292 0.688 0.000 0.016 0.004
#> SRR1220457 2 0.4401 0.574 0.296 0.684 0.000 0.016 0.004
#> SRR1220458 2 0.4481 0.545 0.312 0.668 0.000 0.016 0.004
#> SRR1220459 2 0.4291 0.607 0.276 0.704 0.000 0.016 0.004
#> SRR1220460 2 0.4380 0.581 0.292 0.688 0.000 0.016 0.004
#> SRR1045598 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1045599 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1045600 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1045601 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220461 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220462 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220463 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220464 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220465 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220466 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220467 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220468 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1045602 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0162 0.929 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045607 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045608 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045609 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220477 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220478 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220479 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220480 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220481 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220482 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220483 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220484 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045614 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045615 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045616 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045617 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220493 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220494 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220495 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220496 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220497 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220498 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220499 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220500 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR651662 3 0.6550 0.201 0.396 0.004 0.484 0.088 0.028
#> SRR651663 2 0.4530 0.383 0.008 0.612 0.000 0.376 0.004
#> SRR651664 2 0.4108 0.540 0.008 0.684 0.000 0.308 0.000
#> SRR1045522 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1045523 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1045524 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1045525 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220373 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220374 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220375 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220376 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220377 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220378 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220379 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1220380 4 0.2390 0.937 0.084 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR1045578 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045579 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045580 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045581 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220413 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220414 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220415 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220416 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220417 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220418 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220419 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1220420 5 0.0324 0.865 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1045590 5 0.6503 0.421 0.028 0.004 0.308 0.104 0.556
#> SRR1045591 5 0.6645 0.417 0.036 0.004 0.308 0.104 0.548
#> SRR1045592 5 0.6659 0.408 0.036 0.004 0.312 0.104 0.544
#> SRR1045593 5 0.6789 0.404 0.044 0.004 0.312 0.104 0.536
#> SRR1220445 5 0.7221 0.395 0.088 0.004 0.308 0.092 0.508
#> SRR1220446 5 0.7386 0.383 0.104 0.004 0.308 0.092 0.492
#> SRR1220447 5 0.7334 0.395 0.100 0.004 0.304 0.092 0.500
#> SRR1220448 5 0.7412 0.388 0.108 0.004 0.304 0.092 0.492
#> SRR1220449 5 0.7575 0.353 0.124 0.004 0.312 0.092 0.468
#> SRR1220450 5 0.7346 0.386 0.100 0.004 0.308 0.092 0.496
#> SRR1220451 5 0.7334 0.395 0.100 0.004 0.304 0.092 0.500
#> SRR1220452 5 0.7358 0.377 0.100 0.004 0.312 0.092 0.492
#> SRR1045610 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045611 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045612 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045613 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220485 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220486 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220487 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220488 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220489 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220490 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220491 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220492 2 0.0162 0.892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR020288 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR020289 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR020290 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR020291 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR020285 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR1057683 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR1057684 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR020292 1 0.5604 0.51705 0.508 0.032 0.000 0.068 0.000 0.392
#> SRR020293 1 0.5604 0.51705 0.508 0.032 0.000 0.068 0.000 0.392
#> SRR020294 1 0.5604 0.51705 0.508 0.032 0.000 0.068 0.000 0.392
#> SRR020295 1 0.5604 0.51705 0.508 0.032 0.000 0.068 0.000 0.392
#> SRR020286 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR1057689 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR1057690 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR1057685 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR1057686 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR1057687 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR1057688 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR578643 4 0.3867 0.01290 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR578644 4 0.3867 0.01290 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR578645 4 0.3867 0.01290 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR578646 4 0.3867 0.01290 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR651679 4 0.3867 0.01290 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR651680 4 0.3867 0.01290 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR651681 4 0.3867 0.01290 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR651682 4 0.3867 0.01290 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR578627 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578628 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578629 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578630 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651692 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651693 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651694 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR596098 2 0.3607 0.49319 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR596099 2 0.3634 0.47735 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR596100 2 0.3647 0.46886 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR596101 2 0.3647 0.46886 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR651683 2 0.3563 0.51689 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR651684 2 0.3563 0.51689 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR651685 2 0.3647 0.46886 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR651686 2 0.3737 0.39262 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR596102 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578647 6 0.6046 0.57432 0.012 0.000 0.212 0.008 0.220 0.548
#> SRR578648 6 0.6046 0.57432 0.012 0.000 0.212 0.008 0.220 0.548
#> SRR578649 6 0.5965 0.57039 0.012 0.000 0.212 0.004 0.224 0.548
#> SRR578650 6 0.6046 0.57432 0.012 0.000 0.212 0.008 0.220 0.548
#> SRR651691 6 0.6407 0.59304 0.012 0.000 0.212 0.036 0.192 0.548
#> SRR577587 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR577588 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR577589 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR577590 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR596106 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR596107 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR596108 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR596109 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR651695 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR651696 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR651697 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR651698 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR651699 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR651700 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR651701 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR651702 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR651703 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR651704 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR578651 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578652 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578653 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578654 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651705 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651706 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651707 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651708 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045618 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577600 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577601 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577602 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578631 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.4177 0.35947 0.684 0.000 0.000 0.004 0.032 0.280
#> SRR577580 1 0.4161 0.38169 0.696 0.000 0.000 0.004 0.036 0.264
#> SRR577581 1 0.4310 0.36734 0.684 0.000 0.000 0.004 0.044 0.268
#> SRR577582 1 0.4224 0.36225 0.684 0.000 0.000 0.004 0.036 0.276
#> SRR577583 1 0.5240 0.32021 0.548 0.356 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR577584 1 0.5240 0.32021 0.548 0.356 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR577585 1 0.5240 0.32021 0.548 0.356 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR577586 1 0.5240 0.32021 0.548 0.356 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR577591 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR577592 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR577593 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR577594 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578635 2 0.0790 0.90703 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR578636 2 0.0865 0.90394 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR578637 2 0.0790 0.90703 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR578638 2 0.0865 0.90394 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR651669 2 0.0790 0.90703 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR651670 2 0.0790 0.90703 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR651671 2 0.0865 0.90394 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR651672 2 0.0790 0.90703 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR486237 1 0.5428 0.51886 0.520 0.024 0.000 0.064 0.000 0.392
#> SRR1057691 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR486238 1 0.5428 0.51886 0.520 0.024 0.000 0.064 0.000 0.392
#> SRR1057692 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR486239 1 0.5238 0.47675 0.492 0.004 0.004 0.068 0.000 0.432
#> SRR486240 1 0.5238 0.47675 0.492 0.004 0.004 0.068 0.000 0.432
#> SRR488136 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR488137 1 0.5659 0.51948 0.508 0.036 0.000 0.068 0.000 0.388
#> SRR486241 1 0.5524 0.50969 0.508 0.024 0.000 0.072 0.000 0.396
#> SRR486242 1 0.5524 0.50969 0.508 0.024 0.000 0.072 0.000 0.396
#> SRR488684 1 0.5642 0.51529 0.508 0.032 0.000 0.072 0.000 0.388
#> SRR488685 1 0.5642 0.51529 0.508 0.032 0.000 0.072 0.000 0.388
#> SRR651673 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651674 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651675 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651676 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651677 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651678 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578639 6 0.3316 0.46976 0.000 0.000 0.052 0.136 0.000 0.812
#> SRR578640 6 0.3276 0.47056 0.000 0.000 0.052 0.132 0.000 0.816
#> SRR578641 6 0.3295 0.47500 0.000 0.000 0.056 0.128 0.000 0.816
#> SRR578642 6 0.3336 0.47446 0.000 0.000 0.056 0.132 0.000 0.812
#> SRR1045526 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1045531 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1045532 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1045533 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1220389 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1220390 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1220391 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1220392 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1220393 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1220394 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1220395 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1220396 5 0.2264 0.89376 0.012 0.000 0.000 0.004 0.888 0.096
#> SRR1045570 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1045571 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1045572 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1045573 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220397 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220398 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220399 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220400 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220401 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220402 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220403 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220404 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1045574 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045575 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045576 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045577 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220405 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220406 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220407 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220408 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220409 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220410 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220411 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220412 3 0.0146 0.95434 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045582 6 0.3868 0.01634 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1045583 6 0.3868 0.00501 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1045584 6 0.3868 0.01634 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1045585 6 0.3868 0.00501 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1220421 6 0.3868 0.00501 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1220422 6 0.3868 0.00501 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1220423 6 0.3868 0.00501 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1220424 6 0.3868 0.00501 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1220425 6 0.3868 0.00501 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1220426 6 0.3868 0.00501 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1220427 6 0.3868 0.01634 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1220428 6 0.3868 0.00501 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1054856 6 0.3620 0.56936 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1054857 6 0.3620 0.56936 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1054858 6 0.3620 0.56936 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1054859 6 0.3742 0.57474 0.000 0.000 0.348 0.004 0.000 0.648
#> SRR1220429 6 0.3912 0.58290 0.000 0.000 0.340 0.012 0.000 0.648
#> SRR1220430 6 0.3833 0.57887 0.000 0.000 0.344 0.008 0.000 0.648
#> SRR1220431 6 0.4049 0.59005 0.000 0.000 0.332 0.020 0.000 0.648
#> SRR1220432 6 0.3912 0.58290 0.000 0.000 0.340 0.012 0.000 0.648
#> SRR1220433 6 0.3742 0.57474 0.000 0.000 0.348 0.004 0.000 0.648
#> SRR1220434 6 0.3742 0.57474 0.000 0.000 0.348 0.004 0.000 0.648
#> SRR1220435 6 0.3984 0.58689 0.000 0.000 0.336 0.016 0.000 0.648
#> SRR1220436 6 0.3833 0.57887 0.000 0.000 0.344 0.008 0.000 0.648
#> SRR1045586 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.1556 0.64536 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 1 0.5265 0.27386 0.520 0.388 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1045595 1 0.5277 0.26219 0.512 0.396 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1045596 1 0.5265 0.27386 0.520 0.388 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1045597 1 0.5265 0.27386 0.520 0.388 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1220453 1 0.5191 0.25371 0.508 0.400 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1220454 1 0.5321 0.24656 0.504 0.400 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1220455 1 0.5297 0.27859 0.520 0.384 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1220456 1 0.5304 0.27028 0.516 0.388 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1220457 1 0.5283 0.25296 0.508 0.400 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1220458 1 0.5297 0.27859 0.520 0.384 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1220459 1 0.5321 0.25133 0.504 0.400 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1220460 1 0.5310 0.26140 0.512 0.392 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1045598 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1045599 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1045600 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1045601 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220461 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220462 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220463 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220464 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220465 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220466 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220467 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220468 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1045603 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1045604 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1045605 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220469 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220470 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220471 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220472 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220473 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220474 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220475 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1220476 3 0.1858 0.94698 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1045606 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651662 6 0.5906 0.44759 0.288 0.004 0.188 0.004 0.000 0.516
#> SRR651663 2 0.4489 0.56648 0.012 0.680 0.000 0.044 0.000 0.264
#> SRR651664 2 0.3858 0.68922 0.012 0.760 0.000 0.032 0.000 0.196
#> SRR1045522 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1045523 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1045524 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1045525 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220373 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220374 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220375 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220376 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220377 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220378 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220379 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1220380 4 0.0458 0.86677 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1045578 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045590 6 0.5575 0.45247 0.016 0.000 0.088 0.004 0.344 0.548
#> SRR1045591 6 0.5640 0.45808 0.020 0.000 0.088 0.004 0.340 0.548
#> SRR1045592 6 0.5503 0.44711 0.012 0.000 0.088 0.004 0.348 0.548
#> SRR1045593 6 0.5701 0.46280 0.024 0.000 0.088 0.004 0.336 0.548
#> SRR1220445 6 0.6091 0.49008 0.056 0.000 0.088 0.004 0.308 0.544
#> SRR1220446 6 0.6288 0.50890 0.080 0.000 0.088 0.004 0.284 0.544
#> SRR1220447 6 0.6229 0.50353 0.072 0.000 0.088 0.004 0.292 0.544
#> SRR1220448 6 0.6288 0.50890 0.080 0.000 0.088 0.004 0.284 0.544
#> SRR1220449 6 0.6367 0.51387 0.092 0.000 0.088 0.004 0.272 0.544
#> SRR1220450 6 0.6229 0.50405 0.072 0.000 0.088 0.004 0.292 0.544
#> SRR1220451 6 0.6229 0.50405 0.072 0.000 0.088 0.004 0.292 0.544
#> SRR1220452 6 0.6288 0.50890 0.080 0.000 0.088 0.004 0.284 0.544
#> SRR1045610 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.93008 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.678 0.910 0.939 0.4210 0.529 0.529
#> 3 3 0.770 0.880 0.936 0.2987 0.930 0.868
#> 4 4 0.693 0.708 0.853 0.2191 0.928 0.846
#> 5 5 0.754 0.873 0.893 0.1003 0.842 0.613
#> 6 6 0.838 0.875 0.889 0.0604 0.967 0.877
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020288 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020289 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020290 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020291 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020285 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR020292 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020293 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020294 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020295 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020286 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR578643 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR578644 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR578645 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR578646 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR651679 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR651680 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR651681 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR651682 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR578627 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578628 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578629 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578630 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651692 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651693 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651694 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.5737 0.805 0.136 0.864
#> SRR596099 2 0.5737 0.805 0.136 0.864
#> SRR596100 2 0.5737 0.805 0.136 0.864
#> SRR596101 2 0.5737 0.805 0.136 0.864
#> SRR651683 2 0.5737 0.805 0.136 0.864
#> SRR651684 2 0.5737 0.805 0.136 0.864
#> SRR651685 2 0.5737 0.805 0.136 0.864
#> SRR651686 2 0.5737 0.805 0.136 0.864
#> SRR596102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578647 2 0.6973 0.787 0.188 0.812
#> SRR578648 2 0.6973 0.787 0.188 0.812
#> SRR578649 2 0.6973 0.787 0.188 0.812
#> SRR578650 2 0.6973 0.787 0.188 0.812
#> SRR651691 2 0.6973 0.787 0.188 0.812
#> SRR577587 2 0.9427 0.678 0.360 0.640
#> SRR577588 2 0.9427 0.678 0.360 0.640
#> SRR577589 2 0.9427 0.678 0.360 0.640
#> SRR577590 2 0.9427 0.678 0.360 0.640
#> SRR596106 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR596107 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR596108 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR596109 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR651695 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR651696 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR651697 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR651698 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR651699 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651700 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651701 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651702 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651703 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651704 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578651 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578652 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578653 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578654 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651705 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651706 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651707 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651708 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR577599 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577583 2 0.6973 0.787 0.188 0.812
#> SRR577584 2 0.6973 0.787 0.188 0.812
#> SRR577585 2 0.6973 0.787 0.188 0.812
#> SRR577586 2 0.6973 0.787 0.188 0.812
#> SRR577591 2 0.9427 0.678 0.360 0.640
#> SRR577592 2 0.9427 0.678 0.360 0.640
#> SRR577593 2 0.9427 0.678 0.360 0.640
#> SRR577594 2 0.9427 0.678 0.360 0.640
#> SRR578635 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR486238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR486239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651673 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1045583 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1045584 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1045585 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1220421 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1220422 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1220423 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1220424 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1220425 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1220426 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1220427 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1220428 2 0.9491 0.670 0.368 0.632
#> SRR1054856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1045595 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1045596 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1045597 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1220453 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1220454 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1220455 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1220456 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1220457 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1220458 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1220459 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1220460 2 0.0938 0.828 0.012 0.988
#> SRR1045598 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1045599 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1045600 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1045601 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1220461 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1220462 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1220463 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1220464 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1220465 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1220466 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1220467 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1220468 2 0.9608 0.647 0.384 0.616
#> SRR1045602 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045614 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.827 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.4121 0.855 0.832 0.000 0.168
#> SRR020288 1 0.4121 0.855 0.832 0.000 0.168
#> SRR020289 1 0.4121 0.855 0.832 0.000 0.168
#> SRR020290 1 0.4121 0.855 0.832 0.000 0.168
#> SRR020291 1 0.4121 0.855 0.832 0.000 0.168
#> SRR020285 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 1 0.4121 0.855 0.832 0.000 0.168
#> SRR020293 1 0.4121 0.855 0.832 0.000 0.168
#> SRR020294 1 0.4121 0.855 0.832 0.000 0.168
#> SRR020295 1 0.4121 0.855 0.832 0.000 0.168
#> SRR020286 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR578644 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR578645 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR578646 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR651679 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR651680 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR651681 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR651682 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR578627 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR578628 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR578629 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR578630 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651692 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651693 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651694 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR596098 3 0.5335 0.722 0.008 0.232 0.760
#> SRR596099 3 0.5335 0.722 0.008 0.232 0.760
#> SRR596100 3 0.5335 0.722 0.008 0.232 0.760
#> SRR596101 3 0.5335 0.722 0.008 0.232 0.760
#> SRR651683 3 0.5335 0.722 0.008 0.232 0.760
#> SRR651684 3 0.5335 0.722 0.008 0.232 0.760
#> SRR651685 3 0.5335 0.722 0.008 0.232 0.760
#> SRR651686 3 0.5335 0.722 0.008 0.232 0.760
#> SRR596102 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR578647 3 0.4700 0.767 0.008 0.180 0.812
#> SRR578648 3 0.4700 0.767 0.008 0.180 0.812
#> SRR578649 3 0.4700 0.767 0.008 0.180 0.812
#> SRR578650 3 0.4700 0.767 0.008 0.180 0.812
#> SRR651691 3 0.4700 0.767 0.008 0.180 0.812
#> SRR577587 3 0.0848 0.832 0.008 0.008 0.984
#> SRR577588 3 0.0848 0.832 0.008 0.008 0.984
#> SRR577589 3 0.0848 0.832 0.008 0.008 0.984
#> SRR577590 3 0.0848 0.832 0.008 0.008 0.984
#> SRR596106 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR596107 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR596108 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR596109 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR651695 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR651696 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR651697 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR651698 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR651699 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651700 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651701 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651702 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651703 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651704 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR578651 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR578652 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR578653 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR578654 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651705 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651706 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651707 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR651708 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045618 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR577600 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR577601 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR577602 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR578631 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR578632 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR578633 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR578634 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651665 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651666 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651667 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651668 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR577579 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR577580 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR577581 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR577582 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR577583 3 0.4700 0.767 0.008 0.180 0.812
#> SRR577584 3 0.4700 0.767 0.008 0.180 0.812
#> SRR577585 3 0.4700 0.767 0.008 0.180 0.812
#> SRR577586 3 0.4700 0.767 0.008 0.180 0.812
#> SRR577591 3 0.0848 0.832 0.008 0.008 0.984
#> SRR577592 3 0.0848 0.832 0.008 0.008 0.984
#> SRR577593 3 0.0848 0.832 0.008 0.008 0.984
#> SRR577594 3 0.0848 0.832 0.008 0.008 0.984
#> SRR578635 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR578636 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR578637 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR578638 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651669 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651670 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651671 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651672 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR486237 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR1057691 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR1057692 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR486240 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR488136 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR488137 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR486241 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR486242 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR488684 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR488685 1 0.3482 0.892 0.872 0.000 0.128
#> SRR651673 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR578640 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR578641 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR578642 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045526 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045531 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045532 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045533 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220389 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220390 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220391 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220392 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220393 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220394 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220395 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220396 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045570 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045571 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045572 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045573 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220397 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220398 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220399 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220400 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220401 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220402 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220403 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220404 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045574 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045575 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045576 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045577 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220405 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220406 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220407 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220408 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220409 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220410 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220411 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220412 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045582 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1045583 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1045584 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1045585 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220421 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220422 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220423 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220424 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220425 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220426 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220427 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220428 3 0.0424 0.833 0.008 0.000 0.992
#> SRR1054856 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1054857 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1054858 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1054859 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1220429 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1220430 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1220431 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1220432 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1220433 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1220434 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1220435 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1220436 1 0.3941 0.840 0.844 0.000 0.156
#> SRR1045586 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 3 0.6309 0.160 0.000 0.500 0.500
#> SRR1045595 3 0.6309 0.160 0.000 0.500 0.500
#> SRR1045596 2 0.6309 -0.187 0.000 0.500 0.500
#> SRR1045597 2 0.6309 -0.187 0.000 0.500 0.500
#> SRR1220453 3 0.6309 0.160 0.000 0.500 0.500
#> SRR1220454 2 0.6309 -0.187 0.000 0.500 0.500
#> SRR1220455 3 0.6309 0.160 0.000 0.500 0.500
#> SRR1220456 2 0.6309 -0.187 0.000 0.500 0.500
#> SRR1220457 3 0.6309 0.160 0.000 0.500 0.500
#> SRR1220458 3 0.6309 0.160 0.000 0.500 0.500
#> SRR1220459 3 0.6309 0.160 0.000 0.500 0.500
#> SRR1220460 3 0.6309 0.160 0.000 0.500 0.500
#> SRR1045598 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1045599 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1045600 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1045601 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1220461 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1220462 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1220463 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1220464 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1220465 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1220466 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1220467 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1220468 3 0.3412 0.795 0.124 0.000 0.876
#> SRR1045602 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045603 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045604 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045605 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220469 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220470 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220471 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220472 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220473 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220474 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220475 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1220476 1 0.2448 0.932 0.924 0.000 0.076
#> SRR1045606 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045615 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045616 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045617 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220493 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220494 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220495 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220496 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220497 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220498 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220499 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220500 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR651662 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651663 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR651664 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045522 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045523 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045524 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045525 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220373 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220374 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220375 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220376 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220377 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220378 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220379 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220380 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045578 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045579 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045580 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045581 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220413 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220414 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220415 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220416 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220417 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220418 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220419 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220420 1 0.0237 0.953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045590 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045591 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045592 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045593 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220445 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220446 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220447 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220448 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220449 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220450 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220451 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220452 1 0.0424 0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045610 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR020288 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR020289 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR020290 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR020291 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR020285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020292 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR020293 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR020294 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR020295 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR020286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR578644 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR578645 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR578646 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR651679 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR651680 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR651681 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR651682 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR578627 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR578628 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR578629 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR578630 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651692 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651693 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651694 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR596098 4 0.4018 0.742 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR596099 4 0.4018 0.742 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR596100 4 0.4018 0.742 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR596101 4 0.4018 0.742 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR651683 4 0.4018 0.742 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR651684 4 0.4018 0.742 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR651685 4 0.4018 0.742 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR651686 4 0.4018 0.742 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR596102 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR596103 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR596104 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR596105 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR651687 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR651688 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR651689 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR578647 4 0.3494 0.781 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR578648 4 0.3494 0.781 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR578649 4 0.3494 0.781 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR578650 4 0.3494 0.781 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR651691 4 0.3494 0.781 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR577587 4 0.0188 0.822 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR577588 4 0.0188 0.822 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR577589 4 0.0188 0.822 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR577590 4 0.0188 0.822 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR596106 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR596107 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR596108 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR596109 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR651695 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR651696 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR651697 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR651698 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR651699 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651700 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651701 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651702 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651703 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651704 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR578651 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR578652 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR578653 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR578654 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651705 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651706 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651707 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR651708 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR577600 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR577601 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR577602 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR578631 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR578632 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR578633 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR578634 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR651665 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR651666 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR651667 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR651668 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577583 4 0.3494 0.781 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR577584 4 0.3494 0.781 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR577585 4 0.3494 0.781 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR577586 4 0.3494 0.781 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR577591 4 0.0188 0.822 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR577592 4 0.0188 0.822 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR577593 4 0.0188 0.822 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR577594 4 0.0188 0.822 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR578635 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR578636 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR578637 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR578638 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR651669 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR651670 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR651671 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR651672 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR486237 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486238 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486239 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR486240 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR488136 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR488137 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR486241 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR486242 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR488684 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR488685 3 0.1637 0.966 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR651673 1 0.1302 0.769 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR651674 1 0.1302 0.769 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR651675 1 0.1302 0.769 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR651676 1 0.1302 0.769 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR651677 1 0.1302 0.769 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR651678 1 0.1302 0.769 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR578639 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR578640 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR578641 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR578642 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045526 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1045527 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1045528 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1045529 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220381 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220382 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220383 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220384 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220385 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220386 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220387 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220388 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1045530 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045531 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045532 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045533 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220389 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220390 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220391 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220392 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220393 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220394 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220395 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220396 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045570 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045571 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045572 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045573 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220397 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220398 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220399 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220400 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220401 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220402 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220403 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220404 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045574 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045575 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045576 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045577 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220405 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220406 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220407 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220408 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220409 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220410 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220411 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220412 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045582 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1045583 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1045584 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1045585 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220421 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220422 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220423 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220424 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220425 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220426 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220427 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220428 4 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1054856 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1054857 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1054858 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1054859 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1220429 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1220430 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1220431 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1220432 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1220433 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1220434 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1220435 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1220436 1 0.5113 0.621 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1045586 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1045587 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1045588 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1045589 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220438 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220439 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220441 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220442 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220443 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1220444 1 0.2530 0.745 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1045594 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1045595 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1045596 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1045597 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1220453 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1220454 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1220455 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1220456 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1220457 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1220458 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1220459 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1220460 4 0.5168 0.303 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1045598 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1045599 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1045600 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1045601 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1220461 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1220462 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1220463 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1220464 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1220465 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1220466 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1220467 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1220468 4 0.3333 0.785 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR1045602 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045603 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045604 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045605 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220469 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220470 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220471 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220472 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220473 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220474 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220475 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1220476 1 0.5000 0.239 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1045615 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1045616 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1045617 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220493 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220494 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220495 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220496 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220497 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220498 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220499 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220500 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR651662 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR651663 1 0.1867 0.748 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR651664 1 0.1867 0.748 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1045522 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.770 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1045579 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1045580 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1045581 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220413 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220414 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220415 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220416 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220417 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220418 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220419 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1220420 1 0.1389 0.769 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1045590 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045591 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045592 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045593 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220445 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220446 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220447 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220448 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220449 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220450 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220451 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220452 1 0.0336 0.768 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 5 0.223 0.959 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR020288 5 0.223 0.959 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR020289 5 0.223 0.959 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR020290 5 0.223 0.959 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR020291 5 0.223 0.959 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR020285 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 5 0.223 0.959 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR020293 5 0.223 0.959 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR020294 5 0.223 0.959 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR020295 5 0.223 0.959 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR020286 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578644 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578645 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578646 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651679 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651680 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651681 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651682 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578627 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR596098 4 0.613 0.651 0.000 0.224 0.068 0.640 0.068
#> SRR596099 4 0.613 0.651 0.000 0.224 0.068 0.640 0.068
#> SRR596100 4 0.613 0.651 0.000 0.224 0.068 0.640 0.068
#> SRR596101 4 0.613 0.651 0.000 0.224 0.068 0.640 0.068
#> SRR651683 4 0.613 0.651 0.000 0.224 0.068 0.640 0.068
#> SRR651684 4 0.613 0.651 0.000 0.224 0.068 0.640 0.068
#> SRR651685 4 0.613 0.651 0.000 0.224 0.068 0.640 0.068
#> SRR651686 4 0.613 0.651 0.000 0.224 0.068 0.640 0.068
#> SRR596102 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR596103 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR596104 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR596105 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR651687 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR651688 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR651689 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR578647 4 0.574 0.719 0.000 0.172 0.068 0.692 0.068
#> SRR578648 4 0.574 0.719 0.000 0.172 0.068 0.692 0.068
#> SRR578649 4 0.574 0.719 0.000 0.172 0.068 0.692 0.068
#> SRR578650 4 0.574 0.719 0.000 0.172 0.068 0.692 0.068
#> SRR651691 4 0.574 0.719 0.000 0.172 0.068 0.692 0.068
#> SRR577587 4 0.306 0.814 0.000 0.000 0.068 0.864 0.068
#> SRR577588 4 0.306 0.814 0.000 0.000 0.068 0.864 0.068
#> SRR577589 4 0.306 0.814 0.000 0.000 0.068 0.864 0.068
#> SRR577590 4 0.306 0.814 0.000 0.000 0.068 0.864 0.068
#> SRR596106 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR596107 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR596108 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR596109 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR651695 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR651696 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR651697 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR651698 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR651699 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR577600 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR577601 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR577602 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR578631 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR578632 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR578633 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR578634 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR651665 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR651666 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR651667 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR651668 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR577579 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR577580 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR577581 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR577582 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR577583 4 0.574 0.719 0.000 0.172 0.068 0.692 0.068
#> SRR577584 4 0.574 0.719 0.000 0.172 0.068 0.692 0.068
#> SRR577585 4 0.574 0.719 0.000 0.172 0.068 0.692 0.068
#> SRR577586 4 0.574 0.719 0.000 0.172 0.068 0.692 0.068
#> SRR577591 4 0.306 0.814 0.000 0.000 0.068 0.864 0.068
#> SRR577592 4 0.306 0.814 0.000 0.000 0.068 0.864 0.068
#> SRR577593 4 0.306 0.814 0.000 0.000 0.068 0.864 0.068
#> SRR577594 4 0.306 0.814 0.000 0.000 0.068 0.864 0.068
#> SRR578635 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR578636 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR578637 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR578638 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR651669 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR651670 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR651671 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR651672 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR486237 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR1057691 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR1057692 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR486240 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR488136 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR488137 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR486241 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR486242 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR488684 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR488685 5 0.339 0.962 0.048 0.000 0.116 0.000 0.836
#> SRR651673 1 0.127 0.928 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.127 0.928 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.127 0.928 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.127 0.928 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.127 0.928 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.127 0.928 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR578640 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR578641 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR578642 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1045526 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1045527 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1045528 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1045529 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220381 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220382 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220383 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220384 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220385 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220386 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220387 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220388 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1045530 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1045531 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1045532 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1045533 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220389 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220390 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220391 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220392 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220393 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220394 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220395 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220396 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1045570 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045583 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045584 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045585 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220421 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220422 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220423 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220424 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220425 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220426 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220427 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220428 4 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1054857 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1054858 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1054859 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1220429 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1220430 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1220431 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1220432 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1220433 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1220434 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1220435 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1220436 1 0.334 0.773 0.824 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1045586 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1045587 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1045588 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1045589 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220438 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220439 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220441 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220442 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220443 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1220444 1 0.139 0.904 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1045594 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1045595 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1045596 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1045597 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1220453 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1220454 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1220455 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1220456 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1220457 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1220458 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1220459 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1220460 2 0.673 0.122 0.000 0.492 0.068 0.372 0.068
#> SRR1045598 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1045599 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1045600 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1045601 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1220461 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1220462 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1220463 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1220464 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1220465 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1220466 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1220467 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1220468 4 0.273 0.819 0.104 0.000 0.016 0.876 0.004
#> SRR1045602 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.154 1.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1045615 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1045616 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1045617 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220493 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220494 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220495 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220496 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220497 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220498 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220499 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220500 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR651662 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR651663 1 0.227 0.909 0.904 0.000 0.020 0.000 0.076
#> SRR651664 1 0.227 0.909 0.904 0.000 0.020 0.000 0.076
#> SRR1045522 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1045523 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1045524 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1045525 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1220373 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1220374 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1220375 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1220376 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1220377 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1220378 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1220379 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1220380 1 0.251 0.927 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> SRR1045578 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1045579 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1045580 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1045581 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220413 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220414 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220415 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220416 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220417 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220418 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220419 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1220420 1 0.143 0.928 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1045590 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1045591 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1045592 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1045593 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220445 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220446 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220447 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220448 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220449 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220450 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220451 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1220452 1 0.238 0.926 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1045610 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.0458 0.959 0.000 0.000 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR020288 6 0.0458 0.959 0.000 0.000 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR020289 6 0.0458 0.959 0.000 0.000 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR020290 6 0.0458 0.959 0.000 0.000 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR020291 6 0.0458 0.959 0.000 0.000 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR020285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 6 0.0458 0.959 0.000 0.000 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR020293 6 0.0458 0.959 0.000 0.000 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR020294 6 0.0458 0.959 0.000 0.000 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR020295 6 0.0458 0.959 0.000 0.000 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR020286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR578644 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR578645 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR578646 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR651679 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR651680 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR651681 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR651682 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR596098 5 0.2219 0.775 0.000 0.136 0 0.000 0.864 0.000
#> SRR596099 5 0.2219 0.775 0.000 0.136 0 0.000 0.864 0.000
#> SRR596100 5 0.2219 0.775 0.000 0.136 0 0.000 0.864 0.000
#> SRR596101 5 0.2219 0.775 0.000 0.136 0 0.000 0.864 0.000
#> SRR651683 5 0.2219 0.775 0.000 0.136 0 0.000 0.864 0.000
#> SRR651684 5 0.2219 0.775 0.000 0.136 0 0.000 0.864 0.000
#> SRR651685 5 0.2219 0.775 0.000 0.136 0 0.000 0.864 0.000
#> SRR651686 5 0.2219 0.775 0.000 0.136 0 0.000 0.864 0.000
#> SRR596102 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR596103 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR596104 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR596105 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR651687 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR651688 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR651689 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR578647 5 0.2060 0.760 0.000 0.084 0 0.016 0.900 0.000
#> SRR578648 5 0.2060 0.760 0.000 0.084 0 0.016 0.900 0.000
#> SRR578649 5 0.2060 0.760 0.000 0.084 0 0.016 0.900 0.000
#> SRR578650 5 0.2060 0.760 0.000 0.084 0 0.016 0.900 0.000
#> SRR651691 5 0.2060 0.760 0.000 0.084 0 0.016 0.900 0.000
#> SRR577587 5 0.1863 0.576 0.000 0.000 0 0.104 0.896 0.000
#> SRR577588 5 0.1863 0.576 0.000 0.000 0 0.104 0.896 0.000
#> SRR577589 5 0.1863 0.576 0.000 0.000 0 0.104 0.896 0.000
#> SRR577590 5 0.1863 0.576 0.000 0.000 0 0.104 0.896 0.000
#> SRR596106 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR596107 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR596108 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR596109 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR651695 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR651696 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR651697 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR651698 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.2378 0.837 0.848 0.000 0 0.152 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.2378 0.837 0.848 0.000 0 0.152 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.2378 0.837 0.848 0.000 0 0.152 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.2378 0.837 0.848 0.000 0 0.152 0.000 0.000
#> SRR577583 5 0.2060 0.760 0.000 0.084 0 0.016 0.900 0.000
#> SRR577584 5 0.2060 0.760 0.000 0.084 0 0.016 0.900 0.000
#> SRR577585 5 0.2060 0.760 0.000 0.084 0 0.016 0.900 0.000
#> SRR577586 5 0.2060 0.760 0.000 0.084 0 0.016 0.900 0.000
#> SRR577591 5 0.1863 0.576 0.000 0.000 0 0.104 0.896 0.000
#> SRR577592 5 0.1863 0.576 0.000 0.000 0 0.104 0.896 0.000
#> SRR577593 5 0.1863 0.576 0.000 0.000 0 0.104 0.896 0.000
#> SRR577594 5 0.1863 0.576 0.000 0.000 0 0.104 0.896 0.000
#> SRR578635 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR486237 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR1057691 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR1057692 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR486240 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR488136 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR488137 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR486241 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR486242 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR488684 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR488685 6 0.0865 0.963 0.036 0.000 0 0.000 0.000 0.964
#> SRR651673 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR578640 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR578641 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR578642 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1045527 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1045528 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1045529 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220381 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220382 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220383 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220384 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220385 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220386 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220387 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220388 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1045530 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045570 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1045583 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1045584 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1045585 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1220421 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1220422 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1220423 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1220424 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1220425 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1220426 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1220427 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1220428 4 0.3464 0.885 0.000 0.000 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1054856 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1054857 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1054858 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1054859 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1220429 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1220430 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1220431 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1220432 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1220433 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1220434 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1220435 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1220436 1 0.3122 0.712 0.804 0.000 0 0.176 0.020 0.000
#> SRR1045586 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1045587 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1045588 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1045589 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220438 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220439 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220441 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220442 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220443 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1220444 1 0.1865 0.816 0.920 0.000 0 0.040 0.000 0.040
#> SRR1045594 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1045595 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1045596 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1045597 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1220453 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1220454 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1220455 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1220456 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1220457 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1220458 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1220459 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1220460 5 0.3765 0.592 0.000 0.404 0 0.000 0.596 0.000
#> SRR1045598 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1045599 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1045600 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1045601 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1220461 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1220462 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1220463 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1220464 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1220465 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1220466 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1220467 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1220468 4 0.4046 0.890 0.084 0.000 0 0.748 0.168 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR651662 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR651663 1 0.4191 0.804 0.676 0.000 0 0.284 0.000 0.040
#> SRR651664 1 0.4191 0.804 0.676 0.000 0 0.284 0.000 0.040
#> SRR1045522 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.3050 0.827 0.764 0.000 0 0.236 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0146 0.842 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.3151 0.822 0.748 0.000 0 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.997 0.3974 0.604 0.604
#> 3 3 0.524 0.720 0.769 0.4860 0.803 0.674
#> 4 4 0.506 0.485 0.679 0.1781 0.773 0.514
#> 5 5 0.524 0.599 0.716 0.0748 0.824 0.504
#> 6 6 0.616 0.567 0.712 0.0560 0.981 0.920
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR020288 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR020289 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR020290 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR020291 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR020285 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1057683 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1057684 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR020292 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR020293 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR020294 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR020295 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR020286 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1057689 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1057690 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1057685 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1057686 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1057687 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1057688 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR578643 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR578644 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR578645 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR578646 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR651679 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR651680 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR651681 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR651682 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR578627 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578628 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578629 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578630 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651692 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651693 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651694 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR596099 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR596100 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR596101 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR651683 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR651684 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR651685 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR651686 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR596102 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578647 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR578648 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR578649 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR578650 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR651691 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577587 1 0.5408 0.860 0.876 0.124
#> SRR577588 1 0.5408 0.860 0.876 0.124
#> SRR577589 1 0.5408 0.860 0.876 0.124
#> SRR577590 1 0.5408 0.860 0.876 0.124
#> SRR596106 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR596107 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR596108 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR596109 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651695 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651696 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651697 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651698 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651699 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651700 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651701 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651702 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651703 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651704 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578651 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578652 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578653 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578654 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651705 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651706 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651707 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651708 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045619 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045620 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045621 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220501 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220502 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220503 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220504 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220505 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220506 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220507 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220508 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577595 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577596 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577597 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577598 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577599 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR577583 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577584 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577585 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577586 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577591 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577592 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577593 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR577594 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR578635 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR1057691 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR486238 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR1057692 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR486239 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR486240 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR488136 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR488137 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR486241 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR486242 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR488684 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR488685 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR651673 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045574 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045575 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045576 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045577 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220406 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220407 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220408 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220409 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220410 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220411 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220412 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045582 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045595 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045596 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045597 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220453 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220454 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220455 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220456 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220457 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220458 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220459 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220460 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045598 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045602 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045603 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045604 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045605 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220469 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220470 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220471 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220472 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220473 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220474 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220475 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220476 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045607 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045608 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045609 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220477 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220478 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220479 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220480 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220481 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220482 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220483 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220484 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045614 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045611 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045612 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1045613 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220485 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220486 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220487 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220488 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220489 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220490 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220491 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
#> SRR1220492 2 0.0376 1.000 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.5529 0.424 0.704 0.000 0.296
#> SRR020288 1 0.5529 0.424 0.704 0.000 0.296
#> SRR020289 1 0.5529 0.424 0.704 0.000 0.296
#> SRR020290 1 0.5529 0.424 0.704 0.000 0.296
#> SRR020291 1 0.5529 0.424 0.704 0.000 0.296
#> SRR020285 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1057683 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1057684 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR020292 1 0.5760 0.389 0.672 0.000 0.328
#> SRR020293 1 0.5760 0.389 0.672 0.000 0.328
#> SRR020294 1 0.5760 0.389 0.672 0.000 0.328
#> SRR020295 1 0.5760 0.389 0.672 0.000 0.328
#> SRR020286 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1057689 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1057690 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1057685 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1057686 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1057687 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1057688 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR578643 2 0.8290 0.700 0.204 0.632 0.164
#> SRR578644 2 0.8290 0.700 0.204 0.632 0.164
#> SRR578645 2 0.8290 0.700 0.204 0.632 0.164
#> SRR578646 2 0.8290 0.700 0.204 0.632 0.164
#> SRR651679 2 0.8290 0.700 0.204 0.632 0.164
#> SRR651680 2 0.8290 0.700 0.204 0.632 0.164
#> SRR651681 2 0.8290 0.700 0.204 0.632 0.164
#> SRR651682 2 0.8290 0.700 0.204 0.632 0.164
#> SRR578627 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR578628 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR578629 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR578630 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR651692 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR651693 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR651694 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR596098 2 0.2711 0.900 0.000 0.912 0.088
#> SRR596099 2 0.2711 0.900 0.000 0.912 0.088
#> SRR596100 2 0.2711 0.900 0.000 0.912 0.088
#> SRR596101 2 0.2711 0.900 0.000 0.912 0.088
#> SRR651683 2 0.2711 0.900 0.000 0.912 0.088
#> SRR651684 2 0.2711 0.900 0.000 0.912 0.088
#> SRR651685 2 0.2711 0.900 0.000 0.912 0.088
#> SRR651686 2 0.2711 0.900 0.000 0.912 0.088
#> SRR596102 1 0.2066 0.683 0.940 0.000 0.060
#> SRR596103 1 0.2066 0.683 0.940 0.000 0.060
#> SRR596104 1 0.2066 0.683 0.940 0.000 0.060
#> SRR596105 1 0.2066 0.683 0.940 0.000 0.060
#> SRR651687 1 0.2066 0.683 0.940 0.000 0.060
#> SRR651688 1 0.2066 0.683 0.940 0.000 0.060
#> SRR651689 1 0.2066 0.683 0.940 0.000 0.060
#> SRR578647 2 0.6231 0.824 0.080 0.772 0.148
#> SRR578648 2 0.6231 0.824 0.080 0.772 0.148
#> SRR578649 2 0.6231 0.824 0.080 0.772 0.148
#> SRR578650 2 0.6231 0.824 0.080 0.772 0.148
#> SRR651691 2 0.6231 0.824 0.080 0.772 0.148
#> SRR577587 3 0.8143 0.278 0.360 0.080 0.560
#> SRR577588 3 0.8143 0.278 0.360 0.080 0.560
#> SRR577589 3 0.8143 0.278 0.360 0.080 0.560
#> SRR577590 3 0.8143 0.278 0.360 0.080 0.560
#> SRR596106 1 0.4178 0.561 0.828 0.000 0.172
#> SRR596107 1 0.4178 0.561 0.828 0.000 0.172
#> SRR596108 1 0.4178 0.561 0.828 0.000 0.172
#> SRR596109 1 0.4178 0.561 0.828 0.000 0.172
#> SRR651695 1 0.4178 0.561 0.828 0.000 0.172
#> SRR651696 1 0.4178 0.561 0.828 0.000 0.172
#> SRR651697 1 0.4178 0.561 0.828 0.000 0.172
#> SRR651698 1 0.4178 0.561 0.828 0.000 0.172
#> SRR651699 3 0.5529 0.905 0.296 0.000 0.704
#> SRR651700 3 0.5529 0.905 0.296 0.000 0.704
#> SRR651701 3 0.5529 0.905 0.296 0.000 0.704
#> SRR651702 3 0.5529 0.905 0.296 0.000 0.704
#> SRR651703 3 0.5529 0.905 0.296 0.000 0.704
#> SRR651704 3 0.5529 0.905 0.296 0.000 0.704
#> SRR578651 3 0.5560 0.895 0.300 0.000 0.700
#> SRR578652 3 0.5560 0.895 0.300 0.000 0.700
#> SRR578653 3 0.5560 0.895 0.300 0.000 0.700
#> SRR578654 3 0.5560 0.895 0.300 0.000 0.700
#> SRR651705 3 0.5560 0.895 0.300 0.000 0.700
#> SRR651706 3 0.5560 0.895 0.300 0.000 0.700
#> SRR651707 3 0.5560 0.895 0.300 0.000 0.700
#> SRR651708 3 0.5560 0.895 0.300 0.000 0.700
#> SRR1045618 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.2711 0.704 0.912 0.000 0.088
#> SRR577600 1 0.2711 0.704 0.912 0.000 0.088
#> SRR577601 1 0.2711 0.704 0.912 0.000 0.088
#> SRR577602 1 0.2711 0.704 0.912 0.000 0.088
#> SRR578631 1 0.5706 0.555 0.680 0.000 0.320
#> SRR578632 1 0.5706 0.555 0.680 0.000 0.320
#> SRR578633 1 0.5706 0.555 0.680 0.000 0.320
#> SRR578634 1 0.5706 0.555 0.680 0.000 0.320
#> SRR651665 1 0.5706 0.555 0.680 0.000 0.320
#> SRR651666 1 0.5706 0.555 0.680 0.000 0.320
#> SRR651667 1 0.5706 0.555 0.680 0.000 0.320
#> SRR651668 1 0.5706 0.555 0.680 0.000 0.320
#> SRR577579 1 0.3686 0.692 0.860 0.000 0.140
#> SRR577580 1 0.3686 0.692 0.860 0.000 0.140
#> SRR577581 1 0.3686 0.692 0.860 0.000 0.140
#> SRR577582 1 0.3686 0.692 0.860 0.000 0.140
#> SRR577583 2 0.9028 0.581 0.292 0.540 0.168
#> SRR577584 2 0.9028 0.581 0.292 0.540 0.168
#> SRR577585 2 0.9028 0.581 0.292 0.540 0.168
#> SRR577586 2 0.9028 0.581 0.292 0.540 0.168
#> SRR577591 2 0.6488 0.814 0.084 0.756 0.160
#> SRR577592 2 0.6488 0.814 0.084 0.756 0.160
#> SRR577593 2 0.6488 0.814 0.084 0.756 0.160
#> SRR577594 2 0.6488 0.814 0.084 0.756 0.160
#> SRR578635 1 0.5678 0.560 0.684 0.000 0.316
#> SRR578636 1 0.5678 0.560 0.684 0.000 0.316
#> SRR578637 1 0.5678 0.560 0.684 0.000 0.316
#> SRR578638 1 0.5678 0.560 0.684 0.000 0.316
#> SRR651669 1 0.5678 0.560 0.684 0.000 0.316
#> SRR651670 1 0.5678 0.560 0.684 0.000 0.316
#> SRR651671 1 0.5678 0.560 0.684 0.000 0.316
#> SRR651672 1 0.5678 0.560 0.684 0.000 0.316
#> SRR486237 1 0.5760 0.544 0.672 0.000 0.328
#> SRR1057691 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR486238 1 0.5760 0.544 0.672 0.000 0.328
#> SRR1057692 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR486239 1 0.6062 0.456 0.616 0.000 0.384
#> SRR486240 1 0.6062 0.456 0.616 0.000 0.384
#> SRR488136 1 0.5882 0.465 0.652 0.000 0.348
#> SRR488137 1 0.5882 0.465 0.652 0.000 0.348
#> SRR486241 1 0.5497 0.555 0.708 0.000 0.292
#> SRR486242 1 0.5497 0.555 0.708 0.000 0.292
#> SRR488684 1 0.5465 0.563 0.712 0.000 0.288
#> SRR488685 1 0.5465 0.563 0.712 0.000 0.288
#> SRR651673 1 0.2878 0.704 0.904 0.000 0.096
#> SRR651674 1 0.2878 0.704 0.904 0.000 0.096
#> SRR651675 1 0.2878 0.704 0.904 0.000 0.096
#> SRR651676 1 0.2878 0.704 0.904 0.000 0.096
#> SRR651677 1 0.2878 0.704 0.904 0.000 0.096
#> SRR651678 1 0.2878 0.704 0.904 0.000 0.096
#> SRR578639 1 0.5706 0.544 0.680 0.000 0.320
#> SRR578640 1 0.5706 0.544 0.680 0.000 0.320
#> SRR578641 1 0.5706 0.544 0.680 0.000 0.320
#> SRR578642 1 0.5706 0.544 0.680 0.000 0.320
#> SRR1045526 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045527 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045528 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045529 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220381 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220382 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220383 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220384 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220385 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220386 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220387 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220388 1 0.0892 0.702 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045530 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1045531 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1045532 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1045533 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1220389 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1220390 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1220391 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1220392 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1220393 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1220394 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1220395 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1220396 1 0.5835 0.521 0.660 0.000 0.340
#> SRR1045570 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1045571 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1045572 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1045573 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1220397 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1220398 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1220399 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1220400 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1220401 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1220402 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1220403 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1220404 3 0.5497 0.907 0.292 0.000 0.708
#> SRR1045574 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1045575 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1045576 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1045577 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220405 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220406 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220407 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220408 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220409 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220410 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220411 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220412 3 0.5560 0.897 0.300 0.000 0.700
#> SRR1045582 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1045583 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1045584 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1045585 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1220421 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1220422 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1220423 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1220424 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1220425 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1220426 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1220427 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1220428 1 0.2356 0.673 0.928 0.000 0.072
#> SRR1054856 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1054857 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1054858 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1054859 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1220429 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1220430 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1220431 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1220432 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1220433 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1220434 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1220435 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1220436 1 0.2066 0.698 0.940 0.000 0.060
#> SRR1045586 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1045587 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1045588 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1045589 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1220438 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1220439 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1220441 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1220442 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1220443 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1220444 1 0.5560 0.569 0.700 0.000 0.300
#> SRR1045594 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1045595 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1045596 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1045597 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1220453 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1220454 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1220455 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1220456 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1220457 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1220458 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1220459 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1220460 2 0.1643 0.913 0.000 0.956 0.044
#> SRR1045598 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1045599 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1045600 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1045601 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1220461 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1220462 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1220463 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1220464 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1220465 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1220466 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1220467 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1220468 1 0.1860 0.686 0.948 0.000 0.052
#> SRR1045602 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1045603 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1045604 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1045605 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220469 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220470 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220471 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220472 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220473 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220474 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220475 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1220476 3 0.5560 0.904 0.300 0.000 0.700
#> SRR1045606 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.919 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045615 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045616 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045617 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220493 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220494 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220495 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220496 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220497 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220498 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220499 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220500 1 0.2165 0.694 0.936 0.000 0.064
#> SRR651662 1 0.5760 0.508 0.672 0.000 0.328
#> SRR651663 1 0.5529 0.558 0.704 0.000 0.296
#> SRR651664 1 0.5529 0.558 0.704 0.000 0.296
#> SRR1045522 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1045523 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1045524 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1045525 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1220373 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1220374 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1220375 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1220376 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1220377 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1220378 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1220379 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1220380 1 0.5497 0.565 0.708 0.000 0.292
#> SRR1045578 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045579 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045580 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045581 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220413 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220414 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220415 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220416 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220417 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220418 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220419 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1220420 1 0.3619 0.698 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045590 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1045591 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1045592 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1045593 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1220445 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1220446 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1220447 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1220448 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1220449 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1220450 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1220451 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1220452 1 0.6045 0.349 0.620 0.000 0.380
#> SRR1045610 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1045611 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1045612 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1045613 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1220485 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1220486 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1220487 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1220488 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1220489 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1220490 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1220491 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
#> SRR1220492 2 0.1411 0.913 0.000 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.741 0.3962 0.188 0.000 0.320 0.492
#> SRR020288 4 0.741 0.3962 0.188 0.000 0.320 0.492
#> SRR020289 4 0.741 0.3962 0.188 0.000 0.320 0.492
#> SRR020290 4 0.741 0.3962 0.188 0.000 0.320 0.492
#> SRR020291 4 0.741 0.3962 0.188 0.000 0.320 0.492
