Date: 2019-12-25 23:08:09 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 77 243
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | ||
|---|---|---|---|---|---|
| ATC:skmeans | 2 | 0.561 | 0.806 | 0.911 | |
| MAD:skmeans | 2 | 0.515 | 0.806 | 0.909 | |
| SD:skmeans | 2 | 0.503 | 0.781 | 0.903 | |
| MAD:kmeans | 2 | 0.462 | 0.795 | 0.900 | |
| SD:kmeans | 2 | 0.439 | 0.780 | 0.893 | |
| CV:skmeans | 2 | 0.439 | 0.787 | 0.899 | |
| ATC:kmeans | 3 | 0.421 | 0.695 | 0.844 | |
| CV:kmeans | 2 | 0.357 | 0.750 | 0.871 | |
| ATC:pam | 3 | 0.253 | 0.599 | 0.789 | |
| ATC:hclust | 2 | 0.203 | 0.695 | 0.836 | |
| ATC:mclust | 3 | 0.164 | 0.534 | 0.723 | |
| CV:mclust | 3 | 0.154 | 0.713 | 0.790 | |
| CV:pam | 3 | 0.129 | 0.503 | 0.720 | |
| SD:NMF | 2 | 0.087 | 0.611 | 0.783 | |
| MAD:pam | 2 | 0.075 | 0.606 | 0.787 | |
| CV:NMF | 2 | 0.053 | 0.586 | 0.769 | |
| SD:pam | 2 | 0.049 | 0.560 | 0.765 | |
| MAD:mclust | 3 | 0.043 | 0.559 | 0.719 | |
| ATC:NMF | 2 | 0.036 | 0.436 | 0.697 | |
| CV:hclust | 2 | 0.033 | 0.633 | 0.775 | |
| SD:mclust | 2 | 0.024 | 0.528 | 0.724 | |
| MAD:hclust | 3 | 0.023 | 0.219 | 0.611 | |
| SD:hclust | 2 | 0.020 | 0.550 | 0.676 | |
| MAD:NMF | 2 | 0.019 | 0.578 | 0.741 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.0868 0.611 0.783 0.436 0.559 0.559
#> CV:NMF 2 0.0531 0.586 0.769 0.477 0.508 0.508
#> MAD:NMF 2 0.0189 0.578 0.741 0.470 0.514 0.514
#> ATC:NMF 2 0.0360 0.436 0.697 0.474 0.515 0.515
#> SD:skmeans 2 0.5034 0.781 0.903 0.501 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 0.4390 0.787 0.899 0.501 0.498 0.498
#> MAD:skmeans 2 0.5154 0.806 0.909 0.501 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 0.5610 0.806 0.911 0.492 0.507 0.507
#> SD:mclust 2 0.0244 0.528 0.724 0.424 0.498 0.498
#> CV:mclust 2 0.0238 0.323 0.657 0.390 0.610 0.610
#> MAD:mclust 2 0.0224 0.348 0.719 0.362 0.898 0.898
#> ATC:mclust 2 0.2278 0.732 0.842 0.379 0.662 0.662
#> SD:kmeans 2 0.4394 0.780 0.893 0.490 0.502 0.502
#> CV:kmeans 2 0.3571 0.750 0.871 0.483 0.507 0.507
#> MAD:kmeans 2 0.4619 0.795 0.900 0.494 0.501 0.501
#> ATC:kmeans 2 0.7215 0.861 0.936 0.398 0.603 0.603
#> SD:pam 2 0.0488 0.560 0.765 0.457 0.500 0.500
#> CV:pam 2 0.0681 0.648 0.774 0.371 0.653 0.653
#> MAD:pam 2 0.0752 0.606 0.787 0.453 0.508 0.508
#> ATC:pam 2 0.3297 0.709 0.851 0.335 0.729 0.729
#> SD:hclust 2 0.0196 0.550 0.676 0.399 0.534 0.534
#> CV:hclust 2 0.0329 0.633 0.775 0.368 0.708 0.708
#> MAD:hclust 2 0.0294 0.483 0.725 0.402 0.554 0.554
#> ATC:hclust 2 0.2029 0.695 0.836 0.362 0.648 0.648
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.0533 0.497 0.660 0.392 0.686 0.493
#> CV:NMF 3 0.0802 0.424 0.647 0.329 0.778 0.596
#> MAD:NMF 3 0.0748 0.427 0.655 0.346 0.752 0.557
#> ATC:NMF 3 0.1187 0.493 0.665 0.310 0.648 0.417
#> SD:skmeans 3 0.4377 0.653 0.797 0.319 0.767 0.565
#> CV:skmeans 3 0.3917 0.652 0.788 0.317 0.793 0.608
#> MAD:skmeans 3 0.4410 0.663 0.821 0.322 0.747 0.536
#> ATC:skmeans 3 0.3942 0.643 0.807 0.328 0.775 0.584
#> SD:mclust 3 0.0304 0.451 0.669 0.298 0.833 0.701
#> CV:mclust 3 0.1544 0.713 0.790 0.441 0.592 0.436
#> MAD:mclust 3 0.0426 0.559 0.719 0.444 0.477 0.456
#> ATC:mclust 3 0.1636 0.534 0.723 0.499 0.646 0.491
#> SD:kmeans 3 0.3116 0.462 0.723 0.306 0.679 0.447
#> CV:kmeans 3 0.3029 0.674 0.773 0.317 0.656 0.436
#> MAD:kmeans 3 0.3170 0.635 0.775 0.302 0.710 0.494
#> ATC:kmeans 3 0.4214 0.695 0.844 0.515 0.613 0.438
#> SD:pam 3 0.1058 0.409 0.620 0.381 0.680 0.453
#> CV:pam 3 0.1288 0.503 0.720 0.598 0.650 0.503
#> MAD:pam 3 0.1274 0.364 0.614 0.410 0.686 0.458
#> ATC:pam 3 0.2528 0.599 0.789 0.723 0.594 0.473
#> SD:hclust 3 0.0143 0.412 0.634 0.335 0.891 0.808
#> CV:hclust 3 0.0265 0.376 0.619 0.454 0.969 0.956
#> MAD:hclust 3 0.0226 0.219 0.611 0.407 0.810 0.695
#> ATC:hclust 3 0.1245 0.538 0.754 0.311 0.885 0.840
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.0888 0.337 0.597 0.1220 0.924 0.804
#> CV:NMF 4 0.1481 0.290 0.552 0.1227 0.904 0.759
#> MAD:NMF 4 0.1474 0.337 0.600 0.1163 0.923 0.798
#> ATC:NMF 4 0.1168 0.425 0.590 0.0776 0.957 0.881
#> SD:skmeans 4 0.4171 0.428 0.675 0.1252 0.873 0.650
#> CV:skmeans 4 0.4161 0.431 0.653 0.1222 0.860 0.635
#> MAD:skmeans 4 0.4079 0.450 0.682 0.1211 0.934 0.812
#> ATC:skmeans 4 0.4182 0.362 0.646 0.1324 0.879 0.682
#> SD:mclust 4 0.1095 0.441 0.644 0.1285 0.785 0.586
#> CV:mclust 4 0.2094 0.473 0.704 0.1170 0.938 0.864
#> MAD:mclust 4 0.1192 0.458 0.671 0.1390 0.905 0.826
#> ATC:mclust 4 0.1809 0.398 0.654 0.0954 0.888 0.740
#> SD:kmeans 4 0.3539 0.508 0.694 0.1261 0.728 0.384
#> CV:kmeans 4 0.3544 0.440 0.666 0.1331 0.898 0.739
#> MAD:kmeans 4 0.3451 0.455 0.655 0.1281 0.857 0.637
#> ATC:kmeans 4 0.3814 0.504 0.729 0.1546 0.871 0.691
#> SD:pam 4 0.1938 0.256 0.520 0.1358 0.846 0.625
#> CV:pam 4 0.2001 0.397 0.619 0.1722 0.886 0.732
#> MAD:pam 4 0.1899 0.288 0.550 0.1166 0.748 0.423
#> ATC:pam 4 0.2901 0.377 0.642 0.2082 0.843 0.635
#> SD:hclust 4 0.0483 0.406 0.612 0.1383 0.954 0.910
#> CV:hclust 4 0.0631 0.351 0.542 0.1736 0.685 0.545
#> MAD:hclust 4 0.0494 0.237 0.463 0.1445 0.627 0.428
#> ATC:hclust 4 0.1426 0.370 0.692 0.1542 0.949 0.926
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.119 0.278 0.533 0.0661 0.913 0.756
#> CV:NMF 5 0.231 0.259 0.528 0.0676 0.891 0.690
#> MAD:NMF 5 0.203 0.276 0.524 0.0636 0.940 0.822
#> ATC:NMF 5 0.176 0.271 0.548 0.0776 0.857 0.651
#> SD:skmeans 5 0.471 0.338 0.611 0.0681 0.882 0.604
#> CV:skmeans 5 0.476 0.367 0.647 0.0691 0.849 0.531
#> MAD:skmeans 5 0.457 0.303 0.576 0.0682 0.879 0.620
#> ATC:skmeans 5 0.473 0.399 0.640 0.0688 0.825 0.483
#> SD:mclust 5 0.200 0.454 0.621 0.1090 0.902 0.755
#> CV:mclust 5 0.253 0.272 0.610 0.1141 0.944 0.872
#> MAD:mclust 5 0.165 0.255 0.598 0.1268 0.908 0.817
#> ATC:mclust 5 0.294 0.436 0.655 0.1144 0.836 0.622
#> SD:kmeans 5 0.397 0.362 0.598 0.0721 0.919 0.728
#> CV:kmeans 5 0.408 0.323 0.610 0.0768 0.877 0.641
#> MAD:kmeans 5 0.385 0.394 0.578 0.0673 0.915 0.722
#> ATC:kmeans 5 0.414 0.415 0.655 0.0855 0.792 0.464
#> SD:pam 5 0.287 0.276 0.535 0.0787 0.744 0.347
#> CV:pam 5 0.287 0.326 0.581 0.0943 0.843 0.579
#> MAD:pam 5 0.267 0.283 0.518 0.0763 0.822 0.485
#> ATC:pam 5 0.361 0.400 0.612 0.0983 0.824 0.493
#> SD:hclust 5 0.101 0.254 0.521 0.0781 0.934 0.862
#> CV:hclust 5 0.110 0.366 0.551 0.0953 0.771 0.543
#> MAD:hclust 5 0.115 0.173 0.451 0.0776 0.717 0.467
#> ATC:hclust 5 0.173 0.263 0.635 0.0922 0.917 0.876
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.207 0.245 0.513 0.0559 0.907 0.714
#> CV:NMF 6 0.285 0.220 0.495 0.0448 0.860 0.545
#> MAD:NMF 6 0.247 0.242 0.479 0.0426 0.903 0.697
#> ATC:NMF 6 0.220 0.155 0.485 0.0485 0.824 0.588
#> SD:skmeans 6 0.514 0.291 0.583 0.0408 0.913 0.640
#> CV:skmeans 6 0.523 0.388 0.615 0.0437 0.899 0.589
#> MAD:skmeans 6 0.497 0.240 0.505 0.0443 0.845 0.456
#> ATC:skmeans 6 0.520 0.323 0.564 0.0416 0.888 0.548
#> SD:mclust 6 0.254 0.340 0.586 0.0528 0.928 0.799
#> CV:mclust 6 0.299 0.304 0.569 0.0550 0.888 0.730
#> MAD:mclust 6 0.208 0.204 0.542 0.0585 0.903 0.784
#> ATC:mclust 6 0.338 0.341 0.595 0.0559 0.763 0.429
#> SD:kmeans 6 0.430 0.267 0.520 0.0436 0.924 0.719
#> CV:kmeans 6 0.448 0.288 0.567 0.0400 0.902 0.646
#> MAD:kmeans 6 0.429 0.269 0.502 0.0438 0.912 0.671
#> ATC:kmeans 6 0.455 0.378 0.583 0.0461 0.844 0.482
#> SD:pam 6 0.344 0.215 0.500 0.0487 0.915 0.656
#> CV:pam 6 0.369 0.269 0.541 0.0564 0.908 0.672
#> MAD:pam 6 0.344 0.247 0.478 0.0511 0.846 0.450
#> ATC:pam 6 0.411 0.368 0.557 0.0505 0.895 0.613
#> SD:hclust 6 0.148 0.246 0.520 0.0549 0.978 0.948
#> CV:hclust 6 0.158 0.296 0.531 0.0554 0.916 0.794
#> MAD:hclust 6 0.174 0.223 0.479 0.0479 0.704 0.399
#> ATC:hclust 6 0.203 0.357 0.606 0.0648 0.863 0.772
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 16, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 23, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 30, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 38, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 8, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 16, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 23, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 30, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 38, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 8)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 16)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 23)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 30)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 38)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0196 0.550 0.676 0.3988 0.534 0.534
#> 3 3 0.0143 0.412 0.634 0.3347 0.891 0.808
#> 4 4 0.0483 0.406 0.612 0.1383 0.954 0.910
#> 5 5 0.1015 0.254 0.521 0.0781 0.934 0.862
#> 6 6 0.1483 0.246 0.520 0.0549 0.978 0.948
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.518 0.65853 0.884 0.116
#> SRR191394 1 0.552 0.60194 0.872 0.128
#> SRR191396 1 0.985 -0.04511 0.572 0.428
#> SRR191397 1 0.506 0.64650 0.888 0.112
#> SRR191398 1 0.595 0.60938 0.856 0.144
#> SRR191399 1 0.388 0.67437 0.924 0.076
#> SRR191400 1 0.634 0.64139 0.840 0.160
#> SRR191401 1 0.552 0.65118 0.872 0.128
#> SRR191402 1 0.753 0.65556 0.784 0.216
#> SRR191403 1 0.482 0.63011 0.896 0.104
#> SRR191404 2 0.981 0.61260 0.420 0.580
#> SRR191405 1 0.936 0.30202 0.648 0.352
#> SRR191406 1 0.808 0.57755 0.752 0.248
#> SRR191407 1 0.680 0.66930 0.820 0.180
#> SRR191408 1 0.745 0.62836 0.788 0.212
#> SRR191409 1 0.722 0.63863 0.800 0.200
#> SRR191410 1 0.775 0.59706 0.772 0.228
#> SRR191411 1 0.775 0.62684 0.772 0.228
#> SRR191412 1 0.443 0.67569 0.908 0.092
#> SRR191413 1 0.469 0.68360 0.900 0.100
#> SRR191414 1 0.163 0.65383 0.976 0.024
#> SRR191415 1 0.767 0.60605 0.776 0.224
#> SRR191416 1 0.311 0.68205 0.944 0.056
#> SRR191418 1 0.529 0.69035 0.880 0.120
#> SRR191419 1 0.605 0.59773 0.852 0.148
#> SRR191420 1 0.343 0.66965 0.936 0.064
#> SRR191421 1 0.343 0.67584 0.936 0.064
#> SRR191422 2 0.904 0.72763 0.320 0.680
#> SRR191423 2 0.969 0.68167 0.396 0.604
#> SRR191424 2 0.714 0.67154 0.196 0.804
#> SRR191425 1 0.224 0.67506 0.964 0.036
#> SRR191426 1 0.917 0.39684 0.668 0.332
#> SRR191427 1 0.999 -0.27211 0.520 0.480
#> SRR191428 1 0.311 0.68513 0.944 0.056
#> SRR191429 2 0.949 0.71748 0.368 0.632
#> SRR191430 2 0.999 0.43196 0.484 0.516
#> SRR191431 2 0.961 0.65488 0.384 0.616
#> SRR191432 2 0.963 0.68800 0.388 0.612
#> SRR191433 2 0.981 0.62458 0.420 0.580
#> SRR191434 1 0.997 -0.23564 0.532 0.468
#> SRR191435 1 0.760 0.61810 0.780 0.220
#> SRR191436 1 0.808 0.56245 0.752 0.248
#> SRR191437 2 0.730 0.67439 0.204 0.796
#> SRR191438 1 0.969 0.13188 0.604 0.396
#> SRR191439 2 0.929 0.72945 0.344 0.656
#> SRR191440 2 0.730 0.66641 0.204 0.796
#> SRR191441 2 0.689 0.65982 0.184 0.816
#> SRR191442 1 0.753 0.60362 0.784 0.216
#> SRR191443 1 0.625 0.68034 0.844 0.156
#> SRR191444 1 0.913 0.46941 0.672 0.328
#> SRR191445 2 1.000 0.40088 0.492 0.508
#> SRR191446 2 0.917 0.71038 0.332 0.668
#> SRR191447 2 0.946 0.71784 0.364 0.636
#> SRR191448 1 0.738 0.63666 0.792 0.208
#> SRR191449 1 0.469 0.68406 0.900 0.100
#> SRR191450 1 0.876 0.50547 0.704 0.296
#> SRR191451 1 0.855 0.49442 0.720 0.280
#> SRR191452 2 0.802 0.71514 0.244 0.756
#> SRR191453 2 0.998 0.40927 0.476 0.524
#> SRR191454 1 0.671 0.67364 0.824 0.176
#> SRR191455 1 0.975 -0.04847 0.592 0.408
#> SRR191456 1 0.966 0.04518 0.608 0.392
#> SRR191457 1 0.662 0.60290 0.828 0.172
#> SRR191458 2 0.999 0.51468 0.480 0.520
#> SRR191459 1 0.900 0.41891 0.684 0.316
#> SRR191460 1 0.855 0.55494 0.720 0.280
#> SRR191461 1 0.795 0.56957 0.760 0.240
#> SRR191462 2 0.998 0.43872 0.472 0.528
#> SRR191463 2 0.881 0.72028 0.300 0.700
#> SRR191464 2 0.802 0.70904 0.244 0.756
#> SRR191465 2 0.821 0.71621 0.256 0.744
#> SRR191466 1 0.788 0.57766 0.764 0.236
#> SRR191467 2 0.955 0.69579 0.376 0.624
#> SRR191468 2 0.680 0.67079 0.180 0.820
#> SRR191469 1 0.714 0.63972 0.804 0.196
#> SRR191470 2 0.961 0.70648 0.384 0.616
#> SRR191471 2 0.978 0.62330 0.412 0.588
#> SRR191472 2 0.850 0.72610 0.276 0.724
#> SRR191473 2 0.988 0.59234 0.436 0.564
#> SRR191474 1 0.430 0.68357 0.912 0.088
#> SRR191475 2 0.917 0.73027 0.332 0.668
#> SRR191476 2 0.939 0.70328 0.356 0.644
#> SRR191477 2 0.963 0.69654 0.388 0.612
#> SRR191478 2 0.936 0.71519 0.352 0.648
#> SRR191479 1 0.260 0.66441 0.956 0.044
#> SRR191480 2 0.808 0.68237 0.248 0.752
#> SRR191481 2 0.990 0.59179 0.440 0.560
#> SRR191482 1 0.999 -0.34864 0.516 0.484
#> SRR191483 2 0.991 0.59381 0.444 0.556
#> SRR191484 1 0.653 0.54545 0.832 0.168
#> SRR191485 1 1.000 -0.43908 0.504 0.496
#> SRR191486 1 0.917 0.32412 0.668 0.332
#> SRR191487 2 0.946 0.67542 0.364 0.636
#> SRR191488 1 0.861 0.53772 0.716 0.284
#> SRR191489 2 0.952 0.59556 0.372 0.628
#> SRR191490 2 0.808 0.64725 0.248 0.752
#> SRR191491 1 0.866 0.47888 0.712 0.288
#> SRR191492 1 0.563 0.66819 0.868 0.132
#> SRR191493 2 0.973 0.44909 0.404 0.596
#> SRR191494 2 0.961 0.71444 0.384 0.616
#> SRR191495 1 0.456 0.67365 0.904 0.096
#> SRR191496 2 0.563 0.62877 0.132 0.868
#> SRR191497 1 0.827 0.54821 0.740 0.260
#> SRR191498 1 0.913 0.31569 0.672 0.328
#> SRR191499 1 0.689 0.65349 0.816 0.184
#> SRR191500 1 0.855 0.49958 0.720 0.280
#> SRR191501 2 0.904 0.63591 0.320 0.680
#> SRR191502 2 0.988 0.59347 0.436 0.564
#> SRR191503 2 0.615 0.63909 0.152 0.848
#> SRR191504 2 0.990 0.59985 0.440 0.560
#> SRR191505 2 0.904 0.72635 0.320 0.680
#> SRR191506 2 0.722 0.68469 0.200 0.800
#> SRR191507 2 0.730 0.63974 0.204 0.796
#> SRR191508 1 0.987 -0.15123 0.568 0.432
#> SRR191509 2 0.990 0.61827 0.440 0.560
#> SRR191510 2 0.969 0.64988 0.396 0.604
#> SRR191511 2 0.961 0.68755 0.384 0.616
#> SRR191512 2 0.541 0.62052 0.124 0.876
#> SRR191513 2 0.844 0.71877 0.272 0.728
#> SRR191514 2 0.936 0.71516 0.352 0.648
#> SRR191515 2 0.983 0.66203 0.424 0.576
#> SRR191516 1 0.788 0.57970 0.764 0.236
#> SRR191517 1 0.969 0.05642 0.604 0.396
#> SRR191518 2 0.969 0.66213 0.396 0.604
#> SRR191519 2 0.730 0.68383 0.204 0.796
#> SRR191520 1 0.697 0.61130 0.812 0.188
#> SRR191521 2 0.978 0.66207 0.412 0.588
#> SRR191522 2 0.991 0.59745 0.444 0.556
#> SRR191523 2 0.995 0.58748 0.460 0.540
#> SRR191524 1 0.891 0.46569 0.692 0.308
#> SRR191525 2 0.958 0.70853 0.380 0.620
#> SRR191526 2 0.855 0.72455 0.280 0.720
#> SRR191527 1 1.000 -0.10902 0.504 0.496
#> SRR191528 2 0.998 0.46596 0.476 0.524
#> SRR191529 2 0.939 0.57970 0.356 0.644
#> SRR191530 2 0.963 0.67992 0.388 0.612
#> SRR191531 2 0.995 0.45024 0.460 0.540
#> SRR191532 1 1.000 -0.43978 0.508 0.492
#> SRR191533 2 0.971 0.61127 0.400 0.600
#> SRR191534 2 0.946 0.71322 0.364 0.636
#> SRR191535 2 0.975 0.68140 0.408 0.592
#> SRR191536 1 0.999 -0.27824 0.516 0.484
#> SRR191537 2 0.745 0.66675 0.212 0.788
#> SRR191538 2 0.932 0.71600 0.348 0.652
#> SRR191539 2 0.833 0.71597 0.264 0.736
#> SRR191540 1 0.973 0.05232 0.596 0.404
#> SRR191541 2 0.955 0.70766 0.376 0.624
#> SRR191542 2 0.886 0.72977 0.304 0.696
#> SRR191543 2 0.995 0.56473 0.460 0.540
#> SRR191544 2 0.969 0.68086 0.396 0.604
#> SRR191545 1 0.998 -0.37703 0.524 0.476
#> SRR191546 1 1.000 -0.41871 0.504 0.496
#> SRR191547 1 0.939 0.30285 0.644 0.356
#> SRR191548 1 0.595 0.59705 0.856 0.144
#> SRR191549 1 0.722 0.58074 0.800 0.200
#> SRR191550 1 0.506 0.58085 0.888 0.112
#> SRR191551 1 0.584 0.60187 0.860 0.140
#> SRR191552 1 0.595 0.60484 0.856 0.144
#> SRR191553 1 0.634 0.59023 0.840 0.160
#> SRR191554 1 0.738 0.57825 0.792 0.208
#> SRR191555 1 0.388 0.61894 0.924 0.076
#> SRR191556 1 0.644 0.68314 0.836 0.164
#> SRR191557 1 0.343 0.68016 0.936 0.064
#> SRR191558 2 1.000 0.42956 0.492 0.508
#> SRR191559 1 0.574 0.67408 0.864 0.136
#> SRR191560 1 0.584 0.67294 0.860 0.140
#> SRR191561 1 0.781 0.57497 0.768 0.232
#> SRR191562 1 0.574 0.67977 0.864 0.136
#> SRR191563 1 0.881 0.46841 0.700 0.300
#> SRR191564 1 0.689 0.64640 0.816 0.184
#> SRR191565 1 0.653 0.68139 0.832 0.168
#> SRR191566 1 0.529 0.68115 0.880 0.120
#> SRR191567 1 0.482 0.63762 0.896 0.104
#> SRR191568 1 0.541 0.67823 0.876 0.124
#> SRR191569 1 0.891 0.45356 0.692 0.308
#> SRR191570 1 0.821 0.61269 0.744 0.256
#> SRR191571 1 0.574 0.69040 0.864 0.136
#> SRR191572 1 0.706 0.53055 0.808 0.192
#> SRR191573 1 0.595 0.68610 0.856 0.144
#> SRR191574 1 0.625 0.64823 0.844 0.156
#> SRR191575 1 0.760 0.63657 0.780 0.220
#> SRR191576 1 0.866 0.47885 0.712 0.288
#> SRR191577 1 0.730 0.66144 0.796 0.204
#> SRR191578 2 0.971 0.64806 0.400 0.600
#> SRR191579 1 0.767 0.59049 0.776 0.224
#> SRR191580 1 0.833 0.54639 0.736 0.264
#> SRR191581 1 0.881 0.53387 0.700 0.300
#> SRR191582 1 0.886 0.54621 0.696 0.304
#> SRR191583 2 0.839 0.71661 0.268 0.732
#> SRR191584 2 0.961 0.30493 0.384 0.616
#> SRR191585 1 0.358 0.68213 0.932 0.068
#> SRR191586 1 0.358 0.68023 0.932 0.068
#> SRR191587 1 0.795 0.63252 0.760 0.240
#> SRR191588 1 0.443 0.69246 0.908 0.092
#> SRR191589 1 0.595 0.68080 0.856 0.144
#> SRR191590 1 0.563 0.68674 0.868 0.132
#> SRR191591 1 0.730 0.64100 0.796 0.204
#> SRR191592 1 0.634 0.67004 0.840 0.160
#> SRR191593 1 0.260 0.67680 0.956 0.044
#> SRR191594 1 0.416 0.60355 0.916 0.084
#> SRR191595 1 0.584 0.67288 0.860 0.140
#> SRR191596 1 0.615 0.68676 0.848 0.152
#> SRR191597 1 0.753 0.61780 0.784 0.216
#> SRR191598 1 0.584 0.67364 0.860 0.140
#> SRR191599 1 0.402 0.68634 0.920 0.080
#> SRR191600 1 0.955 0.23772 0.624 0.376
#> SRR191601 1 0.886 0.46907 0.696 0.304
#> SRR191602 1 0.808 0.56072 0.752 0.248
#> SRR191603 1 0.821 0.56464 0.744 0.256
#> SRR191604 2 0.994 0.53215 0.456 0.544
#> SRR191605 1 0.745 0.62172 0.788 0.212
#> SRR191606 1 0.714 0.66798 0.804 0.196
#> SRR191607 1 0.311 0.67798 0.944 0.056
#> SRR191608 1 0.917 0.36910 0.668 0.332
#> SRR191609 1 0.634 0.64719 0.840 0.160
#> SRR191610 1 0.242 0.67368 0.960 0.040
#> SRR191611 1 0.343 0.68016 0.936 0.064
#> SRR191612 1 0.662 0.65809 0.828 0.172
#> SRR191613 1 0.671 0.66220 0.824 0.176
#> SRR191614 1 0.584 0.67602 0.860 0.140
#> SRR191615 1 0.529 0.68283 0.880 0.120
#> SRR191616 2 0.730 0.66578 0.204 0.796
#> SRR191617 2 0.969 0.67434 0.396 0.604
#> SRR191618 2 0.991 0.52345 0.444 0.556
#> SRR191619 1 0.955 0.20746 0.624 0.376
#> SRR191620 2 0.994 0.52045 0.456 0.544
#> SRR191621 1 0.997 -0.28270 0.532 0.468
#> SRR191622 1 0.952 0.24940 0.628 0.372
#> SRR191623 1 0.552 0.68359 0.872 0.128
#> SRR191624 1 0.163 0.65383 0.976 0.024
#> SRR191625 1 0.904 0.40268 0.680 0.320
#> SRR191626 1 0.876 0.45275 0.704 0.296
#> SRR191627 1 0.978 0.02046 0.588 0.412
#> SRR191628 1 0.753 0.61620 0.784 0.216
#> SRR191629 1 0.730 0.62269 0.796 0.204
#> SRR191630 1 0.416 0.60355 0.916 0.084
#> SRR191631 1 0.975 0.00641 0.592 0.408
#> SRR191632 1 0.745 0.66411 0.788 0.212
#> SRR191633 1 0.978 0.04650 0.588 0.412
#> SRR191634 2 0.706 0.66128 0.192 0.808
#> SRR191635 1 0.689 0.64875 0.816 0.184
#> SRR191636 2 0.963 0.64618 0.388 0.612
#> SRR191637 2 0.518 0.61156 0.116 0.884
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.456 0.67071 0.080 0.060 0.860
#> SRR191394 3 0.529 0.61119 0.148 0.040 0.812
#> SRR191396 3 0.874 -0.07794 0.108 0.432 0.460
#> SRR191397 3 0.440 0.65855 0.092 0.044 0.864
#> SRR191398 3 0.547 0.61165 0.160 0.040 0.800
#> SRR191399 3 0.400 0.68400 0.056 0.060 0.884
#> SRR191400 3 0.611 0.64979 0.108 0.108 0.784
#> SRR191401 3 0.463 0.66317 0.088 0.056 0.856
#> SRR191402 3 0.628 0.65149 0.040 0.224 0.736
#> SRR191403 3 0.452 0.64412 0.116 0.032 0.852
#> SRR191404 2 0.837 0.44938 0.108 0.580 0.312
#> SRR191405 3 0.772 0.23851 0.048 0.428 0.524
#> SRR191406 3 0.645 0.56893 0.020 0.308 0.672
#> SRR191407 3 0.579 0.67979 0.060 0.148 0.792
#> SRR191408 3 0.654 0.62508 0.052 0.220 0.728
#> SRR191409 3 0.542 0.64378 0.008 0.240 0.752
#> SRR191410 3 0.592 0.59334 0.012 0.276 0.712
#> SRR191411 3 0.645 0.63604 0.036 0.252 0.712
#> SRR191412 3 0.380 0.67907 0.052 0.056 0.892
#> SRR191413 3 0.451 0.69063 0.048 0.092 0.860
#> SRR191414 3 0.207 0.65419 0.060 0.000 0.940
#> SRR191415 3 0.596 0.60458 0.016 0.264 0.720
#> SRR191416 3 0.350 0.68073 0.028 0.072 0.900
#> SRR191418 3 0.539 0.69673 0.072 0.108 0.820
#> SRR191419 3 0.578 0.60394 0.160 0.052 0.788
#> SRR191420 3 0.325 0.66941 0.052 0.036 0.912
#> SRR191421 3 0.324 0.68127 0.032 0.056 0.912
#> SRR191422 2 0.774 0.40767 0.124 0.672 0.204
#> SRR191423 2 0.787 0.49462 0.112 0.652 0.236
#> SRR191424 2 0.798 -0.44791 0.376 0.556 0.068
#> SRR191425 3 0.337 0.67486 0.040 0.052 0.908
#> SRR191426 3 0.736 0.28404 0.032 0.440 0.528
#> SRR191427 3 0.979 -0.30009 0.236 0.380 0.384
#> SRR191428 3 0.374 0.69167 0.036 0.072 0.892
#> SRR191429 2 0.816 0.43566 0.160 0.644 0.196
#> SRR191430 2 0.771 0.36805 0.060 0.592 0.348
#> SRR191431 2 0.906 0.33090 0.188 0.548 0.264
#> SRR191432 2 0.677 0.50162 0.064 0.720 0.216
#> SRR191433 2 0.770 0.50858 0.084 0.644 0.272
#> SRR191434 2 0.796 0.16995 0.060 0.512 0.428
#> SRR191435 3 0.762 0.57541 0.104 0.224 0.672
#> SRR191436 3 0.647 0.54678 0.020 0.312 0.668
#> SRR191437 2 0.780 -0.41862 0.320 0.608 0.072
#> SRR191438 3 0.799 0.06564 0.060 0.456 0.484
#> SRR191439 2 0.783 0.33363 0.156 0.672 0.172
#> SRR191440 2 0.827 -0.56734 0.440 0.484 0.076
#> SRR191441 2 0.782 -0.44854 0.376 0.564 0.060
#> SRR191442 3 0.693 0.53081 0.040 0.296 0.664
#> SRR191443 3 0.578 0.67477 0.052 0.160 0.788
#> SRR191444 3 0.782 0.45720 0.072 0.324 0.604
#> SRR191445 2 0.926 0.35021 0.160 0.464 0.376
#> SRR191446 2 0.928 0.09726 0.276 0.520 0.204
#> SRR191447 2 0.768 0.46796 0.112 0.672 0.216
#> SRR191448 3 0.767 0.57365 0.168 0.148 0.684
#> SRR191449 3 0.486 0.67874 0.044 0.116 0.840
#> SRR191450 3 0.808 0.45785 0.268 0.108 0.624
#> SRR191451 3 0.767 0.46800 0.072 0.300 0.628
#> SRR191452 2 0.788 0.08397 0.224 0.656 0.120
#> SRR191453 2 0.966 0.09650 0.224 0.444 0.332
#> SRR191454 3 0.702 0.63482 0.068 0.232 0.700
#> SRR191455 2 0.758 0.13673 0.040 0.496 0.464
#> SRR191456 3 0.840 -0.03572 0.084 0.440 0.476
#> SRR191457 3 0.723 0.57775 0.188 0.104 0.708
#> SRR191458 2 0.815 0.46330 0.088 0.580 0.332
#> SRR191459 3 0.688 0.40461 0.020 0.388 0.592
#> SRR191460 3 0.700 0.55702 0.044 0.292 0.664
#> SRR191461 3 0.626 0.56369 0.020 0.284 0.696
#> SRR191462 2 0.875 0.40365 0.116 0.508 0.376
#> SRR191463 2 0.857 0.12361 0.228 0.604 0.168
#> SRR191464 2 0.860 -0.12884 0.284 0.580 0.136
#> SRR191465 2 0.701 0.21966 0.176 0.724 0.100
#> SRR191466 3 0.764 0.49445 0.076 0.284 0.640
#> SRR191467 2 0.832 0.41900 0.160 0.628 0.212
#> SRR191468 2 0.637 -0.23284 0.268 0.704 0.028
#> SRR191469 3 0.670 0.58423 0.040 0.268 0.692
#> SRR191470 2 0.851 0.28943 0.176 0.612 0.212
#> SRR191471 2 0.846 0.44451 0.124 0.588 0.288
#> SRR191472 2 0.722 0.19185 0.176 0.712 0.112
#> SRR191473 2 0.745 0.50673 0.064 0.644 0.292
#> SRR191474 3 0.523 0.66234 0.068 0.104 0.828
#> SRR191475 2 0.737 0.36882 0.128 0.704 0.168
#> SRR191476 2 0.880 0.29909 0.196 0.584 0.220
#> SRR191477 2 0.828 0.47510 0.132 0.620 0.248
#> SRR191478 2 0.700 0.47576 0.084 0.716 0.200
#> SRR191479 3 0.438 0.67577 0.064 0.068 0.868
#> SRR191480 2 0.855 -0.38154 0.412 0.492 0.096
#> SRR191481 2 0.700 0.50750 0.048 0.672 0.280
#> SRR191482 2 0.757 0.37075 0.048 0.576 0.376
#> SRR191483 2 0.775 0.49833 0.076 0.624 0.300
#> SRR191484 3 0.663 0.43271 0.272 0.036 0.692
#> SRR191485 2 0.746 0.38385 0.044 0.584 0.372
#> SRR191486 3 0.765 0.27765 0.048 0.400 0.552
#> SRR191487 2 0.928 0.10935 0.288 0.516 0.196
#> SRR191488 3 0.867 0.45548 0.184 0.220 0.596
#> SRR191489 2 0.986 -0.00688 0.292 0.416 0.292
#> SRR191490 1 0.889 0.55094 0.444 0.436 0.120
#> SRR191491 3 0.800 0.38113 0.072 0.360 0.568
#> SRR191492 3 0.614 0.62890 0.060 0.172 0.768
#> SRR191493 2 0.984 -0.38042 0.336 0.408 0.256
#> SRR191494 2 0.821 0.40594 0.140 0.632 0.228
#> SRR191495 3 0.536 0.65300 0.064 0.116 0.820
#> SRR191496 2 0.784 -0.55107 0.460 0.488 0.052
#> SRR191497 3 0.599 0.57850 0.012 0.284 0.704
#> SRR191498 3 0.900 0.07272 0.140 0.356 0.504
#> SRR191499 3 0.654 0.64618 0.056 0.212 0.732
#> SRR191500 3 0.671 0.51850 0.032 0.296 0.672
#> SRR191501 1 0.956 0.49386 0.460 0.332 0.208
#> SRR191502 2 0.894 0.46989 0.140 0.520 0.340
#> SRR191503 2 0.756 -0.47756 0.440 0.520 0.040
#> SRR191504 2 0.703 0.51010 0.044 0.660 0.296
#> SRR191505 2 0.784 0.42293 0.140 0.668 0.192
#> SRR191506 2 0.851 -0.23166 0.316 0.568 0.116
#> SRR191507 1 0.795 0.47776 0.520 0.420 0.060
#> SRR191508 2 0.803 0.27934 0.064 0.516 0.420
#> SRR191509 2 0.780 0.50679 0.080 0.624 0.296
#> SRR191510 2 0.894 0.41171 0.160 0.548 0.292
#> SRR191511 2 0.787 0.48928 0.124 0.660 0.216
#> SRR191512 2 0.633 -0.39968 0.332 0.656 0.012
#> SRR191513 2 0.814 0.05201 0.260 0.624 0.116
#> SRR191514 2 0.709 0.45731 0.096 0.716 0.188
#> SRR191515 2 0.904 0.33920 0.176 0.544 0.280
#> SRR191516 3 0.665 0.58390 0.048 0.240 0.712
#> SRR191517 3 0.775 -0.03329 0.048 0.456 0.496
#> SRR191518 2 0.709 0.50898 0.064 0.688 0.248
#> SRR191519 2 0.798 -0.31162 0.340 0.584 0.076
#> SRR191520 3 0.816 0.43468 0.136 0.228 0.636
#> SRR191521 2 0.773 0.51406 0.084 0.640 0.276
#> SRR191522 2 0.782 0.51089 0.080 0.620 0.300
#> SRR191523 2 0.846 0.48288 0.132 0.596 0.272
#> SRR191524 3 0.913 0.26274 0.180 0.288 0.532
#> SRR191525 2 0.793 0.42846 0.128 0.656 0.216
#> SRR191526 2 0.774 0.00694 0.236 0.660 0.104
#> SRR191527 2 0.994 0.07452 0.280 0.364 0.356
#> SRR191528 2 0.965 0.11165 0.236 0.460 0.304
#> SRR191529 2 0.945 -0.34380 0.384 0.436 0.180
#> SRR191530 2 0.731 0.50301 0.080 0.684 0.236
#> SRR191531 2 0.975 -0.00850 0.260 0.444 0.296
#> SRR191532 2 0.925 0.34941 0.156 0.448 0.396
#> SRR191533 2 0.982 -0.24721 0.364 0.392 0.244
#> SRR191534 2 0.746 0.38381 0.124 0.696 0.180
#> SRR191535 2 0.771 0.48940 0.100 0.660 0.240
#> SRR191536 2 0.906 0.31060 0.140 0.480 0.380
#> SRR191537 2 0.851 -0.50629 0.392 0.512 0.096
#> SRR191538 2 0.687 0.46538 0.080 0.724 0.196
#> SRR191539 2 0.760 -0.13470 0.260 0.656 0.084
#> SRR191540 3 0.879 -0.15521 0.112 0.444 0.444
#> SRR191541 2 0.765 0.47639 0.108 0.672 0.220
#> SRR191542 2 0.738 0.25287 0.164 0.704 0.132
#> SRR191543 2 0.804 0.49842 0.088 0.600 0.312
#> SRR191544 2 0.865 0.47126 0.136 0.572 0.292
#> SRR191545 2 0.795 0.42794 0.068 0.564 0.368
#> SRR191546 2 0.729 0.44721 0.040 0.604 0.356
#> SRR191547 3 0.727 0.23725 0.028 0.452 0.520
#> SRR191548 3 0.541 0.60004 0.172 0.032 0.796
#> SRR191549 3 0.715 0.55338 0.200 0.092 0.708
#> SRR191550 3 0.458 0.58963 0.184 0.004 0.812
#> SRR191551 3 0.536 0.60250 0.168 0.032 0.800
#> SRR191552 3 0.547 0.60518 0.168 0.036 0.796
#> SRR191553 3 0.599 0.59699 0.168 0.056 0.776
#> SRR191554 3 0.732 0.54167 0.208 0.096 0.696
#> SRR191555 3 0.433 0.62843 0.144 0.012 0.844
#> SRR191556 3 0.557 0.68401 0.044 0.160 0.796
#> SRR191557 3 0.404 0.67314 0.040 0.080 0.880
#> SRR191558 2 0.758 0.36052 0.048 0.572 0.380
#> SRR191559 3 0.511 0.67449 0.024 0.168 0.808
#> SRR191560 3 0.529 0.67444 0.028 0.172 0.800
#> SRR191561 3 0.793 0.53331 0.172 0.164 0.664
#> SRR191562 3 0.491 0.68751 0.068 0.088 0.844
#> SRR191563 3 0.683 0.44958 0.020 0.376 0.604
#> SRR191564 3 0.577 0.64973 0.020 0.232 0.748
#> SRR191565 3 0.551 0.68571 0.044 0.156 0.800
#> SRR191566 3 0.441 0.68386 0.016 0.140 0.844
#> SRR191567 3 0.534 0.63628 0.132 0.052 0.816
#> SRR191568 3 0.500 0.68405 0.068 0.092 0.840
#> SRR191569 3 0.762 0.41164 0.052 0.368 0.580
#> SRR191570 3 0.700 0.58428 0.044 0.292 0.664
#> SRR191571 3 0.480 0.69378 0.032 0.132 0.836
#> SRR191572 3 0.580 0.52072 0.248 0.016 0.736
#> SRR191573 3 0.524 0.68599 0.032 0.160 0.808
#> SRR191574 3 0.618 0.65831 0.100 0.120 0.780
#> SRR191575 3 0.677 0.64498 0.096 0.164 0.740
#> SRR191576 3 0.735 0.46954 0.044 0.348 0.608
#> SRR191577 3 0.675 0.67047 0.076 0.192 0.732
#> SRR191578 2 0.789 0.47276 0.088 0.624 0.288
#> SRR191579 3 0.785 0.54308 0.188 0.144 0.668
#> SRR191580 3 0.835 0.48714 0.184 0.188 0.628
#> SRR191581 3 0.835 0.51939 0.200 0.172 0.628
#> SRR191582 3 0.844 0.53470 0.144 0.248 0.608
#> SRR191583 2 0.785 -0.09489 0.264 0.640 0.096
#> SRR191584 1 0.993 0.20988 0.388 0.328 0.284
#> SRR191585 3 0.417 0.67822 0.036 0.092 0.872
#> SRR191586 3 0.409 0.67349 0.036 0.088 0.876
#> SRR191587 3 0.656 0.61461 0.040 0.252 0.708
#> SRR191588 3 0.417 0.69643 0.036 0.092 0.872
#> SRR191589 3 0.502 0.68965 0.056 0.108 0.836
#> SRR191590 3 0.489 0.69014 0.060 0.096 0.844
#> SRR191591 3 0.558 0.64147 0.008 0.256 0.736
#> SRR191592 3 0.571 0.66834 0.028 0.204 0.768
#> SRR191593 3 0.347 0.67573 0.040 0.056 0.904
#> SRR191594 3 0.394 0.59442 0.156 0.000 0.844
#> SRR191595 3 0.546 0.67263 0.028 0.184 0.788
#> SRR191596 3 0.563 0.68744 0.056 0.144 0.800
#> SRR191597 3 0.636 0.59400 0.024 0.280 0.696
#> SRR191598 3 0.524 0.68071 0.028 0.168 0.804
#> SRR191599 3 0.433 0.69086 0.036 0.100 0.864
#> SRR191600 3 0.743 0.27102 0.036 0.424 0.540
#> SRR191601 3 0.681 0.40245 0.016 0.404 0.580
#> SRR191602 3 0.617 0.55195 0.012 0.308 0.680
#> SRR191603 3 0.650 0.54673 0.020 0.316 0.664
#> SRR191604 2 0.798 0.44842 0.076 0.584 0.340
#> SRR191605 3 0.576 0.61735 0.008 0.276 0.716
#> SRR191606 3 0.595 0.67173 0.040 0.196 0.764
#> SRR191607 3 0.448 0.67315 0.064 0.072 0.864
#> SRR191608 3 0.800 0.28499 0.068 0.380 0.552
#> SRR191609 3 0.644 0.62180 0.076 0.168 0.756
#> SRR191610 3 0.369 0.67377 0.052 0.052 0.896
#> SRR191611 3 0.401 0.67388 0.036 0.084 0.880
#> SRR191612 3 0.522 0.66066 0.012 0.208 0.780
#> SRR191613 3 0.646 0.65549 0.080 0.164 0.756
#> SRR191614 3 0.522 0.67735 0.024 0.176 0.800
#> SRR191615 3 0.478 0.68053 0.016 0.164 0.820
#> SRR191616 1 0.863 0.57124 0.464 0.436 0.100
#> SRR191617 2 0.753 0.50458 0.084 0.664 0.252
#> SRR191618 2 0.998 0.13866 0.304 0.360 0.336
#> SRR191619 3 0.748 0.12564 0.036 0.452 0.512
#> SRR191620 2 0.855 0.46179 0.116 0.560 0.324
#> SRR191621 2 0.738 0.33498 0.040 0.584 0.376
#> SRR191622 3 0.765 0.19751 0.044 0.440 0.516
#> SRR191623 3 0.511 0.68743 0.024 0.168 0.808
#> SRR191624 3 0.207 0.65419 0.060 0.000 0.940
#> SRR191625 3 0.692 0.35472 0.020 0.400 0.580
#> SRR191626 3 0.665 0.41092 0.016 0.364 0.620
#> SRR191627 2 0.767 0.05710 0.044 0.480 0.476
#> SRR191628 3 0.574 0.61583 0.012 0.256 0.732
#> SRR191629 3 0.550 0.61715 0.008 0.248 0.744
#> SRR191630 3 0.394 0.59442 0.156 0.000 0.844
#> SRR191631 3 0.767 -0.07400 0.044 0.476 0.480
#> SRR191632 3 0.661 0.64468 0.048 0.236 0.716
#> SRR191633 3 0.758 0.07371 0.040 0.468 0.492
#> SRR191634 1 0.846 0.55110 0.464 0.448 0.088
#> SRR191635 3 0.554 0.64152 0.012 0.236 0.752
#> SRR191636 2 0.919 0.26673 0.208 0.536 0.256
#> SRR191637 2 0.715 -0.45471 0.440 0.536 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.465 0.6385 0.172 0.040 0.784 0.004
#> SRR191394 3 0.601 0.5645 0.272 0.036 0.668 0.024
#> SRR191396 3 0.840 -0.0860 0.124 0.376 0.436 0.064
#> SRR191397 3 0.460 0.6297 0.180 0.028 0.784 0.008
#> SRR191398 3 0.504 0.5768 0.280 0.024 0.696 0.000
#> SRR191399 3 0.462 0.6609 0.092 0.028 0.824 0.056
#> SRR191400 3 0.653 0.6040 0.216 0.072 0.676 0.036
#> SRR191401 3 0.478 0.6333 0.184 0.040 0.772 0.004
#> SRR191402 3 0.518 0.6271 0.060 0.160 0.768 0.012
#> SRR191403 3 0.496 0.6069 0.228 0.024 0.740 0.008
#> SRR191404 2 0.761 0.4353 0.124 0.520 0.332 0.024
#> SRR191405 3 0.663 0.2671 0.020 0.380 0.552 0.048
#> SRR191406 3 0.522 0.5595 0.016 0.256 0.712 0.016
#> SRR191407 3 0.605 0.6437 0.124 0.124 0.728 0.024
#> SRR191408 3 0.645 0.6059 0.080 0.168 0.704 0.048
#> SRR191409 3 0.457 0.6167 0.020 0.184 0.784 0.012
#> SRR191410 3 0.481 0.5730 0.016 0.220 0.752 0.012
#> SRR191411 3 0.626 0.6083 0.064 0.200 0.700 0.036
#> SRR191412 3 0.424 0.6461 0.152 0.040 0.808 0.000
#> SRR191413 3 0.398 0.6639 0.064 0.048 0.860 0.028
#> SRR191414 3 0.410 0.6244 0.148 0.000 0.816 0.036
#> SRR191415 3 0.496 0.5837 0.016 0.212 0.752 0.020
#> SRR191416 3 0.394 0.6482 0.052 0.040 0.864 0.044
#> SRR191418 3 0.522 0.6694 0.100 0.072 0.792 0.036
#> SRR191419 3 0.597 0.5649 0.280 0.032 0.664 0.024
#> SRR191420 3 0.386 0.6443 0.152 0.024 0.824 0.000
#> SRR191421 3 0.388 0.6576 0.108 0.036 0.848 0.008
#> SRR191422 2 0.758 0.4518 0.156 0.592 0.216 0.036
#> SRR191423 2 0.753 0.4924 0.148 0.596 0.220 0.036
#> SRR191424 2 0.815 -0.3584 0.408 0.424 0.048 0.120
#> SRR191425 3 0.431 0.6414 0.088 0.028 0.840 0.044
#> SRR191426 3 0.702 0.1830 0.032 0.404 0.512 0.052
#> SRR191427 3 0.956 -0.2817 0.260 0.288 0.336 0.116
#> SRR191428 3 0.409 0.6634 0.076 0.048 0.852 0.024
#> SRR191429 2 0.740 0.4710 0.108 0.636 0.188 0.068
#> SRR191430 2 0.691 0.3685 0.072 0.564 0.344 0.020
#> SRR191431 2 0.903 0.2551 0.216 0.452 0.240 0.092
#> SRR191432 2 0.585 0.5058 0.056 0.712 0.212 0.020
#> SRR191433 2 0.675 0.5060 0.064 0.644 0.252 0.040
#> SRR191434 2 0.745 0.1395 0.080 0.452 0.436 0.032
#> SRR191435 3 0.761 0.5174 0.084 0.168 0.628 0.120
#> SRR191436 3 0.657 0.4907 0.040 0.280 0.636 0.044
#> SRR191437 2 0.809 -0.2912 0.312 0.500 0.040 0.148
#> SRR191438 3 0.731 0.1287 0.040 0.380 0.516 0.064
#> SRR191439 2 0.800 0.3181 0.192 0.584 0.148 0.076
#> SRR191440 1 0.856 0.4208 0.400 0.368 0.044 0.188
#> SRR191441 2 0.731 -0.2661 0.404 0.496 0.048 0.052
#> SRR191442 3 0.688 0.4858 0.044 0.260 0.632 0.064
#> SRR191443 3 0.609 0.6520 0.104 0.120 0.736 0.040
#> SRR191444 3 0.711 0.4129 0.072 0.292 0.596 0.040
#> SRR191445 2 0.930 0.2596 0.204 0.348 0.348 0.100
#> SRR191446 2 0.936 0.0464 0.144 0.416 0.168 0.272
#> SRR191447 2 0.701 0.4864 0.120 0.644 0.204 0.032
#> SRR191448 3 0.784 0.4950 0.220 0.084 0.592 0.104
#> SRR191449 3 0.480 0.6478 0.048 0.076 0.820 0.056
#> SRR191450 3 0.806 0.3465 0.372 0.092 0.472 0.064
#> SRR191451 3 0.790 0.4173 0.084 0.228 0.584 0.104
#> SRR191452 2 0.823 0.1675 0.236 0.552 0.124 0.088
#> SRR191453 2 0.996 -0.2658 0.252 0.292 0.216 0.240
#> SRR191454 3 0.691 0.5957 0.088 0.180 0.672 0.060
#> SRR191455 2 0.743 0.1970 0.040 0.468 0.424 0.068
#> SRR191456 3 0.859 0.0342 0.096 0.340 0.456 0.108
#> SRR191457 3 0.763 0.5026 0.300 0.096 0.556 0.048
#> SRR191458 2 0.812 0.4371 0.096 0.516 0.312 0.076
#> SRR191459 3 0.546 0.3795 0.016 0.368 0.612 0.004
#> SRR191460 3 0.629 0.5160 0.056 0.256 0.664 0.024
#> SRR191461 3 0.578 0.5243 0.024 0.240 0.700 0.036
#> SRR191462 2 0.855 0.3501 0.140 0.444 0.348 0.068
#> SRR191463 2 0.800 0.2059 0.252 0.548 0.152 0.048
#> SRR191464 2 0.823 -0.0233 0.276 0.532 0.104 0.088
#> SRR191465 2 0.736 0.2708 0.208 0.628 0.108 0.056
#> SRR191466 3 0.729 0.4899 0.040 0.224 0.620 0.116
#> SRR191467 2 0.815 0.3987 0.124 0.580 0.188 0.108
#> SRR191468 2 0.668 -0.0726 0.244 0.636 0.012 0.108
#> SRR191469 3 0.706 0.5080 0.060 0.244 0.632 0.064
#> SRR191470 2 0.933 0.0833 0.160 0.432 0.156 0.252
#> SRR191471 2 0.840 0.3840 0.132 0.516 0.272 0.080
#> SRR191472 2 0.767 0.2229 0.204 0.612 0.092 0.092
#> SRR191473 2 0.631 0.5053 0.028 0.656 0.268 0.048
#> SRR191474 3 0.567 0.6111 0.052 0.072 0.768 0.108
#> SRR191475 2 0.712 0.4056 0.096 0.672 0.140 0.092
#> SRR191476 2 0.877 0.3028 0.192 0.512 0.184 0.112
#> SRR191477 2 0.782 0.4829 0.084 0.584 0.240 0.092
#> SRR191478 2 0.686 0.4832 0.084 0.672 0.188 0.056
#> SRR191479 3 0.585 0.6393 0.132 0.052 0.752 0.064
#> SRR191480 2 0.875 -0.2983 0.244 0.420 0.048 0.288
#> SRR191481 2 0.651 0.5051 0.036 0.664 0.240 0.060
#> SRR191482 2 0.671 0.3482 0.012 0.556 0.364 0.068
#> SRR191483 2 0.769 0.4857 0.076 0.556 0.300 0.068
#> SRR191484 3 0.781 0.2559 0.300 0.028 0.524 0.148
#> SRR191485 2 0.692 0.3934 0.048 0.556 0.360 0.036
#> SRR191486 3 0.751 0.2696 0.088 0.356 0.520 0.036
#> SRR191487 2 0.940 0.0170 0.144 0.384 0.160 0.312
#> SRR191488 3 0.838 0.4352 0.244 0.128 0.536 0.092
#> SRR191489 2 0.978 -0.1061 0.280 0.324 0.236 0.160
#> SRR191490 1 0.854 0.4754 0.480 0.292 0.064 0.164
#> SRR191491 3 0.789 0.3517 0.116 0.304 0.532 0.048
#> SRR191492 3 0.653 0.5950 0.076 0.108 0.716 0.100
#> SRR191493 1 0.938 0.3809 0.404 0.288 0.156 0.152
#> SRR191494 2 0.815 0.3968 0.124 0.572 0.208 0.096
#> SRR191495 3 0.586 0.5951 0.044 0.080 0.752 0.124
#> SRR191496 1 0.853 0.4523 0.432 0.300 0.036 0.232
#> SRR191497 3 0.499 0.5776 0.016 0.228 0.740 0.016
#> SRR191498 3 0.896 0.0316 0.136 0.268 0.468 0.128
#> SRR191499 3 0.653 0.6107 0.064 0.160 0.704 0.072
#> SRR191500 3 0.577 0.4977 0.032 0.264 0.684 0.020
#> SRR191501 1 0.906 0.4907 0.440 0.244 0.088 0.228
#> SRR191502 2 0.905 0.4176 0.120 0.424 0.320 0.136
#> SRR191503 2 0.876 -0.3969 0.364 0.368 0.048 0.220
#> SRR191504 2 0.608 0.5049 0.032 0.668 0.268 0.032
#> SRR191505 2 0.749 0.4253 0.128 0.632 0.172 0.068
#> SRR191506 2 0.847 -0.2579 0.356 0.452 0.080 0.112
#> SRR191507 1 0.847 0.4211 0.376 0.232 0.028 0.364
#> SRR191508 2 0.792 0.3994 0.064 0.500 0.352 0.084
#> SRR191509 2 0.785 0.4962 0.096 0.540 0.304 0.060
#> SRR191510 2 0.900 0.3439 0.144 0.464 0.268 0.124
#> SRR191511 2 0.675 0.4874 0.120 0.668 0.184 0.028
#> SRR191512 2 0.712 -0.2482 0.340 0.548 0.016 0.096
#> SRR191513 2 0.899 0.0191 0.208 0.476 0.108 0.208
#> SRR191514 2 0.658 0.4626 0.088 0.696 0.168 0.048
#> SRR191515 2 0.936 0.2181 0.148 0.436 0.220 0.196
#> SRR191516 3 0.681 0.5483 0.068 0.188 0.676 0.068
#> SRR191517 3 0.683 -0.0212 0.024 0.444 0.484 0.048
#> SRR191518 2 0.622 0.5093 0.044 0.680 0.240 0.036
#> SRR191519 2 0.777 -0.2095 0.328 0.524 0.044 0.104
#> SRR191520 3 0.841 0.2832 0.068 0.216 0.528 0.188
#> SRR191521 2 0.754 0.4998 0.064 0.592 0.260 0.084
#> SRR191522 2 0.771 0.4910 0.064 0.560 0.292 0.084
#> SRR191523 2 0.801 0.4367 0.156 0.556 0.236 0.052
#> SRR191524 3 0.896 0.2080 0.172 0.216 0.488 0.124
#> SRR191525 2 0.828 0.4003 0.168 0.556 0.196 0.080
#> SRR191526 2 0.853 0.0167 0.264 0.512 0.096 0.128
#> SRR191527 1 0.944 0.1100 0.372 0.216 0.296 0.116
#> SRR191528 1 0.995 0.1876 0.296 0.248 0.240 0.216
#> SRR191529 2 0.933 -0.4017 0.328 0.332 0.088 0.252
#> SRR191530 2 0.659 0.5012 0.064 0.672 0.220 0.044
#> SRR191531 1 0.994 0.2887 0.300 0.240 0.208 0.252
#> SRR191532 2 0.965 0.1880 0.188 0.332 0.320 0.160
#> SRR191533 1 0.979 0.3869 0.340 0.212 0.180 0.268
#> SRR191534 2 0.829 0.3192 0.104 0.568 0.168 0.160
#> SRR191535 2 0.767 0.4793 0.152 0.592 0.212 0.044
#> SRR191536 2 0.932 0.1849 0.156 0.364 0.348 0.132
#> SRR191537 2 0.862 -0.4171 0.344 0.408 0.044 0.204
#> SRR191538 2 0.660 0.4824 0.072 0.692 0.180 0.056
#> SRR191539 2 0.817 -0.1015 0.288 0.528 0.076 0.108
#> SRR191540 2 0.834 0.2247 0.052 0.420 0.392 0.136
#> SRR191541 2 0.739 0.4522 0.080 0.640 0.184 0.096
#> SRR191542 2 0.821 0.2348 0.196 0.572 0.124 0.108
#> SRR191543 2 0.722 0.4854 0.104 0.580 0.292 0.024
#> SRR191544 2 0.887 0.4179 0.140 0.496 0.232 0.132
#> SRR191545 2 0.725 0.4537 0.040 0.556 0.336 0.068
#> SRR191546 2 0.697 0.4334 0.068 0.556 0.352 0.024
#> SRR191547 3 0.667 0.1738 0.024 0.424 0.512 0.040
#> SRR191548 3 0.504 0.5663 0.296 0.020 0.684 0.000
#> SRR191549 3 0.694 0.5155 0.308 0.052 0.596 0.044
#> SRR191550 3 0.530 0.5427 0.308 0.000 0.664 0.028
#> SRR191551 3 0.501 0.5678 0.292 0.020 0.688 0.000
#> SRR191552 3 0.499 0.5704 0.288 0.020 0.692 0.000
#> SRR191553 3 0.627 0.5695 0.272 0.032 0.656 0.040
#> SRR191554 3 0.705 0.5011 0.316 0.056 0.584 0.044
#> SRR191555 3 0.632 0.5930 0.160 0.020 0.700 0.120
#> SRR191556 3 0.408 0.6514 0.052 0.108 0.836 0.004
#> SRR191557 3 0.467 0.6353 0.064 0.048 0.828 0.060
#> SRR191558 2 0.731 0.3135 0.072 0.500 0.396 0.032
#> SRR191559 3 0.396 0.6439 0.032 0.120 0.840 0.008
#> SRR191560 3 0.430 0.6465 0.036 0.112 0.832 0.020
#> SRR191561 3 0.801 0.4624 0.308 0.120 0.520 0.052
#> SRR191562 3 0.425 0.6567 0.132 0.044 0.820 0.004
#> SRR191563 3 0.599 0.4386 0.020 0.336 0.620 0.024
#> SRR191564 3 0.471 0.6143 0.024 0.188 0.776 0.012
#> SRR191565 3 0.464 0.6518 0.068 0.116 0.808 0.008
#> SRR191566 3 0.386 0.6514 0.032 0.104 0.852 0.012
#> SRR191567 3 0.669 0.5883 0.208 0.044 0.672 0.076
#> SRR191568 3 0.502 0.6582 0.124 0.076 0.788 0.012
#> SRR191569 3 0.744 0.4188 0.056 0.276 0.588 0.080
#> SRR191570 3 0.712 0.5357 0.088 0.252 0.620 0.040
#> SRR191571 3 0.462 0.6678 0.076 0.096 0.816 0.012
#> SRR191572 3 0.564 0.4494 0.388 0.000 0.584 0.028
#> SRR191573 3 0.440 0.6596 0.064 0.096 0.828 0.012
#> SRR191574 3 0.609 0.6195 0.184 0.068 0.716 0.032
#> SRR191575 3 0.702 0.6048 0.160 0.100 0.672 0.068
#> SRR191576 3 0.693 0.4562 0.068 0.284 0.612 0.036
#> SRR191577 3 0.638 0.6352 0.132 0.128 0.708 0.032
#> SRR191578 2 0.692 0.4698 0.096 0.596 0.292 0.016
#> SRR191579 3 0.749 0.5062 0.288 0.084 0.576 0.052
#> SRR191580 3 0.811 0.4397 0.300 0.132 0.516 0.052
#> SRR191581 3 0.747 0.4802 0.336 0.128 0.520 0.016
#> SRR191582 3 0.784 0.4706 0.240 0.212 0.528 0.020
#> SRR191583 2 0.874 -0.1343 0.276 0.480 0.088 0.156
#> SRR191584 1 0.901 0.3610 0.484 0.168 0.216 0.132
#> SRR191585 3 0.451 0.6432 0.048 0.056 0.836 0.060
#> SRR191586 3 0.481 0.6324 0.056 0.052 0.820 0.072
#> SRR191587 3 0.524 0.5902 0.044 0.196 0.748 0.012
#> SRR191588 3 0.430 0.6690 0.076 0.064 0.840 0.020
#> SRR191589 3 0.489 0.6597 0.120 0.072 0.796 0.012
#> SRR191590 3 0.417 0.6597 0.120 0.048 0.828 0.004
#> SRR191591 3 0.526 0.6153 0.028 0.200 0.748 0.024
#> SRR191592 3 0.457 0.6431 0.052 0.144 0.800 0.004
#> SRR191593 3 0.398 0.6449 0.084 0.028 0.856 0.032
#> SRR191594 3 0.517 0.5545 0.272 0.000 0.696 0.032
#> SRR191595 3 0.436 0.6413 0.040 0.136 0.816 0.008
#> SRR191596 3 0.442 0.6605 0.072 0.088 0.828 0.012
#> SRR191597 3 0.481 0.5630 0.016 0.252 0.728 0.004
#> SRR191598 3 0.419 0.6505 0.036 0.112 0.836 0.016
#> SRR191599 3 0.356 0.6629 0.032 0.056 0.880 0.032
#> SRR191600 3 0.678 0.3068 0.068 0.352 0.564 0.016
#> SRR191601 3 0.614 0.3902 0.012 0.360 0.592 0.036
#> SRR191602 3 0.466 0.5248 0.012 0.272 0.716 0.000
#> SRR191603 3 0.520 0.5246 0.016 0.288 0.688 0.008
#> SRR191604 2 0.707 0.3924 0.096 0.536 0.356 0.012
#> SRR191605 3 0.474 0.5968 0.012 0.212 0.760 0.016
#> SRR191606 3 0.490 0.6429 0.052 0.140 0.792 0.016
#> SRR191607 3 0.510 0.6327 0.060 0.040 0.800 0.100
#> SRR191608 3 0.707 0.2794 0.028 0.356 0.548 0.068
#> SRR191609 3 0.652 0.5630 0.048 0.124 0.708 0.120
#> SRR191610 3 0.488 0.6371 0.080 0.032 0.812 0.076
#> SRR191611 3 0.474 0.6336 0.056 0.052 0.824 0.068
#> SRR191612 3 0.420 0.6320 0.016 0.160 0.812 0.012
#> SRR191613 3 0.652 0.6314 0.116 0.096 0.716 0.072
#> SRR191614 3 0.434 0.6493 0.024 0.128 0.824 0.024
#> SRR191615 3 0.419 0.6535 0.024 0.104 0.840 0.032
#> SRR191616 1 0.837 0.4541 0.492 0.312 0.072 0.124
#> SRR191617 2 0.681 0.5062 0.072 0.652 0.232 0.044
#> SRR191618 3 0.988 -0.3726 0.220 0.252 0.324 0.204
#> SRR191619 3 0.607 0.1712 0.016 0.428 0.536 0.020
#> SRR191620 2 0.799 0.4343 0.100 0.512 0.328 0.060
#> SRR191621 2 0.651 0.3390 0.032 0.560 0.380 0.028
#> SRR191622 3 0.677 0.2532 0.024 0.372 0.552 0.052
#> SRR191623 3 0.434 0.6580 0.040 0.116 0.828 0.016
#> SRR191624 3 0.410 0.6244 0.148 0.000 0.816 0.036
#> SRR191625 3 0.584 0.3688 0.016 0.348 0.616 0.020
#> SRR191626 3 0.636 0.4096 0.020 0.296 0.632 0.052
#> SRR191627 3 0.693 -0.0250 0.032 0.440 0.484 0.044
#> SRR191628 3 0.465 0.5901 0.016 0.216 0.760 0.008
#> SRR191629 3 0.454 0.5939 0.016 0.192 0.780 0.012
#> SRR191630 3 0.517 0.5545 0.272 0.000 0.696 0.032
#> SRR191631 3 0.658 -0.0189 0.016 0.452 0.488 0.044
#> SRR191632 3 0.568 0.6273 0.072 0.176 0.736 0.016
#> SRR191633 3 0.709 0.0769 0.060 0.420 0.492 0.028
#> SRR191634 1 0.816 0.4428 0.504 0.320 0.064 0.112
#> SRR191635 3 0.438 0.6131 0.016 0.188 0.788 0.008
#> SRR191636 2 0.913 0.1633 0.196 0.464 0.216 0.124
#> SRR191637 2 0.816 -0.3723 0.364 0.384 0.012 0.240
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.458 0.111899 0.268 0.040 0.692 0.000 0.000
#> SRR191394 3 0.508 -0.415580 0.424 0.028 0.544 0.004 0.000
#> SRR191396 3 0.840 -0.217036 0.100 0.360 0.388 0.056 0.096
#> SRR191397 3 0.470 0.045318 0.276 0.028 0.688 0.004 0.004
#> SRR191398 3 0.509 -0.321137 0.392 0.024 0.576 0.004 0.004
#> SRR191399 3 0.404 0.377786 0.160 0.028 0.796 0.012 0.004
#> SRR191400 3 0.621 -0.289191 0.332 0.084 0.560 0.020 0.004
#> SRR191401 3 0.472 0.132974 0.248 0.040 0.704 0.008 0.000
#> SRR191402 3 0.469 0.488462 0.092 0.160 0.744 0.000 0.004
#> SRR191403 3 0.469 -0.129343 0.332 0.016 0.644 0.008 0.000
#> SRR191404 2 0.732 0.471898 0.016 0.472 0.340 0.036 0.136
#> SRR191405 3 0.616 0.152943 0.020 0.388 0.532 0.032 0.028
#> SRR191406 3 0.485 0.489316 0.028 0.244 0.708 0.012 0.008
#> SRR191407 3 0.576 0.318879 0.184 0.116 0.676 0.004 0.020
#> SRR191408 3 0.627 0.401807 0.108 0.160 0.672 0.036 0.024
#> SRR191409 3 0.438 0.498497 0.044 0.180 0.764 0.000 0.012
#> SRR191410 3 0.416 0.492783 0.024 0.208 0.760 0.004 0.004
#> SRR191411 3 0.581 0.456608 0.084 0.224 0.664 0.012 0.016
#> SRR191412 3 0.435 0.234082 0.212 0.040 0.744 0.004 0.000
#> SRR191413 3 0.378 0.439598 0.124 0.040 0.824 0.008 0.004
#> SRR191414 3 0.381 0.203261 0.240 0.000 0.748 0.012 0.000
#> SRR191415 3 0.425 0.496805 0.032 0.200 0.760 0.004 0.004
#> SRR191416 3 0.344 0.420884 0.104 0.028 0.848 0.020 0.000
#> SRR191418 3 0.485 0.391495 0.168 0.064 0.748 0.016 0.004
#> SRR191419 3 0.558 -0.361553 0.380 0.048 0.560 0.004 0.008
#> SRR191420 3 0.412 0.221180 0.208 0.024 0.760 0.008 0.000
#> SRR191421 3 0.401 0.332540 0.168 0.036 0.788 0.008 0.000
#> SRR191422 2 0.649 0.496713 0.004 0.592 0.196 0.020 0.188
#> SRR191423 2 0.689 0.538313 0.020 0.596 0.204 0.036 0.144
#> SRR191424 5 0.699 0.148039 0.016 0.348 0.032 0.104 0.500
#> SRR191425 3 0.403 0.368071 0.164 0.024 0.792 0.020 0.000
#> SRR191426 3 0.648 0.043764 0.056 0.400 0.500 0.020 0.024
#> SRR191427 3 0.964 -0.274917 0.140 0.276 0.292 0.136 0.156
#> SRR191428 3 0.408 0.417760 0.116 0.040 0.816 0.024 0.004
#> SRR191429 2 0.687 0.520858 0.008 0.612 0.184 0.100 0.096
#> SRR191430 2 0.619 0.432692 0.032 0.568 0.344 0.020 0.036
#> SRR191431 2 0.895 0.199278 0.152 0.408 0.180 0.052 0.208
#> SRR191432 2 0.569 0.559397 0.020 0.688 0.216 0.036 0.040
#> SRR191433 2 0.632 0.563887 0.032 0.632 0.244 0.024 0.068
#> SRR191434 2 0.650 0.202592 0.056 0.472 0.428 0.020 0.024
#> SRR191435 3 0.773 0.203656 0.160 0.152 0.564 0.076 0.048
#> SRR191436 3 0.597 0.429378 0.052 0.284 0.624 0.016 0.024
#> SRR191437 5 0.657 0.241013 0.028 0.380 0.032 0.044 0.516
#> SRR191438 3 0.643 0.029311 0.020 0.384 0.520 0.040 0.036
#> SRR191439 2 0.767 0.284494 0.080 0.556 0.108 0.044 0.212
#> SRR191440 5 0.703 0.076471 0.028 0.260 0.020 0.140 0.552
#> SRR191441 5 0.616 0.224024 0.012 0.416 0.040 0.028 0.504
#> SRR191442 3 0.646 0.399952 0.084 0.260 0.608 0.024 0.024
#> SRR191443 3 0.515 0.393869 0.156 0.100 0.728 0.008 0.008
#> SRR191444 3 0.672 0.341672 0.096 0.272 0.580 0.016 0.036
#> SRR191445 2 0.914 0.272926 0.208 0.296 0.280 0.036 0.180
#> SRR191446 2 0.929 -0.084647 0.092 0.352 0.152 0.272 0.132
#> SRR191447 2 0.641 0.532248 0.012 0.644 0.184 0.040 0.120
#> SRR191448 3 0.780 -0.442965 0.320 0.056 0.480 0.060 0.084
#> SRR191449 3 0.439 0.447452 0.108 0.064 0.800 0.024 0.004
#> SRR191450 1 0.830 0.552570 0.408 0.120 0.340 0.092 0.040
#> SRR191451 3 0.761 0.249234 0.096 0.200 0.568 0.044 0.092
#> SRR191452 2 0.802 0.124714 0.072 0.540 0.096 0.096 0.196
#> SRR191453 5 0.957 0.226727 0.244 0.252 0.156 0.084 0.264
#> SRR191454 3 0.648 0.301150 0.168 0.168 0.624 0.032 0.008
#> SRR191455 2 0.705 0.295000 0.064 0.464 0.400 0.024 0.048
#> SRR191456 3 0.829 -0.073740 0.108 0.332 0.424 0.056 0.080
#> SRR191457 1 0.691 0.599493 0.440 0.080 0.424 0.048 0.008
#> SRR191458 2 0.788 0.506846 0.072 0.500 0.284 0.056 0.088
#> SRR191459 3 0.476 0.311135 0.008 0.352 0.624 0.000 0.016
#> SRR191460 3 0.554 0.448484 0.068 0.248 0.660 0.000 0.024
#> SRR191461 3 0.527 0.451027 0.048 0.236 0.692 0.012 0.012
#> SRR191462 2 0.773 0.422534 0.112 0.460 0.312 0.008 0.108
#> SRR191463 2 0.783 0.156802 0.024 0.520 0.128 0.100 0.228
#> SRR191464 2 0.727 -0.129581 0.000 0.472 0.092 0.100 0.336
#> SRR191465 2 0.740 0.211105 0.052 0.560 0.100 0.044 0.244
#> SRR191466 3 0.716 0.344699 0.100 0.216 0.592 0.056 0.036
#> SRR191467 2 0.803 0.397496 0.056 0.524 0.192 0.068 0.160
#> SRR191468 2 0.643 -0.254212 0.028 0.560 0.004 0.096 0.312
#> SRR191469 3 0.664 0.328782 0.136 0.240 0.588 0.024 0.012
#> SRR191470 2 0.921 0.094832 0.136 0.404 0.136 0.112 0.212
#> SRR191471 2 0.828 0.430099 0.112 0.468 0.256 0.036 0.128
#> SRR191472 2 0.706 0.179533 0.040 0.580 0.072 0.052 0.256
#> SRR191473 2 0.541 0.561839 0.012 0.672 0.260 0.028 0.028
#> SRR191474 3 0.571 0.331501 0.180 0.060 0.700 0.052 0.008
#> SRR191475 2 0.702 0.417419 0.032 0.628 0.128 0.072 0.140
#> SRR191476 2 0.842 0.281645 0.060 0.492 0.156 0.100 0.192
#> SRR191477 2 0.760 0.526749 0.052 0.564 0.212 0.068 0.104
#> SRR191478 2 0.693 0.520609 0.052 0.620 0.176 0.028 0.124
#> SRR191479 3 0.496 0.271326 0.224 0.036 0.716 0.016 0.008
#> SRR191480 4 0.819 0.326543 0.032 0.300 0.044 0.384 0.240
#> SRR191481 2 0.594 0.561081 0.032 0.664 0.232 0.024 0.048
#> SRR191482 2 0.638 0.401722 0.040 0.544 0.360 0.024 0.032
#> SRR191483 2 0.744 0.548850 0.056 0.540 0.276 0.048 0.080
#> SRR191484 3 0.782 -0.417999 0.292 0.020 0.456 0.180 0.052
#> SRR191485 2 0.667 0.448357 0.040 0.528 0.360 0.036 0.036
#> SRR191486 3 0.700 0.165925 0.088 0.368 0.488 0.016 0.040
#> SRR191487 2 0.956 -0.152188 0.132 0.328 0.132 0.248 0.160
#> SRR191488 3 0.796 -0.503409 0.372 0.112 0.408 0.028 0.080
#> SRR191489 2 0.976 -0.188359 0.128 0.288 0.192 0.160 0.232
#> SRR191490 5 0.748 0.237937 0.088 0.204 0.032 0.104 0.572
#> SRR191491 3 0.745 0.236854 0.148 0.304 0.488 0.016 0.044
#> SRR191492 3 0.606 0.338020 0.132 0.104 0.696 0.052 0.016
#> SRR191493 5 0.929 0.156835 0.204 0.264 0.084 0.112 0.336
#> SRR191494 2 0.768 0.426920 0.060 0.572 0.168 0.064 0.136
#> SRR191495 3 0.581 0.337291 0.168 0.060 0.704 0.052 0.016
#> SRR191496 5 0.760 -0.178388 0.032 0.212 0.020 0.264 0.472
#> SRR191497 3 0.482 0.494449 0.036 0.204 0.736 0.012 0.012
#> SRR191498 3 0.897 -0.072598 0.140 0.268 0.400 0.104 0.088
#> SRR191499 3 0.610 0.464523 0.104 0.148 0.688 0.040 0.020
#> SRR191500 3 0.536 0.444682 0.036 0.240 0.688 0.012 0.024
#> SRR191501 5 0.888 -0.110386 0.132 0.164 0.056 0.232 0.416
#> SRR191502 2 0.850 0.495793 0.088 0.420 0.308 0.060 0.124
#> SRR191503 5 0.753 -0.164386 0.024 0.248 0.024 0.224 0.480
#> SRR191504 2 0.595 0.565354 0.028 0.636 0.272 0.020 0.044
#> SRR191505 2 0.727 0.421759 0.040 0.584 0.160 0.040 0.176
#> SRR191506 5 0.797 0.250504 0.040 0.364 0.064 0.112 0.420
#> SRR191507 4 0.749 0.340413 0.044 0.140 0.016 0.452 0.348
#> SRR191508 2 0.760 0.466992 0.108 0.488 0.316 0.028 0.060
#> SRR191509 2 0.726 0.559341 0.052 0.548 0.276 0.032 0.092
#> SRR191510 2 0.881 0.395433 0.124 0.420 0.252 0.060 0.144
#> SRR191511 2 0.617 0.535002 0.020 0.676 0.168 0.036 0.100
#> SRR191512 5 0.620 0.104837 0.008 0.452 0.008 0.080 0.452
#> SRR191513 2 0.878 -0.177727 0.076 0.428 0.080 0.188 0.228
#> SRR191514 2 0.612 0.500245 0.056 0.684 0.152 0.012 0.096
#> SRR191515 2 0.914 0.269784 0.112 0.408 0.204 0.100 0.176
#> SRR191516 3 0.663 0.392171 0.104 0.176 0.644 0.024 0.052
#> SRR191517 3 0.679 -0.103053 0.044 0.412 0.472 0.048 0.024
#> SRR191518 2 0.537 0.562889 0.012 0.692 0.228 0.016 0.052
#> SRR191519 2 0.700 -0.400170 0.008 0.424 0.036 0.108 0.424
#> SRR191520 3 0.845 0.024686 0.204 0.184 0.448 0.140 0.024
#> SRR191521 2 0.708 0.558666 0.048 0.592 0.236 0.052 0.072
#> SRR191522 2 0.734 0.551108 0.100 0.536 0.276 0.020 0.068
#> SRR191523 2 0.762 0.482621 0.044 0.532 0.220 0.036 0.168
#> SRR191524 3 0.904 -0.134895 0.180 0.192 0.416 0.072 0.140
#> SRR191525 2 0.794 0.413870 0.092 0.536 0.168 0.040 0.164
#> SRR191526 2 0.774 -0.138379 0.060 0.476 0.056 0.076 0.332
#> SRR191527 1 0.957 -0.077038 0.332 0.176 0.200 0.100 0.192
#> SRR191528 5 0.925 0.235020 0.268 0.176 0.184 0.052 0.320
#> SRR191529 5 0.925 -0.064152 0.128 0.224 0.076 0.208 0.364
#> SRR191530 2 0.635 0.550760 0.032 0.652 0.208 0.032 0.076
#> SRR191531 5 0.952 0.240256 0.240 0.200 0.156 0.088 0.316
#> SRR191532 2 0.909 0.231589 0.128 0.296 0.292 0.044 0.240
#> SRR191533 5 0.934 0.119914 0.156 0.120 0.156 0.172 0.396
#> SRR191534 2 0.843 0.245526 0.120 0.516 0.128 0.092 0.144
#> SRR191535 2 0.740 0.524481 0.068 0.572 0.200 0.028 0.132
#> SRR191536 2 0.912 0.105574 0.252 0.324 0.252 0.052 0.120
#> SRR191537 5 0.801 -0.009321 0.032 0.316 0.036 0.212 0.404
#> SRR191538 2 0.699 0.523708 0.048 0.624 0.180 0.048 0.100
#> SRR191539 2 0.749 -0.233617 0.044 0.468 0.064 0.060 0.364
#> SRR191540 2 0.803 0.314312 0.072 0.400 0.372 0.124 0.032
#> SRR191541 2 0.729 0.480151 0.056 0.612 0.164 0.076 0.092
#> SRR191542 2 0.768 0.126213 0.060 0.528 0.084 0.060 0.268
#> SRR191543 2 0.677 0.549293 0.032 0.572 0.280 0.020 0.096
#> SRR191544 2 0.830 0.437656 0.072 0.480 0.216 0.052 0.180
#> SRR191545 2 0.646 0.519236 0.048 0.572 0.320 0.028 0.032
#> SRR191546 2 0.646 0.492748 0.048 0.552 0.340 0.012 0.048
#> SRR191547 3 0.601 0.060570 0.040 0.416 0.512 0.020 0.012
#> SRR191548 3 0.497 -0.354318 0.408 0.024 0.564 0.000 0.004
#> SRR191549 1 0.618 0.614755 0.480 0.044 0.440 0.016 0.020
#> SRR191550 3 0.460 -0.323109 0.424 0.000 0.564 0.012 0.000
#> SRR191551 3 0.496 -0.347244 0.404 0.024 0.568 0.000 0.004
#> SRR191552 3 0.510 -0.350681 0.400 0.024 0.568 0.004 0.004
#> SRR191553 3 0.594 -0.403274 0.376 0.060 0.544 0.016 0.004
#> SRR191554 1 0.666 0.643581 0.460 0.048 0.432 0.040 0.020
#> SRR191555 3 0.557 -0.044948 0.332 0.020 0.600 0.048 0.000
#> SRR191556 3 0.419 0.479125 0.084 0.100 0.804 0.004 0.008
#> SRR191557 3 0.436 0.388599 0.148 0.036 0.788 0.024 0.004
#> SRR191558 2 0.660 0.379280 0.040 0.508 0.380 0.012 0.060
#> SRR191559 3 0.377 0.488821 0.060 0.108 0.824 0.000 0.008
#> SRR191560 3 0.402 0.486679 0.076 0.108 0.808 0.000 0.008
#> SRR191561 1 0.718 0.658325 0.480 0.116 0.352 0.036 0.016
#> SRR191562 3 0.435 0.324594 0.180 0.040 0.768 0.004 0.008
#> SRR191563 3 0.549 0.370377 0.028 0.320 0.620 0.004 0.028
#> SRR191564 3 0.446 0.502701 0.048 0.164 0.772 0.004 0.012
#> SRR191565 3 0.461 0.452712 0.104 0.104 0.776 0.004 0.012
#> SRR191566 3 0.366 0.488086 0.064 0.092 0.836 0.004 0.004
#> SRR191567 3 0.568 -0.276418 0.368 0.032 0.572 0.020 0.008
#> SRR191568 3 0.482 0.325062 0.180 0.068 0.740 0.004 0.008
#> SRR191569 3 0.711 0.344567 0.092 0.272 0.560 0.048 0.028
#> SRR191570 3 0.639 0.335856 0.144 0.248 0.588 0.012 0.008
#> SRR191571 3 0.483 0.446032 0.108 0.100 0.768 0.008 0.016
#> SRR191572 3 0.660 -0.529728 0.412 0.028 0.484 0.048 0.028
#> SRR191573 3 0.432 0.464996 0.116 0.100 0.780 0.000 0.004
#> SRR191574 3 0.624 -0.200115 0.308 0.076 0.584 0.020 0.012
#> SRR191575 3 0.657 -0.028713 0.272 0.088 0.592 0.020 0.028
#> SRR191576 3 0.650 0.344047 0.104 0.264 0.592 0.008 0.032
#> SRR191577 3 0.587 0.320117 0.172 0.136 0.668 0.004 0.020
#> SRR191578 2 0.660 0.527847 0.008 0.560 0.292 0.024 0.116
#> SRR191579 1 0.662 0.588906 0.452 0.072 0.436 0.016 0.024
#> SRR191580 1 0.757 0.654186 0.444 0.120 0.364 0.048 0.024
#> SRR191581 3 0.765 -0.508873 0.356 0.140 0.436 0.024 0.044
#> SRR191582 3 0.739 -0.267989 0.296 0.232 0.440 0.008 0.024
#> SRR191583 2 0.876 -0.300367 0.116 0.400 0.068 0.116 0.300
#> SRR191584 5 0.972 0.153875 0.252 0.132 0.164 0.160 0.292
#> SRR191585 3 0.432 0.416102 0.120 0.044 0.804 0.024 0.008
#> SRR191586 3 0.459 0.388671 0.148 0.044 0.776 0.028 0.004
#> SRR191587 3 0.469 0.494970 0.056 0.192 0.740 0.000 0.012
#> SRR191588 3 0.390 0.404561 0.124 0.044 0.816 0.016 0.000
#> SRR191589 3 0.435 0.350015 0.172 0.060 0.764 0.004 0.000
#> SRR191590 3 0.432 0.344371 0.168 0.044 0.776 0.004 0.008
#> SRR191591 3 0.449 0.505968 0.056 0.196 0.744 0.004 0.000
#> SRR191592 3 0.440 0.496352 0.064 0.132 0.788 0.008 0.008
#> SRR191593 3 0.387 0.379402 0.148 0.024 0.808 0.020 0.000
#> SRR191594 3 0.452 -0.258037 0.388 0.000 0.600 0.012 0.000
#> SRR191595 3 0.403 0.489101 0.064 0.124 0.804 0.000 0.008
#> SRR191596 3 0.418 0.462483 0.108 0.076 0.804 0.004 0.008
#> SRR191597 3 0.454 0.493872 0.024 0.244 0.720 0.008 0.004
#> SRR191598 3 0.418 0.489458 0.068 0.108 0.808 0.008 0.008
#> SRR191599 3 0.388 0.458999 0.108 0.060 0.820 0.012 0.000
#> SRR191600 3 0.646 0.270387 0.036 0.328 0.556 0.008 0.072
#> SRR191601 3 0.567 0.319048 0.044 0.356 0.580 0.012 0.008
#> SRR191602 3 0.407 0.466962 0.004 0.268 0.720 0.004 0.004
#> SRR191603 3 0.472 0.483015 0.016 0.264 0.700 0.008 0.012
#> SRR191604 2 0.637 0.433691 0.004 0.524 0.356 0.016 0.100
#> SRR191605 3 0.452 0.499958 0.032 0.204 0.748 0.012 0.004
#> SRR191606 3 0.479 0.484970 0.088 0.128 0.764 0.004 0.016
#> SRR191607 3 0.471 0.371108 0.168 0.032 0.756 0.044 0.000
#> SRR191608 3 0.672 0.221710 0.032 0.336 0.544 0.052 0.036
#> SRR191609 3 0.642 0.332075 0.152 0.108 0.664 0.060 0.016
#> SRR191610 3 0.441 0.356930 0.168 0.028 0.772 0.032 0.000
#> SRR191611 3 0.451 0.389545 0.148 0.044 0.780 0.024 0.004
#> SRR191612 3 0.372 0.503690 0.032 0.144 0.816 0.004 0.004
#> SRR191613 3 0.649 0.174020 0.228 0.096 0.624 0.032 0.020
#> SRR191614 3 0.405 0.500043 0.052 0.120 0.812 0.012 0.004
#> SRR191615 3 0.408 0.495026 0.076 0.100 0.812 0.008 0.004
#> SRR191616 5 0.770 0.169529 0.044 0.212 0.044 0.168 0.532
#> SRR191617 2 0.650 0.557931 0.016 0.628 0.228 0.056 0.072
#> SRR191618 3 0.945 -0.341612 0.076 0.216 0.312 0.244 0.152
#> SRR191619 3 0.536 0.073819 0.004 0.424 0.536 0.012 0.024
#> SRR191620 2 0.720 0.477174 0.028 0.516 0.328 0.064 0.064
#> SRR191621 2 0.592 0.374186 0.024 0.552 0.380 0.024 0.020
#> SRR191622 3 0.603 0.159475 0.016 0.368 0.556 0.032 0.028
#> SRR191623 3 0.418 0.495283 0.064 0.104 0.812 0.012 0.008
#> SRR191624 3 0.381 0.203261 0.240 0.000 0.748 0.012 0.000
#> SRR191625 3 0.530 0.280018 0.016 0.336 0.616 0.004 0.028
#> SRR191626 3 0.586 0.321998 0.060 0.292 0.620 0.012 0.016
#> SRR191627 3 0.670 -0.120133 0.032 0.424 0.468 0.040 0.036
#> SRR191628 3 0.394 0.503602 0.016 0.204 0.772 0.004 0.004
#> SRR191629 3 0.403 0.498388 0.032 0.192 0.772 0.000 0.004
#> SRR191630 3 0.452 -0.258037 0.388 0.000 0.600 0.012 0.000
#> SRR191631 3 0.648 -0.106423 0.032 0.432 0.472 0.044 0.020
#> SRR191632 3 0.538 0.482225 0.104 0.176 0.704 0.008 0.008
#> SRR191633 3 0.671 -0.000604 0.024 0.412 0.476 0.032 0.056
#> SRR191634 5 0.723 0.183353 0.040 0.216 0.040 0.124 0.580
#> SRR191635 3 0.391 0.506352 0.020 0.176 0.792 0.004 0.008
#> SRR191636 2 0.917 0.106666 0.136 0.400 0.180 0.084 0.200
#> SRR191637 5 0.756 -0.210283 0.024 0.300 0.012 0.252 0.412
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.444 0.046136 0.312 0.048 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR191394 3 0.501 -0.469165 0.448 0.028 0.504 0.012 0.000 0.008
#> SRR191396 3 0.792 -0.214437 0.088 0.356 0.364 0.008 0.064 0.120
#> SRR191397 3 0.452 -0.039355 0.320 0.036 0.636 0.000 0.000 0.008
#> SRR191398 3 0.461 -0.414888 0.436 0.024 0.532 0.000 0.000 0.008
#> SRR191399 3 0.401 0.379165 0.176 0.032 0.768 0.020 0.004 0.000
#> SRR191400 3 0.579 -0.323933 0.372 0.084 0.516 0.000 0.016 0.012
#> SRR191401 3 0.460 0.070129 0.288 0.048 0.656 0.000 0.004 0.004
#> SRR191402 3 0.430 0.497336 0.088 0.160 0.744 0.004 0.004 0.000
#> SRR191403 3 0.452 -0.206344 0.372 0.024 0.596 0.004 0.000 0.004
#> SRR191404 2 0.721 0.436177 0.032 0.444 0.328 0.004 0.136 0.056
#> SRR191405 3 0.630 0.143964 0.024 0.372 0.500 0.024 0.012 0.068
#> SRR191406 3 0.436 0.501139 0.016 0.244 0.712 0.012 0.004 0.012
#> SRR191407 3 0.575 0.293234 0.212 0.092 0.644 0.016 0.004 0.032
#> SRR191408 3 0.597 0.402570 0.096 0.128 0.644 0.008 0.000 0.124
#> SRR191409 3 0.432 0.499283 0.052 0.196 0.736 0.000 0.004 0.012
#> SRR191410 3 0.389 0.496962 0.028 0.224 0.740 0.000 0.008 0.000
#> SRR191411 3 0.541 0.465689 0.084 0.212 0.664 0.008 0.004 0.028
#> SRR191412 3 0.424 0.192618 0.244 0.048 0.704 0.000 0.004 0.000
#> SRR191413 3 0.352 0.440417 0.116 0.040 0.824 0.012 0.000 0.008
#> SRR191414 3 0.399 0.164997 0.272 0.000 0.700 0.024 0.000 0.004
#> SRR191415 3 0.399 0.501365 0.032 0.208 0.748 0.000 0.008 0.004
#> SRR191416 3 0.362 0.415388 0.132 0.024 0.808 0.036 0.000 0.000
#> SRR191418 3 0.471 0.377288 0.188 0.052 0.724 0.012 0.000 0.024
#> SRR191419 3 0.529 -0.430030 0.416 0.024 0.520 0.028 0.000 0.012
#> SRR191420 3 0.418 0.189394 0.236 0.032 0.720 0.008 0.004 0.000
#> SRR191421 3 0.390 0.309689 0.184 0.032 0.768 0.012 0.000 0.004
#> SRR191422 2 0.646 0.486408 0.008 0.584 0.192 0.012 0.156 0.048
#> SRR191423 2 0.695 0.486655 0.016 0.588 0.164 0.032 0.100 0.100
#> SRR191424 5 0.696 0.322893 0.016 0.248 0.016 0.072 0.536 0.112
#> SRR191425 3 0.399 0.363343 0.192 0.016 0.756 0.036 0.000 0.000
#> SRR191426 3 0.634 0.056539 0.056 0.404 0.472 0.032 0.020 0.016
#> SRR191427 3 0.969 -0.371345 0.176 0.200 0.264 0.112 0.096 0.152
#> SRR191428 3 0.422 0.422885 0.136 0.044 0.780 0.032 0.004 0.004
#> SRR191429 2 0.691 0.491905 0.004 0.584 0.168 0.064 0.116 0.064
#> SRR191430 2 0.607 0.422935 0.028 0.568 0.316 0.016 0.048 0.024
#> SRR191431 2 0.868 0.129093 0.108 0.400 0.160 0.020 0.136 0.176
#> SRR191432 2 0.552 0.520496 0.012 0.676 0.200 0.016 0.028 0.068
#> SRR191433 2 0.619 0.519038 0.036 0.632 0.220 0.032 0.032 0.048
#> SRR191434 2 0.677 0.152527 0.068 0.424 0.420 0.048 0.024 0.016
#> SRR191435 3 0.763 0.245580 0.132 0.128 0.548 0.032 0.056 0.104
#> SRR191436 3 0.564 0.417381 0.056 0.276 0.620 0.016 0.012 0.020
#> SRR191437 5 0.687 0.362918 0.008 0.284 0.024 0.028 0.492 0.164
#> SRR191438 3 0.628 0.054708 0.012 0.376 0.496 0.020 0.024 0.072
#> SRR191439 2 0.768 0.212524 0.064 0.536 0.072 0.036 0.172 0.120
#> SRR191440 5 0.715 0.230837 0.032 0.168 0.004 0.076 0.528 0.192
#> SRR191441 5 0.580 0.359826 0.004 0.356 0.024 0.004 0.532 0.080
#> SRR191442 3 0.679 0.404013 0.068 0.212 0.584 0.060 0.008 0.068
#> SRR191443 3 0.538 0.386855 0.144 0.096 0.696 0.012 0.000 0.052
#> SRR191444 3 0.670 0.332100 0.108 0.240 0.568 0.036 0.016 0.032
#> SRR191445 2 0.907 0.096605 0.152 0.268 0.268 0.036 0.072 0.204
#> SRR191446 2 0.944 -0.105663 0.072 0.316 0.128 0.188 0.176 0.120
#> SRR191447 2 0.634 0.499420 0.012 0.644 0.160 0.040 0.084 0.060
#> SRR191448 3 0.743 -0.468639 0.340 0.044 0.424 0.020 0.032 0.140
#> SRR191449 3 0.399 0.453788 0.116 0.056 0.796 0.028 0.004 0.000
#> SRR191450 1 0.775 0.526204 0.424 0.068 0.316 0.128 0.020 0.044
#> SRR191451 3 0.719 0.243734 0.072 0.144 0.532 0.036 0.008 0.208
#> SRR191452 2 0.792 0.102642 0.056 0.496 0.080 0.032 0.184 0.152
#> SRR191453 6 0.842 0.403466 0.156 0.184 0.124 0.020 0.084 0.432
#> SRR191454 3 0.641 0.345320 0.160 0.156 0.608 0.048 0.020 0.008
#> SRR191455 2 0.697 0.270828 0.052 0.452 0.380 0.024 0.032 0.060
#> SRR191456 3 0.768 -0.091764 0.088 0.328 0.372 0.020 0.008 0.184
#> SRR191457 1 0.691 0.623793 0.472 0.064 0.364 0.036 0.028 0.036
#> SRR191458 2 0.817 0.411010 0.056 0.460 0.248 0.068 0.084 0.084
#> SRR191459 3 0.470 0.303591 0.008 0.360 0.604 0.012 0.008 0.008
#> SRR191460 3 0.537 0.442402 0.084 0.240 0.648 0.008 0.012 0.008
#> SRR191461 3 0.508 0.435246 0.064 0.232 0.676 0.012 0.008 0.008
#> SRR191462 2 0.808 0.282107 0.104 0.412 0.292 0.028 0.040 0.124
#> SRR191463 2 0.854 0.132760 0.040 0.444 0.124 0.128 0.176 0.088
#> SRR191464 2 0.776 -0.220025 0.012 0.432 0.076 0.080 0.312 0.088
#> SRR191465 2 0.715 0.145507 0.016 0.516 0.076 0.020 0.256 0.116
#> SRR191466 3 0.717 0.350694 0.080 0.212 0.552 0.052 0.012 0.092
#> SRR191467 2 0.813 0.341376 0.032 0.488 0.164 0.072 0.104 0.140
#> SRR191468 2 0.656 -0.333393 0.004 0.488 0.004 0.044 0.316 0.144
#> SRR191469 3 0.687 0.341840 0.124 0.224 0.552 0.064 0.004 0.032
#> SRR191470 2 0.838 0.012890 0.052 0.348 0.128 0.056 0.072 0.344
#> SRR191471 2 0.833 0.321500 0.076 0.448 0.216 0.040 0.080 0.140
#> SRR191472 2 0.708 0.101333 0.012 0.540 0.052 0.032 0.200 0.164
#> SRR191473 2 0.524 0.514931 0.008 0.664 0.248 0.032 0.036 0.012
#> SRR191474 3 0.559 0.335351 0.204 0.048 0.660 0.076 0.004 0.008
#> SRR191475 2 0.699 0.395259 0.020 0.608 0.104 0.060 0.120 0.088
#> SRR191476 2 0.877 0.241746 0.060 0.424 0.148 0.128 0.164 0.076
#> SRR191477 2 0.754 0.482326 0.040 0.548 0.188 0.060 0.072 0.092
#> SRR191478 2 0.687 0.486177 0.028 0.596 0.152 0.016 0.096 0.112
#> SRR191479 3 0.542 0.246210 0.232 0.036 0.660 0.044 0.000 0.028
#> SRR191480 4 0.761 0.251497 0.024 0.244 0.028 0.376 0.300 0.028
#> SRR191481 2 0.600 0.514353 0.040 0.648 0.212 0.032 0.024 0.044
#> SRR191482 2 0.676 0.353516 0.020 0.500 0.340 0.052 0.024 0.064
#> SRR191483 2 0.744 0.486685 0.036 0.520 0.244 0.036 0.072 0.092
#> SRR191484 3 0.781 -0.397541 0.308 0.012 0.372 0.204 0.024 0.080
#> SRR191485 2 0.667 0.425810 0.036 0.516 0.336 0.032 0.044 0.036
#> SRR191486 3 0.716 0.122710 0.108 0.340 0.440 0.020 0.004 0.088
#> SRR191487 2 0.955 -0.176220 0.100 0.292 0.108 0.168 0.216 0.116
#> SRR191488 3 0.746 -0.535211 0.356 0.092 0.372 0.004 0.016 0.160
#> SRR191489 5 0.986 -0.129819 0.128 0.196 0.184 0.164 0.216 0.112
#> SRR191490 5 0.739 0.290039 0.036 0.116 0.016 0.068 0.488 0.276
#> SRR191491 3 0.752 0.192057 0.128 0.272 0.448 0.024 0.004 0.124
#> SRR191492 3 0.632 0.329247 0.152 0.088 0.636 0.056 0.000 0.068
#> SRR191493 6 0.941 -0.000111 0.136 0.188 0.052 0.120 0.232 0.272
#> SRR191494 2 0.750 0.340085 0.032 0.544 0.136 0.040 0.080 0.168
#> SRR191495 3 0.569 0.341561 0.188 0.052 0.664 0.080 0.008 0.008
#> SRR191496 5 0.762 -0.013367 0.028 0.140 0.020 0.144 0.512 0.156
#> SRR191497 3 0.456 0.502115 0.036 0.204 0.728 0.012 0.004 0.016
#> SRR191498 3 0.870 -0.122123 0.128 0.256 0.356 0.060 0.032 0.168
#> SRR191499 3 0.568 0.476236 0.104 0.132 0.692 0.040 0.016 0.016
#> SRR191500 3 0.512 0.440035 0.040 0.236 0.680 0.012 0.016 0.016
#> SRR191501 5 0.902 -0.146009 0.120 0.100 0.032 0.176 0.296 0.276
#> SRR191502 2 0.799 0.401826 0.056 0.396 0.268 0.008 0.072 0.200
#> SRR191503 5 0.657 -0.005938 0.020 0.132 0.016 0.156 0.612 0.064
#> SRR191504 2 0.617 0.514111 0.028 0.608 0.256 0.024 0.032 0.052
#> SRR191505 2 0.782 0.356033 0.032 0.532 0.124 0.068 0.128 0.116
#> SRR191506 5 0.810 0.283665 0.016 0.312 0.052 0.060 0.340 0.220
#> SRR191507 4 0.762 0.281313 0.044 0.092 0.012 0.420 0.336 0.096
#> SRR191508 2 0.774 0.408614 0.108 0.472 0.276 0.048 0.048 0.048
#> SRR191509 2 0.713 0.505048 0.028 0.540 0.248 0.028 0.080 0.076
#> SRR191510 2 0.838 0.272099 0.080 0.404 0.204 0.020 0.080 0.212
#> SRR191511 2 0.586 0.489381 0.024 0.672 0.136 0.008 0.040 0.120
#> SRR191512 5 0.621 0.268958 0.004 0.360 0.004 0.040 0.496 0.096
#> SRR191513 2 0.899 -0.294675 0.060 0.332 0.052 0.144 0.248 0.164
#> SRR191514 2 0.658 0.446384 0.052 0.632 0.124 0.012 0.060 0.120
#> SRR191515 2 0.845 0.161080 0.056 0.352 0.200 0.032 0.076 0.284
#> SRR191516 3 0.659 0.400810 0.116 0.164 0.620 0.040 0.024 0.036
#> SRR191517 3 0.644 -0.073182 0.052 0.412 0.456 0.048 0.012 0.020
#> SRR191518 2 0.499 0.522628 0.016 0.720 0.188 0.024 0.020 0.032
#> SRR191519 5 0.687 0.244390 0.012 0.400 0.020 0.056 0.428 0.084
#> SRR191520 3 0.753 0.057375 0.188 0.152 0.428 0.220 0.012 0.000
#> SRR191521 2 0.731 0.496202 0.056 0.560 0.204 0.072 0.036 0.072
#> SRR191522 2 0.764 0.460998 0.048 0.464 0.260 0.028 0.036 0.164
#> SRR191523 2 0.770 0.351353 0.032 0.500 0.176 0.024 0.096 0.172
#> SRR191524 3 0.896 -0.157020 0.156 0.164 0.372 0.056 0.064 0.188
#> SRR191525 2 0.799 0.335269 0.060 0.500 0.144 0.028 0.124 0.144
#> SRR191526 2 0.762 -0.206437 0.012 0.412 0.044 0.036 0.232 0.264
#> SRR191527 1 0.895 -0.422432 0.304 0.148 0.140 0.040 0.076 0.292
#> SRR191528 6 0.784 0.405994 0.168 0.112 0.136 0.008 0.080 0.496
#> SRR191529 6 0.910 -0.195922 0.048 0.200 0.048 0.200 0.248 0.256
#> SRR191530 2 0.636 0.506806 0.036 0.644 0.180 0.040 0.048 0.052
#> SRR191531 6 0.780 0.399321 0.116 0.132 0.112 0.016 0.100 0.524
#> SRR191532 6 0.842 0.069383 0.072 0.224 0.252 0.028 0.060 0.364
#> SRR191533 6 0.906 0.213552 0.100 0.076 0.132 0.128 0.168 0.396
#> SRR191534 2 0.888 0.001740 0.100 0.428 0.096 0.096 0.120 0.160
#> SRR191535 2 0.758 0.436239 0.040 0.544 0.160 0.044 0.076 0.136
#> SRR191536 2 0.943 -0.188849 0.224 0.244 0.232 0.056 0.104 0.140
#> SRR191537 5 0.850 0.104359 0.040 0.240 0.020 0.156 0.352 0.192
#> SRR191538 2 0.717 0.487935 0.028 0.580 0.164 0.040 0.104 0.084
#> SRR191539 2 0.705 -0.304058 0.004 0.420 0.040 0.016 0.328 0.192
#> SRR191540 2 0.785 0.286743 0.072 0.372 0.360 0.136 0.032 0.028
#> SRR191541 2 0.727 0.426374 0.048 0.596 0.128 0.092 0.064 0.072
#> SRR191542 2 0.751 0.009256 0.016 0.476 0.052 0.036 0.184 0.236
#> SRR191543 2 0.688 0.466955 0.028 0.532 0.248 0.008 0.044 0.140
#> SRR191544 2 0.828 0.338800 0.056 0.464 0.168 0.060 0.072 0.180
#> SRR191545 2 0.647 0.491359 0.032 0.560 0.288 0.044 0.012 0.064
#> SRR191546 2 0.649 0.480953 0.040 0.544 0.316 0.032 0.028 0.040
#> SRR191547 3 0.562 0.064108 0.044 0.428 0.492 0.012 0.008 0.016
#> SRR191548 3 0.459 -0.445781 0.456 0.028 0.512 0.000 0.000 0.004
#> SRR191549 1 0.580 0.643742 0.508 0.044 0.392 0.000 0.012 0.044
#> SRR191550 3 0.418 -0.412495 0.480 0.000 0.508 0.012 0.000 0.000
#> SRR191551 3 0.446 -0.432952 0.452 0.028 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR191552 3 0.459 -0.436641 0.448 0.028 0.520 0.000 0.000 0.004
#> SRR191553 3 0.568 -0.457904 0.412 0.040 0.500 0.032 0.000 0.016
#> SRR191554 1 0.631 0.662178 0.492 0.044 0.384 0.008 0.028 0.044
#> SRR191555 3 0.536 0.000486 0.328 0.012 0.568 0.092 0.000 0.000
#> SRR191556 3 0.395 0.479336 0.084 0.108 0.792 0.004 0.000 0.012
#> SRR191557 3 0.450 0.379707 0.184 0.032 0.736 0.044 0.004 0.000
#> SRR191558 2 0.675 0.351810 0.048 0.484 0.360 0.032 0.060 0.016
#> SRR191559 3 0.375 0.491029 0.056 0.116 0.808 0.000 0.004 0.016
#> SRR191560 3 0.389 0.487015 0.076 0.116 0.792 0.000 0.000 0.016
#> SRR191561 1 0.675 0.657391 0.516 0.108 0.304 0.016 0.028 0.028
#> SRR191562 3 0.411 0.313739 0.200 0.040 0.744 0.000 0.000 0.016
#> SRR191563 3 0.511 0.375718 0.028 0.312 0.620 0.000 0.020 0.020
#> SRR191564 3 0.390 0.507138 0.048 0.152 0.784 0.004 0.000 0.012
#> SRR191565 3 0.442 0.450305 0.112 0.076 0.776 0.020 0.004 0.012
#> SRR191566 3 0.328 0.488995 0.052 0.088 0.844 0.008 0.000 0.008
#> SRR191567 3 0.539 -0.312933 0.388 0.024 0.544 0.024 0.004 0.016
#> SRR191568 3 0.480 0.313365 0.200 0.084 0.696 0.000 0.000 0.020
#> SRR191569 3 0.700 0.333696 0.100 0.264 0.524 0.020 0.012 0.080
#> SRR191570 3 0.597 0.352443 0.156 0.248 0.572 0.012 0.008 0.004
#> SRR191571 3 0.453 0.453340 0.104 0.112 0.756 0.000 0.012 0.016
#> SRR191572 1 0.540 0.572824 0.508 0.008 0.420 0.048 0.012 0.004
#> SRR191573 3 0.429 0.460072 0.128 0.116 0.748 0.000 0.000 0.008
#> SRR191574 3 0.590 -0.205264 0.344 0.072 0.540 0.000 0.020 0.024
#> SRR191575 3 0.633 0.002711 0.284 0.096 0.552 0.000 0.020 0.048
#> SRR191576 3 0.643 0.334127 0.116 0.268 0.552 0.004 0.012 0.048
#> SRR191577 3 0.591 0.322107 0.180 0.100 0.648 0.040 0.000 0.032
#> SRR191578 2 0.629 0.480345 0.012 0.552 0.280 0.020 0.124 0.012
#> SRR191579 1 0.663 0.603590 0.440 0.072 0.396 0.004 0.012 0.076
#> SRR191580 1 0.723 0.659458 0.476 0.108 0.316 0.040 0.024 0.036
#> SRR191581 1 0.718 0.515376 0.408 0.120 0.388 0.028 0.032 0.024
#> SRR191582 3 0.741 -0.342157 0.332 0.192 0.396 0.040 0.008 0.032
#> SRR191583 2 0.842 -0.348307 0.064 0.348 0.048 0.040 0.228 0.272
#> SRR191584 6 0.947 0.291461 0.232 0.080 0.108 0.116 0.180 0.284
#> SRR191585 3 0.439 0.415764 0.148 0.036 0.760 0.052 0.004 0.000
#> SRR191586 3 0.474 0.381998 0.180 0.036 0.728 0.048 0.004 0.004
#> SRR191587 3 0.437 0.499172 0.056 0.208 0.724 0.000 0.004 0.008
#> SRR191588 3 0.373 0.402191 0.132 0.044 0.804 0.016 0.004 0.000
#> SRR191589 3 0.429 0.349059 0.188 0.080 0.728 0.000 0.004 0.000
#> SRR191590 3 0.402 0.325608 0.188 0.040 0.756 0.000 0.000 0.016
#> SRR191591 3 0.432 0.507825 0.060 0.208 0.724 0.004 0.000 0.004
#> SRR191592 3 0.402 0.498030 0.052 0.144 0.784 0.004 0.004 0.012
#> SRR191593 3 0.391 0.375407 0.172 0.020 0.772 0.036 0.000 0.000
#> SRR191594 3 0.425 -0.356511 0.456 0.000 0.528 0.016 0.000 0.000
#> SRR191595 3 0.383 0.489277 0.060 0.132 0.792 0.000 0.000 0.016
#> SRR191596 3 0.373 0.458934 0.104 0.068 0.808 0.000 0.000 0.020
#> SRR191597 3 0.432 0.490680 0.028 0.248 0.708 0.004 0.008 0.004
#> SRR191598 3 0.386 0.492059 0.064 0.120 0.800 0.004 0.004 0.008
#> SRR191599 3 0.363 0.460391 0.104 0.056 0.820 0.012 0.000 0.008
#> SRR191600 3 0.587 0.283978 0.036 0.324 0.560 0.000 0.064 0.016
#> SRR191601 3 0.594 0.346558 0.016 0.316 0.568 0.044 0.004 0.052
#> SRR191602 3 0.379 0.462221 0.004 0.272 0.712 0.000 0.008 0.004
#> SRR191603 3 0.413 0.482535 0.008 0.272 0.700 0.012 0.004 0.004
#> SRR191604 2 0.606 0.391835 0.016 0.516 0.348 0.012 0.104 0.004
#> SRR191605 3 0.392 0.507593 0.028 0.196 0.760 0.004 0.000 0.012
#> SRR191606 3 0.450 0.485578 0.096 0.136 0.744 0.000 0.000 0.024
#> SRR191607 3 0.468 0.370720 0.196 0.024 0.716 0.060 0.000 0.004
#> SRR191608 3 0.655 0.201398 0.032 0.344 0.512 0.064 0.020 0.028
#> SRR191609 3 0.641 0.338405 0.160 0.100 0.624 0.088 0.020 0.008
#> SRR191610 3 0.452 0.352001 0.200 0.020 0.724 0.052 0.000 0.004
#> SRR191611 3 0.460 0.382466 0.180 0.036 0.732 0.048 0.004 0.000
#> SRR191612 3 0.326 0.506579 0.028 0.132 0.828 0.004 0.000 0.008
#> SRR191613 3 0.648 0.172342 0.220 0.084 0.596 0.024 0.008 0.068
#> SRR191614 3 0.356 0.501688 0.048 0.108 0.824 0.008 0.000 0.012
#> SRR191615 3 0.380 0.500240 0.068 0.112 0.804 0.008 0.000 0.008
#> SRR191616 5 0.739 0.300526 0.044 0.160 0.016 0.072 0.536 0.172
#> SRR191617 2 0.624 0.517712 0.016 0.632 0.204 0.036 0.072 0.040
#> SRR191618 3 0.946 -0.329129 0.088 0.144 0.292 0.200 0.196 0.080
#> SRR191619 3 0.532 0.118681 0.008 0.416 0.524 0.016 0.016 0.020
#> SRR191620 2 0.731 0.455097 0.024 0.492 0.300 0.056 0.080 0.048
#> SRR191621 2 0.568 0.335300 0.032 0.540 0.376 0.024 0.020 0.008
#> SRR191622 3 0.600 0.175434 0.016 0.360 0.532 0.016 0.020 0.056
#> SRR191623 3 0.394 0.496805 0.064 0.096 0.808 0.016 0.000 0.016
#> SRR191624 3 0.405 0.168008 0.268 0.000 0.700 0.028 0.000 0.004
#> SRR191625 3 0.516 0.280907 0.016 0.340 0.600 0.016 0.016 0.012
#> SRR191626 3 0.595 0.298173 0.056 0.288 0.592 0.020 0.008 0.036
#> SRR191627 3 0.635 -0.066178 0.040 0.424 0.452 0.044 0.032 0.008
#> SRR191628 3 0.373 0.510687 0.020 0.200 0.768 0.004 0.004 0.004
#> SRR191629 3 0.381 0.503102 0.036 0.208 0.752 0.000 0.004 0.000
#> SRR191630 3 0.425 -0.356511 0.456 0.000 0.528 0.016 0.000 0.000
#> SRR191631 3 0.614 -0.056455 0.040 0.432 0.456 0.048 0.016 0.008
#> SRR191632 3 0.488 0.487841 0.104 0.180 0.696 0.000 0.000 0.020
#> SRR191633 3 0.646 0.026485 0.032 0.408 0.464 0.020 0.044 0.032
#> SRR191634 5 0.720 0.323341 0.036 0.168 0.016 0.064 0.548 0.168
#> SRR191635 3 0.338 0.511494 0.012 0.168 0.804 0.008 0.000 0.008
#> SRR191636 2 0.875 -0.126983 0.104 0.368 0.132 0.028 0.116 0.252
#> SRR191637 5 0.675 0.019205 0.036 0.204 0.004 0.164 0.556 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.439 0.780 0.893 0.4898 0.502 0.502
#> 3 3 0.312 0.462 0.723 0.3064 0.679 0.447
#> 4 4 0.354 0.508 0.694 0.1261 0.728 0.384
#> 5 5 0.397 0.362 0.598 0.0721 0.919 0.728
#> 6 6 0.430 0.267 0.520 0.0436 0.924 0.719
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191394 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191396 1 0.9988 0.0931 0.520 0.480
#> SRR191397 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191398 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191399 1 0.2043 0.8714 0.968 0.032
#> SRR191400 1 0.1184 0.8697 0.984 0.016
#> SRR191401 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191402 1 0.4022 0.8575 0.920 0.080
#> SRR191403 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191404 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191405 2 0.7602 0.7274 0.220 0.780
#> SRR191406 1 0.7056 0.7746 0.808 0.192
#> SRR191407 1 0.1414 0.8690 0.980 0.020
#> SRR191408 1 0.3431 0.8488 0.936 0.064
#> SRR191409 1 0.5842 0.8279 0.860 0.140
#> SRR191410 1 0.7219 0.7649 0.800 0.200
#> SRR191411 1 0.1184 0.8734 0.984 0.016
#> SRR191412 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191413 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191414 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191415 1 0.7453 0.7521 0.788 0.212
#> SRR191416 1 0.4022 0.8566 0.920 0.080
#> SRR191418 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191419 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191420 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191421 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191422 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191423 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191424 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191425 1 0.0376 0.8733 0.996 0.004
#> SRR191426 1 0.9323 0.5211 0.652 0.348
#> SRR191427 1 0.9580 0.3559 0.620 0.380
#> SRR191428 1 0.0672 0.8738 0.992 0.008
#> SRR191429 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191430 2 0.2603 0.8720 0.044 0.956
#> SRR191431 2 0.0376 0.8766 0.004 0.996
#> SRR191432 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191433 2 0.3114 0.8673 0.056 0.944
#> SRR191434 2 0.6343 0.7912 0.160 0.840
#> SRR191435 1 0.2423 0.8675 0.960 0.040
#> SRR191436 1 0.6887 0.7870 0.816 0.184
#> SRR191437 2 0.0376 0.8762 0.004 0.996
#> SRR191438 2 0.7745 0.7145 0.228 0.772
#> SRR191439 2 0.1414 0.8768 0.020 0.980
#> SRR191440 2 0.0938 0.8748 0.012 0.988
#> SRR191441 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191442 1 0.6887 0.7870 0.816 0.184
#> SRR191443 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191444 1 0.9491 0.4648 0.632 0.368
#> SRR191445 2 0.6438 0.7948 0.164 0.836
#> SRR191446 2 0.2778 0.8708 0.048 0.952
#> SRR191447 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191448 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191449 1 0.5059 0.8400 0.888 0.112
#> SRR191450 1 0.1843 0.8663 0.972 0.028
#> SRR191451 1 0.7056 0.7422 0.808 0.192
#> SRR191452 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191453 2 0.9686 0.3793 0.396 0.604
#> SRR191454 1 0.4161 0.8603 0.916 0.084
#> SRR191455 2 0.9686 0.3578 0.396 0.604
#> SRR191456 1 0.9815 0.2278 0.580 0.420
#> SRR191457 1 0.3733 0.8418 0.928 0.072
#> SRR191458 2 0.8499 0.6479 0.276 0.724
#> SRR191459 1 0.9833 0.3095 0.576 0.424
#> SRR191460 1 0.8016 0.7104 0.756 0.244
#> SRR191461 1 0.7056 0.7767 0.808 0.192
#> SRR191462 2 0.9460 0.4465 0.364 0.636
#> SRR191463 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191464 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191465 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191466 1 0.8955 0.6209 0.688 0.312
#> SRR191467 2 0.0672 0.8777 0.008 0.992
#> SRR191468 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191469 1 0.5629 0.8360 0.868 0.132
#> SRR191470 2 0.2043 0.8760 0.032 0.968
#> SRR191471 2 0.5842 0.8113 0.140 0.860
#> SRR191472 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191473 2 0.4298 0.8491 0.088 0.912
#> SRR191474 1 0.6623 0.7946 0.828 0.172
#> SRR191475 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191476 2 0.0938 0.8777 0.012 0.988
#> SRR191477 2 0.1414 0.8767 0.020 0.980
#> SRR191478 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191479 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191480 2 0.2423 0.8711 0.040 0.960
#> SRR191481 2 0.4161 0.8519 0.084 0.916
#> SRR191482 2 0.7528 0.7252 0.216 0.784
#> SRR191483 2 0.5519 0.8199 0.128 0.872
#> SRR191484 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191485 2 0.0938 0.8774 0.012 0.988
#> SRR191486 1 0.9286 0.4662 0.656 0.344
#> SRR191487 2 0.6531 0.7858 0.168 0.832
#> SRR191488 1 0.0376 0.8735 0.996 0.004
#> SRR191489 2 0.9896 0.1895 0.440 0.560
#> SRR191490 2 0.0938 0.8757 0.012 0.988
#> SRR191491 1 0.3431 0.8657 0.936 0.064
#> SRR191492 1 0.4815 0.8456 0.896 0.104
#> SRR191493 2 0.8267 0.6446 0.260 0.740
#> SRR191494 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191495 1 0.5946 0.8186 0.856 0.144
#> SRR191496 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191497 1 0.6801 0.7870 0.820 0.180
#> SRR191498 1 0.7299 0.7475 0.796 0.204
#> SRR191499 1 0.5059 0.8410 0.888 0.112
#> SRR191500 1 0.6712 0.7919 0.824 0.176
#> SRR191501 2 0.4431 0.8364 0.092 0.908
#> SRR191502 2 0.3879 0.8578 0.076 0.924
#> SRR191503 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191504 2 0.2603 0.8712 0.044 0.956
#> SRR191505 2 0.3114 0.8664 0.056 0.944
#> SRR191506 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191507 2 0.3431 0.8608 0.064 0.936
#> SRR191508 2 0.7528 0.7308 0.216 0.784
#> SRR191509 2 0.2948 0.8696 0.052 0.948
#> SRR191510 2 0.6048 0.8040 0.148 0.852
#> SRR191511 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191512 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191513 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191514 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191515 2 0.2603 0.8717 0.044 0.956
#> SRR191516 1 0.5294 0.8365 0.880 0.120
#> SRR191517 2 0.9896 0.2159 0.440 0.560
#> SRR191518 2 0.4815 0.8421 0.104 0.896
#> SRR191519 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191520 1 0.7883 0.7197 0.764 0.236
#> SRR191521 2 0.3584 0.8615 0.068 0.932
#> SRR191522 2 0.6712 0.7766 0.176 0.824
#> SRR191523 2 0.0376 0.8770 0.004 0.996
#> SRR191524 1 0.6531 0.7796 0.832 0.168
#> SRR191525 2 0.2778 0.8705 0.048 0.952
#> SRR191526 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191527 1 0.9795 0.2386 0.584 0.416
#> SRR191528 2 0.9963 0.1933 0.464 0.536
#> SRR191529 2 0.2778 0.8584 0.048 0.952
#> SRR191530 2 0.2603 0.8718 0.044 0.956
#> SRR191531 2 0.9209 0.5089 0.336 0.664
#> SRR191532 2 0.8713 0.6167 0.292 0.708
#> SRR191533 2 0.7674 0.6949 0.224 0.776
#> SRR191534 2 0.6801 0.7814 0.180 0.820
#> SRR191535 2 0.2423 0.8732 0.040 0.960
#> SRR191536 1 0.9881 0.2630 0.564 0.436
#> SRR191537 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191538 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191539 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191540 2 1.0000 -0.0501 0.500 0.500
#> SRR191541 2 0.2043 0.8748 0.032 0.968
#> SRR191542 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191543 2 0.1843 0.8754 0.028 0.972
#> SRR191544 2 0.3274 0.8660 0.060 0.940
#> SRR191545 2 0.4298 0.8498 0.088 0.912
#> SRR191546 2 0.9427 0.4532 0.360 0.640
#> SRR191547 1 0.9850 0.3285 0.572 0.428
#> SRR191548 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191554 1 0.1414 0.8691 0.980 0.020
#> SRR191555 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191556 1 0.0672 0.8735 0.992 0.008
#> SRR191557 1 0.3733 0.8600 0.928 0.072
#> SRR191558 2 0.0672 0.8773 0.008 0.992
#> SRR191559 1 0.2236 0.8705 0.964 0.036
#> SRR191560 1 0.0376 0.8733 0.996 0.004
#> SRR191561 1 0.3879 0.8394 0.924 0.076
#> SRR191562 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191563 2 0.9491 0.4115 0.368 0.632
#> SRR191564 1 0.4022 0.8565 0.920 0.080
#> SRR191565 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191566 1 0.0376 0.8733 0.996 0.004
#> SRR191567 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191568 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191569 1 0.5294 0.8352 0.880 0.120
#> SRR191570 1 0.3879 0.8405 0.924 0.076
#> SRR191571 1 0.2043 0.8717 0.968 0.032
#> SRR191572 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191573 1 0.0672 0.8735 0.992 0.008
#> SRR191574 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191575 1 0.3114 0.8507 0.944 0.056
#> SRR191576 1 0.9129 0.5416 0.672 0.328
#> SRR191577 1 0.0672 0.8716 0.992 0.008
#> SRR191578 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191579 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191580 1 0.7139 0.7170 0.804 0.196
#> SRR191581 1 0.8144 0.6258 0.748 0.252
#> SRR191582 1 0.4815 0.8192 0.896 0.104
#> SRR191583 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191584 2 0.9896 0.2500 0.440 0.560
#> SRR191585 1 0.5946 0.8180 0.856 0.144
#> SRR191586 1 0.5294 0.8351 0.880 0.120
#> SRR191587 1 0.6712 0.7933 0.824 0.176
#> SRR191588 1 0.0376 0.8733 0.996 0.004
#> SRR191589 1 0.0672 0.8735 0.992 0.008
#> SRR191590 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191591 1 0.5946 0.8202 0.856 0.144
#> SRR191592 1 0.2043 0.8714 0.968 0.032
#> SRR191593 1 0.0376 0.8733 0.996 0.004
#> SRR191594 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191595 1 0.0376 0.8733 0.996 0.004
#> SRR191596 1 0.0376 0.8733 0.996 0.004
#> SRR191597 1 0.8813 0.6160 0.700 0.300
#> SRR191598 1 0.0672 0.8735 0.992 0.008
#> SRR191599 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191600 2 0.2948 0.8699 0.052 0.948
#> SRR191601 1 0.9248 0.5500 0.660 0.340
#> SRR191602 1 0.8327 0.6790 0.736 0.264
#> SRR191603 1 0.8608 0.6444 0.716 0.284
#> SRR191604 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191605 1 0.8267 0.6855 0.740 0.260
#> SRR191606 1 0.0938 0.8741 0.988 0.012
#> SRR191607 1 0.3114 0.8657 0.944 0.056
#> SRR191608 1 0.9998 0.0558 0.508 0.492
#> SRR191609 1 0.7815 0.7262 0.768 0.232
#> SRR191610 1 0.0938 0.8736 0.988 0.012
#> SRR191611 1 0.4939 0.8422 0.892 0.108
#> SRR191612 1 0.3584 0.8621 0.932 0.068
#> SRR191613 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191614 1 0.3431 0.8629 0.936 0.064
#> SRR191615 1 0.1843 0.8720 0.972 0.028
#> SRR191616 2 0.3114 0.8546 0.056 0.944
#> SRR191617 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
#> SRR191618 2 0.8763 0.5762 0.296 0.704
#> SRR191619 2 0.7674 0.7175 0.224 0.776
#> SRR191620 2 0.0376 0.8772 0.004 0.996
#> SRR191621 2 0.1633 0.8762 0.024 0.976
#> SRR191622 2 0.7056 0.7627 0.192 0.808
#> SRR191623 1 0.3431 0.8629 0.936 0.064
#> SRR191624 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191625 2 0.7950 0.6944 0.240 0.760
#> SRR191626 1 0.9998 0.0571 0.508 0.492
#> SRR191627 2 0.9087 0.5423 0.324 0.676
#> SRR191628 1 0.6438 0.8026 0.836 0.164
#> SRR191629 1 0.9000 0.5873 0.684 0.316
#> SRR191630 1 0.0000 0.8727 1.000 0.000
#> SRR191631 2 0.9775 0.3089 0.412 0.588
#> SRR191632 1 0.3733 0.8607 0.928 0.072
#> SRR191633 2 0.8499 0.6347 0.276 0.724
#> SRR191634 2 0.0672 0.8759 0.008 0.992
#> SRR191635 1 0.5178 0.8380 0.884 0.116
#> SRR191636 2 0.7453 0.7385 0.212 0.788
#> SRR191637 2 0.0000 0.8769 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.1031 0.67687 0.976 0.000 0.024
#> SRR191394 1 0.0592 0.67549 0.988 0.000 0.012
#> SRR191396 3 0.8399 0.39121 0.256 0.136 0.608
#> SRR191397 1 0.0424 0.67573 0.992 0.000 0.008
#> SRR191398 1 0.0424 0.67573 0.992 0.000 0.008
#> SRR191399 1 0.5988 0.28855 0.632 0.000 0.368
#> SRR191400 1 0.2711 0.63998 0.912 0.000 0.088
#> SRR191401 1 0.1163 0.67641 0.972 0.000 0.028
#> SRR191402 3 0.6291 0.16826 0.468 0.000 0.532
#> SRR191403 1 0.0237 0.67531 0.996 0.000 0.004
#> SRR191404 2 0.2860 0.76689 0.004 0.912 0.084
#> SRR191405 3 0.6393 0.50802 0.088 0.148 0.764
#> SRR191406 3 0.4235 0.54455 0.176 0.000 0.824
#> SRR191407 1 0.4808 0.58658 0.804 0.008 0.188
#> SRR191408 1 0.6228 0.48946 0.672 0.012 0.316
#> SRR191409 3 0.6045 0.30064 0.380 0.000 0.620
#> SRR191410 3 0.5560 0.48637 0.300 0.000 0.700
#> SRR191411 3 0.5465 0.44485 0.288 0.000 0.712
#> SRR191412 1 0.1860 0.67239 0.948 0.000 0.052
#> SRR191413 1 0.5859 0.36236 0.656 0.000 0.344
#> SRR191414 1 0.2537 0.66145 0.920 0.000 0.080
#> SRR191415 3 0.5058 0.52350 0.244 0.000 0.756
#> SRR191416 3 0.6252 0.20328 0.444 0.000 0.556
#> SRR191418 1 0.5621 0.42207 0.692 0.000 0.308
#> SRR191419 1 0.1289 0.67240 0.968 0.000 0.032
#> SRR191420 1 0.1964 0.66710 0.944 0.000 0.056
#> SRR191421 1 0.3879 0.62008 0.848 0.000 0.152
#> SRR191422 2 0.4887 0.76236 0.000 0.772 0.228
#> SRR191423 2 0.3752 0.77965 0.000 0.856 0.144
#> SRR191424 2 0.0424 0.76383 0.000 0.992 0.008
#> SRR191425 1 0.6244 0.16876 0.560 0.000 0.440
#> SRR191426 3 0.4968 0.55335 0.188 0.012 0.800
#> SRR191427 1 0.9561 0.05297 0.428 0.196 0.376
#> SRR191428 3 0.6299 0.10529 0.476 0.000 0.524
#> SRR191429 2 0.5497 0.73793 0.000 0.708 0.292
#> SRR191430 2 0.6682 0.52791 0.008 0.504 0.488
#> SRR191431 2 0.3293 0.77876 0.012 0.900 0.088
#> SRR191432 2 0.5138 0.75612 0.000 0.748 0.252
#> SRR191433 2 0.6659 0.57748 0.008 0.532 0.460
#> SRR191434 3 0.7801 0.20502 0.088 0.276 0.636
#> SRR191435 1 0.6359 0.27851 0.592 0.004 0.404
#> SRR191436 3 0.4121 0.55317 0.168 0.000 0.832
#> SRR191437 2 0.0000 0.76162 0.000 1.000 0.000
#> SRR191438 3 0.5696 0.48031 0.056 0.148 0.796
#> SRR191439 2 0.4514 0.77850 0.012 0.832 0.156
#> SRR191440 2 0.0829 0.76207 0.004 0.984 0.012
#> SRR191441 2 0.0000 0.76162 0.000 1.000 0.000
#> SRR191442 3 0.4575 0.54555 0.184 0.004 0.812
#> SRR191443 1 0.5678 0.48349 0.684 0.000 0.316
#> SRR191444 3 0.5291 0.51095 0.268 0.000 0.732
#> SRR191445 2 0.8814 0.34997 0.140 0.548 0.312
#> SRR191446 3 0.5882 0.05371 0.000 0.348 0.652
#> SRR191447 2 0.5254 0.75320 0.000 0.736 0.264
#> SRR191448 1 0.2301 0.66900 0.936 0.004 0.060
#> SRR191449 3 0.6215 0.22448 0.428 0.000 0.572
#> SRR191450 1 0.4862 0.62266 0.820 0.020 0.160
#> SRR191451 3 0.7996 0.12320 0.380 0.068 0.552
#> SRR191452 2 0.2096 0.77318 0.004 0.944 0.052
#> SRR191453 2 0.9529 0.37272 0.356 0.448 0.196
#> SRR191454 3 0.6330 0.29768 0.396 0.004 0.600
#> SRR191455 3 0.3637 0.55969 0.084 0.024 0.892
#> SRR191456 3 0.9098 0.21746 0.276 0.184 0.540
#> SRR191457 1 0.3856 0.63472 0.888 0.040 0.072
#> SRR191458 3 0.7106 0.38260 0.072 0.232 0.696
#> SRR191459 3 0.5058 0.52581 0.244 0.000 0.756
#> SRR191460 3 0.5058 0.52032 0.244 0.000 0.756
#> SRR191461 3 0.4452 0.53813 0.192 0.000 0.808
#> SRR191462 3 0.9086 0.40742 0.220 0.228 0.552
#> SRR191463 2 0.3412 0.77745 0.000 0.876 0.124
#> SRR191464 2 0.1643 0.77069 0.000 0.956 0.044
#> SRR191465 2 0.2625 0.77917 0.000 0.916 0.084
#> SRR191466 3 0.6653 0.43058 0.288 0.032 0.680
#> SRR191467 2 0.6275 0.70254 0.008 0.644 0.348
#> SRR191468 2 0.2165 0.77735 0.000 0.936 0.064
#> SRR191469 3 0.6189 0.33999 0.364 0.004 0.632
#> SRR191470 3 0.6513 -0.36412 0.004 0.476 0.520
#> SRR191471 2 0.8415 0.57603 0.104 0.564 0.332
#> SRR191472 2 0.3192 0.78039 0.000 0.888 0.112
#> SRR191473 3 0.7382 -0.39833 0.032 0.456 0.512
#> SRR191474 3 0.6095 0.30328 0.392 0.000 0.608
#> SRR191475 2 0.4842 0.76456 0.000 0.776 0.224
#> SRR191476 2 0.6483 0.53824 0.004 0.544 0.452
#> SRR191477 2 0.6521 0.41104 0.004 0.500 0.496
#> SRR191478 2 0.6500 0.54748 0.004 0.532 0.464
#> SRR191479 1 0.6215 0.21411 0.572 0.000 0.428
#> SRR191480 2 0.6267 0.39230 0.000 0.548 0.452
#> SRR191481 3 0.6924 -0.27019 0.020 0.400 0.580
#> SRR191482 3 0.4821 0.54449 0.064 0.088 0.848
#> SRR191483 3 0.7357 0.07347 0.048 0.332 0.620
#> SRR191484 1 0.5741 0.59472 0.776 0.036 0.188
#> SRR191485 2 0.6302 0.54654 0.000 0.520 0.480
#> SRR191486 3 0.8105 0.17336 0.336 0.084 0.580
#> SRR191487 3 0.8318 -0.02042 0.084 0.392 0.524
#> SRR191488 1 0.2860 0.66578 0.912 0.004 0.084
#> SRR191489 3 0.8770 0.42319 0.180 0.236 0.584
#> SRR191490 2 0.0475 0.76079 0.004 0.992 0.004
#> SRR191491 3 0.6659 -0.00752 0.460 0.008 0.532
#> SRR191492 3 0.6244 0.24185 0.440 0.000 0.560
#> SRR191493 2 0.7884 0.57742 0.260 0.640 0.100
#> SRR191494 2 0.4047 0.77771 0.004 0.848 0.148
#> SRR191495 3 0.6140 0.28223 0.404 0.000 0.596
#> SRR191496 2 0.0475 0.76036 0.004 0.992 0.004
#> SRR191497 3 0.5291 0.48363 0.268 0.000 0.732
#> SRR191498 3 0.7842 0.28107 0.328 0.072 0.600
#> SRR191499 3 0.6062 0.32308 0.384 0.000 0.616
#> SRR191500 3 0.5138 0.49688 0.252 0.000 0.748
#> SRR191501 2 0.4925 0.74048 0.076 0.844 0.080
#> SRR191502 3 0.6521 -0.42203 0.004 0.492 0.504
#> SRR191503 2 0.0592 0.76393 0.000 0.988 0.012
#> SRR191504 3 0.6432 -0.38103 0.004 0.428 0.568
#> SRR191505 2 0.5845 0.74337 0.004 0.688 0.308
#> SRR191506 2 0.0983 0.76407 0.004 0.980 0.016
#> SRR191507 2 0.2527 0.75057 0.044 0.936 0.020
#> SRR191508 3 0.7997 -0.11365 0.072 0.360 0.568
#> SRR191509 3 0.7029 -0.31980 0.020 0.440 0.540
#> SRR191510 3 0.7234 0.11471 0.048 0.312 0.640
#> SRR191511 2 0.5926 0.69583 0.000 0.644 0.356
#> SRR191512 2 0.0424 0.76422 0.000 0.992 0.008
#> SRR191513 2 0.3752 0.77786 0.000 0.856 0.144
#> SRR191514 2 0.4974 0.76304 0.000 0.764 0.236
#> SRR191515 2 0.6625 0.57441 0.008 0.552 0.440
#> SRR191516 3 0.5529 0.44902 0.296 0.000 0.704
#> SRR191517 3 0.3896 0.56076 0.128 0.008 0.864
#> SRR191518 3 0.6773 -0.13576 0.024 0.340 0.636
#> SRR191519 2 0.0892 0.76683 0.000 0.980 0.020
#> SRR191520 3 0.5835 0.40717 0.340 0.000 0.660
#> SRR191521 3 0.6309 -0.54701 0.000 0.496 0.504
#> SRR191522 3 0.7505 -0.20836 0.044 0.384 0.572
#> SRR191523 2 0.5431 0.74545 0.000 0.716 0.284
#> SRR191524 1 0.8296 0.16136 0.508 0.080 0.412
#> SRR191525 2 0.6180 0.62269 0.000 0.584 0.416
#> SRR191526 2 0.2537 0.77597 0.000 0.920 0.080
#> SRR191527 1 0.8286 0.28087 0.624 0.236 0.140
#> SRR191528 1 0.8556 -0.09309 0.488 0.416 0.096
#> SRR191529 2 0.4931 0.77095 0.032 0.828 0.140
#> SRR191530 2 0.6489 0.58724 0.004 0.540 0.456
#> SRR191531 2 0.8610 0.43462 0.336 0.548 0.116
#> SRR191532 2 0.8346 0.45184 0.092 0.548 0.360
#> SRR191533 2 0.8603 0.39508 0.168 0.600 0.232
#> SRR191534 2 0.7806 0.66526 0.064 0.584 0.352
#> SRR191535 2 0.6104 0.69856 0.004 0.648 0.348
#> SRR191536 1 0.9736 -0.04042 0.436 0.240 0.324
#> SRR191537 2 0.2297 0.75679 0.020 0.944 0.036
#> SRR191538 2 0.4887 0.76331 0.000 0.772 0.228
#> SRR191539 2 0.1529 0.77126 0.000 0.960 0.040
#> SRR191540 3 0.5554 0.55717 0.112 0.076 0.812
#> SRR191541 2 0.6129 0.74463 0.016 0.700 0.284
#> SRR191542 2 0.3686 0.77836 0.000 0.860 0.140
#> SRR191543 2 0.6148 0.69930 0.004 0.640 0.356
#> SRR191544 2 0.6140 0.66303 0.000 0.596 0.404
#> SRR191545 3 0.6143 0.01255 0.012 0.304 0.684
#> SRR191546 3 0.6856 0.50816 0.128 0.132 0.740
#> SRR191547 3 0.5471 0.55933 0.128 0.060 0.812
#> SRR191548 1 0.0424 0.67573 0.992 0.000 0.008
#> SRR191549 1 0.0237 0.67488 0.996 0.000 0.004
#> SRR191550 1 0.0747 0.67395 0.984 0.000 0.016
#> SRR191551 1 0.0424 0.67573 0.992 0.000 0.008
#> SRR191552 1 0.0592 0.67598 0.988 0.000 0.012
#> SRR191553 1 0.2625 0.66284 0.916 0.000 0.084
#> SRR191554 1 0.2866 0.64577 0.916 0.008 0.076
#> SRR191555 1 0.5529 0.47308 0.704 0.000 0.296
#> SRR191556 3 0.6302 0.09358 0.480 0.000 0.520
#> SRR191557 3 0.6274 0.15986 0.456 0.000 0.544
#> SRR191558 2 0.6811 0.61998 0.016 0.580 0.404
#> SRR191559 3 0.6244 0.17499 0.440 0.000 0.560
#> SRR191560 1 0.6140 0.29795 0.596 0.000 0.404
#> SRR191561 1 0.3755 0.60471 0.872 0.008 0.120
#> SRR191562 1 0.1163 0.67508 0.972 0.000 0.028
#> SRR191563 3 0.3359 0.55452 0.084 0.016 0.900
#> SRR191564 3 0.5560 0.43384 0.300 0.000 0.700
#> SRR191565 1 0.6111 0.29841 0.604 0.000 0.396
#> SRR191566 1 0.6244 0.16815 0.560 0.000 0.440
#> SRR191567 1 0.1163 0.67399 0.972 0.000 0.028
#> SRR191568 1 0.2261 0.66412 0.932 0.000 0.068
#> SRR191569 3 0.5618 0.46696 0.260 0.008 0.732
#> SRR191570 3 0.7099 0.24268 0.384 0.028 0.588
#> SRR191571 1 0.6045 0.28245 0.620 0.000 0.380
#> SRR191572 1 0.0237 0.67531 0.996 0.000 0.004
#> SRR191573 1 0.5591 0.44868 0.696 0.000 0.304
#> SRR191574 1 0.1753 0.66485 0.952 0.000 0.048
#> SRR191575 1 0.3551 0.61096 0.868 0.000 0.132
#> SRR191576 3 0.7003 0.40598 0.248 0.060 0.692
#> SRR191577 1 0.4605 0.58047 0.796 0.000 0.204
#> SRR191578 2 0.5529 0.69584 0.000 0.704 0.296
#> SRR191579 1 0.0747 0.67246 0.984 0.000 0.016
#> SRR191580 1 0.4609 0.58435 0.844 0.028 0.128
#> SRR191581 1 0.6463 0.49583 0.756 0.080 0.164
#> SRR191582 1 0.5743 0.52570 0.784 0.044 0.172
#> SRR191583 2 0.2301 0.77386 0.004 0.936 0.060
#> SRR191584 2 0.7072 0.13088 0.476 0.504 0.020
#> SRR191585 3 0.6045 0.34283 0.380 0.000 0.620
#> SRR191586 3 0.6204 0.23171 0.424 0.000 0.576
#> SRR191587 3 0.5810 0.45130 0.336 0.000 0.664
#> SRR191588 1 0.6291 0.06990 0.532 0.000 0.468
#> SRR191589 1 0.6192 0.13219 0.580 0.000 0.420
#> SRR191590 1 0.2356 0.65604 0.928 0.000 0.072
#> SRR191591 3 0.6192 0.29429 0.420 0.000 0.580
#> SRR191592 1 0.6274 0.11430 0.544 0.000 0.456
#> SRR191593 1 0.6244 0.16962 0.560 0.000 0.440
#> SRR191594 1 0.2356 0.66235 0.928 0.000 0.072
#> SRR191595 1 0.6192 0.23535 0.580 0.000 0.420
#> SRR191596 1 0.5859 0.34642 0.656 0.000 0.344
#> SRR191597 3 0.5058 0.51282 0.244 0.000 0.756
#> SRR191598 1 0.6309 -0.00425 0.500 0.000 0.500
#> SRR191599 1 0.6168 0.26862 0.588 0.000 0.412
#> SRR191600 3 0.4945 0.52846 0.056 0.104 0.840
#> SRR191601 3 0.3755 0.56223 0.120 0.008 0.872
#> SRR191602 3 0.3752 0.55944 0.144 0.000 0.856
#> SRR191603 3 0.4842 0.52674 0.224 0.000 0.776
#> SRR191604 2 0.5968 0.67725 0.000 0.636 0.364
#> SRR191605 3 0.3752 0.55758 0.144 0.000 0.856
#> SRR191606 1 0.6302 0.06770 0.520 0.000 0.480
#> SRR191607 3 0.6252 0.17396 0.444 0.000 0.556
#> SRR191608 3 0.5325 0.51423 0.248 0.004 0.748
#> SRR191609 3 0.5678 0.43991 0.316 0.000 0.684
#> SRR191610 3 0.6286 0.11088 0.464 0.000 0.536
#> SRR191611 3 0.6192 0.24379 0.420 0.000 0.580
#> SRR191612 3 0.6095 0.29163 0.392 0.000 0.608
#> SRR191613 1 0.3686 0.64069 0.860 0.000 0.140
#> SRR191614 3 0.6180 0.25356 0.416 0.000 0.584
#> SRR191615 1 0.6252 0.08782 0.556 0.000 0.444
#> SRR191616 2 0.2063 0.74705 0.044 0.948 0.008
#> SRR191617 2 0.5650 0.72420 0.000 0.688 0.312
#> SRR191618 3 0.6905 0.42869 0.044 0.280 0.676
#> SRR191619 3 0.5944 0.47911 0.064 0.152 0.784
#> SRR191620 2 0.6235 0.61731 0.000 0.564 0.436
#> SRR191621 3 0.6540 -0.32655 0.008 0.408 0.584
#> SRR191622 3 0.5573 0.44121 0.044 0.160 0.796
#> SRR191623 3 0.6235 0.20667 0.436 0.000 0.564
#> SRR191624 1 0.5621 0.45267 0.692 0.000 0.308
#> SRR191625 3 0.7562 0.52834 0.160 0.148 0.692
#> SRR191626 3 0.4062 0.55127 0.164 0.000 0.836
#> SRR191627 3 0.2926 0.55382 0.040 0.036 0.924
#> SRR191628 3 0.5431 0.49419 0.284 0.000 0.716
#> SRR191629 3 0.5431 0.49982 0.284 0.000 0.716
#> SRR191630 1 0.2796 0.65331 0.908 0.000 0.092
#> SRR191631 3 0.3500 0.56152 0.116 0.004 0.880
#> SRR191632 1 0.6305 -0.07759 0.516 0.000 0.484
#> SRR191633 3 0.3267 0.55406 0.044 0.044 0.912
#> SRR191634 2 0.0829 0.76011 0.004 0.984 0.012
#> SRR191635 3 0.5835 0.41412 0.340 0.000 0.660
#> SRR191636 2 0.9092 0.57098 0.200 0.548 0.252
#> SRR191637 2 0.0747 0.76615 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 1 0.410 0.69484 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR191394 1 0.331 0.74024 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR191396 3 0.915 0.11434 0.212 0.316 0.388 0.084
#> SRR191397 1 0.369 0.72995 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR191398 1 0.344 0.73709 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR191399 3 0.502 0.45007 0.332 0.012 0.656 0.000
#> SRR191400 1 0.349 0.73073 0.864 0.028 0.104 0.004
#> SRR191401 1 0.413 0.69649 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR191402 3 0.573 0.56981 0.264 0.064 0.672 0.000
#> SRR191403 1 0.387 0.72246 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR191404 4 0.602 0.57029 0.032 0.272 0.028 0.668
#> SRR191405 2 0.717 0.44108 0.100 0.584 0.292 0.024
#> SRR191406 3 0.503 0.63065 0.080 0.156 0.764 0.000
#> SRR191407 1 0.569 0.61426 0.708 0.096 0.196 0.000
#> SRR191408 3 0.679 0.26175 0.396 0.076 0.520 0.008
#> SRR191409 3 0.746 0.50097 0.240 0.188 0.560 0.012
#> SRR191410 3 0.585 0.65947 0.164 0.132 0.704 0.000
#> SRR191411 3 0.599 0.64463 0.148 0.160 0.692 0.000
#> SRR191412 1 0.438 0.64713 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR191413 3 0.443 0.45466 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR191414 1 0.495 0.45901 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR191415 3 0.632 0.64905 0.172 0.168 0.660 0.000
#> SRR191416 3 0.245 0.67110 0.072 0.016 0.912 0.000
#> SRR191418 3 0.514 0.34398 0.360 0.012 0.628 0.000
#> SRR191419 1 0.429 0.72484 0.772 0.016 0.212 0.000
#> SRR191420 1 0.466 0.61392 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR191421 3 0.493 0.04356 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR191422 2 0.631 0.02530 0.028 0.548 0.020 0.404
#> SRR191423 4 0.551 0.33841 0.016 0.472 0.000 0.512
#> SRR191424 4 0.220 0.68259 0.004 0.080 0.000 0.916
#> SRR191425 3 0.316 0.62772 0.144 0.004 0.852 0.000
#> SRR191426 3 0.547 0.46244 0.032 0.324 0.644 0.000
#> SRR191427 1 0.998 -0.10866 0.276 0.256 0.240 0.228
#> SRR191428 3 0.267 0.65964 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR191429 2 0.499 0.38824 0.016 0.740 0.016 0.228
#> SRR191430 2 0.429 0.57290 0.028 0.844 0.060 0.068
#> SRR191431 4 0.616 0.60459 0.080 0.264 0.004 0.652
#> SRR191432 2 0.458 0.39294 0.020 0.764 0.004 0.212
#> SRR191433 2 0.410 0.52978 0.028 0.844 0.024 0.104
#> SRR191434 2 0.810 0.49089 0.140 0.564 0.224 0.072
#> SRR191435 3 0.650 0.44430 0.368 0.048 0.568 0.016
#> SRR191436 3 0.620 0.54737 0.092 0.244 0.660 0.004
#> SRR191437 4 0.208 0.68567 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR191438 2 0.669 0.42467 0.068 0.588 0.328 0.016
#> SRR191439 4 0.613 0.41375 0.028 0.420 0.012 0.540
#> SRR191440 4 0.149 0.67198 0.004 0.044 0.000 0.952
#> SRR191441 4 0.253 0.68404 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR191442 3 0.621 0.55028 0.068 0.244 0.672 0.016
#> SRR191443 3 0.585 0.47014 0.320 0.052 0.628 0.000
#> SRR191444 3 0.771 0.44631 0.228 0.256 0.508 0.008
#> SRR191445 4 0.935 0.16207 0.164 0.288 0.140 0.408
#> SRR191446 2 0.769 0.51281 0.064 0.604 0.208 0.124
#> SRR191447 2 0.555 0.14031 0.008 0.620 0.016 0.356
#> SRR191448 1 0.482 0.73603 0.756 0.008 0.212 0.024
#> SRR191449 3 0.152 0.68496 0.020 0.024 0.956 0.000
#> SRR191450 1 0.623 0.54752 0.668 0.048 0.256 0.028
#> SRR191451 3 0.833 0.41383 0.216 0.236 0.504 0.044
#> SRR191452 4 0.456 0.66862 0.028 0.208 0.000 0.764
#> SRR191453 1 0.858 -0.29623 0.360 0.336 0.028 0.276
#> SRR191454 3 0.714 0.52368 0.276 0.156 0.564 0.004
#> SRR191455 2 0.671 0.21134 0.080 0.524 0.392 0.004
#> SRR191456 2 0.890 0.30146 0.180 0.452 0.284 0.084
#> SRR191457 1 0.515 0.72676 0.772 0.040 0.164 0.024
#> SRR191458 2 0.792 0.48060 0.056 0.552 0.272 0.120
#> SRR191459 3 0.742 0.22888 0.172 0.372 0.456 0.000
#> SRR191460 3 0.761 0.44194 0.240 0.288 0.472 0.000
#> SRR191461 3 0.503 0.63880 0.072 0.152 0.772 0.004
#> SRR191462 2 0.908 0.31865 0.232 0.452 0.216 0.100
#> SRR191463 4 0.593 0.47627 0.020 0.372 0.016 0.592
#> SRR191464 4 0.494 0.60375 0.012 0.316 0.000 0.672
#> SRR191465 4 0.548 0.50189 0.020 0.396 0.000 0.584
#> SRR191466 3 0.671 0.53197 0.128 0.232 0.632 0.008
#> SRR191467 2 0.611 0.38340 0.040 0.680 0.032 0.248
#> SRR191468 4 0.538 0.49658 0.016 0.396 0.000 0.588
#> SRR191469 3 0.458 0.67259 0.080 0.120 0.800 0.000
#> SRR191470 2 0.725 0.49747 0.084 0.648 0.080 0.188
#> SRR191471 2 0.749 0.42373 0.152 0.596 0.032 0.220
#> SRR191472 4 0.546 0.52416 0.020 0.392 0.000 0.588
#> SRR191473 2 0.587 0.56976 0.080 0.760 0.072 0.088
#> SRR191474 3 0.161 0.68443 0.016 0.032 0.952 0.000
#> SRR191475 2 0.505 0.26439 0.028 0.704 0.000 0.268
#> SRR191476 2 0.574 0.50476 0.028 0.736 0.056 0.180
#> SRR191477 2 0.590 0.55262 0.032 0.744 0.096 0.128
#> SRR191478 2 0.452 0.51489 0.036 0.816 0.020 0.128
#> SRR191479 3 0.335 0.62598 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR191480 2 0.706 0.22581 0.016 0.564 0.096 0.324
#> SRR191481 2 0.464 0.57135 0.040 0.828 0.064 0.068
#> SRR191482 2 0.598 0.56423 0.064 0.696 0.224 0.016
#> SRR191483 2 0.647 0.58550 0.100 0.716 0.124 0.060
#> SRR191484 3 0.626 -0.07660 0.416 0.004 0.532 0.048
#> SRR191485 2 0.436 0.55504 0.028 0.840 0.060 0.072
#> SRR191486 2 0.901 0.21662 0.248 0.408 0.276 0.068
#> SRR191487 2 0.799 0.47819 0.068 0.568 0.236 0.128
#> SRR191488 1 0.640 0.66579 0.680 0.020 0.208 0.092
#> SRR191489 3 0.965 0.19787 0.188 0.196 0.388 0.228
#> SRR191490 4 0.136 0.67146 0.008 0.032 0.000 0.960
#> SRR191491 3 0.800 0.46475 0.252 0.200 0.520 0.028
#> SRR191492 3 0.303 0.67935 0.076 0.028 0.892 0.004
#> SRR191493 4 0.671 0.56149 0.128 0.216 0.012 0.644
#> SRR191494 4 0.608 0.35657 0.036 0.436 0.004 0.524
#> SRR191495 3 0.183 0.68181 0.024 0.032 0.944 0.000
#> SRR191496 4 0.177 0.67391 0.012 0.044 0.000 0.944
#> SRR191497 3 0.416 0.67488 0.076 0.096 0.828 0.000
#> SRR191498 3 0.854 0.32233 0.164 0.252 0.508 0.076
#> SRR191499 3 0.151 0.68621 0.016 0.028 0.956 0.000
#> SRR191500 3 0.466 0.66236 0.072 0.136 0.792 0.000
#> SRR191501 4 0.478 0.62272 0.076 0.092 0.020 0.812
#> SRR191502 2 0.705 0.51938 0.056 0.668 0.140 0.136
#> SRR191503 4 0.416 0.64591 0.004 0.220 0.004 0.772
#> SRR191504 2 0.460 0.57641 0.024 0.824 0.092 0.060
#> SRR191505 2 0.553 0.36928 0.056 0.708 0.004 0.232
#> SRR191506 4 0.241 0.68207 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR191507 4 0.554 0.61652 0.048 0.252 0.004 0.696
#> SRR191508 2 0.583 0.56374 0.024 0.712 0.216 0.048
#> SRR191509 2 0.565 0.55704 0.060 0.768 0.056 0.116
#> SRR191510 2 0.873 0.44086 0.140 0.524 0.188 0.148
#> SRR191511 2 0.454 0.41783 0.016 0.772 0.008 0.204
#> SRR191512 4 0.428 0.61507 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR191513 4 0.555 0.43050 0.012 0.452 0.004 0.532
#> SRR191514 2 0.460 0.29413 0.016 0.736 0.000 0.248
#> SRR191515 2 0.712 0.51933 0.076 0.668 0.104 0.152
#> SRR191516 3 0.380 0.68170 0.072 0.068 0.856 0.004
#> SRR191517 2 0.638 0.12417 0.052 0.472 0.472 0.004
#> SRR191518 2 0.355 0.57854 0.024 0.880 0.056 0.040
#> SRR191519 4 0.428 0.61499 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR191520 3 0.297 0.67065 0.020 0.096 0.884 0.000
#> SRR191521 2 0.474 0.56251 0.056 0.824 0.052 0.068
#> SRR191522 2 0.623 0.57932 0.068 0.736 0.104 0.092
#> SRR191523 2 0.640 -0.13059 0.040 0.504 0.012 0.444
#> SRR191524 1 0.940 0.02551 0.348 0.240 0.312 0.100
#> SRR191525 2 0.624 0.43374 0.044 0.684 0.040 0.232
#> SRR191526 4 0.475 0.64874 0.016 0.244 0.004 0.736
#> SRR191527 1 0.662 0.48241 0.676 0.120 0.024 0.180
#> SRR191528 1 0.751 0.05322 0.488 0.088 0.032 0.392
#> SRR191529 4 0.583 0.49112 0.016 0.324 0.024 0.636
#> SRR191530 2 0.367 0.52362 0.008 0.860 0.032 0.100
#> SRR191531 4 0.790 0.41975 0.260 0.220 0.016 0.504
#> SRR191532 4 0.910 0.13260 0.108 0.292 0.168 0.432
#> SRR191533 4 0.846 0.35558 0.196 0.144 0.112 0.548
#> SRR191534 2 0.631 0.33398 0.040 0.668 0.040 0.252
#> SRR191535 2 0.580 0.46210 0.036 0.724 0.040 0.200
#> SRR191536 2 0.938 0.05921 0.312 0.364 0.220 0.104
#> SRR191537 4 0.494 0.65360 0.032 0.204 0.008 0.756
#> SRR191538 2 0.505 0.28211 0.024 0.716 0.004 0.256
#> SRR191539 4 0.397 0.67647 0.016 0.180 0.000 0.804
#> SRR191540 2 0.625 0.33128 0.064 0.564 0.372 0.000
#> SRR191541 2 0.457 0.39277 0.024 0.772 0.004 0.200
#> SRR191542 4 0.573 0.48552 0.024 0.392 0.004 0.580
#> SRR191543 2 0.604 0.40637 0.052 0.712 0.036 0.200
#> SRR191544 2 0.524 0.50278 0.064 0.780 0.024 0.132
#> SRR191545 2 0.476 0.58647 0.068 0.812 0.100 0.020
#> SRR191546 2 0.572 0.57870 0.096 0.736 0.156 0.012
#> SRR191547 2 0.685 0.02433 0.076 0.472 0.444 0.008
#> SRR191548 1 0.344 0.73709 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR191549 1 0.300 0.74446 0.864 0.000 0.132 0.004
#> SRR191550 1 0.373 0.73016 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR191551 1 0.344 0.73709 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR191552 1 0.312 0.74355 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR191553 1 0.454 0.68838 0.760 0.024 0.216 0.000
#> SRR191554 1 0.327 0.71960 0.884 0.024 0.080 0.012
#> SRR191555 3 0.468 0.35621 0.316 0.004 0.680 0.000
#> SRR191556 3 0.566 0.60873 0.228 0.076 0.696 0.000
#> SRR191557 3 0.245 0.67085 0.072 0.016 0.912 0.000
#> SRR191558 2 0.725 0.45656 0.052 0.632 0.100 0.216
#> SRR191559 3 0.282 0.68911 0.064 0.036 0.900 0.000
#> SRR191560 3 0.525 0.56981 0.248 0.044 0.708 0.000
#> SRR191561 1 0.400 0.70975 0.852 0.072 0.064 0.012
#> SRR191562 1 0.463 0.69705 0.740 0.012 0.244 0.004
#> SRR191563 2 0.691 0.06351 0.108 0.480 0.412 0.000
#> SRR191564 3 0.404 0.67764 0.076 0.088 0.836 0.000
#> SRR191565 3 0.630 0.53898 0.320 0.080 0.600 0.000
#> SRR191566 3 0.276 0.65051 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR191567 1 0.458 0.68623 0.696 0.004 0.300 0.000
#> SRR191568 1 0.458 0.64841 0.696 0.004 0.300 0.000
#> SRR191569 3 0.728 0.30120 0.144 0.336 0.516 0.004
#> SRR191570 3 0.740 0.52068 0.256 0.200 0.540 0.004
#> SRR191571 3 0.520 0.53288 0.276 0.032 0.692 0.000
#> SRR191572 1 0.349 0.73657 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR191573 3 0.586 0.04763 0.476 0.024 0.496 0.004
#> SRR191574 1 0.388 0.73434 0.824 0.016 0.156 0.004
#> SRR191575 1 0.466 0.71214 0.804 0.040 0.140 0.016
#> SRR191576 2 0.806 -0.05645 0.176 0.404 0.400 0.020
#> SRR191577 1 0.654 0.39763 0.620 0.088 0.284 0.008
#> SRR191578 2 0.625 0.28276 0.032 0.612 0.024 0.332
#> SRR191579 1 0.276 0.74466 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR191580 1 0.450 0.71390 0.832 0.060 0.080 0.028
#> SRR191581 1 0.451 0.67188 0.836 0.060 0.056 0.048
#> SRR191582 1 0.418 0.66400 0.844 0.084 0.056 0.016
#> SRR191583 4 0.522 0.64611 0.040 0.232 0.004 0.724
#> SRR191584 1 0.630 0.00626 0.492 0.040 0.008 0.460
#> SRR191585 3 0.240 0.68032 0.048 0.032 0.920 0.000
#> SRR191586 3 0.228 0.67586 0.052 0.024 0.924 0.000
#> SRR191587 3 0.668 0.57577 0.208 0.172 0.620 0.000
#> SRR191588 3 0.253 0.66095 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR191589 3 0.467 0.58974 0.244 0.020 0.736 0.000
#> SRR191590 1 0.484 0.70236 0.760 0.028 0.204 0.008
#> SRR191591 3 0.580 0.58476 0.264 0.068 0.668 0.000
#> SRR191592 3 0.494 0.62594 0.220 0.032 0.744 0.004
#> SRR191593 3 0.292 0.63201 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR191594 1 0.470 0.59627 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR191595 3 0.469 0.64331 0.184 0.036 0.776 0.004
#> SRR191596 3 0.488 0.50987 0.288 0.016 0.696 0.000
#> SRR191597 3 0.406 0.66246 0.028 0.160 0.812 0.000
#> SRR191598 3 0.360 0.67199 0.124 0.028 0.848 0.000
#> SRR191599 3 0.253 0.65295 0.100 0.004 0.896 0.000
#> SRR191600 2 0.740 0.30150 0.152 0.528 0.312 0.008
#> SRR191601 3 0.624 0.48988 0.080 0.276 0.640 0.004
#> SRR191602 3 0.632 0.42592 0.080 0.324 0.596 0.000
#> SRR191603 3 0.478 0.63815 0.068 0.152 0.780 0.000
#> SRR191604 2 0.503 0.52112 0.056 0.784 0.016 0.144
#> SRR191605 3 0.569 0.54148 0.068 0.248 0.684 0.000
#> SRR191606 3 0.662 0.54381 0.300 0.088 0.604 0.008
#> SRR191607 3 0.209 0.67475 0.048 0.020 0.932 0.000
#> SRR191608 3 0.503 0.41634 0.016 0.312 0.672 0.000
#> SRR191609 3 0.174 0.68786 0.004 0.056 0.940 0.000
#> SRR191610 3 0.238 0.67045 0.068 0.016 0.916 0.000
#> SRR191611 3 0.226 0.67503 0.056 0.020 0.924 0.000
#> SRR191612 3 0.441 0.68327 0.128 0.064 0.808 0.000
#> SRR191613 1 0.519 0.32276 0.596 0.004 0.396 0.004
#> SRR191614 3 0.172 0.68380 0.032 0.020 0.948 0.000
#> SRR191615 3 0.417 0.60795 0.212 0.012 0.776 0.000
#> SRR191616 4 0.204 0.66766 0.032 0.032 0.000 0.936
#> SRR191617 2 0.536 0.40782 0.016 0.712 0.024 0.248
#> SRR191618 3 0.902 0.02416 0.076 0.260 0.428 0.236
#> SRR191619 2 0.555 0.57771 0.076 0.736 0.180 0.008
#> SRR191620 2 0.555 0.54275 0.044 0.768 0.056 0.132
#> SRR191621 2 0.418 0.57736 0.048 0.852 0.060 0.040
#> SRR191622 2 0.667 0.43933 0.064 0.600 0.316 0.020
#> SRR191623 3 0.145 0.67958 0.036 0.008 0.956 0.000
#> SRR191624 3 0.387 0.53346 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR191625 2 0.656 0.53931 0.084 0.652 0.244 0.020
#> SRR191626 3 0.656 0.18135 0.072 0.376 0.548 0.004
#> SRR191627 2 0.641 0.47101 0.076 0.600 0.320 0.004
#> SRR191628 3 0.329 0.69240 0.044 0.080 0.876 0.000
#> SRR191629 3 0.643 0.62899 0.164 0.188 0.648 0.000
#> SRR191630 1 0.483 0.54252 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR191631 2 0.659 0.24792 0.068 0.504 0.424 0.004
#> SRR191632 3 0.573 0.57800 0.264 0.064 0.672 0.000
#> SRR191633 2 0.652 0.19294 0.076 0.512 0.412 0.000
#> SRR191634 4 0.193 0.67172 0.024 0.036 0.000 0.940
#> SRR191635 3 0.249 0.68561 0.036 0.048 0.916 0.000
#> SRR191636 4 0.882 0.18171 0.244 0.324 0.048 0.384
#> SRR191637 4 0.416 0.65204 0.008 0.224 0.000 0.768
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 1 0.399 0.63143 0.732 0.000 0.252 0.016 0.000
#> SRR191394 1 0.262 0.71650 0.884 0.016 0.096 0.004 0.000
#> SRR191396 4 0.910 0.06771 0.184 0.252 0.256 0.280 0.028
#> SRR191397 1 0.349 0.68275 0.796 0.000 0.188 0.016 0.000
#> SRR191398 1 0.229 0.71393 0.888 0.000 0.108 0.004 0.000
#> SRR191399 3 0.481 0.35210 0.340 0.008 0.632 0.020 0.000
#> SRR191400 1 0.337 0.71351 0.864 0.016 0.068 0.048 0.004
#> SRR191401 1 0.431 0.60232 0.716 0.008 0.260 0.016 0.000
#> SRR191402 3 0.683 0.38336 0.320 0.144 0.504 0.032 0.000
#> SRR191403 1 0.374 0.68059 0.780 0.000 0.196 0.024 0.000
#> SRR191404 5 0.706 0.31451 0.024 0.224 0.012 0.204 0.536
#> SRR191405 2 0.794 0.11456 0.096 0.456 0.148 0.288 0.012
#> SRR191406 3 0.610 0.45015 0.020 0.316 0.572 0.092 0.000
#> SRR191407 1 0.681 0.49268 0.588 0.180 0.168 0.064 0.000
#> SRR191408 3 0.811 0.34544 0.236 0.184 0.424 0.156 0.000
#> SRR191409 3 0.846 0.26830 0.228 0.268 0.328 0.176 0.000
#> SRR191410 3 0.700 0.42791 0.168 0.352 0.452 0.028 0.000
#> SRR191411 3 0.662 0.46858 0.052 0.308 0.548 0.092 0.000
#> SRR191412 1 0.409 0.60211 0.716 0.000 0.268 0.016 0.000
#> SRR191413 3 0.484 0.32905 0.320 0.000 0.640 0.040 0.000
#> SRR191414 3 0.497 -0.20221 0.456 0.000 0.516 0.028 0.000
#> SRR191415 3 0.691 0.33797 0.120 0.412 0.428 0.040 0.000
#> SRR191416 3 0.272 0.59259 0.056 0.028 0.896 0.020 0.000
#> SRR191418 3 0.589 0.17792 0.400 0.024 0.524 0.052 0.000
#> SRR191419 1 0.402 0.70031 0.796 0.032 0.156 0.016 0.000
#> SRR191420 1 0.471 0.50021 0.612 0.000 0.364 0.024 0.000
#> SRR191421 3 0.514 0.02757 0.424 0.000 0.536 0.040 0.000
#> SRR191422 2 0.720 -0.03212 0.016 0.460 0.008 0.236 0.280
#> SRR191423 5 0.692 0.10902 0.004 0.284 0.000 0.336 0.376
#> SRR191424 5 0.210 0.61177 0.004 0.012 0.000 0.068 0.916
#> SRR191425 3 0.315 0.55868 0.112 0.008 0.856 0.024 0.000
#> SRR191426 2 0.670 0.00914 0.036 0.492 0.376 0.092 0.004
#> SRR191427 4 0.934 0.26718 0.188 0.208 0.112 0.376 0.116
#> SRR191428 3 0.279 0.57626 0.084 0.012 0.884 0.020 0.000
#> SRR191429 2 0.636 0.12323 0.004 0.512 0.000 0.324 0.160
#> SRR191430 2 0.572 0.24835 0.016 0.624 0.012 0.300 0.048
#> SRR191431 5 0.736 0.25965 0.064 0.132 0.004 0.324 0.476
#> SRR191432 2 0.606 0.11773 0.004 0.532 0.000 0.348 0.116
#> SRR191433 2 0.543 0.20514 0.000 0.620 0.008 0.308 0.064
#> SRR191434 2 0.609 0.35029 0.044 0.708 0.112 0.096 0.040
#> SRR191435 3 0.720 0.37015 0.304 0.064 0.516 0.108 0.008
#> SRR191436 3 0.593 0.31703 0.016 0.424 0.496 0.064 0.000
#> SRR191437 5 0.327 0.60919 0.000 0.044 0.000 0.112 0.844
#> SRR191438 2 0.701 0.19386 0.052 0.544 0.176 0.228 0.000
#> SRR191439 5 0.736 0.07705 0.016 0.244 0.008 0.356 0.376
#> SRR191440 5 0.246 0.59401 0.004 0.008 0.000 0.100 0.888
#> SRR191441 5 0.289 0.61455 0.000 0.044 0.000 0.084 0.872
#> SRR191442 3 0.737 0.27782 0.060 0.248 0.492 0.200 0.000
#> SRR191443 3 0.656 0.46578 0.232 0.140 0.588 0.040 0.000
#> SRR191444 2 0.777 -0.15111 0.136 0.424 0.324 0.116 0.000
#> SRR191445 4 0.949 0.22960 0.152 0.208 0.084 0.316 0.240
#> SRR191446 2 0.785 0.22832 0.024 0.480 0.132 0.288 0.076
#> SRR191447 4 0.676 0.11977 0.000 0.388 0.004 0.392 0.216
#> SRR191448 1 0.620 0.64203 0.632 0.012 0.200 0.144 0.012
#> SRR191449 3 0.245 0.61470 0.012 0.052 0.908 0.028 0.000
#> SRR191450 1 0.641 0.49841 0.632 0.084 0.224 0.048 0.012
#> SRR191451 3 0.879 0.09406 0.124 0.240 0.312 0.300 0.024
#> SRR191452 5 0.561 0.47110 0.008 0.088 0.000 0.280 0.624
#> SRR191453 4 0.828 0.22949 0.196 0.180 0.004 0.424 0.196
#> SRR191454 3 0.799 0.37972 0.280 0.268 0.368 0.084 0.000
#> SRR191455 2 0.516 0.33710 0.004 0.688 0.216 0.092 0.000
#> SRR191456 4 0.794 0.23915 0.112 0.300 0.124 0.452 0.012
#> SRR191457 1 0.511 0.67379 0.760 0.040 0.112 0.080 0.008
#> SRR191458 2 0.782 0.17484 0.016 0.484 0.172 0.256 0.072
#> SRR191459 2 0.671 0.14439 0.180 0.540 0.256 0.024 0.000
#> SRR191460 2 0.725 -0.04723 0.168 0.504 0.268 0.060 0.000
#> SRR191461 3 0.523 0.47700 0.008 0.304 0.636 0.052 0.000
#> SRR191462 2 0.818 0.16578 0.196 0.512 0.116 0.132 0.044
#> SRR191463 5 0.690 0.30207 0.012 0.252 0.004 0.236 0.496
#> SRR191464 5 0.585 0.52403 0.012 0.180 0.000 0.164 0.644
#> SRR191465 5 0.638 0.36241 0.004 0.168 0.000 0.312 0.516
#> SRR191466 3 0.767 0.37824 0.108 0.216 0.508 0.164 0.004
#> SRR191467 2 0.671 0.09081 0.012 0.496 0.012 0.356 0.124
#> SRR191468 5 0.618 0.44637 0.000 0.188 0.000 0.264 0.548
#> SRR191469 3 0.564 0.57404 0.068 0.124 0.712 0.096 0.000
#> SRR191470 2 0.694 0.18927 0.016 0.552 0.040 0.288 0.104
#> SRR191471 2 0.753 0.17652 0.096 0.548 0.012 0.184 0.160
#> SRR191472 5 0.654 0.29953 0.000 0.256 0.000 0.264 0.480
#> SRR191473 2 0.403 0.39202 0.012 0.832 0.028 0.088 0.040
#> SRR191474 3 0.302 0.60153 0.016 0.052 0.880 0.052 0.000
#> SRR191475 4 0.671 0.07640 0.004 0.384 0.000 0.408 0.204
#> SRR191476 2 0.670 0.31531 0.028 0.632 0.036 0.176 0.128
#> SRR191477 2 0.691 0.26175 0.016 0.564 0.040 0.272 0.108
#> SRR191478 2 0.616 0.22186 0.004 0.592 0.016 0.284 0.104
#> SRR191479 3 0.371 0.56433 0.136 0.012 0.820 0.032 0.000
#> SRR191480 2 0.734 0.14928 0.012 0.492 0.044 0.144 0.308
#> SRR191481 2 0.381 0.39020 0.004 0.824 0.020 0.128 0.024
#> SRR191482 2 0.577 0.37051 0.032 0.692 0.128 0.144 0.004
#> SRR191483 2 0.459 0.39299 0.012 0.788 0.056 0.124 0.020
#> SRR191484 3 0.688 0.05582 0.364 0.020 0.504 0.076 0.036
#> SRR191485 2 0.504 0.31337 0.008 0.700 0.020 0.244 0.028
#> SRR191486 4 0.817 0.18933 0.116 0.336 0.144 0.392 0.012
#> SRR191487 2 0.868 0.13967 0.052 0.420 0.152 0.268 0.108
#> SRR191488 1 0.673 0.59097 0.624 0.020 0.148 0.168 0.040
#> SRR191489 3 0.968 -0.06273 0.100 0.240 0.268 0.160 0.232
#> SRR191490 5 0.257 0.58447 0.004 0.008 0.000 0.108 0.880
#> SRR191491 3 0.845 0.19569 0.180 0.248 0.340 0.232 0.000
#> SRR191492 3 0.568 0.58510 0.076 0.104 0.712 0.108 0.000
#> SRR191493 5 0.749 0.24078 0.088 0.112 0.004 0.336 0.460
#> SRR191494 4 0.656 0.01392 0.008 0.184 0.000 0.508 0.300
#> SRR191495 3 0.306 0.59743 0.024 0.052 0.880 0.044 0.000
#> SRR191496 5 0.157 0.59941 0.008 0.004 0.000 0.044 0.944
#> SRR191497 3 0.550 0.53118 0.028 0.256 0.660 0.056 0.000
#> SRR191498 3 0.823 0.11703 0.124 0.136 0.416 0.308 0.016
#> SRR191499 3 0.309 0.62174 0.020 0.068 0.876 0.036 0.000
#> SRR191500 3 0.575 0.49452 0.040 0.300 0.616 0.044 0.000
#> SRR191501 5 0.570 0.47514 0.048 0.036 0.004 0.260 0.652
#> SRR191502 2 0.794 0.04628 0.044 0.424 0.092 0.368 0.072
#> SRR191503 5 0.414 0.57966 0.000 0.072 0.000 0.148 0.780
#> SRR191504 2 0.593 0.21550 0.000 0.564 0.052 0.352 0.032
#> SRR191505 2 0.703 -0.08640 0.020 0.420 0.004 0.388 0.168
#> SRR191506 5 0.327 0.60599 0.012 0.032 0.000 0.100 0.856
#> SRR191507 5 0.542 0.55442 0.044 0.096 0.004 0.124 0.732
#> SRR191508 2 0.701 0.25305 0.024 0.560 0.108 0.272 0.036
#> SRR191509 2 0.558 0.26919 0.004 0.660 0.016 0.248 0.072
#> SRR191510 4 0.856 0.08824 0.104 0.356 0.064 0.376 0.100
#> SRR191511 2 0.638 0.05016 0.004 0.484 0.004 0.380 0.128
#> SRR191512 5 0.441 0.58322 0.000 0.112 0.000 0.124 0.764
#> SRR191513 5 0.654 0.25287 0.004 0.168 0.000 0.408 0.420
#> SRR191514 4 0.651 0.06436 0.008 0.396 0.000 0.448 0.148
#> SRR191515 2 0.746 0.03618 0.020 0.440 0.052 0.380 0.108
#> SRR191516 3 0.492 0.57796 0.024 0.180 0.736 0.060 0.000
#> SRR191517 2 0.548 0.24582 0.004 0.580 0.352 0.064 0.000
#> SRR191518 2 0.468 0.34551 0.004 0.744 0.028 0.200 0.024
#> SRR191519 5 0.445 0.58078 0.008 0.104 0.000 0.112 0.776
#> SRR191520 3 0.463 0.54935 0.020 0.164 0.760 0.056 0.000
#> SRR191521 2 0.605 0.23040 0.020 0.608 0.020 0.300 0.052
#> SRR191522 2 0.550 0.29297 0.024 0.648 0.024 0.288 0.016
#> SRR191523 4 0.679 0.26302 0.008 0.292 0.008 0.508 0.184
#> SRR191524 4 0.900 0.22261 0.220 0.144 0.256 0.344 0.036
#> SRR191525 2 0.693 0.02774 0.012 0.480 0.008 0.324 0.176
#> SRR191526 5 0.519 0.44197 0.000 0.056 0.000 0.344 0.600
#> SRR191527 1 0.664 0.26828 0.576 0.064 0.004 0.280 0.076
#> SRR191528 1 0.743 -0.18926 0.384 0.040 0.000 0.360 0.216
#> SRR191529 5 0.710 0.13508 0.016 0.252 0.004 0.264 0.464
#> SRR191530 2 0.540 0.11810 0.000 0.560 0.000 0.376 0.064
#> SRR191531 4 0.770 0.07745 0.172 0.092 0.000 0.452 0.284
#> SRR191532 4 0.874 0.28277 0.048 0.260 0.092 0.396 0.204
#> SRR191533 5 0.864 -0.00520 0.140 0.100 0.052 0.320 0.388
#> SRR191534 4 0.702 0.21449 0.012 0.308 0.020 0.504 0.156
#> SRR191535 2 0.633 0.06917 0.008 0.536 0.012 0.348 0.096
#> SRR191536 1 0.919 -0.30461 0.280 0.280 0.104 0.272 0.064
#> SRR191537 5 0.494 0.59062 0.024 0.100 0.004 0.112 0.760
#> SRR191538 2 0.664 -0.06369 0.004 0.416 0.000 0.392 0.188
#> SRR191539 5 0.476 0.53420 0.000 0.044 0.000 0.288 0.668
#> SRR191540 2 0.670 0.26865 0.036 0.556 0.260 0.148 0.000
#> SRR191541 2 0.679 0.03061 0.024 0.484 0.008 0.372 0.112
#> SRR191542 5 0.630 0.22005 0.004 0.132 0.000 0.416 0.448
#> SRR191543 4 0.680 0.06873 0.016 0.412 0.012 0.444 0.116
#> SRR191544 2 0.622 0.04421 0.020 0.516 0.000 0.376 0.088
#> SRR191545 2 0.513 0.31583 0.020 0.712 0.036 0.220 0.012
#> SRR191546 2 0.510 0.37731 0.028 0.740 0.068 0.160 0.004
#> SRR191547 2 0.623 0.27116 0.020 0.588 0.268 0.124 0.000
#> SRR191548 1 0.229 0.71393 0.888 0.000 0.108 0.004 0.000
#> SRR191549 1 0.237 0.71756 0.904 0.004 0.072 0.020 0.000
#> SRR191550 1 0.275 0.70360 0.856 0.000 0.136 0.008 0.000
#> SRR191551 1 0.234 0.71314 0.884 0.000 0.112 0.004 0.000
#> SRR191552 1 0.225 0.71924 0.900 0.000 0.088 0.012 0.000
#> SRR191553 1 0.499 0.64618 0.736 0.056 0.176 0.032 0.000
#> SRR191554 1 0.266 0.67795 0.904 0.020 0.016 0.052 0.008
#> SRR191555 3 0.495 0.38658 0.276 0.016 0.676 0.032 0.000
#> SRR191556 3 0.711 0.44927 0.240 0.140 0.544 0.076 0.000
#> SRR191557 3 0.341 0.58660 0.072 0.036 0.860 0.032 0.000
#> SRR191558 2 0.710 0.05791 0.008 0.500 0.056 0.336 0.100
#> SRR191559 3 0.506 0.60901 0.052 0.104 0.756 0.088 0.000
#> SRR191560 3 0.703 0.35678 0.300 0.072 0.520 0.108 0.000
#> SRR191561 1 0.319 0.67478 0.872 0.032 0.016 0.076 0.004
#> SRR191562 1 0.485 0.64239 0.724 0.016 0.208 0.052 0.000
#> SRR191563 2 0.576 0.29895 0.032 0.652 0.240 0.076 0.000
#> SRR191564 3 0.511 0.55818 0.024 0.228 0.700 0.048 0.000
#> SRR191565 3 0.750 0.36441 0.300 0.168 0.460 0.072 0.000
#> SRR191566 3 0.347 0.55947 0.128 0.004 0.832 0.036 0.000
#> SRR191567 1 0.473 0.65689 0.696 0.008 0.260 0.036 0.000
#> SRR191568 1 0.566 0.56682 0.644 0.064 0.264 0.028 0.000
#> SRR191569 3 0.812 0.21082 0.120 0.272 0.392 0.216 0.000
#> SRR191570 3 0.793 0.38407 0.216 0.292 0.400 0.092 0.000
#> SRR191571 3 0.699 0.26917 0.364 0.080 0.476 0.080 0.000
#> SRR191572 1 0.246 0.71576 0.888 0.000 0.096 0.016 0.000
#> SRR191573 1 0.658 0.10790 0.492 0.040 0.380 0.088 0.000
#> SRR191574 1 0.326 0.71467 0.856 0.008 0.096 0.040 0.000
#> SRR191575 1 0.534 0.66647 0.740 0.048 0.120 0.088 0.004
#> SRR191576 2 0.824 0.01758 0.104 0.400 0.268 0.220 0.008
#> SRR191577 1 0.816 0.08640 0.404 0.168 0.264 0.164 0.000
#> SRR191578 2 0.651 0.18868 0.016 0.564 0.012 0.112 0.296
#> SRR191579 1 0.266 0.71768 0.900 0.012 0.060 0.024 0.004
#> SRR191580 1 0.374 0.68220 0.856 0.044 0.036 0.048 0.016
#> SRR191581 1 0.423 0.62313 0.816 0.084 0.008 0.072 0.020
#> SRR191582 1 0.481 0.61269 0.764 0.152 0.024 0.052 0.008
#> SRR191583 5 0.628 0.41841 0.032 0.088 0.000 0.316 0.564
#> SRR191584 1 0.672 -0.00138 0.472 0.028 0.000 0.124 0.376
#> SRR191585 3 0.352 0.59663 0.048 0.060 0.856 0.036 0.000
#> SRR191586 3 0.308 0.59125 0.048 0.044 0.880 0.028 0.000
#> SRR191587 3 0.754 0.41332 0.228 0.292 0.428 0.052 0.000
#> SRR191588 3 0.276 0.56678 0.104 0.000 0.872 0.024 0.000
#> SRR191589 3 0.602 0.41525 0.324 0.060 0.580 0.036 0.000
#> SRR191590 1 0.570 0.61005 0.676 0.028 0.192 0.104 0.000
#> SRR191591 3 0.743 0.44746 0.276 0.212 0.460 0.052 0.000
#> SRR191592 3 0.707 0.48140 0.228 0.112 0.560 0.100 0.000
#> SRR191593 3 0.306 0.55639 0.108 0.004 0.860 0.028 0.000
#> SRR191594 1 0.437 0.48485 0.644 0.000 0.344 0.012 0.000
#> SRR191595 3 0.681 0.51339 0.188 0.116 0.600 0.096 0.000
#> SRR191596 3 0.639 0.31358 0.344 0.048 0.540 0.068 0.000
#> SRR191597 3 0.545 0.47646 0.016 0.296 0.632 0.056 0.000
#> SRR191598 3 0.594 0.56421 0.152 0.112 0.680 0.056 0.000
#> SRR191599 3 0.254 0.57336 0.088 0.000 0.888 0.024 0.000
#> SRR191600 2 0.606 0.31672 0.056 0.676 0.164 0.100 0.004
#> SRR191601 3 0.696 0.18383 0.032 0.404 0.420 0.144 0.000
#> SRR191602 2 0.601 -0.10326 0.020 0.524 0.388 0.068 0.000
#> SRR191603 3 0.570 0.37986 0.012 0.356 0.568 0.064 0.000
#> SRR191604 2 0.487 0.36294 0.008 0.756 0.008 0.120 0.108
#> SRR191605 3 0.620 0.33495 0.016 0.388 0.504 0.092 0.000
#> SRR191606 3 0.792 0.39856 0.248 0.188 0.444 0.120 0.000
#> SRR191607 3 0.243 0.59403 0.028 0.020 0.912 0.040 0.000
#> SRR191608 3 0.584 0.19325 0.012 0.392 0.528 0.068 0.000
#> SRR191609 3 0.363 0.58985 0.000 0.104 0.824 0.072 0.000
#> SRR191610 3 0.252 0.58512 0.056 0.012 0.904 0.028 0.000
#> SRR191611 3 0.322 0.59055 0.056 0.044 0.872 0.028 0.000
#> SRR191612 3 0.610 0.57528 0.072 0.196 0.656 0.076 0.000
#> SRR191613 1 0.623 0.32317 0.552 0.024 0.332 0.092 0.000
#> SRR191614 3 0.290 0.62193 0.024 0.056 0.888 0.032 0.000
#> SRR191615 3 0.581 0.46354 0.272 0.056 0.632 0.040 0.000
#> SRR191616 5 0.297 0.58012 0.016 0.012 0.000 0.104 0.868
#> SRR191617 2 0.618 0.20564 0.004 0.580 0.004 0.264 0.148
#> SRR191618 2 0.913 0.05328 0.032 0.288 0.276 0.192 0.212
#> SRR191619 2 0.358 0.40110 0.016 0.852 0.072 0.056 0.004
#> SRR191620 2 0.656 0.13657 0.032 0.548 0.004 0.316 0.100
#> SRR191621 2 0.332 0.39731 0.008 0.864 0.024 0.088 0.016
#> SRR191622 2 0.690 0.17781 0.048 0.544 0.148 0.260 0.000
#> SRR191623 3 0.219 0.60861 0.028 0.024 0.924 0.024 0.000
#> SRR191624 3 0.365 0.51963 0.152 0.004 0.812 0.032 0.000
#> SRR191625 2 0.511 0.37518 0.068 0.760 0.120 0.044 0.008
#> SRR191626 2 0.546 0.09435 0.012 0.544 0.404 0.040 0.000
#> SRR191627 2 0.507 0.36662 0.012 0.724 0.184 0.076 0.004
#> SRR191628 3 0.501 0.58511 0.044 0.184 0.732 0.040 0.000
#> SRR191629 3 0.729 0.35274 0.144 0.388 0.412 0.056 0.000
#> SRR191630 1 0.451 0.41296 0.604 0.000 0.384 0.012 0.000
#> SRR191631 2 0.520 0.32733 0.004 0.640 0.296 0.060 0.000
#> SRR191632 3 0.730 0.39479 0.308 0.156 0.476 0.060 0.000
#> SRR191633 2 0.668 0.18028 0.016 0.520 0.312 0.148 0.004
#> SRR191634 5 0.240 0.58794 0.012 0.012 0.000 0.072 0.904
#> SRR191635 3 0.411 0.61634 0.044 0.112 0.812 0.032 0.000
#> SRR191636 4 0.869 0.09769 0.184 0.164 0.016 0.352 0.284
#> SRR191637 5 0.486 0.57831 0.008 0.096 0.000 0.160 0.736
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 1 0.360 0.644329 0.760 0.000 0.216 0.012 0.000 0.012
#> SRR191394 1 0.214 0.699263 0.908 0.012 0.068 0.004 0.000 0.008
#> SRR191396 6 0.882 0.099079 0.084 0.236 0.276 0.084 0.032 0.288
#> SRR191397 1 0.369 0.665756 0.788 0.008 0.172 0.020 0.000 0.012
#> SRR191398 1 0.184 0.700940 0.916 0.004 0.072 0.000 0.000 0.008
#> SRR191399 3 0.576 0.265495 0.324 0.008 0.516 0.152 0.000 0.000
#> SRR191400 1 0.401 0.684333 0.812 0.040 0.084 0.016 0.000 0.048
#> SRR191401 1 0.418 0.615650 0.728 0.008 0.228 0.024 0.000 0.012
#> SRR191402 3 0.663 0.305001 0.292 0.140 0.508 0.024 0.000 0.036
#> SRR191403 1 0.363 0.657249 0.780 0.000 0.184 0.020 0.000 0.016
#> SRR191404 5 0.772 0.243901 0.016 0.204 0.036 0.068 0.456 0.220
#> SRR191405 2 0.821 0.151672 0.048 0.372 0.232 0.132 0.004 0.212
#> SRR191406 3 0.620 0.269020 0.028 0.328 0.536 0.068 0.000 0.040
#> SRR191407 1 0.693 0.302808 0.468 0.168 0.296 0.024 0.000 0.044
#> SRR191408 3 0.853 0.229843 0.196 0.160 0.364 0.120 0.000 0.160
#> SRR191409 3 0.773 0.263326 0.156 0.232 0.424 0.028 0.000 0.160
#> SRR191410 3 0.680 0.273604 0.132 0.360 0.436 0.060 0.000 0.012
#> SRR191411 3 0.631 0.365845 0.036 0.276 0.568 0.072 0.000 0.048
#> SRR191412 1 0.407 0.602463 0.724 0.004 0.240 0.020 0.000 0.012
#> SRR191413 3 0.486 0.219932 0.304 0.000 0.624 0.064 0.000 0.008
#> SRR191414 1 0.557 0.223396 0.460 0.000 0.432 0.096 0.000 0.012
#> SRR191415 2 0.655 -0.101418 0.076 0.480 0.360 0.060 0.000 0.024
#> SRR191416 3 0.463 0.494319 0.052 0.020 0.708 0.216 0.000 0.004
#> SRR191418 3 0.583 0.170074 0.340 0.044 0.552 0.016 0.000 0.048
#> SRR191419 1 0.450 0.636359 0.740 0.076 0.164 0.012 0.000 0.008
#> SRR191420 1 0.483 0.509601 0.620 0.000 0.320 0.044 0.000 0.016
#> SRR191421 3 0.571 -0.092619 0.428 0.000 0.460 0.088 0.000 0.024
#> SRR191422 2 0.795 -0.073013 0.012 0.424 0.032 0.152 0.252 0.128
#> SRR191423 5 0.766 -0.207071 0.000 0.280 0.000 0.192 0.296 0.232
#> SRR191424 5 0.188 0.579634 0.000 0.024 0.000 0.020 0.928 0.028
#> SRR191425 3 0.513 0.439280 0.120 0.004 0.668 0.196 0.000 0.012
#> SRR191426 2 0.658 0.182673 0.028 0.516 0.324 0.072 0.004 0.056
#> SRR191427 6 0.930 0.294583 0.128 0.148 0.176 0.112 0.080 0.356
#> SRR191428 3 0.525 0.464023 0.088 0.024 0.668 0.212 0.000 0.008
#> SRR191429 2 0.680 -0.343791 0.004 0.428 0.000 0.364 0.096 0.108
#> SRR191430 2 0.616 -0.067313 0.008 0.564 0.020 0.300 0.028 0.080
#> SRR191431 5 0.782 0.113479 0.040 0.096 0.032 0.080 0.388 0.364
#> SRR191432 2 0.679 -0.360659 0.000 0.444 0.000 0.324 0.084 0.148
#> SRR191433 2 0.636 -0.320494 0.000 0.504 0.004 0.316 0.048 0.128
#> SRR191434 2 0.552 0.360097 0.032 0.708 0.156 0.044 0.020 0.040
#> SRR191435 3 0.744 0.249972 0.264 0.036 0.456 0.088 0.000 0.156
#> SRR191436 2 0.630 -0.114492 0.016 0.444 0.408 0.104 0.000 0.028
#> SRR191437 5 0.367 0.580656 0.000 0.032 0.000 0.072 0.820 0.076
#> SRR191438 2 0.794 0.211492 0.028 0.420 0.228 0.148 0.008 0.168
#> SRR191439 6 0.753 -0.178175 0.000 0.176 0.004 0.160 0.300 0.360
#> SRR191440 5 0.392 0.549068 0.008 0.004 0.000 0.064 0.784 0.140
#> SRR191441 5 0.305 0.584083 0.000 0.040 0.000 0.048 0.864 0.048
#> SRR191442 3 0.794 0.172880 0.024 0.212 0.364 0.236 0.000 0.164
#> SRR191443 3 0.727 0.320875 0.240 0.136 0.480 0.124 0.000 0.020
#> SRR191444 2 0.744 -0.018892 0.096 0.432 0.336 0.056 0.004 0.076
#> SRR191445 6 0.832 0.203827 0.096 0.120 0.080 0.036 0.216 0.452
#> SRR191446 2 0.857 0.048878 0.016 0.368 0.092 0.240 0.096 0.188
#> SRR191447 2 0.786 -0.417492 0.000 0.304 0.012 0.296 0.172 0.216
#> SRR191448 1 0.622 0.543206 0.576 0.016 0.216 0.020 0.004 0.168
#> SRR191449 3 0.426 0.517210 0.012 0.056 0.748 0.180 0.000 0.004
#> SRR191450 1 0.687 0.307270 0.484 0.088 0.344 0.032 0.020 0.032
#> SRR191451 3 0.896 -0.091768 0.092 0.216 0.260 0.180 0.012 0.240
#> SRR191452 5 0.676 0.316697 0.012 0.060 0.000 0.140 0.484 0.304
#> SRR191453 6 0.685 0.257478 0.128 0.072 0.012 0.048 0.136 0.604
#> SRR191454 3 0.808 0.314730 0.248 0.204 0.392 0.092 0.004 0.060
#> SRR191455 2 0.560 0.363065 0.008 0.676 0.148 0.116 0.004 0.048
#> SRR191456 6 0.804 0.229784 0.052 0.176 0.124 0.200 0.008 0.440
#> SRR191457 1 0.555 0.635014 0.696 0.024 0.148 0.048 0.004 0.080
#> SRR191458 2 0.797 0.159693 0.016 0.404 0.304 0.068 0.060 0.148
#> SRR191459 2 0.650 0.272051 0.136 0.564 0.224 0.060 0.000 0.016
#> SRR191460 2 0.646 0.082706 0.124 0.540 0.276 0.028 0.000 0.032
#> SRR191461 3 0.671 0.279011 0.008 0.328 0.416 0.220 0.000 0.028
#> SRR191462 2 0.764 0.220804 0.164 0.528 0.112 0.044 0.024 0.128
#> SRR191463 5 0.768 0.255891 0.020 0.256 0.020 0.120 0.460 0.124
#> SRR191464 5 0.671 0.388202 0.012 0.196 0.000 0.148 0.552 0.092
#> SRR191465 5 0.726 0.014046 0.000 0.156 0.000 0.196 0.436 0.212
#> SRR191466 3 0.826 0.187315 0.076 0.188 0.356 0.264 0.000 0.116
#> SRR191467 2 0.704 -0.366561 0.000 0.400 0.004 0.356 0.140 0.100
#> SRR191468 5 0.697 0.247419 0.000 0.124 0.000 0.196 0.484 0.196
#> SRR191469 3 0.709 0.375878 0.040 0.172 0.472 0.276 0.000 0.040
#> SRR191470 2 0.732 0.065237 0.016 0.468 0.028 0.132 0.056 0.300
#> SRR191471 2 0.747 0.071655 0.060 0.512 0.012 0.060 0.136 0.220
#> SRR191472 5 0.739 0.060773 0.000 0.208 0.000 0.144 0.384 0.264
#> SRR191473 2 0.450 0.292804 0.016 0.796 0.024 0.076 0.036 0.052
#> SRR191474 3 0.482 0.487646 0.008 0.044 0.668 0.264 0.000 0.016
#> SRR191475 4 0.762 0.522076 0.000 0.284 0.000 0.296 0.168 0.252
#> SRR191476 2 0.682 0.171555 0.020 0.596 0.064 0.188 0.096 0.036
#> SRR191477 2 0.776 -0.109306 0.004 0.460 0.056 0.208 0.084 0.188
#> SRR191478 2 0.663 -0.265273 0.000 0.520 0.000 0.184 0.084 0.212
#> SRR191479 3 0.585 0.430337 0.144 0.012 0.612 0.208 0.000 0.024
#> SRR191480 2 0.708 -0.014180 0.008 0.432 0.008 0.216 0.292 0.044
#> SRR191481 2 0.440 0.198784 0.000 0.764 0.012 0.140 0.020 0.064
#> SRR191482 2 0.586 0.287802 0.024 0.668 0.088 0.160 0.004 0.056
#> SRR191483 2 0.535 0.280400 0.012 0.720 0.040 0.092 0.016 0.120
#> SRR191484 3 0.808 0.051701 0.336 0.016 0.340 0.184 0.040 0.084
#> SRR191485 2 0.586 -0.048517 0.008 0.600 0.016 0.268 0.016 0.092
#> SRR191486 6 0.830 0.249888 0.068 0.192 0.160 0.176 0.004 0.400
#> SRR191487 4 0.886 0.041738 0.028 0.276 0.084 0.320 0.128 0.164
#> SRR191488 1 0.656 0.433954 0.492 0.000 0.188 0.020 0.020 0.280
#> SRR191489 3 0.901 -0.069652 0.064 0.244 0.332 0.072 0.196 0.092
#> SRR191490 5 0.345 0.533769 0.008 0.000 0.000 0.024 0.792 0.176
#> SRR191491 6 0.888 0.007750 0.140 0.212 0.236 0.176 0.000 0.236
#> SRR191492 3 0.690 0.462745 0.076 0.064 0.572 0.188 0.000 0.100
#> SRR191493 6 0.731 -0.172985 0.064 0.044 0.004 0.108 0.388 0.392
#> SRR191494 6 0.735 -0.225947 0.000 0.156 0.004 0.196 0.204 0.440
#> SRR191495 3 0.471 0.486370 0.008 0.040 0.668 0.272 0.000 0.012
#> SRR191496 5 0.319 0.563111 0.024 0.000 0.000 0.060 0.852 0.064
#> SRR191497 3 0.653 0.369800 0.020 0.264 0.520 0.168 0.000 0.028
#> SRR191498 3 0.814 -0.090454 0.060 0.076 0.352 0.180 0.012 0.320
#> SRR191499 3 0.404 0.530945 0.004 0.048 0.768 0.168 0.000 0.012
#> SRR191500 3 0.663 0.274021 0.032 0.332 0.464 0.156 0.000 0.016
#> SRR191501 5 0.692 0.377342 0.040 0.036 0.008 0.120 0.516 0.280
#> SRR191502 2 0.834 -0.094181 0.016 0.292 0.128 0.276 0.028 0.260
#> SRR191503 5 0.494 0.530178 0.008 0.028 0.000 0.172 0.712 0.080
#> SRR191504 4 0.628 0.377098 0.000 0.392 0.016 0.456 0.024 0.112
#> SRR191505 4 0.784 0.516716 0.008 0.300 0.004 0.304 0.144 0.240
#> SRR191506 5 0.506 0.563932 0.016 0.036 0.000 0.080 0.720 0.148
#> SRR191507 5 0.592 0.527928 0.040 0.092 0.000 0.128 0.672 0.068
#> SRR191508 2 0.746 -0.119104 0.020 0.464 0.088 0.292 0.020 0.116
#> SRR191509 2 0.629 0.016038 0.000 0.596 0.012 0.160 0.060 0.172
#> SRR191510 6 0.832 0.092762 0.048 0.280 0.116 0.092 0.052 0.412
#> SRR191511 2 0.713 -0.383933 0.000 0.416 0.000 0.284 0.104 0.196
#> SRR191512 5 0.554 0.476547 0.000 0.084 0.000 0.192 0.652 0.072
#> SRR191513 4 0.728 0.210599 0.004 0.108 0.000 0.420 0.252 0.216
#> SRR191514 4 0.718 0.516613 0.000 0.288 0.000 0.384 0.092 0.236
#> SRR191515 2 0.787 -0.276830 0.012 0.340 0.032 0.280 0.060 0.276
#> SRR191516 3 0.695 0.387664 0.024 0.228 0.468 0.244 0.000 0.036
#> SRR191517 2 0.571 0.273235 0.000 0.552 0.268 0.172 0.000 0.008
#> SRR191518 2 0.590 0.102651 0.008 0.632 0.036 0.204 0.008 0.112
#> SRR191519 5 0.416 0.555798 0.008 0.088 0.000 0.104 0.784 0.016
#> SRR191520 3 0.563 0.421856 0.004 0.136 0.588 0.260 0.000 0.012
#> SRR191521 2 0.709 -0.302567 0.008 0.436 0.052 0.348 0.020 0.136
#> SRR191522 2 0.656 0.220399 0.012 0.592 0.064 0.136 0.012 0.184
#> SRR191523 6 0.757 -0.202913 0.004 0.240 0.004 0.284 0.112 0.356
#> SRR191524 6 0.876 0.260299 0.148 0.128 0.168 0.192 0.008 0.356
#> SRR191525 2 0.730 -0.216653 0.000 0.440 0.012 0.120 0.148 0.280
#> SRR191526 5 0.649 0.240566 0.000 0.032 0.000 0.196 0.416 0.356
#> SRR191527 1 0.687 0.078265 0.460 0.036 0.016 0.068 0.044 0.376
#> SRR191528 6 0.579 0.188527 0.188 0.024 0.008 0.000 0.164 0.616
#> SRR191529 5 0.760 0.058992 0.004 0.260 0.000 0.148 0.356 0.232
#> SRR191530 4 0.667 0.433374 0.000 0.392 0.008 0.400 0.040 0.160
#> SRR191531 6 0.599 0.198331 0.096 0.040 0.000 0.052 0.156 0.656
#> SRR191532 6 0.798 0.224660 0.008 0.184 0.064 0.176 0.108 0.460
#> SRR191533 6 0.790 0.063752 0.084 0.048 0.040 0.080 0.328 0.420
#> SRR191534 4 0.784 0.284969 0.012 0.180 0.040 0.384 0.068 0.316
#> SRR191535 2 0.692 -0.272667 0.000 0.424 0.004 0.260 0.052 0.260
#> SRR191536 6 0.893 0.165975 0.244 0.208 0.128 0.136 0.008 0.276
#> SRR191537 5 0.560 0.551406 0.024 0.060 0.000 0.104 0.692 0.120
#> SRR191538 4 0.759 0.527605 0.000 0.280 0.000 0.312 0.164 0.244
#> SRR191539 5 0.585 0.465293 0.000 0.056 0.000 0.112 0.604 0.228
#> SRR191540 2 0.646 0.155290 0.020 0.476 0.108 0.368 0.008 0.020
#> SRR191541 2 0.754 -0.477911 0.016 0.376 0.016 0.368 0.084 0.140
#> SRR191542 6 0.723 -0.219349 0.000 0.096 0.000 0.248 0.284 0.372
#> SRR191543 2 0.713 -0.399750 0.000 0.348 0.004 0.336 0.064 0.248
#> SRR191544 2 0.724 -0.414517 0.004 0.376 0.012 0.368 0.068 0.172
#> SRR191545 2 0.601 -0.085475 0.008 0.548 0.016 0.320 0.012 0.096
#> SRR191546 2 0.504 0.198796 0.020 0.692 0.040 0.216 0.000 0.032
#> SRR191547 2 0.703 0.302750 0.024 0.544 0.188 0.148 0.004 0.092
#> SRR191548 1 0.187 0.698570 0.908 0.000 0.084 0.000 0.000 0.008
#> SRR191549 1 0.219 0.686912 0.908 0.008 0.040 0.000 0.000 0.044
#> SRR191550 1 0.265 0.688626 0.868 0.000 0.104 0.020 0.000 0.008
#> SRR191551 1 0.187 0.698760 0.908 0.000 0.084 0.000 0.000 0.008
#> SRR191552 1 0.229 0.699245 0.900 0.016 0.068 0.000 0.000 0.016
#> SRR191553 1 0.499 0.603421 0.736 0.124 0.072 0.052 0.000 0.016
#> SRR191554 1 0.376 0.611406 0.820 0.044 0.008 0.020 0.004 0.104
#> SRR191555 3 0.615 0.264957 0.272 0.004 0.488 0.228 0.000 0.008
#> SRR191556 3 0.587 0.400923 0.188 0.148 0.620 0.008 0.000 0.036
#> SRR191557 3 0.528 0.477252 0.076 0.040 0.648 0.236 0.000 0.000
#> SRR191558 2 0.786 0.170054 0.004 0.476 0.120 0.128 0.076 0.196
#> SRR191559 3 0.440 0.500168 0.024 0.084 0.788 0.036 0.000 0.068
#> SRR191560 3 0.637 0.368703 0.196 0.084 0.604 0.024 0.000 0.092
#> SRR191561 1 0.408 0.627517 0.808 0.036 0.016 0.072 0.000 0.068
#> SRR191562 1 0.544 0.481019 0.580 0.008 0.320 0.012 0.000 0.080
#> SRR191563 2 0.568 0.192040 0.032 0.580 0.320 0.044 0.000 0.024
#> SRR191564 3 0.504 0.391585 0.004 0.268 0.648 0.060 0.000 0.020
#> SRR191565 3 0.656 0.371588 0.188 0.168 0.568 0.020 0.000 0.056
#> SRR191566 3 0.344 0.479258 0.100 0.004 0.824 0.068 0.000 0.004
#> SRR191567 1 0.439 0.586427 0.652 0.008 0.316 0.008 0.000 0.016
#> SRR191568 1 0.539 0.547597 0.624 0.088 0.264 0.012 0.000 0.012
#> SRR191569 3 0.790 0.117280 0.056 0.232 0.416 0.100 0.000 0.196
#> SRR191570 3 0.701 0.309671 0.132 0.300 0.480 0.048 0.000 0.040
#> SRR191571 3 0.602 0.325727 0.244 0.076 0.604 0.016 0.000 0.060
#> SRR191572 1 0.191 0.697426 0.920 0.000 0.060 0.004 0.004 0.012
#> SRR191573 3 0.646 -0.088786 0.424 0.056 0.424 0.016 0.000 0.080
#> SRR191574 1 0.440 0.684811 0.768 0.016 0.128 0.016 0.000 0.072
#> SRR191575 1 0.617 0.512697 0.568 0.020 0.264 0.028 0.000 0.120
#> SRR191576 3 0.793 0.102419 0.068 0.292 0.376 0.076 0.000 0.188
#> SRR191577 3 0.784 0.135592 0.256 0.164 0.400 0.032 0.000 0.148
#> SRR191578 2 0.609 0.114844 0.020 0.600 0.004 0.092 0.248 0.036
#> SRR191579 1 0.303 0.675987 0.864 0.004 0.044 0.008 0.004 0.076
#> SRR191580 1 0.445 0.619994 0.784 0.064 0.032 0.028 0.000 0.092
#> SRR191581 1 0.534 0.523038 0.720 0.088 0.028 0.024 0.012 0.128
#> SRR191582 1 0.567 0.518247 0.664 0.192 0.044 0.028 0.000 0.072
#> SRR191583 5 0.665 0.300843 0.020 0.072 0.004 0.064 0.452 0.388
#> SRR191584 1 0.663 -0.165732 0.380 0.004 0.000 0.020 0.324 0.272
#> SRR191585 3 0.546 0.480654 0.044 0.064 0.628 0.260 0.000 0.004
#> SRR191586 3 0.504 0.482722 0.048 0.040 0.652 0.260 0.000 0.000
#> SRR191587 3 0.725 0.268019 0.196 0.320 0.412 0.024 0.004 0.044
#> SRR191588 3 0.405 0.477621 0.096 0.000 0.752 0.152 0.000 0.000
#> SRR191589 3 0.577 0.309690 0.308 0.060 0.580 0.036 0.000 0.016
#> SRR191590 1 0.607 0.462206 0.564 0.032 0.280 0.012 0.000 0.112
#> SRR191591 3 0.706 0.416123 0.180 0.216 0.512 0.044 0.000 0.048
#> SRR191592 3 0.634 0.441250 0.128 0.088 0.640 0.052 0.000 0.092
#> SRR191593 3 0.501 0.433937 0.124 0.004 0.676 0.188 0.000 0.008
#> SRR191594 1 0.455 0.503062 0.660 0.000 0.284 0.048 0.000 0.008
#> SRR191595 3 0.603 0.441516 0.116 0.084 0.664 0.036 0.000 0.100
#> SRR191596 3 0.541 0.294162 0.272 0.020 0.624 0.012 0.000 0.072
#> SRR191597 3 0.550 0.347546 0.020 0.272 0.612 0.088 0.000 0.008
#> SRR191598 3 0.462 0.466887 0.124 0.080 0.756 0.016 0.000 0.024
#> SRR191599 3 0.380 0.490228 0.068 0.008 0.804 0.112 0.000 0.008
#> SRR191600 2 0.631 0.232939 0.036 0.568 0.276 0.048 0.000 0.072
#> SRR191601 2 0.732 -0.023060 0.024 0.400 0.352 0.128 0.000 0.096
#> SRR191602 2 0.569 0.078827 0.032 0.564 0.340 0.032 0.000 0.032
#> SRR191603 3 0.643 0.153022 0.016 0.388 0.444 0.124 0.000 0.028
#> SRR191604 2 0.528 0.222611 0.016 0.724 0.016 0.112 0.104 0.028
#> SRR191605 3 0.564 0.215681 0.020 0.388 0.524 0.044 0.000 0.024
#> SRR191606 3 0.725 0.361325 0.160 0.204 0.500 0.024 0.000 0.112
#> SRR191607 3 0.462 0.489723 0.028 0.028 0.688 0.252 0.000 0.004
#> SRR191608 2 0.673 0.021934 0.016 0.396 0.384 0.176 0.000 0.028
#> SRR191609 3 0.537 0.464128 0.000 0.100 0.624 0.256 0.004 0.016
#> SRR191610 3 0.459 0.471307 0.064 0.008 0.680 0.248 0.000 0.000
#> SRR191611 3 0.522 0.484565 0.064 0.044 0.652 0.240 0.000 0.000
#> SRR191612 3 0.562 0.417464 0.028 0.196 0.664 0.036 0.000 0.076
#> SRR191613 1 0.718 0.354211 0.484 0.024 0.264 0.100 0.000 0.128
#> SRR191614 3 0.285 0.539306 0.012 0.052 0.880 0.044 0.000 0.012
#> SRR191615 3 0.504 0.356361 0.252 0.036 0.668 0.028 0.000 0.016
#> SRR191616 5 0.363 0.517810 0.028 0.000 0.000 0.008 0.776 0.188
#> SRR191617 2 0.666 -0.048076 0.004 0.552 0.004 0.204 0.148 0.088
#> SRR191618 2 0.937 0.000323 0.032 0.260 0.196 0.192 0.184 0.136
#> SRR191619 2 0.433 0.321464 0.016 0.796 0.060 0.084 0.004 0.040
#> SRR191620 2 0.729 0.048230 0.024 0.512 0.032 0.220 0.040 0.172
#> SRR191621 2 0.303 0.254092 0.000 0.848 0.012 0.116 0.004 0.020
#> SRR191622 2 0.803 0.156286 0.032 0.408 0.188 0.140 0.008 0.224
#> SRR191623 3 0.375 0.528855 0.004 0.016 0.788 0.164 0.000 0.028
#> SRR191624 3 0.553 0.362437 0.188 0.004 0.628 0.164 0.000 0.016
#> SRR191625 2 0.513 0.339449 0.068 0.740 0.120 0.036 0.008 0.028
#> SRR191626 2 0.608 0.199010 0.012 0.540 0.232 0.208 0.000 0.008
#> SRR191627 2 0.563 0.350192 0.008 0.620 0.228 0.124 0.000 0.020
#> SRR191628 3 0.645 0.422891 0.036 0.224 0.556 0.164 0.000 0.020
#> SRR191629 2 0.636 -0.095843 0.100 0.464 0.384 0.036 0.000 0.016
#> SRR191630 1 0.484 0.448697 0.620 0.000 0.312 0.060 0.000 0.008
#> SRR191631 2 0.557 0.280094 0.004 0.572 0.276 0.144 0.000 0.004
#> SRR191632 3 0.672 0.320160 0.288 0.124 0.508 0.016 0.000 0.064
#> SRR191633 3 0.662 -0.057235 0.016 0.412 0.420 0.084 0.000 0.068
#> SRR191634 5 0.300 0.542566 0.024 0.000 0.000 0.008 0.840 0.128
#> SRR191635 3 0.457 0.504047 0.012 0.124 0.736 0.124 0.000 0.004
#> SRR191636 6 0.818 0.127011 0.092 0.116 0.032 0.064 0.256 0.440
#> SRR191637 5 0.453 0.546280 0.004 0.044 0.000 0.136 0.756 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.503 0.781 0.903 0.5008 0.499 0.499
#> 3 3 0.438 0.653 0.797 0.3189 0.767 0.565
#> 4 4 0.417 0.428 0.675 0.1252 0.873 0.650
#> 5 5 0.471 0.338 0.611 0.0681 0.882 0.604
#> 6 6 0.514 0.291 0.583 0.0408 0.913 0.640
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191394 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191396 2 0.9977 0.1192 0.472 0.528
#> SRR191397 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191398 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191399 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191400 1 0.4431 0.8381 0.908 0.092
#> SRR191401 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191402 1 0.1633 0.8809 0.976 0.024
#> SRR191403 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191404 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191405 2 0.4431 0.8455 0.092 0.908
#> SRR191406 1 0.7674 0.7169 0.776 0.224
#> SRR191407 1 0.3431 0.8615 0.936 0.064
#> SRR191408 1 0.3733 0.8573 0.928 0.072
#> SRR191409 1 0.7139 0.7384 0.804 0.196
#> SRR191410 1 0.7528 0.7216 0.784 0.216
#> SRR191411 1 0.2043 0.8768 0.968 0.032
#> SRR191412 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191413 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191414 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191415 1 0.7602 0.7203 0.780 0.220
#> SRR191416 1 0.1184 0.8828 0.984 0.016
#> SRR191418 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191419 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191420 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191421 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191422 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191423 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191424 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191425 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191426 2 1.0000 -0.0306 0.500 0.500
#> SRR191427 1 0.9977 0.0778 0.528 0.472
#> SRR191428 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191429 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191430 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191431 2 0.2043 0.8762 0.032 0.968
#> SRR191432 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191433 2 0.1414 0.8827 0.020 0.980
#> SRR191434 2 0.4815 0.8333 0.104 0.896
#> SRR191435 1 0.3274 0.8597 0.940 0.060
#> SRR191436 1 0.7376 0.7371 0.792 0.208
#> SRR191437 2 0.0376 0.8870 0.004 0.996
#> SRR191438 2 0.3733 0.8595 0.072 0.928
#> SRR191439 2 0.0376 0.8872 0.004 0.996
#> SRR191440 2 0.1184 0.8835 0.016 0.984
#> SRR191441 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191442 1 0.7883 0.6999 0.764 0.236
#> SRR191443 1 0.0938 0.8834 0.988 0.012
#> SRR191444 1 0.9358 0.4686 0.648 0.352
#> SRR191445 2 0.5408 0.8254 0.124 0.876
#> SRR191446 2 0.0376 0.8874 0.004 0.996
#> SRR191447 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191448 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191449 1 0.3114 0.8659 0.944 0.056
#> SRR191450 1 0.1633 0.8795 0.976 0.024
#> SRR191451 1 0.7815 0.6933 0.768 0.232
#> SRR191452 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191453 2 0.9393 0.4437 0.356 0.644
#> SRR191454 1 0.5294 0.8273 0.880 0.120
#> SRR191455 2 0.8144 0.6565 0.252 0.748
#> SRR191456 2 0.9815 0.2960 0.420 0.580
#> SRR191457 1 0.4298 0.8423 0.912 0.088
#> SRR191458 2 0.7883 0.6884 0.236 0.764
#> SRR191459 1 0.9998 0.0376 0.508 0.492
#> SRR191460 1 0.9393 0.4799 0.644 0.356
#> SRR191461 1 0.6973 0.7608 0.812 0.188
#> SRR191462 2 0.9129 0.5176 0.328 0.672
#> SRR191463 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191464 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191465 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191466 1 0.9775 0.3600 0.588 0.412
#> SRR191467 2 0.0376 0.8874 0.004 0.996
#> SRR191468 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191469 1 0.5294 0.8345 0.880 0.120
#> SRR191470 2 0.0376 0.8873 0.004 0.996
#> SRR191471 2 0.5059 0.8268 0.112 0.888
#> SRR191472 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191473 2 0.2603 0.8715 0.044 0.956
#> SRR191474 1 0.6048 0.7982 0.852 0.148
#> SRR191475 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191476 2 0.1184 0.8847 0.016 0.984
#> SRR191477 2 0.0376 0.8874 0.004 0.996
#> SRR191478 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191479 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191480 2 0.1184 0.8846 0.016 0.984
#> SRR191481 2 0.2778 0.8694 0.048 0.952
#> SRR191482 2 0.5629 0.8080 0.132 0.868
#> SRR191483 2 0.3879 0.8528 0.076 0.924
#> SRR191484 1 0.0938 0.8828 0.988 0.012
#> SRR191485 2 0.0376 0.8872 0.004 0.996
#> SRR191486 2 0.9983 0.0949 0.476 0.524
#> SRR191487 2 0.5408 0.8179 0.124 0.876
#> SRR191488 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191489 1 0.9998 0.0534 0.508 0.492
#> SRR191490 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> SRR191491 1 0.2236 0.8768 0.964 0.036
#> SRR191492 1 0.3584 0.8598 0.932 0.068
#> SRR191493 2 0.8016 0.6562 0.244 0.756
#> SRR191494 2 0.1414 0.8818 0.020 0.980
#> SRR191495 1 0.4939 0.8332 0.892 0.108
#> SRR191496 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191497 1 0.7299 0.7396 0.796 0.204
#> SRR191498 1 0.8081 0.6631 0.752 0.248
#> SRR191499 1 0.1843 0.8790 0.972 0.028
#> SRR191500 1 0.6887 0.7636 0.816 0.184
#> SRR191501 2 0.4815 0.8269 0.104 0.896
#> SRR191502 2 0.1184 0.8851 0.016 0.984
#> SRR191503 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191504 2 0.0376 0.8874 0.004 0.996
#> SRR191505 2 0.1414 0.8834 0.020 0.980
#> SRR191506 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191507 2 0.3431 0.8605 0.064 0.936
#> SRR191508 2 0.5842 0.8040 0.140 0.860
#> SRR191509 2 0.0376 0.8872 0.004 0.996
#> SRR191510 2 0.4431 0.8440 0.092 0.908
#> SRR191511 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191512 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191513 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191514 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191515 2 0.0376 0.8874 0.004 0.996
#> SRR191516 1 0.3114 0.8670 0.944 0.056
#> SRR191517 2 0.9661 0.3556 0.392 0.608
#> SRR191518 2 0.1843 0.8806 0.028 0.972
#> SRR191519 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191520 1 0.8443 0.6360 0.728 0.272
#> SRR191521 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191522 2 0.3114 0.8663 0.056 0.944
#> SRR191523 2 0.1843 0.8791 0.028 0.972
#> SRR191524 1 0.9129 0.5252 0.672 0.328
#> SRR191525 2 0.0938 0.8852 0.012 0.988
#> SRR191526 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191527 1 0.9993 0.0424 0.516 0.484
#> SRR191528 2 0.9833 0.2721 0.424 0.576
#> SRR191529 2 0.3584 0.8542 0.068 0.932
#> SRR191530 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191531 2 0.9323 0.4602 0.348 0.652
#> SRR191532 2 0.8081 0.6749 0.248 0.752
#> SRR191533 2 0.7139 0.7302 0.196 0.804
#> SRR191534 2 0.4298 0.8457 0.088 0.912
#> SRR191535 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191536 1 0.9850 0.2562 0.572 0.428
#> SRR191537 2 0.0376 0.8872 0.004 0.996
#> SRR191538 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191539 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191540 2 0.9427 0.4202 0.360 0.640
#> SRR191541 2 0.0672 0.8861 0.008 0.992
#> SRR191542 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191543 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191544 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191545 2 0.0376 0.8874 0.004 0.996
#> SRR191546 2 0.7056 0.7411 0.192 0.808
#> SRR191547 2 0.9954 0.1090 0.460 0.540
#> SRR191548 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191554 1 0.3114 0.8628 0.944 0.056
#> SRR191555 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191556 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191557 1 0.0938 0.8835 0.988 0.012
#> SRR191558 2 0.1414 0.8830 0.020 0.980
#> SRR191559 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191560 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191561 1 0.6623 0.7629 0.828 0.172
#> SRR191562 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191563 2 0.7453 0.7108 0.212 0.788
#> SRR191564 1 0.1414 0.8824 0.980 0.020
#> SRR191565 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191566 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191567 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191568 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191569 1 0.7219 0.7319 0.800 0.200
#> SRR191570 1 0.4161 0.8485 0.916 0.084
#> SRR191571 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191572 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191573 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191574 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191575 1 0.5737 0.8010 0.864 0.136
#> SRR191576 1 0.9323 0.4714 0.652 0.348
#> SRR191577 1 0.3114 0.8657 0.944 0.056
#> SRR191578 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191579 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191580 1 0.7219 0.7307 0.800 0.200
#> SRR191581 1 0.8763 0.5695 0.704 0.296
#> SRR191582 1 0.7219 0.7322 0.800 0.200
#> SRR191583 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191584 2 0.9922 0.1895 0.448 0.552
#> SRR191585 1 0.5519 0.8165 0.872 0.128
#> SRR191586 1 0.4022 0.8518 0.920 0.080
#> SRR191587 1 0.6343 0.7914 0.840 0.160
#> SRR191588 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191589 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191590 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191591 1 0.5178 0.8307 0.884 0.116
#> SRR191592 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191593 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191594 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191595 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191596 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191597 1 0.9323 0.4848 0.652 0.348
#> SRR191598 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191599 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191600 2 0.0376 0.8874 0.004 0.996
#> SRR191601 2 0.9970 0.0759 0.468 0.532
#> SRR191602 1 0.9580 0.4173 0.620 0.380
#> SRR191603 1 0.9710 0.3526 0.600 0.400
#> SRR191604 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191605 1 0.9087 0.5449 0.676 0.324
#> SRR191606 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191607 1 0.0672 0.8848 0.992 0.008
#> SRR191608 2 0.9954 0.1446 0.460 0.540
#> SRR191609 1 0.8016 0.6817 0.756 0.244
#> SRR191610 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191611 1 0.2778 0.8697 0.952 0.048
#> SRR191612 1 0.0376 0.8855 0.996 0.004
#> SRR191613 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191614 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191615 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191616 2 0.2948 0.8650 0.052 0.948
#> SRR191617 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191618 2 0.6887 0.7510 0.184 0.816
#> SRR191619 2 0.5408 0.8146 0.124 0.876
#> SRR191620 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
#> SRR191621 2 0.0938 0.8851 0.012 0.988
#> SRR191622 2 0.2778 0.8726 0.048 0.952
#> SRR191623 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191624 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191625 2 0.7376 0.7245 0.208 0.792
#> SRR191626 2 0.9993 0.0417 0.484 0.516
#> SRR191627 2 0.5946 0.7980 0.144 0.856
#> SRR191628 1 0.6438 0.7853 0.836 0.164
#> SRR191629 1 0.9522 0.4290 0.628 0.372
#> SRR191630 1 0.0000 0.8862 1.000 0.000
#> SRR191631 2 0.9087 0.5182 0.324 0.676
#> SRR191632 1 0.0672 0.8846 0.992 0.008
#> SRR191633 2 0.7299 0.7362 0.204 0.796
#> SRR191634 2 0.0672 0.8862 0.008 0.992
#> SRR191635 1 0.4022 0.8520 0.920 0.080
#> SRR191636 2 0.6712 0.7666 0.176 0.824
#> SRR191637 2 0.0000 0.8873 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.0747 0.72948 0.984 0.000 0.016
#> SRR191394 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191396 1 0.6339 0.43774 0.632 0.360 0.008
#> SRR191397 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191398 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191399 1 0.6180 -0.04742 0.584 0.000 0.416
#> SRR191400 1 0.1860 0.72079 0.948 0.052 0.000
#> SRR191401 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191402 1 0.6192 -0.04153 0.580 0.000 0.420
#> SRR191403 1 0.0747 0.72971 0.984 0.000 0.016
#> SRR191404 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191405 2 0.6144 0.76313 0.088 0.780 0.132
#> SRR191406 3 0.0237 0.70804 0.000 0.004 0.996
#> SRR191407 1 0.4834 0.66772 0.792 0.004 0.204
#> SRR191408 1 0.6008 0.50200 0.628 0.000 0.372
#> SRR191409 1 0.4139 0.69121 0.860 0.124 0.016
#> SRR191410 3 0.5363 0.67496 0.276 0.000 0.724
#> SRR191411 3 0.6291 -0.18975 0.468 0.000 0.532
#> SRR191412 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191413 1 0.5621 0.46642 0.692 0.000 0.308
#> SRR191414 1 0.3879 0.66117 0.848 0.000 0.152
#> SRR191415 3 0.3551 0.71230 0.132 0.000 0.868
#> SRR191416 3 0.4842 0.71650 0.224 0.000 0.776
#> SRR191418 1 0.2878 0.71634 0.904 0.000 0.096
#> SRR191419 1 0.4842 0.67310 0.776 0.000 0.224
#> SRR191420 1 0.2959 0.70047 0.900 0.000 0.100
#> SRR191421 1 0.3816 0.66628 0.852 0.000 0.148
#> SRR191422 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191423 2 0.1289 0.86727 0.000 0.968 0.032
#> SRR191424 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191425 3 0.6045 0.52032 0.380 0.000 0.620
#> SRR191426 3 0.8637 0.57473 0.168 0.236 0.596
#> SRR191427 1 0.8076 0.28526 0.524 0.408 0.068
#> SRR191428 3 0.5327 0.67890 0.272 0.000 0.728
#> SRR191429 2 0.0424 0.87065 0.000 0.992 0.008
#> SRR191430 2 0.1315 0.87004 0.008 0.972 0.020
#> SRR191431 2 0.0747 0.87014 0.016 0.984 0.000
#> SRR191432 2 0.0424 0.87055 0.000 0.992 0.008
#> SRR191433 2 0.3682 0.84150 0.008 0.876 0.116
#> SRR191434 2 0.7633 0.67374 0.120 0.680 0.200
#> SRR191435 1 0.4682 0.61143 0.804 0.004 0.192
#> SRR191436 3 0.4931 0.68461 0.140 0.032 0.828
#> SRR191437 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191438 2 0.5538 0.79034 0.072 0.812 0.116
#> SRR191439 2 0.0892 0.87034 0.020 0.980 0.000
#> SRR191440 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191441 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191442 3 0.7683 0.63979 0.280 0.080 0.640
#> SRR191443 1 0.6305 0.21342 0.516 0.000 0.484
#> SRR191444 3 0.7495 0.44485 0.248 0.084 0.668
#> SRR191445 2 0.4413 0.78875 0.160 0.832 0.008
#> SRR191446 2 0.6659 0.26352 0.008 0.532 0.460
#> SRR191447 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191448 1 0.2796 0.72063 0.908 0.000 0.092
#> SRR191449 3 0.3619 0.73612 0.136 0.000 0.864
#> SRR191450 1 0.5618 0.63644 0.732 0.008 0.260
#> SRR191451 1 0.8824 0.45844 0.572 0.168 0.260
#> SRR191452 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191453 2 0.7915 -0.01666 0.456 0.488 0.056
#> SRR191454 1 0.7395 0.01666 0.580 0.040 0.380
#> SRR191455 3 0.5514 0.62546 0.044 0.156 0.800
#> SRR191456 1 0.7377 0.13545 0.516 0.452 0.032
#> SRR191457 1 0.5449 0.70114 0.816 0.068 0.116
#> SRR191458 2 0.9271 0.37343 0.228 0.528 0.244
#> SRR191459 3 0.6189 0.56697 0.364 0.004 0.632
#> SRR191460 3 0.7451 0.26783 0.396 0.040 0.564
#> SRR191461 3 0.1878 0.71487 0.044 0.004 0.952
#> SRR191462 2 0.9439 0.33924 0.224 0.500 0.276
#> SRR191463 2 0.0592 0.87091 0.000 0.988 0.012
#> SRR191464 2 0.0747 0.87073 0.000 0.984 0.016
#> SRR191465 2 0.0424 0.86983 0.008 0.992 0.000
#> SRR191466 3 0.9148 0.44779 0.336 0.160 0.504
#> SRR191467 2 0.2261 0.86202 0.000 0.932 0.068
#> SRR191468 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191469 3 0.6506 0.70274 0.236 0.044 0.720
#> SRR191470 2 0.4351 0.80821 0.004 0.828 0.168
#> SRR191471 2 0.6151 0.76856 0.068 0.772 0.160
#> SRR191472 2 0.0237 0.87058 0.000 0.996 0.004
#> SRR191473 2 0.5327 0.71518 0.000 0.728 0.272
#> SRR191474 3 0.3879 0.73270 0.152 0.000 0.848
#> SRR191475 2 0.0424 0.86983 0.008 0.992 0.000
#> SRR191476 2 0.3755 0.83835 0.008 0.872 0.120
#> SRR191477 2 0.4293 0.79815 0.004 0.832 0.164
#> SRR191478 2 0.2280 0.86590 0.008 0.940 0.052
#> SRR191479 3 0.6252 0.37620 0.444 0.000 0.556
#> SRR191480 2 0.6225 0.37379 0.000 0.568 0.432
#> SRR191481 2 0.5678 0.65733 0.000 0.684 0.316
#> SRR191482 3 0.8056 0.24701 0.068 0.400 0.532
#> SRR191483 2 0.5815 0.65499 0.004 0.692 0.304
#> SRR191484 1 0.5733 0.38772 0.676 0.000 0.324
#> SRR191485 2 0.1774 0.86887 0.016 0.960 0.024
#> SRR191486 1 0.8213 0.39230 0.568 0.344 0.088
#> SRR191487 2 0.7970 0.42914 0.080 0.596 0.324
#> SRR191488 1 0.1753 0.72691 0.952 0.000 0.048
#> SRR191489 3 0.9489 0.21000 0.280 0.228 0.492
#> SRR191490 2 0.0592 0.86997 0.012 0.988 0.000
#> SRR191491 1 0.6794 0.52315 0.648 0.028 0.324
#> SRR191492 3 0.5763 0.67436 0.276 0.008 0.716
#> SRR191493 2 0.5706 0.49356 0.320 0.680 0.000
#> SRR191494 2 0.0747 0.87045 0.016 0.984 0.000
#> SRR191495 3 0.3619 0.73612 0.136 0.000 0.864
#> SRR191496 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191497 3 0.0747 0.71263 0.016 0.000 0.984
#> SRR191498 1 0.8649 0.47647 0.596 0.172 0.232
#> SRR191499 3 0.3816 0.73319 0.148 0.000 0.852
#> SRR191500 3 0.0892 0.71324 0.020 0.000 0.980
#> SRR191501 2 0.4485 0.79239 0.136 0.844 0.020
#> SRR191502 2 0.4110 0.80275 0.004 0.844 0.152
#> SRR191503 2 0.0237 0.86999 0.004 0.996 0.000
#> SRR191504 2 0.3532 0.83922 0.008 0.884 0.108
#> SRR191505 2 0.2866 0.85657 0.008 0.916 0.076
#> SRR191506 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191507 2 0.4269 0.83044 0.052 0.872 0.076
#> SRR191508 2 0.7505 0.63058 0.144 0.696 0.160
#> SRR191509 2 0.3551 0.82844 0.000 0.868 0.132
#> SRR191510 2 0.6823 0.73231 0.152 0.740 0.108
#> SRR191511 2 0.2063 0.86714 0.008 0.948 0.044
#> SRR191512 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191513 2 0.0848 0.87008 0.008 0.984 0.008
#> SRR191514 2 0.0848 0.87008 0.008 0.984 0.008
#> SRR191515 2 0.3112 0.84120 0.004 0.900 0.096
#> SRR191516 3 0.2448 0.71959 0.076 0.000 0.924
#> SRR191517 3 0.0424 0.70694 0.000 0.008 0.992
#> SRR191518 2 0.5977 0.72696 0.020 0.728 0.252
#> SRR191519 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191520 3 0.3412 0.73779 0.124 0.000 0.876
#> SRR191521 2 0.3682 0.84419 0.008 0.876 0.116
#> SRR191522 2 0.5098 0.74635 0.000 0.752 0.248
#> SRR191523 2 0.2492 0.85873 0.048 0.936 0.016
#> SRR191524 1 0.9086 0.33917 0.552 0.228 0.220
#> SRR191525 2 0.3607 0.84414 0.008 0.880 0.112
#> SRR191526 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191527 1 0.5706 0.52265 0.680 0.320 0.000
#> SRR191528 1 0.6126 0.35970 0.600 0.400 0.000
#> SRR191529 2 0.2496 0.84794 0.068 0.928 0.004
#> SRR191530 2 0.2866 0.85979 0.008 0.916 0.076
#> SRR191531 2 0.6267 0.09806 0.452 0.548 0.000
#> SRR191532 2 0.7880 0.61366 0.108 0.648 0.244
#> SRR191533 2 0.6294 0.55145 0.288 0.692 0.020
#> SRR191534 2 0.5481 0.80211 0.108 0.816 0.076
#> SRR191535 2 0.2680 0.86173 0.008 0.924 0.068
#> SRR191536 1 0.7158 0.31845 0.596 0.372 0.032
#> SRR191537 2 0.2187 0.86585 0.024 0.948 0.028
#> SRR191538 2 0.0237 0.87025 0.000 0.996 0.004
#> SRR191539 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191540 3 0.4469 0.69771 0.060 0.076 0.864
#> SRR191541 2 0.1015 0.87068 0.012 0.980 0.008
#> SRR191542 2 0.0424 0.86983 0.008 0.992 0.000
#> SRR191543 2 0.2486 0.86250 0.008 0.932 0.060
#> SRR191544 2 0.3377 0.85287 0.012 0.896 0.092
#> SRR191545 2 0.5486 0.77200 0.024 0.780 0.196
#> SRR191546 3 0.9229 -0.09048 0.152 0.420 0.428
#> SRR191547 3 0.7295 0.52055 0.072 0.252 0.676
#> SRR191548 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191549 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191550 1 0.0747 0.72992 0.984 0.000 0.016
#> SRR191551 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191552 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191553 1 0.5254 0.62082 0.736 0.000 0.264
#> SRR191554 1 0.1411 0.72711 0.964 0.036 0.000
#> SRR191555 3 0.6192 0.36144 0.420 0.000 0.580
#> SRR191556 1 0.5706 0.44989 0.680 0.000 0.320
#> SRR191557 3 0.4605 0.72176 0.204 0.000 0.796
#> SRR191558 2 0.2879 0.85743 0.052 0.924 0.024
#> SRR191559 3 0.5948 0.46453 0.360 0.000 0.640
#> SRR191560 1 0.2878 0.71813 0.904 0.000 0.096
#> SRR191561 1 0.2165 0.71764 0.936 0.064 0.000
#> SRR191562 1 0.1964 0.72536 0.944 0.000 0.056
#> SRR191563 3 0.6034 0.54787 0.036 0.212 0.752
#> SRR191564 3 0.0747 0.71180 0.016 0.000 0.984
#> SRR191565 1 0.5016 0.65672 0.760 0.000 0.240
#> SRR191566 3 0.6126 0.37060 0.400 0.000 0.600
#> SRR191567 1 0.2537 0.72000 0.920 0.000 0.080
#> SRR191568 1 0.3412 0.69556 0.876 0.000 0.124
#> SRR191569 1 0.5811 0.66975 0.800 0.108 0.092
#> SRR191570 1 0.5803 0.65988 0.760 0.028 0.212
#> SRR191571 1 0.3482 0.70443 0.872 0.000 0.128
#> SRR191572 1 0.0592 0.73003 0.988 0.000 0.012
#> SRR191573 1 0.0892 0.72866 0.980 0.000 0.020
#> SRR191574 1 0.0424 0.73004 0.992 0.000 0.008
#> SRR191575 1 0.4288 0.70584 0.872 0.068 0.060
#> SRR191576 1 0.7772 0.56692 0.676 0.172 0.152
#> SRR191577 1 0.4733 0.67053 0.800 0.004 0.196
#> SRR191578 2 0.0237 0.87053 0.000 0.996 0.004
#> SRR191579 1 0.0424 0.72964 0.992 0.000 0.008
#> SRR191580 1 0.2448 0.71735 0.924 0.076 0.000
#> SRR191581 1 0.4062 0.65923 0.836 0.164 0.000
#> SRR191582 1 0.5423 0.66739 0.820 0.084 0.096
#> SRR191583 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191584 1 0.6421 0.29544 0.572 0.424 0.004
#> SRR191585 3 0.4399 0.72697 0.188 0.000 0.812
#> SRR191586 3 0.4235 0.73245 0.176 0.000 0.824
#> SRR191587 3 0.6540 0.48180 0.408 0.008 0.584
#> SRR191588 3 0.6302 0.29244 0.480 0.000 0.520
#> SRR191589 1 0.5706 0.33400 0.680 0.000 0.320
#> SRR191590 1 0.0892 0.73027 0.980 0.000 0.020
#> SRR191591 1 0.6416 0.09156 0.616 0.008 0.376
#> SRR191592 1 0.5016 0.61471 0.760 0.000 0.240
#> SRR191593 3 0.6291 0.30469 0.468 0.000 0.532
#> SRR191594 1 0.3482 0.67955 0.872 0.000 0.128
#> SRR191595 1 0.4555 0.66767 0.800 0.000 0.200
#> SRR191596 1 0.4062 0.67883 0.836 0.000 0.164
#> SRR191597 3 0.3340 0.73783 0.120 0.000 0.880
#> SRR191598 1 0.6252 0.18006 0.556 0.000 0.444
#> SRR191599 1 0.6309 0.00379 0.504 0.000 0.496
#> SRR191600 2 0.5791 0.76870 0.048 0.784 0.168
#> SRR191601 3 0.6109 0.68336 0.080 0.140 0.780
#> SRR191602 3 0.3129 0.72871 0.088 0.008 0.904
#> SRR191603 3 0.3482 0.73904 0.128 0.000 0.872
#> SRR191604 2 0.0747 0.87032 0.000 0.984 0.016
#> SRR191605 3 0.0000 0.70823 0.000 0.000 1.000
#> SRR191606 1 0.4235 0.69828 0.824 0.000 0.176
#> SRR191607 3 0.3619 0.73612 0.136 0.000 0.864
#> SRR191608 3 0.4342 0.73871 0.120 0.024 0.856
#> SRR191609 3 0.3482 0.73750 0.128 0.000 0.872
#> SRR191610 3 0.4605 0.72349 0.204 0.000 0.796
#> SRR191611 3 0.4399 0.72768 0.188 0.000 0.812
#> SRR191612 3 0.3879 0.67520 0.152 0.000 0.848
#> SRR191613 1 0.3482 0.68344 0.872 0.000 0.128
#> SRR191614 3 0.3879 0.73127 0.152 0.000 0.848
#> SRR191615 3 0.6225 0.34590 0.432 0.000 0.568
#> SRR191616 2 0.1529 0.86227 0.040 0.960 0.000
#> SRR191617 2 0.0661 0.87076 0.008 0.988 0.004
#> SRR191618 2 0.7394 0.53304 0.064 0.652 0.284
#> SRR191619 2 0.7233 0.61732 0.064 0.672 0.264
#> SRR191620 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
#> SRR191621 2 0.4235 0.80153 0.000 0.824 0.176
#> SRR191622 2 0.2804 0.85735 0.060 0.924 0.016
#> SRR191623 3 0.4399 0.71276 0.188 0.000 0.812
#> SRR191624 1 0.6309 -0.20618 0.504 0.000 0.496
#> SRR191625 2 0.8495 0.47741 0.168 0.612 0.220
#> SRR191626 3 0.2063 0.71419 0.044 0.008 0.948
#> SRR191627 3 0.4531 0.59361 0.008 0.168 0.824
#> SRR191628 3 0.4346 0.72672 0.184 0.000 0.816
#> SRR191629 3 0.5621 0.64114 0.308 0.000 0.692
#> SRR191630 1 0.4887 0.57505 0.772 0.000 0.228
#> SRR191631 3 0.1163 0.70480 0.000 0.028 0.972
#> SRR191632 1 0.6079 0.13178 0.612 0.000 0.388
#> SRR191633 3 0.8310 -0.03309 0.080 0.420 0.500
#> SRR191634 2 0.0424 0.87028 0.008 0.992 0.000
#> SRR191635 3 0.3340 0.73783 0.120 0.000 0.880
#> SRR191636 2 0.6730 0.57473 0.284 0.680 0.036
#> SRR191637 2 0.0000 0.87010 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 1 0.1792 0.66618 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR191394 1 0.0927 0.67518 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR191396 1 0.8116 0.28381 0.496 0.320 0.044 0.140
#> SRR191397 1 0.0817 0.67277 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR191398 1 0.1042 0.67373 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR191399 1 0.4961 0.08072 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR191400 1 0.2156 0.66978 0.928 0.008 0.004 0.060
#> SRR191401 1 0.2011 0.66233 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR191402 1 0.6578 0.25601 0.592 0.000 0.300 0.108
#> SRR191403 1 0.1389 0.67080 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR191404 2 0.1356 0.61249 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR191405 4 0.7427 0.03563 0.064 0.368 0.048 0.520
#> SRR191406 3 0.4313 0.57214 0.000 0.004 0.736 0.260
#> SRR191407 1 0.5783 0.60575 0.708 0.000 0.172 0.120
#> SRR191408 1 0.6743 0.40627 0.576 0.004 0.320 0.100
#> SRR191409 1 0.5338 0.62985 0.772 0.148 0.040 0.040
#> SRR191410 3 0.7614 0.50173 0.232 0.000 0.468 0.300
#> SRR191411 3 0.6974 -0.07112 0.396 0.000 0.488 0.116
#> SRR191412 1 0.1557 0.66912 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR191413 1 0.6610 0.09523 0.468 0.000 0.452 0.080
#> SRR191414 1 0.4697 0.37668 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR191415 3 0.6684 0.42080 0.104 0.000 0.560 0.336
#> SRR191416 3 0.3647 0.68502 0.152 0.000 0.832 0.016
#> SRR191418 1 0.3074 0.65100 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR191419 1 0.5314 0.62631 0.740 0.000 0.176 0.084
#> SRR191420 1 0.3172 0.62477 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR191421 1 0.3801 0.56851 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR191422 2 0.2149 0.60831 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR191423 2 0.3088 0.61692 0.000 0.864 0.008 0.128
#> SRR191424 2 0.0469 0.61303 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR191425 3 0.4253 0.64912 0.208 0.000 0.776 0.016
#> SRR191426 3 0.8353 0.44840 0.124 0.068 0.484 0.324
#> SRR191427 1 0.9335 0.12217 0.376 0.316 0.108 0.200
#> SRR191428 3 0.4595 0.67383 0.176 0.000 0.780 0.044
#> SRR191429 2 0.4624 0.45082 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR191430 2 0.5143 0.33020 0.000 0.540 0.004 0.456
#> SRR191431 2 0.2521 0.60665 0.024 0.912 0.000 0.064
#> SRR191432 2 0.4967 0.27866 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR191433 4 0.6222 -0.03161 0.000 0.412 0.056 0.532
#> SRR191434 2 0.8531 -0.09294 0.112 0.476 0.092 0.320
#> SRR191435 1 0.6977 0.40669 0.584 0.016 0.304 0.096
#> SRR191436 3 0.6640 0.47268 0.104 0.004 0.604 0.288
#> SRR191437 2 0.0524 0.61331 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR191438 4 0.7597 0.15993 0.048 0.292 0.096 0.564
#> SRR191439 2 0.4267 0.56730 0.008 0.772 0.004 0.216
#> SRR191440 2 0.1489 0.60952 0.004 0.952 0.000 0.044
#> SRR191441 2 0.0592 0.61508 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR191442 3 0.8262 0.51969 0.180 0.068 0.548 0.204
#> SRR191443 3 0.6292 0.05404 0.416 0.000 0.524 0.060
#> SRR191444 3 0.9179 0.09328 0.204 0.088 0.372 0.336
#> SRR191445 2 0.5691 0.45977 0.148 0.740 0.012 0.100
#> SRR191446 4 0.7438 0.36704 0.008 0.288 0.168 0.536
#> SRR191447 2 0.3569 0.59466 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR191448 1 0.4992 0.65077 0.788 0.008 0.100 0.104
#> SRR191449 3 0.4525 0.68583 0.080 0.000 0.804 0.116
#> SRR191450 1 0.6518 0.60732 0.680 0.020 0.180 0.120
#> SRR191451 1 0.8857 0.34238 0.488 0.128 0.252 0.132
#> SRR191452 2 0.1970 0.62125 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR191453 2 0.7993 0.18936 0.308 0.504 0.032 0.156
#> SRR191454 1 0.7847 -0.00163 0.452 0.004 0.292 0.252
#> SRR191455 4 0.6345 0.05430 0.004 0.052 0.424 0.520
#> SRR191456 1 0.8572 -0.03140 0.368 0.240 0.032 0.360
#> SRR191457 1 0.6412 0.63348 0.724 0.072 0.104 0.100
#> SRR191458 2 0.8811 -0.21064 0.084 0.400 0.144 0.372
#> SRR191459 4 0.8087 -0.15189 0.320 0.012 0.236 0.432
#> SRR191460 4 0.8175 -0.06028 0.348 0.012 0.248 0.392
#> SRR191461 3 0.4538 0.59184 0.024 0.000 0.760 0.216
#> SRR191462 4 0.9597 0.27023 0.264 0.268 0.124 0.344
#> SRR191463 2 0.3400 0.59645 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR191464 2 0.3528 0.58180 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR191465 2 0.3105 0.60738 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR191466 3 0.8386 0.38107 0.176 0.052 0.496 0.276
#> SRR191467 2 0.4886 0.54407 0.004 0.744 0.028 0.224
#> SRR191468 2 0.3764 0.58404 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR191469 3 0.6084 0.67332 0.148 0.004 0.696 0.152
#> SRR191470 4 0.6500 0.03090 0.004 0.452 0.060 0.484
#> SRR191471 2 0.8241 -0.20188 0.100 0.428 0.068 0.404
#> SRR191472 2 0.3791 0.59580 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR191473 4 0.6835 0.41700 0.000 0.252 0.156 0.592
#> SRR191474 3 0.3370 0.70758 0.080 0.000 0.872 0.048
#> SRR191475 2 0.4950 0.44135 0.004 0.620 0.000 0.376
#> SRR191476 4 0.5792 0.19199 0.000 0.416 0.032 0.552
#> SRR191477 2 0.6484 0.04056 0.004 0.504 0.060 0.432
#> SRR191478 4 0.5392 -0.08351 0.000 0.460 0.012 0.528
#> SRR191479 3 0.4793 0.64459 0.204 0.000 0.756 0.040
#> SRR191480 4 0.6678 0.26820 0.000 0.412 0.088 0.500
#> SRR191481 4 0.6362 0.37738 0.000 0.288 0.096 0.616
#> SRR191482 4 0.6791 0.46028 0.044 0.112 0.164 0.680
#> SRR191483 4 0.6915 0.43744 0.000 0.212 0.196 0.592
#> SRR191484 3 0.6446 0.21222 0.440 0.020 0.508 0.032
#> SRR191485 2 0.5500 0.26547 0.000 0.520 0.016 0.464
#> SRR191486 1 0.8393 0.19710 0.436 0.164 0.044 0.356
#> SRR191487 4 0.8356 0.22209 0.032 0.352 0.192 0.424
#> SRR191488 1 0.3770 0.67629 0.872 0.040 0.040 0.048
#> SRR191489 2 0.9498 -0.26829 0.112 0.332 0.236 0.320
#> SRR191490 2 0.1584 0.60742 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR191491 1 0.8455 0.26521 0.468 0.052 0.312 0.168
#> SRR191492 3 0.5454 0.69105 0.172 0.000 0.732 0.096
#> SRR191493 2 0.5628 0.47856 0.144 0.724 0.000 0.132
#> SRR191494 2 0.3539 0.59052 0.004 0.820 0.000 0.176
#> SRR191495 3 0.3453 0.70586 0.080 0.000 0.868 0.052
#> SRR191496 2 0.0927 0.61407 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR191497 3 0.3052 0.64613 0.004 0.000 0.860 0.136
#> SRR191498 1 0.9800 0.20569 0.348 0.184 0.232 0.236
#> SRR191499 3 0.2949 0.69679 0.088 0.000 0.888 0.024
#> SRR191500 3 0.4883 0.52100 0.016 0.000 0.696 0.288
#> SRR191501 2 0.4519 0.54123 0.052 0.804 0.004 0.140
#> SRR191502 2 0.6723 0.13287 0.004 0.472 0.076 0.448
#> SRR191503 2 0.3591 0.58675 0.008 0.824 0.000 0.168
#> SRR191504 4 0.6249 -0.05996 0.004 0.408 0.048 0.540
#> SRR191505 2 0.5457 0.28732 0.008 0.516 0.004 0.472
#> SRR191506 2 0.1022 0.61646 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR191507 2 0.4704 0.53932 0.028 0.764 0.004 0.204
#> SRR191508 4 0.8072 0.10336 0.056 0.368 0.104 0.472
#> SRR191509 4 0.6334 -0.02571 0.000 0.456 0.060 0.484
#> SRR191510 2 0.7372 0.10586 0.120 0.500 0.012 0.368
#> SRR191511 2 0.5137 0.27252 0.000 0.544 0.004 0.452
#> SRR191512 2 0.3528 0.55747 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR191513 2 0.4522 0.50672 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR191514 2 0.4888 0.40276 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR191515 2 0.6515 0.31438 0.008 0.552 0.060 0.380
#> SRR191516 3 0.3570 0.66606 0.048 0.000 0.860 0.092
#> SRR191517 4 0.5151 -0.12405 0.000 0.004 0.464 0.532
#> SRR191518 4 0.4462 0.41892 0.000 0.164 0.044 0.792
#> SRR191519 2 0.3123 0.58302 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR191520 3 0.4352 0.70779 0.080 0.000 0.816 0.104
#> SRR191521 4 0.5562 0.06365 0.008 0.360 0.016 0.616
#> SRR191522 4 0.6582 0.32047 0.008 0.292 0.088 0.612
#> SRR191523 2 0.4839 0.53567 0.016 0.724 0.004 0.256
#> SRR191524 1 0.9407 0.19963 0.380 0.108 0.236 0.276
#> SRR191525 2 0.5906 0.14766 0.000 0.528 0.036 0.436
#> SRR191526 2 0.2760 0.60981 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR191527 1 0.6245 0.45679 0.636 0.268 0.000 0.096
#> SRR191528 1 0.7049 0.18973 0.484 0.392 0.000 0.124
#> SRR191529 2 0.3577 0.58403 0.012 0.832 0.000 0.156
#> SRR191530 4 0.5630 -0.14067 0.004 0.432 0.016 0.548
#> SRR191531 2 0.7028 0.25696 0.280 0.560 0.000 0.160
#> SRR191532 2 0.8318 0.20035 0.068 0.540 0.180 0.212
#> SRR191533 2 0.7170 0.30072 0.224 0.624 0.032 0.120
#> SRR191534 4 0.6289 -0.25981 0.028 0.472 0.016 0.484
#> SRR191535 2 0.5764 0.26513 0.000 0.520 0.028 0.452
#> SRR191536 1 0.7844 0.23722 0.548 0.212 0.028 0.212
#> SRR191537 2 0.3672 0.59895 0.012 0.848 0.012 0.128
#> SRR191538 2 0.4790 0.41497 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR191539 2 0.1302 0.61920 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR191540 4 0.6407 0.08262 0.028 0.024 0.408 0.540
#> SRR191541 2 0.5700 0.27203 0.008 0.508 0.012 0.472
#> SRR191542 2 0.3831 0.57649 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR191543 2 0.5941 0.42865 0.008 0.616 0.036 0.340
#> SRR191544 4 0.6069 -0.21532 0.008 0.460 0.028 0.504
#> SRR191545 4 0.5509 0.31842 0.012 0.216 0.048 0.724
#> SRR191546 4 0.6534 0.44719 0.068 0.132 0.088 0.712
#> SRR191547 3 0.7355 0.17698 0.048 0.056 0.504 0.392
#> SRR191548 1 0.1042 0.67373 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR191549 1 0.0927 0.67457 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR191550 1 0.1004 0.67417 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR191551 1 0.0707 0.67294 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR191552 1 0.1042 0.67373 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR191553 1 0.4833 0.60492 0.740 0.000 0.228 0.032
#> SRR191554 1 0.1890 0.66965 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR191555 3 0.5036 0.52765 0.280 0.000 0.696 0.024
#> SRR191556 1 0.6607 0.31110 0.536 0.000 0.376 0.088
#> SRR191557 3 0.3606 0.69817 0.132 0.000 0.844 0.024
#> SRR191558 2 0.2831 0.61118 0.040 0.908 0.008 0.044
#> SRR191559 3 0.5247 0.63409 0.148 0.000 0.752 0.100
#> SRR191560 1 0.5904 0.55516 0.688 0.004 0.228 0.080
#> SRR191561 1 0.2928 0.66239 0.880 0.012 0.000 0.108
#> SRR191562 1 0.2060 0.67471 0.932 0.000 0.052 0.016
#> SRR191563 4 0.7288 0.25924 0.012 0.132 0.304 0.552
#> SRR191564 3 0.3400 0.62487 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR191565 1 0.6578 0.52364 0.592 0.000 0.300 0.108
#> SRR191566 3 0.5346 0.59403 0.192 0.000 0.732 0.076
#> SRR191567 1 0.5208 0.60692 0.748 0.000 0.172 0.080
#> SRR191568 1 0.4289 0.59963 0.796 0.000 0.172 0.032
#> SRR191569 1 0.7937 0.45135 0.532 0.032 0.172 0.264
#> SRR191570 1 0.7006 0.58335 0.632 0.032 0.236 0.100
#> SRR191571 1 0.4853 0.58397 0.744 0.000 0.220 0.036
#> SRR191572 1 0.1114 0.67451 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR191573 1 0.1940 0.66404 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR191574 1 0.1970 0.67211 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR191575 1 0.4785 0.65097 0.784 0.008 0.044 0.164
#> SRR191576 1 0.8158 0.49266 0.556 0.104 0.096 0.244
#> SRR191577 1 0.5974 0.61240 0.712 0.008 0.160 0.120
#> SRR191578 2 0.4401 0.44313 0.004 0.724 0.000 0.272
#> SRR191579 1 0.0967 0.67551 0.976 0.004 0.004 0.016
#> SRR191580 1 0.3134 0.66521 0.884 0.088 0.004 0.024
#> SRR191581 1 0.3931 0.64108 0.832 0.128 0.000 0.040
#> SRR191582 1 0.4441 0.65236 0.836 0.080 0.052 0.032
#> SRR191583 2 0.2142 0.61792 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR191584 1 0.6079 0.10849 0.492 0.464 0.000 0.044
#> SRR191585 3 0.4181 0.70146 0.128 0.000 0.820 0.052
#> SRR191586 3 0.3523 0.70511 0.112 0.000 0.856 0.032
#> SRR191587 1 0.7841 -0.23422 0.404 0.000 0.312 0.284
#> SRR191588 3 0.4655 0.53786 0.312 0.000 0.684 0.004
#> SRR191589 1 0.5090 0.38254 0.660 0.000 0.324 0.016
#> SRR191590 1 0.1297 0.67791 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR191591 1 0.6413 0.00762 0.516 0.000 0.416 0.068
#> SRR191592 1 0.6471 0.20218 0.512 0.000 0.416 0.072
#> SRR191593 3 0.4434 0.62748 0.228 0.000 0.756 0.016
#> SRR191594 1 0.4284 0.55882 0.764 0.000 0.224 0.012
#> SRR191595 1 0.6686 0.26695 0.520 0.000 0.388 0.092
#> SRR191596 1 0.6016 0.46188 0.632 0.000 0.300 0.068
#> SRR191597 3 0.6280 0.58647 0.080 0.000 0.604 0.316
#> SRR191598 3 0.6554 0.13299 0.400 0.000 0.520 0.080
#> SRR191599 3 0.6222 0.40142 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR191600 4 0.6442 0.16559 0.020 0.436 0.032 0.512
#> SRR191601 3 0.7034 0.53384 0.052 0.060 0.616 0.272
#> SRR191602 3 0.6505 0.48886 0.068 0.012 0.608 0.312
#> SRR191603 3 0.5995 0.62301 0.084 0.000 0.660 0.256
#> SRR191604 2 0.4661 0.31752 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR191605 3 0.4661 0.47891 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR191606 1 0.5448 0.62465 0.724 0.000 0.196 0.080
#> SRR191607 3 0.3611 0.69765 0.080 0.000 0.860 0.060
#> SRR191608 3 0.6412 0.52669 0.080 0.000 0.572 0.348
#> SRR191609 3 0.3833 0.70895 0.080 0.000 0.848 0.072
#> SRR191610 3 0.2888 0.69583 0.124 0.000 0.872 0.004
#> SRR191611 3 0.3694 0.70055 0.124 0.000 0.844 0.032
#> SRR191612 3 0.4374 0.64591 0.068 0.000 0.812 0.120
#> SRR191613 1 0.4726 0.61782 0.784 0.004 0.164 0.048
#> SRR191614 3 0.4104 0.67793 0.080 0.000 0.832 0.088
#> SRR191615 3 0.6587 0.33810 0.324 0.000 0.576 0.100
#> SRR191616 2 0.1936 0.59851 0.032 0.940 0.000 0.028
#> SRR191617 2 0.4624 0.41163 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR191618 2 0.7804 0.04512 0.032 0.544 0.272 0.152
#> SRR191619 4 0.7573 0.45330 0.064 0.156 0.156 0.624
#> SRR191620 2 0.4500 0.51120 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR191621 4 0.6097 0.29639 0.000 0.364 0.056 0.580
#> SRR191622 4 0.6604 -0.13074 0.028 0.424 0.032 0.516
#> SRR191623 3 0.3521 0.69470 0.084 0.000 0.864 0.052
#> SRR191624 3 0.4391 0.60871 0.252 0.000 0.740 0.008
#> SRR191625 4 0.8549 0.41863 0.128 0.212 0.124 0.536
#> SRR191626 3 0.5560 0.34771 0.024 0.000 0.584 0.392
#> SRR191627 4 0.6272 0.29782 0.004 0.076 0.292 0.628
#> SRR191628 3 0.6133 0.65511 0.124 0.000 0.672 0.204
#> SRR191629 3 0.7879 0.40217 0.288 0.000 0.380 0.332
#> SRR191630 1 0.5110 0.39303 0.656 0.000 0.328 0.016
#> SRR191631 4 0.4985 -0.12861 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR191632 1 0.6753 0.28826 0.608 0.000 0.228 0.164
#> SRR191633 4 0.8425 0.34196 0.036 0.200 0.324 0.440
#> SRR191634 2 0.1174 0.60661 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR191635 3 0.5410 0.68002 0.080 0.000 0.728 0.192
#> SRR191636 2 0.6963 0.28573 0.228 0.600 0.004 0.168
#> SRR191637 2 0.3024 0.59442 0.000 0.852 0.000 0.148
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 1 0.3476 0.60564 0.804 0.000 0.176 0.020 0.000
#> SRR191394 1 0.1928 0.63779 0.920 0.004 0.072 0.004 0.000
#> SRR191396 1 0.8157 0.18778 0.444 0.084 0.068 0.076 0.328
#> SRR191397 1 0.1952 0.63664 0.912 0.000 0.084 0.004 0.000
#> SRR191398 1 0.1831 0.63733 0.920 0.000 0.076 0.004 0.000
#> SRR191399 1 0.5604 0.08998 0.468 0.000 0.460 0.072 0.000
#> SRR191400 1 0.1200 0.63049 0.964 0.008 0.016 0.012 0.000
#> SRR191401 1 0.3616 0.60714 0.804 0.000 0.164 0.032 0.000
#> SRR191402 1 0.6896 0.22945 0.500 0.036 0.320 0.144 0.000
#> SRR191403 1 0.2909 0.62508 0.848 0.000 0.140 0.012 0.000
#> SRR191404 5 0.1270 0.56773 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR191405 2 0.7884 0.37701 0.092 0.512 0.020 0.192 0.184
#> SRR191406 4 0.5397 0.05670 0.004 0.056 0.320 0.616 0.004
#> SRR191407 1 0.4779 0.48121 0.628 0.000 0.032 0.340 0.000
#> SRR191408 1 0.7149 0.17435 0.428 0.020 0.256 0.296 0.000
#> SRR191409 1 0.5283 0.55350 0.716 0.036 0.068 0.000 0.180
#> SRR191410 3 0.7204 0.18008 0.128 0.080 0.520 0.272 0.000
#> SRR191411 3 0.7108 0.05068 0.284 0.012 0.376 0.328 0.000
#> SRR191412 1 0.3577 0.61135 0.808 0.000 0.160 0.032 0.000
#> SRR191413 3 0.6766 0.04736 0.284 0.000 0.396 0.320 0.000
#> SRR191414 3 0.4861 0.00709 0.428 0.000 0.548 0.024 0.000
#> SRR191415 3 0.6918 -0.00872 0.056 0.096 0.440 0.408 0.000
#> SRR191416 3 0.2536 0.53001 0.044 0.004 0.900 0.052 0.000
#> SRR191418 1 0.4619 0.58878 0.720 0.000 0.216 0.064 0.000
#> SRR191419 1 0.4898 0.53442 0.684 0.000 0.068 0.248 0.000
#> SRR191420 1 0.4173 0.51688 0.688 0.000 0.300 0.012 0.000
#> SRR191421 1 0.4313 0.43796 0.636 0.000 0.356 0.008 0.000
#> SRR191422 5 0.3381 0.53397 0.000 0.176 0.000 0.016 0.808
#> SRR191423 5 0.4088 0.42065 0.000 0.304 0.000 0.008 0.688
#> SRR191424 5 0.0955 0.57029 0.000 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR191425 3 0.2270 0.52740 0.072 0.004 0.908 0.016 0.000
#> SRR191426 3 0.7138 0.20691 0.032 0.212 0.476 0.280 0.000
#> SRR191427 5 0.8604 0.07937 0.332 0.152 0.076 0.060 0.380
#> SRR191428 3 0.2544 0.52670 0.064 0.008 0.900 0.028 0.000
#> SRR191429 2 0.4457 0.26182 0.000 0.620 0.000 0.012 0.368
#> SRR191430 2 0.4429 0.45087 0.000 0.744 0.000 0.064 0.192
#> SRR191431 5 0.2611 0.56336 0.016 0.072 0.000 0.016 0.896
#> SRR191432 2 0.4313 0.44631 0.000 0.732 0.000 0.040 0.228
#> SRR191433 2 0.3714 0.49817 0.000 0.812 0.000 0.056 0.132
#> SRR191434 5 0.8095 0.07209 0.084 0.236 0.012 0.232 0.436
#> SRR191435 1 0.7002 0.18631 0.496 0.012 0.312 0.164 0.016
#> SRR191436 3 0.7278 0.15096 0.044 0.180 0.496 0.276 0.004
#> SRR191437 5 0.0771 0.56985 0.004 0.020 0.000 0.000 0.976
#> SRR191438 2 0.6636 0.47146 0.064 0.680 0.088 0.080 0.088
#> SRR191439 5 0.5666 0.27439 0.036 0.368 0.008 0.016 0.572
#> SRR191440 5 0.1124 0.57006 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR191441 5 0.1043 0.56829 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR191442 3 0.8057 0.24616 0.084 0.184 0.520 0.168 0.044
#> SRR191443 3 0.6424 0.23645 0.328 0.004 0.500 0.168 0.000
#> SRR191444 4 0.8042 0.25659 0.136 0.096 0.200 0.524 0.044
#> SRR191445 5 0.5624 0.46597 0.148 0.056 0.032 0.036 0.728
#> SRR191446 4 0.8468 -0.03180 0.048 0.280 0.064 0.412 0.196
#> SRR191447 5 0.4420 0.20188 0.000 0.448 0.000 0.004 0.548
#> SRR191448 1 0.5690 0.55830 0.692 0.012 0.064 0.200 0.032
#> SRR191449 3 0.4270 0.35559 0.000 0.012 0.668 0.320 0.000
#> SRR191450 1 0.6690 0.42535 0.552 0.000 0.092 0.296 0.060
#> SRR191451 1 0.9122 0.12476 0.364 0.140 0.244 0.196 0.056
#> SRR191452 5 0.4054 0.47673 0.008 0.236 0.000 0.012 0.744
#> SRR191453 5 0.8127 0.11788 0.304 0.204 0.016 0.072 0.404
#> SRR191454 1 0.7794 0.01753 0.412 0.160 0.328 0.100 0.000
#> SRR191455 4 0.7338 0.23560 0.000 0.220 0.292 0.448 0.040
#> SRR191456 2 0.8542 0.17778 0.284 0.428 0.048 0.112 0.128
#> SRR191457 1 0.6163 0.55375 0.684 0.040 0.060 0.176 0.040
#> SRR191458 4 0.7599 0.16967 0.060 0.184 0.016 0.516 0.224
#> SRR191459 4 0.8537 0.13159 0.248 0.188 0.280 0.284 0.000
#> SRR191460 4 0.8265 0.27227 0.300 0.144 0.124 0.416 0.016
#> SRR191461 3 0.4639 0.23512 0.000 0.020 0.612 0.368 0.000
#> SRR191462 4 0.9257 0.09259 0.248 0.188 0.040 0.276 0.248
#> SRR191463 5 0.4361 0.49702 0.012 0.204 0.000 0.032 0.752
#> SRR191464 5 0.3967 0.45424 0.000 0.264 0.000 0.012 0.724
#> SRR191465 5 0.4443 0.41576 0.008 0.300 0.000 0.012 0.680
#> SRR191466 3 0.7900 0.22133 0.124 0.244 0.496 0.120 0.016
#> SRR191467 5 0.5562 0.12817 0.008 0.436 0.012 0.028 0.516
#> SRR191468 5 0.4902 0.17074 0.008 0.460 0.000 0.012 0.520
#> SRR191469 3 0.5294 0.43916 0.032 0.124 0.736 0.104 0.004
#> SRR191470 2 0.8350 0.17220 0.024 0.316 0.060 0.284 0.316
#> SRR191471 5 0.7999 -0.01676 0.080 0.244 0.004 0.268 0.404
#> SRR191472 5 0.5304 0.22933 0.008 0.408 0.000 0.036 0.548
#> SRR191473 2 0.7422 0.13107 0.000 0.420 0.064 0.364 0.152
#> SRR191474 3 0.3242 0.50840 0.000 0.012 0.816 0.172 0.000
#> SRR191475 2 0.4443 0.34233 0.008 0.680 0.000 0.012 0.300
#> SRR191476 2 0.6878 0.16421 0.000 0.388 0.004 0.260 0.348
#> SRR191477 2 0.6797 0.15295 0.008 0.468 0.012 0.144 0.368
#> SRR191478 2 0.5538 0.40607 0.008 0.660 0.004 0.088 0.240
#> SRR191479 3 0.4027 0.49928 0.144 0.012 0.800 0.044 0.000
#> SRR191480 5 0.7714 -0.15202 0.000 0.336 0.056 0.248 0.360
#> SRR191481 2 0.6930 0.27918 0.000 0.464 0.024 0.340 0.172
#> SRR191482 2 0.8122 -0.01476 0.036 0.396 0.168 0.348 0.052
#> SRR191483 2 0.7499 0.28277 0.008 0.480 0.080 0.316 0.116
#> SRR191484 3 0.7102 0.33569 0.284 0.016 0.548 0.088 0.064
#> SRR191485 2 0.5195 0.44881 0.016 0.704 0.016 0.036 0.228
#> SRR191486 1 0.8199 0.08617 0.400 0.352 0.032 0.132 0.084
#> SRR191487 2 0.9144 0.16990 0.068 0.328 0.192 0.112 0.300
#> SRR191488 1 0.4012 0.61676 0.836 0.008 0.036 0.060 0.060
#> SRR191489 4 0.7435 0.24868 0.052 0.064 0.048 0.476 0.360
#> SRR191490 5 0.1116 0.56822 0.004 0.028 0.000 0.004 0.964
#> SRR191491 1 0.8749 0.01661 0.336 0.176 0.248 0.228 0.012
#> SRR191492 3 0.4964 0.49459 0.052 0.036 0.740 0.172 0.000
#> SRR191493 5 0.5982 0.36233 0.144 0.240 0.000 0.008 0.608
#> SRR191494 5 0.4931 0.31351 0.012 0.372 0.000 0.016 0.600
#> SRR191495 3 0.3882 0.48574 0.000 0.020 0.756 0.224 0.000
#> SRR191496 5 0.0510 0.56875 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR191497 3 0.4958 0.34395 0.004 0.032 0.616 0.348 0.000
#> SRR191498 1 0.9446 0.11197 0.368 0.132 0.148 0.216 0.136
#> SRR191499 3 0.3455 0.48521 0.000 0.008 0.784 0.208 0.000
#> SRR191500 3 0.5646 0.09172 0.004 0.064 0.488 0.444 0.000
#> SRR191501 5 0.4711 0.49328 0.040 0.152 0.000 0.044 0.764
#> SRR191502 2 0.7382 0.30773 0.028 0.524 0.044 0.120 0.284
#> SRR191503 5 0.3395 0.44761 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR191504 2 0.4562 0.48351 0.000 0.764 0.028 0.040 0.168
#> SRR191505 2 0.6193 0.33759 0.036 0.576 0.000 0.076 0.312
#> SRR191506 5 0.1043 0.57015 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR191507 5 0.4231 0.46975 0.016 0.232 0.000 0.012 0.740
#> SRR191508 2 0.6882 0.45990 0.028 0.632 0.124 0.060 0.156
#> SRR191509 2 0.5881 0.42213 0.004 0.624 0.004 0.132 0.236
#> SRR191510 5 0.8378 0.09467 0.108 0.260 0.028 0.164 0.440
#> SRR191511 2 0.5467 0.40034 0.000 0.624 0.000 0.100 0.276
#> SRR191512 5 0.3857 0.37770 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR191513 2 0.4182 0.26947 0.000 0.644 0.000 0.004 0.352
#> SRR191514 2 0.3957 0.36758 0.000 0.712 0.000 0.008 0.280
#> SRR191515 5 0.7910 -0.08993 0.032 0.380 0.056 0.132 0.400
#> SRR191516 3 0.4910 0.35175 0.012 0.020 0.628 0.340 0.000
#> SRR191517 4 0.5575 0.36682 0.000 0.188 0.168 0.644 0.000
#> SRR191518 2 0.4775 0.44261 0.000 0.688 0.008 0.268 0.036
#> SRR191519 5 0.3318 0.50251 0.000 0.180 0.000 0.012 0.808
#> SRR191520 3 0.4668 0.45084 0.000 0.044 0.684 0.272 0.000
#> SRR191521 2 0.5657 0.48204 0.036 0.696 0.000 0.136 0.132
#> SRR191522 2 0.7122 0.33667 0.016 0.412 0.008 0.384 0.180
#> SRR191523 5 0.5755 0.03374 0.016 0.456 0.004 0.040 0.484
#> SRR191524 1 0.9107 0.12278 0.392 0.208 0.200 0.132 0.068
#> SRR191525 2 0.6808 0.12212 0.008 0.440 0.008 0.156 0.388
#> SRR191526 5 0.4539 0.36580 0.008 0.320 0.000 0.012 0.660
#> SRR191527 1 0.5565 0.46580 0.660 0.164 0.000 0.004 0.172
#> SRR191528 1 0.6226 0.10311 0.508 0.044 0.000 0.052 0.396
#> SRR191529 5 0.4615 0.47700 0.020 0.212 0.000 0.032 0.736
#> SRR191530 2 0.2719 0.48109 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR191531 5 0.7744 0.13684 0.284 0.236 0.000 0.068 0.412
#> SRR191532 5 0.8434 0.09701 0.056 0.224 0.076 0.180 0.464
#> SRR191533 5 0.6759 0.36253 0.176 0.088 0.020 0.080 0.636
#> SRR191534 2 0.4803 0.43552 0.012 0.736 0.000 0.068 0.184
#> SRR191535 2 0.5033 0.44868 0.000 0.692 0.008 0.064 0.236
#> SRR191536 1 0.7559 0.17591 0.488 0.320 0.056 0.028 0.108
#> SRR191537 5 0.2670 0.55621 0.004 0.088 0.004 0.016 0.888
#> SRR191538 2 0.4829 0.23151 0.008 0.604 0.000 0.016 0.372
#> SRR191539 5 0.3421 0.52597 0.008 0.152 0.000 0.016 0.824
#> SRR191540 2 0.6314 0.15699 0.000 0.528 0.324 0.140 0.008
#> SRR191541 2 0.4410 0.45446 0.044 0.752 0.000 0.008 0.196
#> SRR191542 5 0.4770 0.29356 0.008 0.384 0.000 0.012 0.596
#> SRR191543 2 0.5691 0.29602 0.000 0.584 0.016 0.060 0.340
#> SRR191544 2 0.5574 0.44532 0.028 0.700 0.004 0.092 0.176
#> SRR191545 2 0.5106 0.48781 0.036 0.760 0.024 0.140 0.040
#> SRR191546 2 0.5904 0.43941 0.044 0.680 0.048 0.208 0.020
#> SRR191547 2 0.7637 -0.14099 0.036 0.348 0.344 0.268 0.004
#> SRR191548 1 0.1831 0.63703 0.920 0.004 0.076 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.1864 0.63774 0.924 0.004 0.068 0.004 0.000
#> SRR191550 1 0.2233 0.63897 0.904 0.000 0.080 0.016 0.000
#> SRR191551 1 0.1732 0.63661 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR191552 1 0.1928 0.63733 0.920 0.004 0.072 0.004 0.000
#> SRR191553 1 0.4748 0.55684 0.728 0.000 0.172 0.100 0.000
#> SRR191554 1 0.0889 0.62637 0.976 0.004 0.004 0.004 0.012
#> SRR191555 3 0.5240 0.37763 0.204 0.000 0.676 0.120 0.000
#> SRR191556 4 0.6819 -0.14926 0.340 0.000 0.312 0.348 0.000
#> SRR191557 3 0.2451 0.52288 0.036 0.004 0.904 0.056 0.000
#> SRR191558 5 0.4701 0.50661 0.036 0.192 0.000 0.028 0.744
#> SRR191559 3 0.5320 0.26299 0.024 0.016 0.524 0.436 0.000
#> SRR191560 1 0.6628 0.28271 0.432 0.000 0.188 0.376 0.004
#> SRR191561 1 0.2275 0.61880 0.912 0.068 0.008 0.004 0.008
#> SRR191562 1 0.3421 0.63106 0.840 0.000 0.080 0.080 0.000
#> SRR191563 4 0.6433 0.41369 0.008 0.184 0.080 0.648 0.080
#> SRR191564 4 0.4420 -0.07224 0.000 0.004 0.448 0.548 0.000
#> SRR191565 4 0.6298 -0.23818 0.412 0.000 0.152 0.436 0.000
#> SRR191566 3 0.4728 0.33698 0.040 0.000 0.664 0.296 0.000
#> SRR191567 1 0.6006 0.43667 0.556 0.000 0.144 0.300 0.000
#> SRR191568 1 0.5128 0.49843 0.656 0.000 0.268 0.076 0.000
#> SRR191569 1 0.8482 0.21974 0.420 0.240 0.192 0.128 0.020
#> SRR191570 1 0.7764 0.30510 0.456 0.084 0.148 0.304 0.008
#> SRR191571 1 0.6297 0.41196 0.532 0.000 0.212 0.256 0.000
#> SRR191572 1 0.1864 0.63760 0.924 0.000 0.068 0.004 0.004
#> SRR191573 1 0.3495 0.61725 0.816 0.000 0.152 0.032 0.000
#> SRR191574 1 0.0960 0.62819 0.972 0.008 0.004 0.016 0.000
#> SRR191575 1 0.4456 0.56590 0.760 0.012 0.028 0.192 0.008
#> SRR191576 1 0.7992 0.33851 0.488 0.208 0.028 0.208 0.068
#> SRR191577 1 0.5026 0.44953 0.608 0.000 0.028 0.356 0.008
#> SRR191578 5 0.4730 0.39006 0.000 0.260 0.000 0.052 0.688
#> SRR191579 1 0.1282 0.63630 0.952 0.004 0.044 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.2921 0.62631 0.884 0.028 0.020 0.000 0.068
#> SRR191581 1 0.3151 0.58617 0.836 0.020 0.000 0.000 0.144
#> SRR191582 1 0.4247 0.58879 0.808 0.036 0.000 0.056 0.100
#> SRR191583 5 0.3247 0.54145 0.008 0.136 0.000 0.016 0.840
#> SRR191584 1 0.5508 0.09780 0.476 0.064 0.000 0.000 0.460
#> SRR191585 3 0.3019 0.51893 0.016 0.012 0.864 0.108 0.000
#> SRR191586 3 0.2237 0.51517 0.008 0.004 0.904 0.084 0.000
#> SRR191587 1 0.8198 -0.22723 0.352 0.104 0.212 0.328 0.004
#> SRR191588 3 0.4065 0.47005 0.180 0.000 0.772 0.048 0.000
#> SRR191589 1 0.5280 0.21738 0.512 0.000 0.440 0.048 0.000
#> SRR191590 1 0.2478 0.63914 0.904 0.008 0.060 0.028 0.000
#> SRR191591 3 0.6376 0.07066 0.396 0.068 0.496 0.040 0.000
#> SRR191592 3 0.7047 0.13087 0.220 0.016 0.392 0.372 0.000
#> SRR191593 3 0.2535 0.52553 0.076 0.000 0.892 0.032 0.000
#> SRR191594 1 0.4972 0.42700 0.620 0.000 0.336 0.044 0.000
#> SRR191595 4 0.6943 -0.11289 0.248 0.008 0.340 0.404 0.000
#> SRR191596 1 0.6749 0.20399 0.400 0.000 0.272 0.328 0.000
#> SRR191597 4 0.5731 -0.00929 0.000 0.084 0.436 0.480 0.000
#> SRR191598 3 0.6399 0.18395 0.196 0.000 0.496 0.308 0.000
#> SRR191599 3 0.5972 0.26812 0.140 0.000 0.560 0.300 0.000
#> SRR191600 5 0.6936 0.05443 0.008 0.288 0.004 0.236 0.464
#> SRR191601 3 0.7348 0.14107 0.008 0.172 0.428 0.360 0.032
#> SRR191602 3 0.6870 0.04193 0.032 0.120 0.484 0.360 0.004
#> SRR191603 3 0.5630 0.31285 0.000 0.096 0.580 0.324 0.000
#> SRR191604 5 0.5385 0.28978 0.000 0.288 0.000 0.088 0.624
#> SRR191605 4 0.5013 0.29938 0.000 0.084 0.232 0.684 0.000
#> SRR191606 1 0.5745 0.42532 0.576 0.004 0.076 0.340 0.004
#> SRR191607 3 0.3491 0.46651 0.000 0.004 0.768 0.228 0.000
#> SRR191608 3 0.6244 0.23490 0.000 0.160 0.504 0.336 0.000
#> SRR191609 3 0.4377 0.46803 0.000 0.028 0.720 0.248 0.004
#> SRR191610 3 0.2079 0.52517 0.020 0.000 0.916 0.064 0.000
#> SRR191611 3 0.2490 0.51789 0.020 0.004 0.896 0.080 0.000
#> SRR191612 4 0.5114 -0.15949 0.008 0.024 0.424 0.544 0.000
#> SRR191613 1 0.5249 0.53021 0.700 0.016 0.216 0.064 0.004
#> SRR191614 3 0.4101 0.32193 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR191615 3 0.6534 0.10090 0.172 0.004 0.452 0.372 0.000
#> SRR191616 5 0.1179 0.56616 0.016 0.016 0.000 0.004 0.964
#> SRR191617 5 0.5806 0.11127 0.012 0.460 0.000 0.060 0.468
#> SRR191618 5 0.7662 0.21541 0.024 0.104 0.204 0.120 0.548
#> SRR191619 2 0.6682 0.34539 0.004 0.612 0.180 0.148 0.056
#> SRR191620 2 0.5330 -0.05410 0.012 0.484 0.000 0.028 0.476
#> SRR191621 2 0.6887 0.34021 0.000 0.508 0.024 0.268 0.200
#> SRR191622 2 0.6099 0.46317 0.068 0.708 0.052 0.044 0.128
#> SRR191623 3 0.3863 0.47445 0.000 0.012 0.740 0.248 0.000
#> SRR191624 3 0.3146 0.50857 0.128 0.000 0.844 0.028 0.000
#> SRR191625 2 0.9263 -0.05807 0.068 0.348 0.188 0.252 0.144
#> SRR191626 4 0.6442 0.12827 0.004 0.156 0.380 0.460 0.000
#> SRR191627 4 0.6055 0.33952 0.000 0.288 0.068 0.604 0.040
#> SRR191628 3 0.4811 0.37947 0.012 0.052 0.720 0.216 0.000
#> SRR191629 3 0.8075 -0.04773 0.196 0.116 0.380 0.308 0.000
#> SRR191630 1 0.4957 0.22544 0.528 0.000 0.444 0.028 0.000
#> SRR191631 4 0.6057 0.37435 0.000 0.224 0.164 0.604 0.008
#> SRR191632 1 0.6801 0.21195 0.480 0.016 0.184 0.320 0.000
#> SRR191633 4 0.7663 0.29840 0.012 0.240 0.136 0.516 0.096
#> SRR191634 5 0.0486 0.56693 0.004 0.004 0.000 0.004 0.988
#> SRR191635 3 0.4714 0.34658 0.000 0.032 0.644 0.324 0.000
#> SRR191636 5 0.6967 0.33209 0.208 0.128 0.000 0.088 0.576
#> SRR191637 5 0.3333 0.48922 0.000 0.208 0.000 0.004 0.788
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 1 0.387 0.46243 0.744 0.000 0.216 0.004 0.000 0.036
#> SRR191394 1 0.221 0.54762 0.900 0.000 0.076 0.016 0.000 0.008
#> SRR191396 1 0.869 0.03175 0.320 0.048 0.060 0.076 0.296 0.200
#> SRR191397 1 0.266 0.52968 0.856 0.000 0.120 0.000 0.000 0.024
#> SRR191398 1 0.161 0.54466 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR191399 3 0.526 -0.07173 0.448 0.000 0.476 0.012 0.000 0.064
#> SRR191400 1 0.312 0.53646 0.844 0.004 0.028 0.004 0.004 0.116
#> SRR191401 1 0.434 0.42596 0.704 0.000 0.232 0.004 0.000 0.060
#> SRR191402 1 0.603 0.15812 0.500 0.000 0.332 0.144 0.000 0.024
#> SRR191403 1 0.365 0.47618 0.756 0.000 0.216 0.004 0.000 0.024
#> SRR191404 5 0.193 0.58326 0.000 0.040 0.000 0.016 0.924 0.020
#> SRR191405 2 0.864 0.28742 0.056 0.304 0.016 0.268 0.216 0.140
#> SRR191406 6 0.607 0.11426 0.000 0.020 0.220 0.232 0.000 0.528
#> SRR191407 1 0.573 0.30080 0.576 0.000 0.024 0.132 0.000 0.268
#> SRR191408 1 0.819 -0.09469 0.296 0.032 0.228 0.180 0.000 0.264
#> SRR191409 1 0.583 0.44768 0.660 0.024 0.084 0.008 0.188 0.036
#> SRR191410 3 0.614 0.09304 0.148 0.008 0.460 0.372 0.000 0.012
#> SRR191411 3 0.777 -0.07677 0.176 0.016 0.392 0.200 0.000 0.216
#> SRR191412 1 0.418 0.43497 0.708 0.000 0.244 0.004 0.000 0.044
#> SRR191413 6 0.630 0.23708 0.236 0.000 0.364 0.012 0.000 0.388
#> SRR191414 3 0.441 0.28152 0.276 0.000 0.672 0.004 0.000 0.048
#> SRR191415 4 0.561 0.13928 0.052 0.020 0.392 0.520 0.000 0.016
#> SRR191416 3 0.219 0.49503 0.040 0.000 0.908 0.008 0.000 0.044
#> SRR191418 1 0.498 0.39646 0.648 0.000 0.232 0.004 0.000 0.116
#> SRR191419 1 0.537 0.34283 0.644 0.000 0.060 0.060 0.000 0.236
#> SRR191420 1 0.449 0.34142 0.584 0.000 0.384 0.004 0.000 0.028
#> SRR191421 1 0.421 0.28904 0.560 0.000 0.424 0.000 0.000 0.016
#> SRR191422 5 0.358 0.55248 0.000 0.120 0.000 0.072 0.804 0.004
#> SRR191423 5 0.517 0.36107 0.000 0.304 0.000 0.068 0.608 0.020
#> SRR191424 5 0.120 0.58472 0.000 0.040 0.000 0.008 0.952 0.000
#> SRR191425 3 0.250 0.49371 0.048 0.004 0.896 0.012 0.000 0.040
#> SRR191426 3 0.817 0.10350 0.040 0.112 0.360 0.256 0.008 0.224
#> SRR191427 1 0.933 -0.01769 0.288 0.136 0.048 0.124 0.244 0.160
#> SRR191428 3 0.261 0.48253 0.040 0.008 0.892 0.012 0.000 0.048
#> SRR191429 2 0.568 0.25885 0.000 0.580 0.000 0.076 0.296 0.048
#> SRR191430 2 0.490 0.51388 0.004 0.744 0.004 0.104 0.064 0.080
#> SRR191431 5 0.410 0.54049 0.016 0.076 0.000 0.012 0.792 0.104
#> SRR191432 2 0.550 0.45907 0.000 0.628 0.000 0.144 0.204 0.024
#> SRR191433 2 0.361 0.52920 0.000 0.804 0.000 0.104 0.088 0.004
#> SRR191434 5 0.804 0.05634 0.060 0.184 0.008 0.324 0.352 0.072
#> SRR191435 6 0.731 0.07728 0.332 0.008 0.268 0.036 0.016 0.340
#> SRR191436 3 0.749 0.11921 0.032 0.148 0.444 0.272 0.000 0.104
#> SRR191437 5 0.120 0.58539 0.000 0.040 0.000 0.008 0.952 0.000
#> SRR191438 2 0.716 0.46048 0.044 0.600 0.076 0.100 0.048 0.132
#> SRR191439 5 0.653 0.22138 0.032 0.312 0.000 0.060 0.524 0.072
#> SRR191440 5 0.198 0.58376 0.004 0.040 0.000 0.012 0.924 0.020
#> SRR191441 5 0.137 0.58255 0.000 0.044 0.000 0.012 0.944 0.000
#> SRR191442 3 0.875 0.10337 0.052 0.172 0.348 0.200 0.028 0.200
#> SRR191443 3 0.635 0.24831 0.224 0.004 0.560 0.152 0.000 0.060
#> SRR191444 4 0.777 0.10072 0.120 0.020 0.096 0.392 0.028 0.344
#> SRR191445 5 0.614 0.43941 0.100 0.060 0.012 0.052 0.676 0.100
#> SRR191446 4 0.789 0.28100 0.028 0.088 0.048 0.492 0.160 0.184
#> SRR191447 2 0.493 -0.10532 0.000 0.488 0.000 0.044 0.460 0.008
#> SRR191448 1 0.535 0.33978 0.620 0.016 0.040 0.012 0.012 0.300
#> SRR191449 3 0.549 0.22448 0.008 0.000 0.572 0.132 0.000 0.288
#> SRR191450 1 0.739 0.05780 0.452 0.000 0.100 0.076 0.064 0.308
#> SRR191451 1 0.900 -0.00946 0.304 0.120 0.124 0.240 0.020 0.192
#> SRR191452 5 0.438 0.47961 0.000 0.196 0.000 0.016 0.728 0.060
#> SRR191453 5 0.850 0.01296 0.280 0.200 0.000 0.092 0.300 0.128
#> SRR191454 1 0.823 -0.08093 0.344 0.084 0.308 0.176 0.004 0.084
#> SRR191455 4 0.518 0.43408 0.000 0.092 0.172 0.696 0.012 0.028
#> SRR191456 2 0.853 0.23216 0.224 0.388 0.040 0.108 0.044 0.196
#> SRR191457 1 0.590 0.36238 0.628 0.012 0.056 0.040 0.020 0.244
#> SRR191458 6 0.841 -0.14650 0.052 0.140 0.016 0.316 0.148 0.328
#> SRR191459 4 0.662 0.25715 0.244 0.052 0.224 0.480 0.000 0.000
#> SRR191460 4 0.607 0.32235 0.252 0.028 0.076 0.600 0.000 0.044
#> SRR191461 3 0.497 0.07456 0.000 0.008 0.504 0.440 0.000 0.048
#> SRR191462 4 0.825 0.27376 0.240 0.108 0.016 0.388 0.204 0.044
#> SRR191463 5 0.465 0.50233 0.004 0.188 0.000 0.052 0.724 0.032
#> SRR191464 5 0.416 0.47243 0.000 0.256 0.000 0.032 0.704 0.008
#> SRR191465 5 0.498 0.42254 0.000 0.272 0.000 0.044 0.648 0.036
#> SRR191466 3 0.869 0.12824 0.096 0.184 0.384 0.156 0.016 0.164
#> SRR191467 5 0.605 0.03277 0.000 0.424 0.000 0.100 0.436 0.040
#> SRR191468 5 0.545 0.30015 0.000 0.352 0.000 0.048 0.556 0.044
#> SRR191469 3 0.607 0.36547 0.020 0.096 0.624 0.216 0.008 0.036
#> SRR191470 4 0.799 -0.18043 0.004 0.240 0.012 0.336 0.224 0.184
#> SRR191471 4 0.752 0.03039 0.060 0.092 0.000 0.392 0.360 0.096
#> SRR191472 5 0.583 0.25964 0.000 0.332 0.000 0.084 0.540 0.044
#> SRR191473 4 0.681 0.19031 0.000 0.280 0.052 0.504 0.140 0.024
#> SRR191474 3 0.403 0.44134 0.000 0.000 0.720 0.048 0.000 0.232
#> SRR191475 2 0.477 0.38283 0.000 0.672 0.000 0.040 0.256 0.032
#> SRR191476 2 0.738 0.16507 0.004 0.356 0.000 0.268 0.276 0.096
#> SRR191477 2 0.758 0.19864 0.008 0.404 0.016 0.168 0.308 0.096
#> SRR191478 2 0.602 0.41874 0.000 0.576 0.000 0.204 0.180 0.040
#> SRR191479 3 0.402 0.43868 0.100 0.008 0.788 0.008 0.000 0.096
#> SRR191480 4 0.702 0.11442 0.000 0.184 0.028 0.436 0.316 0.036
#> SRR191481 4 0.552 0.19038 0.000 0.296 0.016 0.600 0.072 0.016
#> SRR191482 4 0.647 0.32184 0.032 0.172 0.092 0.628 0.016 0.060
#> SRR191483 4 0.736 -0.00639 0.008 0.360 0.064 0.420 0.104 0.044