#> SRR020285 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1057683 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1057684 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR020292 4 0.748 0.3765 0.192 0.000 0.332 0.476
#> SRR020293 4 0.748 0.3765 0.192 0.000 0.332 0.476
#> SRR020294 4 0.748 0.3765 0.192 0.000 0.332 0.476
#> SRR020295 4 0.748 0.3765 0.192 0.000 0.332 0.476
#> SRR020286 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1057689 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1057690 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1057685 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1057686 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1057687 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1057688 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR578643 2 0.753 0.3475 0.000 0.432 0.188 0.380
#> SRR578644 2 0.753 0.3475 0.000 0.432 0.188 0.380
#> SRR578645 2 0.753 0.3475 0.000 0.432 0.188 0.380
#> SRR578646 2 0.753 0.3475 0.000 0.432 0.188 0.380
#> SRR651679 2 0.753 0.3475 0.000 0.432 0.188 0.380
#> SRR651680 2 0.753 0.3475 0.000 0.432 0.188 0.380
#> SRR651681 2 0.753 0.3475 0.000 0.432 0.188 0.380
#> SRR651682 2 0.753 0.3475 0.000 0.432 0.188 0.380
#> SRR578627 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR578628 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR578629 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR578630 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR651692 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR651693 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR651694 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR596098 2 0.233 0.8716 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR596099 2 0.233 0.8716 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR596100 2 0.233 0.8716 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR596101 2 0.233 0.8716 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR651683 2 0.233 0.8716 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR651684 2 0.233 0.8716 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR651685 2 0.233 0.8716 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR651686 2 0.233 0.8716 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR596102 4 0.313 0.7024 0.076 0.000 0.040 0.884
#> SRR596103 4 0.313 0.7024 0.076 0.000 0.040 0.884
#> SRR596104 4 0.313 0.7024 0.076 0.000 0.040 0.884
#> SRR596105 4 0.313 0.7024 0.076 0.000 0.040 0.884
#> SRR651687 4 0.313 0.7024 0.076 0.000 0.040 0.884
#> SRR651688 4 0.313 0.7024 0.076 0.000 0.040 0.884
#> SRR651689 4 0.313 0.7024 0.076 0.000 0.040 0.884
#> SRR578647 2 0.632 0.6919 0.000 0.660 0.176 0.164
#> SRR578648 2 0.632 0.6919 0.000 0.660 0.176 0.164
#> SRR578649 2 0.632 0.6919 0.000 0.660 0.176 0.164
#> SRR578650 2 0.632 0.6919 0.000 0.660 0.176 0.164
#> SRR651691 2 0.632 0.6919 0.000 0.660 0.176 0.164
#> SRR577587 3 0.774 0.3482 0.136 0.024 0.504 0.336
#> SRR577588 3 0.774 0.3482 0.136 0.024 0.504 0.336
#> SRR577589 3 0.774 0.3482 0.136 0.024 0.504 0.336
#> SRR577590 3 0.774 0.3482 0.136 0.024 0.504 0.336
#> SRR596106 4 0.328 0.6545 0.020 0.000 0.116 0.864
#> SRR596107 4 0.328 0.6545 0.020 0.000 0.116 0.864
#> SRR596108 4 0.328 0.6545 0.020 0.000 0.116 0.864
#> SRR596109 4 0.328 0.6545 0.020 0.000 0.116 0.864
#> SRR651695 4 0.328 0.6545 0.020 0.000 0.116 0.864
#> SRR651696 4 0.328 0.6545 0.020 0.000 0.116 0.864
#> SRR651697 4 0.328 0.6545 0.020 0.000 0.116 0.864
#> SRR651698 4 0.328 0.6545 0.020 0.000 0.116 0.864
#> SRR651699 3 0.633 0.8067 0.444 0.000 0.496 0.060
#> SRR651700 3 0.633 0.8067 0.444 0.000 0.496 0.060
#> SRR651701 3 0.633 0.8067 0.444 0.000 0.496 0.060
#> SRR651702 3 0.633 0.8067 0.444 0.000 0.496 0.060
#> SRR651703 3 0.633 0.8067 0.444 0.000 0.496 0.060
#> SRR651704 3 0.633 0.8067 0.444 0.000 0.496 0.060
#> SRR578651 1 0.675 -0.7184 0.472 0.000 0.436 0.092
#> SRR578652 1 0.675 -0.7184 0.472 0.000 0.436 0.092
#> SRR578653 1 0.675 -0.7184 0.472 0.000 0.436 0.092
#> SRR578654 1 0.675 -0.7184 0.472 0.000 0.436 0.092
#> SRR651705 1 0.675 -0.7184 0.472 0.000 0.436 0.092
#> SRR651706 1 0.675 -0.7184 0.472 0.000 0.436 0.092
#> SRR651707 1 0.675 -0.7184 0.472 0.000 0.436 0.092
#> SRR651708 1 0.675 -0.7184 0.472 0.000 0.436 0.092
#> SRR1045618 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 4 0.592 0.5676 0.272 0.000 0.072 0.656
#> SRR577600 4 0.592 0.5676 0.272 0.000 0.072 0.656
#> SRR577601 4 0.592 0.5676 0.272 0.000 0.072 0.656
#> SRR577602 4 0.592 0.5676 0.272 0.000 0.072 0.656
#> SRR578631 1 0.466 0.5189 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR578632 1 0.466 0.5189 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR578633 1 0.466 0.5189 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR578634 1 0.466 0.5189 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR651665 1 0.466 0.5189 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR651666 1 0.466 0.5189 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR651667 1 0.466 0.5189 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR651668 1 0.466 0.5189 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR577579 1 0.541 -0.0172 0.500 0.000 0.012 0.488
#> SRR577580 1 0.541 -0.0172 0.500 0.000 0.012 0.488
#> SRR577581 1 0.541 -0.0172 0.500 0.000 0.012 0.488
#> SRR577582 1 0.541 -0.0172 0.500 0.000 0.012 0.488
#> SRR577583 4 0.729 0.0861 0.000 0.280 0.192 0.528
#> SRR577584 4 0.729 0.0861 0.000 0.280 0.192 0.528
#> SRR577585 4 0.729 0.0861 0.000 0.280 0.192 0.528
#> SRR577586 4 0.729 0.0861 0.000 0.280 0.192 0.528
#> SRR577591 2 0.679 0.6411 0.000 0.608 0.192 0.200
#> SRR577592 2 0.679 0.6411 0.000 0.608 0.192 0.200
#> SRR577593 2 0.679 0.6411 0.000 0.608 0.192 0.200
#> SRR577594 2 0.679 0.6411 0.000 0.608 0.192 0.200
#> SRR578635 1 0.472 0.5113 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR578636 1 0.472 0.5113 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR578637 1 0.472 0.5113 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR578638 1 0.472 0.5113 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR651669 1 0.472 0.5113 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR651670 1 0.472 0.5113 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR651671 1 0.472 0.5113 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR651672 1 0.472 0.5113 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR486237 1 0.754 0.0953 0.488 0.000 0.232 0.280
#> SRR1057691 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR486238 1 0.754 0.0953 0.488 0.000 0.232 0.280
#> SRR1057692 2 0.139 0.8883 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR486239 1 0.737 0.1597 0.524 0.000 0.240 0.236
#> SRR486240 1 0.737 0.1597 0.524 0.000 0.240 0.236
#> SRR488136 4 0.789 0.1609 0.352 0.000 0.288 0.360
#> SRR488137 4 0.789 0.1609 0.352 0.000 0.288 0.360
#> SRR486241 4 0.784 0.2660 0.308 0.000 0.288 0.404
#> SRR486242 4 0.784 0.2660 0.308 0.000 0.288 0.404
#> SRR488684 4 0.784 0.2711 0.304 0.000 0.288 0.408
#> SRR488685 4 0.784 0.2711 0.304 0.000 0.288 0.408
#> SRR651673 4 0.604 0.5322 0.292 0.000 0.072 0.636
#> SRR651674 4 0.604 0.5322 0.292 0.000 0.072 0.636
#> SRR651675 4 0.604 0.5322 0.292 0.000 0.072 0.636
#> SRR651676 4 0.604 0.5322 0.292 0.000 0.072 0.636
#> SRR651677 4 0.604 0.5322 0.292 0.000 0.072 0.636
#> SRR651678 4 0.604 0.5322 0.292 0.000 0.072 0.636
#> SRR578639 1 0.469 0.5236 0.724 0.000 0.016 0.260
#> SRR578640 1 0.469 0.5236 0.724 0.000 0.016 0.260
#> SRR578641 1 0.469 0.5236 0.724 0.000 0.016 0.260
#> SRR578642 1 0.469 0.5236 0.724 0.000 0.016 0.260
#> SRR1045526 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1045527 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1045528 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1045529 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1220381 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1220382 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1220383 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1220384 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1220385 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1220386 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1220387 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1220388 4 0.422 0.6739 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1045530 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1045531 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1045532 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1045533 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1220389 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1220390 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1220391 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1220392 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1220393 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1220394 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1220395 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1220396 1 0.451 0.5221 0.724 0.000 0.008 0.268
#> SRR1045570 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1045571 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1045572 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1045573 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1220397 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1220398 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1220399 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1220400 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1220401 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1220402 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1220403 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1220404 1 0.592 -0.6945 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1045574 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1045575 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1045576 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1045577 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1220405 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1220406 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1220407 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1220408 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1220409 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1220410 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1220411 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1220412 1 0.552 -0.5653 0.596 0.000 0.380 0.024
#> SRR1045582 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1045583 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1045584 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1045585 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1220421 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1220422 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1220423 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1220424 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1220425 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1220426 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1220427 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1220428 4 0.275 0.6955 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1054856 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1054857 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1054858 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1054859 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1220429 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1220430 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1220431 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1220432 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1220433 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1220434 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1220435 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1220436 4 0.473 0.6802 0.148 0.000 0.068 0.784
#> SRR1045586 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1045587 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1045588 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1045589 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1220438 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1220439 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1220441 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1220442 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1220443 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1220444 1 0.511 0.4579 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1045594 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1045595 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1045596 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1045597 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1220453 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1220454 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1220455 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1220456 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1220457 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1220458 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1220459 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1220460 2 0.147 0.8861 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1045598 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1045599 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1045600 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1045601 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1220461 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1220462 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1220463 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1220464 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1220465 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1220466 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1220467 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1220468 4 0.230 0.7051 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR1045602 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1045603 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1045604 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1045605 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1220469 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1220470 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1220471 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1220472 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1220473 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1220474 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1220475 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1220476 3 0.650 0.8164 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1045606 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.8955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1045615 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1045616 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1045617 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1220493 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1220494 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1220495 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1220496 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1220497 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1220498 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1220499 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR1220500 4 0.524 0.6515 0.188 0.000 0.072 0.740
#> SRR651662 1 0.450 0.5341 0.748 0.000 0.016 0.236
#> SRR651663 1 0.519 0.4231 0.616 0.000 0.012 0.372
#> SRR651664 1 0.519 0.4231 0.616 0.000 0.012 0.372
#> SRR1045522 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1045523 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1045524 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1045525 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1220373 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1220374 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1220375 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1220376 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1220377 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1220378 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1220379 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1220380 1 0.489 0.4490 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1045578 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1045579 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1045580 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1045581 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1220413 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1220414 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1220415 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1220416 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1220417 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1220418 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1220419 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1220420 4 0.626 0.4871 0.324 0.000 0.076 0.600
#> SRR1045590 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1045591 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1045592 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1045593 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1220445 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1220446 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1220447 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1220448 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1220449 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1220450 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1220451 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1220452 1 0.432 0.5406 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1045610 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1045611 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1045612 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1045613 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1220485 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1220486 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1220487 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1220488 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1220489 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1220490 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1220491 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1220492 2 0.121 0.8897 0.000 0.960 0.040 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 5 0.7819 0.8724 0.148 0.000 0.108 0.360 0.384
#> SRR020288 5 0.7819 0.8724 0.148 0.000 0.108 0.360 0.384
#> SRR020289 5 0.7819 0.8724 0.148 0.000 0.108 0.360 0.384
#> SRR020290 5 0.7819 0.8724 0.148 0.000 0.108 0.360 0.384
#> SRR020291 5 0.7819 0.8724 0.148 0.000 0.108 0.360 0.384
#> SRR020285 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR1057683 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR1057684 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR020292 5 0.7930 0.8589 0.152 0.000 0.128 0.304 0.416
#> SRR020293 5 0.7930 0.8589 0.152 0.000 0.128 0.304 0.416
#> SRR020294 5 0.7930 0.8589 0.152 0.000 0.128 0.304 0.416
#> SRR020295 5 0.7930 0.8589 0.152 0.000 0.128 0.304 0.416
#> SRR020286 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR1057689 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR1057690 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR1057685 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR1057686 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR1057687 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR1057688 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR578643 4 0.6778 0.0965 0.000 0.264 0.008 0.476 0.252
#> SRR578644 4 0.6778 0.0965 0.000 0.264 0.008 0.476 0.252
#> SRR578645 4 0.6778 0.0965 0.000 0.264 0.008 0.476 0.252
#> SRR578646 4 0.6778 0.0965 0.000 0.264 0.008 0.476 0.252
#> SRR651679 4 0.6778 0.0965 0.000 0.264 0.008 0.476 0.252
#> SRR651680 4 0.6778 0.0965 0.000 0.264 0.008 0.476 0.252
#> SRR651681 4 0.6778 0.0965 0.000 0.264 0.008 0.476 0.252
#> SRR651682 4 0.6778 0.0965 0.000 0.264 0.008 0.476 0.252
#> SRR578627 3 0.5808 0.8591 0.272 0.000 0.624 0.020 0.084
#> SRR578628 3 0.5808 0.8591 0.272 0.000 0.624 0.020 0.084
#> SRR578629 3 0.5808 0.8591 0.272 0.000 0.624 0.020 0.084
#> SRR578630 3 0.5808 0.8591 0.272 0.000 0.624 0.020 0.084
#> SRR651692 3 0.5808 0.8591 0.272 0.000 0.624 0.020 0.084
#> SRR651693 3 0.5808 0.8591 0.272 0.000 0.624 0.020 0.084
#> SRR651694 3 0.5808 0.8591 0.272 0.000 0.624 0.020 0.084
#> SRR596098 2 0.3961 0.7947 0.000 0.780 0.004 0.032 0.184
#> SRR596099 2 0.3961 0.7947 0.000 0.780 0.004 0.032 0.184
#> SRR596100 2 0.3961 0.7947 0.000 0.780 0.004 0.032 0.184
#> SRR596101 2 0.3961 0.7947 0.000 0.780 0.004 0.032 0.184
#> SRR651683 2 0.3961 0.7947 0.000 0.780 0.004 0.032 0.184
#> SRR651684 2 0.3961 0.7947 0.000 0.780 0.004 0.032 0.184
#> SRR651685 2 0.3961 0.7947 0.000 0.780 0.004 0.032 0.184
#> SRR651686 2 0.3961 0.7947 0.000 0.780 0.004 0.032 0.184
#> SRR596102 4 0.5467 0.3485 0.196 0.000 0.020 0.688 0.096
#> SRR596103 4 0.5467 0.3485 0.196 0.000 0.020 0.688 0.096
#> SRR596104 4 0.5467 0.3485 0.196 0.000 0.020 0.688 0.096
#> SRR596105 4 0.5467 0.3485 0.196 0.000 0.020 0.688 0.096
#> SRR651687 4 0.5467 0.3485 0.196 0.000 0.020 0.688 0.096
#> SRR651688 4 0.5467 0.3485 0.196 0.000 0.020 0.688 0.096
#> SRR651689 4 0.5467 0.3485 0.196 0.000 0.020 0.688 0.096
#> SRR578647 2 0.6809 0.4500 0.000 0.464 0.008 0.240 0.288
#> SRR578648 2 0.6809 0.4500 0.000 0.464 0.008 0.240 0.288
#> SRR578649 2 0.6809 0.4500 0.000 0.464 0.008 0.240 0.288
#> SRR578650 2 0.6809 0.4500 0.000 0.464 0.008 0.240 0.288
#> SRR651691 2 0.6809 0.4500 0.000 0.464 0.008 0.240 0.288
#> SRR577587 4 0.7313 -0.0582 0.000 0.028 0.240 0.388 0.344
#> SRR577588 4 0.7313 -0.0582 0.000 0.028 0.240 0.388 0.344
#> SRR577589 4 0.7313 -0.0582 0.000 0.028 0.240 0.388 0.344
#> SRR577590 4 0.7313 -0.0582 0.000 0.028 0.240 0.388 0.344
#> SRR596106 4 0.3574 0.3639 0.072 0.000 0.004 0.836 0.088
#> SRR596107 4 0.3574 0.3639 0.072 0.000 0.004 0.836 0.088
#> SRR596108 4 0.3574 0.3639 0.072 0.000 0.004 0.836 0.088
#> SRR596109 4 0.3574 0.3639 0.072 0.000 0.004 0.836 0.088
#> SRR651695 4 0.3574 0.3639 0.072 0.000 0.004 0.836 0.088
#> SRR651696 4 0.3574 0.3639 0.072 0.000 0.004 0.836 0.088
#> SRR651697 4 0.3574 0.3639 0.072 0.000 0.004 0.836 0.088
#> SRR651698 4 0.3574 0.3639 0.072 0.000 0.004 0.836 0.088
#> SRR651699 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR651700 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR651701 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR651702 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR651703 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR651704 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR578651 3 0.6499 0.8321 0.172 0.000 0.632 0.112 0.084
#> SRR578652 3 0.6499 0.8321 0.172 0.000 0.632 0.112 0.084
#> SRR578653 3 0.6499 0.8321 0.172 0.000 0.632 0.112 0.084
#> SRR578654 3 0.6499 0.8321 0.172 0.000 0.632 0.112 0.084
#> SRR651705 3 0.6499 0.8321 0.172 0.000 0.632 0.112 0.084
#> SRR651706 3 0.6499 0.8321 0.172 0.000 0.632 0.112 0.084
#> SRR651707 3 0.6499 0.8321 0.172 0.000 0.632 0.112 0.084
#> SRR651708 3 0.6499 0.8321 0.172 0.000 0.632 0.112 0.084
#> SRR1045618 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045619 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045620 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045621 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220501 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220502 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220503 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220504 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220505 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220506 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220507 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220508 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR577595 2 0.0162 0.8678 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0162 0.8678 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0162 0.8678 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0162 0.8678 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.7296 0.1448 0.444 0.000 0.068 0.360 0.128
#> SRR577600 1 0.7296 0.1448 0.444 0.000 0.068 0.360 0.128
#> SRR577601 1 0.7296 0.1448 0.444 0.000 0.068 0.360 0.128
#> SRR577602 1 0.7296 0.1448 0.444 0.000 0.068 0.360 0.128
#> SRR578631 1 0.0854 0.6954 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR578632 1 0.0854 0.6954 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR578633 1 0.0854 0.6954 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR578634 1 0.0854 0.6954 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR651665 1 0.0854 0.6954 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR651666 1 0.0854 0.6954 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR651667 1 0.0854 0.6954 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR651668 1 0.0854 0.6954 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR577579 1 0.3583 0.5826 0.808 0.000 0.008 0.168 0.016
#> SRR577580 1 0.3583 0.5826 0.808 0.000 0.008 0.168 0.016
#> SRR577581 1 0.3583 0.5826 0.808 0.000 0.008 0.168 0.016
#> SRR577582 1 0.3583 0.5826 0.808 0.000 0.008 0.168 0.016
#> SRR577583 4 0.6442 0.1069 0.004 0.144 0.008 0.536 0.308
#> SRR577584 4 0.6442 0.1069 0.004 0.144 0.008 0.536 0.308
#> SRR577585 4 0.6442 0.1069 0.004 0.144 0.008 0.536 0.308
#> SRR577586 4 0.6442 0.1069 0.004 0.144 0.008 0.536 0.308
#> SRR577591 2 0.7079 0.3921 0.000 0.432 0.016 0.276 0.276
#> SRR577592 2 0.7079 0.3921 0.000 0.432 0.016 0.276 0.276
#> SRR577593 2 0.7079 0.3921 0.000 0.432 0.016 0.276 0.276
#> SRR577594 2 0.7079 0.3921 0.000 0.432 0.016 0.276 0.276
#> SRR578635 1 0.0727 0.6943 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR578636 1 0.0727 0.6943 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR578637 1 0.0727 0.6943 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR578638 1 0.0727 0.6943 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR651669 1 0.0727 0.6943 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR651670 1 0.0727 0.6943 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR651671 1 0.0727 0.6943 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR651672 1 0.0727 0.6943 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR486237 1 0.7541 -0.5234 0.400 0.000 0.068 0.164 0.368
#> SRR1057691 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR486238 1 0.7541 -0.5234 0.400 0.000 0.068 0.164 0.368
#> SRR1057692 2 0.3176 0.8396 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR486239 1 0.7367 -0.3985 0.424 0.000 0.088 0.108 0.380
#> SRR486240 1 0.7367 -0.3985 0.424 0.000 0.088 0.108 0.380
#> SRR488136 5 0.8014 0.8211 0.252 0.000 0.092 0.276 0.380
#> SRR488137 5 0.8014 0.8211 0.252 0.000 0.092 0.276 0.380
#> SRR486241 5 0.7980 0.8587 0.224 0.000 0.092 0.304 0.380
#> SRR486242 5 0.7980 0.8587 0.224 0.000 0.092 0.304 0.380
#> SRR488684 5 0.7963 0.8631 0.216 0.000 0.092 0.312 0.380
#> SRR488685 5 0.7972 0.8607 0.220 0.000 0.092 0.308 0.380
#> SRR651673 1 0.7264 0.1925 0.464 0.000 0.068 0.340 0.128
#> SRR651674 1 0.7264 0.1925 0.464 0.000 0.068 0.340 0.128
#> SRR651675 1 0.7264 0.1925 0.464 0.000 0.068 0.340 0.128
#> SRR651676 1 0.7264 0.1925 0.464 0.000 0.068 0.340 0.128
#> SRR651677 1 0.7264 0.1925 0.464 0.000 0.068 0.340 0.128
#> SRR651678 1 0.7264 0.1925 0.464 0.000 0.068 0.340 0.128
#> SRR578639 1 0.3016 0.6806 0.884 0.000 0.040 0.032 0.044
#> SRR578640 1 0.3016 0.6806 0.884 0.000 0.040 0.032 0.044
#> SRR578641 1 0.3016 0.6806 0.884 0.000 0.040 0.032 0.044
#> SRR578642 1 0.3016 0.6806 0.884 0.000 0.040 0.032 0.044
#> SRR1045526 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1045527 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1045528 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1045529 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1220381 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1220382 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1220383 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1220384 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1220385 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1220386 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1220387 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1220388 4 0.6147 0.2649 0.312 0.000 0.028 0.576 0.084
#> SRR1045530 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1045531 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1045532 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1045533 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1220389 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1220390 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1220391 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1220392 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1220393 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1220394 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1220395 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1220396 1 0.1623 0.6919 0.948 0.000 0.020 0.016 0.016
#> SRR1045570 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1045571 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1045572 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1045573 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1220397 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1220398 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1220399 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1220400 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1220401 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1220402 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1220403 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1220404 3 0.4121 0.8845 0.208 0.000 0.760 0.024 0.008
#> SRR1045574 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1045575 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1045576 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1045577 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1220405 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1220406 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1220407 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1220408 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1220409 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1220410 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1220411 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1220412 3 0.5857 0.8574 0.272 0.000 0.620 0.020 0.088
#> SRR1045582 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1045583 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1045584 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1045585 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1220421 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1220422 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1220423 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1220424 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1220425 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1220426 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1220427 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1220428 4 0.4112 0.4637 0.136 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1054856 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1054857 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1054858 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1054859 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1220429 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1220430 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1220431 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1220432 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1220433 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1220434 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1220435 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1220436 4 0.6222 0.3787 0.240 0.000 0.060 0.624 0.076
#> SRR1045586 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1045587 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1045588 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1045589 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1220438 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1220439 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1220441 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1220442 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1220443 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1220444 1 0.4191 0.5973 0.804 0.000 0.016 0.084 0.096
#> SRR1045594 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1045595 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1045596 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1045597 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1220453 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1220454 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1220455 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1220456 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1220457 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1220458 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1220459 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1220460 2 0.2833 0.8361 0.000 0.864 0.004 0.012 0.120
#> SRR1045598 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1045599 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1045600 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1045601 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1220461 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1220462 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1220463 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1220464 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1220465 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1220466 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1220467 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1220468 4 0.3989 0.4538 0.180 0.000 0.012 0.784 0.024
#> SRR1045602 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1045603 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1045604 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1045605 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1220469 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1220470 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1220471 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1220472 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1220473 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1220474 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1220475 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1220476 3 0.4729 0.8725 0.168 0.000 0.752 0.060 0.020
#> SRR1045606 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045607 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045608 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045609 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220477 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220478 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220479 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220480 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220481 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220482 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220483 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220484 2 0.0324 0.8680 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045614 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1045615 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1045616 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1045617 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1220493 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1220494 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1220495 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1220496 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1220497 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1220498 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1220499 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR1220500 4 0.7287 0.2405 0.304 0.000 0.072 0.488 0.136
#> SRR651662 1 0.2581 0.6786 0.904 0.000 0.028 0.020 0.048
#> SRR651663 1 0.4146 0.5653 0.780 0.000 0.020 0.176 0.024
#> SRR651664 1 0.4146 0.5653 0.780 0.000 0.020 0.176 0.024
#> SRR1045522 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1045523 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1045524 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1045525 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1220373 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1220374 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1220375 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1220376 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1220377 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1220378 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1220379 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1220380 1 0.3689 0.6257 0.820 0.000 0.016 0.140 0.024
#> SRR1045578 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1045579 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1045580 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1045581 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1220413 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1220414 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1220415 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1220416 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1220417 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1220418 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1220419 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1220420 1 0.7185 0.2549 0.488 0.000 0.068 0.320 0.124
#> SRR1045590 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1045591 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1045592 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1045593 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1220445 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1220446 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1220447 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1220448 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1220449 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1220450 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1220451 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1220452 1 0.3081 0.6641 0.880 0.000 0.048 0.028 0.044
#> SRR1045610 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1045611 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1045612 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1045613 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1220485 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1220486 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1220487 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1220488 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1220489 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1220490 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1220491 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
#> SRR1220492 2 0.2871 0.8427 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.6773 0.8566 0.096 0.000 0.052 0.304 0.040 0.508
#> SRR020288 6 0.6773 0.8566 0.096 0.000 0.052 0.304 0.040 0.508
#> SRR020289 6 0.6773 0.8566 0.096 0.000 0.052 0.304 0.040 0.508
#> SRR020290 6 0.6773 0.8566 0.096 0.000 0.052 0.304 0.040 0.508
#> SRR020291 6 0.6773 0.8566 0.096 0.000 0.052 0.304 0.040 0.508
#> SRR020285 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR1057683 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR1057684 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR020292 6 0.7167 0.8476 0.088 0.000 0.064 0.296 0.068 0.484
#> SRR020293 6 0.7167 0.8476 0.088 0.000 0.064 0.296 0.068 0.484
#> SRR020294 6 0.7167 0.8476 0.088 0.000 0.064 0.296 0.068 0.484
#> SRR020295 6 0.7167 0.8476 0.088 0.000 0.064 0.296 0.068 0.484
#> SRR020286 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR1057689 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR1057690 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR1057685 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR1057686 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR1057687 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR1057688 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR578643 4 0.6124 -0.4818 0.000 0.168 0.000 0.412 0.404 0.016
#> SRR578644 4 0.6124 -0.4818 0.000 0.168 0.000 0.412 0.404 0.016
#> SRR578645 4 0.6124 -0.4818 0.000 0.168 0.000 0.412 0.404 0.016
#> SRR578646 4 0.6124 -0.4818 0.000 0.168 0.000 0.412 0.404 0.016
#> SRR651679 4 0.6124 -0.4818 0.000 0.168 0.000 0.412 0.404 0.016
#> SRR651680 4 0.6124 -0.4818 0.000 0.168 0.000 0.412 0.404 0.016
#> SRR651681 4 0.6124 -0.4818 0.000 0.168 0.000 0.412 0.404 0.016
#> SRR651682 4 0.6124 -0.4818 0.000 0.168 0.000 0.412 0.404 0.016
#> SRR578627 3 0.5640 0.8087 0.164 0.000 0.652 0.004 0.132 0.048
#> SRR578628 3 0.5640 0.8087 0.164 0.000 0.652 0.004 0.132 0.048
#> SRR578629 3 0.5640 0.8087 0.164 0.000 0.652 0.004 0.132 0.048
#> SRR578630 3 0.5640 0.8087 0.164 0.000 0.652 0.004 0.132 0.048
#> SRR651692 3 0.5640 0.8087 0.164 0.000 0.652 0.004 0.132 0.048
#> SRR651693 3 0.5640 0.8087 0.164 0.000 0.652 0.004 0.132 0.048
#> SRR651694 3 0.5640 0.8087 0.164 0.000 0.652 0.004 0.132 0.048
#> SRR596098 2 0.3632 0.6433 0.000 0.752 0.008 0.008 0.228 0.004
#> SRR596099 2 0.3632 0.6433 0.000 0.752 0.008 0.008 0.228 0.004
#> SRR596100 2 0.3632 0.6433 0.000 0.752 0.008 0.008 0.228 0.004
#> SRR596101 2 0.3632 0.6433 0.000 0.752 0.008 0.008 0.228 0.004
#> SRR651683 2 0.3632 0.6433 0.000 0.752 0.008 0.008 0.228 0.004
#> SRR651684 2 0.3632 0.6433 0.000 0.752 0.008 0.008 0.228 0.004
#> SRR651685 2 0.3632 0.6433 0.000 0.752 0.008 0.008 0.228 0.004
#> SRR651686 2 0.3632 0.6433 0.000 0.752 0.008 0.008 0.228 0.004
#> SRR596102 4 0.5232 0.4123 0.128 0.000 0.032 0.720 0.036 0.084
#> SRR596103 4 0.5232 0.4123 0.128 0.000 0.032 0.720 0.036 0.084
#> SRR596104 4 0.5232 0.4123 0.128 0.000 0.032 0.720 0.036 0.084
#> SRR596105 4 0.5232 0.4123 0.128 0.000 0.032 0.720 0.036 0.084
#> SRR651687 4 0.5232 0.4123 0.128 0.000 0.032 0.720 0.036 0.084
#> SRR651688 4 0.5232 0.4123 0.128 0.000 0.032 0.720 0.036 0.084
#> SRR651689 4 0.5232 0.4123 0.128 0.000 0.032 0.720 0.036 0.084
#> SRR578647 2 0.6043 -0.3953 0.000 0.428 0.004 0.144 0.412 0.012
#> SRR578648 2 0.6043 -0.3953 0.000 0.428 0.004 0.144 0.412 0.012
#> SRR578649 2 0.6043 -0.3953 0.000 0.428 0.004 0.144 0.412 0.012
#> SRR578650 2 0.6043 -0.3953 0.000 0.428 0.004 0.144 0.412 0.012
#> SRR651691 2 0.6043 -0.3953 0.000 0.428 0.004 0.144 0.412 0.012
#> SRR577587 5 0.6702 0.6389 0.000 0.020 0.196 0.268 0.488 0.028
#> SRR577588 5 0.6702 0.6389 0.000 0.020 0.196 0.268 0.488 0.028
#> SRR577589 5 0.6702 0.6389 0.000 0.020 0.196 0.268 0.488 0.028
#> SRR577590 5 0.6702 0.6389 0.000 0.020 0.196 0.268 0.488 0.028
#> SRR596106 4 0.3373 0.4960 0.032 0.000 0.000 0.816 0.140 0.012
#> SRR596107 4 0.3373 0.4960 0.032 0.000 0.000 0.816 0.140 0.012
#> SRR596108 4 0.3373 0.4960 0.032 0.000 0.000 0.816 0.140 0.012
#> SRR596109 4 0.3373 0.4960 0.032 0.000 0.000 0.816 0.140 0.012
#> SRR651695 4 0.3373 0.4960 0.032 0.000 0.000 0.816 0.140 0.012
#> SRR651696 4 0.3373 0.4960 0.032 0.000 0.000 0.816 0.140 0.012
#> SRR651697 4 0.3373 0.4960 0.032 0.000 0.000 0.816 0.140 0.012
#> SRR651698 4 0.3373 0.4960 0.032 0.000 0.000 0.816 0.140 0.012
#> SRR651699 3 0.3004 0.8327 0.080 0.000 0.860 0.008 0.048 0.004
#> SRR651700 3 0.3004 0.8327 0.080 0.000 0.860 0.008 0.048 0.004
#> SRR651701 3 0.3004 0.8327 0.080 0.000 0.860 0.008 0.048 0.004
#> SRR651702 3 0.3004 0.8327 0.080 0.000 0.860 0.008 0.048 0.004
#> SRR651703 3 0.3004 0.8327 0.080 0.000 0.860 0.008 0.048 0.004
#> SRR651704 3 0.3004 0.8327 0.080 0.000 0.860 0.008 0.048 0.004
#> SRR578651 3 0.6010 0.7820 0.092 0.000 0.648 0.036 0.172 0.052
#> SRR578652 3 0.6010 0.7820 0.092 0.000 0.648 0.036 0.172 0.052
#> SRR578653 3 0.6010 0.7820 0.092 0.000 0.648 0.036 0.172 0.052
#> SRR578654 3 0.6010 0.7820 0.092 0.000 0.648 0.036 0.172 0.052
#> SRR651705 3 0.6010 0.7820 0.092 0.000 0.648 0.036 0.172 0.052
#> SRR651706 3 0.6010 0.7820 0.092 0.000 0.648 0.036 0.172 0.052
#> SRR651707 3 0.6010 0.7820 0.092 0.000 0.648 0.036 0.172 0.052
#> SRR651708 3 0.6010 0.7820 0.092 0.000 0.648 0.036 0.172 0.052
#> SRR1045618 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045619 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045620 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045621 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220501 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220502 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220503 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220504 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220505 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220506 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220507 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220508 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.8038 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.8038 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.8038 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.8038 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.7315 0.0550 0.340 0.000 0.000 0.308 0.104 0.248
#> SRR577600 1 0.7315 0.0550 0.340 0.000 0.000 0.308 0.104 0.248
#> SRR577601 1 0.7315 0.0550 0.340 0.000 0.000 0.308 0.104 0.248
#> SRR577602 1 0.7315 0.0550 0.340 0.000 0.000 0.308 0.104 0.248
#> SRR578631 1 0.1121 0.6562 0.964 0.000 0.008 0.004 0.008 0.016
#> SRR578632 1 0.1121 0.6562 0.964 0.000 0.008 0.004 0.008 0.016
#> SRR578633 1 0.1121 0.6562 0.964 0.000 0.008 0.004 0.008 0.016
#> SRR578634 1 0.1121 0.6562 0.964 0.000 0.008 0.004 0.008 0.016
#> SRR651665 1 0.1121 0.6562 0.964 0.000 0.008 0.004 0.008 0.016
#> SRR651666 1 0.1121 0.6562 0.964 0.000 0.008 0.004 0.008 0.016
#> SRR651667 1 0.1121 0.6562 0.964 0.000 0.008 0.004 0.008 0.016
#> SRR651668 1 0.1121 0.6562 0.964 0.000 0.008 0.004 0.008 0.016
#> SRR577579 1 0.3043 0.5956 0.828 0.000 0.000 0.148 0.012 0.012
#> SRR577580 1 0.3043 0.5956 0.828 0.000 0.000 0.148 0.012 0.012
#> SRR577581 1 0.3043 0.5956 0.828 0.000 0.000 0.148 0.012 0.012
#> SRR577582 1 0.3043 0.5956 0.828 0.000 0.000 0.148 0.012 0.012
#> SRR577583 4 0.5653 -0.3401 0.000 0.084 0.004 0.484 0.412 0.016
#> SRR577584 4 0.5653 -0.3401 0.000 0.084 0.004 0.484 0.412 0.016
#> SRR577585 4 0.5653 -0.3401 0.000 0.084 0.004 0.484 0.412 0.016
#> SRR577586 4 0.5653 -0.3401 0.000 0.084 0.004 0.484 0.412 0.016
#> SRR577591 5 0.6478 0.5971 0.000 0.344 0.004 0.196 0.432 0.024
#> SRR577592 5 0.6478 0.5971 0.000 0.344 0.004 0.196 0.432 0.024
#> SRR577593 5 0.6478 0.5971 0.000 0.344 0.004 0.196 0.432 0.024
#> SRR577594 5 0.6478 0.5971 0.000 0.344 0.004 0.196 0.432 0.024
#> SRR578635 1 0.0924 0.6573 0.972 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> SRR578636 1 0.0924 0.6573 0.972 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> SRR578637 1 0.0924 0.6573 0.972 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> SRR578638 1 0.0924 0.6573 0.972 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> SRR651669 1 0.0924 0.6573 0.972 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> SRR651670 1 0.0924 0.6573 0.972 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> SRR651671 1 0.0924 0.6573 0.972 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> SRR651672 1 0.0924 0.6573 0.972 0.000 0.004 0.008 0.008 0.008
#> SRR486237 6 0.6496 0.7677 0.264 0.000 0.044 0.180 0.004 0.508
#> SRR1057691 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR486238 6 0.6496 0.7677 0.264 0.000 0.044 0.180 0.004 0.508
#> SRR1057692 2 0.4225 0.7493 0.000 0.780 0.028 0.004 0.076 0.112
#> SRR486239 6 0.6829 0.7141 0.280 0.000 0.048 0.132 0.032 0.508
#> SRR486240 6 0.6829 0.7141 0.280 0.000 0.048 0.132 0.032 0.508
#> SRR488136 6 0.6461 0.8638 0.172 0.000 0.040 0.256 0.008 0.524
#> SRR488137 6 0.6461 0.8638 0.172 0.000 0.040 0.256 0.008 0.524
#> SRR486241 6 0.6430 0.8684 0.160 0.000 0.040 0.268 0.008 0.524
#> SRR486242 6 0.6430 0.8684 0.160 0.000 0.040 0.268 0.008 0.524
#> SRR488684 6 0.6441 0.8686 0.164 0.000 0.040 0.264 0.008 0.524
#> SRR488685 6 0.6441 0.8686 0.164 0.000 0.040 0.264 0.008 0.524
#> SRR651673 1 0.7293 0.0932 0.356 0.000 0.000 0.300 0.104 0.240
#> SRR651674 1 0.7293 0.0932 0.356 0.000 0.000 0.300 0.104 0.240
#> SRR651675 1 0.7293 0.0932 0.356 0.000 0.000 0.300 0.104 0.240
#> SRR651676 1 0.7293 0.0932 0.356 0.000 0.000 0.300 0.104 0.240
#> SRR651677 1 0.7293 0.0932 0.356 0.000 0.000 0.300 0.104 0.240
#> SRR651678 1 0.7293 0.0932 0.356 0.000 0.000 0.300 0.104 0.240
#> SRR578639 1 0.3837 0.6314 0.820 0.000 0.024 0.020 0.092 0.044
#> SRR578640 1 0.3837 0.6314 0.820 0.000 0.024 0.020 0.092 0.044
#> SRR578641 1 0.3837 0.6314 0.820 0.000 0.024 0.020 0.092 0.044
#> SRR578642 1 0.3837 0.6314 0.820 0.000 0.024 0.020 0.092 0.044
#> SRR1045526 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1045527 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1045528 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1045529 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1220381 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1220382 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1220383 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1220384 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1220385 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1220386 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1220387 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1220388 4 0.5629 0.3338 0.216 0.000 0.032 0.648 0.020 0.084
#> SRR1045530 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1045531 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1045532 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1045533 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1220389 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1220390 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1220391 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1220392 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1220393 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1220394 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1220395 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1220396 1 0.1933 0.6557 0.924 0.000 0.012 0.000 0.032 0.032
#> SRR1045570 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1045571 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1045572 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1045573 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1220397 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1220398 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1220399 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1220400 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1220401 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1220402 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1220403 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1220404 3 0.2211 0.8418 0.080 0.000 0.900 0.004 0.008 0.008
#> SRR1045574 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1045575 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1045576 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1045577 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1220405 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1220406 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1220407 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1220408 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1220409 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1220410 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1220411 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1220412 3 0.5670 0.8059 0.168 0.000 0.648 0.004 0.132 0.048
#> SRR1045582 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1045583 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1045584 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1045585 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1220421 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1220422 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1220423 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1220424 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1220425 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1220426 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1220427 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1220428 4 0.4021 0.5455 0.056 0.000 0.004 0.796 0.112 0.032
#> SRR1054856 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1054857 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1054858 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1054859 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1220429 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1220430 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1220431 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1220432 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1220433 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1220434 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1220435 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1220436 4 0.5684 0.4682 0.144 0.000 0.032 0.684 0.056 0.084
#> SRR1045586 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1045587 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1045588 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1045589 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1220438 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1220439 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1220441 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1220442 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1220443 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1220444 1 0.5058 0.5011 0.736 0.000 0.032 0.096 0.032 0.104
#> SRR1045594 2 0.2989 0.7217 0.000 0.824 0.008 0.004 0.160 0.004
#> SRR1045595 2 0.2989 0.7217 0.000 0.824 0.008 0.004 0.160 0.004
#> SRR1045596 2 0.2989 0.7217 0.000 0.824 0.008 0.004 0.160 0.004
#> SRR1045597 2 0.2989 0.7217 0.000 0.824 0.008 0.004 0.160 0.004
#> SRR1220453 2 0.3025 0.7183 0.000 0.820 0.008 0.004 0.164 0.004
#> SRR1220454 2 0.3025 0.7183 0.000 0.820 0.008 0.004 0.164 0.004
#> SRR1220455 2 0.3025 0.7183 0.000 0.820 0.008 0.004 0.164 0.004
#> SRR1220456 2 0.3025 0.7183 0.000 0.820 0.008 0.004 0.164 0.004
#> SRR1220457 2 0.3025 0.7183 0.000 0.820 0.008 0.004 0.164 0.004
#> SRR1220458 2 0.3025 0.7183 0.000 0.820 0.008 0.004 0.164 0.004
#> SRR1220459 2 0.3025 0.7183 0.000 0.820 0.008 0.004 0.164 0.004
#> SRR1220460 2 0.3025 0.7183 0.000 0.820 0.008 0.004 0.164 0.004
#> SRR1045598 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1045599 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1045600 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1045601 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1220461 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1220462 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1220463 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1220464 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1220465 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1220466 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1220467 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1220468 4 0.2928 0.5428 0.100 0.000 0.004 0.860 0.024 0.012
#> SRR1045602 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1045603 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1045604 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1045605 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1220469 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1220470 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1220471 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1220472 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1220473 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1220474 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1220475 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1220476 3 0.2930 0.8308 0.072 0.000 0.868 0.012 0.044 0.004
#> SRR1045606 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0146 0.8037 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1045615 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1045616 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1045617 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1220493 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1220494 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1220495 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1220496 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1220497 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1220498 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1220499 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR1220500 4 0.7123 0.2765 0.192 0.000 0.000 0.448 0.124 0.236
#> SRR651662 1 0.3731 0.6219 0.816 0.000 0.020 0.004 0.092 0.068
#> SRR651663 1 0.4795 0.5213 0.728 0.000 0.024 0.180 0.032 0.036
#> SRR651664 1 0.4795 0.5213 0.728 0.000 0.024 0.180 0.032 0.036
#> SRR1045522 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1045523 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1045524 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1045525 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1220373 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1220374 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1220375 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1220376 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1220377 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1220378 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1220379 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1220380 1 0.4376 0.5553 0.756 0.000 0.012 0.168 0.036 0.028
#> SRR1045578 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1045579 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1045580 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1045581 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1220413 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1220414 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1220415 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1220416 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1220417 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1220418 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1220419 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1220420 1 0.7199 0.1985 0.400 0.000 0.000 0.252 0.100 0.248
#> SRR1045590 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1045591 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1045592 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1045593 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1220445 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1220446 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1220447 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1220448 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1220449 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1220450 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1220451 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1220452 1 0.4214 0.6044 0.788 0.000 0.044 0.004 0.096 0.068
#> SRR1045610 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1045611 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1045612 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1045613 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1220485 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1220486 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1220487 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1220488 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1220489 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1220490 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1220491 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
#> SRR1220492 2 0.4002 0.7545 0.000 0.792 0.028 0.000 0.080 0.100
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.973 0.989 0.4406 0.563 0.563
#> 3 3 1.000 0.966 0.978 0.4491 0.789 0.629
#> 4 4 0.792 0.777 0.898 0.1415 0.855 0.625
#> 5 5 0.827 0.818 0.873 0.0559 0.945 0.796
#> 6 6 0.858 0.810 0.871 0.0391 0.975 0.890
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 2 0.760 0.721 0.220 0.780
#> SRR020288 2 0.760 0.721 0.220 0.780
#> SRR020289 2 0.760 0.721 0.220 0.780
#> SRR020290 2 0.760 0.721 0.220 0.780
#> SRR020291 2 0.760 0.721 0.220 0.780
#> SRR020285 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1057683 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1057684 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR020292 1 0.987 0.247 0.568 0.432
#> SRR020293 1 0.987 0.247 0.568 0.432
#> SRR020294 1 0.987 0.247 0.568 0.432
#> SRR020295 1 0.987 0.247 0.568 0.432
#> SRR020286 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1057689 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1057690 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1057685 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1057686 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1057687 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1057688 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR578643 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR578644 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR578645 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR578646 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651679 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651680 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651681 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651682 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR578627 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578628 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578629 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578630 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651692 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651693 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651694 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR596099 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR596100 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR596101 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651683 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651684 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651685 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651686 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR596102 1 0.141 0.971 0.980 0.020
#> SRR596103 1 0.141 0.971 0.980 0.020
#> SRR596104 1 0.141 0.971 0.980 0.020
#> SRR596105 1 0.141 0.971 0.980 0.020
#> SRR651687 1 0.141 0.971 0.980 0.020
#> SRR651688 1 0.141 0.971 0.980 0.020
#> SRR651689 1 0.141 0.971 0.980 0.020
#> SRR578647 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR578648 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR578649 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR578650 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651691 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577587 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577588 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577589 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577590 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR596106 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR596107 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR596108 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR596109 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651695 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651696 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651697 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651698 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR651699 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651700 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651701 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651702 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651703 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651704 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578651 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578652 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578653 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578654 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651705 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651706 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651707 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651708 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577595 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577596 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577597 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577598 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577599 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR577583 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577584 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577585 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577586 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577591 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577592 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577593 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR577594 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR486238 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR486239 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.416 0.904 0.916 0.084
#> SRR488137 1 0.416 0.904 0.916 0.084
#> SRR486241 1 0.722 0.752 0.800 0.200
#> SRR486242 1 0.722 0.752 0.800 0.200
#> SRR488684 1 0.506 0.871 0.888 0.112
#> SRR488685 1 0.373 0.918 0.928 0.072
#> SRR651673 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578640 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578641 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR578642 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045574 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045575 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045576 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045577 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220405 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220406 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220407 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220408 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220409 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220410 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220411 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220412 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045582 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045595 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045596 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045597 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220453 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220454 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220455 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220456 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220457 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220458 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220459 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220460 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045598 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045602 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045603 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045604 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045605 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220469 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220470 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220471 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220472 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220473 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220474 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220475 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220476 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045614 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1045615 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1045616 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1045617 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1220493 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1220494 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1220495 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1220496 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1220497 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1220498 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1220499 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR1220500 1 0.118 0.975 0.984 0.016
#> SRR651662 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045611 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045612 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1045613 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220485 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220486 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220487 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220488 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220489 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220490 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220491 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1220492 2 0.000 0.990 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 3 0.4605 0.761 0.000 0.204 0.796
#> SRR020288 3 0.4605 0.761 0.000 0.204 0.796
#> SRR020289 3 0.4605 0.761 0.000 0.204 0.796
#> SRR020290 3 0.4605 0.761 0.000 0.204 0.796
#> SRR020291 3 0.4605 0.761 0.000 0.204 0.796
#> SRR020285 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 3 0.0592 0.975 0.000 0.012 0.988
#> SRR020293 3 0.0592 0.975 0.000 0.012 0.988
#> SRR020294 3 0.0592 0.975 0.000 0.012 0.988
#> SRR020295 3 0.0592 0.975 0.000 0.012 0.988
#> SRR020286 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR578644 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR578645 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR578646 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR651679 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR651680 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR651681 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR651682 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR596102 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577587 2 0.4291 0.786 0.000 0.820 0.180
#> SRR577588 2 0.4291 0.786 0.000 0.820 0.180
#> SRR577589 2 0.4291 0.786 0.000 0.820 0.180
#> SRR577590 2 0.4291 0.786 0.000 0.820 0.180
#> SRR596106 2 0.2066 0.934 0.060 0.940 0.000
#> SRR596107 2 0.2066 0.934 0.060 0.940 0.000
#> SRR596108 2 0.2066 0.934 0.060 0.940 0.000
#> SRR596109 2 0.2066 0.934 0.060 0.940 0.000
#> SRR651695 2 0.2066 0.934 0.060 0.940 0.000
#> SRR651696 2 0.2066 0.934 0.060 0.940 0.000
#> SRR651697 2 0.2066 0.934 0.060 0.940 0.000
#> SRR651698 2 0.2066 0.934 0.060 0.940 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR578632 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR578633 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR578634 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR651665 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR651666 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR651667 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR651668 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR577579 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577591 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR578635 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR578636 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR578637 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR578638 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR651669 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR651670 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR651671 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR651672 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR486237 3 0.1163 0.960 0.028 0.000 0.972
#> SRR1057691 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 3 0.1163 0.960 0.028 0.000 0.972
#> SRR1057692 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 3 0.0592 0.973 0.012 0.000 0.988
#> SRR486240 3 0.0592 0.973 0.012 0.000 0.988
#> SRR488136 3 0.1315 0.965 0.020 0.008 0.972
#> SRR488137 3 0.1315 0.965 0.020 0.008 0.972
#> SRR486241 3 0.0983 0.971 0.004 0.016 0.980
#> SRR486242 3 0.0983 0.971 0.004 0.016 0.980
#> SRR488684 3 0.1453 0.962 0.024 0.008 0.968
#> SRR488685 3 0.1453 0.962 0.024 0.008 0.968
#> SRR651673 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR578640 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR578641 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR578642 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045526 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045531 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045532 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045533 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220389 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220390 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220391 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220392 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220393 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220394 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220395 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220396 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045570 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045582 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1054857 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1054858 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1054859 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220429 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220430 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220431 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220432 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220433 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220434 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220435 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220436 1 0.1411 0.958 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045586 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045587 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045588 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045589 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220438 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220439 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220441 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220442 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220443 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220444 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045594 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR651662 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR651663 1 0.5882 0.528 0.652 0.000 0.348
#> SRR651664 1 0.5882 0.528 0.652 0.000 0.348
#> SRR1045522 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045523 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045524 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045525 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220373 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220374 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220375 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220376 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220377 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220378 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220379 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1220380 1 0.1964 0.961 0.944 0.000 0.056
#> SRR1045578 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045591 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045592 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045593 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220445 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220446 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220447 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220448 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220449 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220450 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220451 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1220452 1 0.2165 0.957 0.936 0.000 0.064
#> SRR1045610 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 3 0.6261 0.5518 0.064 0.300 0.628 0.008
#> SRR020288 3 0.6261 0.5518 0.064 0.300 0.628 0.008
#> SRR020289 3 0.6261 0.5518 0.064 0.300 0.628 0.008
#> SRR020290 3 0.6261 0.5518 0.064 0.300 0.628 0.008
#> SRR020291 3 0.6261 0.5518 0.064 0.300 0.628 0.008
#> SRR020285 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020292 3 0.3005 0.8696 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR020293 3 0.3005 0.8696 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR020294 3 0.3005 0.8696 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR020295 3 0.3005 0.8696 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR020286 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0188 0.9873 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR578644 2 0.0188 0.9873 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR578645 2 0.0188 0.9873 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR578646 2 0.0188 0.9873 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR651679 2 0.0188 0.9873 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR651680 2 0.0188 0.9873 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR651681 2 0.0188 0.9873 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR651682 2 0.0188 0.9873 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR578627 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.4999 0.2629 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR596103 4 0.4999 0.2629 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR596104 4 0.4999 0.2629 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR596105 4 0.4999 0.2629 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR651687 4 0.4999 0.2629 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR651688 4 0.4999 0.2629 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR651689 4 0.4999 0.2629 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR578647 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577587 2 0.3610 0.7504 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR577588 2 0.3610 0.7504 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR577589 2 0.3610 0.7504 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR577590 2 0.3610 0.7504 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR596106 4 0.3052 0.6487 0.004 0.136 0.000 0.860
#> SRR596107 4 0.3052 0.6487 0.004 0.136 0.000 0.860
#> SRR596108 4 0.3052 0.6487 0.004 0.136 0.000 0.860
#> SRR596109 4 0.3052 0.6487 0.004 0.136 0.000 0.860
#> SRR651695 4 0.3052 0.6487 0.004 0.136 0.000 0.860
#> SRR651696 4 0.3052 0.6487 0.004 0.136 0.000 0.860
#> SRR651697 4 0.3052 0.6487 0.004 0.136 0.000 0.860
#> SRR651698 4 0.3052 0.6487 0.004 0.136 0.000 0.860
#> SRR651699 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.4500 0.4955 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR577600 1 0.4500 0.4955 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR577601 1 0.4500 0.4955 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR577602 1 0.4500 0.4955 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR578631 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.3895 0.5966 0.804 0.000 0.184 0.012
#> SRR1057691 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.3895 0.5966 0.804 0.000 0.184 0.012
#> SRR1057692 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.4313 0.5086 0.736 0.000 0.260 0.004
#> SRR486240 1 0.4313 0.5086 0.736 0.000 0.260 0.004
#> SRR488136 1 0.5571 0.0354 0.512 0.004 0.472 0.012
#> SRR488137 1 0.5571 0.0354 0.512 0.004 0.472 0.012
#> SRR486241 3 0.7019 0.2219 0.400 0.084 0.504 0.012
#> SRR486242 3 0.7019 0.2219 0.400 0.084 0.504 0.012
#> SRR488684 1 0.5548 0.1195 0.536 0.004 0.448 0.012
#> SRR488685 1 0.5378 0.1298 0.540 0.000 0.448 0.012
#> SRR651673 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR651674 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR651675 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR651676 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR651677 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR651678 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR578639 1 0.0707 0.8174 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR578640 1 0.0707 0.8174 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR578641 1 0.0707 0.8174 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR578642 1 0.0707 0.8174 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1045526 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1045527 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1045528 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1045529 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1220381 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1220382 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1220383 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1220384 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1220385 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1220386 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1220387 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1220388 1 0.4277 0.4575 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1045530 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.8225 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1045583 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1045584 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1045585 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1220421 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1220422 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1220423 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1220424 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1220425 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1220426 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1220427 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1220428 4 0.0707 0.6838 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1054856 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1054857 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1054858 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1054859 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1220429 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1220430 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1220431 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1220432 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1220433 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1220434 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1220435 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1220436 4 0.5911 0.5195 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1045586 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045587 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045588 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045589 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220438 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220439 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220441 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220442 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220443 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220444 1 0.0336 0.8204 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045594 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1045599 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1045600 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1045601 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1220461 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1220462 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1220463 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1220464 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1220465 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1220466 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1220467 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1220468 4 0.2814 0.6886 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1045602 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.9474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1045615 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1045616 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1045617 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1220493 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1220494 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1220495 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1220496 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1220497 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1220498 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1220499 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1220500 4 0.4996 0.1357 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR651662 1 0.0707 0.8174 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR651663 1 0.0927 0.8172 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR651664 1 0.0927 0.8172 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1045522 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045523 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045524 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045525 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220373 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220374 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220375 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220376 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220377 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220378 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220379 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220380 1 0.1004 0.8137 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045578 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1045579 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1045580 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1045581 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1220413 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1220414 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1220415 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1220416 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1220417 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1220418 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1220419 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1220420 1 0.4382 0.5351 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1045590 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1045591 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1045592 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1045593 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220445 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220446 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220447 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220448 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220449 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220450 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220451 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220452 1 0.0921 0.8139 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 3 0.9013 0.244 0.108 0.196 0.364 0.060 0.272
#> SRR020288 3 0.9013 0.244 0.108 0.196 0.364 0.060 0.272
#> SRR020289 3 0.9013 0.244 0.108 0.196 0.364 0.060 0.272
#> SRR020290 3 0.9013 0.244 0.108 0.196 0.364 0.060 0.272
#> SRR020291 3 0.9013 0.244 0.108 0.196 0.364 0.060 0.272
#> SRR020285 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 3 0.7354 0.483 0.088 0.040 0.552 0.056 0.264
#> SRR020293 3 0.7354 0.483 0.088 0.040 0.552 0.056 0.264
#> SRR020294 3 0.7354 0.483 0.088 0.040 0.552 0.056 0.264
#> SRR020295 3 0.7354 0.483 0.088 0.040 0.552 0.056 0.264
#> SRR020286 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR578644 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR578645 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR578646 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR651679 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR651680 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR651681 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR651682 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR578627 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR578628 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR578629 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR578630 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR651692 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR651693 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR651694 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR596098 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.6335 0.257 0.352 0.000 0.000 0.480 0.168
#> SRR596103 4 0.6335 0.257 0.352 0.000 0.000 0.480 0.168
#> SRR596104 4 0.6335 0.257 0.352 0.000 0.000 0.480 0.168
#> SRR596105 4 0.6335 0.257 0.352 0.000 0.000 0.480 0.168
#> SRR651687 4 0.6335 0.257 0.352 0.000 0.000 0.480 0.168
#> SRR651688 4 0.6335 0.257 0.352 0.000 0.000 0.480 0.168
#> SRR651689 4 0.6335 0.257 0.352 0.000 0.000 0.480 0.168
#> SRR578647 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577587 2 0.3421 0.732 0.000 0.788 0.204 0.000 0.008
#> SRR577588 2 0.3421 0.732 0.000 0.788 0.204 0.000 0.008
#> SRR577589 2 0.3421 0.732 0.000 0.788 0.204 0.000 0.008
#> SRR577590 2 0.3421 0.732 0.000 0.788 0.204 0.000 0.008
#> SRR596106 4 0.1638 0.683 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> SRR596107 4 0.1638 0.683 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> SRR596108 4 0.1638 0.683 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> SRR596109 4 0.1638 0.683 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> SRR651695 4 0.1638 0.683 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> SRR651696 4 0.1638 0.683 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> SRR651697 4 0.1638 0.683 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> SRR651698 4 0.1638 0.683 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> SRR651699 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.1074 0.911 0.012 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR578652 3 0.1074 0.911 0.012 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR578653 3 0.1074 0.911 0.012 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR578654 3 0.1074 0.911 0.012 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR651705 3 0.1074 0.911 0.012 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR651706 3 0.1074 0.911 0.012 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR651707 3 0.1074 0.911 0.012 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR651708 3 0.1074 0.911 0.012 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR1045618 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.4599 0.939 0.272 0.000 0.000 0.040 0.688
#> SRR577600 5 0.4599 0.939 0.272 0.000 0.000 0.040 0.688
#> SRR577601 5 0.4599 0.939 0.272 0.000 0.000 0.040 0.688
#> SRR577602 5 0.4599 0.939 0.272 0.000 0.000 0.040 0.688
#> SRR578631 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578632 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578633 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578634 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651665 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651666 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651667 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651668 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR577579 1 0.0798 0.835 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR577580 1 0.0798 0.835 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR577581 1 0.0798 0.835 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR577582 1 0.0798 0.835 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR577583 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578636 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578637 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578638 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651669 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651670 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651671 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651672 1 0.0162 0.838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR486237 1 0.5968 0.532 0.628 0.000 0.040 0.072 0.260
#> SRR1057691 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.5968 0.532 0.628 0.000 0.040 0.072 0.260
#> SRR1057692 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.5788 0.558 0.640 0.000 0.036 0.064 0.260
#> SRR486240 1 0.5788 0.558 0.640 0.000 0.036 0.064 0.260
#> SRR488136 1 0.7524 0.317 0.472 0.000 0.188 0.072 0.268
#> SRR488137 1 0.7524 0.317 0.472 0.000 0.188 0.072 0.268
#> SRR486241 1 0.8580 0.215 0.404 0.048 0.208 0.072 0.268
#> SRR486242 1 0.8580 0.215 0.404 0.048 0.208 0.072 0.268
#> SRR488684 1 0.7452 0.336 0.484 0.000 0.176 0.072 0.268
#> SRR488685 1 0.7452 0.336 0.484 0.000 0.176 0.072 0.268
#> SRR651673 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR651674 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR651675 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR651676 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR651677 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR651678 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR578639 1 0.1612 0.827 0.948 0.000 0.016 0.012 0.024
#> SRR578640 1 0.1612 0.827 0.948 0.000 0.016 0.012 0.024
#> SRR578641 1 0.1612 0.827 0.948 0.000 0.016 0.012 0.024
#> SRR578642 1 0.1612 0.827 0.948 0.000 0.016 0.012 0.024
#> SRR1045526 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1045527 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1045528 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1045529 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1220381 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1220382 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1220383 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1220384 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1220385 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1220386 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1220387 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1220388 1 0.5704 0.491 0.620 0.000 0.000 0.232 0.148
#> SRR1045530 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045531 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045532 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045533 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220389 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220390 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220391 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220392 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220393 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220394 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220395 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220396 1 0.0566 0.836 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045570 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1045575 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1045576 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1045577 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1220405 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1220406 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1220407 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1220408 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1220409 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1220410 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1220411 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1220412 3 0.0968 0.912 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1045582 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1045583 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1045584 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1045585 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1220421 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1220422 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1220423 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1220424 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1220425 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1220426 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1220427 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1220428 4 0.3123 0.636 0.004 0.000 0.000 0.812 0.184
#> SRR1054856 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1054857 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1054858 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1054859 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1220429 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1220430 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1220431 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1220432 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1220433 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1220434 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1220435 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1220436 4 0.7366 0.467 0.316 0.000 0.076 0.472 0.136
#> SRR1045586 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1045587 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1045588 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1045589 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1220438 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1220439 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1220441 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1220442 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1220443 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1220444 1 0.2871 0.784 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> SRR1045594 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1045599 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1045600 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1045601 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1220461 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1220462 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1220463 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1220464 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1220465 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1220466 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1220467 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1220468 4 0.1544 0.708 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1045602 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0162 0.915 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1045615 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1045616 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1045617 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1220493 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1220494 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1220495 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1220496 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1220497 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1220498 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1220499 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR1220500 5 0.5169 0.884 0.184 0.000 0.000 0.128 0.688
#> SRR651662 1 0.1612 0.827 0.948 0.000 0.016 0.012 0.024
#> SRR651663 1 0.0960 0.836 0.972 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR651664 1 0.0960 0.836 0.972 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR1045522 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1045523 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1045524 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1045525 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220373 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220374 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220375 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220376 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220377 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220378 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220379 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1220380 1 0.0794 0.836 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1045578 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1045579 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1045580 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1045581 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1220413 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1220414 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1220415 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1220416 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1220417 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1220418 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1220419 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1220420 5 0.4550 0.940 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1045590 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1045591 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1045592 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1045593 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1220445 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1220446 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1220447 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1220448 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1220449 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1220450 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1220451 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1220452 1 0.1893 0.820 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR1045610 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.4602 0.792 0.056 0.068 0.128 0.000 0.000 0.748
#> SRR020288 6 0.4602 0.792 0.056 0.068 0.128 0.000 0.000 0.748
#> SRR020289 6 0.4602 0.792 0.056 0.068 0.128 0.000 0.000 0.748
#> SRR020290 6 0.4602 0.792 0.056 0.068 0.128 0.000 0.000 0.748
#> SRR020291 6 0.4602 0.792 0.056 0.068 0.128 0.000 0.000 0.748
#> SRR020285 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 6 0.4018 0.779 0.056 0.004 0.176 0.000 0.004 0.760
#> SRR020293 6 0.4018 0.779 0.056 0.004 0.176 0.000 0.004 0.760
#> SRR020294 6 0.4018 0.779 0.056 0.004 0.176 0.000 0.004 0.760
#> SRR020295 6 0.4018 0.779 0.056 0.004 0.176 0.000 0.004 0.760
#> SRR020286 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0767 0.969 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR578644 2 0.0767 0.969 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR578645 2 0.0767 0.969 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR578646 2 0.0767 0.969 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR651679 2 0.0767 0.969 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR651680 2 0.0767 0.969 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR651681 2 0.0767 0.969 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR651682 2 0.0767 0.969 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR578627 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR578628 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR578629 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR578630 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR651692 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR651693 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR651694 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR596098 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.7178 0.109 0.208 0.000 0.000 0.388 0.100 0.304
#> SRR596103 4 0.7178 0.109 0.208 0.000 0.000 0.388 0.100 0.304
#> SRR596104 4 0.7178 0.109 0.208 0.000 0.000 0.388 0.100 0.304
#> SRR596105 4 0.7178 0.109 0.208 0.000 0.000 0.388 0.100 0.304
#> SRR651687 4 0.7178 0.109 0.208 0.000 0.000 0.388 0.100 0.304
#> SRR651688 4 0.7178 0.109 0.208 0.000 0.000 0.388 0.100 0.304
#> SRR651689 4 0.7178 0.109 0.208 0.000 0.000 0.388 0.100 0.304
#> SRR578647 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578648 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578649 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR578650 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651691 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR577587 2 0.3805 0.630 0.000 0.728 0.248 0.000 0.008 0.016
#> SRR577588 2 0.3805 0.630 0.000 0.728 0.248 0.000 0.008 0.016
#> SRR577589 2 0.3805 0.630 0.000 0.728 0.248 0.000 0.008 0.016
#> SRR577590 2 0.3805 0.630 0.000 0.728 0.248 0.000 0.008 0.016
#> SRR596106 4 0.0993 0.637 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR596107 4 0.0993 0.637 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR596108 4 0.0993 0.637 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR596109 4 0.0993 0.637 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651695 4 0.0993 0.637 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651696 4 0.0993 0.637 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651697 4 0.0993 0.637 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651698 4 0.0993 0.637 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR651699 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR651700 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR651701 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR651702 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR651703 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR651704 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR578651 3 0.1116 0.945 0.004 0.000 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR578652 3 0.1116 0.945 0.004 0.000 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR578653 3 0.1116 0.945 0.004 0.000 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR578654 3 0.1116 0.945 0.004 0.000 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR651705 3 0.1116 0.945 0.004 0.000 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR651706 3 0.1116 0.945 0.004 0.000 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR651707 3 0.1116 0.945 0.004 0.000 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR651708 3 0.1116 0.945 0.004 0.000 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR1045618 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR577600 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR577601 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR577602 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR578631 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR578632 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR578633 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR578634 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR651665 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR651666 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR651667 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR651668 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR577579 1 0.0547 0.809 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR577580 1 0.0547 0.809 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR577581 1 0.0547 0.809 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR577582 1 0.0547 0.809 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.0603 0.972 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR577592 2 0.0603 0.972 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR577593 2 0.0603 0.972 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR577594 2 0.0603 0.972 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR578635 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR578636 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR578637 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR578638 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR651669 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR651670 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR651671 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR651672 1 0.0520 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR486237 6 0.3508 0.713 0.292 0.000 0.004 0.000 0.000 0.704
#> SRR1057691 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 6 0.3508 0.713 0.292 0.000 0.004 0.000 0.000 0.704
#> SRR1057692 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 6 0.4358 0.631 0.352 0.000 0.020 0.000 0.008 0.620
#> SRR486240 6 0.4358 0.631 0.352 0.000 0.020 0.000 0.008 0.620
#> SRR488136 6 0.3867 0.817 0.200 0.000 0.052 0.000 0.000 0.748
#> SRR488137 6 0.3867 0.817 0.200 0.000 0.052 0.000 0.000 0.748
#> SRR486241 6 0.4031 0.820 0.188 0.000 0.060 0.000 0.004 0.748
#> SRR486242 6 0.4031 0.820 0.188 0.000 0.060 0.000 0.004 0.748
#> SRR488684 6 0.3867 0.817 0.200 0.000 0.052 0.000 0.000 0.748
#> SRR488685 6 0.3867 0.817 0.200 0.000 0.052 0.000 0.000 0.748
#> SRR651673 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR651674 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR651675 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR651676 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR651677 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR651678 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR578639 1 0.1419 0.792 0.952 0.000 0.016 0.004 0.012 0.016
#> SRR578640 1 0.1419 0.792 0.952 0.000 0.016 0.004 0.012 0.016
#> SRR578641 1 0.1419 0.792 0.952 0.000 0.016 0.004 0.012 0.016
#> SRR578642 1 0.1419 0.792 0.952 0.000 0.016 0.004 0.012 0.016
#> SRR1045526 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1045527 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1045528 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1045529 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1220381 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1220382 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1220383 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1220384 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1220385 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1220386 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1220387 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1220388 1 0.7365 0.184 0.376 0.000 0.000 0.244 0.124 0.256
#> SRR1045530 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1045531 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1045532 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1045533 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220389 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220390 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220391 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220392 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220393 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220394 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220395 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220396 1 0.0458 0.810 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1045570 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1045571 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1045572 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1045573 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1220397 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1220398 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1220399 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1220400 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1220401 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1220402 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1220403 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1220404 3 0.1204 0.952 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1045574 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045575 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045576 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045577 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220405 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220406 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220407 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220408 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220409 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220410 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220411 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220412 3 0.1036 0.946 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045582 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1045583 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1045584 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1045585 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1220421 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1220422 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1220423 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1220424 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1220425 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1220426 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1220427 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1220428 4 0.4726 0.573 0.016 0.000 0.000 0.680 0.240 0.064
#> SRR1054856 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1054857 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1054858 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1054859 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1220429 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1220430 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1220431 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1220432 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1220433 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1220434 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1220435 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1220436 4 0.8310 0.352 0.260 0.000 0.080 0.348 0.116 0.196
#> SRR1045586 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1045587 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1045588 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1045589 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1220438 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1220439 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1220441 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1220442 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1220443 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1220444 1 0.5529 0.460 0.600 0.000 0.000 0.036 0.084 0.280
#> SRR1045594 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1045599 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1045600 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1045601 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1220461 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1220462 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1220463 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1220464 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1220465 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1220466 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1220467 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1220468 4 0.0870 0.649 0.012 0.000 0.000 0.972 0.012 0.004
#> SRR1045602 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1045603 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1045604 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1045605 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1220469 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1220470 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1220471 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1220472 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1220473 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1220474 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1220475 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1220476 3 0.1349 0.952 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1045606 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1045615 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1045616 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1045617 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1220493 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1220494 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1220495 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1220496 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1220497 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1220498 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1220499 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR1220500 5 0.2277 0.960 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892 0.000
#> SRR651662 1 0.1275 0.795 0.956 0.000 0.016 0.000 0.012 0.016
#> SRR651663 1 0.0436 0.809 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR651664 1 0.0436 0.809 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1045522 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1045523 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1045524 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1045525 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1220373 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1220374 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1220375 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1220376 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1220377 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1220378 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1220379 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1220380 1 0.1226 0.797 0.952 0.000 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1045578 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1045579 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1045580 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1045581 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1220413 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1220414 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1220415 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1220416 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1220417 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1220418 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1220419 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1220420 5 0.1957 0.979 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1045590 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1045591 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1045592 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1045593 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1220445 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1220446 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1220447 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1220448 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1220449 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1220450 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1220451 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1220452 1 0.1180 0.798 0.960 0.000 0.012 0.000 0.012 0.016
#> SRR1045610 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 1.000 0.3858 0.615 0.615
#> 3 3 1.000 0.981 0.992 0.6435 0.751 0.595
#> 4 4 0.980 0.960 0.969 0.1279 0.901 0.734
#> 5 5 0.982 0.960 0.978 0.0466 0.966 0.879
#> 6 6 1.000 0.964 0.984 0.0507 0.941 0.777
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020288 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020289 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020290 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020291 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020285 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1057683 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1057684 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR020292 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020293 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020294 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020295 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020286 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1057689 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1057690 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1057685 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1057686 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1057687 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1057688 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR578643 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR578644 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR578645 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR578646 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR651679 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR651680 2 0.295 0.946 0.052 0.948
#> SRR651681 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR651682 2 0.278 0.950 0.048 0.952
#> SRR578627 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578628 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578629 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578630 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651692 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651693 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651694 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR596099 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR596100 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR596101 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR651683 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR651684 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR651685 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR651686 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR596102 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596103 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596104 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596105 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651687 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651688 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651689 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578647 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR578648 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR578649 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR578650 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR651691 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR577587 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577588 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577589 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577590 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596106 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596107 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596108 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596109 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651695 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651696 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651697 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651698 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651699 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651700 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651701 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651702 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651703 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651704 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578651 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578652 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578653 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578654 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651705 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651706 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651707 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651708 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR577595 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR577596 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR577597 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR577598 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR577599 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577583 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577584 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577585 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577586 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577591 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR577592 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR577593 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR577594 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR486238 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR486239 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488137 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486241 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488684 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488685 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651673 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578640 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578641 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578642 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045595 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045596 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045597 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220453 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220454 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220455 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220456 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220457 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220458 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220459 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220460 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045598 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045602 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045614 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045611 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045612 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1045613 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220485 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220486 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220487 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220488 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220489 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220490 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220491 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1220492 2 0.000 0.999 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR020288 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR020289 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR020290 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR020291 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR020285 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR020293 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR020294 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR020295 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR020286 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR578644 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR578645 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR578646 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR651679 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR651680 2 0.319 0.858 0.112 0.888 0.000
#> SRR651681 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR651682 2 0.236 0.910 0.072 0.928 0.000
#> SRR578627 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR578628 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR578629 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR578630 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651692 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651693 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651694 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR596098 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR596099 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR596100 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR596101 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR651683 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR651684 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR651685 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR651686 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR596102 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR578648 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR578649 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR578650 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR651691 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR577587 1 0.525 0.641 0.736 0.000 0.264
#> SRR577588 1 0.529 0.633 0.732 0.000 0.268
#> SRR577589 1 0.525 0.641 0.736 0.000 0.264
#> SRR577590 1 0.522 0.648 0.740 0.000 0.260
#> SRR596106 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR596107 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR596108 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR596109 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651695 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651696 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651697 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651698 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651699 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651700 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651701 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651702 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651703 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651704 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR578651 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR578652 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR578653 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR578654 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651705 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651706 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651707 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651708 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577583 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577584 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577585 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577586 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR577592 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR577593 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR577594 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR578635 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 3 0.601 0.430 0.372 0.000 0.628
#> SRR486240 3 0.588 0.486 0.348 0.000 0.652
#> SRR488136 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651673 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR578639 3 0.394 0.806 0.156 0.000 0.844
#> SRR578640 3 0.412 0.792 0.168 0.000 0.832
#> SRR578641 3 0.424 0.783 0.176 0.000 0.824
#> SRR578642 3 0.484 0.721 0.224 0.000 0.776
#> SRR1045526 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045531 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045532 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045533 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220389 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220390 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220391 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220392 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220393 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220394 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220395 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220396 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045570 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045571 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045572 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045573 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220397 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220398 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220399 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220400 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220401 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220402 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220403 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220404 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045574 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045575 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045576 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045577 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220405 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220406 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220407 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220408 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220409 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220410 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220411 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220412 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045582 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045603 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045604 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045605 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220469 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220470 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220471 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220472 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220473 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220474 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220475 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220476 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651662 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR651663 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR651664 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045591 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045592 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045593 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220445 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220446 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220447 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220448 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220449 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220450 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220451 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220452 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045610 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.000 0.997 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020288 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020289 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020290 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020291 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020285 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020292 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020293 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020294 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020295 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR020286 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578644 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578645 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578646 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651679 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651680 2 0.3266 0.760 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR651681 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651682 2 0.2281 0.868 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR578627 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR578628 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR578629 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR578630 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR651692 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR651693 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR651694 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596103 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596104 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596105 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651687 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651688 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651689 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578647 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577587 4 0.4222 0.646 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR577588 4 0.4164 0.659 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR577589 4 0.4193 0.653 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR577590 4 0.4134 0.665 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR596106 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596107 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596108 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596109 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651695 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651696 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651697 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651698 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR578652 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR578653 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR578654 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR651705 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR651706 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR651707 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR651708 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR577600 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR577601 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR577602 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR578631 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578632 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578633 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578634 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651665 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651666 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651667 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651668 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577579 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577580 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577581 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577582 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577583 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577584 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577585 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577586 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577591 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578635 4 0.1389 0.940 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR578636 4 0.1716 0.922 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR578637 4 0.1022 0.957 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR578638 4 0.1302 0.945 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR651669 4 0.0921 0.961 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR651670 4 0.1302 0.945 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR651671 4 0.0188 0.985 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR651672 4 0.0336 0.981 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR486237 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486238 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486239 3 0.4950 0.435 0.004 0.000 0.620 0.376
#> SRR486240 3 0.5110 0.472 0.012 0.000 0.636 0.352
#> SRR488136 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR488137 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR486241 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR486242 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR488684 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR488685 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651673 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651674 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651675 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651676 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651677 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651678 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR578639 3 0.6274 0.656 0.184 0.000 0.664 0.152
#> SRR578640 3 0.6357 0.644 0.184 0.000 0.656 0.160
#> SRR578641 3 0.6508 0.620 0.192 0.000 0.640 0.168
#> SRR578642 3 0.6912 0.523 0.192 0.000 0.592 0.216
#> SRR1045526 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045527 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045528 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045529 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220381 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220382 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220383 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220384 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220385 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220386 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220387 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220388 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045530 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1045531 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1045532 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1045533 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1220389 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1220390 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1220391 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1220392 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1220393 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1220394 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1220395 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1220396 1 0.1211 0.878 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1045570 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1045575 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1045576 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1045577 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220405 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220406 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220407 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220408 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220409 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220410 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220411 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220412 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1045582 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045583 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045584 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045585 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220421 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220422 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220423 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220424 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220425 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220426 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220427 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220428 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054856 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054857 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054858 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054859 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220429 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220430 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220431 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220432 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220433 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220434 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220435 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220436 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045586 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045587 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045588 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045589 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220438 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220439 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220441 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220442 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220443 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220444 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045599 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045600 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045601 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220461 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220462 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220463 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220464 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220465 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220466 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220467 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220468 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1045615 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1045616 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1045617 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220493 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220494 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220495 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220496 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220497 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220498 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220499 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220500 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR651662 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR651663 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651664 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045522 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045523 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045524 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045525 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220373 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220374 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220375 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220376 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220377 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220378 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220379 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220380 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045578 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1045579 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1045580 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1045581 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220413 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220414 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220415 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220416 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220417 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220418 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220419 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220420 1 0.2081 0.960 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1045590 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1045591 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1045592 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1045593 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220445 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220446 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220447 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220448 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220449 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220450 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220451 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1220452 3 0.2081 0.939 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020288 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020289 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020290 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020291 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020285 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020293 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020294 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020295 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020286 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578644 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578645 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578646 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651679 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651680 2 0.281 0.756 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR651681 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651682 2 0.185 0.876 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR578627 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR578628 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR578629 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR578630 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR651692 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR651693 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR651694 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR596098 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578647 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577587 3 0.154 0.903 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR577588 3 0.154 0.903 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR577589 3 0.154 0.903 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR577590 3 0.154 0.903 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR596106 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596107 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596108 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596109 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651695 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651696 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651697 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651698 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651699 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578651 4 0.184 0.898 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR578652 4 0.184 0.898 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR578653 4 0.184 0.898 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR578654 4 0.184 0.898 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR651705 4 0.184 0.898 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR651706 4 0.184 0.898 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR651707 4 0.184 0.898 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR651708 4 0.184 0.898 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR1045618 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577600 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577601 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577602 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578631 1 0.154 0.932 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR578632 1 0.154 0.932 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR578633 1 0.154 0.932 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR578634 1 0.154 0.932 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR651665 1 0.154 0.932 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR651666 1 0.154 0.932 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR651667 1 0.154 0.932 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR651668 1 0.154 0.932 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR577579 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577583 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.249 0.899 0.896 0.000 0.000 0.068 0.036
#> SRR578636 1 0.272 0.886 0.884 0.000 0.000 0.068 0.048
#> SRR578637 1 0.232 0.907 0.904 0.000 0.000 0.068 0.028
#> SRR578638 1 0.249 0.899 0.896 0.000 0.000 0.068 0.036
#> SRR651669 1 0.224 0.911 0.908 0.000 0.000 0.068 0.024
#> SRR651670 1 0.249 0.899 0.896 0.000 0.000 0.068 0.036
#> SRR651671 1 0.170 0.929 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR651672 1 0.183 0.926 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR486237 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 4 0.432 0.353 0.396 0.000 0.004 0.600 0.000
#> SRR486240 4 0.429 0.386 0.384 0.000 0.004 0.612 0.000
#> SRR488136 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651673 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651674 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651675 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651676 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651677 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651678 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578639 4 0.424 0.689 0.152 0.000 0.000 0.772 0.076
#> SRR578640 4 0.432 0.678 0.160 0.000 0.000 0.764 0.076
#> SRR578641 4 0.449 0.658 0.172 0.000 0.000 0.748 0.080
#> SRR578642 4 0.494 0.594 0.208 0.000 0.000 0.700 0.092
#> SRR1045526 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 5 0.281 0.859 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1045531 5 0.285 0.855 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1045532 5 0.281 0.859 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1045533 5 0.281 0.859 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1220389 5 0.285 0.855 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1220390 5 0.285 0.855 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1220391 5 0.281 0.859 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1220392 5 0.281 0.859 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1220393 5 0.281 0.859 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1220394 5 0.281 0.859 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1220395 5 0.285 0.855 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1220396 5 0.285 0.855 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1045570 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1045575 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1045576 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1045577 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1220405 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1220406 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1220407 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1220408 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1220409 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1220410 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1220411 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1220412 4 0.154 0.906 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1045582 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045615 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045616 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045617 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220493 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220494 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220495 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220496 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220497 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220498 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220499 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220500 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651662 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651664 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045579 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045580 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045581 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220413 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220414 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220415 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220416 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220417 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220418 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220419 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220420 5 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045590 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045591 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045592 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045593 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220445 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220446 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220447 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220448 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220449 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220450 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220451 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220452 4 0.000 0.897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR020288 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR020289 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR020290 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR020291 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR020285 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1057683 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1057684 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR020292 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR020293 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR020294 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR020295 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR020286 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1057689 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1057690 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1057685 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1057686 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1057687 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1057688 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578643 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578644 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578645 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578646 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651679 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651680 2 0.256 0.7479 0.000 0.828 0 0.172 0 0.000
#> SRR651681 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651682 2 0.176 0.8652 0.000 0.904 0 0.096 0 0.000
#> SRR578627 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR578628 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR578629 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR578630 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR651692 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR651693 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR651694 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR596098 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR596099 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR596100 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR596101 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651683 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651684 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651685 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651686 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR596102 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR596103 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR596104 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR596105 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR651687 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR651688 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR651689 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR578647 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578648 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578649 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578650 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651691 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577587 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR577588 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR577589 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR577590 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR596106 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR596107 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR596108 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR596109 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR651695 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR651696 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR651697 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR651698 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR651699 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR651700 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR651701 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR651702 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR651703 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR651704 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR578651 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR578652 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR578653 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR578654 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR651705 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR651706 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR651707 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR651708 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1045618 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577595 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577596 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577597 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577598 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577599 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR577600 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR577601 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR577602 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR578631 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578632 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578633 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578634 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651665 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651666 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651667 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651668 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577579 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR577580 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR577581 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR577582 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR577583 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR577584 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR577585 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR577586 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR577591 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577592 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577593 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR577594 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578635 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578636 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578637 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR578638 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651669 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651670 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651671 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651672 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR486237 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1057691 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR486238 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1057692 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR486239 1 0.611 0.0403 0.368 0.000 0 0.340 0 0.292
#> SRR486240 1 0.612 0.0117 0.360 0.000 0 0.328 0 0.312
#> SRR488136 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR488137 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR486241 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR486242 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR488684 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR488685 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR651673 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR651674 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR651675 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR651676 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR651677 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR651678 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR578639 1 0.205 0.8848 0.908 0.000 0 0.032 0 0.060
#> SRR578640 1 0.213 0.8794 0.904 0.000 0 0.040 0 0.056
#> SRR578641 1 0.213 0.8779 0.904 0.000 0 0.044 0 0.052
#> SRR578642 1 0.179 0.8926 0.924 0.000 0 0.044 0 0.032
#> SRR1045526 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045527 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045528 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045529 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220381 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220382 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220383 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220384 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220385 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220386 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220387 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220388 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045530 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045531 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045532 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045533 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220389 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220390 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220391 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220392 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220393 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220394 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220395 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220396 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045570 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1045571 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1045572 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1045573 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220397 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220398 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220399 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220400 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220401 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220402 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220403 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220404 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1045574 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1045575 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1045576 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1045577 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1220405 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1220406 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1220407 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1220408 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1220409 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1220410 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1220411 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1220412 6 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1.000
#> SRR1045582 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045583 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045584 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045585 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220421 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220422 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220423 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220424 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220425 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220426 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220427 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220428 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1054856 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1054857 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1054858 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1054859 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220429 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220430 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220431 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220432 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220433 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220434 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220435 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220436 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045586 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045587 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045588 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045589 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220438 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220439 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220441 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220442 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220443 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220444 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045594 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045595 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045596 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045597 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220453 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220454 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220455 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220456 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220457 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220458 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220459 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220460 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045598 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045599 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045600 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045601 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220461 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220462 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220463 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220464 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220465 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220466 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220467 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1220468 4 0.000 0.9655 0.000 0.000 0 1.000 0 0.000
#> SRR1045602 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1045603 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1045604 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1045605 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220469 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220470 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220471 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220472 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220473 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220474 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220475 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1220476 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR1045606 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045614 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1045615 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1045616 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1045617 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220493 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220494 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220495 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220496 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220497 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220498 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220499 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220500 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR651662 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR651663 4 0.245 0.8084 0.160 0.000 0 0.840 0 0.000
#> SRR651664 4 0.200 0.8574 0.116 0.000 0 0.884 0 0.000
#> SRR1045522 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1045523 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1045524 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1045525 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1220373 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1220374 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1220375 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1220376 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1220377 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1220378 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1220379 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1220380 4 0.327 0.6591 0.272 0.000 0 0.728 0 0.000
#> SRR1045578 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1045579 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1045580 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1045581 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220413 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220414 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220415 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220416 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220417 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220418 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220419 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1220420 5 0.000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR1045590 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045591 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045592 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045593 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220445 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220446 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220447 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220448 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220449 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220450 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220451 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220452 1 0.000 0.9630 1.000 0.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045610 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045611 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045612 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1045613 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220485 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220486 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220487 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220488 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220489 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220490 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220491 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
#> SRR1220492 2 0.000 0.9960 0.000 1.000 0 0.000 0 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.961 0.959 0.3185 0.696 0.696
#> 3 3 0.619 0.734 0.884 0.7801 0.773 0.674
#> 4 4 0.712 0.887 0.900 0.2471 0.793 0.573
#> 5 5 0.765 0.785 0.878 0.0948 0.882 0.618
#> 6 6 0.873 0.872 0.913 0.0417 0.931 0.710
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR020288 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR020289 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR020290 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR020291 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR020285 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1057683 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1057684 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR020292 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR020293 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR020294 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR020295 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR020286 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1057689 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1057690 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1057685 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1057686 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1057687 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1057688 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR578643 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578644 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578645 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578646 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651679 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651680 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651681 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651682 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578627 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578628 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578629 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578630 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651692 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651693 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651694 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR596098 1 0.443 0.880 0.908 0.092
#> SRR596099 1 0.443 0.880 0.908 0.092
#> SRR596100 1 0.443 0.880 0.908 0.092
#> SRR596101 1 0.443 0.880 0.908 0.092
#> SRR651683 1 0.443 0.880 0.908 0.092
#> SRR651684 1 0.443 0.880 0.908 0.092
#> SRR651685 1 0.443 0.880 0.908 0.092
#> SRR651686 1 0.443 0.880 0.908 0.092
#> SRR596102 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR596103 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR596104 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR596105 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651687 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651688 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651689 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578647 1 0.443 0.939 0.908 0.092
#> SRR578648 1 0.443 0.939 0.908 0.092
#> SRR578649 1 0.443 0.939 0.908 0.092
#> SRR578650 1 0.443 0.939 0.908 0.092
#> SRR651691 1 0.443 0.939 0.908 0.092
#> SRR577587 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR577588 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR577589 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR577590 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR596106 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR596107 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR596108 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR596109 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651695 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651696 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651697 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651698 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651699 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651700 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651701 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651702 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651703 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651704 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578651 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578652 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578653 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578654 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651705 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651706 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651707 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651708 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045618 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045619 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045620 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045621 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220501 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220502 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220503 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220504 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220505 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220506 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220507 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220508 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR577595 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR577596 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR577597 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR577598 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR577599 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR577583 1 0.373 0.902 0.928 0.072
#> SRR577584 1 0.373 0.902 0.928 0.072
#> SRR577585 1 0.373 0.902 0.928 0.072
#> SRR577586 1 0.373 0.902 0.928 0.072
#> SRR577591 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR577592 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR577593 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR577594 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578635 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR486238 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR486239 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR488137 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR486241 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR486242 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR488684 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR488685 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651673 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578640 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578641 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR578642 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045526 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045571 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045572 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045573 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220397 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220398 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220399 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220400 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220401 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220402 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220403 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220404 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045574 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045575 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045576 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045577 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220405 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220406 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220407 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220408 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220409 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220410 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220411 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220412 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045582 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045583 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045584 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045585 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220421 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220422 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220423 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220424 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220425 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220426 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220427 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220428 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1054856 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1054857 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1054858 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1054859 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220429 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220430 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220431 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220432 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220433 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220434 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220435 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220436 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045586 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1045595 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1045596 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1045597 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1220453 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1220454 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1220455 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1220456 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1220457 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1220458 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1220459 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1220460 2 0.430 0.989 0.088 0.912
#> SRR1045598 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045602 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045603 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045604 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045605 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220469 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220470 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220471 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220472 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220473 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220474 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220475 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220476 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045606 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045607 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045608 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045609 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220477 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220478 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220479 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220480 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220481 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220482 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220483 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220484 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045614 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR651663 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.000 0.963 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045591 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045592 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045593 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220445 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220446 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220447 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220448 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220449 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220450 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220451 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1220452 1 0.388 0.948 0.924 0.076
#> SRR1045610 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045611 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045612 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1045613 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220485 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220486 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220487 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220488 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220489 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220490 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220491 2 0.388 0.998 0.076 0.924
#> SRR1220492 2 0.388 0.998 0.076 0.924
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR020288 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR020289 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR020290 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR020291 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR020285 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR020293 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR020294 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR020295 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR020286 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 1 0.7050 0.476 0.600 0.028 0.372
#> SRR578644 1 0.7050 0.476 0.600 0.028 0.372
#> SRR578645 1 0.7050 0.476 0.600 0.028 0.372
#> SRR578646 1 0.7050 0.476 0.600 0.028 0.372
#> SRR651679 1 0.7050 0.476 0.600 0.028 0.372
#> SRR651680 1 0.7050 0.476 0.600 0.028 0.372
#> SRR651681 1 0.7050 0.476 0.600 0.028 0.372
#> SRR651682 1 0.7050 0.476 0.600 0.028 0.372
#> SRR578627 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR596098 1 0.9690 0.206 0.444 0.232 0.324
#> SRR596099 1 0.9690 0.206 0.444 0.232 0.324
#> SRR596100 1 0.9690 0.206 0.444 0.232 0.324
#> SRR596101 1 0.9690 0.206 0.444 0.232 0.324
#> SRR651683 1 0.9690 0.206 0.444 0.232 0.324
#> SRR651684 1 0.9690 0.206 0.444 0.232 0.324
#> SRR651685 1 0.9690 0.206 0.444 0.232 0.324
#> SRR651686 1 0.9690 0.206 0.444 0.232 0.324
#> SRR596102 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR596103 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR596104 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR596105 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR651687 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR651688 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR651689 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR578647 1 0.8550 0.275 0.492 0.096 0.412
#> SRR578648 1 0.8550 0.275 0.492 0.096 0.412
#> SRR578649 1 0.8550 0.275 0.492 0.096 0.412
#> SRR578650 1 0.8550 0.275 0.492 0.096 0.412
#> SRR651691 1 0.8550 0.275 0.492 0.096 0.412
#> SRR577587 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR577588 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR577589 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR577590 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR596106 1 0.4002 0.727 0.840 0.000 0.160
#> SRR596107 1 0.3941 0.730 0.844 0.000 0.156
#> SRR596108 1 0.3941 0.730 0.844 0.000 0.156
#> SRR596109 1 0.4002 0.727 0.840 0.000 0.160
#> SRR651695 1 0.3941 0.730 0.844 0.000 0.156
#> SRR651696 1 0.3879 0.733 0.848 0.000 0.152
#> SRR651697 1 0.4062 0.728 0.836 0.000 0.164
#> SRR651698 1 0.3941 0.730 0.844 0.000 0.156
#> SRR651699 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR578651 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR578652 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR578653 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR578654 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR651705 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR651706 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR651707 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR651708 3 0.6955 -0.207 0.488 0.016 0.496
#> SRR1045618 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR578632 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR578633 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR578634 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR651665 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR651666 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR651667 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR651668 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR577579 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR577583 1 0.5408 0.722 0.812 0.052 0.136
#> SRR577584 1 0.5371 0.722 0.812 0.048 0.140
#> SRR577585 1 0.5408 0.722 0.812 0.052 0.136
#> SRR577586 1 0.5408 0.722 0.812 0.052 0.136
#> SRR577591 1 0.8445 0.260 0.488 0.088 0.424
#> SRR577592 1 0.8445 0.260 0.488 0.088 0.424
#> SRR577593 1 0.8445 0.260 0.488 0.088 0.424
#> SRR577594 1 0.8445 0.260 0.488 0.088 0.424
#> SRR578635 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR578636 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR578637 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR578638 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR651669 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR651670 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR651671 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR651672 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR486237 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR1057691 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR1057692 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR486240 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR488136 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR488137 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR486241 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR486242 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR488684 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR488685 1 0.3752 0.740 0.856 0.000 0.144
#> SRR651673 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.5988 0.489 0.632 0.000 0.368
#> SRR578640 1 0.5988 0.489 0.632 0.000 0.368
#> SRR578641 1 0.5988 0.489 0.632 0.000 0.368
#> SRR578642 1 0.5988 0.489 0.632 0.000 0.368
#> SRR1045526 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1045527 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1045528 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1045529 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1220381 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1220382 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1220383 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1220384 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1220385 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1220386 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1220387 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1220388 1 0.1163 0.809 0.972 0.000 0.028
#> SRR1045530 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045531 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045532 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045533 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220389 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220390 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220391 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220392 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220393 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220394 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220395 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220396 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045570 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045574 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045575 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045576 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045577 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220405 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220406 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220407 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220408 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220409 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220410 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220411 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220412 3 0.0237 0.849 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045582 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1045583 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1045584 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1045585 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1220421 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1220422 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1220423 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1220424 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1220425 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1220426 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1220427 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1220428 1 0.6819 0.521 0.644 0.028 0.328
#> SRR1054856 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1054857 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1054858 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1054859 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220429 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220430 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220431 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220432 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220433 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220434 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220435 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220436 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1045586 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045587 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045588 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045589 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220438 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220439 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220441 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220442 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220443 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220444 1 0.1411 0.809 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045594 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1045595 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1045596 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1045597 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1220453 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1220454 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1220455 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1220456 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1220457 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1220458 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1220459 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1220460 2 0.0983 0.980 0.004 0.980 0.016
#> SRR1045598 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR651662 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR651663 1 0.3551 0.750 0.868 0.000 0.132
#> SRR651664 1 0.3551 0.750 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045522 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045523 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045524 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045525 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220373 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220374 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220375 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220376 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220377 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220378 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220379 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220380 1 0.0424 0.815 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045578 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.813 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1045591 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1045592 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1045593 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220445 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220446 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220447 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220448 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220449 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220450 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220451 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1220452 1 0.6026 0.476 0.624 0.000 0.376
#> SRR1045610 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR020288 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR020289 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR020290 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR020291 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR020285 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR020293 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR020294 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR020295 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR020286 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.1356 0.885 0.032 0.000 0.008 0.960
#> SRR578644 4 0.1356 0.885 0.032 0.000 0.008 0.960
#> SRR578645 4 0.1356 0.885 0.032 0.000 0.008 0.960
#> SRR578646 4 0.1356 0.885 0.032 0.000 0.008 0.960
#> SRR651679 4 0.1356 0.885 0.032 0.000 0.008 0.960
#> SRR651680 4 0.1356 0.885 0.032 0.000 0.008 0.960
#> SRR651681 4 0.1356 0.885 0.032 0.000 0.008 0.960
#> SRR651682 4 0.1356 0.885 0.032 0.000 0.008 0.960
#> SRR578627 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR578628 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR578629 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR578630 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR651692 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR651693 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR651694 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR596098 4 0.3428 0.785 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR596099 4 0.3428 0.785 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR596100 4 0.3428 0.785 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR596101 4 0.3428 0.785 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR651683 4 0.3428 0.785 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR651684 4 0.3428 0.785 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR651685 4 0.3428 0.785 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR651686 4 0.3428 0.785 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR596102 1 0.3123 0.874 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR596103 1 0.3123 0.874 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR596104 1 0.3123 0.874 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR596105 1 0.3123 0.874 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR651687 1 0.3123 0.874 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR651688 1 0.3123 0.874 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR651689 1 0.3123 0.874 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR578647 4 0.2522 0.835 0.000 0.076 0.016 0.908
#> SRR578648 4 0.2522 0.835 0.000 0.076 0.016 0.908
#> SRR578649 4 0.2522 0.835 0.000 0.076 0.016 0.908
#> SRR578650 4 0.2522 0.835 0.000 0.076 0.016 0.908
#> SRR651691 4 0.2522 0.835 0.000 0.076 0.016 0.908
#> SRR577587 4 0.2198 0.842 0.000 0.008 0.072 0.920
#> SRR577588 4 0.2198 0.842 0.000 0.008 0.072 0.920
#> SRR577589 4 0.2198 0.842 0.000 0.008 0.072 0.920
#> SRR577590 4 0.2198 0.842 0.000 0.008 0.072 0.920
#> SRR596106 4 0.6141 0.428 0.300 0.000 0.076 0.624
#> SRR596107 4 0.6141 0.428 0.300 0.000 0.076 0.624
#> SRR596108 4 0.6120 0.439 0.296 0.000 0.076 0.628
#> SRR596109 4 0.6141 0.428 0.300 0.000 0.076 0.624
#> SRR651695 4 0.6141 0.428 0.300 0.000 0.076 0.624
#> SRR651696 4 0.6120 0.439 0.296 0.000 0.076 0.628
#> SRR651697 4 0.6052 0.462 0.284 0.000 0.076 0.640
#> SRR651698 4 0.6004 0.490 0.276 0.000 0.076 0.648
#> SRR651699 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR651700 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR651701 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR651702 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR651703 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR651704 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR578651 4 0.2011 0.839 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR578652 4 0.2011 0.839 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR578653 4 0.2011 0.839 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR578654 4 0.2011 0.839 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR651705 4 0.2011 0.839 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR651706 4 0.2011 0.839 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR651707 4 0.2011 0.839 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR651708 4 0.2011 0.839 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1045618 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR577600 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR577601 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR577602 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR578631 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.4227 0.869 0.820 0.000 0.060 0.120
#> SRR577580 1 0.4227 0.869 0.820 0.000 0.060 0.120
#> SRR577581 1 0.4227 0.869 0.820 0.000 0.060 0.120
#> SRR577582 1 0.4227 0.869 0.820 0.000 0.060 0.120
#> SRR577583 1 0.7056 0.573 0.592 0.112 0.016 0.280
#> SRR577584 1 0.7056 0.573 0.592 0.112 0.016 0.280
#> SRR577585 1 0.7056 0.573 0.592 0.112 0.016 0.280
#> SRR577586 1 0.7056 0.573 0.592 0.112 0.016 0.280
#> SRR577591 4 0.2399 0.843 0.000 0.048 0.032 0.920
#> SRR577592 4 0.2399 0.843 0.000 0.048 0.032 0.920
#> SRR577593 4 0.2399 0.843 0.000 0.048 0.032 0.920
#> SRR577594 4 0.2399 0.843 0.000 0.048 0.032 0.920
#> SRR578635 1 0.1118 0.876 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR578636 1 0.1118 0.876 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR578637 1 0.1118 0.876 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR578638 1 0.1118 0.876 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR651669 1 0.1118 0.876 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR651670 1 0.1022 0.876 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR651671 1 0.1022 0.876 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR651672 1 0.1022 0.876 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR486237 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR1057691 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR1057692 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.3051 0.816 0.884 0.000 0.028 0.088
#> SRR486240 1 0.3051 0.816 0.884 0.000 0.028 0.088
#> SRR488136 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR488137 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR486241 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR486242 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR488684 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR488685 1 0.3149 0.814 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR651673 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR651674 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR651675 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR651676 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR651677 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR651678 1 0.4155 0.872 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR578639 4 0.2675 0.881 0.100 0.000 0.008 0.892
#> SRR578640 4 0.2675 0.881 0.100 0.000 0.008 0.892
#> SRR578641 4 0.2675 0.881 0.100 0.000 0.008 0.892
#> SRR578642 4 0.2675 0.881 0.100 0.000 0.008 0.892
#> SRR1045526 1 0.3803 0.879 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1045527 1 0.3856 0.879 0.832 0.000 0.032 0.136
#> SRR1045528 1 0.3856 0.879 0.832 0.000 0.032 0.136
#> SRR1045529 1 0.3856 0.879 0.832 0.000 0.032 0.136
#> SRR1220381 1 0.3803 0.879 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1220382 1 0.3803 0.879 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1220383 1 0.3803 0.879 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1220384 1 0.3803 0.879 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1220385 1 0.3803 0.879 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1220386 1 0.3803 0.879 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1220387 1 0.3803 0.879 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1220388 1 0.3803 0.879 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1045530 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1045531 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1045532 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1045533 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1220389 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1220390 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1220391 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1220392 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1220393 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1220394 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1220395 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1220396 1 0.0817 0.874 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1045570 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1045571 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1045572 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1045573 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220397 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220398 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220399 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220400 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220401 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220402 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220403 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220404 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1045574 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1045575 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1045576 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1045577 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220405 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220406 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220407 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220408 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220409 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220410 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220411 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220412 3 0.2011 0.996 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1045582 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1045583 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1045584 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1045585 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1220421 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1220422 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1220423 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1220424 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1220425 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1220426 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1220427 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1220428 4 0.1637 0.885 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1054856 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1054857 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1054858 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1054859 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1220429 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1220430 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1220431 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1220432 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1220433 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1220434 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1220435 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1220436 4 0.2335 0.887 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1045586 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1045587 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1045588 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1045589 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220438 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220439 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220441 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220442 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220443 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220444 1 0.1302 0.855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1045594 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1045595 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1045596 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1045597 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1220453 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1220454 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1220455 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1220456 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1220457 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1220458 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1220459 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1220460 2 0.0804 0.981 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1045598 1 0.6028 0.690 0.644 0.000 0.076 0.280
#> SRR1045599 1 0.6004 0.696 0.648 0.000 0.076 0.276
#> SRR1045600 1 0.5979 0.702 0.652 0.000 0.076 0.272
#> SRR1045601 1 0.6004 0.696 0.648 0.000 0.076 0.276
#> SRR1220461 1 0.6028 0.690 0.644 0.000 0.076 0.280
#> SRR1220462 1 0.6028 0.690 0.644 0.000 0.076 0.280
#> SRR1220463 1 0.6028 0.690 0.644 0.000 0.076 0.280
#> SRR1220464 1 0.6028 0.690 0.644 0.000 0.076 0.280
#> SRR1220465 1 0.6028 0.690 0.644 0.000 0.076 0.280
#> SRR1220466 1 0.6028 0.690 0.644 0.000 0.076 0.280
#> SRR1220467 1 0.6004 0.696 0.648 0.000 0.076 0.276
#> SRR1220468 1 0.6028 0.690 0.644 0.000 0.076 0.280
#> SRR1045602 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1045603 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1045604 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1045605 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220469 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220470 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220471 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220472 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220473 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220474 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220475 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1220476 3 0.1940 0.999 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1045606 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1045615 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1045616 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1045617 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220493 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220494 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220495 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220496 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220497 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220498 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220499 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220500 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR651662 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR651663 1 0.4764 0.768 0.748 0.000 0.032 0.220
#> SRR651664 1 0.4833 0.759 0.740 0.000 0.032 0.228
#> SRR1045522 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1045523 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1045524 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1045525 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1220373 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1220374 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1220375 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1220376 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1220377 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1220378 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1220379 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1220380 1 0.2345 0.880 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1045578 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1045579 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1045580 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1045581 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220413 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220414 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220415 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220416 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220417 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220418 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220419 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1220420 1 0.4224 0.871 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR1045590 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1045591 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1045592 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1045593 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1220445 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1220446 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1220447 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1220448 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1220449 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1220450 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1220451 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1220452 4 0.2813 0.885 0.080 0.000 0.024 0.896
#> SRR1045610 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020288 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020289 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020290 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020291 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020285 2 0.0162 0.991 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0404 0.986 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0404 0.986 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020293 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020294 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020295 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020286 2 0.0162 0.991 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.2127 0.835 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR578644 4 0.2127 0.835 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR578645 4 0.2127 0.835 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR578646 4 0.2127 0.835 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR651679 4 0.2127 0.835 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR651680 4 0.2127 0.835 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR651681 4 0.2127 0.835 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR651682 4 0.2127 0.835 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR578627 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 4 0.3807 0.705 0.012 0.240 0.000 0.748 0.000
#> SRR596099 4 0.3807 0.705 0.012 0.240 0.000 0.748 0.000
#> SRR596100 4 0.3807 0.705 0.012 0.240 0.000 0.748 0.000
#> SRR596101 4 0.3807 0.705 0.012 0.240 0.000 0.748 0.000
#> SRR651683 4 0.3807 0.705 0.012 0.240 0.000 0.748 0.000
#> SRR651684 4 0.3807 0.705 0.012 0.240 0.000 0.748 0.000
#> SRR651685 4 0.3807 0.705 0.012 0.240 0.000 0.748 0.000
#> SRR651686 4 0.3807 0.705 0.012 0.240 0.000 0.748 0.000
#> SRR596102 5 0.4594 0.466 0.284 0.000 0.000 0.036 0.680
#> SRR596103 5 0.4666 0.461 0.284 0.000 0.000 0.040 0.676
#> SRR596104 5 0.4594 0.466 0.284 0.000 0.000 0.036 0.680
#> SRR596105 5 0.4594 0.466 0.284 0.000 0.000 0.036 0.680
#> SRR651687 5 0.4666 0.461 0.284 0.000 0.000 0.040 0.676
#> SRR651688 5 0.4666 0.461 0.284 0.000 0.000 0.040 0.676
#> SRR651689 5 0.4666 0.461 0.284 0.000 0.000 0.040 0.676
#> SRR578647 4 0.3462 0.754 0.012 0.196 0.000 0.792 0.000
#> SRR578648 4 0.3462 0.754 0.012 0.196 0.000 0.792 0.000
#> SRR578649 4 0.3462 0.754 0.012 0.196 0.000 0.792 0.000
#> SRR578650 4 0.3462 0.754 0.012 0.196 0.000 0.792 0.000
#> SRR651691 4 0.3462 0.754 0.012 0.196 0.000 0.792 0.000
#> SRR577587 4 0.1200 0.846 0.012 0.008 0.016 0.964 0.000
#> SRR577588 4 0.1200 0.846 0.012 0.008 0.016 0.964 0.000
#> SRR577589 4 0.1200 0.846 0.012 0.008 0.016 0.964 0.000
#> SRR577590 4 0.1200 0.846 0.012 0.008 0.016 0.964 0.000