#> SRR191484 3 0.727 0.24502 0.248 0.016 0.492 0.012 0.080 0.152
#> SRR191485 2 0.641 0.51174 0.024 0.640 0.020 0.144 0.108 0.064
#> SRR191486 2 0.864 0.10446 0.264 0.304 0.024 0.188 0.036 0.184
#> SRR191487 2 0.940 0.19782 0.036 0.260 0.148 0.188 0.216 0.152
#> SRR191488 1 0.490 0.49913 0.756 0.024 0.024 0.020 0.048 0.128
#> SRR191489 6 0.741 -0.14391 0.044 0.004 0.020 0.312 0.304 0.316
#> SRR191490 5 0.205 0.58017 0.000 0.040 0.000 0.008 0.916 0.036
#> SRR191491 1 0.896 -0.04598 0.284 0.152 0.180 0.204 0.004 0.176
#> SRR191492 3 0.572 0.42100 0.044 0.024 0.636 0.060 0.000 0.236
#> SRR191493 5 0.725 0.15289 0.160 0.312 0.000 0.056 0.436 0.036
#> SRR191494 5 0.566 0.17563 0.012 0.416 0.000 0.032 0.496 0.044
#> SRR191495 3 0.459 0.39366 0.000 0.008 0.652 0.048 0.000 0.292
#> SRR191496 5 0.114 0.58294 0.000 0.024 0.000 0.012 0.960 0.004
#> SRR191497 3 0.622 0.27900 0.000 0.020 0.492 0.224 0.000 0.264
#> SRR191498 6 0.936 0.05672 0.260 0.104 0.096 0.160 0.088 0.292
#> SRR191499 3 0.418 0.39111 0.000 0.004 0.700 0.040 0.000 0.256
#> SRR191500 4 0.617 0.05249 0.008 0.012 0.360 0.464 0.000 0.156
#> SRR191501 5 0.576 0.46275 0.032 0.152 0.000 0.044 0.672 0.100
#> SRR191502 2 0.773 0.37489 0.016 0.448 0.016 0.200 0.208 0.112
#> SRR191503 5 0.450 0.42451 0.000 0.256 0.000 0.024 0.688 0.032
#> SRR191504 2 0.490 0.51639 0.000 0.708 0.012 0.172 0.096 0.012
#> SRR191505 2 0.646 0.39574 0.024 0.560 0.000 0.096 0.260 0.060
#> SRR191506 5 0.173 0.58532 0.000 0.064 0.000 0.004 0.924 0.008
#> SRR191507 5 0.489 0.47217 0.008 0.224 0.000 0.040 0.692 0.036
#> SRR191508 2 0.728 0.47631 0.036 0.580 0.084 0.164 0.060 0.076
#> SRR191509 2 0.621 0.45538 0.000 0.592 0.004 0.188 0.148 0.068
#> SRR191510 4 0.809 -0.08745 0.048 0.132 0.004 0.336 0.332 0.148
#> SRR191511 2 0.617 0.36759 0.000 0.504 0.000 0.220 0.256 0.020
#> SRR191512 5 0.413 0.35652 0.000 0.340 0.000 0.016 0.640 0.004
#> SRR191513 2 0.462 0.38313 0.000 0.684 0.000 0.032 0.252 0.032
#> SRR191514 2 0.390 0.47681 0.000 0.764 0.000 0.040 0.184 0.012
#> SRR191515 2 0.821 0.28698 0.024 0.384 0.024 0.196 0.248 0.124
#> SRR191516 3 0.610 0.32127 0.004 0.016 0.532 0.244 0.000 0.204
#> SRR191517 4 0.570 0.38021 0.000 0.048 0.164 0.632 0.000 0.156
#> SRR191518 2 0.477 0.13393 0.004 0.524 0.000 0.436 0.004 0.032
#> SRR191519 5 0.342 0.52935 0.000 0.168 0.000 0.032 0.796 0.004
#> SRR191520 3 0.618 0.31322 0.004 0.048 0.532 0.108 0.000 0.308
#> SRR191521 2 0.582 0.51961 0.024 0.684 0.004 0.120 0.084 0.084
#> SRR191522 4 0.804 -0.14247 0.024 0.312 0.012 0.352 0.136 0.164
#> SRR191523 2 0.737 0.18448 0.024 0.412 0.000 0.188 0.304 0.072
#> SRR191524 1 0.943 -0.04936 0.284 0.180 0.140 0.164 0.044 0.188
#> SRR191525 5 0.705 -0.13188 0.000 0.328 0.004 0.272 0.344 0.052
#> SRR191526 5 0.545 0.21946 0.000 0.360 0.000 0.032 0.548 0.060
#> SRR191527 1 0.671 0.35821 0.584 0.140 0.000 0.028 0.148 0.100
#> SRR191528 1 0.773 0.02554 0.396 0.076 0.000 0.052 0.296 0.180
#> SRR191529 5 0.672 0.36753 0.032 0.192 0.000 0.132 0.572 0.072
#> SRR191530 2 0.256 0.52526 0.000 0.876 0.000 0.052 0.072 0.000
#> SRR191531 5 0.851 -0.01869 0.256 0.236 0.000 0.072 0.280 0.156
#> SRR191532 5 0.909 -0.08215 0.064 0.228 0.056 0.220 0.308 0.124
#> SRR191533 5 0.784 0.28068 0.144 0.108 0.020 0.084 0.520 0.124
#> SRR191534 2 0.419 0.50920 0.012 0.800 0.000 0.052 0.076 0.060
#> SRR191535 2 0.548 0.51607 0.000 0.672 0.004 0.156 0.116 0.052
#> SRR191536 1 0.725 -0.05419 0.412 0.400 0.032 0.048 0.040 0.068
#> SRR191537 5 0.306 0.57446 0.004 0.092 0.004 0.016 0.860 0.024
#> SRR191538 2 0.518 0.32849 0.000 0.620 0.000 0.056 0.292 0.032
#> SRR191539 5 0.406 0.51382 0.000 0.148 0.000 0.032 0.776 0.044
#> SRR191540 2 0.670 0.15846 0.004 0.496 0.212 0.240 0.004 0.044
#> SRR191541 2 0.513 0.52771 0.040 0.740 0.000 0.060 0.100 0.060
#> SRR191542 2 0.536 -0.07446 0.000 0.472 0.000 0.032 0.452 0.044
#> SRR191543 2 0.622 0.40329 0.000 0.584 0.012 0.132 0.224 0.048
#> SRR191544 2 0.539 0.51709 0.032 0.716 0.000 0.108 0.060 0.084
#> SRR191545 2 0.613 0.47630 0.024 0.620 0.012 0.224 0.032 0.088
#> SRR191546 2 0.571 0.27755 0.048 0.588 0.024 0.312 0.004 0.024
#> SRR191547 2 0.809 -0.11471 0.024 0.320 0.228 0.196 0.000 0.232
#> SRR191548 1 0.161 0.54466 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.209 0.55064 0.908 0.000 0.064 0.004 0.000 0.024
#> SRR191550 1 0.207 0.54450 0.896 0.000 0.092 0.000 0.000 0.012
#> SRR191551 1 0.197 0.54202 0.900 0.000 0.092 0.000 0.000 0.008
#> SRR191552 1 0.161 0.54466 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.518 0.45106 0.700 0.004 0.152 0.096 0.000 0.048
#> SRR191554 1 0.224 0.53951 0.900 0.004 0.008 0.004 0.004 0.080
#> SRR191555 3 0.506 0.29613 0.200 0.000 0.676 0.024 0.000 0.100
#> SRR191556 6 0.676 0.29519 0.292 0.000 0.224 0.052 0.000 0.432
#> SRR191557 3 0.217 0.50295 0.028 0.000 0.904 0.064 0.000 0.004
#> SRR191558 5 0.492 0.50904 0.016 0.184 0.000 0.036 0.716 0.048
#> SRR191559 6 0.453 0.07220 0.020 0.000 0.352 0.016 0.000 0.612
#> SRR191560 6 0.566 0.32471 0.312 0.000 0.132 0.012 0.000 0.544
#> SRR191561 1 0.322 0.52677 0.856 0.044 0.000 0.020 0.008 0.072
#> SRR191562 1 0.364 0.49396 0.788 0.000 0.072 0.000 0.000 0.140
#> SRR191563 4 0.658 0.37390 0.008 0.072 0.048 0.604 0.064 0.204
#> SRR191564 6 0.609 0.08754 0.000 0.000 0.312 0.296 0.000 0.392
#> SRR191565 6 0.694 0.22697 0.316 0.000 0.128 0.120 0.000 0.436
#> SRR191566 3 0.491 0.18474 0.036 0.000 0.620 0.028 0.000 0.316
#> SRR191567 1 0.567 -0.00113 0.484 0.000 0.112 0.012 0.000 0.392
#> SRR191568 1 0.520 0.33531 0.588 0.000 0.304 0.004 0.000 0.104
#> SRR191569 6 0.911 0.07258 0.216 0.192 0.212 0.108 0.016 0.256
#> SRR191570 1 0.837 -0.10565 0.336 0.096 0.152 0.128 0.000 0.288
#> SRR191571 6 0.614 0.11009 0.400 0.000 0.172 0.016 0.000 0.412
#> SRR191572 1 0.170 0.54716 0.920 0.000 0.072 0.000 0.008 0.000
#> SRR191573 1 0.409 0.46716 0.740 0.000 0.196 0.004 0.000 0.060
#> SRR191574 1 0.190 0.53751 0.912 0.004 0.008 0.000 0.000 0.076
#> SRR191575 1 0.486 0.34879 0.612 0.012 0.024 0.004 0.008 0.340
#> SRR191576 1 0.866 0.09531 0.372 0.176 0.040 0.156 0.040 0.216
#> SRR191577 1 0.590 0.18375 0.508 0.000 0.012 0.120 0.008 0.352
#> SRR191578 5 0.490 0.46883 0.000 0.172 0.000 0.112 0.696 0.020
#> SRR191579 1 0.214 0.54866 0.908 0.000 0.040 0.000 0.004 0.048
#> SRR191580 1 0.351 0.53873 0.852 0.028 0.020 0.008 0.064 0.028
#> SRR191581 1 0.449 0.48194 0.756 0.020 0.000 0.012 0.144 0.068
#> SRR191582 1 0.525 0.47488 0.724 0.020 0.000 0.076 0.084 0.096
#> SRR191583 5 0.386 0.53187 0.000 0.104 0.000 0.016 0.796 0.084
#> SRR191584 1 0.579 0.15424 0.480 0.044 0.000 0.004 0.416 0.056
#> SRR191585 3 0.370 0.49083 0.012 0.000 0.800 0.060 0.000 0.128
#> SRR191586 3 0.234 0.49797 0.004 0.000 0.892 0.076 0.000 0.028
#> SRR191587 4 0.694 0.13752 0.328 0.012 0.180 0.428 0.000 0.052
#> SRR191588 3 0.331 0.44605 0.096 0.000 0.832 0.008 0.000 0.064
#> SRR191589 3 0.539 0.04323 0.400 0.000 0.516 0.024 0.000 0.060
#> SRR191590 1 0.225 0.54303 0.896 0.000 0.040 0.000 0.000 0.064
#> SRR191591 3 0.656 0.11949 0.368 0.056 0.476 0.032 0.000 0.068
#> SRR191592 6 0.568 0.25873 0.160 0.000 0.260 0.012 0.000 0.568
#> SRR191593 3 0.267 0.48057 0.060 0.004 0.880 0.004 0.000 0.052
#> SRR191594 1 0.506 0.23077 0.504 0.000 0.428 0.004 0.000 0.064
#> SRR191595 6 0.551 0.28931 0.168 0.000 0.252 0.004 0.000 0.576
#> SRR191596 6 0.562 0.28148 0.344 0.000 0.140 0.004 0.000 0.512
#> SRR191597 4 0.666 0.01514 0.004 0.020 0.312 0.360 0.000 0.304
#> SRR191598 3 0.598 -0.16452 0.160 0.000 0.456 0.012 0.000 0.372
#> SRR191599 3 0.558 -0.06953 0.100 0.000 0.488 0.012 0.000 0.400
#> SRR191600 5 0.734 0.14439 0.004 0.156 0.000 0.268 0.420 0.152
#> SRR191601 3 0.839 0.08877 0.028 0.116 0.304 0.248 0.024 0.280
#> SRR191602 4 0.574 0.15280 0.032 0.028 0.388 0.520 0.000 0.032
#> SRR191603 3 0.625 0.29096 0.000 0.024 0.500 0.228 0.000 0.248
#> SRR191604 5 0.537 0.38585 0.000 0.212 0.000 0.152 0.624 0.012
#> SRR191605 4 0.572 0.13295 0.000 0.008 0.148 0.524 0.000 0.320
#> SRR191606 1 0.580 0.15683 0.532 0.000 0.024 0.096 0.004 0.344
#> SRR191607 3 0.403 0.40840 0.000 0.000 0.724 0.052 0.000 0.224
#> SRR191608 3 0.695 0.26849 0.004 0.064 0.440 0.212 0.000 0.280
#> SRR191609 3 0.517 0.36423 0.000 0.016 0.600 0.072 0.000 0.312
#> SRR191610 3 0.150 0.49498 0.008 0.000 0.944 0.016 0.000 0.032
#> SRR191611 3 0.211 0.50196 0.012 0.000 0.904 0.076 0.000 0.008
#> SRR191612 6 0.562 0.17609 0.016 0.008 0.240 0.124 0.000 0.612
#> SRR191613 1 0.646 0.35501 0.604 0.016 0.180 0.064 0.008 0.128
#> SRR191614 3 0.464 0.09514 0.000 0.000 0.552 0.044 0.000 0.404
#> SRR191615 3 0.690 -0.18918 0.168 0.000 0.392 0.080 0.000 0.360
#> SRR191616 5 0.206 0.57772 0.020 0.020 0.000 0.008 0.924 0.028
#> SRR191617 5 0.674 0.12644 0.012 0.368 0.000 0.152 0.424 0.044
#> SRR191618 5 0.821 0.22109 0.032 0.080 0.164 0.092 0.476 0.156
#> SRR191619 2 0.650 0.15150 0.008 0.528 0.128 0.292 0.028 0.016
#> SRR191620 2 0.634 0.05751 0.004 0.468 0.000 0.072 0.376 0.080
#> SRR191621 4 0.611 -0.04426 0.000 0.400 0.012 0.468 0.092 0.028
#> SRR191622 2 0.677 0.48394 0.048 0.632 0.044 0.100 0.048 0.128
#> SRR191623 3 0.400 0.34590 0.000 0.000 0.620 0.012 0.000 0.368
#> SRR191624 3 0.279 0.46523 0.088 0.004 0.864 0.000 0.000 0.044
#> SRR191625 4 0.797 0.35075 0.060 0.184 0.156 0.472 0.116 0.012
#> SRR191626 4 0.483 0.31413 0.000 0.028 0.312 0.628 0.000 0.032
#> SRR191627 4 0.677 0.37605 0.000 0.144 0.068 0.524 0.016 0.248
#> SRR191628 3 0.417 0.35502 0.012 0.004 0.684 0.288 0.000 0.012
#> SRR191629 4 0.659 0.21765 0.196 0.020 0.276 0.488 0.000 0.020
#> SRR191630 1 0.486 0.12714 0.476 0.000 0.468 0.000 0.000 0.056
#> SRR191631 4 0.623 0.39239 0.000 0.096 0.132 0.588 0.000 0.184
#> SRR191632 1 0.696 -0.04372 0.452 0.000 0.124 0.136 0.000 0.288
#> SRR191633 6 0.835 0.06268 0.008 0.180 0.084 0.212 0.112 0.404
#> SRR191634 5 0.115 0.58214 0.000 0.008 0.000 0.008 0.960 0.024
#> SRR191635 3 0.533 0.31558 0.004 0.004 0.592 0.292 0.000 0.108
#> SRR191636 5 0.758 0.27984 0.172 0.084 0.000 0.108 0.508 0.128
#> SRR191637 5 0.380 0.51672 0.000 0.192 0.000 0.036 0.764 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0488 0.560 0.765 0.4566 0.500 0.500
#> 3 3 0.1058 0.409 0.620 0.3805 0.680 0.453
#> 4 4 0.1938 0.256 0.520 0.1358 0.846 0.625
#> 5 5 0.2871 0.276 0.535 0.0787 0.744 0.347
#> 6 6 0.3438 0.215 0.500 0.0487 0.915 0.656
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.2948 0.68837 0.948 0.052
#> SRR191394 1 0.3114 0.68245 0.944 0.056
#> SRR191396 2 0.9896 0.23500 0.440 0.560
#> SRR191397 1 0.3733 0.68920 0.928 0.072
#> SRR191398 1 0.3879 0.68552 0.924 0.076
#> SRR191399 1 0.4815 0.71041 0.896 0.104
#> SRR191400 1 0.5946 0.67409 0.856 0.144
#> SRR191401 1 0.4161 0.69608 0.916 0.084
#> SRR191402 1 0.8909 0.61408 0.692 0.308
#> SRR191403 1 0.3114 0.68313 0.944 0.056
#> SRR191404 2 0.6048 0.71031 0.148 0.852
#> SRR191405 2 0.9552 0.39078 0.376 0.624
#> SRR191406 2 0.9983 0.00262 0.476 0.524
#> SRR191407 1 0.8443 0.61465 0.728 0.272
#> SRR191408 1 0.8713 0.58114 0.708 0.292
#> SRR191409 2 0.9998 0.02267 0.492 0.508
#> SRR191410 1 0.9954 0.33229 0.540 0.460
#> SRR191411 1 0.8713 0.61310 0.708 0.292
#> SRR191412 1 0.3584 0.69167 0.932 0.068
#> SRR191413 1 0.4939 0.71038 0.892 0.108
#> SRR191414 1 0.2778 0.68351 0.952 0.048
#> SRR191415 1 0.9977 0.21750 0.528 0.472
#> SRR191416 1 0.7950 0.68667 0.760 0.240
#> SRR191418 1 0.6801 0.70302 0.820 0.180
#> SRR191419 1 0.1184 0.67866 0.984 0.016
#> SRR191420 1 0.3274 0.68757 0.940 0.060
#> SRR191421 1 0.4022 0.69803 0.920 0.080
#> SRR191422 2 0.3431 0.70571 0.064 0.936
#> SRR191423 2 0.5946 0.68492 0.144 0.856
#> SRR191424 2 0.3584 0.70085 0.068 0.932
#> SRR191425 1 0.4939 0.70777 0.892 0.108
#> SRR191426 2 0.9954 0.01264 0.460 0.540
#> SRR191427 1 1.0000 -0.12599 0.504 0.496
#> SRR191428 1 0.6148 0.70266 0.848 0.152
#> SRR191429 2 0.2423 0.69447 0.040 0.960
#> SRR191430 2 0.7528 0.66824 0.216 0.784
#> SRR191431 2 0.7056 0.65991 0.192 0.808
#> SRR191432 2 0.2778 0.69171 0.048 0.952
#> SRR191433 2 0.6712 0.70374 0.176 0.824
#> SRR191434 2 0.8267 0.64363 0.260 0.740
#> SRR191435 1 0.6973 0.71042 0.812 0.188
#> SRR191436 1 0.9996 0.14104 0.512 0.488
#> SRR191437 2 0.3274 0.71021 0.060 0.940
#> SRR191438 2 0.9209 0.46467 0.336 0.664
#> SRR191439 2 0.7950 0.65707 0.240 0.760
#> SRR191440 2 0.5842 0.67838 0.140 0.860
#> SRR191441 2 0.1843 0.70054 0.028 0.972
#> SRR191442 1 0.9286 0.55497 0.656 0.344
#> SRR191443 1 0.5737 0.70785 0.864 0.136
#> SRR191444 2 0.9996 -0.06418 0.488 0.512
#> SRR191445 2 0.9087 0.54764 0.324 0.676
#> SRR191446 2 0.5519 0.69165 0.128 0.872
#> SRR191447 2 0.3879 0.71288 0.076 0.924
#> SRR191448 1 0.3733 0.70105 0.928 0.072
#> SRR191449 1 0.9129 0.58048 0.672 0.328
#> SRR191450 1 0.8207 0.65192 0.744 0.256
#> SRR191451 1 0.9970 0.11407 0.532 0.468
#> SRR191452 2 0.5519 0.68617 0.128 0.872
#> SRR191453 2 0.9881 0.30679 0.436 0.564
#> SRR191454 1 0.9833 0.38604 0.576 0.424
#> SRR191455 2 0.9754 0.26143 0.408 0.592
#> SRR191456 2 0.9970 0.17290 0.468 0.532
#> SRR191457 1 0.4690 0.68989 0.900 0.100
#> SRR191458 2 0.8763 0.58747 0.296 0.704
#> SRR191459 2 0.9996 -0.11838 0.488 0.512
#> SRR191460 2 0.9909 0.12407 0.444 0.556
#> SRR191461 1 0.9954 0.26452 0.540 0.460
#> SRR191462 2 0.9044 0.50277 0.320 0.680
#> SRR191463 2 0.4815 0.71434 0.104 0.896
#> SRR191464 2 0.4690 0.69116 0.100 0.900
#> SRR191465 2 0.2603 0.69723 0.044 0.956
#> SRR191466 1 0.9754 0.41033 0.592 0.408
#> SRR191467 2 0.3879 0.71029 0.076 0.924
#> SRR191468 2 0.0938 0.69597 0.012 0.988
#> SRR191469 1 0.8499 0.64110 0.724 0.276
#> SRR191470 2 0.6887 0.68789 0.184 0.816
#> SRR191471 2 0.7376 0.65155 0.208 0.792
#> SRR191472 2 0.3274 0.70706 0.060 0.940
#> SRR191473 2 0.4939 0.70351 0.108 0.892
#> SRR191474 1 0.9393 0.54504 0.644 0.356
#> SRR191475 2 0.2778 0.70651 0.048 0.952
#> SRR191476 2 0.4431 0.69717 0.092 0.908
#> SRR191477 2 0.6438 0.70078 0.164 0.836
#> SRR191478 2 0.5059 0.71486 0.112 0.888
#> SRR191479 1 0.6148 0.70610 0.848 0.152
#> SRR191480 2 0.5842 0.69057 0.140 0.860
#> SRR191481 2 0.5294 0.69652 0.120 0.880
#> SRR191482 2 0.8763 0.52658 0.296 0.704
#> SRR191483 2 0.8386 0.57930 0.268 0.732
#> SRR191484 1 0.7219 0.68102 0.800 0.200
#> SRR191485 2 0.6712 0.69408 0.176 0.824
#> SRR191486 2 0.9944 0.22370 0.456 0.544
#> SRR191487 2 0.8443 0.57484 0.272 0.728
#> SRR191488 1 0.5946 0.70949 0.856 0.144
#> SRR191489 2 0.9248 0.44237 0.340 0.660
#> SRR191490 2 0.6343 0.66735 0.160 0.840
#> SRR191491 1 0.8861 0.57500 0.696 0.304
#> SRR191492 1 0.8909 0.61679 0.692 0.308
#> SRR191493 2 0.8499 0.55754 0.276 0.724
#> SRR191494 2 0.5629 0.69324 0.132 0.868
#> SRR191495 1 0.9358 0.53114 0.648 0.352
#> SRR191496 2 0.4161 0.69288 0.084 0.916
#> SRR191497 1 0.9775 0.39607 0.588 0.412
#> SRR191498 1 0.9608 0.40048 0.616 0.384
#> SRR191499 1 0.9044 0.57817 0.680 0.320
#> SRR191500 1 0.9393 0.52450 0.644 0.356
#> SRR191501 2 0.8207 0.62183 0.256 0.744
#> SRR191502 2 0.7139 0.69834 0.196 0.804
#> SRR191503 2 0.2778 0.69894 0.048 0.952
#> SRR191504 2 0.5629 0.68953 0.132 0.868
#> SRR191505 2 0.5178 0.71075 0.116 0.884
#> SRR191506 2 0.3114 0.70156 0.056 0.944
#> SRR191507 2 0.5294 0.71630 0.120 0.880
#> SRR191508 2 0.9635 0.33965 0.388 0.612
#> SRR191509 2 0.7950 0.66457 0.240 0.760
#> SRR191510 2 0.7815 0.66211 0.232 0.768
#> SRR191511 2 0.3274 0.69373 0.060 0.940
#> SRR191512 2 0.2236 0.69653 0.036 0.964
#> SRR191513 2 0.2603 0.70073 0.044 0.956
#> SRR191514 2 0.2948 0.70392 0.052 0.948
#> SRR191515 2 0.6801 0.67829 0.180 0.820
#> SRR191516 1 0.9000 0.58877 0.684 0.316
#> SRR191517 2 0.9710 0.27325 0.400 0.600
#> SRR191518 2 0.6531 0.68253 0.168 0.832
#> SRR191519 2 0.2043 0.69576 0.032 0.968
#> SRR191520 1 0.9963 0.28692 0.536 0.464
#> SRR191521 2 0.6343 0.68393 0.160 0.840
#> SRR191522 2 0.7602 0.64523 0.220 0.780
#> SRR191523 2 0.8661 0.60206 0.288 0.712
#> SRR191524 1 0.8909 0.56383 0.692 0.308
#> SRR191525 2 0.5294 0.71513 0.120 0.880
#> SRR191526 2 0.5178 0.69098 0.116 0.884
#> SRR191527 1 1.0000 -0.07264 0.504 0.496
#> SRR191528 2 0.9970 0.19860 0.468 0.532
#> SRR191529 2 0.5294 0.70238 0.120 0.880
#> SRR191530 2 0.6623 0.69936 0.172 0.828
#> SRR191531 2 0.8813 0.50944 0.300 0.700
#> SRR191532 2 0.9686 0.45099 0.396 0.604
#> SRR191533 2 0.9044 0.53216 0.320 0.680
#> SRR191534 2 0.8207 0.64147 0.256 0.744
#> SRR191535 2 0.7453 0.68961 0.212 0.788
#> SRR191536 1 0.9710 0.35990 0.600 0.400
#> SRR191537 2 0.7139 0.69189 0.196 0.804
#> SRR191538 2 0.2236 0.68948 0.036 0.964
#> SRR191539 2 0.3114 0.70299 0.056 0.944
#> SRR191540 2 0.9522 0.34118 0.372 0.628
#> SRR191541 2 0.5294 0.71792 0.120 0.880
#> SRR191542 2 0.5946 0.68838 0.144 0.856
#> SRR191543 2 0.6048 0.70503 0.148 0.852
#> SRR191544 2 0.6887 0.69750 0.184 0.816
#> SRR191545 2 0.6801 0.67248 0.180 0.820
#> SRR191546 2 0.9323 0.41462 0.348 0.652
#> SRR191547 2 0.9896 0.23996 0.440 0.560
#> SRR191548 1 0.3584 0.68330 0.932 0.068
#> SRR191549 1 0.3879 0.68080 0.924 0.076
#> SRR191550 1 0.1184 0.67819 0.984 0.016
#> SRR191551 1 0.2423 0.67593 0.960 0.040
#> SRR191552 1 0.3584 0.68087 0.932 0.068
#> SRR191553 1 0.4690 0.68534 0.900 0.100
#> SRR191554 1 0.5408 0.67367 0.876 0.124
#> SRR191555 1 0.4298 0.68168 0.912 0.088
#> SRR191556 1 0.9248 0.55627 0.660 0.340
#> SRR191557 1 0.7950 0.65473 0.760 0.240
#> SRR191558 2 0.6623 0.69724 0.172 0.828
#> SRR191559 1 0.9522 0.49774 0.628 0.372
#> SRR191560 1 0.8608 0.60042 0.716 0.284
#> SRR191561 1 0.5842 0.64613 0.860 0.140
#> SRR191562 1 0.5737 0.70066 0.864 0.136
#> SRR191563 2 0.9087 0.48976 0.324 0.676
#> SRR191564 1 0.9552 0.49793 0.624 0.376
#> SRR191565 1 0.8661 0.62704 0.712 0.288
#> SRR191566 1 0.5946 0.70689 0.856 0.144
#> SRR191567 1 0.3114 0.70285 0.944 0.056
#> SRR191568 1 0.3879 0.69499 0.924 0.076
#> SRR191569 1 0.9881 0.28619 0.564 0.436
#> SRR191570 1 0.9815 0.32694 0.580 0.420
#> SRR191571 1 0.8713 0.61284 0.708 0.292
#> SRR191572 1 0.3114 0.68234 0.944 0.056
#> SRR191573 1 0.8909 0.59490 0.692 0.308
#> SRR191574 1 0.2603 0.68701 0.956 0.044
#> SRR191575 1 0.8763 0.58382 0.704 0.296
#> SRR191576 2 0.9963 0.15820 0.464 0.536
#> SRR191577 1 0.9044 0.53427 0.680 0.320
#> SRR191578 2 0.4939 0.71949 0.108 0.892
#> SRR191579 1 0.4431 0.67810 0.908 0.092
#> SRR191580 1 0.8443 0.51006 0.728 0.272
#> SRR191581 1 0.9580 0.31750 0.620 0.380
#> SRR191582 1 0.9522 0.33890 0.628 0.372
#> SRR191583 2 0.5178 0.69013 0.116 0.884
#> SRR191584 2 0.9608 0.38756 0.384 0.616
#> SRR191585 1 0.8861 0.59528 0.696 0.304
#> SRR191586 1 0.8608 0.61704 0.716 0.284
#> SRR191587 1 0.9954 0.29782 0.540 0.460
#> SRR191588 1 0.5519 0.70110 0.872 0.128
#> SRR191589 1 0.6438 0.70929 0.836 0.164
#> SRR191590 1 0.7299 0.66827 0.796 0.204
#> SRR191591 1 0.9922 0.27081 0.552 0.448
#> SRR191592 1 0.9129 0.59072 0.672 0.328
#> SRR191593 1 0.3879 0.70483 0.924 0.076
#> SRR191594 1 0.1184 0.67819 0.984 0.016
#> SRR191595 1 0.8661 0.62525 0.712 0.288
#> SRR191596 1 0.6973 0.69284 0.812 0.188
#> SRR191597 2 1.0000 -0.14406 0.496 0.504
#> SRR191598 1 0.8955 0.59479 0.688 0.312
#> SRR191599 1 0.5842 0.70625 0.860 0.140
#> SRR191600 2 0.8267 0.64408 0.260 0.740
#> SRR191601 2 0.9866 0.17613 0.432 0.568
#> SRR191602 2 0.9922 0.09619 0.448 0.552
#> SRR191603 2 0.9963 0.01644 0.464 0.536
#> SRR191604 2 0.4161 0.70036 0.084 0.916
#> SRR191605 2 0.9963 0.04830 0.464 0.536
#> SRR191606 1 0.9815 0.34449 0.580 0.420
#> SRR191607 1 0.8555 0.62389 0.720 0.280
#> SRR191608 2 0.9881 0.11159 0.436 0.564
#> SRR191609 1 0.9881 0.33784 0.564 0.436
#> SRR191610 1 0.6887 0.68386 0.816 0.184
#> SRR191611 1 0.8267 0.63163 0.740 0.260
#> SRR191612 1 0.9427 0.52021 0.640 0.360
#> SRR191613 1 0.4022 0.71105 0.920 0.080
#> SRR191614 1 0.8443 0.63264 0.728 0.272
#> SRR191615 1 0.7453 0.67878 0.788 0.212
#> SRR191616 2 0.5946 0.68564 0.144 0.856
#> SRR191617 2 0.2236 0.70778 0.036 0.964
#> SRR191618 2 0.8443 0.62899 0.272 0.728
#> SRR191619 2 0.8144 0.58283 0.252 0.748
#> SRR191620 2 0.5519 0.71425 0.128 0.872
#> SRR191621 2 0.3733 0.70710 0.072 0.928
#> SRR191622 2 0.9686 0.38110 0.396 0.604
#> SRR191623 1 0.8763 0.62265 0.704 0.296
#> SRR191624 1 0.3584 0.70178 0.932 0.068
#> SRR191625 2 0.8813 0.49779 0.300 0.700
#> SRR191626 2 0.9922 0.09743 0.448 0.552
#> SRR191627 2 0.7815 0.61830 0.232 0.768
#> SRR191628 1 0.9909 0.30256 0.556 0.444
#> SRR191629 2 0.9944 0.00637 0.456 0.544
#> SRR191630 1 0.1184 0.67819 0.984 0.016
#> SRR191631 2 0.9170 0.43671 0.332 0.668
#> SRR191632 1 0.8813 0.62915 0.700 0.300
#> SRR191633 2 0.9000 0.57214 0.316 0.684
#> SRR191634 2 0.4815 0.69541 0.104 0.896
#> SRR191635 1 0.9732 0.42774 0.596 0.404
#> SRR191636 2 0.8499 0.62323 0.276 0.724
#> SRR191637 2 0.2423 0.69226 0.040 0.960
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.607 0.65432 0.728 0.024 0.248
#> SRR191394 1 0.416 0.64041 0.848 0.008 0.144
#> SRR191396 2 0.858 0.18898 0.096 0.460 0.444
#> SRR191397 1 0.659 0.64903 0.732 0.060 0.208
#> SRR191398 1 0.383 0.64259 0.868 0.008 0.124
#> SRR191399 1 0.619 0.59628 0.724 0.028 0.248
#> SRR191400 1 0.745 0.56683 0.636 0.060 0.304
#> SRR191401 1 0.634 0.65558 0.736 0.044 0.220
#> SRR191402 3 0.909 -0.10889 0.396 0.140 0.464
#> SRR191403 1 0.554 0.65907 0.776 0.024 0.200
#> SRR191404 2 0.573 0.63935 0.008 0.720 0.272
#> SRR191405 3 0.794 0.06838 0.068 0.364 0.568
#> SRR191406 3 0.593 0.49961 0.084 0.124 0.792
#> SRR191407 3 0.910 0.01829 0.408 0.140 0.452
#> SRR191408 3 0.915 0.23554 0.292 0.180 0.528
#> SRR191409 3 0.874 0.04514 0.112 0.392 0.496
#> SRR191410 3 0.802 0.46986 0.188 0.156 0.656
#> SRR191411 3 0.791 0.44920 0.188 0.148 0.664
#> SRR191412 1 0.589 0.65823 0.752 0.028 0.220
#> SRR191413 1 0.674 0.53978 0.688 0.040 0.272
#> SRR191414 1 0.445 0.63507 0.836 0.012 0.152
#> SRR191415 3 0.596 0.51930 0.096 0.112 0.792
#> SRR191416 3 0.790 0.16530 0.356 0.068 0.576
#> SRR191418 1 0.761 0.49476 0.564 0.048 0.388
#> SRR191419 1 0.406 0.63404 0.836 0.000 0.164
#> SRR191420 1 0.656 0.63584 0.700 0.036 0.264
#> SRR191421 1 0.673 0.63396 0.696 0.044 0.260
#> SRR191422 2 0.553 0.65108 0.000 0.704 0.296
#> SRR191423 2 0.498 0.66065 0.004 0.780 0.216
#> SRR191424 2 0.517 0.66211 0.016 0.792 0.192
#> SRR191425 1 0.769 0.42284 0.580 0.056 0.364
#> SRR191426 3 0.760 0.48768 0.100 0.228 0.672
#> SRR191427 3 0.872 0.15889 0.120 0.348 0.532
#> SRR191428 3 0.735 -0.08283 0.432 0.032 0.536
#> SRR191429 2 0.493 0.59500 0.000 0.768 0.232
#> SRR191430 2 0.630 0.40807 0.004 0.608 0.388
#> SRR191431 2 0.681 0.62281 0.064 0.716 0.220
#> SRR191432 2 0.497 0.55298 0.000 0.764 0.236
#> SRR191433 2 0.614 0.51562 0.000 0.596 0.404
#> SRR191434 2 0.694 0.38838 0.016 0.520 0.464
#> SRR191435 3 0.903 0.21409 0.352 0.144 0.504
#> SRR191436 3 0.649 0.49250 0.076 0.172 0.752
#> SRR191437 2 0.353 0.65717 0.016 0.892 0.092
#> SRR191438 3 0.677 0.04988 0.016 0.392 0.592
#> SRR191439 2 0.630 0.56694 0.008 0.640 0.352
#> SRR191440 2 0.441 0.64343 0.024 0.852 0.124
#> SRR191441 2 0.336 0.65402 0.016 0.900 0.084
#> SRR191442 3 0.798 0.43397 0.164 0.176 0.660
#> SRR191443 1 0.741 0.39608 0.548 0.036 0.416
#> SRR191444 3 0.739 0.49885 0.108 0.196 0.696
#> SRR191445 2 0.863 0.44512 0.140 0.580 0.280
#> SRR191446 3 0.630 -0.23120 0.000 0.476 0.524
#> SRR191447 2 0.388 0.67263 0.000 0.848 0.152
#> SRR191448 1 0.815 0.43736 0.580 0.088 0.332
#> SRR191449 3 0.848 0.30620 0.332 0.108 0.560
#> SRR191450 1 0.852 0.40173 0.592 0.136 0.272
#> SRR191451 3 0.757 0.44778 0.116 0.200 0.684
#> SRR191452 2 0.454 0.64116 0.016 0.836 0.148
#> SRR191453 2 0.907 0.11323 0.136 0.444 0.420
#> SRR191454 3 0.917 0.32595 0.192 0.276 0.532
#> SRR191455 3 0.501 0.45204 0.016 0.180 0.804
#> SRR191456 3 0.832 -0.08830 0.080 0.428 0.492
#> SRR191457 1 0.813 0.50785 0.612 0.104 0.284
#> SRR191458 2 0.857 0.22249 0.096 0.476 0.428
#> SRR191459 3 0.816 0.50506 0.136 0.228 0.636
#> SRR191460 3 0.771 0.32355 0.088 0.264 0.648
#> SRR191461 3 0.583 0.51740 0.076 0.128 0.796
#> SRR191462 3 0.933 0.21037 0.172 0.356 0.472
#> SRR191463 2 0.544 0.66563 0.004 0.736 0.260
#> SRR191464 2 0.551 0.67484 0.028 0.784 0.188
#> SRR191465 2 0.296 0.66076 0.000 0.900 0.100
#> SRR191466 3 0.772 0.44349 0.160 0.160 0.680
#> SRR191467 2 0.590 0.61751 0.004 0.680 0.316
#> SRR191468 2 0.344 0.65399 0.016 0.896 0.088
#> SRR191469 3 0.814 0.33484 0.252 0.120 0.628
#> SRR191470 3 0.667 -0.13982 0.008 0.472 0.520
#> SRR191471 2 0.734 0.38616 0.032 0.540 0.428
#> SRR191472 2 0.304 0.66792 0.000 0.896 0.104
#> SRR191473 2 0.615 0.46450 0.000 0.592 0.408
#> SRR191474 3 0.884 0.35157 0.308 0.144 0.548
#> SRR191475 2 0.412 0.67003 0.000 0.832 0.168
#> SRR191476 2 0.619 0.53131 0.004 0.632 0.364
#> SRR191477 2 0.634 0.56137 0.008 0.632 0.360
#> SRR191478 2 0.556 0.60612 0.000 0.700 0.300
#> SRR191479 1 0.835 0.16497 0.508 0.084 0.408
#> SRR191480 2 0.610 0.41524 0.000 0.608 0.392
#> SRR191481 2 0.629 0.33918 0.000 0.532 0.468
#> SRR191482 3 0.729 0.30996 0.048 0.320 0.632
#> SRR191483 3 0.572 0.27988 0.004 0.292 0.704
#> SRR191484 1 0.905 0.22799 0.460 0.136 0.404
#> SRR191485 3 0.631 -0.21937 0.000 0.496 0.504
#> SRR191486 3 0.861 -0.02584 0.100 0.412 0.488
#> SRR191487 3 0.740 -0.09894 0.032 0.480 0.488
#> SRR191488 1 0.782 0.53093 0.620 0.080 0.300
#> SRR191489 3 0.860 0.00135 0.100 0.408 0.492
#> SRR191490 2 0.461 0.62861 0.028 0.844 0.128
#> SRR191491 3 0.946 0.18487 0.312 0.204 0.484
#> SRR191492 3 0.891 0.31640 0.272 0.168 0.560
#> SRR191493 2 0.771 0.57263 0.128 0.676 0.196
#> SRR191494 2 0.493 0.65469 0.004 0.784 0.212
#> SRR191495 3 0.841 0.34749 0.308 0.112 0.580
#> SRR191496 2 0.336 0.65718 0.016 0.900 0.084
#> SRR191497 3 0.739 0.45740 0.208 0.100 0.692
#> SRR191498 3 0.920 0.42281 0.212 0.252 0.536
#> SRR191499 3 0.725 0.36815 0.276 0.060 0.664
#> SRR191500 3 0.785 0.40788 0.248 0.104 0.648
#> SRR191501 2 0.689 0.60292 0.052 0.692 0.256
#> SRR191502 2 0.623 0.57162 0.012 0.672 0.316
#> SRR191503 2 0.336 0.65864 0.016 0.900 0.084
#> SRR191504 2 0.680 0.23040 0.012 0.532 0.456
#> SRR191505 2 0.489 0.65443 0.000 0.772 0.228
#> SRR191506 2 0.448 0.67249 0.020 0.844 0.136
#> SRR191507 2 0.585 0.66186 0.044 0.776 0.180
#> SRR191508 3 0.743 0.05023 0.036 0.424 0.540
#> SRR191509 2 0.651 0.31252 0.004 0.520 0.476
#> SRR191510 2 0.785 0.39988 0.056 0.532 0.412
#> SRR191511 2 0.497 0.61098 0.000 0.764 0.236
#> SRR191512 2 0.260 0.65298 0.016 0.932 0.052
#> SRR191513 2 0.362 0.67653 0.000 0.864 0.136
#> SRR191514 2 0.440 0.64745 0.000 0.812 0.188
#> SRR191515 3 0.619 0.09708 0.000 0.420 0.580
#> SRR191516 3 0.757 0.36954 0.248 0.088 0.664
#> SRR191517 3 0.745 0.37747 0.076 0.260 0.664
#> SRR191518 2 0.741 0.46379 0.044 0.596 0.360
#> SRR191519 2 0.428 0.65302 0.016 0.852 0.132
#> SRR191520 3 0.891 0.44185 0.260 0.176 0.564
#> SRR191521 2 0.638 0.55755 0.008 0.624 0.368
#> SRR191522 2 0.729 0.36652 0.028 0.504 0.468
#> SRR191523 2 0.710 0.41226 0.028 0.588 0.384
#> SRR191524 3 0.864 0.35515 0.160 0.248 0.592
#> SRR191525 2 0.625 0.53520 0.008 0.648 0.344
#> SRR191526 2 0.319 0.64571 0.000 0.888 0.112
#> SRR191527 1 0.973 0.14245 0.428 0.340 0.232
#> SRR191528 2 0.982 0.08287 0.320 0.420 0.260
#> SRR191529 2 0.544 0.67124 0.024 0.784 0.192
#> SRR191530 2 0.578 0.56364 0.004 0.696 0.300
#> SRR191531 2 0.792 0.49648 0.120 0.652 0.228
#> SRR191532 2 0.889 0.14370 0.120 0.448 0.432
#> SRR191533 2 0.879 0.39125 0.132 0.540 0.328
#> SRR191534 2 0.760 0.51421 0.060 0.612 0.328
#> SRR191535 2 0.628 0.46868 0.004 0.612 0.384
#> SRR191536 3 0.988 0.07198 0.352 0.260 0.388
#> SRR191537 2 0.745 0.56533 0.064 0.644 0.292
#> SRR191538 2 0.406 0.65277 0.000 0.836 0.164
#> SRR191539 2 0.300 0.65457 0.016 0.916 0.068
#> SRR191540 3 0.706 0.37540 0.052 0.276 0.672
#> SRR191541 2 0.589 0.65211 0.028 0.752 0.220
#> SRR191542 2 0.458 0.65810 0.004 0.812 0.184
#> SRR191543 2 0.613 0.55075 0.004 0.644 0.352
#> SRR191544 2 0.645 0.54234 0.020 0.672 0.308
#> SRR191545 3 0.640 0.00675 0.004 0.416 0.580
#> SRR191546 3 0.670 0.39707 0.044 0.256 0.700
#> SRR191547 3 0.657 0.31557 0.024 0.308 0.668
#> SRR191548 1 0.338 0.63916 0.892 0.008 0.100
#> SRR191549 1 0.397 0.64244 0.860 0.008 0.132
#> SRR191550 1 0.103 0.62100 0.976 0.000 0.024
#> SRR191551 1 0.319 0.64710 0.888 0.000 0.112
#> SRR191552 1 0.403 0.64388 0.856 0.008 0.136
#> SRR191553 1 0.592 0.59596 0.712 0.012 0.276
#> SRR191554 1 0.625 0.57252 0.744 0.044 0.212
#> SRR191555 1 0.607 0.54338 0.676 0.008 0.316
#> SRR191556 3 0.904 0.34635 0.280 0.176 0.544
#> SRR191557 3 0.775 -0.02391 0.456 0.048 0.496
#> SRR191558 2 0.633 0.61014 0.012 0.656 0.332
#> SRR191559 3 0.865 0.37403 0.276 0.144 0.580
#> SRR191560 3 0.948 0.18778 0.348 0.192 0.460
#> SRR191561 1 0.621 0.56928 0.736 0.036 0.228
#> SRR191562 1 0.723 0.60084 0.688 0.076 0.236
#> SRR191563 3 0.682 0.12440 0.024 0.348 0.628
#> SRR191564 3 0.693 0.48105 0.176 0.096 0.728
#> SRR191565 3 0.932 0.20649 0.352 0.172 0.476
#> SRR191566 1 0.757 0.18081 0.508 0.040 0.452
#> SRR191567 1 0.550 0.62426 0.744 0.008 0.248
#> SRR191568 1 0.638 0.61691 0.720 0.036 0.244
#> SRR191569 3 0.842 0.14493 0.096 0.364 0.540
#> SRR191570 3 0.952 0.29395 0.236 0.276 0.488
#> SRR191571 3 0.933 0.04234 0.404 0.164 0.432
#> SRR191572 1 0.287 0.64243 0.916 0.008 0.076
#> SRR191573 1 0.954 0.19393 0.424 0.192 0.384
#> SRR191574 1 0.453 0.64351 0.824 0.008 0.168
#> SRR191575 1 0.972 0.04535 0.432 0.232 0.336
#> SRR191576 3 0.864 0.07393 0.108 0.376 0.516
#> SRR191577 3 0.914 0.33391 0.264 0.196 0.540
#> SRR191578 2 0.522 0.65001 0.000 0.740 0.260
#> SRR191579 1 0.416 0.64580 0.848 0.008 0.144
#> SRR191580 1 0.714 0.54662 0.704 0.084 0.212
#> SRR191581 1 0.933 0.26195 0.520 0.228 0.252
#> SRR191582 1 0.901 0.29168 0.524 0.152 0.324
#> SRR191583 2 0.441 0.67366 0.016 0.844 0.140
#> SRR191584 2 0.917 0.22409 0.392 0.460 0.148
#> SRR191585 3 0.776 0.31733 0.280 0.084 0.636
#> SRR191586 3 0.795 0.22447 0.368 0.068 0.564
#> SRR191587 3 0.767 0.48933 0.148 0.168 0.684
#> SRR191588 1 0.674 0.41075 0.600 0.016 0.384
#> SRR191589 3 0.726 -0.26419 0.444 0.028 0.528
#> SRR191590 1 0.906 0.42046 0.520 0.156 0.324
#> SRR191591 3 0.906 0.34924 0.180 0.276 0.544
#> SRR191592 3 0.875 0.40848 0.256 0.164 0.580
#> SRR191593 1 0.742 0.49339 0.608 0.048 0.344
#> SRR191594 1 0.153 0.62373 0.960 0.000 0.040
#> SRR191595 3 0.910 0.39431 0.248 0.204 0.548
#> SRR191596 1 0.814 0.11685 0.476 0.068 0.456
#> SRR191597 3 0.787 0.48513 0.180 0.152 0.668
#> SRR191598 3 0.895 0.30911 0.320 0.148 0.532
#> SRR191599 1 0.756 0.19080 0.520 0.040 0.440
#> SRR191600 2 0.718 0.39464 0.024 0.504 0.472
#> SRR191601 3 0.661 0.49072 0.072 0.188 0.740
#> SRR191602 3 0.493 0.47406 0.024 0.156 0.820
#> SRR191603 3 0.600 0.46953 0.052 0.176 0.772
#> SRR191604 2 0.614 0.50619 0.000 0.596 0.404
#> SRR191605 3 0.662 0.48490 0.100 0.148 0.752
#> SRR191606 3 0.989 0.32398 0.304 0.288 0.408
#> SRR191607 3 0.746 0.20867 0.372 0.044 0.584
#> SRR191608 3 0.827 0.51103 0.156 0.212 0.632
#> SRR191609 3 0.858 0.43687 0.224 0.172 0.604
#> SRR191610 3 0.707 -0.08387 0.484 0.020 0.496
#> SRR191611 3 0.802 0.12924 0.416 0.064 0.520
#> SRR191612 3 0.833 0.46757 0.208 0.164 0.628
#> SRR191613 1 0.738 0.37457 0.512 0.032 0.456
#> SRR191614 3 0.762 0.25491 0.332 0.060 0.608
#> SRR191615 3 0.845 0.02793 0.424 0.088 0.488
#> SRR191616 2 0.585 0.63750 0.028 0.756 0.216
#> SRR191617 2 0.484 0.66630 0.000 0.776 0.224
#> SRR191618 3 0.737 -0.23749 0.032 0.448 0.520
#> SRR191619 3 0.668 -0.19746 0.008 0.484 0.508
#> SRR191620 2 0.590 0.58910 0.004 0.680 0.316
#> SRR191621 2 0.595 0.54182 0.000 0.640 0.360
#> SRR191622 3 0.706 -0.12166 0.020 0.460 0.520
#> SRR191623 3 0.904 0.22497 0.372 0.140 0.488
#> SRR191624 1 0.610 0.60452 0.740 0.032 0.228
#> SRR191625 3 0.701 -0.00231 0.020 0.432 0.548
#> SRR191626 3 0.659 0.44197 0.056 0.216 0.728
#> SRR191627 3 0.665 -0.18079 0.008 0.452 0.540
#> SRR191628 3 0.797 0.45804 0.180 0.160 0.660
#> SRR191629 3 0.774 0.52509 0.124 0.204 0.672
#> SRR191630 1 0.196 0.62696 0.944 0.000 0.056
#> SRR191631 3 0.680 0.28218 0.032 0.308 0.660
#> SRR191632 3 0.842 0.05033 0.408 0.088 0.504
#> SRR191633 2 0.765 0.39924 0.044 0.512 0.444
#> SRR191634 2 0.487 0.65993 0.032 0.832 0.136
#> SRR191635 3 0.882 0.42403 0.272 0.160 0.568
#> SRR191636 2 0.919 0.33293 0.152 0.468 0.380
#> SRR191637 2 0.551 0.62729 0.016 0.764 0.220
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 1 0.605 0.568063 0.688 0.004 0.204 0.104
#> SRR191394 1 0.316 0.563345 0.864 0.000 0.124 0.012
#> SRR191396 4 0.936 0.217371 0.088 0.284 0.292 0.336
#> SRR191397 1 0.647 0.558579 0.676 0.012 0.164 0.148
#> SRR191398 1 0.233 0.577933 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR191399 1 0.709 0.438634 0.564 0.008 0.304 0.124
#> SRR191400 1 0.732 0.459380 0.604 0.036 0.248 0.112
#> SRR191401 1 0.694 0.544861 0.628 0.012 0.184 0.176
#> SRR191402 3 0.857 0.078584 0.280 0.076 0.492 0.152
#> SRR191403 1 0.598 0.578849 0.712 0.008 0.156 0.124
#> SRR191404 2 0.755 0.403831 0.012 0.508 0.148 0.332
#> SRR191405 3 0.896 -0.084086 0.076 0.260 0.440 0.224
#> SRR191406 3 0.602 0.320236 0.004 0.128 0.700 0.168
#> SRR191407 3 0.937 -0.175775 0.208 0.112 0.388 0.292
#> SRR191408 4 0.921 0.109910 0.200 0.092 0.344 0.364
#> SRR191409 3 0.937 -0.249778 0.100 0.232 0.364 0.304
#> SRR191410 3 0.545 0.347416 0.088 0.040 0.780 0.092
#> SRR191411 3 0.699 0.215759 0.056 0.052 0.616 0.276
#> SRR191412 1 0.626 0.558707 0.660 0.004 0.236 0.100
#> SRR191413 1 0.834 0.294772 0.384 0.016 0.292 0.308
#> SRR191414 1 0.676 0.510059 0.612 0.000 0.188 0.200
#> SRR191415 3 0.511 0.348549 0.052 0.048 0.800 0.100
#> SRR191416 3 0.765 0.209380 0.260 0.020 0.548 0.172
#> SRR191418 1 0.792 0.353987 0.464 0.012 0.320 0.204
#> SRR191419 1 0.561 0.567681 0.716 0.000 0.188 0.096
#> SRR191420 1 0.705 0.513219 0.588 0.008 0.264 0.140
#> SRR191421 1 0.765 0.470371 0.520 0.008 0.232 0.240
#> SRR191422 2 0.682 0.458388 0.004 0.608 0.140 0.248
#> SRR191423 2 0.715 0.406464 0.012 0.580 0.132 0.276
#> SRR191424 2 0.628 0.458069 0.000 0.596 0.076 0.328
#> SRR191425 1 0.827 0.188470 0.392 0.016 0.344 0.248
#> SRR191426 3 0.740 0.261210 0.056 0.152 0.636 0.156
#> SRR191427 3 0.914 -0.167086 0.076 0.232 0.372 0.320
#> SRR191428 3 0.748 0.191917 0.260 0.016 0.560 0.164
#> SRR191429 2 0.519 0.520110 0.004 0.768 0.120 0.108
#> SRR191430 2 0.793 0.272534 0.016 0.500 0.236 0.248
#> SRR191431 2 0.816 0.238146 0.060 0.488 0.112 0.340
#> SRR191432 2 0.551 0.501202 0.004 0.744 0.136 0.116
#> SRR191433 2 0.758 0.341488 0.012 0.536 0.272 0.180
#> SRR191434 2 0.824 0.226379 0.032 0.400 0.400 0.168
#> SRR191435 3 0.863 0.112686 0.196 0.076 0.504 0.224
#> SRR191436 3 0.710 0.330251 0.068 0.152 0.668 0.112
#> SRR191437 2 0.597 0.424031 0.000 0.564 0.044 0.392
#> SRR191438 3 0.874 -0.108562 0.048 0.292 0.420 0.240
#> SRR191439 2 0.845 0.234726 0.044 0.480 0.220 0.256
#> SRR191440 4 0.654 -0.398184 0.000 0.428 0.076 0.496
#> SRR191441 2 0.548 0.449575 0.000 0.608 0.024 0.368
#> SRR191442 3 0.823 0.192884 0.088 0.128 0.556 0.228
#> SRR191443 3 0.800 -0.074327 0.300 0.012 0.460 0.228
#> SRR191444 3 0.853 0.227285 0.108 0.160 0.540 0.192
#> SRR191445 2 0.924 0.032434 0.104 0.424 0.244 0.228
#> SRR191446 2 0.706 0.267928 0.000 0.520 0.344 0.136
#> SRR191447 2 0.510 0.467220 0.004 0.748 0.048 0.200
#> SRR191448 1 0.914 0.200042 0.360 0.068 0.288 0.284
#> SRR191449 3 0.781 0.315695 0.172 0.048 0.584 0.196
#> SRR191450 4 0.869 -0.181012 0.320 0.032 0.308 0.340
#> SRR191451 3 0.854 0.042255 0.076 0.140 0.484 0.300
#> SRR191452 2 0.671 0.396455 0.008 0.536 0.072 0.384
#> SRR191453 2 0.959 -0.082453 0.120 0.320 0.256 0.304
#> SRR191454 3 0.965 -0.059096 0.204 0.208 0.392 0.196
#> SRR191455 3 0.607 0.322218 0.028 0.172 0.720 0.080
#> SRR191456 2 0.930 -0.083867 0.088 0.344 0.240 0.328
#> SRR191457 1 0.874 0.356858 0.444 0.060 0.296 0.200
#> SRR191458 3 0.854 -0.150491 0.024 0.300 0.348 0.328
#> SRR191459 3 0.734 0.330823 0.104 0.212 0.628 0.056
#> SRR191460 3 0.874 0.112369 0.104 0.188 0.512 0.196
#> SRR191461 3 0.597 0.391984 0.060 0.124 0.748 0.068
#> SRR191462 2 0.903 0.028239 0.152 0.388 0.360 0.100
#> SRR191463 2 0.636 0.490998 0.000 0.644 0.124 0.232
#> SRR191464 2 0.699 0.463009 0.008 0.560 0.108 0.324
#> SRR191465 2 0.450 0.503848 0.000 0.776 0.032 0.192
#> SRR191466 3 0.757 0.205308 0.112 0.060 0.608 0.220
#> SRR191467 2 0.772 0.449430 0.024 0.556 0.228 0.192
#> SRR191468 2 0.530 0.485133 0.000 0.676 0.032 0.292
#> SRR191469 3 0.710 0.333506 0.180 0.052 0.656 0.112
#> SRR191470 3 0.823 -0.193165 0.032 0.372 0.428 0.168
#> SRR191471 2 0.819 0.357115 0.048 0.496 0.312 0.144
#> SRR191472 2 0.599 0.449871 0.000 0.656 0.080 0.264
#> SRR191473 2 0.632 0.412433 0.000 0.604 0.312 0.084
#> SRR191474 3 0.870 0.345878 0.188 0.088 0.504 0.220
#> SRR191475 2 0.455 0.497454 0.012 0.820 0.072 0.096
#> SRR191476 2 0.672 0.458500 0.000 0.616 0.200 0.184
#> SRR191477 2 0.758 0.376674 0.008 0.532 0.232 0.228
#> SRR191478 2 0.671 0.424124 0.004 0.632 0.204 0.160
#> SRR191479 3 0.883 0.093021 0.284 0.048 0.396 0.272
#> SRR191480 2 0.719 0.365220 0.004 0.528 0.332 0.136
#> SRR191481 2 0.670 0.349616 0.008 0.556 0.360 0.076
#> SRR191482 3 0.630 0.252234 0.020 0.312 0.624 0.044
#> SRR191483 3 0.681 0.175224 0.004 0.276 0.596 0.124
#> SRR191484 1 0.897 0.056084 0.344 0.052 0.292 0.312
#> SRR191485 2 0.763 0.337908 0.036 0.520 0.344 0.100
#> SRR191486 4 0.918 0.165133 0.088 0.308 0.212 0.392
#> SRR191487 2 0.779 0.190945 0.056 0.464 0.404 0.076
#> SRR191488 1 0.850 0.250817 0.380 0.024 0.292 0.304
#> SRR191489 3 0.885 -0.076241 0.048 0.320 0.376 0.256
#> SRR191490 2 0.636 0.350950 0.008 0.500 0.044 0.448
#> SRR191491 4 0.964 0.067580 0.240 0.132 0.304 0.324
#> SRR191492 3 0.890 0.231140 0.204 0.076 0.448 0.272
#> SRR191493 2 0.775 0.174056 0.056 0.440 0.072 0.432
#> SRR191494 2 0.666 0.419433 0.008 0.604 0.092 0.296
#> SRR191495 3 0.816 0.353007 0.160 0.056 0.540 0.244
#> SRR191496 2 0.563 0.443883 0.000 0.588 0.028 0.384
#> SRR191497 3 0.691 0.390613 0.068 0.084 0.676 0.172
#> SRR191498 3 0.891 0.062339 0.088 0.160 0.428 0.324
#> SRR191499 3 0.674 0.376996 0.108 0.040 0.680 0.172
#> SRR191500 3 0.649 0.391423 0.084 0.100 0.720 0.096
#> SRR191501 4 0.833 -0.262286 0.056 0.388 0.128 0.428
#> SRR191502 2 0.832 0.188664 0.028 0.444 0.212 0.316
#> SRR191503 2 0.581 0.464381 0.000 0.624 0.048 0.328
#> SRR191504 2 0.656 0.293500 0.004 0.584 0.328 0.084
#> SRR191505 2 0.449 0.522923 0.000 0.808 0.096 0.096
#> SRR191506 2 0.550 0.486365 0.000 0.652 0.036 0.312
#> SRR191507 2 0.776 0.449733 0.048 0.580 0.140 0.232
#> SRR191508 2 0.867 0.143172 0.072 0.412 0.372 0.144
#> SRR191509 2 0.825 0.220403 0.028 0.436 0.348 0.188
#> SRR191510 2 0.919 0.109139 0.104 0.432 0.252 0.212
#> SRR191511 2 0.545 0.505650 0.004 0.748 0.140 0.108
#> SRR191512 2 0.492 0.469017 0.000 0.656 0.008 0.336
#> SRR191513 2 0.481 0.503231 0.004 0.780 0.052 0.164
#> SRR191514 2 0.435 0.517325 0.004 0.824 0.076 0.096
#> SRR191515 3 0.840 -0.031921 0.032 0.340 0.424 0.204
#> SRR191516 3 0.692 0.383637 0.172 0.044 0.668 0.116
#> SRR191517 3 0.740 0.300602 0.032 0.304 0.564 0.100
#> SRR191518 2 0.697 0.387908 0.004 0.600 0.224 0.172
#> SRR191519 2 0.586 0.470110 0.000 0.644 0.060 0.296
#> SRR191520 3 0.861 0.366399 0.120 0.184 0.536 0.160
#> SRR191521 2 0.704 0.407574 0.004 0.592 0.228 0.176
#> SRR191522 2 0.761 0.260327 0.000 0.468 0.300 0.232
#> SRR191523 2 0.805 0.296276 0.016 0.476 0.252 0.256
#> SRR191524 3 0.932 -0.031876 0.148 0.184 0.440 0.228
#> SRR191525 2 0.563 0.504824 0.012 0.736 0.176 0.076
#> SRR191526 2 0.581 0.419762 0.004 0.620 0.036 0.340
#> SRR191527 1 0.936 -0.208332 0.396 0.232 0.108 0.264
#> SRR191528 4 0.944 0.247857 0.276 0.248 0.108 0.368
#> SRR191529 2 0.684 0.446729 0.004 0.524 0.092 0.380
#> SRR191530 2 0.636 0.434187 0.016 0.692 0.136 0.156
#> SRR191531 4 0.897 -0.088333 0.124 0.360 0.116 0.400
#> SRR191532 2 0.904 0.054500 0.060 0.352 0.324 0.264
#> SRR191533 4 0.931 0.071596 0.128 0.280 0.176 0.416
#> SRR191534 2 0.810 0.100425 0.028 0.456 0.164 0.352
#> SRR191535 2 0.812 0.278754 0.016 0.456 0.284 0.244
#> SRR191536 1 0.969 -0.163791 0.380 0.192 0.232 0.196
#> SRR191537 2 0.829 0.298574 0.032 0.428 0.180 0.360
#> SRR191538 2 0.422 0.511831 0.000 0.824 0.072 0.104
#> SRR191539 2 0.533 0.455262 0.004 0.660 0.020 0.316
#> SRR191540 3 0.710 0.188173 0.032 0.324 0.572 0.072
#> SRR191541 2 0.594 0.474968 0.032 0.740 0.092 0.136
#> SRR191542 2 0.599 0.399471 0.004 0.656 0.064 0.276
#> SRR191543 2 0.765 0.407953 0.024 0.564 0.228 0.184
#> SRR191544 2 0.831 0.275693 0.040 0.496 0.208 0.256
#> SRR191545 2 0.783 0.187437 0.016 0.420 0.408 0.156
#> SRR191546 3 0.673 0.271282 0.024 0.264 0.632 0.080
#> SRR191547 3 0.784 0.135281 0.036 0.256 0.552 0.156
#> SRR191548 1 0.182 0.575568 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR191549 1 0.253 0.570147 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR191550 1 0.324 0.567825 0.880 0.000 0.052 0.068
#> SRR191551 1 0.238 0.579889 0.920 0.000 0.052 0.028
#> SRR191552 1 0.343 0.560858 0.860 0.000 0.112 0.028
#> SRR191553 1 0.498 0.506390 0.752 0.032 0.208 0.008
#> SRR191554 1 0.512 0.470183 0.796 0.044 0.112 0.048
#> SRR191555 1 0.753 0.272782 0.440 0.000 0.372 0.188
#> SRR191556 3 0.865 -0.061718 0.136 0.076 0.424 0.364
#> SRR191557 3 0.729 0.106379 0.292 0.004 0.540 0.164
#> SRR191558 2 0.769 0.368183 0.020 0.548 0.188 0.244
#> SRR191559 3 0.784 0.161847 0.108 0.044 0.512 0.336
#> SRR191560 4 0.868 0.080637 0.132 0.080 0.384 0.404
#> SRR191561 1 0.448 0.517101 0.828 0.040 0.104 0.028
#> SRR191562 1 0.834 0.341717 0.416 0.020 0.268 0.296
#> SRR191563 3 0.770 0.137608 0.016 0.252 0.536 0.196
#> SRR191564 3 0.744 0.238502 0.064 0.060 0.564 0.312
#> SRR191565 4 0.890 0.038635 0.152 0.088 0.356 0.404
#> SRR191566 3 0.791 0.016236 0.232 0.008 0.460 0.300
#> SRR191567 1 0.767 0.466763 0.496 0.004 0.252 0.248
#> SRR191568 1 0.766 0.447428 0.484 0.004 0.304 0.208
#> SRR191569 3 0.931 -0.234988 0.092 0.228 0.348 0.332
#> SRR191570 3 0.900 -0.088787 0.112 0.152 0.452 0.284
#> SRR191571 3 0.881 -0.056889 0.208 0.056 0.396 0.340
#> SRR191572 1 0.189 0.575077 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR191573 3 0.937 -0.193616 0.260 0.092 0.344 0.304
#> SRR191574 1 0.647 0.537395 0.668 0.008 0.176 0.148
#> SRR191575 4 0.928 0.162496 0.268 0.104 0.220 0.408
#> SRR191576 4 0.884 0.220872 0.048 0.244 0.352 0.356
#> SRR191577 4 0.853 0.130741 0.092 0.100 0.396 0.412
#> SRR191578 2 0.644 0.459880 0.000 0.648 0.184 0.168
#> SRR191579 1 0.390 0.577309 0.840 0.000 0.108 0.052
#> SRR191580 1 0.621 0.465156 0.720 0.040 0.160 0.080
#> SRR191581 1 0.838 0.122604 0.564 0.168 0.128 0.140
#> SRR191582 1 0.879 0.076197 0.504 0.128 0.232 0.136
#> SRR191583 2 0.655 0.450507 0.024 0.584 0.044 0.348
#> SRR191584 1 0.911 -0.116136 0.412 0.236 0.080 0.272
#> SRR191585 3 0.748 0.363964 0.188 0.064 0.628 0.120
#> SRR191586 3 0.795 0.300967 0.196 0.076 0.588 0.140
#> SRR191587 3 0.772 0.267171 0.132 0.088 0.620 0.160
#> SRR191588 3 0.743 -0.160968 0.380 0.000 0.448 0.172
#> SRR191589 3 0.685 -0.001044 0.348 0.004 0.548 0.100
#> SRR191590 1 0.911 0.171894 0.420 0.084 0.228 0.268
#> SRR191591 3 0.905 -0.056543 0.156 0.132 0.472 0.240
#> SRR191592 3 0.761 0.038804 0.096 0.036 0.512 0.356
#> SRR191593 1 0.798 0.250365 0.444 0.012 0.336 0.208
#> SRR191594 1 0.448 0.539711 0.808 0.000 0.084 0.108
#> SRR191595 3 0.768 -0.041255 0.088 0.040 0.460 0.412
#> SRR191596 3 0.834 -0.086790 0.288 0.016 0.380 0.316
#> SRR191597 3 0.633 0.357999 0.032 0.120 0.712 0.136
#> SRR191598 3 0.733 0.178501 0.104 0.032 0.584 0.280
#> SRR191599 3 0.787 -0.062364 0.284 0.000 0.388 0.328
#> SRR191600 3 0.840 -0.151698 0.024 0.344 0.396 0.236
#> SRR191601 3 0.661 0.281451 0.016 0.108 0.656 0.220
#> SRR191602 3 0.583 0.324989 0.028 0.112 0.748 0.112
#> SRR191603 3 0.576 0.361506 0.016 0.184 0.728 0.072
#> SRR191604 2 0.684 0.409671 0.000 0.580 0.280 0.140
#> SRR191605 3 0.610 0.281049 0.000 0.104 0.664 0.232
#> SRR191606 4 0.912 0.193245 0.132 0.128 0.340 0.400
#> SRR191607 3 0.785 0.234628 0.192 0.020 0.520 0.268
#> SRR191608 3 0.648 0.358398 0.024 0.176 0.688 0.112
#> SRR191609 3 0.853 0.359874 0.136 0.204 0.540 0.120
#> SRR191610 3 0.781 -0.000249 0.304 0.008 0.476 0.212
#> SRR191611 3 0.829 0.230795 0.236 0.072 0.540 0.152
#> SRR191612 3 0.735 0.168207 0.068 0.040 0.520 0.372
#> SRR191613 3 0.774 -0.100574 0.292 0.008 0.492 0.208
#> SRR191614 3 0.756 0.263505 0.144 0.024 0.560 0.272
#> SRR191615 3 0.800 0.114986 0.196 0.024 0.504 0.276
#> SRR191616 2 0.774 0.332958 0.016 0.436 0.144 0.404
#> SRR191617 2 0.548 0.501436 0.000 0.728 0.092 0.180
#> SRR191618 3 0.844 -0.225044 0.020 0.332 0.364 0.284
#> SRR191619 2 0.774 0.206790 0.012 0.416 0.416 0.156
#> SRR191620 2 0.790 0.311157 0.028 0.516 0.160 0.296
#> SRR191621 2 0.643 0.438991 0.004 0.620 0.288 0.088
#> SRR191622 3 0.902 -0.187194 0.060 0.312 0.368 0.260
#> SRR191623 3 0.847 0.207830 0.172 0.044 0.408 0.376
#> SRR191624 1 0.796 0.364018 0.472 0.012 0.284 0.232
#> SRR191625 3 0.737 -0.051083 0.040 0.412 0.484 0.064
#> SRR191626 3 0.678 0.355772 0.056 0.208 0.668 0.068
#> SRR191627 3 0.699 -0.035866 0.000 0.412 0.472 0.116
#> SRR191628 3 0.783 0.361406 0.148 0.116 0.616 0.120
#> SRR191629 3 0.685 0.357330 0.076 0.128 0.692 0.104
#> SRR191630 1 0.517 0.516486 0.760 0.000 0.112 0.128
#> SRR191631 3 0.681 0.115489 0.000 0.360 0.532 0.108
#> SRR191632 3 0.787 0.146266 0.236 0.016 0.512 0.236
#> SRR191633 3 0.819 -0.139540 0.008 0.312 0.352 0.328
#> SRR191634 2 0.669 0.428701 0.024 0.536 0.044 0.396
#> SRR191635 3 0.794 0.391269 0.124 0.108 0.604 0.164
#> SRR191636 2 0.936 0.056641 0.132 0.412 0.272 0.184
#> SRR191637 2 0.528 0.476075 0.000 0.696 0.040 0.264
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 1 0.640 0.31232 0.508 0.016 0.372 0.100 0.004
#> SRR191394 1 0.350 0.63414 0.844 0.008 0.092 0.056 0.000
#> SRR191396 2 0.839 0.35233 0.076 0.504 0.192 0.132 0.096
#> SRR191397 1 0.634 0.33868 0.540 0.040 0.356 0.060 0.004
#> SRR191398 1 0.324 0.63442 0.848 0.004 0.116 0.032 0.000
#> SRR191399 3 0.681 0.03082 0.356 0.012 0.444 0.188 0.000
#> SRR191400 1 0.724 0.39762 0.564 0.064 0.208 0.152 0.012
#> SRR191401 1 0.667 0.18061 0.448 0.024 0.432 0.084 0.012
#> SRR191402 4 0.883 -0.11857 0.232 0.116 0.276 0.344 0.032
#> SRR191403 1 0.594 0.35812 0.536 0.020 0.388 0.052 0.004
#> SRR191404 5 0.800 0.37677 0.044 0.232 0.064 0.156 0.504
#> SRR191405 2 0.846 -0.03859 0.068 0.364 0.156 0.360 0.052
#> SRR191406 4 0.510 0.38631 0.000 0.032 0.144 0.740 0.084
#> SRR191407 3 0.784 0.25651 0.120 0.068 0.452 0.332 0.028
#> SRR191408 3 0.837 0.14047 0.120 0.240 0.320 0.316 0.004
#> SRR191409 2 0.739 0.35078 0.056 0.544 0.168 0.216 0.016
#> SRR191410 4 0.601 0.37942 0.040 0.092 0.144 0.700 0.024
#> SRR191411 4 0.621 0.06359 0.020 0.068 0.328 0.572 0.012
#> SRR191412 1 0.668 0.27916 0.484 0.024 0.376 0.112 0.004
#> SRR191413 3 0.548 0.38795 0.124 0.024 0.720 0.124 0.008
#> SRR191414 3 0.566 0.07081 0.308 0.016 0.616 0.056 0.004
#> SRR191415 4 0.518 0.41442 0.008 0.096 0.112 0.752 0.032
#> SRR191416 3 0.694 0.19898 0.096 0.060 0.468 0.376 0.000
#> SRR191418 3 0.841 0.18522 0.304 0.056 0.364 0.240 0.036
#> SRR191419 1 0.604 0.36980 0.560 0.000 0.284 0.156 0.000
#> SRR191420 3 0.717 -0.06272 0.372 0.036 0.440 0.148 0.004
#> SRR191421 3 0.750 0.11812 0.288 0.088 0.492 0.128 0.004
#> SRR191422 5 0.792 0.32671 0.008 0.300 0.068 0.208 0.416
#> SRR191423 2 0.681 0.28552 0.044 0.592 0.020 0.096 0.248
#> SRR191424 5 0.271 0.50918 0.012 0.036 0.004 0.048 0.900
#> SRR191425 3 0.706 0.28296 0.188 0.072 0.576 0.160 0.004
#> SRR191426 4 0.713 0.41250 0.028 0.184 0.088 0.608 0.092
#> SRR191427 2 0.921 0.12720 0.072 0.332 0.120 0.288 0.188
#> SRR191428 3 0.691 0.21585 0.104 0.044 0.492 0.356 0.004
#> SRR191429 5 0.675 0.34059 0.048 0.360 0.000 0.096 0.496
#> SRR191430 2 0.537 0.40411 0.004 0.716 0.024 0.168 0.088
#> SRR191431 2 0.793 0.02522 0.056 0.460 0.084 0.068 0.332
#> SRR191432 5 0.703 0.24453 0.048 0.376 0.000 0.124 0.452
#> SRR191433 2 0.602 0.34754 0.020 0.664 0.012 0.184 0.120
#> SRR191434 4 0.757 -0.06872 0.000 0.160 0.080 0.448 0.312
#> SRR191435 4 0.822 -0.14741 0.108 0.212 0.320 0.356 0.004
#> SRR191436 4 0.642 0.43691 0.032 0.144 0.096 0.676 0.052
#> SRR191437 5 0.510 0.38653 0.016 0.252 0.012 0.028 0.692
#> SRR191438 2 0.592 0.43250 0.052 0.656 0.056 0.232 0.004
#> SRR191439 2 0.661 0.42224 0.048 0.668 0.048 0.104 0.132
#> SRR191440 5 0.496 0.18077 0.012 0.364 0.012 0.004 0.608
#> SRR191441 5 0.330 0.48646 0.016 0.068 0.012 0.032 0.872
#> SRR191442 4 0.757 0.20384 0.056 0.312 0.184 0.444 0.004
#> SRR191443 3 0.728 0.36423 0.188 0.044 0.500 0.264 0.004
#> SRR191444 4 0.706 0.28353 0.044 0.048 0.228 0.596 0.084
#> SRR191445 2 0.936 0.11339 0.096 0.360 0.132 0.176 0.236
#> SRR191446 4 0.818 -0.14155 0.028 0.176 0.064 0.380 0.352
#> SRR191447 2 0.577 0.19941 0.012 0.688 0.036 0.064 0.200
#> SRR191448 3 0.760 0.33685 0.212 0.080 0.516 0.184 0.008
#> SRR191449 3 0.586 0.09578 0.008 0.016 0.496 0.440 0.040
#> SRR191450 3 0.727 0.35893 0.152 0.036 0.564 0.216 0.032
#> SRR191451 4 0.836 0.17818 0.076 0.228 0.204 0.452 0.040
#> SRR191452 2 0.665 0.10782 0.056 0.540 0.024 0.036 0.344
#> SRR191453 2 0.728 0.44167 0.052 0.608 0.072 0.176 0.092
#> SRR191454 2 0.879 0.23763 0.188 0.412 0.152 0.212 0.036
#> SRR191455 4 0.541 0.47898 0.024 0.084 0.052 0.756 0.084
#> SRR191456 2 0.534 0.45823 0.060 0.744 0.084 0.108 0.004
#> SRR191457 3 0.855 0.10794 0.316 0.108 0.348 0.208 0.020
#> SRR191458 3 0.885 -0.04068 0.028 0.148 0.356 0.272 0.196
#> SRR191459 4 0.795 0.42494 0.068 0.144 0.096 0.560 0.132
#> SRR191460 4 0.816 0.29488 0.060 0.156 0.148 0.532 0.104
#> SRR191461 4 0.625 0.41293 0.032 0.052 0.160 0.684 0.072
#> SRR191462 4 0.920 0.13437 0.132 0.152 0.096 0.396 0.224
#> SRR191463 5 0.687 0.38010 0.020 0.348 0.012 0.124 0.496
#> SRR191464 5 0.663 0.22762 0.008 0.416 0.008 0.128 0.440
#> SRR191465 5 0.571 0.45589 0.052 0.252 0.004 0.036 0.656
#> SRR191466 4 0.779 0.24814 0.088 0.264 0.164 0.476 0.008
#> SRR191467 5 0.775 0.43552 0.044 0.224 0.032 0.196 0.504
#> SRR191468 5 0.611 0.33189 0.056 0.332 0.008 0.028 0.576
#> SRR191469 4 0.757 0.17115 0.080 0.116 0.280 0.508 0.016
#> SRR191470 4 0.759 0.00134 0.032 0.244 0.012 0.444 0.268
#> SRR191471 5 0.770 0.29524 0.028 0.152 0.036 0.368 0.416
#> SRR191472 2 0.626 0.27415 0.052 0.620 0.008 0.060 0.260
#> SRR191473 5 0.710 0.36563 0.004 0.172 0.028 0.320 0.476
#> SRR191474 3 0.716 -0.00369 0.040 0.052 0.452 0.408 0.048
#> SRR191475 2 0.524 0.19350 0.020 0.676 0.000 0.052 0.252
#> SRR191476 5 0.730 0.44943 0.008 0.208 0.048 0.208 0.528
#> SRR191477 5 0.842 0.16860 0.024 0.316 0.068 0.272 0.320
#> SRR191478 2 0.654 0.32673 0.020 0.628 0.024 0.176 0.152
#> SRR191479 3 0.773 0.32688 0.140 0.128 0.500 0.228 0.004
#> SRR191480 5 0.602 0.30232 0.000 0.108 0.004 0.364 0.524
#> SRR191481 5 0.685 0.33029 0.004 0.148 0.020 0.348 0.480
#> SRR191482 4 0.712 0.47112 0.044 0.096 0.056 0.608 0.196
#> SRR191483 4 0.551 0.39373 0.000 0.156 0.008 0.676 0.160
#> SRR191484 3 0.782 0.31407 0.152 0.124 0.504 0.212 0.008
#> SRR191485 2 0.669 0.31811 0.016 0.548 0.004 0.244 0.188
#> SRR191486 2 0.674 0.43797 0.044 0.628 0.156 0.152 0.020
#> SRR191487 4 0.793 -0.01451 0.036 0.220 0.024 0.380 0.340
#> SRR191488 3 0.764 0.21324 0.284 0.060 0.488 0.152 0.016
#> SRR191489 4 0.861 -0.08501 0.032 0.088 0.212 0.340 0.328
#> SRR191490 5 0.489 0.30437 0.008 0.296 0.016 0.012 0.668
#> SRR191491 2 0.853 -0.01523 0.160 0.340 0.264 0.232 0.004
#> SRR191492 3 0.813 0.10514 0.072 0.228 0.384 0.304 0.012
#> SRR191493 2 0.827 0.09562 0.052 0.448 0.172 0.056 0.272
#> SRR191494 2 0.737 0.05570 0.048 0.540 0.032 0.112 0.268
#> SRR191495 4 0.591 0.01446 0.008 0.044 0.436 0.496 0.016
#> SRR191496 5 0.341 0.47665 0.016 0.088 0.008 0.028 0.860
#> SRR191497 4 0.527 0.31651 0.020 0.012 0.220 0.704 0.044
#> SRR191498 4 0.874 0.02150 0.072 0.248 0.292 0.340 0.048
#> SRR191499 4 0.547 0.12804 0.008 0.020 0.348 0.600 0.024
#> SRR191500 4 0.503 0.37169 0.024 0.024 0.156 0.756 0.040
#> SRR191501 5 0.887 0.12882 0.060 0.320 0.124 0.132 0.364
#> SRR191502 2 0.701 0.42939 0.060 0.636 0.064 0.160 0.080
#> SRR191503 5 0.405 0.39786 0.000 0.296 0.000 0.008 0.696
#> SRR191504 4 0.718 -0.08381 0.000 0.344 0.016 0.368 0.272
#> SRR191505 2 0.672 -0.18052 0.032 0.472 0.000 0.116 0.380
#> SRR191506 5 0.436 0.50934 0.008 0.172 0.012 0.032 0.776
#> SRR191507 5 0.656 0.49409 0.040 0.136 0.040 0.120 0.664
#> SRR191508 2 0.682 0.41994 0.036 0.612 0.040 0.224 0.088
#> SRR191509 2 0.752 0.29337 0.024 0.460 0.040 0.344 0.132
#> SRR191510 2 0.923 0.17288 0.088 0.356 0.124 0.276 0.156
#> SRR191511 2 0.691 -0.05230 0.044 0.524 0.004 0.116 0.312
#> SRR191512 5 0.487 0.44502 0.016 0.232 0.008 0.028 0.716
#> SRR191513 2 0.593 0.00444 0.028 0.588 0.004 0.052 0.328
#> SRR191514 2 0.604 -0.25104 0.004 0.480 0.008 0.076 0.432
#> SRR191515 4 0.823 0.11714 0.056 0.192 0.040 0.436 0.276
#> SRR191516 4 0.670 0.19166 0.092 0.028 0.244 0.604 0.032
#> SRR191517 4 0.708 0.45232 0.016 0.076 0.124 0.600 0.184
#> SRR191518 2 0.711 0.27906 0.004 0.568 0.072 0.200 0.156
#> SRR191519 5 0.371 0.51099 0.008 0.092 0.008 0.052 0.840
#> SRR191520 4 0.748 0.26320 0.012 0.080 0.328 0.480 0.100
#> SRR191521 2 0.782 -0.08015 0.020 0.412 0.032 0.284 0.252
#> SRR191522 4 0.885 -0.18217 0.036 0.204 0.120 0.356 0.284
#> SRR191523 2 0.687 0.29086 0.044 0.604 0.016 0.148 0.188
#> SRR191524 2 0.762 0.25939 0.096 0.500 0.112 0.280 0.012
#> SRR191525 5 0.759 0.31697 0.020 0.300 0.040 0.168 0.472
#> SRR191526 2 0.531 0.19349 0.056 0.604 0.004 0.000 0.336
#> SRR191527 2 0.760 0.28850 0.312 0.488 0.120 0.048 0.032
#> SRR191528 2 0.877 0.27296 0.256 0.384 0.180 0.028 0.152
#> SRR191529 5 0.697 0.29105 0.028 0.356 0.028 0.084 0.504
#> SRR191530 2 0.526 0.31157 0.020 0.728 0.004 0.104 0.144
#> SRR191531 2 0.768 0.32233 0.116 0.560 0.080 0.044 0.200
#> SRR191532 2 0.914 0.16735 0.060 0.324 0.128 0.304 0.184
#> SRR191533 2 0.808 0.30847 0.096 0.504 0.108 0.048 0.244
#> SRR191534 2 0.646 0.40531 0.032 0.680 0.120 0.100 0.068
#> SRR191535 2 0.567 0.39306 0.056 0.716 0.004 0.108 0.116
#> SRR191536 2 0.781 0.34202 0.228 0.512 0.108 0.136 0.016
#> SRR191537 5 0.694 0.42573 0.024 0.124 0.104 0.112 0.636
#> SRR191538 5 0.737 0.33716 0.048 0.404 0.032 0.080 0.436
#> SRR191539 5 0.456 0.44789 0.056 0.160 0.008 0.008 0.768
#> SRR191540 4 0.711 0.36925 0.032 0.212 0.036 0.584 0.136
#> SRR191541 2 0.613 0.17946 0.020 0.612 0.036 0.040 0.292
#> SRR191542 2 0.575 0.29952 0.024 0.692 0.036 0.044 0.204
#> SRR191543 2 0.681 0.16479 0.040 0.576 0.008 0.132 0.244
#> SRR191544 2 0.546 0.42047 0.044 0.740 0.016 0.128 0.072
#> SRR191545 4 0.704 -0.01577 0.024 0.408 0.008 0.420 0.140
#> SRR191546 4 0.558 0.44113 0.008 0.176 0.020 0.700 0.096
#> SRR191547 4 0.689 0.13254 0.028 0.288 0.016 0.548 0.120
#> SRR191548 1 0.295 0.62647 0.860 0.000 0.112 0.028 0.000
#> SRR191549 1 0.355 0.63415 0.840 0.008 0.096 0.056 0.000
#> SRR191550 1 0.353 0.56557 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.300 0.62337 0.840 0.000 0.148 0.012 0.000
#> SRR191552 1 0.359 0.62293 0.824 0.000 0.116 0.060 0.000
#> SRR191553 1 0.532 0.44366 0.656 0.004 0.068 0.268 0.004
#> SRR191554 1 0.460 0.57805 0.808 0.064 0.048 0.060 0.020
#> SRR191555 3 0.634 0.34902 0.200 0.008 0.584 0.204 0.004
#> SRR191556 3 0.726 0.36457 0.100 0.060 0.564 0.248 0.028
#> SRR191557 3 0.653 0.26359 0.116 0.028 0.532 0.324 0.000
#> SRR191558 5 0.836 0.22362 0.012 0.324 0.100 0.212 0.352
#> SRR191559 3 0.612 0.30951 0.024 0.048 0.552 0.364 0.012
#> SRR191560 3 0.725 0.31996 0.060 0.116 0.544 0.264 0.016
#> SRR191561 1 0.427 0.59882 0.812 0.072 0.048 0.068 0.000
#> SRR191562 3 0.716 0.19408 0.276 0.044 0.532 0.136 0.012
#> SRR191563 4 0.674 0.40018 0.008 0.128 0.120 0.636 0.108
#> SRR191564 3 0.591 0.19605 0.020 0.028 0.512 0.424 0.016
#> SRR191565 3 0.668 0.33952 0.056 0.056 0.580 0.288 0.020
#> SRR191566 3 0.455 0.44063 0.056 0.012 0.768 0.160 0.004
#> SRR191567 3 0.608 0.21957 0.280 0.016 0.592 0.112 0.000
#> SRR191568 3 0.680 0.21156 0.276 0.024 0.536 0.160 0.004
#> SRR191569 2 0.720 0.35519 0.064 0.556 0.224 0.148 0.008
#> SRR191570 3 0.833 0.12175 0.060 0.148 0.384 0.356 0.052
#> SRR191571 3 0.753 0.40832 0.104 0.088 0.564 0.212 0.032
#> SRR191572 1 0.315 0.61297 0.840 0.000 0.136 0.024 0.000
#> SRR191573 3 0.876 0.25642 0.188 0.192 0.396 0.200 0.024
#> SRR191574 1 0.592 0.41494 0.600 0.020 0.296 0.084 0.000
#> SRR191575 3 0.784 0.28723 0.176 0.172 0.516 0.124 0.012
#> SRR191576 2 0.800 0.18458 0.016 0.408 0.220 0.300 0.056
#> SRR191577 3 0.708 0.24906 0.028 0.064 0.512 0.344 0.052
#> SRR191578 5 0.746 0.40614 0.028 0.172 0.040 0.224 0.536
#> SRR191579 1 0.477 0.62226 0.752 0.028 0.168 0.052 0.000
#> SRR191580 1 0.607 0.55090 0.712 0.084 0.100 0.076 0.028
#> SRR191581 1 0.803 0.36350 0.556 0.152 0.092 0.092 0.108
#> SRR191582 1 0.860 0.22983 0.460 0.108 0.128 0.236 0.068
#> SRR191583 5 0.701 0.42366 0.076 0.236 0.040 0.052 0.596
#> SRR191584 1 0.830 0.07703 0.436 0.204 0.056 0.044 0.260
#> SRR191585 4 0.636 -0.02060 0.060 0.016 0.392 0.512 0.020
#> SRR191586 3 0.637 0.11970 0.052 0.020 0.488 0.420 0.020
#> SRR191587 4 0.790 0.28453 0.072 0.208 0.184 0.508 0.028
#> SRR191588 3 0.665 0.34885 0.180 0.012 0.536 0.268 0.004
#> SRR191589 4 0.734 -0.15462 0.176 0.032 0.340 0.444 0.008
#> SRR191590 3 0.806 0.07401 0.316 0.140 0.416 0.120 0.008
#> SRR191591 2 0.853 -0.03197 0.128 0.340 0.208 0.312 0.012
#> SRR191592 3 0.717 0.14766 0.044 0.104 0.428 0.412 0.012
#> SRR191593 3 0.703 0.27010 0.212 0.056 0.564 0.164 0.004
#> SRR191594 1 0.430 0.38751 0.608 0.000 0.388 0.004 0.000
#> SRR191595 3 0.652 0.34346 0.032 0.096 0.576 0.288 0.008
#> SRR191596 3 0.607 0.41359 0.136 0.024 0.632 0.208 0.000
#> SRR191597 4 0.668 0.33553 0.020 0.056 0.244 0.608 0.072
#> SRR191598 4 0.708 -0.09153 0.048 0.072 0.424 0.436 0.020
#> SRR191599 3 0.498 0.44964 0.072 0.012 0.732 0.180 0.004
#> SRR191600 4 0.871 0.08219 0.020 0.220 0.176 0.392 0.192
#> SRR191601 4 0.653 0.43225 0.024 0.152 0.088 0.664 0.072
#> SRR191602 4 0.575 0.45480 0.028 0.088 0.076 0.736 0.072
#> SRR191603 4 0.536 0.44691 0.020 0.016 0.096 0.736 0.132
#> SRR191604 5 0.727 0.36627 0.016 0.112 0.048 0.328 0.496
#> SRR191605 4 0.645 0.30877 0.000 0.068 0.272 0.588 0.072
#> SRR191606 3 0.809 0.22612 0.056 0.180 0.480 0.240 0.044
#> SRR191607 3 0.514 0.27073 0.024 0.008 0.596 0.368 0.004
#> SRR191608 4 0.651 0.43130 0.020 0.108 0.128 0.668 0.076
#> SRR191609 4 0.652 0.25008 0.004 0.016 0.328 0.528 0.124
#> SRR191610 3 0.572 0.36856 0.116 0.004 0.640 0.236 0.004
#> SRR191611 3 0.636 0.23918 0.088 0.012 0.532 0.356 0.012
#> SRR191612 3 0.565 0.26859 0.000 0.052 0.528 0.408 0.012
#> SRR191613 3 0.769 0.32999 0.212 0.036 0.372 0.368 0.012
#> SRR191614 3 0.607 0.28427 0.036 0.024 0.536 0.388 0.016
#> SRR191615 3 0.696 0.39179 0.100 0.036 0.524 0.324 0.016
#> SRR191616 5 0.622 0.19986 0.000 0.340 0.032 0.076 0.552
#> SRR191617 5 0.679 0.22527 0.012 0.432 0.024 0.096 0.436
#> SRR191618 4 0.830 0.06980 0.032 0.164 0.084 0.432 0.288
#> SRR191619 2 0.678 0.33152 0.028 0.528 0.012 0.328 0.104
#> SRR191620 2 0.582 0.37542 0.012 0.684 0.016 0.132 0.156
#> SRR191621 5 0.706 0.33453 0.000 0.172 0.032 0.336 0.460
#> SRR191622 2 0.592 0.43686 0.048 0.664 0.048 0.228 0.012
#> SRR191623 3 0.632 0.28485 0.008 0.196 0.568 0.228 0.000
#> SRR191624 3 0.637 0.22857 0.220 0.036 0.620 0.120 0.004
#> SRR191625 2 0.813 0.15790 0.036 0.404 0.064 0.352 0.144
#> SRR191626 4 0.645 0.44350 0.024 0.072 0.104 0.676 0.124
#> SRR191627 4 0.731 0.30583 0.024 0.084 0.084 0.560 0.248
#> SRR191628 4 0.737 0.33881 0.040 0.168 0.180 0.572 0.040
#> SRR191629 4 0.668 0.44264 0.044 0.116 0.104 0.668 0.068
#> SRR191630 1 0.465 0.26871 0.524 0.000 0.464 0.012 0.000
#> SRR191631 4 0.579 0.41845 0.000 0.072 0.044 0.664 0.220
#> SRR191632 3 0.797 0.33190 0.148 0.064 0.392 0.372 0.024
#> SRR191633 4 0.842 -0.00921 0.008 0.268 0.168 0.392 0.164
#> SRR191634 5 0.463 0.42892 0.036 0.172 0.008 0.020 0.764
#> SRR191635 4 0.667 0.21621 0.000 0.072 0.328 0.532 0.068
#> SRR191636 2 0.985 -0.01117 0.160 0.244 0.136 0.224 0.236
#> SRR191637 5 0.390 0.51167 0.020 0.128 0.000 0.036 0.816
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 1 0.625 0.42380 0.560 0.000 0.244 0.052 0.140 0.004
#> SRR191394 1 0.348 0.60262 0.852 0.024 0.040 0.020 0.060 0.004
#> SRR191396 6 0.789 0.25079 0.028 0.160 0.272 0.088 0.024 0.428
#> SRR191397 1 0.621 0.40478 0.532 0.000 0.284 0.016 0.152 0.016
#> SRR191398 1 0.224 0.60539 0.900 0.000 0.072 0.008 0.020 0.000
#> SRR191399 1 0.716 0.17267 0.432 0.000 0.296 0.128 0.140 0.004
#> SRR191400 1 0.735 0.41399 0.508 0.012 0.248 0.076 0.116 0.040
#> SRR191401 1 0.615 0.31307 0.456 0.000 0.384 0.016 0.136 0.008
#> SRR191402 4 0.898 -0.12844 0.264 0.068 0.252 0.276 0.064 0.076
#> SRR191403 1 0.580 0.43796 0.600 0.000 0.180 0.016 0.196 0.008
#> SRR191404 2 0.725 0.14618 0.024 0.584 0.064 0.120 0.080 0.128
#> SRR191405 4 0.822 0.07259 0.020 0.108 0.204 0.328 0.028 0.312
#> SRR191406 4 0.515 0.42537 0.000 0.060 0.148 0.720 0.048 0.024
#> SRR191407 3 0.839 0.19828 0.056 0.116 0.400 0.276 0.116 0.036
#> SRR191408 4 0.796 -0.15089 0.040 0.004 0.332 0.344 0.108 0.172
#> SRR191409 6 0.751 0.34235 0.008 0.092 0.200 0.176 0.032 0.492
#> SRR191410 4 0.592 0.41805 0.008 0.024 0.180 0.660 0.052 0.076
#> SRR191411 4 0.653 0.07008 0.004 0.024 0.340 0.500 0.096 0.036
#> SRR191412 1 0.675 0.40112 0.508 0.000 0.264 0.076 0.144 0.008
#> SRR191413 3 0.583 0.29408 0.188 0.004 0.644 0.048 0.108 0.008
#> SRR191414 3 0.684 0.13076 0.232 0.000 0.396 0.028 0.332 0.012
#> SRR191415 4 0.466 0.46444 0.000 0.016 0.100 0.764 0.044 0.076
#> SRR191416 3 0.770 0.13059 0.080 0.000 0.344 0.320 0.224 0.032
#> SRR191418 1 0.840 -0.01950 0.316 0.020 0.292 0.208 0.132 0.032
#> SRR191419 1 0.630 0.42198 0.580 0.004 0.212 0.120 0.084 0.000
#> SRR191420 1 0.748 0.07780 0.340 0.000 0.316 0.120 0.220 0.004
#> SRR191421 3 0.775 0.06313 0.284 0.000 0.352 0.056 0.256 0.052
#> SRR191422 2 0.631 0.25807 0.000 0.588 0.028 0.132 0.036 0.216
#> SRR191423 6 0.659 0.34290 0.024 0.204 0.020 0.068 0.080 0.604
#> SRR191424 2 0.512 -0.42772 0.000 0.540 0.000 0.040 0.396 0.024
#> SRR191425 3 0.761 0.28859 0.132 0.000 0.388 0.096 0.340 0.044
#> SRR191426 4 0.655 0.44929 0.000 0.080 0.160 0.580 0.016 0.164
#> SRR191427 4 0.917 -0.05858 0.028 0.192 0.176 0.256 0.096 0.252
#> SRR191428 3 0.788 0.16912 0.112 0.000 0.336 0.284 0.240 0.028
#> SRR191429 2 0.655 0.07289 0.024 0.488 0.000 0.100 0.044 0.344
#> SRR191430 6 0.530 0.42768 0.000 0.168 0.020 0.112 0.016 0.684
#> SRR191431 2 0.748 0.00575 0.016 0.444 0.084 0.036 0.092 0.328
#> SRR191432 2 0.643 0.07943 0.024 0.484 0.000 0.088 0.040 0.364
#> SRR191433 6 0.584 0.36400 0.000 0.172 0.004 0.164 0.040 0.620
#> SRR191434 2 0.740 0.14769 0.000 0.400 0.088 0.360 0.044 0.108
#> SRR191435 3 0.823 0.12656 0.128 0.008 0.344 0.296 0.044 0.180
#> SRR191436 4 0.602 0.45992 0.004 0.040 0.108 0.672 0.064 0.112
#> SRR191437 2 0.626 -0.62649 0.000 0.400 0.000 0.016 0.384 0.200
#> SRR191438 6 0.563 0.43473 0.004 0.028 0.108 0.192 0.012 0.656
#> SRR191439 6 0.625 0.44211 0.000 0.136 0.064 0.080 0.072 0.648
#> SRR191440 5 0.627 0.48999 0.000 0.252 0.004 0.004 0.404 0.336
#> SRR191441 2 0.533 -0.53264 0.000 0.492 0.000 0.016 0.428 0.064
#> SRR191442 4 0.762 0.22172 0.020 0.016 0.204 0.400 0.060 0.300
#> SRR191443 3 0.761 0.29870 0.084 0.000 0.376 0.268 0.248 0.024
#> SRR191444 4 0.661 0.27197 0.052 0.096 0.244 0.572 0.012 0.024
#> SRR191445 2 0.905 -0.02004 0.084 0.336 0.152 0.104 0.064 0.260
#> SRR191446 2 0.652 0.21930 0.016 0.512 0.032 0.328 0.012 0.100
#> SRR191447 6 0.572 0.23109 0.000 0.356 0.028 0.024 0.044 0.548
#> SRR191448 3 0.747 0.23955 0.224 0.024 0.520 0.124 0.060 0.048
#> SRR191449 3 0.660 0.00180 0.028 0.040 0.456 0.396 0.072 0.008
#> SRR191450 3 0.773 0.24107 0.160 0.068 0.524 0.132 0.096 0.020
#> SRR191451 4 0.847 0.17911 0.024 0.068 0.180 0.416 0.120 0.192
#> SRR191452 6 0.697 -0.01770 0.024 0.256 0.008 0.020 0.228 0.464
#> SRR191453 6 0.729 0.40489 0.028 0.060 0.048 0.156 0.144 0.564
#> SRR191454 6 0.866 0.21932 0.188 0.032 0.168 0.168 0.056 0.388
#> SRR191455 4 0.481 0.49454 0.000 0.080 0.048 0.764 0.036 0.072
#> SRR191456 6 0.523 0.45560 0.024 0.036 0.136 0.056 0.016 0.732
#> SRR191457 3 0.885 -0.00426 0.276 0.052 0.348 0.120 0.136 0.068
#> SRR191458 3 0.812 -0.05803 0.000 0.308 0.336 0.192 0.092 0.072
#> SRR191459 4 0.755 0.44512 0.028 0.132 0.144 0.532 0.028 0.136
#> SRR191460 4 0.814 0.27180 0.048 0.172 0.172 0.472 0.040 0.096
#> SRR191461 4 0.593 0.46908 0.004 0.092 0.124 0.680 0.052 0.048
#> SRR191462 2 0.864 0.03630 0.196 0.308 0.068 0.296 0.020 0.112
#> SRR191463 2 0.706 -0.06034 0.016 0.512 0.008 0.088 0.120 0.256
#> SRR191464 2 0.742 -0.06524 0.000 0.424 0.028 0.092 0.148 0.308
#> SRR191465 2 0.613 -0.21181 0.024 0.568 0.000 0.012 0.236 0.160
#> SRR191466 4 0.765 0.31452 0.032 0.012 0.164 0.476 0.096 0.220
#> SRR191467 2 0.602 0.24001 0.000 0.628 0.020 0.156 0.040 0.156
#> SRR191468 2 0.702 -0.23447 0.024 0.432 0.000 0.032 0.236 0.276
#> SRR191469 4 0.807 0.23074 0.052 0.024 0.232 0.452 0.144 0.096
#> SRR191470 4 0.756 0.00362 0.024 0.240 0.016 0.432 0.052 0.236
#> SRR191471 2 0.608 0.31847 0.020 0.548 0.004 0.328 0.032 0.068
#> SRR191472 6 0.577 0.27444 0.024 0.168 0.000 0.016 0.156 0.636
#> SRR191473 2 0.569 0.31108 0.000 0.540 0.004 0.332 0.012 0.112
#> SRR191474 4 0.823 0.11966 0.052 0.052 0.296 0.396 0.152 0.052
#> SRR191475 6 0.542 0.27510 0.000 0.324 0.004 0.020 0.072 0.580
#> SRR191476 2 0.569 0.25854 0.000 0.668 0.024 0.164 0.040 0.104
#> SRR191477 2 0.736 0.22588 0.000 0.496 0.080 0.184 0.044 0.196
#> SRR191478 6 0.641 0.30429 0.000 0.312 0.016 0.092 0.056 0.524
#> SRR191479 3 0.815 0.30824 0.100 0.000 0.376 0.144 0.284 0.096
#> SRR191480 2 0.641 0.21403 0.000 0.464 0.008 0.380 0.076 0.072
#> SRR191481 2 0.565 0.29135 0.000 0.544 0.000 0.324 0.016 0.116
#> SRR191482 4 0.673 0.45699 0.016 0.208 0.112 0.584 0.028 0.052
#> SRR191483 4 0.550 0.38574 0.000 0.188 0.012 0.648 0.016 0.136
#> SRR191484 3 0.864 0.30933 0.124 0.024 0.356 0.140 0.276 0.080
#> SRR191485 6 0.624 0.32944 0.000 0.192 0.032 0.228 0.004 0.544
#> SRR191486 6 0.726 0.38370 0.020 0.076 0.152 0.152 0.040 0.560
#> SRR191487 4 0.757 0.11530 0.004 0.340 0.076 0.368 0.024 0.188
#> SRR191488 3 0.750 0.18451 0.236 0.044 0.524 0.056 0.092 0.048
#> SRR191489 2 0.750 0.21463 0.020 0.464 0.184 0.256 0.040 0.036
#> SRR191490 5 0.646 0.59556 0.000 0.328 0.016 0.008 0.440 0.208
#> SRR191491 6 0.902 0.09487 0.100 0.028 0.196 0.244 0.124 0.308
#> SRR191492 3 0.841 0.10095 0.064 0.012 0.372 0.240 0.112 0.200
#> SRR191493 2 0.818 -0.06392 0.004 0.280 0.160 0.024 0.280 0.252
#> SRR191494 6 0.763 0.03300 0.024 0.348 0.016 0.088 0.128 0.396
#> SRR191495 4 0.708 0.03033 0.032 0.012 0.328 0.464 0.128 0.036
#> SRR191496 5 0.607 0.52702 0.000 0.420 0.016 0.020 0.452 0.092
#> SRR191497 4 0.494 0.38793 0.004 0.028 0.156 0.728 0.072 0.012
#> SRR191498 3 0.834 -0.04882 0.028 0.064 0.360 0.296 0.064 0.188
#> SRR191499 4 0.676 0.21158 0.024 0.024 0.264 0.536 0.132 0.020
#> SRR191500 4 0.504 0.41965 0.008 0.048 0.148 0.732 0.052 0.012
#> SRR191501 2 0.832 0.09948 0.016 0.420 0.080 0.116 0.132 0.236
#> SRR191502 6 0.622 0.40430 0.000 0.176 0.060 0.128 0.020 0.616
#> SRR191503 2 0.643 -0.55906 0.000 0.392 0.000 0.016 0.316 0.276
#> SRR191504 2 0.688 0.06725 0.000 0.360 0.012 0.324 0.024 0.280
#> SRR191505 6 0.664 -0.03519 0.016 0.392 0.000 0.128 0.040 0.424
#> SRR191506 2 0.575 -0.36874 0.000 0.572 0.000 0.028 0.280 0.120
#> SRR191507 2 0.624 0.04614 0.032 0.648 0.008 0.084 0.156 0.072
#> SRR191508 6 0.596 0.41686 0.000 0.108 0.084 0.176 0.004 0.628
#> SRR191509 6 0.767 0.27486 0.000 0.196 0.044 0.296 0.072 0.392
#> SRR191510 2 0.887 -0.01770 0.068 0.320 0.120 0.172 0.040 0.280
#> SRR191511 6 0.670 0.04129 0.024 0.344 0.000 0.076 0.076 0.480
#> SRR191512 5 0.643 0.44279 0.000 0.388 0.000 0.028 0.392 0.192
#> SRR191513 6 0.541 0.16849 0.000 0.332 0.000 0.016 0.088 0.564
#> SRR191514 2 0.556 0.04007 0.000 0.524 0.008 0.024 0.056 0.388
#> SRR191515 4 0.800 0.07465 0.040 0.240 0.020 0.420 0.076 0.204
#> SRR191516 4 0.602 0.29926 0.052 0.016 0.160 0.656 0.104 0.012
#> SRR191517 4 0.569 0.45272 0.000 0.196 0.088 0.656 0.028 0.032
#> SRR191518 6 0.635 0.24081 0.000 0.312 0.024 0.164 0.008 0.492
#> SRR191519 2 0.533 -0.25948 0.000 0.600 0.000 0.032 0.304 0.064
#> SRR191520 4 0.774 0.33511 0.016 0.108 0.256 0.476 0.080 0.064
#> SRR191521 6 0.803 -0.11248 0.016 0.320 0.044 0.244 0.056 0.320
#> SRR191522 2 0.768 0.20901 0.016 0.408 0.096 0.328 0.024 0.128
#> SRR191523 6 0.680 0.27382 0.024 0.220 0.016 0.120 0.052 0.568
#> SRR191524 6 0.768 0.18653 0.028 0.024 0.136 0.264 0.084 0.464
#> SRR191525 2 0.686 0.21002 0.000 0.556 0.040 0.144 0.064 0.196
#> SRR191526 6 0.602 0.05528 0.024 0.156 0.000 0.004 0.260 0.556
#> SRR191527 6 0.843 0.19911 0.244 0.092 0.132 0.036 0.076 0.420
#> SRR191528 6 0.901 0.20427 0.156 0.128 0.224 0.024 0.136 0.332
#> SRR191529 2 0.675 -0.17568 0.000 0.440 0.020 0.032 0.160 0.348
#> SRR191530 6 0.495 0.35791 0.000 0.216 0.004 0.076 0.020 0.684
#> SRR191531 6 0.746 0.20514 0.076 0.120 0.060 0.016 0.192 0.536
#> SRR191532 4 0.876 -0.14575 0.024 0.180 0.100 0.320 0.092 0.284
#> SRR191533 6 0.820 0.10804 0.028 0.208 0.132 0.032 0.172 0.428
#> SRR191534 6 0.647 0.40402 0.004 0.148 0.132 0.044 0.052 0.620
#> SRR191535 6 0.419 0.41980 0.024 0.132 0.000 0.064 0.004 0.776
#> SRR191536 6 0.751 0.31664 0.252 0.020 0.116 0.108 0.020 0.484
#> SRR191537 2 0.729 -0.01528 0.012 0.532 0.068 0.104 0.228 0.056
#> SRR191538 2 0.679 0.13552 0.024 0.540 0.004 0.088 0.084 0.260
#> SRR191539 2 0.597 -0.45503 0.024 0.540 0.000 0.008 0.316 0.112
#> SRR191540 4 0.664 0.36712 0.004 0.192 0.040 0.560 0.024 0.180
#> SRR191541 6 0.623 0.25611 0.004 0.320 0.056 0.040 0.032 0.548
#> SRR191542 6 0.601 0.31215 0.000 0.244 0.012 0.020 0.148 0.576
#> SRR191543 6 0.645 0.19947 0.000 0.272 0.008 0.152 0.044 0.524
#> SRR191544 6 0.471 0.43705 0.016 0.104 0.004 0.116 0.012 0.748
#> SRR191545 4 0.691 -0.01849 0.016 0.160 0.016 0.396 0.020 0.392
#> SRR191546 4 0.646 0.40963 0.012 0.140 0.056 0.600 0.012 0.180
#> SRR191547 4 0.658 0.21539 0.000 0.148 0.032 0.532 0.028 0.260
#> SRR191548 1 0.154 0.59942 0.936 0.000 0.052 0.008 0.004 0.000
#> SRR191549 1 0.209 0.60322 0.908 0.000 0.064 0.024 0.004 0.000
#> SRR191550 1 0.259 0.55887 0.844 0.000 0.148 0.000 0.008 0.000
#> SRR191551 1 0.179 0.60266 0.916 0.000 0.076 0.004 0.004 0.000
#> SRR191552 1 0.244 0.59677 0.880 0.000 0.096 0.020 0.004 0.000
#> SRR191553 1 0.473 0.44675 0.688 0.000 0.056 0.232 0.024 0.000
#> SRR191554 1 0.365 0.58861 0.840 0.044 0.072 0.024 0.008 0.012
#> SRR191555 3 0.736 0.23845 0.228 0.004 0.408 0.092 0.264 0.004
#> SRR191556 3 0.663 0.34077 0.108 0.068 0.640 0.116 0.028 0.040
#> SRR191557 3 0.767 0.22946 0.092 0.000 0.372 0.240 0.272 0.024
#> SRR191558 2 0.758 0.22065 0.000 0.492 0.116 0.124 0.064 0.204
#> SRR191559 3 0.534 0.23436 0.004 0.020 0.608 0.316 0.028 0.024
#> SRR191560 3 0.734 0.24053 0.032 0.112 0.540 0.216 0.036 0.064
#> SRR191561 1 0.390 0.57189 0.824 0.012 0.024 0.064 0.008 0.068
#> SRR191562 3 0.619 0.08757 0.256 0.012 0.600 0.048 0.064 0.020
#> SRR191563 4 0.653 0.26838 0.000 0.232 0.092 0.576 0.032 0.068
#> SRR191564 3 0.575 0.15937 0.000 0.024 0.540 0.360 0.056 0.020
#> SRR191565 3 0.619 0.33184 0.060 0.052 0.640 0.200 0.028 0.020
#> SRR191566 3 0.570 0.41194 0.056 0.008 0.676 0.104 0.148 0.008
#> SRR191567 3 0.604 0.13772 0.288 0.000 0.572 0.056 0.072 0.012
#> SRR191568 3 0.681 0.25606 0.144 0.000 0.552 0.132 0.160 0.012
#> SRR191569 6 0.655 0.35809 0.020 0.012 0.288 0.124 0.024 0.532
#> SRR191570 3 0.828 0.11830 0.036 0.160 0.428 0.240 0.072 0.064
#> SRR191571 3 0.737 0.32587 0.108 0.072 0.584 0.124 0.072 0.040
#> SRR191572 1 0.128 0.59870 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.893 0.16600 0.140 0.104 0.416 0.112 0.072 0.156
#> SRR191574 1 0.554 0.38506 0.552 0.000 0.360 0.024 0.052 0.012
#> SRR191575 3 0.741 0.23443 0.128 0.080 0.580 0.044 0.060 0.108
#> SRR191576 6 0.836 0.12939 0.004 0.180 0.252 0.208 0.040 0.316
#> SRR191577 3 0.759 0.21751 0.016 0.140 0.480 0.252 0.072 0.040
#> SRR191578 2 0.651 0.25173 0.000 0.624 0.080 0.136 0.060 0.100
#> SRR191579 1 0.444 0.59097 0.764 0.000 0.128 0.020 0.076 0.012
#> SRR191580 1 0.603 0.49834 0.696 0.068 0.084 0.048 0.024 0.080
#> SRR191581 1 0.784 0.33017 0.496 0.216 0.112 0.028 0.056 0.092
#> SRR191582 1 0.866 0.21883 0.412 0.208 0.132 0.136 0.068 0.044
#> SRR191583 2 0.705 -0.27443 0.032 0.504 0.020 0.024 0.268 0.152
#> SRR191584 1 0.826 0.05143 0.424 0.220 0.036 0.032 0.172 0.116
#> SRR191585 4 0.727 0.01632 0.064 0.012 0.304 0.452 0.152 0.016
#> SRR191586 3 0.772 0.16639 0.072 0.016 0.356 0.288 0.256 0.012
#> SRR191587 4 0.790 0.30078 0.044 0.064 0.212 0.452 0.024 0.204
#> SRR191588 3 0.724 0.29883 0.140 0.000 0.472 0.212 0.168 0.008
#> SRR191589 4 0.769 -0.08421 0.232 0.004 0.248 0.388 0.116 0.012
#> SRR191590 3 0.787 0.06038 0.244 0.052 0.488 0.064 0.056 0.096
#> SRR191591 6 0.835 -0.03603 0.068 0.040 0.276 0.284 0.032 0.300
#> SRR191592 3 0.640 0.13190 0.016 0.020 0.512 0.348 0.024 0.080
#> SRR191593 3 0.791 0.26957 0.164 0.000 0.372 0.120 0.300 0.044
#> SRR191594 1 0.541 0.19205 0.532 0.000 0.336 0.000 0.132 0.000
#> SRR191595 3 0.523 0.32344 0.016 0.000 0.672 0.224 0.028 0.060
#> SRR191596 3 0.623 0.30058 0.196 0.000 0.600 0.140 0.044 0.020
#> SRR191597 4 0.639 0.41679 0.008 0.096 0.224 0.600 0.040 0.032
#> SRR191598 3 0.624 -0.01319 0.004 0.036 0.512 0.364 0.048 0.036
#> SRR191599 3 0.563 0.40096 0.040 0.008 0.676 0.128 0.140 0.008
#> SRR191600 2 0.786 0.05794 0.000 0.352 0.216 0.292 0.032 0.108
#> SRR191601 4 0.633 0.43947 0.000 0.084 0.172 0.608 0.016 0.120
#> SRR191602 4 0.590 0.46792 0.000 0.084 0.156 0.660 0.024 0.076
#> SRR191603 4 0.487 0.45541 0.000 0.100 0.164 0.712 0.016 0.008
#> SRR191604 2 0.500 0.31861 0.000 0.664 0.032 0.260 0.012 0.032
#> SRR191605 4 0.662 0.31274 0.000 0.116 0.228 0.564 0.028 0.064
#> SRR191606 3 0.812 0.11735 0.012 0.168 0.416 0.236 0.044 0.124
#> SRR191607 3 0.702 0.28274 0.048 0.012 0.484 0.232 0.216 0.008
#> SRR191608 4 0.599 0.46681 0.000 0.068 0.152 0.652 0.024 0.104
#> SRR191609 4 0.705 0.33369 0.028 0.108 0.220 0.552 0.076 0.016
#> SRR191610 3 0.687 0.32592 0.096 0.004 0.468 0.132 0.300 0.000
#> SRR191611 3 0.748 0.23168 0.084 0.012 0.404 0.236 0.260 0.004
#> SRR191612 3 0.543 0.23435 0.000 0.016 0.572 0.348 0.036 0.028
#> SRR191613 3 0.799 0.26263 0.188 0.020 0.340 0.308 0.136 0.008
#> SRR191614 3 0.594 0.23558 0.020 0.024 0.584 0.300 0.060 0.012
#> SRR191615 3 0.664 0.34374 0.068 0.012 0.580 0.224 0.096 0.020
#> SRR191616 2 0.720 -0.47869 0.000 0.356 0.012 0.052 0.316 0.264
#> SRR191617 2 0.624 0.11773 0.000 0.508 0.028 0.060 0.044 0.360
#> SRR191618 2 0.795 0.07717 0.000 0.356 0.096 0.340 0.080 0.128
#> SRR191619 6 0.668 0.32783 0.000 0.132 0.076 0.268 0.008 0.516
#> SRR191620 6 0.521 0.38320 0.000 0.220 0.024 0.060 0.020 0.676
#> SRR191621 2 0.586 0.29818 0.000 0.556 0.008 0.268 0.008 0.160
#> SRR191622 6 0.545 0.43571 0.004 0.024 0.100 0.188 0.012 0.672
#> SRR191623 3 0.720 0.25963 0.032 0.000 0.516 0.188 0.096 0.168
#> SRR191624 3 0.723 0.26521 0.144 0.000 0.420 0.064 0.340 0.032
#> SRR191625 6 0.764 0.13499 0.004 0.200 0.100 0.300 0.016 0.380
#> SRR191626 4 0.538 0.47560 0.000 0.124 0.068 0.716 0.048 0.044
#> SRR191627 4 0.625 0.29744 0.000 0.316 0.100 0.532 0.024 0.028
#> SRR191628 4 0.672 0.44920 0.020 0.040 0.152 0.608 0.044 0.136
#> SRR191629 4 0.605 0.47453 0.004 0.072 0.144 0.660 0.028 0.092
#> SRR191630 1 0.614 0.00121 0.412 0.000 0.368 0.008 0.212 0.000
#> SRR191631 4 0.529 0.41668 0.000 0.236 0.044 0.664 0.020 0.036
#> SRR191632 3 0.758 0.28262 0.184 0.020 0.408 0.316 0.040 0.032
#> SRR191633 4 0.814 -0.09811 0.000 0.268 0.144 0.360 0.052 0.176
#> SRR191634 2 0.622 -0.55681 0.000 0.440 0.028 0.012 0.416 0.104
#> SRR191635 4 0.741 0.26164 0.028 0.064 0.284 0.496 0.084 0.044
#> SRR191636 2 0.930 0.16297 0.100 0.372 0.120 0.144 0.124 0.140
#> SRR191637 2 0.581 -0.31269 0.000 0.564 0.004 0.036 0.308 0.088
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0244 0.528 0.724 0.4240 0.498 0.498
#> 3 3 0.0304 0.451 0.669 0.2980 0.833 0.701
#> 4 4 0.1095 0.441 0.644 0.1285 0.785 0.586
#> 5 5 0.2004 0.454 0.621 0.1090 0.902 0.755
#> 6 6 0.2537 0.340 0.586 0.0528 0.928 0.799
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.760 0.59769 0.780 0.220
#> SRR191394 2 0.963 0.49092 0.388 0.612
#> SRR191396 1 0.980 0.25351 0.584 0.416
#> SRR191397 1 0.855 0.48241 0.720 0.280
#> SRR191398 2 0.998 0.29837 0.476 0.524
#> SRR191399 1 0.671 0.67526 0.824 0.176
#> SRR191400 1 0.998 -0.17861 0.528 0.472
#> SRR191401 1 0.706 0.64148 0.808 0.192
#> SRR191402 1 0.260 0.67476 0.956 0.044
#> SRR191403 1 0.939 0.33928 0.644 0.356
#> SRR191404 2 0.881 0.62578 0.300 0.700
#> SRR191405 1 0.844 0.60246 0.728 0.272
#> SRR191406 1 0.529 0.69913 0.880 0.120
#> SRR191407 1 0.955 0.34645 0.624 0.376
#> SRR191408 2 0.943 0.54088 0.360 0.640
#> SRR191409 1 0.788 0.66080 0.764 0.236
#> SRR191410 1 0.278 0.67164 0.952 0.048
#> SRR191411 1 0.689 0.67394 0.816 0.184
#> SRR191412 1 0.680 0.64836 0.820 0.180
#> SRR191413 1 0.416 0.69056 0.916 0.084
#> SRR191414 1 1.000 -0.23990 0.508 0.492
#> SRR191415 1 0.584 0.67424 0.860 0.140
#> SRR191416 1 0.518 0.70298 0.884 0.116
#> SRR191418 1 0.850 0.61338 0.724 0.276
#> SRR191419 2 0.978 0.44732 0.412 0.588
#> SRR191420 1 0.680 0.67664 0.820 0.180
#> SRR191421 1 0.697 0.65508 0.812 0.188
#> SRR191422 2 0.900 0.59104 0.316 0.684
#> SRR191423 2 0.730 0.65767 0.204 0.796
#> SRR191424 2 0.358 0.64557 0.068 0.932
#> SRR191425 1 0.861 0.61050 0.716 0.284
#> SRR191426 1 0.671 0.67871 0.824 0.176
#> SRR191427 2 0.891 0.62218 0.308 0.692
#> SRR191428 1 0.767 0.69128 0.776 0.224
#> SRR191429 2 0.985 0.13989 0.428 0.572
#> SRR191430 2 0.839 0.57735 0.268 0.732
#> SRR191431 2 0.795 0.66164 0.240 0.760
#> SRR191432 2 0.895 0.47465 0.312 0.688
#> SRR191433 2 0.975 0.20310 0.408 0.592
#> SRR191434 1 0.861 0.63237 0.716 0.284
#> SRR191435 1 0.605 0.69259 0.852 0.148
#> SRR191436 1 0.760 0.66884 0.780 0.220
#> SRR191437 2 0.443 0.66336 0.092 0.908
#> SRR191438 1 0.886 0.55615 0.696 0.304
#> SRR191439 2 0.671 0.68335 0.176 0.824
#> SRR191440 2 0.469 0.66474 0.100 0.900
#> SRR191441 2 0.443 0.66235 0.092 0.908
#> SRR191442 1 0.866 0.62313 0.712 0.288
#> SRR191443 1 0.921 0.56114 0.664 0.336
#> SRR191444 1 0.722 0.69404 0.800 0.200
#> SRR191445 2 0.973 0.48008 0.404 0.596
#> SRR191446 2 0.925 0.54438 0.340 0.660
#> SRR191447 2 0.814 0.62367 0.252 0.748
#> SRR191448 2 0.981 0.48519 0.420 0.580
#> SRR191449 1 0.671 0.69635 0.824 0.176
#> SRR191450 2 0.985 0.47005 0.428 0.572
#> SRR191451 1 0.999 0.00657 0.520 0.480
#> SRR191452 2 0.563 0.67647 0.132 0.868
#> SRR191453 2 0.722 0.68151 0.200 0.800
#> SRR191454 1 0.680 0.63565 0.820 0.180
#> SRR191455 1 0.861 0.62586 0.716 0.284
#> SRR191456 2 0.760 0.67480 0.220 0.780
#> SRR191457 2 0.981 0.50839 0.420 0.580
#> SRR191458 2 0.997 0.18040 0.468 0.532
#> SRR191459 1 0.563 0.70322 0.868 0.132
#> SRR191460 1 0.506 0.69931 0.888 0.112
#> SRR191461 1 0.706 0.68735 0.808 0.192
#> SRR191462 1 0.946 0.41630 0.636 0.364
#> SRR191463 2 0.775 0.67210 0.228 0.772
#> SRR191464 2 0.722 0.67554 0.200 0.800
#> SRR191465 2 0.456 0.66194 0.096 0.904
#> SRR191466 1 0.925 0.54979 0.660 0.340
#> SRR191467 2 0.981 0.29666 0.420 0.580
#> SRR191468 2 0.456 0.66465 0.096 0.904
#> SRR191469 1 0.895 0.55807 0.688 0.312
#> SRR191470 2 0.997 0.12178 0.468 0.532
#> SRR191471 2 0.961 0.52352 0.384 0.616
#> SRR191472 2 0.529 0.67010 0.120 0.880
#> SRR191473 1 1.000 0.00625 0.504 0.496
#> SRR191474 1 0.855 0.62937 0.720 0.280
#> SRR191475 2 0.730 0.64908 0.204 0.796
#> SRR191476 2 0.990 0.22248 0.440 0.560
#> SRR191477 1 0.946 0.44796 0.636 0.364
#> SRR191478 2 0.991 0.14080 0.444 0.556
#> SRR191479 1 0.980 0.30453 0.584 0.416
#> SRR191480 2 0.753 0.66033 0.216 0.784
#> SRR191481 2 0.886 0.59191 0.304 0.696
#> SRR191482 1 0.932 0.53011 0.652 0.348
#> SRR191483 1 0.886 0.59161 0.696 0.304
#> SRR191484 2 0.827 0.66017 0.260 0.740
#> SRR191485 1 1.000 0.01487 0.508 0.492
#> SRR191486 2 0.936 0.53408 0.352 0.648
#> SRR191487 2 0.988 0.23446 0.436 0.564
#> SRR191488 2 0.971 0.48842 0.400 0.600
#> SRR191489 2 0.760 0.67777 0.220 0.780
#> SRR191490 2 0.506 0.67122 0.112 0.888
#> SRR191491 2 0.891 0.60667 0.308 0.692
#> SRR191492 1 0.978 0.29804 0.588 0.412
#> SRR191493 2 0.518 0.67377 0.116 0.884
#> SRR191494 2 0.615 0.68076 0.152 0.848
#> SRR191495 1 0.949 0.46651 0.632 0.368
#> SRR191496 2 0.430 0.65197 0.088 0.912
#> SRR191497 1 0.722 0.69443 0.800 0.200
#> SRR191498 1 0.994 0.15217 0.544 0.456
#> SRR191499 1 0.850 0.60689 0.724 0.276
#> SRR191500 1 0.615 0.70568 0.848 0.152
#> SRR191501 2 0.574 0.66424 0.136 0.864
#> SRR191502 2 0.985 0.25584 0.428 0.572
#> SRR191503 2 0.494 0.66219 0.108 0.892
#> SRR191504 2 0.973 0.29822 0.404 0.596
#> SRR191505 2 0.781 0.67103 0.232 0.768
#> SRR191506 2 0.469 0.66390 0.100 0.900
#> SRR191507 2 0.605 0.67163 0.148 0.852
#> SRR191508 2 0.996 0.13427 0.464 0.536
#> SRR191509 2 1.000 -0.13646 0.492 0.508
#> SRR191510 2 0.999 0.21549 0.480 0.520
#> SRR191511 2 0.961 0.26526 0.384 0.616
#> SRR191512 2 0.416 0.65705 0.084 0.916
#> SRR191513 2 0.416 0.64007 0.084 0.916
#> SRR191514 2 0.541 0.66353 0.124 0.876
#> SRR191515 2 0.963 0.40381 0.388 0.612
#> SRR191516 1 0.814 0.67183 0.748 0.252
#> SRR191517 1 1.000 -0.10682 0.508 0.492
#> SRR191518 1 0.985 0.33159 0.572 0.428
#> SRR191519 2 0.416 0.65429 0.084 0.916
#> SRR191520 2 0.999 0.11323 0.480 0.520
#> SRR191521 2 0.981 0.35359 0.420 0.580
#> SRR191522 2 1.000 0.06571 0.492 0.508
#> SRR191523 2 0.644 0.66358 0.164 0.836
#> SRR191524 2 0.975 0.44437 0.408 0.592
#> SRR191525 2 0.881 0.57319 0.300 0.700
#> SRR191526 2 0.358 0.64599 0.068 0.932
#> SRR191527 2 0.795 0.65847 0.240 0.760
#> SRR191528 2 0.795 0.65740 0.240 0.760
#> SRR191529 2 0.584 0.68067 0.140 0.860
#> SRR191530 2 0.936 0.38797 0.352 0.648
#> SRR191531 2 0.595 0.68042 0.144 0.856
#> SRR191532 2 0.767 0.67240 0.224 0.776
#> SRR191533 2 0.821 0.66854 0.256 0.744
#> SRR191534 2 0.518 0.66453 0.116 0.884
#> SRR191535 2 0.767 0.62273 0.224 0.776
#> SRR191536 2 0.925 0.61227 0.340 0.660
#> SRR191537 2 0.738 0.67659 0.208 0.792
#> SRR191538 2 0.855 0.59117 0.280 0.720
#> SRR191539 2 0.469 0.66580 0.100 0.900
#> SRR191540 2 0.821 0.64403 0.256 0.744
#> SRR191541 2 0.850 0.64081 0.276 0.724
#> SRR191542 2 0.482 0.66770 0.104 0.896
#> SRR191543 2 0.697 0.66421 0.188 0.812
#> SRR191544 2 0.767 0.66058 0.224 0.776
#> SRR191545 2 0.998 0.04656 0.472 0.528
#> SRR191546 1 0.963 0.40221 0.612 0.388
#> SRR191547 2 1.000 -0.09006 0.496 0.504
#> SRR191548 2 0.995 0.32937 0.460 0.540
#> SRR191549 2 0.961 0.47883 0.384 0.616
#> SRR191550 2 0.994 0.36119 0.456 0.544
#> SRR191551 2 0.996 0.31974 0.464 0.536
#> SRR191552 2 0.997 0.31243 0.468 0.532
#> SRR191553 2 0.833 0.64849 0.264 0.736
#> SRR191554 2 0.939 0.54236 0.356 0.644
#> SRR191555 1 1.000 0.00118 0.504 0.496
#> SRR191556 1 0.443 0.69316 0.908 0.092
#> SRR191557 1 0.745 0.65161 0.788 0.212
#> SRR191558 2 0.990 0.23806 0.440 0.560
#> SRR191559 1 0.416 0.68783 0.916 0.084
#> SRR191560 1 0.653 0.70010 0.832 0.168
#> SRR191561 2 0.895 0.61145 0.312 0.688
#> SRR191562 1 0.955 0.21688 0.624 0.376
#> SRR191563 1 0.760 0.63651 0.780 0.220
#> SRR191564 1 0.529 0.68947 0.880 0.120
#> SRR191565 1 0.358 0.68414 0.932 0.068
#> SRR191566 1 0.260 0.67491 0.956 0.044
#> SRR191567 2 0.998 0.16399 0.476 0.524
#> SRR191568 1 0.985 -0.02342 0.572 0.428
#> SRR191569 1 0.781 0.65497 0.768 0.232
#> SRR191570 1 0.714 0.67279 0.804 0.196
#> SRR191571 1 0.443 0.70173 0.908 0.092
#> SRR191572 2 0.871 0.62092 0.292 0.708
#> SRR191573 1 0.753 0.65858 0.784 0.216
#> SRR191574 2 0.990 0.43957 0.440 0.560
#> SRR191575 2 0.993 0.42200 0.452 0.548
#> SRR191576 1 0.866 0.60613 0.712 0.288
#> SRR191577 1 0.985 0.03279 0.572 0.428
#> SRR191578 2 1.000 0.04166 0.488 0.512
#> SRR191579 2 0.966 0.47712 0.392 0.608
#> SRR191580 2 0.886 0.61515 0.304 0.696
#> SRR191581 2 0.866 0.63442 0.288 0.712
#> SRR191582 2 0.904 0.60442 0.320 0.680
#> SRR191583 2 0.738 0.67022 0.208 0.792
#> SRR191584 2 0.760 0.66220 0.220 0.780
#> SRR191585 1 0.634 0.69916 0.840 0.160
#> SRR191586 1 0.943 0.43873 0.640 0.360
#> SRR191587 1 0.141 0.66008 0.980 0.020
#> SRR191588 1 0.373 0.68711 0.928 0.072
#> SRR191589 1 0.260 0.67621 0.956 0.044
#> SRR191590 1 0.958 0.17358 0.620 0.380
#> SRR191591 1 0.402 0.69366 0.920 0.080
#> SRR191592 1 0.494 0.69276 0.892 0.108
#> SRR191593 1 0.753 0.66035 0.784 0.216
#> SRR191594 2 0.991 0.39045 0.444 0.556
#> SRR191595 1 0.680 0.68608 0.820 0.180
#> SRR191596 1 0.373 0.68487 0.928 0.072
#> SRR191597 1 0.443 0.69232 0.908 0.092
#> SRR191598 1 0.278 0.67531 0.952 0.048
#> SRR191599 1 0.482 0.69912 0.896 0.104
#> SRR191600 1 0.753 0.66752 0.784 0.216
#> SRR191601 1 0.850 0.61924 0.724 0.276
#> SRR191602 1 0.416 0.68404 0.916 0.084
#> SRR191603 1 0.469 0.69699 0.900 0.100
#> SRR191604 1 0.996 0.19112 0.536 0.464
#> SRR191605 1 0.373 0.68243 0.928 0.072
#> SRR191606 1 0.788 0.64345 0.764 0.236
#> SRR191607 1 0.900 0.55764 0.684 0.316
#> SRR191608 1 0.855 0.62312 0.720 0.280
#> SRR191609 1 0.949 0.46632 0.632 0.368
#> SRR191610 1 0.925 0.45103 0.660 0.340
#> SRR191611 1 0.844 0.58748 0.728 0.272
#> SRR191612 1 0.552 0.70149 0.872 0.128
#> SRR191613 1 0.943 0.35841 0.640 0.360
#> SRR191614 1 0.224 0.66818 0.964 0.036
#> SRR191615 1 0.184 0.66344 0.972 0.028
#> SRR191616 2 0.552 0.66201 0.128 0.872
#> SRR191617 2 0.936 0.54129 0.352 0.648
#> SRR191618 1 0.998 0.18022 0.528 0.472
#> SRR191619 1 0.745 0.67882 0.788 0.212
#> SRR191620 2 0.913 0.54325 0.328 0.672
#> SRR191621 1 0.949 0.45306 0.632 0.368
#> SRR191622 1 0.943 0.50682 0.640 0.360
#> SRR191623 1 0.615 0.69509 0.848 0.152
#> SRR191624 1 0.992 -0.01044 0.552 0.448
#> SRR191625 1 0.494 0.69742 0.892 0.108
#> SRR191626 1 0.795 0.67407 0.760 0.240
#> SRR191627 1 0.808 0.65715 0.752 0.248
#> SRR191628 1 0.402 0.67377 0.920 0.080
#> SRR191629 1 0.163 0.66063 0.976 0.024
#> SRR191630 2 0.981 0.42063 0.420 0.580
#> SRR191631 1 0.891 0.60251 0.692 0.308
#> SRR191632 1 0.204 0.64616 0.968 0.032
#> SRR191633 1 0.939 0.47533 0.644 0.356
#> SRR191634 2 0.518 0.66536 0.116 0.884
#> SRR191635 1 0.242 0.67285 0.960 0.040
#> SRR191636 2 0.808 0.66213 0.248 0.752
#> SRR191637 2 0.358 0.63990 0.068 0.932
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.626 0.4250 0.196 0.052 0.752
#> SRR191394 1 0.967 0.8046 0.464 0.276 0.260
#> SRR191396 3 0.814 0.3873 0.092 0.316 0.592
#> SRR191397 3 0.749 0.2508 0.224 0.096 0.680
#> SRR191398 1 0.960 0.7517 0.432 0.204 0.364
#> SRR191399 3 0.475 0.6347 0.080 0.068 0.852
#> SRR191400 3 0.931 -0.5663 0.384 0.164 0.452
#> SRR191401 3 0.587 0.4884 0.160 0.056 0.784
#> SRR191402 3 0.238 0.6229 0.056 0.008 0.936
#> SRR191403 3 0.865 -0.1244 0.292 0.136 0.572
#> SRR191404 2 0.787 0.5749 0.124 0.660 0.216
#> SRR191405 3 0.738 0.4885 0.068 0.272 0.660
#> SRR191406 3 0.404 0.6581 0.040 0.080 0.880
#> SRR191407 3 0.818 0.3233 0.208 0.152 0.640
#> SRR191408 2 0.852 0.1049 0.092 0.468 0.440
#> SRR191409 3 0.492 0.6540 0.020 0.164 0.816
#> SRR191410 3 0.218 0.6453 0.020 0.032 0.948
#> SRR191411 3 0.530 0.6372 0.032 0.164 0.804
#> SRR191412 3 0.570 0.5181 0.148 0.056 0.796
#> SRR191413 3 0.398 0.6362 0.068 0.048 0.884
#> SRR191414 3 0.952 -0.2813 0.212 0.312 0.476
#> SRR191415 3 0.417 0.6611 0.028 0.104 0.868
#> SRR191416 3 0.293 0.6454 0.040 0.036 0.924
#> SRR191418 3 0.594 0.6089 0.072 0.140 0.788
#> SRR191419 1 0.986 0.7385 0.408 0.264 0.328
#> SRR191420 3 0.531 0.5732 0.124 0.056 0.820
#> SRR191421 3 0.501 0.6003 0.084 0.076 0.840
#> SRR191422 2 0.747 0.5222 0.056 0.624 0.320
#> SRR191423 2 0.748 0.6165 0.116 0.692 0.192
#> SRR191424 2 0.662 0.5118 0.196 0.736 0.068
#> SRR191425 3 0.563 0.6309 0.076 0.116 0.808
#> SRR191426 3 0.505 0.6544 0.024 0.164 0.812
#> SRR191427 2 0.747 0.4021 0.044 0.580 0.376
#> SRR191428 3 0.536 0.6624 0.032 0.168 0.800
#> SRR191429 2 0.875 0.5555 0.148 0.568 0.284
#> SRR191430 2 0.807 0.5385 0.088 0.596 0.316
#> SRR191431 2 0.743 0.4102 0.212 0.688 0.100
#> SRR191432 2 0.816 0.5909 0.136 0.636 0.228
#> SRR191433 2 0.916 0.4314 0.164 0.508 0.328
#> SRR191434 3 0.790 0.4713 0.084 0.300 0.616
#> SRR191435 3 0.596 0.6258 0.112 0.096 0.792
#> SRR191436 3 0.645 0.6145 0.060 0.196 0.744
#> SRR191437 2 0.661 0.5470 0.152 0.752 0.096
#> SRR191438 3 0.697 0.4521 0.044 0.288 0.668
#> SRR191439 2 0.614 0.6149 0.088 0.780 0.132
#> SRR191440 2 0.517 0.4890 0.128 0.824 0.048
#> SRR191441 2 0.635 0.5317 0.156 0.764 0.080
#> SRR191442 3 0.711 0.5559 0.060 0.260 0.680
#> SRR191443 3 0.721 0.5837 0.068 0.252 0.680
#> SRR191444 3 0.638 0.6477 0.076 0.164 0.760
#> SRR191445 2 0.876 0.3766 0.120 0.520 0.360
#> SRR191446 2 0.819 0.5243 0.156 0.640 0.204
#> SRR191447 2 0.750 0.6209 0.104 0.684 0.212
#> SRR191448 3 0.994 -0.6583 0.316 0.296 0.388
#> SRR191449 3 0.621 0.5972 0.088 0.136 0.776
#> SRR191450 3 0.974 -0.2424 0.248 0.312 0.440
#> SRR191451 3 0.714 0.3563 0.032 0.368 0.600
#> SRR191452 2 0.618 0.5322 0.100 0.780 0.120
#> SRR191453 2 0.640 0.5653 0.056 0.744 0.200
#> SRR191454 3 0.613 0.6290 0.084 0.136 0.780
#> SRR191455 3 0.804 0.4596 0.100 0.280 0.620
#> SRR191456 2 0.706 0.5577 0.056 0.680 0.264
#> SRR191457 1 0.988 0.6738 0.376 0.260 0.364
#> SRR191458 3 0.852 -0.0559 0.092 0.440 0.468
#> SRR191459 3 0.489 0.6607 0.040 0.124 0.836
#> SRR191460 3 0.594 0.6587 0.072 0.140 0.788
#> SRR191461 3 0.550 0.6599 0.048 0.148 0.804
#> SRR191462 3 0.857 0.3955 0.132 0.288 0.580
#> SRR191463 2 0.563 0.6136 0.044 0.792 0.164
#> SRR191464 2 0.665 0.6237 0.084 0.744 0.172
#> SRR191465 2 0.559 0.5937 0.096 0.812 0.092
#> SRR191466 3 0.667 0.5882 0.040 0.264 0.696
#> SRR191467 2 0.828 0.4556 0.088 0.552 0.360
#> SRR191468 2 0.557 0.5934 0.080 0.812 0.108
#> SRR191469 3 0.686 0.5824 0.052 0.252 0.696
#> SRR191470 2 0.837 0.3538 0.088 0.524 0.388
#> SRR191471 2 0.920 0.4114 0.164 0.496 0.340
#> SRR191472 2 0.662 0.6147 0.100 0.752 0.148
#> SRR191473 2 0.810 0.3630 0.072 0.540 0.388
#> SRR191474 3 0.735 0.5384 0.120 0.176 0.704
#> SRR191475 2 0.756 0.5922 0.156 0.692 0.152
#> SRR191476 2 0.846 0.4265 0.100 0.544 0.356
#> SRR191477 3 0.841 0.1022 0.092 0.380 0.528
#> SRR191478 2 0.928 0.3530 0.164 0.468 0.368
#> SRR191479 3 0.681 0.5854 0.060 0.228 0.712
#> SRR191480 2 0.829 0.5270 0.204 0.632 0.164
#> SRR191481 2 0.852 0.5126 0.112 0.560 0.328
#> SRR191482 3 0.777 0.2235 0.056 0.384 0.560
#> SRR191483 3 0.828 0.2482 0.088 0.360 0.552
#> SRR191484 2 0.948 -0.0361 0.224 0.492 0.284
#> SRR191485 2 0.813 0.3417 0.072 0.528 0.400
#> SRR191486 2 0.742 0.4418 0.044 0.592 0.364
#> SRR191487 2 0.919 0.3305 0.160 0.492 0.348
#> SRR191488 2 0.994 -0.5868 0.280 0.372 0.348
#> SRR191489 2 0.891 0.4054 0.212 0.572 0.216
#> SRR191490 2 0.557 0.4780 0.140 0.804 0.056
#> SRR191491 2 0.809 0.3830 0.076 0.560 0.364
#> SRR191492 3 0.649 0.5638 0.036 0.256 0.708
#> SRR191493 2 0.645 0.5157 0.152 0.760 0.088
#> SRR191494 2 0.594 0.5981 0.088 0.792 0.120
#> SRR191495 3 0.814 0.4553 0.140 0.220 0.640
#> SRR191496 2 0.598 0.3860 0.228 0.744 0.028
#> SRR191497 3 0.537 0.6608 0.048 0.140 0.812
#> SRR191498 3 0.768 0.3189 0.052 0.384 0.564
#> SRR191499 3 0.638 0.6192 0.076 0.164 0.760
#> SRR191500 3 0.551 0.6615 0.056 0.136 0.808
#> SRR191501 2 0.562 0.4897 0.156 0.796 0.048
#> SRR191502 2 0.784 0.3968 0.060 0.560 0.380
#> SRR191503 2 0.604 0.4883 0.172 0.772 0.056
#> SRR191504 2 0.845 0.5049 0.116 0.580 0.304
#> SRR191505 2 0.708 0.6120 0.104 0.720 0.176
#> SRR191506 2 0.567 0.4927 0.140 0.800 0.060
#> SRR191507 2 0.767 0.4379 0.260 0.652 0.088
#> SRR191508 2 0.843 0.3503 0.092 0.524 0.384
#> SRR191509 3 0.919 -0.1573 0.148 0.416 0.436
#> SRR191510 2 0.907 0.1819 0.136 0.436 0.428
#> SRR191511 2 0.852 0.5226 0.128 0.584 0.288
#> SRR191512 2 0.579 0.5304 0.136 0.796 0.068
#> SRR191513 2 0.541 0.5080 0.164 0.800 0.036
#> SRR191514 2 0.646 0.6032 0.112 0.764 0.124
#> SRR191515 2 0.777 0.5401 0.080 0.628 0.292
#> SRR191516 3 0.689 0.6355 0.088 0.184 0.728
#> SRR191517 2 0.826 0.1418 0.076 0.492 0.432
#> SRR191518 3 0.884 -0.1739 0.116 0.440 0.444
#> SRR191519 2 0.615 0.5588 0.148 0.776 0.076
#> SRR191520 3 0.905 0.1448 0.136 0.404 0.460
#> SRR191521 2 0.796 0.5188 0.076 0.588 0.336
#> SRR191522 2 0.842 0.3422 0.088 0.504 0.408
#> SRR191523 2 0.657 0.5996 0.104 0.756 0.140
#> SRR191524 2 0.882 0.2728 0.116 0.476 0.408
#> SRR191525 2 0.846 0.5745 0.128 0.592 0.280
#> SRR191526 2 0.451 0.5450 0.092 0.860 0.048
#> SRR191527 2 0.867 -0.1328 0.304 0.564 0.132
#> SRR191528 2 0.805 0.1000 0.256 0.632 0.112
#> SRR191529 2 0.589 0.5692 0.100 0.796 0.104
#> SRR191530 2 0.840 0.5245 0.120 0.592 0.288
#> SRR191531 2 0.509 0.4797 0.112 0.832 0.056
#> SRR191532 2 0.717 0.5580 0.088 0.704 0.208
#> SRR191533 2 0.789 0.4488 0.140 0.664 0.196
#> SRR191534 2 0.618 0.5754 0.120 0.780 0.100
#> SRR191535 2 0.786 0.6078 0.116 0.656 0.228
#> SRR191536 2 0.886 0.3557 0.132 0.524 0.344
#> SRR191537 2 0.814 0.4648 0.260 0.624 0.116
#> SRR191538 2 0.791 0.6160 0.124 0.656 0.220
#> SRR191539 2 0.500 0.5606 0.092 0.840 0.068
#> SRR191540 2 0.804 0.5573 0.104 0.624 0.272
#> SRR191541 2 0.706 0.6180 0.076 0.704 0.220
#> SRR191542 2 0.539 0.5686 0.108 0.820 0.072
#> SRR191543 2 0.733 0.6020 0.116 0.704 0.180
#> SRR191544 2 0.691 0.6076 0.084 0.724 0.192
#> SRR191545 2 0.795 0.4206 0.068 0.564 0.368
#> SRR191546 3 0.817 0.3000 0.088 0.336 0.576
#> SRR191547 3 0.825 0.3353 0.096 0.324 0.580
#> SRR191548 3 0.960 -0.7387 0.400 0.200 0.400
#> SRR191549 1 0.969 0.8125 0.460 0.272 0.268
#> SRR191550 1 0.996 0.7401 0.364 0.288 0.348
#> SRR191551 1 0.967 0.7388 0.404 0.212 0.384
#> SRR191552 1 0.958 0.7149 0.404 0.196 0.400
#> SRR191553 1 0.959 0.7081 0.464 0.316 0.220
#> SRR191554 1 0.981 0.7454 0.412 0.340 0.248
#> SRR191555 3 0.956 0.1028 0.228 0.296 0.476
#> SRR191556 3 0.358 0.6499 0.044 0.056 0.900
#> SRR191557 3 0.579 0.6252 0.084 0.116 0.800
#> SRR191558 2 0.755 0.2377 0.040 0.524 0.436
#> SRR191559 3 0.315 0.6406 0.036 0.048 0.916
#> SRR191560 3 0.419 0.6447 0.056 0.068 0.876
#> SRR191561 1 0.959 0.7491 0.464 0.316 0.220
#> SRR191562 3 0.846 0.0532 0.244 0.148 0.608
#> SRR191563 3 0.620 0.6028 0.044 0.208 0.748
#> SRR191564 3 0.429 0.6574 0.040 0.092 0.868
#> SRR191565 3 0.465 0.6536 0.064 0.080 0.856
#> SRR191566 3 0.212 0.6301 0.040 0.012 0.948
#> SRR191567 3 0.980 -0.1463 0.304 0.264 0.432
#> SRR191568 3 0.860 0.1330 0.168 0.232 0.600
#> SRR191569 3 0.575 0.6219 0.040 0.180 0.780
#> SRR191570 3 0.561 0.6567 0.072 0.120 0.808
#> SRR191571 3 0.315 0.6454 0.036 0.048 0.916
#> SRR191572 1 0.942 0.7427 0.492 0.304 0.204
#> SRR191573 3 0.451 0.6454 0.048 0.092 0.860
#> SRR191574 3 0.976 -0.6842 0.380 0.228 0.392
#> SRR191575 3 0.992 -0.5435 0.284 0.324 0.392
#> SRR191576 3 0.684 0.5484 0.044 0.272 0.684
#> SRR191577 3 0.702 0.5194 0.076 0.216 0.708
#> SRR191578 2 0.890 0.3153 0.124 0.480 0.396
#> SRR191579 1 0.966 0.8130 0.464 0.256 0.280
#> SRR191580 1 0.972 0.7101 0.416 0.360 0.224
#> SRR191581 2 0.902 -0.2420 0.316 0.528 0.156
#> SRR191582 2 0.990 -0.5170 0.316 0.400 0.284
#> SRR191583 2 0.683 0.4201 0.192 0.728 0.080
#> SRR191584 2 0.820 -0.1014 0.356 0.560 0.084
#> SRR191585 3 0.492 0.6412 0.072 0.084 0.844
#> SRR191586 3 0.732 0.5185 0.096 0.208 0.696
#> SRR191587 3 0.279 0.6403 0.044 0.028 0.928
#> SRR191588 3 0.206 0.6280 0.044 0.008 0.948
#> SRR191589 3 0.176 0.6212 0.040 0.004 0.956
#> SRR191590 3 0.843 0.1966 0.176 0.204 0.620
#> SRR191591 3 0.315 0.6465 0.040 0.044 0.916
#> SRR191592 3 0.326 0.6495 0.040 0.048 0.912
#> SRR191593 3 0.447 0.6348 0.060 0.076 0.864
#> SRR191594 3 0.994 -0.6389 0.284 0.344 0.372
#> SRR191595 3 0.353 0.6563 0.032 0.068 0.900
#> SRR191596 3 0.288 0.6373 0.052 0.024 0.924
#> SRR191597 3 0.429 0.6661 0.032 0.104 0.864
#> SRR191598 3 0.175 0.6340 0.028 0.012 0.960
#> SRR191599 3 0.338 0.6424 0.048 0.044 0.908
#> SRR191600 3 0.601 0.6362 0.044 0.192 0.764
#> SRR191601 3 0.576 0.5803 0.016 0.244 0.740
#> SRR191602 3 0.346 0.6570 0.024 0.076 0.900
#> SRR191603 3 0.234 0.6570 0.012 0.048 0.940
#> SRR191604 2 0.777 0.3401 0.056 0.560 0.384
#> SRR191605 3 0.357 0.6523 0.040 0.060 0.900
#> SRR191606 3 0.486 0.6542 0.044 0.116 0.840
#> SRR191607 3 0.768 0.5116 0.132 0.188 0.680
#> SRR191608 3 0.647 0.5198 0.028 0.280 0.692
#> SRR191609 3 0.834 0.4218 0.144 0.236 0.620
#> SRR191610 3 0.704 0.5529 0.096 0.184 0.720
#> SRR191611 3 0.622 0.6059 0.092 0.132 0.776
#> SRR191612 3 0.324 0.6550 0.032 0.056 0.912
#> SRR191613 3 0.703 0.5546 0.104 0.172 0.724
#> SRR191614 3 0.191 0.6334 0.028 0.016 0.956
#> SRR191615 3 0.200 0.6332 0.036 0.012 0.952
#> SRR191616 2 0.654 0.4018 0.204 0.736 0.060
#> SRR191617 2 0.797 0.5232 0.084 0.604 0.312
#> SRR191618 3 0.909 0.1083 0.148 0.356 0.496
#> SRR191619 3 0.697 0.4590 0.048 0.276 0.676
#> SRR191620 2 0.728 0.4980 0.044 0.620 0.336
#> SRR191621 3 0.821 0.1619 0.080 0.380 0.540
#> SRR191622 3 0.772 0.2926 0.060 0.352 0.588
#> SRR191623 3 0.417 0.6577 0.036 0.092 0.872
#> SRR191624 3 0.832 0.2729 0.116 0.284 0.600
#> SRR191625 3 0.579 0.6303 0.048 0.168 0.784
#> SRR191626 3 0.727 0.5510 0.064 0.268 0.668
#> SRR191627 3 0.721 0.4313 0.040 0.340 0.620
#> SRR191628 3 0.230 0.6471 0.020 0.036 0.944
#> SRR191629 3 0.243 0.6512 0.024 0.036 0.940
#> SRR191630 3 0.993 -0.6295 0.276 0.356 0.368
#> SRR191631 3 0.890 0.2698 0.132 0.356 0.512
#> SRR191632 3 0.337 0.6182 0.072 0.024 0.904
#> SRR191633 3 0.771 0.2925 0.052 0.392 0.556
#> SRR191634 2 0.638 0.3747 0.244 0.720 0.036
#> SRR191635 3 0.191 0.6348 0.028 0.016 0.956
#> SRR191636 2 0.772 0.4243 0.152 0.680 0.168
#> SRR191637 2 0.628 0.4558 0.224 0.736 0.040
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.552 0.18425 0.380 0.012 0.600 0.008
#> SRR191394 1 0.498 0.70037 0.788 0.032 0.148 0.032
#> SRR191396 3 0.728 0.50070 0.052 0.144 0.644 0.160
#> SRR191397 3 0.583 0.27125 0.344 0.020 0.620 0.016
#> SRR191398 1 0.430 0.71102 0.756 0.004 0.236 0.004
#> SRR191399 3 0.531 0.64116 0.196 0.024 0.748 0.032
#> SRR191400 1 0.657 0.55514 0.560 0.024 0.376 0.040
#> SRR191401 3 0.546 0.40196 0.312 0.016 0.660 0.012
#> SRR191402 3 0.275 0.68713 0.072 0.020 0.904 0.004
#> SRR191403 1 0.574 0.40780 0.556 0.016 0.420 0.008
#> SRR191404 2 0.855 0.22320 0.024 0.336 0.312 0.328
#> SRR191405 3 0.629 0.45415 0.016 0.288 0.640 0.056
#> SRR191406 3 0.317 0.69161 0.024 0.056 0.896 0.024
#> SRR191407 3 0.670 0.48206 0.268 0.076 0.632 0.024
#> SRR191408 3 0.766 0.54513 0.132 0.172 0.620 0.076
#> SRR191409 3 0.507 0.69251 0.072 0.096 0.800 0.032
#> SRR191410 3 0.235 0.69041 0.024 0.040 0.928 0.008
#> SRR191411 3 0.377 0.67662 0.040 0.104 0.852 0.004
#> SRR191412 3 0.513 0.48833 0.276 0.012 0.700 0.012
#> SRR191413 3 0.434 0.66940 0.136 0.020 0.820 0.024
#> SRR191414 3 0.741 0.23443 0.344 0.044 0.540 0.072
#> SRR191415 3 0.337 0.68240 0.020 0.092 0.876 0.012
#> SRR191416 3 0.305 0.69252 0.056 0.016 0.900 0.028
#> SRR191418 3 0.508 0.66934 0.080 0.032 0.800 0.088
#> SRR191419 1 0.678 0.67519 0.608 0.028 0.300 0.064
#> SRR191420 3 0.470 0.65266 0.148 0.028 0.800 0.024
#> SRR191421 3 0.471 0.62199 0.176 0.020 0.784 0.020
#> SRR191422 2 0.768 0.37341 0.000 0.420 0.360 0.220
#> SRR191423 2 0.638 0.47776 0.020 0.688 0.188 0.104
#> SRR191424 4 0.483 0.58925 0.008 0.252 0.012 0.728
#> SRR191425 3 0.498 0.67824 0.120 0.044 0.800 0.036
#> SRR191426 3 0.403 0.66911 0.008 0.148 0.824 0.020
#> SRR191427 3 0.865 0.17422 0.072 0.216 0.496 0.216
#> SRR191428 3 0.476 0.68951 0.060 0.084 0.820 0.036
#> SRR191429 2 0.793 0.43169 0.032 0.540 0.240 0.188
#> SRR191430 2 0.605 0.52995 0.004 0.628 0.312 0.056
#> SRR191431 4 0.804 0.55091 0.116 0.228 0.084 0.572
#> SRR191432 2 0.591 0.46645 0.012 0.720 0.168 0.100
#> SRR191433 2 0.503 0.52094 0.020 0.752 0.208 0.020
#> SRR191434 3 0.773 0.41789 0.068 0.264 0.576 0.092
#> SRR191435 3 0.531 0.67065 0.124 0.028 0.780 0.068
#> SRR191436 3 0.491 0.64291 0.048 0.168 0.776 0.008
#> SRR191437 4 0.559 0.56748 0.016 0.316 0.016 0.652
#> SRR191438 3 0.627 0.25707 0.012 0.376 0.572 0.040
#> SRR191439 2 0.697 0.29485 0.012 0.624 0.164 0.200
#> SRR191440 4 0.567 0.55801 0.016 0.312 0.020 0.652
#> SRR191441 4 0.576 0.55619 0.012 0.332 0.024 0.632
#> SRR191442 3 0.535 0.61243 0.012 0.176 0.752 0.060
#> SRR191443 3 0.620 0.63098 0.072 0.172 0.716 0.040
#> SRR191444 3 0.563 0.66825 0.056 0.120 0.768 0.056
#> SRR191445 3 0.875 -0.18817 0.048 0.288 0.420 0.244
#> SRR191446 4 0.892 -0.11986 0.060 0.316 0.228 0.396
#> SRR191447 2 0.622 0.49683 0.008 0.680 0.208 0.104
#> SRR191448 1 0.735 0.56804 0.508 0.056 0.388 0.048
#> SRR191449 3 0.472 0.68197 0.056 0.032 0.820 0.092
#> SRR191450 3 0.851 0.11987 0.324 0.064 0.464 0.148
#> SRR191451 3 0.612 0.59876 0.036 0.160 0.724 0.080
#> SRR191452 4 0.722 0.41454 0.028 0.444 0.068 0.460
#> SRR191453 2 0.942 -0.05289 0.168 0.408 0.152 0.272
#> SRR191454 3 0.546 0.67093 0.100 0.092 0.776 0.032
#> SRR191455 3 0.675 0.26126 0.020 0.372 0.552 0.056
#> SRR191456 2 0.805 0.33539 0.024 0.460 0.344 0.172
#> SRR191457 1 0.755 0.61498 0.532 0.056 0.344 0.068
#> SRR191458 3 0.746 0.21572 0.052 0.356 0.528 0.064
#> SRR191459 3 0.418 0.67382 0.020 0.124 0.832 0.024
#> SRR191460 3 0.470 0.67428 0.052 0.116 0.812 0.020
#> SRR191461 3 0.501 0.67243 0.044 0.116 0.800 0.040
#> SRR191462 3 0.787 0.32865 0.112 0.280 0.552 0.056
#> SRR191463 4 0.771 0.02882 0.008 0.404 0.168 0.420
#> SRR191464 2 0.742 0.16689 0.008 0.516 0.148 0.328
#> SRR191465 2 0.648 -0.29913 0.004 0.504 0.060 0.432
#> SRR191466 3 0.667 0.57841 0.048 0.204 0.676 0.072
#> SRR191467 2 0.686 0.49538 0.008 0.544 0.360 0.088
#> SRR191468 2 0.658 -0.29775 0.032 0.532 0.028 0.408
#> SRR191469 3 0.591 0.60458 0.068 0.196 0.716 0.020
#> SRR191470 2 0.792 0.49965 0.044 0.508 0.332 0.116
#> SRR191471 3 0.903 -0.38472 0.056 0.316 0.328 0.300
#> SRR191472 2 0.717 0.11214 0.044 0.620 0.088 0.248
#> SRR191473 2 0.800 0.36438 0.040 0.456 0.384 0.120
#> SRR191474 3 0.607 0.64352 0.080 0.040 0.732 0.148
#> SRR191475 2 0.552 0.41341 0.008 0.748 0.144 0.100
#> SRR191476 2 0.758 0.39466 0.000 0.456 0.336 0.208
#> SRR191477 3 0.734 -0.16562 0.016 0.432 0.452 0.100
#> SRR191478 2 0.619 0.52687 0.024 0.672 0.252 0.052
#> SRR191479 3 0.587 0.67401 0.108 0.084 0.756 0.052
#> SRR191480 4 0.844 0.16991 0.040 0.280 0.212 0.468
#> SRR191481 2 0.808 0.45314 0.040 0.480 0.344 0.136
#> SRR191482 3 0.719 0.10635 0.008 0.344 0.528 0.120
#> SRR191483 2 0.698 0.15350 0.028 0.464 0.456 0.052
#> SRR191484 3 0.952 -0.22120 0.300 0.120 0.352 0.228
#> SRR191485 2 0.691 0.30329 0.020 0.500 0.420 0.060
#> SRR191486 3 0.751 0.04975 0.040 0.392 0.492 0.076
#> SRR191487 4 0.898 -0.20963 0.056 0.256 0.340 0.348
#> SRR191488 1 0.820 0.39570 0.448 0.080 0.388 0.084
#> SRR191489 4 0.867 0.22617 0.088 0.152 0.268 0.492
#> SRR191490 4 0.559 0.57624 0.028 0.252 0.020 0.700
#> SRR191491 3 0.777 0.18421 0.060 0.360 0.504 0.076
#> SRR191492 3 0.554 0.67312 0.056 0.108 0.776 0.060
#> SRR191493 2 0.747 -0.37048 0.088 0.508 0.032 0.372
#> SRR191494 2 0.634 0.13991 0.008 0.668 0.108 0.216
#> SRR191495 3 0.665 0.60605 0.096 0.044 0.688 0.172
#> SRR191496 4 0.515 0.58540 0.040 0.208 0.008 0.744
#> SRR191497 3 0.446 0.68086 0.044 0.104 0.828 0.024
#> SRR191498 3 0.712 0.57729 0.060 0.136 0.664 0.140
#> SRR191499 3 0.587 0.64121 0.040 0.068 0.744 0.148
#> SRR191500 3 0.441 0.68969 0.052 0.068 0.840 0.040
#> SRR191501 4 0.745 0.52755 0.064 0.352 0.052 0.532
#> SRR191502 2 0.794 0.43447 0.028 0.476 0.352 0.144
#> SRR191503 4 0.656 0.55817 0.024 0.316 0.052 0.608
#> SRR191504 2 0.581 0.53760 0.020 0.668 0.284 0.028
#> SRR191505 2 0.668 0.43780 0.020 0.668 0.168 0.144
#> SRR191506 4 0.653 0.58478 0.024 0.324 0.048 0.604
#> SRR191507 4 0.755 0.52551 0.048 0.348 0.076 0.528
#> SRR191508 2 0.643 0.23095 0.016 0.504 0.444 0.036
#> SRR191509 2 0.580 0.51689 0.020 0.644 0.316 0.020
#> SRR191510 3 0.870 -0.00295 0.076 0.300 0.464 0.160
#> SRR191511 2 0.555 0.51031 0.012 0.732 0.196 0.060
#> SRR191512 2 0.629 -0.51662 0.016 0.480 0.028 0.476
#> SRR191513 2 0.580 -0.32546 0.028 0.616 0.008 0.348
#> SRR191514 2 0.475 0.30501 0.008 0.804 0.092 0.096
#> SRR191515 2 0.758 0.48760 0.024 0.556 0.276 0.144
#> SRR191516 3 0.513 0.68299 0.056 0.096 0.800 0.048
#> SRR191517 3 0.870 0.09697 0.072 0.260 0.480 0.188
#> SRR191518 2 0.636 0.45909 0.016 0.592 0.348 0.044
#> SRR191519 4 0.691 0.49045 0.012 0.340 0.088 0.560
#> SRR191520 3 0.763 0.44008 0.060 0.096 0.584 0.260
#> SRR191521 2 0.751 0.50764 0.020 0.532 0.320 0.128
#> SRR191522 2 0.654 0.52265 0.024 0.612 0.312 0.052
#> SRR191523 2 0.618 0.24945 0.016 0.704 0.108 0.172
#> SRR191524 3 0.839 0.25013 0.076 0.244 0.528 0.152
#> SRR191525 2 0.722 0.43480 0.020 0.612 0.200 0.168
#> SRR191526 2 0.522 -0.19571 0.016 0.684 0.008 0.292
#> SRR191527 1 0.882 0.11761 0.468 0.204 0.076 0.252
#> SRR191528 4 0.883 0.19522 0.340 0.200 0.060 0.400
#> SRR191529 2 0.806 -0.40015 0.040 0.424 0.124 0.412
#> SRR191530 2 0.493 0.51519 0.012 0.760 0.200 0.028
#> SRR191531 2 0.763 -0.38579 0.144 0.456 0.012 0.388
#> SRR191532 2 0.769 0.25250 0.020 0.552 0.208 0.220
#> SRR191533 4 0.930 0.17065 0.116 0.244 0.216 0.424
#> SRR191534 2 0.609 -0.02368 0.020 0.700 0.072 0.208
#> SRR191535 2 0.621 0.49651 0.024 0.700 0.196 0.080
#> SRR191536 3 0.892 -0.14737 0.128 0.356 0.408 0.108
#> SRR191537 4 0.813 0.43540 0.064 0.248 0.140 0.548
#> SRR191538 2 0.668 0.48846 0.016 0.652 0.216 0.116
#> SRR191539 4 0.652 0.43486 0.036 0.440 0.020 0.504
#> SRR191540 2 0.788 0.39188 0.028 0.460 0.380 0.132
#> SRR191541 2 0.728 0.49974 0.032 0.588 0.280 0.100
#> SRR191542 2 0.504 -0.15270 0.008 0.712 0.016 0.264
#> SRR191543 2 0.545 0.35499 0.012 0.760 0.124 0.104
#> SRR191544 2 0.661 0.44691 0.012 0.660 0.188 0.140
#> SRR191545 2 0.616 0.51325 0.008 0.620 0.320 0.052
#> SRR191546 3 0.661 0.04326 0.024 0.436 0.504 0.036
#> SRR191547 3 0.591 0.41269 0.024 0.340 0.620 0.016
#> SRR191548 1 0.468 0.71473 0.744 0.004 0.236 0.016
#> SRR191549 1 0.552 0.70556 0.748 0.016 0.168 0.068
#> SRR191550 1 0.538 0.68867 0.760 0.028 0.168 0.044
#> SRR191551 1 0.460 0.71079 0.756 0.008 0.224 0.012
#> SRR191552 1 0.451 0.71302 0.744 0.004 0.244 0.008
#> SRR191553 1 0.714 0.64882 0.628 0.028 0.208 0.136
#> SRR191554 1 0.657 0.67248 0.688 0.028 0.152 0.132
#> SRR191555 3 0.820 0.38866 0.228 0.044 0.524 0.204
#> SRR191556 3 0.281 0.69621 0.036 0.036 0.912 0.016
#> SRR191557 3 0.471 0.67519 0.104 0.016 0.812 0.068
#> SRR191558 3 0.758 -0.00757 0.040 0.408 0.472 0.080
#> SRR191559 3 0.182 0.69034 0.012 0.008 0.948 0.032
#> SRR191560 3 0.301 0.69512 0.032 0.020 0.904 0.044
#> SRR191561 1 0.606 0.68590 0.732 0.060 0.156 0.052
#> SRR191562 3 0.604 0.04120 0.392 0.032 0.568 0.008
#> SRR191563 3 0.567 0.59536 0.040 0.216 0.720 0.024
#> SRR191564 3 0.389 0.68719 0.044 0.064 0.864 0.028
#> SRR191565 3 0.360 0.69486 0.068 0.032 0.876 0.024
#> SRR191566 3 0.154 0.69060 0.032 0.004 0.956 0.008
#> SRR191567 3 0.794 0.06285 0.356 0.044 0.488 0.112
#> SRR191568 3 0.633 0.42815 0.268 0.040 0.656 0.036
#> SRR191569 3 0.535 0.62922 0.032 0.164 0.764 0.040
#> SRR191570 3 0.486 0.67736 0.064 0.104 0.808 0.024
#> SRR191571 3 0.229 0.69296 0.036 0.016 0.932 0.016
#> SRR191572 1 0.504 0.59090 0.792 0.024 0.056 0.128
#> SRR191573 3 0.454 0.66014 0.136 0.020 0.812 0.032
#> SRR191574 1 0.699 0.56001 0.532 0.064 0.380 0.024
#> SRR191575 3 0.814 -0.18632 0.384 0.092 0.456 0.068
#> SRR191576 3 0.557 0.65248 0.056 0.148 0.760 0.036
#> SRR191577 3 0.518 0.69271 0.108 0.068 0.792 0.032
#> SRR191578 3 0.836 -0.34510 0.016 0.344 0.356 0.284
#> SRR191579 1 0.579 0.71147 0.732 0.024 0.180 0.064
#> SRR191580 1 0.686 0.62992 0.692 0.076 0.116 0.116
#> SRR191581 1 0.859 0.40725 0.520 0.096 0.152 0.232
#> SRR191582 1 0.799 0.59650 0.556 0.064 0.260 0.120
#> SRR191583 4 0.714 0.57970 0.096 0.280 0.028 0.596
#> SRR191584 1 0.788 -0.07537 0.448 0.140 0.024 0.388
#> SRR191585 3 0.365 0.69197 0.056 0.028 0.876 0.040
#> SRR191586 3 0.594 0.64524 0.108 0.024 0.736 0.132
#> SRR191587 3 0.230 0.69493 0.024 0.044 0.928 0.004
#> SRR191588 3 0.201 0.69222 0.036 0.004 0.940 0.020
#> SRR191589 3 0.111 0.68741 0.016 0.008 0.972 0.004
#> SRR191590 3 0.617 0.35986 0.292 0.048 0.644 0.016
#> SRR191591 3 0.268 0.69980 0.048 0.036 0.912 0.004
#> SRR191592 3 0.172 0.69284 0.032 0.020 0.948 0.000
#> SRR191593 3 0.400 0.68849 0.092 0.020 0.852 0.036
#> SRR191594 1 0.701 0.64236 0.608 0.040 0.284 0.068
#> SRR191595 3 0.247 0.69615 0.044 0.016 0.924 0.016
#> SRR191596 3 0.157 0.68867 0.028 0.004 0.956 0.012
#> SRR191597 3 0.350 0.69344 0.012 0.076 0.876 0.036
#> SRR191598 3 0.149 0.68715 0.024 0.008 0.960 0.008
#> SRR191599 3 0.296 0.69424 0.040 0.012 0.904 0.044
#> SRR191600 3 0.588 0.56489 0.036 0.240 0.696 0.028
#> SRR191601 3 0.524 0.63939 0.024 0.144 0.776 0.056
#> SRR191602 3 0.297 0.68332 0.020 0.096 0.884 0.000
#> SRR191603 3 0.278 0.68977 0.016 0.072 0.904 0.008
#> SRR191604 2 0.762 0.33478 0.012 0.460 0.384 0.144
#> SRR191605 3 0.325 0.68711 0.024 0.072 0.888 0.016
#> SRR191606 3 0.459 0.69912 0.060 0.060 0.832 0.048
#> SRR191607 3 0.631 0.62230 0.108 0.032 0.712 0.148
#> SRR191608 3 0.623 0.56353 0.024 0.192 0.700 0.084
#> SRR191609 3 0.651 0.56903 0.056 0.056 0.688 0.200
#> SRR191610 3 0.517 0.66574 0.108 0.016 0.784 0.092
#> SRR191611 3 0.518 0.67316 0.108 0.032 0.792 0.068
#> SRR191612 3 0.277 0.69365 0.032 0.044 0.912 0.012
#> SRR191613 3 0.593 0.59727 0.200 0.028 0.716 0.056
#> SRR191614 3 0.126 0.68864 0.016 0.008 0.968 0.008
#> SRR191615 3 0.206 0.68977 0.048 0.008 0.936 0.008
#> SRR191616 4 0.580 0.60288 0.064 0.172 0.028 0.736
#> SRR191617 2 0.776 0.37596 0.008 0.488 0.296 0.208
#> SRR191618 3 0.808 0.15070 0.032 0.160 0.484 0.324
#> SRR191619 3 0.625 0.20242 0.032 0.388 0.564 0.016
#> SRR191620 2 0.744 0.30594 0.012 0.456 0.412 0.120
#> SRR191621 2 0.654 0.15663 0.036 0.484 0.460 0.020
#> SRR191622 3 0.637 0.10578 0.012 0.416 0.532 0.040
#> SRR191623 3 0.238 0.69491 0.040 0.016 0.928 0.016
#> SRR191624 3 0.650 0.58803 0.192 0.052 0.692 0.064
#> SRR191625 3 0.582 0.42473 0.032 0.308 0.648 0.012
#> SRR191626 3 0.677 0.54676 0.052 0.224 0.660 0.064
#> SRR191627 3 0.802 0.28373 0.060 0.280 0.540 0.120
#> SRR191628 3 0.155 0.69071 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR191629 3 0.267 0.69057 0.020 0.068 0.908 0.004
#> SRR191630 1 0.726 0.60184 0.556 0.044 0.336 0.064
#> SRR191631 3 0.875 0.16880 0.072 0.244 0.476 0.208
#> SRR191632 3 0.316 0.66116 0.120 0.008 0.868 0.004
#> SRR191633 3 0.789 0.29572 0.044 0.300 0.532 0.124
#> SRR191634 4 0.539 0.59065 0.056 0.140 0.032 0.772
#> SRR191635 3 0.176 0.69269 0.012 0.020 0.952 0.016
#> SRR191636 4 0.866 0.42984 0.096 0.260 0.144 0.500
#> SRR191637 4 0.567 0.57452 0.016 0.312 0.020 0.652
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.516 0.1233 0.432 0.004 0.532 NA 0.000
#> SRR191394 1 0.384 0.6856 0.812 0.040 0.140 NA 0.004
#> SRR191396 3 0.729 0.4777 0.128 0.116 0.612 NA 0.108
#> SRR191397 3 0.534 0.0741 0.432 0.008 0.524 NA 0.000
#> SRR191398 1 0.316 0.6938 0.808 0.000 0.188 NA 0.004
#> SRR191399 3 0.520 0.5475 0.204 0.000 0.680 NA 0.000
#> SRR191400 1 0.446 0.5391 0.656 0.000 0.328 NA 0.004
#> SRR191401 3 0.513 0.2393 0.380 0.004 0.580 NA 0.000
#> SRR191402 3 0.318 0.6450 0.092 0.016 0.864 NA 0.000
#> SRR191403 1 0.507 0.3466 0.572 0.000 0.388 NA 0.000
#> SRR191404 2 0.832 0.2994 0.028 0.388 0.224 NA 0.296
#> SRR191405 3 0.689 0.0392 0.060 0.360 0.512 NA 0.032
#> SRR191406 3 0.453 0.6379 0.016 0.092 0.792 NA 0.008
#> SRR191407 3 0.656 0.4614 0.244 0.072 0.596 NA 0.000
#> SRR191408 3 0.809 0.4688 0.152 0.212 0.492 NA 0.020
#> SRR191409 3 0.461 0.6493 0.052 0.084 0.796 NA 0.004
#> SRR191410 3 0.238 0.6583 0.004 0.036 0.908 NA 0.000
#> SRR191411 3 0.434 0.6257 0.008 0.120 0.784 NA 0.000
#> SRR191412 3 0.516 0.3616 0.332 0.008 0.620 NA 0.000
#> SRR191413 3 0.478 0.5914 0.168 0.008 0.740 NA 0.000
#> SRR191414 3 0.697 -0.0292 0.332 0.008 0.436 NA 0.004
#> SRR191415 3 0.407 0.6220 0.004 0.108 0.800 NA 0.000
#> SRR191416 3 0.372 0.6490 0.032 0.004 0.816 NA 0.004
#> SRR191418 3 0.427 0.6391 0.108 0.016 0.812 NA 0.016
#> SRR191419 1 0.589 0.6502 0.664 0.036 0.224 NA 0.008
#> SRR191420 3 0.468 0.5394 0.212 0.004 0.724 NA 0.000
#> SRR191421 3 0.514 0.5427 0.168 0.008 0.720 NA 0.004
#> SRR191422 2 0.805 0.4495 0.020 0.436 0.240 NA 0.244
#> SRR191423 2 0.571 0.4149 0.000 0.660 0.092 NA 0.224
#> SRR191424 5 0.447 0.6525 0.008 0.096 0.036 NA 0.804
#> SRR191425 3 0.607 0.5022 0.136 0.024 0.632 NA 0.000
#> SRR191426 3 0.475 0.6045 0.012 0.168 0.756 NA 0.008
#> SRR191427 3 0.836 0.2607 0.080 0.200 0.488 NA 0.172
#> SRR191428 3 0.555 0.6164 0.068 0.076 0.716 NA 0.000
#> SRR191429 2 0.685 0.5131 0.000 0.596 0.160 NA 0.160
#> SRR191430 2 0.642 0.5421 0.000 0.604 0.200 NA 0.164
#> SRR191431 5 0.752 0.5459 0.220 0.160 0.056 NA 0.540
#> SRR191432 2 0.545 0.4933 0.000 0.720 0.108 NA 0.128
#> SRR191433 2 0.436 0.5503 0.000 0.788 0.136 NA 0.052
#> SRR191434 3 0.734 0.1381 0.028 0.328 0.504 NA 0.084
#> SRR191435 3 0.496 0.6019 0.216 0.016 0.724 NA 0.020
#> SRR191436 3 0.543 0.5781 0.008 0.200 0.692 NA 0.008
#> SRR191437 5 0.481 0.6521 0.008 0.156 0.036 NA 0.764
#> SRR191438 3 0.640 0.0723 0.056 0.404 0.500 NA 0.016
#> SRR191439 2 0.728 0.2483 0.064 0.576 0.092 NA 0.232
#> SRR191440 5 0.592 0.6436 0.028 0.164 0.032 NA 0.700
#> SRR191441 5 0.459 0.6462 0.008 0.176 0.032 NA 0.764
#> SRR191442 3 0.628 0.5579 0.064 0.188 0.668 NA 0.024
#> SRR191443 3 0.720 0.5569 0.076 0.184 0.580 NA 0.012
#> SRR191444 3 0.629 0.5862 0.024 0.160 0.668 NA 0.032
#> SRR191445 5 0.916 -0.2483 0.136 0.228 0.292 NA 0.296
#> SRR191446 2 0.873 0.0913 0.028 0.344 0.116 NA 0.304
#> SRR191447 2 0.624 0.4723 0.000 0.620 0.148 NA 0.204
#> SRR191448 1 0.569 0.5494 0.620 0.028 0.312 NA 0.020
#> SRR191449 3 0.490 0.6267 0.024 0.036 0.712 NA 0.000
#> SRR191450 3 0.772 0.1084 0.352 0.052 0.456 NA 0.096
#> SRR191451 3 0.616 0.5866 0.040 0.184 0.680 NA 0.036
#> SRR191452 5 0.703 0.5761 0.048 0.280 0.076 NA 0.564
#> SRR191453 2 0.922 -0.2146 0.148 0.352 0.100 NA 0.288
#> SRR191454 3 0.462 0.6333 0.188 0.048 0.748 NA 0.000
#> SRR191455 2 0.630 0.1093 0.000 0.468 0.428 NA 0.028
#> SRR191456 2 0.865 0.2839 0.084 0.396 0.308 NA 0.152
#> SRR191457 1 0.509 0.5536 0.624 0.016 0.340 NA 0.012
#> SRR191458 3 0.739 0.0684 0.012 0.324 0.484 NA 0.124
#> SRR191459 3 0.465 0.5044 0.016 0.224 0.732 NA 0.012
#> SRR191460 3 0.522 0.6009 0.044 0.140 0.736 NA 0.000
#> SRR191461 3 0.558 0.5896 0.000 0.168 0.668 NA 0.008
#> SRR191462 3 0.793 0.1231 0.120 0.304 0.472 NA 0.060
#> SRR191463 2 0.735 0.1649 0.008 0.444 0.144 NA 0.360
#> SRR191464 2 0.716 0.0185 0.024 0.500 0.100 NA 0.340
#> SRR191465 5 0.645 0.3574 0.000 0.392 0.056 NA 0.496
#> SRR191466 3 0.696 0.4475 0.084 0.260 0.580 NA 0.028
#> SRR191467 2 0.653 0.5718 0.000 0.568 0.260 NA 0.144
#> SRR191468 5 0.616 0.4884 0.000 0.356 0.032 NA 0.544
#> SRR191469 3 0.608 0.5955 0.068 0.164 0.668 NA 0.000
#> SRR191470 2 0.670 0.5765 0.008 0.608 0.224 NA 0.068
#> SRR191471 2 0.857 0.2834 0.060 0.348 0.244 NA 0.304
#> SRR191472 2 0.633 -0.1053 0.000 0.548 0.048 NA 0.340
#> SRR191473 2 0.716 0.5409 0.000 0.540 0.244 NA 0.132
#> SRR191474 3 0.636 0.5215 0.036 0.064 0.564 NA 0.008
#> SRR191475 2 0.559 0.3428 0.004 0.700 0.064 NA 0.188
#> SRR191476 2 0.750 0.5347 0.004 0.484 0.276 NA 0.172
#> SRR191477 2 0.708 0.3899 0.056 0.508 0.352 NA 0.040
#> SRR191478 2 0.510 0.5705 0.004 0.744 0.156 NA 0.060
#> SRR191479 3 0.727 0.5198 0.180 0.072 0.560 NA 0.008
#> SRR191480 5 0.823 0.2565 0.016 0.240 0.100 NA 0.440
#> SRR191481 2 0.734 0.5347 0.000 0.500 0.252 NA 0.184
#> SRR191482 2 0.729 0.3268 0.036 0.456 0.392 NA 0.068
#> SRR191483 2 0.635 0.4503 0.008 0.556 0.332 NA 0.024
#> SRR191484 1 0.927 0.3589 0.364 0.068 0.224 NA 0.176
#> SRR191485 2 0.709 0.5277 0.056 0.548 0.300 NA 0.036
#> SRR191486 3 0.765 0.0957 0.068 0.348 0.464 NA 0.088
#> SRR191487 2 0.939 0.3117 0.060 0.296 0.208 NA 0.176
#> SRR191488 1 0.729 0.4732 0.532 0.068 0.300 NA 0.068
#> SRR191489 5 0.820 0.2171 0.056 0.160 0.232 NA 0.488
#> SRR191490 5 0.584 0.6467 0.056 0.104 0.024 NA 0.724
#> SRR191491 3 0.869 0.1541 0.080 0.284 0.424 NA 0.096
#> SRR191492 3 0.635 0.6286 0.040 0.092 0.672 NA 0.032
#> SRR191493 5 0.719 0.5492 0.044 0.320 0.024 NA 0.516
#> SRR191494 2 0.703 -0.0526 0.004 0.516 0.084 NA 0.320
#> SRR191495 3 0.629 0.4123 0.040 0.032 0.520 NA 0.016
#> SRR191496 5 0.452 0.6452 0.044 0.088 0.004 NA 0.800
#> SRR191497 3 0.543 0.6129 0.012 0.152 0.692 NA 0.000
#> SRR191498 3 0.718 0.5651 0.096 0.128 0.632 NA 0.060
#> SRR191499 3 0.529 0.6346 0.012 0.056 0.708 NA 0.016
#> SRR191500 3 0.503 0.6439 0.024 0.080 0.748 NA 0.004
#> SRR191501 5 0.763 0.6112 0.052 0.200 0.040 NA 0.548
#> SRR191502 2 0.662 0.5628 0.032 0.580 0.288 NA 0.080
#> SRR191503 5 0.709 0.6272 0.040 0.200 0.036 NA 0.596
#> SRR191504 2 0.569 0.5840 0.000 0.672 0.220 NA 0.056
#> SRR191505 2 0.643 0.3989 0.032 0.664 0.096 NA 0.168
#> SRR191506 5 0.578 0.6650 0.060 0.184 0.028 NA 0.700
#> SRR191507 5 0.734 0.5779 0.044 0.212 0.052 NA 0.580
#> SRR191508 2 0.705 0.5345 0.052 0.568 0.276 NA 0.040
#> SRR191509 2 0.550 0.5912 0.000 0.688 0.212 NA 0.056
#> SRR191510 3 0.861 -0.1381 0.176 0.256 0.396 NA 0.152
#> SRR191511 2 0.543 0.5286 0.000 0.720 0.124 NA 0.116
#> SRR191512 5 0.612 0.6207 0.024 0.296 0.020 NA 0.608
#> SRR191513 5 0.695 0.4489 0.000 0.348 0.012 NA 0.420
#> SRR191514 2 0.588 0.1839 0.000 0.652 0.048 NA 0.232
#> SRR191515 2 0.701 0.5484 0.036 0.612 0.196 NA 0.104
#> SRR191516 3 0.584 0.6053 0.012 0.128 0.636 NA 0.000
#> SRR191517 3 0.826 -0.2700 0.000 0.320 0.344 NA 0.148
#> SRR191518 2 0.561 0.5897 0.016 0.668 0.252 NA 0.028
#> SRR191519 5 0.607 0.5787 0.008 0.224 0.076 NA 0.652
#> SRR191520 3 0.808 0.2492 0.044 0.132 0.392 NA 0.056
#> SRR191521 2 0.662 0.5809 0.028 0.640 0.196 NA 0.088
#> SRR191522 2 0.537 0.5834 0.004 0.712 0.192 NA 0.044
#> SRR191523 2 0.657 0.1456 0.000 0.584 0.076 NA 0.264
#> SRR191524 3 0.835 0.2828 0.140 0.228 0.484 NA 0.092
#> SRR191525 2 0.654 0.4705 0.004 0.600 0.132 NA 0.228
#> SRR191526 5 0.592 0.4256 0.000 0.424 0.000 NA 0.472
#> SRR191527 1 0.780 0.1461 0.512 0.092 0.056 NA 0.276
#> SRR191528 1 0.796 -0.2924 0.384 0.116 0.016 NA 0.384
#> SRR191529 5 0.719 0.5108 0.012 0.292 0.092 NA 0.532
#> SRR191530 2 0.546 0.5307 0.000 0.724 0.132 NA 0.080
#> SRR191531 5 0.797 0.4975 0.100 0.324 0.016 NA 0.436
#> SRR191532 2 0.759 0.2026 0.008 0.524 0.152 NA 0.220
#> SRR191533 5 0.889 0.3194 0.164 0.220 0.156 NA 0.412
#> SRR191534 2 0.759 -0.1367 0.008 0.468 0.076 NA 0.316
#> SRR191535 2 0.593 0.4540 0.004 0.672 0.116 NA 0.176
#> SRR191536 3 0.903 -0.1552 0.212 0.256 0.360 NA 0.120
#> SRR191537 5 0.761 0.4255 0.072 0.292 0.072 NA 0.516
#> SRR191538 2 0.630 0.4792 0.000 0.640 0.136 NA 0.172
#> SRR191539 5 0.562 0.5944 0.000 0.232 0.036 NA 0.668
#> SRR191540 2 0.797 0.4690 0.004 0.452 0.264 NA 0.140
#> SRR191541 2 0.679 0.5243 0.060 0.636 0.176 NA 0.100
#> SRR191542 2 0.637 -0.3539 0.004 0.472 0.012 NA 0.412
#> SRR191543 2 0.584 0.3935 0.000 0.664 0.104 NA 0.200
#> SRR191544 2 0.652 0.4308 0.036 0.664 0.092 NA 0.160
#> SRR191545 2 0.546 0.5859 0.024 0.692 0.224 NA 0.048
#> SRR191546 2 0.656 0.3068 0.056 0.488 0.408 NA 0.024
#> SRR191547 3 0.673 0.2527 0.008 0.336 0.532 NA 0.048
#> SRR191548 1 0.352 0.6841 0.780 0.000 0.212 NA 0.004
#> SRR191549 1 0.352 0.6756 0.844 0.016 0.112 NA 0.024
#> SRR191550 1 0.409 0.6320 0.804 0.004 0.116 NA 0.004
#> SRR191551 1 0.297 0.6863 0.828 0.000 0.168 NA 0.004
#> SRR191552 1 0.316 0.6867 0.808 0.000 0.188 NA 0.004
#> SRR191553 1 0.645 0.6458 0.640 0.032 0.224 NA 0.052
#> SRR191554 1 0.407 0.6700 0.808 0.016 0.120 NA 0.056
#> SRR191555 3 0.735 0.3408 0.164 0.040 0.472 NA 0.008
#> SRR191556 3 0.250 0.6569 0.036 0.016 0.908 NA 0.000
#> SRR191557 3 0.503 0.5561 0.072 0.000 0.668 NA 0.000
#> SRR191558 2 0.757 0.3126 0.024 0.408 0.396 NA 0.132
#> SRR191559 3 0.203 0.6568 0.024 0.008 0.928 NA 0.000
#> SRR191560 3 0.221 0.6556 0.040 0.012 0.924 NA 0.004
#> SRR191561 1 0.371 0.6710 0.824 0.032 0.132 NA 0.008
#> SRR191562 3 0.514 0.0953 0.420 0.004 0.544 NA 0.000
#> SRR191563 3 0.606 0.4307 0.020 0.260 0.624 NA 0.008
#> SRR191564 3 0.429 0.6475 0.008 0.092 0.788 NA 0.000
#> SRR191565 3 0.402 0.6595 0.052 0.052 0.828 NA 0.000
#> SRR191566 3 0.200 0.6546 0.032 0.004 0.928 NA 0.000
#> SRR191567 3 0.703 0.1450 0.360 0.056 0.488 NA 0.008
#> SRR191568 3 0.568 0.3971 0.272 0.024 0.636 NA 0.000
#> SRR191569 3 0.542 0.5946 0.076 0.156 0.728 NA 0.016
#> SRR191570 3 0.492 0.6277 0.040 0.112 0.780 NA 0.020
#> SRR191571 3 0.290 0.6601 0.044 0.020 0.888 NA 0.000
#> SRR191572 1 0.413 0.6288 0.820 0.016 0.072 NA 0.084
#> SRR191573 3 0.486 0.6046 0.156 0.028 0.760 NA 0.008
#> SRR191574 1 0.532 0.5679 0.644 0.012 0.296 NA 0.004
#> SRR191575 1 0.652 0.1064 0.468 0.020 0.432 NA 0.028
#> SRR191576 3 0.469 0.6158 0.016 0.148 0.772 NA 0.012
#> SRR191577 3 0.535 0.6464 0.108 0.080 0.752 NA 0.016
#> SRR191578 2 0.782 0.4602 0.020 0.456 0.276 NA 0.200
#> SRR191579 1 0.329 0.6733 0.852 0.012 0.108 NA 0.028
#> SRR191580 1 0.462 0.6712 0.792 0.028 0.120 NA 0.044
#> SRR191581 1 0.695 0.4552 0.604 0.044 0.116 NA 0.208
#> SRR191582 1 0.696 0.5135 0.572 0.072 0.276 NA 0.048
#> SRR191583 5 0.689 0.6193 0.132 0.152 0.036 NA 0.632
#> SRR191584 1 0.677 -0.1859 0.436 0.072 0.004 NA 0.436
#> SRR191585 3 0.507 0.6241 0.036 0.044 0.720 NA 0.000
#> SRR191586 3 0.592 0.4925 0.060 0.028 0.576 NA 0.000
#> SRR191587 3 0.307 0.6576 0.028 0.056 0.880 NA 0.000
#> SRR191588 3 0.265 0.6571 0.064 0.000 0.888 NA 0.000
#> SRR191589 3 0.261 0.6560 0.052 0.004 0.896 NA 0.000
#> SRR191590 3 0.554 0.3676 0.296 0.020 0.628 NA 0.000
#> SRR191591 3 0.293 0.6669 0.028 0.044 0.888 NA 0.000
#> SRR191592 3 0.223 0.6555 0.044 0.020 0.920 NA 0.000
#> SRR191593 3 0.545 0.5462 0.120 0.008 0.676 NA 0.000
#> SRR191594 1 0.623 0.5777 0.600 0.008 0.208 NA 0.004
#> SRR191595 3 0.321 0.6681 0.048 0.036 0.880 NA 0.008
#> SRR191596 3 0.245 0.6474 0.084 0.004 0.896 NA 0.000
#> SRR191597 3 0.416 0.6285 0.000 0.124 0.784 NA 0.000
#> SRR191598 3 0.252 0.6598 0.012 0.028 0.904 NA 0.000
#> SRR191599 3 0.362 0.6452 0.048 0.008 0.832 NA 0.000
#> SRR191600 3 0.615 0.3727 0.032 0.304 0.600 NA 0.016
#> SRR191601 3 0.513 0.5682 0.000 0.216 0.704 NA 0.020
#> SRR191602 3 0.432 0.6230 0.004 0.136 0.788 NA 0.008
#> SRR191603 3 0.368 0.6361 0.008 0.112 0.836 NA 0.008
#> SRR191604 2 0.727 0.5165 0.012 0.532 0.280 NA 0.104
#> SRR191605 3 0.428 0.6253 0.004 0.116 0.796 NA 0.008
#> SRR191606 3 0.392 0.6572 0.040 0.060 0.844 NA 0.012
#> SRR191607 3 0.578 0.4206 0.060 0.004 0.536 NA 0.008
#> SRR191608 3 0.690 0.2923 0.012 0.272 0.568 NA 0.060
#> SRR191609 3 0.689 0.4048 0.016 0.076 0.516 NA 0.044
#> SRR191610 3 0.526 0.5472 0.076 0.004 0.656 NA 0.000
#> SRR191611 3 0.545 0.5567 0.064 0.016 0.648 NA 0.000
#> SRR191612 3 0.314 0.6651 0.024 0.048 0.876 NA 0.000
#> SRR191613 3 0.607 0.5138 0.244 0.020 0.640 NA 0.016
#> SRR191614 3 0.192 0.6587 0.012 0.012 0.932 NA 0.000
#> SRR191615 3 0.228 0.6554 0.040 0.008 0.916 NA 0.000
#> SRR191616 5 0.558 0.6420 0.092 0.068 0.032 NA 0.748
#> SRR191617 2 0.823 0.4742 0.056 0.468 0.240 NA 0.184
#> SRR191618 3 0.864 0.1010 0.036 0.220 0.432 NA 0.180
#> SRR191619 2 0.535 0.3587 0.000 0.556 0.400 NA 0.020
#> SRR191620 2 0.649 0.5557 0.004 0.564 0.272 NA 0.144
#> SRR191621 2 0.671 0.4150 0.008 0.512 0.364 NA 0.056
#> SRR191622 2 0.604 0.1367 0.052 0.476 0.448 NA 0.016
#> SRR191623 3 0.396 0.6539 0.032 0.036 0.820 NA 0.000
#> SRR191624 3 0.656 0.3743 0.180 0.012 0.556 NA 0.004
#> SRR191625 3 0.512 0.0731 0.004 0.388 0.580 NA 0.012
#> SRR191626 3 0.707 0.1783 0.004 0.336 0.476 NA 0.032
#> SRR191627 3 0.687 -0.0296 0.000 0.372 0.476 NA 0.052
#> SRR191628 3 0.239 0.6607 0.012 0.032 0.912 NA 0.000
#> SRR191629 3 0.348 0.6418 0.012 0.088 0.848 NA 0.000
#> SRR191630 1 0.700 0.4977 0.508 0.012 0.264 NA 0.012
#> SRR191631 3 0.822 -0.2263 0.012 0.324 0.360 NA 0.080
#> SRR191632 3 0.360 0.6115 0.160 0.008 0.812 NA 0.000
#> SRR191633 3 0.699 0.2622 0.004 0.340 0.492 NA 0.040
#> SRR191634 5 0.427 0.6264 0.076 0.040 0.008 NA 0.820
#> SRR191635 3 0.271 0.6645 0.016 0.020 0.892 NA 0.000
#> SRR191636 5 0.834 0.4612 0.208 0.148 0.112 NA 0.488
#> SRR191637 5 0.531 0.6351 0.016 0.164 0.004 NA 0.716
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.531 0.09415 0.392 0.000 0.528 0.060 0.000 NA
#> SRR191394 1 0.370 0.67470 0.832 0.024 0.092 0.024 0.004 NA
#> SRR191396 3 0.673 0.35738 0.116 0.124 0.616 0.008 0.088 NA
#> SRR191397 3 0.518 0.03829 0.424 0.000 0.512 0.048 0.004 NA
#> SRR191398 1 0.291 0.67799 0.828 0.000 0.156 0.012 0.000 NA
#> SRR191399 3 0.550 0.10783 0.196 0.004 0.604 0.192 0.004 NA
#> SRR191400 1 0.517 0.52228 0.616 0.020 0.312 0.016 0.000 NA
#> SRR191401 3 0.506 0.19319 0.360 0.000 0.572 0.052 0.000 NA
#> SRR191402 3 0.402 0.44555 0.128 0.024 0.796 0.036 0.000 NA
#> SRR191403 1 0.545 0.29925 0.536 0.000 0.364 0.088 0.004 NA
#> SRR191404 2 0.759 0.33499 0.008 0.380 0.220 0.040 0.312 NA
#> SRR191405 3 0.680 0.02484 0.044 0.364 0.476 0.056 0.012 NA
#> SRR191406 3 0.446 0.43443 0.000 0.088 0.776 0.076 0.008 NA
#> SRR191407 3 0.564 0.31141 0.208 0.056 0.664 0.040 0.004 NA
#> SRR191408 3 0.732 0.26009 0.080 0.216 0.544 0.092 0.024 NA
#> SRR191409 3 0.401 0.47767 0.036 0.064 0.828 0.032 0.024 NA
#> SRR191410 3 0.351 0.44206 0.004 0.056 0.836 0.076 0.000 NA
#> SRR191411 3 0.335 0.46115 0.004 0.092 0.840 0.048 0.000 NA
#> SRR191412 3 0.470 0.24887 0.304 0.000 0.640 0.040 0.000 NA
#> SRR191413 3 0.493 0.30153 0.128 0.000 0.712 0.132 0.004 NA
#> SRR191414 3 0.690 -0.34944 0.192 0.000 0.376 0.376 0.008 NA
#> SRR191415 3 0.403 0.43577 0.004 0.092 0.800 0.068 0.000 NA
#> SRR191416 3 0.525 0.13256 0.016 0.052 0.652 0.260 0.008 NA
#> SRR191418 3 0.436 0.41170 0.104 0.000 0.784 0.064 0.028 NA
#> SRR191419 1 0.593 0.57696 0.632 0.028 0.236 0.060 0.012 NA
#> SRR191420 3 0.474 0.33266 0.116 0.004 0.732 0.124 0.000 NA
#> SRR191421 3 0.503 0.29845 0.128 0.004 0.708 0.136 0.004 NA
#> SRR191422 2 0.680 0.45236 0.000 0.460 0.264 0.012 0.228 NA
#> SRR191423 2 0.556 0.42705 0.000 0.648 0.092 0.008 0.212 NA
#> SRR191424 5 0.422 0.60368 0.000 0.080 0.028 0.028 0.800 NA
#> SRR191425 3 0.621 -0.36106 0.064 0.028 0.500 0.376 0.004 NA
#> SRR191426 3 0.535 0.38246 0.004 0.196 0.672 0.076 0.000 NA
#> SRR191427 3 0.840 0.10219 0.068 0.116 0.460 0.044 0.176 NA
#> SRR191428 3 0.591 0.07223 0.040 0.084 0.612 0.248 0.004 NA
#> SRR191429 2 0.691 0.51559 0.000 0.548 0.144 0.040 0.204 NA
#> SRR191430 2 0.650 0.53505 0.004 0.596 0.180 0.020 0.136 NA
#> SRR191431 5 0.721 0.51644 0.188 0.144 0.036 0.000 0.524 NA
#> SRR191432 2 0.496 0.48226 0.000 0.720 0.080 0.004 0.148 NA
#> SRR191433 2 0.490 0.52092 0.000 0.752 0.108 0.028 0.056 NA
#> SRR191434 3 0.647 0.18288 0.016 0.328 0.528 0.028 0.072 NA
#> SRR191435 3 0.523 0.37369 0.200 0.016 0.700 0.036 0.024 NA
#> SRR191436 3 0.531 0.35132 0.000 0.240 0.648 0.076 0.004 NA
#> SRR191437 5 0.379 0.60580 0.000 0.076 0.040 0.004 0.820 NA
#> SRR191438 3 0.684 0.04976 0.048 0.384 0.448 0.052 0.004 NA
#> SRR191439 2 0.649 0.21523 0.040 0.596 0.072 0.016 0.236 NA
#> SRR191440 5 0.506 0.59808 0.000 0.088 0.016 0.000 0.648 NA
#> SRR191441 5 0.350 0.59686 0.004 0.108 0.024 0.004 0.832 NA
#> SRR191442 3 0.661 0.26268 0.060 0.216 0.584 0.080 0.000 NA
#> SRR191443 3 0.648 0.26541 0.032 0.216 0.580 0.136 0.004 NA
#> SRR191444 3 0.618 0.39382 0.020 0.152 0.664 0.076 0.048 NA
#> SRR191445 3 0.829 -0.28082 0.100 0.268 0.344 0.004 0.216 NA
#> SRR191446 2 0.910 0.11137 0.032 0.316 0.088 0.172 0.196 NA
#> SRR191447 2 0.631 0.46798 0.000 0.584 0.136 0.008 0.204 NA
#> SRR191448 1 0.629 0.47100 0.544 0.020 0.324 0.056 0.012 NA
#> SRR191449 3 0.592 -0.26119 0.028 0.036 0.560 0.332 0.004 NA
#> SRR191450 3 0.721 0.04497 0.304 0.024 0.484 0.020 0.104 NA
#> SRR191451 3 0.642 0.36197 0.024 0.172 0.636 0.048 0.032 NA
#> SRR191452 5 0.678 0.51494 0.048 0.272 0.052 0.000 0.532 NA
#> SRR191453 2 0.856 -0.18956 0.104 0.352 0.112 0.012 0.280 NA
#> SRR191454 3 0.541 0.39944 0.160 0.056 0.700 0.036 0.000 NA
#> SRR191455 2 0.628 0.17869 0.004 0.500 0.368 0.060 0.016 NA
#> SRR191456 2 0.860 0.26822 0.060 0.380 0.256 0.036 0.116 NA
#> SRR191457 1 0.557 0.39917 0.528 0.016 0.396 0.020 0.008 NA
#> SRR191458 3 0.743 -0.05694 0.008 0.308 0.432 0.016 0.136 NA
#> SRR191459 3 0.566 0.33739 0.048 0.240 0.644 0.044 0.008 NA
#> SRR191460 3 0.449 0.44644 0.020 0.116 0.776 0.060 0.004 NA
#> SRR191461 3 0.623 0.23279 0.008 0.200 0.580 0.180 0.012 NA
#> SRR191462 3 0.787 -0.02792 0.124 0.316 0.416 0.032 0.080 NA
#> SRR191463 5 0.683 -0.13012 0.000 0.396 0.136 0.016 0.400 NA
#> SRR191464 2 0.719 0.04835 0.004 0.452 0.092 0.048 0.340 NA
#> SRR191465 5 0.641 0.40636 0.004 0.276 0.068 0.024 0.564 NA
#> SRR191466 3 0.697 0.26262 0.056 0.224 0.564 0.060 0.012 NA
#> SRR191467 2 0.645 0.55849 0.004 0.584 0.208 0.024 0.140 NA
#> SRR191468 5 0.581 0.45976 0.000 0.304 0.028 0.008 0.568 NA
#> SRR191469 3 0.647 0.26399 0.060 0.160 0.612 0.124 0.000 NA
#> SRR191470 2 0.616 0.57050 0.020 0.648 0.184 0.028 0.076 NA
#> SRR191471 2 0.856 0.29397 0.064 0.324 0.268 0.020 0.228 NA
#> SRR191472 2 0.558 -0.01285 0.000 0.540 0.044 0.000 0.360 NA
#> SRR191473 2 0.693 0.52730 0.000 0.532 0.244 0.040 0.116 NA
#> SRR191474 4 0.622 0.64529 0.012 0.060 0.416 0.452 0.000 NA
#> SRR191475 2 0.600 0.24566 0.004 0.624 0.052 0.020 0.228 NA
#> SRR191476 2 0.762 0.49472 0.012 0.456 0.236 0.028 0.192 NA
#> SRR191477 2 0.726 0.43411 0.048 0.500 0.300 0.036 0.044 NA
#> SRR191478 2 0.575 0.53994 0.004 0.684 0.140 0.036 0.096 NA
#> SRR191479 3 0.703 -0.10840 0.092 0.052 0.532 0.260 0.008 NA
#> SRR191480 5 0.864 0.09984 0.004 0.232 0.076 0.192 0.312 NA
#> SRR191481 2 0.758 0.52042 0.000 0.468 0.224 0.060 0.172 NA
#> SRR191482 3 0.755 -0.12602 0.020 0.380 0.396 0.096 0.060 NA
#> SRR191483 2 0.557 0.42719 0.000 0.580 0.328 0.040 0.020 NA
#> SRR191484 1 0.895 0.13492 0.304 0.028 0.244 0.200 0.152 NA
#> SRR191485 2 0.638 0.56895 0.044 0.620 0.216 0.032 0.028 NA
#> SRR191486 3 0.778 0.04955 0.052 0.364 0.400 0.048 0.048 NA
#> SRR191487 2 0.944 0.24166 0.052 0.300 0.168 0.176 0.136 NA
#> SRR191488 1 0.700 0.44161 0.528 0.044 0.284 0.024 0.044 NA
#> SRR191489 5 0.848 0.11386 0.032 0.116 0.268 0.048 0.376 NA
#> SRR191490 5 0.545 0.59699 0.028 0.064 0.012 0.004 0.648 NA
#> SRR191491 3 0.797 0.00968 0.040 0.300 0.424 0.112 0.032 NA
#> SRR191492 3 0.639 0.20535 0.052 0.092 0.640 0.164 0.028 NA
#> SRR191493 5 0.692 0.50217 0.020 0.236 0.028 0.004 0.468 NA
#> SRR191494 5 0.734 0.18721 0.004 0.372 0.092 0.016 0.380 NA
#> SRR191495 4 0.603 0.71767 0.012 0.040 0.340 0.544 0.008 NA
#> SRR191496 5 0.461 0.60390 0.036 0.048 0.000 0.012 0.748 NA
#> SRR191497 3 0.598 0.17619 0.004 0.192 0.580 0.204 0.008 NA
#> SRR191498 3 0.754 0.26004 0.084 0.104 0.572 0.068 0.048 NA
#> SRR191499 3 0.616 0.17452 0.024 0.044 0.640 0.208 0.032 NA
#> SRR191500 3 0.586 0.32136 0.032 0.096 0.660 0.180 0.012 NA
#> SRR191501 5 0.727 0.55186 0.016 0.172 0.032 0.032 0.464 NA
#> SRR191502 2 0.710 0.49231 0.020 0.508 0.296 0.032 0.068 NA
#> SRR191503 5 0.662 0.56269 0.008 0.236 0.004 0.048 0.532 NA
#> SRR191504 2 0.660 0.54734 0.012 0.628 0.148 0.052 0.064 NA
#> SRR191505 2 0.630 0.37291 0.020 0.652 0.060 0.028 0.148 NA
#> SRR191506 5 0.571 0.62306 0.056 0.132 0.016 0.024 0.700 NA
#> SRR191507 5 0.850 0.50127 0.056 0.204 0.056 0.092 0.432 NA
#> SRR191508 2 0.665 0.51044 0.052 0.584 0.240 0.048 0.016 NA
#> SRR191509 2 0.567 0.58073 0.000 0.660 0.192 0.016 0.064 NA
#> SRR191510 3 0.823 -0.16457 0.132 0.300 0.364 0.012 0.144 NA
#> SRR191511 2 0.528 0.51215 0.008 0.712 0.104 0.004 0.120 NA
#> SRR191512 5 0.594 0.58072 0.008 0.204 0.028 0.044 0.648 NA
#> SRR191513 5 0.736 0.41809 0.008 0.312 0.000 0.096 0.380 NA
#> SRR191514 2 0.615 0.21708 0.000 0.616 0.048 0.028 0.208 NA
#> SRR191515 2 0.722 0.51436 0.036 0.576 0.156 0.028 0.100 NA
#> SRR191516 3 0.651 -0.07448 0.012 0.168 0.516 0.276 0.008 NA
#> SRR191517 2 0.822 0.14811 0.000 0.344 0.248 0.236 0.100 NA
#> SRR191518 2 0.616 0.56836 0.004 0.612 0.236 0.040 0.040 NA
#> SRR191519 5 0.617 0.49033 0.008 0.224 0.044 0.052 0.624 NA
#> SRR191520 4 0.778 0.56359 0.012 0.148 0.272 0.440 0.040 NA
#> SRR191521 2 0.687 0.55779 0.016 0.600 0.164 0.040 0.080 NA
#> SRR191522 2 0.554 0.55956 0.020 0.704 0.148 0.032 0.020 NA
#> SRR191523 2 0.642 0.17474 0.004 0.548 0.064 0.004 0.264 NA
#> SRR191524 3 0.867 0.00601 0.140 0.192 0.424 0.052 0.072 NA
#> SRR191525 2 0.674 0.42220 0.004 0.536 0.144 0.024 0.248 NA
#> SRR191526 5 0.636 0.46176 0.004 0.316 0.000 0.032 0.488 NA
#> SRR191527 1 0.798 0.09158 0.448 0.092 0.048 0.016 0.220 NA
#> SRR191528 5 0.771 0.24357 0.316 0.056 0.036 0.004 0.336 NA
#> SRR191529 5 0.746 0.43569 0.012 0.260 0.076 0.024 0.468 NA
#> SRR191530 2 0.599 0.48398 0.008 0.684 0.092 0.040 0.080 NA
#> SRR191531 5 0.746 0.48857 0.056 0.220 0.024 0.004 0.388 NA
#> SRR191532 2 0.752 0.22706 0.008 0.500 0.132 0.028 0.176 NA
#> SRR191533 5 0.882 0.23558 0.140 0.244 0.140 0.020 0.348 NA
#> SRR191534 2 0.813 -0.20578 0.012 0.380 0.060 0.068 0.248 NA
#> SRR191535 2 0.603 0.44413 0.012 0.660 0.088 0.016 0.156 NA
#> SRR191536 3 0.886 -0.09985 0.212 0.248 0.332 0.044 0.076 NA
#> SRR191537 5 0.744 0.27134 0.012 0.260 0.120 0.008 0.456 NA
#> SRR191538 2 0.670 0.44359 0.000 0.560 0.120 0.032 0.224 NA
#> SRR191539 5 0.476 0.57555 0.004 0.144 0.032 0.004 0.740 NA
#> SRR191540 2 0.846 0.23715 0.012 0.364 0.220 0.212 0.136 NA
#> SRR191541 2 0.677 0.46934 0.056 0.624 0.128 0.016 0.084 NA
#> SRR191542 5 0.686 0.37486 0.004 0.380 0.016 0.032 0.404 NA
#> SRR191543 2 0.569 0.39891 0.000 0.672 0.088 0.032 0.168 NA
#> SRR191544 2 0.631 0.43500 0.020 0.656 0.076 0.024 0.104 NA
#> SRR191545 2 0.567 0.56467 0.020 0.688 0.168 0.036 0.020 NA
#> SRR191546 2 0.684 0.19897 0.064 0.468 0.372 0.040 0.020 NA
#> SRR191547 3 0.702 0.12454 0.008 0.360 0.456 0.076 0.060 NA
#> SRR191548 1 0.267 0.67623 0.852 0.000 0.128 0.020 0.000 NA
#> SRR191549 1 0.315 0.66050 0.864 0.000 0.064 0.024 0.012 NA
#> SRR191550 1 0.465 0.61261 0.748 0.000 0.064 0.136 0.004 NA
#> SRR191551 1 0.312 0.67313 0.828 0.000 0.140 0.024 0.000 NA
#> SRR191552 1 0.244 0.68061 0.852 0.000 0.144 0.000 0.000 NA
#> SRR191553 1 0.623 0.59910 0.648 0.036 0.188 0.044 0.052 NA
#> SRR191554 1 0.387 0.67063 0.804 0.004 0.104 0.000 0.020 NA
#> SRR191555 3 0.744 -0.47070 0.108 0.032 0.404 0.368 0.012 NA
#> SRR191556 3 0.334 0.44833 0.052 0.008 0.860 0.044 0.008 NA
#> SRR191557 4 0.557 0.64239 0.024 0.040 0.444 0.476 0.000 NA
#> SRR191558 3 0.693 -0.21310 0.032 0.364 0.432 0.000 0.128 NA
#> SRR191559 3 0.293 0.43602 0.012 0.028 0.884 0.048 0.008 NA
#> SRR191560 3 0.304 0.44828 0.040 0.004 0.876 0.036 0.008 NA
#> SRR191561 1 0.438 0.65647 0.772 0.032 0.136 0.000 0.016 NA
#> SRR191562 3 0.512 -0.05916 0.440 0.000 0.500 0.036 0.000 NA
#> SRR191563 3 0.525 0.34837 0.004 0.264 0.640 0.056 0.000 NA
#> SRR191564 3 0.467 0.41435 0.008 0.076 0.760 0.120 0.008 NA
#> SRR191565 3 0.369 0.45490 0.044 0.036 0.836 0.064 0.000 NA
#> SRR191566 3 0.250 0.42383 0.028 0.004 0.896 0.056 0.000 NA
#> SRR191567 3 0.747 0.05568 0.316 0.024 0.452 0.120 0.032 NA
#> SRR191568 3 0.522 0.31540 0.196 0.032 0.696 0.052 0.004 NA
#> SRR191569 3 0.547 0.40866 0.048 0.144 0.700 0.032 0.000 NA
#> SRR191570 3 0.444 0.46530 0.032 0.060 0.804 0.024 0.024 NA
#> SRR191571 3 0.294 0.44868 0.036 0.004 0.872 0.064 0.000 NA
#> SRR191572 1 0.430 0.62401 0.788 0.000 0.080 0.012 0.084 NA
#> SRR191573 3 0.406 0.44010 0.152 0.040 0.780 0.012 0.000 NA
#> SRR191574 1 0.496 0.51884 0.628 0.000 0.300 0.048 0.000 NA
#> SRR191575 3 0.646 0.02395 0.392 0.036 0.476 0.032 0.012 NA
#> SRR191576 3 0.429 0.45979 0.008 0.144 0.776 0.020 0.008 NA
#> SRR191577 3 0.411 0.44159 0.096 0.036 0.808 0.020 0.004 NA
#> SRR191578 2 0.747 0.42093 0.020 0.396 0.308 0.020 0.220 NA
#> SRR191579 1 0.316 0.67063 0.852 0.000 0.084 0.012 0.004 NA
#> SRR191580 1 0.504 0.62757 0.740 0.020 0.100 0.000 0.064 NA
#> SRR191581 1 0.720 0.49225 0.540 0.040 0.152 0.004 0.176 NA
#> SRR191582 1 0.636 0.50084 0.528 0.040 0.340 0.012 0.052 NA
#> SRR191583 5 0.644 0.57495 0.148 0.112 0.016 0.000 0.604 NA
#> SRR191584 1 0.703 -0.17426 0.408 0.044 0.016 0.004 0.360 NA
#> SRR191585 3 0.560 -0.32937 0.020 0.056 0.532 0.380 0.004 NA
#> SRR191586 4 0.572 0.72812 0.016 0.044 0.352 0.556 0.008 NA
#> SRR191587 3 0.383 0.45729 0.036 0.068 0.828 0.044 0.000 NA
#> SRR191588 3 0.379 0.36716 0.052 0.004 0.792 0.144 0.000 NA
#> SRR191589 3 0.253 0.43487 0.044 0.008 0.892 0.052 0.000 NA
#> SRR191590 3 0.524 0.26272 0.292 0.012 0.624 0.052 0.000 NA
#> SRR191591 3 0.325 0.46471 0.036 0.052 0.856 0.052 0.000 NA
#> SRR191592 3 0.329 0.45541 0.052 0.052 0.856 0.032 0.000 NA
#> SRR191593 3 0.585 -0.19657 0.056 0.032 0.564 0.328 0.004 NA
#> SRR191594 1 0.683 0.37000 0.460 0.000 0.176 0.300 0.008 NA
#> SRR191595 3 0.354 0.44820 0.032 0.040 0.848 0.048 0.000 NA
#> SRR191596 3 0.345 0.41931 0.108 0.000 0.820 0.064 0.000 NA
#> SRR191597 3 0.504 0.37725 0.000 0.156 0.708 0.100 0.008 NA
#> SRR191598 3 0.213 0.44915 0.000 0.012 0.912 0.060 0.004 NA
#> SRR191599 3 0.445 0.34958 0.036 0.012 0.772 0.140 0.008 NA
#> SRR191600 3 0.615 0.31413 0.024 0.296 0.580 0.040 0.040 NA
#> SRR191601 3 0.485 0.40712 0.004 0.188 0.720 0.044 0.008 NA
#> SRR191602 3 0.472 0.42134 0.008 0.144 0.744 0.056 0.000 NA
#> SRR191603 3 0.481 0.39781 0.004 0.140 0.740 0.080 0.008 NA
#> SRR191604 2 0.633 0.51104 0.000 0.548 0.280 0.020 0.116 NA
#> SRR191605 3 0.437 0.43657 0.000 0.132 0.768 0.052 0.004 NA
#> SRR191606 3 0.365 0.46685 0.056 0.036 0.848 0.016 0.024 NA
#> SRR191607 4 0.575 0.71587 0.012 0.044 0.344 0.560 0.008 NA
#> SRR191608 3 0.706 0.17264 0.016 0.240 0.536 0.124 0.052 NA
#> SRR191609 4 0.755 0.53443 0.012 0.100 0.380 0.384 0.036 NA
#> SRR191610 4 0.521 0.67655 0.020 0.024 0.432 0.512 0.008 NA
#> SRR191611 4 0.549 0.68439 0.020 0.040 0.424 0.500 0.000 NA
#> SRR191612 3 0.351 0.43312 0.000 0.056 0.840 0.068 0.008 NA
#> SRR191613 3 0.576 0.32867 0.216 0.024 0.656 0.056 0.012 NA
#> SRR191614 3 0.296 0.42566 0.008 0.028 0.872 0.068 0.000 NA
#> SRR191615 3 0.189 0.44688 0.024 0.004 0.928 0.036 0.000 NA
#> SRR191616 5 0.576 0.60076 0.060 0.064 0.028 0.004 0.676 NA
#> SRR191617 2 0.762 0.44939 0.032 0.472 0.204 0.012 0.200 NA
#> SRR191618 3 0.843 0.03614 0.020 0.212 0.420 0.108 0.156 NA
#> SRR191619 2 0.539 0.31229 0.000 0.528 0.396 0.040 0.004 NA
#> SRR191620 2 0.664 0.54031 0.000 0.536 0.260 0.020 0.124 NA
#> SRR191621 2 0.620 0.36746 0.000 0.500 0.372 0.036 0.064 NA
#> SRR191622 2 0.680 0.13632 0.048 0.452 0.388 0.048 0.008 NA
#> SRR191623 3 0.506 0.25600 0.036 0.048 0.704 0.196 0.004 NA
#> SRR191624 3 0.683 -0.43608 0.116 0.028 0.420 0.396 0.004 NA
#> SRR191625 3 0.493 0.08924 0.004 0.388 0.564 0.032 0.004 NA
#> SRR191626 3 0.723 0.03848 0.008 0.364 0.384 0.180 0.048 NA
#> SRR191627 3 0.725 -0.02852 0.016 0.388 0.412 0.096 0.040 NA
#> SRR191628 3 0.402 0.42308 0.020 0.068 0.812 0.072 0.000 NA
#> SRR191629 3 0.352 0.42256 0.000 0.104 0.824 0.048 0.000 NA
#> SRR191630 1 0.733 0.23190 0.404 0.020 0.172 0.340 0.008 NA
#> SRR191631 3 0.823 -0.20497 0.000 0.268 0.328 0.236 0.084 NA
#> SRR191632 3 0.355 0.41878 0.176 0.008 0.792 0.012 0.000 NA
#> SRR191633 3 0.707 0.17219 0.004 0.356 0.452 0.076 0.048 NA
#> SRR191634 5 0.428 0.58378 0.040 0.016 0.004 0.008 0.760 NA
#> SRR191635 3 0.373 0.39306 0.016 0.040 0.808 0.128 0.000 NA
#> SRR191636 5 0.806 0.45357 0.172 0.120 0.088 0.012 0.476 NA
#> SRR191637 5 0.547 0.58126 0.000 0.132 0.012 0.044 0.684 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0868 0.611 0.783 0.4358 0.559 0.559
#> 3 3 0.0533 0.497 0.660 0.3919 0.686 0.493
#> 4 4 0.0888 0.337 0.597 0.1220 0.924 0.804
#> 5 5 0.1190 0.278 0.533 0.0661 0.913 0.756
#> 6 6 0.2068 0.245 0.513 0.0559 0.907 0.714
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.8386 0.6067 0.732 0.268
#> SRR191394 2 0.9460 0.5947 0.364 0.636
#> SRR191396 2 0.8608 0.6619 0.284 0.716
#> SRR191397 1 0.9896 0.0899 0.560 0.440
#> SRR191398 2 0.7376 0.6903 0.208 0.792
#> SRR191399 1 0.5842 0.7023 0.860 0.140
#> SRR191400 2 0.7139 0.7001 0.196 0.804
#> SRR191401 1 0.9775 0.2850 0.588 0.412
#> SRR191402 1 0.8081 0.6490 0.752 0.248
#> SRR191403 1 0.8813 0.5349 0.700 0.300
#> SRR191404 2 0.7602 0.7226 0.220 0.780
#> SRR191405 1 0.9970 0.1143 0.532 0.468
#> SRR191406 1 0.2043 0.7645 0.968 0.032
#> SRR191407 1 1.0000 -0.2962 0.504 0.496
#> SRR191408 1 0.5842 0.7242 0.860 0.140
#> SRR191409 1 1.0000 -0.2207 0.500 0.500
#> SRR191410 1 0.2778 0.7644 0.952 0.048
#> SRR191411 1 0.5408 0.7467 0.876 0.124
#> SRR191412 1 0.8386 0.6046 0.732 0.268
#> SRR191413 1 0.5059 0.7576 0.888 0.112
#> SRR191414 1 0.3431 0.7631 0.936 0.064
#> SRR191415 1 0.2236 0.7667 0.964 0.036
#> SRR191416 1 0.2043 0.7646 0.968 0.032
#> SRR191418 1 0.8081 0.6209 0.752 0.248
#> SRR191419 1 0.8081 0.6271 0.752 0.248
#> SRR191420 1 0.4161 0.7662 0.916 0.084
#> SRR191421 1 0.3274 0.7690 0.940 0.060
#> SRR191422 2 0.9286 0.6418 0.344 0.656
#> SRR191423 2 0.9933 0.4533 0.452 0.548
#> SRR191424 2 0.9881 0.5091 0.436 0.564
#> SRR191425 1 0.2043 0.7610 0.968 0.032
#> SRR191426 1 0.4815 0.7634 0.896 0.104
#> SRR191427 2 0.9833 0.4536 0.424 0.576
#> SRR191428 1 0.2948 0.7669 0.948 0.052
#> SRR191429 1 0.9552 0.4051 0.624 0.376
#> SRR191430 1 0.9460 0.4294 0.636 0.364
#> SRR191431 2 0.2603 0.6797 0.044 0.956
#> SRR191432 1 0.9608 0.3844 0.616 0.384
#> SRR191433 1 0.9044 0.4769 0.680 0.320
#> SRR191434 1 0.9286 0.4418 0.656 0.344
#> SRR191435 1 0.9323 0.4743 0.652 0.348
#> SRR191436 1 0.4562 0.7589 0.904 0.096
#> SRR191437 2 0.7602 0.7204 0.220 0.780
#> SRR191438 1 0.9358 0.4527 0.648 0.352
#> SRR191439 2 0.8813 0.6865 0.300 0.700
#> SRR191440 2 0.7745 0.7156 0.228 0.772
#> SRR191441 2 0.6801 0.7246 0.180 0.820
#> SRR191442 1 0.7745 0.6796 0.772 0.228
#> SRR191443 1 0.2603 0.7618 0.956 0.044
#> SRR191444 1 0.6048 0.7485 0.852 0.148
#> SRR191445 2 0.7883 0.7024 0.236 0.764
#> SRR191446 1 0.5946 0.7487 0.856 0.144
#> SRR191447 2 0.9635 0.5368 0.388 0.612
#> SRR191448 2 0.9833 0.4153 0.424 0.576
#> SRR191449 1 0.3584 0.7545 0.932 0.068
#> SRR191450 1 0.9044 0.5515 0.680 0.320
#> SRR191451 1 0.9608 0.2147 0.616 0.384
#> SRR191452 2 0.5629 0.7195 0.132 0.868
#> SRR191453 2 0.9393 0.6429 0.356 0.644
#> SRR191454 1 0.9944 0.0756 0.544 0.456
#> SRR191455 1 0.3879 0.7592 0.924 0.076
#> SRR191456 2 0.9170 0.6495 0.332 0.668
#> SRR191457 2 0.9896 0.3575 0.440 0.560
#> SRR191458 1 0.9944 0.0356 0.544 0.456
#> SRR191459 1 0.4431 0.7661 0.908 0.092
#> SRR191460 1 0.7602 0.6831 0.780 0.220
#> SRR191461 1 0.1843 0.7613 0.972 0.028
#> SRR191462 2 0.9775 0.5203 0.412 0.588
#> SRR191463 2 0.9998 0.2851 0.492 0.508
#> SRR191464 1 0.9686 0.2301 0.604 0.396
#> SRR191465 2 0.9710 0.5595 0.400 0.600
#> SRR191466 1 0.6148 0.7525 0.848 0.152
#> SRR191467 1 0.9087 0.4941 0.676 0.324
#> SRR191468 2 0.7950 0.7072 0.240 0.760
#> SRR191469 1 0.4022 0.7686 0.920 0.080
#> SRR191470 1 0.6148 0.7468 0.848 0.152
#> SRR191471 2 0.9850 0.5198 0.428 0.572
#> SRR191472 2 0.9775 0.4872 0.412 0.588
#> SRR191473 1 0.6438 0.7305 0.836 0.164
#> SRR191474 1 0.1414 0.7625 0.980 0.020
#> SRR191475 2 0.9209 0.6249 0.336 0.664
#> SRR191476 1 0.8955 0.5366 0.688 0.312
#> SRR191477 1 0.7219 0.7253 0.800 0.200
#> SRR191478 1 0.9909 0.1052 0.556 0.444
#> SRR191479 1 0.3879 0.7683 0.924 0.076
#> SRR191480 1 0.2603 0.7586 0.956 0.044
#> SRR191481 1 0.3431 0.7630 0.936 0.064
#> SRR191482 1 0.3274 0.7648 0.940 0.060
#> SRR191483 1 0.4815 0.7595 0.896 0.104
#> SRR191484 1 0.3733 0.7609 0.928 0.072
#> SRR191485 1 0.8661 0.5782 0.712 0.288
#> SRR191486 2 0.9970 0.3449 0.468 0.532
#> SRR191487 1 0.6887 0.6809 0.816 0.184
#> SRR191488 2 0.6887 0.6907 0.184 0.816
#> SRR191489 1 0.7602 0.6444 0.780 0.220
#> SRR191490 2 0.3584 0.6920 0.068 0.932
#> SRR191491 1 0.8713 0.5338 0.708 0.292
#> SRR191492 1 0.3274 0.7574 0.940 0.060
#> SRR191493 2 0.9087 0.6418 0.324 0.676
#> SRR191494 2 0.8267 0.6924 0.260 0.740
#> SRR191495 1 0.2043 0.7626 0.968 0.032
#> SRR191496 2 0.3114 0.6898 0.056 0.944
#> SRR191497 1 0.2423 0.7599 0.960 0.040
#> SRR191498 1 0.8713 0.6097 0.708 0.292
#> SRR191499 1 0.2043 0.7593 0.968 0.032
#> SRR191500 1 0.2236 0.7630 0.964 0.036
#> SRR191501 2 0.7376 0.7269 0.208 0.792
#> SRR191502 1 0.9754 0.3145 0.592 0.408
#> SRR191503 2 0.7950 0.6593 0.240 0.760
#> SRR191504 1 0.7950 0.6457 0.760 0.240
#> SRR191505 2 0.9977 0.3646 0.472 0.528
#> SRR191506 2 0.4815 0.7128 0.104 0.896
#> SRR191507 1 0.9988 -0.0144 0.520 0.480
#> SRR191508 1 0.7602 0.6810 0.780 0.220
#> SRR191509 1 0.8016 0.6301 0.756 0.244
#> SRR191510 2 0.7883 0.7251 0.236 0.764
#> SRR191511 1 0.9427 0.4442 0.640 0.360
#> SRR191512 2 0.7745 0.7174 0.228 0.772
#> SRR191513 2 0.9552 0.5494 0.376 0.624
#> SRR191514 2 0.9608 0.5252 0.384 0.616
#> SRR191515 1 0.7745 0.6797 0.772 0.228
#> SRR191516 1 0.1633 0.7605 0.976 0.024
#> SRR191517 1 0.2778 0.7581 0.952 0.048
#> SRR191518 1 0.8813 0.5737 0.700 0.300
#> SRR191519 1 0.8955 0.5313 0.688 0.312
#> SRR191520 1 0.3114 0.7652 0.944 0.056
#> SRR191521 1 0.9323 0.4629 0.652 0.348
#> SRR191522 1 0.8499 0.5702 0.724 0.276
#> SRR191523 2 0.9833 0.4978 0.424 0.576
#> SRR191524 2 0.9970 0.2951 0.468 0.532
#> SRR191525 1 0.9710 0.2425 0.600 0.400
#> SRR191526 2 0.8386 0.6941 0.268 0.732
#> SRR191527 2 0.3274 0.6915 0.060 0.940
#> SRR191528 2 0.3431 0.6846 0.064 0.936
#> SRR191529 2 0.9427 0.6280 0.360 0.640
#> SRR191530 1 0.9909 0.1652 0.556 0.444
#> SRR191531 2 0.7453 0.7303 0.212 0.788
#> SRR191532 1 0.9944 -0.1411 0.544 0.456
#> SRR191533 2 0.9775 0.3286 0.412 0.588
#> SRR191534 2 0.9044 0.6377 0.320 0.680
#> SRR191535 1 0.9833 0.2377 0.576 0.424
#> SRR191536 2 0.7950 0.7254 0.240 0.760
#> SRR191537 2 0.9775 0.4237 0.412 0.588
#> SRR191538 1 0.9815 0.2316 0.580 0.420
#> SRR191539 2 0.7950 0.7100 0.240 0.760
#> SRR191540 1 0.3114 0.7600 0.944 0.056
#> SRR191541 1 0.9998 0.0303 0.508 0.492
#> SRR191542 2 0.7883 0.7099 0.236 0.764
#> SRR191543 1 0.9993 -0.2382 0.516 0.484
#> SRR191544 1 0.9993 -0.1607 0.516 0.484
#> SRR191545 1 0.6887 0.7138 0.816 0.184
#> SRR191546 1 0.8661 0.6100 0.712 0.288
#> SRR191547 1 0.6247 0.7286 0.844 0.156
#> SRR191548 2 0.9427 0.5904 0.360 0.640
#> SRR191549 2 0.6531 0.6867 0.168 0.832
#> SRR191550 1 0.9710 0.2521 0.600 0.400
#> SRR191551 2 0.8763 0.6504 0.296 0.704
#> SRR191552 2 0.6712 0.7174 0.176 0.824
#> SRR191553 1 0.9933 -0.1998 0.548 0.452
#> SRR191554 2 0.4431 0.6835 0.092 0.908
#> SRR191555 1 0.4562 0.7527 0.904 0.096
#> SRR191556 1 0.6712 0.7343 0.824 0.176
#> SRR191557 1 0.1843 0.7610 0.972 0.028
#> SRR191558 2 0.8955 0.6678 0.312 0.688
#> SRR191559 1 0.3879 0.7633 0.924 0.076
#> SRR191560 1 0.7602 0.7025 0.780 0.220
#> SRR191561 2 0.5629 0.7176 0.132 0.868
#> SRR191562 2 0.9491 0.5830 0.368 0.632
#> SRR191563 1 0.6048 0.7461 0.852 0.148
#> SRR191564 1 0.3733 0.7602 0.928 0.072
#> SRR191565 1 0.5946 0.7476 0.856 0.144
#> SRR191566 1 0.1414 0.7634 0.980 0.020
#> SRR191567 1 0.6973 0.7213 0.812 0.188
#> SRR191568 1 0.5519 0.7498 0.872 0.128
#> SRR191569 1 0.6973 0.7312 0.812 0.188
#> SRR191570 1 0.6343 0.7367 0.840 0.160
#> SRR191571 1 0.6247 0.7406 0.844 0.156
#> SRR191572 2 0.9775 0.4485 0.412 0.588
#> SRR191573 1 0.9044 0.5249 0.680 0.320
#> SRR191574 2 0.7139 0.7309 0.196 0.804
#> SRR191575 2 0.7528 0.7173 0.216 0.784
#> SRR191576 2 0.9933 0.3721 0.452 0.548
#> SRR191577 1 0.9896 0.0364 0.560 0.440
#> SRR191578 1 0.8909 0.5586 0.692 0.308
#> SRR191579 2 0.6148 0.6870 0.152 0.848
#> SRR191580 2 0.4298 0.7018 0.088 0.912
#> SRR191581 2 0.5294 0.7070 0.120 0.880
#> SRR191582 2 0.8144 0.7238 0.252 0.748
#> SRR191583 2 0.3274 0.6946 0.060 0.940
#> SRR191584 2 0.4562 0.7070 0.096 0.904
#> SRR191585 1 0.1414 0.7610 0.980 0.020
#> SRR191586 1 0.1633 0.7593 0.976 0.024
#> SRR191587 1 0.5842 0.7457 0.860 0.140
#> SRR191588 1 0.3584 0.7540 0.932 0.068
#> SRR191589 1 0.5059 0.7451 0.888 0.112
#> SRR191590 2 0.9000 0.6622 0.316 0.684
#> SRR191591 1 0.7139 0.7021 0.804 0.196
#> SRR191592 1 0.5842 0.7607 0.860 0.140
#> SRR191593 1 0.1843 0.7630 0.972 0.028
#> SRR191594 1 0.3733 0.7657 0.928 0.072
#> SRR191595 1 0.6623 0.7410 0.828 0.172
#> SRR191596 1 0.6247 0.7438 0.844 0.156
#> SRR191597 1 0.2948 0.7645 0.948 0.052
#> SRR191598 1 0.3584 0.7637 0.932 0.068
#> SRR191599 1 0.3274 0.7610 0.940 0.060
#> SRR191600 1 0.7453 0.6987 0.788 0.212
#> SRR191601 1 0.4690 0.7538 0.900 0.100
#> SRR191602 1 0.1184 0.7630 0.984 0.016
#> SRR191603 1 0.0938 0.7631 0.988 0.012
#> SRR191604 1 0.7219 0.6731 0.800 0.200
#> SRR191605 1 0.3431 0.7623 0.936 0.064
#> SRR191606 1 0.8661 0.5811 0.712 0.288
#> SRR191607 1 0.1633 0.7623 0.976 0.024
#> SRR191608 1 0.2603 0.7637 0.956 0.044
#> SRR191609 1 0.2236 0.7625 0.964 0.036
#> SRR191610 1 0.1184 0.7607 0.984 0.016
#> SRR191611 1 0.0938 0.7604 0.988 0.012
#> SRR191612 1 0.4022 0.7635 0.920 0.080
#> SRR191613 1 0.8016 0.6615 0.756 0.244
#> SRR191614 1 0.3114 0.7652 0.944 0.056
#> SRR191615 1 0.4298 0.7681 0.912 0.088
#> SRR191616 2 0.3274 0.6825 0.060 0.940
#> SRR191617 2 0.8207 0.7231 0.256 0.744
#> SRR191618 1 0.8016 0.6451 0.756 0.244
#> SRR191619 1 0.3431 0.7670 0.936 0.064
#> SRR191620 1 0.9954 -0.0861 0.540 0.460
#> SRR191621 1 0.5842 0.7420 0.860 0.140
#> SRR191622 1 0.8955 0.5193 0.688 0.312
#> SRR191623 1 0.2236 0.7654 0.964 0.036
#> SRR191624 1 0.2603 0.7605 0.956 0.044
#> SRR191625 1 0.4815 0.7631 0.896 0.104
#> SRR191626 1 0.1843 0.7612 0.972 0.028
#> SRR191627 1 0.3733 0.7584 0.928 0.072
#> SRR191628 1 0.2778 0.7652 0.952 0.048
#> SRR191629 1 0.1633 0.7644 0.976 0.024
#> SRR191630 1 0.2948 0.7708 0.948 0.052
#> SRR191631 1 0.2778 0.7635 0.952 0.048
#> SRR191632 1 0.8016 0.6669 0.756 0.244
#> SRR191633 1 0.4298 0.7617 0.912 0.088
#> SRR191634 2 0.4431 0.6825 0.092 0.908
#> SRR191635 1 0.1633 0.7629 0.976 0.024
#> SRR191636 2 0.5946 0.7284 0.144 0.856
#> SRR191637 2 0.9608 0.5921 0.384 0.616
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.747 0.41378 0.336 0.052 0.612
#> SRR191394 1 0.907 0.44831 0.548 0.192 0.260
#> SRR191396 1 0.715 0.63062 0.720 0.152 0.128
#> SRR191397 1 0.884 0.04855 0.448 0.116 0.436
#> SRR191398 1 0.587 0.65174 0.796 0.088 0.116
#> SRR191399 3 0.475 0.65764 0.144 0.024 0.832
#> SRR191400 1 0.639 0.65050 0.768 0.112 0.120
#> SRR191401 1 0.753 0.18127 0.532 0.040 0.428
#> SRR191402 3 0.764 0.56325 0.248 0.092 0.660
#> SRR191403 3 0.787 0.42904 0.320 0.076 0.604
#> SRR191404 1 0.722 0.63175 0.716 0.140 0.144
#> SRR191405 2 0.814 0.52702 0.116 0.624 0.260
#> SRR191406 3 0.595 0.63531 0.052 0.172 0.776
#> SRR191407 1 0.974 0.17783 0.444 0.252 0.304
#> SRR191408 2 0.767 0.21287 0.044 0.496 0.460
#> SRR191409 1 0.968 0.17590 0.428 0.220 0.352
#> SRR191410 3 0.427 0.67423 0.052 0.076 0.872
#> SRR191411 3 0.776 0.25360 0.056 0.380 0.564
#> SRR191412 3 0.851 0.23875 0.392 0.096 0.512
#> SRR191413 3 0.657 0.63594 0.080 0.172 0.748
#> SRR191414 3 0.534 0.66755 0.092 0.084 0.824
#> SRR191415 3 0.417 0.67894 0.048 0.076 0.876
#> SRR191416 3 0.401 0.67617 0.036 0.084 0.880
#> SRR191418 3 0.798 0.25717 0.400 0.064 0.536
#> SRR191419 3 0.877 0.35997 0.304 0.140 0.556
#> SRR191420 3 0.704 0.63973 0.128 0.144 0.728
#> SRR191421 3 0.606 0.65366 0.064 0.160 0.776
#> SRR191422 2 0.848 0.53635 0.224 0.612 0.164
#> SRR191423 2 0.862 0.60009 0.148 0.588 0.264
#> SRR191424 2 0.995 -0.04800 0.352 0.364 0.284
#> SRR191425 3 0.482 0.67212 0.040 0.120 0.840
#> SRR191426 3 0.699 0.26359 0.024 0.384 0.592
#> SRR191427 2 0.921 0.18643 0.304 0.516 0.180
#> SRR191428 3 0.629 0.62396 0.036 0.236 0.728
#> SRR191429 2 0.745 0.63330 0.068 0.652 0.280
#> SRR191430 2 0.722 0.63472 0.056 0.660 0.284
#> SRR191431 1 0.551 0.58861 0.764 0.220 0.016
#> SRR191432 2 0.558 0.65558 0.024 0.772 0.204
#> SRR191433 2 0.622 0.64905 0.032 0.728 0.240
#> SRR191434 3 0.947 0.19749 0.324 0.200 0.476
#> SRR191435 3 0.970 0.26842 0.248 0.300 0.452
#> SRR191436 3 0.700 0.39593 0.032 0.340 0.628
#> SRR191437 2 0.826 0.25912 0.340 0.568 0.092
#> SRR191438 2 0.760 0.61657 0.088 0.660 0.252
#> SRR191439 2 0.716 0.55601 0.140 0.720 0.140
#> SRR191440 1 0.817 0.54638 0.600 0.300 0.100
#> SRR191441 2 0.823 0.10256 0.384 0.536 0.080
#> SRR191442 2 0.823 0.28768 0.076 0.512 0.412
#> SRR191443 3 0.641 0.55832 0.036 0.248 0.716
#> SRR191444 3 0.743 0.59980 0.168 0.132 0.700
#> SRR191445 1 0.867 0.49703 0.552 0.324 0.124
#> SRR191446 3 0.857 0.47953 0.144 0.264 0.592
#> SRR191447 2 0.554 0.63818 0.052 0.804 0.144
#> SRR191448 1 0.917 0.47472 0.532 0.192 0.276
#> SRR191449 3 0.468 0.66205 0.040 0.112 0.848
#> SRR191450 3 0.990 -0.08157 0.264 0.364 0.372
#> SRR191451 2 0.950 0.47290 0.200 0.468 0.332
#> SRR191452 2 0.696 0.36383 0.300 0.660 0.040
#> SRR191453 2 0.865 0.51352 0.196 0.600 0.204
#> SRR191454 3 0.987 0.03061 0.264 0.332 0.404
#> SRR191455 3 0.658 0.40682 0.020 0.328 0.652
#> SRR191456 2 0.800 0.53416 0.196 0.656 0.148
#> SRR191457 1 0.993 0.05320 0.372 0.276 0.352
#> SRR191458 2 0.940 0.45815 0.192 0.484 0.324
#> SRR191459 3 0.621 0.63538 0.048 0.200 0.752
#> SRR191460 3 0.830 0.52289 0.168 0.200 0.632
#> SRR191461 3 0.478 0.65965 0.016 0.164 0.820
#> SRR191462 2 1.000 0.12250 0.324 0.344 0.332
#> SRR191463 2 0.800 0.63468 0.128 0.648 0.224
#> SRR191464 2 0.684 0.65686 0.056 0.704 0.240
#> SRR191465 2 0.817 0.59134 0.172 0.644 0.184
#> SRR191466 2 0.784 0.34182 0.060 0.560 0.380
#> SRR191467 2 0.955 0.44385 0.200 0.448 0.352
#> SRR191468 2 0.701 0.53933 0.188 0.720 0.092
#> SRR191469 3 0.708 0.52661 0.044 0.304 0.652
#> SRR191470 3 0.816 0.08395 0.072 0.412 0.516
#> SRR191471 1 0.867 0.47070 0.552 0.124 0.324
#> SRR191472 2 0.759 0.61069 0.112 0.680 0.208
#> SRR191473 3 0.792 -0.09878 0.056 0.456 0.488
#> SRR191474 3 0.399 0.67436 0.012 0.124 0.864
#> SRR191475 2 0.606 0.62933 0.084 0.784 0.132
#> SRR191476 2 0.808 0.42898 0.072 0.544 0.384
#> SRR191477 2 0.767 0.30699 0.052 0.568 0.380
#> SRR191478 2 0.725 0.62844 0.056 0.656 0.288
#> SRR191479 3 0.704 0.60059 0.060 0.252 0.688
#> SRR191480 3 0.280 0.66875 0.016 0.060 0.924
#> SRR191481 3 0.590 0.41971 0.000 0.352 0.648
#> SRR191482 3 0.592 0.61642 0.016 0.260 0.724
#> SRR191483 3 0.661 0.19402 0.008 0.432 0.560
#> SRR191484 3 0.786 0.56001 0.088 0.284 0.628
#> SRR191485 2 0.831 0.50880 0.096 0.568 0.336
#> SRR191486 2 0.690 0.64205 0.100 0.732 0.168
#> SRR191487 3 0.837 0.50658 0.164 0.212 0.624
#> SRR191488 1 0.597 0.63806 0.792 0.104 0.104
#> SRR191489 3 0.875 0.21399 0.356 0.120 0.524
#> SRR191490 1 0.739 0.47803 0.600 0.356 0.044
#> SRR191491 2 0.712 0.63598 0.056 0.672 0.272
#> SRR191492 3 0.609 0.65714 0.092 0.124 0.784
#> SRR191493 2 0.623 0.58659 0.128 0.776 0.096
#> SRR191494 2 0.698 0.54047 0.192 0.720 0.088
#> SRR191495 3 0.486 0.66461 0.020 0.160 0.820
#> SRR191496 1 0.649 0.53961 0.700 0.268 0.032
#> SRR191497 3 0.475 0.61450 0.000 0.216 0.784
#> SRR191498 2 0.994 0.06496 0.280 0.372 0.348
#> SRR191499 3 0.298 0.67415 0.024 0.056 0.920
#> SRR191500 3 0.345 0.67311 0.008 0.104 0.888
#> SRR191501 2 0.852 0.16561 0.356 0.540 0.104
#> SRR191502 2 0.941 0.27218 0.256 0.508 0.236
#> SRR191503 1 0.865 0.51350 0.580 0.276 0.144
#> SRR191504 2 0.620 0.59923 0.020 0.704 0.276
#> SRR191505 2 0.838 0.60333 0.168 0.624 0.208
#> SRR191506 1 0.784 0.11861 0.484 0.464 0.052
#> SRR191507 1 0.953 0.28446 0.448 0.196 0.356
#> SRR191508 2 0.735 0.48011 0.040 0.592 0.368
#> SRR191509 2 0.631 0.57587 0.012 0.660 0.328
#> SRR191510 1 0.843 0.55340 0.612 0.240 0.148
#> SRR191511 2 0.621 0.63761 0.036 0.736 0.228
#> SRR191512 2 0.698 0.45910 0.220 0.708 0.072
#> SRR191513 2 0.627 0.62604 0.076 0.768 0.156
#> SRR191514 2 0.554 0.64017 0.052 0.804 0.144
#> SRR191515 2 0.798 0.46384 0.072 0.572 0.356
#> SRR191516 3 0.505 0.66426 0.024 0.164 0.812
#> SRR191517 3 0.429 0.64696 0.004 0.164 0.832
#> SRR191518 2 0.747 0.53641 0.056 0.624 0.320
#> SRR191519 2 0.748 0.57297 0.060 0.632 0.308
#> SRR191520 3 0.493 0.66904 0.032 0.140 0.828
#> SRR191521 2 0.672 0.60781 0.048 0.704 0.248
#> SRR191522 2 0.776 0.51570 0.068 0.604 0.328
#> SRR191523 2 0.779 0.61969 0.136 0.672 0.192
#> SRR191524 2 0.967 0.09198 0.316 0.452 0.232
#> SRR191525 2 0.801 0.60806 0.092 0.612 0.296
#> SRR191526 2 0.715 0.56325 0.176 0.716 0.108
#> SRR191527 1 0.657 0.55034 0.680 0.292 0.028
#> SRR191528 1 0.504 0.61566 0.808 0.172 0.020
#> SRR191529 1 0.940 0.15123 0.464 0.356 0.180
#> SRR191530 2 0.644 0.63662 0.040 0.720 0.240
#> SRR191531 1 0.862 0.26354 0.480 0.420 0.100
#> SRR191532 2 0.902 0.54484 0.148 0.516 0.336
#> SRR191533 1 0.912 0.46424 0.536 0.280 0.184
#> SRR191534 2 0.703 0.60474 0.152 0.728 0.120
#> SRR191535 2 0.645 0.65275 0.032 0.704 0.264
#> SRR191536 2 0.906 0.38040 0.276 0.544 0.180
#> SRR191537 1 0.897 0.44024 0.564 0.200 0.236
#> SRR191538 2 0.645 0.63428 0.060 0.744 0.196
#> SRR191539 2 0.841 0.21065 0.360 0.544 0.096
#> SRR191540 3 0.643 0.37703 0.008 0.380 0.612
#> SRR191541 2 0.762 0.60802 0.128 0.684 0.188
#> SRR191542 2 0.727 0.48728 0.232 0.688 0.080
#> SRR191543 2 0.727 0.65538 0.076 0.684 0.240
#> SRR191544 2 0.864 0.61490 0.152 0.588 0.260
#> SRR191545 2 0.634 0.44905 0.008 0.632 0.360
#> SRR191546 2 0.735 0.49951 0.040 0.592 0.368
#> SRR191547 2 0.692 0.35285 0.016 0.536 0.448
#> SRR191548 1 0.682 0.58942 0.700 0.052 0.248
#> SRR191549 1 0.477 0.64207 0.848 0.052 0.100
#> SRR191550 1 0.757 0.25332 0.552 0.044 0.404
#> SRR191551 1 0.612 0.63395 0.772 0.064 0.164
#> SRR191552 1 0.550 0.64304 0.816 0.100 0.084
#> SRR191553 3 0.874 -0.15667 0.444 0.108 0.448
#> SRR191554 1 0.446 0.63623 0.864 0.080 0.056
#> SRR191555 3 0.466 0.67813 0.072 0.072 0.856
#> SRR191556 3 0.840 0.52305 0.180 0.196 0.624
#> SRR191557 3 0.353 0.67462 0.032 0.068 0.900
#> SRR191558 2 0.915 0.36249 0.300 0.524 0.176
#> SRR191559 3 0.649 0.61909 0.064 0.192 0.744
#> SRR191560 3 0.875 0.46165 0.276 0.152 0.572
#> SRR191561 1 0.775 0.50444 0.616 0.312 0.072
#> SRR191562 1 0.810 0.53938 0.648 0.156 0.196
#> SRR191563 3 0.750 0.44818 0.060 0.312 0.628
#> SRR191564 3 0.563 0.60897 0.024 0.208 0.768
#> SRR191565 3 0.771 0.59144 0.144 0.176 0.680
#> SRR191566 3 0.280 0.67649 0.016 0.060 0.924
#> SRR191567 3 0.857 0.39238 0.316 0.120 0.564
#> SRR191568 3 0.891 0.35849 0.164 0.280 0.556
#> SRR191569 3 0.946 -0.02699 0.180 0.400 0.420
#> SRR191570 3 0.853 0.51239 0.240 0.156 0.604
#> SRR191571 3 0.703 0.51634 0.296 0.044 0.660
#> SRR191572 1 0.763 0.55587 0.652 0.084 0.264
#> SRR191573 3 0.874 -0.00129 0.440 0.108 0.452
#> SRR191574 1 0.673 0.62692 0.740 0.172 0.088
#> SRR191575 1 0.819 0.50268 0.604 0.292 0.104
#> SRR191576 2 0.972 0.39333 0.284 0.452 0.264
#> SRR191577 1 0.926 0.23021 0.444 0.156 0.400
#> SRR191578 3 0.815 0.17528 0.408 0.072 0.520
#> SRR191579 1 0.561 0.64401 0.808 0.120 0.072
#> SRR191580 1 0.514 0.63576 0.824 0.132 0.044
#> SRR191581 1 0.459 0.63038 0.856 0.096 0.048
#> SRR191582 1 0.731 0.61687 0.708 0.124 0.168
#> SRR191583 1 0.599 0.56275 0.736 0.240 0.024
#> SRR191584 1 0.677 0.56131 0.692 0.264 0.044
#> SRR191585 3 0.355 0.67313 0.024 0.080 0.896
#> SRR191586 3 0.285 0.67171 0.020 0.056 0.924
#> SRR191587 3 0.666 0.65577 0.124 0.124 0.752
#> SRR191588 3 0.475 0.67186 0.076 0.072 0.852
#> SRR191589 3 0.554 0.65660 0.144 0.052 0.804
#> SRR191590 1 0.751 0.60501 0.696 0.144 0.160
#> SRR191591 3 0.822 0.57453 0.212 0.152 0.636
#> SRR191592 3 0.835 0.49638 0.120 0.280 0.600
#> SRR191593 3 0.343 0.67240 0.032 0.064 0.904
#> SRR191594 3 0.665 0.64256 0.172 0.084 0.744
#> SRR191595 3 0.881 0.29621 0.128 0.344 0.528
#> SRR191596 3 0.740 0.61126 0.216 0.096 0.688
#> SRR191597 3 0.405 0.64742 0.004 0.148 0.848
#> SRR191598 3 0.399 0.68353 0.052 0.064 0.884
#> SRR191599 3 0.395 0.67939 0.040 0.076 0.884
#> SRR191600 3 0.856 0.50378 0.232 0.164 0.604
#> SRR191601 3 0.654 0.47758 0.016 0.344 0.640
#> SRR191602 3 0.367 0.67656 0.020 0.092 0.888
#> SRR191603 3 0.385 0.66816 0.004 0.136 0.860
#> SRR191604 3 0.749 -0.12676 0.036 0.468 0.496
#> SRR191605 3 0.546 0.60543 0.016 0.216 0.768
#> SRR191606 3 0.873 0.10573 0.420 0.108 0.472
#> SRR191607 3 0.321 0.66512 0.008 0.092 0.900
#> SRR191608 3 0.547 0.66499 0.032 0.176 0.792
#> SRR191609 3 0.414 0.67505 0.020 0.116 0.864
#> SRR191610 3 0.270 0.67590 0.016 0.056 0.928
#> SRR191611 3 0.265 0.67391 0.012 0.060 0.928
#> SRR191612 3 0.638 0.54955 0.032 0.256 0.712
#> SRR191613 3 0.894 0.41872 0.176 0.264 0.560
#> SRR191614 3 0.557 0.64384 0.032 0.184 0.784
#> SRR191615 3 0.603 0.63553 0.036 0.212 0.752
#> SRR191616 1 0.606 0.60051 0.744 0.224 0.032
#> SRR191617 1 0.894 0.33210 0.512 0.352 0.136
#> SRR191618 3 0.884 0.40953 0.256 0.172 0.572
#> SRR191619 3 0.616 0.49720 0.016 0.288 0.696
#> SRR191620 2 0.834 0.61314 0.152 0.624 0.224
#> SRR191621 3 0.702 0.25701 0.024 0.392 0.584
#> SRR191622 2 0.836 0.57303 0.112 0.588 0.300
#> SRR191623 3 0.541 0.67272 0.040 0.156 0.804
#> SRR191624 3 0.456 0.66967 0.044 0.100 0.856
#> SRR191625 3 0.637 0.65340 0.100 0.132 0.768
#> SRR191626 3 0.327 0.67219 0.004 0.104 0.892
#> SRR191627 3 0.589 0.59564 0.028 0.220 0.752
#> SRR191628 3 0.557 0.66868 0.044 0.160 0.796
#> SRR191629 3 0.328 0.67623 0.024 0.068 0.908
#> SRR191630 3 0.582 0.67358 0.100 0.100 0.800
#> SRR191631 3 0.398 0.64476 0.004 0.144 0.852
#> SRR191632 3 0.839 0.47984 0.316 0.108 0.576
#> SRR191633 3 0.787 0.44359 0.084 0.296 0.620
#> SRR191634 1 0.427 0.61251 0.860 0.116 0.024
#> SRR191635 3 0.309 0.67741 0.016 0.072 0.912
#> SRR191636 1 0.762 0.53206 0.636 0.292 0.072
#> SRR191637 2 0.938 0.17663 0.336 0.480 0.184
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.620 0.20243 0.396 0.020 0.560 0.024
#> SRR191394 1 0.787 0.37755 0.564 0.180 0.216 0.040
#> SRR191396 1 0.783 0.39545 0.608 0.128 0.088 0.176
#> SRR191397 1 0.824 0.18416 0.456 0.196 0.320 0.028
#> SRR191398 1 0.538 0.51148 0.772 0.120 0.088 0.020
#> SRR191399 3 0.419 0.55566 0.112 0.036 0.836 0.016
#> SRR191400 1 0.603 0.50478 0.744 0.112 0.096 0.048
#> SRR191401 1 0.729 0.27534 0.536 0.072 0.356 0.036
#> SRR191402 3 0.735 0.39869 0.264 0.100 0.596 0.040
#> SRR191403 3 0.732 0.24218 0.352 0.048 0.540 0.060
#> SRR191404 1 0.796 0.43489 0.596 0.132 0.092 0.180
#> SRR191405 2 0.863 0.13090 0.060 0.464 0.184 0.292
#> SRR191406 3 0.692 0.37827 0.032 0.076 0.616 0.276
#> SRR191407 1 0.922 0.20577 0.428 0.280 0.168 0.124
#> SRR191408 2 0.794 0.25184 0.036 0.488 0.348 0.128
#> SRR191409 1 0.923 0.07485 0.372 0.276 0.272 0.080
#> SRR191410 3 0.386 0.57427 0.012 0.092 0.856 0.040
#> SRR191411 3 0.757 0.14529 0.024 0.388 0.480 0.108
#> SRR191412 3 0.783 0.07689 0.380 0.092 0.480 0.048
#> SRR191413 3 0.823 0.29035 0.072 0.132 0.536 0.260
#> SRR191414 3 0.496 0.55427 0.076 0.056 0.812 0.056
#> SRR191415 3 0.466 0.56828 0.024 0.124 0.812 0.040
#> SRR191416 3 0.374 0.57555 0.004 0.108 0.852 0.036
#> SRR191418 3 0.792 -0.07839 0.416 0.068 0.444 0.072
#> SRR191419 3 0.887 -0.01153 0.356 0.076 0.400 0.168
#> SRR191420 3 0.707 0.49704 0.080 0.188 0.660 0.072
#> SRR191421 3 0.561 0.54012 0.024 0.192 0.736 0.048
#> SRR191422 2 0.692 0.48946 0.140 0.672 0.144 0.044
#> SRR191423 2 0.754 0.47606 0.088 0.632 0.176 0.104
#> SRR191424 1 0.984 0.01654 0.308 0.248 0.276 0.168
#> SRR191425 3 0.462 0.55707 0.024 0.080 0.824 0.072
#> SRR191426 3 0.685 0.24912 0.016 0.376 0.540 0.068
#> SRR191427 2 0.915 -0.21153 0.172 0.372 0.100 0.356
#> SRR191428 3 0.766 0.34568 0.028 0.268 0.556 0.148
#> SRR191429 2 0.684 0.50501 0.040 0.672 0.172 0.116
#> SRR191430 2 0.639 0.49700 0.016 0.688 0.168 0.128
#> SRR191431 1 0.611 0.45674 0.704 0.188 0.016 0.092
#> SRR191432 2 0.430 0.52559 0.008 0.828 0.108 0.056
#> SRR191433 2 0.473 0.52942 0.020 0.800 0.144 0.036
#> SRR191434 3 0.858 0.20664 0.260 0.228 0.464 0.048
#> SRR191435 4 0.981 0.30031 0.156 0.280 0.272 0.292
#> SRR191436 3 0.684 0.19124 0.020 0.416 0.508 0.056
#> SRR191437 2 0.829 0.31144 0.204 0.548 0.072 0.176
#> SRR191438 2 0.690 0.45600 0.040 0.668 0.168 0.124
#> SRR191439 2 0.617 0.48026 0.072 0.740 0.084 0.104
#> SRR191440 1 0.905 0.23324 0.428 0.228 0.080 0.264
#> SRR191441 2 0.811 0.27880 0.240 0.560 0.080 0.120
#> SRR191442 2 0.855 0.20505 0.056 0.468 0.296 0.180
#> SRR191443 3 0.636 0.45827 0.008 0.284 0.632 0.076
#> SRR191444 3 0.765 0.45314 0.144 0.140 0.628 0.088
#> SRR191445 1 0.930 0.09979 0.376 0.332 0.116 0.176
#> SRR191446 4 0.881 0.15284 0.080 0.152 0.356 0.412
#> SRR191447 2 0.559 0.51568 0.024 0.760 0.088 0.128
#> SRR191448 1 0.950 0.08813 0.392 0.152 0.180 0.276
#> SRR191449 3 0.557 0.50415 0.024 0.048 0.740 0.188
#> SRR191450 3 0.994 -0.22392 0.264 0.244 0.288 0.204
#> SRR191451 2 0.923 0.16365 0.136 0.440 0.260 0.164
#> SRR191452 2 0.587 0.42952 0.196 0.720 0.024 0.060
#> SRR191453 2 0.774 0.38704 0.140 0.624 0.112 0.124
#> SRR191454 2 0.953 -0.07639 0.184 0.360 0.312 0.144
#> SRR191455 3 0.609 0.21269 0.004 0.400 0.556 0.040
#> SRR191456 2 0.658 0.49110 0.084 0.712 0.084 0.120
#> SRR191457 1 0.992 -0.16179 0.296 0.260 0.196 0.248
#> SRR191458 4 0.967 0.02460 0.144 0.316 0.220 0.320
#> SRR191459 3 0.689 0.37904 0.020 0.340 0.568 0.072
#> SRR191460 3 0.736 0.44190 0.112 0.268 0.588 0.032
#> SRR191461 3 0.509 0.54959 0.000 0.180 0.752 0.068
#> SRR191462 2 0.911 0.09146 0.232 0.364 0.332 0.072
#> SRR191463 2 0.733 0.44852 0.044 0.628 0.132 0.196
#> SRR191464 2 0.551 0.50020 0.024 0.760 0.148 0.068
#> SRR191465 2 0.808 0.41827 0.112 0.592 0.140 0.156
#> SRR191466 2 0.810 0.20859 0.040 0.516 0.280 0.164
#> SRR191467 2 0.874 0.17162 0.112 0.424 0.360 0.104
#> SRR191468 2 0.519 0.51174 0.064 0.800 0.064 0.072
#> SRR191469 3 0.779 0.27657 0.032 0.312 0.524 0.132
#> SRR191470 3 0.871 -0.13204 0.044 0.336 0.392 0.228
#> SRR191471 1 0.915 0.22563 0.432 0.120 0.288 0.160
#> SRR191472 2 0.599 0.48668 0.052 0.748 0.092 0.108
#> SRR191473 3 0.778 0.01270 0.040 0.416 0.448 0.096
#> SRR191474 3 0.533 0.56082 0.008 0.124 0.764 0.104
#> SRR191475 2 0.562 0.51833 0.048 0.772 0.088 0.092
#> SRR191476 2 0.895 -0.00701 0.052 0.360 0.284 0.304
#> SRR191477 2 0.852 0.14409 0.040 0.456 0.264 0.240
#> SRR191478 2 0.662 0.48973 0.036 0.684 0.180 0.100
#> SRR191479 3 0.812 0.33689 0.048 0.248 0.536 0.168
#> SRR191480 3 0.390 0.53107 0.008 0.048 0.852 0.092
#> SRR191481 3 0.611 0.32740 0.000 0.368 0.576 0.056
#> SRR191482 3 0.665 0.44997 0.008 0.224 0.640 0.128
#> SRR191483 2 0.685 0.05829 0.008 0.476 0.440 0.076
#> SRR191484 3 0.806 0.29809 0.048 0.204 0.552 0.196
#> SRR191485 2 0.754 0.44459 0.056 0.612 0.212 0.120
#> SRR191486 2 0.697 0.47173 0.052 0.660 0.092 0.196
#> SRR191487 3 0.842 -0.06254 0.080 0.112 0.476 0.332
#> SRR191488 1 0.706 0.45792 0.672 0.104 0.072 0.152
#> SRR191489 3 0.853 -0.07974 0.348 0.036 0.404 0.212
#> SRR191490 1 0.863 0.21099 0.472 0.252 0.056 0.220
#> SRR191491 2 0.705 0.48024 0.024 0.632 0.208 0.136
#> SRR191492 3 0.678 0.43161 0.048 0.084 0.672 0.196
#> SRR191493 2 0.670 0.50112 0.064 0.692 0.080 0.164
#> SRR191494 2 0.711 0.45729 0.120 0.668 0.068 0.144
#> SRR191495 3 0.544 0.55135 0.008 0.080 0.748 0.164
#> SRR191496 1 0.640 0.38100 0.664 0.248 0.028 0.060
#> SRR191497 3 0.503 0.54972 0.000 0.156 0.764 0.080
#> SRR191498 4 0.948 0.35621 0.156 0.216 0.212 0.416
#> SRR191499 3 0.324 0.55211 0.000 0.056 0.880 0.064
#> SRR191500 3 0.331 0.57444 0.004 0.076 0.880 0.040
#> SRR191501 2 0.912 -0.05770 0.268 0.388 0.072 0.272
#> SRR191502 4 0.899 0.01799 0.140 0.372 0.104 0.384
#> SRR191503 4 0.919 0.02397 0.360 0.136 0.132 0.372
#> SRR191504 2 0.692 0.45312 0.008 0.620 0.204 0.168
#> SRR191505 2 0.845 0.25730 0.080 0.476 0.116 0.328
#> SRR191506 2 0.733 0.20355 0.368 0.520 0.028 0.084
#> SRR191507 1 0.907 0.10819 0.424 0.116 0.316 0.144
#> SRR191508 2 0.775 0.36239 0.036 0.556 0.268 0.140
#> SRR191509 2 0.681 0.46054 0.016 0.628 0.248 0.108
#> SRR191510 1 0.945 0.06949 0.396 0.248 0.124 0.232
#> SRR191511 2 0.625 0.49673 0.012 0.696 0.160 0.132
#> SRR191512 2 0.626 0.46791 0.080 0.732 0.068 0.120
#> SRR191513 2 0.613 0.44305 0.008 0.680 0.088 0.224
#> SRR191514 2 0.487 0.50599 0.004 0.788 0.080 0.128
#> SRR191515 2 0.804 0.28786 0.028 0.512 0.200 0.260
#> SRR191516 3 0.524 0.54305 0.008 0.088 0.768 0.136
#> SRR191517 3 0.598 0.46898 0.000 0.112 0.684 0.204
#> SRR191518 2 0.738 0.41796 0.028 0.608 0.176 0.188
#> SRR191519 2 0.825 0.30881 0.036 0.500 0.220 0.244
#> SRR191520 3 0.591 0.53898 0.016 0.092 0.724 0.168
#> SRR191521 2 0.759 0.26601 0.020 0.536 0.144 0.300
#> SRR191522 2 0.797 0.27296 0.012 0.464 0.220 0.304
#> SRR191523 2 0.698 0.50916 0.060 0.676 0.136 0.128
#> SRR191524 4 0.973 0.26313 0.220 0.276 0.160 0.344
#> SRR191525 2 0.874 0.37028 0.104 0.512 0.196 0.188
#> SRR191526 2 0.610 0.49571 0.076 0.744 0.072 0.108
#> SRR191527 1 0.611 0.40374 0.652 0.288 0.024 0.036
#> SRR191528 1 0.667 0.44117 0.684 0.112 0.036 0.168
#> SRR191529 2 0.968 -0.06470 0.296 0.348 0.168 0.188
#> SRR191530 2 0.624 0.49780 0.028 0.716 0.116 0.140
#> SRR191531 2 0.884 -0.11852 0.356 0.396 0.068 0.180
#> SRR191532 2 0.900 0.26442 0.112 0.464 0.260 0.164
#> SRR191533 4 0.913 0.02218 0.344 0.164 0.104 0.388
#> SRR191534 2 0.751 0.41325 0.076 0.608 0.080 0.236
#> SRR191535 2 0.584 0.52473 0.032 0.748 0.128 0.092
#> SRR191536 2 0.800 0.41453 0.176 0.596 0.124 0.104
#> SRR191537 1 0.825 0.21213 0.496 0.052 0.144 0.308
#> SRR191538 2 0.685 0.46138 0.016 0.640 0.136 0.208
#> SRR191539 2 0.842 0.24600 0.256 0.520 0.076 0.148
#> SRR191540 3 0.693 0.02519 0.000 0.436 0.456 0.108
#> SRR191541 2 0.800 0.26745 0.060 0.528 0.108 0.304
#> SRR191542 2 0.681 0.49509 0.112 0.696 0.080 0.112
#> SRR191543 2 0.649 0.52196 0.032 0.696 0.164 0.108
#> SRR191544 2 0.799 0.39131 0.080 0.572 0.112 0.236
#> SRR191545 2 0.653 0.42668 0.004 0.640 0.232 0.124
#> SRR191546 2 0.699 0.42252 0.024 0.624 0.244 0.108
#> SRR191547 2 0.703 0.18697 0.004 0.480 0.412 0.104
#> SRR191548 1 0.659 0.45386 0.648 0.052 0.260 0.040
#> SRR191549 1 0.484 0.50192 0.812 0.044 0.104 0.040
#> SRR191550 1 0.652 0.33084 0.580 0.036 0.356 0.028
#> SRR191551 1 0.562 0.49242 0.744 0.076 0.164 0.016
#> SRR191552 1 0.421 0.51770 0.832 0.092 0.072 0.004
#> SRR191553 1 0.769 0.21885 0.464 0.060 0.412 0.064
#> SRR191554 1 0.447 0.48170 0.836 0.036 0.052 0.076
#> SRR191555 3 0.375 0.57419 0.036 0.056 0.872 0.036
#> SRR191556 3 0.921 0.09182 0.144 0.144 0.432 0.280
#> SRR191557 3 0.182 0.56027 0.008 0.012 0.948 0.032
#> SRR191558 2 0.793 0.35975 0.256 0.564 0.112 0.068
#> SRR191559 3 0.736 0.28939 0.036 0.088 0.564 0.312
#> SRR191560 3 0.867 0.24875 0.260 0.088 0.496 0.156
#> SRR191561 1 0.840 0.27407 0.508 0.280 0.072 0.140
#> SRR191562 1 0.722 0.43230 0.632 0.196 0.136 0.036
#> SRR191563 3 0.788 0.34445 0.036 0.288 0.532 0.144
#> SRR191564 3 0.708 0.35938 0.016 0.112 0.588 0.284
#> SRR191565 3 0.841 0.39223 0.168 0.108 0.556 0.168
#> SRR191566 3 0.282 0.56899 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR191567 3 0.865 -0.04559 0.392 0.080 0.400 0.128
#> SRR191568 3 0.876 0.06932 0.188 0.336 0.416 0.060
#> SRR191569 2 0.960 -0.05507 0.156 0.388 0.236 0.220
#> SRR191570 3 0.829 0.29768 0.296 0.140 0.504 0.060
#> SRR191571 3 0.689 0.36248 0.304 0.032 0.600 0.064
#> SRR191572 1 0.761 0.42200 0.604 0.068 0.228 0.100
#> SRR191573 1 0.815 0.19785 0.456 0.116 0.376 0.052
#> SRR191574 1 0.743 0.46365 0.644 0.136 0.076 0.144
#> SRR191575 1 0.817 0.33780 0.548 0.196 0.056 0.200
#> SRR191576 2 0.963 0.03407 0.300 0.356 0.176 0.168
#> SRR191577 1 0.914 0.23928 0.448 0.112 0.248 0.192
#> SRR191578 3 0.806 0.19624 0.340 0.084 0.500 0.076
#> SRR191579 1 0.661 0.47826 0.708 0.124 0.068 0.100
#> SRR191580 1 0.534 0.49710 0.788 0.100 0.056 0.056
#> SRR191581 1 0.366 0.49404 0.864 0.096 0.024 0.016
#> SRR191582 1 0.593 0.50790 0.736 0.088 0.148 0.028
#> SRR191583 1 0.600 0.42325 0.688 0.240 0.020 0.052
#> SRR191584 1 0.663 0.42169 0.652 0.240 0.024 0.084
#> SRR191585 3 0.259 0.57484 0.000 0.080 0.904 0.016
#> SRR191586 3 0.242 0.55690 0.008 0.020 0.924 0.048
#> SRR191587 3 0.704 0.49942 0.140 0.172 0.652 0.036
#> SRR191588 3 0.330 0.56760 0.048 0.032 0.892 0.028
#> SRR191589 3 0.463 0.53316 0.128 0.032 0.812 0.028
#> SRR191590 1 0.761 0.45390 0.628 0.156 0.136 0.080
#> SRR191591 3 0.821 0.40059 0.148 0.172 0.576 0.104
#> SRR191592 3 0.927 0.12127 0.136 0.256 0.436 0.172
#> SRR191593 3 0.292 0.56824 0.008 0.040 0.904 0.048
#> SRR191594 3 0.650 0.48572 0.184 0.064 0.696 0.056
#> SRR191595 4 0.936 0.13192 0.088 0.272 0.316 0.324
#> SRR191596 3 0.817 0.34342 0.216 0.100 0.568 0.116
#> SRR191597 3 0.552 0.47760 0.004 0.052 0.704 0.240
#> SRR191598 3 0.417 0.57539 0.040 0.044 0.852 0.064
#> SRR191599 3 0.413 0.55166 0.012 0.036 0.836 0.116
#> SRR191600 3 0.896 0.26085 0.248 0.160 0.476 0.116
#> SRR191601 3 0.686 0.09102 0.004 0.420 0.488 0.088
#> SRR191602 3 0.402 0.57620 0.008 0.124 0.836 0.032
#> SRR191603 3 0.384 0.57263 0.000 0.128 0.836 0.036
#> SRR191604 3 0.813 -0.10854 0.024 0.380 0.420 0.176
#> SRR191605 3 0.759 0.28804 0.024 0.132 0.540 0.304
#> SRR191606 1 0.884 0.14149 0.416 0.088 0.352 0.144
#> SRR191607 3 0.400 0.54530 0.000 0.036 0.824 0.140
#> SRR191608 3 0.535 0.54681 0.016 0.100 0.772 0.112
#> SRR191609 3 0.564 0.49380 0.008 0.060 0.712 0.220
#> SRR191610 3 0.202 0.56422 0.004 0.024 0.940 0.032
#> SRR191611 3 0.106 0.56210 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR191612 3 0.787 0.14280 0.016 0.176 0.476 0.332
#> SRR191613 3 0.914 -0.11266 0.108 0.252 0.444 0.196
#> SRR191614 3 0.677 0.41698 0.024 0.092 0.640 0.244
#> SRR191615 3 0.712 0.44921 0.020 0.188 0.624 0.168
#> SRR191616 1 0.675 0.37261 0.660 0.136 0.020 0.184
#> SRR191617 1 0.796 0.15085 0.448 0.408 0.080 0.064
#> SRR191618 3 0.928 -0.14294 0.188 0.124 0.428 0.260
#> SRR191619 3 0.625 0.31108 0.004 0.380 0.564 0.052
#> SRR191620 2 0.714 0.48270 0.064 0.664 0.144 0.128
#> SRR191621 3 0.616 0.22560 0.000 0.416 0.532 0.052
#> SRR191622 2 0.712 0.46701 0.068 0.664 0.164 0.104
#> SRR191623 3 0.669 0.50558 0.032 0.124 0.680 0.164
#> SRR191624 3 0.478 0.54532 0.020 0.088 0.812 0.080
#> SRR191625 3 0.605 0.54064 0.052 0.192 0.716 0.040
#> SRR191626 3 0.365 0.57532 0.000 0.108 0.852 0.040
#> SRR191627 3 0.758 0.20648 0.012 0.152 0.504 0.332
#> SRR191628 3 0.464 0.54170 0.004 0.188 0.776 0.032
#> SRR191629 3 0.370 0.58167 0.032 0.068 0.872 0.028
#> SRR191630 3 0.644 0.53899 0.088 0.096 0.724 0.092
#> SRR191631 3 0.554 0.48325 0.004 0.060 0.712 0.224
#> SRR191632 3 0.806 0.26071 0.328 0.112 0.504 0.056
#> SRR191633 3 0.915 -0.01185 0.088 0.208 0.400 0.304
#> SRR191634 1 0.534 0.40097 0.760 0.052 0.020 0.168
#> SRR191635 3 0.347 0.57473 0.012 0.032 0.876 0.080
#> SRR191636 1 0.882 0.22736 0.456 0.252 0.068 0.224
#> SRR191637 2 0.973 -0.11336 0.228 0.348 0.160 0.264
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.632 0.269440 0.352 0.052 0.552 0.024 0.020
#> SRR191394 1 0.742 0.323353 0.516 0.196 0.232 0.040 0.016
#> SRR191396 1 0.869 0.153335 0.440 0.124 0.108 0.072 0.256
#> SRR191397 1 0.853 0.120024 0.376 0.188 0.320 0.044 0.072
#> SRR191398 1 0.618 0.396849 0.692 0.128 0.100 0.020 0.060
#> SRR191399 3 0.478 0.515457 0.100 0.028 0.792 0.052 0.028
#> SRR191400 1 0.661 0.372274 0.672 0.080 0.112 0.036 0.100
#> SRR191401 1 0.777 0.219954 0.468 0.100 0.332 0.048 0.052
#> SRR191402 3 0.726 0.389548 0.232 0.168 0.544 0.020 0.036
#> SRR191403 3 0.748 0.150352 0.336 0.068 0.484 0.024 0.088
#> SRR191404 1 0.842 0.229253 0.492 0.084 0.080 0.212 0.132
#> SRR191405 2 0.839 0.141835 0.056 0.436 0.104 0.304 0.100
#> SRR191406 3 0.671 -0.087873 0.020 0.044 0.480 0.408 0.048
#> SRR191407 1 0.967 0.140890 0.328 0.188 0.196 0.132 0.156
#> SRR191408 2 0.843 0.276885 0.052 0.464 0.252 0.112 0.120
#> SRR191409 1 0.921 0.080149 0.296 0.260 0.268 0.060 0.116
#> SRR191410 3 0.330 0.530049 0.000 0.096 0.856 0.036 0.012
#> SRR191411 3 0.783 0.073731 0.052 0.368 0.424 0.120 0.036
#> SRR191412 3 0.754 0.260077 0.296 0.068 0.520 0.052 0.064
#> SRR191413 4 0.752 0.223811 0.048 0.120 0.396 0.416 0.020
#> SRR191414 3 0.483 0.518789 0.056 0.040 0.796 0.032 0.076
#> SRR191415 3 0.449 0.521403 0.016 0.104 0.800 0.064 0.016
#> SRR191416 3 0.408 0.527525 0.004 0.092 0.824 0.048 0.032
#> SRR191418 1 0.833 0.112287 0.384 0.072 0.376 0.076 0.092
#> SRR191419 1 0.843 0.127215 0.400 0.056 0.292 0.204 0.048
#> SRR191420 3 0.691 0.465480 0.060 0.168 0.640 0.068 0.064
#> SRR191421 3 0.609 0.487061 0.036 0.200 0.676 0.040 0.048
#> SRR191422 2 0.769 0.426790 0.164 0.568 0.148 0.052 0.068
#> SRR191423 2 0.752 0.463486 0.084 0.592 0.144 0.048 0.132
#> SRR191424 1 0.965 0.076271 0.324 0.180 0.204 0.116 0.176
#> SRR191425 3 0.513 0.508383 0.012 0.080 0.748 0.020 0.140
#> SRR191426 3 0.664 0.147271 0.008 0.416 0.468 0.036 0.072
#> SRR191427 5 0.885 0.417958 0.156 0.248 0.060 0.120 0.416
#> SRR191428 3 0.709 0.341402 0.024 0.288 0.520 0.016 0.152
#> SRR191429 2 0.697 0.474299 0.036 0.632 0.160 0.104 0.068
#> SRR191430 2 0.673 0.476116 0.044 0.656 0.152 0.060 0.088
#> SRR191431 1 0.653 0.278695 0.644 0.144 0.020 0.036 0.156
#> SRR191432 2 0.432 0.491539 0.008 0.808 0.100 0.020 0.064
#> SRR191433 2 0.500 0.501766 0.012 0.760 0.144 0.032 0.052
#> SRR191434 3 0.884 0.173966 0.236 0.164 0.428 0.088 0.084
#> SRR191435 5 0.916 0.285361 0.092 0.260 0.224 0.080 0.344
#> SRR191436 3 0.722 0.132488 0.016 0.368 0.472 0.092 0.052
#> SRR191437 2 0.800 0.219556 0.184 0.492 0.056 0.040 0.228
#> SRR191438 2 0.717 0.456389 0.044 0.620 0.148 0.068 0.120
#> SRR191439 2 0.602 0.431451 0.056 0.708 0.060 0.036 0.140
#> SRR191440 1 0.874 -0.044697 0.360 0.108 0.036 0.192 0.304
#> SRR191441 2 0.792 0.051299 0.288 0.448 0.036 0.036 0.192
#> SRR191442 2 0.817 0.225566 0.044 0.432 0.256 0.040 0.228
#> SRR191443 3 0.701 0.317170 0.032 0.312 0.544 0.056 0.056
#> SRR191444 3 0.797 0.336561 0.148 0.124 0.560 0.080 0.088
#> SRR191445 1 0.907 -0.115589 0.344 0.284 0.104 0.064 0.204
#> SRR191446 4 0.772 0.307342 0.032 0.084 0.220 0.540 0.124
#> SRR191447 2 0.561 0.498828 0.036 0.748 0.076 0.080 0.060
#> SRR191448 1 0.920 0.048647 0.380 0.092 0.108 0.232 0.188
#> SRR191449 3 0.560 0.292271 0.012 0.028 0.648 0.280 0.032
#> SRR191450 4 0.950 0.109595 0.252 0.208 0.208 0.268 0.064
#> SRR191451 2 0.958 0.146777 0.136 0.340 0.184 0.128 0.212
#> SRR191452 2 0.569 0.333225 0.212 0.680 0.008 0.024 0.076
#> SRR191453 2 0.862 0.243001 0.136 0.488 0.084 0.124 0.168
#> SRR191454 2 0.910 0.016865 0.104 0.332 0.300 0.068 0.196
#> SRR191455 3 0.703 0.164740 0.008 0.360 0.488 0.056 0.088
#> SRR191456 2 0.764 0.430272 0.088 0.592 0.100 0.076 0.144
#> SRR191457 1 0.978 -0.161813 0.284 0.236 0.176 0.132 0.172
#> SRR191458 4 0.940 0.191057 0.136 0.272 0.140 0.340 0.112
#> SRR191459 3 0.706 0.356161 0.032 0.328 0.528 0.060 0.052
#> SRR191460 3 0.719 0.415532 0.096 0.216 0.592 0.052 0.044
#> SRR191461 3 0.552 0.501039 0.012 0.136 0.732 0.072 0.048
#> SRR191462 3 0.893 -0.080181 0.252 0.272 0.336 0.056 0.084
#> SRR191463 2 0.805 0.353758 0.100 0.548 0.068 0.156 0.128
#> SRR191464 2 0.704 0.421724 0.044 0.636 0.128 0.072 0.120
#> SRR191465 2 0.835 0.290418 0.112 0.516 0.124 0.076 0.172
#> SRR191466 2 0.729 0.284814 0.028 0.532 0.240 0.024 0.176
#> SRR191467 2 0.902 0.187527 0.116 0.388 0.280 0.092 0.124
#> SRR191468 2 0.598 0.470793 0.072 0.720 0.064 0.036 0.108
#> SRR191469 3 0.748 0.117354 0.012 0.372 0.420 0.040 0.156
#> SRR191470 2 0.915 0.006651 0.048 0.328 0.276 0.152 0.196
#> SRR191471 1 0.954 0.148944 0.332 0.124 0.248 0.136 0.160
#> SRR191472 2 0.688 0.422999 0.076 0.660 0.072 0.080 0.112
#> SRR191473 3 0.819 -0.038800 0.040 0.368 0.396 0.092 0.104
#> SRR191474 3 0.590 0.502866 0.012 0.116 0.712 0.080 0.080
#> SRR191475 2 0.497 0.469228 0.028 0.788 0.052 0.068 0.064
#> SRR191476 4 0.869 0.206111 0.048 0.288 0.172 0.396 0.096
#> SRR191477 2 0.810 0.168720 0.016 0.476 0.148 0.232 0.128
#> SRR191478 2 0.660 0.446550 0.036 0.664 0.152 0.080 0.068
#> SRR191479 3 0.830 0.224128 0.044 0.252 0.464 0.080 0.160
#> SRR191480 3 0.468 0.444536 0.012 0.040 0.792 0.108 0.048
#> SRR191481 3 0.668 0.261222 0.012 0.384 0.500 0.048 0.056
#> SRR191482 3 0.681 0.353166 0.012 0.284 0.568 0.076 0.060
#> SRR191483 2 0.673 0.249721 0.024 0.532 0.348 0.052 0.044
#> SRR191484 3 0.790 0.222614 0.028 0.168 0.472 0.056 0.276
#> SRR191485 2 0.753 0.422912 0.044 0.580 0.188 0.092 0.096
#> SRR191486 2 0.815 0.412144 0.084 0.540 0.096 0.116 0.164
#> SRR191487 3 0.854 -0.041961 0.044 0.108 0.384 0.128 0.336
#> SRR191488 1 0.848 0.231181 0.500 0.084 0.128 0.104 0.184
#> SRR191489 1 0.795 0.018279 0.348 0.012 0.284 0.312 0.044
#> SRR191490 5 0.780 0.149873 0.348 0.200 0.032 0.024 0.396
#> SRR191491 2 0.785 0.432838 0.044 0.536 0.220 0.084 0.116
#> SRR191492 3 0.735 0.380956 0.040 0.096 0.588 0.076 0.200
#> SRR191493 2 0.718 0.440830 0.104 0.632 0.056 0.116 0.092
#> SRR191494 2 0.757 0.406960 0.120 0.596 0.056 0.124 0.104
#> SRR191495 3 0.617 0.417818 0.004 0.112 0.656 0.184 0.044
#> SRR191496 1 0.631 0.148299 0.632 0.184 0.008 0.024 0.152
#> SRR191497 3 0.558 0.451879 0.000 0.136 0.700 0.132 0.032
#> SRR191498 5 0.961 0.256102 0.160 0.152 0.124 0.244 0.320
#> SRR191499 3 0.432 0.492748 0.020 0.020 0.812 0.108 0.040
#> SRR191500 3 0.389 0.502325 0.004 0.060 0.840 0.060 0.036
#> SRR191501 4 0.873 -0.130622 0.260 0.252 0.028 0.352 0.108
#> SRR191502 4 0.855 0.103777 0.048 0.284 0.084 0.416 0.168
#> SRR191503 5 0.810 0.435167 0.164 0.144 0.096 0.060 0.536
#> SRR191504 2 0.614 0.439143 0.004 0.660 0.168 0.128 0.040
#> SRR191505 2 0.897 0.256830 0.104 0.412 0.108 0.256 0.120
#> SRR191506 2 0.770 -0.026462 0.396 0.396 0.036 0.032 0.140
#> SRR191507 1 0.916 0.104381 0.384 0.116 0.240 0.084 0.176
#> SRR191508 2 0.768 0.403470 0.032 0.544 0.200 0.068 0.156
#> SRR191509 2 0.643 0.454617 0.016 0.656 0.180 0.060 0.088
#> SRR191510 1 0.935 -0.078479 0.356 0.236 0.084 0.152 0.172
#> SRR191511 2 0.632 0.475678 0.016 0.680 0.104 0.128 0.072
#> SRR191512 2 0.716 0.371566 0.124 0.620 0.036 0.080 0.140
#> SRR191513 2 0.771 0.322049 0.044 0.524 0.068 0.264 0.100
#> SRR191514 2 0.629 0.484142 0.028 0.692 0.080 0.124 0.076
#> SRR191515 2 0.858 0.238438 0.036 0.452 0.144 0.188 0.180
#> SRR191516 3 0.688 0.410939 0.032 0.088 0.644 0.140 0.096
#> SRR191517 3 0.648 0.217774 0.012 0.100 0.584 0.280 0.024
#> SRR191518 2 0.716 0.294828 0.020 0.580 0.132 0.212 0.056
#> SRR191519 2 0.893 0.229277 0.080 0.416 0.144 0.248 0.112
#> SRR191520 3 0.718 0.363984 0.004 0.116 0.580 0.168 0.132
#> SRR191521 4 0.724 0.027659 0.020 0.392 0.108 0.444 0.036
#> SRR191522 2 0.864 0.000737 0.040 0.368 0.160 0.328 0.104
#> SRR191523 2 0.749 0.431140 0.064 0.588 0.132 0.052 0.164
#> SRR191524 5 0.857 0.419909 0.104 0.284 0.104 0.072 0.436
#> SRR191525 2 0.848 0.296186 0.096 0.504 0.144 0.164 0.092
#> SRR191526 2 0.650 0.454906 0.080 0.664 0.084 0.020 0.152
#> SRR191527 1 0.709 0.215108 0.588 0.236 0.048 0.040 0.088
#> SRR191528 1 0.664 0.195861 0.584 0.064 0.012 0.060 0.280
#> SRR191529 1 0.975 -0.092885 0.252 0.240 0.152 0.116 0.240
#> SRR191530 2 0.509 0.470138 0.008 0.748 0.088 0.136 0.020
#> SRR191531 2 0.922 -0.139609 0.248 0.296 0.052 0.136 0.268
#> SRR191532 2 0.910 0.222595 0.092 0.412 0.176 0.116 0.204
#> SRR191533 5 0.849 0.433083 0.144 0.172 0.084 0.100 0.500
#> SRR191534 2 0.867 0.258647 0.100 0.456 0.088 0.240 0.116
#> SRR191535 2 0.608 0.481551 0.024 0.708 0.108 0.076 0.084
#> SRR191536 2 0.863 0.399092 0.096 0.492 0.156 0.136 0.120
#> SRR191537 1 0.756 0.115761 0.444 0.032 0.068 0.380 0.076
#> SRR191538 2 0.604 0.396421 0.016 0.668 0.080 0.204 0.032
#> SRR191539 2 0.911 0.099233 0.232 0.388 0.068 0.136 0.176
#> SRR191540 2 0.676 -0.043765 0.004 0.436 0.428 0.100 0.032
#> SRR191541 2 0.802 0.114161 0.052 0.444 0.072 0.340 0.092
#> SRR191542 2 0.702 0.417387 0.144 0.640 0.056 0.076 0.084
#> SRR191543 2 0.713 0.470135 0.044 0.628 0.144 0.096 0.088
#> SRR191544 2 0.878 0.304339 0.080 0.460 0.112 0.180 0.168
#> SRR191545 2 0.629 0.422096 0.008 0.636 0.228 0.076 0.052
#> SRR191546 2 0.660 0.394274 0.020 0.608 0.236 0.108 0.028
#> SRR191547 2 0.667 0.244464 0.000 0.500 0.368 0.060 0.072
#> SRR191548 1 0.676 0.406371 0.620 0.048 0.220 0.032 0.080
#> SRR191549 1 0.505 0.395521 0.776 0.052 0.088 0.016 0.068
#> SRR191550 1 0.670 0.334535 0.552 0.044 0.324 0.020 0.060
#> SRR191551 1 0.605 0.417080 0.696 0.092 0.148 0.028 0.036
#> SRR191552 1 0.434 0.406100 0.820 0.056 0.076 0.020 0.028
#> SRR191553 1 0.755 0.269636 0.476 0.032 0.344 0.072 0.076
#> SRR191554 1 0.494 0.347218 0.788 0.048 0.044 0.032 0.088
#> SRR191555 3 0.451 0.524240 0.020 0.048 0.812 0.044 0.076
#> SRR191556 4 0.762 0.397966 0.128 0.100 0.288 0.480 0.004
#> SRR191557 3 0.209 0.518283 0.000 0.020 0.928 0.020 0.032
#> SRR191558 2 0.794 0.331199 0.236 0.524 0.108 0.068 0.064
#> SRR191559 4 0.717 0.281444 0.040 0.064 0.376 0.480 0.040
#> SRR191560 3 0.909 -0.116771 0.264 0.064 0.348 0.220 0.104
#> SRR191561 1 0.829 -0.028236 0.440 0.272 0.052 0.052 0.184
#> SRR191562 1 0.773 0.377272 0.584 0.144 0.104 0.092 0.076
#> SRR191563 3 0.802 0.125981 0.044 0.252 0.472 0.188 0.044
#> SRR191564 3 0.707 -0.123372 0.020 0.120 0.444 0.396 0.020
#> SRR191565 3 0.844 0.204666 0.132 0.104 0.492 0.204 0.068
#> SRR191566 3 0.351 0.504489 0.004 0.048 0.852 0.084 0.012
#> SRR191567 3 0.798 -0.089604 0.356 0.020 0.392 0.172 0.060
#> SRR191568 3 0.868 0.041098 0.148 0.320 0.384 0.088 0.060
#> SRR191569 2 0.969 0.074032 0.172 0.308 0.212 0.112 0.196
#> SRR191570 3 0.858 0.254014 0.220 0.168 0.460 0.084 0.068
#> SRR191571 3 0.792 0.183668 0.292 0.036 0.484 0.100 0.088
#> SRR191572 1 0.793 0.312188 0.500 0.052 0.240 0.044 0.164
#> SRR191573 1 0.827 0.153146 0.404 0.116 0.352 0.048 0.080
#> SRR191574 1 0.759 0.340263 0.600 0.124 0.092 0.108 0.076
#> SRR191575 1 0.890 0.104711 0.376 0.192 0.072 0.280 0.080
#> SRR191576 2 0.972 0.017440 0.192 0.312 0.148 0.208 0.140
#> SRR191577 1 0.912 0.162559 0.344 0.060 0.236 0.248 0.112
#> SRR191578 3 0.843 0.135529 0.288 0.084 0.448 0.072 0.108
#> SRR191579 1 0.713 0.355103 0.628 0.116 0.104 0.036 0.116
#> SRR191580 1 0.490 0.358086 0.784 0.072 0.040 0.016 0.088
#> SRR191581 1 0.342 0.359653 0.872 0.032 0.024 0.020 0.052
#> SRR191582 1 0.637 0.416719 0.692 0.072 0.124 0.048 0.064
#> SRR191583 1 0.566 0.257427 0.676 0.204 0.008 0.012 0.100
#> SRR191584 1 0.586 0.310427 0.704 0.168 0.028 0.036 0.064
#> SRR191585 3 0.345 0.523112 0.012 0.056 0.868 0.040 0.024
#> SRR191586 3 0.326 0.513491 0.008 0.020 0.876 0.048 0.048
#> SRR191587 3 0.769 0.431533 0.128 0.152 0.580 0.064 0.076
#> SRR191588 3 0.339 0.524517 0.024 0.020 0.868 0.016 0.072
#> SRR191589 3 0.458 0.514083 0.116 0.036 0.796 0.036 0.016
#> SRR191590 1 0.796 0.335897 0.564 0.132 0.112 0.076 0.116
#> SRR191591 3 0.816 0.388754 0.156 0.172 0.520 0.048 0.104
#> SRR191592 3 0.953 -0.103469 0.128 0.264 0.324 0.152 0.132
#> SRR191593 3 0.296 0.530470 0.008 0.048 0.892 0.028 0.024
#> SRR191594 3 0.658 0.468369 0.128 0.056 0.672 0.044 0.100
#> SRR191595 4 0.934 0.279146 0.100 0.276 0.192 0.328 0.104
#> SRR191596 3 0.840 0.204108 0.172 0.124 0.476 0.192 0.036
#> SRR191597 3 0.582 0.168078 0.008 0.084 0.564 0.344 0.000
#> SRR191598 3 0.479 0.512458 0.016 0.084 0.792 0.068 0.040
#> SRR191599 3 0.496 0.461003 0.016 0.024 0.752 0.168 0.040
#> SRR191600 3 0.894 0.040140 0.248 0.180 0.392 0.128 0.052
#> SRR191601 2 0.758 0.068761 0.020 0.408 0.408 0.084 0.080
#> SRR191602 3 0.469 0.515746 0.020 0.156 0.768 0.048 0.008
#> SRR191603 3 0.465 0.508268 0.008 0.148 0.772 0.056 0.016
#> SRR191604 3 0.852 -0.187822 0.040 0.356 0.360 0.148 0.096
#> SRR191605 4 0.734 0.232092 0.008 0.168 0.392 0.400 0.032
#> SRR191606 1 0.903 0.264519 0.392 0.060 0.244 0.156 0.148
#> SRR191607 3 0.462 0.454945 0.004 0.044 0.764 0.168 0.020
#> SRR191608 3 0.688 0.437685 0.016 0.160 0.628 0.100 0.096
#> SRR191609 3 0.669 0.394211 0.008 0.084 0.636 0.132 0.140
#> SRR191610 3 0.242 0.518857 0.004 0.024 0.916 0.036 0.020
#> SRR191611 3 0.130 0.517236 0.000 0.020 0.960 0.012 0.008
#> SRR191612 4 0.667 0.446299 0.008 0.164 0.296 0.524 0.008
#> SRR191613 3 0.875 0.011200 0.100 0.228 0.400 0.044 0.228
#> SRR191614 3 0.644 -0.061837 0.000 0.100 0.488 0.388 0.024
#> SRR191615 3 0.681 0.202208 0.016 0.160 0.560 0.248 0.016
#> SRR191616 1 0.668 -0.038078 0.488 0.088 0.016 0.020 0.388
#> SRR191617 2 0.915 -0.009038 0.316 0.340 0.100 0.108 0.136
#> SRR191618 3 0.807 -0.195786 0.096 0.136 0.376 0.016 0.376
#> SRR191619 3 0.626 0.178196 0.008 0.420 0.492 0.032 0.048
#> SRR191620 2 0.839 0.404148 0.096 0.520 0.140 0.104 0.140
#> SRR191621 3 0.711 0.262756 0.016 0.352 0.496 0.080 0.056
#> SRR191622 2 0.758 0.428914 0.100 0.584 0.144 0.040 0.132
#> SRR191623 3 0.756 0.369684 0.020 0.120 0.564 0.172 0.124
#> SRR191624 3 0.458 0.521421 0.016 0.080 0.804 0.032 0.068
#> SRR191625 3 0.619 0.491885 0.040 0.196 0.672 0.056 0.036
#> SRR191626 3 0.413 0.512307 0.004 0.100 0.816 0.060 0.020
#> SRR191627 4 0.639 0.421341 0.008 0.140 0.304 0.544 0.004
#> SRR191628 3 0.516 0.499187 0.012 0.196 0.720 0.012 0.060
#> SRR191629 3 0.406 0.527838 0.008 0.084 0.828 0.056 0.024
#> SRR191630 3 0.748 0.422408 0.084 0.112 0.608 0.072 0.124
#> SRR191631 3 0.603 0.139742 0.012 0.076 0.544 0.364 0.004
#> SRR191632 3 0.806 0.091165 0.340 0.132 0.428 0.048 0.052
#> SRR191633 4 0.799 0.442008 0.048 0.164 0.252 0.488 0.048
#> SRR191634 1 0.554 0.117038 0.600 0.024 0.008 0.024 0.344
#> SRR191635 3 0.430 0.520117 0.008 0.092 0.808 0.076 0.016
#> SRR191636 1 0.863 0.112910 0.464 0.212 0.060 0.136 0.128
#> SRR191637 2 0.962 -0.196084 0.212 0.280 0.104 0.264 0.140
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.561 0.121538 0.416 0.012 0.508 0.028 0.012 0.024
#> SRR191394 1 0.679 0.373451 0.568 0.104 0.236 0.032 0.024 0.036
#> SRR191396 1 0.931 0.014925 0.348 0.112 0.128 0.072 0.172 0.168
#> SRR191397 1 0.752 0.065936 0.396 0.092 0.388 0.044 0.032 0.048
#> SRR191398 1 0.500 0.409673 0.764 0.072 0.076 0.024 0.044 0.020
#> SRR191399 3 0.447 0.510024 0.132 0.008 0.776 0.028 0.036 0.020
#> SRR191400 1 0.650 0.407755 0.632 0.032 0.172 0.028 0.052 0.084
#> SRR191401 1 0.611 0.265281 0.524 0.012 0.360 0.060 0.028 0.016
#> SRR191402 3 0.641 0.379437 0.256 0.060 0.584 0.032 0.008 0.060
#> SRR191403 3 0.579 0.037915 0.404 0.004 0.476 0.004 0.008 0.104
#> SRR191404 1 0.780 0.167304 0.480 0.080 0.048 0.132 0.236 0.024
#> SRR191405 2 0.772 0.177863 0.040 0.456 0.068 0.304 0.088 0.044
#> SRR191406 3 0.727 -0.160423 0.028 0.032 0.416 0.376 0.116 0.032
#> SRR191407 5 0.872 0.158505 0.312 0.108 0.140 0.084 0.324 0.032
#> SRR191408 2 0.841 0.002125 0.032 0.324 0.284 0.056 0.244 0.060
#> SRR191409 1 0.940 -0.097126 0.284 0.180 0.244 0.068 0.108 0.116
#> SRR191410 3 0.366 0.523381 0.012 0.080 0.840 0.020 0.032 0.016
#> SRR191411 3 0.843 0.057376 0.040 0.300 0.364 0.096 0.156 0.044
#> SRR191412 3 0.734 0.148390 0.324 0.028 0.460 0.032 0.112 0.044
#> SRR191413 4 0.622 0.326548 0.040 0.040 0.388 0.496 0.012 0.024
#> SRR191414 3 0.536 0.499072 0.044 0.016 0.708 0.036 0.024 0.172
#> SRR191415 3 0.483 0.512996 0.012 0.056 0.760 0.060 0.104 0.008
#> SRR191416 3 0.402 0.523435 0.008 0.036 0.824 0.064 0.024 0.044
#> SRR191418 3 0.775 -0.074456 0.360 0.020 0.396 0.092 0.052 0.080
#> SRR191419 1 0.757 0.259301 0.428 0.020 0.300 0.168 0.064 0.020
#> SRR191420 3 0.692 0.474940 0.076 0.080 0.632 0.044 0.096 0.072
#> SRR191421 3 0.621 0.500915 0.036 0.100 0.676 0.040 0.108 0.040
#> SRR191422 2 0.775 0.213178 0.172 0.516 0.116 0.056 0.120 0.020
#> SRR191423 2 0.694 0.313399 0.040 0.576 0.120 0.032 0.200 0.032
#> SRR191424 1 0.966 0.011533 0.272 0.140 0.176 0.092 0.200 0.120
#> SRR191425 3 0.468 0.509712 0.016 0.036 0.752 0.016 0.020 0.160
#> SRR191426 3 0.736 0.254925 0.008 0.320 0.456 0.052 0.060 0.104
#> SRR191427 6 0.936 0.064178 0.088 0.204 0.104 0.080 0.256 0.268
#> SRR191428 3 0.717 0.149478 0.020 0.208 0.452 0.028 0.016 0.276
#> SRR191429 2 0.769 0.294089 0.024 0.524 0.128 0.124 0.156 0.044
#> SRR191430 2 0.780 0.307720 0.024 0.524 0.144 0.092 0.140 0.076
#> SRR191431 1 0.657 0.313769 0.620 0.188 0.032 0.028 0.052 0.080
#> SRR191432 2 0.427 0.404023 0.008 0.796 0.064 0.020 0.096 0.016
#> SRR191433 2 0.465 0.419608 0.004 0.764 0.124 0.036 0.056 0.016
#> SRR191434 3 0.792 0.322561 0.228 0.108 0.488 0.072 0.068 0.036
#> SRR191435 6 0.827 0.431877 0.072 0.192 0.176 0.040 0.068 0.452
#> SRR191436 3 0.753 0.236266 0.008 0.264 0.472 0.120 0.100 0.036
#> SRR191437 2 0.791 0.048257 0.160 0.448 0.052 0.028 0.256 0.056
#> SRR191438 2 0.808 0.303838 0.044 0.504 0.148 0.088 0.072 0.144
#> SRR191439 2 0.585 0.371766 0.020 0.696 0.056 0.028 0.080 0.120
#> SRR191440 5 0.798 0.230181 0.240 0.112 0.060 0.032 0.472 0.084
#> SRR191441 2 0.771 0.030701 0.228 0.480 0.052 0.036 0.168 0.036
#> SRR191442 2 0.809 0.111382 0.016 0.400 0.244 0.024 0.156 0.160
#> SRR191443 3 0.739 0.383192 0.020 0.184 0.536 0.048 0.152 0.060
#> SRR191444 3 0.721 0.419398 0.080 0.080 0.604 0.096 0.100 0.040
#> SRR191445 2 0.873 -0.184924 0.288 0.296 0.064 0.032 0.224 0.096
#> SRR191446 4 0.823 0.276931 0.032 0.060 0.216 0.444 0.164 0.084
#> SRR191447 2 0.590 0.384557 0.020 0.664 0.084 0.108 0.124 0.000
#> SRR191448 1 0.878 0.176614 0.424 0.108 0.080 0.140 0.180 0.068
#> SRR191449 3 0.594 0.109001 0.028 0.000 0.532 0.356 0.028 0.056
#> SRR191450 1 0.884 0.055409 0.328 0.120 0.148 0.292 0.064 0.048
#> SRR191451 5 0.861 0.289186 0.092 0.228 0.212 0.056 0.372 0.040
#> SRR191452 2 0.626 0.259610 0.220 0.616 0.016 0.020 0.084 0.044
#> SRR191453 2 0.832 0.004184 0.096 0.436 0.076 0.072 0.260 0.060
#> SRR191454 3 0.874 -0.241774 0.072 0.228 0.300 0.068 0.044 0.288
#> SRR191455 3 0.712 0.123816 0.008 0.356 0.432 0.036 0.132 0.036
#> SRR191456 2 0.787 0.208738 0.056 0.508 0.080 0.076 0.216 0.064
#> SRR191457 1 0.962 -0.076745 0.276 0.176 0.144 0.124 0.080 0.200
#> SRR191458 4 0.836 0.291974 0.068 0.152 0.148 0.452 0.152 0.028
#> SRR191459 3 0.662 0.381616 0.004 0.240 0.576 0.072 0.056 0.052
#> SRR191460 3 0.719 0.443889 0.092 0.128 0.596 0.080 0.076 0.028
#> SRR191461 3 0.570 0.489241 0.008 0.132 0.696 0.056 0.080 0.028
#> SRR191462 1 0.827 0.087810 0.344 0.252 0.264 0.044 0.072 0.024
#> SRR191463 2 0.768 0.150568 0.036 0.460 0.084 0.068 0.304 0.048
#> SRR191464 2 0.742 0.279491 0.032 0.560 0.072 0.088 0.180 0.068
#> SRR191465 2 0.797 0.239561 0.064 0.508 0.104 0.080 0.192 0.052
#> SRR191466 2 0.763 0.086282 0.028 0.460 0.216 0.012 0.080 0.204
#> SRR191467 2 0.904 -0.073144 0.104 0.296 0.272 0.088 0.196 0.044
#> SRR191468 2 0.566 0.344394 0.048 0.708 0.032 0.040 0.140 0.032
#> SRR191469 3 0.809 0.006463 0.016 0.316 0.356 0.048 0.072 0.192
#> SRR191470 3 0.840 -0.214150 0.004 0.256 0.300 0.072 0.268 0.100
#> SRR191471 1 0.922 -0.082192 0.260 0.148 0.236 0.080 0.232 0.044
#> SRR191472 2 0.695 0.335227 0.020 0.612 0.068 0.108 0.120 0.072
#> SRR191473 3 0.860 0.050448 0.044 0.268 0.380 0.124 0.128 0.056
#> SRR191474 3 0.572 0.490799 0.004 0.128 0.692 0.084 0.028 0.064
#> SRR191475 2 0.571 0.396726 0.016 0.708 0.088 0.088 0.076 0.024
#> SRR191476 4 0.879 0.254216 0.048 0.184 0.196 0.392 0.104 0.076
#> SRR191477 2 0.784 0.261690 0.016 0.460 0.132 0.244 0.040 0.108
#> SRR191478 2 0.732 0.368033 0.016 0.552 0.180 0.076 0.124 0.052
#> SRR191479 3 0.816 0.127484 0.008 0.164 0.432 0.060 0.144 0.192
#> SRR191480 3 0.569 0.466189 0.008 0.024 0.696 0.124 0.056 0.092
#> SRR191481 3 0.682 0.291665 0.000 0.312 0.496 0.100 0.056 0.036
#> SRR191482 3 0.775 0.305031 0.012 0.196 0.504 0.076 0.096 0.116
#> SRR191483 2 0.761 0.101985 0.016 0.400 0.356 0.064 0.124 0.040
#> SRR191484 3 0.791 -0.142627 0.024 0.076 0.368 0.024 0.180 0.328
#> SRR191485 2 0.787 0.275177 0.020 0.468 0.220 0.048 0.080 0.164
#> SRR191486 2 0.732 -0.049322 0.048 0.424 0.060 0.048 0.384 0.036
#> SRR191487 6 0.798 0.352663 0.024 0.068 0.324 0.080 0.096 0.408
#> SRR191488 1 0.826 0.235568 0.472 0.100 0.072 0.036 0.172 0.148
#> SRR191489 1 0.861 0.110334 0.316 0.028 0.248 0.260 0.088 0.060
#> SRR191490 1 0.842 -0.106864 0.304 0.236 0.032 0.016 0.140 0.272
#> SRR191491 2 0.734 0.166592 0.028 0.488 0.168 0.040 0.252 0.024
#> SRR191492 3 0.741 0.296859 0.024 0.064 0.516 0.028 0.204 0.164
#> SRR191493 2 0.744 0.307236 0.036 0.544 0.076 0.116 0.192 0.036
#> SRR191494 2 0.683 0.331629 0.072 0.608 0.064 0.112 0.136 0.008
#> SRR191495 3 0.697 0.320227 0.012 0.084 0.560 0.220 0.032 0.092
#> SRR191496 1 0.596 0.260665 0.636 0.192 0.020 0.012 0.120 0.020
#> SRR191497 3 0.543 0.493668 0.004 0.112 0.716 0.092 0.044 0.032
#> SRR191498 4 0.947 -0.250369 0.052 0.140 0.144 0.260 0.164 0.240
#> SRR191499 3 0.487 0.490178 0.016 0.004 0.756 0.104 0.064 0.056
#> SRR191500 3 0.461 0.507459 0.004 0.060 0.784 0.068 0.056 0.028
#> SRR191501 4 0.860 -0.220345 0.208 0.204 0.032 0.300 0.236 0.020
#> SRR191502 4 0.845 0.136868 0.040 0.228 0.076 0.432 0.112 0.112
#> SRR191503 6 0.704 0.371205 0.132 0.072 0.064 0.036 0.084 0.612
#> SRR191504 2 0.654 0.382522 0.000 0.596 0.176 0.124 0.072 0.032
#> SRR191505 2 0.813 0.142882 0.040 0.400 0.100 0.192 0.252 0.016
#> SRR191506 1 0.692 -0.099599 0.392 0.384 0.012 0.032 0.172 0.008
#> SRR191507 1 0.868 0.212143 0.416 0.080 0.208 0.048 0.108 0.140
#> SRR191508 2 0.750 0.299716 0.004 0.484 0.200 0.036 0.088 0.188
#> SRR191509 2 0.705 0.382435 0.004 0.572 0.172 0.060 0.092 0.100
#> SRR191510 1 0.907 -0.128961 0.304 0.252 0.072 0.092 0.216 0.064
#> SRR191511 2 0.629 0.388045 0.004 0.652 0.088 0.120 0.092 0.044
#> SRR191512 2 0.706 0.310287 0.084 0.608 0.044 0.060 0.144 0.060
#> SRR191513 2 0.755 0.222263 0.016 0.468 0.040 0.256 0.168 0.052
#> SRR191514 2 0.601 0.351932 0.024 0.672 0.040 0.116 0.128 0.020
#> SRR191515 2 0.773 0.121100 0.012 0.456 0.112 0.064 0.280 0.076
#> SRR191516 3 0.679 0.442918 0.028 0.072 0.628 0.088 0.132 0.052
#> SRR191517 3 0.609 0.075370 0.004 0.092 0.520 0.344 0.036 0.004
#> SRR191518 2 0.726 0.303635 0.016 0.504 0.152 0.248 0.044 0.036
#> SRR191519 2 0.858 0.145885 0.032 0.380 0.080 0.252 0.172 0.084
#> SRR191520 3 0.766 0.261244 0.008 0.084 0.456 0.156 0.040 0.256
#> SRR191521 4 0.676 0.220625 0.004 0.284 0.124 0.516 0.052 0.020
#> SRR191522 4 0.820 -0.049816 0.012 0.292 0.156 0.316 0.204 0.020
#> SRR191523 2 0.728 0.252470 0.032 0.532 0.108 0.044 0.240 0.044
#> SRR191524 6 0.805 0.375727 0.052 0.180 0.120 0.024 0.148 0.476
#> SRR191525 2 0.869 0.229370 0.040 0.416 0.172 0.140 0.156 0.076
#> SRR191526 2 0.607 0.313535 0.048 0.656 0.044 0.032 0.192 0.028
#> SRR191527 1 0.574 0.330606 0.680 0.184 0.020 0.040 0.036 0.040
#> SRR191528 1 0.746 0.068337 0.464 0.088 0.036 0.016 0.304 0.092
#> SRR191529 5 0.907 0.213339 0.180 0.172 0.116 0.092 0.376 0.064
#> SRR191530 2 0.631 0.399918 0.008 0.632 0.148 0.124 0.068 0.020
#> SRR191531 5 0.766 0.303924 0.172 0.292 0.024 0.040 0.432 0.040
#> SRR191532 5 0.761 0.034550 0.072 0.356 0.140 0.032 0.388 0.012
#> SRR191533 6 0.873 0.287906 0.112 0.160 0.064 0.052 0.212 0.400
#> SRR191534 2 0.843 0.165544 0.068 0.376 0.080 0.276 0.172 0.028
#> SRR191535 2 0.742 0.336519 0.028 0.572 0.116 0.088 0.128 0.068
#> SRR191536 2 0.888 0.241843 0.108 0.432 0.144 0.120 0.108 0.088
#> SRR191537 1 0.815 0.122237 0.372 0.016 0.080 0.300 0.180 0.052
#> SRR191538 2 0.638 0.367638 0.000 0.580 0.108 0.232 0.060 0.020
#> SRR191539 2 0.796 -0.000685 0.160 0.440 0.032 0.108 0.240 0.020
#> SRR191540 3 0.679 0.188907 0.000 0.344 0.476 0.072 0.076 0.032
#> SRR191541 2 0.828 0.186534 0.056 0.404 0.072 0.308 0.076 0.084
#> SRR191542 2 0.729 0.313088 0.076 0.564 0.084 0.084 0.176 0.016
#> SRR191543 2 0.666 0.325520 0.020 0.608 0.088 0.056 0.192 0.036
#> SRR191544 2 0.836 -0.029573 0.036 0.364 0.084 0.120 0.328 0.068
#> SRR191545 2 0.722 0.277139 0.012 0.508 0.252 0.052 0.140 0.036
#> SRR191546 2 0.707 0.302274 0.016 0.512 0.276 0.104 0.072 0.020
#> SRR191547 3 0.732 0.066892 0.008 0.352 0.432 0.064 0.100 0.044
#> SRR191548 1 0.589 0.379532 0.604 0.008 0.272 0.020 0.072 0.024
#> SRR191549 1 0.404 0.422915 0.820 0.016 0.072 0.008 0.040 0.044
#> SRR191550 1 0.610 0.368334 0.584 0.012 0.292 0.028 0.044 0.040
#> SRR191551 1 0.476 0.428577 0.732 0.016 0.188 0.020 0.028 0.016
#> SRR191552 1 0.332 0.409652 0.864 0.040 0.040 0.012 0.036 0.008
#> SRR191553 1 0.644 0.296522 0.496 0.016 0.368 0.020 0.068 0.032
#> SRR191554 1 0.492 0.404932 0.772 0.024 0.048 0.024 0.076 0.056
#> SRR191555 3 0.612 0.511718 0.092 0.060 0.692 0.052 0.032 0.072
#> SRR191556 4 0.641 0.471347 0.132 0.060 0.220 0.576 0.008 0.004
#> SRR191557 3 0.242 0.514245 0.004 0.008 0.904 0.024 0.008 0.052
#> SRR191558 2 0.790 0.125553 0.284 0.436 0.124 0.064 0.076 0.016
#> SRR191559 4 0.588 0.397348 0.016 0.008 0.360 0.540 0.044 0.032
#> SRR191560 3 0.864 -0.133679 0.204 0.036 0.324 0.284 0.104 0.048
#> SRR191561 1 0.800 0.211028 0.464 0.224 0.060 0.028 0.068 0.156
#> SRR191562 1 0.675 0.324494 0.628 0.092 0.072 0.100 0.096 0.012
#> SRR191563 3 0.790 0.122309 0.028 0.212 0.420 0.248 0.064 0.028
#> SRR191564 4 0.491 0.189250 0.000 0.040 0.460 0.492 0.004 0.004
#> SRR191565 3 0.707 0.216682 0.152 0.020 0.516 0.248 0.044 0.020
#> SRR191566 3 0.393 0.503795 0.004 0.036 0.824 0.076 0.020 0.040
#> SRR191567 1 0.732 0.176032 0.444 0.044 0.324 0.140 0.012 0.036
#> SRR191568 3 0.870 0.147211 0.140 0.212 0.412 0.088 0.100 0.048
#> SRR191569 5 0.942 0.078728 0.104 0.252 0.196 0.064 0.260 0.124
#> SRR191570 3 0.736 0.357346 0.220 0.056 0.528 0.124 0.056 0.016
#> SRR191571 3 0.708 0.262441 0.304 0.020 0.500 0.096 0.040 0.040
#> SRR191572 1 0.747 0.326589 0.504 0.020 0.244 0.036 0.120 0.076
#> SRR191573 1 0.843 0.143829 0.372 0.088 0.308 0.036 0.128 0.068
#> SRR191574 1 0.749 0.304649 0.564 0.108 0.096 0.104 0.108 0.020