#> SRR596106 5 0.4219 0.203 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR596107 5 0.4210 0.217 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR596108 5 0.4219 0.203 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR596109 5 0.4219 0.203 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR651695 5 0.4219 0.203 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR651696 5 0.4210 0.217 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR651697 5 0.4256 0.154 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR651698 5 0.4219 0.203 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR651699 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578651 4 0.1106 0.845 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR578652 4 0.1106 0.845 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR578653 4 0.1106 0.845 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR578654 4 0.1106 0.845 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR651705 4 0.1106 0.845 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR651706 4 0.1106 0.845 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR651707 4 0.1106 0.845 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR651708 4 0.1106 0.845 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.1544 0.726 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR577600 5 0.1544 0.726 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR577601 5 0.1544 0.726 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR577602 5 0.1544 0.726 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR578631 1 0.3949 0.706 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR578632 1 0.3949 0.706 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR578633 1 0.3949 0.706 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR578634 1 0.3949 0.706 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR651665 1 0.3949 0.706 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR651666 1 0.3949 0.706 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR651667 1 0.3949 0.706 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR651668 1 0.3949 0.706 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR577579 5 0.2740 0.718 0.096 0.000 0.000 0.028 0.876
#> SRR577580 5 0.2740 0.718 0.096 0.000 0.000 0.028 0.876
#> SRR577581 5 0.2740 0.718 0.096 0.000 0.000 0.028 0.876
#> SRR577582 5 0.2740 0.718 0.096 0.000 0.000 0.028 0.876
#> SRR577583 4 0.6962 0.224 0.292 0.284 0.000 0.416 0.008
#> SRR577584 4 0.6962 0.224 0.292 0.284 0.000 0.416 0.008
#> SRR577585 4 0.6962 0.224 0.292 0.284 0.000 0.416 0.008
#> SRR577586 4 0.6962 0.224 0.292 0.284 0.000 0.416 0.008
#> SRR577591 4 0.1356 0.844 0.012 0.028 0.004 0.956 0.000
#> SRR577592 4 0.1356 0.844 0.012 0.028 0.004 0.956 0.000
#> SRR577593 4 0.1356 0.844 0.012 0.028 0.004 0.956 0.000
#> SRR577594 4 0.1356 0.844 0.012 0.028 0.004 0.956 0.000
#> SRR578635 1 0.4192 0.598 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR578636 1 0.4192 0.598 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR578637 1 0.4192 0.598 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR578638 1 0.4192 0.598 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR651669 1 0.4192 0.598 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR651670 1 0.4192 0.598 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR651671 1 0.4192 0.598 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR651672 1 0.4192 0.598 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR486237 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651673 5 0.0963 0.736 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR651674 5 0.0963 0.736 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR651675 5 0.0963 0.736 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR651676 5 0.0963 0.736 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR651677 5 0.0963 0.736 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR651678 5 0.0963 0.736 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR578639 4 0.4501 0.800 0.128 0.000 0.000 0.756 0.116
#> SRR578640 4 0.4501 0.800 0.128 0.000 0.000 0.756 0.116
#> SRR578641 4 0.4501 0.800 0.128 0.000 0.000 0.756 0.116
#> SRR578642 4 0.4501 0.800 0.128 0.000 0.000 0.756 0.116
#> SRR1045526 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1045527 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1045528 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1045529 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1220381 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1220382 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1220383 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1220384 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1220385 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1220386 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1220387 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1220388 5 0.3132 0.658 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1045530 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1045531 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1045532 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1045533 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220389 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220390 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220391 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220392 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220393 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220394 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220395 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1220396 1 0.4015 0.693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1045570 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045575 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045576 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045577 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220405 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220406 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220407 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220408 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220409 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220410 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220411 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220412 3 0.0290 0.993 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045582 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1045583 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1045584 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1045585 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220421 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220422 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220423 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220424 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220425 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220426 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220427 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1220428 4 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1054856 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1054857 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1054858 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1054859 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220429 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220430 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220431 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220432 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220433 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220434 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220435 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1220436 4 0.1792 0.855 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1045586 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1045587 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1045588 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1045589 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1220438 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1220439 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1220441 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1220442 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1220443 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1220444 1 0.3612 0.727 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1045594 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1045595 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1045596 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1045597 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1220453 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1220454 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1220455 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1220456 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1220457 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1220458 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1220459 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1220460 2 0.1106 0.971 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1045598 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1045599 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1045600 5 0.3003 0.634 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1045601 5 0.3003 0.634 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1220461 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1220462 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1220463 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1220464 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1220465 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1220466 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1220467 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1220468 5 0.3039 0.631 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1045602 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651662 4 0.3967 0.825 0.108 0.000 0.000 0.800 0.092
#> SRR651663 1 0.6466 0.138 0.468 0.008 0.000 0.380 0.144
#> SRR651664 1 0.6495 0.141 0.464 0.008 0.000 0.380 0.148
#> SRR1045522 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1045523 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1045524 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1045525 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1220373 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1220374 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1220375 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1220376 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1220377 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1220378 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1220379 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1220380 5 0.4348 0.417 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1045578 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.738 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045590 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1045591 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1045592 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1045593 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1220445 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1220446 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1220447 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1220448 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1220449 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1220450 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1220451 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1220452 4 0.3916 0.827 0.104 0.000 0.000 0.804 0.092
#> SRR1045610 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR020288 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR020289 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR020290 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR020291 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR020285 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0291 0.990 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057684 2 0.0291 0.990 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR020292 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR020293 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR020294 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR020295 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR020286 2 0.0146 0.993 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.1141 0.821 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR578644 4 0.1141 0.821 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR578645 4 0.1141 0.821 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR578646 4 0.1141 0.821 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR651679 4 0.1141 0.821 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR651680 4 0.1141 0.821 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR651681 4 0.1141 0.821 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR651682 4 0.1141 0.821 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR578627 3 0.0547 0.983 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0547 0.983 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0547 0.983 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0547 0.983 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0547 0.983 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0547 0.983 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0547 0.983 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR596098 4 0.3176 0.766 0.012 0.136 0.000 0.832 0.008 0.012
#> SRR596099 4 0.3176 0.766 0.012 0.136 0.000 0.832 0.008 0.012
#> SRR596100 4 0.3176 0.766 0.012 0.136 0.000 0.832 0.008 0.012
#> SRR596101 4 0.3176 0.766 0.012 0.136 0.000 0.832 0.008 0.012
#> SRR651683 4 0.3176 0.766 0.012 0.136 0.000 0.832 0.008 0.012
#> SRR651684 4 0.3176 0.766 0.012 0.136 0.000 0.832 0.008 0.012
#> SRR651685 4 0.3176 0.766 0.012 0.136 0.000 0.832 0.008 0.012
#> SRR651686 4 0.3176 0.766 0.012 0.136 0.000 0.832 0.008 0.012
#> SRR596102 5 0.4310 0.734 0.272 0.000 0.000 0.008 0.684 0.036
#> SRR596103 5 0.4310 0.734 0.272 0.000 0.000 0.008 0.684 0.036
#> SRR596104 5 0.4310 0.734 0.272 0.000 0.000 0.008 0.684 0.036
#> SRR596105 5 0.4310 0.734 0.272 0.000 0.000 0.008 0.684 0.036
#> SRR651687 5 0.4310 0.734 0.272 0.000 0.000 0.008 0.684 0.036
#> SRR651688 5 0.4310 0.734 0.272 0.000 0.000 0.008 0.684 0.036
#> SRR651689 5 0.4310 0.734 0.272 0.000 0.000 0.008 0.684 0.036
#> SRR578647 4 0.2507 0.808 0.016 0.072 0.000 0.892 0.008 0.012
#> SRR578648 4 0.2507 0.808 0.016 0.072 0.000 0.892 0.008 0.012
#> SRR578649 4 0.2507 0.808 0.016 0.072 0.000 0.892 0.008 0.012
#> SRR578650 4 0.2507 0.808 0.016 0.072 0.000 0.892 0.008 0.012
#> SRR651691 4 0.2507 0.808 0.016 0.072 0.000 0.892 0.008 0.012
#> SRR577587 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR577588 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR577589 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR577590 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR596106 4 0.3409 0.653 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR596107 4 0.3409 0.653 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR596108 4 0.3409 0.653 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR596109 4 0.3409 0.653 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR651695 4 0.3409 0.653 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR651696 4 0.3409 0.653 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR651697 4 0.3309 0.668 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR651698 4 0.3409 0.653 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578651 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR578652 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR578653 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR578654 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR651705 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR651706 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR651707 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR651708 4 0.1659 0.825 0.028 0.000 0.004 0.940 0.008 0.020
#> SRR1045618 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR577600 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR577601 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR577602 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR578631 1 0.1049 0.989 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR578632 1 0.1049 0.989 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR578633 1 0.1049 0.989 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR578634 1 0.1049 0.989 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR651665 1 0.1049 0.989 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR651666 1 0.1049 0.989 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR651667 1 0.1049 0.989 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR651668 1 0.1049 0.989 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR577579 5 0.3055 0.807 0.068 0.000 0.000 0.072 0.852 0.008
#> SRR577580 5 0.2999 0.811 0.068 0.000 0.000 0.068 0.856 0.008
#> SRR577581 5 0.3055 0.807 0.068 0.000 0.000 0.072 0.852 0.008
#> SRR577582 5 0.3109 0.803 0.068 0.000 0.000 0.076 0.848 0.008
#> SRR577583 4 0.6425 0.447 0.260 0.176 0.000 0.524 0.020 0.020
#> SRR577584 4 0.6425 0.447 0.260 0.176 0.000 0.524 0.020 0.020
#> SRR577585 4 0.6425 0.447 0.260 0.176 0.000 0.524 0.020 0.020
#> SRR577586 4 0.6425 0.447 0.260 0.176 0.000 0.524 0.020 0.020
#> SRR577591 4 0.1828 0.825 0.028 0.008 0.004 0.936 0.008 0.016
#> SRR577592 4 0.1828 0.825 0.028 0.008 0.004 0.936 0.008 0.016
#> SRR577593 4 0.1828 0.825 0.028 0.008 0.004 0.936 0.008 0.016
#> SRR577594 4 0.1828 0.825 0.028 0.008 0.004 0.936 0.008 0.016
#> SRR578635 1 0.0937 0.979 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR578636 1 0.0937 0.979 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR578637 1 0.0937 0.979 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR578638 1 0.0937 0.979 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR651669 1 0.0937 0.979 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR651670 1 0.0937 0.979 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR651671 1 0.0937 0.979 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR651672 1 0.0937 0.979 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR486237 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1057691 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1057692 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 6 0.1765 0.932 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR486240 6 0.1765 0.932 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR488136 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR488137 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR486241 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR486242 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR488684 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR488685 6 0.0790 0.992 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR651673 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR651674 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR651675 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR651676 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR651677 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR651678 5 0.1141 0.845 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR578639 4 0.3308 0.800 0.044 0.000 0.000 0.844 0.080 0.032
#> SRR578640 4 0.3308 0.800 0.044 0.000 0.000 0.844 0.080 0.032
#> SRR578641 4 0.3308 0.800 0.044 0.000 0.000 0.844 0.080 0.032
#> SRR578642 4 0.3308 0.800 0.044 0.000 0.000 0.844 0.080 0.032
#> SRR1045526 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1045527 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1045528 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1045529 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1220381 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1220382 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1220383 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1220384 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1220385 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1220386 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1220387 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1220388 5 0.3377 0.808 0.188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.028
#> SRR1045530 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1045531 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1045532 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1045533 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1220389 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1220390 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1220391 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1220392 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1220393 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1220394 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1220395 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1220396 1 0.1124 0.989 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1045570 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0806 0.979 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045583 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045584 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045585 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220421 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220422 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220423 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220424 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220425 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220426 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220427 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220428 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054856 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054857 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054858 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054859 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220429 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220430 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220431 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220432 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220433 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220434 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220435 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220436 4 0.0000 0.828 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1045587 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1045588 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1045589 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1220438 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1220439 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1220441 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1220442 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1220443 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1220444 1 0.1168 0.986 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1045594 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045595 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045596 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045597 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220453 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220454 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220455 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220456 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220457 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220458 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220459 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220460 2 0.0653 0.982 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045598 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1045599 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1045600 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1045601 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1220461 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1220462 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1220463 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1220464 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1220465 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1220466 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1220467 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1220468 4 0.3851 0.391 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1045615 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1045616 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1045617 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220493 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220494 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220495 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220496 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220497 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220498 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220499 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1220500 5 0.0260 0.834 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR651662 4 0.3308 0.800 0.044 0.000 0.000 0.844 0.080 0.032
#> SRR651663 4 0.6836 0.219 0.272 0.004 0.000 0.448 0.224 0.052
#> SRR651664 4 0.6851 0.207 0.272 0.004 0.000 0.444 0.228 0.052
#> SRR1045522 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1045523 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1045524 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1045525 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1220373 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1220374 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1220375 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1220376 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1220377 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1220378 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1220379 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1220380 5 0.4107 0.734 0.280 0.000 0.000 0.004 0.688 0.028
#> SRR1045578 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1045579 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1045580 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1045581 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220413 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220414 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220415 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220416 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220417 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220418 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220419 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1220420 5 0.0363 0.837 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1045590 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1045591 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1045592 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1045593 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1220445 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1220446 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1220447 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1220448 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1220449 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1220450 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1220451 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1220452 4 0.3241 0.801 0.040 0.000 0.000 0.848 0.080 0.032
#> SRR1045610 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.859 0.891 0.956 0.4960 0.499 0.499
#> 3 3 0.585 0.759 0.852 0.2520 0.619 0.414
#> 4 4 0.888 0.946 0.969 0.1886 0.818 0.578
#> 5 5 0.987 0.958 0.972 0.0797 0.875 0.576
#> 6 6 0.863 0.838 0.897 0.0364 0.959 0.802
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020288 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020289 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020290 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020291 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020285 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1057683 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1057684 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020292 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020293 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020294 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020295 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR020286 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1057689 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1057690 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1057685 1 0.1414 0.9320 0.980 0.020
#> SRR1057686 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1057687 1 0.2423 0.9149 0.960 0.040
#> SRR1057688 1 0.1414 0.9318 0.980 0.020
#> SRR578643 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR578644 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR578645 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR578646 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651679 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651680 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651681 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651682 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR578627 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578628 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578629 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578630 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651692 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651693 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651694 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR596098 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR596099 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR596100 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR596101 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651683 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651684 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651685 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651686 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR596102 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR596103 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR596104 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR596105 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651687 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651688 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651689 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR578647 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578648 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578649 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578650 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651691 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR577587 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR577588 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR577589 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR577590 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR596106 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR596107 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR596108 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR596109 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651695 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651696 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651697 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651698 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651699 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651700 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651701 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651702 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651703 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651704 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578651 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578652 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578653 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578654 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651705 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651706 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651707 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651708 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577599 2 0.0376 0.9567 0.004 0.996
#> SRR577600 2 0.0376 0.9567 0.004 0.996
#> SRR577601 2 0.0376 0.9567 0.004 0.996
#> SRR577602 2 0.0376 0.9567 0.004 0.996
#> SRR578631 2 0.7602 0.7088 0.220 0.780
#> SRR578632 2 0.7528 0.7150 0.216 0.784
#> SRR578633 2 0.7602 0.7088 0.220 0.780
#> SRR578634 2 0.7376 0.7272 0.208 0.792
#> SRR651665 2 0.7528 0.7151 0.216 0.784
#> SRR651666 2 0.7602 0.7088 0.220 0.780
#> SRR651667 2 0.7139 0.7445 0.196 0.804
#> SRR651668 2 0.7674 0.7023 0.224 0.776
#> SRR577579 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577580 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577581 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577582 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577583 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR577591 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR577592 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR577593 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR577594 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578635 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR578636 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR578637 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR578638 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651669 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651670 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651671 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651672 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1057691 1 0.2423 0.9152 0.960 0.040
#> SRR486238 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1057692 1 0.2043 0.9226 0.968 0.032
#> SRR486239 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651673 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651674 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651675 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651676 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651677 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651678 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR578639 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045526 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045527 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045528 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045529 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220381 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220382 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220383 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220384 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220385 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220386 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220387 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220388 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045530 1 0.7219 0.7424 0.800 0.200
#> SRR1045531 1 0.7056 0.7529 0.808 0.192
#> SRR1045532 1 0.6973 0.7580 0.812 0.188
#> SRR1045533 1 0.7056 0.7529 0.808 0.192
#> SRR1220389 1 0.7602 0.7146 0.780 0.220
#> SRR1220390 1 0.7453 0.7261 0.788 0.212
#> SRR1220391 1 0.7674 0.7086 0.776 0.224
#> SRR1220392 1 0.7528 0.7204 0.784 0.216
#> SRR1220393 1 0.7602 0.7146 0.780 0.220
#> SRR1220394 1 0.7453 0.7261 0.788 0.212
#> SRR1220395 1 0.7528 0.7204 0.784 0.216
#> SRR1220396 1 0.7745 0.7025 0.772 0.228
#> SRR1045570 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045574 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045575 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045576 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045577 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220405 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220406 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220407 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220408 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220409 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220410 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220411 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220412 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045582 2 0.2423 0.9291 0.040 0.960
#> SRR1045583 2 0.2603 0.9256 0.044 0.956
#> SRR1045584 2 0.2603 0.9256 0.044 0.956
#> SRR1045585 2 0.2603 0.9256 0.044 0.956
#> SRR1220421 2 0.2236 0.9327 0.036 0.964
#> SRR1220422 2 0.2043 0.9361 0.032 0.968
#> SRR1220423 2 0.2236 0.9327 0.036 0.964
#> SRR1220424 2 0.2236 0.9327 0.036 0.964
#> SRR1220425 2 0.2236 0.9327 0.036 0.964
#> SRR1220426 2 0.2236 0.9327 0.036 0.964
#> SRR1220427 2 0.2236 0.9327 0.036 0.964
#> SRR1220428 2 0.2043 0.9361 0.032 0.968
#> SRR1054856 1 0.0938 0.9380 0.988 0.012
#> SRR1054857 1 0.0938 0.9380 0.988 0.012
#> SRR1054858 1 0.0938 0.9380 0.988 0.012
#> SRR1054859 1 0.0938 0.9380 0.988 0.012
#> SRR1220429 1 0.1184 0.9352 0.984 0.016
#> SRR1220430 1 0.0938 0.9380 0.988 0.012
#> SRR1220431 1 0.1414 0.9322 0.980 0.020
#> SRR1220432 1 0.1184 0.9352 0.984 0.016
#> SRR1220433 1 0.1184 0.9352 0.984 0.016
#> SRR1220434 1 0.1843 0.9258 0.972 0.028
#> SRR1220435 1 0.1633 0.9291 0.976 0.024
#> SRR1220436 1 0.1184 0.9352 0.984 0.016
#> SRR1045586 2 0.9944 0.1434 0.456 0.544
#> SRR1045587 2 0.9922 0.1723 0.448 0.552
#> SRR1045588 2 0.9977 0.0843 0.472 0.528
#> SRR1045589 2 0.9970 0.0992 0.468 0.532
#> SRR1220438 2 0.9833 0.2502 0.424 0.576
#> SRR1220439 2 0.9795 0.2745 0.416 0.584
#> SRR1220441 2 0.9795 0.2745 0.416 0.584
#> SRR1220442 2 0.9815 0.2625 0.420 0.580
#> SRR1220443 2 0.9661 0.3427 0.392 0.608
#> SRR1220444 2 0.9795 0.2745 0.416 0.584
#> SRR1045594 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045598 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045599 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045600 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045601 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220461 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220462 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220463 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220464 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220465 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220466 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220467 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220468 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045602 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045603 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045604 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045605 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220469 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220470 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220471 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220472 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220473 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220474 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220475 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220476 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045614 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045615 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045616 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045617 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220493 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220494 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220495 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220496 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220497 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220498 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220499 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220500 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR651662 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.9866 0.2679 0.568 0.432
#> SRR1045523 1 0.9866 0.2679 0.568 0.432
#> SRR1045524 1 0.9896 0.2439 0.560 0.440
#> SRR1045525 1 0.9866 0.2679 0.568 0.432
#> SRR1220373 1 0.9944 0.1928 0.544 0.456
#> SRR1220374 1 0.9933 0.2063 0.548 0.452
#> SRR1220375 1 0.9909 0.2315 0.556 0.444
#> SRR1220376 1 0.9922 0.2192 0.552 0.448
#> SRR1220377 1 0.9944 0.1928 0.544 0.456
#> SRR1220378 1 0.9933 0.2063 0.548 0.452
#> SRR1220379 1 0.9944 0.1928 0.544 0.456
#> SRR1220380 1 0.9922 0.2192 0.552 0.448
#> SRR1045578 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1045579 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1045580 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1045581 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1220413 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1220414 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1220415 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1220416 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1220417 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1220418 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1220419 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1220420 2 0.1184 0.9488 0.016 0.984
#> SRR1045590 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.9457 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.9591 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.6305 -0.1503 0.516 0.000 0.484
#> SRR020288 1 0.6307 -0.1634 0.512 0.000 0.488
#> SRR020289 1 0.6305 -0.1503 0.516 0.000 0.484
#> SRR020290 1 0.6305 -0.1503 0.516 0.000 0.484
#> SRR020291 1 0.6305 -0.1503 0.516 0.000 0.484
#> SRR020285 1 0.4399 0.6048 0.812 0.000 0.188
#> SRR1057683 1 0.4062 0.6369 0.836 0.000 0.164
#> SRR1057684 1 0.4291 0.6161 0.820 0.000 0.180
#> SRR020292 3 0.6280 0.3053 0.460 0.000 0.540
#> SRR020293 3 0.6280 0.3053 0.460 0.000 0.540
#> SRR020294 3 0.6280 0.3053 0.460 0.000 0.540
#> SRR020295 3 0.6280 0.3053 0.460 0.000 0.540
#> SRR020286 1 0.1031 0.7379 0.976 0.000 0.024
#> SRR1057689 1 0.0424 0.7405 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057690 1 0.0424 0.7405 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057685 1 0.0592 0.7401 0.988 0.000 0.012
#> SRR1057686 1 0.0747 0.7393 0.984 0.000 0.016
#> SRR1057687 1 0.0424 0.7405 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057688 1 0.0237 0.7406 0.996 0.000 0.004
#> SRR578643 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR578644 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR578645 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR578646 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR651679 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR651680 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR651681 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR651682 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR596098 3 0.0892 0.9354 0.020 0.000 0.980
#> SRR596099 3 0.0892 0.9354 0.020 0.000 0.980
#> SRR596100 3 0.0892 0.9354 0.020 0.000 0.980
#> SRR596101 3 0.0892 0.9354 0.020 0.000 0.980
#> SRR651683 3 0.0892 0.9354 0.020 0.000 0.980
#> SRR651684 3 0.0592 0.9408 0.012 0.000 0.988
#> SRR651685 3 0.1163 0.9288 0.028 0.000 0.972
#> SRR651686 3 0.1289 0.9257 0.032 0.000 0.968
#> SRR596102 1 0.4062 0.7255 0.836 0.164 0.000
#> SRR596103 1 0.3941 0.7290 0.844 0.156 0.000
#> SRR596104 1 0.4002 0.7269 0.840 0.160 0.000
#> SRR596105 1 0.4062 0.7256 0.836 0.164 0.000
#> SRR651687 1 0.4346 0.7175 0.816 0.184 0.000
#> SRR651688 1 0.3879 0.7293 0.848 0.152 0.000
#> SRR651689 1 0.4654 0.7056 0.792 0.208 0.000
#> SRR578647 1 0.6291 0.2779 0.532 0.000 0.468
#> SRR578648 1 0.6291 0.2779 0.532 0.000 0.468
#> SRR578649 1 0.6291 0.2779 0.532 0.000 0.468
#> SRR578650 1 0.6291 0.2779 0.532 0.000 0.468
#> SRR651691 1 0.6291 0.2779 0.532 0.000 0.468
#> SRR577587 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR596106 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR596107 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR596108 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR596109 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR651695 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR651696 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR651697 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR651698 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.4178 0.7282 0.828 0.172 0.000
#> SRR577600 1 0.4235 0.7268 0.824 0.176 0.000
#> SRR577601 1 0.4235 0.7268 0.824 0.176 0.000
#> SRR577602 1 0.4235 0.7268 0.824 0.176 0.000
#> SRR578631 1 0.1129 0.7377 0.976 0.020 0.004
#> SRR578632 1 0.1267 0.7365 0.972 0.024 0.004
#> SRR578633 1 0.1267 0.7365 0.972 0.024 0.004
#> SRR578634 1 0.1129 0.7377 0.976 0.020 0.004
#> SRR651665 1 0.1267 0.7365 0.972 0.024 0.004
#> SRR651666 1 0.1267 0.7365 0.972 0.024 0.004
#> SRR651667 1 0.1267 0.7365 0.972 0.024 0.004
#> SRR651668 1 0.1453 0.7354 0.968 0.024 0.008
#> SRR577579 1 0.6062 0.6000 0.616 0.384 0.000
#> SRR577580 1 0.6062 0.6000 0.616 0.384 0.000
#> SRR577581 1 0.6062 0.6000 0.616 0.384 0.000
#> SRR577582 1 0.6062 0.6000 0.616 0.384 0.000
#> SRR577583 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577591 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR577592 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR577593 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR577594 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.0424 0.7409 0.992 0.008 0.000
#> SRR578636 1 0.0424 0.7409 0.992 0.008 0.000
#> SRR578637 1 0.0424 0.7409 0.992 0.008 0.000
#> SRR578638 1 0.0424 0.7409 0.992 0.008 0.000
#> SRR651669 1 0.0424 0.7409 0.992 0.008 0.000
#> SRR651670 1 0.0424 0.7409 0.992 0.008 0.000
#> SRR651671 1 0.0424 0.7409 0.992 0.008 0.000
#> SRR651672 1 0.0424 0.7409 0.992 0.008 0.000
#> SRR486237 1 0.6180 0.0837 0.584 0.000 0.416
#> SRR1057691 1 0.0592 0.7401 0.988 0.000 0.012
#> SRR486238 1 0.6168 0.0973 0.588 0.000 0.412
#> SRR1057692 1 0.0592 0.7401 0.988 0.000 0.012
#> SRR486239 1 0.5529 0.4101 0.704 0.000 0.296
#> SRR486240 1 0.5810 0.3169 0.664 0.000 0.336
#> SRR488136 3 0.6309 0.1888 0.500 0.000 0.500
#> SRR488137 1 0.6309 -0.1890 0.504 0.000 0.496
#> SRR486241 1 0.4235 0.6190 0.824 0.000 0.176
#> SRR486242 1 0.4235 0.6190 0.824 0.000 0.176
#> SRR488684 1 0.4702 0.5668 0.788 0.000 0.212
#> SRR488685 1 0.5216 0.4840 0.740 0.000 0.260
#> SRR651673 1 0.3412 0.7410 0.876 0.124 0.000
#> SRR651674 1 0.3412 0.7410 0.876 0.124 0.000
#> SRR651675 1 0.3412 0.7410 0.876 0.124 0.000
#> SRR651676 1 0.3340 0.7416 0.880 0.120 0.000
#> SRR651677 1 0.3412 0.7410 0.876 0.124 0.000
#> SRR651678 1 0.3412 0.7410 0.876 0.124 0.000
#> SRR578639 1 0.3482 0.7247 0.872 0.000 0.128
#> SRR578640 1 0.3482 0.7247 0.872 0.000 0.128
#> SRR578641 1 0.3482 0.7247 0.872 0.000 0.128
#> SRR578642 1 0.3412 0.7261 0.876 0.000 0.124
#> SRR1045526 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1045527 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1045528 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1045529 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1220381 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1220382 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1220383 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1220384 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1220385 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1220386 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1220387 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1220388 1 0.6111 0.5892 0.604 0.396 0.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.7412 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045582 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1045583 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1045584 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1045585 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220421 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220422 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220423 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220424 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220425 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220426 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220427 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220428 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1054856 1 0.6053 0.6343 0.720 0.020 0.260
#> SRR1054857 1 0.6053 0.6343 0.720 0.020 0.260
#> SRR1054858 1 0.6053 0.6343 0.720 0.020 0.260
#> SRR1054859 1 0.6053 0.6343 0.720 0.020 0.260
#> SRR1220429 1 0.6301 0.6342 0.712 0.028 0.260
#> SRR1220430 1 0.6301 0.6342 0.712 0.028 0.260
#> SRR1220431 1 0.6490 0.6376 0.708 0.036 0.256
#> SRR1220432 1 0.6416 0.6338 0.708 0.032 0.260
#> SRR1220433 1 0.6490 0.6376 0.708 0.036 0.256
#> SRR1220434 1 0.6559 0.6413 0.708 0.040 0.252
#> SRR1220435 1 0.6490 0.6376 0.708 0.036 0.256
#> SRR1220436 1 0.6416 0.6338 0.708 0.032 0.260
#> SRR1045586 1 0.3551 0.6698 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045587 1 0.3619 0.6656 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045588 1 0.3619 0.6656 0.864 0.000 0.136
#> SRR1045589 1 0.3551 0.6698 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220438 1 0.3551 0.6698 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220439 1 0.3551 0.6698 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220441 1 0.3551 0.6698 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220442 1 0.3482 0.6738 0.872 0.000 0.128
#> SRR1220443 1 0.3340 0.6816 0.880 0.000 0.120
#> SRR1220444 1 0.3551 0.6698 0.868 0.000 0.132
#> SRR1045594 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1045599 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1045600 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1045601 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220461 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220462 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220463 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220464 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220465 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220466 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220467 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1220468 1 0.6095 0.5925 0.608 0.392 0.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.5098 0.6958 0.752 0.248 0.000
#> SRR1045615 1 0.5098 0.6958 0.752 0.248 0.000
#> SRR1045616 1 0.5098 0.6958 0.752 0.248 0.000
#> SRR1045617 1 0.5098 0.6958 0.752 0.248 0.000
#> SRR1220493 1 0.5216 0.6890 0.740 0.260 0.000
#> SRR1220494 1 0.5178 0.6914 0.744 0.256 0.000
#> SRR1220495 1 0.5138 0.6937 0.748 0.252 0.000
#> SRR1220496 1 0.5178 0.6914 0.744 0.256 0.000
#> SRR1220497 1 0.5098 0.6958 0.752 0.248 0.000
#> SRR1220498 1 0.5216 0.6890 0.740 0.260 0.000
#> SRR1220499 1 0.5098 0.6958 0.752 0.248 0.000
#> SRR1220500 1 0.5216 0.6890 0.740 0.260 0.000
#> SRR651662 1 0.6302 0.2530 0.520 0.000 0.480
#> SRR651663 3 0.5098 0.6700 0.248 0.000 0.752
#> SRR651664 3 0.5058 0.6763 0.244 0.000 0.756
#> SRR1045522 1 0.0475 0.7421 0.992 0.004 0.004
#> SRR1045523 1 0.0829 0.7439 0.984 0.012 0.004
#> SRR1045524 1 0.0661 0.7431 0.988 0.008 0.004
#> SRR1045525 1 0.1182 0.7453 0.976 0.012 0.012
#> SRR1220373 1 0.1751 0.7473 0.960 0.028 0.012
#> SRR1220374 1 0.1620 0.7470 0.964 0.024 0.012
#> SRR1220375 1 0.1620 0.7470 0.964 0.024 0.012
#> SRR1220376 1 0.1620 0.7470 0.964 0.024 0.012
#> SRR1220377 1 0.1453 0.7464 0.968 0.024 0.008
#> SRR1220378 1 0.1399 0.7460 0.968 0.028 0.004
#> SRR1220379 1 0.1267 0.7456 0.972 0.024 0.004
#> SRR1220380 1 0.1620 0.7470 0.964 0.024 0.012
#> SRR1045578 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1045579 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1045580 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1045581 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1220413 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1220414 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1220415 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1220416 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1220417 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1220418 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1220419 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1220420 1 0.2448 0.7474 0.924 0.076 0.000
#> SRR1045590 3 0.2448 0.8830 0.076 0.000 0.924
#> SRR1045591 3 0.2356 0.8873 0.072 0.000 0.928
#> SRR1045592 3 0.2356 0.8873 0.072 0.000 0.928
#> SRR1045593 3 0.2448 0.8830 0.076 0.000 0.924
#> SRR1220445 3 0.3116 0.8437 0.108 0.000 0.892
#> SRR1220446 3 0.2537 0.8787 0.080 0.000 0.920
#> SRR1220447 3 0.2878 0.8599 0.096 0.000 0.904
#> SRR1220448 3 0.2711 0.8697 0.088 0.000 0.912
#> SRR1220449 3 0.3038 0.8493 0.104 0.000 0.896
#> SRR1220450 3 0.2711 0.8697 0.088 0.000 0.912
#> SRR1220451 3 0.2537 0.8787 0.080 0.000 0.920
#> SRR1220452 3 0.2878 0.8600 0.096 0.000 0.904
#> SRR1045610 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020288 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020289 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020290 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020291 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020285 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057683 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057684 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020292 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020293 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020294 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020295 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR020286 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057689 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057690 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057685 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057686 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057687 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057688 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578643 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578644 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578645 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578646 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651679 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651680 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651681 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651682 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578627 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596098 3 0.1474 0.941 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR596099 3 0.1022 0.963 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR596100 3 0.0921 0.965 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR596101 3 0.1211 0.954 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR651683 3 0.1474 0.941 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR651684 3 0.0817 0.969 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR651685 3 0.1474 0.941 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR651686 3 0.1792 0.923 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR596102 1 0.3401 0.822 0.840 0.152 0.000 0.008
#> SRR596103 1 0.3448 0.806 0.828 0.168 0.000 0.004
#> SRR596104 1 0.3351 0.826 0.844 0.148 0.000 0.008
#> SRR596105 1 0.3450 0.817 0.836 0.156 0.000 0.008
#> SRR651687 1 0.3908 0.751 0.784 0.212 0.000 0.004
#> SRR651688 1 0.3668 0.782 0.808 0.188 0.000 0.004
#> SRR651689 1 0.4049 0.748 0.780 0.212 0.000 0.008
#> SRR578647 4 0.0921 0.940 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR578648 4 0.1118 0.934 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR578649 4 0.1211 0.931 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR578650 4 0.1211 0.931 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR651691 4 0.1302 0.928 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR577587 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596106 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596107 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596108 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596109 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651695 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651696 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651697 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651698 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 4 0.0592 0.955 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR577600 4 0.0592 0.955 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR577601 4 0.0592 0.955 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR577602 4 0.0592 0.955 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR578631 1 0.0188 0.938 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0188 0.938 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0188 0.938 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0188 0.938 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0188 0.938 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0188 0.938 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0188 0.938 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0188 0.938 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR577579 4 0.0336 0.957 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR577580 4 0.0336 0.957 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR577581 4 0.0336 0.957 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR577582 4 0.0336 0.957 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR577583 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577591 3 0.0592 0.978 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR577592 3 0.0592 0.978 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR577593 3 0.0592 0.978 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR577594 3 0.0592 0.978 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR578635 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057691 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR486238 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057692 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR486239 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR486240 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR488136 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR488137 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR486241 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR486242 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR488684 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR488685 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR651673 4 0.3400 0.820 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR651674 4 0.3444 0.815 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR651675 4 0.3400 0.820 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR651676 4 0.3444 0.815 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR651677 4 0.3356 0.825 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR651678 4 0.3400 0.820 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR578639 4 0.0592 0.954 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR578640 4 0.0592 0.954 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR578641 4 0.0592 0.954 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR578642 4 0.0592 0.954 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1045526 4 0.3858 0.870 0.100 0.056 0.000 0.844
#> SRR1045527 4 0.3810 0.875 0.092 0.060 0.000 0.848
#> SRR1045528 4 0.3754 0.878 0.084 0.064 0.000 0.852
#> SRR1045529 4 0.3587 0.884 0.088 0.052 0.000 0.860
#> SRR1220381 4 0.2586 0.920 0.048 0.040 0.000 0.912
#> SRR1220382 4 0.3245 0.900 0.064 0.056 0.000 0.880
#> SRR1220383 4 0.2844 0.913 0.052 0.048 0.000 0.900
#> SRR1220384 4 0.2759 0.915 0.044 0.052 0.000 0.904
#> SRR1220385 4 0.3088 0.905 0.052 0.060 0.000 0.888
#> SRR1220386 4 0.2675 0.918 0.048 0.044 0.000 0.908
#> SRR1220387 4 0.2589 0.920 0.044 0.044 0.000 0.912
#> SRR1220388 4 0.3009 0.908 0.052 0.056 0.000 0.892
#> SRR1045530 1 0.2469 0.882 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1045531 1 0.2469 0.882 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1045532 1 0.2408 0.885 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1045533 1 0.2469 0.882 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1220389 1 0.2469 0.882 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1220390 1 0.2530 0.879 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1220391 1 0.2589 0.875 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1220392 1 0.2530 0.879 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1220393 1 0.2530 0.879 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1220394 1 0.2469 0.882 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1220395 1 0.2469 0.882 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1220396 1 0.2530 0.879 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1045570 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045583 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045584 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045585 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220421 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220422 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220423 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220424 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220425 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220426 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220427 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220428 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054856 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054857 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054858 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1054859 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220429 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220430 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220431 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220432 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220433 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220434 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220435 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220436 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045586 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045587 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045588 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045589 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220438 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220439 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220441 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220442 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220443 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220444 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045599 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045600 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045601 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220461 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220462 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220463 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220464 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220465 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220466 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220467 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220468 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045615 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045616 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045617 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220493 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220494 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220495 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220496 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220497 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220498 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220499 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220500 4 0.0469 0.957 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR651662 3 0.4978 0.373 0.004 0.000 0.612 0.384
#> SRR651663 1 0.4978 0.531 0.664 0.000 0.324 0.012
#> SRR651664 1 0.5075 0.486 0.644 0.000 0.344 0.012
#> SRR1045522 1 0.1940 0.904 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1045523 1 0.2149 0.897 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1045524 1 0.2345 0.889 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1045525 1 0.2408 0.886 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1220373 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1220374 1 0.3074 0.842 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220375 1 0.2973 0.851 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1220376 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1220377 1 0.3024 0.847 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1220378 1 0.3074 0.842 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220379 1 0.3074 0.843 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1220380 1 0.3074 0.842 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1045578 4 0.3219 0.840 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1045579 4 0.3266 0.835 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1045580 4 0.3400 0.820 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1045581 4 0.3311 0.830 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1220413 4 0.2589 0.888 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1220414 4 0.2921 0.865 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1220415 4 0.2647 0.884 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1220416 4 0.2589 0.888 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1220417 4 0.2760 0.877 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1220418 4 0.2647 0.884 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1220419 4 0.2921 0.865 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1220420 4 0.2868 0.869 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1045590 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045591 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045592 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045593 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220445 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220446 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220447 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220448 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220449 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220450 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220451 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220452 3 0.0188 0.987 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045610 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020288 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020289 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020290 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020291 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020285 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020293 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020294 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020295 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020286 1 0.0162 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057689 1 0.0162 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057690 1 0.0162 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057685 1 0.0162 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057686 1 0.0162 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057687 1 0.0162 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1057688 1 0.0162 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578643 4 0.0609 0.957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR578644 4 0.0609 0.957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR578645 4 0.0609 0.957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR578646 4 0.0609 0.957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR651679 4 0.0609 0.957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR651680 4 0.0609 0.957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR651681 4 0.0609 0.957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR651682 4 0.0609 0.957 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR578627 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596098 4 0.3074 0.775 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR596099 4 0.3143 0.763 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR596100 4 0.3274 0.739 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR596101 4 0.3074 0.775 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR651683 4 0.2966 0.791 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR651684 4 0.3452 0.701 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR651685 4 0.2605 0.835 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR651686 4 0.2732 0.821 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR596102 1 0.2046 0.925 0.916 0.068 0.000 0.000 0.016
#> SRR596103 1 0.1981 0.928 0.920 0.064 0.000 0.000 0.016
#> SRR596104 1 0.1981 0.928 0.920 0.064 0.000 0.000 0.016
#> SRR596105 1 0.2046 0.925 0.916 0.068 0.000 0.000 0.016
#> SRR651687 1 0.2519 0.894 0.884 0.100 0.000 0.000 0.016
#> SRR651688 1 0.2233 0.914 0.904 0.080 0.000 0.000 0.016
#> SRR651689 1 0.2233 0.914 0.904 0.080 0.000 0.000 0.016
#> SRR578647 4 0.0290 0.959 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR578648 4 0.0290 0.959 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR578649 4 0.0290 0.959 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR578650 4 0.0290 0.959 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR651691 4 0.0510 0.957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR577587 3 0.0609 0.979 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR577588 3 0.0609 0.979 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR577589 3 0.0609 0.979 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR577590 3 0.0703 0.977 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR596106 4 0.0771 0.957 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR596107 4 0.0771 0.957 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR596108 4 0.0771 0.957 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR596109 4 0.0771 0.957 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR651695 4 0.0771 0.957 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR651696 4 0.0771 0.957 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR651697 4 0.0771 0.957 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR651698 4 0.0771 0.957 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR651699 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651700 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651701 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651702 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651703 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651704 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578651 3 0.0703 0.977 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR578652 3 0.0703 0.977 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR578653 3 0.0703 0.977 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR578654 3 0.0703 0.977 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR651705 3 0.0703 0.977 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR651706 3 0.0703 0.977 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR651707 3 0.0703 0.977 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR651708 3 0.0703 0.977 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR577600 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR577601 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR577602 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR578631 1 0.0771 0.967 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR578632 1 0.0771 0.967 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR578633 1 0.0771 0.967 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR578634 1 0.0771 0.967 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR651665 1 0.0771 0.967 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR651666 1 0.0671 0.968 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR651667 1 0.0671 0.968 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR651668 1 0.0671 0.968 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR577579 5 0.1197 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR577580 5 0.1197 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR577581 5 0.1197 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR577582 5 0.1197 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR577583 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 4 0.1043 0.943 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR577592 4 0.1043 0.943 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR577593 4 0.1043 0.943 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR577594 4 0.1043 0.943 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR578635 1 0.0992 0.965 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR578636 1 0.0992 0.965 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR578637 1 0.0898 0.966 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR578638 1 0.0992 0.965 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR651669 1 0.0898 0.966 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR651670 1 0.0992 0.965 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR651671 1 0.0992 0.965 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR651672 1 0.0992 0.965 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR486237 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 1 0.0162 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 1 0.0162 0.968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651673 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR651674 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR651675 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR651676 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR651677 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR651678 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR578639 4 0.0671 0.957 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000
#> SRR578640 4 0.0671 0.957 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000
#> SRR578641 4 0.0671 0.957 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000
#> SRR578642 4 0.0609 0.956 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1045526 2 0.3847 0.847 0.088 0.828 0.000 0.068 0.016
#> SRR1045527 2 0.3794 0.851 0.080 0.832 0.000 0.072 0.016
#> SRR1045528 2 0.3847 0.847 0.088 0.828 0.000 0.068 0.016
#> SRR1045529 2 0.3794 0.852 0.072 0.832 0.000 0.080 0.016
#> SRR1220381 2 0.3868 0.844 0.056 0.824 0.000 0.104 0.016
#> SRR1220382 2 0.4023 0.838 0.076 0.816 0.000 0.092 0.016
#> SRR1220383 2 0.3908 0.845 0.072 0.824 0.000 0.088 0.016
#> SRR1220384 2 0.3552 0.859 0.044 0.844 0.000 0.096 0.016
#> SRR1220385 2 0.3570 0.860 0.048 0.844 0.000 0.092 0.016
#> SRR1220386 2 0.4121 0.831 0.072 0.808 0.000 0.104 0.016
#> SRR1220387 2 0.3950 0.835 0.052 0.816 0.000 0.116 0.016
#> SRR1220388 2 0.3831 0.842 0.048 0.824 0.000 0.112 0.016
#> SRR1045530 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045531 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045532 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045533 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220389 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220390 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220391 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220392 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220393 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220394 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220395 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1220396 5 0.0404 0.975 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1045570 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045571 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045572 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045573 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220397 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220398 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220399 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220400 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220401 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220402 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220403 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220404 3 0.0162 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045574 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045575 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045576 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045577 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220405 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220406 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220407 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220408 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220409 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220410 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220411 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220412 3 0.0162 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045582 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045583 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045584 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045585 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220421 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220422 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220423 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220424 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220425 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220426 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220427 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220428 4 0.0510 0.958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1054856 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1054857 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1054858 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1054859 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220429 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220430 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220431 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220432 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220433 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220434 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220435 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1220436 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1045586 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1045587 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1045588 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1045589 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220438 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220439 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220441 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220442 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220443 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1220444 1 0.0510 0.968 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1045594 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0912 0.954 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1045599 4 0.1012 0.954 0.012 0.000 0.000 0.968 0.020
#> SRR1045600 4 0.1012 0.954 0.012 0.000 0.000 0.968 0.020
#> SRR1045601 4 0.0912 0.954 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1220461 4 0.0912 0.954 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1220462 4 0.0912 0.954 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1220463 4 0.0912 0.954 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1220464 4 0.0912 0.954 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1220465 4 0.0912 0.954 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1220466 4 0.0912 0.954 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1220467 4 0.1012 0.954 0.012 0.000 0.000 0.968 0.020
#> SRR1220468 4 0.0912 0.954 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1045602 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045615 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045616 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045617 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220493 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220494 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220495 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220496 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220497 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220498 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220499 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220500 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR651662 4 0.1970 0.919 0.012 0.000 0.060 0.924 0.004
#> SRR651663 1 0.3933 0.755 0.776 0.000 0.196 0.008 0.020
#> SRR651664 1 0.3828 0.773 0.788 0.000 0.184 0.008 0.020
#> SRR1045522 1 0.1774 0.941 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR1045523 1 0.1701 0.944 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR1045524 1 0.1774 0.941 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR1045525 1 0.1774 0.941 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR1220373 1 0.2351 0.911 0.896 0.000 0.000 0.088 0.016
#> SRR1220374 1 0.2110 0.926 0.912 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR1220375 1 0.2046 0.929 0.916 0.000 0.000 0.068 0.016
#> SRR1220376 1 0.2110 0.926 0.912 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR1220377 1 0.2110 0.926 0.912 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR1220378 1 0.2233 0.918 0.904 0.000 0.000 0.080 0.016
#> SRR1220379 1 0.2110 0.926 0.912 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR1220380 1 0.2110 0.926 0.912 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR1045578 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045579 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045580 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045581 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220413 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220414 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220415 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220416 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220417 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220418 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220419 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1220420 5 0.0510 0.988 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045590 3 0.1410 0.950 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1045591 3 0.1341 0.953 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1045592 3 0.1341 0.953 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1045593 3 0.1341 0.953 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1220445 3 0.1571 0.948 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1220446 3 0.1571 0.948 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1220447 3 0.1571 0.948 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1220448 3 0.1571 0.948 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1220449 3 0.1571 0.948 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1220450 3 0.1571 0.948 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1220451 3 0.1571 0.948 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1220452 3 0.1571 0.948 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1045610 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020288 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020289 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020290 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020291 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020285 1 0.0146 0.833 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1057683 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020293 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020294 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020295 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020286 1 0.1908 0.777 0.900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR1057689 1 0.0260 0.835 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1057690 1 0.0260 0.835 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1057685 1 0.0260 0.835 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1057686 1 0.0260 0.835 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1057687 1 0.0260 0.835 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1057688 1 0.0260 0.835 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.3487 0.810 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR578644 4 0.3487 0.810 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR578645 4 0.3487 0.810 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR578646 4 0.3487 0.810 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR651679 4 0.3487 0.810 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR651680 4 0.3487 0.810 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR651681 4 0.3487 0.810 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR651682 4 0.3487 0.810 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR578627 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578628 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578629 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR578630 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651692 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651693 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR651694 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR596098 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR596099 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR596100 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR596101 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR651683 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR651684 6 0.0508 0.841 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR651685 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR651686 6 0.0508 0.841 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR596102 1 0.3428 0.759 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR596103 1 0.3409 0.761 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR596104 1 0.3428 0.759 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR596105 1 0.3464 0.751 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR651687 1 0.3409 0.762 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR651688 1 0.3330 0.775 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR651689 1 0.3563 0.727 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR578647 6 0.0146 0.839 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR578648 6 0.0146 0.839 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR578649 6 0.0146 0.839 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR578650 6 0.0146 0.839 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR651691 6 0.0146 0.839 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR577587 3 0.1700 0.915 0.000 0.000 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR577588 3 0.1700 0.915 0.000 0.000 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR577589 3 0.1700 0.915 0.000 0.000 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR577590 3 0.1700 0.915 0.000 0.000 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR596106 4 0.0146 0.811 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR596107 4 0.0146 0.811 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR596108 4 0.0146 0.811 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR596109 4 0.0146 0.811 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651695 4 0.0146 0.811 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651696 4 0.0146 0.811 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651697 4 0.0146 0.811 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651698 4 0.0146 0.811 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651699 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.1806 0.912 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR578652 3 0.1806 0.912 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR578653 3 0.1806 0.912 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR578654 3 0.1806 0.912 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR651705 3 0.1806 0.912 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR651706 3 0.1806 0.912 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR651707 3 0.1806 0.912 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR651708 3 0.1753 0.916 0.000 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1045618 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577600 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577601 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577602 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.3121 0.833 0.804 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> SRR578632 1 0.3121 0.833 0.804 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> SRR578633 1 0.3121 0.833 0.804 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> SRR578634 1 0.3121 0.833 0.804 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> SRR651665 1 0.3121 0.833 0.804 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> SRR651666 1 0.3121 0.833 0.804 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> SRR651667 1 0.3121 0.833 0.804 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> SRR651668 1 0.3121 0.833 0.804 0.000 0.000 0.180 0.004 0.012
#> SRR577579 5 0.3314 0.679 0.000 0.000 0.000 0.256 0.740 0.004
#> SRR577580 5 0.3290 0.684 0.000 0.000 0.000 0.252 0.744 0.004
#> SRR577581 5 0.3421 0.676 0.000 0.000 0.000 0.256 0.736 0.008
#> SRR577582 5 0.3490 0.660 0.000 0.000 0.000 0.268 0.724 0.008
#> SRR577583 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 4 0.4234 0.660 0.000 0.000 0.032 0.644 0.000 0.324
#> SRR577592 4 0.4285 0.661 0.000 0.000 0.036 0.644 0.000 0.320
#> SRR577593 4 0.4285 0.661 0.000 0.000 0.036 0.644 0.000 0.320
#> SRR577594 4 0.4234 0.660 0.000 0.000 0.032 0.644 0.000 0.324
#> SRR578635 1 0.2738 0.838 0.820 0.000 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR578636 1 0.2738 0.838 0.820 0.000 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR578637 1 0.2738 0.838 0.820 0.000 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR578638 1 0.2879 0.838 0.816 0.004 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR651669 1 0.2879 0.838 0.816 0.004 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR651670 1 0.2879 0.838 0.816 0.004 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR651671 1 0.2879 0.838 0.816 0.004 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR651672 1 0.2879 0.838 0.816 0.004 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 1 0.0260 0.835 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 1 0.0260 0.835 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651673 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651674 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651675 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651676 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651677 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651678 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578639 6 0.0993 0.825 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR578640 6 0.0993 0.825 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR578641 6 0.0993 0.825 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR578642 6 0.0993 0.825 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR1045526 2 0.4553 0.529 0.052 0.620 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1045527 2 0.4493 0.552 0.052 0.636 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1045528 2 0.4524 0.541 0.052 0.628 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1045529 2 0.4186 0.575 0.032 0.656 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1220381 2 0.4300 0.502 0.028 0.608 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1220382 2 0.4344 0.538 0.036 0.628 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1220383 2 0.4408 0.505 0.036 0.608 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1220384 2 0.4105 0.539 0.020 0.632 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1220385 2 0.4092 0.544 0.020 0.636 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1220386 2 0.4356 0.503 0.032 0.608 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1220387 2 0.4277 0.516 0.028 0.616 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1220388 2 0.4251 0.529 0.028 0.624 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1045530 5 0.4816 0.691 0.008 0.000 0.000 0.104 0.680 0.208
#> SRR1045531 5 0.4857 0.688 0.008 0.000 0.000 0.108 0.676 0.208
#> SRR1045532 5 0.4789 0.695 0.008 0.000 0.000 0.104 0.684 0.204
#> SRR1045533 5 0.4816 0.691 0.008 0.000 0.000 0.104 0.680 0.208
#> SRR1220389 5 0.4898 0.684 0.008 0.000 0.000 0.112 0.672 0.208
#> SRR1220390 5 0.4898 0.684 0.008 0.000 0.000 0.112 0.672 0.208
#> SRR1220391 5 0.4898 0.684 0.008 0.000 0.000 0.112 0.672 0.208
#> SRR1220392 5 0.4857 0.688 0.008 0.000 0.000 0.108 0.676 0.208
#> SRR1220393 5 0.4898 0.684 0.008 0.000 0.000 0.112 0.672 0.208
#> SRR1220394 5 0.4857 0.688 0.008 0.000 0.000 0.108 0.676 0.208
#> SRR1220395 5 0.4857 0.688 0.008 0.000 0.000 0.108 0.676 0.208
#> SRR1220396 5 0.4883 0.683 0.008 0.000 0.000 0.108 0.672 0.212
#> SRR1045570 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045575 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045576 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045577 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220405 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220406 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220407 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220408 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220409 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220410 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220411 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1220412 3 0.0291 0.977 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1045582 4 0.3460 0.812 0.000 0.000 0.000 0.760 0.020 0.220
#> SRR1045583 4 0.3460 0.812 0.000 0.000 0.000 0.760 0.020 0.220
#> SRR1045584 4 0.3460 0.812 0.000 0.000 0.000 0.760 0.020 0.220
#> SRR1045585 4 0.3460 0.812 0.000 0.000 0.000 0.760 0.020 0.220
#> SRR1220421 4 0.3348 0.814 0.000 0.000 0.000 0.768 0.016 0.216
#> SRR1220422 4 0.3348 0.814 0.000 0.000 0.000 0.768 0.016 0.216
#> SRR1220423 4 0.3348 0.814 0.000 0.000 0.000 0.768 0.016 0.216
#> SRR1220424 4 0.3348 0.814 0.000 0.000 0.000 0.768 0.016 0.216
#> SRR1220425 4 0.3348 0.814 0.000 0.000 0.000 0.768 0.016 0.216
#> SRR1220426 4 0.3348 0.814 0.000 0.000 0.000 0.768 0.016 0.216
#> SRR1220427 4 0.3432 0.813 0.000 0.000 0.000 0.764 0.020 0.216
#> SRR1220428 4 0.3348 0.814 0.000 0.000 0.000 0.768 0.016 0.216
#> SRR1054856 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1054857 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1054858 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1054859 6 0.0458 0.842 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1220429 6 0.0547 0.840 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1220430 6 0.0547 0.840 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1220431 6 0.0547 0.840 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1220432 6 0.0547 0.840 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1220433 6 0.0547 0.840 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1220434 6 0.0547 0.840 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1220435 6 0.0547 0.840 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1220436 6 0.0547 0.840 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1045586 1 0.2135 0.846 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.2135 0.846 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.2178 0.846 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.2178 0.846 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.2178 0.846 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.2178 0.846 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.2178 0.846 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.2178 0.846 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.2178 0.846 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.2178 0.846 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0405 0.808 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1045599 4 0.0405 0.808 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1045600 4 0.0260 0.810 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045601 4 0.0260 0.810 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220461 4 0.0405 0.808 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1220462 4 0.0260 0.810 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220463 4 0.0405 0.808 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1220464 4 0.0260 0.810 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220465 4 0.0260 0.810 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220466 4 0.0405 0.808 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1220467 4 0.0405 0.808 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1220468 4 0.0405 0.808 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1045602 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045603 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045604 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045605 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220469 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220470 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220471 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220472 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220473 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220474 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220475 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220476 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045606 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045615 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045616 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045617 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220493 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220494 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220495 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220496 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220497 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220498 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220499 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220500 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651662 6 0.2948 0.754 0.000 0.000 0.060 0.092 0.000 0.848
#> SRR651663 1 0.6648 0.563 0.504 0.000 0.080 0.252 0.000 0.164
#> SRR651664 1 0.6542 0.576 0.512 0.000 0.072 0.260 0.000 0.156
#> SRR1045522 1 0.4084 0.646 0.588 0.000 0.000 0.400 0.000 0.012
#> SRR1045523 1 0.4084 0.646 0.588 0.000 0.000 0.400 0.000 0.012
#> SRR1045524 1 0.4093 0.641 0.584 0.000 0.000 0.404 0.000 0.012
#> SRR1045525 1 0.4093 0.641 0.584 0.000 0.000 0.404 0.000 0.012
#> SRR1220373 1 0.4161 0.574 0.540 0.000 0.000 0.448 0.000 0.012
#> SRR1220374 1 0.4147 0.595 0.552 0.000 0.000 0.436 0.000 0.012
#> SRR1220375 1 0.4147 0.595 0.552 0.000 0.000 0.436 0.000 0.012
#> SRR1220376 1 0.4147 0.595 0.552 0.000 0.000 0.436 0.000 0.012
#> SRR1220377 1 0.4147 0.595 0.552 0.000 0.000 0.436 0.000 0.012
#> SRR1220378 1 0.4152 0.588 0.548 0.000 0.000 0.440 0.000 0.012
#> SRR1220379 1 0.4152 0.588 0.548 0.000 0.000 0.440 0.000 0.012
#> SRR1220380 1 0.4152 0.588 0.548 0.000 0.000 0.440 0.000 0.012
#> SRR1045578 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045579 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045580 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045581 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220413 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220414 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220415 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220416 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220417 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220418 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220419 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220420 5 0.0000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045590 6 0.4482 0.607 0.000 0.000 0.324 0.048 0.000 0.628
#> SRR1045591 6 0.4482 0.607 0.000 0.000 0.324 0.048 0.000 0.628
#> SRR1045592 6 0.4482 0.607 0.000 0.000 0.324 0.048 0.000 0.628
#> SRR1045593 6 0.4482 0.607 0.000 0.000 0.324 0.048 0.000 0.628
#> SRR1220445 6 0.4601 0.619 0.000 0.000 0.312 0.060 0.000 0.628
#> SRR1220446 6 0.4601 0.619 0.000 0.000 0.312 0.060 0.000 0.628
#> SRR1220447 6 0.4563 0.616 0.000 0.000 0.316 0.056 0.000 0.628
#> SRR1220448 6 0.4601 0.619 0.000 0.000 0.312 0.060 0.000 0.628
#> SRR1220449 6 0.4601 0.619 0.000 0.000 0.312 0.060 0.000 0.628
#> SRR1220450 6 0.4563 0.616 0.000 0.000 0.316 0.056 0.000 0.628
#> SRR1220451 6 0.4601 0.619 0.000 0.000 0.312 0.060 0.000 0.628
#> SRR1220452 6 0.4601 0.619 0.000 0.000 0.312 0.060 0.000 0.628
#> SRR1045610 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4074 0.593 0.593
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.0978 0.960 0.933
#> 4 4 0.837 0.924 0.965 0.4512 0.785 0.611
#> 5 5 0.872 0.923 0.969 0.0375 0.975 0.926
#> 6 6 0.788 0.774 0.871 0.0681 0.959 0.868
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0 1 1 0
#> SRR020288 1 0 1 1 0
#> SRR020289 1 0 1 1 0
#> SRR020290 1 0 1 1 0
#> SRR020291 1 0 1 1 0
#> SRR020285 2 0 1 0 1
#> SRR1057683 2 0 1 0 1
#> SRR1057684 2 0 1 0 1
#> SRR020292 1 0 1 1 0
#> SRR020293 1 0 1 1 0
#> SRR020294 1 0 1 1 0
#> SRR020295 1 0 1 1 0
#> SRR020286 2 0 1 0 1
#> SRR1057689 2 0 1 0 1
#> SRR1057690 2 0 1 0 1
#> SRR1057685 2 0 1 0 1
#> SRR1057686 2 0 1 0 1
#> SRR1057687 2 0 1 0 1
#> SRR1057688 2 0 1 0 1
#> SRR578643 2 0 1 0 1
#> SRR578644 2 0 1 0 1
#> SRR578645 2 0 1 0 1
#> SRR578646 2 0 1 0 1
#> SRR651679 2 0 1 0 1
#> SRR651680 2 0 1 0 1
#> SRR651681 2 0 1 0 1
#> SRR651682 2 0 1 0 1
#> SRR578627 1 0 1 1 0
#> SRR578628 1 0 1 1 0
#> SRR578629 1 0 1 1 0
#> SRR578630 1 0 1 1 0
#> SRR651692 1 0 1 1 0
#> SRR651693 1 0 1 1 0
#> SRR651694 1 0 1 1 0
#> SRR596098 2 0 1 0 1
#> SRR596099 2 0 1 0 1
#> SRR596100 2 0 1 0 1
#> SRR596101 2 0 1 0 1
#> SRR651683 2 0 1 0 1
#> SRR651684 2 0 1 0 1
#> SRR651685 2 0 1 0 1
#> SRR651686 2 0 1 0 1
#> SRR596102 1 0 1 1 0
#> SRR596103 1 0 1 1 0
#> SRR596104 1 0 1 1 0
#> SRR596105 1 0 1 1 0
#> SRR651687 1 0 1 1 0
#> SRR651688 1 0 1 1 0
#> SRR651689 1 0 1 1 0
#> SRR578647 2 0 1 0 1
#> SRR578648 2 0 1 0 1
#> SRR578649 2 0 1 0 1
#> SRR578650 2 0 1 0 1
#> SRR651691 2 0 1 0 1
#> SRR577587 2 0 1 0 1
#> SRR577588 2 0 1 0 1
#> SRR577589 2 0 1 0 1
#> SRR577590 2 0 1 0 1
#> SRR596106 1 0 1 1 0
#> SRR596107 1 0 1 1 0
#> SRR596108 1 0 1 1 0
#> SRR596109 1 0 1 1 0
#> SRR651695 1 0 1 1 0
#> SRR651696 1 0 1 1 0
#> SRR651697 1 0 1 1 0
#> SRR651698 1 0 1 1 0
#> SRR651699 1 0 1 1 0
#> SRR651700 1 0 1 1 0
#> SRR651701 1 0 1 1 0
#> SRR651702 1 0 1 1 0
#> SRR651703 1 0 1 1 0
#> SRR651704 1 0 1 1 0
#> SRR578651 1 0 1 1 0
#> SRR578652 1 0 1 1 0
#> SRR578653 1 0 1 1 0
#> SRR578654 1 0 1 1 0
#> SRR651705 1 0 1 1 0
#> SRR651706 1 0 1 1 0
#> SRR651707 1 0 1 1 0
#> SRR651708 1 0 1 1 0
#> SRR1045618 2 0 1 0 1
#> SRR1045619 2 0 1 0 1
#> SRR1045620 2 0 1 0 1
#> SRR1045621 2 0 1 0 1
#> SRR1220501 2 0 1 0 1
#> SRR1220502 2 0 1 0 1
#> SRR1220503 2 0 1 0 1
#> SRR1220504 2 0 1 0 1
#> SRR1220505 2 0 1 0 1
#> SRR1220506 2 0 1 0 1
#> SRR1220507 2 0 1 0 1
#> SRR1220508 2 0 1 0 1
#> SRR577595 2 0 1 0 1
#> SRR577596 2 0 1 0 1
#> SRR577597 2 0 1 0 1
#> SRR577598 2 0 1 0 1
#> SRR577599 1 0 1 1 0
#> SRR577600 1 0 1 1 0
#> SRR577601 1 0 1 1 0
#> SRR577602 1 0 1 1 0
#> SRR578631 1 0 1 1 0
#> SRR578632 1 0 1 1 0
#> SRR578633 1 0 1 1 0
#> SRR578634 1 0 1 1 0
#> SRR651665 1 0 1 1 0
#> SRR651666 1 0 1 1 0
#> SRR651667 1 0 1 1 0
#> SRR651668 1 0 1 1 0
#> SRR577579 1 0 1 1 0
#> SRR577580 1 0 1 1 0
#> SRR577581 1 0 1 1 0
#> SRR577582 1 0 1 1 0
#> SRR577583 2 0 1 0 1
#> SRR577584 2 0 1 0 1
#> SRR577585 2 0 1 0 1
#> SRR577586 2 0 1 0 1
#> SRR577591 2 0 1 0 1
#> SRR577592 2 0 1 0 1
#> SRR577593 2 0 1 0 1
#> SRR577594 2 0 1 0 1
#> SRR578635 1 0 1 1 0
#> SRR578636 1 0 1 1 0
#> SRR578637 1 0 1 1 0
#> SRR578638 1 0 1 1 0
#> SRR651669 1 0 1 1 0
#> SRR651670 1 0 1 1 0
#> SRR651671 1 0 1 1 0
#> SRR651672 1 0 1 1 0
#> SRR486237 1 0 1 1 0
#> SRR1057691 2 0 1 0 1
#> SRR486238 1 0 1 1 0
#> SRR1057692 2 0 1 0 1
#> SRR486239 1 0 1 1 0
#> SRR486240 1 0 1 1 0
#> SRR488136 1 0 1 1 0
#> SRR488137 1 0 1 1 0
#> SRR486241 1 0 1 1 0
#> SRR486242 1 0 1 1 0
#> SRR488684 1 0 1 1 0
#> SRR488685 1 0 1 1 0
#> SRR651673 1 0 1 1 0
#> SRR651674 1 0 1 1 0
#> SRR651675 1 0 1 1 0
#> SRR651676 1 0 1 1 0
#> SRR651677 1 0 1 1 0
#> SRR651678 1 0 1 1 0
#> SRR578639 1 0 1 1 0
#> SRR578640 1 0 1 1 0
#> SRR578641 1 0 1 1 0
#> SRR578642 1 0 1 1 0
#> SRR1045526 1 0 1 1 0
#> SRR1045527 1 0 1 1 0
#> SRR1045528 1 0 1 1 0
#> SRR1045529 1 0 1 1 0
#> SRR1220381 1 0 1 1 0
#> SRR1220382 1 0 1 1 0
#> SRR1220383 1 0 1 1 0
#> SRR1220384 1 0 1 1 0
#> SRR1220385 1 0 1 1 0
#> SRR1220386 1 0 1 1 0
#> SRR1220387 1 0 1 1 0
#> SRR1220388 1 0 1 1 0
#> SRR1045530 1 0 1 1 0
#> SRR1045531 1 0 1 1 0
#> SRR1045532 1 0 1 1 0
#> SRR1045533 1 0 1 1 0
#> SRR1220389 1 0 1 1 0
#> SRR1220390 1 0 1 1 0
#> SRR1220391 1 0 1 1 0
#> SRR1220392 1 0 1 1 0
#> SRR1220393 1 0 1 1 0
#> SRR1220394 1 0 1 1 0
#> SRR1220395 1 0 1 1 0
#> SRR1220396 1 0 1 1 0
#> SRR1045570 1 0 1 1 0
#> SRR1045571 1 0 1 1 0
#> SRR1045572 1 0 1 1 0
#> SRR1045573 1 0 1 1 0
#> SRR1220397 1 0 1 1 0
#> SRR1220398 1 0 1 1 0
#> SRR1220399 1 0 1 1 0
#> SRR1220400 1 0 1 1 0
#> SRR1220401 1 0 1 1 0
#> SRR1220402 1 0 1 1 0
#> SRR1220403 1 0 1 1 0
#> SRR1220404 1 0 1 1 0
#> SRR1045574 1 0 1 1 0
#> SRR1045575 1 0 1 1 0
#> SRR1045576 1 0 1 1 0
#> SRR1045577 1 0 1 1 0
#> SRR1220405 1 0 1 1 0
#> SRR1220406 1 0 1 1 0
#> SRR1220407 1 0 1 1 0
#> SRR1220408 1 0 1 1 0
#> SRR1220409 1 0 1 1 0
#> SRR1220410 1 0 1 1 0
#> SRR1220411 1 0 1 1 0
#> SRR1220412 1 0 1 1 0
#> SRR1045582 1 0 1 1 0
#> SRR1045583 1 0 1 1 0
#> SRR1045584 1 0 1 1 0
#> SRR1045585 1 0 1 1 0
#> SRR1220421 1 0 1 1 0
#> SRR1220422 1 0 1 1 0
#> SRR1220423 1 0 1 1 0
#> SRR1220424 1 0 1 1 0
#> SRR1220425 1 0 1 1 0
#> SRR1220426 1 0 1 1 0
#> SRR1220427 1 0 1 1 0
#> SRR1220428 1 0 1 1 0
#> SRR1054856 1 0 1 1 0
#> SRR1054857 1 0 1 1 0
#> SRR1054858 1 0 1 1 0
#> SRR1054859 1 0 1 1 0
#> SRR1220429 1 0 1 1 0
#> SRR1220430 1 0 1 1 0
#> SRR1220431 1 0 1 1 0
#> SRR1220432 1 0 1 1 0
#> SRR1220433 1 0 1 1 0
#> SRR1220434 1 0 1 1 0
#> SRR1220435 1 0 1 1 0
#> SRR1220436 1 0 1 1 0
#> SRR1045586 1 0 1 1 0
#> SRR1045587 1 0 1 1 0
#> SRR1045588 1 0 1 1 0
#> SRR1045589 1 0 1 1 0
#> SRR1220438 1 0 1 1 0
#> SRR1220439 1 0 1 1 0
#> SRR1220441 1 0 1 1 0
#> SRR1220442 1 0 1 1 0
#> SRR1220443 1 0 1 1 0
#> SRR1220444 1 0 1 1 0
#> SRR1045594 2 0 1 0 1
#> SRR1045595 2 0 1 0 1
#> SRR1045596 2 0 1 0 1
#> SRR1045597 2 0 1 0 1
#> SRR1220453 2 0 1 0 1
#> SRR1220454 2 0 1 0 1
#> SRR1220455 2 0 1 0 1
#> SRR1220456 2 0 1 0 1
#> SRR1220457 2 0 1 0 1
#> SRR1220458 2 0 1 0 1
#> SRR1220459 2 0 1 0 1
#> SRR1220460 2 0 1 0 1
#> SRR1045598 1 0 1 1 0
#> SRR1045599 1 0 1 1 0
#> SRR1045600 1 0 1 1 0
#> SRR1045601 1 0 1 1 0
#> SRR1220461 1 0 1 1 0
#> SRR1220462 1 0 1 1 0
#> SRR1220463 1 0 1 1 0
#> SRR1220464 1 0 1 1 0
#> SRR1220465 1 0 1 1 0
#> SRR1220466 1 0 1 1 0
#> SRR1220467 1 0 1 1 0
#> SRR1220468 1 0 1 1 0
#> SRR1045602 1 0 1 1 0
#> SRR1045603 1 0 1 1 0
#> SRR1045604 1 0 1 1 0
#> SRR1045605 1 0 1 1 0
#> SRR1220469 1 0 1 1 0
#> SRR1220470 1 0 1 1 0
#> SRR1220471 1 0 1 1 0
#> SRR1220472 1 0 1 1 0
#> SRR1220473 1 0 1 1 0
#> SRR1220474 1 0 1 1 0
#> SRR1220475 1 0 1 1 0
#> SRR1220476 1 0 1 1 0
#> SRR1045606 2 0 1 0 1
#> SRR1045607 2 0 1 0 1
#> SRR1045608 2 0 1 0 1
#> SRR1045609 2 0 1 0 1
#> SRR1220477 2 0 1 0 1
#> SRR1220478 2 0 1 0 1
#> SRR1220479 2 0 1 0 1
#> SRR1220480 2 0 1 0 1
#> SRR1220481 2 0 1 0 1
#> SRR1220482 2 0 1 0 1
#> SRR1220483 2 0 1 0 1
#> SRR1220484 2 0 1 0 1
#> SRR1045614 1 0 1 1 0
#> SRR1045615 1 0 1 1 0
#> SRR1045616 1 0 1 1 0
#> SRR1045617 1 0 1 1 0
#> SRR1220493 1 0 1 1 0
#> SRR1220494 1 0 1 1 0
#> SRR1220495 1 0 1 1 0
#> SRR1220496 1 0 1 1 0
#> SRR1220497 1 0 1 1 0
#> SRR1220498 1 0 1 1 0
#> SRR1220499 1 0 1 1 0
#> SRR1220500 1 0 1 1 0
#> SRR651662 1 0 1 1 0
#> SRR651663 1 0 1 1 0
#> SRR651664 1 0 1 1 0
#> SRR1045522 1 0 1 1 0
#> SRR1045523 1 0 1 1 0
#> SRR1045524 1 0 1 1 0
#> SRR1045525 1 0 1 1 0
#> SRR1220373 1 0 1 1 0
#> SRR1220374 1 0 1 1 0
#> SRR1220375 1 0 1 1 0
#> SRR1220376 1 0 1 1 0
#> SRR1220377 1 0 1 1 0
#> SRR1220378 1 0 1 1 0
#> SRR1220379 1 0 1 1 0
#> SRR1220380 1 0 1 1 0
#> SRR1045578 1 0 1 1 0
#> SRR1045579 1 0 1 1 0
#> SRR1045580 1 0 1 1 0
#> SRR1045581 1 0 1 1 0
#> SRR1220413 1 0 1 1 0
#> SRR1220414 1 0 1 1 0
#> SRR1220415 1 0 1 1 0
#> SRR1220416 1 0 1 1 0
#> SRR1220417 1 0 1 1 0
#> SRR1220418 1 0 1 1 0
#> SRR1220419 1 0 1 1 0
#> SRR1220420 1 0 1 1 0
#> SRR1045590 1 0 1 1 0
#> SRR1045591 1 0 1 1 0
#> SRR1045592 1 0 1 1 0
#> SRR1045593 1 0 1 1 0
#> SRR1220445 1 0 1 1 0
#> SRR1220446 1 0 1 1 0
#> SRR1220447 1 0 1 1 0
#> SRR1220448 1 0 1 1 0
#> SRR1220449 1 0 1 1 0
#> SRR1220450 1 0 1 1 0
#> SRR1220451 1 0 1 1 0
#> SRR1220452 1 0 1 1 0
#> SRR1045610 2 0 1 0 1
#> SRR1045611 2 0 1 0 1
#> SRR1045612 2 0 1 0 1
#> SRR1045613 2 0 1 0 1
#> SRR1220485 2 0 1 0 1
#> SRR1220486 2 0 1 0 1
#> SRR1220487 2 0 1 0 1
#> SRR1220488 2 0 1 0 1
#> SRR1220489 2 0 1 0 1
#> SRR1220490 2 0 1 0 1
#> SRR1220491 2 0 1 0 1
#> SRR1220492 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0 1 1 0 0
#> SRR020288 1 0 1 1 0 0
#> SRR020289 1 0 1 1 0 0
#> SRR020290 1 0 1 1 0 0
#> SRR020291 1 0 1 1 0 0
#> SRR020285 2 0 1 0 1 0
#> SRR1057683 2 0 1 0 1 0
#> SRR1057684 2 0 1 0 1 0
#> SRR020292 1 0 1 1 0 0
#> SRR020293 1 0 1 1 0 0
#> SRR020294 1 0 1 1 0 0
#> SRR020295 1 0 1 1 0 0
#> SRR020286 2 0 1 0 1 0
#> SRR1057689 2 0 1 0 1 0
#> SRR1057690 2 0 1 0 1 0
#> SRR1057685 2 0 1 0 1 0
#> SRR1057686 2 0 1 0 1 0
#> SRR1057687 2 0 1 0 1 0
#> SRR1057688 2 0 1 0 1 0
#> SRR578643 3 0 1 0 0 1
#> SRR578644 3 0 1 0 0 1
#> SRR578645 3 0 1 0 0 1
#> SRR578646 3 0 1 0 0 1
#> SRR651679 3 0 1 0 0 1
#> SRR651680 3 0 1 0 0 1
#> SRR651681 3 0 1 0 0 1
#> SRR651682 3 0 1 0 0 1
#> SRR578627 1 0 1 1 0 0
#> SRR578628 1 0 1 1 0 0
#> SRR578629 1 0 1 1 0 0
#> SRR578630 1 0 1 1 0 0
#> SRR651692 1 0 1 1 0 0
#> SRR651693 1 0 1 1 0 0
#> SRR651694 1 0 1 1 0 0
#> SRR596098 3 0 1 0 0 1
#> SRR596099 3 0 1 0 0 1
#> SRR596100 3 0 1 0 0 1
#> SRR596101 3 0 1 0 0 1
#> SRR651683 3 0 1 0 0 1
#> SRR651684 3 0 1 0 0 1
#> SRR651685 3 0 1 0 0 1
#> SRR651686 3 0 1 0 0 1
#> SRR596102 1 0 1 1 0 0
#> SRR596103 1 0 1 1 0 0
#> SRR596104 1 0 1 1 0 0
#> SRR596105 1 0 1 1 0 0
#> SRR651687 1 0 1 1 0 0
#> SRR651688 1 0 1 1 0 0
#> SRR651689 1 0 1 1 0 0
#> SRR578647 3 0 1 0 0 1
#> SRR578648 3 0 1 0 0 1
#> SRR578649 3 0 1 0 0 1
#> SRR578650 3 0 1 0 0 1
#> SRR651691 3 0 1 0 0 1
#> SRR577587 3 0 1 0 0 1
#> SRR577588 3 0 1 0 0 1
#> SRR577589 3 0 1 0 0 1
#> SRR577590 3 0 1 0 0 1
#> SRR596106 1 0 1 1 0 0
#> SRR596107 1 0 1 1 0 0
#> SRR596108 1 0 1 1 0 0
#> SRR596109 1 0 1 1 0 0
#> SRR651695 1 0 1 1 0 0
#> SRR651696 1 0 1 1 0 0
#> SRR651697 1 0 1 1 0 0
#> SRR651698 1 0 1 1 0 0
#> SRR651699 1 0 1 1 0 0
#> SRR651700 1 0 1 1 0 0
#> SRR651701 1 0 1 1 0 0
#> SRR651702 1 0 1 1 0 0
#> SRR651703 1 0 1 1 0 0
#> SRR651704 1 0 1 1 0 0
#> SRR578651 1 0 1 1 0 0
#> SRR578652 1 0 1 1 0 0
#> SRR578653 1 0 1 1 0 0
#> SRR578654 1 0 1 1 0 0
#> SRR651705 1 0 1 1 0 0
#> SRR651706 1 0 1 1 0 0
#> SRR651707 1 0 1 1 0 0
#> SRR651708 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045618 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045619 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045620 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045621 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220501 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220502 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220503 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220504 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220505 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220506 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220507 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220508 2 0 1 0 1 0
#> SRR577595 2 0 1 0 1 0
#> SRR577596 2 0 1 0 1 0
#> SRR577597 2 0 1 0 1 0
#> SRR577598 2 0 1 0 1 0
#> SRR577599 1 0 1 1 0 0
#> SRR577600 1 0 1 1 0 0
#> SRR577601 1 0 1 1 0 0
#> SRR577602 1 0 1 1 0 0
#> SRR578631 1 0 1 1 0 0
#> SRR578632 1 0 1 1 0 0
#> SRR578633 1 0 1 1 0 0
#> SRR578634 1 0 1 1 0 0
#> SRR651665 1 0 1 1 0 0
#> SRR651666 1 0 1 1 0 0
#> SRR651667 1 0 1 1 0 0
#> SRR651668 1 0 1 1 0 0
#> SRR577579 1 0 1 1 0 0
#> SRR577580 1 0 1 1 0 0
#> SRR577581 1 0 1 1 0 0
#> SRR577582 1 0 1 1 0 0
#> SRR577583 3 0 1 0 0 1
#> SRR577584 3 0 1 0 0 1
#> SRR577585 3 0 1 0 0 1
#> SRR577586 3 0 1 0 0 1
#> SRR577591 3 0 1 0 0 1
#> SRR577592 3 0 1 0 0 1
#> SRR577593 3 0 1 0 0 1
#> SRR577594 3 0 1 0 0 1
#> SRR578635 1 0 1 1 0 0
#> SRR578636 1 0 1 1 0 0
#> SRR578637 1 0 1 1 0 0
#> SRR578638 1 0 1 1 0 0
#> SRR651669 1 0 1 1 0 0
#> SRR651670 1 0 1 1 0 0
#> SRR651671 1 0 1 1 0 0
#> SRR651672 1 0 1 1 0 0
#> SRR486237 1 0 1 1 0 0
#> SRR1057691 2 0 1 0 1 0
#> SRR486238 1 0 1 1 0 0
#> SRR1057692 2 0 1 0 1 0
#> SRR486239 1 0 1 1 0 0
#> SRR486240 1 0 1 1 0 0
#> SRR488136 1 0 1 1 0 0
#> SRR488137 1 0 1 1 0 0
#> SRR486241 1 0 1 1 0 0
#> SRR486242 1 0 1 1 0 0
#> SRR488684 1 0 1 1 0 0
#> SRR488685 1 0 1 1 0 0
#> SRR651673 1 0 1 1 0 0
#> SRR651674 1 0 1 1 0 0
#> SRR651675 1 0 1 1 0 0
#> SRR651676 1 0 1 1 0 0
#> SRR651677 1 0 1 1 0 0
#> SRR651678 1 0 1 1 0 0
#> SRR578639 1 0 1 1 0 0
#> SRR578640 1 0 1 1 0 0
#> SRR578641 1 0 1 1 0 0
#> SRR578642 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045526 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045527 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045528 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045529 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220381 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220382 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220383 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220384 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220385 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220386 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220387 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220388 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045530 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045531 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045532 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045533 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220389 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220390 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220391 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220392 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220393 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220394 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220395 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220396 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045570 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045571 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045572 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045573 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220397 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220398 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220399 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220400 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220401 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220402 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220403 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220404 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045574 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045575 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045576 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045577 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220405 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220406 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220407 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220408 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220409 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220410 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220411 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220412 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045582 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045583 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045584 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045585 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220421 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220422 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220423 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220424 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220425 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220426 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220427 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220428 1 0 1 1 0 0
#> SRR1054856 1 0 1 1 0 0
#> SRR1054857 1 0 1 1 0 0
#> SRR1054858 1 0 1 1 0 0
#> SRR1054859 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220429 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220430 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220431 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220432 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220433 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220434 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220435 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220436 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045586 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045587 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045588 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045589 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220438 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220439 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220441 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220442 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220443 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220444 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045594 3 0 1 0 0 1
#> SRR1045595 3 0 1 0 0 1
#> SRR1045596 3 0 1 0 0 1
#> SRR1045597 3 0 1 0 0 1
#> SRR1220453 3 0 1 0 0 1
#> SRR1220454 3 0 1 0 0 1
#> SRR1220455 3 0 1 0 0 1
#> SRR1220456 3 0 1 0 0 1
#> SRR1220457 3 0 1 0 0 1
#> SRR1220458 3 0 1 0 0 1
#> SRR1220459 3 0 1 0 0 1
#> SRR1220460 3 0 1 0 0 1
#> SRR1045598 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045599 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045600 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045601 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220461 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220462 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220463 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220464 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220465 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220466 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220467 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220468 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045602 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045603 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045604 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045605 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220469 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220470 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220471 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220472 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220473 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220474 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220475 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220476 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045606 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045607 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045608 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045609 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220477 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220478 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220479 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220480 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220481 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220482 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220483 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220484 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045614 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045615 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045616 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045617 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220493 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220494 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220495 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220496 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220497 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220498 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220499 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220500 1 0 1 1 0 0
#> SRR651662 1 0 1 1 0 0
#> SRR651663 1 0 1 1 0 0
#> SRR651664 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045522 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045523 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045524 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045525 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220373 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220374 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220375 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220376 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220377 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220378 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220379 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220380 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045578 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045579 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045580 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045581 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220413 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220414 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220415 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220416 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220417 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220418 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220419 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220420 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045590 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045591 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045592 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045593 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220445 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220446 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220447 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220448 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220449 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220450 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220451 1 0 1 1 0 0
#> SRR1220452 1 0 1 1 0 0
#> SRR1045610 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045611 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045612 2 0 1 0 1 0
#> SRR1045613 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220485 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220486 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220487 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220488 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220489 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220490 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220491 2 0 1 0 1 0
#> SRR1220492 2 0 1 0 1 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 1 0.297 0.826 0.856 0 0 0.144
#> SRR020288 1 0.297 0.826 0.856 0 0 0.144
#> SRR020289 1 0.297 0.826 0.856 0 0 0.144
#> SRR020290 1 0.297 0.826 0.856 0 0 0.144
#> SRR020291 1 0.297 0.826 0.856 0 0 0.144
#> SRR020285 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1057683 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1057684 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR020292 1 0.297 0.826 0.856 0 0 0.144
#> SRR020293 1 0.297 0.826 0.856 0 0 0.144
#> SRR020294 1 0.297 0.826 0.856 0 0 0.144
#> SRR020295 1 0.297 0.826 0.856 0 0 0.144
#> SRR020286 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1057689 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1057690 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1057685 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1057686 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1057687 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1057688 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR578643 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR578644 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR578645 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR578646 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR651679 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR651680 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR651681 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR651682 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR578627 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578628 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578629 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578630 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651692 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651693 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651694 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR596098 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR596099 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR596100 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR596101 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR651683 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR651684 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR651685 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR651686 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR596102 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR596103 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR596104 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR596105 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651687 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651688 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651689 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR578647 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR578648 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR578649 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR578650 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR651691 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577587 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577588 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577589 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577590 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR596106 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR596107 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR596108 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR596109 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651695 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651696 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651697 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651698 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651699 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651700 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651701 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651702 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651703 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651704 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578651 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR578652 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR578653 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR578654 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651705 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651706 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651707 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651708 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1045618 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045619 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045620 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045621 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220501 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220502 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220503 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220504 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220505 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220506 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220507 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220508 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR577595 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR577596 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR577597 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR577598 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR577599 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR577600 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR577601 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR577602 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578631 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578632 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578633 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578634 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651665 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651666 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651667 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651668 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR577579 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR577580 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR577581 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR577582 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR577583 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577584 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577585 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577586 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577591 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577592 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577593 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR577594 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR578635 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578636 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578637 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578638 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651669 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651670 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651671 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651672 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR486237 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1057691 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR486238 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1057692 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR486239 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR486240 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR488136 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR488137 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR486241 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR486242 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR488684 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR488685 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651673 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651674 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651675 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651676 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651677 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651678 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578639 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578640 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578641 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR578642 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045526 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1045527 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1045528 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1045529 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220381 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220382 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220383 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220384 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220385 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220386 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220387 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220388 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1045530 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045531 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045532 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045533 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220389 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220390 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220391 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220392 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220393 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220394 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220395 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220396 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045570 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045571 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045572 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045573 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220397 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220398 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220399 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220400 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220401 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220402 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220403 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220404 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045574 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045575 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045576 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045577 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220405 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220406 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220407 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220408 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220409 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220410 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220411 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220412 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045582 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1045583 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1045584 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1045585 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220421 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220422 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220423 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220424 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220425 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220426 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220427 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1220428 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1054856 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1054857 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1054858 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1054859 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220429 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220430 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220431 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220432 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220433 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220434 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220435 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220436 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1045586 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045587 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045588 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045589 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220438 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220439 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220441 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220442 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220443 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220444 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045594 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1045595 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1045596 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1045597 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1220453 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1220454 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1220455 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1220456 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1220457 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1220458 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1220459 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1220460 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> SRR1045598 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1045599 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1045600 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1045601 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220461 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220462 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220463 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220464 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220465 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220466 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220467 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1220468 4 0.473 0.595 0.364 0 0 0.636
#> SRR1045602 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1045603 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1045604 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1045605 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1220469 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1220470 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1220471 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1220472 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1220473 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1220474 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1220475 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1220476 1 0.327 0.791 0.832 0 0 0.168
#> SRR1045606 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045607 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045608 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045609 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220477 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220478 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220479 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220480 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220481 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220482 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220483 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220484 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045614 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045615 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045616 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045617 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220493 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220494 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220495 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220496 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220497 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220498 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220499 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220500 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651662 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR651663 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR651664 4 0.000 0.816 0.000 0 0 1.000
#> SRR1045522 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045523 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045524 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045525 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220373 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220374 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220375 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220376 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220377 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220378 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220379 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220380 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045578 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045579 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045580 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045581 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220413 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220414 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220415 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220416 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220417 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220418 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220419 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220420 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045590 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045591 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045592 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045593 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220445 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220446 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220447 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220448 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220449 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220450 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220451 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1220452 1 0.000 0.978 1.000 0 0 0.000
#> SRR1045610 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045611 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045612 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1045613 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220485 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220486 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220487 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220488 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220489 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220490 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220491 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> SRR1220492 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 5 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 1
#> SRR020288 5 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 1
#> SRR020289 5 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 1
#> SRR020290 5 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 1
#> SRR020291 5 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 1
#> SRR020285 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1057683 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1057684 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR020292 5 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 1
#> SRR020293 5 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 1
#> SRR020294 5 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 1
#> SRR020295 5 0.000 1.000 0.000 0 0 0.000 1
#> SRR020286 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1057689 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1057690 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1057685 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1057686 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1057687 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1057688 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR578643 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR578644 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR578645 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR578646 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR651679 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR651680 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR651681 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR651682 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR578627 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578628 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578629 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578630 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651692 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651693 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651694 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR596098 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR596099 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR596100 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR596101 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR651683 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR651684 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR651685 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR651686 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR596102 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR596103 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR596104 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR596105 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651687 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651688 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651689 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR578647 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR578648 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR578649 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR578650 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR651691 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577587 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577588 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577589 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577590 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR596106 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR596107 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR596108 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR596109 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651695 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651696 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651697 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651698 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651699 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651700 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651701 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651702 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651703 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651704 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578651 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR578652 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR578653 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR578654 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651705 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651706 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651707 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651708 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1045618 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045619 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045620 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045621 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220501 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220502 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220503 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220504 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220505 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220506 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220507 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220508 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR577595 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR577596 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR577597 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR577598 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR577599 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR577600 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR577601 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR577602 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578631 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578632 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578633 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578634 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651665 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651666 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651667 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651668 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR577579 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR577580 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR577581 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR577582 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR577583 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577584 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577585 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577586 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577591 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577592 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577593 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR577594 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR578635 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578636 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578637 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578638 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651669 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651670 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651671 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651672 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR486237 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1057691 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR486238 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1057692 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR486239 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR486240 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR488136 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR488137 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR486241 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR486242 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR488684 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR488685 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651673 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651674 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651675 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651676 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651677 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651678 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578639 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578640 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578641 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR578642 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045526 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1045527 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1045528 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1045529 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220381 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220382 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220383 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220384 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220385 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220386 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220387 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220388 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1045530 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045531 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045532 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045533 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220389 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220390 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220391 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220392 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220393 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220394 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220395 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220396 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045570 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045571 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045572 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045573 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220397 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220398 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220399 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220400 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220401 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220402 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220403 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220404 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045574 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045575 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045576 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045577 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220405 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220406 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220407 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220408 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220409 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220410 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220411 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220412 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045582 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1045583 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1045584 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1045585 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220421 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220422 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220423 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220424 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220425 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220426 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220427 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1220428 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1054856 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1054857 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1054858 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1054859 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220429 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220430 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220431 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220432 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220433 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220434 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220435 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220436 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1045586 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045587 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045588 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045589 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220438 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220439 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220441 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220442 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220443 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220444 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045594 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1045595 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1045596 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1045597 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1220453 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1220454 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1220455 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1220456 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1220457 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1220458 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1220459 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1220460 3 0.000 1.000 0.000 0 1 0.000 0
#> SRR1045598 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1045599 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1045600 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1045601 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220461 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220462 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220463 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220464 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220465 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220466 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220467 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1220468 4 0.407 0.565 0.364 0 0 0.636 0
#> SRR1045602 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1045603 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1045604 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1045605 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1220469 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1220470 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1220471 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1220472 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1220473 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1220474 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1220475 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1220476 1 0.281 0.779 0.832 0 0 0.168 0
#> SRR1045606 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045607 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045608 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045609 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220477 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220478 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220479 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220480 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220481 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220482 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220483 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220484 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045614 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045615 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045616 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045617 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220493 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220494 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220495 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220496 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220497 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220498 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220499 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220500 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651662 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR651663 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR651664 4 0.000 0.775 0.000 0 0 1.000 0
#> SRR1045522 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045523 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045524 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045525 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220373 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220374 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220375 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220376 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220377 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220378 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220379 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220380 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045578 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045579 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045580 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045581 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220413 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220414 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220415 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220416 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220417 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220418 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220419 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220420 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045590 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045591 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045592 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045593 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220445 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220446 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220447 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220448 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220449 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220450 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220451 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1220452 1 0.000 0.986 1.000 0 0 0.000 0
#> SRR1045610 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045611 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045612 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1045613 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220485 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220486 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220487 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220488 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220489 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220490 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220491 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
#> SRR1220492 2 0.000 1.000 0.000 1 0 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.3823 0.140 0.000 0 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR020288 6 0.3823 0.140 0.000 0 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR020289 6 0.3823 0.140 0.000 0 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR020290 6 0.3823 0.140 0.000 0 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR020291 6 0.3823 0.140 0.000 0 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR020285 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 6 0.3823 0.140 0.000 0 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR020293 6 0.3823 0.140 0.000 0 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR020294 6 0.3823 0.140 0.000 0 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR020295 6 0.3823 0.140 0.000 0 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR020286 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR578644 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR578645 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR578646 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR651679 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR651680 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR651681 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR651682 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR578627 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR578628 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR578629 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR578630 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR651692 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR651693 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR651694 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR596098 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596099 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596100 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596101 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651683 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651684 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651685 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651686 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596102 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596103 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596104 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596105 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651687 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651688 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651689 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578647 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578648 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578649 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578650 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651691 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577587 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577588 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577589 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577590 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR596106 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596107 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596108 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596109 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651695 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651696 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651697 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651698 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651699 1 0.3823 0.293 0.564 0 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR651700 1 0.3823 0.293 0.564 0 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR651701 1 0.3823 0.293 0.564 0 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR651702 1 0.3823 0.293 0.564 0 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR651703 1 0.3823 0.293 0.564 0 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR651704 1 0.3823 0.293 0.564 0 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR578651 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578652 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578653 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578654 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651705 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651706 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651707 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651708 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR577600 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR577601 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR577602 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR578631 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR577580 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR577581 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR577582 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR577583 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577584 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577585 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577586 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577591 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577592 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577593 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR577594 3 0.3833 1.000 0.000 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR651673 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045526 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1045571 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1045572 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1045573 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1220397 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1220398 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1220399 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1220400 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1220401 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1220402 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1220403 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1220404 1 0.3727 0.416 0.612 0 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1045574 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1045575 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1045576 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1045577 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1220405 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1220406 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1220407 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1220408 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1220409 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1220410 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1220411 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1220412 1 0.3672 0.456 0.632 0 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1045582 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045583 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045584 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045585 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220421 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220422 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220423 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220424 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220425 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220426 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220427 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220428 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054856 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1054857 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1054858 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1054859 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220429 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220430 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220431 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220432 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220433 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220434 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220435 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220436 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1045586 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045595 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045596 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045597 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220453 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220454 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220455 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220456 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220457 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220458 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220459 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220460 5 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1045599 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1045600 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1045601 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220461 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220462 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220463 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220464 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220465 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220466 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220467 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1220468 4 0.4408 0.456 0.320 0 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR1045602 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1045603 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1045604 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1045605 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1220469 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1220470 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1220471 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1220472 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1220473 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1220474 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1220475 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1220476 6 0.5740 0.348 0.396 0 0.000 0.168 0.000 0.436
#> SRR1045606 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1045615 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1045616 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1045617 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220493 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220494 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220495 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220496 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220497 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220498 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220499 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1220500 1 0.1007 0.846 0.956 0 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR651662 1 0.0260 0.848 0.992 0 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR651663 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651664 4 0.0000 0.797 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1045523 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1045524 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1045525 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220373 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220374 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220375 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220376 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220377 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220378 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220379 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220380 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1045578 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.853 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1045591 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1045592 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1045593 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220445 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220446 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220447 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220448 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220449 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220450 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220451 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1220452 1 0.0937 0.848 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1045610 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4074 0.593 0.593
#> 3 3 0.669 0.913 0.900 0.4497 0.715 0.539
#> 4 4 0.608 0.800 0.827 0.1535 1.000 1.000
#> 5 5 0.641 0.604 0.757 0.0939 0.910 0.750
#> 6 6 0.648 0.613 0.748 0.0546 0.909 0.684
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0 1 1 0
#> SRR020288 1 0 1 1 0
#> SRR020289 1 0 1 1 0
#> SRR020290 1 0 1 1 0
#> SRR020291 1 0 1 1 0
#> SRR020285 2 0 1 0 1
#> SRR1057683 2 0 1 0 1
#> SRR1057684 2 0 1 0 1
#> SRR020292 1 0 1 1 0
#> SRR020293 1 0 1 1 0
#> SRR020294 1 0 1 1 0
#> SRR020295 1 0 1 1 0
#> SRR020286 2 0 1 0 1
#> SRR1057689 2 0 1 0 1
#> SRR1057690 2 0 1 0 1
#> SRR1057685 2 0 1 0 1
#> SRR1057686 2 0 1 0 1
#> SRR1057687 2 0 1 0 1
#> SRR1057688 2 0 1 0 1
#> SRR578643 2 0 1 0 1
#> SRR578644 2 0 1 0 1
#> SRR578645 2 0 1 0 1
#> SRR578646 2 0 1 0 1
#> SRR651679 2 0 1 0 1
#> SRR651680 2 0 1 0 1
#> SRR651681 2 0 1 0 1
#> SRR651682 2 0 1 0 1
#> SRR578627 1 0 1 1 0
#> SRR578628 1 0 1 1 0
#> SRR578629 1 0 1 1 0
#> SRR578630 1 0 1 1 0
#> SRR651692 1 0 1 1 0
#> SRR651693 1 0 1 1 0
#> SRR651694 1 0 1 1 0
#> SRR596098 2 0 1 0 1
#> SRR596099 2 0 1 0 1
#> SRR596100 2 0 1 0 1
#> SRR596101 2 0 1 0 1
#> SRR651683 2 0 1 0 1
#> SRR651684 2 0 1 0 1
#> SRR651685 2 0 1 0 1
#> SRR651686 2 0 1 0 1
#> SRR596102 1 0 1 1 0
#> SRR596103 1 0 1 1 0
#> SRR596104 1 0 1 1 0
#> SRR596105 1 0 1 1 0
#> SRR651687 1 0 1 1 0
#> SRR651688 1 0 1 1 0
#> SRR651689 1 0 1 1 0
#> SRR578647 2 0 1 0 1
#> SRR578648 2 0 1 0 1
#> SRR578649 2 0 1 0 1
#> SRR578650 2 0 1 0 1
#> SRR651691 2 0 1 0 1
#> SRR577587 2 0 1 0 1
#> SRR577588 2 0 1 0 1
#> SRR577589 2 0 1 0 1
#> SRR577590 2 0 1 0 1
#> SRR596106 1 0 1 1 0
#> SRR596107 1 0 1 1 0
#> SRR596108 1 0 1 1 0
#> SRR596109 1 0 1 1 0
#> SRR651695 1 0 1 1 0
#> SRR651696 1 0 1 1 0
#> SRR651697 1 0 1 1 0
#> SRR651698 1 0 1 1 0
#> SRR651699 1 0 1 1 0
#> SRR651700 1 0 1 1 0
#> SRR651701 1 0 1 1 0
#> SRR651702 1 0 1 1 0
#> SRR651703 1 0 1 1 0
#> SRR651704 1 0 1 1 0
#> SRR578651 1 0 1 1 0
#> SRR578652 1 0 1 1 0
#> SRR578653 1 0 1 1 0
#> SRR578654 1 0 1 1 0
#> SRR651705 1 0 1 1 0
#> SRR651706 1 0 1 1 0
#> SRR651707 1 0 1 1 0
#> SRR651708 1 0 1 1 0
#> SRR1045618 2 0 1 0 1
#> SRR1045619 2 0 1 0 1
#> SRR1045620 2 0 1 0 1
#> SRR1045621 2 0 1 0 1
#> SRR1220501 2 0 1 0 1
#> SRR1220502 2 0 1 0 1
#> SRR1220503 2 0 1 0 1
#> SRR1220504 2 0 1 0 1
#> SRR1220505 2 0 1 0 1
#> SRR1220506 2 0 1 0 1
#> SRR1220507 2 0 1 0 1
#> SRR1220508 2 0 1 0 1
#> SRR577595 2 0 1 0 1
#> SRR577596 2 0 1 0 1
#> SRR577597 2 0 1 0 1
#> SRR577598 2 0 1 0 1
#> SRR577599 1 0 1 1 0
#> SRR577600 1 0 1 1 0
#> SRR577601 1 0 1 1 0
#> SRR577602 1 0 1 1 0
#> SRR578631 1 0 1 1 0
#> SRR578632 1 0 1 1 0
#> SRR578633 1 0 1 1 0
#> SRR578634 1 0 1 1 0
#> SRR651665 1 0 1 1 0
#> SRR651666 1 0 1 1 0
#> SRR651667 1 0 1 1 0
#> SRR651668 1 0 1 1 0
#> SRR577579 1 0 1 1 0
#> SRR577580 1 0 1 1 0
#> SRR577581 1 0 1 1 0
#> SRR577582 1 0 1 1 0
#> SRR577583 2 0 1 0 1
#> SRR577584 2 0 1 0 1
#> SRR577585 2 0 1 0 1
#> SRR577586 2 0 1 0 1
#> SRR577591 2 0 1 0 1
#> SRR577592 2 0 1 0 1
#> SRR577593 2 0 1 0 1
#> SRR577594 2 0 1 0 1
#> SRR578635 1 0 1 1 0
#> SRR578636 1 0 1 1 0
#> SRR578637 1 0 1 1 0
#> SRR578638 1 0 1 1 0
#> SRR651669 1 0 1 1 0
#> SRR651670 1 0 1 1 0
#> SRR651671 1 0 1 1 0
#> SRR651672 1 0 1 1 0
#> SRR486237 1 0 1 1 0
#> SRR1057691 2 0 1 0 1
#> SRR486238 1 0 1 1 0
#> SRR1057692 2 0 1 0 1
#> SRR486239 1 0 1 1 0
#> SRR486240 1 0 1 1 0
#> SRR488136 1 0 1 1 0
#> SRR488137 1 0 1 1 0
#> SRR486241 1 0 1 1 0
#> SRR486242 1 0 1 1 0
#> SRR488684 1 0 1 1 0
#> SRR488685 1 0 1 1 0
#> SRR651673 1 0 1 1 0
#> SRR651674 1 0 1 1 0
#> SRR651675 1 0 1 1 0
#> SRR651676 1 0 1 1 0
#> SRR651677 1 0 1 1 0
#> SRR651678 1 0 1 1 0
#> SRR578639 1 0 1 1 0
#> SRR578640 1 0 1 1 0
#> SRR578641 1 0 1 1 0
#> SRR578642 1 0 1 1 0
#> SRR1045526 1 0 1 1 0
#> SRR1045527 1 0 1 1 0
#> SRR1045528 1 0 1 1 0
#> SRR1045529 1 0 1 1 0
#> SRR1220381 1 0 1 1 0
#> SRR1220382 1 0 1 1 0
#> SRR1220383 1 0 1 1 0
#> SRR1220384 1 0 1 1 0
#> SRR1220385 1 0 1 1 0
#> SRR1220386 1 0 1 1 0
#> SRR1220387 1 0 1 1 0
#> SRR1220388 1 0 1 1 0
#> SRR1045530 1 0 1 1 0
#> SRR1045531 1 0 1 1 0
#> SRR1045532 1 0 1 1 0
#> SRR1045533 1 0 1 1 0
#> SRR1220389 1 0 1 1 0
#> SRR1220390 1 0 1 1 0
#> SRR1220391 1 0 1 1 0
#> SRR1220392 1 0 1 1 0
#> SRR1220393 1 0 1 1 0
#> SRR1220394 1 0 1 1 0
#> SRR1220395 1 0 1 1 0
#> SRR1220396 1 0 1 1 0
#> SRR1045570 1 0 1 1 0
#> SRR1045571 1 0 1 1 0
#> SRR1045572 1 0 1 1 0
#> SRR1045573 1 0 1 1 0
#> SRR1220397 1 0 1 1 0
#> SRR1220398 1 0 1 1 0
#> SRR1220399 1 0 1 1 0
#> SRR1220400 1 0 1 1 0
#> SRR1220401 1 0 1 1 0
#> SRR1220402 1 0 1 1 0
#> SRR1220403 1 0 1 1 0
#> SRR1220404 1 0 1 1 0
#> SRR1045574 1 0 1 1 0
#> SRR1045575 1 0 1 1 0
#> SRR1045576 1 0 1 1 0
#> SRR1045577 1 0 1 1 0
#> SRR1220405 1 0 1 1 0
#> SRR1220406 1 0 1 1 0
#> SRR1220407 1 0 1 1 0
#> SRR1220408 1 0 1 1 0
#> SRR1220409 1 0 1 1 0
#> SRR1220410 1 0 1 1 0
#> SRR1220411 1 0 1 1 0
#> SRR1220412 1 0 1 1 0
#> SRR1045582 1 0 1 1 0
#> SRR1045583 1 0 1 1 0
#> SRR1045584 1 0 1 1 0
#> SRR1045585 1 0 1 1 0
#> SRR1220421 1 0 1 1 0
#> SRR1220422 1 0 1 1 0
#> SRR1220423 1 0 1 1 0
#> SRR1220424 1 0 1 1 0
#> SRR1220425 1 0 1 1 0
#> SRR1220426 1 0 1 1 0
#> SRR1220427 1 0 1 1 0
#> SRR1220428 1 0 1 1 0
#> SRR1054856 1 0 1 1 0
#> SRR1054857 1 0 1 1 0
#> SRR1054858 1 0 1 1 0
#> SRR1054859 1 0 1 1 0
#> SRR1220429 1 0 1 1 0
#> SRR1220430 1 0 1 1 0
#> SRR1220431 1 0 1 1 0
#> SRR1220432 1 0 1 1 0
#> SRR1220433 1 0 1 1 0
#> SRR1220434 1 0 1 1 0
#> SRR1220435 1 0 1 1 0
#> SRR1220436 1 0 1 1 0
#> SRR1045586 1 0 1 1 0
#> SRR1045587 1 0 1 1 0
#> SRR1045588 1 0 1 1 0
#> SRR1045589 1 0 1 1 0
#> SRR1220438 1 0 1 1 0
#> SRR1220439 1 0 1 1 0
#> SRR1220441 1 0 1 1 0
#> SRR1220442 1 0 1 1 0
#> SRR1220443 1 0 1 1 0
#> SRR1220444 1 0 1 1 0
#> SRR1045594 2 0 1 0 1
#> SRR1045595 2 0 1 0 1
#> SRR1045596 2 0 1 0 1
#> SRR1045597 2 0 1 0 1
#> SRR1220453 2 0 1 0 1
#> SRR1220454 2 0 1 0 1
#> SRR1220455 2 0 1 0 1
#> SRR1220456 2 0 1 0 1
#> SRR1220457 2 0 1 0 1
#> SRR1220458 2 0 1 0 1
#> SRR1220459 2 0 1 0 1
#> SRR1220460 2 0 1 0 1
#> SRR1045598 1 0 1 1 0
#> SRR1045599 1 0 1 1 0
#> SRR1045600 1 0 1 1 0
#> SRR1045601 1 0 1 1 0
#> SRR1220461 1 0 1 1 0
#> SRR1220462 1 0 1 1 0
#> SRR1220463 1 0 1 1 0
#> SRR1220464 1 0 1 1 0
#> SRR1220465 1 0 1 1 0
#> SRR1220466 1 0 1 1 0
#> SRR1220467 1 0 1 1 0
#> SRR1220468 1 0 1 1 0
#> SRR1045602 1 0 1 1 0
#> SRR1045603 1 0 1 1 0
#> SRR1045604 1 0 1 1 0
#> SRR1045605 1 0 1 1 0
#> SRR1220469 1 0 1 1 0
#> SRR1220470 1 0 1 1 0
#> SRR1220471 1 0 1 1 0
#> SRR1220472 1 0 1 1 0
#> SRR1220473 1 0 1 1 0
#> SRR1220474 1 0 1 1 0
#> SRR1220475 1 0 1 1 0
#> SRR1220476 1 0 1 1 0
#> SRR1045606 2 0 1 0 1
#> SRR1045607 2 0 1 0 1
#> SRR1045608 2 0 1 0 1
#> SRR1045609 2 0 1 0 1
#> SRR1220477 2 0 1 0 1
#> SRR1220478 2 0 1 0 1
#> SRR1220479 2 0 1 0 1
#> SRR1220480 2 0 1 0 1
#> SRR1220481 2 0 1 0 1
#> SRR1220482 2 0 1 0 1
#> SRR1220483 2 0 1 0 1
#> SRR1220484 2 0 1 0 1
#> SRR1045614 1 0 1 1 0
#> SRR1045615 1 0 1 1 0
#> SRR1045616 1 0 1 1 0
#> SRR1045617 1 0 1 1 0
#> SRR1220493 1 0 1 1 0
#> SRR1220494 1 0 1 1 0
#> SRR1220495 1 0 1 1 0
#> SRR1220496 1 0 1 1 0
#> SRR1220497 1 0 1 1 0
#> SRR1220498 1 0 1 1 0
#> SRR1220499 1 0 1 1 0
#> SRR1220500 1 0 1 1 0
#> SRR651662 1 0 1 1 0
#> SRR651663 1 0 1 1 0
#> SRR651664 1 0 1 1 0
#> SRR1045522 1 0 1 1 0
#> SRR1045523 1 0 1 1 0
#> SRR1045524 1 0 1 1 0
#> SRR1045525 1 0 1 1 0
#> SRR1220373 1 0 1 1 0
#> SRR1220374 1 0 1 1 0
#> SRR1220375 1 0 1 1 0
#> SRR1220376 1 0 1 1 0
#> SRR1220377 1 0 1 1 0
#> SRR1220378 1 0 1 1 0
#> SRR1220379 1 0 1 1 0
#> SRR1220380 1 0 1 1 0
#> SRR1045578 1 0 1 1 0
#> SRR1045579 1 0 1 1 0
#> SRR1045580 1 0 1 1 0
#> SRR1045581 1 0 1 1 0
#> SRR1220413 1 0 1 1 0
#> SRR1220414 1 0 1 1 0
#> SRR1220415 1 0 1 1 0
#> SRR1220416 1 0 1 1 0
#> SRR1220417 1 0 1 1 0
#> SRR1220418 1 0 1 1 0
#> SRR1220419 1 0 1 1 0
#> SRR1220420 1 0 1 1 0
#> SRR1045590 1 0 1 1 0
#> SRR1045591 1 0 1 1 0
#> SRR1045592 1 0 1 1 0
#> SRR1045593 1 0 1 1 0
#> SRR1220445 1 0 1 1 0
#> SRR1220446 1 0 1 1 0
#> SRR1220447 1 0 1 1 0
#> SRR1220448 1 0 1 1 0
#> SRR1220449 1 0 1 1 0
#> SRR1220450 1 0 1 1 0
#> SRR1220451 1 0 1 1 0
#> SRR1220452 1 0 1 1 0
#> SRR1045610 2 0 1 0 1
#> SRR1045611 2 0 1 0 1
#> SRR1045612 2 0 1 0 1
#> SRR1045613 2 0 1 0 1
#> SRR1220485 2 0 1 0 1
#> SRR1220486 2 0 1 0 1
#> SRR1220487 2 0 1 0 1
#> SRR1220488 2 0 1 0 1
#> SRR1220489 2 0 1 0 1
#> SRR1220490 2 0 1 0 1
#> SRR1220491 2 0 1 0 1
#> SRR1220492 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.4121 0.761 0.832 0.000 0.168
#> SRR020288 1 0.4121 0.761 0.832 0.000 0.168
#> SRR020289 1 0.4121 0.761 0.832 0.000 0.168
#> SRR020290 1 0.4121 0.761 0.832 0.000 0.168
#> SRR020291 1 0.4121 0.761 0.832 0.000 0.168
#> SRR020285 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 3 0.6215 0.653 0.428 0.000 0.572
#> SRR020293 3 0.6215 0.653 0.428 0.000 0.572
#> SRR020294 3 0.6215 0.653 0.428 0.000 0.572
#> SRR020295 3 0.6215 0.653 0.428 0.000 0.572
#> SRR020286 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR578644 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR578645 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR578646 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR651679 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR651680 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR651681 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR651682 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR578627 1 0.0892 0.973 0.980 0.000 0.020
#> SRR578628 1 0.0892 0.973 0.980 0.000 0.020
#> SRR578629 1 0.0892 0.973 0.980 0.000 0.020
#> SRR578630 1 0.0892 0.973 0.980 0.000 0.020
#> SRR651692 1 0.0892 0.973 0.980 0.000 0.020
#> SRR651693 1 0.0892 0.973 0.980 0.000 0.020
#> SRR651694 1 0.0892 0.973 0.980 0.000 0.020
#> SRR596098 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR596099 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR596100 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR596101 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR651683 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR651684 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR651685 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR651686 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR596102 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR596103 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR596104 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR596105 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR651687 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR651688 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR651689 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR578647 2 0.4399 0.896 0.000 0.812 0.188
#> SRR578648 2 0.4399 0.896 0.000 0.812 0.188
#> SRR578649 2 0.4399 0.896 0.000 0.812 0.188
#> SRR578650 2 0.4399 0.896 0.000 0.812 0.188
#> SRR651691 2 0.4399 0.896 0.000 0.812 0.188
#> SRR577587 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR577588 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR577589 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR577590 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR596106 3 0.4555 0.842 0.200 0.000 0.800
#> SRR596107 3 0.4555 0.842 0.200 0.000 0.800
#> SRR596108 3 0.4555 0.842 0.200 0.000 0.800
#> SRR596109 3 0.4555 0.842 0.200 0.000 0.800
#> SRR651695 3 0.4555 0.842 0.200 0.000 0.800
#> SRR651696 3 0.4555 0.842 0.200 0.000 0.800
#> SRR651697 3 0.4555 0.842 0.200 0.000 0.800
#> SRR651698 3 0.4555 0.842 0.200 0.000 0.800
#> SRR651699 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR651700 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR651701 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR651702 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR651703 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR651704 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR578651 3 0.5016 0.867 0.240 0.000 0.760
#> SRR578652 3 0.5016 0.867 0.240 0.000 0.760
#> SRR578653 3 0.5016 0.867 0.240 0.000 0.760
#> SRR578654 3 0.5016 0.867 0.240 0.000 0.760
#> SRR651705 3 0.5016 0.867 0.240 0.000 0.760
#> SRR651706 3 0.5016 0.867 0.240 0.000 0.760
#> SRR651707 3 0.5016 0.867 0.240 0.000 0.760
#> SRR651708 3 0.5016 0.867 0.240 0.000 0.760
#> SRR1045618 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR577583 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR577584 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR577585 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR577586 3 0.2261 0.612 0.000 0.068 0.932
#> SRR577591 2 0.4654 0.882 0.000 0.792 0.208
#> SRR577592 2 0.4654 0.882 0.000 0.792 0.208
#> SRR577593 2 0.4654 0.882 0.000 0.792 0.208
#> SRR577594 2 0.4654 0.882 0.000 0.792 0.208
#> SRR578635 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057691 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1057692 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR488137 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR486241 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR486242 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR488684 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR488685 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR651673 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045526 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045527 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045528 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045529 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220381 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220382 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220383 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220384 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220385 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220386 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220387 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220388 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045530 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1045571 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1045572 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1045573 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220397 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220398 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220399 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220400 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220401 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220402 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220403 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220404 1 0.1031 0.969 0.976 0.000 0.024
#> SRR1045574 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1045575 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1045576 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1045577 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220405 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220406 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220407 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220408 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220409 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220410 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220411 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1220412 1 0.1031 0.972 0.976 0.000 0.024
#> SRR1045582 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045583 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045584 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1045585 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220421 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220422 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220423 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220424 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220425 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220426 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220427 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1220428 3 0.5254 0.873 0.264 0.000 0.736
#> SRR1054856 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1054857 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1054858 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1054859 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220429 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220430 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220431 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220432 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220433 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220434 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220435 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220436 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1045586 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1045595 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1045596 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1045597 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1220453 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1220454 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1220455 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1220456 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1220457 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1220458 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1220459 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1220460 2 0.3619 0.923 0.000 0.864 0.136
#> SRR1045598 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1045599 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1045600 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1045601 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220461 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220462 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220463 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220464 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220465 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220466 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220467 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1220468 3 0.5810 0.840 0.336 0.000 0.664
#> SRR1045602 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1045603 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1045604 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1045605 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220469 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220470 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220471 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220472 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220473 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220474 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220475 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1220476 3 0.6111 0.733 0.396 0.000 0.604
#> SRR1045606 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045615 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045616 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1045617 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220493 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220494 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220495 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220496 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220497 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220498 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220499 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1220500 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR651662 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR651663 3 0.5178 0.871 0.256 0.000 0.744
#> SRR651664 3 0.5178 0.871 0.256 0.000 0.744
#> SRR1045522 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 1 0.7877 0.0232 0.364 0.000 NA 0.280
#> SRR020288 1 0.7877 0.0232 0.364 0.000 NA 0.280
#> SRR020289 1 0.7877 0.0232 0.364 0.000 NA 0.280
#> SRR020290 1 0.7877 0.0232 0.364 0.000 NA 0.280
#> SRR020291 1 0.7877 0.0232 0.364 0.000 NA 0.280
#> SRR020285 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1057683 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1057684 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR020292 4 0.7442 0.5131 0.184 0.000 NA 0.476
#> SRR020293 4 0.7442 0.5131 0.184 0.000 NA 0.476
#> SRR020294 4 0.7442 0.5131 0.184 0.000 NA 0.476
#> SRR020295 4 0.7442 0.5131 0.184 0.000 NA 0.476
#> SRR020286 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1057689 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1057690 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1057685 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1057686 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1057687 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1057688 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR578643 4 0.5024 0.5782 0.000 0.008 NA 0.632
#> SRR578644 4 0.5024 0.5782 0.000 0.008 NA 0.632
#> SRR578645 4 0.5024 0.5782 0.000 0.008 NA 0.632
#> SRR578646 4 0.5024 0.5782 0.000 0.008 NA 0.632
#> SRR651679 4 0.5024 0.5782 0.000 0.008 NA 0.632
#> SRR651680 4 0.5024 0.5782 0.000 0.008 NA 0.632
#> SRR651681 4 0.5024 0.5782 0.000 0.008 NA 0.632
#> SRR651682 4 0.5024 0.5782 0.000 0.008 NA 0.632
#> SRR578627 1 0.4121 0.8068 0.796 0.000 NA 0.020
#> SRR578628 1 0.4121 0.8068 0.796 0.000 NA 0.020
#> SRR578629 1 0.4121 0.8068 0.796 0.000 NA 0.020
#> SRR578630 1 0.4121 0.8068 0.796 0.000 NA 0.020
#> SRR651692 1 0.4121 0.8068 0.796 0.000 NA 0.020
#> SRR651693 1 0.4121 0.8068 0.796 0.000 NA 0.020
#> SRR651694 1 0.4121 0.8068 0.796 0.000 NA 0.020
#> SRR596098 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR596099 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR596100 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR596101 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR651683 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR651684 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR651685 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR651686 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR596102 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR596103 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR596104 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR596105 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR651687 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR651688 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR651689 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR578647 2 0.4730 0.7669 0.000 0.636 NA 0.000
#> SRR578648 2 0.4730 0.7669 0.000 0.636 NA 0.000
#> SRR578649 2 0.4730 0.7669 0.000 0.636 NA 0.000
#> SRR578650 2 0.4730 0.7669 0.000 0.636 NA 0.000
#> SRR651691 2 0.4730 0.7669 0.000 0.636 NA 0.000
#> SRR577587 4 0.5055 0.5764 0.000 0.008 NA 0.624
#> SRR577588 4 0.5055 0.5764 0.000 0.008 NA 0.624
#> SRR577589 4 0.5055 0.5764 0.000 0.008 NA 0.624
#> SRR577590 4 0.5055 0.5764 0.000 0.008 NA 0.624
#> SRR596106 4 0.3674 0.7816 0.044 0.000 NA 0.852
#> SRR596107 4 0.3674 0.7816 0.044 0.000 NA 0.852
#> SRR596108 4 0.3674 0.7816 0.044 0.000 NA 0.852
#> SRR596109 4 0.3674 0.7816 0.044 0.000 NA 0.852
#> SRR651695 4 0.3674 0.7816 0.044 0.000 NA 0.852
#> SRR651696 4 0.3674 0.7816 0.044 0.000 NA 0.852
#> SRR651697 4 0.3674 0.7816 0.044 0.000 NA 0.852
#> SRR651698 4 0.3674 0.7816 0.044 0.000 NA 0.852
#> SRR651699 1 0.4399 0.7913 0.768 0.000 NA 0.020
#> SRR651700 1 0.4399 0.7913 0.768 0.000 NA 0.020
#> SRR651701 1 0.4399 0.7913 0.768 0.000 NA 0.020
#> SRR651702 1 0.4399 0.7913 0.768 0.000 NA 0.020
#> SRR651703 1 0.4399 0.7913 0.768 0.000 NA 0.020
#> SRR651704 1 0.4399 0.7913 0.768 0.000 NA 0.020
#> SRR578651 4 0.1824 0.8354 0.060 0.000 NA 0.936
#> SRR578652 4 0.1824 0.8354 0.060 0.000 NA 0.936
#> SRR578653 4 0.1824 0.8354 0.060 0.000 NA 0.936
#> SRR578654 4 0.1824 0.8354 0.060 0.000 NA 0.936
#> SRR651705 4 0.1824 0.8354 0.060 0.000 NA 0.936
#> SRR651706 4 0.1824 0.8354 0.060 0.000 NA 0.936
#> SRR651707 4 0.1824 0.8354 0.060 0.000 NA 0.936
#> SRR651708 4 0.1824 0.8354 0.060 0.000 NA 0.936
#> SRR1045618 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1045619 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1045620 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1045621 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1220501 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1220502 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1220503 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1220504 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1220505 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1220506 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1220507 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR1220508 2 0.0921 0.9169 0.000 0.972 NA 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR577599 1 0.2469 0.8330 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR577600 1 0.2469 0.8330 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR577601 1 0.2469 0.8330 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR577602 1 0.2469 0.8330 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR578631 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR578632 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR578633 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR578634 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR651665 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR651666 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR651667 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR651668 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR577579 1 0.2918 0.8517 0.876 0.000 NA 0.008
#> SRR577580 1 0.2918 0.8517 0.876 0.000 NA 0.008
#> SRR577581 1 0.2918 0.8517 0.876 0.000 NA 0.008
#> SRR577582 1 0.2918 0.8517 0.876 0.000 NA 0.008
#> SRR577583 4 0.5112 0.5653 0.000 0.008 NA 0.608
#> SRR577584 4 0.5112 0.5653 0.000 0.008 NA 0.608
#> SRR577585 4 0.5112 0.5653 0.000 0.008 NA 0.608
#> SRR577586 4 0.5112 0.5653 0.000 0.008 NA 0.608
#> SRR577591 2 0.5735 0.7077 0.000 0.576 NA 0.032
#> SRR577592 2 0.5735 0.7077 0.000 0.576 NA 0.032
#> SRR577593 2 0.5735 0.7077 0.000 0.576 NA 0.032
#> SRR577594 2 0.5735 0.7077 0.000 0.576 NA 0.032
#> SRR578635 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR578636 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR578637 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR578638 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR651669 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR651670 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR651671 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR651672 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR486237 1 0.1256 0.8583 0.964 0.000 NA 0.008
#> SRR1057691 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR486238 1 0.1256 0.8583 0.964 0.000 NA 0.008
#> SRR1057692 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR486239 1 0.0895 0.8602 0.976 0.000 NA 0.004
#> SRR486240 1 0.0895 0.8602 0.976 0.000 NA 0.004
#> SRR488136 1 0.1545 0.8564 0.952 0.000 NA 0.008
#> SRR488137 1 0.1545 0.8564 0.952 0.000 NA 0.008
#> SRR486241 1 0.1807 0.8527 0.940 0.000 NA 0.008
#> SRR486242 1 0.1807 0.8527 0.940 0.000 NA 0.008
#> SRR488684 1 0.1545 0.8564 0.952 0.000 NA 0.008
#> SRR488685 1 0.1545 0.8564 0.952 0.000 NA 0.008
#> SRR651673 1 0.2704 0.8249 0.876 0.000 NA 0.000
#> SRR651674 1 0.2704 0.8249 0.876 0.000 NA 0.000
#> SRR651675 1 0.2704 0.8249 0.876 0.000 NA 0.000
#> SRR651676 1 0.2704 0.8249 0.876 0.000 NA 0.000
#> SRR651677 1 0.2704 0.8249 0.876 0.000 NA 0.000
#> SRR651678 1 0.2704 0.8249 0.876 0.000 NA 0.000
#> SRR578639 1 0.1389 0.8549 0.952 0.000 NA 0.000
#> SRR578640 1 0.1389 0.8549 0.952 0.000 NA 0.000
#> SRR578641 1 0.1389 0.8549 0.952 0.000 NA 0.000
#> SRR578642 1 0.1389 0.8549 0.952 0.000 NA 0.000
#> SRR1045526 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1045527 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1045528 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1045529 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1220381 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1220382 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1220383 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1220384 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1220385 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1220386 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1220387 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1220388 4 0.2662 0.8396 0.084 0.000 NA 0.900
#> SRR1045530 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1045531 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1045532 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1045533 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220389 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220390 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220391 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220392 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220393 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220394 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220395 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220396 1 0.0188 0.8625 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1045570 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1045571 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1045572 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1045573 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1220397 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1220398 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1220399 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1220400 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1220401 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1220402 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1220403 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1220404 1 0.4472 0.7891 0.760 0.000 NA 0.020
#> SRR1045574 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1045575 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1045576 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1045577 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1220405 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1220406 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1220407 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1220408 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1220409 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1220410 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1220411 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1220412 1 0.6068 0.7112 0.676 0.000 NA 0.116
#> SRR1045582 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1045583 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1045584 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1045585 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1220421 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1220422 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1220423 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1220424 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1220425 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1220426 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1220427 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1220428 4 0.2081 0.8398 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1054856 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1054857 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1054858 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1054859 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1220429 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1220430 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1220431 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1220432 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1220433 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1220434 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1220435 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1220436 4 0.4753 0.8063 0.128 0.000 NA 0.788
#> SRR1045586 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1045587 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1045588 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1045589 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220438 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220439 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220441 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220442 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220443 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1220444 1 0.0188 0.8629 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1045594 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1045595 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1045596 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1045597 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1220453 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1220454 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1220455 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1220456 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1220457 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1220458 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1220459 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1220460 2 0.3649 0.8734 0.000 0.796 NA 0.000
#> SRR1045598 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1045599 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1045600 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1045601 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1220461 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1220462 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1220463 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1220464 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1220465 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1220466 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1220467 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1220468 4 0.4688 0.8077 0.128 0.000 NA 0.792
#> SRR1045602 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1045603 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1045604 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1045605 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1220469 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1220470 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1220471 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1220472 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1220473 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1220474 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1220475 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1220476 4 0.7042 0.5805 0.188 0.000 NA 0.572
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR1045614 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1045615 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1045616 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1045617 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1220493 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1220494 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1220495 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1220496 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1220497 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1220498 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1220499 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR1220500 1 0.6198 0.6636 0.672 0.000 NA 0.152
#> SRR651662 1 0.0707 0.8602 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR651663 4 0.2596 0.8383 0.068 0.000 NA 0.908
#> SRR651664 4 0.2596 0.8383 0.068 0.000 NA 0.908
#> SRR1045522 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1045523 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1045524 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1045525 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1220373 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1220374 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1220375 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1220376 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1220377 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1220378 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1220379 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1220380 1 0.2480 0.8533 0.904 0.000 NA 0.008
#> SRR1045578 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1045579 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1045580 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1045581 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1220413 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1220414 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1220415 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1220416 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1220417 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1220418 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1220419 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1220420 1 0.2469 0.8312 0.892 0.000 NA 0.000
#> SRR1045590 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1045591 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1045592 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1045593 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1220445 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1220446 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1220447 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1220448 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1220449 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1220450 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1220451 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1220452 1 0.2805 0.8499 0.888 0.000 NA 0.012
#> SRR1045610 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1045611 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1045612 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1045613 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1220485 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1220486 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1220487 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1220488 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1220489 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1220490 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1220491 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
#> SRR1220492 2 0.1297 0.9162 0.000 0.964 NA 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 3 0.8450 0.3458 0.180 0.000 0.308 0.304 0.208
#> SRR020288 3 0.8450 0.3458 0.180 0.000 0.308 0.304 0.208
#> SRR020289 3 0.8450 0.3458 0.180 0.000 0.308 0.304 0.208
#> SRR020290 3 0.8450 0.3458 0.180 0.000 0.308 0.304 0.208
#> SRR020291 3 0.8450 0.3458 0.180 0.000 0.308 0.304 0.208
#> SRR020285 2 0.2166 0.8416 0.000 0.912 0.072 0.004 0.012
#> SRR1057683 2 0.2166 0.8416 0.000 0.912 0.072 0.004 0.012
#> SRR1057684 2 0.2166 0.8416 0.000 0.912 0.072 0.004 0.012
#> SRR020292 4 0.7990 -0.2154 0.108 0.000 0.316 0.388 0.188
#> SRR020293 4 0.7990 -0.2154 0.108 0.000 0.316 0.388 0.188
#> SRR020294 4 0.7990 -0.2154 0.108 0.000 0.316 0.388 0.188
#> SRR020295 4 0.7990 -0.2154 0.108 0.000 0.316 0.388 0.188
#> SRR020286 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1057689 2 0.2166 0.8416 0.000 0.912 0.072 0.004 0.012
#> SRR1057690 2 0.2166 0.8416 0.000 0.912 0.072 0.004 0.012
#> SRR1057685 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1057686 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1057687 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1057688 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR578643 5 0.4538 0.7863 0.000 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR578644 5 0.4538 0.7863 0.000 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR578645 5 0.4538 0.7863 0.000 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR578646 5 0.4538 0.7863 0.000 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR651679 5 0.4538 0.7863 0.000 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR651680 5 0.4538 0.7863 0.000 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR651681 5 0.4538 0.7863 0.000 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR651682 5 0.4538 0.7863 0.000 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR578627 1 0.4294 0.1302 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR578628 1 0.4294 0.1302 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR578629 1 0.4294 0.1302 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR578630 1 0.4294 0.1302 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR651692 1 0.4294 0.1302 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR651693 1 0.4294 0.1302 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR651694 1 0.4294 0.1302 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR596099 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR596100 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR596101 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR651683 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR651684 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR651685 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR651686 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR596102 4 0.1012 0.7944 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR596103 4 0.1012 0.7944 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR596104 4 0.1012 0.7944 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR596105 4 0.1012 0.7944 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR651687 4 0.1012 0.7944 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR651688 4 0.1012 0.7944 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR651689 4 0.1012 0.7944 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR578647 2 0.5583 0.3923 0.000 0.504 0.072 0.000 0.424
#> SRR578648 2 0.5583 0.3923 0.000 0.504 0.072 0.000 0.424
#> SRR578649 2 0.5583 0.3923 0.000 0.504 0.072 0.000 0.424
#> SRR578650 2 0.5583 0.3923 0.000 0.504 0.072 0.000 0.424
#> SRR651691 2 0.5583 0.3923 0.000 0.504 0.072 0.000 0.424
#> SRR577587 5 0.4278 0.7862 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR577588 5 0.4278 0.7862 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR577589 5 0.4278 0.7862 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR577590 5 0.4278 0.7862 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR596106 4 0.3239 0.5102 0.004 0.000 0.012 0.828 0.156
#> SRR596107 4 0.3239 0.5102 0.004 0.000 0.012 0.828 0.156
#> SRR596108 4 0.3239 0.5102 0.004 0.000 0.012 0.828 0.156
#> SRR596109 4 0.3239 0.5102 0.004 0.000 0.012 0.828 0.156
#> SRR651695 4 0.3239 0.5102 0.004 0.000 0.012 0.828 0.156
#> SRR651696 4 0.3239 0.5102 0.004 0.000 0.012 0.828 0.156
#> SRR651697 4 0.3239 0.5102 0.004 0.000 0.012 0.828 0.156
#> SRR651698 4 0.3239 0.5102 0.004 0.000 0.012 0.828 0.156
#> SRR651699 1 0.5096 0.1333 0.520 0.000 0.444 0.000 0.036
#> SRR651700 1 0.5096 0.1333 0.520 0.000 0.444 0.000 0.036
#> SRR651701 1 0.5096 0.1333 0.520 0.000 0.444 0.000 0.036
#> SRR651702 1 0.5096 0.1333 0.520 0.000 0.444 0.000 0.036
#> SRR651703 1 0.5096 0.1333 0.520 0.000 0.444 0.000 0.036
#> SRR651704 1 0.5096 0.1333 0.520 0.000 0.444 0.000 0.036
#> SRR578651 4 0.1153 0.7791 0.008 0.000 0.024 0.964 0.004
#> SRR578652 4 0.1153 0.7791 0.008 0.000 0.024 0.964 0.004
#> SRR578653 4 0.1153 0.7791 0.008 0.000 0.024 0.964 0.004
#> SRR578654 4 0.1153 0.7791 0.008 0.000 0.024 0.964 0.004
#> SRR651705 4 0.1153 0.7791 0.008 0.000 0.024 0.964 0.004
#> SRR651706 4 0.1153 0.7791 0.008 0.000 0.024 0.964 0.004
#> SRR651707 4 0.1153 0.7791 0.008 0.000 0.024 0.964 0.004
#> SRR651708 4 0.1153 0.7791 0.008 0.000 0.024 0.964 0.004
#> SRR1045618 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1045619 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1045620 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1045621 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1220501 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1220502 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1220503 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1220504 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1220505 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1220506 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1220507 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1220508 2 0.1484 0.8477 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR577595 2 0.0290 0.8525 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0290 0.8525 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0290 0.8525 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0290 0.8525 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.4796 0.5953 0.728 0.000 0.120 0.000 0.152
#> SRR577600 1 0.4796 0.5953 0.728 0.000 0.120 0.000 0.152
#> SRR577601 1 0.4796 0.5953 0.728 0.000 0.120 0.000 0.152
#> SRR577602 1 0.4796 0.5953 0.728 0.000 0.120 0.000 0.152