#> SRR191575 1 0.818 0.048502 0.376 0.100 0.056 0.340 0.092 0.036
#> SRR191576 3 0.943 -0.323727 0.156 0.212 0.232 0.192 0.176 0.032
#> SRR191577 1 0.861 0.023465 0.328 0.052 0.172 0.176 0.256 0.016
#> SRR191578 3 0.765 0.168981 0.296 0.036 0.464 0.064 0.040 0.100
#> SRR191579 1 0.660 0.387102 0.632 0.104 0.080 0.004 0.088 0.092
#> SRR191580 1 0.392 0.403937 0.828 0.048 0.024 0.004 0.036 0.060
#> SRR191581 1 0.310 0.389368 0.868 0.032 0.020 0.004 0.068 0.008
#> SRR191582 1 0.566 0.409943 0.680 0.024 0.160 0.028 0.100 0.008
#> SRR191583 1 0.491 0.304054 0.688 0.212 0.008 0.012 0.080 0.000
#> SRR191584 1 0.556 0.363061 0.724 0.092 0.016 0.036 0.076 0.056
#> SRR191585 3 0.369 0.519516 0.000 0.064 0.836 0.048 0.024 0.028
#> SRR191586 3 0.338 0.514207 0.008 0.004 0.848 0.036 0.020 0.084
#> SRR191587 3 0.741 0.438174 0.096 0.132 0.580 0.084 0.040 0.068
#> SRR191588 3 0.457 0.524527 0.064 0.016 0.796 0.040 0.040 0.044
#> SRR191589 3 0.462 0.518853 0.080 0.012 0.784 0.068 0.032 0.024
#> SRR191590 1 0.729 0.111804 0.504 0.120 0.068 0.036 0.260 0.012
#> SRR191591 3 0.784 0.380179 0.076 0.116 0.528 0.060 0.052 0.168
#> SRR191592 3 0.935 -0.144119 0.092 0.192 0.316 0.168 0.168 0.064
#> SRR191593 3 0.249 0.522040 0.008 0.008 0.904 0.032 0.008 0.040
#> SRR191594 3 0.642 0.469800 0.096 0.020 0.640 0.032 0.056 0.156
#> SRR191595 4 0.852 0.360692 0.064 0.144 0.188 0.440 0.116 0.048
#> SRR191596 3 0.821 0.177208 0.100 0.056 0.456 0.236 0.104 0.048
#> SRR191597 3 0.548 -0.087715 0.000 0.064 0.476 0.440 0.008 0.012
#> SRR191598 3 0.535 0.516104 0.028 0.060 0.744 0.084 0.056 0.028
#> SRR191599 3 0.550 0.423793 0.012 0.024 0.684 0.196 0.032 0.052
#> SRR191600 3 0.833 0.010709 0.284 0.068 0.364 0.192 0.072 0.020
#> SRR191601 2 0.816 0.085040 0.016 0.352 0.332 0.092 0.156 0.052
#> SRR191602 3 0.445 0.524816 0.012 0.092 0.792 0.052 0.016 0.036
#> SRR191603 3 0.446 0.504017 0.000 0.116 0.772 0.068 0.028 0.016
#> SRR191604 2 0.786 0.064215 0.020 0.348 0.328 0.180 0.116 0.008
#> SRR191605 4 0.765 0.409764 0.020 0.136 0.288 0.436 0.104 0.016
#> SRR191606 1 0.836 0.034441 0.352 0.032 0.192 0.096 0.292 0.036
#> SRR191607 3 0.514 0.439349 0.000 0.024 0.684 0.220 0.040 0.032
#> SRR191608 3 0.634 0.448072 0.008 0.072 0.640 0.100 0.032 0.148
#> SRR191609 3 0.677 0.373566 0.016 0.036 0.592 0.164 0.044 0.148
#> SRR191610 3 0.245 0.513490 0.008 0.004 0.908 0.024 0.028 0.028
#> SRR191611 3 0.192 0.509034 0.000 0.012 0.928 0.032 0.004 0.024
#> SRR191612 4 0.543 0.494872 0.004 0.064 0.296 0.608 0.024 0.004
#> SRR191613 3 0.891 -0.303404 0.080 0.140 0.344 0.032 0.172 0.232
#> SRR191614 4 0.540 0.282672 0.008 0.036 0.432 0.500 0.004 0.020
#> SRR191615 3 0.714 0.006259 0.032 0.100 0.476 0.328 0.028 0.036
#> SRR191616 1 0.698 0.036517 0.452 0.088 0.032 0.008 0.056 0.364
#> SRR191617 2 0.914 -0.066397 0.292 0.300 0.124 0.124 0.100 0.060
#> SRR191618 6 0.781 0.401403 0.052 0.076 0.284 0.040 0.084 0.464
#> SRR191619 3 0.680 0.276654 0.004 0.312 0.512 0.068 0.052 0.052
#> SRR191620 2 0.861 0.090922 0.048 0.404 0.148 0.096 0.236 0.068
#> SRR191621 3 0.645 0.350177 0.004 0.272 0.564 0.084 0.040 0.036
#> SRR191622 2 0.821 0.250827 0.060 0.496 0.128 0.068 0.092 0.156
#> SRR191623 3 0.739 0.248686 0.016 0.060 0.496 0.152 0.032 0.244
#> SRR191624 3 0.585 0.493449 0.028 0.040 0.692 0.036 0.056 0.148
#> SRR191625 3 0.538 0.514640 0.020 0.092 0.736 0.040 0.032 0.080
#> SRR191626 3 0.478 0.505535 0.004 0.080 0.768 0.064 0.064 0.020
#> SRR191627 4 0.531 0.508037 0.000 0.112 0.236 0.636 0.008 0.008
#> SRR191628 3 0.575 0.503839 0.016 0.112 0.708 0.056 0.044 0.064
#> SRR191629 3 0.468 0.521497 0.032 0.056 0.788 0.024 0.072 0.028
#> SRR191630 3 0.764 0.392671 0.080 0.032 0.536 0.056 0.120 0.176
#> SRR191631 3 0.554 0.050013 0.004 0.028 0.504 0.416 0.004 0.044
#> SRR191632 1 0.767 0.085051 0.388 0.080 0.376 0.076 0.016 0.064
#> SRR191633 4 0.760 0.388770 0.040 0.092 0.192 0.528 0.116 0.032
#> SRR191634 1 0.605 0.220557 0.568 0.020 0.028 0.016 0.052 0.316
#> SRR191635 3 0.360 0.508686 0.000 0.024 0.832 0.096 0.020 0.028
#> SRR191636 1 0.889 0.012858 0.364 0.224 0.080 0.092 0.188 0.052
#> SRR191637 2 0.958 -0.061480 0.180 0.248 0.124 0.248 0.116 0.084
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0329 0.633 0.775 0.3681 0.708 0.708
#> 3 3 0.0265 0.376 0.619 0.4543 0.969 0.956
#> 4 4 0.0631 0.351 0.542 0.1736 0.685 0.545
#> 5 5 0.1103 0.366 0.551 0.0953 0.771 0.543
#> 6 6 0.1582 0.296 0.531 0.0554 0.916 0.794
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.949 0.59168 0.632 0.368
#> SRR191394 1 0.605 0.70323 0.852 0.148
#> SRR191396 2 0.653 0.75550 0.168 0.832
#> SRR191397 1 0.929 0.63480 0.656 0.344
#> SRR191398 1 0.781 0.71722 0.768 0.232
#> SRR191399 2 0.958 0.35994 0.380 0.620
#> SRR191400 1 0.808 0.72104 0.752 0.248
#> SRR191401 1 0.900 0.65784 0.684 0.316
#> SRR191402 2 0.932 0.49168 0.348 0.652
#> SRR191403 1 0.886 0.69039 0.696 0.304
#> SRR191404 2 0.827 0.68696 0.260 0.740
#> SRR191405 2 0.891 0.59678 0.308 0.692
#> SRR191406 2 0.855 0.62763 0.280 0.720
#> SRR191407 1 0.844 0.71702 0.728 0.272
#> SRR191408 2 0.973 0.32182 0.404 0.596
#> SRR191409 2 0.904 0.60685 0.320 0.680
#> SRR191410 2 0.808 0.67589 0.248 0.752
#> SRR191411 2 0.730 0.73135 0.204 0.796
#> SRR191412 1 0.932 0.61791 0.652 0.348
#> SRR191413 2 0.966 0.39365 0.392 0.608
#> SRR191414 1 0.980 0.46921 0.584 0.416
#> SRR191415 2 0.814 0.68725 0.252 0.748
#> SRR191416 2 0.955 0.51895 0.376 0.624
#> SRR191418 2 0.932 0.53437 0.348 0.652
#> SRR191419 1 0.788 0.71839 0.764 0.236
#> SRR191420 2 0.987 0.25852 0.432 0.568
#> SRR191421 1 1.000 0.21212 0.512 0.488
#> SRR191422 2 0.541 0.74253 0.124 0.876
#> SRR191423 2 0.518 0.75936 0.116 0.884
#> SRR191424 2 0.388 0.75051 0.076 0.924
#> SRR191425 2 0.943 0.49951 0.360 0.640
#> SRR191426 2 0.563 0.75923 0.132 0.868
#> SRR191427 2 0.714 0.72048 0.196 0.804
#> SRR191428 2 0.814 0.67022 0.252 0.748
#> SRR191429 2 0.416 0.75094 0.084 0.916
#> SRR191430 2 0.529 0.75715 0.120 0.880
#> SRR191431 2 0.574 0.74301 0.136 0.864
#> SRR191432 2 0.430 0.73134 0.088 0.912
#> SRR191433 2 0.430 0.74543 0.088 0.912
#> SRR191434 2 0.714 0.72464 0.196 0.804
#> SRR191435 2 0.925 0.54352 0.340 0.660
#> SRR191436 2 0.706 0.74454 0.192 0.808
#> SRR191437 2 0.518 0.73239 0.116 0.884
#> SRR191438 2 0.595 0.75173 0.144 0.856
#> SRR191439 2 0.653 0.72427 0.168 0.832
#> SRR191440 2 0.529 0.75122 0.120 0.880
#> SRR191441 2 0.260 0.74285 0.044 0.956
#> SRR191442 2 0.680 0.73915 0.180 0.820
#> SRR191443 1 0.988 0.43510 0.564 0.436
#> SRR191444 2 0.795 0.68618 0.240 0.760
#> SRR191445 2 0.634 0.75988 0.160 0.840
#> SRR191446 2 0.653 0.73424 0.168 0.832
#> SRR191447 2 0.494 0.75054 0.108 0.892
#> SRR191448 1 0.952 0.63355 0.628 0.372
#> SRR191449 2 0.886 0.61211 0.304 0.696
#> SRR191450 2 0.996 -0.04326 0.464 0.536
#> SRR191451 2 0.821 0.69918 0.256 0.744
#> SRR191452 2 0.373 0.74700 0.072 0.928
#> SRR191453 2 0.625 0.73747 0.156 0.844
#> SRR191454 2 0.808 0.64737 0.248 0.752
#> SRR191455 2 0.563 0.75559 0.132 0.868
#> SRR191456 2 0.975 0.31120 0.408 0.592
#> SRR191457 2 1.000 -0.37885 0.488 0.512
#> SRR191458 2 0.833 0.66404 0.264 0.736
#> SRR191459 2 0.644 0.75558 0.164 0.836
#> SRR191460 2 0.745 0.70889 0.212 0.788
#> SRR191461 2 0.506 0.76073 0.112 0.888
#> SRR191462 2 0.584 0.73725 0.140 0.860
#> SRR191463 2 0.482 0.74739 0.104 0.896
#> SRR191464 2 0.529 0.76094 0.120 0.880
#> SRR191465 2 0.311 0.73605 0.056 0.944
#> SRR191466 2 0.730 0.74027 0.204 0.796
#> SRR191467 2 0.327 0.73697 0.060 0.940
#> SRR191468 2 0.373 0.73866 0.072 0.928
#> SRR191469 2 0.738 0.73816 0.208 0.792
#> SRR191470 2 0.388 0.75506 0.076 0.924
#> SRR191471 2 0.416 0.75742 0.084 0.916
#> SRR191472 2 0.443 0.72855 0.092 0.908
#> SRR191473 2 0.260 0.75082 0.044 0.956
#> SRR191474 2 0.844 0.70072 0.272 0.728
#> SRR191475 2 0.430 0.72808 0.088 0.912
#> SRR191476 2 0.402 0.72811 0.080 0.920
#> SRR191477 2 0.595 0.76221 0.144 0.856
#> SRR191478 2 0.402 0.74680 0.080 0.920
#> SRR191479 2 0.980 0.33994 0.416 0.584
#> SRR191480 2 0.605 0.75985 0.148 0.852
#> SRR191481 2 0.358 0.75128 0.068 0.932
#> SRR191482 2 0.584 0.75823 0.140 0.860
#> SRR191483 2 0.456 0.75387 0.096 0.904
#> SRR191484 1 0.998 0.28307 0.528 0.472
#> SRR191485 2 0.518 0.76637 0.116 0.884
#> SRR191486 2 0.456 0.76182 0.096 0.904
#> SRR191487 2 0.662 0.74144 0.172 0.828
#> SRR191488 1 0.999 0.43729 0.520 0.480
#> SRR191489 2 0.949 0.47256 0.368 0.632
#> SRR191490 2 0.605 0.73236 0.148 0.852
#> SRR191491 2 0.767 0.69115 0.224 0.776
#> SRR191492 2 0.871 0.66404 0.292 0.708
#> SRR191493 2 0.443 0.74655 0.092 0.908
#> SRR191494 2 0.430 0.75101 0.088 0.912
#> SRR191495 2 0.788 0.68788 0.236 0.764
#> SRR191496 2 0.388 0.74169 0.076 0.924
#> SRR191497 2 0.738 0.72717 0.208 0.792
#> SRR191498 2 0.827 0.58773 0.260 0.740
#> SRR191499 2 0.730 0.74754 0.204 0.796
#> SRR191500 2 0.634 0.75471 0.160 0.840
#> SRR191501 2 0.625 0.74028 0.156 0.844
#> SRR191502 2 0.644 0.73928 0.164 0.836
#> SRR191503 2 0.469 0.73588 0.100 0.900
#> SRR191504 2 0.443 0.73242 0.092 0.908
#> SRR191505 2 0.416 0.75020 0.084 0.916
#> SRR191506 2 0.373 0.74000 0.072 0.928
#> SRR191507 2 0.671 0.74611 0.176 0.824
#> SRR191508 2 0.563 0.73353 0.132 0.868
#> SRR191509 2 0.416 0.75286 0.084 0.916
#> SRR191510 2 0.469 0.75992 0.100 0.900
#> SRR191511 2 0.402 0.75589 0.080 0.920
#> SRR191512 2 0.278 0.73781 0.048 0.952
#> SRR191513 2 0.443 0.74229 0.092 0.908
#> SRR191514 2 0.343 0.74488 0.064 0.936
#> SRR191515 2 0.552 0.74468 0.128 0.872
#> SRR191516 2 0.482 0.75947 0.104 0.896
#> SRR191517 2 0.506 0.75726 0.112 0.888
#> SRR191518 2 0.242 0.74380 0.040 0.960
#> SRR191519 2 0.184 0.74153 0.028 0.972
#> SRR191520 2 0.745 0.72439 0.212 0.788
#> SRR191521 2 0.388 0.72668 0.076 0.924
#> SRR191522 2 0.388 0.75983 0.076 0.924
#> SRR191523 2 0.388 0.74581 0.076 0.924
#> SRR191524 2 0.881 0.53949 0.300 0.700
#> SRR191525 2 0.311 0.74821 0.056 0.944
#> SRR191526 2 0.402 0.74148 0.080 0.920
#> SRR191527 1 0.998 0.42118 0.528 0.472
#> SRR191528 1 0.994 0.46665 0.544 0.456
#> SRR191529 2 0.469 0.74760 0.100 0.900
#> SRR191530 2 0.343 0.74211 0.064 0.936
#> SRR191531 2 0.975 0.25840 0.408 0.592
#> SRR191532 2 0.552 0.75690 0.128 0.872
#> SRR191533 2 0.909 0.58982 0.324 0.676
#> SRR191534 2 0.456 0.71746 0.096 0.904
#> SRR191535 2 0.327 0.74164 0.060 0.940
#> SRR191536 2 0.563 0.73726 0.132 0.868
#> SRR191537 2 0.745 0.70043 0.212 0.788
#> SRR191538 2 0.358 0.72019 0.068 0.932
#> SRR191539 2 0.563 0.72754 0.132 0.868
#> SRR191540 2 0.402 0.72692 0.080 0.920
#> SRR191541 2 0.574 0.73506 0.136 0.864
#> SRR191542 2 0.311 0.74402 0.056 0.944
#> SRR191543 2 0.295 0.73765 0.052 0.948
#> SRR191544 2 0.552 0.74645 0.128 0.872
#> SRR191545 2 0.430 0.72997 0.088 0.912
#> SRR191546 2 0.443 0.75245 0.092 0.908
#> SRR191547 2 0.506 0.75371 0.112 0.888
#> SRR191548 1 0.469 0.67625 0.900 0.100
#> SRR191549 1 0.456 0.66949 0.904 0.096
#> SRR191550 1 0.456 0.66368 0.904 0.096
#> SRR191551 1 0.494 0.67889 0.892 0.108
#> SRR191552 1 0.563 0.69452 0.868 0.132
#> SRR191553 1 0.760 0.71889 0.780 0.220
#> SRR191554 1 0.662 0.70737 0.828 0.172
#> SRR191555 2 0.909 0.56828 0.324 0.676
#> SRR191556 2 0.997 0.12321 0.468 0.532
#> SRR191557 2 0.802 0.68997 0.244 0.756
#> SRR191558 2 0.745 0.71932 0.212 0.788
#> SRR191559 2 0.925 0.54422 0.340 0.660
#> SRR191560 2 0.955 0.45732 0.376 0.624
#> SRR191561 1 0.981 0.56280 0.580 0.420
#> SRR191562 1 0.995 0.35635 0.540 0.460
#> SRR191563 2 0.775 0.69255 0.228 0.772
#> SRR191564 2 0.861 0.63979 0.284 0.716
#> SRR191565 2 0.983 0.27806 0.424 0.576
#> SRR191566 2 0.971 0.33210 0.400 0.600
#> SRR191567 1 0.917 0.67489 0.668 0.332
#> SRR191568 1 0.998 0.29517 0.528 0.472
#> SRR191569 2 0.925 0.55989 0.340 0.660
#> SRR191570 2 0.997 0.00162 0.468 0.532
#> SRR191571 2 0.987 0.19105 0.432 0.568
#> SRR191572 1 0.482 0.67440 0.896 0.104
#> SRR191573 2 0.980 0.32934 0.416 0.584
#> SRR191574 1 0.994 0.44650 0.544 0.456
#> SRR191575 1 0.990 0.40416 0.560 0.440
#> SRR191576 2 0.866 0.62746 0.288 0.712
#> SRR191577 2 0.980 0.25764 0.416 0.584
#> SRR191578 2 0.605 0.75633 0.148 0.852
#> SRR191579 1 0.714 0.71270 0.804 0.196
#> SRR191580 1 0.595 0.69964 0.856 0.144
#> SRR191581 1 0.760 0.72192 0.780 0.220
#> SRR191582 1 0.767 0.72486 0.776 0.224
#> SRR191583 2 0.358 0.74488 0.068 0.932
#> SRR191584 1 0.808 0.71305 0.752 0.248
#> SRR191585 2 0.753 0.71272 0.216 0.784
#> SRR191586 2 0.850 0.69956 0.276 0.724
#> SRR191587 2 0.929 0.51753 0.344 0.656
#> SRR191588 2 0.993 0.13774 0.452 0.548
#> SRR191589 2 0.936 0.49307 0.352 0.648
#> SRR191590 1 0.975 0.49267 0.592 0.408
#> SRR191591 2 0.821 0.70627 0.256 0.744
#> SRR191592 2 0.963 0.38874 0.388 0.612
#> SRR191593 2 0.961 0.39186 0.384 0.616
#> SRR191594 1 0.714 0.70139 0.804 0.196
#> SRR191595 2 0.992 0.15355 0.448 0.552
#> SRR191596 1 0.993 0.29732 0.548 0.452
#> SRR191597 2 0.781 0.69013 0.232 0.768
#> SRR191598 2 0.981 0.29408 0.420 0.580
#> SRR191599 2 0.998 0.02110 0.476 0.524
#> SRR191600 2 0.814 0.67462 0.252 0.748
#> SRR191601 2 0.850 0.70016 0.276 0.724
#> SRR191602 2 0.730 0.69752 0.204 0.796
#> SRR191603 2 0.781 0.67935 0.232 0.768
#> SRR191604 2 0.574 0.74849 0.136 0.864
#> SRR191605 2 0.850 0.62894 0.276 0.724
#> SRR191606 2 0.995 0.13081 0.460 0.540
#> SRR191607 2 0.814 0.68739 0.252 0.748
#> SRR191608 2 0.753 0.71657 0.216 0.784
#> SRR191609 2 0.689 0.73633 0.184 0.816
#> SRR191610 2 0.767 0.69527 0.224 0.776
#> SRR191611 2 0.833 0.71715 0.264 0.736
#> SRR191612 2 0.876 0.60621 0.296 0.704
#> SRR191613 1 0.991 0.48001 0.556 0.444
#> SRR191614 2 0.881 0.60839 0.300 0.700
#> SRR191615 2 0.876 0.60797 0.296 0.704
#> SRR191616 2 0.808 0.57887 0.248 0.752
#> SRR191617 2 0.518 0.75201 0.116 0.884
#> SRR191618 2 0.827 0.69592 0.260 0.740
#> SRR191619 2 0.541 0.75379 0.124 0.876
#> SRR191620 2 0.563 0.74989 0.132 0.868
#> SRR191621 2 0.506 0.75068 0.112 0.888
#> SRR191622 2 0.738 0.71788 0.208 0.792
#> SRR191623 2 0.881 0.59787 0.300 0.700
#> SRR191624 1 0.981 0.38274 0.580 0.420
#> SRR191625 2 0.680 0.75081 0.180 0.820
#> SRR191626 2 0.662 0.75320 0.172 0.828
#> SRR191627 2 0.760 0.70797 0.220 0.780
#> SRR191628 2 0.909 0.57742 0.324 0.676
#> SRR191629 2 0.767 0.68957 0.224 0.776
#> SRR191630 1 0.730 0.69899 0.796 0.204
#> SRR191631 2 0.775 0.70152 0.228 0.772
#> SRR191632 2 0.981 0.30193 0.420 0.580
#> SRR191633 2 0.844 0.69403 0.272 0.728
#> SRR191634 2 0.850 0.49718 0.276 0.724
#> SRR191635 2 0.881 0.59101 0.300 0.700
#> SRR191636 2 0.821 0.51901 0.256 0.744
#> SRR191637 2 0.278 0.73515 0.048 0.952
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.844 0.43343 0.568 0.108 0.324
#> SRR191394 1 0.445 0.54078 0.860 0.040 0.100
#> SRR191396 3 0.632 0.53756 0.112 0.116 0.772
#> SRR191397 1 0.795 0.47650 0.636 0.104 0.260
#> SRR191398 1 0.603 0.53593 0.776 0.060 0.164
#> SRR191399 3 0.960 0.09912 0.320 0.220 0.460
#> SRR191400 1 0.658 0.56256 0.736 0.064 0.200
#> SRR191401 1 0.782 0.50243 0.644 0.096 0.260
#> SRR191402 3 0.905 0.30316 0.288 0.172 0.540
#> SRR191403 1 0.825 0.49190 0.628 0.140 0.232
#> SRR191404 3 0.761 0.48786 0.164 0.148 0.688
#> SRR191405 3 0.891 0.35839 0.248 0.184 0.568
#> SRR191406 3 0.839 0.41762 0.204 0.172 0.624
#> SRR191407 1 0.685 0.54420 0.716 0.068 0.216
#> SRR191408 3 0.962 0.02258 0.344 0.212 0.444
#> SRR191409 3 0.832 0.42075 0.228 0.148 0.624
#> SRR191410 3 0.780 0.47130 0.188 0.140 0.672
#> SRR191411 3 0.716 0.49743 0.144 0.136 0.720
#> SRR191412 1 0.839 0.45038 0.584 0.112 0.304
#> SRR191413 3 0.969 0.09618 0.332 0.228 0.440
#> SRR191414 1 0.925 0.35967 0.508 0.180 0.312
#> SRR191415 3 0.754 0.48296 0.176 0.132 0.692
#> SRR191416 3 0.906 0.32214 0.264 0.188 0.548
#> SRR191418 3 0.908 0.33519 0.256 0.196 0.548
#> SRR191419 1 0.647 0.52730 0.760 0.092 0.148
#> SRR191420 3 0.969 0.00323 0.308 0.240 0.452
#> SRR191421 1 0.923 0.14492 0.436 0.152 0.412
#> SRR191422 3 0.649 0.48694 0.052 0.216 0.732
#> SRR191423 3 0.734 0.48604 0.100 0.204 0.696
#> SRR191424 3 0.722 0.39453 0.052 0.296 0.652
#> SRR191425 3 0.926 0.22836 0.272 0.204 0.524
#> SRR191426 3 0.654 0.51287 0.060 0.204 0.736
#> SRR191427 3 0.811 0.25920 0.092 0.312 0.596
#> SRR191428 3 0.881 0.17637 0.132 0.332 0.536
#> SRR191429 3 0.520 0.51407 0.020 0.184 0.796
#> SRR191430 3 0.726 0.47803 0.088 0.216 0.696
#> SRR191431 3 0.786 0.46057 0.132 0.204 0.664
#> SRR191432 3 0.648 0.41213 0.024 0.296 0.680
#> SRR191433 3 0.563 0.48161 0.032 0.188 0.780
#> SRR191434 3 0.745 0.49860 0.148 0.152 0.700
#> SRR191435 3 0.969 -0.07373 0.244 0.304 0.452
#> SRR191436 3 0.826 0.43180 0.152 0.216 0.632
#> SRR191437 3 0.590 0.37650 0.004 0.316 0.680
#> SRR191438 3 0.670 0.52832 0.108 0.144 0.748
#> SRR191439 3 0.839 0.18003 0.096 0.356 0.548
#> SRR191440 3 0.665 0.46691 0.048 0.240 0.712
#> SRR191441 3 0.617 0.43724 0.036 0.224 0.740
#> SRR191442 3 0.791 0.44892 0.112 0.240 0.648
#> SRR191443 1 0.936 0.21249 0.500 0.196 0.304
#> SRR191444 3 0.852 0.40937 0.208 0.180 0.612
#> SRR191445 3 0.737 0.47697 0.092 0.220 0.688
#> SRR191446 3 0.725 0.36599 0.036 0.368 0.596
#> SRR191447 3 0.680 0.45318 0.040 0.280 0.680
#> SRR191448 1 0.893 0.45120 0.556 0.168 0.276
#> SRR191449 3 0.891 0.35323 0.216 0.212 0.572
#> SRR191450 1 0.981 -0.27702 0.408 0.244 0.348
#> SRR191451 3 0.830 0.45743 0.168 0.200 0.632
#> SRR191452 3 0.701 0.44550 0.064 0.240 0.696
#> SRR191453 3 0.820 0.33325 0.116 0.268 0.616
#> SRR191454 3 0.795 0.42842 0.192 0.148 0.660
#> SRR191455 3 0.739 0.45454 0.100 0.208 0.692
#> SRR191456 3 0.940 0.09880 0.344 0.184 0.472
#> SRR191457 1 0.957 0.16646 0.468 0.220 0.312
#> SRR191458 3 0.860 0.38783 0.184 0.212 0.604
#> SRR191459 3 0.691 0.52873 0.092 0.180 0.728
#> SRR191460 3 0.798 0.46192 0.172 0.168 0.660
#> SRR191461 3 0.677 0.49483 0.064 0.216 0.720
#> SRR191462 3 0.768 0.45029 0.120 0.204 0.676
#> SRR191463 3 0.601 0.48555 0.032 0.220 0.748
#> SRR191464 3 0.767 0.45520 0.100 0.236 0.664
#> SRR191465 3 0.486 0.47563 0.008 0.192 0.800
#> SRR191466 3 0.831 0.41984 0.112 0.292 0.596
#> SRR191467 3 0.582 0.45169 0.020 0.236 0.744
#> SRR191468 3 0.546 0.46155 0.020 0.204 0.776
#> SRR191469 3 0.767 0.42467 0.084 0.268 0.648
#> SRR191470 3 0.657 0.43362 0.028 0.292 0.680
#> SRR191471 3 0.604 0.51591 0.056 0.172 0.772
#> SRR191472 3 0.578 0.41649 0.004 0.300 0.696
#> SRR191473 3 0.528 0.51490 0.024 0.180 0.796
#> SRR191474 3 0.829 0.36648 0.116 0.280 0.604
#> SRR191475 3 0.581 0.39639 0.004 0.304 0.692
#> SRR191476 3 0.601 0.40065 0.004 0.332 0.664
#> SRR191477 3 0.648 0.53160 0.068 0.184 0.748
#> SRR191478 3 0.560 0.49481 0.016 0.228 0.756
#> SRR191479 3 0.967 0.00322 0.324 0.228 0.448
#> SRR191480 3 0.673 0.46090 0.044 0.260 0.696
#> SRR191481 3 0.631 0.46262 0.052 0.200 0.748
#> SRR191482 3 0.600 0.51740 0.052 0.176 0.772
#> SRR191483 3 0.594 0.49341 0.020 0.248 0.732
#> SRR191484 2 0.995 0.12213 0.352 0.364 0.284
#> SRR191485 3 0.621 0.53750 0.068 0.164 0.768
#> SRR191486 3 0.635 0.50205 0.052 0.204 0.744
#> SRR191487 3 0.797 0.14419 0.064 0.396 0.540
#> SRR191488 1 0.925 0.21108 0.512 0.184 0.304
#> SRR191489 3 0.959 -0.06548 0.224 0.308 0.468
#> SRR191490 3 0.753 0.11374 0.040 0.428 0.532
#> SRR191491 3 0.919 -0.15720 0.152 0.380 0.468
#> SRR191492 3 0.907 -0.00275 0.148 0.352 0.500
#> SRR191493 3 0.706 0.34718 0.044 0.300 0.656
#> SRR191494 3 0.698 0.39957 0.064 0.236 0.700
#> SRR191495 3 0.857 0.31115 0.128 0.296 0.576
#> SRR191496 3 0.580 0.44057 0.016 0.248 0.736
#> SRR191497 3 0.804 0.47271 0.136 0.216 0.648
#> SRR191498 3 0.899 0.19201 0.192 0.248 0.560
#> SRR191499 3 0.750 0.46007 0.072 0.276 0.652
#> SRR191500 3 0.725 0.45841 0.056 0.288 0.656
#> SRR191501 3 0.711 0.39831 0.044 0.308 0.648
#> SRR191502 3 0.758 0.28594 0.056 0.340 0.604
#> SRR191503 3 0.629 0.43947 0.020 0.288 0.692
#> SRR191504 3 0.544 0.47496 0.004 0.260 0.736
#> SRR191505 3 0.682 0.44108 0.052 0.248 0.700
#> SRR191506 3 0.580 0.45324 0.016 0.248 0.736
#> SRR191507 3 0.884 0.30206 0.144 0.308 0.548
#> SRR191508 3 0.777 0.26446 0.064 0.344 0.592
#> SRR191509 3 0.733 0.38603 0.052 0.312 0.636
#> SRR191510 3 0.628 0.51464 0.064 0.176 0.760
#> SRR191511 3 0.694 0.44518 0.044 0.284 0.672
#> SRR191512 3 0.483 0.47619 0.004 0.204 0.792
#> SRR191513 3 0.711 0.46210 0.076 0.224 0.700
#> SRR191514 3 0.536 0.45946 0.012 0.220 0.768
#> SRR191515 3 0.653 0.51121 0.068 0.188 0.744
#> SRR191516 3 0.718 0.40823 0.048 0.304 0.648
#> SRR191517 3 0.678 0.49332 0.052 0.244 0.704
#> SRR191518 3 0.549 0.50299 0.024 0.196 0.780
#> SRR191519 3 0.549 0.47952 0.024 0.196 0.780
#> SRR191520 3 0.827 -0.07365 0.076 0.444 0.480
#> SRR191521 3 0.590 0.41430 0.008 0.292 0.700
#> SRR191522 3 0.580 0.50906 0.028 0.212 0.760
#> SRR191523 3 0.666 0.43334 0.052 0.232 0.716
#> SRR191524 3 0.956 -0.37755 0.196 0.376 0.428
#> SRR191525 3 0.637 0.46229 0.028 0.268 0.704
#> SRR191526 3 0.541 0.48976 0.020 0.200 0.780
#> SRR191527 1 0.954 0.10648 0.476 0.220 0.304
#> SRR191528 1 0.938 0.17769 0.512 0.232 0.256
#> SRR191529 3 0.749 0.38020 0.080 0.256 0.664
#> SRR191530 3 0.483 0.48143 0.004 0.204 0.792
#> SRR191531 2 0.995 0.41180 0.308 0.384 0.308
#> SRR191532 3 0.670 0.49855 0.052 0.236 0.712
#> SRR191533 2 0.892 0.46481 0.144 0.532 0.324
#> SRR191534 3 0.643 0.35226 0.012 0.348 0.640
#> SRR191535 3 0.491 0.50115 0.008 0.196 0.796
#> SRR191536 3 0.792 0.39482 0.104 0.256 0.640
#> SRR191537 3 0.800 0.41227 0.120 0.236 0.644
#> SRR191538 3 0.540 0.44931 0.004 0.256 0.740
#> SRR191539 3 0.702 0.44987 0.076 0.216 0.708
#> SRR191540 3 0.522 0.44946 0.000 0.260 0.740
#> SRR191541 3 0.730 0.38878 0.052 0.308 0.640
#> SRR191542 3 0.672 0.41110 0.048 0.248 0.704
#> SRR191543 3 0.473 0.47660 0.004 0.196 0.800
#> SRR191544 3 0.684 0.43747 0.040 0.284 0.676
#> SRR191545 3 0.629 0.43343 0.020 0.288 0.692
#> SRR191546 3 0.646 0.46327 0.044 0.232 0.724
#> SRR191547 3 0.685 0.46236 0.036 0.300 0.664
#> SRR191548 1 0.296 0.51447 0.912 0.008 0.080
#> SRR191549 1 0.294 0.50679 0.916 0.012 0.072
#> SRR191550 1 0.325 0.48549 0.912 0.036 0.052
#> SRR191551 1 0.313 0.52278 0.904 0.008 0.088
#> SRR191552 1 0.389 0.52169 0.884 0.032 0.084
#> SRR191553 1 0.653 0.52646 0.760 0.112 0.128
#> SRR191554 1 0.502 0.52140 0.836 0.056 0.108
#> SRR191555 3 0.941 0.12618 0.244 0.248 0.508
#> SRR191556 3 0.922 0.07408 0.376 0.156 0.468
#> SRR191557 3 0.835 0.39700 0.156 0.220 0.624
#> SRR191558 3 0.736 0.50172 0.172 0.124 0.704
#> SRR191559 3 0.895 0.34306 0.260 0.180 0.560
#> SRR191560 3 0.911 0.29664 0.292 0.176 0.532
#> SRR191561 1 0.884 0.31694 0.572 0.172 0.256
#> SRR191562 1 0.902 0.33540 0.496 0.140 0.364
#> SRR191563 3 0.787 0.47093 0.180 0.152 0.668
#> SRR191564 3 0.888 0.37625 0.212 0.212 0.576
#> SRR191565 3 0.934 0.17515 0.324 0.184 0.492
#> SRR191566 3 0.912 0.21514 0.340 0.156 0.504
#> SRR191567 1 0.889 0.43129 0.572 0.192 0.236
#> SRR191568 1 0.917 0.25225 0.456 0.148 0.396
#> SRR191569 3 0.885 0.35643 0.252 0.176 0.572
#> SRR191570 3 0.915 0.03413 0.384 0.148 0.468
#> SRR191571 3 0.921 0.07172 0.356 0.160 0.484
#> SRR191572 1 0.318 0.51322 0.908 0.016 0.076
#> SRR191573 3 0.898 0.23741 0.316 0.152 0.532
#> SRR191574 1 0.878 0.36581 0.524 0.124 0.352
#> SRR191575 1 0.874 0.34611 0.512 0.116 0.372
#> SRR191576 3 0.844 0.40680 0.236 0.152 0.612
#> SRR191577 3 0.903 0.16663 0.352 0.144 0.504
#> SRR191578 3 0.606 0.53856 0.084 0.132 0.784
#> SRR191579 1 0.591 0.53686 0.788 0.068 0.144
#> SRR191580 1 0.417 0.52806 0.872 0.036 0.092
#> SRR191581 1 0.630 0.55461 0.764 0.072 0.164
#> SRR191582 1 0.662 0.56456 0.748 0.088 0.164
#> SRR191583 3 0.676 0.46081 0.072 0.200 0.728
#> SRR191584 1 0.654 0.52070 0.752 0.084 0.164
#> SRR191585 3 0.825 0.32287 0.100 0.312 0.588
#> SRR191586 3 0.846 0.39719 0.132 0.272 0.596
#> SRR191587 3 0.843 0.34702 0.292 0.120 0.588
#> SRR191588 3 0.917 0.03170 0.372 0.152 0.476
#> SRR191589 3 0.873 0.35873 0.288 0.144 0.568
#> SRR191590 1 0.836 0.38224 0.544 0.092 0.364
#> SRR191591 3 0.770 0.49333 0.180 0.140 0.680
#> SRR191592 3 0.909 0.26402 0.304 0.168 0.528
#> SRR191593 3 0.901 0.24682 0.304 0.160 0.536
#> SRR191594 1 0.654 0.48818 0.752 0.084 0.164
#> SRR191595 3 0.916 0.05745 0.388 0.148 0.464
#> SRR191596 1 0.923 0.27713 0.460 0.156 0.384
#> SRR191597 3 0.785 0.46496 0.144 0.188 0.668
#> SRR191598 3 0.919 0.16722 0.336 0.164 0.500
#> SRR191599 3 0.926 -0.06165 0.404 0.156 0.440
#> SRR191600 3 0.810 0.43950 0.200 0.152 0.648
#> SRR191601 3 0.778 0.48220 0.164 0.160 0.676
#> SRR191602 3 0.783 0.46780 0.156 0.172 0.672
#> SRR191603 3 0.803 0.45020 0.176 0.168 0.656
#> SRR191604 3 0.647 0.52463 0.092 0.148 0.760
#> SRR191605 3 0.856 0.40425 0.208 0.184 0.608
#> SRR191606 3 0.936 0.04776 0.368 0.172 0.460
#> SRR191607 3 0.870 0.32923 0.140 0.292 0.568
#> SRR191608 3 0.834 0.32198 0.112 0.296 0.592
#> SRR191609 3 0.820 0.36829 0.096 0.316 0.588
#> SRR191610 3 0.860 0.32581 0.136 0.284 0.580
#> SRR191611 3 0.818 0.37357 0.092 0.324 0.584
#> SRR191612 3 0.858 0.39247 0.224 0.172 0.604
#> SRR191613 1 0.913 0.24583 0.520 0.168 0.312
#> SRR191614 3 0.856 0.40836 0.212 0.180 0.608
#> SRR191615 3 0.856 0.41101 0.208 0.184 0.608
#> SRR191616 3 0.869 0.23508 0.204 0.200 0.596
#> SRR191617 3 0.598 0.53545 0.080 0.132 0.788
#> SRR191618 3 0.878 0.35351 0.172 0.248 0.580
#> SRR191619 3 0.617 0.53886 0.080 0.144 0.776
#> SRR191620 3 0.632 0.53259 0.104 0.124 0.772
#> SRR191621 3 0.596 0.53335 0.076 0.136 0.788
#> SRR191622 3 0.751 0.49637 0.160 0.144 0.696
#> SRR191623 3 0.886 0.35706 0.232 0.192 0.576
#> SRR191624 1 0.947 0.29495 0.484 0.208 0.308
#> SRR191625 3 0.658 0.53197 0.108 0.136 0.756
#> SRR191626 3 0.694 0.46098 0.044 0.284 0.672
#> SRR191627 3 0.766 0.47320 0.116 0.208 0.676
#> SRR191628 3 0.877 0.37657 0.212 0.200 0.588
#> SRR191629 3 0.788 0.46205 0.172 0.160 0.668
#> SRR191630 1 0.671 0.47560 0.740 0.084 0.176
#> SRR191631 3 0.777 0.46837 0.132 0.196 0.672
#> SRR191632 3 0.899 0.22670 0.320 0.152 0.528
#> SRR191633 3 0.849 0.44104 0.148 0.248 0.604
#> SRR191634 3 0.891 0.11611 0.208 0.220 0.572
#> SRR191635 3 0.875 0.37595 0.224 0.188 0.588
#> SRR191636 3 0.895 0.16215 0.216 0.216 0.568
#> SRR191637 3 0.498 0.46366 0.004 0.216 0.780
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 1 0.784 0.29434 0.500 0.128 0.340 0.032
#> SRR191394 1 0.394 0.61119 0.856 0.032 0.088 0.024
#> SRR191396 2 0.775 0.23977 0.100 0.568 0.272 0.060
#> SRR191397 1 0.718 0.40364 0.556 0.096 0.328 0.020
#> SRR191398 1 0.585 0.59080 0.760 0.080 0.096 0.064
#> SRR191399 3 0.835 0.40855 0.256 0.184 0.508 0.052
#> SRR191400 1 0.600 0.62305 0.740 0.064 0.144 0.052
#> SRR191401 1 0.688 0.47210 0.612 0.092 0.276 0.020
#> SRR191402 3 0.802 0.55225 0.216 0.272 0.492 0.020
#> SRR191403 1 0.710 0.55660 0.620 0.080 0.256 0.044
#> SRR191404 2 0.763 -0.31551 0.096 0.456 0.416 0.032
#> SRR191405 3 0.859 0.24948 0.164 0.368 0.412 0.056
#> SRR191406 3 0.744 0.45395 0.112 0.392 0.480 0.016
#> SRR191407 1 0.711 0.60362 0.644 0.080 0.216 0.060
#> SRR191408 3 0.922 0.32168 0.268 0.224 0.412 0.096
#> SRR191409 3 0.832 0.39162 0.144 0.368 0.440 0.048
#> SRR191410 2 0.764 -0.32077 0.112 0.440 0.424 0.024
#> SRR191411 2 0.772 -0.02416 0.080 0.460 0.412 0.048
#> SRR191412 1 0.784 0.31150 0.504 0.120 0.340 0.036
#> SRR191413 3 0.842 0.40167 0.244 0.168 0.520 0.068
#> SRR191414 1 0.834 0.17360 0.440 0.124 0.376 0.060
#> SRR191415 2 0.752 -0.28209 0.100 0.456 0.420 0.024
#> SRR191416 3 0.863 0.46324 0.160 0.332 0.444 0.064
#> SRR191418 3 0.834 0.41284 0.188 0.360 0.420 0.032
#> SRR191419 1 0.620 0.57848 0.712 0.036 0.180 0.072
#> SRR191420 3 0.881 0.42576 0.248 0.224 0.460 0.068
#> SRR191421 1 0.896 -0.18126 0.360 0.216 0.360 0.064
#> SRR191422 2 0.711 0.50248 0.016 0.604 0.244 0.136
#> SRR191423 2 0.779 0.41543 0.060 0.560 0.280 0.100
#> SRR191424 2 0.780 0.34162 0.044 0.516 0.336 0.104
#> SRR191425 3 0.899 0.42087 0.176 0.256 0.464 0.104
#> SRR191426 2 0.742 0.09855 0.040 0.484 0.408 0.068
#> SRR191427 2 0.880 0.15044 0.096 0.496 0.216 0.192
#> SRR191428 3 0.770 0.35111 0.052 0.252 0.580 0.116
#> SRR191429 2 0.409 0.53958 0.004 0.832 0.120 0.044
#> SRR191430 2 0.760 0.46464 0.048 0.576 0.272 0.104
#> SRR191431 2 0.858 0.37531 0.140 0.532 0.212 0.116
#> SRR191432 2 0.597 0.49593 0.004 0.704 0.168 0.124
#> SRR191433 2 0.435 0.55210 0.036 0.840 0.084 0.040
#> SRR191434 2 0.776 0.25023 0.052 0.516 0.344 0.088
#> SRR191435 3 0.909 0.03873 0.172 0.200 0.480 0.148
#> SRR191436 2 0.836 0.27580 0.104 0.500 0.308 0.088
#> SRR191437 2 0.668 0.41599 0.012 0.652 0.140 0.196
#> SRR191438 2 0.786 0.24031 0.084 0.544 0.300 0.072
#> SRR191439 2 0.842 0.07681 0.036 0.444 0.320 0.200
#> SRR191440 2 0.700 0.49641 0.044 0.664 0.136 0.156
#> SRR191441 2 0.561 0.49132 0.036 0.768 0.104 0.092
#> SRR191442 2 0.836 0.33985 0.056 0.468 0.336 0.140
#> SRR191443 1 0.872 0.27623 0.432 0.136 0.348 0.084
#> SRR191444 2 0.887 -0.09868 0.152 0.392 0.372 0.084
#> SRR191445 2 0.804 0.45751 0.060 0.536 0.284 0.120
#> SRR191446 2 0.792 0.27689 0.032 0.540 0.248 0.180
#> SRR191447 2 0.718 0.49518 0.020 0.592 0.268 0.120
#> SRR191448 1 0.851 0.49139 0.532 0.152 0.220 0.096
#> SRR191449 3 0.746 0.51650 0.112 0.304 0.556 0.028
#> SRR191450 3 0.926 -0.20934 0.212 0.164 0.456 0.168
#> SRR191451 2 0.809 0.07229 0.084 0.464 0.380 0.072
#> SRR191452 2 0.654 0.47319 0.024 0.676 0.200 0.100
#> SRR191453 2 0.860 0.35401 0.092 0.520 0.220 0.168
#> SRR191454 2 0.903 0.09946 0.176 0.460 0.256 0.108
#> SRR191455 2 0.820 0.36868 0.056 0.496 0.320 0.128
#> SRR191456 3 0.929 0.37942 0.284 0.276 0.356 0.084
#> SRR191457 1 0.914 0.26038 0.476 0.172 0.164 0.188
#> SRR191458 2 0.861 0.22702 0.144 0.504 0.260 0.092
#> SRR191459 2 0.675 0.30810 0.044 0.588 0.332 0.036
#> SRR191460 2 0.826 0.11370 0.096 0.464 0.364 0.076
#> SRR191461 2 0.728 0.22884 0.020 0.508 0.380 0.092
#> SRR191462 2 0.858 0.40667 0.104 0.532 0.200 0.164
#> SRR191463 2 0.631 0.53359 0.048 0.724 0.120 0.108
#> SRR191464 2 0.774 0.45995 0.052 0.552 0.296 0.100
#> SRR191465 2 0.231 0.54156 0.000 0.924 0.044 0.032
#> SRR191466 3 0.795 -0.16975 0.020 0.400 0.420 0.160
#> SRR191467 2 0.520 0.55782 0.024 0.788 0.100 0.088
#> SRR191468 2 0.359 0.54438 0.040 0.880 0.032 0.048
#> SRR191469 2 0.751 0.33944 0.024 0.556 0.288 0.132
#> SRR191470 2 0.694 0.42652 0.008 0.564 0.324 0.104
#> SRR191471 2 0.737 0.53356 0.060 0.640 0.164 0.136
#> SRR191472 2 0.492 0.51336 0.004 0.784 0.132 0.080
#> SRR191473 2 0.449 0.51745 0.000 0.772 0.200 0.028
#> SRR191474 3 0.763 0.19380 0.040 0.404 0.472 0.084
#> SRR191475 2 0.474 0.49349 0.012 0.808 0.080 0.100
#> SRR191476 2 0.719 0.42841 0.016 0.608 0.196 0.180
#> SRR191477 2 0.617 0.45379 0.020 0.664 0.264 0.052
#> SRR191478 2 0.501 0.55555 0.020 0.796 0.112 0.072
#> SRR191479 3 0.943 0.34073 0.272 0.312 0.320 0.096
#> SRR191480 2 0.642 0.41038 0.004 0.632 0.268 0.096
#> SRR191481 2 0.629 0.53191 0.040 0.708 0.180 0.072
#> SRR191482 2 0.594 0.43961 0.020 0.676 0.264 0.040
#> SRR191483 2 0.478 0.52454 0.004 0.776 0.176 0.044
#> SRR191484 3 0.904 -0.16134 0.212 0.112 0.472 0.204
#> SRR191485 2 0.743 0.46655 0.048 0.596 0.260 0.096
#> SRR191486 2 0.707 0.44729 0.012 0.564 0.316 0.108
#> SRR191487 2 0.880 -0.17418 0.048 0.384 0.332 0.236
#> SRR191488 1 0.922 0.25454 0.464 0.160 0.196 0.180
#> SRR191489 2 0.973 -0.13835 0.200 0.360 0.260 0.180
#> SRR191490 2 0.812 -0.16363 0.012 0.432 0.252 0.304
#> SRR191491 3 0.931 -0.45682 0.084 0.324 0.328 0.264
#> SRR191492 3 0.910 -0.05117 0.088 0.268 0.428 0.216
#> SRR191493 2 0.756 0.33736 0.016 0.548 0.268 0.168
#> SRR191494 2 0.696 0.46226 0.068 0.680 0.112 0.140
#> SRR191495 3 0.736 0.38160 0.060 0.252 0.608 0.080
#> SRR191496 2 0.511 0.51384 0.036 0.800 0.084 0.080
#> SRR191497 3 0.768 0.21582 0.076 0.432 0.444 0.048
#> SRR191498 2 0.949 0.11265 0.216 0.416 0.208 0.160
#> SRR191499 2 0.724 0.24454 0.024 0.524 0.368 0.084
#> SRR191500 2 0.680 0.34991 0.012 0.556 0.356 0.076
#> SRR191501 2 0.724 0.40597 0.040 0.636 0.180 0.144
#> SRR191502 2 0.798 0.32522 0.044 0.556 0.188 0.212
#> SRR191503 2 0.615 0.51112 0.024 0.720 0.124 0.132
#> SRR191504 2 0.648 0.52788 0.008 0.660 0.208 0.124
#> SRR191505 2 0.728 0.46221 0.064 0.652 0.136 0.148
#> SRR191506 2 0.518 0.51329 0.036 0.796 0.084 0.084
#> SRR191507 2 0.890 0.05015 0.080 0.412 0.340 0.168
#> SRR191508 2 0.847 0.07665 0.032 0.392 0.364 0.212
#> SRR191509 2 0.774 0.35975 0.048 0.504 0.360 0.088
#> SRR191510 2 0.774 0.51099 0.060 0.600 0.200 0.140
#> SRR191511 2 0.704 0.45626 0.016 0.600 0.268 0.116
#> SRR191512 2 0.390 0.55345 0.004 0.848 0.052 0.096
#> SRR191513 2 0.678 0.51475 0.100 0.700 0.108 0.092
#> SRR191514 2 0.344 0.54852 0.020 0.884 0.040 0.056
#> SRR191515 2 0.711 0.50739 0.088 0.660 0.180 0.072
#> SRR191516 2 0.753 0.20107 0.016 0.464 0.400 0.120
#> SRR191517 2 0.628 0.33129 0.012 0.588 0.356 0.044
#> SRR191518 2 0.457 0.54068 0.012 0.808 0.136 0.044
#> SRR191519 2 0.535 0.52827 0.008 0.740 0.196 0.056
#> SRR191520 3 0.823 -0.29707 0.024 0.260 0.468 0.248
#> SRR191521 2 0.574 0.52570 0.008 0.732 0.144 0.116
#> SRR191522 2 0.629 0.50734 0.012 0.668 0.236 0.084
#> SRR191523 2 0.727 0.45191 0.084 0.660 0.132 0.124
#> SRR191524 4 0.978 0.54073 0.152 0.260 0.288 0.300
#> SRR191525 2 0.674 0.43949 0.012 0.600 0.300 0.088
#> SRR191526 2 0.502 0.55294 0.032 0.804 0.088 0.076
#> SRR191527 1 0.882 0.15385 0.496 0.172 0.104 0.228
#> SRR191528 1 0.870 0.21565 0.524 0.140 0.132 0.204
#> SRR191529 2 0.785 0.42112 0.080 0.604 0.144 0.172
#> SRR191530 2 0.327 0.54739 0.004 0.884 0.056 0.056
#> SRR191531 4 0.946 0.57113 0.204 0.220 0.156 0.420
#> SRR191532 2 0.670 0.51346 0.032 0.668 0.204 0.096
#> SRR191533 4 0.786 0.61329 0.024 0.148 0.340 0.488
#> SRR191534 2 0.698 0.41114 0.020 0.636 0.148 0.196
#> SRR191535 2 0.422 0.53970 0.008 0.824 0.132 0.036
#> SRR191536 2 0.850 0.37333 0.112 0.544 0.148 0.196
#> SRR191537 2 0.844 0.35084 0.124 0.556 0.176 0.144
#> SRR191538 2 0.443 0.54207 0.008 0.824 0.084 0.084
#> SRR191539 2 0.702 0.49535 0.108 0.680 0.084 0.128
#> SRR191540 2 0.499 0.54069 0.004 0.776 0.148 0.072
#> SRR191541 2 0.677 0.45477 0.052 0.688 0.112 0.148
#> SRR191542 2 0.756 0.41138 0.064 0.620 0.124 0.192
#> SRR191543 2 0.378 0.54566 0.008 0.860 0.080 0.052
#> SRR191544 2 0.774 0.41710 0.020 0.540 0.252 0.188
#> SRR191545 2 0.605 0.51563 0.000 0.680 0.200 0.120
#> SRR191546 2 0.619 0.56228 0.036 0.716 0.172 0.076
#> SRR191547 2 0.771 0.37914 0.016 0.492 0.340 0.152
#> SRR191548 1 0.377 0.58364 0.860 0.020 0.096 0.024
#> SRR191549 1 0.290 0.57854 0.904 0.012 0.060 0.024
#> SRR191550 1 0.426 0.56611 0.836 0.012 0.092 0.060
#> SRR191551 1 0.329 0.58904 0.888 0.020 0.068 0.024
#> SRR191552 1 0.284 0.58293 0.908 0.020 0.056 0.016
#> SRR191553 1 0.520 0.58312 0.780 0.032 0.144 0.044
#> SRR191554 1 0.352 0.57310 0.880 0.020 0.060 0.040
#> SRR191555 3 0.912 0.29564 0.184 0.244 0.456 0.116
#> SRR191556 3 0.795 0.49930 0.276 0.236 0.476 0.012
#> SRR191557 3 0.779 0.40777 0.080 0.344 0.516 0.060
#> SRR191558 2 0.791 -0.01128 0.084 0.484 0.372 0.060
#> SRR191559 3 0.738 0.54256 0.136 0.292 0.556 0.016
#> SRR191560 3 0.784 0.56197 0.184 0.260 0.532 0.024
#> SRR191561 1 0.822 0.36355 0.576 0.120 0.124 0.180
#> SRR191562 1 0.843 0.03456 0.428 0.168 0.360 0.044
#> SRR191563 3 0.741 0.33603 0.084 0.416 0.472 0.028
#> SRR191564 3 0.715 0.47637 0.096 0.300 0.580 0.024
#> SRR191565 3 0.791 0.52702 0.236 0.244 0.504 0.016
#> SRR191566 3 0.786 0.55807 0.228 0.264 0.496 0.012
#> SRR191567 1 0.838 0.48810 0.520 0.124 0.272 0.084
#> SRR191568 3 0.827 0.24303 0.380 0.200 0.396 0.024
#> SRR191569 3 0.841 0.49306 0.188 0.352 0.424 0.036
#> SRR191570 3 0.846 0.42183 0.296 0.280 0.400 0.024
#> SRR191571 3 0.841 0.43477 0.296 0.224 0.448 0.032
#> SRR191572 1 0.366 0.58664 0.864 0.020 0.096 0.020
#> SRR191573 3 0.794 0.54588 0.244 0.264 0.480 0.012
#> SRR191574 1 0.833 0.20036 0.456 0.140 0.352 0.052
#> SRR191575 1 0.799 0.02068 0.464 0.176 0.340 0.020
#> SRR191576 3 0.839 0.30652 0.160 0.380 0.416 0.044
#> SRR191577 3 0.874 0.43403 0.276 0.268 0.412 0.044
#> SRR191578 2 0.629 0.28068 0.044 0.640 0.292 0.024
#> SRR191579 1 0.568 0.59666 0.764 0.052 0.124 0.060
#> SRR191580 1 0.339 0.59802 0.884 0.028 0.068 0.020
#> SRR191581 1 0.553 0.61043 0.776 0.080 0.100 0.044
#> SRR191582 1 0.572 0.62406 0.748 0.048 0.160 0.044
#> SRR191583 2 0.625 0.51590 0.084 0.736 0.084 0.096
#> SRR191584 1 0.612 0.55885 0.740 0.060 0.120 0.080
#> SRR191585 3 0.732 0.30832 0.024 0.304 0.564 0.108
#> SRR191586 3 0.795 0.35400 0.076 0.396 0.460 0.068
#> SRR191587 3 0.846 0.51443 0.192 0.304 0.460 0.044
#> SRR191588 3 0.845 0.45040 0.304 0.228 0.436 0.032
#> SRR191589 3 0.865 0.49485 0.200 0.308 0.440 0.052
#> SRR191590 1 0.757 0.10122 0.480 0.128 0.376 0.016
#> SRR191591 2 0.754 -0.14186 0.108 0.496 0.372 0.024
#> SRR191592 3 0.794 0.54636 0.228 0.284 0.476 0.012
#> SRR191593 3 0.870 0.53649 0.224 0.280 0.444 0.052
#> SRR191594 1 0.744 0.52358 0.636 0.112 0.180 0.072
#> SRR191595 3 0.800 0.48306 0.308 0.224 0.456 0.012
#> SRR191596 3 0.783 0.23049 0.380 0.172 0.436 0.012
#> SRR191597 2 0.711 -0.29043 0.080 0.472 0.432 0.016
#> SRR191598 3 0.784 0.54696 0.232 0.256 0.500 0.012
#> SRR191599 3 0.803 0.42150 0.300 0.200 0.480 0.020
#> SRR191600 3 0.765 0.42169 0.124 0.392 0.464 0.020
#> SRR191601 2 0.759 -0.26440 0.080 0.464 0.416 0.040
#> SRR191602 3 0.704 0.32190 0.068 0.432 0.480 0.020
#> SRR191603 3 0.719 0.39187 0.080 0.416 0.484 0.020
#> SRR191604 2 0.680 0.05978 0.052 0.544 0.380 0.024
#> SRR191605 3 0.721 0.47148 0.104 0.372 0.512 0.012
#> SRR191606 3 0.793 0.45736 0.284 0.208 0.492 0.016
#> SRR191607 3 0.740 0.40495 0.056 0.292 0.580 0.072
#> SRR191608 3 0.751 0.30540 0.052 0.272 0.584 0.092
#> SRR191609 3 0.772 0.26175 0.052 0.316 0.540 0.092
#> SRR191610 3 0.803 0.39567 0.080 0.288 0.540 0.092
#> SRR191611 3 0.729 0.15464 0.028 0.400 0.496 0.076
#> SRR191612 3 0.736 0.48912 0.124 0.348 0.516 0.012
#> SRR191613 1 0.903 0.31349 0.420 0.184 0.308 0.088
#> SRR191614 3 0.747 0.48474 0.108 0.344 0.524 0.024
#> SRR191615 3 0.729 0.47904 0.112 0.368 0.508 0.012
#> SRR191616 2 0.905 0.17627 0.256 0.464 0.148 0.132
#> SRR191617 2 0.712 0.27622 0.060 0.600 0.288 0.052
#> SRR191618 2 0.905 -0.00391 0.124 0.404 0.344 0.128
#> SRR191619 2 0.608 0.30638 0.036 0.628 0.320 0.016
#> SRR191620 2 0.708 0.19303 0.052 0.564 0.340 0.044
#> SRR191621 2 0.610 0.29099 0.020 0.612 0.340 0.028
#> SRR191622 2 0.800 -0.12819 0.116 0.472 0.368 0.044
#> SRR191623 3 0.751 0.53125 0.132 0.308 0.540 0.020
#> SRR191624 3 0.856 0.02030 0.372 0.168 0.408 0.052
#> SRR191625 2 0.689 0.13508 0.064 0.564 0.348 0.024
#> SRR191626 2 0.641 0.39523 0.012 0.608 0.320 0.060
#> SRR191627 2 0.678 -0.24376 0.056 0.472 0.456 0.016
#> SRR191628 3 0.812 0.48734 0.140 0.348 0.472 0.040
#> SRR191629 3 0.715 0.36513 0.076 0.428 0.476 0.020
#> SRR191630 1 0.758 0.50907 0.624 0.124 0.180 0.072
#> SRR191631 2 0.695 -0.26649 0.068 0.472 0.444 0.016
#> SRR191632 3 0.800 0.54565 0.252 0.268 0.468 0.012
#> SRR191633 3 0.805 0.31231 0.092 0.416 0.432 0.060
#> SRR191634 2 0.892 0.03723 0.268 0.472 0.116 0.144
#> SRR191635 3 0.734 0.52349 0.124 0.340 0.524 0.012
#> SRR191636 2 0.879 0.08984 0.276 0.480 0.104 0.140
#> SRR191637 2 0.280 0.54230 0.016 0.912 0.028 0.044
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.638 -0.22904 0.452 0.036 0.456 NA 0.012
#> SRR191394 1 0.378 0.68326 0.824 0.008 0.132 NA 0.012
#> SRR191396 3 0.784 0.00376 0.072 0.340 0.448 NA 0.028
#> SRR191397 1 0.585 0.33573 0.504 0.016 0.436 NA 0.020
#> SRR191398 1 0.584 0.65295 0.716 0.028 0.120 NA 0.032
#> SRR191399 3 0.775 0.35591 0.220 0.068 0.548 NA 0.056
#> SRR191400 1 0.529 0.66954 0.720 0.020 0.188 NA 0.012
#> SRR191401 1 0.578 0.42299 0.544 0.016 0.396 NA 0.016
#> SRR191402 3 0.626 0.53867 0.172 0.088 0.672 NA 0.020
#> SRR191403 1 0.678 0.56356 0.556 0.012 0.304 NA 0.052
#> SRR191404 3 0.607 0.42341 0.056 0.248 0.644 NA 0.016
#> SRR191405 3 0.812 0.30096 0.136 0.252 0.480 NA 0.028
#> SRR191406 3 0.576 0.50088 0.064 0.176 0.704 NA 0.020
#> SRR191407 1 0.688 0.62231 0.580 0.032 0.260 NA 0.028
#> SRR191408 3 0.858 0.32186 0.220 0.132 0.468 NA 0.064
#> SRR191409 3 0.706 0.46311 0.120 0.168 0.608 NA 0.016
#> SRR191410 3 0.646 0.44502 0.088 0.212 0.628 NA 0.004
#> SRR191411 3 0.698 0.22962 0.052 0.312 0.528 NA 0.008
#> SRR191412 1 0.619 0.22335 0.464 0.028 0.456 NA 0.012
#> SRR191413 3 0.754 0.35768 0.196 0.052 0.576 NA 0.068
#> SRR191414 3 0.720 -0.13668 0.404 0.032 0.452 NA 0.056
#> SRR191415 3 0.631 0.41745 0.076 0.236 0.620 NA 0.000
#> SRR191416 3 0.757 0.47910 0.124 0.156 0.588 NA 0.056
#> SRR191418 3 0.768 0.45378 0.156 0.200 0.544 NA 0.032
#> SRR191419 1 0.698 0.60766 0.608 0.016 0.168 NA 0.064
#> SRR191420 3 0.811 0.38838 0.224 0.128 0.512 NA 0.056
#> SRR191421 3 0.787 0.13241 0.348 0.068 0.452 NA 0.056
#> SRR191422 2 0.741 0.48962 0.008 0.508 0.284 NA 0.072
#> SRR191423 2 0.742 0.37915 0.036 0.472 0.320 NA 0.016
#> SRR191424 2 0.779 0.36106 0.016 0.476 0.220 NA 0.056
#> SRR191425 3 0.813 0.42353 0.136 0.112 0.548 NA 0.084
#> SRR191426 3 0.720 0.14750 0.028 0.288 0.544 NA 0.056
#> SRR191427 2 0.918 0.14934 0.084 0.388 0.212 NA 0.120
#> SRR191428 3 0.776 0.36721 0.048 0.112 0.572 NA 0.140
#> SRR191429 2 0.571 0.54975 0.008 0.656 0.240 NA 0.012
#> SRR191430 2 0.771 0.42522 0.032 0.460 0.292 NA 0.028
#> SRR191431 2 0.902 0.28453 0.132 0.360 0.280 NA 0.052
#> SRR191432 2 0.631 0.56723 0.008 0.660 0.152 NA 0.052
#> SRR191433 2 0.553 0.58379 0.024 0.700 0.192 NA 0.008
#> SRR191434 3 0.813 -0.03500 0.056 0.328 0.416 NA 0.036
#> SRR191435 3 0.926 0.07693 0.140 0.136 0.412 NA 0.168
#> SRR191436 2 0.827 0.18705 0.080 0.380 0.360 NA 0.032
#> SRR191437 2 0.700 0.45956 0.008 0.600 0.116 NA 0.092
#> SRR191438 3 0.786 -0.03663 0.056 0.332 0.448 NA 0.032
#> SRR191439 2 0.884 0.14060 0.028 0.388 0.200 NA 0.180
#> SRR191440 2 0.775 0.51904 0.032 0.496 0.204 NA 0.040
#> SRR191441 2 0.602 0.54830 0.016 0.684 0.128 NA 0.028
#> SRR191442 2 0.858 0.26751 0.044 0.352 0.348 NA 0.080
#> SRR191443 3 0.822 -0.26363 0.368 0.068 0.388 NA 0.044
#> SRR191444 3 0.837 0.20827 0.132 0.224 0.436 NA 0.016
#> SRR191445 2 0.845 0.42229 0.052 0.444 0.276 NA 0.092
#> SRR191446 2 0.824 0.32932 0.024 0.460 0.200 NA 0.096
#> SRR191447 2 0.722 0.51396 0.008 0.536 0.236 NA 0.048
#> SRR191448 1 0.854 0.46653 0.432 0.056 0.284 NA 0.096
#> SRR191449 3 0.575 0.51603 0.060 0.112 0.732 NA 0.028
#> SRR191450 3 0.943 -0.16743 0.192 0.096 0.344 NA 0.132
#> SRR191451 3 0.821 0.04585 0.076 0.312 0.440 NA 0.044
#> SRR191452 2 0.678 0.53604 0.008 0.588 0.144 NA 0.040
#> SRR191453 2 0.850 0.37969 0.044 0.392 0.252 NA 0.060
#> SRR191454 3 0.894 0.11140 0.172 0.264 0.376 NA 0.044
#> SRR191455 2 0.828 0.28653 0.036 0.396 0.336 NA 0.068
#> SRR191456 3 0.881 0.30370 0.248 0.112 0.436 NA 0.100
#> SRR191457 1 0.901 0.24326 0.368 0.088 0.180 NA 0.080
#> SRR191458 2 0.842 0.12463 0.096 0.348 0.344 NA 0.020
#> SRR191459 3 0.746 -0.09480 0.044 0.376 0.444 NA 0.024
#> SRR191460 3 0.820 0.09554 0.092 0.300 0.432 NA 0.024
#> SRR191461 3 0.800 -0.08412 0.016 0.352 0.408 NA 0.096
#> SRR191462 2 0.856 0.41440 0.084 0.424 0.248 NA 0.044
#> SRR191463 2 0.717 0.57950 0.032 0.584 0.212 NA 0.044
#> SRR191464 2 0.774 0.46665 0.036 0.480 0.244 NA 0.028
#> SRR191465 2 0.454 0.57738 0.000 0.748 0.180 NA 0.004
#> SRR191466 3 0.863 -0.10455 0.032 0.272 0.404 NA 0.124
#> SRR191467 2 0.606 0.60697 0.012 0.680 0.156 NA 0.036
#> SRR191468 2 0.510 0.58331 0.024 0.740 0.156 NA 0.004
#> SRR191469 2 0.822 0.27596 0.024 0.400 0.344 NA 0.116
#> SRR191470 2 0.796 0.43380 0.012 0.460 0.276 NA 0.096
#> SRR191471 2 0.759 0.55222 0.032 0.532 0.208 NA 0.044
#> SRR191472 2 0.509 0.57159 0.000 0.736 0.144 NA 0.024
#> SRR191473 2 0.582 0.50799 0.000 0.612 0.296 NA 0.028
#> SRR191474 3 0.725 0.29643 0.016 0.204 0.580 NA 0.100
#> SRR191475 2 0.521 0.55374 0.008 0.752 0.108 NA 0.036
#> SRR191476 2 0.745 0.48822 0.012 0.560 0.168 NA 0.096
#> SRR191477 2 0.673 0.39982 0.004 0.488 0.380 NA 0.040
#> SRR191478 2 0.558 0.57756 0.016 0.672 0.224 NA 0.004
#> SRR191479 3 0.883 0.27584 0.236 0.156 0.428 NA 0.068
#> SRR191480 2 0.723 0.36854 0.004 0.504 0.312 NA 0.092
#> SRR191481 2 0.661 0.56407 0.024 0.628 0.188 NA 0.028
#> SRR191482 2 0.693 0.37603 0.016 0.508 0.352 NA 0.040
#> SRR191483 2 0.598 0.51984 0.004 0.624 0.276 NA 0.044
#> SRR191484 3 0.901 -0.12949 0.204 0.056 0.396 NA 0.208
#> SRR191485 2 0.749 0.39510 0.016 0.476 0.320 NA 0.048
#> SRR191486 2 0.757 0.42521 0.012 0.428 0.332 NA 0.036
#> SRR191487 2 0.921 -0.26794 0.040 0.316 0.204 NA 0.236
#> SRR191488 1 0.906 0.27227 0.412 0.088 0.188 NA 0.108
#> SRR191489 3 0.979 -0.24391 0.136 0.252 0.272 NA 0.176
#> SRR191490 2 0.857 -0.13875 0.012 0.360 0.136 NA 0.272
#> SRR191491 2 0.959 -0.28723 0.080 0.288 0.216 NA 0.188
#> SRR191492 3 0.914 -0.04916 0.072 0.172 0.380 NA 0.244
#> SRR191493 2 0.817 0.39763 0.012 0.448 0.192 NA 0.112
#> SRR191494 2 0.699 0.51893 0.044 0.612 0.136 NA 0.032
#> SRR191495 3 0.726 0.39795 0.024 0.132 0.604 NA 0.104
#> SRR191496 2 0.557 0.57105 0.024 0.736 0.104 NA 0.032
#> SRR191497 3 0.753 0.35576 0.060 0.244 0.548 NA 0.040
#> SRR191498 3 0.971 -0.21287 0.140 0.256 0.264 NA 0.120
#> SRR191499 3 0.740 -0.12636 0.008 0.404 0.416 NA 0.080
#> SRR191500 2 0.718 0.26467 0.004 0.464 0.364 NA 0.060
#> SRR191501 2 0.787 0.47608 0.036 0.520 0.192 NA 0.064
#> SRR191502 2 0.826 0.39303 0.036 0.492 0.208 NA 0.120
#> SRR191503 2 0.677 0.56710 0.012 0.620 0.192 NA 0.068
#> SRR191504 2 0.667 0.56093 0.000 0.600 0.216 NA 0.076
#> SRR191505 2 0.772 0.51987 0.044 0.524 0.180 NA 0.040
#> SRR191506 2 0.545 0.56625 0.024 0.740 0.104 NA 0.024
#> SRR191507 2 0.914 -0.00318 0.060 0.320 0.252 NA 0.108
#> SRR191508 2 0.893 0.01362 0.020 0.324 0.248 NA 0.216
#> SRR191509 2 0.814 0.38259 0.020 0.456 0.236 NA 0.084
#> SRR191510 2 0.815 0.51330 0.032 0.460 0.232 NA 0.064
#> SRR191511 2 0.785 0.47502 0.016 0.476 0.236 NA 0.064
#> SRR191512 2 0.526 0.59572 0.000 0.716 0.160 NA 0.020
#> SRR191513 2 0.697 0.54642 0.052 0.592 0.180 NA 0.012
#> SRR191514 2 0.481 0.58792 0.008 0.740 0.160 NA 0.000
#> SRR191515 2 0.742 0.51706 0.044 0.512 0.264 NA 0.016
#> SRR191516 3 0.848 -0.12444 0.012 0.320 0.356 NA 0.144
#> SRR191517 2 0.689 0.23880 0.008 0.456 0.400 NA 0.032
#> SRR191518 2 0.543 0.55466 0.016 0.688 0.224 NA 0.008
#> SRR191519 2 0.595 0.54991 0.004 0.628 0.228 NA 0.008
#> SRR191520 3 0.885 -0.34661 0.020 0.160 0.324 NA 0.276
#> SRR191521 2 0.548 0.57994 0.000 0.692 0.156 NA 0.016
#> SRR191522 2 0.672 0.50017 0.008 0.524 0.300 NA 0.012
#> SRR191523 2 0.739 0.49258 0.060 0.564 0.152 NA 0.024
#> SRR191524 5 0.979 0.50159 0.132 0.180 0.172 NA 0.280
#> SRR191525 2 0.762 0.42290 0.008 0.468 0.296 NA 0.064
#> SRR191526 2 0.663 0.58576 0.020 0.612 0.220 NA 0.028
#> SRR191527 1 0.882 0.19050 0.436 0.096 0.128 NA 0.096
#> SRR191528 1 0.862 0.25900 0.460 0.068 0.116 NA 0.124
#> SRR191529 2 0.776 0.43409 0.052 0.484 0.168 NA 0.024
#> SRR191530 2 0.522 0.57987 0.008 0.716 0.196 NA 0.016
#> SRR191531 5 0.922 0.56423 0.168 0.144 0.072 NA 0.364
#> SRR191532 2 0.761 0.49394 0.024 0.476 0.276 NA 0.032
#> SRR191533 5 0.722 0.60868 0.016 0.080 0.172 NA 0.588
#> SRR191534 2 0.682 0.52583 0.008 0.600 0.132 NA 0.056
#> SRR191535 2 0.520 0.55300 0.012 0.696 0.232 NA 0.008
#> SRR191536 2 0.877 0.35804 0.104 0.444 0.184 NA 0.068
#> SRR191537 2 0.863 0.32699 0.068 0.428 0.220 NA 0.064
#> SRR191538 2 0.433 0.59656 0.000 0.776 0.140 NA 0.004
#> SRR191539 2 0.780 0.50659 0.064 0.524 0.188 NA 0.032
#> SRR191540 2 0.534 0.57897 0.000 0.712 0.180 NA 0.036
#> SRR191541 2 0.729 0.50091 0.036 0.604 0.164 NA 0.080
#> SRR191542 2 0.731 0.48843 0.040 0.584 0.136 NA 0.048
#> SRR191543 2 0.519 0.57249 0.004 0.708 0.192 NA 0.008
#> SRR191544 2 0.765 0.45407 0.008 0.508 0.236 NA 0.088
#> SRR191545 2 0.634 0.56948 0.000 0.632 0.180 NA 0.048
#> SRR191546 2 0.696 0.59782 0.032 0.608 0.208 NA 0.048
#> SRR191547 2 0.804 0.34604 0.008 0.404 0.324 NA 0.096
#> SRR191548 1 0.350 0.66517 0.832 0.000 0.132 NA 0.012
#> SRR191549 1 0.252 0.66496 0.888 0.000 0.096 NA 0.012
#> SRR191550 1 0.425 0.65148 0.796 0.000 0.128 NA 0.056
#> SRR191551 1 0.307 0.66764 0.860 0.000 0.112 NA 0.012
#> SRR191552 1 0.291 0.66626 0.880 0.012 0.088 NA 0.004
#> SRR191553 1 0.592 0.62608 0.704 0.016 0.132 NA 0.044
#> SRR191554 1 0.391 0.65185 0.836 0.008 0.088 NA 0.024
#> SRR191555 3 0.884 0.27682 0.144 0.136 0.468 NA 0.100
#> SRR191556 3 0.512 0.44636 0.200 0.044 0.724 NA 0.012
#> SRR191557 3 0.717 0.45652 0.072 0.136 0.632 NA 0.088
#> SRR191558 3 0.790 0.20702 0.072 0.296 0.476 NA 0.032
#> SRR191559 3 0.473 0.52883 0.076 0.092 0.788 NA 0.008
#> SRR191560 3 0.468 0.53688 0.112 0.064 0.788 NA 0.020
#> SRR191561 1 0.838 0.37609 0.484 0.060 0.132 NA 0.096
#> SRR191562 3 0.716 -0.02898 0.368 0.068 0.484 NA 0.024
#> SRR191563 3 0.634 0.45547 0.052 0.228 0.636 NA 0.012
#> SRR191564 3 0.606 0.49398 0.056 0.156 0.684 NA 0.008
#> SRR191565 3 0.581 0.46190 0.172 0.076 0.696 NA 0.008
#> SRR191566 3 0.494 0.49891 0.156 0.060 0.752 NA 0.004
#> SRR191567 1 0.779 0.48962 0.468 0.024 0.320 NA 0.096
#> SRR191568 3 0.613 0.23969 0.308 0.036 0.600 NA 0.020
#> SRR191569 3 0.687 0.51663 0.152 0.112 0.640 NA 0.036
#> SRR191570 3 0.710 0.37011 0.244 0.104 0.568 NA 0.012
#> SRR191571 3 0.648 0.37778 0.228 0.076 0.632 NA 0.032
#> SRR191572 1 0.315 0.66721 0.844 0.000 0.136 NA 0.012
#> SRR191573 3 0.580 0.49532 0.204 0.080 0.680 NA 0.020
#> SRR191574 3 0.686 -0.11084 0.400 0.044 0.480 NA 0.044
#> SRR191575 3 0.641 -0.02240 0.400 0.052 0.504 NA 0.016
#> SRR191576 3 0.745 0.38248 0.132 0.224 0.540 NA 0.008
#> SRR191577 3 0.754 0.39073 0.228 0.120 0.536 NA 0.012
#> SRR191578 3 0.649 -0.04029 0.028 0.424 0.476 NA 0.016
#> SRR191579 1 0.557 0.66075 0.716 0.016 0.172 NA 0.036
#> SRR191580 1 0.324 0.67714 0.856 0.008 0.112 NA 0.008
#> SRR191581 1 0.549 0.67277 0.732 0.032 0.136 NA 0.016
#> SRR191582 1 0.557 0.67045 0.704 0.032 0.184 NA 0.008
#> SRR191583 2 0.715 0.56182 0.076 0.612 0.140 NA 0.028
#> SRR191584 1 0.610 0.62850 0.692 0.032 0.136 NA 0.028
#> SRR191585 3 0.719 0.37147 0.012 0.148 0.596 NA 0.128
#> SRR191586 3 0.715 0.42911 0.048 0.180 0.616 NA 0.080
#> SRR191587 3 0.636 0.52447 0.136 0.108 0.676 NA 0.020
#> SRR191588 3 0.579 0.41421 0.236 0.032 0.668 NA 0.016
#> SRR191589 3 0.702 0.51506 0.160 0.116 0.624 NA 0.032
#> SRR191590 3 0.558 -0.05642 0.420 0.012 0.532 NA 0.016
#> SRR191591 3 0.680 0.34482 0.072 0.272 0.580 NA 0.016
#> SRR191592 3 0.516 0.51615 0.172 0.068 0.732 NA 0.008
#> SRR191593 3 0.691 0.51836 0.180 0.100 0.628 NA 0.036
#> SRR191594 1 0.645 0.54767 0.596 0.028 0.276 NA 0.084
#> SRR191595 3 0.535 0.41486 0.232 0.040 0.692 NA 0.008
#> SRR191596 3 0.566 0.22020 0.312 0.020 0.620 NA 0.012
#> SRR191597 3 0.582 0.40452 0.036 0.276 0.640 NA 0.016
#> SRR191598 3 0.455 0.47033 0.164 0.036 0.772 NA 0.008
#> SRR191599 3 0.522 0.36131 0.228 0.028 0.704 NA 0.016
#> SRR191600 3 0.588 0.49102 0.076 0.176 0.692 NA 0.012
#> SRR191601 3 0.680 0.39643 0.052 0.260 0.596 NA 0.040
#> SRR191602 3 0.559 0.43200 0.036 0.224 0.684 NA 0.008
#> SRR191603 3 0.568 0.46959 0.048 0.208 0.688 NA 0.008
#> SRR191604 3 0.655 0.17930 0.036 0.360 0.524 NA 0.008
#> SRR191605 3 0.555 0.50089 0.060 0.172 0.716 NA 0.012
#> SRR191606 3 0.545 0.39386 0.216 0.032 0.696 NA 0.008
#> SRR191607 3 0.695 0.42940 0.032 0.128 0.640 NA 0.104
#> SRR191608 3 0.755 0.34460 0.020 0.176 0.564 NA 0.108
#> SRR191609 3 0.760 0.30318 0.012 0.220 0.528 NA 0.088
#> SRR191610 3 0.731 0.42045 0.044 0.112 0.616 NA 0.120
#> SRR191611 3 0.721 0.28561 0.016 0.252 0.560 NA 0.088
#> SRR191612 3 0.541 0.50919 0.072 0.144 0.736 NA 0.016
#> SRR191613 1 0.888 0.31631 0.396 0.116 0.292 NA 0.084
#> SRR191614 3 0.554 0.51492 0.056 0.164 0.724 NA 0.028
#> SRR191615 3 0.540 0.50873 0.072 0.160 0.728 NA 0.016
#> SRR191616 2 0.927 0.09398 0.204 0.348 0.192 NA 0.056
#> SRR191617 3 0.716 -0.08495 0.028 0.380 0.444 NA 0.012
#> SRR191618 3 0.904 0.05017 0.092 0.260 0.396 NA 0.104
#> SRR191619 3 0.673 -0.10118 0.028 0.412 0.468 NA 0.016
#> SRR191620 3 0.715 0.07164 0.040 0.340 0.500 NA 0.020
#> SRR191621 3 0.635 -0.09829 0.004 0.424 0.468 NA 0.016
#> SRR191622 3 0.712 0.31284 0.076 0.256 0.568 NA 0.020
#> SRR191623 3 0.513 0.52722 0.084 0.104 0.764 NA 0.016
#> SRR191624 3 0.733 0.08643 0.332 0.052 0.508 NA 0.052
#> SRR191625 3 0.677 0.16404 0.044 0.340 0.532 NA 0.016
#> SRR191626 2 0.699 0.30370 0.004 0.496 0.348 NA 0.060
#> SRR191627 3 0.578 0.37399 0.024 0.284 0.636 NA 0.016
#> SRR191628 3 0.630 0.50975 0.104 0.176 0.664 NA 0.028
#> SRR191629 3 0.561 0.45967 0.044 0.208 0.692 NA 0.008
#> SRR191630 1 0.651 0.52978 0.584 0.028 0.288 NA 0.084
#> SRR191631 3 0.578 0.38722 0.024 0.284 0.636 NA 0.016
#> SRR191632 3 0.592 0.48905 0.212 0.092 0.664 NA 0.016
#> SRR191633 3 0.715 0.40332 0.056 0.272 0.556 NA 0.024
#> SRR191634 2 0.935 0.00293 0.208 0.344 0.168 NA 0.068
#> SRR191635 3 0.586 0.53567 0.096 0.120 0.712 NA 0.012
#> SRR191636 2 0.930 0.00566 0.188 0.332 0.148 NA 0.068
#> SRR191637 2 0.452 0.57438 0.004 0.764 0.168 NA 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 1 0.644 0.24866 0.472 0.032 0.392 0.016 0.072 0.016
#> SRR191394 1 0.284 0.48668 0.880 0.004 0.072 0.016 0.016 0.012
#> SRR191396 3 0.778 0.09032 0.064 0.308 0.448 0.052 0.040 0.088
#> SRR191397 1 0.601 0.37969 0.528 0.012 0.368 0.024 0.032 0.036
#> SRR191398 1 0.472 0.34360 0.720 0.012 0.064 0.000 0.188 0.016
#> SRR191399 3 0.814 0.28276 0.208 0.052 0.464 0.148 0.092 0.036
#> SRR191400 1 0.491 0.47380 0.748 0.012 0.136 0.016 0.056 0.032
#> SRR191401 1 0.585 0.40196 0.568 0.012 0.332 0.020 0.036 0.032
#> SRR191402 3 0.632 0.50806 0.188 0.072 0.636 0.044 0.044 0.016
#> SRR191403 1 0.660 0.38021 0.572 0.008 0.236 0.108 0.052 0.024
#> SRR191404 3 0.617 0.48014 0.052 0.208 0.640 0.028 0.040 0.032
#> SRR191405 3 0.836 0.29357 0.108 0.188 0.472 0.060 0.096 0.076
#> SRR191406 3 0.482 0.53126 0.072 0.124 0.748 0.036 0.000 0.020
#> SRR191407 1 0.618 0.42501 0.604 0.024 0.224 0.000 0.096 0.052
#> SRR191408 3 0.819 0.27859 0.220 0.080 0.456 0.080 0.028 0.136
#> SRR191409 3 0.705 0.49623 0.112 0.148 0.600 0.048 0.052 0.040
#> SRR191410 3 0.605 0.48293 0.080 0.180 0.656 0.032 0.036 0.016
#> SRR191411 3 0.726 0.29114 0.052 0.252 0.516 0.032 0.024 0.124
#> SRR191412 1 0.623 0.26923 0.484 0.024 0.392 0.012 0.072 0.016
#> SRR191413 3 0.737 0.33043 0.180 0.024 0.552 0.092 0.112 0.040
#> SRR191414 1 0.718 0.14151 0.408 0.028 0.404 0.068 0.068 0.024
#> SRR191415 3 0.601 0.46005 0.068 0.204 0.648 0.028 0.032 0.020
#> SRR191416 3 0.672 0.50116 0.132 0.104 0.600 0.132 0.008 0.024
#> SRR191418 3 0.756 0.47397 0.156 0.180 0.524 0.068 0.048 0.024
#> SRR191419 1 0.672 0.25665 0.592 0.016 0.116 0.040 0.196 0.040
#> SRR191420 3 0.811 0.27527 0.216 0.140 0.452 0.124 0.028 0.040
#> SRR191421 3 0.798 0.06959 0.340 0.060 0.396 0.096 0.080 0.028
#> SRR191422 2 0.716 0.40997 0.008 0.492 0.248 0.068 0.016 0.168
#> SRR191423 2 0.747 0.33754 0.016 0.420 0.304 0.036 0.032 0.192
#> SRR191424 2 0.836 0.07641 0.012 0.372 0.232 0.152 0.044 0.188
#> SRR191425 3 0.791 0.37890 0.136 0.088 0.508 0.156 0.020 0.092
#> SRR191426 3 0.694 0.23522 0.032 0.264 0.512 0.144 0.004 0.044
#> SRR191427 2 0.909 -0.11122 0.044 0.364 0.152 0.124 0.128 0.188
#> SRR191428 3 0.600 0.25362 0.036 0.072 0.528 0.352 0.004 0.008
#> SRR191429 2 0.565 0.51661 0.000 0.640 0.224 0.028 0.020 0.088
#> SRR191430 2 0.786 0.34723 0.012 0.396 0.268 0.068 0.036 0.220
#> SRR191431 2 0.930 0.13648 0.116 0.332 0.228 0.080 0.108 0.136
#> SRR191432 2 0.628 0.40535 0.004 0.628 0.124 0.108 0.012 0.124
#> SRR191433 2 0.545 0.52434 0.008 0.688 0.184 0.016 0.036 0.068
#> SRR191434 3 0.797 0.05082 0.044 0.316 0.412 0.116 0.032 0.080
#> SRR191435 3 0.870 -0.21720 0.124 0.116 0.344 0.304 0.044 0.068
#> SRR191436 3 0.816 -0.13969 0.060 0.332 0.356 0.048 0.032 0.172
#> SRR191437 2 0.631 0.28494 0.004 0.592 0.064 0.044 0.044 0.252
#> SRR191438 3 0.779 0.03709 0.032 0.312 0.428 0.072 0.032 0.124
#> SRR191439 2 0.841 -0.31987 0.012 0.336 0.144 0.272 0.044 0.192
#> SRR191440 2 0.783 0.32586 0.016 0.444 0.172 0.032 0.092 0.244
#> SRR191441 2 0.608 0.45369 0.008 0.620 0.108 0.036 0.016 0.212
#> SRR191442 3 0.831 -0.22745 0.008 0.304 0.316 0.160 0.040 0.172
#> SRR191443 1 0.803 0.18229 0.364 0.044 0.356 0.040 0.056 0.140
#> SRR191444 3 0.863 0.22627 0.112 0.220 0.420 0.108 0.044 0.096
#> SRR191445 2 0.837 0.29432 0.032 0.408 0.236 0.172 0.048 0.104
#> SRR191446 2 0.769 0.12754 0.012 0.448 0.168 0.100 0.024 0.248
#> SRR191447 2 0.719 0.32372 0.004 0.488 0.208 0.076 0.016 0.208
#> SRR191448 1 0.842 0.03424 0.408 0.064 0.236 0.056 0.184 0.052
#> SRR191449 3 0.503 0.52278 0.060 0.064 0.748 0.104 0.016 0.008
#> SRR191450 3 0.955 -0.35033 0.148 0.060 0.264 0.220 0.164 0.144
#> SRR191451 3 0.795 0.12447 0.068 0.260 0.460 0.088 0.024 0.100
#> SRR191452 2 0.749 0.33855 0.008 0.532 0.132 0.144 0.052 0.132
#> SRR191453 2 0.859 0.17094 0.020 0.336 0.236 0.088 0.076 0.244
#> SRR191454 3 0.903 0.16444 0.160 0.216 0.368 0.064 0.092 0.100
#> SRR191455 2 0.798 0.24173 0.012 0.356 0.316 0.116 0.024 0.176
#> SRR191456 3 0.873 0.24550 0.220 0.084 0.416 0.100 0.068 0.112
#> SRR191457 5 0.838 0.46999 0.276 0.052 0.132 0.040 0.400 0.100
#> SRR191458 3 0.847 -0.11996 0.080 0.288 0.340 0.020 0.072 0.200
#> SRR191459 3 0.716 0.03498 0.036 0.348 0.460 0.092 0.028 0.036
#> SRR191460 3 0.824 0.15012 0.080 0.280 0.424 0.100 0.040 0.076
#> SRR191461 3 0.753 0.03178 0.016 0.268 0.424 0.216 0.016 0.060
#> SRR191462 2 0.887 0.25662 0.084 0.392 0.212 0.092 0.064 0.156
#> SRR191463 2 0.715 0.47498 0.012 0.548 0.196 0.052 0.048 0.144
#> SRR191464 2 0.790 0.30532 0.012 0.420 0.248 0.108 0.028 0.184
#> SRR191465 2 0.486 0.52135 0.000 0.708 0.176 0.020 0.004 0.092
#> SRR191466 3 0.798 -0.20974 0.012 0.240 0.368 0.252 0.020 0.108
#> SRR191467 2 0.582 0.49904 0.008 0.660 0.128 0.032 0.016 0.156
#> SRR191468 2 0.496 0.51585 0.008 0.736 0.144 0.016 0.024 0.072
#> SRR191469 2 0.754 0.19953 0.012 0.412 0.280 0.220 0.024 0.052
#> SRR191470 2 0.793 0.20330 0.008 0.364 0.288 0.208 0.024 0.108
#> SRR191471 2 0.772 0.43451 0.024 0.508 0.188 0.092 0.044 0.144
#> SRR191472 2 0.499 0.44723 0.000 0.728 0.092 0.032 0.016 0.132
#> SRR191473 2 0.598 0.46469 0.000 0.568 0.300 0.072 0.012 0.048
#> SRR191474 3 0.638 0.33703 0.016 0.180 0.556 0.216 0.000 0.032
#> SRR191475 2 0.502 0.45794 0.000 0.732 0.084 0.032 0.024 0.128
#> SRR191476 2 0.752 0.25478 0.004 0.492 0.152 0.112 0.036 0.204
#> SRR191477 2 0.623 0.35143 0.000 0.480 0.380 0.072 0.008 0.060
#> SRR191478 2 0.534 0.52803 0.008 0.680 0.212 0.028 0.016 0.056
#> SRR191479 3 0.872 0.20365 0.216 0.156 0.404 0.088 0.084 0.052
#> SRR191480 2 0.637 0.31685 0.000 0.496 0.288 0.176 0.000 0.040
#> SRR191481 2 0.658 0.47257 0.008 0.572 0.208 0.056 0.012 0.144
#> SRR191482 2 0.637 0.35203 0.000 0.492 0.344 0.108 0.008 0.048
#> SRR191483 2 0.556 0.48051 0.004 0.644 0.224 0.088 0.004 0.036
#> SRR191484 3 0.819 -0.21379 0.168 0.024 0.344 0.336 0.084 0.044
#> SRR191485 2 0.747 0.34751 0.004 0.440 0.304 0.064 0.044 0.144
#> SRR191486 2 0.767 0.29816 0.004 0.360 0.332 0.116 0.016 0.172
#> SRR191487 4 0.868 0.24324 0.020 0.252 0.184 0.324 0.052 0.168
#> SRR191488 1 0.856 -0.28118 0.348 0.036 0.148 0.044 0.292 0.132
#> SRR191489 2 0.960 -0.28744 0.144 0.256 0.220 0.156 0.064 0.160
#> SRR191490 4 0.798 0.12489 0.004 0.316 0.100 0.336 0.036 0.208
#> SRR191491 6 0.931 -0.00430 0.052 0.200 0.180 0.156 0.100 0.312
#> SRR191492 3 0.849 -0.33938 0.052 0.140 0.332 0.328 0.032 0.116
#> SRR191493 2 0.848 0.09361 0.012 0.360 0.196 0.180 0.048 0.204
#> SRR191494 2 0.694 0.38758 0.024 0.548 0.108 0.012 0.072 0.236
#> SRR191495 3 0.614 0.33229 0.012 0.064 0.596 0.264 0.016 0.048
#> SRR191496 2 0.562 0.48714 0.024 0.708 0.100 0.072 0.008 0.088
#> SRR191497 3 0.715 0.38664 0.036 0.224 0.552 0.092 0.024 0.072
#> SRR191498 5 0.937 -0.09547 0.076 0.216 0.224 0.064 0.264 0.156
#> SRR191499 2 0.696 0.11296 0.008 0.400 0.388 0.128 0.004 0.072
#> SRR191500 2 0.686 0.24533 0.008 0.456 0.344 0.108 0.004 0.080
#> SRR191501 2 0.769 0.35514 0.020 0.472 0.180 0.052 0.048 0.228
#> SRR191502 2 0.801 0.26751 0.012 0.464 0.172 0.072 0.092 0.188
#> SRR191503 2 0.624 0.43364 0.000 0.628 0.132 0.072 0.024 0.144
#> SRR191504 2 0.664 0.38018 0.004 0.580 0.176 0.096 0.012 0.132
#> SRR191505 2 0.732 0.30096 0.024 0.512 0.108 0.036 0.060 0.260
#> SRR191506 2 0.583 0.48119 0.024 0.700 0.092 0.056 0.024 0.104
#> SRR191507 4 0.933 0.15009 0.040 0.228 0.232 0.248 0.116 0.136
#> SRR191508 4 0.851 0.27002 0.012 0.248 0.216 0.328 0.048 0.148
#> SRR191509 2 0.826 0.15714 0.016 0.368 0.252 0.168 0.028 0.168
#> SRR191510 2 0.820 0.39323 0.024 0.432 0.212 0.112 0.044 0.176
#> SRR191511 2 0.812 0.11694 0.004 0.392 0.224 0.168 0.040 0.172
#> SRR191512 2 0.541 0.51617 0.000 0.688 0.144 0.020 0.028 0.120
#> SRR191513 2 0.705 0.43635 0.016 0.540 0.188 0.008 0.096 0.152
#> SRR191514 2 0.502 0.52116 0.000 0.712 0.160 0.020 0.016 0.092
#> SRR191515 2 0.775 0.42763 0.020 0.480 0.240 0.048 0.080 0.132
#> SRR191516 3 0.793 -0.15585 0.008 0.228 0.368 0.280 0.036 0.080
#> SRR191517 3 0.663 -0.15295 0.004 0.400 0.428 0.116 0.016 0.036
#> SRR191518 2 0.559 0.50631 0.008 0.648 0.240 0.036 0.016 0.052
#> SRR191519 2 0.643 0.46379 0.000 0.572 0.244 0.084 0.020 0.080
#> SRR191520 4 0.757 0.25604 0.012 0.128 0.260 0.476 0.040 0.084
#> SRR191521 2 0.542 0.47101 0.000 0.676 0.120 0.024 0.016 0.164
#> SRR191522 2 0.712 0.39194 0.000 0.456 0.308 0.072 0.024 0.140
#> SRR191523 2 0.766 0.35474 0.036 0.480 0.116 0.020 0.096 0.252
#> SRR191524 4 0.968 -0.06055 0.084 0.140 0.140 0.268 0.184 0.184
#> SRR191525 2 0.791 0.20638 0.012 0.392 0.288 0.180 0.028 0.100
#> SRR191526 2 0.659 0.51098 0.012 0.596 0.192 0.036 0.036 0.128
#> SRR191527 5 0.716 0.45636 0.356 0.052 0.072 0.004 0.444 0.072
#> SRR191528 1 0.763 -0.37394 0.420 0.032 0.064 0.028 0.340 0.116
#> SRR191529 2 0.789 0.20099 0.040 0.408 0.124 0.028 0.076 0.324
#> SRR191530 2 0.520 0.52207 0.000 0.692 0.188 0.020 0.024 0.076
#> SRR191531 6 0.927 0.14363 0.140 0.112 0.064 0.136 0.208 0.340
#> SRR191532 2 0.768 0.38129 0.004 0.440 0.280 0.076 0.056 0.144
#> SRR191533 4 0.836 -0.22335 0.012 0.060 0.136 0.388 0.160 0.244
#> SRR191534 2 0.647 0.37542 0.000 0.548 0.104 0.032 0.040 0.276
#> SRR191535 2 0.521 0.51138 0.004 0.680 0.224 0.032 0.016 0.044
#> SRR191536 2 0.891 0.12587 0.052 0.380 0.132 0.072 0.168 0.196
#> SRR191537 2 0.847 0.12424 0.044 0.416 0.184 0.036 0.144 0.176
#> SRR191538 2 0.431 0.50165 0.000 0.772 0.120 0.020 0.008 0.080
#> SRR191539 2 0.750 0.37660 0.024 0.488 0.156 0.004 0.164 0.164
#> SRR191540 2 0.488 0.48415 0.000 0.720 0.152 0.032 0.004 0.092
#> SRR191541 2 0.692 0.41020 0.004 0.588 0.144 0.048 0.108 0.108
#> SRR191542 2 0.737 0.30541 0.020 0.500 0.096 0.024 0.100 0.260
#> SRR191543 2 0.526 0.52130 0.000 0.680 0.196 0.028 0.012 0.084
#> SRR191544 2 0.739 0.29574 0.004 0.464 0.208 0.068 0.028 0.228
#> SRR191545 2 0.648 0.39668 0.000 0.584 0.164 0.132 0.008 0.112
#> SRR191546 2 0.675 0.46584 0.020 0.584 0.164 0.056 0.016 0.160
#> SRR191547 2 0.773 0.15740 0.004 0.372 0.296 0.144 0.012 0.172
#> SRR191548 1 0.283 0.47396 0.872 0.000 0.072 0.020 0.036 0.000
#> SRR191549 1 0.200 0.47073 0.916 0.000 0.048 0.000 0.032 0.004
#> SRR191550 1 0.400 0.43999 0.792 0.000 0.076 0.012 0.112 0.008
#> SRR191551 1 0.235 0.47059 0.900 0.000 0.052 0.012 0.036 0.000
#> SRR191552 1 0.219 0.46291 0.912 0.004 0.044 0.000 0.032 0.008
#> SRR191553 1 0.568 0.29465 0.688 0.008 0.092 0.032 0.148 0.032
#> SRR191554 1 0.327 0.42236 0.848 0.008 0.048 0.000 0.084 0.012
#> SRR191555 3 0.866 0.15042 0.100 0.088 0.432 0.212 0.092 0.076
#> SRR191556 3 0.495 0.42748 0.208 0.024 0.708 0.012 0.036 0.012
#> SRR191557 3 0.639 0.47534 0.068 0.104 0.608 0.196 0.008 0.016
#> SRR191558 3 0.778 0.26464 0.072 0.264 0.480 0.068 0.032 0.084
#> SRR191559 3 0.415 0.54070 0.084 0.052 0.804 0.048 0.008 0.004
#> SRR191560 3 0.402 0.51594 0.120 0.028 0.804 0.024 0.020 0.004
#> SRR191561 5 0.688 0.40371 0.400 0.028 0.076 0.024 0.436 0.036
#> SRR191562 3 0.703 -0.05028 0.376 0.056 0.448 0.020 0.068 0.032
#> SRR191563 3 0.561 0.49298 0.056 0.196 0.672 0.048 0.004 0.024
#> SRR191564 3 0.589 0.51534 0.056 0.132 0.688 0.080 0.020 0.024
#> SRR191565 3 0.591 0.44459 0.184 0.068 0.664 0.032 0.040 0.012
#> SRR191566 3 0.446 0.47316 0.164 0.032 0.760 0.016 0.020 0.008
#> SRR191567 1 0.743 0.27128 0.476 0.024 0.276 0.124 0.084 0.016
#> SRR191568 3 0.575 0.16744 0.328 0.024 0.576 0.012 0.044 0.016
#> SRR191569 3 0.656 0.54061 0.132 0.096 0.644 0.048 0.028 0.052
#> SRR191570 3 0.717 0.34327 0.260 0.100 0.528 0.040 0.032 0.040
#> SRR191571 3 0.627 0.36280 0.240 0.048 0.612 0.028 0.048 0.024
#> SRR191572 1 0.289 0.47842 0.872 0.000 0.076 0.008 0.032 0.012
#> SRR191573 3 0.559 0.47248 0.216 0.072 0.656 0.012 0.040 0.004
#> SRR191574 1 0.712 0.21648 0.412 0.036 0.408 0.028 0.076 0.040
#> SRR191575 3 0.618 -0.06359 0.400 0.032 0.488 0.012 0.044 0.024
#> SRR191576 3 0.753 0.42243 0.124 0.200 0.528 0.048 0.024 0.076
#> SRR191577 3 0.742 0.35569 0.228 0.100 0.528 0.036 0.032 0.076
#> SRR191578 3 0.624 0.06369 0.028 0.396 0.484 0.056 0.008 0.028
#> SRR191579 1 0.536 0.41038 0.716 0.012 0.108 0.028 0.116 0.020
#> SRR191580 1 0.247 0.47490 0.900 0.004 0.056 0.004 0.024 0.012
#> SRR191581 1 0.447 0.43203 0.760 0.016 0.088 0.000 0.124 0.012
#> SRR191582 1 0.506 0.46744 0.728 0.024 0.136 0.000 0.076 0.036
#> SRR191583 2 0.759 0.46027 0.076 0.568 0.136 0.056 0.076 0.088
#> SRR191584 1 0.552 0.29719 0.712 0.020 0.068 0.028 0.140 0.032
#> SRR191585 3 0.546 0.34926 0.004 0.096 0.580 0.308 0.000 0.012
#> SRR191586 3 0.653 0.46231 0.048 0.148 0.592 0.184 0.012 0.016
#> SRR191587 3 0.654 0.52038 0.148 0.080 0.644 0.044 0.040 0.044
#> SRR191588 3 0.634 0.36693 0.252 0.028 0.600 0.028 0.056 0.036
#> SRR191589 3 0.670 0.53869 0.152 0.092 0.628 0.044 0.048 0.036
#> SRR191590 3 0.576 -0.12432 0.440 0.012 0.472 0.008 0.048 0.020
#> SRR191591 3 0.647 0.41510 0.076 0.232 0.600 0.040 0.024 0.028
#> SRR191592 3 0.490 0.48908 0.168 0.052 0.732 0.012 0.024 0.012
#> SRR191593 3 0.658 0.49531 0.184 0.080 0.616 0.072 0.028 0.020
#> SRR191594 1 0.630 0.36933 0.600 0.028 0.244 0.040 0.076 0.012
#> SRR191595 3 0.487 0.38959 0.236 0.024 0.692 0.008 0.032 0.008
#> SRR191596 3 0.581 0.21327 0.316 0.032 0.580 0.004 0.040 0.028
#> SRR191597 3 0.511 0.45334 0.044 0.228 0.680 0.028 0.000 0.020
#> SRR191598 3 0.465 0.45706 0.168 0.032 0.744 0.004 0.040 0.012
#> SRR191599 3 0.506 0.34844 0.240 0.016 0.680 0.012 0.040 0.012
#> SRR191600 3 0.533 0.52888 0.080 0.136 0.720 0.016 0.024 0.024
#> SRR191601 3 0.612 0.46095 0.052 0.220 0.624 0.068 0.004 0.032
#> SRR191602 3 0.514 0.47471 0.044 0.192 0.704 0.040 0.012 0.008
#> SRR191603 3 0.488 0.50561 0.048 0.176 0.724 0.028 0.024 0.000
#> SRR191604 3 0.620 0.26336 0.028 0.316 0.556 0.040 0.008 0.052
#> SRR191605 3 0.455 0.53012 0.064 0.116 0.764 0.048 0.000 0.008
#> SRR191606 3 0.563 0.37607 0.228 0.032 0.660 0.032 0.032 0.016
#> SRR191607 3 0.536 0.39021 0.024 0.068 0.648 0.248 0.008 0.004
#> SRR191608 3 0.651 0.30071 0.012 0.104 0.564 0.252 0.008 0.060
#> SRR191609 3 0.710 0.24051 0.012 0.144 0.520 0.240 0.024 0.060
#> SRR191610 3 0.617 0.36972 0.028 0.064 0.608 0.248 0.012 0.040
#> SRR191611 3 0.634 0.30160 0.004 0.252 0.516 0.204 0.004 0.020
#> SRR191612 3 0.437 0.53505 0.076 0.088 0.784 0.040 0.000 0.012
#> SRR191613 1 0.899 -0.06317 0.328 0.084 0.244 0.068 0.208 0.068
#> SRR191614 3 0.486 0.53937 0.064 0.104 0.756 0.040 0.000 0.036
#> SRR191615 3 0.471 0.53460 0.080 0.112 0.760 0.028 0.004 0.016
#> SRR191616 2 0.903 -0.10814 0.136 0.300 0.144 0.040 0.288 0.092
#> SRR191617 3 0.718 0.00288 0.024 0.348 0.448 0.060 0.016 0.104
#> SRR191618 3 0.914 0.03117 0.072 0.228 0.352 0.112 0.092 0.144
#> SRR191619 3 0.676 -0.03370 0.032 0.384 0.464 0.044 0.020 0.056
#> SRR191620 3 0.699 0.16973 0.024 0.304 0.504 0.064 0.016 0.088
#> SRR191621 3 0.633 0.00526 0.004 0.404 0.468 0.052 0.028 0.044
#> SRR191622 3 0.692 0.38566 0.064 0.244 0.556 0.024 0.024 0.088
#> SRR191623 3 0.430 0.53818 0.088 0.072 0.784 0.052 0.000 0.004
#> SRR191624 3 0.741 0.06115 0.336 0.056 0.456 0.064 0.064 0.024
#> SRR191625 3 0.666 0.24131 0.044 0.320 0.524 0.064 0.016 0.032
#> SRR191626 2 0.664 0.28641 0.008 0.496 0.320 0.108 0.004 0.064
#> SRR191627 3 0.499 0.42928 0.020 0.232 0.688 0.036 0.004 0.020
#> SRR191628 3 0.643 0.52243 0.112 0.200 0.608 0.044 0.016 0.020
#> SRR191629 3 0.504 0.49986 0.040 0.180 0.720 0.024 0.028 0.008
#> SRR191630 1 0.640 0.35159 0.588 0.032 0.252 0.040 0.076 0.012
#> SRR191631 3 0.507 0.43809 0.032 0.232 0.680 0.036 0.000 0.020
#> SRR191632 3 0.581 0.46404 0.220 0.080 0.640 0.020 0.036 0.004
#> SRR191633 3 0.675 0.41244 0.044 0.260 0.560 0.052 0.012 0.072
#> SRR191634 2 0.858 -0.14154 0.160 0.340 0.108 0.040 0.304 0.048
#> SRR191635 3 0.538 0.55175 0.096 0.104 0.720 0.056 0.012 0.012
#> SRR191636 2 0.900 -0.12952 0.132 0.304 0.112 0.040 0.296 0.116
#> SRR191637 2 0.462 0.51936 0.004 0.748 0.164 0.012 0.036 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.357 0.750 0.871 0.4831 0.507 0.507
#> 3 3 0.303 0.674 0.773 0.3174 0.656 0.436
#> 4 4 0.354 0.440 0.666 0.1331 0.898 0.739
#> 5 5 0.408 0.323 0.610 0.0768 0.877 0.641
#> 6 6 0.448 0.288 0.567 0.0400 0.902 0.646
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191394 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191396 2 0.8207 0.69312 0.256 0.744
#> SRR191397 1 0.0938 0.85954 0.988 0.012
#> SRR191398 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191399 1 0.2423 0.86057 0.960 0.040
#> SRR191400 1 0.1184 0.85948 0.984 0.016
#> SRR191401 1 0.0938 0.85954 0.988 0.012
#> SRR191402 1 0.5059 0.83995 0.888 0.112
#> SRR191403 1 0.0938 0.85954 0.988 0.012
#> SRR191404 2 0.8909 0.63335 0.308 0.692
#> SRR191405 1 0.9460 0.41834 0.636 0.364
#> SRR191406 1 0.7815 0.72683 0.768 0.232
#> SRR191407 1 0.0938 0.85820 0.988 0.012
#> SRR191408 1 0.7056 0.76817 0.808 0.192
#> SRR191409 1 0.8207 0.69881 0.744 0.256
#> SRR191410 2 0.9732 0.37843 0.404 0.596
#> SRR191411 2 0.9795 0.33015 0.416 0.584
#> SRR191412 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191413 1 0.1184 0.86147 0.984 0.016
#> SRR191414 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191415 2 0.9358 0.51053 0.352 0.648
#> SRR191416 1 0.8327 0.69556 0.736 0.264
#> SRR191418 1 0.7745 0.74285 0.772 0.228
#> SRR191419 1 0.0000 0.85664 1.000 0.000
#> SRR191420 1 0.6623 0.80478 0.828 0.172
#> SRR191421 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191422 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191423 2 0.0938 0.84866 0.012 0.988
#> SRR191424 2 0.1633 0.84948 0.024 0.976
#> SRR191425 1 0.7674 0.75845 0.776 0.224
#> SRR191426 2 0.3879 0.84574 0.076 0.924
#> SRR191427 2 0.6801 0.76037 0.180 0.820
#> SRR191428 2 0.9922 0.20898 0.448 0.552
#> SRR191429 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191430 2 0.4022 0.84499 0.080 0.920
#> SRR191431 2 0.8267 0.68289 0.260 0.740
#> SRR191432 2 0.0672 0.84524 0.008 0.992
#> SRR191433 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191434 2 0.4431 0.83810 0.092 0.908
#> SRR191435 1 0.8081 0.71005 0.752 0.248
#> SRR191436 2 0.9922 0.19847 0.448 0.552
#> SRR191437 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191438 2 0.7056 0.77974 0.192 0.808
#> SRR191439 2 0.1414 0.84827 0.020 0.980
#> SRR191440 2 0.3879 0.84455 0.076 0.924
#> SRR191441 2 0.1633 0.84981 0.024 0.976
#> SRR191442 2 0.6712 0.76673 0.176 0.824
#> SRR191443 1 0.3879 0.85007 0.924 0.076
#> SRR191444 1 0.9491 0.40684 0.632 0.368
#> SRR191445 2 0.4161 0.82762 0.084 0.916
#> SRR191446 2 0.5059 0.82304 0.112 0.888
#> SRR191447 2 0.1414 0.84452 0.020 0.980
#> SRR191448 1 0.0672 0.85765 0.992 0.008
#> SRR191449 1 0.7299 0.74981 0.796 0.204
#> SRR191450 1 0.6531 0.77984 0.832 0.168
#> SRR191451 1 0.9129 0.58567 0.672 0.328
#> SRR191452 2 0.1843 0.85002 0.028 0.972
#> SRR191453 2 0.3879 0.84331 0.076 0.924
#> SRR191454 1 0.6343 0.79613 0.840 0.160
#> SRR191455 2 0.4161 0.84159 0.084 0.916
#> SRR191456 1 0.5946 0.81709 0.856 0.144
#> SRR191457 1 0.4161 0.84074 0.916 0.084
#> SRR191458 1 0.9209 0.51392 0.664 0.336
#> SRR191459 2 0.3584 0.84423 0.068 0.932
#> SRR191460 2 0.9754 0.38630 0.408 0.592
#> SRR191461 2 0.7056 0.75582 0.192 0.808
#> SRR191462 2 0.7376 0.74315 0.208 0.792
#> SRR191463 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191464 2 0.3274 0.84848 0.060 0.940
#> SRR191465 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191466 2 0.5178 0.81750 0.116 0.884
#> SRR191467 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191468 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191469 2 0.6531 0.77435 0.168 0.832
#> SRR191470 2 0.2603 0.85102 0.044 0.956
#> SRR191471 2 0.0938 0.84981 0.012 0.988
#> SRR191472 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191473 2 0.0672 0.84524 0.008 0.992
#> SRR191474 2 0.9170 0.55605 0.332 0.668
#> SRR191475 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191476 2 0.1843 0.84531 0.028 0.972
#> SRR191477 2 0.2603 0.85058 0.044 0.956
#> SRR191478 2 0.1633 0.85104 0.024 0.976
#> SRR191479 1 0.4022 0.84732 0.920 0.080
#> SRR191480 2 0.1633 0.85105 0.024 0.976
#> SRR191481 2 0.1633 0.84981 0.024 0.976
#> SRR191482 2 0.1414 0.85018 0.020 0.980
#> SRR191483 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191484 1 0.8443 0.67646 0.728 0.272
#> SRR191485 2 0.1184 0.85076 0.016 0.984
#> SRR191486 2 0.4815 0.83058 0.104 0.896
#> SRR191487 2 0.7950 0.71479 0.240 0.760
#> SRR191488 1 0.1184 0.86046 0.984 0.016
#> SRR191489 1 0.7883 0.70729 0.764 0.236
#> SRR191490 2 0.1184 0.84705 0.016 0.984
#> SRR191491 2 0.9170 0.52673 0.332 0.668
#> SRR191492 1 0.7602 0.76018 0.780 0.220
#> SRR191493 2 0.2423 0.84904 0.040 0.960
#> SRR191494 2 0.3431 0.84377 0.064 0.936
#> SRR191495 1 0.9732 0.31509 0.596 0.404
#> SRR191496 2 0.0672 0.84691 0.008 0.992
#> SRR191497 2 0.9580 0.45221 0.380 0.620
#> SRR191498 1 0.9635 0.36785 0.612 0.388
#> SRR191499 2 0.7602 0.71870 0.220 0.780
#> SRR191500 2 0.8081 0.66454 0.248 0.752
#> SRR191501 2 0.5408 0.81652 0.124 0.876
#> SRR191502 2 0.4815 0.83021 0.104 0.896
#> SRR191503 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191504 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191505 2 0.0376 0.84580 0.004 0.996
#> SRR191506 2 0.0376 0.84661 0.004 0.996
#> SRR191507 2 0.8713 0.64530 0.292 0.708
#> SRR191508 2 0.3733 0.84207 0.072 0.928
#> SRR191509 2 0.2236 0.85113 0.036 0.964
#> SRR191510 2 0.4022 0.83696 0.080 0.920
#> SRR191511 2 0.2236 0.84787 0.036 0.964
#> SRR191512 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191513 2 0.4815 0.83065 0.104 0.896
#> SRR191514 2 0.1843 0.85008 0.028 0.972
#> SRR191515 2 0.2043 0.85056 0.032 0.968
#> SRR191516 2 0.8661 0.62681 0.288 0.712
#> SRR191517 2 0.3114 0.84882 0.056 0.944
#> SRR191518 2 0.3114 0.84850 0.056 0.944
#> SRR191519 2 0.2236 0.84787 0.036 0.964
#> SRR191520 2 0.8813 0.60799 0.300 0.700
#> SRR191521 2 0.0938 0.84474 0.012 0.988
#> SRR191522 2 0.2423 0.84866 0.040 0.960
#> SRR191523 2 0.2603 0.84895 0.044 0.956
#> SRR191524 2 0.9988 0.01825 0.480 0.520
#> SRR191525 2 0.1633 0.84904 0.024 0.976
#> SRR191526 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191527 1 0.6343 0.76628 0.840 0.160
#> SRR191528 1 0.2778 0.85586 0.952 0.048
#> SRR191529 2 0.6048 0.80320 0.148 0.852
#> SRR191530 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191531 1 0.6623 0.79619 0.828 0.172
#> SRR191532 2 0.5178 0.82098 0.116 0.884
#> SRR191533 2 0.9833 0.31255 0.424 0.576
#> SRR191534 2 0.2236 0.84759 0.036 0.964
#> SRR191535 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191536 2 0.6343 0.78125 0.160 0.840
#> SRR191537 2 0.7883 0.70375 0.236 0.764
#> SRR191538 2 0.0938 0.84474 0.012 0.988
#> SRR191539 2 0.3584 0.84492 0.068 0.932
#> SRR191540 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191541 2 0.4815 0.82532 0.104 0.896
#> SRR191542 2 0.2603 0.84699 0.044 0.956
#> SRR191543 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
#> SRR191544 2 0.1633 0.85059 0.024 0.976
#> SRR191545 2 0.0672 0.84524 0.008 0.992
#> SRR191546 2 0.0376 0.84580 0.004 0.996
#> SRR191547 2 0.5408 0.81148 0.124 0.876
#> SRR191548 1 0.0938 0.85954 0.988 0.012
#> SRR191549 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191550 1 0.0000 0.85664 1.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0938 0.85954 0.988 0.012
#> SRR191552 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191553 1 0.2948 0.85464 0.948 0.052
#> SRR191554 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191555 1 0.5629 0.81853 0.868 0.132
#> SRR191556 1 0.0376 0.85749 0.996 0.004
#> SRR191557 1 0.7883 0.71666 0.764 0.236
#> SRR191558 2 0.5737 0.81201 0.136 0.864
#> SRR191559 1 0.7528 0.73691 0.784 0.216
#> SRR191560 1 0.3431 0.85006 0.936 0.064
#> SRR191561 1 0.4161 0.83500 0.916 0.084
#> SRR191562 1 0.0672 0.85765 0.992 0.008
#> SRR191563 2 0.9909 0.26562 0.444 0.556
#> SRR191564 1 0.8813 0.60727 0.700 0.300
#> SRR191565 1 0.1184 0.86008 0.984 0.016
#> SRR191566 1 0.1184 0.86046 0.984 0.016
#> SRR191567 1 0.0376 0.85743 0.996 0.004
#> SRR191568 1 0.1184 0.86008 0.984 0.016
#> SRR191569 1 0.7376 0.76194 0.792 0.208
#> SRR191570 1 0.1843 0.86095 0.972 0.028
#> SRR191571 1 0.1184 0.86147 0.984 0.016
#> SRR191572 1 0.0938 0.85954 0.988 0.012
#> SRR191573 1 0.2043 0.86092 0.968 0.032
#> SRR191574 1 0.0376 0.85809 0.996 0.004
#> SRR191575 1 0.0376 0.85743 0.996 0.004
#> SRR191576 1 0.8763 0.63232 0.704 0.296
#> SRR191577 1 0.2236 0.86167 0.964 0.036
#> SRR191578 2 0.3114 0.84687 0.056 0.944
#> SRR191579 1 0.0938 0.85954 0.988 0.012
#> SRR191580 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191581 1 0.1633 0.85979 0.976 0.024
#> SRR191582 1 0.1414 0.85985 0.980 0.020
#> SRR191583 2 0.5408 0.80715 0.124 0.876
#> SRR191584 1 0.1414 0.85991 0.980 0.020
#> SRR191585 2 0.9833 0.29400 0.424 0.576
#> SRR191586 1 0.9993 0.00784 0.516 0.484
#> SRR191587 1 0.3431 0.85435 0.936 0.064
#> SRR191588 1 0.0938 0.85954 0.988 0.012
#> SRR191589 1 0.2236 0.86146 0.964 0.036
#> SRR191590 1 0.0000 0.85664 1.000 0.000
#> SRR191591 1 0.9850 0.24125 0.572 0.428
#> SRR191592 1 0.3879 0.84618 0.924 0.076
#> SRR191593 1 0.5842 0.81941 0.860 0.140
#> SRR191594 1 0.0938 0.85863 0.988 0.012
#> SRR191595 1 0.0938 0.85964 0.988 0.012
#> SRR191596 1 0.0938 0.85863 0.988 0.012
#> SRR191597 2 0.9710 0.40543 0.400 0.600
#> SRR191598 1 0.1633 0.86145 0.976 0.024
#> SRR191599 1 0.0376 0.85749 0.996 0.004
#> SRR191600 2 0.9754 0.43325 0.408 0.592
#> SRR191601 2 0.8661 0.62959 0.288 0.712
#> SRR191602 2 0.7950 0.69713 0.240 0.760
#> SRR191603 2 0.9044 0.57026 0.320 0.680
#> SRR191604 2 0.2236 0.84959 0.036 0.964
#> SRR191605 1 0.9896 0.18566 0.560 0.440
#> SRR191606 1 0.0376 0.85743 0.996 0.004
#> SRR191607 1 0.9896 0.21660 0.560 0.440
#> SRR191608 2 0.9129 0.57483 0.328 0.672
#> SRR191609 2 0.9460 0.49861 0.364 0.636
#> SRR191610 1 0.8144 0.68419 0.748 0.252
#> SRR191611 1 0.9996 0.12811 0.512 0.488
#> SRR191612 1 0.7950 0.69795 0.760 0.240
#> SRR191613 1 0.2778 0.85972 0.952 0.048
#> SRR191614 1 0.5946 0.81122 0.856 0.144
#> SRR191615 1 0.7376 0.75259 0.792 0.208
#> SRR191616 2 0.9000 0.57541 0.316 0.684
#> SRR191617 2 0.4161 0.83993 0.084 0.916
#> SRR191618 2 0.9977 0.05476 0.472 0.528
#> SRR191619 2 0.6148 0.79723 0.152 0.848
#> SRR191620 2 0.2043 0.85144 0.032 0.968
#> SRR191621 2 0.1414 0.84878 0.020 0.980
#> SRR191622 2 1.0000 -0.01706 0.496 0.504
#> SRR191623 1 0.7453 0.74357 0.788 0.212
#> SRR191624 1 0.1843 0.86199 0.972 0.028
#> SRR191625 2 0.2236 0.85200 0.036 0.964
#> SRR191626 2 0.0000 0.84539 0.000 1.000
#> SRR191627 2 0.7745 0.72990 0.228 0.772
#> SRR191628 1 0.9170 0.59402 0.668 0.332
#> SRR191629 2 0.9954 0.19581 0.460 0.540
#> SRR191630 1 0.2603 0.85771 0.956 0.044
#> SRR191631 2 0.6148 0.80315 0.152 0.848
#> SRR191632 1 0.0938 0.85904 0.988 0.012
#> SRR191633 2 0.9732 0.33809 0.404 0.596
#> SRR191634 2 0.7299 0.73077 0.204 0.796
#> SRR191635 1 0.7815 0.72197 0.768 0.232
#> SRR191636 2 0.8608 0.62161 0.284 0.716
#> SRR191637 2 0.1414 0.84990 0.020 0.980
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.3192 0.84403 0.888 0.000 0.112
#> SRR191394 1 0.1860 0.86385 0.948 0.000 0.052
#> SRR191396 3 0.9192 0.45560 0.180 0.300 0.520
#> SRR191397 1 0.3573 0.84011 0.876 0.004 0.120
#> SRR191398 1 0.1753 0.86299 0.952 0.000 0.048
#> SRR191399 3 0.5650 0.58979 0.312 0.000 0.688
#> SRR191400 1 0.1753 0.86299 0.952 0.000 0.048
#> SRR191401 1 0.2356 0.86352 0.928 0.000 0.072
#> SRR191402 3 0.6007 0.70383 0.192 0.044 0.764
#> SRR191403 1 0.5058 0.71257 0.756 0.000 0.244
#> SRR191404 3 0.5810 0.73911 0.072 0.132 0.796
#> SRR191405 3 0.5740 0.72475 0.100 0.096 0.804
#> SRR191406 3 0.4194 0.75175 0.060 0.064 0.876
#> SRR191407 1 0.2955 0.85648 0.912 0.008 0.080
#> SRR191408 3 0.5899 0.58496 0.244 0.020 0.736
#> SRR191409 3 0.5521 0.72011 0.180 0.032 0.788
#> SRR191410 3 0.5407 0.75495 0.076 0.104 0.820
#> SRR191411 3 0.4749 0.72657 0.012 0.172 0.816
#> SRR191412 1 0.3686 0.81737 0.860 0.000 0.140
#> SRR191413 3 0.5115 0.66052 0.228 0.004 0.768
#> SRR191414 1 0.2066 0.86391 0.940 0.000 0.060
#> SRR191415 3 0.5028 0.75169 0.040 0.132 0.828
#> SRR191416 3 0.5892 0.75215 0.104 0.100 0.796
#> SRR191418 3 0.6044 0.72598 0.172 0.056 0.772
#> SRR191419 1 0.3038 0.85462 0.896 0.000 0.104
#> SRR191420 3 0.9119 0.20023 0.368 0.148 0.484
#> SRR191421 1 0.5254 0.65951 0.736 0.000 0.264
#> SRR191422 2 0.1620 0.80910 0.012 0.964 0.024
#> SRR191423 2 0.5036 0.79620 0.020 0.808 0.172
#> SRR191424 2 0.4931 0.79048 0.004 0.784 0.212
#> SRR191425 3 0.6389 0.73610 0.124 0.108 0.768
#> SRR191426 3 0.6155 0.42420 0.008 0.328 0.664
#> SRR191427 2 0.8318 0.48796 0.128 0.612 0.260
#> SRR191428 3 0.3532 0.73973 0.008 0.108 0.884
#> SRR191429 2 0.3610 0.81902 0.016 0.888 0.096
#> SRR191430 3 0.6955 -0.27664 0.016 0.492 0.492
#> SRR191431 2 0.8543 0.63249 0.236 0.604 0.160
#> SRR191432 2 0.3459 0.80392 0.012 0.892 0.096
#> SRR191433 2 0.2749 0.81463 0.012 0.924 0.064
#> SRR191434 2 0.6929 0.69373 0.052 0.688 0.260
#> SRR191435 3 0.4779 0.71899 0.124 0.036 0.840
#> SRR191436 3 0.7256 0.66696 0.088 0.216 0.696
#> SRR191437 2 0.1781 0.80616 0.020 0.960 0.020
#> SRR191438 3 0.7419 0.55747 0.088 0.232 0.680
#> SRR191439 2 0.5940 0.76483 0.036 0.760 0.204
#> SRR191440 2 0.5944 0.79828 0.088 0.792 0.120
#> SRR191441 2 0.3502 0.81385 0.020 0.896 0.084
#> SRR191442 3 0.7600 0.48241 0.056 0.344 0.600
#> SRR191443 1 0.7164 0.26072 0.524 0.024 0.452
#> SRR191444 3 0.5772 0.69774 0.220 0.024 0.756
#> SRR191445 2 0.7186 0.67330 0.080 0.696 0.224
#> SRR191446 2 0.7388 0.37557 0.044 0.600 0.356
#> SRR191447 2 0.4920 0.79984 0.052 0.840 0.108
#> SRR191448 1 0.4409 0.81415 0.824 0.004 0.172
#> SRR191449 3 0.3461 0.74409 0.076 0.024 0.900
#> SRR191450 3 0.5406 0.68231 0.200 0.020 0.780
#> SRR191451 3 0.8008 0.69762 0.152 0.192 0.656
#> SRR191452 2 0.3619 0.80185 0.000 0.864 0.136
#> SRR191453 2 0.7420 0.32251 0.036 0.544 0.420
#> SRR191454 1 0.8489 -0.00809 0.496 0.092 0.412
#> SRR191455 3 0.7043 0.17069 0.020 0.448 0.532
#> SRR191456 1 0.5757 0.73454 0.792 0.056 0.152
#> SRR191457 1 0.6875 0.63707 0.700 0.056 0.244
#> SRR191458 3 0.7072 0.71195 0.160 0.116 0.724
#> SRR191459 3 0.7785 0.20437 0.052 0.420 0.528
#> SRR191460 3 0.7568 0.68589 0.108 0.212 0.680
#> SRR191461 3 0.4834 0.67765 0.004 0.204 0.792
#> SRR191462 2 0.8321 0.58787 0.140 0.620 0.240
#> SRR191463 2 0.3765 0.81887 0.028 0.888 0.084
#> SRR191464 2 0.6688 0.51581 0.012 0.580 0.408
#> SRR191465 2 0.2550 0.81354 0.012 0.932 0.056
#> SRR191466 3 0.7279 0.36528 0.036 0.376 0.588
#> SRR191467 2 0.0983 0.81026 0.004 0.980 0.016
#> SRR191468 2 0.2599 0.81415 0.016 0.932 0.052
#> SRR191469 3 0.7619 0.38879 0.044 0.424 0.532
#> SRR191470 3 0.6713 0.10595 0.012 0.416 0.572
#> SRR191471 2 0.4531 0.78183 0.008 0.824 0.168
#> SRR191472 2 0.1182 0.80554 0.012 0.976 0.012
#> SRR191473 2 0.4452 0.79257 0.000 0.808 0.192
#> SRR191474 3 0.3826 0.74994 0.008 0.124 0.868
#> SRR191475 2 0.1182 0.80554 0.012 0.976 0.012
#> SRR191476 2 0.5506 0.75957 0.016 0.764 0.220
#> SRR191477 2 0.6155 0.58948 0.008 0.664 0.328
#> SRR191478 2 0.2229 0.81468 0.012 0.944 0.044
#> SRR191479 3 0.7401 0.46140 0.340 0.048 0.612
#> SRR191480 3 0.6468 0.36653 0.004 0.444 0.552
#> SRR191481 2 0.4861 0.79050 0.012 0.808 0.180
#> SRR191482 2 0.4861 0.77888 0.012 0.808 0.180
#> SRR191483 2 0.4351 0.77438 0.004 0.828 0.168
#> SRR191484 3 0.5253 0.73322 0.096 0.076 0.828
#> SRR191485 2 0.4799 0.81485 0.032 0.836 0.132
#> SRR191486 3 0.6814 0.28353 0.020 0.372 0.608
#> SRR191487 3 0.8637 -0.21200 0.100 0.448 0.452
#> SRR191488 1 0.5656 0.61831 0.712 0.004 0.284
#> SRR191489 3 0.8354 0.41592 0.320 0.104 0.576
#> SRR191490 2 0.4489 0.79341 0.036 0.856 0.108
#> SRR191491 3 0.6400 0.66436 0.052 0.208 0.740
#> SRR191492 3 0.4745 0.74147 0.068 0.080 0.852
#> SRR191493 2 0.6053 0.76383 0.020 0.720 0.260
#> SRR191494 2 0.4830 0.81359 0.068 0.848 0.084
#> SRR191495 3 0.1411 0.74419 0.036 0.000 0.964
#> SRR191496 2 0.1182 0.80554 0.012 0.976 0.012
#> SRR191497 3 0.3550 0.75833 0.024 0.080 0.896
#> SRR191498 3 0.8350 0.61471 0.196 0.176 0.628
#> SRR191499 3 0.5763 0.70189 0.016 0.244 0.740
#> SRR191500 3 0.6339 0.57814 0.008 0.360 0.632
#> SRR191501 2 0.6458 0.72013 0.072 0.752 0.176
#> SRR191502 2 0.7478 0.55907 0.060 0.632 0.308
#> SRR191503 2 0.2918 0.80322 0.044 0.924 0.032
#> SRR191504 2 0.2056 0.80828 0.024 0.952 0.024
#> SRR191505 2 0.4146 0.81527 0.044 0.876 0.080
#> SRR191506 2 0.1182 0.80579 0.012 0.976 0.012
#> SRR191507 3 0.8277 -0.15232 0.076 0.460 0.464
#> SRR191508 2 0.7459 0.50740 0.044 0.584 0.372
#> SRR191509 2 0.6129 0.68839 0.008 0.668 0.324
#> SRR191510 2 0.6867 0.42353 0.028 0.636 0.336
#> SRR191511 2 0.4897 0.80185 0.016 0.812 0.172
#> SRR191512 2 0.2384 0.81325 0.008 0.936 0.056
#> SRR191513 2 0.4449 0.81108 0.040 0.860 0.100
#> SRR191514 2 0.2550 0.81474 0.012 0.932 0.056
#> SRR191515 2 0.4802 0.80401 0.020 0.824 0.156
#> SRR191516 3 0.3918 0.72781 0.004 0.140 0.856
#> SRR191517 3 0.5722 0.50895 0.004 0.292 0.704
#> SRR191518 2 0.3771 0.81253 0.012 0.876 0.112
#> SRR191519 2 0.4235 0.80216 0.000 0.824 0.176
#> SRR191520 3 0.4349 0.73081 0.020 0.128 0.852
#> SRR191521 2 0.3325 0.80272 0.020 0.904 0.076
#> SRR191522 2 0.6890 0.66712 0.028 0.632 0.340
#> SRR191523 2 0.4357 0.81456 0.052 0.868 0.080
#> SRR191524 3 0.9996 0.01977 0.336 0.320 0.344
#> SRR191525 2 0.4399 0.79239 0.000 0.812 0.188
#> SRR191526 2 0.2599 0.81454 0.016 0.932 0.052
#> SRR191527 1 0.2860 0.78318 0.912 0.084 0.004
#> SRR191528 1 0.2743 0.84000 0.928 0.020 0.052
#> SRR191529 2 0.7545 0.73827 0.136 0.692 0.172
#> SRR191530 2 0.2703 0.81485 0.016 0.928 0.056
#> SRR191531 1 0.6462 0.68361 0.764 0.116 0.120
#> SRR191532 3 0.7187 0.10140 0.024 0.480 0.496
#> SRR191533 3 0.5831 0.71033 0.076 0.128 0.796
#> SRR191534 2 0.3456 0.80173 0.036 0.904 0.060
#> SRR191535 2 0.3129 0.81672 0.008 0.904 0.088
#> SRR191536 2 0.7256 0.72109 0.124 0.712 0.164
#> SRR191537 2 0.7344 0.65147 0.084 0.684 0.232
#> SRR191538 2 0.1129 0.80809 0.004 0.976 0.020
#> SRR191539 2 0.4790 0.81463 0.056 0.848 0.096
#> SRR191540 2 0.1585 0.81024 0.008 0.964 0.028
#> SRR191541 2 0.5426 0.77871 0.092 0.820 0.088
#> SRR191542 2 0.3780 0.81205 0.064 0.892 0.044
#> SRR191543 2 0.3031 0.81760 0.012 0.912 0.076
#> SRR191544 2 0.6253 0.64280 0.036 0.732 0.232
#> SRR191545 2 0.3695 0.79996 0.012 0.880 0.108
#> SRR191546 2 0.3045 0.80958 0.020 0.916 0.064
#> SRR191547 3 0.6608 0.28152 0.008 0.432 0.560
#> SRR191548 1 0.2066 0.86290 0.940 0.000 0.060
#> SRR191549 1 0.1860 0.86385 0.948 0.000 0.052
#> SRR191550 1 0.1860 0.86385 0.948 0.000 0.052
#> SRR191551 1 0.2066 0.86290 0.940 0.000 0.060
#> SRR191552 1 0.1860 0.86385 0.948 0.000 0.052
#> SRR191553 1 0.2749 0.85075 0.924 0.012 0.064
#> SRR191554 1 0.1643 0.86131 0.956 0.000 0.044
#> SRR191555 3 0.4931 0.73324 0.140 0.032 0.828
#> SRR191556 3 0.5845 0.55083 0.308 0.004 0.688
#> SRR191557 3 0.4741 0.72824 0.152 0.020 0.828
#> SRR191558 2 0.6847 0.68496 0.060 0.708 0.232
#> SRR191559 3 0.2846 0.74324 0.056 0.020 0.924
#> SRR191560 3 0.4128 0.72676 0.132 0.012 0.856
#> SRR191561 1 0.1877 0.83185 0.956 0.032 0.012
#> SRR191562 1 0.4834 0.75995 0.792 0.004 0.204
#> SRR191563 3 0.4270 0.75217 0.024 0.116 0.860
#> SRR191564 3 0.2550 0.74944 0.024 0.040 0.936
#> SRR191565 3 0.6195 0.59725 0.276 0.020 0.704
#> SRR191566 3 0.4602 0.71375 0.152 0.016 0.832
#> SRR191567 1 0.5325 0.72292 0.748 0.004 0.248
#> SRR191568 1 0.6229 0.54499 0.652 0.008 0.340
#> SRR191569 3 0.4799 0.74565 0.132 0.032 0.836
#> SRR191570 3 0.7043 0.37082 0.400 0.024 0.576
#> SRR191571 3 0.5591 0.58365 0.304 0.000 0.696
#> SRR191572 1 0.2066 0.86290 0.940 0.000 0.060
#> SRR191573 3 0.6927 0.57769 0.296 0.040 0.664
#> SRR191574 1 0.2711 0.85891 0.912 0.000 0.088
#> SRR191575 1 0.4409 0.81074 0.824 0.004 0.172
#> SRR191576 3 0.7192 0.71131 0.164 0.120 0.716
#> SRR191577 3 0.6978 0.50521 0.336 0.032 0.632
#> SRR191578 2 0.6232 0.71766 0.040 0.740 0.220
#> SRR191579 1 0.2066 0.86290 0.940 0.000 0.060
#> SRR191580 1 0.1860 0.86385 0.948 0.000 0.052
#> SRR191581 1 0.1643 0.86138 0.956 0.000 0.044
#> SRR191582 1 0.1860 0.86385 0.948 0.000 0.052
#> SRR191583 2 0.4342 0.79013 0.120 0.856 0.024
#> SRR191584 1 0.1765 0.85433 0.956 0.004 0.040
#> SRR191585 3 0.2955 0.74644 0.008 0.080 0.912
#> SRR191586 3 0.4469 0.75030 0.076 0.060 0.864
#> SRR191587 3 0.4351 0.71747 0.168 0.004 0.828
#> SRR191588 3 0.6154 0.40093 0.408 0.000 0.592
#> SRR191589 3 0.4974 0.66994 0.236 0.000 0.764
#> SRR191590 1 0.1964 0.86407 0.944 0.000 0.056
#> SRR191591 3 0.5746 0.71987 0.180 0.040 0.780
#> SRR191592 3 0.3826 0.72732 0.124 0.008 0.868
#> SRR191593 3 0.5466 0.72867 0.160 0.040 0.800
#> SRR191594 1 0.3921 0.84331 0.872 0.016 0.112
#> SRR191595 3 0.6584 0.32769 0.380 0.012 0.608
#> SRR191596 3 0.6669 0.15333 0.468 0.008 0.524
#> SRR191597 3 0.4357 0.75163 0.052 0.080 0.868
#> SRR191598 3 0.4682 0.69052 0.192 0.004 0.804
#> SRR191599 1 0.6521 0.03127 0.504 0.004 0.492
#> SRR191600 3 0.4249 0.74564 0.108 0.028 0.864
#> SRR191601 3 0.4679 0.74126 0.020 0.148 0.832
#> SRR191602 3 0.3682 0.74641 0.008 0.116 0.876
#> SRR191603 3 0.3896 0.75329 0.008 0.128 0.864
#> SRR191604 2 0.5244 0.75537 0.004 0.756 0.240
#> SRR191605 3 0.3375 0.75553 0.048 0.044 0.908
#> SRR191606 3 0.6081 0.47120 0.344 0.004 0.652
#> SRR191607 3 0.2681 0.74564 0.040 0.028 0.932
#> SRR191608 3 0.1411 0.74717 0.000 0.036 0.964
#> SRR191609 3 0.1170 0.74755 0.008 0.016 0.976
#> SRR191610 3 0.2066 0.74193 0.060 0.000 0.940
#> SRR191611 3 0.5072 0.73987 0.012 0.196 0.792
#> SRR191612 3 0.2998 0.74629 0.068 0.016 0.916
#> SRR191613 1 0.6398 0.43330 0.620 0.008 0.372
#> SRR191614 3 0.4628 0.74687 0.088 0.056 0.856
#> SRR191615 3 0.4725 0.74652 0.088 0.060 0.852
#> SRR191616 2 0.8508 0.58129 0.232 0.608 0.160
#> SRR191617 2 0.6933 0.75173 0.076 0.716 0.208
#> SRR191618 3 0.7021 0.70128 0.076 0.216 0.708
#> SRR191619 3 0.5024 0.63816 0.004 0.220 0.776
#> SRR191620 2 0.6543 0.63192 0.016 0.640 0.344
#> SRR191621 2 0.4062 0.79951 0.000 0.836 0.164
#> SRR191622 3 0.5085 0.74830 0.092 0.072 0.836
#> SRR191623 3 0.3112 0.74590 0.056 0.028 0.916
#> SRR191624 3 0.6521 0.06666 0.492 0.004 0.504
#> SRR191625 2 0.7372 0.10850 0.032 0.520 0.448
#> SRR191626 2 0.6771 -0.01755 0.012 0.548 0.440
#> SRR191627 3 0.4411 0.74848 0.016 0.140 0.844
#> SRR191628 3 0.5559 0.74069 0.028 0.192 0.780
#> SRR191629 3 0.3434 0.75297 0.032 0.064 0.904
#> SRR191630 1 0.4810 0.81796 0.832 0.028 0.140
#> SRR191631 3 0.4834 0.70471 0.004 0.204 0.792
#> SRR191632 3 0.5977 0.63872 0.252 0.020 0.728
#> SRR191633 3 0.5253 0.73971 0.020 0.188 0.792
#> SRR191634 2 0.5578 0.68999 0.240 0.748 0.012
#> SRR191635 3 0.2903 0.74473 0.048 0.028 0.924
#> SRR191636 2 0.7001 0.54656 0.340 0.628 0.032
#> SRR191637 2 0.2384 0.81325 0.008 0.936 0.056
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 1 0.3484 0.74384 0.844 0.004 0.144 0.008
#> SRR191394 1 0.0376 0.78565 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR191396 3 0.9272 -0.05760 0.108 0.196 0.404 0.292
#> SRR191397 1 0.3399 0.76352 0.868 0.000 0.092 0.040
#> SRR191398 1 0.0804 0.78627 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR191399 3 0.6578 0.58676 0.244 0.000 0.620 0.136
#> SRR191400 1 0.0672 0.78654 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR191401 1 0.2473 0.77940 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR191402 3 0.5629 0.65548 0.136 0.024 0.756 0.084
#> SRR191403 1 0.5406 0.57213 0.692 0.004 0.268 0.036
#> SRR191404 3 0.6885 0.35227 0.024 0.084 0.612 0.280
#> SRR191405 3 0.5797 0.51484 0.020 0.048 0.708 0.224
#> SRR191406 3 0.1575 0.66963 0.004 0.028 0.956 0.012
#> SRR191407 1 0.2941 0.76570 0.888 0.008 0.096 0.008
#> SRR191408 3 0.6782 0.57173 0.168 0.024 0.664 0.144
#> SRR191409 3 0.6941 0.58730 0.100 0.052 0.668 0.180
#> SRR191410 3 0.6903 0.58126 0.040 0.096 0.656 0.208
#> SRR191411 3 0.7214 0.44268 0.012 0.204 0.596 0.188
#> SRR191412 1 0.3668 0.70853 0.808 0.000 0.188 0.004
#> SRR191413 3 0.3907 0.65583 0.120 0.000 0.836 0.044
#> SRR191414 1 0.1305 0.78813 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR191415 3 0.6985 0.54628 0.024 0.136 0.640 0.200
#> SRR191416 3 0.6124 0.65068 0.056 0.092 0.740 0.112
#> SRR191418 3 0.5839 0.66791 0.100 0.036 0.752 0.112
#> SRR191419 1 0.3335 0.75217 0.860 0.000 0.120 0.020
#> SRR191420 3 0.8843 0.18798 0.312 0.060 0.416 0.212
#> SRR191421 1 0.5717 0.45229 0.632 0.000 0.324 0.044
#> SRR191422 2 0.4814 0.36700 0.000 0.676 0.008 0.316
#> SRR191423 2 0.6644 0.28590 0.008 0.572 0.076 0.344
#> SRR191424 2 0.5830 0.40044 0.000 0.620 0.048 0.332
#> SRR191425 3 0.7188 0.56374 0.100 0.032 0.604 0.264
#> SRR191426 3 0.7904 -0.00567 0.004 0.248 0.428 0.320
#> SRR191427 4 0.7796 0.31391 0.028 0.288 0.152 0.532
#> SRR191428 3 0.6323 0.52595 0.004 0.084 0.632 0.280
#> SRR191429 2 0.5117 0.49055 0.004 0.760 0.064 0.172
#> SRR191430 2 0.8081 -0.05354 0.008 0.416 0.280 0.296
#> SRR191431 4 0.8785 0.06426 0.124 0.340 0.100 0.436
#> SRR191432 2 0.4307 0.47599 0.000 0.784 0.024 0.192
#> SRR191433 2 0.3533 0.51565 0.008 0.864 0.024 0.104
#> SRR191434 2 0.8265 0.08162 0.036 0.460 0.172 0.332
#> SRR191435 3 0.6626 0.52124 0.060 0.028 0.628 0.284
#> SRR191436 3 0.8627 0.18528 0.056 0.200 0.464 0.280
#> SRR191437 2 0.4837 0.31036 0.000 0.648 0.004 0.348
#> SRR191438 3 0.8284 -0.07516 0.048 0.136 0.416 0.400
#> SRR191439 4 0.5980 0.06610 0.004 0.364 0.040 0.592
#> SRR191440 2 0.7003 0.18488 0.032 0.520 0.052 0.396
#> SRR191441 2 0.4772 0.44491 0.012 0.736 0.008 0.244
#> SRR191442 4 0.7385 0.43066 0.024 0.136 0.256 0.584
#> SRR191443 1 0.7814 0.13286 0.456 0.040 0.404 0.100
#> SRR191444 3 0.7598 0.53972 0.148 0.044 0.600 0.208
#> SRR191445 4 0.7614 0.19649 0.040 0.332 0.096 0.532
#> SRR191446 4 0.7591 0.23466 0.000 0.340 0.208 0.452
#> SRR191447 4 0.6000 -0.08684 0.000 0.452 0.040 0.508
#> SRR191448 1 0.5045 0.61748 0.680 0.004 0.304 0.012
#> SRR191449 3 0.1256 0.67219 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR191450 3 0.5653 0.63578 0.104 0.012 0.744 0.140
#> SRR191451 3 0.7674 0.47318 0.092 0.204 0.612 0.092
#> SRR191452 2 0.4500 0.48065 0.000 0.776 0.032 0.192
#> SRR191453 4 0.8133 0.14262 0.012 0.376 0.232 0.380
#> SRR191454 1 0.8510 -0.07761 0.352 0.024 0.348 0.276
#> SRR191455 4 0.8521 0.25086 0.028 0.284 0.284 0.404
#> SRR191456 1 0.6882 0.58808 0.656 0.028 0.128 0.188
#> SRR191457 1 0.8295 0.31921 0.452 0.024 0.252 0.272
#> SRR191458 3 0.5680 0.59669 0.040 0.068 0.760 0.132
#> SRR191459 2 0.8715 -0.20978 0.036 0.348 0.344 0.272
#> SRR191460 3 0.8184 0.39752 0.068 0.164 0.556 0.212
#> SRR191461 3 0.7386 0.33508 0.000 0.184 0.496 0.320
#> SRR191462 2 0.8583 0.16815 0.076 0.488 0.152 0.284
#> SRR191463 2 0.4413 0.49286 0.008 0.812 0.040 0.140
#> SRR191464 2 0.7506 0.09694 0.000 0.492 0.220 0.288
#> SRR191465 2 0.3093 0.51493 0.004 0.884 0.020 0.092
#> SRR191466 4 0.7738 0.39066 0.004 0.224 0.300 0.472
#> SRR191467 2 0.4472 0.48363 0.000 0.760 0.020 0.220
#> SRR191468 2 0.2874 0.51313 0.012 0.904 0.020 0.064
#> SRR191469 4 0.8307 0.21233 0.020 0.232 0.352 0.396
#> SRR191470 2 0.7912 -0.17087 0.000 0.360 0.312 0.328
#> SRR191471 2 0.6510 0.30611 0.004 0.604 0.088 0.304
#> SRR191472 2 0.4134 0.40083 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR191473 2 0.5522 0.45738 0.000 0.716 0.080 0.204
#> SRR191474 3 0.4686 0.65530 0.000 0.068 0.788 0.144
#> SRR191475 2 0.3975 0.40409 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR191476 2 0.7109 0.23551 0.000 0.520 0.144 0.336
#> SRR191477 2 0.6547 0.11060 0.000 0.568 0.340 0.092
#> SRR191478 2 0.2231 0.51859 0.012 0.932 0.012 0.044
#> SRR191479 3 0.6484 0.52770 0.232 0.016 0.660 0.092
#> SRR191480 2 0.7654 -0.19439 0.000 0.440 0.340 0.220
#> SRR191481 2 0.5137 0.46062 0.008 0.740 0.036 0.216
#> SRR191482 2 0.5540 0.42176 0.000 0.728 0.108 0.164
#> SRR191483 2 0.5077 0.46009 0.000 0.760 0.080 0.160
#> SRR191484 3 0.7109 0.56199 0.068 0.064 0.636 0.232
#> SRR191485 2 0.6778 0.14454 0.008 0.496 0.072 0.424
#> SRR191486 3 0.7916 -0.29635 0.000 0.316 0.356 0.328
#> SRR191487 4 0.7293 0.39831 0.048 0.156 0.156 0.640
#> SRR191488 1 0.7491 0.38854 0.524 0.012 0.316 0.148
#> SRR191489 3 0.7650 0.39100 0.200 0.048 0.600 0.152
#> SRR191490 4 0.6093 -0.08362 0.004 0.452 0.036 0.508
#> SRR191491 4 0.6850 0.26004 0.016 0.072 0.356 0.556
#> SRR191492 3 0.6390 0.52507 0.040 0.028 0.624 0.308
#> SRR191493 2 0.7212 0.28025 0.000 0.516 0.160 0.324
#> SRR191494 2 0.5989 0.38510 0.028 0.672 0.032 0.268
#> SRR191495 3 0.3326 0.65883 0.004 0.008 0.856 0.132
#> SRR191496 2 0.3751 0.42907 0.004 0.800 0.000 0.196
#> SRR191497 3 0.4287 0.66096 0.012 0.072 0.836 0.080
#> SRR191498 3 0.8149 0.17992 0.072 0.124 0.544 0.260
#> SRR191499 3 0.6728 0.39698 0.000 0.136 0.596 0.268
#> SRR191500 3 0.7580 0.07620 0.000 0.228 0.476 0.296
#> SRR191501 2 0.7827 -0.03702 0.008 0.448 0.196 0.348
#> SRR191502 4 0.7711 0.21528 0.000 0.340 0.232 0.428
#> SRR191503 2 0.5165 0.25382 0.004 0.636 0.008 0.352
#> SRR191504 2 0.4456 0.39682 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR191505 2 0.5694 0.18275 0.008 0.516 0.012 0.464
#> SRR191506 2 0.3402 0.44595 0.004 0.832 0.000 0.164
#> SRR191507 2 0.8884 -0.06244 0.068 0.444 0.240 0.248
#> SRR191508 4 0.6499 0.37617 0.004 0.176 0.164 0.656
#> SRR191509 2 0.6949 0.29410 0.004 0.548 0.112 0.336
#> SRR191510 2 0.7613 -0.10571 0.004 0.420 0.172 0.404
#> SRR191511 2 0.5292 0.46375 0.000 0.724 0.060 0.216
#> SRR191512 2 0.2099 0.51531 0.004 0.936 0.020 0.040
#> SRR191513 2 0.5280 0.46884 0.020 0.780 0.108 0.092
#> SRR191514 2 0.2282 0.51540 0.000 0.924 0.024 0.052
#> SRR191515 2 0.5759 0.46653 0.008 0.728 0.104 0.160
#> SRR191516 3 0.6936 0.41836 0.000 0.148 0.568 0.284
#> SRR191517 3 0.6859 0.21773 0.000 0.256 0.588 0.156
#> SRR191518 2 0.4869 0.48738 0.000 0.780 0.132 0.088
#> SRR191519 2 0.4996 0.47704 0.000 0.752 0.056 0.192
#> SRR191520 3 0.6240 0.33921 0.000 0.064 0.568 0.368
#> SRR191521 2 0.4844 0.36971 0.000 0.688 0.012 0.300
#> SRR191522 2 0.7512 0.14059 0.000 0.496 0.268 0.236
#> SRR191523 2 0.5952 0.35283 0.032 0.596 0.008 0.364
#> SRR191524 4 0.7822 0.38451 0.140 0.104 0.140 0.616
#> SRR191525 2 0.5935 0.42363 0.000 0.664 0.080 0.256
#> SRR191526 2 0.3495 0.51374 0.012 0.868 0.020 0.100
#> SRR191527 1 0.4779 0.63570 0.756 0.028 0.004 0.212
#> SRR191528 1 0.5112 0.67355 0.772 0.024 0.036 0.168
#> SRR191529 2 0.7628 0.16910 0.056 0.472 0.064 0.408
#> SRR191530 2 0.2748 0.51751 0.004 0.904 0.020 0.072
#> SRR191531 1 0.6863 0.34609 0.528 0.020 0.060 0.392
#> SRR191532 3 0.7933 -0.22696 0.004 0.368 0.388 0.240
#> SRR191533 4 0.6287 0.11369 0.024 0.028 0.364 0.584
#> SRR191534 2 0.6340 0.25143 0.000 0.580 0.076 0.344
#> SRR191535 2 0.3670 0.51397 0.004 0.860 0.044 0.092
#> SRR191536 4 0.8300 0.15154 0.084 0.356 0.092 0.468
#> SRR191537 2 0.8355 -0.00123 0.032 0.456 0.300 0.212
#> SRR191538 2 0.2654 0.47084 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR191539 2 0.5749 0.45691 0.012 0.724 0.076 0.188
#> SRR191540 2 0.4088 0.42847 0.000 0.764 0.004 0.232
#> SRR191541 2 0.6864 0.23165 0.024 0.584 0.068 0.324
#> SRR191542 2 0.5741 0.41421 0.032 0.688 0.020 0.260
#> SRR191543 2 0.4004 0.51536 0.004 0.836 0.040 0.120
#> SRR191544 2 0.7260 -0.03577 0.000 0.464 0.148 0.388
#> SRR191545 2 0.5403 0.36838 0.000 0.628 0.024 0.348
#> SRR191546 2 0.5570 0.23796 0.000 0.540 0.020 0.440
#> SRR191547 4 0.8089 0.26340 0.008 0.252 0.360 0.380
#> SRR191548 1 0.0937 0.78487 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR191549 1 0.0524 0.78666 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR191550 1 0.0707 0.78708 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR191551 1 0.0336 0.78667 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR191552 1 0.0524 0.78666 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR191553 1 0.1724 0.77091 0.948 0.020 0.000 0.032
#> SRR191554 1 0.0469 0.78309 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR191555 3 0.5718 0.66971 0.084 0.020 0.744 0.152
#> SRR191556 3 0.3306 0.63340 0.156 0.000 0.840 0.004
#> SRR191557 3 0.5452 0.66052 0.080 0.016 0.760 0.144
#> SRR191558 2 0.7463 0.23289 0.036 0.600 0.228 0.136
#> SRR191559 3 0.0779 0.67025 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR191560 3 0.1398 0.67114 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR191561 1 0.3508 0.71391 0.848 0.012 0.004 0.136
#> SRR191562 1 0.5645 0.47242 0.604 0.000 0.364 0.032
#> SRR191563 3 0.3110 0.66428 0.004 0.056 0.892 0.048
#> SRR191564 3 0.1890 0.67116 0.000 0.008 0.936 0.056
#> SRR191565 3 0.3067 0.65725 0.104 0.008 0.880 0.008
#> SRR191566 3 0.2275 0.67125 0.048 0.004 0.928 0.020
#> SRR191567 1 0.4898 0.43180 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR191568 3 0.5163 -0.14593 0.480 0.004 0.516 0.000
#> SRR191569 3 0.4979 0.66446 0.064 0.020 0.796 0.120
#> SRR191570 3 0.4929 0.59088 0.224 0.024 0.744 0.008
#> SRR191571 3 0.3836 0.64847 0.168 0.000 0.816 0.016
#> SRR191572 1 0.0672 0.78587 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR191573 3 0.4136 0.62701 0.196 0.016 0.788 0.000
#> SRR191574 1 0.2796 0.77474 0.892 0.000 0.092 0.016
#> SRR191575 1 0.5268 0.48273 0.592 0.000 0.396 0.012
#> SRR191576 3 0.7335 0.51194 0.084 0.088 0.644 0.184
#> SRR191577 3 0.5736 0.58449 0.156 0.024 0.744 0.076
#> SRR191578 2 0.7580 0.31805 0.036 0.592 0.156 0.216
#> SRR191579 1 0.0336 0.78667 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR191580 1 0.0524 0.78666 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR191581 1 0.0804 0.78655 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR191582 1 0.0712 0.78631 0.984 0.004 0.008 0.004
#> SRR191583 2 0.4997 0.48433 0.076 0.808 0.040 0.076
#> SRR191584 1 0.1878 0.77716 0.944 0.008 0.008 0.040
#> SRR191585 3 0.5797 0.57391 0.004 0.064 0.684 0.248
#> SRR191586 3 0.5110 0.65066 0.008 0.056 0.764 0.172
#> SRR191587 3 0.5562 0.64395 0.100 0.016 0.756 0.128
#> SRR191588 3 0.5630 0.45849 0.360 0.000 0.608 0.032
#> SRR191589 3 0.5968 0.63031 0.168 0.016 0.720 0.096
#> SRR191590 1 0.1743 0.78671 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR191591 3 0.6520 0.63208 0.132 0.036 0.700 0.132
#> SRR191592 3 0.1629 0.67479 0.024 0.000 0.952 0.024
#> SRR191593 3 0.6021 0.65165 0.080 0.052 0.744 0.124
#> SRR191594 1 0.3831 0.71159 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR191595 3 0.4049 0.57021 0.212 0.000 0.780 0.008
#> SRR191596 3 0.4632 0.45400 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR191597 3 0.2123 0.67178 0.004 0.028 0.936 0.032
#> SRR191598 3 0.1661 0.67043 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR191599 3 0.4567 0.48738 0.276 0.000 0.716 0.008
#> SRR191600 3 0.3215 0.67511 0.024 0.020 0.892 0.064
#> SRR191601 3 0.5321 0.61992 0.000 0.140 0.748 0.112
#> SRR191602 3 0.5937 0.59615 0.004 0.112 0.704 0.180
#> SRR191603 3 0.5188 0.62959 0.000 0.096 0.756 0.148
#> SRR191604 2 0.6672 0.34089 0.000 0.620 0.212 0.168
#> SRR191605 3 0.1394 0.67144 0.008 0.016 0.964 0.012
#> SRR191606 3 0.3668 0.60703 0.188 0.000 0.808 0.004
#> SRR191607 3 0.3208 0.65160 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR191608 3 0.4706 0.60662 0.000 0.020 0.732 0.248
#> SRR191609 3 0.5022 0.59239 0.000 0.028 0.708 0.264
#> SRR191610 3 0.4946 0.61131 0.020 0.004 0.720 0.256
#> SRR191611 3 0.6019 0.55549 0.000 0.100 0.672 0.228
#> SRR191612 3 0.1124 0.67142 0.012 0.004 0.972 0.012
#> SRR191613 1 0.7288 0.35909 0.532 0.004 0.308 0.156
#> SRR191614 3 0.1871 0.67206 0.016 0.024 0.948 0.012
#> SRR191615 3 0.1526 0.67105 0.012 0.016 0.960 0.012
#> SRR191616 2 0.9082 0.02692 0.176 0.464 0.120 0.240
#> SRR191617 2 0.7988 0.28847 0.056 0.532 0.116 0.296
#> SRR191618 3 0.7006 0.24229 0.020 0.068 0.508 0.404
#> SRR191619 3 0.7204 0.38550 0.004 0.200 0.572 0.224
#> SRR191620 2 0.7758 -0.03437 0.000 0.396 0.236 0.368
#> SRR191621 2 0.5332 0.46405 0.000 0.736 0.080 0.184
#> SRR191622 3 0.6803 0.50086 0.032 0.064 0.616 0.288
#> SRR191623 3 0.1305 0.67120 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR191624 3 0.6597 0.35303 0.372 0.000 0.540 0.088
#> SRR191625 2 0.8199 -0.16998 0.016 0.384 0.376 0.224
#> SRR191626 2 0.7880 -0.24411 0.000 0.372 0.284 0.344
#> SRR191627 3 0.3256 0.66317 0.004 0.068 0.884 0.044
#> SRR191628 3 0.6088 0.58105 0.012 0.116 0.708 0.164
#> SRR191629 3 0.4634 0.64565 0.004 0.048 0.792 0.156
#> SRR191630 1 0.4601 0.66933 0.732 0.004 0.256 0.008
#> SRR191631 3 0.4605 0.61026 0.000 0.132 0.796 0.072
#> SRR191632 3 0.3462 0.66065 0.116 0.004 0.860 0.020
#> SRR191633 3 0.4046 0.63678 0.000 0.048 0.828 0.124
#> SRR191634 2 0.7798 0.03880 0.212 0.432 0.004 0.352
#> SRR191635 3 0.1970 0.67268 0.008 0.000 0.932 0.060
#> SRR191636 2 0.8184 0.02996 0.264 0.408 0.012 0.316
#> SRR191637 2 0.2007 0.51403 0.004 0.940 0.020 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 1 0.5129 0.589896 0.684 0.000 0.248 0.052 0.016
#> SRR191394 1 0.0290 0.764374 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR191396 4 0.9274 0.233143 0.064 0.240 0.272 0.300 0.124
#> SRR191397 1 0.4664 0.693758 0.772 0.016 0.156 0.040 0.016
#> SRR191398 1 0.1485 0.759341 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR191399 3 0.6866 0.342138 0.176 0.000 0.496 0.304 0.024
#> SRR191400 1 0.0566 0.764276 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR191401 1 0.3599 0.709925 0.812 0.000 0.160 0.020 0.008
#> SRR191402 3 0.6150 0.501419 0.080 0.028 0.680 0.176 0.036
#> SRR191403 1 0.5925 0.397400 0.584 0.000 0.288 0.124 0.004
#> SRR191404 3 0.7137 0.215486 0.008 0.096 0.564 0.240 0.092
#> SRR191405 3 0.5807 0.418127 0.004 0.040 0.680 0.196 0.080
#> SRR191406 3 0.1243 0.580111 0.000 0.008 0.960 0.028 0.004
#> SRR191407 1 0.2927 0.733290 0.880 0.008 0.088 0.012 0.012
#> SRR191408 3 0.7334 0.388683 0.140 0.012 0.568 0.192 0.088
#> SRR191409 3 0.7026 0.251705 0.052 0.024 0.524 0.332 0.068
#> SRR191410 4 0.6372 -0.167032 0.028 0.036 0.456 0.456 0.024
#> SRR191411 3 0.7562 -0.002639 0.000 0.172 0.456 0.296 0.076
#> SRR191412 1 0.5161 0.563553 0.672 0.000 0.264 0.048 0.016
#> SRR191413 3 0.3733 0.570735 0.068 0.000 0.836 0.080 0.016
#> SRR191414 1 0.2644 0.752850 0.896 0.000 0.060 0.036 0.008
#> SRR191415 3 0.6955 0.200602 0.016 0.076 0.508 0.352 0.048
#> SRR191416 3 0.6391 0.387103 0.024 0.084 0.596 0.280 0.016
#> SRR191418 3 0.6579 0.493747 0.072 0.036 0.640 0.208 0.044
#> SRR191419 1 0.4226 0.691185 0.768 0.000 0.188 0.012 0.032
#> SRR191420 3 0.8627 0.140069 0.200 0.012 0.380 0.228 0.180
#> SRR191421 1 0.7162 0.067613 0.448 0.008 0.364 0.152 0.028
#> SRR191422 2 0.5289 -0.023432 0.000 0.500 0.000 0.048 0.452
#> SRR191423 4 0.7741 -0.082800 0.000 0.340 0.060 0.360 0.240
#> SRR191424 2 0.6576 0.277231 0.000 0.480 0.004 0.320 0.196
#> SRR191425 3 0.6657 0.200986 0.040 0.008 0.456 0.428 0.068
#> SRR191426 4 0.7567 0.318511 0.000 0.220 0.208 0.488 0.084
#> SRR191427 5 0.7966 0.388181 0.040 0.164 0.084 0.184 0.528
#> SRR191428 4 0.6693 -0.071117 0.000 0.084 0.412 0.456 0.048
#> SRR191429 2 0.5499 0.407482 0.000 0.712 0.040 0.144 0.104
#> SRR191430 4 0.8113 0.227527 0.004 0.248 0.132 0.436 0.180
#> SRR191431 4 0.8776 -0.050049 0.076 0.192 0.064 0.388 0.280
#> SRR191432 2 0.5001 0.370189 0.000 0.700 0.004 0.080 0.216
#> SRR191433 2 0.4722 0.402272 0.004 0.756 0.004 0.116 0.120
#> SRR191434 4 0.8171 0.018555 0.016 0.332 0.092 0.396 0.164
#> SRR191435 3 0.7773 0.211051 0.056 0.024 0.468 0.304 0.148
#> SRR191436 4 0.8491 0.303468 0.020 0.148 0.308 0.384 0.140
#> SRR191437 5 0.5322 0.133899 0.000 0.392 0.000 0.056 0.552
#> SRR191438 4 0.7663 0.347977 0.024 0.096 0.200 0.548 0.132
#> SRR191439 5 0.6775 0.336425 0.000 0.216 0.020 0.240 0.524
#> SRR191440 2 0.7156 0.097570 0.020 0.460 0.024 0.124 0.372
#> SRR191441 2 0.6255 0.242311 0.000 0.540 0.000 0.208 0.252
#> SRR191442 4 0.6954 0.134899 0.004 0.036 0.128 0.496 0.336
#> SRR191443 3 0.8048 0.031848 0.360 0.020 0.392 0.152 0.076
#> SRR191444 4 0.7939 0.075867 0.108 0.024 0.376 0.404 0.088
#> SRR191445 5 0.7599 0.312039 0.020 0.152 0.044 0.320 0.464
#> SRR191446 5 0.7214 0.370704 0.000 0.224 0.140 0.092 0.544
#> SRR191447 5 0.6055 0.350039 0.000 0.236 0.024 0.116 0.624
#> SRR191448 1 0.5080 0.279228 0.524 0.000 0.448 0.012 0.016
#> SRR191449 3 0.1591 0.580054 0.004 0.004 0.940 0.052 0.000
#> SRR191450 3 0.6452 0.397032 0.072 0.004 0.600 0.264 0.060
#> SRR191451 3 0.8338 0.158155 0.068 0.208 0.480 0.184 0.060
#> SRR191452 2 0.5086 0.385209 0.000 0.700 0.004 0.096 0.200
#> SRR191453 4 0.8262 0.215338 0.004 0.268 0.136 0.400 0.192
#> SRR191454 4 0.8976 0.138437 0.204 0.040 0.284 0.340 0.132
#> SRR191455 4 0.7481 0.237345 0.004 0.180 0.084 0.524 0.208
#> SRR191456 1 0.8146 0.356230 0.460 0.008 0.188 0.200 0.144
#> SRR191457 1 0.8819 0.212463 0.356 0.024 0.244 0.144 0.232
#> SRR191458 3 0.5887 0.441951 0.016 0.048 0.700 0.164 0.072
#> SRR191459 4 0.7957 0.313075 0.024 0.212 0.160 0.508 0.096
#> SRR191460 4 0.7931 0.185198 0.024 0.108 0.364 0.416 0.088
#> SRR191461 4 0.7979 0.311582 0.000 0.216 0.220 0.440 0.124
#> SRR191462 2 0.8550 0.006679 0.048 0.364 0.092 0.356 0.140
#> SRR191463 2 0.4617 0.389903 0.004 0.772 0.016 0.064 0.144
#> SRR191464 4 0.7749 0.016966 0.000 0.324 0.080 0.408 0.188
#> SRR191465 2 0.3664 0.429245 0.000 0.824 0.004 0.052 0.120
#> SRR191466 4 0.7537 -0.127380 0.000 0.120 0.096 0.408 0.376
#> SRR191467 2 0.6226 0.272222 0.000 0.580 0.012 0.148 0.260
#> SRR191468 2 0.3654 0.403868 0.004 0.828 0.004 0.040 0.124
#> SRR191469 4 0.8024 0.025876 0.008 0.096 0.172 0.424 0.300
#> SRR191470 4 0.7954 0.147298 0.000 0.336 0.144 0.388 0.132
#> SRR191471 2 0.7142 0.247956 0.000 0.524 0.060 0.160 0.256
#> SRR191472 2 0.5488 0.048192 0.000 0.508 0.000 0.064 0.428
#> SRR191473 2 0.5800 0.378745 0.000 0.660 0.028 0.212 0.100
#> SRR191474 3 0.5674 0.338978 0.000 0.048 0.568 0.364 0.020
#> SRR191475 2 0.4866 0.088418 0.000 0.580 0.000 0.028 0.392
#> SRR191476 2 0.7109 -0.008325 0.000 0.440 0.040 0.152 0.368
#> SRR191477 2 0.7467 0.082907 0.000 0.492 0.264 0.160 0.084
#> SRR191478 2 0.3974 0.409219 0.012 0.824 0.012 0.040 0.112
#> SRR191479 3 0.6616 0.477721 0.144 0.028 0.640 0.156 0.032
#> SRR191480 4 0.7938 0.137553 0.000 0.348 0.132 0.380 0.140
#> SRR191481 2 0.6179 0.319926 0.000 0.580 0.012 0.272 0.136
#> SRR191482 2 0.6274 0.281720 0.000 0.620 0.060 0.240 0.080
#> SRR191483 2 0.6181 0.351743 0.000 0.640 0.036 0.156 0.168
#> SRR191484 3 0.7496 0.192468 0.048 0.068 0.464 0.368 0.052
#> SRR191485 2 0.7823 -0.031428 0.004 0.372 0.052 0.300 0.272
#> SRR191486 2 0.8057 -0.116621 0.000 0.360 0.140 0.348 0.152
#> SRR191487 4 0.8200 -0.117447 0.060 0.084 0.084 0.392 0.380
#> SRR191488 1 0.8228 0.223078 0.412 0.020 0.316 0.152 0.100
#> SRR191489 3 0.7681 0.319761 0.148 0.028 0.552 0.088 0.184
#> SRR191490 5 0.6335 0.320661 0.000 0.244 0.012 0.172 0.572
#> SRR191491 4 0.7399 0.228168 0.004 0.036 0.196 0.428 0.336
#> SRR191492 3 0.7116 0.106192 0.028 0.000 0.404 0.384 0.184
#> SRR191493 2 0.7626 0.234170 0.000 0.480 0.096 0.172 0.252
#> SRR191494 2 0.6471 0.256624 0.008 0.588 0.012 0.180 0.212
#> SRR191495 3 0.4883 0.383405 0.000 0.004 0.620 0.348 0.028
#> SRR191496 2 0.4761 0.132586 0.000 0.616 0.000 0.028 0.356
#> SRR191497 3 0.6661 0.385727 0.008 0.100 0.616 0.212 0.064
#> SRR191498 3 0.7756 0.206368 0.024 0.104 0.544 0.176 0.152
#> SRR191499 3 0.7640 0.034034 0.000 0.064 0.420 0.308 0.208
#> SRR191500 5 0.8298 -0.102449 0.000 0.128 0.292 0.252 0.328
#> SRR191501 5 0.7518 0.184130 0.004 0.380 0.168 0.052 0.396
#> SRR191502 5 0.7855 0.334800 0.000 0.272 0.168 0.116 0.444
#> SRR191503 2 0.6229 -0.178857 0.000 0.472 0.012 0.100 0.416
#> SRR191504 2 0.5915 -0.008761 0.000 0.484 0.000 0.104 0.412
#> SRR191505 2 0.6718 0.074770 0.000 0.400 0.000 0.252 0.348
#> SRR191506 2 0.3684 0.202267 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR191507 2 0.9184 -0.036364 0.072 0.336 0.108 0.276 0.208
#> SRR191508 4 0.6539 -0.038101 0.000 0.064 0.060 0.520 0.356
#> SRR191509 2 0.7039 0.178159 0.004 0.412 0.024 0.404 0.156
#> SRR191510 2 0.7988 -0.014758 0.000 0.372 0.100 0.200 0.328
#> SRR191511 2 0.6376 0.324297 0.000 0.584 0.024 0.140 0.252
#> SRR191512 2 0.2775 0.414778 0.000 0.876 0.004 0.020 0.100
#> SRR191513 2 0.5509 0.339632 0.012 0.732 0.112 0.036 0.108
#> SRR191514 2 0.2520 0.418169 0.000 0.888 0.004 0.012 0.096
#> SRR191515 2 0.5401 0.412858 0.004 0.736 0.048 0.108 0.104
#> SRR191516 4 0.7643 0.155262 0.000 0.160 0.328 0.428 0.084
#> SRR191517 3 0.7574 -0.120229 0.000 0.272 0.424 0.252 0.052
#> SRR191518 2 0.4706 0.404332 0.000 0.776 0.120 0.060 0.044
#> SRR191519 2 0.5079 0.404967 0.000 0.728 0.016 0.156 0.100
#> SRR191520 4 0.7112 0.081493 0.000 0.012 0.348 0.360 0.280
#> SRR191521 2 0.5512 0.081177 0.000 0.568 0.004 0.064 0.364
#> SRR191522 2 0.7701 0.138312 0.000 0.492 0.200 0.120 0.188
#> SRR191523 2 0.6767 0.211551 0.004 0.452 0.000 0.264 0.280
#> SRR191524 5 0.7327 0.241180 0.096 0.028 0.060 0.272 0.544
#> SRR191525 2 0.5784 0.379956 0.000 0.656 0.016 0.192 0.136
#> SRR191526 2 0.3869 0.432942 0.004 0.816 0.004 0.052 0.124
#> SRR191527 1 0.5237 0.608673 0.712 0.016 0.004 0.076 0.192
#> SRR191528 1 0.5663 0.619235 0.700 0.008 0.024 0.108 0.160
#> SRR191529 2 0.8204 0.106896 0.032 0.364 0.040 0.292 0.272
#> SRR191530 2 0.2813 0.441248 0.000 0.884 0.004 0.048 0.064
#> SRR191531 1 0.7515 0.319292 0.476 0.004 0.064 0.168 0.288
#> SRR191532 2 0.8414 -0.202697 0.000 0.356 0.228 0.236 0.180
#> SRR191533 4 0.6993 0.151112 0.012 0.012 0.176 0.488 0.312
#> SRR191534 2 0.5890 -0.052391 0.000 0.504 0.040 0.032 0.424
#> SRR191535 2 0.3468 0.440804 0.000 0.848 0.012 0.092 0.048
#> SRR191536 5 0.8585 0.202877 0.044 0.288 0.056 0.296 0.316
#> SRR191537 2 0.8298 -0.120042 0.012 0.364 0.316 0.092 0.216
#> SRR191538 2 0.3720 0.259110 0.000 0.760 0.000 0.012 0.228
#> SRR191539 2 0.5889 0.363000 0.012 0.700 0.064 0.064 0.160
#> SRR191540 2 0.5546 0.121229 0.000 0.576 0.000 0.084 0.340
#> SRR191541 2 0.7322 -0.139377 0.016 0.488 0.064 0.092 0.340
#> SRR191542 2 0.6869 0.190420 0.012 0.536 0.012 0.204 0.236
#> SRR191543 2 0.3465 0.440059 0.000 0.840 0.004 0.104 0.052
#> SRR191544 5 0.7246 0.247483 0.000 0.320 0.076 0.120 0.484
#> SRR191545 2 0.6738 0.048359 0.000 0.408 0.004 0.212 0.376
#> SRR191546 5 0.6404 0.119673 0.000 0.360 0.008 0.140 0.492
#> SRR191547 5 0.8480 0.069741 0.004 0.208 0.156 0.292 0.340
#> SRR191548 1 0.0324 0.763526 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR191549 1 0.0324 0.764169 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR191550 1 0.0451 0.763689 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR191551 1 0.0162 0.763895 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191552 1 0.0451 0.764275 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR191553 1 0.2352 0.745938 0.912 0.008 0.000 0.032 0.048
#> SRR191554 1 0.1106 0.762244 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR191555 3 0.6141 0.393844 0.056 0.000 0.564 0.336 0.044
#> SRR191556 3 0.2707 0.574034 0.080 0.000 0.888 0.024 0.008
#> SRR191557 3 0.5915 0.324515 0.036 0.032 0.540 0.388 0.004
#> SRR191558 2 0.7738 0.190297 0.012 0.520 0.216 0.136 0.116
#> SRR191559 3 0.1124 0.580302 0.000 0.004 0.960 0.036 0.000
#> SRR191560 3 0.0798 0.580776 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR191561 1 0.3823 0.694855 0.820 0.008 0.000 0.060 0.112
#> SRR191562 3 0.5408 -0.000320 0.440 0.000 0.516 0.024 0.020
#> SRR191563 3 0.4164 0.535012 0.000 0.064 0.812 0.096 0.028
#> SRR191564 3 0.3333 0.559046 0.000 0.020 0.856 0.096 0.028
#> SRR191565 3 0.2758 0.577847 0.076 0.000 0.888 0.024 0.012
#> SRR191566 3 0.1843 0.584335 0.012 0.004 0.936 0.044 0.004
#> SRR191567 3 0.4675 -0.013378 0.444 0.000 0.544 0.008 0.004
#> SRR191568 3 0.4623 0.299887 0.340 0.000 0.640 0.012 0.008
#> SRR191569 3 0.6106 0.507744 0.060 0.024 0.696 0.148 0.072
#> SRR191570 3 0.4957 0.518114 0.196 0.024 0.736 0.032 0.012
#> SRR191571 3 0.3612 0.577413 0.100 0.000 0.832 0.064 0.004
#> SRR191572 1 0.0451 0.763377 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR191573 3 0.4461 0.567428 0.104 0.024 0.800 0.064 0.008
#> SRR191574 1 0.4534 0.651054 0.732 0.000 0.224 0.028 0.016
#> SRR191575 3 0.4791 0.131140 0.392 0.000 0.588 0.008 0.012
#> SRR191576 3 0.7249 0.273294 0.040 0.060 0.564 0.260 0.076
#> SRR191577 3 0.4937 0.529851 0.080 0.004 0.772 0.096 0.048
#> SRR191578 2 0.6899 0.292438 0.020 0.572 0.076 0.276 0.056
#> SRR191579 1 0.1471 0.764696 0.952 0.000 0.004 0.020 0.024
#> SRR191580 1 0.0579 0.764344 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR191581 1 0.1579 0.757905 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR191582 1 0.0162 0.763928 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191583 2 0.5251 0.382752 0.060 0.764 0.024 0.048 0.104
#> SRR191584 1 0.1668 0.755669 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR191585 4 0.6478 -0.120215 0.000 0.064 0.440 0.448 0.048
#> SRR191586 3 0.5524 0.299105 0.000 0.032 0.532 0.416 0.020
#> SRR191587 3 0.5703 0.457638 0.072 0.004 0.660 0.240 0.024
#> SRR191588 3 0.5564 0.452206 0.284 0.000 0.620 0.092 0.004
#> SRR191589 3 0.6166 0.441791 0.092 0.012 0.624 0.252 0.020
#> SRR191590 1 0.3402 0.701511 0.804 0.000 0.184 0.004 0.008
#> SRR191591 3 0.6489 0.396062 0.080 0.048 0.580 0.288 0.004
#> SRR191592 3 0.1278 0.583533 0.020 0.004 0.960 0.016 0.000
#> SRR191593 3 0.5881 0.456394 0.048 0.028 0.656 0.248 0.020
#> SRR191594 1 0.3989 0.624728 0.728 0.000 0.260 0.004 0.008
#> SRR191595 3 0.3795 0.538290 0.164 0.004 0.804 0.020 0.008
#> SRR191596 3 0.3831 0.523992 0.188 0.000 0.784 0.024 0.004
#> SRR191597 3 0.2284 0.570346 0.000 0.004 0.896 0.096 0.004
#> SRR191598 3 0.0932 0.582070 0.020 0.000 0.972 0.004 0.004
#> SRR191599 3 0.3474 0.547843 0.148 0.000 0.824 0.020 0.008
#> SRR191600 3 0.3638 0.552150 0.012 0.008 0.828 0.136 0.016
#> SRR191601 3 0.6065 0.404306 0.000 0.128 0.644 0.196 0.032
#> SRR191602 3 0.6656 0.175671 0.000 0.120 0.492 0.360 0.028
#> SRR191603 3 0.5576 0.372350 0.000 0.084 0.604 0.308 0.004
#> SRR191604 2 0.6763 0.330522 0.000 0.600 0.128 0.192 0.080
#> SRR191605 3 0.1788 0.579138 0.000 0.008 0.932 0.056 0.004
#> SRR191606 3 0.3469 0.557971 0.132 0.004 0.836 0.016 0.012
#> SRR191607 3 0.4609 0.424627 0.000 0.008 0.688 0.280 0.024
#> SRR191608 3 0.6030 0.213580 0.000 0.028 0.512 0.404 0.056
#> SRR191609 3 0.6081 0.180715 0.000 0.024 0.492 0.420 0.064
#> SRR191610 3 0.5435 0.282683 0.000 0.004 0.540 0.404 0.052
#> SRR191611 3 0.6596 0.207380 0.000 0.016 0.480 0.364 0.140
#> SRR191612 3 0.1446 0.581306 0.004 0.004 0.952 0.036 0.004
#> SRR191613 1 0.8029 0.242471 0.412 0.008 0.276 0.228 0.076
#> SRR191614 3 0.0992 0.582064 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> SRR191615 3 0.1116 0.582564 0.004 0.004 0.964 0.028 0.000
#> SRR191616 2 0.9306 0.000355 0.116 0.400 0.144 0.176 0.164
#> SRR191617 2 0.7851 0.168339 0.020 0.404 0.056 0.364 0.156
#> SRR191618 4 0.7214 0.128491 0.012 0.004 0.360 0.364 0.260
#> SRR191619 3 0.8118 -0.199537 0.004 0.224 0.376 0.304 0.092
#> SRR191620 4 0.8050 0.098317 0.000 0.348 0.132 0.360 0.160
#> SRR191621 2 0.5174 0.402404 0.000 0.712 0.020 0.192 0.076
#> SRR191622 3 0.6806 0.124241 0.008 0.048 0.468 0.404 0.072
#> SRR191623 3 0.2017 0.580189 0.000 0.008 0.912 0.080 0.000
#> SRR191624 3 0.6728 0.366772 0.272 0.008 0.536 0.172 0.012
#> SRR191625 4 0.8197 0.292761 0.020 0.296 0.244 0.380 0.060
#> SRR191626 5 0.8243 0.163770 0.000 0.232 0.124 0.304 0.340
#> SRR191627 3 0.3968 0.538555 0.000 0.076 0.820 0.088 0.016
#> SRR191628 3 0.6347 0.415199 0.000 0.044 0.620 0.212 0.124
#> SRR191629 3 0.5341 0.412842 0.000 0.056 0.640 0.292 0.012
#> SRR191630 1 0.4487 0.536515 0.660 0.004 0.324 0.004 0.008
#> SRR191631 3 0.5057 0.483433 0.000 0.100 0.740 0.136 0.024
#> SRR191632 3 0.3170 0.581849 0.072 0.004 0.868 0.052 0.004
#> SRR191633 3 0.4649 0.525488 0.000 0.020 0.772 0.096 0.112
#> SRR191634 5 0.8094 0.198584 0.148 0.328 0.012 0.104 0.408
#> SRR191635 3 0.3047 0.547725 0.000 0.004 0.832 0.160 0.004
#> SRR191636 2 0.8654 -0.000542 0.220 0.340 0.016 0.132 0.292
#> SRR191637 2 0.1928 0.423830 0.000 0.920 0.004 0.004 0.072
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 1 0.6108 0.48005 0.580 0.000 0.272 0.060 0.072 0.016
#> SRR191394 1 0.0696 0.72581 0.980 0.000 0.008 0.004 0.004 0.004
#> SRR191396 5 0.9028 0.18824 0.048 0.152 0.212 0.160 0.352 0.076
#> SRR191397 1 0.5484 0.62085 0.676 0.008 0.204 0.064 0.024 0.024
#> SRR191398 1 0.2124 0.71959 0.916 0.000 0.004 0.016 0.048 0.016
#> SRR191399 3 0.7307 0.08140 0.120 0.000 0.396 0.348 0.120 0.016
#> SRR191400 1 0.1121 0.72674 0.964 0.000 0.004 0.008 0.016 0.008
#> SRR191401 1 0.4610 0.62643 0.708 0.000 0.228 0.020 0.028 0.016
#> SRR191402 3 0.6070 0.43420 0.048 0.024 0.660 0.176 0.068 0.024
#> SRR191403 1 0.6962 0.29588 0.468 0.000 0.296 0.164 0.048 0.024
#> SRR191404 3 0.6946 0.14218 0.008 0.056 0.484 0.044 0.336 0.072
#> SRR191405 3 0.6615 0.39832 0.004 0.036 0.604 0.072 0.168 0.116
#> SRR191406 3 0.2358 0.55740 0.000 0.012 0.908 0.044 0.016 0.020
#> SRR191407 1 0.3448 0.69359 0.832 0.000 0.108 0.016 0.036 0.008
#> SRR191408 3 0.7424 0.34045 0.112 0.008 0.520 0.140 0.184 0.036
#> SRR191409 3 0.6890 0.17043 0.052 0.008 0.420 0.136 0.376 0.008
#> SRR191410 3 0.7229 0.00836 0.024 0.032 0.380 0.324 0.236 0.004
#> SRR191411 3 0.7332 -0.06892 0.000 0.136 0.384 0.120 0.348 0.012
#> SRR191412 1 0.5511 0.51557 0.620 0.000 0.268 0.032 0.072 0.008
#> SRR191413 3 0.3955 0.55704 0.044 0.000 0.820 0.056 0.060 0.020
#> SRR191414 1 0.4006 0.69362 0.812 0.000 0.072 0.044 0.060 0.012
#> SRR191415 3 0.7515 0.08408 0.008 0.092 0.412 0.228 0.252 0.008
#> SRR191416 3 0.6831 0.09055 0.024 0.060 0.472 0.332 0.112 0.000
#> SRR191418 3 0.7005 0.36754 0.044 0.024 0.572 0.192 0.128 0.040
#> SRR191419 1 0.5371 0.64166 0.688 0.000 0.180 0.040 0.072 0.020
#> SRR191420 3 0.8938 -0.10238 0.204 0.024 0.284 0.276 0.096 0.116
#> SRR191421 1 0.7559 0.02536 0.368 0.000 0.332 0.140 0.144 0.016
#> SRR191422 6 0.5556 0.18185 0.000 0.388 0.000 0.024 0.076 0.512
#> SRR191423 5 0.7035 0.24626 0.000 0.292 0.052 0.040 0.484 0.132
#> SRR191424 2 0.7101 0.06306 0.000 0.400 0.008 0.208 0.320 0.064
#> SRR191425 4 0.7293 0.14026 0.036 0.008 0.328 0.408 0.192 0.028
#> SRR191426 4 0.7137 0.23575 0.000 0.184 0.124 0.536 0.120 0.036
#> SRR191427 6 0.7736 0.32413 0.004 0.104 0.060 0.172 0.176 0.484
#> SRR191428 4 0.5942 0.36938 0.000 0.056 0.296 0.580 0.044 0.024
#> SRR191429 2 0.6510 0.32583 0.000 0.608 0.056 0.056 0.176 0.104
#> SRR191430 5 0.8157 0.31686 0.004 0.224 0.104 0.164 0.420 0.084
#> SRR191431 5 0.8496 0.21284 0.064 0.144 0.052 0.112 0.448 0.180
#> SRR191432 2 0.5789 0.28313 0.000 0.612 0.000 0.116 0.052 0.220
#> SRR191433 2 0.4268 0.40108 0.004 0.784 0.000 0.044 0.072 0.096
#> SRR191434 5 0.7521 0.27696 0.016 0.280 0.064 0.116 0.476 0.048
#> SRR191435 4 0.7777 0.23917 0.056 0.008 0.308 0.400 0.056 0.172
#> SRR191436 5 0.7801 0.26215 0.020 0.132 0.300 0.084 0.428 0.036
#> SRR191437 6 0.5493 0.27890 0.000 0.324 0.000 0.032 0.072 0.572
#> SRR191438 5 0.8052 0.30462 0.028 0.068 0.148 0.228 0.460 0.068
#> SRR191439 6 0.7346 0.30180 0.004 0.128 0.004 0.220 0.192 0.452
#> SRR191440 6 0.7418 0.11486 0.008 0.340 0.004 0.076 0.232 0.340
#> SRR191441 2 0.5935 0.19061 0.000 0.516 0.000 0.020 0.320 0.144
#> SRR191442 5 0.8031 0.13947 0.012 0.036 0.092 0.240 0.392 0.228
#> SRR191443 3 0.7484 0.14356 0.300 0.012 0.432 0.072 0.164 0.020
#> SRR191444 5 0.7761 0.01601 0.064 0.016 0.360 0.160 0.364 0.036
#> SRR191445 6 0.8112 0.19585 0.016 0.112 0.024 0.204 0.300 0.344
#> SRR191446 6 0.7186 0.42355 0.000 0.132 0.116 0.076 0.116 0.560
#> SRR191447 6 0.5931 0.42665 0.000 0.156 0.016 0.048 0.140 0.640
#> SRR191448 3 0.5999 -0.09421 0.404 0.000 0.488 0.036 0.040 0.032
#> SRR191449 3 0.2238 0.54496 0.000 0.004 0.900 0.076 0.004 0.016
#> SRR191450 3 0.6662 0.35953 0.044 0.008 0.560 0.104 0.252 0.032
#> SRR191451 3 0.8413 0.15396 0.032 0.168 0.428 0.096 0.208 0.068
#> SRR191452 2 0.5878 0.33278 0.000 0.624 0.000 0.152 0.068 0.156
#> SRR191453 5 0.7553 0.39221 0.000 0.236 0.112 0.084 0.484 0.084
#> SRR191454 5 0.8425 0.12601 0.192 0.012 0.264 0.140 0.344 0.048
#> SRR191455 5 0.7743 0.30427 0.004 0.160 0.048 0.292 0.416 0.080
#> SRR191456 1 0.8162 0.30848 0.420 0.000 0.112 0.160 0.204 0.104
#> SRR191457 1 0.9071 0.12259 0.284 0.016 0.180 0.120 0.232 0.168
#> SRR191458 3 0.5754 0.46243 0.016 0.028 0.676 0.036 0.184 0.060
#> SRR191459 5 0.8364 0.27832 0.028 0.228 0.112 0.256 0.348 0.028
#> SRR191460 5 0.7784 0.19744 0.024 0.088 0.292 0.144 0.428 0.024
#> SRR191461 4 0.7184 0.29954 0.000 0.180 0.160 0.516 0.120 0.024
#> SRR191462 5 0.7448 0.24582 0.040 0.300 0.048 0.104 0.476 0.032
#> SRR191463 2 0.5696 0.23953 0.004 0.652 0.004 0.044 0.120 0.176
#> SRR191464 2 0.8225 -0.11365 0.000 0.336 0.064 0.180 0.292 0.128
#> SRR191465 2 0.3833 0.39706 0.000 0.804 0.000 0.024 0.084 0.088
#> SRR191466 4 0.7975 -0.03374 0.004 0.092 0.060 0.396 0.160 0.288
#> SRR191467 2 0.6341 0.20579 0.000 0.548 0.004 0.048 0.168 0.232
#> SRR191468 2 0.3241 0.37451 0.004 0.844 0.000 0.008 0.060 0.084
#> SRR191469 4 0.7950 0.16852 0.004 0.080 0.100 0.448 0.136 0.232
#> SRR191470 4 0.7413 0.10947 0.000 0.240 0.064 0.492 0.124 0.080
#> SRR191471 2 0.7867 -0.00648 0.000 0.356 0.048 0.076 0.268 0.252
#> SRR191472 2 0.5295 -0.03372 0.000 0.500 0.000 0.032 0.040 0.428
#> SRR191473 2 0.6386 0.36045 0.000 0.592 0.016 0.204 0.104 0.084
#> SRR191474 3 0.6635 -0.13481 0.000 0.056 0.420 0.412 0.092 0.020
#> SRR191475 2 0.4743 0.00210 0.000 0.560 0.000 0.008 0.036 0.396
#> SRR191476 2 0.7971 -0.10766 0.000 0.344 0.052 0.164 0.112 0.328
#> SRR191477 2 0.7121 0.17567 0.000 0.536 0.216 0.104 0.056 0.088
#> SRR191478 2 0.3684 0.38125 0.016 0.828 0.004 0.012 0.044 0.096
#> SRR191479 3 0.7552 0.28711 0.148 0.016 0.500 0.220 0.076 0.040
#> SRR191480 2 0.7687 -0.12039 0.000 0.364 0.088 0.364 0.124 0.060
#> SRR191481 2 0.6415 0.14875 0.000 0.524 0.016 0.112 0.304 0.044
#> SRR191482 2 0.6373 0.27208 0.000 0.608 0.032 0.196 0.076 0.088
#> SRR191483 2 0.6794 0.30491 0.000 0.576 0.036 0.164 0.084 0.140
#> SRR191484 4 0.7094 0.22873 0.044 0.048 0.360 0.464 0.052 0.032
#> SRR191485 5 0.7716 0.11021 0.000 0.276 0.032 0.112 0.404 0.176
#> SRR191486 4 0.8617 -0.08740 0.000 0.224 0.104 0.316 0.208 0.148
#> SRR191487 4 0.7469 -0.23045 0.020 0.052 0.012 0.404 0.204 0.308
#> SRR191488 1 0.7735 0.14079 0.348 0.008 0.336 0.052 0.216 0.040
#> SRR191489 3 0.7565 0.21701 0.080 0.008 0.492 0.120 0.060 0.240
#> SRR191490 6 0.6938 0.36366 0.000 0.152 0.000 0.264 0.116 0.468
#> SRR191491 5 0.7693 0.14675 0.008 0.008 0.108 0.256 0.376 0.244
#> SRR191492 4 0.6534 0.34472 0.028 0.000 0.280 0.532 0.036 0.124
#> SRR191493 2 0.8657 0.05214 0.000 0.296 0.092 0.184 0.208 0.220
#> SRR191494 2 0.5881 0.13470 0.012 0.492 0.000 0.008 0.376 0.112
#> SRR191495 3 0.5016 -0.03791 0.000 0.000 0.488 0.456 0.012 0.044
#> SRR191496 2 0.4799 0.06174 0.000 0.592 0.000 0.012 0.040 0.356
#> SRR191497 3 0.6588 0.28951 0.000 0.060 0.572 0.240 0.076 0.052
#> SRR191498 3 0.8366 0.04616 0.008 0.084 0.416 0.144 0.180 0.168
#> SRR191499 4 0.7914 0.28908 0.000 0.068 0.296 0.344 0.060 0.232
#> SRR191500 4 0.8396 0.18409 0.000 0.152 0.204 0.296 0.064 0.284
#> SRR191501 6 0.7224 0.33697 0.000 0.272 0.136 0.024 0.096 0.472
#> SRR191502 6 0.7814 0.39058 0.000 0.172 0.144 0.060 0.160 0.464
#> SRR191503 6 0.7008 0.33929 0.000 0.332 0.008 0.124 0.100 0.436
#> SRR191504 2 0.5602 -0.12201 0.000 0.460 0.000 0.076 0.024 0.440
#> SRR191505 5 0.6734 -0.03129 0.000 0.284 0.000 0.048 0.432 0.236
#> SRR191506 2 0.4416 0.13290 0.000 0.668 0.000 0.012 0.032 0.288
#> SRR191507 4 0.8502 -0.02072 0.028 0.292 0.064 0.360 0.100 0.156
#> SRR191508 4 0.7069 -0.12701 0.000 0.064 0.012 0.456 0.228 0.240
#> SRR191509 2 0.7413 0.01270 0.000 0.340 0.016 0.324 0.252 0.068
#> SRR191510 6 0.8349 0.16413 0.000 0.264 0.060 0.144 0.220 0.312
#> SRR191511 2 0.7512 0.19308 0.000 0.452 0.020 0.180 0.136 0.212
#> SRR191512 2 0.3025 0.37392 0.000 0.844 0.000 0.020 0.016 0.120
#> SRR191513 2 0.5773 0.28992 0.008 0.688 0.080 0.016 0.096 0.112
#> SRR191514 2 0.2532 0.38358 0.000 0.884 0.000 0.008 0.032 0.076
#> SRR191515 2 0.6206 0.34039 0.004 0.648 0.028 0.088 0.140 0.092
#> SRR191516 4 0.6455 0.39892 0.000 0.108 0.192 0.600 0.068 0.032
#> SRR191517 3 0.7697 -0.27179 0.000 0.264 0.320 0.316 0.056 0.044
#> SRR191518 2 0.4591 0.39420 0.000 0.776 0.092 0.044 0.060 0.028
#> SRR191519 2 0.5959 0.37234 0.000 0.636 0.012 0.180 0.104 0.068
#> SRR191520 4 0.6514 0.33331 0.000 0.016 0.212 0.500 0.020 0.252
#> SRR191521 2 0.6047 -0.12380 0.000 0.464 0.004 0.016 0.136 0.380
#> SRR191522 2 0.8549 0.03475 0.000 0.360 0.180 0.140 0.128 0.192
#> SRR191523 5 0.6497 0.02015 0.008 0.360 0.000 0.036 0.452 0.144
#> SRR191524 6 0.6979 0.25601 0.060 0.016 0.000 0.324 0.156 0.444
#> SRR191525 2 0.6737 0.31712 0.000 0.540 0.020 0.244 0.116 0.080
#> SRR191526 2 0.4611 0.37377 0.004 0.752 0.000 0.036 0.112 0.096
#> SRR191527 1 0.6361 0.48208 0.580 0.016 0.000 0.056 0.220 0.128
#> SRR191528 1 0.5624 0.53781 0.644 0.000 0.008 0.040 0.208 0.100
#> SRR191529 5 0.6957 0.17477 0.020 0.276 0.008 0.052 0.504 0.140
#> SRR191530 2 0.3836 0.39654 0.000 0.808 0.000 0.036 0.092 0.064
#> SRR191531 1 0.8002 0.15971 0.384 0.000 0.056 0.100 0.212 0.248
#> SRR191532 2 0.8781 -0.20080 0.004 0.308 0.168 0.164 0.240 0.116
#> SRR191533 4 0.6939 0.09108 0.016 0.004 0.056 0.512 0.208 0.204
#> SRR191534 6 0.6362 0.24304 0.000 0.372 0.032 0.020 0.100 0.476
#> SRR191535 2 0.3601 0.41970 0.000 0.824 0.004 0.084 0.072 0.016
#> SRR191536 5 0.8356 -0.13632 0.040 0.208 0.024 0.124 0.396 0.208
#> SRR191537 2 0.8557 -0.12846 0.008 0.308 0.256 0.060 0.144 0.224
#> SRR191538 2 0.3788 0.17747 0.000 0.712 0.004 0.004 0.008 0.272
#> SRR191539 2 0.6791 0.23375 0.008 0.568 0.048 0.032 0.200 0.144
#> SRR191540 2 0.5150 0.05338 0.000 0.580 0.000 0.056 0.020 0.344
#> SRR191541 2 0.7595 -0.26022 0.016 0.396 0.032 0.092 0.100 0.364
#> SRR191542 2 0.6241 0.06413 0.016 0.444 0.000 0.016 0.400 0.124
#> SRR191543 2 0.4254 0.40893 0.000 0.780 0.004 0.076 0.108 0.032
#> SRR191544 6 0.7400 0.34460 0.000 0.216 0.068 0.068 0.148 0.500
#> SRR191545 2 0.6919 0.01049 0.000 0.388 0.000 0.232 0.060 0.320
#> SRR191546 6 0.6738 0.20804 0.000 0.300 0.004 0.048 0.196 0.452
#> SRR191547 4 0.8574 -0.00973 0.004 0.148 0.112 0.320 0.128 0.288
#> SRR191548 1 0.0767 0.72526 0.976 0.000 0.004 0.012 0.000 0.008
#> SRR191549 1 0.0291 0.72617 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR191550 1 0.1242 0.72473 0.960 0.000 0.008 0.012 0.012 0.008
#> SRR191551 1 0.0436 0.72569 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR191552 1 0.0582 0.72582 0.984 0.000 0.004 0.004 0.004 0.004
#> SRR191553 1 0.3315 0.69901 0.860 0.012 0.004 0.032 0.060 0.032
#> SRR191554 1 0.1223 0.72496 0.960 0.000 0.004 0.008 0.012 0.016
#> SRR191555 3 0.6618 0.04526 0.032 0.004 0.456 0.344 0.156 0.008
#> SRR191556 3 0.1750 0.56301 0.056 0.000 0.928 0.004 0.008 0.004
#> SRR191557 4 0.6475 0.12875 0.036 0.036 0.396 0.456 0.076 0.000
#> SRR191558 2 0.7924 -0.01475 0.012 0.424 0.216 0.040 0.224 0.084
#> SRR191559 3 0.1738 0.55067 0.000 0.004 0.928 0.052 0.000 0.016
#> SRR191560 3 0.0912 0.56158 0.008 0.004 0.972 0.004 0.000 0.012
#> SRR191561 1 0.5538 0.57147 0.680 0.012 0.000 0.052 0.148 0.108
#> SRR191562 3 0.5357 0.21244 0.352 0.000 0.572 0.028 0.036 0.012
#> SRR191563 3 0.4507 0.53075 0.000 0.044 0.784 0.048 0.088 0.036
#> SRR191564 3 0.3656 0.52394 0.000 0.016 0.820 0.116 0.016 0.032
#> SRR191565 3 0.1975 0.56266 0.044 0.000 0.924 0.008 0.008 0.016
#> SRR191566 3 0.1453 0.56150 0.008 0.000 0.944 0.040 0.008 0.000
#> SRR191567 3 0.4226 0.26918 0.328 0.000 0.648 0.004 0.016 0.004
#> SRR191568 3 0.5076 0.42313 0.236 0.004 0.680 0.024 0.040 0.016
#> SRR191569 3 0.6370 0.45671 0.048 0.016 0.644 0.164 0.076 0.052
#> SRR191570 3 0.4076 0.55013 0.112 0.012 0.804 0.012 0.044 0.016
#> SRR191571 3 0.3707 0.56545 0.080 0.000 0.820 0.048 0.052 0.000
#> SRR191572 1 0.0924 0.72507 0.972 0.000 0.008 0.008 0.004 0.008
#> SRR191573 3 0.4631 0.53565 0.072 0.020 0.784 0.072 0.040 0.012
#> SRR191574 1 0.5541 0.58076 0.636 0.000 0.252 0.048 0.048 0.016
#> SRR191575 3 0.4302 0.32069 0.296 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008
#> SRR191576 3 0.6333 0.32138 0.024 0.044 0.560 0.032 0.308 0.032
#> SRR191577 3 0.4516 0.54634 0.044 0.000 0.776 0.032 0.112 0.036
#> SRR191578 2 0.7862 0.01133 0.016 0.432 0.076 0.200 0.240 0.036
#> SRR191579 1 0.2118 0.72746 0.920 0.000 0.016 0.020 0.036 0.008
#> SRR191580 1 0.0696 0.72581 0.980 0.000 0.008 0.004 0.004 0.004
#> SRR191581 1 0.2030 0.71993 0.920 0.000 0.004 0.012 0.048 0.016
#> SRR191582 1 0.1396 0.72811 0.952 0.000 0.008 0.012 0.024 0.004
#> SRR191583 2 0.5667 0.32633 0.052 0.700 0.020 0.012 0.112 0.104
#> SRR191584 1 0.2195 0.71923 0.920 0.004 0.008 0.024 0.016 0.028
#> SRR191585 4 0.5524 0.36973 0.000 0.048 0.300 0.604 0.028 0.020
#> SRR191586 4 0.5993 0.20044 0.004 0.036 0.372 0.512 0.068 0.008
#> SRR191587 3 0.6132 0.42476 0.072 0.000 0.600 0.124 0.200 0.004
#> SRR191588 3 0.5943 0.43721 0.200 0.000 0.624 0.116 0.048 0.012
#> SRR191589 3 0.6867 0.35373 0.076 0.004 0.536 0.176 0.196 0.012
#> SRR191590 1 0.4012 0.58877 0.700 0.000 0.276 0.004 0.012 0.008
#> SRR191591 3 0.7206 0.28329 0.064 0.028 0.512 0.216 0.172 0.008
#> SRR191592 3 0.1490 0.56414 0.000 0.004 0.948 0.024 0.008 0.016
#> SRR191593 3 0.6546 0.28213 0.040 0.028 0.536 0.276 0.120 0.000
#> SRR191594 1 0.4483 0.55434 0.664 0.000 0.296 0.016 0.016 0.008
#> SRR191595 3 0.2376 0.54851 0.096 0.000 0.884 0.008 0.000 0.012
#> SRR191596 3 0.2841 0.53609 0.128 0.000 0.848 0.012 0.000 0.012
#> SRR191597 3 0.3399 0.53226 0.000 0.016 0.844 0.088 0.036 0.016
#> SRR191598 3 0.0717 0.56104 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR191599 3 0.3578 0.52230 0.144 0.000 0.808 0.024 0.020 0.004
#> SRR191600 3 0.4461 0.50509 0.000 0.020 0.760 0.092 0.120 0.008
#> SRR191601 3 0.7281 0.23947 0.000 0.116 0.528 0.180 0.128 0.048
#> SRR191602 3 0.6822 -0.03271 0.004 0.104 0.432 0.376 0.076 0.008
#> SRR191603 3 0.6284 0.20002 0.000 0.064 0.524 0.320 0.084 0.008
#> SRR191604 2 0.7811 0.17718 0.000 0.476 0.132 0.160 0.156 0.076
#> SRR191605 3 0.2921 0.55027 0.000 0.012 0.876 0.064 0.020 0.028
#> SRR191606 3 0.2670 0.55833 0.084 0.000 0.880 0.016 0.012 0.008
#> SRR191607 3 0.4604 0.03974 0.000 0.008 0.536 0.432 0.000 0.024
#> SRR191608 4 0.5284 0.24622 0.000 0.020 0.396 0.536 0.008 0.040
#> SRR191609 4 0.5737 0.33858 0.000 0.016 0.328 0.568 0.044 0.044
#> SRR191610 4 0.5011 0.26025 0.004 0.000 0.372 0.572 0.020 0.032
#> SRR191611 4 0.6483 0.29657 0.000 0.016 0.316 0.508 0.044 0.116
#> SRR191612 3 0.2865 0.54973 0.000 0.008 0.872 0.080 0.012 0.028
#> SRR191613 1 0.8307 0.12359 0.304 0.000 0.276 0.120 0.236 0.064
#> SRR191614 3 0.1768 0.55798 0.000 0.008 0.932 0.044 0.004 0.012
#> SRR191615 3 0.1590 0.55679 0.000 0.000 0.936 0.048 0.008 0.008
#> SRR191616 2 0.9230 -0.09612 0.072 0.328 0.092 0.104 0.224 0.180
#> SRR191617 5 0.7793 0.18037 0.024 0.328 0.052 0.108 0.420 0.068
#> SRR191618 5 0.7614 0.02569 0.008 0.000 0.320 0.184 0.340 0.148
#> SRR191619 4 0.8543 0.10290 0.008 0.180 0.288 0.308 0.152 0.064
#> SRR191620 5 0.8279 0.19761 0.000 0.288 0.104 0.200 0.328 0.080
#> SRR191621 2 0.6313 0.31918 0.000 0.604 0.028 0.172 0.152 0.044
#> SRR191622 3 0.6981 0.16570 0.012 0.024 0.424 0.184 0.340 0.016
#> SRR191623 3 0.2648 0.54482 0.000 0.004 0.876 0.092 0.008 0.020
#> SRR191624 3 0.7122 0.18317 0.212 0.000 0.440 0.264 0.076 0.008
#> SRR191625 4 0.8510 -0.03657 0.012 0.256 0.180 0.292 0.224 0.036
#> SRR191626 4 0.8007 -0.10631 0.000 0.240 0.068 0.320 0.068 0.304
#> SRR191627 3 0.4622 0.50190 0.000 0.084 0.772 0.080 0.040 0.024
#> SRR191628 3 0.7178 0.23269 0.004 0.072 0.536 0.228 0.088 0.072
#> SRR191629 3 0.6095 0.20092 0.004 0.048 0.524 0.332 0.092 0.000
#> SRR191630 1 0.4776 0.49823 0.628 0.000 0.324 0.016 0.016 0.016
#> SRR191631 3 0.5785 0.39085 0.000 0.096 0.664 0.164 0.052 0.024
#> SRR191632 3 0.3568 0.56202 0.040 0.004 0.848 0.052 0.040 0.016
#> SRR191633 3 0.5119 0.45532 0.000 0.008 0.708 0.104 0.036 0.144
#> SRR191634 6 0.8731 0.26162 0.128 0.256 0.004 0.132 0.168 0.312
#> SRR191635 3 0.3424 0.46686 0.000 0.004 0.780 0.196 0.000 0.020
#> SRR191636 5 0.8870 -0.15000 0.184 0.236 0.024 0.056 0.292 0.208
#> SRR191637 2 0.2340 0.38500 0.000 0.896 0.000 0.004 0.044 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.439 0.787 0.899 0.5014 0.498 0.498
#> 3 3 0.392 0.652 0.788 0.3171 0.793 0.608
#> 4 4 0.416 0.431 0.653 0.1222 0.860 0.635
#> 5 5 0.476 0.367 0.647 0.0691 0.849 0.531
#> 6 6 0.523 0.388 0.615 0.0437 0.899 0.589
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191394 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191396 2 0.8955 0.6057 0.312 0.688
#> SRR191397 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191398 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191399 1 0.0376 0.8869 0.996 0.004
#> SRR191400 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191401 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191402 1 0.2423 0.8760 0.960 0.040
#> SRR191403 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191404 2 0.9933 0.2558 0.452 0.548
#> SRR191405 1 0.7139 0.7393 0.804 0.196
#> SRR191406 1 0.2423 0.8772 0.960 0.040
#> SRR191407 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191408 1 0.5408 0.8247 0.876 0.124
#> SRR191409 1 0.2236 0.8785 0.964 0.036
#> SRR191410 2 0.9963 0.1553 0.464 0.536
#> SRR191411 1 0.9970 0.1727 0.532 0.468
#> SRR191412 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191413 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191414 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191415 2 0.9427 0.4670 0.360 0.640
#> SRR191416 1 0.5737 0.8163 0.864 0.136
#> SRR191418 1 0.5059 0.8262 0.888 0.112
#> SRR191419 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191420 1 0.6343 0.7946 0.840 0.160
#> SRR191421 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191422 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191423 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191424 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191425 1 0.5737 0.8150 0.864 0.136
#> SRR191426 2 0.1414 0.8805 0.020 0.980
#> SRR191427 2 0.6531 0.7871 0.168 0.832
#> SRR191428 1 0.9944 0.2238 0.544 0.456
#> SRR191429 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191430 2 0.4815 0.8507 0.104 0.896
#> SRR191431 2 0.8443 0.6648 0.272 0.728
#> SRR191432 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191433 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191434 2 0.4815 0.8447 0.104 0.896
#> SRR191435 1 0.5059 0.8372 0.888 0.112
#> SRR191436 1 1.0000 0.0520 0.500 0.500
#> SRR191437 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191438 2 0.8016 0.7155 0.244 0.756
#> SRR191439 2 0.0376 0.8816 0.004 0.996
#> SRR191440 2 0.2043 0.8780 0.032 0.968
#> SRR191441 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191442 2 0.7376 0.7329 0.208 0.792
#> SRR191443 1 0.2603 0.8748 0.956 0.044
#> SRR191444 1 0.8386 0.6196 0.732 0.268
#> SRR191445 2 0.4939 0.8476 0.108 0.892
#> SRR191446 2 0.5519 0.8269 0.128 0.872
#> SRR191447 2 0.0938 0.8811 0.012 0.988
#> SRR191448 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191449 1 0.0672 0.8858 0.992 0.008
#> SRR191450 1 0.2423 0.8765 0.960 0.040
#> SRR191451 1 0.7299 0.7538 0.796 0.204
#> SRR191452 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191453 2 0.3584 0.8639 0.068 0.932
#> SRR191454 1 0.7219 0.7310 0.800 0.200
#> SRR191455 2 0.1414 0.8798 0.020 0.980
#> SRR191456 1 0.6343 0.7948 0.840 0.160
#> SRR191457 1 0.5519 0.8153 0.872 0.128
#> SRR191458 1 0.7299 0.7407 0.796 0.204
#> SRR191459 2 0.3879 0.8598 0.076 0.924
#> SRR191460 1 0.9988 0.0383 0.520 0.480
#> SRR191461 2 0.5629 0.8202 0.132 0.868
#> SRR191462 2 0.7056 0.7725 0.192 0.808
#> SRR191463 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191464 2 0.0672 0.8815 0.008 0.992
#> SRR191465 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191466 2 0.5737 0.8142 0.136 0.864
#> SRR191467 2 0.1633 0.8778 0.024 0.976
#> SRR191468 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191469 2 0.5408 0.8323 0.124 0.876
#> SRR191470 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191471 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191472 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191473 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191474 2 0.9954 0.1278 0.460 0.540
#> SRR191475 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191476 2 0.2236 0.8754 0.036 0.964
#> SRR191477 2 0.2236 0.8753 0.036 0.964
#> SRR191478 2 0.1633 0.8778 0.024 0.976
#> SRR191479 1 0.1633 0.8824 0.976 0.024
#> SRR191480 2 0.1414 0.8797 0.020 0.980
#> SRR191481 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191482 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191483 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191484 1 0.7950 0.7017 0.760 0.240
#> SRR191485 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191486 2 0.3879 0.8587 0.076 0.924
#> SRR191487 2 0.7299 0.7587 0.204 0.796
#> SRR191488 1 0.0938 0.8854 0.988 0.012
#> SRR191489 1 0.6048 0.8030 0.852 0.148
#> SRR191490 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191491 2 0.9970 0.1068 0.468 0.532
#> SRR191492 1 0.5629 0.8222 0.868 0.132
#> SRR191493 2 0.1184 0.8806 0.016 0.984
#> SRR191494 2 0.4298 0.8544 0.088 0.912
#> SRR191495 1 0.6048 0.8078 0.852 0.148
#> SRR191496 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191497 1 0.9954 0.1845 0.540 0.460
#> SRR191498 1 0.8443 0.6359 0.728 0.272
#> SRR191499 2 0.7674 0.7117 0.224 0.776
#> SRR191500 2 0.7299 0.7421 0.204 0.796
#> SRR191501 2 0.6887 0.7799 0.184 0.816
#> SRR191502 2 0.6148 0.8132 0.152 0.848
#> SRR191503 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191504 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191505 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191506 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191507 2 0.8081 0.6988 0.248 0.752
#> SRR191508 2 0.1843 0.8778 0.028 0.972
#> SRR191509 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191510 2 0.4022 0.8605 0.080 0.920
#> SRR191511 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191512 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191513 2 0.4815 0.8433 0.104 0.896
#> SRR191514 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191515 2 0.0376 0.8813 0.004 0.996
#> SRR191516 2 0.8327 0.6504 0.264 0.736
#> SRR191517 2 0.1633 0.8785 0.024 0.976
#> SRR191518 2 0.2778 0.8721 0.048 0.952
#> SRR191519 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191520 2 0.9427 0.4610 0.360 0.640
#> SRR191521 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191522 2 0.1633 0.8778 0.024 0.976
#> SRR191523 2 0.1414 0.8798 0.020 0.980
#> SRR191524 2 0.9933 0.1390 0.452 0.548
#> SRR191525 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191526 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191527 1 0.6887 0.7491 0.816 0.184
#> SRR191528 1 0.2948 0.8683 0.948 0.052
#> SRR191529 2 0.5294 0.8366 0.120 0.880
#> SRR191530 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191531 1 0.6712 0.7889 0.824 0.176
#> SRR191532 2 0.5629 0.8197 0.132 0.868
#> SRR191533 1 0.9954 0.1284 0.540 0.460
#> SRR191534 2 0.3114 0.8690 0.056 0.944
#> SRR191535 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191536 2 0.6048 0.8151 0.148 0.852
#> SRR191537 2 0.8499 0.6598 0.276 0.724
#> SRR191538 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191539 2 0.3879 0.8606 0.076 0.924
#> SRR191540 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191541 2 0.6343 0.8001 0.160 0.840
#> SRR191542 2 0.4161 0.8560 0.084 0.916
#> SRR191543 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191544 2 0.3879 0.8596 0.076 0.924
#> SRR191545 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191546 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191547 2 0.6247 0.7956 0.156 0.844
#> SRR191548 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191553 1 0.1414 0.8832 0.980 0.020
#> SRR191554 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191555 1 0.3274 0.8680 0.940 0.060
#> SRR191556 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191557 1 0.2423 0.8778 0.960 0.040
#> SRR191558 2 0.8443 0.6581 0.272 0.728
#> SRR191559 1 0.0672 0.8858 0.992 0.008
#> SRR191560 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191561 1 0.5519 0.8131 0.872 0.128
#> SRR191562 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191563 1 0.8909 0.5962 0.692 0.308
#> SRR191564 1 0.3584 0.8619 0.932 0.068
#> SRR191565 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191566 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191567 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191568 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191569 1 0.3274 0.8679 0.940 0.060
#> SRR191570 1 0.0376 0.8867 0.996 0.004
#> SRR191571 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191572 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191573 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191574 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191575 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191576 1 0.6887 0.7689 0.816 0.184
#> SRR191577 1 0.0376 0.8865 0.996 0.004
#> SRR191578 2 0.3274 0.8658 0.060 0.940
#> SRR191579 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0376 0.8865 0.996 0.004
#> SRR191582 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191583 2 0.6531 0.7928 0.168 0.832
#> SRR191584 1 0.1633 0.8803 0.976 0.024
#> SRR191585 1 0.9608 0.4342 0.616 0.384
#> SRR191586 1 0.9460 0.4640 0.636 0.364
#> SRR191587 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191588 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191589 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191590 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191591 1 0.7453 0.7190 0.788 0.212
#> SRR191592 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191593 1 0.2778 0.8723 0.952 0.048
#> SRR191594 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191595 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191596 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191597 1 0.9248 0.4973 0.660 0.340
#> SRR191598 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191599 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191600 1 0.9970 0.0436 0.532 0.468
#> SRR191601 2 0.8555 0.6197 0.280 0.720
#> SRR191602 2 0.6712 0.7729 0.176 0.824
#> SRR191603 2 0.9661 0.3510 0.392 0.608
#> SRR191604 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191605 1 0.5059 0.8380 0.888 0.112
#> SRR191606 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191607 1 0.6343 0.7979 0.840 0.160
#> SRR191608 2 0.9896 0.2028 0.440 0.560
#> SRR191609 2 0.9608 0.3868 0.384 0.616
#> SRR191610 1 0.2236 0.8787 0.964 0.036
#> SRR191611 1 0.8861 0.6044 0.696 0.304
#> SRR191612 1 0.0672 0.8858 0.992 0.008
#> SRR191613 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191614 1 0.0672 0.8858 0.992 0.008
#> SRR191615 1 0.0672 0.8858 0.992 0.008
#> SRR191616 2 0.9000 0.5839 0.316 0.684
#> SRR191617 2 0.5178 0.8372 0.116 0.884
#> SRR191618 1 0.9732 0.3471 0.596 0.404
#> SRR191619 2 0.5946 0.8084 0.144 0.856
#> SRR191620 2 0.0938 0.8813 0.012 0.988
#> SRR191621 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191622 1 0.9754 0.3649 0.592 0.408
#> SRR191623 1 0.3114 0.8695 0.944 0.056
#> SRR191624 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191625 2 0.2603 0.8750 0.044 0.956
#> SRR191626 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
#> SRR191627 2 0.9833 0.3030 0.424 0.576
#> SRR191628 1 0.7950 0.7020 0.760 0.240
#> SRR191629 1 0.8661 0.6294 0.712 0.288
#> SRR191630 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191631 2 0.7528 0.7449 0.216 0.784
#> SRR191632 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000
#> SRR191633 1 0.9522 0.4588 0.628 0.372
#> SRR191634 2 0.6623 0.7897 0.172 0.828
#> SRR191635 1 0.3274 0.8667 0.940 0.060
#> SRR191636 2 0.8327 0.6756 0.264 0.736
#> SRR191637 2 0.0000 0.8816 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191394 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191396 2 0.7391 0.5705 0.308 0.636 0.056
#> SRR191397 1 0.0747 0.7895 0.984 0.000 0.016
#> SRR191398 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191399 1 0.6045 0.3399 0.620 0.000 0.380
#> SRR191400 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191401 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191402 1 0.5559 0.6794 0.780 0.028 0.192
#> SRR191403 1 0.1643 0.7884 0.956 0.000 0.044
#> SRR191404 2 0.9581 0.2446 0.268 0.480 0.252
#> SRR191405 1 0.8902 0.3708 0.536 0.144 0.320
#> SRR191406 3 0.6255 0.6028 0.204 0.048 0.748
#> SRR191407 1 0.1163 0.7895 0.972 0.000 0.028
#> SRR191408 1 0.7163 0.4949 0.628 0.040 0.332
#> SRR191409 1 0.3434 0.7651 0.904 0.032 0.064
#> SRR191410 3 0.9346 0.4885 0.260 0.224 0.516
#> SRR191411 3 0.9588 0.4077 0.284 0.240 0.476
#> SRR191412 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191413 3 0.6299 -0.0799 0.476 0.000 0.524
#> SRR191414 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191415 3 0.7091 0.6255 0.056 0.268 0.676
#> SRR191416 3 0.7831 0.5498 0.280 0.088 0.632
#> SRR191418 1 0.7868 0.1285 0.524 0.056 0.420
#> SRR191419 1 0.3038 0.7695 0.896 0.000 0.104
#> SRR191420 1 0.5093 0.7252 0.836 0.088 0.076
#> SRR191421 1 0.0747 0.7907 0.984 0.000 0.016
#> SRR191422 2 0.0892 0.8107 0.000 0.980 0.020
#> SRR191423 2 0.0237 0.8130 0.000 0.996 0.004
#> SRR191424 2 0.3886 0.8037 0.024 0.880 0.096
#> SRR191425 3 0.8264 0.1798 0.436 0.076 0.488
#> SRR191426 2 0.6925 0.2232 0.016 0.532 0.452
#> SRR191427 2 0.7344 0.5897 0.232 0.684 0.084
#> SRR191428 3 0.4139 0.7382 0.016 0.124 0.860
#> SRR191429 2 0.0592 0.8123 0.000 0.988 0.012
#> SRR191430 2 0.6705 0.7409 0.108 0.748 0.144
#> SRR191431 2 0.5919 0.6534 0.276 0.712 0.012
#> SRR191432 2 0.2261 0.8059 0.000 0.932 0.068
#> SRR191433 2 0.0424 0.8116 0.000 0.992 0.008
#> SRR191434 2 0.5263 0.7820 0.116 0.824 0.060
#> SRR191435 1 0.7838 0.1507 0.488 0.052 0.460
#> SRR191436 1 0.9119 0.1675 0.484 0.368 0.148
#> SRR191437 2 0.0892 0.8107 0.000 0.980 0.020
#> SRR191438 2 0.7424 0.6963 0.172 0.700 0.128
#> SRR191439 2 0.4335 0.8034 0.036 0.864 0.100
#> SRR191440 2 0.4277 0.7679 0.132 0.852 0.016
#> SRR191441 2 0.0424 0.8116 0.000 0.992 0.008
#> SRR191442 2 0.8752 0.3355 0.144 0.564 0.292
#> SRR191443 1 0.4749 0.7385 0.844 0.040 0.116
#> SRR191444 1 0.9015 0.1316 0.508 0.144 0.348
#> SRR191445 2 0.5426 0.7819 0.092 0.820 0.088
#> SRR191446 2 0.7145 0.2299 0.024 0.536 0.440
#> SRR191447 2 0.2384 0.8163 0.008 0.936 0.056
#> SRR191448 1 0.4963 0.7110 0.792 0.008 0.200
#> SRR191449 3 0.1529 0.7456 0.040 0.000 0.960
#> SRR191450 3 0.6516 -0.0591 0.480 0.004 0.516
#> SRR191451 1 0.6476 0.6397 0.748 0.184 0.068
#> SRR191452 2 0.2356 0.8042 0.000 0.928 0.072
#> SRR191453 2 0.5538 0.7363 0.060 0.808 0.132
#> SRR191454 1 0.3500 0.7274 0.880 0.116 0.004
#> SRR191455 2 0.6258 0.6668 0.052 0.752 0.196
#> SRR191456 1 0.3550 0.7551 0.896 0.024 0.080
#> SRR191457 1 0.6208 0.7061 0.772 0.076 0.152
#> SRR191458 1 0.9018 0.4099 0.548 0.176 0.276
#> SRR191459 2 0.6488 0.7175 0.084 0.756 0.160
#> SRR191460 2 0.9980 -0.1886 0.340 0.356 0.304
#> SRR191461 3 0.5058 0.6425 0.000 0.244 0.756
#> SRR191462 2 0.7007 0.6988 0.176 0.724 0.100
#> SRR191463 2 0.0983 0.8144 0.004 0.980 0.016
#> SRR191464 2 0.3454 0.8027 0.008 0.888 0.104
#> SRR191465 2 0.0424 0.8116 0.000 0.992 0.008
#> SRR191466 2 0.8350 0.2962 0.088 0.532 0.380
#> SRR191467 2 0.2313 0.8143 0.032 0.944 0.024
#> SRR191468 2 0.0424 0.8116 0.000 0.992 0.008
#> SRR191469 2 0.7453 0.0849 0.036 0.528 0.436
#> SRR191470 3 0.6267 0.1063 0.000 0.452 0.548
#> SRR191471 2 0.3532 0.7827 0.008 0.884 0.108
#> SRR191472 2 0.0892 0.8107 0.000 0.980 0.020
#> SRR191473 2 0.3551 0.7912 0.000 0.868 0.132
#> SRR191474 3 0.2878 0.7515 0.000 0.096 0.904
#> SRR191475 2 0.0892 0.8107 0.000 0.980 0.020
#> SRR191476 2 0.4887 0.7507 0.000 0.772 0.228
#> SRR191477 2 0.5968 0.4814 0.000 0.636 0.364
#> SRR191478 2 0.1267 0.8144 0.024 0.972 0.004
#> SRR191479 1 0.5443 0.6589 0.736 0.004 0.260
#> SRR191480 3 0.6280 0.2745 0.000 0.460 0.540
#> SRR191481 2 0.1753 0.8117 0.000 0.952 0.048
#> SRR191482 2 0.3482 0.7795 0.000 0.872 0.128
#> SRR191483 2 0.4346 0.7177 0.000 0.816 0.184
#> SRR191484 3 0.7568 0.6076 0.212 0.108 0.680
#> SRR191485 2 0.1453 0.8126 0.008 0.968 0.024
#> SRR191486 2 0.6839 0.5213 0.024 0.624 0.352
#> SRR191487 2 0.8841 0.5364 0.216 0.580 0.204
#> SRR191488 1 0.1999 0.7909 0.952 0.012 0.036
#> SRR191489 1 0.8387 0.1933 0.488 0.084 0.428
#> SRR191490 2 0.3377 0.8054 0.012 0.896 0.092
#> SRR191491 3 0.9813 0.3049 0.304 0.268 0.428
#> SRR191492 3 0.7589 0.3207 0.360 0.052 0.588
#> SRR191493 2 0.5502 0.7152 0.008 0.744 0.248
#> SRR191494 2 0.3129 0.8006 0.088 0.904 0.008
#> SRR191495 3 0.0661 0.7494 0.004 0.008 0.988
#> SRR191496 2 0.0892 0.8107 0.000 0.980 0.020
#> SRR191497 3 0.1878 0.7582 0.004 0.044 0.952
#> SRR191498 1 0.9481 0.0845 0.432 0.184 0.384
#> SRR191499 3 0.4346 0.7160 0.000 0.184 0.816
#> SRR191500 3 0.5760 0.5475 0.000 0.328 0.672
#> SRR191501 2 0.7592 0.6171 0.112 0.680 0.208
#> SRR191502 2 0.5404 0.6813 0.004 0.740 0.256
#> SRR191503 2 0.1620 0.8122 0.012 0.964 0.024
#> SRR191504 2 0.1031 0.8116 0.000 0.976 0.024
#> SRR191505 2 0.0661 0.8150 0.004 0.988 0.008
#> SRR191506 2 0.0892 0.8107 0.000 0.980 0.020
#> SRR191507 2 0.8982 0.3657 0.168 0.548 0.284
#> SRR191508 2 0.5764 0.7749 0.076 0.800 0.124
#> SRR191509 2 0.4937 0.7831 0.028 0.824 0.148
#> SRR191510 2 0.5036 0.7420 0.020 0.808 0.172
#> SRR191511 2 0.3816 0.7910 0.000 0.852 0.148
#> SRR191512 2 0.0424 0.8116 0.000 0.992 0.008
#> SRR191513 2 0.3886 0.7910 0.024 0.880 0.096
#> SRR191514 2 0.0424 0.8116 0.000 0.992 0.008
#> SRR191515 2 0.3192 0.7974 0.000 0.888 0.112
#> SRR191516 3 0.3686 0.7329 0.000 0.140 0.860
#> SRR191517 3 0.2625 0.7529 0.000 0.084 0.916
#> SRR191518 2 0.3619 0.7815 0.000 0.864 0.136
#> SRR191519 2 0.3619 0.7950 0.000 0.864 0.136
#> SRR191520 3 0.1289 0.7540 0.000 0.032 0.968
#> SRR191521 2 0.3551 0.7825 0.000 0.868 0.132
#> SRR191522 2 0.6154 0.4765 0.000 0.592 0.408
#> SRR191523 2 0.1950 0.8131 0.040 0.952 0.008
#> SRR191524 1 0.9109 0.1922 0.488 0.364 0.148
#> SRR191525 2 0.3116 0.7992 0.000 0.892 0.108
#> SRR191526 2 0.0424 0.8116 0.000 0.992 0.008
#> SRR191527 1 0.2537 0.7563 0.920 0.080 0.000
#> SRR191528 1 0.0592 0.7896 0.988 0.012 0.000
#> SRR191529 2 0.3983 0.7773 0.144 0.852 0.004
#> SRR191530 2 0.0424 0.8116 0.000 0.992 0.008
#> SRR191531 1 0.3947 0.7513 0.884 0.040 0.076
#> SRR191532 2 0.6912 0.0590 0.016 0.540 0.444
#> SRR191533 3 0.8915 0.4946 0.216 0.212 0.572
#> SRR191534 2 0.3340 0.7873 0.000 0.880 0.120
#> SRR191535 2 0.1411 0.8140 0.000 0.964 0.036
#> SRR191536 2 0.5111 0.7708 0.144 0.820 0.036
#> SRR191537 2 0.7906 0.5779 0.124 0.656 0.220
#> SRR191538 2 0.1289 0.8127 0.000 0.968 0.032
#> SRR191539 2 0.3276 0.8066 0.024 0.908 0.068
#> SRR191540 2 0.1753 0.8128 0.000 0.952 0.048
#> SRR191541 2 0.4469 0.7842 0.028 0.852 0.120
#> SRR191542 2 0.2448 0.8042 0.076 0.924 0.000
#> SRR191543 2 0.0592 0.8124 0.000 0.988 0.012
#> SRR191544 2 0.3983 0.7987 0.068 0.884 0.048
#> SRR191545 2 0.3192 0.8034 0.000 0.888 0.112
#> SRR191546 2 0.1163 0.8126 0.000 0.972 0.028
#> SRR191547 2 0.7310 0.4466 0.040 0.600 0.360
#> SRR191548 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0592 0.7906 0.988 0.000 0.012
#> SRR191551 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0592 0.7896 0.988 0.012 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191555 3 0.5384 0.6502 0.188 0.024 0.788
#> SRR191556 1 0.5706 0.5746 0.680 0.000 0.320
#> SRR191557 3 0.5223 0.6871 0.176 0.024 0.800
#> SRR191558 2 0.5722 0.5915 0.292 0.704 0.004
#> SRR191559 3 0.1163 0.7472 0.028 0.000 0.972
#> SRR191560 1 0.6215 0.3823 0.572 0.000 0.428
#> SRR191561 1 0.0747 0.7890 0.984 0.016 0.000
#> SRR191562 1 0.2165 0.7818 0.936 0.000 0.064
#> SRR191563 3 0.8379 0.5281 0.208 0.168 0.624
#> SRR191564 3 0.1643 0.7433 0.044 0.000 0.956
#> SRR191565 1 0.5363 0.6419 0.724 0.000 0.276
#> SRR191566 3 0.6244 0.0376 0.440 0.000 0.560
#> SRR191567 1 0.4887 0.6911 0.772 0.000 0.228
#> SRR191568 1 0.3116 0.7644 0.892 0.000 0.108
#> SRR191569 1 0.5929 0.5778 0.676 0.004 0.320
#> SRR191570 1 0.3851 0.7605 0.860 0.004 0.136
#> SRR191571 1 0.2356 0.7848 0.928 0.000 0.072
#> SRR191572 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191573 1 0.2356 0.7833 0.928 0.000 0.072
#> SRR191574 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191575 1 0.3267 0.7599 0.884 0.000 0.116
#> SRR191576 1 0.5524 0.6836 0.796 0.164 0.040
#> SRR191577 1 0.3755 0.7577 0.872 0.008 0.120
#> SRR191578 2 0.4505 0.7995 0.092 0.860 0.048
#> SRR191579 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.7903 1.000 0.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0237 0.7902 0.996 0.004 0.000
#> SRR191583 2 0.4062 0.7627 0.164 0.836 0.000
#> SRR191584 1 0.0237 0.7902 0.996 0.004 0.000
#> SRR191585 3 0.3771 0.7415 0.012 0.112 0.876
#> SRR191586 3 0.3337 0.7544 0.032 0.060 0.908
#> SRR191587 1 0.4931 0.6529 0.768 0.000 0.232
#> SRR191588 1 0.2959 0.7681 0.900 0.000 0.100
#> SRR191589 1 0.2165 0.7796 0.936 0.000 0.064
#> SRR191590 1 0.0237 0.7904 0.996 0.000 0.004
#> SRR191591 1 0.8567 0.3165 0.576 0.128 0.296
#> SRR191592 3 0.6295 -0.1236 0.472 0.000 0.528
#> SRR191593 1 0.7114 0.2502 0.584 0.028 0.388
#> SRR191594 1 0.3192 0.7618 0.888 0.000 0.112
#> SRR191595 1 0.4887 0.7008 0.772 0.000 0.228
#> SRR191596 1 0.4399 0.7256 0.812 0.000 0.188
#> SRR191597 3 0.2879 0.7532 0.024 0.052 0.924
#> SRR191598 1 0.6309 0.1578 0.500 0.000 0.500
#> SRR191599 1 0.4504 0.7199 0.804 0.000 0.196
#> SRR191600 3 0.9115 0.4082 0.236 0.216 0.548
#> SRR191601 3 0.4062 0.7414 0.000 0.164 0.836
#> SRR191602 3 0.4033 0.7340 0.008 0.136 0.856
#> SRR191603 3 0.3340 0.7419 0.000 0.120 0.880
#> SRR191604 2 0.3551 0.7992 0.000 0.868 0.132
#> SRR191605 3 0.1289 0.7476 0.032 0.000 0.968
#> SRR191606 1 0.4796 0.7035 0.780 0.000 0.220
#> SRR191607 3 0.0892 0.7484 0.020 0.000 0.980
#> SRR191608 3 0.1289 0.7539 0.000 0.032 0.968
#> SRR191609 3 0.1289 0.7539 0.000 0.032 0.968
#> SRR191610 3 0.2261 0.7428 0.068 0.000 0.932
#> SRR191611 3 0.4634 0.7267 0.012 0.164 0.824
#> SRR191612 3 0.1163 0.7481 0.028 0.000 0.972
#> SRR191613 1 0.1989 0.7864 0.948 0.004 0.048
#> SRR191614 3 0.3752 0.7173 0.096 0.020 0.884
#> SRR191615 3 0.3965 0.6894 0.132 0.008 0.860
#> SRR191616 2 0.5948 0.4998 0.360 0.640 0.000
#> SRR191617 2 0.5334 0.7772 0.120 0.820 0.060
#> SRR191618 1 0.9908 -0.2018 0.372 0.268 0.360
#> SRR191619 2 0.8087 0.3584 0.076 0.560 0.364
#> SRR191620 2 0.4586 0.7986 0.048 0.856 0.096
#> SRR191621 2 0.1964 0.8122 0.000 0.944 0.056
#> SRR191622 1 0.9211 0.2306 0.512 0.312 0.176
#> SRR191623 3 0.1399 0.7492 0.028 0.004 0.968
#> SRR191624 1 0.4887 0.6440 0.772 0.000 0.228
#> SRR191625 2 0.5137 0.7914 0.064 0.832 0.104
#> SRR191626 3 0.6286 0.2131 0.000 0.464 0.536
#> SRR191627 3 0.4345 0.7379 0.016 0.136 0.848
#> SRR191628 1 0.9481 -0.0839 0.432 0.184 0.384
#> SRR191629 3 0.4015 0.7438 0.028 0.096 0.876
#> SRR191630 1 0.3482 0.7600 0.872 0.000 0.128
#> SRR191631 3 0.4033 0.7416 0.008 0.136 0.856
#> SRR191632 1 0.3879 0.7518 0.848 0.000 0.152
#> SRR191633 3 0.5667 0.7088 0.060 0.140 0.800
#> SRR191634 2 0.5318 0.7315 0.204 0.780 0.016
#> SRR191635 3 0.1267 0.7478 0.024 0.004 0.972
#> SRR191636 2 0.5835 0.5313 0.340 0.660 0.000
#> SRR191637 2 0.0424 0.8116 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 1 0.0376 0.74293 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR191394 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191396 2 0.8468 0.21700 0.256 0.456 0.036 0.252
#> SRR191397 1 0.1042 0.74087 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR191398 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191399 1 0.6897 0.33924 0.584 0.000 0.160 0.256
#> SRR191400 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191401 1 0.0188 0.74305 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR191402 1 0.6618 0.59441 0.700 0.048 0.124 0.128
#> SRR191403 1 0.3082 0.71761 0.884 0.000 0.032 0.084
#> SRR191404 3 0.8629 0.13267 0.056 0.208 0.468 0.268
#> SRR191405 3 0.8043 0.38960 0.180 0.056 0.564 0.200
#> SRR191406 3 0.3360 0.58029 0.084 0.004 0.876 0.036
#> SRR191407 1 0.1978 0.72704 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR191408 1 0.7008 0.48312 0.620 0.020 0.240 0.120
#> SRR191409 1 0.6159 0.53811 0.672 0.012 0.072 0.244
#> SRR191410 4 0.8330 0.35003 0.152 0.088 0.208 0.552
#> SRR191411 4 0.9646 0.10786 0.192 0.156 0.316 0.336
#> SRR191412 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191413 3 0.5279 0.48397 0.232 0.000 0.716 0.052
#> SRR191414 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191415 4 0.7935 0.34206 0.060 0.112 0.280 0.548
#> SRR191416 4 0.8665 0.17098 0.212 0.048 0.312 0.428
#> SRR191418 1 0.8273 0.32391 0.536 0.060 0.224 0.180
#> SRR191419 1 0.3791 0.65387 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR191420 1 0.5296 0.63834 0.764 0.164 0.020 0.052
#> SRR191421 1 0.1151 0.74128 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR191422 2 0.1302 0.60440 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR191423 2 0.4916 0.52757 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR191424 2 0.5808 0.51469 0.000 0.544 0.032 0.424
#> SRR191425 4 0.9293 0.23174 0.240 0.124 0.204 0.432
#> SRR191426 4 0.7126 0.41849 0.008 0.188 0.208 0.596
#> SRR191427 2 0.7364 0.15983 0.248 0.584 0.020 0.148
#> SRR191428 4 0.5763 0.16170 0.012 0.012 0.428 0.548
#> SRR191429 2 0.4472 0.62550 0.000 0.760 0.020 0.220
#> SRR191430 4 0.6866 -0.17008 0.048 0.368 0.032 0.552
#> SRR191431 2 0.7823 0.33410 0.236 0.452 0.004 0.308
#> SRR191432 2 0.4927 0.60031 0.000 0.712 0.024 0.264
#> SRR191433 2 0.4343 0.61055 0.000 0.732 0.004 0.264
#> SRR191434 2 0.7204 0.44122 0.084 0.504 0.020 0.392
#> SRR191435 1 0.8946 0.07524 0.404 0.060 0.280 0.256
#> SRR191436 1 0.8395 -0.08365 0.408 0.160 0.044 0.388
#> SRR191437 2 0.2281 0.59650 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR191438 4 0.7438 -0.03017 0.080 0.304 0.048 0.568
#> SRR191439 2 0.5302 0.42211 0.012 0.628 0.004 0.356
#> SRR191440 2 0.6877 0.49784 0.116 0.596 0.008 0.280
#> SRR191441 2 0.4776 0.57133 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR191442 4 0.7070 0.34424 0.048 0.320 0.052 0.580
#> SRR191443 1 0.5272 0.64357 0.752 0.000 0.112 0.136
#> SRR191444 4 0.8479 0.10039 0.376 0.048 0.164 0.412
#> SRR191445 2 0.5695 0.36107 0.028 0.640 0.008 0.324
#> SRR191446 2 0.6833 0.17875 0.004 0.588 0.288 0.120
#> SRR191447 2 0.3992 0.55491 0.004 0.800 0.008 0.188
#> SRR191448 1 0.4804 0.41508 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR191449 3 0.0469 0.58333 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR191450 3 0.7740 0.34744 0.260 0.016 0.528 0.196
#> SRR191451 1 0.7341 0.48773 0.624 0.092 0.060 0.224
#> SRR191452 2 0.5254 0.58907 0.000 0.672 0.028 0.300
#> SRR191453 4 0.7019 -0.25173 0.040 0.396 0.044 0.520
#> SRR191454 1 0.5326 0.57837 0.736 0.060 0.004 0.200
#> SRR191455 4 0.5625 0.38064 0.020 0.196 0.052 0.732
#> SRR191456 1 0.5062 0.66465 0.792 0.052 0.028 0.128
#> SRR191457 1 0.8157 0.44904 0.564 0.072 0.200 0.164
#> SRR191458 3 0.7379 0.47286 0.160 0.060 0.640 0.140
#> SRR191459 4 0.7333 0.08060 0.048 0.356 0.060 0.536
#> SRR191460 4 0.8154 0.40946 0.204 0.148 0.080 0.568
#> SRR191461 4 0.5879 0.38221 0.000 0.080 0.248 0.672
#> SRR191462 4 0.7708 -0.28470 0.152 0.412 0.012 0.424
#> SRR191463 2 0.4268 0.63356 0.004 0.760 0.004 0.232
#> SRR191464 4 0.6103 -0.40655 0.004 0.468 0.036 0.492
#> SRR191465 2 0.4155 0.61530 0.000 0.756 0.004 0.240
#> SRR191466 4 0.7473 0.37317 0.036 0.328 0.092 0.544
#> SRR191467 2 0.3123 0.62526 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR191468 2 0.4053 0.61737 0.000 0.768 0.004 0.228
#> SRR191469 4 0.7513 0.34530 0.012 0.416 0.128 0.444
#> SRR191470 4 0.7062 0.37152 0.000 0.224 0.204 0.572
#> SRR191471 2 0.4815 0.61800 0.004 0.752 0.028 0.216
#> SRR191472 2 0.2345 0.59578 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR191473 2 0.5898 0.53662 0.000 0.604 0.048 0.348
#> SRR191474 3 0.6206 0.09444 0.000 0.056 0.540 0.404
#> SRR191475 2 0.1940 0.60260 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR191476 2 0.4586 0.57124 0.000 0.796 0.068 0.136
#> SRR191477 2 0.7133 0.24787 0.000 0.512 0.344 0.144
#> SRR191478 2 0.3945 0.62421 0.004 0.780 0.000 0.216
#> SRR191479 1 0.5634 0.53466 0.664 0.008 0.296 0.032
#> SRR191480 4 0.7067 0.38119 0.000 0.288 0.160 0.552
#> SRR191481 2 0.5004 0.54384 0.000 0.604 0.004 0.392
#> SRR191482 2 0.5632 0.48089 0.000 0.624 0.036 0.340
#> SRR191483 2 0.5662 0.53919 0.000 0.692 0.072 0.236
#> SRR191484 4 0.7551 0.12547 0.148 0.008 0.388 0.456
#> SRR191485 2 0.4008 0.57888 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR191486 4 0.7630 0.00341 0.016 0.368 0.136 0.480
#> SRR191487 2 0.8043 0.10606 0.096 0.476 0.060 0.368
#> SRR191488 1 0.2967 0.73209 0.904 0.016 0.052 0.028
#> SRR191489 3 0.7484 0.28358 0.300 0.116 0.556 0.028
#> SRR191490 2 0.4675 0.54163 0.000 0.736 0.020 0.244
#> SRR191491 4 0.8478 0.35803 0.136 0.180 0.132 0.552
#> SRR191492 4 0.9673 0.11806 0.240 0.152 0.244 0.364
#> SRR191493 2 0.7205 0.45456 0.000 0.548 0.200 0.252
#> SRR191494 2 0.5807 0.55837 0.044 0.612 0.000 0.344
#> SRR191495 3 0.4283 0.39876 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR191496 2 0.1792 0.60822 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR191497 3 0.5271 0.45938 0.004 0.068 0.748 0.180
#> SRR191498 3 0.7923 0.41291 0.172 0.140 0.600 0.088
#> SRR191499 3 0.7917 -0.22339 0.000 0.340 0.348 0.312
#> SRR191500 2 0.7775 -0.38539 0.000 0.404 0.244 0.352
#> SRR191501 2 0.7302 0.37275 0.056 0.624 0.228 0.092
#> SRR191502 2 0.6433 0.39420 0.000 0.648 0.188 0.164
#> SRR191503 2 0.2466 0.58857 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR191504 2 0.2589 0.58335 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR191505 2 0.4720 0.56036 0.004 0.672 0.000 0.324
#> SRR191506 2 0.0817 0.61089 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR191507 4 0.9012 0.04123 0.184 0.368 0.080 0.368
#> SRR191508 4 0.6867 -0.12395 0.036 0.464 0.036 0.464
#> SRR191509 4 0.6306 -0.36356 0.004 0.448 0.048 0.500
#> SRR191510 2 0.5661 0.46079 0.012 0.724 0.064 0.200
#> SRR191511 2 0.5839 0.59200 0.000 0.648 0.060 0.292
#> SRR191512 2 0.3710 0.62820 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR191513 2 0.5815 0.59105 0.000 0.708 0.140 0.152
#> SRR191514 2 0.3908 0.62653 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR191515 2 0.5432 0.61943 0.000 0.716 0.068 0.216
#> SRR191516 4 0.5638 0.22395 0.000 0.028 0.388 0.584
#> SRR191517 3 0.5770 0.42410 0.000 0.140 0.712 0.148
#> SRR191518 2 0.6080 0.57406 0.000 0.684 0.156 0.160
#> SRR191519 2 0.5334 0.58799 0.000 0.680 0.036 0.284
#> SRR191520 3 0.6745 0.25126 0.000 0.152 0.604 0.244
#> SRR191521 2 0.3280 0.57767 0.000 0.860 0.016 0.124
#> SRR191522 2 0.6698 0.33427 0.000 0.556 0.340 0.104
#> SRR191523 2 0.5482 0.56935 0.024 0.608 0.000 0.368
#> SRR191524 1 0.8631 -0.09008 0.380 0.312 0.032 0.276
#> SRR191525 2 0.5717 0.55704 0.000 0.632 0.044 0.324
#> SRR191526 2 0.4053 0.62616 0.000 0.768 0.004 0.228
#> SRR191527 1 0.5032 0.60770 0.764 0.080 0.000 0.156
#> SRR191528 1 0.2413 0.72505 0.916 0.020 0.000 0.064
#> SRR191529 2 0.7024 0.46799 0.112 0.524 0.004 0.360
#> SRR191530 2 0.4088 0.62487 0.000 0.764 0.004 0.232
#> SRR191531 1 0.6024 0.58921 0.708 0.124 0.008 0.160
#> SRR191532 4 0.7799 0.15837 0.000 0.348 0.252 0.400
#> SRR191533 4 0.7744 0.35437 0.052 0.180 0.172 0.596
#> SRR191534 2 0.3761 0.58276 0.000 0.852 0.080 0.068
#> SRR191535 2 0.4360 0.61268 0.000 0.744 0.008 0.248
#> SRR191536 2 0.6624 0.44179 0.104 0.640 0.012 0.244
#> SRR191537 2 0.6278 0.26650 0.020 0.584 0.364 0.032
#> SRR191538 2 0.1716 0.63214 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR191539 2 0.5397 0.62459 0.000 0.720 0.068 0.212
#> SRR191540 2 0.2345 0.58662 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR191541 2 0.4886 0.56200 0.016 0.800 0.068 0.116
#> SRR191542 2 0.5792 0.55960 0.056 0.648 0.000 0.296
#> SRR191543 2 0.4011 0.62345 0.000 0.784 0.008 0.208
#> SRR191544 2 0.4378 0.54968 0.052 0.836 0.024 0.088
#> SRR191545 2 0.4797 0.49514 0.000 0.720 0.020 0.260
#> SRR191546 2 0.3688 0.54723 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR191547 2 0.7243 -0.10981 0.012 0.512 0.108 0.368
#> SRR191548 1 0.0188 0.74303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0592 0.74199 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0895 0.74240 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR191554 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 3 0.6895 0.18992 0.108 0.000 0.492 0.400
#> SRR191556 3 0.4817 0.16819 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR191557 3 0.7282 -0.05858 0.148 0.000 0.436 0.416
#> SRR191558 2 0.8094 0.44607 0.184 0.552 0.052 0.212
#> SRR191559 3 0.0376 0.58032 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR191560 3 0.4134 0.43987 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR191561 1 0.2987 0.70629 0.880 0.016 0.000 0.104
#> SRR191562 1 0.2760 0.70349 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR191563 3 0.5373 0.52760 0.052 0.088 0.788 0.072
#> SRR191564 3 0.0927 0.58198 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR191565 3 0.5137 -0.03898 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR191566 3 0.4420 0.47119 0.240 0.000 0.748 0.012
#> SRR191567 1 0.4999 0.15465 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR191568 1 0.3528 0.65471 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR191569 1 0.7960 0.14960 0.452 0.044 0.396 0.108
#> SRR191570 1 0.5217 0.41332 0.608 0.000 0.380 0.012
#> SRR191571 1 0.4307 0.65748 0.784 0.000 0.192 0.024
#> SRR191572 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 1 0.4136 0.66453 0.788 0.016 0.196 0.000
#> SRR191574 1 0.0707 0.74262 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR191575 1 0.4730 0.44169 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR191576 1 0.8694 0.36317 0.516 0.100 0.196 0.188
#> SRR191577 1 0.5213 0.49312 0.652 0.000 0.328 0.020
#> SRR191578 2 0.6149 0.59646 0.076 0.688 0.016 0.220
#> SRR191579 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0000 0.74314 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191583 2 0.5990 0.57567 0.156 0.704 0.004 0.136
#> SRR191584 1 0.0657 0.74333 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR191585 4 0.5854 0.10106 0.004 0.024 0.460 0.512
#> SRR191586 3 0.6770 0.10741 0.020 0.056 0.544 0.380
#> SRR191587 1 0.7229 0.36967 0.536 0.000 0.280 0.184
#> SRR191588 1 0.3833 0.69814 0.848 0.000 0.072 0.080
#> SRR191589 1 0.4100 0.67714 0.824 0.000 0.048 0.128
#> SRR191590 1 0.0707 0.74295 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR191591 1 0.8340 0.08145 0.484 0.072 0.116 0.328
#> SRR191592 3 0.4699 0.30731 0.320 0.000 0.676 0.004
#> SRR191593 1 0.8070 0.19702 0.512 0.028 0.236 0.224
#> SRR191594 1 0.3444 0.66195 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR191595 3 0.5105 0.00557 0.432 0.000 0.564 0.004
#> SRR191596 1 0.4907 0.34992 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR191597 3 0.2002 0.57642 0.000 0.020 0.936 0.044
#> SRR191598 3 0.4304 0.40037 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR191599 1 0.4999 0.15624 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR191600 3 0.7520 0.39324 0.124 0.180 0.628 0.068
#> SRR191601 3 0.6366 0.23870 0.000 0.120 0.640 0.240
#> SRR191602 4 0.5503 0.11334 0.000 0.016 0.468 0.516
#> SRR191603 3 0.5080 0.06587 0.000 0.004 0.576 0.420
#> SRR191604 2 0.5995 0.59141 0.000 0.660 0.084 0.256
#> SRR191605 3 0.1398 0.58051 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR191606 1 0.4994 0.21059 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR191607 3 0.3444 0.47331 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR191608 3 0.4817 0.18525 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR191609 3 0.4925 0.13166 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR191610 3 0.5396 0.02824 0.012 0.000 0.524 0.464
#> SRR191611 3 0.7663 -0.15043 0.000 0.212 0.408 0.380
#> SRR191612 3 0.0707 0.57980 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR191613 1 0.3647 0.68081 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR191614 3 0.1488 0.58233 0.012 0.000 0.956 0.032
#> SRR191615 3 0.1888 0.58620 0.044 0.000 0.940 0.016
#> SRR191616 2 0.7319 0.29028 0.332 0.524 0.008 0.136
#> SRR191617 2 0.6948 0.53338 0.080 0.576 0.020 0.324
#> SRR191618 4 0.9112 0.31647 0.196 0.220 0.120 0.464
#> SRR191619 2 0.8639 0.07599 0.040 0.404 0.228 0.328
#> SRR191620 2 0.6004 0.52951 0.008 0.580 0.032 0.380
#> SRR191621 2 0.4795 0.59952 0.000 0.696 0.012 0.292
#> SRR191622 4 0.8673 0.21212 0.340 0.104 0.108 0.448
#> SRR191623 3 0.0657 0.57975 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR191624 1 0.4907 0.61782 0.764 0.000 0.176 0.060
#> SRR191625 2 0.7158 0.50349 0.092 0.632 0.048 0.228
#> SRR191626 2 0.7454 -0.34120 0.000 0.448 0.176 0.376
#> SRR191627 3 0.3900 0.53389 0.000 0.084 0.844 0.072
#> SRR191628 1 0.9521 -0.02795 0.396 0.252 0.208 0.144
#> SRR191629 4 0.5703 0.07028 0.012 0.008 0.480 0.500
#> SRR191630 1 0.3751 0.65450 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR191631 3 0.3970 0.53420 0.000 0.076 0.840 0.084
#> SRR191632 1 0.4193 0.60329 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR191633 3 0.4273 0.52778 0.008 0.136 0.820 0.036
#> SRR191634 2 0.5869 0.47623 0.196 0.704 0.004 0.096
#> SRR191635 3 0.2773 0.53013 0.004 0.000 0.880 0.116
#> SRR191636 2 0.7608 0.26652 0.340 0.472 0.004 0.184
#> SRR191637 2 0.3870 0.62168 0.000 0.788 0.004 0.208
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 1 0.1828 0.721953 0.936 0.000 0.032 0.028 0.004
#> SRR191394 1 0.0404 0.725730 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR191396 2 0.9058 -0.047909 0.184 0.360 0.060 0.120 0.276
#> SRR191397 1 0.1485 0.723911 0.948 0.000 0.020 0.032 0.000
#> SRR191398 1 0.0290 0.726874 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR191399 4 0.5658 0.026252 0.464 0.000 0.056 0.472 0.008
#> SRR191400 1 0.0162 0.726589 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR191401 1 0.0794 0.725225 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR191402 1 0.6354 0.511931 0.636 0.000 0.076 0.196 0.092
#> SRR191403 1 0.3432 0.681864 0.828 0.000 0.040 0.132 0.000
#> SRR191404 3 0.7869 0.092616 0.040 0.208 0.456 0.028 0.268
#> SRR191405 3 0.7457 0.439868 0.096 0.048 0.584 0.076 0.196
#> SRR191406 3 0.4211 0.637413 0.044 0.036 0.824 0.084 0.012
#> SRR191407 1 0.2416 0.686873 0.888 0.012 0.100 0.000 0.000
#> SRR191408 1 0.7142 0.364014 0.540 0.000 0.208 0.188 0.064
#> SRR191409 1 0.8591 0.155253 0.416 0.024 0.136 0.200 0.224
#> SRR191410 4 0.6425 0.514494 0.088 0.072 0.048 0.692 0.100
#> SRR191411 3 0.9733 -0.144604 0.116 0.220 0.292 0.168 0.204
#> SRR191412 1 0.1364 0.724956 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR191413 3 0.4817 0.600892 0.168 0.000 0.744 0.072 0.016
#> SRR191414 1 0.0404 0.726537 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR191415 4 0.6888 0.465042 0.044 0.148 0.044 0.636 0.128
#> SRR191416 4 0.6215 0.552998 0.128 0.080 0.068 0.696 0.028
#> SRR191418 1 0.8304 0.050649 0.432 0.036 0.096 0.304 0.132
#> SRR191419 1 0.3612 0.537590 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR191420 1 0.6341 0.486860 0.628 0.012 0.020 0.140 0.200
#> SRR191421 1 0.2032 0.720860 0.924 0.000 0.020 0.052 0.004
#> SRR191422 2 0.4497 0.001212 0.000 0.568 0.008 0.000 0.424
#> SRR191423 2 0.7548 -0.009512 0.000 0.396 0.112 0.104 0.388
#> SRR191424 2 0.6657 0.308356 0.000 0.564 0.028 0.212 0.196
#> SRR191425 4 0.6277 0.508439 0.104 0.020 0.072 0.688 0.116
#> SRR191426 4 0.4944 0.403178 0.000 0.240 0.016 0.700 0.044
#> SRR191427 5 0.7466 0.361028 0.176 0.176 0.024 0.064 0.560
#> SRR191428 4 0.2728 0.577168 0.000 0.040 0.068 0.888 0.004
#> SRR191429 2 0.2983 0.472612 0.000 0.864 0.040 0.000 0.096
#> SRR191430 2 0.8426 0.020177 0.016 0.360 0.092 0.288 0.244
#> SRR191431 5 0.8597 0.101416 0.180 0.296 0.048 0.080 0.396
#> SRR191432 2 0.4693 0.428476 0.000 0.752 0.008 0.148 0.092
#> SRR191433 2 0.2844 0.476926 0.000 0.880 0.012 0.020 0.088
#> SRR191434 2 0.8255 0.181390 0.064 0.492 0.072 0.140 0.232
#> SRR191435 4 0.8210 0.223351 0.300 0.016 0.124 0.424 0.136
#> SRR191436 1 0.9676 -0.139139 0.272 0.184 0.096 0.196 0.252
#> SRR191437 5 0.4816 0.042902 0.000 0.492 0.008 0.008 0.492
#> SRR191438 5 0.8750 0.136689 0.044 0.180 0.100 0.316 0.360
#> SRR191439 5 0.6439 0.298161 0.000 0.272 0.024 0.136 0.568
#> SRR191440 2 0.5673 0.078687 0.044 0.536 0.012 0.004 0.404
#> SRR191441 2 0.6139 0.261795 0.000 0.608 0.056 0.060 0.276
#> SRR191442 5 0.6580 0.075173 0.004 0.040 0.088 0.320 0.548
#> SRR191443 1 0.6264 0.581036 0.680 0.028 0.132 0.124 0.036
#> SRR191444 1 0.9113 -0.173204 0.300 0.036 0.156 0.260 0.248
#> SRR191445 5 0.6553 0.331333 0.012 0.232 0.032 0.116 0.608
#> SRR191446 5 0.6720 0.330307 0.000 0.232 0.200 0.024 0.544
#> SRR191447 5 0.5466 0.319141 0.000 0.284 0.032 0.040 0.644
#> SRR191448 1 0.4560 -0.011176 0.508 0.008 0.484 0.000 0.000
#> SRR191449 3 0.3246 0.600933 0.000 0.000 0.808 0.184 0.008
#> SRR191450 3 0.7646 0.300793 0.204 0.008 0.528 0.132 0.128
#> SRR191451 1 0.8818 0.246007 0.444 0.224 0.092 0.096 0.144
#> SRR191452 2 0.3975 0.451014 0.000 0.792 0.000 0.144 0.064
#> SRR191453 5 0.8530 0.095996 0.016 0.272 0.128 0.200 0.384
#> SRR191454 1 0.6824 0.513477 0.632 0.040 0.048 0.092 0.188
#> SRR191455 4 0.8120 -0.002338 0.008 0.220 0.080 0.368 0.324
#> SRR191456 1 0.5364 0.598076 0.704 0.000 0.016 0.132 0.148
#> SRR191457 1 0.7371 0.278987 0.484 0.028 0.256 0.012 0.220
#> SRR191458 3 0.4347 0.593325 0.076 0.028 0.812 0.008 0.076
#> SRR191459 4 0.8365 -0.043586 0.036 0.340 0.076 0.384 0.164
#> SRR191460 4 0.9202 0.090791 0.076 0.168 0.140 0.376 0.240
#> SRR191461 4 0.4896 0.508292 0.000 0.184 0.024 0.736 0.056
#> SRR191462 2 0.8797 0.096130 0.112 0.432 0.068 0.148 0.240
#> SRR191463 2 0.2911 0.450982 0.000 0.852 0.004 0.008 0.136
#> SRR191464 2 0.7783 0.127185 0.000 0.440 0.084 0.236 0.240
#> SRR191465 2 0.1774 0.484229 0.000 0.932 0.000 0.016 0.052
#> SRR191466 4 0.6760 0.114729 0.012 0.080 0.036 0.504 0.368
#> SRR191467 2 0.4826 0.296049 0.000 0.644 0.008 0.024 0.324
#> SRR191468 2 0.1843 0.477728 0.000 0.932 0.008 0.008 0.052
#> SRR191469 4 0.6895 0.231374 0.008 0.120 0.032 0.516 0.324
#> SRR191470 4 0.6327 0.280983 0.000 0.272 0.028 0.584 0.116
#> SRR191471 2 0.6118 0.149236 0.004 0.540 0.016 0.076 0.364
#> SRR191472 2 0.4798 0.066649 0.000 0.576 0.004 0.016 0.404
#> SRR191473 2 0.4737 0.433288 0.000 0.732 0.008 0.196 0.064
#> SRR191474 4 0.5216 0.518005 0.000 0.080 0.180 0.716 0.024
#> SRR191475 2 0.4553 0.088095 0.000 0.604 0.004 0.008 0.384
#> SRR191476 2 0.6848 0.093039 0.000 0.496 0.040 0.124 0.340
#> SRR191477 2 0.6136 0.232742 0.000 0.608 0.276 0.064 0.052
#> SRR191478 2 0.2915 0.460584 0.012 0.876 0.004 0.012 0.096
#> SRR191479 1 0.6947 0.501237 0.612 0.044 0.180 0.136 0.028
#> SRR191480 4 0.6440 0.339766 0.000 0.300 0.032 0.560 0.108
#> SRR191481 2 0.5703 0.371817 0.000 0.700 0.052 0.104 0.144
#> SRR191482 2 0.5217 0.357687 0.000 0.712 0.020 0.184 0.084
#> SRR191483 2 0.5865 0.310354 0.000 0.656 0.020 0.172 0.152
#> SRR191484 4 0.4638 0.565129 0.100 0.032 0.068 0.792 0.008
#> SRR191485 2 0.5722 0.000139 0.000 0.496 0.016 0.048 0.440
#> SRR191486 2 0.7650 0.027278 0.004 0.392 0.044 0.328 0.232
#> SRR191487 5 0.7766 0.318295 0.064 0.152 0.016 0.312 0.456
#> SRR191488 1 0.4752 0.644598 0.760 0.004 0.144 0.012 0.080
#> SRR191489 3 0.7046 0.490133 0.228 0.020 0.556 0.024 0.172
#> SRR191490 5 0.6865 0.174335 0.000 0.352 0.016 0.184 0.448
#> SRR191491 5 0.7802 0.002930 0.096 0.036 0.068 0.356 0.444
#> SRR191492 4 0.7046 0.420473 0.160 0.000 0.060 0.544 0.236
#> SRR191493 2 0.7158 0.271042 0.000 0.552 0.088 0.144 0.216
#> SRR191494 2 0.6810 0.175184 0.032 0.548 0.044 0.052 0.324
#> SRR191495 4 0.4331 0.172907 0.000 0.000 0.400 0.596 0.004
#> SRR191496 2 0.4647 0.148216 0.000 0.628 0.004 0.016 0.352
#> SRR191497 3 0.7355 -0.017472 0.000 0.064 0.416 0.380 0.140
#> SRR191498 3 0.8128 0.440383 0.136 0.112 0.520 0.044 0.188
#> SRR191499 4 0.7116 0.330644 0.000 0.080 0.100 0.496 0.324
#> SRR191500 4 0.7227 0.191484 0.000 0.140 0.056 0.452 0.352
#> SRR191501 5 0.6755 0.253634 0.004 0.336 0.196 0.004 0.460
#> SRR191502 5 0.6115 0.325476 0.000 0.280 0.136 0.008 0.576
#> SRR191503 5 0.5549 0.159589 0.000 0.460 0.016 0.036 0.488
#> SRR191504 2 0.4937 -0.016495 0.000 0.544 0.000 0.028 0.428
#> SRR191505 5 0.5886 0.083693 0.000 0.396 0.024 0.052 0.528
#> SRR191506 2 0.3949 0.166880 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR191507 2 0.7767 0.081386 0.152 0.468 0.012 0.292 0.076
#> SRR191508 5 0.7254 0.282898 0.012 0.180 0.020 0.344 0.444
#> SRR191509 2 0.6686 0.278484 0.000 0.536 0.032 0.296 0.136
#> SRR191510 5 0.6690 0.137769 0.008 0.400 0.032 0.084 0.476
#> SRR191511 2 0.5492 0.403456 0.000 0.684 0.012 0.136 0.168
#> SRR191512 2 0.1270 0.480224 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR191513 2 0.4351 0.406112 0.000 0.768 0.132 0.000 0.100
#> SRR191514 2 0.1628 0.479842 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR191515 2 0.3674 0.463903 0.000 0.832 0.020 0.032 0.116
#> SRR191516 4 0.4048 0.558101 0.000 0.096 0.052 0.820 0.032
#> SRR191517 3 0.6817 0.324531 0.000 0.232 0.544 0.192 0.032
#> SRR191518 2 0.3509 0.444210 0.000 0.832 0.132 0.016 0.020
#> SRR191519 2 0.3570 0.461154 0.000 0.828 0.004 0.124 0.044
#> SRR191520 4 0.6994 0.271783 0.000 0.016 0.308 0.448 0.228
#> SRR191521 2 0.5078 -0.078994 0.000 0.508 0.020 0.008 0.464
#> SRR191522 2 0.7687 0.116159 0.000 0.476 0.256 0.112 0.156
#> SRR191523 2 0.6613 0.180699 0.008 0.532 0.052 0.060 0.348
#> SRR191524 5 0.7839 0.150543 0.304 0.040 0.020 0.212 0.424
#> SRR191525 2 0.4368 0.445078 0.000 0.772 0.012 0.164 0.052
#> SRR191526 2 0.2329 0.468408 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR191527 1 0.5104 0.592338 0.724 0.032 0.028 0.012 0.204
#> SRR191528 1 0.3722 0.653331 0.796 0.004 0.024 0.000 0.176
#> SRR191529 2 0.7543 0.055241 0.036 0.436 0.064 0.072 0.392
#> SRR191530 2 0.1121 0.485468 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR191531 1 0.6291 0.423754 0.560 0.004 0.032 0.072 0.332
#> SRR191532 2 0.8410 -0.084856 0.000 0.344 0.164 0.244 0.248
#> SRR191533 4 0.6178 0.259435 0.040 0.004 0.044 0.524 0.388
#> SRR191534 5 0.5238 0.112349 0.000 0.472 0.044 0.000 0.484
#> SRR191535 2 0.2036 0.488638 0.000 0.928 0.008 0.036 0.028
#> SRR191536 5 0.8055 0.272554 0.080 0.232 0.076 0.092 0.520
#> SRR191537 2 0.7359 -0.070144 0.020 0.388 0.324 0.004 0.264
#> SRR191538 2 0.3366 0.319726 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR191539 2 0.4028 0.407660 0.000 0.768 0.040 0.000 0.192
#> SRR191540 2 0.4949 0.088692 0.000 0.600 0.004 0.028 0.368
#> SRR191541 5 0.5682 0.140003 0.008 0.460 0.040 0.008 0.484
#> SRR191542 2 0.7188 0.042461 0.036 0.468 0.060 0.048 0.388
#> SRR191543 2 0.2095 0.485096 0.000 0.920 0.012 0.008 0.060
#> SRR191544 5 0.6440 0.268731 0.028 0.340 0.052 0.024 0.556
#> SRR191545 2 0.6500 0.151551 0.000 0.516 0.004 0.216 0.264
#> SRR191546 5 0.5166 0.094740 0.000 0.444 0.016 0.016 0.524
#> SRR191547 5 0.8054 0.225577 0.012 0.272 0.060 0.268 0.388
#> SRR191548 1 0.0566 0.726329 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.726356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0290 0.726929 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.726356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.726356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0854 0.727651 0.976 0.008 0.012 0.000 0.004
#> SRR191554 1 0.0162 0.726814 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR191555 4 0.6209 0.356596 0.052 0.008 0.316 0.584 0.040
#> SRR191556 3 0.3607 0.571764 0.244 0.000 0.752 0.000 0.004
#> SRR191557 4 0.4718 0.558222 0.120 0.008 0.096 0.768 0.008
#> SRR191558 2 0.6353 0.305497 0.140 0.672 0.096 0.012 0.080
#> SRR191559 3 0.3143 0.595871 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR191560 3 0.3449 0.641064 0.164 0.000 0.812 0.024 0.000
#> SRR191561 1 0.3615 0.682326 0.840 0.016 0.016 0.012 0.116
#> SRR191562 1 0.3039 0.618546 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR191563 3 0.4490 0.614669 0.028 0.120 0.800 0.024 0.028
#> SRR191564 3 0.3439 0.606409 0.008 0.004 0.800 0.188 0.000
#> SRR191565 3 0.4280 0.473797 0.312 0.008 0.676 0.004 0.000
#> SRR191566 3 0.4535 0.628594 0.160 0.000 0.748 0.092 0.000
#> SRR191567 3 0.4161 0.353476 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR191568 1 0.3366 0.579787 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR191569 3 0.8041 0.141277 0.344 0.000 0.356 0.188 0.112
#> SRR191570 1 0.4890 0.061687 0.524 0.024 0.452 0.000 0.000
#> SRR191571 1 0.4529 0.582684 0.732 0.000 0.220 0.040 0.008
#> SRR191572 1 0.0510 0.725594 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR191573 1 0.4004 0.632875 0.776 0.012 0.196 0.004 0.012
#> SRR191574 1 0.0963 0.724837 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR191575 1 0.4307 -0.061461 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR191576 1 0.8648 0.096283 0.376 0.080 0.296 0.044 0.204
#> SRR191577 1 0.5731 0.121192 0.504 0.008 0.432 0.004 0.052
#> SRR191578 2 0.4570 0.466485 0.036 0.812 0.032 0.068 0.052
#> SRR191579 1 0.0451 0.727234 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR191580 1 0.0404 0.725730 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0451 0.727275 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR191582 1 0.0290 0.726976 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR191583 2 0.4395 0.426516 0.112 0.800 0.028 0.004 0.056
#> SRR191584 1 0.1278 0.727735 0.960 0.000 0.020 0.004 0.016
#> SRR191585 4 0.2569 0.577241 0.000 0.032 0.068 0.896 0.004
#> SRR191586 4 0.5248 0.531519 0.008 0.044 0.180 0.728 0.040
#> SRR191587 1 0.8305 0.052920 0.344 0.000 0.284 0.236 0.136
#> SRR191588 1 0.4083 0.658453 0.788 0.000 0.080 0.132 0.000
#> SRR191589 1 0.5591 0.502262 0.656 0.000 0.048 0.256 0.040
#> SRR191590 1 0.0963 0.723952 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR191591 4 0.7385 0.217075 0.372 0.068 0.052 0.468 0.040
#> SRR191592 3 0.4701 0.577611 0.236 0.000 0.704 0.060 0.000
#> SRR191593 4 0.6711 0.272268 0.356 0.020 0.064 0.524 0.036
#> SRR191594 1 0.3274 0.599071 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR191595 3 0.4218 0.448261 0.332 0.000 0.660 0.008 0.000
#> SRR191596 3 0.4434 0.126078 0.460 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR191597 3 0.4100 0.605594 0.000 0.052 0.792 0.148 0.008
#> SRR191598 3 0.4302 0.609611 0.208 0.000 0.744 0.048 0.000
#> SRR191599 3 0.4321 0.340542 0.396 0.000 0.600 0.004 0.000
#> SRR191600 3 0.5355 0.556092 0.060 0.176 0.720 0.040 0.004
#> SRR191601 3 0.7793 -0.090838 0.000 0.192 0.376 0.352 0.080
#> SRR191602 4 0.4233 0.569093 0.000 0.084 0.092 0.804 0.020
#> SRR191603 4 0.4095 0.485127 0.000 0.016 0.228 0.748 0.008
#> SRR191604 2 0.4269 0.469338 0.000 0.812 0.072 0.048 0.068
#> SRR191605 3 0.3087 0.614180 0.004 0.000 0.836 0.152 0.008
#> SRR191606 3 0.4402 0.404221 0.352 0.000 0.636 0.012 0.000
#> SRR191607 3 0.4446 0.151265 0.000 0.000 0.520 0.476 0.004
#> SRR191608 4 0.4295 0.475325 0.000 0.012 0.228 0.740 0.020
#> SRR191609 4 0.4296 0.496087 0.000 0.016 0.204 0.756 0.024
#> SRR191610 4 0.2338 0.569649 0.000 0.000 0.112 0.884 0.004
#> SRR191611 4 0.5200 0.502564 0.000 0.012 0.072 0.688 0.228
#> SRR191612 3 0.2929 0.604594 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR191613 1 0.5964 0.601835 0.704 0.008 0.088 0.104 0.096
#> SRR191614 3 0.3606 0.605189 0.004 0.024 0.808 0.164 0.000
#> SRR191615 3 0.3521 0.617651 0.024 0.008 0.824 0.144 0.000
#> SRR191616 2 0.7312 0.047067 0.292 0.500 0.048 0.008 0.152
#> SRR191617 2 0.7404 0.305783 0.060 0.584 0.040 0.136 0.180
#> SRR191618 5 0.7244 0.027384 0.100 0.004 0.096 0.268 0.532
#> SRR191619 2 0.7908 0.130344 0.012 0.444 0.112 0.316 0.116
#> SRR191620 2 0.6222 0.349473 0.000 0.612 0.020 0.192 0.176
#> SRR191621 2 0.3079 0.482586 0.000 0.868 0.012 0.092 0.028
#> SRR191622 4 0.8827 0.086299 0.160 0.048 0.116 0.360 0.316
#> SRR191623 3 0.3607 0.558324 0.000 0.000 0.752 0.244 0.004
#> SRR191624 1 0.5295 0.441122 0.636 0.000 0.068 0.292 0.004
#> SRR191625 2 0.6293 0.285254 0.032 0.636 0.024 0.240 0.068
#> SRR191626 4 0.6715 0.128572 0.000 0.172 0.012 0.460 0.356
#> SRR191627 3 0.4027 0.599635 0.000 0.144 0.800 0.044 0.012
#> SRR191628 4 0.8448 0.213561 0.328 0.032 0.072 0.360 0.208
#> SRR191629 4 0.3763 0.576270 0.008 0.040 0.104 0.836 0.012
#> SRR191630 1 0.3671 0.580577 0.756 0.000 0.236 0.008 0.000
#> SRR191631 3 0.4811 0.570274 0.000 0.160 0.744 0.084 0.012
#> SRR191632 1 0.4365 0.490697 0.676 0.012 0.308 0.004 0.000
#> SRR191633 3 0.5238 0.540100 0.012 0.032 0.732 0.048 0.176
#> SRR191634 5 0.7059 0.179153 0.188 0.392 0.016 0.004 0.400
#> SRR191635 3 0.4390 0.269679 0.000 0.000 0.568 0.428 0.004
#> SRR191636 2 0.7592 -0.056553 0.340 0.396 0.028 0.012 0.224
#> SRR191637 2 0.0609 0.479917 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 1 0.3598 0.7289 0.828 0.000 0.060 0.024 0.084 0.004
#> SRR191394 1 0.0653 0.7570 0.980 0.000 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR191396 2 0.8925 -0.1075 0.064 0.316 0.056 0.092 0.264 0.208
#> SRR191397 1 0.2005 0.7551 0.924 0.000 0.020 0.036 0.016 0.004
#> SRR191398 1 0.1785 0.7544 0.936 0.000 0.028 0.008 0.012 0.016
#> SRR191399 4 0.6691 0.1522 0.372 0.000 0.060 0.452 0.096 0.020
#> SRR191400 1 0.1231 0.7589 0.960 0.000 0.012 0.004 0.012 0.012
#> SRR191401 1 0.1480 0.7552 0.940 0.000 0.040 0.000 0.020 0.000
#> SRR191402 1 0.6456 0.4829 0.596 0.000 0.064 0.200 0.032 0.108
#> SRR191403 1 0.3612 0.6993 0.800 0.000 0.036 0.148 0.016 0.000
#> SRR191404 3 0.8089 -0.2140 0.016 0.132 0.320 0.012 0.284 0.236
#> SRR191405 3 0.8133 0.2321 0.052 0.048 0.440 0.080 0.272 0.108
#> SRR191406 3 0.3502 0.6110 0.016 0.016 0.848 0.080 0.028 0.012
#> SRR191407 1 0.2742 0.7258 0.872 0.000 0.076 0.000 0.044 0.008
#> SRR191408 1 0.7469 0.3300 0.492 0.000 0.192 0.104 0.168 0.044
#> SRR191409 5 0.8075 0.1984 0.248 0.024 0.088 0.148 0.440 0.052
#> SRR191410 4 0.6713 0.4057 0.060 0.028 0.060 0.592 0.224 0.036
#> SRR191411 5 0.7982 0.3810 0.052 0.180 0.192 0.040 0.476 0.060
#> SRR191412 1 0.2786 0.7450 0.876 0.000 0.052 0.008 0.060 0.004
#> SRR191413 3 0.5263 0.5885 0.116 0.000 0.708 0.048 0.116 0.012
#> SRR191414 1 0.1458 0.7580 0.948 0.000 0.016 0.020 0.016 0.000
#> SRR191415 4 0.6987 0.2955 0.020 0.104 0.056 0.532 0.264 0.024
#> SRR191416 4 0.6427 0.5021 0.112 0.040 0.072 0.660 0.088 0.028
#> SRR191418 4 0.9192 0.1731 0.248 0.044 0.128 0.312 0.120 0.148
#> SRR191419 1 0.4733 0.5255 0.668 0.000 0.268 0.004 0.044 0.016
#> SRR191420 1 0.6088 0.5093 0.604 0.000 0.020 0.136 0.032 0.208
#> SRR191421 1 0.2945 0.7443 0.868 0.000 0.028 0.064 0.040 0.000
#> SRR191422 6 0.4174 0.4001 0.000 0.352 0.004 0.000 0.016 0.628
#> SRR191423 5 0.5597 0.3502 0.000 0.268 0.012 0.008 0.596 0.116
#> SRR191424 2 0.6945 0.2565 0.000 0.520 0.020 0.144 0.232 0.084
#> SRR191425 4 0.6302 0.3817 0.116 0.000 0.036 0.568 0.256 0.024
#> SRR191426 4 0.5931 0.3030 0.000 0.220 0.028 0.624 0.096 0.032
#> SRR191427 6 0.6787 0.3176 0.076 0.092 0.040 0.056 0.096 0.640
#> SRR191428 4 0.0748 0.5645 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR191429 2 0.4008 0.5021 0.000 0.788 0.028 0.000 0.064 0.120
#> SRR191430 5 0.7174 0.2633 0.008 0.256 0.024 0.144 0.500 0.068
#> SRR191431 5 0.8540 0.2839 0.120 0.216 0.028 0.048 0.372 0.216
#> SRR191432 2 0.6260 0.3669 0.000 0.604 0.012 0.128 0.072 0.184
#> SRR191433 2 0.4213 0.4524 0.000 0.744 0.000 0.004 0.160 0.092
#> SRR191434 5 0.6851 0.1446 0.028 0.364 0.028 0.020 0.464 0.096
#> SRR191435 4 0.7383 0.2687 0.268 0.000 0.108 0.464 0.032 0.128
#> SRR191436 5 0.7877 0.3883 0.224 0.144 0.060 0.028 0.480 0.064
#> SRR191437 6 0.5044 0.4220 0.000 0.280 0.012 0.000 0.080 0.628
#> SRR191438 5 0.7426 0.4045 0.044 0.108 0.020 0.192 0.540 0.096
#> SRR191439 6 0.6913 0.3147 0.000 0.116 0.012 0.100 0.280 0.492
#> SRR191440 6 0.7059 -0.0743 0.040 0.384 0.024 0.004 0.156 0.392
#> SRR191441 5 0.5723 0.0722 0.000 0.408 0.000 0.000 0.428 0.164
#> SRR191442 5 0.6678 0.2828 0.000 0.032 0.032 0.160 0.528 0.248
#> SRR191443 1 0.6040 0.5740 0.636 0.008 0.104 0.044 0.192 0.016
#> SRR191444 5 0.8076 0.3562 0.200 0.048 0.076 0.112 0.492 0.072
#> SRR191445 6 0.7241 0.3769 0.028 0.176 0.020 0.044 0.220 0.512
#> SRR191446 6 0.5117 0.4366 0.000 0.092 0.148 0.012 0.036 0.712
#> SRR191447 6 0.5132 0.4458 0.000 0.088 0.012 0.028 0.172 0.700
#> SRR191448 3 0.4224 0.1778 0.476 0.000 0.512 0.008 0.000 0.004
#> SRR191449 3 0.3352 0.5476 0.000 0.000 0.776 0.208 0.008 0.008
#> SRR191450 3 0.7079 0.1252 0.128 0.004 0.396 0.068 0.388 0.016
#> SRR191451 1 0.9058 -0.0226 0.348 0.152 0.092 0.076 0.248 0.084
#> SRR191452 2 0.5362 0.4769 0.000 0.700 0.012 0.140 0.060 0.088
#> SRR191453 5 0.5762 0.4370 0.008 0.188 0.024 0.032 0.664 0.084
#> SRR191454 1 0.5925 0.3288 0.552 0.020 0.024 0.012 0.344 0.048
#> SRR191455 5 0.7252 0.3905 0.000 0.180 0.020 0.172 0.500 0.128
#> SRR191456 1 0.6307 0.5281 0.620 0.000 0.020 0.088 0.148 0.124
#> SRR191457 1 0.7602 0.3083 0.452 0.016 0.200 0.008 0.116 0.208
#> SRR191458 3 0.5365 0.5254 0.032 0.020 0.656 0.000 0.240 0.052
#> SRR191459 5 0.8121 0.2037 0.044 0.316 0.032 0.168 0.376 0.064
#> SRR191460 5 0.6364 0.4075 0.032 0.100 0.056 0.144 0.648 0.020
#> SRR191461 4 0.5728 0.3735 0.000 0.188 0.020 0.652 0.104 0.036
#> SRR191462 5 0.7231 0.1943 0.044 0.368 0.028 0.052 0.444 0.064
#> SRR191463 2 0.4859 0.4074 0.000 0.692 0.024 0.000 0.080 0.204
#> SRR191464 5 0.7099 0.1969 0.000 0.292 0.028 0.140 0.472 0.068
#> SRR191465 2 0.3424 0.4838 0.000 0.812 0.000 0.000 0.092 0.096
#> SRR191466 4 0.7338 -0.1279 0.004 0.052 0.016 0.364 0.232 0.332
#> SRR191467 2 0.6156 0.0120 0.000 0.432 0.004 0.004 0.212 0.348
#> SRR191468 2 0.3834 0.4448 0.000 0.776 0.000 0.000 0.108 0.116
#> SRR191469 4 0.7318 0.1429 0.004 0.084 0.032 0.444 0.112 0.324
#> SRR191470 4 0.6957 0.0961 0.000 0.288 0.032 0.500 0.104 0.076
#> SRR191471 2 0.7117 0.0682 0.000 0.396 0.028 0.056 0.144 0.376
#> SRR191472 6 0.5260 0.3529 0.000 0.356 0.008 0.000 0.084 0.552
#> SRR191473 2 0.5837 0.4604 0.000 0.668 0.028 0.152 0.088 0.064
#> SRR191474 4 0.4873 0.5490 0.000 0.092 0.112 0.744 0.032 0.020
#> SRR191475 6 0.5287 0.3400 0.000 0.368 0.008 0.000 0.084 0.540
#> SRR191476 6 0.7177 0.2175 0.000 0.352 0.040 0.080 0.096 0.432
#> SRR191477 2 0.6761 0.2934 0.000 0.560 0.228 0.076 0.040 0.096
#> SRR191478 2 0.4604 0.4414 0.004 0.720 0.008 0.000 0.096 0.172
#> SRR191479 1 0.7359 0.4858 0.564 0.040 0.104 0.180 0.056 0.056
#> SRR191480 4 0.7470 0.1274 0.000 0.304 0.036 0.432 0.124 0.104
#> SRR191481 2 0.5919 0.1949 0.000 0.568 0.040 0.020 0.312 0.060
#> SRR191482 2 0.6617 0.3175 0.000 0.600 0.032 0.120 0.104 0.144
#> SRR191483 2 0.6499 0.2729 0.000 0.588 0.024 0.128 0.068 0.192
#> SRR191484 4 0.3619 0.5456 0.060 0.000 0.044 0.836 0.052 0.008
#> SRR191485 2 0.6923 0.0176 0.000 0.388 0.016 0.028 0.236 0.332
#> SRR191486 2 0.8003 0.0153 0.000 0.324 0.028 0.264 0.248 0.136
#> SRR191487 6 0.8485 0.0586 0.056 0.100 0.036 0.228 0.176 0.404
#> SRR191488 1 0.5618 0.6120 0.668 0.004 0.120 0.008 0.160 0.040
#> SRR191489 3 0.6118 0.4856 0.196 0.016 0.544 0.008 0.000 0.236
#> SRR191490 6 0.7139 0.3187 0.000 0.172 0.012 0.172 0.140 0.504
#> SRR191491 5 0.8100 0.1803 0.044 0.036 0.036 0.260 0.340 0.284
#> SRR191492 4 0.6068 0.4821 0.128 0.000 0.040 0.608 0.016 0.208
#> SRR191493 2 0.7936 0.2857 0.000 0.464 0.088 0.152 0.152 0.144
#> SRR191494 5 0.6890 0.0813 0.012 0.352 0.020 0.004 0.364 0.248
#> SRR191495 4 0.4288 0.3682 0.000 0.000 0.308 0.660 0.020 0.012
#> SRR191496 6 0.5300 0.2125 0.000 0.452 0.008 0.000 0.076 0.464
#> SRR191497 3 0.7641 -0.1188 0.004 0.080 0.392 0.360 0.084 0.080
#> SRR191498 3 0.8207 0.3040 0.100 0.100 0.468 0.028 0.100 0.204
#> SRR191499 4 0.6786 0.1851 0.000 0.084 0.080 0.448 0.020 0.368
#> SRR191500 6 0.6761 0.1141 0.000 0.104 0.032 0.340 0.048 0.476
#> SRR191501 6 0.5853 0.4277 0.000 0.188 0.168 0.004 0.032 0.608
#> SRR191502 6 0.5499 0.4714 0.000 0.148 0.080 0.008 0.080 0.684
#> SRR191503 6 0.5631 0.3984 0.000 0.296 0.020 0.032 0.052 0.600
#> SRR191504 6 0.4564 0.3629 0.000 0.404 0.008 0.012 0.008 0.568
#> SRR191505 6 0.6621 -0.1278 0.000 0.276 0.028 0.000 0.312 0.384
#> SRR191506 2 0.4183 -0.2220 0.000 0.508 0.000 0.000 0.012 0.480
#> SRR191507 2 0.8225 0.1585 0.140 0.420 0.036 0.260 0.040 0.104
#> SRR191508 6 0.7818 0.0436 0.008 0.112 0.016 0.280 0.208 0.376
#> SRR191509 2 0.6599 0.2683 0.000 0.536 0.016 0.220 0.184 0.044
#> SRR191510 6 0.7404 0.1857 0.004 0.268 0.040 0.072 0.144 0.472
#> SRR191511 2 0.6602 0.4269 0.000 0.592 0.024 0.148 0.096 0.140
#> SRR191512 2 0.2618 0.4936 0.000 0.860 0.000 0.000 0.024 0.116
#> SRR191513 2 0.5672 0.4062 0.000 0.652 0.124 0.000 0.076 0.148
#> SRR191514 2 0.3395 0.4732 0.000 0.816 0.004 0.000 0.056 0.124
#> SRR191515 2 0.4909 0.4697 0.000 0.740 0.032 0.020 0.088 0.120
#> SRR191516 4 0.3357 0.5335 0.000 0.092 0.036 0.844 0.016 0.012
#> SRR191517 3 0.6711 0.2299 0.000 0.252 0.508 0.184 0.024 0.032
#> SRR191518 2 0.4097 0.4827 0.000 0.784 0.132 0.004 0.052 0.028
#> SRR191519 2 0.4136 0.5037 0.000 0.788 0.028 0.132 0.036 0.016
#> SRR191520 4 0.6683 0.3386 0.000 0.016 0.228 0.472 0.024 0.260
#> SRR191521 6 0.5046 0.3798 0.000 0.364 0.004 0.000 0.072 0.560
#> SRR191522 2 0.8272 0.1351 0.000 0.376 0.240 0.096 0.104 0.184
#> SRR191523 5 0.6166 0.0962 0.000 0.400 0.008 0.004 0.404 0.184
#> SRR191524 6 0.7544 0.0984 0.176 0.020 0.020 0.224 0.080 0.480
#> SRR191525 2 0.5344 0.4680 0.000 0.692 0.028 0.184 0.052 0.044
#> SRR191526 2 0.4372 0.4596 0.000 0.740 0.008 0.000 0.124 0.128
#> SRR191527 1 0.5992 0.5068 0.632 0.012 0.044 0.008 0.100 0.204
#> SRR191528 1 0.5543 0.5982 0.688 0.008 0.044 0.008 0.136 0.116
#> SRR191529 5 0.6726 0.2410 0.012 0.256 0.020 0.004 0.460 0.248
#> SRR191530 2 0.2663 0.5135 0.000 0.876 0.012 0.000 0.028 0.084
#> SRR191531 1 0.6613 0.3087 0.488 0.000 0.024 0.016 0.260 0.212
#> SRR191532 5 0.8388 0.1863 0.000 0.304 0.116 0.172 0.312 0.096
#> SRR191533 4 0.7464 0.1314 0.036 0.020 0.036 0.432 0.160 0.316
#> SRR191534 6 0.5456 0.4115 0.000 0.288 0.048 0.000 0.060 0.604
#> SRR191535 2 0.2139 0.5208 0.000 0.920 0.028 0.008 0.024 0.020
#> SRR191536 6 0.8102 -0.0584 0.072 0.180 0.036 0.028 0.336 0.348
#> SRR191537 6 0.7698 0.1608 0.016 0.296 0.264 0.008 0.076 0.340
#> SRR191538 2 0.4058 0.0460 0.000 0.616 0.008 0.000 0.004 0.372
#> SRR191539 2 0.5063 0.4215 0.004 0.684 0.020 0.000 0.100 0.192
#> SRR191540 6 0.4960 0.2741 0.000 0.476 0.016 0.008 0.020 0.480
#> SRR191541 6 0.5705 0.3923 0.008 0.312 0.020 0.004 0.080 0.576
#> SRR191542 5 0.6554 0.0436 0.008 0.336 0.012 0.000 0.388 0.256
#> SRR191543 2 0.3337 0.5163 0.000 0.852 0.020 0.012 0.056 0.060
#> SRR191544 6 0.6189 0.4312 0.016 0.180 0.036 0.004 0.156 0.608
#> SRR191545 2 0.7312 -0.1278 0.000 0.380 0.012 0.172 0.092 0.344
#> SRR191546 6 0.5622 0.4233 0.000 0.264 0.008 0.004 0.144 0.580
#> SRR191547 6 0.7642 0.3023 0.000 0.208 0.040 0.220 0.092 0.440
#> SRR191548 1 0.0767 0.7563 0.976 0.000 0.012 0.000 0.008 0.004
#> SRR191549 1 0.0260 0.7568 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR191550 1 0.0622 0.7572 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR191551 1 0.0405 0.7561 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR191552 1 0.0622 0.7581 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR191553 1 0.2130 0.7577 0.916 0.000 0.020 0.008 0.048 0.008
#> SRR191554 1 0.0862 0.7585 0.972 0.000 0.004 0.000 0.016 0.008
#> SRR191555 4 0.6853 0.4011 0.044 0.012 0.232 0.532 0.164 0.016
#> SRR191556 3 0.3734 0.6341 0.184 0.000 0.776 0.008 0.028 0.004
#> SRR191557 4 0.4588 0.5575 0.044 0.020 0.060 0.796 0.048 0.032
#> SRR191558 2 0.6846 0.3347 0.084 0.596 0.080 0.004 0.164 0.072
#> SRR191559 3 0.2994 0.5636 0.000 0.000 0.788 0.208 0.004 0.000
#> SRR191560 3 0.3596 0.6397 0.156 0.000 0.796 0.040 0.004 0.004
#> SRR191561 1 0.5039 0.6332 0.736 0.012 0.040 0.008 0.072 0.132
#> SRR191562 1 0.4121 0.5837 0.716 0.000 0.248 0.004 0.012 0.020
#> SRR191563 3 0.4793 0.5876 0.016 0.088 0.772 0.024 0.072 0.028
#> SRR191564 3 0.3496 0.5815 0.000 0.016 0.804 0.160 0.012 0.008
#> SRR191565 3 0.4453 0.5874 0.248 0.008 0.700 0.004 0.036 0.004
#> SRR191566 3 0.4275 0.6299 0.168 0.000 0.744 0.080 0.004 0.004
#> SRR191567 3 0.3930 0.4562 0.364 0.000 0.628 0.000 0.004 0.004
#> SRR191568 1 0.3884 0.5695 0.736 0.000 0.232 0.000 0.020 0.012
#> SRR191569 3 0.8325 0.2032 0.296 0.000 0.328 0.176 0.108 0.092
#> SRR191570 3 0.5503 0.1808 0.452 0.016 0.472 0.004 0.048 0.008
#> SRR191571 1 0.5883 0.4812 0.608 0.000 0.256 0.052 0.068 0.016
#> SRR191572 1 0.0820 0.7558 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000
#> SRR191573 1 0.5348 0.6094 0.696 0.016 0.196 0.028 0.032 0.032
#> SRR191574 1 0.2101 0.7528 0.912 0.000 0.052 0.000 0.028 0.008
#> SRR191575 3 0.4431 0.2560 0.456 0.000 0.524 0.004 0.004 0.012
#> SRR191576 5 0.8009 0.1799 0.240 0.064 0.192 0.012 0.424 0.068
#> SRR191577 3 0.6481 0.1399 0.368 0.000 0.448 0.008 0.140 0.036
#> SRR191578 2 0.5789 0.4465 0.032 0.712 0.052 0.052 0.108 0.044
#> SRR191579 1 0.0405 0.7581 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR191580 1 0.0653 0.7570 0.980 0.000 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR191581 1 0.1956 0.7531 0.928 0.000 0.032 0.008 0.016 0.016
#> SRR191582 1 0.1508 0.7594 0.948 0.000 0.016 0.004 0.020 0.012
#> SRR191583 2 0.5559 0.4585 0.060 0.696 0.024 0.000 0.112 0.108
#> SRR191584 1 0.1861 0.7585 0.928 0.000 0.016 0.000 0.036 0.020
#> SRR191585 4 0.0820 0.5635 0.000 0.000 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR191586 4 0.4383 0.5582 0.004 0.036 0.084 0.796 0.052 0.028
#> SRR191587 5 0.7815 0.0978 0.212 0.000 0.216 0.196 0.364 0.012
#> SRR191588 1 0.4290 0.6530 0.744 0.000 0.076 0.168 0.012 0.000
#> SRR191589 1 0.6442 0.4187 0.540 0.000 0.052 0.212 0.192 0.004
#> SRR191590 1 0.1398 0.7509 0.940 0.000 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR191591 4 0.7955 0.2609 0.260 0.044 0.068 0.432 0.172 0.024
#> SRR191592 3 0.4633 0.6303 0.188 0.000 0.724 0.064 0.012 0.012
#> SRR191593 4 0.7075 0.3500 0.264 0.004 0.076 0.512 0.112 0.032
#> SRR191594 1 0.3602 0.5818 0.744 0.000 0.240 0.004 0.004 0.008
#> SRR191595 3 0.3969 0.5721 0.268 0.000 0.708 0.008 0.012 0.004
#> SRR191596 3 0.4220 0.2972 0.436 0.000 0.552 0.004 0.004 0.004
#> SRR191597 3 0.4019 0.5718 0.000 0.036 0.792 0.136 0.016 0.020
#> SRR191598 3 0.3835 0.6381 0.176 0.000 0.772 0.044 0.004 0.004
#> SRR191599 3 0.4120 0.5294 0.320 0.000 0.660 0.008 0.008 0.004
#> SRR191600 3 0.6129 0.5055 0.032 0.152 0.664 0.028 0.092 0.032
#> SRR191601 3 0.8180 -0.1121 0.000 0.204 0.356 0.268 0.076 0.096
#> SRR191602 4 0.4803 0.5373 0.000 0.076 0.080 0.760 0.064 0.020
#> SRR191603 4 0.4681 0.5263 0.000 0.040 0.184 0.728 0.008 0.040
#> SRR191604 2 0.4714 0.5107 0.000 0.772 0.076 0.040 0.068 0.044
#> SRR191605 3 0.3501 0.5955 0.004 0.000 0.816 0.128 0.044 0.008
#> SRR191606 3 0.4420 0.5032 0.324 0.000 0.644 0.008 0.016 0.008
#> SRR191607 4 0.4049 0.1679 0.000 0.000 0.412 0.580 0.004 0.004
#> SRR191608 4 0.3161 0.5471 0.000 0.012 0.156 0.820 0.004 0.008
#> SRR191609 4 0.3521 0.5540 0.000 0.012 0.152 0.808 0.012 0.016
#> SRR191610 4 0.1296 0.5690 0.000 0.000 0.044 0.948 0.004 0.004
#> SRR191611 4 0.4424 0.5246 0.000 0.012 0.040 0.728 0.012 0.208
#> SRR191612 3 0.3669 0.5782 0.004 0.000 0.784 0.176 0.028 0.008
#> SRR191613 1 0.6078 0.4972 0.604 0.016 0.060 0.020 0.264 0.036
#> SRR191614 3 0.3893 0.5754 0.012 0.020 0.776 0.180 0.004 0.008
#> SRR191615 3 0.3913 0.5964 0.032 0.008 0.796 0.144 0.012 0.008
#> SRR191616 2 0.8330 0.0103 0.236 0.404 0.048 0.020 0.152 0.140
#> SRR191617 2 0.7352 0.0824 0.032 0.468 0.024 0.052 0.312 0.112
#> SRR191618 6 0.7520 -0.0480 0.072 0.000 0.060 0.120 0.356 0.392
#> SRR191619 2 0.8158 0.1928 0.024 0.444 0.092 0.228 0.152 0.060
#> SRR191620 2 0.7284 0.3009 0.000 0.492 0.020 0.168 0.196 0.124
#> SRR191621 2 0.3962 0.5218 0.000 0.820 0.032 0.072 0.044 0.032
#> SRR191622 5 0.8261 0.1984 0.092 0.040 0.060 0.272 0.424 0.112
#> SRR191623 3 0.3875 0.4734 0.004 0.000 0.700 0.280 0.000 0.016
#> SRR191624 1 0.5844 0.3211 0.552 0.000 0.052 0.336 0.048 0.012
#> SRR191625 2 0.7600 0.2367 0.036 0.516 0.044 0.228 0.100 0.076
#> SRR191626 6 0.6891 0.1363 0.000 0.132 0.020 0.348 0.056 0.444
#> SRR191627 3 0.3724 0.5779 0.000 0.136 0.804 0.040 0.008 0.012
#> SRR191628 4 0.8377 0.2235 0.276 0.040 0.068 0.360 0.044 0.212
#> SRR191629 4 0.3004 0.5740 0.012 0.004 0.072 0.868 0.040 0.004
#> SRR191630 1 0.4012 0.5352 0.708 0.004 0.268 0.008 0.004 0.008
#> SRR191631 3 0.4787 0.5297 0.000 0.160 0.728 0.080 0.012 0.020
#> SRR191632 1 0.5117 0.4765 0.644 0.016 0.288 0.012 0.016 0.024
#> SRR191633 3 0.4738 0.5173 0.004 0.032 0.720 0.036 0.008 0.200
#> SRR191634 6 0.7460 0.2533 0.172 0.276 0.028 0.004 0.076 0.444
#> SRR191635 4 0.4211 0.0636 0.000 0.000 0.456 0.532 0.008 0.004
#> SRR191636 2 0.8218 -0.0926 0.280 0.296 0.036 0.000 0.188 0.200
#> SRR191637 2 0.1908 0.4948 0.000 0.900 0.004 0.000 0.000 0.096
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0681 0.648 0.774 0.3713 0.653 0.653
#> 3 3 0.1288 0.503 0.720 0.5978 0.650 0.503
#> 4 4 0.2001 0.397 0.619 0.1722 0.886 0.732
#> 5 5 0.2867 0.326 0.581 0.0943 0.843 0.579
#> 6 6 0.3689 0.269 0.541 0.0564 0.908 0.672
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.971 0.4638 0.600 0.400
#> SRR191394 1 0.506 0.7155 0.888 0.112
#> SRR191396 2 0.808 0.5844 0.248 0.752
#> SRR191397 1 0.775 0.7385 0.772 0.228
#> SRR191398 1 0.529 0.7250 0.880 0.120
#> SRR191399 2 0.949 0.4634 0.368 0.632
#> SRR191400 1 0.541 0.7265 0.876 0.124
#> SRR191401 1 0.634 0.7403 0.840 0.160
#> SRR191402 2 0.946 0.5173 0.364 0.636
#> SRR191403 1 0.886 0.6801 0.696 0.304
#> SRR191404 2 0.644 0.7531 0.164 0.836
#> SRR191405 2 0.795 0.6647 0.240 0.760
#> SRR191406 2 0.714 0.7361 0.196 0.804
#> SRR191407 1 0.595 0.7342 0.856 0.144
#> SRR191408 2 0.971 0.4064 0.400 0.600
#> SRR191409 2 0.833 0.6818 0.264 0.736
#> SRR191410 2 0.738 0.7312 0.208 0.792
#> SRR191411 2 0.697 0.7470 0.188 0.812
#> SRR191412 1 0.821 0.7249 0.744 0.256
#> SRR191413 2 0.969 0.4307 0.396 0.604
#> SRR191414 1 0.671 0.7386 0.824 0.176
#> SRR191415 2 0.680 0.7422 0.180 0.820
#> SRR191416 2 0.946 0.5216 0.364 0.636
#> SRR191418 2 0.738 0.7367 0.208 0.792
#> SRR191419 1 0.881 0.7077 0.700 0.300
#> SRR191420 2 0.997 0.1497 0.468 0.532
#> SRR191421 1 0.990 0.3162 0.560 0.440
#> SRR191422 2 0.204 0.7376 0.032 0.968
#> SRR191423 2 0.295 0.7455 0.052 0.948
#> SRR191424 2 0.327 0.7358 0.060 0.940
#> SRR191425 2 0.949 0.5119 0.368 0.632
#> SRR191426 2 0.430 0.7650 0.088 0.912
#> SRR191427 2 0.671 0.7598 0.176 0.824
#> SRR191428 2 0.861 0.6548 0.284 0.716
#> SRR191429 2 0.416 0.7322 0.084 0.916
#> SRR191430 2 0.541 0.7596 0.124 0.876
#> SRR191431 2 0.932 0.3503 0.348 0.652
#> SRR191432 2 0.388 0.7166 0.076 0.924
#> SRR191433 2 0.529 0.6968 0.120 0.880
#> SRR191434 2 0.653 0.7510 0.168 0.832
#> SRR191435 2 0.943 0.5376 0.360 0.640
#> SRR191436 2 0.781 0.7453 0.232 0.768
#> SRR191437 2 0.456 0.7328 0.096 0.904
#> SRR191438 2 0.745 0.7108 0.212 0.788
#> SRR191439 2 0.730 0.7461 0.204 0.796
#> SRR191440 2 0.644 0.7644 0.164 0.836
#> SRR191441 2 0.443 0.7091 0.092 0.908
#> SRR191442 2 0.795 0.7136 0.240 0.760
#> SRR191443 1 0.969 0.5483 0.604 0.396
#> SRR191444 2 0.966 0.2893 0.392 0.608
#> SRR191445 2 0.697 0.7508 0.188 0.812
#> SRR191446 2 0.760 0.7182 0.220 0.780
#> SRR191447 2 0.358 0.7528 0.068 0.932
#> SRR191448 1 0.978 0.4899 0.588 0.412
#> SRR191449 2 0.808 0.6972 0.248 0.752
#> SRR191450 2 0.991 0.1159 0.444 0.556
#> SRR191451 2 0.971 0.3404 0.400 0.600
#> SRR191452 2 0.373 0.7075 0.072 0.928
#> SRR191453 2 0.653 0.7545 0.168 0.832
#> SRR191454 1 0.998 0.2109 0.524 0.476
#> SRR191455 2 0.680 0.7572 0.180 0.820
#> SRR191456 1 0.921 0.6354 0.664 0.336
#> SRR191457 2 0.990 0.2542 0.440 0.560
#> SRR191458 2 0.936 0.2164 0.352 0.648
#> SRR191459 2 0.644 0.7484 0.164 0.836
#> SRR191460 2 0.781 0.7025 0.232 0.768
#> SRR191461 2 0.689 0.7581 0.184 0.816
#> SRR191462 2 0.644 0.7222 0.164 0.836
#> SRR191463 2 0.443 0.7114 0.092 0.908
#> SRR191464 2 0.469 0.7613 0.100 0.900
#> SRR191465 2 0.430 0.6865 0.088 0.912
#> SRR191466 2 0.714 0.7438 0.196 0.804
#> SRR191467 2 0.469 0.7299 0.100 0.900
#> SRR191468 2 0.430 0.6848 0.088 0.912
#> SRR191469 2 0.781 0.7190 0.232 0.768
#> SRR191470 2 0.494 0.7634 0.108 0.892
#> SRR191471 2 0.343 0.7492 0.064 0.936
#> SRR191472 2 0.574 0.7283 0.136 0.864
#> SRR191473 2 0.242 0.7322 0.040 0.960
#> SRR191474 2 0.833 0.6790 0.264 0.736
#> SRR191475 2 0.456 0.6818 0.096 0.904
#> SRR191476 2 0.388 0.7338 0.076 0.924
#> SRR191477 2 0.574 0.7567 0.136 0.864
#> SRR191478 2 0.584 0.6934 0.140 0.860
#> SRR191479 2 0.932 0.5748 0.348 0.652
#> SRR191480 2 0.625 0.7627 0.156 0.844
#> SRR191481 2 0.552 0.7600 0.128 0.872
#> SRR191482 2 0.443 0.7621 0.092 0.908
#> SRR191483 2 0.529 0.7558 0.120 0.880
#> SRR191484 2 0.936 0.5576 0.352 0.648
#> SRR191485 2 0.615 0.7608 0.152 0.848
#> SRR191486 2 0.563 0.7562 0.132 0.868
#> SRR191487 2 0.738 0.7344 0.208 0.792
#> SRR191488 2 1.000 -0.3948 0.500 0.500
#> SRR191489 1 0.999 0.3088 0.516 0.484
#> SRR191490 2 0.506 0.7647 0.112 0.888
#> SRR191491 2 0.795 0.7200 0.240 0.760
#> SRR191492 1 0.992 0.2994 0.552 0.448
#> SRR191493 2 0.456 0.7568 0.096 0.904
#> SRR191494 2 0.506 0.7523 0.112 0.888
#> SRR191495 2 0.904 0.6229 0.320 0.680
#> SRR191496 2 0.494 0.6883 0.108 0.892
#> SRR191497 2 0.697 0.7521 0.188 0.812
#> SRR191498 2 0.760 0.7225 0.220 0.780
#> SRR191499 2 0.689 0.7520 0.184 0.816
#> SRR191500 2 0.689 0.7530 0.184 0.816
#> SRR191501 2 0.952 0.4311 0.372 0.628
#> SRR191502 2 0.634 0.7629 0.160 0.840
#> SRR191503 2 0.482 0.7179 0.104 0.896
#> SRR191504 2 0.529 0.7305 0.120 0.880
#> SRR191505 2 0.430 0.7628 0.088 0.912
#> SRR191506 2 0.402 0.6898 0.080 0.920
#> SRR191507 2 0.605 0.7636 0.148 0.852
#> SRR191508 2 0.722 0.7410 0.200 0.800
#> SRR191509 2 0.311 0.7462 0.056 0.944
#> SRR191510 2 0.518 0.7692 0.116 0.884
#> SRR191511 2 0.260 0.7406 0.044 0.956
#> SRR191512 2 0.443 0.6866 0.092 0.908
#> SRR191513 2 0.634 0.6752 0.160 0.840
#> SRR191514 2 0.430 0.6925 0.088 0.912
#> SRR191515 2 0.416 0.7405 0.084 0.916
#> SRR191516 2 0.634 0.7586 0.160 0.840
#> SRR191517 2 0.327 0.7545 0.060 0.940
#> SRR191518 2 0.388 0.7142 0.076 0.924
#> SRR191519 2 0.343 0.7059 0.064 0.936
#> SRR191520 2 0.833 0.7092 0.264 0.736
#> SRR191521 2 0.443 0.7341 0.092 0.908
#> SRR191522 2 0.494 0.7532 0.108 0.892
#> SRR191523 2 0.529 0.7477 0.120 0.880
#> SRR191524 2 0.788 0.7316 0.236 0.764
#> SRR191525 2 0.295 0.7309 0.052 0.948
#> SRR191526 2 0.430 0.6857 0.088 0.912
#> SRR191527 1 0.936 0.6244 0.648 0.352
#> SRR191528 1 0.895 0.6766 0.688 0.312
#> SRR191529 2 0.689 0.7311 0.184 0.816
#> SRR191530 2 0.494 0.7144 0.108 0.892
#> SRR191531 1 0.929 0.6651 0.656 0.344
#> SRR191532 2 0.680 0.7615 0.180 0.820
#> SRR191533 2 0.871 0.6545 0.292 0.708
#> SRR191534 2 0.634 0.6780 0.160 0.840
#> SRR191535 2 0.456 0.7103 0.096 0.904
#> SRR191536 2 0.680 0.7523 0.180 0.820
#> SRR191537 2 0.584 0.7155 0.140 0.860
#> SRR191538 2 0.402 0.6936 0.080 0.920
#> SRR191539 2 0.595 0.6536 0.144 0.856
#> SRR191540 2 0.541 0.7152 0.124 0.876
#> SRR191541 2 0.697 0.7133 0.188 0.812
#> SRR191542 2 0.456 0.7188 0.096 0.904
#> SRR191543 2 0.443 0.6868 0.092 0.908
#> SRR191544 2 0.443 0.7464 0.092 0.908
#> SRR191545 2 0.506 0.7360 0.112 0.888
#> SRR191546 2 0.625 0.7586 0.156 0.844
#> SRR191547 2 0.574 0.7542 0.136 0.864
#> SRR191548 1 0.482 0.7216 0.896 0.104
#> SRR191549 1 0.469 0.7175 0.900 0.100
#> SRR191550 1 0.456 0.7179 0.904 0.096
#> SRR191551 1 0.506 0.7204 0.888 0.112
#> SRR191552 1 0.469 0.7202 0.900 0.100
#> SRR191553 1 0.730 0.7227 0.796 0.204
#> SRR191554 1 0.541 0.7287 0.876 0.124
#> SRR191555 2 0.932 0.5424 0.348 0.652
#> SRR191556 1 0.997 0.2772 0.532 0.468
#> SRR191557 2 0.943 0.5198 0.360 0.640
#> SRR191558 2 0.529 0.7285 0.120 0.880
#> SRR191559 2 0.895 0.6142 0.312 0.688
#> SRR191560 2 0.921 0.5724 0.336 0.664
#> SRR191561 1 0.891 0.6683 0.692 0.308
#> SRR191562 1 0.929 0.6654 0.656 0.344
#> SRR191563 2 0.644 0.7583 0.164 0.836
#> SRR191564 2 0.855 0.6417 0.280 0.720
#> SRR191565 1 0.983 0.4896 0.576 0.424
#> SRR191566 2 0.999 -0.0078 0.484 0.516
#> SRR191567 1 0.866 0.7099 0.712 0.288
#> SRR191568 1 0.943 0.6157 0.640 0.360
#> SRR191569 2 0.952 0.4685 0.372 0.628
#> SRR191570 1 0.988 0.4959 0.564 0.436
#> SRR191571 1 0.998 0.2890 0.528 0.472
#> SRR191572 1 0.456 0.7177 0.904 0.096
#> SRR191573 1 0.999 0.1199 0.516 0.484
#> SRR191574 1 0.871 0.7145 0.708 0.292
#> SRR191575 1 0.904 0.6882 0.680 0.320
#> SRR191576 2 0.929 0.4276 0.344 0.656
#> SRR191577 2 0.963 0.3182 0.388 0.612
#> SRR191578 2 0.184 0.7449 0.028 0.972
#> SRR191579 1 0.529 0.7246 0.880 0.120
#> SRR191580 1 0.529 0.7137 0.880 0.120
#> SRR191581 1 0.662 0.7237 0.828 0.172
#> SRR191582 1 0.634 0.7318 0.840 0.160
#> SRR191583 2 0.745 0.6079 0.212 0.788
#> SRR191584 1 0.722 0.6981 0.800 0.200
#> SRR191585 2 0.833 0.6786 0.264 0.736
#> SRR191586 2 0.802 0.7053 0.244 0.756
#> SRR191587 2 0.909 0.5938 0.324 0.676
#> SRR191588 1 0.963 0.5389 0.612 0.388
#> SRR191589 2 0.961 0.4710 0.384 0.616
#> SRR191590 1 0.788 0.7349 0.764 0.236
#> SRR191591 2 0.946 0.4650 0.364 0.636
#> SRR191592 2 0.973 0.3564 0.404 0.596
#> SRR191593 2 0.943 0.5509 0.360 0.640
#> SRR191594 1 0.506 0.7274 0.888 0.112
#> SRR191595 1 0.895 0.6767 0.688 0.312
#> SRR191596 1 0.891 0.6846 0.692 0.308
#> SRR191597 2 0.714 0.7365 0.196 0.804
#> SRR191598 2 1.000 -0.0652 0.492 0.508
#> SRR191599 1 0.876 0.6933 0.704 0.296
#> SRR191600 2 0.788 0.7042 0.236 0.764
#> SRR191601 2 0.745 0.7323 0.212 0.788
#> SRR191602 2 0.625 0.7488 0.156 0.844
#> SRR191603 2 0.662 0.7423 0.172 0.828
#> SRR191604 2 0.242 0.7514 0.040 0.960
#> SRR191605 2 0.745 0.7250 0.212 0.788
#> SRR191606 1 0.921 0.6523 0.664 0.336
#> SRR191607 2 0.808 0.6895 0.248 0.752
#> SRR191608 2 0.788 0.7074 0.236 0.764
#> SRR191609 2 0.653 0.7475 0.168 0.832
#> SRR191610 2 0.904 0.5985 0.320 0.680
#> SRR191611 2 0.895 0.6438 0.312 0.688
#> SRR191612 2 0.871 0.6525 0.292 0.708
#> SRR191613 2 0.999 0.1117 0.480 0.520
#> SRR191614 2 0.833 0.6733 0.264 0.736
#> SRR191615 2 0.881 0.6370 0.300 0.700
#> SRR191616 2 0.753 0.6702 0.216 0.784
#> SRR191617 2 0.456 0.7494 0.096 0.904
#> SRR191618 2 0.833 0.6907 0.264 0.736
#> SRR191619 2 0.388 0.7572 0.076 0.924
#> SRR191620 2 0.518 0.7638 0.116 0.884
#> SRR191621 2 0.327 0.7401 0.060 0.940
#> SRR191622 2 0.839 0.6696 0.268 0.732
#> SRR191623 2 0.891 0.6315 0.308 0.692
#> SRR191624 1 0.998 0.1489 0.528 0.472
#> SRR191625 2 0.469 0.7649 0.100 0.900
#> SRR191626 2 0.706 0.7570 0.192 0.808
#> SRR191627 2 0.469 0.7587 0.100 0.900
#> SRR191628 2 0.886 0.6550 0.304 0.696
#> SRR191629 2 0.730 0.7235 0.204 0.796
#> SRR191630 1 0.615 0.7297 0.848 0.152
#> SRR191631 2 0.469 0.7643 0.100 0.900
#> SRR191632 2 0.943 0.5148 0.360 0.640
#> SRR191633 2 0.722 0.7478 0.200 0.800
#> SRR191634 2 0.855 0.6053 0.280 0.720
#> SRR191635 2 0.802 0.7046 0.244 0.756
#> SRR191636 2 0.929 0.4105 0.344 0.656
#> SRR191637 2 0.402 0.6857 0.080 0.920
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.7299 0.10730 0.412 0.032 0.556
#> SRR191394 1 0.0747 0.70091 0.984 0.000 0.016
#> SRR191396 2 0.9320 0.31812 0.184 0.496 0.320
#> SRR191397 1 0.7545 0.61062 0.652 0.076 0.272
#> SRR191398 1 0.1411 0.70225 0.964 0.000 0.036
#> SRR191399 3 0.6576 0.59245 0.192 0.068 0.740
#> SRR191400 1 0.2651 0.70855 0.928 0.012 0.060
#> SRR191401 1 0.5803 0.67761 0.760 0.028 0.212
#> SRR191402 3 0.5970 0.62863 0.160 0.060 0.780
#> SRR191403 1 0.7890 0.28398 0.512 0.056 0.432
#> SRR191404 3 0.6026 0.52374 0.024 0.244 0.732
#> SRR191405 3 0.7606 0.43463 0.092 0.244 0.664
#> SRR191406 3 0.2743 0.64863 0.020 0.052 0.928
#> SRR191407 1 0.2496 0.71437 0.928 0.004 0.068
#> SRR191408 3 0.5202 0.66407 0.136 0.044 0.820
#> SRR191409 3 0.6372 0.63280 0.084 0.152 0.764
#> SRR191410 3 0.4045 0.65073 0.024 0.104 0.872
#> SRR191411 3 0.4326 0.63821 0.012 0.144 0.844
#> SRR191412 1 0.7170 0.54432 0.612 0.036 0.352
#> SRR191413 3 0.5167 0.63426 0.192 0.016 0.792
#> SRR191414 1 0.5536 0.65213 0.752 0.012 0.236
#> SRR191415 3 0.3276 0.65184 0.024 0.068 0.908
#> SRR191416 3 0.6975 0.63228 0.144 0.124 0.732
#> SRR191418 3 0.6062 0.64215 0.072 0.148 0.780
#> SRR191419 1 0.7104 0.52936 0.608 0.032 0.360
#> SRR191420 3 0.7590 0.50220 0.268 0.080 0.652
#> SRR191421 3 0.7476 0.20444 0.404 0.040 0.556
#> SRR191422 2 0.4931 0.67038 0.000 0.768 0.232
#> SRR191423 2 0.5650 0.61949 0.000 0.688 0.312
#> SRR191424 2 0.6126 0.54428 0.000 0.600 0.400
#> SRR191425 3 0.5028 0.65784 0.132 0.040 0.828
#> SRR191426 2 0.6683 0.37662 0.008 0.500 0.492
#> SRR191427 3 0.5848 0.53308 0.012 0.268 0.720
#> SRR191428 3 0.4288 0.66335 0.060 0.068 0.872
#> SRR191429 2 0.5397 0.64025 0.000 0.720 0.280
#> SRR191430 2 0.7841 0.24306 0.052 0.480 0.468
#> SRR191431 2 0.9776 0.20106 0.252 0.432 0.316
#> SRR191432 2 0.5016 0.66716 0.000 0.760 0.240
#> SRR191433 2 0.3454 0.66381 0.008 0.888 0.104
#> SRR191434 3 0.7513 0.30517 0.052 0.344 0.604
#> SRR191435 3 0.6148 0.65370 0.148 0.076 0.776
#> SRR191436 3 0.3816 0.62181 0.000 0.148 0.852
#> SRR191437 2 0.5754 0.59168 0.004 0.700 0.296
#> SRR191438 3 0.7775 0.40733 0.076 0.304 0.620
#> SRR191439 3 0.5008 0.61507 0.016 0.180 0.804
#> SRR191440 2 0.8142 0.18616 0.068 0.468 0.464
#> SRR191441 2 0.5678 0.63704 0.000 0.684 0.316
#> SRR191442 3 0.4423 0.66873 0.048 0.088 0.864
#> SRR191443 3 0.6799 -0.10535 0.456 0.012 0.532
#> SRR191444 3 0.9170 0.42947 0.248 0.212 0.540
#> SRR191445 3 0.6770 0.55162 0.044 0.264 0.692
#> SRR191446 3 0.8047 0.46410 0.112 0.256 0.632
#> SRR191447 2 0.6225 0.46599 0.000 0.568 0.432
#> SRR191448 1 0.7759 0.16973 0.480 0.048 0.472
#> SRR191449 3 0.3888 0.65947 0.064 0.048 0.888
#> SRR191450 3 0.8957 0.36630 0.312 0.152 0.536
#> SRR191451 3 0.9468 0.30882 0.228 0.276 0.496
#> SRR191452 2 0.4883 0.67759 0.004 0.788 0.208
#> SRR191453 3 0.4634 0.64258 0.012 0.164 0.824
#> SRR191454 3 0.8085 0.32076 0.332 0.084 0.584
#> SRR191455 3 0.5585 0.59671 0.024 0.204 0.772
#> SRR191456 1 0.8169 0.35701 0.536 0.076 0.388
#> SRR191457 3 0.7590 0.51345 0.268 0.080 0.652
#> SRR191458 2 0.9865 0.12679 0.264 0.404 0.332
#> SRR191459 3 0.4874 0.63903 0.028 0.144 0.828
#> SRR191460 3 0.7816 0.57376 0.132 0.200 0.668
#> SRR191461 3 0.5681 0.56747 0.016 0.236 0.748
#> SRR191462 3 0.8998 -0.13826 0.132 0.396 0.472
#> SRR191463 2 0.5803 0.66374 0.016 0.736 0.248
#> SRR191464 3 0.6518 -0.23067 0.004 0.484 0.512
#> SRR191465 2 0.2959 0.65994 0.000 0.900 0.100
#> SRR191466 3 0.3500 0.64668 0.004 0.116 0.880
#> SRR191467 2 0.5318 0.68737 0.016 0.780 0.204
#> SRR191468 2 0.2486 0.65129 0.008 0.932 0.060
#> SRR191469 3 0.5905 0.63653 0.044 0.184 0.772
#> SRR191470 3 0.6104 0.20382 0.004 0.348 0.648
#> SRR191471 2 0.5968 0.53207 0.000 0.636 0.364
#> SRR191472 2 0.5397 0.60185 0.000 0.720 0.280
#> SRR191473 2 0.6079 0.59344 0.000 0.612 0.388
#> SRR191474 3 0.4652 0.66472 0.080 0.064 0.856
#> SRR191475 2 0.3340 0.66841 0.000 0.880 0.120
#> SRR191476 2 0.6879 0.59222 0.024 0.616 0.360
#> SRR191477 2 0.7152 0.41269 0.024 0.532 0.444
#> SRR191478 2 0.4995 0.67798 0.032 0.824 0.144
#> SRR191479 3 0.4342 0.67001 0.120 0.024 0.856
#> SRR191480 3 0.6235 0.20409 0.000 0.436 0.564
#> SRR191481 3 0.6309 -0.24085 0.000 0.496 0.504
#> SRR191482 3 0.6079 0.18112 0.000 0.388 0.612
#> SRR191483 3 0.6192 0.22037 0.000 0.420 0.580
#> SRR191484 3 0.4563 0.66238 0.112 0.036 0.852
#> SRR191485 3 0.5363 0.43952 0.000 0.276 0.724
#> SRR191486 3 0.7758 -0.23895 0.048 0.468 0.484
#> SRR191487 3 0.7076 0.48614 0.060 0.256 0.684
#> SRR191488 1 0.9808 0.18102 0.432 0.288 0.280
#> SRR191489 3 0.9676 0.00449 0.348 0.220 0.432
#> SRR191490 3 0.6468 -0.06680 0.004 0.444 0.552
#> SRR191491 3 0.4339 0.66213 0.048 0.084 0.868
#> SRR191492 3 0.8698 0.35681 0.300 0.136 0.564
#> SRR191493 3 0.7186 -0.36721 0.024 0.476 0.500
#> SRR191494 3 0.7145 -0.15645 0.024 0.440 0.536
#> SRR191495 3 0.3083 0.66115 0.060 0.024 0.916
#> SRR191496 2 0.3965 0.66785 0.008 0.860 0.132
#> SRR191497 3 0.6245 0.58394 0.060 0.180 0.760
#> SRR191498 3 0.6431 0.58591 0.084 0.156 0.760
#> SRR191499 3 0.4195 0.63281 0.012 0.136 0.852
#> SRR191500 3 0.4733 0.60306 0.004 0.196 0.800
#> SRR191501 3 0.9243 0.28347 0.208 0.264 0.528
#> SRR191502 3 0.6441 0.48433 0.028 0.276 0.696
#> SRR191503 2 0.5618 0.65184 0.008 0.732 0.260
#> SRR191504 2 0.5650 0.60897 0.000 0.688 0.312
#> SRR191505 3 0.6688 0.15861 0.012 0.408 0.580
#> SRR191506 2 0.2356 0.65683 0.000 0.928 0.072
#> SRR191507 3 0.7080 0.07666 0.024 0.412 0.564
#> SRR191508 3 0.5659 0.49721 0.012 0.248 0.740
#> SRR191509 2 0.6209 0.59220 0.004 0.628 0.368
#> SRR191510 2 0.6680 0.22490 0.008 0.508 0.484
#> SRR191511 2 0.6824 0.54461 0.016 0.576 0.408
#> SRR191512 2 0.2537 0.65572 0.000 0.920 0.080
#> SRR191513 2 0.5823 0.66987 0.064 0.792 0.144
#> SRR191514 2 0.3112 0.66498 0.004 0.900 0.096
#> SRR191515 2 0.6598 0.44756 0.008 0.564 0.428
#> SRR191516 3 0.4834 0.57317 0.004 0.204 0.792
#> SRR191517 3 0.6704 0.02185 0.016 0.376 0.608
#> SRR191518 2 0.5639 0.67950 0.016 0.752 0.232
#> SRR191519 2 0.4784 0.67829 0.004 0.796 0.200
#> SRR191520 3 0.4270 0.65311 0.024 0.116 0.860
#> SRR191521 2 0.6295 0.33665 0.000 0.528 0.472
#> SRR191522 3 0.7498 -0.06346 0.040 0.412 0.548
#> SRR191523 2 0.7549 0.39912 0.040 0.524 0.436
#> SRR191524 3 0.6372 0.61992 0.084 0.152 0.764
#> SRR191525 2 0.6330 0.57241 0.004 0.600 0.396
#> SRR191526 2 0.3295 0.65716 0.008 0.896 0.096
#> SRR191527 1 0.7507 0.54956 0.644 0.068 0.288
#> SRR191528 1 0.7562 0.61641 0.692 0.160 0.148
#> SRR191529 2 0.8518 0.31676 0.092 0.472 0.436
#> SRR191530 2 0.5098 0.65718 0.000 0.752 0.248
#> SRR191531 1 0.8492 0.56005 0.592 0.132 0.276
#> SRR191532 3 0.5988 0.44233 0.008 0.304 0.688
#> SRR191533 3 0.5737 0.65589 0.092 0.104 0.804
#> SRR191534 2 0.5743 0.66568 0.044 0.784 0.172
#> SRR191535 2 0.4605 0.67103 0.000 0.796 0.204
#> SRR191536 3 0.7442 0.27755 0.048 0.348 0.604
#> SRR191537 2 0.8754 0.31728 0.116 0.508 0.376
#> SRR191538 2 0.2448 0.65779 0.000 0.924 0.076
#> SRR191539 2 0.4960 0.67851 0.040 0.832 0.128
#> SRR191540 2 0.5926 0.51279 0.000 0.644 0.356
#> SRR191541 2 0.7676 0.50558 0.056 0.584 0.360
#> SRR191542 2 0.6750 0.63924 0.024 0.640 0.336
#> SRR191543 2 0.2959 0.66325 0.000 0.900 0.100
#> SRR191544 2 0.5785 0.59982 0.000 0.668 0.332
#> SRR191545 2 0.6168 0.48477 0.000 0.588 0.412
#> SRR191546 3 0.5541 0.56701 0.008 0.252 0.740
#> SRR191547 2 0.7360 0.42590 0.032 0.528 0.440
#> SRR191548 1 0.0592 0.70177 0.988 0.000 0.012
#> SRR191549 1 0.0747 0.70095 0.984 0.000 0.016
#> SRR191550 1 0.0000 0.69819 1.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0592 0.70177 0.988 0.000 0.012
#> SRR191552 1 0.0592 0.70177 0.988 0.000 0.012
#> SRR191553 1 0.5092 0.68447 0.804 0.020 0.176
#> SRR191554 1 0.1411 0.70113 0.964 0.000 0.036
#> SRR191555 3 0.6044 0.65667 0.172 0.056 0.772
#> SRR191556 3 0.8665 0.12029 0.384 0.108 0.508
#> SRR191557 3 0.4859 0.66508 0.116 0.044 0.840
#> SRR191558 2 0.7683 0.60377 0.064 0.608 0.328
#> SRR191559 3 0.4489 0.65967 0.108 0.036 0.856
#> SRR191560 3 0.4865 0.65091 0.136 0.032 0.832
#> SRR191561 1 0.6276 0.63251 0.736 0.040 0.224
#> SRR191562 1 0.8222 0.52440 0.592 0.100 0.308
#> SRR191563 3 0.5402 0.58420 0.028 0.180 0.792
#> SRR191564 3 0.7344 0.54386 0.100 0.204 0.696
#> SRR191565 3 0.8820 -0.02578 0.408 0.116 0.476
#> SRR191566 3 0.7644 0.43612 0.296 0.072 0.632
#> SRR191567 1 0.7346 0.49309 0.592 0.040 0.368
#> SRR191568 1 0.8277 0.18887 0.464 0.076 0.460
#> SRR191569 3 0.6663 0.63825 0.156 0.096 0.748
#> SRR191570 1 0.9692 0.25534 0.432 0.224 0.344
#> SRR191571 3 0.9180 0.04946 0.376 0.152 0.472
#> SRR191572 1 0.0592 0.70177 0.988 0.000 0.012
#> SRR191573 3 0.6955 0.35118 0.332 0.032 0.636
#> SRR191574 1 0.7710 0.61906 0.660 0.100 0.240
#> SRR191575 1 0.8312 0.50218 0.576 0.100 0.324
#> SRR191576 3 0.9461 0.33712 0.224 0.280 0.496
#> SRR191577 3 0.8823 0.42267 0.280 0.156 0.564
#> SRR191578 2 0.7150 0.57661 0.036 0.616 0.348
#> SRR191579 1 0.2066 0.71576 0.940 0.000 0.060
#> SRR191580 1 0.0592 0.70177 0.988 0.000 0.012
#> SRR191581 1 0.1878 0.69796 0.952 0.004 0.044
#> SRR191582 1 0.2945 0.71816 0.908 0.004 0.088
#> SRR191583 2 0.5696 0.61350 0.136 0.800 0.064
#> SRR191584 1 0.2846 0.69821 0.924 0.020 0.056
#> SRR191585 3 0.2564 0.65506 0.028 0.036 0.936
#> SRR191586 3 0.2152 0.65285 0.016 0.036 0.948
#> SRR191587 3 0.4712 0.66988 0.108 0.044 0.848
#> SRR191588 3 0.8140 -0.13811 0.456 0.068 0.476
#> SRR191589 3 0.6435 0.63732 0.168 0.076 0.756
#> SRR191590 1 0.7015 0.63607 0.696 0.064 0.240
#> SRR191591 3 0.8206 0.55312 0.196 0.164 0.640
#> SRR191592 3 0.6968 0.56077 0.204 0.080 0.716
#> SRR191593 3 0.3832 0.66806 0.100 0.020 0.880
#> SRR191594 1 0.1878 0.70805 0.952 0.004 0.044
#> SRR191595 1 0.7681 0.39390 0.540 0.048 0.412
#> SRR191596 1 0.7726 0.45752 0.572 0.056 0.372
#> SRR191597 3 0.3406 0.64630 0.028 0.068 0.904
#> SRR191598 3 0.7825 0.40397 0.300 0.080 0.620
#> SRR191599 1 0.7223 0.37348 0.548 0.028 0.424
#> SRR191600 3 0.7129 0.60949 0.104 0.180 0.716
#> SRR191601 3 0.3682 0.62434 0.008 0.116 0.876
#> SRR191602 3 0.2066 0.64314 0.000 0.060 0.940
#> SRR191603 3 0.1765 0.64335 0.004 0.040 0.956
#> SRR191604 3 0.6783 -0.05189 0.016 0.396 0.588
#> SRR191605 3 0.3499 0.64776 0.028 0.072 0.900
#> SRR191606 1 0.8346 0.43768 0.548 0.092 0.360
#> SRR191607 3 0.2269 0.65316 0.040 0.016 0.944
#> SRR191608 3 0.2810 0.65693 0.036 0.036 0.928
#> SRR191609 3 0.3690 0.63921 0.016 0.100 0.884
#> SRR191610 3 0.3183 0.66127 0.076 0.016 0.908
#> SRR191611 3 0.3406 0.65646 0.028 0.068 0.904
#> SRR191612 3 0.4370 0.66161 0.076 0.056 0.868
#> SRR191613 3 0.6487 0.53680 0.268 0.032 0.700
#> SRR191614 3 0.3554 0.66430 0.064 0.036 0.900
#> SRR191615 3 0.5253 0.65951 0.096 0.076 0.828
#> SRR191616 2 0.7884 0.61543 0.104 0.644 0.252
#> SRR191617 2 0.7570 0.48104 0.044 0.552 0.404
#> SRR191618 3 0.3472 0.66519 0.040 0.056 0.904
#> SRR191619 3 0.6045 0.00746 0.000 0.380 0.620
#> SRR191620 3 0.6294 0.44458 0.020 0.288 0.692
#> SRR191621 2 0.6154 0.56167 0.000 0.592 0.408
#> SRR191622 3 0.4477 0.66655 0.068 0.068 0.864
#> SRR191623 3 0.3610 0.65969 0.096 0.016 0.888
#> SRR191624 3 0.6326 0.48309 0.292 0.020 0.688
#> SRR191625 3 0.6888 -0.09955 0.016 0.432 0.552
#> SRR191626 3 0.5016 0.57639 0.000 0.240 0.760
#> SRR191627 3 0.6543 0.14885 0.016 0.344 0.640
#> SRR191628 3 0.3850 0.65723 0.028 0.088 0.884
#> SRR191629 3 0.3805 0.65276 0.024 0.092 0.884
#> SRR191630 1 0.3500 0.69021 0.880 0.004 0.116
#> SRR191631 3 0.5506 0.47003 0.016 0.220 0.764
#> SRR191632 3 0.5791 0.62558 0.168 0.048 0.784
#> SRR191633 3 0.4934 0.64021 0.024 0.156 0.820
#> SRR191634 2 0.8694 0.47569 0.152 0.580 0.268
#> SRR191635 3 0.1711 0.65309 0.032 0.008 0.960
#> SRR191636 2 0.9815 0.14499 0.256 0.420 0.324
#> SRR191637 2 0.2448 0.65530 0.000 0.924 0.076
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 4 0.7893 0.39411 0.300 0.000 0.324 0.376
#> SRR191394 1 0.1489 0.70182 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR191396 2 0.9206 0.27787 0.104 0.428 0.256 0.212
#> SRR191397 1 0.7349 -0.13945 0.444 0.004 0.136 0.416
#> SRR191398 1 0.1488 0.69803 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR191399 3 0.6277 0.42885 0.200 0.012 0.684 0.104
#> SRR191400 1 0.2722 0.68864 0.904 0.000 0.032 0.064
#> SRR191401 1 0.6655 -0.07905 0.476 0.000 0.084 0.440
#> SRR191402 3 0.5725 0.46084 0.108 0.008 0.732 0.152
#> SRR191403 4 0.7799 0.43398 0.328 0.000 0.260 0.412
#> SRR191404 3 0.6978 0.50246 0.040 0.204 0.652 0.104
#> SRR191405 3 0.7976 0.38876 0.060 0.216 0.572 0.152
#> SRR191406 3 0.3526 0.51511 0.004 0.032 0.864 0.100
#> SRR191407 1 0.3764 0.63889 0.852 0.000 0.072 0.076
#> SRR191408 3 0.6226 0.32997 0.056 0.008 0.616 0.320
#> SRR191409 3 0.7082 0.47868 0.108 0.056 0.660 0.176
#> SRR191410 3 0.4792 0.53788 0.052 0.036 0.816 0.096
#> SRR191411 3 0.5927 0.55711 0.024 0.156 0.732 0.088
#> SRR191412 1 0.7154 -0.15003 0.440 0.000 0.132 0.428
#> SRR191413 3 0.5745 0.31264 0.056 0.000 0.656 0.288
#> SRR191414 1 0.6821 0.21844 0.592 0.000 0.152 0.256
#> SRR191415 3 0.4395 0.54410 0.052 0.036 0.840 0.072
#> SRR191416 3 0.7461 -0.07645 0.060 0.048 0.460 0.432
#> SRR191418 3 0.5879 0.53504 0.052 0.092 0.756 0.100
#> SRR191419 1 0.8060 -0.27250 0.424 0.008 0.280 0.288
#> SRR191420 4 0.7400 0.11035 0.116 0.012 0.416 0.456
#> SRR191421 3 0.7770 -0.28050 0.240 0.000 0.396 0.364
#> SRR191422 2 0.6690 0.62578 0.000 0.608 0.144 0.248
#> SRR191423 2 0.6274 0.59682 0.032 0.692 0.212 0.064
#> SRR191424 2 0.7017 0.54754 0.020 0.612 0.256 0.112
#> SRR191425 3 0.7421 0.15240 0.096 0.024 0.500 0.380
#> SRR191426 2 0.7626 0.37334 0.032 0.492 0.376 0.100
#> SRR191427 3 0.7215 0.46759 0.028 0.236 0.612 0.124
#> SRR191428 3 0.6355 0.39314 0.012 0.060 0.620 0.308
#> SRR191429 2 0.3672 0.62828 0.000 0.824 0.164 0.012
#> SRR191430 3 0.8911 -0.11972 0.056 0.344 0.368 0.232
#> SRR191431 2 0.9889 0.05680 0.200 0.308 0.276 0.216
#> SRR191432 2 0.6323 0.64642 0.000 0.660 0.176 0.164
#> SRR191433 2 0.4791 0.64121 0.000 0.784 0.080 0.136
#> SRR191434 3 0.8156 0.26045 0.080 0.284 0.532 0.104
#> SRR191435 3 0.6294 0.20241 0.060 0.004 0.584 0.352
#> SRR191436 3 0.5571 0.51703 0.004 0.204 0.720 0.072
#> SRR191437 2 0.7489 0.53895 0.004 0.528 0.220 0.248
#> SRR191438 3 0.8734 0.37207 0.092 0.196 0.504 0.208
#> SRR191439 3 0.6491 0.54347 0.020 0.112 0.680 0.188
#> SRR191440 2 0.7681 0.21486 0.060 0.504 0.368 0.068
#> SRR191441 2 0.6951 0.59560 0.024 0.644 0.196 0.136
#> SRR191442 3 0.5927 0.52172 0.052 0.048 0.736 0.164
#> SRR191443 4 0.8056 0.51088 0.300 0.004 0.328 0.368
#> SRR191444 4 0.9193 0.38280 0.188 0.096 0.348 0.368
#> SRR191445 3 0.7964 0.47953 0.096 0.156 0.600 0.148
#> SRR191446 3 0.7771 0.42347 0.056 0.160 0.596 0.188
#> SRR191447 2 0.7717 0.45111 0.000 0.444 0.304 0.252
#> SRR191448 4 0.7841 0.57696 0.240 0.004 0.308 0.448
#> SRR191449 3 0.5575 0.37733 0.016 0.036 0.708 0.240
#> SRR191450 4 0.7758 0.52921 0.136 0.028 0.316 0.520
#> SRR191451 4 0.8270 0.47715 0.088 0.140 0.216 0.556
#> SRR191452 2 0.5575 0.64311 0.004 0.736 0.156 0.104
#> SRR191453 3 0.6247 0.54551 0.032 0.152 0.716 0.100
#> SRR191454 3 0.8531 -0.22318 0.236 0.032 0.404 0.328
#> SRR191455 3 0.6277 0.54724 0.056 0.144 0.724 0.076
#> SRR191456 4 0.7606 0.34540 0.348 0.000 0.208 0.444
#> SRR191457 3 0.7439 0.22573 0.176 0.020 0.584 0.220
#> SRR191458 4 0.9174 0.26546 0.096 0.312 0.192 0.400
#> SRR191459 3 0.6310 0.53414 0.060 0.096 0.728 0.116
#> SRR191460 3 0.7871 0.37840 0.116 0.064 0.572 0.248
#> SRR191461 3 0.5490 0.51989 0.004 0.236 0.708 0.052
#> SRR191462 3 0.8894 0.03594 0.148 0.316 0.440 0.096
#> SRR191463 2 0.4546 0.63986 0.004 0.804 0.136 0.056
#> SRR191464 2 0.7744 0.30439 0.020 0.480 0.360 0.140
#> SRR191465 2 0.2845 0.63254 0.000 0.896 0.028 0.076
#> SRR191466 3 0.5358 0.54890 0.012 0.044 0.736 0.208
#> SRR191467 2 0.6805 0.63200 0.000 0.592 0.148 0.260
#> SRR191468 2 0.3328 0.62978 0.004 0.872 0.024 0.100
#> SRR191469 3 0.6859 0.49567 0.048 0.080 0.660 0.212
#> SRR191470 3 0.5997 0.16850 0.000 0.376 0.576 0.048
#> SRR191471 2 0.5231 0.49319 0.000 0.676 0.296 0.028
#> SRR191472 2 0.6993 0.57878 0.000 0.572 0.168 0.260
#> SRR191473 2 0.6544 0.60122 0.012 0.644 0.248 0.096
#> SRR191474 3 0.6117 0.33694 0.004 0.072 0.648 0.276
#> SRR191475 2 0.5055 0.61574 0.000 0.712 0.032 0.256
#> SRR191476 2 0.7114 0.60461 0.000 0.564 0.232 0.204
#> SRR191477 2 0.7363 0.31762 0.000 0.476 0.356 0.168
#> SRR191478 2 0.7012 0.64177 0.040 0.660 0.152 0.148
#> SRR191479 3 0.5451 0.48131 0.044 0.024 0.748 0.184
#> SRR191480 3 0.6392 0.20163 0.000 0.404 0.528 0.068
#> SRR191481 2 0.6044 0.25905 0.004 0.544 0.416 0.036
#> SRR191482 3 0.6425 0.10121 0.000 0.424 0.508 0.068
#> SRR191483 3 0.6575 0.24865 0.000 0.348 0.560 0.092
#> SRR191484 3 0.6699 0.15592 0.028 0.040 0.540 0.392
#> SRR191485 3 0.6601 0.38028 0.024 0.284 0.628 0.064
#> SRR191486 2 0.7927 0.26962 0.004 0.428 0.304 0.264
#> SRR191487 3 0.7899 0.38117 0.120 0.256 0.564 0.060
#> SRR191488 4 0.9843 0.35327 0.280 0.176 0.232 0.312
#> SRR191489 3 0.9373 -0.10377 0.200 0.140 0.428 0.232
#> SRR191490 3 0.8011 -0.25707 0.016 0.392 0.408 0.184
#> SRR191491 3 0.6182 0.49561 0.060 0.024 0.684 0.232
#> SRR191492 4 0.8492 0.21352 0.156 0.052 0.396 0.396
#> SRR191493 2 0.7043 0.28527 0.000 0.456 0.424 0.120
#> SRR191494 3 0.8580 0.00798 0.060 0.324 0.452 0.164
#> SRR191495 3 0.4458 0.48769 0.012 0.008 0.772 0.208
#> SRR191496 2 0.5989 0.61654 0.000 0.656 0.080 0.264
#> SRR191497 3 0.7180 0.41602 0.012 0.184 0.600 0.204
#> SRR191498 3 0.6688 0.46979 0.064 0.136 0.700 0.100
#> SRR191499 3 0.4565 0.53912 0.000 0.064 0.796 0.140
#> SRR191500 3 0.6071 0.47625 0.000 0.144 0.684 0.172
#> SRR191501 4 0.8818 0.24372 0.100 0.136 0.308 0.456
#> SRR191502 3 0.7308 0.31826 0.004 0.188 0.552 0.256
#> SRR191503 2 0.6667 0.62034 0.004 0.632 0.144 0.220
#> SRR191504 2 0.6823 0.59190 0.000 0.596 0.160 0.244
#> SRR191505 3 0.7436 0.24759 0.048 0.332 0.548 0.072
#> SRR191506 2 0.4420 0.61077 0.000 0.748 0.012 0.240
#> SRR191507 3 0.7463 -0.07883 0.016 0.420 0.452 0.112
#> SRR191508 3 0.7288 0.40806 0.028 0.200 0.616 0.156
#> SRR191509 2 0.7024 0.57016 0.028 0.616 0.260 0.096
#> SRR191510 2 0.7573 0.24127 0.004 0.444 0.384 0.168
#> SRR191511 2 0.6170 0.51833 0.000 0.600 0.332 0.068
#> SRR191512 2 0.2413 0.62584 0.000 0.916 0.020 0.064
#> SRR191513 2 0.5051 0.62549 0.028 0.800 0.092 0.080
#> SRR191514 2 0.3877 0.63467 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR191515 2 0.6090 0.35346 0.000 0.564 0.384 0.052
#> SRR191516 3 0.5939 0.44577 0.000 0.248 0.668 0.084
#> SRR191517 3 0.6276 -0.14250 0.000 0.464 0.480 0.056
#> SRR191518 2 0.5788 0.62555 0.008 0.724 0.168 0.100
#> SRR191519 2 0.3793 0.64344 0.000 0.844 0.112 0.044
#> SRR191520 3 0.5553 0.54862 0.000 0.100 0.724 0.176
#> SRR191521 2 0.7693 0.40321 0.000 0.432 0.340 0.228
#> SRR191522 3 0.7551 -0.08513 0.004 0.368 0.460 0.168
#> SRR191523 2 0.8761 0.31160 0.092 0.440 0.336 0.132
#> SRR191524 3 0.7535 0.49625 0.084 0.072 0.604 0.240
#> SRR191525 2 0.5608 0.58715 0.000 0.684 0.256 0.060
#> SRR191526 2 0.3414 0.63863 0.004 0.876 0.048 0.072
#> SRR191527 1 0.6269 0.45963 0.708 0.024 0.156 0.112
#> SRR191528 1 0.7463 0.38480 0.648 0.108 0.116 0.128
#> SRR191529 2 0.8985 0.29224 0.132 0.428 0.324 0.116
#> SRR191530 2 0.5208 0.61219 0.000 0.748 0.172 0.080
#> SRR191531 1 0.8096 -0.02159 0.492 0.024 0.216 0.268
#> SRR191532 3 0.5848 0.37144 0.000 0.336 0.616 0.048
#> SRR191533 3 0.6069 0.53045 0.124 0.048 0.740 0.088
#> SRR191534 2 0.6868 0.59114 0.000 0.544 0.120 0.336
#> SRR191535 2 0.3821 0.64184 0.000 0.840 0.120 0.040
#> SRR191536 3 0.8615 0.29670 0.116 0.244 0.516 0.124
#> SRR191537 2 0.8512 0.24833 0.056 0.420 0.372 0.152
#> SRR191538 2 0.4098 0.61700 0.000 0.784 0.012 0.204
#> SRR191539 2 0.4988 0.64016 0.028 0.804 0.080 0.088
#> SRR191540 2 0.7587 0.46885 0.000 0.480 0.276 0.244
#> SRR191541 2 0.8738 0.51089 0.104 0.504 0.236 0.156
#> SRR191542 2 0.8564 0.54920 0.056 0.480 0.264 0.200
#> SRR191543 2 0.3081 0.63963 0.000 0.888 0.048 0.064
#> SRR191544 2 0.7330 0.57267 0.004 0.552 0.200 0.244
#> SRR191545 2 0.7969 0.33736 0.004 0.384 0.360 0.252
#> SRR191546 3 0.6370 0.48686 0.004 0.148 0.668 0.180
#> SRR191547 2 0.8463 0.43101 0.036 0.428 0.332 0.204
#> SRR191548 1 0.1305 0.69900 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR191549 1 0.0188 0.69981 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR191550 1 0.1174 0.69008 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR191551 1 0.0188 0.69981 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR191552 1 0.0188 0.69979 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR191553 1 0.4339 0.63044 0.832 0.012 0.092 0.064
#> SRR191554 1 0.0000 0.69969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 3 0.6680 -0.03374 0.080 0.004 0.536 0.380
#> SRR191556 4 0.7471 0.59972 0.160 0.016 0.264 0.560
#> SRR191557 3 0.6307 0.10615 0.056 0.004 0.564 0.376
#> SRR191558 2 0.7113 0.55169 0.040 0.596 0.292 0.072
#> SRR191559 3 0.6132 -0.20625 0.032 0.008 0.520 0.440
#> SRR191560 3 0.6161 -0.12744 0.044 0.004 0.552 0.400
#> SRR191561 1 0.3771 0.63347 0.856 0.004 0.088 0.052
#> SRR191562 4 0.8152 0.49490 0.308 0.020 0.216 0.456
#> SRR191563 3 0.5803 0.48141 0.004 0.148 0.720 0.128
#> SRR191564 3 0.7867 -0.09900 0.024 0.140 0.456 0.380
#> SRR191565 4 0.7709 0.59803 0.168 0.028 0.244 0.560
#> SRR191566 4 0.6478 0.51766 0.088 0.000 0.336 0.576
#> SRR191567 4 0.7893 0.52249 0.296 0.008 0.232 0.464
#> SRR191568 4 0.7640 0.58401 0.180 0.008 0.316 0.496
#> SRR191569 3 0.7090 0.24491 0.092 0.040 0.628 0.240
#> SRR191570 4 0.9375 0.52513 0.224 0.128 0.228 0.420
#> SRR191571 4 0.8941 0.41959 0.212 0.064 0.344 0.380
#> SRR191572 1 0.0779 0.69970 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR191573 3 0.7198 -0.13216 0.124 0.008 0.536 0.332
#> SRR191574 1 0.7459 -0.10332 0.480 0.008 0.140 0.372
#> SRR191575 4 0.7182 0.45099 0.300 0.004 0.148 0.548
#> SRR191576 4 0.9427 0.17769 0.144 0.160 0.344 0.352
#> SRR191577 3 0.8384 -0.16493 0.112 0.076 0.472 0.340
#> SRR191578 2 0.6666 0.54475 0.040 0.628 0.284 0.048
#> SRR191579 1 0.3342 0.67323 0.868 0.000 0.032 0.100
#> SRR191580 1 0.0657 0.69957 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR191581 1 0.1109 0.70157 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR191582 1 0.3156 0.66849 0.884 0.000 0.048 0.068
#> SRR191583 2 0.6867 0.61653 0.112 0.692 0.080 0.116
#> SRR191584 1 0.1471 0.69933 0.960 0.004 0.012 0.024
#> SRR191585 3 0.4097 0.53617 0.032 0.016 0.840 0.112
#> SRR191586 3 0.2604 0.54596 0.016 0.012 0.916 0.056
#> SRR191587 3 0.5134 0.50951 0.104 0.004 0.772 0.120
#> SRR191588 4 0.7620 0.47966 0.324 0.000 0.220 0.456
#> SRR191589 3 0.7282 0.31131 0.156 0.012 0.576 0.256
#> SRR191590 1 0.7328 -0.17331 0.468 0.004 0.136 0.392
#> SRR191591 3 0.8215 0.25259 0.144 0.072 0.548 0.236
#> SRR191592 3 0.6903 -0.12771 0.092 0.008 0.544 0.356
#> SRR191593 3 0.5050 0.49641 0.088 0.004 0.776 0.132
#> SRR191594 1 0.5307 0.50378 0.736 0.000 0.076 0.188
#> SRR191595 4 0.7168 0.52539 0.236 0.000 0.208 0.556
#> SRR191596 4 0.7248 0.49076 0.284 0.000 0.184 0.532
#> SRR191597 3 0.4597 0.49962 0.004 0.056 0.800 0.140
#> SRR191598 4 0.8084 0.48499 0.128 0.040 0.396 0.436
#> SRR191599 4 0.7205 0.52029 0.252 0.000 0.200 0.548
#> SRR191600 3 0.6385 0.37517 0.024 0.076 0.676 0.224
#> SRR191601 3 0.4654 0.54158 0.016 0.100 0.816 0.068
#> SRR191602 3 0.2870 0.54953 0.036 0.044 0.908 0.012
#> SRR191603 3 0.2107 0.54075 0.024 0.020 0.940 0.016
#> SRR191604 3 0.5980 -0.01634 0.000 0.396 0.560 0.044
#> SRR191605 3 0.4321 0.49833 0.004 0.040 0.812 0.144
#> SRR191606 4 0.7641 0.48936 0.292 0.016 0.164 0.528
#> SRR191607 3 0.3768 0.47033 0.000 0.008 0.808 0.184
#> SRR191608 3 0.3143 0.53528 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR191609 3 0.3972 0.56261 0.000 0.080 0.840 0.080
#> SRR191610 3 0.5079 0.44183 0.032 0.004 0.728 0.236
#> SRR191611 3 0.4284 0.51787 0.000 0.012 0.764 0.224
#> SRR191612 3 0.5550 0.11451 0.012 0.008 0.592 0.388
#> SRR191613 3 0.7394 0.11624 0.236 0.000 0.520 0.244
#> SRR191614 3 0.5707 0.18002 0.020 0.008 0.600 0.372
#> SRR191615 3 0.6109 -0.14399 0.020 0.016 0.504 0.460
#> SRR191616 2 0.8093 0.55432 0.120 0.592 0.156 0.132
#> SRR191617 2 0.7943 0.44923 0.076 0.524 0.320 0.080
#> SRR191618 3 0.4840 0.54484 0.072 0.012 0.800 0.116
#> SRR191619 3 0.6757 -0.13007 0.024 0.436 0.496 0.044
#> SRR191620 3 0.7512 0.34765 0.016 0.236 0.564 0.184
#> SRR191621 2 0.5312 0.57770 0.000 0.692 0.268 0.040
#> SRR191622 3 0.4844 0.51918 0.064 0.004 0.784 0.148
#> SRR191623 3 0.5214 0.32342 0.024 0.008 0.708 0.260
#> SRR191624 3 0.7550 -0.17669 0.192 0.000 0.436 0.372
#> SRR191625 3 0.7730 -0.06250 0.040 0.376 0.488 0.096
#> SRR191626 3 0.5657 0.50657 0.000 0.160 0.720 0.120
#> SRR191627 3 0.6850 0.07268 0.000 0.376 0.516 0.108
#> SRR191628 3 0.4915 0.54388 0.012 0.040 0.776 0.172
#> SRR191629 3 0.3790 0.54362 0.036 0.028 0.868 0.068
#> SRR191630 1 0.7147 0.17482 0.540 0.004 0.136 0.320
#> SRR191631 3 0.5900 0.39045 0.000 0.260 0.664 0.076
#> SRR191632 3 0.5846 0.35360 0.076 0.008 0.704 0.212
#> SRR191633 3 0.5590 0.49922 0.012 0.060 0.728 0.200
#> SRR191634 2 0.9221 0.45388 0.164 0.464 0.192 0.180
#> SRR191635 3 0.2466 0.52000 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR191636 2 0.9562 0.15492 0.252 0.360 0.264 0.124
#> SRR191637 2 0.2563 0.62432 0.000 0.908 0.020 0.072
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 4 0.786 0.2908 0.216 0.000 0.296 0.404 0.084
#> SRR191394 1 0.234 0.8110 0.912 0.000 0.028 0.052 0.008
#> SRR191396 2 0.897 0.1154 0.052 0.388 0.216 0.220 0.124
#> SRR191397 4 0.792 0.2888 0.288 0.020 0.140 0.468 0.084
#> SRR191398 1 0.254 0.8061 0.908 0.000 0.032 0.032 0.028
#> SRR191399 3 0.685 0.4505 0.116 0.012 0.624 0.084 0.164
#> SRR191400 1 0.389 0.7766 0.836 0.000 0.048 0.060 0.056
#> SRR191401 4 0.512 0.2243 0.352 0.004 0.032 0.608 0.004
#> SRR191402 3 0.609 0.4710 0.040 0.008 0.672 0.164 0.116
#> SRR191403 4 0.698 0.4108 0.260 0.000 0.224 0.492 0.024
#> SRR191404 3 0.769 0.4523 0.008 0.168 0.528 0.124 0.172
#> SRR191405 3 0.856 0.1757 0.040 0.252 0.412 0.212 0.084
#> SRR191406 3 0.459 0.4536 0.000 0.028 0.740 0.208 0.024
#> SRR191407 1 0.438 0.6289 0.740 0.000 0.040 0.216 0.004
#> SRR191408 3 0.681 0.2668 0.028 0.004 0.508 0.332 0.128
#> SRR191409 3 0.711 0.4534 0.048 0.052 0.604 0.088 0.208
#> SRR191410 3 0.575 0.5021 0.028 0.028 0.696 0.052 0.196
#> SRR191411 3 0.619 0.5283 0.008 0.168 0.668 0.052 0.104
#> SRR191412 4 0.759 0.2260 0.308 0.004 0.132 0.468 0.088
#> SRR191413 3 0.589 0.1623 0.040 0.000 0.508 0.420 0.032
#> SRR191414 1 0.722 0.1572 0.476 0.000 0.168 0.308 0.048
#> SRR191415 3 0.476 0.5322 0.012 0.032 0.772 0.036 0.148
#> SRR191416 4 0.676 0.1270 0.024 0.032 0.408 0.476 0.060
#> SRR191418 3 0.724 0.4937 0.036 0.064 0.600 0.120 0.180
#> SRR191419 4 0.688 0.3344 0.320 0.004 0.188 0.476 0.012
#> SRR191420 4 0.701 0.0619 0.040 0.004 0.396 0.444 0.116
#> SRR191421 3 0.693 -0.1447 0.116 0.000 0.420 0.420 0.044
#> SRR191422 5 0.604 0.3215 0.000 0.452 0.080 0.012 0.456
#> SRR191423 2 0.658 0.2769 0.028 0.632 0.184 0.024 0.132
#> SRR191424 2 0.731 0.2550 0.040 0.552 0.236 0.028 0.144
#> SRR191425 3 0.604 0.0763 0.036 0.004 0.500 0.424 0.036
#> SRR191426 2 0.762 0.2438 0.024 0.480 0.316 0.056 0.124
#> SRR191427 3 0.772 0.3222 0.008 0.204 0.468 0.064 0.256
#> SRR191428 3 0.652 0.3417 0.020 0.036 0.592 0.284 0.068
#> SRR191429 2 0.374 0.2627 0.000 0.824 0.116 0.008 0.052
#> SRR191430 5 0.891 -0.1114 0.028 0.268 0.260 0.132 0.312
#> SRR191431 3 0.971 -0.0954 0.092 0.236 0.252 0.220 0.200
#> SRR191432 2 0.639 0.0915 0.020 0.592 0.116 0.008 0.264
#> SRR191433 2 0.568 0.1367 0.000 0.576 0.040 0.028 0.356
#> SRR191434 3 0.771 0.2982 0.024 0.184 0.504 0.052 0.236
#> SRR191435 3 0.727 0.1279 0.064 0.004 0.452 0.368 0.112
#> SRR191436 3 0.522 0.5365 0.008 0.132 0.744 0.028 0.088
#> SRR191437 5 0.639 0.3099 0.000 0.380 0.112 0.016 0.492
#> SRR191438 3 0.861 0.1184 0.036 0.240 0.432 0.140 0.152
#> SRR191439 3 0.655 0.4272 0.024 0.056 0.532 0.028 0.360
#> SRR191440 2 0.798 0.1640 0.072 0.488 0.292 0.072 0.076
#> SRR191441 2 0.731 0.0333 0.012 0.408 0.184 0.020 0.376
#> SRR191442 3 0.572 0.5222 0.016 0.028 0.712 0.128 0.116
#> SRR191443 4 0.674 0.4058 0.164 0.000 0.316 0.500 0.020
#> SRR191444 4 0.890 0.3163 0.108 0.092 0.268 0.412 0.120
#> SRR191445 3 0.686 0.4071 0.012 0.104 0.564 0.044 0.276
#> SRR191446 3 0.779 0.3473 0.028 0.112 0.516 0.092 0.252
#> SRR191447 5 0.732 0.2933 0.000 0.312 0.144 0.068 0.476
#> SRR191448 4 0.492 0.5391 0.124 0.004 0.144 0.728 0.000
#> SRR191449 3 0.568 0.1386 0.000 0.036 0.516 0.424 0.024
#> SRR191450 4 0.692 0.5106 0.064 0.048 0.160 0.640 0.088
#> SRR191451 4 0.714 0.4867 0.048 0.116 0.148 0.624 0.064
#> SRR191452 2 0.688 0.1728 0.032 0.560 0.080 0.032 0.296
#> SRR191453 3 0.647 0.5104 0.012 0.160 0.652 0.056 0.120
#> SRR191454 3 0.851 -0.0769 0.116 0.052 0.376 0.356 0.100
#> SRR191455 3 0.653 0.5452 0.036 0.124 0.660 0.036 0.144
#> SRR191456 4 0.839 0.2947 0.208 0.012 0.272 0.392 0.116
#> SRR191457 3 0.816 0.1793 0.120 0.020 0.440 0.296 0.124
#> SRR191458 4 0.711 0.2089 0.036 0.308 0.036 0.536 0.084
#> SRR191459 3 0.674 0.4770 0.016 0.096 0.608 0.052 0.228
#> SRR191460 3 0.737 0.4160 0.032 0.068 0.544 0.084 0.272
#> SRR191461 3 0.554 0.4885 0.008 0.212 0.692 0.028 0.060
#> SRR191462 3 0.829 0.1129 0.056 0.268 0.456 0.060 0.160
#> SRR191463 2 0.451 0.2885 0.008 0.796 0.088 0.020 0.088
#> SRR191464 2 0.785 0.1854 0.028 0.412 0.328 0.032 0.200
#> SRR191465 2 0.361 0.1829 0.004 0.780 0.000 0.008 0.208
#> SRR191466 3 0.608 0.5238 0.024 0.040 0.668 0.056 0.212
#> SRR191467 2 0.743 -0.2758 0.012 0.400 0.156 0.036 0.396
#> SRR191468 2 0.449 0.1273 0.000 0.648 0.004 0.012 0.336
#> SRR191469 3 0.729 0.4909 0.020 0.084 0.588 0.136 0.172
#> SRR191470 3 0.668 0.1429 0.032 0.340 0.540 0.024 0.064
#> SRR191471 2 0.468 0.2624 0.000 0.688 0.272 0.004 0.036
#> SRR191472 5 0.500 0.4255 0.000 0.276 0.064 0.000 0.660
#> SRR191473 2 0.546 0.2648 0.000 0.668 0.228 0.012 0.092
#> SRR191474 4 0.620 -0.0522 0.000 0.120 0.412 0.464 0.004
#> SRR191475 5 0.419 0.3895 0.000 0.304 0.012 0.000 0.684
#> SRR191476 2 0.726 -0.0631 0.000 0.504 0.116 0.088 0.292
#> SRR191477 2 0.815 0.2038 0.000 0.424 0.172 0.212 0.192
#> SRR191478 2 0.714 0.1512 0.016 0.552 0.164 0.036 0.232
#> SRR191479 3 0.577 0.4142 0.028 0.020 0.652 0.264 0.036
#> SRR191480 3 0.681 0.2534 0.004 0.332 0.480 0.012 0.172
#> SRR191481 2 0.620 0.1587 0.008 0.524 0.372 0.008 0.088
#> SRR191482 3 0.667 0.1159 0.000 0.412 0.436 0.020 0.132
#> SRR191483 3 0.604 0.2313 0.000 0.340 0.528 0.000 0.132
#> SRR191484 4 0.663 0.1441 0.028 0.028 0.392 0.500 0.052
#> SRR191485 3 0.739 0.3722 0.032 0.216 0.548 0.036 0.168
#> SRR191486 2 0.854 0.2187 0.032 0.436 0.160 0.132 0.240
#> SRR191487 3 0.756 0.3059 0.048 0.272 0.532 0.056 0.092
#> SRR191488 4 0.937 0.3108 0.212 0.192 0.160 0.356 0.080
#> SRR191489 3 0.921 0.0118 0.100 0.116 0.356 0.288 0.140
#> SRR191490 2 0.801 -0.0204 0.024 0.336 0.292 0.032 0.316
#> SRR191491 3 0.670 0.3861 0.016 0.028 0.576 0.108 0.272
#> SRR191492 4 0.850 0.1466 0.100 0.020 0.288 0.372 0.220
#> SRR191493 2 0.750 0.2658 0.032 0.528 0.280 0.084 0.076
#> SRR191494 5 0.841 -0.0765 0.036 0.192 0.344 0.068 0.360
#> SRR191495 3 0.630 0.4333 0.016 0.012 0.600 0.268 0.104
#> SRR191496 5 0.495 0.4126 0.000 0.272 0.052 0.004 0.672
#> SRR191497 3 0.745 0.2762 0.004 0.180 0.472 0.292 0.052
#> SRR191498 3 0.694 0.3854 0.020 0.184 0.544 0.240 0.012
#> SRR191499 3 0.517 0.5230 0.000 0.052 0.732 0.052 0.164
#> SRR191500 3 0.635 0.3166 0.004 0.104 0.564 0.020 0.308
#> SRR191501 4 0.835 0.1543 0.052 0.064 0.144 0.380 0.360
#> SRR191502 3 0.807 0.1029 0.004 0.128 0.380 0.144 0.344
#> SRR191503 5 0.650 0.3354 0.004 0.416 0.060 0.044 0.476
#> SRR191504 5 0.552 0.4229 0.000 0.348 0.068 0.004 0.580
#> SRR191505 3 0.745 0.2090 0.020 0.292 0.492 0.036 0.160
#> SRR191506 5 0.474 0.3545 0.000 0.408 0.020 0.000 0.572
#> SRR191507 3 0.814 0.1219 0.048 0.292 0.424 0.036 0.200
#> SRR191508 3 0.753 0.3470 0.036 0.168 0.552 0.048 0.196
#> SRR191509 2 0.714 0.2922 0.036 0.576 0.212 0.028 0.148
#> SRR191510 2 0.766 0.0816 0.000 0.360 0.312 0.048 0.280
#> SRR191511 2 0.677 0.3024 0.028 0.608 0.228 0.036 0.100
#> SRR191512 2 0.404 0.1306 0.000 0.720 0.008 0.004 0.268
#> SRR191513 2 0.586 0.2335 0.000 0.676 0.036 0.140 0.148
#> SRR191514 2 0.515 0.0841 0.000 0.624 0.024 0.020 0.332
#> SRR191515 2 0.618 0.2462 0.000 0.608 0.268 0.080 0.044
#> SRR191516 3 0.687 0.4060 0.032 0.216 0.596 0.024 0.132
#> SRR191517 2 0.705 0.2222 0.000 0.484 0.312 0.168 0.036
#> SRR191518 2 0.643 0.2272 0.000 0.628 0.056 0.140 0.176
#> SRR191519 2 0.384 0.2953 0.000 0.836 0.072 0.032 0.060
#> SRR191520 3 0.713 0.4976 0.020 0.112 0.612 0.148 0.108
#> SRR191521 5 0.682 0.3374 0.000 0.236 0.200 0.028 0.536
#> SRR191522 2 0.801 0.1965 0.000 0.424 0.216 0.244 0.116
#> SRR191523 2 0.870 0.0855 0.068 0.340 0.244 0.048 0.300
#> SRR191524 3 0.740 0.3281 0.080 0.036 0.464 0.048 0.372
#> SRR191525 2 0.580 0.2928 0.028 0.692 0.176 0.012 0.092
#> SRR191526 2 0.404 0.2206 0.000 0.780 0.020 0.016 0.184
#> SRR191527 1 0.697 0.5407 0.628 0.028 0.132 0.068 0.144
#> SRR191528 1 0.807 0.4497 0.556 0.104 0.104 0.136 0.100
#> SRR191529 2 0.854 0.1247 0.052 0.384 0.340 0.092 0.132
#> SRR191530 2 0.565 0.1353 0.000 0.632 0.100 0.008 0.260
#> SRR191531 1 0.872 0.0789 0.396 0.032 0.120 0.224 0.228
#> SRR191532 3 0.569 0.3007 0.000 0.356 0.576 0.032 0.036
#> SRR191533 3 0.540 0.5526 0.044 0.056 0.764 0.064 0.072
#> SRR191534 5 0.613 0.3579 0.000 0.328 0.032 0.072 0.568
#> SRR191535 2 0.409 0.2374 0.000 0.796 0.076 0.004 0.124
#> SRR191536 3 0.817 0.2613 0.048 0.176 0.468 0.056 0.252
#> SRR191537 2 0.854 0.1417 0.016 0.416 0.208 0.176 0.184
#> SRR191538 2 0.440 -0.1732 0.000 0.560 0.000 0.004 0.436
#> SRR191539 2 0.616 0.2680 0.008 0.676 0.052 0.128 0.136
#> SRR191540 5 0.700 0.3417 0.004 0.300 0.188 0.020 0.488
#> SRR191541 2 0.874 -0.1049 0.036 0.356 0.144 0.140 0.324
#> SRR191542 5 0.826 0.0492 0.036 0.272 0.260 0.044 0.388
#> SRR191543 2 0.346 0.2373 0.000 0.820 0.016 0.008 0.156
#> SRR191544 5 0.637 0.3370 0.000 0.408 0.128 0.008 0.456
#> SRR191545 5 0.690 0.2575 0.008 0.204 0.292 0.008 0.488
#> SRR191546 3 0.616 0.2742 0.000 0.076 0.472 0.020 0.432
#> SRR191547 2 0.776 -0.1973 0.020 0.380 0.224 0.028 0.348
#> SRR191548 1 0.219 0.7952 0.904 0.000 0.012 0.084 0.000
#> SRR191549 1 0.140 0.8106 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> SRR191550 1 0.172 0.8021 0.936 0.000 0.008 0.052 0.004
#> SRR191551 1 0.157 0.8106 0.944 0.000 0.020 0.036 0.000
#> SRR191552 1 0.140 0.8106 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> SRR191553 1 0.416 0.7608 0.828 0.008 0.064 0.052 0.048
#> SRR191554 1 0.140 0.8106 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> SRR191555 4 0.548 0.3148 0.024 0.008 0.328 0.616 0.024
#> SRR191556 4 0.391 0.5648 0.056 0.004 0.052 0.840 0.048
#> SRR191557 3 0.608 -0.0776 0.048 0.016 0.468 0.456 0.012
#> SRR191558 2 0.691 0.2992 0.028 0.620 0.196 0.064 0.092
#> SRR191559 4 0.446 0.4832 0.000 0.012 0.216 0.740 0.032
#> SRR191560 4 0.497 0.4067 0.008 0.004 0.304 0.656 0.028
#> SRR191561 1 0.453 0.7482 0.808 0.016 0.084 0.048 0.044
#> SRR191562 4 0.732 0.4838 0.184 0.020 0.092 0.584 0.120
#> SRR191563 3 0.699 0.3634 0.000 0.172 0.552 0.220 0.056
#> SRR191564 4 0.677 0.3522 0.004 0.112 0.236 0.588 0.060
#> SRR191565 4 0.409 0.5618 0.076 0.016 0.052 0.832 0.024
#> SRR191566 4 0.183 0.5506 0.008 0.000 0.068 0.924 0.000
#> SRR191567 4 0.460 0.5215 0.164 0.000 0.060 0.760 0.016
#> SRR191568 4 0.682 0.5176 0.096 0.004 0.124 0.616 0.160
#> SRR191569 3 0.781 0.0543 0.048 0.064 0.448 0.356 0.084
#> SRR191570 4 0.746 0.5358 0.108 0.100 0.108 0.612 0.072
#> SRR191571 4 0.876 0.3522 0.120 0.044 0.204 0.420 0.212
#> SRR191572 1 0.128 0.8024 0.956 0.000 0.012 0.032 0.000
#> SRR191573 4 0.593 0.2745 0.040 0.000 0.404 0.520 0.036
#> SRR191574 4 0.774 0.2641 0.320 0.016 0.112 0.464 0.088
#> SRR191575 4 0.433 0.5039 0.156 0.004 0.016 0.784 0.040
#> SRR191576 4 0.925 0.0502 0.060 0.160 0.300 0.308 0.172
#> SRR191577 4 0.814 0.2137 0.032 0.076 0.272 0.460 0.160
#> SRR191578 2 0.603 0.2590 0.024 0.644 0.256 0.040 0.036
#> SRR191579 1 0.446 0.7417 0.780 0.004 0.044 0.152 0.020
#> SRR191580 1 0.131 0.8106 0.956 0.000 0.024 0.020 0.000
#> SRR191581 1 0.219 0.8115 0.920 0.000 0.028 0.044 0.008
#> SRR191582 1 0.429 0.7371 0.784 0.000 0.072 0.136 0.008
#> SRR191583 2 0.799 -0.0012 0.068 0.460 0.104 0.048 0.320
#> SRR191584 1 0.195 0.8023 0.932 0.004 0.016 0.044 0.004
#> SRR191585 3 0.432 0.5265 0.020 0.016 0.816 0.072 0.076
#> SRR191586 3 0.450 0.5395 0.020 0.024 0.804 0.104 0.048
#> SRR191587 3 0.454 0.5162 0.040 0.008 0.800 0.100 0.052
#> SRR191588 4 0.600 0.4773 0.196 0.000 0.196 0.604 0.004
#> SRR191589 3 0.724 0.3965 0.064 0.012 0.568 0.180 0.176
#> SRR191590 4 0.613 0.3183 0.324 0.004 0.080 0.572 0.020
#> SRR191591 3 0.815 0.2805 0.040 0.076 0.492 0.208 0.184
#> SRR191592 4 0.685 0.3630 0.044 0.020 0.324 0.540 0.072
#> SRR191593 3 0.502 0.4700 0.036 0.004 0.736 0.184 0.040
#> SRR191594 1 0.466 0.2405 0.556 0.000 0.008 0.432 0.004
#> SRR191595 4 0.278 0.5434 0.072 0.000 0.048 0.880 0.000
#> SRR191596 4 0.393 0.5098 0.144 0.004 0.036 0.808 0.008
#> SRR191597 3 0.570 0.3531 0.000 0.056 0.608 0.312 0.024
#> SRR191598 4 0.481 0.5353 0.048 0.000 0.200 0.732 0.020
#> SRR191599 4 0.291 0.5255 0.116 0.000 0.024 0.860 0.000
#> SRR191600 3 0.754 0.1748 0.008 0.072 0.464 0.328 0.128
#> SRR191601 3 0.498 0.5230 0.004 0.128 0.740 0.120 0.008
#> SRR191602 3 0.321 0.5414 0.012 0.052 0.880 0.036 0.020
#> SRR191603 3 0.241 0.5350 0.000 0.028 0.912 0.044 0.016
#> SRR191604 2 0.672 0.2141 0.000 0.460 0.384 0.132 0.024
#> SRR191605 3 0.518 0.3907 0.000 0.048 0.656 0.284 0.012
#> SRR191606 4 0.482 0.5277 0.136 0.008 0.040 0.772 0.044
#> SRR191607 3 0.509 0.3512 0.004 0.008 0.628 0.332 0.028
#> SRR191608 3 0.541 0.5012 0.016 0.044 0.740 0.140 0.060
#> SRR191609 3 0.622 0.5454 0.020 0.076 0.692 0.088 0.124
#> SRR191610 3 0.545 0.4130 0.024 0.012 0.664 0.268 0.032
#> SRR191611 3 0.553 0.4947 0.000 0.020 0.692 0.152 0.136
#> SRR191612 4 0.575 0.1629 0.000 0.008 0.396 0.528 0.068
#> SRR191613 3 0.653 0.3096 0.108 0.000 0.584 0.260 0.048
#> SRR191614 4 0.534 0.1025 0.012 0.004 0.412 0.548 0.024
#> SRR191615 4 0.470 0.4318 0.004 0.008 0.232 0.720 0.036
#> SRR191616 2 0.757 0.2121 0.064 0.572 0.176 0.044 0.144
#> SRR191617 2 0.798 0.1742 0.024 0.468 0.272 0.072 0.164
#> SRR191618 3 0.476 0.5431 0.036 0.004 0.776 0.060 0.124
#> SRR191619 2 0.646 0.2315 0.016 0.460 0.444 0.032 0.048
#> SRR191620 3 0.841 0.1658 0.020 0.220 0.428 0.112 0.220
#> SRR191621 2 0.480 0.3115 0.000 0.720 0.220 0.016 0.044
#> SRR191622 3 0.596 0.5115 0.036 0.028 0.708 0.112 0.116
#> SRR191623 4 0.491 0.0362 0.000 0.012 0.484 0.496 0.008
#> SRR191624 4 0.631 0.2000 0.084 0.000 0.416 0.476 0.024
#> SRR191625 2 0.763 0.1252 0.016 0.400 0.396 0.056 0.132
#> SRR191626 3 0.570 0.4748 0.000 0.128 0.656 0.012 0.204
#> SRR191627 2 0.758 0.1987 0.000 0.428 0.292 0.224 0.056
#> SRR191628 3 0.463 0.5367 0.004 0.024 0.784 0.084 0.104
#> SRR191629 3 0.439 0.5358 0.008 0.016 0.796 0.056 0.124
#> SRR191630 4 0.474 0.1523 0.380 0.000 0.016 0.600 0.004
#> SRR191631 3 0.724 0.2464 0.000 0.272 0.484 0.200 0.044
#> SRR191632 3 0.646 0.2104 0.032 0.016 0.552 0.340 0.060
#> SRR191633 3 0.662 0.4459 0.000 0.080 0.612 0.200 0.108
#> SRR191634 5 0.857 0.2052 0.104 0.344 0.136 0.044 0.372
#> SRR191635 3 0.451 0.4463 0.000 0.004 0.716 0.244 0.036
#> SRR191636 2 0.950 0.0175 0.232 0.276 0.196 0.064 0.232
#> SRR191637 2 0.361 0.1153 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.7910 0.15833 0.228 0.000 0.316 0.188 0.012 0.256
#> SRR191394 1 0.2078 0.79047 0.912 0.000 0.040 0.004 0.000 0.044
#> SRR191396 6 0.8851 0.19869 0.040 0.280 0.140 0.196 0.048 0.296
#> SRR191397 3 0.7785 0.22720 0.240 0.008 0.388 0.120 0.012 0.232
#> SRR191398 1 0.1946 0.78976 0.912 0.000 0.012 0.004 0.000 0.072
#> SRR191399 4 0.6452 0.00462 0.112 0.004 0.056 0.448 0.000 0.380
#> SRR191400 1 0.3667 0.72436 0.776 0.000 0.032 0.000 0.008 0.184
#> SRR191401 3 0.5521 0.19544 0.328 0.000 0.568 0.020 0.004 0.080
#> SRR191402 4 0.6542 0.22272 0.044 0.008 0.140 0.580 0.020 0.208
#> SRR191403 3 0.7267 0.33973 0.216 0.000 0.436 0.228 0.004 0.116
#> SRR191404 4 0.8214 0.25440 0.016 0.140 0.148 0.468 0.096 0.132
#> SRR191405 4 0.8965 0.05616 0.012 0.236 0.224 0.272 0.108 0.148
#> SRR191406 4 0.4696 0.38399 0.000 0.020 0.228 0.704 0.024 0.024
#> SRR191407 1 0.4850 0.56203 0.696 0.000 0.208 0.040 0.000 0.056
#> SRR191408 4 0.7384 0.05690 0.040 0.004 0.276 0.364 0.024 0.292
#> SRR191409 6 0.6360 0.20021 0.040 0.020 0.040 0.376 0.024 0.500
#> SRR191410 4 0.5155 0.05641 0.024 0.008 0.016 0.564 0.008 0.380
#> SRR191411 4 0.7369 0.27051 0.000 0.148 0.052 0.492 0.076 0.232
#> SRR191412 3 0.7449 0.16078 0.248 0.000 0.328 0.092 0.008 0.324
#> SRR191413 4 0.6022 0.04335 0.040 0.004 0.432 0.456 0.008 0.060
#> SRR191414 1 0.7376 0.14215 0.440 0.000 0.256 0.124 0.012 0.168
#> SRR191415 4 0.4596 0.17129 0.024 0.008 0.008 0.660 0.004 0.296
#> SRR191416 3 0.6816 0.09090 0.020 0.020 0.412 0.380 0.008 0.160
#> SRR191418 4 0.6700 0.11161 0.036 0.056 0.060 0.552 0.016 0.280
#> SRR191419 3 0.6945 0.36237 0.280 0.004 0.476 0.176 0.012 0.052
#> SRR191420 3 0.7315 0.06482 0.024 0.000 0.376 0.360 0.068 0.172
#> SRR191421 4 0.6884 -0.10362 0.104 0.000 0.376 0.392 0.000 0.128
#> SRR191422 5 0.6074 0.38719 0.000 0.400 0.024 0.036 0.484 0.056
#> SRR191423 2 0.6852 0.25702 0.000 0.500 0.012 0.088 0.124 0.276
#> SRR191424 2 0.6935 0.24152 0.000 0.488 0.020 0.124 0.076 0.292
#> SRR191425 4 0.6608 -0.00454 0.036 0.000 0.368 0.384 0.000 0.212
#> SRR191426 2 0.7019 0.16359 0.000 0.440 0.044 0.260 0.016 0.240
#> SRR191427 4 0.8177 0.06463 0.008 0.124 0.048 0.400 0.208 0.212
#> SRR191428 4 0.6041 0.25109 0.000 0.020 0.240 0.552 0.004 0.184
#> SRR191429 2 0.3739 0.33441 0.000 0.812 0.000 0.104 0.036 0.048
#> SRR191430 6 0.7187 0.37257 0.012 0.112 0.064 0.132 0.100 0.580
#> SRR191431 6 0.9296 0.30454 0.064 0.160 0.152 0.172 0.108 0.344
#> SRR191432 2 0.6307 0.18061 0.000 0.564 0.008 0.064 0.252 0.112
#> SRR191433 2 0.6326 0.11677 0.000 0.484 0.012 0.008 0.232 0.264
#> SRR191434 6 0.7575 0.27620 0.012 0.152 0.044 0.352 0.048 0.392
#> SRR191435 4 0.7147 0.16994 0.036 0.000 0.288 0.376 0.020 0.280
#> SRR191436 4 0.5950 0.27672 0.000 0.120 0.008 0.608 0.044 0.220
#> SRR191437 5 0.5839 0.33825 0.000 0.336 0.008 0.068 0.548 0.040
#> SRR191438 4 0.8720 -0.28213 0.036 0.140 0.084 0.320 0.100 0.320
#> SRR191439 4 0.6731 -0.07832 0.000 0.032 0.008 0.384 0.200 0.376
#> SRR191440 2 0.8156 0.10192 0.060 0.436 0.036 0.260 0.072 0.136
#> SRR191441 5 0.7307 -0.04379 0.000 0.316 0.004 0.080 0.320 0.280
#> SRR191442 4 0.6375 0.15160 0.016 0.016 0.088 0.520 0.024 0.336
#> SRR191443 3 0.7212 0.40946 0.156 0.004 0.476 0.256 0.012 0.096
#> SRR191444 3 0.8805 0.16045 0.120 0.044 0.380 0.208 0.068 0.180
#> SRR191445 4 0.7684 0.15523 0.016 0.108 0.020 0.456 0.244 0.156
#> SRR191446 4 0.7540 0.28776 0.024 0.076 0.100 0.468 0.296 0.036
#> SRR191447 5 0.6631 0.37428 0.000 0.248 0.052 0.068 0.564 0.068
#> SRR191448 3 0.4218 0.53261 0.096 0.000 0.768 0.116 0.000 0.020
#> SRR191449 3 0.5460 -0.01472 0.000 0.032 0.472 0.456 0.016 0.024
#> SRR191450 3 0.7048 0.42213 0.048 0.024 0.580 0.128 0.048 0.172
#> SRR191451 3 0.7351 0.26246 0.044 0.092 0.552 0.112 0.020 0.180
#> SRR191452 2 0.6847 0.14842 0.000 0.484 0.024 0.032 0.224 0.236
#> SRR191453 4 0.7260 0.06289 0.000 0.096 0.048 0.456 0.084 0.316
#> SRR191454 6 0.8028 0.17353 0.100 0.016 0.256 0.252 0.020 0.356
#> SRR191455 4 0.6031 0.29236 0.000 0.076 0.016 0.596 0.056 0.256
#> SRR191456 6 0.8191 0.18706 0.144 0.008 0.228 0.180 0.044 0.396
#> SRR191457 4 0.8307 0.12099 0.100 0.020 0.304 0.376 0.068 0.132
#> SRR191458 3 0.7256 0.20160 0.024 0.248 0.524 0.028 0.100 0.076
#> SRR191459 4 0.6219 -0.10898 0.028 0.040 0.016 0.472 0.028 0.416
#> SRR191460 6 0.6783 0.14739 0.012 0.024 0.056 0.412 0.068 0.428
#> SRR191461 4 0.5666 0.36403 0.000 0.172 0.028 0.664 0.028 0.108
#> SRR191462 4 0.7703 -0.30728 0.020 0.212 0.040 0.360 0.032 0.336
#> SRR191463 2 0.5479 0.33345 0.004 0.700 0.012 0.060 0.096 0.128
#> SRR191464 6 0.7633 -0.08345 0.000 0.320 0.016 0.204 0.112 0.348
#> SRR191465 2 0.4305 0.19419 0.000 0.684 0.000 0.000 0.260 0.056
#> SRR191466 4 0.5928 0.13846 0.000 0.020 0.036 0.512 0.052 0.380
#> SRR191467 5 0.7313 0.35117 0.000 0.312 0.028 0.108 0.440 0.112
#> SRR191468 2 0.5234 0.10552 0.000 0.532 0.008 0.000 0.384 0.076
#> SRR191469 4 0.7515 0.29532 0.028 0.068 0.108 0.560 0.092 0.144
#> SRR191470 4 0.6379 0.17123 0.000 0.280 0.012 0.520 0.028 0.160
#> SRR191471 2 0.4903 0.31021 0.000 0.676 0.004 0.244 0.044 0.032
#> SRR191472 5 0.5320 0.48007 0.000 0.204 0.000 0.028 0.652 0.116
#> SRR191473 2 0.6131 0.30377 0.000 0.608 0.016 0.220 0.068 0.088
#> SRR191474 3 0.5849 0.04595 0.000 0.108 0.480 0.392 0.004 0.016
#> SRR191475 5 0.3578 0.47252 0.000 0.164 0.000 0.000 0.784 0.052
#> SRR191476 2 0.7346 -0.03133 0.004 0.472 0.088 0.076 0.300 0.060
#> SRR191477 2 0.8415 0.21054 0.000 0.384 0.208 0.132 0.132 0.144
#> SRR191478 2 0.7815 0.08777 0.012 0.452 0.028 0.128 0.224 0.156
#> SRR191479 4 0.5419 0.40430 0.020 0.016 0.224 0.668 0.012 0.060
#> SRR191480 4 0.7034 0.14621 0.000 0.312 0.008 0.448 0.128 0.104
#> SRR191481 2 0.6916 0.05810 0.000 0.388 0.000 0.376 0.112 0.124
#> SRR191482 4 0.7084 -0.03399 0.000 0.352 0.012 0.364 0.048 0.224
#> SRR191483 4 0.6011 0.18867 0.000 0.332 0.000 0.516 0.116 0.036
#> SRR191484 3 0.6445 0.21179 0.000 0.020 0.500 0.304 0.020 0.156
#> SRR191485 4 0.6741 -0.12177 0.016 0.120 0.008 0.440 0.036 0.380
#> SRR191486 2 0.8227 0.19057 0.000 0.344 0.096 0.100 0.156 0.304
#> SRR191487 4 0.7493 -0.06717 0.036 0.244 0.028 0.392 0.012 0.288
#> SRR191488 3 0.9315 0.08809 0.204 0.144 0.272 0.096 0.048 0.236
#> SRR191489 3 0.8827 -0.02250 0.072 0.120 0.312 0.308 0.148 0.040
#> SRR191490 4 0.7945 -0.23661 0.000 0.288 0.020 0.296 0.252 0.144
#> SRR191491 4 0.7684 0.02674 0.016 0.020 0.096 0.456 0.224 0.188
#> SRR191492 6 0.7962 0.07752 0.048 0.012 0.272 0.228 0.060 0.380
#> SRR191493 2 0.7426 0.31298 0.000 0.500 0.068 0.200 0.068 0.164
#> SRR191494 6 0.7612 0.30888 0.000 0.148 0.028 0.180 0.188 0.456
#> SRR191495 4 0.6443 0.34813 0.012 0.004 0.276 0.480 0.008 0.220
#> SRR191496 5 0.4044 0.47654 0.000 0.148 0.012 0.020 0.784 0.036
#> SRR191497 4 0.7712 0.21349 0.000 0.136 0.312 0.404 0.056 0.092
#> SRR191498 4 0.7022 0.33959 0.020 0.164 0.244 0.516 0.020 0.036
#> SRR191499 4 0.4415 0.39880 0.000 0.028 0.020 0.776 0.120 0.056
#> SRR191500 4 0.7123 0.16802 0.000 0.096 0.028 0.480 0.288 0.108
#> SRR191501 5 0.7757 -0.05498 0.036 0.036 0.372 0.092 0.388 0.076
#> SRR191502 4 0.8479 -0.01404 0.004 0.068 0.124 0.292 0.276 0.236
#> SRR191503 5 0.7248 0.32015 0.000 0.284 0.012 0.084 0.428 0.192
#> SRR191504 5 0.5768 0.48257 0.000 0.268 0.000 0.032 0.580 0.120
#> SRR191505 4 0.7762 -0.00225 0.004 0.228 0.012 0.396 0.148 0.212
#> SRR191506 5 0.3758 0.44232 0.000 0.284 0.000 0.000 0.700 0.016
#> SRR191507 6 0.7421 0.18776 0.004 0.304 0.020 0.272 0.048 0.352
#> SRR191508 6 0.6487 0.22080 0.000 0.132 0.012 0.284 0.048 0.524
#> SRR191509 2 0.6591 0.33275 0.000 0.548 0.020 0.116 0.064 0.252
#> SRR191510 2 0.8306 0.11666 0.000 0.340 0.056 0.224 0.224 0.156
#> SRR191511 2 0.6580 0.35153 0.000 0.592 0.028 0.148 0.076 0.156
#> SRR191512 2 0.4267 0.18507 0.000 0.692 0.000 0.004 0.260 0.044
#> SRR191513 2 0.5894 0.29476 0.000 0.628 0.136 0.020 0.188 0.028
#> SRR191514 2 0.5334 0.06493 0.000 0.532 0.004 0.004 0.376 0.084
#> SRR191515 2 0.6506 0.30566 0.000 0.588 0.096 0.216 0.060 0.040
#> SRR191516 4 0.6432 0.14418 0.000 0.188 0.008 0.504 0.028 0.272
#> SRR191517 2 0.7180 0.23472 0.000 0.468 0.180 0.260 0.068 0.024
#> SRR191518 2 0.6944 0.27038 0.000 0.568 0.152 0.048 0.148 0.084
#> SRR191519 2 0.4333 0.35421 0.000 0.788 0.028 0.024 0.060 0.100
#> SRR191520 4 0.6903 0.37307 0.000 0.104 0.160 0.568 0.036 0.132
#> SRR191521 5 0.6385 0.41345 0.000 0.156 0.040 0.104 0.624 0.076
#> SRR191522 2 0.7999 0.24263 0.000 0.408 0.244 0.148 0.144 0.056
#> SRR191523 6 0.7573 0.25007 0.004 0.252 0.020 0.156 0.124 0.444
#> SRR191524 6 0.7653 0.17347 0.044 0.040 0.020 0.288 0.176 0.432
#> SRR191525 2 0.5661 0.33593 0.000 0.660 0.008 0.120 0.052 0.160
#> SRR191526 2 0.4287 0.27528 0.000 0.728 0.008 0.008 0.216 0.040
#> SRR191527 1 0.6071 0.46286 0.588 0.012 0.024 0.048 0.040 0.288
#> SRR191528 1 0.7925 0.39002 0.504 0.088 0.088 0.044 0.068 0.208
#> SRR191529 2 0.8177 -0.18524 0.032 0.304 0.024 0.300 0.072 0.268
#> SRR191530 2 0.6054 0.16849 0.000 0.608 0.000 0.084 0.172 0.136
#> SRR191531 1 0.8652 0.11515 0.344 0.008 0.168 0.084 0.228 0.168
#> SRR191532 4 0.6197 0.24601 0.000 0.336 0.036 0.532 0.036 0.060
#> SRR191533 4 0.5450 0.31417 0.056 0.028 0.008 0.672 0.020 0.216
#> SRR191534 5 0.6106 0.44852 0.000 0.240 0.072 0.016 0.600 0.072
#> SRR191535 2 0.4317 0.30046 0.000 0.772 0.000 0.076 0.108 0.044
#> SRR191536 6 0.7455 0.33594 0.036 0.104 0.016 0.244 0.096 0.504
#> SRR191537 2 0.8448 0.18840 0.024 0.376 0.196 0.152 0.216 0.036
#> SRR191538 5 0.4399 0.14460 0.000 0.460 0.000 0.000 0.516 0.024
#> SRR191539 2 0.5469 0.32842 0.004 0.684 0.124 0.004 0.136 0.048
#> SRR191540 5 0.7089 0.39705 0.000 0.268 0.004 0.124 0.460 0.144
#> SRR191541 5 0.8921 0.12454 0.044 0.264 0.116 0.068 0.324 0.184
#> SRR191542 6 0.7691 -0.02301 0.000 0.240 0.004 0.168 0.252 0.336
#> SRR191543 2 0.3963 0.30625 0.000 0.780 0.000 0.012 0.132 0.076
#> SRR191544 5 0.6701 0.41552 0.000 0.280 0.012 0.092 0.516 0.100
#> SRR191545 5 0.6971 0.35208 0.000 0.124 0.008 0.232 0.504 0.132
#> SRR191546 4 0.7024 0.06964 0.000 0.060 0.004 0.376 0.340 0.220
#> SRR191547 5 0.7671 0.27190 0.020 0.340 0.016 0.196 0.364 0.064
#> SRR191548 1 0.1951 0.78323 0.916 0.000 0.060 0.004 0.000 0.020
#> SRR191549 1 0.0000 0.79021 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.1124 0.78403 0.956 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008
#> SRR191551 1 0.0508 0.79154 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR191552 1 0.0000 0.79021 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.4489 0.71444 0.780 0.016 0.024 0.064 0.008 0.108
#> SRR191554 1 0.0146 0.79027 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR191555 3 0.5233 0.38954 0.020 0.004 0.644 0.248 0.000 0.084
#> SRR191556 3 0.2946 0.55122 0.044 0.000 0.880 0.024 0.020 0.032
#> SRR191557 3 0.5951 0.12406 0.036 0.000 0.444 0.436 0.004 0.080
#> SRR191558 2 0.7259 0.33561 0.016 0.568 0.056 0.164 0.096 0.100
#> SRR191559 3 0.3385 0.49774 0.000 0.004 0.792 0.184 0.004 0.016
#> SRR191560 3 0.4782 0.43008 0.004 0.004 0.684 0.248 0.020 0.040
#> SRR191561 1 0.4092 0.71168 0.800 0.008 0.008 0.064 0.016 0.104
#> SRR191562 3 0.7050 0.47223 0.144 0.008 0.588 0.076 0.080 0.104
#> SRR191563 4 0.7342 0.29669 0.000 0.160 0.232 0.488 0.044 0.076
#> SRR191564 3 0.6213 0.36496 0.000 0.072 0.612 0.220 0.040 0.056
#> SRR191565 3 0.2282 0.55025 0.024 0.004 0.916 0.028 0.008 0.020
#> SRR191566 3 0.1333 0.54198 0.000 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR191567 3 0.5094 0.53369 0.140 0.004 0.732 0.040 0.024 0.060
#> SRR191568 3 0.6521 0.44453 0.076 0.008 0.576 0.060 0.028 0.252
#> SRR191569 4 0.7699 0.03156 0.028 0.028 0.316 0.392 0.040 0.196
#> SRR191570 3 0.7131 0.47519 0.072 0.072 0.616 0.092 0.056 0.092
#> SRR191571 3 0.7862 0.12407 0.080 0.024 0.364 0.136 0.032 0.364
#> SRR191572 1 0.0891 0.78821 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.6661 0.27432 0.028 0.004 0.468 0.352 0.024 0.124
#> SRR191574 3 0.7953 0.25461 0.284 0.008 0.400 0.088 0.048 0.172
#> SRR191575 3 0.3597 0.54266 0.112 0.004 0.820 0.008 0.004 0.052
#> SRR191576 6 0.8932 0.21500 0.036 0.088 0.240 0.212 0.100 0.324
#> SRR191577 3 0.7481 0.20992 0.012 0.048 0.448 0.176 0.036 0.280
#> SRR191578 2 0.6539 0.27095 0.024 0.588 0.028 0.224 0.024 0.112
#> SRR191579 1 0.4030 0.71368 0.780 0.000 0.132 0.020 0.000 0.068
#> SRR191580 1 0.0291 0.79136 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.2069 0.79034 0.908 0.000 0.020 0.004 0.000 0.068
#> SRR191582 1 0.4028 0.73208 0.796 0.000 0.096 0.052 0.000 0.056
#> SRR191583 2 0.8430 0.01401 0.028 0.376 0.052 0.108 0.276 0.160
#> SRR191584 1 0.2037 0.78785 0.924 0.008 0.028 0.012 0.000 0.028
#> SRR191585 4 0.4333 0.37555 0.000 0.008 0.044 0.744 0.016 0.188
#> SRR191586 4 0.3896 0.38060 0.016 0.000 0.080 0.792 0.000 0.112
#> SRR191587 4 0.5313 0.30436 0.036 0.000 0.080 0.696 0.020 0.168
#> SRR191588 3 0.6575 0.42950 0.156 0.000 0.560 0.192 0.008 0.084
#> SRR191589 6 0.6579 0.11298 0.060 0.004 0.084 0.392 0.012 0.448
#> SRR191590 3 0.5665 0.32394 0.308 0.008 0.584 0.052 0.000 0.048
#> SRR191591 4 0.8269 -0.23354 0.048 0.056 0.148 0.384 0.056 0.308
#> SRR191592 3 0.6142 0.38720 0.032 0.012 0.592 0.276 0.032 0.056
#> SRR191593 4 0.4796 0.32087 0.028 0.000 0.156 0.716 0.000 0.100
#> SRR191594 1 0.4853 0.07819 0.512 0.000 0.444 0.028 0.000 0.016
#> SRR191595 3 0.2483 0.54896 0.060 0.004 0.896 0.024 0.000 0.016
#> SRR191596 3 0.2449 0.55140 0.080 0.000 0.888 0.020 0.000 0.012
#> SRR191597 4 0.5938 0.24532 0.000 0.060 0.324 0.556 0.044 0.016
#> SRR191598 3 0.4269 0.52661 0.040 0.004 0.752 0.184 0.004 0.016
#> SRR191599 3 0.2367 0.55282 0.064 0.004 0.900 0.020 0.000 0.012
#> SRR191600 4 0.7659 0.15178 0.008 0.052 0.328 0.420 0.096 0.096
#> SRR191601 4 0.4561 0.40684 0.004 0.100 0.124 0.752 0.008 0.012
#> SRR191602 4 0.2650 0.38222 0.020 0.044 0.008 0.896 0.004 0.028
#> SRR191603 4 0.2314 0.39327 0.008 0.012 0.048 0.908 0.000 0.024
#> SRR191604 2 0.7001 0.21168 0.000 0.436 0.152 0.340 0.036 0.036
#> SRR191605 4 0.4682 0.32080 0.000 0.024 0.312 0.640 0.004 0.020
#> SRR191606 3 0.4358 0.54717 0.108 0.008 0.792 0.032 0.020 0.040
#> SRR191607 4 0.4923 0.28066 0.000 0.000 0.340 0.596 0.012 0.052
#> SRR191608 4 0.4843 0.41688 0.000 0.036 0.144 0.732 0.008 0.080
#> SRR191609 4 0.6096 0.35057 0.000 0.064 0.076 0.596 0.016 0.248
#> SRR191610 4 0.5181 0.34847 0.016 0.000 0.272 0.632 0.004 0.076
#> SRR191611 4 0.5847 0.38371 0.000 0.016 0.136 0.664 0.100 0.084
#> SRR191612 3 0.5530 0.23746 0.000 0.004 0.564 0.340 0.032 0.060
#> SRR191613 4 0.7602 0.20577 0.096 0.000 0.200 0.444 0.036 0.224
#> SRR191614 3 0.5309 0.22431 0.012 0.004 0.584 0.344 0.016 0.040
#> SRR191615 3 0.4473 0.44311 0.004 0.004 0.732 0.200 0.020 0.040
#> SRR191616 2 0.7500 0.20213 0.044 0.492 0.016 0.112 0.076 0.260
#> SRR191617 2 0.8104 -0.13264 0.012 0.340 0.036 0.216 0.092 0.304
#> SRR191618 4 0.5097 0.35176 0.024 0.004 0.032 0.732 0.132 0.076
#> SRR191619 4 0.5829 -0.19011 0.000 0.416 0.008 0.468 0.016 0.092
#> SRR191620 6 0.7583 0.37210 0.004 0.128 0.052 0.304 0.076 0.436
#> SRR191621 2 0.5082 0.34210 0.000 0.688 0.016 0.212 0.024 0.060
#> SRR191622 4 0.6424 0.08760 0.024 0.012 0.064 0.556 0.048 0.296
#> SRR191623 4 0.4413 -0.07757 0.000 0.000 0.484 0.496 0.012 0.008
#> SRR191624 3 0.7010 0.20433 0.096 0.000 0.416 0.364 0.012 0.112
#> SRR191625 4 0.7751 -0.27507 0.012 0.336 0.036 0.340 0.048 0.228
#> SRR191626 4 0.5607 0.32843 0.000 0.124 0.000 0.644 0.180 0.052
#> SRR191627 2 0.7629 0.23466 0.000 0.432 0.228 0.200 0.112 0.028
#> SRR191628 4 0.4781 0.39348 0.004 0.020 0.032 0.756 0.064 0.124
#> SRR191629 4 0.4983 0.29408 0.012 0.020 0.032 0.740 0.048 0.148
#> SRR191630 3 0.4919 0.27381 0.348 0.000 0.592 0.044 0.000 0.016
#> SRR191631 4 0.7279 0.22020 0.000 0.256 0.224 0.436 0.060 0.024
#> SRR191632 4 0.6208 0.16350 0.012 0.012 0.332 0.524 0.016 0.104
#> SRR191633 4 0.6813 0.37546 0.000 0.060 0.220 0.560 0.108 0.052
#> SRR191634 5 0.8549 0.25001 0.124 0.292 0.012 0.072 0.324 0.176
#> SRR191635 4 0.4305 0.38949 0.000 0.000 0.236 0.704 0.004 0.056
#> SRR191636 6 0.9355 0.10360 0.200 0.228 0.032 0.124 0.176 0.240
#> SRR191637 2 0.4291 0.11545 0.000 0.664 0.000 0.000 0.292 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0238 0.323 0.657 0.390 0.610 0.610
#> 3 3 0.1544 0.713 0.790 0.441 0.592 0.436
#> 4 4 0.2094 0.473 0.704 0.117 0.938 0.864
#> 5 5 0.2526 0.272 0.610 0.114 0.944 0.872
#> 6 6 0.2992 0.304 0.569 0.055 0.888 0.730
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.973 0.316428 0.596 0.404
#> SRR191394 1 0.738 0.552330 0.792 0.208
#> SRR191396 2 0.909 0.405842 0.324 0.676
#> SRR191397 1 0.952 0.413898 0.628 0.372
#> SRR191398 1 0.738 0.555394 0.792 0.208
#> SRR191399 2 0.946 0.316113 0.364 0.636
#> SRR191400 1 0.745 0.556520 0.788 0.212
#> SRR191401 1 0.955 0.380503 0.624 0.376
#> SRR191402 2 0.738 0.484767 0.208 0.792
#> SRR191403 1 1.000 0.035666 0.500 0.500
#> SRR191404 2 0.844 0.460533 0.272 0.728
#> SRR191405 2 0.595 0.503276 0.144 0.856
#> SRR191406 2 0.653 0.368684 0.168 0.832
#> SRR191407 1 0.775 0.548038 0.772 0.228
#> SRR191408 2 0.929 0.360855 0.344 0.656
#> SRR191409 2 0.900 0.417735 0.316 0.684
#> SRR191410 2 0.563 0.501545 0.132 0.868
#> SRR191411 2 0.518 0.456745 0.116 0.884
#> SRR191412 1 0.969 0.326111 0.604 0.396
#> SRR191413 2 0.936 0.332340 0.352 0.648
#> SRR191414 1 0.833 0.545060 0.736 0.264
#> SRR191415 2 0.469 0.472420 0.100 0.900
#> SRR191416 2 0.671 0.471531 0.176 0.824
#> SRR191418 2 0.795 0.434539 0.240 0.760
#> SRR191419 1 0.775 0.556165 0.772 0.228
#> SRR191420 2 0.990 0.129814 0.440 0.560
#> SRR191421 1 0.999 0.129996 0.516 0.484
#> SRR191422 2 0.988 0.197279 0.436 0.564
#> SRR191423 2 0.917 0.408860 0.332 0.668
#> SRR191424 2 0.985 0.167464 0.428 0.572
#> SRR191425 2 0.996 0.154548 0.464 0.536
#> SRR191426 2 0.714 0.503117 0.196 0.804
#> SRR191427 2 0.999 0.037786 0.484 0.516
#> SRR191428 2 0.981 0.220205 0.420 0.580
#> SRR191429 2 0.958 0.303716 0.380 0.620
#> SRR191430 2 0.900 0.378013 0.316 0.684
#> SRR191431 2 0.997 0.057354 0.468 0.532
#> SRR191432 2 0.961 0.310461 0.384 0.616
#> SRR191433 2 0.999 0.070860 0.480 0.520
#> SRR191434 2 0.913 0.362029 0.328 0.672
#> SRR191435 2 0.975 0.224578 0.408 0.592
#> SRR191436 2 0.775 0.465551 0.228 0.772
#> SRR191437 1 0.985 0.080441 0.572 0.428
#> SRR191438 2 0.788 0.482359 0.236 0.764
#> SRR191439 1 1.000 -0.075668 0.500 0.500
#> SRR191440 1 0.988 0.150239 0.564 0.436
#> SRR191441 1 1.000 -0.008545 0.508 0.492
#> SRR191442 2 0.909 0.383070 0.324 0.676
#> SRR191443 1 1.000 0.062977 0.512 0.488
#> SRR191444 2 0.767 0.481921 0.224 0.776
#> SRR191445 2 0.921 0.405447 0.336 0.664
#> SRR191446 2 0.961 0.300000 0.384 0.616
#> SRR191447 2 1.000 0.072097 0.492 0.508
#> SRR191448 1 0.946 0.454662 0.636 0.364
#> SRR191449 2 0.886 0.357079 0.304 0.696
#> SRR191450 2 0.886 0.429274 0.304 0.696
#> SRR191451 2 0.925 0.375291 0.340 0.660
#> SRR191452 2 0.998 0.034928 0.472 0.528
#> SRR191453 2 0.958 0.311237 0.380 0.620
#> SRR191454 2 0.971 0.198898 0.400 0.600
#> SRR191455 2 0.909 0.399633 0.324 0.676
#> SRR191456 1 0.990 0.239855 0.560 0.440
#> SRR191457 1 0.936 0.394397 0.648 0.352
#> SRR191458 2 0.925 0.376605 0.340 0.660
#> SRR191459 2 0.653 0.493264 0.168 0.832
#> SRR191460 2 0.680 0.504519 0.180 0.820
#> SRR191461 2 0.689 0.501279 0.184 0.816
#> SRR191462 2 0.952 0.340949 0.372 0.628
#> SRR191463 2 0.999 0.068535 0.484 0.516
#> SRR191464 2 0.802 0.480801 0.244 0.756
#> SRR191465 1 0.997 0.066103 0.532 0.468
#> SRR191466 2 0.939 0.312632 0.356 0.644
#> SRR191467 2 0.975 0.214119 0.408 0.592
#> SRR191468 1 0.997 0.073988 0.532 0.468
#> SRR191469 2 0.900 0.413897 0.316 0.684
#> SRR191470 2 0.955 0.362490 0.376 0.624
#> SRR191471 2 0.980 0.165797 0.416 0.584
#> SRR191472 1 0.987 0.073787 0.568 0.432
#> SRR191473 2 0.833 0.464228 0.264 0.736
#> SRR191474 2 0.833 0.466197 0.264 0.736
#> SRR191475 1 0.987 0.081053 0.568 0.432
#> SRR191476 2 0.987 0.221101 0.432 0.568
#> SRR191477 2 0.839 0.447182 0.268 0.732
#> SRR191478 2 0.994 0.069067 0.456 0.544
#> SRR191479 2 0.969 0.166944 0.396 0.604
#> SRR191480 2 0.904 0.421134 0.320 0.680
#> SRR191481 2 0.814 0.476995 0.252 0.748
#> SRR191482 2 0.730 0.492447 0.204 0.796
#> SRR191483 2 0.881 0.434825 0.300 0.700
#> SRR191484 2 1.000 -0.036051 0.500 0.500
#> SRR191485 2 0.993 0.169071 0.452 0.548
#> SRR191486 2 0.671 0.506389 0.176 0.824
#> SRR191487 2 0.973 0.267650 0.404 0.596
#> SRR191488 1 0.886 0.508215 0.696 0.304
#> SRR191489 1 1.000 -0.002317 0.504 0.496
#> SRR191490 2 1.000 0.058262 0.492 0.508
#> SRR191491 2 0.991 0.158940 0.444 0.556
#> SRR191492 2 0.921 0.408191 0.336 0.664
#> SRR191493 2 0.917 0.382994 0.332 0.668
#> SRR191494 1 1.000 -0.000554 0.508 0.492
#> SRR191495 2 0.958 0.328658 0.380 0.620
#> SRR191496 1 0.992 0.069758 0.552 0.448
#> SRR191497 2 0.653 0.449452 0.168 0.832
#> SRR191498 2 0.995 0.023204 0.460 0.540
#> SRR191499 2 0.745 0.494022 0.212 0.788
#> SRR191500 2 0.644 0.464207 0.164 0.836
#> SRR191501 2 0.983 0.168594 0.424 0.576
#> SRR191502 2 0.975 0.253846 0.408 0.592
#> SRR191503 1 0.997 0.025845 0.532 0.468
#> SRR191504 2 0.995 0.138908 0.460 0.540
#> SRR191505 1 0.999 -0.013099 0.516 0.484
#> SRR191506 1 0.994 0.067512 0.544 0.456
#> SRR191507 2 0.973 0.206533 0.404 0.596
#> SRR191508 2 0.983 0.249055 0.424 0.576
#> SRR191509 2 0.886 0.428018 0.304 0.696
#> SRR191510 2 0.821 0.456665 0.256 0.744
#> SRR191511 2 0.980 0.184244 0.416 0.584
#> SRR191512 1 0.998 0.063875 0.528 0.472
#> SRR191513 2 0.993 0.047095 0.452 0.548
#> SRR191514 2 0.998 0.029991 0.476 0.524
#> SRR191515 2 0.881 0.420505 0.300 0.700
#> SRR191516 2 0.973 0.298219 0.404 0.596
#> SRR191517 2 0.917 0.425813 0.332 0.668
#> SRR191518 2 0.876 0.418557 0.296 0.704
#> SRR191519 2 0.881 0.411504 0.300 0.700
#> SRR191520 2 0.983 0.286001 0.424 0.576
#> SRR191521 2 0.988 0.208866 0.436 0.564
#> SRR191522 2 0.738 0.499366 0.208 0.792
#> SRR191523 2 0.993 0.129908 0.452 0.548
#> SRR191524 1 1.000 0.036636 0.508 0.492
#> SRR191525 2 0.981 0.190355 0.420 0.580
#> SRR191526 1 0.999 0.055835 0.520 0.480
#> SRR191527 1 0.653 0.523609 0.832 0.168
#> SRR191528 1 0.722 0.550765 0.800 0.200
#> SRR191529 2 0.997 0.074328 0.468 0.532
#> SRR191530 1 1.000 0.022213 0.512 0.488
#> SRR191531 1 0.876 0.456968 0.704 0.296
#> SRR191532 2 0.909 0.374431 0.324 0.676
#> SRR191533 2 0.939 0.397151 0.356 0.644
#> SRR191534 2 0.998 0.078651 0.472 0.528
#> SRR191535 2 0.904 0.407864 0.320 0.680
#> SRR191536 2 1.000 0.007118 0.496 0.504
#> SRR191537 2 0.987 0.145435 0.432 0.568
#> SRR191538 2 0.999 0.049748 0.484 0.516
#> SRR191539 2 0.996 0.006910 0.464 0.536
#> SRR191540 2 0.997 0.165567 0.468 0.532
#> SRR191541 2 1.000 0.026686 0.492 0.508
#> SRR191542 2 0.997 0.057795 0.468 0.532
#> SRR191543 2 0.939 0.366728 0.356 0.644
#> SRR191544 2 0.981 0.238654 0.420 0.580
#> SRR191545 2 0.997 0.122208 0.468 0.532
#> SRR191546 2 0.991 0.173407 0.444 0.556
#> SRR191547 2 0.876 0.412827 0.296 0.704
#> SRR191548 1 0.775 0.558778 0.772 0.228
#> SRR191549 1 0.760 0.559493 0.780 0.220
#> SRR191550 1 0.760 0.557889 0.780 0.220
#> SRR191551 1 0.760 0.557551 0.780 0.220
#> SRR191552 1 0.760 0.559493 0.780 0.220
#> SRR191553 1 0.802 0.555070 0.756 0.244
#> SRR191554 1 0.760 0.559493 0.780 0.220
#> SRR191555 2 0.909 0.414680 0.324 0.676
#> SRR191556 2 0.788 0.306674 0.236 0.764
#> SRR191557 2 0.814 0.456123 0.252 0.748
#> SRR191558 2 0.980 0.191361 0.416 0.584
#> SRR191559 2 0.697 0.351530 0.188 0.812
#> SRR191560 2 0.722 0.353421 0.200 0.800
#> SRR191561 1 0.662 0.531659 0.828 0.172
#> SRR191562 1 0.966 0.407211 0.608 0.392
#> SRR191563 2 0.327 0.480243 0.060 0.940
#> SRR191564 2 0.625 0.400669 0.156 0.844
#> SRR191565 2 0.745 0.325306 0.212 0.788
#> SRR191566 2 0.706 0.374952 0.192 0.808
#> SRR191567 1 0.992 0.262144 0.552 0.448
#> SRR191568 2 0.993 0.049958 0.452 0.548
#> SRR191569 2 0.671 0.429980 0.176 0.824
#> SRR191570 2 0.802 0.311246 0.244 0.756
#> SRR191571 2 0.795 0.326816 0.240 0.760
#> SRR191572 1 0.767 0.559092 0.776 0.224
#> SRR191573 2 0.833 0.335273 0.264 0.736
#> SRR191574 1 0.921 0.473285 0.664 0.336
#> SRR191575 1 0.978 0.340338 0.588 0.412
#> SRR191576 2 0.827 0.472779 0.260 0.740
#> SRR191577 2 1.000 -0.089774 0.492 0.508
#> SRR191578 2 0.644 0.500755 0.164 0.836
#> SRR191579 1 0.781 0.559348 0.768 0.232
#> SRR191580 1 0.730 0.548588 0.796 0.204
#> SRR191581 1 0.738 0.552224 0.792 0.208
#> SRR191582 1 0.788 0.561651 0.764 0.236
#> SRR191583 2 0.998 0.008383 0.476 0.524
#> SRR191584 1 0.760 0.557551 0.780 0.220
#> SRR191585 2 0.866 0.443385 0.288 0.712
#> SRR191586 2 0.866 0.419485 0.288 0.712
#> SRR191587 2 0.615 0.436606 0.152 0.848
#> SRR191588 2 0.850 0.321669 0.276 0.724
#> SRR191589 2 0.714 0.391509 0.196 0.804
#> SRR191590 1 0.881 0.526005 0.700 0.300
#> SRR191591 2 0.358 0.459084 0.068 0.932
#> SRR191592 2 0.722 0.331805 0.200 0.800
#> SRR191593 2 0.671 0.394315 0.176 0.824
#> SRR191594 1 0.844 0.547606 0.728 0.272
#> SRR191595 2 0.839 0.325704 0.268 0.732
#> SRR191596 2 0.904 0.248099 0.320 0.680
#> SRR191597 2 0.595 0.415240 0.144 0.856
#> SRR191598 2 0.745 0.332768 0.212 0.788
#> SRR191599 2 0.921 0.264330 0.336 0.664
#> SRR191600 2 0.327 0.469045 0.060 0.940
#> SRR191601 2 0.242 0.473208 0.040 0.960
#> SRR191602 2 0.295 0.472567 0.052 0.948
#> SRR191603 2 0.278 0.463743 0.048 0.952
#> SRR191604 2 0.529 0.506222 0.120 0.880
#> SRR191605 2 0.574 0.421329 0.136 0.864
#> SRR191606 2 0.844 0.311466 0.272 0.728
#> SRR191607 2 0.993 0.145345 0.452 0.548
#> SRR191608 2 0.904 0.415153 0.320 0.680
#> SRR191609 2 0.850 0.424285 0.276 0.724
#> SRR191610 2 0.999 0.066271 0.484 0.516
#> SRR191611 2 0.921 0.426390 0.336 0.664
#> SRR191612 2 0.680 0.372479 0.180 0.820
#> SRR191613 2 0.987 0.139132 0.432 0.568
#> SRR191614 2 0.689 0.377494 0.184 0.816
#> SRR191615 2 0.625 0.402452 0.156 0.844
#> SRR191616 1 0.993 0.178604 0.548 0.452
#> SRR191617 2 0.952 0.282606 0.372 0.628
#> SRR191618 2 0.939 0.330280 0.356 0.644
#> SRR191619 2 0.278 0.479946 0.048 0.952
#> SRR191620 2 0.850 0.419473 0.276 0.724
#> SRR191621 2 0.714 0.493970 0.196 0.804
#> SRR191622 2 0.416 0.496756 0.084 0.916
#> SRR191623 2 0.662 0.374432 0.172 0.828
#> SRR191624 1 0.998 0.117688 0.528 0.472
#> SRR191625 2 0.402 0.506281 0.080 0.920
#> SRR191626 2 0.909 0.405668 0.324 0.676
#> SRR191627 2 0.402 0.487788 0.080 0.920
#> SRR191628 2 0.730 0.459900 0.204 0.796
#> SRR191629 2 0.469 0.439281 0.100 0.900
#> SRR191630 1 0.871 0.535026 0.708 0.292
#> SRR191631 2 0.662 0.495700 0.172 0.828
#> SRR191632 2 0.795 0.338222 0.240 0.760
#> SRR191633 2 0.494 0.485204 0.108 0.892
#> SRR191634 1 0.983 0.193729 0.576 0.424
#> SRR191635 2 0.653 0.399436 0.168 0.832
#> SRR191636 1 0.925 0.395667 0.660 0.340
#> SRR191637 1 0.998 0.059703 0.524 0.476
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.7056 0.4793 0.300 0.044 0.656
#> SRR191394 1 0.5174 0.8525 0.832 0.076 0.092
#> SRR191396 3 0.6723 0.6299 0.048 0.248 0.704
#> SRR191397 3 0.5891 0.7453 0.168 0.052 0.780
#> SRR191398 1 0.4786 0.8586 0.844 0.044 0.112
#> SRR191399 3 0.4015 0.8079 0.096 0.028 0.876
#> SRR191400 1 0.4960 0.8613 0.832 0.040 0.128
#> SRR191401 3 0.7012 0.4235 0.308 0.040 0.652
#> SRR191402 3 0.2550 0.8226 0.040 0.024 0.936
#> SRR191403 3 0.5581 0.7658 0.168 0.040 0.792
#> SRR191404 3 0.4865 0.7953 0.032 0.136 0.832
#> SRR191405 3 0.2584 0.8262 0.008 0.064 0.928
#> SRR191406 3 0.0892 0.8164 0.000 0.020 0.980
#> SRR191407 1 0.6001 0.8517 0.784 0.072 0.144
#> SRR191408 3 0.3637 0.8184 0.084 0.024 0.892
#> SRR191409 3 0.4097 0.8168 0.060 0.060 0.880
#> SRR191410 3 0.3148 0.8160 0.048 0.036 0.916
#> SRR191411 3 0.4602 0.8046 0.040 0.108 0.852
#> SRR191412 3 0.6796 0.3894 0.344 0.024 0.632
#> SRR191413 3 0.2903 0.8183 0.048 0.028 0.924
#> SRR191414 1 0.7505 0.5032 0.572 0.044 0.384
#> SRR191415 3 0.4092 0.8164 0.036 0.088 0.876
#> SRR191416 3 0.3213 0.8241 0.060 0.028 0.912
#> SRR191418 3 0.2496 0.8233 0.004 0.068 0.928
#> SRR191419 1 0.7391 0.6979 0.636 0.056 0.308
#> SRR191420 3 0.5883 0.7965 0.112 0.092 0.796
#> SRR191421 3 0.5229 0.7991 0.104 0.068 0.828
#> SRR191422 2 0.4551 0.7978 0.024 0.844 0.132
#> SRR191423 2 0.5939 0.7560 0.028 0.748 0.224
#> SRR191424 2 0.6829 0.7723 0.096 0.736 0.168
#> SRR191425 3 0.6374 0.7866 0.132 0.100 0.768
#> SRR191426 3 0.5851 0.7688 0.068 0.140 0.792
#> SRR191427 2 0.7864 0.5196 0.072 0.596 0.332
#> SRR191428 3 0.5911 0.7945 0.156 0.060 0.784
#> SRR191429 2 0.4741 0.7950 0.020 0.828 0.152
#> SRR191430 3 0.8434 -0.1024 0.088 0.416 0.496
#> SRR191431 2 0.7739 0.7137 0.088 0.644 0.268
#> SRR191432 2 0.5506 0.7824 0.092 0.816 0.092
#> SRR191433 2 0.4371 0.7967 0.032 0.860 0.108
#> SRR191434 2 0.8195 0.3409 0.072 0.492 0.436
#> SRR191435 3 0.4836 0.8159 0.080 0.072 0.848
#> SRR191436 3 0.5435 0.7850 0.048 0.144 0.808
#> SRR191437 2 0.2492 0.7364 0.048 0.936 0.016
#> SRR191438 3 0.7673 0.5180 0.088 0.260 0.652
#> SRR191439 2 0.8085 0.7056 0.148 0.648 0.204
#> SRR191440 2 0.5656 0.7826 0.068 0.804 0.128
#> SRR191441 2 0.4475 0.7747 0.064 0.864 0.072
#> SRR191442 3 0.7536 0.5737 0.068 0.292 0.640
#> SRR191443 3 0.6400 0.7183 0.208 0.052 0.740
#> SRR191444 3 0.4838 0.8132 0.076 0.076 0.848
#> SRR191445 2 0.7285 0.6182 0.048 0.632 0.320
#> SRR191446 2 0.7446 0.2858 0.036 0.532 0.432
#> SRR191447 2 0.6388 0.7809 0.064 0.752 0.184
#> SRR191448 3 0.7284 0.3426 0.336 0.044 0.620
#> SRR191449 3 0.2229 0.8194 0.044 0.012 0.944
#> SRR191450 3 0.3678 0.8155 0.080 0.028 0.892
#> SRR191451 3 0.4744 0.8008 0.028 0.136 0.836
#> SRR191452 2 0.5506 0.7645 0.092 0.816 0.092
#> SRR191453 2 0.7401 0.5828 0.048 0.612 0.340
#> SRR191454 3 0.5582 0.7939 0.100 0.088 0.812
#> SRR191455 3 0.7230 0.5071 0.040 0.344 0.616
#> SRR191456 3 0.8379 0.3830 0.352 0.096 0.552
#> SRR191457 3 0.8141 0.5073 0.260 0.116 0.624
#> SRR191458 3 0.3713 0.8208 0.032 0.076 0.892
#> SRR191459 3 0.7378 0.4453 0.052 0.320 0.628
#> SRR191460 3 0.5207 0.7983 0.052 0.124 0.824
#> SRR191461 3 0.6079 0.7805 0.088 0.128 0.784
#> SRR191462 2 0.8000 0.6463 0.096 0.620 0.284
#> SRR191463 2 0.4540 0.8001 0.028 0.848 0.124
#> SRR191464 3 0.8440 -0.1130 0.088 0.420 0.492
#> SRR191465 2 0.2599 0.7627 0.016 0.932 0.052
#> SRR191466 3 0.8645 0.4738 0.132 0.300 0.568
#> SRR191467 2 0.4270 0.8011 0.024 0.860 0.116
#> SRR191468 2 0.3141 0.7734 0.020 0.912 0.068
#> SRR191469 3 0.7513 0.5312 0.052 0.344 0.604
#> SRR191470 3 0.8620 0.2831 0.112 0.352 0.536
#> SRR191471 2 0.6445 0.6286 0.020 0.672 0.308
#> SRR191472 2 0.2031 0.7377 0.032 0.952 0.016
#> SRR191473 2 0.6446 0.7721 0.052 0.736 0.212
#> SRR191474 3 0.3875 0.8232 0.044 0.068 0.888
#> SRR191475 2 0.2031 0.7338 0.032 0.952 0.016
#> SRR191476 2 0.6728 0.7822 0.080 0.736 0.184
#> SRR191477 2 0.6969 0.5851 0.024 0.596 0.380
#> SRR191478 2 0.3610 0.7927 0.016 0.888 0.096
#> SRR191479 3 0.2879 0.8256 0.024 0.052 0.924
#> SRR191480 3 0.7438 0.3407 0.036 0.428 0.536
#> SRR191481 2 0.6535 0.7694 0.052 0.728 0.220
#> SRR191482 2 0.5618 0.7638 0.008 0.732 0.260
#> SRR191483 2 0.6161 0.6395 0.016 0.696 0.288
#> SRR191484 3 0.6054 0.7784 0.180 0.052 0.768
#> SRR191485 2 0.6586 0.7658 0.056 0.728 0.216
#> SRR191486 3 0.7537 0.3454 0.056 0.332 0.612
#> SRR191487 3 0.8872 0.2735 0.132 0.348 0.520
#> SRR191488 3 0.7448 0.3903 0.332 0.052 0.616
#> SRR191489 3 0.6171 0.7642 0.080 0.144 0.776
#> SRR191490 2 0.5791 0.7549 0.148 0.792 0.060
#> SRR191491 3 0.7980 0.6860 0.168 0.172 0.660
#> SRR191492 3 0.4982 0.8080 0.096 0.064 0.840
#> SRR191493 2 0.7620 0.6337 0.056 0.596 0.348
#> SRR191494 2 0.5505 0.7887 0.088 0.816 0.096
#> SRR191495 3 0.3973 0.8204 0.088 0.032 0.880
#> SRR191496 2 0.2187 0.7495 0.024 0.948 0.028
#> SRR191497 3 0.2584 0.8244 0.008 0.064 0.928
#> SRR191498 3 0.6062 0.7459 0.064 0.160 0.776
#> SRR191499 3 0.5524 0.7788 0.040 0.164 0.796
#> SRR191500 3 0.5236 0.7796 0.028 0.168 0.804
#> SRR191501 2 0.6597 0.7123 0.024 0.664 0.312
#> SRR191502 2 0.6927 0.7190 0.040 0.664 0.296
#> SRR191503 2 0.3375 0.7573 0.048 0.908 0.044
#> SRR191504 2 0.4742 0.7848 0.048 0.848 0.104
#> SRR191505 2 0.4505 0.7889 0.048 0.860 0.092
#> SRR191506 2 0.2297 0.7556 0.020 0.944 0.036
#> SRR191507 3 0.7889 0.5448 0.088 0.288 0.624
#> SRR191508 2 0.9217 0.2412 0.152 0.448 0.400
#> SRR191509 2 0.8421 0.6530 0.116 0.584 0.300
#> SRR191510 2 0.7059 0.2651 0.020 0.520 0.460
#> SRR191511 2 0.6203 0.7880 0.056 0.760 0.184
#> SRR191512 2 0.2773 0.7594 0.024 0.928 0.048
#> SRR191513 2 0.4921 0.7910 0.020 0.816 0.164
#> SRR191514 2 0.4418 0.7940 0.020 0.848 0.132
#> SRR191515 2 0.6187 0.7747 0.028 0.724 0.248
#> SRR191516 3 0.6250 0.7847 0.120 0.104 0.776
#> SRR191517 3 0.6276 0.6471 0.040 0.224 0.736
#> SRR191518 2 0.5597 0.7894 0.020 0.764 0.216
#> SRR191519 2 0.5849 0.7893 0.028 0.756 0.216
#> SRR191520 3 0.6243 0.7810 0.100 0.124 0.776
#> SRR191521 2 0.4609 0.7907 0.028 0.844 0.128
#> SRR191522 2 0.6910 0.5976 0.020 0.584 0.396
#> SRR191523 2 0.4994 0.7921 0.052 0.836 0.112
#> SRR191524 3 0.9626 0.3279 0.260 0.268 0.472
#> SRR191525 2 0.6775 0.7713 0.096 0.740 0.164
#> SRR191526 2 0.3530 0.7762 0.032 0.900 0.068
#> SRR191527 1 0.7713 0.6398 0.656 0.248 0.096
#> SRR191528 1 0.5961 0.8435 0.788 0.076 0.136
#> SRR191529 2 0.7276 0.7653 0.104 0.704 0.192
#> SRR191530 2 0.3310 0.7746 0.028 0.908 0.064
#> SRR191531 1 0.8655 0.5348 0.588 0.156 0.256
#> SRR191532 3 0.7240 0.2361 0.028 0.432 0.540
#> SRR191533 3 0.7963 0.6742 0.152 0.188 0.660
#> SRR191534 2 0.4982 0.7857 0.036 0.828 0.136
#> SRR191535 2 0.3832 0.7835 0.020 0.880 0.100
#> SRR191536 2 0.6677 0.7725 0.080 0.740 0.180
#> SRR191537 2 0.6647 0.5694 0.012 0.592 0.396
#> SRR191538 2 0.4280 0.7884 0.020 0.856 0.124
#> SRR191539 2 0.5355 0.7952 0.032 0.800 0.168
#> SRR191540 2 0.3213 0.7670 0.028 0.912 0.060
#> SRR191541 2 0.4563 0.7808 0.036 0.852 0.112
#> SRR191542 2 0.4556 0.7716 0.080 0.860 0.060
#> SRR191543 2 0.4591 0.7939 0.032 0.848 0.120
#> SRR191544 2 0.6703 0.6717 0.040 0.692 0.268
#> SRR191545 2 0.6222 0.7774 0.132 0.776 0.092
#> SRR191546 2 0.4966 0.7845 0.060 0.840 0.100
#> SRR191547 3 0.7416 0.5737 0.068 0.276 0.656
#> SRR191548 1 0.5036 0.8611 0.832 0.048 0.120
#> SRR191549 1 0.5060 0.8577 0.836 0.064 0.100
#> SRR191550 1 0.5202 0.8593 0.820 0.044 0.136
#> SRR191551 1 0.5067 0.8612 0.832 0.052 0.116
#> SRR191552 1 0.5137 0.8607 0.832 0.064 0.104
#> SRR191553 1 0.6968 0.8055 0.716 0.080 0.204
#> SRR191554 1 0.5137 0.8607 0.832 0.064 0.104
#> SRR191555 3 0.3896 0.8214 0.052 0.060 0.888
#> SRR191556 3 0.1482 0.8138 0.012 0.020 0.968
#> SRR191557 3 0.3083 0.8215 0.060 0.024 0.916
#> SRR191558 3 0.7054 -0.0453 0.020 0.456 0.524
#> SRR191559 3 0.1905 0.8165 0.028 0.016 0.956
#> SRR191560 3 0.0424 0.8126 0.008 0.000 0.992
#> SRR191561 1 0.5722 0.8423 0.804 0.084 0.112
#> SRR191562 3 0.5921 0.6466 0.212 0.032 0.756
#> SRR191563 3 0.1163 0.8175 0.000 0.028 0.972
#> SRR191564 3 0.1751 0.8164 0.028 0.012 0.960
#> SRR191565 3 0.1482 0.8142 0.020 0.012 0.968
#> SRR191566 3 0.0848 0.8141 0.008 0.008 0.984
#> SRR191567 3 0.5940 0.6640 0.204 0.036 0.760
#> SRR191568 3 0.1774 0.8204 0.016 0.024 0.960
#> SRR191569 3 0.2527 0.8205 0.044 0.020 0.936
#> SRR191570 3 0.2297 0.8155 0.036 0.020 0.944
#> SRR191571 3 0.1491 0.8141 0.016 0.016 0.968
#> SRR191572 1 0.5094 0.8609 0.832 0.056 0.112
#> SRR191573 3 0.1860 0.8188 0.000 0.052 0.948
#> SRR191574 3 0.7909 -0.2424 0.448 0.056 0.496
#> SRR191575 3 0.4931 0.7528 0.140 0.032 0.828
#> SRR191576 3 0.3886 0.8201 0.024 0.096 0.880
#> SRR191577 3 0.2636 0.8207 0.020 0.048 0.932
#> SRR191578 2 0.7207 0.5711 0.032 0.584 0.384
#> SRR191579 1 0.4662 0.8614 0.844 0.032 0.124
#> SRR191580 1 0.4887 0.8544 0.844 0.060 0.096
#> SRR191581 1 0.5243 0.8555 0.828 0.072 0.100
#> SRR191582 1 0.6613 0.8300 0.740 0.072 0.188
#> SRR191583 2 0.5492 0.7625 0.080 0.816 0.104
#> SRR191584 1 0.5507 0.8613 0.808 0.056 0.136
#> SRR191585 3 0.5058 0.8044 0.148 0.032 0.820
#> SRR191586 3 0.4165 0.8219 0.048 0.076 0.876
#> SRR191587 3 0.2804 0.8173 0.060 0.016 0.924
#> SRR191588 3 0.3237 0.8171 0.032 0.056 0.912
#> SRR191589 3 0.2527 0.8114 0.044 0.020 0.936
#> SRR191590 1 0.8273 0.2938 0.476 0.076 0.448
#> SRR191591 3 0.2663 0.8156 0.024 0.044 0.932
#> SRR191592 3 0.1015 0.8140 0.012 0.008 0.980
#> SRR191593 3 0.2663 0.8115 0.044 0.024 0.932
#> SRR191594 1 0.6606 0.8010 0.716 0.048 0.236
#> SRR191595 3 0.1129 0.8143 0.020 0.004 0.976
#> SRR191596 3 0.2269 0.8187 0.016 0.040 0.944
#> SRR191597 3 0.1267 0.8188 0.004 0.024 0.972
#> SRR191598 3 0.0747 0.8148 0.000 0.016 0.984
#> SRR191599 3 0.1491 0.8179 0.016 0.016 0.968
#> SRR191600 3 0.1529 0.8208 0.000 0.040 0.960
#> SRR191601 3 0.2625 0.8206 0.000 0.084 0.916
#> SRR191602 3 0.2434 0.8214 0.024 0.036 0.940
#> SRR191603 3 0.2269 0.8222 0.016 0.040 0.944
#> SRR191604 3 0.6521 -0.3210 0.004 0.496 0.500
#> SRR191605 3 0.0829 0.8162 0.004 0.012 0.984
#> SRR191606 3 0.1267 0.8130 0.024 0.004 0.972
#> SRR191607 3 0.3850 0.8184 0.088 0.028 0.884
#> SRR191608 3 0.3370 0.8211 0.072 0.024 0.904
#> SRR191609 3 0.3499 0.8233 0.072 0.028 0.900
#> SRR191610 3 0.3502 0.8198 0.084 0.020 0.896
#> SRR191611 3 0.5791 0.7904 0.060 0.148 0.792
#> SRR191612 3 0.0892 0.8134 0.020 0.000 0.980
#> SRR191613 3 0.6107 0.7325 0.184 0.052 0.764
#> SRR191614 3 0.1919 0.8188 0.020 0.024 0.956
#> SRR191615 3 0.1453 0.8184 0.008 0.024 0.968
#> SRR191616 2 0.7308 0.6949 0.056 0.648 0.296
#> SRR191617 2 0.7381 0.7497 0.080 0.676 0.244
#> SRR191618 3 0.6402 0.7242 0.056 0.200 0.744
#> SRR191619 3 0.4137 0.8115 0.032 0.096 0.872
#> SRR191620 2 0.7841 0.2693 0.052 0.480 0.468
#> SRR191621 2 0.6897 0.7203 0.040 0.668 0.292
#> SRR191622 3 0.3337 0.8127 0.060 0.032 0.908
#> SRR191623 3 0.2050 0.8192 0.028 0.020 0.952
#> SRR191624 3 0.4335 0.8071 0.100 0.036 0.864
#> SRR191625 3 0.5816 0.6854 0.024 0.224 0.752
#> SRR191626 3 0.7570 0.3963 0.044 0.404 0.552
#> SRR191627 3 0.1647 0.8216 0.004 0.036 0.960
#> SRR191628 3 0.4483 0.8057 0.024 0.128 0.848
#> SRR191629 3 0.1170 0.8162 0.008 0.016 0.976
#> SRR191630 1 0.6819 0.7145 0.644 0.028 0.328
#> SRR191631 3 0.4063 0.8026 0.020 0.112 0.868
#> SRR191632 3 0.1860 0.8188 0.000 0.052 0.948
#> SRR191633 3 0.2866 0.8205 0.008 0.076 0.916
#> SRR191634 2 0.5343 0.7951 0.052 0.816 0.132
#> SRR191635 3 0.1751 0.8179 0.028 0.012 0.960
#> SRR191636 2 0.7672 0.6941 0.156 0.684 0.160
#> SRR191637 2 0.2599 0.7626 0.016 0.932 0.052
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.7004 0.38808 0.348 0.032 0.560 0.060
#> SRR191394 1 0.3240 0.79531 0.892 0.036 0.056 0.016
#> SRR191396 3 0.7145 0.45986 0.068 0.228 0.636 0.068
#> SRR191397 3 0.6149 0.60151 0.192 0.012 0.696 0.100
#> SRR191398 1 0.2262 0.79781 0.932 0.012 0.040 0.016
#> SRR191399 3 0.4875 0.68776 0.128 0.008 0.792 0.072
#> SRR191400 1 0.2489 0.80117 0.912 0.000 0.068 0.020
#> SRR191401 3 0.6625 0.30922 0.388 0.016 0.544 0.052
#> SRR191402 3 0.3398 0.70551 0.036 0.048 0.888 0.028
#> SRR191403 3 0.6016 0.59720 0.228 0.016 0.692 0.064
#> SRR191404 3 0.6481 0.59020 0.072 0.192 0.692 0.044
#> SRR191405 3 0.3538 0.70088 0.024 0.060 0.880 0.036
#> SRR191406 3 0.1863 0.69363 0.004 0.012 0.944 0.040
#> SRR191407 1 0.3723 0.78309 0.856 0.024 0.108 0.012
#> SRR191408 3 0.4873 0.69857 0.072 0.044 0.816 0.068
#> SRR191409 3 0.4894 0.68958 0.068 0.064 0.816 0.052
#> SRR191410 3 0.4395 0.69191 0.036 0.052 0.840 0.072
#> SRR191411 3 0.5933 0.63020 0.040 0.188 0.724 0.048
#> SRR191412 3 0.6848 0.24221 0.420 0.020 0.504 0.056
#> SRR191413 3 0.3587 0.69554 0.088 0.000 0.860 0.052
#> SRR191414 1 0.6115 0.17667 0.560 0.020 0.400 0.020
#> SRR191415 3 0.4904 0.68573 0.052 0.092 0.812 0.044
#> SRR191416 3 0.4808 0.69411 0.036 0.092 0.816 0.056
#> SRR191418 3 0.4083 0.70432 0.056 0.056 0.856 0.032
#> SRR191419 1 0.5108 0.49344 0.672 0.000 0.308 0.020
#> SRR191420 3 0.6776 0.59995 0.116 0.068 0.696 0.120
#> SRR191421 3 0.6166 0.61503 0.216 0.032 0.696 0.056
#> SRR191422 2 0.6541 0.45951 0.028 0.684 0.184 0.104
#> SRR191423 2 0.7873 0.25282 0.040 0.564 0.216 0.180
#> SRR191424 2 0.6981 0.44495 0.036 0.652 0.116 0.196
#> SRR191425 3 0.7600 0.48118 0.088 0.080 0.608 0.224
#> SRR191426 3 0.6310 0.55824 0.016 0.128 0.696 0.160
#> SRR191427 2 0.8960 -0.16522 0.084 0.456 0.232 0.228
#> SRR191428 3 0.5179 0.60380 0.000 0.052 0.728 0.220
#> SRR191429 2 0.4473 0.52486 0.008 0.804 0.152 0.036
#> SRR191430 3 0.8922 -0.47613 0.048 0.304 0.344 0.304
#> SRR191431 2 0.8760 0.20603 0.096 0.500 0.228 0.176
#> SRR191432 2 0.5540 0.51965 0.004 0.740 0.148 0.108
#> SRR191433 2 0.6435 0.47115 0.024 0.696 0.136 0.144
#> SRR191434 3 0.8282 -0.29151 0.044 0.396 0.416 0.144
#> SRR191435 3 0.4664 0.63083 0.040 0.020 0.808 0.132
#> SRR191436 3 0.6344 0.59243 0.032 0.172 0.704 0.092
#> SRR191437 2 0.5569 0.34879 0.040 0.676 0.004 0.280
#> SRR191438 3 0.7615 0.27240 0.036 0.188 0.592 0.184
#> SRR191439 4 0.7814 0.05085 0.040 0.372 0.104 0.484
#> SRR191440 2 0.6778 0.39034 0.084 0.696 0.084 0.136
#> SRR191441 2 0.5703 0.44958 0.040 0.716 0.024 0.220
#> SRR191442 3 0.8644 -0.15964 0.056 0.192 0.452 0.300
#> SRR191443 3 0.6359 0.58822 0.204 0.036 0.692 0.068
#> SRR191444 3 0.5549 0.67537 0.100 0.036 0.772 0.092
#> SRR191445 2 0.8636 0.06893 0.060 0.480 0.232 0.228
#> SRR191446 3 0.8594 -0.50976 0.032 0.352 0.368 0.248
#> SRR191447 2 0.7931 0.29612 0.044 0.556 0.160 0.240
#> SRR191448 3 0.7070 0.22653 0.364 0.036 0.544 0.056
#> SRR191449 3 0.2088 0.69163 0.004 0.004 0.928 0.064
#> SRR191450 3 0.6024 0.64862 0.104 0.024 0.728 0.144
#> SRR191451 3 0.5921 0.64303 0.028 0.164 0.732 0.076
#> SRR191452 2 0.6229 0.41458 0.040 0.696 0.052 0.212
#> SRR191453 2 0.8444 -0.05605 0.040 0.460 0.296 0.204
#> SRR191454 3 0.7050 0.58463 0.132 0.056 0.668 0.144
#> SRR191455 3 0.8465 -0.03310 0.036 0.264 0.456 0.244
#> SRR191456 3 0.8746 -0.19487 0.360 0.072 0.412 0.156
#> SRR191457 3 0.8301 0.06803 0.336 0.084 0.484 0.096
#> SRR191458 3 0.5385 0.67783 0.080 0.096 0.784 0.040
#> SRR191459 3 0.8288 0.07236 0.056 0.292 0.504 0.148
#> SRR191460 3 0.7818 0.43746 0.084 0.120 0.604 0.192
#> SRR191461 3 0.6044 0.58954 0.008 0.104 0.700 0.188
#> SRR191462 2 0.9127 0.05744 0.092 0.432 0.244 0.232
#> SRR191463 2 0.4721 0.54828 0.024 0.816 0.100 0.060
#> SRR191464 3 0.8554 -0.31050 0.036 0.328 0.412 0.224
#> SRR191465 2 0.2207 0.53361 0.004 0.932 0.024 0.040
#> SRR191466 4 0.7381 0.40651 0.008 0.128 0.392 0.472
#> SRR191467 2 0.6461 0.50722 0.036 0.704 0.116 0.144
#> SRR191468 2 0.2882 0.52710 0.016 0.904 0.016 0.064
#> SRR191469 3 0.8209 -0.19640 0.024 0.200 0.444 0.332
#> SRR191470 3 0.7917 0.04248 0.020 0.232 0.516 0.232
#> SRR191471 2 0.6566 0.19720 0.020 0.612 0.308 0.060
#> SRR191472 2 0.5231 0.34956 0.028 0.676 0.000 0.296
#> SRR191473 2 0.6931 0.27072 0.020 0.580 0.320 0.080
#> SRR191474 3 0.4856 0.66768 0.000 0.084 0.780 0.136
#> SRR191475 2 0.5171 0.37498 0.028 0.708 0.004 0.260
#> SRR191476 2 0.6826 0.38200 0.012 0.608 0.276 0.104
#> SRR191477 2 0.6679 -0.03394 0.008 0.488 0.440 0.064
#> SRR191478 2 0.3540 0.55653 0.032 0.872 0.084 0.012
#> SRR191479 3 0.4872 0.69328 0.052 0.052 0.816 0.080
#> SRR191480 3 0.7843 0.07000 0.008 0.300 0.472 0.220
#> SRR191481 2 0.7451 0.21024 0.028 0.584 0.252 0.136
#> SRR191482 2 0.6388 0.11592 0.008 0.576 0.360 0.056
#> SRR191483 2 0.7091 -0.09306 0.012 0.484 0.416 0.088
#> SRR191484 3 0.6182 0.62304 0.076 0.044 0.724 0.156
#> SRR191485 2 0.7011 0.39578 0.048 0.636 0.240 0.076
#> SRR191486 3 0.7096 0.00375 0.008 0.328 0.548 0.116
#> SRR191487 3 0.8411 -0.16240 0.040 0.240 0.480 0.240
#> SRR191488 3 0.7737 0.13012 0.396 0.044 0.472 0.088
#> SRR191489 3 0.6702 0.55087 0.108 0.064 0.700 0.128
#> SRR191490 2 0.6639 0.14039 0.008 0.520 0.064 0.408
#> SRR191491 3 0.8205 0.04268 0.084 0.092 0.504 0.320
#> SRR191492 3 0.4771 0.63186 0.012 0.028 0.776 0.184
#> SRR191493 2 0.8577 0.04653 0.048 0.444 0.312 0.196
#> SRR191494 2 0.5106 0.53236 0.068 0.804 0.052 0.076
#> SRR191495 3 0.3680 0.67879 0.012 0.016 0.852 0.120
#> SRR191496 2 0.5163 0.48502 0.028 0.768 0.032 0.172
#> SRR191497 3 0.2772 0.69629 0.004 0.040 0.908 0.048
#> SRR191498 3 0.7333 0.44494 0.092 0.160 0.652 0.096
#> SRR191499 3 0.5678 0.60949 0.024 0.084 0.752 0.140
#> SRR191500 3 0.6482 0.57125 0.024 0.140 0.692 0.144
#> SRR191501 2 0.8005 0.17949 0.040 0.536 0.260 0.164
#> SRR191502 2 0.7672 0.26912 0.044 0.556 0.292 0.108
#> SRR191503 2 0.5337 0.40668 0.028 0.732 0.020 0.220
#> SRR191504 2 0.7426 0.32994 0.028 0.588 0.136 0.248
#> SRR191505 2 0.4938 0.54457 0.044 0.812 0.064 0.080
#> SRR191506 2 0.3363 0.51527 0.020 0.884 0.024 0.072
#> SRR191507 3 0.8040 0.14746 0.048 0.224 0.552 0.176
#> SRR191508 4 0.8255 0.35023 0.016 0.284 0.280 0.420
#> SRR191509 2 0.8559 -0.00295 0.032 0.412 0.292 0.264
#> SRR191510 2 0.7335 -0.03252 0.016 0.496 0.384 0.104
#> SRR191511 2 0.7602 0.35622 0.032 0.584 0.164 0.220
#> SRR191512 2 0.2234 0.50954 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR191513 2 0.4657 0.52894 0.012 0.804 0.136 0.048
#> SRR191514 2 0.2855 0.53750 0.004 0.904 0.052 0.040
#> SRR191515 2 0.5247 0.45688 0.000 0.720 0.228 0.052
#> SRR191516 3 0.6239 0.55823 0.032 0.064 0.696 0.208
#> SRR191517 3 0.5127 0.60730 0.008 0.132 0.776 0.084
#> SRR191518 2 0.4822 0.49733 0.004 0.736 0.240 0.020
#> SRR191519 2 0.6328 0.43283 0.016 0.660 0.252 0.072
#> SRR191520 3 0.5595 0.51961 0.008 0.044 0.696 0.252
#> SRR191521 2 0.4254 0.53815 0.036 0.848 0.060 0.056
#> SRR191522 3 0.6103 -0.30413 0.004 0.468 0.492 0.036
#> SRR191523 2 0.5635 0.53622 0.032 0.764 0.108 0.096
#> SRR191524 4 0.9481 0.46692 0.160 0.164 0.284 0.392
#> SRR191525 2 0.6792 0.44916 0.040 0.680 0.140 0.140
#> SRR191526 2 0.3460 0.53489 0.016 0.876 0.024 0.084
#> SRR191527 1 0.5363 0.67990 0.784 0.084 0.036 0.096
#> SRR191528 1 0.4787 0.76078 0.820 0.056 0.044 0.080
#> SRR191529 2 0.7680 0.41897 0.092 0.624 0.164 0.120
#> SRR191530 2 0.2115 0.53890 0.004 0.936 0.036 0.024
#> SRR191531 1 0.8230 0.38668 0.564 0.100 0.124 0.212
#> SRR191532 3 0.7443 -0.16882 0.004 0.408 0.440 0.148
#> SRR191533 3 0.7243 0.32747 0.040 0.072 0.568 0.320
#> SRR191534 2 0.5691 0.48445 0.032 0.760 0.096 0.112
#> SRR191535 2 0.3672 0.52369 0.000 0.824 0.164 0.012
#> SRR191536 2 0.8177 0.37208 0.100 0.576 0.136 0.188
#> SRR191537 2 0.7068 0.04697 0.056 0.516 0.396 0.032
#> SRR191538 2 0.4340 0.53647 0.024 0.836 0.096 0.044
#> SRR191539 2 0.5037 0.54092 0.056 0.808 0.076 0.060
#> SRR191540 2 0.6501 0.47704 0.028 0.692 0.116 0.164
#> SRR191541 2 0.6722 0.42619 0.064 0.688 0.076 0.172
#> SRR191542 2 0.5819 0.50980 0.084 0.748 0.032 0.136
#> SRR191543 2 0.3711 0.53582 0.000 0.836 0.140 0.024
#> SRR191544 2 0.7611 0.26550 0.036 0.580 0.244 0.140
#> SRR191545 2 0.7577 0.24862 0.008 0.528 0.204 0.260
#> SRR191546 2 0.7097 0.44164 0.040 0.644 0.116 0.200
#> SRR191547 3 0.7127 0.44001 0.036 0.220 0.632 0.112
#> SRR191548 1 0.2917 0.79926 0.904 0.008 0.048 0.040
#> SRR191549 1 0.2552 0.79684 0.920 0.012 0.048 0.020
#> SRR191550 1 0.2742 0.79993 0.900 0.000 0.076 0.024
#> SRR191551 1 0.2413 0.79811 0.916 0.000 0.064 0.020
#> SRR191552 1 0.2040 0.79704 0.936 0.012 0.048 0.004
#> SRR191553 1 0.4572 0.72032 0.796 0.024 0.164 0.016
#> SRR191554 1 0.2438 0.79714 0.924 0.012 0.048 0.016
#> SRR191555 3 0.5182 0.69524 0.076 0.024 0.788 0.112
#> SRR191556 3 0.2529 0.69307 0.024 0.008 0.920 0.048
#> SRR191557 3 0.3601 0.69100 0.024 0.012 0.864 0.100
#> SRR191558 2 0.6752 0.04136 0.032 0.516 0.416 0.036
#> SRR191559 3 0.0921 0.69179 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR191560 3 0.1743 0.68870 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR191561 1 0.3763 0.78192 0.872 0.052 0.036 0.040
#> SRR191562 3 0.6232 0.46869 0.304 0.016 0.632 0.048
#> SRR191563 3 0.2218 0.69751 0.004 0.028 0.932 0.036
#> SRR191564 3 0.1489 0.69145 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR191565 3 0.2882 0.68476 0.016 0.016 0.904 0.064
#> SRR191566 3 0.1968 0.69552 0.008 0.008 0.940 0.044
#> SRR191567 3 0.5151 0.59266 0.192 0.016 0.756 0.036
#> SRR191568 3 0.3679 0.67953 0.084 0.000 0.856 0.060
#> SRR191569 3 0.2718 0.70255 0.020 0.012 0.912 0.056
#> SRR191570 3 0.3716 0.69323 0.036 0.028 0.872 0.064
#> SRR191571 3 0.3312 0.69429 0.072 0.000 0.876 0.052
#> SRR191572 1 0.3007 0.79782 0.900 0.012 0.060 0.028
#> SRR191573 3 0.3918 0.69261 0.020 0.048 0.860 0.072
#> SRR191574 1 0.6020 0.24878 0.580 0.004 0.376 0.040
#> SRR191575 3 0.5173 0.60743 0.156 0.016 0.772 0.056
#> SRR191576 3 0.5298 0.68169 0.080 0.096 0.788 0.036
#> SRR191577 3 0.4343 0.69629 0.084 0.032 0.840 0.044
#> SRR191578 3 0.6860 -0.14194 0.036 0.444 0.484 0.036
#> SRR191579 1 0.3492 0.79137 0.868 0.004 0.092 0.036
#> SRR191580 1 0.2715 0.78435 0.916 0.036 0.032 0.016
#> SRR191581 1 0.2945 0.80015 0.904 0.024 0.056 0.016
#> SRR191582 1 0.3508 0.75050 0.848 0.012 0.136 0.004
#> SRR191583 2 0.4186 0.53697 0.100 0.840 0.044 0.016
#> SRR191584 1 0.3279 0.80060 0.888 0.016 0.068 0.028
#> SRR191585 3 0.4998 0.62741 0.008 0.040 0.760 0.192
#> SRR191586 3 0.4922 0.69062 0.036 0.044 0.804 0.116
#> SRR191587 3 0.3875 0.69084 0.068 0.004 0.852 0.076
#> SRR191588 3 0.4626 0.67492 0.120 0.004 0.804 0.072
#> SRR191589 3 0.4817 0.68745 0.076 0.032 0.816 0.076
#> SRR191590 1 0.6018 0.23038 0.556 0.004 0.404 0.036
#> SRR191591 3 0.3831 0.69608 0.060 0.036 0.868 0.036
#> SRR191592 3 0.1913 0.69190 0.020 0.000 0.940 0.040
#> SRR191593 3 0.4149 0.69566 0.048 0.032 0.852 0.068
#> SRR191594 1 0.5839 0.62860 0.708 0.032 0.224 0.036
#> SRR191595 3 0.2884 0.68214 0.028 0.004 0.900 0.068
#> SRR191596 3 0.4306 0.67793 0.072 0.020 0.840 0.068
#> SRR191597 3 0.1771 0.69560 0.004 0.012 0.948 0.036
#> SRR191598 3 0.2920 0.69451 0.044 0.008 0.904 0.044
#> SRR191599 3 0.3726 0.68504 0.060 0.008 0.864 0.068
#> SRR191600 3 0.2923 0.70363 0.036 0.020 0.908 0.036
#> SRR191601 3 0.4645 0.68447 0.024 0.100 0.820 0.056
#> SRR191602 3 0.3968 0.68440 0.016 0.072 0.856 0.056
#> SRR191603 3 0.3716 0.69228 0.024 0.060 0.872 0.044
#> SRR191604 3 0.5706 0.00924 0.004 0.420 0.556 0.020
#> SRR191605 3 0.1305 0.69288 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR191606 3 0.3279 0.68504 0.028 0.016 0.888 0.068
#> SRR191607 3 0.3196 0.66801 0.000 0.008 0.856 0.136
#> SRR191608 3 0.3878 0.66493 0.016 0.004 0.824 0.156
#> SRR191609 3 0.4160 0.65471 0.016 0.008 0.808 0.168
#> SRR191610 3 0.4634 0.67126 0.048 0.004 0.792 0.156
#> SRR191611 3 0.6333 0.60082 0.028 0.092 0.700 0.180
#> SRR191612 3 0.0779 0.69192 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR191613 3 0.6919 0.57947 0.212 0.048 0.656 0.084
#> SRR191614 3 0.2495 0.70042 0.012 0.028 0.924 0.036
#> SRR191615 3 0.2141 0.69754 0.012 0.040 0.936 0.012
#> SRR191616 2 0.6782 0.39719 0.080 0.664 0.212 0.044
#> SRR191617 2 0.7403 0.31614 0.056 0.580 0.292 0.072
#> SRR191618 3 0.7480 0.45789 0.060 0.120 0.624 0.196
#> SRR191619 3 0.4273 0.68107 0.020 0.088 0.840 0.052
#> SRR191620 3 0.7286 -0.07363 0.028 0.372 0.520 0.080
#> SRR191621 2 0.6602 0.13496 0.020 0.540 0.396 0.044
#> SRR191622 3 0.3716 0.69412 0.024 0.044 0.872 0.060
#> SRR191623 3 0.1305 0.69350 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR191624 3 0.5247 0.65112 0.188 0.012 0.752 0.048
#> SRR191625 3 0.6026 0.50376 0.032 0.248 0.684 0.036
#> SRR191626 3 0.7753 0.23672 0.024 0.268 0.540 0.168
#> SRR191627 3 0.2983 0.68931 0.000 0.068 0.892 0.040
#> SRR191628 3 0.5361 0.64668 0.020 0.128 0.772 0.080
#> SRR191629 3 0.2837 0.69865 0.024 0.036 0.912 0.028
#> SRR191630 1 0.5765 0.53891 0.652 0.008 0.304 0.036
#> SRR191631 3 0.3858 0.67349 0.000 0.100 0.844 0.056
#> SRR191632 3 0.3744 0.69372 0.028 0.052 0.872 0.048
#> SRR191633 3 0.3643 0.69498 0.024 0.048 0.876 0.052
#> SRR191634 2 0.7327 0.40193 0.116 0.640 0.060 0.184
#> SRR191635 3 0.1675 0.69363 0.004 0.004 0.948 0.044
#> SRR191636 2 0.8210 0.23759 0.208 0.568 0.108 0.116
#> SRR191637 2 0.1182 0.52232 0.000 0.968 0.016 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.773 0.26295 0.292 0.016 0.456 0.048 0.188
#> SRR191394 1 0.318 0.80366 0.880 0.020 0.048 0.008 0.044
#> SRR191396 3 0.714 0.15501 0.044 0.236 0.588 0.064 0.068
#> SRR191397 3 0.660 0.34054 0.124 0.004 0.584 0.036 0.252
#> SRR191398 1 0.254 0.79771 0.904 0.000 0.024 0.016 0.056
#> SRR191399 3 0.618 0.41393 0.076 0.016 0.672 0.052 0.184
#> SRR191400 1 0.267 0.80551 0.892 0.000 0.072 0.008 0.028
#> SRR191401 3 0.680 0.29060 0.216 0.000 0.540 0.028 0.216
#> SRR191402 3 0.426 0.44676 0.036 0.028 0.820 0.020 0.096
#> SRR191403 3 0.649 0.33239 0.164 0.000 0.576 0.024 0.236
#> SRR191404 3 0.679 0.19567 0.044 0.212 0.620 0.032 0.092
#> SRR191405 3 0.506 0.38329 0.024 0.104 0.772 0.028 0.072
#> SRR191406 3 0.245 0.43245 0.008 0.012 0.908 0.008 0.064
#> SRR191407 1 0.406 0.77493 0.804 0.004 0.144 0.016 0.032
#> SRR191408 3 0.504 0.41645 0.044 0.000 0.728 0.040 0.188
#> SRR191409 3 0.604 0.41683 0.060 0.048 0.720 0.080 0.092
#> SRR191410 3 0.575 0.35822 0.044 0.072 0.740 0.056 0.088
#> SRR191411 3 0.590 0.28170 0.000 0.188 0.672 0.052 0.088
#> SRR191412 3 0.733 0.25799 0.304 0.000 0.460 0.048 0.188
#> SRR191413 3 0.500 0.44031 0.064 0.004 0.748 0.028 0.156
#> SRR191414 1 0.687 0.17427 0.468 0.000 0.356 0.028 0.148
#> SRR191415 3 0.634 0.27809 0.028 0.112 0.684 0.056 0.120
#> SRR191416 3 0.510 0.35921 0.024 0.088 0.744 0.004 0.140
#> SRR191418 3 0.482 0.42220 0.036 0.068 0.788 0.016 0.092
#> SRR191419 1 0.629 0.44162 0.528 0.000 0.328 0.008 0.136
#> SRR191420 3 0.750 0.31661 0.060 0.052 0.584 0.132 0.172
#> SRR191421 3 0.715 0.36805 0.188 0.020 0.576 0.044 0.172
#> SRR191422 2 0.614 0.44962 0.000 0.648 0.140 0.172 0.040
#> SRR191423 2 0.738 0.15891 0.016 0.508 0.204 0.240 0.032
#> SRR191424 2 0.698 0.36401 0.016 0.616 0.088 0.168 0.112
#> SRR191425 3 0.818 0.04630 0.056 0.056 0.488 0.212 0.188
#> SRR191426 3 0.735 -0.34401 0.000 0.136 0.508 0.088 0.268
#> SRR191427 2 0.834 -0.08425 0.048 0.404 0.228 0.276 0.044
#> SRR191428 3 0.659 -0.51340 0.000 0.040 0.444 0.084 0.432
#> SRR191429 2 0.473 0.49052 0.000 0.768 0.140 0.044 0.048
#> SRR191430 4 0.859 0.25387 0.016 0.260 0.308 0.308 0.108
#> SRR191431 2 0.838 0.10592 0.052 0.496 0.176 0.164 0.112
#> SRR191432 2 0.595 0.45629 0.000 0.688 0.112 0.124 0.076
#> SRR191433 2 0.547 0.45475 0.000 0.692 0.092 0.192 0.024
#> SRR191434 2 0.812 -0.11882 0.032 0.376 0.368 0.168 0.056
#> SRR191435 3 0.608 0.26072 0.020 0.020 0.668 0.108 0.184
#> SRR191436 3 0.690 0.28103 0.020 0.176 0.620 0.120 0.064
#> SRR191437 2 0.508 0.24120 0.004 0.564 0.012 0.408 0.012
#> SRR191438 3 0.798 -0.07858 0.032 0.184 0.492 0.228 0.064
#> SRR191439 4 0.730 0.20129 0.024 0.296 0.092 0.528 0.060
#> SRR191440 2 0.667 0.35139 0.068 0.636 0.060 0.204 0.032
#> SRR191441 2 0.455 0.37139 0.028 0.692 0.000 0.276 0.004
#> SRR191442 3 0.798 -0.28575 0.028 0.196 0.380 0.356 0.040
#> SRR191443 3 0.734 0.32756 0.184 0.024 0.556 0.044 0.192
#> SRR191444 3 0.636 0.33540 0.044 0.056 0.692 0.100 0.108
#> SRR191445 2 0.829 0.02709 0.036 0.428 0.236 0.240 0.060
#> SRR191446 2 0.826 -0.14179 0.000 0.372 0.236 0.256 0.136
#> SRR191447 2 0.714 0.23726 0.008 0.496 0.156 0.308 0.032
#> SRR191448 3 0.740 0.21912 0.260 0.016 0.468 0.020 0.236
#> SRR191449 3 0.418 0.16802 0.000 0.008 0.712 0.008 0.272
#> SRR191450 3 0.721 0.17538 0.048 0.032 0.576 0.116 0.228
#> SRR191451 3 0.628 0.35130 0.024 0.172 0.672 0.044 0.088
#> SRR191452 2 0.628 0.34826 0.016 0.628 0.028 0.244 0.084
#> SRR191453 2 0.800 -0.06250 0.016 0.432 0.236 0.256 0.060
#> SRR191454 3 0.785 0.34391 0.116 0.064 0.572 0.128 0.120
#> SRR191455 3 0.811 -0.22539 0.016 0.272 0.376 0.280 0.056
#> SRR191456 3 0.870 -0.02744 0.320 0.040 0.372 0.132 0.136
#> SRR191457 3 0.888 0.02084 0.284 0.108 0.400 0.080 0.128
#> SRR191458 3 0.688 0.29819 0.052 0.140 0.644 0.048 0.116
#> SRR191459 3 0.846 -0.11320 0.048 0.280 0.428 0.168 0.076
#> SRR191460 3 0.792 0.10203 0.056 0.152 0.536 0.192 0.064
#> SRR191461 3 0.734 -0.31928 0.004 0.116 0.524 0.092 0.264
#> SRR191462 2 0.891 0.06768 0.056 0.400 0.200 0.232 0.112
#> SRR191463 2 0.429 0.51825 0.000 0.804 0.096 0.072 0.028
#> SRR191464 3 0.843 -0.39787 0.020 0.328 0.360 0.196 0.096
#> SRR191465 2 0.296 0.50487 0.000 0.880 0.024 0.076 0.020
#> SRR191466 4 0.768 0.21832 0.008 0.096 0.308 0.468 0.120
#> SRR191467 2 0.629 0.45820 0.008 0.648 0.132 0.176 0.036
#> SRR191468 2 0.313 0.48985 0.000 0.864 0.028 0.096 0.012
#> SRR191469 3 0.828 -0.31729 0.000 0.176 0.344 0.316 0.164
#> SRR191470 5 0.826 0.33726 0.000 0.212 0.308 0.136 0.344
#> SRR191471 2 0.612 0.25499 0.000 0.608 0.276 0.072 0.044
#> SRR191472 2 0.482 0.27637 0.000 0.576 0.008 0.404 0.012
#> SRR191473 2 0.744 0.21589 0.000 0.508 0.256 0.124 0.112
#> SRR191474 3 0.637 -0.24057 0.008 0.068 0.532 0.028 0.364
#> SRR191475 2 0.476 0.31897 0.004 0.640 0.008 0.336 0.012
#> SRR191476 2 0.704 0.35319 0.000 0.576 0.164 0.092 0.168
#> SRR191477 2 0.734 0.01753 0.008 0.436 0.360 0.036 0.160
#> SRR191478 2 0.263 0.51822 0.000 0.896 0.068 0.024 0.012
#> SRR191479 3 0.513 0.44010 0.044 0.028 0.748 0.020 0.160
#> SRR191480 3 0.809 -0.31631 0.000 0.344 0.356 0.132 0.168
#> SRR191481 2 0.730 0.25159 0.016 0.564 0.216 0.136 0.068
#> SRR191482 2 0.695 0.11949 0.000 0.492 0.344 0.056 0.108
#> SRR191483 2 0.718 0.04563 0.000 0.492 0.304 0.056 0.148
#> SRR191484 3 0.734 -0.28885 0.064 0.028 0.472 0.068 0.368
#> SRR191485 2 0.670 0.39940 0.032 0.620 0.208 0.112 0.028
#> SRR191486 3 0.730 -0.21448 0.000 0.348 0.440 0.052 0.160
#> SRR191487 3 0.854 -0.36198 0.020 0.256 0.392 0.216 0.116
#> SRR191488 3 0.825 -0.05809 0.332 0.016 0.376 0.088 0.188
#> SRR191489 3 0.795 0.21570 0.068 0.092 0.552 0.108 0.180
#> SRR191490 2 0.667 0.06896 0.000 0.460 0.032 0.400 0.108
#> SRR191491 3 0.824 -0.26552 0.044 0.100 0.432 0.324 0.100
#> SRR191492 3 0.585 0.24430 0.000 0.020 0.644 0.112 0.224
#> SRR191493 2 0.821 0.19770 0.020 0.484 0.176 0.152 0.168
#> SRR191494 2 0.565 0.46380 0.080 0.740 0.052 0.100 0.028
#> SRR191495 3 0.585 -0.26998 0.000 0.016 0.572 0.072 0.340
#> SRR191496 2 0.396 0.42092 0.000 0.732 0.008 0.256 0.004
#> SRR191497 3 0.468 0.19850 0.000 0.056 0.732 0.008 0.204
#> SRR191498 3 0.831 0.11060 0.092 0.148 0.496 0.056 0.208
#> SRR191499 3 0.734 -0.18474 0.000 0.120 0.536 0.124 0.220
#> SRR191500 3 0.711 -0.06463 0.000 0.136 0.576 0.124 0.164
#> SRR191501 2 0.759 0.20651 0.012 0.504 0.188 0.236 0.060
#> SRR191502 2 0.731 0.27360 0.008 0.520 0.248 0.176 0.048
#> SRR191503 2 0.486 0.36053 0.000 0.672 0.020 0.288 0.020
#> SRR191504 2 0.688 0.29284 0.000 0.532 0.132 0.288 0.048
#> SRR191505 2 0.452 0.50085 0.016 0.792 0.060 0.120 0.012
#> SRR191506 2 0.288 0.48092 0.000 0.860 0.012 0.124 0.004
#> SRR191507 3 0.864 -0.27898 0.032 0.196 0.436 0.172 0.164
#> SRR191508 4 0.834 0.40409 0.016 0.232 0.248 0.408 0.096
#> SRR191509 2 0.848 0.04459 0.016 0.428 0.188 0.204 0.164
#> SRR191510 2 0.681 0.07497 0.000 0.488 0.368 0.076 0.068
#> SRR191511 2 0.762 0.29163 0.016 0.536 0.100 0.220 0.128
#> SRR191512 2 0.281 0.47518 0.012 0.876 0.000 0.100 0.012
#> SRR191513 2 0.503 0.49295 0.028 0.780 0.096 0.044 0.052
#> SRR191514 2 0.315 0.51356 0.000 0.876 0.052 0.044 0.028
#> SRR191515 2 0.566 0.45780 0.008 0.700 0.184 0.040 0.068
#> SRR191516 5 0.736 0.55344 0.020 0.064 0.400 0.080 0.436
#> SRR191517 3 0.697 -0.39903 0.004 0.140 0.492 0.032 0.332
#> SRR191518 2 0.517 0.49260 0.008 0.744 0.140 0.024 0.084
#> SRR191519 2 0.647 0.40185 0.004 0.628 0.188 0.048 0.132
#> SRR191520 5 0.717 0.48905 0.004 0.032 0.400 0.156 0.408
#> SRR191521 2 0.485 0.50982 0.000 0.764 0.092 0.112 0.032
#> SRR191522 2 0.747 0.00424 0.000 0.416 0.340 0.052 0.192
#> SRR191523 2 0.593 0.46379 0.016 0.692 0.120 0.144 0.028
#> SRR191524 4 0.928 0.32431 0.120 0.132 0.228 0.388 0.132
#> SRR191525 2 0.720 0.35668 0.016 0.600 0.132 0.104 0.148
#> SRR191526 2 0.310 0.50883 0.000 0.876 0.040 0.064 0.020
#> SRR191527 1 0.590 0.70118 0.724 0.060 0.032 0.104 0.080
#> SRR191528 1 0.488 0.75600 0.780 0.020 0.024 0.068 0.108
#> SRR191529 2 0.749 0.37484 0.072 0.600 0.124 0.140 0.064
#> SRR191530 2 0.251 0.51188 0.000 0.908 0.040 0.032 0.020
#> SRR191531 1 0.830 0.36703 0.508 0.076 0.116 0.208 0.092
#> SRR191532 3 0.792 -0.17906 0.008 0.356 0.396 0.148 0.092
#> SRR191533 3 0.807 -0.29051 0.028 0.060 0.460 0.228 0.224
#> SRR191534 2 0.594 0.43793 0.008 0.688 0.076 0.172 0.056
#> SRR191535 2 0.409 0.49584 0.000 0.804 0.128 0.016 0.052
#> SRR191536 2 0.720 0.34987 0.076 0.588 0.116 0.200 0.020
#> SRR191537 2 0.781 0.11926 0.052 0.492 0.300 0.060 0.096
#> SRR191538 2 0.403 0.50365 0.000 0.824 0.040 0.088 0.048
#> SRR191539 2 0.576 0.48621 0.036 0.736 0.100 0.056 0.072
#> SRR191540 2 0.577 0.45317 0.000 0.668 0.096 0.204 0.032
#> SRR191541 2 0.601 0.39207 0.012 0.652 0.084 0.228 0.024
#> SRR191542 2 0.560 0.44940 0.052 0.724 0.028 0.160 0.036
#> SRR191543 2 0.432 0.49386 0.000 0.792 0.136 0.032 0.040
#> SRR191544 2 0.749 0.18466 0.004 0.500 0.232 0.200 0.064
#> SRR191545 2 0.740 0.27826 0.000 0.516 0.124 0.248 0.112
#> SRR191546 2 0.620 0.35696 0.000 0.552 0.088 0.336 0.024
#> SRR191547 3 0.781 -0.22476 0.000 0.244 0.468 0.144 0.144
#> SRR191548 1 0.355 0.79096 0.848 0.004 0.024 0.024 0.100
#> SRR191549 1 0.317 0.79849 0.880 0.004 0.036 0.032 0.048
#> SRR191550 1 0.435 0.79164 0.808 0.000 0.060 0.072 0.060
#> SRR191551 1 0.353 0.79220 0.852 0.000 0.048 0.024 0.076
#> SRR191552 1 0.274 0.80712 0.900 0.012 0.052 0.008 0.028
#> SRR191553 1 0.516 0.69486 0.716 0.004 0.188 0.012 0.080
#> SRR191554 1 0.266 0.80251 0.904 0.004 0.036 0.016 0.040
#> SRR191555 3 0.667 0.15651 0.064 0.040 0.608 0.036 0.252
#> SRR191556 3 0.416 0.43657 0.040 0.008 0.776 0.000 0.176
#> SRR191557 3 0.550 0.00375 0.012 0.028 0.644 0.024 0.292
#> SRR191558 2 0.675 0.11234 0.028 0.512 0.372 0.044 0.044
#> SRR191559 3 0.351 0.30276 0.000 0.020 0.800 0.000 0.180
#> SRR191560 3 0.267 0.43560 0.004 0.000 0.856 0.000 0.140
#> SRR191561 1 0.440 0.77936 0.820 0.032 0.028 0.048 0.072
#> SRR191562 3 0.627 0.32880 0.252 0.004 0.584 0.008 0.152
#> SRR191563 3 0.334 0.40620 0.008 0.060 0.868 0.012 0.052
#> SRR191564 3 0.400 0.22908 0.000 0.024 0.748 0.000 0.228
#> SRR191565 3 0.432 0.42994 0.016 0.024 0.768 0.004 0.188
#> SRR191566 3 0.368 0.44195 0.008 0.024 0.820 0.004 0.144
#> SRR191567 3 0.636 0.32378 0.184 0.004 0.592 0.012 0.208
#> SRR191568 3 0.497 0.42115 0.044 0.012 0.748 0.024 0.172
#> SRR191569 3 0.334 0.41992 0.000 0.008 0.836 0.020 0.136
#> SRR191570 3 0.383 0.44779 0.016 0.040 0.820 0.000 0.124
#> SRR191571 3 0.380 0.44952 0.044 0.000 0.808 0.004 0.144
#> SRR191572 1 0.381 0.78939 0.844 0.004 0.056 0.032 0.064
#> SRR191573 3 0.492 0.43744 0.020 0.032 0.748 0.020 0.180
#> SRR191574 3 0.712 0.08985 0.380 0.004 0.448 0.044 0.124
#> SRR191575 3 0.626 0.36894 0.124 0.012 0.624 0.016 0.224
#> SRR191576 3 0.549 0.40827 0.028 0.080 0.752 0.052 0.088
#> SRR191577 3 0.509 0.44254 0.060 0.028 0.752 0.012 0.148
#> SRR191578 2 0.743 0.01142 0.012 0.420 0.400 0.064 0.104
#> SRR191579 1 0.429 0.79326 0.816 0.004 0.076 0.044 0.060
#> SRR191580 1 0.270 0.80067 0.904 0.016 0.040 0.008 0.032
#> SRR191581 1 0.326 0.79660 0.872 0.004 0.040 0.020 0.064
#> SRR191582 1 0.374 0.77277 0.836 0.012 0.108 0.008 0.036
#> SRR191583 2 0.496 0.49801 0.052 0.792 0.064 0.048 0.044
#> SRR191584 1 0.427 0.78560 0.820 0.012 0.060 0.028 0.080
#> SRR191585 3 0.650 -0.45892 0.012 0.020 0.472 0.076 0.420
#> SRR191586 3 0.635 -0.12743 0.028 0.056 0.576 0.020 0.320
#> SRR191587 3 0.405 0.44015 0.036 0.004 0.816 0.024 0.120
#> SRR191588 3 0.519 0.42908 0.056 0.008 0.712 0.016 0.208
#> SRR191589 3 0.564 0.44540 0.072 0.024 0.732 0.044 0.128
#> SRR191590 3 0.646 -0.03623 0.404 0.000 0.436 0.004 0.156
#> SRR191591 3 0.425 0.41208 0.032 0.040 0.828 0.028 0.072
#> SRR191592 3 0.320 0.42648 0.016 0.008 0.844 0.000 0.132
#> SRR191593 3 0.530 0.44515 0.048 0.036 0.760 0.040 0.116
#> SRR191594 1 0.683 0.62112 0.612 0.020 0.180 0.040 0.148
#> SRR191595 3 0.480 0.39853 0.016 0.004 0.704 0.024 0.252
#> SRR191596 3 0.561 0.41076 0.052 0.016 0.692 0.028 0.212
#> SRR191597 3 0.436 0.22532 0.000 0.048 0.752 0.004 0.196
#> SRR191598 3 0.316 0.44732 0.020 0.028 0.868 0.000 0.084
#> SRR191599 3 0.482 0.41453 0.052 0.000 0.728 0.016 0.204
#> SRR191600 3 0.383 0.38645 0.020 0.044 0.848 0.020 0.068
#> SRR191601 3 0.539 0.28442 0.008 0.112 0.724 0.020 0.136
#> SRR191602 3 0.537 0.12298 0.000 0.100 0.676 0.008 0.216
#> SRR191603 3 0.446 0.28915 0.012 0.028 0.780 0.020 0.160
#> SRR191604 3 0.672 -0.15957 0.000 0.408 0.456 0.044 0.092
#> SRR191605 3 0.323 0.33248 0.000 0.012 0.836 0.008 0.144
#> SRR191606 3 0.431 0.41371 0.020 0.004 0.744 0.008 0.224
#> SRR191607 3 0.532 -0.43426 0.000 0.012 0.512 0.028 0.448
#> SRR191608 3 0.545 -0.30586 0.000 0.024 0.572 0.028 0.376
#> SRR191609 3 0.555 -0.29517 0.000 0.024 0.580 0.036 0.360
#> SRR191610 3 0.575 -0.31317 0.016 0.012 0.548 0.032 0.392
#> SRR191611 3 0.704 -0.26966 0.000 0.068 0.512 0.112 0.308
#> SRR191612 3 0.292 0.33468 0.004 0.004 0.844 0.000 0.148
#> SRR191613 3 0.744 0.31678 0.248 0.008 0.520 0.068 0.156
#> SRR191614 3 0.317 0.41193 0.028 0.016 0.872 0.004 0.080
#> SRR191615 3 0.355 0.39217 0.020 0.036 0.844 0.000 0.100
#> SRR191616 2 0.701 0.30738 0.072 0.592 0.240 0.032 0.064
#> SRR191617 2 0.744 0.28569 0.032 0.544 0.256 0.112 0.056
#> SRR191618 3 0.722 0.10667 0.020 0.124 0.548 0.260 0.048
#> SRR191619 3 0.571 0.20822 0.000 0.108 0.704 0.060 0.128
#> SRR191620 3 0.742 -0.19956 0.004 0.368 0.440 0.104 0.084
#> SRR191621 2 0.643 0.25460 0.000 0.564 0.308 0.052 0.076
#> SRR191622 3 0.461 0.38713 0.028 0.060 0.804 0.084 0.024
#> SRR191623 3 0.297 0.34021 0.000 0.008 0.836 0.000 0.156
#> SRR191624 3 0.577 0.39794 0.100 0.008 0.660 0.012 0.220
#> SRR191625 3 0.705 0.10614 0.028 0.248 0.580 0.052 0.092
#> SRR191626 3 0.839 -0.35958 0.000 0.268 0.352 0.172 0.208
#> SRR191627 3 0.559 0.10450 0.008 0.108 0.668 0.004 0.212
#> SRR191628 3 0.576 0.39193 0.008 0.084 0.720 0.084 0.104
#> SRR191629 3 0.404 0.32182 0.012 0.028 0.796 0.004 0.160
#> SRR191630 1 0.719 0.54532 0.560 0.024 0.228 0.036 0.152
#> SRR191631 3 0.645 -0.05790 0.008 0.124 0.600 0.024 0.244
#> SRR191632 3 0.435 0.44792 0.032 0.036 0.796 0.004 0.132
#> SRR191633 3 0.528 0.31050 0.008 0.080 0.736 0.028 0.148
#> SRR191634 2 0.717 0.34943 0.084 0.600 0.092 0.196 0.028
#> SRR191635 3 0.286 0.36738 0.000 0.008 0.856 0.004 0.132
#> SRR191636 2 0.850 0.16089 0.184 0.500 0.096 0.116 0.104
#> SRR191637 2 0.167 0.49270 0.000 0.944 0.008 0.032 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.663 0.36443 0.224 0.028 0.540 0.024 NA 0.004
#> SRR191394 1 0.237 0.79347 0.904 0.012 0.056 0.012 NA 0.000
#> SRR191396 3 0.779 0.06014 0.036 0.252 0.460 0.164 NA 0.044
#> SRR191397 3 0.630 0.40291 0.072 0.000 0.616 0.112 NA 0.024
#> SRR191398 1 0.265 0.78450 0.880 0.000 0.028 0.008 NA 0.004
#> SRR191399 3 0.577 0.46735 0.072 0.024 0.688 0.096 NA 0.004
#> SRR191400 1 0.347 0.79153 0.836 0.000 0.064 0.020 NA 0.004
#> SRR191401 3 0.596 0.37500 0.180 0.000 0.592 0.044 NA 0.000
#> SRR191402 3 0.414 0.47554 0.004 0.060 0.804 0.092 NA 0.020
#> SRR191403 3 0.628 0.40887 0.112 0.004 0.628 0.088 NA 0.016
#> SRR191404 3 0.667 0.17837 0.016 0.192 0.572 0.160 NA 0.012
#> SRR191405 3 0.512 0.38645 0.012 0.088 0.732 0.120 NA 0.008
#> SRR191406 3 0.324 0.46370 0.004 0.028 0.852 0.080 NA 0.000
#> SRR191407 1 0.478 0.72117 0.720 0.024 0.180 0.008 NA 0.000
#> SRR191408 3 0.544 0.44436 0.016 0.012 0.700 0.136 NA 0.024
#> SRR191409 3 0.603 0.43285 0.044 0.072 0.696 0.104 NA 0.036
#> SRR191410 3 0.616 0.33717 0.032 0.060 0.656 0.180 NA 0.036
#> SRR191411 3 0.621 0.29189 0.000 0.208 0.604 0.120 NA 0.024
#> SRR191412 3 0.657 0.33816 0.256 0.012 0.516 0.028 NA 0.004
#> SRR191413 3 0.487 0.47490 0.036 0.012 0.748 0.104 NA 0.004
#> SRR191414 3 0.651 0.10911 0.376 0.024 0.428 0.012 NA 0.000
#> SRR191415 3 0.653 0.24893 0.020 0.128 0.588 0.212 NA 0.020
#> SRR191416 3 0.572 0.38192 0.032 0.100 0.656 0.192 NA 0.008
#> SRR191418 3 0.557 0.44983 0.028 0.060 0.712 0.136 NA 0.020
#> SRR191419 1 0.577 0.39202 0.472 0.000 0.368 0.004 NA 0.000
#> SRR191420 3 0.766 0.35060 0.040 0.068 0.556 0.100 NA 0.112
#> SRR191421 3 0.709 0.41519 0.124 0.036 0.580 0.084 NA 0.020
#> SRR191422 2 0.604 0.37363 0.008 0.648 0.108 0.064 NA 0.160
#> SRR191423 2 0.802 0.15669 0.016 0.440 0.172 0.112 NA 0.220
#> SRR191424 2 0.641 0.29720 0.000 0.580 0.036 0.236 NA 0.104
#> SRR191425 3 0.876 0.00618 0.048 0.060 0.368 0.244 NA 0.172
#> SRR191426 4 0.675 0.41226 0.000 0.108 0.296 0.508 NA 0.064
#> SRR191427 6 0.816 0.20696 0.060 0.328 0.180 0.056 NA 0.352
#> SRR191428 4 0.538 0.48646 0.000 0.024 0.208 0.676 NA 0.048
#> SRR191429 2 0.512 0.41473 0.000 0.724 0.108 0.108 NA 0.044
#> SRR191430 6 0.800 0.11137 0.000 0.188 0.220 0.240 NA 0.332
#> SRR191431 2 0.838 0.06075 0.028 0.448 0.160 0.140 NA 0.156
#> SRR191432 2 0.596 0.38875 0.000 0.656 0.084 0.164 NA 0.064
#> SRR191433 2 0.594 0.33301 0.000 0.624 0.080 0.060 NA 0.220
#> SRR191434 2 0.802 0.01509 0.000 0.372 0.276 0.160 NA 0.148
#> SRR191435 3 0.694 0.26665 0.020 0.020 0.568 0.200 NA 0.120
#> SRR191436 3 0.718 0.27952 0.024 0.200 0.560 0.104 NA 0.076
#> SRR191437 6 0.493 -0.04878 0.000 0.468 0.000 0.016 NA 0.484
#> SRR191438 3 0.819 -0.15418 0.012 0.164 0.380 0.252 NA 0.160
#> SRR191439 6 0.740 0.30892 0.008 0.200 0.072 0.140 NA 0.524
#> SRR191440 2 0.692 0.15277 0.048 0.568 0.052 0.040 NA 0.244
#> SRR191441 2 0.493 0.31391 0.016 0.708 0.020 0.008 NA 0.208
#> SRR191442 6 0.861 0.03368 0.028 0.168 0.280 0.172 NA 0.316
#> SRR191443 3 0.672 0.41292 0.104 0.036 0.616 0.052 NA 0.028
#> SRR191444 3 0.737 0.20097 0.032 0.056 0.552 0.200 NA 0.100
#> SRR191445 2 0.866 -0.02685 0.024 0.340 0.188 0.160 NA 0.240
#> SRR191446 6 0.876 0.18887 0.016 0.280 0.212 0.144 NA 0.280
#> SRR191447 2 0.727 -0.02793 0.012 0.408 0.116 0.044 NA 0.380
#> SRR191448 3 0.685 0.33971 0.224 0.028 0.560 0.032 NA 0.024
#> SRR191449 3 0.519 0.12404 0.004 0.008 0.588 0.344 NA 0.012
#> SRR191450 3 0.744 0.10580 0.012 0.012 0.456 0.268 NA 0.152
#> SRR191451 3 0.613 0.41394 0.012 0.148 0.664 0.084 NA 0.048
#> SRR191452 2 0.614 0.23190 0.016 0.580 0.000 0.128 NA 0.244
#> SRR191453 2 0.836 0.00816 0.028 0.392 0.176 0.164 NA 0.212
#> SRR191454 3 0.769 0.36548 0.116 0.060 0.560 0.080 NA 0.116
#> SRR191455 3 0.899 -0.23825 0.028 0.188 0.268 0.232 NA 0.224
#> SRR191456 3 0.864 0.10235 0.264 0.040 0.380 0.068 NA 0.128
#> SRR191457 3 0.874 0.01793 0.288 0.076 0.364 0.068 NA 0.124
#> SRR191458 3 0.728 0.29868 0.028 0.120 0.584 0.120 NA 0.056
#> SRR191459 3 0.856 -0.15807 0.032 0.224 0.332 0.248 NA 0.132
#> SRR191460 3 0.840 0.03395 0.032 0.136 0.440 0.188 NA 0.144
#> SRR191461 4 0.633 0.46193 0.000 0.080 0.324 0.528 NA 0.036
#> SRR191462 2 0.912 0.11824 0.056 0.368 0.164 0.144 NA 0.168
#> SRR191463 2 0.428 0.44154 0.000 0.792 0.084 0.048 NA 0.064
#> SRR191464 4 0.795 -0.05766 0.000 0.256 0.236 0.296 NA 0.200
#> SRR191465 2 0.263 0.42108 0.000 0.872 0.008 0.008 NA 0.104
#> SRR191466 6 0.766 0.15432 0.008 0.060 0.232 0.200 NA 0.452
#> SRR191467 2 0.544 0.40802 0.008 0.700 0.092 0.052 NA 0.140
#> SRR191468 2 0.380 0.40218 0.016 0.820 0.024 0.008 NA 0.112
#> SRR191469 6 0.826 -0.10566 0.016 0.140 0.280 0.240 NA 0.304
#> SRR191470 4 0.727 0.32341 0.000 0.176 0.168 0.524 NA 0.060
#> SRR191471 2 0.667 0.25981 0.000 0.568 0.212 0.128 NA 0.052
#> SRR191472 6 0.509 -0.05209 0.000 0.456 0.016 0.008 NA 0.492
#> SRR191473 2 0.680 0.25193 0.000 0.508 0.156 0.256 NA 0.068
#> SRR191474 4 0.665 0.42204 0.004 0.060 0.364 0.480 NA 0.056
#> SRR191475 2 0.465 0.11460 0.000 0.568 0.004 0.004 NA 0.396
#> SRR191476 2 0.682 0.31798 0.000 0.572 0.108 0.188 NA 0.092
#> SRR191477 2 0.773 -0.00610 0.020 0.376 0.300 0.224 NA 0.064
#> SRR191478 2 0.345 0.44031 0.016 0.856 0.056 0.016 NA 0.044
#> SRR191479 3 0.527 0.48123 0.040 0.056 0.752 0.052 NA 0.024
#> SRR191480 4 0.798 0.13243 0.000 0.284 0.196 0.348 NA 0.140
#> SRR191481 2 0.771 0.14237 0.016 0.456 0.180 0.196 NA 0.140
#> SRR191482 2 0.725 0.08325 0.008 0.428 0.272 0.216 NA 0.072
#> SRR191483 2 0.739 0.08504 0.000 0.424 0.208 0.272 NA 0.072
#> SRR191484 4 0.717 0.27667 0.036 0.024 0.320 0.484 NA 0.048
#> SRR191485 2 0.690 0.34371 0.024 0.584 0.192 0.100 NA 0.076
#> SRR191486 4 0.748 0.14400 0.000 0.292 0.276 0.352 NA 0.044
#> SRR191487 3 0.859 -0.26153 0.008 0.208 0.328 0.212 NA 0.184
#> SRR191488 3 0.724 -0.03187 0.356 0.012 0.404 0.028 NA 0.032
#> SRR191489 3 0.829 0.20973 0.040 0.088 0.484 0.140 NA 0.140
#> SRR191490 6 0.718 0.07540 0.000 0.388 0.036 0.116 NA 0.392
#> SRR191491 3 0.866 -0.23169 0.020 0.072 0.316 0.236 NA 0.256
#> SRR191492 3 0.664 0.23743 0.000 0.012 0.552 0.224 NA 0.088
#> SRR191493 2 0.846 0.12385 0.016 0.388 0.116 0.264 NA 0.112
#> SRR191494 2 0.484 0.40278 0.052 0.784 0.036 0.036 NA 0.044
#> SRR191495 4 0.547 0.46110 0.000 0.008 0.360 0.556 NA 0.032
#> SRR191496 2 0.475 0.25275 0.000 0.656 0.016 0.004 NA 0.284
#> SRR191497 3 0.582 0.05361 0.000 0.072 0.568 0.316 NA 0.024
#> SRR191498 3 0.831 0.16003 0.044 0.132 0.488 0.112 NA 0.100
#> SRR191499 4 0.786 0.35553 0.016 0.088 0.332 0.388 NA 0.140
#> SRR191500 3 0.772 -0.28172 0.008 0.076 0.404 0.336 NA 0.120
#> SRR191501 2 0.789 0.02462 0.012 0.444 0.120 0.076 NA 0.272
#> SRR191502 2 0.804 0.19522 0.016 0.476 0.156 0.112 NA 0.172
#> SRR191503 2 0.543 0.13808 0.016 0.576 0.020 0.012 NA 0.352
#> SRR191504 2 0.694 0.10837 0.008 0.472 0.084 0.064 NA 0.344
#> SRR191505 2 0.477 0.41259 0.028 0.784 0.032 0.040 NA 0.076
#> SRR191506 2 0.383 0.35682 0.000 0.776 0.016 0.000 NA 0.172
#> SRR191507 3 0.852 -0.29051 0.016 0.160 0.320 0.264 NA 0.200
#> SRR191508 6 0.865 0.30381 0.000 0.212 0.172 0.236 NA 0.288
#> SRR191509 2 0.772 0.05695 0.000 0.372 0.120 0.332 NA 0.140
#> SRR191510 2 0.743 0.13481 0.008 0.464 0.288 0.128 NA 0.076
#> SRR191511 2 0.709 0.18014 0.016 0.520 0.028 0.200 NA 0.200
#> SRR191512 2 0.257 0.39537 0.000 0.856 0.004 0.000 NA 0.132
#> SRR191513 2 0.505 0.40812 0.012 0.748 0.100 0.012 NA 0.064
#> SRR191514 2 0.252 0.42534 0.000 0.884 0.044 0.000 NA 0.068
#> SRR191515 2 0.597 0.36983 0.000 0.628 0.188 0.124 NA 0.044
#> SRR191516 4 0.603 0.51001 0.020 0.052 0.188 0.656 NA 0.024
#> SRR191517 4 0.692 0.44351 0.000 0.120 0.304 0.488 NA 0.036
#> SRR191518 2 0.545 0.42119 0.004 0.696 0.156 0.088 NA 0.036
#> SRR191519 2 0.632 0.33897 0.000 0.572 0.156 0.220 NA 0.028
#> SRR191520 4 0.715 0.43417 0.004 0.028 0.232 0.520 NA 0.116
#> SRR191521 2 0.483 0.40758 0.008 0.760 0.052 0.024 NA 0.120
#> SRR191522 2 0.759 0.05740 0.000 0.372 0.240 0.292 NA 0.040
#> SRR191523 2 0.618 0.40915 0.028 0.676 0.104 0.056 NA 0.104
#> SRR191524 6 0.922 0.28640 0.088 0.116 0.188 0.136 NA 0.368
#> SRR191525 2 0.665 0.32007 0.016 0.584 0.060 0.240 NA 0.048
#> SRR191526 2 0.361 0.43682 0.016 0.852 0.028 0.024 NA 0.052
#> SRR191527 1 0.626 0.66005 0.636 0.044 0.024 0.020 NA 0.088
#> SRR191528 1 0.513 0.72272 0.708 0.016 0.028 0.020 NA 0.032
#> SRR191529 2 0.745 0.33132 0.056 0.580 0.136 0.072 NA 0.084
#> SRR191530 2 0.195 0.43516 0.000 0.928 0.020 0.008 NA 0.032
#> SRR191531 1 0.832 0.43558 0.464 0.076 0.112 0.052 NA 0.208
#> SRR191532 2 0.795 -0.13571 0.000 0.352 0.264 0.196 NA 0.164
#> SRR191533 3 0.823 -0.30277 0.004 0.072 0.356 0.304 NA 0.148
#> SRR191534 2 0.589 0.29618 0.020 0.656 0.036 0.028 NA 0.208
#> SRR191535 2 0.435 0.43243 0.000 0.776 0.096 0.092 NA 0.028
#> SRR191536 2 0.760 0.26074 0.068 0.540 0.092 0.032 NA 0.188
#> SRR191537 2 0.828 0.16451 0.044 0.464 0.184 0.160 NA 0.080
#> SRR191538 2 0.461 0.39153 0.008 0.768 0.052 0.020 NA 0.128
#> SRR191539 2 0.525 0.40748 0.004 0.724 0.080 0.020 NA 0.048
#> SRR191540 2 0.606 0.33570 0.000 0.608 0.072 0.056 NA 0.240
#> SRR191541 2 0.615 0.21971 0.024 0.608 0.044 0.020 NA 0.256
#> SRR191542 2 0.626 0.34187 0.040 0.660 0.028 0.032 NA 0.128
#> SRR191543 2 0.453 0.43430 0.000 0.772 0.088 0.084 NA 0.044
#> SRR191544 2 0.749 0.14324 0.012 0.468 0.152 0.092 NA 0.256
#> SRR191545 2 0.706 0.20675 0.000 0.484 0.056 0.208 NA 0.228
#> SRR191546 2 0.689 0.17751 0.000 0.480 0.104 0.040 NA 0.324
#> SRR191547 3 0.773 -0.27376 0.004 0.216 0.348 0.312 NA 0.104
#> SRR191548 1 0.434 0.76079 0.764 0.000 0.036 0.072 NA 0.000
#> SRR191549 1 0.289 0.78274 0.852 0.000 0.036 0.004 NA 0.000
#> SRR191550 1 0.433 0.76480 0.760 0.000 0.048 0.008 NA 0.024
#> SRR191551 1 0.440 0.76794 0.760 0.000 0.044 0.064 NA 0.000
#> SRR191552 1 0.201 0.79224 0.916 0.000 0.040 0.000 NA 0.004
#> SRR191553 1 0.568 0.67162 0.636 0.028 0.200 0.004 NA 0.004
#> SRR191554 1 0.239 0.79178 0.892 0.000 0.040 0.000 NA 0.004
#> SRR191555 3 0.735 0.05889 0.048 0.048 0.464 0.328 NA 0.024
#> SRR191556 3 0.308 0.49484 0.016 0.004 0.848 0.020 NA 0.000
#> SRR191557 3 0.561 -0.20035 0.012 0.020 0.496 0.428 NA 0.012
#> SRR191558 2 0.679 0.15395 0.008 0.472 0.336 0.132 NA 0.024
#> SRR191559 3 0.446 0.33604 0.004 0.020 0.724 0.220 NA 0.016
#> SRR191560 3 0.222 0.48878 0.012 0.004 0.912 0.032 NA 0.000
#> SRR191561 1 0.510 0.73470 0.728 0.012 0.028 0.020 NA 0.056
#> SRR191562 3 0.563 0.42988 0.184 0.020 0.664 0.012 NA 0.012
#> SRR191563 3 0.509 0.35228 0.004 0.076 0.704 0.176 NA 0.004
#> SRR191564 3 0.528 0.16667 0.000 0.028 0.608 0.316 NA 0.024
#> SRR191565 3 0.380 0.48053 0.004 0.028 0.812 0.052 NA 0.000
#> SRR191566 3 0.356 0.48806 0.000 0.020 0.828 0.056 NA 0.004
#> SRR191567 3 0.572 0.40847 0.092 0.004 0.656 0.088 NA 0.000
#> SRR191568 3 0.369 0.47010 0.012 0.012 0.804 0.028 NA 0.000
#> SRR191569 3 0.369 0.46421 0.000 0.004 0.812 0.116 NA 0.016
#> SRR191570 3 0.339 0.49509 0.000 0.044 0.836 0.028 NA 0.000
#> SRR191571 3 0.296 0.49941 0.016 0.000 0.864 0.056 NA 0.000
#> SRR191572 1 0.451 0.76174 0.756 0.000 0.032 0.060 NA 0.008
#> SRR191573 3 0.451 0.48555 0.032 0.044 0.764 0.004 NA 0.012
#> SRR191574 3 0.641 0.19292 0.332 0.000 0.476 0.052 NA 0.000
#> SRR191575 3 0.478 0.44866 0.064 0.000 0.724 0.052 NA 0.000
#> SRR191576 3 0.536 0.44354 0.012 0.072 0.728 0.096 NA 0.016
#> SRR191577 3 0.513 0.49119 0.052 0.048 0.764 0.044 NA 0.028
#> SRR191578 2 0.727 0.03210 0.004 0.396 0.316 0.220 NA 0.044
#> SRR191579 1 0.546 0.75459 0.704 0.004 0.104 0.020 NA 0.044
#> SRR191580 1 0.151 0.79105 0.948 0.012 0.028 0.004 NA 0.004
#> SRR191581 1 0.309 0.78363 0.856 0.000 0.032 0.012 NA 0.008
#> SRR191582 1 0.323 0.75616 0.820 0.000 0.128 0.000 NA 0.000
#> SRR191583 2 0.525 0.41455 0.060 0.752 0.068 0.020 NA 0.064
#> SRR191584 1 0.540 0.74737 0.720 0.024 0.036 0.092 NA 0.012
#> SRR191585 4 0.504 0.52776 0.000 0.020 0.264 0.660 NA 0.024
#> SRR191586 4 0.607 0.39370 0.012 0.060 0.380 0.508 NA 0.012
#> SRR191587 3 0.453 0.48015 0.016 0.020 0.784 0.084 NA 0.016
#> SRR191588 3 0.465 0.46506 0.020 0.012 0.736 0.064 NA 0.000
#> SRR191589 3 0.460 0.49061 0.048 0.032 0.784 0.052 NA 0.004
#> SRR191590 3 0.537 0.23729 0.332 0.000 0.552 0.004 NA 0.000
#> SRR191591 3 0.521 0.37397 0.012 0.044 0.704 0.188 NA 0.012
#> SRR191592 3 0.346 0.46629 0.000 0.004 0.828 0.104 NA 0.012
#> SRR191593 3 0.448 0.48707 0.036 0.044 0.788 0.068 NA 0.000
#> SRR191594 1 0.703 0.55791 0.496 0.024 0.220 0.020 NA 0.020
#> SRR191595 3 0.408 0.45207 0.004 0.000 0.756 0.084 NA 0.000
#> SRR191596 3 0.506 0.46353 0.052 0.024 0.732 0.016 NA 0.020
#> SRR191597 3 0.542 0.13763 0.000 0.040 0.608 0.304 NA 0.020
#> SRR191598 3 0.255 0.48627 0.000 0.012 0.888 0.044 NA 0.000
#> SRR191599 3 0.396 0.45918 0.016 0.000 0.764 0.040 NA 0.000
#> SRR191600 3 0.488 0.33613 0.004 0.028 0.712 0.204 NA 0.016
#> SRR191601 3 0.597 0.21156 0.004 0.096 0.608 0.244 NA 0.016
#> SRR191602 3 0.643 -0.14626 0.000 0.100 0.460 0.384 NA 0.020
#> SRR191603 3 0.542 0.22569 0.000 0.056 0.632 0.268 NA 0.016
#> SRR191604 2 0.710 0.02339 0.000 0.396 0.332 0.212 NA 0.032
#> SRR191605 3 0.399 0.36254 0.000 0.020 0.760 0.192 NA 0.004
#> SRR191606 3 0.365 0.46874 0.008 0.000 0.800 0.060 NA 0.000
#> SRR191607 4 0.545 0.49438 0.000 0.008 0.292 0.608 NA 0.028
#> SRR191608 4 0.516 0.53437 0.000 0.036 0.300 0.624 NA 0.008
#> SRR191609 4 0.506 0.50514 0.000 0.024 0.320 0.616 NA 0.012
#> SRR191610 4 0.484 0.45316 0.012 0.008 0.284 0.656 NA 0.004
#> SRR191611 4 0.742 0.43055 0.016 0.060 0.324 0.448 NA 0.116
#> SRR191612 3 0.456 0.33057 0.000 0.012 0.720 0.212 NA 0.020
#> SRR191613 3 0.681 0.39198 0.192 0.032 0.568 0.020 NA 0.028
#> SRR191614 3 0.471 0.44141 0.024 0.032 0.768 0.128 NA 0.020
#> SRR191615 3 0.519 0.43006 0.020 0.048 0.724 0.156 NA 0.012
#> SRR191616 2 0.758 0.25055 0.068 0.540 0.192 0.092 NA 0.032
#> SRR191617 2 0.685 0.31479 0.000 0.564 0.184 0.136 NA 0.080
#> SRR191618 3 0.820 0.06585 0.032 0.108 0.432 0.128 NA 0.252
#> SRR191619 3 0.652 -0.00199 0.000 0.124 0.500 0.320 NA 0.020
#> SRR191620 3 0.772 -0.22087 0.000 0.276 0.344 0.264 NA 0.092
#> SRR191621 2 0.645 0.27123 0.000 0.548 0.192 0.208 NA 0.040
#> SRR191622 3 0.528 0.39482 0.000 0.080 0.716 0.132 NA 0.044
#> SRR191623 3 0.419 0.37769 0.000 0.008 0.740 0.208 NA 0.012
#> SRR191624 3 0.634 0.44153 0.084 0.040 0.640 0.084 NA 0.004
#> SRR191625 3 0.765 -0.04189 0.004 0.256 0.424 0.212 NA 0.056
#> SRR191626 4 0.815 0.17790 0.000 0.216 0.212 0.348 NA 0.188
#> SRR191627 3 0.658 -0.10184 0.000 0.116 0.484 0.336 NA 0.016
#> SRR191628 3 0.582 0.43564 0.016 0.096 0.704 0.068 NA 0.080
#> SRR191629 3 0.542 0.25932 0.000 0.048 0.636 0.264 NA 0.016
#> SRR191630 1 0.732 0.48868 0.456 0.032 0.264 0.024 NA 0.020
#> SRR191631 3 0.705 -0.22209 0.012 0.124 0.424 0.376 NA 0.036
#> SRR191632 3 0.342 0.49391 0.020 0.036 0.860 0.020 NA 0.012
#> SRR191633 3 0.694 0.10196 0.020 0.076 0.516 0.304 NA 0.036
#> SRR191634 2 0.742 0.10309 0.064 0.528 0.044 0.032 NA 0.232
#> SRR191635 3 0.414 0.36678 0.000 0.008 0.732 0.220 NA 0.004
#> SRR191636 2 0.847 0.07658 0.148 0.440 0.080 0.028 NA 0.140
#> SRR191637 2 0.209 0.41618 0.000 0.912 0.004 0.008 NA 0.064
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0531 0.586 0.769 0.4768 0.508 0.508
#> 3 3 0.0802 0.424 0.647 0.3286 0.778 0.596
#> 4 4 0.1481 0.290 0.552 0.1227 0.904 0.759
#> 5 5 0.2314 0.259 0.528 0.0676 0.891 0.690
#> 6 6 0.2854 0.220 0.495 0.0448 0.860 0.545
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.9129 0.37668 0.672 0.328
#> SRR191394 1 0.3584 0.72659 0.932 0.068
#> SRR191396 1 0.7056 0.67032 0.808 0.192
#> SRR191397 1 0.9881 0.06528 0.564 0.436
#> SRR191398 1 0.1184 0.71895 0.984 0.016
#> SRR191399 1 0.9795 0.09271 0.584 0.416
#> SRR191400 1 0.2043 0.72114 0.968 0.032
#> SRR191401 1 0.9732 0.10278 0.596 0.404
#> SRR191402 2 0.9460 0.61157 0.364 0.636
#> SRR191403 2 0.9460 0.60629 0.364 0.636
#> SRR191404 1 0.8207 0.61544 0.744 0.256
#> SRR191405 2 0.9988 0.20954 0.480 0.520
#> SRR191406 2 0.8207 0.69963 0.256 0.744
#> SRR191407 1 0.2043 0.72370 0.968 0.032
#> SRR191408 2 0.7883 0.67464 0.236 0.764
#> SRR191409 1 0.6531 0.67931 0.832 0.168
#> SRR191410 2 0.9881 0.45857 0.436 0.564
#> SRR191411 2 0.9552 0.52206 0.376 0.624
#> SRR191412 1 0.7602 0.61021 0.780 0.220
#> SRR191413 2 0.8327 0.69790 0.264 0.736
#> SRR191414 1 0.8081 0.57048 0.752 0.248
#> SRR191415 2 0.8813 0.66144 0.300 0.700
#> SRR191416 2 0.7950 0.71428 0.240 0.760
#> SRR191418 1 0.9129 0.44664 0.672 0.328
#> SRR191419 1 0.7139 0.70534 0.804 0.196
#> SRR191420 2 0.8207 0.70084 0.256 0.744
#> SRR191421 1 0.9944 -0.16361 0.544 0.456
#> SRR191422 2 0.9944 0.07032 0.456 0.544
#> SRR191423 2 0.9795 0.31546 0.416 0.584
#> SRR191424 2 0.9933 0.07921 0.452 0.548
#> SRR191425 2 0.7815 0.71937 0.232 0.768
#> SRR191426 2 0.4022 0.73752 0.080 0.920
#> SRR191427 1 0.9248 0.56555 0.660 0.340
#> SRR191428 2 0.3584 0.73490 0.068 0.932
#> SRR191429 1 0.9358 0.50143 0.648 0.352
#> SRR191430 2 0.8909 0.61036 0.308 0.692
#> SRR191431 1 0.4431 0.71792 0.908 0.092
#> SRR191432 2 0.6148 0.67387 0.152 0.848
#> SRR191433 1 0.9970 -0.05186 0.532 0.468
#> SRR191434 1 0.8267 0.63434 0.740 0.260
#> SRR191435 2 0.5737 0.72244 0.136 0.864
#> SRR191436 1 0.9944 0.21378 0.544 0.456
#> SRR191437 1 0.9044 0.57930 0.680 0.320
#> SRR191438 2 0.9248 0.59191 0.340 0.660
#> SRR191439 2 0.9686 0.19323 0.396 0.604
#> SRR191440 1 0.6712 0.70411 0.824 0.176
#> SRR191441 1 0.7674 0.68122 0.776 0.224
#> SRR191442 2 0.9970 0.18429 0.468 0.532
#> SRR191443 2 0.9608 0.53744 0.384 0.616
#> SRR191444 2 0.9795 0.44614 0.416 0.584
#> SRR191445 1 0.8207 0.65678 0.744 0.256
#> SRR191446 2 0.9427 0.32645 0.360 0.640
#> SRR191447 1 0.9977 0.35054 0.528 0.472
#> SRR191448 1 0.9963 -0.07354 0.536 0.464
#> SRR191449 2 0.5294 0.74232 0.120 0.880
#> SRR191450 2 0.8267 0.69327 0.260 0.740
#> SRR191451 2 0.9963 0.38946 0.464 0.536
#> SRR191452 1 1.0000 0.18672 0.504 0.496
#> SRR191453 2 0.9170 0.54031 0.332 0.668
#> SRR191454 1 0.6247 0.72301 0.844 0.156
#> SRR191455 2 0.9522 0.47991 0.372 0.628
#> SRR191456 1 0.7745 0.67405 0.772 0.228
#> SRR191457 1 0.4939 0.72888 0.892 0.108
#> SRR191458 1 0.9710 0.32254 0.600 0.400
#> SRR191459 2 0.8861 0.66269 0.304 0.696
#> SRR191460 2 0.9977 0.35128 0.472 0.528
#> SRR191461 2 0.2948 0.72639 0.052 0.948
#> SRR191462 1 0.9608 0.28405 0.616 0.384
#> SRR191463 1 0.7602 0.67705 0.780 0.220
#> SRR191464 2 0.5629 0.74336 0.132 0.868
#> SRR191465 2 0.8955 0.62089 0.312 0.688
#> SRR191466 2 0.5946 0.71276 0.144 0.856
#> SRR191467 2 0.9909 0.16635 0.444 0.556
#> SRR191468 1 0.6973 0.70560 0.812 0.188
#> SRR191469 2 0.8813 0.65157 0.300 0.700
#> SRR191470 2 0.2778 0.72261 0.048 0.952
#> SRR191471 1 0.9170 0.57439 0.668 0.332
#> SRR191472 2 0.9209 0.46988 0.336 0.664
#> SRR191473 2 0.3114 0.72387 0.056 0.944
#> SRR191474 2 0.4815 0.74281 0.104 0.896
#> SRR191475 1 0.9552 0.49341 0.624 0.376
#> SRR191476 2 0.9209 0.30290 0.336 0.664
#> SRR191477 2 0.4562 0.73912 0.096 0.904
#> SRR191478 1 0.7602 0.69024 0.780 0.220
#> SRR191479 1 0.9866 0.13235 0.568 0.432
#> SRR191480 2 0.5059 0.73730 0.112 0.888
#> SRR191481 2 0.7056 0.72598 0.192 0.808
#> SRR191482 2 0.4939 0.73913 0.108 0.892
#> SRR191483 2 0.4690 0.73108 0.100 0.900
#> SRR191484 2 0.3584 0.73464 0.068 0.932
#> SRR191485 1 0.7674 0.69335 0.776 0.224
#> SRR191486 2 0.4298 0.73480 0.088 0.912
#> SRR191487 2 0.9998 -0.12970 0.492 0.508
#> SRR191488 1 0.4298 0.72540 0.912 0.088
#> SRR191489 2 0.9996 0.11424 0.488 0.512
#> SRR191490 2 0.9661 0.15285 0.392 0.608
#> SRR191491 2 0.7674 0.65618 0.224 0.776
#> SRR191492 2 0.5842 0.73776 0.140 0.860
#> SRR191493 2 0.6801 0.64548 0.180 0.820
#> SRR191494 1 0.4022 0.72145 0.920 0.080
#> SRR191495 2 0.3274 0.73231 0.060 0.940
#> SRR191496 1 0.7674 0.66229 0.776 0.224
#> SRR191497 2 0.5294 0.74524 0.120 0.880
#> SRR191498 1 0.9248 0.47775 0.660 0.340
#> SRR191499 2 0.4690 0.73830 0.100 0.900
#> SRR191500 2 0.5178 0.72764 0.116 0.884
#> SRR191501 1 0.9248 0.56562 0.660 0.340
#> SRR191502 1 0.9460 0.53845 0.636 0.364
#> SRR191503 1 0.8499 0.61724 0.724 0.276
#> SRR191504 2 0.9209 0.43996 0.336 0.664
#> SRR191505 1 0.7950 0.67463 0.760 0.240
#> SRR191506 1 0.6623 0.67582 0.828 0.172
#> SRR191507 2 0.9710 0.36859 0.400 0.600
#> SRR191508 2 0.9209 0.41280 0.336 0.664
#> SRR191509 2 0.5842 0.73919 0.140 0.860
#> SRR191510 2 0.9996 0.08022 0.488 0.512
#> SRR191511 2 0.9170 0.38990 0.332 0.668
#> SRR191512 1 0.5842 0.71834 0.860 0.140
#> SRR191513 1 0.6531 0.72020 0.832 0.168
#> SRR191514 1 0.9922 0.35063 0.552 0.448
#> SRR191515 1 1.0000 -0.08595 0.504 0.496
#> SRR191516 2 0.3733 0.73400 0.072 0.928
#> SRR191517 2 0.2236 0.72473 0.036 0.964
#> SRR191518 2 0.6247 0.74591 0.156 0.844
#> SRR191519 2 0.1184 0.71359 0.016 0.984
#> SRR191520 2 0.1843 0.70099 0.028 0.972
#> SRR191521 2 0.9732 0.14321 0.404 0.596
#> SRR191522 2 0.6048 0.67677 0.148 0.852
#> SRR191523 1 0.7674 0.69381 0.776 0.224
#> SRR191524 1 0.9754 0.47233 0.592 0.408
#> SRR191525 2 0.3114 0.72718 0.056 0.944
#> SRR191526 1 0.7674 0.69006 0.776 0.224
#> SRR191527 1 0.1843 0.71856 0.972 0.028
#> SRR191528 1 0.1414 0.71941 0.980 0.020
#> SRR191529 1 0.5842 0.72705 0.860 0.140
#> SRR191530 1 0.9491 0.46070 0.632 0.368
#> SRR191531 1 0.6247 0.69446 0.844 0.156
#> SRR191532 2 0.8861 0.65887 0.304 0.696
#> SRR191533 2 0.7883 0.67382 0.236 0.764
#> SRR191534 1 0.9087 0.57530 0.676 0.324
#> SRR191535 2 0.6623 0.74299 0.172 0.828
#> SRR191536 1 0.4690 0.73026 0.900 0.100
#> SRR191537 1 0.7883 0.68403 0.764 0.236
#> SRR191538 2 0.8144 0.58159 0.252 0.748
#> SRR191539 1 0.4022 0.72854 0.920 0.080
#> SRR191540 2 0.9686 0.33670 0.396 0.604
#> SRR191541 1 0.6887 0.69831 0.816 0.184
#> SRR191542 1 0.5059 0.71785 0.888 0.112
#> SRR191543 2 0.9393 0.59140 0.356 0.644
#> SRR191544 1 0.9896 0.37282 0.560 0.440
#> SRR191545 2 0.3584 0.70895 0.068 0.932
#> SRR191546 1 0.9552 0.51633 0.624 0.376
#> SRR191547 2 0.6887 0.71546 0.184 0.816
#> SRR191548 1 0.4298 0.72671 0.912 0.088
#> SRR191549 1 0.1184 0.71915 0.984 0.016
#> SRR191550 1 0.1633 0.72018 0.976 0.024
#> SRR191551 1 0.2423 0.72427 0.960 0.040
#> SRR191552 1 0.0938 0.71839 0.988 0.012
#> SRR191553 1 0.2778 0.72674 0.952 0.048
#> SRR191554 1 0.0938 0.71869 0.988 0.012
#> SRR191555 2 0.7219 0.72912 0.200 0.800
#> SRR191556 2 0.9087 0.63971 0.324 0.676
#> SRR191557 2 0.7219 0.73018 0.200 0.800
#> SRR191558 1 0.3274 0.72992 0.940 0.060
#> SRR191559 2 0.3584 0.73504 0.068 0.932
#> SRR191560 2 0.7745 0.72119 0.228 0.772
#> SRR191561 1 0.1184 0.71994 0.984 0.016
#> SRR191562 1 0.2778 0.72674 0.952 0.048
#> SRR191563 2 0.8861 0.65443 0.304 0.696
#> SRR191564 2 0.2948 0.73046 0.052 0.948
#> SRR191565 2 0.8144 0.70882 0.252 0.748
#> SRR191566 2 0.6712 0.73198 0.176 0.824
#> SRR191567 2 0.9358 0.61145 0.352 0.648
#> SRR191568 1 0.9944 -0.00605 0.544 0.456
#> SRR191569 2 0.8016 0.71102 0.244 0.756
#> SRR191570 2 0.9909 0.43742 0.444 0.556
#> SRR191571 1 0.9286 0.39640 0.656 0.344
#> SRR191572 1 0.3584 0.72934 0.932 0.068
#> SRR191573 1 0.9993 -0.20550 0.516 0.484
#> SRR191574 1 0.3879 0.72750 0.924 0.076
#> SRR191575 1 0.9044 0.52256 0.680 0.320
#> SRR191576 1 0.9795 0.18094 0.584 0.416
#> SRR191577 1 0.5842 0.71887 0.860 0.140
#> SRR191578 2 0.8909 0.65589 0.308 0.692
#> SRR191579 1 0.3274 0.72854 0.940 0.060
#> SRR191580 1 0.1633 0.72002 0.976 0.024
#> SRR191581 1 0.1414 0.71925 0.980 0.020
#> SRR191582 1 0.2043 0.72286 0.968 0.032
#> SRR191583 1 0.2043 0.72372 0.968 0.032
#> SRR191584 1 0.2423 0.72358 0.960 0.040
#> SRR191585 2 0.3274 0.73053 0.060 0.940
#> SRR191586 2 0.5737 0.74484 0.136 0.864
#> SRR191587 2 0.9393 0.60155 0.356 0.644
#> SRR191588 2 0.9044 0.64349 0.320 0.680
#> SRR191589 2 0.9988 0.31758 0.480 0.520
#> SRR191590 1 0.3431 0.72942 0.936 0.064
#> SRR191591 2 0.9710 0.54132 0.400 0.600
#> SRR191592 2 0.7056 0.73349 0.192 0.808
#> SRR191593 2 0.9460 0.60754 0.364 0.636
#> SRR191594 1 0.9896 0.10655 0.560 0.440
#> SRR191595 2 0.7602 0.72665 0.220 0.780
#> SRR191596 2 1.0000 0.27311 0.496 0.504
#> SRR191597 2 0.5178 0.74118 0.116 0.884
#> SRR191598 2 0.8016 0.70488 0.244 0.756
#> SRR191599 2 0.8267 0.70315 0.260 0.740
#> SRR191600 2 0.9491 0.57611 0.368 0.632
#> SRR191601 2 0.6623 0.74103 0.172 0.828
#> SRR191602 2 0.4431 0.73975 0.092 0.908
#> SRR191603 2 0.4815 0.74499 0.104 0.896
#> SRR191604 2 0.5629 0.74709 0.132 0.868
#> SRR191605 2 0.5059 0.74225 0.112 0.888
#> SRR191606 2 0.8327 0.69309 0.264 0.736
#> SRR191607 2 0.2043 0.72197 0.032 0.968
#> SRR191608 2 0.2236 0.72372 0.036 0.964
#> SRR191609 2 0.2603 0.72801 0.044 0.956
#> SRR191610 2 0.4431 0.74031 0.092 0.908
#> SRR191611 2 0.3733 0.73602 0.072 0.928
#> SRR191612 2 0.5059 0.74187 0.112 0.888
#> SRR191613 1 0.8608 0.55366 0.716 0.284
#> SRR191614 2 0.6438 0.73978 0.164 0.836
#> SRR191615 2 0.6148 0.73754 0.152 0.848
#> SRR191616 1 0.6531 0.68868 0.832 0.168
#> SRR191617 1 0.6247 0.70933 0.844 0.156
#> SRR191618 1 0.9983 0.19216 0.524 0.476
#> SRR191619 2 0.6973 0.74297 0.188 0.812
#> SRR191620 2 0.9993 0.05530 0.484 0.516
#> SRR191621 2 0.4690 0.73812 0.100 0.900
#> SRR191622 2 0.8763 0.67747 0.296 0.704
#> SRR191623 2 0.5059 0.74324 0.112 0.888
#> SRR191624 2 0.8555 0.68467 0.280 0.720
#> SRR191625 2 0.9833 0.48312 0.424 0.576
#> SRR191626 2 0.4161 0.72016 0.084 0.916
#> SRR191627 2 0.5737 0.73964 0.136 0.864
#> SRR191628 2 0.8555 0.69656 0.280 0.720
#> SRR191629 2 0.6343 0.74039 0.160 0.840
#> SRR191630 2 0.9393 0.61044 0.356 0.644
#> SRR191631 2 0.5519 0.73957 0.128 0.872
#> SRR191632 1 0.7376 0.66104 0.792 0.208
#> SRR191633 2 0.7815 0.65853 0.232 0.768
#> SRR191634 1 0.2236 0.71992 0.964 0.036
#> SRR191635 2 0.4815 0.74203 0.104 0.896
#> SRR191636 1 0.2778 0.72623 0.952 0.048
#> SRR191637 1 0.7950 0.68368 0.760 0.240
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.744 0.30772 0.628 0.056 0.316
#> SRR191394 1 0.269 0.61135 0.932 0.032 0.036
#> SRR191396 1 0.726 0.51675 0.680 0.072 0.248
#> SRR191397 1 0.764 0.39612 0.616 0.064 0.320
#> SRR191398 1 0.245 0.58733 0.924 0.076 0.000
#> SRR191399 1 0.786 0.07780 0.528 0.056 0.416
#> SRR191400 1 0.153 0.60073 0.964 0.032 0.004
#> SRR191401 1 0.753 0.23785 0.600 0.052 0.348
#> SRR191402 3 0.853 0.37937 0.400 0.096 0.504
#> SRR191403 3 0.779 0.47080 0.368 0.060 0.572
#> SRR191404 1 0.782 0.52477 0.668 0.132 0.200
#> SRR191405 3 0.957 0.09552 0.384 0.196 0.420
#> SRR191406 3 0.771 0.53272 0.240 0.100 0.660
#> SRR191407 1 0.425 0.59429 0.864 0.108 0.028
#> SRR191408 3 0.826 0.46553 0.120 0.268 0.612
#> SRR191409 1 0.676 0.57177 0.744 0.108 0.148
#> SRR191410 3 0.809 0.42122 0.364 0.076 0.560
#> SRR191411 3 0.921 0.42399 0.244 0.220 0.536
#> SRR191412 1 0.644 0.54505 0.748 0.064 0.188
#> SRR191413 3 0.749 0.59114 0.168 0.136 0.696
#> SRR191414 1 0.734 0.43337 0.652 0.060 0.288
#> SRR191415 3 0.756 0.56350 0.264 0.080 0.656
#> SRR191416 3 0.760 0.60102 0.192 0.124 0.684
#> SRR191418 1 0.709 0.41670 0.640 0.040 0.320
#> SRR191419 1 0.649 0.58021 0.760 0.096 0.144
#> SRR191420 3 0.886 0.39242 0.136 0.332 0.532
#> SRR191421 3 0.874 0.22629 0.436 0.108 0.456
#> SRR191422 2 0.847 0.57825 0.176 0.616 0.208
#> SRR191423 2 0.933 0.29732 0.200 0.508 0.292
#> SRR191424 3 1.000 -0.28669 0.336 0.320 0.344
#> SRR191425 3 0.822 0.51995 0.108 0.288 0.604
#> SRR191426 3 0.576 0.58817 0.056 0.152 0.792
#> SRR191427 2 0.921 0.43174 0.320 0.508 0.172
#> SRR191428 3 0.524 0.58715 0.036 0.152 0.812
#> SRR191429 1 0.974 -0.01089 0.428 0.336 0.236
#> SRR191430 3 0.968 0.14003 0.228 0.328 0.444
#> SRR191431 1 0.689 0.46570 0.692 0.256 0.052
#> SRR191432 2 0.755 0.34375 0.048 0.580 0.372
#> SRR191433 2 0.986 0.25180 0.304 0.416 0.280
#> SRR191434 1 0.905 0.32885 0.556 0.220 0.224
#> SRR191435 3 0.753 0.15824 0.044 0.392 0.564
#> SRR191436 2 0.994 0.18604 0.304 0.388 0.308
#> SRR191437 2 0.724 0.55113 0.208 0.700 0.092
#> SRR191438 3 0.949 0.31269 0.208 0.312 0.480
#> SRR191439 2 0.706 0.58911 0.100 0.720 0.180
#> SRR191440 1 0.875 -0.02241 0.492 0.396 0.112
#> SRR191441 2 0.719 0.40295 0.280 0.664 0.056
#> SRR191442 2 0.859 0.39205 0.128 0.572 0.300
#> SRR191443 3 0.953 0.38427 0.288 0.228 0.484
#> SRR191444 3 0.921 0.44923 0.320 0.172 0.508
#> SRR191445 2 0.948 0.29333 0.384 0.432 0.184
#> SRR191446 2 0.893 0.53202 0.148 0.536 0.316
#> SRR191447 2 0.605 0.58496 0.080 0.784 0.136
#> SRR191448 1 0.877 0.06252 0.476 0.112 0.412
#> SRR191449 3 0.399 0.61678 0.064 0.052 0.884
#> SRR191450 3 0.857 0.51444 0.200 0.192 0.608
#> SRR191451 3 0.946 0.16371 0.396 0.180 0.424
#> SRR191452 2 0.907 0.53852 0.192 0.548 0.260
#> SRR191453 2 0.945 0.10237 0.180 0.432 0.388
#> SRR191454 1 0.838 0.40815 0.604 0.268 0.128
#> SRR191455 2 0.924 0.31019 0.172 0.500 0.328
#> SRR191456 1 0.899 0.22506 0.528 0.320 0.152
#> SRR191457 1 0.763 0.44211 0.668 0.232 0.100
#> SRR191458 1 0.965 0.04212 0.400 0.208 0.392
#> SRR191459 3 0.826 0.54903 0.260 0.124 0.616
#> SRR191460 3 0.923 0.30166 0.384 0.156 0.460
#> SRR191461 3 0.533 0.55318 0.024 0.184 0.792
#> SRR191462 1 0.966 0.13954 0.460 0.240 0.300
#> SRR191463 1 0.851 0.39828 0.580 0.296 0.124
#> SRR191464 3 0.801 0.27317 0.064 0.412 0.524
#> SRR191465 2 0.896 0.36807 0.132 0.492 0.376
#> SRR191466 2 0.807 0.24064 0.068 0.528 0.404
#> SRR191467 2 0.937 0.40243 0.192 0.492 0.316
#> SRR191468 1 0.845 0.02544 0.484 0.428 0.088
#> SRR191469 3 0.894 0.19610 0.128 0.388 0.484
#> SRR191470 3 0.603 0.48216 0.024 0.244 0.732
#> SRR191471 1 0.943 0.14975 0.504 0.264 0.232
#> SRR191472 2 0.677 0.56577 0.064 0.720 0.216
#> SRR191473 3 0.601 0.53592 0.032 0.220 0.748
#> SRR191474 3 0.492 0.61532 0.052 0.108 0.840
#> SRR191475 2 0.732 0.56439 0.196 0.700 0.104
#> SRR191476 2 0.919 0.45075 0.160 0.492 0.348
#> SRR191477 3 0.687 0.56692 0.080 0.196 0.724
#> SRR191478 1 0.825 0.08869 0.528 0.392 0.080
#> SRR191479 3 0.940 0.00819 0.412 0.172 0.416
#> SRR191480 3 0.640 0.55776 0.040 0.236 0.724
#> SRR191481 3 0.804 0.47748 0.092 0.300 0.608
#> SRR191482 3 0.626 0.55320 0.048 0.204 0.748
#> SRR191483 3 0.729 0.34830 0.040 0.356 0.604
#> SRR191484 3 0.564 0.58618 0.036 0.180 0.784
#> SRR191485 2 0.875 0.25789 0.396 0.492 0.112
#> SRR191486 3 0.654 0.54529 0.056 0.212 0.732
#> SRR191487 2 0.976 0.46035 0.284 0.444 0.272
#> SRR191488 1 0.550 0.59859 0.812 0.124 0.064
#> SRR191489 1 0.998 -0.17984 0.356 0.304 0.340
#> SRR191490 2 0.761 0.57101 0.108 0.676 0.216
#> SRR191491 2 0.787 0.48293 0.076 0.604 0.320
#> SRR191492 3 0.741 0.50872 0.076 0.256 0.668
#> SRR191493 2 0.807 0.27596 0.064 0.472 0.464
#> SRR191494 1 0.706 0.38543 0.656 0.300 0.044
#> SRR191495 3 0.421 0.59173 0.020 0.120 0.860
#> SRR191496 2 0.768 0.42542 0.360 0.584 0.056
#> SRR191497 3 0.578 0.60616 0.080 0.120 0.800
#> SRR191498 1 0.891 0.33924 0.560 0.168 0.272
#> SRR191499 3 0.722 0.44650 0.056 0.284 0.660
#> SRR191500 3 0.788 0.10032 0.056 0.424 0.520
#> SRR191501 2 0.935 0.47162 0.276 0.512 0.212
#> SRR191502 2 0.901 0.46591 0.296 0.540 0.164
#> SRR191503 2 0.918 0.34867 0.376 0.472 0.152
#> SRR191504 2 0.764 0.52493 0.072 0.632 0.296
#> SRR191505 2 0.814 0.31323 0.360 0.560 0.080
#> SRR191506 2 0.772 0.36551 0.396 0.552 0.052
#> SRR191507 3 0.997 -0.21089 0.320 0.308 0.372
#> SRR191508 2 0.825 0.45199 0.088 0.560 0.352
#> SRR191509 3 0.797 0.35920 0.084 0.312 0.604
#> SRR191510 1 0.989 -0.10719 0.404 0.276 0.320
#> SRR191511 2 0.785 0.52951 0.076 0.608 0.316
#> SRR191512 1 0.868 -0.00432 0.476 0.420 0.104
#> SRR191513 1 0.859 0.29145 0.544 0.344 0.112
#> SRR191514 2 0.890 0.53210 0.180 0.568 0.252
#> SRR191515 3 0.968 0.18752 0.340 0.224 0.436
#> SRR191516 3 0.524 0.57328 0.036 0.152 0.812
#> SRR191517 3 0.385 0.55352 0.004 0.136 0.860
#> SRR191518 3 0.736 0.54097 0.112 0.188 0.700
#> SRR191519 3 0.441 0.53447 0.004 0.172 0.824
#> SRR191520 3 0.623 0.28568 0.004 0.372 0.624
#> SRR191521 2 0.716 0.55849 0.056 0.668 0.276
#> SRR191522 3 0.807 -0.00995 0.072 0.380 0.548
#> SRR191523 1 0.879 -0.03492 0.456 0.432 0.112
#> SRR191524 2 0.891 0.53972 0.260 0.564 0.176
#> SRR191525 3 0.678 0.48490 0.052 0.244 0.704
#> SRR191526 1 0.863 -0.00973 0.468 0.432 0.100
#> SRR191527 1 0.493 0.51384 0.784 0.212 0.004
#> SRR191528 1 0.250 0.59348 0.928 0.068 0.004
#> SRR191529 1 0.847 0.24937 0.540 0.360 0.100
#> SRR191530 2 0.950 0.29773 0.372 0.440 0.188
#> SRR191531 2 0.740 0.10079 0.476 0.492 0.032
#> SRR191532 3 0.932 0.34530 0.192 0.304 0.504
#> SRR191533 3 0.890 0.07764 0.124 0.396 0.480
#> SRR191534 2 0.935 0.34129 0.364 0.464 0.172
#> SRR191535 3 0.701 0.58386 0.100 0.176 0.724
#> SRR191536 1 0.759 0.28121 0.588 0.360 0.052
#> SRR191537 1 0.873 0.32751 0.592 0.200 0.208
#> SRR191538 2 0.782 0.46123 0.064 0.580 0.356
#> SRR191539 1 0.530 0.58747 0.824 0.108 0.068
#> SRR191540 2 0.846 0.53442 0.132 0.596 0.272
#> SRR191541 2 0.857 0.28376 0.392 0.508 0.100
#> SRR191542 1 0.733 0.23888 0.576 0.388 0.036
#> SRR191543 3 0.882 0.43212 0.232 0.188 0.580
#> SRR191544 2 0.932 0.42810 0.296 0.508 0.196
#> SRR191545 3 0.682 -0.04114 0.012 0.488 0.500
#> SRR191546 2 0.779 0.57437 0.192 0.672 0.136
#> SRR191547 3 0.872 0.09974 0.108 0.412 0.480
#> SRR191548 1 0.425 0.61224 0.872 0.048 0.080
#> SRR191549 1 0.153 0.60253 0.964 0.032 0.004
#> SRR191550 1 0.331 0.60882 0.908 0.064 0.028
#> SRR191551 1 0.264 0.60472 0.932 0.048 0.020
#> SRR191552 1 0.265 0.59774 0.928 0.060 0.012
#> SRR191553 1 0.353 0.60693 0.900 0.068 0.032
#> SRR191554 1 0.162 0.60330 0.964 0.024 0.012
#> SRR191555 3 0.678 0.60805 0.140 0.116 0.744
#> SRR191556 3 0.784 0.48123 0.328 0.072 0.600
#> SRR191557 3 0.603 0.61826 0.164 0.060 0.776
#> SRR191558 1 0.457 0.61056 0.860 0.068 0.072
#> SRR191559 3 0.311 0.60611 0.028 0.056 0.916
#> SRR191560 3 0.665 0.60129 0.184 0.076 0.740
#> SRR191561 1 0.304 0.57871 0.896 0.104 0.000
#> SRR191562 1 0.343 0.61235 0.904 0.032 0.064
#> SRR191563 3 0.826 0.50132 0.268 0.120 0.612
#> SRR191564 3 0.480 0.56074 0.020 0.156 0.824
#> SRR191565 3 0.754 0.53517 0.304 0.064 0.632
#> SRR191566 3 0.594 0.62229 0.140 0.072 0.788
#> SRR191567 3 0.745 0.36595 0.396 0.040 0.564
#> SRR191568 1 0.760 0.23021 0.568 0.048 0.384
#> SRR191569 3 0.887 0.49906 0.224 0.200 0.576
#> SRR191570 1 0.735 0.03654 0.532 0.032 0.436
#> SRR191571 1 0.602 0.47829 0.700 0.012 0.288
#> SRR191572 1 0.397 0.61372 0.884 0.044 0.072
#> SRR191573 1 0.831 0.09769 0.528 0.084 0.388
#> SRR191574 1 0.331 0.61593 0.908 0.028 0.064
#> SRR191575 1 0.702 0.53612 0.700 0.068 0.232
#> SRR191576 1 0.872 0.37820 0.560 0.136 0.304
#> SRR191577 1 0.608 0.58485 0.772 0.060 0.168
#> SRR191578 3 0.690 0.57690 0.280 0.044 0.676
#> SRR191579 1 0.445 0.59705 0.856 0.112 0.032
#> SRR191580 1 0.255 0.60497 0.936 0.040 0.024
#> SRR191581 1 0.196 0.59540 0.944 0.056 0.000
#> SRR191582 1 0.249 0.60019 0.932 0.060 0.008
#> SRR191583 1 0.300 0.59581 0.916 0.068 0.016
#> SRR191584 1 0.372 0.59428 0.888 0.088 0.024
#> SRR191585 3 0.475 0.56836 0.024 0.144 0.832
#> SRR191586 3 0.534 0.62437 0.084 0.092 0.824
#> SRR191587 3 0.875 0.50898 0.256 0.164 0.580
#> SRR191588 3 0.738 0.51225 0.336 0.048 0.616
#> SRR191589 1 0.784 -0.19127 0.476 0.052 0.472
#> SRR191590 1 0.461 0.60872 0.856 0.092 0.052
#> SRR191591 3 0.807 0.37053 0.404 0.068 0.528
#> SRR191592 3 0.645 0.61995 0.196 0.060 0.744
#> SRR191593 3 0.737 0.54920 0.292 0.060 0.648
#> SRR191594 1 0.902 0.01487 0.452 0.132 0.416
#> SRR191595 3 0.744 0.57521 0.200 0.108 0.692
#> SRR191596 3 0.807 0.15203 0.464 0.064 0.472
#> SRR191597 3 0.555 0.60573 0.076 0.112 0.812
#> SRR191598 3 0.609 0.59062 0.264 0.020 0.716
#> SRR191599 3 0.649 0.60708 0.216 0.052 0.732
#> SRR191600 3 0.758 0.44443 0.380 0.048 0.572
#> SRR191601 3 0.598 0.61625 0.080 0.132 0.788
#> SRR191602 3 0.427 0.62414 0.076 0.052 0.872
#> SRR191603 3 0.422 0.60305 0.032 0.100 0.868
#> SRR191604 3 0.616 0.58021 0.092 0.128 0.780
#> SRR191605 3 0.519 0.60848 0.060 0.112 0.828
#> SRR191606 3 0.778 0.43933 0.364 0.060 0.576
#> SRR191607 3 0.304 0.57583 0.008 0.084 0.908
#> SRR191608 3 0.385 0.58168 0.016 0.108 0.876
#> SRR191609 3 0.406 0.57691 0.012 0.128 0.860
#> SRR191610 3 0.449 0.58763 0.036 0.108 0.856
#> SRR191611 3 0.584 0.57897 0.036 0.196 0.768
#> SRR191612 3 0.448 0.61299 0.064 0.072 0.864
#> SRR191613 1 0.929 0.31233 0.516 0.200 0.284
#> SRR191614 3 0.574 0.61520 0.104 0.092 0.804
#> SRR191615 3 0.561 0.61549 0.120 0.072 0.808
#> SRR191616 1 0.545 0.59206 0.816 0.068 0.116
#> SRR191617 1 0.604 0.58133 0.788 0.100 0.112
#> SRR191618 2 0.944 0.38568 0.208 0.492 0.300
#> SRR191619 3 0.793 0.59359 0.168 0.168 0.664
#> SRR191620 3 0.960 0.08186 0.384 0.200 0.416
#> SRR191621 3 0.704 0.57074 0.108 0.168 0.724
#> SRR191622 3 0.891 0.51777 0.220 0.208 0.572
#> SRR191623 3 0.409 0.62091 0.068 0.052 0.880
#> SRR191624 3 0.642 0.60357 0.228 0.044 0.728
#> SRR191625 3 0.753 0.42744 0.392 0.044 0.564
#> SRR191626 3 0.774 0.04029 0.048 0.448 0.504
#> SRR191627 3 0.625 0.59778 0.108 0.116 0.776
#> SRR191628 3 0.871 0.52680 0.184 0.224 0.592
#> SRR191629 3 0.531 0.62855 0.136 0.048 0.816
#> SRR191630 3 0.896 0.41600 0.304 0.156 0.540
#> SRR191631 3 0.587 0.60345 0.088 0.116 0.796
#> SRR191632 1 0.662 0.49069 0.684 0.032 0.284
#> SRR191633 3 0.825 0.20374 0.096 0.324 0.580
#> SRR191634 1 0.445 0.54888 0.836 0.152 0.012
#> SRR191635 3 0.463 0.61897 0.088 0.056 0.856
#> SRR191636 1 0.434 0.59022 0.856 0.120 0.024
#> SRR191637 1 0.783 0.41722 0.672 0.164 0.164
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 1 0.755 0.107118 0.492 0.016 0.364 0.128
#> SRR191394 1 0.261 0.520115 0.920 0.016 0.024 0.040
#> SRR191396 1 0.822 0.234936 0.488 0.032 0.276 0.204
#> SRR191397 1 0.785 0.278721 0.572 0.072 0.256 0.100
#> SRR191398 1 0.286 0.501238 0.888 0.016 0.000 0.096
#> SRR191399 3 0.786 0.256186 0.352 0.028 0.484 0.136
#> SRR191400 1 0.214 0.515284 0.932 0.008 0.008 0.052
#> SRR191401 1 0.657 0.335864 0.628 0.016 0.280 0.076
#> SRR191402 3 0.794 0.306935 0.348 0.048 0.496 0.108
#> SRR191403 3 0.774 0.336699 0.348 0.032 0.504 0.116
#> SRR191404 1 0.796 0.183531 0.492 0.016 0.224 0.268
#> SRR191405 4 0.914 0.090162 0.244 0.072 0.328 0.356
#> SRR191406 3 0.763 0.394528 0.184 0.032 0.584 0.200
#> SRR191407 1 0.501 0.496543 0.780 0.020 0.040 0.160
#> SRR191408 3 0.850 0.318171 0.080 0.172 0.524 0.224
#> SRR191409 1 0.805 0.189855 0.492 0.020 0.240 0.248
#> SRR191410 3 0.736 0.399870 0.224 0.020 0.592 0.164
#> SRR191411 3 0.788 0.311560 0.104 0.056 0.536 0.304
#> SRR191412 1 0.727 0.265281 0.564 0.020 0.304 0.112
#> SRR191413 3 0.736 0.433852 0.076 0.056 0.596 0.272
#> SRR191414 1 0.756 0.000789 0.452 0.028 0.424 0.096
#> SRR191415 3 0.725 0.457785 0.116 0.048 0.636 0.200
#> SRR191416 3 0.632 0.496979 0.112 0.032 0.712 0.144
#> SRR191418 1 0.710 0.267132 0.556 0.024 0.340 0.080
#> SRR191419 1 0.683 0.418591 0.660 0.024 0.160 0.156
#> SRR191420 3 0.882 0.273270 0.128 0.280 0.476 0.116
#> SRR191421 3 0.808 0.309658 0.336 0.048 0.492 0.124
#> SRR191422 2 0.715 0.394656 0.128 0.672 0.104 0.096
#> SRR191423 4 0.896 0.143434 0.076 0.308 0.196 0.420
#> SRR191424 4 0.990 0.203591 0.236 0.200 0.248 0.316
#> SRR191425 3 0.735 0.387421 0.032 0.136 0.608 0.224
#> SRR191426 3 0.652 0.447565 0.008 0.136 0.660 0.196
#> SRR191427 2 0.935 0.225177 0.232 0.428 0.132 0.208
#> SRR191428 3 0.569 0.487023 0.012 0.100 0.740 0.148
#> SRR191429 4 0.952 0.104775 0.332 0.124 0.212 0.332
#> SRR191430 3 0.938 -0.128328 0.092 0.268 0.336 0.304
#> SRR191431 1 0.812 0.220262 0.556 0.140 0.068 0.236
#> SRR191432 2 0.751 0.296194 0.028 0.592 0.176 0.204
#> SRR191433 2 0.985 -0.117796 0.268 0.320 0.232 0.180
#> SRR191434 1 0.950 -0.106577 0.388 0.136 0.204 0.272
#> SRR191435 3 0.850 -0.105160 0.036 0.368 0.392 0.204
#> SRR191436 4 0.954 0.282682 0.172 0.168 0.268 0.392
#> SRR191437 2 0.740 0.380868 0.148 0.636 0.056 0.160
#> SRR191438 3 0.879 -0.064415 0.060 0.188 0.380 0.372
#> SRR191439 2 0.599 0.376159 0.052 0.736 0.056 0.156
#> SRR191440 1 0.953 -0.119173 0.384 0.240 0.132 0.244
#> SRR191441 2 0.855 0.056026 0.168 0.468 0.060 0.304
#> SRR191442 4 0.888 0.023600 0.048 0.336 0.264 0.352
#> SRR191443 3 0.858 0.085212 0.140 0.068 0.424 0.368
#> SRR191444 3 0.922 0.095925 0.248 0.088 0.400 0.264
#> SRR191445 2 0.963 0.018697 0.236 0.388 0.172 0.204
#> SRR191446 2 0.834 0.344459 0.084 0.552 0.180 0.184
#> SRR191447 2 0.582 0.389103 0.028 0.720 0.048 0.204
#> SRR191448 1 0.800 0.103378 0.452 0.024 0.364 0.160
#> SRR191449 3 0.505 0.519421 0.044 0.032 0.792 0.132
#> SRR191450 3 0.854 0.262010 0.096 0.116 0.492 0.296
#> SRR191451 3 0.911 0.128712 0.288 0.072 0.388 0.252
#> SRR191452 2 0.887 0.167249 0.180 0.508 0.136 0.176
#> SRR191453 4 0.892 0.187323 0.060 0.232 0.308 0.400
#> SRR191454 1 0.964 -0.090154 0.372 0.204 0.160 0.264
#> SRR191455 2 0.896 -0.119033 0.056 0.348 0.248 0.348
#> SRR191456 1 0.943 0.049668 0.432 0.180 0.184 0.204
#> SRR191457 1 0.829 0.232346 0.536 0.168 0.064 0.232
#> SRR191458 4 0.921 0.089007 0.236 0.080 0.332 0.352
#> SRR191459 3 0.732 0.438764 0.088 0.072 0.636 0.204
#> SRR191460 3 0.875 0.294173 0.212 0.076 0.484 0.228
#> SRR191461 3 0.693 0.428547 0.012 0.196 0.628 0.164
#> SRR191462 4 0.957 0.257864 0.280 0.120 0.256 0.344
#> SRR191463 1 0.900 0.149241 0.444 0.132 0.124 0.300
#> SRR191464 3 0.798 0.168244 0.008 0.260 0.448 0.284
#> SRR191465 2 0.908 0.141769 0.084 0.428 0.236 0.252
#> SRR191466 2 0.783 0.205489 0.028 0.524 0.296 0.152
#> SRR191467 2 0.955 -0.005929 0.128 0.372 0.248 0.252
#> SRR191468 1 0.908 -0.085025 0.384 0.312 0.072 0.232
#> SRR191469 3 0.887 0.217761 0.096 0.256 0.476 0.172
#> SRR191470 3 0.782 0.232697 0.008 0.272 0.484 0.236
#> SRR191471 1 0.947 -0.010093 0.424 0.172 0.204 0.200
#> SRR191472 2 0.561 0.403022 0.036 0.764 0.128 0.072
#> SRR191473 3 0.717 0.423014 0.016 0.228 0.604 0.152
#> SRR191474 3 0.461 0.522356 0.020 0.040 0.812 0.128
#> SRR191475 2 0.669 0.397331 0.136 0.700 0.064 0.100
#> SRR191476 2 0.849 0.240110 0.048 0.484 0.244 0.224
#> SRR191477 3 0.681 0.451310 0.024 0.136 0.660 0.180
#> SRR191478 2 0.891 0.032327 0.364 0.396 0.088 0.152
#> SRR191479 3 0.894 0.012967 0.316 0.060 0.392 0.232
#> SRR191480 3 0.668 0.470345 0.028 0.212 0.664 0.096
#> SRR191481 3 0.787 0.240979 0.016 0.180 0.484 0.320
#> SRR191482 3 0.686 0.458571 0.028 0.136 0.660 0.176
#> SRR191483 3 0.793 0.292370 0.032 0.320 0.504 0.144
#> SRR191484 3 0.622 0.485863 0.008 0.144 0.692 0.156
#> SRR191485 1 0.921 -0.246261 0.328 0.312 0.072 0.288
#> SRR191486 3 0.828 0.293753 0.040 0.192 0.496 0.272
#> SRR191487 4 0.975 -0.020458 0.212 0.296 0.164 0.328
#> SRR191488 1 0.752 0.318742 0.540 0.036 0.096 0.328
#> SRR191489 1 0.977 -0.050892 0.336 0.192 0.284 0.188
#> SRR191490 2 0.787 0.348972 0.100 0.600 0.104 0.196
#> SRR191491 2 0.800 0.077549 0.020 0.464 0.180 0.336
#> SRR191492 3 0.793 0.386038 0.040 0.252 0.548 0.160
#> SRR191493 4 0.880 -0.107789 0.044 0.352 0.252 0.352
#> SRR191494 1 0.806 0.115738 0.504 0.156 0.036 0.304
#> SRR191495 3 0.598 0.501345 0.012 0.108 0.716 0.164
#> SRR191496 2 0.718 0.300409 0.252 0.608 0.028 0.112
#> SRR191497 3 0.635 0.533690 0.072 0.088 0.728 0.112
#> SRR191498 1 0.906 -0.005967 0.376 0.064 0.280 0.280
#> SRR191499 3 0.655 0.390115 0.020 0.292 0.624 0.064
#> SRR191500 3 0.728 0.043257 0.044 0.452 0.452 0.052
#> SRR191501 2 0.898 0.287613 0.144 0.472 0.128 0.256
#> SRR191502 2 0.931 0.232406 0.144 0.416 0.156 0.284
#> SRR191503 2 0.922 0.164870 0.312 0.380 0.088 0.220
#> SRR191504 2 0.635 0.412238 0.044 0.712 0.160 0.084
#> SRR191505 4 0.854 0.038641 0.220 0.328 0.036 0.416
#> SRR191506 2 0.724 0.289892 0.308 0.568 0.024 0.100
#> SRR191507 1 0.974 -0.200926 0.324 0.276 0.252 0.148
#> SRR191508 2 0.795 0.231116 0.044 0.560 0.180 0.216
#> SRR191509 3 0.813 0.170860 0.016 0.260 0.456 0.268
#> SRR191510 1 0.996 -0.173645 0.292 0.248 0.216 0.244
#> SRR191511 2 0.793 0.286796 0.060 0.580 0.156 0.204
#> SRR191512 1 0.931 -0.050134 0.404 0.276 0.108 0.212
#> SRR191513 1 0.881 0.157158 0.464 0.168 0.084 0.284
#> SRR191514 2 0.943 0.253805 0.164 0.424 0.180 0.232
#> SRR191515 3 0.920 0.063952 0.264 0.080 0.384 0.272
#> SRR191516 3 0.645 0.469749 0.020 0.168 0.688 0.124
#> SRR191517 3 0.659 0.443796 0.012 0.148 0.664 0.176
#> SRR191518 3 0.847 0.353127 0.080 0.168 0.528 0.224
#> SRR191519 3 0.711 0.374816 0.000 0.200 0.564 0.236
#> SRR191520 3 0.744 0.090812 0.004 0.408 0.440 0.148
#> SRR191521 2 0.762 0.311684 0.028 0.552 0.136 0.284
#> SRR191522 3 0.892 -0.094256 0.052 0.268 0.372 0.308
#> SRR191523 4 0.898 0.178659 0.328 0.292 0.052 0.328
#> SRR191524 2 0.790 0.321360 0.144 0.608 0.100 0.148
#> SRR191525 3 0.852 0.204176 0.044 0.292 0.456 0.208
#> SRR191526 1 0.878 -0.034448 0.428 0.272 0.052 0.248
#> SRR191527 1 0.516 0.449353 0.776 0.104 0.008 0.112
#> SRR191528 1 0.377 0.490460 0.848 0.024 0.008 0.120
#> SRR191529 4 0.913 0.255395 0.304 0.204 0.088 0.404
#> SRR191530 1 0.965 -0.203591 0.348 0.284 0.140 0.228
#> SRR191531 2 0.815 0.040352 0.340 0.424 0.016 0.220
#> SRR191532 3 0.853 0.284690 0.100 0.120 0.508 0.272
#> SRR191533 3 0.910 -0.066882 0.064 0.312 0.352 0.272
#> SRR191534 2 0.921 0.192341 0.252 0.424 0.100 0.224
#> SRR191535 3 0.780 0.439998 0.084 0.116 0.604 0.196
#> SRR191536 4 0.890 0.207034 0.312 0.192 0.072 0.424
#> SRR191537 1 0.947 0.078698 0.420 0.172 0.180 0.228
#> SRR191538 2 0.736 0.369162 0.032 0.616 0.168 0.184
#> SRR191539 1 0.602 0.455476 0.704 0.048 0.032 0.216
#> SRR191540 2 0.775 0.368123 0.104 0.600 0.216 0.080
#> SRR191541 2 0.867 0.250133 0.216 0.472 0.060 0.252
#> SRR191542 4 0.884 0.171313 0.312 0.256 0.048 0.384
#> SRR191543 3 0.888 0.179789 0.148 0.108 0.472 0.272
#> SRR191544 2 0.954 0.110656 0.160 0.356 0.164 0.320
#> SRR191545 2 0.657 0.238662 0.000 0.604 0.280 0.116
#> SRR191546 2 0.626 0.374753 0.108 0.732 0.060 0.100
#> SRR191547 2 0.861 0.107969 0.056 0.440 0.328 0.176
#> SRR191548 1 0.429 0.515344 0.836 0.012 0.080 0.072
#> SRR191549 1 0.194 0.516123 0.944 0.008 0.016 0.032
#> SRR191550 1 0.345 0.516878 0.872 0.008 0.028 0.092
#> SRR191551 1 0.306 0.518524 0.892 0.004 0.032 0.072
#> SRR191552 1 0.177 0.513794 0.948 0.012 0.004 0.036
#> SRR191553 1 0.454 0.503651 0.824 0.032 0.036 0.108
#> SRR191554 1 0.176 0.513041 0.944 0.004 0.004 0.048
#> SRR191555 3 0.704 0.483792 0.072 0.076 0.660 0.192
#> SRR191556 3 0.760 0.417545 0.244 0.028 0.572 0.156
#> SRR191557 3 0.534 0.517409 0.104 0.020 0.776 0.100
#> SRR191558 1 0.504 0.507371 0.792 0.024 0.056 0.128
#> SRR191559 3 0.485 0.511377 0.012 0.048 0.788 0.152
#> SRR191560 3 0.615 0.496995 0.124 0.008 0.696 0.172
#> SRR191561 1 0.432 0.478099 0.824 0.032 0.016 0.128
#> SRR191562 1 0.514 0.513232 0.792 0.024 0.092 0.092
#> SRR191563 3 0.828 0.350948 0.236 0.052 0.524 0.188
#> SRR191564 3 0.714 0.437217 0.024 0.164 0.628 0.184
#> SRR191565 3 0.762 0.402193 0.260 0.036 0.572 0.132
#> SRR191566 3 0.523 0.529614 0.080 0.028 0.788 0.104
#> SRR191567 3 0.823 0.132902 0.392 0.036 0.416 0.156
#> SRR191568 1 0.807 0.086072 0.448 0.040 0.384 0.128
#> SRR191569 3 0.917 0.287538 0.176 0.136 0.460 0.228
#> SRR191570 1 0.654 0.142742 0.544 0.008 0.388 0.060
#> SRR191571 1 0.687 0.283939 0.560 0.012 0.344 0.084
#> SRR191572 1 0.385 0.525487 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR191573 3 0.813 0.070234 0.372 0.016 0.404 0.208
#> SRR191574 1 0.441 0.514787 0.824 0.008 0.100 0.068
#> SRR191575 1 0.670 0.434850 0.664 0.024 0.200 0.112
#> SRR191576 1 0.868 0.025067 0.384 0.036 0.316 0.264
#> SRR191577 1 0.743 0.399491 0.612 0.036 0.192 0.160
#> SRR191578 3 0.654 0.493495 0.200 0.024 0.676 0.100
#> SRR191579 1 0.598 0.479422 0.732 0.040 0.064 0.164
#> SRR191580 1 0.227 0.513775 0.928 0.008 0.012 0.052
#> SRR191581 1 0.271 0.503958 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR191582 1 0.271 0.510417 0.892 0.004 0.004 0.100
#> SRR191583 1 0.483 0.504147 0.804 0.024 0.048 0.124
#> SRR191584 1 0.336 0.512551 0.888 0.040 0.020 0.052
#> SRR191585 3 0.563 0.478703 0.000 0.144 0.724 0.132
#> SRR191586 3 0.476 0.527301 0.028 0.048 0.812 0.112
#> SRR191587 3 0.770 0.375936 0.116 0.048 0.572 0.264
#> SRR191588 3 0.632 0.464129 0.240 0.012 0.664 0.084
#> SRR191589 3 0.756 0.327232 0.288 0.008 0.520 0.184
#> SRR191590 1 0.530 0.505128 0.768 0.016 0.068 0.148
#> SRR191591 3 0.747 0.365241 0.308 0.020 0.544 0.128
#> SRR191592 3 0.662 0.518497 0.128 0.048 0.700 0.124
#> SRR191593 3 0.648 0.494725 0.144 0.024 0.692 0.140
#> SRR191594 3 0.864 0.073178 0.348 0.048 0.408 0.196
#> SRR191595 3 0.723 0.448210 0.168 0.028 0.624 0.180
#> SRR191596 3 0.758 0.146838 0.404 0.020 0.460 0.116
#> SRR191597 3 0.567 0.493873 0.032 0.052 0.744 0.172
#> SRR191598 3 0.622 0.498912 0.228 0.008 0.672 0.092
#> SRR191599 3 0.633 0.505694 0.148 0.028 0.708 0.116
#> SRR191600 3 0.744 0.374180 0.320 0.036 0.552 0.092
#> SRR191601 3 0.587 0.518868 0.024 0.056 0.716 0.204
#> SRR191602 3 0.418 0.540717 0.048 0.040 0.852 0.060
#> SRR191603 3 0.449 0.530563 0.008 0.076 0.820 0.096
#> SRR191604 3 0.775 0.394581 0.100 0.072 0.588 0.240
#> SRR191605 3 0.622 0.498938 0.036 0.060 0.700 0.204
#> SRR191606 3 0.749 0.395480 0.268 0.024 0.568 0.140
#> SRR191607 3 0.554 0.491051 0.008 0.136 0.748 0.108
#> SRR191608 3 0.581 0.472828 0.000 0.152 0.708 0.140
#> SRR191609 3 0.624 0.455450 0.000 0.176 0.668 0.156
#> SRR191610 3 0.540 0.489299 0.004 0.132 0.752 0.112
#> SRR191611 3 0.548 0.503050 0.012 0.168 0.748 0.072
#> SRR191612 3 0.602 0.501532 0.036 0.064 0.724 0.176
#> SRR191613 4 0.875 0.139261 0.312 0.040 0.268 0.380
#> SRR191614 3 0.642 0.504212 0.076 0.052 0.708 0.164
#> SRR191615 3 0.563 0.526169 0.084 0.040 0.768 0.108
#> SRR191616 1 0.624 0.444234 0.700 0.016 0.116 0.168
#> SRR191617 1 0.811 0.228972 0.544 0.068 0.124 0.264
#> SRR191618 2 0.884 -0.077117 0.044 0.364 0.308 0.284
#> SRR191619 3 0.859 0.374822 0.128 0.128 0.532 0.212
#> SRR191620 3 0.983 -0.124848 0.228 0.176 0.324 0.272
#> SRR191621 3 0.816 0.391175 0.080 0.200 0.568 0.152
#> SRR191622 3 0.732 0.403808 0.076 0.048 0.584 0.292
#> SRR191623 3 0.448 0.528188 0.020 0.032 0.816 0.132
#> SRR191624 3 0.571 0.514430 0.140 0.016 0.744 0.100
#> SRR191625 3 0.813 0.317216 0.336 0.056 0.492 0.116
#> SRR191626 2 0.686 -0.013014 0.032 0.476 0.452 0.040
#> SRR191627 3 0.689 0.470525 0.084 0.052 0.664 0.200
#> SRR191628 3 0.819 0.410482 0.128 0.136 0.584 0.152
#> SRR191629 3 0.552 0.536548 0.072 0.060 0.780 0.088
#> SRR191630 3 0.753 0.424860 0.164 0.036 0.600 0.200
#> SRR191631 3 0.645 0.487593 0.064 0.060 0.704 0.172
#> SRR191632 1 0.652 0.373404 0.624 0.008 0.280 0.088
#> SRR191633 3 0.913 0.074194 0.092 0.300 0.412 0.196
#> SRR191634 1 0.506 0.465193 0.788 0.104 0.012 0.096
#> SRR191635 3 0.574 0.540991 0.084 0.076 0.768 0.072
#> SRR191636 1 0.571 0.465691 0.756 0.080 0.032 0.132
#> SRR191637 1 0.830 0.240912 0.560 0.092 0.156 0.192
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 1 0.701 0.00508 0.432 0.032 0.428 0.020 0.088
#> SRR191394 1 0.320 0.53310 0.880 0.032 0.052 0.008 0.028
#> SRR191396 1 0.915 0.05397 0.340 0.052 0.272 0.156 0.180
#> SRR191397 1 0.810 0.18943 0.476 0.032 0.212 0.212 0.068
#> SRR191398 1 0.263 0.50859 0.892 0.016 0.000 0.012 0.080
#> SRR191399 3 0.764 0.31911 0.280 0.016 0.500 0.080 0.124
#> SRR191400 1 0.207 0.52357 0.928 0.004 0.016 0.008 0.044
#> SRR191401 1 0.600 0.32295 0.600 0.012 0.312 0.024 0.052
#> SRR191402 3 0.732 0.36995 0.272 0.104 0.544 0.040 0.040
#> SRR191403 3 0.663 0.35546 0.328 0.028 0.556 0.044 0.044
#> SRR191404 1 0.899 0.01490 0.348 0.032 0.180 0.184 0.256
#> SRR191405 4 0.940 -0.12076 0.204 0.052 0.228 0.272 0.244
#> SRR191406 3 0.818 0.24579 0.148 0.036 0.476 0.252 0.088
#> SRR191407 1 0.661 0.46646 0.660 0.040 0.048 0.096 0.156
#> SRR191408 3 0.909 0.04285 0.064 0.112 0.364 0.248 0.212
#> SRR191409 1 0.799 -0.01800 0.364 0.024 0.300 0.032 0.280
#> SRR191410 3 0.609 0.46878 0.108 0.028 0.696 0.036 0.132
#> SRR191411 3 0.743 0.23310 0.080 0.020 0.496 0.080 0.324
#> SRR191412 1 0.683 0.26402 0.536 0.016 0.312 0.024 0.112
#> SRR191413 3 0.754 0.30610 0.056 0.020 0.516 0.148 0.260
#> SRR191414 3 0.699 0.30405 0.332 0.032 0.528 0.040 0.068
#> SRR191415 3 0.633 0.46949 0.060 0.020 0.668 0.076 0.176
#> SRR191416 3 0.552 0.49139 0.072 0.048 0.752 0.036 0.092
#> SRR191418 1 0.747 0.14799 0.448 0.056 0.388 0.044 0.064
#> SRR191419 1 0.679 0.44084 0.636 0.016 0.100 0.092 0.156
#> SRR191420 3 0.789 0.24003 0.100 0.320 0.468 0.044 0.068
#> SRR191421 3 0.705 0.35961 0.300 0.032 0.540 0.028 0.100
#> SRR191422 2 0.597 0.43232 0.112 0.720 0.076 0.052 0.040
#> SRR191423 5 0.816 0.25021 0.036 0.236 0.148 0.092 0.488
#> SRR191424 5 0.903 0.10978 0.200 0.052 0.124 0.260 0.364
#> SRR191425 3 0.610 0.44243 0.020 0.128 0.676 0.024 0.152
#> SRR191426 3 0.636 0.26864 0.004 0.060 0.612 0.256 0.068
#> SRR191427 2 0.898 0.27149 0.176 0.440 0.172 0.112 0.100
#> SRR191428 3 0.507 0.41288 0.000 0.044 0.720 0.200 0.036
#> SRR191429 4 0.965 -0.11336 0.232 0.136 0.112 0.284 0.236
#> SRR191430 5 0.950 0.09313 0.100 0.124 0.204 0.276 0.296
#> SRR191431 5 0.852 0.14127 0.344 0.120 0.044 0.112 0.380
#> SRR191432 2 0.793 0.11033 0.028 0.444 0.096 0.336 0.096
#> SRR191433 2 0.967 -0.07991 0.252 0.276 0.168 0.100 0.204
#> SRR191434 1 0.928 -0.22783 0.288 0.072 0.240 0.112 0.288
#> SRR191435 4 0.869 0.16758 0.036 0.300 0.260 0.324 0.080
#> SRR191436 5 0.868 0.28879 0.096 0.104 0.240 0.104 0.456
#> SRR191437 2 0.559 0.44064 0.056 0.744 0.028 0.068 0.104
#> SRR191438 5 0.798 0.19279 0.020 0.072 0.336 0.152 0.420
#> SRR191439 2 0.584 0.39756 0.028 0.720 0.044 0.080 0.128
#> SRR191440 1 0.936 -0.21206 0.280 0.252 0.052 0.180 0.236
#> SRR191441 2 0.678 0.09470 0.068 0.452 0.016 0.036 0.428
#> SRR191442 5 0.819 0.15975 0.020 0.284 0.268 0.056 0.372
#> SRR191443 3 0.834 0.06026 0.104 0.024 0.376 0.148 0.348
#> SRR191444 3 0.889 0.10455 0.208 0.044 0.392 0.128 0.228
#> SRR191445 2 0.877 0.03666 0.196 0.388 0.168 0.024 0.224
#> SRR191446 2 0.821 0.30719 0.060 0.500 0.100 0.236 0.104
#> SRR191447 2 0.568 0.42239 0.008 0.712 0.044 0.148 0.088
#> SRR191448 1 0.766 0.24552 0.476 0.048 0.336 0.088 0.052
#> SRR191449 3 0.462 0.44121 0.000 0.016 0.748 0.188 0.048
#> SRR191450 3 0.871 0.00991 0.068 0.060 0.356 0.192 0.324
#> SRR191451 3 0.924 0.17038 0.152 0.108 0.396 0.128 0.216
#> SRR191452 4 0.890 0.04299 0.124 0.288 0.056 0.380 0.152
#> SRR191453 5 0.793 0.30633 0.024 0.132 0.252 0.096 0.496
#> SRR191454 5 0.950 0.28950 0.220 0.204 0.196 0.072 0.308
#> SRR191455 5 0.877 0.20981 0.048 0.188 0.272 0.100 0.392
#> SRR191456 1 0.968 -0.16995 0.292 0.216 0.168 0.104 0.220
#> SRR191457 1 0.889 0.14515 0.448 0.172 0.112 0.088 0.180
#> SRR191458 5 0.943 0.10118 0.192 0.056 0.232 0.256 0.264
#> SRR191459 3 0.634 0.45730 0.052 0.056 0.680 0.048 0.164
#> SRR191460 3 0.818 0.25323 0.152 0.068 0.476 0.048 0.256
#> SRR191461 3 0.630 0.15743 0.004 0.056 0.536 0.364 0.040
#> SRR191462 5 0.897 0.28899 0.208 0.056 0.200 0.132 0.404
#> SRR191463 1 0.905 0.08209 0.352 0.096 0.064 0.248 0.240
#> SRR191464 3 0.845 -0.12260 0.000 0.156 0.296 0.264 0.284
#> SRR191465 2 0.907 0.11838 0.056 0.336 0.108 0.268 0.232
#> SRR191466 2 0.754 0.07407 0.016 0.500 0.244 0.196 0.044
#> SRR191467 2 0.939 -0.04932 0.100 0.324 0.176 0.120 0.280
#> SRR191468 1 0.871 -0.12663 0.340 0.264 0.044 0.072 0.280
#> SRR191469 3 0.808 0.20493 0.100 0.264 0.496 0.060 0.080
#> SRR191470 4 0.699 0.34161 0.004 0.068 0.276 0.548 0.104
#> SRR191471 1 0.958 -0.01466 0.336 0.180 0.108 0.168 0.208
#> SRR191472 2 0.529 0.41372 0.036 0.764 0.040 0.104 0.056
#> SRR191473 3 0.758 0.03298 0.028 0.080 0.440 0.380 0.072
#> SRR191474 3 0.339 0.48706 0.000 0.020 0.860 0.064 0.056
#> SRR191475 2 0.515 0.43074 0.076 0.772 0.028 0.036 0.088
#> SRR191476 4 0.891 -0.00318 0.048 0.324 0.128 0.340 0.160
#> SRR191477 3 0.635 0.40763 0.000 0.096 0.644 0.176 0.084
#> SRR191478 2 0.880 0.06671 0.312 0.384 0.076 0.088 0.140
#> SRR191479 3 0.919 -0.01376 0.264 0.140 0.376 0.120 0.100
#> SRR191480 3 0.638 0.39500 0.028 0.208 0.652 0.064 0.048
#> SRR191481 3 0.772 0.19629 0.004 0.128 0.472 0.112 0.284
#> SRR191482 3 0.595 0.42482 0.012 0.128 0.704 0.096 0.060
#> SRR191483 3 0.821 0.04316 0.028 0.264 0.420 0.228 0.060
#> SRR191484 3 0.607 0.36084 0.004 0.048 0.624 0.268 0.056
#> SRR191485 5 0.944 0.04084 0.228 0.272 0.132 0.080 0.288
#> SRR191486 4 0.742 0.22564 0.016 0.064 0.304 0.504 0.112
#> SRR191487 4 0.942 0.11752 0.132 0.156 0.120 0.364 0.228
#> SRR191488 1 0.804 0.16005 0.424 0.020 0.108 0.112 0.336
#> SRR191489 2 0.915 0.06701 0.260 0.300 0.232 0.172 0.036
#> SRR191490 2 0.720 0.31290 0.028 0.584 0.064 0.220 0.104
#> SRR191491 2 0.876 -0.03663 0.028 0.312 0.104 0.276 0.280
#> SRR191492 3 0.821 0.13468 0.048 0.204 0.460 0.236 0.052
#> SRR191493 4 0.697 0.22475 0.008 0.120 0.084 0.600 0.188
#> SRR191494 5 0.693 0.16811 0.368 0.108 0.016 0.024 0.484
#> SRR191495 3 0.481 0.42270 0.000 0.028 0.740 0.188 0.044
#> SRR191496 2 0.619 0.34376 0.188 0.648 0.004 0.036 0.124
#> SRR191497 3 0.734 0.40839 0.080 0.056 0.576 0.232 0.056
#> SRR191498 1 0.911 0.06653 0.344 0.060 0.260 0.224 0.112
#> SRR191499 3 0.560 0.30217 0.004 0.268 0.644 0.072 0.012
#> SRR191500 2 0.671 -0.04226 0.008 0.456 0.396 0.128 0.012
#> SRR191501 2 0.884 0.27019 0.072 0.428 0.132 0.244 0.124
#> SRR191502 2 0.890 0.30524 0.092 0.444 0.104 0.188 0.172
#> SRR191503 2 0.876 0.24577 0.220 0.452 0.092 0.092 0.144
#> SRR191504 2 0.586 0.37722 0.016 0.700 0.088 0.160 0.036
#> SRR191505 5 0.815 0.06668 0.112 0.224 0.020 0.168 0.476
#> SRR191506 2 0.535 0.37261 0.216 0.692 0.000 0.028 0.064
#> SRR191507 4 0.932 0.14291 0.252 0.164 0.200 0.324 0.060
#> SRR191508 4 0.854 0.07446 0.028 0.316 0.116 0.380 0.160
#> SRR191509 4 0.765 0.32870 0.008 0.056 0.276 0.464 0.196
#> SRR191510 4 0.954 -0.02913 0.264 0.136 0.136 0.324 0.140
#> SRR191511 4 0.784 -0.03424 0.040 0.372 0.048 0.420 0.120
#> SRR191512 2 0.883 0.16994 0.272 0.396 0.056 0.104 0.172
#> SRR191513 1 0.920 0.07084 0.364 0.148 0.064 0.240 0.184
#> SRR191514 2 0.871 0.32602 0.072 0.464 0.128 0.200 0.136
#> SRR191515 3 0.887 -0.02565 0.248 0.032 0.316 0.288 0.116
#> SRR191516 3 0.573 0.18223 0.008 0.024 0.556 0.384 0.028
#> SRR191517 3 0.617 0.12858 0.000 0.056 0.504 0.404 0.036
#> SRR191518 3 0.801 -0.05879 0.028 0.100 0.396 0.380 0.096
#> SRR191519 4 0.594 0.23452 0.000 0.028 0.312 0.592 0.068
#> SRR191520 4 0.745 0.24839 0.004 0.272 0.324 0.376 0.024
#> SRR191521 2 0.777 0.30711 0.000 0.460 0.096 0.220 0.224
#> SRR191522 4 0.766 0.17615 0.008 0.164 0.224 0.512 0.092
#> SRR191523 5 0.857 0.25583 0.260 0.148 0.036 0.128 0.428
#> SRR191524 2 0.852 0.16242 0.128 0.440 0.064 0.280 0.088
#> SRR191525 4 0.780 0.35914 0.060 0.068 0.272 0.516 0.084
#> SRR191526 1 0.865 -0.00563 0.412 0.156 0.024 0.192 0.216
#> SRR191527 1 0.515 0.40335 0.712 0.096 0.012 0.000 0.180
#> SRR191528 1 0.530 0.46824 0.712 0.016 0.024 0.040 0.208
#> SRR191529 5 0.819 0.30540 0.160 0.104 0.052 0.164 0.520
#> SRR191530 2 0.935 0.08795 0.260 0.260 0.048 0.240 0.192
#> SRR191531 2 0.780 0.17326 0.260 0.460 0.012 0.060 0.208
#> SRR191532 3 0.909 0.14647 0.060 0.176 0.396 0.164 0.204
#> SRR191533 3 0.926 -0.30182 0.048 0.172 0.292 0.284 0.204
#> SRR191534 2 0.888 0.25992 0.124 0.444 0.076 0.188 0.168
#> SRR191535 3 0.791 0.17213 0.040 0.096 0.484 0.296 0.084
#> SRR191536 5 0.843 0.28849 0.188 0.172 0.088 0.064 0.488
#> SRR191537 1 0.919 0.14824 0.396 0.104 0.148 0.232 0.120
#> SRR191538 2 0.649 0.31563 0.000 0.580 0.124 0.260 0.036
#> SRR191539 1 0.698 0.40836 0.600 0.028 0.036 0.152 0.184
#> SRR191540 2 0.724 0.36425 0.108 0.620 0.136 0.092 0.044
#> SRR191541 2 0.815 0.36044 0.140 0.532 0.064 0.096 0.168
#> SRR191542 5 0.700 0.24142 0.228 0.184 0.008 0.032 0.548
#> SRR191543 3 0.931 -0.06028 0.088 0.100 0.312 0.276 0.224
#> SRR191544 2 0.905 0.18615 0.092 0.404 0.092 0.208 0.204
#> SRR191545 4 0.737 0.14053 0.004 0.368 0.144 0.432 0.052
#> SRR191546 2 0.623 0.40259 0.068 0.696 0.028 0.084 0.124
#> SRR191547 4 0.875 0.18773 0.060 0.320 0.204 0.348 0.068
#> SRR191548 1 0.478 0.50955 0.792 0.012 0.076 0.072 0.048
#> SRR191549 1 0.242 0.52767 0.916 0.016 0.032 0.004 0.032
#> SRR191550 1 0.404 0.53009 0.832 0.016 0.064 0.016 0.072
#> SRR191551 1 0.334 0.52218 0.872 0.024 0.040 0.008 0.056
#> SRR191552 1 0.157 0.51841 0.952 0.020 0.004 0.008 0.016
#> SRR191553 1 0.421 0.51917 0.832 0.036 0.028 0.040 0.064
#> SRR191554 1 0.215 0.52048 0.928 0.024 0.008 0.008 0.032
#> SRR191555 3 0.643 0.44523 0.036 0.044 0.676 0.124 0.120
#> SRR191556 3 0.805 0.32667 0.228 0.028 0.480 0.192 0.072
#> SRR191557 3 0.418 0.48688 0.072 0.032 0.832 0.032 0.032
#> SRR191558 1 0.588 0.49681 0.708 0.016 0.044 0.100 0.132
#> SRR191559 3 0.528 0.38652 0.004 0.024 0.652 0.292 0.028
#> SRR191560 3 0.667 0.43246 0.068 0.040 0.640 0.200 0.052
#> SRR191561 1 0.428 0.47381 0.808 0.064 0.008 0.016 0.104
#> SRR191562 1 0.526 0.51641 0.764 0.028 0.096 0.036 0.076
#> SRR191563 3 0.826 0.28250 0.184 0.048 0.468 0.236 0.064
#> SRR191564 4 0.558 -0.03391 0.000 0.016 0.420 0.524 0.040
#> SRR191565 3 0.769 0.37480 0.248 0.020 0.508 0.160 0.064
#> SRR191566 3 0.482 0.50021 0.048 0.024 0.796 0.064 0.068
#> SRR191567 1 0.813 0.02415 0.388 0.020 0.336 0.188 0.068
#> SRR191568 1 0.840 0.19499 0.440 0.044 0.288 0.108 0.120
#> SRR191569 3 0.913 0.00411 0.160 0.076 0.332 0.316 0.116
#> SRR191570 1 0.692 0.30576 0.556 0.012 0.288 0.088 0.056
#> SRR191571 1 0.737 0.12677 0.456 0.028 0.380 0.048 0.088
#> SRR191572 1 0.392 0.52576 0.832 0.012 0.104 0.024 0.028
#> SRR191573 3 0.844 0.20677 0.292 0.044 0.432 0.128 0.104
#> SRR191574 1 0.557 0.50719 0.736 0.028 0.112 0.028 0.096
#> SRR191575 1 0.771 0.36149 0.536 0.052 0.220 0.148 0.044
#> SRR191576 5 0.904 0.03063 0.288 0.040 0.228 0.132 0.312
#> SRR191577 1 0.716 0.38564 0.580 0.016 0.216 0.116 0.072
#> SRR191578 3 0.664 0.45778 0.136 0.036 0.664 0.100 0.064
#> SRR191579 1 0.595 0.45984 0.696 0.036 0.088 0.020 0.160
#> SRR191580 1 0.237 0.52790 0.920 0.012 0.020 0.012 0.036
#> SRR191581 1 0.315 0.51324 0.868 0.024 0.004 0.012 0.092
#> SRR191582 1 0.356 0.52375 0.860 0.012 0.028 0.028 0.072
#> SRR191583 1 0.528 0.45260 0.732 0.048 0.012 0.036 0.172
#> SRR191584 1 0.358 0.51721 0.860 0.024 0.012 0.040 0.064
#> SRR191585 3 0.479 0.31234 0.004 0.016 0.652 0.320 0.008
#> SRR191586 3 0.345 0.47746 0.008 0.028 0.864 0.072 0.028
#> SRR191587 3 0.690 0.36241 0.072 0.044 0.576 0.032 0.276
#> SRR191588 3 0.490 0.47143 0.236 0.008 0.712 0.024 0.020
#> SRR191589 3 0.613 0.43532 0.196 0.012 0.640 0.012 0.140
#> SRR191590 1 0.598 0.49698 0.724 0.052 0.052 0.096 0.076
#> SRR191591 3 0.733 0.43042 0.196 0.052 0.592 0.056 0.104
#> SRR191592 3 0.718 0.40318 0.112 0.020 0.568 0.240 0.060
#> SRR191593 3 0.589 0.49101 0.076 0.048 0.732 0.076 0.068
#> SRR191594 3 0.812 0.32404 0.212 0.072 0.524 0.100 0.092
#> SRR191595 3 0.819 0.27024 0.152 0.028 0.448 0.284 0.088
#> SRR191596 3 0.736 0.15167 0.376 0.012 0.444 0.116 0.052
#> SRR191597 3 0.509 0.40543 0.004 0.040 0.700 0.236 0.020
#> SRR191598 3 0.631 0.43977 0.248 0.000 0.588 0.144 0.020
#> SRR191599 3 0.614 0.44907 0.120 0.020 0.648 0.200 0.012
#> SRR191600 3 0.755 0.31673 0.304 0.020 0.476 0.160 0.040
#> SRR191601 3 0.645 0.40815 0.016 0.048 0.636 0.216 0.084
#> SRR191602 3 0.528 0.46426 0.048 0.028 0.756 0.128 0.040
#> SRR191603 3 0.393 0.45318 0.000 0.008 0.792 0.168 0.032
#> SRR191604 3 0.732 0.11567 0.064 0.016 0.436 0.400 0.084
#> SRR191605 3 0.574 0.40400 0.008 0.032 0.652 0.260 0.048
#> SRR191606 3 0.844 0.26482 0.272 0.020 0.396 0.212 0.100
#> SRR191607 3 0.470 0.28647 0.000 0.016 0.640 0.336 0.008
#> SRR191608 3 0.539 0.20418 0.000 0.024 0.592 0.356 0.028
#> SRR191609 3 0.607 0.14511 0.000 0.024 0.528 0.380 0.068
#> SRR191610 3 0.427 0.34601 0.000 0.004 0.708 0.272 0.016
#> SRR191611 3 0.436 0.46119 0.008 0.144 0.792 0.032 0.024
#> SRR191612 3 0.548 0.36212 0.004 0.024 0.620 0.320 0.032
#> SRR191613 5 0.896 0.19222 0.228 0.060 0.312 0.084 0.316
#> SRR191614 3 0.606 0.41109 0.036 0.032 0.668 0.216 0.048
#> SRR191615 3 0.547 0.47114 0.048 0.020 0.728 0.164 0.040
#> SRR191616 1 0.688 0.43502 0.648 0.052 0.148 0.064 0.088
#> SRR191617 1 0.811 0.04729 0.452 0.032 0.084 0.132 0.300
#> SRR191618 2 0.837 -0.08991 0.064 0.364 0.236 0.028 0.308
#> SRR191619 3 0.803 0.22671 0.100 0.032 0.488 0.264 0.116
#> SRR191620 4 0.957 -0.03137 0.212 0.080 0.232 0.292 0.184
#> SRR191621 4 0.756 0.05898 0.072 0.040 0.412 0.416 0.060
#> SRR191622 3 0.778 0.32753 0.068 0.064 0.544 0.096 0.228
#> SRR191623 3 0.416 0.47266 0.004 0.024 0.800 0.144 0.028
#> SRR191624 3 0.488 0.49534 0.100 0.040 0.788 0.032 0.040
#> SRR191625 3 0.692 0.39717 0.252 0.032 0.580 0.108 0.028
#> SRR191626 2 0.662 -0.05646 0.020 0.472 0.412 0.080 0.016
#> SRR191627 3 0.710 0.29461 0.064 0.032 0.540 0.308 0.056
#> SRR191628 3 0.702 0.43978 0.108 0.136 0.636 0.040 0.080
#> SRR191629 3 0.471 0.45355 0.036 0.012 0.768 0.160 0.024
#> SRR191630 3 0.739 0.42713 0.148 0.052 0.604 0.072 0.124
#> SRR191631 3 0.588 0.36947 0.024 0.036 0.644 0.268 0.028
#> SRR191632 1 0.656 0.34748 0.564 0.040 0.324 0.040 0.032
#> SRR191633 4 0.820 0.10972 0.032 0.224 0.300 0.396 0.048
#> SRR191634 1 0.534 0.42175 0.740 0.140 0.028 0.016 0.076
#> SRR191635 3 0.474 0.43622 0.048 0.020 0.740 0.192 0.000
#> SRR191636 1 0.574 0.45041 0.720 0.076 0.016 0.052 0.136
#> SRR191637 1 0.856 0.12358 0.500 0.144 0.104 0.100 0.152
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.690 0.21311 0.352 0.056 0.484 0.040 0.044 0.024
#> SRR191394 1 0.438 0.55645 0.804 0.028 0.072 0.028 0.052 0.016
#> SRR191396 3 0.892 -0.15460 0.256 0.016 0.304 0.152 0.168 0.104
#> SRR191397 1 0.712 0.18099 0.440 0.004 0.168 0.040 0.028 0.320
#> SRR191398 1 0.295 0.52220 0.828 0.008 0.004 0.000 0.156 0.004
#> SRR191399 3 0.760 0.33111 0.248 0.028 0.492 0.032 0.120 0.080
#> SRR191400 1 0.386 0.55967 0.836 0.016 0.020 0.052 0.052 0.024
#> SRR191401 1 0.571 0.39057 0.616 0.012 0.280 0.028 0.020 0.044
#> SRR191402 3 0.670 0.31883 0.292 0.092 0.536 0.024 0.036 0.020
#> SRR191403 3 0.724 0.32052 0.276 0.056 0.512 0.024 0.040 0.092
#> SRR191404 4 0.854 -0.03117 0.236 0.016 0.100 0.316 0.268 0.064
#> SRR191405 4 0.941 0.06736 0.144 0.064 0.160 0.328 0.160 0.144
#> SRR191406 4 0.725 0.20314 0.108 0.004 0.320 0.460 0.056 0.052
#> SRR191407 1 0.778 0.38860 0.512 0.048 0.072 0.204 0.120 0.044
#> SRR191408 3 0.911 -0.02007 0.056 0.056 0.300 0.152 0.236 0.200
#> SRR191409 3 0.748 -0.01095 0.268 0.008 0.388 0.040 0.268 0.028
#> SRR191410 3 0.483 0.45929 0.080 0.000 0.752 0.012 0.092 0.064
#> SRR191411 3 0.748 0.18468 0.036 0.016 0.440 0.176 0.292 0.040
#> SRR191412 3 0.700 -0.01078 0.384 0.020 0.428 0.024 0.112 0.032
#> SRR191413 4 0.757 0.04806 0.036 0.008 0.304 0.312 0.308 0.032
#> SRR191414 3 0.555 0.40131 0.188 0.000 0.676 0.044 0.060 0.032
#> SRR191415 3 0.668 0.41364 0.060 0.008 0.604 0.052 0.184 0.092
#> SRR191416 3 0.443 0.44015 0.048 0.032 0.808 0.040 0.044 0.028
#> SRR191418 1 0.703 0.10266 0.436 0.024 0.392 0.068 0.040 0.040
#> SRR191419 1 0.577 0.49905 0.676 0.008 0.040 0.148 0.108 0.020
#> SRR191420 3 0.725 0.20346 0.056 0.340 0.468 0.028 0.052 0.056
#> SRR191421 3 0.623 0.39952 0.216 0.056 0.624 0.012 0.064 0.028
#> SRR191422 2 0.543 0.42934 0.072 0.740 0.068 0.036 0.024 0.060
#> SRR191423 5 0.803 0.28518 0.008 0.176 0.180 0.088 0.460 0.088
#> SRR191424 6 0.773 -0.01469 0.164 0.020 0.072 0.024 0.324 0.396
#> SRR191425 3 0.446 0.44136 0.008 0.060 0.784 0.016 0.104 0.028
#> SRR191426 3 0.487 0.15968 0.004 0.008 0.588 0.012 0.020 0.368
#> SRR191427 2 0.906 0.22829 0.104 0.368 0.144 0.204 0.128 0.052
#> SRR191428 3 0.436 0.36670 0.004 0.004 0.724 0.024 0.020 0.224
#> SRR191429 4 0.932 -0.06924 0.160 0.092 0.072 0.336 0.152 0.188
#> SRR191430 6 0.910 0.02245 0.076 0.088 0.196 0.080 0.220 0.340
#> SRR191431 1 0.882 0.05798 0.368 0.080 0.084 0.064 0.264 0.140
#> SRR191432 6 0.767 -0.02899 0.012 0.344 0.032 0.128 0.088 0.396
#> SRR191433 2 0.942 -0.07038 0.200 0.256 0.164 0.048 0.224 0.108
#> SRR191434 1 0.914 -0.13697 0.276 0.060 0.260 0.052 0.192 0.160
#> SRR191435 6 0.901 0.16220 0.052 0.212 0.252 0.120 0.060 0.304
#> SRR191436 5 0.872 0.30759 0.080 0.104 0.244 0.096 0.404 0.072
#> SRR191437 2 0.662 0.41027 0.056 0.644 0.020 0.084 0.100 0.096
#> SRR191438 5 0.752 0.21807 0.016 0.056 0.264 0.016 0.420 0.228
#> SRR191439 2 0.555 0.37417 0.008 0.676 0.032 0.008 0.160 0.116
#> SRR191440 4 0.943 -0.22156 0.200 0.156 0.040 0.236 0.236 0.132
#> SRR191441 5 0.674 0.01044 0.056 0.376 0.016 0.016 0.464 0.072
#> SRR191442 5 0.775 0.23455 0.004 0.192 0.340 0.060 0.356 0.048
#> SRR191443 3 0.841 0.01373 0.092 0.032 0.384 0.084 0.300 0.108
#> SRR191444 3 0.844 0.19956 0.172 0.032 0.416 0.044 0.188 0.148
#> SRR191445 2 0.870 -0.00217 0.140 0.352 0.200 0.036 0.228 0.044
#> SRR191446 2 0.798 0.32389 0.040 0.416 0.036 0.308 0.076 0.124
#> SRR191447 2 0.558 0.42451 0.000 0.660 0.000 0.152 0.072 0.116
#> SRR191448 1 0.764 0.10452 0.452 0.028 0.224 0.224 0.036 0.036
#> SRR191449 3 0.564 0.10479 0.020 0.000 0.508 0.400 0.012 0.060
#> SRR191450 3 0.900 0.00160 0.084 0.044 0.328 0.136 0.264 0.144
#> SRR191451 3 0.881 0.15375 0.116 0.088 0.440 0.124 0.140 0.092
#> SRR191452 6 0.706 0.13565 0.112 0.252 0.020 0.024 0.060 0.532
#> SRR191453 5 0.791 0.32577 0.032 0.132 0.232 0.024 0.460 0.120
#> SRR191454 5 0.921 0.25838 0.120 0.132 0.268 0.064 0.312 0.104
#> SRR191455 5 0.789 0.28261 0.028 0.128 0.260 0.024 0.444 0.116
#> SRR191456 5 0.964 0.14623 0.204 0.152 0.220 0.104 0.236 0.084
#> SRR191457 1 0.869 -0.04023 0.316 0.124 0.052 0.204 0.276 0.028
#> SRR191458 4 0.828 0.17644 0.112 0.040 0.152 0.472 0.160 0.064
#> SRR191459 3 0.533 0.44362 0.028 0.028 0.728 0.036 0.140 0.040
#> SRR191460 3 0.731 0.30321 0.104 0.044 0.564 0.044 0.188 0.056
#> SRR191461 6 0.593 0.01456 0.008 0.008 0.436 0.040 0.044 0.464
#> SRR191462 5 0.847 0.30485 0.192 0.048 0.192 0.032 0.408 0.128
#> SRR191463 4 0.926 -0.08290 0.240 0.124 0.056 0.316 0.152 0.112
#> SRR191464 3 0.843 -0.14752 0.008 0.096 0.296 0.068 0.260 0.272
#> SRR191465 6 0.947 -0.06080 0.060 0.216 0.120 0.140 0.184 0.280
#> SRR191466 2 0.741 -0.01110 0.004 0.420 0.288 0.024 0.060 0.204
#> SRR191467 2 0.950 -0.05726 0.064 0.256 0.212 0.116 0.224 0.128
#> SRR191468 2 0.902 -0.00465 0.244 0.288 0.040 0.108 0.240 0.080
#> SRR191469 3 0.823 0.18099 0.080 0.208 0.476 0.052 0.100 0.084
#> SRR191470 6 0.583 0.43069 0.008 0.036 0.180 0.096 0.020 0.660
#> SRR191471 1 0.975 -0.04566 0.280 0.124 0.132 0.176 0.148 0.140
#> SRR191472 2 0.608 0.41368 0.024 0.688 0.064 0.044 0.072 0.108
#> SRR191473 6 0.720 0.10002 0.020 0.040 0.392 0.108 0.032 0.408
#> SRR191474 3 0.464 0.37316 0.004 0.012 0.732 0.192 0.032 0.028
#> SRR191475 2 0.534 0.41946 0.040 0.748 0.040 0.040 0.084 0.048
#> SRR191476 2 0.859 0.02730 0.036 0.320 0.052 0.196 0.092 0.304
#> SRR191477 3 0.726 0.13551 0.004 0.096 0.472 0.308 0.064 0.056
#> SRR191478 2 0.916 0.07830 0.248 0.344 0.116 0.096 0.108 0.088
#> SRR191479 3 0.890 -0.01150 0.172 0.084 0.392 0.192 0.100 0.060
#> SRR191480 3 0.667 0.38713 0.020 0.156 0.624 0.072 0.040 0.088
#> SRR191481 3 0.776 0.07186 0.020 0.056 0.432 0.072 0.316 0.104
#> SRR191482 3 0.684 0.31460 0.020 0.084 0.592 0.200 0.052 0.052
#> SRR191483 3 0.845 0.01816 0.020 0.252 0.384 0.124 0.060 0.160
#> SRR191484 3 0.547 0.26583 0.000 0.024 0.608 0.024 0.044 0.300
#> SRR191485 5 0.951 0.10808 0.148 0.212 0.144 0.080 0.300 0.116
#> SRR191486 6 0.727 0.33390 0.020 0.020 0.204 0.168 0.068 0.520
#> SRR191487 6 0.944 0.07826 0.120 0.172 0.092 0.112 0.172 0.332
#> SRR191488 5 0.847 0.05801 0.308 0.032 0.108 0.168 0.340 0.044
#> SRR191489 4 0.858 0.12974 0.188 0.244 0.148 0.352 0.028 0.040
#> SRR191490 2 0.792 0.28538 0.044 0.488 0.052 0.076 0.112 0.228
#> SRR191491 6 0.843 -0.01511 0.016 0.220 0.096 0.056 0.292 0.320
#> SRR191492 3 0.852 -0.13357 0.032 0.256 0.344 0.084 0.052 0.232
#> SRR191493 6 0.682 0.23406 0.012 0.076 0.008 0.308 0.096 0.500
#> SRR191494 5 0.659 0.28679 0.260 0.104 0.016 0.044 0.560 0.016
#> SRR191495 3 0.627 0.32049 0.000 0.004 0.568 0.172 0.052 0.204
#> SRR191496 2 0.627 0.32361 0.192 0.624 0.004 0.048 0.096 0.036
#> SRR191497 3 0.748 0.26707 0.084 0.032 0.520 0.228 0.032 0.104
#> SRR191498 4 0.824 -0.05154 0.352 0.036 0.116 0.356 0.080 0.060
#> SRR191499 3 0.669 0.18550 0.016 0.272 0.504 0.176 0.008 0.024
#> SRR191500 2 0.759 -0.06552 0.032 0.384 0.380 0.108 0.020 0.076
#> SRR191501 4 0.686 -0.16918 0.072 0.360 0.012 0.472 0.052 0.032
#> SRR191502 2 0.746 0.33318 0.044 0.464 0.036 0.308 0.116 0.032
#> SRR191503 2 0.882 0.20813 0.176 0.408 0.096 0.128 0.148 0.044
#> SRR191504 2 0.576 0.41630 0.012 0.696 0.048 0.108 0.028 0.108
#> SRR191505 5 0.795 0.15414 0.072 0.172 0.016 0.128 0.492 0.120
#> SRR191506 2 0.562 0.36651 0.204 0.664 0.004 0.064 0.048 0.016
#> SRR191507 6 0.892 0.18321 0.252 0.152 0.132 0.056 0.060 0.348
#> SRR191508 6 0.762 0.23116 0.020 0.240 0.128 0.012 0.136 0.464
#> SRR191509 6 0.588 0.39771 0.008 0.036 0.156 0.028 0.104 0.668
#> SRR191510 1 0.980 -0.13863 0.232 0.124 0.112 0.188 0.136 0.208
#> SRR191511 6 0.703 0.05609 0.040 0.300 0.000 0.100 0.072 0.488
#> SRR191512 2 0.895 0.11070 0.248 0.348 0.044 0.112 0.160 0.088
#> SRR191513 4 0.824 -0.09672 0.328 0.124 0.012 0.336 0.152 0.048
#> SRR191514 4 0.827 -0.24762 0.072 0.336 0.028 0.356 0.140 0.068
#> SRR191515 4 0.858 0.26262 0.168 0.036 0.216 0.408 0.080 0.092
#> SRR191516 6 0.567 -0.01915 0.020 0.008 0.448 0.048 0.008 0.468
#> SRR191517 4 0.606 0.22895 0.004 0.012 0.260 0.524 0.000 0.200
#> SRR191518 4 0.776 0.17883 0.020 0.052 0.228 0.452 0.044 0.204
#> SRR191519 6 0.607 0.23419 0.004 0.008 0.180 0.256 0.008 0.544
#> SRR191520 6 0.806 0.19730 0.004 0.260 0.192 0.204 0.016 0.324
#> SRR191521 2 0.707 0.20397 0.004 0.380 0.024 0.328 0.244 0.020
#> SRR191522 4 0.725 0.20319 0.032 0.112 0.100 0.556 0.020 0.180
#> SRR191523 5 0.824 0.27145 0.172 0.108 0.036 0.052 0.460 0.172
#> SRR191524 2 0.827 0.20041 0.088 0.428 0.064 0.064 0.076 0.280
#> SRR191525 6 0.605 0.42870 0.060 0.048 0.140 0.052 0.020 0.680
#> SRR191526 1 0.882 -0.10768 0.312 0.116 0.016 0.100 0.200 0.256
#> SRR191527 1 0.594 0.36441 0.620 0.104 0.024 0.012 0.228 0.012
#> SRR191528 1 0.669 0.34365 0.544 0.024 0.044 0.056 0.296 0.036
#> SRR191529 5 0.801 0.32035 0.108 0.040 0.080 0.088 0.508 0.176
#> SRR191530 1 0.956 -0.17398 0.244 0.184 0.048 0.160 0.164 0.200
#> SRR191531 2 0.791 0.16577 0.172 0.440 0.008 0.064 0.240 0.076
#> SRR191532 3 0.899 0.05816 0.072 0.116 0.384 0.188 0.168 0.072
#> SRR191533 6 0.938 0.14443 0.044 0.196 0.228 0.096 0.192 0.244
#> SRR191534 2 0.837 0.24331 0.088 0.408 0.068 0.264 0.140 0.032
#> SRR191535 3 0.855 0.06386 0.060 0.084 0.404 0.136 0.060 0.256
#> SRR191536 5 0.844 0.29507 0.180 0.152 0.096 0.076 0.452 0.044
#> SRR191537 4 0.784 0.13914 0.316 0.084 0.076 0.436 0.048 0.040
#> SRR191538 2 0.507 0.34316 0.004 0.576 0.020 0.368 0.004 0.028
#> SRR191539 1 0.712 0.36841 0.540 0.040 0.004 0.192 0.152 0.072
#> SRR191540 2 0.755 0.34594 0.080 0.560 0.156 0.080 0.036 0.088
#> SRR191541 2 0.776 0.31472 0.080 0.500 0.048 0.132 0.212 0.028
#> SRR191542 5 0.704 0.24700 0.128 0.172 0.024 0.056 0.580 0.040
#> SRR191543 3 0.943 -0.01721 0.092 0.072 0.296 0.208 0.148 0.184
#> SRR191544 2 0.921 0.14238 0.052 0.308 0.108 0.260 0.136 0.136
#> SRR191545 6 0.637 0.20452 0.000 0.344 0.100 0.036 0.020 0.500
#> SRR191546 2 0.624 0.39215 0.076 0.664 0.020 0.028 0.124 0.088
#> SRR191547 6 0.837 0.18709 0.056 0.276 0.164 0.068 0.044 0.392
#> SRR191548 1 0.530 0.51455 0.724 0.004 0.060 0.040 0.040 0.132
#> SRR191549 1 0.237 0.56008 0.912 0.012 0.032 0.016 0.024 0.004
#> SRR191550 1 0.460 0.54244 0.776 0.008 0.056 0.060 0.092 0.008
#> SRR191551 1 0.401 0.55733 0.832 0.020 0.044 0.032 0.032 0.040
#> SRR191552 1 0.212 0.55522 0.924 0.008 0.024 0.020 0.020 0.004
#> SRR191553 1 0.496 0.53030 0.768 0.024 0.024 0.044 0.056 0.084
#> SRR191554 1 0.292 0.54431 0.880 0.020 0.000 0.048 0.036 0.016
#> SRR191555 3 0.707 0.41378 0.064 0.032 0.608 0.068 0.120 0.108
#> SRR191556 4 0.678 0.09155 0.180 0.004 0.348 0.428 0.028 0.012
#> SRR191557 3 0.225 0.44634 0.024 0.004 0.916 0.020 0.004 0.032
#> SRR191558 1 0.668 0.50217 0.644 0.048 0.040 0.120 0.072 0.076
#> SRR191559 3 0.590 0.01649 0.012 0.004 0.460 0.428 0.012 0.084
#> SRR191560 3 0.675 0.15964 0.068 0.008 0.500 0.336 0.048 0.040
#> SRR191561 1 0.502 0.50439 0.756 0.048 0.012 0.052 0.104 0.028
#> SRR191562 1 0.625 0.50522 0.668 0.032 0.108 0.112 0.052 0.028
#> SRR191563 4 0.693 0.17195 0.112 0.020 0.332 0.480 0.028 0.028
#> SRR191564 4 0.634 0.04694 0.004 0.012 0.212 0.416 0.000 0.356
#> SRR191565 3 0.747 0.17799 0.212 0.000 0.432 0.256 0.044 0.056
#> SRR191566 3 0.501 0.34386 0.016 0.020 0.700 0.216 0.036 0.012
#> SRR191567 1 0.794 -0.15008 0.336 0.008 0.224 0.312 0.028 0.092
#> SRR191568 1 0.836 0.20872 0.380 0.016 0.280 0.152 0.076 0.096
#> SRR191569 6 0.900 0.12304 0.096 0.068 0.292 0.160 0.072 0.312
#> SRR191570 1 0.755 0.18422 0.452 0.020 0.320 0.072 0.052 0.084
#> SRR191571 3 0.796 0.04129 0.332 0.024 0.400 0.096 0.096 0.052
#> SRR191572 1 0.576 0.53175 0.708 0.028 0.124 0.052 0.044 0.044
#> SRR191573 3 0.818 0.25407 0.224 0.056 0.468 0.120 0.068 0.064
#> SRR191574 1 0.553 0.53319 0.736 0.048 0.084 0.044 0.052 0.036
#> SRR191575 1 0.658 0.31512 0.516 0.004 0.116 0.304 0.044 0.016
#> SRR191576 5 0.928 0.13821 0.164 0.024 0.236 0.200 0.240 0.136
#> SRR191577 1 0.797 0.18983 0.424 0.020 0.140 0.284 0.084 0.048
#> SRR191578 3 0.630 0.39675 0.080 0.016 0.648 0.040 0.052 0.164
#> SRR191579 1 0.640 0.47487 0.648 0.044 0.124 0.028 0.124 0.032
#> SRR191580 1 0.373 0.55218 0.844 0.024 0.032 0.032 0.056 0.012
#> SRR191581 1 0.474 0.53944 0.780 0.032 0.016 0.048 0.088 0.036
#> SRR191582 1 0.431 0.54838 0.808 0.012 0.036 0.044 0.072 0.028
#> SRR191583 1 0.600 0.48018 0.696 0.036 0.048 0.056 0.116 0.048
#> SRR191584 1 0.384 0.54359 0.824 0.016 0.004 0.024 0.044 0.088
#> SRR191585 3 0.420 0.20940 0.000 0.008 0.608 0.004 0.004 0.376
#> SRR191586 3 0.474 0.40545 0.012 0.004 0.756 0.124 0.040 0.064
#> SRR191587 3 0.683 0.34881 0.076 0.020 0.564 0.036 0.248 0.056
#> SRR191588 3 0.465 0.43654 0.184 0.000 0.732 0.016 0.024 0.044
#> SRR191589 3 0.608 0.42171 0.172 0.020 0.636 0.012 0.132 0.028
#> SRR191590 1 0.767 0.42871 0.548 0.040 0.092 0.156 0.100 0.064
#> SRR191591 3 0.611 0.40720 0.148 0.020 0.672 0.044 0.068 0.048
#> SRR191592 3 0.740 0.30758 0.072 0.004 0.500 0.152 0.048 0.224
#> SRR191593 3 0.494 0.44159 0.056 0.008 0.768 0.060 0.064 0.044
#> SRR191594 3 0.774 0.27183 0.184 0.052 0.520 0.128 0.084 0.032
#> SRR191595 4 0.805 0.15330 0.112 0.032 0.280 0.432 0.044 0.100
#> SRR191596 3 0.749 0.11033 0.308 0.008 0.400 0.208 0.036 0.040
#> SRR191597 4 0.445 0.02434 0.004 0.008 0.480 0.500 0.000 0.008
#> SRR191598 3 0.793 0.19509 0.160 0.020 0.456 0.228 0.040 0.096
#> SRR191599 3 0.620 0.09089 0.056 0.004 0.484 0.396 0.024 0.036
#> SRR191600 3 0.810 0.16067 0.260 0.000 0.356 0.180 0.040 0.164
#> SRR191601 3 0.701 0.19545 0.004 0.032 0.504 0.288 0.096 0.076
#> SRR191602 3 0.458 0.43240 0.024 0.000 0.760 0.044 0.032 0.140
#> SRR191603 3 0.568 0.37670 0.008 0.004 0.668 0.140 0.048 0.132
#> SRR191604 4 0.801 0.21795 0.056 0.032 0.240 0.420 0.040 0.212
#> SRR191605 4 0.576 -0.01225 0.008 0.008 0.452 0.460 0.040 0.032
#> SRR191606 3 0.858 0.15745 0.164 0.012 0.372 0.200 0.072 0.180
#> SRR191607 3 0.639 0.10784 0.000 0.012 0.436 0.292 0.004 0.256
#> SRR191608 3 0.595 0.15015 0.000 0.004 0.496 0.116 0.020 0.364
#> SRR191609 6 0.589 -0.05917 0.008 0.000 0.436 0.076 0.028 0.452
#> SRR191610 3 0.461 0.25408 0.000 0.000 0.624 0.028 0.016 0.332
#> SRR191611 3 0.461 0.41271 0.008 0.136 0.756 0.068 0.004 0.028
#> SRR191612 4 0.555 0.11252 0.008 0.004 0.376 0.516 0.000 0.096
#> SRR191613 5 0.836 0.17057 0.132 0.036 0.332 0.116 0.344 0.040
#> SRR191614 3 0.533 0.11146 0.012 0.004 0.524 0.412 0.016 0.032
#> SRR191615 3 0.521 0.18411 0.036 0.004 0.572 0.364 0.016 0.008
#> SRR191616 1 0.590 0.47571 0.684 0.032 0.160 0.036 0.048 0.040
#> SRR191617 1 0.837 0.06656 0.380 0.008 0.140 0.060 0.220 0.192
#> SRR191618 2 0.787 -0.11440 0.032 0.332 0.248 0.048 0.320 0.020