#> SRR578631 1 0.0324 0.6791 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR578632 1 0.0324 0.6791 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR578633 1 0.0324 0.6791 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR578634 1 0.0324 0.6791 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR651665 1 0.0324 0.6791 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR651666 1 0.0324 0.6791 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR651667 1 0.0324 0.6791 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR651668 1 0.0324 0.6791 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR577579 1 0.5710 0.5318 0.664 0.000 0.220 0.028 0.088
#> SRR577580 1 0.5710 0.5318 0.664 0.000 0.220 0.028 0.088
#> SRR577581 1 0.5710 0.5318 0.664 0.000 0.220 0.028 0.088
#> SRR577582 1 0.5710 0.5318 0.664 0.000 0.220 0.028 0.088
#> SRR577583 5 0.4242 0.7806 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR577584 5 0.4242 0.7806 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR577585 5 0.4242 0.7806 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR577586 5 0.4242 0.7806 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR577591 5 0.5186 -0.0683 0.000 0.408 0.012 0.024 0.556
#> SRR577592 5 0.5186 -0.0683 0.000 0.408 0.012 0.024 0.556
#> SRR577593 5 0.5186 -0.0683 0.000 0.408 0.012 0.024 0.556
#> SRR577594 5 0.5186 -0.0683 0.000 0.408 0.012 0.024 0.556
#> SRR578635 1 0.0162 0.6793 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0162 0.6793 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0162 0.6793 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0162 0.6793 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0162 0.6793 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0162 0.6793 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0162 0.6793 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0162 0.6793 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.1907 0.6658 0.928 0.000 0.028 0.000 0.044
#> SRR1057691 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR486238 1 0.1907 0.6658 0.928 0.000 0.028 0.000 0.044
#> SRR1057692 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR486239 1 0.1915 0.6663 0.928 0.000 0.032 0.000 0.040
#> SRR486240 1 0.1915 0.6663 0.928 0.000 0.032 0.000 0.040
#> SRR488136 1 0.2370 0.6638 0.904 0.000 0.040 0.000 0.056
#> SRR488137 1 0.2370 0.6638 0.904 0.000 0.040 0.000 0.056
#> SRR486241 1 0.2859 0.6535 0.876 0.000 0.056 0.000 0.068
#> SRR486242 1 0.2859 0.6535 0.876 0.000 0.056 0.000 0.068
#> SRR488684 1 0.2149 0.6661 0.916 0.000 0.036 0.000 0.048
#> SRR488685 1 0.2149 0.6661 0.916 0.000 0.036 0.000 0.048
#> SRR651673 1 0.4457 0.6024 0.756 0.000 0.092 0.000 0.152
#> SRR651674 1 0.4457 0.6024 0.756 0.000 0.092 0.000 0.152
#> SRR651675 1 0.4457 0.6024 0.756 0.000 0.092 0.000 0.152
#> SRR651676 1 0.4457 0.6024 0.756 0.000 0.092 0.000 0.152
#> SRR651677 1 0.4457 0.6024 0.756 0.000 0.092 0.000 0.152
#> SRR651678 1 0.4457 0.6024 0.756 0.000 0.092 0.000 0.152
#> SRR578639 1 0.2304 0.6636 0.908 0.000 0.044 0.000 0.048
#> SRR578640 1 0.2304 0.6636 0.908 0.000 0.044 0.000 0.048
#> SRR578641 1 0.2304 0.6636 0.908 0.000 0.044 0.000 0.048
#> SRR578642 1 0.2304 0.6636 0.908 0.000 0.044 0.000 0.048
#> SRR1045526 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1045527 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1045528 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1045529 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1220381 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1220382 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1220383 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1220384 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1220385 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1220386 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1220387 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1220388 4 0.1560 0.7995 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004
#> SRR1045530 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1045531 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1045532 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1045533 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1220389 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1220390 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1220391 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1220392 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1220393 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1220394 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1220395 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1220396 1 0.0693 0.6785 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1045570 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1045571 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1045572 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1045573 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1220397 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1220398 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1220399 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1220400 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1220401 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1220402 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1220403 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1220404 1 0.4973 0.0382 0.496 0.000 0.480 0.004 0.020
#> SRR1045574 3 0.6029 0.4495 0.368 0.000 0.520 0.108 0.004
#> SRR1045575 3 0.6029 0.4495 0.368 0.000 0.520 0.108 0.004
#> SRR1045576 3 0.6029 0.4495 0.368 0.000 0.520 0.108 0.004
#> SRR1045577 3 0.6029 0.4495 0.368 0.000 0.520 0.108 0.004
#> SRR1220405 3 0.6059 0.4601 0.364 0.000 0.520 0.112 0.004
#> SRR1220406 3 0.6059 0.4601 0.364 0.000 0.520 0.112 0.004
#> SRR1220407 3 0.6059 0.4601 0.364 0.000 0.520 0.112 0.004
#> SRR1220408 3 0.6059 0.4601 0.364 0.000 0.520 0.112 0.004
#> SRR1220409 3 0.6059 0.4601 0.364 0.000 0.520 0.112 0.004
#> SRR1220410 3 0.6059 0.4601 0.364 0.000 0.520 0.112 0.004
#> SRR1220411 3 0.6059 0.4601 0.364 0.000 0.520 0.112 0.004
#> SRR1220412 3 0.6059 0.4601 0.364 0.000 0.520 0.112 0.004
#> SRR1045582 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1045583 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1045584 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1045585 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1220421 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1220422 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1220423 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1220424 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1220425 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1220426 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1220427 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1220428 4 0.1012 0.7891 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1054856 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1054857 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1054858 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1054859 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1220429 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1220430 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1220431 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1220432 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1220433 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1220434 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1220435 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1220436 4 0.4954 0.7110 0.048 0.000 0.136 0.756 0.060
#> SRR1045586 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1045587 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1045588 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1045589 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1220438 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1220439 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1220441 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1220442 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1220443 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1220444 1 0.1195 0.6775 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1045594 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1045595 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1045596 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1045597 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1220453 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1220454 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1220455 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1220456 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1220457 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1220458 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1220459 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1220460 2 0.4841 0.7344 0.000 0.708 0.084 0.000 0.208
#> SRR1045598 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1045599 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1045600 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1045601 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1220461 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1220462 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1220463 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1220464 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1220465 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1220466 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1220467 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1220468 4 0.4822 0.7174 0.048 0.000 0.124 0.768 0.060
#> SRR1045602 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1045603 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1045604 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1045605 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1220469 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1220470 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1220471 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1220472 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1220473 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1220474 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1220475 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1220476 3 0.6435 0.5431 0.104 0.000 0.460 0.416 0.020
#> SRR1045606 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.8526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1045615 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1045616 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1045617 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1220493 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1220494 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1220495 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1220496 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1220497 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1220498 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1220499 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR1220500 1 0.8208 0.1304 0.412 0.000 0.200 0.216 0.172
#> SRR651662 1 0.1106 0.6758 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR651663 4 0.2364 0.7894 0.020 0.000 0.064 0.908 0.008
#> SRR651664 4 0.2364 0.7894 0.020 0.000 0.064 0.908 0.008
#> SRR1045522 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1045523 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1045524 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1045525 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1220373 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1220374 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1220375 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1220376 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1220377 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1220378 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1220379 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1220380 1 0.4555 0.5539 0.720 0.000 0.224 0.000 0.056
#> SRR1045578 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1045579 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1045580 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1045581 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1220413 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1220414 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1220415 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1220416 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1220417 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1220418 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1220419 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1220420 1 0.4277 0.6051 0.768 0.000 0.076 0.000 0.156
#> SRR1045590 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1045591 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1045592 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1045593 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1220445 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1220446 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1220447 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1220448 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1220449 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1220450 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1220451 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1220452 1 0.4503 0.5155 0.696 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR1045610 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1045611 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1045612 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1045613 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1220485 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1220486 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1220487 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1220488 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1220489 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1220490 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1220491 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1220492 2 0.1991 0.8417 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 5 0.8383 0.3491 0.072 0.000 0.236 0.260 0.308 0.124
#> SRR020288 5 0.8383 0.3491 0.072 0.000 0.236 0.260 0.308 0.124
#> SRR020289 5 0.8383 0.3491 0.072 0.000 0.236 0.260 0.308 0.124
#> SRR020290 5 0.8383 0.3491 0.072 0.000 0.236 0.260 0.308 0.124
#> SRR020291 5 0.8383 0.3491 0.072 0.000 0.236 0.260 0.308 0.124
#> SRR020285 2 0.2793 0.8159 0.000 0.856 0.028 0.000 0.112 0.004
#> SRR1057683 2 0.2793 0.8159 0.000 0.856 0.028 0.000 0.112 0.004
#> SRR1057684 2 0.2793 0.8159 0.000 0.856 0.028 0.000 0.112 0.004
#> SRR020292 4 0.8129 -0.2394 0.040 0.000 0.244 0.320 0.264 0.132
#> SRR020293 4 0.8129 -0.2394 0.040 0.000 0.244 0.320 0.264 0.132
#> SRR020294 4 0.8129 -0.2394 0.040 0.000 0.244 0.320 0.264 0.132
#> SRR020295 4 0.8129 -0.2394 0.040 0.000 0.244 0.320 0.264 0.132
#> SRR020286 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1057689 2 0.2793 0.8159 0.000 0.856 0.028 0.000 0.112 0.004
#> SRR1057690 2 0.2793 0.8159 0.000 0.856 0.028 0.000 0.112 0.004
#> SRR1057685 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1057686 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1057687 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1057688 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR578643 6 0.3584 0.7122 0.000 0.000 0.004 0.308 0.000 0.688
#> SRR578644 6 0.3584 0.7122 0.000 0.000 0.004 0.308 0.000 0.688
#> SRR578645 6 0.3584 0.7122 0.000 0.000 0.004 0.308 0.000 0.688
#> SRR578646 6 0.3584 0.7122 0.000 0.000 0.004 0.308 0.000 0.688
#> SRR651679 6 0.3584 0.7122 0.000 0.000 0.004 0.308 0.000 0.688
#> SRR651680 6 0.3584 0.7122 0.000 0.000 0.004 0.308 0.000 0.688
#> SRR651681 6 0.3584 0.7122 0.000 0.000 0.004 0.308 0.000 0.688
#> SRR651682 6 0.3584 0.7122 0.000 0.000 0.004 0.308 0.000 0.688
#> SRR578627 3 0.4245 0.5935 0.328 0.000 0.644 0.000 0.024 0.004
#> SRR578628 3 0.4245 0.5935 0.328 0.000 0.644 0.000 0.024 0.004
#> SRR578629 3 0.4245 0.5935 0.328 0.000 0.644 0.000 0.024 0.004
#> SRR578630 3 0.4245 0.5935 0.328 0.000 0.644 0.000 0.024 0.004
#> SRR651692 3 0.4245 0.5935 0.328 0.000 0.644 0.000 0.024 0.004
#> SRR651693 3 0.4245 0.5935 0.328 0.000 0.644 0.000 0.024 0.004
#> SRR651694 3 0.4245 0.5935 0.328 0.000 0.644 0.000 0.024 0.004
#> SRR596098 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR596099 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR596100 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR596101 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR651683 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR651684 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR651685 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR651686 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR596102 4 0.1078 0.7791 0.000 0.000 0.008 0.964 0.012 0.016
#> SRR596103 4 0.1078 0.7791 0.000 0.000 0.008 0.964 0.012 0.016
#> SRR596104 4 0.1078 0.7791 0.000 0.000 0.008 0.964 0.012 0.016
#> SRR596105 4 0.1078 0.7791 0.000 0.000 0.008 0.964 0.012 0.016
#> SRR651687 4 0.1078 0.7791 0.000 0.000 0.008 0.964 0.012 0.016
#> SRR651688 4 0.1078 0.7791 0.000 0.000 0.008 0.964 0.012 0.016
#> SRR651689 4 0.1078 0.7791 0.000 0.000 0.008 0.964 0.012 0.016
#> SRR578647 6 0.5598 0.0183 0.000 0.432 0.032 0.000 0.064 0.472
#> SRR578648 6 0.5598 0.0183 0.000 0.432 0.032 0.000 0.064 0.472
#> SRR578649 6 0.5598 0.0183 0.000 0.432 0.032 0.000 0.064 0.472
#> SRR578650 6 0.5598 0.0183 0.000 0.432 0.032 0.000 0.064 0.472
#> SRR651691 6 0.5598 0.0183 0.000 0.432 0.032 0.000 0.064 0.472
#> SRR577587 6 0.3547 0.7132 0.000 0.000 0.004 0.300 0.000 0.696
#> SRR577588 6 0.3547 0.7132 0.000 0.000 0.004 0.300 0.000 0.696
#> SRR577589 6 0.3547 0.7132 0.000 0.000 0.004 0.300 0.000 0.696
#> SRR577590 6 0.3547 0.7132 0.000 0.000 0.004 0.300 0.000 0.696
#> SRR596106 4 0.3804 0.5602 0.000 0.000 0.020 0.764 0.020 0.196
#> SRR596107 4 0.3804 0.5602 0.000 0.000 0.020 0.764 0.020 0.196
#> SRR596108 4 0.3804 0.5602 0.000 0.000 0.020 0.764 0.020 0.196
#> SRR596109 4 0.3804 0.5602 0.000 0.000 0.020 0.764 0.020 0.196
#> SRR651695 4 0.3804 0.5602 0.000 0.000 0.020 0.764 0.020 0.196
#> SRR651696 4 0.3804 0.5602 0.000 0.000 0.020 0.764 0.020 0.196
#> SRR651697 4 0.3804 0.5602 0.000 0.000 0.020 0.764 0.020 0.196
#> SRR651698 4 0.3804 0.5602 0.000 0.000 0.020 0.764 0.020 0.196
#> SRR651699 3 0.5788 0.6272 0.296 0.000 0.572 0.000 0.076 0.056
#> SRR651700 3 0.5788 0.6272 0.296 0.000 0.572 0.000 0.076 0.056
#> SRR651701 3 0.5788 0.6272 0.296 0.000 0.572 0.000 0.076 0.056
#> SRR651702 3 0.5788 0.6272 0.296 0.000 0.572 0.000 0.076 0.056
#> SRR651703 3 0.5788 0.6272 0.296 0.000 0.572 0.000 0.076 0.056
#> SRR651704 3 0.5788 0.6272 0.296 0.000 0.572 0.000 0.076 0.056
#> SRR578651 4 0.2570 0.7567 0.000 0.000 0.036 0.892 0.040 0.032
#> SRR578652 4 0.2570 0.7567 0.000 0.000 0.036 0.892 0.040 0.032
#> SRR578653 4 0.2570 0.7567 0.000 0.000 0.036 0.892 0.040 0.032
#> SRR578654 4 0.2570 0.7567 0.000 0.000 0.036 0.892 0.040 0.032
#> SRR651705 4 0.2570 0.7567 0.000 0.000 0.036 0.892 0.040 0.032
#> SRR651706 4 0.2570 0.7567 0.000 0.000 0.036 0.892 0.040 0.032
#> SRR651707 4 0.2570 0.7567 0.000 0.000 0.036 0.892 0.040 0.032
#> SRR651708 4 0.2570 0.7567 0.000 0.000 0.036 0.892 0.040 0.032
#> SRR1045618 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1045619 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1045620 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1045621 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1220501 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1220502 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1220503 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1220504 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1220505 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1220506 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1220507 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1220508 2 0.1429 0.8276 0.000 0.940 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR577595 2 0.0291 0.8352 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR577596 2 0.0291 0.8352 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR577597 2 0.0291 0.8352 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR577598 2 0.0291 0.8352 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR577599 1 0.4306 0.3914 0.624 0.000 0.032 0.000 0.344 0.000
#> SRR577600 1 0.4306 0.3914 0.624 0.000 0.032 0.000 0.344 0.000
#> SRR577601 1 0.4306 0.3914 0.624 0.000 0.032 0.000 0.344 0.000
#> SRR577602 1 0.4306 0.3914 0.624 0.000 0.032 0.000 0.344 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.6961 0.1477 0.460 0.000 0.236 0.052 0.240 0.012
#> SRR577580 1 0.6961 0.1477 0.460 0.000 0.236 0.052 0.240 0.012
#> SRR577581 1 0.6961 0.1477 0.460 0.000 0.236 0.052 0.240 0.012
#> SRR577582 1 0.6961 0.1477 0.460 0.000 0.236 0.052 0.240 0.012
#> SRR577583 6 0.3489 0.7156 0.000 0.000 0.004 0.288 0.000 0.708
#> SRR577584 6 0.3489 0.7156 0.000 0.000 0.004 0.288 0.000 0.708
#> SRR577585 6 0.3489 0.7156 0.000 0.000 0.004 0.288 0.000 0.708
#> SRR577586 6 0.3489 0.7156 0.000 0.000 0.004 0.288 0.000 0.708
#> SRR577591 6 0.3772 0.4533 0.000 0.296 0.000 0.008 0.004 0.692
#> SRR577592 6 0.3772 0.4533 0.000 0.296 0.000 0.008 0.004 0.692
#> SRR577593 6 0.3772 0.4533 0.000 0.296 0.000 0.008 0.004 0.692
#> SRR577594 6 0.3772 0.4533 0.000 0.296 0.000 0.008 0.004 0.692
#> SRR578635 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.6751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.2188 0.6527 0.912 0.000 0.020 0.000 0.032 0.036
#> SRR1057691 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR486238 1 0.2188 0.6527 0.912 0.000 0.020 0.000 0.032 0.036
#> SRR1057692 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR486239 1 0.2259 0.6564 0.908 0.000 0.020 0.000 0.032 0.040
#> SRR486240 1 0.2259 0.6564 0.908 0.000 0.020 0.000 0.032 0.040
#> SRR488136 1 0.2467 0.6457 0.896 0.000 0.020 0.000 0.048 0.036
#> SRR488137 1 0.2467 0.6457 0.896 0.000 0.020 0.000 0.048 0.036
#> SRR486241 1 0.2655 0.6387 0.884 0.000 0.020 0.000 0.060 0.036
#> SRR486242 1 0.2655 0.6387 0.884 0.000 0.020 0.000 0.060 0.036
#> SRR488684 1 0.2467 0.6457 0.896 0.000 0.020 0.000 0.048 0.036
#> SRR488685 1 0.2467 0.6457 0.896 0.000 0.020 0.000 0.048 0.036
#> SRR651673 1 0.4273 0.4215 0.648 0.000 0.016 0.000 0.324 0.012
#> SRR651674 1 0.4273 0.4215 0.648 0.000 0.016 0.000 0.324 0.012
#> SRR651675 1 0.4273 0.4215 0.648 0.000 0.016 0.000 0.324 0.012
#> SRR651676 1 0.4273 0.4215 0.648 0.000 0.016 0.000 0.324 0.012
#> SRR651677 1 0.4273 0.4215 0.648 0.000 0.016 0.000 0.324 0.012
#> SRR651678 1 0.4273 0.4215 0.648 0.000 0.016 0.000 0.324 0.012
#> SRR578639 1 0.1922 0.6527 0.924 0.000 0.012 0.000 0.040 0.024
#> SRR578640 1 0.1922 0.6527 0.924 0.000 0.012 0.000 0.040 0.024
#> SRR578641 1 0.1922 0.6527 0.924 0.000 0.012 0.000 0.040 0.024
#> SRR578642 1 0.1922 0.6527 0.924 0.000 0.012 0.000 0.040 0.024
#> SRR1045526 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1045527 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1045528 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1045529 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1220381 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1220382 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1220383 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1220384 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1220385 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1220386 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1220387 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1220388 4 0.0806 0.7802 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1045530 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045531 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045532 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045533 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220389 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220390 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220391 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220392 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220393 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220394 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220395 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1220396 1 0.1036 0.6730 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1045570 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1045571 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1045572 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1045573 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1220397 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1220398 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1220399 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1220400 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1220401 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1220402 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1220403 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1220404 3 0.5054 0.6673 0.288 0.000 0.632 0.004 0.060 0.016
#> SRR1045574 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1045575 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1045576 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1045577 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1220405 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1220406 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1220407 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1220408 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1220409 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1220410 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1220411 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1220412 3 0.4572 0.6291 0.160 0.000 0.732 0.084 0.024 0.000
#> SRR1045582 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1045583 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1045584 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1045585 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1220421 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1220422 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1220423 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1220424 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1220425 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1220426 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1220427 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1220428 4 0.0922 0.7775 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR1054856 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1054857 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1054858 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1054859 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1220429 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1220430 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1220431 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1220432 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1220433 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1220434 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1220435 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1220436 4 0.5019 0.6319 0.024 0.000 0.120 0.716 0.128 0.012
#> SRR1045586 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1045587 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1045588 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1045589 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1220438 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1220439 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1220441 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1220442 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1220443 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1220444 1 0.2905 0.6430 0.856 0.000 0.092 0.000 0.048 0.004
#> SRR1045594 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1045595 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1045596 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1045597 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1220453 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1220454 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1220455 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1220456 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1220457 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1220458 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1220459 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1220460 2 0.4937 0.6670 0.000 0.684 0.028 0.000 0.076 0.212
#> SRR1045598 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1045599 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1045600 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1045601 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1220461 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1220462 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1220463 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1220464 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1220465 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1220466 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1220467 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1220468 4 0.4984 0.6333 0.024 0.000 0.108 0.724 0.128 0.016
#> SRR1045602 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1045603 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1045604 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1045605 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1220469 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1220470 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1220471 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1220472 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1220473 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1220474 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1220475 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1220476 3 0.6550 0.3536 0.036 0.000 0.524 0.312 0.064 0.064
#> SRR1045606 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0146 0.8354 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1045615 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1045616 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1045617 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1220493 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1220494 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1220495 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1220496 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1220497 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1220498 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1220499 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR1220500 5 0.7059 0.7356 0.268 0.000 0.096 0.204 0.432 0.000
#> SRR651662 1 0.0964 0.6703 0.968 0.000 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR651663 4 0.3000 0.7524 0.000 0.000 0.064 0.864 0.048 0.024
#> SRR651664 4 0.3000 0.7524 0.000 0.000 0.064 0.864 0.048 0.024
#> SRR1045522 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1045523 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1045524 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1045525 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1220373 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1220374 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1220375 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1220376 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1220377 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1220378 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1220379 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1220380 1 0.6489 0.3063 0.512 0.000 0.324 0.036 0.096 0.032
#> SRR1045578 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1045579 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1045580 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1045581 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1220413 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1220414 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1220415 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1220416 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1220417 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1220418 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1220419 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1220420 1 0.3835 0.4273 0.656 0.000 0.004 0.000 0.336 0.004
#> SRR1045590 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1045591 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1045592 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1045593 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1220445 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1220446 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1220447 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1220448 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1220449 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1220450 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1220451 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1220452 1 0.6151 0.2887 0.512 0.000 0.356 0.028 0.080 0.024
#> SRR1045610 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1045611 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1045612 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1045613 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1220485 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1220486 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1220487 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1220488 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1220489 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1220490 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1220491 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
#> SRR1220492 2 0.2531 0.8160 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4266 0.574 0.574
#> 3 3 0.737 0.822 0.906 0.3296 0.913 0.850
#> 4 4 0.722 0.883 0.907 0.1612 0.839 0.673
#> 5 5 0.703 0.790 0.853 0.0652 0.970 0.909
#> 6 6 0.736 0.731 0.783 0.0561 0.939 0.802
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0 1 1 0
#> SRR020288 1 0 1 1 0
#> SRR020289 1 0 1 1 0
#> SRR020290 1 0 1 1 0
#> SRR020291 1 0 1 1 0
#> SRR020285 2 0 1 0 1
#> SRR1057683 2 0 1 0 1
#> SRR1057684 2 0 1 0 1
#> SRR020292 1 0 1 1 0
#> SRR020293 1 0 1 1 0
#> SRR020294 1 0 1 1 0
#> SRR020295 1 0 1 1 0
#> SRR020286 2 0 1 0 1
#> SRR1057689 2 0 1 0 1
#> SRR1057690 2 0 1 0 1
#> SRR1057685 2 0 1 0 1
#> SRR1057686 2 0 1 0 1
#> SRR1057687 2 0 1 0 1
#> SRR1057688 2 0 1 0 1
#> SRR578643 2 0 1 0 1
#> SRR578644 2 0 1 0 1
#> SRR578645 2 0 1 0 1
#> SRR578646 2 0 1 0 1
#> SRR651679 2 0 1 0 1
#> SRR651680 2 0 1 0 1
#> SRR651681 2 0 1 0 1
#> SRR651682 2 0 1 0 1
#> SRR578627 1 0 1 1 0
#> SRR578628 1 0 1 1 0
#> SRR578629 1 0 1 1 0
#> SRR578630 1 0 1 1 0
#> SRR651692 1 0 1 1 0
#> SRR651693 1 0 1 1 0
#> SRR651694 1 0 1 1 0
#> SRR596098 2 0 1 0 1
#> SRR596099 2 0 1 0 1
#> SRR596100 2 0 1 0 1
#> SRR596101 2 0 1 0 1
#> SRR651683 2 0 1 0 1
#> SRR651684 2 0 1 0 1
#> SRR651685 2 0 1 0 1
#> SRR651686 2 0 1 0 1
#> SRR596102 1 0 1 1 0
#> SRR596103 1 0 1 1 0
#> SRR596104 1 0 1 1 0
#> SRR596105 1 0 1 1 0
#> SRR651687 1 0 1 1 0
#> SRR651688 1 0 1 1 0
#> SRR651689 1 0 1 1 0
#> SRR578647 2 0 1 0 1
#> SRR578648 2 0 1 0 1
#> SRR578649 2 0 1 0 1
#> SRR578650 2 0 1 0 1
#> SRR651691 2 0 1 0 1
#> SRR577587 2 0 1 0 1
#> SRR577588 2 0 1 0 1
#> SRR577589 2 0 1 0 1
#> SRR577590 2 0 1 0 1
#> SRR596106 2 0 1 0 1
#> SRR596107 2 0 1 0 1
#> SRR596108 2 0 1 0 1
#> SRR596109 2 0 1 0 1
#> SRR651695 2 0 1 0 1
#> SRR651696 2 0 1 0 1
#> SRR651697 2 0 1 0 1
#> SRR651698 2 0 1 0 1
#> SRR651699 1 0 1 1 0
#> SRR651700 1 0 1 1 0
#> SRR651701 1 0 1 1 0
#> SRR651702 1 0 1 1 0
#> SRR651703 1 0 1 1 0
#> SRR651704 1 0 1 1 0
#> SRR578651 1 0 1 1 0
#> SRR578652 1 0 1 1 0
#> SRR578653 1 0 1 1 0
#> SRR578654 1 0 1 1 0
#> SRR651705 1 0 1 1 0
#> SRR651706 1 0 1 1 0
#> SRR651707 1 0 1 1 0
#> SRR651708 1 0 1 1 0
#> SRR1045618 2 0 1 0 1
#> SRR1045619 2 0 1 0 1
#> SRR1045620 2 0 1 0 1
#> SRR1045621 2 0 1 0 1
#> SRR1220501 2 0 1 0 1
#> SRR1220502 2 0 1 0 1
#> SRR1220503 2 0 1 0 1
#> SRR1220504 2 0 1 0 1
#> SRR1220505 2 0 1 0 1
#> SRR1220506 2 0 1 0 1
#> SRR1220507 2 0 1 0 1
#> SRR1220508 2 0 1 0 1
#> SRR577595 2 0 1 0 1
#> SRR577596 2 0 1 0 1
#> SRR577597 2 0 1 0 1
#> SRR577598 2 0 1 0 1
#> SRR577599 1 0 1 1 0
#> SRR577600 1 0 1 1 0
#> SRR577601 1 0 1 1 0
#> SRR577602 1 0 1 1 0
#> SRR578631 1 0 1 1 0
#> SRR578632 1 0 1 1 0
#> SRR578633 1 0 1 1 0
#> SRR578634 1 0 1 1 0
#> SRR651665 1 0 1 1 0
#> SRR651666 1 0 1 1 0
#> SRR651667 1 0 1 1 0
#> SRR651668 1 0 1 1 0
#> SRR577579 1 0 1 1 0
#> SRR577580 1 0 1 1 0
#> SRR577581 1 0 1 1 0
#> SRR577582 1 0 1 1 0
#> SRR577583 2 0 1 0 1
#> SRR577584 2 0 1 0 1
#> SRR577585 2 0 1 0 1
#> SRR577586 2 0 1 0 1
#> SRR577591 2 0 1 0 1
#> SRR577592 2 0 1 0 1
#> SRR577593 2 0 1 0 1
#> SRR577594 2 0 1 0 1
#> SRR578635 1 0 1 1 0
#> SRR578636 1 0 1 1 0
#> SRR578637 1 0 1 1 0
#> SRR578638 1 0 1 1 0
#> SRR651669 1 0 1 1 0
#> SRR651670 1 0 1 1 0
#> SRR651671 1 0 1 1 0
#> SRR651672 1 0 1 1 0
#> SRR486237 1 0 1 1 0
#> SRR1057691 2 0 1 0 1
#> SRR486238 1 0 1 1 0
#> SRR1057692 2 0 1 0 1
#> SRR486239 1 0 1 1 0
#> SRR486240 1 0 1 1 0
#> SRR488136 1 0 1 1 0
#> SRR488137 1 0 1 1 0
#> SRR486241 1 0 1 1 0
#> SRR486242 1 0 1 1 0
#> SRR488684 1 0 1 1 0
#> SRR488685 1 0 1 1 0
#> SRR651673 1 0 1 1 0
#> SRR651674 1 0 1 1 0
#> SRR651675 1 0 1 1 0
#> SRR651676 1 0 1 1 0
#> SRR651677 1 0 1 1 0
#> SRR651678 1 0 1 1 0
#> SRR578639 1 0 1 1 0
#> SRR578640 1 0 1 1 0
#> SRR578641 1 0 1 1 0
#> SRR578642 1 0 1 1 0
#> SRR1045526 1 0 1 1 0
#> SRR1045527 1 0 1 1 0
#> SRR1045528 1 0 1 1 0
#> SRR1045529 1 0 1 1 0
#> SRR1220381 1 0 1 1 0
#> SRR1220382 1 0 1 1 0
#> SRR1220383 1 0 1 1 0
#> SRR1220384 1 0 1 1 0
#> SRR1220385 1 0 1 1 0
#> SRR1220386 1 0 1 1 0
#> SRR1220387 1 0 1 1 0
#> SRR1220388 1 0 1 1 0
#> SRR1045530 1 0 1 1 0
#> SRR1045531 1 0 1 1 0
#> SRR1045532 1 0 1 1 0
#> SRR1045533 1 0 1 1 0
#> SRR1220389 1 0 1 1 0
#> SRR1220390 1 0 1 1 0
#> SRR1220391 1 0 1 1 0
#> SRR1220392 1 0 1 1 0
#> SRR1220393 1 0 1 1 0
#> SRR1220394 1 0 1 1 0
#> SRR1220395 1 0 1 1 0
#> SRR1220396 1 0 1 1 0
#> SRR1045570 1 0 1 1 0
#> SRR1045571 1 0 1 1 0
#> SRR1045572 1 0 1 1 0
#> SRR1045573 1 0 1 1 0
#> SRR1220397 1 0 1 1 0
#> SRR1220398 1 0 1 1 0
#> SRR1220399 1 0 1 1 0
#> SRR1220400 1 0 1 1 0
#> SRR1220401 1 0 1 1 0
#> SRR1220402 1 0 1 1 0
#> SRR1220403 1 0 1 1 0
#> SRR1220404 1 0 1 1 0
#> SRR1045574 1 0 1 1 0
#> SRR1045575 1 0 1 1 0
#> SRR1045576 1 0 1 1 0
#> SRR1045577 1 0 1 1 0
#> SRR1220405 1 0 1 1 0
#> SRR1220406 1 0 1 1 0
#> SRR1220407 1 0 1 1 0
#> SRR1220408 1 0 1 1 0
#> SRR1220409 1 0 1 1 0
#> SRR1220410 1 0 1 1 0
#> SRR1220411 1 0 1 1 0
#> SRR1220412 1 0 1 1 0
#> SRR1045582 1 0 1 1 0
#> SRR1045583 1 0 1 1 0
#> SRR1045584 1 0 1 1 0
#> SRR1045585 1 0 1 1 0
#> SRR1220421 1 0 1 1 0
#> SRR1220422 1 0 1 1 0
#> SRR1220423 1 0 1 1 0
#> SRR1220424 1 0 1 1 0
#> SRR1220425 1 0 1 1 0
#> SRR1220426 1 0 1 1 0
#> SRR1220427 1 0 1 1 0
#> SRR1220428 1 0 1 1 0
#> SRR1054856 1 0 1 1 0
#> SRR1054857 1 0 1 1 0
#> SRR1054858 1 0 1 1 0
#> SRR1054859 1 0 1 1 0
#> SRR1220429 1 0 1 1 0
#> SRR1220430 1 0 1 1 0
#> SRR1220431 1 0 1 1 0
#> SRR1220432 1 0 1 1 0
#> SRR1220433 1 0 1 1 0
#> SRR1220434 1 0 1 1 0
#> SRR1220435 1 0 1 1 0
#> SRR1220436 1 0 1 1 0
#> SRR1045586 1 0 1 1 0
#> SRR1045587 1 0 1 1 0
#> SRR1045588 1 0 1 1 0
#> SRR1045589 1 0 1 1 0
#> SRR1220438 1 0 1 1 0
#> SRR1220439 1 0 1 1 0
#> SRR1220441 1 0 1 1 0
#> SRR1220442 1 0 1 1 0
#> SRR1220443 1 0 1 1 0
#> SRR1220444 1 0 1 1 0
#> SRR1045594 2 0 1 0 1
#> SRR1045595 2 0 1 0 1
#> SRR1045596 2 0 1 0 1
#> SRR1045597 2 0 1 0 1
#> SRR1220453 2 0 1 0 1
#> SRR1220454 2 0 1 0 1
#> SRR1220455 2 0 1 0 1
#> SRR1220456 2 0 1 0 1
#> SRR1220457 2 0 1 0 1
#> SRR1220458 2 0 1 0 1
#> SRR1220459 2 0 1 0 1
#> SRR1220460 2 0 1 0 1
#> SRR1045598 1 0 1 1 0
#> SRR1045599 1 0 1 1 0
#> SRR1045600 1 0 1 1 0
#> SRR1045601 1 0 1 1 0
#> SRR1220461 1 0 1 1 0
#> SRR1220462 1 0 1 1 0
#> SRR1220463 1 0 1 1 0
#> SRR1220464 1 0 1 1 0
#> SRR1220465 1 0 1 1 0
#> SRR1220466 1 0 1 1 0
#> SRR1220467 1 0 1 1 0
#> SRR1220468 1 0 1 1 0
#> SRR1045602 1 0 1 1 0
#> SRR1045603 1 0 1 1 0
#> SRR1045604 1 0 1 1 0
#> SRR1045605 1 0 1 1 0
#> SRR1220469 1 0 1 1 0
#> SRR1220470 1 0 1 1 0
#> SRR1220471 1 0 1 1 0
#> SRR1220472 1 0 1 1 0
#> SRR1220473 1 0 1 1 0
#> SRR1220474 1 0 1 1 0
#> SRR1220475 1 0 1 1 0
#> SRR1220476 1 0 1 1 0
#> SRR1045606 2 0 1 0 1
#> SRR1045607 2 0 1 0 1
#> SRR1045608 2 0 1 0 1
#> SRR1045609 2 0 1 0 1
#> SRR1220477 2 0 1 0 1
#> SRR1220478 2 0 1 0 1
#> SRR1220479 2 0 1 0 1
#> SRR1220480 2 0 1 0 1
#> SRR1220481 2 0 1 0 1
#> SRR1220482 2 0 1 0 1
#> SRR1220483 2 0 1 0 1
#> SRR1220484 2 0 1 0 1
#> SRR1045614 1 0 1 1 0
#> SRR1045615 1 0 1 1 0
#> SRR1045616 1 0 1 1 0
#> SRR1045617 1 0 1 1 0
#> SRR1220493 1 0 1 1 0
#> SRR1220494 1 0 1 1 0
#> SRR1220495 1 0 1 1 0
#> SRR1220496 1 0 1 1 0
#> SRR1220497 1 0 1 1 0
#> SRR1220498 1 0 1 1 0
#> SRR1220499 1 0 1 1 0
#> SRR1220500 1 0 1 1 0
#> SRR651662 1 0 1 1 0
#> SRR651663 1 0 1 1 0
#> SRR651664 1 0 1 1 0
#> SRR1045522 1 0 1 1 0
#> SRR1045523 1 0 1 1 0
#> SRR1045524 1 0 1 1 0
#> SRR1045525 1 0 1 1 0
#> SRR1220373 1 0 1 1 0
#> SRR1220374 1 0 1 1 0
#> SRR1220375 1 0 1 1 0
#> SRR1220376 1 0 1 1 0
#> SRR1220377 1 0 1 1 0
#> SRR1220378 1 0 1 1 0
#> SRR1220379 1 0 1 1 0
#> SRR1220380 1 0 1 1 0
#> SRR1045578 1 0 1 1 0
#> SRR1045579 1 0 1 1 0
#> SRR1045580 1 0 1 1 0
#> SRR1045581 1 0 1 1 0
#> SRR1220413 1 0 1 1 0
#> SRR1220414 1 0 1 1 0
#> SRR1220415 1 0 1 1 0
#> SRR1220416 1 0 1 1 0
#> SRR1220417 1 0 1 1 0
#> SRR1220418 1 0 1 1 0
#> SRR1220419 1 0 1 1 0
#> SRR1220420 1 0 1 1 0
#> SRR1045590 1 0 1 1 0
#> SRR1045591 1 0 1 1 0
#> SRR1045592 1 0 1 1 0
#> SRR1045593 1 0 1 1 0
#> SRR1220445 1 0 1 1 0
#> SRR1220446 1 0 1 1 0
#> SRR1220447 1 0 1 1 0
#> SRR1220448 1 0 1 1 0
#> SRR1220449 1 0 1 1 0
#> SRR1220450 1 0 1 1 0
#> SRR1220451 1 0 1 1 0
#> SRR1220452 1 0 1 1 0
#> SRR1045610 2 0 1 0 1
#> SRR1045611 2 0 1 0 1
#> SRR1045612 2 0 1 0 1
#> SRR1045613 2 0 1 0 1
#> SRR1220485 2 0 1 0 1
#> SRR1220486 2 0 1 0 1
#> SRR1220487 2 0 1 0 1
#> SRR1220488 2 0 1 0 1
#> SRR1220489 2 0 1 0 1
#> SRR1220490 2 0 1 0 1
#> SRR1220491 2 0 1 0 1
#> SRR1220492 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.0747 0.863 0.984 0.000 0.016
#> SRR020288 1 0.0747 0.863 0.984 0.000 0.016
#> SRR020289 1 0.0747 0.863 0.984 0.000 0.016
#> SRR020290 1 0.0747 0.863 0.984 0.000 0.016
#> SRR020291 1 0.0747 0.863 0.984 0.000 0.016
#> SRR020285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR020292 1 0.0747 0.863 0.984 0.000 0.016
#> SRR020293 1 0.0747 0.863 0.984 0.000 0.016
#> SRR020294 1 0.0747 0.863 0.984 0.000 0.016
#> SRR020295 1 0.0747 0.863 0.984 0.000 0.016
#> SRR020286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578644 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578645 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578646 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651679 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651681 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651682 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578627 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR578628 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR578629 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR578630 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR651692 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR651693 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR651694 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR596098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596102 3 0.2066 0.825 0.060 0.000 0.940
#> SRR596103 3 0.2066 0.825 0.060 0.000 0.940
#> SRR596104 3 0.2066 0.825 0.060 0.000 0.940
#> SRR596105 3 0.2066 0.825 0.060 0.000 0.940
#> SRR651687 3 0.2066 0.825 0.060 0.000 0.940
#> SRR651688 3 0.2066 0.825 0.060 0.000 0.940
#> SRR651689 3 0.2066 0.825 0.060 0.000 0.940
#> SRR578647 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577587 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577588 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577589 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577590 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR596106 3 0.6291 0.252 0.000 0.468 0.532
#> SRR596107 3 0.6291 0.252 0.000 0.468 0.532
#> SRR596108 3 0.6291 0.252 0.000 0.468 0.532
#> SRR596109 3 0.6291 0.252 0.000 0.468 0.532
#> SRR651695 3 0.6291 0.252 0.000 0.468 0.532
#> SRR651696 3 0.6291 0.252 0.000 0.468 0.532
#> SRR651697 3 0.6291 0.252 0.000 0.468 0.532
#> SRR651698 3 0.6291 0.252 0.000 0.468 0.532
#> SRR651699 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR651700 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR651701 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR651702 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR651703 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR651704 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR578651 1 0.3879 0.772 0.848 0.000 0.152
#> SRR578652 1 0.3879 0.772 0.848 0.000 0.152
#> SRR578653 1 0.3879 0.772 0.848 0.000 0.152
#> SRR578654 1 0.3879 0.772 0.848 0.000 0.152
#> SRR651705 1 0.3879 0.772 0.848 0.000 0.152
#> SRR651706 1 0.3879 0.772 0.848 0.000 0.152
#> SRR651707 1 0.3879 0.772 0.848 0.000 0.152
#> SRR651708 1 0.3879 0.772 0.848 0.000 0.152
#> SRR1045618 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR577600 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR577601 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR577602 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR578631 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.3482 0.802 0.872 0.000 0.128
#> SRR577580 1 0.3482 0.802 0.872 0.000 0.128
#> SRR577581 1 0.3482 0.802 0.872 0.000 0.128
#> SRR577582 1 0.3482 0.802 0.872 0.000 0.128
#> SRR577583 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577591 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651673 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR651674 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR651675 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR651676 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR651677 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR651678 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR578639 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045527 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045528 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045529 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220381 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220382 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220383 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220384 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220385 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220386 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220387 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1220388 1 0.6299 0.370 0.524 0.000 0.476
#> SRR1045530 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045571 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045572 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045573 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220397 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220398 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220399 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220400 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220401 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220402 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220403 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1220404 1 0.1411 0.857 0.964 0.000 0.036
#> SRR1045574 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1045575 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1045576 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1045577 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1220405 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1220406 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1220407 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1220408 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1220409 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1220410 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1220411 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1220412 1 0.1529 0.856 0.960 0.000 0.040
#> SRR1045582 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1045583 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1045584 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1045585 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1220421 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1220422 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1220423 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1220424 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1220425 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1220426 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1220427 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1220428 3 0.1643 0.830 0.044 0.000 0.956
#> SRR1054856 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1054857 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1054858 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1054859 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1220429 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1220430 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1220431 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1220432 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1220433 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1220434 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1220435 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1220436 1 0.6225 0.455 0.568 0.000 0.432
#> SRR1045586 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1045599 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1045600 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1045601 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1220461 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1220462 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1220463 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1220464 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1220465 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1220466 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1220467 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1220468 1 0.6244 0.438 0.560 0.000 0.440
#> SRR1045602 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045603 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045604 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045605 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220469 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220470 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220471 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220472 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220473 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220474 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220475 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1220476 1 0.1753 0.851 0.952 0.000 0.048
#> SRR1045606 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1045615 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1045616 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1045617 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1220493 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1220494 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1220495 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1220496 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1220497 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1220498 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1220499 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR1220500 1 0.6008 0.545 0.628 0.000 0.372
#> SRR651662 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR651663 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR651664 1 0.1289 0.858 0.968 0.000 0.032
#> SRR1045522 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1045579 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1045580 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1045581 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1220413 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1220414 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1220415 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1220416 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1220417 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1220418 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1220419 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1220420 1 0.2959 0.821 0.900 0.000 0.100
#> SRR1045590 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.866 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 1 0.3311 0.771 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR020288 1 0.3311 0.771 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR020289 1 0.3311 0.771 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR020290 1 0.3311 0.771 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR020291 1 0.3311 0.771 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR020285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.3356 0.765 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR020293 1 0.3356 0.765 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR020294 1 0.3356 0.765 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR020295 1 0.3356 0.765 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR020286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578644 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578645 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578646 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651679 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651680 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651681 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR651682 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR578627 3 0.4304 0.882 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR578628 3 0.4304 0.882 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR578629 3 0.4304 0.882 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR578630 3 0.4304 0.882 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR651692 3 0.4304 0.882 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR651693 3 0.4304 0.882 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR651694 3 0.4304 0.882 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.1913 0.878 0.040 0.000 0.020 0.940
#> SRR596103 4 0.1913 0.878 0.040 0.000 0.020 0.940
#> SRR596104 4 0.1913 0.878 0.040 0.000 0.020 0.940
#> SRR596105 4 0.1913 0.878 0.040 0.000 0.020 0.940
#> SRR651687 4 0.1913 0.878 0.040 0.000 0.020 0.940
#> SRR651688 4 0.1913 0.878 0.040 0.000 0.020 0.940
#> SRR651689 4 0.1913 0.878 0.040 0.000 0.020 0.940
#> SRR578647 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577587 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577588 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577589 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577590 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.4818 0.771 0.000 0.216 0.036 0.748
#> SRR596107 4 0.4818 0.771 0.000 0.216 0.036 0.748
#> SRR596108 4 0.4818 0.771 0.000 0.216 0.036 0.748
#> SRR596109 4 0.4818 0.771 0.000 0.216 0.036 0.748
#> SRR651695 4 0.4818 0.771 0.000 0.216 0.036 0.748
#> SRR651696 4 0.4818 0.771 0.000 0.216 0.036 0.748
#> SRR651697 4 0.4818 0.771 0.000 0.216 0.036 0.748
#> SRR651698 4 0.4818 0.771 0.000 0.216 0.036 0.748
#> SRR651699 3 0.4250 0.888 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR651700 3 0.4250 0.888 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR651701 3 0.4250 0.888 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR651702 3 0.4250 0.888 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR651703 3 0.4250 0.888 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR651704 3 0.4250 0.888 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR578651 3 0.1610 0.693 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR578652 3 0.1610 0.693 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR578653 3 0.1610 0.693 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR578654 3 0.1610 0.693 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR651705 3 0.1610 0.693 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR651706 3 0.1610 0.693 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR651707 3 0.1610 0.693 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR651708 3 0.1610 0.693 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR1045618 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR578632 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR578633 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR578634 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651665 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651666 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651667 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651668 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577581 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577582 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577583 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR578636 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR578637 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR578638 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651669 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651670 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651671 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651672 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR486237 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR486240 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR488136 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR488137 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR486241 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR486242 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR488684 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR488685 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651673 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.1716 0.882 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR578640 1 0.1716 0.882 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR578641 1 0.1716 0.882 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR578642 1 0.1716 0.882 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1045526 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1045527 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1045528 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1045529 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1220381 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1220382 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1220383 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1220384 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1220385 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1220386 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1220387 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1220388 1 0.5522 0.560 0.668 0.000 0.044 0.288
#> SRR1045530 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045531 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045532 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045533 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220389 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220390 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220391 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220392 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220393 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220394 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220395 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220396 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045570 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1045571 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1045572 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1045573 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1220397 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1220398 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1220399 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1220400 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1220401 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1220402 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1220403 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1220404 3 0.4164 0.899 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1045574 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1045575 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1045576 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1045577 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1220405 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1220406 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1220407 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1220408 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1220409 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1220410 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1220411 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1220412 3 0.4040 0.900 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1045582 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1045583 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1045584 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1045585 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1220421 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1220422 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1220423 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1220424 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1220425 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1220426 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1220427 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1220428 4 0.0707 0.891 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1054856 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1054857 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1054858 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1054859 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1220429 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1220430 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1220431 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1220432 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1220433 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1220434 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1220435 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1220436 1 0.3958 0.768 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1045586 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045587 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045588 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045589 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220438 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220439 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220441 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220442 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220443 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220444 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1045599 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1045600 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1045601 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1220461 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1220462 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1220463 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1220464 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1220465 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1220466 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1220467 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1220468 1 0.4121 0.752 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1045602 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1045603 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1045604 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1045605 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1220469 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1220470 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1220471 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1220472 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1220473 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1220474 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1220475 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1220476 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1045615 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1045616 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1045617 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1220493 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1220494 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1220495 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1220496 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1220497 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1220498 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1220499 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1220500 1 0.2053 0.834 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR651662 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR651663 3 0.4454 0.851 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR651664 3 0.4454 0.851 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1045522 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045523 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045524 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045525 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220373 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220374 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220375 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220376 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220377 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220378 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220379 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220380 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045591 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045592 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045593 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220445 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220446 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220447 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220448 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220449 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220450 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220451 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1220452 1 0.1792 0.883 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 1 0.5288 0.427 0.696 0.000 0.120 0.008 0.176
#> SRR020288 1 0.5288 0.427 0.696 0.000 0.120 0.008 0.176
#> SRR020289 1 0.5288 0.427 0.696 0.000 0.120 0.008 0.176
#> SRR020290 1 0.5288 0.427 0.696 0.000 0.120 0.008 0.176
#> SRR020291 1 0.5288 0.427 0.696 0.000 0.120 0.008 0.176
#> SRR020285 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.5331 0.418 0.692 0.000 0.124 0.008 0.176
#> SRR020293 1 0.5331 0.418 0.692 0.000 0.124 0.008 0.176
#> SRR020294 1 0.5331 0.418 0.692 0.000 0.124 0.008 0.176
#> SRR020295 1 0.5331 0.418 0.692 0.000 0.124 0.008 0.176
#> SRR020286 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.1704 0.930 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR578644 2 0.1704 0.930 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR578645 2 0.1704 0.930 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR578646 2 0.1704 0.930 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR651679 2 0.1704 0.930 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR651680 2 0.1704 0.930 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR651681 2 0.1704 0.930 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR651682 2 0.1704 0.930 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR578627 3 0.4127 0.829 0.312 0.000 0.680 0.000 0.008
#> SRR578628 3 0.4127 0.829 0.312 0.000 0.680 0.000 0.008
#> SRR578629 3 0.4127 0.829 0.312 0.000 0.680 0.000 0.008
#> SRR578630 3 0.4127 0.829 0.312 0.000 0.680 0.000 0.008
#> SRR651692 3 0.4127 0.829 0.312 0.000 0.680 0.000 0.008
#> SRR651693 3 0.4127 0.829 0.312 0.000 0.680 0.000 0.008
#> SRR651694 3 0.4127 0.829 0.312 0.000 0.680 0.000 0.008
#> SRR596098 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.4607 0.667 0.012 0.000 0.004 0.616 0.368
#> SRR596103 4 0.4607 0.667 0.012 0.000 0.004 0.616 0.368
#> SRR596104 4 0.4607 0.667 0.012 0.000 0.004 0.616 0.368
#> SRR596105 4 0.4607 0.667 0.012 0.000 0.004 0.616 0.368
#> SRR651687 4 0.4607 0.667 0.012 0.000 0.004 0.616 0.368
#> SRR651688 4 0.4607 0.667 0.012 0.000 0.004 0.616 0.368
#> SRR651689 4 0.4607 0.667 0.012 0.000 0.004 0.616 0.368
#> SRR578647 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577587 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577588 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577589 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577590 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596106 4 0.2304 0.691 0.000 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR596107 4 0.2304 0.691 0.000 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR596108 4 0.2304 0.691 0.000 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR596109 4 0.2304 0.691 0.000 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR651695 4 0.2304 0.691 0.000 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR651696 4 0.2304 0.691 0.000 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR651697 4 0.2304 0.691 0.000 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR651698 4 0.2304 0.691 0.000 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR651699 3 0.3534 0.865 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR651700 3 0.3534 0.865 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR651701 3 0.3534 0.865 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR651702 3 0.3534 0.865 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR651703 3 0.3534 0.865 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR651704 3 0.3534 0.865 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR578651 3 0.3264 0.565 0.020 0.000 0.836 0.004 0.140
#> SRR578652 3 0.3264 0.565 0.020 0.000 0.836 0.004 0.140
#> SRR578653 3 0.3264 0.565 0.020 0.000 0.836 0.004 0.140
#> SRR578654 3 0.3264 0.565 0.020 0.000 0.836 0.004 0.140
#> SRR651705 3 0.3264 0.565 0.020 0.000 0.836 0.004 0.140
#> SRR651706 3 0.3264 0.565 0.020 0.000 0.836 0.004 0.140
#> SRR651707 3 0.3264 0.565 0.020 0.000 0.836 0.004 0.140
#> SRR651708 3 0.3264 0.565 0.020 0.000 0.836 0.004 0.140
#> SRR1045618 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR577600 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR577601 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR577602 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR578631 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.2929 0.688 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR577580 1 0.2929 0.688 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR577581 1 0.2929 0.688 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR577582 1 0.2929 0.688 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR577583 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0162 0.787 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057691 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0162 0.787 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1057692 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0324 0.785 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR488137 1 0.0324 0.785 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR486241 1 0.0162 0.787 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR486242 1 0.0162 0.787 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR488684 1 0.0324 0.785 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR488685 1 0.0324 0.785 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR651673 1 0.3003 0.684 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR651674 1 0.3003 0.684 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR651675 1 0.3003 0.684 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR651676 1 0.3003 0.684 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR651677 1 0.3003 0.684 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR651678 1 0.3003 0.684 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR578639 1 0.0510 0.786 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR578640 1 0.0510 0.786 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR578641 1 0.0510 0.786 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR578642 1 0.0510 0.786 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1045526 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1045527 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1045528 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1045529 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1220381 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1220382 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1220383 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1220384 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1220385 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1220386 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1220387 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1220388 5 0.6323 1.000 0.292 0.000 0.032 0.100 0.576
#> SRR1045530 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045531 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045532 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045533 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220389 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220390 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220391 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220392 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220393 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220394 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220395 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1220396 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1045570 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.3561 0.869 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1045575 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1045576 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1045577 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1220405 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1220406 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1220407 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1220408 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1220409 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1220410 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1220411 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1220412 3 0.4229 0.862 0.276 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1045582 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1045583 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1045584 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1045585 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1220421 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1220422 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1220423 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1220424 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1220425 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1220426 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1220427 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1220428 4 0.4029 0.774 0.000 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1054856 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1054857 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1054858 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1054859 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1220429 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1220430 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1220431 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1220432 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1220433 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1220434 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1220435 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1220436 1 0.5769 0.351 0.604 0.000 0.016 0.076 0.304
#> SRR1045586 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1045599 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1045600 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1045601 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1220461 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1220462 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1220463 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1220464 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1220465 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1220466 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1220467 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1220468 1 0.6077 0.259 0.568 0.000 0.012 0.108 0.312
#> SRR1045602 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1045603 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1045604 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1045605 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1220469 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1220470 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1220471 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1220472 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1220473 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1220474 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1220475 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1220476 3 0.3264 0.824 0.164 0.000 0.820 0.000 0.016
#> SRR1045606 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1045615 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1045616 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1045617 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1220493 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1220494 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1220495 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1220496 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1220497 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1220498 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1220499 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1220500 1 0.3814 0.567 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR651662 1 0.0162 0.788 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR651663 3 0.4723 0.612 0.448 0.000 0.536 0.000 0.016
#> SRR651664 3 0.4723 0.612 0.448 0.000 0.536 0.000 0.016
#> SRR1045522 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1045523 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1045524 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1045525 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1220373 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1220374 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1220375 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1220376 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1220377 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1220378 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1220379 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1220380 1 0.0404 0.786 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1045578 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1045579 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1045580 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1045581 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1220413 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1220414 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1220415 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1220416 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1220417 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1220418 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1220419 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1220420 1 0.3039 0.680 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1045590 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045591 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045592 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045593 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220445 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220446 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220447 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220448 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220449 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220450 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220451 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220452 1 0.0290 0.787 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045610 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 1 0.7477 0.115 0.500 0.000 0.088 0.204 0.144 0.064
#> SRR020288 1 0.7477 0.115 0.500 0.000 0.088 0.204 0.144 0.064
#> SRR020289 1 0.7477 0.115 0.500 0.000 0.088 0.204 0.144 0.064
#> SRR020290 1 0.7477 0.115 0.500 0.000 0.088 0.204 0.144 0.064
#> SRR020291 1 0.7477 0.115 0.500 0.000 0.088 0.204 0.144 0.064
#> SRR020285 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.7477 0.115 0.500 0.000 0.088 0.204 0.144 0.064
#> SRR020293 1 0.7477 0.115 0.500 0.000 0.088 0.204 0.144 0.064
#> SRR020294 1 0.7477 0.115 0.500 0.000 0.088 0.204 0.144 0.064
#> SRR020295 1 0.7477 0.115 0.500 0.000 0.088 0.204 0.144 0.064
#> SRR020286 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR578644 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR578645 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR578646 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR651679 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR651680 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR651681 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR651682 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR578627 3 0.4682 0.784 0.332 0.000 0.624 0.020 0.004 0.020
#> SRR578628 3 0.4682 0.784 0.332 0.000 0.624 0.020 0.004 0.020
#> SRR578629 3 0.4682 0.784 0.332 0.000 0.624 0.020 0.004 0.020
#> SRR578630 3 0.4682 0.784 0.332 0.000 0.624 0.020 0.004 0.020
#> SRR651692 3 0.4682 0.784 0.332 0.000 0.624 0.020 0.004 0.020
#> SRR651693 3 0.4682 0.784 0.332 0.000 0.624 0.020 0.004 0.020
#> SRR651694 3 0.4682 0.784 0.332 0.000 0.624 0.020 0.004 0.020
#> SRR596098 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 5 0.5916 0.320 0.020 0.000 0.000 0.140 0.516 0.324
#> SRR596103 5 0.5916 0.320 0.020 0.000 0.000 0.140 0.516 0.324
#> SRR596104 5 0.5916 0.320 0.020 0.000 0.000 0.140 0.516 0.324
#> SRR596105 5 0.5916 0.320 0.020 0.000 0.000 0.140 0.516 0.324
#> SRR651687 5 0.5916 0.320 0.020 0.000 0.000 0.140 0.516 0.324
#> SRR651688 5 0.5916 0.320 0.020 0.000 0.000 0.140 0.516 0.324
#> SRR651689 5 0.5916 0.320 0.020 0.000 0.000 0.140 0.516 0.324
#> SRR578647 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577587 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577588 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577589 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577590 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596106 6 0.3211 0.615 0.000 0.076 0.000 0.056 0.020 0.848
#> SRR596107 6 0.3211 0.615 0.000 0.076 0.000 0.056 0.020 0.848
#> SRR596108 6 0.3211 0.615 0.000 0.076 0.000 0.056 0.020 0.848
#> SRR596109 6 0.3211 0.615 0.000 0.076 0.000 0.056 0.020 0.848
#> SRR651695 6 0.3211 0.615 0.000 0.076 0.000 0.056 0.020 0.848
#> SRR651696 6 0.3211 0.615 0.000 0.076 0.000 0.056 0.020 0.848
#> SRR651697 6 0.3211 0.615 0.000 0.076 0.000 0.056 0.020 0.848
#> SRR651698 6 0.3211 0.615 0.000 0.076 0.000 0.056 0.020 0.848
#> SRR651699 3 0.3136 0.835 0.228 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004
#> SRR651700 3 0.3136 0.835 0.228 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004
#> SRR651701 3 0.3136 0.835 0.228 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004
#> SRR651702 3 0.3136 0.835 0.228 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004
#> SRR651703 3 0.3136 0.835 0.228 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004
#> SRR651704 3 0.3136 0.835 0.228 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004
#> SRR578651 3 0.6172 0.449 0.024 0.000 0.636 0.148 0.116 0.076
#> SRR578652 3 0.6172 0.449 0.024 0.000 0.636 0.148 0.116 0.076
#> SRR578653 3 0.6172 0.449 0.024 0.000 0.636 0.148 0.116 0.076
#> SRR578654 3 0.6172 0.449 0.024 0.000 0.636 0.148 0.116 0.076
#> SRR651705 3 0.6172 0.449 0.024 0.000 0.636 0.148 0.116 0.076
#> SRR651706 3 0.6172 0.449 0.024 0.000 0.636 0.148 0.116 0.076
#> SRR651707 3 0.6172 0.449 0.024 0.000 0.636 0.148 0.116 0.076
#> SRR651708 3 0.6172 0.449 0.024 0.000 0.636 0.148 0.116 0.076
#> SRR1045618 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.5620 0.334 0.588 0.000 0.008 0.156 0.244 0.004
#> SRR577600 1 0.5620 0.334 0.588 0.000 0.008 0.156 0.244 0.004
#> SRR577601 1 0.5620 0.334 0.588 0.000 0.008 0.156 0.244 0.004
#> SRR577602 1 0.5620 0.334 0.588 0.000 0.008 0.156 0.244 0.004
#> SRR578631 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578632 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578633 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578634 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651665 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651666 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651667 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651668 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR577579 1 0.5134 0.396 0.652 0.000 0.008 0.112 0.224 0.004
#> SRR577580 1 0.5134 0.396 0.652 0.000 0.008 0.112 0.224 0.004
#> SRR577581 1 0.5134 0.396 0.652 0.000 0.008 0.112 0.224 0.004
#> SRR577582 1 0.5134 0.396 0.652 0.000 0.008 0.112 0.224 0.004
#> SRR577583 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577591 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578635 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578636 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578637 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578638 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651669 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651670 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651671 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR651672 1 0.0146 0.701 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR486237 1 0.0291 0.700 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0291 0.700 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0146 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0146 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0820 0.694 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR488137 1 0.0820 0.694 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR486241 1 0.1088 0.686 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016 0.000
#> SRR486242 1 0.1088 0.686 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016 0.000
#> SRR488684 1 0.0820 0.694 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR488685 1 0.0820 0.694 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR651673 1 0.5559 0.344 0.600 0.000 0.008 0.156 0.232 0.004
#> SRR651674 1 0.5559 0.344 0.600 0.000 0.008 0.156 0.232 0.004
#> SRR651675 1 0.5559 0.344 0.600 0.000 0.008 0.156 0.232 0.004
#> SRR651676 1 0.5559 0.344 0.600 0.000 0.008 0.156 0.232 0.004
#> SRR651677 1 0.5559 0.344 0.600 0.000 0.008 0.156 0.232 0.004
#> SRR651678 1 0.5559 0.344 0.600 0.000 0.008 0.156 0.232 0.004
#> SRR578639 1 0.0632 0.692 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0632 0.692 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0632 0.692 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0632 0.692 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1045526 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1045527 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1045528 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1045529 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1220381 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1220382 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1220383 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1220384 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1220385 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1220386 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1220387 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1220388 5 0.4528 0.762 0.168 0.000 0.012 0.084 0.732 0.004
#> SRR1045530 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0291 0.697 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1045570 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.3023 0.836 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1045575 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1045576 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1045577 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1220405 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1220406 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1220407 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1220408 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1220409 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1220410 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1220411 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1220412 3 0.4974 0.811 0.296 0.000 0.640 0.024 0.016 0.024
#> SRR1045582 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1045583 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1045584 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1045585 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1220421 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1220422 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1220423 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1220424 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1220425 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1220426 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1220427 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1220428 6 0.6094 0.689 0.000 0.000 0.004 0.224 0.376 0.396
#> SRR1054856 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1054857 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1054858 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1054859 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1220429 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1220430 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1220431 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1220432 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1220433 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1220434 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1220435 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1220436 4 0.4040 0.972 0.356 0.000 0.004 0.632 0.004 0.004
#> SRR1045586 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045587 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045588 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045589 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220438 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220439 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220441 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220442 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220443 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220444 1 0.0260 0.700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1045599 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1045600 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1045601 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1220461 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1220462 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1220463 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1220464 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1220465 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1220466 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1220467 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1220468 4 0.3925 0.971 0.332 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1045602 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1045603 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1045604 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1045605 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1220469 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1220470 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1220471 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1220472 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1220473 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1220474 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1220475 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1220476 3 0.3647 0.778 0.132 0.000 0.812 0.020 0.028 0.008
#> SRR1045606 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1045615 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1045616 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1045617 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1220493 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1220494 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1220495 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1220496 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1220497 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1220498 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1220499 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR1220500 1 0.6129 0.114 0.496 0.000 0.008 0.236 0.256 0.004
#> SRR651662 1 0.0146 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR651663 1 0.5298 -0.174 0.584 0.000 0.332 0.060 0.004 0.020
#> SRR651664 1 0.5298 -0.174 0.584 0.000 0.332 0.060 0.004 0.020
#> SRR1045522 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.1700 0.630 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1045579 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1045580 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1045581 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1220413 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1220414 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1220415 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1220416 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1220417 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1220418 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1220419 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1220420 1 0.5590 0.342 0.592 0.000 0.008 0.152 0.244 0.004
#> SRR1045590 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0603 0.690 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.4046 0.593 0.593
#> 3 3 1.000 0.984 0.994 0.6172 0.688 0.501
#> 4 4 1.000 0.969 0.988 0.0760 0.936 0.818
#> 5 5 0.876 0.878 0.921 0.0855 0.898 0.669
#> 6 6 0.880 0.866 0.912 0.0565 0.947 0.769
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020288 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020289 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020290 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020291 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020285 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1057683 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1057684 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR020292 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020293 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020294 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020295 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR020286 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1057689 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1057690 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1057685 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1057686 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1057687 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1057688 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR578643 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR578644 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR578645 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR578646 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR651679 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR651680 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR651681 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR651682 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR578627 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578628 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578629 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578630 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651692 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651693 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651694 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596098 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR596099 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR596100 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR596101 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR651683 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR651684 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR651685 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR651686 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR596102 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596103 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596104 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596105 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651687 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651688 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651689 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578647 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR578648 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR578649 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR578650 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR651691 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577587 2 0.844 0.638 0.272 0.728
#> SRR577588 2 0.844 0.638 0.272 0.728
#> SRR577589 2 0.844 0.638 0.272 0.728
#> SRR577590 2 0.844 0.638 0.272 0.728
#> SRR596106 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596107 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596108 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR596109 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651695 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651696 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651697 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651698 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651699 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651700 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651701 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651702 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651703 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651704 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578651 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578652 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578653 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578654 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651705 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651706 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651707 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651708 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045619 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045620 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045621 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220501 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220502 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220503 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220504 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220505 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220506 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220507 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220508 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577595 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577596 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577597 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577598 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577599 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577581 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577582 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR577583 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577584 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577585 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577586 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577591 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577592 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577593 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR577594 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR486238 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR486239 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488137 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486241 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR486242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488684 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR488685 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651673 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578640 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578641 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR578642 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045574 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045575 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045576 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045577 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220405 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220406 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220407 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220408 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220409 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220410 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220411 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220412 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045582 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045583 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045584 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045585 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220421 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220422 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220423 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220424 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220425 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220426 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220427 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220428 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054856 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054857 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054858 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1054859 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220429 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220430 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220431 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220432 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220433 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220434 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220435 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220436 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045595 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045596 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045597 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220453 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220454 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220455 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220456 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220457 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220458 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220459 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220460 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045598 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045602 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045603 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045604 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045605 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220469 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220470 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220471 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220472 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220473 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220474 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220475 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220476 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045607 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045608 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045609 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220477 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220478 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220479 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220480 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220481 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220482 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220483 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220484 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045614 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR651664 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045611 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045612 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1045613 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220485 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220486 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220487 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220488 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220489 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220490 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220491 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1220492 2 0.000 0.989 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 3 0.3267 0.868 0.116 0 0.884
#> SRR020288 3 0.0747 0.983 0.016 0 0.984
#> SRR020289 3 0.0747 0.983 0.016 0 0.984
#> SRR020290 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR020291 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR020285 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR020292 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR020293 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR020294 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR020295 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR020286 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR578643 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR578644 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR578645 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR578646 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651679 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651680 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651681 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651682 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR578627 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578628 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578629 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578630 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651692 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651693 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651694 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR596102 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR596103 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR596104 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR596105 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651687 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651688 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651689 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR578647 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR577587 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR596106 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR596107 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR596108 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR596109 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651695 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651696 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651697 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651698 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651699 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651700 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651701 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651702 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651703 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651704 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578651 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR578652 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR578653 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR578654 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651705 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651706 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651707 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651708 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045618 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR577579 1 0.6126 0.344 0.600 0 0.400
#> SRR577580 1 0.6168 0.311 0.588 0 0.412
#> SRR577581 1 0.6140 0.333 0.596 0 0.404
#> SRR577582 1 0.6280 0.162 0.540 0 0.460