#> SRR191619 3 0.886 -0.07485 0.096 0.056 0.340 0.176 0.064 0.268
#> SRR191620 6 0.891 0.15503 0.148 0.044 0.196 0.100 0.124 0.388
#> SRR191621 6 0.667 0.23006 0.060 0.024 0.324 0.052 0.020 0.520
#> SRR191622 3 0.730 0.28075 0.020 0.036 0.540 0.076 0.208 0.120
#> SRR191623 3 0.604 0.30918 0.020 0.012 0.616 0.244 0.036 0.072
#> SRR191624 3 0.326 0.44779 0.028 0.004 0.868 0.028 0.036 0.036
#> SRR191625 3 0.692 0.32913 0.224 0.020 0.552 0.020 0.052 0.132
#> SRR191626 3 0.670 0.00805 0.008 0.412 0.420 0.052 0.012 0.096
#> SRR191627 4 0.561 0.21094 0.036 0.008 0.344 0.568 0.008 0.036
#> SRR191628 3 0.671 0.39197 0.068 0.144 0.636 0.060 0.048 0.044
#> SRR191629 3 0.488 0.39590 0.044 0.004 0.700 0.020 0.012 0.220
#> SRR191630 3 0.668 0.38445 0.112 0.048 0.640 0.096 0.076 0.028
#> SRR191631 4 0.502 0.07795 0.016 0.012 0.440 0.516 0.008 0.008
#> SRR191632 1 0.660 0.35788 0.540 0.040 0.296 0.080 0.036 0.008
#> SRR191633 4 0.710 0.27256 0.032 0.204 0.144 0.536 0.004 0.080
#> SRR191634 1 0.574 0.47234 0.704 0.124 0.072 0.024 0.052 0.024
#> SRR191635 3 0.636 0.30283 0.052 0.004 0.572 0.180 0.004 0.188
#> SRR191636 1 0.551 0.48805 0.732 0.036 0.020 0.064 0.080 0.068
#> SRR191637 1 0.823 0.24810 0.500 0.084 0.072 0.112 0.156 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0294 0.483 0.725 0.4020 0.554 0.554
#> 3 3 0.0226 0.219 0.611 0.4073 0.810 0.695
#> 4 4 0.0494 0.237 0.463 0.1445 0.627 0.428
#> 5 5 0.1150 0.173 0.451 0.0776 0.717 0.467
#> 6 6 0.1735 0.223 0.479 0.0479 0.704 0.399
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.939 0.60215 0.644 0.356
#> SRR191394 1 0.839 0.63420 0.732 0.268
#> SRR191396 2 0.788 0.58208 0.236 0.764
#> SRR191397 1 0.850 0.64647 0.724 0.276
#> SRR191398 1 0.821 0.63189 0.744 0.256
#> SRR191399 1 0.952 0.58293 0.628 0.372
#> SRR191400 1 0.913 0.60895 0.672 0.328
#> SRR191401 1 0.904 0.62743 0.680 0.320
#> SRR191402 2 0.998 -0.21274 0.472 0.528
#> SRR191403 1 0.802 0.63829 0.756 0.244
#> SRR191404 2 0.821 0.58004 0.256 0.744
#> SRR191405 2 0.850 0.54589 0.276 0.724
#> SRR191406 2 0.988 0.05197 0.436 0.564
#> SRR191407 1 0.900 0.63522 0.684 0.316
#> SRR191408 1 0.998 0.43445 0.524 0.476
#> SRR191409 2 0.994 -0.06212 0.456 0.544
#> SRR191410 2 0.987 -0.01296 0.432 0.568
#> SRR191411 2 0.891 0.48532 0.308 0.692
#> SRR191412 1 0.900 0.64244 0.684 0.316
#> SRR191413 1 0.955 0.59072 0.624 0.376
#> SRR191414 1 0.529 0.57926 0.880 0.120
#> SRR191415 2 0.990 -0.00812 0.440 0.560
#> SRR191416 1 0.993 0.47687 0.548 0.452
#> SRR191418 1 1.000 0.30173 0.508 0.492
#> SRR191419 1 0.993 0.42433 0.548 0.452
#> SRR191420 1 0.827 0.64348 0.740 0.260
#> SRR191421 1 0.833 0.64040 0.736 0.264
#> SRR191422 2 0.595 0.67735 0.144 0.856
#> SRR191423 2 0.469 0.68486 0.100 0.900
#> SRR191424 2 0.443 0.67934 0.092 0.908
#> SRR191425 1 0.871 0.64263 0.708 0.292
#> SRR191426 2 0.861 0.52071 0.284 0.716
#> SRR191427 2 0.958 0.25292 0.380 0.620
#> SRR191428 1 0.971 0.54509 0.600 0.400
#> SRR191429 2 0.563 0.68265 0.132 0.868
#> SRR191430 2 0.625 0.65712 0.156 0.844
#> SRR191431 2 0.563 0.66040 0.132 0.868
#> SRR191432 2 0.327 0.67851 0.060 0.940
#> SRR191433 2 0.563 0.68123 0.132 0.868
#> SRR191434 2 0.730 0.63694 0.204 0.796
#> SRR191435 1 0.983 0.49939 0.576 0.424
#> SRR191436 2 0.971 0.20718 0.400 0.600
#> SRR191437 2 0.373 0.66029 0.072 0.928
#> SRR191438 2 0.876 0.45728 0.296 0.704
#> SRR191439 2 0.529 0.68491 0.120 0.880
#> SRR191440 2 0.697 0.62716 0.188 0.812
#> SRR191441 2 0.343 0.65726 0.064 0.936
#> SRR191442 2 0.980 -0.00943 0.416 0.584
#> SRR191443 1 0.821 0.63652 0.744 0.256
#> SRR191444 2 0.866 0.51008 0.288 0.712
#> SRR191445 2 0.936 0.39421 0.352 0.648
#> SRR191446 2 0.615 0.66267 0.152 0.848
#> SRR191447 2 0.456 0.67871 0.096 0.904
#> SRR191448 1 0.999 0.27981 0.520 0.480
#> SRR191449 1 0.993 0.41735 0.548 0.452
#> SRR191450 1 0.917 0.57867 0.668 0.332
#> SRR191451 2 0.996 -0.18082 0.464 0.536
#> SRR191452 2 0.343 0.66659 0.064 0.936
#> SRR191453 2 0.714 0.64569 0.196 0.804
#> SRR191454 1 1.000 0.36109 0.504 0.496
#> SRR191455 2 0.904 0.45247 0.320 0.680
#> SRR191456 1 0.993 0.47778 0.548 0.452
#> SRR191457 1 0.992 0.44748 0.552 0.448
#> SRR191458 2 0.574 0.67316 0.136 0.864
#> SRR191459 2 0.895 0.48074 0.312 0.688
#> SRR191460 2 0.844 0.54592 0.272 0.728
#> SRR191461 2 0.932 0.41238 0.348 0.652
#> SRR191462 2 0.430 0.67793 0.088 0.912
#> SRR191463 2 0.506 0.67022 0.112 0.888
#> SRR191464 2 0.469 0.68301 0.100 0.900
#> SRR191465 2 0.311 0.65357 0.056 0.944
#> SRR191466 2 0.983 -0.01428 0.424 0.576
#> SRR191467 2 0.373 0.67774 0.072 0.928
#> SRR191468 2 0.260 0.66192 0.044 0.956
#> SRR191469 2 1.000 -0.37033 0.500 0.500
#> SRR191470 2 0.689 0.66968 0.184 0.816
#> SRR191471 2 0.753 0.65301 0.216 0.784
#> SRR191472 2 0.358 0.66806 0.068 0.932
#> SRR191473 2 0.456 0.67966 0.096 0.904
#> SRR191474 2 0.992 -0.09187 0.448 0.552
#> SRR191475 2 0.311 0.67551 0.056 0.944
#> SRR191476 2 0.416 0.67300 0.084 0.916
#> SRR191477 2 0.430 0.68516 0.088 0.912
#> SRR191478 2 0.327 0.67451 0.060 0.940
#> SRR191479 1 0.881 0.62876 0.700 0.300
#> SRR191480 2 0.615 0.67225 0.152 0.848
#> SRR191481 2 0.388 0.67861 0.076 0.924
#> SRR191482 2 0.781 0.60009 0.232 0.768
#> SRR191483 2 0.802 0.61195 0.244 0.756
#> SRR191484 1 0.402 0.53841 0.920 0.080
#> SRR191485 2 0.714 0.65508 0.196 0.804
#> SRR191486 2 0.788 0.59497 0.236 0.764
#> SRR191487 2 0.738 0.63131 0.208 0.792
#> SRR191488 2 0.999 -0.17782 0.480 0.520
#> SRR191489 2 0.738 0.64025 0.208 0.792
#> SRR191490 2 0.311 0.66981 0.056 0.944
#> SRR191491 2 0.925 0.37716 0.340 0.660
#> SRR191492 1 0.975 0.52693 0.592 0.408
#> SRR191493 2 0.644 0.65025 0.164 0.836
#> SRR191494 2 0.343 0.67355 0.064 0.936
#> SRR191495 2 0.990 0.04169 0.440 0.560
#> SRR191496 2 0.278 0.66504 0.048 0.952
#> SRR191497 2 0.921 0.41212 0.336 0.664
#> SRR191498 2 0.876 0.52068 0.296 0.704
#> SRR191499 2 0.988 0.05111 0.436 0.564
#> SRR191500 2 0.904 0.46901 0.320 0.680
#> SRR191501 2 0.584 0.65660 0.140 0.860
#> SRR191502 2 0.891 0.47523 0.308 0.692
#> SRR191503 2 0.358 0.66259 0.068 0.932
#> SRR191504 2 0.430 0.67887 0.088 0.912
#> SRR191505 2 0.469 0.66672 0.100 0.900
#> SRR191506 2 0.260 0.66141 0.044 0.956
#> SRR191507 2 0.605 0.66991 0.148 0.852
#> SRR191508 2 0.584 0.67927 0.140 0.860
#> SRR191509 2 0.529 0.68088 0.120 0.880
#> SRR191510 2 0.738 0.65032 0.208 0.792
#> SRR191511 2 0.327 0.66365 0.060 0.940
#> SRR191512 2 0.278 0.66748 0.048 0.952
#> SRR191513 2 0.278 0.66788 0.048 0.952
#> SRR191514 2 0.295 0.67054 0.052 0.948
#> SRR191515 2 0.563 0.67958 0.132 0.868
#> SRR191516 2 0.943 0.40654 0.360 0.640
#> SRR191517 2 0.541 0.67364 0.124 0.876
#> SRR191518 2 0.295 0.67105 0.052 0.948
#> SRR191519 2 0.311 0.66001 0.056 0.944
#> SRR191520 2 0.814 0.57492 0.252 0.748
#> SRR191521 2 0.494 0.67403 0.108 0.892
#> SRR191522 2 0.615 0.66571 0.152 0.848
#> SRR191523 2 0.456 0.66541 0.096 0.904
#> SRR191524 2 1.000 -0.18477 0.492 0.508
#> SRR191525 2 0.430 0.66153 0.088 0.912
#> SRR191526 2 0.295 0.66140 0.052 0.948
#> SRR191527 2 0.969 0.18854 0.396 0.604
#> SRR191528 2 0.795 0.54896 0.240 0.760
#> SRR191529 2 0.506 0.66313 0.112 0.888
#> SRR191530 2 0.469 0.66687 0.100 0.900
#> SRR191531 2 0.827 0.55805 0.260 0.740
#> SRR191532 2 0.634 0.67093 0.160 0.840
#> SRR191533 2 0.881 0.50739 0.300 0.700
#> SRR191534 2 0.469 0.65926 0.100 0.900
#> SRR191535 2 0.358 0.67701 0.068 0.932
#> SRR191536 2 0.541 0.68161 0.124 0.876
#> SRR191537 2 0.343 0.67709 0.064 0.936
#> SRR191538 2 0.311 0.67113 0.056 0.944
#> SRR191539 2 0.184 0.65750 0.028 0.972
#> SRR191540 2 0.625 0.67403 0.156 0.844
#> SRR191541 2 0.204 0.66348 0.032 0.968
#> SRR191542 2 0.327 0.66598 0.060 0.940
#> SRR191543 2 0.416 0.67911 0.084 0.916
#> SRR191544 2 0.760 0.60168 0.220 0.780
#> SRR191545 2 0.563 0.67708 0.132 0.868
#> SRR191546 2 0.706 0.65954 0.192 0.808
#> SRR191547 2 0.767 0.58999 0.224 0.776
#> SRR191548 1 0.388 0.55045 0.924 0.076
#> SRR191549 1 0.358 0.53871 0.932 0.068
#> SRR191550 1 0.327 0.53176 0.940 0.060
#> SRR191551 1 0.416 0.54583 0.916 0.084
#> SRR191552 1 0.595 0.57452 0.856 0.144
#> SRR191553 1 0.932 0.57069 0.652 0.348
#> SRR191554 1 0.866 0.56354 0.712 0.288
#> SRR191555 1 0.827 0.59769 0.740 0.260
#> SRR191556 2 0.994 -0.12936 0.456 0.544
#> SRR191557 1 0.978 0.53489 0.588 0.412
#> SRR191558 2 0.662 0.66004 0.172 0.828
#> SRR191559 1 0.999 0.34380 0.516 0.484
#> SRR191560 1 0.999 0.39169 0.520 0.480
#> SRR191561 1 1.000 0.31520 0.504 0.496
#> SRR191562 1 0.949 0.60696 0.632 0.368
#> SRR191563 2 0.932 0.35003 0.348 0.652
#> SRR191564 2 0.990 -0.17733 0.440 0.560
#> SRR191565 1 0.998 0.45087 0.528 0.472
#> SRR191566 1 0.980 0.53964 0.584 0.416
#> SRR191567 1 0.966 0.56890 0.608 0.392
#> SRR191568 1 0.821 0.63621 0.744 0.256
#> SRR191569 2 0.969 0.06717 0.396 0.604
#> SRR191570 2 0.998 -0.25716 0.472 0.528
#> SRR191571 2 0.999 -0.29352 0.484 0.516
#> SRR191572 1 0.430 0.54965 0.912 0.088
#> SRR191573 1 0.995 0.40378 0.540 0.460
#> SRR191574 1 0.975 0.55150 0.592 0.408
#> SRR191575 1 0.961 0.56914 0.616 0.384
#> SRR191576 2 0.886 0.42242 0.304 0.696
#> SRR191577 2 0.998 -0.12595 0.472 0.528
#> SRR191578 2 0.714 0.62938 0.196 0.804
#> SRR191579 1 0.876 0.60690 0.704 0.296
#> SRR191580 1 0.753 0.56494 0.784 0.216
#> SRR191581 1 0.871 0.62116 0.708 0.292
#> SRR191582 1 0.987 0.51663 0.568 0.432
#> SRR191583 2 0.224 0.65868 0.036 0.964
#> SRR191584 1 0.999 0.28923 0.516 0.484
#> SRR191585 1 1.000 0.28898 0.508 0.492
#> SRR191586 1 0.991 0.46757 0.556 0.444
#> SRR191587 2 0.992 -0.00799 0.448 0.552
#> SRR191588 1 0.975 0.51991 0.592 0.408
#> SRR191589 1 0.991 0.43044 0.556 0.444
#> SRR191590 1 0.988 0.52336 0.564 0.436
#> SRR191591 2 0.999 -0.28109 0.480 0.520
#> SRR191592 1 1.000 0.35613 0.504 0.496
#> SRR191593 1 0.909 0.62821 0.676 0.324
#> SRR191594 1 0.311 0.52945 0.944 0.056
#> SRR191595 1 0.997 0.41049 0.532 0.468
#> SRR191596 1 0.999 0.39189 0.520 0.480
#> SRR191597 2 0.973 0.12932 0.404 0.596
#> SRR191598 1 0.969 0.56407 0.604 0.396
#> SRR191599 1 0.925 0.61896 0.660 0.340
#> SRR191600 2 0.971 0.11277 0.400 0.600
#> SRR191601 2 0.983 0.06212 0.424 0.576
#> SRR191602 2 0.949 0.27372 0.368 0.632
#> SRR191603 2 0.980 0.07417 0.416 0.584
#> SRR191604 2 0.722 0.62672 0.200 0.800
#> SRR191605 2 0.994 -0.14515 0.456 0.544
#> SRR191606 1 0.983 0.53803 0.576 0.424
#> SRR191607 1 0.981 0.49158 0.580 0.420
#> SRR191608 2 0.980 0.17912 0.416 0.584
#> SRR191609 2 0.939 0.39852 0.356 0.644
#> SRR191610 1 0.969 0.53837 0.604 0.396
#> SRR191611 1 0.998 0.37752 0.524 0.476
#> SRR191612 2 0.995 -0.19264 0.460 0.540
#> SRR191613 1 0.998 0.41089 0.524 0.476
#> SRR191614 1 1.000 0.27213 0.504 0.496
#> SRR191615 1 1.000 0.37589 0.512 0.488
#> SRR191616 2 0.494 0.65891 0.108 0.892
#> SRR191617 2 0.494 0.67693 0.108 0.892
#> SRR191618 1 0.991 0.47826 0.556 0.444
#> SRR191619 2 0.839 0.51811 0.268 0.732
#> SRR191620 2 0.900 0.41450 0.316 0.684
#> SRR191621 2 0.689 0.64636 0.184 0.816
#> SRR191622 2 0.955 0.18901 0.376 0.624
#> SRR191623 1 0.981 0.52158 0.580 0.420
#> SRR191624 1 0.529 0.58238 0.880 0.120
#> SRR191625 2 0.917 0.37256 0.332 0.668
#> SRR191626 2 0.730 0.63488 0.204 0.796
#> SRR191627 2 0.795 0.58262 0.240 0.760
#> SRR191628 2 1.000 -0.21158 0.488 0.512
#> SRR191629 2 0.969 0.13358 0.396 0.604
#> SRR191630 1 0.311 0.52945 0.944 0.056
#> SRR191631 2 0.662 0.64588 0.172 0.828
#> SRR191632 2 0.993 -0.08196 0.452 0.548
#> SRR191633 2 0.952 0.32632 0.372 0.628
#> SRR191634 2 0.358 0.67080 0.068 0.932
#> SRR191635 1 1.000 0.24362 0.504 0.496
#> SRR191636 2 0.615 0.66167 0.152 0.848
#> SRR191637 2 0.242 0.66209 0.040 0.960
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.625 0.620222 0.036 0.232 0.732
#> SRR191394 3 0.678 0.571998 0.116 0.140 0.744
#> SRR191396 2 0.895 0.097462 0.188 0.564 0.248
#> SRR191397 3 0.600 0.612209 0.072 0.144 0.784
#> SRR191398 3 0.679 0.567805 0.136 0.120 0.744
#> SRR191399 3 0.738 0.599968 0.080 0.244 0.676
#> SRR191400 3 0.866 0.514288 0.176 0.228 0.596
#> SRR191401 3 0.656 0.622825 0.072 0.184 0.744
#> SRR191402 3 0.696 0.463018 0.020 0.412 0.568
#> SRR191403 3 0.632 0.613745 0.068 0.172 0.760
#> SRR191404 2 0.805 0.311056 0.096 0.612 0.292
#> SRR191405 2 0.849 0.224716 0.136 0.596 0.268
#> SRR191406 3 0.754 0.373061 0.040 0.432 0.528
#> SRR191407 3 0.717 0.603891 0.088 0.208 0.704
#> SRR191408 3 0.841 0.490712 0.100 0.344 0.556
#> SRR191409 3 0.723 0.410443 0.028 0.428 0.544
#> SRR191410 3 0.727 0.369888 0.028 0.448 0.524
#> SRR191411 2 0.774 0.207533 0.060 0.584 0.356
#> SRR191412 3 0.693 0.626583 0.076 0.208 0.716
#> SRR191413 3 0.700 0.610045 0.052 0.268 0.680
#> SRR191414 3 0.563 0.554402 0.132 0.064 0.804
#> SRR191415 3 0.745 0.393150 0.036 0.432 0.532
#> SRR191416 3 0.801 0.561573 0.080 0.332 0.588
#> SRR191418 3 0.742 0.528908 0.044 0.364 0.592
#> SRR191419 3 0.872 0.521659 0.152 0.272 0.576
#> SRR191420 3 0.618 0.615620 0.072 0.156 0.772
#> SRR191421 3 0.713 0.611518 0.104 0.180 0.716
#> SRR191422 2 0.723 0.260911 0.172 0.712 0.116
#> SRR191423 2 0.729 0.145774 0.212 0.696 0.092
#> SRR191424 2 0.804 -0.121775 0.300 0.608 0.092
#> SRR191425 3 0.670 0.617733 0.076 0.188 0.736
#> SRR191426 2 0.788 0.242494 0.072 0.592 0.336
#> SRR191427 2 0.985 -0.275789 0.292 0.420 0.288
#> SRR191428 3 0.856 0.552630 0.124 0.304 0.572
#> SRR191429 2 0.728 0.185033 0.192 0.704 0.104
#> SRR191430 2 0.761 0.209063 0.144 0.688 0.168
#> SRR191431 2 0.837 -0.028638 0.228 0.620 0.152
#> SRR191432 2 0.606 0.188389 0.188 0.764 0.048
#> SRR191433 2 0.808 0.182085 0.252 0.632 0.116
#> SRR191434 2 0.752 0.347430 0.100 0.680 0.220
#> SRR191435 3 0.915 0.486655 0.168 0.316 0.516
#> SRR191436 3 0.884 0.253632 0.116 0.424 0.460
#> SRR191437 2 0.755 -0.437848 0.396 0.560 0.044
#> SRR191438 2 0.878 0.212158 0.136 0.548 0.316
#> SRR191439 2 0.759 0.158645 0.208 0.680 0.112
#> SRR191440 1 0.894 0.000000 0.444 0.432 0.124
#> SRR191441 2 0.682 -0.116040 0.296 0.668 0.036
#> SRR191442 2 0.930 -0.192658 0.160 0.420 0.420
#> SRR191443 3 0.715 0.605953 0.108 0.176 0.716
#> SRR191444 2 0.866 0.160284 0.116 0.536 0.348
#> SRR191445 2 0.941 0.124477 0.184 0.468 0.348
#> SRR191446 2 0.880 -0.445203 0.372 0.508 0.120
#> SRR191447 2 0.730 0.050050 0.252 0.676 0.072
#> SRR191448 3 0.957 0.249424 0.208 0.336 0.456
#> SRR191449 3 0.764 0.549163 0.068 0.308 0.624
#> SRR191450 3 0.894 0.423724 0.228 0.204 0.568
#> SRR191451 3 0.977 0.228337 0.236 0.352 0.412
#> SRR191452 2 0.652 0.022688 0.248 0.712 0.040
#> SRR191453 2 0.898 -0.435282 0.316 0.532 0.152
#> SRR191454 3 0.911 0.384188 0.148 0.364 0.488
#> SRR191455 2 0.855 0.145635 0.112 0.552 0.336
#> SRR191456 3 0.928 0.391303 0.176 0.328 0.496
#> SRR191457 3 0.933 0.283450 0.204 0.284 0.512
#> SRR191458 2 0.710 0.245248 0.132 0.724 0.144
#> SRR191459 2 0.866 0.141669 0.116 0.536 0.348
#> SRR191460 2 0.777 0.285001 0.080 0.628 0.292
#> SRR191461 2 0.859 -0.051879 0.100 0.500 0.400
#> SRR191462 2 0.665 0.241985 0.184 0.740 0.076
#> SRR191463 2 0.750 -0.210129 0.276 0.652 0.072
#> SRR191464 2 0.778 0.069527 0.264 0.644 0.092
#> SRR191465 2 0.663 -0.085574 0.260 0.700 0.040
#> SRR191466 2 0.940 -0.208657 0.172 0.416 0.412
#> SRR191467 2 0.662 0.163758 0.176 0.744 0.080
#> SRR191468 2 0.626 -0.009929 0.256 0.716 0.028
#> SRR191469 3 0.915 0.351974 0.152 0.364 0.484
#> SRR191470 2 0.843 0.193322 0.204 0.620 0.176
#> SRR191471 2 0.920 0.104980 0.200 0.532 0.268
#> SRR191472 2 0.687 0.046622 0.276 0.680 0.044
#> SRR191473 2 0.605 0.289170 0.136 0.784 0.080
#> SRR191474 3 0.928 0.351744 0.164 0.368 0.468
#> SRR191475 2 0.584 0.132188 0.196 0.768 0.036
#> SRR191476 2 0.723 0.057411 0.200 0.704 0.096
#> SRR191477 2 0.698 0.198795 0.192 0.720 0.088
#> SRR191478 2 0.658 0.148186 0.200 0.736 0.064
#> SRR191479 3 0.787 0.571064 0.124 0.216 0.660
#> SRR191480 2 0.901 0.085762 0.268 0.552 0.180
#> SRR191481 2 0.617 0.265497 0.168 0.768 0.064
#> SRR191482 2 0.847 0.271884 0.160 0.612 0.228
#> SRR191483 2 0.820 0.292592 0.112 0.612 0.276
#> SRR191484 3 0.549 0.459148 0.196 0.024 0.780
#> SRR191485 2 0.761 0.311092 0.116 0.680 0.204
#> SRR191486 2 0.891 0.009460 0.228 0.572 0.200
#> SRR191487 2 0.898 0.035158 0.264 0.556 0.180
#> SRR191488 3 0.971 0.190447 0.232 0.332 0.436
#> SRR191489 2 0.936 0.105307 0.240 0.516 0.244
#> SRR191490 2 0.755 -0.377619 0.372 0.580 0.048
#> SRR191491 2 0.977 -0.079149 0.264 0.440 0.296
#> SRR191492 3 0.817 0.574898 0.132 0.236 0.632
#> SRR191493 2 0.889 -0.436197 0.328 0.532 0.140
#> SRR191494 2 0.636 0.049569 0.232 0.728 0.040
#> SRR191495 3 0.883 0.327038 0.116 0.420 0.464
#> SRR191496 2 0.685 -0.135423 0.316 0.652 0.032
#> SRR191497 2 0.834 0.064177 0.088 0.536 0.376
#> SRR191498 2 0.971 -0.029649 0.256 0.452 0.292
#> SRR191499 3 0.843 0.357693 0.088 0.412 0.500
#> SRR191500 2 0.823 0.140424 0.088 0.564 0.348
#> SRR191501 2 0.853 -0.572779 0.376 0.524 0.100
#> SRR191502 2 0.951 -0.064567 0.252 0.492 0.256
#> SRR191503 2 0.748 -0.283448 0.308 0.632 0.060
#> SRR191504 2 0.609 0.255100 0.124 0.784 0.092
#> SRR191505 2 0.775 -0.352616 0.340 0.596 0.064
#> SRR191506 2 0.651 -0.079368 0.284 0.688 0.028
#> SRR191507 2 0.883 0.000223 0.316 0.544 0.140
#> SRR191508 2 0.778 0.255840 0.164 0.676 0.160
#> SRR191509 2 0.657 0.284392 0.140 0.756 0.104
#> SRR191510 2 0.906 -0.087335 0.248 0.552 0.200
#> SRR191511 2 0.607 0.048855 0.248 0.728 0.024
#> SRR191512 2 0.636 -0.039409 0.280 0.696 0.024
#> SRR191513 2 0.629 -0.088421 0.288 0.692 0.020
#> SRR191514 2 0.611 0.016198 0.240 0.732 0.028
#> SRR191515 2 0.786 0.203369 0.184 0.668 0.148
#> SRR191516 2 0.926 0.012888 0.156 0.444 0.400
#> SRR191517 2 0.733 0.299241 0.160 0.708 0.132
#> SRR191518 2 0.531 0.215888 0.136 0.816 0.048
#> SRR191519 2 0.616 -0.022064 0.272 0.708 0.020
#> SRR191520 2 0.931 0.176783 0.208 0.516 0.276
#> SRR191521 2 0.623 0.011208 0.220 0.740 0.040
#> SRR191522 2 0.814 -0.070510 0.276 0.616 0.108
#> SRR191523 2 0.747 -0.140105 0.272 0.656 0.072
#> SRR191524 3 0.987 0.064941 0.264 0.336 0.400
#> SRR191525 2 0.714 0.064560 0.212 0.704 0.084
#> SRR191526 2 0.622 0.006387 0.264 0.712 0.024
#> SRR191527 2 0.999 -0.321499 0.316 0.356 0.328
#> SRR191528 2 0.960 -0.526392 0.392 0.408 0.200
#> SRR191529 2 0.845 -0.393195 0.304 0.580 0.116
#> SRR191530 2 0.718 0.059709 0.216 0.700 0.084
#> SRR191531 2 0.957 -0.577900 0.384 0.420 0.196
#> SRR191532 2 0.890 -0.227739 0.320 0.536 0.144
#> SRR191533 2 0.985 -0.209278 0.324 0.412 0.264
#> SRR191534 2 0.748 -0.349360 0.284 0.648 0.068
#> SRR191535 2 0.727 0.136306 0.240 0.684 0.076
#> SRR191536 2 0.823 -0.272554 0.280 0.608 0.112
#> SRR191537 2 0.702 0.096196 0.232 0.700 0.068
#> SRR191538 2 0.558 0.160886 0.176 0.788 0.036
#> SRR191539 2 0.668 -0.147631 0.324 0.652 0.024
#> SRR191540 2 0.767 0.314918 0.152 0.684 0.164
#> SRR191541 2 0.552 0.127012 0.180 0.788 0.032
#> SRR191542 2 0.635 0.033062 0.212 0.740 0.048
#> SRR191543 2 0.753 0.103163 0.236 0.672 0.092
#> SRR191544 2 0.885 -0.114415 0.252 0.572 0.176
#> SRR191545 2 0.654 0.203186 0.176 0.748 0.076
#> SRR191546 2 0.803 0.164938 0.180 0.656 0.164
#> SRR191547 2 0.763 0.334367 0.084 0.652 0.264
#> SRR191548 3 0.399 0.495841 0.124 0.012 0.864
#> SRR191549 3 0.405 0.467587 0.148 0.004 0.848
#> SRR191550 3 0.417 0.461043 0.156 0.004 0.840
#> SRR191551 3 0.468 0.478604 0.140 0.024 0.836
#> SRR191552 3 0.540 0.513966 0.124 0.060 0.816
#> SRR191553 3 0.829 0.521127 0.164 0.204 0.632
#> SRR191554 3 0.817 0.385256 0.212 0.148 0.640
#> SRR191555 3 0.738 0.543726 0.132 0.164 0.704
#> SRR191556 3 0.768 0.427152 0.048 0.412 0.540
#> SRR191557 3 0.804 0.571486 0.104 0.272 0.624
#> SRR191558 2 0.782 0.322347 0.116 0.660 0.224
#> SRR191559 3 0.783 0.526575 0.068 0.340 0.592
#> SRR191560 3 0.761 0.543575 0.064 0.316 0.620
#> SRR191561 3 0.963 -0.039581 0.228 0.312 0.460
#> SRR191562 3 0.700 0.606948 0.084 0.200 0.716
#> SRR191563 2 0.743 -0.061602 0.036 0.540 0.424
#> SRR191564 3 0.769 0.426737 0.048 0.416 0.536
#> SRR191565 3 0.755 0.559747 0.060 0.320 0.620
#> SRR191566 3 0.790 0.596043 0.092 0.280 0.628
#> SRR191567 3 0.825 0.554405 0.128 0.252 0.620
#> SRR191568 3 0.636 0.586233 0.096 0.136 0.768
#> SRR191569 2 0.911 -0.216209 0.140 0.440 0.420
#> SRR191570 3 0.777 0.435129 0.056 0.384 0.560
#> SRR191571 3 0.769 0.507448 0.056 0.364 0.580
#> SRR191572 3 0.484 0.480222 0.168 0.016 0.816
#> SRR191573 3 0.682 0.553912 0.028 0.328 0.644
#> SRR191574 3 0.910 0.489923 0.204 0.248 0.548
#> SRR191575 3 0.861 0.499030 0.152 0.256 0.592
#> SRR191576 2 0.769 0.123590 0.056 0.580 0.364
#> SRR191577 3 0.884 0.402249 0.124 0.368 0.508
#> SRR191578 2 0.689 0.329946 0.072 0.716 0.212
#> SRR191579 3 0.808 0.527403 0.176 0.172 0.652
#> SRR191580 3 0.758 0.409124 0.180 0.132 0.688
#> SRR191581 3 0.761 0.561148 0.164 0.148 0.688
#> SRR191582 3 0.787 0.556598 0.092 0.276 0.632
#> SRR191583 2 0.683 -0.251127 0.312 0.656 0.032
#> SRR191584 3 0.969 0.016141 0.264 0.276 0.460
#> SRR191585 3 0.853 0.479517 0.112 0.332 0.556
#> SRR191586 3 0.868 0.542799 0.144 0.280 0.576
#> SRR191587 3 0.791 0.438799 0.060 0.404 0.536
#> SRR191588 3 0.700 0.596631 0.052 0.268 0.680
#> SRR191589 3 0.691 0.560914 0.032 0.324 0.644
#> SRR191590 3 0.764 0.593249 0.088 0.256 0.656
#> SRR191591 3 0.722 0.477841 0.032 0.388 0.580
#> SRR191592 3 0.786 0.532777 0.072 0.332 0.596
#> SRR191593 3 0.698 0.622667 0.088 0.192 0.720
#> SRR191594 3 0.452 0.456352 0.180 0.004 0.816
#> SRR191595 3 0.780 0.565230 0.080 0.296 0.624
#> SRR191596 3 0.764 0.550393 0.068 0.308 0.624
#> SRR191597 2 0.719 -0.286599 0.024 0.492 0.484
#> SRR191598 3 0.670 0.599696 0.044 0.256 0.700
#> SRR191599 3 0.717 0.622786 0.088 0.208 0.704
#> SRR191600 2 0.749 -0.271822 0.036 0.488 0.476
#> SRR191601 2 0.858 -0.310616 0.096 0.460 0.444
#> SRR191602 2 0.715 -0.164484 0.024 0.532 0.444
#> SRR191603 3 0.740 0.313638 0.032 0.476 0.492
#> SRR191604 2 0.707 0.345451 0.072 0.700 0.228
#> SRR191605 3 0.735 0.412393 0.032 0.432 0.536
#> SRR191606 3 0.723 0.596567 0.064 0.264 0.672
#> SRR191607 3 0.851 0.540323 0.124 0.296 0.580
#> SRR191608 2 0.834 -0.251509 0.080 0.476 0.444
#> SRR191609 2 0.952 -0.086170 0.188 0.424 0.388
#> SRR191610 3 0.832 0.559748 0.120 0.276 0.604
#> SRR191611 3 0.885 0.515512 0.148 0.300 0.552
#> SRR191612 3 0.725 0.429793 0.028 0.436 0.536
#> SRR191613 3 0.917 0.455963 0.168 0.320 0.512
#> SRR191614 3 0.782 0.524271 0.064 0.356 0.580
#> SRR191615 3 0.726 0.527770 0.036 0.372 0.592
#> SRR191616 2 0.821 -0.380210 0.344 0.568 0.088
#> SRR191617 2 0.653 0.271889 0.116 0.760 0.124
#> SRR191618 3 0.906 0.492485 0.152 0.336 0.512
#> SRR191619 2 0.723 0.277558 0.048 0.640 0.312
#> SRR191620 2 0.843 0.155660 0.104 0.560 0.336
#> SRR191621 2 0.654 0.345536 0.064 0.740 0.196
#> SRR191622 2 0.851 -0.133970 0.092 0.476 0.432
#> SRR191623 3 0.736 0.588793 0.056 0.304 0.640
#> SRR191624 3 0.552 0.563219 0.120 0.068 0.812
#> SRR191625 2 0.755 -0.022285 0.044 0.560 0.396
#> SRR191626 2 0.810 0.326800 0.140 0.644 0.216
#> SRR191627 2 0.687 0.341018 0.048 0.688 0.264
#> SRR191628 3 0.816 0.488612 0.076 0.384 0.540
#> SRR191629 2 0.730 -0.290098 0.028 0.488 0.484
#> SRR191630 3 0.452 0.456352 0.180 0.004 0.816
#> SRR191631 2 0.741 0.345627 0.112 0.696 0.192
#> SRR191632 3 0.752 0.436987 0.040 0.420 0.540
#> SRR191633 2 0.827 -0.128714 0.076 0.484 0.440
#> SRR191634 2 0.764 -0.277025 0.320 0.616 0.064
#> SRR191635 3 0.738 0.484774 0.040 0.376 0.584
#> SRR191636 2 0.892 -0.545782 0.364 0.504 0.132
#> SRR191637 2 0.662 -0.120314 0.284 0.684 0.032
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.556 0.24711 0.224 0.032 0.720 0.024
#> SRR191394 3 0.714 -0.42710 0.416 0.028 0.492 0.064
#> SRR191396 3 0.947 -0.20651 0.128 0.308 0.368 0.196
#> SRR191397 3 0.638 -0.15998 0.344 0.024 0.596 0.036
#> SRR191398 3 0.753 -0.45960 0.408 0.032 0.472 0.088
#> SRR191399 3 0.583 0.26193 0.252 0.044 0.688 0.016
#> SRR191400 3 0.877 -0.25267 0.300 0.112 0.468 0.120
#> SRR191401 3 0.551 0.14561 0.268 0.020 0.692 0.020
#> SRR191402 3 0.425 0.48660 0.056 0.096 0.836 0.012
#> SRR191403 3 0.595 -0.10410 0.356 0.028 0.604 0.012
#> SRR191404 3 0.757 0.07117 0.016 0.308 0.528 0.148
#> SRR191405 3 0.849 -0.10419 0.048 0.356 0.428 0.168
#> SRR191406 3 0.546 0.50892 0.060 0.120 0.776 0.044
#> SRR191407 3 0.734 -0.17058 0.320 0.052 0.564 0.064
#> SRR191408 3 0.761 0.35010 0.180 0.132 0.620 0.068
#> SRR191409 3 0.521 0.49622 0.088 0.124 0.776 0.012
#> SRR191410 3 0.440 0.49798 0.044 0.132 0.816 0.008
#> SRR191411 3 0.715 0.24078 0.060 0.308 0.584 0.048
#> SRR191412 3 0.627 0.04969 0.300 0.028 0.636 0.036
#> SRR191413 3 0.583 0.24146 0.272 0.024 0.676 0.028
#> SRR191414 1 0.545 0.56896 0.524 0.004 0.464 0.008
#> SRR191415 3 0.480 0.49849 0.048 0.108 0.812 0.032
#> SRR191416 3 0.638 0.39976 0.232 0.072 0.672 0.024
#> SRR191418 3 0.617 0.45975 0.124 0.100 0.732 0.044
#> SRR191419 3 0.837 0.04836 0.312 0.124 0.492 0.072
#> SRR191420 3 0.586 -0.08764 0.340 0.032 0.620 0.008
#> SRR191421 3 0.591 -0.08508 0.364 0.016 0.600 0.020
#> SRR191422 2 0.788 0.37522 0.036 0.500 0.340 0.124
#> SRR191423 2 0.813 0.41812 0.060 0.540 0.260 0.140
#> SRR191424 2 0.817 0.23099 0.072 0.564 0.180 0.184
#> SRR191425 3 0.646 0.02068 0.356 0.048 0.580 0.016
#> SRR191426 3 0.805 0.23032 0.132 0.272 0.540 0.056
#> SRR191427 3 0.985 -0.43250 0.196 0.204 0.300 0.300
#> SRR191428 3 0.687 0.28688 0.300 0.076 0.600 0.024
#> SRR191429 2 0.835 0.34410 0.048 0.492 0.284 0.176
#> SRR191430 2 0.826 0.28938 0.060 0.484 0.332 0.124
#> SRR191431 2 0.929 0.05601 0.096 0.396 0.252 0.256
#> SRR191432 2 0.671 0.45803 0.020 0.652 0.220 0.108
#> SRR191433 2 0.750 0.41865 0.072 0.604 0.244 0.080
#> SRR191434 3 0.742 -0.14066 0.032 0.400 0.488 0.080
#> SRR191435 3 0.888 0.04329 0.260 0.080 0.460 0.200
#> SRR191436 3 0.842 0.45502 0.160 0.156 0.560 0.124
#> SRR191437 2 0.803 -0.10205 0.096 0.516 0.068 0.320
#> SRR191438 3 0.908 0.09064 0.144 0.304 0.432 0.120
#> SRR191439 2 0.889 0.33757 0.132 0.496 0.224 0.148
#> SRR191440 4 0.833 0.43273 0.084 0.216 0.152 0.548
#> SRR191441 2 0.796 0.27917 0.048 0.560 0.164 0.228
#> SRR191442 3 0.884 0.34128 0.152 0.216 0.504 0.128
#> SRR191443 3 0.652 -0.23990 0.356 0.032 0.580 0.032
#> SRR191444 3 0.805 0.26843 0.104 0.244 0.564 0.088
#> SRR191445 3 0.948 0.03521 0.160 0.244 0.412 0.184
#> SRR191446 4 0.912 0.34293 0.096 0.320 0.180 0.404
#> SRR191447 2 0.819 0.38761 0.060 0.544 0.232 0.164
#> SRR191448 3 0.960 -0.14357 0.272 0.124 0.340 0.264
#> SRR191449 3 0.608 0.40549 0.180 0.060 0.720 0.040
#> SRR191450 3 0.865 -0.30206 0.352 0.108 0.440 0.100
#> SRR191451 3 0.911 0.19571 0.144 0.200 0.476 0.180
#> SRR191452 2 0.795 0.38671 0.068 0.584 0.196 0.152
#> SRR191453 4 0.965 0.23640 0.140 0.304 0.224 0.332
#> SRR191454 3 0.887 0.16535 0.288 0.144 0.464 0.104
#> SRR191455 3 0.819 0.25732 0.136 0.268 0.532 0.064
#> SRR191456 3 0.927 -0.00175 0.228 0.128 0.440 0.204
#> SRR191457 1 0.941 0.29251 0.372 0.168 0.324 0.136
#> SRR191458 2 0.808 0.30608 0.044 0.492 0.332 0.132
#> SRR191459 3 0.761 0.27839 0.088 0.264 0.584 0.064
#> SRR191460 3 0.714 0.20445 0.064 0.292 0.596 0.048
#> SRR191461 3 0.826 0.37371 0.120 0.208 0.564 0.108
#> SRR191462 2 0.841 0.39794 0.096 0.504 0.296 0.104
#> SRR191463 2 0.800 0.19550 0.036 0.540 0.200 0.224
#> SRR191464 2 0.767 0.35455 0.084 0.612 0.204 0.100
#> SRR191465 2 0.790 0.29208 0.048 0.560 0.144 0.248
#> SRR191466 3 0.869 0.36027 0.148 0.240 0.508 0.104
#> SRR191467 2 0.846 0.39312 0.072 0.520 0.236 0.172
#> SRR191468 2 0.618 0.35460 0.032 0.724 0.120 0.124
#> SRR191469 3 0.853 0.29948 0.204 0.228 0.504 0.064
#> SRR191470 3 0.922 -0.39950 0.076 0.316 0.344 0.264
#> SRR191471 3 0.955 -0.30585 0.136 0.212 0.372 0.280
#> SRR191472 2 0.832 0.38831 0.080 0.548 0.212 0.160
#> SRR191473 2 0.772 0.40938 0.080 0.520 0.344 0.056
#> SRR191474 3 0.844 0.35634 0.236 0.176 0.520 0.068
#> SRR191475 2 0.619 0.44169 0.028 0.712 0.172 0.088
#> SRR191476 2 0.783 0.35742 0.080 0.604 0.184 0.132
#> SRR191477 2 0.724 0.43278 0.048 0.616 0.248 0.088
#> SRR191478 2 0.737 0.44297 0.052 0.616 0.232 0.100
#> SRR191479 3 0.761 -0.29668 0.372 0.048 0.504 0.076
#> SRR191480 2 0.885 0.15938 0.128 0.468 0.288 0.116
#> SRR191481 2 0.773 0.41254 0.076 0.548 0.308 0.068
#> SRR191482 2 0.860 0.24824 0.100 0.424 0.376 0.100
#> SRR191483 3 0.884 -0.03860 0.128 0.328 0.440 0.104
#> SRR191484 1 0.605 0.64902 0.576 0.012 0.384 0.028
#> SRR191485 2 0.882 0.24325 0.080 0.396 0.372 0.152
#> SRR191486 3 0.918 -0.31635 0.076 0.340 0.344 0.240
#> SRR191487 3 0.977 -0.34344 0.180 0.304 0.320 0.196
#> SRR191488 3 0.954 -0.05722 0.268 0.148 0.388 0.196
#> SRR191489 3 0.952 -0.27640 0.160 0.332 0.348 0.160
#> SRR191490 2 0.774 -0.06786 0.044 0.532 0.104 0.320
#> SRR191491 3 0.965 -0.27288 0.152 0.212 0.364 0.272
#> SRR191492 3 0.776 0.17125 0.272 0.112 0.564 0.052
#> SRR191493 4 0.939 0.23612 0.108 0.304 0.216 0.372
#> SRR191494 2 0.664 0.41060 0.008 0.652 0.172 0.168
#> SRR191495 3 0.834 0.45822 0.188 0.152 0.560 0.100
#> SRR191496 2 0.646 0.27506 0.036 0.700 0.100 0.164
#> SRR191497 3 0.769 0.33991 0.112 0.248 0.584 0.056
#> SRR191498 3 0.972 -0.30206 0.168 0.220 0.360 0.252
#> SRR191499 3 0.713 0.49349 0.140 0.164 0.652 0.044
#> SRR191500 3 0.796 0.29719 0.128 0.252 0.560 0.060
#> SRR191501 2 0.890 -0.25113 0.088 0.432 0.160 0.320
#> SRR191502 2 0.955 -0.11534 0.120 0.324 0.324 0.232
#> SRR191503 2 0.785 0.09947 0.056 0.556 0.112 0.276
#> SRR191504 2 0.837 0.37853 0.056 0.488 0.304 0.152
#> SRR191505 4 0.819 0.16653 0.032 0.388 0.160 0.420
#> SRR191506 2 0.664 0.33217 0.024 0.676 0.132 0.168
#> SRR191507 2 0.863 0.22223 0.108 0.520 0.228 0.144
#> SRR191508 2 0.943 0.25740 0.128 0.368 0.320 0.184
#> SRR191509 2 0.814 0.39818 0.088 0.500 0.332 0.080
#> SRR191510 4 0.932 0.23885 0.088 0.252 0.316 0.344
#> SRR191511 2 0.829 0.33295 0.068 0.544 0.204 0.184
#> SRR191512 2 0.566 0.33837 0.044 0.768 0.088 0.100
#> SRR191513 2 0.607 0.35479 0.012 0.712 0.128 0.148
#> SRR191514 2 0.619 0.39937 0.024 0.716 0.144 0.116
#> SRR191515 2 0.857 0.17130 0.044 0.428 0.328 0.200
#> SRR191516 3 0.902 0.24350 0.212 0.208 0.472 0.108
#> SRR191517 2 0.826 0.35415 0.096 0.484 0.340 0.080
#> SRR191518 2 0.754 0.44136 0.072 0.592 0.260 0.076
#> SRR191519 2 0.736 0.41028 0.040 0.624 0.184 0.152
#> SRR191520 3 0.931 -0.10700 0.176 0.312 0.392 0.120
#> SRR191521 2 0.808 0.32311 0.036 0.528 0.228 0.208
#> SRR191522 2 0.893 0.10487 0.068 0.432 0.260 0.240
#> SRR191523 2 0.858 0.24392 0.056 0.480 0.208 0.256
#> SRR191524 3 0.959 -0.17635 0.240 0.128 0.352 0.280
#> SRR191525 2 0.856 0.32041 0.064 0.500 0.212 0.224
#> SRR191526 2 0.794 0.33678 0.052 0.572 0.172 0.204
#> SRR191527 4 0.987 0.31408 0.248 0.204 0.220 0.328
#> SRR191528 4 0.952 0.43360 0.184 0.204 0.196 0.416
#> SRR191529 4 0.914 0.24686 0.092 0.328 0.188 0.392
#> SRR191530 2 0.837 0.33687 0.060 0.524 0.216 0.200
#> SRR191531 4 0.947 0.36581 0.144 0.308 0.172 0.376
#> SRR191532 2 0.932 -0.15487 0.088 0.352 0.256 0.304
#> SRR191533 4 0.974 0.32109 0.148 0.256 0.272 0.324
#> SRR191534 2 0.867 -0.06079 0.072 0.468 0.164 0.296
#> SRR191535 2 0.771 0.43780 0.068 0.596 0.228 0.108
#> SRR191536 2 0.917 0.01879 0.120 0.448 0.184 0.248
#> SRR191537 2 0.829 0.34434 0.068 0.536 0.240 0.156
#> SRR191538 2 0.592 0.45991 0.020 0.708 0.212 0.060
#> SRR191539 2 0.759 0.24145 0.044 0.588 0.124 0.244
#> SRR191540 2 0.789 0.34650 0.056 0.488 0.368 0.088
#> SRR191541 2 0.599 0.44626 0.024 0.724 0.168 0.084
#> SRR191542 2 0.772 0.35474 0.036 0.576 0.220 0.168
#> SRR191543 2 0.761 0.38897 0.028 0.576 0.228 0.168
#> SRR191544 2 0.939 -0.03642 0.100 0.364 0.288 0.248
#> SRR191545 2 0.844 0.33599 0.044 0.460 0.312 0.184
#> SRR191546 2 0.878 0.28954 0.080 0.456 0.300 0.164
#> SRR191547 3 0.789 0.01768 0.100 0.336 0.512 0.052
#> SRR191548 1 0.578 0.66684 0.532 0.008 0.444 0.016
#> SRR191549 1 0.542 0.70493 0.596 0.004 0.388 0.012
#> SRR191550 1 0.480 0.70196 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR191551 1 0.590 0.68717 0.564 0.008 0.404 0.024
#> SRR191552 1 0.630 0.61903 0.488 0.008 0.464 0.040
#> SRR191553 3 0.836 -0.29235 0.364 0.080 0.456 0.100
#> SRR191554 1 0.908 0.47284 0.388 0.084 0.336 0.192
#> SRR191555 3 0.755 -0.31723 0.392 0.060 0.492 0.056
#> SRR191556 3 0.517 0.49140 0.064 0.100 0.796 0.040
#> SRR191557 3 0.658 0.32764 0.280 0.064 0.632 0.024
#> SRR191558 2 0.811 0.28589 0.076 0.444 0.400 0.080
#> SRR191559 3 0.516 0.43066 0.116 0.056 0.792 0.036
#> SRR191560 3 0.541 0.40806 0.128 0.056 0.776 0.040
#> SRR191561 1 0.990 0.04937 0.304 0.240 0.264 0.192
#> SRR191562 3 0.703 0.03857 0.284 0.052 0.608 0.056
#> SRR191563 3 0.566 0.42946 0.032 0.224 0.716 0.028
#> SRR191564 3 0.581 0.48389 0.104 0.100 0.756 0.040
#> SRR191565 3 0.616 0.40392 0.176 0.072 0.716 0.036
#> SRR191566 3 0.536 0.36652 0.192 0.036 0.748 0.024
#> SRR191567 3 0.825 0.00420 0.296 0.108 0.516 0.080
#> SRR191568 3 0.704 -0.37206 0.376 0.024 0.532 0.068
#> SRR191569 3 0.833 0.37863 0.116 0.188 0.564 0.132
#> SRR191570 3 0.730 0.41513 0.164 0.136 0.644 0.056
#> SRR191571 3 0.680 0.45357 0.152 0.152 0.668 0.028
#> SRR191572 1 0.617 0.70069 0.560 0.012 0.396 0.032
#> SRR191573 3 0.433 0.44415 0.096 0.060 0.832 0.012
#> SRR191574 3 0.863 -0.11047 0.256 0.068 0.488 0.188
#> SRR191575 3 0.867 -0.20142 0.296 0.072 0.468 0.164
#> SRR191576 3 0.769 0.29093 0.092 0.280 0.568 0.060
#> SRR191577 3 0.771 0.38982 0.168 0.180 0.600 0.052
#> SRR191578 3 0.718 -0.09578 0.052 0.408 0.500 0.040
#> SRR191579 3 0.794 -0.45110 0.412 0.040 0.436 0.112
#> SRR191580 1 0.827 0.59662 0.476 0.116 0.344 0.064
#> SRR191581 3 0.771 -0.36303 0.352 0.032 0.504 0.112
#> SRR191582 3 0.772 0.19789 0.252 0.092 0.584 0.072
#> SRR191583 2 0.803 0.07546 0.064 0.548 0.120 0.268
#> SRR191584 1 0.985 0.04680 0.320 0.212 0.276 0.192
#> SRR191585 3 0.702 0.41288 0.220 0.104 0.640 0.036
#> SRR191586 3 0.654 0.33389 0.264 0.068 0.644 0.024
#> SRR191587 3 0.552 0.50099 0.068 0.108 0.776 0.048
#> SRR191588 3 0.478 0.36882 0.156 0.020 0.792 0.032
#> SRR191589 3 0.523 0.42400 0.152 0.068 0.768 0.012
#> SRR191590 3 0.626 0.26595 0.200 0.036 0.700 0.064
#> SRR191591 3 0.539 0.47944 0.120 0.112 0.760 0.008
#> SRR191592 3 0.522 0.42522 0.120 0.056 0.788 0.036
#> SRR191593 3 0.586 0.15656 0.300 0.036 0.652 0.012
#> SRR191594 1 0.471 0.70066 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR191595 3 0.563 0.39698 0.160 0.052 0.752 0.036
#> SRR191596 3 0.557 0.39483 0.140 0.052 0.764 0.044
#> SRR191597 3 0.487 0.50556 0.040 0.180 0.772 0.008
#> SRR191598 3 0.514 0.33858 0.180 0.036 0.764 0.020
#> SRR191599 3 0.553 0.20874 0.272 0.024 0.688 0.016
#> SRR191600 3 0.525 0.50765 0.044 0.156 0.772 0.028
#> SRR191601 3 0.682 0.50715 0.092 0.120 0.696 0.092
#> SRR191602 3 0.519 0.45712 0.028 0.204 0.748 0.020
#> SRR191603 3 0.488 0.50917 0.036 0.148 0.792 0.024
#> SRR191604 3 0.712 -0.16331 0.024 0.420 0.488 0.068
#> SRR191605 3 0.442 0.49733 0.052 0.132 0.812 0.004
#> SRR191606 3 0.535 0.32356 0.172 0.032 0.760 0.036
#> SRR191607 3 0.643 0.33551 0.256 0.064 0.656 0.024
#> SRR191608 3 0.773 0.48410 0.136 0.156 0.620 0.088
#> SRR191609 3 0.856 0.35830 0.128 0.172 0.544 0.156
#> SRR191610 3 0.631 0.31412 0.260 0.056 0.660 0.024
#> SRR191611 3 0.689 0.35937 0.260 0.080 0.628 0.032
#> SRR191612 3 0.514 0.49278 0.068 0.112 0.792 0.028
#> SRR191613 3 0.859 0.35476 0.196 0.180 0.528 0.096
#> SRR191614 3 0.607 0.45803 0.116 0.076 0.744 0.064
#> SRR191615 3 0.496 0.45057 0.104 0.076 0.800 0.020
#> SRR191616 2 0.865 -0.13523 0.108 0.472 0.108 0.312
#> SRR191617 2 0.841 0.33021 0.068 0.472 0.332 0.128
#> SRR191618 3 0.777 0.29455 0.260 0.088 0.576 0.076
#> SRR191619 3 0.636 0.19355 0.032 0.336 0.604 0.028
#> SRR191620 3 0.768 0.27050 0.064 0.276 0.572 0.088
#> SRR191621 2 0.765 0.21516 0.060 0.448 0.432 0.060
#> SRR191622 3 0.779 0.40191 0.088 0.220 0.596 0.096
#> SRR191623 3 0.520 0.39612 0.176 0.052 0.760 0.012
#> SRR191624 1 0.546 0.50071 0.504 0.004 0.484 0.008
#> SRR191625 3 0.595 0.40125 0.040 0.252 0.684 0.024
#> SRR191626 3 0.839 -0.12533 0.096 0.356 0.460 0.088
#> SRR191627 3 0.674 0.03806 0.032 0.376 0.552 0.040
#> SRR191628 3 0.616 0.48430 0.112 0.072 0.740 0.076
#> SRR191629 3 0.371 0.50351 0.012 0.152 0.832 0.004
#> SRR191630 1 0.471 0.70066 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR191631 3 0.720 -0.25479 0.036 0.440 0.468 0.056
#> SRR191632 3 0.469 0.49359 0.052 0.084 0.824 0.040
#> SRR191633 3 0.713 0.47000 0.088 0.196 0.652 0.064
#> SRR191634 2 0.838 -0.04073 0.084 0.500 0.112 0.304
#> SRR191635 3 0.517 0.47323 0.088 0.080 0.796 0.036
#> SRR191636 4 0.908 0.38934 0.112 0.272 0.168 0.448
#> SRR191637 2 0.719 0.18745 0.048 0.628 0.092 0.232
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 1 0.607 0.21219 0.528 0.020 0.396 0.040 0.016
#> SRR191394 1 0.551 0.51406 0.704 0.020 0.180 0.088 0.008
#> SRR191396 3 0.905 -0.02188 0.116 0.244 0.392 0.072 0.176
#> SRR191397 1 0.573 0.45949 0.652 0.016 0.256 0.064 0.012
#> SRR191398 1 0.562 0.48833 0.716 0.024 0.144 0.100 0.016
#> SRR191399 1 0.649 0.13999 0.488 0.028 0.404 0.072 0.008
#> SRR191400 1 0.760 0.42766 0.564 0.052 0.192 0.140 0.052
#> SRR191401 1 0.560 0.31322 0.576 0.012 0.368 0.032 0.012
#> SRR191402 3 0.508 0.24680 0.340 0.032 0.620 0.004 0.004
#> SRR191403 1 0.547 0.38592 0.640 0.008 0.284 0.064 0.004
#> SRR191404 3 0.798 0.36305 0.128 0.192 0.536 0.048 0.096
#> SRR191405 3 0.872 0.20147 0.136 0.272 0.408 0.044 0.140
#> SRR191406 3 0.588 0.30052 0.288 0.040 0.628 0.016 0.028
#> SRR191407 1 0.587 0.44419 0.644 0.036 0.264 0.044 0.012
#> SRR191408 3 0.737 -0.07667 0.376 0.052 0.464 0.072 0.036
#> SRR191409 3 0.601 0.25462 0.340 0.040 0.580 0.024 0.016
#> SRR191410 3 0.551 0.30144 0.288 0.040 0.644 0.020 0.008
#> SRR191411 3 0.749 0.41216 0.168 0.156 0.576 0.056 0.044
#> SRR191412 1 0.602 0.37292 0.592 0.016 0.316 0.064 0.012
#> SRR191413 1 0.618 0.21430 0.480 0.008 0.424 0.080 0.008
#> SRR191414 1 0.430 0.51616 0.788 0.004 0.124 0.080 0.004
#> SRR191415 3 0.588 0.29016 0.312 0.044 0.608 0.024 0.012
#> SRR191416 3 0.629 0.00644 0.408 0.028 0.488 0.076 0.000
#> SRR191418 3 0.710 0.11638 0.372 0.048 0.488 0.060 0.032
#> SRR191419 1 0.830 0.26729 0.436 0.084 0.316 0.108 0.056
#> SRR191420 1 0.529 0.40943 0.632 0.012 0.308 0.048 0.000
#> SRR191421 1 0.584 0.40422 0.592 0.012 0.320 0.072 0.004
#> SRR191422 3 0.760 -0.23142 0.060 0.404 0.416 0.032 0.088
#> SRR191423 2 0.768 0.34660 0.028 0.432 0.344 0.032 0.164
#> SRR191424 2 0.779 0.28531 0.004 0.488 0.232 0.116 0.160
#> SRR191425 1 0.620 0.34387 0.580 0.028 0.312 0.076 0.004
#> SRR191426 3 0.716 0.39080 0.164 0.100 0.620 0.068 0.048
#> SRR191427 3 0.992 -0.55842 0.212 0.148 0.232 0.184 0.224
#> SRR191428 3 0.668 -0.08491 0.420 0.040 0.456 0.080 0.004
#> SRR191429 3 0.841 -0.35602 0.036 0.348 0.372 0.080 0.164
#> SRR191430 2 0.873 0.20303 0.092 0.360 0.352 0.076 0.120
#> SRR191431 2 0.874 0.06267 0.056 0.328 0.320 0.064 0.232
#> SRR191432 2 0.693 0.44971 0.016 0.548 0.304 0.056 0.076
#> SRR191433 2 0.711 0.41648 0.016 0.536 0.300 0.088 0.060
#> SRR191434 3 0.685 0.27144 0.076 0.240 0.600 0.024 0.060
#> SRR191435 1 0.882 0.19680 0.388 0.068 0.296 0.156 0.092
#> SRR191436 3 0.810 0.23357 0.284 0.100 0.480 0.056 0.080
#> SRR191437 2 0.732 0.01955 0.008 0.468 0.080 0.088 0.356
#> SRR191438 3 0.896 0.27298 0.172 0.200 0.424 0.068 0.136
#> SRR191439 2 0.820 0.32090 0.060 0.432 0.336 0.080 0.092
#> SRR191440 5 0.822 0.15388 0.060 0.188 0.124 0.108 0.520
#> SRR191441 2 0.666 0.36155 0.000 0.576 0.172 0.036 0.216
#> SRR191442 3 0.922 0.13724 0.256 0.196 0.356 0.080 0.112
#> SRR191443 1 0.579 0.46336 0.640 0.016 0.276 0.048 0.020
#> SRR191444 3 0.743 0.38983 0.128 0.096 0.612 0.096 0.068
#> SRR191445 3 0.930 0.15438 0.176 0.192 0.392 0.104 0.136
#> SRR191446 5 0.879 0.25320 0.028 0.232 0.180 0.168 0.392
#> SRR191447 2 0.800 0.35560 0.028 0.448 0.276 0.052 0.196
#> SRR191448 1 0.930 -0.22525 0.360 0.068 0.212 0.180 0.180
#> SRR191449 3 0.650 0.05749 0.400 0.024 0.500 0.052 0.024
#> SRR191450 1 0.893 0.05188 0.436 0.100 0.196 0.176 0.092
#> SRR191451 3 0.936 -0.01865 0.288 0.136 0.312 0.080 0.184
#> SRR191452 2 0.716 0.40819 0.004 0.532 0.260 0.056 0.148
#> SRR191453 2 0.947 -0.16073 0.068 0.272 0.236 0.164 0.260
#> SRR191454 3 0.876 -0.08962 0.352 0.096 0.352 0.132 0.068
#> SRR191455 3 0.767 0.36685 0.184 0.168 0.544 0.080 0.024
#> SRR191456 1 0.894 0.23515 0.412 0.092 0.260 0.116 0.120
#> SRR191457 1 0.874 -0.15316 0.456 0.128 0.204 0.144 0.068
#> SRR191458 3 0.826 -0.21978 0.072 0.340 0.392 0.032 0.164
#> SRR191459 3 0.753 0.41038 0.176 0.180 0.556 0.056 0.032
#> SRR191460 3 0.639 0.43047 0.124 0.132 0.672 0.048 0.024
#> SRR191461 3 0.777 0.35251 0.180 0.080 0.568 0.104 0.068
#> SRR191462 3 0.729 -0.38063 0.012 0.360 0.472 0.072 0.084
#> SRR191463 2 0.790 0.19358 0.016 0.484 0.208 0.076 0.216
#> SRR191464 2 0.743 0.38614 0.012 0.532 0.256 0.116 0.084
#> SRR191465 2 0.716 0.34449 0.004 0.504 0.216 0.032 0.244
#> SRR191466 3 0.896 0.18087 0.260 0.204 0.376 0.060 0.100
#> SRR191467 2 0.813 0.30644 0.012 0.396 0.328 0.092 0.172
#> SRR191468 2 0.521 0.42157 0.000 0.736 0.128 0.036 0.100
#> SRR191469 3 0.855 0.07989 0.300 0.140 0.408 0.112 0.040
#> SRR191470 3 0.879 -0.25306 0.040 0.212 0.412 0.132 0.204
#> SRR191471 3 0.905 -0.17901 0.136 0.108 0.400 0.100 0.256
#> SRR191472 2 0.762 0.38582 0.012 0.492 0.292 0.096 0.108
#> SRR191473 3 0.646 -0.27029 0.012 0.396 0.504 0.048 0.040
#> SRR191474 3 0.813 0.08257 0.308 0.076 0.440 0.144 0.032
#> SRR191475 2 0.591 0.46452 0.004 0.652 0.216 0.020 0.108
#> SRR191476 2 0.785 0.38659 0.036 0.488 0.296 0.084 0.096
#> SRR191477 2 0.632 0.39900 0.020 0.576 0.324 0.032 0.048
#> SRR191478 2 0.710 0.42285 0.012 0.532 0.304 0.080 0.072
#> SRR191479 1 0.714 0.44993 0.568 0.040 0.244 0.120 0.028
#> SRR191480 3 0.851 -0.27038 0.040 0.288 0.408 0.180 0.084
#> SRR191481 3 0.616 -0.26883 0.000 0.376 0.528 0.064 0.032
#> SRR191482 3 0.831 -0.01009 0.120 0.348 0.404 0.052 0.076
#> SRR191483 3 0.790 0.29741 0.116 0.236 0.524 0.076 0.048
#> SRR191484 1 0.493 0.34873 0.732 0.012 0.064 0.188 0.004
#> SRR191485 3 0.841 -0.00869 0.084 0.276 0.460 0.100 0.080
#> SRR191486 3 0.923 -0.26057 0.096 0.212 0.340 0.088 0.264
#> SRR191487 3 0.907 -0.20156 0.076 0.256 0.388 0.120 0.160
#> SRR191488 1 0.963 -0.27555 0.328 0.112 0.180 0.180 0.200
#> SRR191489 3 0.920 -0.14135 0.100 0.196 0.408 0.144 0.152
#> SRR191490 2 0.724 0.07364 0.012 0.528 0.076 0.092 0.292
#> SRR191491 5 0.956 0.04716 0.200 0.112 0.264 0.124 0.300
#> SRR191492 1 0.752 0.26359 0.488 0.064 0.324 0.100 0.024
#> SRR191493 5 0.875 0.23041 0.060 0.232 0.172 0.104 0.432
#> SRR191494 2 0.714 0.43104 0.004 0.556 0.224 0.068 0.148
#> SRR191495 3 0.790 0.25521 0.272 0.072 0.508 0.084 0.064
#> SRR191496 2 0.614 0.35381 0.000 0.656 0.112 0.056 0.176
#> SRR191497 3 0.717 0.39162 0.152 0.108 0.620 0.080 0.040
#> SRR191498 3 0.947 -0.20766 0.124 0.144 0.368 0.196 0.168
#> SRR191499 3 0.720 0.28151 0.288 0.068 0.548 0.060 0.036
#> SRR191500 3 0.677 0.39699 0.136 0.092 0.652 0.092 0.028
#> SRR191501 2 0.842 -0.20727 0.052 0.392 0.124 0.084 0.348
#> SRR191502 3 0.986 -0.24266 0.176 0.244 0.256 0.144 0.180
#> SRR191503 2 0.721 0.22915 0.012 0.552 0.116 0.068 0.252
#> SRR191504 3 0.769 -0.37564 0.020 0.376 0.420 0.060 0.124
#> SRR191505 5 0.807 0.10049 0.012 0.328 0.184 0.080 0.396
#> SRR191506 2 0.574 0.40208 0.000 0.680 0.136 0.028 0.156
#> SRR191507 2 0.854 0.19701 0.028 0.348 0.348 0.168 0.108
#> SRR191508 3 0.846 -0.20254 0.072 0.272 0.456 0.104 0.096
#> SRR191509 3 0.706 -0.20856 0.020 0.356 0.496 0.088 0.040
#> SRR191510 3 0.907 -0.41611 0.064 0.148 0.344 0.136 0.308
#> SRR191511 2 0.775 0.33839 0.008 0.468 0.256 0.068 0.200
#> SRR191512 2 0.560 0.41169 0.000 0.716 0.124 0.076 0.084
#> SRR191513 2 0.584 0.40858 0.000 0.664 0.148 0.024 0.164
#> SRR191514 2 0.574 0.45278 0.004 0.684 0.172 0.024 0.116
#> SRR191515 3 0.844 -0.38733 0.016 0.340 0.356 0.136 0.152
#> SRR191516 3 0.858 0.24722 0.176 0.108 0.488 0.148 0.080
#> SRR191517 3 0.676 -0.10210 0.028 0.324 0.548 0.068 0.032
#> SRR191518 2 0.704 0.37655 0.012 0.468 0.388 0.076 0.056
#> SRR191519 2 0.666 0.42686 0.000 0.548 0.280 0.032 0.140
#> SRR191520 3 0.858 0.17182 0.120 0.160 0.480 0.176 0.064
#> SRR191521 2 0.790 0.31060 0.008 0.424 0.304 0.072 0.192
#> SRR191522 2 0.851 0.08316 0.036 0.332 0.300 0.060 0.272
#> SRR191523 2 0.825 0.20958 0.008 0.388 0.252 0.096 0.256
#> SRR191524 1 0.954 -0.40993 0.284 0.072 0.224 0.228 0.192
#> SRR191525 3 0.842 -0.48494 0.016 0.344 0.352 0.120 0.168
#> SRR191526 2 0.718 0.36730 0.008 0.540 0.220 0.044 0.188
#> SRR191527 4 0.963 0.00000 0.268 0.144 0.108 0.280 0.200
#> SRR191528 5 0.922 -0.02866 0.092 0.192 0.140 0.176 0.400
#> SRR191529 5 0.865 0.25780 0.036 0.232 0.172 0.132 0.428
#> SRR191530 2 0.811 0.29913 0.008 0.412 0.292 0.096 0.192
#> SRR191531 5 0.939 0.11424 0.116 0.276 0.136 0.132 0.340
#> SRR191532 2 0.888 -0.13066 0.036 0.312 0.228 0.112 0.312
#> SRR191533 5 0.972 0.03816 0.112 0.156 0.216 0.248 0.268
#> SRR191534 2 0.868 -0.04335 0.036 0.380 0.172 0.112 0.300
#> SRR191535 2 0.749 0.38252 0.004 0.440 0.360 0.108 0.088
#> SRR191536 2 0.905 0.04197 0.056 0.388 0.212 0.140 0.204
#> SRR191537 2 0.762 0.34833 0.008 0.484 0.296 0.104 0.108
#> SRR191538 2 0.498 0.45743 0.004 0.692 0.256 0.016 0.032
#> SRR191539 2 0.711 0.31553 0.004 0.564 0.156 0.068 0.208
#> SRR191540 3 0.763 -0.18109 0.020 0.336 0.456 0.136 0.052
#> SRR191541 2 0.596 0.46527 0.000 0.636 0.244 0.036 0.084
#> SRR191542 2 0.741 0.36778 0.012 0.516 0.248 0.048 0.176
#> SRR191543 2 0.744 0.39536 0.012 0.504 0.268 0.048 0.168
#> SRR191544 5 0.911 0.05304 0.084 0.256 0.284 0.072 0.304
#> SRR191545 3 0.759 -0.37781 0.004 0.380 0.392 0.060 0.164
#> SRR191546 3 0.898 -0.17506 0.080 0.288 0.384 0.128 0.120
#> SRR191547 3 0.702 0.36508 0.088 0.132 0.644 0.068 0.068
#> SRR191548 1 0.245 0.45304 0.900 0.000 0.048 0.052 0.000
#> SRR191549 1 0.235 0.39396 0.900 0.000 0.012 0.084 0.004
#> SRR191550 1 0.241 0.40073 0.892 0.000 0.016 0.092 0.000
#> SRR191551 1 0.248 0.42960 0.900 0.004 0.028 0.068 0.000
#> SRR191552 1 0.361 0.45450 0.840 0.004 0.088 0.064 0.004
#> SRR191553 1 0.782 0.34374 0.524 0.048 0.244 0.120 0.064
#> SRR191554 1 0.731 0.07569 0.600 0.032 0.108 0.168 0.092
#> SRR191555 1 0.677 0.39698 0.552 0.020 0.296 0.112 0.020
#> SRR191556 3 0.634 0.23428 0.328 0.044 0.572 0.036 0.020
#> SRR191557 3 0.669 -0.06566 0.424 0.024 0.448 0.096 0.008
#> SRR191558 3 0.801 0.07413 0.100 0.320 0.460 0.060 0.060
#> SRR191559 3 0.631 0.05402 0.388 0.048 0.520 0.032 0.012
#> SRR191560 3 0.633 -0.01481 0.428 0.044 0.484 0.028 0.016
#> SRR191561 1 0.918 -0.48655 0.408 0.180 0.124 0.188 0.100
#> SRR191562 1 0.626 0.38494 0.584 0.044 0.312 0.052 0.008
#> SRR191563 3 0.643 0.38411 0.228 0.104 0.624 0.024 0.020
#> SRR191564 3 0.633 0.19660 0.308 0.028 0.588 0.052 0.024
#> SRR191565 3 0.571 -0.01458 0.396 0.016 0.548 0.020 0.020
#> SRR191566 3 0.637 -0.07361 0.436 0.020 0.468 0.064 0.012
#> SRR191567 1 0.750 0.34676 0.512 0.052 0.300 0.100 0.036
#> SRR191568 1 0.531 0.51213 0.708 0.012 0.192 0.080 0.008
#> SRR191569 3 0.848 0.17538 0.272 0.132 0.440 0.044 0.112
#> SRR191570 3 0.717 0.05427 0.380 0.100 0.464 0.024 0.032
#> SRR191571 3 0.689 0.11293 0.376 0.080 0.492 0.028 0.024
#> SRR191572 1 0.286 0.38709 0.876 0.000 0.016 0.096 0.012
#> SRR191573 3 0.563 0.09496 0.412 0.024 0.536 0.020 0.008
#> SRR191574 1 0.850 0.31823 0.452 0.048 0.252 0.108 0.140
#> SRR191575 1 0.820 0.37134 0.508 0.084 0.228 0.104 0.076
#> SRR191576 3 0.798 0.33505 0.212 0.176 0.508 0.044 0.060
#> SRR191577 3 0.781 0.09750 0.340 0.076 0.452 0.104 0.028
#> SRR191578 3 0.734 0.26786 0.104 0.276 0.540 0.044 0.036
#> SRR191579 1 0.739 0.31821 0.584 0.032 0.172 0.144 0.068
#> SRR191580 1 0.582 0.18721 0.720 0.120 0.044 0.092 0.024
#> SRR191581 1 0.675 0.45093 0.632 0.032 0.184 0.112 0.040
#> SRR191582 1 0.704 0.26785 0.464 0.040 0.404 0.056 0.036
#> SRR191583 2 0.722 0.21331 0.012 0.564 0.112 0.080 0.232
#> SRR191584 1 0.910 -0.53026 0.432 0.168 0.124 0.156 0.120
#> SRR191585 3 0.703 0.12369 0.340 0.040 0.496 0.116 0.008
#> SRR191586 3 0.724 -0.02355 0.388 0.036 0.436 0.128 0.012
#> SRR191587 3 0.618 0.26037 0.308 0.048 0.596 0.028 0.020
#> SRR191588 1 0.571 0.05285 0.488 0.012 0.456 0.036 0.008
#> SRR191589 3 0.592 0.04734 0.436 0.028 0.500 0.020 0.016
#> SRR191590 1 0.661 0.20352 0.492 0.036 0.404 0.036 0.032
#> SRR191591 3 0.611 0.20487 0.348 0.056 0.564 0.020 0.012
#> SRR191592 3 0.621 0.04142 0.392 0.044 0.524 0.024 0.016
#> SRR191593 1 0.623 0.28847 0.552 0.028 0.352 0.060 0.008
#> SRR191594 1 0.287 0.37543 0.860 0.000 0.020 0.120 0.000
#> SRR191595 3 0.627 -0.05428 0.436 0.040 0.480 0.028 0.016
#> SRR191596 3 0.634 -0.03189 0.436 0.040 0.476 0.032 0.016
#> SRR191597 3 0.582 0.34520 0.260 0.076 0.640 0.016 0.008
#> SRR191598 1 0.586 0.10667 0.492 0.024 0.448 0.020 0.016
#> SRR191599 1 0.600 0.25845 0.540 0.024 0.380 0.052 0.004
#> SRR191600 3 0.597 0.33556 0.272 0.068 0.628 0.016 0.016
#> SRR191601 3 0.698 0.31338 0.236 0.060 0.596 0.032 0.076
#> SRR191602 3 0.628 0.37152 0.252 0.120 0.604 0.008 0.016
#> SRR191603 3 0.610 0.33155 0.264 0.068 0.628 0.016 0.024
#> SRR191604 3 0.711 0.24289 0.108 0.268 0.556 0.020 0.048
#> SRR191605 3 0.602 0.27919 0.316 0.064 0.592 0.012 0.016
#> SRR191606 1 0.605 0.13195 0.492 0.036 0.436 0.024 0.012
#> SRR191607 3 0.655 -0.01572 0.396 0.020 0.484 0.092 0.008
#> SRR191608 3 0.780 0.31347 0.252 0.064 0.528 0.092 0.064
#> SRR191609 3 0.835 0.30081 0.176 0.092 0.516 0.128 0.088
#> SRR191610 3 0.642 -0.05730 0.420 0.020 0.468 0.088 0.004
#> SRR191611 3 0.719 0.04253 0.352 0.032 0.468 0.136 0.012
#> SRR191612 3 0.609 0.24372 0.324 0.056 0.584 0.008 0.028
#> SRR191613 3 0.865 0.06011 0.344 0.136 0.368 0.056 0.096
#> SRR191614 3 0.659 0.14224 0.360 0.028 0.532 0.036 0.044
#> SRR191615 3 0.599 0.13727 0.388 0.032 0.540 0.028 0.012
#> SRR191616 2 0.866 -0.01308 0.040 0.436 0.128 0.180 0.216
#> SRR191617 3 0.793 -0.20271 0.056 0.380 0.412 0.048 0.104
#> SRR191618 3 0.759 -0.14546 0.400 0.036 0.424 0.072 0.068
#> SRR191619 3 0.645 0.42865 0.152 0.188 0.624 0.012 0.024
#> SRR191620 3 0.792 0.36153 0.180 0.192 0.516 0.028 0.084
#> SRR191621 3 0.718 0.18660 0.092 0.292 0.540 0.024 0.052
#> SRR191622 3 0.793 0.29712 0.248 0.144 0.496 0.024 0.088
#> SRR191623 3 0.597 -0.02362 0.420 0.036 0.508 0.032 0.004
#> SRR191624 1 0.441 0.51391 0.772 0.004 0.156 0.064 0.004
#> SRR191625 3 0.642 0.40549 0.220 0.116 0.624 0.020 0.020
#> SRR191626 3 0.663 0.26187 0.060 0.188 0.648 0.068 0.036
#> SRR191627 3 0.666 0.35488 0.128 0.212 0.612 0.024 0.024
#> SRR191628 3 0.703 0.22159 0.320 0.032 0.536 0.056 0.056
#> SRR191629 3 0.548 0.33472 0.264 0.064 0.656 0.008 0.008
#> SRR191630 1 0.287 0.37543 0.860 0.000 0.020 0.120 0.000
#> SRR191631 3 0.675 0.16819 0.064 0.268 0.592 0.044 0.032
#> SRR191632 3 0.606 0.25081 0.308 0.040 0.604 0.024 0.024
#> SRR191633 3 0.731 0.34593 0.244 0.124 0.556 0.032 0.044
#> SRR191634 2 0.781 0.11596 0.008 0.504 0.132 0.140 0.216
#> SRR191635 3 0.618 0.20155 0.364 0.020 0.552 0.036 0.028
#> SRR191636 5 0.877 0.15411 0.024 0.244 0.152 0.204 0.376
#> SRR191637 2 0.648 0.30668 0.004 0.632 0.120 0.056 0.188
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.471 0.40075 0.136 0.036 0.760 0.044 0.012 0.012
#> SRR191394 3 0.655 -0.32666 0.392 0.044 0.460 0.076 0.008 0.020
#> SRR191396 3 0.900 -0.23694 0.088 0.272 0.312 0.036 0.152 0.140
#> SRR191397 3 0.539 0.04128 0.324 0.028 0.592 0.044 0.000 0.012
#> SRR191398 3 0.659 -0.38517 0.416 0.028 0.436 0.076 0.008 0.036
#> SRR191399 3 0.551 0.38750 0.164 0.052 0.692 0.068 0.020 0.004
#> SRR191400 3 0.799 -0.22530 0.304 0.052 0.428 0.108 0.040 0.068
#> SRR191401 3 0.422 0.31958 0.220 0.020 0.732 0.020 0.000 0.008
#> SRR191402 3 0.360 0.52446 0.028 0.156 0.800 0.008 0.008 0.000
#> SRR191403 3 0.522 0.18050 0.280 0.024 0.628 0.064 0.004 0.000
#> SRR191404 3 0.730 0.04434 0.016 0.340 0.452 0.044 0.052 0.096
#> SRR191405 3 0.837 -0.16518 0.036 0.328 0.368 0.100 0.076 0.092
#> SRR191406 3 0.480 0.51999 0.032 0.184 0.732 0.020 0.012 0.020
#> SRR191407 3 0.639 -0.06923 0.320 0.056 0.540 0.040 0.008 0.036
#> SRR191408 3 0.705 0.34631 0.200 0.172 0.540 0.032 0.016 0.040
#> SRR191409 3 0.435 0.52756 0.040 0.160 0.760 0.032 0.000 0.008
#> SRR191410 3 0.399 0.51302 0.016 0.176 0.772 0.024 0.012 0.000
#> SRR191411 3 0.703 0.21940 0.064 0.312 0.508 0.032 0.048 0.036
#> SRR191412 3 0.523 0.26063 0.260 0.040 0.648 0.044 0.000 0.008
#> SRR191413 3 0.564 0.35650 0.204 0.052 0.656 0.076 0.008 0.004
#> SRR191414 1 0.466 0.40880 0.508 0.000 0.456 0.032 0.000 0.004
#> SRR191415 3 0.419 0.52200 0.024 0.176 0.764 0.024 0.004 0.008
#> SRR191416 3 0.592 0.45371 0.180 0.112 0.640 0.056 0.004 0.008
#> SRR191418 3 0.534 0.50920 0.064 0.112 0.724 0.076 0.012 0.012
#> SRR191419 3 0.818 0.02968 0.232 0.080 0.468 0.096 0.056 0.068
#> SRR191420 3 0.560 0.10719 0.304 0.064 0.592 0.032 0.004 0.004
#> SRR191421 3 0.578 0.06021 0.336 0.044 0.556 0.056 0.004 0.004
#> SRR191422 2 0.734 0.35382 0.012 0.468 0.260 0.020 0.180 0.060
#> SRR191423 2 0.789 0.21476 0.028 0.468 0.156 0.036 0.224 0.088
#> SRR191424 5 0.775 0.34931 0.016 0.232 0.088 0.136 0.480 0.048
#> SRR191425 3 0.587 0.22353 0.280 0.064 0.588 0.060 0.008 0.000
#> SRR191426 3 0.734 0.20653 0.104 0.328 0.460 0.044 0.036 0.028
#> SRR191427 6 0.961 -0.18154 0.196 0.152 0.180 0.196 0.052 0.224
#> SRR191428 3 0.673 0.36185 0.224 0.136 0.552 0.068 0.004 0.016
#> SRR191429 2 0.843 0.31710 0.024 0.420 0.216 0.076 0.156 0.108
#> SRR191430 2 0.793 0.25718 0.008 0.388 0.272 0.028 0.196 0.108
#> SRR191431 2 0.923 0.00535 0.072 0.308 0.172 0.056 0.212 0.180
#> SRR191432 2 0.705 -0.04321 0.008 0.428 0.120 0.056 0.368 0.020
#> SRR191433 2 0.752 0.03595 0.024 0.412 0.140 0.100 0.320 0.004
#> SRR191434 3 0.719 -0.13456 0.008 0.384 0.408 0.032 0.112 0.056
#> SRR191435 3 0.829 0.00115 0.232 0.108 0.388 0.208 0.016 0.048
#> SRR191436 3 0.737 0.44474 0.072 0.196 0.556 0.068 0.028 0.080
#> SRR191437 5 0.707 0.22055 0.004 0.132 0.020 0.120 0.540 0.184
#> SRR191438 3 0.848 0.07417 0.072 0.264 0.412 0.052 0.092 0.108
#> SRR191439 2 0.863 0.12040 0.084 0.412 0.116 0.080 0.244 0.064
#> SRR191440 6 0.831 0.06856 0.044 0.116 0.068 0.140 0.156 0.476
#> SRR191441 5 0.655 0.38155 0.004 0.344 0.036 0.032 0.500 0.084
#> SRR191442 3 0.871 0.26061 0.108 0.104 0.448 0.132 0.140 0.068
#> SRR191443 3 0.575 -0.07121 0.336 0.056 0.564 0.020 0.004 0.020
#> SRR191444 3 0.773 0.25205 0.068 0.284 0.476 0.060 0.064 0.048
#> SRR191445 3 0.917 -0.03333 0.064 0.176 0.364 0.164 0.136 0.096
#> SRR191446 4 0.874 0.02337 0.004 0.164 0.104 0.320 0.188 0.220
#> SRR191447 2 0.799 0.12263 0.016 0.420 0.140 0.028 0.252 0.144
#> SRR191448 4 0.929 0.06988 0.240 0.076 0.248 0.256 0.076 0.104
#> SRR191449 3 0.522 0.47198 0.108 0.076 0.736 0.052 0.016 0.012
#> SRR191450 1 0.897 0.14640 0.340 0.116 0.280 0.116 0.068 0.080
#> SRR191451 3 0.884 0.11668 0.164 0.108 0.400 0.040 0.112 0.176
#> SRR191452 2 0.707 -0.03275 0.012 0.504 0.084 0.032 0.296 0.072
#> SRR191453 2 0.950 -0.24276 0.080 0.284 0.124 0.108 0.180 0.224
#> SRR191454 3 0.846 0.10876 0.252 0.184 0.388 0.076 0.032 0.068
#> SRR191455 3 0.730 0.20466 0.064 0.336 0.468 0.056 0.040 0.036
#> SRR191456 3 0.875 -0.00892 0.220 0.104 0.404 0.112 0.044 0.116
#> SRR191457 1 0.902 0.15975 0.372 0.096 0.228 0.132 0.068 0.104
#> SRR191458 2 0.826 0.24017 0.032 0.384 0.268 0.024 0.160 0.132
#> SRR191459 3 0.649 0.22612 0.028 0.328 0.520 0.072 0.048 0.004
#> SRR191460 3 0.601 0.20181 0.012 0.388 0.508 0.048 0.028 0.016
#> SRR191461 3 0.738 0.31756 0.048 0.220 0.520 0.148 0.036 0.028
#> SRR191462 2 0.846 0.25428 0.040 0.440 0.180 0.064 0.164 0.112
#> SRR191463 2 0.857 -0.20320 0.036 0.320 0.092 0.044 0.276 0.232
#> SRR191464 2 0.784 -0.13610 0.024 0.416 0.104 0.108 0.316 0.032
#> SRR191465 2 0.730 -0.20730 0.004 0.432 0.048 0.036 0.320 0.160
#> SRR191466 3 0.877 0.24313 0.120 0.152 0.436 0.124 0.108 0.060
#> SRR191467 2 0.855 -0.00505 0.024 0.380 0.124 0.060 0.232 0.180
#> SRR191468 5 0.544 0.45962 0.004 0.308 0.028 0.048 0.604 0.008
#> SRR191469 3 0.824 0.25495 0.136 0.112 0.472 0.112 0.148 0.020
#> SRR191470 2 0.900 0.08005 0.048 0.336 0.228 0.088 0.096 0.204
#> SRR191471 3 0.924 -0.30385 0.056 0.180 0.316 0.124 0.096 0.228
#> SRR191472 2 0.696 0.06126 0.028 0.552 0.088 0.036 0.252 0.044
#> SRR191473 2 0.640 0.38323 0.012 0.588 0.220 0.036 0.128 0.016
#> SRR191474 3 0.801 0.32465 0.200 0.128 0.472 0.132 0.028 0.040
#> SRR191475 5 0.659 0.22342 0.004 0.368 0.080 0.016 0.472 0.060
#> SRR191476 2 0.844 -0.09689 0.052 0.408 0.100 0.060 0.272 0.108
#> SRR191477 2 0.723 0.15236 0.012 0.448 0.160 0.072 0.300 0.008
#> SRR191478 2 0.728 0.13329 0.012 0.512 0.124 0.024 0.236 0.092
#> SRR191479 1 0.695 0.25832 0.408 0.052 0.404 0.088 0.000 0.048
#> SRR191480 2 0.873 0.13440 0.044 0.280 0.228 0.248 0.180 0.020
#> SRR191481 2 0.624 0.36955 0.024 0.636 0.188 0.048 0.088 0.016
#> SRR191482 2 0.805 0.32952 0.036 0.408 0.300 0.112 0.116 0.028
#> SRR191483 2 0.729 0.10022 0.044 0.412 0.396 0.072 0.044 0.032
#> SRR191484 1 0.606 0.54740 0.552 0.028 0.312 0.092 0.004 0.012
#> SRR191485 2 0.826 0.32131 0.048 0.408 0.300 0.104 0.076 0.064
#> SRR191486 6 0.926 0.00694 0.080 0.212 0.240 0.048 0.152 0.268
#> SRR191487 2 0.978 0.05671 0.128 0.228 0.220 0.140 0.180 0.104
#> SRR191488 3 0.897 -0.32712 0.272 0.056 0.276 0.080 0.072 0.244
#> SRR191489 3 0.890 -0.26457 0.032 0.204 0.320 0.216 0.172 0.056
#> SRR191490 5 0.711 0.27303 0.012 0.100 0.048 0.116 0.580 0.144
#> SRR191491 6 0.896 0.06696 0.140 0.168 0.236 0.056 0.056 0.344
#> SRR191492 3 0.727 0.21202 0.248 0.084 0.528 0.080 0.024 0.036
#> SRR191493 6 0.818 0.21514 0.060 0.204 0.088 0.048 0.124 0.476
#> SRR191494 5 0.790 0.28309 0.012 0.352 0.080 0.052 0.368 0.136
#> SRR191495 3 0.708 0.44345 0.100 0.212 0.536 0.124 0.008 0.020
#> SRR191496 5 0.572 0.50890 0.004 0.256 0.012 0.048 0.624 0.056
#> SRR191497 3 0.696 0.29914 0.080 0.296 0.520 0.048 0.032 0.024
#> SRR191498 3 0.942 -0.33186 0.084 0.112 0.280 0.256 0.100 0.168
#> SRR191499 3 0.609 0.51548 0.060 0.168 0.656 0.080 0.020 0.016
#> SRR191500 3 0.682 0.26601 0.072 0.296 0.512 0.096 0.016 0.008
#> SRR191501 6 0.834 0.10773 0.072 0.132 0.064 0.040 0.328 0.364
#> SRR191502 3 0.968 -0.34435 0.088 0.212 0.260 0.140 0.128 0.172
#> SRR191503 5 0.784 0.36742 0.028 0.224 0.048 0.060 0.472 0.168
#> SRR191504 2 0.741 0.34164 0.008 0.528 0.196 0.052 0.124 0.092
#> SRR191505 2 0.875 -0.17883 0.008 0.276 0.068 0.196 0.212 0.240
#> SRR191506 5 0.627 0.49317 0.004 0.280 0.032 0.028 0.568 0.088
#> SRR191507 2 0.835 0.07095 0.024 0.392 0.152 0.188 0.212 0.032
#> SRR191508 2 0.898 0.29887 0.104 0.396 0.204 0.100 0.116 0.080
#> SRR191509 2 0.695 0.40080 0.036 0.568 0.232 0.044 0.084 0.036
#> SRR191510 6 0.933 -0.06398 0.060 0.196 0.212 0.196 0.068 0.268
#> SRR191511 2 0.770 0.04459 0.008 0.476 0.096 0.060 0.244 0.116
#> SRR191512 5 0.525 0.40090 0.000 0.392 0.024 0.040 0.540 0.004
#> SRR191513 5 0.639 0.46058 0.004 0.320 0.016 0.016 0.500 0.144
#> SRR191514 5 0.660 0.38947 0.008 0.344 0.044 0.016 0.492 0.096
#> SRR191515 2 0.937 0.03270 0.052 0.252 0.188 0.084 0.232 0.192
#> SRR191516 3 0.835 0.15550 0.100 0.188 0.440 0.180 0.056 0.036
#> SRR191517 2 0.622 0.38814 0.004 0.588 0.252 0.072 0.072 0.012
#> SRR191518 2 0.698 0.31189 0.028 0.588 0.148 0.028 0.144 0.064
#> SRR191519 2 0.715 -0.10955 0.000 0.444 0.092 0.044 0.344 0.076
#> SRR191520 2 0.855 0.16306 0.116 0.360 0.288 0.148 0.052 0.036
#> SRR191521 2 0.788 0.17243 0.012 0.456 0.120 0.036 0.172 0.204
#> SRR191522 5 0.909 -0.05127 0.052 0.248 0.160 0.048 0.252 0.240
#> SRR191523 2 0.881 -0.04208 0.020 0.344 0.112 0.104 0.232 0.188
#> SRR191524 4 0.913 0.18006 0.240 0.104 0.216 0.264 0.024 0.152
#> SRR191525 2 0.828 0.19832 0.028 0.460 0.136 0.120 0.184 0.072
#> SRR191526 2 0.720 -0.08187 0.004 0.476 0.072 0.036 0.300 0.112
#> SRR191527 1 0.954 -0.33873 0.264 0.092 0.116 0.200 0.100 0.228
#> SRR191528 6 0.878 0.16562 0.132 0.068 0.096 0.104 0.168 0.432
#> SRR191529 6 0.770 0.20231 0.024 0.176 0.068 0.076 0.132 0.524
#> SRR191530 2 0.853 0.17310 0.020 0.420 0.128 0.132 0.196 0.104
#> SRR191531 6 0.938 0.14407 0.092 0.088 0.120 0.160 0.228 0.312
#> SRR191532 5 0.929 -0.08933 0.052 0.152 0.144 0.120 0.324 0.208
#> SRR191533 6 0.960 -0.00478 0.092 0.108 0.192 0.240 0.120 0.248
#> SRR191534 6 0.799 0.05027 0.052 0.180 0.044 0.032 0.280 0.412
#> SRR191535 2 0.807 0.20851 0.032 0.460 0.148 0.068 0.228 0.064
#> SRR191536 6 0.904 0.00998 0.088 0.272 0.056 0.076 0.232 0.276
#> SRR191537 2 0.828 -0.13361 0.048 0.376 0.120 0.072 0.328 0.056
#> SRR191538 2 0.613 -0.04507 0.004 0.440 0.116 0.004 0.416 0.020
#> SRR191539 5 0.762 0.44615 0.016 0.276 0.044 0.080 0.468 0.116
#> SRR191540 2 0.817 0.34007 0.024 0.376 0.268 0.132 0.180 0.020
#> SRR191541 2 0.689 -0.10058 0.008 0.436 0.080 0.048 0.392 0.036
#> SRR191542 5 0.809 0.27191 0.036 0.320 0.084 0.016 0.340 0.204
#> SRR191543 5 0.818 0.18176 0.016 0.304 0.132 0.036 0.364 0.148
#> SRR191544 6 0.915 0.07961 0.096 0.236 0.196 0.032 0.152 0.288
#> SRR191545 2 0.776 0.35184 0.012 0.496 0.188 0.052 0.116 0.136
#> SRR191546 2 0.815 0.35537 0.036 0.456 0.240 0.116 0.088 0.064
#> SRR191547 3 0.707 -0.02461 0.056 0.412 0.416 0.048 0.040 0.028
#> SRR191548 1 0.470 0.58746 0.572 0.008 0.392 0.020 0.000 0.008
#> SRR191549 1 0.406 0.63082 0.644 0.000 0.340 0.008 0.000 0.008
#> SRR191550 1 0.409 0.62355 0.636 0.000 0.344 0.020 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.460 0.60675 0.600 0.000 0.364 0.024 0.004 0.008
#> SRR191552 1 0.537 0.55418 0.532 0.012 0.396 0.048 0.004 0.008
#> SRR191553 3 0.795 -0.31136 0.352 0.044 0.388 0.112 0.044 0.060
#> SRR191554 1 0.803 0.40064 0.416 0.012 0.268 0.132 0.044 0.128
#> SRR191555 3 0.737 -0.18355 0.360 0.088 0.408 0.112 0.008 0.024
#> SRR191556 3 0.441 0.52698 0.028 0.132 0.776 0.044 0.004 0.016
#> SRR191557 3 0.614 0.39629 0.184 0.088 0.628 0.084 0.012 0.004
#> SRR191558 3 0.771 -0.27899 0.020 0.344 0.380 0.036 0.172 0.048
#> SRR191559 3 0.488 0.47285 0.076 0.084 0.768 0.028 0.020 0.024
#> SRR191560 3 0.508 0.44430 0.104 0.080 0.748 0.024 0.016 0.028
#> SRR191561 1 0.939 -0.04896 0.292 0.040 0.184 0.164 0.152 0.168
#> SRR191562 3 0.620 0.14716 0.264 0.044 0.600 0.036 0.016 0.040
#> SRR191563 3 0.504 0.40338 0.012 0.312 0.628 0.008 0.024 0.016
#> SRR191564 3 0.509 0.51714 0.084 0.148 0.720 0.012 0.004 0.032
#> SRR191565 3 0.480 0.46105 0.120 0.096 0.744 0.004 0.008 0.028
#> SRR191566 3 0.476 0.46249 0.120 0.068 0.756 0.040 0.004 0.012
#> SRR191567 3 0.761 -0.00448 0.272 0.108 0.464 0.112 0.024 0.020
#> SRR191568 3 0.616 -0.26531 0.380 0.032 0.496 0.072 0.004 0.016
#> SRR191569 3 0.755 0.39951 0.056 0.180 0.552 0.072 0.048 0.092
#> SRR191570 3 0.644 0.44653 0.116 0.132 0.644 0.024 0.032 0.052
#> SRR191571 3 0.621 0.48210 0.124 0.156 0.640 0.048 0.016 0.016
#> SRR191572 1 0.472 0.62858 0.612 0.000 0.340 0.024 0.000 0.024
#> SRR191573 3 0.347 0.50121 0.048 0.100 0.828 0.024 0.000 0.000
#> SRR191574 3 0.834 -0.19689 0.244 0.048 0.412 0.136 0.028 0.132
#> SRR191575 3 0.824 -0.15192 0.276 0.064 0.428 0.092 0.044 0.096
#> SRR191576 3 0.737 0.29423 0.064 0.260 0.512 0.016 0.080 0.068
#> SRR191577 3 0.749 0.42389 0.144 0.132 0.560 0.076 0.040 0.048
#> SRR191578 2 0.622 0.15562 0.032 0.488 0.388 0.016 0.068 0.008
#> SRR191579 1 0.756 0.45088 0.456 0.076 0.312 0.060 0.016 0.080
#> SRR191580 1 0.682 0.52890 0.544 0.016 0.268 0.048 0.096 0.028
#> SRR191581 3 0.714 -0.35499 0.384 0.044 0.424 0.092 0.012 0.044
#> SRR191582 3 0.657 0.21843 0.224 0.112 0.580 0.012 0.016 0.056
#> SRR191583 5 0.760 0.37017 0.020 0.204 0.036 0.068 0.492 0.180
#> SRR191584 1 0.902 0.07173 0.376 0.076 0.204 0.072 0.112 0.160
#> SRR191585 3 0.639 0.45436 0.164 0.128 0.616 0.068 0.008 0.016
#> SRR191586 3 0.649 0.38931 0.208 0.088 0.600 0.076 0.016 0.012
#> SRR191587 3 0.455 0.53402 0.028 0.156 0.756 0.044 0.008 0.008
#> SRR191588 3 0.399 0.45892 0.092 0.028 0.816 0.044 0.008 0.012
#> SRR191589 3 0.461 0.49517 0.112 0.084 0.764 0.024 0.008 0.008
#> SRR191590 3 0.543 0.36581 0.176 0.056 0.696 0.044 0.008 0.020
#> SRR191591 3 0.510 0.52686 0.068 0.140 0.732 0.020 0.032 0.008
#> SRR191592 3 0.479 0.46455 0.084 0.088 0.768 0.020 0.016 0.024
#> SRR191593 3 0.524 0.32196 0.224 0.048 0.672 0.044 0.012 0.000
#> SRR191594 1 0.397 0.62963 0.668 0.000 0.312 0.020 0.000 0.000
#> SRR191595 3 0.498 0.43911 0.116 0.068 0.752 0.024 0.016 0.024
#> SRR191596 3 0.519 0.43840 0.112 0.076 0.740 0.028 0.016 0.028
#> SRR191597 3 0.413 0.47945 0.012 0.232 0.728 0.020 0.008 0.000
#> SRR191598 3 0.411 0.43816 0.124 0.064 0.788 0.008 0.004 0.012
#> SRR191599 3 0.454 0.34685 0.224 0.044 0.712 0.008 0.004 0.008
#> SRR191600 3 0.484 0.48715 0.028 0.216 0.708 0.012 0.028 0.008
#> SRR191601 3 0.647 0.49700 0.068 0.176 0.632 0.060 0.016 0.048
#> SRR191602 3 0.452 0.42538 0.008 0.288 0.672 0.012 0.012 0.008
#> SRR191603 3 0.469 0.50278 0.028 0.228 0.708 0.016 0.012 0.008
#> SRR191604 2 0.623 0.17625 0.012 0.488 0.392 0.016 0.060 0.032
#> SRR191605 3 0.407 0.52701 0.028 0.188 0.760 0.012 0.012 0.000
#> SRR191606 3 0.461 0.41134 0.136 0.064 0.760 0.008 0.012 0.020
#> SRR191607 3 0.627 0.39847 0.180 0.112 0.616 0.076 0.004 0.012
#> SRR191608 3 0.667 0.45048 0.052 0.216 0.584 0.108 0.020 0.020
#> SRR191609 3 0.747 0.31244 0.056 0.184 0.512 0.188 0.036 0.024
#> SRR191610 3 0.622 0.38998 0.196 0.096 0.616 0.076 0.004 0.012
#> SRR191611 3 0.659 0.40913 0.188 0.120 0.592 0.076 0.012 0.012
#> SRR191612 3 0.482 0.52107 0.052 0.164 0.736 0.032 0.008 0.008
#> SRR191613 3 0.845 0.27267 0.148 0.124 0.476 0.108 0.080 0.064
#> SRR191614 3 0.494 0.51563 0.060 0.104 0.732 0.100 0.000 0.004
#> SRR191615 3 0.461 0.50904 0.076 0.132 0.752 0.032 0.008 0.000
#> SRR191616 5 0.832 0.21197 0.040 0.108 0.072 0.176 0.468 0.136
#> SRR191617 2 0.827 0.30174 0.044 0.388 0.260 0.028 0.196 0.084
#> SRR191618 3 0.732 0.28975 0.232 0.136 0.516 0.048 0.012 0.056
#> SRR191619 3 0.576 0.13345 0.032 0.408 0.504 0.012 0.036 0.008
#> SRR191620 3 0.788 0.21979 0.060 0.248 0.480 0.036 0.100 0.076
#> SRR191621 2 0.665 0.23601 0.016 0.452 0.384 0.012 0.104 0.032
#> SRR191622 3 0.722 0.37979 0.044 0.200 0.568 0.044 0.056 0.088
#> SRR191623 3 0.501 0.48269 0.104 0.096 0.736 0.048 0.016 0.000
#> SRR191624 3 0.527 -0.35575 0.444 0.016 0.488 0.048 0.000 0.004
#> SRR191625 3 0.478 0.35211 0.020 0.368 0.592 0.008 0.004 0.008
#> SRR191626 2 0.673 0.16286 0.024 0.444 0.396 0.084 0.040 0.012
#> SRR191627 2 0.539 0.04270 0.016 0.504 0.432 0.012 0.028 0.008
#> SRR191628 3 0.507 0.52700 0.036 0.104 0.736 0.104 0.008 0.012
#> SRR191629 3 0.380 0.48200 0.004 0.224 0.748 0.012 0.012 0.000
#> SRR191630 1 0.397 0.62963 0.668 0.000 0.312 0.020 0.000 0.000
#> SRR191631 2 0.643 0.31247 0.028 0.500 0.364 0.044 0.056 0.008
#> SRR191632 3 0.451 0.52680 0.036 0.124 0.772 0.052 0.012 0.004
#> SRR191633 3 0.608 0.43121 0.040 0.256 0.612 0.028 0.016 0.048
#> SRR191634 5 0.771 0.33536 0.028 0.128 0.052 0.164 0.528 0.100
#> SRR191635 3 0.425 0.51921 0.052 0.120 0.780 0.044 0.004 0.000
#> SRR191636 4 0.887 0.06126 0.036 0.128 0.068 0.344 0.220 0.204
#> SRR191637 5 0.690 0.48038 0.016 0.236 0.028 0.084 0.560 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.462 0.795 0.900 0.4937 0.501 0.501
#> 3 3 0.317 0.635 0.775 0.3024 0.710 0.494
#> 4 4 0.345 0.455 0.655 0.1281 0.857 0.637
#> 5 5 0.385 0.394 0.578 0.0673 0.915 0.722
#> 6 6 0.429 0.269 0.502 0.0438 0.912 0.671
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191394 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191396 2 0.9996 0.0529 0.488 0.512
#> SRR191397 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191398 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191399 1 0.1843 0.8884 0.972 0.028
#> SRR191400 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191401 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191402 1 0.3733 0.8745 0.928 0.072
#> SRR191403 1 0.0376 0.8896 0.996 0.004
#> SRR191404 2 0.4161 0.8543 0.084 0.916
#> SRR191405 2 0.3733 0.8627 0.072 0.928
#> SRR191406 1 0.6343 0.8148 0.840 0.160
#> SRR191407 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191408 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191409 1 0.5294 0.8462 0.880 0.120
#> SRR191410 1 0.6973 0.7771 0.812 0.188
#> SRR191411 1 0.9983 0.1291 0.524 0.476
#> SRR191412 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191413 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191414 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191415 1 0.6247 0.8185 0.844 0.156
#> SRR191416 1 0.1414 0.8902 0.980 0.020
#> SRR191418 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191419 1 0.2043 0.8866 0.968 0.032
#> SRR191420 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191421 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191422 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191423 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191424 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191425 1 0.0376 0.8896 0.996 0.004
#> SRR191426 2 0.9909 0.2178 0.444 0.556
#> SRR191427 1 0.8443 0.6590 0.728 0.272
#> SRR191428 1 0.1843 0.8877 0.972 0.028
#> SRR191429 2 0.0376 0.8845 0.004 0.996
#> SRR191430 2 0.3114 0.8755 0.056 0.944
#> SRR191431 2 0.3274 0.8696 0.060 0.940
#> SRR191432 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191433 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191434 2 0.4815 0.8473 0.104 0.896
#> SRR191435 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191436 1 0.7299 0.7579 0.796 0.204
#> SRR191437 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191438 2 0.8443 0.6455 0.272 0.728
#> SRR191439 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191440 2 0.7815 0.7152 0.232 0.768
#> SRR191441 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191442 1 0.8813 0.6263 0.700 0.300
#> SRR191443 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191444 1 0.8499 0.6532 0.724 0.276
#> SRR191445 2 0.8081 0.6901 0.248 0.752
#> SRR191446 2 0.8713 0.6038 0.292 0.708
#> SRR191447 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191448 1 0.2043 0.8864 0.968 0.032
#> SRR191449 1 0.3274 0.8798 0.940 0.060
#> SRR191450 1 0.5629 0.8266 0.868 0.132
#> SRR191451 1 0.5842 0.8167 0.860 0.140
#> SRR191452 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191453 2 0.8386 0.6612 0.268 0.732
#> SRR191454 1 0.4815 0.8446 0.896 0.104
#> SRR191455 2 1.0000 -0.0897 0.500 0.500
#> SRR191456 1 0.4939 0.8365 0.892 0.108
#> SRR191457 1 0.7745 0.7071 0.772 0.228
#> SRR191458 2 0.6712 0.7908 0.176 0.824
#> SRR191459 2 0.9732 0.3428 0.404 0.596
#> SRR191460 1 1.0000 0.0253 0.504 0.496
#> SRR191461 1 0.7453 0.7642 0.788 0.212
#> SRR191462 2 0.4815 0.8421 0.104 0.896
#> SRR191463 2 0.1414 0.8843 0.020 0.980
#> SRR191464 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191465 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191466 1 0.9661 0.4138 0.608 0.392
#> SRR191467 2 0.2948 0.8718 0.052 0.948
#> SRR191468 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191469 1 0.6973 0.7856 0.812 0.188
#> SRR191470 2 0.8443 0.6440 0.272 0.728
#> SRR191471 2 0.7745 0.7179 0.228 0.772
#> SRR191472 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191473 2 0.3431 0.8651 0.064 0.936
#> SRR191474 1 0.6247 0.8180 0.844 0.156
#> SRR191475 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191476 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191477 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191478 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191479 1 0.1843 0.8870 0.972 0.028
#> SRR191480 2 0.6438 0.7935 0.164 0.836
#> SRR191481 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191482 2 0.3431 0.8691 0.064 0.936
#> SRR191483 2 0.6973 0.7669 0.188 0.812
#> SRR191484 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191485 2 0.2423 0.8779 0.040 0.960
#> SRR191486 2 0.8386 0.6563 0.268 0.732
#> SRR191487 2 0.5629 0.8289 0.132 0.868
#> SRR191488 1 0.2043 0.8876 0.968 0.032
#> SRR191489 2 0.9963 0.1744 0.464 0.536
#> SRR191490 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191491 1 0.5946 0.8326 0.856 0.144
#> SRR191492 1 0.1184 0.8911 0.984 0.016
#> SRR191493 2 0.5946 0.8020 0.144 0.856
#> SRR191494 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191495 1 0.5408 0.8473 0.876 0.124
#> SRR191496 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191497 1 0.9833 0.2946 0.576 0.424
#> SRR191498 1 0.9686 0.3982 0.604 0.396
#> SRR191499 1 0.6048 0.8209 0.852 0.148
#> SRR191500 1 0.6148 0.8261 0.848 0.152
#> SRR191501 2 0.3274 0.8737 0.060 0.940
#> SRR191502 2 0.9209 0.5353 0.336 0.664
#> SRR191503 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191504 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191505 2 0.3114 0.8704 0.056 0.944
#> SRR191506 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191507 2 0.4431 0.8556 0.092 0.908
#> SRR191508 2 0.3584 0.8629 0.068 0.932
#> SRR191509 2 0.0672 0.8847 0.008 0.992
#> SRR191510 2 1.0000 -0.0105 0.496 0.504
#> SRR191511 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191512 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191513 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191514 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191515 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191516 1 0.7674 0.7412 0.776 0.224
#> SRR191517 2 0.2603 0.8750 0.044 0.956
#> SRR191518 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191519 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191520 2 0.9970 0.0978 0.468 0.532
#> SRR191521 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191522 2 0.2423 0.8799 0.040 0.960
#> SRR191523 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191524 1 0.4562 0.8626 0.904 0.096
#> SRR191525 2 0.2603 0.8756 0.044 0.956
#> SRR191526 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191527 1 0.8661 0.6118 0.712 0.288
#> SRR191528 1 0.9795 0.2640 0.584 0.416
#> SRR191529 2 0.6801 0.7742 0.180 0.820
#> SRR191530 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191531 2 0.9944 0.2251 0.456 0.544
#> SRR191532 2 0.6531 0.7955 0.168 0.832
#> SRR191533 1 0.9580 0.4155 0.620 0.380
#> SRR191534 2 0.5519 0.8301 0.128 0.872
#> SRR191535 2 0.1633 0.8839 0.024 0.976
#> SRR191536 2 0.5629 0.8313 0.132 0.868
#> SRR191537 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191538 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191539 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191540 2 0.2236 0.8806 0.036 0.964
#> SRR191541 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191542 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191543 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191544 2 0.5408 0.8338 0.124 0.876
#> SRR191545 2 0.0000 0.8837 0.000 1.000
#> SRR191546 2 0.5059 0.8341 0.112 0.888
#> SRR191547 2 0.9087 0.5454 0.324 0.676
#> SRR191548 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191555 1 0.2603 0.8814 0.956 0.044
#> SRR191556 1 0.2423 0.8863 0.960 0.040
#> SRR191557 1 0.1633 0.8889 0.976 0.024
#> SRR191558 2 0.1414 0.8841 0.020 0.980
#> SRR191559 1 0.0672 0.8908 0.992 0.008
#> SRR191560 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191561 1 0.8813 0.5857 0.700 0.300
#> SRR191562 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191563 2 0.9661 0.4026 0.392 0.608
#> SRR191564 1 0.3114 0.8796 0.944 0.056
#> SRR191565 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191566 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191567 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191568 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191569 1 0.4690 0.8582 0.900 0.100
#> SRR191570 1 0.2423 0.8843 0.960 0.040
#> SRR191571 1 0.2423 0.8870 0.960 0.040
#> SRR191572 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191573 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191574 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191575 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191576 1 0.9896 0.2008 0.560 0.440
#> SRR191577 1 0.4815 0.8563 0.896 0.104
#> SRR191578 2 0.1184 0.8852 0.016 0.984
#> SRR191579 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191580 1 0.1843 0.8842 0.972 0.028
#> SRR191581 1 0.0376 0.8908 0.996 0.004
#> SRR191582 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191583 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191584 1 0.7219 0.7396 0.800 0.200
#> SRR191585 1 0.4815 0.8570 0.896 0.104
#> SRR191586 1 0.4298 0.8640 0.912 0.088
#> SRR191587 1 0.6247 0.8183 0.844 0.156
#> SRR191588 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191589 1 0.1633 0.8895 0.976 0.024
#> SRR191590 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191591 1 0.5408 0.8446 0.876 0.124
#> SRR191592 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191593 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191594 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191595 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191596 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191597 1 0.9866 0.2525 0.568 0.432
#> SRR191598 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191599 1 0.0672 0.8885 0.992 0.008
#> SRR191600 2 0.9850 0.3045 0.428 0.572
#> SRR191601 1 0.5059 0.8564 0.888 0.112
#> SRR191602 1 0.9522 0.4311 0.628 0.372
#> SRR191603 1 0.8555 0.6560 0.720 0.280
#> SRR191604 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191605 1 0.7815 0.7236 0.768 0.232
#> SRR191606 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191607 1 0.3584 0.8776 0.932 0.068
#> SRR191608 1 0.9286 0.5196 0.656 0.344
#> SRR191609 1 0.8386 0.6773 0.732 0.268
#> SRR191610 1 0.2043 0.8888 0.968 0.032
#> SRR191611 1 0.3584 0.8745 0.932 0.068
#> SRR191612 1 0.3431 0.8790 0.936 0.064
#> SRR191613 1 0.4562 0.8535 0.904 0.096
#> SRR191614 1 0.2236 0.8883 0.964 0.036
#> SRR191615 1 0.2778 0.8850 0.952 0.048
#> SRR191616 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191617 2 0.1184 0.8849 0.016 0.984
#> SRR191618 1 0.6148 0.8254 0.848 0.152
#> SRR191619 2 0.5408 0.8335 0.124 0.876
#> SRR191620 2 0.4431 0.8559 0.092 0.908
#> SRR191621 2 0.1414 0.8838 0.020 0.980
#> SRR191622 1 0.7950 0.7089 0.760 0.240
#> SRR191623 1 0.0938 0.8907 0.988 0.012
#> SRR191624 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191625 2 0.8144 0.6835 0.252 0.748
#> SRR191626 2 0.9552 0.4193 0.376 0.624
#> SRR191627 2 0.0672 0.8844 0.008 0.992
#> SRR191628 1 0.1633 0.8902 0.976 0.024
#> SRR191629 1 0.5842 0.8291 0.860 0.140
#> SRR191630 1 0.0000 0.8905 1.000 0.000
#> SRR191631 2 0.4022 0.8608 0.080 0.920
#> SRR191632 1 0.1414 0.8903 0.980 0.020
#> SRR191633 1 0.7674 0.7370 0.776 0.224
#> SRR191634 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
#> SRR191635 1 0.2948 0.8834 0.948 0.052
#> SRR191636 2 0.6247 0.8020 0.156 0.844
#> SRR191637 2 0.0672 0.8854 0.008 0.992
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.6295 -0.1858 0.472 0.000 0.528
#> SRR191394 1 0.4654 0.7806 0.792 0.000 0.208
#> SRR191396 3 0.8866 0.4763 0.248 0.180 0.572
#> SRR191397 1 0.4796 0.7779 0.780 0.000 0.220
#> SRR191398 1 0.4654 0.7816 0.792 0.000 0.208
#> SRR191399 3 0.2301 0.7247 0.060 0.004 0.936
#> SRR191400 1 0.3425 0.7539 0.884 0.004 0.112
#> SRR191401 1 0.6215 0.5053 0.572 0.000 0.428
#> SRR191402 3 0.2496 0.7271 0.068 0.004 0.928
#> SRR191403 1 0.6307 0.4161 0.512 0.000 0.488
#> SRR191404 2 0.8595 0.6797 0.180 0.604 0.216
#> SRR191405 2 0.8957 0.3455 0.128 0.472 0.400
#> SRR191406 3 0.1399 0.7333 0.028 0.004 0.968
#> SRR191407 1 0.3941 0.7708 0.844 0.000 0.156
#> SRR191408 1 0.5397 0.7427 0.720 0.000 0.280
#> SRR191409 3 0.4409 0.6877 0.172 0.004 0.824
#> SRR191410 3 0.2096 0.7300 0.052 0.004 0.944
#> SRR191411 3 0.6192 0.6457 0.060 0.176 0.764
#> SRR191412 1 0.6235 0.4767 0.564 0.000 0.436
#> SRR191413 3 0.3038 0.7056 0.104 0.000 0.896
#> SRR191414 1 0.4750 0.7787 0.784 0.000 0.216
#> SRR191415 3 0.1163 0.7293 0.028 0.000 0.972
#> SRR191416 3 0.3816 0.6881 0.148 0.000 0.852
#> SRR191418 3 0.4796 0.5965 0.220 0.000 0.780
#> SRR191419 1 0.6111 0.6329 0.604 0.000 0.396
#> SRR191420 1 0.5650 0.7348 0.688 0.000 0.312
#> SRR191421 1 0.6140 0.6275 0.596 0.000 0.404
#> SRR191422 2 0.3369 0.8234 0.052 0.908 0.040
#> SRR191423 2 0.2903 0.8186 0.048 0.924 0.028
#> SRR191424 2 0.3669 0.8186 0.064 0.896 0.040
#> SRR191425 3 0.4504 0.6158 0.196 0.000 0.804
#> SRR191426 3 0.4689 0.7050 0.052 0.096 0.852
#> SRR191427 1 0.8787 0.4450 0.584 0.188 0.228
#> SRR191428 3 0.3682 0.7044 0.116 0.008 0.876
#> SRR191429 2 0.5965 0.8089 0.100 0.792 0.108
#> SRR191430 2 0.7844 0.5444 0.084 0.624 0.292
#> SRR191431 2 0.5932 0.7878 0.164 0.780 0.056
#> SRR191432 2 0.1877 0.8183 0.012 0.956 0.032
#> SRR191433 2 0.3644 0.8023 0.004 0.872 0.124
#> SRR191434 2 0.7890 0.2874 0.056 0.512 0.432
#> SRR191435 3 0.6359 0.3214 0.364 0.008 0.628
#> SRR191436 3 0.4602 0.7140 0.108 0.040 0.852
#> SRR191437 2 0.3263 0.8161 0.048 0.912 0.040
#> SRR191438 3 0.8705 0.2141 0.116 0.360 0.524
#> SRR191439 2 0.3692 0.8188 0.048 0.896 0.056
#> SRR191440 2 0.7683 0.5943 0.328 0.608 0.064
#> SRR191441 2 0.1878 0.8123 0.044 0.952 0.004
#> SRR191442 3 0.7721 0.5947 0.168 0.152 0.680
#> SRR191443 1 0.5760 0.6951 0.672 0.000 0.328
#> SRR191444 3 0.4056 0.7262 0.092 0.032 0.876
#> SRR191445 2 0.8743 0.1824 0.108 0.452 0.440
#> SRR191446 3 0.9111 0.3461 0.212 0.240 0.548
#> SRR191447 2 0.2982 0.8174 0.056 0.920 0.024
#> SRR191448 1 0.6434 0.6241 0.612 0.008 0.380
#> SRR191449 3 0.2301 0.7262 0.060 0.004 0.936
#> SRR191450 1 0.8071 0.5431 0.564 0.076 0.360
#> SRR191451 1 0.7635 0.6142 0.676 0.112 0.212
#> SRR191452 2 0.2269 0.8138 0.040 0.944 0.016
#> SRR191453 2 0.8765 0.6080 0.200 0.588 0.212
#> SRR191454 1 0.7956 0.2890 0.516 0.060 0.424
#> SRR191455 3 0.4281 0.7008 0.056 0.072 0.872
#> SRR191456 1 0.4369 0.7134 0.864 0.040 0.096
#> SRR191457 1 0.7388 0.6527 0.704 0.160 0.136
#> SRR191458 2 0.8622 0.5037 0.132 0.572 0.296
#> SRR191459 3 0.3502 0.7119 0.020 0.084 0.896
#> SRR191460 3 0.3356 0.7254 0.056 0.036 0.908
#> SRR191461 3 0.1765 0.7304 0.040 0.004 0.956
#> SRR191462 3 0.7835 -0.0944 0.052 0.456 0.492
#> SRR191463 2 0.4094 0.8103 0.100 0.872 0.028
#> SRR191464 2 0.2152 0.8179 0.016 0.948 0.036
#> SRR191465 2 0.2173 0.8139 0.048 0.944 0.008
#> SRR191466 3 0.8120 0.5537 0.136 0.224 0.640
#> SRR191467 2 0.6004 0.7790 0.064 0.780 0.156
#> SRR191468 2 0.0848 0.8117 0.008 0.984 0.008
#> SRR191469 3 0.5344 0.7039 0.092 0.084 0.824
#> SRR191470 3 0.8362 0.2324 0.096 0.348 0.556
#> SRR191471 2 0.9191 0.2475 0.148 0.428 0.424
#> SRR191472 2 0.4165 0.8145 0.048 0.876 0.076
#> SRR191473 2 0.6678 0.7341 0.064 0.728 0.208
#> SRR191474 3 0.2229 0.7335 0.044 0.012 0.944
#> SRR191475 2 0.0661 0.8118 0.004 0.988 0.008
#> SRR191476 2 0.4045 0.8117 0.024 0.872 0.104
#> SRR191477 2 0.4063 0.8095 0.020 0.868 0.112
#> SRR191478 2 0.3183 0.8187 0.016 0.908 0.076
#> SRR191479 3 0.6783 0.0804 0.396 0.016 0.588
#> SRR191480 3 0.6988 0.4227 0.036 0.320 0.644
#> SRR191481 2 0.6852 0.6016 0.036 0.664 0.300
#> SRR191482 3 0.6737 0.5298 0.040 0.272 0.688
#> SRR191483 3 0.7301 0.3942 0.052 0.308 0.640
#> SRR191484 1 0.5785 0.7208 0.668 0.000 0.332
#> SRR191485 2 0.8900 0.4647 0.132 0.512 0.356
#> SRR191486 2 0.9654 0.3123 0.228 0.452 0.320
#> SRR191487 3 0.8569 0.0469 0.100 0.392 0.508
#> SRR191488 1 0.7013 0.6050 0.640 0.036 0.324
#> SRR191489 3 0.5944 0.6447 0.064 0.152 0.784
#> SRR191490 2 0.2384 0.8110 0.056 0.936 0.008
#> SRR191491 3 0.8043 0.3137 0.372 0.072 0.556
#> SRR191492 3 0.5948 0.3351 0.360 0.000 0.640
#> SRR191493 2 0.5536 0.7603 0.200 0.776 0.024
#> SRR191494 2 0.3112 0.8053 0.096 0.900 0.004
#> SRR191495 3 0.1647 0.7318 0.036 0.004 0.960
#> SRR191496 2 0.0829 0.8108 0.012 0.984 0.004
#> SRR191497 3 0.3589 0.7244 0.048 0.052 0.900
#> SRR191498 3 0.8212 0.5305 0.192 0.168 0.640
#> SRR191499 3 0.1529 0.7307 0.040 0.000 0.960
#> SRR191500 3 0.1765 0.7323 0.040 0.004 0.956
#> SRR191501 2 0.5677 0.7749 0.160 0.792 0.048
#> SRR191502 2 0.9775 0.3410 0.288 0.440 0.272
#> SRR191503 2 0.3129 0.8065 0.088 0.904 0.008
#> SRR191504 2 0.5466 0.7692 0.040 0.800 0.160
#> SRR191505 2 0.6027 0.7846 0.164 0.776 0.060
#> SRR191506 2 0.0592 0.8114 0.012 0.988 0.000
#> SRR191507 2 0.5803 0.7253 0.028 0.760 0.212
#> SRR191508 2 0.7890 0.2736 0.056 0.512 0.432
#> SRR191509 2 0.7095 0.6075 0.048 0.660 0.292
#> SRR191510 3 0.9379 0.3647 0.288 0.208 0.504
#> SRR191511 2 0.4121 0.8119 0.040 0.876 0.084
#> SRR191512 2 0.0661 0.8120 0.008 0.988 0.004
#> SRR191513 2 0.0829 0.8124 0.012 0.984 0.004
#> SRR191514 2 0.0848 0.8119 0.008 0.984 0.008
#> SRR191515 2 0.6158 0.7503 0.052 0.760 0.188
#> SRR191516 3 0.1877 0.7335 0.032 0.012 0.956
#> SRR191517 3 0.6662 0.5366 0.044 0.252 0.704
#> SRR191518 2 0.6208 0.7467 0.052 0.756 0.192
#> SRR191519 2 0.2187 0.8172 0.028 0.948 0.024
#> SRR191520 3 0.4489 0.6960 0.036 0.108 0.856
#> SRR191521 2 0.2926 0.8240 0.040 0.924 0.036
#> SRR191522 2 0.7039 0.7451 0.128 0.728 0.144
#> SRR191523 2 0.6091 0.8056 0.124 0.784 0.092
#> SRR191524 1 0.6262 0.6217 0.696 0.020 0.284
#> SRR191525 2 0.6144 0.7915 0.088 0.780 0.132
#> SRR191526 2 0.2063 0.8141 0.044 0.948 0.008
#> SRR191527 1 0.5408 0.6175 0.812 0.136 0.052
#> SRR191528 1 0.8345 0.1690 0.560 0.344 0.096
#> SRR191529 2 0.8132 0.6518 0.284 0.612 0.104
#> SRR191530 2 0.5722 0.8002 0.084 0.804 0.112
#> SRR191531 1 0.7940 -0.1217 0.524 0.416 0.060
#> SRR191532 2 0.8094 0.5640 0.100 0.612 0.288
#> SRR191533 3 0.9553 0.2886 0.244 0.272 0.484
#> SRR191534 2 0.6319 0.7137 0.228 0.732 0.040
#> SRR191535 2 0.4514 0.7822 0.012 0.832 0.156
#> SRR191536 2 0.6757 0.7499 0.084 0.736 0.180
#> SRR191537 2 0.4249 0.8100 0.028 0.864 0.108
#> SRR191538 2 0.0475 0.8124 0.004 0.992 0.004
#> SRR191539 2 0.3459 0.8051 0.096 0.892 0.012
#> SRR191540 3 0.7785 0.1122 0.052 0.420 0.528
#> SRR191541 2 0.1129 0.8141 0.020 0.976 0.004
#> SRR191542 2 0.1031 0.8131 0.024 0.976 0.000
#> SRR191543 2 0.2492 0.8244 0.016 0.936 0.048
#> SRR191544 2 0.8765 0.6043 0.200 0.588 0.212
#> SRR191545 2 0.7065 0.6345 0.052 0.672 0.276
#> SRR191546 3 0.8387 -0.0417 0.084 0.428 0.488
#> SRR191547 3 0.6737 0.6509 0.100 0.156 0.744
#> SRR191548 1 0.4605 0.7807 0.796 0.000 0.204
#> SRR191549 1 0.4605 0.7807 0.796 0.000 0.204
#> SRR191550 1 0.4605 0.7807 0.796 0.000 0.204
#> SRR191551 1 0.4654 0.7806 0.792 0.000 0.208
#> SRR191552 1 0.4346 0.7792 0.816 0.000 0.184
#> SRR191553 1 0.5835 0.7025 0.660 0.000 0.340
#> SRR191554 1 0.3482 0.7596 0.872 0.000 0.128
#> SRR191555 3 0.6667 0.1564 0.368 0.016 0.616
#> SRR191556 3 0.3038 0.7079 0.104 0.000 0.896
#> SRR191557 3 0.2261 0.7218 0.068 0.000 0.932
#> SRR191558 2 0.3713 0.8173 0.076 0.892 0.032
#> SRR191559 3 0.4702 0.6197 0.212 0.000 0.788
#> SRR191560 3 0.6180 0.1272 0.416 0.000 0.584
#> SRR191561 1 0.6850 0.5297 0.720 0.208 0.072
#> SRR191562 1 0.4702 0.7807 0.788 0.000 0.212
#> SRR191563 3 0.5174 0.7002 0.092 0.076 0.832
#> SRR191564 3 0.2796 0.7213 0.092 0.000 0.908
#> SRR191565 3 0.6126 0.1932 0.400 0.000 0.600
#> SRR191566 3 0.4555 0.6320 0.200 0.000 0.800
#> SRR191567 1 0.5926 0.6830 0.644 0.000 0.356
#> SRR191568 1 0.4702 0.7805 0.788 0.000 0.212
#> SRR191569 3 0.5285 0.6485 0.244 0.004 0.752
#> SRR191570 3 0.5268 0.6580 0.212 0.012 0.776
#> SRR191571 3 0.5220 0.6370 0.208 0.012 0.780
#> SRR191572 1 0.4605 0.7807 0.796 0.000 0.204
#> SRR191573 3 0.5760 0.4123 0.328 0.000 0.672
#> SRR191574 1 0.3879 0.7390 0.848 0.000 0.152
#> SRR191575 1 0.3482 0.7544 0.872 0.000 0.128
#> SRR191576 3 0.9309 0.3945 0.264 0.216 0.520
#> SRR191577 3 0.7372 0.1674 0.448 0.032 0.520
#> SRR191578 2 0.5901 0.7728 0.048 0.776 0.176
#> SRR191579 1 0.5397 0.7502 0.720 0.000 0.280
#> SRR191580 1 0.3618 0.7541 0.884 0.012 0.104
#> SRR191581 1 0.3267 0.7442 0.884 0.000 0.116
#> SRR191582 1 0.4178 0.7734 0.828 0.000 0.172
#> SRR191583 2 0.1860 0.8114 0.052 0.948 0.000
#> SRR191584 1 0.4290 0.7026 0.872 0.064 0.064
#> SRR191585 3 0.1411 0.7278 0.036 0.000 0.964
#> SRR191586 3 0.2301 0.7247 0.060 0.004 0.936
#> SRR191587 3 0.1643 0.7322 0.044 0.000 0.956
#> SRR191588 3 0.5560 0.4606 0.300 0.000 0.700
#> SRR191589 3 0.3619 0.6910 0.136 0.000 0.864
#> SRR191590 1 0.5098 0.7719 0.752 0.000 0.248
#> SRR191591 3 0.3918 0.7137 0.120 0.012 0.868
#> SRR191592 3 0.5291 0.5363 0.268 0.000 0.732
#> SRR191593 3 0.6095 0.2117 0.392 0.000 0.608
#> SRR191594 1 0.4605 0.7807 0.796 0.000 0.204
#> SRR191595 1 0.6309 0.2486 0.504 0.000 0.496
#> SRR191596 3 0.5926 0.3148 0.356 0.000 0.644
#> SRR191597 3 0.2318 0.7336 0.028 0.028 0.944
#> SRR191598 3 0.4399 0.6343 0.188 0.000 0.812
#> SRR191599 1 0.6008 0.6488 0.628 0.000 0.372
#> SRR191600 3 0.5202 0.7052 0.136 0.044 0.820
#> SRR191601 3 0.2280 0.7324 0.052 0.008 0.940
#> SRR191602 3 0.1877 0.7318 0.032 0.012 0.956
#> SRR191603 3 0.1015 0.7314 0.012 0.008 0.980
#> SRR191604 2 0.3375 0.8214 0.044 0.908 0.048
#> SRR191605 3 0.1765 0.7320 0.040 0.004 0.956
#> SRR191606 3 0.6111 0.1571 0.396 0.000 0.604
#> SRR191607 3 0.1964 0.7229 0.056 0.000 0.944
#> SRR191608 3 0.2229 0.7317 0.044 0.012 0.944
#> SRR191609 3 0.1453 0.7335 0.024 0.008 0.968
#> SRR191610 3 0.2165 0.7208 0.064 0.000 0.936
#> SRR191611 3 0.1753 0.7256 0.048 0.000 0.952
#> SRR191612 3 0.2261 0.7294 0.068 0.000 0.932
#> SRR191613 3 0.8065 -0.2699 0.452 0.064 0.484
#> SRR191614 3 0.1860 0.7252 0.052 0.000 0.948
#> SRR191615 3 0.2356 0.7265 0.072 0.000 0.928
#> SRR191616 2 0.4563 0.8024 0.112 0.852 0.036
#> SRR191617 2 0.6653 0.7783 0.112 0.752 0.136
#> SRR191618 3 0.6012 0.6151 0.220 0.032 0.748
#> SRR191619 3 0.5728 0.6300 0.032 0.196 0.772
#> SRR191620 2 0.9405 0.4446 0.204 0.496 0.300
#> SRR191621 2 0.7069 0.3705 0.024 0.568 0.408
#> SRR191622 3 0.6653 0.6105 0.288 0.032 0.680
#> SRR191623 3 0.3983 0.6872 0.144 0.004 0.852
#> SRR191624 1 0.6095 0.6167 0.608 0.000 0.392
#> SRR191625 3 0.3967 0.7083 0.044 0.072 0.884
#> SRR191626 3 0.3832 0.7057 0.036 0.076 0.888
#> SRR191627 3 0.6939 0.5388 0.072 0.216 0.712
#> SRR191628 3 0.2356 0.7212 0.072 0.000 0.928
#> SRR191629 3 0.0983 0.7320 0.016 0.004 0.980
#> SRR191630 1 0.4605 0.7807 0.796 0.000 0.204
#> SRR191631 3 0.6416 0.5470 0.032 0.260 0.708
#> SRR191632 3 0.3686 0.6796 0.140 0.000 0.860
#> SRR191633 3 0.4164 0.7130 0.144 0.008 0.848
#> SRR191634 2 0.3797 0.8203 0.052 0.892 0.056
#> SRR191635 3 0.1860 0.7249 0.052 0.000 0.948
#> SRR191636 2 0.8388 0.6870 0.248 0.612 0.140
#> SRR191637 2 0.0983 0.8121 0.016 0.980 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.566 0.27340 0.396 0.000 0.576 0.028
#> SRR191394 1 0.248 0.75602 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR191396 4 0.844 0.41948 0.132 0.084 0.268 0.516
#> SRR191397 1 0.358 0.74565 0.832 0.000 0.156 0.012
#> SRR191398 1 0.280 0.75659 0.892 0.000 0.092 0.016
#> SRR191399 3 0.172 0.67831 0.048 0.000 0.944 0.008
#> SRR191400 1 0.292 0.71808 0.900 0.004 0.036 0.060
#> SRR191401 3 0.585 -0.00129 0.460 0.000 0.508 0.032
#> SRR191402 3 0.256 0.67821 0.032 0.000 0.912 0.056
#> SRR191403 3 0.564 0.03792 0.424 0.000 0.552 0.024
#> SRR191404 4 0.654 0.30874 0.040 0.232 0.060 0.668
#> SRR191405 4 0.842 0.21307 0.028 0.304 0.240 0.428
#> SRR191406 3 0.546 0.64278 0.064 0.000 0.708 0.228
#> SRR191407 1 0.308 0.74667 0.888 0.000 0.064 0.048
#> SRR191408 1 0.630 0.57588 0.632 0.000 0.268 0.100
#> SRR191409 3 0.675 0.54803 0.124 0.004 0.608 0.264
#> SRR191410 3 0.345 0.67128 0.028 0.008 0.872 0.092
#> SRR191411 3 0.729 0.43178 0.036 0.116 0.612 0.236
#> SRR191412 1 0.535 0.30047 0.556 0.000 0.432 0.012
#> SRR191413 3 0.284 0.67152 0.088 0.000 0.892 0.020
#> SRR191414 1 0.393 0.74139 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR191415 3 0.409 0.66806 0.044 0.004 0.832 0.120
#> SRR191416 3 0.346 0.67132 0.108 0.000 0.860 0.032
#> SRR191418 3 0.474 0.64810 0.132 0.000 0.788 0.080
#> SRR191419 1 0.700 0.53923 0.592 0.012 0.280 0.116
#> SRR191420 1 0.519 0.62883 0.656 0.000 0.324 0.020
#> SRR191421 3 0.586 -0.19833 0.464 0.000 0.504 0.032
#> SRR191422 2 0.578 0.51091 0.020 0.648 0.020 0.312
#> SRR191423 2 0.552 0.51402 0.012 0.664 0.020 0.304
#> SRR191424 2 0.540 0.47895 0.008 0.668 0.020 0.304
#> SRR191425 3 0.455 0.58757 0.180 0.000 0.780 0.040
#> SRR191426 3 0.592 0.56364 0.016 0.052 0.688 0.244
#> SRR191427 4 0.872 0.14323 0.332 0.076 0.152 0.440
#> SRR191428 3 0.344 0.67156 0.084 0.000 0.868 0.048
#> SRR191429 4 0.590 -0.32356 0.008 0.480 0.020 0.492
#> SRR191430 2 0.799 0.08142 0.068 0.492 0.084 0.356
#> SRR191431 4 0.719 0.08999 0.076 0.392 0.024 0.508
#> SRR191432 2 0.265 0.58535 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR191433 2 0.406 0.56656 0.000 0.812 0.028 0.160
#> SRR191434 2 0.872 -0.08488 0.040 0.380 0.252 0.328
#> SRR191435 3 0.731 0.32412 0.300 0.012 0.552 0.136
#> SRR191436 3 0.561 0.63926 0.068 0.008 0.724 0.200
#> SRR191437 2 0.577 0.33978 0.032 0.612 0.004 0.352
#> SRR191438 4 0.887 0.42476 0.064 0.220 0.284 0.432
#> SRR191439 2 0.503 0.54232 0.004 0.740 0.036 0.220
#> SRR191440 4 0.675 0.27757 0.112 0.248 0.012 0.628
#> SRR191441 2 0.422 0.54020 0.004 0.748 0.000 0.248
#> SRR191442 3 0.828 0.12886 0.064 0.124 0.492 0.320
#> SRR191443 1 0.575 0.49607 0.624 0.000 0.332 0.044
#> SRR191444 3 0.664 0.47134 0.064 0.016 0.588 0.332
#> SRR191445 3 0.876 -0.39727 0.036 0.324 0.324 0.316
#> SRR191446 4 0.873 0.38395 0.088 0.164 0.260 0.488
#> SRR191447 2 0.505 0.45139 0.016 0.668 0.000 0.316
#> SRR191448 1 0.761 0.34323 0.444 0.000 0.348 0.208
#> SRR191449 3 0.230 0.67996 0.064 0.000 0.920 0.016
#> SRR191450 1 0.856 0.38119 0.488 0.116 0.300 0.096
#> SRR191451 1 0.859 0.19591 0.448 0.052 0.188 0.312
#> SRR191452 2 0.349 0.56319 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR191453 4 0.841 0.07688 0.060 0.376 0.132 0.432
#> SRR191454 3 0.829 0.14263 0.332 0.048 0.472 0.148
#> SRR191455 3 0.500 0.59890 0.008 0.044 0.764 0.184
#> SRR191456 1 0.585 0.62606 0.716 0.008 0.096 0.180
#> SRR191457 1 0.743 0.53330 0.648 0.132 0.132 0.088
#> SRR191458 4 0.821 0.32848 0.076 0.288 0.112 0.524
#> SRR191459 3 0.519 0.59842 0.012 0.080 0.776 0.132
#> SRR191460 3 0.613 0.59229 0.048 0.056 0.720 0.176
#> SRR191461 3 0.429 0.64307 0.036 0.000 0.800 0.164
#> SRR191462 3 0.833 -0.14034 0.020 0.272 0.420 0.288
#> SRR191463 2 0.633 0.34720 0.048 0.612 0.016 0.324
#> SRR191464 2 0.266 0.59123 0.004 0.900 0.008 0.088
#> SRR191465 2 0.414 0.56047 0.012 0.780 0.000 0.208
#> SRR191466 3 0.835 0.29141 0.076 0.204 0.544 0.176
#> SRR191467 2 0.712 0.45661 0.024 0.592 0.100 0.284
#> SRR191468 2 0.182 0.58628 0.004 0.936 0.000 0.060
#> SRR191469 3 0.486 0.62547 0.032 0.112 0.808 0.048
#> SRR191470 4 0.821 0.17516 0.024 0.188 0.388 0.400
#> SRR191471 4 0.732 0.45781 0.068 0.108 0.180 0.644
#> SRR191472 2 0.455 0.55292 0.000 0.780 0.040 0.180
#> SRR191473 2 0.745 0.38154 0.024 0.576 0.140 0.260
#> SRR191474 3 0.403 0.67508 0.040 0.008 0.840 0.112
#> SRR191475 2 0.253 0.58813 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR191476 2 0.628 0.49424 0.032 0.620 0.028 0.320
#> SRR191477 2 0.415 0.57723 0.008 0.832 0.040 0.120
#> SRR191478 2 0.505 0.56154 0.020 0.768 0.032 0.180
#> SRR191479 3 0.573 0.24255 0.364 0.004 0.604 0.028
#> SRR191480 3 0.798 0.18580 0.020 0.228 0.504 0.248
#> SRR191481 2 0.731 0.33122 0.004 0.548 0.180 0.268
#> SRR191482 3 0.788 0.01227 0.012 0.332 0.464 0.192
#> SRR191483 3 0.801 -0.01882 0.008 0.280 0.440 0.272
#> SRR191484 1 0.511 0.69146 0.704 0.000 0.264 0.032
#> SRR191485 4 0.722 0.24165 0.008 0.236 0.176 0.580
#> SRR191486 4 0.776 0.44309 0.080 0.204 0.112 0.604
#> SRR191487 4 0.870 0.35951 0.048 0.224 0.304 0.424
#> SRR191488 1 0.777 0.40107 0.472 0.004 0.276 0.248
#> SRR191489 3 0.749 0.41697 0.056 0.092 0.596 0.256
#> SRR191490 2 0.516 0.41576 0.016 0.676 0.004 0.304
#> SRR191491 4 0.861 0.03638 0.232 0.036 0.348 0.384
#> SRR191492 3 0.660 0.36245 0.356 0.000 0.552 0.092
#> SRR191493 4 0.633 0.05989 0.052 0.364 0.008 0.576
#> SRR191494 2 0.507 0.47866 0.016 0.664 0.000 0.320
#> SRR191495 3 0.220 0.66889 0.008 0.000 0.920 0.072
#> SRR191496 2 0.340 0.54891 0.008 0.840 0.000 0.152
#> SRR191497 3 0.595 0.57450 0.032 0.060 0.724 0.184
#> SRR191498 4 0.847 0.24693 0.072 0.120 0.380 0.428
#> SRR191499 3 0.263 0.68100 0.028 0.008 0.916 0.048
#> SRR191500 3 0.388 0.64583 0.016 0.004 0.824 0.156
#> SRR191501 2 0.676 0.01233 0.064 0.512 0.012 0.412
#> SRR191502 4 0.930 0.44011 0.172 0.220 0.160 0.448
#> SRR191503 2 0.537 0.46058 0.032 0.688 0.004 0.276
#> SRR191504 2 0.579 0.48369 0.000 0.640 0.052 0.308
#> SRR191505 4 0.636 -0.01833 0.052 0.372 0.008 0.568
#> SRR191506 2 0.331 0.56410 0.004 0.840 0.000 0.156
#> SRR191507 2 0.679 0.34957 0.008 0.636 0.184 0.172
#> SRR191508 2 0.787 0.08846 0.004 0.424 0.232 0.340
#> SRR191509 2 0.740 0.29592 0.004 0.528 0.180 0.288
#> SRR191510 4 0.771 0.47336 0.096 0.080 0.224 0.600
#> SRR191511 2 0.491 0.53437 0.000 0.692 0.016 0.292
#> SRR191512 2 0.140 0.58593 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR191513 2 0.302 0.57184 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR191514 2 0.228 0.58365 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR191515 2 0.702 0.22089 0.020 0.524 0.072 0.384
#> SRR191516 3 0.475 0.64843 0.036 0.008 0.780 0.176
#> SRR191517 3 0.748 0.18844 0.004 0.212 0.528 0.256
#> SRR191518 2 0.669 0.47177 0.020 0.632 0.084 0.264
#> SRR191519 2 0.358 0.59585 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR191520 3 0.517 0.57469 0.004 0.080 0.764 0.152
#> SRR191521 2 0.495 0.56880 0.004 0.708 0.016 0.272
#> SRR191522 4 0.745 0.16204 0.072 0.360 0.044 0.524
#> SRR191523 4 0.637 -0.28762 0.032 0.468 0.016 0.484
#> SRR191524 1 0.774 0.44221 0.560 0.028 0.180 0.232
#> SRR191525 2 0.683 0.45136 0.012 0.548 0.076 0.364
#> SRR191526 2 0.387 0.56194 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR191527 1 0.656 0.51437 0.676 0.076 0.036 0.212
#> SRR191528 4 0.771 0.38938 0.276 0.132 0.036 0.556
#> SRR191529 4 0.675 0.31668 0.112 0.232 0.016 0.640
#> SRR191530 2 0.533 0.52232 0.004 0.660 0.020 0.316
#> SRR191531 4 0.762 0.37305 0.260 0.180 0.016 0.544
#> SRR191532 4 0.823 0.19416 0.032 0.368 0.168 0.432
#> SRR191533 4 0.939 0.20939 0.164 0.136 0.332 0.368
#> SRR191534 4 0.753 0.11289 0.120 0.408 0.016 0.456
#> SRR191535 2 0.587 0.50013 0.004 0.688 0.076 0.232
#> SRR191536 2 0.781 0.11880 0.040 0.484 0.104 0.372
#> SRR191537 2 0.687 0.45950 0.020 0.636 0.116 0.228
#> SRR191538 2 0.194 0.59582 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR191539 2 0.545 0.43703 0.036 0.660 0.000 0.304
#> SRR191540 2 0.764 0.07424 0.004 0.492 0.292 0.212
#> SRR191541 2 0.358 0.59257 0.008 0.836 0.004 0.152
#> SRR191542 2 0.428 0.55896 0.020 0.780 0.000 0.200
#> SRR191543 2 0.489 0.50166 0.000 0.680 0.012 0.308
#> SRR191544 4 0.821 0.35581 0.100 0.308 0.080 0.512
#> SRR191545 2 0.657 0.41543 0.008 0.600 0.080 0.312
#> SRR191546 2 0.807 -0.07836 0.004 0.360 0.328 0.308
#> SRR191547 3 0.742 0.32389 0.020 0.112 0.524 0.344
#> SRR191548 1 0.266 0.75511 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR191549 1 0.278 0.75477 0.896 0.000 0.084 0.020
#> SRR191550 1 0.254 0.75554 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR191551 1 0.254 0.75554 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR191552 1 0.254 0.75478 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR191553 1 0.597 0.66508 0.708 0.008 0.180 0.104
#> SRR191554 1 0.314 0.72941 0.884 0.000 0.044 0.072
#> SRR191555 3 0.521 0.51569 0.224 0.000 0.724 0.052
#> SRR191556 3 0.456 0.66492 0.152 0.000 0.792 0.056
#> SRR191557 3 0.181 0.67748 0.052 0.000 0.940 0.008
#> SRR191558 2 0.578 0.39851 0.032 0.556 0.000 0.412
#> SRR191559 3 0.652 0.52135 0.208 0.000 0.636 0.156
#> SRR191560 3 0.719 0.33605 0.308 0.000 0.528 0.164
#> SRR191561 1 0.798 0.22888 0.528 0.180 0.032 0.260
#> SRR191562 1 0.428 0.73825 0.804 0.000 0.156 0.040
#> SRR191563 3 0.675 0.50948 0.052 0.048 0.640 0.260
#> SRR191564 3 0.397 0.67829 0.084 0.000 0.840 0.076
#> SRR191565 3 0.672 0.44232 0.300 0.000 0.580 0.120
#> SRR191566 3 0.415 0.62792 0.168 0.000 0.804 0.028
#> SRR191567 1 0.643 0.37637 0.532 0.000 0.396 0.072
#> SRR191568 1 0.339 0.75242 0.856 0.000 0.124 0.020
#> SRR191569 3 0.737 0.37596 0.204 0.000 0.516 0.280
#> SRR191570 3 0.603 0.63850 0.168 0.000 0.688 0.144
#> SRR191571 3 0.675 0.54882 0.212 0.000 0.612 0.176
#> SRR191572 1 0.266 0.75478 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR191573 3 0.664 0.46152 0.260 0.000 0.608 0.132
#> SRR191574 1 0.636 0.49251 0.616 0.000 0.096 0.288
#> SRR191575 1 0.298 0.71049 0.888 0.000 0.028 0.084
#> SRR191576 4 0.860 0.43141 0.144 0.096 0.248 0.512
#> SRR191577 4 0.836 0.07194 0.352 0.020 0.248 0.380
#> SRR191578 2 0.790 0.32067 0.044 0.512 0.116 0.328
#> SRR191579 1 0.447 0.70840 0.752 0.000 0.232 0.016
#> SRR191580 1 0.298 0.73265 0.904 0.016 0.048 0.032
#> SRR191581 1 0.343 0.69053 0.860 0.000 0.028 0.112
#> SRR191582 1 0.331 0.73381 0.876 0.000 0.052 0.072
#> SRR191583 2 0.496 0.51260 0.036 0.732 0.000 0.232
#> SRR191584 1 0.441 0.62093 0.812 0.040 0.008 0.140
#> SRR191585 3 0.161 0.67533 0.016 0.000 0.952 0.032
#> SRR191586 3 0.212 0.67943 0.040 0.000 0.932 0.028
#> SRR191587 3 0.259 0.68278 0.040 0.000 0.912 0.048
#> SRR191588 3 0.493 0.49947 0.296 0.000 0.688 0.016
#> SRR191589 3 0.399 0.66315 0.120 0.000 0.832 0.048
#> SRR191590 1 0.653 0.59961 0.632 0.000 0.220 0.148
#> SRR191591 3 0.582 0.64010 0.112 0.004 0.716 0.168
#> SRR191592 3 0.700 0.46274 0.228 0.000 0.580 0.192
#> SRR191593 3 0.575 0.35002 0.348 0.000 0.612 0.040
#> SRR191594 1 0.286 0.75526 0.888 0.000 0.096 0.016
#> SRR191595 3 0.732 0.24124 0.340 0.000 0.492 0.168
#> SRR191596 3 0.697 0.37812 0.300 0.000 0.556 0.144
#> SRR191597 3 0.390 0.65612 0.020 0.012 0.840 0.128
#> SRR191598 3 0.484 0.62657 0.140 0.000 0.780 0.080
#> SRR191599 3 0.593 -0.12109 0.464 0.000 0.500 0.036
#> SRR191600 3 0.732 0.43462 0.092 0.028 0.548 0.332
#> SRR191601 3 0.423 0.63643 0.008 0.000 0.760 0.232
#> SRR191602 3 0.377 0.64595 0.024 0.008 0.848 0.120
#> SRR191603 3 0.377 0.65024 0.008 0.000 0.808 0.184
#> SRR191604 2 0.629 0.31508 0.020 0.508 0.024 0.448
#> SRR191605 3 0.388 0.65904 0.024 0.008 0.840 0.128
#> SRR191606 3 0.725 0.29259 0.336 0.000 0.504 0.160
#> SRR191607 3 0.141 0.67593 0.024 0.000 0.960 0.016
#> SRR191608 3 0.433 0.65801 0.032 0.004 0.804 0.160
#> SRR191609 3 0.365 0.66719 0.028 0.000 0.844 0.128
#> SRR191610 3 0.158 0.67653 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR191611 3 0.202 0.67548 0.024 0.004 0.940 0.032
#> SRR191612 3 0.472 0.63948 0.040 0.000 0.764 0.196
#> SRR191613 3 0.865 0.12445 0.316 0.084 0.464 0.136
#> SRR191614 3 0.158 0.67626 0.012 0.000 0.952 0.036
#> SRR191615 3 0.193 0.67920 0.024 0.000 0.940 0.036
#> SRR191616 2 0.655 0.32463 0.044 0.560 0.020 0.376
#> SRR191617 4 0.750 0.04035 0.056 0.400 0.056 0.488
#> SRR191618 3 0.662 0.57079 0.104 0.016 0.652 0.228
#> SRR191619 3 0.698 0.40788 0.020 0.120 0.624 0.236
#> SRR191620 4 0.787 0.41679 0.096 0.240 0.084 0.580
#> SRR191621 2 0.808 0.17660 0.020 0.484 0.228 0.268
#> SRR191622 3 0.754 0.20952 0.164 0.004 0.452 0.380
#> SRR191623 3 0.454 0.62837 0.164 0.000 0.788 0.048
#> SRR191624 1 0.540 0.45409 0.580 0.000 0.404 0.016
#> SRR191625 3 0.552 0.55106 0.016 0.048 0.732 0.204
#> SRR191626 3 0.543 0.53847 0.004 0.064 0.728 0.204
#> SRR191627 3 0.755 0.16170 0.012 0.152 0.512 0.324
#> SRR191628 3 0.238 0.67936 0.024 0.004 0.924 0.048
#> SRR191629 3 0.299 0.66912 0.012 0.004 0.884 0.100
#> SRR191630 1 0.286 0.75526 0.888 0.000 0.096 0.016
#> SRR191631 3 0.749 0.27579 0.016 0.184 0.568 0.232
#> SRR191632 3 0.434 0.67409 0.076 0.000 0.816 0.108
#> SRR191633 3 0.685 0.46998 0.072 0.016 0.556 0.356
#> SRR191634 2 0.590 0.41685 0.024 0.640 0.020 0.316
#> SRR191635 3 0.212 0.67909 0.040 0.000 0.932 0.028
#> SRR191636 4 0.808 0.14271 0.100 0.320 0.068 0.512
#> SRR191637 2 0.322 0.56618 0.000 0.836 0.000 0.164
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.569 0.35973 0.332 0.000 0.592 0.020 0.056
#> SRR191394 1 0.258 0.69562 0.900 0.000 0.064 0.016 0.020
#> SRR191396 5 0.801 0.33991 0.052 0.032 0.220 0.228 0.468
#> SRR191397 1 0.453 0.65189 0.752 0.000 0.172 0.004 0.072
#> SRR191398 1 0.355 0.69245 0.848 0.000 0.076 0.016 0.060
#> SRR191399 3 0.389 0.63685 0.068 0.000 0.832 0.072 0.028
#> SRR191400 1 0.414 0.66329 0.804 0.004 0.036 0.020 0.136
#> SRR191401 3 0.571 0.23635 0.356 0.000 0.564 0.008 0.072
#> SRR191402 3 0.345 0.61089 0.012 0.000 0.836 0.128 0.024
#> SRR191403 3 0.578 0.16343 0.368 0.000 0.560 0.028 0.044
#> SRR191404 5 0.768 0.20663 0.024 0.148 0.044 0.336 0.448
#> SRR191405 4 0.880 0.23740 0.028 0.220 0.156 0.388 0.208
#> SRR191406 3 0.685 0.55132 0.064 0.000 0.580 0.204 0.152
#> SRR191407 1 0.337 0.68325 0.860 0.000 0.032 0.028 0.080
#> SRR191408 1 0.752 0.41056 0.508 0.000 0.232 0.112 0.148
#> SRR191409 3 0.764 0.41748 0.120 0.000 0.484 0.140 0.256
#> SRR191410 3 0.497 0.56004 0.052 0.000 0.708 0.224 0.016
#> SRR191411 3 0.758 0.29393 0.012 0.052 0.488 0.264 0.184
#> SRR191412 3 0.559 0.02931 0.440 0.000 0.496 0.004 0.060
#> SRR191413 3 0.341 0.63024 0.072 0.000 0.860 0.028 0.040
#> SRR191414 1 0.449 0.64478 0.752 0.000 0.196 0.020 0.032
#> SRR191415 3 0.482 0.53126 0.032 0.000 0.708 0.240 0.020
#> SRR191416 3 0.406 0.62821 0.092 0.000 0.820 0.032 0.056
#> SRR191418 3 0.502 0.62727 0.108 0.000 0.760 0.068 0.064
#> SRR191419 1 0.684 0.47877 0.592 0.004 0.220 0.112 0.072
#> SRR191420 1 0.564 0.46525 0.552 0.000 0.384 0.016 0.048
#> SRR191421 3 0.570 0.04670 0.376 0.000 0.556 0.020 0.048
#> SRR191422 2 0.721 0.24112 0.004 0.408 0.020 0.360 0.208
#> SRR191423 2 0.650 0.41637 0.004 0.524 0.012 0.328 0.132
#> SRR191424 2 0.686 0.32961 0.004 0.528 0.024 0.276 0.168
#> SRR191425 3 0.487 0.54621 0.152 0.000 0.752 0.028 0.068
#> SRR191426 3 0.652 0.34096 0.008 0.008 0.524 0.328 0.132
#> SRR191427 5 0.847 0.35563 0.196 0.080 0.124 0.104 0.496
#> SRR191428 3 0.315 0.62304 0.056 0.000 0.876 0.032 0.036
#> SRR191429 4 0.702 0.12067 0.008 0.268 0.012 0.488 0.224
#> SRR191430 2 0.819 0.10758 0.024 0.384 0.052 0.268 0.272
#> SRR191431 5 0.768 0.16456 0.040 0.272 0.024 0.184 0.480
#> SRR191432 2 0.440 0.41653 0.000 0.684 0.004 0.296 0.016
#> SRR191433 2 0.504 0.39452 0.000 0.648 0.020 0.308 0.024
#> SRR191434 4 0.815 0.38202 0.016 0.256 0.192 0.444 0.092
#> SRR191435 3 0.743 0.33526 0.224 0.008 0.532 0.072 0.164
#> SRR191436 3 0.716 0.52278 0.068 0.016 0.588 0.184 0.144
#> SRR191437 2 0.630 0.21748 0.004 0.496 0.004 0.120 0.376
#> SRR191438 5 0.845 0.30198 0.012 0.164 0.240 0.172 0.412
#> SRR191439 2 0.574 0.50825 0.008 0.688 0.044 0.200 0.060
#> SRR191440 5 0.647 0.26088 0.028 0.196 0.004 0.164 0.608
#> SRR191441 2 0.482 0.52812 0.000 0.724 0.000 0.164 0.112
#> SRR191442 3 0.846 -0.11628 0.048 0.092 0.392 0.128 0.340
#> SRR191443 1 0.625 0.32045 0.540 0.000 0.356 0.060 0.044
#> SRR191444 3 0.783 0.28915 0.036 0.024 0.436 0.216 0.288
#> SRR191445 5 0.914 0.13661 0.028 0.244 0.224 0.228 0.276
#> SRR191446 4 0.808 0.04334 0.036 0.060 0.156 0.444 0.304
#> SRR191447 2 0.632 0.44535 0.004 0.552 0.000 0.208 0.236
#> SRR191448 1 0.769 0.26499 0.396 0.000 0.336 0.068 0.200
#> SRR191449 3 0.309 0.63508 0.048 0.000 0.876 0.060 0.016
#> SRR191450 1 0.914 0.13627 0.328 0.080 0.324 0.132 0.136
#> SRR191451 5 0.851 0.23829 0.244 0.052 0.160 0.092 0.452
#> SRR191452 2 0.479 0.50000 0.000 0.684 0.000 0.260 0.056
#> SRR191453 2 0.905 -0.07563 0.052 0.316 0.108 0.232 0.292
#> SRR191454 3 0.738 0.32735 0.228 0.024 0.560 0.068 0.120
#> SRR191455 3 0.620 0.46086 0.004 0.036 0.612 0.268 0.080
#> SRR191456 1 0.699 0.40334 0.544 0.024 0.088 0.040 0.304
#> SRR191457 1 0.767 0.41817 0.584 0.136 0.108 0.052 0.120
#> SRR191458 5 0.879 0.29794 0.056 0.220 0.092 0.224 0.408
#> SRR191459 3 0.557 0.46464 0.016 0.028 0.656 0.272 0.028
#> SRR191460 3 0.633 0.39139 0.024 0.020 0.576 0.320 0.060
#> SRR191461 3 0.554 0.51460 0.024 0.000 0.660 0.248 0.068
#> SRR191462 4 0.783 0.40200 0.004 0.188 0.192 0.492 0.124
#> SRR191463 2 0.610 0.43756 0.000 0.560 0.000 0.176 0.264
#> SRR191464 2 0.425 0.52851 0.000 0.756 0.004 0.200 0.040
#> SRR191465 2 0.560 0.47632 0.004 0.632 0.000 0.256 0.108
#> SRR191466 3 0.887 0.06263 0.056 0.160 0.432 0.184 0.168
#> SRR191467 2 0.725 0.21500 0.004 0.480 0.064 0.336 0.116
#> SRR191468 2 0.271 0.55838 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024
#> SRR191469 3 0.563 0.54901 0.016 0.108 0.732 0.096 0.048
#> SRR191470 4 0.823 0.09191 0.004 0.112 0.224 0.388 0.272
#> SRR191471 5 0.800 0.18828 0.040 0.056 0.128 0.368 0.408
#> SRR191472 2 0.532 0.45206 0.000 0.632 0.016 0.308 0.044
#> SRR191473 4 0.668 0.23996 0.008 0.368 0.088 0.504 0.032
#> SRR191474 3 0.540 0.60603 0.040 0.004 0.732 0.104 0.120
#> SRR191475 2 0.341 0.56034 0.000 0.836 0.000 0.112 0.052
#> SRR191476 2 0.629 0.36398 0.008 0.584 0.008 0.268 0.132
#> SRR191477 2 0.553 0.40169 0.004 0.624 0.028 0.312 0.032
#> SRR191478 2 0.532 0.40778 0.000 0.604 0.008 0.340 0.048
#> SRR191479 3 0.554 0.40399 0.252 0.004 0.664 0.024 0.056
#> SRR191480 4 0.714 0.28744 0.028 0.112 0.312 0.520 0.028
#> SRR191481 4 0.598 0.25857 0.000 0.332 0.092 0.564 0.012
#> SRR191482 4 0.753 0.33863 0.016 0.176 0.312 0.460 0.036
#> SRR191483 4 0.738 0.41572 0.008 0.148 0.260 0.520 0.064
#> SRR191484 1 0.547 0.57751 0.652 0.000 0.272 0.032 0.044
#> SRR191485 4 0.828 0.28057 0.028 0.136 0.132 0.472 0.232
#> SRR191486 5 0.666 0.44279 0.020 0.108 0.076 0.144 0.652
#> SRR191487 4 0.876 0.12150 0.020 0.148 0.248 0.360 0.224
#> SRR191488 5 0.791 -0.10136 0.328 0.012 0.256 0.044 0.360
#> SRR191489 3 0.811 0.10118 0.044 0.060 0.416 0.348 0.132
#> SRR191490 2 0.543 0.44074 0.008 0.680 0.004 0.092 0.216
#> SRR191491 5 0.866 0.34082 0.164 0.032 0.260 0.136 0.408
#> SRR191492 3 0.757 0.22328 0.384 0.000 0.396 0.120 0.100
#> SRR191493 5 0.761 0.19601 0.048 0.208 0.016 0.232 0.496
#> SRR191494 2 0.564 0.50861 0.012 0.656 0.000 0.112 0.220
#> SRR191495 3 0.339 0.61883 0.008 0.000 0.836 0.132 0.024
#> SRR191496 2 0.293 0.54692 0.000 0.868 0.000 0.040 0.092
#> SRR191497 3 0.666 0.35804 0.020 0.032 0.520 0.364 0.064
#> SRR191498 5 0.887 0.29072 0.064 0.080 0.252 0.224 0.380
#> SRR191499 3 0.427 0.63702 0.044 0.000 0.796 0.132 0.028
#> SRR191500 3 0.510 0.45422 0.012 0.000 0.628 0.328 0.032
#> SRR191501 2 0.623 0.16868 0.004 0.460 0.000 0.124 0.412
#> SRR191502 5 0.925 0.36177 0.164 0.112 0.132 0.188 0.404
#> SRR191503 2 0.635 0.44885 0.012 0.584 0.008 0.128 0.268
#> SRR191504 4 0.627 -0.08162 0.000 0.416 0.024 0.480 0.080
#> SRR191505 5 0.748 -0.02279 0.032 0.228 0.004 0.348 0.388
#> SRR191506 2 0.357 0.54940 0.000 0.828 0.000 0.068 0.104
#> SRR191507 2 0.750 -0.15632 0.008 0.420 0.104 0.388 0.080
#> SRR191508 4 0.778 0.25020 0.004 0.256 0.160 0.476 0.104
#> SRR191509 4 0.687 0.19424 0.000 0.316 0.092 0.524 0.068
#> SRR191510 5 0.773 0.34430 0.052 0.024 0.152 0.296 0.476
#> SRR191511 2 0.581 0.25432 0.000 0.468 0.008 0.456 0.068
#> SRR191512 2 0.213 0.56084 0.000 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR191513 2 0.372 0.56154 0.000 0.816 0.000 0.068 0.116
#> SRR191514 2 0.296 0.56308 0.000 0.868 0.000 0.048 0.084
#> SRR191515 4 0.788 0.10260 0.004 0.320 0.060 0.372 0.244
#> SRR191516 3 0.655 0.43752 0.044 0.008 0.560 0.316 0.072
#> SRR191517 4 0.638 0.31290 0.008 0.064 0.336 0.556 0.036
#> SRR191518 4 0.582 -0.08317 0.000 0.428 0.028 0.504 0.040
#> SRR191519 2 0.540 0.42709 0.004 0.604 0.004 0.336 0.052
#> SRR191520 3 0.538 0.30360 0.004 0.032 0.588 0.364 0.012
#> SRR191521 2 0.589 0.49201 0.004 0.620 0.004 0.244 0.128
#> SRR191522 5 0.721 0.26037 0.012 0.232 0.024 0.224 0.508
#> SRR191523 4 0.730 -0.22383 0.024 0.336 0.000 0.376 0.264
#> SRR191524 1 0.823 0.16676 0.432 0.024 0.136 0.108 0.300
#> SRR191525 4 0.690 -0.08829 0.012 0.384 0.024 0.468 0.112
#> SRR191526 2 0.558 0.47724 0.000 0.624 0.000 0.256 0.120
#> SRR191527 1 0.688 0.40448 0.588 0.040 0.024 0.100 0.248
#> SRR191528 5 0.667 0.45837 0.116 0.104 0.040 0.072 0.668
#> SRR191529 5 0.636 0.39198 0.036 0.108 0.008 0.220 0.628
#> SRR191530 2 0.685 0.26386 0.012 0.444 0.020 0.412 0.112
#> SRR191531 5 0.703 0.44026 0.180 0.152 0.016 0.056 0.596
#> SRR191532 5 0.833 0.23463 0.008 0.292 0.124 0.192 0.384
#> SRR191533 5 0.907 0.32694 0.148 0.084 0.252 0.120 0.396
#> SRR191534 5 0.719 0.00649 0.052 0.376 0.004 0.120 0.448
#> SRR191535 2 0.679 0.18727 0.004 0.480 0.032 0.376 0.108
#> SRR191536 2 0.776 0.23123 0.016 0.472 0.072 0.144 0.296
#> SRR191537 2 0.704 0.27031 0.008 0.528 0.044 0.296 0.124
#> SRR191538 2 0.339 0.53138 0.000 0.800 0.000 0.188 0.012
#> SRR191539 2 0.635 0.44466 0.020 0.588 0.000 0.160 0.232
#> SRR191540 4 0.741 0.37645 0.004 0.296 0.172 0.476 0.052
#> SRR191541 2 0.524 0.49117 0.008 0.684 0.004 0.236 0.068
#> SRR191542 2 0.434 0.55084 0.000 0.768 0.000 0.096 0.136
#> SRR191543 2 0.649 0.43050 0.008 0.560 0.004 0.200 0.228
#> SRR191544 5 0.742 0.34056 0.028 0.144 0.044 0.244 0.540
#> SRR191545 4 0.672 -0.11357 0.004 0.416 0.032 0.452 0.096
#> SRR191546 4 0.791 0.29513 0.008 0.280 0.168 0.452 0.092
#> SRR191547 4 0.718 0.14136 0.008 0.024 0.308 0.476 0.184
#> SRR191548 1 0.215 0.68828 0.924 0.000 0.040 0.020 0.016
#> SRR191549 1 0.223 0.68788 0.920 0.000 0.044 0.020 0.016
#> SRR191550 1 0.191 0.68902 0.932 0.000 0.044 0.016 0.008
#> SRR191551 1 0.213 0.69112 0.920 0.000 0.056 0.016 0.008
#> SRR191552 1 0.220 0.69019 0.920 0.000 0.048 0.012 0.020
#> SRR191553 1 0.596 0.57325 0.688 0.000 0.124 0.104 0.084
#> SRR191554 1 0.339 0.66129 0.852 0.000 0.024 0.024 0.100
#> SRR191555 3 0.482 0.50725 0.188 0.000 0.740 0.040 0.032
#> SRR191556 3 0.557 0.60717 0.160 0.000 0.708 0.072 0.060
#> SRR191557 3 0.265 0.63097 0.036 0.000 0.900 0.048 0.016
#> SRR191558 4 0.730 -0.00902 0.020 0.356 0.008 0.412 0.204
#> SRR191559 3 0.636 0.49230 0.196 0.000 0.600 0.024 0.180
#> SRR191560 3 0.720 0.31148 0.272 0.000 0.464 0.032 0.232
#> SRR191561 1 0.756 0.24195 0.532 0.156 0.016 0.072 0.224
#> SRR191562 1 0.496 0.62405 0.724 0.000 0.148 0.004 0.124
#> SRR191563 3 0.691 0.29678 0.024 0.012 0.496 0.348 0.120
#> SRR191564 3 0.549 0.60996 0.064 0.000 0.716 0.152 0.068
#> SRR191565 3 0.735 0.43823 0.228 0.000 0.524 0.088 0.160
#> SRR191566 3 0.324 0.61071 0.116 0.000 0.844 0.000 0.040
#> SRR191567 1 0.668 0.19875 0.468 0.000 0.400 0.048 0.084
#> SRR191568 1 0.438 0.66974 0.784 0.000 0.124 0.012 0.080
#> SRR191569 3 0.759 0.22259 0.148 0.004 0.444 0.072 0.332
#> SRR191570 3 0.680 0.55093 0.120 0.000 0.608 0.164 0.108
#> SRR191571 3 0.803 0.46430 0.196 0.008 0.480 0.148 0.168
#> SRR191572 1 0.195 0.68931 0.932 0.000 0.040 0.016 0.012
#> SRR191573 3 0.630 0.47996 0.208 0.000 0.612 0.028 0.152
#> SRR191574 1 0.667 0.32428 0.496 0.000 0.124 0.028 0.352
#> SRR191575 1 0.437 0.63761 0.772 0.000 0.044 0.016 0.168
#> SRR191576 5 0.816 0.32043 0.080 0.036 0.248 0.160 0.476
#> SRR191577 5 0.830 0.25373 0.236 0.004 0.204 0.148 0.408
#> SRR191578 4 0.756 0.27986 0.008 0.320 0.088 0.472 0.112
#> SRR191579 1 0.545 0.59150 0.656 0.000 0.268 0.032 0.044
#> SRR191580 1 0.207 0.66040 0.928 0.012 0.000 0.028 0.032
#> SRR191581 1 0.453 0.59817 0.748 0.000 0.028 0.024 0.200
#> SRR191582 1 0.431 0.64668 0.804 0.000 0.040 0.052 0.104
#> SRR191583 2 0.475 0.52044 0.000 0.724 0.000 0.092 0.184
#> SRR191584 1 0.504 0.56940 0.744 0.028 0.004 0.064 0.160
#> SRR191585 3 0.258 0.62163 0.004 0.000 0.892 0.080 0.024
#> SRR191586 3 0.347 0.62659 0.048 0.000 0.848 0.092 0.012
#> SRR191587 3 0.413 0.64212 0.048 0.000 0.820 0.080 0.052
#> SRR191588 3 0.445 0.50988 0.260 0.000 0.704 0.000 0.036
#> SRR191589 3 0.497 0.62910 0.116 0.000 0.760 0.076 0.048
#> SRR191590 1 0.646 0.42887 0.528 0.000 0.236 0.004 0.232
#> SRR191591 3 0.654 0.58458 0.084 0.000 0.632 0.140 0.144
#> SRR191592 3 0.671 0.45550 0.164 0.000 0.564 0.036 0.236
#> SRR191593 3 0.558 0.42727 0.256 0.000 0.648 0.016 0.080
#> SRR191594 1 0.264 0.68974 0.896 0.000 0.068 0.016 0.020
#> SRR191595 3 0.711 0.20280 0.316 0.000 0.432 0.020 0.232
#> SRR191596 3 0.676 0.35875 0.280 0.000 0.516 0.020 0.184
#> SRR191597 3 0.454 0.52675 0.020 0.000 0.704 0.264 0.012
#> SRR191598 3 0.437 0.59529 0.084 0.000 0.780 0.008 0.128
#> SRR191599 3 0.573 0.20911 0.336 0.000 0.584 0.016 0.064
#> SRR191600 3 0.756 0.26549 0.044 0.004 0.416 0.328 0.208
#> SRR191601 3 0.577 0.50676 0.008 0.000 0.640 0.140 0.212
#> SRR191602 3 0.477 0.48779 0.008 0.000 0.680 0.280 0.032
#> SRR191603 3 0.550 0.52900 0.008 0.000 0.660 0.228 0.104
#> SRR191604 4 0.702 0.23505 0.008 0.252 0.016 0.504 0.220
#> SRR191605 3 0.474 0.59087 0.008 0.000 0.744 0.164 0.084
#> SRR191606 3 0.695 0.33123 0.280 0.000 0.492 0.024 0.204
#> SRR191607 3 0.243 0.62238 0.020 0.000 0.904 0.068 0.008
#> SRR191608 3 0.519 0.56010 0.008 0.000 0.700 0.192 0.100
#> SRR191609 3 0.485 0.51494 0.016 0.000 0.684 0.272 0.028
#> SRR191610 3 0.236 0.62682 0.024 0.000 0.912 0.052 0.012
#> SRR191611 3 0.316 0.62007 0.032 0.000 0.860 0.100 0.008
#> SRR191612 3 0.554 0.54904 0.012 0.000 0.668 0.108 0.212
#> SRR191613 3 0.888 0.11116 0.284 0.064 0.392 0.112 0.148
#> SRR191614 3 0.223 0.63390 0.012 0.000 0.920 0.040 0.028
#> SRR191615 3 0.247 0.62900 0.016 0.000 0.908 0.052 0.024
#> SRR191616 2 0.734 0.30173 0.036 0.496 0.016 0.152 0.300
#> SRR191617 4 0.825 0.00997 0.036 0.252 0.040 0.344 0.328
#> SRR191618 3 0.676 0.51037 0.076 0.012 0.624 0.100 0.188
#> SRR191619 3 0.648 0.14050 0.008 0.024 0.476 0.416 0.076
#> SRR191620 5 0.767 0.40309 0.048 0.124 0.068 0.200 0.560
#> SRR191621 4 0.648 0.38909 0.004 0.248 0.108 0.600 0.040
#> SRR191622 3 0.797 -0.02006 0.080 0.020 0.388 0.132 0.380
#> SRR191623 3 0.437 0.61912 0.112 0.000 0.796 0.028 0.064
#> SRR191624 1 0.536 0.35883 0.532 0.000 0.424 0.012 0.032
#> SRR191625 3 0.539 0.34170 0.004 0.004 0.592 0.352 0.048
#> SRR191626 3 0.526 0.30078 0.008 0.008 0.560 0.404 0.020
#> SRR191627 4 0.618 0.37618 0.016 0.040 0.308 0.596 0.040
#> SRR191628 3 0.373 0.63618 0.036 0.000 0.836 0.100 0.028
#> SRR191629 3 0.416 0.56239 0.020 0.000 0.748 0.224 0.008
#> SRR191630 1 0.277 0.68948 0.888 0.000 0.076 0.016 0.020
#> SRR191631 4 0.610 0.19383 0.008 0.056 0.384 0.532 0.020
#> SRR191632 3 0.528 0.61707 0.084 0.000 0.740 0.060 0.116
#> SRR191633 3 0.731 0.39291 0.048 0.000 0.484 0.232 0.236
#> SRR191634 2 0.709 0.36246 0.020 0.540 0.020 0.184 0.236
#> SRR191635 3 0.373 0.63415 0.060 0.000 0.832 0.096 0.012
#> SRR191636 5 0.863 0.08054 0.072 0.236 0.044 0.272 0.376
#> SRR191637 2 0.417 0.53252 0.000 0.780 0.000 0.140 0.080
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.594 3.58e-01 0.280 0.000 0.568 0.020 0.012 0.120
#> SRR191394 1 0.296 6.50e-01 0.872 0.000 0.040 0.012 0.012 0.064
#> SRR191396 6 0.766 1.36e-01 0.020 0.020 0.112 0.188 0.176 0.484
#> SRR191397 1 0.527 5.43e-01 0.672 0.000 0.152 0.008 0.016 0.152
#> SRR191398 1 0.374 6.42e-01 0.820 0.000 0.036 0.008 0.036 0.100
#> SRR191399 3 0.379 5.62e-01 0.060 0.000 0.824 0.076 0.024 0.016
#> SRR191400 1 0.465 5.97e-01 0.720 0.000 0.028 0.012 0.036 0.204
#> SRR191401 3 0.621 2.56e-01 0.296 0.000 0.524 0.020 0.012 0.148
#> SRR191402 3 0.457 5.21e-01 0.016 0.000 0.728 0.188 0.008 0.060
#> SRR191403 3 0.553 3.51e-01 0.268 0.000 0.624 0.020 0.024 0.064
#> SRR191404 5 0.824 3.03e-01 0.012 0.064 0.068 0.260 0.344 0.252
#> SRR191405 4 0.860 4.91e-02 0.000 0.160 0.108 0.336 0.192 0.204
#> SRR191406 3 0.710 2.94e-01 0.056 0.000 0.400 0.280 0.008 0.256
#> SRR191407 1 0.425 6.25e-01 0.784 0.000 0.040 0.028 0.020 0.128
#> SRR191408 1 0.760 1.67e-01 0.380 0.000 0.160 0.136 0.016 0.308
#> SRR191409 6 0.740 1.42e-02 0.100 0.000 0.264 0.208 0.012 0.416
#> SRR191410 3 0.552 4.14e-01 0.032 0.000 0.612 0.280 0.008 0.068
#> SRR191411 3 0.712 1.64e-02 0.008 0.032 0.400 0.364 0.024 0.172
#> SRR191412 3 0.623 1.93e-02 0.412 0.000 0.440 0.020 0.016 0.112
#> SRR191413 3 0.407 5.28e-01 0.064 0.000 0.800 0.020 0.016 0.100
#> SRR191414 1 0.423 5.88e-01 0.772 0.000 0.156 0.020 0.024 0.028
#> SRR191415 3 0.580 3.86e-01 0.036 0.000 0.584 0.288 0.008 0.084
#> SRR191416 3 0.450 5.44e-01 0.088 0.000 0.772 0.048 0.008 0.084
#> SRR191418 3 0.601 4.95e-01 0.080 0.000 0.644 0.076 0.024 0.176
#> SRR191419 1 0.719 3.76e-01 0.536 0.004 0.188 0.132 0.032 0.108
#> SRR191420 1 0.613 2.76e-01 0.464 0.000 0.400 0.020 0.016 0.100
#> SRR191421 3 0.591 2.40e-01 0.284 0.000 0.580 0.028 0.016 0.092
#> SRR191422 2 0.730 2.95e-01 0.000 0.400 0.008 0.324 0.120 0.148
#> SRR191423 2 0.711 3.09e-01 0.000 0.432 0.008 0.260 0.232 0.068
#> SRR191424 2 0.739 1.17e-01 0.008 0.404 0.024 0.256 0.268 0.040
#> SRR191425 3 0.484 4.82e-01 0.112 0.000 0.740 0.032 0.012 0.104
#> SRR191426 3 0.693 9.26e-02 0.004 0.008 0.392 0.364 0.040 0.192
#> SRR191427 6 0.741 2.53e-02 0.124 0.028 0.056 0.032 0.260 0.500
#> SRR191428 3 0.386 5.30e-01 0.052 0.000 0.824 0.040 0.016 0.068
#> SRR191429 4 0.770 -9.96e-05 0.000 0.216 0.020 0.408 0.220 0.136
#> SRR191430 6 0.689 -1.89e-01 0.000 0.332 0.004 0.168 0.068 0.428
#> SRR191431 6 0.761 -2.53e-01 0.008 0.172 0.020 0.084 0.352 0.364
#> SRR191432 2 0.455 5.03e-01 0.000 0.668 0.004 0.280 0.040 0.008
#> SRR191433 2 0.483 4.53e-01 0.000 0.636 0.000 0.300 0.044 0.020
#> SRR191434 4 0.728 3.42e-01 0.000 0.164 0.108 0.536 0.056 0.136
#> SRR191435 3 0.760 2.25e-01 0.172 0.008 0.472 0.028 0.104 0.216
#> SRR191436 3 0.804 2.88e-01 0.052 0.020 0.416 0.204 0.064 0.244
#> SRR191437 2 0.688 -9.07e-03 0.000 0.412 0.000 0.076 0.336 0.176
#> SRR191438 6 0.773 2.45e-01 0.012 0.084 0.132 0.152 0.100 0.520
#> SRR191439 2 0.681 4.42e-01 0.004 0.572 0.024 0.140 0.176 0.084
#> SRR191440 5 0.669 3.42e-01 0.028 0.108 0.000 0.056 0.524 0.284
#> SRR191441 2 0.523 4.37e-01 0.000 0.632 0.000 0.104 0.248 0.016
#> SRR191442 6 0.846 1.13e-01 0.028 0.084 0.284 0.060 0.188 0.356
#> SRR191443 1 0.621 2.21e-01 0.484 0.000 0.372 0.068 0.004 0.072
#> SRR191444 6 0.752 -3.94e-02 0.012 0.016 0.288 0.276 0.048 0.360
#> SRR191445 5 0.891 1.57e-01 0.008 0.148 0.160 0.148 0.308 0.228
#> SRR191446 4 0.832 -1.52e-01 0.028 0.036 0.092 0.344 0.296 0.204
#> SRR191447 2 0.693 3.07e-01 0.000 0.488 0.000 0.116 0.208 0.188
#> SRR191448 3 0.798 -1.88e-01 0.308 0.000 0.340 0.036 0.180 0.136
#> SRR191449 3 0.344 5.62e-01 0.072 0.000 0.836 0.072 0.016 0.004
#> SRR191450 1 0.918 4.32e-02 0.268 0.064 0.248 0.136 0.056 0.228
#> SRR191451 6 0.701 2.84e-01 0.164 0.048 0.092 0.060 0.036 0.600
#> SRR191452 2 0.554 4.84e-01 0.000 0.652 0.000 0.156 0.144 0.048
#> SRR191453 6 0.917 -2.46e-01 0.036 0.236 0.072 0.208 0.196 0.252
#> SRR191454 3 0.786 2.19e-01 0.164 0.008 0.468 0.068 0.084 0.208
#> SRR191455 3 0.708 2.67e-01 0.004 0.028 0.508 0.264 0.076 0.120
#> SRR191456 6 0.629 -2.01e-01 0.400 0.004 0.052 0.012 0.064 0.468
#> SRR191457 1 0.828 3.72e-01 0.500 0.080 0.104 0.072 0.144 0.100
#> SRR191458 6 0.786 4.39e-02 0.008 0.204 0.048 0.216 0.084 0.440
#> SRR191459 3 0.643 1.59e-01 0.004 0.032 0.504 0.356 0.052 0.052
#> SRR191460 4 0.670 -1.25e-01 0.016 0.016 0.404 0.420 0.020 0.124
#> SRR191461 3 0.587 3.47e-01 0.016 0.000 0.584 0.292 0.068 0.040
#> SRR191462 4 0.720 3.14e-01 0.000 0.088 0.156 0.552 0.128 0.076
#> SRR191463 2 0.669 2.11e-01 0.000 0.480 0.000 0.132 0.092 0.296
#> SRR191464 2 0.473 5.07e-01 0.000 0.708 0.000 0.176 0.100 0.016
#> SRR191465 2 0.628 4.11e-01 0.000 0.544 0.000 0.196 0.212 0.048
#> SRR191466 3 0.910 -7.94e-02 0.052 0.164 0.352 0.124 0.096 0.212
#> SRR191467 2 0.764 2.73e-01 0.000 0.412 0.048 0.312 0.124 0.104
#> SRR191468 2 0.368 5.21e-01 0.000 0.796 0.000 0.120 0.080 0.004
#> SRR191469 3 0.563 4.44e-01 0.012 0.080 0.716 0.056 0.096 0.040
#> SRR191470 4 0.834 8.32e-04 0.004 0.048 0.204 0.356 0.172 0.216
#> SRR191471 5 0.847 1.45e-01 0.040 0.036 0.080 0.292 0.304 0.248
#> SRR191472 2 0.601 4.51e-01 0.000 0.568 0.000 0.264 0.116 0.052
#> SRR191473 4 0.552 2.32e-01 0.004 0.288 0.064 0.612 0.012 0.020
#> SRR191474 3 0.640 4.45e-01 0.044 0.004 0.636 0.112 0.068 0.136
#> SRR191475 2 0.404 5.25e-01 0.000 0.796 0.000 0.092 0.056 0.056
#> SRR191476 2 0.679 3.11e-01 0.000 0.464 0.000 0.304 0.100 0.132
#> SRR191477 2 0.584 4.59e-01 0.004 0.576 0.004 0.296 0.088 0.032
#> SRR191478 2 0.588 4.35e-01 0.000 0.536 0.004 0.340 0.040 0.080
#> SRR191479 3 0.583 3.72e-01 0.216 0.000 0.640 0.036 0.036 0.072
#> SRR191480 4 0.662 3.37e-01 0.004 0.092 0.296 0.528 0.060 0.020
#> SRR191481 4 0.566 1.68e-01 0.000 0.260 0.044 0.616 0.072 0.008
#> SRR191482 4 0.750 3.20e-01 0.008 0.172 0.260 0.460 0.064 0.036
#> SRR191483 4 0.699 3.87e-01 0.012 0.088 0.252 0.544 0.056 0.048
#> SRR191484 1 0.608 4.62e-01 0.600 0.000 0.252 0.028 0.048 0.072
#> SRR191485 4 0.780 1.01e-01 0.000 0.056 0.084 0.416 0.256 0.188
#> SRR191486 6 0.621 4.49e-02 0.004 0.088 0.024 0.096 0.144 0.644
#> SRR191487 4 0.897 1.50e-02 0.020 0.108 0.156 0.332 0.176 0.208
#> SRR191488 6 0.801 1.68e-01 0.244 0.016 0.168 0.044 0.096 0.432
#> SRR191489 4 0.850 1.93e-01 0.036 0.040 0.292 0.348 0.172 0.112
#> SRR191490 2 0.569 1.48e-01 0.004 0.504 0.000 0.024 0.392 0.076
#> SRR191491 6 0.819 2.22e-01 0.124 0.024 0.148 0.112 0.108 0.484
#> SRR191492 1 0.782 -1.27e-01 0.352 0.000 0.316 0.128 0.028 0.176
#> SRR191493 6 0.764 -2.70e-01 0.024 0.144 0.000 0.136 0.304 0.392
#> SRR191494 2 0.618 3.80e-01 0.000 0.596 0.000 0.096 0.136 0.172
#> SRR191495 3 0.354 5.42e-01 0.008 0.000 0.816 0.128 0.008 0.040
#> SRR191496 2 0.372 4.50e-01 0.000 0.776 0.000 0.048 0.172 0.004
#> SRR191497 3 0.602 1.25e-01 0.004 0.016 0.456 0.428 0.016 0.080
#> SRR191498 6 0.871 -1.53e-01 0.028 0.052 0.172 0.148 0.284 0.316
#> SRR191499 3 0.562 5.26e-01 0.044 0.000 0.676 0.164 0.024 0.092
#> SRR191500 3 0.539 2.69e-01 0.016 0.000 0.536 0.380 0.004 0.064
#> SRR191501 2 0.660 4.09e-02 0.000 0.424 0.000 0.060 0.148 0.368
#> SRR191502 6 0.905 1.37e-02 0.112 0.072 0.088 0.180 0.164 0.384
#> SRR191503 2 0.663 2.79e-01 0.000 0.524 0.008 0.056 0.224 0.188
#> SRR191504 4 0.703 -2.31e-01 0.000 0.348 0.016 0.420 0.152 0.064
#> SRR191505 5 0.784 3.32e-01 0.020 0.160 0.008 0.212 0.428 0.172
#> SRR191506 2 0.429 4.74e-01 0.000 0.764 0.000 0.076 0.132 0.028
#> SRR191507 2 0.700 1.68e-01 0.000 0.428 0.052 0.380 0.084 0.056
#> SRR191508 4 0.842 2.22e-02 0.000 0.184 0.100 0.364 0.224 0.128
#> SRR191509 4 0.719 1.09e-01 0.000 0.276 0.088 0.488 0.108 0.040
#> SRR191510 6 0.776 -1.46e-01 0.032 0.012 0.084 0.152 0.328 0.392
#> SRR191511 2 0.618 3.30e-01 0.000 0.432 0.000 0.368 0.184 0.016
#> SRR191512 2 0.350 5.20e-01 0.000 0.824 0.000 0.092 0.068 0.016
#> SRR191513 2 0.362 4.95e-01 0.000 0.824 0.000 0.032 0.068 0.076
#> SRR191514 2 0.393 4.98e-01 0.000 0.804 0.000 0.044 0.080 0.072
#> SRR191515 4 0.835 -2.66e-01 0.000 0.272 0.048 0.292 0.196 0.192
#> SRR191516 3 0.677 1.71e-01 0.028 0.004 0.452 0.380 0.056 0.080
#> SRR191517 4 0.544 3.33e-01 0.004 0.044 0.320 0.596 0.024 0.012
#> SRR191518 4 0.590 -1.28e-01 0.000 0.376 0.008 0.512 0.048 0.056
#> SRR191519 2 0.607 4.29e-01 0.000 0.512 0.004 0.308 0.160 0.016
#> SRR191520 3 0.565 1.63e-01 0.000 0.016 0.520 0.392 0.036 0.036
#> SRR191521 2 0.586 4.93e-01 0.000 0.636 0.000 0.152 0.108 0.104
#> SRR191522 6 0.775 -2.49e-01 0.000 0.156 0.016 0.192 0.256 0.380
#> SRR191523 5 0.785 3.70e-02 0.004 0.224 0.012 0.248 0.364 0.148
#> SRR191524 1 0.789 9.50e-02 0.344 0.000 0.084 0.052 0.196 0.324
#> SRR191525 4 0.744 -1.12e-01 0.008 0.248 0.032 0.408 0.268 0.036
#> SRR191526 2 0.617 3.76e-01 0.000 0.540 0.000 0.180 0.244 0.036
#> SRR191527 1 0.743 3.45e-01 0.452 0.040 0.024 0.020 0.256 0.208
#> SRR191528 6 0.704 -1.01e-01 0.088 0.064 0.008 0.036 0.316 0.488
#> SRR191529 6 0.670 -2.23e-01 0.000 0.076 0.000 0.144 0.332 0.448
#> SRR191530 2 0.701 2.89e-01 0.000 0.416 0.008 0.308 0.212 0.056
#> SRR191531 6 0.733 -1.05e-01 0.112 0.096 0.000 0.044 0.268 0.480
#> SRR191532 5 0.855 2.83e-01 0.008 0.200 0.060 0.168 0.336 0.228
#> SRR191533 6 0.925 -1.57e-04 0.112 0.060 0.184 0.096 0.248 0.300
#> SRR191534 6 0.706 -1.56e-01 0.028 0.336 0.000 0.056 0.140 0.440
#> SRR191535 2 0.707 2.45e-01 0.000 0.392 0.024 0.392 0.120 0.072
#> SRR191536 2 0.780 1.84e-01 0.024 0.456 0.036 0.084 0.136 0.264
#> SRR191537 2 0.699 2.35e-01 0.004 0.440 0.036 0.336 0.160 0.024
#> SRR191538 2 0.392 5.29e-01 0.000 0.728 0.000 0.240 0.024 0.008
#> SRR191539 2 0.676 1.42e-01 0.004 0.496 0.000 0.120 0.280 0.100
#> SRR191540 4 0.754 3.03e-01 0.008 0.260 0.160 0.464 0.064 0.044
#> SRR191541 2 0.544 5.10e-01 0.004 0.676 0.000 0.172 0.080 0.068
#> SRR191542 2 0.524 4.79e-01 0.000 0.696 0.000 0.116 0.068 0.120
#> SRR191543 2 0.649 3.59e-01 0.000 0.564 0.000 0.148 0.132 0.156
#> SRR191544 6 0.725 -8.70e-02 0.004 0.140 0.024 0.192 0.120 0.520
#> SRR191545 4 0.713 -2.13e-01 0.000 0.340 0.012 0.408 0.164 0.076
#> SRR191546 4 0.843 2.01e-01 0.004 0.204 0.112 0.388 0.184 0.108
#> SRR191547 4 0.704 2.78e-01 0.000 0.024 0.224 0.496 0.060 0.196
#> SRR191548 1 0.179 6.46e-01 0.936 0.000 0.020 0.008 0.024 0.012
#> SRR191549 1 0.158 6.45e-01 0.944 0.000 0.020 0.008 0.024 0.004
#> SRR191550 1 0.162 6.44e-01 0.940 0.000 0.020 0.012 0.028 0.000
#> SRR191551 1 0.158 6.48e-01 0.944 0.000 0.028 0.012 0.012 0.004
#> SRR191552 1 0.170 6.48e-01 0.936 0.000 0.028 0.000 0.012 0.024
#> SRR191553 1 0.640 5.05e-01 0.644 0.004 0.108 0.116 0.068 0.060
#> SRR191554 1 0.327 6.25e-01 0.848 0.000 0.008 0.012 0.048 0.084
#> SRR191555 3 0.555 4.45e-01 0.156 0.000 0.692 0.056 0.060 0.036
#> SRR191556 3 0.670 4.53e-01 0.148 0.000 0.560 0.132 0.008 0.152
#> SRR191557 3 0.275 5.50e-01 0.052 0.000 0.884 0.044 0.012 0.008
#> SRR191558 4 0.764 -7.29e-02 0.012 0.300 0.008 0.400 0.132 0.148
#> SRR191559 3 0.644 1.48e-01 0.200 0.000 0.416 0.028 0.000 0.356
#> SRR191560 6 0.622 -4.67e-02 0.244 0.000 0.336 0.008 0.000 0.412
#> SRR191561 1 0.770 1.23e-01 0.432 0.136 0.004 0.028 0.264 0.136
#> SRR191562 1 0.456 5.31e-01 0.688 0.000 0.100 0.000 0.000 0.212
#> SRR191563 4 0.648 -5.25e-03 0.008 0.008 0.356 0.444 0.012 0.172
#> SRR191564 3 0.593 4.79e-01 0.044 0.000 0.612 0.216 0.008 0.120
#> SRR191565 3 0.710 2.09e-01 0.128 0.000 0.412 0.120 0.004 0.336
#> SRR191566 3 0.399 5.11e-01 0.120 0.000 0.780 0.012 0.000 0.088
#> SRR191567 1 0.723 1.45e-01 0.388 0.000 0.348 0.048 0.028 0.188
#> SRR191568 1 0.509 5.83e-01 0.708 0.000 0.112 0.012 0.024 0.144
#> SRR191569 6 0.699 1.81e-01 0.104 0.000 0.284 0.080 0.032 0.500
#> SRR191570 3 0.776 3.22e-01 0.100 0.000 0.428 0.200 0.044 0.228
#> SRR191571 6 0.777 -8.50e-02 0.208 0.000 0.276 0.156 0.012 0.348
#> SRR191572 1 0.161 6.47e-01 0.944 0.000 0.020 0.008 0.020 0.008
#> SRR191573 3 0.644 2.27e-01 0.208 0.000 0.452 0.016 0.008 0.316
#> SRR191574 6 0.678 -1.21e-01 0.380 0.000 0.096 0.004 0.104 0.416
#> SRR191575 1 0.458 5.68e-01 0.696 0.000 0.016 0.008 0.036 0.244
#> SRR191576 6 0.712 2.82e-01 0.032 0.044 0.100 0.164 0.072 0.588
#> SRR191577 6 0.782 2.83e-01 0.184 0.004 0.104 0.164 0.068 0.476
#> SRR191578 4 0.719 2.47e-01 0.000 0.176 0.048 0.540 0.108 0.128
#> SRR191579 1 0.649 4.82e-01 0.564 0.000 0.232 0.032 0.036 0.136
#> SRR191580 1 0.262 6.28e-01 0.884 0.008 0.000 0.004 0.032 0.072
#> SRR191581 1 0.493 5.56e-01 0.680 0.000 0.012 0.012 0.064 0.232
#> SRR191582 1 0.512 5.65e-01 0.696 0.000 0.028 0.052 0.024 0.200
#> SRR191583 2 0.594 3.56e-01 0.000 0.596 0.000 0.072 0.236 0.096
#> SRR191584 1 0.575 5.08e-01 0.668 0.016 0.000 0.064 0.108 0.144
#> SRR191585 3 0.323 5.51e-01 0.024 0.000 0.856 0.080 0.012 0.028
#> SRR191586 3 0.385 5.53e-01 0.072 0.000 0.812 0.088 0.020 0.008
#> SRR191587 3 0.517 5.38e-01 0.048 0.000 0.712 0.112 0.008 0.120
#> SRR191588 3 0.515 4.36e-01 0.252 0.000 0.648 0.012 0.008 0.080
#> SRR191589 3 0.647 4.90e-01 0.164 0.000 0.592 0.128 0.012 0.104
#> SRR191590 1 0.636 1.54e-01 0.436 0.000 0.228 0.004 0.012 0.320
#> SRR191591 3 0.695 2.83e-01 0.044 0.000 0.424 0.184 0.016 0.332
#> SRR191592 6 0.633 -9.88e-02 0.172 0.000 0.380 0.028 0.000 0.420
#> SRR191593 3 0.561 3.99e-01 0.236 0.000 0.620 0.028 0.004 0.112
#> SRR191594 1 0.209 6.41e-01 0.920 0.000 0.036 0.020 0.020 0.004
#> SRR191595 6 0.622 -2.96e-02 0.248 0.000 0.328 0.008 0.000 0.416
#> SRR191596 3 0.635 1.16e-01 0.244 0.000 0.400 0.008 0.004 0.344
#> SRR191597 3 0.513 3.31e-01 0.012 0.000 0.584 0.348 0.008 0.048
#> SRR191598 3 0.506 4.47e-01 0.100 0.000 0.676 0.016 0.004 0.204
#> SRR191599 3 0.593 2.85e-01 0.276 0.000 0.576 0.032 0.008 0.108
#> SRR191600 4 0.693 -4.15e-02 0.016 0.000 0.284 0.376 0.024 0.300
#> SRR191601 3 0.631 2.67e-01 0.008 0.000 0.496 0.124 0.036 0.336
#> SRR191602 3 0.528 2.94e-01 0.004 0.000 0.544 0.368 0.004 0.080
#> SRR191603 3 0.616 3.40e-01 0.008 0.000 0.532 0.276 0.020 0.164
#> SRR191604 4 0.679 1.72e-01 0.004 0.136 0.024 0.584 0.112 0.140
#> SRR191605 3 0.565 4.22e-01 0.004 0.000 0.592 0.244 0.012 0.148
#> SRR191606 6 0.635 -5.86e-02 0.256 0.000 0.360 0.012 0.000 0.372
#> SRR191607 3 0.240 5.51e-01 0.028 0.000 0.892 0.072 0.008 0.000
#> SRR191608 3 0.658 4.10e-01 0.024 0.004 0.576 0.180 0.044 0.172
#> SRR191609 3 0.627 3.63e-01 0.044 0.000 0.564 0.288 0.040 0.064
#> SRR191610 3 0.233 5.51e-01 0.040 0.000 0.908 0.032 0.012 0.008
#> SRR191611 3 0.332 5.44e-01 0.036 0.000 0.848 0.084 0.024 0.008
#> SRR191612 3 0.627 2.83e-01 0.020 0.000 0.456 0.164 0.004 0.356
#> SRR191613 3 0.899 -5.70e-02 0.232 0.068 0.344 0.072 0.088 0.196
#> SRR191614 3 0.290 5.61e-01 0.016 0.000 0.876 0.052 0.008 0.048
#> SRR191615 3 0.357 5.59e-01 0.008 0.000 0.828 0.080 0.012 0.072
#> SRR191616 5 0.668 -3.94e-02 0.008 0.360 0.000 0.100 0.452 0.080
#> SRR191617 4 0.818 -1.20e-01 0.004 0.180 0.024 0.296 0.208 0.288
#> SRR191618 3 0.692 2.21e-01 0.044 0.004 0.456 0.084 0.048 0.364
#> SRR191619 4 0.630 2.27e-01 0.004 0.028 0.308 0.528 0.012 0.120
#> SRR191620 6 0.590 1.45e-01 0.012 0.092 0.020 0.152 0.052 0.672
#> SRR191621 4 0.577 3.80e-01 0.000 0.152 0.084 0.676 0.044 0.044
#> SRR191622 6 0.633 3.32e-01 0.036 0.012 0.200 0.084 0.044 0.624
#> SRR191623 3 0.447 4.95e-01 0.112 0.000 0.740 0.016 0.000 0.132
#> SRR191624 3 0.582 -1.47e-01 0.444 0.000 0.460 0.032 0.020 0.044
#> SRR191625 3 0.594 1.19e-01 0.004 0.004 0.464 0.404 0.012 0.112
#> SRR191626 3 0.523 1.16e-01 0.004 0.016 0.508 0.436 0.012 0.024
#> SRR191627 4 0.518 3.95e-01 0.008 0.024 0.244 0.672 0.032 0.020
#> SRR191628 3 0.478 5.54e-01 0.040 0.000 0.752 0.128 0.024 0.056
#> SRR191629 3 0.519 3.80e-01 0.008 0.000 0.600 0.316 0.008 0.068
#> SRR191630 1 0.228 6.41e-01 0.912 0.000 0.040 0.020 0.020 0.008
#> SRR191631 4 0.507 3.38e-01 0.000 0.056 0.304 0.620 0.004 0.016
#> SRR191632 3 0.580 4.12e-01 0.056 0.000 0.584 0.068 0.004 0.288
#> SRR191633 6 0.733 -1.25e-01 0.044 0.000 0.328 0.240 0.028 0.360
#> SRR191634 2 0.682 3.48e-02 0.004 0.400 0.000 0.148 0.380 0.068
#> SRR191635 3 0.435 5.37e-01 0.056 0.000 0.760 0.152 0.004 0.028
#> SRR191636 5 0.791 3.56e-01 0.032 0.144 0.040 0.196 0.488 0.100
#> SRR191637 2 0.516 4.44e-01 0.000 0.676 0.000 0.120 0.176 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.515 0.806 0.909 0.5012 0.499 0.499
#> 3 3 0.441 0.663 0.821 0.3224 0.747 0.536
#> 4 4 0.408 0.450 0.682 0.1211 0.934 0.812
#> 5 5 0.457 0.303 0.576 0.0682 0.879 0.620
#> 6 6 0.497 0.240 0.505 0.0443 0.845 0.456
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191394 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191396 2 0.9686 0.3647 0.396 0.604
#> SRR191397 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191398 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191399 1 0.0938 0.8934 0.988 0.012
#> SRR191400 1 0.1633 0.8894 0.976 0.024
#> SRR191401 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191402 1 0.4939 0.8449 0.892 0.108
#> SRR191403 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191404 2 0.2423 0.8885 0.040 0.960
#> SRR191405 2 0.2043 0.8924 0.032 0.968
#> SRR191406 1 0.5059 0.8412 0.888 0.112
#> SRR191407 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191408 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191409 1 0.6623 0.7835 0.828 0.172
#> SRR191410 1 0.8144 0.6726 0.748 0.252
#> SRR191411 2 0.9248 0.5015 0.340 0.660
#> SRR191412 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191413 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191414 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191415 1 0.6438 0.7896 0.836 0.164
#> SRR191416 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191418 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191419 1 0.2778 0.8802 0.952 0.048
#> SRR191420 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191421 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191422 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191423 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191424 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191425 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191426 2 0.9580 0.4234 0.380 0.620
#> SRR191427 1 0.9248 0.5198 0.660 0.340
#> SRR191428 1 0.2236 0.8845 0.964 0.036
#> SRR191429 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191430 2 0.2236 0.8907 0.036 0.964
#> SRR191431 2 0.5059 0.8458 0.112 0.888
#> SRR191432 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191433 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191434 2 0.3879 0.8693 0.076 0.924
#> SRR191435 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191436 1 0.7528 0.7350 0.784 0.216
#> SRR191437 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191438 2 0.7376 0.7448 0.208 0.792
#> SRR191439 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191440 2 0.6343 0.7993 0.160 0.840
#> SRR191441 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191442 1 0.9635 0.4175 0.612 0.388
#> SRR191443 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191444 1 0.9248 0.5165 0.660 0.340
#> SRR191445 2 0.6343 0.8014 0.160 0.840
#> SRR191446 2 0.7376 0.7464 0.208 0.792
#> SRR191447 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191448 1 0.1843 0.8876 0.972 0.028
#> SRR191449 1 0.0376 0.8945 0.996 0.004
#> SRR191450 1 0.7056 0.7665 0.808 0.192
#> SRR191451 1 0.7815 0.7132 0.768 0.232
#> SRR191452 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191453 2 0.7528 0.7392 0.216 0.784
#> SRR191454 1 0.4939 0.8399 0.892 0.108
#> SRR191455 2 0.9933 0.1696 0.452 0.548
#> SRR191456 1 0.6531 0.7828 0.832 0.168
#> SRR191457 1 0.8608 0.6351 0.716 0.284
#> SRR191458 2 0.4939 0.8518 0.108 0.892
#> SRR191459 2 0.8267 0.6629 0.260 0.740
#> SRR191460 2 0.9522 0.4327 0.372 0.628
#> SRR191461 1 0.7883 0.7123 0.764 0.236
#> SRR191462 2 0.4562 0.8550 0.096 0.904
#> SRR191463 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191464 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191465 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191466 1 0.9954 0.2023 0.540 0.460
#> SRR191467 2 0.1414 0.8955 0.020 0.980
#> SRR191468 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191469 1 0.7815 0.7231 0.768 0.232
#> SRR191470 2 0.7376 0.7508 0.208 0.792
#> SRR191471 2 0.7219 0.7624 0.200 0.800
#> SRR191472 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191473 2 0.1843 0.8914 0.028 0.972
#> SRR191474 1 0.5519 0.8334 0.872 0.128
#> SRR191475 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191476 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191477 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191478 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191479 1 0.1414 0.8909 0.980 0.020
#> SRR191480 2 0.5629 0.8238 0.132 0.868
#> SRR191481 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191482 2 0.1633 0.8947 0.024 0.976
#> SRR191483 2 0.6623 0.7897 0.172 0.828
#> SRR191484 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191485 2 0.3733 0.8742 0.072 0.928
#> SRR191486 2 0.6247 0.7997 0.156 0.844
#> SRR191487 2 0.3431 0.8780 0.064 0.936
#> SRR191488 1 0.3274 0.8747 0.940 0.060
#> SRR191489 2 0.9732 0.3606 0.404 0.596
#> SRR191490 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191491 1 0.5294 0.8376 0.880 0.120
#> SRR191492 1 0.0672 0.8942 0.992 0.008
#> SRR191493 2 0.6148 0.8028 0.152 0.848
#> SRR191494 2 0.0376 0.8986 0.004 0.996
#> SRR191495 1 0.4161 0.8613 0.916 0.084
#> SRR191496 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191497 2 0.9996 0.0476 0.488 0.512
#> SRR191498 1 1.0000 0.0637 0.504 0.496
#> SRR191499 1 0.3584 0.8718 0.932 0.068
#> SRR191500 1 0.7950 0.7057 0.760 0.240
#> SRR191501 2 0.3431 0.8773 0.064 0.936
#> SRR191502 2 0.7674 0.7274 0.224 0.776
#> SRR191503 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191504 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191505 2 0.2236 0.8901 0.036 0.964
#> SRR191506 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191507 2 0.2043 0.8917 0.032 0.968
#> SRR191508 2 0.4022 0.8656 0.080 0.920
#> SRR191509 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191510 2 0.9954 0.1325 0.460 0.540
#> SRR191511 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191512 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191513 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191514 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191515 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191516 1 0.8016 0.7043 0.756 0.244
#> SRR191517 2 0.2948 0.8817 0.052 0.948
#> SRR191518 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191519 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191520 2 0.9795 0.2943 0.416 0.584
#> SRR191521 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191522 2 0.2603 0.8866 0.044 0.956
#> SRR191523 2 0.0376 0.8988 0.004 0.996
#> SRR191524 1 0.4161 0.8609 0.916 0.084
#> SRR191525 2 0.2043 0.8922 0.032 0.968
#> SRR191526 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191527 1 0.9754 0.3481 0.592 0.408
#> SRR191528 1 0.9954 0.1479 0.540 0.460
#> SRR191529 2 0.6048 0.8173 0.148 0.852
#> SRR191530 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191531 2 0.9909 0.2348 0.444 0.556
#> SRR191532 2 0.3733 0.8765 0.072 0.928
#> SRR191533 1 0.9580 0.4063 0.620 0.380
#> SRR191534 2 0.3584 0.8733 0.068 0.932
#> SRR191535 2 0.0376 0.8986 0.004 0.996
#> SRR191536 2 0.6247 0.8095 0.156 0.844
#> SRR191537 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191538 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191539 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191540 2 0.1843 0.8931 0.028 0.972
#> SRR191541 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191542 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191543 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191544 2 0.5842 0.8241 0.140 0.860
#> SRR191545 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191546 2 0.4161 0.8648 0.084 0.916
#> SRR191547 2 0.8909 0.5837 0.308 0.692
#> SRR191548 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191553 1 0.3114 0.8746 0.944 0.056
#> SRR191554 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191555 1 0.2236 0.8850 0.964 0.036
#> SRR191556 1 0.0376 0.8948 0.996 0.004
#> SRR191557 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191558 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191559 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191560 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191561 1 0.9522 0.4581 0.628 0.372
#> SRR191562 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191563 2 0.7376 0.7482 0.208 0.792
#> SRR191564 1 0.1184 0.8928 0.984 0.016
#> SRR191565 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191566 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191567 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191568 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191569 1 0.3733 0.8688 0.928 0.072
#> SRR191570 1 0.2236 0.8877 0.964 0.036
#> SRR191571 1 0.3431 0.8741 0.936 0.064
#> SRR191572 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191573 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191574 1 0.0672 0.8938 0.992 0.008
#> SRR191575 1 0.0672 0.8938 0.992 0.008
#> SRR191576 1 0.9944 0.1727 0.544 0.456
#> SRR191577 1 0.6247 0.8041 0.844 0.156
#> SRR191578 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191579 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191580 1 0.2778 0.8785 0.952 0.048
#> SRR191581 1 0.0376 0.8947 0.996 0.004
#> SRR191582 1 0.1414 0.8911 0.980 0.020
#> SRR191583 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191584 1 0.7950 0.7012 0.760 0.240
#> SRR191585 1 0.2043 0.8879 0.968 0.032
#> SRR191586 1 0.1843 0.8888 0.972 0.028
#> SRR191587 1 0.5178 0.8383 0.884 0.116
#> SRR191588 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191589 1 0.0376 0.8946 0.996 0.004
#> SRR191590 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191591 1 0.5059 0.8452 0.888 0.112
#> SRR191592 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191593 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191594 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191595 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191596 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191597 2 0.9988 0.1013 0.480 0.520
#> SRR191598 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191599 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191600 2 0.8763 0.6136 0.296 0.704
#> SRR191601 1 0.4022 0.8650 0.920 0.080
#> SRR191602 1 0.9983 0.0702 0.524 0.476
#> SRR191603 1 0.8608 0.6177 0.716 0.284
#> SRR191604 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191605 1 0.9087 0.5346 0.676 0.324
#> SRR191606 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191607 1 0.0672 0.8944 0.992 0.008
#> SRR191608 1 0.8608 0.6149 0.716 0.284
#> SRR191609 1 0.8763 0.6070 0.704 0.296
#> SRR191610 1 0.0376 0.8945 0.996 0.004
#> SRR191611 1 0.1633 0.8904 0.976 0.024
#> SRR191612 1 0.0376 0.8946 0.996 0.004
#> SRR191613 1 0.6247 0.8028 0.844 0.156
#> SRR191614 1 0.0672 0.8940 0.992 0.008
#> SRR191615 1 0.0938 0.8932 0.988 0.012
#> SRR191616 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191617 2 0.0938 0.8974 0.012 0.988
#> SRR191618 1 0.6048 0.8165 0.852 0.148
#> SRR191619 2 0.1843 0.8943 0.028 0.972
#> SRR191620 2 0.2423 0.8900 0.040 0.960
#> SRR191621 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191622 1 0.9460 0.4615 0.636 0.364
#> SRR191623 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191624 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191625 2 0.7139 0.7646 0.196 0.804
#> SRR191626 2 0.8327 0.6581 0.264 0.736
#> SRR191627 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191628 1 0.2043 0.8877 0.968 0.032
#> SRR191629 1 0.6247 0.8013 0.844 0.156
#> SRR191630 1 0.0000 0.8949 1.000 0.000
#> SRR191631 2 0.3274 0.8772 0.060 0.940
#> SRR191632 1 0.1414 0.8914 0.980 0.020
#> SRR191633 1 0.8443 0.6393 0.728 0.272
#> SRR191634 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
#> SRR191635 1 0.2043 0.8873 0.968 0.032
#> SRR191636 2 0.4298 0.8653 0.088 0.912
#> SRR191637 2 0.0000 0.8994 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.4702 0.6844 0.788 0.000 0.212
#> SRR191394 1 0.1163 0.7687 0.972 0.000 0.028
#> SRR191396 1 0.8063 0.0540 0.488 0.448 0.064
#> SRR191397 1 0.0892 0.7687 0.980 0.000 0.020
#> SRR191398 1 0.0747 0.7689 0.984 0.000 0.016
#> SRR191399 3 0.2356 0.7613 0.072 0.000 0.928
#> SRR191400 1 0.0000 0.7672 1.000 0.000 0.000
#> SRR191401 1 0.1964 0.7650 0.944 0.000 0.056
#> SRR191402 3 0.4629 0.6992 0.188 0.004 0.808
#> SRR191403 1 0.6079 0.4380 0.612 0.000 0.388
#> SRR191404 2 0.3253 0.8438 0.036 0.912 0.052
#> SRR191405 2 0.5111 0.7897 0.036 0.820 0.144
#> SRR191406 3 0.5072 0.6893 0.196 0.012 0.792
#> SRR191407 1 0.1289 0.7627 0.968 0.000 0.032
#> SRR191408 1 0.2356 0.7666 0.928 0.000 0.072
#> SRR191409 1 0.5823 0.6854 0.792 0.144 0.064
#> SRR191410 3 0.3116 0.7528 0.108 0.000 0.892
#> SRR191411 3 0.9008 0.4577 0.164 0.296 0.540
#> SRR191412 1 0.4235 0.6896 0.824 0.000 0.176
#> SRR191413 3 0.6026 0.3403 0.376 0.000 0.624
#> SRR191414 1 0.2537 0.7594 0.920 0.000 0.080
#> SRR191415 3 0.3272 0.7579 0.104 0.004 0.892
#> SRR191416 3 0.5216 0.6115 0.260 0.000 0.740
#> SRR191418 1 0.6126 0.3953 0.600 0.000 0.400
#> SRR191419 1 0.5831 0.6367 0.708 0.008 0.284
#> SRR191420 1 0.4605 0.6819 0.796 0.000 0.204
#> SRR191421 1 0.5098 0.6507 0.752 0.000 0.248
#> SRR191422 2 0.0892 0.8536 0.000 0.980 0.020
#> SRR191423 2 0.1765 0.8525 0.004 0.956 0.040
#> SRR191424 2 0.1163 0.8543 0.000 0.972 0.028
#> SRR191425 3 0.6267 0.0539 0.452 0.000 0.548
#> SRR191426 3 0.7849 0.5874 0.104 0.248 0.648
#> SRR191427 1 0.7383 0.5849 0.680 0.236 0.084
#> SRR191428 3 0.4002 0.6947 0.160 0.000 0.840
#> SRR191429 2 0.1711 0.8554 0.008 0.960 0.032
#> SRR191430 2 0.3921 0.8088 0.112 0.872 0.016
#> SRR191431 2 0.5223 0.7649 0.176 0.800 0.024
#> SRR191432 2 0.0424 0.8557 0.000 0.992 0.008
#> SRR191433 2 0.1031 0.8542 0.000 0.976 0.024
#> SRR191434 2 0.5236 0.7511 0.028 0.804 0.168
#> SRR191435 1 0.5591 0.5978 0.696 0.000 0.304
#> SRR191436 1 0.8967 0.2797 0.488 0.132 0.380
#> SRR191437 2 0.0592 0.8545 0.012 0.988 0.000
#> SRR191438 2 0.7926 0.5962 0.216 0.656 0.128
#> SRR191439 2 0.2165 0.8468 0.000 0.936 0.064
#> SRR191440 2 0.7095 0.5770 0.292 0.660 0.048
#> SRR191441 2 0.1031 0.8528 0.000 0.976 0.024
#> SRR191442 1 0.9907 0.1469 0.400 0.312 0.288
#> SRR191443 1 0.4121 0.7362 0.832 0.000 0.168
#> SRR191444 1 0.9383 0.1973 0.460 0.176 0.364
#> SRR191445 2 0.7596 0.5649 0.100 0.672 0.228
#> SRR191446 3 0.9584 0.1398 0.200 0.372 0.428
#> SRR191447 2 0.0592 0.8545 0.012 0.988 0.000
#> SRR191448 1 0.5560 0.5862 0.700 0.000 0.300
#> SRR191449 3 0.2066 0.7607 0.060 0.000 0.940
#> SRR191450 1 0.7979 0.5449 0.640 0.112 0.248
#> SRR191451 1 0.4063 0.7249 0.868 0.112 0.020
#> SRR191452 2 0.1031 0.8528 0.000 0.976 0.024
#> SRR191453 2 0.8095 0.5923 0.200 0.648 0.152
#> SRR191454 1 0.6151 0.7007 0.772 0.068 0.160
#> SRR191455 3 0.3155 0.7511 0.040 0.044 0.916
#> SRR191456 1 0.1643 0.7549 0.956 0.044 0.000
#> SRR191457 1 0.7064 0.6231 0.704 0.220 0.076
#> SRR191458 2 0.6253 0.6769 0.232 0.732 0.036
#> SRR191459 3 0.4689 0.7486 0.052 0.096 0.852
#> SRR191460 3 0.5330 0.7150 0.044 0.144 0.812
#> SRR191461 3 0.2443 0.7575 0.028 0.032 0.940
#> SRR191462 2 0.6307 0.1090 0.000 0.512 0.488
#> SRR191463 2 0.1411 0.8500 0.036 0.964 0.000
#> SRR191464 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191465 2 0.1453 0.8529 0.008 0.968 0.024
#> SRR191466 2 0.9907 -0.1914 0.356 0.376 0.268
#> SRR191467 2 0.3207 0.8419 0.012 0.904 0.084
#> SRR191468 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191469 3 0.5760 0.7232 0.064 0.140 0.796
#> SRR191470 3 0.7072 -0.0857 0.020 0.476 0.504
#> SRR191471 2 0.7757 0.6319 0.112 0.664 0.224
#> SRR191472 2 0.1964 0.8504 0.000 0.944 0.056
#> SRR191473 2 0.5327 0.6655 0.000 0.728 0.272
#> SRR191474 3 0.4915 0.7171 0.132 0.036 0.832
#> SRR191475 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191476 2 0.0592 0.8544 0.000 0.988 0.012
#> SRR191477 2 0.1529 0.8515 0.000 0.960 0.040
#> SRR191478 2 0.1289 0.8529 0.000 0.968 0.032
#> SRR191479 1 0.6483 0.2458 0.544 0.004 0.452
#> SRR191480 3 0.4842 0.6588 0.000 0.224 0.776
#> SRR191481 2 0.5948 0.4745 0.000 0.640 0.360
#> SRR191482 3 0.6282 0.3883 0.004 0.384 0.612
#> SRR191483 3 0.5859 0.3977 0.000 0.344 0.656
#> SRR191484 1 0.4842 0.6715 0.776 0.000 0.224
#> SRR191485 2 0.3888 0.8346 0.064 0.888 0.048
#> SRR191486 2 0.6155 0.5205 0.328 0.664 0.008
#> SRR191487 2 0.7328 0.4272 0.044 0.612 0.344
#> SRR191488 1 0.2187 0.7714 0.948 0.024 0.028
#> SRR191489 3 0.5136 0.7154 0.044 0.132 0.824
#> SRR191490 2 0.0237 0.8551 0.000 0.996 0.004
#> SRR191491 1 0.5811 0.7091 0.800 0.092 0.108
#> SRR191492 1 0.5480 0.6138 0.732 0.004 0.264
#> SRR191493 2 0.5053 0.7717 0.164 0.812 0.024
#> SRR191494 2 0.0237 0.8548 0.004 0.996 0.000
#> SRR191495 3 0.2711 0.7560 0.088 0.000 0.912
#> SRR191496 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191497 3 0.3722 0.7481 0.024 0.088 0.888
#> SRR191498 2 0.9980 -0.1336 0.324 0.364 0.312
#> SRR191499 3 0.2261 0.7611 0.068 0.000 0.932
#> SRR191500 3 0.2550 0.7610 0.040 0.024 0.936
#> SRR191501 2 0.4575 0.7607 0.184 0.812 0.004
#> SRR191502 2 0.7925 0.4829 0.316 0.604 0.080
#> SRR191503 2 0.0829 0.8547 0.012 0.984 0.004
#> SRR191504 2 0.1964 0.8504 0.000 0.944 0.056
#> SRR191505 2 0.3375 0.8412 0.044 0.908 0.048
#> SRR191506 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191507 2 0.4605 0.7224 0.000 0.796 0.204
#> SRR191508 2 0.6447 0.7029 0.060 0.744 0.196
#> SRR191509 2 0.5327 0.6491 0.000 0.728 0.272
#> SRR191510 1 0.8884 0.1173 0.460 0.420 0.120
#> SRR191511 2 0.1753 0.8519 0.000 0.952 0.048
#> SRR191512 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191513 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191514 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191515 2 0.2537 0.8360 0.000 0.920 0.080
#> SRR191516 3 0.2703 0.7603 0.056 0.016 0.928
#> SRR191517 3 0.3752 0.7064 0.000 0.144 0.856
#> SRR191518 2 0.3340 0.8167 0.000 0.880 0.120
#> SRR191519 2 0.0892 0.8536 0.000 0.980 0.020
#> SRR191520 3 0.3550 0.7500 0.024 0.080 0.896
#> SRR191521 2 0.1031 0.8528 0.000 0.976 0.024
#> SRR191522 2 0.3889 0.8194 0.084 0.884 0.032
#> SRR191523 2 0.2773 0.8494 0.024 0.928 0.048
#> SRR191524 1 0.4443 0.7454 0.864 0.052 0.084
#> SRR191525 2 0.3682 0.8257 0.008 0.876 0.116
#> SRR191526 2 0.1031 0.8528 0.000 0.976 0.024
#> SRR191527 1 0.6341 0.6003 0.716 0.252 0.032
#> SRR191528 1 0.5797 0.5650 0.712 0.280 0.008
#> SRR191529 2 0.6881 0.5521 0.320 0.648 0.032
#> SRR191530 2 0.1765 0.8531 0.004 0.956 0.040
#> SRR191531 1 0.6661 0.2702 0.588 0.400 0.012
#> SRR191532 2 0.5680 0.7052 0.024 0.764 0.212
#> SRR191533 1 0.9692 0.1349 0.432 0.344 0.224
#> SRR191534 2 0.5254 0.6592 0.264 0.736 0.000
#> SRR191535 2 0.1753 0.8490 0.000 0.952 0.048
#> SRR191536 2 0.4786 0.7970 0.112 0.844 0.044
#> SRR191537 2 0.3412 0.8096 0.000 0.876 0.124
#> SRR191538 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191539 2 0.0592 0.8545 0.012 0.988 0.000
#> SRR191540 2 0.6302 0.0258 0.000 0.520 0.480
#> SRR191541 2 0.0237 0.8551 0.000 0.996 0.004
#> SRR191542 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191543 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191544 2 0.6180 0.6496 0.260 0.716 0.024
#> SRR191545 2 0.3816 0.8023 0.000 0.852 0.148
#> SRR191546 2 0.6659 0.5618 0.028 0.668 0.304
#> SRR191547 3 0.8280 0.3171 0.088 0.360 0.552
#> SRR191548 1 0.0592 0.7685 0.988 0.000 0.012
#> SRR191549 1 0.0592 0.7685 0.988 0.000 0.012
#> SRR191550 1 0.0592 0.7685 0.988 0.000 0.012
#> SRR191551 1 0.0592 0.7685 0.988 0.000 0.012
#> SRR191552 1 0.0424 0.7683 0.992 0.000 0.008
#> SRR191553 1 0.4887 0.6933 0.772 0.000 0.228
#> SRR191554 1 0.0424 0.7672 0.992 0.000 0.008
#> SRR191555 3 0.7085 0.3070 0.356 0.032 0.612
#> SRR191556 3 0.6126 0.3699 0.400 0.000 0.600
#> SRR191557 3 0.2261 0.7602 0.068 0.000 0.932
#> SRR191558 2 0.1015 0.8558 0.008 0.980 0.012
#> SRR191559 1 0.5098 0.6312 0.752 0.000 0.248
#> SRR191560 1 0.0747 0.7691 0.984 0.000 0.016
#> SRR191561 1 0.6341 0.5476 0.672 0.312 0.016
#> SRR191562 1 0.0592 0.7685 0.988 0.000 0.012
#> SRR191563 3 0.8817 0.5028 0.160 0.272 0.568
#> SRR191564 3 0.4504 0.6521 0.196 0.000 0.804
#> SRR191565 1 0.2356 0.7665 0.928 0.000 0.072
#> SRR191566 3 0.6308 0.0471 0.492 0.000 0.508
#> SRR191567 1 0.5058 0.6537 0.756 0.000 0.244
#> SRR191568 1 0.0747 0.7689 0.984 0.000 0.016
#> SRR191569 1 0.6054 0.6735 0.768 0.052 0.180
#> SRR191570 1 0.6027 0.6171 0.712 0.016 0.272
#> SRR191571 1 0.5526 0.7073 0.792 0.036 0.172
#> SRR191572 1 0.0592 0.7685 0.988 0.000 0.012
#> SRR191573 1 0.1643 0.7680 0.956 0.000 0.044
#> SRR191574 1 0.0424 0.7672 0.992 0.000 0.008
#> SRR191575 1 0.0000 0.7672 1.000 0.000 0.000
#> SRR191576 1 0.6843 0.4369 0.640 0.332 0.028
#> SRR191577 1 0.5042 0.7132 0.836 0.104 0.060
#> SRR191578 2 0.1163 0.8543 0.000 0.972 0.028
#> SRR191579 1 0.4291 0.7039 0.820 0.000 0.180
#> SRR191580 1 0.1399 0.7632 0.968 0.028 0.004
#> SRR191581 1 0.0000 0.7672 1.000 0.000 0.000
#> SRR191582 1 0.1289 0.7610 0.968 0.000 0.032
#> SRR191583 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191584 1 0.3461 0.7425 0.900 0.076 0.024
#> SRR191585 3 0.2066 0.7596 0.060 0.000 0.940
#> SRR191586 3 0.2261 0.7602 0.068 0.000 0.932
#> SRR191587 3 0.3112 0.7584 0.096 0.004 0.900
#> SRR191588 1 0.6235 0.2534 0.564 0.000 0.436
#> SRR191589 3 0.6267 0.2395 0.452 0.000 0.548
#> SRR191590 1 0.0747 0.7694 0.984 0.000 0.016
#> SRR191591 1 0.7517 0.2011 0.540 0.040 0.420
#> SRR191592 1 0.1860 0.7678 0.948 0.000 0.052
#> SRR191593 1 0.5327 0.6150 0.728 0.000 0.272
#> SRR191594 1 0.0747 0.7688 0.984 0.000 0.016
#> SRR191595 1 0.0747 0.7691 0.984 0.000 0.016
#> SRR191596 1 0.2796 0.7563 0.908 0.000 0.092
#> SRR191597 3 0.2400 0.7625 0.064 0.004 0.932
#> SRR191598 1 0.4931 0.6626 0.768 0.000 0.232
#> SRR191599 1 0.3116 0.7487 0.892 0.000 0.108
#> SRR191600 2 0.9247 0.3728 0.276 0.524 0.200
#> SRR191601 3 0.7492 0.3786 0.340 0.052 0.608
#> SRR191602 3 0.1751 0.7611 0.028 0.012 0.960
#> SRR191603 3 0.2772 0.7613 0.080 0.004 0.916
#> SRR191604 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
#> SRR191605 3 0.1751 0.7596 0.028 0.012 0.960
#> SRR191606 1 0.1525 0.7707 0.964 0.004 0.032
#> SRR191607 3 0.2261 0.7591 0.068 0.000 0.932
#> SRR191608 3 0.2448 0.7607 0.076 0.000 0.924
#> SRR191609 3 0.2845 0.7650 0.068 0.012 0.920
#> SRR191610 3 0.2537 0.7577 0.080 0.000 0.920
#> SRR191611 3 0.2066 0.7596 0.060 0.000 0.940
#> SRR191612 3 0.6553 0.1311 0.412 0.008 0.580
#> SRR191613 1 0.7639 0.5885 0.656 0.088 0.256
#> SRR191614 3 0.3116 0.7485 0.108 0.000 0.892
#> SRR191615 3 0.3340 0.7376 0.120 0.000 0.880
#> SRR191616 2 0.0829 0.8554 0.012 0.984 0.004
#> SRR191617 2 0.1999 0.8524 0.036 0.952 0.012
#> SRR191618 1 0.7958 0.3714 0.544 0.064 0.392
#> SRR191619 3 0.6267 0.1508 0.000 0.452 0.548
#> SRR191620 2 0.4121 0.7722 0.168 0.832 0.000
#> SRR191621 2 0.4291 0.7448 0.000 0.820 0.180
#> SRR191622 1 0.5986 0.6013 0.736 0.240 0.024
#> SRR191623 3 0.6267 0.1265 0.452 0.000 0.548
#> SRR191624 1 0.5810 0.5331 0.664 0.000 0.336
#> SRR191625 3 0.6108 0.6180 0.028 0.240 0.732
#> SRR191626 3 0.1491 0.7567 0.016 0.016 0.968
#> SRR191627 3 0.6291 0.0487 0.000 0.468 0.532
#> SRR191628 3 0.4974 0.6395 0.236 0.000 0.764
#> SRR191629 3 0.1964 0.7610 0.056 0.000 0.944
#> SRR191630 1 0.0747 0.7688 0.984 0.000 0.016
#> SRR191631 3 0.5098 0.6212 0.000 0.248 0.752
#> SRR191632 1 0.6282 0.3911 0.612 0.004 0.384
#> SRR191633 1 0.9228 0.3673 0.508 0.176 0.316
#> SRR191634 2 0.0983 0.8560 0.004 0.980 0.016
#> SRR191635 3 0.2448 0.7604 0.076 0.000 0.924
#> SRR191636 2 0.6309 0.7554 0.128 0.772 0.100
#> SRR191637 2 0.0000 0.8548 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 1 0.4485 0.6129 0.740 0.000 0.248 0.012
#> SRR191394 1 0.0592 0.6750 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR191396 4 0.9374 0.2613 0.296 0.300 0.088 0.316
#> SRR191397 1 0.0707 0.6757 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR191398 1 0.0927 0.6751 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR191399 3 0.2660 0.5750 0.056 0.000 0.908 0.036
#> SRR191400 1 0.1792 0.6570 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR191401 1 0.3757 0.6580 0.828 0.000 0.152 0.020
#> SRR191402 3 0.5678 0.5284 0.112 0.000 0.716 0.172
#> SRR191403 1 0.5478 0.3340 0.540 0.000 0.444 0.016
#> SRR191404 2 0.5033 0.5999 0.020 0.708 0.004 0.268
#> SRR191405 2 0.6995 0.5132 0.028 0.616 0.092 0.264
#> SRR191406 4 0.6966 -0.2648 0.096 0.004 0.448 0.452
#> SRR191407 1 0.1722 0.6665 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR191408 1 0.2759 0.6728 0.904 0.000 0.044 0.052
#> SRR191409 1 0.6575 0.5551 0.708 0.076 0.076 0.140
#> SRR191410 3 0.6033 0.5049 0.116 0.000 0.680 0.204
#> SRR191411 3 0.9388 -0.0431 0.128 0.240 0.416 0.216
#> SRR191412 1 0.3852 0.6344 0.800 0.000 0.192 0.008
#> SRR191413 3 0.4748 0.4330 0.268 0.000 0.716 0.016
#> SRR191414 1 0.3208 0.6663 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR191415 3 0.5820 0.5146 0.100 0.000 0.696 0.204
#> SRR191416 3 0.6010 0.4280 0.220 0.000 0.676 0.104
#> SRR191418 1 0.5643 0.3303 0.548 0.000 0.428 0.024
#> SRR191419 1 0.6866 0.5492 0.672 0.052 0.184 0.092
#> SRR191420 1 0.4313 0.5912 0.736 0.000 0.260 0.004
#> SRR191421 1 0.5543 0.3841 0.556 0.000 0.424 0.020
#> SRR191422 2 0.3157 0.6757 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR191423 2 0.3892 0.6618 0.004 0.800 0.004 0.192
#> SRR191424 2 0.2651 0.6786 0.004 0.896 0.004 0.096
#> SRR191425 3 0.5693 0.3687 0.240 0.000 0.688 0.072
#> SRR191426 4 0.7981 -0.0729 0.056 0.092 0.400 0.452
#> SRR191427 1 0.8685 0.1032 0.460 0.184 0.064 0.292
#> SRR191428 3 0.4646 0.4988 0.120 0.000 0.796 0.084
#> SRR191429 2 0.4825 0.5917 0.008 0.700 0.004 0.288
#> SRR191430 2 0.6200 0.4984 0.044 0.608 0.012 0.336
#> SRR191431 2 0.6039 0.5338 0.128 0.684 0.000 0.188
#> SRR191432 2 0.3751 0.6530 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR191433 2 0.4262 0.6256 0.000 0.756 0.008 0.236
#> SRR191434 2 0.6363 0.4102 0.012 0.596 0.052 0.340
#> SRR191435 1 0.7290 0.3772 0.504 0.000 0.328 0.168
#> SRR191436 1 0.9066 0.1094 0.416 0.076 0.248 0.260
#> SRR191437 2 0.3688 0.6412 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR191438 4 0.8359 0.0289 0.060 0.396 0.124 0.420
#> SRR191439 2 0.4720 0.6599 0.004 0.768 0.032 0.196
#> SRR191440 2 0.7492 0.2143 0.168 0.488 0.004 0.340
#> SRR191441 2 0.3676 0.6624 0.004 0.820 0.004 0.172
#> SRR191442 4 0.9282 0.3002 0.128 0.176 0.272 0.424
#> SRR191443 1 0.5213 0.6086 0.724 0.000 0.224 0.052
#> SRR191444 4 0.8660 0.1764 0.208 0.056 0.276 0.460
#> SRR191445 2 0.8023 0.0989 0.032 0.488 0.152 0.328
#> SRR191446 4 0.9060 0.3146 0.088 0.224 0.248 0.440
#> SRR191447 2 0.3791 0.6609 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR191448 1 0.7651 0.2910 0.452 0.000 0.320 0.228
#> SRR191449 3 0.2399 0.5730 0.048 0.000 0.920 0.032
#> SRR191450 1 0.8423 0.3167 0.544 0.100 0.216 0.140
#> SRR191451 1 0.6071 0.5083 0.688 0.108 0.004 0.200
#> SRR191452 2 0.3870 0.6576 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR191453 2 0.8456 0.2892 0.136 0.500 0.076 0.288
#> SRR191454 1 0.7729 0.4597 0.568 0.036 0.244 0.152
#> SRR191455 3 0.6477 0.2503 0.024 0.040 0.588 0.348
#> SRR191456 1 0.3662 0.6247 0.836 0.012 0.004 0.148
#> SRR191457 1 0.6918 0.4694 0.660 0.208 0.072 0.060
#> SRR191458 2 0.7248 0.3955 0.152 0.620 0.028 0.200
#> SRR191459 3 0.6822 0.3659 0.028 0.068 0.608 0.296
#> SRR191460 3 0.7618 0.2282 0.052 0.068 0.476 0.404
#> SRR191461 3 0.4840 0.4944 0.028 0.000 0.732 0.240
#> SRR191462 4 0.7806 0.2087 0.000 0.324 0.264 0.412
#> SRR191463 2 0.3257 0.6496 0.004 0.844 0.000 0.152
#> SRR191464 2 0.2973 0.6655 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR191465 2 0.4074 0.6617 0.008 0.792 0.004 0.196
#> SRR191466 4 0.9924 0.3020 0.196 0.240 0.276 0.288
#> SRR191467 2 0.4319 0.6615 0.000 0.760 0.012 0.228
#> SRR191468 2 0.2530 0.6737 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR191469 3 0.5384 0.4331 0.024 0.156 0.764 0.056
#> SRR191470 4 0.7594 0.3435 0.004 0.212 0.280 0.504
#> SRR191471 4 0.7788 -0.0470 0.052 0.416 0.080 0.452
#> SRR191472 2 0.4252 0.6461 0.000 0.744 0.004 0.252
#> SRR191473 2 0.6957 0.2268 0.000 0.472 0.112 0.416
#> SRR191474 3 0.5874 0.3804 0.020 0.032 0.668 0.280
#> SRR191475 2 0.2469 0.6661 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR191476 2 0.3006 0.6814 0.012 0.888 0.008 0.092
#> SRR191477 2 0.4053 0.6287 0.000 0.768 0.004 0.228
#> SRR191478 2 0.3870 0.6466 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR191479 3 0.6016 -0.0441 0.412 0.000 0.544 0.044
#> SRR191480 3 0.7803 0.1679 0.016 0.164 0.480 0.340
#> SRR191481 2 0.7292 0.1556 0.000 0.460 0.152 0.388
#> SRR191482 3 0.8063 -0.1630 0.004 0.300 0.356 0.340
#> SRR191483 4 0.7640 0.1994 0.000 0.228 0.316 0.456
#> SRR191484 1 0.5436 0.4791 0.620 0.000 0.356 0.024
#> SRR191485 2 0.6146 0.5123 0.044 0.620 0.012 0.324
#> SRR191486 2 0.7292 0.0463 0.152 0.460 0.000 0.388
#> SRR191487 2 0.7556 0.0984 0.004 0.500 0.192 0.304
#> SRR191488 1 0.5599 0.6189 0.756 0.044 0.044 0.156
#> SRR191489 3 0.7676 0.2988 0.036 0.144 0.572 0.248
#> SRR191490 2 0.2704 0.6673 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR191491 4 0.8439 0.0228 0.344 0.040 0.184 0.432
#> SRR191492 1 0.6475 0.5046 0.644 0.000 0.184 0.172
#> SRR191493 2 0.6873 0.3650 0.100 0.540 0.004 0.356
#> SRR191494 2 0.2610 0.6697 0.012 0.900 0.000 0.088
#> SRR191495 3 0.4808 0.4774 0.028 0.000 0.736 0.236
#> SRR191496 2 0.2281 0.6707 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR191497 3 0.6625 0.3437 0.016 0.056 0.564 0.364
#> SRR191498 4 0.9766 0.3969 0.188 0.268 0.196 0.348
#> SRR191499 3 0.4925 0.4886 0.036 0.004 0.752 0.208
#> SRR191500 3 0.5436 0.4286 0.024 0.000 0.620 0.356
#> SRR191501 2 0.6226 0.4373 0.064 0.612 0.004 0.320
#> SRR191502 2 0.9167 -0.0850 0.272 0.404 0.084 0.240
#> SRR191503 2 0.2799 0.6644 0.008 0.884 0.000 0.108
#> SRR191504 2 0.5255 0.5995 0.004 0.696 0.028 0.272
#> SRR191505 2 0.5314 0.5782 0.024 0.676 0.004 0.296
#> SRR191506 2 0.0921 0.6730 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR191507 2 0.6726 0.3625 0.000 0.584 0.124 0.292
#> SRR191508 2 0.7611 0.4225 0.040 0.580 0.128 0.252
#> SRR191509 2 0.6536 0.4531 0.000 0.580 0.096 0.324
#> SRR191510 4 0.9117 0.2413 0.312 0.228 0.076 0.384
#> SRR191511 2 0.4841 0.6107 0.004 0.712 0.012 0.272
#> SRR191512 2 0.1637 0.6774 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR191513 2 0.1716 0.6734 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR191514 2 0.2469 0.6688 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR191515 2 0.5646 0.4534 0.000 0.656 0.048 0.296
#> SRR191516 3 0.6652 0.4069 0.064 0.020 0.604 0.312
#> SRR191517 3 0.6652 0.2165 0.000 0.088 0.516 0.396
#> SRR191518 2 0.6101 0.4115 0.000 0.560 0.052 0.388
#> SRR191519 2 0.3306 0.6731 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR191520 3 0.5778 0.4459 0.008 0.052 0.684 0.256
#> SRR191521 2 0.3626 0.6647 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR191522 2 0.6239 0.3790 0.048 0.612 0.012 0.328
#> SRR191523 2 0.5834 0.5738 0.028 0.632 0.012 0.328
#> SRR191524 1 0.7098 0.4904 0.632 0.028 0.132 0.208
#> SRR191525 2 0.4632 0.6347 0.004 0.740 0.012 0.244
#> SRR191526 2 0.3289 0.6664 0.004 0.852 0.004 0.140
#> SRR191527 1 0.6267 0.4925 0.700 0.128 0.016 0.156
#> SRR191528 1 0.8069 -0.0633 0.404 0.252 0.008 0.336
#> SRR191529 2 0.7043 0.2518 0.128 0.504 0.000 0.368
#> SRR191530 2 0.4420 0.6585 0.012 0.776 0.008 0.204
#> SRR191531 1 0.7888 -0.1741 0.380 0.300 0.000 0.320
#> SRR191532 2 0.7567 -0.0128 0.008 0.464 0.152 0.376
#> SRR191533 4 0.9635 0.3871 0.208 0.232 0.172 0.388
#> SRR191534 2 0.6924 0.3139 0.180 0.588 0.000 0.232
#> SRR191535 2 0.3790 0.6637 0.000 0.820 0.016 0.164
#> SRR191536 2 0.5713 0.5808 0.036 0.760 0.088 0.116
#> SRR191537 2 0.4174 0.6536 0.000 0.816 0.044 0.140
#> SRR191538 2 0.2216 0.6726 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR191539 2 0.2924 0.6593 0.016 0.884 0.000 0.100
#> SRR191540 2 0.7767 -0.0934 0.004 0.432 0.204 0.360
#> SRR191541 2 0.2469 0.6731 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR191542 2 0.2011 0.6770 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR191543 2 0.2973 0.6693 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR191544 2 0.7176 0.2769 0.136 0.532 0.004 0.328
#> SRR191545 2 0.5864 0.3978 0.004 0.488 0.024 0.484
#> SRR191546 2 0.7889 0.2505 0.024 0.460 0.144 0.372
#> SRR191547 4 0.8164 0.2029 0.056 0.140 0.280 0.524
#> SRR191548 1 0.0927 0.6756 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR191549 1 0.0779 0.6750 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR191550 1 0.0592 0.6750 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR191551 1 0.0592 0.6750 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR191552 1 0.0779 0.6750 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR191553 1 0.5921 0.5991 0.744 0.036 0.132 0.088
#> SRR191554 1 0.2125 0.6611 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR191555 3 0.5354 0.4165 0.232 0.000 0.712 0.056
#> SRR191556 3 0.6743 0.2043 0.392 0.000 0.512 0.096
#> SRR191557 3 0.1629 0.5660 0.024 0.000 0.952 0.024
#> SRR191558 2 0.2334 0.6790 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR191559 1 0.7640 0.2852 0.456 0.000 0.316 0.228
#> SRR191560 1 0.4874 0.6178 0.764 0.000 0.056 0.180
#> SRR191561 1 0.6548 0.3227 0.608 0.276 0.000 0.116
#> SRR191562 1 0.1059 0.6757 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR191563 3 0.9378 0.0239 0.140 0.160 0.384 0.316
#> SRR191564 3 0.5495 0.4581 0.176 0.000 0.728 0.096
#> SRR191565 1 0.4581 0.6559 0.800 0.000 0.120 0.080
#> SRR191566 3 0.5436 0.2356 0.356 0.000 0.620 0.024
#> SRR191567 1 0.5559 0.5917 0.696 0.000 0.240 0.064
#> SRR191568 1 0.0592 0.6750 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR191569 1 0.8254 0.2474 0.444 0.020 0.260 0.276
#> SRR191570 1 0.6301 0.5378 0.668 0.008 0.224 0.100
#> SRR191571 1 0.6515 0.5694 0.688 0.024 0.160 0.128
#> SRR191572 1 0.0779 0.6750 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR191573 1 0.2859 0.6746 0.880 0.000 0.112 0.008
#> SRR191574 1 0.4644 0.6014 0.764 0.024 0.004 0.208
#> SRR191575 1 0.2011 0.6565 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR191576 1 0.7997 0.0853 0.484 0.272 0.016 0.228
#> SRR191577 1 0.6084 0.5241 0.692 0.072 0.016 0.220
#> SRR191578 2 0.4018 0.6005 0.000 0.772 0.004 0.224
#> SRR191579 1 0.4361 0.6154 0.772 0.000 0.208 0.020
#> SRR191580 1 0.1509 0.6726 0.960 0.012 0.008 0.020
#> SRR191581 1 0.1716 0.6582 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR191582 1 0.1743 0.6685 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR191583 2 0.1637 0.6774 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR191584 1 0.4205 0.6296 0.832 0.068 0.004 0.096
#> SRR191585 3 0.2222 0.5554 0.016 0.000 0.924 0.060
#> SRR191586 3 0.1733 0.5728 0.028 0.000 0.948 0.024
#> SRR191587 3 0.3934 0.5517 0.116 0.000 0.836 0.048
#> SRR191588 1 0.5604 0.1849 0.504 0.000 0.476 0.020
#> SRR191589 3 0.5888 0.1615 0.424 0.000 0.540 0.036
#> SRR191590 1 0.2224 0.6762 0.928 0.000 0.032 0.040
#> SRR191591 1 0.8284 0.1133 0.428 0.020 0.308 0.244
#> SRR191592 1 0.7080 0.4484 0.568 0.000 0.196 0.236
#> SRR191593 1 0.5673 0.3128 0.528 0.000 0.448 0.024
#> SRR191594 1 0.1022 0.6764 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR191595 1 0.5494 0.5933 0.716 0.000 0.076 0.208
#> SRR191596 1 0.7234 0.4194 0.544 0.000 0.252 0.204
#> SRR191597 3 0.5018 0.5129 0.024 0.012 0.744 0.220
#> SRR191598 1 0.6192 0.3193 0.512 0.000 0.436 0.052
#> SRR191599 1 0.5062 0.5788 0.692 0.000 0.284 0.024
#> SRR191600 4 0.9661 0.2981 0.220 0.296 0.144 0.340
#> SRR191601 3 0.7564 0.2072 0.112 0.028 0.528 0.332
#> SRR191602 3 0.4328 0.4962 0.000 0.008 0.748 0.244
#> SRR191603 3 0.5150 0.3581 0.008 0.000 0.596 0.396
#> SRR191604 2 0.2345 0.6771 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR191605 3 0.4124 0.5419 0.012 0.012 0.812 0.164
#> SRR191606 1 0.3453 0.6723 0.868 0.000 0.080 0.052
#> SRR191607 3 0.1724 0.5702 0.032 0.000 0.948 0.020
#> SRR191608 3 0.5736 0.3440 0.044 0.000 0.628 0.328
#> SRR191609 3 0.5154 0.5036 0.024 0.012 0.728 0.236
#> SRR191610 3 0.1256 0.5643 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR191611 3 0.1863 0.5704 0.012 0.004 0.944 0.040
#> SRR191612 3 0.6637 0.2717 0.104 0.000 0.572 0.324
#> SRR191613 1 0.8950 0.2408 0.468 0.092 0.228 0.212
#> SRR191614 3 0.2399 0.5603 0.048 0.000 0.920 0.032
#> SRR191615 3 0.3674 0.5528 0.104 0.000 0.852 0.044
#> SRR191616 2 0.3523 0.6637 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR191617 2 0.4500 0.6309 0.032 0.776 0.000 0.192
#> SRR191618 3 0.8856 0.0264 0.296 0.048 0.384 0.272
#> SRR191619 2 0.7877 -0.1834 0.000 0.388 0.300 0.312
#> SRR191620 2 0.6875 0.2446 0.108 0.504 0.000 0.388
#> SRR191621 2 0.5839 0.4403 0.000 0.648 0.060 0.292
#> SRR191622 1 0.8741 0.0999 0.456 0.184 0.068 0.292
#> SRR191623 3 0.6371 0.2599 0.300 0.000 0.608 0.092
#> SRR191624 1 0.5288 0.2918 0.520 0.000 0.472 0.008
#> SRR191625 3 0.7748 0.1591 0.016 0.184 0.520 0.280
#> SRR191626 3 0.4454 0.4510 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR191627 4 0.7816 0.1784 0.000 0.284 0.300 0.416
#> SRR191628 3 0.6288 0.5052 0.196 0.004 0.672 0.128
#> SRR191629 3 0.4542 0.5223 0.020 0.004 0.768 0.208
#> SRR191630 1 0.1305 0.6777 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR191631 3 0.7401 0.1440 0.000 0.188 0.496 0.316
#> SRR191632 1 0.7349 0.1786 0.456 0.000 0.384 0.160
#> SRR191633 1 0.9395 0.0777 0.428 0.148 0.196 0.228
#> SRR191634 2 0.2384 0.6768 0.004 0.916 0.008 0.072
#> SRR191635 3 0.3764 0.5748 0.076 0.000 0.852 0.072
#> SRR191636 2 0.7818 0.4094 0.116 0.548 0.048 0.288
#> SRR191637 2 0.1118 0.6736 0.000 0.964 0.000 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 1 0.5542 0.46019 0.672 0.000 0.200 0.116 0.012
#> SRR191394 1 0.0566 0.62902 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR191396 5 0.8721 0.39273 0.200 0.172 0.096 0.076 0.456
#> SRR191397 1 0.0451 0.62819 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR191398 1 0.1041 0.62967 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR191399 3 0.5028 0.30803 0.068 0.000 0.708 0.212 0.012
#> SRR191400 1 0.2700 0.62219 0.884 0.000 0.004 0.024 0.088
#> SRR191401 1 0.5125 0.50636 0.716 0.000 0.084 0.184 0.016
#> SRR191402 3 0.5309 0.30366 0.080 0.000 0.680 0.228 0.012
#> SRR191403 1 0.6985 0.03146 0.436 0.000 0.296 0.256 0.012
#> SRR191404 5 0.5144 -0.04308 0.000 0.356 0.024 0.016 0.604
#> SRR191405 2 0.6789 0.28233 0.004 0.508 0.136 0.024 0.328
#> SRR191406 3 0.7559 -0.02889 0.072 0.008 0.436 0.360 0.124
#> SRR191407 1 0.2308 0.62782 0.912 0.000 0.004 0.048 0.036
#> SRR191408 1 0.4305 0.60333 0.800 0.000 0.072 0.104 0.024
#> SRR191409 1 0.7616 0.40938 0.576 0.080 0.100 0.056 0.188
#> SRR191410 3 0.3216 0.40058 0.096 0.004 0.856 0.044 0.000
#> SRR191411 3 0.8904 0.21929 0.116 0.204 0.448 0.108 0.124
#> SRR191412 1 0.4581 0.53799 0.764 0.000 0.148 0.076 0.012
#> SRR191413 3 0.6854 -0.04958 0.212 0.000 0.460 0.316 0.012
#> SRR191414 1 0.3859 0.58328 0.820 0.000 0.072 0.100 0.008
#> SRR191415 3 0.4008 0.40704 0.052 0.004 0.820 0.108 0.016
#> SRR191416 4 0.6587 0.16038 0.168 0.000 0.352 0.472 0.008
#> SRR191418 1 0.6691 0.15927 0.488 0.000 0.360 0.124 0.028
#> SRR191419 1 0.6080 0.49044 0.648 0.008 0.212 0.108 0.024
#> SRR191420 1 0.5676 0.44579 0.664 0.000 0.148 0.176 0.012
#> SRR191421 1 0.6241 0.18274 0.512 0.000 0.164 0.324 0.000
#> SRR191422 2 0.4521 0.49611 0.000 0.716 0.012 0.024 0.248
#> SRR191423 2 0.5132 0.48143 0.000 0.664 0.012 0.048 0.276
#> SRR191424 2 0.6110 0.36787 0.004 0.608 0.088 0.024 0.276
#> SRR191425 4 0.5961 0.23726 0.132 0.000 0.316 0.552 0.000
#> SRR191426 4 0.7817 0.13216 0.064 0.044 0.296 0.492 0.104
#> SRR191427 5 0.7693 0.10630 0.360 0.068 0.016 0.124 0.432
#> SRR191428 4 0.6280 0.13102 0.108 0.000 0.392 0.488 0.012
#> SRR191429 2 0.6061 0.38388 0.000 0.524 0.100 0.008 0.368
#> SRR191430 2 0.6899 0.12852 0.012 0.516 0.008 0.220 0.244
#> SRR191431 5 0.6978 0.14379 0.092 0.368 0.008 0.048 0.484
#> SRR191432 2 0.4127 0.52099 0.000 0.820 0.080 0.048 0.052
#> SRR191433 2 0.4525 0.50445 0.000 0.796 0.076 0.072 0.056
#> SRR191434 2 0.8132 0.21214 0.012 0.452 0.260 0.140 0.136
#> SRR191435 1 0.8210 0.02787 0.396 0.028 0.092 0.352 0.132
#> SRR191436 1 0.9310 -0.08775 0.308 0.052 0.252 0.212 0.176
#> SRR191437 2 0.5901 0.28706 0.000 0.548 0.008 0.088 0.356
#> SRR191438 5 0.8738 0.26349 0.052 0.280 0.064 0.272 0.332
#> SRR191439 2 0.5739 0.44888 0.000 0.680 0.036 0.100 0.184
#> SRR191440 5 0.5756 0.33452 0.072 0.224 0.004 0.032 0.668
#> SRR191441 2 0.5119 0.46895 0.000 0.656 0.004 0.060 0.280
#> SRR191442 4 0.8112 -0.03715 0.036 0.148 0.080 0.480 0.256
#> SRR191443 1 0.5433 0.48573 0.664 0.000 0.096 0.232 0.008
#> SRR191444 4 0.7173 0.23933 0.084 0.016 0.140 0.596 0.164
#> SRR191445 2 0.8687 -0.12281 0.016 0.352 0.140 0.232 0.260
#> SRR191446 5 0.7991 0.15435 0.040 0.124 0.344 0.060 0.432
#> SRR191447 2 0.5466 0.34724 0.004 0.584 0.004 0.052 0.356
#> SRR191448 4 0.8038 0.04532 0.348 0.000 0.168 0.360 0.124
#> SRR191449 3 0.5689 0.24477 0.060 0.000 0.604 0.316 0.020
#> SRR191450 1 0.8139 0.29898 0.500 0.100 0.180 0.188 0.032
#> SRR191451 1 0.7714 0.29991 0.512 0.064 0.020 0.184 0.220
#> SRR191452 2 0.4457 0.47977 0.000 0.740 0.004 0.048 0.208
#> SRR191453 5 0.8910 0.13272 0.096 0.304 0.072 0.156 0.372
#> SRR191454 1 0.7669 0.07731 0.412 0.068 0.028 0.400 0.092
#> SRR191455 4 0.7899 0.07139 0.024 0.100 0.216 0.516 0.144
#> SRR191456 1 0.4754 0.56602 0.736 0.008 0.000 0.072 0.184
#> SRR191457 1 0.7273 0.45386 0.616 0.144 0.048 0.080 0.112
#> SRR191458 5 0.8428 0.23366 0.092 0.332 0.040 0.140 0.396
#> SRR191459 3 0.5732 0.36304 0.008 0.144 0.696 0.128 0.024
#> SRR191460 3 0.7039 0.33879 0.036 0.108 0.600 0.212 0.044
#> SRR191461 3 0.6590 0.32046 0.020 0.012 0.580 0.260 0.128
#> SRR191462 3 0.8566 -0.13560 0.000 0.272 0.276 0.200 0.252
#> SRR191463 2 0.5402 0.31685 0.000 0.612 0.004 0.068 0.316
#> SRR191464 2 0.4330 0.51109 0.000 0.808 0.048 0.072 0.072
#> SRR191465 2 0.4750 0.48105 0.000 0.692 0.004 0.044 0.260
#> SRR191466 4 0.9130 0.02606 0.152 0.260 0.096 0.384 0.108
#> SRR191467 2 0.6820 0.42884 0.000 0.584 0.084 0.108 0.224
#> SRR191468 2 0.3869 0.52140 0.000 0.832 0.028 0.056 0.084
#> SRR191469 3 0.7254 0.14927 0.016 0.136 0.432 0.388 0.028
#> SRR191470 5 0.8049 0.07659 0.000 0.160 0.132 0.344 0.364
#> SRR191471 5 0.7695 0.24259 0.024 0.216 0.116 0.104 0.540
#> SRR191472 2 0.4982 0.47530 0.000 0.732 0.020 0.072 0.176
#> SRR191473 2 0.7338 0.23069 0.000 0.492 0.300 0.104 0.104
#> SRR191474 4 0.5346 0.20079 0.020 0.008 0.316 0.632 0.024
#> SRR191475 2 0.4407 0.47729 0.000 0.760 0.004 0.064 0.172
#> SRR191476 2 0.6100 0.44078 0.012 0.608 0.020 0.072 0.288
#> SRR191477 2 0.4387 0.50181 0.000 0.804 0.080 0.068 0.048
#> SRR191478 2 0.5001 0.50833 0.000 0.764 0.088 0.072 0.076
#> SRR191479 4 0.7151 0.20458 0.344 0.004 0.276 0.368 0.008
#> SRR191480 3 0.6301 0.34067 0.012 0.192 0.656 0.088 0.052
#> SRR191481 2 0.6740 0.25842 0.000 0.508 0.340 0.040 0.112
#> SRR191482 3 0.6392 0.15644 0.000 0.352 0.528 0.088 0.032
#> SRR191483 3 0.8027 -0.01164 0.000 0.328 0.380 0.124 0.168
#> SRR191484 1 0.6344 0.26715 0.556 0.000 0.120 0.304 0.020
#> SRR191485 5 0.7159 -0.25061 0.024 0.404 0.084 0.040 0.448
#> SRR191486 5 0.7240 0.40364 0.096 0.204 0.000 0.152 0.548
#> SRR191487 5 0.8213 0.17423 0.004 0.264 0.276 0.096 0.360
#> SRR191488 1 0.5970 0.54339 0.692 0.016 0.032 0.120 0.140
#> SRR191489 3 0.7605 0.27614 0.028 0.116 0.568 0.172 0.116
#> SRR191490 2 0.5559 0.37418 0.000 0.600 0.004 0.080 0.316
#> SRR191491 4 0.7969 0.21783 0.256 0.040 0.032 0.448 0.224
#> SRR191492 1 0.6723 0.31015 0.584 0.000 0.196 0.172 0.048
#> SRR191493 5 0.6933 0.16953 0.064 0.328 0.000 0.100 0.508
#> SRR191494 2 0.4922 0.41570 0.008 0.636 0.000 0.028 0.328
#> SRR191495 3 0.5575 -0.03554 0.008 0.004 0.476 0.472 0.040
#> SRR191496 2 0.4525 0.47863 0.000 0.740 0.004 0.056 0.200
#> SRR191497 3 0.6812 0.21979 0.008 0.064 0.548 0.308 0.072
#> SRR191498 5 0.8871 0.32015 0.132 0.136 0.080 0.208 0.444
#> SRR191499 3 0.5743 0.05763 0.032 0.004 0.528 0.412 0.024
#> SRR191500 3 0.5430 0.31207 0.008 0.008 0.664 0.256 0.064
#> SRR191501 5 0.7430 0.16842 0.044 0.396 0.008 0.152 0.400
#> SRR191502 5 0.8906 0.37563 0.224 0.276 0.088 0.056 0.356
#> SRR191503 2 0.4503 0.39804 0.000 0.664 0.000 0.024 0.312
#> SRR191504 2 0.5641 0.42026 0.000 0.644 0.032 0.056 0.268
#> SRR191505 5 0.4954 -0.04613 0.004 0.364 0.016 0.008 0.608
#> SRR191506 2 0.3790 0.46682 0.000 0.724 0.000 0.004 0.272
#> SRR191507 2 0.7208 0.26955 0.000 0.532 0.256 0.100 0.112
#> SRR191508 2 0.7475 0.29346 0.016 0.500 0.084 0.092 0.308
#> SRR191509 2 0.7099 0.34532 0.000 0.560 0.132 0.092 0.216
#> SRR191510 5 0.7623 0.38662 0.216 0.092 0.036 0.100 0.556
#> SRR191511 2 0.5375 0.46038 0.000 0.684 0.084 0.016 0.216
#> SRR191512 2 0.2628 0.53184 0.000 0.884 0.000 0.028 0.088
#> SRR191513 2 0.4138 0.43693 0.000 0.708 0.000 0.016 0.276
#> SRR191514 2 0.4712 0.46508 0.000 0.720 0.004 0.060 0.216
#> SRR191515 2 0.6929 0.18005 0.000 0.536 0.044 0.160 0.260
#> SRR191516 3 0.6761 0.15402 0.044 0.004 0.536 0.316 0.100
#> SRR191517 3 0.6254 0.34068 0.000 0.176 0.652 0.088 0.084
#> SRR191518 2 0.6280 0.38918 0.000 0.632 0.208 0.052 0.108
#> SRR191519 2 0.4296 0.51022 0.000 0.756 0.024 0.016 0.204
#> SRR191520 3 0.5812 0.35647 0.008 0.056 0.684 0.200 0.052
#> SRR191521 2 0.4759 0.42739 0.000 0.636 0.004 0.024 0.336
#> SRR191522 5 0.7737 0.23004 0.016 0.332 0.040 0.196 0.416
#> SRR191523 5 0.5637 -0.21457 0.000 0.428 0.008 0.056 0.508
#> SRR191524 1 0.6550 0.43713 0.584 0.008 0.024 0.128 0.256
#> SRR191525 2 0.6530 0.31442 0.004 0.516 0.092 0.028 0.360
#> SRR191526 2 0.4015 0.47814 0.000 0.708 0.004 0.004 0.284
#> SRR191527 1 0.6104 0.46355 0.640 0.072 0.012 0.032 0.244
#> SRR191528 5 0.7706 0.40087 0.260 0.100 0.004 0.152 0.484
#> SRR191529 5 0.6939 0.38035 0.084 0.200 0.004 0.120 0.592
#> SRR191530 2 0.5176 0.42692 0.000 0.632 0.020 0.028 0.320
#> SRR191531 5 0.7521 0.40380 0.260 0.112 0.000 0.132 0.496
#> SRR191532 5 0.8022 0.19654 0.000 0.284 0.084 0.288 0.344
#> SRR191533 4 0.9091 -0.10854 0.168 0.120 0.068 0.356 0.288
#> SRR191534 5 0.7357 0.22572 0.088 0.368 0.000 0.108 0.436
#> SRR191535 2 0.5078 0.48817 0.000 0.732 0.064 0.032 0.172
#> SRR191536 2 0.7046 0.14053 0.040 0.496 0.028 0.072 0.364
#> SRR191537 2 0.6417 0.38842 0.000 0.612 0.080 0.072 0.236
#> SRR191538 2 0.1857 0.53799 0.000 0.928 0.008 0.004 0.060
#> SRR191539 2 0.4350 0.35834 0.004 0.588 0.000 0.000 0.408
#> SRR191540 2 0.7480 0.11886 0.000 0.456 0.328 0.116 0.100
#> SRR191541 2 0.4117 0.52319 0.000 0.788 0.028 0.020 0.164
#> SRR191542 2 0.4276 0.46503 0.000 0.716 0.000 0.028 0.256
#> SRR191543 2 0.4867 0.42740 0.000 0.652 0.004 0.036 0.308
#> SRR191544 5 0.8101 0.34272 0.092 0.316 0.028 0.124 0.440
#> SRR191545 2 0.6684 0.35750 0.000 0.572 0.072 0.088 0.268
#> SRR191546 2 0.7574 0.27651 0.008 0.504 0.080 0.148 0.260
#> SRR191547 4 0.8577 -0.00127 0.028 0.124 0.268 0.408 0.172
#> SRR191548 1 0.1168 0.63002 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR191549 1 0.0671 0.62881 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR191550 1 0.0807 0.62873 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR191551 1 0.0693 0.62873 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR191552 1 0.0609 0.62889 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR191553 1 0.6041 0.52580 0.676 0.004 0.172 0.088 0.060
#> SRR191554 1 0.2735 0.61879 0.880 0.000 0.000 0.036 0.084
#> SRR191555 4 0.6819 0.14661 0.176 0.000 0.352 0.456 0.016
#> SRR191556 3 0.7267 -0.02021 0.360 0.000 0.412 0.192 0.036
#> SRR191557 3 0.4582 0.16118 0.012 0.000 0.572 0.416 0.000
#> SRR191558 2 0.4537 0.44881 0.004 0.668 0.012 0.004 0.312
#> SRR191559 4 0.5889 0.20801 0.356 0.000 0.036 0.564 0.044
#> SRR191560 1 0.4800 0.45592 0.676 0.000 0.000 0.272 0.052
#> SRR191561 1 0.6717 0.22032 0.540 0.184 0.000 0.024 0.252
#> SRR191562 1 0.1364 0.63005 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR191563 3 0.7569 0.30637 0.136 0.120 0.596 0.084 0.064
#> SRR191564 3 0.6476 0.21997 0.116 0.000 0.548 0.308 0.028
#> SRR191565 1 0.5756 0.51817 0.656 0.000 0.072 0.236 0.036
#> SRR191566 4 0.6853 0.08190 0.248 0.000 0.360 0.388 0.004
#> SRR191567 1 0.6434 0.38293 0.588 0.000 0.172 0.216 0.024
#> SRR191568 1 0.0579 0.62955 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR191569 5 0.8741 -0.08042 0.300 0.020 0.124 0.248 0.308
#> SRR191570 1 0.7164 0.27845 0.520 0.012 0.284 0.148 0.036
#> SRR191571 1 0.6943 0.40347 0.612 0.016 0.184 0.116 0.072
#> SRR191572 1 0.0671 0.62881 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR191573 1 0.3395 0.60085 0.852 0.000 0.044 0.092 0.012
#> SRR191574 1 0.5513 0.52935 0.664 0.004 0.000 0.144 0.188
#> SRR191575 1 0.3309 0.60821 0.836 0.000 0.000 0.036 0.128
#> SRR191576 5 0.8627 0.27008 0.316 0.116 0.032 0.164 0.372
#> SRR191577 1 0.7465 0.37417 0.536 0.020 0.064 0.132 0.248
#> SRR191578 2 0.6148 0.42282 0.000 0.644 0.128 0.040 0.188
#> SRR191579 1 0.5293 0.51135 0.716 0.000 0.128 0.136 0.020
#> SRR191580 1 0.1750 0.63008 0.936 0.000 0.000 0.036 0.028
#> SRR191581 1 0.2408 0.61992 0.892 0.000 0.000 0.016 0.092
#> SRR191582 1 0.3078 0.62568 0.872 0.000 0.008 0.064 0.056
#> SRR191583 2 0.4268 0.43989 0.000 0.708 0.004 0.016 0.272
#> SRR191584 1 0.5092 0.58122 0.756 0.056 0.004 0.056 0.128
#> SRR191585 4 0.4560 -0.09992 0.008 0.000 0.484 0.508 0.000
#> SRR191586 3 0.4734 0.26296 0.036 0.000 0.652 0.312 0.000
#> SRR191587 3 0.6581 0.22030 0.076 0.004 0.560 0.308 0.052
#> SRR191588 1 0.6973 -0.08223 0.432 0.000 0.316 0.240 0.012
#> SRR191589 3 0.6209 0.05513 0.392 0.000 0.500 0.092 0.016
#> SRR191590 1 0.3410 0.60401 0.840 0.000 0.000 0.092 0.068
#> SRR191591 3 0.8674 -0.17146 0.312 0.036 0.324 0.248 0.080
#> SRR191592 4 0.5791 -0.05409 0.448 0.000 0.004 0.472 0.076
#> SRR191593 1 0.6363 -0.09037 0.444 0.000 0.164 0.392 0.000
#> SRR191594 1 0.0798 0.62848 0.976 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR191595 1 0.5364 0.32798 0.588 0.000 0.004 0.352 0.056
#> SRR191596 4 0.6016 -0.05398 0.460 0.000 0.028 0.460 0.052
#> SRR191597 3 0.3272 0.41267 0.068 0.012 0.868 0.048 0.004
#> SRR191598 1 0.6782 -0.03452 0.440 0.000 0.164 0.380 0.016
#> SRR191599 1 0.5741 0.26790 0.568 0.000 0.088 0.340 0.004
#> SRR191600 3 0.9922 -0.27906 0.156 0.192 0.236 0.180 0.236
#> SRR191601 4 0.7109 0.31503 0.060 0.028 0.152 0.608 0.152
#> SRR191602 3 0.3475 0.40158 0.000 0.012 0.804 0.180 0.004
#> SRR191603 4 0.5889 0.05997 0.008 0.000 0.428 0.488 0.076
#> SRR191604 2 0.4684 0.42395 0.000 0.664 0.016 0.012 0.308
#> SRR191605 3 0.5657 0.28175 0.008 0.008 0.572 0.364 0.048
#> SRR191606 1 0.4521 0.57723 0.784 0.000 0.024 0.112 0.080
#> SRR191607 3 0.4403 0.21387 0.008 0.000 0.608 0.384 0.000
#> SRR191608 4 0.6199 0.19544 0.020 0.004 0.316 0.572 0.088
#> SRR191609 3 0.6449 0.16088 0.040 0.000 0.564 0.300 0.096
#> SRR191610 3 0.4481 0.17239 0.008 0.000 0.576 0.416 0.000
#> SRR191611 3 0.4127 0.27388 0.008 0.000 0.680 0.312 0.000
#> SRR191612 4 0.5399 0.30801 0.044 0.000 0.216 0.692 0.048
#> SRR191613 1 0.8699 0.05705 0.384 0.104 0.128 0.324 0.060
#> SRR191614 3 0.5638 0.17386 0.024 0.000 0.568 0.368 0.040
#> SRR191615 3 0.5759 0.20367 0.064 0.000 0.576 0.344 0.016
#> SRR191616 2 0.5492 0.23022 0.008 0.516 0.012 0.024 0.440
#> SRR191617 2 0.6018 0.29138 0.004 0.564 0.048 0.032 0.352
#> SRR191618 4 0.7899 0.36348 0.188 0.028 0.136 0.532 0.116
#> SRR191619 2 0.6905 0.14217 0.000 0.468 0.380 0.092 0.060
#> SRR191620 5 0.7381 0.30650 0.044 0.308 0.000 0.208 0.440
#> SRR191621 2 0.6392 0.34671 0.000 0.588 0.264 0.036 0.112
#> SRR191622 1 0.8164 -0.09266 0.384 0.112 0.008 0.164 0.332
#> SRR191623 4 0.6766 0.27128 0.224 0.000 0.268 0.496 0.012
#> SRR191624 1 0.6599 -0.01798 0.436 0.000 0.220 0.344 0.000
#> SRR191625 3 0.6483 0.34633 0.008 0.192 0.640 0.092 0.068
#> SRR191626 3 0.4417 0.40178 0.000 0.032 0.788 0.132 0.048
#> SRR191627 3 0.7090 0.01383 0.000 0.308 0.464 0.028 0.200
#> SRR191628 3 0.6223 0.21023 0.196 0.000 0.604 0.184 0.016
#> SRR191629 3 0.2276 0.41728 0.028 0.004 0.920 0.040 0.008
#> SRR191630 1 0.1082 0.62805 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR191631 3 0.5655 0.34263 0.000 0.236 0.664 0.060 0.040
#> SRR191632 1 0.7335 -0.09520 0.400 0.000 0.228 0.340 0.032
#> SRR191633 1 0.9503 -0.04138 0.304 0.084 0.196 0.156 0.260
#> SRR191634 2 0.5396 0.29250 0.008 0.576 0.016 0.020 0.380
#> SRR191635 3 0.4898 0.34733 0.048 0.000 0.728 0.200 0.024
#> SRR191636 5 0.7307 0.16268 0.068 0.312 0.044 0.052 0.524
#> SRR191637 2 0.3585 0.48296 0.000 0.772 0.004 0.004 0.220
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 1 0.6356 0.22349 0.460 0.000 0.312 0.012 0.008 0.208
#> SRR191394 1 0.2052 0.60535 0.912 0.000 0.028 0.004 0.000 0.056
#> SRR191396 5 0.8151 0.35536 0.144 0.092 0.056 0.080 0.508 0.120
#> SRR191397 1 0.2344 0.60118 0.896 0.000 0.048 0.004 0.000 0.052
#> SRR191398 1 0.1419 0.60671 0.952 0.000 0.016 0.004 0.016 0.012
#> SRR191399 3 0.5245 0.38558 0.040 0.000 0.696 0.100 0.008 0.156
#> SRR191400 1 0.3401 0.59631 0.824 0.000 0.000 0.008 0.104 0.064
#> SRR191401 1 0.5785 0.32838 0.536 0.000 0.288 0.004 0.004 0.168
#> SRR191402 3 0.5619 0.35968 0.056 0.000 0.628 0.248 0.008 0.060
#> SRR191403 3 0.5591 0.20839 0.232 0.000 0.568 0.000 0.004 0.196
#> SRR191404 5 0.6765 0.09541 0.008 0.204 0.000 0.224 0.504 0.060
#> SRR191405 2 0.7671 0.17282 0.000 0.368 0.040 0.304 0.220 0.068
#> SRR191406 6 0.6828 0.12217 0.048 0.000 0.248 0.168 0.024 0.512
#> SRR191407 1 0.2775 0.59771 0.856 0.000 0.000 0.000 0.040 0.104
#> SRR191408 1 0.5036 0.53872 0.700 0.000 0.024 0.040 0.032 0.204
#> SRR191409 1 0.7235 0.30376 0.520 0.016 0.112 0.040 0.252 0.060
#> SRR191410 3 0.6833 0.25890 0.076 0.000 0.452 0.320 0.004 0.148
#> SRR191411 4 0.9163 0.11564 0.084 0.060 0.252 0.320 0.128 0.156
#> SRR191412 1 0.5176 0.45074 0.648 0.000 0.236 0.012 0.004 0.100
#> SRR191413 3 0.4996 0.33318 0.124 0.000 0.700 0.020 0.004 0.152
#> SRR191414 1 0.4907 0.46619 0.648 0.000 0.248 0.000 0.004 0.100
#> SRR191415 3 0.6413 0.26252 0.036 0.000 0.480 0.324 0.004 0.156
#> SRR191416 3 0.5477 0.25386 0.116 0.000 0.628 0.020 0.004 0.232
#> SRR191418 1 0.7195 0.03481 0.376 0.000 0.332 0.040 0.024 0.228
#> SRR191419 1 0.6344 0.38179 0.544 0.008 0.064 0.056 0.016 0.312
#> SRR191420 1 0.5475 0.33328 0.528 0.000 0.348 0.004 0.000 0.120
#> SRR191421 3 0.5579 0.04300 0.368 0.000 0.500 0.004 0.000 0.128
#> SRR191422 2 0.5951 0.37581 0.000 0.528 0.000 0.228 0.232 0.012
#> SRR191423 2 0.5761 0.39515 0.000 0.592 0.000 0.208 0.176 0.024
#> SRR191424 2 0.6624 0.16688 0.000 0.420 0.000 0.160 0.364 0.056
#> SRR191425 3 0.4569 0.25557 0.084 0.000 0.708 0.004 0.004 0.200
#> SRR191426 3 0.7782 -0.13496 0.044 0.020 0.332 0.252 0.028 0.324
#> SRR191427 1 0.8926 -0.14431 0.300 0.128 0.040 0.072 0.296 0.164
#> SRR191428 3 0.4397 0.30685 0.048 0.000 0.748 0.028 0.004 0.172
#> SRR191429 5 0.6656 -0.18243 0.000 0.304 0.000 0.308 0.360 0.028
#> SRR191430 2 0.6127 0.18714 0.008 0.608 0.000 0.068 0.196 0.120
#> SRR191431 5 0.7363 0.17294 0.060 0.312 0.004 0.096 0.460 0.068
#> SRR191432 2 0.4006 0.43436 0.000 0.744 0.000 0.200 0.052 0.004
#> SRR191433 2 0.4114 0.42314 0.000 0.740 0.000 0.200 0.052 0.008
#> SRR191434 2 0.7312 0.05647 0.004 0.380 0.008 0.336 0.196 0.076
#> SRR191435 3 0.8739 -0.15234 0.284 0.056 0.304 0.080 0.048 0.228
#> SRR191436 6 0.8844 0.15332 0.208 0.080 0.160 0.176 0.024 0.352
#> SRR191437 2 0.5350 0.09084 0.000 0.496 0.000 0.032 0.428 0.044
#> SRR191438 2 0.8243 -0.16375 0.044 0.364 0.036 0.068 0.312 0.176
#> SRR191439 2 0.4885 0.39364 0.000 0.728 0.020 0.168 0.044 0.040
#> SRR191440 5 0.6811 0.29837 0.072 0.172 0.000 0.112 0.584 0.060
#> SRR191441 2 0.5223 0.38722 0.000 0.652 0.000 0.136 0.196 0.016
#> SRR191442 6 0.8565 0.02221 0.020 0.236 0.148 0.040 0.232 0.324
#> SRR191443 1 0.6401 0.29508 0.500 0.000 0.276 0.008 0.024 0.192
#> SRR191444 6 0.8375 0.30936 0.052 0.096 0.176 0.072 0.136 0.468
#> SRR191445 5 0.8313 0.12597 0.020 0.316 0.076 0.056 0.328 0.204
#> SRR191446 4 0.8294 0.05228 0.032 0.072 0.092 0.412 0.280 0.112
#> SRR191447 2 0.4257 0.34806 0.000 0.728 0.000 0.060 0.204 0.008
#> SRR191448 1 0.7684 -0.10536 0.344 0.000 0.228 0.052 0.052 0.324
#> SRR191449 3 0.4742 0.38643 0.032 0.000 0.728 0.112 0.000 0.128
#> SRR191450 1 0.9137 0.10089 0.352 0.156 0.180 0.072 0.064 0.176
#> SRR191451 1 0.7996 0.21743 0.444 0.140 0.012 0.040 0.212 0.152
#> SRR191452 2 0.4176 0.41854 0.000 0.740 0.000 0.200 0.044 0.016
#> SRR191453 2 0.7860 0.15637 0.064 0.500 0.036 0.220 0.096 0.084
#> SRR191454 3 0.8879 -0.12684 0.260 0.064 0.332 0.084 0.060 0.200
#> SRR191455 4 0.8340 -0.13809 0.012 0.132 0.272 0.292 0.032 0.260
#> SRR191456 1 0.5438 0.48224 0.664 0.024 0.000 0.020 0.208 0.084
#> SRR191457 1 0.7464 0.38603 0.580 0.120 0.060 0.052 0.096 0.092
#> SRR191458 2 0.7389 -0.12687 0.032 0.384 0.004 0.080 0.380 0.120
#> SRR191459 4 0.7142 0.11593 0.000 0.180 0.332 0.412 0.020 0.056
#> SRR191460 4 0.8041 0.21778 0.020 0.136 0.232 0.440 0.036 0.136
#> SRR191461 3 0.7295 0.11092 0.020 0.004 0.384 0.280 0.040 0.272
#> SRR191462 4 0.7722 0.27928 0.000 0.080 0.104 0.484 0.180 0.152
#> SRR191463 2 0.5862 0.16607 0.000 0.524 0.000 0.096 0.344 0.036
#> SRR191464 2 0.4699 0.43433 0.000 0.728 0.000 0.140 0.104 0.028
#> SRR191465 2 0.5639 0.37521 0.000 0.596 0.000 0.204 0.184 0.016
#> SRR191466 2 0.9180 -0.16062 0.100 0.336 0.228 0.064 0.104 0.168
#> SRR191467 2 0.6945 0.35762 0.000 0.536 0.028 0.204 0.156 0.076
#> SRR191468 2 0.3842 0.44147 0.000 0.784 0.000 0.112 0.100 0.004
#> SRR191469 3 0.6388 0.23425 0.004 0.156 0.620 0.060 0.028 0.132
#> SRR191470 4 0.8715 -0.00117 0.004 0.100 0.160 0.296 0.172 0.268
#> SRR191471 5 0.7594 0.24939 0.012 0.092 0.024 0.240 0.464 0.168
#> SRR191472 2 0.4159 0.38164 0.000 0.672 0.000 0.300 0.020 0.008
#> SRR191473 4 0.6451 0.30397 0.000 0.208 0.072 0.600 0.076 0.044
#> SRR191474 3 0.6196 0.04549 0.024 0.000 0.504 0.052 0.052 0.368
#> SRR191475 2 0.1657 0.43221 0.000 0.928 0.000 0.016 0.056 0.000
#> SRR191476 2 0.6532 0.30103 0.012 0.440 0.000 0.204 0.328 0.016
#> SRR191477 2 0.4778 0.39154 0.000 0.692 0.000 0.224 0.044 0.040
#> SRR191478 2 0.5091 0.32378 0.000 0.564 0.000 0.360 0.068 0.008
#> SRR191479 3 0.5680 0.19666 0.256 0.000 0.604 0.012 0.016 0.112
#> SRR191480 4 0.7048 0.28997 0.000 0.084 0.192 0.512 0.020 0.192
#> SRR191481 4 0.5098 0.26690 0.000 0.236 0.036 0.676 0.032 0.020
#> SRR191482 4 0.7153 0.29636 0.000 0.308 0.128 0.464 0.048 0.052
#> SRR191483 4 0.7763 0.32890 0.004 0.176 0.112 0.468 0.048 0.192
#> SRR191484 1 0.6334 0.11897 0.448 0.000 0.356 0.008 0.016 0.172
#> SRR191485 4 0.7805 -0.18751 0.044 0.232 0.004 0.344 0.316 0.060
#> SRR191486 5 0.6884 0.29816 0.076 0.192 0.000 0.040 0.560 0.132
#> SRR191487 5 0.8502 0.16543 0.004 0.232 0.104 0.224 0.340 0.096
#> SRR191488 1 0.6460 0.43090 0.600 0.016 0.088 0.008 0.204 0.084
#> SRR191489 4 0.8867 0.13710 0.036 0.040 0.184 0.276 0.200 0.264
#> SRR191490 2 0.5192 0.26915 0.000 0.616 0.000 0.032 0.296 0.056
#> SRR191491 6 0.8325 0.31879 0.216 0.032 0.108 0.036 0.204 0.404
#> SRR191492 1 0.6648 0.27758 0.568 0.000 0.132 0.092 0.016 0.192
#> SRR191493 5 0.8100 0.11729 0.064 0.268 0.000 0.188 0.372 0.108
#> SRR191494 2 0.5325 0.30707 0.008 0.604 0.000 0.068 0.304 0.016
#> SRR191495 3 0.5240 0.08242 0.000 0.000 0.544 0.108 0.000 0.348
#> SRR191496 2 0.3667 0.37298 0.000 0.740 0.000 0.012 0.240 0.008
#> SRR191497 4 0.7319 0.00344 0.000 0.020 0.248 0.344 0.052 0.336
#> SRR191498 5 0.8950 0.28050 0.100 0.112 0.080 0.104 0.400 0.204
#> SRR191499 3 0.6303 0.10847 0.016 0.008 0.444 0.112 0.012 0.408
#> SRR191500 3 0.6342 0.00179 0.000 0.000 0.336 0.324 0.008 0.332
#> SRR191501 2 0.6006 -0.00712 0.028 0.512 0.000 0.024 0.372 0.064
#> SRR191502 5 0.8013 0.33560 0.192 0.172 0.068 0.072 0.472 0.024
#> SRR191503 2 0.5821 0.24407 0.000 0.540 0.000 0.096 0.328 0.036
#> SRR191504 4 0.6719 -0.22171 0.000 0.372 0.008 0.432 0.124 0.064
#> SRR191505 5 0.6847 0.10602 0.012 0.212 0.000 0.196 0.512 0.068
#> SRR191506 2 0.5419 0.31225 0.000 0.556 0.000 0.108 0.328 0.008
#> SRR191507 2 0.8173 0.06469 0.004 0.348 0.044 0.292 0.172 0.140
#> SRR191508 4 0.7843 -0.16190 0.008 0.308 0.056 0.396 0.168 0.064
#> SRR191509 4 0.6837 -0.09023 0.000 0.368 0.060 0.456 0.060 0.056
#> SRR191510 5 0.8318 0.25672 0.164 0.032 0.028 0.200 0.412 0.164
#> SRR191511 4 0.6196 -0.23015 0.000 0.380 0.004 0.460 0.128 0.028
#> SRR191512 2 0.3886 0.43881 0.000 0.776 0.000 0.080 0.140 0.004
#> SRR191513 2 0.3884 0.38724 0.000 0.760 0.000 0.052 0.184 0.004
#> SRR191514 2 0.2560 0.42669 0.000 0.872 0.000 0.036 0.092 0.000
#> SRR191515 2 0.8001 0.05732 0.000 0.340 0.028 0.216 0.268 0.148
#> SRR191516 6 0.7337 0.00760 0.028 0.004 0.284 0.220 0.044 0.420
#> SRR191517 4 0.5149 0.36816 0.000 0.024 0.204 0.684 0.012 0.076
#> SRR191518 4 0.5241 0.07332 0.000 0.292 0.012 0.616 0.072 0.008
#> SRR191519 2 0.6014 0.35068 0.000 0.448 0.000 0.360 0.184 0.008
#> SRR191520 3 0.6234 0.12430 0.000 0.016 0.452 0.384 0.012 0.136
#> SRR191521 2 0.5399 0.38154 0.000 0.632 0.000 0.184 0.168 0.016
#> SRR191522 5 0.6948 0.16802 0.000 0.220 0.004 0.116 0.500 0.160
#> SRR191523 2 0.7253 0.16475 0.004 0.420 0.000 0.228 0.248 0.100
#> SRR191524 1 0.7130 0.35753 0.576 0.008 0.064 0.084 0.148 0.120
#> SRR191525 4 0.7188 -0.17684 0.004 0.256 0.004 0.416 0.252 0.068
#> SRR191526 2 0.6251 0.35759 0.000 0.500 0.000 0.280 0.192 0.028
#> SRR191527 1 0.6807 0.39221 0.592 0.040 0.032 0.076 0.212 0.048
#> SRR191528 5 0.5719 0.34050 0.228 0.040 0.000 0.004 0.620 0.108
#> SRR191529 5 0.6835 0.31541 0.056 0.148 0.000 0.088 0.588 0.120
#> SRR191530 2 0.6486 0.35241 0.004 0.504 0.008 0.292 0.164 0.028
#> SRR191531 5 0.7384 0.30806 0.252 0.104 0.000 0.036 0.476 0.132
#> SRR191532 5 0.7768 0.14856 0.000 0.304 0.044 0.068 0.344 0.240
#> SRR191533 5 0.8668 0.00853 0.156 0.056 0.108 0.044 0.356 0.280
#> SRR191534 5 0.7049 0.06951 0.060 0.392 0.000 0.052 0.412 0.084
#> SRR191535 2 0.6518 0.28603 0.000 0.428 0.008 0.360 0.180 0.024
#> SRR191536 2 0.7306 0.12227 0.020 0.464 0.020 0.100 0.316 0.080
#> SRR191537 2 0.7405 0.22072 0.000 0.328 0.020 0.296 0.300 0.056
#> SRR191538 2 0.5090 0.43375 0.000 0.640 0.000 0.240 0.112 0.008
#> SRR191539 5 0.5644 -0.17893 0.000 0.424 0.000 0.116 0.452 0.008
#> SRR191540 4 0.7773 0.17124 0.000 0.312 0.092 0.400 0.064 0.132
#> SRR191541 2 0.6178 0.35411 0.000 0.532 0.000 0.192 0.244 0.032
#> SRR191542 2 0.5350 0.34993 0.000 0.616 0.000 0.100 0.264 0.020
#> SRR191543 2 0.5968 0.33183 0.000 0.572 0.000 0.140 0.248 0.040
#> SRR191544 5 0.6585 0.28179 0.032 0.192 0.008 0.088 0.604 0.076
#> SRR191545 2 0.5841 0.20790 0.000 0.488 0.000 0.396 0.064 0.052
#> SRR191546 2 0.7344 0.16078 0.012 0.452 0.052 0.332 0.052 0.100
#> SRR191547 4 0.8068 -0.02006 0.020 0.032 0.200 0.372 0.084 0.292
#> SRR191548 1 0.1332 0.60512 0.952 0.000 0.008 0.000 0.012 0.028
#> SRR191549 1 0.0862 0.60496 0.972 0.000 0.004 0.000 0.008 0.016
#> SRR191550 1 0.0914 0.60571 0.968 0.000 0.016 0.000 0.000 0.016
#> SRR191551 1 0.1700 0.60312 0.928 0.000 0.024 0.000 0.000 0.048
#> SRR191552 1 0.0508 0.60405 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR191553 1 0.5907 0.44892 0.640 0.000 0.056 0.052 0.040 0.212
#> SRR191554 1 0.1983 0.59987 0.908 0.000 0.000 0.000 0.072 0.020
#> SRR191555 3 0.4771 0.28799 0.092 0.000 0.724 0.024 0.004 0.156
#> SRR191556 3 0.7752 0.08773 0.296 0.000 0.356 0.108 0.024 0.216
#> SRR191557 3 0.2094 0.38752 0.004 0.000 0.908 0.024 0.000 0.064
#> SRR191558 2 0.6393 0.24381 0.004 0.428 0.000 0.172 0.372 0.024
#> SRR191559 6 0.6521 0.20653 0.344 0.000 0.224 0.000 0.028 0.404
#> SRR191560 1 0.4848 0.38787 0.624 0.000 0.028 0.000 0.032 0.316
#> SRR191561 1 0.7025 0.25017 0.524 0.172 0.000 0.032 0.204 0.068
#> SRR191562 1 0.1442 0.60249 0.944 0.000 0.004 0.000 0.012 0.040
#> SRR191563 4 0.8128 0.22022 0.080 0.016 0.196 0.464 0.112 0.132
#> SRR191564 3 0.7434 0.21577 0.100 0.000 0.476 0.156 0.036 0.232
#> SRR191565 1 0.6514 0.32635 0.484 0.000 0.112 0.016 0.044 0.344
#> SRR191566 3 0.5365 0.22265 0.204 0.000 0.632 0.008 0.004 0.152
#> SRR191567 1 0.6262 0.23803 0.480 0.000 0.196 0.016 0.004 0.304
#> SRR191568 1 0.1951 0.60609 0.916 0.000 0.020 0.004 0.000 0.060
#> SRR191569 5 0.8884 -0.15828 0.240 0.032 0.168 0.048 0.288 0.224
#> SRR191570 1 0.7795 0.17861 0.412 0.000 0.216 0.088 0.048 0.236
#> SRR191571 1 0.7264 0.30320 0.520 0.020 0.052 0.080 0.064 0.264
#> SRR191572 1 0.0405 0.60520 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR191573 1 0.5296 0.48329 0.656 0.000 0.192 0.004 0.016 0.132
#> SRR191574 1 0.5209 0.48020 0.656 0.000 0.004 0.008 0.160 0.172
#> SRR191575 1 0.2868 0.57902 0.840 0.000 0.000 0.000 0.132 0.028
#> SRR191576 5 0.8243 0.23882 0.184 0.148 0.000 0.080 0.400 0.188
#> SRR191577 1 0.6906 0.31423 0.516 0.008 0.008 0.064 0.228 0.176
#> SRR191578 4 0.6670 -0.26167 0.000 0.316 0.004 0.348 0.312 0.020
#> SRR191579 1 0.5121 0.40560 0.632 0.000 0.268 0.008 0.004 0.088
#> SRR191580 1 0.1429 0.60512 0.940 0.004 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR191581 1 0.2112 0.59405 0.896 0.000 0.000 0.000 0.088 0.016
#> SRR191582 1 0.3231 0.58852 0.840 0.000 0.004 0.004 0.060 0.092
#> SRR191583 2 0.5254 0.23733 0.000 0.508 0.000 0.100 0.392 0.000
#> SRR191584 1 0.4671 0.53401 0.736 0.036 0.000 0.016 0.176 0.036
#> SRR191585 3 0.3812 0.31999 0.004 0.000 0.772 0.056 0.000 0.168
#> SRR191586 3 0.4006 0.39166 0.012 0.000 0.788 0.104 0.004 0.092
#> SRR191587 3 0.6249 0.32633 0.064 0.000 0.600 0.192 0.012 0.132
#> SRR191588 3 0.6018 0.14776 0.312 0.000 0.484 0.004 0.004 0.196
#> SRR191589 3 0.7407 0.20839 0.256 0.000 0.428 0.112 0.012 0.192
#> SRR191590 1 0.4712 0.51882 0.732 0.000 0.048 0.008 0.040 0.172
#> SRR191591 3 0.8959 0.04259 0.176 0.028 0.360 0.168 0.104 0.164
#> SRR191592 6 0.6471 0.09499 0.376 0.000 0.140 0.000 0.052 0.432
#> SRR191593 3 0.5325 0.13908 0.328 0.000 0.548 0.000 0.000 0.124
#> SRR191594 1 0.2585 0.60081 0.880 0.000 0.048 0.000 0.004 0.068
#> SRR191595 1 0.5754 0.19493 0.504 0.000 0.072 0.000 0.040 0.384
#> SRR191596 1 0.6397 -0.12455 0.404 0.000 0.172 0.000 0.032 0.392
#> SRR191597 3 0.6847 0.13405 0.040 0.004 0.392 0.384 0.008 0.172
#> SRR191598 3 0.6415 0.07198 0.272 0.000 0.476 0.008 0.016 0.228
#> SRR191599 1 0.5820 0.07945 0.416 0.000 0.400 0.000 0.000 0.184
#> SRR191600 5 0.9228 0.15026 0.116 0.120 0.052 0.208 0.332 0.172
#> SRR191601 6 0.7039 0.17388 0.036 0.008 0.376 0.092 0.052 0.436
#> SRR191602 3 0.5738 0.13647 0.000 0.000 0.464 0.412 0.016 0.108
#> SRR191603 3 0.6097 -0.00632 0.004 0.000 0.440 0.172 0.008 0.376
#> SRR191604 2 0.6106 0.24469 0.000 0.468 0.000 0.176 0.340 0.016
#> SRR191605 3 0.6897 0.18661 0.000 0.004 0.452 0.256 0.060 0.228
#> SRR191606 1 0.5999 0.45260 0.648 0.000 0.084 0.028 0.068 0.172
#> SRR191607 3 0.2493 0.39146 0.004 0.000 0.884 0.076 0.000 0.036
#> SRR191608 3 0.6239 -0.05819 0.020 0.004 0.500 0.096 0.020 0.360
#> SRR191609 3 0.7151 0.01648 0.036 0.008 0.388 0.200 0.016 0.352
#> SRR191610 3 0.1989 0.39973 0.004 0.000 0.916 0.052 0.000 0.028
#> SRR191611 3 0.3749 0.39651 0.004 0.000 0.796 0.128 0.004 0.068
#> SRR191612 6 0.6039 0.14115 0.024 0.000 0.408 0.048 0.040 0.480
#> SRR191613 1 0.8405 0.09189 0.420 0.104 0.140 0.036 0.060 0.240
#> SRR191614 3 0.4001 0.38443 0.012 0.000 0.780 0.060 0.004 0.144
#> SRR191615 3 0.4081 0.39513 0.032 0.000 0.788 0.088 0.000 0.092
#> SRR191616 5 0.6671 -0.00796 0.040 0.344 0.000 0.092 0.484 0.040
#> SRR191617 5 0.6377 -0.03127 0.016 0.356 0.000 0.140 0.468 0.020
#> SRR191618 6 0.7265 0.15539 0.136 0.016 0.388 0.032 0.036 0.392
#> SRR191619 4 0.6927 0.38802 0.000 0.140 0.148 0.576 0.072 0.064
#> SRR191620 5 0.6735 0.12946 0.032 0.384 0.000 0.024 0.420 0.140
#> SRR191621 4 0.6047 0.09999 0.000 0.280 0.004 0.556 0.124 0.036
#> SRR191622 5 0.8218 0.11476 0.264 0.160 0.032 0.012 0.368 0.164
#> SRR191623 3 0.5636 0.19121 0.172 0.000 0.616 0.012 0.008 0.192
#> SRR191624 3 0.5081 0.17414 0.308 0.000 0.588 0.000 0.000 0.104
#> SRR191625 4 0.6155 0.21553 0.004 0.024 0.344 0.532 0.060 0.036
#> SRR191626 4 0.5919 0.04480 0.000 0.004 0.364 0.468 0.004 0.160
#> SRR191627 4 0.5063 0.39234 0.004 0.088 0.084 0.748 0.048 0.028
#> SRR191628 3 0.6977 0.30340 0.172 0.000 0.528 0.156 0.012 0.132
#> SRR191629 3 0.6155 0.19463 0.008 0.000 0.456 0.360 0.008 0.168
#> SRR191630 1 0.2696 0.59952 0.872 0.000 0.048 0.000 0.004 0.076
#> SRR191631 4 0.5788 0.38860 0.000 0.076 0.200 0.644 0.012 0.068
#> SRR191632 3 0.7093 -0.15515 0.320 0.000 0.324 0.028 0.020 0.308
#> SRR191633 6 0.9224 0.21391 0.212 0.076 0.104 0.156 0.104 0.348
#> SRR191634 5 0.6310 -0.12291 0.008 0.396 0.000 0.120 0.444 0.032
#> SRR191635 3 0.5201 0.36557 0.032 0.000 0.672 0.188 0.000 0.108
#> SRR191636 5 0.8129 0.17729 0.084 0.232 0.012 0.212 0.404 0.056
#> SRR191637 2 0.5586 0.29556 0.000 0.544 0.000 0.152 0.300 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0752 0.606 0.787 0.4531 0.508 0.508
#> 3 3 0.1274 0.364 0.614 0.4099 0.686 0.458
#> 4 4 0.1899 0.288 0.550 0.1166 0.748 0.423
#> 5 5 0.2665 0.283 0.518 0.0763 0.822 0.485
#> 6 6 0.3441 0.247 0.478 0.0511 0.846 0.450
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.5059 0.73667 0.888 0.112
#> SRR191394 1 0.2423 0.70546 0.960 0.040
#> SRR191396 2 0.9129 0.52719 0.328 0.672
#> SRR191397 1 0.4161 0.72487 0.916 0.084
#> SRR191398 1 0.4298 0.72330 0.912 0.088
#> SRR191399 1 0.9209 0.54741 0.664 0.336
#> SRR191400 1 0.7950 0.69281 0.760 0.240
#> SRR191401 1 0.4690 0.72942 0.900 0.100
#> SRR191402 1 0.9998 0.09295 0.508 0.492
#> SRR191403 1 0.2603 0.71425 0.956 0.044
#> SRR191404 2 0.6343 0.74028 0.160 0.840
#> SRR191405 2 0.5519 0.76076 0.128 0.872
#> SRR191406 2 0.9833 0.31111 0.424 0.576
#> SRR191407 1 0.6531 0.72291 0.832 0.168
#> SRR191408 1 0.4562 0.70656 0.904 0.096
#> SRR191409 2 0.9881 0.20243 0.436 0.564
#> SRR191410 2 0.9866 0.24567 0.432 0.568
#> SRR191411 2 0.8443 0.66884 0.272 0.728
#> SRR191412 1 0.4690 0.72075 0.900 0.100
#> SRR191413 1 0.6801 0.71558 0.820 0.180
#> SRR191414 1 0.0376 0.69440 0.996 0.004
#> SRR191415 1 0.9996 0.10428 0.512 0.488
#> SRR191416 1 0.7139 0.71683 0.804 0.196
#> SRR191418 1 0.9358 0.53628 0.648 0.352
#> SRR191419 1 0.8608 0.63445 0.716 0.284
#> SRR191420 1 0.0672 0.69831 0.992 0.008
#> SRR191421 1 0.2043 0.71070 0.968 0.032
#> SRR191422 2 0.2948 0.75227 0.052 0.948
#> SRR191423 2 0.4562 0.76195 0.096 0.904
#> SRR191424 2 0.3584 0.75878 0.068 0.932
#> SRR191425 1 0.2236 0.70959 0.964 0.036
#> SRR191426 2 0.9954 0.21361 0.460 0.540
#> SRR191427 1 0.8661 0.60584 0.712 0.288
#> SRR191428 1 0.6148 0.71910 0.848 0.152
#> SRR191429 2 0.2043 0.74564 0.032 0.968
#> SRR191430 2 0.9170 0.53241 0.332 0.668
#> SRR191431 2 0.8813 0.57076 0.300 0.700
#> SRR191432 2 0.0376 0.73164 0.004 0.996
#> SRR191433 2 0.2778 0.74339 0.048 0.952
#> SRR191434 2 0.6343 0.73692 0.160 0.840
#> SRR191435 1 0.2236 0.70863 0.964 0.036
#> SRR191436 1 0.9866 0.29870 0.568 0.432
#> SRR191437 2 0.4022 0.73604 0.080 0.920
#> SRR191438 2 0.9248 0.48810 0.340 0.660
#> SRR191439 2 0.7453 0.69259 0.212 0.788
#> SRR191440 2 0.7883 0.68873 0.236 0.764
#> SRR191441 2 0.0376 0.73164 0.004 0.996
#> SRR191442 2 0.9983 0.08980 0.476 0.524
#> SRR191443 1 0.4690 0.73056 0.900 0.100
#> SRR191444 2 0.9686 0.39059 0.396 0.604
#> SRR191445 2 0.6712 0.74744 0.176 0.824
#> SRR191446 2 0.7950 0.68678 0.240 0.760
#> SRR191447 2 0.2948 0.74221 0.052 0.948
#> SRR191448 1 0.7745 0.70259 0.772 0.228
#> SRR191449 1 0.9977 0.19411 0.528 0.472
#> SRR191450 1 0.9323 0.56601 0.652 0.348
#> SRR191451 1 0.8861 0.59809 0.696 0.304
#> SRR191452 2 0.2603 0.74310 0.044 0.956
#> SRR191453 2 0.9850 0.30181 0.428 0.572
#> SRR191454 1 0.6247 0.72700 0.844 0.156
#> SRR191455 2 0.9896 0.30174 0.440 0.560
#> SRR191456 1 0.6531 0.71475 0.832 0.168
#> SRR191457 1 0.9552 0.43448 0.624 0.376
#> SRR191458 2 0.8081 0.66661 0.248 0.752
#> SRR191459 2 0.8713 0.61792 0.292 0.708
#> SRR191460 2 0.8861 0.58144 0.304 0.696
#> SRR191461 2 0.9170 0.55744 0.332 0.668
#> SRR191462 2 0.6148 0.74411 0.152 0.848
#> SRR191463 2 0.3733 0.75517 0.072 0.928
#> SRR191464 2 0.3274 0.75102 0.060 0.940
#> SRR191465 2 0.1414 0.74053 0.020 0.980
#> SRR191466 2 0.9710 0.35092 0.400 0.600
#> SRR191467 2 0.5629 0.76223 0.132 0.868
#> SRR191468 2 0.0672 0.73139 0.008 0.992
#> SRR191469 2 0.9850 0.20248 0.428 0.572
#> SRR191470 2 0.9209 0.57274 0.336 0.664
#> SRR191471 2 0.7139 0.72763 0.196 0.804
#> SRR191472 2 0.4690 0.76167 0.100 0.900
#> SRR191473 2 0.5408 0.75282 0.124 0.876
#> SRR191474 1 0.9866 0.28153 0.568 0.432
#> SRR191475 2 0.0938 0.73297 0.012 0.988
#> SRR191476 2 0.4690 0.76240 0.100 0.900
#> SRR191477 2 0.3274 0.74874 0.060 0.940
#> SRR191478 2 0.3431 0.75692 0.064 0.936
#> SRR191479 1 0.6148 0.73247 0.848 0.152
#> SRR191480 2 0.5629 0.75139 0.132 0.868
#> SRR191481 2 0.3584 0.75415 0.068 0.932
#> SRR191482 2 0.5842 0.75032 0.140 0.860
#> SRR191483 2 0.7376 0.71106 0.208 0.792
#> SRR191484 1 0.1633 0.70177 0.976 0.024
#> SRR191485 2 0.6438 0.75035 0.164 0.836
#> SRR191486 2 0.7883 0.66399 0.236 0.764
#> SRR191487 2 0.6973 0.73619 0.188 0.812
#> SRR191488 1 0.7299 0.71681 0.796 0.204
#> SRR191489 2 0.7950 0.68088 0.240 0.760
#> SRR191490 2 0.5842 0.70622 0.140 0.860
#> SRR191491 1 0.9044 0.58507 0.680 0.320
#> SRR191492 1 0.5629 0.72511 0.868 0.132
#> SRR191493 2 0.8499 0.58649 0.276 0.724
#> SRR191494 2 0.3733 0.74757 0.072 0.928
#> SRR191495 1 0.8763 0.58194 0.704 0.296
#> SRR191496 2 0.1414 0.73510 0.020 0.980
#> SRR191497 2 0.9044 0.58763 0.320 0.680
#> SRR191498 2 0.9170 0.54948 0.332 0.668
#> SRR191499 2 0.9998 0.05895 0.492 0.508
#> SRR191500 2 0.9993 0.05394 0.484 0.516
#> SRR191501 2 0.8555 0.59300 0.280 0.720
#> SRR191502 2 0.9323 0.49636 0.348 0.652
#> SRR191503 2 0.3879 0.74393 0.076 0.924
#> SRR191504 2 0.5519 0.71129 0.128 0.872
#> SRR191505 2 0.5294 0.75660 0.120 0.880
#> SRR191506 2 0.0000 0.73063 0.000 1.000
#> SRR191507 2 0.5737 0.75761 0.136 0.864
#> SRR191508 2 0.9393 0.48017 0.356 0.644
#> SRR191509 2 0.4562 0.76262 0.096 0.904
#> SRR191510 2 0.8443 0.67179 0.272 0.728
#> SRR191511 2 0.3584 0.74495 0.068 0.932
#> SRR191512 2 0.0938 0.73046 0.012 0.988
#> SRR191513 2 0.1414 0.73534 0.020 0.980
#> SRR191514 2 0.2236 0.73660 0.036 0.964
#> SRR191515 2 0.2423 0.74143 0.040 0.960
#> SRR191516 2 0.9580 0.47565 0.380 0.620
#> SRR191517 2 0.5842 0.74739 0.140 0.860
#> SRR191518 2 0.4815 0.76048 0.104 0.896
#> SRR191519 2 0.1414 0.73665 0.020 0.980
#> SRR191520 2 0.9977 0.12452 0.472 0.528
#> SRR191521 2 0.0672 0.73344 0.008 0.992
#> SRR191522 2 0.6712 0.74300 0.176 0.824
#> SRR191523 2 0.6247 0.74373 0.156 0.844
#> SRR191524 1 0.8016 0.67403 0.756 0.244
#> SRR191525 2 0.6712 0.74063 0.176 0.824
#> SRR191526 2 0.1633 0.73648 0.024 0.976
#> SRR191527 1 0.9944 0.29186 0.544 0.456
#> SRR191528 1 1.0000 0.07052 0.500 0.500
#> SRR191529 2 0.8267 0.63393 0.260 0.740
#> SRR191530 2 0.4431 0.75829 0.092 0.908
#> SRR191531 2 0.9977 0.08278 0.472 0.528
#> SRR191532 2 0.6343 0.74356 0.160 0.840
#> SRR191533 2 0.9983 0.11277 0.476 0.524
#> SRR191534 2 0.8608 0.56850 0.284 0.716
#> SRR191535 2 0.2423 0.74312 0.040 0.960
#> SRR191536 2 0.9248 0.55021 0.340 0.660
#> SRR191537 2 0.4562 0.75952 0.096 0.904
#> SRR191538 2 0.0000 0.73063 0.000 1.000
#> SRR191539 2 0.1184 0.73699 0.016 0.984
#> SRR191540 2 0.4562 0.75253 0.096 0.904
#> SRR191541 2 0.0938 0.73839 0.012 0.988
#> SRR191542 2 0.2236 0.73908 0.036 0.964
#> SRR191543 2 0.3879 0.73621 0.076 0.924
#> SRR191544 2 0.7602 0.69517 0.220 0.780
#> SRR191545 2 0.4298 0.76098 0.088 0.912
#> SRR191546 2 0.7139 0.74265 0.196 0.804
#> SRR191547 2 0.8861 0.63006 0.304 0.696
#> SRR191548 1 0.2236 0.70635 0.964 0.036
#> SRR191549 1 0.1843 0.70365 0.972 0.028
#> SRR191550 1 0.0376 0.69422 0.996 0.004
#> SRR191551 1 0.2043 0.70104 0.968 0.032
#> SRR191552 1 0.2423 0.70389 0.960 0.040
#> SRR191553 1 0.8909 0.63002 0.692 0.308
#> SRR191554 1 0.7376 0.71045 0.792 0.208
#> SRR191555 1 0.4815 0.71406 0.896 0.104
#> SRR191556 2 0.9963 0.05107 0.464 0.536
#> SRR191557 1 0.6247 0.72275 0.844 0.156
#> SRR191558 2 0.3879 0.75755 0.076 0.924
#> SRR191559 1 0.9087 0.57120 0.676 0.324
#> SRR191560 1 0.7745 0.69115 0.772 0.228
#> SRR191561 2 0.9983 -0.00493 0.476 0.524
#> SRR191562 1 0.8955 0.59256 0.688 0.312
#> SRR191563 2 0.7815 0.68426 0.232 0.768
#> SRR191564 2 1.0000 -0.07501 0.500 0.500
#> SRR191565 1 0.8499 0.66075 0.724 0.276
#> SRR191566 1 0.6247 0.73355 0.844 0.156
#> SRR191567 1 0.3879 0.72712 0.924 0.076
#> SRR191568 1 0.5178 0.72919 0.884 0.116
#> SRR191569 1 0.9635 0.43698 0.612 0.388
#> SRR191570 1 0.9996 0.13296 0.512 0.488
#> SRR191571 1 0.9661 0.46046 0.608 0.392
#> SRR191572 1 0.1184 0.69803 0.984 0.016
#> SRR191573 1 0.7674 0.70504 0.776 0.224
#> SRR191574 1 0.8016 0.68944 0.756 0.244
#> SRR191575 1 0.7950 0.68685 0.760 0.240
#> SRR191576 1 1.0000 0.03724 0.504 0.496
#> SRR191577 1 0.9993 0.10042 0.516 0.484
#> SRR191578 2 0.5408 0.74825 0.124 0.876
#> SRR191579 1 0.5737 0.73436 0.864 0.136
#> SRR191580 1 0.7815 0.68572 0.768 0.232
#> SRR191581 1 0.8763 0.63266 0.704 0.296
#> SRR191582 1 0.9393 0.50752 0.644 0.356
#> SRR191583 2 0.1843 0.73954 0.028 0.972
#> SRR191584 1 0.9608 0.47303 0.616 0.384
#> SRR191585 1 0.8713 0.62346 0.708 0.292
#> SRR191586 1 0.9248 0.51510 0.660 0.340
#> SRR191587 1 0.9977 0.16890 0.528 0.472
#> SRR191588 1 0.5842 0.73163 0.860 0.140
#> SRR191589 1 0.8555 0.66037 0.720 0.280
#> SRR191590 1 0.8267 0.66773 0.740 0.260
#> SRR191591 2 0.9998 -0.07226 0.492 0.508
#> SRR191592 1 0.8909 0.59964 0.692 0.308
#> SRR191593 1 0.1414 0.70253 0.980 0.020
#> SRR191594 1 0.0672 0.69461 0.992 0.008
#> SRR191595 1 0.6048 0.72935 0.852 0.148
#> SRR191596 1 0.6148 0.72994 0.848 0.152
#> SRR191597 2 0.8813 0.59821 0.300 0.700
#> SRR191598 1 0.6438 0.73245 0.836 0.164
#> SRR191599 1 0.0938 0.69846 0.988 0.012
#> SRR191600 2 0.8443 0.63810 0.272 0.728
#> SRR191601 1 0.8499 0.65633 0.724 0.276
#> SRR191602 2 0.8608 0.62101 0.284 0.716
#> SRR191603 2 0.9323 0.53371 0.348 0.652
#> SRR191604 2 0.5294 0.75016 0.120 0.880
#> SRR191605 2 0.9000 0.58312 0.316 0.684
#> SRR191606 1 0.9170 0.57924 0.668 0.332
#> SRR191607 1 0.8608 0.62635 0.716 0.284
#> SRR191608 1 0.9522 0.44572 0.628 0.372
#> SRR191609 2 0.9993 0.10810 0.484 0.516
#> SRR191610 1 0.6887 0.70742 0.816 0.184
#> SRR191611 1 0.9323 0.51306 0.652 0.348
#> SRR191612 1 0.9896 0.23949 0.560 0.440
#> SRR191613 1 0.8661 0.61075 0.712 0.288
#> SRR191614 1 0.8016 0.67728 0.756 0.244
#> SRR191615 1 0.9286 0.54510 0.656 0.344
#> SRR191616 2 0.4161 0.74773 0.084 0.916
#> SRR191617 2 0.5294 0.76109 0.120 0.880
#> SRR191618 1 0.8955 0.61889 0.688 0.312
#> SRR191619 2 0.6973 0.73734 0.188 0.812
#> SRR191620 2 0.9000 0.57850 0.316 0.684
#> SRR191621 2 0.5408 0.75303 0.124 0.876
#> SRR191622 1 0.9963 0.20710 0.536 0.464
#> SRR191623 1 0.5946 0.73030 0.856 0.144
#> SRR191624 1 0.0938 0.69804 0.988 0.012
#> SRR191625 2 0.8327 0.66062 0.264 0.736
#> SRR191626 2 0.8499 0.66005 0.276 0.724
#> SRR191627 2 0.5737 0.74597 0.136 0.864
#> SRR191628 1 0.9922 0.23380 0.552 0.448
#> SRR191629 2 0.9775 0.31448 0.412 0.588
#> SRR191630 1 0.0672 0.69461 0.992 0.008
#> SRR191631 2 0.5946 0.74548 0.144 0.856
#> SRR191632 1 0.8713 0.62856 0.708 0.292
#> SRR191633 2 0.9732 0.38004 0.404 0.596
#> SRR191634 2 0.2778 0.73854 0.048 0.952
#> SRR191635 1 0.9248 0.53468 0.660 0.340
#> SRR191636 2 0.7745 0.69136 0.228 0.772
#> SRR191637 2 0.0000 0.73063 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.6978 0.5639 0.632 0.032 0.336
#> SRR191394 1 0.3619 0.6323 0.864 0.000 0.136
#> SRR191396 3 0.9654 0.3532 0.288 0.248 0.464
#> SRR191397 1 0.4473 0.6566 0.828 0.008 0.164
#> SRR191398 1 0.4195 0.6281 0.852 0.012 0.136
#> SRR191399 3 0.9268 0.1309 0.336 0.172 0.492
#> SRR191400 1 0.6828 0.5585 0.656 0.032 0.312
#> SRR191401 1 0.4782 0.6564 0.820 0.016 0.164
#> SRR191402 3 0.8230 0.3103 0.280 0.112 0.608
#> SRR191403 1 0.6047 0.5359 0.680 0.008 0.312
#> SRR191404 2 0.6079 0.5120 0.000 0.612 0.388
#> SRR191405 3 0.6505 -0.1964 0.004 0.468 0.528
#> SRR191406 3 0.8230 0.4265 0.144 0.224 0.632
#> SRR191407 1 0.5894 0.6131 0.752 0.028 0.220
#> SRR191408 1 0.6255 0.6151 0.684 0.016 0.300
#> SRR191409 3 0.7741 0.3600 0.216 0.116 0.668
#> SRR191410 3 0.7815 0.4404 0.148 0.180 0.672
#> SRR191411 3 0.6770 0.2360 0.044 0.264 0.692
#> SRR191412 1 0.5618 0.6104 0.732 0.008 0.260
#> SRR191413 1 0.7909 0.2951 0.496 0.056 0.448
#> SRR191414 1 0.3272 0.6409 0.892 0.004 0.104
#> SRR191415 3 0.8934 0.4109 0.196 0.236 0.568
#> SRR191416 1 0.7828 0.4414 0.592 0.068 0.340
#> SRR191418 3 0.8158 0.0170 0.364 0.080 0.556
#> SRR191419 1 0.7660 0.3128 0.548 0.048 0.404
#> SRR191420 1 0.5327 0.5846 0.728 0.000 0.272
#> SRR191421 1 0.5733 0.5633 0.676 0.000 0.324
#> SRR191422 3 0.6521 -0.4045 0.004 0.492 0.504
#> SRR191423 2 0.6489 0.4765 0.004 0.540 0.456
#> SRR191424 2 0.4121 0.6208 0.000 0.832 0.168
#> SRR191425 1 0.5024 0.6389 0.776 0.004 0.220
#> SRR191426 3 0.9802 0.2741 0.260 0.312 0.428
#> SRR191427 3 0.9095 -0.0702 0.376 0.144 0.480
#> SRR191428 1 0.7289 0.2911 0.504 0.028 0.468
#> SRR191429 2 0.5158 0.6066 0.004 0.764 0.232
#> SRR191430 3 0.9647 0.2369 0.268 0.264 0.468
#> SRR191431 3 0.9644 0.2322 0.276 0.256 0.468
#> SRR191432 2 0.3482 0.6057 0.000 0.872 0.128
#> SRR191433 2 0.5706 0.5131 0.000 0.680 0.320
#> SRR191434 3 0.6927 0.0999 0.040 0.296 0.664
#> SRR191435 1 0.6566 0.5527 0.612 0.012 0.376
#> SRR191436 3 0.8495 0.3903 0.220 0.168 0.612
#> SRR191437 2 0.6482 0.5525 0.040 0.716 0.244
#> SRR191438 3 0.7988 0.3522 0.200 0.144 0.656
#> SRR191439 3 0.7466 -0.1985 0.036 0.444 0.520
#> SRR191440 3 0.8209 -0.3310 0.072 0.456 0.472
#> SRR191441 2 0.3879 0.5879 0.000 0.848 0.152
#> SRR191442 3 0.9026 0.3636 0.248 0.196 0.556
#> SRR191443 1 0.5171 0.6572 0.784 0.012 0.204
#> SRR191444 3 0.9287 0.2902 0.304 0.188 0.508
#> SRR191445 2 0.7138 0.4598 0.024 0.540 0.436
#> SRR191446 3 0.7940 0.0164 0.060 0.416 0.524
#> SRR191447 2 0.6126 0.4662 0.004 0.644 0.352
#> SRR191448 1 0.7913 0.3190 0.492 0.056 0.452
#> SRR191449 3 0.9536 0.3893 0.252 0.260 0.488
#> SRR191450 1 0.7997 0.2653 0.472 0.060 0.468
#> SRR191451 1 0.7722 0.3607 0.520 0.048 0.432
#> SRR191452 2 0.5325 0.5524 0.004 0.748 0.248
#> SRR191453 3 0.8022 0.3920 0.160 0.184 0.656
#> SRR191454 1 0.6541 0.5965 0.672 0.024 0.304
#> SRR191455 3 0.8266 0.3544 0.136 0.240 0.624
#> SRR191456 1 0.6627 0.5899 0.644 0.020 0.336
#> SRR191457 1 0.9332 0.1363 0.432 0.164 0.404
#> SRR191458 3 0.9041 -0.0433 0.140 0.372 0.488
#> SRR191459 3 0.7536 0.3324 0.068 0.292 0.640
#> SRR191460 3 0.6677 0.3546 0.088 0.168 0.744
#> SRR191461 3 0.7694 0.2512 0.068 0.316 0.616
#> SRR191462 2 0.6566 0.4957 0.016 0.636 0.348
#> SRR191463 2 0.5158 0.6066 0.004 0.764 0.232
#> SRR191464 2 0.5363 0.5813 0.000 0.724 0.276
#> SRR191465 2 0.4750 0.6251 0.000 0.784 0.216
#> SRR191466 3 0.7777 0.4104 0.160 0.164 0.676
#> SRR191467 2 0.7993 0.3131 0.060 0.484 0.456
#> SRR191468 2 0.2796 0.6020 0.000 0.908 0.092
#> SRR191469 3 0.8419 0.4034 0.168 0.212 0.620
#> SRR191470 2 0.8614 0.2137 0.100 0.484 0.416
#> SRR191471 2 0.6935 0.5125 0.024 0.604 0.372
#> SRR191472 2 0.6244 0.4045 0.000 0.560 0.440
#> SRR191473 2 0.6079 0.4356 0.000 0.612 0.388
#> SRR191474 3 0.9452 0.2760 0.328 0.196 0.476
#> SRR191475 2 0.4974 0.5602 0.000 0.764 0.236
#> SRR191476 2 0.4974 0.5932 0.000 0.764 0.236
#> SRR191477 2 0.6357 0.4987 0.012 0.652 0.336
#> SRR191478 2 0.6168 0.4634 0.000 0.588 0.412
#> SRR191479 1 0.7054 0.3358 0.524 0.020 0.456
#> SRR191480 2 0.6295 0.2937 0.000 0.528 0.472
#> SRR191481 2 0.5968 0.4590 0.000 0.636 0.364
#> SRR191482 3 0.6683 -0.1533 0.008 0.492 0.500
#> SRR191483 3 0.6633 -0.1073 0.008 0.444 0.548
#> SRR191484 1 0.4682 0.6454 0.804 0.004 0.192
#> SRR191485 2 0.6204 0.4426 0.000 0.576 0.424
#> SRR191486 3 0.9041 -0.0236 0.140 0.372 0.488
#> SRR191487 2 0.7498 0.3191 0.040 0.548 0.412
#> SRR191488 1 0.6699 0.6345 0.700 0.044 0.256
#> SRR191489 3 0.8513 0.2221 0.116 0.316 0.568
#> SRR191490 2 0.6322 0.4579 0.024 0.700 0.276
#> SRR191491 1 0.8334 0.2926 0.480 0.080 0.440
#> SRR191492 1 0.7974 0.5422 0.604 0.084 0.312
#> SRR191493 3 0.9009 -0.1287 0.132 0.404 0.464
#> SRR191494 2 0.6318 0.5030 0.008 0.636 0.356
#> SRR191495 3 0.9735 0.2087 0.316 0.244 0.440
#> SRR191496 2 0.3879 0.5841 0.000 0.848 0.152
#> SRR191497 3 0.8132 0.2888 0.096 0.304 0.600
#> SRR191498 3 0.8927 0.2046 0.128 0.384 0.488
#> SRR191499 3 0.7592 0.3906 0.208 0.112 0.680
#> SRR191500 3 0.8388 0.3701 0.140 0.248 0.612
#> SRR191501 3 0.8754 0.0358 0.116 0.376 0.508
#> SRR191502 3 0.9433 0.1675 0.184 0.356 0.460
#> SRR191503 2 0.5062 0.6246 0.016 0.800 0.184
#> SRR191504 2 0.5731 0.5018 0.020 0.752 0.228
#> SRR191505 2 0.6497 0.5496 0.016 0.648 0.336
#> SRR191506 2 0.1643 0.6000 0.000 0.956 0.044
#> SRR191507 2 0.6818 0.5264 0.024 0.628 0.348
#> SRR191508 3 0.7820 0.0678 0.056 0.400 0.544
#> SRR191509 2 0.6295 0.4304 0.000 0.528 0.472
#> SRR191510 3 0.8180 -0.1179 0.076 0.392 0.532
#> SRR191511 2 0.4978 0.5730 0.004 0.780 0.216
#> SRR191512 2 0.2711 0.5993 0.000 0.912 0.088
#> SRR191513 2 0.3879 0.5754 0.000 0.848 0.152
#> SRR191514 2 0.3532 0.5892 0.008 0.884 0.108
#> SRR191515 2 0.5553 0.6180 0.004 0.724 0.272
#> SRR191516 3 0.8688 0.1197 0.104 0.436 0.460
#> SRR191517 2 0.6500 0.2728 0.004 0.532 0.464
#> SRR191518 3 0.6308 -0.2037 0.000 0.492 0.508
#> SRR191519 2 0.4121 0.6164 0.000 0.832 0.168
#> SRR191520 3 0.8969 0.2612 0.140 0.348 0.512
#> SRR191521 2 0.3340 0.6290 0.000 0.880 0.120
#> SRR191522 2 0.7895 0.3784 0.056 0.508 0.436
#> SRR191523 3 0.6936 -0.2461 0.016 0.460 0.524
#> SRR191524 1 0.8889 0.2174 0.452 0.120 0.428
#> SRR191525 2 0.5656 0.5613 0.004 0.712 0.284
#> SRR191526 2 0.4931 0.6150 0.004 0.784 0.212
#> SRR191527 3 0.8683 -0.1283 0.428 0.104 0.468
#> SRR191528 1 0.9594 0.0424 0.436 0.204 0.360
#> SRR191529 3 0.9633 0.0759 0.212 0.352 0.436
#> SRR191530 2 0.6735 0.4402 0.012 0.564 0.424
#> SRR191531 3 0.9383 0.0447 0.384 0.172 0.444
#> SRR191532 2 0.7232 0.4370 0.028 0.544 0.428
#> SRR191533 3 0.9488 0.2445 0.312 0.208 0.480
#> SRR191534 2 0.9830 -0.0736 0.252 0.408 0.340
#> SRR191535 2 0.5465 0.5937 0.000 0.712 0.288
#> SRR191536 2 0.8561 0.2163 0.096 0.484 0.420
#> SRR191537 2 0.4605 0.6224 0.000 0.796 0.204
#> SRR191538 2 0.1529 0.5959 0.000 0.960 0.040
#> SRR191539 2 0.3412 0.6280 0.000 0.876 0.124
#> SRR191540 2 0.6280 0.3371 0.000 0.540 0.460
#> SRR191541 2 0.2625 0.5994 0.000 0.916 0.084
#> SRR191542 2 0.4883 0.5507 0.004 0.788 0.208
#> SRR191543 2 0.4589 0.6231 0.008 0.820 0.172
#> SRR191544 3 0.8876 -0.1385 0.120 0.412 0.468
#> SRR191545 2 0.6518 0.2306 0.004 0.512 0.484
#> SRR191546 3 0.6096 0.1502 0.016 0.280 0.704
#> SRR191547 3 0.8886 0.0343 0.132 0.352 0.516
#> SRR191548 1 0.1289 0.6340 0.968 0.000 0.032
#> SRR191549 1 0.0747 0.6325 0.984 0.000 0.016
#> SRR191550 1 0.0592 0.6320 0.988 0.000 0.012
#> SRR191551 1 0.0747 0.6313 0.984 0.000 0.016
#> SRR191552 1 0.1529 0.6354 0.960 0.000 0.040
#> SRR191553 1 0.7905 0.3362 0.560 0.064 0.376
#> SRR191554 1 0.4453 0.6276 0.836 0.012 0.152
#> SRR191555 1 0.6696 0.4752 0.632 0.020 0.348
#> SRR191556 3 0.8649 0.1503 0.360 0.112 0.528
#> SRR191557 3 0.7671 -0.2586 0.464 0.044 0.492
#> SRR191558 2 0.7056 0.4943 0.024 0.572 0.404
#> SRR191559 1 0.7558 0.4146 0.556 0.044 0.400
#> SRR191560 1 0.7067 0.4980 0.596 0.028 0.376
#> SRR191561 1 0.9574 -0.0297 0.412 0.196 0.392
#> SRR191562 1 0.6894 0.5269 0.692 0.052 0.256
#> SRR191563 3 0.6416 0.2320 0.032 0.260 0.708
#> SRR191564 3 0.7844 0.2993 0.292 0.084 0.624
#> SRR191565 1 0.7388 0.4983 0.600 0.044 0.356
#> SRR191566 1 0.6018 0.5924 0.684 0.008 0.308
#> SRR191567 1 0.6155 0.6004 0.664 0.008 0.328
#> SRR191568 1 0.5156 0.6487 0.776 0.008 0.216
#> SRR191569 3 0.7546 -0.1308 0.396 0.044 0.560
#> SRR191570 3 0.8426 0.0507 0.384 0.092 0.524
#> SRR191571 1 0.8524 0.2940 0.456 0.092 0.452
#> SRR191572 1 0.1529 0.6345 0.960 0.000 0.040
#> SRR191573 1 0.7353 0.5030 0.568 0.036 0.396
#> SRR191574 1 0.6507 0.5574 0.688 0.028 0.284
#> SRR191575 1 0.6108 0.5699 0.732 0.028 0.240
#> SRR191576 3 0.8432 0.1420 0.312 0.112 0.576
#> SRR191577 3 0.9030 0.1093 0.328 0.152 0.520
#> SRR191578 2 0.6282 0.5247 0.004 0.612 0.384
#> SRR191579 1 0.5171 0.6334 0.784 0.012 0.204
#> SRR191580 1 0.4228 0.6206 0.844 0.008 0.148
#> SRR191581 1 0.5921 0.5892 0.756 0.032 0.212
#> SRR191582 1 0.6905 0.4721 0.676 0.044 0.280
#> SRR191583 2 0.4912 0.5566 0.008 0.796 0.196
#> SRR191584 1 0.8056 0.3173 0.532 0.068 0.400
#> SRR191585 3 0.8720 0.1912 0.304 0.136 0.560
#> SRR191586 3 0.9441 0.1897 0.316 0.200 0.484
#> SRR191587 3 0.8427 0.3728 0.240 0.148 0.612
#> SRR191588 1 0.6313 0.5863 0.676 0.016 0.308
#> SRR191589 1 0.8208 0.2771 0.476 0.072 0.452
#> SRR191590 1 0.6407 0.5591 0.700 0.028 0.272
#> SRR191591 3 0.8685 0.2291 0.328 0.124 0.548
#> SRR191592 1 0.7508 0.3981 0.544 0.040 0.416
#> SRR191593 1 0.3983 0.6488 0.852 0.004 0.144
#> SRR191594 1 0.0747 0.6320 0.984 0.000 0.016
#> SRR191595 1 0.5953 0.6078 0.708 0.012 0.280
#> SRR191596 1 0.6200 0.5891 0.676 0.012 0.312
#> SRR191597 3 0.8204 0.2972 0.096 0.316 0.588
#> SRR191598 1 0.6601 0.5839 0.676 0.028 0.296
#> SRR191599 1 0.2959 0.6467 0.900 0.000 0.100
#> SRR191600 3 0.7814 0.2244 0.104 0.244 0.652
#> SRR191601 3 0.8513 0.1377 0.316 0.116 0.568
#> SRR191602 3 0.8016 0.3503 0.108 0.260 0.632
#> SRR191603 3 0.7394 0.1998 0.064 0.284 0.652
#> SRR191604 2 0.5859 0.5597 0.000 0.656 0.344
#> SRR191605 3 0.6644 0.3675 0.108 0.140 0.752
#> SRR191606 1 0.8025 0.3074 0.516 0.064 0.420
#> SRR191607 3 0.8328 -0.0296 0.396 0.084 0.520
#> SRR191608 3 0.9175 0.3549 0.216 0.244 0.540
#> SRR191609 3 0.9229 0.1991 0.152 0.420 0.428
#> SRR191610 3 0.8521 -0.1333 0.440 0.092 0.468
#> SRR191611 3 0.9190 0.2547 0.292 0.184 0.524
#> SRR191612 3 0.6853 0.3204 0.224 0.064 0.712
#> SRR191613 3 0.8034 -0.0832 0.392 0.068 0.540
#> SRR191614 3 0.8250 0.1542 0.292 0.108 0.600
#> SRR191615 3 0.7531 0.2981 0.236 0.092 0.672
#> SRR191616 2 0.6096 0.6052 0.016 0.704 0.280
#> SRR191617 2 0.7995 0.3146 0.060 0.480 0.460
#> SRR191618 1 0.8786 0.1284 0.464 0.112 0.424
#> SRR191619 3 0.6701 -0.0528 0.012 0.412 0.576
#> SRR191620 3 0.8457 0.2731 0.168 0.216 0.616
#> SRR191621 2 0.6045 0.4428 0.000 0.620 0.380
#> SRR191622 3 0.8415 0.0984 0.332 0.104 0.564
#> SRR191623 1 0.7460 0.4596 0.524 0.036 0.440
#> SRR191624 1 0.4409 0.6360 0.824 0.004 0.172
#> SRR191625 3 0.7353 0.0239 0.032 0.436 0.532
#> SRR191626 3 0.7037 0.2219 0.036 0.328 0.636
#> SRR191627 2 0.6280 0.3007 0.000 0.540 0.460
#> SRR191628 3 0.8595 0.4175 0.216 0.180 0.604
#> SRR191629 3 0.7634 0.4027 0.100 0.232 0.668
#> SRR191630 1 0.1031 0.6340 0.976 0.000 0.024
#> SRR191631 2 0.6295 0.2781 0.000 0.528 0.472
#> SRR191632 3 0.7705 -0.0256 0.332 0.064 0.604
#> SRR191633 3 0.7431 0.3792 0.116 0.188 0.696
#> SRR191634 2 0.3425 0.6055 0.004 0.884 0.112
#> SRR191635 3 0.9192 0.2077 0.300 0.180 0.520
#> SRR191636 3 0.7874 0.0643 0.064 0.368 0.568
#> SRR191637 2 0.0747 0.5836 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 1 0.770 0.2774 0.568 0.032 0.240 0.160
#> SRR191394 4 0.638 0.4984 0.356 0.000 0.076 0.568
#> SRR191396 1 0.891 0.0237 0.380 0.204 0.352 0.064
#> SRR191397 1 0.626 0.1264 0.688 0.016 0.092 0.204
#> SRR191398 4 0.674 0.4552 0.408 0.004 0.080 0.508
#> SRR191399 3 0.730 0.1698 0.312 0.028 0.564 0.096
#> SRR191400 1 0.868 -0.0132 0.456 0.068 0.168 0.308
#> SRR191401 1 0.637 0.1594 0.688 0.024 0.088 0.200
#> SRR191402 3 0.831 0.2074 0.284 0.128 0.516 0.072
#> SRR191403 1 0.749 0.2294 0.528 0.004 0.248 0.220
#> SRR191404 2 0.692 0.3923 0.020 0.524 0.392 0.064
#> SRR191405 3 0.676 0.1828 0.048 0.232 0.656 0.064
#> SRR191406 3 0.754 0.3536 0.260 0.140 0.572 0.028
#> SRR191407 1 0.767 -0.1678 0.468 0.012 0.152 0.368
#> SRR191408 1 0.761 0.2473 0.552 0.016 0.196 0.236
#> SRR191409 3 0.822 0.0573 0.348 0.152 0.460 0.040
#> SRR191410 3 0.670 0.4268 0.144 0.116 0.692 0.048
#> SRR191411 3 0.645 0.4400 0.092 0.192 0.688 0.028
#> SRR191412 1 0.699 0.1719 0.612 0.008 0.200 0.180
#> SRR191413 1 0.715 0.1744 0.488 0.008 0.400 0.104
#> SRR191414 1 0.613 -0.1917 0.548 0.000 0.052 0.400
#> SRR191415 3 0.608 0.4304 0.164 0.056 0.728 0.052
#> SRR191416 1 0.711 0.2612 0.596 0.032 0.288 0.084
#> SRR191418 3 0.829 -0.0779 0.408 0.100 0.420 0.072
#> SRR191419 3 0.819 -0.2340 0.352 0.012 0.384 0.252
#> SRR191420 1 0.740 0.1776 0.508 0.000 0.200 0.292
#> SRR191421 1 0.712 0.2733 0.584 0.004 0.200 0.212
#> SRR191422 2 0.791 0.3576 0.084 0.504 0.348 0.064
#> SRR191423 2 0.729 0.5010 0.052 0.592 0.284 0.072
#> SRR191424 2 0.500 0.5090 0.000 0.660 0.328 0.012
#> SRR191425 1 0.552 0.2714 0.740 0.004 0.100 0.156
#> SRR191426 2 0.909 -0.0666 0.288 0.364 0.284 0.064
#> SRR191427 1 0.924 0.2422 0.424 0.104 0.240 0.232
#> SRR191428 1 0.786 0.1361 0.416 0.016 0.408 0.160
#> SRR191429 2 0.751 0.5034 0.016 0.524 0.324 0.136
#> SRR191430 1 0.924 0.0912 0.408 0.296 0.188 0.108
#> SRR191431 1 0.912 0.0255 0.400 0.336 0.152 0.112
#> SRR191432 2 0.566 0.5457 0.012 0.700 0.244 0.044
#> SRR191433 2 0.768 0.3589 0.080 0.532 0.332 0.056
#> SRR191434 3 0.780 0.2031 0.100 0.296 0.548 0.056
#> SRR191435 1 0.731 0.2752 0.552 0.004 0.256 0.188
#> SRR191436 3 0.730 0.2143 0.312 0.048 0.572 0.068
#> SRR191437 2 0.585 0.5829 0.064 0.756 0.120 0.060
#> SRR191438 1 0.898 0.0378 0.384 0.188 0.352 0.076
#> SRR191439 2 0.956 0.2713 0.204 0.372 0.284 0.140
#> SRR191440 2 0.870 0.4694 0.088 0.504 0.188 0.220
#> SRR191441 2 0.514 0.5844 0.024 0.784 0.056 0.136
#> SRR191442 1 0.843 0.0596 0.448 0.236 0.284 0.032
#> SRR191443 1 0.757 0.1087 0.540 0.016 0.160 0.284
#> SRR191444 1 0.855 0.0962 0.428 0.236 0.300 0.036
#> SRR191445 2 0.723 0.3386 0.108 0.516 0.364 0.012
#> SRR191446 3 0.744 0.2179 0.072 0.192 0.632 0.104
#> SRR191447 2 0.706 0.5327 0.076 0.676 0.120 0.128
#> SRR191448 1 0.753 0.3286 0.560 0.032 0.292 0.116
#> SRR191449 3 0.727 0.3447 0.288 0.084 0.588 0.040
#> SRR191450 3 0.881 -0.2833 0.348 0.048 0.368 0.236
#> SRR191451 1 0.814 0.3239 0.544 0.060 0.248 0.148
#> SRR191452 2 0.749 0.5475 0.072 0.636 0.136 0.156
#> SRR191453 3 0.931 0.1402 0.264 0.164 0.428 0.144
#> SRR191454 1 0.659 0.3274 0.672 0.024 0.104 0.200
#> SRR191455 3 0.776 0.4011 0.228 0.112 0.592 0.068
#> SRR191456 1 0.757 0.2525 0.596 0.048 0.120 0.236
#> SRR191457 4 0.958 -0.0430 0.284 0.120 0.256 0.340
#> SRR191458 2 0.859 0.2596 0.256 0.452 0.248 0.044
#> SRR191459 3 0.457 0.4906 0.084 0.060 0.828 0.028
#> SRR191460 3 0.706 0.3754 0.156 0.156 0.652 0.036
#> SRR191461 3 0.506 0.4737 0.096 0.096 0.792 0.016
#> SRR191462 2 0.713 0.3423 0.036 0.484 0.428 0.052
#> SRR191463 2 0.712 0.5770 0.048 0.648 0.196 0.108
#> SRR191464 2 0.657 0.5274 0.052 0.652 0.256 0.040
#> SRR191465 2 0.671 0.5658 0.012 0.652 0.184 0.152
#> SRR191466 3 0.902 0.1446 0.300 0.184 0.428 0.088
#> SRR191467 2 0.851 0.3665 0.124 0.512 0.268 0.096
#> SRR191468 2 0.566 0.5418 0.012 0.716 0.216 0.056
#> SRR191469 3 0.754 0.3821 0.248 0.124 0.588 0.040
#> SRR191470 2 0.895 0.2694 0.180 0.416 0.324 0.080
#> SRR191471 2 0.686 0.4593 0.044 0.576 0.340 0.040
#> SRR191472 3 0.848 -0.2353 0.060 0.348 0.448 0.144
#> SRR191473 3 0.582 -0.1150 0.004 0.392 0.576 0.028
#> SRR191474 1 0.855 -0.0885 0.404 0.148 0.388 0.060
#> SRR191475 2 0.624 0.5308 0.056 0.724 0.152 0.068
#> SRR191476 2 0.644 0.5169 0.020 0.636 0.284 0.060
#> SRR191477 2 0.730 0.1539 0.064 0.484 0.416 0.036
#> SRR191478 3 0.730 -0.0709 0.032 0.392 0.504 0.072
#> SRR191479 1 0.878 0.2412 0.392 0.052 0.344 0.212
#> SRR191480 3 0.437 0.2229 0.004 0.268 0.728 0.000
#> SRR191481 3 0.633 -0.1201 0.000 0.376 0.556 0.068
#> SRR191482 3 0.510 0.3443 0.024 0.204 0.752 0.020
#> SRR191483 3 0.574 0.3322 0.056 0.212 0.716 0.016
#> SRR191484 1 0.718 -0.0515 0.536 0.012 0.108 0.344
#> SRR191485 3 0.807 -0.2313 0.056 0.368 0.472 0.104
#> SRR191486 2 0.901 0.2349 0.300 0.416 0.208 0.076
#> SRR191487 3 0.717 -0.0141 0.044 0.368 0.536 0.052
#> SRR191488 1 0.737 0.2893 0.632 0.048 0.152 0.168
#> SRR191489 3 0.763 0.1354 0.140 0.352 0.492 0.016
#> SRR191490 2 0.472 0.5701 0.068 0.824 0.068 0.040
#> SRR191491 1 0.777 0.3688 0.596 0.076 0.220 0.108
#> SRR191492 1 0.789 0.2361 0.572 0.068 0.248 0.112
#> SRR191493 2 0.921 0.3319 0.292 0.408 0.100 0.200
#> SRR191494 2 0.640 0.5686 0.056 0.720 0.120 0.104
#> SRR191495 3 0.768 0.2500 0.344 0.064 0.524 0.068
#> SRR191496 2 0.301 0.5731 0.020 0.904 0.040 0.036
#> SRR191497 3 0.598 0.4934 0.096 0.088 0.752 0.064
#> SRR191498 3 0.881 0.2060 0.252 0.212 0.464 0.072
#> SRR191499 3 0.765 0.2231 0.308 0.120 0.540 0.032
#> SRR191500 3 0.703 0.4577 0.148 0.084 0.676 0.092
#> SRR191501 2 0.931 0.2840 0.220 0.440 0.204 0.136
#> SRR191502 2 0.958 0.1153 0.260 0.336 0.284 0.120
#> SRR191503 2 0.696 0.5190 0.048 0.620 0.272 0.060
#> SRR191504 2 0.809 0.3464 0.040 0.456 0.372 0.132
#> SRR191505 2 0.735 0.5074 0.016 0.540 0.324 0.120
#> SRR191506 2 0.322 0.5669 0.004 0.884 0.076 0.036
#> SRR191507 2 0.734 0.3905 0.076 0.568 0.312 0.044
#> SRR191508 3 0.817 0.2876 0.096 0.188 0.576 0.140
#> SRR191509 2 0.778 0.2841 0.040 0.448 0.416 0.096
#> SRR191510 3 0.954 -0.1066 0.216 0.300 0.356 0.128
#> SRR191511 2 0.743 0.3525 0.008 0.452 0.408 0.132
#> SRR191512 2 0.260 0.5728 0.004 0.916 0.040 0.040
#> SRR191513 2 0.434 0.5723 0.040 0.844 0.064 0.052
#> SRR191514 2 0.538 0.5593 0.036 0.780 0.116 0.068
#> SRR191515 2 0.625 0.5590 0.064 0.660 0.260 0.016
#> SRR191516 3 0.716 0.3158 0.144 0.224 0.612 0.020
#> SRR191517 3 0.448 0.2467 0.008 0.264 0.728 0.000
#> SRR191518 3 0.759 0.2163 0.052 0.204 0.608 0.136
#> SRR191519 2 0.601 0.4906 0.000 0.604 0.340 0.056
#> SRR191520 3 0.673 0.4570 0.124 0.104 0.700 0.072
#> SRR191521 2 0.684 0.5445 0.016 0.640 0.212 0.132
#> SRR191522 2 0.760 0.4629 0.112 0.592 0.244 0.052
#> SRR191523 2 0.947 0.3631 0.140 0.392 0.280 0.188
#> SRR191524 4 0.917 -0.1459 0.320 0.068 0.284 0.328
#> SRR191525 2 0.790 0.4413 0.036 0.500 0.336 0.128
#> SRR191526 2 0.678 0.5717 0.020 0.656 0.188 0.136
#> SRR191527 4 0.893 0.1370 0.228 0.108 0.180 0.484
#> SRR191528 1 0.852 0.2389 0.520 0.252 0.104 0.124
#> SRR191529 2 0.866 0.1312 0.388 0.392 0.064 0.156
#> SRR191530 2 0.906 0.3054 0.088 0.368 0.368 0.176
#> SRR191531 1 0.897 0.2595 0.488 0.220 0.164 0.128
#> SRR191532 2 0.714 0.4374 0.116 0.580 0.288 0.016
#> SRR191533 1 0.857 0.2098 0.468 0.280 0.200 0.052
#> SRR191534 2 0.867 0.1480 0.340 0.448 0.096 0.116
#> SRR191535 2 0.566 0.5916 0.060 0.736 0.184 0.020
#> SRR191536 2 0.869 0.2706 0.224 0.476 0.236 0.064
#> SRR191537 2 0.532 0.4860 0.004 0.624 0.360 0.012
#> SRR191538 2 0.406 0.5507 0.004 0.808 0.172 0.016
#> SRR191539 2 0.539 0.5767 0.004 0.744 0.172 0.080
#> SRR191540 3 0.633 0.1186 0.036 0.356 0.588 0.020
#> SRR191541 2 0.551 0.5304 0.012 0.724 0.216 0.048
#> SRR191542 2 0.499 0.5776 0.088 0.808 0.060 0.044
#> SRR191543 2 0.532 0.5852 0.056 0.752 0.180 0.012
#> SRR191544 2 0.897 0.3005 0.232 0.464 0.212 0.092
#> SRR191545 3 0.845 0.0613 0.056 0.256 0.500 0.188
#> SRR191546 3 0.893 0.1886 0.120 0.240 0.484 0.156
#> SRR191547 2 0.908 0.2461 0.212 0.432 0.268 0.088
#> SRR191548 4 0.475 0.6149 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR191549 4 0.454 0.6248 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR191550 4 0.452 0.6251 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR191551 4 0.470 0.6155 0.320 0.000 0.004 0.676
#> SRR191552 4 0.496 0.6241 0.320 0.000 0.012 0.668
#> SRR191553 4 0.848 0.2115 0.164 0.056 0.308 0.472
#> SRR191554 4 0.608 0.5604 0.388 0.024 0.016 0.572
#> SRR191555 1 0.794 0.2513 0.472 0.012 0.296 0.220
#> SRR191556 1 0.793 0.1825 0.452 0.148 0.376 0.024
#> SRR191557 1 0.721 0.1239 0.460 0.008 0.424 0.108
#> SRR191558 2 0.653 0.5170 0.060 0.680 0.212 0.048
#> SRR191559 1 0.565 0.3432 0.764 0.072 0.124 0.040
#> SRR191560 1 0.419 0.3270 0.848 0.028 0.076 0.048
#> SRR191561 4 0.977 0.0474 0.220 0.204 0.212 0.364
#> SRR191562 1 0.718 0.2079 0.660 0.092 0.080 0.168
#> SRR191563 3 0.629 0.3993 0.080 0.176 0.708 0.036
#> SRR191564 3 0.800 -0.0333 0.372 0.092 0.476 0.060
#> SRR191565 1 0.671 0.3664 0.684 0.052 0.180 0.084
#> SRR191566 1 0.628 0.2658 0.692 0.012 0.168 0.128
#> SRR191567 1 0.676 0.2673 0.648 0.012 0.168 0.172
#> SRR191568 1 0.794 0.1075 0.536 0.036 0.160 0.268
#> SRR191569 1 0.762 0.3543 0.604 0.108 0.224 0.064
#> SRR191570 1 0.837 0.2614 0.460 0.132 0.348 0.060
#> SRR191571 1 0.843 0.3097 0.520 0.128 0.264 0.088
#> SRR191572 4 0.475 0.6162 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR191573 1 0.733 0.3463 0.648 0.080 0.172 0.100
#> SRR191574 1 0.687 0.2695 0.672 0.044 0.112 0.172
#> SRR191575 1 0.740 0.1778 0.616 0.060 0.092 0.232
#> SRR191576 1 0.855 0.2255 0.476 0.120 0.316 0.088
#> SRR191577 3 0.918 -0.1708 0.360 0.184 0.360 0.096
#> SRR191578 2 0.612 0.3472 0.008 0.528 0.432 0.032
#> SRR191579 4 0.769 0.2950 0.380 0.016 0.140 0.464
#> SRR191580 4 0.612 0.5756 0.328 0.016 0.036 0.620
#> SRR191581 4 0.698 0.4897 0.392 0.028 0.056 0.524
#> SRR191582 1 0.830 -0.0846 0.448 0.044 0.152 0.356
#> SRR191583 2 0.440 0.5764 0.036 0.840 0.056 0.068
#> SRR191584 4 0.803 0.3476 0.232 0.072 0.128 0.568
#> SRR191585 3 0.651 0.1708 0.344 0.004 0.576 0.076
#> SRR191586 3 0.704 0.2179 0.304 0.028 0.588 0.080
#> SRR191587 3 0.711 0.2362 0.332 0.076 0.564 0.028
#> SRR191588 1 0.731 0.2334 0.600 0.024 0.232 0.144
#> SRR191589 3 0.764 -0.2250 0.432 0.032 0.440 0.096
#> SRR191590 1 0.659 0.2896 0.704 0.052 0.128 0.116
#> SRR191591 1 0.817 0.1018 0.412 0.168 0.392 0.028
#> SRR191592 1 0.500 0.3418 0.800 0.048 0.116 0.036
#> SRR191593 1 0.558 0.1371 0.716 0.004 0.068 0.212
#> SRR191594 4 0.450 0.6219 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR191595 1 0.447 0.3023 0.828 0.016 0.076 0.080
#> SRR191596 1 0.436 0.2899 0.828 0.008 0.076 0.088
#> SRR191597 3 0.497 0.4783 0.064 0.112 0.800 0.024
#> SRR191598 1 0.647 0.3560 0.696 0.036 0.176 0.092
#> SRR191599 1 0.494 0.1178 0.740 0.000 0.040 0.220
#> SRR191600 3 0.824 0.1831 0.184 0.276 0.500 0.040
#> SRR191601 1 0.791 0.0623 0.452 0.072 0.408 0.068
#> SRR191602 3 0.506 0.4603 0.100 0.100 0.788 0.012
#> SRR191603 3 0.762 0.2093 0.152 0.288 0.540 0.020
#> SRR191604 2 0.539 0.4621 0.012 0.636 0.344 0.008
#> SRR191605 3 0.755 0.3303 0.204 0.192 0.580 0.024
#> SRR191606 1 0.638 0.3624 0.708 0.100 0.156 0.036
#> SRR191607 3 0.739 0.1769 0.300 0.020 0.556 0.124
#> SRR191608 3 0.810 0.2707 0.320 0.124 0.504 0.052
#> SRR191609 3 0.713 0.4105 0.156 0.172 0.640 0.032
#> SRR191610 3 0.730 -0.0689 0.428 0.008 0.448 0.116
#> SRR191611 3 0.668 0.2946 0.256 0.024 0.640 0.080
#> SRR191612 1 0.735 0.0387 0.452 0.092 0.436 0.020
#> SRR191613 1 0.796 0.1920 0.492 0.056 0.356 0.096
#> SRR191614 3 0.653 0.0992 0.388 0.004 0.540 0.068
#> SRR191615 3 0.712 0.2389 0.268 0.044 0.612 0.076
#> SRR191616 2 0.627 0.5887 0.040 0.700 0.200 0.060
#> SRR191617 2 0.922 0.3317 0.180 0.404 0.308 0.108
#> SRR191618 1 0.853 0.2851 0.508 0.120 0.272 0.100
#> SRR191619 3 0.605 0.3415 0.076 0.208 0.700 0.016
#> SRR191620 1 0.954 0.0501 0.360 0.228 0.288 0.124
#> SRR191621 3 0.592 -0.1086 0.004 0.396 0.568 0.032
#> SRR191622 1 0.810 0.2966 0.532 0.112 0.288 0.068
#> SRR191623 1 0.663 0.3185 0.664 0.032 0.224 0.080
#> SRR191624 1 0.666 0.0951 0.592 0.000 0.120 0.288
#> SRR191625 3 0.433 0.3963 0.040 0.160 0.800 0.000
#> SRR191626 3 0.366 0.4597 0.032 0.084 0.868 0.016
#> SRR191627 3 0.445 0.1505 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR191628 3 0.654 0.3728 0.264 0.024 0.644 0.068
#> SRR191629 3 0.415 0.4938 0.100 0.048 0.840 0.012
#> SRR191630 4 0.458 0.6162 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR191631 3 0.413 0.2397 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR191632 1 0.740 0.1675 0.500 0.068 0.392 0.040
#> SRR191633 3 0.812 0.2300 0.284 0.184 0.500 0.032
#> SRR191634 2 0.469 0.5863 0.020 0.800 0.148 0.032
#> SRR191635 3 0.716 0.2354 0.304 0.028 0.580 0.088
#> SRR191636 3 0.845 0.0694 0.056 0.300 0.480 0.164
#> SRR191637 2 0.397 0.5401 0.004 0.816 0.164 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.571 0.48200 0.036 0.004 0.696 0.168 0.096
#> SRR191394 3 0.621 -0.36264 0.440 0.000 0.468 0.052 0.040
#> SRR191396 5 0.791 0.28513 0.008 0.076 0.208 0.264 0.444
#> SRR191397 3 0.484 0.46912 0.060 0.000 0.768 0.052 0.120
#> SRR191398 3 0.645 -0.31296 0.416 0.000 0.472 0.072 0.040
#> SRR191399 4 0.622 0.02206 0.008 0.020 0.436 0.476 0.060
#> SRR191400 5 0.831 -0.03781 0.180 0.016 0.324 0.100 0.380
#> SRR191401 3 0.385 0.48819 0.028 0.000 0.824 0.032 0.116
#> SRR191402 4 0.750 0.17636 0.004 0.032 0.296 0.412 0.256
#> SRR191403 3 0.458 0.46014 0.016 0.000 0.752 0.184 0.048
#> SRR191404 2 0.690 0.33264 0.004 0.436 0.008 0.356 0.196
#> SRR191405 4 0.764 0.20462 0.056 0.172 0.032 0.540 0.200
#> SRR191406 4 0.753 0.16887 0.012 0.084 0.116 0.508 0.280
#> SRR191407 3 0.809 0.03734 0.280 0.008 0.392 0.076 0.244
#> SRR191408 3 0.809 0.19560 0.060 0.024 0.384 0.180 0.352
#> SRR191409 5 0.720 0.26058 0.004 0.036 0.192 0.268 0.500
#> SRR191410 4 0.696 0.35844 0.004 0.048 0.196 0.568 0.184
#> SRR191411 4 0.760 0.32282 0.012 0.088 0.116 0.496 0.288
#> SRR191412 3 0.495 0.47697 0.044 0.000 0.756 0.136 0.064
#> SRR191413 3 0.520 0.34421 0.008 0.000 0.652 0.284 0.056
#> SRR191414 3 0.508 0.19163 0.256 0.000 0.680 0.012 0.052
#> SRR191415 4 0.617 0.38497 0.004 0.028 0.184 0.644 0.140
#> SRR191416 3 0.566 0.42873 0.008 0.004 0.652 0.236 0.100
#> SRR191418 3 0.778 0.08895 0.016 0.028 0.356 0.336 0.264
#> SRR191419 4 0.877 -0.20005 0.152 0.016 0.288 0.316 0.228
#> SRR191420 3 0.580 0.46081 0.088 0.000 0.684 0.176 0.052
#> SRR191421 3 0.637 0.44237 0.048 0.000 0.628 0.180 0.144
#> SRR191422 2 0.782 0.29330 0.048 0.396 0.016 0.184 0.356
#> SRR191423 2 0.784 0.48937 0.080 0.492 0.016 0.168 0.244
#> SRR191424 2 0.519 0.54526 0.012 0.680 0.000 0.244 0.064
#> SRR191425 3 0.438 0.49834 0.016 0.000 0.788 0.076 0.120
#> SRR191426 2 0.894 -0.10750 0.032 0.328 0.248 0.260 0.132
#> SRR191427 5 0.895 0.17420 0.108 0.076 0.248 0.160 0.408
#> SRR191428 3 0.573 0.26227 0.020 0.000 0.604 0.312 0.064
#> SRR191429 2 0.737 0.40993 0.048 0.432 0.000 0.336 0.184
#> SRR191430 5 0.622 0.43125 0.020 0.140 0.084 0.068 0.688
#> SRR191431 5 0.720 0.37767 0.036 0.236 0.148 0.024 0.556
#> SRR191432 2 0.595 0.52946 0.016 0.644 0.004 0.216 0.120
#> SRR191433 2 0.787 0.26562 0.028 0.396 0.024 0.272 0.280
#> SRR191434 5 0.679 -0.06791 0.008 0.140 0.012 0.384 0.456
#> SRR191435 3 0.721 0.34572 0.040 0.000 0.488 0.240 0.232
#> SRR191436 4 0.716 0.13104 0.008 0.020 0.264 0.488 0.220
#> SRR191437 2 0.598 0.54362 0.032 0.660 0.012 0.072 0.224
#> SRR191438 5 0.637 0.40876 0.008 0.064 0.148 0.120 0.660
#> SRR191439 5 0.909 -0.08246 0.092 0.276 0.064 0.260 0.308
#> SRR191440 2 0.876 0.36186 0.176 0.412 0.060 0.092 0.260
#> SRR191441 2 0.640 0.55255 0.160 0.640 0.004 0.048 0.148
#> SRR191442 5 0.868 0.29179 0.040 0.136 0.212 0.176 0.436
#> SRR191443 3 0.691 0.42360 0.156 0.000 0.596 0.104 0.144
#> SRR191444 5 0.844 0.30884 0.020 0.140 0.212 0.188 0.440
#> SRR191445 2 0.806 0.28295 0.032 0.376 0.036 0.336 0.220
#> SRR191446 4 0.780 0.23644 0.076 0.136 0.032 0.524 0.232
#> SRR191447 2 0.627 0.35421 0.068 0.484 0.000 0.032 0.416
#> SRR191448 5 0.782 -0.08174 0.040 0.008 0.320 0.292 0.340
#> SRR191449 4 0.598 0.26922 0.000 0.028 0.336 0.572 0.064
#> SRR191450 3 0.812 0.26596 0.072 0.028 0.464 0.244 0.192
#> SRR191451 5 0.757 0.19810 0.048 0.056 0.264 0.096 0.536
#> SRR191452 2 0.788 0.44441 0.164 0.472 0.008 0.100 0.256
#> SRR191453 5 0.935 0.19897 0.100 0.136 0.156 0.248 0.360
#> SRR191454 3 0.579 0.37957 0.040 0.008 0.636 0.036 0.280
#> SRR191455 4 0.768 0.30519 0.036 0.060 0.192 0.544 0.168
#> SRR191456 5 0.763 0.04733 0.076 0.040 0.340 0.068 0.476
#> SRR191457 5 0.952 0.06328 0.224 0.072 0.180 0.232 0.292
#> SRR191458 5 0.771 0.12750 0.008 0.316 0.108 0.108 0.460
#> SRR191459 4 0.541 0.44592 0.000 0.048 0.080 0.720 0.152
#> SRR191460 4 0.653 0.11669 0.004 0.028 0.084 0.460 0.424
#> SRR191461 4 0.525 0.43364 0.000 0.036 0.100 0.732 0.132
#> SRR191462 2 0.696 0.29902 0.020 0.448 0.008 0.384 0.140
#> SRR191463 2 0.663 0.54730 0.060 0.628 0.016 0.088 0.208
#> SRR191464 2 0.745 0.45721 0.032 0.508 0.020 0.216 0.224
#> SRR191465 2 0.584 0.57869 0.140 0.688 0.000 0.120 0.052
#> SRR191466 5 0.834 0.15527 0.052 0.056 0.176 0.288 0.428
#> SRR191467 2 0.845 0.30359 0.072 0.416 0.040 0.204 0.268
#> SRR191468 2 0.577 0.52787 0.024 0.676 0.004 0.192 0.104
#> SRR191469 4 0.820 0.23378 0.032 0.072 0.300 0.432 0.164
#> SRR191470 2 0.870 0.27866 0.068 0.380 0.068 0.312 0.172
#> SRR191471 2 0.642 0.39786 0.000 0.532 0.016 0.320 0.132
#> SRR191472 4 0.872 -0.13702 0.132 0.272 0.028 0.380 0.188
#> SRR191473 4 0.631 0.04594 0.016 0.328 0.008 0.556 0.092
#> SRR191474 4 0.851 0.03500 0.020 0.096 0.280 0.364 0.240
#> SRR191475 2 0.689 0.35900 0.028 0.532 0.008 0.140 0.292
#> SRR191476 2 0.612 0.55247 0.012 0.636 0.008 0.180 0.164
#> SRR191477 4 0.824 0.03461 0.040 0.312 0.048 0.400 0.200
#> SRR191478 4 0.748 0.09288 0.020 0.236 0.016 0.444 0.284
#> SRR191479 3 0.674 0.35487 0.044 0.000 0.568 0.240 0.148
#> SRR191480 4 0.490 0.34288 0.000 0.172 0.004 0.724 0.100
#> SRR191481 4 0.627 0.11361 0.064 0.280 0.000 0.596 0.060
#> SRR191482 4 0.594 0.39307 0.028 0.160 0.032 0.700 0.080
#> SRR191483 4 0.555 0.39722 0.004 0.132 0.044 0.720 0.100
#> SRR191484 3 0.714 0.25957 0.248 0.000 0.536 0.072 0.144
#> SRR191485 4 0.753 -0.13030 0.020 0.300 0.020 0.440 0.220
#> SRR191486 5 0.607 0.33827 0.020 0.192 0.088 0.028 0.672
#> SRR191487 4 0.727 0.03002 0.012 0.320 0.032 0.480 0.156
#> SRR191488 3 0.702 0.37667 0.048 0.020 0.564 0.100 0.268
#> SRR191489 4 0.759 0.06705 0.000 0.272 0.044 0.376 0.308
#> SRR191490 2 0.515 0.55067 0.052 0.752 0.012 0.040 0.144
#> SRR191491 5 0.776 -0.05875 0.040 0.040 0.380 0.124 0.416
#> SRR191492 3 0.812 0.34456 0.032 0.056 0.448 0.208 0.256
#> SRR191493 5 0.833 0.04251 0.156 0.300 0.104 0.024 0.416
#> SRR191494 2 0.625 0.46655 0.036 0.576 0.004 0.068 0.316
#> SRR191495 4 0.657 0.25269 0.012 0.028 0.292 0.572 0.096
#> SRR191496 2 0.335 0.54576 0.020 0.860 0.004 0.024 0.092
#> SRR191497 4 0.665 0.39524 0.008 0.068 0.124 0.632 0.168
#> SRR191498 4 0.842 0.12503 0.032 0.168 0.088 0.396 0.316
#> SRR191499 4 0.759 0.15154 0.008 0.056 0.192 0.480 0.264
#> SRR191500 4 0.587 0.40894 0.004 0.044 0.160 0.688 0.104
#> SRR191501 5 0.730 0.15611 0.076 0.320 0.052 0.036 0.516
#> SRR191502 5 0.847 0.27189 0.032 0.196 0.132 0.180 0.460
#> SRR191503 2 0.763 0.47201 0.076 0.500 0.012 0.268 0.144
#> SRR191504 4 0.759 -0.22553 0.144 0.380 0.028 0.416 0.032
#> SRR191505 2 0.748 0.49174 0.088 0.484 0.000 0.280 0.148
#> SRR191506 2 0.265 0.56243 0.020 0.904 0.004 0.024 0.048
#> SRR191507 2 0.752 0.32568 0.008 0.460 0.052 0.316 0.164
#> SRR191508 4 0.807 0.29906 0.112 0.160 0.076 0.548 0.104
#> SRR191509 4 0.835 -0.09191 0.080 0.304 0.044 0.428 0.144
#> SRR191510 5 0.908 0.02535 0.088 0.192 0.092 0.244 0.384
#> SRR191511 4 0.758 -0.24249 0.144 0.392 0.008 0.396 0.060
#> SRR191512 2 0.379 0.55952 0.028 0.844 0.004 0.056 0.068
#> SRR191513 2 0.463 0.53983 0.028 0.780 0.004 0.056 0.132
#> SRR191514 2 0.532 0.52002 0.032 0.736 0.008 0.080 0.144
#> SRR191515 2 0.674 0.53973 0.032 0.584 0.008 0.224 0.152
#> SRR191516 4 0.685 0.31647 0.004 0.212 0.084 0.596 0.104
#> SRR191517 4 0.469 0.34159 0.008 0.192 0.012 0.748 0.040
#> SRR191518 4 0.776 0.22679 0.072 0.152 0.016 0.484 0.276
#> SRR191519 2 0.659 0.47698 0.100 0.560 0.000 0.292 0.048
#> SRR191520 4 0.608 0.45038 0.052 0.068 0.148 0.700 0.032
#> SRR191521 2 0.719 0.51170 0.128 0.556 0.004 0.228 0.084
#> SRR191522 2 0.653 0.41340 0.012 0.516 0.008 0.116 0.348
#> SRR191523 5 0.900 -0.21508 0.100 0.312 0.064 0.184 0.340
#> SRR191524 3 0.954 0.02190 0.196 0.072 0.288 0.208 0.236
#> SRR191525 2 0.740 0.29666 0.064 0.436 0.020 0.396 0.084
#> SRR191526 2 0.711 0.56239 0.140 0.572 0.000 0.180 0.108
#> SRR191527 5 0.888 0.05566 0.304 0.044 0.200 0.108 0.344
#> SRR191528 5 0.718 0.34108 0.044 0.164 0.232 0.012 0.548
#> SRR191529 5 0.824 0.08843 0.120 0.352 0.124 0.020 0.384
#> SRR191530 4 0.860 -0.12181 0.108 0.216 0.024 0.376 0.276
#> SRR191531 5 0.604 0.39267 0.032 0.140 0.160 0.004 0.664
#> SRR191532 2 0.715 0.41414 0.024 0.516 0.012 0.196 0.252
#> SRR191533 5 0.791 0.38360 0.016 0.172 0.184 0.116 0.512
#> SRR191534 5 0.668 0.25455 0.036 0.280 0.076 0.024 0.584
#> SRR191535 2 0.625 0.56989 0.012 0.608 0.004 0.192 0.184
#> SRR191536 5 0.848 0.06825 0.032 0.320 0.088 0.180 0.380
#> SRR191537 2 0.596 0.38463 0.012 0.540 0.004 0.376 0.068
#> SRR191538 2 0.371 0.57209 0.000 0.784 0.000 0.192 0.024
#> SRR191539 2 0.425 0.59692 0.012 0.792 0.000 0.068 0.128
#> SRR191540 4 0.692 0.18014 0.024 0.252 0.020 0.564 0.140
#> SRR191541 2 0.615 0.50543 0.040 0.644 0.004 0.216 0.096
#> SRR191542 2 0.518 0.53477 0.004 0.688 0.004 0.076 0.228
#> SRR191543 2 0.549 0.60729 0.020 0.708 0.004 0.140 0.128
#> SRR191544 5 0.667 0.12872 0.020 0.296 0.076 0.036 0.572
#> SRR191545 4 0.884 0.07673 0.156 0.164 0.052 0.432 0.196
#> SRR191546 5 0.853 -0.07414 0.060 0.120 0.088 0.360 0.372
#> SRR191547 2 0.868 0.09219 0.020 0.356 0.124 0.240 0.260
#> SRR191548 1 0.422 0.82158 0.724 0.000 0.248 0.000 0.028
#> SRR191549 1 0.378 0.82478 0.752 0.000 0.236 0.000 0.012
#> SRR191550 1 0.388 0.82577 0.748 0.000 0.236 0.000 0.016
#> SRR191551 1 0.400 0.80388 0.704 0.000 0.288 0.000 0.008
#> SRR191552 1 0.417 0.82523 0.732 0.000 0.240 0.000 0.028
#> SRR191553 1 0.836 0.09477 0.408 0.032 0.200 0.288 0.072
#> SRR191554 1 0.498 0.79719 0.700 0.000 0.228 0.008 0.064
#> SRR191555 3 0.620 0.39688 0.076 0.000 0.628 0.236 0.060
#> SRR191556 3 0.735 -0.09352 0.000 0.032 0.372 0.228 0.368
#> SRR191557 3 0.548 0.26477 0.004 0.000 0.592 0.336 0.068
#> SRR191558 2 0.611 0.47038 0.008 0.556 0.000 0.120 0.316
#> SRR191559 3 0.656 0.20522 0.032 0.016 0.476 0.056 0.420
#> SRR191560 3 0.627 0.26441 0.036 0.012 0.520 0.040 0.392
#> SRR191561 5 0.950 0.19246 0.288 0.156 0.100 0.156 0.300
#> SRR191562 3 0.698 0.21127 0.104 0.028 0.472 0.016 0.380
#> SRR191563 4 0.660 0.24838 0.004 0.060 0.056 0.516 0.364
#> SRR191564 3 0.719 -0.11078 0.004 0.008 0.336 0.320 0.332
#> SRR191565 3 0.619 0.15599 0.016 0.000 0.488 0.088 0.408
#> SRR191566 3 0.407 0.49247 0.016 0.000 0.812 0.072 0.100
#> SRR191567 3 0.780 0.35400 0.072 0.012 0.480 0.192 0.244
#> SRR191568 3 0.638 0.42195 0.108 0.004 0.660 0.092 0.136
#> SRR191569 5 0.593 0.24785 0.004 0.012 0.304 0.084 0.596
#> SRR191570 5 0.738 0.12904 0.004 0.028 0.344 0.220 0.404
#> SRR191571 5 0.848 -0.07761 0.024 0.088 0.328 0.212 0.348
#> SRR191572 1 0.429 0.81148 0.704 0.000 0.272 0.000 0.024
#> SRR191573 3 0.584 0.38202 0.004 0.012 0.600 0.076 0.308
#> SRR191574 5 0.730 -0.00827 0.076 0.036 0.372 0.044 0.472
#> SRR191575 5 0.673 -0.01081 0.132 0.012 0.384 0.008 0.464
#> SRR191576 5 0.628 0.36907 0.008 0.032 0.232 0.100 0.628
#> SRR191577 5 0.817 0.22843 0.012 0.100 0.228 0.220 0.440
#> SRR191578 4 0.662 -0.23585 0.008 0.400 0.000 0.428 0.164
#> SRR191579 3 0.756 -0.02368 0.352 0.012 0.452 0.104 0.080
#> SRR191580 1 0.487 0.80557 0.720 0.000 0.216 0.020 0.044
#> SRR191581 1 0.728 0.50116 0.492 0.016 0.312 0.032 0.148
#> SRR191582 5 0.785 -0.02455 0.304 0.004 0.288 0.052 0.352
#> SRR191583 2 0.459 0.53542 0.000 0.704 0.000 0.048 0.248
#> SRR191584 1 0.631 0.52222 0.624 0.012 0.080 0.036 0.248
#> SRR191585 4 0.602 0.03269 0.004 0.000 0.416 0.480 0.100
#> SRR191586 4 0.569 0.06760 0.004 0.016 0.448 0.496 0.036
#> SRR191587 4 0.715 0.12482 0.000 0.020 0.244 0.420 0.316
#> SRR191588 3 0.559 0.49169 0.028 0.004 0.700 0.172 0.096
#> SRR191589 3 0.662 0.27609 0.016 0.008 0.512 0.348 0.116
#> SRR191590 3 0.513 0.22556 0.020 0.000 0.548 0.012 0.420
#> SRR191591 5 0.744 0.24564 0.016 0.032 0.260 0.200 0.492
#> SRR191592 3 0.665 0.14054 0.024 0.028 0.456 0.056 0.436
#> SRR191593 3 0.442 0.48363 0.044 0.000 0.788 0.036 0.132
#> SRR191594 1 0.378 0.82087 0.740 0.000 0.252 0.000 0.008
#> SRR191595 3 0.650 0.28697 0.048 0.024 0.540 0.032 0.356
#> SRR191596 3 0.623 0.34355 0.040 0.012 0.576 0.044 0.328
#> SRR191597 4 0.585 0.42210 0.004 0.052 0.080 0.688 0.176
#> SRR191598 3 0.559 0.42677 0.008 0.004 0.668 0.108 0.212
#> SRR191599 3 0.378 0.46983 0.040 0.000 0.820 0.012 0.128
#> SRR191600 5 0.763 0.13709 0.000 0.168 0.084 0.300 0.448
#> SRR191601 4 0.807 -0.19130 0.016 0.048 0.312 0.340 0.284
#> SRR191602 4 0.591 0.35294 0.004 0.048 0.056 0.652 0.240
#> SRR191603 4 0.759 0.09342 0.008 0.244 0.044 0.460 0.244
#> SRR191604 2 0.620 0.48525 0.008 0.564 0.000 0.284 0.144
#> SRR191605 4 0.745 0.07873 0.000 0.080 0.136 0.448 0.336
#> SRR191606 3 0.553 0.13609 0.004 0.012 0.500 0.032 0.452
#> SRR191607 4 0.570 0.08075 0.008 0.000 0.436 0.496 0.060
#> SRR191608 4 0.809 0.12864 0.008 0.120 0.272 0.440 0.160
#> SRR191609 4 0.593 0.42561 0.004 0.112 0.136 0.692 0.056
#> SRR191610 3 0.496 0.21817 0.004 0.000 0.616 0.348 0.032
#> SRR191611 4 0.563 0.16095 0.004 0.012 0.420 0.524 0.040
#> SRR191612 5 0.695 0.19091 0.008 0.024 0.136 0.348 0.484
#> SRR191613 5 0.866 -0.00218 0.056 0.052 0.268 0.296 0.328
#> SRR191614 4 0.606 -0.01096 0.004 0.004 0.428 0.476 0.088
#> SRR191615 4 0.632 0.10987 0.012 0.008 0.416 0.480 0.084
#> SRR191616 2 0.612 0.57659 0.048 0.688 0.016 0.140 0.108
#> SRR191617 5 0.709 -0.16972 0.000 0.300 0.032 0.192 0.476
#> SRR191618 3 0.847 0.00932 0.048 0.044 0.344 0.268 0.296
#> SRR191619 4 0.627 0.39333 0.008 0.148 0.040 0.656 0.148
#> SRR191620 5 0.610 0.44298 0.016 0.108 0.076 0.100 0.700
#> SRR191621 4 0.623 0.10861 0.008 0.280 0.004 0.576 0.132
#> SRR191622 5 0.647 0.32710 0.008 0.032 0.228 0.120 0.612
#> SRR191623 3 0.657 0.43031 0.020 0.000 0.560 0.196 0.224
#> SRR191624 3 0.467 0.45619 0.100 0.000 0.784 0.060 0.056
#> SRR191625 4 0.534 0.42665 0.008 0.124 0.036 0.740 0.092
#> SRR191626 4 0.389 0.46520 0.000 0.052 0.060 0.836 0.052
#> SRR191627 4 0.456 0.30497 0.000 0.208 0.000 0.728 0.064
#> SRR191628 4 0.625 0.31943 0.000 0.008 0.260 0.568 0.164
#> SRR191629 4 0.592 0.40539 0.004 0.032 0.096 0.664 0.204
#> SRR191630 1 0.418 0.81052 0.712 0.000 0.268 0.000 0.020
#> SRR191631 4 0.521 0.34111 0.012 0.180 0.008 0.720 0.080
#> SRR191632 5 0.750 -0.12954 0.004 0.024 0.320 0.316 0.336
#> SRR191633 5 0.748 0.10088 0.000 0.068 0.152 0.380 0.400
#> SRR191634 2 0.471 0.60738 0.040 0.784 0.004 0.108 0.064
#> SRR191635 4 0.612 0.15047 0.004 0.020 0.396 0.516 0.064
#> SRR191636 4 0.896 0.12782 0.112 0.184 0.056 0.372 0.276
#> SRR191637 2 0.286 0.58128 0.000 0.852 0.000 0.136 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.545 0.36677 0.016 0.000 0.596 0.292 0.004 0.092
#> SRR191394 3 0.654 -0.22409 0.384 0.004 0.424 0.152 0.004 0.032
#> SRR191396 6 0.784 0.29412 0.000 0.052 0.156 0.148 0.196 0.448
#> SRR191397 3 0.546 0.47561 0.064 0.004 0.680 0.148 0.000 0.104
#> SRR191398 3 0.674 -0.14658 0.348 0.008 0.444 0.160 0.008 0.032
#> SRR191399 4 0.574 0.17755 0.000 0.000 0.332 0.528 0.124 0.016
#> SRR191400 3 0.857 0.09918 0.140 0.040 0.304 0.240 0.020 0.256
#> SRR191401 3 0.466 0.50062 0.036 0.004 0.748 0.108 0.000 0.104
#> SRR191402 4 0.760 0.28552 0.008 0.028 0.224 0.456 0.084 0.200
#> SRR191403 3 0.470 0.35508 0.004 0.000 0.672 0.268 0.028 0.028
#> SRR191404 5 0.770 0.05086 0.004 0.276 0.008 0.192 0.376 0.144
#> SRR191405 5 0.642 0.46639 0.048 0.024 0.008 0.152 0.612 0.156
#> SRR191406 4 0.724 0.34847 0.012 0.052 0.060 0.548 0.176 0.152
#> SRR191407 3 0.807 0.04648 0.280 0.008 0.332 0.136 0.020 0.224
#> SRR191408 6 0.796 -0.06378 0.072 0.020 0.280 0.288 0.020 0.320
#> SRR191409 6 0.743 0.13383 0.008 0.032 0.132 0.284 0.080 0.464
#> SRR191410 4 0.669 0.37616 0.008 0.016 0.124 0.596 0.132 0.124
#> SRR191411 4 0.786 0.15991 0.028 0.028 0.072 0.440 0.248 0.184
#> SRR191412 3 0.529 0.43244 0.040 0.004 0.632 0.284 0.008 0.032
#> SRR191413 3 0.502 0.23520 0.000 0.004 0.572 0.372 0.024 0.028
#> SRR191414 3 0.506 0.28523 0.224 0.004 0.680 0.068 0.016 0.008
#> SRR191415 4 0.590 0.36061 0.000 0.012 0.100 0.632 0.200 0.056
#> SRR191416 3 0.662 0.32308 0.020 0.008 0.556 0.264 0.076 0.076
#> SRR191418 4 0.693 0.12346 0.004 0.016 0.272 0.508 0.076 0.124
#> SRR191419 4 0.831 0.05246 0.148 0.008 0.292 0.348 0.052 0.152
#> SRR191420 3 0.579 0.38310 0.064 0.004 0.624 0.252 0.020 0.036
#> SRR191421 3 0.599 0.38640 0.024 0.000 0.584 0.256 0.016 0.120
#> SRR191422 6 0.802 -0.20362 0.012 0.276 0.036 0.076 0.248 0.352
#> SRR191423 2 0.828 0.29701 0.028 0.376 0.040 0.084 0.264 0.208
#> SRR191424 2 0.687 0.27797 0.068 0.476 0.004 0.076 0.344 0.032
#> SRR191425 3 0.460 0.45874 0.004 0.000 0.732 0.160 0.016 0.088
#> SRR191426 4 0.851 0.11754 0.016 0.260 0.184 0.360 0.072 0.108
#> SRR191427 6 0.907 0.14441 0.052 0.092 0.176 0.248 0.104 0.328
#> SRR191428 3 0.478 0.18380 0.008 0.000 0.592 0.364 0.028 0.008
#> SRR191429 5 0.512 0.22336 0.016 0.224 0.000 0.008 0.668 0.084
#> SRR191430 6 0.711 0.37927 0.024 0.128 0.076 0.100 0.072 0.600
#> SRR191431 6 0.689 0.35965 0.016 0.176 0.100 0.036 0.080 0.592
#> SRR191432 2 0.581 0.23205 0.008 0.552 0.000 0.028 0.328 0.084
#> SRR191433 2 0.719 0.09269 0.016 0.444 0.004 0.052 0.260 0.224
#> SRR191434 6 0.784 0.09555 0.016 0.104 0.024 0.248 0.176 0.432
#> SRR191435 3 0.707 0.22359 0.008 0.008 0.404 0.364 0.056 0.160
#> SRR191436 4 0.782 0.29983 0.012 0.024 0.188 0.456 0.160 0.160
#> SRR191437 2 0.683 0.46282 0.028 0.552 0.012 0.036 0.208 0.164
#> SRR191438 6 0.641 0.40291 0.036 0.064 0.072 0.120 0.044 0.664
#> SRR191439 2 0.912 0.02988 0.080 0.296 0.064 0.164 0.108 0.288
#> SRR191440 2 0.870 0.29154 0.060 0.312 0.052 0.064 0.252 0.260
#> SRR191441 2 0.511 0.47807 0.028 0.692 0.000 0.008 0.188 0.084
#> SRR191442 6 0.903 0.19758 0.080 0.096 0.148 0.200 0.092 0.384
#> SRR191443 3 0.680 0.43446 0.148 0.000 0.560 0.152 0.016 0.124
#> SRR191444 6 0.844 0.24802 0.016 0.104 0.176 0.216 0.084 0.404
#> SRR191445 5 0.919 -0.03992 0.068 0.256 0.048 0.160 0.260 0.208
#> SRR191446 5 0.629 0.44066 0.020 0.020 0.032 0.136 0.628 0.164
#> SRR191447 2 0.708 0.33810 0.032 0.448 0.020 0.024 0.128 0.348
#> SRR191448 4 0.775 0.01158 0.048 0.000 0.268 0.352 0.060 0.272
#> SRR191449 4 0.703 0.28068 0.000 0.008 0.292 0.428 0.212 0.060
#> SRR191450 3 0.804 0.12940 0.060 0.032 0.428 0.272 0.052 0.156
#> SRR191451 6 0.791 0.30959 0.068 0.080 0.192 0.104 0.044 0.512
#> SRR191452 2 0.730 0.34614 0.032 0.484 0.008 0.052 0.240 0.184
#> SRR191453 6 0.894 0.11411 0.012 0.188 0.104 0.236 0.168 0.292
#> SRR191454 3 0.637 0.36580 0.024 0.008 0.576 0.116 0.028 0.248
#> SRR191455 4 0.780 0.24525 0.008 0.020 0.180 0.420 0.244 0.128
#> SRR191456 6 0.720 0.15005 0.036 0.060 0.288 0.092 0.020 0.504
#> SRR191457 4 0.901 0.01777 0.220 0.036 0.200 0.292 0.056 0.196
#> SRR191458 6 0.808 0.19693 0.036 0.192 0.064 0.108 0.112 0.488
#> SRR191459 4 0.650 -0.01394 0.008 0.008 0.040 0.436 0.408 0.100
#> SRR191460 6 0.702 -0.00806 0.008 0.028 0.052 0.372 0.104 0.436
#> SRR191461 4 0.693 0.14526 0.012 0.004 0.072 0.460 0.332 0.120
#> SRR191462 5 0.774 -0.01297 0.008 0.296 0.028 0.148 0.412 0.108
#> SRR191463 2 0.705 0.39417 0.044 0.452 0.000 0.024 0.284 0.196
#> SRR191464 2 0.755 0.23743 0.028 0.448 0.012 0.060 0.244 0.208
#> SRR191465 2 0.519 0.38164 0.024 0.528 0.000 0.000 0.404 0.044
#> SRR191466 4 0.874 0.03072 0.076 0.068 0.132 0.328 0.072 0.324
#> SRR191467 2 0.851 0.19001 0.016 0.300 0.056 0.104 0.248 0.276
#> SRR191468 2 0.416 0.36470 0.004 0.716 0.000 0.004 0.240 0.036
#> SRR191469 4 0.849 0.31168 0.076 0.008 0.216 0.376 0.176 0.148
#> SRR191470 4 0.857 -0.13666 0.008 0.268 0.092 0.320 0.212 0.100
#> SRR191471 2 0.815 0.16040 0.012 0.380 0.036 0.200 0.256 0.116
#> SRR191472 5 0.810 0.16775 0.040 0.232 0.040 0.088 0.452 0.148
#> SRR191473 5 0.625 0.44915 0.000 0.108 0.028 0.132 0.636 0.096
#> SRR191474 4 0.817 0.19921 0.020 0.072 0.292 0.408 0.096 0.112
#> SRR191475 2 0.589 0.33806 0.004 0.592 0.000 0.036 0.124 0.244
#> SRR191476 2 0.686 0.33148 0.000 0.480 0.020 0.064 0.312 0.124
#> SRR191477 5 0.890 0.20658 0.064 0.220 0.044 0.192 0.352 0.128
#> SRR191478 5 0.748 0.33040 0.004 0.128 0.020 0.148 0.468 0.232
#> SRR191479 3 0.610 0.16133 0.016 0.000 0.500 0.376 0.040 0.068
#> SRR191480 5 0.567 0.41387 0.024 0.036 0.008 0.260 0.632 0.040
#> SRR191481 5 0.524 0.45291 0.024 0.076 0.020 0.116 0.736 0.028
#> SRR191482 5 0.674 0.27880 0.076 0.036 0.028 0.312 0.524 0.024
#> SRR191483 5 0.713 0.17057 0.012 0.052 0.036 0.380 0.428 0.092
#> SRR191484 3 0.739 0.30446 0.228 0.004 0.480 0.160 0.020 0.108
#> SRR191485 5 0.804 0.33288 0.040 0.148 0.028 0.164 0.476 0.144
#> SRR191486 6 0.627 0.35846 0.044 0.120 0.060 0.044 0.056 0.676
#> SRR191487 5 0.767 0.35180 0.040 0.176 0.012 0.200 0.484 0.088
#> SRR191488 3 0.784 0.27694 0.080 0.020 0.452 0.172 0.036 0.240
#> SRR191489 6 0.844 0.02122 0.016 0.232 0.040 0.256 0.128 0.328
#> SRR191490 2 0.556 0.51001 0.092 0.708 0.016 0.008 0.096 0.080
#> SRR191491 6 0.800 0.09408 0.044 0.036 0.312 0.192 0.040 0.376
#> SRR191492 3 0.798 0.22949 0.040 0.056 0.368 0.360 0.044 0.132
#> SRR191493 6 0.834 -0.06491 0.044 0.272 0.092 0.024 0.208 0.360
#> SRR191494 2 0.600 0.44504 0.012 0.636 0.012 0.040 0.100 0.200
#> SRR191495 4 0.641 0.31191 0.004 0.000 0.220 0.520 0.220 0.036
#> SRR191496 2 0.208 0.50308 0.000 0.912 0.000 0.004 0.044 0.040
#> SRR191497 4 0.672 0.28610 0.020 0.024 0.052 0.584 0.212 0.108
#> SRR191498 5 0.810 0.25894 0.068 0.032 0.048 0.188 0.436 0.228
#> SRR191499 4 0.662 0.33428 0.012 0.032 0.152 0.596 0.040 0.168
#> SRR191500 4 0.636 0.27508 0.004 0.012 0.092 0.572 0.256 0.064
#> SRR191501 6 0.722 0.11337 0.044 0.296 0.040 0.024 0.100 0.496
#> SRR191502 6 0.794 0.31509 0.016 0.148 0.128 0.132 0.076 0.500
#> SRR191503 5 0.797 -0.04900 0.072 0.276 0.020 0.072 0.440 0.120
#> SRR191504 5 0.458 0.34412 0.028 0.144 0.008 0.036 0.764 0.020
#> SRR191505 5 0.664 -0.10670 0.016 0.344 0.000 0.044 0.468 0.128
#> SRR191506 2 0.247 0.48882 0.000 0.876 0.000 0.008 0.104 0.012
#> SRR191507 2 0.853 0.03244 0.024 0.336 0.040 0.220 0.252 0.128
#> SRR191508 5 0.694 0.42339 0.040 0.040 0.056 0.168 0.604 0.092
#> SRR191509 5 0.785 0.21984 0.020 0.184 0.036 0.208 0.464 0.088
#> SRR191510 5 0.772 0.09554 0.024 0.056 0.068 0.088 0.384 0.380
#> SRR191511 5 0.435 0.33900 0.028 0.140 0.000 0.044 0.772 0.016
#> SRR191512 2 0.220 0.49521 0.008 0.908 0.000 0.008 0.064 0.012
#> SRR191513 2 0.316 0.48057 0.004 0.840 0.000 0.000 0.076 0.080
#> SRR191514 2 0.415 0.45172 0.004 0.784 0.004 0.016 0.124 0.068
#> SRR191515 2 0.788 0.31463 0.040 0.460 0.016 0.164 0.220 0.100
#> SRR191516 4 0.783 0.14430 0.032 0.132 0.056 0.480 0.240 0.060
#> SRR191517 5 0.498 0.42472 0.016 0.024 0.004 0.268 0.664 0.024
#> SRR191518 5 0.667 0.40741 0.012 0.064 0.020 0.108 0.580 0.216
#> SRR191519 5 0.569 0.00636 0.012 0.320 0.028 0.028 0.588 0.024
#> SRR191520 4 0.699 0.09907 0.040 0.016 0.136 0.416 0.380 0.012
#> SRR191521 2 0.563 0.23078 0.024 0.508 0.000 0.028 0.408 0.032
#> SRR191522 2 0.805 0.35115 0.032 0.412 0.024 0.088 0.188 0.256
#> SRR191523 5 0.848 -0.10445 0.032 0.220 0.024 0.140 0.336 0.248
#> SRR191524 4 0.929 -0.02938 0.124 0.068 0.212 0.312 0.084 0.200
#> SRR191525 5 0.572 0.32451 0.012 0.192 0.008 0.088 0.660 0.040
#> SRR191526 2 0.600 0.33559 0.028 0.480 0.000 0.016 0.404 0.072
#> SRR191527 6 0.891 -0.05416 0.276 0.060 0.156 0.156 0.040 0.312
#> SRR191528 6 0.717 0.37455 0.040 0.148 0.196 0.048 0.020 0.548
#> SRR191529 6 0.798 0.08058 0.032 0.296 0.068 0.052 0.124 0.428
#> SRR191530 5 0.704 0.21612 0.040 0.132 0.004 0.060 0.532 0.232
#> SRR191531 6 0.633 0.41900 0.052 0.128 0.132 0.028 0.016 0.644
#> SRR191532 2 0.857 0.33200 0.072 0.416 0.028 0.140 0.172 0.172
#> SRR191533 6 0.785 0.36594 0.020 0.156 0.160 0.132 0.040 0.492
#> SRR191534 6 0.718 0.18405 0.032 0.288 0.060 0.048 0.056 0.516
#> SRR191535 2 0.712 0.38958 0.012 0.504 0.000 0.132 0.196 0.156
#> SRR191536 6 0.882 0.03039 0.044 0.276 0.076 0.176 0.092 0.336
#> SRR191537 5 0.609 0.25380 0.008 0.308 0.000 0.100 0.544 0.040
#> SRR191538 2 0.430 0.35702 0.000 0.628 0.000 0.004 0.344 0.024
#> SRR191539 2 0.539 0.45573 0.032 0.632 0.000 0.008 0.264 0.064
#> SRR191540 5 0.801 0.31131 0.040 0.136 0.024 0.268 0.432 0.100
#> SRR191541 2 0.645 0.10747 0.072 0.452 0.000 0.008 0.388 0.080
#> SRR191542 2 0.572 0.47378 0.004 0.604 0.004 0.012 0.156 0.220
#> SRR191543 2 0.687 0.44637 0.040 0.520 0.004 0.036 0.268 0.132
#> SRR191544 6 0.608 0.19418 0.028 0.232 0.028 0.016 0.072 0.624
#> SRR191545 5 0.715 0.28101 0.044 0.128 0.004 0.128 0.560 0.136
#> SRR191546 4 0.808 0.05787 0.020 0.068 0.036 0.356 0.244 0.276
#> SRR191547 4 0.877 -0.07634 0.012 0.264 0.096 0.308 0.124 0.196
#> SRR191548 1 0.365 0.74276 0.760 0.000 0.212 0.008 0.000 0.020
#> SRR191549 1 0.304 0.74434 0.796 0.004 0.196 0.000 0.004 0.000
#> SRR191550 1 0.321 0.74302 0.788 0.004 0.200 0.004 0.004 0.000
#> SRR191551 1 0.343 0.72533 0.740 0.004 0.252 0.004 0.000 0.000
#> SRR191552 1 0.391 0.74337 0.756 0.000 0.200 0.024 0.000 0.020
#> SRR191553 1 0.785 0.02375 0.404 0.016 0.128 0.324 0.044 0.084
#> SRR191554 1 0.424 0.72220 0.740 0.000 0.188 0.012 0.000 0.060
#> SRR191555 3 0.591 0.26146 0.056 0.000 0.592 0.284 0.028 0.040
#> SRR191556 6 0.793 0.19087 0.028 0.028 0.272 0.228 0.056 0.388
#> SRR191557 3 0.503 0.12872 0.000 0.000 0.532 0.412 0.028 0.028
#> SRR191558 2 0.720 0.31895 0.008 0.428 0.000 0.084 0.204 0.276
#> SRR191559 6 0.729 -0.08094 0.052 0.008 0.384 0.144 0.028 0.384
#> SRR191560 3 0.714 0.11495 0.052 0.012 0.428 0.128 0.020 0.360
#> SRR191561 1 0.907 -0.09788 0.316 0.108 0.076 0.160 0.064 0.276
#> SRR191562 6 0.692 -0.06154 0.092 0.012 0.400 0.068 0.012 0.416
#> SRR191563 4 0.685 0.11990 0.008 0.024 0.016 0.428 0.172 0.352
#> SRR191564 6 0.793 0.01880 0.036 0.016 0.220 0.324 0.060 0.344
#> SRR191565 6 0.655 -0.02073 0.032 0.008 0.408 0.136 0.004 0.412
#> SRR191566 3 0.493 0.48444 0.024 0.000 0.708 0.164 0.004 0.100
#> SRR191567 3 0.751 0.24268 0.032 0.008 0.400 0.332 0.056 0.172
#> SRR191568 3 0.627 0.40838 0.080 0.008 0.564 0.264 0.000 0.084
#> SRR191569 6 0.580 0.33399 0.000 0.016 0.252 0.072 0.044 0.616
#> SRR191570 6 0.794 0.19365 0.036 0.024 0.252 0.232 0.056 0.400
#> SRR191571 4 0.865 -0.11984 0.048 0.052 0.300 0.324 0.084 0.192
#> SRR191572 1 0.359 0.73850 0.752 0.000 0.228 0.008 0.000 0.012
#> SRR191573 3 0.655 0.30517 0.020 0.016 0.492 0.164 0.004 0.304
#> SRR191574 6 0.730 0.07386 0.040 0.036 0.336 0.104 0.028 0.456
#> SRR191575 6 0.653 0.09692 0.088 0.004 0.356 0.064 0.008 0.480
#> SRR191576 6 0.603 0.40356 0.004 0.032 0.128 0.112 0.060 0.664
#> SRR191577 4 0.866 -0.02822 0.052 0.076 0.172 0.356 0.064 0.280
#> SRR191578 5 0.700 0.16975 0.000 0.240 0.000 0.152 0.472 0.136
#> SRR191579 3 0.747 0.04430 0.328 0.016 0.404 0.176 0.016 0.060
#> SRR191580 1 0.434 0.70613 0.772 0.004 0.132 0.012 0.012 0.068
#> SRR191581 1 0.750 0.39293 0.456 0.036 0.272 0.064 0.008 0.164
#> SRR191582 6 0.766 0.09737 0.296 0.012 0.240 0.068 0.016 0.368
#> SRR191583 2 0.587 0.45770 0.000 0.560 0.004 0.016 0.152 0.268
#> SRR191584 1 0.548 0.51451 0.640 0.004 0.060 0.024 0.016 0.256
#> SRR191585 4 0.551 0.21535 0.000 0.000 0.328 0.568 0.072 0.032
#> SRR191586 4 0.573 0.11204 0.008 0.000 0.404 0.472 0.112 0.004
#> SRR191587 4 0.785 0.19522 0.000 0.012 0.184 0.328 0.200 0.276
#> SRR191588 3 0.577 0.42955 0.032 0.000 0.592 0.292 0.020 0.064
#> SRR191589 4 0.625 -0.07431 0.020 0.008 0.400 0.476 0.068 0.028
#> SRR191590 3 0.595 0.08549 0.036 0.004 0.480 0.060 0.008 0.412
#> SRR191591 6 0.736 0.21346 0.000 0.032 0.184 0.288 0.064 0.432
#> SRR191592 6 0.730 -0.03439 0.044 0.012 0.364 0.148 0.028 0.404
#> SRR191593 3 0.434 0.50755 0.044 0.000 0.768 0.120 0.000 0.068
#> SRR191594 1 0.349 0.73231 0.748 0.004 0.240 0.004 0.004 0.000
#> SRR191595 3 0.705 0.18751 0.056 0.016 0.472 0.116 0.016 0.324
#> SRR191596 3 0.686 0.22610 0.056 0.004 0.488 0.120 0.020 0.312
#> SRR191597 4 0.644 0.24117 0.008 0.012 0.048 0.556 0.272 0.104
#> SRR191598 3 0.564 0.38760 0.000 0.004 0.592 0.184 0.008 0.212
#> SRR191599 3 0.400 0.49430 0.016 0.000 0.784 0.088 0.000 0.112
#> SRR191600 6 0.760 0.20663 0.008 0.136 0.056 0.264 0.068 0.468
#> SRR191601 4 0.719 0.08208 0.008 0.032 0.240 0.460 0.028 0.232
#> SRR191602 4 0.656 0.15019 0.000 0.016 0.016 0.464 0.296 0.208
#> SRR191603 4 0.772 0.23561 0.020 0.184 0.044 0.488 0.072 0.192
#> SRR191604 2 0.736 0.19678 0.016 0.412 0.000 0.132 0.320 0.120
#> SRR191605 4 0.739 0.11243 0.000 0.068 0.088 0.424 0.076 0.344
#> SRR191606 6 0.623 0.06389 0.028 0.020 0.404 0.052 0.016 0.480
#> SRR191607 4 0.535 0.12779 0.004 0.000 0.400 0.516 0.072 0.008
#> SRR191608 4 0.806 0.27513 0.012 0.076 0.216 0.456 0.136 0.104
#> SRR191609 5 0.669 -0.04249 0.012 0.036 0.100 0.408 0.428 0.016
#> SRR191610 3 0.479 0.09451 0.000 0.000 0.540 0.412 0.044 0.004
#> SRR191611 4 0.547 0.21142 0.008 0.000 0.340 0.552 0.096 0.004
#> SRR191612 4 0.672 0.06866 0.012 0.012 0.112 0.464 0.040 0.360
#> SRR191613 4 0.761 0.11361 0.084 0.008 0.196 0.440 0.024 0.248
#> SRR191614 4 0.598 0.21427 0.004 0.004 0.280 0.576 0.096 0.040
#> SRR191615 4 0.561 0.20992 0.000 0.008 0.324 0.568 0.080 0.020
#> SRR191616 2 0.777 0.40130 0.100 0.512 0.016 0.076 0.184 0.112
#> SRR191617 6 0.637 -0.08912 0.000 0.220 0.008 0.020 0.248 0.504
#> SRR191618 4 0.806 -0.08351 0.008 0.028 0.304 0.312 0.104 0.244
#> SRR191619 5 0.696 0.27491 0.008 0.052 0.024 0.304 0.492 0.120
#> SRR191620 6 0.616 0.38891 0.012 0.084 0.032 0.120 0.084 0.668
#> SRR191621 5 0.557 0.46581 0.016 0.052 0.004 0.136 0.692 0.100
#> SRR191622 6 0.698 0.36809 0.012 0.044 0.176 0.116 0.072 0.580
#> SRR191623 3 0.671 0.34748 0.028 0.000 0.464 0.328 0.024 0.156
#> SRR191624 3 0.458 0.47083 0.072 0.000 0.748 0.148 0.012 0.020
#> SRR191625 5 0.545 0.31748 0.000 0.016 0.036 0.332 0.584 0.032
#> SRR191626 4 0.494 -0.09173 0.000 0.000 0.024 0.492 0.460 0.024
#> SRR191627 5 0.447 0.44963 0.008 0.016 0.000 0.236 0.708 0.032
#> SRR191628 4 0.732 0.37974 0.024 0.000 0.180 0.484 0.208 0.104
#> SRR191629 4 0.633 0.26088 0.008 0.000 0.052 0.548 0.268 0.124
#> SRR191630 1 0.402 0.71690 0.720 0.004 0.252 0.008 0.004 0.012
#> SRR191631 5 0.449 0.43585 0.008 0.008 0.000 0.260 0.688 0.036
#> SRR191632 4 0.681 0.09368 0.004 0.008 0.204 0.496 0.048 0.240
#> SRR191633 6 0.793 0.05083 0.008 0.068 0.100 0.312 0.108 0.404
#> SRR191634 2 0.652 0.43495 0.088 0.572 0.004 0.020 0.244 0.072
#> SRR191635 4 0.590 0.25800 0.000 0.000 0.260 0.544 0.180 0.016
#> SRR191636 5 0.849 0.14385 0.036 0.164 0.020 0.180 0.336 0.264
#> SRR191637 2 0.405 0.41218 0.000 0.676 0.004 0.000 0.300 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0224 0.348 0.719 0.3624 0.898 0.898
#> 3 3 0.0426 0.559 0.719 0.4443 0.477 0.456
#> 4 4 0.1192 0.458 0.671 0.1390 0.905 0.826
#> 5 5 0.1654 0.255 0.598 0.1268 0.908 0.817
#> 6 6 0.2078 0.204 0.542 0.0585 0.903 0.784
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 2 0.998 -0.41021 0.476 0.524
#> SRR191394 2 0.722 0.55793 0.200 0.800
#> SRR191396 2 0.615 0.47485 0.152 0.848
#> SRR191397 2 0.541 0.49318 0.124 0.876
#> SRR191398 2 0.714 0.56286 0.196 0.804
#> SRR191399 2 0.644 0.41885 0.164 0.836
#> SRR191400 2 0.795 0.58043 0.240 0.760
#> SRR191401 2 0.949 -0.45312 0.368 0.632
#> SRR191402 2 0.952 -0.49780 0.372 0.628
#> SRR191403 2 0.671 0.39832 0.176 0.824
#> SRR191404 2 0.605 0.58480 0.148 0.852
#> SRR191405 2 0.802 0.31212 0.244 0.756
#> SRR191406 2 0.963 -0.51190 0.388 0.612
#> SRR191407 2 0.529 0.57882 0.120 0.880
#> SRR191408 2 0.653 0.57279 0.168 0.832
#> SRR191409 2 0.990 -0.17746 0.440 0.560
#> SRR191410 1 0.997 0.84559 0.532 0.468
#> SRR191411 2 1.000 -0.44658 0.496 0.504
#> SRR191412 2 0.917 -0.19578 0.332 0.668
#> SRR191413 2 0.983 -0.64857 0.424 0.576
#> SRR191414 2 0.722 0.58437 0.200 0.800
#> SRR191415 1 0.990 0.83877 0.560 0.440
#> SRR191416 2 0.981 -0.65180 0.420 0.580
#> SRR191418 2 0.955 -0.46166 0.376 0.624
#> SRR191419 2 0.866 0.55016 0.288 0.712
#> SRR191420 2 0.494 0.48457 0.108 0.892
#> SRR191421 2 0.644 0.38936 0.164 0.836
#> SRR191422 2 0.541 0.51963 0.124 0.876
#> SRR191423 2 0.529 0.58763 0.120 0.880
#> SRR191424 2 0.955 0.49481 0.376 0.624
#> SRR191425 2 0.644 0.39856 0.164 0.836
#> SRR191426 2 0.925 -0.35967 0.340 0.660
#> SRR191427 2 0.595 0.58245 0.144 0.856
#> SRR191428 2 0.680 0.36010 0.180 0.820
#> SRR191429 2 0.494 0.53204 0.108 0.892
#> SRR191430 2 0.760 0.54785 0.220 0.780
#> SRR191431 2 0.706 0.57045 0.192 0.808
#> SRR191432 2 0.814 0.53132 0.252 0.748
#> SRR191433 2 0.871 0.48753 0.292 0.708
#> SRR191434 2 0.913 0.47587 0.328 0.672
#> SRR191435 2 0.605 0.45123 0.148 0.852
#> SRR191436 2 0.917 -0.21703 0.332 0.668
#> SRR191437 2 0.939 0.50776 0.356 0.644
#> SRR191438 2 0.706 0.43535 0.192 0.808
#> SRR191439 2 0.653 0.58023 0.168 0.832
#> SRR191440 2 0.730 0.56519 0.204 0.796
#> SRR191441 2 0.745 0.56246 0.212 0.788
#> SRR191442 2 0.866 0.51583 0.288 0.712
#> SRR191443 2 0.388 0.52957 0.076 0.924
#> SRR191444 2 0.595 0.41903 0.144 0.856
#> SRR191445 2 0.891 0.53573 0.308 0.692
#> SRR191446 2 0.653 0.47278 0.168 0.832
#> SRR191447 2 0.634 0.59184 0.160 0.840
#> SRR191448 2 0.730 0.55905 0.204 0.796
#> SRR191449 2 0.689 0.38654 0.184 0.816
#> SRR191450 2 0.932 0.50135 0.348 0.652
#> SRR191451 2 0.738 0.57873 0.208 0.792
#> SRR191452 2 0.722 0.56824 0.200 0.800
#> SRR191453 2 0.595 0.58648 0.144 0.856
#> SRR191454 2 0.494 0.47640 0.108 0.892
#> SRR191455 2 0.844 0.04330 0.272 0.728
#> SRR191456 2 0.634 0.57815 0.160 0.840
#> SRR191457 2 0.909 0.53241 0.324 0.676
#> SRR191458 2 0.827 0.49911 0.260 0.740
#> SRR191459 2 0.913 -0.11251 0.328 0.672
#> SRR191460 2 0.900 -0.26087 0.316 0.684
#> SRR191461 2 0.671 0.41138 0.176 0.824
#> SRR191462 2 0.644 0.52880 0.164 0.836
#> SRR191463 2 0.788 0.56965 0.236 0.764
#> SRR191464 2 0.886 0.55135 0.304 0.696
#> SRR191465 2 0.541 0.58762 0.124 0.876
#> SRR191466 2 0.913 0.40783 0.328 0.672
#> SRR191467 2 0.529 0.55195 0.120 0.880
#> SRR191468 2 0.921 0.51715 0.336 0.664
#> SRR191469 2 0.996 -0.04723 0.464 0.536
#> SRR191470 2 0.680 0.48082 0.180 0.820
#> SRR191471 2 0.443 0.56947 0.092 0.908
#> SRR191472 2 0.625 0.58286 0.156 0.844
#> SRR191473 2 0.416 0.51487 0.084 0.916
#> SRR191474 2 0.929 0.27341 0.344 0.656
#> SRR191475 2 0.788 0.55885 0.236 0.764
#> SRR191476 2 0.900 0.54889 0.316 0.684
#> SRR191477 2 0.833 0.52750 0.264 0.736
#> SRR191478 2 0.821 0.51931 0.256 0.744
#> SRR191479 2 0.745 0.24963 0.212 0.788
#> SRR191480 2 0.788 0.58449 0.236 0.764
#> SRR191481 2 0.605 0.48428 0.148 0.852
#> SRR191482 2 0.963 0.29879 0.388 0.612
#> SRR191483 2 0.844 0.12418 0.272 0.728
#> SRR191484 2 0.808 0.57486 0.248 0.752
#> SRR191485 2 0.738 0.37600 0.208 0.792
#> SRR191486 2 0.788 0.55674 0.236 0.764
#> SRR191487 2 0.808 0.49971 0.248 0.752
#> SRR191488 2 0.839 0.57555 0.268 0.732
#> SRR191489 2 0.913 0.54237 0.328 0.672
#> SRR191490 2 0.939 0.50319 0.356 0.644
#> SRR191491 2 0.625 0.57467 0.156 0.844
#> SRR191492 2 0.833 0.47331 0.264 0.736
#> SRR191493 2 0.760 0.56204 0.220 0.780
#> SRR191494 2 0.925 0.52685 0.340 0.660
#> SRR191495 2 0.866 -0.00691 0.288 0.712
#> SRR191496 2 0.943 0.49978 0.360 0.640
#> SRR191497 2 0.980 -0.07302 0.416 0.584
#> SRR191498 2 0.767 0.58267 0.224 0.776
#> SRR191499 1 0.988 0.56033 0.564 0.436
#> SRR191500 2 0.895 -0.23387 0.312 0.688
#> SRR191501 2 0.900 0.53407 0.316 0.684
#> SRR191502 2 0.850 0.55938 0.276 0.724
#> SRR191503 2 0.821 0.56118 0.256 0.744
#> SRR191504 2 0.680 0.45149 0.180 0.820
#> SRR191505 2 0.552 0.58735 0.128 0.872
#> SRR191506 2 0.929 0.51206 0.344 0.656
#> SRR191507 2 0.929 0.53180 0.344 0.656
#> SRR191508 2 0.850 0.21237 0.276 0.724
#> SRR191509 2 0.653 0.46074 0.168 0.832
#> SRR191510 2 0.494 0.56739 0.108 0.892
#> SRR191511 2 0.469 0.58118 0.100 0.900
#> SRR191512 2 0.939 0.50501 0.356 0.644
#> SRR191513 2 0.936 0.50452 0.352 0.648
#> SRR191514 2 0.917 0.51901 0.332 0.668
#> SRR191515 2 0.738 0.56953 0.208 0.792
#> SRR191516 2 0.625 0.57952 0.156 0.844
#> SRR191517 2 0.563 0.50280 0.132 0.868
#> SRR191518 2 0.541 0.50685 0.124 0.876
#> SRR191519 2 0.605 0.58923 0.148 0.852
#> SRR191520 2 0.697 0.35914 0.188 0.812
#> SRR191521 2 0.430 0.57611 0.088 0.912
#> SRR191522 2 0.753 0.57638 0.216 0.784
#> SRR191523 2 0.644 0.58050 0.164 0.836
#> SRR191524 2 0.541 0.56366 0.124 0.876
#> SRR191525 2 0.506 0.58100 0.112 0.888
#> SRR191526 2 0.714 0.57051 0.196 0.804
#> SRR191527 2 0.781 0.54775 0.232 0.768
#> SRR191528 2 0.886 0.53297 0.304 0.696
#> SRR191529 2 0.595 0.58713 0.144 0.856
#> SRR191530 2 0.653 0.53866 0.168 0.832
#> SRR191531 2 0.904 0.53366 0.320 0.680
#> SRR191532 2 0.844 0.56091 0.272 0.728
#> SRR191533 2 0.876 0.56088 0.296 0.704
#> SRR191534 2 0.909 0.53009 0.324 0.676
#> SRR191535 2 0.861 0.52744 0.284 0.716
#> SRR191536 2 0.861 0.55540 0.284 0.716
#> SRR191537 2 0.844 0.56130 0.272 0.728
#> SRR191538 2 0.781 0.55977 0.232 0.768
#> SRR191539 2 0.913 0.53551 0.328 0.672
#> SRR191540 2 0.913 0.48061 0.328 0.672
#> SRR191541 2 0.788 0.56354 0.236 0.764
#> SRR191542 2 0.881 0.53963 0.300 0.700
#> SRR191543 2 0.844 0.56892 0.272 0.728
#> SRR191544 2 0.730 0.56533 0.204 0.796
#> SRR191545 2 0.443 0.56300 0.092 0.908
#> SRR191546 2 0.706 0.44098 0.192 0.808
#> SRR191547 2 0.850 -0.05565 0.276 0.724
#> SRR191548 2 0.802 0.53048 0.244 0.756
#> SRR191549 2 0.929 0.50628 0.344 0.656
#> SRR191550 2 0.802 0.52574 0.244 0.756
#> SRR191551 2 0.781 0.53614 0.232 0.768
#> SRR191552 2 0.795 0.52919 0.240 0.760
#> SRR191553 2 0.871 0.54018 0.292 0.708
#> SRR191554 2 0.929 0.50628 0.344 0.656
#> SRR191555 2 0.506 0.56278 0.112 0.888
#> SRR191556 1 1.000 0.82323 0.500 0.500
#> SRR191557 2 0.615 0.39742 0.152 0.848
#> SRR191558 2 0.753 0.57352 0.216 0.784
#> SRR191559 2 0.955 -0.48569 0.376 0.624
#> SRR191560 2 0.808 0.17494 0.248 0.752
#> SRR191561 2 0.949 0.50488 0.368 0.632
#> SRR191562 2 0.506 0.57953 0.112 0.888
#> SRR191563 2 0.946 -0.44656 0.364 0.636
#> SRR191564 1 0.997 0.84668 0.532 0.468
#> SRR191565 2 0.844 -0.03998 0.272 0.728
#> SRR191566 2 0.909 -0.27621 0.324 0.676
#> SRR191567 2 0.781 0.27172 0.232 0.768
#> SRR191568 2 0.469 0.51609 0.100 0.900
#> SRR191569 2 0.981 -0.61718 0.420 0.580
#> SRR191570 1 1.000 0.84017 0.500 0.500
#> SRR191571 2 0.980 0.01598 0.416 0.584
#> SRR191572 2 0.917 0.51499 0.332 0.668
#> SRR191573 2 0.996 -0.77852 0.464 0.536
#> SRR191574 2 0.595 0.58254 0.144 0.856
#> SRR191575 2 0.714 0.56328 0.196 0.804
#> SRR191576 2 0.625 0.43409 0.156 0.844
#> SRR191577 2 0.802 0.57397 0.244 0.756
#> SRR191578 2 0.730 0.55703 0.204 0.796
#> SRR191579 2 0.738 0.55162 0.208 0.792
#> SRR191580 2 0.936 0.50571 0.352 0.648
#> SRR191581 2 0.788 0.53613 0.236 0.764
#> SRR191582 2 0.730 0.55065 0.204 0.796
#> SRR191583 2 0.952 0.49204 0.372 0.628
#> SRR191584 2 0.913 0.51830 0.328 0.672
#> SRR191585 2 0.886 -0.15361 0.304 0.696
#> SRR191586 2 0.767 0.52459 0.224 0.776
#> SRR191587 1 0.991 0.84287 0.556 0.444
#> SRR191588 2 0.795 0.21873 0.240 0.760
#> SRR191589 1 0.996 0.73633 0.536 0.464
#> SRR191590 2 0.574 0.57939 0.136 0.864
#> SRR191591 1 1.000 0.60499 0.508 0.492
#> SRR191592 2 0.895 -0.24566 0.312 0.688
#> SRR191593 2 0.767 0.18756 0.224 0.776
#> SRR191594 2 0.913 0.52190 0.328 0.672
#> SRR191595 2 0.689 0.38475 0.184 0.816
#> SRR191596 2 0.781 0.20627 0.232 0.768
#> SRR191597 1 0.997 0.85258 0.532 0.468
#> SRR191598 2 0.998 -0.81265 0.472 0.528
#> SRR191599 2 0.671 0.34141 0.176 0.824
#> SRR191600 2 0.952 -0.49606 0.372 0.628
#> SRR191601 2 0.973 -0.64336 0.404 0.596
#> SRR191602 2 1.000 -0.84548 0.500 0.500
#> SRR191603 2 0.966 -0.59936 0.392 0.608
#> SRR191604 2 0.469 0.54077 0.100 0.900
#> SRR191605 2 0.985 -0.71370 0.428 0.572
#> SRR191606 2 0.767 0.25706 0.224 0.776
#> SRR191607 2 0.671 0.35647 0.176 0.824
#> SRR191608 2 0.929 -0.33965 0.344 0.656
#> SRR191609 2 0.680 0.42420 0.180 0.820
#> SRR191610 2 0.456 0.51930 0.096 0.904
#> SRR191611 2 0.697 0.41558 0.188 0.812
#> SRR191612 2 0.978 -0.66908 0.412 0.588
#> SRR191613 2 1.000 0.03824 0.496 0.504
#> SRR191614 1 0.998 0.85034 0.528 0.472
#> SRR191615 2 0.871 -0.10634 0.292 0.708
#> SRR191616 2 0.966 0.48475 0.392 0.608
#> SRR191617 2 0.689 0.59241 0.184 0.816
#> SRR191618 2 0.886 -0.13677 0.304 0.696
#> SRR191619 2 0.943 -0.30446 0.360 0.640
#> SRR191620 2 0.563 0.51391 0.132 0.868
#> SRR191621 2 0.827 0.20552 0.260 0.740
#> SRR191622 2 0.760 0.36336 0.220 0.780
#> SRR191623 2 0.949 -0.42092 0.368 0.632
#> SRR191624 2 0.295 0.53259 0.052 0.948
#> SRR191625 2 0.988 -0.72937 0.436 0.564
#> SRR191626 2 0.808 0.14371 0.248 0.752
#> SRR191627 2 0.781 0.23028 0.232 0.768
#> SRR191628 1 0.998 0.82122 0.528 0.472
#> SRR191629 1 0.994 0.84706 0.544 0.456
#> SRR191630 2 0.895 0.53568 0.312 0.688
#> SRR191631 2 0.821 0.24529 0.256 0.744
#> SRR191632 2 0.980 -0.63598 0.416 0.584
#> SRR191633 2 0.921 -0.29479 0.336 0.664
#> SRR191634 2 0.961 0.48186 0.384 0.616
#> SRR191635 2 0.973 -0.55728 0.404 0.596
#> SRR191636 2 0.814 0.54213 0.252 0.748
#> SRR191637 2 0.961 0.48058 0.384 0.616
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.504 0.695015 0.048 0.120 0.832
#> SRR191394 3 0.906 0.083512 0.336 0.152 0.512
#> SRR191396 3 0.668 0.679457 0.064 0.208 0.728
#> SRR191397 3 0.566 0.695371 0.128 0.068 0.804
#> SRR191398 3 0.885 0.054573 0.396 0.120 0.484
#> SRR191399 3 0.501 0.717230 0.080 0.080 0.840
#> SRR191400 3 0.916 0.409223 0.208 0.252 0.540
#> SRR191401 3 0.337 0.720092 0.072 0.024 0.904
#> SRR191402 3 0.192 0.711707 0.024 0.020 0.956
#> SRR191403 3 0.482 0.727631 0.088 0.064 0.848
#> SRR191404 3 0.756 0.466903 0.064 0.308 0.628
#> SRR191405 3 0.742 0.208925 0.044 0.364 0.592
#> SRR191406 3 0.257 0.722449 0.032 0.032 0.936
#> SRR191407 3 0.864 0.459125 0.248 0.160 0.592
#> SRR191408 3 0.632 0.711638 0.068 0.172 0.760
#> SRR191409 3 0.530 0.687469 0.032 0.164 0.804
#> SRR191410 3 0.171 0.698928 0.032 0.008 0.960
#> SRR191411 3 0.558 0.671455 0.024 0.204 0.772
#> SRR191412 3 0.377 0.713803 0.084 0.028 0.888
#> SRR191413 3 0.153 0.707976 0.032 0.004 0.964
#> SRR191414 1 0.952 0.327681 0.424 0.188 0.388
#> SRR191415 3 0.176 0.701845 0.040 0.004 0.956
#> SRR191416 3 0.290 0.707035 0.064 0.016 0.920
#> SRR191418 3 0.277 0.722916 0.048 0.024 0.928
#> SRR191419 3 0.939 0.182591 0.284 0.212 0.504
#> SRR191420 3 0.589 0.712022 0.108 0.096 0.796
#> SRR191421 3 0.507 0.729522 0.068 0.096 0.836
#> SRR191422 2 0.672 0.546750 0.016 0.604 0.380
#> SRR191423 2 0.670 0.643229 0.076 0.736 0.188
#> SRR191424 2 0.692 0.546090 0.164 0.732 0.104
#> SRR191425 3 0.490 0.725634 0.064 0.092 0.844
#> SRR191426 3 0.389 0.726834 0.064 0.048 0.888
#> SRR191427 3 0.903 0.257605 0.140 0.368 0.492
#> SRR191428 3 0.509 0.728962 0.088 0.076 0.836
#> SRR191429 2 0.799 0.368929 0.060 0.484 0.456
#> SRR191430 2 0.710 0.420651 0.032 0.608 0.360
#> SRR191431 2 0.844 0.537063 0.128 0.596 0.276
#> SRR191432 2 0.572 0.654436 0.016 0.744 0.240
#> SRR191433 2 0.527 0.652487 0.012 0.776 0.212
#> SRR191434 3 0.675 0.387775 0.016 0.388 0.596
#> SRR191435 3 0.690 0.710288 0.116 0.148 0.736
#> SRR191436 3 0.475 0.731846 0.068 0.080 0.852
#> SRR191437 2 0.589 0.582518 0.104 0.796 0.100
#> SRR191438 3 0.636 0.620114 0.024 0.280 0.696
#> SRR191439 2 0.682 0.618330 0.052 0.700 0.248
#> SRR191440 2 0.931 0.348977 0.216 0.520 0.264
#> SRR191441 2 0.670 0.568926 0.164 0.744 0.092
#> SRR191442 3 0.731 0.468998 0.036 0.384 0.580
#> SRR191443 3 0.692 0.685360 0.128 0.136 0.736
#> SRR191444 3 0.550 0.731805 0.048 0.148 0.804
#> SRR191445 3 0.861 0.304053 0.104 0.384 0.512
#> SRR191446 3 0.862 0.476316 0.164 0.240 0.596
#> SRR191447 2 0.634 0.647073 0.064 0.756 0.180
#> SRR191448 3 0.877 0.448812 0.236 0.180 0.584
#> SRR191449 3 0.484 0.720558 0.080 0.072 0.848
#> SRR191450 3 0.830 0.440649 0.092 0.348 0.560
#> SRR191451 3 0.780 0.373086 0.052 0.428 0.520
#> SRR191452 2 0.637 0.588077 0.132 0.768 0.100
#> SRR191453 2 0.855 0.402989 0.104 0.532 0.364
#> SRR191454 3 0.632 0.717848 0.104 0.124 0.772
#> SRR191455 3 0.597 0.706757 0.060 0.160 0.780
#> SRR191456 3 0.889 0.412249 0.148 0.308 0.544
#> SRR191457 3 0.942 0.269445 0.188 0.340 0.472
#> SRR191458 2 0.693 0.058698 0.016 0.528 0.456
#> SRR191459 3 0.468 0.728133 0.040 0.112 0.848
#> SRR191460 3 0.238 0.725956 0.008 0.056 0.936
#> SRR191461 3 0.623 0.708314 0.128 0.096 0.776
#> SRR191462 3 0.795 0.199676 0.064 0.388 0.548
#> SRR191463 2 0.404 0.641755 0.024 0.872 0.104
#> SRR191464 2 0.505 0.665539 0.024 0.812 0.164
#> SRR191465 2 0.679 0.634923 0.124 0.744 0.132
#> SRR191466 3 0.726 0.563655 0.048 0.316 0.636
#> SRR191467 2 0.709 0.631523 0.064 0.688 0.248
#> SRR191468 2 0.534 0.612976 0.084 0.824 0.092
#> SRR191469 3 0.663 0.660328 0.064 0.204 0.732
#> SRR191470 3 0.847 0.340783 0.100 0.360 0.540
#> SRR191471 3 0.821 0.323086 0.088 0.344 0.568
#> SRR191472 2 0.674 0.619600 0.100 0.744 0.156
#> SRR191473 2 0.776 0.460042 0.052 0.540 0.408
#> SRR191474 3 0.654 0.667372 0.064 0.196 0.740
#> SRR191475 2 0.391 0.645118 0.020 0.876 0.104
#> SRR191476 2 0.712 0.589838 0.048 0.656 0.296
#> SRR191477 2 0.616 0.634653 0.020 0.708 0.272
#> SRR191478 2 0.573 0.657177 0.024 0.760 0.216
#> SRR191479 3 0.419 0.732310 0.060 0.064 0.876
#> SRR191480 3 0.879 0.074297 0.112 0.424 0.464
#> SRR191481 2 0.748 0.384232 0.036 0.508 0.456
#> SRR191482 3 0.755 0.341286 0.048 0.372 0.580
#> SRR191483 3 0.730 0.527518 0.072 0.252 0.676
#> SRR191484 1 0.985 0.349799 0.388 0.252 0.360
#> SRR191485 3 0.614 0.622479 0.040 0.212 0.748
#> SRR191486 2 0.680 0.000709 0.012 0.532 0.456
#> SRR191487 3 0.761 0.360195 0.048 0.388 0.564
#> SRR191488 3 0.846 0.517782 0.124 0.288 0.588
#> SRR191489 3 0.925 0.158129 0.156 0.392 0.452
#> SRR191490 2 0.397 0.560926 0.088 0.880 0.032
#> SRR191491 3 0.850 0.471912 0.120 0.304 0.576
#> SRR191492 3 0.681 0.671686 0.084 0.184 0.732
#> SRR191493 2 0.815 0.560673 0.156 0.644 0.200
#> SRR191494 2 0.463 0.627724 0.056 0.856 0.088
#> SRR191495 3 0.517 0.726740 0.092 0.076 0.832
#> SRR191496 2 0.429 0.552811 0.104 0.864 0.032
#> SRR191497 3 0.584 0.677026 0.036 0.196 0.768
#> SRR191498 3 0.864 0.353087 0.108 0.376 0.516
#> SRR191499 3 0.471 0.689015 0.044 0.108 0.848
#> SRR191500 3 0.448 0.729874 0.064 0.072 0.864
#> SRR191501 2 0.583 0.599289 0.052 0.784 0.164
#> SRR191502 3 0.828 0.298155 0.080 0.404 0.516
#> SRR191503 2 0.417 0.639012 0.036 0.872 0.092
#> SRR191504 2 0.817 0.612695 0.108 0.612 0.280
#> SRR191505 2 0.812 0.613630 0.136 0.640 0.224
#> SRR191506 2 0.380 0.600934 0.056 0.892 0.052
#> SRR191507 2 0.760 0.352174 0.048 0.568 0.384
#> SRR191508 3 0.761 0.324043 0.064 0.316 0.620
#> SRR191509 2 0.820 0.444886 0.076 0.524 0.400
#> SRR191510 3 0.882 0.466662 0.156 0.280 0.564
#> SRR191511 2 0.684 0.622723 0.116 0.740 0.144
#> SRR191512 2 0.268 0.571948 0.040 0.932 0.028
#> SRR191513 2 0.325 0.580880 0.052 0.912 0.036
#> SRR191514 2 0.338 0.598927 0.044 0.908 0.048
#> SRR191515 2 0.693 0.571576 0.040 0.664 0.296
#> SRR191516 3 0.798 0.593331 0.104 0.264 0.632
#> SRR191517 3 0.800 0.306233 0.076 0.344 0.580
#> SRR191518 2 0.726 0.554355 0.036 0.592 0.372
#> SRR191519 2 0.723 0.643607 0.080 0.692 0.228
#> SRR191520 3 0.692 0.671225 0.104 0.164 0.732
#> SRR191521 2 0.678 0.630911 0.088 0.736 0.176
#> SRR191522 2 0.597 0.603599 0.032 0.752 0.216
#> SRR191523 2 0.804 0.615022 0.128 0.644 0.228
#> SRR191524 3 0.902 0.463621 0.276 0.176 0.548
#> SRR191525 2 0.829 0.600851 0.116 0.604 0.280
#> SRR191526 2 0.579 0.595131 0.116 0.800 0.084
#> SRR191527 3 0.993 -0.145177 0.344 0.280 0.376
#> SRR191528 2 0.943 0.048973 0.220 0.500 0.280
#> SRR191529 2 0.856 0.472602 0.124 0.572 0.304
#> SRR191530 2 0.797 0.617088 0.096 0.624 0.280
#> SRR191531 2 0.859 0.243586 0.116 0.552 0.332
#> SRR191532 2 0.709 0.516330 0.056 0.676 0.268
#> SRR191533 3 0.889 0.164663 0.120 0.440 0.440
#> SRR191534 2 0.481 0.610891 0.060 0.848 0.092
#> SRR191535 2 0.608 0.649525 0.036 0.748 0.216
#> SRR191536 2 0.645 0.594418 0.060 0.744 0.196
#> SRR191537 2 0.665 0.631587 0.076 0.740 0.184
#> SRR191538 2 0.455 0.654479 0.024 0.844 0.132
#> SRR191539 2 0.528 0.560811 0.128 0.820 0.052
#> SRR191540 2 0.796 0.210729 0.060 0.516 0.424
#> SRR191541 2 0.472 0.660705 0.016 0.824 0.160
#> SRR191542 2 0.313 0.609280 0.032 0.916 0.052
#> SRR191543 2 0.420 0.658221 0.012 0.852 0.136
#> SRR191544 2 0.702 0.344157 0.024 0.584 0.392
#> SRR191545 2 0.774 0.635834 0.124 0.672 0.204
#> SRR191546 3 0.811 0.321899 0.080 0.352 0.568
#> SRR191547 3 0.596 0.730446 0.076 0.136 0.788
#> SRR191548 1 0.766 0.705063 0.676 0.116 0.208
#> SRR191549 1 0.718 0.662523 0.708 0.196 0.096
#> SRR191550 1 0.689 0.676163 0.736 0.112 0.152
#> SRR191551 1 0.773 0.698116 0.676 0.132 0.192
#> SRR191552 1 0.772 0.702230 0.672 0.120 0.208
#> SRR191553 3 0.975 -0.170087 0.364 0.228 0.408
#> SRR191554 1 0.958 0.557587 0.480 0.256 0.264
#> SRR191555 3 0.639 0.699527 0.112 0.120 0.768
#> SRR191556 3 0.188 0.705729 0.044 0.004 0.952
#> SRR191557 3 0.448 0.721830 0.064 0.072 0.864
#> SRR191558 2 0.645 0.574226 0.016 0.656 0.328
#> SRR191559 3 0.288 0.715143 0.052 0.024 0.924
#> SRR191560 3 0.436 0.719950 0.080 0.052 0.868
#> SRR191561 3 1.000 -0.266232 0.332 0.332 0.336
#> SRR191562 3 0.795 0.575246 0.192 0.148 0.660
#> SRR191563 3 0.397 0.731362 0.032 0.088 0.880
#> SRR191564 3 0.268 0.706322 0.040 0.028 0.932
#> SRR191565 3 0.500 0.722230 0.092 0.068 0.840
#> SRR191566 3 0.232 0.716271 0.028 0.028 0.944
#> SRR191567 3 0.606 0.697420 0.160 0.064 0.776
#> SRR191568 3 0.683 0.681123 0.148 0.112 0.740
#> SRR191569 3 0.447 0.708531 0.076 0.060 0.864
#> SRR191570 3 0.375 0.704543 0.096 0.020 0.884
#> SRR191571 3 0.572 0.683397 0.052 0.156 0.792
#> SRR191572 1 0.761 0.683187 0.676 0.216 0.108
#> SRR191573 3 0.311 0.711775 0.056 0.028 0.916
#> SRR191574 3 0.860 0.537246 0.208 0.188 0.604
#> SRR191575 3 0.915 0.321303 0.272 0.192 0.536
#> SRR191576 3 0.730 0.615785 0.072 0.252 0.676
#> SRR191577 3 0.745 0.603376 0.064 0.292 0.644
#> SRR191578 3 0.769 0.036613 0.048 0.416 0.536
#> SRR191579 3 0.919 0.003218 0.380 0.152 0.468
#> SRR191580 1 0.932 0.611108 0.516 0.272 0.212
#> SRR191581 3 0.943 -0.212824 0.396 0.176 0.428
#> SRR191582 3 0.906 0.102801 0.348 0.148 0.504
#> SRR191583 2 0.551 0.550084 0.136 0.808 0.056
#> SRR191584 1 0.978 0.497632 0.440 0.276 0.284
#> SRR191585 3 0.357 0.716602 0.060 0.040 0.900
#> SRR191586 3 0.695 0.665402 0.084 0.196 0.720
#> SRR191587 3 0.134 0.704097 0.016 0.012 0.972
#> SRR191588 3 0.389 0.730656 0.064 0.048 0.888
#> SRR191589 3 0.328 0.712544 0.024 0.068 0.908
#> SRR191590 3 0.760 0.621860 0.140 0.172 0.688
#> SRR191591 3 0.485 0.697765 0.036 0.128 0.836
#> SRR191592 3 0.525 0.693992 0.076 0.096 0.828
#> SRR191593 3 0.438 0.727661 0.060 0.072 0.868
#> SRR191594 1 0.776 0.692679 0.672 0.200 0.128
#> SRR191595 3 0.596 0.705091 0.096 0.112 0.792
#> SRR191596 3 0.453 0.718020 0.088 0.052 0.860
#> SRR191597 3 0.244 0.706377 0.028 0.032 0.940
#> SRR191598 3 0.350 0.711011 0.072 0.028 0.900
#> SRR191599 3 0.481 0.725479 0.092 0.060 0.848
#> SRR191600 3 0.445 0.731724 0.032 0.112 0.856
#> SRR191601 3 0.484 0.710896 0.076 0.076 0.848
#> SRR191602 3 0.219 0.705418 0.028 0.024 0.948
#> SRR191603 3 0.244 0.721965 0.028 0.032 0.940
#> SRR191604 2 0.729 0.285425 0.028 0.504 0.468
#> SRR191605 3 0.230 0.716553 0.020 0.036 0.944
#> SRR191606 3 0.466 0.726079 0.076 0.068 0.856
#> SRR191607 3 0.457 0.724116 0.068 0.072 0.860
#> SRR191608 3 0.474 0.710745 0.104 0.048 0.848
#> SRR191609 3 0.542 0.716022 0.084 0.096 0.820
#> SRR191610 3 0.589 0.718233 0.096 0.108 0.796
#> SRR191611 3 0.583 0.717425 0.076 0.128 0.796
#> SRR191612 3 0.292 0.716046 0.032 0.044 0.924
#> SRR191613 3 0.711 0.640863 0.100 0.184 0.716
#> SRR191614 3 0.238 0.709645 0.056 0.008 0.936
#> SRR191615 3 0.303 0.725087 0.032 0.048 0.920
#> SRR191616 2 0.803 0.483580 0.204 0.652 0.144
#> SRR191617 3 0.821 -0.114622 0.072 0.456 0.472
#> SRR191618 3 0.451 0.724838 0.092 0.048 0.860
#> SRR191619 3 0.393 0.732788 0.028 0.092 0.880
#> SRR191620 3 0.623 0.524727 0.012 0.316 0.672
#> SRR191621 3 0.633 0.395478 0.012 0.332 0.656
#> SRR191622 3 0.499 0.725067 0.024 0.160 0.816
#> SRR191623 3 0.281 0.721828 0.040 0.032 0.928
#> SRR191624 3 0.825 0.357711 0.312 0.100 0.588
#> SRR191625 3 0.298 0.723612 0.024 0.056 0.920
#> SRR191626 3 0.559 0.719404 0.068 0.124 0.808
#> SRR191627 3 0.597 0.614770 0.032 0.216 0.752
#> SRR191628 3 0.318 0.712377 0.064 0.024 0.912
#> SRR191629 3 0.132 0.700001 0.020 0.008 0.972
#> SRR191630 1 0.807 0.689665 0.648 0.208 0.144
#> SRR191631 3 0.708 0.583998 0.060 0.256 0.684
#> SRR191632 3 0.285 0.711980 0.056 0.020 0.924
#> SRR191633 3 0.438 0.729599 0.068 0.064 0.868
#> SRR191634 2 0.812 0.468170 0.188 0.648 0.164
#> SRR191635 3 0.331 0.722947 0.064 0.028 0.908
#> SRR191636 2 0.932 0.413012 0.256 0.520 0.224
#> SRR191637 2 0.590 0.567066 0.132 0.792 0.076
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.588 0.68552 0.104 0.024 0.740 0.132
#> SRR191394 3 0.773 0.08510 0.328 0.020 0.504 0.148
#> SRR191396 3 0.566 0.67715 0.044 0.096 0.768 0.092
#> SRR191397 3 0.605 0.60028 0.088 0.012 0.700 0.200
#> SRR191398 3 0.798 -0.08836 0.340 0.008 0.424 0.228
#> SRR191399 3 0.309 0.70077 0.020 0.004 0.884 0.092
#> SRR191400 3 0.894 0.09256 0.268 0.060 0.408 0.264
#> SRR191401 3 0.467 0.68802 0.028 0.000 0.752 0.220
#> SRR191402 3 0.198 0.70401 0.016 0.000 0.936 0.048
#> SRR191403 3 0.363 0.70214 0.020 0.004 0.848 0.128
#> SRR191404 3 0.698 0.52050 0.056 0.216 0.652 0.076
#> SRR191405 3 0.700 0.09991 0.040 0.340 0.568 0.052
#> SRR191406 3 0.190 0.70730 0.004 0.000 0.932 0.064
#> SRR191407 3 0.807 0.08672 0.236 0.016 0.468 0.280
#> SRR191408 3 0.713 0.57658 0.072 0.060 0.632 0.236
#> SRR191409 3 0.513 0.69231 0.092 0.044 0.800 0.064
#> SRR191410 3 0.248 0.70255 0.032 0.000 0.916 0.052
#> SRR191411 3 0.557 0.67894 0.040 0.100 0.772 0.088
#> SRR191412 3 0.423 0.70146 0.060 0.000 0.820 0.120
#> SRR191413 3 0.330 0.70946 0.008 0.000 0.848 0.144
#> SRR191414 1 0.706 0.10456 0.508 0.012 0.392 0.088
#> SRR191415 3 0.261 0.70301 0.012 0.000 0.900 0.088
#> SRR191416 3 0.320 0.70757 0.008 0.012 0.876 0.104
#> SRR191418 3 0.222 0.70433 0.016 0.000 0.924 0.060
#> SRR191419 3 0.798 0.40865 0.268 0.044 0.540 0.148
#> SRR191420 3 0.520 0.65844 0.040 0.012 0.748 0.200
#> SRR191421 3 0.492 0.66452 0.020 0.004 0.724 0.252
#> SRR191422 2 0.703 0.36558 0.032 0.504 0.412 0.052
#> SRR191423 2 0.664 0.43633 0.008 0.624 0.264 0.104
#> SRR191424 2 0.792 0.25462 0.100 0.572 0.080 0.248
#> SRR191425 3 0.358 0.70611 0.004 0.008 0.836 0.152
#> SRR191426 3 0.350 0.70487 0.000 0.024 0.852 0.124
#> SRR191427 4 0.919 0.37444 0.072 0.288 0.288 0.352
#> SRR191428 3 0.521 0.68036 0.020 0.020 0.732 0.228
#> SRR191429 3 0.761 -0.20661 0.048 0.408 0.472 0.072
#> SRR191430 2 0.768 0.22756 0.040 0.464 0.408 0.088
#> SRR191431 2 0.795 0.31392 0.048 0.556 0.244 0.152
#> SRR191432 2 0.560 0.49077 0.012 0.664 0.300 0.024
#> SRR191433 2 0.511 0.47699 0.000 0.672 0.308 0.020
#> SRR191434 3 0.695 0.50480 0.064 0.248 0.636 0.052
#> SRR191435 3 0.625 0.65726 0.036 0.044 0.676 0.244
#> SRR191436 3 0.437 0.70980 0.016 0.020 0.808 0.156
#> SRR191437 2 0.756 0.30762 0.112 0.628 0.080 0.180
#> SRR191438 3 0.713 0.60369 0.064 0.172 0.660 0.104
#> SRR191439 2 0.572 0.41563 0.020 0.736 0.176 0.068
#> SRR191440 4 0.855 0.45603 0.112 0.348 0.088 0.452
#> SRR191441 2 0.642 0.34069 0.068 0.704 0.052 0.176
#> SRR191442 3 0.743 0.53914 0.048 0.244 0.604 0.104
#> SRR191443 3 0.585 0.63108 0.096 0.008 0.716 0.180
#> SRR191444 3 0.364 0.71397 0.008 0.036 0.864 0.092
#> SRR191445 3 0.767 0.45577 0.064 0.264 0.580 0.092
#> SRR191446 3 0.799 0.40393 0.036 0.192 0.540 0.232
#> SRR191447 2 0.610 0.41285 0.032 0.724 0.160 0.084
#> SRR191448 3 0.878 0.18506 0.196 0.068 0.456 0.280
#> SRR191449 3 0.298 0.69797 0.016 0.004 0.888 0.092
#> SRR191450 3 0.826 0.50270 0.116 0.180 0.572 0.132
#> SRR191451 3 0.894 0.17255 0.076 0.220 0.444 0.260
#> SRR191452 2 0.527 0.37052 0.040 0.788 0.060 0.112
#> SRR191453 2 0.779 0.11620 0.016 0.524 0.240 0.220
#> SRR191454 3 0.604 0.62597 0.016 0.036 0.636 0.312
#> SRR191455 3 0.541 0.68643 0.004 0.084 0.744 0.168
#> SRR191456 3 0.945 -0.30280 0.136 0.180 0.376 0.308
#> SRR191457 3 0.981 -0.19495 0.228 0.208 0.352 0.212
#> SRR191458 3 0.823 -0.05270 0.044 0.372 0.444 0.140
#> SRR191459 3 0.339 0.70828 0.044 0.024 0.888 0.044
#> SRR191460 3 0.236 0.70980 0.004 0.020 0.924 0.052
#> SRR191461 3 0.453 0.67387 0.012 0.008 0.764 0.216
#> SRR191462 3 0.799 0.28015 0.036 0.252 0.536 0.176
#> SRR191463 2 0.538 0.50784 0.036 0.768 0.152 0.044
#> SRR191464 2 0.487 0.52026 0.004 0.752 0.212 0.032
#> SRR191465 2 0.664 0.47037 0.012 0.660 0.160 0.168
#> SRR191466 3 0.676 0.57683 0.028 0.264 0.632 0.076
#> SRR191467 2 0.707 0.40143 0.016 0.540 0.356 0.088
#> SRR191468 2 0.549 0.46104 0.036 0.776 0.096 0.092
#> SRR191469 3 0.620 0.67493 0.048 0.100 0.732 0.120
#> SRR191470 3 0.723 0.49071 0.004 0.204 0.568 0.224
#> SRR191471 3 0.802 0.31899 0.032 0.200 0.528 0.240
#> SRR191472 2 0.570 0.39389 0.016 0.736 0.076 0.172
#> SRR191473 3 0.679 -0.26076 0.000 0.428 0.476 0.096
#> SRR191474 3 0.577 0.68306 0.092 0.056 0.764 0.088
#> SRR191475 2 0.338 0.51540 0.000 0.848 0.140 0.012
#> SRR191476 2 0.750 0.45535 0.064 0.560 0.312 0.064
#> SRR191477 2 0.569 0.47834 0.012 0.660 0.300 0.028
#> SRR191478 2 0.683 0.46887 0.040 0.608 0.300 0.052
#> SRR191479 3 0.436 0.68586 0.016 0.004 0.780 0.200
#> SRR191480 3 0.816 0.48293 0.092 0.216 0.568 0.124
#> SRR191481 3 0.714 -0.20643 0.016 0.416 0.484 0.084
#> SRR191482 3 0.663 0.50480 0.036 0.268 0.640 0.056
#> SRR191483 3 0.656 0.52983 0.004 0.192 0.648 0.156
#> SRR191484 1 0.837 0.00269 0.416 0.056 0.396 0.132
#> SRR191485 3 0.632 0.55611 0.032 0.188 0.700 0.080
#> SRR191486 3 0.833 -0.01584 0.036 0.376 0.416 0.172
#> SRR191487 3 0.754 0.50807 0.064 0.228 0.608 0.100
#> SRR191488 3 0.876 0.35504 0.132 0.124 0.504 0.240
#> SRR191489 3 0.882 0.35478 0.168 0.140 0.516 0.176
#> SRR191490 2 0.448 0.36002 0.064 0.836 0.036 0.064
#> SRR191491 3 0.842 0.29096 0.048 0.224 0.496 0.232
#> SRR191492 3 0.623 0.67104 0.164 0.028 0.712 0.096
#> SRR191493 2 0.823 0.03539 0.060 0.524 0.144 0.272
#> SRR191494 2 0.609 0.39894 0.060 0.744 0.092 0.104
#> SRR191495 3 0.458 0.68419 0.012 0.016 0.776 0.196
#> SRR191496 2 0.620 0.34100 0.072 0.716 0.040 0.172
#> SRR191497 3 0.583 0.68288 0.096 0.056 0.760 0.088
#> SRR191498 3 0.835 0.41787 0.080 0.192 0.548 0.180
#> SRR191499 3 0.493 0.69143 0.100 0.036 0.808 0.056
#> SRR191500 3 0.422 0.70054 0.020 0.004 0.800 0.176
#> SRR191501 2 0.675 0.13681 0.060 0.684 0.080 0.176
#> SRR191502 3 0.857 0.35338 0.104 0.232 0.524 0.140
#> SRR191503 2 0.634 0.45315 0.064 0.724 0.132 0.080
#> SRR191504 2 0.760 0.40053 0.016 0.504 0.340 0.140
#> SRR191505 2 0.800 0.36698 0.032 0.532 0.200 0.236
#> SRR191506 2 0.382 0.43217 0.016 0.864 0.052 0.068
#> SRR191507 2 0.826 0.20841 0.076 0.432 0.400 0.092
#> SRR191508 3 0.748 0.27882 0.016 0.296 0.544 0.144
#> SRR191509 2 0.765 0.25509 0.016 0.428 0.424 0.132
#> SRR191510 3 0.781 0.45898 0.044 0.140 0.564 0.252
#> SRR191511 2 0.652 0.46144 0.016 0.676 0.176 0.132
#> SRR191512 2 0.241 0.41480 0.016 0.928 0.036 0.020
#> SRR191513 2 0.256 0.40647 0.008 0.920 0.036 0.036
#> SRR191514 2 0.203 0.41247 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR191515 2 0.680 0.31642 0.016 0.516 0.408 0.060
#> SRR191516 3 0.703 0.62316 0.104 0.068 0.672 0.156
#> SRR191517 3 0.621 0.55487 0.016 0.212 0.688 0.084
#> SRR191518 2 0.722 0.35096 0.008 0.448 0.436 0.108
#> SRR191519 2 0.731 0.44052 0.048 0.568 0.316 0.068
#> SRR191520 3 0.556 0.65828 0.004 0.076 0.724 0.196
#> SRR191521 2 0.600 0.47965 0.032 0.688 0.244 0.036
#> SRR191522 2 0.749 0.37046 0.040 0.576 0.280 0.104
#> SRR191523 2 0.762 0.34219 0.020 0.560 0.228 0.192
#> SRR191524 3 0.878 -0.08874 0.176 0.064 0.384 0.376
#> SRR191525 2 0.856 0.38672 0.044 0.456 0.272 0.228
#> SRR191526 2 0.499 0.37621 0.024 0.796 0.056 0.124
#> SRR191527 4 0.922 0.22518 0.284 0.136 0.152 0.428
#> SRR191528 4 0.926 0.31544 0.236 0.232 0.108 0.424
#> SRR191529 4 0.813 0.18280 0.016 0.376 0.208 0.400
#> SRR191530 2 0.765 0.42052 0.020 0.532 0.296 0.152
#> SRR191531 2 0.944 -0.53204 0.192 0.356 0.124 0.328
#> SRR191532 2 0.737 0.26024 0.032 0.576 0.288 0.104
#> SRR191533 3 0.860 0.32766 0.104 0.252 0.512 0.132
#> SRR191534 2 0.742 -0.14519 0.072 0.576 0.056 0.296
#> SRR191535 2 0.666 0.43680 0.036 0.608 0.312 0.044
#> SRR191536 2 0.719 0.33460 0.088 0.668 0.124 0.120
#> SRR191537 2 0.796 0.44781 0.068 0.584 0.192 0.156
#> SRR191538 2 0.461 0.52540 0.004 0.752 0.228 0.016
#> SRR191539 2 0.774 0.22338 0.108 0.564 0.052 0.276
#> SRR191540 3 0.710 0.01949 0.016 0.424 0.480 0.080
#> SRR191541 2 0.538 0.52613 0.016 0.732 0.216 0.036
#> SRR191542 2 0.478 0.44328 0.040 0.820 0.064 0.076
#> SRR191543 2 0.586 0.49870 0.032 0.740 0.156 0.072
#> SRR191544 3 0.825 -0.14483 0.048 0.392 0.428 0.132
#> SRR191545 2 0.727 0.42865 0.004 0.544 0.288 0.164
#> SRR191546 3 0.767 0.24755 0.020 0.300 0.528 0.152
#> SRR191547 3 0.376 0.70745 0.000 0.028 0.836 0.136
#> SRR191548 1 0.500 0.51207 0.772 0.000 0.128 0.100
#> SRR191549 1 0.290 0.48324 0.904 0.012 0.060 0.024
#> SRR191550 1 0.408 0.47981 0.820 0.008 0.152 0.020
#> SRR191551 1 0.529 0.49791 0.760 0.008 0.156 0.076
#> SRR191552 1 0.607 0.46777 0.696 0.004 0.164 0.136
#> SRR191553 1 0.825 0.09216 0.436 0.028 0.348 0.188
#> SRR191554 1 0.742 0.30434 0.572 0.032 0.108 0.288
#> SRR191555 3 0.469 0.70509 0.044 0.008 0.792 0.156
#> SRR191556 3 0.283 0.70577 0.040 0.000 0.900 0.060
#> SRR191557 3 0.296 0.70455 0.004 0.004 0.876 0.116
#> SRR191558 2 0.783 0.39125 0.072 0.504 0.356 0.068
#> SRR191559 3 0.356 0.69542 0.012 0.004 0.844 0.140
#> SRR191560 3 0.492 0.65837 0.044 0.008 0.772 0.176
#> SRR191561 4 0.967 0.09276 0.320 0.204 0.152 0.324
#> SRR191562 3 0.730 0.48329 0.164 0.020 0.600 0.216
#> SRR191563 3 0.313 0.70789 0.028 0.016 0.896 0.060
#> SRR191564 3 0.215 0.70525 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR191565 3 0.436 0.69105 0.012 0.004 0.772 0.212
#> SRR191566 3 0.265 0.70612 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR191567 3 0.570 0.64391 0.048 0.004 0.672 0.276
#> SRR191568 3 0.676 0.55714 0.100 0.016 0.628 0.256
#> SRR191569 3 0.466 0.70033 0.056 0.020 0.816 0.108
#> SRR191570 3 0.420 0.70885 0.036 0.000 0.808 0.156
#> SRR191571 3 0.550 0.69317 0.116 0.032 0.772 0.080
#> SRR191572 1 0.439 0.50909 0.836 0.024 0.084 0.056
#> SRR191573 3 0.342 0.69437 0.008 0.008 0.856 0.128
#> SRR191574 3 0.841 0.00767 0.132 0.060 0.440 0.368
#> SRR191575 3 0.881 -0.15611 0.276 0.052 0.420 0.252
#> SRR191576 3 0.746 0.57425 0.056 0.136 0.628 0.180
#> SRR191577 3 0.720 0.64161 0.160 0.076 0.660 0.104
#> SRR191578 3 0.705 0.29520 0.040 0.304 0.592 0.064
#> SRR191579 3 0.838 -0.17332 0.324 0.020 0.392 0.264
#> SRR191580 1 0.754 0.32902 0.612 0.072 0.092 0.224
#> SRR191581 1 0.817 0.09587 0.428 0.016 0.228 0.328
#> SRR191582 3 0.788 -0.14587 0.340 0.008 0.444 0.208
#> SRR191583 2 0.751 0.31864 0.120 0.616 0.056 0.208
#> SRR191584 1 0.785 0.22267 0.532 0.060 0.092 0.316
#> SRR191585 3 0.259 0.70165 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR191586 3 0.548 0.67612 0.108 0.028 0.772 0.092
#> SRR191587 3 0.221 0.70275 0.012 0.004 0.928 0.056
#> SRR191588 3 0.321 0.70856 0.032 0.000 0.876 0.092
#> SRR191589 3 0.404 0.69907 0.088 0.012 0.848 0.052
#> SRR191590 3 0.753 0.50955 0.104 0.052 0.596 0.248
#> SRR191591 3 0.501 0.69841 0.072 0.044 0.808 0.076
#> SRR191592 3 0.565 0.66625 0.044 0.040 0.748 0.168
#> SRR191593 3 0.408 0.68328 0.020 0.000 0.800 0.180
#> SRR191594 1 0.322 0.48218 0.888 0.020 0.076 0.016
#> SRR191595 3 0.623 0.60871 0.064 0.040 0.708 0.188
#> SRR191596 3 0.474 0.67566 0.044 0.008 0.788 0.160
#> SRR191597 3 0.280 0.70257 0.020 0.012 0.908 0.060
#> SRR191598 3 0.340 0.70096 0.000 0.004 0.832 0.164
#> SRR191599 3 0.458 0.67298 0.012 0.000 0.728 0.260
#> SRR191600 3 0.393 0.70695 0.028 0.036 0.860 0.076
#> SRR191601 3 0.421 0.70210 0.008 0.016 0.804 0.172
#> SRR191602 3 0.215 0.69988 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR191603 3 0.216 0.70149 0.008 0.004 0.928 0.060
#> SRR191604 3 0.723 -0.13957 0.020 0.408 0.488 0.084
#> SRR191605 3 0.234 0.70744 0.020 0.000 0.920 0.060
#> SRR191606 3 0.427 0.69058 0.064 0.008 0.832 0.096
#> SRR191607 3 0.345 0.69910 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR191608 3 0.429 0.69620 0.008 0.016 0.796 0.180
#> SRR191609 3 0.379 0.69584 0.020 0.016 0.852 0.112
#> SRR191610 3 0.443 0.70239 0.012 0.012 0.784 0.192
#> SRR191611 3 0.502 0.68873 0.076 0.016 0.792 0.116
#> SRR191612 3 0.259 0.70325 0.000 0.004 0.892 0.104
#> SRR191613 3 0.730 0.62861 0.068 0.132 0.652 0.148
#> SRR191614 3 0.358 0.70257 0.012 0.000 0.832 0.156
#> SRR191615 3 0.303 0.71006 0.000 0.008 0.868 0.124
#> SRR191616 2 0.847 0.17590 0.112 0.512 0.100 0.276
#> SRR191617 3 0.895 -0.19714 0.136 0.360 0.400 0.104
#> SRR191618 3 0.450 0.69207 0.012 0.004 0.756 0.228
#> SRR191619 3 0.420 0.70603 0.048 0.048 0.852 0.052
#> SRR191620 3 0.771 0.48675 0.076 0.240 0.592 0.092
#> SRR191621 3 0.651 0.33828 0.024 0.280 0.636 0.060
#> SRR191622 3 0.579 0.69362 0.076 0.064 0.764 0.096
#> SRR191623 3 0.197 0.70436 0.008 0.000 0.932 0.060
#> SRR191624 3 0.691 0.41727 0.240 0.000 0.588 0.172
#> SRR191625 3 0.238 0.70376 0.000 0.028 0.920 0.052
#> SRR191626 3 0.424 0.69816 0.000 0.036 0.804 0.160
#> SRR191627 3 0.489 0.63790 0.008 0.140 0.788 0.064
#> SRR191628 3 0.347 0.70659 0.072 0.000 0.868 0.060
#> SRR191629 3 0.181 0.69911 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR191630 1 0.417 0.46616 0.836 0.028 0.116 0.020
#> SRR191631 3 0.569 0.63307 0.016 0.148 0.744 0.092
#> SRR191632 3 0.307 0.70192 0.012 0.008 0.884 0.096
#> SRR191633 3 0.491 0.70271 0.020 0.028 0.776 0.176
#> SRR191634 2 0.832 0.18882 0.096 0.540 0.116 0.248
#> SRR191635 3 0.305 0.70410 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR191636 4 0.872 0.06124 0.100 0.344 0.116 0.440
#> SRR191637 2 0.659 0.36299 0.072 0.696 0.060 0.172
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.628 0.34509 0.168 0.000 0.580 0.240 0.012
#> SRR191394 1 0.704 -0.21888 0.380 0.008 0.380 0.228 0.004
#> SRR191396 3 0.602 0.50257 0.080 0.076 0.724 0.052 0.068
#> SRR191397 3 0.647 0.08023 0.208 0.004 0.520 0.268 0.000
#> SRR191398 1 0.760 -0.14065 0.476 0.012 0.228 0.240 0.044
#> SRR191399 3 0.486 0.44484 0.028 0.000 0.724 0.212 0.036
#> SRR191400 1 0.745 -0.25795 0.492 0.052 0.276 0.172 0.008
#> SRR191401 3 0.668 0.36245 0.080 0.000 0.584 0.248 0.088
#> SRR191402 3 0.195 0.55289 0.004 0.004 0.928 0.056 0.008
#> SRR191403 3 0.519 0.41061 0.060 0.000 0.660 0.272 0.008
#> SRR191404 3 0.744 0.36270 0.024 0.236 0.552 0.116 0.072
#> SRR191405 3 0.659 0.22913 0.012 0.296 0.572 0.084 0.036
#> SRR191406 3 0.356 0.56303 0.012 0.008 0.824 0.148 0.008
#> SRR191407 1 0.701 -0.15238 0.424 0.016 0.376 0.180 0.004
#> SRR191408 3 0.713 -0.00219 0.184 0.036 0.512 0.264 0.004
#> SRR191409 3 0.529 0.51252 0.124 0.056 0.744 0.072 0.004
#> SRR191410 3 0.277 0.54550 0.016 0.004 0.892 0.072 0.016
#> SRR191411 3 0.588 0.51376 0.056 0.124 0.716 0.084 0.020
#> SRR191412 3 0.550 0.44914 0.060 0.000 0.644 0.276 0.020
#> SRR191413 3 0.405 0.53395 0.000 0.000 0.748 0.224 0.028
#> SRR191414 1 0.711 -0.80167 0.396 0.008 0.220 0.368 0.008
#> SRR191415 3 0.349 0.55336 0.000 0.000 0.816 0.152 0.032
#> SRR191416 3 0.359 0.54306 0.008 0.000 0.828 0.128 0.036
#> SRR191418 3 0.257 0.55364 0.012 0.004 0.884 0.100 0.000
#> SRR191419 1 0.726 -0.36317 0.444 0.040 0.388 0.112 0.016
#> SRR191420 3 0.680 0.20283 0.144 0.008 0.504 0.328 0.016
#> SRR191421 3 0.658 0.25651 0.124 0.012 0.516 0.340 0.008
#> SRR191422 2 0.627 0.34673 0.016 0.532 0.380 0.036 0.036
#> SRR191423 2 0.693 0.30908 0.004 0.592 0.204 0.116 0.084
#> SRR191424 2 0.725 -0.23511 0.032 0.448 0.056 0.060 0.404
#> SRR191425 3 0.544 0.42803 0.048 0.000 0.656 0.268 0.028
#> SRR191426 3 0.495 0.55778 0.004 0.040 0.768 0.104 0.084
#> SRR191427 1 0.962 0.00764 0.280 0.252 0.204 0.176 0.088
#> SRR191428 3 0.637 0.46049 0.016 0.016 0.608 0.248 0.112
#> SRR191429 3 0.699 -0.17731 0.012 0.380 0.480 0.064 0.064
#> SRR191430 2 0.810 0.20992 0.096 0.476 0.292 0.072 0.064
#> SRR191431 2 0.869 0.01365 0.080 0.460 0.180 0.088 0.192
#> SRR191432 2 0.461 0.40966 0.004 0.688 0.284 0.008 0.016
#> SRR191433 2 0.631 0.39856 0.000 0.608 0.252 0.048 0.092
#> SRR191434 3 0.660 0.41463 0.072 0.244 0.612 0.056 0.016
#> SRR191435 3 0.784 0.25551 0.084 0.024 0.496 0.268 0.128
#> SRR191436 3 0.543 0.53161 0.024 0.012 0.684 0.240 0.040
#> SRR191437 2 0.625 -0.02884 0.052 0.572 0.048 0.004 0.324
#> SRR191438 3 0.707 0.39686 0.120 0.140 0.624 0.088 0.028
#> SRR191439 2 0.642 0.24556 0.012 0.664 0.144 0.072 0.108
#> SRR191440 5 0.836 0.37697 0.272 0.284 0.064 0.024 0.356
#> SRR191441 2 0.592 0.16314 0.012 0.664 0.032 0.068 0.224
#> SRR191442 3 0.781 0.30608 0.072 0.232 0.520 0.144 0.032
#> SRR191443 3 0.670 0.04438 0.196 0.008 0.468 0.328 0.000
#> SRR191444 3 0.482 0.55752 0.040 0.028 0.796 0.064 0.072
#> SRR191445 3 0.779 0.33451 0.056 0.232 0.540 0.096 0.076
#> SRR191446 3 0.811 0.23367 0.048 0.128 0.488 0.076 0.260
#> SRR191447 2 0.638 0.21210 0.048 0.676 0.140 0.028 0.108
#> SRR191448 3 0.862 -0.38098 0.284 0.052 0.328 0.284 0.052
#> SRR191449 3 0.468 0.50868 0.012 0.000 0.728 0.216 0.044
#> SRR191450 3 0.883 -0.07695 0.184 0.168 0.424 0.180 0.044
#> SRR191451 3 0.943 -0.38552 0.264 0.208 0.280 0.188 0.060
#> SRR191452 2 0.580 0.20414 0.000 0.692 0.056 0.100 0.152
#> SRR191453 2 0.840 0.08685 0.072 0.496 0.204 0.092 0.136
#> SRR191454 3 0.822 0.16323 0.148 0.032 0.472 0.248 0.100
#> SRR191455 3 0.616 0.53091 0.004 0.080 0.652 0.208 0.056
#> SRR191456 1 0.891 -0.08467 0.356 0.140 0.280 0.188 0.036
#> SRR191457 1 0.835 -0.32959 0.384 0.144 0.268 0.200 0.004
#> SRR191458 3 0.846 -0.09514 0.156 0.360 0.364 0.068 0.052
#> SRR191459 3 0.420 0.54675 0.028 0.040 0.828 0.080 0.024
#> SRR191460 3 0.234 0.55755 0.000 0.024 0.916 0.040 0.020
#> SRR191461 3 0.574 0.47004 0.016 0.004 0.656 0.232 0.092
#> SRR191462 3 0.780 0.30653 0.012 0.228 0.504 0.156 0.100
#> SRR191463 2 0.543 0.37375 0.048 0.736 0.132 0.008 0.076
#> SRR191464 2 0.590 0.39967 0.004 0.684 0.168 0.044 0.100
#> SRR191465 2 0.610 0.33597 0.004 0.644 0.132 0.024 0.196
#> SRR191466 3 0.807 0.29596 0.076 0.212 0.504 0.168 0.040
#> SRR191467 2 0.696 0.35623 0.004 0.564 0.256 0.100 0.076
#> SRR191468 2 0.501 0.29856 0.008 0.740 0.076 0.012 0.164
#> SRR191469 3 0.697 0.43190 0.040 0.112 0.592 0.228 0.028
#> SRR191470 3 0.811 0.20845 0.004 0.228 0.448 0.164 0.156
#> SRR191471 3 0.860 0.16349 0.048 0.164 0.452 0.116 0.220
#> SRR191472 2 0.605 0.20718 0.004 0.664 0.048 0.088 0.196
#> SRR191473 2 0.732 0.27769 0.000 0.428 0.372 0.136 0.064
#> SRR191474 3 0.642 0.45640 0.120 0.024 0.648 0.180 0.028
#> SRR191475 2 0.372 0.39845 0.000 0.824 0.120 0.008 0.048
#> SRR191476 2 0.694 0.36698 0.072 0.560 0.292 0.024 0.052
#> SRR191477 2 0.617 0.41146 0.012 0.636 0.248 0.044 0.060
#> SRR191478 2 0.643 0.42234 0.048 0.652 0.208 0.044 0.048
#> SRR191479 3 0.621 0.31817 0.108 0.004 0.600 0.268 0.020
#> SRR191480 3 0.873 0.18025 0.108 0.168 0.432 0.236 0.056
#> SRR191481 3 0.688 -0.16651 0.004 0.392 0.468 0.080 0.056
#> SRR191482 3 0.695 0.37529 0.032 0.264 0.576 0.092 0.036
#> SRR191483 3 0.721 0.39704 0.004 0.168 0.576 0.116 0.136
#> SRR191484 4 0.738 0.00000 0.372 0.008 0.224 0.376 0.020
#> SRR191485 3 0.594 0.51714 0.028 0.128 0.704 0.112 0.028
#> SRR191486 2 0.887 -0.02984 0.184 0.360 0.308 0.068 0.080
#> SRR191487 3 0.786 0.32936 0.088 0.224 0.540 0.088 0.060
#> SRR191488 3 0.879 -0.37893 0.340 0.112 0.344 0.156 0.048
#> SRR191489 3 0.908 0.04265 0.132 0.088 0.420 0.160 0.200
#> SRR191490 2 0.508 0.15417 0.020 0.740 0.056 0.012 0.172
#> SRR191491 3 0.964 -0.23053 0.172 0.172 0.344 0.168 0.144
#> SRR191492 3 0.609 0.36865 0.272 0.004 0.612 0.088 0.024
#> SRR191493 2 0.813 -0.27630 0.116 0.464 0.076 0.048 0.296
#> SRR191494 2 0.538 0.18088 0.032 0.744 0.048 0.032 0.144
#> SRR191495 3 0.558 0.51715 0.004 0.016 0.688 0.184 0.108
#> SRR191496 2 0.483 0.11957 0.020 0.688 0.024 0.000 0.268
#> SRR191497 3 0.674 0.47999 0.108 0.072 0.664 0.112 0.044
#> SRR191498 3 0.913 -0.02834 0.068 0.216 0.380 0.124 0.212
#> SRR191499 3 0.478 0.51558 0.112 0.016 0.776 0.084 0.012
#> SRR191500 3 0.398 0.54517 0.000 0.000 0.764 0.204 0.032
#> SRR191501 2 0.720 -0.13498 0.136 0.604 0.072 0.028 0.160
#> SRR191502 3 0.802 0.18762 0.168 0.256 0.480 0.040 0.056
#> SRR191503 2 0.513 0.32134 0.020 0.752 0.112 0.012 0.104
#> SRR191504 2 0.710 0.33249 0.000 0.492 0.280 0.036 0.192
#> SRR191505 2 0.766 0.01151 0.028 0.428 0.188 0.024 0.332
#> SRR191506 2 0.319 0.29462 0.004 0.864 0.040 0.004 0.088
#> SRR191507 2 0.854 0.21018 0.072 0.404 0.328 0.084 0.112
#> SRR191508 3 0.799 0.13488 0.012 0.308 0.440 0.120 0.120
#> SRR191509 2 0.771 0.24166 0.000 0.404 0.356 0.104 0.136
#> SRR191510 3 0.855 0.26477 0.088 0.100 0.488 0.128 0.196
#> SRR191511 2 0.640 0.30950 0.000 0.616 0.120 0.048 0.216
#> SRR191512 2 0.284 0.27776 0.004 0.892 0.020 0.020 0.064
#> SRR191513 2 0.249 0.23599 0.004 0.900 0.004 0.016 0.076
#> SRR191514 2 0.232 0.28744 0.000 0.912 0.024 0.008 0.056
#> SRR191515 2 0.679 0.31386 0.016 0.552 0.312 0.048 0.072
#> SRR191516 3 0.794 0.27002 0.120 0.052 0.536 0.208 0.084
#> SRR191517 3 0.691 0.36447 0.012 0.184 0.596 0.160 0.048
#> SRR191518 2 0.739 0.31253 0.004 0.456 0.348 0.124 0.068
#> SRR191519 2 0.624 0.37399 0.020 0.588 0.312 0.024 0.056
#> SRR191520 3 0.668 0.47316 0.008 0.088 0.636 0.156 0.112
#> SRR191521 2 0.546 0.37081 0.000 0.700 0.192 0.068 0.040
#> SRR191522 2 0.765 0.19709 0.056 0.524 0.236 0.028 0.156
#> SRR191523 2 0.757 0.22407 0.016 0.504 0.204 0.048 0.228
#> SRR191524 1 0.916 -0.22069 0.340 0.048 0.256 0.196 0.160
#> SRR191525 2 0.825 0.24278 0.016 0.408 0.284 0.088 0.204
#> SRR191526 2 0.511 0.22381 0.004 0.716 0.048 0.024 0.208
#> SRR191527 1 0.857 0.11817 0.496 0.136 0.100 0.100 0.168
#> SRR191528 1 0.840 -0.33437 0.364 0.240 0.060 0.032 0.304
#> SRR191529 5 0.838 0.26510 0.116 0.348 0.128 0.028 0.380
#> SRR191530 2 0.745 0.33239 0.008 0.528 0.228 0.072 0.164
#> SRR191531 2 0.840 -0.39975 0.348 0.360 0.076 0.032 0.184
#> SRR191532 2 0.799 0.12344 0.036 0.484 0.244 0.056 0.180
#> SRR191533 3 0.933 -0.00522 0.108 0.224 0.380 0.148 0.140
#> SRR191534 2 0.714 -0.25357 0.204 0.568 0.028 0.028 0.172
#> SRR191535 2 0.683 0.38888 0.052 0.600 0.252 0.044 0.052
#> SRR191536 2 0.652 0.17827 0.132 0.676 0.080 0.036 0.076
#> SRR191537 2 0.801 0.26674 0.068 0.532 0.168 0.060 0.172
#> SRR191538 2 0.450 0.42195 0.004 0.752 0.200 0.016 0.028
#> SRR191539 2 0.657 -0.29776 0.056 0.480 0.024 0.024 0.416
#> SRR191540 3 0.762 -0.07295 0.008 0.364 0.424 0.132 0.072
#> SRR191541 2 0.506 0.41719 0.016 0.732 0.196 0.024 0.032
#> SRR191542 2 0.341 0.28635 0.012 0.860 0.036 0.008 0.084
#> SRR191543 2 0.516 0.38321 0.020 0.748 0.144 0.016 0.072
#> SRR191544 2 0.835 0.14248 0.148 0.392 0.340 0.036 0.084
#> SRR191545 2 0.765 0.32833 0.004 0.496 0.220 0.084 0.196
#> SRR191546 3 0.813 0.20583 0.008 0.260 0.432 0.192 0.108
#> SRR191547 3 0.586 0.54332 0.012 0.052 0.708 0.132 0.096
#> SRR191548 1 0.599 0.14505 0.648 0.004 0.184 0.148 0.016
#> SRR191549 1 0.506 0.10206 0.700 0.004 0.024 0.240 0.032
#> SRR191550 1 0.704 0.10608 0.500 0.004 0.112 0.332 0.052
#> SRR191551 1 0.627 0.12501 0.552 0.004 0.088 0.336 0.020
#> SRR191552 1 0.585 0.16892 0.648 0.004 0.092 0.236 0.020
#> SRR191553 1 0.661 -0.18657 0.616 0.024 0.224 0.108 0.028
#> SRR191554 1 0.470 0.18724 0.804 0.032 0.056 0.036 0.072
#> SRR191555 3 0.687 0.35222 0.084 0.012 0.548 0.304 0.052
#> SRR191556 3 0.260 0.55954 0.004 0.000 0.872 0.120 0.004
#> SRR191557 3 0.496 0.44300 0.016 0.004 0.704 0.240 0.036
#> SRR191558 2 0.711 0.31582 0.028 0.496 0.352 0.032 0.092
#> SRR191559 3 0.438 0.50178 0.064 0.008 0.772 0.156 0.000
#> SRR191560 3 0.548 0.35408 0.132 0.008 0.676 0.184 0.000
#> SRR191561 1 0.870 0.13602 0.476 0.184 0.088 0.120 0.132
#> SRR191562 3 0.688 -0.19298 0.316 0.016 0.468 0.200 0.000
#> SRR191563 3 0.320 0.55717 0.024 0.020 0.880 0.060 0.016
#> SRR191564 3 0.265 0.55490 0.004 0.000 0.868 0.124 0.004
#> SRR191565 3 0.650 0.34690 0.104 0.000 0.564 0.292 0.040
#> SRR191566 3 0.427 0.49215 0.020 0.000 0.744 0.224 0.012
#> SRR191567 3 0.761 0.14926 0.160 0.004 0.480 0.276 0.080
#> SRR191568 3 0.759 -0.13157 0.252 0.016 0.400 0.312 0.020
#> SRR191569 3 0.480 0.50185 0.052 0.024 0.756 0.164 0.004
#> SRR191570 3 0.503 0.53532 0.024 0.000 0.716 0.208 0.052
#> SRR191571 3 0.568 0.50140 0.160 0.032 0.708 0.088 0.012
#> SRR191572 1 0.540 0.08418 0.672 0.016 0.036 0.260 0.016
#> SRR191573 3 0.439 0.44075 0.048 0.004 0.748 0.200 0.000
#> SRR191574 1 0.867 -0.08390 0.356 0.036 0.244 0.280 0.084
#> SRR191575 1 0.737 -0.07821 0.456 0.020 0.272 0.240 0.012
#> SRR191576 3 0.711 0.36471 0.076 0.136 0.620 0.136 0.032
#> SRR191577 3 0.764 0.29591 0.240 0.084 0.528 0.128 0.020
#> SRR191578 3 0.654 0.23135 0.028 0.304 0.580 0.044 0.044
#> SRR191579 1 0.789 -0.20334 0.452 0.012 0.280 0.184 0.072
#> SRR191580 1 0.503 0.18570 0.780 0.072 0.084 0.040 0.024
#> SRR191581 1 0.685 0.18504 0.636 0.028 0.144 0.132 0.060
#> SRR191582 1 0.639 -0.12820 0.504 0.004 0.364 0.120 0.008
#> SRR191583 2 0.579 0.04217 0.056 0.616 0.024 0.004 0.300
#> SRR191584 1 0.578 0.17812 0.732 0.076 0.100 0.028 0.064
#> SRR191585 3 0.411 0.52482 0.000 0.004 0.768 0.192 0.036
#> SRR191586 3 0.696 0.33155 0.120 0.020 0.580 0.240 0.040
#> SRR191587 3 0.302 0.55488 0.000 0.004 0.848 0.136 0.012
#> SRR191588 3 0.431 0.53626 0.060 0.000 0.788 0.136 0.016
#> SRR191589 3 0.435 0.51766 0.132 0.000 0.768 0.100 0.000
#> SRR191590 3 0.777 -0.07738 0.228 0.036 0.416 0.304 0.016
#> SRR191591 3 0.510 0.51745 0.140 0.024 0.744 0.088 0.004
#> SRR191592 3 0.587 0.34467 0.096 0.036 0.660 0.208 0.000
#> SRR191593 3 0.587 0.33248 0.100 0.000 0.632 0.248 0.020
#> SRR191594 1 0.638 -0.01512 0.528 0.008 0.040 0.372 0.052
#> SRR191595 3 0.667 0.17876 0.132 0.032 0.536 0.300 0.000
#> SRR191596 3 0.557 0.35529 0.116 0.004 0.644 0.236 0.000
#> SRR191597 3 0.318 0.54648 0.004 0.020 0.872 0.080 0.024
#> SRR191598 3 0.500 0.46831 0.020 0.004 0.656 0.304 0.016
#> SRR191599 3 0.717 0.24824 0.108 0.004 0.516 0.300 0.072
#> SRR191600 3 0.279 0.55735 0.012 0.044 0.896 0.044 0.004
#> SRR191601 3 0.592 0.50915 0.012 0.036 0.688 0.172 0.092
#> SRR191602 3 0.240 0.54646 0.000 0.008 0.904 0.072 0.016
#> SRR191603 3 0.231 0.56021 0.008 0.012 0.916 0.056 0.008
#> SRR191604 3 0.648 0.06618 0.032 0.344 0.552 0.028 0.044
#> SRR191605 3 0.296 0.55502 0.004 0.008 0.872 0.100 0.016
#> SRR191606 3 0.485 0.45545 0.096 0.012 0.744 0.148 0.000
#> SRR191607 3 0.529 0.43377 0.008 0.004 0.620 0.328 0.040
#> SRR191608 3 0.596 0.52361 0.008 0.036 0.676 0.184 0.096
#> SRR191609 3 0.508 0.50337 0.016 0.028 0.744 0.172 0.040
#> SRR191610 3 0.531 0.38779 0.012 0.000 0.584 0.368 0.036
#> SRR191611 3 0.616 0.40414 0.072 0.016 0.656 0.216 0.040
#> SRR191612 3 0.409 0.52229 0.024 0.016 0.792 0.164 0.004
#> SRR191613 3 0.765 0.22070 0.136 0.112 0.500 0.248 0.004
#> SRR191614 3 0.430 0.52945 0.000 0.000 0.728 0.236 0.036
#> SRR191615 3 0.432 0.53739 0.004 0.004 0.752 0.208 0.032
#> SRR191616 5 0.725 0.17551 0.056 0.392 0.056 0.036 0.460
#> SRR191617 3 0.770 -0.02346 0.088 0.304 0.480 0.016 0.112
#> SRR191618 3 0.643 0.49446 0.076 0.024 0.676 0.136 0.088
#> SRR191619 3 0.470 0.53399 0.052 0.084 0.800 0.044 0.020
#> SRR191620 3 0.757 0.27414 0.096 0.236 0.552 0.076 0.040
#> SRR191621 3 0.520 0.34905 0.000 0.260 0.672 0.052 0.016
#> SRR191622 3 0.588 0.46119 0.112 0.068 0.692 0.128 0.000
#> SRR191623 3 0.371 0.53754 0.020 0.004 0.812 0.156 0.008
#> SRR191624 3 0.706 -0.40715 0.188 0.004 0.400 0.392 0.016
#> SRR191625 3 0.336 0.55706 0.000 0.032 0.856 0.092 0.020
#> SRR191626 3 0.547 0.52416 0.000 0.072 0.684 0.216 0.028
#> SRR191627 3 0.483 0.50737 0.000 0.128 0.764 0.072 0.036
#> SRR191628 3 0.420 0.54639 0.072 0.008 0.792 0.128 0.000
#> SRR191629 3 0.193 0.54863 0.000 0.004 0.928 0.052 0.016
#> SRR191630 1 0.665 -0.09259 0.488 0.008 0.056 0.396 0.052
#> SRR191631 3 0.664 0.43845 0.036 0.184 0.636 0.116 0.028
#> SRR191632 3 0.372 0.53452 0.008 0.012 0.800 0.176 0.004
#> SRR191633 3 0.612 0.51315 0.036 0.020 0.680 0.168 0.096
#> SRR191634 2 0.726 -0.26771 0.044 0.440 0.088 0.024 0.404
#> SRR191635 3 0.339 0.55294 0.000 0.000 0.800 0.188 0.012
#> SRR191636 5 0.736 0.40150 0.096 0.232 0.072 0.032 0.568
#> SRR191637 2 0.522 0.12507 0.016 0.676 0.036 0.008 0.264
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.660 0.26696 0.248 0.000 0.540 0.068 0.012 0.132
#> SRR191394 1 0.651 0.37712 0.452 0.004 0.368 0.024 0.012 0.140
#> SRR191396 3 0.615 0.35327 0.144 0.060 0.672 0.060 0.040 0.024
#> SRR191397 3 0.534 -0.00461 0.448 0.000 0.484 0.008 0.020 0.040
#> SRR191398 1 0.657 0.27444 0.508 0.000 0.200 0.008 0.040 0.244
#> SRR191399 3 0.442 0.12201 0.028 0.000 0.644 0.320 0.004 0.004
#> SRR191400 1 0.647 0.41256 0.536 0.004 0.252 0.064 0.000 0.144
#> SRR191401 3 0.608 0.24413 0.308 0.000 0.552 0.020 0.092 0.028
#> SRR191402 3 0.186 0.47233 0.028 0.004 0.928 0.036 0.004 0.000
#> SRR191403 3 0.596 0.27313 0.280 0.004 0.572 0.116 0.016 0.012
#> SRR191404 3 0.766 0.02653 0.128 0.252 0.468 0.080 0.068 0.004
#> SRR191405 3 0.684 -0.00501 0.072 0.280 0.524 0.076 0.048 0.000
#> SRR191406 3 0.345 0.48728 0.116 0.008 0.828 0.040 0.004 0.004
#> SRR191407 1 0.617 0.40831 0.496 0.000 0.344 0.032 0.004 0.124
#> SRR191408 3 0.557 -0.08945 0.456 0.024 0.472 0.024 0.012 0.012
#> SRR191409 3 0.544 0.44806 0.080 0.072 0.716 0.036 0.000 0.096
#> SRR191410 3 0.209 0.44585 0.004 0.000 0.908 0.072 0.012 0.004
#> SRR191411 3 0.598 0.40169 0.048 0.096 0.700 0.064 0.028 0.064
#> SRR191412 3 0.530 0.29953 0.344 0.000 0.580 0.008 0.028 0.040
#> SRR191413 3 0.434 0.46716 0.228 0.000 0.712 0.048 0.012 0.000
#> SRR191414 6 0.705 -0.09212 0.276 0.000 0.236 0.044 0.016 0.428
#> SRR191415 3 0.354 0.45861 0.080 0.000 0.828 0.064 0.028 0.000
#> SRR191416 3 0.424 0.47481 0.092 0.000 0.780 0.096 0.004 0.028
#> SRR191418 3 0.317 0.49955 0.108 0.004 0.840 0.044 0.004 0.000
#> SRR191419 3 0.793 -0.22338 0.252 0.020 0.388 0.084 0.020 0.236
#> SRR191420 3 0.550 -0.03045 0.456 0.004 0.468 0.008 0.048 0.016
#> SRR191421 1 0.530 -0.12721 0.476 0.008 0.460 0.024 0.032 0.000
#> SRR191422 2 0.669 0.24150 0.060 0.456 0.392 0.036 0.048 0.008
#> SRR191423 2 0.730 0.34190 0.124 0.524 0.208 0.032 0.104 0.008
#> SRR191424 5 0.644 0.51679 0.012 0.412 0.024 0.084 0.448 0.020
#> SRR191425 3 0.584 0.28035 0.304 0.008 0.564 0.104 0.016 0.004
#> SRR191426 3 0.534 0.45143 0.144 0.056 0.712 0.040 0.048 0.000
#> SRR191427 1 0.747 0.23325 0.520 0.180 0.168 0.052 0.068 0.012
#> SRR191428 3 0.667 0.37130 0.224 0.016 0.552 0.148 0.056 0.004
#> SRR191429 3 0.763 -0.18479 0.096 0.348 0.412 0.052 0.080 0.012
#> SRR191430 2 0.856 0.24447 0.120 0.432 0.216 0.072 0.104 0.056
#> SRR191431 2 0.827 0.12605 0.228 0.408 0.160 0.040 0.144 0.020
#> SRR191432 2 0.487 0.36822 0.008 0.700 0.220 0.032 0.036 0.004
#> SRR191433 2 0.619 0.37202 0.012 0.580 0.232 0.028 0.144 0.004
#> SRR191434 3 0.690 0.09823 0.036 0.252 0.552 0.096 0.020 0.044
#> SRR191435 3 0.727 0.01779 0.360 0.028 0.408 0.064 0.136 0.004
#> SRR191436 3 0.579 0.45491 0.260 0.024 0.620 0.060 0.032 0.004
#> SRR191437 2 0.759 -0.32860 0.080 0.444 0.032 0.064 0.332 0.048
#> SRR191438 3 0.710 0.34386 0.224 0.148 0.536 0.028 0.028 0.036
#> SRR191439 2 0.682 0.23693 0.100 0.584 0.100 0.036 0.176 0.004
#> SRR191440 1 0.839 -0.29434 0.356 0.180 0.024 0.128 0.276 0.036
#> SRR191441 2 0.588 0.03008 0.076 0.572 0.028 0.012 0.308 0.004
#> SRR191442 3 0.771 0.22841 0.220 0.192 0.468 0.064 0.028 0.028
#> SRR191443 3 0.565 -0.04568 0.444 0.004 0.476 0.020 0.020 0.036
#> SRR191444 3 0.528 0.46388 0.104 0.040 0.728 0.072 0.056 0.000
#> SRR191445 3 0.808 -0.35476 0.024 0.236 0.416 0.192 0.104 0.028
#> SRR191446 3 0.836 -0.20612 0.080 0.124 0.416 0.116 0.244 0.020
#> SRR191447 2 0.706 0.19402 0.092 0.588 0.128 0.032 0.136 0.024
#> SRR191448 1 0.822 0.31136 0.428 0.044 0.268 0.128 0.052 0.080
#> SRR191449 3 0.477 0.23363 0.052 0.004 0.684 0.244 0.012 0.004
#> SRR191450 3 0.892 -0.11596 0.264 0.176 0.340 0.084 0.072 0.064
#> SRR191451 1 0.795 0.33610 0.444 0.128 0.276 0.064 0.028 0.060
#> SRR191452 2 0.616 0.20181 0.132 0.604 0.040 0.008 0.208 0.008
#> SRR191453 2 0.804 0.13165 0.164 0.452 0.140 0.104 0.140 0.000
#> SRR191454 1 0.629 -0.04059 0.448 0.012 0.408 0.040 0.092 0.000
#> SRR191455 3 0.679 0.39633 0.168 0.080 0.588 0.108 0.056 0.000
#> SRR191456 1 0.667 0.34083 0.560 0.108 0.252 0.032 0.012 0.036
#> SRR191457 1 0.783 0.37837 0.464 0.132 0.236 0.048 0.012 0.108
#> SRR191458 2 0.872 0.02334 0.196 0.332 0.284 0.056 0.060 0.072
#> SRR191459 3 0.485 0.31170 0.012 0.068 0.748 0.136 0.020 0.016
#> SRR191460 3 0.355 0.44044 0.040 0.048 0.840 0.064 0.008 0.000
#> SRR191461 3 0.634 -0.13514 0.076 0.008 0.528 0.308 0.080 0.000
#> SRR191462 3 0.838 -0.29971 0.112 0.176 0.408 0.180 0.120 0.004
#> SRR191463 2 0.627 0.29993 0.072 0.680 0.104 0.052 0.052 0.040
#> SRR191464 2 0.600 0.32315 0.012 0.644 0.120 0.048 0.168 0.008
#> SRR191465 2 0.548 0.26800 0.004 0.588 0.104 0.012 0.292 0.000
#> SRR191466 3 0.842 0.07559 0.204 0.240 0.380 0.064 0.092 0.020
#> SRR191467 2 0.759 0.36336 0.092 0.504 0.232 0.076 0.084 0.012
#> SRR191468 2 0.484 0.05753 0.008 0.676 0.044 0.020 0.252 0.000
#> SRR191469 3 0.742 0.12642 0.108 0.116 0.524 0.204 0.032 0.016
#> SRR191470 3 0.830 -0.34340 0.060 0.212 0.352 0.224 0.152 0.000
#> SRR191471 3 0.867 -0.27721 0.176 0.164 0.360 0.096 0.196 0.008
#> SRR191472 2 0.639 0.18890 0.072 0.584 0.032 0.056 0.252 0.004
#> SRR191473 2 0.776 0.01525 0.088 0.360 0.360 0.124 0.068 0.000
#> SRR191474 3 0.696 0.23851 0.104 0.016 0.568 0.180 0.016 0.116
#> SRR191475 2 0.328 0.31254 0.004 0.836 0.096 0.004 0.060 0.000
#> SRR191476 2 0.727 0.28555 0.040 0.512 0.284 0.044 0.068 0.052
#> SRR191477 2 0.652 0.37328 0.020 0.596 0.196 0.060 0.120 0.008
#> SRR191478 2 0.621 0.39200 0.016 0.648 0.176 0.052 0.076 0.032
#> SRR191479 3 0.534 0.18327 0.388 0.004 0.540 0.048 0.016 0.004
#> SRR191480 4 0.759 0.63801 0.000 0.152 0.280 0.436 0.052 0.080
#> SRR191481 3 0.758 -0.21099 0.052 0.296 0.416 0.172 0.064 0.000
#> SRR191482 3 0.728 -0.20822 0.012 0.268 0.460 0.188 0.056 0.016
#> SRR191483 3 0.784 -0.08480 0.072 0.200 0.476 0.124 0.124 0.004
#> SRR191484 6 0.745 -0.09837 0.308 0.016 0.204 0.044 0.020 0.408
#> SRR191485 3 0.641 0.29653 0.136 0.160 0.616 0.060 0.020 0.008
#> SRR191486 3 0.827 -0.06168 0.260 0.296 0.312 0.028 0.052 0.052
#> SRR191487 3 0.841 -0.25729 0.048 0.212 0.424 0.184 0.056 0.076
#> SRR191488 1 0.750 0.32989 0.440 0.080 0.312 0.028 0.012 0.128
#> SRR191489 4 0.842 0.65770 0.008 0.088 0.288 0.348 0.168 0.100
#> SRR191490 2 0.572 -0.09458 0.064 0.684 0.012 0.076 0.152 0.012
#> SRR191491 3 0.866 -0.20007 0.296 0.164 0.308 0.036 0.160 0.036
#> SRR191492 3 0.650 0.35798 0.168 0.004 0.576 0.056 0.012 0.184
#> SRR191493 2 0.848 -0.14134 0.172 0.360 0.064 0.088 0.288 0.028
#> SRR191494 2 0.571 -0.02099 0.060 0.680 0.044 0.056 0.160 0.000
#> SRR191495 3 0.593 0.30197 0.096 0.020 0.656 0.168 0.056 0.004
#> SRR191496 2 0.473 -0.24858 0.004 0.632 0.012 0.020 0.324 0.008
#> SRR191497 3 0.618 0.29925 0.020 0.068 0.668 0.128 0.028 0.088
#> SRR191498 3 0.919 -0.61128 0.068 0.168 0.284 0.264 0.160 0.056
#> SRR191499 3 0.487 0.39361 0.028 0.024 0.744 0.116 0.000 0.088
#> SRR191500 3 0.528 0.32497 0.128 0.008 0.668 0.180 0.016 0.000
#> SRR191501 2 0.817 -0.14050 0.188 0.472 0.044 0.116 0.136 0.044
#> SRR191502 3 0.865 -0.07500 0.164 0.180 0.428 0.096 0.052 0.080
#> SRR191503 2 0.644 0.17972 0.076 0.664 0.072 0.036 0.108 0.044
#> SRR191504 2 0.684 0.32257 0.020 0.456 0.272 0.028 0.224 0.000
#> SRR191505 2 0.770 0.07249 0.076 0.412 0.144 0.044 0.316 0.008
#> SRR191506 2 0.405 0.11198 0.012 0.780 0.040 0.008 0.156 0.004
#> SRR191507 2 0.846 0.03332 0.028 0.376 0.248 0.092 0.200 0.056
#> SRR191508 3 0.785 -0.09946 0.084 0.288 0.416 0.116 0.096 0.000
#> SRR191509 2 0.808 0.21521 0.092 0.400 0.260 0.096 0.152 0.000
#> SRR191510 3 0.826 0.05086 0.212 0.072 0.416 0.084 0.200 0.016
#> SRR191511 2 0.598 0.29559 0.024 0.568 0.104 0.016 0.288 0.000
#> SRR191512 2 0.320 0.11330 0.016 0.832 0.004 0.008 0.136 0.004
#> SRR191513 2 0.307 0.05640 0.032 0.852 0.000 0.020 0.096 0.000
#> SRR191514 2 0.284 0.17556 0.024 0.880 0.020 0.012 0.064 0.000
#> SRR191515 2 0.716 0.15226 0.012 0.472 0.264 0.168 0.080 0.004
#> SRR191516 4 0.765 0.61792 0.020 0.072 0.360 0.408 0.056 0.084
#> SRR191517 3 0.697 -0.38296 0.012 0.152 0.456 0.308 0.072 0.000
#> SRR191518 2 0.784 0.21428 0.096 0.396 0.324 0.048 0.128 0.008
#> SRR191519 2 0.717 0.31841 0.020 0.500 0.260 0.056 0.148 0.016
#> SRR191520 3 0.734 -0.05549 0.084 0.096 0.528 0.196 0.096 0.000
#> SRR191521 2 0.504 0.31362 0.064 0.724 0.136 0.008 0.068 0.000
#> SRR191522 2 0.800 0.22875 0.052 0.500 0.180 0.076 0.140 0.052
#> SRR191523 2 0.749 0.27502 0.056 0.456 0.192 0.044 0.248 0.004
#> SRR191524 1 0.780 0.39970 0.468 0.028 0.244 0.036 0.148 0.076
#> SRR191525 2 0.818 0.18826 0.048 0.400 0.184 0.180 0.184 0.004
#> SRR191526 2 0.494 0.12159 0.036 0.636 0.020 0.008 0.300 0.000
#> SRR191527 1 0.813 -0.12096 0.512 0.064 0.068 0.100 0.120 0.136
#> SRR191528 1 0.904 -0.23254 0.340 0.124 0.024 0.176 0.176 0.160
#> SRR191529 5 0.872 0.04468 0.200 0.284 0.108 0.080 0.308 0.020
#> SRR191530 2 0.659 0.33183 0.040 0.528 0.192 0.008 0.228 0.004
#> SRR191531 1 0.911 -0.18794 0.340 0.232 0.068 0.176 0.088 0.096
#> SRR191532 2 0.821 0.06836 0.060 0.456 0.164 0.152 0.148 0.020
#> SRR191533 4 0.925 0.39009 0.072 0.204 0.252 0.284 0.116 0.072
#> SRR191534 2 0.804 -0.21743 0.256 0.420 0.012 0.160 0.104 0.048
#> SRR191535 2 0.658 0.36729 0.020 0.592 0.232 0.060 0.068 0.028
#> SRR191536 2 0.753 0.02510 0.140 0.572 0.068 0.056 0.088 0.076
#> SRR191537 2 0.787 0.04565 0.016 0.480 0.140 0.124 0.196 0.044
#> SRR191538 2 0.438 0.32468 0.004 0.744 0.168 0.012 0.072 0.000
#> SRR191539 5 0.754 0.50246 0.060 0.364 0.008 0.120 0.396 0.052
#> SRR191540 2 0.732 -0.17530 0.008 0.380 0.360 0.164 0.080 0.008
#> SRR191541 2 0.468 0.33459 0.012 0.744 0.156 0.020 0.064 0.004
#> SRR191542 2 0.460 0.14186 0.024 0.768 0.040 0.020 0.136 0.012
#> SRR191543 2 0.547 0.29172 0.028 0.696 0.132 0.036 0.108 0.000
#> SRR191544 2 0.881 0.08442 0.160 0.336 0.292 0.072 0.084 0.056
#> SRR191545 2 0.705 0.35019 0.032 0.476 0.204 0.040 0.248 0.000
#> SRR191546 3 0.828 -0.03083 0.180 0.272 0.360 0.064 0.120 0.004
#> SRR191547 3 0.654 0.39143 0.148 0.072 0.636 0.060 0.072 0.012
#> SRR191548 6 0.584 0.47254 0.260 0.000 0.172 0.016 0.000 0.552
#> SRR191549 6 0.298 0.55837 0.152 0.000 0.008 0.012 0.000 0.828
#> SRR191550 6 0.481 0.52322 0.112 0.000 0.108 0.040 0.004 0.736
#> SRR191551 6 0.500 0.51814 0.284 0.000 0.064 0.012 0.004 0.636
#> SRR191552 6 0.541 0.46351 0.340 0.000 0.072 0.024 0.000 0.564
#> SRR191553 6 0.845 0.01122 0.292 0.020 0.204 0.116 0.044 0.324
#> SRR191554 6 0.694 0.37431 0.380 0.012 0.044 0.112 0.020 0.432
#> SRR191555 3 0.686 0.25530 0.296 0.012 0.484 0.164 0.024 0.020
#> SRR191556 3 0.316 0.49015 0.132 0.004 0.828 0.036 0.000 0.000
#> SRR191557 3 0.479 0.27879 0.100 0.000 0.648 0.252 0.000 0.000
#> SRR191558 2 0.770 0.23878 0.044 0.452 0.304 0.084 0.088 0.028
#> SRR191559 3 0.397 0.39727 0.260 0.004 0.716 0.008 0.008 0.004
#> SRR191560 3 0.460 0.25538 0.316 0.000 0.636 0.004 0.004 0.040
#> SRR191561 1 0.879 -0.18509 0.396 0.144 0.068 0.104 0.064 0.224
#> SRR191562 3 0.530 -0.17843 0.452 0.000 0.472 0.004 0.008 0.064
#> SRR191563 3 0.390 0.44503 0.040 0.040 0.832 0.060 0.012 0.016
#> SRR191564 3 0.302 0.49810 0.116 0.000 0.844 0.032 0.008 0.000
#> SRR191565 3 0.487 0.28533 0.400 0.000 0.552 0.020 0.028 0.000
#> SRR191566 3 0.470 0.38825 0.264 0.004 0.680 0.028 0.012 0.012
#> SRR191567 3 0.623 0.09831 0.388 0.000 0.480 0.056 0.060 0.016
#> SRR191568 1 0.579 0.20423 0.540 0.008 0.364 0.012 0.028 0.048
#> SRR191569 3 0.425 0.42638 0.212 0.024 0.736 0.020 0.000 0.008
#> SRR191570 3 0.522 0.45503 0.248 0.004 0.664 0.036 0.032 0.016
#> SRR191571 3 0.566 0.44668 0.120 0.008 0.664 0.032 0.008 0.168
#> SRR191572 6 0.353 0.56977 0.192 0.000 0.004 0.020 0.004 0.780
#> SRR191573 3 0.372 0.34122 0.280 0.004 0.708 0.004 0.000 0.004
#> SRR191574 1 0.604 0.43451 0.616 0.012 0.244 0.044 0.016 0.068
#> SRR191575 1 0.567 0.40563 0.600 0.008 0.264 0.020 0.000 0.108
#> SRR191576 3 0.660 0.25176 0.308 0.116 0.516 0.032 0.016 0.012
#> SRR191577 3 0.724 0.30971 0.236 0.040 0.512 0.048 0.012 0.152
#> SRR191578 3 0.734 -0.13967 0.008 0.284 0.476 0.128 0.068 0.036
#> SRR191579 1 0.748 0.31523 0.416 0.012 0.288 0.024 0.048 0.212
#> SRR191580 6 0.670 0.37593 0.412 0.032 0.036 0.072 0.012 0.436
#> SRR191581 1 0.654 -0.05522 0.560 0.000 0.136 0.044 0.028 0.232
#> SRR191582 1 0.651 0.35785 0.440 0.000 0.328 0.036 0.000 0.196
#> SRR191583 2 0.577 -0.36218 0.040 0.540 0.008 0.028 0.368 0.016
#> SRR191584 1 0.745 -0.36899 0.452 0.028 0.064 0.104 0.028 0.324
#> SRR191585 3 0.402 0.41610 0.100 0.000 0.756 0.144 0.000 0.000
#> SRR191586 3 0.619 -0.26505 0.028 0.004 0.496 0.352 0.004 0.116
#> SRR191587 3 0.316 0.47659 0.092 0.004 0.848 0.048 0.008 0.000
#> SRR191588 3 0.460 0.46609 0.156 0.000 0.724 0.108 0.008 0.004
#> SRR191589 3 0.442 0.43679 0.056 0.012 0.772 0.036 0.000 0.124
#> SRR191590 1 0.605 0.21176 0.528 0.020 0.364 0.012 0.032 0.044
#> SRR191591 3 0.567 0.45261 0.112 0.036 0.692 0.036 0.004 0.120
#> SRR191592 3 0.525 0.28158 0.284 0.032 0.636 0.012 0.004 0.032
#> SRR191593 3 0.568 0.22668 0.320 0.004 0.580 0.056 0.012 0.028
#> SRR191594 6 0.334 0.53805 0.100 0.000 0.024 0.032 0.004 0.840
#> SRR191595 3 0.525 0.12684 0.432 0.012 0.508 0.008 0.004 0.036
#> SRR191596 3 0.529 0.21940 0.360 0.004 0.572 0.024 0.008 0.032
#> SRR191597 3 0.302 0.40487 0.004 0.024 0.860 0.096 0.012 0.004
#> SRR191598 3 0.494 0.35670 0.336 0.004 0.612 0.012 0.024 0.012
#> SRR191599 3 0.631 0.09484 0.392 0.000 0.468 0.032 0.084 0.024
#> SRR191600 3 0.396 0.44501 0.040 0.064 0.828 0.040 0.016 0.012
#> SRR191601 3 0.549 0.44560 0.188 0.024 0.672 0.016 0.096 0.004
#> SRR191602 3 0.299 0.40457 0.016 0.012 0.848 0.120 0.004 0.000
#> SRR191603 3 0.354 0.44086 0.036 0.016 0.840 0.088 0.016 0.004
#> SRR191604 3 0.714 -0.09430 0.024 0.304 0.488 0.104 0.064 0.016
#> SRR191605 3 0.290 0.47523 0.052 0.008 0.872 0.060 0.008 0.000
#> SRR191606 3 0.479 0.30298 0.292 0.004 0.652 0.016 0.004 0.032
#> SRR191607 3 0.569 0.18116 0.172 0.000 0.556 0.264 0.008 0.000
#> SRR191608 3 0.578 0.39889 0.104 0.040 0.688 0.096 0.072 0.000
#> SRR191609 3 0.511 0.12111 0.044 0.016 0.660 0.256 0.024 0.000
#> SRR191610 3 0.595 0.13793 0.200 0.000 0.500 0.292 0.008 0.000
#> SRR191611 3 0.609 0.04016 0.052 0.020 0.588 0.276 0.004 0.060
#> SRR191612 3 0.350 0.43174 0.220 0.004 0.764 0.004 0.004 0.004
#> SRR191613 3 0.720 0.15797 0.316 0.116 0.472 0.052 0.024 0.020
#> SRR191614 3 0.418 0.48154 0.196 0.000 0.744 0.036 0.024 0.000
#> SRR191615 3 0.406 0.49119 0.212 0.000 0.740 0.016 0.032 0.000
#> SRR191616 5 0.726 0.57371 0.044 0.348 0.024 0.112 0.444 0.028
#> SRR191617 3 0.824 -0.19214 0.100 0.252 0.424 0.048 0.144 0.032
#> SRR191618 3 0.565 0.42520 0.244 0.020 0.628 0.024 0.084 0.000
#> SRR191619 3 0.504 0.34618 0.016 0.100 0.752 0.080 0.028 0.024
#> SRR191620 3 0.742 0.23624 0.204 0.208 0.492 0.036 0.028 0.032
#> SRR191621 3 0.580 0.10538 0.024 0.240 0.616 0.100 0.020 0.000
#> SRR191622 3 0.532 0.40535 0.224 0.048 0.668 0.016 0.000 0.044
#> SRR191623 3 0.402 0.45008 0.212 0.008 0.744 0.032 0.004 0.000
#> SRR191624 3 0.740 -0.17124 0.320 0.004 0.408 0.072 0.020 0.176
#> SRR191625 3 0.490 0.39088 0.088 0.056 0.748 0.092 0.016 0.000
#> SRR191626 3 0.686 0.08665 0.132 0.088 0.536 0.224 0.020 0.000
#> SRR191627 3 0.650 0.10573 0.060 0.148 0.592 0.172 0.028 0.000
#> SRR191628 3 0.356 0.48931 0.080 0.000 0.832 0.056 0.004 0.028
#> SRR191629 3 0.201 0.44240 0.008 0.000 0.908 0.076 0.008 0.000
#> SRR191630 6 0.372 0.53698 0.120 0.000 0.032 0.032 0.004 0.812
#> SRR191631 3 0.683 -0.09590 0.016 0.176 0.540 0.216 0.032 0.020
#> SRR191632 3 0.382 0.44727 0.216 0.008 0.752 0.020 0.000 0.004
#> SRR191633 3 0.607 0.46337 0.196 0.040 0.636 0.056 0.072 0.000
#> SRR191634 5 0.738 0.52066 0.028 0.384 0.048 0.128 0.392 0.020
#> SRR191635 3 0.404 0.43371 0.096 0.004 0.780 0.112 0.008 0.000
#> SRR191636 5 0.760 0.43776 0.124 0.196 0.072 0.044 0.528 0.036
#> SRR191637 2 0.459 -0.30081 0.012 0.592 0.012 0.000 0.376 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0189 0.578 0.741 0.4696 0.514 0.514
#> 3 3 0.0748 0.427 0.655 0.3462 0.752 0.557
#> 4 4 0.1474 0.337 0.600 0.1163 0.923 0.798
#> 5 5 0.2034 0.276 0.524 0.0636 0.940 0.822
#> 6 6 0.2466 0.242 0.479 0.0426 0.903 0.697
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.730 0.66650 0.796 0.204
#> SRR191394 2 0.966 0.46841 0.392 0.608
#> SRR191396 2 0.963 0.47409 0.388 0.612
#> SRR191397 2 0.997 0.21996 0.468 0.532
#> SRR191398 2 0.802 0.65564 0.244 0.756
#> SRR191399 1 0.529 0.69759 0.880 0.120
#> SRR191400 2 0.814 0.64623 0.252 0.748
#> SRR191401 1 0.767 0.69598 0.776 0.224
#> SRR191402 1 0.689 0.70270 0.816 0.184
#> SRR191403 1 0.443 0.71278 0.908 0.092
#> SRR191404 2 0.861 0.63450 0.284 0.716
#> SRR191405 1 0.999 -0.06329 0.520 0.480
#> SRR191406 1 0.605 0.72070 0.852 0.148
#> SRR191407 2 0.808 0.66960 0.248 0.752
#> SRR191408 1 0.909 0.54080 0.676 0.324
#> SRR191409 1 0.969 0.31827 0.604 0.396
#> SRR191410 1 0.482 0.72098 0.896 0.104
#> SRR191411 1 0.706 0.70178 0.808 0.192
#> SRR191412 1 0.850 0.59932 0.724 0.276
#> SRR191413 1 0.416 0.73112 0.916 0.084
#> SRR191414 1 0.745 0.66579 0.788 0.212
#> SRR191415 1 0.416 0.73463 0.916 0.084
#> SRR191416 1 0.541 0.73036 0.876 0.124
#> SRR191418 1 0.689 0.66559 0.816 0.184
#> SRR191419 1 0.904 0.47323 0.680 0.320
#> SRR191420 1 0.605 0.72620 0.852 0.148
#> SRR191421 1 0.430 0.72292 0.912 0.088
#> SRR191422 2 0.917 0.56969 0.332 0.668
#> SRR191423 2 0.939 0.52961 0.356 0.644
#> SRR191424 2 0.983 0.41484 0.424 0.576
#> SRR191425 1 0.358 0.73036 0.932 0.068
#> SRR191426 1 0.767 0.65289 0.776 0.224
#> SRR191427 2 0.839 0.65029 0.268 0.732
#> SRR191428 1 0.343 0.71213 0.936 0.064
#> SRR191429 2 0.958 0.46422 0.380 0.620
#> SRR191430 2 0.988 0.29867 0.436 0.564
#> SRR191431 2 0.343 0.66550 0.064 0.936
#> SRR191432 1 0.929 0.50969 0.656 0.344
#> SRR191433 1 0.917 0.44683 0.668 0.332
#> SRR191434 1 0.886 0.57980 0.696 0.304
#> SRR191435 1 0.871 0.61780 0.708 0.292
#> SRR191436 1 0.788 0.65995 0.764 0.236
#> SRR191437 2 0.653 0.68361 0.168 0.832
#> SRR191438 2 0.978 0.44673 0.412 0.588
#> SRR191439 2 0.998 0.22467 0.472 0.528
#> SRR191440 2 0.552 0.66165 0.128 0.872
#> SRR191441 2 0.821 0.60276 0.256 0.744
#> SRR191442 1 0.987 0.02534 0.568 0.432
#> SRR191443 1 0.802 0.62516 0.756 0.244
#> SRR191444 1 0.958 0.30271 0.620 0.380
#> SRR191445 1 0.955 0.31884 0.624 0.376
#> SRR191446 2 0.999 0.18999 0.484 0.516
#> SRR191447 2 0.722 0.64774 0.200 0.800
#> SRR191448 1 0.999 -0.14400 0.520 0.480
#> SRR191449 1 0.552 0.70329 0.872 0.128
#> SRR191450 1 0.909 0.54327 0.676 0.324
#> SRR191451 2 0.932 0.58273 0.348 0.652
#> SRR191452 2 0.932 0.50449 0.348 0.652
#> SRR191453 2 0.990 0.36188 0.440 0.560
#> SRR191454 1 1.000 -0.05880 0.500 0.500
#> SRR191455 1 0.697 0.65601 0.812 0.188
#> SRR191456 2 0.671 0.70216 0.176 0.824
#> SRR191457 2 0.946 0.55257 0.364 0.636
#> SRR191458 2 0.839 0.66627 0.268 0.732
#> SRR191459 1 0.443 0.73355 0.908 0.092
#> SRR191460 1 0.634 0.70437 0.840 0.160
#> SRR191461 1 0.456 0.71093 0.904 0.096
#> SRR191462 1 0.886 0.54362 0.696 0.304
#> SRR191463 2 0.961 0.51508 0.384 0.616
#> SRR191464 1 0.991 0.07695 0.556 0.444
#> SRR191465 2 0.998 0.20273 0.472 0.528
#> SRR191466 1 0.788 0.66057 0.764 0.236
#> SRR191467 1 0.917 0.46794 0.668 0.332
#> SRR191468 2 0.921 0.58851 0.336 0.664
#> SRR191469 1 0.506 0.72130 0.888 0.112
#> SRR191470 1 0.706 0.66432 0.808 0.192
#> SRR191471 2 0.891 0.64150 0.308 0.692
#> SRR191472 1 0.978 0.25033 0.588 0.412
#> SRR191473 1 0.697 0.68642 0.812 0.188
#> SRR191474 1 0.416 0.72878 0.916 0.084
#> SRR191475 2 0.913 0.58490 0.328 0.672
#> SRR191476 2 0.943 0.55781 0.360 0.640
#> SRR191477 1 0.738 0.68786 0.792 0.208
#> SRR191478 1 0.988 0.20194 0.564 0.436
#> SRR191479 1 0.753 0.70155 0.784 0.216
#> SRR191480 1 0.343 0.72879 0.936 0.064
#> SRR191481 1 0.518 0.69005 0.884 0.116
#> SRR191482 1 0.430 0.73129 0.912 0.088
#> SRR191483 1 0.634 0.66769 0.840 0.160
#> SRR191484 1 0.625 0.72036 0.844 0.156
#> SRR191485 2 0.996 0.25889 0.464 0.536
#> SRR191486 2 0.839 0.67223 0.268 0.732
#> SRR191487 1 0.925 0.47187 0.660 0.340
#> SRR191488 2 0.866 0.62738 0.288 0.712
#> SRR191489 1 0.866 0.53338 0.712 0.288
#> SRR191490 2 0.781 0.67678 0.232 0.768
#> SRR191491 2 0.990 0.32030 0.440 0.560
#> SRR191492 1 0.827 0.59029 0.740 0.260
#> SRR191493 2 0.738 0.63350 0.208 0.792
#> SRR191494 2 0.552 0.68584 0.128 0.872
#> SRR191495 1 0.388 0.70921 0.924 0.076
#> SRR191496 2 0.808 0.67352 0.248 0.752
#> SRR191497 1 0.482 0.73281 0.896 0.104
#> SRR191498 1 0.961 0.35333 0.616 0.384
#> SRR191499 1 0.456 0.72470 0.904 0.096
#> SRR191500 1 0.456 0.72401 0.904 0.096
#> SRR191501 2 0.689 0.68876 0.184 0.816
#> SRR191502 2 0.753 0.66628 0.216 0.784
#> SRR191503 2 0.745 0.69184 0.212 0.788
#> SRR191504 1 0.871 0.54952 0.708 0.292
#> SRR191505 2 0.821 0.64494 0.256 0.744
#> SRR191506 2 0.738 0.69866 0.208 0.792
#> SRR191507 1 0.921 0.43598 0.664 0.336
#> SRR191508 1 0.808 0.60801 0.752 0.248
#> SRR191509 1 0.802 0.59150 0.756 0.244
#> SRR191510 2 0.881 0.61674 0.300 0.700
#> SRR191511 1 0.996 0.07875 0.536 0.464
#> SRR191512 2 0.844 0.65746 0.272 0.728
#> SRR191513 2 0.814 0.66027 0.252 0.748
#> SRR191514 2 0.904 0.59674 0.320 0.680
#> SRR191515 1 0.795 0.62706 0.760 0.240
#> SRR191516 1 0.541 0.70756 0.876 0.124
#> SRR191517 1 0.242 0.71855 0.960 0.040
#> SRR191518 1 0.891 0.54765 0.692 0.308
#> SRR191519 1 0.855 0.57183 0.720 0.280
#> SRR191520 1 0.311 0.71488 0.944 0.056
#> SRR191521 2 0.952 0.46952 0.372 0.628
#> SRR191522 2 0.850 0.68560 0.276 0.724
#> SRR191523 2 0.975 0.40796 0.408 0.592
#> SRR191524 2 0.839 0.66417 0.268 0.732
#> SRR191525 1 0.876 0.56596 0.704 0.296
#> SRR191526 2 0.913 0.54026 0.328 0.672
#> SRR191527 2 0.529 0.67525 0.120 0.880
#> SRR191528 2 0.671 0.66940 0.176 0.824
#> SRR191529 2 0.605 0.67201 0.148 0.852
#> SRR191530 2 0.963 0.43002 0.388 0.612
#> SRR191531 2 0.416 0.67568 0.084 0.916
#> SRR191532 2 1.000 0.33470 0.496 0.504
#> SRR191533 1 0.995 0.02764 0.540 0.460
#> SRR191534 2 0.671 0.68760 0.176 0.824
#> SRR191535 1 0.855 0.57345 0.720 0.280
#> SRR191536 2 0.895 0.64444 0.312 0.688
#> SRR191537 1 0.886 0.48426 0.696 0.304
#> SRR191538 1 0.975 0.25383 0.592 0.408
#> SRR191539 2 0.563 0.68404 0.132 0.868
#> SRR191540 1 0.443 0.73215 0.908 0.092
#> SRR191541 2 0.932 0.55748 0.348 0.652
#> SRR191542 2 0.775 0.68775 0.228 0.772
#> SRR191543 2 0.996 0.36690 0.464 0.536
#> SRR191544 2 0.680 0.69661 0.180 0.820
#> SRR191545 1 0.861 0.55889 0.716 0.284
#> SRR191546 1 0.929 0.44789 0.656 0.344
#> SRR191547 1 0.753 0.65204 0.784 0.216
#> SRR191548 2 0.855 0.61106 0.280 0.720
#> SRR191549 2 0.821 0.62430 0.256 0.744
#> SRR191550 2 0.946 0.51920 0.364 0.636
#> SRR191551 2 0.876 0.59596 0.296 0.704
#> SRR191552 2 0.615 0.67580 0.152 0.848
#> SRR191553 2 0.997 0.30424 0.468 0.532
#> SRR191554 2 0.730 0.65618 0.204 0.796
#> SRR191555 1 0.388 0.72637 0.924 0.076
#> SRR191556 1 0.781 0.66387 0.768 0.232
#> SRR191557 1 0.327 0.72571 0.940 0.060
#> SRR191558 2 0.788 0.68740 0.236 0.764
#> SRR191559 1 0.722 0.67910 0.800 0.200
#> SRR191560 1 1.000 -0.04872 0.512 0.488
#> SRR191561 2 0.781 0.65327 0.232 0.768
#> SRR191562 2 0.802 0.64583 0.244 0.756
#> SRR191563 1 0.925 0.44779 0.660 0.340
#> SRR191564 1 0.563 0.72355 0.868 0.132
#> SRR191565 1 0.886 0.55373 0.696 0.304
#> SRR191566 1 0.456 0.73089 0.904 0.096
#> SRR191567 1 0.738 0.67125 0.792 0.208
#> SRR191568 1 0.981 0.23499 0.580 0.420
#> SRR191569 1 0.995 -0.00399 0.540 0.460
#> SRR191570 1 0.788 0.67073 0.764 0.236
#> SRR191571 1 0.900 0.51917 0.684 0.316
#> SRR191572 2 0.855 0.61474 0.280 0.720
#> SRR191573 1 0.839 0.60489 0.732 0.268
#> SRR191574 2 0.730 0.67774 0.204 0.796
#> SRR191575 2 0.529 0.67820 0.120 0.880
#> SRR191576 2 0.861 0.64763 0.284 0.716
#> SRR191577 2 0.939 0.55214 0.356 0.644
#> SRR191578 1 0.760 0.68444 0.780 0.220
#> SRR191579 2 0.983 0.39647 0.424 0.576
#> SRR191580 2 0.634 0.67225 0.160 0.840
#> SRR191581 2 0.506 0.67650 0.112 0.888
#> SRR191582 2 0.730 0.68440 0.204 0.796
#> SRR191583 2 0.584 0.68204 0.140 0.860
#> SRR191584 2 0.552 0.67954 0.128 0.872
#> SRR191585 1 0.204 0.72590 0.968 0.032
#> SRR191586 1 0.506 0.71171 0.888 0.112
#> SRR191587 1 0.482 0.73204 0.896 0.104
#> SRR191588 1 0.615 0.68145 0.848 0.152
#> SRR191589 1 0.760 0.65500 0.780 0.220
#> SRR191590 2 0.697 0.69755 0.188 0.812
#> SRR191591 1 0.802 0.64522 0.756 0.244
#> SRR191592 1 0.994 0.08976 0.544 0.456
#> SRR191593 1 0.552 0.72773 0.872 0.128
#> SRR191594 2 1.000 0.09822 0.496 0.504
#> SRR191595 2 0.993 0.32826 0.452 0.548
#> SRR191596 1 0.876 0.56417 0.704 0.296
#> SRR191597 1 0.430 0.72840 0.912 0.088
#> SRR191598 1 0.529 0.72862 0.880 0.120
#> SRR191599 1 0.494 0.73486 0.892 0.108
#> SRR191600 1 0.969 0.29664 0.604 0.396
#> SRR191601 1 0.788 0.63459 0.764 0.236
#> SRR191602 1 0.295 0.72981 0.948 0.052
#> SRR191603 1 0.242 0.72891 0.960 0.040
#> SRR191604 1 0.932 0.39605 0.652 0.348
#> SRR191605 1 0.416 0.73582 0.916 0.084
#> SRR191606 2 0.985 0.34885 0.428 0.572
#> SRR191607 1 0.163 0.72344 0.976 0.024
#> SRR191608 1 0.563 0.68866 0.868 0.132
#> SRR191609 1 0.563 0.70817 0.868 0.132
#> SRR191610 1 0.118 0.72324 0.984 0.016
#> SRR191611 1 0.260 0.72517 0.956 0.044
#> SRR191612 1 0.552 0.71912 0.872 0.128
#> SRR191613 1 0.850 0.58931 0.724 0.276
#> SRR191614 1 0.343 0.72195 0.936 0.064
#> SRR191615 1 0.469 0.72203 0.900 0.100
#> SRR191616 2 0.827 0.62688 0.260 0.740
#> SRR191617 2 0.653 0.68411 0.168 0.832
#> SRR191618 1 0.808 0.65377 0.752 0.248
#> SRR191619 1 0.469 0.73471 0.900 0.100
#> SRR191620 2 0.866 0.63753 0.288 0.712
#> SRR191621 1 0.671 0.71283 0.824 0.176
#> SRR191622 2 0.996 0.30973 0.464 0.536
#> SRR191623 1 0.518 0.71274 0.884 0.116
#> SRR191624 1 0.482 0.72487 0.896 0.104
#> SRR191625 1 0.563 0.73539 0.868 0.132
#> SRR191626 1 0.327 0.71563 0.940 0.060
#> SRR191627 1 0.327 0.71935 0.940 0.060
#> SRR191628 1 0.552 0.72022 0.872 0.128
#> SRR191629 1 0.402 0.72519 0.920 0.080
#> SRR191630 1 0.992 0.11180 0.552 0.448
#> SRR191631 1 0.295 0.72844 0.948 0.052
#> SRR191632 1 0.891 0.51595 0.692 0.308
#> SRR191633 1 0.881 0.58474 0.700 0.300
#> SRR191634 2 0.955 0.47403 0.376 0.624
#> SRR191635 1 0.402 0.72318 0.920 0.080
#> SRR191636 2 0.745 0.65452 0.212 0.788
#> SRR191637 2 0.802 0.69437 0.244 0.756
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.517 0.65484 0.148 0.036 0.816
#> SRR191394 1 0.842 0.45549 0.616 0.156 0.228
#> SRR191396 1 0.733 0.52058 0.692 0.092 0.216
#> SRR191397 1 0.719 0.46272 0.664 0.056 0.280
#> SRR191398 1 0.518 0.58934 0.832 0.084 0.084
#> SRR191399 3 0.343 0.66481 0.064 0.032 0.904
#> SRR191400 1 0.548 0.58284 0.816 0.108 0.076
#> SRR191401 3 0.856 0.53018 0.256 0.148 0.596
#> SRR191402 3 0.666 0.65283 0.116 0.132 0.752
#> SRR191403 3 0.292 0.66410 0.032 0.044 0.924
#> SRR191404 1 0.745 0.50091 0.668 0.252 0.080
#> SRR191405 2 0.926 0.42325 0.196 0.520 0.284
#> SRR191406 3 0.787 0.58330 0.136 0.200 0.664
#> SRR191407 1 0.659 0.58039 0.756 0.112 0.132
#> SRR191408 3 0.968 0.13453 0.284 0.256 0.460
#> SRR191409 1 0.849 0.15026 0.496 0.092 0.412
#> SRR191410 3 0.446 0.67431 0.080 0.056 0.864
#> SRR191411 3 0.743 0.58627 0.188 0.116 0.696
#> SRR191412 3 0.807 0.53194 0.284 0.100 0.616
#> SRR191413 3 0.374 0.67088 0.036 0.072 0.892
#> SRR191414 3 0.606 0.64728 0.148 0.072 0.780
#> SRR191415 3 0.588 0.65363 0.064 0.148 0.788
#> SRR191416 3 0.395 0.67306 0.076 0.040 0.884
#> SRR191418 3 0.730 0.55336 0.272 0.064 0.664
#> SRR191419 3 0.778 0.25876 0.416 0.052 0.532
#> SRR191420 3 0.727 0.58166 0.076 0.240 0.684
#> SRR191421 3 0.629 0.57532 0.024 0.272 0.704
#> SRR191422 2 0.835 0.36914 0.332 0.568 0.100
#> SRR191423 2 0.760 0.46395 0.260 0.656 0.084
#> SRR191424 1 0.862 0.44330 0.596 0.164 0.240
#> SRR191425 3 0.327 0.66128 0.016 0.080 0.904
#> SRR191426 2 0.812 0.11860 0.068 0.496 0.436
#> SRR191427 2 0.857 0.10218 0.392 0.508 0.100
#> SRR191428 3 0.473 0.62150 0.004 0.196 0.800
#> SRR191429 2 0.867 0.17189 0.384 0.508 0.108
#> SRR191430 2 0.853 0.36904 0.320 0.564 0.116
#> SRR191431 1 0.642 0.45356 0.676 0.304 0.020
#> SRR191432 2 0.863 0.50018 0.124 0.560 0.316
#> SRR191433 2 0.841 0.43144 0.096 0.544 0.360
#> SRR191434 3 0.873 0.27139 0.388 0.112 0.500
#> SRR191435 2 0.811 0.42113 0.084 0.580 0.336
#> SRR191436 3 0.861 0.17699 0.104 0.384 0.512
#> SRR191437 1 0.730 0.22724 0.556 0.412 0.032
#> SRR191438 2 0.909 0.31043 0.312 0.524 0.164
#> SRR191439 2 0.677 0.53593 0.096 0.740 0.164
#> SRR191440 1 0.606 0.47392 0.708 0.276 0.016
#> SRR191441 2 0.673 0.36241 0.284 0.680 0.036
#> SRR191442 2 0.963 0.27650 0.236 0.464 0.300
#> SRR191443 3 0.901 0.33693 0.188 0.256 0.556
#> SRR191444 3 0.945 0.20058 0.336 0.192 0.472
#> SRR191445 3 0.939 0.15566 0.304 0.200 0.496
#> SRR191446 2 0.947 0.20035 0.360 0.452 0.188
#> SRR191447 2 0.638 0.30102 0.340 0.648 0.012
#> SRR191448 1 0.998 0.10236 0.360 0.328 0.312
#> SRR191449 3 0.438 0.66167 0.064 0.068 0.868
#> SRR191450 3 0.965 0.19201 0.248 0.288 0.464
#> SRR191451 1 0.906 0.25765 0.512 0.336 0.152
#> SRR191452 2 0.600 0.51794 0.144 0.784 0.072
#> SRR191453 2 0.745 0.56222 0.140 0.700 0.160
#> SRR191454 2 0.870 0.50925 0.180 0.592 0.228
#> SRR191455 3 0.630 0.09213 0.000 0.480 0.520
#> SRR191456 1 0.731 0.41013 0.628 0.324 0.048
#> SRR191457 1 0.965 0.25534 0.456 0.312 0.232
#> SRR191458 1 0.832 0.21610 0.540 0.372 0.088
#> SRR191459 3 0.506 0.64928 0.028 0.156 0.816
#> SRR191460 3 0.769 0.44970 0.068 0.316 0.616
#> SRR191461 3 0.641 0.62788 0.080 0.160 0.760
#> SRR191462 3 0.905 0.35547 0.172 0.288 0.540
#> SRR191463 2 0.894 0.03743 0.432 0.444 0.124
#> SRR191464 2 0.894 0.44570 0.152 0.540 0.308
#> SRR191465 2 0.783 0.53513 0.160 0.672 0.168
#> SRR191466 3 0.873 -0.06241 0.108 0.424 0.468
#> SRR191467 2 0.911 0.43440 0.156 0.508 0.336
#> SRR191468 2 0.875 0.36007 0.284 0.568 0.148
#> SRR191469 3 0.550 0.63950 0.064 0.124 0.812
#> SRR191470 3 0.862 -0.01300 0.100 0.420 0.480
#> SRR191471 1 0.827 0.45584 0.628 0.228 0.144
#> SRR191472 2 0.612 0.55603 0.036 0.744 0.220
#> SRR191473 3 0.708 0.43150 0.036 0.336 0.628
#> SRR191474 3 0.453 0.66063 0.040 0.104 0.856
#> SRR191475 2 0.788 0.35334 0.308 0.612 0.080
#> SRR191476 1 0.962 0.02677 0.420 0.376 0.204
#> SRR191477 2 0.766 0.13154 0.044 0.504 0.452
#> SRR191478 2 0.889 0.50033 0.192 0.572 0.236
#> SRR191479 3 0.832 0.54986 0.140 0.240 0.620
#> SRR191480 3 0.388 0.66437 0.044 0.068 0.888
#> SRR191481 3 0.625 0.35477 0.004 0.376 0.620
#> SRR191482 3 0.466 0.65165 0.016 0.156 0.828
#> SRR191483 3 0.692 0.27298 0.020 0.400 0.580
#> SRR191484 3 0.772 0.57232 0.152 0.168 0.680
#> SRR191485 2 0.938 0.33738 0.288 0.504 0.208
#> SRR191486 1 0.804 0.25075 0.556 0.372 0.072
#> SRR191487 3 0.977 0.06471 0.328 0.244 0.428
#> SRR191488 1 0.744 0.54691 0.692 0.108 0.200
#> SRR191489 3 0.766 0.37542 0.376 0.052 0.572
#> SRR191490 1 0.910 0.28175 0.492 0.360 0.148
#> SRR191491 2 0.862 0.48749 0.240 0.596 0.164
#> SRR191492 3 0.731 0.48178 0.324 0.048 0.628
#> SRR191493 2 0.719 0.30377 0.336 0.624 0.040
#> SRR191494 1 0.720 0.26682 0.556 0.416 0.028
#> SRR191495 3 0.488 0.61965 0.004 0.208 0.788
#> SRR191496 1 0.851 0.11016 0.480 0.428 0.092
#> SRR191497 3 0.500 0.67004 0.072 0.088 0.840
#> SRR191498 3 0.922 0.06792 0.376 0.156 0.468
#> SRR191499 3 0.303 0.66687 0.048 0.032 0.920
#> SRR191500 3 0.499 0.62996 0.024 0.160 0.816
#> SRR191501 1 0.814 0.06967 0.472 0.460 0.068
#> SRR191502 1 0.682 0.57841 0.740 0.152 0.108
#> SRR191503 1 0.846 0.39538 0.564 0.328 0.108
#> SRR191504 2 0.725 0.49744 0.060 0.664 0.276
#> SRR191505 2 0.854 0.04813 0.408 0.496 0.096
#> SRR191506 1 0.857 0.11841 0.476 0.428 0.096
#> SRR191507 3 0.976 0.17418 0.256 0.304 0.440
#> SRR191508 2 0.733 0.26934 0.036 0.576 0.388
#> SRR191509 2 0.694 0.34780 0.024 0.604 0.372
#> SRR191510 1 0.886 0.26715 0.524 0.344 0.132
#> SRR191511 2 0.687 0.55750 0.104 0.736 0.160
#> SRR191512 2 0.753 0.38497 0.280 0.648 0.072
#> SRR191513 2 0.785 0.25229 0.344 0.588 0.068
#> SRR191514 2 0.783 0.38169 0.280 0.632 0.088
#> SRR191515 3 0.877 0.27220 0.128 0.336 0.536
#> SRR191516 3 0.596 0.64808 0.136 0.076 0.788
#> SRR191517 3 0.353 0.65104 0.008 0.108 0.884
#> SRR191518 2 0.845 0.35717 0.104 0.556 0.340
#> SRR191519 2 0.863 0.35855 0.108 0.520 0.372
#> SRR191520 3 0.630 0.56965 0.028 0.260 0.712
#> SRR191521 2 0.760 0.47760 0.236 0.668 0.096
#> SRR191522 1 0.901 0.33525 0.524 0.324 0.152
#> SRR191523 2 0.812 0.48376 0.236 0.636 0.128
#> SRR191524 1 0.905 0.34520 0.516 0.332 0.152
#> SRR191525 3 0.903 -0.05927 0.132 0.432 0.436
#> SRR191526 2 0.621 0.50390 0.164 0.768 0.068
#> SRR191527 1 0.726 0.45445 0.636 0.316 0.048
#> SRR191528 1 0.477 0.57278 0.848 0.100 0.052
#> SRR191529 1 0.773 0.27154 0.572 0.372 0.056
#> SRR191530 2 0.753 0.48959 0.228 0.676 0.096
#> SRR191531 1 0.555 0.51591 0.768 0.212 0.020
#> SRR191532 3 0.999 -0.29522 0.308 0.344 0.348
#> SRR191533 1 0.921 0.15397 0.456 0.152 0.392
#> SRR191534 1 0.708 0.19258 0.564 0.412 0.024
#> SRR191535 2 0.889 0.30630 0.124 0.488 0.388
#> SRR191536 2 0.918 0.02848 0.400 0.452 0.148
#> SRR191537 3 0.840 0.46625 0.256 0.136 0.608
#> SRR191538 2 0.802 0.55751 0.140 0.652 0.208
#> SRR191539 1 0.616 0.52746 0.756 0.196 0.048
#> SRR191540 3 0.658 0.61885 0.068 0.192 0.740
#> SRR191541 2 0.933 -0.09506 0.400 0.436 0.164
#> SRR191542 1 0.840 0.12726 0.480 0.436 0.084
#> SRR191543 2 0.968 0.23345 0.348 0.432 0.220
#> SRR191544 1 0.738 0.48055 0.672 0.252 0.076
#> SRR191545 2 0.690 0.45442 0.040 0.668 0.292
#> SRR191546 2 0.678 0.52812 0.052 0.704 0.244
#> SRR191547 3 0.855 0.08071 0.096 0.412 0.492
#> SRR191548 1 0.462 0.58076 0.840 0.024 0.136
#> SRR191549 1 0.462 0.57510 0.836 0.020 0.144
#> SRR191550 1 0.652 0.52366 0.712 0.040 0.248
#> SRR191551 1 0.560 0.58091 0.804 0.060 0.136
#> SRR191552 1 0.269 0.57080 0.932 0.032 0.036
#> SRR191553 1 0.776 0.39966 0.604 0.068 0.328
#> SRR191554 1 0.429 0.57919 0.868 0.040 0.092
#> SRR191555 3 0.455 0.65810 0.024 0.132 0.844
#> SRR191556 3 0.758 0.49274 0.340 0.056 0.604
#> SRR191557 3 0.164 0.66051 0.020 0.016 0.964
#> SRR191558 1 0.722 0.54238 0.712 0.176 0.112
#> SRR191559 3 0.707 0.60145 0.228 0.072 0.700
#> SRR191560 1 0.764 0.43424 0.632 0.072 0.296
#> SRR191561 1 0.810 0.49129 0.648 0.200 0.152
#> SRR191562 1 0.499 0.58681 0.836 0.052 0.112
#> SRR191563 3 0.916 0.30952 0.340 0.160 0.500
#> SRR191564 3 0.651 0.62787 0.180 0.072 0.748
#> SRR191565 3 0.948 0.22770 0.296 0.216 0.488
#> SRR191566 3 0.526 0.66945 0.088 0.084 0.828
#> SRR191567 3 0.902 0.49861 0.276 0.176 0.548
#> SRR191568 1 0.972 0.12227 0.440 0.240 0.320
#> SRR191569 1 0.960 0.18221 0.476 0.276 0.248
#> SRR191570 3 0.922 0.41336 0.260 0.208 0.532
#> SRR191571 3 0.748 0.19748 0.456 0.036 0.508
#> SRR191572 1 0.559 0.58622 0.808 0.068 0.124
#> SRR191573 3 0.837 0.40804 0.324 0.104 0.572
#> SRR191574 1 0.554 0.58121 0.812 0.116 0.072
#> SRR191575 1 0.445 0.57913 0.860 0.100 0.040
#> SRR191576 1 0.869 0.26733 0.560 0.308 0.132
#> SRR191577 1 0.585 0.56893 0.776 0.044 0.180
#> SRR191578 3 0.769 0.56287 0.292 0.076 0.632
#> SRR191579 1 0.955 0.26264 0.480 0.292 0.228
#> SRR191580 1 0.517 0.57660 0.832 0.092 0.076
#> SRR191581 1 0.399 0.55365 0.864 0.124 0.012
#> SRR191582 1 0.432 0.57532 0.868 0.088 0.044
#> SRR191583 1 0.493 0.55344 0.820 0.156 0.024
#> SRR191584 1 0.441 0.57078 0.860 0.104 0.036
#> SRR191585 3 0.285 0.65803 0.012 0.068 0.920
#> SRR191586 3 0.269 0.66186 0.032 0.036 0.932
#> SRR191587 3 0.574 0.67727 0.092 0.104 0.804
#> SRR191588 3 0.482 0.65780 0.120 0.040 0.840
#> SRR191589 3 0.554 0.63928 0.200 0.024 0.776
#> SRR191590 1 0.608 0.55527 0.772 0.168 0.060
#> SRR191591 3 0.734 0.57981 0.248 0.076 0.676
#> SRR191592 1 0.976 0.12694 0.432 0.244 0.324
#> SRR191593 3 0.511 0.66633 0.144 0.036 0.820
#> SRR191594 1 0.860 0.26242 0.516 0.104 0.380
#> SRR191595 1 0.924 0.20120 0.520 0.288 0.192
#> SRR191596 3 0.807 0.33288 0.380 0.072 0.548
#> SRR191597 3 0.365 0.67238 0.068 0.036 0.896
#> SRR191598 3 0.718 0.61833 0.168 0.116 0.716
#> SRR191599 3 0.722 0.62151 0.132 0.152 0.716
#> SRR191600 1 0.817 0.07687 0.512 0.072 0.416
#> SRR191601 2 0.813 0.25494 0.072 0.528 0.400
#> SRR191602 3 0.326 0.66745 0.048 0.040 0.912
#> SRR191603 3 0.446 0.67276 0.056 0.080 0.864
#> SRR191604 3 0.995 -0.21468 0.348 0.284 0.368
#> SRR191605 3 0.581 0.66485 0.108 0.092 0.800
#> SRR191606 1 0.712 0.45287 0.656 0.048 0.296
#> SRR191607 3 0.311 0.65089 0.004 0.096 0.900
#> SRR191608 3 0.682 0.45566 0.028 0.328 0.644
#> SRR191609 3 0.492 0.66257 0.076 0.080 0.844
#> SRR191610 3 0.249 0.66023 0.008 0.060 0.932
#> SRR191611 3 0.255 0.66143 0.024 0.040 0.936
#> SRR191612 3 0.713 0.61589 0.104 0.180 0.716
#> SRR191613 3 0.915 0.20130 0.180 0.292 0.528
#> SRR191614 3 0.473 0.62284 0.004 0.196 0.800
#> SRR191615 3 0.603 0.58728 0.024 0.244 0.732
#> SRR191616 1 0.802 0.48158 0.656 0.160 0.184
#> SRR191617 1 0.453 0.57783 0.856 0.104 0.040
#> SRR191618 2 0.906 0.18930 0.140 0.480 0.380
#> SRR191619 3 0.547 0.64549 0.036 0.168 0.796
#> SRR191620 1 0.804 0.20611 0.556 0.372 0.072
#> SRR191621 3 0.854 0.49338 0.160 0.236 0.604
#> SRR191622 1 0.942 0.18995 0.480 0.328 0.192
#> SRR191623 3 0.558 0.66239 0.088 0.100 0.812
#> SRR191624 3 0.428 0.67208 0.072 0.056 0.872
#> SRR191625 3 0.558 0.67119 0.084 0.104 0.812
#> SRR191626 3 0.457 0.63468 0.012 0.160 0.828
#> SRR191627 3 0.454 0.65220 0.016 0.148 0.836
#> SRR191628 3 0.625 0.64477 0.108 0.116 0.776
#> SRR191629 3 0.347 0.67242 0.040 0.056 0.904
#> SRR191630 3 0.907 0.00569 0.416 0.136 0.448
#> SRR191631 3 0.350 0.66358 0.028 0.072 0.900
#> SRR191632 3 0.899 0.17964 0.372 0.136 0.492
#> SRR191633 3 0.993 -0.04416 0.276 0.352 0.372
#> SRR191634 1 0.825 0.43760 0.628 0.140 0.232
#> SRR191635 3 0.390 0.67075 0.060 0.052 0.888
#> SRR191636 1 0.828 0.34526 0.564 0.344 0.092
#> SRR191637 1 0.848 0.33297 0.568 0.320 0.112
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.541 0.62634 0.124 0.024 0.772 0.080
#> SRR191394 1 0.870 0.18120 0.528 0.128 0.180 0.164
#> SRR191396 1 0.722 0.31154 0.624 0.032 0.132 0.212
#> SRR191397 1 0.677 0.26885 0.652 0.028 0.224 0.096
#> SRR191398 1 0.513 0.40302 0.800 0.048 0.056 0.096
#> SRR191399 3 0.307 0.63666 0.044 0.000 0.888 0.068
#> SRR191400 1 0.698 0.30496 0.644 0.064 0.060 0.232
#> SRR191401 3 0.849 0.36797 0.280 0.156 0.496 0.068
#> SRR191402 3 0.735 0.53562 0.124 0.052 0.632 0.192
#> SRR191403 3 0.396 0.63071 0.032 0.008 0.840 0.120
#> SRR191404 1 0.787 0.18526 0.580 0.216 0.056 0.148
#> SRR191405 2 0.925 0.18257 0.156 0.440 0.148 0.256
#> SRR191406 3 0.870 0.38831 0.140 0.188 0.528 0.144
#> SRR191407 1 0.610 0.43209 0.736 0.056 0.068 0.140
#> SRR191408 3 0.935 0.20208 0.252 0.172 0.428 0.148
#> SRR191409 1 0.804 0.05703 0.488 0.036 0.332 0.144
#> SRR191410 3 0.471 0.64571 0.076 0.040 0.824 0.060
#> SRR191411 3 0.646 0.61196 0.116 0.092 0.720 0.072
#> SRR191412 3 0.819 0.27308 0.364 0.056 0.464 0.116
#> SRR191413 3 0.539 0.64386 0.068 0.060 0.788 0.084
#> SRR191414 3 0.597 0.59758 0.144 0.024 0.732 0.100
#> SRR191415 3 0.488 0.64478 0.052 0.096 0.812 0.040
#> SRR191416 3 0.338 0.64077 0.060 0.012 0.884 0.044
#> SRR191418 3 0.860 0.11994 0.284 0.044 0.444 0.228
#> SRR191419 3 0.721 0.29332 0.328 0.012 0.544 0.116
#> SRR191420 3 0.773 0.54077 0.060 0.204 0.600 0.136
#> SRR191421 3 0.669 0.54976 0.028 0.236 0.652 0.084
#> SRR191422 2 0.771 0.35008 0.292 0.560 0.084 0.064
#> SRR191423 2 0.830 0.35609 0.204 0.552 0.080 0.164
#> SRR191424 1 0.856 0.11172 0.532 0.112 0.140 0.216
#> SRR191425 3 0.395 0.63589 0.020 0.040 0.856 0.084
#> SRR191426 2 0.774 0.13844 0.040 0.484 0.380 0.096
#> SRR191427 2 0.873 -0.10888 0.296 0.360 0.036 0.308
#> SRR191428 3 0.664 0.53545 0.004 0.192 0.640 0.164
#> SRR191429 2 0.889 0.11464 0.276 0.420 0.060 0.244
#> SRR191430 2 0.876 0.23361 0.292 0.468 0.088 0.152
#> SRR191431 1 0.697 0.29444 0.616 0.232 0.012 0.140
#> SRR191432 2 0.844 0.39067 0.096 0.544 0.156 0.204
#> SRR191433 2 0.809 0.33083 0.032 0.500 0.292 0.176
#> SRR191434 3 0.891 0.17583 0.300 0.140 0.452 0.108
#> SRR191435 2 0.817 0.30130 0.076 0.556 0.136 0.232
#> SRR191436 3 0.879 0.15774 0.088 0.340 0.432 0.140
#> SRR191437 1 0.804 0.10038 0.456 0.280 0.012 0.252
#> SRR191438 2 0.898 0.12506 0.200 0.432 0.080 0.288
#> SRR191439 2 0.616 0.37211 0.020 0.672 0.056 0.252
#> SRR191440 1 0.796 0.17923 0.520 0.228 0.024 0.228
#> SRR191441 2 0.698 0.33304 0.180 0.644 0.024 0.152
#> SRR191442 4 0.936 0.11397 0.116 0.288 0.200 0.396
#> SRR191443 3 0.796 0.47372 0.112 0.208 0.588 0.092
#> SRR191444 3 0.919 0.15517 0.272 0.112 0.432 0.184
#> SRR191445 3 0.962 -0.29555 0.232 0.132 0.336 0.300
#> SRR191446 2 0.922 0.09473 0.212 0.416 0.100 0.272
#> SRR191447 2 0.636 0.35524 0.220 0.648 0.000 0.132
#> SRR191448 4 0.975 0.34524 0.276 0.184 0.192 0.348
#> SRR191449 3 0.452 0.63097 0.060 0.004 0.808 0.128
#> SRR191450 3 0.947 0.13407 0.176 0.248 0.412 0.164
#> SRR191451 1 0.918 0.17584 0.460 0.192 0.132 0.216
#> SRR191452 2 0.393 0.45189 0.028 0.860 0.036 0.076
#> SRR191453 2 0.771 0.44830 0.096 0.624 0.128 0.152
#> SRR191454 2 0.912 0.14568 0.156 0.456 0.132 0.256
#> SRR191455 2 0.649 0.22544 0.004 0.532 0.400 0.064
#> SRR191456 1 0.752 0.24401 0.552 0.192 0.012 0.244
#> SRR191457 4 0.919 0.36191 0.248 0.156 0.144 0.452
#> SRR191458 1 0.884 0.25036 0.496 0.216 0.104 0.184
#> SRR191459 3 0.675 0.58540 0.028 0.120 0.668 0.184
#> SRR191460 3 0.812 0.28556 0.064 0.308 0.516 0.112
#> SRR191461 3 0.623 0.60532 0.060 0.084 0.732 0.124
#> SRR191462 3 0.901 0.30814 0.168 0.216 0.484 0.132
#> SRR191463 1 0.889 0.07961 0.408 0.276 0.056 0.260
#> SRR191464 2 0.929 0.20859 0.096 0.396 0.256 0.252
#> SRR191465 2 0.612 0.44473 0.076 0.744 0.084 0.096
#> SRR191466 2 0.917 0.02342 0.068 0.336 0.292 0.304
#> SRR191467 2 0.895 0.35407 0.140 0.484 0.240 0.136
#> SRR191468 2 0.913 0.28403 0.172 0.456 0.124 0.248
#> SRR191469 3 0.717 0.41273 0.040 0.068 0.576 0.316
#> SRR191470 2 0.857 0.17723 0.076 0.408 0.392 0.124
#> SRR191471 1 0.884 0.15887 0.508 0.180 0.124 0.188
#> SRR191472 2 0.533 0.47317 0.020 0.772 0.136 0.072
#> SRR191473 3 0.729 0.47643 0.044 0.220 0.624 0.112
#> SRR191474 3 0.536 0.61936 0.024 0.068 0.772 0.136
#> SRR191475 2 0.814 0.36393 0.156 0.568 0.076 0.200
#> SRR191476 1 0.968 0.08428 0.364 0.272 0.172 0.192
#> SRR191477 2 0.857 0.12695 0.036 0.412 0.232 0.320
#> SRR191478 2 0.893 0.28736 0.156 0.500 0.196 0.148
#> SRR191479 3 0.850 0.21742 0.084 0.116 0.472 0.328
#> SRR191480 3 0.412 0.63505 0.020 0.036 0.844 0.100
#> SRR191481 3 0.610 0.34707 0.008 0.340 0.608 0.044
#> SRR191482 3 0.693 0.52528 0.016 0.140 0.632 0.212
#> SRR191483 3 0.691 0.18939 0.012 0.400 0.512 0.076
#> SRR191484 3 0.817 0.43852 0.100 0.116 0.568 0.216
#> SRR191485 2 0.922 0.06229 0.184 0.412 0.108 0.296
#> SRR191486 1 0.875 0.20137 0.464 0.272 0.068 0.196
#> SRR191487 4 0.897 0.34584 0.208 0.072 0.308 0.412
#> SRR191488 1 0.780 0.26122 0.580 0.048 0.152 0.220
#> SRR191489 3 0.771 0.32333 0.252 0.020 0.544 0.184
#> SRR191490 4 0.881 0.25622 0.280 0.212 0.064 0.444
#> SRR191491 2 0.792 0.41991 0.180 0.600 0.128 0.092
#> SRR191492 3 0.719 0.43268 0.260 0.008 0.576 0.156
#> SRR191493 2 0.700 0.34832 0.232 0.624 0.020 0.124
#> SRR191494 1 0.764 0.19455 0.500 0.308 0.008 0.184
#> SRR191495 3 0.628 0.57814 0.012 0.200 0.684 0.104
#> SRR191496 2 0.917 -0.03002 0.344 0.352 0.080 0.224
#> SRR191497 3 0.393 0.64717 0.048 0.036 0.864 0.052
#> SRR191498 4 0.869 0.31619 0.232 0.048 0.284 0.436
#> SRR191499 3 0.218 0.63530 0.012 0.000 0.924 0.064
#> SRR191500 3 0.445 0.63673 0.020 0.076 0.832 0.072
#> SRR191501 1 0.850 0.09754 0.432 0.280 0.032 0.256
#> SRR191502 1 0.723 0.30855 0.628 0.080 0.060 0.232
#> SRR191503 4 0.813 0.15301 0.396 0.100 0.060 0.444
#> SRR191504 2 0.570 0.44878 0.016 0.728 0.192 0.064
#> SRR191505 2 0.882 0.06886 0.296 0.396 0.048 0.260
#> SRR191506 2 0.928 0.03253 0.344 0.344 0.092 0.220
#> SRR191507 3 0.942 0.01980 0.196 0.144 0.420 0.240
#> SRR191508 2 0.756 0.33301 0.016 0.556 0.184 0.244
#> SRR191509 2 0.605 0.40504 0.012 0.640 0.304 0.044
#> SRR191510 1 0.895 0.00902 0.388 0.316 0.060 0.236
#> SRR191511 2 0.524 0.46229 0.040 0.792 0.100 0.068
#> SRR191512 2 0.782 0.36664 0.136 0.600 0.072 0.192
#> SRR191513 2 0.840 0.28942 0.224 0.524 0.064 0.188
#> SRR191514 2 0.840 0.29182 0.176 0.520 0.064 0.240
#> SRR191515 3 0.865 0.25463 0.084 0.220 0.508 0.188
#> SRR191516 3 0.631 0.53611 0.104 0.012 0.680 0.204
#> SRR191517 3 0.239 0.63486 0.008 0.016 0.924 0.052
#> SRR191518 2 0.818 0.39074 0.104 0.560 0.232 0.104
#> SRR191519 2 0.804 0.36002 0.060 0.532 0.292 0.116
#> SRR191520 3 0.756 0.40113 0.020 0.172 0.564 0.244
#> SRR191521 2 0.760 0.39321 0.184 0.616 0.060 0.140
#> SRR191522 1 0.942 0.09672 0.428 0.180 0.164 0.228
#> SRR191523 2 0.688 0.38158 0.144 0.672 0.040 0.144
#> SRR191524 1 0.894 -0.12943 0.400 0.240 0.060 0.300
#> SRR191525 2 0.929 0.14428 0.120 0.420 0.268 0.192
#> SRR191526 2 0.570 0.43973 0.088 0.768 0.052 0.092
#> SRR191527 1 0.740 0.14721 0.572 0.212 0.012 0.204
#> SRR191528 1 0.533 0.36175 0.728 0.036 0.012 0.224
#> SRR191529 1 0.831 0.15132 0.432 0.320 0.024 0.224
#> SRR191530 2 0.717 0.34489 0.152 0.640 0.036 0.172
#> SRR191531 1 0.691 0.30881 0.616 0.152 0.008 0.224
#> SRR191532 4 0.976 0.14234 0.236 0.156 0.284 0.324
#> SRR191533 4 0.890 0.27078 0.328 0.056 0.232 0.384
#> SRR191534 1 0.760 0.20610 0.504 0.328 0.012 0.156
#> SRR191535 3 0.856 -0.12853 0.052 0.364 0.416 0.168
#> SRR191536 4 0.917 0.10074 0.296 0.308 0.068 0.328
#> SRR191537 3 0.796 0.34403 0.208 0.048 0.564 0.180
#> SRR191538 2 0.781 0.43376 0.088 0.612 0.156 0.144
#> SRR191539 1 0.635 0.32369 0.672 0.116 0.008 0.204
#> SRR191540 3 0.774 0.52101 0.072 0.168 0.612 0.148
#> SRR191541 4 0.886 0.24297 0.260 0.224 0.068 0.448
#> SRR191542 1 0.858 0.01038 0.384 0.380 0.044 0.192
#> SRR191543 2 0.979 0.12017 0.280 0.332 0.212 0.176
#> SRR191544 1 0.808 0.31844 0.564 0.192 0.060 0.184
#> SRR191545 2 0.587 0.44424 0.012 0.704 0.216 0.068
#> SRR191546 2 0.522 0.47162 0.036 0.788 0.120 0.056
#> SRR191547 3 0.802 0.29189 0.088 0.312 0.524 0.076
#> SRR191548 1 0.455 0.42592 0.820 0.012 0.096 0.072
#> SRR191549 1 0.386 0.41548 0.852 0.004 0.084 0.060
#> SRR191550 1 0.652 0.29241 0.684 0.036 0.200 0.080
#> SRR191551 1 0.511 0.42825 0.796 0.028 0.096 0.080
#> SRR191552 1 0.293 0.42409 0.908 0.024 0.028 0.040
#> SRR191553 1 0.771 0.02262 0.532 0.024 0.296 0.148
#> SRR191554 1 0.417 0.38629 0.836 0.020 0.028 0.116
#> SRR191555 3 0.518 0.63015 0.016 0.100 0.784 0.100
#> SRR191556 3 0.782 0.35922 0.320 0.064 0.532 0.084
#> SRR191557 3 0.212 0.63040 0.012 0.004 0.932 0.052
#> SRR191558 1 0.784 0.36039 0.616 0.124 0.116 0.144
#> SRR191559 3 0.699 0.50917 0.212 0.028 0.640 0.120
#> SRR191560 1 0.703 0.22993 0.604 0.024 0.276 0.096
#> SRR191561 4 0.783 0.15440 0.408 0.084 0.052 0.456
#> SRR191562 1 0.434 0.43776 0.836 0.020 0.092 0.052
#> SRR191563 3 0.763 0.42237 0.276 0.064 0.576 0.084
#> SRR191564 3 0.489 0.62962 0.120 0.040 0.804 0.036
#> SRR191565 3 0.875 0.23687 0.296 0.212 0.436 0.056
#> SRR191566 3 0.512 0.64486 0.064 0.068 0.804 0.064
#> SRR191567 3 0.936 0.07281 0.304 0.140 0.396 0.160
#> SRR191568 1 0.878 0.15088 0.500 0.192 0.212 0.096
#> SRR191569 1 0.947 0.05039 0.424 0.176 0.196 0.204
#> SRR191570 3 0.845 0.32179 0.280 0.192 0.480 0.048
#> SRR191571 3 0.765 0.12367 0.396 0.008 0.436 0.160
#> SRR191572 1 0.584 0.37353 0.720 0.012 0.084 0.184
#> SRR191573 3 0.819 0.36107 0.284 0.064 0.524 0.128
#> SRR191574 1 0.612 0.36444 0.720 0.104 0.024 0.152
#> SRR191575 1 0.476 0.41577 0.812 0.048 0.028 0.112
#> SRR191576 1 0.825 0.31481 0.556 0.224 0.092 0.128
#> SRR191577 1 0.678 0.38427 0.684 0.044 0.144 0.128
#> SRR191578 3 0.693 0.44222 0.268 0.012 0.604 0.116
#> SRR191579 1 0.957 -0.14568 0.384 0.216 0.144 0.256
#> SRR191580 1 0.566 0.37136 0.756 0.056 0.040 0.148
#> SRR191581 1 0.330 0.42914 0.888 0.052 0.012 0.048
#> SRR191582 1 0.524 0.43634 0.796 0.052 0.068 0.084
#> SRR191583 1 0.594 0.38513 0.744 0.084 0.040 0.132
#> SRR191584 1 0.538 0.43095 0.788 0.080 0.052 0.080
#> SRR191585 3 0.222 0.63220 0.004 0.032 0.932 0.032
#> SRR191586 3 0.305 0.63408 0.028 0.000 0.884 0.088
#> SRR191587 3 0.678 0.61092 0.080 0.088 0.696 0.136
#> SRR191588 3 0.516 0.61812 0.100 0.008 0.776 0.116
#> SRR191589 3 0.529 0.59864 0.196 0.004 0.740 0.060
#> SRR191590 1 0.621 0.38129 0.716 0.080 0.036 0.168
#> SRR191591 3 0.761 0.42009 0.240 0.028 0.572 0.160
#> SRR191592 1 0.934 0.08048 0.424 0.192 0.252 0.132
#> SRR191593 3 0.377 0.63534 0.104 0.004 0.852 0.040
#> SRR191594 3 0.794 0.11774 0.416 0.040 0.432 0.112
#> SRR191595 1 0.909 0.15689 0.468 0.236 0.136 0.160
#> SRR191596 3 0.834 0.13648 0.364 0.056 0.448 0.132
#> SRR191597 3 0.274 0.64061 0.040 0.008 0.912 0.040
#> SRR191598 3 0.657 0.60784 0.124 0.084 0.712 0.080
#> SRR191599 3 0.578 0.63662 0.072 0.116 0.760 0.052
#> SRR191600 1 0.745 -0.06605 0.464 0.044 0.428 0.064
#> SRR191601 2 0.701 0.38716 0.036 0.604 0.288 0.072
#> SRR191602 3 0.194 0.63351 0.028 0.000 0.940 0.032
#> SRR191603 3 0.421 0.64079 0.036 0.040 0.848 0.076
#> SRR191604 3 0.959 -0.07465 0.244 0.204 0.392 0.160
#> SRR191605 3 0.562 0.62584 0.068 0.056 0.772 0.104
#> SRR191606 1 0.731 0.25746 0.588 0.020 0.252 0.140
#> SRR191607 3 0.180 0.63101 0.000 0.040 0.944 0.016
#> SRR191608 3 0.723 0.25588 0.016 0.376 0.512 0.096
#> SRR191609 3 0.578 0.59863 0.072 0.020 0.732 0.176
#> SRR191610 3 0.207 0.62899 0.004 0.016 0.936 0.044
#> SRR191611 3 0.214 0.63066 0.008 0.008 0.932 0.052
#> SRR191612 3 0.601 0.61765 0.080 0.136 0.740 0.044
#> SRR191613 3 0.918 -0.08913 0.112 0.168 0.412 0.308
#> SRR191614 3 0.632 0.60074 0.036 0.192 0.700 0.072
#> SRR191615 3 0.575 0.56500 0.020 0.228 0.708 0.044
#> SRR191616 1 0.757 -0.08033 0.508 0.064 0.056 0.372
#> SRR191617 1 0.578 0.40499 0.752 0.076 0.036 0.136
#> SRR191618 2 0.899 0.21218 0.100 0.464 0.248 0.188
#> SRR191619 3 0.476 0.64268 0.024 0.080 0.816 0.080
#> SRR191620 1 0.774 0.22984 0.516 0.336 0.036 0.112
#> SRR191621 3 0.740 0.53559 0.108 0.196 0.632 0.064
#> SRR191622 1 0.958 -0.01903 0.380 0.236 0.140 0.244
#> SRR191623 3 0.632 0.54280 0.072 0.024 0.680 0.224
#> SRR191624 3 0.416 0.63348 0.052 0.016 0.844 0.088
#> SRR191625 3 0.648 0.62871 0.104 0.076 0.720 0.100
#> SRR191626 3 0.326 0.63596 0.004 0.096 0.876 0.024
#> SRR191627 3 0.462 0.63725 0.028 0.108 0.820 0.044
#> SRR191628 3 0.670 0.59304 0.092 0.056 0.692 0.160
#> SRR191629 3 0.313 0.64306 0.032 0.028 0.900 0.040
#> SRR191630 3 0.807 0.28488 0.336 0.064 0.500 0.100
#> SRR191631 3 0.238 0.63655 0.012 0.020 0.928 0.040
#> SRR191632 3 0.911 -0.05203 0.332 0.080 0.380 0.208
#> SRR191633 3 0.954 -0.14526 0.240 0.316 0.328 0.116
#> SRR191634 1 0.801 -0.20138 0.440 0.044 0.112 0.404
#> SRR191635 3 0.431 0.64586 0.048 0.036 0.844 0.072
#> SRR191636 1 0.812 0.05279 0.456 0.320 0.020 0.204
#> SRR191637 1 0.890 0.06544 0.464 0.268 0.092 0.176
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.483 0.57466 0.080 0.000 0.760 0.028 0.132
#> SRR191394 1 0.852 0.21644 0.452 0.044 0.188 0.216 0.100
#> SRR191396 1 0.755 0.34895 0.596 0.064 0.084 0.108 0.148
#> SRR191397 1 0.667 0.27200 0.616 0.016 0.228 0.068 0.072
#> SRR191398 1 0.610 0.40643 0.712 0.044 0.056 0.076 0.112
#> SRR191399 3 0.289 0.59357 0.012 0.004 0.884 0.020 0.080
#> SRR191400 1 0.683 0.31518 0.588 0.004 0.052 0.156 0.200
#> SRR191401 3 0.830 0.25718 0.268 0.192 0.436 0.040 0.064
#> SRR191402 3 0.671 0.52695 0.096 0.044 0.644 0.176 0.040
#> SRR191403 3 0.441 0.60226 0.020 0.028 0.816 0.068 0.068
#> SRR191404 1 0.864 -0.02650 0.424 0.216 0.060 0.072 0.228
#> SRR191405 4 0.936 0.10626 0.096 0.280 0.120 0.328 0.176
#> SRR191406 3 0.853 0.24566 0.096 0.204 0.456 0.048 0.196
#> SRR191407 1 0.680 0.37297 0.612 0.020 0.060 0.088 0.220
#> SRR191408 3 0.895 0.05422 0.256 0.060 0.348 0.252 0.084
#> SRR191409 1 0.836 0.03332 0.376 0.020 0.328 0.180 0.096
#> SRR191410 3 0.341 0.60709 0.024 0.016 0.872 0.048 0.040
#> SRR191411 3 0.704 0.49248 0.176 0.040 0.616 0.120 0.048
#> SRR191412 3 0.760 0.25407 0.344 0.036 0.468 0.048 0.104
#> SRR191413 3 0.562 0.60639 0.040 0.080 0.748 0.080 0.052
#> SRR191414 3 0.511 0.58972 0.120 0.012 0.756 0.088 0.024
#> SRR191415 3 0.496 0.59599 0.024 0.124 0.772 0.024 0.056
#> SRR191416 3 0.452 0.61012 0.080 0.024 0.812 0.044 0.040
#> SRR191418 3 0.782 0.03246 0.284 0.008 0.432 0.060 0.216
#> SRR191419 3 0.760 0.26930 0.212 0.028 0.516 0.040 0.204
#> SRR191420 3 0.787 0.45138 0.076 0.120 0.544 0.204 0.056
#> SRR191421 3 0.624 0.55804 0.024 0.164 0.672 0.108 0.032
#> SRR191422 2 0.788 0.07937 0.308 0.468 0.052 0.132 0.040
#> SRR191423 2 0.872 0.09193 0.224 0.424 0.064 0.208 0.080
#> SRR191424 5 0.837 0.15868 0.336 0.056 0.108 0.088 0.412
#> SRR191425 3 0.419 0.60255 0.004 0.056 0.816 0.096 0.028
#> SRR191426 2 0.708 0.16702 0.044 0.504 0.356 0.060 0.036
#> SRR191427 4 0.862 0.20473 0.264 0.248 0.036 0.372 0.080
#> SRR191428 3 0.640 0.50541 0.004 0.196 0.624 0.140 0.036
#> SRR191429 2 0.938 0.05335 0.212 0.288 0.060 0.168 0.272
#> SRR191430 4 0.879 0.19720 0.256 0.252 0.056 0.364 0.072
#> SRR191431 1 0.762 0.24369 0.504 0.248 0.004 0.132 0.112
#> SRR191432 4 0.904 0.03186 0.052 0.312 0.112 0.312 0.212
#> SRR191433 4 0.862 0.11910 0.040 0.252 0.192 0.416 0.100
#> SRR191434 3 0.824 0.18955 0.280 0.032 0.448 0.152 0.088
#> SRR191435 2 0.755 0.06597 0.028 0.452 0.124 0.356 0.040
#> SRR191436 3 0.910 0.07883 0.060 0.168 0.392 0.212 0.168
#> SRR191437 1 0.844 -0.04048 0.348 0.212 0.000 0.248 0.192
#> SRR191438 4 0.824 0.31926 0.184 0.192 0.056 0.496 0.072
#> SRR191439 4 0.638 0.03208 0.016 0.416 0.044 0.492 0.032
#> SRR191440 1 0.824 0.19442 0.448 0.192 0.008 0.168 0.184
#> SRR191441 2 0.797 0.02776 0.116 0.460 0.016 0.292 0.116
#> SRR191442 4 0.896 0.15248 0.108 0.188 0.108 0.444 0.152
#> SRR191443 3 0.828 0.41032 0.120 0.136 0.532 0.128 0.084
#> SRR191444 3 0.942 -0.07653 0.240 0.108 0.356 0.152 0.144
#> SRR191445 5 0.942 0.33381 0.148 0.076 0.272 0.200 0.304
#> SRR191446 2 0.867 0.13949 0.176 0.448 0.056 0.108 0.212
#> SRR191447 2 0.773 -0.10689 0.240 0.404 0.000 0.292 0.064
#> SRR191448 5 0.978 0.30485 0.180 0.144 0.164 0.212 0.300
#> SRR191449 3 0.491 0.57158 0.028 0.016 0.772 0.056 0.128
#> SRR191450 3 0.920 -0.09185 0.168 0.116 0.320 0.316 0.080
#> SRR191451 1 0.864 0.17113 0.456 0.084 0.088 0.240 0.132
#> SRR191452 2 0.537 0.17924 0.044 0.636 0.008 0.304 0.008
#> SRR191453 2 0.851 0.04375 0.088 0.436 0.112 0.292 0.072
#> SRR191454 2 0.853 0.10502 0.136 0.448 0.084 0.264 0.068
#> SRR191455 2 0.709 0.27349 0.008 0.520 0.304 0.120 0.048
#> SRR191456 1 0.763 0.20724 0.508 0.096 0.020 0.280 0.096
#> SRR191457 4 0.856 0.16925 0.196 0.072 0.124 0.484 0.124
#> SRR191458 1 0.827 0.19268 0.504 0.120 0.064 0.216 0.096
#> SRR191459 3 0.634 0.51918 0.016 0.056 0.644 0.220 0.064
#> SRR191460 3 0.837 0.25188 0.056 0.220 0.468 0.188 0.068
#> SRR191461 3 0.618 0.52694 0.024 0.140 0.668 0.020 0.148
#> SRR191462 3 0.858 0.17614 0.116 0.228 0.448 0.044 0.164
#> SRR191463 1 0.903 -0.09303 0.316 0.180 0.036 0.300 0.168
#> SRR191464 4 0.816 0.19585 0.060 0.172 0.168 0.520 0.080
#> SRR191465 2 0.523 0.35474 0.064 0.772 0.032 0.052 0.080
#> SRR191466 4 0.757 0.13851 0.040 0.140 0.228 0.544 0.048
#> SRR191467 2 0.843 0.24367 0.128 0.508 0.172 0.112 0.080
#> SRR191468 4 0.895 0.23849 0.120 0.216 0.064 0.412 0.188
#> SRR191469 3 0.783 0.19471 0.016 0.080 0.472 0.288 0.144
#> SRR191470 2 0.791 0.25328 0.076 0.488 0.292 0.044 0.100
#> SRR191471 1 0.892 -0.00809 0.392 0.208 0.108 0.056 0.236
#> SRR191472 2 0.603 0.25876 0.024 0.624 0.076 0.268 0.008
#> SRR191473 3 0.764 0.34630 0.040 0.256 0.532 0.108 0.064
#> SRR191474 3 0.587 0.57748 0.020 0.076 0.712 0.140 0.052
#> SRR191475 4 0.845 0.26429 0.128 0.280 0.040 0.436 0.116
#> SRR191476 1 0.944 0.00541 0.356 0.140 0.136 0.240 0.128
#> SRR191477 4 0.683 0.17797 0.004 0.204 0.176 0.576 0.040
#> SRR191478 4 0.907 0.06676 0.140 0.312 0.160 0.332 0.056
#> SRR191479 3 0.852 0.20147 0.080 0.096 0.476 0.228 0.120
#> SRR191480 3 0.491 0.57980 0.008 0.044 0.764 0.040 0.144
#> SRR191481 3 0.641 0.24142 0.004 0.392 0.504 0.060 0.040
#> SRR191482 3 0.737 0.43171 0.020 0.084 0.556 0.240 0.100
#> SRR191483 3 0.712 0.15926 0.004 0.372 0.464 0.100 0.060
#> SRR191484 3 0.789 0.40905 0.100 0.068 0.520 0.252 0.060
#> SRR191485 2 0.947 0.04957 0.116 0.352 0.136 0.232 0.164
#> SRR191486 1 0.880 0.10468 0.416 0.148 0.040 0.184 0.212
#> SRR191487 3 0.946 -0.37643 0.176 0.068 0.296 0.256 0.204
#> SRR191488 1 0.795 0.28590 0.532 0.028 0.136 0.140 0.164
#> SRR191489 3 0.762 0.22980 0.180 0.020 0.516 0.056 0.228
#> SRR191490 4 0.868 0.10518 0.152 0.152 0.040 0.436 0.220
#> SRR191491 2 0.850 0.16615 0.224 0.480 0.076 0.116 0.104
#> SRR191492 3 0.662 0.49461 0.176 0.012 0.632 0.052 0.128
#> SRR191493 2 0.786 0.10412 0.224 0.500 0.012 0.108 0.156
#> SRR191494 1 0.861 -0.05506 0.324 0.128 0.012 0.284 0.252
#> SRR191495 3 0.621 0.53458 0.004 0.224 0.636 0.096 0.040
#> SRR191496 4 0.933 0.04824 0.236 0.172 0.052 0.300 0.240
#> SRR191497 3 0.448 0.60604 0.036 0.048 0.816 0.072 0.028
#> SRR191498 5 0.843 0.36953 0.112 0.032 0.204 0.196 0.456
#> SRR191499 3 0.286 0.59927 0.012 0.004 0.892 0.048 0.044
#> SRR191500 3 0.413 0.59757 0.004 0.084 0.824 0.040 0.048
#> SRR191501 4 0.834 0.09727 0.348 0.140 0.012 0.356 0.144
#> SRR191502 1 0.816 0.25568 0.476 0.052 0.052 0.188 0.232
#> SRR191503 4 0.820 0.03936 0.328 0.068 0.036 0.416 0.152
#> SRR191504 2 0.515 0.37967 0.024 0.760 0.112 0.084 0.020
#> SRR191505 2 0.845 0.13145 0.212 0.420 0.024 0.104 0.240
#> SRR191506 4 0.930 0.27349 0.252 0.208 0.056 0.320 0.164
#> SRR191507 3 0.879 -0.09093 0.152 0.064 0.372 0.320 0.092
#> SRR191508 2 0.769 0.27357 0.036 0.516 0.148 0.252 0.048
#> SRR191509 2 0.653 0.33018 0.012 0.620 0.204 0.132 0.032
#> SRR191510 2 0.837 -0.01083 0.272 0.352 0.036 0.048 0.292
#> SRR191511 2 0.393 0.35536 0.028 0.840 0.028 0.084 0.020
#> SRR191512 4 0.800 0.26482 0.140 0.276 0.040 0.480 0.064
#> SRR191513 4 0.859 0.29672 0.196 0.236 0.040 0.428 0.100
#> SRR191514 4 0.811 0.29446 0.116 0.248 0.036 0.492 0.108
#> SRR191515 3 0.924 -0.16477 0.096 0.216 0.352 0.092 0.244
#> SRR191516 3 0.612 0.45094 0.048 0.032 0.644 0.028 0.248
#> SRR191517 3 0.363 0.59822 0.012 0.084 0.852 0.016 0.036
#> SRR191518 2 0.878 0.16547 0.104 0.428 0.164 0.240 0.064
#> SRR191519 2 0.762 0.33533 0.064 0.560 0.216 0.052 0.108
#> SRR191520 3 0.726 0.36742 0.004 0.180 0.520 0.244 0.052
#> SRR191521 2 0.854 -0.12872 0.184 0.388 0.036 0.304 0.088
#> SRR191522 1 0.924 0.10887 0.392 0.116 0.120 0.144 0.228
#> SRR191523 2 0.632 0.33705 0.080 0.688 0.032 0.064 0.136
#> SRR191524 1 0.919 -0.07210 0.276 0.248 0.032 0.232 0.212
#> SRR191525 2 0.880 0.11724 0.072 0.404 0.220 0.072 0.232
#> SRR191526 2 0.560 0.31363 0.052 0.736 0.020 0.120 0.072
#> SRR191527 1 0.811 0.08927 0.448 0.100 0.012 0.192 0.248
#> SRR191528 1 0.604 0.34392 0.648 0.008 0.016 0.132 0.196
#> SRR191529 1 0.752 0.07285 0.404 0.376 0.004 0.056 0.160
#> SRR191530 2 0.819 0.14697 0.092 0.476 0.028 0.220 0.184
#> SRR191531 1 0.721 0.28035 0.524 0.068 0.000 0.160 0.248
#> SRR191532 5 0.973 0.07923 0.168 0.116 0.196 0.232 0.288
#> SRR191533 5 0.934 0.37899 0.188 0.064 0.236 0.176 0.336
#> SRR191534 1 0.772 0.09040 0.484 0.180 0.008 0.252 0.076
#> SRR191535 3 0.921 -0.28920 0.056 0.276 0.296 0.248 0.124
#> SRR191536 4 0.906 0.29940 0.244 0.160 0.104 0.400 0.092
#> SRR191537 3 0.850 0.10954 0.140 0.044 0.452 0.116 0.248
#> SRR191538 2 0.776 0.00997 0.072 0.488 0.084 0.312 0.044
#> SRR191539 1 0.743 0.12598 0.440 0.068 0.008 0.112 0.372
#> SRR191540 3 0.802 0.35193 0.036 0.144 0.520 0.100 0.200
#> SRR191541 4 0.811 0.28963 0.180 0.112 0.040 0.520 0.148
#> SRR191542 1 0.899 -0.10447 0.328 0.208 0.024 0.240 0.200
#> SRR191543 4 0.988 0.17055 0.244 0.180 0.168 0.252 0.156
#> SRR191544 1 0.806 0.25252 0.508 0.104 0.028 0.188 0.172
#> SRR191545 2 0.546 0.37080 0.016 0.728 0.128 0.108 0.020
#> SRR191546 2 0.681 0.31564 0.024 0.640 0.104 0.156 0.076
#> SRR191547 3 0.842 0.05712 0.092 0.352 0.396 0.064 0.096
#> SRR191548 1 0.506 0.39053 0.764 0.020 0.080 0.020 0.116
#> SRR191549 1 0.460 0.40275 0.800 0.012 0.060 0.036 0.092
#> SRR191550 1 0.701 0.22671 0.592 0.020 0.228 0.068 0.092
#> SRR191551 1 0.481 0.41732 0.796 0.032 0.084 0.044 0.044
#> SRR191552 1 0.391 0.40176 0.828 0.020 0.008 0.032 0.112
#> SRR191553 1 0.826 -0.21432 0.348 0.028 0.332 0.052 0.240
#> SRR191554 1 0.550 0.30050 0.684 0.016 0.012 0.060 0.228
#> SRR191555 3 0.523 0.59758 0.016 0.100 0.760 0.084 0.040
#> SRR191556 3 0.779 0.27721 0.284 0.092 0.468 0.008 0.148
#> SRR191557 3 0.177 0.59287 0.000 0.008 0.936 0.048 0.008
#> SRR191558 1 0.832 0.28190 0.500 0.096 0.072 0.112 0.220
#> SRR191559 3 0.711 0.47732 0.200 0.048 0.604 0.044 0.104
#> SRR191560 1 0.771 0.22213 0.520 0.048 0.264 0.052 0.116
#> SRR191561 4 0.869 -0.16033 0.264 0.068 0.044 0.324 0.300
#> SRR191562 1 0.523 0.40896 0.760 0.016 0.072 0.044 0.108
#> SRR191563 3 0.842 0.30519 0.252 0.052 0.456 0.160 0.080
#> SRR191564 3 0.540 0.58981 0.128 0.068 0.740 0.008 0.056
#> SRR191565 3 0.818 0.29712 0.288 0.188 0.432 0.056 0.036
#> SRR191566 3 0.441 0.60991 0.076 0.052 0.816 0.040 0.016
#> SRR191567 3 0.905 0.05735 0.236 0.164 0.388 0.056 0.156
#> SRR191568 1 0.918 0.19466 0.412 0.096 0.188 0.148 0.156
#> SRR191569 1 0.901 0.21035 0.440 0.180 0.100 0.144 0.136
#> SRR191570 3 0.864 0.21109 0.248 0.236 0.392 0.040 0.084
#> SRR191571 3 0.716 0.31306 0.328 0.012 0.508 0.064 0.088
#> SRR191572 1 0.664 0.39021 0.644 0.008 0.096 0.128 0.124
#> SRR191573 3 0.853 0.20323 0.296 0.040 0.408 0.160 0.096
#> SRR191574 1 0.716 0.27653 0.580 0.076 0.036 0.064 0.244
#> SRR191575 1 0.577 0.42075 0.716 0.040 0.016 0.108 0.120
#> SRR191576 1 0.821 0.20348 0.528 0.156 0.084 0.156 0.076
#> SRR191577 1 0.745 0.23490 0.572 0.040 0.188 0.052 0.148
#> SRR191578 3 0.686 0.42458 0.300 0.024 0.560 0.068 0.048
#> SRR191579 1 0.946 -0.04913 0.348 0.180 0.128 0.232 0.112
#> SRR191580 1 0.632 0.36754 0.664 0.048 0.016 0.172 0.100
#> SRR191581 1 0.440 0.40614 0.804 0.056 0.000 0.064 0.076
#> SRR191582 1 0.576 0.40088 0.728 0.048 0.048 0.044 0.132
#> SRR191583 1 0.673 0.33863 0.640 0.072 0.016 0.132 0.140
#> SRR191584 1 0.681 0.36520 0.636 0.036 0.044 0.120 0.164
#> SRR191585 3 0.334 0.60184 0.008 0.060 0.872 0.032 0.028
#> SRR191586 3 0.295 0.58884 0.016 0.000 0.884 0.056 0.044
#> SRR191587 3 0.693 0.54508 0.048 0.132 0.648 0.080 0.092
#> SRR191588 3 0.446 0.57711 0.052 0.008 0.792 0.020 0.128
#> SRR191589 3 0.421 0.59139 0.136 0.000 0.796 0.020 0.048
#> SRR191590 1 0.700 0.36205 0.620 0.128 0.016 0.096 0.140
#> SRR191591 3 0.717 0.45745 0.204 0.028 0.564 0.176 0.028
#> SRR191592 1 0.869 0.18078 0.448 0.144 0.236 0.072 0.100
#> SRR191593 3 0.459 0.60267 0.116 0.024 0.796 0.040 0.024
#> SRR191594 3 0.736 0.18572 0.392 0.024 0.432 0.120 0.032
#> SRR191595 1 0.876 0.25982 0.468 0.180 0.088 0.152 0.112
#> SRR191596 3 0.822 0.17297 0.340 0.084 0.416 0.040 0.120
#> SRR191597 3 0.239 0.60279 0.032 0.020 0.920 0.012 0.016
#> SRR191598 3 0.650 0.53929 0.144 0.148 0.640 0.004 0.064
#> SRR191599 3 0.560 0.58575 0.096 0.160 0.708 0.008 0.028
#> SRR191600 1 0.771 0.03892 0.460 0.044 0.348 0.052 0.096
#> SRR191601 2 0.555 0.37568 0.044 0.692 0.220 0.024 0.020
#> SRR191602 3 0.235 0.59774 0.024 0.028 0.920 0.004 0.024
#> SRR191603 3 0.459 0.59730 0.028 0.072 0.804 0.020 0.076
#> SRR191604 3 0.956 -0.22450 0.280 0.136 0.296 0.112 0.176
#> SRR191605 3 0.631 0.55858 0.080 0.076 0.696 0.036 0.112
#> SRR191606 1 0.680 0.23091 0.588 0.016 0.232 0.032 0.132
#> SRR191607 3 0.304 0.59742 0.004 0.080 0.876 0.008 0.032
#> SRR191608 2 0.579 -0.05103 0.008 0.520 0.420 0.020 0.032
#> SRR191609 3 0.601 0.54639 0.048 0.036 0.704 0.060 0.152
#> SRR191610 3 0.187 0.59375 0.008 0.028 0.940 0.008 0.016
#> SRR191611 3 0.176 0.59274 0.004 0.012 0.944 0.028 0.012
#> SRR191612 3 0.672 0.56536 0.080 0.116 0.668 0.088 0.048
#> SRR191613 3 0.849 -0.14917 0.068 0.084 0.376 0.364 0.108
#> SRR191614 3 0.637 0.53859 0.008 0.228 0.628 0.092 0.044
#> SRR191615 3 0.560 0.55122 0.008 0.224 0.668 0.092 0.008
#> SRR191616 1 0.836 -0.19133 0.348 0.040 0.048 0.228 0.336
#> SRR191617 1 0.646 0.36403 0.656 0.052 0.020 0.096 0.176
#> SRR191618 2 0.817 0.28593 0.120 0.512 0.220 0.080 0.068
#> SRR191619 3 0.577 0.60427 0.044 0.072 0.732 0.112 0.040
#> SRR191620 1 0.786 0.10470 0.484 0.200 0.024 0.236 0.056
#> SRR191621 3 0.792 0.46294 0.088 0.192 0.552 0.076 0.092
#> SRR191622 4 0.911 0.06271 0.324 0.136 0.084 0.336 0.120
#> SRR191623 3 0.614 0.52762 0.040 0.032 0.688 0.164 0.076
#> SRR191624 3 0.389 0.60550 0.048 0.020 0.848 0.056 0.028
#> SRR191625 3 0.615 0.59038 0.076 0.116 0.696 0.096 0.016
#> SRR191626 3 0.301 0.59769 0.000 0.100 0.868 0.012 0.020
#> SRR191627 3 0.530 0.55615 0.016 0.232 0.688 0.004 0.060
#> SRR191628 3 0.620 0.56340 0.048 0.040 0.700 0.092 0.120
#> SRR191629 3 0.240 0.60327 0.016 0.012 0.920 0.024 0.028
#> SRR191630 3 0.764 0.29776 0.324 0.032 0.464 0.144 0.036
#> SRR191631 3 0.299 0.60034 0.004 0.052 0.888 0.024 0.032
#> SRR191632 3 0.912 -0.00959 0.228 0.080 0.400 0.148 0.144
#> SRR191633 2 0.959 0.06111 0.192 0.284 0.272 0.096 0.156
#> SRR191634 1 0.882 -0.20671 0.320 0.036 0.100 0.300 0.244
#> SRR191635 3 0.375 0.60277 0.016 0.040 0.848 0.016 0.080
#> SRR191636 5 0.874 0.11608 0.296 0.272 0.032 0.092 0.308
#> SRR191637 1 0.920 0.03023 0.368 0.248 0.072 0.140 0.172
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.659 0.565459 0.152 0.020 0.624 0.100 0.080 0.024
#> SRR191394 1 0.815 0.203426 0.456 0.048 0.184 0.200 0.056 0.056
#> SRR191396 1 0.793 0.183174 0.460 0.024 0.060 0.056 0.204 0.196
#> SRR191397 1 0.619 0.334959 0.648 0.012 0.180 0.044 0.064 0.052
#> SRR191398 1 0.616 0.317919 0.688 0.052 0.036 0.064 0.056 0.104
#> SRR191399 3 0.310 0.601733 0.028 0.012 0.876 0.036 0.040 0.008
#> SRR191400 1 0.754 0.248246 0.544 0.036 0.040 0.088 0.172 0.120
#> SRR191401 1 0.859 0.017348 0.320 0.212 0.296 0.076 0.056 0.040
#> SRR191402 3 0.709 0.451620 0.112 0.064 0.524 0.060 0.240 0.000
#> SRR191403 3 0.563 0.583866 0.076 0.024 0.700 0.048 0.140 0.012
#> SRR191404 1 0.796 0.103089 0.420 0.272 0.012 0.048 0.156 0.092
#> SRR191405 2 0.973 -0.064716 0.084 0.236 0.152 0.144 0.224 0.160
#> SRR191406 3 0.937 0.075052 0.144 0.220 0.324 0.084 0.100 0.128
#> SRR191407 1 0.761 0.218174 0.528 0.028 0.048 0.116 0.088 0.192
#> SRR191408 3 0.913 -0.117294 0.180 0.076 0.304 0.272 0.076 0.092
#> SRR191409 1 0.876 0.129082 0.376 0.068 0.244 0.160 0.104 0.048
#> SRR191410 3 0.501 0.598197 0.076 0.036 0.740 0.124 0.020 0.004
#> SRR191411 3 0.743 0.499955 0.116 0.052 0.552 0.120 0.016 0.144
#> SRR191412 1 0.738 -0.038986 0.432 0.036 0.368 0.068 0.056 0.040
#> SRR191413 3 0.672 0.580411 0.084 0.096 0.632 0.084 0.092 0.012
#> SRR191414 3 0.562 0.569818 0.112 0.012 0.684 0.104 0.088 0.000
#> SRR191415 3 0.615 0.565581 0.084 0.128 0.672 0.060 0.040 0.016
#> SRR191416 3 0.541 0.608001 0.064 0.036 0.744 0.076 0.044 0.036
#> SRR191418 1 0.818 0.044628 0.384 0.044 0.256 0.028 0.224 0.064
#> SRR191419 3 0.810 0.316391 0.212 0.020 0.460 0.064 0.104 0.140
#> SRR191420 3 0.803 0.319756 0.060 0.120 0.452 0.264 0.064 0.040
#> SRR191421 3 0.632 0.506028 0.020 0.204 0.588 0.156 0.024 0.008
#> SRR191422 2 0.753 0.187744 0.244 0.472 0.036 0.144 0.004 0.100
#> SRR191423 2 0.864 -0.014800 0.168 0.272 0.028 0.248 0.028 0.256
#> SRR191424 1 0.877 0.019849 0.372 0.040 0.068 0.128 0.152 0.240
#> SRR191425 3 0.502 0.589051 0.004 0.032 0.724 0.092 0.140 0.008
#> SRR191426 2 0.740 0.196571 0.024 0.468 0.320 0.056 0.052 0.080
#> SRR191427 5 0.950 0.097980 0.176 0.164 0.044 0.160 0.264 0.192
#> SRR191428 3 0.677 0.412628 0.000 0.216 0.508 0.076 0.196 0.004
#> SRR191429 2 0.931 -0.028557 0.200 0.260 0.044 0.148 0.100 0.248
#> SRR191430 4 0.805 0.237923 0.216 0.164 0.032 0.448 0.028 0.112
#> SRR191431 1 0.784 0.139904 0.468 0.204 0.004 0.060 0.144 0.120
#> SRR191432 4 0.904 0.214319 0.092 0.200 0.068 0.376 0.104 0.160
#> SRR191433 4 0.717 0.275766 0.016 0.152 0.176 0.548 0.024 0.084
#> SRR191434 3 0.809 0.113601 0.320 0.028 0.372 0.172 0.048 0.060
#> SRR191435 2 0.818 0.038488 0.044 0.384 0.092 0.284 0.176 0.020
#> SRR191436 3 0.950 -0.139966 0.100 0.176 0.264 0.256 0.108 0.096
#> SRR191437 6 0.803 0.250749 0.256 0.088 0.016 0.220 0.032 0.388
#> SRR191438 4 0.918 0.160857 0.100 0.140 0.052 0.344 0.200 0.164
#> SRR191439 4 0.747 0.203146 0.020 0.252 0.032 0.476 0.172 0.048
#> SRR191440 1 0.836 -0.108688 0.340 0.172 0.020 0.056 0.096 0.316
#> SRR191441 2 0.810 -0.006005 0.076 0.364 0.016 0.320 0.052 0.172
#> SRR191442 5 0.928 0.136583 0.040 0.108 0.144 0.216 0.284 0.208
#> SRR191443 3 0.792 0.382573 0.100 0.108 0.508 0.184 0.032 0.068
#> SRR191444 3 0.893 0.036946 0.144 0.072 0.372 0.164 0.048 0.200
#> SRR191445 6 0.960 -0.108366 0.132 0.060 0.224 0.188 0.164 0.232
#> SRR191446 2 0.828 0.142848 0.188 0.440 0.052 0.028 0.112 0.180
#> SRR191447 2 0.796 -0.036595 0.176 0.308 0.000 0.264 0.016 0.236
#> SRR191448 6 0.961 -0.126960 0.172 0.108 0.172 0.076 0.224 0.248
#> SRR191449 3 0.510 0.597625 0.052 0.036 0.760 0.024 0.088 0.040
#> SRR191450 4 0.801 0.185240 0.164 0.068 0.296 0.404 0.032 0.036
#> SRR191451 1 0.893 -0.055879 0.328 0.068 0.096 0.184 0.056 0.268
#> SRR191452 2 0.561 0.048318 0.032 0.540 0.020 0.380 0.008 0.020
#> SRR191453 4 0.882 0.133755 0.084 0.288 0.100 0.352 0.056 0.120
#> SRR191454 2 0.868 0.109816 0.092 0.396 0.068 0.216 0.180 0.048
#> SRR191455 2 0.718 0.173470 0.008 0.448 0.244 0.244 0.032 0.024
#> SRR191456 1 0.872 0.052402 0.376 0.088 0.020 0.204 0.144 0.168
#> SRR191457 5 0.868 0.197884 0.148 0.044 0.100 0.240 0.392 0.076
#> SRR191458 1 0.791 -0.028940 0.420 0.072 0.052 0.104 0.032 0.320
#> SRR191459 3 0.749 0.406685 0.016 0.068 0.496 0.184 0.204 0.032
#> SRR191460 3 0.881 0.071011 0.112 0.200 0.352 0.232 0.040 0.064
#> SRR191461 3 0.706 0.507280 0.052 0.172 0.592 0.028 0.084 0.072
#> SRR191462 3 0.871 0.006178 0.092 0.232 0.364 0.080 0.032 0.200
#> SRR191463 6 0.923 0.166801 0.188 0.120 0.060 0.168 0.116 0.348
#> SRR191464 4 0.726 0.309956 0.052 0.112 0.144 0.584 0.036 0.072
#> SRR191465 2 0.599 0.321173 0.056 0.676 0.016 0.096 0.024 0.132
#> SRR191466 4 0.822 0.143107 0.012 0.084 0.216 0.416 0.196 0.076
#> SRR191467 2 0.862 0.128533 0.124 0.436 0.144 0.124 0.032 0.140
#> SRR191468 4 0.794 0.289499 0.056 0.140 0.064 0.504 0.052 0.184
#> SRR191469 3 0.705 0.171508 0.032 0.044 0.424 0.076 0.400 0.024
#> SRR191470 2 0.741 0.250241 0.028 0.444 0.284 0.040 0.016 0.188
#> SRR191471 1 0.830 -0.064097 0.336 0.220 0.076 0.020 0.052 0.296
#> SRR191472 2 0.600 0.006932 0.008 0.468 0.072 0.420 0.024 0.008
#> SRR191473 3 0.841 0.159744 0.072 0.268 0.380 0.188 0.044 0.048
#> SRR191474 3 0.594 0.559297 0.012 0.040 0.680 0.048 0.144 0.076
#> SRR191475 4 0.833 0.259504 0.064 0.180 0.048 0.400 0.048 0.260
#> SRR191476 4 0.920 0.031648 0.256 0.084 0.096 0.272 0.064 0.228
#> SRR191477 4 0.779 0.117400 0.008 0.192 0.136 0.340 0.316 0.008
#> SRR191478 4 0.872 0.190260 0.124 0.248 0.136 0.380 0.040 0.072
#> SRR191479 3 0.812 0.173357 0.064 0.084 0.428 0.100 0.288 0.036
#> SRR191480 3 0.561 0.586606 0.036 0.024 0.724 0.088 0.080 0.048
#> SRR191481 3 0.620 0.331715 0.000 0.320 0.524 0.112 0.032 0.012
#> SRR191482 3 0.670 0.452037 0.012 0.040 0.548 0.236 0.148 0.016
#> SRR191483 2 0.740 0.120159 0.004 0.408 0.332 0.168 0.032 0.056
#> SRR191484 3 0.853 0.279102 0.060 0.068 0.444 0.168 0.172 0.088
#> SRR191485 2 0.979 0.047298 0.196 0.236 0.104 0.124 0.152 0.188
#> SRR191486 6 0.821 0.286736 0.228 0.108 0.080 0.088 0.036 0.460
#> SRR191487 5 0.797 0.251852 0.076 0.028 0.264 0.040 0.436 0.156
#> SRR191488 1 0.897 0.064614 0.348 0.036 0.216 0.080 0.164 0.156
#> SRR191489 3 0.836 0.286398 0.168 0.048 0.448 0.044 0.116 0.176
#> SRR191490 5 0.836 0.113844 0.068 0.088 0.012 0.224 0.360 0.248
#> SRR191491 2 0.784 0.230654 0.100 0.492 0.088 0.124 0.008 0.188
#> SRR191492 3 0.731 0.476768 0.176 0.020 0.556 0.040 0.096 0.112
#> SRR191493 2 0.723 -0.022507 0.136 0.380 0.000 0.104 0.012 0.368
#> SRR191494 6 0.827 0.085721 0.288 0.108 0.000 0.228 0.068 0.308
#> SRR191495 3 0.655 0.428457 0.008 0.288 0.536 0.080 0.080 0.008
#> SRR191496 6 0.899 -0.012264 0.124 0.120 0.056 0.280 0.088 0.332
#> SRR191497 3 0.496 0.597433 0.024 0.040 0.764 0.100 0.024 0.048
#> SRR191498 5 0.827 0.238575 0.116 0.044 0.184 0.020 0.404 0.232
#> SRR191499 3 0.260 0.602803 0.012 0.004 0.896 0.052 0.028 0.008
#> SRR191500 3 0.539 0.579288 0.012 0.092 0.716 0.124 0.040 0.016
#> SRR191501 6 0.867 0.197242 0.228 0.092 0.032 0.244 0.064 0.340
#> SRR191502 1 0.862 0.137055 0.428 0.048 0.064 0.128 0.168 0.164
#> SRR191503 5 0.801 0.257479 0.200 0.052 0.024 0.096 0.472 0.156
#> SRR191504 2 0.529 0.332943 0.012 0.736 0.084 0.096 0.024 0.048
#> SRR191505 6 0.824 0.045385 0.208 0.320 0.016 0.048 0.084 0.324
#> SRR191506 6 0.884 0.066861 0.172 0.152 0.064 0.200 0.040 0.372
#> SRR191507 3 0.884 -0.063840 0.116 0.056 0.340 0.292 0.128 0.068
#> SRR191508 2 0.729 0.236108 0.008 0.500 0.096 0.088 0.268 0.040
#> SRR191509 2 0.665 0.212060 0.008 0.564 0.160 0.208 0.028 0.032
#> SRR191510 2 0.785 0.000612 0.252 0.372 0.048 0.008 0.052 0.268
#> SRR191511 2 0.421 0.320885 0.024 0.804 0.036 0.092 0.004 0.040
#> SRR191512 4 0.792 0.310365 0.080 0.184 0.044 0.476 0.028 0.188
#> SRR191513 4 0.852 0.073085 0.100 0.168 0.044 0.332 0.040 0.316
#> SRR191514 4 0.850 0.218571 0.080 0.144 0.044 0.392 0.068 0.272
#> SRR191515 3 0.841 -0.102909 0.028 0.156 0.348 0.076 0.072 0.320
#> SRR191516 3 0.737 0.463533 0.108 0.044 0.572 0.032 0.116 0.128
#> SRR191517 3 0.369 0.603852 0.008 0.068 0.840 0.044 0.016 0.024
#> SRR191518 2 0.833 -0.040962 0.136 0.404 0.116 0.264 0.028 0.052
#> SRR191519 2 0.807 0.273110 0.056 0.464 0.188 0.072 0.032 0.188
#> SRR191520 3 0.766 0.300605 0.008 0.180 0.424 0.112 0.260 0.016
#> SRR191521 2 0.848 -0.094952 0.076 0.352 0.056 0.288 0.036 0.192
#> SRR191522 6 0.807 0.296726 0.188 0.080 0.148 0.064 0.036 0.484
#> SRR191523 2 0.649 0.305393 0.128 0.616 0.020 0.036 0.028 0.172
#> SRR191524 1 0.921 -0.143216 0.268 0.184 0.032 0.104 0.252 0.160
#> SRR191525 2 0.894 0.155620 0.124 0.388 0.120 0.064 0.088 0.216
#> SRR191526 2 0.542 0.285575 0.028 0.684 0.020 0.108 0.000 0.160
#> SRR191527 1 0.802 0.075085 0.468 0.116 0.004 0.152 0.160 0.100
#> SRR191528 6 0.709 0.034497 0.392 0.020 0.032 0.032 0.108 0.416
#> SRR191529 2 0.753 -0.165088 0.300 0.336 0.012 0.024 0.036 0.292
#> SRR191530 2 0.838 0.146171 0.140 0.444 0.020 0.180 0.096 0.120
#> SRR191531 6 0.699 0.155524 0.376 0.028 0.016 0.068 0.064 0.448
#> SRR191532 6 0.850 0.140322 0.048 0.076 0.240 0.132 0.084 0.420
#> SRR191533 5 0.911 0.086844 0.160 0.052 0.192 0.056 0.276 0.264
#> SRR191534 1 0.771 -0.060310 0.396 0.080 0.000 0.192 0.044 0.288
#> SRR191535 4 0.907 0.117722 0.044 0.176 0.228 0.292 0.056 0.204
#> SRR191536 6 0.957 -0.065526 0.160 0.112 0.064 0.220 0.208 0.236
#> SRR191537 3 0.872 0.168697 0.120 0.052 0.416 0.128 0.080 0.204
#> SRR191538 2 0.853 -0.182120 0.040 0.352 0.124 0.316 0.060 0.108
#> SRR191539 6 0.716 0.115797 0.380 0.036 0.004 0.068 0.096 0.416
#> SRR191540 3 0.851 0.321262 0.060 0.144 0.448 0.188 0.068 0.092
#> SRR191541 5 0.858 0.166533 0.104 0.088 0.040 0.188 0.432 0.148
#> SRR191542 6 0.847 0.098179 0.236 0.164 0.020 0.204 0.032 0.344
#> SRR191543 6 0.856 0.219325 0.176 0.104 0.132 0.160 0.016 0.412
#> SRR191544 6 0.884 0.122889 0.300 0.092 0.060 0.152 0.068 0.328
#> SRR191545 2 0.503 0.303400 0.000 0.728 0.084 0.132 0.016 0.040
#> SRR191546 2 0.739 0.097387 0.064 0.484 0.076 0.300 0.020 0.056
#> SRR191547 3 0.802 0.013707 0.052 0.328 0.368 0.108 0.008 0.136
#> SRR191548 1 0.492 0.285613 0.728 0.008 0.064 0.008 0.028 0.164
#> SRR191549 1 0.393 0.336261 0.824 0.004 0.040 0.020 0.076 0.036
#> SRR191550 1 0.708 0.295963 0.588 0.016 0.164 0.072 0.080 0.080
#> SRR191551 1 0.537 0.319732 0.724 0.004 0.056 0.040 0.056 0.120
#> SRR191552 1 0.229 0.318909 0.908 0.004 0.004 0.004 0.032 0.048
#> SRR191553 1 0.844 0.088167 0.380 0.040 0.260 0.036 0.176 0.108
#> SRR191554 1 0.635 0.218276 0.620 0.016 0.024 0.032 0.168 0.140
#> SRR191555 3 0.537 0.596409 0.020 0.080 0.740 0.060 0.072 0.028
#> SRR191556 3 0.800 0.290222 0.312 0.116 0.416 0.032 0.060 0.064
#> SRR191557 3 0.237 0.598656 0.000 0.016 0.900 0.032 0.052 0.000
#> SRR191558 1 0.823 0.004625 0.444 0.080 0.056 0.096 0.064 0.260
#> SRR191559 3 0.736 0.485650 0.124 0.048 0.572 0.032 0.088 0.136
#> SRR191560 1 0.796 0.169942 0.440 0.036 0.188 0.024 0.080 0.232
#> SRR191561 5 0.754 0.316548 0.248 0.056 0.020 0.076 0.504 0.096
#> SRR191562 1 0.418 0.316615 0.804 0.004 0.036 0.040 0.020 0.096
#> SRR191563 3 0.815 0.287447 0.236 0.088 0.436 0.164 0.032 0.044
#> SRR191564 3 0.560 0.587468 0.096 0.048 0.724 0.028 0.032 0.072
#> SRR191565 3 0.835 0.046563 0.320 0.192 0.328 0.088 0.024 0.048
#> SRR191566 3 0.462 0.608689 0.044 0.056 0.792 0.060 0.016 0.032
#> SRR191567 1 0.894 0.054945 0.304 0.196 0.280 0.068 0.104 0.048
#> SRR191568 1 0.898 0.148482 0.368 0.136 0.160 0.208 0.052 0.076
#> SRR191569 1 0.932 0.045997 0.344 0.140 0.144 0.064 0.128 0.180
#> SRR191570 1 0.845 -0.015955 0.336 0.188 0.308 0.088 0.032 0.048
#> SRR191571 3 0.787 0.277166 0.276 0.020 0.448 0.124 0.072 0.060
#> SRR191572 1 0.642 0.290977 0.644 0.012 0.084 0.036 0.092 0.132
#> SRR191573 3 0.921 0.147342 0.216 0.088 0.352 0.124 0.136 0.084
#> SRR191574 1 0.742 0.196489 0.536 0.096 0.024 0.040 0.096 0.208
#> SRR191575 1 0.601 0.314780 0.680 0.024 0.024 0.076 0.060 0.136
#> SRR191576 1 0.855 0.127439 0.448 0.124 0.068 0.148 0.052 0.160
#> SRR191577 1 0.820 0.204965 0.476 0.040 0.156 0.068 0.084 0.176
#> SRR191578 3 0.774 0.155621 0.316 0.012 0.404 0.044 0.164 0.060
#> SRR191579 1 0.858 0.094749 0.432 0.160 0.084 0.120 0.168 0.036
#> SRR191580 1 0.634 0.272057 0.636 0.012 0.020 0.100 0.156 0.076
#> SRR191581 1 0.452 0.265338 0.752 0.024 0.000 0.036 0.024 0.164
#> SRR191582 1 0.531 0.302843 0.740 0.024 0.028 0.048 0.052 0.108
#> SRR191583 1 0.663 0.252815 0.636 0.060 0.012 0.108 0.080 0.104
#> SRR191584 1 0.710 0.266307 0.596 0.032 0.052 0.148 0.064 0.108
#> SRR191585 3 0.342 0.598530 0.000 0.060 0.852 0.040 0.024 0.024
#> SRR191586 3 0.309 0.598024 0.004 0.020 0.860 0.016 0.092 0.008
#> SRR191587 3 0.758 0.499763 0.088 0.176 0.540 0.092 0.084 0.020
#> SRR191588 3 0.556 0.581168 0.112 0.028 0.720 0.024 0.076 0.040
#> SRR191589 3 0.491 0.592625 0.164 0.008 0.736 0.040 0.024 0.028
#> SRR191590 1 0.705 0.103938 0.516 0.072 0.028 0.032 0.056 0.296
#> SRR191591 3 0.815 0.349253 0.200 0.032 0.468 0.084 0.148 0.068
#> SRR191592 1 0.893 0.021810 0.320 0.124 0.216 0.076 0.032 0.232
#> SRR191593 3 0.447 0.608441 0.068 0.012 0.800 0.040 0.036 0.044
#> SRR191594 3 0.756 0.133354 0.324 0.004 0.424 0.120 0.076 0.052
#> SRR191595 1 0.864 -0.022883 0.348 0.164 0.076 0.068 0.048 0.296
#> SRR191596 3 0.842 -0.049279 0.268 0.112 0.324 0.012 0.052 0.232
#> SRR191597 3 0.366 0.606934 0.024 0.036 0.844 0.064 0.024 0.008
#> SRR191598 3 0.729 0.441096 0.124 0.128 0.544 0.016 0.024 0.164
#> SRR191599 3 0.604 0.554009 0.044 0.168 0.668 0.040 0.020 0.060
#> SRR191600 1 0.767 0.178935 0.456 0.028 0.272 0.056 0.032 0.156
#> SRR191601 2 0.529 0.338030 0.024 0.696 0.196 0.036 0.008 0.040
#> SRR191602 3 0.316 0.602468 0.028 0.020 0.872 0.056 0.012 0.012
#> SRR191603 3 0.463 0.595602 0.008 0.076 0.776 0.028 0.020 0.092
#> SRR191604 6 0.780 0.231744 0.152 0.096 0.236 0.032 0.020 0.464
#> SRR191605 3 0.708 0.483970 0.048 0.072 0.584 0.048 0.052 0.196
#> SRR191606 1 0.836 0.167181 0.444 0.032 0.160 0.092 0.076 0.196
#> SRR191607 3 0.262 0.598587 0.000 0.068 0.888 0.024 0.008 0.012
#> SRR191608 2 0.654 0.067435 0.016 0.484 0.372 0.020 0.036 0.072
#> SRR191609 3 0.610 0.571692 0.072 0.048 0.684 0.024 0.120 0.052
#> SRR191610 3 0.223 0.598583 0.000 0.040 0.912 0.008 0.032 0.008
#> SRR191611 3 0.140 0.597387 0.000 0.008 0.952 0.012 0.024 0.004
#> SRR191612 3 0.716 0.524735 0.052 0.120 0.596 0.108 0.028 0.096
#> SRR191613 3 0.855 -0.192475 0.024 0.040 0.324 0.220 0.264 0.128
#> SRR191614 3 0.673 0.470509 0.036 0.272 0.544 0.080 0.064 0.004
#> SRR191615 3 0.600 0.482381 0.016 0.220 0.592 0.156 0.012 0.004
#> SRR191616 5 0.735 0.180085 0.364 0.020 0.024 0.052 0.412 0.128
#> SRR191617 1 0.673 0.279542 0.612 0.044 0.008 0.096 0.096 0.144
#> SRR191618 2 0.761 0.299146 0.100 0.568 0.116 0.052 0.096 0.068
#> SRR191619 3 0.629 0.545511 0.008 0.056 0.628 0.196 0.076 0.036
#> SRR191620 1 0.853 0.008489 0.388 0.156 0.028 0.180 0.044 0.204
#> SRR191621 3 0.825 0.369871 0.112 0.184 0.460 0.156 0.044 0.044
#> SRR191622 1 0.976 -0.081528 0.208 0.128 0.084 0.196 0.208 0.176
#> SRR191623 3 0.602 0.501198 0.032 0.048 0.608 0.020 0.268 0.024
#> SRR191624 3 0.473 0.601594 0.044 0.028 0.772 0.060 0.092 0.004
#> SRR191625 3 0.686 0.552975 0.080 0.152 0.596 0.036 0.124 0.012
#> SRR191626 3 0.428 0.594349 0.012 0.080 0.804 0.048 0.044 0.012
#> SRR191627 3 0.579 0.539952 0.036 0.220 0.656 0.036 0.020 0.032
#> SRR191628 3 0.695 0.526707 0.052 0.036 0.612 0.100 0.144 0.056
#> SRR191629 3 0.376 0.607818 0.008 0.052 0.836 0.060 0.032 0.012
#> SRR191630 3 0.797 0.222356 0.248 0.012 0.440 0.156 0.068 0.076
#> SRR191631 3 0.370 0.600382 0.004 0.040 0.824 0.104 0.020 0.008
#> SRR191632 3 0.893 -0.053198 0.264 0.080 0.308 0.072 0.220 0.056
#> SRR191633 2 0.918 0.157312 0.208 0.348 0.152 0.144 0.076 0.072
#> SRR191634 5 0.697 0.299264 0.288 0.024 0.044 0.044 0.528 0.072
#> SRR191635 3 0.537 0.595471 0.072 0.072 0.740 0.056 0.048 0.012
#> SRR191636 1 0.855 0.035920 0.376 0.232 0.020 0.060 0.140 0.172
#> SRR191637 1 0.931 -0.040198 0.308 0.212 0.052 0.100 0.168 0.160
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.203 0.695 0.836 0.3624 0.648 0.648
#> 3 3 0.125 0.538 0.754 0.3107 0.885 0.840
#> 4 4 0.143 0.370 0.692 0.1542 0.949 0.926
#> 5 5 0.173 0.263 0.635 0.0922 0.917 0.876
#> 6 6 0.203 0.357 0.606 0.0648 0.863 0.772
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.9933 0.37986 0.548 0.452
#> SRR191394 1 0.6247 0.71320 0.844 0.156
#> SRR191396 2 0.8327 0.65457 0.264 0.736
#> SRR191397 1 0.9977 0.31130 0.528 0.472
#> SRR191398 1 0.5408 0.71913 0.876 0.124
#> SRR191399 2 0.9000 0.56123 0.316 0.684
#> SRR191400 1 0.9248 0.59039 0.660 0.340
#> SRR191401 1 0.9850 0.43724 0.572 0.428
#> SRR191402 2 0.7950 0.70629 0.240 0.760
#> SRR191403 1 0.9732 0.49110 0.596 0.404
#> SRR191404 2 0.5842 0.80734 0.140 0.860
#> SRR191405 2 0.4161 0.83484 0.084 0.916
#> SRR191406 2 0.5408 0.81990 0.124 0.876
#> SRR191407 1 0.9850 0.43870 0.572 0.428
#> SRR191408 2 0.9850 0.16655 0.428 0.572
#> SRR191409 2 0.7453 0.73303 0.212 0.788
#> SRR191410 2 0.5408 0.81512 0.124 0.876
#> SRR191411 2 0.7602 0.72439 0.220 0.780
#> SRR191412 1 0.9754 0.48781 0.592 0.408
#> SRR191413 2 0.9248 0.49511 0.340 0.660
#> SRR191414 1 0.9815 0.45213 0.580 0.420
#> SRR191415 2 0.4562 0.82981 0.096 0.904
#> SRR191416 2 0.6531 0.77755 0.168 0.832
#> SRR191418 2 0.9427 0.45009 0.360 0.640
#> SRR191419 1 0.2778 0.71204 0.952 0.048
#> SRR191420 1 0.9993 0.26431 0.516 0.484
#> SRR191421 1 0.9993 0.26256 0.516 0.484
#> SRR191422 2 0.6801 0.78217 0.180 0.820
#> SRR191423 2 0.4161 0.83990 0.084 0.916
#> SRR191424 2 0.6247 0.77946 0.156 0.844
#> SRR191425 2 0.7453 0.74013 0.212 0.788
#> SRR191426 2 0.1843 0.83623 0.028 0.972
#> SRR191427 2 0.9000 0.53317 0.316 0.684
#> SRR191428 2 0.9044 0.53375 0.320 0.680
#> SRR191429 2 0.1414 0.82488 0.020 0.980
#> SRR191430 2 0.2236 0.83781 0.036 0.964
#> SRR191431 2 0.8207 0.68516 0.256 0.744
#> SRR191432 2 0.1843 0.81794 0.028 0.972