#> SRR577583 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR577584 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR577585 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR577586 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR577591 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651673 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578639 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045526 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045527 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045528 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045529 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220381 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220382 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220383 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220384 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220385 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220386 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220387 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220388 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045570 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045571 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045572 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045573 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220397 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220398 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220399 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220400 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220401 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220402 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220403 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220404 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045574 3 0.0424 0.991 0.008 0 0.992
#> SRR1045575 3 0.0424 0.991 0.008 0 0.992
#> SRR1045576 3 0.0424 0.991 0.008 0 0.992
#> SRR1045577 3 0.0424 0.991 0.008 0 0.992
#> SRR1220405 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220411 3 0.0237 0.994 0.004 0 0.996
#> SRR1220412 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045582 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045583 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045584 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045585 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220421 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220422 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220423 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220424 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220425 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220426 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220427 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220428 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1054856 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1054857 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1054858 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1054859 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220429 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220430 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220431 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220432 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220433 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220434 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220435 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220436 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045586 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045598 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045599 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045600 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045601 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220461 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220462 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220463 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220464 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220465 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220466 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220467 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220468 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045602 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045603 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045604 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045605 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220469 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220470 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220471 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220472 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220473 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220474 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220475 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1220476 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045606 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045614 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1045615 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1045616 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1045617 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1220493 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1220494 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1220495 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1220496 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1220497 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1220498 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1220499 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR1220500 3 0.0747 0.984 0.016 0 0.984
#> SRR651662 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR651663 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR651664 3 0.0000 0.997 0.000 0 1.000
#> SRR1045522 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045590 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.985 1.000 0 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR020288 4 0.0188 0.988 0.004 0 0.000 0.996
#> SRR020289 4 0.0188 0.988 0.004 0 0.000 0.996
#> SRR020290 4 0.0336 0.984 0.008 0 0.000 0.992
#> SRR020291 4 0.0336 0.984 0.008 0 0.000 0.992
#> SRR020285 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR020292 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR020293 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR020294 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR020295 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR020286 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR578643 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR578644 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR578645 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR578646 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR651679 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR651680 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR651681 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR651682 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR578627 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578628 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578629 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578630 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651692 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651693 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651694 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR596103 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR596104 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR596105 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651687 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651688 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651689 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR578647 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR578648 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR578649 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR578650 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR651691 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577587 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577588 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577589 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577590 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR596106 3 0.4193 0.699 0.000 0 0.732 0.268
#> SRR596107 3 0.4356 0.664 0.000 0 0.708 0.292
#> SRR596108 3 0.3975 0.735 0.000 0 0.760 0.240
#> SRR596109 3 0.3764 0.763 0.000 0 0.784 0.216
#> SRR651695 3 0.4356 0.664 0.000 0 0.708 0.292
#> SRR651696 3 0.4830 0.468 0.000 0 0.608 0.392
#> SRR651697 3 0.3726 0.767 0.000 0 0.788 0.212
#> SRR651698 3 0.4761 0.514 0.000 0 0.628 0.372
#> SRR651699 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651700 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651701 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651702 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651703 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651704 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578651 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR578652 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR578653 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR578654 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651705 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651706 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651707 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651708 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045618 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.4898 0.290 0.584 0 0.000 0.416
#> SRR577580 1 0.4955 0.206 0.556 0 0.000 0.444
#> SRR577581 1 0.4955 0.206 0.556 0 0.000 0.444
#> SRR577582 4 0.4981 0.115 0.464 0 0.000 0.536
#> SRR577583 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577584 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577585 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577586 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577591 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577592 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577593 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR577594 3 0.0000 0.916 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651673 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045526 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045527 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045528 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045529 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220381 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220382 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220383 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220384 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220385 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220386 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220387 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220388 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045571 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045572 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045573 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220397 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220398 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220399 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220400 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220401 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220402 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220403 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220404 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045574 4 0.0336 0.984 0.008 0 0.000 0.992
#> SRR1045575 4 0.0336 0.984 0.008 0 0.000 0.992
#> SRR1045576 4 0.0336 0.984 0.008 0 0.000 0.992
#> SRR1045577 4 0.0336 0.984 0.008 0 0.000 0.992
#> SRR1220405 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220406 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220407 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220408 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220409 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220410 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220411 4 0.0188 0.988 0.004 0 0.000 0.996
#> SRR1220412 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045582 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045583 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045584 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045585 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220421 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220422 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220423 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220424 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220425 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220426 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220427 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220428 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1054856 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1054857 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1054858 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1054859 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220429 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220430 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220431 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220432 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220433 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220434 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220435 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220436 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045586 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045599 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045600 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045601 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220461 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220462 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220463 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220464 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220465 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220466 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220467 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220468 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045602 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045603 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045604 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045605 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220469 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220470 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220471 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220472 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220473 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220474 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220475 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1220476 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045606 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045614 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1045615 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1045616 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1045617 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1220493 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1220494 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1220495 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1220496 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1220497 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1220498 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1220499 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR1220500 4 0.0469 0.980 0.012 0 0.000 0.988
#> SRR651662 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR651663 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR651664 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1045522 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.987 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 4 0.0290 0.95329 0.008 0.0 0.000 0.992 0.000
#> SRR020288 4 0.0162 0.95720 0.004 0.0 0.000 0.996 0.000
#> SRR020289 4 0.0162 0.95720 0.004 0.0 0.000 0.996 0.000
#> SRR020290 4 0.0290 0.95329 0.008 0.0 0.000 0.992 0.000
#> SRR020291 4 0.0290 0.95329 0.008 0.0 0.000 0.992 0.000
#> SRR020285 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1057683 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1057684 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR020292 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR020293 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR020294 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR020295 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR020286 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1057690 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1057685 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR578643 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR578644 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR578645 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR578646 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR651679 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR651680 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR651681 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR651682 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR578627 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR596103 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR596104 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR596105 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR651687 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR651688 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR651689 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR578647 5 0.3109 0.76229 0.000 0.2 0.000 0.000 0.800
#> SRR578648 5 0.3109 0.76229 0.000 0.2 0.000 0.000 0.800
#> SRR578649 5 0.3109 0.76229 0.000 0.2 0.000 0.000 0.800
#> SRR578650 5 0.3109 0.76229 0.000 0.2 0.000 0.000 0.800
#> SRR651691 5 0.3109 0.76229 0.000 0.2 0.000 0.000 0.800
#> SRR577587 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577588 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577589 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577590 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR596106 5 0.3684 0.65370 0.000 0.0 0.000 0.280 0.720
#> SRR596107 5 0.3816 0.62560 0.000 0.0 0.000 0.304 0.696
#> SRR596108 5 0.3480 0.68667 0.000 0.0 0.000 0.248 0.752
#> SRR596109 5 0.3366 0.70076 0.000 0.0 0.000 0.232 0.768
#> SRR651695 5 0.3816 0.62560 0.000 0.0 0.000 0.304 0.696
#> SRR651696 5 0.4150 0.46680 0.000 0.0 0.000 0.388 0.612
#> SRR651697 5 0.3210 0.71597 0.000 0.0 0.000 0.212 0.788
#> SRR651698 5 0.4088 0.51220 0.000 0.0 0.000 0.368 0.632
#> SRR651699 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651700 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651701 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651702 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651703 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651704 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578651 4 0.0162 0.95766 0.000 0.0 0.004 0.996 0.000
#> SRR578652 4 0.0162 0.95766 0.000 0.0 0.004 0.996 0.000
#> SRR578653 4 0.0162 0.95766 0.000 0.0 0.004 0.996 0.000
#> SRR578654 4 0.0162 0.95766 0.000 0.0 0.004 0.996 0.000
#> SRR651705 4 0.0162 0.95766 0.000 0.0 0.004 0.996 0.000
#> SRR651706 4 0.0162 0.95766 0.000 0.0 0.004 0.996 0.000
#> SRR651707 4 0.0162 0.95766 0.000 0.0 0.004 0.996 0.000
#> SRR651708 4 0.0162 0.95766 0.000 0.0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR577600 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR577601 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR577602 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 4 0.6396 -0.06145 0.416 0.0 0.168 0.416 0.000
#> SRR577580 4 0.6510 -0.00917 0.360 0.0 0.196 0.444 0.000
#> SRR577581 4 0.6450 -0.03381 0.384 0.0 0.180 0.436 0.000
#> SRR577582 4 0.6275 0.12393 0.308 0.0 0.176 0.516 0.000
#> SRR577583 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577584 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577585 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577586 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577591 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577592 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577593 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR577594 5 0.0000 0.87198 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651673 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR651674 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR651675 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR651676 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR651677 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR651678 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045526 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045527 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045528 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045529 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220381 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220382 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220383 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220384 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220385 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220386 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220387 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220388 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.3452 0.76385 0.244 0.0 0.756 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.3579 0.72045 0.004 0.0 0.756 0.240 0.000
#> SRR1045575 3 0.3579 0.72045 0.004 0.0 0.756 0.240 0.000
#> SRR1045576 3 0.3579 0.72045 0.004 0.0 0.756 0.240 0.000
#> SRR1045577 3 0.3579 0.72045 0.004 0.0 0.756 0.240 0.000
#> SRR1220405 3 0.3452 0.71839 0.000 0.0 0.756 0.244 0.000
#> SRR1220406 3 0.3452 0.71839 0.000 0.0 0.756 0.244 0.000
#> SRR1220407 3 0.3452 0.71839 0.000 0.0 0.756 0.244 0.000
#> SRR1220408 3 0.3452 0.71839 0.000 0.0 0.756 0.244 0.000
#> SRR1220409 3 0.3452 0.71839 0.000 0.0 0.756 0.244 0.000
#> SRR1220410 3 0.3452 0.71839 0.000 0.0 0.756 0.244 0.000
#> SRR1220411 3 0.3452 0.71839 0.000 0.0 0.756 0.244 0.000
#> SRR1220412 3 0.3452 0.71839 0.000 0.0 0.756 0.244 0.000
#> SRR1045582 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045583 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045584 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045585 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220421 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220422 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220423 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220424 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220425 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220426 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220427 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220428 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1054856 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1054857 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1054858 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1054859 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220429 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220430 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220431 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220432 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220433 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220434 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220435 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220436 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045586 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045599 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045600 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045601 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220461 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220462 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220463 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220464 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220465 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220466 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220467 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220468 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.3684 0.69869 0.000 0.0 0.720 0.280 0.000
#> SRR1045603 3 0.3796 0.68305 0.000 0.0 0.700 0.300 0.000
#> SRR1045604 3 0.3730 0.69394 0.000 0.0 0.712 0.288 0.000
#> SRR1045605 3 0.3796 0.68297 0.000 0.0 0.700 0.300 0.000
#> SRR1220469 3 0.3730 0.69376 0.000 0.0 0.712 0.288 0.000
#> SRR1220470 3 0.3796 0.68294 0.000 0.0 0.700 0.300 0.000
#> SRR1220471 3 0.3730 0.69376 0.000 0.0 0.712 0.288 0.000
#> SRR1220472 3 0.3752 0.69046 0.000 0.0 0.708 0.292 0.000
#> SRR1220473 3 0.3796 0.68268 0.000 0.0 0.700 0.300 0.000
#> SRR1220474 3 0.3752 0.69062 0.000 0.0 0.708 0.292 0.000
#> SRR1220475 3 0.3913 0.65336 0.000 0.0 0.676 0.324 0.000
#> SRR1220476 3 0.3730 0.69376 0.000 0.0 0.712 0.288 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.93591 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1045615 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1045616 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1045617 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1220493 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1220494 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1220495 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1220496 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1220497 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1220498 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1220499 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR1220500 4 0.1408 0.91858 0.008 0.0 0.044 0.948 0.000
#> SRR651662 1 0.0000 0.96812 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000
#> SRR651663 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR651664 4 0.0000 0.96064 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045523 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045524 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045525 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220373 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220374 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220375 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220376 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220377 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220378 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220379 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220380 1 0.0162 0.96575 0.996 0.0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045578 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.1121 0.94194 0.956 0.0 0.044 0.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.4306 -0.24680 0.508 0.0 0.492 0.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.4287 -0.12863 0.540 0.0 0.460 0.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.3452 0.58782 0.756 0.0 0.244 0.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.3913 0.38288 0.676 0.0 0.324 0.000 0.000
#> SRR1220445 3 0.3707 0.73341 0.284 0.0 0.716 0.000 0.000
#> SRR1220446 3 0.4074 0.60815 0.364 0.0 0.636 0.000 0.000
#> SRR1220447 3 0.3837 0.70321 0.308 0.0 0.692 0.000 0.000
#> SRR1220448 3 0.3752 0.72429 0.292 0.0 0.708 0.000 0.000
#> SRR1220449 3 0.3774 0.71922 0.296 0.0 0.704 0.000 0.000
#> SRR1220450 3 0.3837 0.70374 0.308 0.0 0.692 0.000 0.000
#> SRR1220451 3 0.3730 0.72917 0.288 0.0 0.712 0.000 0.000
#> SRR1220452 3 0.3983 0.65129 0.340 0.0 0.660 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.3109 0.86660 0.000 0.8 0.200 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 4 0.1757 0.86788 0.076 0.000 0.000 0.916 0.008 0.000
#> SRR020288 4 0.0520 0.95254 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR020289 4 0.0520 0.95254 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR020290 4 0.0520 0.95254 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR020291 4 0.0520 0.95254 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR020285 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1057683 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1057684 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR020292 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020293 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020294 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020295 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR020286 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1057689 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1057690 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1057685 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1057686 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1057687 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1057688 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR578643 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578644 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578645 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578646 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651679 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651680 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651681 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR651682 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578627 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR596099 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR596100 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR596101 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR651683 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR651684 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR651685 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR651686 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR596102 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596103 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596104 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596105 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651687 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651688 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651689 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578647 6 0.3309 0.66421 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR578648 6 0.3309 0.66421 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR578649 6 0.3309 0.66421 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR578650 6 0.3330 0.65963 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR651691 6 0.3330 0.65963 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR577587 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577588 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577589 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577590 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR596106 6 0.3464 0.60903 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR596107 6 0.3578 0.56452 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR596108 6 0.3330 0.63551 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR596109 6 0.3126 0.66578 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR651695 6 0.3578 0.56452 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR651696 6 0.3747 0.44813 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR651697 6 0.2969 0.68439 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR651698 6 0.3659 0.51799 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR651699 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR651700 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR651701 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR651702 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR651703 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR651704 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR578651 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578652 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578653 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578654 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651705 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651706 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651707 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651708 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045618 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.3368 0.83572 0.232 0.000 0.012 0.000 0.756 0.000
#> SRR577600 5 0.3368 0.83572 0.232 0.000 0.012 0.000 0.756 0.000
#> SRR577601 5 0.3368 0.83572 0.232 0.000 0.012 0.000 0.756 0.000
#> SRR577602 5 0.3368 0.83572 0.232 0.000 0.012 0.000 0.756 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577579 4 0.7059 0.02715 0.192 0.000 0.308 0.408 0.092 0.000
#> SRR577580 4 0.6974 0.04248 0.156 0.000 0.324 0.420 0.100 0.000
#> SRR577581 4 0.6495 -0.00367 0.200 0.000 0.348 0.420 0.032 0.000
#> SRR577582 4 0.6197 0.08256 0.152 0.000 0.356 0.464 0.028 0.000
#> SRR577583 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577584 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577585 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577586 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577591 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577592 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577593 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR577594 6 0.0000 0.84183 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR578635 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486237 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057691 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR486238 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057692 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR486239 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR488136 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488137 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486241 1 0.0363 0.97194 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR486242 1 0.0363 0.97194 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR488684 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR488685 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651673 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR651674 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR651675 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR651676 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR651677 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR651678 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR578639 1 0.0146 0.97970 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578640 1 0.0146 0.97970 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578641 1 0.0146 0.97970 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR578642 1 0.0146 0.97970 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045526 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045527 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045528 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045529 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220381 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220382 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220383 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220384 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220385 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220386 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220387 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220388 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045530 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.1007 0.85220 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.1007 0.84335 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045583 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045584 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045585 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220421 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220422 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220423 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220424 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220425 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220426 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220427 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220428 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1054856 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1054857 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1054858 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1054859 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220429 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220430 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220431 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220432 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220433 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220434 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220435 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220436 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045586 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0146 0.98202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045595 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045596 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045597 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220453 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220454 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220455 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220456 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220457 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220458 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220459 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1220460 2 0.0260 0.90081 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1045598 4 0.0260 0.95946 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045599 4 0.0260 0.95946 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045600 4 0.0260 0.95946 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045601 4 0.0260 0.95946 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1220461 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220462 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220463 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220464 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220465 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220466 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220467 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1220468 4 0.0146 0.96270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1045602 3 0.3151 0.69173 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.3266 0.67403 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.3221 0.68242 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.3244 0.67863 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.3244 0.67863 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.3266 0.67392 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.3244 0.67863 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.3244 0.67858 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.3309 0.66424 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.3244 0.67863 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.3390 0.64191 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.3221 0.68202 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.90303 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1045615 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1045616 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1045617 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1220493 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1220494 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1220495 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1220496 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1220497 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1220498 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1220499 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR1220500 5 0.3342 0.68930 0.000 0.000 0.012 0.228 0.760 0.000
#> SRR651662 1 0.0000 0.98296 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651663 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651664 4 0.0000 0.96390 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045522 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0508 0.97485 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045524 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0603 0.97192 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220374 1 0.0508 0.97485 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220375 1 0.0508 0.97485 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220376 1 0.0508 0.97485 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220377 1 0.0508 0.97485 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220378 1 0.0508 0.97485 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1220379 1 0.0363 0.97698 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0508 0.97485 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1045578 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1045579 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1045580 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1045581 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1220413 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1220414 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1220415 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1220416 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1220417 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1220418 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1220419 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1220420 5 0.3101 0.84198 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1045590 3 0.3862 0.17728 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045591 3 0.3854 0.21320 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.3126 0.63272 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.3607 0.41290 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220445 3 0.1814 0.82132 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220446 3 0.3221 0.64210 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220447 3 0.2562 0.75690 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220448 3 0.2178 0.79656 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220449 3 0.2048 0.80704 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220450 3 0.2793 0.72330 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220451 3 0.2003 0.81064 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220452 3 0.2762 0.73197 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1045611 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1045612 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1045613 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1220485 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1220486 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1220487 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1220488 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1220489 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1220490 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1220491 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
#> SRR1220492 2 0.4014 0.79937 0.000 0.716 0.044 0.000 0.240 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.616 0.845 0.930 0.4202 0.615 0.615
#> 3 3 0.653 0.885 0.923 0.3829 0.773 0.640
#> 4 4 0.668 0.692 0.825 0.1866 0.719 0.483
#> 5 5 0.738 0.665 0.806 0.1112 0.846 0.606
#> 6 6 0.780 0.650 0.756 0.0578 0.916 0.671
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR020288 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR020289 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR020290 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR020291 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR020285 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1057683 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1057684 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR020292 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR020293 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR020294 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR020295 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR020286 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1057689 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1057690 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1057685 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR578643 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR578644 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR578645 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR578646 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651679 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651680 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651681 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651682 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR578627 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR578628 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR578629 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR578630 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR651692 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR651693 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR651694 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR596098 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR596102 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR596103 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR596104 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR596105 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651687 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651688 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651689 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR578647 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577587 2 0.9970 -0.0325 0.468 0.532
#> SRR577588 2 0.9970 -0.0325 0.468 0.532
#> SRR577589 2 0.9970 -0.0325 0.468 0.532
#> SRR577590 2 0.9970 -0.0325 0.468 0.532
#> SRR596106 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR596107 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR596108 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR596109 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651695 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651696 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651697 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651698 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR651699 1 0.6712 0.7903 0.824 0.176
#> SRR651700 1 0.6712 0.7903 0.824 0.176
#> SRR651701 1 0.6712 0.7903 0.824 0.176
#> SRR651702 1 0.6712 0.7903 0.824 0.176
#> SRR651703 1 0.6712 0.7903 0.824 0.176
#> SRR651704 1 0.6712 0.7903 0.824 0.176
#> SRR578651 1 0.7815 0.7434 0.768 0.232
#> SRR578652 1 0.7745 0.7461 0.772 0.228
#> SRR578653 1 0.7815 0.7434 0.768 0.232
#> SRR578654 1 0.7815 0.7434 0.768 0.232
#> SRR651705 1 0.7815 0.7434 0.768 0.232
#> SRR651706 1 0.7815 0.7434 0.768 0.232
#> SRR651707 1 0.7745 0.7461 0.772 0.228
#> SRR651708 1 0.7815 0.7434 0.768 0.232
#> SRR1045618 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577599 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR577600 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR577601 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR577602 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578631 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR577580 1 0.0376 0.9050 0.996 0.004
#> SRR577581 1 0.0376 0.9050 0.996 0.004
#> SRR577582 1 0.0376 0.9050 0.996 0.004
#> SRR577583 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577584 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577585 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577586 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR577591 2 0.8955 0.4567 0.312 0.688
#> SRR577592 2 0.8955 0.4567 0.312 0.688
#> SRR577593 2 0.8955 0.4567 0.312 0.688
#> SRR577594 2 0.8955 0.4567 0.312 0.688
#> SRR578635 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651671 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR486237 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR1057691 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR486238 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR1057692 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR486239 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR486240 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR488136 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR488137 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR486241 1 0.9710 0.3030 0.600 0.400
#> SRR486242 1 0.9710 0.3030 0.600 0.400
#> SRR488684 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR488685 1 0.9732 0.2922 0.596 0.404
#> SRR651673 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651674 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651675 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651676 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651677 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651678 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578639 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578640 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578641 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR578642 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045526 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045527 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045528 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045529 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220381 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220382 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220383 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220384 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220385 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220386 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220387 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220388 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045530 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045571 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045572 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045573 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220397 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220398 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220399 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220400 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220401 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220402 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220403 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220404 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045574 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045575 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045576 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045577 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220405 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220406 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220407 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220408 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220409 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220410 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220411 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220412 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045582 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045583 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045584 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045585 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220421 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220422 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220423 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220424 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220425 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220426 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220427 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220428 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1054856 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1054857 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1054858 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1054859 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220429 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220430 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220431 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220432 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220433 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220434 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220435 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220436 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045586 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045598 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045599 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045600 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045601 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220461 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220462 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220463 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220464 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220465 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220466 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220467 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1220468 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR1045602 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045603 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045604 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045605 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220469 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220470 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220471 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220472 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220473 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220474 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220475 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1220476 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045614 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045615 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045616 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045617 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220493 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220494 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220495 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220496 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220497 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220498 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220499 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220500 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651662 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR651663 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR651664 1 0.7602 0.7512 0.780 0.220
#> SRR1045522 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045579 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045580 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045581 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220413 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220414 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220415 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220416 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220417 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220418 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220419 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220420 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045590 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR020288 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR020289 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR020290 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR020291 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR020285 2 0.2165 0.904 0.000 0.936 0.064
#> SRR1057683 2 0.2165 0.904 0.000 0.936 0.064
#> SRR1057684 2 0.2165 0.904 0.000 0.936 0.064
#> SRR020292 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR020293 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR020294 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR020295 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR020286 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.2165 0.904 0.000 0.936 0.064
#> SRR1057690 2 0.2165 0.904 0.000 0.936 0.064
#> SRR1057685 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR578643 3 0.4963 0.920 0.200 0.008 0.792
#> SRR578644 3 0.4963 0.920 0.200 0.008 0.792
#> SRR578645 3 0.4963 0.920 0.200 0.008 0.792
#> SRR578646 3 0.4963 0.920 0.200 0.008 0.792
#> SRR651679 3 0.4963 0.920 0.200 0.008 0.792
#> SRR651680 3 0.4963 0.920 0.200 0.008 0.792
#> SRR651681 3 0.4963 0.920 0.200 0.008 0.792
#> SRR651682 3 0.4963 0.920 0.200 0.008 0.792
#> SRR578627 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR578628 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR578629 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR578630 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR651692 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR651693 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR651694 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR596098 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR596102 3 0.5397 0.854 0.280 0.000 0.720
#> SRR596103 3 0.5465 0.843 0.288 0.000 0.712
#> SRR596104 3 0.5397 0.854 0.280 0.000 0.720
#> SRR596105 3 0.5431 0.848 0.284 0.000 0.716
#> SRR651687 3 0.5431 0.849 0.284 0.000 0.716
#> SRR651688 3 0.5465 0.843 0.288 0.000 0.712
#> SRR651689 3 0.5397 0.854 0.280 0.000 0.720
#> SRR578647 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR578648 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR578649 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR578650 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR651691 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR577587 2 0.0237 0.944 0.004 0.996 0.000
#> SRR577588 2 0.0237 0.944 0.004 0.996 0.000
#> SRR577589 2 0.0237 0.944 0.004 0.996 0.000
#> SRR577590 2 0.0237 0.944 0.004 0.996 0.000
#> SRR596106 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR596107 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR596108 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR596109 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR651695 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR651696 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR651697 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR651698 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR651699 1 0.3192 0.864 0.888 0.000 0.112
#> SRR651700 1 0.3192 0.864 0.888 0.000 0.112
#> SRR651701 1 0.3192 0.864 0.888 0.000 0.112
#> SRR651702 1 0.3192 0.864 0.888 0.000 0.112
#> SRR651703 1 0.3192 0.864 0.888 0.000 0.112
#> SRR651704 1 0.3192 0.864 0.888 0.000 0.112
#> SRR578651 2 0.6096 0.555 0.280 0.704 0.016
#> SRR578652 2 0.6096 0.555 0.280 0.704 0.016
#> SRR578653 2 0.6096 0.555 0.280 0.704 0.016
#> SRR578654 2 0.6096 0.555 0.280 0.704 0.016
#> SRR651705 2 0.6096 0.555 0.280 0.704 0.016
#> SRR651706 2 0.6096 0.555 0.280 0.704 0.016
#> SRR651707 2 0.6096 0.555 0.280 0.704 0.016
#> SRR651708 2 0.6062 0.561 0.276 0.708 0.016
#> SRR1045618 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR577599 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR577600 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR577601 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR577602 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR578631 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR578632 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR578633 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR578634 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR651665 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR651666 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR651667 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR651668 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR577579 1 0.0592 0.913 0.988 0.000 0.012
#> SRR577580 1 0.0592 0.913 0.988 0.000 0.012
#> SRR577581 1 0.0747 0.911 0.984 0.000 0.016
#> SRR577582 1 0.1163 0.904 0.972 0.000 0.028
#> SRR577583 2 0.0237 0.944 0.004 0.996 0.000
#> SRR577584 2 0.0237 0.944 0.004 0.996 0.000
#> SRR577585 2 0.0237 0.944 0.004 0.996 0.000
#> SRR577586 2 0.0237 0.944 0.004 0.996 0.000
#> SRR577591 2 0.5093 0.789 0.088 0.836 0.076
#> SRR577592 2 0.5093 0.789 0.088 0.836 0.076
#> SRR577593 2 0.5093 0.789 0.088 0.836 0.076
#> SRR577594 2 0.5093 0.789 0.088 0.836 0.076
#> SRR578635 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR578636 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR578637 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR578638 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR651669 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR651670 1 0.0237 0.916 0.996 0.000 0.004
#> SRR651671 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR651672 1 0.0237 0.916 0.996 0.000 0.004
#> SRR486237 3 0.4654 0.920 0.208 0.000 0.792
#> SRR1057691 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR486238 3 0.4654 0.920 0.208 0.000 0.792
#> SRR1057692 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR486239 1 0.5835 0.387 0.660 0.000 0.340
#> SRR486240 1 0.5733 0.438 0.676 0.000 0.324
#> SRR488136 3 0.3412 0.917 0.124 0.000 0.876
#> SRR488137 3 0.3412 0.917 0.124 0.000 0.876
#> SRR486241 3 0.3551 0.920 0.132 0.000 0.868
#> SRR486242 3 0.3551 0.920 0.132 0.000 0.868
#> SRR488684 3 0.3412 0.917 0.124 0.000 0.876
#> SRR488685 3 0.3412 0.917 0.124 0.000 0.876
#> SRR651673 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR651674 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR651675 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR651676 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR651677 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR651678 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR578639 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR578640 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR578641 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR578642 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045526 1 0.4235 0.746 0.824 0.000 0.176
#> SRR1045527 1 0.4235 0.746 0.824 0.000 0.176
#> SRR1045528 1 0.4235 0.746 0.824 0.000 0.176
#> SRR1045529 1 0.4235 0.746 0.824 0.000 0.176
#> SRR1220381 1 0.4235 0.746 0.824 0.000 0.176
#> SRR1220382 1 0.4178 0.752 0.828 0.000 0.172
#> SRR1220383 1 0.4178 0.752 0.828 0.000 0.172
#> SRR1220384 1 0.4235 0.746 0.824 0.000 0.176
#> SRR1220385 1 0.4121 0.758 0.832 0.000 0.168
#> SRR1220386 1 0.4235 0.746 0.824 0.000 0.176
#> SRR1220387 1 0.4178 0.752 0.828 0.000 0.172
#> SRR1220388 1 0.4235 0.746 0.824 0.000 0.176
#> SRR1045530 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045531 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045532 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045533 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220389 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220390 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220391 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220392 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220393 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220394 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220395 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220396 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045570 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1045571 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1045572 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1045573 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1220397 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1220398 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1220399 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1220400 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1220401 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1220402 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1220403 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1220404 1 0.3644 0.854 0.872 0.004 0.124
#> SRR1045574 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1045575 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1045576 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1045577 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220405 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220406 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220407 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220408 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220409 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220410 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220411 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220412 1 0.3412 0.857 0.876 0.000 0.124
#> SRR1045582 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1045583 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1045584 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1045585 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1220421 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1220422 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1220423 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1220424 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1220425 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1220426 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1220427 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1220428 3 0.4399 0.942 0.188 0.000 0.812
#> SRR1054856 1 0.2878 0.853 0.904 0.000 0.096
#> SRR1054857 1 0.3116 0.841 0.892 0.000 0.108
#> SRR1054858 1 0.2878 0.853 0.904 0.000 0.096
#> SRR1054859 1 0.2878 0.853 0.904 0.000 0.096
#> SRR1220429 1 0.4121 0.767 0.832 0.000 0.168
#> SRR1220430 1 0.3941 0.783 0.844 0.000 0.156
#> SRR1220431 1 0.4702 0.693 0.788 0.000 0.212
#> SRR1220432 1 0.4291 0.748 0.820 0.000 0.180
#> SRR1220433 1 0.4452 0.729 0.808 0.000 0.192
#> SRR1220434 1 0.4346 0.742 0.816 0.000 0.184
#> SRR1220435 1 0.4121 0.767 0.832 0.000 0.168
#> SRR1220436 1 0.4178 0.761 0.828 0.000 0.172
#> SRR1045586 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045587 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045588 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045589 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220438 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220439 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220441 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220442 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220443 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220444 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045594 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.3038 0.845 0.896 0.000 0.104
#> SRR1045599 1 0.3116 0.840 0.892 0.000 0.108
#> SRR1045600 1 0.2959 0.848 0.900 0.000 0.100
#> SRR1045601 1 0.2878 0.852 0.904 0.000 0.096
#> SRR1220461 1 0.3412 0.823 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220462 1 0.3267 0.832 0.884 0.000 0.116
#> SRR1220463 1 0.3340 0.828 0.880 0.000 0.120
#> SRR1220464 1 0.3482 0.819 0.872 0.000 0.128
#> SRR1220465 1 0.3412 0.823 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220466 1 0.3340 0.828 0.880 0.000 0.120
#> SRR1220467 1 0.3412 0.823 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220468 1 0.3340 0.828 0.880 0.000 0.120
#> SRR1045602 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1045603 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1045604 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1045605 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1220469 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1220470 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1220471 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1220472 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1220473 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1220474 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1220475 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1220476 1 0.3989 0.848 0.864 0.012 0.124
#> SRR1045606 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045615 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045616 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1045617 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220493 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220494 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220495 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220496 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220497 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220498 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220499 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR1220500 1 0.0424 0.915 0.992 0.000 0.008
#> SRR651662 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR651663 2 0.6899 0.385 0.364 0.612 0.024
#> SRR651664 2 0.6859 0.401 0.356 0.620 0.024
#> SRR1045522 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045523 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045524 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045525 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220373 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220374 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220375 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220376 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220377 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220378 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220379 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220380 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045578 1 0.0892 0.912 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045579 1 0.0892 0.912 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045580 1 0.1163 0.908 0.972 0.000 0.028
#> SRR1045581 1 0.0892 0.912 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220413 1 0.0892 0.912 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220414 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220415 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220416 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220417 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220418 1 0.0747 0.913 0.984 0.000 0.016
#> SRR1220419 1 0.0892 0.912 0.980 0.000 0.020
#> SRR1220420 1 0.0892 0.912 0.980 0.000 0.020
#> SRR1045590 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045591 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045592 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045593 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220445 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220446 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220447 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220448 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220449 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220450 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220451 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220452 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045610 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 4 0.1716 0.9230 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR020288 4 0.1716 0.9230 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR020289 4 0.1716 0.9230 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR020290 4 0.1716 0.9230 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR020291 4 0.1716 0.9230 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR020285 2 0.1798 0.9277 0.016 0.944 0.000 0.040
#> SRR1057683 2 0.1798 0.9277 0.016 0.944 0.000 0.040
#> SRR1057684 2 0.1798 0.9277 0.016 0.944 0.000 0.040
#> SRR020292 4 0.1716 0.9230 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR020293 4 0.1716 0.9230 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR020294 4 0.1716 0.9230 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR020295 4 0.1716 0.9230 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR020286 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.1798 0.9277 0.016 0.944 0.000 0.040
#> SRR1057690 2 0.1798 0.9277 0.016 0.944 0.000 0.040
#> SRR1057685 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR578643 1 0.1743 0.6350 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR578644 1 0.1743 0.6350 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR578645 1 0.1743 0.6350 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR578646 1 0.1743 0.6350 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR651679 1 0.1743 0.6350 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR651680 1 0.1743 0.6350 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR651681 1 0.1743 0.6350 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR651682 1 0.1743 0.6350 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR578627 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR578628 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR578629 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR578630 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR651692 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR651693 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR651694 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR596098 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR596102 1 0.0376 0.6611 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR596103 1 0.0376 0.6611 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR596104 1 0.0376 0.6611 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR596105 1 0.0376 0.6611 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR651687 1 0.0376 0.6611 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR651688 1 0.0376 0.6611 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR651689 1 0.0376 0.6611 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR578647 2 0.0927 0.9539 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR578648 2 0.0804 0.9561 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR578649 2 0.0804 0.9561 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR578650 2 0.0804 0.9561 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR651691 2 0.0804 0.9561 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR577587 2 0.5871 0.3651 0.332 0.628 0.016 0.024
#> SRR577588 2 0.5974 0.3599 0.332 0.624 0.020 0.024
#> SRR577589 2 0.5871 0.3651 0.332 0.628 0.016 0.024
#> SRR577590 2 0.5871 0.3651 0.332 0.628 0.016 0.024
#> SRR596106 1 0.0657 0.6572 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR596107 1 0.0657 0.6572 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR596108 1 0.0657 0.6572 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR596109 1 0.0657 0.6572 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR651695 1 0.0657 0.6572 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR651696 1 0.0657 0.6572 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR651697 1 0.0657 0.6572 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR651698 1 0.0657 0.6572 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR651699 3 0.1733 0.9485 0.028 0.000 0.948 0.024
#> SRR651700 3 0.1733 0.9485 0.028 0.000 0.948 0.024
#> SRR651701 3 0.1733 0.9485 0.028 0.000 0.948 0.024
#> SRR651702 3 0.1733 0.9485 0.028 0.000 0.948 0.024
#> SRR651703 3 0.1733 0.9485 0.028 0.000 0.948 0.024
#> SRR651704 3 0.1733 0.9485 0.028 0.000 0.948 0.024
#> SRR578651 1 0.8243 0.3188 0.488 0.148 0.316 0.048
#> SRR578652 1 0.8243 0.3188 0.488 0.148 0.316 0.048
#> SRR578653 1 0.8243 0.3188 0.488 0.148 0.316 0.048
#> SRR578654 1 0.8243 0.3188 0.488 0.148 0.316 0.048
#> SRR651705 1 0.8243 0.3188 0.488 0.148 0.316 0.048
#> SRR651706 1 0.8243 0.3188 0.488 0.148 0.316 0.048
#> SRR651707 1 0.8243 0.3188 0.488 0.148 0.316 0.048
#> SRR651708 1 0.8243 0.3188 0.488 0.148 0.316 0.048
#> SRR1045618 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR577599 1 0.5599 0.3117 0.664 0.000 0.048 0.288
#> SRR577600 1 0.5764 0.2766 0.644 0.000 0.052 0.304
#> SRR577601 1 0.5623 0.3036 0.660 0.000 0.048 0.292
#> SRR577602 1 0.5498 0.3433 0.680 0.000 0.048 0.272
#> SRR578631 1 0.6464 0.4605 0.540 0.000 0.076 0.384
#> SRR578632 1 0.6435 0.4466 0.532 0.000 0.072 0.396
#> SRR578633 1 0.6464 0.4605 0.540 0.000 0.076 0.384
#> SRR578634 1 0.6454 0.4658 0.544 0.000 0.076 0.380
#> SRR651665 1 0.6483 0.4495 0.532 0.000 0.076 0.392
#> SRR651666 1 0.6443 0.4408 0.528 0.000 0.072 0.400
#> SRR651667 1 0.6432 0.4760 0.552 0.000 0.076 0.372
#> SRR651668 1 0.6451 0.4345 0.524 0.000 0.072 0.404
#> SRR577579 1 0.1940 0.6600 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR577580 1 0.1940 0.6600 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR577581 1 0.1940 0.6600 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR577582 1 0.1867 0.6603 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR577583 2 0.0937 0.9524 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR577584 2 0.0937 0.9524 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR577585 2 0.0937 0.9524 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR577586 2 0.0937 0.9524 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR577591 1 0.7237 0.2218 0.532 0.364 0.032 0.072
#> SRR577592 1 0.7237 0.2218 0.532 0.364 0.032 0.072
#> SRR577593 1 0.7237 0.2218 0.532 0.364 0.032 0.072
#> SRR577594 1 0.7237 0.2218 0.532 0.364 0.032 0.072
#> SRR578635 1 0.5200 0.6335 0.744 0.000 0.072 0.184
#> SRR578636 1 0.5279 0.6293 0.736 0.000 0.072 0.192
#> SRR578637 1 0.5240 0.6315 0.740 0.000 0.072 0.188
#> SRR578638 1 0.5200 0.6335 0.744 0.000 0.072 0.184
#> SRR651669 1 0.5318 0.6293 0.732 0.000 0.072 0.196
#> SRR651670 1 0.5288 0.6262 0.732 0.000 0.068 0.200
#> SRR651671 1 0.5033 0.6402 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR651672 1 0.5318 0.6282 0.732 0.000 0.072 0.196
#> SRR486237 4 0.2843 0.9146 0.088 0.000 0.020 0.892
#> SRR1057691 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486238 4 0.2843 0.9146 0.088 0.000 0.020 0.892
#> SRR1057692 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR486239 4 0.5599 0.3596 0.316 0.000 0.040 0.644
#> SRR486240 4 0.5599 0.3596 0.316 0.000 0.040 0.644
#> SRR488136 4 0.2662 0.9208 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR488137 4 0.2662 0.9208 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR486241 4 0.3099 0.9011 0.104 0.000 0.020 0.876
#> SRR486242 4 0.3099 0.9011 0.104 0.000 0.020 0.876
#> SRR488684 4 0.2662 0.9208 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR488685 4 0.2662 0.9208 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR651673 1 0.5774 -0.1115 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR651674 1 0.5774 -0.1115 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR651675 1 0.5774 -0.1115 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR651676 1 0.5774 -0.1115 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR651677 1 0.5774 -0.1115 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR651678 1 0.5774 -0.1115 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR578639 1 0.4959 0.5403 0.752 0.000 0.052 0.196
#> SRR578640 1 0.4839 0.5566 0.764 0.000 0.052 0.184
#> SRR578641 1 0.4998 0.5356 0.748 0.000 0.052 0.200
#> SRR578642 1 0.4959 0.5420 0.752 0.000 0.052 0.196
#> SRR1045526 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1045527 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1045528 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1045529 1 0.5113 0.6421 0.760 0.000 0.088 0.152
#> SRR1220381 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1220382 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1220383 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1220384 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1220385 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1220386 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1220387 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1220388 1 0.5066 0.6430 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1045530 1 0.6386 0.4739 0.552 0.000 0.072 0.376
#> SRR1045531 1 0.6374 0.4786 0.556 0.000 0.072 0.372
#> SRR1045532 1 0.6374 0.4786 0.556 0.000 0.072 0.372
#> SRR1045533 1 0.6386 0.4735 0.552 0.000 0.072 0.376
#> SRR1220389 1 0.6386 0.4735 0.552 0.000 0.072 0.376
#> SRR1220390 1 0.6386 0.4735 0.552 0.000 0.072 0.376
#> SRR1220391 1 0.6396 0.4685 0.548 0.000 0.072 0.380
#> SRR1220392 1 0.6386 0.4735 0.552 0.000 0.072 0.376
#> SRR1220393 1 0.6386 0.4735 0.552 0.000 0.072 0.376
#> SRR1220394 1 0.6386 0.4735 0.552 0.000 0.072 0.376
#> SRR1220395 1 0.6386 0.4735 0.552 0.000 0.072 0.376
#> SRR1220396 1 0.6396 0.4685 0.548 0.000 0.072 0.380
#> SRR1045570 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045571 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045572 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045573 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220397 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220398 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220399 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220400 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220401 3 0.0188 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220402 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1220403 3 0.0188 0.9874 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1220404 3 0.0376 0.9892 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1045574 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045575 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045576 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045577 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220405 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220406 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220407 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220408 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220409 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220410 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220411 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220412 3 0.0188 0.9882 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045582 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045583 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045584 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1045585 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220421 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220422 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220423 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220424 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220425 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220426 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220427 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1220428 1 0.0657 0.6571 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1054856 1 0.0707 0.6627 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1054857 1 0.0592 0.6627 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1054858 1 0.0707 0.6627 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1054859 1 0.0707 0.6627 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1220429 1 0.0336 0.6620 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220430 1 0.0469 0.6623 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220431 1 0.0336 0.6620 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220432 1 0.0592 0.6627 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220433 1 0.0336 0.6620 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220434 1 0.0336 0.6620 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220435 1 0.0469 0.6623 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1220436 1 0.0336 0.6620 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045586 1 0.6280 0.5542 0.612 0.000 0.084 0.304
#> SRR1045587 1 0.6280 0.5542 0.612 0.000 0.084 0.304
#> SRR1045588 1 0.6319 0.5456 0.604 0.000 0.084 0.312
#> SRR1045589 1 0.6319 0.5456 0.604 0.000 0.084 0.312
#> SRR1220438 1 0.6252 0.5674 0.624 0.000 0.088 0.288
#> SRR1220439 1 0.6252 0.5674 0.624 0.000 0.088 0.288
#> SRR1220441 1 0.6229 0.5710 0.628 0.000 0.088 0.284
#> SRR1220442 1 0.6252 0.5674 0.624 0.000 0.088 0.288
#> SRR1220443 1 0.6252 0.5674 0.624 0.000 0.088 0.288
#> SRR1220444 1 0.6274 0.5635 0.620 0.000 0.088 0.292
#> SRR1045594 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045599 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045600 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045601 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220461 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220462 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220463 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220464 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220465 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220466 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220467 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220468 1 0.0000 0.6604 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045602 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1045603 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1045604 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1045605 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1220469 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1220470 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1220471 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1220472 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1220473 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1220474 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1220475 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1220476 3 0.0376 0.9875 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1045615 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1045616 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1045617 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1220493 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1220494 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1220495 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1220496 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1220497 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1220498 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1220499 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR1220500 1 0.5773 0.2234 0.620 0.000 0.044 0.336
#> SRR651662 1 0.5810 0.6032 0.672 0.000 0.072 0.256
#> SRR651663 1 0.8048 0.3058 0.480 0.132 0.348 0.040
#> SRR651664 1 0.8048 0.3058 0.480 0.132 0.348 0.040
#> SRR1045522 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1045523 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1045524 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1045525 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1220373 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1220374 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1220375 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1220376 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1220377 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1220378 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1220379 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1220380 1 0.5855 0.6165 0.692 0.000 0.100 0.208
#> SRR1045578 1 0.5921 -0.0379 0.516 0.000 0.036 0.448
#> SRR1045579 1 0.5921 -0.0379 0.516 0.000 0.036 0.448
#> SRR1045580 1 0.5931 -0.0759 0.504 0.000 0.036 0.460
#> SRR1045581 1 0.5928 -0.0630 0.508 0.000 0.036 0.456
#> SRR1220413 1 0.5912 -0.0112 0.524 0.000 0.036 0.440
#> SRR1220414 1 0.5912 -0.0112 0.524 0.000 0.036 0.440
#> SRR1220415 1 0.5912 -0.0112 0.524 0.000 0.036 0.440
#> SRR1220416 1 0.5912 -0.0112 0.524 0.000 0.036 0.440
#> SRR1220417 1 0.5912 -0.0112 0.524 0.000 0.036 0.440
#> SRR1220418 1 0.5912 -0.0112 0.524 0.000 0.036 0.440
#> SRR1220419 1 0.5912 -0.0112 0.524 0.000 0.036 0.440
#> SRR1220420 1 0.5912 -0.0112 0.524 0.000 0.036 0.440
#> SRR1045590 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1045591 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1045592 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1045593 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1220445 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1220446 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1220447 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1220448 1 0.6248 0.5836 0.640 0.000 0.100 0.260
#> SRR1220449 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1220450 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1220451 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1220452 1 0.6273 0.5805 0.636 0.000 0.100 0.264
#> SRR1045610 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 5 0.0510 0.9662 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR020288 5 0.0510 0.9662 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR020289 5 0.0510 0.9662 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR020290 5 0.0510 0.9662 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR020291 5 0.0510 0.9662 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR020285 2 0.1341 0.9214 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1057683 2 0.1341 0.9214 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1057684 2 0.1341 0.9214 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR020292 5 0.0510 0.9662 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR020293 5 0.0510 0.9662 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR020294 5 0.0510 0.9662 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR020295 5 0.0510 0.9662 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR020286 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.1341 0.9214 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1057690 2 0.1341 0.9214 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1057685 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.0671 0.6694 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR578644 4 0.0671 0.6694 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR578645 4 0.0671 0.6694 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR578646 4 0.0671 0.6694 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR651679 4 0.0671 0.6694 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR651680 4 0.0671 0.6694 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR651681 4 0.0671 0.6694 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR651682 4 0.0671 0.6694 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR578627 3 0.0162 0.9886 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR578628 3 0.0162 0.9886 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR578629 3 0.0162 0.9886 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR578630 3 0.0162 0.9886 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651692 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR651693 3 0.0162 0.9886 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR651694 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR596098 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.1638 0.6652 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR596103 4 0.1704 0.6635 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000
#> SRR596104 4 0.1638 0.6652 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR596105 4 0.1704 0.6635 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000
#> SRR651687 4 0.1638 0.6652 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR651688 4 0.1704 0.6635 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000
#> SRR651689 4 0.1638 0.6652 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR578647 2 0.0794 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR578648 2 0.0794 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR578649 2 0.0794 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR578650 2 0.0794 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR651691 2 0.0794 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR577587 2 0.7900 0.0599 0.128 0.448 0.068 0.328 0.028
#> SRR577588 2 0.7900 0.0599 0.128 0.448 0.068 0.328 0.028
#> SRR577589 2 0.7900 0.0599 0.128 0.448 0.068 0.328 0.028
#> SRR577590 2 0.7900 0.0599 0.128 0.448 0.068 0.328 0.028
#> SRR596106 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR596107 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR596108 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR596109 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR651695 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR651696 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR651697 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR651698 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR651699 3 0.1357 0.9540 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR651700 3 0.1357 0.9540 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR651701 3 0.1357 0.9540 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR651702 3 0.1357 0.9540 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR651703 3 0.1357 0.9540 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR651704 3 0.1357 0.9540 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR578651 1 0.8469 0.2377 0.348 0.096 0.188 0.344 0.024
#> SRR578652 1 0.8469 0.2377 0.348 0.096 0.188 0.344 0.024
#> SRR578653 1 0.8469 0.2377 0.348 0.096 0.188 0.344 0.024
#> SRR578654 1 0.8469 0.2377 0.348 0.096 0.188 0.344 0.024
#> SRR651705 1 0.8469 0.2377 0.348 0.096 0.188 0.344 0.024
#> SRR651706 1 0.8469 0.2377 0.348 0.096 0.188 0.344 0.024
#> SRR651707 1 0.8469 0.2377 0.348 0.096 0.188 0.344 0.024
#> SRR651708 1 0.8469 0.2377 0.348 0.096 0.188 0.344 0.024
#> SRR1045618 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 4 0.6561 0.3101 0.216 0.000 0.000 0.452 0.332
#> SRR577600 4 0.6561 0.3101 0.216 0.000 0.000 0.452 0.332
#> SRR577601 4 0.6569 0.3045 0.216 0.000 0.000 0.448 0.336
#> SRR577602 4 0.6569 0.3045 0.216 0.000 0.000 0.448 0.336
#> SRR578631 1 0.2230 0.4995 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR578632 1 0.2516 0.4819 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR578633 1 0.2280 0.4972 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR578634 1 0.2230 0.4995 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR651665 1 0.2561 0.4788 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR651666 1 0.2605 0.4742 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR651667 1 0.2563 0.5030 0.872 0.000 0.000 0.008 0.120
#> SRR651668 1 0.2690 0.4662 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR577579 4 0.4089 0.5466 0.244 0.000 0.004 0.736 0.016
#> SRR577580 4 0.4169 0.5254 0.256 0.000 0.004 0.724 0.016
#> SRR577581 4 0.4142 0.5267 0.252 0.000 0.004 0.728 0.016
#> SRR577582 4 0.4033 0.5568 0.236 0.000 0.004 0.744 0.016
#> SRR577583 2 0.0771 0.9474 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR577584 2 0.0771 0.9474 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR577585 2 0.0771 0.9474 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR577586 2 0.0771 0.9474 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR577591 4 0.8340 0.0567 0.144 0.308 0.056 0.428 0.064
#> SRR577592 4 0.8340 0.0567 0.144 0.308 0.056 0.428 0.064
#> SRR577593 4 0.8340 0.0567 0.144 0.308 0.056 0.428 0.064
#> SRR577594 4 0.8340 0.0567 0.144 0.308 0.056 0.428 0.064
#> SRR578635 1 0.3390 0.4983 0.840 0.000 0.000 0.060 0.100
#> SRR578636 1 0.3336 0.5011 0.844 0.000 0.000 0.060 0.096
#> SRR578637 1 0.3336 0.5011 0.844 0.000 0.000 0.060 0.096
#> SRR578638 1 0.3390 0.4983 0.840 0.000 0.000 0.060 0.100
#> SRR651669 1 0.3390 0.4983 0.840 0.000 0.000 0.060 0.100
#> SRR651670 1 0.3442 0.4948 0.836 0.000 0.000 0.060 0.104
#> SRR651671 1 0.3442 0.4948 0.836 0.000 0.000 0.060 0.104
#> SRR651672 1 0.3390 0.4983 0.840 0.000 0.000 0.060 0.100
#> SRR486237 5 0.1648 0.9578 0.040 0.000 0.000 0.020 0.940
#> SRR1057691 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 5 0.1568 0.9591 0.036 0.000 0.000 0.020 0.944
#> SRR1057692 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 5 0.2886 0.8705 0.116 0.000 0.004 0.016 0.864
#> SRR486240 5 0.2886 0.8705 0.116 0.000 0.004 0.016 0.864
#> SRR488136 5 0.1364 0.9638 0.036 0.000 0.000 0.012 0.952
#> SRR488137 5 0.1364 0.9638 0.036 0.000 0.000 0.012 0.952
#> SRR486241 5 0.1661 0.9551 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR486242 5 0.1661 0.9551 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR488684 5 0.1364 0.9638 0.036 0.000 0.000 0.012 0.952
#> SRR488685 5 0.1364 0.9638 0.036 0.000 0.000 0.012 0.952
#> SRR651673 4 0.6729 0.1845 0.252 0.000 0.000 0.376 0.372
#> SRR651674 4 0.6729 0.1845 0.252 0.000 0.000 0.376 0.372
#> SRR651675 4 0.6729 0.1845 0.252 0.000 0.000 0.376 0.372
#> SRR651676 4 0.6729 0.1845 0.252 0.000 0.000 0.376 0.372
#> SRR651677 4 0.6729 0.1845 0.252 0.000 0.000 0.376 0.372
#> SRR651678 4 0.6729 0.1845 0.252 0.000 0.000 0.376 0.372
#> SRR578639 1 0.6416 0.1517 0.480 0.000 0.000 0.188 0.332
#> SRR578640 1 0.6416 0.1517 0.480 0.000 0.000 0.188 0.332
#> SRR578641 1 0.6416 0.1517 0.480 0.000 0.000 0.188 0.332
#> SRR578642 1 0.6416 0.1517 0.480 0.000 0.000 0.188 0.332
#> SRR1045526 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1045527 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1045528 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1045529 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1220381 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1220382 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1220383 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1220384 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1220385 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1220386 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1220387 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1220388 1 0.4973 0.3139 0.496 0.000 0.004 0.480 0.020
#> SRR1045530 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1045531 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1045532 1 0.2763 0.4726 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR1045533 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1220389 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1220390 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1220391 1 0.2674 0.4772 0.856 0.000 0.004 0.000 0.140
#> SRR1220392 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1220393 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1220394 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1220395 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1220396 1 0.2719 0.4737 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1045570 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045571 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045572 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045573 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220397 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220398 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220399 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220400 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220401 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220402 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220403 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220404 3 0.0290 0.9893 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045574 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0290 0.9888 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045583 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045584 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1045585 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220421 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220422 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220423 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220424 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220425 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220426 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220427 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1220428 4 0.0510 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1054856 4 0.3128 0.6494 0.168 0.000 0.004 0.824 0.004
#> SRR1054857 4 0.3128 0.6494 0.168 0.000 0.004 0.824 0.004
#> SRR1054858 4 0.3088 0.6518 0.164 0.000 0.004 0.828 0.004
#> SRR1054859 4 0.3128 0.6494 0.168 0.000 0.004 0.824 0.004
#> SRR1220429 4 0.3047 0.6537 0.160 0.000 0.004 0.832 0.004
#> SRR1220430 4 0.3088 0.6518 0.164 0.000 0.004 0.828 0.004
#> SRR1220431 4 0.3088 0.6518 0.164 0.000 0.004 0.828 0.004
#> SRR1220432 4 0.3128 0.6494 0.168 0.000 0.004 0.824 0.004
#> SRR1220433 4 0.3047 0.6537 0.160 0.000 0.004 0.832 0.004
#> SRR1220434 4 0.3047 0.6537 0.160 0.000 0.004 0.832 0.004
#> SRR1220435 4 0.3047 0.6537 0.160 0.000 0.004 0.832 0.004
#> SRR1220436 4 0.3047 0.6537 0.160 0.000 0.004 0.832 0.004
#> SRR1045586 1 0.2020 0.5113 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1045587 1 0.1965 0.5133 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1045588 1 0.2074 0.5091 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1045589 1 0.2074 0.5099 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1220438 1 0.1851 0.5168 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1220439 1 0.1851 0.5168 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1220441 1 0.1792 0.5182 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220442 1 0.1851 0.5168 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1220443 1 0.1792 0.5182 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1220444 1 0.1851 0.5168 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1045594 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1045599 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1045600 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1045601 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1220461 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1220462 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1220463 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1220464 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1220465 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1220466 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1220467 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1220468 4 0.2690 0.6573 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1045602 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0162 0.9870 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1045615 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1045616 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1045617 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1220493 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1220494 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1220495 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1220496 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1220497 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1220498 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1220499 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR1220500 4 0.6566 0.2679 0.204 0.000 0.000 0.416 0.380
#> SRR651662 1 0.2770 0.5203 0.880 0.000 0.000 0.044 0.076
#> SRR651663 4 0.8524 -0.2431 0.336 0.088 0.204 0.344 0.028
#> SRR651664 4 0.8524 -0.2431 0.336 0.088 0.204 0.344 0.028
#> SRR1045522 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1045523 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1045524 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1045525 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1220373 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1220374 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1220375 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1220376 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1220377 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1220378 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1220379 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1220380 1 0.4101 0.4596 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1045578 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1045579 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1045580 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1045581 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1220413 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1220414 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1220415 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1220416 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1220417 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1220418 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1220419 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1220420 1 0.6518 0.0543 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396
#> SRR1045590 1 0.4317 0.4721 0.668 0.000 0.004 0.320 0.008
#> SRR1045591 1 0.4317 0.4721 0.668 0.000 0.004 0.320 0.008
#> SRR1045592 1 0.4147 0.4762 0.676 0.000 0.000 0.316 0.008
#> SRR1045593 1 0.4165 0.4742 0.672 0.000 0.000 0.320 0.008
#> SRR1220445 1 0.4165 0.4742 0.672 0.000 0.000 0.320 0.008
#> SRR1220446 1 0.4165 0.4742 0.672 0.000 0.000 0.320 0.008
#> SRR1220447 1 0.4165 0.4742 0.672 0.000 0.000 0.320 0.008
#> SRR1220448 1 0.4165 0.4742 0.672 0.000 0.000 0.320 0.008
#> SRR1220449 1 0.4165 0.4742 0.672 0.000 0.000 0.320 0.008
#> SRR1220450 1 0.4165 0.4742 0.672 0.000 0.000 0.320 0.008
#> SRR1220451 1 0.4165 0.4742 0.672 0.000 0.000 0.320 0.008
#> SRR1220452 1 0.4165 0.4742 0.672 0.000 0.000 0.320 0.008
#> SRR1045610 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.2730 0.95177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR020288 6 0.2730 0.95177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR020289 6 0.2730 0.95177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR020290 6 0.2730 0.95177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR020291 6 0.2730 0.95177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR020285 2 0.1536 0.92065 0.000 0.944 0.000 0.012 0.024 0.020
#> SRR1057683 2 0.1536 0.92065 0.000 0.944 0.000 0.012 0.024 0.020
#> SRR1057684 2 0.1536 0.92065 0.000 0.944 0.000 0.012 0.024 0.020
#> SRR020292 6 0.2730 0.95177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR020293 6 0.2730 0.95177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR020294 6 0.2730 0.95177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR020295 6 0.2730 0.95177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR020286 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057689 2 0.1536 0.92065 0.000 0.944 0.000 0.012 0.024 0.020
#> SRR1057690 2 0.1536 0.92065 0.000 0.944 0.000 0.012 0.024 0.020
#> SRR1057685 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057686 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057687 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1057688 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR578643 4 0.0820 0.60046 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR578644 4 0.0820 0.60046 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR578645 4 0.0820 0.60046 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR578646 4 0.0820 0.60046 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR651679 4 0.0820 0.60046 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR651680 4 0.0820 0.60046 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR651681 4 0.0820 0.60046 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR651682 4 0.0820 0.60046 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR578627 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR578628 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR578629 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR578630 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR651692 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR651693 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR651694 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR596098 2 0.0146 0.96243 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR596099 2 0.0146 0.96243 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR596100 2 0.0146 0.96243 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR596101 2 0.0146 0.96243 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR651683 2 0.0146 0.96243 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR651684 2 0.0146 0.96243 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR651685 2 0.0146 0.96243 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR651686 2 0.0146 0.96243 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR596102 4 0.6187 0.54631 0.272 0.000 0.000 0.536 0.148 0.044
#> SRR596103 4 0.6216 0.54005 0.280 0.000 0.000 0.528 0.148 0.044
#> SRR596104 4 0.6202 0.54255 0.276 0.000 0.000 0.532 0.148 0.044
#> SRR596105 4 0.6202 0.54255 0.276 0.000 0.000 0.532 0.148 0.044
#> SRR651687 4 0.6230 0.53642 0.284 0.000 0.000 0.524 0.148 0.044
#> SRR651688 4 0.6230 0.53642 0.284 0.000 0.000 0.524 0.148 0.044
#> SRR651689 4 0.6202 0.54255 0.276 0.000 0.000 0.532 0.148 0.044
#> SRR578647 2 0.0820 0.94759 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR578648 2 0.0820 0.94759 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR578649 2 0.0820 0.94759 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR578650 2 0.0820 0.94759 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR651691 2 0.0820 0.94759 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR577587 2 0.6812 -0.01106 0.416 0.424 0.076 0.032 0.036 0.016
#> SRR577588 2 0.6812 -0.01106 0.416 0.424 0.076 0.032 0.036 0.016
#> SRR577589 2 0.6811 0.00099 0.412 0.428 0.076 0.032 0.036 0.016
#> SRR577590 2 0.6811 0.00099 0.412 0.428 0.076 0.032 0.036 0.016
#> SRR596106 4 0.1003 0.60894 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000
#> SRR596107 4 0.1003 0.60894 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000
#> SRR596108 4 0.1003 0.60894 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000
#> SRR596109 4 0.1003 0.60894 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000
#> SRR651695 4 0.1003 0.60894 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000
#> SRR651696 4 0.1003 0.60894 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000
#> SRR651697 4 0.1003 0.60894 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000
#> SRR651698 4 0.1003 0.60894 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000
#> SRR651699 3 0.1812 0.93493 0.012 0.000 0.932 0.008 0.040 0.008
#> SRR651700 3 0.1812 0.93493 0.012 0.000 0.932 0.008 0.040 0.008
#> SRR651701 3 0.1812 0.93493 0.012 0.000 0.932 0.008 0.040 0.008
#> SRR651702 3 0.1812 0.93493 0.012 0.000 0.932 0.008 0.040 0.008
#> SRR651703 3 0.1812 0.93493 0.012 0.000 0.932 0.008 0.040 0.008
#> SRR651704 3 0.1812 0.93493 0.012 0.000 0.932 0.008 0.040 0.008
#> SRR578651 1 0.6682 0.34622 0.596 0.180 0.128 0.032 0.052 0.012
#> SRR578652 1 0.6682 0.34622 0.596 0.180 0.128 0.032 0.052 0.012
#> SRR578653 1 0.6682 0.34622 0.596 0.180 0.128 0.032 0.052 0.012
#> SRR578654 1 0.6682 0.34622 0.596 0.180 0.128 0.032 0.052 0.012
#> SRR651705 1 0.6682 0.34622 0.596 0.180 0.128 0.032 0.052 0.012
#> SRR651706 1 0.6682 0.34622 0.596 0.180 0.128 0.032 0.052 0.012
#> SRR651707 1 0.6682 0.34622 0.596 0.180 0.128 0.032 0.052 0.012
#> SRR651708 1 0.6682 0.34622 0.596 0.180 0.128 0.032 0.052 0.012