#> SRR191433 2 0.2236 0.82736 0.036 0.964
#> SRR191434 2 0.6887 0.77617 0.184 0.816
#> SRR191435 2 0.6438 0.79563 0.164 0.836
#> SRR191436 2 0.4022 0.84004 0.080 0.920
#> SRR191437 2 0.9909 0.00398 0.444 0.556
#> SRR191438 2 0.3274 0.83924 0.060 0.940
#> SRR191439 2 0.4161 0.83636 0.084 0.916
#> SRR191440 2 0.7602 0.71458 0.220 0.780
#> SRR191441 2 0.3733 0.83894 0.072 0.928
#> SRR191442 2 0.5519 0.81921 0.128 0.872
#> SRR191443 1 0.9970 0.32794 0.532 0.468
#> SRR191444 2 0.9044 0.53915 0.320 0.680
#> SRR191445 2 0.5408 0.82672 0.124 0.876
#> SRR191446 2 0.3431 0.83182 0.064 0.936
#> SRR191447 2 0.6712 0.77037 0.176 0.824
#> SRR191448 1 0.4431 0.71769 0.908 0.092
#> SRR191449 2 0.2778 0.83739 0.048 0.952
#> SRR191450 1 0.5408 0.71878 0.876 0.124
#> SRR191451 2 0.9732 0.23018 0.404 0.596
#> SRR191452 2 0.6438 0.79594 0.164 0.836
#> SRR191453 2 0.9996 -0.15056 0.488 0.512
#> SRR191454 2 0.8861 0.56789 0.304 0.696
#> SRR191455 2 0.6801 0.77479 0.180 0.820
#> SRR191456 2 0.9732 0.24530 0.404 0.596
#> SRR191457 1 0.4161 0.71860 0.916 0.084
#> SRR191458 2 0.9795 0.19658 0.416 0.584
#> SRR191459 2 0.1414 0.83120 0.020 0.980
#> SRR191460 2 0.6801 0.78612 0.180 0.820
#> SRR191461 2 0.4562 0.83263 0.096 0.904
#> SRR191462 2 0.6438 0.78925 0.164 0.836
#> SRR191463 2 0.3584 0.84027 0.068 0.932
#> SRR191464 2 0.1184 0.83114 0.016 0.984
#> SRR191465 2 0.1414 0.83026 0.020 0.980
#> SRR191466 2 0.4298 0.83852 0.088 0.912
#> SRR191467 2 0.3274 0.81963 0.060 0.940
#> SRR191468 2 0.2043 0.82041 0.032 0.968
#> SRR191469 2 0.5294 0.81838 0.120 0.880
#> SRR191470 2 0.1633 0.82660 0.024 0.976
#> SRR191471 2 0.3431 0.83328 0.064 0.936
#> SRR191472 2 0.3114 0.83812 0.056 0.944
#> SRR191473 2 0.1843 0.83128 0.028 0.972
#> SRR191474 2 0.2043 0.83813 0.032 0.968
#> SRR191475 2 0.2423 0.82493 0.040 0.960
#> SRR191476 2 0.2603 0.81678 0.044 0.956
#> SRR191477 2 0.0938 0.82985 0.012 0.988
#> SRR191478 2 0.1414 0.82867 0.020 0.980
#> SRR191479 1 0.9954 0.35340 0.540 0.460
#> SRR191480 2 0.2236 0.81419 0.036 0.964
#> SRR191481 2 0.1843 0.82228 0.028 0.972
#> SRR191482 2 0.1633 0.81924 0.024 0.976
#> SRR191483 2 0.1843 0.82767 0.028 0.972
#> SRR191484 1 0.7528 0.68651 0.784 0.216
#> SRR191485 2 0.1184 0.83182 0.016 0.984
#> SRR191486 2 0.8909 0.55417 0.308 0.692
#> SRR191487 2 0.2423 0.82949 0.040 0.960
#> SRR191488 1 0.9286 0.58300 0.656 0.344
#> SRR191489 2 0.9996 -0.16839 0.488 0.512
#> SRR191490 2 1.0000 -0.20702 0.496 0.504
#> SRR191491 2 0.7815 0.69635 0.232 0.768
#> SRR191492 2 0.4690 0.82449 0.100 0.900
#> SRR191493 1 0.9491 0.54890 0.632 0.368
#> SRR191494 2 0.5737 0.80724 0.136 0.864
#> SRR191495 2 0.5737 0.81143 0.136 0.864
#> SRR191496 2 0.4562 0.83162 0.096 0.904
#> SRR191497 2 0.5946 0.81809 0.144 0.856
#> SRR191498 2 0.9933 0.05402 0.452 0.548
#> SRR191499 2 0.4815 0.83427 0.104 0.896
#> SRR191500 2 0.6247 0.79509 0.156 0.844
#> SRR191501 2 0.9427 0.41341 0.360 0.640
#> SRR191502 2 0.2948 0.84070 0.052 0.948
#> SRR191503 2 0.2778 0.82242 0.048 0.952
#> SRR191504 2 0.2423 0.82784 0.040 0.960
#> SRR191505 2 0.2423 0.81191 0.040 0.960
#> SRR191506 2 0.6343 0.79023 0.160 0.840
#> SRR191507 2 0.2778 0.82288 0.048 0.952
#> SRR191508 2 0.2778 0.83679 0.048 0.952
#> SRR191509 2 0.2603 0.83594 0.044 0.956
#> SRR191510 2 0.5629 0.82388 0.132 0.868
#> SRR191511 2 0.3114 0.83925 0.056 0.944
#> SRR191512 2 0.2603 0.80954 0.044 0.956
#> SRR191513 2 0.2948 0.82029 0.052 0.948
#> SRR191514 2 0.1633 0.82389 0.024 0.976
#> SRR191515 2 0.2603 0.82068 0.044 0.956
#> SRR191516 2 0.4431 0.83662 0.092 0.908
#> SRR191517 2 0.1843 0.81794 0.028 0.972
#> SRR191518 2 0.1843 0.82966 0.028 0.972
#> SRR191519 2 0.2236 0.81823 0.036 0.964
#> SRR191520 2 0.3431 0.83645 0.064 0.936
#> SRR191521 2 0.2236 0.82302 0.036 0.964
#> SRR191522 2 0.1414 0.82519 0.020 0.980
#> SRR191523 2 0.4562 0.83361 0.096 0.904
#> SRR191524 2 0.7950 0.69303 0.240 0.760
#> SRR191525 2 0.4161 0.83603 0.084 0.916
#> SRR191526 2 0.3431 0.83867 0.064 0.936
#> SRR191527 1 0.6438 0.71185 0.836 0.164
#> SRR191528 1 0.8813 0.63041 0.700 0.300
#> SRR191529 2 0.9522 0.39385 0.372 0.628
#> SRR191530 2 0.2423 0.82044 0.040 0.960
#> SRR191531 1 0.9933 0.40257 0.548 0.452
#> SRR191532 2 0.3584 0.83930 0.068 0.932
#> SRR191533 2 0.4939 0.82929 0.108 0.892
#> SRR191534 2 0.3431 0.83070 0.064 0.936
#> SRR191535 2 0.2778 0.83474 0.048 0.952
#> SRR191536 2 0.3733 0.83568 0.072 0.928
#> SRR191537 2 0.2778 0.82513 0.048 0.952
#> SRR191538 2 0.1843 0.82169 0.028 0.972
#> SRR191539 2 0.3879 0.83676 0.076 0.924
#> SRR191540 2 0.2236 0.81419 0.036 0.964
#> SRR191541 2 0.2043 0.81584 0.032 0.968
#> SRR191542 2 0.3879 0.83655 0.076 0.924
#> SRR191543 2 0.2778 0.83289 0.048 0.952
#> SRR191544 2 0.2236 0.81419 0.036 0.964
#> SRR191545 2 0.2236 0.81482 0.036 0.964
#> SRR191546 2 0.2778 0.83136 0.048 0.952
#> SRR191547 2 0.4022 0.83972 0.080 0.920
#> SRR191548 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191549 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191550 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191551 1 0.2948 0.71352 0.948 0.052
#> SRR191552 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191553 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191554 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191555 1 0.8608 0.64426 0.716 0.284
#> SRR191556 2 0.8386 0.66030 0.268 0.732
#> SRR191557 2 0.3733 0.83899 0.072 0.928
#> SRR191558 2 0.8207 0.67515 0.256 0.744
#> SRR191559 2 0.6438 0.78474 0.164 0.836
#> SRR191560 2 0.7219 0.74230 0.200 0.800
#> SRR191561 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191562 2 0.9977 -0.05899 0.472 0.528
#> SRR191563 2 0.2948 0.83544 0.052 0.948
#> SRR191564 2 0.5519 0.82080 0.128 0.872
#> SRR191565 2 0.9286 0.46794 0.344 0.656
#> SRR191566 2 0.8327 0.65627 0.264 0.736
#> SRR191567 1 0.9248 0.59010 0.660 0.340
#> SRR191568 1 0.9933 0.36827 0.548 0.452
#> SRR191569 2 0.7745 0.70816 0.228 0.772
#> SRR191570 2 0.9850 0.15650 0.428 0.572
#> SRR191571 2 0.7299 0.75632 0.204 0.796
#> SRR191572 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191573 2 0.8813 0.60154 0.300 0.700
#> SRR191574 1 0.9393 0.56909 0.644 0.356
#> SRR191575 1 0.9775 0.47353 0.588 0.412
#> SRR191576 2 0.8909 0.56092 0.308 0.692
#> SRR191577 2 0.9491 0.43254 0.368 0.632
#> SRR191578 2 0.6531 0.78471 0.168 0.832
#> SRR191579 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191580 1 0.2778 0.71043 0.952 0.048
#> SRR191581 1 0.2948 0.71342 0.948 0.052
#> SRR191582 1 0.3114 0.71450 0.944 0.056
#> SRR191583 1 0.9996 0.22446 0.512 0.488
#> SRR191584 1 0.2603 0.71008 0.956 0.044
#> SRR191585 2 0.2236 0.83602 0.036 0.964
#> SRR191586 2 0.2043 0.83727 0.032 0.968
#> SRR191587 2 0.5842 0.80492 0.140 0.860
#> SRR191588 1 0.9988 0.28911 0.520 0.480
#> SRR191589 2 0.8608 0.63232 0.284 0.716
#> SRR191590 1 0.9993 0.29377 0.516 0.484
#> SRR191591 2 0.4431 0.82776 0.092 0.908
#> SRR191592 2 0.6048 0.79921 0.148 0.852
#> SRR191593 2 0.7139 0.75272 0.196 0.804
#> SRR191594 1 0.3274 0.71508 0.940 0.060
#> SRR191595 2 0.7674 0.70874 0.224 0.776
#> SRR191596 2 0.9996 -0.19047 0.488 0.512
#> SRR191597 2 0.2043 0.83579 0.032 0.968
#> SRR191598 2 0.9552 0.34441 0.376 0.624
#> SRR191599 1 0.9988 0.30862 0.520 0.480
#> SRR191600 2 0.2948 0.83553 0.052 0.948
#> SRR191601 2 0.4939 0.82571 0.108 0.892
#> SRR191602 2 0.4939 0.81916 0.108 0.892
#> SRR191603 2 0.3879 0.83304 0.076 0.924
#> SRR191604 2 0.1633 0.83460 0.024 0.976
#> SRR191605 2 0.5178 0.82188 0.116 0.884
#> SRR191606 1 0.9993 0.29209 0.516 0.484
#> SRR191607 2 0.4022 0.82997 0.080 0.920
#> SRR191608 2 0.2423 0.82351 0.040 0.960
#> SRR191609 2 0.2948 0.83355 0.052 0.948
#> SRR191610 2 0.5842 0.80114 0.140 0.860
#> SRR191611 2 0.2423 0.83717 0.040 0.960
#> SRR191612 2 0.5737 0.80489 0.136 0.864
#> SRR191613 1 0.7528 0.69501 0.784 0.216
#> SRR191614 2 0.5408 0.82122 0.124 0.876
#> SRR191615 2 0.7299 0.74458 0.204 0.796
#> SRR191616 1 0.5737 0.71495 0.864 0.136
#> SRR191617 2 0.6712 0.77505 0.176 0.824
#> SRR191618 2 0.8499 0.63364 0.276 0.724
#> SRR191619 2 0.0938 0.83146 0.012 0.988
#> SRR191620 2 0.2043 0.83741 0.032 0.968
#> SRR191621 2 0.1843 0.83497 0.028 0.972
#> SRR191622 2 0.4022 0.83363 0.080 0.920
#> SRR191623 2 0.4431 0.83015 0.092 0.908
#> SRR191624 1 0.9909 0.39201 0.556 0.444
#> SRR191625 2 0.1633 0.83296 0.024 0.976
#> SRR191626 2 0.1633 0.83249 0.024 0.976
#> SRR191627 2 0.1414 0.82859 0.020 0.980
#> SRR191628 2 0.5842 0.80667 0.140 0.860
#> SRR191629 2 0.3274 0.83682 0.060 0.940
#> SRR191630 1 0.3274 0.71508 0.940 0.060
#> SRR191631 2 0.2236 0.82762 0.036 0.964
#> SRR191632 2 0.6712 0.79204 0.176 0.824
#> SRR191633 2 0.4939 0.82841 0.108 0.892
#> SRR191634 1 0.6531 0.70736 0.832 0.168
#> SRR191635 2 0.4298 0.83619 0.088 0.912
#> SRR191636 1 0.7299 0.68881 0.796 0.204
#> SRR191637 2 0.5519 0.76377 0.128 0.872
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.9071 -0.05471 0.432 0.136 0.432
#> SRR191394 1 0.5875 0.48174 0.792 0.072 0.136
#> SRR191396 3 0.6962 0.61455 0.184 0.092 0.724
#> SRR191397 3 0.9181 0.05213 0.404 0.148 0.448
#> SRR191398 1 0.4505 0.52777 0.860 0.048 0.092
#> SRR191399 3 0.7960 0.54032 0.208 0.136 0.656
#> SRR191400 1 0.8752 0.24686 0.548 0.132 0.320
#> SRR191401 1 0.9202 0.14882 0.460 0.152 0.388
#> SRR191402 3 0.7211 0.61972 0.156 0.128 0.716
#> SRR191403 1 0.8975 0.17099 0.484 0.132 0.384
#> SRR191404 3 0.4665 0.71298 0.100 0.048 0.852
#> SRR191405 3 0.3472 0.71656 0.040 0.056 0.904
#> SRR191406 3 0.5393 0.70675 0.072 0.108 0.820
#> SRR191407 1 0.9264 0.09069 0.432 0.156 0.412
#> SRR191408 3 0.8814 0.35239 0.312 0.140 0.548
#> SRR191409 3 0.6511 0.64729 0.136 0.104 0.760
#> SRR191410 3 0.4709 0.71476 0.092 0.056 0.852
#> SRR191411 3 0.6380 0.65117 0.164 0.076 0.760
#> SRR191412 1 0.9030 0.15709 0.476 0.136 0.388
#> SRR191413 3 0.8094 0.51054 0.240 0.124 0.636
#> SRR191414 1 0.9425 0.13132 0.432 0.176 0.392
#> SRR191415 3 0.4288 0.72015 0.060 0.068 0.872
#> SRR191416 3 0.6023 0.67703 0.120 0.092 0.788
#> SRR191418 3 0.8221 0.49141 0.248 0.128 0.624
#> SRR191419 1 0.0592 0.56035 0.988 0.000 0.012
#> SRR191420 3 0.9202 0.07713 0.388 0.152 0.460
#> SRR191421 3 0.9280 0.06286 0.388 0.160 0.452
#> SRR191422 3 0.6500 0.68197 0.100 0.140 0.760
#> SRR191423 3 0.3967 0.72653 0.044 0.072 0.884
#> SRR191424 3 0.7801 0.30356 0.076 0.308 0.616
#> SRR191425 3 0.6792 0.64613 0.132 0.124 0.744
#> SRR191426 3 0.3043 0.70993 0.008 0.084 0.908
#> SRR191427 3 0.8444 0.44953 0.236 0.152 0.612
#> SRR191428 3 0.8081 0.51202 0.220 0.136 0.644
#> SRR191429 3 0.3116 0.68702 0.000 0.108 0.892
#> SRR191430 3 0.3532 0.70927 0.008 0.108 0.884
#> SRR191431 3 0.7245 0.62390 0.168 0.120 0.712
#> SRR191432 3 0.3551 0.67120 0.000 0.132 0.868
#> SRR191433 3 0.3686 0.68086 0.000 0.140 0.860
#> SRR191434 3 0.7108 0.61067 0.100 0.184 0.716
#> SRR191435 3 0.5737 0.69680 0.092 0.104 0.804
#> SRR191436 3 0.3583 0.72447 0.044 0.056 0.900
#> SRR191437 1 0.9980 -0.31021 0.356 0.304 0.340
#> SRR191438 3 0.3649 0.72104 0.036 0.068 0.896
#> SRR191439 3 0.4859 0.71664 0.044 0.116 0.840
#> SRR191440 3 0.8955 -0.01525 0.144 0.332 0.524
#> SRR191441 3 0.4485 0.71484 0.020 0.136 0.844
#> SRR191442 3 0.4709 0.71348 0.056 0.092 0.852
#> SRR191443 3 0.9189 -0.00880 0.416 0.148 0.436
#> SRR191444 3 0.8246 0.50947 0.220 0.148 0.632
#> SRR191445 3 0.5094 0.71825 0.056 0.112 0.832
#> SRR191446 3 0.5858 0.58791 0.020 0.240 0.740
#> SRR191447 3 0.6455 0.67486 0.128 0.108 0.764
#> SRR191448 1 0.2918 0.55419 0.924 0.032 0.044
#> SRR191449 3 0.2982 0.71743 0.024 0.056 0.920
#> SRR191450 1 0.6128 0.49786 0.780 0.136 0.084
#> SRR191451 3 0.8872 0.33543 0.296 0.152 0.552
#> SRR191452 3 0.5889 0.70228 0.096 0.108 0.796
#> SRR191453 3 0.9154 0.12711 0.384 0.148 0.468
#> SRR191454 3 0.8250 0.49154 0.232 0.140 0.628
#> SRR191455 3 0.6462 0.67878 0.116 0.120 0.764
#> SRR191456 3 0.8918 0.34256 0.288 0.160 0.552
#> SRR191457 1 0.3039 0.55671 0.920 0.036 0.044
#> SRR191458 3 0.9089 0.29900 0.288 0.176 0.536
#> SRR191459 3 0.2625 0.70774 0.000 0.084 0.916
#> SRR191460 3 0.6037 0.68939 0.100 0.112 0.788
#> SRR191461 3 0.4146 0.72282 0.044 0.080 0.876
#> SRR191462 3 0.6794 0.62435 0.076 0.196 0.728
#> SRR191463 3 0.4056 0.72150 0.032 0.092 0.876
#> SRR191464 3 0.1989 0.69932 0.004 0.048 0.948
#> SRR191465 3 0.3112 0.69673 0.004 0.096 0.900
#> SRR191466 3 0.4249 0.72102 0.028 0.108 0.864
#> SRR191467 3 0.5754 0.51227 0.004 0.296 0.700
#> SRR191468 3 0.5327 0.54157 0.000 0.272 0.728
#> SRR191469 3 0.5344 0.70823 0.084 0.092 0.824
#> SRR191470 3 0.3879 0.67888 0.000 0.152 0.848
#> SRR191471 3 0.4618 0.70111 0.024 0.136 0.840
#> SRR191472 3 0.5111 0.69262 0.024 0.168 0.808
#> SRR191473 3 0.2796 0.69918 0.000 0.092 0.908
#> SRR191474 3 0.3183 0.71488 0.016 0.076 0.908
#> SRR191475 3 0.5420 0.58264 0.008 0.240 0.752
#> SRR191476 3 0.5815 0.48370 0.004 0.304 0.692
#> SRR191477 3 0.2261 0.69477 0.000 0.068 0.932
#> SRR191478 3 0.2590 0.69773 0.004 0.072 0.924
#> SRR191479 3 0.9370 -0.05032 0.412 0.168 0.420
#> SRR191480 3 0.5138 0.57296 0.000 0.252 0.748
#> SRR191481 3 0.3193 0.68292 0.004 0.100 0.896
#> SRR191482 3 0.3192 0.67727 0.000 0.112 0.888
#> SRR191483 3 0.3112 0.69720 0.004 0.096 0.900
#> SRR191484 1 0.7222 0.37795 0.696 0.220 0.084
#> SRR191485 3 0.3030 0.70604 0.004 0.092 0.904
#> SRR191486 3 0.8162 0.52313 0.192 0.164 0.644
#> SRR191487 3 0.5378 0.59556 0.008 0.236 0.756
#> SRR191488 1 0.8982 0.17266 0.548 0.168 0.284
#> SRR191489 3 0.9328 0.15700 0.356 0.172 0.472
#> SRR191490 1 0.9837 -0.24977 0.424 0.292 0.284
#> SRR191491 3 0.7396 0.59360 0.144 0.152 0.704
#> SRR191492 3 0.6245 0.64114 0.060 0.180 0.760
#> SRR191493 1 0.8868 0.11974 0.568 0.172 0.260
#> SRR191494 3 0.5608 0.69025 0.072 0.120 0.808
#> SRR191495 3 0.5793 0.69630 0.084 0.116 0.800
#> SRR191496 3 0.6201 0.63668 0.044 0.208 0.748
#> SRR191497 3 0.6023 0.71002 0.092 0.120 0.788
#> SRR191498 3 0.9338 -0.05584 0.360 0.172 0.468
#> SRR191499 3 0.4281 0.72417 0.056 0.072 0.872
#> SRR191500 3 0.5576 0.70432 0.104 0.084 0.812
#> SRR191501 3 0.9767 -0.39748 0.232 0.364 0.404
#> SRR191502 3 0.4094 0.71952 0.028 0.100 0.872
#> SRR191503 3 0.5327 0.53910 0.000 0.272 0.728
#> SRR191504 3 0.4796 0.60894 0.000 0.220 0.780
#> SRR191505 3 0.5431 0.51980 0.000 0.284 0.716
#> SRR191506 3 0.7157 0.57965 0.100 0.188 0.712
#> SRR191507 3 0.5760 0.44563 0.000 0.328 0.672
#> SRR191508 3 0.5115 0.66545 0.016 0.188 0.796
#> SRR191509 3 0.4056 0.69942 0.032 0.092 0.876
#> SRR191510 3 0.5375 0.71942 0.056 0.128 0.816
#> SRR191511 3 0.4209 0.71167 0.016 0.128 0.856
#> SRR191512 3 0.5835 0.40524 0.000 0.340 0.660
#> SRR191513 3 0.5902 0.47767 0.004 0.316 0.680
#> SRR191514 3 0.4346 0.67649 0.000 0.184 0.816
#> SRR191515 3 0.5024 0.63368 0.004 0.220 0.776
#> SRR191516 3 0.6247 0.62332 0.044 0.212 0.744
#> SRR191517 3 0.3752 0.66480 0.000 0.144 0.856
#> SRR191518 3 0.2878 0.69466 0.000 0.096 0.904
#> SRR191519 3 0.4235 0.65414 0.000 0.176 0.824
#> SRR191520 3 0.6264 0.58274 0.032 0.244 0.724
#> SRR191521 3 0.4605 0.64280 0.000 0.204 0.796
#> SRR191522 3 0.3192 0.69609 0.000 0.112 0.888
#> SRR191523 3 0.5318 0.67755 0.016 0.204 0.780
#> SRR191524 3 0.7825 0.56169 0.172 0.156 0.672
#> SRR191525 3 0.5298 0.69494 0.032 0.164 0.804
#> SRR191526 3 0.5414 0.64504 0.016 0.212 0.772
#> SRR191527 1 0.5377 0.49949 0.820 0.068 0.112
#> SRR191528 1 0.8221 0.26967 0.624 0.128 0.248
#> SRR191529 2 0.9574 0.14346 0.196 0.412 0.392
#> SRR191530 3 0.5098 0.57394 0.000 0.248 0.752
#> SRR191531 1 0.8876 0.00993 0.468 0.120 0.412
#> SRR191532 3 0.5826 0.65488 0.032 0.204 0.764
#> SRR191533 3 0.6292 0.63280 0.044 0.216 0.740
#> SRR191534 3 0.5956 0.46758 0.004 0.324 0.672
#> SRR191535 3 0.3459 0.70473 0.012 0.096 0.892
#> SRR191536 3 0.6396 0.46664 0.016 0.320 0.664
#> SRR191537 3 0.5690 0.52425 0.004 0.288 0.708
#> SRR191538 3 0.4887 0.58606 0.000 0.228 0.772
#> SRR191539 3 0.5315 0.66897 0.012 0.216 0.772
#> SRR191540 3 0.5291 0.55577 0.000 0.268 0.732
#> SRR191541 3 0.4178 0.65476 0.000 0.172 0.828
#> SRR191542 3 0.4995 0.70108 0.032 0.144 0.824
#> SRR191543 3 0.4692 0.68156 0.012 0.168 0.820
#> SRR191544 3 0.5098 0.56556 0.000 0.248 0.752
#> SRR191545 3 0.4605 0.63184 0.000 0.204 0.796
#> SRR191546 3 0.4068 0.70039 0.016 0.120 0.864
#> SRR191547 3 0.4209 0.71496 0.016 0.128 0.856
#> SRR191548 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191549 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191550 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191551 1 0.0829 0.56078 0.984 0.004 0.012
#> SRR191552 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191553 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191554 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191555 1 0.8357 0.26160 0.620 0.148 0.232
#> SRR191556 3 0.7441 0.60231 0.164 0.136 0.700
#> SRR191557 3 0.4056 0.71758 0.032 0.092 0.876
#> SRR191558 3 0.7202 0.62435 0.160 0.124 0.716
#> SRR191559 3 0.5815 0.67825 0.104 0.096 0.800
#> SRR191560 3 0.6455 0.64827 0.128 0.108 0.764
#> SRR191561 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191562 3 0.9268 0.21845 0.336 0.172 0.492
#> SRR191563 3 0.3370 0.71306 0.024 0.072 0.904
#> SRR191564 3 0.4836 0.72047 0.072 0.080 0.848
#> SRR191565 3 0.8175 0.50282 0.236 0.132 0.632
#> SRR191566 3 0.7505 0.59180 0.160 0.144 0.696
#> SRR191567 1 0.8752 0.24718 0.548 0.132 0.320
#> SRR191568 3 0.9229 -0.04300 0.420 0.152 0.428
#> SRR191569 3 0.6949 0.62990 0.156 0.112 0.732
#> SRR191570 3 0.8863 0.35050 0.312 0.144 0.544
#> SRR191571 3 0.6222 0.67855 0.132 0.092 0.776
#> SRR191572 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191573 3 0.7830 0.55863 0.196 0.136 0.668
#> SRR191574 1 0.8841 0.21889 0.528 0.132 0.340
#> SRR191575 1 0.9213 0.15025 0.452 0.152 0.396
#> SRR191576 3 0.8030 0.53588 0.204 0.144 0.652
#> SRR191577 3 0.8637 0.44495 0.260 0.152 0.588
#> SRR191578 3 0.7059 0.56058 0.092 0.192 0.716
#> SRR191579 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191580 1 0.0661 0.55662 0.988 0.004 0.008
#> SRR191581 1 0.0829 0.56059 0.984 0.004 0.012
#> SRR191582 1 0.1129 0.56169 0.976 0.004 0.020
#> SRR191583 2 0.9144 0.02017 0.408 0.448 0.144
#> SRR191584 1 0.0237 0.55660 0.996 0.000 0.004
#> SRR191585 3 0.3193 0.71097 0.004 0.100 0.896
#> SRR191586 3 0.3454 0.70831 0.008 0.104 0.888
#> SRR191587 3 0.5253 0.69847 0.096 0.076 0.828
#> SRR191588 3 0.9161 0.10267 0.388 0.148 0.464
#> SRR191589 3 0.7739 0.57060 0.188 0.136 0.676
#> SRR191590 3 0.9241 0.08410 0.388 0.156 0.456
#> SRR191591 3 0.4379 0.71668 0.060 0.072 0.868
#> SRR191592 3 0.5344 0.70709 0.092 0.084 0.824
#> SRR191593 3 0.6208 0.67622 0.136 0.088 0.776
#> SRR191594 1 0.2443 0.55656 0.940 0.028 0.032
#> SRR191595 3 0.6968 0.62565 0.148 0.120 0.732
#> SRR191596 3 0.9213 0.18293 0.356 0.160 0.484
#> SRR191597 3 0.3293 0.70436 0.012 0.088 0.900
#> SRR191598 3 0.8291 0.43758 0.280 0.116 0.604
#> SRR191599 3 0.9311 0.06605 0.384 0.164 0.452
#> SRR191600 3 0.3310 0.71264 0.028 0.064 0.908
#> SRR191601 3 0.4925 0.71198 0.076 0.080 0.844
#> SRR191602 3 0.4925 0.70953 0.080 0.076 0.844
#> SRR191603 3 0.3993 0.72018 0.052 0.064 0.884
#> SRR191604 3 0.2866 0.70944 0.008 0.076 0.916
#> SRR191605 3 0.5179 0.70870 0.080 0.088 0.832
#> SRR191606 3 0.9305 0.07168 0.380 0.164 0.456
#> SRR191607 3 0.4964 0.69559 0.048 0.116 0.836
#> SRR191608 3 0.5325 0.58138 0.004 0.248 0.748
#> SRR191609 3 0.4413 0.70116 0.024 0.124 0.852
#> SRR191610 3 0.6168 0.66871 0.096 0.124 0.780
#> SRR191611 3 0.3120 0.71442 0.012 0.080 0.908
#> SRR191612 3 0.5346 0.69675 0.088 0.088 0.824
#> SRR191613 1 0.6463 0.43242 0.756 0.080 0.164
#> SRR191614 3 0.4838 0.71910 0.076 0.076 0.848
#> SRR191615 3 0.6448 0.65236 0.132 0.104 0.764
#> SRR191616 1 0.4569 0.52303 0.860 0.068 0.072
#> SRR191617 3 0.7317 0.54337 0.096 0.208 0.696
#> SRR191618 3 0.8693 0.36275 0.176 0.232 0.592
#> SRR191619 3 0.2772 0.70094 0.004 0.080 0.916
#> SRR191620 3 0.3375 0.71189 0.008 0.100 0.892
#> SRR191621 3 0.2774 0.70416 0.008 0.072 0.920
#> SRR191622 3 0.3888 0.71851 0.048 0.064 0.888
#> SRR191623 3 0.4097 0.71701 0.060 0.060 0.880
#> SRR191624 1 0.9494 0.07363 0.412 0.184 0.404
#> SRR191625 3 0.2866 0.70219 0.008 0.076 0.916
#> SRR191626 3 0.2878 0.69831 0.000 0.096 0.904
#> SRR191627 3 0.3482 0.68794 0.000 0.128 0.872
#> SRR191628 3 0.5961 0.69328 0.096 0.112 0.792
#> SRR191629 3 0.3356 0.71745 0.036 0.056 0.908
#> SRR191630 1 0.2443 0.55656 0.940 0.028 0.032
#> SRR191631 3 0.3752 0.67834 0.000 0.144 0.856
#> SRR191632 3 0.5889 0.69967 0.108 0.096 0.796
#> SRR191633 3 0.5407 0.71512 0.076 0.104 0.820
#> SRR191634 1 0.5307 0.46631 0.816 0.136 0.048
#> SRR191635 3 0.4458 0.72394 0.056 0.080 0.864
#> SRR191636 1 0.6098 0.40357 0.768 0.176 0.056
#> SRR191637 2 0.7580 0.40613 0.056 0.604 0.340
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.8069 0.05397 0.348 0.248 0.396 0.008
#> SRR191394 1 0.5473 0.46829 0.744 0.152 0.100 0.004
#> SRR191396 3 0.6164 0.51560 0.140 0.144 0.704 0.012
#> SRR191397 3 0.7934 0.14209 0.328 0.252 0.416 0.004
#> SRR191398 1 0.4077 0.52196 0.840 0.088 0.068 0.004
#> SRR191399 3 0.7248 0.43174 0.168 0.204 0.608 0.020
#> SRR191400 1 0.7896 0.26690 0.468 0.244 0.280 0.008
#> SRR191401 1 0.8138 0.07064 0.368 0.272 0.352 0.008
#> SRR191402 3 0.6149 0.51199 0.124 0.172 0.696 0.008
#> SRR191403 1 0.8055 0.10554 0.400 0.244 0.348 0.008
#> SRR191404 3 0.4346 0.58920 0.076 0.096 0.824 0.004
#> SRR191405 3 0.2915 0.58788 0.028 0.080 0.892 0.000
#> SRR191406 3 0.4837 0.57790 0.056 0.148 0.788 0.008
#> SRR191407 3 0.8019 -0.01032 0.352 0.272 0.372 0.004
#> SRR191408 3 0.7664 0.31957 0.252 0.224 0.516 0.008
#> SRR191409 3 0.5577 0.53819 0.104 0.144 0.744 0.008
#> SRR191410 3 0.3966 0.58615 0.072 0.088 0.840 0.000
#> SRR191411 3 0.5171 0.55246 0.128 0.112 0.760 0.000
#> SRR191412 1 0.8072 0.09013 0.392 0.248 0.352 0.008
#> SRR191413 3 0.7354 0.41240 0.192 0.204 0.588 0.016
#> SRR191414 3 0.8264 -0.03988 0.348 0.284 0.356 0.012
#> SRR191415 3 0.3758 0.58725 0.048 0.104 0.848 0.000
#> SRR191416 3 0.5210 0.56127 0.096 0.124 0.772 0.008
#> SRR191418 3 0.7306 0.40330 0.192 0.212 0.584 0.012
#> SRR191419 1 0.0524 0.55785 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR191420 3 0.8149 0.18002 0.300 0.264 0.424 0.012
#> SRR191421 3 0.8175 0.16799 0.300 0.272 0.416 0.012
#> SRR191422 3 0.5652 0.56242 0.080 0.172 0.736 0.012
#> SRR191423 3 0.3806 0.58583 0.028 0.092 0.860 0.020
#> SRR191424 3 0.8609 -0.34215 0.052 0.252 0.468 0.228
#> SRR191425 3 0.6344 0.52442 0.092 0.172 0.704 0.032
#> SRR191426 3 0.3800 0.55492 0.004 0.112 0.848 0.036
#> SRR191427 3 0.8250 0.28791 0.176 0.236 0.532 0.056
#> SRR191428 3 0.7343 0.41667 0.180 0.180 0.612 0.028
#> SRR191429 3 0.3495 0.51089 0.000 0.140 0.844 0.016
#> SRR191430 3 0.3415 0.54922 0.008 0.128 0.856 0.008
#> SRR191431 3 0.6488 0.50835 0.136 0.168 0.680 0.016
#> SRR191432 3 0.4238 0.45004 0.000 0.176 0.796 0.028
#> SRR191433 3 0.4149 0.47852 0.000 0.168 0.804 0.028
#> SRR191434 3 0.7323 0.28638 0.068 0.180 0.644 0.108
#> SRR191435 3 0.4818 0.57497 0.068 0.140 0.788 0.004
#> SRR191436 3 0.3100 0.58642 0.028 0.080 0.888 0.004
#> SRR191437 4 0.9953 0.08660 0.252 0.268 0.204 0.276
#> SRR191438 3 0.2742 0.58130 0.024 0.076 0.900 0.000
#> SRR191439 3 0.5510 0.55328 0.036 0.156 0.760 0.048
#> SRR191440 2 0.9177 0.16130 0.080 0.368 0.324 0.228
#> SRR191441 3 0.5152 0.52780 0.012 0.204 0.748 0.036
#> SRR191442 3 0.3947 0.58952 0.040 0.116 0.840 0.004
#> SRR191443 3 0.8113 0.07572 0.332 0.268 0.392 0.008
#> SRR191444 3 0.7209 0.41430 0.156 0.244 0.588 0.012
#> SRR191445 3 0.4716 0.58046 0.036 0.152 0.796 0.016
#> SRR191446 3 0.6232 0.13687 0.004 0.308 0.620 0.068
#> SRR191447 3 0.5674 0.55124 0.096 0.176 0.724 0.004
#> SRR191448 1 0.3408 0.54162 0.876 0.088 0.024 0.012
#> SRR191449 3 0.3138 0.58215 0.020 0.060 0.896 0.024
#> SRR191450 1 0.6631 0.44033 0.692 0.176 0.068 0.064
#> SRR191451 3 0.7861 0.29710 0.224 0.248 0.512 0.016
#> SRR191452 3 0.5714 0.55846 0.072 0.160 0.744 0.024
#> SRR191453 3 0.8319 0.15077 0.316 0.228 0.432 0.024
#> SRR191454 3 0.7360 0.36997 0.196 0.188 0.596 0.020
#> SRR191455 3 0.5894 0.52609 0.084 0.168 0.728 0.020
#> SRR191456 3 0.7940 0.28733 0.200 0.276 0.504 0.020
#> SRR191457 1 0.3328 0.54375 0.872 0.100 0.024 0.004
#> SRR191458 3 0.8191 0.24013 0.212 0.276 0.484 0.028
#> SRR191459 3 0.3367 0.54333 0.000 0.108 0.864 0.028
#> SRR191460 3 0.4852 0.57287 0.072 0.152 0.776 0.000
#> SRR191461 3 0.3681 0.58947 0.036 0.104 0.856 0.004
#> SRR191462 3 0.6956 0.33227 0.048 0.296 0.604 0.052
#> SRR191463 3 0.4386 0.55892 0.024 0.124 0.824 0.028
#> SRR191464 3 0.2021 0.54566 0.000 0.056 0.932 0.012
#> SRR191465 3 0.3943 0.51865 0.004 0.136 0.832 0.028
#> SRR191466 3 0.4070 0.57248 0.024 0.124 0.836 0.016
#> SRR191467 3 0.7121 -0.32347 0.004 0.364 0.512 0.120
#> SRR191468 3 0.6293 0.06348 0.000 0.276 0.628 0.096
#> SRR191469 3 0.5169 0.55260 0.072 0.116 0.788 0.024
#> SRR191470 3 0.4491 0.48882 0.000 0.140 0.800 0.060
#> SRR191471 3 0.4508 0.51755 0.012 0.160 0.800 0.028
#> SRR191472 3 0.5900 0.36507 0.012 0.256 0.680 0.052
#> SRR191473 3 0.3441 0.52786 0.000 0.120 0.856 0.024
#> SRR191474 3 0.3571 0.57079 0.008 0.088 0.868 0.036
#> SRR191475 3 0.6371 -0.04041 0.004 0.324 0.600 0.072
#> SRR191476 3 0.7092 -0.27317 0.000 0.320 0.532 0.148
#> SRR191477 3 0.2342 0.53278 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR191478 3 0.2593 0.53387 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR191479 3 0.8235 0.05974 0.328 0.276 0.384 0.012
#> SRR191480 3 0.6324 -0.10650 0.000 0.340 0.584 0.076
#> SRR191481 3 0.3560 0.50120 0.004 0.140 0.844 0.012
#> SRR191482 3 0.3658 0.49236 0.000 0.144 0.836 0.020
#> SRR191483 3 0.3501 0.52411 0.000 0.132 0.848 0.020
#> SRR191484 1 0.7454 0.19471 0.600 0.112 0.044 0.244
#> SRR191485 3 0.3509 0.54983 0.004 0.112 0.860 0.024
#> SRR191486 3 0.7229 0.39485 0.120 0.276 0.584 0.020
#> SRR191487 3 0.6207 0.00687 0.004 0.316 0.616 0.064
#> SRR191488 1 0.8424 0.21061 0.484 0.260 0.212 0.044
#> SRR191489 3 0.8508 0.16366 0.272 0.292 0.408 0.028
#> SRR191490 1 0.9539 -0.36606 0.336 0.140 0.188 0.336
#> SRR191491 3 0.6753 0.42669 0.092 0.272 0.620 0.016
#> SRR191492 3 0.6706 0.31260 0.036 0.208 0.668 0.088
#> SRR191493 1 0.9277 -0.03098 0.456 0.184 0.168 0.192
#> SRR191494 3 0.5890 0.50084 0.040 0.220 0.708 0.032
#> SRR191495 3 0.5416 0.53907 0.056 0.168 0.756 0.020
#> SRR191496 3 0.7017 0.06397 0.024 0.332 0.568 0.076
#> SRR191497 3 0.5274 0.57472 0.064 0.152 0.768 0.016
#> SRR191498 3 0.8954 -0.18298 0.296 0.292 0.360 0.052
#> SRR191499 3 0.4188 0.58572 0.044 0.108 0.836 0.012
#> SRR191500 3 0.4805 0.57954 0.084 0.132 0.784 0.000
#> SRR191501 3 0.9900 -0.41013 0.184 0.272 0.292 0.252
#> SRR191502 3 0.4328 0.56637 0.008 0.164 0.804 0.024
#> SRR191503 3 0.7249 -0.41656 0.000 0.348 0.496 0.156
#> SRR191504 3 0.5815 0.13119 0.000 0.288 0.652 0.060
#> SRR191505 3 0.6677 -0.32031 0.000 0.384 0.524 0.092
#> SRR191506 3 0.7759 0.24984 0.076 0.240 0.588 0.096
#> SRR191507 3 0.7401 -0.38519 0.000 0.316 0.496 0.188
#> SRR191508 3 0.5844 0.33014 0.008 0.236 0.692 0.064
#> SRR191509 3 0.3662 0.54057 0.024 0.104 0.860 0.012
#> SRR191510 3 0.4915 0.57834 0.040 0.172 0.776 0.012
#> SRR191511 3 0.4813 0.52129 0.012 0.188 0.772 0.028
#> SRR191512 2 0.7314 0.47857 0.000 0.424 0.424 0.152
#> SRR191513 2 0.7297 0.53648 0.000 0.456 0.392 0.152
#> SRR191514 3 0.5083 0.42696 0.000 0.248 0.716 0.036
#> SRR191515 3 0.5573 0.31683 0.000 0.272 0.676 0.052
#> SRR191516 3 0.6592 0.22082 0.020 0.300 0.616 0.064
#> SRR191517 3 0.3969 0.46259 0.000 0.180 0.804 0.016
#> SRR191518 3 0.3447 0.51887 0.000 0.128 0.852 0.020
#> SRR191519 3 0.5358 0.30492 0.000 0.252 0.700 0.048
#> SRR191520 3 0.7116 -0.06415 0.008 0.268 0.580 0.144
#> SRR191521 3 0.6558 0.00226 0.000 0.296 0.596 0.108
#> SRR191522 3 0.3450 0.51814 0.000 0.156 0.836 0.008
#> SRR191523 3 0.5733 0.39350 0.004 0.308 0.648 0.040
#> SRR191524 3 0.7620 0.38221 0.108 0.244 0.592 0.056
#> SRR191525 3 0.5900 0.44346 0.012 0.256 0.680 0.052
#> SRR191526 3 0.6650 0.01195 0.004 0.336 0.572 0.088
#> SRR191527 1 0.5451 0.47701 0.764 0.124 0.096 0.016
#> SRR191528 1 0.7927 0.28181 0.564 0.204 0.188 0.044
#> SRR191529 2 0.9478 -0.18181 0.124 0.388 0.232 0.256
#> SRR191530 3 0.6324 -0.13115 0.000 0.356 0.572 0.072
#> SRR191531 1 0.8707 0.06271 0.388 0.248 0.324 0.040
#> SRR191532 3 0.6922 0.32109 0.012 0.220 0.624 0.144
#> SRR191533 3 0.7099 -0.03177 0.016 0.348 0.544 0.092
#> SRR191534 2 0.7573 0.51988 0.000 0.432 0.372 0.196
#> SRR191535 3 0.4129 0.53724 0.008 0.132 0.828 0.032
#> SRR191536 3 0.7556 -0.32403 0.004 0.312 0.496 0.188
#> SRR191537 3 0.6140 -0.01716 0.000 0.340 0.596 0.064
#> SRR191538 3 0.6477 -0.07677 0.000 0.300 0.600 0.100
#> SRR191539 3 0.5883 0.34105 0.000 0.300 0.640 0.060
#> SRR191540 3 0.6617 -0.27840 0.000 0.380 0.532 0.088
#> SRR191541 3 0.4711 0.37420 0.000 0.236 0.740 0.024
#> SRR191542 3 0.5546 0.46401 0.012 0.240 0.708 0.040
#> SRR191543 3 0.5274 0.43879 0.008 0.232 0.724 0.036
#> SRR191544 3 0.6170 -0.08675 0.000 0.332 0.600 0.068
#> SRR191545 3 0.5416 0.28813 0.000 0.260 0.692 0.048
#> SRR191546 3 0.4030 0.52656 0.012 0.156 0.820 0.012
#> SRR191547 3 0.4375 0.55696 0.016 0.156 0.808 0.020
#> SRR191548 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0524 0.55833 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 1 0.8274 0.27444 0.560 0.172 0.184 0.084
#> SRR191556 3 0.6178 0.50779 0.128 0.184 0.684 0.004
#> SRR191557 3 0.3679 0.58266 0.024 0.084 0.868 0.024
#> SRR191558 3 0.6091 0.52535 0.124 0.180 0.692 0.004
#> SRR191559 3 0.5070 0.56060 0.076 0.128 0.784 0.012
#> SRR191560 3 0.5679 0.53746 0.096 0.152 0.740 0.012
#> SRR191561 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191562 3 0.8210 0.22585 0.264 0.260 0.456 0.020
#> SRR191563 3 0.3060 0.57411 0.016 0.088 0.888 0.008
#> SRR191564 3 0.4117 0.59028 0.048 0.116 0.832 0.004
#> SRR191565 3 0.7083 0.43334 0.192 0.184 0.612 0.012
#> SRR191566 3 0.6291 0.49648 0.120 0.192 0.680 0.008
#> SRR191567 1 0.7928 0.26469 0.460 0.248 0.284 0.008
#> SRR191568 3 0.7996 0.07109 0.336 0.268 0.392 0.004
#> SRR191569 3 0.5974 0.52158 0.120 0.160 0.712 0.008
#> SRR191570 3 0.7561 0.32160 0.248 0.232 0.516 0.004
#> SRR191571 3 0.5128 0.56204 0.092 0.148 0.760 0.000
#> SRR191572 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.6388 0.47250 0.156 0.192 0.652 0.000
#> SRR191574 1 0.7955 0.23463 0.448 0.240 0.304 0.008
#> SRR191575 1 0.8112 0.03884 0.372 0.260 0.360 0.008
#> SRR191576 3 0.6726 0.45929 0.152 0.200 0.640 0.008
#> SRR191577 3 0.7394 0.38371 0.208 0.224 0.560 0.008
#> SRR191578 3 0.7579 0.13634 0.060 0.172 0.620 0.148
#> SRR191579 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0564 0.55668 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR191581 1 0.0657 0.55838 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR191582 1 0.0937 0.55940 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR191583 4 0.7693 0.28758 0.332 0.076 0.060 0.532
#> SRR191584 1 0.0000 0.55377 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191585 3 0.3301 0.56277 0.004 0.092 0.876 0.028
#> SRR191586 3 0.3995 0.54389 0.004 0.148 0.824 0.024
#> SRR191587 3 0.4736 0.57657 0.076 0.104 0.808 0.012
#> SRR191588 3 0.7995 0.17381 0.320 0.240 0.432 0.008
#> SRR191589 3 0.6607 0.47927 0.144 0.196 0.652 0.008
#> SRR191590 3 0.8241 0.16313 0.316 0.252 0.416 0.016
#> SRR191591 3 0.3619 0.58416 0.036 0.100 0.860 0.004
#> SRR191592 3 0.4464 0.58528 0.060 0.124 0.812 0.004
#> SRR191593 3 0.5379 0.56269 0.104 0.128 0.760 0.008
#> SRR191594 1 0.2400 0.54816 0.928 0.028 0.032 0.012
#> SRR191595 3 0.6077 0.52021 0.112 0.168 0.708 0.012
#> SRR191596 3 0.8148 0.21419 0.292 0.244 0.448 0.016
#> SRR191597 3 0.3043 0.55090 0.008 0.112 0.876 0.004
#> SRR191598 3 0.7255 0.38857 0.236 0.180 0.576 0.008
#> SRR191599 3 0.8247 0.16043 0.312 0.256 0.416 0.016
#> SRR191600 3 0.2821 0.57297 0.020 0.076 0.900 0.004
#> SRR191601 3 0.4439 0.58118 0.060 0.112 0.820 0.008
#> SRR191602 3 0.4193 0.58277 0.064 0.100 0.832 0.004
#> SRR191603 3 0.3790 0.58430 0.040 0.088 0.860 0.012
#> SRR191604 3 0.2660 0.56135 0.008 0.072 0.908 0.012
#> SRR191605 3 0.4680 0.57959 0.064 0.124 0.804 0.008
#> SRR191606 3 0.8208 0.17694 0.308 0.248 0.428 0.016
#> SRR191607 3 0.5524 0.50931 0.040 0.120 0.772 0.068
#> SRR191608 3 0.6536 -0.14072 0.000 0.324 0.580 0.096
#> SRR191609 3 0.5006 0.51928 0.016 0.136 0.788 0.060
#> SRR191610 3 0.6389 0.48806 0.084 0.120 0.724 0.072
#> SRR191611 3 0.3105 0.56823 0.008 0.084 0.888 0.020
#> SRR191612 3 0.4571 0.57741 0.072 0.116 0.808 0.004
#> SRR191613 1 0.7246 0.38298 0.660 0.136 0.128 0.076
#> SRR191614 3 0.4233 0.59053 0.044 0.120 0.828 0.008
#> SRR191615 3 0.5430 0.54455 0.104 0.132 0.756 0.008
#> SRR191616 1 0.5487 0.48394 0.780 0.100 0.052 0.068
#> SRR191617 3 0.7819 0.09801 0.064 0.192 0.596 0.148
#> SRR191618 3 0.8973 -0.15104 0.120 0.272 0.464 0.144
#> SRR191619 3 0.2714 0.53934 0.000 0.112 0.884 0.004
#> SRR191620 3 0.3304 0.55434 0.008 0.120 0.864 0.008
#> SRR191621 3 0.2872 0.55034 0.008 0.084 0.896 0.012
#> SRR191622 3 0.3463 0.58491 0.032 0.096 0.868 0.004
#> SRR191623 3 0.3670 0.58639 0.044 0.092 0.860 0.004
#> SRR191624 3 0.8267 0.01992 0.328 0.292 0.368 0.012
#> SRR191625 3 0.2799 0.54488 0.000 0.108 0.884 0.008
#> SRR191626 3 0.2593 0.53979 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR191627 3 0.3351 0.51885 0.000 0.148 0.844 0.008
#> SRR191628 3 0.5390 0.56023 0.072 0.160 0.756 0.012
#> SRR191629 3 0.3134 0.58095 0.024 0.088 0.884 0.004
#> SRR191630 1 0.2400 0.54816 0.928 0.028 0.032 0.012
#> SRR191631 3 0.3498 0.50632 0.000 0.160 0.832 0.008
#> SRR191632 3 0.5592 0.56226 0.092 0.140 0.752 0.016
#> SRR191633 3 0.5275 0.54894 0.052 0.172 0.760 0.016
#> SRR191634 1 0.5515 0.36663 0.740 0.056 0.016 0.188
#> SRR191635 3 0.4203 0.58899 0.032 0.128 0.828 0.012
#> SRR191636 1 0.5938 0.27620 0.696 0.052 0.020 0.232
#> SRR191637 4 0.6075 0.16911 0.000 0.148 0.168 0.684
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.6801 -0.513258 0.292 0.000 0.360 0.000 0.348
#> SRR191394 1 0.4747 0.449745 0.720 0.000 0.084 0.000 0.196
#> SRR191396 3 0.5714 0.427074 0.112 0.020 0.664 0.000 0.204
#> SRR191397 3 0.6778 -0.461850 0.280 0.000 0.380 0.000 0.340
#> SRR191398 1 0.3752 0.551317 0.812 0.000 0.064 0.000 0.124
#> SRR191399 3 0.6769 0.204224 0.140 0.024 0.548 0.008 0.280
#> SRR191400 1 0.6698 -0.402270 0.412 0.000 0.248 0.000 0.340
#> SRR191401 5 0.6805 0.522350 0.312 0.000 0.316 0.000 0.372
#> SRR191402 3 0.5314 0.420266 0.100 0.000 0.684 0.008 0.208
#> SRR191403 1 0.6820 -0.559773 0.344 0.000 0.312 0.000 0.344
#> SRR191404 3 0.4219 0.563346 0.056 0.032 0.816 0.004 0.092
#> SRR191405 3 0.2921 0.549235 0.020 0.028 0.884 0.000 0.068
#> SRR191406 3 0.4564 0.555138 0.040 0.036 0.772 0.000 0.152
#> SRR191407 5 0.6948 0.513217 0.304 0.004 0.336 0.000 0.356
#> SRR191408 3 0.6450 -0.095675 0.212 0.000 0.492 0.000 0.296
#> SRR191409 3 0.4811 0.478124 0.076 0.000 0.732 0.008 0.184
#> SRR191410 3 0.3894 0.554102 0.056 0.032 0.832 0.000 0.080
#> SRR191411 3 0.4908 0.500874 0.100 0.004 0.736 0.004 0.156
#> SRR191412 5 0.6821 0.509660 0.336 0.000 0.316 0.000 0.348
#> SRR191413 3 0.6750 0.136747 0.156 0.016 0.536 0.008 0.284
#> SRR191414 5 0.6933 0.502568 0.292 0.000 0.336 0.004 0.368
#> SRR191415 3 0.3755 0.545820 0.032 0.048 0.840 0.000 0.080
#> SRR191416 3 0.4858 0.534991 0.072 0.016 0.760 0.008 0.144
#> SRR191418 3 0.6067 0.142038 0.164 0.000 0.560 0.000 0.276
#> SRR191419 1 0.0932 0.606919 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR191420 3 0.6849 -0.399833 0.252 0.000 0.404 0.004 0.340
#> SRR191421 3 0.6849 -0.391797 0.252 0.000 0.404 0.004 0.340
#> SRR191422 3 0.5765 0.538383 0.068 0.044 0.692 0.008 0.188
#> SRR191423 3 0.3783 0.541723 0.020 0.040 0.848 0.016 0.076
#> SRR191424 3 0.8994 -0.354480 0.036 0.172 0.356 0.180 0.256
#> SRR191425 3 0.5606 0.470912 0.076 0.012 0.700 0.024 0.188
#> SRR191426 3 0.4202 0.449973 0.004 0.124 0.804 0.016 0.052
#> SRR191427 3 0.7891 0.051886 0.144 0.056 0.480 0.036 0.284
#> SRR191428 3 0.6236 0.316245 0.132 0.008 0.620 0.016 0.224
#> SRR191429 3 0.3888 0.366246 0.000 0.176 0.788 0.004 0.032
#> SRR191430 3 0.4065 0.470137 0.008 0.132 0.808 0.008 0.044
#> SRR191431 3 0.6022 0.437543 0.108 0.032 0.640 0.000 0.220
#> SRR191432 3 0.4592 0.179048 0.000 0.244 0.716 0.016 0.024
#> SRR191433 3 0.4597 0.309437 0.000 0.200 0.744 0.020 0.036
#> SRR191434 3 0.7673 0.167301 0.056 0.080 0.572 0.108 0.184
#> SRR191435 3 0.4400 0.559711 0.048 0.016 0.772 0.000 0.164
#> SRR191436 3 0.3398 0.541349 0.020 0.048 0.868 0.008 0.056
#> SRR191437 5 0.9492 -0.405126 0.176 0.120 0.128 0.228 0.348
#> SRR191438 3 0.3054 0.532164 0.012 0.052 0.876 0.000 0.060
#> SRR191439 3 0.5645 0.512547 0.028 0.076 0.728 0.032 0.136
#> SRR191440 5 0.9198 -0.169382 0.048 0.236 0.204 0.172 0.340
#> SRR191441 3 0.6079 0.412596 0.008 0.156 0.672 0.036 0.128
#> SRR191442 3 0.4017 0.564444 0.032 0.024 0.816 0.004 0.124
#> SRR191443 3 0.7108 -0.469512 0.284 0.012 0.376 0.000 0.328
#> SRR191444 3 0.6814 0.266686 0.124 0.036 0.576 0.012 0.252
#> SRR191445 3 0.4947 0.540775 0.028 0.068 0.744 0.000 0.160
#> SRR191446 3 0.6662 -0.259846 0.004 0.332 0.532 0.040 0.092
#> SRR191447 3 0.5979 0.534472 0.072 0.068 0.680 0.004 0.176
#> SRR191448 1 0.3750 0.573875 0.836 0.000 0.028 0.040 0.096
#> SRR191449 3 0.3050 0.530687 0.012 0.040 0.884 0.008 0.056
#> SRR191450 1 0.6688 0.412864 0.600 0.024 0.056 0.060 0.260
#> SRR191451 3 0.6896 -0.081561 0.176 0.008 0.492 0.012 0.312
#> SRR191452 3 0.5866 0.527212 0.060 0.060 0.704 0.016 0.160
#> SRR191453 3 0.7550 -0.362745 0.248 0.008 0.400 0.028 0.316
#> SRR191454 3 0.7020 0.252454 0.164 0.056 0.544 0.000 0.236
#> SRR191455 3 0.6224 0.475291 0.068 0.088 0.684 0.016 0.144
#> SRR191456 3 0.6998 -0.106919 0.156 0.016 0.484 0.012 0.332
#> SRR191457 1 0.3506 0.577097 0.836 0.000 0.016 0.024 0.124
#> SRR191458 3 0.7532 -0.199500 0.164 0.024 0.448 0.028 0.336
#> SRR191459 3 0.3689 0.425637 0.000 0.144 0.816 0.008 0.032
#> SRR191460 3 0.4407 0.555597 0.052 0.012 0.768 0.000 0.168
#> SRR191461 3 0.4116 0.549041 0.032 0.056 0.816 0.000 0.096
#> SRR191462 3 0.7268 0.180021 0.020 0.128 0.504 0.036 0.312
#> SRR191463 3 0.5067 0.478577 0.020 0.120 0.760 0.016 0.084
#> SRR191464 3 0.2130 0.463248 0.000 0.080 0.908 0.000 0.012
#> SRR191465 3 0.4439 0.392628 0.000 0.176 0.760 0.008 0.056
#> SRR191466 3 0.4084 0.507829 0.020 0.092 0.824 0.008 0.056
#> SRR191467 2 0.6949 0.660976 0.004 0.448 0.408 0.080 0.060
#> SRR191468 3 0.6495 -0.391250 0.000 0.340 0.536 0.068 0.056
#> SRR191469 3 0.5308 0.483293 0.064 0.092 0.748 0.004 0.092
#> SRR191470 3 0.5164 0.323638 0.000 0.164 0.732 0.060 0.044
#> SRR191471 3 0.5074 0.376772 0.012 0.164 0.744 0.020 0.060
#> SRR191472 3 0.6828 -0.015427 0.004 0.196 0.556 0.028 0.216
#> SRR191473 3 0.4012 0.386453 0.000 0.168 0.788 0.008 0.036
#> SRR191474 3 0.3405 0.503855 0.004 0.072 0.860 0.012 0.052
#> SRR191475 3 0.5949 -0.559046 0.004 0.420 0.508 0.024 0.044
#> SRR191476 3 0.7125 -0.626875 0.000 0.380 0.436 0.136 0.048
#> SRR191477 3 0.2833 0.425750 0.000 0.120 0.864 0.004 0.012
#> SRR191478 3 0.3218 0.424684 0.000 0.128 0.844 0.004 0.024
#> SRR191479 3 0.6908 -0.494106 0.272 0.000 0.364 0.004 0.360
#> SRR191480 2 0.5186 0.607142 0.000 0.492 0.476 0.016 0.016
#> SRR191481 3 0.3972 0.327281 0.000 0.188 0.780 0.012 0.020
#> SRR191482 3 0.4141 0.295209 0.000 0.208 0.760 0.012 0.020
#> SRR191483 3 0.4235 0.399641 0.000 0.176 0.772 0.008 0.044
#> SRR191484 1 0.7887 -0.000679 0.508 0.060 0.036 0.228 0.168
#> SRR191485 3 0.3654 0.455180 0.004 0.124 0.828 0.004 0.040
#> SRR191486 3 0.6975 0.206904 0.092 0.044 0.552 0.020 0.292
#> SRR191487 3 0.5320 -0.542325 0.004 0.444 0.516 0.004 0.032
#> SRR191488 1 0.7861 0.015077 0.424 0.024 0.168 0.048 0.336
#> SRR191489 3 0.7599 -0.405387 0.228 0.040 0.380 0.004 0.348
#> SRR191490 4 0.9172 0.386718 0.248 0.068 0.112 0.348 0.224
#> SRR191491 3 0.6806 0.327759 0.080 0.076 0.568 0.004 0.272
#> SRR191492 3 0.7035 0.093418 0.032 0.220 0.592 0.040 0.116
#> SRR191493 1 0.8935 -0.224782 0.360 0.048 0.120 0.184 0.288
#> SRR191494 3 0.6255 0.409325 0.032 0.092 0.624 0.008 0.244
#> SRR191495 3 0.5409 0.481371 0.044 0.108 0.724 0.000 0.124
#> SRR191496 3 0.7943 -0.341576 0.008 0.264 0.400 0.060 0.268
#> SRR191497 3 0.5294 0.535020 0.044 0.080 0.752 0.012 0.112
#> SRR191498 3 0.8919 -0.325545 0.264 0.092 0.328 0.048 0.268
#> SRR191499 3 0.4557 0.531168 0.036 0.080 0.796 0.004 0.084
#> SRR191500 3 0.5299 0.561044 0.068 0.052 0.740 0.004 0.136
#> SRR191501 5 0.9223 -0.190525 0.136 0.072 0.192 0.232 0.368
#> SRR191502 3 0.4503 0.485536 0.008 0.140 0.768 0.000 0.084
#> SRR191503 2 0.5903 0.704148 0.000 0.556 0.364 0.032 0.048
#> SRR191504 3 0.4958 -0.454556 0.000 0.424 0.552 0.012 0.012
#> SRR191505 2 0.4936 0.706994 0.000 0.560 0.416 0.016 0.008
#> SRR191506 3 0.8169 -0.001262 0.044 0.168 0.480 0.068 0.240
#> SRR191507 2 0.7655 0.524416 0.000 0.416 0.352 0.112 0.120
#> SRR191508 3 0.5945 -0.096819 0.008 0.316 0.600 0.032 0.044
#> SRR191509 3 0.4019 0.427822 0.020 0.132 0.812 0.004 0.032
#> SRR191510 3 0.5182 0.525437 0.028 0.100 0.732 0.000 0.140
#> SRR191511 3 0.5432 0.378635 0.012 0.196 0.692 0.004 0.096
#> SRR191512 2 0.5471 0.603728 0.000 0.652 0.272 0.044 0.032
#> SRR191513 2 0.6421 0.510773 0.000 0.608 0.240 0.060 0.092
#> SRR191514 3 0.5674 0.127400 0.000 0.272 0.628 0.012 0.088
#> SRR191515 3 0.5928 -0.072445 0.000 0.296 0.608 0.044 0.052
#> SRR191516 3 0.6957 -0.112100 0.016 0.296 0.536 0.028 0.124
#> SRR191517 3 0.4438 0.230776 0.000 0.228 0.732 0.008 0.032
#> SRR191518 3 0.3850 0.365043 0.000 0.172 0.792 0.004 0.032
#> SRR191519 3 0.5571 -0.218137 0.000 0.332 0.600 0.020 0.048
#> SRR191520 3 0.7366 -0.461565 0.004 0.344 0.460 0.064 0.128
#> SRR191521 3 0.5564 -0.547569 0.000 0.456 0.492 0.020 0.032
#> SRR191522 3 0.4377 0.381275 0.000 0.192 0.756 0.008 0.044
#> SRR191523 3 0.6462 0.218760 0.000 0.196 0.568 0.016 0.220
#> SRR191524 3 0.7489 0.278649 0.092 0.076 0.532 0.028 0.272
#> SRR191525 3 0.6237 0.279173 0.000 0.208 0.608 0.020 0.164
#> SRR191526 3 0.7407 -0.367385 0.004 0.296 0.424 0.028 0.248
#> SRR191527 1 0.5327 0.504089 0.720 0.004 0.076 0.028 0.172
#> SRR191528 1 0.7302 0.226649 0.512 0.016 0.144 0.040 0.288
#> SRR191529 5 0.8027 -0.359426 0.052 0.144 0.112 0.148 0.544
#> SRR191530 2 0.4972 0.616539 0.000 0.500 0.476 0.004 0.020
#> SRR191531 1 0.8098 -0.360269 0.344 0.044 0.288 0.020 0.304
#> SRR191532 3 0.7251 0.194869 0.004 0.148 0.564 0.096 0.188
#> SRR191533 3 0.7797 -0.316247 0.004 0.276 0.388 0.052 0.280
#> SRR191534 2 0.7023 0.410400 0.000 0.556 0.236 0.076 0.132
#> SRR191535 3 0.4652 0.431339 0.008 0.152 0.772 0.020 0.048
#> SRR191536 3 0.8302 -0.477807 0.000 0.320 0.336 0.164 0.180
#> SRR191537 3 0.6437 -0.493836 0.000 0.396 0.492 0.044 0.068
#> SRR191538 2 0.4659 0.595823 0.000 0.496 0.492 0.012 0.000
#> SRR191539 3 0.6690 0.061701 0.000 0.248 0.552 0.028 0.172
#> SRR191540 2 0.5283 0.696352 0.000 0.540 0.420 0.012 0.028
#> SRR191541 3 0.5254 -0.071415 0.000 0.300 0.640 0.012 0.048
#> SRR191542 3 0.6209 0.338672 0.012 0.152 0.632 0.012 0.192
#> SRR191543 3 0.5706 0.191121 0.008 0.248 0.652 0.012 0.080
#> SRR191544 3 0.4560 -0.617613 0.000 0.484 0.508 0.008 0.000
#> SRR191545 3 0.5152 -0.112040 0.000 0.336 0.620 0.028 0.016
#> SRR191546 3 0.4859 0.389176 0.012 0.172 0.752 0.016 0.048
#> SRR191547 3 0.4595 0.467864 0.012 0.124 0.768 0.000 0.096
#> SRR191548 1 0.0000 0.601298 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.601298 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.601298 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0693 0.607138 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR191552 1 0.0290 0.602163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR191553 1 0.0162 0.600769 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.601298 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 1 0.7492 0.216531 0.508 0.020 0.160 0.044 0.268
#> SRR191556 3 0.5316 0.394774 0.096 0.004 0.668 0.000 0.232
#> SRR191557 3 0.3447 0.538504 0.012 0.044 0.860 0.008 0.076
#> SRR191558 3 0.5594 0.456966 0.092 0.020 0.668 0.000 0.220
#> SRR191559 3 0.4322 0.534377 0.056 0.004 0.784 0.008 0.148
#> SRR191560 3 0.4796 0.470054 0.068 0.000 0.728 0.008 0.196
#> SRR191561 1 0.0000 0.601298 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191562 3 0.7081 -0.318159 0.220 0.012 0.420 0.004 0.344
#> SRR191563 3 0.2661 0.521090 0.000 0.056 0.888 0.000 0.056
#> SRR191564 3 0.4169 0.560992 0.032 0.044 0.816 0.004 0.104
#> SRR191565 3 0.6162 0.225694 0.160 0.000 0.584 0.008 0.248
#> SRR191566 3 0.5361 0.398480 0.088 0.000 0.668 0.008 0.236
#> SRR191567 1 0.6706 -0.422349 0.404 0.000 0.248 0.000 0.348
#> SRR191568 3 0.6798 -0.490451 0.292 0.000 0.368 0.000 0.340
#> SRR191569 3 0.5277 0.446985 0.092 0.004 0.700 0.008 0.196
#> SRR191570 3 0.6595 -0.083813 0.212 0.004 0.488 0.000 0.296
#> SRR191571 3 0.4795 0.523985 0.068 0.016 0.744 0.000 0.172
#> SRR191572 1 0.0000 0.601298 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.5541 0.328686 0.128 0.000 0.636 0.000 0.236
#> SRR191574 1 0.6753 -0.479227 0.392 0.000 0.268 0.000 0.340
#> SRR191575 5 0.6952 0.516469 0.316 0.004 0.324 0.000 0.356
#> SRR191576 3 0.6004 0.316746 0.120 0.004 0.624 0.012 0.240
#> SRR191577 3 0.6408 0.114249 0.180 0.000 0.544 0.008 0.268
#> SRR191578 3 0.7913 0.006371 0.052 0.100 0.552 0.124 0.172
#> SRR191579 1 0.0162 0.600911 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0451 0.601788 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR191581 1 0.1059 0.605707 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020
#> SRR191582 1 0.1280 0.606566 0.960 0.000 0.008 0.008 0.024
#> SRR191583 4 0.7149 0.495532 0.280 0.056 0.020 0.548 0.096
#> SRR191584 1 0.0290 0.600278 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR191585 3 0.3285 0.496618 0.004 0.076 0.864 0.008 0.048
#> SRR191586 3 0.4315 0.430780 0.004 0.156 0.772 0.000 0.068
#> SRR191587 3 0.4170 0.551380 0.060 0.004 0.800 0.008 0.128
#> SRR191588 3 0.6884 -0.401969 0.272 0.004 0.400 0.000 0.324
#> SRR191589 3 0.5733 0.339544 0.116 0.000 0.632 0.008 0.244
#> SRR191590 3 0.7200 -0.394492 0.264 0.012 0.396 0.004 0.324
#> SRR191591 3 0.3478 0.546059 0.016 0.040 0.848 0.000 0.096
#> SRR191592 3 0.4082 0.561983 0.032 0.028 0.804 0.000 0.136
#> SRR191593 3 0.5080 0.524163 0.084 0.020 0.740 0.004 0.152
#> SRR191594 1 0.2634 0.590433 0.900 0.000 0.024 0.020 0.056
#> SRR191595 3 0.5205 0.447329 0.084 0.004 0.704 0.008 0.200
#> SRR191596 3 0.7114 -0.309456 0.240 0.012 0.428 0.004 0.316
#> SRR191597 3 0.3095 0.470206 0.008 0.096 0.868 0.004 0.024
#> SRR191598 3 0.6282 0.106348 0.192 0.004 0.556 0.000 0.248
#> SRR191599 3 0.7194 -0.402010 0.260 0.012 0.396 0.004 0.328
#> SRR191600 3 0.2681 0.520604 0.004 0.052 0.892 0.000 0.052
#> SRR191601 3 0.4240 0.553024 0.044 0.036 0.804 0.000 0.116
#> SRR191602 3 0.3907 0.554589 0.040 0.028 0.824 0.000 0.108
#> SRR191603 3 0.3514 0.538339 0.020 0.056 0.852 0.000 0.072
#> SRR191604 3 0.2812 0.482716 0.004 0.096 0.876 0.000 0.024
#> SRR191605 3 0.4451 0.555006 0.048 0.036 0.788 0.000 0.128
#> SRR191606 3 0.7172 -0.372404 0.256 0.012 0.408 0.004 0.320
#> SRR191607 3 0.5742 0.412049 0.032 0.140 0.720 0.028 0.080
#> SRR191608 3 0.5811 -0.622084 0.000 0.452 0.480 0.020 0.048
#> SRR191609 3 0.5327 0.409264 0.016 0.148 0.732 0.016 0.088
#> SRR191610 3 0.6329 0.425232 0.064 0.116 0.688 0.028 0.104
#> SRR191611 3 0.3244 0.498394 0.008 0.084 0.860 0.000 0.048
#> SRR191612 3 0.4011 0.558040 0.048 0.012 0.804 0.000 0.136
#> SRR191613 1 0.7106 0.367725 0.604 0.012 0.116 0.116 0.152
#> SRR191614 3 0.3913 0.560326 0.032 0.036 0.824 0.000 0.108
#> SRR191615 3 0.4705 0.488333 0.076 0.000 0.744 0.008 0.172
#> SRR191616 1 0.5617 0.460373 0.720 0.012 0.032 0.120 0.116
#> SRR191617 3 0.8038 0.014003 0.056 0.096 0.536 0.124 0.188
#> SRR191618 3 0.8897 -0.048974 0.104 0.092 0.404 0.120 0.280
#> SRR191619 3 0.2920 0.439199 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR191620 3 0.3973 0.478610 0.008 0.124 0.816 0.008 0.044
#> SRR191621 3 0.3039 0.462269 0.004 0.108 0.864 0.004 0.020
#> SRR191622 3 0.3593 0.545553 0.020 0.044 0.844 0.000 0.092
#> SRR191623 3 0.3511 0.550615 0.028 0.028 0.848 0.000 0.096
#> SRR191624 5 0.6905 0.471931 0.272 0.000 0.348 0.004 0.376
#> SRR191625 3 0.2777 0.448370 0.000 0.120 0.864 0.000 0.016
#> SRR191626 3 0.2932 0.452803 0.000 0.112 0.864 0.004 0.020
#> SRR191627 3 0.3398 0.397419 0.000 0.144 0.828 0.004 0.024
#> SRR191628 3 0.4820 0.538560 0.048 0.040 0.756 0.000 0.156
#> SRR191629 3 0.2900 0.533510 0.012 0.040 0.884 0.000 0.064
#> SRR191630 1 0.2634 0.590433 0.900 0.000 0.024 0.020 0.056
#> SRR191631 3 0.3691 0.360542 0.000 0.164 0.804 0.004 0.028
#> SRR191632 3 0.5306 0.543734 0.068 0.052 0.728 0.000 0.152
#> SRR191633 3 0.5216 0.509544 0.036 0.076 0.740 0.004 0.144
#> SRR191634 1 0.5041 0.326173 0.700 0.004 0.012 0.236 0.048
#> SRR191635 3 0.3966 0.549515 0.024 0.048 0.820 0.000 0.108
#> SRR191636 1 0.5494 0.189054 0.648 0.008 0.020 0.284 0.040
#> SRR191637 4 0.5756 0.460542 0.000 0.236 0.072 0.656 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 5 0.6228 0.67683 0.256 0.000 0.316 0.008 0.420 0.000
#> SRR191394 1 0.4576 0.45472 0.692 0.000 0.072 0.008 0.228 0.000
#> SRR191396 3 0.5383 0.34621 0.092 0.020 0.640 0.000 0.240 0.008
#> SRR191397 5 0.6232 0.66049 0.248 0.000 0.336 0.008 0.408 0.000
#> SRR191398 1 0.3565 0.63147 0.796 0.000 0.040 0.008 0.156 0.000
#> SRR191399 3 0.6261 -0.00236 0.120 0.024 0.528 0.008 0.312 0.008
#> SRR191400 5 0.6132 0.54637 0.376 0.000 0.208 0.008 0.408 0.000
#> SRR191401 5 0.6198 0.68280 0.276 0.000 0.276 0.008 0.440 0.000
#> SRR191402 3 0.5056 0.30558 0.084 0.004 0.640 0.008 0.264 0.000
#> SRR191403 5 0.6255 0.68024 0.308 0.000 0.272 0.008 0.412 0.000
#> SRR191404 3 0.4027 0.57533 0.048 0.032 0.792 0.000 0.124 0.004
#> SRR191405 3 0.3050 0.60371 0.016 0.028 0.848 0.000 0.108 0.000
#> SRR191406 3 0.4352 0.54891 0.028 0.032 0.736 0.004 0.200 0.000
#> SRR191407 5 0.6003 0.69710 0.272 0.000 0.292 0.000 0.436 0.000
#> SRR191408 3 0.5951 -0.38916 0.192 0.000 0.448 0.004 0.356 0.000
#> SRR191409 3 0.4542 0.41804 0.064 0.000 0.700 0.012 0.224 0.000
#> SRR191410 3 0.3953 0.58465 0.052 0.048 0.800 0.000 0.100 0.000
#> SRR191411 3 0.4624 0.43508 0.084 0.004 0.700 0.000 0.208 0.004
#> SRR191412 5 0.6251 0.68400 0.300 0.000 0.276 0.008 0.416 0.000
#> SRR191413 3 0.6163 -0.10060 0.136 0.016 0.516 0.008 0.320 0.004
#> SRR191414 5 0.6295 0.69103 0.252 0.000 0.292 0.004 0.444 0.008
#> SRR191415 3 0.3787 0.59902 0.028 0.064 0.808 0.000 0.100 0.000
#> SRR191416 3 0.4696 0.50847 0.060 0.016 0.720 0.012 0.192 0.000
#> SRR191418 3 0.5603 -0.14126 0.140 0.000 0.520 0.000 0.336 0.004
#> SRR191419 1 0.1396 0.74781 0.952 0.000 0.004 0.008 0.024 0.012
#> SRR191420 5 0.6085 0.62155 0.224 0.000 0.360 0.004 0.412 0.000
#> SRR191421 5 0.6278 0.61259 0.216 0.000 0.360 0.004 0.412 0.008
#> SRR191422 3 0.5423 0.50083 0.056 0.048 0.668 0.016 0.212 0.000
#> SRR191423 3 0.3744 0.60228 0.020 0.040 0.820 0.008 0.108 0.004
#> SRR191424 3 0.9299 -0.42023 0.028 0.176 0.284 0.188 0.176 0.148
#> SRR191425 3 0.5126 0.40654 0.064 0.016 0.668 0.016 0.236 0.000
#> SRR191426 3 0.4203 0.51835 0.004 0.132 0.784 0.016 0.052 0.012
#> SRR191427 3 0.7946 -0.14375 0.116 0.056 0.432 0.072 0.296 0.028
#> SRR191428 3 0.6074 0.20392 0.112 0.012 0.592 0.016 0.252 0.016
#> SRR191429 3 0.4105 0.42525 0.000 0.188 0.752 0.020 0.040 0.000
#> SRR191430 3 0.4089 0.52239 0.008 0.136 0.784 0.020 0.052 0.000
#> SRR191431 3 0.5717 0.35178 0.088 0.024 0.620 0.008 0.252 0.008
#> SRR191432 3 0.4670 0.28397 0.000 0.252 0.688 0.024 0.024 0.012
#> SRR191433 3 0.4395 0.41309 0.000 0.204 0.732 0.012 0.040 0.012
#> SRR191434 3 0.7818 0.22116 0.044 0.084 0.544 0.124 0.108 0.096
#> SRR191435 3 0.4130 0.54459 0.040 0.016 0.756 0.000 0.184 0.004
#> SRR191436 3 0.3551 0.59391 0.016 0.048 0.836 0.008 0.088 0.004
#> SRR191437 5 0.9187 -0.64716 0.112 0.120 0.072 0.200 0.364 0.132
#> SRR191438 3 0.3033 0.59041 0.012 0.056 0.856 0.000 0.076 0.000
#> SRR191439 3 0.5250 0.55583 0.024 0.080 0.696 0.016 0.180 0.004
#> SRR191440 5 0.8988 -0.61410 0.032 0.192 0.128 0.260 0.304 0.084
#> SRR191441 3 0.5825 0.42611 0.008 0.156 0.632 0.040 0.164 0.000
#> SRR191442 3 0.4032 0.58990 0.028 0.028 0.780 0.008 0.156 0.000
#> SRR191443 5 0.6577 0.64298 0.248 0.004 0.336 0.008 0.396 0.008
#> SRR191444 3 0.6433 0.11460 0.104 0.032 0.536 0.024 0.300 0.004
#> SRR191445 3 0.5113 0.57411 0.028 0.084 0.696 0.004 0.184 0.004
#> SRR191446 3 0.6513 -0.22883 0.004 0.372 0.476 0.044 0.084 0.020
#> SRR191447 3 0.5820 0.51348 0.060 0.076 0.648 0.012 0.200 0.004
#> SRR191448 1 0.4185 0.68652 0.796 0.000 0.024 0.024 0.104 0.052
#> SRR191449 3 0.3232 0.58746 0.008 0.056 0.852 0.012 0.072 0.000
#> SRR191450 1 0.6813 0.39334 0.564 0.008 0.044 0.092 0.236 0.056
#> SRR191451 3 0.6486 -0.33944 0.144 0.008 0.448 0.020 0.372 0.008
#> SRR191452 3 0.5493 0.54150 0.044 0.064 0.680 0.008 0.192 0.012
#> SRR191453 3 0.7122 -0.52264 0.212 0.004 0.376 0.028 0.356 0.024
#> SRR191454 3 0.6748 0.14437 0.148 0.048 0.524 0.012 0.260 0.008
#> SRR191455 3 0.6192 0.52214 0.060 0.080 0.652 0.032 0.164 0.012
#> SRR191456 3 0.6854 -0.37707 0.128 0.020 0.432 0.020 0.380 0.020
#> SRR191457 1 0.4110 0.69137 0.804 0.008 0.012 0.028 0.108 0.040
#> SRR191458 3 0.7008 -0.42302 0.136 0.020 0.404 0.036 0.392 0.012
#> SRR191459 3 0.3655 0.50434 0.000 0.144 0.804 0.020 0.028 0.004
#> SRR191460 3 0.4117 0.52486 0.044 0.012 0.740 0.000 0.204 0.000
#> SRR191461 3 0.4117 0.60154 0.024 0.084 0.788 0.000 0.100 0.004
#> SRR191462 3 0.7407 -0.05556 0.012 0.152 0.404 0.064 0.348 0.020
#> SRR191463 3 0.5244 0.54074 0.012 0.124 0.712 0.020 0.120 0.012
#> SRR191464 3 0.2452 0.54195 0.000 0.084 0.884 0.004 0.028 0.000
#> SRR191465 3 0.4401 0.48169 0.000 0.168 0.744 0.028 0.060 0.000
#> SRR191466 3 0.3945 0.57858 0.016 0.096 0.808 0.004 0.068 0.008
#> SRR191467 2 0.6818 0.56623 0.004 0.464 0.360 0.092 0.048 0.032
#> SRR191468 3 0.6704 -0.24486 0.000 0.328 0.500 0.048 0.072 0.052
#> SRR191469 3 0.5640 0.54094 0.056 0.100 0.700 0.012 0.116 0.016
#> SRR191470 3 0.5534 0.39193 0.000 0.164 0.688 0.072 0.040 0.036
#> SRR191471 3 0.5105 0.45227 0.012 0.172 0.716 0.036 0.056 0.008
#> SRR191472 3 0.7096 -0.07620 0.000 0.180 0.488 0.144 0.184 0.004
#> SRR191473 3 0.3873 0.47055 0.000 0.168 0.780 0.020 0.028 0.004
#> SRR191474 3 0.3510 0.57448 0.000 0.088 0.824 0.016 0.072 0.000
#> SRR191475 3 0.5557 -0.40717 0.000 0.432 0.488 0.032 0.036 0.012
#> SRR191476 3 0.7456 -0.53474 0.000 0.364 0.384 0.132 0.044 0.076
#> SRR191477 3 0.3032 0.50431 0.000 0.128 0.840 0.004 0.024 0.004
#> SRR191478 3 0.3593 0.48599 0.000 0.132 0.800 0.000 0.064 0.004
#> SRR191479 5 0.6286 0.66755 0.232 0.000 0.320 0.004 0.436 0.008
#> SRR191480 2 0.5200 0.52214 0.000 0.524 0.416 0.028 0.024 0.008
#> SRR191481 3 0.4044 0.39773 0.000 0.200 0.752 0.016 0.028 0.004
#> SRR191482 3 0.4271 0.36139 0.000 0.220 0.728 0.024 0.024 0.004
#> SRR191483 3 0.4450 0.46869 0.000 0.164 0.748 0.028 0.056 0.004
#> SRR191484 1 0.7723 -0.08562 0.400 0.008 0.036 0.128 0.100 0.328
#> SRR191485 3 0.3436 0.53423 0.004 0.128 0.824 0.008 0.032 0.004
#> SRR191486 3 0.6326 0.02891 0.072 0.048 0.512 0.016 0.348 0.004
#> SRR191487 3 0.5326 -0.43225 0.004 0.456 0.480 0.032 0.024 0.004
#> SRR191488 1 0.7864 0.02351 0.412 0.052 0.132 0.040 0.324 0.040
#> SRR191489 5 0.7094 0.60231 0.200 0.032 0.340 0.012 0.404 0.012
#> SRR191490 6 0.8303 0.02669 0.144 0.040 0.072 0.084 0.204 0.456
#> SRR191491 3 0.6865 0.19577 0.052 0.112 0.516 0.032 0.284 0.004
#> SRR191492 3 0.7369 0.14047 0.016 0.192 0.540 0.108 0.104 0.040
#> SRR191493 5 0.8976 -0.57627 0.252 0.044 0.072 0.100 0.280 0.252
#> SRR191494 3 0.6457 0.35848 0.024 0.128 0.560 0.032 0.252 0.004
#> SRR191495 3 0.5255 0.54081 0.040 0.108 0.708 0.008 0.132 0.004
#> SRR191496 2 0.8262 0.20624 0.004 0.284 0.272 0.176 0.236 0.028
#> SRR191497 3 0.5107 0.59228 0.032 0.080 0.728 0.004 0.136 0.020
#> SRR191498 5 0.8663 0.02315 0.240 0.092 0.272 0.036 0.308 0.052
#> SRR191499 3 0.4379 0.59391 0.024 0.080 0.784 0.008 0.096 0.008
#> SRR191500 3 0.5063 0.54653 0.056 0.060 0.712 0.000 0.164 0.008
#> SRR191501 5 0.9360 -0.63616 0.120 0.092 0.132 0.096 0.304 0.256
#> SRR191502 3 0.4752 0.53937 0.008 0.140 0.728 0.016 0.108 0.000
#> SRR191503 2 0.5688 0.52260 0.000 0.588 0.284 0.100 0.012 0.016
#> SRR191504 3 0.4797 -0.33820 0.000 0.460 0.500 0.024 0.016 0.000
#> SRR191505 2 0.4763 0.60776 0.000 0.592 0.364 0.028 0.012 0.004
#> SRR191506 3 0.8197 -0.15783 0.016 0.172 0.416 0.052 0.236 0.108
#> SRR191507 2 0.8083 0.21994 0.000 0.332 0.236 0.284 0.064 0.084
#> SRR191508 3 0.6076 -0.05917 0.004 0.320 0.556 0.032 0.064 0.024
#> SRR191509 3 0.4113 0.51668 0.012 0.132 0.788 0.004 0.052 0.012
#> SRR191510 3 0.5149 0.56999 0.028 0.104 0.700 0.004 0.160 0.004
#> SRR191511 3 0.5734 0.43501 0.008 0.176 0.652 0.060 0.104 0.000
#> SRR191512 2 0.5881 0.40117 0.000 0.624 0.196 0.132 0.036 0.012
#> SRR191513 2 0.6312 0.13550 0.000 0.624 0.120 0.124 0.112 0.020
#> SRR191514 3 0.5866 0.17856 0.000 0.280 0.592 0.032 0.076 0.020
#> SRR191515 3 0.6062 -0.02405 0.000 0.304 0.568 0.048 0.044 0.036
#> SRR191516 3 0.6793 -0.14180 0.012 0.356 0.464 0.040 0.112 0.016
#> SRR191517 3 0.4660 0.27794 0.000 0.240 0.692 0.020 0.044 0.004
#> SRR191518 3 0.3929 0.43050 0.000 0.184 0.768 0.020 0.024 0.004
#> SRR191519 3 0.5762 -0.14247 0.000 0.332 0.564 0.028 0.052 0.024
#> SRR191520 3 0.7628 -0.44059 0.000 0.300 0.396 0.188 0.076 0.040
#> SRR191521 2 0.5722 0.54144 0.000 0.488 0.416 0.056 0.032 0.008
#> SRR191522 3 0.4624 0.44190 0.000 0.184 0.724 0.020 0.068 0.004
#> SRR191523 3 0.6879 0.11590 0.000 0.192 0.488 0.068 0.244 0.008
#> SRR191524 3 0.7544 0.12294 0.076 0.072 0.472 0.056 0.300 0.024
#> SRR191525 3 0.6595 0.23536 0.000 0.224 0.544 0.044 0.168 0.020
#> SRR191526 2 0.7713 0.27375 0.000 0.332 0.308 0.116 0.228 0.016
#> SRR191527 1 0.5429 0.55652 0.696 0.008 0.064 0.028 0.176 0.028
#> SRR191528 1 0.7395 0.20467 0.496 0.036 0.112 0.044 0.276 0.036
#> SRR191529 4 0.8055 0.00000 0.040 0.040 0.076 0.400 0.320 0.124
#> SRR191530 2 0.4457 0.52369 0.000 0.544 0.432 0.008 0.016 0.000
#> SRR191531 5 0.8090 0.22367 0.308 0.048 0.232 0.048 0.340 0.024
#> SRR191532 3 0.7515 0.11210 0.000 0.128 0.504 0.112 0.192 0.064
#> SRR191533 2 0.7953 0.06440 0.000 0.296 0.260 0.204 0.228 0.012
#> SRR191534 2 0.6521 0.01598 0.000 0.596 0.108 0.184 0.084 0.028
#> SRR191535 3 0.4874 0.48853 0.008 0.156 0.728 0.024 0.080 0.004
#> SRR191536 2 0.8795 0.02133 0.000 0.292 0.204 0.204 0.164 0.136
#> SRR191537 3 0.6898 -0.41812 0.000 0.376 0.432 0.084 0.084 0.024
#> SRR191538 2 0.4712 0.47926 0.000 0.512 0.452 0.024 0.012 0.000
#> SRR191539 3 0.7103 -0.06924 0.000 0.260 0.472 0.052 0.188 0.028
#> SRR191540 2 0.5408 0.60562 0.000 0.564 0.344 0.060 0.032 0.000
#> SRR191541 3 0.5693 -0.00990 0.000 0.292 0.596 0.032 0.064 0.016
#> SRR191542 3 0.6398 0.24828 0.008 0.192 0.544 0.040 0.216 0.000
#> SRR191543 3 0.5855 0.21090 0.008 0.276 0.604 0.024 0.068 0.020
#> SRR191544 2 0.4408 0.45254 0.000 0.512 0.468 0.012 0.008 0.000
#> SRR191545 3 0.5086 -0.00465 0.000 0.352 0.588 0.020 0.012 0.028
#> SRR191546 3 0.5229 0.43021 0.012 0.192 0.696 0.028 0.064 0.008
#> SRR191547 3 0.4939 0.53771 0.012 0.132 0.720 0.020 0.116 0.000
#> SRR191548 1 0.0146 0.74903 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.74773 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.74773 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.1065 0.74813 0.964 0.000 0.008 0.008 0.020 0.000
#> SRR191552 1 0.0520 0.74759 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR191553 1 0.0260 0.74761 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR191554 1 0.0000 0.74773 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 1 0.7722 0.13178 0.460 0.020 0.128 0.052 0.276 0.064
#> SRR191556 3 0.4818 0.28993 0.076 0.004 0.636 0.000 0.284 0.000
#> SRR191557 3 0.3378 0.59592 0.008 0.040 0.844 0.012 0.092 0.004
#> SRR191558 3 0.5161 0.39165 0.076 0.020 0.648 0.004 0.252 0.000
#> SRR191559 3 0.4149 0.50897 0.040 0.012 0.756 0.008 0.184 0.000
#> SRR191560 3 0.4512 0.42081 0.052 0.004 0.708 0.012 0.224 0.000
#> SRR191561 1 0.0146 0.74787 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191562 5 0.6684 0.54941 0.196 0.016 0.380 0.008 0.392 0.008
#> SRR191563 3 0.2852 0.58735 0.000 0.064 0.856 0.000 0.080 0.000
#> SRR191564 3 0.3974 0.58254 0.024 0.044 0.788 0.000 0.140 0.004
#> SRR191565 3 0.5700 0.03630 0.136 0.004 0.552 0.008 0.300 0.000
#> SRR191566 3 0.4961 0.29588 0.068 0.004 0.636 0.008 0.284 0.000
#> SRR191567 5 0.6128 0.56786 0.368 0.000 0.208 0.008 0.416 0.000
#> SRR191568 5 0.6155 0.66778 0.260 0.000 0.324 0.004 0.412 0.000
#> SRR191569 3 0.4953 0.35681 0.080 0.004 0.668 0.012 0.236 0.000
#> SRR191570 3 0.5799 -0.37413 0.184 0.000 0.448 0.000 0.368 0.000
#> SRR191571 3 0.4494 0.46433 0.056 0.016 0.708 0.000 0.220 0.000
#> SRR191572 1 0.0000 0.74773 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.5074 0.17541 0.108 0.000 0.596 0.000 0.296 0.000
#> SRR191574 5 0.6215 0.62955 0.356 0.000 0.236 0.008 0.400 0.000
#> SRR191575 5 0.6023 0.69564 0.288 0.000 0.284 0.000 0.428 0.000
#> SRR191576 3 0.5567 0.14065 0.096 0.004 0.584 0.012 0.300 0.004
#> SRR191577 3 0.5865 -0.15004 0.152 0.000 0.504 0.012 0.332 0.000
#> SRR191578 3 0.8121 0.04458 0.036 0.096 0.504 0.140 0.120 0.104
#> SRR191579 1 0.0146 0.74800 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0405 0.74908 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR191581 1 0.0891 0.74897 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR191582 1 0.1194 0.74804 0.956 0.000 0.004 0.000 0.032 0.008
#> SRR191583 6 0.4757 0.30563 0.220 0.024 0.004 0.012 0.032 0.708
#> SRR191584 1 0.0260 0.74760 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR191585 3 0.3250 0.56672 0.004 0.076 0.856 0.024 0.036 0.004
#> SRR191586 3 0.4146 0.51530 0.000 0.160 0.764 0.012 0.060 0.004
#> SRR191587 3 0.3980 0.52361 0.056 0.004 0.780 0.012 0.148 0.000
#> SRR191588 5 0.6156 0.62103 0.248 0.004 0.360 0.000 0.388 0.000
#> SRR191589 3 0.5269 0.19598 0.096 0.000 0.600 0.012 0.292 0.000
#> SRR191590 5 0.6724 0.61331 0.240 0.016 0.356 0.008 0.376 0.004
#> SRR191591 3 0.3392 0.59660 0.012 0.040 0.820 0.000 0.128 0.000
#> SRR191592 3 0.3733 0.55920 0.028 0.020 0.784 0.000 0.168 0.000
#> SRR191593 3 0.4745 0.48333 0.080 0.020 0.716 0.004 0.180 0.000
#> SRR191594 1 0.2949 0.71483 0.876 0.000 0.020 0.012 0.056 0.036
#> SRR191595 3 0.4750 0.37125 0.064 0.004 0.672 0.008 0.252 0.000
#> SRR191596 3 0.6659 -0.56718 0.216 0.016 0.388 0.008 0.368 0.004
#> SRR191597 3 0.2935 0.53738 0.004 0.112 0.852 0.000 0.028 0.004
#> SRR191598 3 0.5706 -0.14711 0.168 0.004 0.524 0.000 0.304 0.000
#> SRR191599 5 0.6714 0.61878 0.236 0.016 0.356 0.008 0.380 0.004
#> SRR191600 3 0.2822 0.57905 0.004 0.056 0.864 0.000 0.076 0.000
#> SRR191601 3 0.3996 0.57788 0.032 0.032 0.784 0.000 0.148 0.004
#> SRR191602 3 0.3689 0.57939 0.032 0.036 0.808 0.000 0.124 0.000
#> SRR191603 3 0.3308 0.59395 0.012 0.064 0.836 0.000 0.088 0.000
#> SRR191604 3 0.2776 0.55198 0.004 0.104 0.860 0.000 0.032 0.000
#> SRR191605 3 0.4174 0.56729 0.036 0.032 0.768 0.000 0.160 0.004
#> SRR191606 5 0.6706 0.59611 0.232 0.016 0.368 0.008 0.372 0.004
#> SRR191607 3 0.5609 0.50012 0.028 0.120 0.716 0.048 0.064 0.024
#> SRR191608 2 0.5840 0.49613 0.000 0.460 0.440 0.044 0.044 0.012
#> SRR191609 3 0.5223 0.49825 0.012 0.132 0.728 0.040 0.072 0.016
#> SRR191610 3 0.6170 0.50707 0.056 0.092 0.684 0.056 0.088 0.024
#> SRR191611 3 0.3291 0.56935 0.008 0.080 0.852 0.012 0.044 0.004
#> SRR191612 3 0.4031 0.55676 0.036 0.016 0.764 0.004 0.180 0.000
#> SRR191613 1 0.7198 0.37098 0.544 0.012 0.088 0.028 0.148 0.180
#> SRR191614 3 0.3920 0.58768 0.032 0.032 0.792 0.004 0.140 0.000
#> SRR191615 3 0.4433 0.43987 0.068 0.000 0.720 0.012 0.200 0.000
#> SRR191616 1 0.5662 0.52829 0.660 0.004 0.016 0.028 0.108 0.184
#> SRR191617 3 0.8209 0.04534 0.040 0.092 0.496 0.136 0.128 0.108
#> SRR191618 3 0.9191 -0.11935 0.084 0.108 0.356 0.132 0.220 0.100
#> SRR191619 3 0.3183 0.49631 0.000 0.128 0.828 0.004 0.040 0.000
#> SRR191620 3 0.4010 0.53075 0.008 0.128 0.792 0.020 0.052 0.000
#> SRR191621 3 0.3218 0.51956 0.000 0.112 0.836 0.004 0.044 0.004
#> SRR191622 3 0.3581 0.59975 0.020 0.040 0.820 0.004 0.116 0.000
#> SRR191623 3 0.3534 0.60067 0.024 0.028 0.820 0.004 0.124 0.000
#> SRR191624 5 0.6254 0.68120 0.232 0.000 0.304 0.004 0.452 0.008
#> SRR191625 3 0.3207 0.50349 0.000 0.124 0.828 0.004 0.044 0.000
#> SRR191626 3 0.3098 0.50594 0.000 0.120 0.836 0.000 0.040 0.004
#> SRR191627 3 0.3604 0.44219 0.000 0.160 0.796 0.008 0.032 0.004
#> SRR191628 3 0.4956 0.54469 0.044 0.044 0.704 0.004 0.200 0.004
#> SRR191629 3 0.3140 0.59178 0.008 0.056 0.844 0.000 0.092 0.000
#> SRR191630 1 0.2949 0.71483 0.876 0.000 0.020 0.012 0.056 0.036
#> SRR191631 3 0.3875 0.41042 0.000 0.172 0.776 0.012 0.036 0.004
#> SRR191632 3 0.5158 0.54421 0.060 0.056 0.704 0.004 0.172 0.004
#> SRR191633 3 0.5329 0.54653 0.032 0.076 0.688 0.008 0.188 0.008
#> SRR191634 1 0.4957 0.39130 0.628 0.000 0.004 0.016 0.048 0.304
#> SRR191635 3 0.4190 0.60005 0.024 0.044 0.776 0.004 0.148 0.004
#> SRR191636 1 0.5169 0.24629 0.588 0.004 0.008 0.016 0.036 0.348
#> SRR191637 6 0.6569 0.14932 0.000 0.184 0.032 0.220 0.024 0.540
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.721 0.861 0.936 0.3984 0.603 0.603
#> 3 3 0.421 0.695 0.844 0.5152 0.613 0.438
#> 4 4 0.381 0.504 0.729 0.1546 0.871 0.691
#> 5 5 0.414 0.415 0.655 0.0855 0.792 0.464
#> 6 6 0.455 0.378 0.583 0.0461 0.844 0.482
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.4562 0.8576 0.904 0.096
#> SRR191394 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191396 2 0.3584 0.9022 0.068 0.932
#> SRR191397 1 0.2423 0.8825 0.960 0.040
#> SRR191398 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191399 2 0.4815 0.8678 0.104 0.896
#> SRR191400 1 0.2603 0.8817 0.956 0.044
#> SRR191401 1 0.3584 0.8736 0.932 0.068
#> SRR191402 2 0.4022 0.8944 0.080 0.920
#> SRR191403 1 0.1843 0.8844 0.972 0.028
#> SRR191404 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191405 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191406 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191407 1 0.3274 0.8774 0.940 0.060
#> SRR191408 2 0.9998 -0.0809 0.492 0.508
#> SRR191409 2 0.2603 0.9216 0.044 0.956
#> SRR191410 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191411 2 0.3274 0.9103 0.060 0.940
#> SRR191412 1 0.2603 0.8818 0.956 0.044
#> SRR191413 2 0.9815 0.2048 0.420 0.580
#> SRR191414 1 0.3879 0.8701 0.924 0.076
#> SRR191415 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191416 2 0.2236 0.9273 0.036 0.964
#> SRR191418 1 0.9710 0.4151 0.600 0.400
#> SRR191419 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191420 1 0.3431 0.8762 0.936 0.064
#> SRR191421 1 0.3879 0.8708 0.924 0.076
#> SRR191422 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191423 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191424 2 0.4298 0.8812 0.088 0.912
#> SRR191425 2 0.3879 0.8962 0.076 0.924
#> SRR191426 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191427 2 0.9323 0.4445 0.348 0.652
#> SRR191428 2 0.4562 0.8806 0.096 0.904
#> SRR191429 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191430 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191431 2 0.4298 0.8860 0.088 0.912
#> SRR191432 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191433 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191434 2 0.4815 0.8645 0.104 0.896
#> SRR191435 2 0.1633 0.9356 0.024 0.976
#> SRR191436 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191437 1 0.9933 0.2874 0.548 0.452
#> SRR191438 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191439 2 0.0938 0.9410 0.012 0.988
#> SRR191440 2 0.5842 0.8309 0.140 0.860
#> SRR191441 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191442 2 0.0672 0.9432 0.008 0.992
#> SRR191443 1 0.8081 0.7110 0.752 0.248
#> SRR191444 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191445 2 0.1633 0.9336 0.024 0.976
#> SRR191446 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191447 2 0.2236 0.9265 0.036 0.964
#> SRR191448 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191449 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191450 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191451 2 0.9580 0.3551 0.380 0.620
#> SRR191452 2 0.4022 0.8894 0.080 0.920
#> SRR191453 1 0.8763 0.6320 0.704 0.296
#> SRR191454 2 0.8386 0.6290 0.268 0.732
#> SRR191455 2 0.3431 0.9042 0.064 0.936
#> SRR191456 2 0.8267 0.6461 0.260 0.740
#> SRR191457 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191458 1 0.9988 0.1769 0.520 0.480
#> SRR191459 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191460 2 0.0938 0.9414 0.012 0.988
#> SRR191461 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191462 2 0.5178 0.8512 0.116 0.884
#> SRR191463 2 0.0938 0.9406 0.012 0.988
#> SRR191464 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191465 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191466 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191467 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191468 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191469 2 0.3431 0.9036 0.064 0.936
#> SRR191470 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191471 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191472 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191473 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191474 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191475 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191476 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191477 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191478 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191479 1 0.9922 0.2829 0.552 0.448
#> SRR191480 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191481 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191482 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191483 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191484 1 0.4431 0.8598 0.908 0.092
#> SRR191485 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191486 2 0.6343 0.8012 0.160 0.840
#> SRR191487 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191488 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191489 1 0.7376 0.7673 0.792 0.208
#> SRR191490 2 0.9710 0.2581 0.400 0.600
#> SRR191491 2 0.6048 0.8172 0.148 0.852
#> SRR191492 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191493 1 0.4562 0.8601 0.904 0.096
#> SRR191494 2 0.4815 0.8657 0.104 0.896
#> SRR191495 2 0.1633 0.9361 0.024 0.976
#> SRR191496 2 0.1633 0.9346 0.024 0.976
#> SRR191497 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191498 1 0.8763 0.6440 0.704 0.296
#> SRR191499 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191500 2 0.0672 0.9432 0.008 0.992
#> SRR191501 1 0.9393 0.5186 0.644 0.356
#> SRR191502 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191503 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191504 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191505 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191506 2 0.2043 0.9289 0.032 0.968
#> SRR191507 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191508 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191509 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191510 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191511 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191512 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191513 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191514 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191515 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191516 2 0.1843 0.9338 0.028 0.972
#> SRR191517 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191518 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191519 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191520 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191521 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191522 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191523 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191524 2 0.7299 0.7403 0.204 0.796
#> SRR191525 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191526 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191527 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191528 1 0.0672 0.8850 0.992 0.008
#> SRR191529 2 0.8267 0.6351 0.260 0.740
#> SRR191530 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191531 1 0.4298 0.8639 0.912 0.088
#> SRR191532 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191533 2 0.2236 0.9279 0.036 0.964
#> SRR191534 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191535 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191536 2 0.1184 0.9387 0.016 0.984
#> SRR191537 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191538 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191539 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191540 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191541 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191542 2 0.0376 0.9445 0.004 0.996
#> SRR191543 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191544 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191545 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191546 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191547 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191548 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191555 1 0.2423 0.8809 0.960 0.040
#> SRR191556 2 0.7950 0.6811 0.240 0.760
#> SRR191557 2 0.1184 0.9395 0.016 0.984
#> SRR191558 2 0.3274 0.9082 0.060 0.940
#> SRR191559 2 0.2236 0.9276 0.036 0.964
#> SRR191560 2 0.6148 0.8112 0.152 0.848
#> SRR191561 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191562 1 0.5946 0.8261 0.856 0.144
#> SRR191563 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191564 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191565 2 0.9248 0.4686 0.340 0.660
#> SRR191566 2 0.7815 0.6919 0.232 0.768
#> SRR191567 1 0.1843 0.8844 0.972 0.028
#> SRR191568 1 0.6343 0.8110 0.840 0.160
#> SRR191569 2 0.4161 0.8873 0.084 0.916
#> SRR191570 1 0.9998 0.1326 0.508 0.492
#> SRR191571 2 0.2603 0.9218 0.044 0.956
#> SRR191572 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191573 2 0.7219 0.7443 0.200 0.800
#> SRR191574 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191575 1 0.3114 0.8792 0.944 0.056
#> SRR191576 2 0.6247 0.8058 0.156 0.844
#> SRR191577 1 0.9815 0.3783 0.580 0.420
#> SRR191578 2 0.4161 0.8847 0.084 0.916
#> SRR191579 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191583 1 0.9686 0.4224 0.604 0.396
#> SRR191584 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191585 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191586 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191587 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191588 1 0.8327 0.6864 0.736 0.264
#> SRR191589 2 0.7815 0.6991 0.232 0.768
#> SRR191590 1 0.3431 0.8760 0.936 0.064
#> SRR191591 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191592 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191593 2 0.3274 0.9091 0.060 0.940
#> SRR191594 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191595 2 0.7528 0.7174 0.216 0.784
#> SRR191596 1 0.7528 0.7542 0.784 0.216
#> SRR191597 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191598 2 0.9983 0.0113 0.476 0.524
#> SRR191599 1 0.4161 0.8671 0.916 0.084
#> SRR191600 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191601 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191602 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191603 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191604 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191605 2 0.0376 0.9447 0.004 0.996
#> SRR191606 1 0.5519 0.8382 0.872 0.128
#> SRR191607 2 0.0672 0.9432 0.008 0.992
#> SRR191608 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191609 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191610 2 0.1633 0.9358 0.024 0.976
#> SRR191611 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191612 2 0.0376 0.9448 0.004 0.996
#> SRR191613 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR191614 2 0.1633 0.9351 0.024 0.976
#> SRR191615 2 0.1414 0.9374 0.020 0.980
#> SRR191616 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191617 2 0.4562 0.8728 0.096 0.904
#> SRR191618 2 0.9815 0.2312 0.420 0.580
#> SRR191619 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191620 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191621 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191622 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191623 2 0.0938 0.9416 0.012 0.988
#> SRR191624 1 0.9608 0.4558 0.616 0.384
#> SRR191625 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191626 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191627 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191628 2 0.2778 0.9205 0.048 0.952
#> SRR191629 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191630 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191631 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191632 2 0.1184 0.9402 0.016 0.984
#> SRR191633 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000
#> SRR191634 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191635 2 0.0938 0.9413 0.012 0.988
#> SRR191636 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> SRR191637 2 0.2778 0.9168 0.048 0.952
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.3340 0.74681 0.120 0.000 0.880
#> SRR191394 1 0.2711 0.82734 0.912 0.000 0.088
#> SRR191396 3 0.0592 0.81125 0.000 0.012 0.988
#> SRR191397 3 0.3412 0.74291 0.124 0.000 0.876
#> SRR191398 1 0.1163 0.87076 0.972 0.000 0.028
#> SRR191399 3 0.2261 0.80592 0.000 0.068 0.932
#> SRR191400 3 0.5138 0.60332 0.252 0.000 0.748
#> SRR191401 3 0.3551 0.74047 0.132 0.000 0.868
#> SRR191402 3 0.0424 0.81024 0.000 0.008 0.992
#> SRR191403 3 0.4291 0.69349 0.180 0.000 0.820
#> SRR191404 3 0.5431 0.55942 0.000 0.284 0.716
#> SRR191405 3 0.2959 0.78885 0.000 0.100 0.900
#> SRR191406 3 0.2261 0.80241 0.000 0.068 0.932
#> SRR191407 3 0.4796 0.64902 0.220 0.000 0.780
#> SRR191408 3 0.0747 0.80496 0.016 0.000 0.984
#> SRR191409 3 0.0424 0.81024 0.000 0.008 0.992
#> SRR191410 3 0.4702 0.68080 0.000 0.212 0.788
#> SRR191411 3 0.0424 0.81024 0.000 0.008 0.992
#> SRR191412 3 0.3340 0.74616 0.120 0.000 0.880
#> SRR191413 3 0.2680 0.80259 0.008 0.068 0.924
#> SRR191414 3 0.3619 0.73681 0.136 0.000 0.864
#> SRR191415 3 0.4750 0.66775 0.000 0.216 0.784
#> SRR191416 3 0.4555 0.70059 0.000 0.200 0.800
#> SRR191418 3 0.0892 0.80571 0.020 0.000 0.980
#> SRR191419 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191420 3 0.1529 0.79350 0.040 0.000 0.960
#> SRR191421 3 0.1860 0.79126 0.052 0.000 0.948
#> SRR191422 3 0.5982 0.43192 0.004 0.328 0.668
#> SRR191423 3 0.5859 0.43885 0.000 0.344 0.656
#> SRR191424 2 0.5792 0.73709 0.036 0.772 0.192
#> SRR191425 3 0.1964 0.80833 0.000 0.056 0.944
#> SRR191426 2 0.2796 0.83440 0.000 0.908 0.092
#> SRR191427 3 0.2663 0.81037 0.024 0.044 0.932
#> SRR191428 3 0.0829 0.81085 0.004 0.012 0.984
#> SRR191429 2 0.1860 0.83809 0.000 0.948 0.052
#> SRR191430 2 0.5591 0.60329 0.000 0.696 0.304
#> SRR191431 3 0.3349 0.77657 0.004 0.108 0.888
#> SRR191432 2 0.1289 0.83486 0.000 0.968 0.032
#> SRR191433 2 0.1753 0.83710 0.000 0.952 0.048
#> SRR191434 3 0.5008 0.72474 0.016 0.180 0.804
#> SRR191435 3 0.3038 0.78738 0.000 0.104 0.896
#> SRR191436 3 0.6154 0.33077 0.000 0.408 0.592
#> SRR191437 3 0.9972 0.01257 0.304 0.328 0.368
#> SRR191438 3 0.3752 0.76806 0.000 0.144 0.856
#> SRR191439 3 0.6260 0.06624 0.000 0.448 0.552
#> SRR191440 3 0.6410 0.21742 0.004 0.420 0.576
#> SRR191441 2 0.4555 0.75825 0.000 0.800 0.200
#> SRR191442 3 0.4834 0.71264 0.004 0.204 0.792
#> SRR191443 3 0.2261 0.78210 0.068 0.000 0.932
#> SRR191444 3 0.1163 0.81325 0.000 0.028 0.972
#> SRR191445 2 0.6521 0.16594 0.004 0.500 0.496
#> SRR191446 2 0.2796 0.83153 0.000 0.908 0.092
#> SRR191447 3 0.6247 0.32806 0.004 0.376 0.620
#> SRR191448 1 0.0237 0.87753 0.996 0.000 0.004
#> SRR191449 3 0.6204 0.24126 0.000 0.424 0.576
#> SRR191450 1 0.5420 0.66807 0.752 0.008 0.240
#> SRR191451 3 0.1129 0.80446 0.020 0.004 0.976
#> SRR191452 3 0.6314 0.25905 0.004 0.392 0.604
#> SRR191453 3 0.1964 0.78929 0.056 0.000 0.944
#> SRR191454 3 0.1267 0.81349 0.004 0.024 0.972
#> SRR191455 3 0.6521 -0.12991 0.004 0.492 0.504
#> SRR191456 3 0.0661 0.80753 0.008 0.004 0.988
#> SRR191457 1 0.0237 0.87753 0.996 0.000 0.004
#> SRR191458 3 0.1765 0.79681 0.040 0.004 0.956
#> SRR191459 2 0.2448 0.83878 0.000 0.924 0.076
#> SRR191460 3 0.1031 0.81306 0.000 0.024 0.976
#> SRR191461 2 0.6286 0.23227 0.000 0.536 0.464
#> SRR191462 3 0.6330 0.28360 0.004 0.396 0.600
#> SRR191463 2 0.5404 0.71047 0.004 0.740 0.256
#> SRR191464 2 0.3551 0.81790 0.000 0.868 0.132
#> SRR191465 2 0.1753 0.83912 0.000 0.952 0.048
#> SRR191466 3 0.6280 0.17517 0.000 0.460 0.540
#> SRR191467 2 0.1525 0.83233 0.004 0.964 0.032
#> SRR191468 2 0.2165 0.84004 0.000 0.936 0.064
#> SRR191469 2 0.6468 0.34665 0.004 0.552 0.444
#> SRR191470 2 0.2448 0.83676 0.000 0.924 0.076
#> SRR191471 2 0.4452 0.77689 0.000 0.808 0.192
#> SRR191472 2 0.4702 0.75504 0.000 0.788 0.212
#> SRR191473 2 0.2356 0.83694 0.000 0.928 0.072
#> SRR191474 2 0.6215 0.32246 0.000 0.572 0.428
#> SRR191475 2 0.1529 0.83689 0.000 0.960 0.040
#> SRR191476 2 0.1529 0.83644 0.000 0.960 0.040
#> SRR191477 2 0.3340 0.82431 0.000 0.880 0.120
#> SRR191478 2 0.4399 0.78625 0.000 0.812 0.188
#> SRR191479 3 0.1129 0.80376 0.020 0.004 0.976
#> SRR191480 2 0.1643 0.83710 0.000 0.956 0.044
#> SRR191481 2 0.1643 0.83763 0.000 0.956 0.044
#> SRR191482 2 0.1529 0.83674 0.000 0.960 0.040
#> SRR191483 2 0.2261 0.83795 0.000 0.932 0.068
#> SRR191484 1 0.6565 0.32309 0.576 0.008 0.416
#> SRR191485 2 0.1529 0.83637 0.000 0.960 0.040
#> SRR191486 3 0.3359 0.80438 0.016 0.084 0.900
#> SRR191487 2 0.2878 0.82221 0.000 0.904 0.096
#> SRR191488 1 0.4453 0.77465 0.836 0.012 0.152
#> SRR191489 3 0.5610 0.67382 0.196 0.028 0.776
#> SRR191490 2 0.9706 0.21692 0.268 0.456 0.276
#> SRR191491 3 0.4700 0.73946 0.008 0.180 0.812
#> SRR191492 2 0.6140 0.43910 0.000 0.596 0.404
#> SRR191493 1 0.6839 0.60644 0.684 0.044 0.272
#> SRR191494 3 0.6786 0.16433 0.012 0.448 0.540
#> SRR191495 3 0.5810 0.51999 0.000 0.336 0.664
#> SRR191496 2 0.5020 0.76626 0.012 0.796 0.192
#> SRR191497 3 0.5810 0.50372 0.000 0.336 0.664
#> SRR191498 1 0.8843 0.09248 0.448 0.116 0.436
#> SRR191499 3 0.6309 0.00177 0.000 0.496 0.504
#> SRR191500 3 0.4978 0.67679 0.004 0.216 0.780
#> SRR191501 1 0.9888 0.14762 0.400 0.328 0.272
#> SRR191502 2 0.5497 0.67277 0.000 0.708 0.292
#> SRR191503 2 0.1411 0.83554 0.000 0.964 0.036
#> SRR191504 2 0.1411 0.83554 0.000 0.964 0.036
#> SRR191505 2 0.1411 0.83554 0.000 0.964 0.036
#> SRR191506 2 0.5285 0.70518 0.004 0.752 0.244
#> SRR191507 2 0.1529 0.83598 0.000 0.960 0.040
#> SRR191508 2 0.2959 0.82153 0.000 0.900 0.100
#> SRR191509 2 0.5016 0.73130 0.000 0.760 0.240
#> SRR191510 2 0.6518 0.20847 0.004 0.512 0.484
#> SRR191511 2 0.3752 0.81574 0.000 0.856 0.144
#> SRR191512 2 0.1411 0.83554 0.000 0.964 0.036
#> SRR191513 2 0.1267 0.82852 0.004 0.972 0.024
#> SRR191514 2 0.0892 0.83103 0.000 0.980 0.020
#> SRR191515 2 0.1529 0.83559 0.000 0.960 0.040
#> SRR191516 2 0.6373 0.31459 0.004 0.588 0.408
#> SRR191517 2 0.1411 0.83602 0.000 0.964 0.036
#> SRR191518 2 0.2066 0.83768 0.000 0.940 0.060
#> SRR191519 2 0.1289 0.83495 0.000 0.968 0.032
#> SRR191520 2 0.3267 0.82646 0.000 0.884 0.116
#> SRR191521 2 0.1289 0.83495 0.000 0.968 0.032
#> SRR191522 2 0.1411 0.83514 0.000 0.964 0.036
#> SRR191523 2 0.4883 0.75403 0.004 0.788 0.208
#> SRR191524 3 0.6124 0.66569 0.036 0.220 0.744
#> SRR191525 2 0.2165 0.83528 0.000 0.936 0.064
#> SRR191526 2 0.3715 0.81074 0.004 0.868 0.128
#> SRR191527 1 0.0475 0.87641 0.992 0.004 0.004
#> SRR191528 1 0.4033 0.79020 0.856 0.008 0.136
#> SRR191529 2 0.7839 0.10240 0.052 0.484 0.464
#> SRR191530 2 0.1411 0.83554 0.000 0.964 0.036
#> SRR191531 3 0.7036 0.10502 0.444 0.020 0.536
#> SRR191532 2 0.5397 0.64645 0.000 0.720 0.280
#> SRR191533 2 0.6051 0.63580 0.012 0.696 0.292
#> SRR191534 2 0.3349 0.81049 0.004 0.888 0.108
#> SRR191535 2 0.4654 0.75701 0.000 0.792 0.208
#> SRR191536 2 0.4178 0.77348 0.000 0.828 0.172
#> SRR191537 2 0.3340 0.82205 0.000 0.880 0.120
#> SRR191538 2 0.1411 0.83554 0.000 0.964 0.036
#> SRR191539 2 0.1765 0.83210 0.004 0.956 0.040
#> SRR191540 2 0.1529 0.83632 0.000 0.960 0.040
#> SRR191541 2 0.1289 0.83486 0.000 0.968 0.032
#> SRR191542 2 0.5158 0.70443 0.004 0.764 0.232
#> SRR191543 2 0.1267 0.82852 0.004 0.972 0.024
#> SRR191544 2 0.1529 0.83689 0.000 0.960 0.040
#> SRR191545 2 0.1411 0.83554 0.000 0.964 0.036
#> SRR191546 2 0.3879 0.79937 0.000 0.848 0.152
#> SRR191547 2 0.3038 0.83025 0.000 0.896 0.104
#> SRR191548 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191549 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191550 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191551 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191552 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191553 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191554 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191555 3 0.6505 0.01433 0.468 0.004 0.528
#> SRR191556 3 0.0237 0.80954 0.000 0.004 0.996
#> SRR191557 3 0.3412 0.77610 0.000 0.124 0.876
#> SRR191558 3 0.0892 0.81350 0.000 0.020 0.980
#> SRR191559 3 0.1163 0.81321 0.000 0.028 0.972
#> SRR191560 3 0.0237 0.80954 0.000 0.004 0.996
#> SRR191561 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191562 3 0.3752 0.73641 0.144 0.000 0.856
#> SRR191563 3 0.3619 0.76377 0.000 0.136 0.864
#> SRR191564 3 0.5363 0.56140 0.000 0.276 0.724
#> SRR191565 3 0.0475 0.80885 0.004 0.004 0.992
#> SRR191566 3 0.0475 0.80885 0.004 0.004 0.992
#> SRR191567 3 0.4842 0.64018 0.224 0.000 0.776
#> SRR191568 3 0.2261 0.78199 0.068 0.000 0.932
#> SRR191569 3 0.0592 0.81190 0.000 0.012 0.988
#> SRR191570 3 0.1031 0.80220 0.024 0.000 0.976
#> SRR191571 3 0.0592 0.81115 0.000 0.012 0.988
#> SRR191572 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191573 3 0.0424 0.81024 0.000 0.008 0.992
#> SRR191574 1 0.6192 0.33055 0.580 0.000 0.420
#> SRR191575 3 0.4399 0.68352 0.188 0.000 0.812
#> SRR191576 3 0.0000 0.80928 0.000 0.000 1.000
#> SRR191577 3 0.0892 0.80389 0.020 0.000 0.980
#> SRR191578 2 0.6172 0.63019 0.012 0.680 0.308
#> SRR191579 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191580 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191581 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191582 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191583 1 0.9252 0.14378 0.448 0.396 0.156
#> SRR191584 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191585 3 0.6267 0.09543 0.000 0.452 0.548
#> SRR191586 2 0.6204 0.27297 0.000 0.576 0.424
#> SRR191587 3 0.1411 0.81266 0.000 0.036 0.964
#> SRR191588 3 0.1753 0.79105 0.048 0.000 0.952
#> SRR191589 3 0.0237 0.80954 0.000 0.004 0.996
#> SRR191590 3 0.3412 0.74516 0.124 0.000 0.876
#> SRR191591 3 0.1411 0.81286 0.000 0.036 0.964
#> SRR191592 3 0.0747 0.81169 0.000 0.016 0.984
#> SRR191593 3 0.1163 0.81277 0.000 0.028 0.972
#> SRR191594 1 0.0424 0.87909 0.992 0.000 0.008
#> SRR191595 3 0.0475 0.80885 0.004 0.004 0.992
#> SRR191596 3 0.2537 0.77634 0.080 0.000 0.920
#> SRR191597 2 0.6062 0.42894 0.000 0.616 0.384
#> SRR191598 3 0.0983 0.80573 0.016 0.004 0.980
#> SRR191599 3 0.3619 0.74288 0.136 0.000 0.864
#> SRR191600 2 0.5859 0.59684 0.000 0.656 0.344
#> SRR191601 3 0.5529 0.56468 0.000 0.296 0.704
#> SRR191602 3 0.3941 0.74702 0.000 0.156 0.844
#> SRR191603 2 0.6267 0.21606 0.000 0.548 0.452
#> SRR191604 2 0.2625 0.83654 0.000 0.916 0.084
#> SRR191605 3 0.2356 0.80585 0.000 0.072 0.928
#> SRR191606 3 0.3644 0.75151 0.124 0.004 0.872
#> SRR191607 3 0.6126 0.27093 0.000 0.400 0.600
#> SRR191608 2 0.1643 0.83710 0.000 0.956 0.044
#> SRR191609 2 0.4062 0.78991 0.000 0.836 0.164
#> SRR191610 3 0.4702 0.69429 0.000 0.212 0.788
#> SRR191611 2 0.6267 0.17592 0.000 0.548 0.452
#> SRR191612 3 0.4399 0.71454 0.000 0.188 0.812
#> SRR191613 1 0.6427 0.48955 0.640 0.012 0.348
#> SRR191614 3 0.2711 0.79629 0.000 0.088 0.912
#> SRR191615 3 0.0892 0.81204 0.000 0.020 0.980
#> SRR191616 1 0.0829 0.87348 0.984 0.012 0.004
#> SRR191617 2 0.6704 0.47745 0.016 0.608 0.376
#> SRR191618 3 0.7339 0.65014 0.144 0.148 0.708
#> SRR191619 2 0.2261 0.83780 0.000 0.932 0.068
#> SRR191620 2 0.6305 0.07522 0.000 0.516 0.484
#> SRR191621 2 0.2448 0.83669 0.000 0.924 0.076
#> SRR191622 3 0.4555 0.71593 0.000 0.200 0.800
#> SRR191623 3 0.4121 0.74069 0.000 0.168 0.832
#> SRR191624 3 0.0983 0.80462 0.016 0.004 0.980
#> SRR191625 2 0.3619 0.81920 0.000 0.864 0.136
#> SRR191626 2 0.2165 0.83690 0.000 0.936 0.064
#> SRR191627 2 0.1860 0.83750 0.000 0.948 0.052
#> SRR191628 3 0.2711 0.79879 0.000 0.088 0.912
#> SRR191629 3 0.5650 0.51329 0.000 0.312 0.688
#> SRR191630 1 0.2448 0.84225 0.924 0.000 0.076
#> SRR191631 2 0.1860 0.83750 0.000 0.948 0.052
#> SRR191632 3 0.3784 0.76632 0.004 0.132 0.864
#> SRR191633 2 0.6307 0.19602 0.000 0.512 0.488
#> SRR191634 1 0.1015 0.87210 0.980 0.008 0.012
#> SRR191635 3 0.2537 0.80029 0.000 0.080 0.920
#> SRR191636 1 0.1337 0.86898 0.972 0.012 0.016
#> SRR191637 2 0.2527 0.81961 0.020 0.936 0.044
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.1722 0.71062 0.048 0.000 0.944 0.008
#> SRR191394 1 0.2530 0.79073 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR191396 3 0.3325 0.71940 0.000 0.112 0.864 0.024
#> SRR191397 3 0.1545 0.71291 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR191398 1 0.1211 0.86708 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR191399 3 0.3711 0.70388 0.000 0.140 0.836 0.024
#> SRR191400 3 0.2973 0.66465 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR191401 3 0.1902 0.70676 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR191402 3 0.1743 0.72913 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR191403 3 0.2329 0.69913 0.072 0.000 0.916 0.012
#> SRR191404 3 0.6340 0.27536 0.000 0.408 0.528 0.064
#> SRR191405 3 0.4328 0.62625 0.000 0.244 0.748 0.008
#> SRR191406 3 0.4105 0.70704 0.000 0.156 0.812 0.032
#> SRR191407 3 0.3606 0.66015 0.132 0.000 0.844 0.024
#> SRR191408 3 0.2669 0.72557 0.004 0.032 0.912 0.052
#> SRR191409 3 0.2944 0.71712 0.000 0.128 0.868 0.004
#> SRR191410 3 0.5638 0.42683 0.000 0.388 0.584 0.028
#> SRR191411 3 0.2489 0.73370 0.000 0.068 0.912 0.020
#> SRR191412 3 0.1584 0.71341 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR191413 3 0.2281 0.72164 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR191414 3 0.2174 0.71076 0.052 0.000 0.928 0.020
#> SRR191415 3 0.5774 0.26203 0.000 0.464 0.508 0.028
#> SRR191416 3 0.4718 0.61088 0.000 0.280 0.708 0.012
#> SRR191418 3 0.1256 0.72700 0.000 0.008 0.964 0.028
#> SRR191419 1 0.0188 0.88552 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR191420 3 0.1878 0.72358 0.008 0.008 0.944 0.040
#> SRR191421 3 0.1909 0.72141 0.008 0.004 0.940 0.048
#> SRR191422 3 0.7093 0.24351 0.000 0.212 0.568 0.220
#> SRR191423 3 0.6727 0.25863 0.000 0.384 0.520 0.096
#> SRR191424 4 0.6710 0.45159 0.024 0.292 0.068 0.616
#> SRR191425 3 0.4907 0.68895 0.000 0.176 0.764 0.060
#> SRR191426 2 0.2521 0.57210 0.000 0.912 0.024 0.064
#> SRR191427 3 0.5891 0.62277 0.000 0.132 0.700 0.168
#> SRR191428 3 0.4015 0.71465 0.000 0.116 0.832 0.052
#> SRR191429 2 0.2198 0.58367 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR191430 2 0.4565 0.48132 0.000 0.796 0.140 0.064
#> SRR191431 3 0.5410 0.59163 0.000 0.080 0.728 0.192
#> SRR191432 2 0.3219 0.56926 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR191433 2 0.3591 0.57608 0.000 0.824 0.008 0.168
#> SRR191434 3 0.7485 0.40343 0.020 0.232 0.576 0.172
#> SRR191435 3 0.5298 0.62233 0.000 0.244 0.708 0.048
#> SRR191436 2 0.6462 0.14556 0.000 0.580 0.332 0.088
#> SRR191437 4 0.7262 0.46833 0.136 0.032 0.212 0.620
#> SRR191438 3 0.6061 0.41318 0.000 0.400 0.552 0.048
#> SRR191439 3 0.7803 -0.10795 0.000 0.340 0.404 0.256
#> SRR191440 4 0.7754 0.32016 0.000 0.244 0.336 0.420
#> SRR191441 2 0.6780 -0.07097 0.000 0.488 0.096 0.416
#> SRR191442 3 0.7150 0.29874 0.000 0.384 0.480 0.136
#> SRR191443 3 0.2977 0.72329 0.024 0.020 0.904 0.052
#> SRR191444 3 0.3443 0.71774 0.000 0.136 0.848 0.016
#> SRR191445 4 0.7904 0.34852 0.000 0.308 0.324 0.368
#> SRR191446 2 0.5620 0.36334 0.000 0.560 0.024 0.416
#> SRR191447 3 0.7509 -0.13400 0.000 0.188 0.452 0.360
#> SRR191448 1 0.0895 0.88114 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR191449 2 0.5467 0.17274 0.000 0.612 0.364 0.024
#> SRR191450 1 0.6603 0.36112 0.572 0.000 0.328 0.100
#> SRR191451 3 0.2360 0.72555 0.004 0.020 0.924 0.052
#> SRR191452 3 0.7669 -0.16722 0.000 0.236 0.452 0.312
#> SRR191453 3 0.2748 0.72407 0.004 0.020 0.904 0.072
#> SRR191454 3 0.5070 0.61569 0.000 0.060 0.748 0.192
#> SRR191455 2 0.6779 0.16138 0.000 0.560 0.324 0.116
#> SRR191456 3 0.2751 0.72585 0.000 0.040 0.904 0.056
#> SRR191457 1 0.1356 0.87570 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR191458 3 0.2486 0.73001 0.004 0.028 0.920 0.048
#> SRR191459 2 0.2060 0.58121 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR191460 3 0.3088 0.72340 0.000 0.128 0.864 0.008
#> SRR191461 2 0.6834 0.19327 0.000 0.596 0.240 0.164
#> SRR191462 4 0.7393 0.46467 0.000 0.180 0.332 0.488
#> SRR191463 2 0.6595 0.26937 0.000 0.608 0.124 0.268
#> SRR191464 2 0.3833 0.56063 0.000 0.848 0.072 0.080
#> SRR191465 2 0.4502 0.46848 0.000 0.748 0.016 0.236
#> SRR191466 2 0.6112 0.31284 0.000 0.656 0.248 0.096
#> SRR191467 4 0.5167 -0.23528 0.000 0.488 0.004 0.508
#> SRR191468 2 0.5193 0.48703 0.000 0.656 0.020 0.324
#> SRR191469 2 0.7590 -0.04447 0.000 0.480 0.248 0.272
#> SRR191470 2 0.2805 0.58450 0.000 0.888 0.012 0.100
#> SRR191471 2 0.4374 0.52439 0.000 0.812 0.120 0.068
#> SRR191472 2 0.6396 -0.19736 0.000 0.468 0.064 0.468
#> SRR191473 2 0.2376 0.58146 0.000 0.916 0.016 0.068
#> SRR191474 2 0.5074 0.35968 0.000 0.724 0.236 0.040
#> SRR191475 2 0.4382 0.50021 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR191476 2 0.4535 0.51083 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR191477 2 0.1724 0.58870 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR191478 2 0.4599 0.54998 0.000 0.800 0.088 0.112
#> SRR191479 3 0.3030 0.72783 0.004 0.028 0.892 0.076
#> SRR191480 2 0.4072 0.51960 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR191481 2 0.2773 0.59163 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR191482 2 0.2530 0.58652 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR191483 2 0.3447 0.56591 0.000 0.852 0.020 0.128
#> SRR191484 1 0.8812 0.00732 0.380 0.044 0.300 0.276
#> SRR191485 2 0.2530 0.59014 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR191486 3 0.5986 0.58675 0.004 0.092 0.688 0.216
#> SRR191487 2 0.4792 0.48759 0.000 0.680 0.008 0.312
#> SRR191488 1 0.6969 0.54149 0.640 0.020 0.176 0.164
#> SRR191489 3 0.5864 0.55725 0.072 0.020 0.724 0.184
#> SRR191490 4 0.7398 0.52188 0.120 0.096 0.132 0.652
#> SRR191491 3 0.7252 0.34708 0.000 0.232 0.544 0.224
#> SRR191492 2 0.7278 -0.05707 0.000 0.508 0.168 0.324
#> SRR191493 4 0.8180 0.08230 0.348 0.036 0.156 0.460
#> SRR191494 4 0.7844 0.40327 0.004 0.232 0.324 0.440
#> SRR191495 3 0.7849 -0.02138 0.000 0.316 0.400 0.284
#> SRR191496 4 0.6837 0.44627 0.004 0.308 0.112 0.576
#> SRR191497 3 0.6822 0.29457 0.000 0.384 0.512 0.104
#> SRR191498 4 0.9616 0.41650 0.216 0.180 0.208 0.396
#> SRR191499 2 0.7015 0.07456 0.000 0.568 0.264 0.168
#> SRR191500 3 0.7629 0.17200 0.000 0.328 0.452 0.220
#> SRR191501 4 0.7793 0.50486 0.128 0.076 0.192 0.604
#> SRR191502 2 0.6790 0.15496 0.000 0.576 0.128 0.296
#> SRR191503 2 0.4643 0.47815 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR191504 2 0.4872 0.45452 0.000 0.640 0.004 0.356
#> SRR191505 2 0.4605 0.46509 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR191506 4 0.7077 0.45779 0.000 0.316 0.148 0.536
#> SRR191507 2 0.5560 0.30505 0.000 0.584 0.024 0.392
#> SRR191508 2 0.5557 0.48777 0.000 0.652 0.040 0.308
#> SRR191509 2 0.5042 0.50713 0.000 0.768 0.136 0.096
#> SRR191510 2 0.7654 -0.12015 0.000 0.464 0.252 0.284
#> SRR191511 2 0.4595 0.50467 0.000 0.776 0.040 0.184
#> SRR191512 2 0.4817 0.42052 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR191513 4 0.4655 0.14446 0.000 0.312 0.004 0.684
#> SRR191514 2 0.4509 0.48197 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR191515 2 0.4262 0.53690 0.000 0.756 0.008 0.236
#> SRR191516 4 0.7474 0.18267 0.000 0.292 0.212 0.496
#> SRR191517 2 0.1940 0.59143 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR191518 2 0.1978 0.58671 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR191519 2 0.3907 0.53335 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR191520 2 0.4391 0.50027 0.000 0.740 0.008 0.252
#> SRR191521 2 0.4677 0.50033 0.000 0.680 0.004 0.316
#> SRR191522 2 0.4781 0.31002 0.000 0.660 0.004 0.336
#> SRR191523 2 0.6546 -0.15779 0.000 0.492 0.076 0.432
#> SRR191524 3 0.7806 0.27979 0.012 0.200 0.496 0.292
#> SRR191525 4 0.5600 0.17839 0.000 0.468 0.020 0.512
#> SRR191526 2 0.6082 -0.09716 0.000 0.480 0.044 0.476
#> SRR191527 1 0.1629 0.87112 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR191528 1 0.5580 0.65128 0.740 0.016 0.180 0.064
#> SRR191529 4 0.7820 0.51855 0.028 0.168 0.264 0.540
#> SRR191530 2 0.4655 0.48053 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR191531 3 0.8029 0.10729 0.248 0.016 0.480 0.256
#> SRR191532 4 0.7218 0.31700 0.000 0.416 0.140 0.444
#> SRR191533 4 0.6161 0.33959 0.004 0.400 0.044 0.552
#> SRR191534 4 0.5312 0.21715 0.000 0.268 0.040 0.692
#> SRR191535 2 0.5875 0.43264 0.000 0.692 0.104 0.204
#> SRR191536 4 0.6765 0.39899 0.000 0.300 0.124 0.576
#> SRR191537 2 0.6229 0.45175 0.000 0.628 0.088 0.284
#> SRR191538 2 0.4624 0.47891 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR191539 2 0.5764 0.09140 0.000 0.520 0.028 0.452
#> SRR191540 2 0.4250 0.50529 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR191541 2 0.3123 0.57846 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR191542 4 0.7002 0.39843 0.000 0.352 0.128 0.520
#> SRR191543 4 0.5155 -0.04521 0.000 0.468 0.004 0.528
#> SRR191544 2 0.4382 0.50171 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR191545 2 0.4008 0.52703 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR191546 2 0.5121 0.54687 0.000 0.764 0.116 0.120
#> SRR191547 2 0.5460 0.20520 0.000 0.632 0.028 0.340
#> SRR191548 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0188 0.88552 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR191552 1 0.0188 0.88552 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 3 0.7861 0.06460 0.276 0.008 0.476 0.240
#> SRR191556 3 0.0336 0.72472 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR191557 3 0.5141 0.62368 0.000 0.268 0.700 0.032
#> SRR191558 3 0.0921 0.73051 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR191559 3 0.4199 0.70274 0.000 0.164 0.804 0.032
#> SRR191560 3 0.2334 0.72995 0.000 0.088 0.908 0.004
#> SRR191561 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191562 3 0.4452 0.65494 0.052 0.008 0.816 0.124
#> SRR191563 3 0.5417 0.37240 0.000 0.412 0.572 0.016
#> SRR191564 3 0.5947 0.37651 0.000 0.384 0.572 0.044
#> SRR191565 3 0.0336 0.72472 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR191566 3 0.0895 0.72795 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR191567 3 0.2928 0.67756 0.108 0.000 0.880 0.012
#> SRR191568 3 0.1929 0.71839 0.024 0.000 0.940 0.036
#> SRR191569 3 0.3421 0.72463 0.000 0.088 0.868 0.044
#> SRR191570 3 0.0967 0.72366 0.004 0.004 0.976 0.016
#> SRR191571 3 0.2053 0.72927 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR191572 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.0707 0.72789 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR191574 3 0.5268 0.21345 0.396 0.000 0.592 0.012
#> SRR191575 3 0.2813 0.68980 0.080 0.000 0.896 0.024
#> SRR191576 3 0.0895 0.72972 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR191577 3 0.0524 0.72585 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR191578 2 0.7118 0.25035 0.016 0.608 0.144 0.232
#> SRR191579 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191583 4 0.7977 0.31730 0.256 0.052 0.140 0.552
#> SRR191584 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191585 2 0.4182 0.46569 0.000 0.796 0.180 0.024
#> SRR191586 2 0.6522 0.33876 0.000 0.632 0.224 0.144
#> SRR191587 3 0.3852 0.68887 0.000 0.192 0.800 0.008
#> SRR191588 3 0.1229 0.71913 0.008 0.004 0.968 0.020
#> SRR191589 3 0.1022 0.72944 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR191590 3 0.2844 0.70447 0.048 0.000 0.900 0.052
#> SRR191591 3 0.4137 0.68748 0.000 0.208 0.780 0.012
#> SRR191592 3 0.3850 0.72329 0.000 0.116 0.840 0.044
#> SRR191593 3 0.4017 0.71470 0.000 0.128 0.828 0.044
#> SRR191594 1 0.0000 0.88669 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191595 3 0.1510 0.73068 0.000 0.028 0.956 0.016
#> SRR191596 3 0.3434 0.70290 0.024 0.020 0.880 0.076
#> SRR191597 2 0.2737 0.53611 0.000 0.888 0.104 0.008
#> SRR191598 3 0.0992 0.72383 0.004 0.008 0.976 0.012
#> SRR191599 3 0.4273 0.65360 0.036 0.008 0.820 0.136
#> SRR191600 2 0.4245 0.46187 0.000 0.784 0.196 0.020
#> SRR191601 3 0.7790 0.08633 0.000 0.340 0.408 0.252
#> SRR191602 3 0.5220 0.53609 0.000 0.352 0.632 0.016
#> SRR191603 2 0.4245 0.42005 0.000 0.784 0.196 0.020
#> SRR191604 2 0.2413 0.59044 0.000 0.916 0.020 0.064
#> SRR191605 3 0.5630 0.66043 0.000 0.140 0.724 0.136
#> SRR191606 3 0.4303 0.66474 0.036 0.016 0.828 0.120
#> SRR191607 2 0.7784 -0.16206 0.000 0.428 0.280 0.292
#> SRR191608 2 0.4304 0.50382 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR191609 2 0.4010 0.53262 0.000 0.816 0.028 0.156
#> SRR191610 3 0.7475 0.28698 0.000 0.332 0.476 0.192
#> SRR191611 2 0.5565 0.37281 0.000 0.700 0.232 0.068
#> SRR191612 3 0.5003 0.58582 0.000 0.308 0.676 0.016
#> SRR191613 1 0.7606 0.18029 0.444 0.000 0.348 0.208
#> SRR191614 3 0.5519 0.59862 0.000 0.264 0.684 0.052
#> SRR191615 3 0.3208 0.70856 0.000 0.148 0.848 0.004
#> SRR191616 1 0.3279 0.82810 0.872 0.000 0.032 0.096
#> SRR191617 4 0.7449 0.46901 0.016 0.260 0.160 0.564
#> SRR191618 4 0.8161 0.21141 0.040 0.148 0.336 0.476
#> SRR191619 2 0.3224 0.58965 0.000 0.864 0.016 0.120
#> SRR191620 2 0.7048 0.10014 0.000 0.556 0.284 0.160
#> SRR191621 2 0.1488 0.58488 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR191622 3 0.6607 0.42678 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR191623 3 0.5878 0.56178 0.000 0.312 0.632 0.056
#> SRR191624 3 0.2099 0.72818 0.004 0.020 0.936 0.040
#> SRR191625 2 0.3323 0.58006 0.000 0.876 0.060 0.064
#> SRR191626 2 0.1042 0.59031 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR191627 2 0.2021 0.59236 0.000 0.932 0.012 0.056
#> SRR191628 3 0.7128 0.36160 0.000 0.152 0.528 0.320
#> SRR191629 2 0.5663 -0.02232 0.000 0.536 0.440 0.024
#> SRR191630 1 0.2456 0.84346 0.924 0.008 0.028 0.040
#> SRR191631 2 0.1890 0.59233 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR191632 3 0.7210 0.36947 0.000 0.184 0.540 0.276
#> SRR191633 2 0.7863 -0.23163 0.000 0.380 0.276 0.344
#> SRR191634 1 0.3266 0.82693 0.868 0.000 0.024 0.108
#> SRR191635 3 0.5820 0.62124 0.000 0.240 0.680 0.080
#> SRR191636 1 0.3335 0.81943 0.860 0.000 0.020 0.120
#> SRR191637 4 0.5483 -0.00379 0.012 0.368 0.008 0.612
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.1059 0.71105 0.008 0.000 0.968 0.004 0.020
#> SRR191394 1 0.2852 0.71588 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR191396 3 0.3752 0.69843 0.000 0.000 0.812 0.124 0.064
#> SRR191397 3 0.1267 0.71122 0.012 0.000 0.960 0.004 0.024
#> SRR191398 1 0.2248 0.82257 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR191399 3 0.4472 0.65400 0.000 0.004 0.760 0.160 0.076
#> SRR191400 3 0.2608 0.68707 0.088 0.000 0.888 0.004 0.020
#> SRR191401 3 0.1087 0.71760 0.016 0.000 0.968 0.008 0.008
#> SRR191402 3 0.3282 0.66468 0.000 0.000 0.804 0.188 0.008
#> SRR191403 3 0.1471 0.71088 0.020 0.000 0.952 0.004 0.024
#> SRR191404 4 0.5807 0.34551 0.000 0.044 0.352 0.572 0.032
#> SRR191405 3 0.4796 0.08395 0.000 0.012 0.516 0.468 0.004
#> SRR191406 3 0.4768 0.40719 0.000 0.000 0.592 0.384 0.024
#> SRR191407 3 0.3043 0.68356 0.064 0.004 0.876 0.004 0.052
#> SRR191408 3 0.2843 0.70556 0.000 0.000 0.876 0.048 0.076
#> SRR191409 3 0.3829 0.64656 0.000 0.000 0.776 0.196 0.028
#> SRR191410 4 0.4779 0.24494 0.000 0.004 0.396 0.584 0.016
#> SRR191411 3 0.4394 0.63487 0.000 0.008 0.744 0.212 0.036
#> SRR191412 3 0.1059 0.71221 0.008 0.000 0.968 0.004 0.020
#> SRR191413 3 0.3119 0.70121 0.000 0.000 0.860 0.072 0.068
#> SRR191414 3 0.2060 0.71103 0.016 0.000 0.924 0.008 0.052
#> SRR191415 4 0.4380 0.43567 0.000 0.012 0.288 0.692 0.008
#> SRR191416 3 0.5033 0.31866 0.000 0.004 0.568 0.400 0.028
#> SRR191418 3 0.1774 0.71865 0.000 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR191419 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191420 3 0.2853 0.69488 0.000 0.000 0.876 0.072 0.052
#> SRR191421 3 0.3056 0.69702 0.000 0.000 0.864 0.068 0.068
#> SRR191422 3 0.7977 -0.05048 0.000 0.144 0.404 0.312 0.140
#> SRR191423 4 0.7282 0.28920 0.000 0.104 0.308 0.492 0.096
#> SRR191424 5 0.5846 0.42146 0.004 0.184 0.004 0.168 0.640
#> SRR191425 3 0.5721 0.31836 0.000 0.000 0.492 0.424 0.084
#> SRR191426 4 0.4617 0.25380 0.000 0.224 0.000 0.716 0.060
#> SRR191427 3 0.7081 0.30575 0.000 0.028 0.484 0.248 0.240
#> SRR191428 3 0.5652 0.40077 0.000 0.000 0.564 0.344 0.092
#> SRR191429 4 0.5511 -0.00202 0.000 0.344 0.000 0.576 0.080
#> SRR191430 4 0.5313 0.37099 0.000 0.180 0.056 0.716 0.048
#> SRR191431 3 0.5898 0.55627 0.000 0.020 0.652 0.152 0.176
#> SRR191432 2 0.5551 0.30904 0.000 0.488 0.000 0.444 0.068
#> SRR191433 4 0.5847 -0.18532 0.000 0.424 0.000 0.480 0.096
#> SRR191434 3 0.7972 -0.16659 0.004 0.064 0.336 0.328 0.268
#> SRR191435 4 0.5321 -0.00827 0.000 0.004 0.472 0.484 0.040
#> SRR191436 4 0.5001 0.46925 0.000 0.056 0.128 0.756 0.060
#> SRR191437 5 0.6863 0.50759 0.080 0.108 0.120 0.040 0.652
#> SRR191438 4 0.5403 0.42609 0.000 0.032 0.272 0.656 0.040
#> SRR191439 4 0.7775 0.20505 0.000 0.144 0.196 0.488 0.172
#> SRR191440 5 0.8559 0.28747 0.004 0.188 0.208 0.252 0.348
#> SRR191441 2 0.7291 -0.03355 0.000 0.344 0.020 0.332 0.304
#> SRR191442 4 0.5635 0.36607 0.000 0.028 0.168 0.688 0.116
#> SRR191443 3 0.2616 0.70911 0.000 0.000 0.888 0.036 0.076
#> SRR191444 3 0.5807 0.37763 0.000 0.032 0.572 0.352 0.044
#> SRR191445 4 0.8033 0.02074 0.000 0.164 0.220 0.444 0.172
#> SRR191446 2 0.6381 0.38577 0.000 0.552 0.008 0.256 0.184
#> SRR191447 5 0.8367 0.26646 0.000 0.152 0.244 0.256 0.348
#> SRR191448 1 0.2238 0.85867 0.912 0.000 0.020 0.004 0.064
#> SRR191449 4 0.4595 0.46048 0.000 0.056 0.116 0.784 0.044
#> SRR191450 3 0.6881 -0.09939 0.396 0.000 0.408 0.016 0.180
#> SRR191451 3 0.2795 0.71124 0.000 0.000 0.880 0.056 0.064
#> SRR191452 4 0.8401 -0.12423 0.000 0.164 0.308 0.316 0.212
#> SRR191453 3 0.4147 0.66829 0.004 0.012 0.804 0.052 0.128
#> SRR191454 3 0.6241 0.41859 0.000 0.004 0.564 0.240 0.192
#> SRR191455 4 0.7330 0.35691 0.000 0.148 0.156 0.552 0.144
#> SRR191456 3 0.3234 0.70668 0.000 0.000 0.852 0.084 0.064
#> SRR191457 1 0.1787 0.87218 0.936 0.000 0.016 0.004 0.044
#> SRR191458 3 0.3635 0.70433 0.000 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR191459 4 0.4904 0.20510 0.000 0.240 0.000 0.688 0.072
#> SRR191460 3 0.4695 0.47802 0.000 0.012 0.644 0.332 0.012
#> SRR191461 4 0.5754 0.42090 0.000 0.108 0.060 0.700 0.132
#> SRR191462 5 0.7816 0.47773 0.000 0.188 0.268 0.100 0.444
#> SRR191463 4 0.7467 0.07724 0.000 0.272 0.068 0.476 0.184
#> SRR191464 4 0.5587 0.25215 0.000 0.280 0.044 0.640 0.036
#> SRR191465 2 0.6431 0.29462 0.000 0.436 0.000 0.388 0.176
#> SRR191466 4 0.5053 0.45226 0.000 0.096 0.112 0.752 0.040
#> SRR191467 2 0.4121 0.49449 0.000 0.788 0.000 0.112 0.100
#> SRR191468 2 0.5568 0.51875 0.000 0.596 0.000 0.308 0.096
#> SRR191469 4 0.7180 0.26611 0.000 0.104 0.132 0.556 0.208
#> SRR191470 4 0.6030 -0.05063 0.000 0.316 0.000 0.544 0.140
#> SRR191471 4 0.6911 0.20764 0.000 0.240 0.108 0.568 0.084
#> SRR191472 5 0.7166 0.16125 0.000 0.264 0.016 0.360 0.360
#> SRR191473 4 0.5613 0.04201 0.000 0.308 0.000 0.592 0.100
#> SRR191474 4 0.4699 0.45755 0.000 0.088 0.104 0.776 0.032
#> SRR191475 2 0.4315 0.57927 0.000 0.700 0.000 0.276 0.024
#> SRR191476 2 0.5224 0.55787 0.000 0.644 0.000 0.276 0.080
#> SRR191477 4 0.4363 0.24544 0.000 0.268 0.008 0.708 0.016
#> SRR191478 4 0.6278 0.19531 0.000 0.300 0.044 0.580 0.076
#> SRR191479 3 0.3800 0.70651 0.000 0.000 0.812 0.080 0.108
#> SRR191480 2 0.4538 0.47418 0.000 0.636 0.004 0.348 0.012
#> SRR191481 4 0.5285 -0.01344 0.000 0.356 0.000 0.584 0.060
#> SRR191482 4 0.5168 -0.02007 0.000 0.356 0.000 0.592 0.052
#> SRR191483 4 0.6069 -0.09385 0.000 0.340 0.000 0.524 0.136
#> SRR191484 5 0.8520 0.25605 0.224 0.016 0.212 0.140 0.408
#> SRR191485 4 0.4909 -0.01887 0.000 0.380 0.000 0.588 0.032
#> SRR191486 3 0.7132 0.26530 0.000 0.032 0.484 0.236 0.248
#> SRR191487 2 0.5289 0.40666 0.000 0.580 0.008 0.372 0.040
#> SRR191488 1 0.7132 0.13857 0.436 0.000 0.260 0.020 0.284
#> SRR191489 3 0.5554 0.54319 0.020 0.008 0.704 0.100 0.168
#> SRR191490 5 0.5936 0.51432 0.076 0.048 0.088 0.060 0.728
#> SRR191491 3 0.7631 -0.04108 0.000 0.048 0.384 0.288 0.280
#> SRR191492 4 0.7324 0.07940 0.000 0.164 0.068 0.500 0.268
#> SRR191493 5 0.6394 0.34597 0.216 0.020 0.108 0.024 0.632
#> SRR191494 5 0.8089 0.48151 0.000 0.164 0.208 0.192 0.436
#> SRR191495 4 0.7597 0.11222 0.000 0.100 0.220 0.496 0.184
#> SRR191496 5 0.7258 0.43845 0.000 0.240 0.080 0.152 0.528
#> SRR191497 4 0.6957 0.32104 0.000 0.092 0.256 0.556 0.096
#> SRR191498 5 0.8089 0.48972 0.100 0.044 0.156 0.176 0.524
#> SRR191499 4 0.5279 0.40043 0.000 0.060 0.084 0.740 0.116
#> SRR191500 4 0.6925 0.24582 0.000 0.052 0.200 0.560 0.188
#> SRR191501 5 0.5805 0.51567 0.060 0.044 0.172 0.020 0.704
#> SRR191502 4 0.6433 0.30001 0.000 0.212 0.032 0.600 0.156
#> SRR191503 2 0.4021 0.60818 0.000 0.764 0.000 0.200 0.036
#> SRR191504 2 0.3355 0.59097 0.000 0.832 0.000 0.132 0.036
#> SRR191505 2 0.3276 0.59927 0.000 0.836 0.000 0.132 0.032
#> SRR191506 5 0.7474 0.38519 0.000 0.296 0.088 0.140 0.476
#> SRR191507 2 0.6452 0.42554 0.000 0.572 0.024 0.144 0.260
#> SRR191508 2 0.5155 0.55166 0.000 0.660 0.020 0.284 0.036
#> SRR191509 4 0.7085 0.04217 0.000 0.344 0.084 0.484 0.088
#> SRR191510 4 0.7442 0.15237 0.000 0.092 0.164 0.512 0.232
#> SRR191511 4 0.6638 -0.08928 0.000 0.356 0.012 0.472 0.160
#> SRR191512 2 0.3169 0.56540 0.000 0.856 0.000 0.084 0.060
#> SRR191513 2 0.4248 0.23932 0.000 0.728 0.000 0.032 0.240
#> SRR191514 2 0.5775 0.48097 0.000 0.608 0.000 0.244 0.148
#> SRR191515 2 0.5000 0.59242 0.000 0.688 0.004 0.240 0.068
#> SRR191516 2 0.7483 0.02758 0.000 0.456 0.076 0.316 0.152
#> SRR191517 4 0.5422 -0.00982 0.000 0.348 0.000 0.580 0.072
#> SRR191518 4 0.4849 0.03917 0.000 0.360 0.000 0.608 0.032
#> SRR191519 2 0.5224 0.55071 0.000 0.644 0.000 0.276 0.080
#> SRR191520 4 0.6232 -0.08399 0.000 0.356 0.000 0.492 0.152
#> SRR191521 2 0.4201 0.61197 0.000 0.752 0.000 0.204 0.044
#> SRR191522 2 0.6482 0.30586 0.000 0.440 0.000 0.372 0.188
#> SRR191523 5 0.7300 0.23857 0.000 0.268 0.028 0.284 0.420
#> SRR191524 4 0.7778 -0.10429 0.000 0.056 0.316 0.332 0.296
#> SRR191525 5 0.6698 0.12220 0.000 0.316 0.000 0.260 0.424
#> SRR191526 2 0.7011 -0.07970 0.000 0.436 0.016 0.224 0.324
#> SRR191527 1 0.2628 0.84017 0.884 0.000 0.028 0.000 0.088
#> SRR191528 1 0.5707 0.48905 0.624 0.000 0.216 0.000 0.160
#> SRR191529 5 0.7038 0.53464 0.020 0.092 0.132 0.136 0.620
#> SRR191530 2 0.3278 0.60899 0.000 0.824 0.000 0.156 0.020
#> SRR191531 3 0.7900 0.11794 0.132 0.040 0.488 0.060 0.280
#> SRR191532 5 0.7758 0.34908 0.000 0.184 0.080 0.352 0.384
#> SRR191533 5 0.6917 0.34416 0.000 0.228 0.012 0.312 0.448
#> SRR191534 2 0.4990 0.23204 0.000 0.688 0.008 0.056 0.248
#> SRR191535 4 0.6930 -0.04217 0.000 0.340 0.024 0.464 0.172
#> SRR191536 5 0.7555 0.24979 0.000 0.360 0.084 0.140 0.416
#> SRR191537 2 0.6285 0.51036 0.000 0.612 0.092 0.248 0.048
#> SRR191538 2 0.4193 0.60959 0.000 0.748 0.000 0.212 0.040
#> SRR191539 2 0.6821 0.16193 0.000 0.476 0.012 0.216 0.296
#> SRR191540 2 0.4404 0.55286 0.000 0.684 0.000 0.292 0.024
#> SRR191541 4 0.5858 -0.28250 0.000 0.452 0.000 0.452 0.096
#> SRR191542 5 0.7518 0.26669 0.000 0.352 0.052 0.200 0.396
#> SRR191543 2 0.5816 0.25977 0.000 0.608 0.000 0.164 0.228
#> SRR191544 2 0.4009 0.54506 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR191545 2 0.4086 0.57417 0.000 0.704 0.000 0.284 0.012
#> SRR191546 2 0.6960 0.22402 0.000 0.460 0.092 0.384 0.064
#> SRR191547 4 0.7061 -0.15794 0.000 0.300 0.012 0.408 0.280
#> SRR191548 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 3 0.7804 -0.01699 0.144 0.004 0.424 0.096 0.332
#> SRR191556 3 0.1270 0.72410 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR191557 4 0.5078 0.10965 0.000 0.004 0.388 0.576 0.032
#> SRR191558 3 0.2692 0.72140 0.000 0.016 0.884 0.092 0.008
#> SRR191559 3 0.5066 0.46791 0.000 0.000 0.608 0.344 0.048
#> SRR191560 3 0.3151 0.69705 0.000 0.000 0.836 0.144 0.020
#> SRR191561 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191562 3 0.4638 0.61433 0.012 0.004 0.768 0.072 0.144
#> SRR191563 4 0.5474 0.40949 0.000 0.048 0.308 0.624 0.020
#> SRR191564 4 0.5328 0.34619 0.000 0.036 0.344 0.604 0.016
#> SRR191565 3 0.1041 0.72192 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR191566 3 0.1571 0.72774 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR191567 3 0.1901 0.70431 0.040 0.000 0.932 0.004 0.024
#> SRR191568 3 0.1934 0.71410 0.004 0.000 0.928 0.016 0.052
#> SRR191569 3 0.4434 0.63230 0.000 0.000 0.736 0.208 0.056
#> SRR191570 3 0.1310 0.72336 0.000 0.000 0.956 0.024 0.020
#> SRR191571 3 0.3203 0.67818 0.000 0.000 0.820 0.168 0.012
#> SRR191572 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.1952 0.72007 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR191574 3 0.4083 0.51197 0.228 0.000 0.744 0.000 0.028
#> SRR191575 3 0.1493 0.70615 0.028 0.000 0.948 0.000 0.024
#> SRR191576 3 0.1924 0.72460 0.000 0.004 0.924 0.064 0.008
#> SRR191577 3 0.0898 0.72203 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR191578 4 0.6805 0.22988 0.000 0.136 0.040 0.532 0.292
#> SRR191579 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0290 0.89221 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR191583 5 0.7094 0.42256 0.160 0.072 0.152 0.016 0.600
#> SRR191584 1 0.0000 0.89505 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191585 4 0.4486 0.41615 0.000 0.124 0.068 0.784 0.024
#> SRR191586 4 0.5797 0.28722 0.000 0.204 0.048 0.672 0.076
#> SRR191587 3 0.4825 0.31874 0.000 0.000 0.568 0.408 0.024
#> SRR191588 3 0.1059 0.71590 0.000 0.004 0.968 0.008 0.020
#> SRR191589 3 0.2390 0.71977 0.000 0.000 0.896 0.084 0.020
#> SRR191590 3 0.3096 0.68740 0.008 0.000 0.868 0.040 0.084
#> SRR191591 4 0.5001 -0.09506 0.000 0.008 0.480 0.496 0.016
#> SRR191592 3 0.5375 0.43749 0.000 0.000 0.568 0.368 0.064
#> SRR191593 3 0.5406 0.45049 0.000 0.000 0.572 0.360 0.068
#> SRR191594 1 0.0579 0.88971 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR191595 3 0.2331 0.72426 0.000 0.000 0.900 0.080 0.020
#> SRR191596 3 0.4022 0.64870 0.000 0.000 0.796 0.104 0.100
#> SRR191597 4 0.3379 0.36012 0.000 0.148 0.016 0.828 0.008
#> SRR191598 3 0.1750 0.72050 0.000 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR191599 3 0.5089 0.58096 0.004 0.004 0.720 0.112 0.160
#> SRR191600 4 0.4877 0.42256 0.000 0.136 0.128 0.732 0.004
#> SRR191601 4 0.6412 0.31188 0.000 0.052 0.168 0.628 0.152
#> SRR191602 4 0.4919 0.24712 0.000 0.012 0.368 0.604 0.016
#> SRR191603 4 0.3497 0.42571 0.000 0.084 0.040 0.852 0.024
#> SRR191604 4 0.5384 -0.02288 0.000 0.380 0.004 0.564 0.052
#> SRR191605 4 0.6410 -0.20299 0.000 0.008 0.424 0.436 0.132
#> SRR191606 3 0.4634 0.60674 0.004 0.000 0.752 0.100 0.144
#> SRR191607 4 0.6537 0.22805 0.000 0.080 0.076 0.596 0.248
#> SRR191608 2 0.4930 0.43198 0.000 0.580 0.000 0.388 0.032
#> SRR191609 4 0.5533 0.28173 0.000 0.176 0.008 0.672 0.144
#> SRR191610 4 0.7093 0.16394 0.000 0.044 0.220 0.520 0.216
#> SRR191611 4 0.4304 0.42084 0.000 0.112 0.060 0.800 0.028
#> SRR191612 4 0.5227 0.10407 0.000 0.008 0.404 0.556 0.032
#> SRR191613 3 0.7867 -0.23384 0.256 0.004 0.344 0.056 0.340
#> SRR191614 4 0.5868 0.04957 0.000 0.024 0.424 0.504 0.048
#> SRR191615 3 0.4240 0.60518 0.000 0.000 0.736 0.228 0.036
#> SRR191616 1 0.4888 0.67275 0.700 0.000 0.064 0.004 0.232
#> SRR191617 5 0.6411 0.42172 0.000 0.112 0.036 0.268 0.584
#> SRR191618 5 0.7153 0.34869 0.012 0.028 0.200 0.232 0.528
#> SRR191619 4 0.5071 0.16321 0.000 0.328 0.008 0.628 0.036
#> SRR191620 4 0.6082 0.44140 0.000 0.088 0.140 0.676 0.096
#> SRR191621 4 0.4645 0.20788 0.000 0.268 0.000 0.688 0.044
#> SRR191622 4 0.5253 0.38361 0.000 0.016 0.248 0.676 0.060
#> SRR191623 4 0.5034 0.30209 0.000 0.004 0.300 0.648 0.048
#> SRR191624 3 0.3180 0.71480 0.000 0.000 0.856 0.068 0.076
#> SRR191625 4 0.5433 0.27169 0.000 0.252 0.040 0.668 0.040
#> SRR191626 4 0.5074 0.13117 0.000 0.268 0.000 0.660 0.072
#> SRR191627 4 0.4568 0.21562 0.000 0.288 0.008 0.684 0.020
#> SRR191628 4 0.7568 -0.06308 0.000 0.040 0.292 0.364 0.304
#> SRR191629 4 0.4692 0.47153 0.000 0.036 0.212 0.732 0.020
#> SRR191630 1 0.2395 0.83623 0.904 0.000 0.016 0.008 0.072
#> SRR191631 4 0.4584 0.14620 0.000 0.312 0.000 0.660 0.028
#> SRR191632 4 0.6979 0.05571 0.000 0.012 0.312 0.432 0.244
#> SRR191633 4 0.7247 0.22540 0.000 0.096 0.156 0.548 0.200
#> SRR191634 1 0.4897 0.66547 0.688 0.000 0.056 0.004 0.252
#> SRR191635 4 0.6000 0.14606 0.000 0.012 0.340 0.556 0.092
#> SRR191636 1 0.5005 0.63167 0.664 0.000 0.044 0.008 0.284
#> SRR191637 2 0.5421 0.32054 0.008 0.612 0.000 0.060 0.320
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.0976 0.6851 0.008 0.000 0.968 0.008 0.016 0.000
#> SRR191394 1 0.3411 0.5966 0.756 0.000 0.232 0.004 0.008 0.000
#> SRR191396 3 0.4668 0.5429 0.000 0.028 0.712 0.208 0.048 0.004
#> SRR191397 3 0.1116 0.6840 0.008 0.000 0.960 0.004 0.028 0.000
#> SRR191398 1 0.2747 0.7520 0.860 0.000 0.108 0.004 0.028 0.000
#> SRR191399 3 0.5162 0.5289 0.000 0.048 0.708 0.168 0.060 0.016
#> SRR191400 3 0.2002 0.6689 0.076 0.000 0.908 0.004 0.012 0.000
#> SRR191401 3 0.1078 0.6884 0.008 0.000 0.964 0.016 0.012 0.000
#> SRR191402 3 0.3753 0.4415 0.000 0.008 0.696 0.292 0.004 0.000
#> SRR191403 3 0.1053 0.6838 0.012 0.000 0.964 0.004 0.020 0.000
#> SRR191404 4 0.6597 0.4543 0.000 0.228 0.280 0.460 0.012 0.020
#> SRR191405 4 0.5806 0.3119 0.000 0.156 0.408 0.432 0.000 0.004
#> SRR191406 4 0.5639 0.2267 0.000 0.072 0.424 0.480 0.016 0.008
#> SRR191407 3 0.2917 0.6677 0.040 0.000 0.876 0.032 0.048 0.004
#> SRR191408 3 0.3943 0.6320 0.000 0.004 0.772 0.172 0.040 0.012
#> SRR191409 3 0.4359 0.3861 0.000 0.028 0.652 0.312 0.008 0.000
#> SRR191410 4 0.6091 0.4335 0.000 0.204 0.328 0.460 0.004 0.004
#> SRR191411 3 0.4852 0.3367 0.000 0.016 0.604 0.348 0.020 0.012
#> SRR191412 3 0.0603 0.6849 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR191413 3 0.3809 0.6366 0.000 0.048 0.812 0.104 0.032 0.004
#> SRR191414 3 0.1944 0.6838 0.016 0.000 0.924 0.024 0.036 0.000
#> SRR191415 4 0.5860 0.4289 0.000 0.268 0.248 0.484 0.000 0.000
#> SRR191416 3 0.5700 -0.1417 0.000 0.144 0.480 0.372 0.004 0.000
#> SRR191418 3 0.2278 0.6844 0.000 0.000 0.900 0.044 0.052 0.004
#> SRR191419 1 0.0291 0.8484 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR191420 3 0.3758 0.5967 0.000 0.000 0.764 0.192 0.040 0.004
#> SRR191421 3 0.3682 0.5976 0.000 0.000 0.764 0.200 0.032 0.004
#> SRR191422 4 0.7995 0.3310 0.000 0.152 0.304 0.372 0.064 0.108
#> SRR191423 4 0.7101 0.4587 0.000 0.188 0.224 0.492 0.020 0.076
#> SRR191424 5 0.7029 0.3627 0.008 0.108 0.008 0.148 0.528 0.200
#> SRR191425 4 0.5161 0.3682 0.000 0.044 0.288 0.632 0.028 0.008
#> SRR191426 2 0.4593 0.4904 0.000 0.688 0.000 0.248 0.036 0.028
#> SRR191427 4 0.7790 0.1100 0.000 0.132 0.336 0.372 0.108 0.052
#> SRR191428 4 0.5944 0.1316 0.000 0.064 0.428 0.456 0.048 0.004
#> SRR191429 2 0.3548 0.4908 0.000 0.816 0.000 0.116 0.016 0.052
#> SRR191430 2 0.5715 0.0648 0.000 0.508 0.048 0.400 0.024 0.020
#> SRR191431 3 0.6662 0.3616 0.000 0.060 0.564 0.228 0.112 0.036
#> SRR191432 2 0.3120 0.3977 0.000 0.840 0.000 0.040 0.008 0.112
#> SRR191433 2 0.5307 0.3657 0.000 0.668 0.000 0.124 0.036 0.172
#> SRR191434 4 0.8415 0.2655 0.004 0.184 0.260 0.316 0.188 0.048
#> SRR191435 4 0.6359 0.3669 0.000 0.172 0.384 0.420 0.016 0.008
#> SRR191436 4 0.5467 0.3633 0.000 0.296 0.076 0.600 0.008 0.020
#> SRR191437 5 0.7242 0.4728 0.068 0.000 0.068 0.164 0.532 0.168
#> SRR191438 4 0.5772 0.4485 0.000 0.272 0.180 0.540 0.000 0.008
#> SRR191439 4 0.7678 0.3459 0.000 0.184 0.120 0.492 0.080 0.124
#> SRR191440 4 0.8656 -0.2117 0.000 0.084 0.180 0.248 0.244 0.244
#> SRR191441 6 0.7820 -0.0190 0.000 0.288 0.012 0.244 0.148 0.308
#> SRR191442 4 0.5547 0.4979 0.000 0.172 0.092 0.676 0.040 0.020
#> SRR191443 3 0.4181 0.6412 0.008 0.004 0.772 0.156 0.048 0.012
#> SRR191444 3 0.6712 -0.1057 0.000 0.180 0.440 0.336 0.016 0.028
#> SRR191445 4 0.8387 0.1022 0.000 0.132 0.168 0.396 0.128 0.176
#> SRR191446 6 0.6386 0.3741 0.000 0.320 0.000 0.156 0.044 0.480
#> SRR191447 4 0.8431 0.0160 0.000 0.104 0.180 0.380 0.176 0.160
#> SRR191448 1 0.3517 0.7653 0.828 0.000 0.040 0.016 0.108 0.008
#> SRR191449 4 0.6070 0.2865 0.000 0.368 0.084 0.504 0.016 0.028
#> SRR191450 3 0.6984 -0.1265 0.356 0.000 0.408 0.072 0.156 0.008
#> SRR191451 3 0.4380 0.6077 0.000 0.004 0.724 0.216 0.036 0.020
#> SRR191452 4 0.8517 0.1950 0.000 0.164 0.284 0.312 0.116 0.124
#> SRR191453 3 0.5065 0.5603 0.008 0.000 0.680 0.208 0.088 0.016
#> SRR191454 3 0.5853 0.1206 0.000 0.000 0.460 0.392 0.136 0.012
#> SRR191455 2 0.6784 0.1191 0.000 0.496 0.100 0.316 0.052 0.036
#> SRR191456 3 0.5163 0.5414 0.000 0.012 0.664 0.244 0.048 0.032
#> SRR191457 1 0.3463 0.7686 0.828 0.000 0.052 0.012 0.104 0.004
#> SRR191458 3 0.4824 0.6151 0.000 0.012 0.712 0.200 0.044 0.032
#> SRR191459 2 0.3560 0.5097 0.000 0.788 0.000 0.176 0.016 0.020
#> SRR191460 3 0.5511 0.0756 0.000 0.128 0.532 0.336 0.000 0.004
#> SRR191461 4 0.6323 0.2061 0.000 0.344 0.040 0.516 0.036 0.064
#> SRR191462 5 0.8593 0.3663 0.000 0.104 0.168 0.160 0.316 0.252
#> SRR191463 2 0.7818 0.2009 0.000 0.408 0.048 0.272 0.104 0.168
#> SRR191464 2 0.5460 0.3170 0.000 0.564 0.036 0.340 0.000 0.060
#> SRR191465 2 0.5537 0.1861 0.000 0.652 0.000 0.108 0.056 0.184
#> SRR191466 4 0.5800 0.2668 0.000 0.368 0.056 0.528 0.012 0.036
#> SRR191467 6 0.4748 0.4968 0.000 0.240 0.000 0.036 0.040 0.684
#> SRR191468 2 0.6494 -0.0270 0.000 0.484 0.000 0.112 0.080 0.324
#> SRR191469 4 0.7479 0.2908 0.000 0.192 0.092 0.512 0.124 0.080
#> SRR191470 2 0.3238 0.4335 0.000 0.848 0.000 0.072 0.056 0.024
#> SRR191471 2 0.4896 0.4587 0.000 0.704 0.088 0.184 0.016 0.008
#> SRR191472 4 0.7695 -0.2951 0.000 0.228 0.000 0.300 0.220 0.252
#> SRR191473 2 0.2844 0.5050 0.000 0.856 0.000 0.112 0.020 0.012
#> SRR191474 4 0.5726 0.2375 0.000 0.372 0.076 0.520 0.004 0.028
#> SRR191475 2 0.5080 -0.0992 0.000 0.544 0.000 0.048 0.016 0.392
#> SRR191476 2 0.5424 -0.0362 0.000 0.576 0.000 0.036 0.060 0.328
#> SRR191477 2 0.4071 0.4322 0.000 0.672 0.000 0.304 0.004 0.020
#> SRR191478 2 0.5256 0.4713 0.000 0.636 0.032 0.268 0.004 0.060
#> SRR191479 3 0.4460 0.6239 0.000 0.004 0.728 0.192 0.064 0.012
#> SRR191480 2 0.5030 0.0706 0.000 0.576 0.000 0.044 0.020 0.360
#> SRR191481 2 0.2976 0.5076 0.000 0.844 0.000 0.124 0.012 0.020
#> SRR191482 2 0.2687 0.4929 0.000 0.872 0.000 0.092 0.012 0.024
#> SRR191483 2 0.4788 0.4236 0.000 0.720 0.000 0.168 0.048 0.064
#> SRR191484 5 0.7264 0.3891 0.144 0.000 0.132 0.248 0.464 0.012
#> SRR191485 2 0.5671 0.4231 0.000 0.576 0.000 0.240 0.012 0.172
#> SRR191486 4 0.7258 0.0347 0.000 0.032 0.352 0.416 0.116 0.084
#> SRR191487 6 0.6256 0.2947 0.000 0.276 0.008 0.192 0.016 0.508
#> SRR191488 1 0.7697 -0.1174 0.332 0.004 0.268 0.064 0.304 0.028
#> SRR191489 3 0.5452 0.4587 0.008 0.000 0.644 0.224 0.100 0.024
#> SRR191490 5 0.5676 0.4693 0.072 0.028 0.028 0.084 0.720 0.068
#> SRR191491 4 0.8405 -0.0312 0.000 0.140 0.252 0.360 0.140 0.108
#> SRR191492 4 0.7570 0.1013 0.000 0.172 0.048 0.476 0.204 0.100
#> SRR191493 5 0.6594 0.4683 0.148 0.012 0.044 0.112 0.624 0.060
#> SRR191494 5 0.8730 0.2832 0.000 0.160 0.124 0.176 0.284 0.256
#> SRR191495 4 0.7295 0.3536 0.000 0.152 0.144 0.540 0.092 0.072
#> SRR191496 5 0.7969 0.2818 0.000 0.120 0.052 0.156 0.368 0.304
#> SRR191497 4 0.6984 0.4709 0.000 0.232 0.152 0.520 0.032 0.064
#> SRR191498 5 0.8646 0.4162 0.056 0.124 0.092 0.208 0.428 0.092
#> SRR191499 4 0.6229 0.3789 0.000 0.240 0.064 0.600 0.052 0.044
#> SRR191500 4 0.7132 0.3775 0.000 0.156 0.112 0.560 0.104 0.068
#> SRR191501 5 0.6536 0.4915 0.044 0.028 0.116 0.048 0.644 0.120
#> SRR191502 4 0.6686 0.0944 0.000 0.244 0.008 0.492 0.044 0.212
#> SRR191503 6 0.5293 0.3689 0.000 0.340 0.000 0.052 0.032 0.576
#> SRR191504 6 0.4356 0.4185 0.000 0.376 0.000 0.012 0.012 0.600
#> SRR191505 6 0.4100 0.3901 0.000 0.388 0.000 0.004 0.008 0.600
#> SRR191506 5 0.7973 0.2264 0.000 0.180 0.048 0.112 0.360 0.300
#> SRR191507 6 0.7474 0.2718 0.000 0.320 0.016 0.076 0.248 0.340
#> SRR191508 6 0.6638 0.1751 0.000 0.356 0.012 0.164 0.032 0.436
#> SRR191509 2 0.5426 0.4665 0.000 0.672 0.060 0.204 0.016 0.048
#> SRR191510 4 0.7954 0.2488 0.000 0.208 0.144 0.444 0.128 0.076
#> SRR191511 2 0.7217 0.1068 0.000 0.452 0.004 0.212 0.120 0.212
#> SRR191512 6 0.4590 0.4639 0.000 0.272 0.000 0.012 0.048 0.668
#> SRR191513 6 0.3671 0.3601 0.000 0.056 0.000 0.028 0.100 0.816
#> SRR191514 2 0.5356 -0.1388 0.000 0.552 0.000 0.052 0.032 0.364
#> SRR191515 2 0.5158 -0.2066 0.000 0.524 0.000 0.032 0.032 0.412
#> SRR191516 6 0.6847 0.1254 0.000 0.092 0.032 0.340 0.064 0.472
#> SRR191517 2 0.3178 0.4906 0.000 0.844 0.000 0.092 0.012 0.052
#> SRR191518 2 0.3662 0.4988 0.000 0.800 0.000 0.128 0.008 0.064
#> SRR191519 2 0.3983 0.1872 0.000 0.720 0.000 0.020 0.012 0.248
#> SRR191520 2 0.7343 0.1139 0.000 0.348 0.000 0.324 0.124 0.204
#> SRR191521 6 0.5482 0.2970 0.000 0.384 0.000 0.064 0.028 0.524
#> SRR191522 2 0.6494 0.0315 0.000 0.500 0.000 0.132 0.072 0.296
#> SRR191523 2 0.7873 -0.2692 0.000 0.332 0.016 0.188 0.176 0.288
#> SRR191524 4 0.7825 0.2510 0.000 0.096 0.196 0.468 0.148 0.092
#> SRR191525 2 0.7432 -0.2382 0.000 0.360 0.000 0.140 0.216 0.284
#> SRR191526 6 0.7046 -0.0297 0.000 0.172 0.000 0.132 0.228 0.468
#> SRR191527 1 0.3406 0.7607 0.824 0.000 0.056 0.004 0.112 0.004
#> SRR191528 1 0.6319 0.3886 0.560 0.000 0.200 0.016 0.196 0.028
#> SRR191529 5 0.8140 0.4162 0.008 0.124 0.084 0.200 0.448 0.136
#> SRR191530 6 0.4337 0.4000 0.000 0.372 0.000 0.016 0.008 0.604
#> SRR191531 3 0.8273 0.0259 0.108 0.008 0.428 0.200 0.160 0.096
#> SRR191532 5 0.8024 0.1497 0.000 0.216 0.016 0.272 0.284 0.212
#> SRR191533 6 0.7727 -0.2170 0.000 0.180 0.004 0.228 0.264 0.324
#> SRR191534 6 0.4432 0.3531 0.000 0.052 0.012 0.040 0.124 0.772
#> SRR191535 2 0.5781 0.3893 0.000 0.656 0.020 0.184 0.056 0.084
#> SRR191536 5 0.7826 0.1828 0.000 0.092 0.060 0.144 0.360 0.344
#> SRR191537 2 0.6977 -0.1207 0.000 0.452 0.076 0.084 0.036 0.352
#> SRR191538 6 0.4795 0.3237 0.000 0.392 0.000 0.040 0.008 0.560
#> SRR191539 6 0.6904 0.1419 0.000 0.380 0.004 0.108 0.108 0.400
#> SRR191540 2 0.4991 -0.1262 0.000 0.512 0.000 0.024 0.028 0.436
#> SRR191541 2 0.2844 0.3938 0.000 0.860 0.000 0.016 0.020 0.104
#> SRR191542 6 0.7770 -0.1323 0.000 0.172 0.024 0.148 0.260 0.396
#> SRR191543 6 0.6094 0.3484 0.000 0.268 0.000 0.080 0.088 0.564
#> SRR191544 2 0.5168 -0.2078 0.000 0.472 0.000 0.056 0.012 0.460
#> SRR191545 2 0.4345 -0.0475 0.000 0.604 0.000 0.012 0.012 0.372
#> SRR191546 2 0.5696 0.3824 0.000 0.684 0.056 0.108 0.028 0.124
#> SRR191547 2 0.7753 -0.1504 0.000 0.320 0.008 0.276 0.152 0.244
#> SRR191548 1 0.0000 0.8499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.8499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.8499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0291 0.8484 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR191552 1 0.0291 0.8484 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR191553 1 0.0146 0.8497 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191554 1 0.0000 0.8499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 5 0.7306 0.2915 0.068 0.000 0.320 0.236 0.364 0.012
#> SRR191556 3 0.2006 0.6765 0.000 0.000 0.892 0.104 0.004 0.000
#> SRR191557 4 0.5546 0.5018 0.000 0.136 0.240 0.608 0.008 0.008
#> SRR191558 3 0.3791 0.6207 0.000 0.016 0.776 0.184 0.008 0.016
#> SRR191559 3 0.5069 -0.0335 0.000 0.064 0.492 0.440 0.004 0.000
#> SRR191560 3 0.3855 0.4819 0.000 0.016 0.704 0.276 0.004 0.000
#> SRR191561 1 0.0000 0.8499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191562 3 0.4753 0.5593 0.008 0.000 0.728 0.156 0.088 0.020
#> SRR191563 4 0.5722 0.3379 0.000 0.340 0.156 0.500 0.000 0.004
#> SRR191564 4 0.6013 0.4827 0.000 0.224 0.232 0.528 0.000 0.016
#> SRR191565 3 0.1444 0.6854 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR191566 3 0.2544 0.6774 0.000 0.000 0.852 0.140 0.004 0.004
#> SRR191567 3 0.1390 0.6803 0.032 0.000 0.948 0.004 0.016 0.000
#> SRR191568 3 0.2450 0.6805 0.004 0.000 0.892 0.068 0.032 0.004
#> SRR191569 3 0.4523 0.3926 0.000 0.016 0.632 0.332 0.016 0.004
#> SRR191570 3 0.1542 0.6924 0.000 0.004 0.936 0.052 0.008 0.000
#> SRR191571 3 0.3489 0.4573 0.000 0.004 0.708 0.288 0.000 0.000
#> SRR191572 1 0.0000 0.8499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.2668 0.6304 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR191574 3 0.3593 0.5436 0.180 0.000 0.784 0.016 0.020 0.000
#> SRR191575 3 0.1802 0.6786 0.024 0.000 0.932 0.024 0.020 0.000
#> SRR191576 3 0.2431 0.6731 0.000 0.000 0.860 0.132 0.000 0.008
#> SRR191577 3 0.1745 0.6906 0.000 0.000 0.920 0.068 0.012 0.000
#> SRR191578 2 0.7499 0.2319 0.008 0.428 0.044 0.264 0.220 0.036
#> SRR191579 1 0.0000 0.8499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0146 0.8497 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191581 1 0.0146 0.8497 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191582 1 0.0405 0.8479 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR191583 5 0.6121 0.4764 0.108 0.012 0.124 0.044 0.668 0.044
#> SRR191584 1 0.0146 0.8497 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191585 2 0.4939 0.1331 0.000 0.520 0.020 0.436 0.008 0.016
#> SRR191586 4 0.7215 0.0567 0.000 0.368 0.048 0.400 0.044 0.140
#> SRR191587 4 0.5412 0.2058 0.000 0.088 0.436 0.468 0.008 0.000
#> SRR191588 3 0.0909 0.6890 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR191589 3 0.2668 0.6287 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR191590 3 0.3848 0.6139 0.012 0.000 0.800 0.132 0.044 0.012
#> SRR191591 4 0.5470 0.3767 0.000 0.136 0.348 0.516 0.000 0.000
#> SRR191592 4 0.4970 0.1560 0.000 0.032 0.388 0.560 0.016 0.004
#> SRR191593 4 0.5023 0.1276 0.000 0.032 0.420 0.528 0.016 0.004
#> SRR191594 1 0.1116 0.8377 0.960 0.000 0.004 0.008 0.028 0.000
#> SRR191595 3 0.3110 0.6441 0.000 0.000 0.792 0.196 0.012 0.000
#> SRR191596 3 0.4257 0.5362 0.000 0.000 0.728 0.204 0.060 0.008
#> SRR191597 2 0.4093 0.2361 0.000 0.584 0.012 0.404 0.000 0.000
#> SRR191598 3 0.2118 0.6858 0.000 0.000 0.888 0.104 0.008 0.000
#> SRR191599 3 0.4769 0.4857 0.004 0.000 0.676 0.248 0.060 0.012
#> SRR191600 2 0.5013 0.0907 0.000 0.508 0.060 0.428 0.000 0.004
#> SRR191601 4 0.5205 0.4988 0.000 0.096 0.088 0.732 0.048 0.036
#> SRR191602 4 0.5805 0.4625 0.000 0.212 0.300 0.488 0.000 0.000
#> SRR191603 2 0.4696 -0.0334 0.000 0.484 0.020 0.484 0.004 0.008
#> SRR191604 2 0.3562 0.5183 0.000 0.784 0.000 0.176 0.004 0.036
#> SRR191605 4 0.5593 0.3379 0.000 0.044 0.288 0.608 0.044 0.016
#> SRR191606 3 0.4702 0.5232 0.008 0.000 0.712 0.196 0.072 0.012
#> SRR191607 4 0.7005 0.3100 0.000 0.148 0.064 0.544 0.196 0.048
#> SRR191608 2 0.6323 -0.0506 0.000 0.440 0.000 0.140 0.040 0.380
#> SRR191609 2 0.6657 0.1112 0.000 0.408 0.004 0.404 0.088 0.096
#> SRR191610 4 0.6872 0.3517 0.000 0.188 0.088 0.536 0.172 0.016
#> SRR191611 4 0.5554 0.2156 0.000 0.396 0.048 0.520 0.012 0.024
#> SRR191612 4 0.5740 0.4443 0.000 0.156 0.308 0.528 0.008 0.000
#> SRR191613 5 0.7474 0.3063 0.188 0.000 0.280 0.128 0.396 0.008
#> SRR191614 4 0.6061 0.4658 0.000 0.136 0.304 0.532 0.020 0.008
#> SRR191615 3 0.4690 0.1990 0.000 0.036 0.584 0.372 0.008 0.000
#> SRR191616 1 0.5434 0.3862 0.532 0.000 0.052 0.020 0.388 0.008
#> SRR191617 5 0.7341 0.3467 0.004 0.116 0.048 0.244 0.504 0.084
#> SRR191618 4 0.6919 -0.2595 0.008 0.008 0.148 0.396 0.392 0.048
#> SRR191619 2 0.5032 0.4834 0.000 0.648 0.000 0.264 0.028 0.060
#> SRR191620 4 0.7023 0.2209 0.000 0.336 0.088 0.464 0.064 0.048
#> SRR191621 2 0.3758 0.5070 0.000 0.740 0.000 0.232 0.004 0.024
#> SRR191622 4 0.5369 0.5161 0.000 0.184 0.164 0.636 0.000 0.016
#> SRR191623 4 0.5155 0.5319 0.000 0.152 0.188 0.652 0.004 0.004
#> SRR191624 3 0.3844 0.6600 0.000 0.008 0.788 0.152 0.044 0.008
#> SRR191625 2 0.5317 0.4111 0.000 0.612 0.016 0.304 0.020 0.048
#> SRR191626 2 0.2573 0.5153 0.000 0.856 0.000 0.132 0.008 0.004
#> SRR191627 2 0.4071 0.4882 0.000 0.712 0.000 0.248 0.004 0.036
#> SRR191628 4 0.6721 0.2636 0.000 0.048 0.188 0.572 0.144 0.048
#> SRR191629 4 0.5521 0.3547 0.000 0.328 0.132 0.536 0.000 0.004
#> SRR191630 1 0.2265 0.7953 0.896 0.000 0.004 0.024 0.076 0.000
#> SRR191631 2 0.4016 0.5173 0.000 0.752 0.000 0.196 0.016 0.036
#> SRR191632 4 0.6506 0.3603 0.000 0.048 0.252 0.544 0.140 0.016
#> SRR191633 4 0.6450 0.4392 0.000 0.128 0.100 0.632 0.068 0.072
#> SRR191634 1 0.5303 0.3452 0.508 0.000 0.044 0.016 0.424 0.008
#> SRR191635 4 0.5205 0.5298 0.000 0.112 0.152 0.696 0.032 0.008
#> SRR191636 1 0.5403 0.3661 0.520 0.000 0.036 0.024 0.408 0.012
#> SRR191637 6 0.6427 0.2996 0.000 0.220 0.000 0.028 0.296 0.456
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.561 0.806 0.911 0.4924 0.507 0.507
#> 3 3 0.394 0.643 0.807 0.3280 0.775 0.584
#> 4 4 0.418 0.362 0.646 0.1324 0.879 0.682
#> 5 5 0.473 0.399 0.640 0.0688 0.825 0.483
#> 6 6 0.520 0.323 0.564 0.0416 0.888 0.548
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191394 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191396 1 0.8763 0.620 0.704 0.296
#> SRR191397 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191398 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191399 1 0.9087 0.556 0.676 0.324
#> SRR191400 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191401 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191402 1 0.8861 0.581 0.696 0.304
#> SRR191403 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191404 2 0.2778 0.893 0.048 0.952
#> SRR191405 2 0.5408 0.843 0.124 0.876
#> SRR191406 2 0.7950 0.682 0.240 0.760
#> SRR191407 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191408 1 0.3584 0.852 0.932 0.068
#> SRR191409 1 0.8499 0.650 0.724 0.276
#> SRR191410 2 0.3114 0.888 0.056 0.944
#> SRR191411 1 0.9427 0.490 0.640 0.360
#> SRR191412 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191413 1 0.5629 0.806 0.868 0.132
#> SRR191414 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191415 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> SRR191416 2 0.8861 0.550 0.304 0.696
#> SRR191418 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191419 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191420 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191421 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191422 2 0.9635 0.382 0.388 0.612
#> SRR191423 2 0.2948 0.893 0.052 0.948
#> SRR191424 2 0.6531 0.794 0.168 0.832
#> SRR191425 1 0.9795 0.356 0.584 0.416
#> SRR191426 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191427 1 0.7139 0.746 0.804 0.196
#> SRR191428 1 0.9795 0.320 0.584 0.416
#> SRR191429 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191430 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191431 1 0.7219 0.741 0.800 0.200
#> SRR191432 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191433 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191434 2 0.9866 0.241 0.432 0.568
#> SRR191435 2 0.9087 0.532 0.324 0.676
#> SRR191436 2 0.0938 0.909 0.012 0.988
#> SRR191437 1 0.9129 0.549 0.672 0.328
#> SRR191438 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191439 2 0.4161 0.871 0.084 0.916
#> SRR191440 2 0.9552 0.405 0.376 0.624
#> SRR191441 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> SRR191442 2 0.4298 0.869 0.088 0.912
#> SRR191443 1 0.0672 0.883 0.992 0.008
#> SRR191444 2 0.9635 0.379 0.388 0.612
#> SRR191445 2 0.7056 0.764 0.192 0.808
#> SRR191446 2 0.1633 0.904 0.024 0.976
#> SRR191447 2 0.8207 0.653 0.256 0.744
#> SRR191448 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191449 2 0.2603 0.895 0.044 0.956
#> SRR191450 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191451 1 0.2043 0.874 0.968 0.032
#> SRR191452 2 0.9460 0.443 0.364 0.636
#> SRR191453 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191454 1 0.3879 0.847 0.924 0.076
#> SRR191455 2 0.6343 0.799 0.160 0.840
#> SRR191456 1 0.4161 0.844 0.916 0.084
#> SRR191457 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191458 1 0.1843 0.875 0.972 0.028
#> SRR191459 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191460 2 0.9209 0.517 0.336 0.664
#> SRR191461 2 0.0672 0.909 0.008 0.992
#> SRR191462 1 0.9970 0.184 0.532 0.468
#> SRR191463 2 0.3431 0.884 0.064 0.936
#> SRR191464 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191465 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191466 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> SRR191467 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191468 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191469 2 0.7602 0.725 0.220 0.780
#> SRR191470 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191471 2 0.2778 0.892 0.048 0.952
#> SRR191472 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> SRR191473 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191474 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> SRR191475 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191476 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191477 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191478 2 0.0672 0.909 0.008 0.992
#> SRR191479 1 0.0376 0.885 0.996 0.004
#> SRR191480 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191481 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191482 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191483 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191484 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> SRR191485 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191486 1 0.7950 0.701 0.760 0.240
#> SRR191487 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191488 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191489 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> SRR191490 1 0.9833 0.313 0.576 0.424
#> SRR191491 1 0.9427 0.503 0.640 0.360
#> SRR191492 2 0.6048 0.819 0.148 0.852
#> SRR191493 1 0.4161 0.844 0.916 0.084
#> SRR191494 1 1.0000 0.120 0.504 0.496
#> SRR191495 2 0.9044 0.532 0.320 0.680
#> SRR191496 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR191497 2 0.4431 0.865 0.092 0.908
#> SRR191498 1 0.6343 0.782 0.840 0.160
#> SRR191499 2 0.0672 0.909 0.008 0.992
#> SRR191500 2 0.4939 0.855 0.108 0.892
#> SRR191501 1 0.7299 0.721 0.796 0.204
#> SRR191502 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191503 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191504 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191505 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191506 2 0.5842 0.817 0.140 0.860
#> SRR191507 2 0.1843 0.902 0.028 0.972
#> SRR191508 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191509 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> SRR191510 2 0.5842 0.824 0.140 0.860
#> SRR191511 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR191512 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191513 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> SRR191514 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191515 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191516 2 0.7453 0.723 0.212 0.788
#> SRR191517 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191518 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191519 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191520 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191521 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191522 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191523 2 0.3114 0.892 0.056 0.944
#> SRR191524 1 0.9795 0.345 0.584 0.416
#> SRR191525 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191526 2 0.2423 0.897 0.040 0.960
#> SRR191527 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191528 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191529 2 0.9996 -0.019 0.488 0.512
#> SRR191530 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191531 1 0.2043 0.874 0.968 0.032
#> SRR191532 2 0.1633 0.904 0.024 0.976
#> SRR191533 2 0.6148 0.807 0.152 0.848
#> SRR191534 2 0.2603 0.895 0.044 0.956
#> SRR191535 2 0.1414 0.905 0.020 0.980
#> SRR191536 2 0.5408 0.841 0.124 0.876
#> SRR191537 2 0.3733 0.877 0.072 0.928
#> SRR191538 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191539 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191540 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191541 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191542 2 0.5737 0.821 0.136 0.864
#> SRR191543 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191544 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191545 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191546 2 0.1184 0.907 0.016 0.984
#> SRR191547 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191548 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191555 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191556 1 0.1414 0.879 0.980 0.020
#> SRR191557 2 0.6531 0.787 0.168 0.832
#> SRR191558 1 0.8144 0.671 0.748 0.252
#> SRR191559 1 0.9933 0.257 0.548 0.452
#> SRR191560 1 0.5519 0.812 0.872 0.128
#> SRR191561 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191562 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191563 2 0.2948 0.891 0.052 0.948
#> SRR191564 2 0.6048 0.822 0.148 0.852
#> SRR191565 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> SRR191566 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> SRR191567 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191568 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191569 1 0.9833 0.331 0.576 0.424
#> SRR191570 1 0.1414 0.879 0.980 0.020
#> SRR191571 1 0.9580 0.429 0.620 0.380
#> SRR191572 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191573 1 0.1843 0.876 0.972 0.028
#> SRR191574 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191575 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191576 1 0.2043 0.874 0.968 0.032
#> SRR191577 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191578 2 0.6048 0.812 0.148 0.852
#> SRR191579 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191583 1 0.8661 0.597 0.712 0.288
#> SRR191584 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191585 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191586 2 0.1843 0.902 0.028 0.972
#> SRR191587 2 0.7745 0.703 0.228 0.772
#> SRR191588 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191589 1 0.0672 0.883 0.992 0.008
#> SRR191590 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191591 2 0.1633 0.905 0.024 0.976
#> SRR191592 1 0.9661 0.435 0.608 0.392
#> SRR191593 1 0.9998 0.119 0.508 0.492
#> SRR191594 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191595 1 0.3879 0.848 0.924 0.076
#> SRR191596 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191597 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191598 1 0.0376 0.885 0.996 0.004
#> SRR191599 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191600 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191601 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191602 2 0.2236 0.900 0.036 0.964
#> SRR191603 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191604 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191605 2 0.9087 0.522 0.324 0.676
#> SRR191606 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191607 2 0.5946 0.816 0.144 0.856
#> SRR191608 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191609 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191610 2 0.9922 0.140 0.448 0.552
#> SRR191611 2 0.3733 0.876 0.072 0.928
#> SRR191612 2 0.7815 0.691 0.232 0.768
#> SRR191613 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191614 2 0.9460 0.409 0.364 0.636
#> SRR191615 1 0.9954 0.223 0.540 0.460
#> SRR191616 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191617 2 0.9044 0.550 0.320 0.680
#> SRR191618 1 0.7602 0.722 0.780 0.220
#> SRR191619 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191620 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR191621 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191622 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191623 2 0.5294 0.834 0.120 0.880
#> SRR191624 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191625 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191626 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191627 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191628 1 0.8861 0.598 0.696 0.304
#> SRR191629 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191630 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191631 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR191632 1 0.9358 0.502 0.648 0.352
#> SRR191633 2 0.3879 0.878 0.076 0.924
#> SRR191634 1 0.0000 0.886 1.000 0.000
#> SRR191635 2 0.8813 0.575 0.300 0.700
#> SRR191636 1 0.0672 0.883 0.992 0.008
#> SRR191637 2 0.3733 0.879 0.072 0.928
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 1 0.6305 0.01850 0.516 0.000 0.484
#> SRR191394 1 0.3267 0.73416 0.884 0.000 0.116
#> SRR191396 3 0.7717 0.66273 0.148 0.172 0.680
#> SRR191397 1 0.5291 0.56531 0.732 0.000 0.268
#> SRR191398 1 0.0237 0.79931 0.996 0.000 0.004
#> SRR191399 3 0.7702 0.66716 0.140 0.180 0.680
#> SRR191400 1 0.5882 0.41826 0.652 0.000 0.348
#> SRR191401 3 0.6126 0.32408 0.400 0.000 0.600
#> SRR191402 3 0.4733 0.63632 0.196 0.004 0.800
#> SRR191403 1 0.5138 0.59304 0.748 0.000 0.252
#> SRR191404 2 0.6111 0.22277 0.000 0.604 0.396
#> SRR191405 3 0.5875 0.73544 0.056 0.160 0.784
#> SRR191406 3 0.5285 0.67243 0.004 0.244 0.752
#> SRR191407 1 0.3879 0.70402 0.848 0.000 0.152
#> SRR191408 1 0.6008 0.56174 0.664 0.004 0.332
#> SRR191409 3 0.4563 0.72220 0.036 0.112 0.852
#> SRR191410 3 0.5465 0.62391 0.000 0.288 0.712
#> SRR191411 3 0.6254 0.69641 0.116 0.108 0.776
#> SRR191412 1 0.6045 0.34993 0.620 0.000 0.380
#> SRR191413 3 0.7413 0.63497 0.204 0.104 0.692
#> SRR191414 1 0.6192 0.25354 0.580 0.000 0.420
#> SRR191415 3 0.5363 0.63431 0.000 0.276 0.724
#> SRR191416 3 0.4178 0.71328 0.000 0.172 0.828
#> SRR191418 1 0.5327 0.57120 0.728 0.000 0.272
#> SRR191419 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191420 1 0.1529 0.78685 0.960 0.000 0.040
#> SRR191421 1 0.1031 0.79520 0.976 0.000 0.024
#> SRR191422 2 0.9627 -0.06224 0.208 0.428 0.364
#> SRR191423 3 0.6126 0.41328 0.004 0.352 0.644
#> SRR191424 2 0.5119 0.73768 0.152 0.816 0.032
#> SRR191425 3 0.2804 0.71293 0.016 0.060 0.924
#> SRR191426 2 0.2625 0.81570 0.000 0.916 0.084
#> SRR191427 1 0.8727 0.41830 0.572 0.148 0.280
#> SRR191428 3 0.2446 0.69218 0.052 0.012 0.936
#> SRR191429 2 0.2066 0.81401 0.000 0.940 0.060
#> SRR191430 2 0.5926 0.40511 0.000 0.644 0.356
#> SRR191431 1 0.8894 0.24512 0.548 0.152 0.300
#> SRR191432 2 0.1643 0.81507 0.000 0.956 0.044
#> SRR191433 2 0.1529 0.81720 0.000 0.960 0.040
#> SRR191434 2 0.9783 -0.01796 0.264 0.436 0.300
#> SRR191435 3 0.5986 0.64438 0.024 0.240 0.736
#> SRR191436 2 0.6204 0.29862 0.000 0.576 0.424
#> SRR191437 1 0.6918 0.61603 0.736 0.136 0.128
#> SRR191438 3 0.4291 0.67555 0.000 0.180 0.820
#> SRR191439 3 0.7665 -0.07147 0.044 0.456 0.500
#> SRR191440 2 0.9325 0.29299 0.228 0.520 0.252
#> SRR191441 2 0.4291 0.77148 0.000 0.820 0.180
#> SRR191442 3 0.7084 0.41193 0.036 0.336 0.628
#> SRR191443 1 0.5363 0.62731 0.724 0.000 0.276
#> SRR191444 3 0.8303 0.66150 0.172 0.196 0.632
#> SRR191445 2 0.6829 0.68186 0.168 0.736 0.096
#> SRR191446 2 0.2384 0.81236 0.008 0.936 0.056
#> SRR191447 2 0.9247 0.35728 0.200 0.524 0.276
#> SRR191448 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191449 3 0.5968 0.54353 0.000 0.364 0.636
#> SRR191450 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191451 3 0.5733 0.38488 0.324 0.000 0.676
#> SRR191452 2 0.8132 0.47924 0.284 0.612 0.104
#> SRR191453 1 0.6280 0.30597 0.540 0.000 0.460
#> SRR191454 1 0.3237 0.76385 0.912 0.032 0.056
#> SRR191455 2 0.6151 0.73837 0.056 0.764 0.180
#> SRR191456 3 0.5443 0.50720 0.260 0.004 0.736
#> SRR191457 1 0.0237 0.79931 0.996 0.000 0.004
#> SRR191458 1 0.6432 0.28749 0.568 0.004 0.428
#> SRR191459 2 0.2261 0.81384 0.000 0.932 0.068
#> SRR191460 3 0.6529 0.71389 0.116 0.124 0.760
#> SRR191461 2 0.4346 0.73032 0.000 0.816 0.184
#> SRR191462 1 0.7839 0.00443 0.484 0.464 0.052
#> SRR191463 2 0.5466 0.77125 0.040 0.800 0.160
#> SRR191464 2 0.4605 0.69616 0.000 0.796 0.204
#> SRR191465 2 0.2537 0.81074 0.000 0.920 0.080
#> SRR191466 2 0.6680 -0.11591 0.008 0.508 0.484
#> SRR191467 2 0.1289 0.81454 0.000 0.968 0.032
#> SRR191468 2 0.1860 0.81659 0.000 0.948 0.052
#> SRR191469 2 0.7205 0.67991 0.100 0.708 0.192
#> SRR191470 2 0.2537 0.81111 0.000 0.920 0.080
#> SRR191471 2 0.3589 0.80476 0.052 0.900 0.048
#> SRR191472 2 0.4782 0.77061 0.016 0.820 0.164
#> SRR191473 2 0.2878 0.80940 0.000 0.904 0.096
#> SRR191474 3 0.5785 0.54793 0.000 0.332 0.668
#> SRR191475 2 0.1031 0.81529 0.000 0.976 0.024
#> SRR191476 2 0.1860 0.81092 0.000 0.948 0.052
#> SRR191477 2 0.5785 0.49637 0.000 0.668 0.332
#> SRR191478 2 0.4887 0.72615 0.000 0.772 0.228
#> SRR191479 3 0.6095 0.20000 0.392 0.000 0.608
#> SRR191480 2 0.2066 0.80821 0.000 0.940 0.060
#> SRR191481 2 0.3412 0.79517 0.000 0.876 0.124
#> SRR191482 2 0.1753 0.81395 0.000 0.952 0.048
#> SRR191483 2 0.2261 0.81695 0.000 0.932 0.068
#> SRR191484 1 0.2945 0.75621 0.908 0.004 0.088
#> SRR191485 2 0.1643 0.81326 0.000 0.956 0.044
#> SRR191486 1 0.7588 0.47247 0.624 0.064 0.312
#> SRR191487 2 0.1964 0.81530 0.000 0.944 0.056
#> SRR191488 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191489 1 0.1015 0.79529 0.980 0.008 0.012
#> SRR191490 1 0.7624 0.52233 0.672 0.224 0.104
#> SRR191491 1 0.9405 0.13051 0.496 0.204 0.300
#> SRR191492 2 0.7059 0.67483 0.164 0.724 0.112
#> SRR191493 1 0.3755 0.73234 0.872 0.008 0.120
#> SRR191494 1 0.8569 0.19805 0.508 0.392 0.100
#> SRR191495 2 0.9615 0.01127 0.316 0.460 0.224
#> SRR191496 2 0.5348 0.71110 0.176 0.796 0.028
#> SRR191497 2 0.6483 -0.03033 0.004 0.544 0.452
#> SRR191498 1 0.5598 0.64707 0.800 0.148 0.052
#> SRR191499 2 0.4874 0.76887 0.028 0.828 0.144
#> SRR191500 2 0.6621 0.68856 0.148 0.752 0.100
#> SRR191501 1 0.3678 0.73953 0.892 0.080 0.028
#> SRR191502 2 0.4555 0.75962 0.000 0.800 0.200
#> SRR191503 2 0.2796 0.79532 0.000 0.908 0.092
#> SRR191504 2 0.1289 0.81395 0.000 0.968 0.032
#> SRR191505 2 0.0747 0.81342 0.000 0.984 0.016
#> SRR191506 2 0.4665 0.76702 0.100 0.852 0.048
#> SRR191507 2 0.1482 0.81798 0.020 0.968 0.012
#> SRR191508 2 0.1964 0.81475 0.000 0.944 0.056
#> SRR191509 2 0.4741 0.76809 0.020 0.828 0.152
#> SRR191510 2 0.6722 0.64635 0.220 0.720 0.060
#> SRR191511 2 0.2878 0.80565 0.000 0.904 0.096
#> SRR191512 2 0.0000 0.81360 0.000 1.000 0.000
#> SRR191513 2 0.1482 0.81894 0.020 0.968 0.012
#> SRR191514 2 0.1964 0.81405 0.000 0.944 0.056
#> SRR191515 2 0.1411 0.81422 0.000 0.964 0.036
#> SRR191516 2 0.7021 0.58281 0.216 0.708 0.076
#> SRR191517 2 0.1289 0.81326 0.000 0.968 0.032
#> SRR191518 2 0.2066 0.81664 0.000 0.940 0.060
#> SRR191519 2 0.0424 0.81364 0.000 0.992 0.008
#> SRR191520 2 0.3482 0.77743 0.000 0.872 0.128
#> SRR191521 2 0.2959 0.78758 0.000 0.900 0.100
#> SRR191522 2 0.1411 0.81433 0.000 0.964 0.036
#> SRR191523 2 0.5085 0.78427 0.072 0.836 0.092
#> SRR191524 1 0.9161 0.27881 0.532 0.280 0.188
#> SRR191525 2 0.2584 0.80899 0.008 0.928 0.064
#> SRR191526 2 0.1774 0.81783 0.024 0.960 0.016
#> SRR191527 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191528 1 0.0237 0.79931 0.996 0.000 0.004
#> SRR191529 1 0.7913 0.06561 0.492 0.452 0.056
#> SRR191530 2 0.0747 0.81342 0.000 0.984 0.016
#> SRR191531 1 0.3192 0.74536 0.888 0.000 0.112
#> SRR191532 2 0.5551 0.67663 0.016 0.760 0.224
#> SRR191533 2 0.6986 0.56140 0.256 0.688 0.056
#> SRR191534 2 0.5067 0.76818 0.052 0.832 0.116
#> SRR191535 2 0.4473 0.77009 0.008 0.828 0.164
#> SRR191536 2 0.5393 0.75333 0.108 0.820 0.072
#> SRR191537 2 0.3649 0.79709 0.068 0.896 0.036
#> SRR191538 2 0.2878 0.78795 0.000 0.904 0.096
#> SRR191539 2 0.1529 0.81460 0.000 0.960 0.040
#> SRR191540 2 0.0237 0.81417 0.000 0.996 0.004
#> SRR191541 2 0.1289 0.81599 0.000 0.968 0.032
#> SRR191542 2 0.6587 0.68406 0.156 0.752 0.092
#> SRR191543 2 0.1529 0.81164 0.000 0.960 0.040
#> SRR191544 2 0.1753 0.81427 0.000 0.952 0.048
#> SRR191545 2 0.1163 0.81313 0.000 0.972 0.028
#> SRR191546 2 0.3755 0.77802 0.008 0.872 0.120
#> SRR191547 2 0.2939 0.81215 0.012 0.916 0.072
#> SRR191548 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191555 1 0.0424 0.79790 0.992 0.000 0.008
#> SRR191556 3 0.5178 0.57250 0.256 0.000 0.744
#> SRR191557 3 0.4999 0.73094 0.028 0.152 0.820
#> SRR191558 3 0.7220 0.55370 0.284 0.056 0.660
#> SRR191559 3 0.4128 0.72272 0.012 0.132 0.856
#> SRR191560 3 0.4945 0.70100 0.104 0.056 0.840
#> SRR191561 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191562 1 0.0424 0.79884 0.992 0.000 0.008
#> SRR191563 3 0.6596 0.58537 0.040 0.256 0.704
#> SRR191564 3 0.8268 0.12224 0.076 0.440 0.484
#> SRR191565 3 0.5560 0.51931 0.300 0.000 0.700
#> SRR191566 3 0.5541 0.58075 0.252 0.008 0.740
#> SRR191567 1 0.5058 0.60140 0.756 0.000 0.244
#> SRR191568 1 0.5560 0.58652 0.700 0.000 0.300
#> SRR191569 3 0.2050 0.70173 0.028 0.020 0.952
#> SRR191570 3 0.6912 0.13048 0.444 0.016 0.540
#> SRR191571 3 0.5180 0.67252 0.156 0.032 0.812
#> SRR191572 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.5156 0.61601 0.216 0.008 0.776
#> SRR191574 1 0.0237 0.79947 0.996 0.000 0.004
#> SRR191575 1 0.2959 0.74770 0.900 0.000 0.100
#> SRR191576 3 0.6475 0.54584 0.280 0.028 0.692
#> SRR191577 1 0.6308 0.02368 0.508 0.000 0.492
#> SRR191578 2 0.7323 0.62866 0.104 0.700 0.196
#> SRR191579 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191583 1 0.4883 0.61413 0.788 0.208 0.004
#> SRR191584 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191585 3 0.5497 0.61805 0.000 0.292 0.708
#> SRR191586 2 0.6308 -0.10753 0.000 0.508 0.492
#> SRR191587 3 0.4483 0.72727 0.024 0.128 0.848
#> SRR191588 1 0.5882 0.43097 0.652 0.000 0.348
#> SRR191589 3 0.5465 0.54046 0.288 0.000 0.712
#> SRR191590 1 0.0592 0.79779 0.988 0.000 0.012
#> SRR191591 3 0.3267 0.72357 0.000 0.116 0.884
#> SRR191592 3 0.5136 0.70810 0.044 0.132 0.824
#> SRR191593 3 0.2772 0.71334 0.004 0.080 0.916
#> SRR191594 1 0.0237 0.79895 0.996 0.000 0.004
#> SRR191595 3 0.5058 0.67072 0.148 0.032 0.820
#> SRR191596 1 0.1031 0.79424 0.976 0.000 0.024
#> SRR191597 3 0.6252 0.39025 0.000 0.444 0.556
#> SRR191598 1 0.6111 0.30031 0.604 0.000 0.396
#> SRR191599 1 0.0592 0.79775 0.988 0.000 0.012
#> SRR191600 2 0.5560 0.54181 0.000 0.700 0.300
#> SRR191601 2 0.5253 0.73005 0.020 0.792 0.188
#> SRR191602 3 0.4062 0.71741 0.000 0.164 0.836
#> SRR191603 2 0.6192 0.18227 0.000 0.580 0.420
#> SRR191604 2 0.1411 0.81567 0.000 0.964 0.036
#> SRR191605 3 0.8351 0.55092 0.124 0.272 0.604
#> SRR191606 1 0.0237 0.79931 0.996 0.000 0.004
#> SRR191607 2 0.8192 0.48528 0.144 0.636 0.220
#> SRR191608 2 0.0424 0.81495 0.000 0.992 0.008
#> SRR191609 2 0.2796 0.80616 0.000 0.908 0.092
#> SRR191610 3 0.9322 0.45580 0.192 0.304 0.504
#> SRR191611 3 0.6154 0.45500 0.000 0.408 0.592
#> SRR191612 3 0.4974 0.70092 0.000 0.236 0.764
#> SRR191613 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191614 3 0.6984 0.62211 0.040 0.304 0.656
#> SRR191615 3 0.4892 0.72405 0.048 0.112 0.840
#> SRR191616 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191617 2 0.8125 0.41572 0.340 0.576 0.084
#> SRR191618 1 0.4964 0.71811 0.836 0.048 0.116
#> SRR191619 2 0.2066 0.81263 0.000 0.940 0.060
#> SRR191620 2 0.4978 0.68929 0.004 0.780 0.216
#> SRR191621 2 0.2165 0.81398 0.000 0.936 0.064
#> SRR191622 3 0.5760 0.48035 0.000 0.328 0.672
#> SRR191623 3 0.4504 0.71091 0.000 0.196 0.804
#> SRR191624 3 0.6111 0.25311 0.396 0.000 0.604
#> SRR191625 2 0.2796 0.80598 0.000 0.908 0.092
#> SRR191626 2 0.1529 0.81485 0.000 0.960 0.040
#> SRR191627 2 0.3482 0.76411 0.000 0.872 0.128
#> SRR191628 1 0.8309 0.45700 0.632 0.188 0.180
#> SRR191629 3 0.5216 0.63522 0.000 0.260 0.740
#> SRR191630 1 0.1964 0.77543 0.944 0.000 0.056
#> SRR191631 2 0.2356 0.80733 0.000 0.928 0.072
#> SRR191632 1 0.7804 0.45272 0.664 0.216 0.120
#> SRR191633 2 0.5497 0.75200 0.048 0.804 0.148
#> SRR191634 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191635 3 0.7304 0.62972 0.084 0.228 0.688
#> SRR191636 1 0.0000 0.80018 1.000 0.000 0.000
#> SRR191637 2 0.2793 0.81024 0.044 0.928 0.028
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.4817 0.277072 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR191394 1 0.3486 0.661112 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR191396 3 0.5841 0.554281 0.100 0.080 0.760 0.060
#> SRR191397 1 0.4898 0.282446 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR191398 1 0.1211 0.771018 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR191399 3 0.5779 0.515179 0.040 0.140 0.752 0.068
#> SRR191400 1 0.4999 0.064015 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR191401 3 0.4250 0.487241 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR191402 3 0.3205 0.600571 0.104 0.000 0.872 0.024
#> SRR191403 1 0.4830 0.349041 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR191404 4 0.7882 0.130710 0.000 0.284 0.348 0.368
#> SRR191405 3 0.6832 0.481485 0.040 0.132 0.676 0.152
#> SRR191406 3 0.7239 0.180143 0.000 0.344 0.500 0.156
#> SRR191407 1 0.4844 0.496515 0.688 0.000 0.300 0.012
#> SRR191408 1 0.7036 0.383287 0.556 0.008 0.324 0.112
#> SRR191409 3 0.2300 0.570497 0.000 0.028 0.924 0.048
#> SRR191410 3 0.6656 0.341304 0.000 0.160 0.620 0.220
#> SRR191411 3 0.6057 0.519726 0.044 0.096 0.740 0.120
#> SRR191412 3 0.4972 0.069659 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR191413 3 0.4060 0.589893 0.084 0.024 0.852 0.040
#> SRR191414 3 0.5290 0.034389 0.476 0.000 0.516 0.008
#> SRR191415 3 0.7705 -0.076371 0.000 0.244 0.444 0.312
#> SRR191416 3 0.5604 0.487906 0.000 0.160 0.724 0.116
#> SRR191418 1 0.5590 0.191551 0.524 0.000 0.456 0.020
#> SRR191419 1 0.0469 0.777742 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR191420 1 0.2730 0.747911 0.896 0.000 0.088 0.016
#> SRR191421 1 0.1913 0.768380 0.940 0.000 0.040 0.020
#> SRR191422 3 0.9733 -0.331874 0.144 0.252 0.312 0.292
#> SRR191423 4 0.7777 0.214005 0.004 0.208 0.352 0.436
#> SRR191424 2 0.7914 -0.052043 0.100 0.476 0.048 0.376
#> SRR191425 3 0.5986 0.429722 0.008 0.040 0.620 0.332
#> SRR191426 2 0.5376 0.377527 0.000 0.588 0.016 0.396
#> SRR191427 1 0.8530 0.133638 0.424 0.044 0.188 0.344
#> SRR191428 3 0.5959 0.505857 0.036 0.036 0.700 0.228
#> SRR191429 2 0.4399 0.430792 0.000 0.760 0.016 0.224
#> SRR191430 2 0.6685 0.280777 0.000 0.616 0.160 0.224
#> SRR191431 3 0.9202 0.144130 0.300 0.116 0.416 0.168
#> SRR191432 2 0.3945 0.428269 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR191433 2 0.4509 0.369347 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR191434 2 0.9986 -0.282790 0.244 0.268 0.228 0.260
#> SRR191435 3 0.7235 0.327564 0.024 0.104 0.576 0.296
#> SRR191436 2 0.6709 0.194038 0.000 0.460 0.088 0.452
#> SRR191437 1 0.7543 0.322190 0.564 0.132 0.028 0.276
#> SRR191438 3 0.7643 0.113282 0.000 0.256 0.468 0.276
#> SRR191439 4 0.8092 0.231415 0.012 0.268 0.276 0.444
#> SRR191440 4 0.9268 0.273116 0.156 0.260 0.148 0.436
#> SRR191441 4 0.5997 0.049369 0.000 0.376 0.048 0.576
#> SRR191442 4 0.7204 0.215849 0.020 0.128 0.256 0.596
#> SRR191443 1 0.6685 0.376743 0.568 0.000 0.324 0.108
#> SRR191444 3 0.8921 0.164689 0.084 0.184 0.448 0.284
#> SRR191445 4 0.8440 0.093759 0.068 0.364 0.124 0.444
#> SRR191446 2 0.4831 0.400049 0.000 0.752 0.040 0.208
#> SRR191447 4 0.9000 0.268430 0.136 0.288 0.124 0.452
#> SRR191448 1 0.0336 0.778571 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR191449 2 0.7812 -0.018928 0.000 0.408 0.264 0.328
#> SRR191450 1 0.0817 0.777424 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR191451 3 0.6386 0.477436 0.236 0.000 0.640 0.124
#> SRR191452 4 0.9505 0.227111 0.208 0.324 0.124 0.344
#> SRR191453 3 0.7182 -0.016165 0.412 0.000 0.452 0.136
#> SRR191454 1 0.4915 0.699606 0.808 0.028 0.092 0.072
#> SRR191455 4 0.7615 -0.176847 0.044 0.432 0.076 0.448
#> SRR191456 3 0.5957 0.528425 0.116 0.012 0.720 0.152
#> SRR191457 1 0.0921 0.773930 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR191458 3 0.6708 0.003059 0.448 0.000 0.464 0.088
#> SRR191459 2 0.5138 0.365533 0.000 0.600 0.008 0.392
#> SRR191460 3 0.7031 0.436770 0.048 0.072 0.628 0.252
#> SRR191461 2 0.5884 0.350141 0.000 0.592 0.044 0.364
#> SRR191462 4 0.9612 0.257910 0.224 0.288 0.136 0.352
#> SRR191463 2 0.7105 0.028266 0.028 0.464 0.060 0.448
#> SRR191464 2 0.6315 0.270641 0.000 0.540 0.064 0.396
#> SRR191465 2 0.5483 0.184279 0.000 0.536 0.016 0.448
#> SRR191466 2 0.7605 0.058735 0.000 0.416 0.200 0.384
#> SRR191467 2 0.3975 0.290361 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR191468 2 0.4792 0.325309 0.000 0.680 0.008 0.312
#> SRR191469 2 0.7774 0.112523 0.060 0.520 0.080 0.340
#> SRR191470 2 0.5313 0.382421 0.000 0.608 0.016 0.376
#> SRR191471 2 0.6963 0.286981 0.008 0.500 0.088 0.404
#> SRR191472 4 0.5803 0.006063 0.008 0.372 0.024 0.596
#> SRR191473 2 0.5186 0.381969 0.000 0.640 0.016 0.344
#> SRR191474 4 0.7710 0.037105 0.000 0.296 0.256 0.448
#> SRR191475 2 0.3751 0.430414 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR191476 2 0.4220 0.424124 0.000 0.748 0.004 0.248
#> SRR191477 2 0.7242 0.187151 0.000 0.476 0.148 0.376
#> SRR191478 2 0.5417 0.368235 0.000 0.676 0.040 0.284
#> SRR191479 3 0.6733 0.338449 0.324 0.000 0.564 0.112
#> SRR191480 2 0.5040 0.371739 0.000 0.628 0.008 0.364
#> SRR191481 2 0.5174 0.368835 0.000 0.620 0.012 0.368
#> SRR191482 2 0.4837 0.385073 0.000 0.648 0.004 0.348
#> SRR191483 2 0.4914 0.427799 0.000 0.676 0.012 0.312
#> SRR191484 1 0.4371 0.696986 0.820 0.008 0.048 0.124
#> SRR191485 2 0.2921 0.438700 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR191486 1 0.8893 0.096827 0.400 0.064 0.204 0.332
#> SRR191487 2 0.4511 0.374785 0.000 0.724 0.008 0.268
#> SRR191488 1 0.0336 0.777657 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR191489 1 0.2125 0.760697 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR191490 1 0.8379 -0.101021 0.396 0.192 0.032 0.380
#> SRR191491 4 0.9774 0.162639 0.304 0.188 0.188 0.320
#> SRR191492 2 0.7152 0.163623 0.080 0.508 0.020 0.392
#> SRR191493 1 0.5497 0.597038 0.720 0.020 0.032 0.228
#> SRR191494 4 0.8506 0.193740 0.204 0.372 0.036 0.388
#> SRR191495 2 0.8472 0.054918 0.132 0.500 0.080 0.288
#> SRR191496 2 0.7337 -0.031419 0.016 0.464 0.100 0.420
#> SRR191497 2 0.6985 0.202198 0.000 0.548 0.140 0.312
#> SRR191498 1 0.6517 0.509131 0.684 0.144 0.020 0.152
#> SRR191499 2 0.5530 0.335369 0.004 0.616 0.020 0.360
#> SRR191500 4 0.8643 -0.091523 0.072 0.380 0.140 0.408
#> SRR191501 1 0.7629 0.321979 0.560 0.064 0.076 0.300
#> SRR191502 2 0.6557 0.145158 0.000 0.476 0.076 0.448
#> SRR191503 2 0.3668 0.398605 0.000 0.808 0.004 0.188
#> SRR191504 2 0.2868 0.387306 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR191505 2 0.1716 0.442928 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR191506 2 0.7900 -0.115645 0.060 0.456 0.080 0.404
#> SRR191507 2 0.4579 0.355051 0.000 0.768 0.032 0.200
#> SRR191508 2 0.3583 0.420569 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR191509 2 0.6373 0.317489 0.012 0.640 0.072 0.276
#> SRR191510 2 0.8576 0.027494 0.092 0.440 0.108 0.360
#> SRR191511 2 0.5022 0.316937 0.000 0.708 0.028 0.264
#> SRR191512 2 0.2760 0.417030 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR191513 2 0.4713 0.195437 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR191514 2 0.5028 0.233691 0.000 0.596 0.004 0.400
#> SRR191515 2 0.2412 0.434162 0.000 0.908 0.008 0.084
#> SRR191516 2 0.7430 0.189744 0.124 0.588 0.032 0.256
#> SRR191517 2 0.4950 0.377786 0.000 0.620 0.004 0.376
#> SRR191518 2 0.4283 0.425095 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR191519 2 0.3123 0.412868 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR191520 2 0.5290 0.267069 0.000 0.584 0.012 0.404
#> SRR191521 2 0.3907 0.366160 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR191522 2 0.4830 0.267765 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR191523 4 0.6442 -0.048044 0.032 0.436 0.020 0.512
#> SRR191524 1 0.8708 -0.051201 0.424 0.160 0.068 0.348
#> SRR191525 2 0.5300 0.147500 0.000 0.580 0.012 0.408
#> SRR191526 2 0.4950 0.170423 0.004 0.620 0.000 0.376
#> SRR191527 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191528 1 0.1474 0.770132 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR191529 4 0.8987 0.257657 0.324 0.264 0.056 0.356
#> SRR191530 2 0.2216 0.440117 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR191531 1 0.4487 0.695728 0.808 0.000 0.100 0.092
#> SRR191532 2 0.7046 -0.065026 0.000 0.448 0.120 0.432
#> SRR191533 4 0.7434 0.000313 0.100 0.428 0.020 0.452
#> SRR191534 2 0.5508 0.105392 0.020 0.572 0.000 0.408
#> SRR191535 2 0.5929 0.260894 0.000 0.596 0.048 0.356
#> SRR191536 2 0.7218 0.043235 0.024 0.516 0.080 0.380
#> SRR191537 2 0.5734 0.369333 0.048 0.764 0.084 0.104
#> SRR191538 2 0.3074 0.421375 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR191539 2 0.5253 0.178972 0.000 0.624 0.016 0.360
#> SRR191540 2 0.3356 0.441757 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR191541 2 0.4313 0.430452 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR191542 2 0.6442 0.039180 0.036 0.552 0.020 0.392
#> SRR191543 2 0.4643 0.185476 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR191544 2 0.2737 0.453813 0.000 0.888 0.008 0.104
#> SRR191545 2 0.2149 0.447596 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR191546 2 0.5677 0.383587 0.004 0.708 0.072 0.216
#> SRR191547 2 0.4813 0.275110 0.004 0.716 0.012 0.268
#> SRR191548 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0469 0.777742 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR191552 1 0.0469 0.777742 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 1 0.3521 0.731636 0.864 0.000 0.084 0.052
#> SRR191556 3 0.2868 0.595402 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR191557 3 0.7984 0.158106 0.016 0.232 0.488 0.264
#> SRR191558 3 0.4790 0.588734 0.140 0.032 0.800 0.028
#> SRR191559 3 0.4549 0.537787 0.000 0.096 0.804 0.100
#> SRR191560 3 0.2990 0.587457 0.036 0.016 0.904 0.044
#> SRR191561 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191562 1 0.2345 0.750808 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR191563 3 0.8092 -0.022704 0.020 0.212 0.472 0.296
#> SRR191564 2 0.9050 -0.056198 0.060 0.360 0.292 0.288
#> SRR191565 3 0.3969 0.586128 0.180 0.000 0.804 0.016
#> SRR191566 3 0.3047 0.600907 0.116 0.000 0.872 0.012
#> SRR191567 1 0.4843 0.336190 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR191568 1 0.6168 0.322709 0.556 0.000 0.388 0.056
#> SRR191569 3 0.3836 0.571728 0.028 0.004 0.840 0.128
#> SRR191570 3 0.5673 0.441972 0.288 0.000 0.660 0.052
#> SRR191571 3 0.3471 0.598228 0.068 0.016 0.880 0.036
#> SRR191572 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.3060 0.597860 0.088 0.008 0.888 0.016
#> SRR191574 1 0.1637 0.768186 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR191575 1 0.3873 0.620552 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR191576 3 0.4057 0.582020 0.160 0.000 0.812 0.028
#> SRR191577 3 0.4908 0.435065 0.292 0.000 0.692 0.016
#> SRR191578 2 0.8563 0.098676 0.104 0.416 0.092 0.388
#> SRR191579 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191583 1 0.7214 0.417736 0.636 0.156 0.036 0.172
#> SRR191584 1 0.0000 0.778771 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191585 4 0.7654 -0.074946 0.000 0.368 0.212 0.420
#> SRR191586 2 0.6664 0.233726 0.000 0.580 0.112 0.308
#> SRR191587 3 0.5694 0.452357 0.000 0.080 0.696 0.224
#> SRR191588 1 0.5165 0.100730 0.512 0.000 0.484 0.004
#> SRR191589 3 0.4194 0.573728 0.228 0.000 0.764 0.008
#> SRR191590 1 0.2281 0.750482 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR191591 3 0.5998 0.437773 0.000 0.108 0.680 0.212
#> SRR191592 3 0.6557 0.422715 0.028 0.056 0.632 0.284
#> SRR191593 3 0.5361 0.516986 0.000 0.068 0.724 0.208
#> SRR191594 1 0.0336 0.777067 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR191595 3 0.4512 0.595704 0.100 0.032 0.828 0.040
#> SRR191596 1 0.2589 0.738064 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR191597 2 0.7426 0.140854 0.000 0.452 0.172 0.376
#> SRR191598 1 0.4941 0.206564 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR191599 1 0.1489 0.770344 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR191600 2 0.7225 0.244180 0.000 0.512 0.160 0.328
#> SRR191601 2 0.6330 0.134941 0.000 0.492 0.060 0.448
#> SRR191602 3 0.7315 0.277200 0.000 0.216 0.532 0.252
#> SRR191603 2 0.7162 0.172181 0.000 0.472 0.136 0.392
#> SRR191604 2 0.2999 0.456246 0.000 0.864 0.004 0.132
#> SRR191605 3 0.8480 -0.028532 0.028 0.236 0.388 0.348
#> SRR191606 1 0.1118 0.774187 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR191607 2 0.7668 0.170308 0.060 0.484 0.064 0.392
#> SRR191608 2 0.4382 0.366903 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR191609 2 0.5937 0.309974 0.000 0.608 0.052 0.340
#> SRR191610 4 0.9273 0.082020 0.096 0.332 0.208 0.364
#> SRR191611 2 0.7383 0.126342 0.000 0.448 0.164 0.388
#> SRR191612 3 0.7159 0.295865 0.000 0.260 0.552 0.188
#> SRR191613 1 0.0817 0.775116 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR191614 3 0.8082 0.242976 0.028 0.252 0.508 0.212
#> SRR191615 3 0.3266 0.565976 0.004 0.032 0.880 0.084
#> SRR191616 1 0.0779 0.775565 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR191617 4 0.8717 0.202933 0.240 0.308 0.044 0.408
#> SRR191618 1 0.6219 0.592839 0.716 0.044 0.068 0.172
#> SRR191619 2 0.4891 0.405136 0.000 0.680 0.012 0.308
#> SRR191620 2 0.6514 0.239845 0.000 0.516 0.076 0.408
#> SRR191621 2 0.4908 0.412220 0.000 0.692 0.016 0.292
#> SRR191622 4 0.7836 0.067912 0.000 0.264 0.348 0.388
#> SRR191623 3 0.7714 0.017363 0.000 0.224 0.400 0.376
#> SRR191624 3 0.6425 0.402809 0.300 0.000 0.604 0.096
#> SRR191625 2 0.5237 0.380196 0.000 0.628 0.016 0.356
#> SRR191626 2 0.5189 0.379398 0.000 0.616 0.012 0.372
#> SRR191627 2 0.5872 0.330508 0.000 0.576 0.040 0.384
#> SRR191628 1 0.8738 -0.037947 0.412 0.208 0.052 0.328
#> SRR191629 4 0.7702 0.020023 0.000 0.288 0.260 0.452
#> SRR191630 1 0.2408 0.746877 0.920 0.000 0.044 0.036
#> SRR191631 2 0.5231 0.360733 0.000 0.604 0.012 0.384
#> SRR191632 1 0.8832 0.165379 0.496 0.124 0.140 0.240
#> SRR191633 2 0.6713 0.229362 0.032 0.580 0.044 0.344
#> SRR191634 1 0.1398 0.767035 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR191635 4 0.8943 0.122399 0.076 0.260 0.220 0.444
#> SRR191636 1 0.1022 0.772103 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR191637 2 0.6328 0.222788 0.072 0.660 0.016 0.252
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.3730 0.465377 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR191394 1 0.3534 0.581322 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR191396 3 0.5174 0.539275 0.068 0.004 0.756 0.064 0.108
#> SRR191397 1 0.4283 0.096020 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR191398 1 0.1478 0.751208 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR191399 3 0.5279 0.498596 0.020 0.032 0.756 0.100 0.092
#> SRR191400 3 0.4287 0.112341 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR191401 3 0.3398 0.555602 0.216 0.000 0.780 0.004 0.000
#> SRR191402 3 0.4042 0.586383 0.064 0.048 0.832 0.052 0.004
#> SRR191403 3 0.4297 0.035673 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR191404 2 0.6772 0.188264 0.000 0.548 0.288 0.056 0.108
#> SRR191405 3 0.7080 0.238427 0.028 0.332 0.492 0.136 0.012
#> SRR191406 4 0.7426 0.160922 0.000 0.160 0.368 0.412 0.060
#> SRR191407 1 0.4567 0.347371 0.628 0.000 0.356 0.004 0.012
#> SRR191408 1 0.7009 0.188479 0.492 0.000 0.316 0.152 0.040
#> SRR191409 3 0.3423 0.549459 0.000 0.016 0.856 0.068 0.060
#> SRR191410 3 0.7293 0.206057 0.000 0.276 0.512 0.104 0.108
#> SRR191411 3 0.6107 0.502805 0.024 0.028 0.684 0.120 0.144
#> SRR191412 3 0.4138 0.281326 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR191413 3 0.3125 0.571714 0.020 0.004 0.880 0.040 0.056
#> SRR191414 3 0.4708 0.212665 0.436 0.000 0.548 0.016 0.000
#> SRR191415 2 0.7237 -0.000639 0.000 0.452 0.340 0.160 0.048
#> SRR191416 3 0.6853 0.354158 0.000 0.140 0.604 0.108 0.148
#> SRR191418 3 0.5415 0.061402 0.464 0.000 0.492 0.028 0.016
#> SRR191419 1 0.1197 0.755052 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR191420 1 0.4681 0.616742 0.728 0.000 0.188 0.084 0.000
#> SRR191421 1 0.3631 0.692576 0.824 0.000 0.104 0.072 0.000
#> SRR191422 5 0.8985 0.262153 0.132 0.216 0.240 0.044 0.368
#> SRR191423 2 0.8444 -0.082560 0.000 0.352 0.236 0.212 0.200
#> SRR191424 5 0.7398 0.467772 0.104 0.100 0.040 0.156 0.600
#> SRR191425 4 0.6869 0.253096 0.000 0.068 0.304 0.532 0.096
#> SRR191426 2 0.5192 0.496729 0.000 0.644 0.000 0.076 0.280
#> SRR191427 1 0.9034 0.097417 0.392 0.072 0.124 0.156 0.256
#> SRR191428 3 0.6642 0.318215 0.020 0.100 0.520 0.348 0.012
#> SRR191429 2 0.4714 0.517461 0.000 0.712 0.008 0.044 0.236
#> SRR191430 2 0.4736 0.471275 0.000 0.776 0.044 0.112 0.068
#> SRR191431 3 0.8698 0.176984 0.240 0.044 0.412 0.100 0.204
#> SRR191432 2 0.4101 0.548197 0.000 0.768 0.000 0.048 0.184
#> SRR191433 2 0.5213 0.400591 0.000 0.616 0.000 0.064 0.320
#> SRR191434 2 0.8698 -0.133037 0.216 0.348 0.168 0.012 0.256
#> SRR191435 3 0.7929 0.229554 0.012 0.156 0.508 0.172 0.152
#> SRR191436 2 0.5656 0.268270 0.000 0.648 0.032 0.260 0.060
#> SRR191437 1 0.6506 0.058429 0.484 0.016 0.004 0.108 0.388
#> SRR191438 2 0.7705 -0.172827 0.000 0.388 0.288 0.268 0.056
#> SRR191439 5 0.8438 0.099606 0.004 0.248 0.132 0.280 0.336
#> SRR191440 5 0.9261 0.250326 0.112 0.280 0.116 0.136 0.356
#> SRR191441 5 0.4878 0.477705 0.000 0.164 0.004 0.104 0.728
#> SRR191442 4 0.7948 0.346514 0.004 0.172 0.112 0.452 0.260
#> SRR191443 1 0.7098 0.064283 0.436 0.000 0.380 0.140 0.044
#> SRR191444 3 0.8745 0.027820 0.060 0.312 0.384 0.096 0.148
#> SRR191445 5 0.7933 0.450195 0.064 0.148 0.128 0.100 0.560
#> SRR191446 5 0.7328 0.120649 0.004 0.288 0.020 0.276 0.412
#> SRR191447 5 0.7949 0.380373 0.064 0.088 0.124 0.172 0.552
#> SRR191448 1 0.1478 0.753810 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR191449 4 0.7846 0.408590 0.000 0.232 0.140 0.468 0.160
#> SRR191450 1 0.1830 0.751234 0.924 0.000 0.068 0.008 0.000
#> SRR191451 3 0.6626 0.513990 0.180 0.000 0.608 0.152 0.060
#> SRR191452 5 0.8872 0.371967 0.132 0.244 0.128 0.072 0.424
#> SRR191453 3 0.7443 0.344467 0.272 0.000 0.480 0.180 0.068
#> SRR191454 1 0.5995 0.551311 0.652 0.012 0.092 0.224 0.020
#> SRR191455 2 0.6841 0.412055 0.020 0.628 0.060 0.148 0.144
#> SRR191456 3 0.6427 0.508668 0.120 0.000 0.636 0.172 0.072
#> SRR191457 1 0.1341 0.752820 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR191458 3 0.7508 0.123821 0.372 0.004 0.428 0.100 0.096
#> SRR191459 2 0.4619 0.535057 0.000 0.728 0.004 0.056 0.212
#> SRR191460 3 0.6851 0.193639 0.032 0.292 0.532 0.140 0.004
#> SRR191461 2 0.7354 0.072731 0.000 0.416 0.032 0.300 0.252
#> SRR191462 5 0.5979 0.427471 0.164 0.020 0.132 0.012 0.672
#> SRR191463 5 0.7275 0.274403 0.012 0.336 0.048 0.120 0.484
#> SRR191464 2 0.5012 0.483460 0.000 0.740 0.020 0.100 0.140
#> SRR191465 5 0.4906 0.120411 0.000 0.380 0.004 0.024 0.592
#> SRR191466 4 0.7703 0.424884 0.000 0.268 0.112 0.468 0.152
#> SRR191467 5 0.6429 0.229182 0.000 0.296 0.000 0.208 0.496
#> SRR191468 2 0.6128 0.270064 0.004 0.516 0.016 0.072 0.392
#> SRR191469 4 0.6916 0.275142 0.020 0.248 0.060 0.588 0.084
#> SRR191470 2 0.4557 0.504172 0.000 0.700 0.004 0.032 0.264
#> SRR191471 2 0.5148 0.527749 0.000 0.748 0.100 0.048 0.104
#> SRR191472 5 0.5870 0.423246 0.000 0.276 0.000 0.140 0.584
#> SRR191473 2 0.4244 0.505808 0.000 0.712 0.004 0.016 0.268
#> SRR191474 4 0.7342 0.206312 0.000 0.404 0.088 0.404 0.104
#> SRR191475 2 0.5336 0.479832 0.000 0.648 0.000 0.100 0.252
#> SRR191476 2 0.4766 0.529269 0.000 0.708 0.000 0.072 0.220
#> SRR191477 2 0.5572 0.386675 0.000 0.712 0.068 0.148 0.072
#> SRR191478 2 0.3792 0.538175 0.000 0.832 0.044 0.100 0.024
#> SRR191479 3 0.6994 0.383766 0.280 0.000 0.436 0.272 0.012
#> SRR191480 2 0.2909 0.504265 0.000 0.848 0.000 0.140 0.012
#> SRR191481 2 0.3802 0.546611 0.000 0.820 0.004 0.080 0.096
#> SRR191482 2 0.3647 0.561287 0.000 0.816 0.000 0.052 0.132
#> SRR191483 2 0.6352 0.318738 0.000 0.504 0.000 0.188 0.308
#> SRR191484 1 0.5222 0.464377 0.600 0.000 0.028 0.356 0.016
#> SRR191485 2 0.6439 0.150379 0.000 0.448 0.000 0.372 0.180
#> SRR191486 5 0.8191 0.175953 0.236 0.004 0.132 0.204 0.424
#> SRR191487 4 0.6310 0.260437 0.000 0.336 0.012 0.528 0.124
#> SRR191488 1 0.0566 0.761087 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR191489 1 0.2871 0.736483 0.872 0.000 0.088 0.040 0.000
#> SRR191490 5 0.6685 0.285153 0.324 0.004 0.004 0.188 0.480
#> SRR191491 5 0.8222 0.038916 0.116 0.028 0.160 0.212 0.484
#> SRR191492 4 0.6873 0.354250 0.052 0.168 0.008 0.596 0.176
#> SRR191493 1 0.5996 0.343544 0.576 0.004 0.004 0.108 0.308
#> SRR191494 5 0.4220 0.473670 0.096 0.044 0.004 0.040 0.816
#> SRR191495 4 0.6165 0.468343 0.008 0.152 0.048 0.672 0.120
#> SRR191496 5 0.6414 0.468847 0.000 0.124 0.096 0.132 0.648
#> SRR191497 4 0.7869 0.344654 0.000 0.272 0.084 0.412 0.232
#> SRR191498 1 0.6475 0.446568 0.624 0.036 0.016 0.096 0.228
#> SRR191499 4 0.6692 0.377490 0.000 0.188 0.012 0.496 0.304
#> SRR191500 5 0.8683 -0.091064 0.020 0.256 0.116 0.272 0.336
#> SRR191501 5 0.6763 0.133328 0.396 0.000 0.092 0.048 0.464
#> SRR191502 4 0.7399 -0.041895 0.000 0.300 0.032 0.400 0.268
#> SRR191503 2 0.5868 0.324140 0.000 0.576 0.000 0.292 0.132
#> SRR191504 2 0.6468 0.163925 0.000 0.452 0.000 0.188 0.360
#> SRR191505 2 0.6158 0.333198 0.000 0.552 0.000 0.184 0.264
#> SRR191506 5 0.5303 0.489553 0.052 0.044 0.088 0.048 0.768
#> SRR191507 2 0.7406 0.063550 0.000 0.452 0.048 0.212 0.288
#> SRR191508 2 0.6374 0.271149 0.000 0.512 0.000 0.280 0.208
#> SRR191509 2 0.6119 0.482930 0.008 0.672 0.052 0.176 0.092
#> SRR191510 5 0.8531 0.236572 0.048 0.276 0.100 0.144 0.432
#> SRR191511 5 0.6011 0.129085 0.000 0.380 0.012 0.084 0.524
#> SRR191512 2 0.6219 0.234947 0.000 0.548 0.000 0.212 0.240
#> SRR191513 5 0.6053 0.400593 0.000 0.232 0.004 0.172 0.592
#> SRR191514 5 0.4935 0.224579 0.000 0.344 0.000 0.040 0.616
#> SRR191515 2 0.6508 0.355714 0.000 0.540 0.012 0.180 0.268
#> SRR191516 4 0.7368 0.241565 0.028 0.212 0.016 0.500 0.244
#> SRR191517 2 0.2278 0.560728 0.000 0.908 0.000 0.032 0.060
#> SRR191518 2 0.3705 0.558439 0.000 0.816 0.000 0.064 0.120
#> SRR191519 2 0.5274 0.463405 0.000 0.676 0.000 0.132 0.192
#> SRR191520 4 0.5342 0.314382 0.000 0.312 0.000 0.612 0.076
#> SRR191521 2 0.5998 0.315177 0.000 0.584 0.000 0.188 0.228
#> SRR191522 5 0.5520 0.278010 0.000 0.364 0.000 0.076 0.560
#> SRR191523 5 0.3920 0.496273 0.008 0.120 0.020 0.028 0.824
#> SRR191524 1 0.8718 -0.185377 0.328 0.072 0.048 0.324 0.228
#> SRR191525 5 0.4592 0.449979 0.000 0.100 0.004 0.140 0.756
#> SRR191526 5 0.5213 0.468299 0.000 0.176 0.004 0.124 0.696
#> SRR191527 1 0.0162 0.761768 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191528 1 0.1830 0.752766 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008
#> SRR191529 5 0.8167 0.367518 0.228 0.124 0.052 0.092 0.504
#> SRR191530 2 0.6289 0.322271 0.000 0.536 0.000 0.228 0.236
#> SRR191531 1 0.6289 0.569952 0.656 0.000 0.152 0.104 0.088
#> SRR191532 5 0.5827 0.378871 0.000 0.084 0.064 0.164 0.688
#> SRR191533 5 0.6863 0.329242 0.016 0.176 0.008 0.276 0.524
#> SRR191534 5 0.6661 0.399602 0.008 0.244 0.008 0.196 0.544
#> SRR191535 2 0.6471 0.213342 0.000 0.480 0.004 0.168 0.348
#> SRR191536 5 0.7557 0.393275 0.008 0.192 0.060 0.244 0.496
#> SRR191537 2 0.7470 0.417273 0.028 0.572 0.076 0.140 0.184
#> SRR191538 2 0.5159 0.498954 0.000 0.688 0.000 0.188 0.124
#> SRR191539 5 0.4504 0.486347 0.000 0.152 0.012 0.068 0.768
#> SRR191540 2 0.4360 0.489288 0.000 0.752 0.000 0.184 0.064
#> SRR191541 2 0.2879 0.565490 0.000 0.868 0.000 0.032 0.100
#> SRR191542 5 0.3970 0.467289 0.000 0.076 0.008 0.104 0.812
#> SRR191543 5 0.4849 0.444828 0.000 0.136 0.000 0.140 0.724
#> SRR191544 2 0.6187 0.427014 0.000 0.600 0.012 0.192 0.196
#> SRR191545 2 0.5971 0.420197 0.000 0.584 0.000 0.172 0.244
#> SRR191546 2 0.6868 0.428613 0.000 0.580 0.088 0.108 0.224
#> SRR191547 5 0.6101 0.378588 0.000 0.216 0.008 0.176 0.600
#> SRR191548 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.1121 0.756158 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR191552 1 0.1121 0.756158 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 1 0.4943 0.652367 0.756 0.000 0.092 0.120 0.032
#> SRR191556 3 0.2230 0.602349 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR191557 4 0.7331 0.336355 0.000 0.148 0.304 0.480 0.068
#> SRR191558 3 0.5031 0.588654 0.084 0.052 0.780 0.020 0.064
#> SRR191559 3 0.5993 0.388072 0.000 0.028 0.644 0.208 0.120
#> SRR191560 3 0.3844 0.572976 0.032 0.016 0.848 0.068 0.036
#> SRR191561 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191562 1 0.2280 0.733598 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR191563 2 0.6513 0.191318 0.012 0.552 0.276 0.156 0.004
#> SRR191564 2 0.6975 0.276138 0.036 0.604 0.220 0.092 0.048
#> SRR191565 3 0.3035 0.602607 0.136 0.000 0.848 0.008 0.008
#> SRR191566 3 0.4178 0.592504 0.084 0.000 0.808 0.088 0.020
#> SRR191567 1 0.4307 0.003854 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR191568 1 0.5816 0.032823 0.468 0.000 0.440 0.092 0.000
#> SRR191569 3 0.4538 0.541834 0.008 0.048 0.772 0.160 0.012
#> SRR191570 3 0.5395 0.544750 0.204 0.004 0.700 0.068 0.024
#> SRR191571 3 0.4228 0.580938 0.052 0.068 0.824 0.048 0.008
#> SRR191572 1 0.0162 0.761609 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.2751 0.587645 0.044 0.000 0.896 0.020 0.040
#> SRR191574 1 0.2732 0.700426 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR191575 1 0.3837 0.505251 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR191576 3 0.4663 0.593659 0.112 0.008 0.788 0.032 0.060
#> SRR191577 3 0.4486 0.532172 0.220 0.000 0.736 0.012 0.032
#> SRR191578 2 0.6776 0.373691 0.108 0.620 0.020 0.052 0.200
#> SRR191579 1 0.0162 0.761609 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191583 1 0.7186 0.281088 0.556 0.044 0.024 0.120 0.256
#> SRR191584 1 0.0000 0.761750 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191585 2 0.7665 -0.130147 0.000 0.432 0.092 0.324 0.152
#> SRR191586 4 0.6925 0.431995 0.000 0.204 0.056 0.564 0.176
#> SRR191587 3 0.6826 0.328538 0.000 0.152 0.604 0.148 0.096
#> SRR191588 3 0.4617 0.138045 0.436 0.000 0.552 0.012 0.000
#> SRR191589 3 0.4516 0.598056 0.204 0.012 0.748 0.032 0.004
#> SRR191590 1 0.3074 0.677092 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR191591 3 0.6490 0.152778 0.000 0.312 0.512 0.168 0.008
#> SRR191592 4 0.5605 -0.061925 0.000 0.052 0.468 0.472 0.008
#> SRR191593 3 0.6551 0.069636 0.000 0.108 0.440 0.428 0.024
#> SRR191594 1 0.0771 0.758156 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR191595 3 0.3903 0.573025 0.024 0.020 0.840 0.088 0.028
#> SRR191596 1 0.3462 0.669668 0.792 0.000 0.196 0.012 0.000
#> SRR191597 2 0.4905 0.365961 0.000 0.752 0.076 0.144 0.028
#> SRR191598 1 0.4562 -0.028023 0.500 0.000 0.492 0.008 0.000
#> SRR191599 1 0.2069 0.747975 0.912 0.000 0.076 0.012 0.000
#> SRR191600 2 0.4121 0.494714 0.000 0.808 0.104 0.072 0.016
#> SRR191601 4 0.4983 0.388686 0.000 0.116 0.016 0.740 0.128
#> SRR191602 3 0.8183 -0.004813 0.000 0.188 0.416 0.224 0.172
#> SRR191603 2 0.6279 0.239334 0.000 0.632 0.056 0.212 0.100
#> SRR191604 2 0.5557 0.481763 0.000 0.644 0.008 0.096 0.252
#> SRR191605 4 0.6507 0.389032 0.000 0.072 0.252 0.596 0.080
#> SRR191606 1 0.1831 0.746637 0.920 0.000 0.076 0.004 0.000
#> SRR191607 4 0.6655 0.375008 0.008 0.140 0.036 0.600 0.216
#> SRR191608 2 0.5237 -0.057768 0.000 0.488 0.000 0.468 0.044
#> SRR191609 4 0.6611 0.379636 0.000 0.224 0.036 0.580 0.160
#> SRR191610 4 0.7316 0.418280 0.024 0.088 0.088 0.568 0.232
#> SRR191611 4 0.6578 0.399193 0.000 0.348 0.044 0.520 0.088
#> SRR191612 3 0.7419 -0.066600 0.000 0.316 0.404 0.244 0.036
#> SRR191613 1 0.1901 0.742945 0.928 0.000 0.004 0.056 0.012
#> SRR191614 3 0.8045 -0.029220 0.004 0.224 0.384 0.304 0.084
#> SRR191615 3 0.4151 0.530009 0.000 0.052 0.820 0.068 0.060
#> SRR191616 1 0.1525 0.750118 0.948 0.000 0.004 0.036 0.012
#> SRR191617 5 0.8822 0.296116 0.236 0.232 0.024 0.148 0.360
#> SRR191618 1 0.7121 0.310019 0.520 0.024 0.056 0.328 0.072
#> SRR191619 2 0.1774 0.542687 0.000 0.932 0.000 0.052 0.016
#> SRR191620 2 0.4994 0.451383 0.000 0.732 0.032 0.052 0.184
#> SRR191621 2 0.1549 0.556486 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR191622 4 0.6709 0.319016 0.000 0.360 0.208 0.428 0.004
#> SRR191623 4 0.6744 0.424020 0.000 0.296 0.220 0.476 0.008
#> SRR191624 3 0.6942 0.404943 0.280 0.012 0.452 0.256 0.000
#> SRR191625 2 0.2618 0.548939 0.000 0.900 0.012 0.052 0.036
#> SRR191626 2 0.3891 0.559115 0.000 0.808 0.004 0.060 0.128
#> SRR191627 2 0.2284 0.509087 0.000 0.896 0.004 0.096 0.004
#> SRR191628 4 0.5848 0.364004 0.096 0.116 0.036 0.720 0.032
#> SRR191629 2 0.5810 0.131659 0.000 0.604 0.152 0.244 0.000
#> SRR191630 1 0.2633 0.719496 0.896 0.000 0.024 0.068 0.012
#> SRR191631 2 0.1121 0.536384 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR191632 1 0.9402 -0.086877 0.344 0.092 0.164 0.252 0.148
#> SRR191633 4 0.6768 0.210368 0.004 0.288 0.020 0.528 0.160
#> SRR191634 1 0.2012 0.735626 0.920 0.000 0.000 0.060 0.020
#> SRR191635 4 0.6337 0.460840 0.020 0.308 0.084 0.576 0.012
#> SRR191636 1 0.1774 0.741542 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR191637 5 0.8274 0.211155 0.068 0.304 0.020 0.236 0.372
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.3468 0.48167 0.264 0.000 0.728 0.000 0.008 0.000
#> SRR191394 1 0.3916 0.49747 0.680 0.000 0.300 0.000 0.020 0.000
#> SRR191396 3 0.5957 0.45044 0.048 0.080 0.676 0.000 0.104 0.092
#> SRR191397 3 0.4250 0.12150 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016 0.000
#> SRR191398 1 0.2020 0.74472 0.896 0.000 0.096 0.000 0.008 0.000
#> SRR191399 3 0.5844 0.41534 0.012 0.076 0.676 0.008 0.108 0.120
#> SRR191400 3 0.4192 0.23086 0.412 0.000 0.572 0.000 0.016 0.000
#> SRR191401 3 0.2416 0.55483 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR191402 3 0.4302 0.47780 0.044 0.000 0.756 0.012 0.016 0.172
#> SRR191403 3 0.4372 0.17400 0.432 0.000 0.544 0.000 0.024 0.000
#> SRR191404 4 0.7124 0.23599 0.000 0.064 0.236 0.524 0.064 0.112
#> SRR191405 3 0.7476 -0.05714 0.020 0.032 0.392 0.268 0.020 0.268
#> SRR191406 6 0.7999 0.24837 0.000 0.212 0.292 0.108 0.044 0.344
#> SRR191407 1 0.4537 0.17608 0.552 0.000 0.412 0.000 0.036 0.000
#> SRR191408 1 0.7241 -0.09130 0.364 0.000 0.336 0.000 0.180 0.120
#> SRR191409 3 0.3604 0.46653 0.000 0.032 0.820 0.000 0.044 0.104
#> SRR191410 3 0.7720 -0.14110 0.000 0.052 0.352 0.272 0.052 0.272
#> SRR191411 3 0.6543 0.38312 0.016 0.036 0.584 0.020 0.216 0.128
#> SRR191412 3 0.3853 0.41048 0.304 0.000 0.680 0.000 0.016 0.000
#> SRR191413 3 0.4002 0.50263 0.020 0.032 0.812 0.000 0.088 0.048
#> SRR191414 3 0.4510 0.30702 0.380 0.000 0.588 0.000 0.024 0.008
#> SRR191415 4 0.7071 0.11525 0.000 0.024 0.188 0.452 0.048 0.288
#> SRR191416 3 0.7120 0.14399 0.000 0.140 0.524 0.080 0.040 0.216
#> SRR191418 3 0.5881 0.32895 0.332 0.000 0.528 0.000 0.108 0.032
#> SRR191419 1 0.2006 0.75027 0.904 0.000 0.080 0.000 0.016 0.000
#> SRR191420 1 0.5850 0.50141 0.612 0.004 0.236 0.000 0.068 0.080
#> SRR191421 1 0.4718 0.65724 0.748 0.004 0.120 0.000 0.060 0.068
#> SRR191422 5 0.9146 0.36258 0.100 0.144 0.228 0.104 0.352 0.072
#> SRR191423 6 0.8574 0.02505 0.000 0.160 0.180 0.280 0.092 0.288
#> SRR191424 5 0.7789 0.36778 0.092 0.260 0.036 0.048 0.480 0.084
#> SRR191425 6 0.6527 0.36063 0.004 0.044 0.232 0.044 0.092 0.584
#> SRR191426 4 0.5259 0.39923 0.000 0.188 0.000 0.676 0.080 0.056
#> SRR191427 5 0.9093 0.24180 0.288 0.048 0.096 0.116 0.296 0.156
#> SRR191428 6 0.6435 0.09758 0.000 0.000 0.368 0.080 0.096 0.456
#> SRR191429 4 0.5309 0.36268 0.000 0.256 0.000 0.636 0.060 0.048
#> SRR191430 4 0.6177 0.46790 0.000 0.092 0.028 0.620 0.060 0.200
#> SRR191431 3 0.8507 -0.16328 0.164 0.068 0.352 0.036 0.304 0.076
#> SRR191432 4 0.3648 0.37881 0.000 0.240 0.000 0.740 0.004 0.016
#> SRR191433 2 0.5434 0.22392 0.000 0.496 0.000 0.416 0.068 0.020
#> SRR191434 5 0.9036 0.25883 0.160 0.092 0.124 0.284 0.300 0.040
#> SRR191435 3 0.7560 -0.02238 0.008 0.012 0.404 0.228 0.084 0.264
#> SRR191436 4 0.6789 0.26946 0.000 0.072 0.036 0.552 0.108 0.232
#> SRR191437 5 0.6939 0.29191 0.384 0.120 0.000 0.016 0.408 0.072
#> SRR191438 6 0.7414 0.19815 0.000 0.116 0.176 0.276 0.012 0.420
#> SRR191439 6 0.8343 -0.08445 0.000 0.160 0.088 0.144 0.236 0.372
#> SRR191440 5 0.8940 0.26736 0.084 0.128 0.076 0.228 0.384 0.100
#> SRR191441 2 0.7296 -0.17905 0.000 0.348 0.000 0.188 0.340 0.124
#> SRR191442 6 0.7570 0.14332 0.000 0.092 0.072 0.096 0.300 0.440
#> SRR191443 1 0.7248 -0.11018 0.360 0.000 0.344 0.000 0.164 0.132
#> SRR191444 4 0.9010 -0.05451 0.056 0.076 0.232 0.356 0.144 0.136
#> SRR191445 5 0.8859 0.29640 0.036 0.264 0.112 0.156 0.344 0.088
#> SRR191446 2 0.6717 0.34072 0.000 0.548 0.012 0.216 0.120 0.104
#> SRR191447 5 0.7824 0.38269 0.044 0.184 0.068 0.036 0.496 0.172
#> SRR191448 1 0.1802 0.75626 0.916 0.000 0.072 0.000 0.012 0.000
#> SRR191449 6 0.7394 0.30450 0.000 0.156 0.080 0.228 0.048 0.488
#> SRR191450 1 0.2822 0.74681 0.868 0.000 0.068 0.000 0.056 0.008
#> SRR191451 3 0.6766 0.37560 0.104 0.008 0.536 0.000 0.212 0.140
#> SRR191452 5 0.9379 0.34888 0.100 0.180 0.128 0.152 0.344 0.096
#> SRR191453 3 0.7402 0.26006 0.172 0.004 0.408 0.000 0.268 0.148
#> SRR191454 1 0.7313 0.45968 0.552 0.048 0.108 0.012 0.108 0.172
#> SRR191455 4 0.6748 0.33351 0.016 0.060 0.044 0.612 0.116 0.152
#> SRR191456 3 0.6757 0.30714 0.084 0.008 0.524 0.000 0.232 0.152
#> SRR191457 1 0.1753 0.75133 0.912 0.000 0.084 0.000 0.004 0.000
#> SRR191458 3 0.8028 0.16713 0.276 0.032 0.356 0.004 0.212 0.120
#> SRR191459 4 0.3764 0.46385 0.000 0.160 0.000 0.784 0.012 0.044
#> SRR191460 3 0.7414 -0.14479 0.024 0.004 0.388 0.292 0.048 0.244
#> SRR191461 4 0.7451 -0.05623 0.000 0.328 0.012 0.380 0.124 0.156
#> SRR191462 5 0.6886 0.43510 0.104 0.240 0.108 0.000 0.528 0.020
#> SRR191463 2 0.8070 0.04631 0.004 0.308 0.024 0.300 0.224 0.140
#> SRR191464 4 0.5822 0.45900 0.000 0.132 0.024 0.644 0.028 0.172
#> SRR191465 2 0.5909 0.19490 0.000 0.476 0.000 0.372 0.136 0.016
#> SRR191466 6 0.7461 0.36672 0.000 0.212 0.072 0.168 0.060 0.488
#> SRR191467 2 0.4531 0.44260 0.000 0.744 0.000 0.148 0.072 0.036
#> SRR191468 2 0.6533 0.16604 0.004 0.456 0.008 0.380 0.100 0.052
#> SRR191469 6 0.7961 0.09394 0.012 0.284 0.044 0.100 0.148 0.412
#> SRR191470 4 0.4303 0.44242 0.000 0.168 0.000 0.748 0.064 0.020
#> SRR191471 4 0.3994 0.49063 0.000 0.024 0.092 0.812 0.044 0.028
#> SRR191472 5 0.7408 0.14837 0.000 0.308 0.000 0.188 0.356 0.148
#> SRR191473 4 0.4052 0.46798 0.000 0.132 0.000 0.776 0.076 0.016
#> SRR191474 6 0.6512 0.10970 0.000 0.068 0.052 0.336 0.036 0.508
#> SRR191475 2 0.5149 0.11554 0.000 0.468 0.000 0.468 0.048 0.016
#> SRR191476 4 0.5050 0.21311 0.000 0.288 0.000 0.628 0.064 0.020
#> SRR191477 4 0.6111 0.35437 0.000 0.080 0.052 0.576 0.016 0.276
#> SRR191478 4 0.5082 0.45086 0.000 0.148 0.012 0.700 0.016 0.124
#> SRR191479 3 0.7419 0.28042 0.252 0.004 0.372 0.000 0.108 0.264
#> SRR191480 4 0.4982 0.42114 0.000 0.180 0.000 0.648 0.000 0.172
#> SRR191481 4 0.3610 0.51015 0.000 0.104 0.000 0.804 0.004 0.088
#> SRR191482 4 0.3000 0.48467 0.000 0.124 0.000 0.840 0.004 0.032
#> SRR191483 4 0.6361 0.06100 0.000 0.312 0.000 0.508 0.080 0.100
#> SRR191484 1 0.6560 0.25368 0.520 0.040 0.016 0.000 0.152 0.272
#> SRR191485 2 0.5817 0.32645 0.000 0.544 0.000 0.288 0.016 0.152
#> SRR191486 5 0.7900 0.28917 0.104 0.104 0.104 0.008 0.484 0.196
#> SRR191487 2 0.6448 0.14900 0.000 0.476 0.004 0.196 0.028 0.296
#> SRR191488 1 0.2030 0.75567 0.908 0.000 0.028 0.000 0.064 0.000
#> SRR191489 1 0.3845 0.72600 0.812 0.008 0.104 0.000 0.048 0.028
#> SRR191490 5 0.7278 0.42784 0.244 0.168 0.000 0.012 0.460 0.116
#> SRR191491 5 0.8212 0.24810 0.056 0.188 0.140 0.028 0.460 0.128
#> SRR191492 6 0.7252 0.09210 0.032 0.376 0.000 0.068 0.136 0.388
#> SRR191493 1 0.6263 -0.06246 0.472 0.064 0.000 0.004 0.380 0.080
#> SRR191494 5 0.6217 0.30456 0.076 0.384 0.004 0.028 0.488 0.020
#> SRR191495 6 0.6997 0.22478 0.012 0.356 0.016 0.068 0.096 0.452
#> SRR191496 5 0.7223 0.31686 0.008 0.296 0.056 0.068 0.492 0.080
#> SRR191497 2 0.7815 -0.04547 0.000 0.400 0.064 0.116 0.112 0.308
#> SRR191498 1 0.7025 0.22368 0.532 0.156 0.012 0.008 0.200 0.092
#> SRR191499 2 0.7122 -0.05587 0.000 0.400 0.008 0.180 0.076 0.336
#> SRR191500 5 0.8920 0.08807 0.012 0.180 0.096 0.264 0.272 0.176
#> SRR191501 5 0.6792 0.43581 0.284 0.120 0.068 0.000 0.508 0.020
#> SRR191502 2 0.7849 0.00913 0.000 0.308 0.012 0.208 0.172 0.300
#> SRR191503 2 0.6102 0.30472 0.000 0.480 0.000 0.360 0.032 0.128
#> SRR191504 2 0.4281 0.41373 0.000 0.708 0.000 0.244 0.020 0.028
#> SRR191505 2 0.4224 0.34052 0.000 0.640 0.000 0.336 0.008 0.016
#> SRR191506 5 0.6636 0.26951 0.028 0.400 0.064 0.032 0.456 0.020
#> SRR191507 2 0.7529 0.29336 0.004 0.420 0.028 0.276 0.204 0.068
#> SRR191508 2 0.5630 0.34912 0.000 0.524 0.000 0.368 0.028 0.080
#> SRR191509 4 0.6597 0.31882 0.008 0.176 0.024 0.584 0.044 0.164
#> SRR191510 5 0.8368 0.12804 0.016 0.132 0.088 0.324 0.348 0.092
#> SRR191511 2 0.6908 0.24257 0.000 0.440 0.004 0.244 0.256 0.056
#> SRR191512 2 0.5300 0.36145 0.000 0.560 0.000 0.360 0.044 0.036
#> SRR191513 2 0.5322 0.29182 0.000 0.648 0.000 0.148 0.184 0.020
#> SRR191514 2 0.5503 0.28312 0.000 0.540 0.000 0.352 0.092 0.016
#> SRR191515 2 0.4556 0.34894 0.000 0.656 0.004 0.300 0.020 0.020
#> SRR191516 2 0.6856 0.03099 0.016 0.532 0.012 0.060 0.120 0.260
#> SRR191517 4 0.1152 0.52227 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR191518 4 0.4252 0.47503 0.000 0.128 0.000 0.768 0.028 0.076
#> SRR191519 4 0.4931 -0.08917 0.000 0.444 0.000 0.508 0.024 0.024
#> SRR191520 6 0.6863 0.00464 0.000 0.296 0.000 0.256 0.052 0.396
#> SRR191521 2 0.5381 0.26232 0.000 0.484 0.000 0.436 0.024 0.056
#> SRR191522 4 0.6572 -0.22752 0.000 0.340 0.000 0.444 0.164 0.052
#> SRR191523 2 0.6754 -0.14605 0.000 0.392 0.008 0.168 0.388 0.044
#> SRR191524 6 0.8869 -0.24541 0.232 0.116 0.036 0.060 0.276 0.280
#> SRR191525 2 0.6205 -0.05120 0.000 0.496 0.000 0.156 0.316 0.032
#> SRR191526 2 0.5798 0.00150 0.000 0.540 0.000 0.100 0.328 0.032
#> SRR191527 1 0.0713 0.76437 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR191528 1 0.2801 0.75070 0.860 0.000 0.072 0.000 0.068 0.000
#> SRR191529 5 0.7584 0.44844 0.148 0.144 0.036 0.096 0.540 0.036
#> SRR191530 2 0.4792 0.37267 0.000 0.644 0.000 0.292 0.020 0.044
#> SRR191531 1 0.6486 0.50499 0.596 0.020 0.124 0.000 0.172 0.088
#> SRR191532 5 0.7114 0.27807 0.000 0.292 0.072 0.060 0.492 0.084
#> SRR191533 5 0.7314 0.13223 0.008 0.356 0.000 0.116 0.368 0.152
#> SRR191534 2 0.6399 0.24365 0.004 0.548 0.000 0.192 0.204 0.052
#> SRR191535 4 0.6678 0.14338 0.000 0.228 0.000 0.520 0.108 0.144
#> SRR191536 2 0.7781 -0.03935 0.008 0.388 0.028 0.168 0.312 0.096
#> SRR191537 2 0.6692 0.11404 0.012 0.436 0.052 0.416 0.036 0.048
#> SRR191538 2 0.4991 0.17271 0.000 0.476 0.000 0.456 0.000 0.068
#> SRR191539 2 0.6282 0.12801 0.000 0.540 0.004 0.160 0.256 0.040
#> SRR191540 4 0.5018 -0.02088 0.000 0.372 0.000 0.556 0.004 0.068
#> SRR191541 4 0.2883 0.45104 0.000 0.152 0.000 0.832 0.008 0.008
#> SRR191542 2 0.5261 -0.11981 0.008 0.524 0.004 0.028 0.416 0.020
#> SRR191543 2 0.4601 0.25764 0.000 0.708 0.000 0.072 0.204 0.016
#> SRR191544 2 0.5120 0.16751 0.000 0.536 0.004 0.404 0.016 0.040
#> SRR191545 2 0.4100 0.23537 0.000 0.600 0.000 0.388 0.008 0.004
#> SRR191546 4 0.6423 0.26564 0.000 0.208 0.060 0.604 0.056 0.072
#> SRR191547 2 0.5889 0.22334 0.000 0.592 0.000 0.100 0.248 0.060
#> SRR191548 1 0.0000 0.76692 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.76692 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.76692 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.1700 0.75036 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004 0.000
#> SRR191552 1 0.1700 0.75036 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004 0.000
#> SRR191553 1 0.0146 0.76666 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.76692 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 1 0.6290 0.53346 0.632 0.028 0.104 0.000 0.136 0.100
#> SRR191556 3 0.2663 0.54902 0.084 0.000 0.876 0.000 0.012 0.028
#> SRR191557 6 0.6744 0.39595 0.000 0.108 0.236 0.084 0.024 0.548
#> SRR191558 3 0.5504 0.51608 0.068 0.024 0.736 0.056 0.072 0.044
#> SRR191559 3 0.6626 0.14350 0.000 0.084 0.552 0.048 0.052 0.264
#> SRR191560 3 0.4008 0.47799 0.020 0.008 0.804 0.008 0.044 0.116
#> SRR191561 1 0.0146 0.76666 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191562 1 0.2950 0.72256 0.828 0.000 0.148 0.000 0.024 0.000
#> SRR191563 4 0.6544 0.19095 0.008 0.000 0.144 0.480 0.044 0.324
#> SRR191564 4 0.7768 0.31708 0.028 0.108 0.128 0.500 0.036 0.200
#> SRR191565 3 0.2949 0.55530 0.116 0.000 0.848 0.000 0.028 0.008
#> SRR191566 3 0.4610 0.49098 0.056 0.012 0.756 0.000 0.040 0.136
#> SRR191567 3 0.4229 0.16415 0.436 0.000 0.548 0.000 0.016 0.000
#> SRR191568 3 0.5931 0.13269 0.408 0.000 0.468 0.000 0.048 0.076
#> SRR191569 3 0.4821 0.44438 0.004 0.008 0.708 0.032 0.036 0.212
#> SRR191570 3 0.5216 0.54149 0.152 0.000 0.716 0.032 0.056 0.044
#> SRR191571 3 0.4474 0.50144 0.048 0.000 0.768 0.016 0.036 0.132
#> SRR191572 1 0.0146 0.76667 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191573 3 0.3512 0.51183 0.032 0.012 0.844 0.000 0.056 0.056
#> SRR191574 1 0.3287 0.66025 0.768 0.000 0.220 0.000 0.012 0.000
#> SRR191575 1 0.3984 0.43112 0.648 0.000 0.336 0.000 0.016 0.000
#> SRR191576 3 0.4959 0.52980 0.064 0.028 0.764 0.012 0.084 0.048
#> SRR191577 3 0.4306 0.54934 0.136 0.000 0.760 0.000 0.080 0.024
#> SRR191578 4 0.6780 0.30043 0.092 0.032 0.008 0.564 0.236 0.068
#> SRR191579 1 0.0146 0.76667 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.76692 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0146 0.76685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191582 1 0.0146 0.76685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191583 1 0.7571 -0.11596 0.440 0.132 0.032 0.028 0.316 0.052
#> SRR191584 1 0.0146 0.76685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR191585 6 0.6589 0.04107 0.000 0.132 0.056 0.372 0.004 0.436
#> SRR191586 6 0.6566 0.17820 0.000 0.388 0.020 0.124 0.032 0.436
#> SRR191587 3 0.7191 -0.03276 0.000 0.028 0.460 0.156 0.068 0.288
#> SRR191588 3 0.4291 0.32666 0.356 0.000 0.620 0.000 0.016 0.008
#> SRR191589 3 0.3585 0.54536 0.140 0.004 0.808 0.000 0.012 0.036
#> SRR191590 1 0.3514 0.66143 0.768 0.000 0.208 0.000 0.020 0.004
#> SRR191591 3 0.6847 -0.19834 0.000 0.028 0.372 0.284 0.008 0.308
#> SRR191592 6 0.5655 0.16838 0.004 0.008 0.400 0.052 0.024 0.512
#> SRR191593 6 0.6441 0.18118 0.000 0.068 0.352 0.044 0.036 0.500
#> SRR191594 1 0.1461 0.75601 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044 0.000
#> SRR191595 3 0.4207 0.50081 0.024 0.048 0.808 0.016 0.016 0.088
#> SRR191596 1 0.4175 0.62223 0.716 0.000 0.240 0.000 0.028 0.016