#> SRR1045618 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045619 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045620 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045621 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220501 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220502 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220503 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220504 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220505 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220506 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220507 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220508 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577595 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR577599 5 0.4744 0.44833 0.056 0.000 0.000 0.212 0.700 0.032
#> SRR577600 5 0.4690 0.45551 0.056 0.000 0.000 0.204 0.708 0.032
#> SRR577601 5 0.4690 0.45551 0.056 0.000 0.000 0.204 0.708 0.032
#> SRR577602 5 0.4690 0.45551 0.056 0.000 0.000 0.204 0.708 0.032
#> SRR578631 1 0.5716 0.38150 0.500 0.000 0.000 0.000 0.188 0.312
#> SRR578632 1 0.5704 0.38171 0.500 0.000 0.000 0.000 0.184 0.316
#> SRR578633 1 0.5716 0.38115 0.500 0.000 0.000 0.000 0.188 0.312
#> SRR578634 1 0.5727 0.38054 0.500 0.000 0.000 0.000 0.192 0.308
#> SRR651665 1 0.5704 0.38171 0.500 0.000 0.000 0.000 0.184 0.316
#> SRR651666 1 0.5704 0.38171 0.500 0.000 0.000 0.000 0.184 0.316
#> SRR651667 1 0.5768 0.37792 0.492 0.000 0.000 0.000 0.200 0.308
#> SRR651668 1 0.5704 0.38171 0.500 0.000 0.000 0.000 0.184 0.316
#> SRR577579 5 0.6437 -0.26213 0.276 0.000 0.000 0.320 0.388 0.016
#> SRR577580 5 0.6368 -0.19121 0.272 0.000 0.000 0.284 0.428 0.016
#> SRR577581 5 0.6369 -0.18925 0.276 0.000 0.000 0.280 0.428 0.016
#> SRR577582 5 0.6401 -0.22718 0.272 0.000 0.000 0.300 0.412 0.016
#> SRR577583 2 0.0508 0.95411 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR577584 2 0.0508 0.95411 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR577585 2 0.0508 0.95411 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR577586 2 0.0508 0.95411 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR577591 1 0.6826 0.03738 0.472 0.072 0.012 0.360 0.060 0.024
#> SRR577592 1 0.6826 0.03738 0.472 0.072 0.012 0.360 0.060 0.024
#> SRR577593 1 0.6826 0.03738 0.472 0.072 0.012 0.360 0.060 0.024
#> SRR577594 1 0.6826 0.03738 0.472 0.072 0.012 0.360 0.060 0.024
#> SRR578635 5 0.5963 -0.02097 0.396 0.000 0.000 0.004 0.412 0.188
#> SRR578636 5 0.5963 -0.02097 0.396 0.000 0.000 0.004 0.412 0.188
#> SRR578637 5 0.5963 -0.02097 0.396 0.000 0.000 0.004 0.412 0.188
#> SRR578638 5 0.5963 -0.02097 0.396 0.000 0.000 0.004 0.412 0.188
#> SRR651669 5 0.5963 -0.02097 0.396 0.000 0.000 0.004 0.412 0.188
#> SRR651670 5 0.5962 -0.01045 0.392 0.000 0.000 0.004 0.416 0.188
#> SRR651671 5 0.5963 -0.02097 0.396 0.000 0.000 0.004 0.412 0.188
#> SRR651672 5 0.5961 -0.00159 0.388 0.000 0.000 0.004 0.420 0.188
#> SRR486237 6 0.3411 0.94575 0.008 0.000 0.000 0.004 0.232 0.756
#> SRR1057691 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486238 6 0.3411 0.94575 0.008 0.000 0.000 0.004 0.232 0.756
#> SRR1057692 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR486239 6 0.4711 0.85792 0.068 0.000 0.008 0.004 0.236 0.684
#> SRR486240 6 0.4711 0.85792 0.068 0.000 0.008 0.004 0.236 0.684
#> SRR488136 6 0.3302 0.94924 0.004 0.000 0.000 0.004 0.232 0.760
#> SRR488137 6 0.3302 0.94924 0.004 0.000 0.000 0.004 0.232 0.760
#> SRR486241 6 0.3380 0.94157 0.004 0.000 0.000 0.004 0.244 0.748
#> SRR486242 6 0.3380 0.94157 0.004 0.000 0.000 0.004 0.244 0.748
#> SRR488684 6 0.3302 0.94924 0.004 0.000 0.000 0.004 0.232 0.760
#> SRR488685 6 0.3302 0.94924 0.004 0.000 0.000 0.004 0.232 0.760
#> SRR651673 5 0.2307 0.56271 0.032 0.000 0.000 0.016 0.904 0.048
#> SRR651674 5 0.2307 0.56271 0.032 0.000 0.000 0.016 0.904 0.048
#> SRR651675 5 0.2307 0.56271 0.032 0.000 0.000 0.016 0.904 0.048
#> SRR651676 5 0.2307 0.56271 0.032 0.000 0.000 0.016 0.904 0.048
#> SRR651677 5 0.2307 0.56271 0.032 0.000 0.000 0.016 0.904 0.048
#> SRR651678 5 0.2307 0.56271 0.032 0.000 0.000 0.016 0.904 0.048
#> SRR578639 5 0.7004 0.27661 0.304 0.000 0.000 0.216 0.404 0.076
#> SRR578640 5 0.7004 0.27661 0.304 0.000 0.000 0.216 0.404 0.076
#> SRR578641 5 0.7004 0.27661 0.304 0.000 0.000 0.216 0.404 0.076
#> SRR578642 5 0.7004 0.27661 0.304 0.000 0.000 0.216 0.404 0.076
#> SRR1045526 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1045527 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1045528 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1045529 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1220381 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1220382 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1220383 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1220384 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1220385 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1220386 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1220387 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1220388 1 0.4916 0.23491 0.644 0.000 0.000 0.276 0.064 0.016
#> SRR1045530 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1045531 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1045532 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1045533 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1220389 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1220390 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1220391 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1220392 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1220393 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1220394 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1220395 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1220396 1 0.5735 0.37330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> SRR1045570 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1045571 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1045572 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1045573 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1220397 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1220398 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1220399 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1220400 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1220401 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1220402 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1220403 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1220404 3 0.0865 0.96883 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1045574 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.0146 0.97257 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.3938 0.40274 0.016 0.000 0.000 0.660 0.324 0.000
#> SRR1045583 4 0.3938 0.40274 0.016 0.000 0.000 0.660 0.324 0.000
#> SRR1045584 4 0.3938 0.40274 0.016 0.000 0.000 0.660 0.324 0.000
#> SRR1045585 4 0.3938 0.40274 0.016 0.000 0.000 0.660 0.324 0.000
#> SRR1220421 4 0.3905 0.40455 0.016 0.000 0.000 0.668 0.316 0.000
#> SRR1220422 4 0.3888 0.40545 0.016 0.000 0.000 0.672 0.312 0.000
#> SRR1220423 4 0.3888 0.40493 0.016 0.000 0.000 0.672 0.312 0.000
#> SRR1220424 4 0.3905 0.40455 0.016 0.000 0.000 0.668 0.316 0.000
#> SRR1220425 4 0.3888 0.40545 0.016 0.000 0.000 0.672 0.312 0.000
#> SRR1220426 4 0.3888 0.40545 0.016 0.000 0.000 0.672 0.312 0.000
#> SRR1220427 4 0.3888 0.40545 0.016 0.000 0.000 0.672 0.312 0.000
#> SRR1220428 4 0.3888 0.40493 0.016 0.000 0.000 0.672 0.312 0.000
#> SRR1054856 4 0.6242 0.56831 0.176 0.000 0.000 0.540 0.240 0.044
#> SRR1054857 4 0.6249 0.56834 0.180 0.000 0.000 0.540 0.236 0.044
#> SRR1054858 4 0.6273 0.56530 0.184 0.000 0.000 0.536 0.236 0.044
#> SRR1054859 4 0.6273 0.56530 0.184 0.000 0.000 0.536 0.236 0.044
#> SRR1220429 4 0.6172 0.57653 0.168 0.000 0.000 0.552 0.236 0.044
#> SRR1220430 4 0.6224 0.57227 0.176 0.000 0.000 0.544 0.236 0.044
#> SRR1220431 4 0.6137 0.57587 0.160 0.000 0.000 0.556 0.240 0.044
#> SRR1220432 4 0.6198 0.57483 0.172 0.000 0.000 0.548 0.236 0.044
#> SRR1220433 4 0.6145 0.57777 0.164 0.000 0.000 0.556 0.236 0.044
#> SRR1220434 4 0.6172 0.57668 0.168 0.000 0.000 0.552 0.236 0.044
#> SRR1220435 4 0.6172 0.57668 0.168 0.000 0.000 0.552 0.236 0.044
#> SRR1220436 4 0.6198 0.57461 0.172 0.000 0.000 0.548 0.236 0.044
#> SRR1045586 1 0.5694 0.38406 0.508 0.000 0.000 0.000 0.188 0.304
#> SRR1045587 1 0.5705 0.38133 0.504 0.000 0.000 0.000 0.188 0.308
#> SRR1045588 1 0.5705 0.38133 0.504 0.000 0.000 0.000 0.188 0.308
#> SRR1045589 1 0.5705 0.38133 0.504 0.000 0.000 0.000 0.188 0.308
#> SRR1220438 1 0.5694 0.38406 0.508 0.000 0.000 0.000 0.188 0.304
#> SRR1220439 1 0.5694 0.38406 0.508 0.000 0.000 0.000 0.188 0.304
#> SRR1220441 1 0.5694 0.38406 0.508 0.000 0.000 0.000 0.188 0.304
#> SRR1220442 1 0.5694 0.38406 0.508 0.000 0.000 0.000 0.188 0.304
#> SRR1220443 1 0.5694 0.38406 0.508 0.000 0.000 0.000 0.188 0.304
#> SRR1220444 1 0.5694 0.38406 0.508 0.000 0.000 0.000 0.188 0.304
#> SRR1045594 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045595 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045596 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045597 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220453 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220454 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220455 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220456 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220457 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220458 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220459 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220460 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045598 4 0.5760 0.49855 0.068 0.000 0.000 0.508 0.380 0.044
#> SRR1045599 4 0.5760 0.49855 0.068 0.000 0.000 0.508 0.380 0.044
#> SRR1045600 4 0.5760 0.49855 0.068 0.000 0.000 0.508 0.380 0.044
#> SRR1045601 4 0.5760 0.49855 0.068 0.000 0.000 0.508 0.380 0.044
#> SRR1220461 4 0.5704 0.49910 0.068 0.000 0.000 0.512 0.380 0.040
#> SRR1220462 4 0.5704 0.49910 0.068 0.000 0.000 0.512 0.380 0.040
#> SRR1220463 4 0.5704 0.49910 0.068 0.000 0.000 0.512 0.380 0.040
#> SRR1220464 4 0.5690 0.50741 0.068 0.000 0.000 0.520 0.372 0.040
#> SRR1220465 4 0.5697 0.50355 0.068 0.000 0.000 0.516 0.376 0.040
#> SRR1220466 4 0.5704 0.49910 0.068 0.000 0.000 0.512 0.380 0.040
#> SRR1220467 4 0.5690 0.50741 0.068 0.000 0.000 0.520 0.372 0.040
#> SRR1220468 4 0.5690 0.50741 0.068 0.000 0.000 0.520 0.372 0.040
#> SRR1045602 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045603 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045604 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045605 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220469 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220470 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220471 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220472 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220473 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220474 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220475 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220476 3 0.0146 0.97215 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045606 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045607 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045608 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045609 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220477 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220478 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220479 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220480 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220481 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220482 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220483 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220484 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045614 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1045615 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1045616 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1045617 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1220493 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1220494 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1220495 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1220496 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1220497 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1220498 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1220499 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR1220500 5 0.3182 0.49422 0.008 0.000 0.000 0.124 0.832 0.036
#> SRR651662 1 0.5953 0.10267 0.432 0.000 0.000 0.004 0.376 0.188
#> SRR651663 1 0.6611 0.33821 0.588 0.168 0.164 0.028 0.044 0.008
#> SRR651664 1 0.6667 0.33519 0.580 0.172 0.168 0.028 0.044 0.008
#> SRR1045522 1 0.2296 0.52374 0.900 0.000 0.004 0.024 0.068 0.004
#> SRR1045523 1 0.2296 0.52374 0.900 0.000 0.004 0.024 0.068 0.004
#> SRR1045524 1 0.2237 0.52541 0.904 0.000 0.004 0.024 0.064 0.004
#> SRR1045525 1 0.2296 0.52374 0.900 0.000 0.004 0.024 0.068 0.004
#> SRR1220373 1 0.2463 0.51719 0.888 0.000 0.004 0.024 0.080 0.004
#> SRR1220374 1 0.2463 0.51719 0.888 0.000 0.004 0.024 0.080 0.004
#> SRR1220375 1 0.2516 0.51431 0.884 0.000 0.004 0.024 0.084 0.004
#> SRR1220376 1 0.2408 0.51955 0.892 0.000 0.004 0.024 0.076 0.004
#> SRR1220377 1 0.2516 0.51431 0.884 0.000 0.004 0.024 0.084 0.004
#> SRR1220378 1 0.2463 0.51722 0.888 0.000 0.004 0.024 0.080 0.004
#> SRR1220379 1 0.2668 0.50431 0.872 0.000 0.004 0.024 0.096 0.004
#> SRR1220380 1 0.2668 0.50431 0.872 0.000 0.004 0.024 0.096 0.004
#> SRR1045578 5 0.4046 0.60035 0.048 0.000 0.000 0.084 0.796 0.072
#> SRR1045579 5 0.4046 0.60035 0.048 0.000 0.000 0.084 0.796 0.072
#> SRR1045580 5 0.4046 0.59725 0.048 0.000 0.000 0.084 0.796 0.072
#> SRR1045581 5 0.4046 0.60035 0.048 0.000 0.000 0.084 0.796 0.072
#> SRR1220413 5 0.4053 0.60227 0.052 0.000 0.000 0.084 0.796 0.068
#> SRR1220414 5 0.4053 0.60227 0.052 0.000 0.000 0.084 0.796 0.068
#> SRR1220415 5 0.4053 0.60227 0.052 0.000 0.000 0.084 0.796 0.068
#> SRR1220416 5 0.4053 0.60227 0.052 0.000 0.000 0.084 0.796 0.068
#> SRR1220417 5 0.4058 0.60248 0.056 0.000 0.000 0.084 0.796 0.064
#> SRR1220418 5 0.4058 0.60248 0.056 0.000 0.000 0.084 0.796 0.064
#> SRR1220419 5 0.4053 0.60227 0.052 0.000 0.000 0.084 0.796 0.068
#> SRR1220420 5 0.4053 0.60227 0.052 0.000 0.000 0.084 0.796 0.068
#> SRR1045590 1 0.1768 0.53632 0.932 0.000 0.004 0.020 0.040 0.004
#> SRR1045591 1 0.1768 0.53632 0.932 0.000 0.004 0.020 0.040 0.004
#> SRR1045592 1 0.2076 0.53501 0.920 0.000 0.004 0.020 0.040 0.016
#> SRR1045593 1 0.1982 0.53546 0.924 0.000 0.004 0.020 0.040 0.012
#> SRR1220445 1 0.1552 0.53654 0.940 0.000 0.004 0.020 0.036 0.000
#> SRR1220446 1 0.1552 0.53654 0.940 0.000 0.004 0.020 0.036 0.000
#> SRR1220447 1 0.1552 0.53654 0.940 0.000 0.004 0.020 0.036 0.000
#> SRR1220448 1 0.1697 0.53654 0.936 0.000 0.004 0.020 0.036 0.004
#> SRR1220449 1 0.1697 0.53654 0.936 0.000 0.004 0.020 0.036 0.004
#> SRR1220450 1 0.1697 0.53654 0.936 0.000 0.004 0.020 0.036 0.004
#> SRR1220451 1 0.1552 0.53654 0.940 0.000 0.004 0.020 0.036 0.000
#> SRR1220452 1 0.1697 0.53654 0.936 0.000 0.004 0.020 0.036 0.004
#> SRR1045610 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.0000 0.96438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16339 rows and 343 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.447 0.701 0.858 0.3570 0.681 0.681
#> 3 3 0.569 0.719 0.862 0.7975 0.577 0.414
#> 4 4 0.449 0.604 0.729 0.1367 0.806 0.504
#> 5 5 0.504 0.560 0.665 0.0626 0.921 0.709
#> 6 6 0.655 0.624 0.749 0.0445 0.927 0.696
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR020287 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR020288 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR020289 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR020290 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR020291 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR020285 2 0.0376 0.8013 0.004 0.996
#> SRR1057683 2 0.0376 0.8033 0.004 0.996
#> SRR1057684 2 0.0000 0.8020 0.000 1.000
#> SRR020292 2 0.2423 0.8022 0.040 0.960
#> SRR020293 2 0.2423 0.8022 0.040 0.960
#> SRR020294 2 0.2236 0.8030 0.036 0.964
#> SRR020295 2 0.2423 0.8022 0.040 0.960
#> SRR020286 2 0.0672 0.8002 0.008 0.992
#> SRR1057689 2 0.0672 0.8002 0.008 0.992
#> SRR1057690 2 0.0672 0.8002 0.008 0.992
#> SRR1057685 2 0.0672 0.8002 0.008 0.992
#> SRR1057686 2 0.0672 0.8002 0.008 0.992
#> SRR1057687 2 0.0672 0.8002 0.008 0.992
#> SRR1057688 2 0.0672 0.8002 0.008 0.992
#> SRR578643 1 0.1633 0.8180 0.976 0.024
#> SRR578644 1 0.1633 0.8180 0.976 0.024
#> SRR578645 1 0.1633 0.8180 0.976 0.024
#> SRR578646 1 0.1633 0.8180 0.976 0.024
#> SRR651679 1 0.1633 0.8180 0.976 0.024
#> SRR651680 1 0.1633 0.8180 0.976 0.024
#> SRR651681 1 0.1633 0.8180 0.976 0.024
#> SRR651682 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR578627 1 0.9963 0.2127 0.536 0.464
#> SRR578628 1 0.9983 0.1678 0.524 0.476
#> SRR578629 1 0.9970 0.1968 0.532 0.468
#> SRR578630 1 0.9944 0.2427 0.544 0.456
#> SRR651692 1 0.9993 0.1339 0.516 0.484
#> SRR651693 1 0.9922 0.2711 0.552 0.448
#> SRR651694 1 0.9993 0.1339 0.516 0.484
#> SRR596098 1 0.8813 0.6074 0.700 0.300
#> SRR596099 1 0.8861 0.6014 0.696 0.304
#> SRR596100 1 0.8813 0.6074 0.700 0.300
#> SRR596101 1 0.8763 0.6132 0.704 0.296
#> SRR651683 1 0.8813 0.6074 0.700 0.300
#> SRR651684 1 0.8813 0.6074 0.700 0.300
#> SRR651685 1 0.8713 0.6190 0.708 0.292
#> SRR651686 1 0.8955 0.5890 0.688 0.312
#> SRR596102 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR596103 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR596104 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR596105 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR651687 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR651688 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR651689 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR578647 1 0.2236 0.8198 0.964 0.036
#> SRR578648 1 0.1414 0.8231 0.980 0.020
#> SRR578649 1 0.1184 0.8234 0.984 0.016
#> SRR578650 1 0.1843 0.8218 0.972 0.028
#> SRR651691 1 0.1843 0.8219 0.972 0.028
#> SRR577587 1 0.0672 0.8231 0.992 0.008
#> SRR577588 1 0.0672 0.8231 0.992 0.008
#> SRR577589 1 0.0672 0.8231 0.992 0.008
#> SRR577590 1 0.0672 0.8231 0.992 0.008
#> SRR596106 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR596107 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR596108 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR596109 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR651695 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR651696 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR651697 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR651698 1 0.1843 0.8181 0.972 0.028
#> SRR651699 2 0.8327 0.6294 0.264 0.736
#> SRR651700 2 0.8267 0.6352 0.260 0.740
#> SRR651701 2 0.8327 0.6294 0.264 0.736
#> SRR651702 2 0.8207 0.6403 0.256 0.744
#> SRR651703 2 0.8267 0.6352 0.260 0.740
#> SRR651704 2 0.8267 0.6352 0.260 0.740
#> SRR578651 1 0.4298 0.7984 0.912 0.088
#> SRR578652 1 0.4161 0.8004 0.916 0.084
#> SRR578653 1 0.4161 0.8004 0.916 0.084
#> SRR578654 1 0.4022 0.8022 0.920 0.080
#> SRR651705 1 0.4431 0.7963 0.908 0.092
#> SRR651706 1 0.4690 0.7920 0.900 0.100
#> SRR651707 1 0.3733 0.8059 0.928 0.072
#> SRR651708 1 0.4562 0.7943 0.904 0.096
#> SRR1045618 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1045619 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1045620 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1045621 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220501 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220502 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220503 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220504 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220505 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220506 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220507 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220508 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR577595 1 0.6148 0.7595 0.848 0.152
#> SRR577596 1 0.5842 0.7678 0.860 0.140
#> SRR577597 1 0.5842 0.7679 0.860 0.140
#> SRR577598 1 0.5178 0.7834 0.884 0.116
#> SRR577599 1 0.2423 0.8145 0.960 0.040
#> SRR577600 1 0.2603 0.8130 0.956 0.044
#> SRR577601 1 0.2423 0.8151 0.960 0.040
#> SRR577602 1 0.2423 0.8145 0.960 0.040
#> SRR578631 1 0.9896 0.2979 0.560 0.440
#> SRR578632 1 0.9954 0.2271 0.540 0.460
#> SRR578633 1 0.9866 0.3243 0.568 0.432
#> SRR578634 1 0.9866 0.3243 0.568 0.432
#> SRR651665 1 0.9933 0.2565 0.548 0.452
#> SRR651666 1 1.0000 0.0898 0.504 0.496
#> SRR651667 1 0.9833 0.3562 0.576 0.424
#> SRR651668 1 0.9996 0.1144 0.512 0.488
#> SRR577579 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR577580 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR577581 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR577582 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR577583 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR577584 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR577585 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR577586 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR577591 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR577592 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR577593 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR577594 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR578635 2 0.8608 0.5948 0.284 0.716
#> SRR578636 2 0.8386 0.6212 0.268 0.732
#> SRR578637 2 0.8499 0.6087 0.276 0.724
#> SRR578638 2 0.8763 0.5741 0.296 0.704
#> SRR651669 2 0.8443 0.6151 0.272 0.728
#> SRR651670 2 0.7745 0.6694 0.228 0.772
#> SRR651671 2 0.9286 0.4696 0.344 0.656
#> SRR651672 2 0.8081 0.6469 0.248 0.752
#> SRR486237 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR1057691 2 0.0672 0.8002 0.008 0.992
#> SRR486238 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR1057692 2 0.0672 0.8002 0.008 0.992
#> SRR486239 2 0.2043 0.8034 0.032 0.968
#> SRR486240 2 0.2423 0.8016 0.040 0.960
#> SRR488136 2 0.1184 0.8021 0.016 0.984
#> SRR488137 2 0.1184 0.8021 0.016 0.984
#> SRR486241 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR486242 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR488684 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR488685 2 0.0672 0.8042 0.008 0.992
#> SRR651673 2 0.2603 0.7892 0.044 0.956
#> SRR651674 2 0.2236 0.7911 0.036 0.964
#> SRR651675 2 0.2236 0.7911 0.036 0.964
#> SRR651676 2 0.2236 0.7911 0.036 0.964
#> SRR651677 2 0.2423 0.7919 0.040 0.960
#> SRR651678 2 0.2423 0.7919 0.040 0.960
#> SRR578639 2 0.2236 0.8038 0.036 0.964
#> SRR578640 2 0.2236 0.8038 0.036 0.964
#> SRR578641 2 0.2043 0.8046 0.032 0.968
#> SRR578642 2 0.2236 0.8038 0.036 0.964
#> SRR1045526 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1045527 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1045528 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1045529 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1220381 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1220382 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1220383 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1220384 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1220385 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1220386 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1220387 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1220388 1 0.0000 0.8228 1.000 0.000
#> SRR1045530 2 0.9850 0.2290 0.428 0.572
#> SRR1045531 2 0.9754 0.2961 0.408 0.592
#> SRR1045532 2 0.9686 0.3339 0.396 0.604
#> SRR1045533 2 0.9686 0.3339 0.396 0.604
#> SRR1220389 2 0.9988 0.0160 0.480 0.520
#> SRR1220390 2 0.9954 0.1080 0.460 0.540
#> SRR1220391 2 0.9983 0.0364 0.476 0.524
#> SRR1220392 2 0.9970 0.0734 0.468 0.532
#> SRR1220393 2 0.9983 0.0364 0.476 0.524
#> SRR1220394 2 0.9977 0.0557 0.472 0.528
#> SRR1220395 2 0.9970 0.0734 0.468 0.532
#> SRR1220396 2 0.9963 0.0908 0.464 0.536
#> SRR1045570 1 0.9661 0.4293 0.608 0.392
#> SRR1045571 1 0.9661 0.4293 0.608 0.392
#> SRR1045572 1 0.9686 0.4186 0.604 0.396
#> SRR1045573 1 0.9686 0.4186 0.604 0.396
#> SRR1220397 1 0.9635 0.4397 0.612 0.388
#> SRR1220398 1 0.9635 0.4397 0.612 0.388
#> SRR1220399 1 0.9635 0.4397 0.612 0.388
#> SRR1220400 1 0.9608 0.4494 0.616 0.384
#> SRR1220401 1 0.9580 0.4588 0.620 0.380
#> SRR1220402 1 0.9608 0.4493 0.616 0.384
#> SRR1220403 1 0.9635 0.4397 0.612 0.388
#> SRR1220404 1 0.9635 0.4397 0.612 0.388
#> SRR1045574 1 0.7745 0.6966 0.772 0.228
#> SRR1045575 1 0.7674 0.7006 0.776 0.224
#> SRR1045576 1 0.7815 0.6925 0.768 0.232
#> SRR1045577 1 0.7745 0.6966 0.772 0.228
#> SRR1220405 1 0.7528 0.7081 0.784 0.216
#> SRR1220406 1 0.7528 0.7081 0.784 0.216
#> SRR1220407 1 0.7528 0.7081 0.784 0.216
#> SRR1220408 1 0.7528 0.7081 0.784 0.216
#> SRR1220409 1 0.7528 0.7081 0.784 0.216
#> SRR1220410 1 0.7528 0.7081 0.784 0.216
#> SRR1220411 1 0.7528 0.7081 0.784 0.216
#> SRR1220412 1 0.7528 0.7081 0.784 0.216
#> SRR1045582 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1045583 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1045584 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1045585 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1220421 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1220422 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1220423 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1220424 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1220425 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1220426 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1220427 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1220428 1 0.1414 0.8192 0.980 0.020
#> SRR1054856 1 0.1843 0.8193 0.972 0.028
#> SRR1054857 1 0.1843 0.8193 0.972 0.028
#> SRR1054858 1 0.1843 0.8193 0.972 0.028
#> SRR1054859 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR1220429 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR1220430 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR1220431 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR1220432 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR1220433 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR1220434 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR1220435 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR1220436 1 0.1633 0.8195 0.976 0.024
#> SRR1045586 1 0.9491 0.4928 0.632 0.368
#> SRR1045587 1 0.9522 0.4842 0.628 0.372
#> SRR1045588 1 0.9635 0.4468 0.612 0.388
#> SRR1045589 1 0.9608 0.4566 0.616 0.384
#> SRR1220438 1 0.9323 0.5338 0.652 0.348
#> SRR1220439 1 0.9323 0.5338 0.652 0.348
#> SRR1220441 1 0.9323 0.5338 0.652 0.348
#> SRR1220442 1 0.9323 0.5338 0.652 0.348
#> SRR1220443 1 0.9323 0.5338 0.652 0.348
#> SRR1220444 1 0.9323 0.5338 0.652 0.348
#> SRR1045594 1 0.2236 0.8198 0.964 0.036
#> SRR1045595 1 0.1633 0.8225 0.976 0.024
#> SRR1045596 1 0.2423 0.8186 0.960 0.040
#> SRR1045597 1 0.2423 0.8186 0.960 0.040
#> SRR1220453 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1220454 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1220455 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1220456 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1220457 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1220458 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1220459 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1220460 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1045598 1 0.4298 0.7768 0.912 0.088
#> SRR1045599 1 0.4161 0.7806 0.916 0.084
#> SRR1045600 1 0.4161 0.7806 0.916 0.084
#> SRR1045601 1 0.4431 0.7727 0.908 0.092
#> SRR1220461 1 0.3114 0.8040 0.944 0.056
#> SRR1220462 1 0.3274 0.8008 0.940 0.060
#> SRR1220463 1 0.3274 0.8008 0.940 0.060
#> SRR1220464 1 0.3114 0.8040 0.944 0.056
#> SRR1220465 1 0.2948 0.8070 0.948 0.052
#> SRR1220466 1 0.3274 0.8008 0.940 0.060
#> SRR1220467 1 0.2948 0.8070 0.948 0.052
#> SRR1220468 1 0.3114 0.8040 0.944 0.056
#> SRR1045602 1 0.9323 0.5260 0.652 0.348
#> SRR1045603 1 0.9286 0.5338 0.656 0.344
#> SRR1045604 1 0.9323 0.5260 0.652 0.348
#> SRR1045605 1 0.9323 0.5260 0.652 0.348
#> SRR1220469 1 0.9209 0.5486 0.664 0.336
#> SRR1220470 1 0.9248 0.5414 0.660 0.340
#> SRR1220471 1 0.9248 0.5414 0.660 0.340
#> SRR1220472 1 0.9248 0.5414 0.660 0.340
#> SRR1220473 1 0.9209 0.5486 0.664 0.336
#> SRR1220474 1 0.9209 0.5486 0.664 0.336
#> SRR1220475 1 0.9209 0.5486 0.664 0.336
#> SRR1220476 1 0.9248 0.5414 0.660 0.340
#> SRR1045606 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1045607 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1045608 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1045609 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1220477 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220478 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1220479 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> SRR1220480 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1220481 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1220482 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1220483 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1220484 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1045614 1 0.2603 0.8133 0.956 0.044
#> SRR1045615 1 0.2603 0.8127 0.956 0.044
#> SRR1045616 1 0.2948 0.8083 0.948 0.052
#> SRR1045617 1 0.2778 0.8109 0.952 0.048
#> SRR1220493 1 0.2236 0.8163 0.964 0.036
#> SRR1220494 1 0.2236 0.8163 0.964 0.036
#> SRR1220495 1 0.2236 0.8163 0.964 0.036
#> SRR1220496 1 0.2236 0.8163 0.964 0.036
#> SRR1220497 1 0.2236 0.8163 0.964 0.036
#> SRR1220498 1 0.2236 0.8163 0.964 0.036
#> SRR1220499 1 0.2236 0.8163 0.964 0.036
#> SRR1220500 1 0.2236 0.8163 0.964 0.036
#> SRR651662 2 0.5842 0.7413 0.140 0.860
#> SRR651663 1 0.8909 0.5952 0.692 0.308
#> SRR651664 1 0.8499 0.6404 0.724 0.276
#> SRR1045522 1 0.4298 0.8052 0.912 0.088
#> SRR1045523 1 0.3879 0.8107 0.924 0.076
#> SRR1045524 1 0.4939 0.7951 0.892 0.108
#> SRR1045525 1 0.4562 0.8015 0.904 0.096
#> SRR1220373 1 0.2236 0.8229 0.964 0.036
#> SRR1220374 1 0.2603 0.8221 0.956 0.044
#> SRR1220375 1 0.2423 0.8230 0.960 0.040
#> SRR1220376 1 0.2423 0.8230 0.960 0.040
#> SRR1220377 1 0.2423 0.8230 0.960 0.040
#> SRR1220378 1 0.2043 0.8241 0.968 0.032
#> SRR1220379 1 0.2423 0.8230 0.960 0.040
#> SRR1220380 1 0.2423 0.8230 0.960 0.040
#> SRR1045578 1 0.9170 0.5551 0.668 0.332
#> SRR1045579 1 0.9248 0.5405 0.660 0.340
#> SRR1045580 1 0.9580 0.4628 0.620 0.380
#> SRR1045581 1 0.9393 0.5098 0.644 0.356
#> SRR1220413 1 0.7950 0.6865 0.760 0.240
#> SRR1220414 1 0.7950 0.6863 0.760 0.240
#> SRR1220415 1 0.8016 0.6809 0.756 0.244
#> SRR1220416 1 0.7674 0.7015 0.776 0.224
#> SRR1220417 1 0.7815 0.6950 0.768 0.232
#> SRR1220418 1 0.7602 0.7049 0.780 0.220
#> SRR1220419 1 0.7883 0.6907 0.764 0.236
#> SRR1220420 1 0.7745 0.6976 0.772 0.228
#> SRR1045590 1 0.8661 0.6302 0.712 0.288
#> SRR1045591 1 0.8909 0.6018 0.692 0.308
#> SRR1045592 1 0.9248 0.5579 0.660 0.340
#> SRR1045593 1 0.8955 0.5956 0.688 0.312
#> SRR1220445 1 0.8267 0.6656 0.740 0.260
#> SRR1220446 1 0.8081 0.6796 0.752 0.248
#> SRR1220447 1 0.8144 0.6752 0.748 0.252
#> SRR1220448 1 0.7950 0.6883 0.760 0.240
#> SRR1220449 1 0.7950 0.6883 0.760 0.240
#> SRR1220450 1 0.8081 0.6796 0.752 0.248
#> SRR1220451 1 0.8267 0.6656 0.740 0.260
#> SRR1220452 1 0.8207 0.6701 0.744 0.256
#> SRR1045610 1 0.3733 0.8071 0.928 0.072
#> SRR1045611 1 0.7883 0.6892 0.764 0.236
#> SRR1045612 1 0.6531 0.7477 0.832 0.168
#> SRR1045613 1 0.7219 0.7232 0.800 0.200
#> SRR1220485 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1220486 1 0.1843 0.8220 0.972 0.028
#> SRR1220487 1 0.1184 0.8234 0.984 0.016
#> SRR1220488 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1220489 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1220490 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
#> SRR1220491 1 0.0672 0.8233 0.992 0.008
#> SRR1220492 1 0.0938 0.8235 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR020287 1 0.2261 0.81825 0.932 0.000 0.068
#> SRR020288 1 0.2448 0.81825 0.924 0.000 0.076
#> SRR020289 1 0.2448 0.81825 0.924 0.000 0.076
#> SRR020290 1 0.2448 0.81825 0.924 0.000 0.076
#> SRR020291 1 0.2356 0.81818 0.928 0.000 0.072
#> SRR020285 1 0.0000 0.80433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057683 1 0.0000 0.80433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1057684 1 0.0000 0.80433 1.000 0.000 0.000
#> SRR020292 1 0.4291 0.78370 0.820 0.000 0.180
#> SRR020293 1 0.4452 0.77733 0.808 0.000 0.192
#> SRR020294 1 0.4702 0.76309 0.788 0.000 0.212
#> SRR020295 1 0.4750 0.76019 0.784 0.000 0.216
#> SRR020286 1 0.0424 0.80189 0.992 0.008 0.000
#> SRR1057689 1 0.0747 0.79987 0.984 0.016 0.000
#> SRR1057690 1 0.1031 0.79717 0.976 0.024 0.000
#> SRR1057685 1 0.0592 0.80082 0.988 0.012 0.000
#> SRR1057686 1 0.0592 0.80082 0.988 0.012 0.000
#> SRR1057687 1 0.0747 0.79987 0.984 0.016 0.000
#> SRR1057688 1 0.1163 0.79597 0.972 0.028 0.000
#> SRR578643 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR578644 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR578645 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR578646 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR651679 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR651680 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR651681 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR651682 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR578627 3 0.4291 0.68959 0.180 0.000 0.820
#> SRR578628 3 0.4555 0.66418 0.200 0.000 0.800
#> SRR578629 3 0.4452 0.67368 0.192 0.000 0.808
#> SRR578630 3 0.4235 0.69555 0.176 0.000 0.824
#> SRR651692 3 0.4654 0.65034 0.208 0.000 0.792
#> SRR651693 3 0.3619 0.74262 0.136 0.000 0.864
#> SRR651694 3 0.4750 0.64023 0.216 0.000 0.784
#> SRR596098 3 0.0237 0.85528 0.004 0.000 0.996
#> SRR596099 3 0.0237 0.85528 0.004 0.000 0.996
#> SRR596100 3 0.0237 0.85528 0.004 0.000 0.996
#> SRR596101 3 0.0237 0.85528 0.004 0.000 0.996
#> SRR651683 3 0.0237 0.85528 0.004 0.000 0.996
#> SRR651684 3 0.0237 0.85528 0.004 0.000 0.996
#> SRR651685 3 0.0237 0.85528 0.004 0.000 0.996
#> SRR651686 3 0.0237 0.85528 0.004 0.000 0.996
#> SRR596102 2 0.0237 0.84596 0.004 0.996 0.000
#> SRR596103 2 0.0237 0.84596 0.004 0.996 0.000
#> SRR596104 2 0.0237 0.84596 0.004 0.996 0.000
#> SRR596105 2 0.0237 0.84596 0.004 0.996 0.000
#> SRR651687 2 0.0237 0.84596 0.004 0.996 0.000
#> SRR651688 2 0.0237 0.84596 0.004 0.996 0.000
#> SRR651689 2 0.0237 0.84596 0.004 0.996 0.000
#> SRR578647 3 0.0747 0.85560 0.000 0.016 0.984
#> SRR578648 3 0.0892 0.85442 0.000 0.020 0.980
#> SRR578649 3 0.1031 0.85316 0.000 0.024 0.976
#> SRR578650 3 0.0892 0.85470 0.000 0.020 0.980
#> SRR651691 3 0.0747 0.85560 0.000 0.016 0.984
#> SRR577587 2 0.4931 0.65319 0.000 0.768 0.232
#> SRR577588 2 0.4974 0.64759 0.000 0.764 0.236
#> SRR577589 2 0.5016 0.64283 0.000 0.760 0.240
#> SRR577590 2 0.4842 0.66270 0.000 0.776 0.224
#> SRR596106 2 0.0424 0.84507 0.008 0.992 0.000
#> SRR596107 2 0.0237 0.84572 0.004 0.996 0.000
#> SRR596108 2 0.0424 0.84507 0.008 0.992 0.000
#> SRR596109 2 0.0424 0.84507 0.008 0.992 0.000
#> SRR651695 2 0.0424 0.84507 0.008 0.992 0.000
#> SRR651696 2 0.0424 0.84507 0.008 0.992 0.000
#> SRR651697 2 0.0424 0.84507 0.008 0.992 0.000
#> SRR651698 2 0.0424 0.84507 0.008 0.992 0.000
#> SRR651699 1 0.6260 0.35162 0.552 0.000 0.448
#> SRR651700 1 0.6260 0.35162 0.552 0.000 0.448
#> SRR651701 1 0.6260 0.35162 0.552 0.000 0.448
#> SRR651702 1 0.6260 0.35162 0.552 0.000 0.448
#> SRR651703 1 0.6260 0.35162 0.552 0.000 0.448
#> SRR651704 1 0.6260 0.35162 0.552 0.000 0.448
#> SRR578651 3 0.1585 0.85135 0.008 0.028 0.964
#> SRR578652 3 0.1163 0.85255 0.000 0.028 0.972
#> SRR578653 3 0.1585 0.85135 0.008 0.028 0.964
#> SRR578654 3 0.1832 0.84822 0.008 0.036 0.956
#> SRR651705 3 0.1399 0.85240 0.004 0.028 0.968
#> SRR651706 3 0.1620 0.85184 0.012 0.024 0.964
#> SRR651707 3 0.1765 0.84633 0.004 0.040 0.956
#> SRR651708 3 0.1620 0.85184 0.012 0.024 0.964
#> SRR1045618 2 0.6095 0.37125 0.000 0.608 0.392
#> SRR1045619 2 0.6154 0.33040 0.000 0.592 0.408
#> SRR1045620 2 0.6225 0.25818 0.000 0.568 0.432
#> SRR1045621 2 0.6180 0.30684 0.000 0.584 0.416
#> SRR1220501 2 0.6062 0.39095 0.000 0.616 0.384
#> SRR1220502 2 0.5988 0.42672 0.000 0.632 0.368
#> SRR1220503 2 0.6154 0.33039 0.000 0.592 0.408
#> SRR1220504 2 0.5968 0.43488 0.000 0.636 0.364
#> SRR1220505 2 0.6045 0.40055 0.000 0.620 0.380
#> SRR1220506 2 0.6062 0.39081 0.000 0.616 0.384
#> SRR1220507 2 0.6008 0.41816 0.000 0.628 0.372
#> SRR1220508 2 0.6045 0.40027 0.000 0.620 0.380
#> SRR577595 3 0.0892 0.85452 0.000 0.020 0.980
#> SRR577596 3 0.0747 0.85545 0.000 0.016 0.984
#> SRR577597 3 0.0747 0.85545 0.000 0.016 0.984
#> SRR577598 3 0.0747 0.85545 0.000 0.016 0.984
#> SRR577599 2 0.7395 0.05632 0.476 0.492 0.032
#> SRR577600 1 0.7534 0.13770 0.532 0.428 0.040
#> SRR577601 1 0.7491 -0.00301 0.492 0.472 0.036
#> SRR577602 2 0.7392 0.08415 0.468 0.500 0.032
#> SRR578631 1 0.5497 0.70105 0.708 0.000 0.292
#> SRR578632 1 0.5529 0.69349 0.704 0.000 0.296
#> SRR578633 1 0.5650 0.67467 0.688 0.000 0.312
#> SRR578634 1 0.5733 0.65840 0.676 0.000 0.324
#> SRR651665 1 0.5650 0.67417 0.688 0.000 0.312
#> SRR651666 1 0.5254 0.72528 0.736 0.000 0.264
#> SRR651667 1 0.5926 0.60527 0.644 0.000 0.356
#> SRR651668 1 0.5529 0.69130 0.704 0.000 0.296
#> SRR577579 2 0.4665 0.78000 0.100 0.852 0.048
#> SRR577580 2 0.4665 0.78000 0.100 0.852 0.048
#> SRR577581 2 0.4586 0.78383 0.096 0.856 0.048
#> SRR577582 2 0.4423 0.79072 0.088 0.864 0.048
#> SRR577583 3 0.1163 0.85118 0.000 0.028 0.972
#> SRR577584 3 0.1031 0.85316 0.000 0.024 0.976
#> SRR577585 3 0.1031 0.85316 0.000 0.024 0.976
#> SRR577586 3 0.1289 0.84908 0.000 0.032 0.968
#> SRR577591 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR577592 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR577593 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR577594 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR578635 1 0.1315 0.81304 0.972 0.008 0.020
#> SRR578636 1 0.1315 0.81304 0.972 0.008 0.020
#> SRR578637 1 0.1315 0.81304 0.972 0.008 0.020
#> SRR578638 1 0.1170 0.81137 0.976 0.008 0.016
#> SRR651669 1 0.1315 0.81304 0.972 0.008 0.020
#> SRR651670 1 0.1315 0.81304 0.972 0.008 0.020
#> SRR651671 1 0.1832 0.81566 0.956 0.008 0.036
#> SRR651672 1 0.1315 0.81304 0.972 0.008 0.020
#> SRR486237 1 0.2165 0.81786 0.936 0.000 0.064
#> SRR1057691 1 0.0747 0.79987 0.984 0.016 0.000
#> SRR486238 1 0.2165 0.81786 0.936 0.000 0.064
#> SRR1057692 1 0.0747 0.79987 0.984 0.016 0.000
#> SRR486239 1 0.4504 0.77457 0.804 0.000 0.196
#> SRR486240 1 0.4796 0.75713 0.780 0.000 0.220
#> SRR488136 1 0.3038 0.81455 0.896 0.000 0.104
#> SRR488137 1 0.3038 0.81455 0.896 0.000 0.104
#> SRR486241 1 0.1529 0.81584 0.960 0.000 0.040
#> SRR486242 1 0.1529 0.81584 0.960 0.000 0.040
#> SRR488684 1 0.1163 0.81419 0.972 0.000 0.028
#> SRR488685 1 0.1643 0.81618 0.956 0.000 0.044
#> SRR651673 1 0.1529 0.79085 0.960 0.040 0.000
#> SRR651674 1 0.1289 0.79459 0.968 0.032 0.000
#> SRR651675 1 0.1289 0.79459 0.968 0.032 0.000
#> SRR651676 1 0.1289 0.79459 0.968 0.032 0.000
#> SRR651677 1 0.1289 0.79459 0.968 0.032 0.000
#> SRR651678 1 0.1289 0.79459 0.968 0.032 0.000
#> SRR578639 1 0.0237 0.80334 0.996 0.004 0.000
#> SRR578640 1 0.0237 0.80334 0.996 0.004 0.000
#> SRR578641 1 0.0424 0.80189 0.992 0.008 0.000
#> SRR578642 1 0.0424 0.80189 0.992 0.008 0.000
#> SRR1045526 3 0.6299 0.01632 0.000 0.476 0.524
#> SRR1045527 3 0.6617 0.14960 0.008 0.436 0.556
#> SRR1045528 3 0.6126 0.26850 0.000 0.400 0.600
#> SRR1045529 3 0.6247 0.33196 0.004 0.376 0.620
#> SRR1220381 2 0.6154 0.35104 0.000 0.592 0.408
#> SRR1220382 2 0.6305 0.12857 0.000 0.516 0.484
#> SRR1220383 2 0.6309 0.08586 0.000 0.504 0.496
#> SRR1220384 2 0.6192 0.32174 0.000 0.580 0.420
#> SRR1220385 2 0.6235 0.27903 0.000 0.564 0.436
#> SRR1220386 2 0.6140 0.35747 0.000 0.596 0.404
#> SRR1220387 2 0.6180 0.32929 0.000 0.584 0.416
#> SRR1220388 2 0.6267 0.23756 0.000 0.548 0.452
#> SRR1045530 1 0.3116 0.81552 0.892 0.000 0.108
#> SRR1045531 1 0.3116 0.81552 0.892 0.000 0.108
#> SRR1045532 1 0.3038 0.81513 0.896 0.000 0.104
#> SRR1045533 1 0.3038 0.81573 0.896 0.000 0.104
#> SRR1220389 1 0.3551 0.81074 0.868 0.000 0.132
#> SRR1220390 1 0.3340 0.81371 0.880 0.000 0.120
#> SRR1220391 1 0.3482 0.81203 0.872 0.000 0.128
#> SRR1220392 1 0.3482 0.81206 0.872 0.000 0.128
#> SRR1220393 1 0.3412 0.81323 0.876 0.000 0.124
#> SRR1220394 1 0.3686 0.80793 0.860 0.000 0.140
#> SRR1220395 1 0.3267 0.81479 0.884 0.000 0.116
#> SRR1220396 1 0.3267 0.81479 0.884 0.000 0.116
#> SRR1045570 3 0.0892 0.84665 0.020 0.000 0.980
#> SRR1045571 3 0.0892 0.84665 0.020 0.000 0.980
#> SRR1045572 3 0.0892 0.84665 0.020 0.000 0.980
#> SRR1045573 3 0.0892 0.84665 0.020 0.000 0.980
#> SRR1220397 3 0.0424 0.85378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220398 3 0.0424 0.85378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220399 3 0.0424 0.85378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220400 3 0.0424 0.85378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220401 3 0.0424 0.85378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220402 3 0.0424 0.85378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220403 3 0.0424 0.85378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1220404 3 0.0424 0.85378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1045574 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045575 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045576 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045577 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220405 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220406 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220407 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220408 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220409 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220410 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220411 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1220412 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045582 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1045583 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045584 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1045585 2 0.0000 0.84589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1220421 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220422 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220423 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220424 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220425 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220426 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220427 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1220428 2 0.0237 0.84537 0.000 0.996 0.004
#> SRR1054856 2 0.2878 0.81095 0.096 0.904 0.000
#> SRR1054857 2 0.3272 0.80524 0.104 0.892 0.004
#> SRR1054858 2 0.3340 0.79091 0.120 0.880 0.000
#> SRR1054859 2 0.3038 0.80491 0.104 0.896 0.000
#> SRR1220429 2 0.1525 0.84153 0.032 0.964 0.004
#> SRR1220430 2 0.1878 0.83680 0.044 0.952 0.004
#> SRR1220431 2 0.1711 0.84145 0.032 0.960 0.008
#> SRR1220432 2 0.1989 0.83488 0.048 0.948 0.004
#> SRR1220433 2 0.1525 0.84153 0.032 0.964 0.004
#> SRR1220434 2 0.1525 0.84153 0.032 0.964 0.004
#> SRR1220435 2 0.1647 0.84012 0.036 0.960 0.004
#> SRR1220436 2 0.1411 0.83985 0.036 0.964 0.000
#> SRR1045586 3 0.4974 0.60443 0.236 0.000 0.764
#> SRR1045587 3 0.5058 0.58991 0.244 0.000 0.756
#> SRR1045588 3 0.5497 0.49094 0.292 0.000 0.708
#> SRR1045589 3 0.5465 0.49947 0.288 0.000 0.712
#> SRR1220438 3 0.4750 0.63686 0.216 0.000 0.784
#> SRR1220439 3 0.4654 0.64833 0.208 0.000 0.792
#> SRR1220441 3 0.4504 0.66568 0.196 0.000 0.804
#> SRR1220442 3 0.4399 0.67662 0.188 0.000 0.812
#> SRR1220443 3 0.4702 0.64481 0.212 0.000 0.788
#> SRR1220444 3 0.4750 0.63881 0.216 0.000 0.784
#> SRR1045594 3 0.0592 0.85598 0.000 0.012 0.988
#> SRR1045595 3 0.0747 0.85545 0.000 0.016 0.984
#> SRR1045596 3 0.0592 0.85598 0.000 0.012 0.988
#> SRR1045597 3 0.0592 0.85598 0.000 0.012 0.988
#> SRR1220453 3 0.1031 0.85316 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220454 3 0.1031 0.85316 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220455 3 0.1031 0.85316 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220456 3 0.1031 0.85316 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220457 3 0.1163 0.85118 0.000 0.028 0.972
#> SRR1220458 3 0.1031 0.85316 0.000 0.024 0.976
#> SRR1220459 3 0.1289 0.84908 0.000 0.032 0.968
#> SRR1220460 3 0.0892 0.85442 0.000 0.020 0.980
#> SRR1045598 2 0.2165 0.82982 0.064 0.936 0.000
#> SRR1045599 2 0.2165 0.82982 0.064 0.936 0.000
#> SRR1045600 2 0.2261 0.82789 0.068 0.932 0.000
#> SRR1045601 2 0.2537 0.82257 0.080 0.920 0.000
#> SRR1220461 2 0.1860 0.83354 0.052 0.948 0.000
#> SRR1220462 2 0.1964 0.83213 0.056 0.944 0.000
#> SRR1220463 2 0.1860 0.83354 0.052 0.948 0.000
#> SRR1220464 2 0.1860 0.83354 0.052 0.948 0.000
#> SRR1220465 2 0.1643 0.83660 0.044 0.956 0.000
#> SRR1220466 2 0.1860 0.83354 0.052 0.948 0.000
#> SRR1220467 2 0.1753 0.83520 0.048 0.952 0.000
#> SRR1220468 2 0.1860 0.83354 0.052 0.948 0.000
#> SRR1045602 3 0.0237 0.85506 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045603 3 0.0237 0.85506 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045604 3 0.0237 0.85506 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045605 3 0.0237 0.85506 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220469 3 0.0475 0.85620 0.004 0.004 0.992
#> SRR1220470 3 0.0237 0.85506 0.004 0.000 0.996
#> SRR1220471 3 0.0475 0.85620 0.004 0.004 0.992
#> SRR1220472 3 0.0475 0.85620 0.004 0.004 0.992
#> SRR1220473 3 0.0475 0.85620 0.004 0.004 0.992
#> SRR1220474 3 0.0237 0.85631 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220475 3 0.0661 0.85585 0.008 0.004 0.988
#> SRR1220476 3 0.0475 0.85620 0.004 0.004 0.992
#> SRR1045606 3 0.5733 0.49373 0.000 0.324 0.676
#> SRR1045607 3 0.5905 0.43294 0.000 0.352 0.648
#> SRR1045608 3 0.5810 0.46517 0.000 0.336 0.664
#> SRR1045609 3 0.5650 0.51424 0.000 0.312 0.688
#> SRR1220477 3 0.6079 0.34726 0.000 0.388 0.612
#> SRR1220478 3 0.6026 0.37721 0.000 0.376 0.624
#> SRR1220479 3 0.6062 0.35702 0.000 0.384 0.616
#> SRR1220480 3 0.5882 0.43907 0.000 0.348 0.652
#> SRR1220481 3 0.6008 0.38708 0.000 0.372 0.628
#> SRR1220482 3 0.6045 0.36840 0.000 0.380 0.620
#> SRR1220483 3 0.6045 0.36790 0.000 0.380 0.620
#> SRR1220484 3 0.5948 0.41317 0.000 0.360 0.640
#> SRR1045614 2 0.3752 0.76993 0.144 0.856 0.000
#> SRR1045615 2 0.3941 0.75964 0.156 0.844 0.000
#> SRR1045616 2 0.4346 0.72710 0.184 0.816 0.000
#> SRR1045617 2 0.4291 0.73327 0.180 0.820 0.000
#> SRR1220493 2 0.2959 0.80888 0.100 0.900 0.000
#> SRR1220494 2 0.3340 0.79265 0.120 0.880 0.000
#> SRR1220495 2 0.2959 0.80910 0.100 0.900 0.000
#> SRR1220496 2 0.2261 0.82891 0.068 0.932 0.000
#> SRR1220497 2 0.2625 0.81977 0.084 0.916 0.000
#> SRR1220498 2 0.2796 0.81475 0.092 0.908 0.000
#> SRR1220499 2 0.3267 0.79560 0.116 0.884 0.000
#> SRR1220500 2 0.2878 0.81219 0.096 0.904 0.000
#> SRR651662 1 0.1989 0.81749 0.948 0.004 0.048
#> SRR651663 3 0.0592 0.85255 0.012 0.000 0.988
#> SRR651664 3 0.0237 0.85559 0.004 0.000 0.996
#> SRR1045522 1 0.6967 0.61686 0.668 0.044 0.288
#> SRR1045523 1 0.7097 0.61306 0.668 0.052 0.280
#> SRR1045524 1 0.6521 0.67740 0.712 0.040 0.248
#> SRR1045525 1 0.6904 0.63508 0.684 0.048 0.268
#> SRR1220373 1 0.8194 0.46113 0.572 0.088 0.340
#> SRR1220374 1 0.7798 0.55885 0.624 0.080 0.296
#> SRR1220375 1 0.8068 0.51001 0.596 0.088 0.316
#> SRR1220376 1 0.7872 0.55136 0.620 0.084 0.296
#> SRR1220377 1 0.8013 0.54243 0.612 0.092 0.296
#> SRR1220378 1 0.8089 0.51385 0.600 0.092 0.308
#> SRR1220379 1 0.7810 0.59050 0.640 0.092 0.268
#> SRR1220380 1 0.8040 0.53406 0.608 0.092 0.300
#> SRR1045578 1 0.5291 0.72449 0.732 0.000 0.268
#> SRR1045579 1 0.5465 0.70580 0.712 0.000 0.288
#> SRR1045580 1 0.5098 0.74259 0.752 0.000 0.248
#> SRR1045581 1 0.5363 0.71846 0.724 0.000 0.276
#> SRR1220413 1 0.5465 0.69780 0.712 0.000 0.288
#> SRR1220414 1 0.5591 0.67728 0.696 0.000 0.304
#> SRR1220415 1 0.5591 0.67956 0.696 0.000 0.304
#> SRR1220416 1 0.5810 0.63042 0.664 0.000 0.336
#> SRR1220417 1 0.5621 0.67304 0.692 0.000 0.308
#> SRR1220418 1 0.5859 0.62420 0.656 0.000 0.344
#> SRR1220419 1 0.5706 0.65743 0.680 0.000 0.320
#> SRR1220420 1 0.5706 0.65504 0.680 0.000 0.320
#> SRR1045590 3 0.5929 0.42947 0.320 0.004 0.676
#> SRR1045591 3 0.5948 0.31861 0.360 0.000 0.640
#> SRR1045592 3 0.6008 0.27791 0.372 0.000 0.628
#> SRR1045593 3 0.5882 0.35164 0.348 0.000 0.652
#> SRR1220445 3 0.5845 0.45957 0.308 0.004 0.688
#> SRR1220446 3 0.6129 0.41727 0.324 0.008 0.668
#> SRR1220447 3 0.5902 0.44186 0.316 0.004 0.680
#> SRR1220448 3 0.6200 0.44692 0.312 0.012 0.676
#> SRR1220449 3 0.5958 0.47800 0.300 0.008 0.692
#> SRR1220450 3 0.6143 0.46702 0.304 0.012 0.684
#> SRR1220451 3 0.5785 0.47894 0.300 0.004 0.696
#> SRR1220452 3 0.5815 0.46985 0.304 0.004 0.692
#> SRR1045610 3 0.0592 0.85623 0.000 0.012 0.988
#> SRR1045611 3 0.0000 0.85588 0.000 0.000 1.000
#> SRR1045612 3 0.0592 0.85623 0.000 0.012 0.988
#> SRR1045613 3 0.0237 0.85628 0.000 0.004 0.996
#> SRR1220485 3 0.1529 0.84375 0.000 0.040 0.960
#> SRR1220486 3 0.1289 0.84963 0.000 0.032 0.968
#> SRR1220487 3 0.1643 0.84221 0.000 0.044 0.956
#> SRR1220488 3 0.1860 0.83598 0.000 0.052 0.948
#> SRR1220489 3 0.2356 0.81866 0.000 0.072 0.928
#> SRR1220490 3 0.1964 0.83239 0.000 0.056 0.944
#> SRR1220491 3 0.1753 0.83907 0.000 0.048 0.952
#> SRR1220492 3 0.1529 0.84390 0.000 0.040 0.960
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR020287 1 0.4490 0.6486 0.824 0.104 0.056 0.016
#> SRR020288 1 0.4432 0.6483 0.824 0.108 0.056 0.012
#> SRR020289 1 0.4432 0.6483 0.824 0.108 0.056 0.012
#> SRR020290 1 0.4432 0.6483 0.824 0.108 0.056 0.012
#> SRR020291 1 0.4432 0.6483 0.824 0.108 0.056 0.012
#> SRR020285 1 0.1247 0.6894 0.968 0.012 0.016 0.004
#> SRR1057683 1 0.0937 0.6899 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR1057684 1 0.0937 0.6899 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR020292 1 0.5854 0.6015 0.724 0.168 0.096 0.012
#> SRR020293 1 0.5983 0.6009 0.720 0.164 0.100 0.016
#> SRR020294 1 0.6009 0.5940 0.712 0.172 0.104 0.012
#> SRR020295 1 0.6090 0.5894 0.704 0.180 0.104 0.012
#> SRR020286 1 0.1917 0.6961 0.944 0.012 0.036 0.008
#> SRR1057689 1 0.1369 0.6921 0.964 0.004 0.016 0.016
#> SRR1057690 1 0.1593 0.6921 0.956 0.004 0.024 0.016
#> SRR1057685 1 0.1362 0.6939 0.964 0.004 0.020 0.012
#> SRR1057686 1 0.1124 0.6925 0.972 0.004 0.012 0.012
#> SRR1057687 1 0.1362 0.6955 0.964 0.004 0.020 0.012
#> SRR1057688 1 0.2039 0.6966 0.940 0.008 0.036 0.016
#> SRR578643 4 0.2313 0.8093 0.000 0.032 0.044 0.924
#> SRR578644 4 0.2408 0.8088 0.000 0.036 0.044 0.920
#> SRR578645 4 0.2408 0.8088 0.000 0.036 0.044 0.920
#> SRR578646 4 0.2408 0.8088 0.000 0.036 0.044 0.920
#> SRR651679 4 0.2408 0.8088 0.000 0.036 0.044 0.920
#> SRR651680 4 0.2500 0.8071 0.000 0.040 0.044 0.916
#> SRR651681 4 0.2408 0.8088 0.000 0.036 0.044 0.920
#> SRR651682 4 0.2408 0.8088 0.000 0.036 0.044 0.920
#> SRR578627 3 0.4274 0.7425 0.148 0.044 0.808 0.000
#> SRR578628 3 0.4237 0.7362 0.152 0.040 0.808 0.000
#> SRR578629 3 0.4237 0.7362 0.152 0.040 0.808 0.000
#> SRR578630 3 0.4224 0.7458 0.144 0.044 0.812 0.000
#> SRR651692 3 0.4417 0.7326 0.160 0.044 0.796 0.000
#> SRR651693 3 0.4123 0.7521 0.136 0.044 0.820 0.000
#> SRR651694 3 0.4417 0.7326 0.160 0.044 0.796 0.000
#> SRR596098 2 0.4088 0.6200 0.004 0.764 0.232 0.000
#> SRR596099 2 0.4088 0.6200 0.004 0.764 0.232 0.000
#> SRR596100 2 0.4053 0.6213 0.004 0.768 0.228 0.000
#> SRR596101 2 0.4122 0.6187 0.004 0.760 0.236 0.000
#> SRR651683 2 0.4088 0.6200 0.004 0.764 0.232 0.000
#> SRR651684 2 0.4018 0.6251 0.004 0.772 0.224 0.000
#> SRR651685 2 0.4122 0.6187 0.004 0.760 0.236 0.000
#> SRR651686 2 0.4155 0.6147 0.004 0.756 0.240 0.000
#> SRR596102 4 0.2055 0.8193 0.008 0.048 0.008 0.936
#> SRR596103 4 0.2055 0.8190 0.008 0.048 0.008 0.936
#> SRR596104 4 0.1968 0.8196 0.008 0.044 0.008 0.940
#> SRR596105 4 0.2010 0.8210 0.008 0.040 0.012 0.940
#> SRR651687 4 0.1968 0.8196 0.008 0.044 0.008 0.940
#> SRR651688 4 0.2055 0.8190 0.008 0.048 0.008 0.936
#> SRR651689 4 0.2010 0.8210 0.008 0.040 0.012 0.940
#> SRR578647 2 0.3610 0.6439 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR578648 2 0.3486 0.6484 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR578649 2 0.3528 0.6468 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR578650 2 0.3569 0.6466 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR651691 2 0.3486 0.6479 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR577587 4 0.5935 0.1731 0.000 0.036 0.468 0.496
#> SRR577588 4 0.6010 0.1672 0.000 0.040 0.472 0.488
#> SRR577589 4 0.6009 0.1710 0.000 0.040 0.468 0.492
#> SRR577590 4 0.6008 0.1825 0.000 0.040 0.464 0.496
#> SRR596106 4 0.1284 0.8189 0.000 0.012 0.024 0.964
#> SRR596107 4 0.1151 0.8194 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR596108 4 0.1151 0.8196 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR596109 4 0.1284 0.8189 0.000 0.012 0.024 0.964
#> SRR651695 4 0.1109 0.8200 0.000 0.004 0.028 0.968
#> SRR651696 4 0.1109 0.8200 0.000 0.004 0.028 0.968
#> SRR651697 4 0.1256 0.8203 0.000 0.008 0.028 0.964
#> SRR651698 4 0.1004 0.8198 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR651699 3 0.4122 0.6342 0.236 0.004 0.760 0.000
#> SRR651700 3 0.4122 0.6342 0.236 0.004 0.760 0.000
#> SRR651701 3 0.4122 0.6342 0.236 0.004 0.760 0.000
#> SRR651702 3 0.4155 0.6310 0.240 0.004 0.756 0.000
#> SRR651703 3 0.4155 0.6279 0.240 0.004 0.756 0.000
#> SRR651704 3 0.4122 0.6342 0.236 0.004 0.760 0.000
#> SRR578651 3 0.3477 0.7828 0.008 0.088 0.872 0.032
#> SRR578652 3 0.3301 0.7837 0.004 0.092 0.876 0.028
#> SRR578653 3 0.3427 0.7804 0.004 0.088 0.872 0.036
#> SRR578654 3 0.3427 0.7804 0.004 0.088 0.872 0.036
#> SRR651705 3 0.3236 0.7838 0.004 0.088 0.880 0.028
#> SRR651706 3 0.3309 0.7889 0.016 0.088 0.880 0.016
#> SRR651707 3 0.3312 0.7785 0.004 0.076 0.880 0.040
#> SRR651708 3 0.3408 0.7856 0.012 0.088 0.876 0.024
#> SRR1045618 2 0.7300 0.4493 0.000 0.528 0.196 0.276
#> SRR1045619 2 0.7256 0.4832 0.000 0.540 0.204 0.256
#> SRR1045620 2 0.7135 0.5039 0.000 0.560 0.200 0.240
#> SRR1045621 2 0.7281 0.4565 0.000 0.532 0.196 0.272
#> SRR1220501 2 0.7412 0.4191 0.000 0.504 0.200 0.296
#> SRR1220502 2 0.7468 0.3993 0.000 0.492 0.204 0.304
#> SRR1220503 2 0.7363 0.4409 0.000 0.516 0.200 0.284
#> SRR1220504 2 0.7442 0.4034 0.000 0.496 0.200 0.304
#> SRR1220505 2 0.7397 0.4264 0.000 0.508 0.200 0.292
#> SRR1220506 2 0.7402 0.3987 0.000 0.500 0.192 0.308
#> SRR1220507 2 0.7412 0.4189 0.000 0.504 0.200 0.296
#> SRR1220508 2 0.7397 0.4260 0.000 0.508 0.200 0.292
#> SRR577595 2 0.3975 0.6364 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR577596 2 0.4008 0.6336 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR577597 2 0.4040 0.6312 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR577598 2 0.4008 0.6346 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR577599 4 0.8144 0.0651 0.392 0.192 0.020 0.396
#> SRR577600 1 0.8146 0.0256 0.424 0.196 0.020 0.360
#> SRR577601 1 0.8163 -0.0595 0.400 0.196 0.020 0.384
#> SRR577602 4 0.8142 0.0916 0.384 0.192 0.020 0.404
#> SRR578631 1 0.7082 0.4835 0.564 0.184 0.252 0.000
#> SRR578632 1 0.7190 0.4554 0.548 0.192 0.260 0.000
#> SRR578633 1 0.7190 0.4554 0.548 0.192 0.260 0.000
#> SRR578634 1 0.7145 0.4681 0.556 0.192 0.252 0.000
#> SRR651665 1 0.7153 0.4744 0.556 0.196 0.248 0.000
#> SRR651666 1 0.7042 0.4969 0.572 0.188 0.240 0.000
#> SRR651667 1 0.7054 0.4865 0.572 0.196 0.232 0.000
#> SRR651668 1 0.7176 0.4683 0.552 0.196 0.252 0.000
#> SRR577579 4 0.4563 0.7892 0.056 0.072 0.040 0.832
#> SRR577580 4 0.4484 0.7918 0.052 0.072 0.040 0.836
#> SRR577581 4 0.4403 0.7942 0.048 0.072 0.040 0.840
#> SRR577582 4 0.4233 0.7974 0.040 0.072 0.040 0.848
#> SRR577583 2 0.4040 0.6357 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR577584 2 0.4122 0.6407 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR577585 2 0.4155 0.6386 0.000 0.756 0.240 0.004
#> SRR577586 2 0.3975 0.6402 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR577591 4 0.3266 0.7740 0.000 0.024 0.108 0.868
#> SRR577592 4 0.3266 0.7740 0.000 0.024 0.108 0.868
#> SRR577593 4 0.3266 0.7740 0.000 0.024 0.108 0.868
#> SRR577594 4 0.3266 0.7740 0.000 0.024 0.108 0.868
#> SRR578635 1 0.6231 0.6759 0.732 0.068 0.128 0.072
#> SRR578636 1 0.6231 0.6759 0.732 0.068 0.128 0.072
#> SRR578637 1 0.6231 0.6759 0.732 0.068 0.128 0.072
#> SRR578638 1 0.6231 0.6757 0.732 0.068 0.128 0.072
#> SRR651669 1 0.6231 0.6759 0.732 0.068 0.128 0.072
#> SRR651670 1 0.6093 0.6783 0.740 0.068 0.128 0.064
#> SRR651671 1 0.6414 0.6729 0.720 0.072 0.132 0.076
#> SRR651672 1 0.6048 0.6774 0.740 0.068 0.136 0.056
#> SRR486237 1 0.1151 0.6971 0.968 0.008 0.024 0.000
#> SRR1057691 1 0.1593 0.6950 0.956 0.004 0.024 0.016
#> SRR486238 1 0.1174 0.6970 0.968 0.012 0.020 0.000
#> SRR1057692 1 0.1471 0.6946 0.960 0.004 0.024 0.012
#> SRR486239 1 0.6426 0.5444 0.628 0.116 0.256 0.000
#> SRR486240 1 0.6673 0.5348 0.608 0.140 0.252 0.000
#> SRR488136 1 0.2761 0.6752 0.904 0.048 0.048 0.000
#> SRR488137 1 0.2761 0.6752 0.904 0.048 0.048 0.000
#> SRR486241 1 0.1211 0.6940 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR486242 1 0.1118 0.6934 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR488684 1 0.1406 0.6873 0.960 0.024 0.016 0.000
#> SRR488685 1 0.1174 0.6910 0.968 0.012 0.020 0.000
#> SRR651673 1 0.5452 0.6152 0.748 0.136 0.004 0.112
#> SRR651674 1 0.5389 0.6189 0.752 0.140 0.004 0.104
#> SRR651675 1 0.5389 0.6189 0.752 0.140 0.004 0.104
#> SRR651676 1 0.5389 0.6189 0.752 0.140 0.004 0.104
#> SRR651677 1 0.5397 0.6192 0.752 0.136 0.004 0.108
#> SRR651678 1 0.5389 0.6189 0.752 0.140 0.004 0.104
#> SRR578639 1 0.6345 0.6810 0.724 0.128 0.088 0.060
#> SRR578640 1 0.6355 0.6808 0.724 0.128 0.084 0.064
#> SRR578641 1 0.6361 0.6804 0.724 0.128 0.080 0.068
#> SRR578642 1 0.6355 0.6808 0.724 0.128 0.084 0.064
#> SRR1045526 2 0.5307 0.6130 0.000 0.736 0.076 0.188
#> SRR1045527 2 0.5256 0.6202 0.004 0.752 0.072 0.172
#> SRR1045528 2 0.5192 0.6254 0.004 0.760 0.076 0.160
#> SRR1045529 2 0.5100 0.6289 0.004 0.768 0.076 0.152
#> SRR1220381 2 0.5973 0.4248 0.000 0.612 0.056 0.332
#> SRR1220382 2 0.5979 0.5221 0.000 0.652 0.076 0.272
#> SRR1220383 2 0.5716 0.5550 0.000 0.680 0.068 0.252
#> SRR1220384 2 0.5993 0.4661 0.000 0.628 0.064 0.308
#> SRR1220385 2 0.5972 0.4744 0.000 0.632 0.064 0.304
#> SRR1220386 2 0.5990 0.4064 0.000 0.608 0.056 0.336
#> SRR1220387 2 0.6135 0.4386 0.000 0.608 0.068 0.324
#> SRR1220388 2 0.5905 0.4743 0.000 0.636 0.060 0.304
#> SRR1045530 1 0.6893 0.5007 0.564 0.136 0.300 0.000
#> SRR1045531 1 0.6893 0.4963 0.564 0.136 0.300 0.000
#> SRR1045532 1 0.6851 0.5005 0.568 0.132 0.300 0.000
#> SRR1045533 1 0.6874 0.5023 0.568 0.136 0.296 0.000
#> SRR1220389 1 0.7031 0.4657 0.536 0.140 0.324 0.000
#> SRR1220390 1 0.6976 0.4773 0.544 0.136 0.320 0.000
#> SRR1220391 1 0.6985 0.4907 0.548 0.140 0.312 0.000
#> SRR1220392 1 0.7031 0.4662 0.536 0.140 0.324 0.000
#> SRR1220393 1 0.6976 0.4773 0.544 0.136 0.320 0.000
#> SRR1220394 1 0.7069 0.4620 0.532 0.144 0.324 0.000
#> SRR1220395 1 0.6945 0.4899 0.552 0.136 0.312 0.000
#> SRR1220396 1 0.6961 0.4844 0.548 0.136 0.316 0.000
#> SRR1045570 3 0.3229 0.7921 0.048 0.072 0.880 0.000
#> SRR1045571 3 0.3312 0.7921 0.052 0.072 0.876 0.000
#> SRR1045572 3 0.3312 0.7921 0.052 0.072 0.876 0.000
#> SRR1045573 3 0.3301 0.7907 0.048 0.076 0.876 0.000
#> SRR1220397 3 0.2892 0.7915 0.036 0.068 0.896 0.000
#> SRR1220398 3 0.2908 0.7927 0.040 0.064 0.896 0.000
#> SRR1220399 3 0.2892 0.7915 0.036 0.068 0.896 0.000
#> SRR1220400 3 0.2908 0.7927 0.040 0.064 0.896 0.000
#> SRR1220401 3 0.2871 0.7925 0.032 0.072 0.896 0.000
#> SRR1220402 3 0.2816 0.7928 0.036 0.064 0.900 0.000
#> SRR1220403 3 0.2830 0.7937 0.040 0.060 0.900 0.000
#> SRR1220404 3 0.2892 0.7915 0.036 0.068 0.896 0.000
#> SRR1045574 3 0.3172 0.7477 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1045575 3 0.3172 0.7477 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1045576 3 0.3172 0.7477 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1045577 3 0.3172 0.7477 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1220405 3 0.3074 0.7534 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1220406 3 0.3024 0.7572 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1220407 3 0.3123 0.7490 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1220408 3 0.3123 0.7490 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1220409 3 0.3074 0.7534 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1220410 3 0.2973 0.7595 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1220411 3 0.3123 0.7490 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1220412 3 0.2973 0.7605 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1045582 4 0.1820 0.8150 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR1045583 4 0.1929 0.8144 0.000 0.024 0.036 0.940
#> SRR1045584 4 0.1929 0.8144 0.000 0.024 0.036 0.940
#> SRR1045585 4 0.2021 0.8136 0.000 0.024 0.040 0.936
#> SRR1220421 4 0.2021 0.8129 0.000 0.024 0.040 0.936
#> SRR1220422 4 0.1929 0.8144 0.000 0.024 0.036 0.940
#> SRR1220423 4 0.2021 0.8129 0.000 0.024 0.040 0.936
#> SRR1220424 4 0.1929 0.8144 0.000 0.024 0.036 0.940
#> SRR1220425 4 0.1929 0.8144 0.000 0.024 0.036 0.940
#> SRR1220426 4 0.2021 0.8129 0.000 0.024 0.040 0.936
#> SRR1220427 4 0.1929 0.8144 0.000 0.024 0.036 0.940
#> SRR1220428 4 0.1929 0.8144 0.000 0.024 0.036 0.940
#> SRR1054856 4 0.4769 0.7733 0.068 0.076 0.036 0.820
#> SRR1054857 4 0.4817 0.7697 0.076 0.076 0.032 0.816
#> SRR1054858 4 0.4885 0.7665 0.080 0.076 0.032 0.812
#> SRR1054859 4 0.4748 0.7733 0.072 0.076 0.032 0.820
#> SRR1220429 4 0.4137 0.7949 0.044 0.072 0.032 0.852
#> SRR1220430 4 0.4314 0.7908 0.048 0.072 0.036 0.844
#> SRR1220431 4 0.4050 0.7969 0.040 0.072 0.032 0.856
#> SRR1220432 4 0.4242 0.7919 0.048 0.068 0.036 0.848
#> SRR1220433 4 0.4040 0.7977 0.044 0.072 0.028 0.856
#> SRR1220434 4 0.4137 0.7949 0.044 0.072 0.032 0.852
#> SRR1220435 4 0.4314 0.7908 0.048 0.072 0.036 0.844
#> SRR1220436 4 0.4221 0.7933 0.048 0.072 0.032 0.848
#> SRR1045586 2 0.7494 0.3050 0.264 0.500 0.236 0.000
#> SRR1045587 2 0.7494 0.2925 0.264 0.500 0.236 0.000
#> SRR1045588 2 0.7497 0.2627 0.280 0.496 0.224 0.000
#> SRR1045589 2 0.7547 0.2617 0.276 0.488 0.236 0.000
#> SRR1220438 2 0.7351 0.3543 0.212 0.524 0.264 0.000
#> SRR1220439 2 0.7351 0.3543 0.212 0.524 0.264 0.000
#> SRR1220441 2 0.7297 0.3643 0.204 0.532 0.264 0.000
#> SRR1220442 2 0.7289 0.3606 0.200 0.532 0.268 0.000
#> SRR1220443 2 0.7402 0.3472 0.220 0.516 0.264 0.000
#> SRR1220444 2 0.7331 0.3568 0.212 0.528 0.260 0.000
#> SRR1045594 2 0.3400 0.6604 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1045595 2 0.3356 0.6606 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1045596 2 0.3311 0.6605 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1045597 2 0.3444 0.6596 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1220453 2 0.3486 0.6586 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1220454 2 0.3539 0.6610 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR1220455 2 0.3539 0.6611 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR1220456 2 0.3400 0.6600 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1220457 2 0.3494 0.6613 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1220458 2 0.3448 0.6615 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1220459 2 0.3400 0.6605 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1220460 2 0.3528 0.6574 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1045598 4 0.2837 0.8119 0.036 0.028 0.024 0.912
#> SRR1045599 4 0.3027 0.8102 0.040 0.032 0.024 0.904
#> SRR1045600 4 0.3030 0.8101 0.036 0.036 0.024 0.904
#> SRR1045601 4 0.3122 0.8086 0.040 0.036 0.024 0.900
#> SRR1220461 4 0.2210 0.8178 0.016 0.028 0.020 0.936
#> SRR1220462 4 0.2432 0.8167 0.024 0.028 0.020 0.928
#> SRR1220463 4 0.2324 0.8176 0.020 0.028 0.020 0.932
#> SRR1220464 4 0.2107 0.8181 0.016 0.024 0.020 0.940
#> SRR1220465 4 0.2310 0.8181 0.016 0.032 0.020 0.932
#> SRR1220466 4 0.2107 0.8181 0.016 0.024 0.020 0.940
#> SRR1220467 4 0.2324 0.8176 0.020 0.028 0.020 0.932
#> SRR1220468 4 0.2324 0.8176 0.020 0.028 0.020 0.932
#> SRR1045602 3 0.1970 0.7829 0.008 0.060 0.932 0.000
#> SRR1045603 3 0.2048 0.7812 0.008 0.064 0.928 0.000
#> SRR1045604 3 0.2048 0.7812 0.008 0.064 0.928 0.000
#> SRR1045605 3 0.2048 0.7812 0.008 0.064 0.928 0.000
#> SRR1220469 3 0.1902 0.7822 0.004 0.064 0.932 0.000
#> SRR1220470 3 0.1970 0.7829 0.008 0.060 0.932 0.000
#> SRR1220471 3 0.1902 0.7822 0.004 0.064 0.932 0.000
#> SRR1220472 3 0.1743 0.7844 0.004 0.056 0.940 0.000
#> SRR1220473 3 0.1902 0.7822 0.004 0.064 0.932 0.000
#> SRR1220474 3 0.1824 0.7833 0.004 0.060 0.936 0.000
#> SRR1220475 3 0.1824 0.7831 0.004 0.060 0.936 0.000
#> SRR1220476 3 0.2053 0.7785 0.004 0.072 0.924 0.000
#> SRR1045606 2 0.6646 0.5674 0.000 0.620 0.224 0.156
#> SRR1045607 2 0.6646 0.5674 0.000 0.620 0.224 0.156
#> SRR1045608 2 0.6646 0.5674 0.000 0.620 0.224 0.156
#> SRR1045609 2 0.6635 0.5682 0.000 0.620 0.228 0.152
#> SRR1220477 2 0.6805 0.5580 0.000 0.604 0.220 0.176
#> SRR1220478 2 0.6685 0.5654 0.000 0.616 0.224 0.160
#> SRR1220479 2 0.6724 0.5641 0.000 0.612 0.224 0.164
#> SRR1220480 2 0.6685 0.5654 0.000 0.616 0.224 0.160
#> SRR1220481 2 0.6695 0.5644 0.000 0.616 0.220 0.164
#> SRR1220482 2 0.6732 0.5624 0.000 0.612 0.220 0.168
#> SRR1220483 2 0.6761 0.5626 0.000 0.608 0.224 0.168
#> SRR1220484 2 0.6724 0.5636 0.000 0.612 0.224 0.164
#> SRR1045614 4 0.7778 0.3747 0.264 0.260 0.004 0.472
#> SRR1045615 4 0.7773 0.3662 0.276 0.248 0.004 0.472
#> SRR1045616 4 0.8030 0.2964 0.296 0.264 0.008 0.432
#> SRR1045617 4 0.7988 0.3155 0.292 0.256 0.008 0.444
#> SRR1220493 4 0.7607 0.4397 0.244 0.244 0.004 0.508
#> SRR1220494 4 0.7668 0.4194 0.252 0.248 0.004 0.496
#> SRR1220495 4 0.7585 0.4413 0.244 0.240 0.004 0.512
#> SRR1220496 4 0.7625 0.4634 0.236 0.232 0.008 0.524
#> SRR1220497 4 0.7669 0.4578 0.232 0.244 0.008 0.516
#> SRR1220498 4 0.7541 0.4582 0.236 0.240 0.004 0.520
#> SRR1220499 4 0.7561 0.4493 0.248 0.232 0.004 0.516
#> SRR1220500 4 0.7606 0.4380 0.248 0.240 0.004 0.508
#> SRR651662 1 0.6247 0.5854 0.656 0.080 0.256 0.008
#> SRR651663 3 0.4238 0.7606 0.060 0.108 0.828 0.004
#> SRR651664 3 0.3636 0.7756 0.036 0.092 0.864 0.008
#> SRR1045522 1 0.9291 0.3678 0.388 0.192 0.312 0.108
#> SRR1045523 1 0.9330 0.3933 0.396 0.200 0.292 0.112
#> SRR1045524 1 0.9016 0.4530 0.440 0.196 0.276 0.088
#> SRR1045525 1 0.9203 0.4054 0.408 0.196 0.296 0.100
#> SRR1220373 3 0.9884 -0.1998 0.268 0.228 0.312 0.192
#> SRR1220374 1 0.9906 0.2388 0.292 0.216 0.288 0.204
#> SRR1220375 3 0.9937 -0.2353 0.276 0.208 0.288 0.228
#> SRR1220376 1 0.9924 0.2439 0.288 0.196 0.276 0.240
#> SRR1220377 1 0.9940 0.2331 0.272 0.196 0.260 0.272
#> SRR1220378 4 0.9949 -0.3371 0.268 0.200 0.264 0.268
#> SRR1220379 1 0.9926 0.2433 0.284 0.192 0.268 0.256
#> SRR1220380 3 0.9949 -0.2237 0.268 0.212 0.288 0.232
#> SRR1045578 2 0.6585 0.1011 0.412 0.520 0.060 0.008
#> SRR1045579 2 0.6554 0.1439 0.396 0.536 0.060 0.008
#> SRR1045580 2 0.6370 -0.0457 0.456 0.492 0.044 0.008
#> SRR1045581 2 0.6585 0.0994 0.412 0.520 0.060 0.008
#> SRR1220413 2 0.6713 0.1608 0.388 0.536 0.064 0.012
#> SRR1220414 2 0.6709 0.2112 0.364 0.556 0.068 0.012
#> SRR1220415 2 0.6744 0.1923 0.376 0.544 0.068 0.012
#> SRR1220416 2 0.6757 0.2275 0.360 0.556 0.072 0.012
#> SRR1220417 2 0.6827 0.2049 0.368 0.548 0.068 0.016
#> SRR1220418 2 0.6803 0.2155 0.360 0.556 0.068 0.016
#> SRR1220419 2 0.6827 0.2102 0.364 0.548 0.076 0.012
#> SRR1220420 2 0.6769 0.2176 0.364 0.552 0.072 0.012
#> SRR1045590 3 0.7032 0.4761 0.224 0.164 0.604 0.008
#> SRR1045591 3 0.6963 0.4745 0.228 0.168 0.600 0.004
#> SRR1045592 3 0.7001 0.4316 0.244 0.180 0.576 0.000
#> SRR1045593 3 0.6981 0.4672 0.236 0.164 0.596 0.004
#> SRR1220445 3 0.6567 0.5680 0.204 0.124 0.660 0.012
#> SRR1220446 3 0.7014 0.5006 0.216 0.156 0.616 0.012
#> SRR1220447 3 0.6727 0.5412 0.212 0.132 0.644 0.012
#> SRR1220448 3 0.6870 0.5322 0.208 0.148 0.632 0.012
#> SRR1220449 3 0.6771 0.5485 0.196 0.148 0.644 0.012
#> SRR1220450 3 0.6829 0.5497 0.200 0.140 0.644 0.016
#> SRR1220451 3 0.6613 0.5702 0.188 0.140 0.660 0.012
#> SRR1220452 3 0.6828 0.5382 0.208 0.144 0.636 0.012
#> SRR1045610 2 0.3528 0.6495 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1045611 2 0.3907 0.6228 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR1045612 2 0.3873 0.6263 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1045613 2 0.3975 0.6197 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1220485 2 0.3942 0.6394 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1220486 2 0.4053 0.6370 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR1220487 2 0.4391 0.6297 0.000 0.740 0.252 0.008
#> SRR1220488 2 0.3764 0.6519 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1220489 2 0.4360 0.6318 0.000 0.744 0.248 0.008
#> SRR1220490 2 0.4194 0.6485 0.000 0.764 0.228 0.008
#> SRR1220491 2 0.3933 0.6582 0.000 0.792 0.200 0.008
#> SRR1220492 2 0.4252 0.6270 0.000 0.744 0.252 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR020287 5 0.4613 0.58925 0.032 0.076 0.068 0.020 0.804
#> SRR020288 5 0.4613 0.58925 0.032 0.076 0.068 0.020 0.804
#> SRR020289 5 0.4613 0.58925 0.032 0.076 0.068 0.020 0.804
#> SRR020290 5 0.4613 0.58925 0.032 0.076 0.068 0.020 0.804
#> SRR020291 5 0.4613 0.58925 0.032 0.076 0.068 0.020 0.804
#> SRR020285 5 0.3495 0.67853 0.152 0.000 0.032 0.000 0.816
#> SRR1057683 5 0.3536 0.67695 0.156 0.000 0.032 0.000 0.812
#> SRR1057684 5 0.3577 0.67492 0.160 0.000 0.032 0.000 0.808
#> SRR020292 5 0.5768 0.53878 0.052 0.120 0.084 0.020 0.724
#> SRR020293 5 0.5855 0.53790 0.052 0.120 0.084 0.024 0.720
#> SRR020294 5 0.5919 0.53465 0.056 0.120 0.084 0.024 0.716
#> SRR020295 5 0.5899 0.53423 0.052 0.124 0.084 0.024 0.716
#> SRR020286 5 0.4221 0.65555 0.188 0.000 0.044 0.004 0.764
#> SRR1057689 5 0.4186 0.66012 0.184 0.000 0.044 0.004 0.768
#> SRR1057690 5 0.4149 0.65855 0.188 0.000 0.040 0.004 0.768
#> SRR1057685 5 0.4041 0.66373 0.176 0.000 0.040 0.004 0.780
#> SRR1057686 5 0.3851 0.67311 0.164 0.000 0.036 0.004 0.796
#> SRR1057687 5 0.4545 0.63142 0.204 0.000 0.048 0.008 0.740
#> SRR1057688 5 0.4811 0.63023 0.200 0.000 0.048 0.020 0.732
#> SRR578643 4 0.2492 0.74869 0.016 0.004 0.040 0.912 0.028
#> SRR578644 4 0.2492 0.74869 0.016 0.004 0.040 0.912 0.028
#> SRR578645 4 0.2480 0.74563 0.016 0.004 0.044 0.912 0.024
#> SRR578646 4 0.2480 0.74563 0.016 0.004 0.044 0.912 0.024
#> SRR651679 4 0.2569 0.74705 0.016 0.004 0.044 0.908 0.028
#> SRR651680 4 0.2492 0.74869 0.016 0.004 0.040 0.912 0.028
#> SRR651681 4 0.2555 0.74349 0.016 0.004 0.048 0.908 0.024
#> SRR651682 4 0.2492 0.74869 0.016 0.004 0.040 0.912 0.028
#> SRR578627 3 0.4181 0.73003 0.136 0.016 0.796 0.000 0.052
#> SRR578628 3 0.4224 0.72536 0.140 0.016 0.792 0.000 0.052
#> SRR578629 3 0.4136 0.73338 0.132 0.016 0.800 0.000 0.052
#> SRR578630 3 0.4136 0.73338 0.132 0.016 0.800 0.000 0.052
#> SRR651692 3 0.4247 0.72806 0.136 0.016 0.792 0.000 0.056
#> SRR651693 3 0.4065 0.74221 0.120 0.016 0.808 0.000 0.056
#> SRR651694 3 0.4291 0.72335 0.140 0.016 0.788 0.000 0.056
#> SRR596098 2 0.4083 0.56370 0.088 0.812 0.084 0.000 0.016
#> SRR596099 2 0.4138 0.56217 0.092 0.808 0.084 0.000 0.016
#> SRR596100 2 0.4083 0.56370 0.088 0.812 0.084 0.000 0.016
#> SRR596101 2 0.4083 0.56370 0.088 0.812 0.084 0.000 0.016
#> SRR651683 2 0.4138 0.56217 0.092 0.808 0.084 0.000 0.016
#> SRR651684 2 0.4139 0.56228 0.088 0.808 0.088 0.000 0.016
#> SRR651685 2 0.4139 0.56228 0.088 0.808 0.088 0.000 0.016
#> SRR651686 2 0.4233 0.56099 0.092 0.804 0.084 0.000 0.020
#> SRR596102 4 0.2741 0.76241 0.076 0.016 0.008 0.892 0.008
#> SRR596103 4 0.2838 0.76180 0.076 0.020 0.008 0.888 0.008
#> SRR596104 4 0.2914 0.76356 0.080 0.016 0.012 0.884 0.008
#> SRR596105 4 0.2588 0.75849 0.068 0.020 0.008 0.900 0.004
#> SRR651687 4 0.2930 0.76302 0.076 0.024 0.008 0.884 0.008
#> SRR651688 4 0.2838 0.76352 0.076 0.020 0.008 0.888 0.008
#> SRR651689 4 0.2603 0.75959 0.068 0.016 0.012 0.900 0.004
#> SRR578647 2 0.4408 0.54211 0.128 0.784 0.072 0.000 0.016
#> SRR578648 2 0.4453 0.54198 0.132 0.780 0.072 0.000 0.016
#> SRR578649 2 0.4453 0.54198 0.132 0.780 0.072 0.000 0.016
#> SRR578650 2 0.4467 0.53963 0.128 0.780 0.076 0.000 0.016
#> SRR651691 2 0.4408 0.54211 0.128 0.784 0.072 0.000 0.016
#> SRR577587 3 0.6624 0.39988 0.048 0.032 0.540 0.348 0.032
#> SRR577588 3 0.6632 0.39564 0.048 0.036 0.536 0.352 0.028
#> SRR577589 3 0.6624 0.39988 0.048 0.032 0.540 0.348 0.032
#> SRR577590 3 0.6573 0.38566 0.048 0.032 0.536 0.356 0.028
#> SRR596106 4 0.0794 0.76062 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR596107 4 0.0794 0.76062 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR596108 4 0.0794 0.76062 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR596109 4 0.0955 0.76075 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR651695 4 0.0794 0.76062 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651696 4 0.0794 0.76062 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651697 4 0.0955 0.76075 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR651698 4 0.0794 0.76062 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR651699 3 0.4103 0.72194 0.056 0.000 0.800 0.012 0.132
#> SRR651700 3 0.4103 0.72194 0.056 0.000 0.800 0.012 0.132
#> SRR651701 3 0.3966 0.72484 0.048 0.000 0.808 0.012 0.132
#> SRR651702 3 0.4011 0.72122 0.048 0.000 0.804 0.012 0.136
#> SRR651703 3 0.4080 0.71978 0.052 0.000 0.800 0.012 0.136
#> SRR651704 3 0.4080 0.71978 0.052 0.000 0.800 0.012 0.136
#> SRR578651 3 0.5058 0.75874 0.104 0.056 0.768 0.064 0.008
#> SRR578652 3 0.5060 0.76043 0.104 0.060 0.768 0.060 0.008
#> SRR578653 3 0.5058 0.75874 0.104 0.056 0.768 0.064 0.008
#> SRR578654 3 0.5236 0.75770 0.104 0.056 0.756 0.076 0.008
#> SRR651705 3 0.4996 0.76049 0.104 0.056 0.772 0.060 0.008
#> SRR651706 3 0.5130 0.75788 0.116 0.068 0.760 0.048 0.008
#> SRR651707 3 0.5298 0.75608 0.100 0.056 0.752 0.084 0.008
#> SRR651708 3 0.5107 0.75936 0.108 0.064 0.764 0.056 0.008
#> SRR1045618 2 0.8151 0.41137 0.296 0.384 0.140 0.180 0.000
#> SRR1045619 2 0.8131 0.41915 0.296 0.388 0.140 0.176 0.000
#> SRR1045620 2 0.8119 0.42735 0.296 0.392 0.148 0.164 0.000
#> SRR1045621 2 0.8144 0.41628 0.292 0.388 0.140 0.180 0.000
#> SRR1220501 2 0.8174 0.41421 0.292 0.384 0.148 0.176 0.000
#> SRR1220502 2 0.8184 0.41508 0.296 0.380 0.152 0.172 0.000
#> SRR1220503 2 0.8143 0.42384 0.296 0.388 0.152 0.164 0.000
#> SRR1220504 2 0.8175 0.40950 0.296 0.380 0.144 0.180 0.000
#> SRR1220505 2 0.8164 0.41936 0.296 0.384 0.152 0.168 0.000
#> SRR1220506 2 0.8143 0.42384 0.296 0.388 0.152 0.164 0.000
#> SRR1220507 2 0.8180 0.40177 0.292 0.380 0.140 0.188 0.000
#> SRR1220508 2 0.8161 0.41728 0.296 0.384 0.148 0.172 0.000
#> SRR577595 2 0.4073 0.58929 0.104 0.792 0.104 0.000 0.000
#> SRR577596 2 0.4266 0.58525 0.120 0.776 0.104 0.000 0.000
#> SRR577597 2 0.4219 0.58614 0.116 0.780 0.104 0.000 0.000
#> SRR577598 2 0.4444 0.58052 0.136 0.760 0.104 0.000 0.000
#> SRR577599 4 0.7946 0.21989 0.360 0.080 0.008 0.380 0.172
#> SRR577600 1 0.7916 -0.19415 0.368 0.080 0.004 0.360 0.188
#> SRR577601 4 0.7916 0.18254 0.364 0.080 0.004 0.364 0.188
#> SRR577602 4 0.7887 0.23384 0.360 0.076 0.008 0.388 0.168
#> SRR578631 1 0.7108 0.47293 0.468 0.096 0.076 0.000 0.360
#> SRR578632 1 0.7152 0.47003 0.464 0.096 0.080 0.000 0.360
#> SRR578633 1 0.7106 0.47879 0.472 0.092 0.080 0.000 0.356
#> SRR578634 1 0.7108 0.47293 0.468 0.096 0.076 0.000 0.360
#> SRR651665 1 0.7152 0.47003 0.464 0.096 0.080 0.000 0.360
#> SRR651666 1 0.7112 0.46514 0.468 0.092 0.080 0.000 0.360
#> SRR651667 1 0.7062 0.47309 0.472 0.096 0.072 0.000 0.360
#> SRR651668 1 0.7228 0.47249 0.456 0.104 0.080 0.000 0.360
#> SRR577579 4 0.5079 0.71505 0.224 0.044 0.004 0.708 0.020
#> SRR577580 4 0.5050 0.71723 0.220 0.044 0.004 0.712 0.020
#> SRR577581 4 0.4898 0.72445 0.212 0.044 0.004 0.724 0.016
#> SRR577582 4 0.4656 0.72812 0.212 0.036 0.004 0.736 0.012
#> SRR577583 2 0.3030 0.59761 0.040 0.868 0.088 0.000 0.004
#> SRR577584 2 0.3019 0.59700 0.048 0.864 0.088 0.000 0.000
#> SRR577585 2 0.3075 0.59633 0.048 0.860 0.092 0.000 0.000
#> SRR577586 2 0.3234 0.59589 0.048 0.856 0.092 0.000 0.004
#> SRR577591 4 0.4231 0.65947 0.032 0.008 0.132 0.804 0.024
#> SRR577592 4 0.4231 0.65947 0.032 0.008 0.132 0.804 0.024
#> SRR577593 4 0.4142 0.66059 0.032 0.008 0.132 0.808 0.020
#> SRR577594 4 0.4142 0.66059 0.032 0.008 0.132 0.808 0.020
#> SRR578635 1 0.6205 0.35238 0.524 0.012 0.056 0.020 0.388
#> SRR578636 1 0.6235 0.34858 0.520 0.012 0.052 0.024 0.392
#> SRR578637 1 0.6248 0.33029 0.512 0.012 0.052 0.024 0.400
#> SRR578638 1 0.6325 0.34225 0.516 0.016 0.052 0.024 0.392
#> SRR651669 1 0.6156 0.35321 0.524 0.012 0.052 0.020 0.392
#> SRR651670 1 0.6176 0.33142 0.512 0.012 0.052 0.020 0.404
#> SRR651671 1 0.6359 0.36107 0.524 0.016 0.056 0.024 0.380
#> SRR651672 1 0.6163 0.34622 0.520 0.012 0.052 0.020 0.396
#> SRR486237 5 0.4177 0.62471 0.200 0.004 0.036 0.000 0.760
#> SRR1057691 5 0.4410 0.64581 0.196 0.000 0.044 0.008 0.752
#> SRR486238 5 0.4032 0.63942 0.192 0.004 0.032 0.000 0.772
#> SRR1057692 5 0.4218 0.65012 0.196 0.000 0.040 0.004 0.760
#> SRR486239 1 0.7672 0.46118 0.420 0.172 0.080 0.000 0.328
#> SRR486240 1 0.7813 0.48853 0.420 0.208 0.084 0.000 0.288
#> SRR488136 5 0.3367 0.66559 0.080 0.012 0.052 0.000 0.856
#> SRR488137 5 0.3367 0.66559 0.080 0.012 0.052 0.000 0.856
#> SRR486241 5 0.3489 0.67262 0.148 0.016 0.012 0.000 0.824
#> SRR486242 5 0.3531 0.67163 0.152 0.016 0.012 0.000 0.820
#> SRR488684 5 0.3387 0.68160 0.128 0.004 0.032 0.000 0.836
#> SRR488685 5 0.3433 0.68147 0.132 0.004 0.032 0.000 0.832
#> SRR651673 5 0.7237 0.17075 0.364 0.068 0.000 0.120 0.448
#> SRR651674 5 0.7216 0.17932 0.364 0.072 0.000 0.112 0.452
#> SRR651675 5 0.7091 0.20109 0.360 0.068 0.000 0.104 0.468
#> SRR651676 5 0.7181 0.18614 0.364 0.072 0.000 0.108 0.456
#> SRR651677 5 0.7175 0.19191 0.360 0.072 0.000 0.108 0.460
#> SRR651678 5 0.7209 0.17172 0.368 0.068 0.000 0.116 0.448
#> SRR578639 1 0.7413 0.37483 0.516 0.136 0.004 0.084 0.260
#> SRR578640 1 0.7451 0.36816 0.516 0.132 0.004 0.092 0.256
#> SRR578641 1 0.7476 0.36225 0.512 0.128 0.004 0.096 0.260
#> SRR578642 1 0.7475 0.36924 0.516 0.132 0.004 0.096 0.252
#> SRR1045526 2 0.6202 0.43367 0.204 0.592 0.004 0.196 0.004
#> SRR1045527 2 0.6249 0.44497 0.196 0.608 0.004 0.180 0.012
#> SRR1045528 2 0.6212 0.45504 0.200 0.620 0.004 0.160 0.016
#> SRR1045529 2 0.5984 0.46307 0.212 0.636 0.004 0.136 0.012
#> SRR1220381 2 0.6612 0.30243 0.148 0.520 0.008 0.316 0.008
#> SRR1220382 2 0.6442 0.38127 0.180 0.536 0.008 0.276 0.000
#> SRR1220383 2 0.6231 0.40786 0.176 0.560 0.004 0.260 0.000
#> SRR1220384 2 0.6324 0.32522 0.164 0.528 0.000 0.304 0.004
#> SRR1220385 2 0.6316 0.35636 0.156 0.548 0.000 0.288 0.008
#> SRR1220386 2 0.6660 0.30405 0.156 0.516 0.008 0.312 0.008
#> SRR1220387 2 0.6474 0.29881 0.164 0.512 0.000 0.316 0.008
#> SRR1220388 2 0.6368 0.35093 0.148 0.548 0.000 0.292 0.012
#> SRR1045530 1 0.6935 0.62488 0.608 0.132 0.112 0.004 0.144
#> SRR1045531 1 0.6959 0.62523 0.604 0.148 0.104 0.004 0.140
#> SRR1045532 1 0.7009 0.62511 0.600 0.140 0.112 0.004 0.144
#> SRR1045533 1 0.7038 0.62484 0.596 0.148 0.108 0.004 0.144
#> SRR1220389 1 0.6978 0.62525 0.604 0.136 0.116 0.004 0.140
#> SRR1220390 1 0.7019 0.62443 0.600 0.136 0.120 0.004 0.140
#> SRR1220391 1 0.6894 0.62570 0.612 0.136 0.108 0.004 0.140
#> SRR1220392 1 0.6941 0.62463 0.608 0.132 0.116 0.004 0.140
#> SRR1220393 1 0.6944 0.62194 0.608 0.124 0.124 0.004 0.140
#> SRR1220394 1 0.6983 0.62349 0.604 0.128 0.124 0.004 0.140
#> SRR1220395 1 0.6902 0.62421 0.612 0.128 0.116 0.004 0.140
#> SRR1220396 1 0.6978 0.62525 0.604 0.136 0.116 0.004 0.140
#> SRR1045570 3 0.3789 0.77925 0.040 0.048 0.852 0.012 0.048
#> SRR1045571 3 0.3712 0.78003 0.036 0.048 0.856 0.012 0.048
#> SRR1045572 3 0.3789 0.77925 0.040 0.048 0.852 0.012 0.048
#> SRR1045573 3 0.3712 0.78003 0.036 0.048 0.856 0.012 0.048
#> SRR1220397 3 0.3564 0.78087 0.040 0.048 0.864 0.012 0.036
#> SRR1220398 3 0.3332 0.78071 0.032 0.044 0.876 0.012 0.036
#> SRR1220399 3 0.3248 0.78125 0.036 0.044 0.880 0.012 0.028
#> SRR1220400 3 0.3167 0.78237 0.032 0.044 0.884 0.012 0.028
#> SRR1220401 3 0.3167 0.78237 0.032 0.044 0.884 0.012 0.028
#> SRR1220402 3 0.3248 0.78325 0.036 0.044 0.880 0.012 0.028
#> SRR1220403 3 0.3167 0.78237 0.032 0.044 0.884 0.012 0.028
#> SRR1220404 3 0.3410 0.78275 0.040 0.044 0.872 0.012 0.032
#> SRR1045574 3 0.3579 0.77689 0.072 0.100 0.828 0.000 0.000
#> SRR1045575 3 0.3579 0.77689 0.072 0.100 0.828 0.000 0.000
#> SRR1045576 3 0.3517 0.77754 0.068 0.100 0.832 0.000 0.000
#> SRR1045577 3 0.3579 0.77689 0.072 0.100 0.828 0.000 0.000
#> SRR1220405 3 0.3416 0.78015 0.072 0.088 0.840 0.000 0.000
#> SRR1220406 3 0.3354 0.78137 0.068 0.088 0.844 0.000 0.000
#> SRR1220407 3 0.3354 0.78137 0.068 0.088 0.844 0.000 0.000
#> SRR1220408 3 0.3354 0.78137 0.068 0.088 0.844 0.000 0.000
#> SRR1220409 3 0.3354 0.78137 0.068 0.088 0.844 0.000 0.000
#> SRR1220410 3 0.3354 0.78137 0.068 0.088 0.844 0.000 0.000
#> SRR1220411 3 0.3297 0.78211 0.068 0.084 0.848 0.000 0.000
#> SRR1220412 3 0.3297 0.78211 0.068 0.084 0.848 0.000 0.000
#> SRR1045582 4 0.1730 0.75412 0.008 0.004 0.044 0.940 0.004
#> SRR1045583 4 0.1569 0.75444 0.008 0.000 0.044 0.944 0.004
#> SRR1045584 4 0.1492 0.75611 0.008 0.000 0.040 0.948 0.004
#> SRR1045585 4 0.1492 0.75611 0.008 0.000 0.040 0.948 0.004
#> SRR1220421 4 0.1682 0.75404 0.012 0.000 0.044 0.940 0.004
#> SRR1220422 4 0.1408 0.75482 0.008 0.000 0.044 0.948 0.000
#> SRR1220423 4 0.1682 0.75404 0.012 0.000 0.044 0.940 0.004
#> SRR1220424 4 0.1682 0.75404 0.012 0.000 0.044 0.940 0.004
#> SRR1220425 4 0.1522 0.75440 0.012 0.000 0.044 0.944 0.000
#> SRR1220426 4 0.1682 0.75404 0.012 0.000 0.044 0.940 0.004
#> SRR1220427 4 0.1522 0.75440 0.012 0.000 0.044 0.944 0.000
#> SRR1220428 4 0.1522 0.75440 0.012 0.000 0.044 0.944 0.000
#> SRR1054856 4 0.5307 0.65966 0.284 0.036 0.004 0.656 0.020
#> SRR1054857 4 0.5377 0.65963 0.284 0.040 0.004 0.652 0.020
#> SRR1054858 4 0.5501 0.64604 0.292 0.040 0.004 0.640 0.024
#> SRR1054859 4 0.5509 0.65671 0.280 0.044 0.004 0.648 0.024
#> SRR1220429 4 0.4928 0.69193 0.256 0.040 0.004 0.692 0.008
#> SRR1220430 4 0.4985 0.68835 0.260 0.036 0.004 0.688 0.012
#> SRR1220431 4 0.4877 0.69809 0.248 0.040 0.004 0.700 0.008
#> SRR1220432 4 0.4886 0.69320 0.256 0.032 0.004 0.696 0.012
#> SRR1220433 4 0.4947 0.69823 0.248 0.044 0.004 0.696 0.008
#> SRR1220434 4 0.4903 0.69488 0.252 0.040 0.004 0.696 0.008
#> SRR1220435 4 0.5008 0.69260 0.252 0.040 0.004 0.692 0.012
#> SRR1220436 4 0.4985 0.68835 0.260 0.036 0.004 0.688 0.012
#> SRR1045586 1 0.7923 0.43896 0.368 0.268 0.076 0.000 0.288
#> SRR1045587 1 0.7855 0.44104 0.368 0.272 0.068 0.000 0.292
#> SRR1045588 1 0.7777 0.42439 0.364 0.264 0.060 0.000 0.312
#> SRR1045589 1 0.7808 0.42842 0.364 0.256 0.064 0.000 0.316
#> SRR1220438 1 0.7962 0.47632 0.392 0.264 0.088 0.000 0.256
#> SRR1220439 1 0.7899 0.47688 0.404 0.268 0.084 0.000 0.244
#> SRR1220441 1 0.8048 0.48111 0.396 0.256 0.104 0.000 0.244
#> SRR1220442 1 0.8012 0.48413 0.400 0.260 0.100 0.000 0.240
#> SRR1220443 1 0.8015 0.48108 0.400 0.248 0.100 0.000 0.252
#> SRR1220444 1 0.8002 0.47285 0.396 0.260 0.096 0.000 0.248
#> SRR1045594 2 0.2492 0.60306 0.020 0.900 0.072 0.000 0.008
#> SRR1045595 2 0.2266 0.60577 0.008 0.912 0.064 0.000 0.016
#> SRR1045596 2 0.2547 0.60453 0.016 0.900 0.068 0.000 0.016
#> SRR1045597 2 0.2444 0.60387 0.012 0.904 0.068 0.000 0.016
#> SRR1220453 2 0.2115 0.60660 0.008 0.916 0.068 0.000 0.008
#> SRR1220454 2 0.2162 0.60678 0.012 0.916 0.064 0.000 0.008
#> SRR1220455 2 0.2139 0.60717 0.012 0.920 0.056 0.000 0.012
#> SRR1220456 2 0.2162 0.60642 0.008 0.916 0.064 0.000 0.012
#> SRR1220457 2 0.1983 0.60749 0.008 0.924 0.060 0.000 0.008
#> SRR1220458 2 0.2074 0.60594 0.004 0.920 0.060 0.000 0.016
#> SRR1220459 2 0.1857 0.60684 0.008 0.928 0.060 0.000 0.004
#> SRR1220460 2 0.2116 0.60568 0.004 0.912 0.076 0.000 0.008
#> SRR1045598 4 0.3934 0.74717 0.188 0.012 0.004 0.784 0.012
#> SRR1045599 4 0.3970 0.74586 0.192 0.012 0.004 0.780 0.012
#> SRR1045600 4 0.3970 0.74586 0.192 0.012 0.004 0.780 0.012
#> SRR1045601 4 0.3970 0.74586 0.192 0.012 0.004 0.780 0.012
#> SRR1220461 4 0.3678 0.75252 0.172 0.012 0.004 0.804 0.008
#> SRR1220462 4 0.3787 0.75188 0.172 0.012 0.004 0.800 0.012
#> SRR1220463 4 0.3787 0.75188 0.172 0.012 0.004 0.800 0.012
#> SRR1220464 4 0.3678 0.75252 0.172 0.012 0.004 0.804 0.008
#> SRR1220465 4 0.3787 0.75188 0.172 0.012 0.004 0.800 0.012
#> SRR1220466 4 0.3678 0.75252 0.172 0.012 0.004 0.804 0.008
#> SRR1220467 4 0.3787 0.75188 0.172 0.012 0.004 0.800 0.012
#> SRR1220468 4 0.3678 0.75252 0.172 0.012 0.004 0.804 0.008
#> SRR1045602 3 0.2380 0.78211 0.012 0.028 0.920 0.028 0.012
#> SRR1045603 3 0.2380 0.78211 0.012 0.028 0.920 0.028 0.012
#> SRR1045604 3 0.2380 0.78138 0.012 0.028 0.920 0.028 0.012
#> SRR1045605 3 0.2380 0.78138 0.012 0.028 0.920 0.028 0.012
#> SRR1220469 3 0.2396 0.78061 0.016 0.024 0.920 0.028 0.012
#> SRR1220470 3 0.2292 0.78137 0.012 0.024 0.924 0.028 0.012
#> SRR1220471 3 0.2292 0.78137 0.012 0.024 0.924 0.028 0.012
#> SRR1220472 3 0.2292 0.78137 0.012 0.024 0.924 0.028 0.012
#> SRR1220473 3 0.2292 0.78137 0.012 0.024 0.924 0.028 0.012
#> SRR1220474 3 0.2292 0.78137 0.012 0.024 0.924 0.028 0.012
#> SRR1220475 3 0.2292 0.78137 0.012 0.024 0.924 0.028 0.012
#> SRR1220476 3 0.2292 0.78137 0.012 0.024 0.924 0.028 0.012
#> SRR1045606 2 0.7474 0.47672 0.292 0.472 0.160 0.076 0.000
#> SRR1045607 2 0.7474 0.47672 0.292 0.472 0.160 0.076 0.000
#> SRR1045608 2 0.7454 0.47448 0.292 0.472 0.164 0.072 0.000
#> SRR1045609 2 0.7358 0.47869 0.292 0.480 0.164 0.064 0.000
#> SRR1220477 2 0.7694 0.46386 0.296 0.448 0.160 0.096 0.000
#> SRR1220478 2 0.7474 0.47676 0.292 0.472 0.160 0.076 0.000
#> SRR1220479 2 0.7655 0.46650 0.296 0.452 0.160 0.092 0.000
#> SRR1220480 2 0.7474 0.47676 0.292 0.472 0.160 0.076 0.000
#> SRR1220481 2 0.7599 0.46538 0.296 0.456 0.164 0.084 0.000
#> SRR1220482 2 0.7655 0.46650 0.296 0.452 0.160 0.092 0.000
#> SRR1220483 2 0.7644 0.46960 0.292 0.456 0.160 0.092 0.000
#> SRR1220484 2 0.7530 0.46927 0.296 0.464 0.160 0.080 0.000
#> SRR1045614 4 0.8123 0.38663 0.260 0.128 0.004 0.428 0.180
#> SRR1045615 4 0.8114 0.38969 0.260 0.124 0.004 0.428 0.184
#> SRR1045616 4 0.8284 0.31033 0.272 0.128 0.004 0.388 0.208
#> SRR1045617 4 0.8232 0.34886 0.264 0.128 0.004 0.404 0.200
#> SRR1220493 4 0.7941 0.45617 0.232 0.124 0.004 0.468 0.172
#> SRR1220494 4 0.7924 0.45485 0.236 0.120 0.004 0.468 0.172
#> SRR1220495 4 0.7924 0.45642 0.236 0.120 0.004 0.468 0.172
#> SRR1220496 4 0.7940 0.45929 0.244 0.124 0.004 0.464 0.164
#> SRR1220497 4 0.7933 0.45873 0.236 0.124 0.004 0.468 0.168
#> SRR1220498 4 0.7933 0.45831 0.236 0.124 0.004 0.468 0.168
#> SRR1220499 4 0.7949 0.45677 0.240 0.124 0.004 0.464 0.168
#> SRR1220500 4 0.7948 0.45400 0.228 0.124 0.004 0.468 0.176
#> SRR651662 1 0.7304 0.60855 0.600 0.152 0.092 0.028 0.128
#> SRR651663 3 0.5329 0.59868 0.252 0.052 0.672 0.000 0.024
#> SRR651664 3 0.4912 0.62870 0.256 0.048 0.688 0.000 0.008
#> SRR1045522 1 0.6817 0.58229 0.652 0.136 0.068 0.104 0.040
#> SRR1045523 1 0.6855 0.58005 0.648 0.140 0.068 0.104 0.040
#> SRR1045524 1 0.6951 0.58967 0.648 0.128 0.068 0.100 0.056
#> SRR1045525 1 0.7068 0.58844 0.636 0.140 0.068 0.100 0.056
#> SRR1220373 1 0.7026 0.55488 0.628 0.128 0.084 0.132 0.028
#> SRR1220374 1 0.6930 0.56157 0.640 0.120 0.080 0.128 0.032
#> SRR1220375 1 0.6834 0.54778 0.640 0.116 0.076 0.144 0.024
#> SRR1220376 1 0.6947 0.55035 0.636 0.112 0.076 0.144 0.032
#> SRR1220377 1 0.7130 0.53500 0.616 0.108 0.080 0.164 0.032
#> SRR1220378 1 0.7103 0.53942 0.620 0.104 0.084 0.160 0.032
#> SRR1220379 1 0.6995 0.53342 0.628 0.096 0.080 0.164 0.032
#> SRR1220380 1 0.7114 0.54912 0.620 0.116 0.092 0.144 0.028
#> SRR1045578 2 0.6998 0.10392 0.256 0.476 0.000 0.020 0.248
#> SRR1045579 2 0.6949 0.12982 0.248 0.488 0.000 0.020 0.244
#> SRR1045580 2 0.7013 0.09286 0.256 0.472 0.000 0.020 0.252
#> SRR1045581 2 0.6981 0.11249 0.256 0.480 0.000 0.020 0.244
#> SRR1220413 2 0.6949 0.13495 0.248 0.488 0.000 0.020 0.244
#> SRR1220414 2 0.6914 0.14609 0.244 0.496 0.000 0.020 0.240
#> SRR1220415 2 0.6931 0.14138 0.248 0.492 0.000 0.020 0.240
#> SRR1220416 2 0.6895 0.15922 0.244 0.500 0.000 0.020 0.236
#> SRR1220417 2 0.6895 0.15922 0.244 0.500 0.000 0.020 0.236
#> SRR1220418 2 0.6914 0.15248 0.244 0.496 0.000 0.020 0.240
#> SRR1220419 2 0.6930 0.14442 0.252 0.492 0.000 0.020 0.236
#> SRR1220420 2 0.6931 0.14138 0.248 0.492 0.000 0.020 0.240
#> SRR1045590 1 0.7520 0.12665 0.404 0.152 0.388 0.012 0.044
#> SRR1045591 1 0.7622 0.17717 0.408 0.152 0.376 0.012 0.052
#> SRR1045592 1 0.7731 0.24777 0.416 0.156 0.356 0.012 0.060
#> SRR1045593 1 0.7672 0.18743 0.404 0.152 0.376 0.012 0.056
#> SRR1220445 3 0.7230 0.06851 0.380 0.120 0.448 0.012 0.040
#> SRR1220446 3 0.7390 -0.08071 0.400 0.140 0.408 0.012 0.040
#> SRR1220447 3 0.7355 0.01510 0.384 0.128 0.432 0.012 0.044
#> SRR1220448 3 0.7553 -0.03892 0.384 0.144 0.412 0.016 0.044
#> SRR1220449 3 0.7498 -0.01929 0.384 0.136 0.420 0.016 0.044
#> SRR1220450 3 0.7385 0.00740 0.384 0.132 0.428 0.012 0.044
#> SRR1220451 3 0.7233 0.04688 0.380 0.128 0.444 0.012 0.036
#> SRR1220452 3 0.7356 -0.00714 0.384 0.136 0.428 0.012 0.040
#> SRR1045610 2 0.4197 0.55849 0.148 0.776 0.076 0.000 0.000
#> SRR1045611 2 0.4818 0.50925 0.180 0.720 0.100 0.000 0.000
#> SRR1045612 2 0.4734 0.51891 0.176 0.728 0.096 0.000 0.000
#> SRR1045613 2 0.4879 0.51376 0.176 0.716 0.108 0.000 0.000
#> SRR1220485 2 0.4376 0.55421 0.144 0.764 0.092 0.000 0.000
#> SRR1220486 2 0.4734 0.52390 0.176 0.728 0.096 0.000 0.000
#> SRR1220487 2 0.4772 0.53198 0.164 0.728 0.108 0.000 0.000
#> SRR1220488 2 0.4254 0.55560 0.148 0.772 0.080 0.000 0.000
#> SRR1220489 2 0.4772 0.54012 0.164 0.728 0.108 0.000 0.000
#> SRR1220490 2 0.4569 0.55585 0.148 0.748 0.104 0.000 0.000
#> SRR1220491 2 0.4309 0.56112 0.148 0.768 0.084 0.000 0.000
#> SRR1220492 2 0.4599 0.55118 0.156 0.744 0.100 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR020287 6 0.391 0.62923 0.008 0.044 0.060 0.012 0.048 0.828
#> SRR020288 6 0.391 0.62923 0.008 0.044 0.060 0.012 0.048 0.828
#> SRR020289 6 0.384 0.63176 0.008 0.040 0.060 0.012 0.048 0.832
#> SRR020290 6 0.391 0.62923 0.008 0.044 0.060 0.012 0.048 0.828
#> SRR020291 6 0.384 0.63176 0.008 0.040 0.060 0.012 0.048 0.832
#> SRR020285 6 0.448 0.73397 0.268 0.004 0.020 0.008 0.012 0.688
#> SRR1057683 6 0.450 0.73293 0.272 0.004 0.020 0.008 0.012 0.684
#> SRR1057684 6 0.463 0.72877 0.280 0.004 0.020 0.012 0.012 0.672
#> SRR020292 6 0.439 0.61004 0.008 0.064 0.076 0.016 0.040 0.796
#> SRR020293 6 0.451 0.60664 0.008 0.068 0.076 0.016 0.044 0.788
#> SRR020294 6 0.451 0.60664 0.008 0.068 0.076 0.016 0.044 0.788
#> SRR020295 6 0.451 0.60664 0.008 0.068 0.076 0.016 0.044 0.788
#> SRR020286 6 0.517 0.68541 0.332 0.004 0.024 0.020 0.016 0.604
#> SRR1057689 6 0.499 0.71267 0.304 0.004 0.020 0.016 0.020 0.636
#> SRR1057690 6 0.501 0.70874 0.308 0.004 0.020 0.016 0.020 0.632
#> SRR1057685 6 0.501 0.71007 0.308 0.004 0.020 0.016 0.020 0.632
#> SRR1057686 6 0.498 0.71708 0.300 0.004 0.020 0.016 0.020 0.640
#> SRR1057687 6 0.529 0.66573 0.344 0.004 0.024 0.020 0.020 0.588
#> SRR1057688 6 0.531 0.67415 0.332 0.004 0.032 0.020 0.016 0.596
#> SRR578643 4 0.259 0.71634 0.000 0.004 0.056 0.892 0.028 0.020
#> SRR578644 4 0.259 0.71634 0.000 0.004 0.056 0.892 0.028 0.020
#> SRR578645 4 0.259 0.71634 0.000 0.004 0.056 0.892 0.028 0.020
#> SRR578646 4 0.274 0.71555 0.000 0.004 0.052 0.884 0.040 0.020
#> SRR651679 4 0.259 0.71634 0.000 0.004 0.056 0.892 0.028 0.020
#> SRR651680 4 0.266 0.71637 0.000 0.004 0.056 0.888 0.032 0.020
#> SRR651681 4 0.281 0.71467 0.000 0.004 0.056 0.880 0.040 0.020
#> SRR651682 4 0.266 0.71637 0.000 0.004 0.056 0.888 0.032 0.020
#> SRR578627 3 0.387 0.77897 0.152 0.024 0.792 0.000 0.016 0.016
#> SRR578628 3 0.399 0.77562 0.156 0.024 0.784 0.000 0.020 0.016
#> SRR578629 3 0.387 0.77897 0.152 0.024 0.792 0.000 0.016 0.016
#> SRR578630 3 0.378 0.77992 0.152 0.024 0.796 0.000 0.016 0.012
#> SRR651692 3 0.407 0.77503 0.156 0.024 0.780 0.000 0.016 0.024
#> SRR651693 3 0.395 0.77848 0.152 0.024 0.788 0.000 0.016 0.020
#> SRR651694 3 0.406 0.77640 0.156 0.028 0.780 0.000 0.016 0.020
#> SRR596098 2 0.132 0.68603 0.020 0.956 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR596099 2 0.132 0.68603 0.020 0.956 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR596100 2 0.132 0.68603 0.020 0.956 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR596101 2 0.121 0.68610 0.020 0.960 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR651683 2 0.110 0.68646 0.020 0.964 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR651684 2 0.121 0.68610 0.020 0.960 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR651685 2 0.121 0.68610 0.020 0.960 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR651686 2 0.143 0.68502 0.020 0.952 0.008 0.000 0.012 0.008
#> SRR596102 4 0.365 0.70989 0.068 0.000 0.000 0.808 0.112 0.012
#> SRR596103 4 0.369 0.70852 0.068 0.000 0.000 0.804 0.116 0.012
#> SRR596104 4 0.374 0.70906 0.072 0.000 0.000 0.800 0.116 0.012
#> SRR596105 4 0.374 0.70906 0.072 0.000 0.000 0.800 0.116 0.012
#> SRR651687 4 0.379 0.70734 0.072 0.000 0.000 0.796 0.120 0.012
#> SRR651688 4 0.365 0.70914 0.068 0.000 0.000 0.808 0.112 0.012
#> SRR651689 4 0.384 0.70485 0.060 0.000 0.000 0.796 0.124 0.020
#> SRR578647 2 0.159 0.68575 0.024 0.944 0.012 0.000 0.016 0.004
#> SRR578648 2 0.158 0.68553 0.028 0.944 0.012 0.000 0.012 0.004
#> SRR578649 2 0.158 0.68553 0.028 0.944 0.012 0.000 0.012 0.004
#> SRR578650 2 0.159 0.68575 0.024 0.944 0.012 0.000 0.016 0.004
#> SRR651691 2 0.158 0.68553 0.028 0.944 0.012 0.000 0.012 0.004
#> SRR577587 4 0.627 0.01599 0.004 0.040 0.416 0.460 0.024 0.056
#> SRR577588 4 0.622 0.02564 0.004 0.040 0.416 0.464 0.024 0.052
#> SRR577589 4 0.617 0.00484 0.004 0.036 0.428 0.456 0.024 0.052
#> SRR577590 4 0.617 0.04126 0.004 0.036 0.416 0.468 0.024 0.052
#> SRR596106 4 0.245 0.72782 0.016 0.000 0.020 0.904 0.044 0.016
#> SRR596107 4 0.236 0.72884 0.016 0.000 0.016 0.908 0.044 0.016
#> SRR596108 4 0.245 0.72876 0.020 0.000 0.020 0.904 0.044 0.012
#> SRR596109 4 0.263 0.72794 0.020 0.000 0.020 0.896 0.044 0.020
#> SRR651695 4 0.235 0.72934 0.020 0.000 0.020 0.908 0.044 0.008
#> SRR651696 4 0.257 0.72933 0.028 0.000 0.020 0.896 0.048 0.008
#> SRR651697 4 0.236 0.72960 0.020 0.000 0.016 0.908 0.044 0.012
#> SRR651698 4 0.277 0.72835 0.024 0.000 0.024 0.888 0.048 0.016
#> SRR651699 3 0.327 0.81623 0.064 0.004 0.848 0.000 0.016 0.068
#> SRR651700 3 0.327 0.81623 0.064 0.004 0.848 0.000 0.016 0.068
#> SRR651701 3 0.339 0.81526 0.064 0.008 0.844 0.000 0.016 0.068
#> SRR651702 3 0.338 0.81365 0.064 0.004 0.840 0.000 0.016 0.076
#> SRR651703 3 0.327 0.81623 0.064 0.004 0.848 0.000 0.016 0.068
#> SRR651704 3 0.327 0.81623 0.064 0.004 0.848 0.000 0.016 0.068
#> SRR578651 3 0.691 0.57725 0.032 0.156 0.572 0.180 0.032 0.028
#> SRR578652 3 0.685 0.58084 0.032 0.160 0.576 0.176 0.028 0.028
#> SRR578653 3 0.689 0.58106 0.032 0.156 0.576 0.176 0.032 0.028
#> SRR578654 3 0.682 0.58518 0.032 0.152 0.580 0.180 0.028 0.028
#> SRR651705 3 0.675 0.59164 0.032 0.160 0.584 0.172 0.032 0.020
#> SRR651706 3 0.700 0.57644 0.036 0.160 0.564 0.180 0.036 0.024
#> SRR651707 3 0.662 0.60075 0.032 0.128 0.604 0.180 0.028 0.028
#> SRR651708 3 0.700 0.57644 0.036 0.160 0.564 0.180 0.036 0.024
#> SRR1045618 5 0.307 0.97195 0.004 0.064 0.012 0.060 0.860 0.000
#> SRR1045619 5 0.316 0.97365 0.004 0.064 0.016 0.060 0.856 0.000
#> SRR1045620 5 0.306 0.97284 0.004 0.068 0.012 0.056 0.860 0.000
#> SRR1045621 5 0.316 0.97365 0.004 0.064 0.016 0.060 0.856 0.000
#> SRR1220501 5 0.316 0.97365 0.004 0.064 0.016 0.060 0.856 0.000
#> SRR1220502 5 0.325 0.97376 0.004 0.064 0.020 0.060 0.852 0.000
#> SRR1220503 5 0.316 0.97365 0.004 0.064 0.016 0.060 0.856 0.000
#> SRR1220504 5 0.316 0.97365 0.004 0.064 0.016 0.060 0.856 0.000
#> SRR1220505 5 0.316 0.97365 0.004 0.064 0.016 0.060 0.856 0.000
#> SRR1220506 5 0.325 0.97376 0.004 0.064 0.020 0.060 0.852 0.000
#> SRR1220507 5 0.316 0.97365 0.004 0.064 0.016 0.060 0.856 0.000
#> SRR1220508 5 0.316 0.97365 0.004 0.064 0.016 0.060 0.856 0.000
#> SRR577595 2 0.478 0.15075 0.008 0.548 0.028 0.000 0.412 0.004
#> SRR577596 2 0.480 0.10370 0.008 0.532 0.028 0.000 0.428 0.004
#> SRR577597 2 0.479 0.12689 0.008 0.540 0.028 0.000 0.420 0.004
#> SRR577598 2 0.482 0.03496 0.008 0.508 0.028 0.000 0.452 0.004
#> SRR577599 1 0.794 0.08336 0.420 0.072 0.004 0.272 0.088 0.144
#> SRR577600 1 0.799 0.09423 0.420 0.072 0.004 0.256 0.088 0.160
#> SRR577601 1 0.799 0.09193 0.416 0.072 0.004 0.264 0.088 0.156
#> SRR577602 1 0.793 0.08478 0.420 0.068 0.004 0.272 0.088 0.148
#> SRR578631 1 0.355 0.63600 0.836 0.008 0.036 0.000 0.036 0.084
#> SRR578632 1 0.360 0.63351 0.832 0.008 0.036 0.000 0.036 0.088
#> SRR578633 1 0.355 0.63600 0.836 0.008 0.036 0.000 0.036 0.084
#> SRR578634 1 0.355 0.63600 0.836 0.008 0.036 0.000 0.036 0.084
#> SRR651665 1 0.360 0.63351 0.832 0.008 0.036 0.000 0.036 0.088
#> SRR651666 1 0.370 0.63200 0.828 0.012 0.036 0.000 0.036 0.088
#> SRR651667 1 0.368 0.63223 0.828 0.008 0.032 0.000 0.048 0.084
#> SRR651668 1 0.375 0.62873 0.824 0.012 0.036 0.000 0.036 0.092
#> SRR577579 4 0.501 0.67348 0.176 0.020 0.000 0.716 0.044 0.044
#> SRR577580 4 0.497 0.68386 0.164 0.016 0.004 0.728 0.044 0.044
#> SRR577581 4 0.494 0.68686 0.160 0.016 0.004 0.732 0.044 0.044
#> SRR577582 4 0.483 0.69902 0.148 0.016 0.004 0.744 0.044 0.044
#> SRR577583 2 0.209 0.67153 0.000 0.908 0.024 0.000 0.064 0.004
#> SRR577584 2 0.209 0.67153 0.000 0.908 0.024 0.000 0.064 0.004
#> SRR577585 2 0.209 0.67153 0.000 0.908 0.024 0.000 0.064 0.004
#> SRR577586 2 0.205 0.67348 0.000 0.912 0.028 0.000 0.056 0.004
#> SRR577591 4 0.375 0.64947 0.000 0.004 0.148 0.796 0.016 0.036
#> SRR577592 4 0.384 0.64614 0.000 0.004 0.148 0.792 0.020 0.036
#> SRR577593 4 0.382 0.64648 0.000 0.004 0.148 0.792 0.016 0.040
#> SRR577594 4 0.375 0.64889 0.000 0.004 0.148 0.796 0.016 0.036
#> SRR578635 1 0.252 0.63293 0.880 0.000 0.012 0.000 0.016 0.092
#> SRR578636 1 0.257 0.63175 0.876 0.000 0.012 0.000 0.016 0.096
#> SRR578637 1 0.257 0.63175 0.876 0.000 0.012 0.000 0.016 0.096
#> SRR578638 1 0.252 0.63341 0.880 0.000 0.012 0.000 0.016 0.092
#> SRR651669 1 0.257 0.63175 0.876 0.000 0.012 0.000 0.016 0.096
#> SRR651670 1 0.252 0.62340 0.872 0.000 0.012 0.000 0.008 0.108
#> SRR651671 1 0.266 0.63323 0.876 0.000 0.012 0.004 0.016 0.092
#> SRR651672 1 0.262 0.62843 0.872 0.000 0.012 0.000 0.016 0.100
#> SRR486237 6 0.437 0.51434 0.428 0.000 0.008 0.000 0.012 0.552
#> SRR1057691 6 0.529 0.66435 0.344 0.004 0.020 0.024 0.020 0.588
#> SRR486238 6 0.436 0.52458 0.424 0.000 0.008 0.000 0.012 0.556
#> SRR1057692 6 0.510 0.68714 0.332 0.004 0.020 0.016 0.020 0.608
#> SRR486239 1 0.499 0.51744 0.712 0.104 0.020 0.000 0.012 0.152
#> SRR486240 1 0.528 0.48604 0.676 0.168 0.012 0.000 0.016 0.128
#> SRR488136 6 0.431 0.71453 0.160 0.004 0.044 0.000 0.032 0.760
#> SRR488137 6 0.420 0.71652 0.164 0.004 0.040 0.000 0.028 0.764
#> SRR486241 6 0.468 0.70809 0.288 0.008 0.012 0.008 0.020 0.664
#> SRR486242 6 0.460 0.71255 0.288 0.008 0.012 0.008 0.016 0.668
#> SRR488684 6 0.392 0.73243 0.244 0.000 0.008 0.004 0.016 0.728
#> SRR488685 6 0.424 0.72923 0.268 0.000 0.016 0.004 0.016 0.696
#> SRR651673 1 0.732 -0.01600 0.452 0.068 0.004 0.112 0.044 0.320
#> SRR651674 1 0.733 -0.02666 0.448 0.072 0.004 0.108 0.044 0.324
#> SRR651675 1 0.729 -0.02125 0.452 0.068 0.004 0.108 0.044 0.324
#> SRR651676 1 0.734 -0.02719 0.448 0.068 0.004 0.108 0.048 0.324
#> SRR651677 1 0.732 -0.01600 0.452 0.068 0.004 0.112 0.044 0.320
#> SRR651678 1 0.732 -0.01600 0.452 0.068 0.004 0.112 0.044 0.320
#> SRR578639 1 0.556 0.38989 0.696 0.076 0.004 0.072 0.016 0.136
#> SRR578640 1 0.551 0.39325 0.700 0.068 0.004 0.076 0.016 0.136
#> SRR578641 1 0.551 0.39325 0.700 0.068 0.004 0.076 0.016 0.136
#> SRR578642 1 0.551 0.39325 0.700 0.068 0.004 0.076 0.016 0.136
#> SRR1045526 2 0.706 0.51133 0.108 0.568 0.004 0.160 0.116 0.044
#> SRR1045527 2 0.722 0.50495 0.128 0.552 0.004 0.140 0.132 0.044
#> SRR1045528 2 0.692 0.53032 0.124 0.588 0.004 0.120 0.120 0.044
#> SRR1045529 2 0.674 0.54061 0.116 0.608 0.004 0.112 0.116 0.044
#> SRR1220381 2 0.783 0.25714 0.100 0.392 0.004 0.312 0.148 0.044
#> SRR1220382 2 0.793 0.39088 0.136 0.432 0.004 0.228 0.156 0.044
#> SRR1220383 2 0.754 0.43249 0.108 0.488 0.004 0.228 0.128 0.044
#> SRR1220384 2 0.792 0.35541 0.136 0.420 0.004 0.256 0.140 0.044
#> SRR1220385 2 0.766 0.39238 0.108 0.460 0.004 0.252 0.132 0.044
#> SRR1220386 2 0.800 0.26169 0.116 0.376 0.004 0.296 0.164 0.044
#> SRR1220387 2 0.790 0.31207 0.120 0.408 0.004 0.280 0.144 0.044
#> SRR1220388 2 0.757 0.38009 0.100 0.464 0.004 0.264 0.124 0.044
#> SRR1045530 1 0.214 0.67796 0.916 0.016 0.052 0.004 0.008 0.004
#> SRR1045531 1 0.208 0.67877 0.916 0.020 0.052 0.000 0.008 0.004
#> SRR1045532 1 0.199 0.67813 0.920 0.016 0.052 0.000 0.008 0.004
#> SRR1045533 1 0.199 0.67813 0.920 0.016 0.052 0.000 0.008 0.004
#> SRR1220389 1 0.208 0.67889 0.912 0.024 0.056 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220390 1 0.202 0.67916 0.916 0.024 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220391 1 0.202 0.67916 0.916 0.024 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220392 1 0.217 0.67861 0.912 0.024 0.052 0.004 0.008 0.000
#> SRR1220393 1 0.215 0.67808 0.908 0.024 0.060 0.000 0.008 0.000
#> SRR1220394 1 0.223 0.67844 0.908 0.024 0.056 0.004 0.008 0.000
#> SRR1220395 1 0.208 0.67877 0.916 0.020 0.052 0.000 0.008 0.004
#> SRR1220396 1 0.202 0.67916 0.916 0.024 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1045570 3 0.402 0.80885 0.048 0.020 0.816 0.000 0.064 0.052
#> SRR1045571 3 0.407 0.80727 0.048 0.020 0.812 0.000 0.068 0.052
#> SRR1045572 3 0.402 0.80885 0.048 0.020 0.816 0.000 0.064 0.052
#> SRR1045573 3 0.419 0.80631 0.052 0.020 0.804 0.000 0.072 0.052
#> SRR1220397 3 0.399 0.80823 0.052 0.016 0.816 0.000 0.064 0.052
#> SRR1220398 3 0.393 0.80774 0.048 0.016 0.820 0.000 0.064 0.052
#> SRR1220399 3 0.393 0.80774 0.048 0.016 0.820 0.000 0.064 0.052
#> SRR1220400 3 0.392 0.80847 0.048 0.016 0.820 0.000 0.068 0.048
#> SRR1220401 3 0.399 0.80894 0.052 0.016 0.816 0.000 0.068 0.048
#> SRR1220402 3 0.393 0.80953 0.052 0.016 0.820 0.000 0.064 0.048
#> SRR1220403 3 0.392 0.80847 0.048 0.016 0.820 0.000 0.068 0.048
#> SRR1220404 3 0.393 0.80774 0.048 0.016 0.820 0.000 0.064 0.052
#> SRR1045574 3 0.313 0.81937 0.068 0.064 0.852 0.000 0.016 0.000
#> SRR1045575 3 0.313 0.81937 0.068 0.064 0.852 0.000 0.016 0.000
#> SRR1045576 3 0.327 0.81899 0.068 0.064 0.848 0.000 0.016 0.004
#> SRR1045577 3 0.319 0.81865 0.072 0.064 0.848 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220405 3 0.319 0.81814 0.072 0.064 0.848 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220406 3 0.333 0.81686 0.072 0.064 0.844 0.004 0.016 0.000
#> SRR1220407 3 0.308 0.81823 0.064 0.064 0.856 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220408 3 0.324 0.81677 0.076 0.064 0.844 0.000 0.016 0.000
#> SRR1220409 3 0.338 0.81806 0.072 0.060 0.844 0.008 0.016 0.000
#> SRR1220410 3 0.316 0.81852 0.064 0.060 0.856 0.004 0.016 0.000
#> SRR1220411 3 0.322 0.81890 0.068 0.060 0.852 0.004 0.016 0.000
#> SRR1220412 3 0.313 0.81851 0.068 0.064 0.852 0.000 0.016 0.000
#> SRR1045582 4 0.235 0.72066 0.000 0.004 0.052 0.904 0.028 0.012
#> SRR1045583 4 0.241 0.71736 0.000 0.004 0.056 0.900 0.028 0.012
#> SRR1045584 4 0.241 0.71984 0.000 0.004 0.056 0.900 0.028 0.012
#> SRR1045585 4 0.235 0.71863 0.000 0.004 0.052 0.904 0.028 0.012
#> SRR1220421 4 0.257 0.71734 0.000 0.004 0.052 0.892 0.040 0.012
#> SRR1220422 4 0.242 0.71883 0.000 0.004 0.052 0.900 0.032 0.012
#> SRR1220423 4 0.257 0.71734 0.000 0.004 0.052 0.892 0.040 0.012
#> SRR1220424 4 0.249 0.71798 0.000 0.004 0.052 0.896 0.036 0.012
#> SRR1220425 4 0.242 0.71883 0.000 0.004 0.052 0.900 0.032 0.012
#> SRR1220426 4 0.249 0.71798 0.000 0.004 0.052 0.896 0.036 0.012
#> SRR1220427 4 0.249 0.71798 0.000 0.004 0.052 0.896 0.036 0.012
#> SRR1220428 4 0.249 0.71798 0.000 0.004 0.052 0.896 0.036 0.012
#> SRR1054856 4 0.496 0.69978 0.124 0.056 0.004 0.748 0.036 0.032
#> SRR1054857 4 0.521 0.68709 0.132 0.068 0.004 0.728 0.036 0.032
#> SRR1054858 4 0.536 0.68000 0.136 0.072 0.004 0.716 0.040 0.032
#> SRR1054859 4 0.525 0.68378 0.136 0.068 0.004 0.724 0.036 0.032
#> SRR1220429 4 0.473 0.70655 0.120 0.048 0.004 0.764 0.036 0.028
#> SRR1220430 4 0.473 0.70655 0.120 0.048 0.004 0.764 0.036 0.028
#> SRR1220431 4 0.473 0.70655 0.120 0.048 0.004 0.764 0.036 0.028
#> SRR1220432 4 0.476 0.70710 0.116 0.048 0.004 0.764 0.040 0.028
#> SRR1220433 4 0.476 0.70710 0.116 0.048 0.004 0.764 0.040 0.028
#> SRR1220434 4 0.473 0.70655 0.120 0.048 0.004 0.764 0.036 0.028
#> SRR1220435 4 0.473 0.70655 0.120 0.048 0.004 0.764 0.036 0.028
#> SRR1220436 4 0.476 0.70710 0.116 0.048 0.004 0.764 0.040 0.028
#> SRR1045586 1 0.612 0.53057 0.660 0.064 0.056 0.000 0.120 0.100
#> SRR1045587 1 0.597 0.54633 0.676 0.068 0.056 0.000 0.108 0.092
#> SRR1045588 1 0.590 0.54421 0.680 0.064 0.052 0.000 0.104 0.100
#> SRR1045589 1 0.598 0.54470 0.676 0.068 0.060 0.000 0.100 0.096
#> SRR1220438 1 0.590 0.55219 0.676 0.060 0.060 0.000 0.136 0.068
#> SRR1220439 1 0.603 0.54510 0.664 0.060 0.064 0.000 0.140 0.072
#> SRR1220441 1 0.612 0.53054 0.652 0.060 0.064 0.000 0.156 0.068
#> SRR1220442 1 0.603 0.55248 0.664 0.060 0.072 0.000 0.140 0.064
#> SRR1220443 1 0.609 0.54752 0.660 0.060 0.072 0.000 0.140 0.068
#> SRR1220444 1 0.602 0.54149 0.664 0.060 0.060 0.000 0.144 0.072
#> SRR1045594 2 0.206 0.67219 0.000 0.908 0.012 0.000 0.072 0.008
#> SRR1045595 2 0.242 0.66332 0.000 0.884 0.016 0.000 0.092 0.008
#> SRR1045596 2 0.227 0.66649 0.000 0.892 0.012 0.000 0.088 0.008
#> SRR1045597 2 0.222 0.66837 0.000 0.896 0.012 0.000 0.084 0.008
#> SRR1220453 2 0.231 0.66473 0.000 0.888 0.016 0.000 0.092 0.004
#> SRR1220454 2 0.252 0.65505 0.000 0.872 0.012 0.000 0.108 0.008
#> SRR1220455 2 0.247 0.65823 0.000 0.876 0.012 0.000 0.104 0.008
#> SRR1220456 2 0.222 0.66764 0.000 0.896 0.012 0.000 0.084 0.008
#> SRR1220457 2 0.261 0.65477 0.000 0.868 0.016 0.000 0.108 0.008
#> SRR1220458 2 0.222 0.66851 0.000 0.896 0.012 0.000 0.084 0.008
#> SRR1220459 2 0.222 0.66846 0.000 0.896 0.012 0.000 0.084 0.008
#> SRR1220460 2 0.248 0.66622 0.000 0.884 0.024 0.000 0.084 0.008
#> SRR1045598 4 0.391 0.71431 0.164 0.000 0.000 0.776 0.040 0.020
#> SRR1045599 4 0.394 0.71206 0.168 0.000 0.000 0.772 0.040 0.020
#> SRR1045600 4 0.394 0.71246 0.168 0.000 0.000 0.772 0.040 0.020
#> SRR1045601 4 0.404 0.70539 0.180 0.000 0.000 0.760 0.040 0.020
#> SRR1220461 4 0.380 0.71951 0.152 0.000 0.000 0.788 0.040 0.020
#> SRR1220462 4 0.369 0.72300 0.140 0.000 0.000 0.800 0.040 0.020
#> SRR1220463 4 0.380 0.71951 0.152 0.000 0.000 0.788 0.040 0.020
#> SRR1220464 4 0.369 0.72300 0.140 0.000 0.000 0.800 0.040 0.020
#> SRR1220465 4 0.369 0.72300 0.140 0.000 0.000 0.800 0.040 0.020
#> SRR1220466 4 0.369 0.72300 0.140 0.000 0.000 0.800 0.040 0.020
#> SRR1220467 4 0.369 0.72300 0.140 0.000 0.000 0.800 0.040 0.020
#> SRR1220468 4 0.376 0.72098 0.148 0.000 0.000 0.792 0.040 0.020
#> SRR1045602 3 0.269 0.81303 0.012 0.012 0.896 0.008 0.032 0.040
#> SRR1045603 3 0.286 0.81045 0.012 0.012 0.888 0.012 0.032 0.044
#> SRR1045604 3 0.276 0.81181 0.012 0.012 0.892 0.008 0.032 0.044
#> SRR1045605 3 0.292 0.81220 0.012 0.016 0.884 0.008 0.032 0.048
#> SRR1220469 3 0.286 0.81045 0.012 0.012 0.888 0.012 0.032 0.044
#> SRR1220470 3 0.293 0.81081 0.012 0.012 0.884 0.012 0.032 0.048
#> SRR1220471 3 0.279 0.81135 0.012 0.012 0.892 0.012 0.032 0.040
#> SRR1220472 3 0.279 0.81135 0.012 0.012 0.892 0.012 0.032 0.040
#> SRR1220473 3 0.279 0.81135 0.012 0.012 0.892 0.012 0.032 0.040
#> SRR1220474 3 0.279 0.81135 0.012 0.012 0.892 0.012 0.032 0.040
#> SRR1220475 3 0.279 0.81135 0.012 0.012 0.892 0.012 0.032 0.040
#> SRR1220476 3 0.286 0.81045 0.012 0.012 0.888 0.012 0.032 0.044
#> SRR1045606 5 0.347 0.95581 0.004 0.092 0.032 0.036 0.836 0.000
#> SRR1045607 5 0.356 0.96007 0.004 0.088 0.036 0.040 0.832 0.000
#> SRR1045608 5 0.337 0.96214 0.004 0.084 0.036 0.032 0.844 0.000
#> SRR1045609 5 0.335 0.95620 0.004 0.088 0.032 0.032 0.844 0.000
#> SRR1220477 5 0.346 0.97302 0.004 0.076 0.032 0.048 0.840 0.000
#> SRR1220478 5 0.357 0.96958 0.004 0.084 0.032 0.048 0.832 0.000
#> SRR1220479 5 0.340 0.97327 0.004 0.076 0.032 0.044 0.844 0.000
#> SRR1220480 5 0.344 0.96987 0.004 0.084 0.032 0.040 0.840 0.000
#> SRR1220481 5 0.333 0.97191 0.004 0.076 0.032 0.040 0.848 0.000
#> SRR1220482 5 0.340 0.97327 0.004 0.076 0.032 0.044 0.844 0.000
#> SRR1220483 5 0.338 0.96999 0.004 0.080 0.032 0.040 0.844 0.000
#> SRR1220484 5 0.355 0.96689 0.004 0.088 0.032 0.044 0.832 0.000
#> SRR1045614 4 0.839 0.15380 0.292 0.068 0.004 0.328 0.132 0.176
#> SRR1045615 4 0.838 0.12695 0.300 0.064 0.004 0.316 0.132 0.184
#> SRR1045616 4 0.842 0.11391 0.292 0.068 0.004 0.316 0.128 0.192
#> SRR1045617 4 0.836 0.12047 0.304 0.064 0.004 0.316 0.128 0.184
#> SRR1220493 4 0.806 0.26399 0.264 0.044 0.004 0.392 0.148 0.148
#> SRR1220494 4 0.810 0.24134 0.272 0.044 0.004 0.380 0.148 0.152
#> SRR1220495 4 0.806 0.27399 0.256 0.044 0.004 0.396 0.148 0.152
#> SRR1220496 4 0.791 0.31173 0.252 0.040 0.004 0.420 0.148 0.136
#> SRR1220497 4 0.798 0.30884 0.244 0.044 0.004 0.416 0.152 0.140
#> SRR1220498 4 0.797 0.29131 0.256 0.040 0.004 0.408 0.148 0.144
#> SRR1220499 4 0.811 0.23074 0.280 0.044 0.004 0.372 0.148 0.152
#> SRR1220500 4 0.791 0.29659 0.256 0.036 0.004 0.412 0.148 0.144
#> SRR651662 1 0.310 0.66845 0.876 0.032 0.048 0.012 0.020 0.012
#> SRR651663 3 0.577 0.06336 0.436 0.032 0.460 0.004 0.068 0.000
#> SRR651664 3 0.579 0.11759 0.420 0.028 0.472 0.004 0.076 0.000
#> SRR1045522 1 0.329 0.66756 0.868 0.032 0.040 0.032 0.020 0.008
#> SRR1045523 1 0.323 0.66607 0.872 0.028 0.036 0.036 0.016 0.012
#> SRR1045524 1 0.313 0.66870 0.876 0.028 0.040 0.032 0.012 0.012
#> SRR1045525 1 0.312 0.66995 0.876 0.032 0.044 0.024 0.012 0.012
#> SRR1220373 1 0.385 0.66077 0.836 0.028 0.064 0.032 0.028 0.012
#> SRR1220374 1 0.350 0.66524 0.856 0.028 0.048 0.032 0.028 0.008
#> SRR1220375 1 0.379 0.66019 0.840 0.028 0.060 0.032 0.028 0.012
#> SRR1220376 1 0.357 0.66518 0.852 0.028 0.052 0.028 0.032 0.008
#> SRR1220377 1 0.372 0.65872 0.844 0.020 0.052 0.044 0.028 0.012
#> SRR1220378 1 0.365 0.66004 0.848 0.020 0.048 0.044 0.028 0.012
#> SRR1220379 1 0.372 0.65872 0.844 0.020 0.052 0.044 0.028 0.012
#> SRR1220380 1 0.374 0.65920 0.840 0.024 0.064 0.036 0.028 0.008
#> SRR1045578 2 0.787 0.19355 0.292 0.360 0.004 0.052 0.060 0.232
#> SRR1045579 2 0.792 0.21823 0.292 0.372 0.008 0.056 0.056 0.216
#> SRR1045580 2 0.787 0.17949 0.296 0.356 0.004 0.048 0.064 0.232
#> SRR1045581 2 0.780 0.21328 0.292 0.372 0.004 0.044 0.064 0.224
#> SRR1220413 2 0.802 0.20160 0.312 0.352 0.004 0.072 0.064 0.196
#> SRR1220414 2 0.795 0.22699 0.300 0.368 0.004 0.064 0.064 0.200
#> SRR1220415 2 0.797 0.22234 0.308 0.364 0.004 0.064 0.068 0.192
#> SRR1220416 2 0.792 0.23897 0.300 0.376 0.004 0.060 0.068 0.192
#> SRR1220417 2 0.801 0.21801 0.308 0.360 0.004 0.068 0.068 0.192
#> SRR1220418 2 0.799 0.22409 0.308 0.364 0.004 0.064 0.072 0.188
#> SRR1220419 2 0.791 0.24028 0.304 0.376 0.004 0.060 0.068 0.188
#> SRR1220420 2 0.800 0.21563 0.312 0.360 0.004 0.064 0.072 0.188
#> SRR1045590 1 0.545 0.51958 0.640 0.064 0.256 0.008 0.024 0.008
#> SRR1045591 1 0.542 0.51780 0.640 0.060 0.260 0.008 0.024 0.008
#> SRR1045592 1 0.532 0.53596 0.664 0.064 0.232 0.008 0.024 0.008
#> SRR1045593 1 0.549 0.52333 0.644 0.072 0.244 0.008 0.024 0.008
#> SRR1220445 1 0.560 0.44947 0.604 0.048 0.300 0.012 0.028 0.008
#> SRR1220446 1 0.550 0.50233 0.632 0.056 0.268 0.012 0.024 0.008
#> SRR1220447 1 0.562 0.46231 0.608 0.052 0.292 0.012 0.028 0.008
#> SRR1220448 1 0.559 0.49112 0.624 0.056 0.272 0.012 0.028 0.008
#> SRR1220449 1 0.562 0.45556 0.604 0.056 0.296 0.012 0.024 0.008
#> SRR1220450 1 0.571 0.47312 0.612 0.056 0.280 0.016 0.028 0.008
#> SRR1220451 1 0.562 0.46231 0.608 0.052 0.292 0.012 0.028 0.008
#> SRR1220452 1 0.561 0.46293 0.608 0.056 0.292 0.012 0.024 0.008
#> SRR1045610 2 0.258 0.68863 0.044 0.896 0.020 0.000 0.032 0.008
#> SRR1045611 2 0.257 0.68876 0.048 0.896 0.020 0.000 0.028 0.008
#> SRR1045612 2 0.248 0.68704 0.052 0.900 0.020 0.000 0.020 0.008
#> SRR1045613 2 0.290 0.68378 0.056 0.876 0.036 0.000 0.028 0.004
#> SRR1220485 2 0.302 0.68512 0.048 0.872 0.028 0.000 0.044 0.008
#> SRR1220486 2 0.319 0.67774 0.064 0.860 0.044 0.000 0.024 0.008
#> SRR1220487 2 0.294 0.68335 0.060 0.876 0.032 0.000 0.020 0.012
#> SRR1220488 2 0.266 0.68729 0.048 0.892 0.024 0.000 0.028 0.008
#> SRR1220489 2 0.339 0.67792 0.064 0.848 0.028 0.000 0.052 0.008
#> SRR1220490 2 0.309 0.68397 0.044 0.868 0.028 0.000 0.052 0.008
#> SRR1220491 2 0.308 0.68356 0.040 0.868 0.028 0.000 0.056 0.008
#> SRR1220492 2 0.364 0.67156 0.056 0.832 0.032 0.000 0.072 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0