#> SRR191597 4 0.4984 0.30781 0.000 0.028 0.036 0.632 0.004 0.300
#> SRR191598 3 0.4412 0.04646 0.480 0.000 0.500 0.000 0.012 0.008
#> SRR191599 1 0.2418 0.74333 0.884 0.000 0.092 0.000 0.016 0.008
#> SRR191600 4 0.5702 0.49638 0.000 0.060 0.060 0.676 0.036 0.168
#> SRR191601 6 0.6488 0.18433 0.000 0.316 0.000 0.072 0.124 0.488
#> SRR191602 6 0.8102 0.26978 0.000 0.168 0.256 0.232 0.028 0.316
#> SRR191603 4 0.6311 0.18336 0.000 0.180 0.028 0.464 0.000 0.328
#> SRR191604 4 0.4327 0.12910 0.000 0.384 0.008 0.596 0.008 0.004
#> SRR191605 6 0.7445 0.34021 0.004 0.084 0.160 0.076 0.144 0.532
#> SRR191606 1 0.2791 0.73605 0.864 0.000 0.096 0.000 0.032 0.008
#> SRR191607 6 0.7427 0.20539 0.000 0.296 0.028 0.096 0.148 0.432
#> SRR191608 4 0.6451 -0.19802 0.000 0.336 0.000 0.372 0.016 0.276
#> SRR191609 6 0.7339 0.14257 0.000 0.332 0.012 0.144 0.116 0.396
#> SRR191610 6 0.7557 0.23207 0.008 0.368 0.072 0.048 0.112 0.392
#> SRR191611 6 0.6154 0.33809 0.000 0.224 0.028 0.176 0.008 0.564
#> SRR191612 6 0.7314 0.25870 0.000 0.068 0.336 0.236 0.012 0.348
#> SRR191613 1 0.2406 0.73953 0.896 0.004 0.004 0.000 0.060 0.036
#> SRR191614 3 0.7838 -0.16622 0.000 0.192 0.340 0.104 0.036 0.328
#> SRR191615 3 0.4610 0.43316 0.000 0.020 0.760 0.028 0.064 0.128
#> SRR191616 1 0.2344 0.73434 0.892 0.004 0.000 0.000 0.076 0.028
#> SRR191617 5 0.8418 0.35990 0.168 0.140 0.008 0.168 0.416 0.100
#> SRR191618 1 0.7856 -0.10432 0.396 0.072 0.044 0.008 0.288 0.192
#> SRR191619 4 0.4050 0.47763 0.000 0.104 0.000 0.776 0.012 0.108
#> SRR191620 4 0.6621 0.36414 0.000 0.104 0.020 0.580 0.184 0.112
#> SRR191621 4 0.3703 0.51619 0.000 0.084 0.000 0.812 0.020 0.084
#> SRR191622 6 0.6617 0.28753 0.000 0.016 0.156 0.324 0.032 0.472
#> SRR191623 6 0.6028 0.38449 0.000 0.024 0.136 0.236 0.016 0.588
#> SRR191624 3 0.7288 0.31069 0.224 0.004 0.432 0.012 0.068 0.260
#> SRR191625 4 0.4043 0.48814 0.000 0.084 0.004 0.788 0.016 0.108
#> SRR191626 4 0.2883 0.50300 0.000 0.088 0.000 0.864 0.016 0.032
#> SRR191627 4 0.4018 0.51345 0.000 0.056 0.004 0.760 0.004 0.176
#> SRR191628 6 0.7814 0.22594 0.052 0.204 0.012 0.124 0.124 0.484
#> SRR191629 4 0.5515 0.18267 0.000 0.008 0.068 0.540 0.016 0.368
#> SRR191630 1 0.2756 0.70906 0.872 0.000 0.016 0.000 0.084 0.028
#> SRR191631 4 0.2662 0.51643 0.000 0.024 0.000 0.856 0.000 0.120
#> SRR191632 1 0.9723 -0.33905 0.248 0.104 0.136 0.116 0.216 0.180
#> SRR191633 2 0.7666 0.07976 0.000 0.388 0.012 0.196 0.152 0.252
#> SRR191634 1 0.3009 0.69468 0.844 0.004 0.000 0.000 0.112 0.040
#> SRR191635 6 0.7115 0.35581 0.004 0.124 0.056 0.216 0.060 0.540
#> SRR191636 1 0.2485 0.72748 0.884 0.008 0.000 0.000 0.084 0.024
#> SRR191637 2 0.7333 0.31777 0.052 0.500 0.012 0.224 0.176 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.330 0.709 0.851 0.3355 0.729 0.729
#> 3 3 0.253 0.599 0.789 0.7235 0.594 0.473
#> 4 4 0.290 0.377 0.642 0.2082 0.843 0.635
#> 5 5 0.361 0.400 0.612 0.0983 0.824 0.493
#> 6 6 0.411 0.368 0.557 0.0505 0.895 0.613
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 2 1.0000 0.2011 0.496 0.504
#> SRR191394 1 0.1184 0.7910 0.984 0.016
#> SRR191396 2 0.8327 0.7105 0.264 0.736
#> SRR191397 1 0.9988 -0.1351 0.520 0.480
#> SRR191398 1 0.1843 0.7889 0.972 0.028
#> SRR191399 2 0.8081 0.7285 0.248 0.752
#> SRR191400 1 0.8661 0.5091 0.712 0.288
#> SRR191401 1 0.9983 -0.1146 0.524 0.476
#> SRR191402 2 0.8813 0.6628 0.300 0.700
#> SRR191403 1 0.9795 0.1545 0.584 0.416
#> SRR191404 2 0.5059 0.8245 0.112 0.888
#> SRR191405 2 0.6247 0.8071 0.156 0.844
#> SRR191406 2 0.5408 0.8219 0.124 0.876
#> SRR191407 1 0.9754 0.1919 0.592 0.408
#> SRR191408 2 0.9686 0.4924 0.396 0.604
#> SRR191409 2 0.7528 0.7590 0.216 0.784
#> SRR191410 2 0.6247 0.7993 0.156 0.844
#> SRR191411 2 0.7376 0.7649 0.208 0.792
#> SRR191412 2 1.0000 0.1977 0.496 0.504
#> SRR191413 2 0.8661 0.6820 0.288 0.712
#> SRR191414 1 0.9988 -0.1300 0.520 0.480
#> SRR191415 2 0.4298 0.8299 0.088 0.912
#> SRR191416 2 0.7139 0.7743 0.196 0.804
#> SRR191418 2 0.9686 0.4952 0.396 0.604
#> SRR191419 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191420 2 0.9775 0.4340 0.412 0.588
#> SRR191421 2 0.9881 0.3767 0.436 0.564
#> SRR191422 2 0.4815 0.8275 0.104 0.896
#> SRR191423 2 0.4298 0.8323 0.088 0.912
#> SRR191424 2 0.4022 0.8221 0.080 0.920
#> SRR191425 2 0.6801 0.7888 0.180 0.820
#> SRR191426 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191427 2 0.7674 0.7497 0.224 0.776
#> SRR191428 2 0.7674 0.7578 0.224 0.776
#> SRR191429 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191430 2 0.2423 0.8330 0.040 0.960
#> SRR191431 2 0.9170 0.6128 0.332 0.668
#> SRR191432 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191433 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191434 2 0.6712 0.7960 0.176 0.824
#> SRR191435 2 0.7299 0.7702 0.204 0.796
#> SRR191436 2 0.2948 0.8342 0.052 0.948
#> SRR191437 2 0.9087 0.5791 0.324 0.676
#> SRR191438 2 0.4431 0.8294 0.092 0.908
#> SRR191439 2 0.4298 0.8331 0.088 0.912
#> SRR191440 2 0.6343 0.7894 0.160 0.840
#> SRR191441 2 0.0672 0.8252 0.008 0.992
#> SRR191442 2 0.4939 0.8264 0.108 0.892
#> SRR191443 2 0.9866 0.3980 0.432 0.568
#> SRR191444 2 0.6712 0.7937 0.176 0.824
#> SRR191445 2 0.4562 0.8303 0.096 0.904
#> SRR191446 2 0.0376 0.8245 0.004 0.996
#> SRR191447 2 0.3431 0.8333 0.064 0.936
#> SRR191448 1 0.4161 0.7688 0.916 0.084
#> SRR191449 2 0.4431 0.8300 0.092 0.908
#> SRR191450 1 0.8267 0.5979 0.740 0.260
#> SRR191451 2 0.9393 0.5532 0.356 0.644
#> SRR191452 2 0.5629 0.8111 0.132 0.868
#> SRR191453 2 0.9710 0.4741 0.400 0.600
#> SRR191454 2 0.9427 0.5489 0.360 0.640
#> SRR191455 2 0.3431 0.8272 0.064 0.936
#> SRR191456 2 0.9580 0.5187 0.380 0.620
#> SRR191457 1 0.2603 0.7853 0.956 0.044
#> SRR191458 2 0.9635 0.5084 0.388 0.612
#> SRR191459 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191460 2 0.8327 0.7003 0.264 0.736
#> SRR191461 2 0.1414 0.8301 0.020 0.980
#> SRR191462 2 0.5946 0.8123 0.144 0.856
#> SRR191463 2 0.1184 0.8294 0.016 0.984
#> SRR191464 2 0.0672 0.8257 0.008 0.992
#> SRR191465 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191466 2 0.3274 0.8341 0.060 0.940
#> SRR191467 2 0.0938 0.8278 0.012 0.988
#> SRR191468 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191469 2 0.5408 0.8213 0.124 0.876
#> SRR191470 2 0.0376 0.8243 0.004 0.996
#> SRR191471 2 0.0672 0.8258 0.008 0.992
#> SRR191472 2 0.1414 0.8305 0.020 0.980
#> SRR191473 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191474 2 0.3114 0.8338 0.056 0.944
#> SRR191475 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191476 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191477 2 0.0376 0.8238 0.004 0.996
#> SRR191478 2 0.0672 0.8264 0.008 0.992
#> SRR191479 2 0.9710 0.4769 0.400 0.600
#> SRR191480 2 0.0376 0.8238 0.004 0.996
#> SRR191481 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191482 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191483 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191484 2 0.9963 0.2535 0.464 0.536
#> SRR191485 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191486 2 0.8443 0.6854 0.272 0.728
#> SRR191487 2 0.2603 0.8337 0.044 0.956
#> SRR191488 1 0.9170 0.4534 0.668 0.332
#> SRR191489 2 0.9635 0.4812 0.388 0.612
#> SRR191490 2 0.7815 0.7112 0.232 0.768
#> SRR191491 2 0.7745 0.7430 0.228 0.772
#> SRR191492 2 0.4431 0.8317 0.092 0.908
#> SRR191493 1 0.9881 0.2126 0.564 0.436
#> SRR191494 2 0.6531 0.7978 0.168 0.832
#> SRR191495 2 0.6801 0.7869 0.180 0.820
#> SRR191496 2 0.3584 0.8341 0.068 0.932
#> SRR191497 2 0.3733 0.8345 0.072 0.928
#> SRR191498 2 0.8661 0.6777 0.288 0.712
#> SRR191499 2 0.4161 0.8325 0.084 0.916
#> SRR191500 2 0.4022 0.8343 0.080 0.920
#> SRR191501 2 0.9491 0.4141 0.368 0.632
#> SRR191502 2 0.3274 0.8345 0.060 0.940
#> SRR191503 2 0.1843 0.8317 0.028 0.972
#> SRR191504 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191505 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191506 2 0.1633 0.8314 0.024 0.976
#> SRR191507 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191508 2 0.1414 0.8306 0.020 0.980
#> SRR191509 2 0.1843 0.8267 0.028 0.972
#> SRR191510 2 0.4161 0.8199 0.084 0.916
#> SRR191511 2 0.0376 0.8251 0.004 0.996
#> SRR191512 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191513 2 0.2423 0.8281 0.040 0.960
#> SRR191514 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191515 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191516 2 0.4298 0.8331 0.088 0.912
#> SRR191517 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191518 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191519 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191520 2 0.2236 0.8323 0.036 0.964
#> SRR191521 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191522 2 0.0376 0.8232 0.004 0.996
#> SRR191523 2 0.2423 0.8311 0.040 0.960
#> SRR191524 2 0.7453 0.7689 0.212 0.788
#> SRR191525 2 0.0672 0.8253 0.008 0.992
#> SRR191526 2 0.0938 0.8267 0.012 0.988
#> SRR191527 1 0.3584 0.7775 0.932 0.068
#> SRR191528 1 0.5946 0.7269 0.856 0.144
#> SRR191529 2 0.6247 0.7822 0.156 0.844
#> SRR191530 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191531 2 0.9988 0.1958 0.480 0.520
#> SRR191532 2 0.1414 0.8301 0.020 0.980
#> SRR191533 2 0.5059 0.8276 0.112 0.888
#> SRR191534 2 0.5059 0.8248 0.112 0.888
#> SRR191535 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191536 2 0.4431 0.8276 0.092 0.908
#> SRR191537 2 0.0938 0.8249 0.012 0.988
#> SRR191538 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191539 2 0.0672 0.8237 0.008 0.992
#> SRR191540 2 0.0376 0.8247 0.004 0.996
#> SRR191541 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191542 2 0.2948 0.8354 0.052 0.948
#> SRR191543 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191544 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191545 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191546 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191547 2 0.1414 0.8290 0.020 0.980
#> SRR191548 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191555 1 0.9944 0.0626 0.544 0.456
#> SRR191556 2 0.9909 0.3665 0.444 0.556
#> SRR191557 2 0.5946 0.8131 0.144 0.856
#> SRR191558 2 0.8267 0.7121 0.260 0.740
#> SRR191559 2 0.6343 0.8044 0.160 0.840
#> SRR191560 2 0.8763 0.6742 0.296 0.704
#> SRR191561 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191562 2 1.0000 0.2026 0.496 0.504
#> SRR191563 2 0.4161 0.8330 0.084 0.916
#> SRR191564 2 0.4298 0.8321 0.088 0.912
#> SRR191565 2 0.9933 0.3438 0.452 0.548
#> SRR191566 2 0.9427 0.5602 0.360 0.640
#> SRR191567 1 0.9686 0.2339 0.604 0.396
#> SRR191568 2 1.0000 0.1911 0.500 0.500
#> SRR191569 2 0.8909 0.6534 0.308 0.692
#> SRR191570 2 0.9775 0.4496 0.412 0.588
#> SRR191571 2 0.8207 0.7192 0.256 0.744
#> SRR191572 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191573 2 0.9427 0.5665 0.360 0.640
#> SRR191574 1 0.8081 0.5817 0.752 0.248
#> SRR191575 1 0.9866 0.0828 0.568 0.432
#> SRR191576 2 0.9522 0.5401 0.372 0.628
#> SRR191577 2 0.9922 0.3534 0.448 0.552
#> SRR191578 2 0.4690 0.8298 0.100 0.900
#> SRR191579 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0376 0.7908 0.996 0.004
#> SRR191581 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191583 2 0.9775 0.3278 0.412 0.588
#> SRR191584 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191585 2 0.1633 0.8297 0.024 0.976
#> SRR191586 2 0.3114 0.8354 0.056 0.944
#> SRR191587 2 0.5408 0.8197 0.124 0.876
#> SRR191588 2 0.9998 0.2215 0.492 0.508
#> SRR191589 2 0.9000 0.6419 0.316 0.684
#> SRR191590 2 0.9983 0.2633 0.476 0.524
#> SRR191591 2 0.5946 0.8127 0.144 0.856
#> SRR191592 2 0.8555 0.6780 0.280 0.720
#> SRR191593 2 0.7602 0.7634 0.220 0.780
#> SRR191594 1 0.0000 0.7921 1.000 0.000
#> SRR191595 2 0.9661 0.4983 0.392 0.608
#> SRR191596 2 0.9881 0.3740 0.436 0.564
#> SRR191597 2 0.1633 0.8293 0.024 0.976
#> SRR191598 2 0.9775 0.4537 0.412 0.588
#> SRR191599 2 0.9815 0.4111 0.420 0.580
#> SRR191600 2 0.3431 0.8334 0.064 0.936
#> SRR191601 2 0.4022 0.8329 0.080 0.920
#> SRR191602 2 0.4690 0.8269 0.100 0.900
#> SRR191603 2 0.0938 0.8275 0.012 0.988
#> SRR191604 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000
#> SRR191605 2 0.7528 0.7503 0.216 0.784
#> SRR191606 2 0.9775 0.4321 0.412 0.588
#> SRR191607 2 0.4431 0.8274 0.092 0.908
#> SRR191608 2 0.1843 0.8310 0.028 0.972
#> SRR191609 2 0.2423 0.8328 0.040 0.960
#> SRR191610 2 0.5408 0.8185 0.124 0.876
#> SRR191611 2 0.3584 0.8330 0.068 0.932
#> SRR191612 2 0.5294 0.8202 0.120 0.880
#> SRR191613 2 0.9993 0.1975 0.484 0.516
#> SRR191614 2 0.5519 0.8178 0.128 0.872
#> SRR191615 2 0.6712 0.7910 0.176 0.824
#> SRR191616 1 0.5519 0.7380 0.872 0.128
#> SRR191617 2 0.6148 0.8113 0.152 0.848
#> SRR191618 2 0.7950 0.7346 0.240 0.760
#> SRR191619 2 0.2043 0.8318 0.032 0.968
#> SRR191620 2 0.3584 0.8331 0.068 0.932
#> SRR191621 2 0.0376 0.8249 0.004 0.996
#> SRR191622 2 0.4022 0.8304 0.080 0.920
#> SRR191623 2 0.4815 0.8244 0.104 0.896
#> SRR191624 2 0.9833 0.4239 0.424 0.576
#> SRR191625 2 0.1843 0.8319 0.028 0.972
#> SRR191626 2 0.0376 0.8247 0.004 0.996
#> SRR191627 2 0.1184 0.8275 0.016 0.984
#> SRR191628 2 0.8267 0.7069 0.260 0.740
#> SRR191629 2 0.3879 0.8318 0.076 0.924
#> SRR191630 1 0.2043 0.7878 0.968 0.032
#> SRR191631 2 0.0376 0.8238 0.004 0.996
#> SRR191632 2 0.6801 0.7922 0.180 0.820
#> SRR191633 2 0.6148 0.8026 0.152 0.848
#> SRR191634 1 0.5946 0.7275 0.856 0.144
#> SRR191635 2 0.5629 0.8159 0.132 0.868
#> SRR191636 1 0.4939 0.7560 0.892 0.108
#> SRR191637 2 0.1633 0.8238 0.024 0.976
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.2301 0.68667 0.060 0.004 0.936
#> SRR191394 1 0.4605 0.77989 0.796 0.000 0.204
#> SRR191396 3 0.5111 0.66143 0.024 0.168 0.808
#> SRR191397 3 0.2448 0.67589 0.076 0.000 0.924
#> SRR191398 1 0.4452 0.79476 0.808 0.000 0.192
#> SRR191399 3 0.6180 0.57719 0.024 0.260 0.716
#> SRR191400 3 0.5254 0.46030 0.264 0.000 0.736
#> SRR191401 3 0.3030 0.67208 0.092 0.004 0.904
#> SRR191402 3 0.3987 0.68761 0.020 0.108 0.872
#> SRR191403 3 0.3619 0.63068 0.136 0.000 0.864
#> SRR191404 3 0.6154 0.26541 0.000 0.408 0.592
#> SRR191405 3 0.5431 0.53504 0.000 0.284 0.716
#> SRR191406 3 0.5254 0.62501 0.000 0.264 0.736
#> SRR191407 3 0.4351 0.60993 0.168 0.004 0.828
#> SRR191408 3 0.2926 0.70230 0.036 0.040 0.924
#> SRR191409 3 0.5253 0.64452 0.020 0.188 0.792
#> SRR191410 3 0.6553 0.27593 0.008 0.412 0.580
#> SRR191411 3 0.4345 0.68949 0.016 0.136 0.848
#> SRR191412 3 0.1964 0.68712 0.056 0.000 0.944
#> SRR191413 3 0.5167 0.65796 0.024 0.172 0.804
#> SRR191414 3 0.2796 0.67130 0.092 0.000 0.908
#> SRR191415 3 0.6215 0.21012 0.000 0.428 0.572
#> SRR191416 3 0.6849 0.37314 0.020 0.380 0.600
#> SRR191418 3 0.2681 0.69850 0.028 0.040 0.932
#> SRR191419 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191420 3 0.3856 0.68802 0.040 0.072 0.888
#> SRR191421 3 0.3583 0.68772 0.044 0.056 0.900
#> SRR191422 3 0.6291 0.18625 0.000 0.468 0.532
#> SRR191423 3 0.6045 0.36116 0.000 0.380 0.620
#> SRR191424 2 0.4953 0.70942 0.016 0.808 0.176
#> SRR191425 3 0.5365 0.62632 0.004 0.252 0.744
#> SRR191426 2 0.2537 0.76505 0.000 0.920 0.080
#> SRR191427 3 0.5797 0.59417 0.008 0.280 0.712
#> SRR191428 3 0.3879 0.68089 0.000 0.152 0.848
#> SRR191429 2 0.1411 0.75073 0.000 0.964 0.036
#> SRR191430 2 0.5621 0.59202 0.000 0.692 0.308
#> SRR191431 3 0.4679 0.69810 0.020 0.148 0.832
#> SRR191432 2 0.1411 0.75042 0.000 0.964 0.036
#> SRR191433 2 0.2878 0.75805 0.000 0.904 0.096
#> SRR191434 3 0.6215 0.21869 0.000 0.428 0.572
#> SRR191435 3 0.5763 0.55820 0.008 0.276 0.716
#> SRR191436 2 0.5859 0.53587 0.000 0.656 0.344
#> SRR191437 2 0.8511 -0.05511 0.092 0.480 0.428
#> SRR191438 3 0.6225 0.21951 0.000 0.432 0.568
#> SRR191439 3 0.6095 0.39174 0.000 0.392 0.608
#> SRR191440 2 0.6944 0.13744 0.016 0.516 0.468
#> SRR191441 2 0.2878 0.74310 0.000 0.904 0.096
#> SRR191442 3 0.6308 0.12958 0.000 0.492 0.508
#> SRR191443 3 0.3888 0.69241 0.048 0.064 0.888
#> SRR191444 3 0.5988 0.41959 0.000 0.368 0.632
#> SRR191445 2 0.6513 0.01149 0.004 0.520 0.476
#> SRR191446 2 0.2448 0.75922 0.000 0.924 0.076
#> SRR191447 2 0.6468 0.11905 0.004 0.552 0.444
#> SRR191448 1 0.6047 0.62545 0.680 0.008 0.312
#> SRR191449 3 0.6307 0.00792 0.000 0.488 0.512
#> SRR191450 1 0.8341 0.12310 0.468 0.080 0.452
#> SRR191451 3 0.3637 0.69135 0.024 0.084 0.892
#> SRR191452 3 0.6154 0.33046 0.000 0.408 0.592
#> SRR191453 3 0.2569 0.70408 0.032 0.032 0.936
#> SRR191454 3 0.4345 0.68726 0.016 0.136 0.848
#> SRR191455 2 0.6204 0.34720 0.000 0.576 0.424
#> SRR191456 3 0.3933 0.69978 0.028 0.092 0.880
#> SRR191457 1 0.5325 0.73475 0.748 0.004 0.248
#> SRR191458 3 0.3973 0.70253 0.032 0.088 0.880
#> SRR191459 2 0.3340 0.75829 0.000 0.880 0.120
#> SRR191460 3 0.3573 0.70163 0.004 0.120 0.876
#> SRR191461 2 0.5291 0.66309 0.000 0.732 0.268
#> SRR191462 3 0.6598 0.31083 0.008 0.428 0.564
#> SRR191463 2 0.5098 0.63906 0.000 0.752 0.248
#> SRR191464 2 0.4654 0.70853 0.000 0.792 0.208
#> SRR191465 2 0.0892 0.75035 0.000 0.980 0.020
#> SRR191466 2 0.6008 0.40147 0.000 0.628 0.372
#> SRR191467 2 0.4178 0.71740 0.000 0.828 0.172
#> SRR191468 2 0.1529 0.75962 0.000 0.960 0.040
#> SRR191469 3 0.5948 0.46730 0.000 0.360 0.640
#> SRR191470 2 0.1860 0.74856 0.000 0.948 0.052
#> SRR191471 2 0.3551 0.73796 0.000 0.868 0.132
#> SRR191472 2 0.5465 0.61440 0.000 0.712 0.288
#> SRR191473 2 0.2261 0.74851 0.000 0.932 0.068
#> SRR191474 2 0.5948 0.49597 0.000 0.640 0.360
#> SRR191475 2 0.0592 0.74990 0.000 0.988 0.012
#> SRR191476 2 0.1289 0.75818 0.000 0.968 0.032
#> SRR191477 2 0.4121 0.74231 0.000 0.832 0.168
#> SRR191478 2 0.4452 0.72622 0.000 0.808 0.192
#> SRR191479 3 0.2318 0.70023 0.028 0.028 0.944
#> SRR191480 2 0.2959 0.75130 0.000 0.900 0.100
#> SRR191481 2 0.2261 0.74934 0.000 0.932 0.068
#> SRR191482 2 0.2066 0.75183 0.000 0.940 0.060
#> SRR191483 2 0.0892 0.75241 0.000 0.980 0.020
#> SRR191484 3 0.7282 0.62794 0.144 0.144 0.712
#> SRR191485 2 0.3038 0.75213 0.000 0.896 0.104
#> SRR191486 3 0.5903 0.64496 0.024 0.232 0.744
#> SRR191487 2 0.4605 0.69742 0.000 0.796 0.204
#> SRR191488 3 0.8759 0.18828 0.360 0.120 0.520
#> SRR191489 3 0.5094 0.67008 0.040 0.136 0.824
#> SRR191490 2 0.7392 -0.09880 0.032 0.500 0.468
#> SRR191491 3 0.6952 0.46959 0.024 0.376 0.600
#> SRR191492 2 0.6298 0.29339 0.004 0.608 0.388
#> SRR191493 3 0.9296 -0.02605 0.404 0.160 0.436
#> SRR191494 3 0.6819 0.22790 0.012 0.476 0.512
#> SRR191495 3 0.7043 0.30250 0.020 0.448 0.532
#> SRR191496 2 0.6404 0.45071 0.012 0.644 0.344
#> SRR191497 2 0.6302 0.05645 0.000 0.520 0.480
#> SRR191498 3 0.8089 0.52967 0.092 0.308 0.600
#> SRR191499 2 0.5948 0.37873 0.000 0.640 0.360
#> SRR191500 2 0.6095 0.40235 0.000 0.608 0.392
#> SRR191501 3 0.9062 0.17692 0.136 0.412 0.452
#> SRR191502 2 0.6566 0.35353 0.012 0.612 0.376
#> SRR191503 2 0.4931 0.67414 0.000 0.768 0.232
#> SRR191504 2 0.0592 0.75070 0.000 0.988 0.012
#> SRR191505 2 0.0237 0.74761 0.000 0.996 0.004
#> SRR191506 2 0.4702 0.67927 0.000 0.788 0.212
#> SRR191507 2 0.1964 0.75911 0.000 0.944 0.056
#> SRR191508 2 0.5397 0.61674 0.000 0.720 0.280
#> SRR191509 2 0.4504 0.67022 0.000 0.804 0.196
#> SRR191510 2 0.5956 0.52700 0.004 0.672 0.324
#> SRR191511 2 0.3412 0.76174 0.000 0.876 0.124
#> SRR191512 2 0.0237 0.74721 0.000 0.996 0.004
#> SRR191513 2 0.3340 0.74162 0.000 0.880 0.120
#> SRR191514 2 0.0424 0.74825 0.000 0.992 0.008
#> SRR191515 2 0.1529 0.75931 0.000 0.960 0.040
#> SRR191516 2 0.6057 0.48903 0.004 0.656 0.340
#> SRR191517 2 0.2165 0.74746 0.000 0.936 0.064
#> SRR191518 2 0.1860 0.74836 0.000 0.948 0.052
#> SRR191519 2 0.0424 0.74914 0.000 0.992 0.008
#> SRR191520 2 0.4842 0.67335 0.000 0.776 0.224
#> SRR191521 2 0.1643 0.75977 0.000 0.956 0.044
#> SRR191522 2 0.1643 0.75876 0.000 0.956 0.044
#> SRR191523 2 0.5988 0.56954 0.008 0.688 0.304
#> SRR191524 3 0.7368 0.50673 0.044 0.352 0.604
#> SRR191525 2 0.2625 0.76298 0.000 0.916 0.084
#> SRR191526 2 0.2537 0.76268 0.000 0.920 0.080
#> SRR191527 1 0.3340 0.84707 0.880 0.000 0.120
#> SRR191528 1 0.7050 0.48967 0.600 0.028 0.372
#> SRR191529 2 0.6975 0.34999 0.028 0.616 0.356
#> SRR191530 2 0.0592 0.75118 0.000 0.988 0.012
#> SRR191531 3 0.7004 0.58986 0.160 0.112 0.728
#> SRR191532 2 0.4452 0.71029 0.000 0.808 0.192
#> SRR191533 2 0.6836 0.16364 0.016 0.572 0.412
#> SRR191534 2 0.6543 0.40147 0.016 0.640 0.344
#> SRR191535 2 0.3816 0.70256 0.000 0.852 0.148
#> SRR191536 2 0.6126 0.32012 0.000 0.600 0.400
#> SRR191537 2 0.4178 0.72468 0.000 0.828 0.172
#> SRR191538 2 0.1643 0.75631 0.000 0.956 0.044
#> SRR191539 2 0.2165 0.75900 0.000 0.936 0.064
#> SRR191540 2 0.3116 0.75845 0.000 0.892 0.108
#> SRR191541 2 0.1860 0.74933 0.000 0.948 0.052
#> SRR191542 2 0.5363 0.57971 0.000 0.724 0.276
#> SRR191543 2 0.1289 0.75457 0.000 0.968 0.032
#> SRR191544 2 0.1031 0.75431 0.000 0.976 0.024
#> SRR191545 2 0.0237 0.74657 0.000 0.996 0.004
#> SRR191546 2 0.3551 0.72803 0.000 0.868 0.132
#> SRR191547 2 0.3112 0.75968 0.004 0.900 0.096
#> SRR191548 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191552 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191555 3 0.7256 0.55728 0.216 0.088 0.696
#> SRR191556 3 0.1399 0.69053 0.028 0.004 0.968
#> SRR191557 3 0.5733 0.50159 0.000 0.324 0.676
#> SRR191558 3 0.4418 0.68811 0.020 0.132 0.848
#> SRR191559 3 0.4702 0.62963 0.000 0.212 0.788
#> SRR191560 3 0.4342 0.68875 0.024 0.120 0.856
#> SRR191561 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191562 3 0.4097 0.68861 0.060 0.060 0.880
#> SRR191563 3 0.6168 0.26448 0.000 0.412 0.588
#> SRR191564 3 0.5905 0.43808 0.000 0.352 0.648
#> SRR191565 3 0.1399 0.68981 0.028 0.004 0.968
#> SRR191566 3 0.1999 0.70235 0.012 0.036 0.952
#> SRR191567 3 0.4555 0.55870 0.200 0.000 0.800
#> SRR191568 3 0.1964 0.68650 0.056 0.000 0.944
#> SRR191569 3 0.4172 0.69773 0.028 0.104 0.868
#> SRR191570 3 0.1765 0.68807 0.040 0.004 0.956
#> SRR191571 3 0.5053 0.66176 0.024 0.164 0.812
#> SRR191572 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.2879 0.69903 0.024 0.052 0.924
#> SRR191574 3 0.6169 0.22334 0.360 0.004 0.636
#> SRR191575 3 0.4059 0.63884 0.128 0.012 0.860
#> SRR191576 3 0.3009 0.70169 0.028 0.052 0.920
#> SRR191577 3 0.1399 0.68904 0.028 0.004 0.968
#> SRR191578 2 0.6008 0.48202 0.000 0.628 0.372
#> SRR191579 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191582 1 0.0237 0.89545 0.996 0.000 0.004
#> SRR191583 3 0.9532 0.29298 0.212 0.316 0.472
#> SRR191584 1 0.0000 0.89648 1.000 0.000 0.000
#> SRR191585 2 0.5058 0.69239 0.000 0.756 0.244
#> SRR191586 2 0.5810 0.54575 0.000 0.664 0.336
#> SRR191587 3 0.5431 0.54761 0.000 0.284 0.716
#> SRR191588 3 0.1989 0.68740 0.048 0.004 0.948
#> SRR191589 3 0.3461 0.69756 0.024 0.076 0.900
#> SRR191590 3 0.4189 0.68708 0.056 0.068 0.876
#> SRR191591 3 0.5216 0.58092 0.000 0.260 0.740
#> SRR191592 3 0.4663 0.68682 0.016 0.156 0.828
#> SRR191593 3 0.4915 0.65864 0.012 0.184 0.804
#> SRR191594 1 0.0237 0.89526 0.996 0.000 0.004
#> SRR191595 3 0.2564 0.69923 0.036 0.028 0.936
#> SRR191596 3 0.4369 0.68354 0.040 0.096 0.864
#> SRR191597 2 0.5098 0.66927 0.000 0.752 0.248
#> SRR191598 3 0.2313 0.69838 0.032 0.024 0.944
#> SRR191599 3 0.4449 0.68170 0.040 0.100 0.860
#> SRR191600 2 0.6140 0.36388 0.000 0.596 0.404
#> SRR191601 2 0.6286 0.02974 0.000 0.536 0.464
#> SRR191602 3 0.6140 0.32142 0.000 0.404 0.596
#> SRR191603 2 0.4842 0.70770 0.000 0.776 0.224
#> SRR191604 2 0.1643 0.75882 0.000 0.956 0.044
#> SRR191605 3 0.6096 0.59285 0.016 0.280 0.704
#> SRR191606 3 0.4295 0.68114 0.032 0.104 0.864
#> SRR191607 3 0.6244 0.30721 0.000 0.440 0.560
#> SRR191608 2 0.3941 0.73855 0.000 0.844 0.156
#> SRR191609 2 0.4750 0.69739 0.000 0.784 0.216
#> SRR191610 3 0.6111 0.39663 0.000 0.396 0.604
#> SRR191611 2 0.6045 0.43615 0.000 0.620 0.380
#> SRR191612 3 0.6045 0.38263 0.000 0.380 0.620
#> SRR191613 3 0.6663 0.61950 0.156 0.096 0.748
#> SRR191614 3 0.5785 0.45934 0.000 0.332 0.668
#> SRR191615 3 0.5070 0.61783 0.004 0.224 0.772
#> SRR191616 1 0.6093 0.74796 0.776 0.068 0.156
#> SRR191617 3 0.6682 0.07315 0.008 0.488 0.504
#> SRR191618 3 0.7116 0.55172 0.040 0.324 0.636
#> SRR191619 2 0.4002 0.74265 0.000 0.840 0.160
#> SRR191620 2 0.6204 0.31485 0.000 0.576 0.424
#> SRR191621 2 0.4121 0.73601 0.000 0.832 0.168
#> SRR191622 3 0.6308 0.12258 0.000 0.492 0.508
#> SRR191623 3 0.6215 0.24898 0.000 0.428 0.572
#> SRR191624 3 0.1711 0.69460 0.032 0.008 0.960
#> SRR191625 2 0.4887 0.69928 0.000 0.772 0.228
#> SRR191626 2 0.3551 0.74622 0.000 0.868 0.132
#> SRR191627 2 0.4062 0.73654 0.000 0.836 0.164
#> SRR191628 3 0.5633 0.65776 0.024 0.208 0.768
#> SRR191629 3 0.6225 0.19808 0.000 0.432 0.568
#> SRR191630 1 0.3412 0.83783 0.876 0.000 0.124
#> SRR191631 2 0.3551 0.74625 0.000 0.868 0.132
#> SRR191632 3 0.6205 0.52543 0.008 0.336 0.656
#> SRR191633 3 0.6763 0.28245 0.012 0.436 0.552
#> SRR191634 1 0.3826 0.83878 0.868 0.008 0.124
#> SRR191635 3 0.6079 0.40079 0.000 0.388 0.612
#> SRR191636 1 0.4768 0.82033 0.848 0.052 0.100
#> SRR191637 2 0.1411 0.75983 0.000 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.4961 0.01335 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR191394 1 0.7192 0.40214 0.488 0.000 0.144 0.368
#> SRR191396 3 0.4130 0.39440 0.000 0.064 0.828 0.108
#> SRR191397 3 0.5158 -0.01813 0.004 0.000 0.524 0.472
#> SRR191398 1 0.6653 0.51028 0.568 0.000 0.104 0.328
#> SRR191399 3 0.4669 0.39353 0.000 0.100 0.796 0.104
#> SRR191400 4 0.7073 0.08136 0.124 0.000 0.412 0.464
#> SRR191401 3 0.5543 0.01471 0.020 0.000 0.556 0.424
#> SRR191402 3 0.3858 0.38212 0.000 0.056 0.844 0.100
#> SRR191403 3 0.5668 -0.00634 0.024 0.000 0.532 0.444
#> SRR191404 3 0.5448 0.35978 0.000 0.244 0.700 0.056
#> SRR191405 3 0.5062 0.39610 0.000 0.184 0.752 0.064
#> SRR191406 3 0.6222 0.18386 0.000 0.080 0.616 0.304
#> SRR191407 4 0.6380 0.06824 0.064 0.000 0.436 0.500
#> SRR191408 3 0.4877 0.21971 0.000 0.008 0.664 0.328
#> SRR191409 3 0.3107 0.41127 0.000 0.080 0.884 0.036
#> SRR191410 3 0.5141 0.36659 0.000 0.268 0.700 0.032
#> SRR191411 3 0.4466 0.36650 0.000 0.036 0.784 0.180
#> SRR191412 3 0.5300 0.03361 0.012 0.000 0.580 0.408
#> SRR191413 3 0.4773 0.37897 0.000 0.092 0.788 0.120
#> SRR191414 3 0.5167 -0.02628 0.004 0.000 0.508 0.488
#> SRR191415 3 0.5473 0.32392 0.000 0.324 0.644 0.032
#> SRR191416 3 0.4072 0.36172 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR191418 3 0.4382 0.20796 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR191419 1 0.1706 0.83245 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR191420 4 0.5039 0.14458 0.004 0.000 0.404 0.592
#> SRR191421 4 0.5060 0.12345 0.004 0.000 0.412 0.584
#> SRR191422 3 0.7196 0.17767 0.000 0.212 0.552 0.236
#> SRR191423 3 0.6461 0.29164 0.000 0.216 0.640 0.144
#> SRR191424 2 0.6972 0.62156 0.020 0.632 0.216 0.132
#> SRR191425 3 0.6634 0.19851 0.000 0.108 0.580 0.312
#> SRR191426 2 0.5091 0.68627 0.000 0.752 0.068 0.180
#> SRR191427 3 0.6727 0.08657 0.000 0.092 0.496 0.412
#> SRR191428 3 0.5769 0.29736 0.000 0.056 0.652 0.292
#> SRR191429 2 0.2256 0.69003 0.000 0.924 0.056 0.020
#> SRR191430 2 0.7146 0.31707 0.000 0.516 0.336 0.148
#> SRR191431 3 0.5675 0.29155 0.004 0.048 0.676 0.272
#> SRR191432 2 0.1118 0.67400 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR191433 2 0.3392 0.69496 0.000 0.872 0.072 0.056
#> SRR191434 3 0.6961 0.29674 0.000 0.316 0.548 0.136
#> SRR191435 3 0.6490 0.36949 0.000 0.204 0.640 0.156
#> SRR191436 2 0.7609 0.25550 0.000 0.464 0.312 0.224
#> SRR191437 4 0.8411 0.19128 0.040 0.268 0.216 0.476
#> SRR191438 3 0.6746 0.30350 0.000 0.296 0.580 0.124
#> SRR191439 3 0.7138 0.21822 0.000 0.180 0.552 0.268
#> SRR191440 3 0.7737 0.06371 0.000 0.360 0.408 0.232
#> SRR191441 2 0.4356 0.68446 0.000 0.804 0.048 0.148
#> SRR191442 4 0.7693 0.00989 0.000 0.224 0.352 0.424
#> SRR191443 4 0.4855 0.19066 0.004 0.000 0.352 0.644
#> SRR191444 3 0.6958 0.29241 0.000 0.184 0.584 0.232
#> SRR191445 3 0.7855 0.00809 0.000 0.284 0.396 0.320
#> SRR191446 2 0.5361 0.65848 0.000 0.724 0.068 0.208
#> SRR191447 3 0.7779 -0.08675 0.000 0.244 0.400 0.356
#> SRR191448 1 0.6705 0.39197 0.496 0.004 0.076 0.424
#> SRR191449 3 0.7286 0.15000 0.000 0.364 0.480 0.156
#> SRR191450 4 0.6374 0.25971 0.228 0.000 0.128 0.644
#> SRR191451 3 0.5459 0.00537 0.004 0.008 0.512 0.476
#> SRR191452 3 0.7165 0.12375 0.000 0.144 0.500 0.356
#> SRR191453 3 0.5163 0.03389 0.000 0.004 0.516 0.480
#> SRR191454 4 0.5700 0.07500 0.000 0.028 0.412 0.560
#> SRR191455 4 0.7795 -0.11350 0.000 0.344 0.252 0.404
#> SRR191456 3 0.5672 0.20947 0.004 0.036 0.648 0.312
#> SRR191457 1 0.6400 0.44467 0.524 0.000 0.068 0.408
#> SRR191458 3 0.4985 0.02501 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR191459 2 0.4827 0.68677 0.000 0.784 0.124 0.092
#> SRR191460 3 0.5968 0.32672 0.000 0.084 0.664 0.252
#> SRR191461 2 0.6848 0.52764 0.000 0.592 0.248 0.160
#> SRR191462 3 0.7721 0.14092 0.000 0.248 0.440 0.312
#> SRR191463 2 0.7827 0.28031 0.000 0.408 0.276 0.316
#> SRR191464 2 0.5156 0.60328 0.000 0.720 0.236 0.044
#> SRR191465 2 0.3554 0.68349 0.000 0.844 0.020 0.136
#> SRR191466 2 0.7843 0.20231 0.000 0.388 0.344 0.268
#> SRR191467 2 0.7268 0.48918 0.000 0.476 0.152 0.372
#> SRR191468 2 0.4401 0.69882 0.000 0.812 0.112 0.076
#> SRR191469 3 0.7103 0.01785 0.000 0.128 0.468 0.404
#> SRR191470 2 0.2773 0.68631 0.000 0.900 0.028 0.072
#> SRR191471 2 0.4508 0.65928 0.000 0.780 0.184 0.036
#> SRR191472 2 0.7486 0.46468 0.000 0.500 0.228 0.272
#> SRR191473 2 0.2494 0.68227 0.000 0.916 0.048 0.036
#> SRR191474 2 0.7245 0.34275 0.000 0.512 0.324 0.164
#> SRR191475 2 0.4964 0.68748 0.000 0.764 0.068 0.168
#> SRR191476 2 0.5579 0.64695 0.000 0.688 0.060 0.252
#> SRR191477 2 0.4852 0.66514 0.000 0.776 0.152 0.072
#> SRR191478 2 0.4576 0.63164 0.000 0.748 0.232 0.020
#> SRR191479 4 0.5607 -0.06641 0.000 0.020 0.488 0.492
#> SRR191480 2 0.3899 0.67131 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR191481 2 0.1837 0.68182 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR191482 2 0.1913 0.68042 0.000 0.940 0.040 0.020
#> SRR191483 2 0.3870 0.66526 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR191484 4 0.6625 0.24343 0.060 0.036 0.256 0.648
#> SRR191485 2 0.6479 0.58056 0.000 0.636 0.140 0.224
#> SRR191486 4 0.6562 0.09447 0.000 0.088 0.360 0.552
#> SRR191487 2 0.7517 0.40193 0.000 0.428 0.184 0.388
#> SRR191488 4 0.7144 0.24681 0.152 0.012 0.240 0.596
#> SRR191489 4 0.4252 0.25778 0.004 0.000 0.252 0.744
#> SRR191490 4 0.7520 0.09638 0.008 0.292 0.176 0.524
#> SRR191491 4 0.7618 -0.01936 0.004 0.176 0.376 0.444
#> SRR191492 4 0.7868 -0.14874 0.000 0.352 0.276 0.372
#> SRR191493 4 0.7650 0.25575 0.228 0.048 0.132 0.592
#> SRR191494 3 0.7967 0.01830 0.004 0.252 0.388 0.356
#> SRR191495 4 0.7363 0.07377 0.000 0.176 0.332 0.492
#> SRR191496 2 0.7867 0.19180 0.000 0.392 0.292 0.316
#> SRR191497 4 0.7842 -0.02416 0.000 0.264 0.360 0.376
#> SRR191498 4 0.7863 0.13645 0.044 0.116 0.316 0.524
#> SRR191499 4 0.7816 -0.11202 0.000 0.316 0.272 0.412
#> SRR191500 2 0.7806 0.31377 0.000 0.420 0.284 0.296
#> SRR191501 4 0.8384 0.20618 0.056 0.204 0.224 0.516
#> SRR191502 2 0.8013 0.14308 0.004 0.392 0.324 0.280
#> SRR191503 2 0.7388 0.48533 0.000 0.504 0.192 0.304
#> SRR191504 2 0.4079 0.67420 0.000 0.800 0.020 0.180
#> SRR191505 2 0.2281 0.65896 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR191506 2 0.7786 0.33944 0.000 0.424 0.268 0.308
#> SRR191507 2 0.3754 0.69578 0.000 0.852 0.084 0.064
#> SRR191508 2 0.7732 0.38859 0.000 0.432 0.244 0.324
#> SRR191509 2 0.5705 0.57640 0.000 0.704 0.204 0.092
#> SRR191510 4 0.7970 -0.00445 0.004 0.288 0.292 0.416
#> SRR191511 2 0.6330 0.65601 0.000 0.656 0.144 0.200
#> SRR191512 2 0.3047 0.67069 0.000 0.872 0.012 0.116
#> SRR191513 2 0.6664 0.57642 0.000 0.600 0.128 0.272
#> SRR191514 2 0.2179 0.68013 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR191515 2 0.4552 0.69131 0.000 0.800 0.072 0.128
#> SRR191516 4 0.7681 -0.29321 0.000 0.380 0.216 0.404
#> SRR191517 2 0.1706 0.67817 0.000 0.948 0.036 0.016
#> SRR191518 2 0.1706 0.67673 0.000 0.948 0.016 0.036
#> SRR191519 2 0.1557 0.67873 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR191520 2 0.6770 0.55422 0.000 0.604 0.160 0.236
#> SRR191521 2 0.5309 0.65111 0.000 0.700 0.044 0.256
#> SRR191522 2 0.4501 0.66240 0.000 0.764 0.024 0.212
#> SRR191523 2 0.7538 0.46246 0.000 0.492 0.248 0.260
#> SRR191524 3 0.7313 0.08973 0.004 0.144 0.504 0.348
#> SRR191525 2 0.5463 0.63965 0.000 0.692 0.052 0.256
#> SRR191526 2 0.5783 0.66833 0.000 0.704 0.108 0.188
#> SRR191527 1 0.5397 0.67251 0.716 0.000 0.064 0.220
#> SRR191528 1 0.8018 0.27734 0.460 0.028 0.152 0.360
#> SRR191529 2 0.7724 0.22071 0.004 0.420 0.192 0.384
#> SRR191530 2 0.2546 0.66878 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR191531 4 0.6801 0.23491 0.068 0.028 0.292 0.612
#> SRR191532 2 0.7572 0.44858 0.000 0.476 0.224 0.300
#> SRR191533 2 0.7920 0.00562 0.000 0.344 0.340 0.316
#> SRR191534 2 0.8056 0.17316 0.004 0.368 0.300 0.328
#> SRR191535 2 0.5897 0.62792 0.000 0.700 0.136 0.164
#> SRR191536 2 0.7807 0.18108 0.000 0.420 0.288 0.292
#> SRR191537 2 0.4472 0.60792 0.000 0.760 0.220 0.020
#> SRR191538 2 0.3399 0.69390 0.000 0.868 0.040 0.092
#> SRR191539 2 0.4856 0.67698 0.000 0.780 0.084 0.136
#> SRR191540 2 0.4245 0.67754 0.000 0.820 0.064 0.116
#> SRR191541 2 0.1284 0.67693 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR191542 2 0.7536 0.40027 0.000 0.492 0.264 0.244
#> SRR191543 2 0.5365 0.62712 0.000 0.692 0.044 0.264
#> SRR191544 2 0.4525 0.69448 0.000 0.804 0.080 0.116
#> SRR191545 2 0.3271 0.67138 0.000 0.856 0.012 0.132
#> SRR191546 2 0.4071 0.67257 0.000 0.832 0.104 0.064
#> SRR191547 2 0.6134 0.64210 0.000 0.668 0.116 0.216
#> SRR191548 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191549 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0376 0.84233 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR191552 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191553 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 4 0.6522 0.23178 0.112 0.000 0.280 0.608
#> SRR191556 3 0.5193 0.19423 0.000 0.020 0.656 0.324
#> SRR191557 3 0.6187 0.30136 0.000 0.108 0.656 0.236
#> SRR191558 3 0.5715 0.33249 0.004 0.096 0.720 0.180
#> SRR191559 3 0.5624 0.39393 0.000 0.128 0.724 0.148
#> SRR191560 3 0.3239 0.39247 0.000 0.052 0.880 0.068
#> SRR191561 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191562 4 0.5384 0.10554 0.004 0.008 0.420 0.568
#> SRR191563 3 0.6422 0.30551 0.000 0.280 0.616 0.104
#> SRR191564 3 0.6576 0.32157 0.000 0.200 0.632 0.168
#> SRR191565 3 0.4720 0.18015 0.000 0.004 0.672 0.324
#> SRR191566 3 0.4767 0.27455 0.000 0.020 0.724 0.256
#> SRR191567 4 0.6750 0.06314 0.092 0.000 0.436 0.472
#> SRR191568 3 0.5132 0.00385 0.004 0.000 0.548 0.448
#> SRR191569 3 0.3037 0.37061 0.000 0.020 0.880 0.100
#> SRR191570 3 0.4661 0.11051 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR191571 3 0.2908 0.39303 0.000 0.040 0.896 0.064
#> SRR191572 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.3647 0.33627 0.000 0.016 0.832 0.152
#> SRR191574 4 0.7349 0.11785 0.164 0.000 0.364 0.472
#> SRR191575 4 0.6081 0.04556 0.044 0.000 0.472 0.484
#> SRR191576 3 0.3280 0.34993 0.000 0.016 0.860 0.124
#> SRR191577 3 0.3942 0.23341 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR191578 2 0.6889 0.27565 0.000 0.496 0.396 0.108
#> SRR191579 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191580 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0469 0.84120 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR191582 1 0.2342 0.81924 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR191583 4 0.8394 0.25547 0.116 0.172 0.152 0.560
#> SRR191584 1 0.0000 0.84340 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191585 2 0.6194 0.53811 0.000 0.628 0.288 0.084
#> SRR191586 2 0.7556 0.41846 0.000 0.488 0.248 0.264
#> SRR191587 3 0.4335 0.40673 0.000 0.168 0.796 0.036
#> SRR191588 3 0.4999 -0.03631 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR191589 3 0.3157 0.33804 0.000 0.004 0.852 0.144
#> SRR191590 4 0.4936 0.15420 0.004 0.000 0.372 0.624
#> SRR191591 3 0.5783 0.38028 0.000 0.172 0.708 0.120
#> SRR191592 3 0.5848 0.17008 0.000 0.040 0.584 0.376
#> SRR191593 3 0.5872 0.34310 0.004 0.080 0.692 0.224
#> SRR191594 1 0.1059 0.83623 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR191595 3 0.4910 0.25713 0.000 0.020 0.704 0.276
#> SRR191596 4 0.4991 0.15908 0.004 0.000 0.388 0.608
#> SRR191597 2 0.5494 0.58235 0.000 0.716 0.208 0.076
#> SRR191598 3 0.5366 0.05785 0.000 0.012 0.548 0.440
#> SRR191599 4 0.4283 0.25773 0.004 0.000 0.256 0.740
#> SRR191600 2 0.6147 0.10462 0.000 0.488 0.464 0.048
#> SRR191601 3 0.7677 -0.05711 0.000 0.216 0.412 0.372
#> SRR191602 3 0.6994 0.28431 0.000 0.288 0.560 0.152
#> SRR191603 2 0.6595 0.50120 0.000 0.608 0.268 0.124
#> SRR191604 2 0.5770 0.66913 0.000 0.712 0.148 0.140
#> SRR191605 4 0.5931 0.01860 0.000 0.036 0.460 0.504
#> SRR191606 4 0.4687 0.24742 0.004 0.004 0.288 0.704
#> SRR191607 4 0.7554 -0.02019 0.000 0.192 0.376 0.432
#> SRR191608 2 0.5803 0.64815 0.000 0.700 0.104 0.196
#> SRR191609 2 0.7062 0.53608 0.000 0.572 0.224 0.204
#> SRR191610 3 0.7674 0.08290 0.000 0.220 0.428 0.352
#> SRR191611 2 0.7758 0.28755 0.000 0.432 0.308 0.260
#> SRR191612 3 0.6623 0.32522 0.000 0.232 0.620 0.148
#> SRR191613 4 0.5279 0.27128 0.044 0.000 0.252 0.704
#> SRR191614 3 0.5613 0.36085 0.000 0.156 0.724 0.120
#> SRR191615 3 0.3051 0.41228 0.000 0.088 0.884 0.028
#> SRR191616 1 0.5137 0.64446 0.716 0.000 0.040 0.244
#> SRR191617 4 0.8278 -0.03930 0.012 0.296 0.336 0.356
#> SRR191618 3 0.6998 0.01401 0.000 0.116 0.468 0.416
#> SRR191619 2 0.5165 0.65494 0.000 0.752 0.168 0.080
#> SRR191620 3 0.7007 -0.05218 0.000 0.432 0.452 0.116
#> SRR191621 2 0.4898 0.64856 0.000 0.772 0.156 0.072
#> SRR191622 3 0.7058 0.25712 0.000 0.200 0.572 0.228
#> SRR191623 3 0.6950 0.27828 0.000 0.272 0.572 0.156
#> SRR191624 3 0.5478 0.09312 0.000 0.016 0.540 0.444
#> SRR191625 2 0.5820 0.58579 0.000 0.684 0.232 0.084
#> SRR191626 2 0.3400 0.67375 0.000 0.872 0.064 0.064
#> SRR191627 2 0.4114 0.67873 0.000 0.828 0.112 0.060
#> SRR191628 4 0.6114 0.06308 0.000 0.048 0.428 0.524
#> SRR191629 3 0.6702 0.22112 0.000 0.356 0.544 0.100
#> SRR191630 1 0.4568 0.73892 0.800 0.000 0.076 0.124
#> SRR191631 2 0.3858 0.66779 0.000 0.844 0.100 0.056
#> SRR191632 3 0.6746 0.23099 0.000 0.108 0.552 0.340
#> SRR191633 4 0.7093 0.05482 0.000 0.128 0.396 0.476
#> SRR191634 1 0.4038 0.76612 0.828 0.004 0.032 0.136
#> SRR191635 3 0.6907 0.23584 0.000 0.172 0.588 0.240
#> SRR191636 1 0.5041 0.66964 0.728 0.000 0.040 0.232
#> SRR191637 2 0.5318 0.67121 0.000 0.732 0.072 0.196
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 5 0.2424 0.6232 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR191394 5 0.4808 0.2927 0.348 0.000 0.032 0.000 0.620
#> SRR191396 3 0.4910 0.4614 0.000 0.004 0.712 0.080 0.204
#> SRR191397 5 0.2074 0.6251 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR191398 5 0.4783 0.0464 0.452 0.000 0.012 0.004 0.532
#> SRR191399 3 0.6511 0.3569 0.000 0.052 0.552 0.080 0.316
#> SRR191400 5 0.2659 0.6268 0.060 0.000 0.052 0.000 0.888
#> SRR191401 5 0.2843 0.6161 0.008 0.000 0.144 0.000 0.848
#> SRR191402 3 0.4496 0.4643 0.000 0.004 0.724 0.040 0.232
#> SRR191403 5 0.3430 0.6170 0.012 0.000 0.152 0.012 0.824
#> SRR191404 3 0.6181 0.4099 0.000 0.104 0.648 0.192 0.056
#> SRR191405 3 0.6444 0.4615 0.000 0.080 0.640 0.152 0.128
#> SRR191406 3 0.6624 -0.1075 0.000 0.040 0.448 0.424 0.088
#> SRR191407 5 0.2429 0.6382 0.020 0.000 0.068 0.008 0.904
#> SRR191408 3 0.6523 0.1191 0.000 0.000 0.432 0.196 0.372
#> SRR191409 3 0.3505 0.5044 0.000 0.020 0.840 0.024 0.116
#> SRR191410 3 0.5577 0.4160 0.000 0.152 0.704 0.104 0.040
#> SRR191411 3 0.6947 0.3915 0.000 0.028 0.512 0.244 0.216
#> SRR191412 5 0.3053 0.6115 0.008 0.000 0.164 0.000 0.828
#> SRR191413 3 0.6126 0.4345 0.000 0.044 0.632 0.092 0.232
#> SRR191414 5 0.2583 0.6210 0.000 0.000 0.132 0.004 0.864
#> SRR191415 3 0.5295 0.3950 0.000 0.160 0.716 0.100 0.024
#> SRR191416 3 0.6037 0.4319 0.000 0.160 0.672 0.064 0.104
#> SRR191418 5 0.5553 0.0698 0.000 0.000 0.448 0.068 0.484
#> SRR191419 1 0.1965 0.8513 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR191420 5 0.5640 0.5719 0.000 0.000 0.188 0.176 0.636
#> SRR191421 5 0.5514 0.5605 0.000 0.000 0.176 0.172 0.652
#> SRR191422 3 0.6979 0.1949 0.000 0.144 0.548 0.248 0.060
#> SRR191423 3 0.7292 0.2544 0.000 0.140 0.524 0.248 0.088
#> SRR191424 2 0.7341 0.3425 0.012 0.544 0.160 0.224 0.060
#> SRR191425 3 0.7135 0.0493 0.000 0.084 0.476 0.348 0.092
#> SRR191426 2 0.4647 0.5393 0.000 0.732 0.084 0.184 0.000
#> SRR191427 4 0.7616 0.0368 0.000 0.056 0.356 0.376 0.212
#> SRR191428 3 0.6797 0.3530 0.000 0.020 0.520 0.240 0.220
#> SRR191429 2 0.3362 0.6088 0.000 0.844 0.080 0.076 0.000
#> SRR191430 2 0.6989 0.0499 0.000 0.396 0.384 0.204 0.016
#> SRR191431 3 0.6632 0.2775 0.000 0.020 0.520 0.152 0.308
#> SRR191432 2 0.1800 0.5982 0.000 0.932 0.020 0.048 0.000
#> SRR191433 2 0.4447 0.5978 0.000 0.768 0.136 0.092 0.004
#> SRR191434 3 0.7057 0.3716 0.000 0.164 0.576 0.164 0.096
#> SRR191435 3 0.7527 0.3504 0.000 0.128 0.520 0.200 0.152
#> SRR191436 4 0.7577 0.1300 0.000 0.308 0.296 0.356 0.040
#> SRR191437 4 0.8143 0.4378 0.016 0.228 0.092 0.452 0.212
#> SRR191438 3 0.6537 0.3739 0.000 0.140 0.624 0.168 0.068
#> SRR191439 3 0.7483 0.1639 0.000 0.108 0.468 0.312 0.112
#> SRR191440 3 0.8478 -0.0343 0.000 0.272 0.312 0.244 0.172
#> SRR191441 2 0.4903 0.5658 0.000 0.752 0.088 0.136 0.024
#> SRR191442 4 0.6154 0.4050 0.000 0.152 0.240 0.596 0.012
#> SRR191443 5 0.4723 0.5967 0.000 0.000 0.136 0.128 0.736
#> SRR191444 3 0.7666 0.3247 0.000 0.116 0.496 0.200 0.188
#> SRR191445 4 0.8037 0.2830 0.000 0.244 0.304 0.360 0.092
#> SRR191446 2 0.5510 0.4576 0.000 0.636 0.072 0.280 0.012
#> SRR191447 4 0.7598 0.4202 0.000 0.184 0.284 0.456 0.076
#> SRR191448 5 0.5973 0.2242 0.368 0.000 0.032 0.052 0.548
#> SRR191449 3 0.7368 0.1778 0.000 0.236 0.480 0.232 0.052
#> SRR191450 5 0.6021 0.5166 0.120 0.000 0.028 0.212 0.640
#> SRR191451 3 0.6671 0.0185 0.000 0.000 0.420 0.240 0.340
#> SRR191452 3 0.7711 0.0139 0.000 0.092 0.388 0.368 0.152
#> SRR191453 5 0.6473 0.0922 0.000 0.000 0.364 0.188 0.448
#> SRR191454 5 0.7206 0.0140 0.000 0.020 0.248 0.360 0.372
#> SRR191455 4 0.8194 0.3555 0.000 0.268 0.216 0.384 0.132
#> SRR191456 3 0.5605 0.0185 0.000 0.000 0.520 0.076 0.404
#> SRR191457 5 0.5883 0.1287 0.408 0.000 0.020 0.056 0.516
#> SRR191458 5 0.5972 0.3641 0.000 0.000 0.276 0.152 0.572
#> SRR191459 2 0.5490 0.4968 0.000 0.644 0.228 0.128 0.000
#> SRR191460 3 0.5729 0.4764 0.000 0.032 0.684 0.124 0.160
#> SRR191461 2 0.7351 0.1422 0.000 0.408 0.320 0.240 0.032
#> SRR191462 3 0.8454 0.0179 0.000 0.196 0.336 0.268 0.200
#> SRR191463 4 0.7441 0.3002 0.000 0.328 0.180 0.436 0.056
#> SRR191464 2 0.6508 0.3676 0.000 0.528 0.320 0.132 0.020
#> SRR191465 2 0.3160 0.5770 0.000 0.852 0.028 0.116 0.004
#> SRR191466 4 0.7098 0.2663 0.000 0.292 0.268 0.424 0.016
#> SRR191467 4 0.5325 0.2315 0.000 0.308 0.076 0.616 0.000
#> SRR191468 2 0.5070 0.5711 0.000 0.732 0.092 0.156 0.020
#> SRR191469 4 0.6983 0.3498 0.000 0.056 0.268 0.536 0.140
#> SRR191470 2 0.2770 0.5921 0.000 0.880 0.044 0.076 0.000
#> SRR191471 2 0.5540 0.5061 0.000 0.652 0.248 0.088 0.012
#> SRR191472 2 0.6073 0.0610 0.000 0.456 0.104 0.436 0.004
#> SRR191473 2 0.3226 0.6007 0.000 0.852 0.088 0.060 0.000
#> SRR191474 3 0.6972 -0.0867 0.000 0.348 0.388 0.256 0.008
#> SRR191475 2 0.5018 0.5386 0.000 0.660 0.052 0.284 0.004
#> SRR191476 2 0.4298 0.4451 0.000 0.640 0.008 0.352 0.000
#> SRR191477 2 0.5831 0.4599 0.000 0.592 0.268 0.140 0.000
#> SRR191478 2 0.6133 0.4156 0.000 0.560 0.316 0.112 0.012
#> SRR191479 5 0.6157 0.1715 0.000 0.000 0.364 0.140 0.496
#> SRR191480 2 0.5030 0.5583 0.000 0.696 0.104 0.200 0.000
#> SRR191481 2 0.3397 0.6078 0.000 0.848 0.080 0.068 0.004
#> SRR191482 2 0.3085 0.6023 0.000 0.852 0.116 0.032 0.000
#> SRR191483 2 0.4420 0.4719 0.000 0.692 0.028 0.280 0.000
#> SRR191484 4 0.7700 0.3192 0.056 0.024 0.152 0.496 0.272
#> SRR191485 2 0.6110 0.0224 0.000 0.492 0.112 0.392 0.004
#> SRR191486 4 0.7133 0.3618 0.000 0.060 0.268 0.520 0.152
#> SRR191487 4 0.5294 0.3328 0.000 0.244 0.088 0.664 0.004
#> SRR191488 5 0.6842 0.5111 0.064 0.000 0.148 0.208 0.580
#> SRR191489 5 0.5579 0.5081 0.000 0.000 0.116 0.264 0.620
#> SRR191490 4 0.7210 0.4813 0.004 0.216 0.072 0.552 0.156
#> SRR191491 4 0.7673 0.2230 0.000 0.136 0.328 0.432 0.104
#> SRR191492 4 0.6720 0.4917 0.000 0.232 0.144 0.576 0.048
#> SRR191493 4 0.8261 0.2594 0.172 0.036 0.088 0.472 0.232
#> SRR191494 4 0.7958 0.2304 0.000 0.188 0.316 0.392 0.104
#> SRR191495 4 0.6531 0.4519 0.000 0.132 0.200 0.612 0.056
#> SRR191496 4 0.7975 0.2181 0.000 0.316 0.172 0.396 0.116
#> SRR191497 4 0.7220 0.3429 0.000 0.160 0.308 0.480 0.052
#> SRR191498 4 0.7889 0.3864 0.032 0.084 0.184 0.528 0.172
#> SRR191499 4 0.6491 0.4292 0.000 0.208 0.212 0.564 0.016
#> SRR191500 3 0.7642 -0.1649 0.000 0.328 0.328 0.300 0.044
#> SRR191501 4 0.8893 0.3244 0.032 0.176 0.180 0.380 0.232
#> SRR191502 4 0.7584 0.2598 0.000 0.292 0.328 0.340 0.040
#> SRR191503 4 0.6266 -0.0859 0.000 0.376 0.152 0.472 0.000
#> SRR191504 2 0.4295 0.5626 0.000 0.724 0.024 0.248 0.004
#> SRR191505 2 0.3242 0.5556 0.000 0.816 0.012 0.172 0.000
#> SRR191506 4 0.6850 0.2087 0.000 0.376 0.132 0.460 0.032
#> SRR191507 2 0.4380 0.5778 0.000 0.788 0.048 0.136 0.028
#> SRR191508 4 0.6472 0.4178 0.000 0.212 0.192 0.576 0.020
#> SRR191509 2 0.6030 0.4892 0.000 0.660 0.196 0.084 0.060
#> SRR191510 4 0.7187 0.4134 0.000 0.180 0.216 0.536 0.068
#> SRR191511 2 0.6338 0.3155 0.000 0.520 0.140 0.332 0.008
#> SRR191512 2 0.3807 0.5402 0.000 0.748 0.012 0.240 0.000
#> SRR191513 4 0.5097 -0.1838 0.000 0.476 0.016 0.496 0.012
#> SRR191514 2 0.1478 0.5938 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR191515 2 0.4819 0.5499 0.000 0.716 0.092 0.192 0.000
#> SRR191516 4 0.7019 0.3396 0.000 0.252 0.140 0.544 0.064
#> SRR191517 2 0.3994 0.5859 0.000 0.792 0.140 0.068 0.000
#> SRR191518 2 0.2482 0.5961 0.000 0.892 0.024 0.084 0.000
#> SRR191519 2 0.1764 0.5911 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000
#> SRR191520 4 0.5738 0.1012 0.000 0.436 0.072 0.488 0.004
#> SRR191521 2 0.5014 0.3821 0.000 0.592 0.040 0.368 0.000
#> SRR191522 2 0.4250 0.5218 0.000 0.720 0.028 0.252 0.000
#> SRR191523 2 0.7295 0.0510 0.000 0.424 0.188 0.348 0.040
#> SRR191524 4 0.7796 0.1251 0.000 0.076 0.324 0.392 0.208
#> SRR191525 2 0.5114 0.2280 0.000 0.560 0.032 0.404 0.004
#> SRR191526 2 0.5808 0.4893 0.000 0.656 0.096 0.220 0.028
#> SRR191527 1 0.4984 0.4388 0.620 0.000 0.008 0.028 0.344
#> SRR191528 5 0.7395 0.3362 0.312 0.016 0.112 0.060 0.500
#> SRR191529 2 0.8121 -0.2524 0.004 0.364 0.152 0.352 0.128
#> SRR191530 2 0.3863 0.5662 0.000 0.772 0.028 0.200 0.000
#> SRR191531 5 0.6221 0.5581 0.032 0.008 0.120 0.192 0.648
#> SRR191532 4 0.6837 0.2925 0.000 0.348 0.196 0.444 0.012
#> SRR191533 4 0.7222 0.3722 0.000 0.300 0.204 0.460 0.036
#> SRR191534 4 0.7238 0.4432 0.000 0.204 0.176 0.540 0.080
#> SRR191535 2 0.5713 0.4874 0.000 0.684 0.092 0.184 0.040
#> SRR191536 2 0.7899 -0.2633 0.000 0.368 0.212 0.336 0.084
#> SRR191537 2 0.5755 0.5265 0.000 0.692 0.168 0.076 0.064
#> SRR191538 2 0.4734 0.5978 0.000 0.728 0.096 0.176 0.000
#> SRR191539 2 0.5136 0.5465 0.000 0.736 0.084 0.148 0.032
#> SRR191540 2 0.5482 0.5521 0.000 0.652 0.144 0.204 0.000
#> SRR191541 2 0.2522 0.6017 0.000 0.896 0.052 0.052 0.000
#> SRR191542 4 0.7330 0.3346 0.000 0.324 0.216 0.424 0.036
#> SRR191543 2 0.4425 0.2666 0.000 0.600 0.008 0.392 0.000
#> SRR191544 2 0.5117 0.5317 0.000 0.652 0.072 0.276 0.000
#> SRR191545 2 0.2516 0.5844 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR191546 2 0.4377 0.5819 0.000 0.776 0.112 0.108 0.004
#> SRR191547 2 0.6196 0.2842 0.000 0.552 0.096 0.332 0.020
#> SRR191548 1 0.0162 0.9003 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191549 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0404 0.8982 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR191552 1 0.0162 0.8999 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191553 1 0.0162 0.9003 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191554 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191555 5 0.7347 0.1278 0.068 0.000 0.132 0.384 0.416
#> SRR191556 3 0.5238 -0.0387 0.000 0.000 0.484 0.044 0.472
#> SRR191557 3 0.5536 0.3876 0.000 0.048 0.688 0.208 0.056
#> SRR191558 3 0.6223 0.4022 0.000 0.052 0.616 0.080 0.252
#> SRR191559 3 0.5385 0.4762 0.000 0.048 0.728 0.120 0.104
#> SRR191560 3 0.5137 0.4751 0.000 0.028 0.720 0.064 0.188
#> SRR191561 1 0.0162 0.9005 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR191562 5 0.4149 0.6223 0.000 0.000 0.128 0.088 0.784
#> SRR191563 3 0.6270 0.3711 0.000 0.180 0.636 0.140 0.044
#> SRR191564 3 0.6553 0.3696 0.000 0.112 0.608 0.216 0.064
#> SRR191565 5 0.4917 0.1988 0.000 0.000 0.416 0.028 0.556
#> SRR191566 3 0.5265 0.4059 0.000 0.000 0.656 0.096 0.248
#> SRR191567 5 0.2438 0.6302 0.040 0.000 0.060 0.000 0.900
#> SRR191568 5 0.2966 0.5995 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR191569 3 0.4866 0.3813 0.000 0.000 0.664 0.052 0.284
#> SRR191570 5 0.4066 0.4830 0.000 0.000 0.324 0.004 0.672
#> SRR191571 3 0.4362 0.4820 0.000 0.008 0.748 0.036 0.208
#> SRR191572 1 0.0000 0.9004 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.4734 0.3336 0.000 0.000 0.652 0.036 0.312
#> SRR191574 5 0.3622 0.6234 0.096 0.000 0.068 0.004 0.832
#> SRR191575 5 0.2805 0.6361 0.012 0.000 0.108 0.008 0.872
#> SRR191576 3 0.5325 0.3137 0.000 0.000 0.616 0.076 0.308
#> SRR191577 5 0.5178 0.1032 0.000 0.000 0.480 0.040 0.480
#> SRR191578 3 0.7651 0.0250 0.000 0.368 0.396 0.148 0.088
#> SRR191579 1 0.0290 0.9002 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR191580 1 0.0290 0.9001 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR191581 1 0.1043 0.8917 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR191582 1 0.3053 0.7898 0.828 0.000 0.000 0.008 0.164
#> SRR191583 4 0.8936 0.2207 0.104 0.148 0.072 0.368 0.308
#> SRR191584 1 0.0290 0.9001 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR191585 2 0.6480 0.1582 0.000 0.412 0.404 0.184 0.000
#> SRR191586 2 0.7588 -0.1799 0.000 0.336 0.328 0.296 0.040
#> SRR191587 3 0.4197 0.5100 0.000 0.052 0.816 0.052 0.080
#> SRR191588 5 0.2563 0.6272 0.000 0.000 0.120 0.008 0.872
#> SRR191589 3 0.5113 0.2392 0.000 0.000 0.576 0.044 0.380
#> SRR191590 5 0.4117 0.6266 0.000 0.000 0.096 0.116 0.788
#> SRR191591 3 0.4652 0.4790 0.000 0.052 0.784 0.104 0.060
#> SRR191592 3 0.6398 0.2557 0.000 0.012 0.540 0.300 0.148
#> SRR191593 3 0.5778 0.4648 0.000 0.016 0.660 0.168 0.156
#> SRR191594 1 0.1270 0.8795 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR191595 3 0.5405 0.2459 0.000 0.000 0.596 0.076 0.328
#> SRR191596 5 0.5177 0.5844 0.000 0.000 0.132 0.180 0.688
#> SRR191597 2 0.5981 0.3873 0.000 0.540 0.348 0.108 0.004
#> SRR191598 5 0.6094 0.3564 0.000 0.004 0.312 0.132 0.552
#> SRR191599 5 0.5088 0.5591 0.000 0.000 0.092 0.228 0.680
#> SRR191600 3 0.6684 0.1151 0.000 0.360 0.484 0.132 0.024
#> SRR191601 4 0.6295 0.4548 0.000 0.132 0.224 0.612 0.032
#> SRR191602 3 0.6258 0.3145 0.000 0.164 0.620 0.188 0.028
#> SRR191603 2 0.6797 0.1086 0.000 0.404 0.388 0.200 0.008
#> SRR191604 2 0.5653 0.4499 0.000 0.632 0.160 0.208 0.000
#> SRR191605 4 0.5798 0.2947 0.000 0.012 0.336 0.576 0.076
#> SRR191606 5 0.5327 0.5499 0.000 0.000 0.120 0.216 0.664
#> SRR191607 4 0.5877 0.4010 0.000 0.088 0.276 0.616 0.020
#> SRR191608 2 0.5745 0.4612 0.000 0.592 0.100 0.304 0.004
#> SRR191609 2 0.7046 0.0916 0.000 0.420 0.228 0.336 0.016
#> SRR191610 4 0.7394 0.2950 0.000 0.156 0.276 0.492 0.076
#> SRR191611 4 0.7360 0.1983 0.000 0.276 0.304 0.392 0.028
#> SRR191612 3 0.7169 0.3815 0.000 0.136 0.564 0.188 0.112
#> SRR191613 5 0.6599 0.1908 0.036 0.000 0.092 0.416 0.456
#> SRR191614 3 0.7033 0.3346 0.000 0.064 0.524 0.288 0.124
#> SRR191615 3 0.4398 0.5098 0.000 0.036 0.796 0.056 0.112
#> SRR191616 1 0.5875 0.6205 0.676 0.000 0.040 0.124 0.160
#> SRR191617 4 0.8001 0.3776 0.008 0.204 0.220 0.464 0.104
#> SRR191618 4 0.7127 0.2891 0.000 0.076 0.304 0.508 0.112
#> SRR191619 2 0.6282 0.4765 0.000 0.600 0.220 0.160 0.020
#> SRR191620 3 0.6884 0.1792 0.000 0.276 0.496 0.208 0.020
#> SRR191621 2 0.5982 0.4552 0.000 0.580 0.284 0.132 0.004
#> SRR191622 3 0.6480 0.2598 0.000 0.112 0.556 0.300 0.032
#> SRR191623 3 0.6280 0.3425 0.000 0.144 0.612 0.216 0.028
#> SRR191624 5 0.5658 0.1748 0.000 0.000 0.408 0.080 0.512
#> SRR191625 2 0.6498 0.3656 0.000 0.500 0.344 0.144 0.012
#> SRR191626 2 0.4718 0.5455 0.000 0.728 0.180 0.092 0.000
#> SRR191627 2 0.5568 0.5309 0.000 0.660 0.212 0.120 0.008
#> SRR191628 4 0.5981 0.3531 0.000 0.016 0.232 0.624 0.128
#> SRR191629 3 0.6339 0.2500 0.000 0.224 0.576 0.188 0.012
#> SRR191630 1 0.4028 0.7122 0.776 0.000 0.048 0.000 0.176
#> SRR191631 2 0.4725 0.5355 0.000 0.720 0.200 0.080 0.000
#> SRR191632 3 0.6758 0.1667 0.000 0.032 0.468 0.380 0.120
#> SRR191633 4 0.6810 0.3933 0.000 0.072 0.276 0.556 0.096
#> SRR191634 1 0.4983 0.7231 0.740 0.000 0.016 0.128 0.116
#> SRR191635 3 0.6260 0.1275 0.000 0.068 0.528 0.368 0.036
#> SRR191636 1 0.6002 0.6086 0.656 0.000 0.032 0.164 0.148
#> SRR191637 2 0.5294 0.3905 0.000 0.564 0.056 0.380 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.2302 0.63055 0.000 0.000 0.900 0.032 NA 0.008
#> SRR191394 3 0.4078 0.40461 0.268 0.000 0.700 0.008 NA 0.000
#> SRR191396 4 0.7193 0.31853 0.000 0.000 0.184 0.440 NA 0.140
#> SRR191397 3 0.1644 0.63080 0.000 0.000 0.932 0.012 NA 0.004
#> SRR191398 3 0.4961 0.15186 0.368 0.000 0.564 0.000 NA 0.004
#> SRR191399 4 0.7299 0.16081 0.000 0.000 0.312 0.364 NA 0.116
#> SRR191400 3 0.1901 0.62554 0.040 0.000 0.924 0.008 NA 0.000
#> SRR191401 3 0.2729 0.62957 0.008 0.000 0.876 0.032 NA 0.004
#> SRR191402 4 0.6263 0.35519 0.000 0.000 0.224 0.560 NA 0.064
#> SRR191403 3 0.3318 0.62844 0.012 0.000 0.852 0.036 NA 0.024
#> SRR191404 4 0.6416 0.37242 0.000 0.076 0.040 0.620 NA 0.104
#> SRR191405 4 0.6240 0.40048 0.000 0.044 0.108 0.648 NA 0.088
#> SRR191406 6 0.6678 0.20081 0.000 0.036 0.072 0.348 NA 0.484
#> SRR191407 3 0.1931 0.63284 0.016 0.000 0.928 0.020 NA 0.004
#> SRR191408 6 0.7445 -0.06898 0.000 0.000 0.312 0.220 NA 0.332
#> SRR191409 4 0.6502 0.37142 0.000 0.000 0.096 0.524 NA 0.116
#> SRR191410 4 0.4315 0.41106 0.000 0.060 0.036 0.800 NA 0.044
#> SRR191411 6 0.7574 -0.19955 0.000 0.004 0.180 0.308 NA 0.344
#> SRR191412 3 0.3178 0.62049 0.000 0.000 0.848 0.044 NA 0.020
#> SRR191413 4 0.7800 0.27077 0.000 0.016 0.228 0.352 NA 0.140
#> SRR191414 3 0.2456 0.63042 0.000 0.000 0.892 0.048 NA 0.008
#> SRR191415 4 0.4903 0.39422 0.000 0.092 0.032 0.756 NA 0.064
#> SRR191416 4 0.7775 0.34736 0.000 0.100 0.092 0.464 NA 0.116
#> SRR191418 3 0.6995 0.21340 0.000 0.000 0.468 0.216 NA 0.108
#> SRR191419 1 0.2942 0.79120 0.836 0.000 0.132 0.000 NA 0.000
#> SRR191420 3 0.5446 0.57718 0.000 0.000 0.676 0.072 NA 0.132
#> SRR191421 3 0.5525 0.56696 0.000 0.000 0.664 0.072 NA 0.160
#> SRR191422 4 0.7844 0.12984 0.000 0.088 0.048 0.384 NA 0.280
#> SRR191423 4 0.6808 0.26976 0.000 0.048 0.052 0.560 NA 0.204
#> SRR191424 2 0.7698 0.23513 0.000 0.408 0.024 0.124 NA 0.248
#> SRR191425 6 0.7624 -0.01964 0.000 0.060 0.060 0.296 NA 0.412
#> SRR191426 2 0.4943 0.54485 0.000 0.680 0.000 0.124 NA 0.184
#> SRR191427 6 0.7738 0.22439 0.000 0.028 0.160 0.240 NA 0.420
#> SRR191428 4 0.7501 0.20888 0.000 0.012 0.164 0.396 NA 0.296
#> SRR191429 2 0.5792 0.58418 0.000 0.636 0.000 0.176 NA 0.088
#> SRR191430 4 0.7474 0.09645 0.000 0.284 0.004 0.384 NA 0.176
#> SRR191431 3 0.7682 -0.04295 0.000 0.000 0.304 0.260 NA 0.220
#> SRR191432 2 0.2401 0.60540 0.000 0.900 0.000 0.048 NA 0.024
#> SRR191433 2 0.5750 0.57244 0.000 0.632 0.000 0.196 NA 0.096
#> SRR191434 4 0.8012 0.21655 0.000 0.084 0.076 0.400 NA 0.204
#> SRR191435 4 0.6819 0.26707 0.000 0.108 0.132 0.584 NA 0.136
#> SRR191436 4 0.7296 0.07321 0.000 0.192 0.016 0.408 NA 0.308
#> SRR191437 6 0.7435 0.40412 0.004 0.196 0.108 0.048 NA 0.516
#> SRR191438 4 0.5504 0.38443 0.000 0.076 0.040 0.712 NA 0.100
#> SRR191439 4 0.7948 0.05536 0.000 0.080 0.072 0.372 NA 0.304
#> SRR191440 4 0.8623 -0.04228 0.000 0.216 0.096 0.284 NA 0.256
#> SRR191441 2 0.5469 0.55423 0.000 0.660 0.000 0.072 NA 0.188
#> SRR191442 6 0.5533 0.34657 0.000 0.124 0.000 0.240 NA 0.612
#> SRR191443 3 0.5290 0.55900 0.000 0.000 0.680 0.052 NA 0.164
#> SRR191444 4 0.7683 0.25950 0.000 0.080 0.148 0.488 NA 0.184
#> SRR191445 6 0.8127 0.23194 0.000 0.204 0.104 0.304 NA 0.328
#> SRR191446 2 0.6719 0.38008 0.000 0.496 0.004 0.100 NA 0.288
#> SRR191447 6 0.6918 0.38499 0.000 0.168 0.032 0.168 NA 0.552
#> SRR191448 3 0.6451 0.35312 0.248 0.000 0.544 0.004 NA 0.072
#> SRR191449 4 0.6402 0.27242 0.000 0.176 0.016 0.584 NA 0.168
#> SRR191450 3 0.6119 0.47583 0.072 0.000 0.620 0.016 NA 0.196
#> SRR191451 6 0.7439 -0.00642 0.000 0.000 0.292 0.208 NA 0.356
#> SRR191452 6 0.8192 0.19585 0.000 0.044 0.180 0.248 NA 0.348
#> SRR191453 3 0.7319 0.13501 0.000 0.000 0.372 0.152 NA 0.316
#> SRR191454 3 0.7734 0.01168 0.000 0.024 0.348 0.168 NA 0.332
#> SRR191455 6 0.7527 0.30233 0.000 0.220 0.088 0.252 NA 0.416
#> SRR191456 3 0.7749 0.05025 0.000 0.004 0.308 0.284 NA 0.200
#> SRR191457 3 0.6348 0.25729 0.316 0.000 0.504 0.000 NA 0.068
#> SRR191458 3 0.6934 0.40680 0.000 0.000 0.496 0.200 NA 0.152
#> SRR191459 2 0.5352 0.40346 0.000 0.532 0.000 0.380 NA 0.072
#> SRR191460 4 0.6900 0.31889 0.000 0.020 0.160 0.544 NA 0.180
#> SRR191461 4 0.6811 0.10371 0.000 0.268 0.000 0.456 NA 0.208
#> SRR191462 6 0.8622 0.12904 0.000 0.164 0.104 0.168 NA 0.296
#> SRR191463 6 0.7542 0.19929 0.000 0.304 0.032 0.212 NA 0.384
#> SRR191464 4 0.6442 -0.15276 0.000 0.376 0.008 0.464 NA 0.080
#> SRR191465 2 0.3794 0.57965 0.000 0.804 0.000 0.020 NA 0.100
#> SRR191466 4 0.7249 -0.08436 0.000 0.268 0.012 0.380 NA 0.280
#> SRR191467 6 0.7159 0.15922 0.000 0.208 0.000 0.104 NA 0.412
#> SRR191468 2 0.5950 0.54840 0.000 0.592 0.000 0.200 NA 0.044
#> SRR191469 6 0.6406 0.37598 0.000 0.044 0.084 0.240 NA 0.584
#> SRR191470 2 0.3643 0.59467 0.000 0.824 0.000 0.052 NA 0.044
#> SRR191471 2 0.5566 0.44650 0.000 0.560 0.032 0.352 NA 0.040
#> SRR191472 6 0.6954 -0.06513 0.000 0.380 0.004 0.124 NA 0.392
#> SRR191473 2 0.4133 0.60013 0.000 0.788 0.000 0.100 NA 0.052
#> SRR191474 4 0.6355 0.09574 0.000 0.260 0.004 0.532 NA 0.160
#> SRR191475 2 0.6194 0.54975 0.000 0.580 0.000 0.136 NA 0.076
#> SRR191476 2 0.6435 0.50192 0.000 0.552 0.000 0.080 NA 0.188
#> SRR191477 2 0.5836 0.26815 0.000 0.460 0.000 0.424 NA 0.076
#> SRR191478 2 0.5607 0.36576 0.000 0.480 0.000 0.424 NA 0.060
#> SRR191479 3 0.7276 0.17149 0.000 0.000 0.376 0.288 NA 0.228
#> SRR191480 2 0.5837 0.53420 0.000 0.580 0.000 0.184 NA 0.024
#> SRR191481 2 0.4268 0.58784 0.000 0.752 0.000 0.172 NA 0.044
#> SRR191482 2 0.4164 0.57794 0.000 0.756 0.000 0.176 NA 0.040
#> SRR191483 2 0.4398 0.51117 0.000 0.696 0.000 0.032 NA 0.252
#> SRR191484 6 0.6050 0.36237 0.044 0.004 0.184 0.032 NA 0.644
#> SRR191485 2 0.6159 0.06995 0.000 0.428 0.000 0.196 NA 0.364
#> SRR191486 6 0.6337 0.40639 0.000 0.060 0.136 0.076 NA 0.640
#> SRR191487 6 0.7448 0.23958 0.000 0.172 0.004 0.176 NA 0.416
#> SRR191488 3 0.7057 0.40440 0.036 0.000 0.476 0.036 NA 0.216
#> SRR191489 3 0.5940 0.48074 0.000 0.000 0.600 0.096 NA 0.228
#> SRR191490 6 0.6178 0.44344 0.000 0.168 0.088 0.024 NA 0.632
#> SRR191491 6 0.8082 0.26029 0.000 0.120 0.104 0.148 NA 0.440
#> SRR191492 6 0.6717 0.37879 0.000 0.228 0.028 0.140 NA 0.548
#> SRR191493 6 0.7749 0.29063 0.124 0.048 0.168 0.004 NA 0.476
#> SRR191494 6 0.8305 0.23851 0.000 0.156 0.072 0.148 NA 0.328
#> SRR191495 6 0.5497 0.40657 0.000 0.080 0.032 0.172 NA 0.684
#> SRR191496 6 0.8386 0.16210 0.000 0.268 0.076 0.124 NA 0.316
#> SRR191497 6 0.7268 0.22148 0.000 0.128 0.024 0.296 NA 0.452
#> SRR191498 6 0.8000 0.37480 0.016 0.056 0.120 0.120 NA 0.456
#> SRR191499 6 0.6664 0.28133 0.000 0.188 0.012 0.300 NA 0.468
#> SRR191500 4 0.7833 -0.04008 0.000 0.236 0.028 0.332 NA 0.300
#> SRR191501 6 0.8101 0.31043 0.008 0.120 0.192 0.036 NA 0.372
#> SRR191502 6 0.7490 0.16520 0.000 0.236 0.028 0.320 NA 0.356
#> SRR191503 6 0.7700 -0.02783 0.000 0.240 0.000 0.224 NA 0.300
#> SRR191504 2 0.6354 0.53559 0.000 0.528 0.000 0.068 NA 0.128
#> SRR191505 2 0.4172 0.54712 0.000 0.708 0.000 0.024 NA 0.016
#> SRR191506 2 0.7783 -0.05258 0.000 0.340 0.016 0.148 NA 0.304
#> SRR191507 2 0.5334 0.57903 0.000 0.708 0.012 0.100 NA 0.068
#> SRR191508 6 0.7469 0.26831 0.000 0.196 0.004 0.272 NA 0.388
#> SRR191509 2 0.6214 0.49934 0.000 0.576 0.020 0.244 NA 0.128
#> SRR191510 6 0.7241 0.34826 0.000 0.116 0.076 0.260 NA 0.496
#> SRR191511 2 0.7162 0.30383 0.000 0.452 0.004 0.196 NA 0.240
#> SRR191512 2 0.4797 0.52816 0.000 0.648 0.000 0.028 NA 0.036
#> SRR191513 2 0.6795 0.21704 0.000 0.372 0.000 0.044 NA 0.248
#> SRR191514 2 0.2663 0.60267 0.000 0.876 0.000 0.028 NA 0.012
#> SRR191515 2 0.6186 0.51985 0.000 0.596 0.000 0.176 NA 0.104
#> SRR191516 6 0.7917 0.32914 0.000 0.124 0.044 0.168 NA 0.388
#> SRR191517 2 0.5080 0.52572 0.000 0.652 0.000 0.256 NA 0.052
#> SRR191518 2 0.3288 0.59464 0.000 0.848 0.000 0.052 NA 0.064
#> SRR191519 2 0.2065 0.60513 0.000 0.912 0.000 0.032 NA 0.004
#> SRR191520 6 0.6313 0.04499 0.000 0.376 0.000 0.100 NA 0.460
#> SRR191521 2 0.6394 0.32973 0.000 0.484 0.000 0.112 NA 0.336
#> SRR191522 2 0.4289 0.54503 0.000 0.724 0.000 0.044 NA 0.216
#> SRR191523 2 0.7912 0.10329 0.000 0.380 0.036 0.128 NA 0.268
#> SRR191524 6 0.8061 0.24777 0.000 0.064 0.180 0.224 NA 0.408
#> SRR191525 2 0.5968 0.25706 0.000 0.504 0.000 0.016 NA 0.320
#> SRR191526 2 0.6878 0.43987 0.000 0.540 0.012 0.124 NA 0.180
#> SRR191527 1 0.5928 0.25456 0.492 0.000 0.368 0.000 NA 0.028
#> SRR191528 3 0.7326 0.38865 0.212 0.000 0.496 0.044 NA 0.076
#> SRR191529 6 0.7414 0.25014 0.000 0.240 0.040 0.072 NA 0.464
#> SRR191530 2 0.5156 0.55526 0.000 0.644 0.000 0.056 NA 0.040
#> SRR191531 3 0.6345 0.50395 0.012 0.008 0.608 0.064 NA 0.192
#> SRR191532 6 0.7504 0.19102 0.000 0.296 0.008 0.172 NA 0.384
#> SRR191533 6 0.7727 0.27679 0.000 0.300 0.040 0.112 NA 0.400
#> SRR191534 6 0.8273 0.34235 0.000 0.136 0.064 0.188 NA 0.340
#> SRR191535 2 0.4850 0.49925 0.000 0.692 0.016 0.036 NA 0.232
#> SRR191536 6 0.8210 0.22329 0.000 0.284 0.072 0.200 NA 0.340
#> SRR191537 2 0.5918 0.52551 0.000 0.628 0.052 0.212 NA 0.016
#> SRR191538 2 0.6529 0.55136 0.000 0.556 0.000 0.172 NA 0.120
#> SRR191539 2 0.5696 0.53945 0.000 0.680 0.016 0.088 NA 0.092
#> SRR191540 2 0.6614 0.52047 0.000 0.520 0.000 0.188 NA 0.080
#> SRR191541 2 0.3367 0.60668 0.000 0.836 0.000 0.088 NA 0.020
#> SRR191542 6 0.7808 0.21703 0.000 0.284 0.016 0.132 NA 0.328
#> SRR191543 2 0.6132 0.26398 0.000 0.516 0.000 0.056 NA 0.328
#> SRR191544 2 0.6248 0.51241 0.000 0.548 0.000 0.148 NA 0.056
#> SRR191545 2 0.3498 0.59692 0.000 0.824 0.000 0.024 NA 0.044
#> SRR191546 2 0.4249 0.59135 0.000 0.784 0.012 0.112 NA 0.068
#> SRR191547 2 0.7148 0.31871 0.000 0.468 0.008 0.144 NA 0.256
#> SRR191548 1 0.0632 0.87172 0.976 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191549 1 0.0146 0.87062 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191550 1 0.0146 0.87062 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191551 1 0.0993 0.86975 0.964 0.000 0.012 0.000 NA 0.000
#> SRR191552 1 0.0260 0.87200 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191553 1 0.0547 0.87211 0.980 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191554 1 0.0146 0.87062 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191555 6 0.7336 0.07263 0.040 0.000 0.304 0.040 NA 0.404
#> SRR191556 3 0.6614 0.27230 0.000 0.000 0.492 0.284 NA 0.076
#> SRR191557 4 0.5803 0.37533 0.000 0.024 0.040 0.656 NA 0.168
#> SRR191558 4 0.8048 0.25030 0.000 0.036 0.196 0.360 NA 0.152
#> SRR191559 4 0.6671 0.36496 0.000 0.016 0.052 0.536 NA 0.192
#> SRR191560 4 0.7306 0.31949 0.000 0.000 0.168 0.400 NA 0.152
#> SRR191561 1 0.0632 0.87246 0.976 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191562 3 0.4235 0.60661 0.000 0.000 0.780 0.044 NA 0.092
#> SRR191563 4 0.5664 0.39989 0.000 0.096 0.032 0.696 NA 0.092
#> SRR191564 4 0.5656 0.35629 0.000 0.076 0.032 0.692 NA 0.128
#> SRR191565 3 0.6510 0.31998 0.000 0.000 0.528 0.228 NA 0.072
#> SRR191566 4 0.7231 0.30401 0.000 0.000 0.184 0.440 NA 0.156
#> SRR191567 3 0.2135 0.63002 0.012 0.000 0.916 0.024 NA 0.004
#> SRR191568 3 0.3534 0.61483 0.000 0.000 0.828 0.084 NA 0.028
#> SRR191569 4 0.7225 0.29181 0.000 0.000 0.204 0.436 NA 0.140
#> SRR191570 3 0.5073 0.53651 0.000 0.000 0.684 0.180 NA 0.028
#> SRR191571 4 0.6473 0.35561 0.000 0.000 0.184 0.528 NA 0.064
#> SRR191572 1 0.0146 0.87062 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191573 4 0.7496 0.20178 0.000 0.000 0.252 0.336 NA 0.140
#> SRR191574 3 0.3003 0.63044 0.028 0.000 0.868 0.012 NA 0.016
#> SRR191575 3 0.1592 0.63387 0.000 0.000 0.940 0.032 NA 0.008
#> SRR191576 4 0.7497 0.17054 0.000 0.000 0.268 0.344 NA 0.144
#> SRR191577 3 0.7175 0.10331 0.000 0.000 0.408 0.236 NA 0.100
#> SRR191578 4 0.8169 0.13943 0.000 0.228 0.052 0.376 NA 0.164
#> SRR191579 1 0.0777 0.87175 0.972 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> SRR191580 1 0.0865 0.87001 0.964 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191581 1 0.2164 0.85239 0.900 0.000 0.032 0.000 NA 0.000
#> SRR191582 1 0.4366 0.69887 0.720 0.000 0.204 0.000 NA 0.008
#> SRR191583 6 0.8392 0.27457 0.088 0.116 0.260 0.020 NA 0.404
#> SRR191584 1 0.0937 0.86925 0.960 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR191585 4 0.5740 0.12797 0.000 0.288 0.000 0.572 NA 0.108
#> SRR191586 4 0.7141 0.00928 0.000 0.236 0.008 0.420 NA 0.268
#> SRR191587 4 0.6247 0.39651 0.000 0.008 0.064 0.580 NA 0.116
#> SRR191588 3 0.2328 0.63731 0.000 0.000 0.904 0.032 NA 0.020
#> SRR191589 3 0.7507 -0.09781 0.000 0.000 0.332 0.284 NA 0.144
#> SRR191590 3 0.3933 0.60213 0.000 0.000 0.800 0.032 NA 0.084
#> SRR191591 4 0.4441 0.41651 0.000 0.012 0.036 0.776 NA 0.100
#> SRR191592 4 0.7031 0.09345 0.000 0.000 0.116 0.392 NA 0.352
#> SRR191593 4 0.6254 0.34958 0.000 0.000 0.100 0.588 NA 0.172
#> SRR191594 1 0.1642 0.85162 0.936 0.000 0.032 0.000 NA 0.028
#> SRR191595 4 0.7548 0.12250 0.000 0.000 0.252 0.336 NA 0.156
#> SRR191596 3 0.5587 0.56690 0.000 0.000 0.656 0.068 NA 0.164
#> SRR191597 4 0.4707 -0.11676 0.000 0.388 0.000 0.572 NA 0.020
#> SRR191598 3 0.6963 0.43165 0.000 0.004 0.508 0.184 NA 0.172
#> SRR191599 3 0.5412 0.53756 0.000 0.000 0.664 0.056 NA 0.184
#> SRR191600 4 0.5119 0.26942 0.000 0.244 0.016 0.664 NA 0.060
#> SRR191601 6 0.5367 0.39589 0.000 0.092 0.024 0.224 NA 0.652
#> SRR191602 4 0.5676 0.34469 0.000 0.076 0.012 0.644 NA 0.216
#> SRR191603 4 0.5323 0.20428 0.000 0.260 0.000 0.612 NA 0.116
#> SRR191604 2 0.5773 0.46067 0.000 0.564 0.000 0.272 NA 0.144
#> SRR191605 6 0.4746 0.36189 0.000 0.012 0.040 0.208 NA 0.712
#> SRR191606 3 0.5180 0.54827 0.000 0.000 0.684 0.048 NA 0.180
#> SRR191607 6 0.5789 0.33053 0.000 0.052 0.004 0.256 NA 0.604
#> SRR191608 2 0.6769 0.44442 0.000 0.520 0.000 0.124 NA 0.188
#> SRR191609 2 0.7379 0.01118 0.000 0.300 0.000 0.292 NA 0.300
#> SRR191610 6 0.7253 0.20494 0.000 0.076 0.048 0.192 NA 0.516
#> SRR191611 4 0.6849 0.07928 0.000 0.168 0.008 0.472 NA 0.288
#> SRR191612 4 0.6952 0.34397 0.000 0.052 0.056 0.548 NA 0.200
#> SRR191613 6 0.6434 -0.13177 0.020 0.000 0.396 0.012 NA 0.416
#> SRR191614 4 0.7195 0.27316 0.000 0.036 0.076 0.504 NA 0.224
#> SRR191615 4 0.6349 0.38592 0.000 0.000 0.088 0.536 NA 0.104
#> SRR191616 1 0.6674 0.52588 0.548 0.000 0.160 0.004 NA 0.112
#> SRR191617 6 0.7436 0.32186 0.000 0.108 0.052 0.184 NA 0.508
#> SRR191618 6 0.6084 0.35146 0.000 0.024 0.088 0.140 NA 0.648
#> SRR191619 2 0.6703 0.39455 0.000 0.464 0.004 0.332 NA 0.120
#> SRR191620 4 0.7528 0.26121 0.000 0.172 0.012 0.436 NA 0.188
#> SRR191621 4 0.5571 -0.24770 0.000 0.424 0.000 0.484 NA 0.048
#> SRR191622 4 0.6901 0.26333 0.000 0.072 0.016 0.496 NA 0.272
#> SRR191623 4 0.7028 0.35013 0.000 0.076 0.020 0.508 NA 0.192
#> SRR191624 3 0.6878 0.29618 0.000 0.000 0.456 0.300 NA 0.128
#> SRR191625 4 0.6186 -0.14174 0.000 0.352 0.008 0.508 NA 0.072
#> SRR191626 2 0.5204 0.50882 0.000 0.632 0.000 0.268 NA 0.072
#> SRR191627 2 0.5840 0.43844 0.000 0.548 0.004 0.332 NA 0.068
#> SRR191628 6 0.5334 0.39440 0.000 0.012 0.120 0.164 NA 0.680
#> SRR191629 4 0.4416 0.33461 0.000 0.144 0.008 0.756 NA 0.076
#> SRR191630 1 0.4128 0.71755 0.768 0.000 0.124 0.000 NA 0.096
#> SRR191631 2 0.5421 0.43333 0.000 0.568 0.000 0.340 NA 0.044
#> SRR191632 4 0.7435 0.07563 0.000 0.012 0.116 0.384 NA 0.324
#> SRR191633 6 0.5712 0.39218 0.000 0.052 0.060 0.228 NA 0.640
#> SRR191634 1 0.6300 0.60845 0.592 0.000 0.088 0.004 NA 0.168
#> SRR191635 4 0.6345 0.18561 0.000 0.028 0.036 0.556 NA 0.276
#> SRR191636 1 0.6518 0.58044 0.572 0.000 0.120 0.004 NA 0.140
#> SRR191637 2 0.7275 0.34534 0.000 0.424 0.012 0.088 NA 0.188
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.228 0.732 0.842 0.3792 0.662 0.662
#> 3 3 0.164 0.534 0.723 0.4986 0.646 0.491
#> 4 4 0.181 0.398 0.654 0.0954 0.888 0.740
#> 5 5 0.294 0.436 0.655 0.1144 0.836 0.622
#> 6 6 0.338 0.341 0.595 0.0559 0.763 0.429
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 2 0.4562 0.82834 0.096 0.904
#> SRR191394 1 0.9460 0.39857 0.636 0.364
#> SRR191396 2 0.2423 0.82997 0.040 0.960
#> SRR191397 2 0.3733 0.82749 0.072 0.928
#> SRR191398 1 0.6531 0.73358 0.832 0.168
#> SRR191399 2 0.4161 0.83049 0.084 0.916
#> SRR191400 2 0.7299 0.79740 0.204 0.796
#> SRR191401 2 0.7950 0.78283 0.240 0.760
#> SRR191402 2 0.0672 0.81574 0.008 0.992
#> SRR191403 2 0.5294 0.81517 0.120 0.880
#> SRR191404 2 0.1843 0.82828 0.028 0.972
#> SRR191405 2 0.2043 0.81823 0.032 0.968
#> SRR191406 2 0.2423 0.82979 0.040 0.960
#> SRR191407 2 0.9460 0.55593 0.364 0.636
#> SRR191408 2 0.2778 0.82919 0.048 0.952
#> SRR191409 2 0.1184 0.81478 0.016 0.984
#> SRR191410 2 0.0672 0.81574 0.008 0.992
#> SRR191411 2 0.1633 0.82235 0.024 0.976
#> SRR191412 2 0.4298 0.82992 0.088 0.912
#> SRR191413 2 0.2603 0.82072 0.044 0.956
#> SRR191414 2 0.7674 0.76604 0.224 0.776
#> SRR191415 2 0.0672 0.81574 0.008 0.992
#> SRR191416 2 0.1184 0.81478 0.016 0.984
#> SRR191418 2 0.4431 0.82658 0.092 0.908
#> SRR191419 1 0.1633 0.81056 0.976 0.024
#> SRR191420 2 0.2423 0.83351 0.040 0.960
#> SRR191421 2 0.4022 0.83900 0.080 0.920
#> SRR191422 2 0.3274 0.83491 0.060 0.940
#> SRR191423 2 0.2948 0.83448 0.052 0.948
#> SRR191424 1 0.7139 0.70728 0.804 0.196
#> SRR191425 2 0.1843 0.83013 0.028 0.972
#> SRR191426 2 0.4939 0.83469 0.108 0.892
#> SRR191427 2 0.7056 0.80561 0.192 0.808
#> SRR191428 2 0.7602 0.77987 0.220 0.780
#> SRR191429 2 0.5737 0.82752 0.136 0.864
#> SRR191430 2 0.4022 0.82045 0.080 0.920
#> SRR191431 2 0.6531 0.81724 0.168 0.832
#> SRR191432 2 0.6887 0.80492 0.184 0.816
#> SRR191433 2 0.7602 0.78517 0.220 0.780
#> SRR191434 2 0.8763 0.62081 0.296 0.704
#> SRR191435 2 0.2423 0.83080 0.040 0.960
#> SRR191436 2 0.2043 0.83071 0.032 0.968
#> SRR191437 1 0.3274 0.80441 0.940 0.060
#> SRR191438 2 0.0938 0.81714 0.012 0.988
#> SRR191439 2 0.4939 0.83866 0.108 0.892
#> SRR191440 2 0.9963 0.25057 0.464 0.536
#> SRR191441 2 0.9522 0.56637 0.372 0.628
#> SRR191442 2 0.3431 0.83588 0.064 0.936
#> SRR191443 2 0.4022 0.83403 0.080 0.920
#> SRR191444 2 0.3114 0.83533 0.056 0.944
#> SRR191445 2 0.6887 0.80690 0.184 0.816
#> SRR191446 2 0.9460 0.58363 0.364 0.636
#> SRR191447 2 0.5737 0.83130 0.136 0.864
#> SRR191448 1 0.1633 0.81018 0.976 0.024
#> SRR191449 2 0.2948 0.83581 0.052 0.948
#> SRR191450 1 0.6712 0.72890 0.824 0.176
#> SRR191451 2 0.1843 0.82832 0.028 0.972
#> SRR191452 2 0.5842 0.82949 0.140 0.860
#> SRR191453 2 0.7219 0.79108 0.200 0.800
#> SRR191454 2 0.8081 0.75623 0.248 0.752
#> SRR191455 2 0.4690 0.83698 0.100 0.900
#> SRR191456 2 0.3879 0.83983 0.076 0.924
#> SRR191457 1 0.4161 0.79209 0.916 0.084
#> SRR191458 2 0.6887 0.80644 0.184 0.816
#> SRR191459 2 0.6438 0.81457 0.164 0.836
#> SRR191460 2 0.1184 0.81991 0.016 0.984
#> SRR191461 2 0.4562 0.83491 0.096 0.904
#> SRR191462 2 0.9944 0.35476 0.456 0.544
#> SRR191463 2 0.7139 0.79543 0.196 0.804
#> SRR191464 2 0.3733 0.83794 0.072 0.928
#> SRR191465 2 0.8144 0.75094 0.252 0.748
#> SRR191466 2 0.6048 0.82790 0.148 0.852
#> SRR191467 2 0.9909 0.40344 0.444 0.556
#> SRR191468 2 0.9209 0.64989 0.336 0.664
#> SRR191469 2 0.7602 0.77796 0.220 0.780
#> SRR191470 2 0.8499 0.71883 0.276 0.724
#> SRR191471 2 0.6048 0.82539 0.148 0.852
#> SRR191472 2 0.9170 0.65306 0.332 0.668
#> SRR191473 2 0.6247 0.82002 0.156 0.844
#> SRR191474 2 0.2948 0.83520 0.052 0.948
#> SRR191475 2 0.8499 0.72449 0.276 0.724
#> SRR191476 2 0.9552 0.56163 0.376 0.624
#> SRR191477 2 0.2043 0.82894 0.032 0.968
#> SRR191478 2 0.2423 0.83400 0.040 0.960
#> SRR191479 2 0.4939 0.83234 0.108 0.892
#> SRR191480 2 0.8813 0.69693 0.300 0.700
#> SRR191481 2 0.4562 0.83736 0.096 0.904
#> SRR191482 2 0.5408 0.83194 0.124 0.876
#> SRR191483 2 0.7745 0.77422 0.228 0.772
#> SRR191484 1 0.5737 0.76091 0.864 0.136
#> SRR191485 2 0.5178 0.83039 0.116 0.884
#> SRR191486 2 0.5519 0.83348 0.128 0.872
#> SRR191487 2 0.9170 0.65525 0.332 0.668
#> SRR191488 1 0.2236 0.80945 0.964 0.036
#> SRR191489 2 0.9358 0.61550 0.352 0.648
#> SRR191490 1 0.4022 0.79825 0.920 0.080
#> SRR191491 2 0.9661 0.52272 0.392 0.608
#> SRR191492 2 0.9552 0.53235 0.376 0.624
#> SRR191493 1 0.4562 0.78127 0.904 0.096
#> SRR191494 2 0.9954 0.30425 0.460 0.540
#> SRR191495 2 0.7815 0.76657 0.232 0.768
#> SRR191496 1 0.9248 0.46109 0.660 0.340
#> SRR191497 2 0.4562 0.83593 0.096 0.904
#> SRR191498 1 0.6623 0.72953 0.828 0.172
#> SRR191499 2 0.4562 0.83578 0.096 0.904
#> SRR191500 2 0.4690 0.83475 0.100 0.900
#> SRR191501 1 0.2236 0.80797 0.964 0.036
#> SRR191502 2 0.5519 0.83198 0.128 0.872
#> SRR191503 2 0.9358 0.62359 0.352 0.648
#> SRR191504 2 0.9000 0.68441 0.316 0.684
#> SRR191505 2 0.9954 0.35790 0.460 0.540
#> SRR191506 1 0.9933 0.03896 0.548 0.452
#> SRR191507 1 0.9129 0.46125 0.672 0.328
#> SRR191508 2 0.8661 0.71903 0.288 0.712
#> SRR191509 2 0.4562 0.83331 0.096 0.904
#> SRR191510 2 0.6801 0.80887 0.180 0.820
#> SRR191511 2 0.7056 0.80465 0.192 0.808
#> SRR191512 1 0.9881 0.08524 0.564 0.436
#> SRR191513 1 0.8443 0.58694 0.728 0.272
#> SRR191514 2 0.9170 0.64341 0.332 0.668
#> SRR191515 2 0.9427 0.60838 0.360 0.640
#> SRR191516 2 0.9866 0.43387 0.432 0.568
#> SRR191517 2 0.5737 0.82771 0.136 0.864
#> SRR191518 2 0.3733 0.83629 0.072 0.928
#> SRR191519 2 0.8443 0.73193 0.272 0.728
#> SRR191520 2 0.9358 0.60860 0.352 0.648
#> SRR191521 2 0.8713 0.71570 0.292 0.708
#> SRR191522 2 0.8207 0.74383 0.256 0.744
#> SRR191523 2 0.9909 0.38581 0.444 0.556
#> SRR191524 2 0.7815 0.77938 0.232 0.768
#> SRR191525 2 0.9996 0.17572 0.488 0.512
#> SRR191526 1 0.9944 0.00984 0.544 0.456
#> SRR191527 1 0.2043 0.80747 0.968 0.032
#> SRR191528 1 0.3879 0.79850 0.924 0.076
#> SRR191529 1 0.9552 0.32724 0.624 0.376
#> SRR191530 2 0.9491 0.59301 0.368 0.632
#> SRR191531 1 0.8443 0.62326 0.728 0.272
#> SRR191532 2 0.8499 0.72337 0.276 0.724
#> SRR191533 1 1.0000 -0.16093 0.504 0.496
#> SRR191534 1 0.9580 0.30652 0.620 0.380
#> SRR191535 2 0.7815 0.77574 0.232 0.768
#> SRR191536 1 0.9977 -0.03697 0.528 0.472
#> SRR191537 2 0.8955 0.68692 0.312 0.688
#> SRR191538 2 0.8763 0.70506 0.296 0.704
#> SRR191539 2 0.9977 0.27416 0.472 0.528
#> SRR191540 2 0.8499 0.73402 0.276 0.724
#> SRR191541 2 0.7056 0.80738 0.192 0.808
#> SRR191542 2 0.9998 0.17249 0.492 0.508
#> SRR191543 2 0.9775 0.46968 0.412 0.588
#> SRR191544 2 0.9170 0.65678 0.332 0.668
#> SRR191545 2 0.8499 0.73339 0.276 0.724
#> SRR191546 2 0.6531 0.81163 0.168 0.832
#> SRR191547 2 0.8555 0.72895 0.280 0.720
#> SRR191548 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191549 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191550 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191551 1 0.1414 0.81025 0.980 0.020
#> SRR191552 1 0.1414 0.81025 0.980 0.020
#> SRR191553 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191554 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191555 1 0.9000 0.54164 0.684 0.316
#> SRR191556 2 0.1843 0.81877 0.028 0.972
#> SRR191557 2 0.4562 0.83626 0.096 0.904
#> SRR191558 2 0.2603 0.83227 0.044 0.956
#> SRR191559 2 0.0938 0.81714 0.012 0.988
#> SRR191560 2 0.1184 0.81478 0.016 0.984
#> SRR191561 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191562 2 0.9323 0.62149 0.348 0.652
#> SRR191563 2 0.1184 0.81934 0.016 0.984
#> SRR191564 2 0.0376 0.82186 0.004 0.996
#> SRR191565 2 0.1414 0.81770 0.020 0.980
#> SRR191566 2 0.1414 0.81765 0.020 0.980
#> SRR191567 2 0.6801 0.79902 0.180 0.820
#> SRR191568 2 0.3733 0.83353 0.072 0.928
#> SRR191569 2 0.0938 0.81570 0.012 0.988
#> SRR191570 2 0.2423 0.82742 0.040 0.960
#> SRR191571 2 0.0938 0.81570 0.012 0.988
#> SRR191572 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191573 2 0.1184 0.81478 0.016 0.984
#> SRR191574 2 0.9635 0.52248 0.388 0.612
#> SRR191575 2 0.8207 0.72790 0.256 0.744
#> SRR191576 2 0.1184 0.81478 0.016 0.984
#> SRR191577 2 0.1414 0.81687 0.020 0.980
#> SRR191578 2 0.9087 0.55807 0.324 0.676
#> SRR191579 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191580 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191581 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191582 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191583 1 0.5294 0.77072 0.880 0.120
#> SRR191584 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191585 2 0.5842 0.82843 0.140 0.860
#> SRR191586 2 0.6247 0.82419 0.156 0.844
#> SRR191587 2 0.0672 0.81574 0.008 0.992
#> SRR191588 2 0.4431 0.83770 0.092 0.908
#> SRR191589 2 0.2043 0.81578 0.032 0.968
#> SRR191590 2 0.4939 0.83681 0.108 0.892
#> SRR191591 2 0.0938 0.81714 0.012 0.988
#> SRR191592 2 0.1414 0.82497 0.020 0.980
#> SRR191593 2 0.0938 0.82310 0.012 0.988
#> SRR191594 1 0.1184 0.80918 0.984 0.016
#> SRR191595 2 0.0938 0.81714 0.012 0.988
#> SRR191596 2 0.5737 0.83132 0.136 0.864
#> SRR191597 2 0.0938 0.81714 0.012 0.988
#> SRR191598 2 0.2423 0.82673 0.040 0.960
#> SRR191599 2 0.8813 0.67810 0.300 0.700
#> SRR191600 2 0.0376 0.82153 0.004 0.996
#> SRR191601 2 0.4161 0.83529 0.084 0.916
#> SRR191602 2 0.0672 0.81748 0.008 0.992
#> SRR191603 2 0.0376 0.82153 0.004 0.996
#> SRR191604 2 0.5294 0.83088 0.120 0.880
#> SRR191605 2 0.3274 0.83427 0.060 0.940
#> SRR191606 2 0.8661 0.70079 0.288 0.712
#> SRR191607 2 0.9170 0.61281 0.332 0.668
#> SRR191608 2 0.8955 0.69117 0.312 0.688
#> SRR191609 2 0.8555 0.71670 0.280 0.720
#> SRR191610 2 0.9087 0.59737 0.324 0.676
#> SRR191611 2 0.6048 0.82351 0.148 0.852
#> SRR191612 2 0.0672 0.81926 0.008 0.992
#> SRR191613 1 0.3733 0.80005 0.928 0.072
#> SRR191614 2 0.2043 0.83218 0.032 0.968
#> SRR191615 2 0.0938 0.81806 0.012 0.988
#> SRR191616 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191617 1 0.9909 0.22569 0.556 0.444
#> SRR191618 1 0.9393 0.49302 0.644 0.356
#> SRR191619 2 0.3879 0.83027 0.076 0.924
#> SRR191620 2 0.5294 0.79397 0.120 0.880
#> SRR191621 2 0.1414 0.82738 0.020 0.980
#> SRR191622 2 0.1633 0.82542 0.024 0.976
#> SRR191623 2 0.1184 0.82292 0.016 0.984
#> SRR191624 2 0.4815 0.83598 0.104 0.896
#> SRR191625 2 0.2948 0.83491 0.052 0.948
#> SRR191626 2 0.2778 0.83311 0.048 0.952
#> SRR191627 2 0.2778 0.83168 0.048 0.952
#> SRR191628 2 0.8207 0.72873 0.256 0.744
#> SRR191629 2 0.1184 0.81478 0.016 0.984
#> SRR191630 1 0.1184 0.80918 0.984 0.016
#> SRR191631 2 0.2423 0.83005 0.040 0.960
#> SRR191632 2 0.7950 0.76192 0.240 0.760
#> SRR191633 2 0.5629 0.82853 0.132 0.868
#> SRR191634 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191635 2 0.1843 0.82863 0.028 0.972
#> SRR191636 1 0.0938 0.80882 0.988 0.012
#> SRR191637 1 0.7815 0.64733 0.768 0.232
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.2318 0.65689 0.028 0.028 0.944
#> SRR191394 1 0.6180 0.56148 0.716 0.024 0.260
#> SRR191396 3 0.3995 0.63392 0.016 0.116 0.868
#> SRR191397 3 0.2056 0.66352 0.024 0.024 0.952
#> SRR191398 1 0.5696 0.72137 0.800 0.064 0.136
#> SRR191399 3 0.5874 0.51180 0.032 0.208 0.760
#> SRR191400 3 0.5402 0.54934 0.180 0.028 0.792
#> SRR191401 3 0.6970 0.39894 0.276 0.048 0.676
#> SRR191402 3 0.0983 0.66366 0.004 0.016 0.980
#> SRR191403 3 0.3253 0.65334 0.052 0.036 0.912
#> SRR191404 3 0.5690 0.50316 0.004 0.288 0.708
#> SRR191405 3 0.2878 0.68106 0.000 0.096 0.904
#> SRR191406 3 0.4887 0.60596 0.000 0.228 0.772
#> SRR191407 3 0.7801 0.31035 0.276 0.088 0.636
#> SRR191408 3 0.2496 0.67834 0.004 0.068 0.928
#> SRR191409 3 0.1129 0.66220 0.004 0.020 0.976
#> SRR191410 3 0.2200 0.67880 0.004 0.056 0.940
#> SRR191411 3 0.2537 0.67652 0.000 0.080 0.920
#> SRR191412 3 0.1751 0.66226 0.012 0.028 0.960
#> SRR191413 3 0.3472 0.63308 0.040 0.056 0.904
#> SRR191414 3 0.5741 0.53287 0.188 0.036 0.776
#> SRR191415 3 0.4887 0.60168 0.000 0.228 0.772
#> SRR191416 3 0.2711 0.65042 0.000 0.088 0.912
#> SRR191418 3 0.4558 0.64594 0.044 0.100 0.856
#> SRR191419 1 0.1170 0.83106 0.976 0.008 0.016
#> SRR191420 3 0.4897 0.64818 0.016 0.172 0.812
#> SRR191421 3 0.5692 0.63023 0.040 0.176 0.784
#> SRR191422 3 0.6081 0.39934 0.004 0.344 0.652
#> SRR191423 3 0.6082 0.47890 0.012 0.296 0.692
#> SRR191424 1 0.7222 0.40257 0.580 0.388 0.032
#> SRR191425 3 0.4228 0.66121 0.008 0.148 0.844
#> SRR191426 2 0.6026 0.47272 0.000 0.624 0.376
#> SRR191427 3 0.8836 -0.08885 0.120 0.388 0.492
#> SRR191428 3 0.9163 0.10051 0.252 0.208 0.540
#> SRR191429 2 0.6387 0.57562 0.020 0.680 0.300
#> SRR191430 3 0.7044 0.33855 0.032 0.348 0.620
#> SRR191431 3 0.8352 0.17982 0.100 0.332 0.568
#> SRR191432 2 0.6057 0.54148 0.004 0.656 0.340
#> SRR191433 2 0.6905 0.61946 0.044 0.676 0.280
#> SRR191434 2 0.9354 0.46015 0.176 0.472 0.352
#> SRR191435 3 0.4351 0.65155 0.004 0.168 0.828
#> SRR191436 3 0.6209 0.33108 0.004 0.368 0.628
#> SRR191437 1 0.7164 0.53321 0.640 0.316 0.044
#> SRR191438 3 0.3879 0.64912 0.000 0.152 0.848
#> SRR191439 3 0.7015 0.22589 0.024 0.392 0.584
#> SRR191440 2 0.9351 0.55214 0.256 0.516 0.228
#> SRR191441 2 0.7983 0.63256 0.108 0.636 0.256
#> SRR191442 3 0.6416 0.32452 0.008 0.376 0.616
#> SRR191443 3 0.3472 0.67436 0.040 0.056 0.904
#> SRR191444 3 0.5247 0.62095 0.008 0.224 0.768
#> SRR191445 2 0.7597 0.48213 0.048 0.568 0.384
#> SRR191446 2 0.6783 0.64617 0.116 0.744 0.140
#> SRR191447 2 0.7489 0.24917 0.036 0.496 0.468
#> SRR191448 1 0.1919 0.83122 0.956 0.020 0.024
#> SRR191449 3 0.6359 0.30519 0.008 0.364 0.628
#> SRR191450 1 0.7393 0.62941 0.704 0.140 0.156
#> SRR191451 3 0.1765 0.67579 0.004 0.040 0.956
#> SRR191452 2 0.8070 0.22967 0.064 0.468 0.468
#> SRR191453 3 0.7888 0.39033 0.196 0.140 0.664
#> SRR191454 2 0.8865 0.37709 0.120 0.476 0.404
#> SRR191455 3 0.7493 -0.22195 0.036 0.480 0.484
#> SRR191456 3 0.4136 0.67680 0.020 0.116 0.864
#> SRR191457 1 0.2050 0.82805 0.952 0.020 0.028
#> SRR191458 3 0.6693 0.57957 0.104 0.148 0.748
#> SRR191459 2 0.6647 0.46388 0.012 0.592 0.396
#> SRR191460 3 0.3983 0.66056 0.004 0.144 0.852
#> SRR191461 2 0.6045 0.46884 0.000 0.620 0.380
#> SRR191462 2 0.8994 0.56067 0.260 0.556 0.184
#> SRR191463 2 0.6954 0.55932 0.028 0.620 0.352
#> SRR191464 3 0.6897 0.05199 0.016 0.436 0.548
#> SRR191465 2 0.5635 0.63548 0.036 0.784 0.180
#> SRR191466 2 0.7839 0.22172 0.052 0.484 0.464
#> SRR191467 2 0.5793 0.62722 0.116 0.800 0.084
#> SRR191468 2 0.7983 0.63027 0.124 0.648 0.228
#> SRR191469 2 0.7962 0.52402 0.072 0.576 0.352
#> SRR191470 2 0.7145 0.63949 0.072 0.692 0.236
#> SRR191471 2 0.7640 0.53418 0.056 0.592 0.352
#> SRR191472 2 0.7971 0.63005 0.096 0.624 0.280
#> SRR191473 2 0.6104 0.50787 0.004 0.648 0.348
#> SRR191474 3 0.6521 0.40528 0.016 0.340 0.644
#> SRR191475 2 0.6673 0.62681 0.056 0.720 0.224
#> SRR191476 2 0.7835 0.64447 0.112 0.656 0.232
#> SRR191477 3 0.6381 0.38651 0.012 0.340 0.648
#> SRR191478 3 0.6008 0.29715 0.000 0.372 0.628
#> SRR191479 3 0.5377 0.62007 0.112 0.068 0.820
#> SRR191480 2 0.8759 0.47989 0.120 0.520 0.360
#> SRR191481 3 0.6813 -0.11078 0.012 0.468 0.520
#> SRR191482 2 0.6386 0.44147 0.004 0.584 0.412
#> SRR191483 2 0.6662 0.62453 0.044 0.704 0.252
#> SRR191484 1 0.5987 0.72366 0.756 0.208 0.036
#> SRR191485 2 0.6416 0.51509 0.008 0.616 0.376
#> SRR191486 3 0.7311 0.19538 0.036 0.384 0.580
#> SRR191487 2 0.7333 0.65394 0.116 0.704 0.180
#> SRR191488 1 0.5566 0.75646 0.812 0.108 0.080
#> SRR191489 3 0.9466 -0.15097 0.188 0.356 0.456
#> SRR191490 1 0.6420 0.62918 0.688 0.288 0.024
#> SRR191491 2 0.9355 0.43935 0.188 0.492 0.320
#> SRR191492 2 0.8777 0.56460 0.148 0.564 0.288
#> SRR191493 1 0.5506 0.77440 0.816 0.092 0.092
#> SRR191494 2 0.8805 0.56444 0.208 0.584 0.208
#> SRR191495 2 0.7990 0.41873 0.064 0.532 0.404
#> SRR191496 2 0.7705 0.32741 0.332 0.604 0.064
#> SRR191497 3 0.6647 0.07871 0.008 0.452 0.540
#> SRR191498 1 0.7592 0.63740 0.680 0.208 0.112
#> SRR191499 2 0.6661 0.44195 0.012 0.588 0.400
#> SRR191500 2 0.6565 0.37989 0.008 0.576 0.416
#> SRR191501 1 0.6154 0.68090 0.752 0.204 0.044
#> SRR191502 2 0.6204 0.38182 0.000 0.576 0.424
#> SRR191503 2 0.7543 0.64306 0.104 0.680 0.216
#> SRR191504 2 0.5667 0.64513 0.060 0.800 0.140
#> SRR191505 2 0.7287 0.58419 0.212 0.696 0.092
#> SRR191506 2 0.8623 0.53173 0.272 0.584 0.144
#> SRR191507 2 0.7690 0.06743 0.416 0.536 0.048
#> SRR191508 2 0.7164 0.64122 0.064 0.680 0.256
#> SRR191509 2 0.6280 0.31368 0.000 0.540 0.460
#> SRR191510 2 0.7123 0.51690 0.032 0.604 0.364
#> SRR191511 2 0.5595 0.63734 0.016 0.756 0.228
#> SRR191512 2 0.7065 0.39603 0.288 0.664 0.048
#> SRR191513 2 0.7209 0.18858 0.360 0.604 0.036
#> SRR191514 2 0.6757 0.64096 0.084 0.736 0.180
#> SRR191515 2 0.7082 0.65334 0.120 0.724 0.156
#> SRR191516 2 0.6910 0.63926 0.120 0.736 0.144
#> SRR191517 2 0.6291 0.27053 0.000 0.532 0.468
#> SRR191518 2 0.6280 0.28707 0.000 0.540 0.460
#> SRR191519 2 0.6107 0.64514 0.052 0.764 0.184
#> SRR191520 2 0.7620 0.63322 0.128 0.684 0.188
#> SRR191521 2 0.7024 0.64755 0.072 0.704 0.224
#> SRR191522 2 0.7213 0.63808 0.068 0.680 0.252
#> SRR191523 2 0.7495 0.60853 0.188 0.692 0.120
#> SRR191524 2 0.7890 0.48065 0.064 0.564 0.372
#> SRR191525 2 0.7213 0.52415 0.212 0.700 0.088
#> SRR191526 2 0.7884 0.48520 0.260 0.640 0.100
#> SRR191527 1 0.2903 0.82390 0.924 0.028 0.048
#> SRR191528 1 0.4925 0.78228 0.844 0.076 0.080
#> SRR191529 2 0.9014 0.31740 0.408 0.460 0.132
#> SRR191530 2 0.5576 0.63541 0.084 0.812 0.104
#> SRR191531 1 0.9118 0.33526 0.548 0.232 0.220
#> SRR191532 2 0.7698 0.55694 0.072 0.624 0.304
#> SRR191533 2 0.6895 0.52301 0.212 0.716 0.072
#> SRR191534 2 0.7277 0.42716 0.280 0.660 0.060
#> SRR191535 2 0.6355 0.61039 0.024 0.696 0.280
#> SRR191536 2 0.8883 0.55167 0.256 0.568 0.176
#> SRR191537 2 0.7657 0.64773 0.116 0.676 0.208
#> SRR191538 2 0.7022 0.63237 0.068 0.700 0.232
#> SRR191539 2 0.8212 0.58278 0.192 0.640 0.168
#> SRR191540 2 0.6950 0.62042 0.056 0.692 0.252
#> SRR191541 2 0.7123 0.50776 0.032 0.604 0.364
#> SRR191542 2 0.7199 0.53593 0.204 0.704 0.092
#> SRR191543 2 0.6222 0.60781 0.132 0.776 0.092
#> SRR191544 2 0.6138 0.64995 0.060 0.768 0.172
#> SRR191545 2 0.5823 0.64994 0.064 0.792 0.144
#> SRR191546 2 0.6008 0.52555 0.000 0.628 0.372
#> SRR191547 2 0.5905 0.65050 0.044 0.772 0.184
#> SRR191548 1 0.0661 0.82902 0.988 0.008 0.004
#> SRR191549 1 0.0000 0.82445 1.000 0.000 0.000
#> SRR191550 1 0.0000 0.82445 1.000 0.000 0.000
#> SRR191551 1 0.0592 0.82930 0.988 0.000 0.012
#> SRR191552 1 0.0592 0.82930 0.988 0.000 0.012
#> SRR191553 1 0.0237 0.82657 0.996 0.004 0.000
#> SRR191554 1 0.0000 0.82445 1.000 0.000 0.000
#> SRR191555 1 0.8765 0.37213 0.588 0.212 0.200
#> SRR191556 3 0.1267 0.66117 0.004 0.024 0.972
#> SRR191557 3 0.6742 0.51145 0.052 0.240 0.708
#> SRR191558 3 0.4473 0.64887 0.008 0.164 0.828
#> SRR191559 3 0.2590 0.67767 0.004 0.072 0.924
#> SRR191560 3 0.0661 0.66159 0.004 0.008 0.988
#> SRR191561 1 0.0237 0.82657 0.996 0.004 0.000
#> SRR191562 3 0.9718 -0.05639 0.260 0.288 0.452
#> SRR191563 3 0.4733 0.60947 0.004 0.196 0.800
#> SRR191564 3 0.5325 0.57293 0.004 0.248 0.748
#> SRR191565 3 0.1129 0.66250 0.004 0.020 0.976
#> SRR191566 3 0.1525 0.67117 0.004 0.032 0.964
#> SRR191567 3 0.4289 0.62995 0.092 0.040 0.868
#> SRR191568 3 0.2443 0.66204 0.032 0.028 0.940
#> SRR191569 3 0.0237 0.65876 0.000 0.004 0.996
#> SRR191570 3 0.1482 0.66183 0.012 0.020 0.968
#> SRR191571 3 0.0983 0.65982 0.004 0.016 0.980
#> SRR191572 1 0.0000 0.82445 1.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.1129 0.66220 0.004 0.020 0.976
#> SRR191574 3 0.8370 0.15386 0.416 0.084 0.500
#> SRR191575 3 0.7351 0.36827 0.268 0.068 0.664
#> SRR191576 3 0.1129 0.66427 0.004 0.020 0.976
#> SRR191577 3 0.1015 0.66193 0.008 0.012 0.980
#> SRR191578 2 0.9627 0.49898 0.220 0.452 0.328
#> SRR191579 1 0.0848 0.83036 0.984 0.008 0.008
#> SRR191580 1 0.0000 0.82445 1.000 0.000 0.000
#> SRR191581 1 0.0983 0.83068 0.980 0.016 0.004
#> SRR191582 1 0.1170 0.83179 0.976 0.016 0.008
#> SRR191583 1 0.6113 0.62879 0.688 0.300 0.012
#> SRR191584 1 0.0237 0.82596 0.996 0.004 0.000
#> SRR191585 3 0.7918 0.20026 0.076 0.328 0.596
#> SRR191586 2 0.6881 0.58392 0.032 0.648 0.320
#> SRR191587 3 0.3030 0.68008 0.004 0.092 0.904
#> SRR191588 3 0.2663 0.66916 0.024 0.044 0.932
#> SRR191589 3 0.1774 0.66375 0.024 0.016 0.960
#> SRR191590 3 0.5852 0.61207 0.044 0.180 0.776
#> SRR191591 3 0.3686 0.66414 0.000 0.140 0.860
#> SRR191592 3 0.4121 0.65113 0.000 0.168 0.832
#> SRR191593 3 0.2537 0.67798 0.000 0.080 0.920
#> SRR191594 1 0.2313 0.83025 0.944 0.032 0.024
#> SRR191595 3 0.1163 0.66908 0.000 0.028 0.972
#> SRR191596 3 0.6414 0.54051 0.036 0.248 0.716
#> SRR191597 3 0.5138 0.55392 0.000 0.252 0.748
#> SRR191598 3 0.2945 0.68060 0.004 0.088 0.908
#> SRR191599 3 0.9648 -0.02505 0.244 0.292 0.464
#> SRR191600 3 0.5845 0.45159 0.004 0.308 0.688
#> SRR191601 2 0.6521 0.21742 0.004 0.500 0.496
#> SRR191602 3 0.3340 0.66763 0.000 0.120 0.880
#> SRR191603 3 0.5982 0.39845 0.004 0.328 0.668
#> SRR191604 2 0.6451 0.48739 0.008 0.608 0.384
#> SRR191605 3 0.5754 0.48990 0.004 0.296 0.700
#> SRR191606 3 0.9517 0.05828 0.232 0.280 0.488
#> SRR191607 2 0.8982 0.51300 0.156 0.536 0.308
#> SRR191608 2 0.5974 0.64824 0.068 0.784 0.148
#> SRR191609 2 0.7692 0.63660 0.108 0.668 0.224
#> SRR191610 2 0.9134 0.42721 0.156 0.500 0.344
#> SRR191611 3 0.7555 -0.06966 0.040 0.440 0.520
#> SRR191612 3 0.4293 0.66387 0.004 0.164 0.832
#> SRR191613 1 0.5650 0.76896 0.808 0.108 0.084
#> SRR191614 3 0.4897 0.65419 0.016 0.172 0.812
#> SRR191615 3 0.1529 0.66825 0.000 0.040 0.960
#> SRR191616 1 0.2599 0.82917 0.932 0.052 0.016
#> SRR191617 2 0.9514 0.40532 0.364 0.444 0.192
#> SRR191618 1 0.9183 0.06418 0.484 0.360 0.156
#> SRR191619 2 0.7295 0.19325 0.028 0.492 0.480
#> SRR191620 3 0.8140 -0.22237 0.068 0.456 0.476
#> SRR191621 3 0.6286 0.00758 0.000 0.464 0.536
#> SRR191622 3 0.4750 0.60044 0.000 0.216 0.784
#> SRR191623 3 0.4555 0.63499 0.000 0.200 0.800
#> SRR191624 3 0.4146 0.66198 0.080 0.044 0.876
#> SRR191625 3 0.7274 -0.09343 0.028 0.452 0.520
#> SRR191626 2 0.6252 0.30320 0.000 0.556 0.444
#> SRR191627 3 0.6148 0.36881 0.004 0.356 0.640
#> SRR191628 2 0.8283 0.44835 0.084 0.536 0.380
#> SRR191629 3 0.4555 0.61305 0.000 0.200 0.800
#> SRR191630 1 0.2681 0.83067 0.932 0.040 0.028
#> SRR191631 3 0.6045 0.30228 0.000 0.380 0.620
#> SRR191632 2 0.8476 0.53604 0.108 0.560 0.332
#> SRR191633 2 0.7819 0.37973 0.052 0.508 0.440
#> SRR191634 1 0.2998 0.82618 0.916 0.068 0.016
#> SRR191635 3 0.4974 0.60575 0.000 0.236 0.764
#> SRR191636 1 0.2939 0.82489 0.916 0.072 0.012
#> SRR191637 1 0.6985 0.44126 0.592 0.384 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.3001 0.65562 0.008 0.024 0.896 0.072
#> SRR191394 1 0.6772 0.00195 0.604 0.024 0.304 0.068
#> SRR191396 3 0.3295 0.67263 0.008 0.072 0.884 0.036
#> SRR191397 3 0.2933 0.65502 0.012 0.012 0.896 0.080
#> SRR191398 1 0.5965 0.41143 0.748 0.072 0.124 0.056
#> SRR191399 3 0.5125 0.58104 0.008 0.160 0.768 0.064
#> SRR191400 3 0.5125 0.60605 0.076 0.024 0.792 0.108
#> SRR191401 3 0.5753 0.56384 0.136 0.024 0.748 0.092
#> SRR191402 3 0.1296 0.66246 0.004 0.004 0.964 0.028
#> SRR191403 3 0.3943 0.64775 0.032 0.024 0.856 0.088
#> SRR191404 3 0.4934 0.55749 0.000 0.252 0.720 0.028
#> SRR191405 3 0.2775 0.67642 0.000 0.084 0.896 0.020
#> SRR191406 3 0.3649 0.63762 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR191407 3 0.7045 0.47166 0.156 0.072 0.672 0.100
#> SRR191408 3 0.2494 0.67588 0.000 0.036 0.916 0.048
#> SRR191409 3 0.1452 0.66555 0.000 0.008 0.956 0.036
#> SRR191410 3 0.3307 0.66935 0.000 0.104 0.868 0.028
#> SRR191411 3 0.2739 0.68087 0.000 0.060 0.904 0.036
#> SRR191412 3 0.3095 0.65605 0.012 0.020 0.892 0.076
#> SRR191413 3 0.3574 0.64959 0.016 0.064 0.876 0.044
#> SRR191414 3 0.4991 0.60457 0.100 0.016 0.796 0.088
#> SRR191415 3 0.4399 0.59982 0.000 0.212 0.768 0.020
#> SRR191416 3 0.4030 0.65000 0.000 0.092 0.836 0.072
#> SRR191418 3 0.4338 0.66009 0.024 0.064 0.840 0.072
#> SRR191419 1 0.2634 0.60018 0.920 0.032 0.028 0.020
#> SRR191420 3 0.4359 0.66472 0.000 0.100 0.816 0.084
#> SRR191421 3 0.4599 0.66409 0.008 0.108 0.812 0.072
#> SRR191422 3 0.5827 0.38546 0.000 0.316 0.632 0.052
#> SRR191423 3 0.5231 0.54815 0.004 0.244 0.716 0.036
#> SRR191424 2 0.8776 -0.47996 0.276 0.364 0.040 0.320
#> SRR191425 3 0.4312 0.66118 0.000 0.132 0.812 0.056
#> SRR191426 2 0.5954 0.33968 0.004 0.580 0.380 0.036
#> SRR191427 3 0.7441 0.44608 0.080 0.244 0.608 0.068
#> SRR191428 3 0.7718 0.42261 0.148 0.148 0.620 0.084
#> SRR191429 2 0.5663 0.51743 0.000 0.676 0.264 0.060
#> SRR191430 3 0.6616 0.04462 0.008 0.436 0.496 0.060
#> SRR191431 3 0.6671 0.49493 0.024 0.264 0.636 0.076
#> SRR191432 2 0.5989 0.52218 0.000 0.656 0.264 0.080
#> SRR191433 2 0.7032 0.56030 0.016 0.608 0.252 0.124
#> SRR191434 3 0.8621 0.06387 0.100 0.336 0.456 0.108
#> SRR191435 3 0.4598 0.65250 0.004 0.160 0.792 0.044
#> SRR191436 3 0.5452 0.40576 0.000 0.360 0.616 0.024
#> SRR191437 1 0.9209 -0.38454 0.368 0.212 0.088 0.332
#> SRR191438 3 0.3969 0.62267 0.000 0.180 0.804 0.016
#> SRR191439 3 0.6282 0.20078 0.004 0.392 0.552 0.052
#> SRR191440 2 0.9502 0.10977 0.144 0.400 0.252 0.204
#> SRR191441 2 0.7973 0.50030 0.040 0.552 0.200 0.208
#> SRR191442 3 0.5812 0.45692 0.000 0.328 0.624 0.048
#> SRR191443 3 0.3257 0.67578 0.008 0.052 0.888 0.052
#> SRR191444 3 0.4141 0.67422 0.004 0.144 0.820 0.032
#> SRR191445 2 0.6932 0.28837 0.000 0.492 0.396 0.112
#> SRR191446 2 0.6632 0.50245 0.044 0.696 0.120 0.140
#> SRR191447 3 0.7756 -0.17805 0.024 0.416 0.436 0.124
#> SRR191448 1 0.5751 0.49340 0.760 0.040 0.092 0.108
#> SRR191449 3 0.6048 0.36091 0.008 0.368 0.588 0.036
#> SRR191450 1 0.8868 -0.15798 0.484 0.096 0.188 0.232
#> SRR191451 3 0.2032 0.67474 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR191452 3 0.8015 -0.17834 0.028 0.380 0.444 0.148
#> SRR191453 3 0.6927 0.49465 0.124 0.088 0.688 0.100
#> SRR191454 3 0.7893 0.40050 0.080 0.236 0.580 0.104
#> SRR191455 3 0.6730 0.20329 0.012 0.396 0.528 0.064
#> SRR191456 3 0.3304 0.68390 0.012 0.052 0.888 0.048
#> SRR191457 1 0.4714 0.54612 0.812 0.016 0.068 0.104
#> SRR191458 3 0.5456 0.60516 0.020 0.112 0.768 0.100
#> SRR191459 2 0.6371 0.30379 0.008 0.564 0.376 0.052
#> SRR191460 3 0.3280 0.66213 0.000 0.124 0.860 0.016
#> SRR191461 2 0.6134 0.13602 0.004 0.532 0.424 0.040
#> SRR191462 2 0.9092 0.24965 0.088 0.432 0.224 0.256
#> SRR191463 2 0.6790 0.49640 0.000 0.576 0.296 0.128
#> SRR191464 3 0.6240 -0.04015 0.004 0.452 0.500 0.044
#> SRR191465 2 0.5902 0.52104 0.000 0.696 0.120 0.184
#> SRR191466 3 0.7426 -0.02954 0.016 0.428 0.448 0.108
#> SRR191467 2 0.6350 0.40014 0.028 0.680 0.068 0.224
#> SRR191468 2 0.7615 0.53104 0.036 0.592 0.188 0.184
#> SRR191469 2 0.7615 0.14429 0.036 0.460 0.416 0.088
#> SRR191470 2 0.7020 0.56180 0.064 0.664 0.184 0.088
#> SRR191471 2 0.7414 0.45002 0.032 0.560 0.308 0.100
#> SRR191472 2 0.7610 0.54859 0.032 0.584 0.216 0.168
#> SRR191473 2 0.5861 0.47507 0.000 0.644 0.296 0.060
#> SRR191474 3 0.5826 0.35189 0.012 0.372 0.596 0.020
#> SRR191475 2 0.6001 0.56885 0.024 0.728 0.152 0.096
#> SRR191476 2 0.7002 0.52372 0.084 0.676 0.156 0.084
#> SRR191477 3 0.5284 0.16543 0.004 0.436 0.556 0.004
#> SRR191478 3 0.5708 0.14457 0.000 0.416 0.556 0.028
#> SRR191479 3 0.4351 0.66658 0.044 0.052 0.844 0.060
#> SRR191480 2 0.7092 0.52272 0.052 0.620 0.260 0.068
#> SRR191481 2 0.6372 0.23719 0.012 0.528 0.420 0.040
#> SRR191482 2 0.5954 0.31703 0.004 0.580 0.380 0.036
#> SRR191483 2 0.7090 0.54577 0.036 0.628 0.236 0.100
#> SRR191484 1 0.8620 -0.19540 0.432 0.140 0.072 0.356
#> SRR191485 2 0.5807 0.34262 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR191486 3 0.5837 0.54606 0.008 0.276 0.668 0.048
#> SRR191487 2 0.7595 0.47951 0.028 0.580 0.176 0.216
#> SRR191488 1 0.7564 0.24730 0.608 0.092 0.072 0.228
#> SRR191489 3 0.8529 0.34963 0.092 0.204 0.532 0.172
#> SRR191490 4 0.8077 -0.20452 0.404 0.144 0.032 0.420
#> SRR191491 3 0.9051 -0.05497 0.088 0.316 0.412 0.184
#> SRR191492 2 0.8994 0.34366 0.072 0.408 0.308 0.212
#> SRR191493 1 0.8101 0.02937 0.516 0.068 0.104 0.312
#> SRR191494 2 0.9185 0.09237 0.088 0.380 0.208 0.324
#> SRR191495 3 0.8088 0.14020 0.036 0.336 0.480 0.148
#> SRR191496 2 0.8541 -0.12178 0.108 0.436 0.088 0.368
#> SRR191497 3 0.5773 0.39130 0.004 0.376 0.592 0.028
#> SRR191498 1 0.9432 -0.31815 0.368 0.200 0.120 0.312
#> SRR191499 2 0.6951 0.07237 0.008 0.460 0.448 0.084
#> SRR191500 3 0.6852 0.20011 0.008 0.400 0.512 0.080
#> SRR191501 1 0.8033 -0.25373 0.404 0.188 0.016 0.392
#> SRR191502 2 0.6426 0.30616 0.000 0.536 0.392 0.072
#> SRR191503 2 0.7042 0.50354 0.044 0.660 0.136 0.160
#> SRR191504 2 0.5956 0.46517 0.000 0.680 0.100 0.220
#> SRR191505 2 0.6305 0.29879 0.060 0.696 0.040 0.204
#> SRR191506 2 0.8640 0.24839 0.108 0.516 0.140 0.236
#> SRR191507 2 0.8464 -0.22744 0.212 0.460 0.040 0.288
#> SRR191508 2 0.6691 0.55811 0.028 0.656 0.228 0.088
#> SRR191509 2 0.5808 0.24032 0.000 0.544 0.424 0.032
#> SRR191510 2 0.6960 0.25793 0.016 0.512 0.400 0.072
#> SRR191511 2 0.6414 0.56473 0.000 0.636 0.240 0.124
#> SRR191512 2 0.6571 0.09352 0.096 0.640 0.012 0.252
#> SRR191513 2 0.7629 -0.27638 0.144 0.456 0.012 0.388
#> SRR191514 2 0.6722 0.44968 0.020 0.648 0.104 0.228
#> SRR191515 2 0.6872 0.47736 0.028 0.648 0.108 0.216
#> SRR191516 2 0.7689 0.44170 0.048 0.596 0.200 0.156
#> SRR191517 2 0.5708 0.23435 0.000 0.556 0.416 0.028
#> SRR191518 2 0.5681 0.28641 0.000 0.568 0.404 0.028
#> SRR191519 2 0.6514 0.55627 0.012 0.672 0.164 0.152
#> SRR191520 2 0.7946 0.47746 0.052 0.572 0.192 0.184
#> SRR191521 2 0.7038 0.57336 0.020 0.632 0.188 0.160
#> SRR191522 2 0.7176 0.56835 0.012 0.600 0.208 0.180
#> SRR191523 2 0.7962 0.35144 0.060 0.536 0.108 0.296
#> SRR191524 3 0.7835 0.11862 0.048 0.384 0.476 0.092
#> SRR191525 2 0.7923 0.21002 0.112 0.572 0.072 0.244
#> SRR191526 2 0.7898 -0.02641 0.084 0.444 0.056 0.416
#> SRR191527 1 0.5906 0.49350 0.728 0.060 0.032 0.180
#> SRR191528 1 0.6849 0.40614 0.688 0.100 0.068 0.144
#> SRR191529 2 0.9442 -0.11565 0.192 0.424 0.160 0.224
#> SRR191530 2 0.6138 0.43234 0.032 0.716 0.076 0.176
#> SRR191531 1 0.9774 -0.35317 0.324 0.156 0.272 0.248
#> SRR191532 2 0.7219 0.51593 0.008 0.564 0.280 0.148
#> SRR191533 2 0.7903 0.12157 0.056 0.512 0.096 0.336
#> SRR191534 2 0.7586 -0.15334 0.120 0.484 0.020 0.376
#> SRR191535 2 0.7019 0.51711 0.028 0.612 0.268 0.092
#> SRR191536 2 0.8660 0.22086 0.092 0.484 0.136 0.288
#> SRR191537 2 0.7116 0.58342 0.028 0.628 0.216 0.128
#> SRR191538 2 0.6761 0.56330 0.020 0.660 0.176 0.144
#> SRR191539 2 0.7856 0.17127 0.080 0.524 0.068 0.328
#> SRR191540 2 0.6112 0.57258 0.000 0.676 0.196 0.128
#> SRR191541 2 0.6018 0.53382 0.008 0.668 0.260 0.064
#> SRR191542 2 0.8098 0.01698 0.080 0.460 0.076 0.384
#> SRR191543 2 0.7032 0.38403 0.032 0.620 0.092 0.256
#> SRR191544 2 0.5878 0.51656 0.028 0.744 0.108 0.120
#> SRR191545 2 0.6180 0.51360 0.024 0.716 0.112 0.148
#> SRR191546 2 0.5954 0.42002 0.000 0.604 0.344 0.052
#> SRR191547 2 0.7291 0.57686 0.016 0.596 0.200 0.188
#> SRR191548 1 0.1082 0.60465 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR191549 1 0.0336 0.59581 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR191550 1 0.0336 0.59581 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR191551 1 0.2301 0.60023 0.932 0.028 0.028 0.012
#> SRR191552 1 0.2422 0.60030 0.928 0.028 0.028 0.016
#> SRR191553 1 0.1059 0.60341 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR191554 1 0.0336 0.59581 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR191555 1 0.9406 -0.30946 0.360 0.100 0.252 0.288
#> SRR191556 3 0.1637 0.65704 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR191557 3 0.6119 0.58582 0.040 0.184 0.716 0.060
#> SRR191558 3 0.3504 0.68148 0.008 0.084 0.872 0.036
#> SRR191559 3 0.2830 0.67690 0.000 0.060 0.900 0.040
#> SRR191560 3 0.2207 0.66351 0.004 0.012 0.928 0.056
#> SRR191561 1 0.0927 0.60285 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR191562 3 0.8384 0.38533 0.156 0.152 0.564 0.128
#> SRR191563 3 0.4194 0.57146 0.000 0.228 0.764 0.008
#> SRR191564 3 0.4295 0.57606 0.000 0.240 0.752 0.008
#> SRR191565 3 0.1302 0.65770 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR191566 3 0.1920 0.67252 0.004 0.024 0.944 0.028
#> SRR191567 3 0.4277 0.64052 0.044 0.024 0.840 0.092
#> SRR191568 3 0.2761 0.65934 0.016 0.012 0.908 0.064
#> SRR191569 3 0.1820 0.66601 0.000 0.020 0.944 0.036
#> SRR191570 3 0.2515 0.66232 0.004 0.012 0.912 0.072
#> SRR191571 3 0.1798 0.66531 0.000 0.016 0.944 0.040
#> SRR191572 1 0.0469 0.60150 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.1576 0.65823 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR191574 3 0.6807 0.36824 0.264 0.020 0.624 0.092
#> SRR191575 3 0.5543 0.59039 0.104 0.028 0.768 0.100
#> SRR191576 3 0.1256 0.66480 0.000 0.008 0.964 0.028
#> SRR191577 3 0.1822 0.66192 0.004 0.008 0.944 0.044
#> SRR191578 2 0.8878 0.37201 0.116 0.440 0.324 0.120
#> SRR191579 1 0.0712 0.60238 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR191580 1 0.0657 0.59946 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR191581 1 0.2680 0.60035 0.912 0.048 0.004 0.036
#> SRR191582 1 0.2731 0.59966 0.912 0.032 0.008 0.048
#> SRR191583 1 0.7609 -0.24848 0.428 0.172 0.004 0.396
#> SRR191584 1 0.1042 0.60361 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR191585 3 0.8062 0.08114 0.072 0.364 0.480 0.084
#> SRR191586 2 0.7052 0.28565 0.012 0.528 0.368 0.092
#> SRR191587 3 0.3093 0.67558 0.004 0.092 0.884 0.020
#> SRR191588 3 0.3146 0.67008 0.016 0.032 0.896 0.056
#> SRR191589 3 0.2586 0.66300 0.008 0.012 0.912 0.068
#> SRR191590 3 0.4889 0.66968 0.024 0.080 0.808 0.088
#> SRR191591 3 0.2867 0.66780 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR191592 3 0.3325 0.66923 0.000 0.112 0.864 0.024
#> SRR191593 3 0.2965 0.67451 0.000 0.072 0.892 0.036
#> SRR191594 1 0.3329 0.58470 0.880 0.044 0.004 0.072
#> SRR191595 3 0.1929 0.66904 0.000 0.024 0.940 0.036
#> SRR191596 3 0.5935 0.62220 0.024 0.132 0.736 0.108
#> SRR191597 3 0.5038 0.39251 0.000 0.336 0.652 0.012
#> SRR191598 3 0.2742 0.67989 0.000 0.076 0.900 0.024
#> SRR191599 3 0.7973 0.43854 0.132 0.120 0.604 0.144
#> SRR191600 3 0.5220 0.35420 0.000 0.352 0.632 0.016
#> SRR191601 3 0.6292 0.16986 0.000 0.416 0.524 0.060
#> SRR191602 3 0.3694 0.66005 0.000 0.124 0.844 0.032
#> SRR191603 3 0.5882 0.36825 0.000 0.344 0.608 0.048
#> SRR191604 2 0.5957 0.35186 0.000 0.588 0.364 0.048
#> SRR191605 3 0.5458 0.56905 0.000 0.236 0.704 0.060
#> SRR191606 3 0.8087 0.43041 0.120 0.128 0.592 0.160
#> SRR191607 2 0.8851 0.19892 0.068 0.380 0.372 0.180
#> SRR191608 2 0.6447 0.53542 0.016 0.684 0.164 0.136
#> SRR191609 2 0.8149 0.44814 0.048 0.528 0.260 0.164
#> SRR191610 3 0.9160 -0.05922 0.092 0.316 0.396 0.196
#> SRR191611 3 0.7857 0.16707 0.036 0.348 0.496 0.120
#> SRR191612 3 0.4057 0.66441 0.000 0.152 0.816 0.032
#> SRR191613 1 0.8699 -0.17359 0.476 0.096 0.132 0.296
#> SRR191614 3 0.4199 0.64870 0.000 0.164 0.804 0.032
#> SRR191615 3 0.2310 0.66769 0.004 0.040 0.928 0.028
#> SRR191616 1 0.5862 0.40690 0.664 0.048 0.008 0.280
#> SRR191617 2 0.9742 0.05442 0.196 0.368 0.232 0.204
#> SRR191618 4 0.9963 0.22795 0.248 0.248 0.216 0.288
#> SRR191619 2 0.6684 0.27691 0.008 0.524 0.400 0.068
#> SRR191620 3 0.6734 0.06371 0.008 0.436 0.488 0.068
#> SRR191621 2 0.6192 0.16601 0.000 0.512 0.436 0.052
#> SRR191622 3 0.4610 0.57592 0.000 0.236 0.744 0.020
#> SRR191623 3 0.4553 0.63521 0.000 0.180 0.780 0.040
#> SRR191624 3 0.4568 0.66558 0.028 0.060 0.828 0.084
#> SRR191625 2 0.6071 0.13869 0.000 0.504 0.452 0.044
#> SRR191626 2 0.5326 0.31463 0.000 0.604 0.380 0.016
#> SRR191627 3 0.5404 0.03946 0.000 0.476 0.512 0.012
#> SRR191628 3 0.8136 0.18192 0.060 0.332 0.496 0.112
#> SRR191629 3 0.4364 0.58288 0.000 0.220 0.764 0.016
#> SRR191630 1 0.4080 0.57232 0.848 0.048 0.016 0.088
#> SRR191631 3 0.5277 0.08422 0.000 0.460 0.532 0.008
#> SRR191632 3 0.8137 0.21150 0.052 0.320 0.500 0.128
#> SRR191633 2 0.6082 0.00231 0.000 0.480 0.476 0.044
#> SRR191634 1 0.6179 0.33110 0.612 0.060 0.004 0.324
#> SRR191635 3 0.4540 0.61779 0.000 0.196 0.772 0.032
#> SRR191636 1 0.6222 0.34416 0.616 0.080 0.000 0.304
#> SRR191637 2 0.8515 -0.48487 0.296 0.372 0.024 0.308
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.2710 0.6933 0.000 0.008 0.892 0.064 0.036
#> SRR191394 1 0.7269 0.0271 0.436 0.012 0.388 0.040 0.124
#> SRR191396 3 0.3987 0.7133 0.008 0.136 0.808 0.044 0.004
#> SRR191397 3 0.2228 0.6940 0.000 0.000 0.912 0.048 0.040
#> SRR191398 1 0.6572 0.5178 0.660 0.024 0.140 0.060 0.116
#> SRR191399 3 0.5254 0.6511 0.000 0.132 0.732 0.100 0.036
#> SRR191400 3 0.4323 0.6327 0.024 0.000 0.800 0.088 0.088
#> SRR191401 3 0.4009 0.6489 0.016 0.004 0.824 0.084 0.072
#> SRR191402 3 0.3386 0.7216 0.000 0.068 0.856 0.064 0.012
#> SRR191403 3 0.3412 0.6752 0.000 0.012 0.852 0.088 0.048
#> SRR191404 3 0.4905 0.4699 0.000 0.336 0.624 0.040 0.000
#> SRR191405 3 0.4523 0.6938 0.000 0.160 0.764 0.064 0.012
#> SRR191406 3 0.4644 0.6046 0.000 0.280 0.680 0.040 0.000
#> SRR191407 3 0.5489 0.5916 0.044 0.032 0.752 0.092 0.080
#> SRR191408 3 0.2228 0.7242 0.000 0.056 0.916 0.020 0.008
#> SRR191409 3 0.3373 0.7146 0.000 0.092 0.848 0.056 0.004
#> SRR191410 3 0.4424 0.6493 0.000 0.224 0.728 0.048 0.000
#> SRR191411 3 0.3412 0.7121 0.000 0.152 0.820 0.028 0.000
#> SRR191412 3 0.2766 0.6950 0.000 0.012 0.892 0.056 0.040
#> SRR191413 3 0.4046 0.7097 0.000 0.060 0.820 0.092 0.028
#> SRR191414 3 0.3674 0.6743 0.024 0.016 0.856 0.068 0.036
#> SRR191415 3 0.5099 0.4851 0.000 0.336 0.612 0.052 0.000
#> SRR191416 3 0.4428 0.6963 0.000 0.160 0.756 0.084 0.000
#> SRR191418 3 0.3617 0.7106 0.016 0.064 0.860 0.032 0.028
#> SRR191419 1 0.3005 0.7657 0.880 0.000 0.020 0.032 0.068
#> SRR191420 3 0.3923 0.6947 0.000 0.040 0.812 0.132 0.016
#> SRR191421 3 0.4238 0.6980 0.000 0.056 0.804 0.112 0.028
#> SRR191422 3 0.5979 0.0689 0.000 0.428 0.488 0.068 0.016
#> SRR191423 3 0.5459 0.4284 0.000 0.352 0.588 0.048 0.012
#> SRR191424 5 0.7376 0.0710 0.076 0.228 0.008 0.148 0.540
#> SRR191425 3 0.5359 0.6853 0.000 0.172 0.696 0.120 0.012
#> SRR191426 2 0.2880 0.5360 0.000 0.868 0.108 0.020 0.004
#> SRR191427 3 0.6960 0.4902 0.024 0.248 0.584 0.048 0.096
#> SRR191428 3 0.6339 0.6123 0.032 0.156 0.664 0.024 0.124
#> SRR191429 2 0.3656 0.4980 0.000 0.844 0.080 0.052 0.024
#> SRR191430 2 0.5785 0.4248 0.000 0.608 0.296 0.080 0.016
#> SRR191431 3 0.5355 0.3819 0.000 0.352 0.596 0.016 0.036
#> SRR191432 2 0.3012 0.5030 0.000 0.872 0.072 0.052 0.004
#> SRR191433 2 0.5882 0.4374 0.008 0.676 0.112 0.180 0.024
#> SRR191434 3 0.8128 0.0307 0.044 0.336 0.412 0.048 0.160
#> SRR191435 3 0.4907 0.6452 0.000 0.264 0.680 0.052 0.004
#> SRR191436 3 0.5791 0.2352 0.000 0.448 0.472 0.076 0.004
#> SRR191437 5 0.7632 0.3425 0.092 0.108 0.068 0.140 0.592
#> SRR191438 3 0.5178 0.5760 0.000 0.280 0.652 0.064 0.004
#> SRR191439 2 0.5862 0.2568 0.008 0.552 0.380 0.036 0.024
#> SRR191440 2 0.8999 -0.1896 0.040 0.368 0.240 0.156 0.196
#> SRR191441 2 0.6987 -0.1804 0.000 0.544 0.068 0.264 0.124
#> SRR191442 3 0.5680 0.2900 0.000 0.428 0.492 0.080 0.000
#> SRR191443 3 0.3160 0.7118 0.004 0.048 0.868 0.076 0.004
#> SRR191444 3 0.5835 0.6361 0.000 0.228 0.644 0.108 0.020
#> SRR191445 2 0.5831 0.4608 0.000 0.632 0.268 0.064 0.036
#> SRR191446 2 0.6199 0.3784 0.008 0.656 0.060 0.204 0.072
#> SRR191447 2 0.6988 0.3539 0.008 0.512 0.336 0.084 0.060
#> SRR191448 1 0.6395 0.4669 0.608 0.008 0.092 0.036 0.256
#> SRR191449 2 0.6108 -0.0523 0.000 0.456 0.432 0.108 0.004
#> SRR191450 5 0.8171 0.1769 0.292 0.028 0.292 0.040 0.348
#> SRR191451 3 0.2359 0.7180 0.000 0.036 0.904 0.060 0.000
#> SRR191452 2 0.6737 0.3023 0.000 0.484 0.380 0.064 0.072
#> SRR191453 3 0.5715 0.5953 0.040 0.068 0.736 0.044 0.112
#> SRR191454 3 0.7476 0.3859 0.008 0.192 0.548 0.148 0.104
#> SRR191455 2 0.6293 0.1795 0.004 0.472 0.436 0.040 0.048
#> SRR191456 3 0.3256 0.7252 0.004 0.068 0.872 0.032 0.024
#> SRR191457 1 0.6049 0.5405 0.636 0.000 0.072 0.052 0.240
#> SRR191458 3 0.5066 0.6852 0.000 0.112 0.756 0.064 0.068
#> SRR191459 2 0.4291 0.5414 0.000 0.788 0.140 0.056 0.016
#> SRR191460 3 0.5097 0.6740 0.000 0.204 0.712 0.064 0.020
#> SRR191461 2 0.5337 0.5007 0.004 0.668 0.228 0.100 0.000
#> SRR191462 2 0.8648 -0.4130 0.012 0.348 0.168 0.284 0.188
#> SRR191463 2 0.5098 0.4756 0.000 0.740 0.132 0.100 0.028
#> SRR191464 2 0.4751 0.5095 0.000 0.692 0.264 0.036 0.008
#> SRR191465 2 0.4785 0.3504 0.000 0.732 0.052 0.200 0.016
#> SRR191466 2 0.7123 0.1993 0.000 0.440 0.320 0.216 0.024
#> SRR191467 2 0.5274 0.1757 0.000 0.664 0.008 0.256 0.072
#> SRR191468 2 0.6283 0.2743 0.008 0.644 0.060 0.216 0.072
#> SRR191469 2 0.7166 0.3932 0.004 0.504 0.284 0.168 0.040
#> SRR191470 2 0.5017 0.4626 0.012 0.776 0.076 0.084 0.052
#> SRR191471 2 0.4377 0.5392 0.004 0.796 0.128 0.028 0.044
#> SRR191472 2 0.6008 0.2026 0.000 0.664 0.056 0.188 0.092
#> SRR191473 2 0.3870 0.4991 0.000 0.820 0.092 0.080 0.008
#> SRR191474 2 0.5604 0.0518 0.004 0.520 0.424 0.044 0.008
#> SRR191475 2 0.3538 0.3865 0.000 0.848 0.016 0.080 0.056
#> SRR191476 2 0.4780 0.4040 0.008 0.784 0.048 0.052 0.108
#> SRR191477 2 0.4536 0.3880 0.000 0.640 0.344 0.008 0.008
#> SRR191478 2 0.4874 0.4482 0.000 0.632 0.328 0.040 0.000
#> SRR191479 3 0.4205 0.7007 0.016 0.056 0.828 0.068 0.032
#> SRR191480 2 0.6424 0.4559 0.004 0.644 0.128 0.164 0.060
#> SRR191481 2 0.4032 0.5382 0.000 0.792 0.164 0.024 0.020
#> SRR191482 2 0.4155 0.5402 0.000 0.796 0.140 0.048 0.016
#> SRR191483 2 0.3771 0.4997 0.004 0.844 0.048 0.076 0.028
#> SRR191484 5 0.8130 0.4298 0.172 0.048 0.064 0.224 0.492
#> SRR191485 2 0.4482 0.5383 0.000 0.752 0.160 0.088 0.000
#> SRR191486 3 0.6399 0.5592 0.004 0.264 0.588 0.120 0.024
#> SRR191487 2 0.6439 0.2010 0.000 0.532 0.036 0.344 0.088
#> SRR191488 1 0.7441 -0.0162 0.420 0.016 0.064 0.096 0.404
#> SRR191489 3 0.7597 0.4669 0.020 0.128 0.536 0.232 0.084
#> SRR191490 5 0.5754 0.4722 0.128 0.048 0.032 0.064 0.728
#> SRR191491 3 0.8088 0.0379 0.016 0.196 0.388 0.332 0.068
#> SRR191492 2 0.8283 0.1572 0.008 0.380 0.168 0.316 0.128
#> SRR191493 5 0.6666 0.4061 0.216 0.032 0.080 0.044 0.628
#> SRR191494 4 0.8899 0.4084 0.024 0.296 0.164 0.316 0.200
#> SRR191495 3 0.8205 -0.0873 0.008 0.320 0.336 0.256 0.080
#> SRR191496 5 0.7801 -0.4107 0.012 0.260 0.036 0.320 0.372
#> SRR191497 3 0.6569 0.2269 0.000 0.348 0.464 0.184 0.004
#> SRR191498 5 0.9076 0.2301 0.116 0.120 0.120 0.228 0.416
#> SRR191499 2 0.6483 0.3337 0.004 0.508 0.296 0.192 0.000
#> SRR191500 2 0.7016 0.2424 0.004 0.456 0.332 0.192 0.016
#> SRR191501 5 0.6376 0.4256 0.136 0.032 0.020 0.156 0.656
#> SRR191502 2 0.5281 0.5285 0.000 0.680 0.224 0.088 0.008
#> SRR191503 2 0.6280 0.2902 0.008 0.640 0.032 0.200 0.120
#> SRR191504 2 0.5337 0.2179 0.000 0.668 0.016 0.252 0.064
#> SRR191505 2 0.5786 0.0604 0.000 0.584 0.008 0.320 0.088
#> SRR191506 2 0.8486 -0.3419 0.040 0.428 0.080 0.236 0.216
#> SRR191507 5 0.7952 -0.3608 0.032 0.312 0.020 0.304 0.332
#> SRR191508 2 0.5670 0.4838 0.016 0.720 0.116 0.116 0.032
#> SRR191509 2 0.3280 0.5360 0.000 0.812 0.176 0.012 0.000
#> SRR191510 2 0.5918 0.5041 0.004 0.644 0.208 0.132 0.012
#> SRR191511 2 0.4968 0.4172 0.000 0.740 0.104 0.140 0.016
#> SRR191512 2 0.6988 -0.3428 0.016 0.456 0.004 0.340 0.184
#> SRR191513 4 0.6919 0.2158 0.024 0.164 0.000 0.448 0.364
#> SRR191514 2 0.5981 0.0746 0.004 0.576 0.048 0.340 0.032
#> SRR191515 2 0.6089 0.2575 0.008 0.628 0.040 0.264 0.060
#> SRR191516 2 0.7453 0.1714 0.008 0.480 0.104 0.324 0.084
#> SRR191517 2 0.3368 0.5426 0.000 0.820 0.156 0.024 0.000
#> SRR191518 2 0.2824 0.5349 0.000 0.864 0.116 0.020 0.000
#> SRR191519 2 0.4605 0.3593 0.000 0.732 0.040 0.216 0.012
#> SRR191520 2 0.7708 0.1713 0.004 0.432 0.100 0.340 0.124
#> SRR191521 2 0.5746 0.3739 0.008 0.692 0.048 0.192 0.060
#> SRR191522 2 0.5648 0.3643 0.000 0.692 0.084 0.180 0.044
#> SRR191523 2 0.7082 -0.2953 0.012 0.484 0.044 0.360 0.100
#> SRR191524 3 0.7737 -0.0632 0.012 0.376 0.412 0.112 0.088
#> SRR191525 2 0.7129 -0.3099 0.016 0.524 0.020 0.240 0.200
#> SRR191526 4 0.7524 0.5318 0.008 0.264 0.044 0.472 0.212
#> SRR191527 1 0.5847 0.3408 0.560 0.000 0.036 0.040 0.364
#> SRR191528 1 0.7546 0.1345 0.456 0.040 0.032 0.116 0.356
#> SRR191529 2 0.9035 -0.3623 0.044 0.344 0.152 0.176 0.284
#> SRR191530 2 0.5255 0.2305 0.000 0.672 0.008 0.244 0.076
#> SRR191531 5 0.9085 0.1840 0.116 0.072 0.276 0.168 0.368
#> SRR191532 2 0.6711 0.2726 0.000 0.584 0.144 0.220 0.052
#> SRR191533 4 0.7826 0.4039 0.012 0.324 0.060 0.424 0.180
#> SRR191534 4 0.7426 0.4211 0.016 0.264 0.012 0.416 0.292
#> SRR191535 2 0.4129 0.5138 0.012 0.824 0.096 0.044 0.024
#> SRR191536 2 0.8394 -0.3897 0.012 0.372 0.104 0.284 0.228
#> SRR191537 2 0.6088 0.3393 0.004 0.640 0.064 0.240 0.052
#> SRR191538 2 0.5579 0.3569 0.000 0.708 0.048 0.148 0.096
#> SRR191539 4 0.7801 0.5106 0.012 0.352 0.048 0.388 0.200
#> SRR191540 2 0.6041 0.3714 0.000 0.644 0.064 0.228 0.064
#> SRR191541 2 0.5084 0.4813 0.000 0.744 0.096 0.128 0.032
#> SRR191542 4 0.7916 0.5389 0.012 0.300 0.060 0.420 0.208
#> SRR191543 2 0.6203 -0.0634 0.008 0.568 0.024 0.332 0.068
#> SRR191544 2 0.5211 0.3400 0.004 0.700 0.012 0.216 0.068
#> SRR191545 2 0.5149 0.3509 0.000 0.696 0.028 0.232 0.044
#> SRR191546 2 0.3477 0.5330 0.000 0.824 0.136 0.040 0.000
#> SRR191547 2 0.6161 0.4121 0.000 0.612 0.112 0.248 0.028
#> SRR191548 1 0.0693 0.7804 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR191549 1 0.0566 0.7756 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR191550 1 0.0566 0.7756 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR191551 1 0.2844 0.7678 0.888 0.000 0.016 0.032 0.064
#> SRR191552 1 0.3079 0.7695 0.876 0.000 0.016 0.044 0.064
#> SRR191553 1 0.1522 0.7753 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR191554 1 0.0566 0.7756 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR191555 5 0.8835 0.2951 0.120 0.048 0.244 0.184 0.404
#> SRR191556 3 0.2283 0.7213 0.000 0.036 0.916 0.040 0.008
#> SRR191557 3 0.6678 0.5661 0.004 0.240 0.584 0.132 0.040
#> SRR191558 3 0.3548 0.7256 0.000 0.112 0.836 0.044 0.008
#> SRR191559 3 0.4503 0.6964 0.000 0.140 0.768 0.084 0.008
#> SRR191560 3 0.2577 0.7205 0.000 0.084 0.892 0.016 0.008
#> SRR191561 1 0.0807 0.7743 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR191562 3 0.7642 0.5102 0.040 0.128 0.568 0.180 0.084
#> SRR191563 3 0.5237 0.5349 0.000 0.300 0.628 0.072 0.000
#> SRR191564 3 0.5382 0.4556 0.000 0.336 0.592 0.072 0.000
#> SRR191565 3 0.1412 0.7064 0.000 0.008 0.952 0.036 0.004
#> SRR191566 3 0.2387 0.7217 0.000 0.048 0.908 0.040 0.004
#> SRR191567 3 0.3621 0.6630 0.012 0.008 0.848 0.088 0.044
#> SRR191568 3 0.2471 0.6945 0.004 0.012 0.908 0.060 0.016
#> SRR191569 3 0.3019 0.7189 0.000 0.088 0.864 0.048 0.000
#> SRR191570 3 0.2551 0.7181 0.000 0.044 0.904 0.040 0.012
#> SRR191571 3 0.3629 0.7179 0.000 0.092 0.832 0.072 0.004
#> SRR191572 1 0.0807 0.7778 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR191573 3 0.2654 0.7222 0.000 0.056 0.896 0.040 0.008
#> SRR191574 3 0.5454 0.5649 0.120 0.012 0.736 0.036 0.096
#> SRR191575 3 0.3754 0.6893 0.012 0.028 0.852 0.060 0.048
#> SRR191576 3 0.2504 0.7233 0.000 0.064 0.900 0.032 0.004
#> SRR191577 3 0.2228 0.7155 0.000 0.040 0.912 0.048 0.000
#> SRR191578 2 0.6843 0.3837 0.016 0.564 0.208 0.016 0.196
#> SRR191579 1 0.0992 0.7807 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR191580 1 0.0693 0.7773 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR191581 1 0.2237 0.7636 0.904 0.000 0.004 0.008 0.084
#> SRR191582 1 0.2414 0.7653 0.900 0.000 0.012 0.008 0.080
#> SRR191583 5 0.5594 0.4592 0.180 0.060 0.004 0.052 0.704
#> SRR191584 1 0.1251 0.7792 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR191585 2 0.7248 0.3064 0.012 0.500 0.324 0.108 0.056
#> SRR191586 2 0.6933 0.4235 0.000 0.536 0.244 0.180 0.040
#> SRR191587 3 0.4691 0.6750 0.000 0.184 0.736 0.076 0.004
#> SRR191588 3 0.2376 0.7137 0.004 0.024 0.916 0.044 0.012
#> SRR191589 3 0.2321 0.7254 0.000 0.044 0.916 0.016 0.024
#> SRR191590 3 0.3665 0.7023 0.004 0.032 0.844 0.096 0.024
#> SRR191591 3 0.4393 0.6839 0.000 0.168 0.756 0.076 0.000
#> SRR191592 3 0.4864 0.6822 0.000 0.164 0.720 0.116 0.000
#> SRR191593 3 0.4473 0.7055 0.000 0.116 0.768 0.112 0.004
#> SRR191594 1 0.3124 0.7451 0.844 0.004 0.016 0.000 0.136
#> SRR191595 3 0.2445 0.7255 0.000 0.056 0.908 0.020 0.016
#> SRR191596 3 0.5267 0.6612 0.000 0.068 0.732 0.148 0.052
#> SRR191597 3 0.4740 0.1787 0.000 0.468 0.516 0.016 0.000
#> SRR191598 3 0.2735 0.7265 0.000 0.084 0.880 0.036 0.000
#> SRR191599 3 0.6770 0.4827 0.016 0.052 0.612 0.212 0.108
#> SRR191600 2 0.5302 0.1458 0.000 0.536 0.412 0.052 0.000
#> SRR191601 2 0.5989 0.3212 0.000 0.536 0.336 0.128 0.000
#> SRR191602 3 0.5036 0.6590 0.000 0.200 0.704 0.092 0.004
#> SRR191603 3 0.5819 0.1144 0.000 0.452 0.456 0.092 0.000
#> SRR191604 2 0.3193 0.5359 0.000 0.840 0.132 0.028 0.000
#> SRR191605 3 0.5937 0.4855 0.000 0.300 0.564 0.136 0.000
#> SRR191606 3 0.6764 0.5274 0.016 0.060 0.620 0.200 0.104
#> SRR191607 2 0.8415 0.1842 0.008 0.400 0.180 0.252 0.160
#> SRR191608 2 0.6422 0.3105 0.000 0.564 0.048 0.308 0.080
#> SRR191609 2 0.7026 0.3191 0.004 0.552 0.088 0.268 0.088
#> SRR191610 4 0.8844 -0.1022 0.012 0.252 0.248 0.296 0.192
#> SRR191611 2 0.7713 0.2965 0.004 0.428 0.284 0.228 0.056
#> SRR191612 3 0.5237 0.6384 0.000 0.236 0.664 0.100 0.000
#> SRR191613 5 0.8475 0.4184 0.200 0.024 0.168 0.160 0.448
#> SRR191614 3 0.4815 0.6237 0.000 0.244 0.692 0.064 0.000
#> SRR191615 3 0.3788 0.7165 0.000 0.104 0.820 0.072 0.004
#> SRR191616 5 0.5205 0.1890 0.348 0.020 0.012 0.008 0.612
#> SRR191617 2 0.7486 0.0544 0.036 0.512 0.104 0.048 0.300
#> SRR191618 5 0.9095 0.1214 0.056 0.152 0.200 0.208 0.384
#> SRR191619 2 0.5024 0.5326 0.000 0.700 0.232 0.052 0.016
#> SRR191620 2 0.6639 0.2547 0.000 0.488 0.372 0.108 0.032
#> SRR191621 2 0.3993 0.5315 0.000 0.756 0.216 0.028 0.000
#> SRR191622 3 0.5393 0.5198 0.000 0.312 0.608 0.080 0.000
#> SRR191623 3 0.5506 0.6390 0.000 0.236 0.656 0.100 0.008
#> SRR191624 3 0.4095 0.7079 0.012 0.044 0.832 0.076 0.036
#> SRR191625 2 0.4223 0.5253 0.000 0.724 0.248 0.028 0.000
#> SRR191626 2 0.4662 0.5373 0.000 0.736 0.168 0.096 0.000
#> SRR191627 2 0.5171 0.5102 0.000 0.648 0.276 0.076 0.000
#> SRR191628 3 0.7976 -0.0101 0.004 0.320 0.392 0.200 0.084
#> SRR191629 3 0.5188 0.5035 0.000 0.328 0.612 0.060 0.000
#> SRR191630 1 0.3433 0.7280 0.832 0.004 0.032 0.000 0.132
#> SRR191631 2 0.4360 0.4951 0.000 0.680 0.300 0.020 0.000
#> SRR191632 2 0.7617 0.0800 0.000 0.396 0.356 0.180 0.068
#> SRR191633 2 0.6087 0.4343 0.000 0.540 0.332 0.124 0.004
#> SRR191634 5 0.4301 0.3460 0.244 0.020 0.000 0.008 0.728
#> SRR191635 3 0.5640 0.5374 0.000 0.276 0.608 0.116 0.000
#> SRR191636 5 0.4477 0.2793 0.288 0.016 0.000 0.008 0.688
#> SRR191637 5 0.7308 -0.0312 0.080 0.280 0.008 0.108 0.524
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 6 0.3972 0.75907 0.000 0.012 0.320 0.000 0.004 0.664
#> SRR191394 6 0.7338 0.07909 0.324 0.004 0.132 0.016 0.100 0.424
#> SRR191396 3 0.4447 0.12603 0.004 0.036 0.680 0.000 0.008 0.272
#> SRR191397 6 0.3592 0.75090 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR191398 1 0.6315 0.47852 0.628 0.024 0.036 0.020 0.108 0.184
#> SRR191399 3 0.6372 -0.19978 0.000 0.064 0.532 0.048 0.036 0.320
#> SRR191400 6 0.5358 0.72992 0.028 0.004 0.272 0.000 0.072 0.624
#> SRR191401 6 0.4942 0.75878 0.016 0.008 0.304 0.000 0.040 0.632
#> SRR191402 3 0.3515 -0.06557 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR191403 6 0.5072 0.75721 0.012 0.012 0.320 0.000 0.044 0.612
#> SRR191404 3 0.3518 0.52300 0.000 0.092 0.804 0.000 0.000 0.104
#> SRR191405 3 0.3243 0.42064 0.012 0.020 0.828 0.000 0.004 0.136
#> SRR191406 3 0.2705 0.53931 0.000 0.072 0.872 0.000 0.004 0.052
#> SRR191407 6 0.6313 0.70946 0.036 0.012 0.236 0.052 0.056 0.608
#> SRR191408 3 0.4724 -0.43698 0.000 0.008 0.504 0.012 0.012 0.464
#> SRR191409 3 0.3126 0.15839 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR191410 3 0.2983 0.46861 0.000 0.032 0.832 0.000 0.000 0.136
#> SRR191411 3 0.3796 0.34758 0.000 0.032 0.768 0.000 0.012 0.188
#> SRR191412 6 0.3883 0.75590 0.000 0.012 0.332 0.000 0.000 0.656
#> SRR191413 3 0.5382 -0.55438 0.000 0.032 0.468 0.012 0.024 0.464
#> SRR191414 6 0.4749 0.74921 0.036 0.000 0.264 0.000 0.032 0.668
#> SRR191415 3 0.3086 0.53929 0.000 0.080 0.852 0.000 0.012 0.056
#> SRR191416 3 0.3858 0.31935 0.000 0.032 0.760 0.012 0.000 0.196
#> SRR191418 3 0.5734 -0.50957 0.004 0.024 0.460 0.004 0.064 0.444
#> SRR191419 1 0.3159 0.79425 0.856 0.000 0.004 0.016 0.064 0.060
#> SRR191420 6 0.4955 0.65218 0.000 0.004 0.420 0.056 0.000 0.520
#> SRR191421 6 0.5243 0.70200 0.012 0.004 0.388 0.040 0.008 0.548
#> SRR191422 3 0.6324 0.37641 0.000 0.216 0.596 0.076 0.020 0.092
#> SRR191423 3 0.5529 0.50602 0.000 0.160 0.652 0.032 0.004 0.152
#> SRR191424 5 0.7152 -0.03009 0.024 0.224 0.056 0.184 0.504 0.008
#> SRR191425 3 0.3989 0.41190 0.000 0.028 0.808 0.040 0.020 0.104
#> SRR191426 2 0.5000 0.28016 0.004 0.508 0.448 0.020 0.012 0.008
#> SRR191427 3 0.7489 0.02625 0.008 0.100 0.480 0.044 0.100 0.268
#> SRR191428 3 0.6865 0.08182 0.016 0.044 0.540 0.020 0.136 0.244
#> SRR191429 2 0.3536 0.52278 0.000 0.736 0.252 0.008 0.004 0.000
#> SRR191430 3 0.4181 0.39309 0.000 0.256 0.704 0.028 0.000 0.012
#> SRR191431 3 0.5844 0.48656 0.000 0.204 0.636 0.024 0.032 0.104
#> SRR191432 2 0.4066 0.51003 0.000 0.752 0.196 0.036 0.004 0.012
#> SRR191433 2 0.5844 0.43825 0.016 0.580 0.252 0.144 0.008 0.000
#> SRR191434 3 0.6941 0.31253 0.020 0.208 0.560 0.032 0.140 0.040
#> SRR191435 3 0.4062 0.51279 0.000 0.084 0.792 0.008 0.016 0.100
#> SRR191436 3 0.3239 0.51531 0.000 0.164 0.808 0.000 0.004 0.024
#> SRR191437 5 0.7517 0.37477 0.048 0.104 0.072 0.144 0.568 0.064
#> SRR191438 3 0.2393 0.53581 0.000 0.064 0.892 0.004 0.000 0.040
#> SRR191439 3 0.5845 0.36126 0.000 0.276 0.600 0.056 0.020 0.048
#> SRR191440 2 0.9223 -0.28241 0.024 0.256 0.212 0.232 0.132 0.144
#> SRR191441 4 0.7066 0.31226 0.004 0.364 0.176 0.396 0.044 0.016
#> SRR191442 3 0.3851 0.55417 0.000 0.120 0.800 0.004 0.016 0.060
#> SRR191443 6 0.4273 0.73995 0.000 0.004 0.368 0.012 0.004 0.612
#> SRR191444 3 0.3306 0.44542 0.000 0.040 0.832 0.004 0.008 0.116
#> SRR191445 3 0.6786 0.06538 0.000 0.320 0.488 0.112 0.032 0.048
#> SRR191446 2 0.6816 0.42964 0.000 0.560 0.200 0.140 0.052 0.048
#> SRR191447 3 0.7145 0.07669 0.008 0.288 0.476 0.148 0.020 0.060
#> SRR191448 1 0.6614 0.40138 0.540 0.008 0.016 0.036 0.256 0.144
#> SRR191449 3 0.4030 0.49860 0.000 0.196 0.752 0.020 0.000 0.032
#> SRR191450 5 0.8585 0.23456 0.248 0.016 0.140 0.048 0.308 0.240
#> SRR191451 3 0.4227 -0.55398 0.000 0.004 0.500 0.008 0.000 0.488
#> SRR191452 3 0.7552 0.11512 0.000 0.268 0.456 0.136 0.060 0.080
#> SRR191453 6 0.6967 0.61031 0.020 0.032 0.332 0.016 0.136 0.464
#> SRR191454 3 0.7324 0.27186 0.004 0.092 0.520 0.076 0.076 0.232
#> SRR191455 3 0.6324 0.44889 0.004 0.188 0.616 0.036 0.040 0.116
#> SRR191456 3 0.4551 -0.41590 0.000 0.016 0.536 0.012 0.000 0.436
#> SRR191457 1 0.5695 0.51633 0.584 0.000 0.000 0.036 0.280 0.100
#> SRR191458 6 0.5726 0.62286 0.000 0.024 0.440 0.016 0.052 0.468
#> SRR191459 2 0.5518 0.27845 0.000 0.468 0.456 0.036 0.016 0.024
#> SRR191460 3 0.2776 0.45453 0.000 0.020 0.860 0.004 0.004 0.112
#> SRR191461 3 0.4927 0.22971 0.004 0.320 0.620 0.032 0.000 0.024
#> SRR191462 4 0.8484 0.46921 0.008 0.240 0.180 0.368 0.120 0.084
#> SRR191463 2 0.6808 0.38221 0.000 0.468 0.324 0.144 0.032 0.032
#> SRR191464 3 0.5309 -0.05016 0.000 0.388 0.536 0.056 0.004 0.016
#> SRR191465 2 0.5798 0.31259 0.000 0.636 0.144 0.176 0.016 0.028
#> SRR191466 3 0.5274 0.32376 0.000 0.284 0.620 0.052 0.000 0.044
#> SRR191467 2 0.5214 0.15542 0.012 0.676 0.040 0.232 0.032 0.008
#> SRR191468 2 0.5713 0.16860 0.004 0.588 0.148 0.248 0.008 0.004
#> SRR191469 3 0.7277 0.19868 0.000 0.268 0.468 0.068 0.036 0.160
#> SRR191470 2 0.6292 0.45358 0.000 0.588 0.244 0.080 0.060 0.028
#> SRR191471 2 0.6172 0.35458 0.004 0.472 0.412 0.024 0.040 0.048
#> SRR191472 2 0.6822 0.11304 0.000 0.464 0.212 0.268 0.048 0.008
#> SRR191473 2 0.5216 0.50078 0.000 0.600 0.300 0.088 0.012 0.000
#> SRR191474 3 0.4618 0.34365 0.004 0.276 0.676 0.012 0.016 0.016
#> SRR191475 2 0.4325 0.45052 0.012 0.780 0.112 0.068 0.028 0.000
#> SRR191476 2 0.5446 0.43384 0.012 0.712 0.128 0.060 0.076 0.012
#> SRR191477 3 0.4744 0.02721 0.000 0.408 0.556 0.008 0.016 0.012
#> SRR191478 3 0.5013 0.13246 0.000 0.364 0.576 0.012 0.004 0.044
#> SRR191479 6 0.5113 0.70132 0.008 0.016 0.388 0.012 0.016 0.560
#> SRR191480 2 0.6069 0.47520 0.016 0.584 0.280 0.084 0.024 0.012
#> SRR191481 2 0.5603 0.35283 0.004 0.520 0.400 0.016 0.024 0.036
#> SRR191482 2 0.5210 0.42173 0.000 0.564 0.372 0.012 0.024 0.028
#> SRR191483 2 0.5800 0.50947 0.000 0.628 0.244 0.048 0.036 0.044
#> SRR191484 5 0.7838 0.48137 0.112 0.032 0.036 0.136 0.500 0.184
#> SRR191485 2 0.5156 0.41688 0.000 0.540 0.392 0.048 0.000 0.020
#> SRR191486 3 0.6467 0.16800 0.000 0.116 0.588 0.068 0.024 0.204
#> SRR191487 2 0.7984 0.28941 0.012 0.456 0.200 0.176 0.056 0.100
#> SRR191488 5 0.7820 0.14308 0.332 0.044 0.016 0.096 0.404 0.108
#> SRR191489 6 0.7792 0.40544 0.008 0.060 0.336 0.144 0.064 0.388
#> SRR191490 5 0.4956 0.51791 0.076 0.048 0.024 0.064 0.768 0.020
#> SRR191491 3 0.7894 -0.10166 0.008 0.108 0.384 0.272 0.024 0.204
#> SRR191492 3 0.8388 -0.07815 0.004 0.184 0.352 0.236 0.056 0.168
#> SRR191493 5 0.6062 0.52954 0.136 0.044 0.052 0.032 0.684 0.052
#> SRR191494 4 0.7988 0.50546 0.008 0.212 0.212 0.428 0.076 0.064
#> SRR191495 3 0.7043 0.30844 0.000 0.088 0.548 0.160 0.040 0.164
#> SRR191496 4 0.7199 0.53081 0.000 0.252 0.092 0.424 0.228 0.004
#> SRR191497 3 0.4390 0.51210 0.000 0.172 0.744 0.052 0.000 0.032
#> SRR191498 5 0.8656 0.36166 0.060 0.092 0.080 0.220 0.420 0.128
#> SRR191499 3 0.5905 0.33885 0.004 0.224 0.604 0.124 0.000 0.044
#> SRR191500 3 0.6089 0.43009 0.004 0.180 0.636 0.108 0.020 0.052
#> SRR191501 5 0.6336 0.47409 0.080 0.096 0.016 0.128 0.652 0.028
#> SRR191502 3 0.5948 -0.20094 0.000 0.420 0.468 0.068 0.012 0.032
#> SRR191503 2 0.6826 0.38614 0.012 0.588 0.140 0.164 0.064 0.032
#> SRR191504 2 0.4830 0.29154 0.000 0.716 0.072 0.180 0.024 0.008
#> SRR191505 2 0.5308 0.13515 0.012 0.660 0.032 0.252 0.028 0.016
#> SRR191506 2 0.7749 -0.43353 0.012 0.388 0.144 0.316 0.124 0.016
#> SRR191507 2 0.7310 -0.35298 0.024 0.392 0.020 0.260 0.288 0.016
#> SRR191508 2 0.6298 0.47284 0.016 0.568 0.296 0.052 0.024 0.044
#> SRR191509 2 0.5386 0.42151 0.000 0.556 0.356 0.016 0.004 0.068
#> SRR191510 3 0.6805 -0.09036 0.004 0.380 0.444 0.084 0.020 0.068
#> SRR191511 2 0.5778 0.37774 0.000 0.544 0.272 0.176 0.004 0.004
#> SRR191512 2 0.5952 -0.21595 0.016 0.552 0.004 0.320 0.092 0.016
#> SRR191513 4 0.6175 0.23156 0.016 0.208 0.000 0.548 0.216 0.012
#> SRR191514 2 0.4928 0.00578 0.004 0.668 0.060 0.252 0.004 0.012
#> SRR191515 2 0.4947 0.35284 0.004 0.704 0.108 0.168 0.008 0.008
#> SRR191516 2 0.8162 0.18973 0.016 0.372 0.272 0.204 0.036 0.100
#> SRR191517 2 0.4560 0.38732 0.000 0.564 0.408 0.012 0.004 0.012
#> SRR191518 2 0.4656 0.44664 0.000 0.596 0.368 0.008 0.016 0.012
#> SRR191519 2 0.3448 0.35277 0.000 0.816 0.072 0.108 0.000 0.004
#> SRR191520 2 0.8444 0.16383 0.000 0.320 0.228 0.208 0.064 0.180
#> SRR191521 2 0.5890 0.40007 0.016 0.680 0.116 0.124 0.040 0.024
#> SRR191522 2 0.6242 0.34601 0.000 0.588 0.192 0.168 0.028 0.024
#> SRR191523 4 0.7347 0.47190 0.004 0.300 0.148 0.452 0.048 0.048
#> SRR191524 3 0.7635 0.34187 0.004 0.208 0.492 0.100 0.060 0.136
#> SRR191525 2 0.7332 -0.38344 0.004 0.452 0.072 0.296 0.148 0.028
#> SRR191526 4 0.5935 0.59144 0.004 0.196 0.092 0.636 0.064 0.008
#> SRR191527 1 0.6070 0.24892 0.492 0.020 0.004 0.032 0.396 0.056
#> SRR191528 1 0.7357 0.01796 0.404 0.032 0.024 0.076 0.392 0.072
#> SRR191529 2 0.9071 -0.44307 0.028 0.280 0.140 0.252 0.208 0.092
#> SRR191530 2 0.5249 0.25251 0.012 0.700 0.040 0.196 0.028 0.024
#> SRR191531 5 0.8701 0.30710 0.076 0.036 0.100 0.164 0.368 0.256
#> SRR191532 2 0.6913 0.04931 0.000 0.424 0.280 0.240 0.004 0.052
#> SRR191533 4 0.7646 0.46805 0.008 0.280 0.140 0.444 0.092 0.036
#> SRR191534 4 0.6165 0.45696 0.016 0.264 0.016 0.576 0.116 0.012
#> SRR191535 2 0.6037 0.48874 0.000 0.616 0.236 0.056 0.036 0.056
#> SRR191536 4 0.7635 0.33433 0.004 0.356 0.152 0.368 0.088 0.032
#> SRR191537 2 0.5984 0.35203 0.000 0.612 0.168 0.176 0.028 0.016
#> SRR191538 2 0.5700 0.42266 0.012 0.684 0.128 0.112 0.056 0.008
#> SRR191539 4 0.6492 0.59537 0.004 0.316 0.072 0.524 0.068 0.016
#> SRR191540 2 0.6016 0.45089 0.000 0.568 0.244 0.160 0.016 0.012
#> SRR191541 2 0.4738 0.51266 0.000 0.688 0.224 0.076 0.008 0.004
#> SRR191542 4 0.6119 0.61943 0.004 0.216 0.120 0.604 0.048 0.008
#> SRR191543 2 0.5002 -0.09254 0.004 0.640 0.044 0.292 0.012 0.008
#> SRR191544 2 0.5565 0.42446 0.016 0.692 0.112 0.140 0.024 0.016
#> SRR191545 2 0.4225 0.40718 0.000 0.788 0.072 0.104 0.020 0.016
#> SRR191546 2 0.4830 0.51511 0.000 0.656 0.280 0.032 0.004 0.028
#> SRR191547 2 0.6467 0.29448 0.000 0.480 0.256 0.236 0.008 0.020
#> SRR191548 1 0.1074 0.81930 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR191549 1 0.0767 0.81113 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR191550 1 0.0767 0.81113 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR191551 1 0.2450 0.80752 0.896 0.000 0.000 0.016 0.048 0.040
#> SRR191552 1 0.2620 0.80812 0.888 0.000 0.000 0.024 0.048 0.040
#> SRR191553 1 0.1007 0.81220 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR191554 1 0.0405 0.81277 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR191555 5 0.8342 0.32363 0.048 0.016 0.184 0.128 0.388 0.236
#> SRR191556 3 0.4123 -0.39150 0.012 0.000 0.568 0.000 0.000 0.420
#> SRR191557 3 0.3457 0.53926 0.000 0.064 0.848 0.028 0.016 0.044
#> SRR191558 3 0.3917 0.05634 0.000 0.024 0.692 0.000 0.000 0.284
#> SRR191559 3 0.2218 0.42243 0.000 0.000 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR191560 3 0.3816 0.02339 0.000 0.000 0.688 0.000 0.016 0.296
#> SRR191561 1 0.1149 0.81447 0.960 0.008 0.000 0.008 0.024 0.000
#> SRR191562 6 0.7673 0.57952 0.024 0.052 0.308 0.108 0.060 0.448
#> SRR191563 3 0.2760 0.53865 0.000 0.076 0.868 0.004 0.000 0.052
#> SRR191564 3 0.3161 0.53505 0.000 0.080 0.840 0.004 0.000 0.076
#> SRR191565 6 0.3857 0.60776 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR191566 3 0.3810 -0.39632 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR191567 6 0.5318 0.74881 0.020 0.012 0.292 0.004 0.048 0.624
#> SRR191568 6 0.3844 0.75848 0.004 0.000 0.312 0.008 0.000 0.676
#> SRR191569 3 0.3615 0.07015 0.000 0.000 0.700 0.008 0.000 0.292
#> SRR191570 6 0.4123 0.68398 0.012 0.000 0.420 0.000 0.000 0.568
#> SRR191571 3 0.3360 0.15518 0.000 0.004 0.732 0.000 0.000 0.264
#> SRR191572 1 0.0260 0.81587 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR191573 3 0.3907 -0.33326 0.000 0.004 0.588 0.000 0.000 0.408
#> SRR191574 6 0.5537 0.73091 0.088 0.008 0.268 0.004 0.016 0.616
#> SRR191575 6 0.4299 0.76419 0.004 0.000 0.320 0.008 0.016 0.652
#> SRR191576 3 0.3830 -0.19370 0.000 0.004 0.620 0.000 0.000 0.376
#> SRR191577 6 0.3774 0.69429 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR191578 3 0.6802 -0.22802 0.012 0.360 0.424 0.020 0.172 0.012
#> SRR191579 1 0.0993 0.81869 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR191580 1 0.0458 0.81607 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR191581 1 0.3196 0.78774 0.848 0.020 0.000 0.012 0.104 0.016
#> SRR191582 1 0.3516 0.77693 0.836 0.012 0.008 0.012 0.104 0.028
#> SRR191583 5 0.5233 0.49041 0.116 0.064 0.000 0.092 0.716 0.012
#> SRR191584 1 0.1297 0.81421 0.948 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR191585 3 0.5965 0.23726 0.004 0.264 0.608 0.032 0.040 0.052
#> SRR191586 3 0.5614 0.16169 0.000 0.332 0.560 0.052 0.000 0.056
#> SRR191587 3 0.1461 0.49897 0.000 0.016 0.940 0.000 0.000 0.044
#> SRR191588 6 0.3991 0.58206 0.000 0.004 0.472 0.000 0.000 0.524
#> SRR191589 3 0.3706 -0.19771 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR191590 6 0.5073 0.74332 0.016 0.004 0.336 0.048 0.000 0.596
#> SRR191591 3 0.1769 0.47815 0.000 0.012 0.924 0.004 0.000 0.060
#> SRR191592 3 0.2376 0.44537 0.000 0.012 0.884 0.008 0.000 0.096
#> SRR191593 3 0.3168 0.36135 0.000 0.000 0.804 0.024 0.000 0.172
#> SRR191594 1 0.3308 0.79288 0.844 0.012 0.000 0.016 0.100 0.028
#> SRR191595 3 0.3695 -0.25416 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR191596 3 0.5979 -0.45238 0.000 0.028 0.484 0.100 0.004 0.384
#> SRR191597 3 0.3852 0.39898 0.000 0.256 0.720 0.008 0.000 0.016
#> SRR191598 3 0.4089 -0.19540 0.000 0.012 0.632 0.000 0.004 0.352
#> SRR191599 6 0.6920 0.52988 0.012 0.020 0.344 0.108 0.048 0.468
#> SRR191600 3 0.3657 0.48262 0.000 0.188 0.776 0.004 0.004 0.028
#> SRR191601 3 0.4746 0.45714 0.000 0.180 0.716 0.036 0.000 0.068
#> SRR191602 3 0.2452 0.51780 0.000 0.028 0.904 0.016 0.012 0.040
#> SRR191603 3 0.3526 0.49247 0.000 0.172 0.792 0.016 0.000 0.020
#> SRR191604 2 0.4367 0.46262 0.000 0.604 0.364 0.032 0.000 0.000
#> SRR191605 3 0.3610 0.53221 0.000 0.064 0.828 0.048 0.000 0.060
#> SRR191606 6 0.6936 0.49220 0.004 0.036 0.404 0.108 0.040 0.408
#> SRR191607 3 0.8182 0.06915 0.000 0.148 0.436 0.132 0.148 0.136
#> SRR191608 2 0.6090 0.43431 0.000 0.608 0.204 0.116 0.008 0.064
#> SRR191609 3 0.7936 -0.26455 0.000 0.340 0.340 0.136 0.048 0.136
#> SRR191610 3 0.8229 0.10123 0.000 0.132 0.428 0.136 0.148 0.156
#> SRR191611 3 0.6348 0.32999 0.000 0.176 0.604 0.080 0.016 0.124
#> SRR191612 3 0.1780 0.52449 0.000 0.028 0.932 0.012 0.000 0.028
#> SRR191613 5 0.8175 0.47132 0.108 0.020 0.104 0.100 0.464 0.204
#> SRR191614 3 0.2837 0.51880 0.000 0.056 0.856 0.000 0.000 0.088
#> SRR191615 3 0.3290 0.27893 0.000 0.016 0.776 0.000 0.000 0.208
#> SRR191616 5 0.4505 0.34019 0.272 0.020 0.000 0.000 0.676 0.032
#> SRR191617 2 0.8175 -0.02173 0.016 0.312 0.268 0.132 0.256 0.016
#> SRR191618 5 0.8794 0.14110 0.020 0.108 0.236 0.124 0.356 0.156
#> SRR191619 3 0.4791 -0.11307 0.012 0.444 0.520 0.016 0.000 0.008
#> SRR191620 3 0.5187 0.43032 0.004 0.228 0.680 0.032 0.036 0.020
#> SRR191621 3 0.4930 -0.17628 0.000 0.448 0.504 0.028 0.000 0.020
#> SRR191622 3 0.3228 0.54739 0.000 0.080 0.848 0.012 0.004 0.056
#> SRR191623 3 0.1716 0.52696 0.000 0.036 0.932 0.000 0.004 0.028
#> SRR191624 6 0.4961 0.73499 0.008 0.004 0.372 0.016 0.020 0.580
#> SRR191625 3 0.4327 0.07107 0.000 0.384 0.596 0.008 0.004 0.008
#> SRR191626 2 0.4385 0.31397 0.000 0.540 0.440 0.012 0.000 0.008
#> SRR191627 3 0.4523 -0.05853 0.000 0.416 0.556 0.016 0.000 0.012
#> SRR191628 3 0.7097 0.36788 0.000 0.108 0.560 0.124 0.056 0.152
#> SRR191629 3 0.3077 0.54746 0.000 0.084 0.852 0.012 0.000 0.052
#> SRR191630 1 0.4011 0.75106 0.796 0.012 0.012 0.004 0.128 0.048
#> SRR191631 3 0.4300 -0.11856 0.000 0.444 0.540 0.008 0.000 0.008
#> SRR191632 3 0.7080 0.43743 0.012 0.164 0.580 0.088 0.052 0.104
#> SRR191633 3 0.5831 0.30601 0.000 0.252 0.604 0.060 0.004 0.080
#> SRR191634 5 0.3387 0.47126 0.160 0.016 0.000 0.012 0.808 0.004
#> SRR191635 3 0.2076 0.54152 0.000 0.060 0.912 0.012 0.000 0.016
#> SRR191636 5 0.3755 0.45938 0.168 0.016 0.000 0.016 0.788 0.012
#> SRR191637 5 0.6626 -0.12540 0.024 0.344 0.004 0.164 0.452 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 77 rows and 243 columns.
#> Top rows (8, 16, 23, 30, 38) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.036 0.436 0.697 0.4735 0.515 0.515
#> 3 3 0.119 0.493 0.665 0.3096 0.648 0.417
#> 4 4 0.117 0.425 0.590 0.0776 0.957 0.881
#> 5 5 0.176 0.271 0.548 0.0776 0.857 0.651
#> 6 6 0.220 0.155 0.485 0.0485 0.824 0.588
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR191393 1 0.541 0.6019 0.876 0.124
#> SRR191394 1 0.358 0.6116 0.932 0.068
#> SRR191396 1 0.988 0.1200 0.564 0.436
#> SRR191397 1 0.416 0.6153 0.916 0.084
#> SRR191398 1 0.625 0.5821 0.844 0.156
#> SRR191399 1 0.788 0.5451 0.764 0.236
#> SRR191400 1 0.327 0.6138 0.940 0.060
#> SRR191401 1 0.260 0.6048 0.956 0.044
#> SRR191402 1 0.745 0.5353 0.788 0.212
#> SRR191403 1 0.482 0.6043 0.896 0.104
#> SRR191404 2 0.990 0.2256 0.440 0.560
#> SRR191405 1 0.973 0.1506 0.596 0.404
#> SRR191406 2 0.995 0.2370 0.460 0.540
#> SRR191407 1 0.745 0.5872 0.788 0.212
#> SRR191408 2 0.971 0.3465 0.400 0.600
#> SRR191409 1 0.955 0.2335 0.624 0.376
#> SRR191410 2 0.985 0.3211 0.428 0.572
#> SRR191411 2 0.936 0.4272 0.352 0.648
#> SRR191412 1 0.430 0.5977 0.912 0.088
#> SRR191413 1 0.876 0.4187 0.704 0.296
#> SRR191414 1 0.584 0.6041 0.860 0.140
#> SRR191415 2 0.988 0.3237 0.436 0.564
#> SRR191416 1 1.000 -0.1273 0.508 0.492
#> SRR191418 1 0.722 0.5858 0.800 0.200
#> SRR191419 1 0.644 0.5907 0.836 0.164
#> SRR191420 1 0.814 0.5169 0.748 0.252
#> SRR191421 1 0.469 0.6098 0.900 0.100
#> SRR191422 2 0.981 0.0377 0.420 0.580
#> SRR191423 2 0.706 0.5876 0.192 0.808
#> SRR191424 2 0.929 0.1962 0.344 0.656
#> SRR191425 2 0.992 0.2786 0.448 0.552
#> SRR191426 2 0.634 0.5970 0.160 0.840
#> SRR191427 2 0.891 0.4584 0.308 0.692
#> SRR191428 2 1.000 0.1919 0.492 0.508
#> SRR191429 2 0.224 0.6056 0.036 0.964
#> SRR191430 2 0.966 0.3441 0.392 0.608
#> SRR191431 1 0.966 0.3980 0.608 0.392
#> SRR191432 2 0.260 0.6044 0.044 0.956
#> SRR191433 2 0.506 0.5678 0.112 0.888
#> SRR191434 1 0.844 0.5573 0.728 0.272
#> SRR191435 2 0.981 0.3410 0.420 0.580
#> SRR191436 2 0.886 0.4942 0.304 0.696
#> SRR191437 2 0.827 0.3611 0.260 0.740
#> SRR191438 2 0.955 0.4077 0.376 0.624
#> SRR191439 2 0.814 0.5562 0.252 0.748
#> SRR191440 2 0.996 -0.0774 0.464 0.536
#> SRR191441 2 0.552 0.5517 0.128 0.872
#> SRR191442 2 0.861 0.5215 0.284 0.716
#> SRR191443 1 0.932 0.3546 0.652 0.348
#> SRR191444 1 0.775 0.5610 0.772 0.228
#> SRR191445 2 0.689 0.5290 0.184 0.816
#> SRR191446 2 0.278 0.6046 0.048 0.952
#> SRR191447 2 0.456 0.5810 0.096 0.904
#> SRR191448 1 0.680 0.6000 0.820 0.180
#> SRR191449 2 0.991 0.2943 0.444 0.556
#> SRR191450 1 0.895 0.5332 0.688 0.312
#> SRR191451 1 0.990 0.0779 0.560 0.440
#> SRR191452 2 0.913 0.2549 0.328 0.672
#> SRR191453 2 0.946 0.4334 0.364 0.636
#> SRR191454 1 0.969 0.4087 0.604 0.396
#> SRR191455 2 0.738 0.5784 0.208 0.792
#> SRR191456 1 0.876 0.4479 0.704 0.296
#> SRR191457 1 0.995 0.2611 0.540 0.460
#> SRR191458 1 0.994 0.2074 0.544 0.456
#> SRR191459 2 0.943 0.4364 0.360 0.640
#> SRR191460 1 0.891 0.4106 0.692 0.308
#> SRR191461 2 0.662 0.5900 0.172 0.828
#> SRR191462 2 0.987 -0.0397 0.432 0.568
#> SRR191463 2 0.388 0.5967 0.076 0.924
#> SRR191464 2 0.861 0.5190 0.284 0.716
#> SRR191465 2 0.278 0.5910 0.048 0.952
#> SRR191466 2 0.939 0.4373 0.356 0.644
#> SRR191467 2 0.644 0.5526 0.164 0.836
#> SRR191468 2 0.753 0.4566 0.216 0.784
#> SRR191469 2 0.833 0.5510 0.264 0.736
#> SRR191470 2 0.706 0.5744 0.192 0.808
#> SRR191471 2 0.999 0.1041 0.484 0.516
#> SRR191472 2 0.311 0.5921 0.056 0.944
#> SRR191473 2 0.781 0.5639 0.232 0.768
#> SRR191474 2 0.981 0.3428 0.420 0.580
#> SRR191475 2 0.430 0.5887 0.088 0.912
#> SRR191476 2 0.689 0.5327 0.184 0.816
#> SRR191477 2 0.958 0.3951 0.380 0.620
#> SRR191478 2 0.891 0.4645 0.308 0.692
#> SRR191479 1 0.958 0.3038 0.620 0.380
#> SRR191480 2 0.939 0.4537 0.356 0.644
#> SRR191481 2 0.876 0.5008 0.296 0.704
#> SRR191482 2 0.886 0.4933 0.304 0.696
#> SRR191483 2 0.184 0.6060 0.028 0.972
#> SRR191484 1 1.000 -0.1031 0.508 0.492
#> SRR191485 2 0.358 0.6105 0.068 0.932
#> SRR191486 2 0.388 0.6122 0.076 0.924
#> SRR191487 2 0.802 0.5587 0.244 0.756
#> SRR191488 1 0.929 0.3993 0.656 0.344
#> SRR191489 1 0.995 0.2839 0.540 0.460
#> SRR191490 2 0.615 0.5383 0.152 0.848
#> SRR191491 2 0.680 0.5930 0.180 0.820
#> SRR191492 2 0.988 0.2667 0.436 0.564
#> SRR191493 2 0.518 0.5554 0.116 0.884
#> SRR191494 2 0.518 0.5617 0.116 0.884
#> SRR191495 2 0.891 0.5070 0.308 0.692
#> SRR191496 2 0.943 0.1637 0.360 0.640
#> SRR191497 2 0.932 0.4660 0.348 0.652
#> SRR191498 2 0.850 0.3448 0.276 0.724
#> SRR191499 2 0.689 0.5798 0.184 0.816
#> SRR191500 2 0.738 0.5737 0.208 0.792
#> SRR191501 2 0.991 -0.0714 0.444 0.556
#> SRR191502 2 0.595 0.6046 0.144 0.856
#> SRR191503 2 0.689 0.5870 0.184 0.816
#> SRR191504 2 0.311 0.5879 0.056 0.944
#> SRR191505 2 0.224 0.5990 0.036 0.964
#> SRR191506 2 0.714 0.4750 0.196 0.804
#> SRR191507 1 1.000 0.2004 0.512 0.488
#> SRR191508 2 0.494 0.5853 0.108 0.892
#> SRR191509 2 0.388 0.5991 0.076 0.924
#> SRR191510 2 0.662 0.5168 0.172 0.828
#> SRR191511 2 0.388 0.5960 0.076 0.924
#> SRR191512 2 0.584 0.5442 0.140 0.860
#> SRR191513 2 0.952 0.1527 0.372 0.628
#> SRR191514 2 0.358 0.5809 0.068 0.932
#> SRR191515 2 0.469 0.5792 0.100 0.900
#> SRR191516 2 0.730 0.5852 0.204 0.796
#> SRR191517 2 0.844 0.5202 0.272 0.728
#> SRR191518 2 0.552 0.6051 0.128 0.872
#> SRR191519 2 0.242 0.5964 0.040 0.960
#> SRR191520 2 0.671 0.5894 0.176 0.824
#> SRR191521 2 0.295 0.5993 0.052 0.948
#> SRR191522 2 0.327 0.5921 0.060 0.940
#> SRR191523 2 0.563 0.5465 0.132 0.868
#> SRR191524 2 0.886 0.4596 0.304 0.696
#> SRR191525 2 0.184 0.6009 0.028 0.972
#> SRR191526 2 0.595 0.5383 0.144 0.856
#> SRR191527 1 0.929 0.3882 0.656 0.344
#> SRR191528 1 0.921 0.4101 0.664 0.336
#> SRR191529 2 0.949 0.1253 0.368 0.632
#> SRR191530 2 0.456 0.5956 0.096 0.904
#> SRR191531 2 0.991 -0.0301 0.444 0.556
#> SRR191532 2 0.416 0.6095 0.084 0.916
#> SRR191533 2 0.662 0.5780 0.172 0.828
#> SRR191534 2 0.958 0.1570 0.380 0.620
#> SRR191535 2 0.163 0.6057 0.024 0.976
#> SRR191536 2 0.975 0.0285 0.408 0.592
#> SRR191537 1 0.987 0.2631 0.568 0.432
#> SRR191538 2 0.295 0.6014 0.052 0.948
#> SRR191539 2 0.827 0.3820 0.260 0.740
#> SRR191540 2 0.541 0.6127 0.124 0.876
#> SRR191541 2 0.886 0.5288 0.304 0.696
#> SRR191542 2 0.634 0.5244 0.160 0.840
#> SRR191543 2 0.327 0.5845 0.060 0.940
#> SRR191544 2 0.634 0.6007 0.160 0.840
#> SRR191545 2 0.141 0.6034 0.020 0.980
#> SRR191546 2 0.671 0.5459 0.176 0.824
#> SRR191547 2 0.767 0.4520 0.224 0.776
#> SRR191548 1 0.814 0.5296 0.748 0.252
#> SRR191549 1 0.738 0.5567 0.792 0.208
#> SRR191550 1 0.518 0.6065 0.884 0.116
#> SRR191551 1 0.644 0.5920 0.836 0.164
#> SRR191552 1 0.775 0.5458 0.772 0.228
#> SRR191553 1 0.904 0.4615 0.680 0.320
#> SRR191554 1 0.821 0.5241 0.744 0.256
#> SRR191555 2 0.987 0.1348 0.432 0.568
#> SRR191556 1 0.605 0.5930 0.852 0.148
#> SRR191557 1 0.998 -0.1044 0.528 0.472
#> SRR191558 1 0.975 0.3443 0.592 0.408
#> SRR191559 2 1.000 0.1674 0.496 0.504
#> SRR191560 1 0.978 0.1246 0.588 0.412
#> SRR191561 1 0.936 0.4139 0.648 0.352
#> SRR191562 1 0.827 0.5475 0.740 0.260
#> SRR191563 2 0.999 0.1985 0.484 0.516
#> SRR191564 2 0.966 0.3670 0.392 0.608
#> SRR191565 1 0.529 0.6077 0.880 0.120
#> SRR191566 1 0.975 0.1487 0.592 0.408
#> SRR191567 1 0.327 0.6127 0.940 0.060
#> SRR191568 1 0.881 0.4487 0.700 0.300
#> SRR191569 1 0.992 0.0152 0.552 0.448
#> SRR191570 1 0.625 0.6078 0.844 0.156
#> SRR191571 1 0.833 0.4875 0.736 0.264
#> SRR191572 1 0.402 0.6120 0.920 0.080
#> SRR191573 1 0.753 0.5330 0.784 0.216
#> SRR191574 1 0.529 0.6162 0.880 0.120
#> SRR191575 1 0.615 0.6160 0.848 0.152
#> SRR191576 1 0.981 0.1776 0.580 0.420
#> SRR191577 1 0.781 0.5658 0.768 0.232
#> SRR191578 1 0.541 0.6008 0.876 0.124
#> SRR191579 1 0.529 0.5923 0.880 0.120
#> SRR191580 1 0.844 0.4921 0.728 0.272
#> SRR191581 1 0.855 0.4836 0.720 0.280
#> SRR191582 1 0.781 0.5400 0.768 0.232
#> SRR191583 1 0.978 0.3325 0.588 0.412
#> SRR191584 1 0.943 0.3836 0.640 0.360
#> SRR191585 2 0.985 0.3281 0.428 0.572
#> SRR191586 2 0.958 0.4019 0.380 0.620
#> SRR191587 1 0.981 0.1083 0.580 0.420
#> SRR191588 1 0.634 0.5800 0.840 0.160
#> SRR191589 1 0.625 0.5850 0.844 0.156
#> SRR191590 1 0.494 0.6189 0.892 0.108
#> SRR191591 1 0.973 0.1398 0.596 0.404
#> SRR191592 1 0.952 0.2464 0.628 0.372
#> SRR191593 2 0.995 0.2733 0.460 0.540
#> SRR191594 1 0.529 0.6109 0.880 0.120
#> SRR191595 1 0.781 0.5120 0.768 0.232
#> SRR191596 1 0.416 0.6123 0.916 0.084
#> SRR191597 2 0.978 0.3533 0.412 0.588
#> SRR191598 1 0.738 0.5878 0.792 0.208
#> SRR191599 1 0.730 0.6071 0.796 0.204
#> SRR191600 1 0.991 0.0650 0.556 0.444
#> SRR191601 2 0.552 0.6070 0.128 0.872
#> SRR191602 2 0.973 0.3597 0.404 0.596
#> SRR191603 2 0.958 0.4009 0.380 0.620
#> SRR191604 2 0.343 0.6077 0.064 0.936
#> SRR191605 2 0.985 0.3233 0.428 0.572
#> SRR191606 1 0.680 0.6180 0.820 0.180
#> SRR191607 2 0.833 0.5341 0.264 0.736
#> SRR191608 2 0.886 0.4967 0.304 0.696
#> SRR191609 2 0.855 0.5224 0.280 0.720
#> SRR191610 2 0.913 0.4716 0.328 0.672
#> SRR191611 2 0.990 0.3158 0.440 0.560
#> SRR191612 2 0.997 0.2291 0.468 0.532
#> SRR191613 1 0.963 0.3933 0.612 0.388
#> SRR191614 2 0.963 0.3935 0.388 0.612
#> SRR191615 1 0.996 -0.0443 0.536 0.464
#> SRR191616 1 0.961 0.3585 0.616 0.384
#> SRR191617 1 0.969 0.3662 0.604 0.396
#> SRR191618 1 0.997 0.2969 0.532 0.468
#> SRR191619 2 0.992 0.3030 0.448 0.552
#> SRR191620 2 0.998 0.0826 0.472 0.528
#> SRR191621 2 0.541 0.6116 0.124 0.876
#> SRR191622 2 0.975 0.3613 0.408 0.592
#> SRR191623 2 0.997 0.2486 0.468 0.532
#> SRR191624 1 0.802 0.5059 0.756 0.244
#> SRR191625 1 0.925 0.3721 0.660 0.340
#> SRR191626 2 0.827 0.5267 0.260 0.740
#> SRR191627 2 0.983 0.3448 0.424 0.576
#> SRR191628 2 0.913 0.4548 0.328 0.672
#> SRR191629 2 0.992 0.2998 0.448 0.552
#> SRR191630 1 0.714 0.5748 0.804 0.196
#> SRR191631 2 0.963 0.3887 0.388 0.612
#> SRR191632 1 0.855 0.5227 0.720 0.280
#> SRR191633 2 0.671 0.5687 0.176 0.824
#> SRR191634 1 0.946 0.3625 0.636 0.364
#> SRR191635 1 0.966 0.2142 0.608 0.392
#> SRR191636 1 0.963 0.3287 0.612 0.388
#> SRR191637 2 1.000 -0.1819 0.500 0.500
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR191393 3 0.687 0.1025 0.424 0.016 0.560
#> SRR191394 1 0.469 0.7168 0.852 0.052 0.096
#> SRR191396 3 0.816 0.5214 0.228 0.136 0.636
#> SRR191397 1 0.568 0.6783 0.764 0.024 0.212
#> SRR191398 1 0.353 0.7214 0.900 0.068 0.032
#> SRR191399 3 0.787 0.3070 0.368 0.064 0.568
#> SRR191400 1 0.541 0.6985 0.804 0.040 0.156
#> SRR191401 1 0.779 0.3348 0.528 0.052 0.420
#> SRR191402 3 0.580 0.4906 0.248 0.016 0.736
#> SRR191403 1 0.772 0.3290 0.552 0.052 0.396
#> SRR191404 3 0.898 0.3879 0.252 0.188 0.560
#> SRR191405 3 0.589 0.5995 0.168 0.052 0.780
#> SRR191406 3 0.504 0.6266 0.060 0.104 0.836
#> SRR191407 1 0.659 0.7177 0.752 0.156 0.092
#> SRR191408 3 0.915 0.3930 0.176 0.300 0.524
#> SRR191409 3 0.554 0.6320 0.132 0.060 0.808
#> SRR191410 3 0.562 0.5899 0.048 0.156 0.796
#> SRR191411 3 0.788 0.4183 0.100 0.260 0.640
#> SRR191412 1 0.701 0.3110 0.548 0.020 0.432
#> SRR191413 3 0.728 0.5077 0.260 0.068 0.672
#> SRR191414 3 0.859 0.1680 0.344 0.112 0.544
#> SRR191415 3 0.464 0.5997 0.036 0.116 0.848
#> SRR191416 3 0.410 0.6344 0.060 0.060 0.880
#> SRR191418 1 0.851 0.4672 0.568 0.116 0.316
#> SRR191419 1 0.437 0.7387 0.868 0.076 0.056
#> SRR191420 3 0.698 0.4604 0.212 0.076 0.712
#> SRR191421 1 0.821 0.2372 0.480 0.072 0.448
#> SRR191422 2 0.979 0.2519 0.240 0.408 0.352
#> SRR191423 3 0.758 -0.3306 0.040 0.460 0.500
#> SRR191424 2 0.897 0.0459 0.412 0.460 0.128
#> SRR191425 3 0.329 0.6266 0.012 0.088 0.900
#> SRR191426 2 0.617 0.5603 0.000 0.588 0.412
#> SRR191427 2 0.968 0.0693 0.364 0.420 0.216
#> SRR191428 3 0.549 0.5848 0.080 0.104 0.816
#> SRR191429 2 0.627 0.6347 0.008 0.644 0.348
#> SRR191430 3 0.825 0.4359 0.140 0.232 0.628
#> SRR191431 1 0.894 0.5427 0.568 0.232 0.200
#> SRR191432 2 0.576 0.6467 0.000 0.672 0.328
#> SRR191433 2 0.642 0.6803 0.044 0.728 0.228
#> SRR191434 1 0.761 0.6838 0.688 0.168 0.144
#> SRR191435 3 0.663 0.5382 0.064 0.204 0.732
#> SRR191436 3 0.718 0.3675 0.048 0.304 0.648
#> SRR191437 2 0.855 0.4206 0.284 0.584 0.132
#> SRR191438 3 0.595 0.5578 0.048 0.180 0.772
#> SRR191439 3 0.837 -0.1626 0.084 0.416 0.500
#> SRR191440 1 0.830 0.5624 0.592 0.300 0.108
#> SRR191441 2 0.802 0.6665 0.124 0.644 0.232
#> SRR191442 3 0.674 -0.1621 0.012 0.428 0.560
#> SRR191443 3 0.904 0.4042 0.240 0.204 0.556
#> SRR191444 3 0.852 0.0364 0.448 0.092 0.460
#> SRR191445 2 0.874 0.6366 0.156 0.576 0.268
#> SRR191446 2 0.736 0.6584 0.056 0.640 0.304
#> SRR191447 2 0.734 0.6827 0.056 0.644 0.300
#> SRR191448 1 0.570 0.7303 0.800 0.064 0.136
#> SRR191449 3 0.372 0.6157 0.024 0.088 0.888
#> SRR191450 1 0.976 0.3740 0.440 0.260 0.300
#> SRR191451 3 0.740 0.5860 0.152 0.144 0.704
#> SRR191452 2 0.865 0.4941 0.276 0.580 0.144
#> SRR191453 3 0.839 0.2918 0.092 0.372 0.536
#> SRR191454 1 0.972 0.3324 0.452 0.272 0.276
#> SRR191455 2 0.826 0.4060 0.088 0.556 0.356
#> SRR191456 3 0.834 -0.1736 0.452 0.080 0.468
#> SRR191457 1 0.749 0.5573 0.620 0.324 0.056
#> SRR191458 3 0.938 0.3533 0.236 0.252 0.512
#> SRR191459 3 0.659 0.4451 0.044 0.244 0.712
#> SRR191460 3 0.649 0.5638 0.192 0.064 0.744
#> SRR191461 2 0.717 0.3815 0.024 0.520 0.456
#> SRR191462 2 0.863 0.1314 0.428 0.472 0.100
#> SRR191463 2 0.681 0.6828 0.044 0.688 0.268
#> SRR191464 3 0.625 0.3276 0.016 0.300 0.684
#> SRR191465 2 0.580 0.6657 0.008 0.712 0.280
#> SRR191466 3 0.606 0.4032 0.016 0.276 0.708
#> SRR191467 2 0.738 0.6782 0.076 0.672 0.252
#> SRR191468 2 0.727 0.6114 0.160 0.712 0.128
#> SRR191469 2 0.892 0.3072 0.128 0.492 0.380
#> SRR191470 3 0.668 -0.1850 0.008 0.476 0.516
#> SRR191471 1 0.996 -0.1067 0.368 0.296 0.336
#> SRR191472 2 0.598 0.6829 0.020 0.728 0.252
#> SRR191473 3 0.682 -0.2366 0.012 0.476 0.512
#> SRR191474 3 0.333 0.6181 0.020 0.076 0.904
#> SRR191475 2 0.629 0.6747 0.024 0.704 0.272
#> SRR191476 2 0.730 0.6416 0.100 0.700 0.200
#> SRR191477 3 0.343 0.6060 0.004 0.112 0.884
#> SRR191478 3 0.883 -0.0928 0.116 0.416 0.468
#> SRR191479 3 0.890 0.4023 0.252 0.180 0.568
#> SRR191480 3 0.546 0.5763 0.028 0.184 0.788
#> SRR191481 3 0.577 0.4478 0.012 0.260 0.728
#> SRR191482 3 0.623 0.3021 0.012 0.316 0.672
#> SRR191483 2 0.626 0.6513 0.012 0.668 0.320
#> SRR191484 3 0.823 0.4679 0.112 0.280 0.608
#> SRR191485 2 0.684 0.6537 0.028 0.640 0.332
#> SRR191486 2 0.690 0.6153 0.024 0.612 0.364
#> SRR191487 2 0.765 0.5743 0.080 0.644 0.276
#> SRR191488 1 0.628 0.6539 0.736 0.224 0.040
#> SRR191489 1 0.811 0.4739 0.580 0.336 0.084
#> SRR191490 2 0.761 0.6095 0.148 0.688 0.164
#> SRR191491 2 0.781 0.5092 0.056 0.548 0.396
#> SRR191492 3 0.908 0.1997 0.144 0.368 0.488
#> SRR191493 2 0.717 0.6454 0.112 0.716 0.172
#> SRR191494 2 0.694 0.6802 0.068 0.708 0.224
#> SRR191495 3 0.703 0.1055 0.024 0.396 0.580
#> SRR191496 2 0.844 0.5131 0.284 0.592 0.124
#> SRR191497 3 0.779 0.2930 0.064 0.348 0.588
#> SRR191498 2 0.788 0.4812 0.260 0.640 0.100
#> SRR191499 2 0.678 0.4576 0.012 0.544 0.444
#> SRR191500 2 0.857 0.4824 0.104 0.524 0.372
#> SRR191501 2 0.799 0.0340 0.456 0.484 0.060
#> SRR191502 2 0.859 0.4904 0.100 0.496 0.404
#> SRR191503 2 0.833 0.4835 0.096 0.564 0.340
#> SRR191504 2 0.590 0.6647 0.008 0.700 0.292
#> SRR191505 2 0.652 0.6813 0.040 0.712 0.248
#> SRR191506 2 0.756 0.6405 0.164 0.692 0.144
#> SRR191507 1 0.868 0.2974 0.540 0.340 0.120
#> SRR191508 2 0.719 0.6736 0.052 0.656 0.292
#> SRR191509 2 0.654 0.6731 0.028 0.684 0.288
#> SRR191510 2 0.793 0.6617 0.128 0.656 0.216
#> SRR191511 2 0.616 0.6703 0.016 0.696 0.288
#> SRR191512 2 0.710 0.6876 0.080 0.704 0.216
#> SRR191513 2 0.689 0.4462 0.256 0.692 0.052
#> SRR191514 2 0.596 0.6724 0.016 0.720 0.264
#> SRR191515 2 0.662 0.6726 0.068 0.736 0.196
#> SRR191516 2 0.808 0.3651 0.068 0.520 0.412
#> SRR191517 3 0.603 0.3987 0.016 0.272 0.712
#> SRR191518 2 0.676 0.5121 0.012 0.552 0.436
#> SRR191519 2 0.569 0.6636 0.004 0.708 0.288
#> SRR191520 2 0.704 0.4001 0.020 0.536 0.444
#> SRR191521 2 0.599 0.6703 0.016 0.716 0.268
#> SRR191522 2 0.676 0.6824 0.048 0.700 0.252
#> SRR191523 2 0.686 0.6667 0.092 0.732 0.176
#> SRR191524 2 0.966 0.1509 0.368 0.420 0.212
#> SRR191525 2 0.574 0.6733 0.012 0.732 0.256
#> SRR191526 2 0.682 0.6475 0.108 0.740 0.152
#> SRR191527 1 0.303 0.7286 0.912 0.076 0.012
#> SRR191528 1 0.466 0.7124 0.828 0.156 0.016
#> SRR191529 2 0.901 0.0995 0.408 0.460 0.132
#> SRR191530 2 0.690 0.6709 0.048 0.684 0.268
#> SRR191531 1 0.937 0.4333 0.508 0.280 0.212
#> SRR191532 2 0.739 0.6606 0.056 0.636 0.308
#> SRR191533 2 0.785 0.6437 0.080 0.616 0.304
#> SRR191534 2 0.823 0.2146 0.320 0.584 0.096
#> SRR191535 2 0.572 0.6649 0.004 0.704 0.292
#> SRR191536 2 0.894 0.0284 0.432 0.444 0.124
#> SRR191537 1 0.880 0.4288 0.568 0.276 0.156
#> SRR191538 2 0.602 0.6564 0.008 0.684 0.308
#> SRR191539 2 0.767 0.4856 0.260 0.652 0.088
#> SRR191540 2 0.714 0.5877 0.032 0.600 0.368
#> SRR191541 3 0.830 -0.0797 0.080 0.412 0.508
#> SRR191542 2 0.787 0.6604 0.124 0.660 0.216
#> SRR191543 2 0.580 0.6772 0.016 0.736 0.248
#> SRR191544 2 0.799 0.4564 0.064 0.532 0.404
#> SRR191545 2 0.590 0.6481 0.004 0.680 0.316
#> SRR191546 2 0.861 0.6382 0.152 0.592 0.256
#> SRR191547 2 0.703 0.6582 0.104 0.724 0.172
#> SRR191548 1 0.313 0.7332 0.916 0.052 0.032
#> SRR191549 1 0.326 0.7332 0.912 0.048 0.040
#> SRR191550 1 0.327 0.7323 0.912 0.044 0.044
#> SRR191551 1 0.347 0.7324 0.904 0.040 0.056
#> SRR191552 1 0.293 0.7325 0.924 0.036 0.040
#> SRR191553 1 0.498 0.7091 0.812 0.168 0.020
#> SRR191554 1 0.380 0.7343 0.888 0.080 0.032
#> SRR191555 2 0.992 0.1151 0.344 0.380 0.276
#> SRR191556 3 0.695 0.2319 0.376 0.024 0.600
#> SRR191557 3 0.293 0.6335 0.036 0.040 0.924
#> SRR191558 1 0.783 0.4899 0.632 0.088 0.280
#> SRR191559 3 0.227 0.6340 0.040 0.016 0.944
#> SRR191560 3 0.445 0.6301 0.112 0.032 0.856
#> SRR191561 1 0.474 0.7284 0.836 0.136 0.028
#> SRR191562 1 0.514 0.7195 0.832 0.064 0.104
#> SRR191563 3 0.549 0.6377 0.104 0.080 0.816
#> SRR191564 3 0.761 0.4567 0.092 0.244 0.664
#> SRR191565 3 0.729 -0.0453 0.464 0.028 0.508
#> SRR191566 3 0.414 0.6379 0.096 0.032 0.872
#> SRR191567 1 0.600 0.6668 0.760 0.040 0.200
#> SRR191568 1 0.909 0.1457 0.460 0.140 0.400
#> SRR191569 3 0.541 0.6310 0.136 0.052 0.812
#> SRR191570 1 0.808 0.5383 0.608 0.096 0.296
#> SRR191571 3 0.714 0.4302 0.328 0.040 0.632
#> SRR191572 1 0.343 0.7294 0.904 0.032 0.064
#> SRR191573 3 0.582 0.5032 0.224 0.024 0.752
#> SRR191574 1 0.512 0.7042 0.816 0.032 0.152
#> SRR191575 1 0.585 0.7171 0.788 0.060 0.152
#> SRR191576 3 0.761 0.5680 0.204 0.116 0.680
#> SRR191577 1 0.722 0.2639 0.548 0.028 0.424
#> SRR191578 1 0.814 0.5326 0.572 0.084 0.344
#> SRR191579 1 0.288 0.7293 0.924 0.024 0.052
#> SRR191580 1 0.341 0.7330 0.904 0.068 0.028
#> SRR191581 1 0.280 0.7272 0.924 0.060 0.016
#> SRR191582 1 0.338 0.7299 0.908 0.048 0.044
#> SRR191583 1 0.630 0.6948 0.744 0.208 0.048
#> SRR191584 1 0.406 0.7239 0.860 0.128 0.012
#> SRR191585 3 0.259 0.6118 0.004 0.072 0.924
#> SRR191586 3 0.542 0.4920 0.008 0.240 0.752
#> SRR191587 3 0.468 0.6216 0.132 0.028 0.840
#> SRR191588 3 0.797 0.1419 0.372 0.068 0.560
#> SRR191589 3 0.703 0.2090 0.368 0.028 0.604
#> SRR191590 1 0.569 0.6942 0.780 0.036 0.184
#> SRR191591 3 0.453 0.6349 0.104 0.040 0.856
#> SRR191592 3 0.638 0.6224 0.164 0.076 0.760
#> SRR191593 3 0.535 0.6134 0.036 0.160 0.804
#> SRR191594 1 0.734 0.6755 0.700 0.108 0.192
#> SRR191595 3 0.689 0.4942 0.228 0.064 0.708
#> SRR191596 1 0.689 0.6091 0.692 0.052 0.256
#> SRR191597 3 0.314 0.6199 0.020 0.068 0.912
#> SRR191598 3 0.833 0.1273 0.396 0.084 0.520
#> SRR191599 1 0.851 0.5549 0.596 0.140 0.264
#> SRR191600 3 0.820 0.5341 0.276 0.112 0.612
#> SRR191601 2 0.653 0.5884 0.012 0.620 0.368
#> SRR191602 3 0.329 0.6084 0.008 0.096 0.896
#> SRR191603 3 0.398 0.5756 0.004 0.144 0.852
#> SRR191604 2 0.599 0.6607 0.008 0.688 0.304
#> SRR191605 3 0.611 0.5876 0.048 0.192 0.760
#> SRR191606 1 0.801 0.6050 0.636 0.112 0.252
#> SRR191607 3 0.704 -0.1466 0.020 0.444 0.536
#> SRR191608 3 0.663 0.0743 0.012 0.392 0.596
#> SRR191609 3 0.702 0.2421 0.032 0.344 0.624
#> SRR191610 3 0.660 0.3037 0.020 0.332 0.648
#> SRR191611 3 0.338 0.6045 0.008 0.100 0.892
#> SRR191612 3 0.512 0.6209 0.060 0.108 0.832
#> SRR191613 1 0.902 0.4750 0.516 0.336 0.148
#> SRR191614 3 0.620 0.5326 0.044 0.208 0.748
#> SRR191615 3 0.509 0.6381 0.112 0.056 0.832
#> SRR191616 1 0.679 0.6918 0.728 0.196 0.076
#> SRR191617 1 0.746 0.6781 0.676 0.236 0.088
#> SRR191618 2 0.995 -0.2232 0.332 0.376 0.292
#> SRR191619 3 0.556 0.6242 0.048 0.152 0.800
#> SRR191620 3 0.936 0.2879 0.320 0.188 0.492
#> SRR191621 2 0.718 0.4501 0.024 0.504 0.472
#> SRR191622 3 0.412 0.6243 0.040 0.084 0.876
#> SRR191623 3 0.269 0.6301 0.032 0.036 0.932
#> SRR191624 3 0.800 0.4191 0.224 0.128 0.648
#> SRR191625 3 0.863 0.3979 0.340 0.116 0.544
#> SRR191626 3 0.601 0.1722 0.000 0.372 0.628
#> SRR191627 3 0.464 0.6164 0.044 0.104 0.852
#> SRR191628 3 0.884 -0.0194 0.116 0.432 0.452
#> SRR191629 3 0.353 0.6310 0.032 0.068 0.900
#> SRR191630 1 0.884 0.5089 0.548 0.144 0.308
#> SRR191631 3 0.345 0.6026 0.008 0.104 0.888
#> SRR191632 1 0.604 0.7153 0.788 0.104 0.108
#> SRR191633 2 0.862 0.5199 0.144 0.584 0.272
#> SRR191634 1 0.462 0.7208 0.840 0.136 0.024
#> SRR191635 3 0.625 0.6237 0.116 0.108 0.776
#> SRR191636 1 0.541 0.6933 0.780 0.200 0.020
#> SRR191637 1 0.811 0.4006 0.536 0.392 0.072
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR191393 3 0.688 -0.14426 0.428 0.024 0.496 0.052
#> SRR191394 1 0.561 0.65676 0.748 0.020 0.160 0.072
#> SRR191396 3 0.858 0.43798 0.156 0.160 0.544 0.140
#> SRR191397 1 0.681 0.58944 0.644 0.028 0.236 0.092
#> SRR191398 1 0.455 0.67389 0.832 0.040 0.052 0.076
#> SRR191399 3 0.871 0.09402 0.336 0.072 0.436 0.156
#> SRR191400 1 0.664 0.62848 0.680 0.036 0.188 0.096
#> SRR191401 1 0.774 0.22510 0.428 0.020 0.420 0.132
#> SRR191402 3 0.602 0.45520 0.212 0.024 0.704 0.060
#> SRR191403 1 0.689 0.55050 0.620 0.020 0.260 0.100
#> SRR191404 3 0.857 0.26101 0.244 0.216 0.484 0.056
#> SRR191405 3 0.637 0.55375 0.136 0.056 0.720 0.088
#> SRR191406 3 0.615 0.53214 0.052 0.124 0.736 0.088
#> SRR191407 1 0.818 0.61495 0.584 0.152 0.120 0.144
#> SRR191408 3 0.829 0.39631 0.132 0.232 0.548 0.088
#> SRR191409 3 0.572 0.56691 0.092 0.060 0.768 0.080
#> SRR191410 3 0.515 0.51881 0.036 0.140 0.784 0.040
#> SRR191411 3 0.687 0.37270 0.068 0.260 0.632 0.040
#> SRR191412 1 0.724 0.24134 0.468 0.012 0.420 0.100
#> SRR191413 3 0.772 0.44444 0.212 0.076 0.604 0.108
#> SRR191414 3 0.858 0.00192 0.340 0.076 0.452 0.132
#> SRR191415 3 0.572 0.47916 0.028 0.152 0.748 0.072
#> SRR191416 3 0.495 0.56097 0.028 0.064 0.804 0.104
#> SRR191418 1 0.797 0.54995 0.568 0.060 0.232 0.140
#> SRR191419 1 0.489 0.69183 0.812 0.048 0.096 0.044
#> SRR191420 3 0.694 0.42488 0.164 0.064 0.676 0.096
#> SRR191421 3 0.822 -0.10153 0.344 0.076 0.484 0.096
#> SRR191422 3 0.793 -0.01664 0.120 0.348 0.492 0.040
#> SRR191423 3 0.656 0.18377 0.020 0.356 0.576 0.048
#> SRR191424 1 0.935 0.17466 0.372 0.332 0.128 0.168
#> SRR191425 3 0.447 0.55895 0.004 0.076 0.816 0.104
#> SRR191426 2 0.603 0.50744 0.008 0.572 0.388 0.032
#> SRR191427 2 0.985 0.07472 0.248 0.332 0.228 0.192
#> SRR191428 3 0.625 0.49458 0.064 0.056 0.720 0.160
#> SRR191429 2 0.702 0.52037 0.020 0.556 0.344 0.080
#> SRR191430 3 0.765 0.44229 0.064 0.152 0.616 0.168
#> SRR191431 1 0.912 0.43696 0.464 0.240 0.156 0.140
#> SRR191432 2 0.579 0.56537 0.008 0.668 0.280 0.044
#> SRR191433 2 0.625 0.59202 0.048 0.656 0.272 0.024
#> SRR191434 1 0.872 0.56322 0.528 0.168 0.156 0.148
#> SRR191435 3 0.846 0.33692 0.080 0.240 0.524 0.156
#> SRR191436 3 0.742 0.25157 0.048 0.300 0.572 0.080
#> SRR191437 2 0.868 0.32121 0.196 0.524 0.112 0.168
#> SRR191438 3 0.614 0.51134 0.036 0.188 0.712 0.064
#> SRR191439 3 0.795 -0.10145 0.032 0.372 0.464 0.132
#> SRR191440 1 0.952 0.40348 0.384 0.208 0.136 0.272
#> SRR191441 2 0.787 0.56812 0.084 0.584 0.232 0.100
#> SRR191442 3 0.632 0.04044 0.004 0.380 0.560 0.056
#> SRR191443 3 0.848 0.34207 0.160 0.168 0.552 0.120
#> SRR191444 3 0.812 0.12351 0.364 0.080 0.476 0.080
#> SRR191445 2 0.855 0.49353 0.184 0.484 0.272 0.060
#> SRR191446 2 0.866 0.52469 0.088 0.512 0.196 0.204
#> SRR191447 2 0.706 0.59049 0.064 0.600 0.292 0.044
#> SRR191448 1 0.633 0.67442 0.712 0.052 0.168 0.068
#> SRR191449 3 0.615 0.50512 0.016 0.100 0.704 0.180
#> SRR191450 1 0.913 0.33938 0.392 0.208 0.316 0.084
#> SRR191451 3 0.715 0.52086 0.096 0.120 0.672 0.112
#> SRR191452 2 0.856 0.31117 0.308 0.472 0.152 0.068
#> SRR191453 3 0.761 0.41788 0.064 0.264 0.584 0.088
#> SRR191454 1 0.974 0.24916 0.356 0.228 0.248 0.168
#> SRR191455 2 0.844 0.29546 0.112 0.480 0.324 0.084
#> SRR191456 3 0.872 0.14164 0.252 0.072 0.480 0.196
#> SRR191457 1 0.762 0.62041 0.624 0.176 0.080 0.120
#> SRR191458 3 0.810 0.44233 0.140 0.180 0.584 0.096
#> SRR191459 3 0.791 0.04167 0.028 0.308 0.508 0.156
#> SRR191460 3 0.689 0.54800 0.136 0.100 0.688 0.076
#> SRR191461 2 0.792 0.48225 0.044 0.496 0.348 0.112
#> SRR191462 2 0.867 0.28160 0.296 0.480 0.120 0.104
#> SRR191463 2 0.678 0.56554 0.044 0.596 0.320 0.040
#> SRR191464 3 0.562 0.28588 0.000 0.320 0.640 0.040
#> SRR191465 2 0.567 0.58171 0.020 0.652 0.312 0.016
#> SRR191466 3 0.658 0.32860 0.004 0.296 0.604 0.096
#> SRR191467 2 0.608 0.60877 0.016 0.696 0.212 0.076
#> SRR191468 2 0.770 0.56181 0.144 0.620 0.156 0.080
#> SRR191469 2 0.935 0.20350 0.124 0.392 0.304 0.180
#> SRR191470 3 0.678 -0.16433 0.008 0.424 0.496 0.072
#> SRR191471 1 0.960 0.09873 0.376 0.264 0.212 0.148
#> SRR191472 2 0.685 0.58211 0.044 0.636 0.256 0.064
#> SRR191473 3 0.706 -0.10956 0.028 0.400 0.512 0.060
#> SRR191474 3 0.464 0.55606 0.004 0.064 0.800 0.132
#> SRR191475 2 0.649 0.59603 0.028 0.656 0.252 0.064
#> SRR191476 2 0.745 0.51844 0.068 0.632 0.188 0.112
#> SRR191477 3 0.510 0.48887 0.000 0.188 0.748 0.064
#> SRR191478 3 0.827 0.10292 0.088 0.324 0.496 0.092
#> SRR191479 3 0.924 0.30345 0.204 0.160 0.460 0.176
#> SRR191480 3 0.662 0.38685 0.012 0.260 0.632 0.096
#> SRR191481 3 0.537 0.36962 0.000 0.304 0.664 0.032
#> SRR191482 3 0.735 -0.02883 0.012 0.376 0.496 0.116
#> SRR191483 2 0.664 0.54132 0.012 0.576 0.344 0.068
#> SRR191484 3 0.941 0.21568 0.124 0.212 0.404 0.260
#> SRR191485 2 0.715 0.55773 0.020 0.572 0.308 0.100
#> SRR191486 2 0.635 0.40420 0.020 0.520 0.432 0.028
#> SRR191487 2 0.866 0.43129 0.076 0.500 0.216 0.208
#> SRR191488 1 0.754 0.58125 0.604 0.196 0.040 0.160
#> SRR191489 1 0.866 0.49089 0.520 0.224 0.120 0.136
#> SRR191490 2 0.800 0.47338 0.156 0.600 0.112 0.132
#> SRR191491 2 0.719 0.43162 0.020 0.528 0.364 0.088
#> SRR191492 3 0.936 -0.09176 0.088 0.308 0.328 0.276
#> SRR191493 2 0.696 0.55237 0.088 0.684 0.136 0.092
#> SRR191494 2 0.667 0.59507 0.036 0.648 0.252 0.064
#> SRR191495 3 0.776 -0.04206 0.020 0.368 0.472 0.140
#> SRR191496 2 0.839 0.36403 0.252 0.532 0.112 0.104
#> SRR191497 3 0.711 0.28688 0.044 0.332 0.568 0.056
#> SRR191498 2 0.895 0.43871 0.184 0.484 0.112 0.220
#> SRR191499 2 0.675 0.48551 0.008 0.536 0.380 0.076
#> SRR191500 2 0.826 0.39667 0.084 0.468 0.360 0.088
#> SRR191501 2 0.849 -0.09106 0.388 0.404 0.052 0.156
#> SRR191502 2 0.848 0.45976 0.044 0.432 0.344 0.180
#> SRR191503 2 0.897 0.37598 0.100 0.472 0.232 0.196
#> SRR191504 2 0.517 0.57561 0.000 0.696 0.272 0.032
#> SRR191505 2 0.721 0.59491 0.044 0.628 0.224 0.104
#> SRR191506 2 0.746 0.57277 0.128 0.644 0.144 0.084
#> SRR191507 1 0.815 0.46116 0.544 0.264 0.080 0.112
#> SRR191508 2 0.780 0.56996 0.072 0.584 0.240 0.104
#> SRR191509 2 0.700 0.53188 0.052 0.584 0.320 0.044
#> SRR191510 2 0.851 0.54735 0.164 0.544 0.184 0.108
#> SRR191511 2 0.607 0.56929 0.012 0.636 0.308 0.044
#> SRR191512 2 0.732 0.60490 0.052 0.628 0.212 0.108
#> SRR191513 2 0.817 0.34641 0.184 0.540 0.052 0.224
#> SRR191514 2 0.541 0.60015 0.024 0.716 0.240 0.020
#> SRR191515 2 0.761 0.59237 0.060 0.612 0.200 0.128
#> SRR191516 2 0.908 0.35338 0.080 0.420 0.240 0.260
#> SRR191517 3 0.698 0.20491 0.016 0.304 0.584 0.096
#> SRR191518 2 0.677 0.38284 0.016 0.496 0.432 0.056
#> SRR191519 2 0.528 0.57163 0.012 0.676 0.300 0.012
#> SRR191520 2 0.798 0.24598 0.020 0.456 0.352 0.172
#> SRR191521 2 0.577 0.59315 0.016 0.708 0.224 0.052
#> SRR191522 2 0.704 0.60451 0.044 0.624 0.256 0.076
#> SRR191523 2 0.768 0.59143 0.092 0.608 0.212 0.088
#> SRR191524 2 0.987 0.20413 0.236 0.324 0.192 0.248
#> SRR191525 2 0.637 0.60346 0.020 0.664 0.244 0.072
#> SRR191526 2 0.734 0.58599 0.092 0.640 0.192 0.076
#> SRR191527 1 0.362 0.68666 0.876 0.056 0.020 0.048
#> SRR191528 1 0.663 0.65507 0.696 0.116 0.044 0.144
#> SRR191529 2 0.952 0.25129 0.216 0.408 0.156 0.220
#> SRR191530 2 0.805 0.55504 0.072 0.576 0.196 0.156
#> SRR191531 1 0.966 0.16065 0.344 0.212 0.296 0.148
#> SRR191532 2 0.730 0.54277 0.036 0.568 0.312 0.084
#> SRR191533 2 0.863 0.51020 0.056 0.472 0.244 0.228
#> SRR191534 2 0.881 0.11359 0.232 0.452 0.064 0.252
#> SRR191535 2 0.658 0.54750 0.036 0.612 0.312 0.040
#> SRR191536 2 0.883 -0.10358 0.364 0.400 0.076 0.160
#> SRR191537 1 0.891 0.31508 0.488 0.228 0.172 0.112
#> SRR191538 2 0.561 0.57180 0.008 0.700 0.244 0.048
#> SRR191539 2 0.883 0.40373 0.224 0.496 0.104 0.176
#> SRR191540 2 0.702 0.51262 0.012 0.568 0.316 0.104
#> SRR191541 2 0.811 0.32553 0.044 0.444 0.388 0.124
#> SRR191542 2 0.756 0.56594 0.060 0.612 0.212 0.116
#> SRR191543 2 0.553 0.60253 0.020 0.716 0.232 0.032
#> SRR191544 2 0.871 0.37564 0.064 0.448 0.308 0.180
#> SRR191545 2 0.582 0.56756 0.004 0.668 0.272 0.056
#> SRR191546 2 0.870 0.47554 0.160 0.504 0.240 0.096
#> SRR191547 2 0.662 0.60600 0.060 0.664 0.232 0.044
#> SRR191548 1 0.344 0.69336 0.884 0.032 0.060 0.024
#> SRR191549 1 0.327 0.68771 0.892 0.024 0.056 0.028
#> SRR191550 1 0.315 0.68819 0.896 0.016 0.056 0.032
#> SRR191551 1 0.426 0.68772 0.844 0.032 0.084 0.040
#> SRR191552 1 0.393 0.68796 0.860 0.020 0.064 0.056
#> SRR191553 1 0.537 0.68205 0.784 0.104 0.040 0.072
#> SRR191554 1 0.392 0.69053 0.864 0.052 0.052 0.032
#> SRR191555 1 0.966 0.13873 0.352 0.292 0.200 0.156
#> SRR191556 3 0.640 0.20474 0.328 0.008 0.600 0.064
#> SRR191557 3 0.451 0.55688 0.016 0.048 0.820 0.116
#> SRR191558 1 0.836 0.06748 0.436 0.108 0.384 0.072
#> SRR191559 3 0.392 0.56609 0.020 0.048 0.860 0.072
#> SRR191560 3 0.441 0.56775 0.072 0.024 0.836 0.068
#> SRR191561 1 0.448 0.69225 0.836 0.076 0.044 0.044
#> SRR191562 1 0.628 0.67035 0.728 0.052 0.108 0.112
#> SRR191563 3 0.525 0.52674 0.040 0.148 0.776 0.036
#> SRR191564 3 0.720 0.32225 0.052 0.232 0.628 0.088
#> SRR191565 3 0.786 0.06339 0.324 0.028 0.504 0.144
#> SRR191566 3 0.402 0.56934 0.040 0.052 0.860 0.048
#> SRR191567 1 0.624 0.64141 0.704 0.024 0.180 0.092
#> SRR191568 3 0.861 0.14578 0.332 0.108 0.460 0.100
#> SRR191569 3 0.476 0.56844 0.064 0.036 0.820 0.080
#> SRR191570 1 0.848 0.23246 0.424 0.052 0.368 0.156
#> SRR191571 3 0.764 0.39224 0.276 0.052 0.572 0.100
#> SRR191572 1 0.440 0.68926 0.828 0.012 0.096 0.064
#> SRR191573 3 0.583 0.45673 0.172 0.016 0.728 0.084
#> SRR191574 1 0.632 0.62510 0.680 0.016 0.212 0.092
#> SRR191575 1 0.740 0.64051 0.636 0.080 0.192 0.092
#> SRR191576 3 0.682 0.54733 0.112 0.108 0.696 0.084
#> SRR191577 3 0.770 0.29305 0.320 0.056 0.540 0.084
#> SRR191578 1 0.846 0.42491 0.464 0.060 0.328 0.148
#> SRR191579 1 0.448 0.69452 0.832 0.028 0.088 0.052
#> SRR191580 1 0.359 0.68961 0.880 0.032 0.048 0.040
#> SRR191581 1 0.373 0.69071 0.872 0.040 0.060 0.028
#> SRR191582 1 0.443 0.69165 0.836 0.032 0.084 0.048
#> SRR191583 1 0.721 0.63605 0.644 0.184 0.048 0.124
#> SRR191584 1 0.427 0.69006 0.848 0.060 0.048 0.044
#> SRR191585 3 0.440 0.53712 0.000 0.076 0.812 0.112
#> SRR191586 3 0.718 0.30503 0.012 0.208 0.600 0.180
#> SRR191587 3 0.479 0.56621 0.060 0.032 0.816 0.092
#> SRR191588 3 0.788 0.04837 0.352 0.052 0.500 0.096
#> SRR191589 3 0.656 0.08920 0.356 0.012 0.572 0.060
#> SRR191590 1 0.688 0.56635 0.624 0.040 0.272 0.064
#> SRR191591 3 0.580 0.57232 0.068 0.088 0.764 0.080
#> SRR191592 3 0.670 0.55999 0.104 0.076 0.704 0.116
#> SRR191593 3 0.608 0.52905 0.036 0.156 0.728 0.080
#> SRR191594 1 0.808 0.49352 0.520 0.048 0.292 0.140
#> SRR191595 3 0.597 0.50124 0.136 0.012 0.720 0.132
#> SRR191596 1 0.709 0.50251 0.584 0.032 0.308 0.076
#> SRR191597 3 0.392 0.53607 0.012 0.108 0.848 0.032
#> SRR191598 3 0.720 -0.03712 0.420 0.044 0.488 0.048
#> SRR191599 1 0.861 0.46061 0.484 0.140 0.292 0.084
#> SRR191600 3 0.862 0.39043 0.224 0.156 0.520 0.100
#> SRR191601 2 0.576 0.54560 0.012 0.632 0.332 0.024
#> SRR191602 3 0.411 0.51599 0.012 0.144 0.824 0.020
#> SRR191603 3 0.590 0.42052 0.012 0.204 0.708 0.076
#> SRR191604 2 0.611 0.57305 0.016 0.644 0.296 0.044
#> SRR191605 3 0.531 0.51956 0.008 0.164 0.756 0.072
#> SRR191606 1 0.895 0.52855 0.480 0.116 0.240 0.164
#> SRR191607 3 0.778 -0.12010 0.016 0.360 0.468 0.156
#> SRR191608 2 0.776 0.25589 0.012 0.428 0.400 0.160
#> SRR191609 3 0.881 -0.10867 0.048 0.308 0.396 0.248
#> SRR191610 3 0.758 0.09236 0.012 0.312 0.516 0.160
#> SRR191611 3 0.522 0.51758 0.000 0.092 0.752 0.156
#> SRR191612 3 0.412 0.54366 0.024 0.112 0.840 0.024
#> SRR191613 1 0.926 0.49634 0.448 0.216 0.136 0.200
#> SRR191614 3 0.694 0.43098 0.040 0.188 0.660 0.112
#> SRR191615 3 0.415 0.56843 0.056 0.076 0.848 0.020
#> SRR191616 1 0.733 0.63919 0.648 0.124 0.068 0.160
#> SRR191617 1 0.840 0.58409 0.536 0.212 0.076 0.176
#> SRR191618 2 0.990 -0.00774 0.200 0.308 0.224 0.268
#> SRR191619 3 0.628 0.52925 0.056 0.176 0.712 0.056
#> SRR191620 3 0.952 0.25516 0.180 0.196 0.416 0.208
#> SRR191621 2 0.663 0.41470 0.016 0.512 0.424 0.048
#> SRR191622 3 0.460 0.55120 0.008 0.108 0.812 0.072
#> SRR191623 3 0.447 0.56669 0.012 0.044 0.816 0.128
#> SRR191624 3 0.785 0.38693 0.172 0.056 0.588 0.184
#> SRR191625 3 0.911 0.31018 0.228 0.168 0.468 0.136
#> SRR191626 3 0.674 0.01293 0.004 0.384 0.528 0.084
#> SRR191627 3 0.448 0.51983 0.000 0.152 0.796 0.052
#> SRR191628 3 0.949 -0.14902 0.144 0.340 0.344 0.172
#> SRR191629 3 0.470 0.52892 0.008 0.164 0.788 0.040
#> SRR191630 1 0.914 0.26315 0.360 0.084 0.352 0.204
#> SRR191631 3 0.479 0.49592 0.000 0.172 0.772 0.056
#> SRR191632 1 0.671 0.66501 0.700 0.088 0.076 0.136
#> SRR191633 2 0.871 0.43764 0.120 0.516 0.220 0.144
#> SRR191634 1 0.556 0.66613 0.764 0.104 0.024 0.108
#> SRR191635 3 0.733 0.48906 0.068 0.124 0.648 0.160
#> SRR191636 1 0.592 0.64491 0.724 0.128 0.012 0.136
#> SRR191637 1 0.884 0.39027 0.444 0.264 0.064 0.228
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR191393 3 0.667 -0.03151 0.432 0.016 0.456 0.032 NA
#> SRR191394 1 0.488 0.55951 0.736 0.004 0.164 0.004 NA
#> SRR191396 3 0.903 0.20013 0.160 0.328 0.336 0.092 NA
#> SRR191397 1 0.579 0.54690 0.716 0.040 0.156 0.048 NA
#> SRR191398 1 0.407 0.58619 0.820 0.012 0.048 0.012 NA
#> SRR191399 3 0.885 0.08535 0.332 0.116 0.356 0.136 NA
#> SRR191400 1 0.596 0.51191 0.660 0.008 0.208 0.024 NA
#> SRR191401 3 0.660 0.00959 0.392 0.000 0.472 0.028 NA
#> SRR191402 3 0.676 0.42306 0.256 0.116 0.580 0.012 NA
#> SRR191403 1 0.632 0.47412 0.632 0.024 0.244 0.032 NA
#> SRR191404 2 0.813 -0.11797 0.228 0.404 0.288 0.060 NA
#> SRR191405 3 0.782 0.43567 0.132 0.172 0.560 0.056 NA
#> SRR191406 3 0.748 0.41651 0.048 0.320 0.492 0.112 NA
#> SRR191407 1 0.786 0.40253 0.552 0.052 0.120 0.088 NA
#> SRR191408 3 0.817 0.23872 0.124 0.272 0.476 0.080 NA
#> SRR191409 3 0.707 0.51934 0.116 0.204 0.600 0.044 NA
#> SRR191410 3 0.695 0.38309 0.040 0.364 0.504 0.064 NA
#> SRR191411 3 0.735 0.35144 0.084 0.352 0.484 0.032 NA
#> SRR191412 3 0.692 -0.05577 0.408 0.020 0.460 0.080 NA
#> SRR191413 3 0.877 0.27203 0.236 0.152 0.424 0.140 NA
#> SRR191414 3 0.833 0.00893 0.308 0.020 0.404 0.160 NA
#> SRR191415 3 0.728 0.37169 0.048 0.324 0.512 0.084 NA
#> SRR191416 3 0.614 0.49445 0.028 0.184 0.680 0.060 NA
#> SRR191418 1 0.841 0.28532 0.504 0.108 0.176 0.144 NA
#> SRR191419 1 0.458 0.59753 0.808 0.032 0.084 0.028 NA
#> SRR191420 3 0.672 0.33418 0.156 0.044 0.652 0.100 NA
#> SRR191421 3 0.747 0.08330 0.324 0.020 0.492 0.088 NA
#> SRR191422 2 0.777 0.11620 0.120 0.456 0.336 0.056 NA
#> SRR191423 3 0.678 0.21512 0.052 0.368 0.512 0.044 NA
#> SRR191424 1 0.852 -0.25090 0.340 0.244 0.092 0.304 NA
#> SRR191425 3 0.663 0.44327 0.028 0.168 0.644 0.120 NA
#> SRR191426 2 0.485 0.45369 0.016 0.768 0.144 0.052 NA
#> SRR191427 2 0.987 -0.46464 0.196 0.272 0.188 0.200 NA
#> SRR191428 3 0.753 0.30088 0.048 0.096 0.576 0.200 NA
#> SRR191429 2 0.621 0.42139 0.028 0.640 0.224 0.096 NA
#> SRR191430 3 0.783 0.36141 0.060 0.240 0.528 0.056 NA
#> SRR191431 1 0.855 0.11198 0.452 0.232 0.104 0.164 NA
#> SRR191432 2 0.386 0.44624 0.004 0.824 0.116 0.044 NA
#> SRR191433 2 0.570 0.43587 0.044 0.740 0.104 0.064 NA
#> SRR191434 1 0.868 0.30459 0.476 0.124 0.196 0.108 NA
#> SRR191435 2 0.884 -0.02387 0.072 0.368 0.312 0.168 NA
#> SRR191436 3 0.786 0.35205 0.032 0.308 0.472 0.120 NA
#> SRR191437 2 0.943 -0.33633 0.208 0.340 0.100 0.232 NA
#> SRR191438 3 0.704 0.41678 0.044 0.336 0.524 0.040 NA
#> SRR191439 2 0.812 -0.01161 0.056 0.396 0.376 0.116 NA
#> SRR191440 1 0.941 -0.28494 0.284 0.076 0.132 0.280 NA
#> SRR191441 2 0.765 0.23276 0.048 0.584 0.124 0.112 NA
#> SRR191442 2 0.665 0.07752 0.008 0.488 0.384 0.096 NA
#> SRR191443 3 0.867 0.11134 0.168 0.092 0.484 0.116 NA
#> SRR191444 3 0.846 0.23581 0.332 0.144 0.396 0.052 NA
#> SRR191445 2 0.701 0.30025 0.196 0.600 0.104 0.088 NA
#> SRR191446 2 0.815 0.11379 0.072 0.456 0.140 0.292 NA
#> SRR191447 2 0.605 0.39796 0.052 0.700 0.144 0.080 NA
#> SRR191448 1 0.553 0.58908 0.748 0.036 0.104 0.072 NA
#> SRR191449 3 0.775 0.35600 0.024 0.328 0.412 0.208 NA
#> SRR191450 1 0.895 0.04436 0.388 0.180 0.256 0.120 NA
#> SRR191451 3 0.758 0.34059 0.112 0.180 0.580 0.056 NA
#> SRR191452 2 0.841 -0.06106 0.256 0.464 0.112 0.116 NA
#> SRR191453 3 0.758 0.25209 0.080 0.192 0.576 0.100 NA
#> SRR191454 1 0.923 -0.09991 0.372 0.200 0.152 0.208 NA
#> SRR191455 2 0.887 -0.00632 0.108 0.360 0.328 0.136 NA
#> SRR191456 3 0.885 -0.01691 0.208 0.076 0.444 0.120 NA
#> SRR191457 1 0.759 0.44065 0.584 0.124 0.068 0.164 NA
#> SRR191458 3 0.813 0.24128 0.156 0.132 0.540 0.068 NA
#> SRR191459 2 0.806 0.10637 0.052 0.464 0.248 0.200 NA
#> SRR191460 3 0.679 0.45734 0.152 0.132 0.636 0.056 NA
#> SRR191461 2 0.715 0.34318 0.032 0.524 0.268 0.164 NA
#> SRR191462 2 0.854 -0.12555 0.292 0.432 0.088 0.116 NA
#> SRR191463 2 0.606 0.43636 0.068 0.712 0.112 0.076 NA
#> SRR191464 3 0.649 0.34009 0.024 0.416 0.484 0.056 NA
#> SRR191465 2 0.358 0.44967 0.016 0.852 0.064 0.064 NA
#> SRR191466 2 0.749 -0.20275 0.016 0.424 0.392 0.108 NA
#> SRR191467 2 0.549 0.36687 0.024 0.732 0.068 0.148 NA
#> SRR191468 2 0.756 0.24058 0.084 0.600 0.076 0.104 NA
#> SRR191469 2 0.938 -0.17257 0.164 0.340 0.204 0.220 NA
#> SRR191470 2 0.702 0.29982 0.024 0.564 0.256 0.124 NA
#> SRR191471 1 0.930 -0.24321 0.348 0.208 0.148 0.228 NA
#> SRR191472 2 0.761 0.30434 0.060 0.580 0.172 0.120 NA
#> SRR191473 2 0.648 0.21675 0.028 0.584 0.304 0.044 NA
#> SRR191474 3 0.622 0.46677 0.008 0.200 0.656 0.080 NA
#> SRR191475 2 0.516 0.43854 0.012 0.756 0.104 0.100 NA
#> SRR191476 2 0.754 0.20235 0.052 0.576 0.140 0.176 NA
#> SRR191477 3 0.636 0.40274 0.004 0.376 0.520 0.068 NA
#> SRR191478 3 0.825 -0.01549 0.076 0.380 0.388 0.088 NA
#> SRR191479 3 0.956 -0.23120 0.184 0.112 0.332 0.228 NA
#> SRR191480 3 0.644 0.29157 0.008 0.396 0.480 0.108 NA
#> SRR191481 3 0.612 0.34610 0.000 0.396 0.508 0.076 NA
#> SRR191482 2 0.694 0.16282 0.008 0.532 0.280 0.152 NA
#> SRR191483 2 0.605 0.42883 0.028 0.672 0.172 0.116 NA
#> SRR191484 4 0.915 0.36772 0.096 0.176 0.272 0.364 NA
#> SRR191485 2 0.516 0.44113 0.008 0.748 0.104 0.116 NA
#> SRR191486 2 0.602 0.32409 0.044 0.640 0.260 0.040 NA
#> SRR191487 2 0.889 0.01469 0.064 0.420 0.112 0.208 NA
#> SRR191488 1 0.739 0.37936 0.576 0.200 0.048 0.132 NA
#> SRR191489 1 0.881 0.24561 0.456 0.184 0.088 0.168 NA
#> SRR191490 2 0.739 0.04691 0.108 0.568 0.056 0.228 NA
#> SRR191491 2 0.806 0.17460 0.048 0.504 0.248 0.100 NA
#> SRR191492 2 0.950 -0.22235 0.112 0.332 0.180 0.248 NA
#> SRR191493 2 0.694 0.12671 0.096 0.632 0.056 0.172 NA
#> SRR191494 2 0.578 0.37015 0.056 0.732 0.064 0.112 NA
#> SRR191495 2 0.764 0.23651 0.020 0.484 0.252 0.204 NA
#> SRR191496 2 0.804 -0.02844 0.264 0.488 0.064 0.136 NA
#> SRR191497 2 0.763 -0.16241 0.040 0.436 0.384 0.084 NA
#> SRR191498 2 0.857 -0.07923 0.172 0.432 0.028 0.224 NA
#> SRR191499 2 0.500 0.44153 0.004 0.752 0.120 0.104 NA
#> SRR191500 2 0.811 0.25691 0.100 0.464 0.272 0.140 NA
#> SRR191501 1 0.831 -0.16024 0.352 0.344 0.032 0.216 NA
#> SRR191502 2 0.773 0.29786 0.060 0.504 0.192 0.224 NA
#> SRR191503 2 0.866 -0.10510 0.076 0.420 0.132 0.288 NA
#> SRR191504 2 0.407 0.45356 0.008 0.828 0.088 0.048 NA
#> SRR191505 2 0.581 0.39105 0.032 0.696 0.048 0.192 NA
#> SRR191506 2 0.627 0.24754 0.112 0.676 0.020 0.148 NA
#> SRR191507 1 0.884 0.10047 0.424 0.236 0.076 0.172 NA
#> SRR191508 2 0.706 0.25942 0.056 0.620 0.060 0.188 NA
#> SRR191509 2 0.675 0.38078 0.072 0.616 0.216 0.080 NA
#> SRR191510 2 0.738 0.21096 0.200 0.580 0.096 0.096 NA
#> SRR191511 2 0.621 0.42954 0.024 0.684 0.156 0.088 NA
#> SRR191512 2 0.612 0.38950 0.028 0.692 0.052 0.160 NA
#> SRR191513 2 0.831 -0.00613 0.116 0.472 0.028 0.184 NA
#> SRR191514 2 0.283 0.43252 0.032 0.892 0.012 0.060 NA
#> SRR191515 2 0.594 0.37957 0.036 0.716 0.040 0.120 NA
#> SRR191516 2 0.796 0.03926 0.060 0.412 0.156 0.348 NA
#> SRR191517 3 0.712 0.17450 0.016 0.380 0.452 0.128 NA
#> SRR191518 2 0.587 0.35651 0.008 0.640 0.264 0.060 NA
#> SRR191519 2 0.273 0.45244 0.008 0.892 0.052 0.048 NA
#> SRR191520 2 0.873 0.08657 0.040 0.396 0.260 0.196 NA
#> SRR191521 2 0.569 0.39180 0.032 0.728 0.120 0.092 NA
#> SRR191522 2 0.588 0.39170 0.040 0.704 0.080 0.156 NA
#> SRR191523 2 0.723 0.30305 0.100 0.628 0.096 0.120 NA
#> SRR191524 4 0.970 0.31178 0.164 0.256 0.172 0.288 NA
#> SRR191525 2 0.506 0.42254 0.028 0.752 0.068 0.144 NA
#> SRR191526 2 0.724 0.29327 0.056 0.624 0.100 0.136 NA
#> SRR191527 1 0.378 0.57961 0.856 0.028 0.028 0.040 NA
#> SRR191528 1 0.719 0.45327 0.608 0.060 0.040 0.120 NA
#> SRR191529 2 0.964 -0.34404 0.172 0.308 0.116 0.248 NA
#> SRR191530 2 0.684 0.31117 0.040 0.592 0.088 0.252 NA
#> SRR191531 1 0.965 -0.30839 0.272 0.236 0.248 0.128 NA
#> SRR191532 2 0.688 0.29317 0.036 0.616 0.184 0.132 NA
#> SRR191533 2 0.812 0.17264 0.048 0.464 0.128 0.292 NA
#> SRR191534 2 0.916 -0.33725 0.140 0.336 0.080 0.312 NA
#> SRR191535 2 0.732 0.33082 0.064 0.572 0.236 0.088 NA
#> SRR191536 2 0.912 -0.24468 0.292 0.348 0.096 0.180 NA
#> SRR191537 1 0.881 0.07041 0.436 0.240 0.124 0.076 NA
#> SRR191538 2 0.591 0.39763 0.016 0.688 0.184 0.076 NA
#> SRR191539 2 0.816 0.01217 0.152 0.492 0.020 0.160 NA
#> SRR191540 2 0.672 0.40612 0.008 0.604 0.200 0.144 NA
#> SRR191541 2 0.769 0.33263 0.040 0.540 0.240 0.088 NA
#> SRR191542 2 0.729 0.28332 0.056 0.616 0.096 0.152 NA
#> SRR191543 2 0.376 0.40765 0.020 0.832 0.016 0.120 NA
#> SRR191544 2 0.824 0.17838 0.036 0.488 0.192 0.188 NA
#> SRR191545 2 0.362 0.45553 0.004 0.844 0.080 0.064 NA
#> SRR191546 2 0.843 0.16546 0.200 0.492 0.128 0.120 NA
#> SRR191547 2 0.630 0.40335 0.084 0.696 0.120 0.056 NA
#> SRR191548 1 0.299 0.59723 0.892 0.020 0.040 0.036 NA
#> SRR191549 1 0.255 0.59016 0.912 0.024 0.020 0.036 NA
#> SRR191550 1 0.287 0.59160 0.900 0.016 0.028 0.028 NA
#> SRR191551 1 0.335 0.59471 0.876 0.020 0.040 0.020 NA
#> SRR191552 1 0.321 0.59006 0.880 0.016 0.032 0.016 NA
#> SRR191553 1 0.479 0.56804 0.788 0.060 0.020 0.104 NA
#> SRR191554 1 0.353 0.58683 0.864 0.052 0.024 0.048 NA
#> SRR191555 1 0.929 -0.03953 0.380 0.192 0.132 0.204 NA
#> SRR191556 3 0.634 0.29791 0.336 0.060 0.556 0.004 NA
#> SRR191557 3 0.623 0.49253 0.016 0.188 0.652 0.120 NA
#> SRR191558 1 0.867 -0.13943 0.364 0.288 0.224 0.036 NA
#> SRR191559 3 0.560 0.51835 0.028 0.184 0.712 0.044 NA
#> SRR191560 3 0.612 0.49735 0.072 0.160 0.692 0.032 NA
#> SRR191561 1 0.435 0.58033 0.820 0.056 0.016 0.072 NA
#> SRR191562 1 0.610 0.56197 0.716 0.056 0.052 0.080 NA
#> SRR191563 3 0.704 0.46530 0.044 0.312 0.540 0.072 NA
#> SRR191564 2 0.724 -0.13502 0.040 0.444 0.400 0.092 NA
#> SRR191565 3 0.729 0.28704 0.284 0.036 0.532 0.032 NA
#> SRR191566 3 0.570 0.51808 0.040 0.224 0.680 0.044 NA
#> SRR191567 1 0.587 0.56318 0.704 0.016 0.148 0.040 NA
#> SRR191568 3 0.859 0.14694 0.304 0.180 0.392 0.068 NA
#> SRR191569 3 0.682 0.49636 0.088 0.172 0.640 0.036 NA
#> SRR191570 3 0.819 -0.00325 0.364 0.052 0.392 0.052 NA
#> SRR191571 3 0.876 0.35613 0.236 0.228 0.400 0.064 NA
#> SRR191572 1 0.460 0.57956 0.804 0.020 0.084 0.032 NA
#> SRR191573 3 0.697 0.38864 0.208 0.072 0.616 0.052 NA
#> SRR191574 1 0.519 0.53507 0.724 0.020 0.196 0.044 NA
#> SRR191575 1 0.609 0.56116 0.688 0.016 0.160 0.080 NA
#> SRR191576 3 0.699 0.50319 0.092 0.244 0.588 0.040 NA
#> SRR191577 3 0.768 0.31492 0.340 0.132 0.452 0.024 NA
#> SRR191578 1 0.813 0.36147 0.500 0.052 0.244 0.116 NA
#> SRR191579 1 0.420 0.59855 0.828 0.024 0.080 0.028 NA
#> SRR191580 1 0.380 0.58475 0.848 0.040 0.012 0.072 NA
#> SRR191581 1 0.247 0.59390 0.912 0.032 0.040 0.004 NA
#> SRR191582 1 0.407 0.59449 0.832 0.016 0.076 0.020 NA
#> SRR191583 1 0.689 0.43875 0.604 0.112 0.028 0.216 NA
#> SRR191584 1 0.381 0.58801 0.852 0.056 0.016 0.040 NA
#> SRR191585 3 0.636 0.44615 0.000 0.300 0.568 0.100 NA
#> SRR191586 2 0.765 -0.03548 0.016 0.408 0.328 0.220 NA
#> SRR191587 3 0.633 0.50463 0.072 0.160 0.680 0.052 NA
#> SRR191588 3 0.792 0.13200 0.320 0.072 0.464 0.104 NA
#> SRR191589 3 0.667 0.15061 0.376 0.036 0.512 0.052 NA
#> SRR191590 1 0.628 0.49160 0.628 0.020 0.240 0.020 NA
#> SRR191591 3 0.693 0.52154 0.068 0.212 0.616 0.064 NA
#> SRR191592 3 0.772 0.49928 0.088 0.208 0.560 0.084 NA
#> SRR191593 3 0.738 0.38779 0.016 0.268 0.520 0.148 NA
#> SRR191594 1 0.821 0.13254 0.440 0.020 0.276 0.164 NA
#> SRR191595 3 0.753 0.40756 0.128 0.140 0.592 0.044 NA
#> SRR191596 1 0.680 0.49032 0.628 0.036 0.204 0.072 NA
#> SRR191597 3 0.592 0.44038 0.004 0.304 0.600 0.076 NA
#> SRR191598 1 0.823 0.12051 0.436 0.096 0.328 0.064 NA
#> SRR191599 1 0.804 0.29121 0.484 0.084 0.228 0.180 NA
#> SRR191600 3 0.838 0.30711 0.176 0.332 0.384 0.072 NA
#> SRR191601 2 0.531 0.41138 0.024 0.724 0.156 0.092 NA
#> SRR191602 3 0.598 0.41398 0.016 0.356 0.568 0.040 NA
#> SRR191603 3 0.647 0.28810 0.000 0.420 0.452 0.108 NA
#> SRR191604 2 0.441 0.46060 0.008 0.800 0.096 0.080 NA
#> SRR191605 3 0.693 0.37499 0.020 0.308 0.544 0.088 NA
#> SRR191606 1 0.847 0.28906 0.452 0.092 0.272 0.120 NA
#> SRR191607 2 0.722 0.27700 0.020 0.528 0.236 0.192 NA
#> SRR191608 2 0.696 0.31586 0.004 0.556 0.188 0.212 NA
#> SRR191609 2 0.798 0.12642 0.028 0.420 0.168 0.332 NA
#> SRR191610 2 0.787 0.12542 0.028 0.460 0.288 0.176 NA
#> SRR191611 3 0.689 0.44120 0.008 0.304 0.536 0.112 NA
#> SRR191612 3 0.565 0.49880 0.020 0.276 0.648 0.040 NA
#> SRR191613 1 0.899 0.13996 0.420 0.192 0.104 0.200 NA
#> SRR191614 3 0.804 0.21609 0.064 0.380 0.396 0.120 NA
#> SRR191615 3 0.667 0.52854 0.092 0.252 0.596 0.048 NA
#> SRR191616 1 0.717 0.43391 0.596 0.100 0.060 0.208 NA
#> SRR191617 1 0.785 0.31302 0.516 0.120 0.080 0.248 NA
#> SRR191618 4 0.933 0.45051 0.152 0.212 0.212 0.352 NA
#> SRR191619 3 0.729 0.41538 0.060 0.232 0.576 0.092 NA
#> SRR191620 3 0.966 -0.21425 0.172 0.208 0.324 0.120 NA
#> SRR191621 2 0.667 0.19890 0.028 0.552 0.320 0.080 NA
#> SRR191622 3 0.638 0.48897 0.024 0.248 0.628 0.048 NA
#> SRR191623 3 0.587 0.49349 0.012 0.176 0.692 0.080 NA
#> SRR191624 3 0.772 0.19685 0.136 0.048 0.528 0.240 NA
#> SRR191625 3 0.941 0.09839 0.176 0.264 0.328 0.148 NA
#> SRR191626 2 0.654 -0.01331 0.004 0.492 0.384 0.096 NA
#> SRR191627 3 0.582 0.45412 0.012 0.288 0.620 0.072 NA
#> SRR191628 2 0.874 -0.18465 0.124 0.328 0.268 0.260 NA
#> SRR191629 3 0.631 0.45222 0.024 0.276 0.608 0.072 NA
#> SRR191630 3 0.891 -0.28392 0.292 0.032 0.320 0.228 NA
#> SRR191631 3 0.576 0.40237 0.000 0.328 0.588 0.068 NA
#> SRR191632 1 0.704 0.47462 0.620 0.108 0.040 0.176 NA
#> SRR191633 2 0.886 -0.07528 0.120 0.388 0.196 0.252 NA
#> SRR191634 1 0.585 0.51147 0.684 0.080 0.012 0.192 NA
#> SRR191635 3 0.797 0.26260 0.072 0.224 0.476 0.208 NA
#> SRR191636 1 0.640 0.47830 0.648 0.084 0.012 0.196 NA
#> SRR191637 1 0.775 0.06848 0.424 0.156 0.024 0.352 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR191393 3 0.751 -0.111289 0.360 0.016 0.396 0.124 0.084 0.020
#> SRR191394 1 0.612 0.460810 0.652 0.004 0.092 0.156 0.032 0.064
#> SRR191396 3 0.850 0.089551 0.100 0.148 0.448 0.180 0.048 0.076
#> SRR191397 1 0.628 0.433233 0.612 0.016 0.144 0.184 0.024 0.020
#> SRR191398 1 0.479 0.504990 0.764 0.016 0.024 0.116 0.020 0.060
#> SRR191399 3 0.894 -0.059972 0.276 0.084 0.320 0.140 0.036 0.144
#> SRR191400 1 0.697 0.410594 0.584 0.024 0.108 0.188 0.044 0.052
#> SRR191401 3 0.794 -0.000941 0.320 0.016 0.392 0.120 0.116 0.036
#> SRR191402 3 0.622 0.289924 0.236 0.020 0.608 0.080 0.044 0.012
#> SRR191403 1 0.689 0.445386 0.584 0.016 0.184 0.120 0.060 0.036
#> SRR191404 3 0.796 0.089380 0.260 0.172 0.424 0.040 0.016 0.088
#> SRR191405 3 0.674 0.308769 0.128 0.040 0.564 0.008 0.224 0.036
#> SRR191406 3 0.685 0.255953 0.040 0.152 0.592 0.016 0.052 0.148
#> SRR191407 1 0.875 -0.093673 0.420 0.092 0.056 0.196 0.108 0.128
#> SRR191408 3 0.870 0.000189 0.136 0.212 0.416 0.056 0.100 0.080
#> SRR191409 3 0.604 0.411182 0.060 0.072 0.700 0.084 0.044 0.040
#> SRR191410 3 0.584 0.313927 0.068 0.104 0.684 0.016 0.012 0.116
#> SRR191411 3 0.713 0.366016 0.076 0.132 0.596 0.020 0.096 0.080
#> SRR191412 1 0.811 0.092806 0.360 0.012 0.320 0.132 0.136 0.040
#> SRR191413 3 0.825 0.156800 0.204 0.072 0.452 0.152 0.028 0.092
#> SRR191414 3 0.911 -0.210538 0.252 0.052 0.296 0.204 0.068 0.128
#> SRR191415 3 0.567 0.312123 0.048 0.092 0.684 0.008 0.016 0.152
#> SRR191416 3 0.584 0.359715 0.012 0.104 0.660 0.060 0.160 0.004
#> SRR191418 1 0.795 0.254514 0.488 0.056 0.180 0.132 0.020 0.124
#> SRR191419 1 0.504 0.524606 0.764 0.024 0.072 0.072 0.040 0.028
#> SRR191420 3 0.719 0.143236 0.148 0.068 0.512 0.008 0.236 0.028
#> SRR191421 3 0.863 -0.150743 0.228 0.060 0.332 0.088 0.260 0.032
#> SRR191422 3 0.757 -0.019768 0.084 0.380 0.400 0.040 0.064 0.032
#> SRR191423 3 0.693 0.286555 0.020 0.216 0.532 0.012 0.176 0.044
#> SRR191424 1 0.847 -0.103285 0.344 0.280 0.048 0.184 0.020 0.124
#> SRR191425 3 0.657 0.320566 0.028 0.076 0.608 0.020 0.204 0.064
#> SRR191426 2 0.597 0.281925 0.028 0.520 0.376 0.020 0.008 0.048
#> SRR191427 2 0.943 -0.471807 0.168 0.260 0.152 0.112 0.252 0.056
#> SRR191428 3 0.750 0.158621 0.060 0.072 0.516 0.040 0.252 0.060
#> SRR191429 2 0.627 0.251435 0.020 0.456 0.396 0.004 0.012 0.112
#> SRR191430 3 0.818 0.033252 0.040 0.160 0.460 0.196 0.100 0.044
#> SRR191431 1 0.803 0.148019 0.444 0.216 0.104 0.176 0.020 0.040
#> SRR191432 2 0.600 0.306194 0.020 0.548 0.332 0.008 0.016 0.076
#> SRR191433 2 0.677 0.322350 0.064 0.508 0.308 0.016 0.008 0.096
#> SRR191434 1 0.815 0.264629 0.476 0.128 0.124 0.184 0.036 0.052
#> SRR191435 3 0.799 0.049109 0.068 0.128 0.496 0.036 0.080 0.192
#> SRR191436 3 0.763 0.253809 0.040 0.124 0.532 0.028 0.156 0.120
#> SRR191437 2 0.939 -0.293046 0.160 0.332 0.076 0.152 0.176 0.104
#> SRR191438 3 0.610 0.345896 0.020 0.108 0.676 0.024 0.072 0.100
#> SRR191439 3 0.842 -0.145484 0.052 0.316 0.348 0.064 0.172 0.048
#> SRR191440 5 0.901 0.000000 0.204 0.100 0.092 0.228 0.332 0.044
#> SRR191441 2 0.831 0.141037 0.080 0.484 0.172 0.100 0.108 0.056
#> SRR191442 3 0.659 0.140247 0.012 0.348 0.456 0.004 0.156 0.024
#> SRR191443 3 0.871 -0.038505 0.100 0.096 0.408 0.048 0.224 0.124
#> SRR191444 3 0.821 0.094927 0.292 0.060 0.424 0.088 0.072 0.064
#> SRR191445 2 0.821 0.158488 0.188 0.408 0.240 0.040 0.024 0.100
#> SRR191446 2 0.830 -0.167503 0.072 0.428 0.088 0.116 0.036 0.260
#> SRR191447 2 0.695 0.313308 0.052 0.548 0.268 0.036 0.036 0.060
#> SRR191448 1 0.557 0.528681 0.728 0.040 0.060 0.100 0.040 0.032
#> SRR191449 3 0.687 0.226500 0.032 0.120 0.564 0.008 0.064 0.212
#> SRR191450 1 0.932 -0.169520 0.304 0.200 0.204 0.108 0.132 0.052
#> SRR191451 3 0.775 0.179683 0.080 0.132 0.468 0.044 0.256 0.020
#> SRR191452 2 0.848 -0.033525 0.292 0.372 0.152 0.088 0.052 0.044
#> SRR191453 3 0.796 0.046135 0.088 0.164 0.456 0.032 0.228 0.032
#> SRR191454 1 0.950 -0.060755 0.324 0.136 0.188 0.128 0.100 0.124
#> SRR191455 3 0.899 -0.236101 0.112 0.284 0.308 0.052 0.172 0.072
#> SRR191456 3 0.850 -0.156649 0.120 0.108 0.388 0.112 0.256 0.016
#> SRR191457 1 0.672 0.451318 0.644 0.080 0.036 0.108 0.064 0.068
#> SRR191458 3 0.874 0.043684 0.104 0.128 0.440 0.092 0.164 0.072
#> SRR191459 3 0.769 -0.056350 0.060 0.224 0.456 0.028 0.024 0.208
#> SRR191460 3 0.714 0.324311 0.148 0.104 0.576 0.024 0.120 0.028
#> SRR191461 3 0.795 -0.183020 0.048 0.320 0.356 0.052 0.016 0.208
#> SRR191462 2 0.821 -0.067210 0.288 0.396 0.084 0.152 0.024 0.056
#> SRR191463 2 0.701 0.298298 0.072 0.556 0.244 0.028 0.036 0.064
#> SRR191464 3 0.649 0.328444 0.020 0.232 0.580 0.008 0.112 0.048
#> SRR191465 2 0.550 0.346219 0.032 0.648 0.256 0.020 0.016 0.028
#> SRR191466 3 0.704 0.237534 0.012 0.216 0.508 0.004 0.180 0.080
#> SRR191467 2 0.570 0.257841 0.012 0.696 0.132 0.040 0.028 0.092
#> SRR191468 2 0.833 0.123932 0.132 0.468 0.124 0.068 0.040 0.168
#> SRR191469 2 0.914 -0.312841 0.136 0.336 0.188 0.068 0.064 0.208
#> SRR191470 3 0.714 -0.026807 0.036 0.364 0.444 0.020 0.040 0.096
#> SRR191471 1 0.949 -0.178506 0.268 0.120 0.216 0.124 0.064 0.208
#> SRR191472 2 0.804 0.167449 0.056 0.496 0.204 0.088 0.096 0.060
#> SRR191473 3 0.677 -0.067199 0.032 0.396 0.452 0.052 0.020 0.048
#> SRR191474 3 0.598 0.345489 0.004 0.104 0.624 0.004 0.200 0.064
#> SRR191475 2 0.713 0.305406 0.036 0.500 0.300 0.036 0.028 0.100
#> SRR191476 2 0.805 0.054438 0.052 0.500 0.184 0.060 0.124 0.080
#> SRR191477 3 0.556 0.344308 0.004 0.184 0.652 0.000 0.120 0.040
#> SRR191478 3 0.836 0.028693 0.092 0.260 0.428 0.096 0.044 0.080
#> SRR191479 3 0.959 -0.364572 0.212 0.128 0.276 0.168 0.140 0.076
#> SRR191480 3 0.637 0.321024 0.008 0.152 0.616 0.008 0.096 0.120
#> SRR191481 3 0.581 0.337432 0.012 0.184 0.652 0.004 0.100 0.048
#> SRR191482 3 0.711 0.057271 0.020 0.252 0.496 0.016 0.040 0.176
#> SRR191483 2 0.674 0.272842 0.028 0.516 0.304 0.032 0.012 0.108
#> SRR191484 3 0.987 -0.415568 0.128 0.188 0.224 0.136 0.188 0.136
#> SRR191485 2 0.628 0.238054 0.008 0.540 0.308 0.024 0.016 0.104
#> SRR191486 2 0.682 0.147624 0.032 0.456 0.380 0.020 0.084 0.028
#> SRR191487 2 0.901 -0.543462 0.060 0.284 0.216 0.056 0.108 0.276
#> SRR191488 1 0.744 0.366910 0.512 0.204 0.024 0.156 0.020 0.084
#> SRR191489 1 0.853 0.245130 0.424 0.184 0.084 0.112 0.028 0.168
#> SRR191490 2 0.741 -0.019357 0.116 0.588 0.056 0.076 0.072 0.092
#> SRR191491 2 0.773 0.088024 0.028 0.484 0.260 0.056 0.092 0.080
#> SRR191492 6 0.863 0.000000 0.048 0.312 0.180 0.056 0.080 0.324
#> SRR191493 2 0.652 0.104685 0.104 0.664 0.060 0.060 0.060 0.052
#> SRR191494 2 0.674 0.316533 0.068 0.612 0.180 0.052 0.020 0.068
#> SRR191495 3 0.806 -0.280747 0.028 0.320 0.380 0.040 0.072 0.160
#> SRR191496 2 0.751 0.037978 0.244 0.504 0.056 0.120 0.020 0.056
#> SRR191497 3 0.739 0.119861 0.032 0.288 0.468 0.008 0.080 0.124
#> SRR191498 2 0.788 -0.195604 0.148 0.432 0.056 0.048 0.028 0.288
#> SRR191499 2 0.658 0.148840 0.024 0.476 0.368 0.024 0.012 0.096
#> SRR191500 3 0.788 -0.093826 0.100 0.320 0.368 0.024 0.012 0.176
#> SRR191501 2 0.817 -0.213723 0.308 0.348 0.012 0.172 0.036 0.124
#> SRR191502 2 0.806 0.118270 0.044 0.408 0.288 0.064 0.032 0.164
#> SRR191503 2 0.885 -0.102796 0.052 0.388 0.216 0.092 0.096 0.156
#> SRR191504 2 0.579 0.323369 0.008 0.608 0.272 0.028 0.012 0.072
#> SRR191505 2 0.624 0.230552 0.008 0.584 0.212 0.012 0.024 0.160
#> SRR191506 2 0.658 0.262598 0.116 0.640 0.108 0.056 0.016 0.064
#> SRR191507 1 0.861 0.153476 0.396 0.256 0.052 0.140 0.080 0.076
#> SRR191508 2 0.772 0.119379 0.056 0.516 0.220 0.048 0.068 0.092
#> SRR191509 2 0.709 0.231905 0.076 0.456 0.356 0.016 0.028 0.068
#> SRR191510 2 0.847 0.080602 0.220 0.404 0.180 0.060 0.028 0.108
#> SRR191511 2 0.638 0.314287 0.024 0.572 0.288 0.032 0.048 0.036
#> SRR191512 2 0.736 0.227259 0.028 0.560 0.188 0.068 0.068 0.088
#> SRR191513 2 0.817 -0.105205 0.068 0.444 0.032 0.120 0.084 0.252
#> SRR191514 2 0.519 0.345872 0.024 0.688 0.200 0.000 0.020 0.068
#> SRR191515 2 0.619 0.224857 0.040 0.636 0.132 0.012 0.020 0.160
#> SRR191516 2 0.848 -0.310727 0.064 0.320 0.200 0.100 0.016 0.300
#> SRR191517 3 0.625 0.204425 0.032 0.168 0.608 0.004 0.024 0.164
#> SRR191518 3 0.646 -0.211305 0.024 0.412 0.456 0.016 0.032 0.060
#> SRR191519 2 0.477 0.338241 0.016 0.656 0.288 0.004 0.004 0.032
#> SRR191520 3 0.847 -0.417397 0.012 0.280 0.344 0.064 0.128 0.172
#> SRR191521 2 0.669 0.285440 0.032 0.564 0.268 0.024 0.056 0.056
#> SRR191522 2 0.740 0.258130 0.044 0.544 0.212 0.060 0.040 0.100
#> SRR191523 2 0.735 0.221839 0.064 0.552 0.140 0.024 0.048 0.172
#> SRR191524 2 0.964 -0.363891 0.148 0.272 0.100 0.100 0.172 0.208
#> SRR191525 2 0.590 0.271053 0.048 0.680 0.136 0.036 0.008 0.092
#> SRR191526 2 0.729 0.236708 0.072 0.564 0.156 0.028 0.040 0.140
#> SRR191527 1 0.376 0.525755 0.824 0.036 0.004 0.100 0.012 0.024
#> SRR191528 1 0.753 0.330718 0.536 0.104 0.028 0.176 0.036 0.120
#> SRR191529 2 0.916 -0.363422 0.120 0.320 0.076 0.276 0.100 0.108
#> SRR191530 2 0.749 0.123007 0.032 0.476 0.216 0.072 0.008 0.196
#> SRR191531 2 0.963 -0.290331 0.168 0.288 0.176 0.088 0.160 0.120
#> SRR191532 2 0.774 0.027638 0.028 0.456 0.292 0.052 0.108 0.064
#> SRR191533 2 0.833 -0.106067 0.036 0.444 0.136 0.116 0.056 0.212
#> SRR191534 2 0.887 -0.250995 0.128 0.384 0.048 0.204 0.160 0.076
#> SRR191535 2 0.749 0.193166 0.060 0.456 0.328 0.032 0.080 0.044
#> SRR191536 2 0.854 -0.119049 0.280 0.400 0.072 0.092 0.072 0.084
#> SRR191537 1 0.897 0.069083 0.388 0.180 0.144 0.092 0.052 0.144
#> SRR191538 2 0.678 0.260159 0.020 0.496 0.340 0.020 0.068 0.056
#> SRR191539 2 0.833 -0.066430 0.144 0.448 0.056 0.068 0.064 0.220
#> SRR191540 2 0.732 0.165489 0.012 0.404 0.360 0.016 0.068 0.140
#> SRR191541 3 0.781 -0.194308 0.028 0.336 0.400 0.072 0.032 0.132
#> SRR191542 2 0.725 0.200409 0.064 0.600 0.120 0.080 0.048 0.088
#> SRR191543 2 0.518 0.322722 0.024 0.720 0.152 0.012 0.016 0.076
#> SRR191544 3 0.834 -0.196198 0.024 0.316 0.340 0.100 0.044 0.176
#> SRR191545 2 0.503 0.320237 0.008 0.628 0.288 0.004 0.000 0.072
#> SRR191546 2 0.875 0.039539 0.184 0.360 0.256 0.060 0.076 0.064
#> SRR191547 2 0.664 0.275110 0.072 0.592 0.216 0.032 0.012 0.076
#> SRR191548 1 0.413 0.539727 0.808 0.044 0.020 0.092 0.004 0.032
#> SRR191549 1 0.249 0.519284 0.904 0.028 0.008 0.040 0.004 0.016
#> SRR191550 1 0.250 0.519649 0.904 0.016 0.012 0.048 0.008 0.012
#> SRR191551 1 0.308 0.527961 0.864 0.016 0.020 0.080 0.020 0.000
#> SRR191552 1 0.238 0.516895 0.904 0.004 0.008 0.060 0.008 0.016
#> SRR191553 1 0.440 0.497484 0.792 0.068 0.008 0.088 0.020 0.024
#> SRR191554 1 0.307 0.515973 0.872 0.048 0.008 0.052 0.008 0.012
#> SRR191555 1 0.885 0.127459 0.396 0.168 0.164 0.132 0.036 0.104
#> SRR191556 3 0.716 0.174177 0.260 0.020 0.500 0.064 0.144 0.012
#> SRR191557 3 0.601 0.349155 0.020 0.044 0.660 0.012 0.144 0.120
#> SRR191558 3 0.835 0.048508 0.328 0.136 0.360 0.084 0.052 0.040
#> SRR191559 3 0.477 0.408699 0.020 0.072 0.752 0.012 0.132 0.012
#> SRR191560 3 0.629 0.365744 0.072 0.076 0.656 0.036 0.144 0.016
#> SRR191561 1 0.365 0.505345 0.840 0.064 0.008 0.052 0.028 0.008
#> SRR191562 1 0.712 0.446382 0.580 0.064 0.076 0.192 0.032 0.056
#> SRR191563 3 0.563 0.402700 0.052 0.116 0.716 0.028 0.024 0.064
#> SRR191564 3 0.671 0.214474 0.044 0.188 0.592 0.040 0.012 0.124
#> SRR191565 3 0.761 0.163180 0.224 0.036 0.492 0.144 0.088 0.016
#> SRR191566 3 0.503 0.405747 0.036 0.072 0.740 0.012 0.128 0.012
#> SRR191567 1 0.614 0.508683 0.660 0.020 0.092 0.156 0.032 0.040
#> SRR191568 3 0.874 0.007466 0.212 0.112 0.420 0.100 0.084 0.072
#> SRR191569 3 0.670 0.352491 0.044 0.060 0.636 0.072 0.144 0.044
#> SRR191570 3 0.806 -0.091778 0.316 0.040 0.356 0.208 0.044 0.036
#> SRR191571 3 0.745 0.214327 0.232 0.028 0.496 0.164 0.024 0.056
#> SRR191572 1 0.463 0.495995 0.776 0.012 0.056 0.108 0.020 0.028
#> SRR191573 3 0.715 0.221517 0.156 0.044 0.532 0.052 0.208 0.008
#> SRR191574 1 0.680 0.381920 0.572 0.020 0.192 0.140 0.064 0.012
#> SRR191575 1 0.740 0.427533 0.576 0.092 0.072 0.128 0.104 0.028
#> SRR191576 3 0.700 0.352231 0.072 0.076 0.620 0.072 0.120 0.040
#> SRR191577 3 0.736 0.208038 0.276 0.052 0.512 0.064 0.056 0.040
#> SRR191578 1 0.814 0.276252 0.492 0.088 0.144 0.164 0.068 0.044
#> SRR191579 1 0.409 0.535002 0.816 0.028 0.032 0.088 0.024 0.012
#> SRR191580 1 0.315 0.526393 0.868 0.040 0.008 0.060 0.012 0.012
#> SRR191581 1 0.321 0.537719 0.864 0.044 0.016 0.060 0.008 0.008
#> SRR191582 1 0.388 0.536246 0.816 0.020 0.024 0.112 0.008 0.020
#> SRR191583 1 0.661 0.391654 0.608 0.136 0.020 0.160 0.020 0.056
#> SRR191584 1 0.351 0.536681 0.848 0.056 0.012 0.060 0.012 0.012
#> SRR191585 3 0.546 0.327799 0.008 0.092 0.692 0.000 0.080 0.128
#> SRR191586 3 0.765 -0.193318 0.012 0.204 0.384 0.028 0.056 0.316
#> SRR191587 3 0.588 0.371092 0.036 0.048 0.660 0.028 0.204 0.024
#> SRR191588 3 0.803 -0.058129 0.344 0.052 0.396 0.052 0.072 0.084
#> SRR191589 3 0.720 0.118214 0.292 0.012 0.500 0.068 0.080 0.048
#> SRR191590 1 0.769 0.289296 0.492 0.032 0.216 0.152 0.080 0.028
#> SRR191591 3 0.510 0.408716 0.036 0.040 0.760 0.088 0.052 0.024
#> SRR191592 3 0.672 0.344711 0.044 0.064 0.632 0.144 0.080 0.036
#> SRR191593 3 0.710 0.221677 0.036 0.096 0.604 0.044 0.100 0.120
#> SRR191594 1 0.880 -0.395342 0.312 0.052 0.212 0.220 0.180 0.024
#> SRR191595 3 0.702 0.235279 0.068 0.024 0.540 0.080 0.260 0.028
#> SRR191596 1 0.770 0.378762 0.512 0.044 0.204 0.136 0.040 0.064
#> SRR191597 3 0.380 0.385053 0.004 0.060 0.824 0.004 0.036 0.072
#> SRR191598 3 0.790 -0.100597 0.372 0.040 0.376 0.056 0.052 0.104
#> SRR191599 1 0.930 0.104716 0.368 0.156 0.140 0.132 0.096 0.108
#> SRR191600 3 0.753 0.224983 0.136 0.148 0.544 0.072 0.016 0.084
#> SRR191601 2 0.620 0.250911 0.020 0.544 0.332 0.016 0.060 0.028
#> SRR191602 3 0.530 0.349112 0.016 0.196 0.688 0.008 0.020 0.072
#> SRR191603 3 0.566 0.282499 0.008 0.156 0.664 0.012 0.024 0.136
#> SRR191604 2 0.604 0.326701 0.028 0.584 0.288 0.016 0.012 0.072
#> SRR191605 3 0.688 0.259254 0.016 0.180 0.504 0.012 0.256 0.032
#> SRR191606 1 0.897 0.231282 0.388 0.092 0.200 0.148 0.064 0.108
#> SRR191607 3 0.710 -0.224157 0.016 0.368 0.384 0.012 0.028 0.192
#> SRR191608 3 0.724 -0.259864 0.012 0.332 0.392 0.008 0.048 0.208
#> SRR191609 3 0.806 -0.293501 0.056 0.292 0.324 0.052 0.012 0.264
#> SRR191610 3 0.795 -0.304216 0.028 0.340 0.352 0.028 0.064 0.188
#> SRR191611 3 0.577 0.313814 0.000 0.104 0.648 0.000 0.128 0.120
#> SRR191612 3 0.464 0.398521 0.004 0.120 0.764 0.016 0.068 0.028
#> SRR191613 1 0.861 0.227572 0.424 0.220 0.120 0.072 0.056 0.108
#> SRR191614 3 0.664 0.258898 0.076 0.164 0.596 0.008 0.020 0.136
#> SRR191615 3 0.541 0.417235 0.080 0.068 0.740 0.020 0.048 0.044
#> SRR191616 1 0.725 0.378485 0.576 0.160 0.052 0.112 0.028 0.072
#> SRR191617 1 0.827 0.001830 0.416 0.172 0.060 0.252 0.044 0.056
#> SRR191618 4 0.972 -0.109877 0.164 0.224 0.136 0.244 0.140 0.092
#> SRR191619 3 0.693 0.297952 0.064 0.164 0.604 0.024 0.056 0.088
#> SRR191620 4 0.945 0.029749 0.096 0.208 0.236 0.248 0.152 0.060
#> SRR191621 3 0.624 -0.051023 0.028 0.340 0.520 0.008 0.012 0.092
#> SRR191622 3 0.542 0.360758 0.012 0.112 0.684 0.008 0.164 0.020
#> SRR191623 3 0.586 0.366094 0.016 0.064 0.680 0.012 0.132 0.096
#> SRR191624 3 0.897 -0.096163 0.132 0.076 0.404 0.172 0.084 0.132
#> SRR191625 3 0.820 0.068856 0.172 0.124 0.464 0.040 0.040 0.160
#> SRR191626 3 0.644 0.184572 0.024 0.208 0.568 0.000 0.036 0.164
#> SRR191627 3 0.477 0.396705 0.004 0.108 0.752 0.004 0.080 0.052
#> SRR191628 2 0.927 -0.306628 0.108 0.296 0.276 0.084 0.088 0.148
#> SRR191629 3 0.458 0.389315 0.028 0.048 0.784 0.004 0.052 0.084
#> SRR191630 3 0.948 -0.477815 0.208 0.108 0.256 0.184 0.192 0.052
#> SRR191631 3 0.452 0.372812 0.008 0.100 0.776 0.008 0.032 0.076
#> SRR191632 1 0.721 0.422433 0.544 0.128 0.064 0.172 0.000 0.092
#> SRR191633 2 0.907 -0.153192 0.088 0.388 0.192 0.100 0.096 0.136
#> SRR191634 1 0.615 0.434922 0.652 0.120 0.008 0.136 0.024 0.060
#> SRR191635 3 0.748 0.136592 0.064 0.156 0.552 0.032 0.056 0.140
#> SRR191636 1 0.645 0.445813 0.624 0.088 0.008 0.132 0.020 0.128
#> SRR191637 1 0.859 -0.071527 0.328 0.204 0.024 0.264 0.044 0.136
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0